CN117187403B - 与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，属于畜禽遗传标记和动物遗传育种技术领域，所述SNP遗传标记包括RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2，RFI_chr5_1编号为rs13786884，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGa lGa l 1.mat.broi ler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，此处碱基为T或C；RFI_chr5_2对应于上述同一版本序列信息5号染色体第2123697位，此处碱基为T或C。所述RFI_chr5_1和RFI_chr5_2均有助于选育高效利用饲料的鸡品种，通过降低饲料消耗，从而提高养鸡收益。
Description
技术领域
本发明属于畜禽遗传标记和动物遗传育种技术领域，特别涉及与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用。
背景技术
近年来，“人畜争粮”引发社会广泛关注，也为畜牧从业者提出新挑战，即“在维持现有生产性能前提下，如何减少饲料粮用量？”。就蛋鸡而言，剩余饲料消耗(RFI)是评价饲料利用效率的重要指标，也是畜禽遗传评估的主要内容。RFI指动物实际采食量与用于维持和生产的期望采食量之差，RFI值越小，饲料利用率越高。影响剩余饲料消耗的因素众多，包括遗传因素、环境因素、营养因素以及行为表现。从遗传育种角度考量，选育高效利用饲料的畜禽品种是一条可持续发展的路径。这是因为遗传上的进展既是永久性的，也是累积性的，可获得少投入、多产出的效果。
发明内容
为了解决养鸡生产中饲料成本过高的问题，本发明提供了与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记有助于选育高效利用饲料的鸡品种，通过降低饲料消耗，达到提高养鸡收益的目的。
本发明通过以下技术方案实现：
本发明提供与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记包括RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2，所述RFI_chr5_1编号为rs13786884，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；
所述RFI_chr5_2编号为rs14508404，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C。
基于同一发明构思，本发明提供一种鸡产蛋期剩余饲料消耗性状的早期选择方法，所述早期选择方法包括基于SNP遗传标记RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2的基因型对鸡产蛋期剩余饲料消耗性状进行早期选择；
所述RFI_chr5_1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；
所述RFI_chr5_2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C。
进一步的，所述早期选择方法具体包括：
检测待测鸡RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2的基因型；
基于所述RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2的基因型对待测鸡的产蛋期剩余饲料消耗性状进行早期选择；
其中，所述RFI_chr5_1的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；所述RFI_chr5_2的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗。
进一步的，所述检测待测鸡RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2的基因型，具体包括：
检测待测鸡RFI_chr5_1和/或RFI_chr5_2的基因型，其中，检测待测鸡所述RFI_chr5_1的基因型的方法包括：
以P_RFI1f和P_RFI1r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡5号染色体第4908344位的基因型；
检测待测鸡所述RFI_chr5_2的基因型的方法包括：
以P_RFI2f和P_RFI2r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡5号染色体第2123697位的基因型；
其中，所述P_RFI1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述P_RFI1r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述P_RFI2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；所述P_RFI2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
进一步的，所述待测鸡的品种包括东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
基于同一发明构思，本发明提供用于检测与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记的引物，包括检测RFI_chr5_1的引物和/或检测RFI_chr5_2的引物，所述检测RFI_chr5_1的引物包括P_RFI1f和P_RFI1r，所述检测RFI_chr5_2的引物包括P_RFI2f和P_RFI2r；
所述P_RFI1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_RFI1r的核苷酸序列如SEQID NO.2所示，所述P_RFI2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_RFI2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
所述RFI_chr5_1编号为rs13786884，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；所述RFI_chr5_2编号为rs14508404，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C。
基于同一发明构思，本发明还提供上述用于检测与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记的引物在鸡遗传育种中的应用。
基于同一发明构思，本发明提供一种试剂盒，所述试剂盒包含检测RFI_chr5_1的引物和/或检测RFI_chr5_2的引物，所述检测RFI_chr5_1的引物包括P_RFI1f和P_RFI1r，所述检测RFI_chr5_1的引物包括P_RFI2f和P_RFI2r；
所述P_RFI1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_RFI1r的核苷酸序列如SEQID NO.2所示，所述P_RFI2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_RFI2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
基于同一发明构思，本发明还提供上述一种试剂盒在鸡遗传育种中的应用。
本发明实施例中的一个或多个技术方案，至少具有如下技术效果或优点：
本发明与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用，所述与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记为RFI_chr5_1和RFI_chr5_2，RFI_chr5_1和RFI_chr5_2的优势基因型个体的RFI值更低，有助于从遗传上降低产蛋期剩余饲料消耗，将该SNP遗传标记应用于鸡的遗传育种，有利于获得饲料利用效率更高的鸡品种。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其它的附图。
图1为本发明实施例1基于随机回归模型构建的产蛋期剩余饲料消耗遗传效应特征曲线；
图2为本发明实施例2资源群体产蛋期剩余饲料消耗GWAS分析曼哈顿图；
图3为本发明实施例2资源群体产蛋期剩余饲料消耗GWAS分析QQ图；
图4为本发明RFI_chr5_1遗传标记基因型与剩余饲料消耗关联分析；
图5为本发明RFI_chr5_2遗传标记基因型与剩余饲料消耗关联分析。
具体实施方式
下文将结合具体实施方式和实施例，具体阐述本发明，本发明的优点和各种效果将由此更加清楚地呈现。本领域技术人员应理解，这些具体实施方式和实施例是用于说明本发明，而非限制本发明。
在整个说明书中，除非另有特别说明，本文使用的术语应理解为如本领域中通常所使用的含义。因此，除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域技术人员的一般理解相同的含义。若存在矛盾，本说明书优先。
除非另有特别说明，本发明中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等，均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
本发明整体思路如下：
关于鸡的剩余饲料消耗(RFI)的影响因素众多，包括遗传因素、环境因素、营养因素以及行为表现。RFI属于函数值性状，可多次测量。随机回归模型是分析函数值性状的首选手段，该模型以协方差方程描述性状，曲线的峰谷有其生物学意义，要么反应生命体加速生长，要么反应生命体背离原时间线。此外，随机回归模型数学性质好、容错能力强，现已应用于选育奶牛乳用性状、生猪肉用性状以及蛋鸡蛋用性状。
随着测序成本的降低以及计算技术的发展，全基因组关联分析(Genome-wideassociation studies,GWAS)成为解析畜禽数量性状遗传结构强有力工具。利用GWAS方法研究碱基变异与表型值之间的关联，能够鉴别影响经济性状的遗传标记，特别适用于难于测量性状、生命体晚期性状、限性性状以及屠宰性状。若能通过全基因组关联分析筛选鸡产蛋期剩余饲料消耗的遗传标记，有助于通过分子标记辅助育种或全基因组选择快速获取遗传进展。
基于此，本发明整合随机回归分析与GWAS分析，充分发挥混合线性模型的优势，筛选得到与剩余饲料消耗关联的遗传标记RFI_chr5_1和RFI_chr5_2，本发明SNP筛选方法中，随机回归模型在分析函数值方面具有优势，多次测量的数据可以相互校正，GWAS分析具有高通量、高密度、高效率方面的优势，混合线性模型具有解决群体分层方面的优势。筛选出的RFI_chr5_1和RFI_chr5_2的优势基因型个体的RFI值更低，有助于从遗传上降低产蛋期剩余饲料消耗。
下面将结合实施例及实验数据对本申请与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记在鸡遗传育种中的应用进行详细说明。
实施例1
资源群体构建与产蛋期剩余饲料消耗数据整理
试验数据采集自江苏家禽所蛋鸡资源群体，群体构建信息详见本研究团队已经发表的文献(郭军等.应用随机回归模型分析蛋鸡蛋黄质量遗传参数[J].南京农业大学学报,2016,39(1):145-149.)。简言之，以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本，经正反交获得F1代、F2代。试验鸡单笼饲养，饲养于传统的A型笼，以风机、湿帘降温，机械化喂料、清粪。饲料来自中粮公司，产蛋鸡饲料组分包括16.5％粗蛋白，11511kJ/kg饲料代谢能。产蛋期自由采食，以乳头饮水器供水。按照江苏省家禽研究所制定的免疫程序进行常规免疫。试验分为两个阶段，37周龄至40周龄为第一阶段，57周龄至60周龄为第二阶段。试验期间，每周测量一次耗料、体重数据，每四周测量一次体重数据。剩余饲料消耗(RFI)的计算公式如下：
RFI＝FI–(b0+b1×MBW0.75+b2×ADG+b3×EM)
其中，FI为个体日采食量；MBW0.75为平均代谢体重；ADG为平均日增重；EM为产蛋总重。b0为截距，b1、b2、b3为回归系数。采用IBM SPSS21.0软件中的线性拟合函数来计算RFI值。
对系谱记录及生产数据进行初步筛选，去除明显错误、重复的数据后，去除离群值，整理成表格形式。数据清洗后，资源群体剩余饲料消耗数据集剩余3096条记录。然后，用WOMBAT软件分析剩余饲料消耗(协)方差组分以及遗传参数。遗传模型公式如下：
其中，yikl是第i批次第l周龄第K只鸡产蛋期剩余饲料消耗；HYi是固定效应；bm是第m个固定回归系数；akm是加性效应第m个随机回归系数；pkm是永久环境效应第m个随机回归系数；zklm是嵌入的勒让德多项式协变量；eikl是残差效应；n1、n2、n3是嵌入固定效应、加性遗传以及永久环境效应勒让德多项式阶数。
本发明采用AIC准则、BIC准则选择最适合描述产蛋期剩余饲料消耗的统计模型并进行比较，以期提高数据分析的准确度。经模型比较分析，产蛋期剩余饲料消耗随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入2阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入2阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。依据单性状动物模型分析结果，残差做同质化，设定为15。
加性遗传矩阵的特征值及特征向量通过R计算获得。蛋鸡资源群体产蛋期剩余饲料消耗加性遗传效应对应的特征曲线如图1所示，加性遗传第1特征曲线(图中λ1)近乎线性。第2特征曲线(图中λ2)随周龄增加呈下降走势。第1特征值生物学意义代表每周耗料平均值，本发明将第1特征值列为GWAS分析的伪表型数据。
实施例2
产蛋期剩余饲料消耗的GWAS分析
以一次性注射器从试验鸡翅静脉采集血样2ml左右，置入EDTA抗凝管，-70℃保存。从血液样品提取基因组DNA，经0.8％琼脂糖电泳检测以及紫外分光光度检测，合格后稀释DNA样品至50±5ng/μl，用于基因芯片分型。
利用昂飞公司的鸡高密度基因芯片600K ChickenGenotyping Array进行基因分型。参照芯片说明书进行数据的质量控制，主要包括：利用APT软件进行分型前的质量控制；用PLINK进行质量控制，剔除检出率低于0.97，去除偏离哈代温伯格平衡的SNP标记；以metrics.R、SNP_filter.R以及SNP、CR、FLD信息分析，筛选SNP；以BEAGLE进行基因型填充。质控后剩余435867个SNPs和1512个样本用于后续分析。
全基因组关联分析之前先进行多维度主成分分析以消除假阳性，以前5个主成分作为协变量参数加入到遗传模型，将鸡舍效应模型固定效应。利用R脚本“simpleM"方法计算各SNPs位点独立检验估计，得到了59308个独立标记。利用Bonferroni进行校正，得到基因组显著阈值为8.43×10-7，基因组建议阈值为1.69×10-5。以混合线性模型分析产蛋期剩余饲料消耗，获得各个SNPs标记显著性检验P值。线性模型的矩阵表达式为，
y＝Wα+xβ+u+ε
其中y代表样本剩余饲料消耗表型值向量；W代表协方差矩阵；α为截距向量；x标记的基因型向量；u为随机效应向量；ε为残差。
经GWAS分析,获得与产蛋期剩余饲料消耗关联的遗传标记RFI_chr5_1和RFI_chr5_2(表1)。对1512只鸡产蛋期剩余饲料消耗进行全基因组关联分析，结果如图2所示。由曼哈顿图可知，鸡5号染色体存在基因组显著水平标记，12号以及27号染色体存在基因组建议性标记,图3为GWAS分析QQ图，进一步验证了GWAS分析结果。
表1鸡产蛋期剩余饲料消耗关联的SNP遗传标记
其中：所述标记染色体物理位置参考鸡全基因组(bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b)。
实施例3
遗传标记的检测与验证
应用上述SNP遗传标记对东乡绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体进行候选基因关联分析。具体操作步骤如下：
1)PCR引物：从NCBI网站下载DNA模板序列信息，以primerpremier6.0软件设计PCR扩增引物，引物信息如表2所示。由生工生物工程(上海)股份有限公司合成PCR引物。
表2检测鸡产蛋期剩余饲料消耗遗传标记所用扩增引物
2)基因组DNA提取：以CTAB法提取1512份血液样品基因组DNA，经紫外分光光度计检测、琼脂糖电泳检测合格后进行PCR扩增。
3)PCR扩增过程：
①反应体系：10μl体系包括鉴定材料DNA模板50ng，正、反向引物各l0ng,5μL2×powerTaqMasterMix，剩余体积用超纯水补足。
②反应程序：首先94℃变性30s，52℃退火30s，72℃延伸30s，共5个循环；接着94℃变性30s，52℃退火30s，72摄氏度延伸30s，共30个循环；72℃延伸5min，4℃保存。
4)扩增产物送至测序公司进行序列多态性检测。扩增片段核苷酸序列如下：
RFI_chr5_1
RFI_chr5_2
上述序列中,标注[]的为突变位点，括号中为等位基因变异，序列的首尾加粗显示为引物序列。
5)关联分析：应用plink软件获得受试个体基因型，将其与40周龄、60周龄产蛋期剩余饲料消耗进行单因素方差分析。
遗传标记RFI_chr5_1与剩余饲料消耗关联分析结果如图4所示，40周龄产蛋期剩余饲料消耗平均值依次为：0.511(TT基因型)、-1.020(CT基因型)以及-1.120(CC基因型)；60周龄三种基因型个体剩余饲料消耗依次为：0.840(TT基因型)、-0.326(CC基因型)、-1.006(CT基因型)。
遗传标记RFI_chr5_2与剩余饲料消耗关联分析结果如图5所示，40周龄产蛋期剩余饲料消耗平均值依次为：0.535(TT基因型)、-0.841(CC基因型)以及-1.102(CT基因型)；60周龄三种基因型个体剩余饲料消耗依次为：0.813(TT)、-0.745(CC)、-0.857(CT)。
综上可知，TT基因型个体产蛋期剩余饲料消耗平均值高于其它两种基因型个体表型值。TT为遗传标记RFI_chr5_1和RFI_chr5_2的淘汰基因型。
最后，还需要说明的是，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
尽管已描述了本发明的优选实施例，但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念，则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以，所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。
显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。
Claims (6)
1.与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记的检测试剂在鸡遗传育种中的应用，其特征在于，所述与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记为RFI_chr5_1或RFI_chr5_2，所述RFI_chr5_1编号为rs13786884，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；
所述RFI_chr5_2编号为rs14508404，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C；
其中，所述RFI_chr5_1的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；所述RFI_chr5_2的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；
所述鸡遗传育种为鸡关于产蛋期剩余饲料消耗性状的遗传育种；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
2.一种鸡产蛋期剩余饲料消耗性状的早期选择方法，其特征在于，所述早期选择方法包括基于SNP遗传标记RFI_chr5_1或RFI_chr5_2的基因型对鸡产蛋期剩余饲料消耗性状进行早期选择；
所述RFI_chr5_1对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；
所述RFI_chr5_2对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal 1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C；
其中，所述RFI_chr5_1的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；所述RFI_chr5_2的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
3.根据权利要求2所述的一种鸡产蛋期剩余饲料消耗性状的早期选择方法，其特征在于，所述早期选择方法具体包括：
检测待测鸡RFI_chr5_1或RFI_chr5_2的基因型；
基于所述RFI_chr5_1或RFI_chr5_2的基因型对待测鸡的产蛋期剩余饲料消耗性状进行早期选择。
4.根据权利要求3所述的一种鸡产蛋期剩余饲料消耗性状的早期选择方法，其特征在于，所述检测待测鸡RFI_chr5_1或RFI_chr5_2的基因型，具体包括：
检测待测鸡RFI_chr5_1或RFI_chr5_2的基因型，其中，检测待测鸡所述RFI_chr5_1的基因型的方法包括：
以P_RFI 1f和P_RFI 1r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡5号染色体第4908344位的基因型；
检测待测鸡所述RFI_chr5_2的基因型的方法包括：
以P_RFI2f和P_RFI2r为引物，对待测鸡的基因组DNA进行PCR扩增；
对PCR扩增产物进行测序，获得待测鸡5号染色体第2123697位的基因型；
其中，所述P_RFI 1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述P_RFI 1r的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述P_RFI2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；所述P_RFI2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
5.用于检测与鸡产蛋期剩余饲料消耗相关的SNP遗传标记的引物在鸡遗传育种中的应用，其特征在于，所述引物为检测RFI_chr5_1的引物或检测RFI_chr5_2的引物，所述检测RFI_chr5_1的引物包括P_RFI 1f和P_RFI 1r，所述检测RFI_chr5_2的引物包括P_RFI2f和P_RFI2r；
所述P_RFI 1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_RFI 1r的核苷酸序列如SEQID NO.2所示，所述P_RFI2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_RFI2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
所述RFI_chr5_1编号为rs13786884，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；
所述RFI_chr5_2编号为rs14508404，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C；
其中，所述RFI_chr5_1的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；所述RFI_chr5_2的TT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗大于CC基因型和CT基因型个体的产蛋期剩余饲料消耗；
所述鸡遗传育种为鸡关于产蛋期剩余饲料消耗性状的遗传育种；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
6.一种试剂盒在鸡遗传育种中的应用，其特征在于，所述试剂盒包含检测RFI_chr5_1的引物或检测RFI_chr5_2的引物，所述检测RFI_chr5_1的引物包括P_RFI 1f和P_RFI 1r，所述检测RFI_chr5_2的引物包括P_RFI2f和P_RFI2r；
所述P_RFI 1f的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述P_RFI 1r的核苷酸序列如SEQID NO.2所示，所述P_RFI2f的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述P_RFI2r的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
所述RFI_chr5_1编号为rs13786884，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第4908344位，属于基因MPPED2上游序列，此处碱基为T或C；
所述RFI_chr5_2编号为rs14508404，对应于NCBI中公布的鸡参考基因组bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本序列信息5号染色体第2123697位，属于基因NAV2第7内含子序列，此处碱基为T或C；
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所述鸡遗传育种为鸡关于产蛋期剩余饲料消耗性状的遗传育种；
所述鸡的品种为东乡绿壳蛋鸡和/或白来航鸡。
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| 肉鸡屠体脂肪含量间接选择方法及其效果评估;李辉;陈冲;冷丽;王守志;宿志勇;肖凡;郭怀顺;李玉茂;栾鹏;;东北农业大学学报;20200825(第08期);摘要 * |
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