CN115948387A - 用于鉴定五华三黄鸡品种的snp引物组合、方法及应用 - Google Patents
用于鉴定五华三黄鸡品种的snp引物组合、方法及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN115948387A CN115948387A CN202211545181.7A CN202211545181A CN115948387A CN 115948387 A CN115948387 A CN 115948387A CN 202211545181 A CN202211545181 A CN 202211545181A CN 115948387 A CN115948387 A CN 115948387A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- wuhua
- snp
- chicken
- sanhuang
- sanhuang chicken
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 title claims abstract description 105
- 239000008689 wuhua Substances 0.000 title claims abstract description 69
- 239000009705 sanhuang Substances 0.000 title claims abstract description 62
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 14
- 101100113459 Zea mays WHP1 gene Proteins 0.000 claims abstract description 11
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 6
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 13
- 210000003746 feather Anatomy 0.000 claims description 9
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 8
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 7
- 239000000284 extract Substances 0.000 claims description 5
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 3
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 claims description 3
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 abstract description 87
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 5
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 4
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 2
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012807 PCR reagent Substances 0.000 description 1
- 235000010724 Wisteria floribunda Nutrition 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000010100 anticoagulation Effects 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000003628 erosive effect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 244000144977 poultry Species 0.000 description 1
- 235000013594 poultry meat Nutrition 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 230000003716 rejuvenation Effects 0.000 description 1
- 238000009394 selective breeding Methods 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000009182 swimming Effects 0.000 description 1
- 229910021642 ultra pure water Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012498 ultrapure water Substances 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P60/00—Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
- Y02P60/80—Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
- Y02P60/87—Re-use of by-products of food processing for fodder production
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合,其所述引物组合用于扩增选自如下WHP1位点到WHP6位点中的至少一种。本发明还公开了所述SNP引物组合的核苷酸序列,以及包含所述SNP引物组合的试剂盒及应用,以及基于SNP引物组合的鉴定五华三黄鸡品种的方法。当只有一个SNP位点基因型不符合五华三黄鸡相应的基因型,即可完全排除该个体属于五华三黄鸡;任选2个SNP位点组合,符合五华三黄鸡基因型的判定概率即可达到96%以上。这种方法操作简便,准确性高,可以有效降低市场上五华三黄鸡被假冒的风险。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,特别涉及一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合、方法及应用。
背景技术
五华三黄鸡是梅州市唯一的优良地方鸡品种,具有良好的肉品质、抗逆性和悠久的饲养历史。由于商品鸡的迅速扩张,五华三黄鸡曾经历种群数量的锐减和遗传特性的侵蚀。相关研究单位和企业经过多年的资源收集、提纯复壮和选育,五华三黄鸡群体规模得以恢复。五华三黄鸡与其他品种最大的区别在于尾羽和主翼羽末端为白色。然而,市场所销售的黄鸡品种数量众多,尤其是在活禽逐渐被禁和冰鲜上市的背景下,如何保护五华三黄鸡不被假冒成为企业所要考虑的重要课题。
单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,具有密度高、分布广泛、遗传稳定性高、富有代表性、检测便捷等特点。SNP位点常用来鉴定特定品种,具体是首先筛查个体基因组DNA中特有的品种差异性较大的SNP位点,然后组合多个SNP位点进行品种鉴定,通过位点频率来判断或排除特点品种,鉴定的结果往往更加客观、准确。因此,无论从科研还是应用实践中均急需开发一种能有效准确鉴定五华三黄鸡品种的产品及方法,应用于五华三黄鸡品种鉴定工作。
发明内容
本发明提供了一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合。
具体地,用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合,选自如下WHP1位点到WHP6位点中的至少一种:
WHP1位于1染色体上第34462795位,该SNP为A/G多态;
WHP2位于1染色体上第70372345位,该SNP为C/T多态;
WHP3位于1染色体上第71604752位,该SNP为G/T多态;
WHP4位于1染色体上第80537328位,该SNP为C/T多态;
WHP5位于7染色体上第23064190位,该SNP为A/C多态;
WHP6位于24染色体上第5415206位,该SNP为G/A多态。
各所述SNP位点引物组对应的核苷酸序列为:
WHP1的引物组:
WHP1F:CGTGGAATGAGAAAGCTGCACWHP1R:ATGAGGCCAATCAACTGCTCA;
WHP2的引物组:
WHP2F:CTCTCAGCCAGCACCTGTAAWHP2R:TGTTCTTGGGTGGAGGTGTG;
WHP3的引物组:
WHP3F:TGGCTTCTGTAACTTTCCGTGTWHP3R:TTGCACATACTTCATGCAACACT;
WHP4的引物组:
WHP4F:CTGGACAGTGCTTCCCTCAGWHP4R:AGGGGCCTGTCTCAATAGGT;
WHP5的引物组:
WHP5F:TCCCAATTTTGGAGCGTCTCAWHP5R:GGTCACGTTGGCTGTTAGGA;
WHP6的引物组:
WHP6F:GGATGGAGGCACCGACTGWHP6R:CACCGTTCTGCTGCGTGTAG。
本发明的目的之二在于提供包含上述SNP引物组合的试剂盒。
本发明的目的之三涉及SNP引物组合在鉴定五华三黄鸡品种中的应用。
本发明的目的之四提供鉴定五华三黄鸡品种的方法。
具体地,鉴定五华三黄鸡品种的方法,包括以下步骤:
(1)提取鸡组织的基因组总DNA,
(2)选择至少两个SNP位点,以及对应的权利要求2所述的SNP引物组进行PCR扩增;
(3)扩增产物测序后,判断基因型;
(4)根据基因型结果,判断个体是否属于五华三黄鸡品种。
进一步地,所述步骤(1)中鸡组织为该鸡品种的含羽髓的个体羽毛、肌肉组织或血液。
进一步地,所述五华三黄鸡中6个SNP位点WHP1~WHP6的基因型依次为AA、TT、GG、TT、CC、GG。
进一步地,所述步骤(4)中,如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合五华三黄鸡对应的基因型,则判定该个体不属于五华三黄鸡;如果所选的至少两个的SNP位点对应的基因型全部符合五华三黄鸡对应的基因型,则根据贝叶斯定理判定该个体属于五华三黄鸡的概率。
附图说明
图1为各SNP位点引物的扩增电泳图。
泳道1-4为五华三黄鸡,5-6为文昌鸡,7-8为怀乡鸡,9-10为惠阳胡须鸡,11-12为杏花鸡,13-14为广西三黄鸡,15-16为河田鸡、17-18为桃源鸡,19-20为江汉鸡,21-22为固始鸡,M为DNA marker DL 2000。
具体实施方式
利用基因组重测序技术对不同鸡品种进行测序,通过比对不同鸡品种间的DNA序列,基于红原鸡参考基因组(Galgal5),筛查出含五华三黄鸡品种6个特异性SNP位点的DNA序列,并对这段序列设计引物进行PCR扩增和测序验证SNP位点的基因型来联合判断待测个体是否属于五华三黄鸡。
具体地,首先确定怀乡鸡、杏花鸡、惠阳胡须鸡、广西三黄鸡、文昌鸡、桃源鸡、河田鸡、江汉鸡、固始鸡等国内黄鸡代表性品种的每个位点的不同等位基因频率均值,其次通过该均值与五华三黄鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较,筛选等位基因频率差异较大的SNP位点,优先选择五华三黄鸡某个位点等位基因频率为0或1,其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点。由此确定了6个特异性SNP位点的DNA序列,如表1所示。
表1五华三黄鸡品种鉴定SNP位点组合
序号 | 染色体 | 位点 | 参考基因组 | 突变位点 |
WHP1 | 1 | 34462795 | A | G |
WHP2 | 1 | 70372345 | C | T |
WHP3 | 1 | 71604752 | G | T |
WHP4 | 1 | 80537328 | C | T |
WHP5 | 7 | 23064190 | A | C |
WHP6 | 24 | 5415206 | G | A |
根据确定的6个特异性SNP设计对应的扩增WHP1位点到WHP6位点的引物组,如表2所示。
表2五华三黄鸡品种特异SNP位点引物信息
五华三黄鸡品种的鉴定方法:
(1)利用成都福际生物的“动物组织直接PCR试剂盒”
(http://www.foregene.com/scientific_detail.aspx?t=19&pid=5&cid=68)快速提取待测鸡组织(肌肉、羽毛)基因组总DNA,或“EDTA抗凝血直接PCR试剂盒(http://www.foregene.com/scientific_detail.aspx?t=19&pid=7&cid=56)快速提取血液基因组总DNA。
(2)根据表1所选SNP组合,利用表2中的对应的引物对分别进行PCR扩增。
(3)将PCR扩增产物测序后、判断基因型。五华三黄鸡中6个SNP位点WHP1~WHP6的基因型依次为AA、TT、GG、TT、CC、GG。
(4)根据基因型结果,判断个体是否属于五华三黄鸡品种。
如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合五华三黄鸡对应的基因型,则判定该个体不属于五华三黄鸡;如果所选SNP组合对应的基因型全部符合五华三黄鸡对应的基因型,则根据贝叶斯定理判定该个体属于五华三黄鸡的概率。
贝叶斯定理计算公式如下:
其中,pi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率。
SNP位点在五华三黄鸡及其他品种中的基因型、基因频率如下表:
表3 6个SNP位点在五华三黄鸡及其他品种的基因型、基因型频率
其中,其他品种的基因型频率是指测定的怀乡鸡、杏花鸡、惠阳胡须鸡、广西三黄鸡、文昌鸡、桃源鸡、河田鸡、江汉鸡、固始鸡等国内黄鸡代表性品种基因型频率的平均值。
根据贝叶斯定理,任意1个SNP位点基因型判定为五华三黄鸡的概率最低84.39%,最高89.01%;任意2个SNP位点联合基因型判定为五华三黄鸡的概率达到96.95%以上;任意3个SNP位点联合基因型判定为五华三黄鸡的概率达到99.52%以上;任意4个SNP位点联合基因型判定为五华三黄鸡的概率达到99.92%以上;任意5个SNP位点联合基因型判定为五华三黄鸡的概率达到99.99%以上;全部6个SNP位点的联合基因型判定为五华三黄鸡的概率为达到99.99%以上。任意一个SNP位点基因型排除五华三黄鸡的概率即达到100%。
因此只要有一个SNP位点基因型不符合五华三黄鸡相应的基因型,即可完全排除该个体属于五华三黄鸡;任选2个SNP位点组合,符合五华三黄鸡基因型的判定概率即可达到96%以上。这种方法操作简便,准确性高,可以有效降低市场上五华三黄鸡被假冒的风险。
实施例1
随机选取保种场的五华三黄鸡、杏花鸡、黄郎鸡和商品鸡岭南黄鸡各20只,拔取背部带羽髓的羽毛,使用成都福际生物的“动物组织直接PCR试剂盒”
(http://www.foregene.com/scientific_detail.aspx?t=19&pid=5&cid=68)快速提取待测基因组总DNA,根据表4中的4个SNP位点的引物进行PCR扩增。
PCR体系为30μL,含15μL福际生物PCR试剂盒中2×PCR试剂,正、反向引物各0.3μL(20ng/μL),1μL DNA模板,13.4μL超纯水。
PCR扩增条件:首先94℃变性3min,然后35个循环(94℃30s、58℃退火30s、72℃延伸30s),最后72℃后延伸5min,4℃保存。PCR仪器为美国伯乐T100梯度PCR仪。PCR扩增产物用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测到目标条带后,送至广州艾基生物技术有限公司对序列进行测序。
根据测序结果,单个位点排除五华三黄鸡的概率为90.91%以上,4个位点联合基因型为AA GG CC GG的20个体判定为五华三黄鸡的概率为99.96%,因此,20个个体全部鉴定为五华三黄鸡,鉴定准确率为100%。其余个体均不完全符合AA GG CC GG基因型,因此判定为非五华三黄鸡。
Claims (8)
1.一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合,其特征在于,所述引物组合用于扩增选自如下WHP1位点到WHP6位点中的至少一种:
WHP1位于1染色体上第34462795位,该SNP为A/G多态;
WHP2位于1染色体上第70372345位,该SNP为C/T多态;
WHP3位于1染色体上第71604752位,该SNP为G/T多态;
WHP4位于1染色体上第80537328位,该SNP为C/T多态;
WHP5位于7染色体上第23064190位,该SNP为A/C多态;
WHP6位于24染色体上第5415206位,该SNP为G/A多态。
2.根据权利要求1所述的用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合,其特征在于,各所述SNP位点引物组对应的核苷酸序列为:
WHP1的引物组:
WHP1F:CGTGGAATGAGAAAGCTGCAC
WHP1R:ATGAGGCCAATCAACTGCTCA;
WHP2的引物组:
WHP2F:CTCTCAGCCAGCACCTGTAA
WHP2R:TGTTCTTGGGTGGAGGTGTG;
WHP3的引物组:
WHP3F:TGGCTTCTGTAACTTTCCGTGT
WHP3R:TTGCACATACTTCATGCAACACT;
WHP4的引物组:
WHP4F:CTGGACAGTGCTTCCCTCAG
WHP4R:AGGGGCCTGTCTCAATAGGT;
WHP5的引物组:
WHP5F:TCCCAATTTTGGAGCGTCTCA
WHP5R:GGTCACGTTGGCTGTTAGGA;
WHP6的引物组:
WHP6F:GGATGGAGGCACCGACTG
WHP6R:CACCGTTCTGCTGCGTGTAG。
3.包含权利要求1或2的SNP引物组合的试剂盒。
4.权利要求1或2的SNP引物组合在鉴定五华三黄鸡品种中的应用。
5.鉴定五华三黄鸡品种的方法,其特征是,包括以下步骤:
(1)提取鸡组织的基因组总DNA,
(2)选择至少两个SNP位点,以及对应的权利要求2所述的SNP引物组进行PCR扩增;
(3)扩增产物测序后,判断基因型;
(4)根据基因型结果,判断个体是否属于五华三黄鸡品种。
6.根据权利要求5所述的鉴定五华三黄鸡品种的方法,其特征是,所述步骤(1)中鸡组织为该鸡品种的含羽髓的个体羽毛、肌肉组织或血液。
7.根据权利要求5所述的鉴定五华三黄鸡品种的方法,其特征是,所述五华三黄鸡中6个SNP位点WHP1~WHP6的基因型依次为AA、TT、GG、TT、CC、GG。
8.根据权利要求5所述的鉴定五华三黄鸡品种的方法,其特征是,所述步骤(4)中,如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合五华三黄鸡对应的基因型,则判定该个体不属于五华三黄鸡;如果所选的至少两个的SNP位点对应的基因型全部符合五华三黄鸡对应的基因型,则根据贝叶斯定理判定该个体属于五华三黄鸡的概率。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202211545181.7A CN115948387A (zh) | 2022-12-05 | 2022-12-05 | 用于鉴定五华三黄鸡品种的snp引物组合、方法及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202211545181.7A CN115948387A (zh) | 2022-12-05 | 2022-12-05 | 用于鉴定五华三黄鸡品种的snp引物组合、方法及应用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN115948387A true CN115948387A (zh) | 2023-04-11 |
Family
ID=87288444
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202211545181.7A Pending CN115948387A (zh) | 2022-12-05 | 2022-12-05 | 用于鉴定五华三黄鸡品种的snp引物组合、方法及应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN115948387A (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN116287320A (zh) * | 2023-04-28 | 2023-06-23 | 江苏省家禽科学研究所 | 一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的snp位点引物组合及其应用 |
-
2022
- 2022-12-05 CN CN202211545181.7A patent/CN115948387A/zh active Pending
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN116287320A (zh) * | 2023-04-28 | 2023-06-23 | 江苏省家禽科学研究所 | 一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的snp位点引物组合及其应用 |
CN116287320B (zh) * | 2023-04-28 | 2023-09-29 | 江苏省家禽科学研究所 | 一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的snp位点引物组合及其应用 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN104342490B (zh) | 一种检测鸡胡须性状的方法 | |
CN107619857B (zh) | 一种检测肉牛klf8基因cnv标记的方法及其应用 | |
CN104673902B (zh) | 与鸡胸肌重和胸肌率相关的snp分子标记及其应用 | |
CN103602745B (zh) | 一种用于检测鸡pmel17基因显性白羽位点基因型的引物、试剂盒及检测方法 | |
CN105603092A (zh) | 与绵羊多角性状相关的snp标记及其应用 | |
CN106834521B (zh) | 一种河川沙塘鳢生长性状相关基因的snp分子标记及其扩增引物与应用 | |
CN113322335B (zh) | 一组snp位点在北京鸭品种鉴定中的应用 | |
CN115948387A (zh) | 用于鉴定五华三黄鸡品种的snp引物组合、方法及应用 | |
CN116287288A (zh) | 鉴定屯昌猪及其肉制品的snp标记组合和鉴定方法 | |
CN116064841A (zh) | 一种与娄门鸭生长发育相关的snp位点及其应用 | |
CN118406777B (zh) | 用于黔东南小香鸡品种鉴定的snp位点组合、引物和方法 | |
CN118207342B (zh) | 用于矮脚鸡品种鉴定的snp位点组合、引物组合和方法 | |
CN104342489B (zh) | 一种检测鸡胡须基因型的方法 | |
CN116287320B (zh) | 一套用于丝羽乌骨鸡品种鉴定的snp位点引物组合及其应用 | |
CN108251418A (zh) | 与肉鸡生长速度相关的snp分子标记及其应用 | |
CN113308559B (zh) | 用于鉴定娄门鸭品种的snp位点组合及其鉴定方法 | |
CN113322334B (zh) | 一种用于鉴定金定鸭品种的snp引物组合及鉴定方法 | |
CN115807100B (zh) | 一种与肉鸡腹脂率相关的snp分子标记及其应用 | |
CN106148541B (zh) | 用于红鳍东方鲀苗种筛选的snp引物及筛选方法 | |
CN108823330A (zh) | 一种大豆hrm-snp分子标记点标记方法及其应用 | |
CN113388686B (zh) | 一种鉴定高邮鸭品种的snp位点组合及其应用 | |
CN106282391B (zh) | 鲤种质资源鉴定方法 | |
CN115807099A (zh) | 与鸭生长性状相关的InDel分子标记及其应用、引物对、试剂盒 | |
CN113337622B (zh) | 一种鉴定建昌鸭品种的方法 | |
CN105331696A (zh) | 一种鉴定猪肋骨数相关性状的方法及专用引物 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |