CN113308559B - 用于鉴定娄门鸭品种的snp位点组合及其鉴定方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点组合及其鉴定方法,所述SNP位点组合选自LM1P位点到LM11P位点中的任1到11种。本发明还公开了用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点的引物组合。通过检测这11个SNP位点的基因型来联合判断待测个体是否属于娄门鸭。这种方法操作简便,准确性高,可以有效打击市场假冒娄门鸭的泛滥程度。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,特别涉及一种用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点组合及其鉴定方法。
背景技术
娄门鸭是江苏省地方品种,以肉质优良而闻名,在兼用型麻鸭中属于生长较快的品种,其开发利用前景较大。目前市场上有较多的假冒娄门鸭以及娄门鸭与其他品种的杂交个体冒充销售,对娄门鸭纯种个体市场造成了一定的冲击,严重影响了娄门鸭品牌。因此提供一种能有效准确鉴定娄门鸭品种的产品及方法是十分必要的。
目前市场上鉴别娄门鸭的方法主要依靠外观观察。这种观察主观性较强,鉴定错误率较高,尤其在鉴定娄门鸭与其他品种鸭杂种后代时,容易导致不正确的分类与鉴定。而且地方品种鸭刚出雏时较为相似,鉴定错误率也较高。
单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。SNP标记,利用个体基因组DNA中特有的品种差异性较大的SNP位点,通过不同位点组合的基因型进行品种鉴定,鉴定结果更加客观、准确。鉴于此,科研和实践中均急需开发一种能有效准确鉴定娄门鸭品种的产品及方法,应用于娄门鸭品种鉴定工作。
发明内容
本发明的目的是针对现有技术的不足,提供一种用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点组合及其鉴定方法,通过检测提供的娄门鸭11个SNP位点的基因型来联合判断待测个体是否属于娄门鸭。本发明主要是通过以下技术方案解决上述技术问题。
本发明提供了一种用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点组合,选自如下LM1P位点到LM11P位点中的任1到11种:
序号 | 染色体 | 位点 | 参考基因组 | 突变位点 |
LM1P | NC_040047.1 | 7884538 | C | T |
LM2P | NC_040047.1 | 50172915 | G | A |
LM3P | NC_040047.1 | 88344831 | C | G |
LM4P | NC_040048.1 | 93613586 | G | C |
LM5P | NC_040053.1 | 27582986 | C | T |
LM6P | NC_040053.1 | 33918341 | T | G |
LM7P | NC_040057.1 | 18621687 | A | G |
LM8P | NC_040057.1 | 20312796 | T | A |
LM9P | NC_040058.1 | 5857153 | A | G |
LM10P | NC_040059.1 | 10958839 | G | A |
LM11P | NC_040063.1 | 11389726 | G | A |
所述SNP位点组合的筛选方法为:首先确定金定鸭、绍兴鸭、北京鸭、连城白鸭、建昌鸭、高邮鸭等国内代表性品种的每个位点的不同等位基因频率均值,其次通过该均值与娄门鸭每个位点的不同等位基因频率进行比较,筛选等位基因频率差异较大的SNP位点,优先选择娄门鸭某个位点等位基因频率为0或1,其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点。
本发明还提供了一种鉴定娄门鸭品种的SNP引物组合,所述引物组合包括用于扩增LM1P位点到LM11P位点的引物组;
各SNP位点引物的序列为:
本发明还提供了一种上述SNP位点组合在娄门鸭品种鉴定中的应用。
本发明提供了一种娄门鸭品种的鉴定方法,包括以下步骤:
(1)提取待测鸭基因组总DNA;
(2)根据所选SNP组合,利用对应的引物对分别进行PCR扩增;
(3)将PCR扩增产物测序后、判断基因型;
(4)根据基因型结果,判断个体是否属于娄门鸭品种。
优选的,所述步骤(1)中待测鸭的基因组DNA由该鸭种的个体翅静脉采血得到。
优选的,所述步骤(4)中,根据贝叶斯定理判定该个体属于娄门鸭的概率,计算公式如下:
其中,pi表示SNP组合中第i个SNP中娄门鸭品种对应基因型的频率,qi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率。
优选的,所述SNP位点在娄门鸭及其他品种中的基因型、基因频率如下表:
其中,其他品种的基因型频率是指选择金定鸭、绍兴鸭、北京鸭、连城白鸭、建昌鸭、高邮鸭等国内代表性品种,不同品种合并计算得到的每个位点的基因型频率均值。娄门鸭单独计算每个位点的基因型频率。
本发明的积极进步效果在于:
根据贝叶斯定理,可以通过11个SNP联合基因型判断该个体属于娄门鸭的概率。这种方法操作简便,准确性高,可以有效打击市场假冒娄门鸭的泛滥程度。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明进行详细地解释说明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。
一种用于鉴定娄门鸭品种的SNP位点组合,选自如下LM1P位点到LM11P位点中的任1到11种:
本发明SNP位点组合的筛选方法为:首先确定金定鸭、绍兴鸭、北京鸭、连城白鸭、建昌鸭、高邮鸭等国内代表性品种的每个位点的不同等位基因频率均值,其次通过该均值与娄门鸭每个位点的不同等位基因频率进行比较,筛选等位基因频率差异较大的SNP位点,优先选择高邮鸭某个位点等位基因频率为0或1,其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点。
上述SNP位点组合在在娄门鸭品种鉴定中的应用。
本发明提供了一种鉴定娄门鸭品种的SNP引物组合,所述引物组合包括用于扩增LM1P位点到LM11P位点的引物组;
各SNP位点引物的序列为:
本发明还提供了一种娄门鸭品种的鉴定方法,包括以下步骤:
(1)提取待测鸭基因组总DNA;
(2)根据所选SNP组合,利用对应的引物对分别进行PCR扩增;
(3)将PCR扩增产物测序后、判断基因型;
(4)根据基因型结果,判断个体是否属于娄门鸭品种。
在本发明鉴定方法中,优选从待测鸭的翅静脉采血获得基因组DNA,本发明对基因组DNA的提取方法没有特殊限定,采用本领域常规提取方法即可,在本发明实施例中,优选酚-氯仿法提取基因组DNA。
本发明中,应用时采用LM1P~LM11P中的一个位点或者几个位点进行娄门鸭品种的鉴定,并采用对应的上下游引物进行PCR扩增。本发明对PCR扩增方法没有特殊限定,采用本领域常规PCR扩增方法即可。
本发明中,通过对待测鸭PCR扩增产物测序后、判断基因型,与所选SNP组合对应的基因型进行比对,根据贝叶斯定理判定该个体属于娄门鸭的概率。计算公式如下:
其中,pi表示SNP组合中第i个SNP中娄门鸭品种对应基因型的频率,qi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率。
所述SNP位点在娄门鸭及其他品种中的基因型、基因频率如下表:
例如,选择LM1P到LM11P这个11个SNP位点,如果联合基因型为CC AA CG GG CT GGAG AA GG AA AA,则该个体属于娄门鸭的概率为
其中,其他品种的基因型频率是指选择金定鸭、绍兴鸭、北京鸭、连城白鸭、建昌鸭、高邮鸭等国内代表性品种,不同品种合并计算得到的每个位点的基因型频率均值。娄门鸭单独计算每个位点的基因型频率。
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白,下面结合实施例对本发明进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
随机选择江苏昆山娄门鸭保种场中的娄门鸭10只、其他品种鸭10只,翅静脉采血,酚-氯仿法提取基因组DNA,根据下表中11个SNP位点的引物进行PCR扩增。
PCR体系(20μL)为:DNA模板2μL,正反向引物各1.5μL(10ng/μL),天根PCR试剂盒中2×PCR试剂10μL,其余用超纯水补足。
PCR程序为:首先94℃变性1min,然后94℃30s、55℃退火30s、72℃延伸30s,共35个循环,最后72℃后延伸5min,4℃保存。所述PCR仪器为美国伯乐T100梯度PCR仪。
扩增产物送至生工生物工程(上海)股份有限公司对序列进行多态性检测和基因型判定。根据测序结果,通过11个SNP位点联合基因型判定是否属于娄门鸭的概率,以0.95为阈值,属于娄门鸭的概率大于0.95,判定为娄门鸭,结果10个娄门鸭全部判定正确;属于非娄门鸭的概率大于0.95,判定为非娄门鸭,结果10个非娄门鸭全部判定正确。结果见下表。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (5)
1.一种用于鉴定娄门鸭品种的引物组合,其特征在于,所述引物组合为用于扩增SNP位点的引物组合;所述SNP位点为如下的LM1P位点到LM11P位点:
LM1P位于NC_040047.1染色体上第7884538位,其脱氧核苷酸为C或T;
LM2P位于NC_040047.1染色体上第50172915位,其脱氧核苷酸为G或A;
LM3P位于NC_040047.1染色体上第88344831位,其脱氧核苷酸为C或G;
LM4P位于NC_040048.1染色体上第93613586位,其脱氧核苷酸为G或C;
LM5P位于NC_040053.1染色体上第27582986位,其脱氧核苷酸为C或T;
LM6P位于NC_040053.1染色体上第33918341位,其核苷酸碱基为T或G;
LM7P位于NC_040057.1染色体上第18621687位,其核苷酸碱基为A或G;
LM8P位于NC_040057.1染色体上第20312796位,其核苷酸碱基为T或A;
LM9P位于NC_040058.1染色体上第5857153位,其核苷酸碱基为A或G;
LM10P位于NC_040059.1染色体上第10958839位,其核苷酸碱基为G或A;
LM11P位于NC_040063.1染色体上第11389726位,其核苷酸碱基为G或A。
各引物的序列为:
LM1F:5’TAGTTCCGCAGCCTTGTTTTC3’
LM1R:5’GCTTTGGGTCTTAGTGTCCA3’
LM2F:5’CGACAACAGCAAAAGAGAGTGT3’
LM2R:5’ACTTTGATAATGGCAGACCCGA3’
LM3F:5’GGGCCCCTGAAACTGAAGAAAG3’
LM3R:5’GCTAAAGTGCCAGCGATCAG3’
LM4F:5’GCATTGAAACAAGCTGCCCA3’
LM4R:5’CAGGTGACCACCCAACCTAC3’
LM5F:5’ACGGTGCTGACAAGCTCTTT3’
LM5R:5’TGAACATCCCTGTTCGGGTG3’
LM6F:5’ACAGTCATTGGAAACAGGGCT3’
LM6R:5’TGGGGAAAGACCCACTTGTT3’
LM7F:5’AGGCGCTAAGAAACTACTCGT3’
LM7R:5’AGCAGAGACAGTTCAAGGGC3’
LM8F:5’TCCCAGTCGGCATCAGTTTT3’
LM8R:5’TTATTCACCGTGGGCAGCAG3’
LM9F:5’AATTCAGGCAGGAGATGGCA3’
LM9R:5’CCTGGGGAAAGCAACAGGAA3’
LM10F:5’GAGCCAGAGGCAAAGGGAAT3’
LM10R:5’GTGCATCGTGTCTTCTCCCT3’
LM11F:5’GGCCATCCTCAGTGGCTATT3’
LM11R:5’TGGACTTGGGACCTGTTTGG3’。
2.权利要求1所述引物组合在娄门鸭品种鉴定中的应用。
3.一种娄门鸭品种的鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取待测鸭基因组总DNA;
(2)根据所选SNP位点,利用权利要求1的引物进行PCR扩增;
(3)将PCR扩增产物测序后、判断基因型;
(4)根据基因型结果,判断个体是否属于娄门鸭品种;
所述步骤(4)中,根据贝叶斯定理判定该个体属于娄门鸭的概率,计算公式如下:
其中,pi表示SNP组合中第i个SNP中娄门鸭品种对应基因型的频率,qi表示SNP组合中第i个SNP中其他品种对应基因型的频率;
若PLM大于0.95,则判定待测鸭为娄门鸭。
4.根据权利要求3所述的鉴定方法,其特征在于,所述步骤(1)中待测鸭的基因组DNA由该鸭种的个体翅静脉采血得到。
5.根据权利要求3所述的鉴定方法,其特征在于,所述SNP位点在娄门鸭及其他品种中的基因型、基因型频率如下所示:
LM1P位点:当基因型为CC时,娄门鸭的基因型频率为0.43,其他品种的基因型频率为0.09;当基因型为CT时,娄门鸭的基因型频率为0.45,其他品种的基因型频率为0.43;当基因型为TT时,娄门鸭的基因型频率为0.12,其他品种的基因型频率为0.48;
LM2P位点:当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.08,其他品种的基因型频率为0.42;当基因型为GA时,娄门鸭的基因型频率为0.40,其他品种的基因型频率为0.45;当基因型为AA时,娄门鸭的基因型频率为0.53,其他品种的基因型频率为0.12;
LM3P位点:当基因型为CC时,娄门鸭的基因型频率为0.12,其他品种的基因型频率为0.64;当基因型为CG时,娄门鸭的基因型频率为0.45,其他品种的基因型频率为0.32;当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.42,其他品种的基因型频率为0.04;
LM4P位点:当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.45,其他品种的基因型频率为0.03;当基因型为GC时,娄门鸭的基因型频率为0.44,其他品种的基因型频率为0.30;当基因型为CC时,娄门鸭的基因型频率为0.11,其他品种的基因型频率为0.67;
LM5P位点:当基因型为CC时,娄门鸭的基因型频率为0.12,其他品种的基因型频率为0.47;当基因型为CT时,娄门鸭的基因型频率为0.45,其他品种的基因型频率为0.43;当基因型为TT时,娄门鸭的基因型频率为0.43,其他品种的基因型频率为0.10;
LM6P位点:当基因型为TT时,娄门鸭的基因型频率为0.07,其他品种的基因型频率为0.58;当基因型为TG时,娄门鸭的基因型频率为0.39,其他品种的基因型频率为0.36;当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.54,其他品种的基因型频率为0.06;
LM7P位点:当基因型为AA时,娄门鸭的基因型频率为0.10,其他品种的基因型频率为0.69;当基因型为AG时,娄门鸭的基因型频率为0.43,其他品种的基因型频率为0.28;当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.47,其他品种的基因型频率为0.03;
LM8P位点:当基因型为TT时,娄门鸭的基因型频率为0.09,其他品种的基因型频率为0.42;当基因型为TA时,娄门鸭的基因型频率为0.42,其他品种的基因型频率为0.45;当基因型为AA时,娄门鸭的基因型频率为0.49,其他品种的基因型频率为0.12;
LM9P位点:当基因型为AA时,娄门鸭的基因型频率为0.09,其他品种的基因型频率为0.44;当基因型为AG时,娄门鸭的基因型频率为0.42,其他品种的基因型频率为0.45;当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.49,其他品种的基因型频率为0.11;
LM10P位点:当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.10,其他品种的基因型频率为0.46;当基因型为GA时,娄门鸭的基因型频率为0.43,其他品种的基因型频率为0.44;当基因型为AA时,娄门鸭的基因型频率为0.48,其他品种的基因型频率为0.10;
LM11P位点:当基因型为GG时,娄门鸭的基因型频率为0.12,其他品种的基因型频率为0.44;当基因型为GA时,娄门鸭的基因型频率为0.45,其他品种的基因型频率为0.45;当基因型为AA时,娄门鸭的基因型频率为0.43,其他品种的基因型频率为0.12。
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Legal Events
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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GR01 | Patent grant | ||
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