CN115992260A - 一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，涉及家禽基因工程育种技术领域。所述鸡毛孔间距性状的分子遗传标记为鸡I型α1胶原蛋白链(COL1A1)基因42外显子13021位点SNP即COL1A1(10321：T>C)。该分子遗传标记基因型通过引物F：5’‑GAAGC TGGACGTGAGGTAGG‑3’；R：5’‑GACATAAGCACGGATCGGCA‑3’进行PCR扩增与测序所得。本发明克服了现有技术的不足，提供一种鸡的毛孔间距的分子遗传标记，用于毛孔间距性状分子标记辅助选择，可实现对毛孔间距性状的早期选择，降低育种成本，并加快毛孔间距性状育种进展。
Description
技术领域
本发明涉及家禽基因工程育种技术领域，具体涉及一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记。
背景技术
随着我国家禽“规模养殖、集中屠宰、冷链运输、冰鲜上市”政策的全面实施。胴体外观在肉鸡销售中越来越重要，胴体外观包括皮肤颜色、毛孔直径和毛孔密度等，其中毛孔间距大小反应鸡毛孔密度。毛孔间距小则毛孔密度大，毛孔间距大则毛孔密度小。在冰鲜销售模式下，毛孔间距过小或过大都会降低鸡胴体美观度进而影响鸡销售。目前，大多数鸡品种内部不同个体之间毛孔间距存在较大的差异。因此，在鸡育种中迫切需要对毛孔间距性状开展选择来对鸡品种进行遗传改良。
目前对鸡毛孔间距选择采用的是传统的选育方法，即在青年期至继代前对毛孔间距多次测定，并根据毛孔间距测定表型值，利用BLUP估计育种值进行选择。然而，活鸡毛孔间距性状测定繁琐并且难以精确度量。因此，采用传统选育方法存在测定成本高、测定时间长、选择效率低、无法实现对毛孔间距性状早期选种以及育种进展缓慢等问题。
发明内容
针对现有技术不足，本发明提供一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记。利用现代生物技术，候选基因分析，发现鸡I型α1胶原蛋白链(COL1A1)基因42外显子13021位点SNP即COL1A1(10321：T>C)与鸡的毛孔间距显著相关，不同基因型鸡毛孔间距关系为CC型>CT型>TT型。该位点可作为鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，用于毛孔间距性状分子标记辅助选择，实现对毛孔间距的早期选择，并可加快育种进展。
为实现以上目的，本发明的技术方案通过以下技术方案予以实现：
一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，所述分子遗传标记为COL1A1基因42外显子13021位点SNP。
本发明还提供了一种鸡毛孔间距性状基因型鉴定的方法，包括以下步骤：
步骤S1：PCR引物合成：
上游引物F：5’-GAAGCTGGACGTGAGGTAGG-3’；
下游引物R：5’-GACATAAGCACGGATCGGCA-3’；
步骤S2：利用鸡DNA模板与引物进行PCR扩增，扩增的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
步骤S3：PCR产物测序后进行SNP分型。
所述步骤S2具体包括PCR反应体系和PCR反应程序；
所述PCR反应体系包括：添加模板DNA 1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTM PCR MasterMix 10μL，添加ddH2O7μL；
所述PCR反应程序包括：第一步94℃起始变性5min，第二步94℃解链30s，第三步62℃退火30s，第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次，第五步72℃最终延伸10min，第六步4℃保存。
本发明提供一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，与现有技术相比优点在于：
本发明通过对鸡毛孔间距性状的分子遗传标记设计特定的引物进行PCR扩增以及测序，能够有效对鸡的毛孔间距性状基因型进行鉴别，后用于毛孔间距性状分子标记辅助选择，可实现对公母鸡早期选种，早淘汰不需要的种鸡，降低饲养成本与育种费用，提高选择效率进而加快毛孔间距性状育种进展。
附图说明：
图1为本发明基因分型示例图。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面结合本发明实施例对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1：
为研究COL1A1(10321：T>C)位点多态性与鸡毛孔间距相关性。选取12周龄皖南三黄鸡与淮南麻黄公鸡各400只，利用游标卡尺测定每个个体背部相同3处皮肤毛孔间距取均值作为该个体毛孔间距。同时每个个体翅静脉采血并提取基因组DNA利用COL1A1(10321：T>C)分型技术方案以及图1对所有个体进行基因分型，结果表明两个品种中不同基因型毛孔间距关系都为CC型>CT型>TT型(表1)。
表1.COL1A1(10321：T>C)位点多态性与鸡毛孔间距相关性
上表中上标字母a，b表示P<0.05。
由上表可知，COL1A1(10321：T>C)位点与鸡毛孔间距大小密切相关，可以作为鸡毛孔间距性状的分子标记。
需要说明的是，在本文中，诸如第一和第二等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何这种实际的关系或者顺序。而且，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。在没有更多限制的情况下，由语句“包括一个……”限定的要素，并不排除在包括所述要素的过程、方法、物品或者设备中还存在另外的相同要素。
以上实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围。
Claims (4)
1.一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，其特征在于，所述分子遗传标记为COL1A1基因42外显子13021位点SNP即COL1A1(10321：T>C)。
2.根据权利要求1所述的一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，特征在于，其分型鉴定包括以下步骤：
步骤S1：PCR引物合成：
上游引物F：5’-GAAGCTGGACGTGAGGTAGG-3’；
下游引物R：5’-GACATAAGCACGGATCGGCA-3’；
步骤S2：利用鸡DNA模板与引物进行PCR扩增；扩增的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；
步骤S3：PCR产物测序后进行SNP分型。
3.根据权利要求2所述的一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记的分型鉴定步骤，其特征在于，所述步骤S2具体包括PCR反应体系和PCR反应程序：
所述PCR反应体系包括：添加模板DNA 1μL，添加上游引物1μL，添加下游引物1μL，添加2×HieffTM PCR MasterMix 10μL，添加ddH2O7μL；
所述PCR反应程序包括：第一步94℃起始变性5min；第二步94℃解链30s；第三步62℃退火30s；第四步72℃延伸1min，其中解链到延伸循环次数为35次；第五步72℃最终延伸10min；第六步4℃保存。
4.如权利要求1所述的一种鸡毛孔间距性状的分子遗传标记，其特征在于，该标记应用于鸡毛孔间距性状的分子标记辅助选择。
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