CN110678750A - 用于癌症治疗的生物标志物 - Google Patents

用于癌症治疗的生物标志物 Download PDF

Info

Publication number
CN110678750A
CN110678750A CN201880026945.7A CN201880026945A CN110678750A CN 110678750 A CN110678750 A CN 110678750A CN 201880026945 A CN201880026945 A CN 201880026945A CN 110678750 A CN110678750 A CN 110678750A
Authority
CN
China
Prior art keywords
cancer
tumor
pembrolizumab
cells
melanoma
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201880026945.7A
Other languages
English (en)
Inventor
詹尼弗·洛兰·甘塞特
亚伯拉罕·安东尼奥·安德森
凯文·古尔斯基
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Mercer East Pharmaceutical Factory
Amgen Inc
Original Assignee
Mercer East Pharmaceutical Factory
Amgen Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Mercer East Pharmaceutical Factory, Amgen Inc filed Critical Mercer East Pharmaceutical Factory
Publication of CN110678750A publication Critical patent/CN110678750A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/76—Viruses; Subviral particles; Bacteriophages
    • A61K35/763—Herpes virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/3955—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against proteinaceous materials, e.g. enzymes, hormones, lymphokines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A61P35/04—Antineoplastic agents specific for metastasis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70596—Molecules with a "CD"-designation not provided for elsewhere
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5091—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing the pathological state of an organism
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/5743—Specifically defined cancers of skin, e.g. melanoma
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6863—Cytokines, i.e. immune system proteins modifying a biological response such as cell growth proliferation or differentiation, e.g. TNF, CNF, GM-CSF, lymphotoxin, MIF or their receptors
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2300/00—Mixtures or combinations of active ingredients, wherein at least one active ingredient is fully defined in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39541—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against normal tissues, cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2818—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against CD28 or CD152
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Physiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)

Abstract

提供了可用于鉴定多种癌症的生物标志物，所述癌症对用包含派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维(talimogene laherparepvec)的组合治疗进行的治疗有响应。提供了治疗对用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段进行的单药治疗具有抗性的癌症的方法。还提供了在患有肿瘤的对象中治疗癌症的方法，所述肿瘤具有低CD8+密度、低或阴性干扰素γ特征和/或低或阴性PD‑L1状态。

Description

用于癌症治疗的生物标志物
相关申请
本申请要求于2017年4月28日提交的美国临时申请No.62/491,746的优先权权益。上述申请的内容在此出于所有目的通过引用整体并入。
技术领域
本发明涉及癌症治疗的领域。特别地，本发明涉及可用于鉴定多种可用包含派姆单抗(pembrolizumab)、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段与塔利拉维(talimogenelaherparepvec)的组合治疗进行治疗的癌症的生物标志物。
背景技术
用抗PD-1或抗PD-L1抗体进行的治疗在患有多种癌症的患者中导致长期的抗肿瘤响应，并且其正在成为对患有转移性黑素瘤、头颈癌、肺癌、肾癌和膀胱癌、以及梅克尔细胞癌(Merkel cell carcinoma)和霍奇金病(Hodgkin’s disease)的患者的护理治疗标准(Sharma，P.，和Allison，J.P.(2015).The future of immune checkpointtherapy.Science 348，56-61)。然而，在所有这些适应证中，仅一小群患者对治疗有响应，其中大多数患者主要对PD-1阻断具有抗性。因此，需要靶向对PD-1阻断具有抗性的癌症的新的癌症治疗。
发明内容
本公开内容基于可用于鉴定肿瘤的生物标志物(例如，瘤内生物标志物)的发现，所述肿瘤对用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维进行的组合治疗有响应。本发明特别地可用于在对象中治疗先前用单药治疗(即，用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段)))不能治疗或不能充分治疗的肿瘤。确定了溶瘤病毒塔利拉维(一种单纯疱疹病毒1型，其被设计成优先在肿瘤中复制并产生粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(granulocyte-macrophage colony-stimulating factor，GM-CSF))的瘤内施用提高人患者中细胞毒性T细胞的瘤内浸润，从而当在以下对象中作为组合治疗使用时改善抗PD-1抗体派姆单抗的抗肿瘤活性：患有表现出低CD8+ T细胞密度、低或阴性干扰素γ特征、和/或低或阴性PD-L1状态(status)的肿瘤的对象，和/或对先前检查点抑制剂治疗(例如，抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗))无响应或响应差、或者由于例如低PD-L1状态而不太可能对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的对象。
在一个方面，提供了在对象中治疗肿瘤的方法，其包括：选择患有肿瘤的对象，所述肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度(infiltration density)；向所述对象施用塔利拉维；以及向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中，与选自以下的特征基因(signature gene)的对照组的预先指定阈值相比，在施用之前，肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(interferon gamma，IFNγ)特征基因：IFNγ、信号转导及转录激活蛋白1(signaltransducer and activator of transcription 1，STAT1)、C-C趋化因子受体5型(C-Cchemokine receptor type 5，CCR5)、趋化因子(C-X-C基序)配体9(CXCL9)、穿孔素1(perforin 1，PRF1)、HLA-DRA、趋化因子(C-X-C基序)配体10(CXCL10)、趋化因子(C-X-C基序)配体11(CXCL11)、吲哚胺2，3-双加氧酶1(indoleamine2,3-dioxygenase 1，IDO1)和颗粒酶A(granzyme A，GZMA)。在某些实施方案中，在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，肿瘤不表达IFNγ特征基因。
在某些实施方案中，在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，肿瘤具有小于约50％的程序性死亡配体1(programmed death-ligand 1，PD-L1)状态。在某些实施方案中，在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，肿瘤具有小于约1％的PD-L1状态。
在某些实施方案中，塔利拉维瘤内施用于对象和/或派姆单抗或其抗原结合片段全身性施用于对象。
在某些实施方案中，塔利拉维在施用派姆单抗或其抗原结合片段之前向对象施用。
在某些实施方案中，在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之后，发生经注射肿瘤的尺寸减小和/或非注射肿瘤的尺寸减小。
在某些实施方案中，在施用塔利拉维之后，肿瘤中CD8+ T细胞浸润密度增大。在某些实施方案中，在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之后，对象中循环的分裂中CD8+ T细胞增多。
在某些实施方案中，对象患有选自以下的癌症：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。在某些实施方案中，黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤，乳腺癌是HER2+乳腺癌、HER2-HR+乳腺癌或三阴性乳腺癌，前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer)，膀胱癌是移行细胞癌或尿路上皮癌，头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌，和/或肉瘤是软组织肉瘤或骨肉瘤。
在某些实施方案中，肿瘤包含小于约1000个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
在一个方面，提供了在对象中治疗对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗响应差或无响应的肿瘤的方法，其包括向所述对象施用塔利拉维，以及向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中，在施用之前，肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在施用之前，肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA；和/或在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
在一个方面，提供了在对象中治疗在用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行单药治疗期间进展的肿瘤的方法，其包括向所述对象施用塔利拉维，以及向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中，在施用之前，肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在施用之前，肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种IFNγ特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA；和/或在施用塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
在某些实施方案中，塔利拉维作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量(secondary dose)依次施用。在某些实施方案中，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量依次施用。在某些实施方案中，塔利拉维作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量依次施用，并且派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段依次地且与塔利拉维的一个或更多个第二剂量伴随地施用。
在某些实施方案中，塔利拉维瘤内施用，并且其中派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段全身性施用。在某些实施方案中，塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段瘤内施用。
在一个方面，提供了治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，所述肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
在某些实施方案中，肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是皮肤黑素瘤。在某些实施方案中，癌症是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌。
在某些实施方案中，与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在接触之前，肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种IFNγ特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
在某些实施方案中，在与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触之前，肿瘤具有小于约50％的PD-L1。
在一个方面，提供了治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在治疗之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种IFNγ特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
在某些实施方案中，肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)。在某些实施方案中，癌症是头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)。
在某些实施方案中，在接触之前，肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
在某些实施方案中，在与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触之前，肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
在一个方面，提供了治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，在治疗之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
在某些实施方案中，肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)。在某些实施方案中，癌症是头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)。
在某些实施方案中，在接触之前，肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
在某些实施方案中，与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在接触之前，肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种IFNγ特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
在一个方面，提供了治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，所述肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度，并且与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比在治疗之前表达更低水平的五种或更少IFNγ特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
在某些实施方案中，肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)。在某些实施方案中，癌症是头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)。
在某些实施方案中，在与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触之前，肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
在一个方面，提供了在随后暴露于塔利拉维的对象中治疗先前对派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段具有抗性的肿瘤的方法，其包括向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中，对象患有选自以下的癌症：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。在某些实施方案中，癌症是黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤)。在某些实施方案中，癌症是头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)。
在一个方面，提供了在对象中使对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗具有抗性的肿瘤对派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段敏感的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维接触。
在某些实施方案中，相对于在使肿瘤与塔利拉维接触之前取得的肿瘤的样品，在使肿瘤与塔利拉维接触之后从对象取得的肿瘤的样品具有提高水平的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、IFNγ、CD20+ B细胞、记忆T细胞、调节性T细胞和CD56+细胞之一或任意组合。
在某些实施方案中，在与塔利拉维接触之后，肿瘤具有大于1000个细胞/mm2的CD8+T细胞浸润密度。
在某些实施方案中，与在接触之前从对象取得的血液样品相比，在使肿瘤与塔利拉维接触之后从对象取得的血液样品具有提高水平的CD8+ T细胞和/或CD4+ T细胞，任选地，其中CD8+ T细胞是分裂中CD8+ T细胞。
在一个方面，提供了在对象中治疗肿瘤的方法，其包括选择患有肿瘤的对象，所述肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量向对象瘤内施用塔利拉维；以及作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量向对象全身性施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中，每两周(Q2W)施用第二剂量。在某些实施方案中，在第1周的第1天施用塔利拉维的初始剂量，并且在第4周的第1天、第6周的第1天以及之后Q2W施用塔利拉维的第二剂量。在某些实施方案中，在第6周的第1天施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段的初始剂量，并且在第8周的第1天以及之后Q2W施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段的第二剂量。
在某些实施方案中，以106噬斑形成单位(plaque forming unit，pfu)/mL的剂量施用塔利拉维的初始剂量，并且以108pfu/mL的剂量施用塔利拉维的第二剂量。
在某些实施方案中，以200mg的剂量施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段的初始剂量，并且以200mg的剂量施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段的第二剂量。
以上描述的本公开内容的概述是非限制性的，并且所公开的生物标志物和方法的另一些特征和优点将通过以下附图、本公开内容的详细描述以及权利要求书而变得明显。
附图说明
图1描绘了针对塔利拉维和派姆单抗的组合的黑素瘤研究设计和临床响应。(A)示出了1b期研究设计方案。星号表示预定肿瘤活检的时间。(B)描绘了对组合治疗有响应的两位患者的计算机断层扫描。黑素瘤转移瘤在基线用蓝色箭头标记。(C)描绘了相对于基线的肿瘤负荷的最佳响应变化的瀑布图。要求患者包括基线和≥1个基线后肿瘤评估。(D)描绘了随时间肿瘤负荷的变化。(E)描述了无进展存活的Kaplan-Meier分析。(F)描绘了总体存活的Kaplan-Meier分析。
图2示出塔利拉维和派姆单抗的组合在具有低肿瘤CD8密度的患者中是有效的。(A)描绘了根据响应率的肿瘤活检中的基线CD8密度。条的幅度表示每个患者的基线活检中的基线肿瘤CD8密度，并且最佳总体响应在x轴上且通过条的颜色指示。红色：完全响应(complete response，CR)；粉色：部分响应(partial response，PR)，黑色：进行性疾病(progressive disease，PD)。(B)通过IHC状态的基线PD-L1(1％截止值)和通过NanoString分析的干扰素γ特征评分在每个患者的CD8结果下方示出。对于每个研究者，最佳总体响应以2016年8月的截止日期示出。n.a.＝结果不可用。
图3显示在对塔利拉维和派姆单抗的组合有响应的患者中，塔利拉维提高肿瘤CD8密度。(A)描绘了肿瘤活检中塔利拉维之前(第1周)和之后(第6周)以及塔利拉维加派姆单抗(第30周)CD8+ T细胞密度的实例：经具有红色色原的CD8抗体染色的细胞的可视化。对目的组织区域对染色进行量化，包括肿瘤中的CD8密度，如对于注射有塔利拉维的肿瘤所示出的。描绘了(B)CD8密度和(C)颗粒酶-B H-评分，其针对基线和基线后活检示出。每个图中的左侧示出了来自经注射病灶的基线后结果，并且每个图中的右侧示出了来自非注射病灶的结果。空心圆圈表示来自黑素瘤细胞耗尽但具有先前已被黑素瘤细胞浸润的病理学特征(例如黑色素沉积)的肿瘤活检的结果。对于每个研究者，针对最佳总体响应对响应进行颜色编码：完全响应或部分响应为红色并且无响应为蓝色。描绘了(D)CD8α和(E)干扰素γ归一化的mRNA转录物计数，其在NanoString Pan Cancer Immune Profiling Panel中测量。
图4显示塔利拉维提高肿瘤中的肿瘤浸润淋巴细胞密度和PD-L1表达。由来自13位患者中每一个的成对塔利拉维之前和之后肿瘤活检物在单个载片上进行十二色免疫荧光染色。所评价的标志物包括S100(作为黑素瘤划分标志物(segmentation marker))、CD3、CD4、CD8、PD-1、PD-L1、CTLA-4、CD45RO、Foxp3、CD56、CD68和CD20。(A)描绘了标志物细胞阳性细胞密度在第6周相对于基线之变化的子集，其中对于非注射样品(左)和注射样品(右)，对具有统计学显著性的结果(PD-L1、PD-1、CD8、CD4、CD56、CD20、CD45RO和Foxp3)进行绘图。每个子集的中位值变化用水平线示出。对于每个研究者，针对最佳总体响应对响应进行颜色编码：完全响应或部分响应为红色并且无响应为蓝色。(B)示出了以低(顶行)和高(底行)放大倍数显示的S100(蓝色)、CD8(绿色)和PD-L1(红色)染色之组合的一个实例，其针对继续具有部分响应的患者的基线活检(第1周)、第6周在注射塔利拉维之后、以及在第30周在用塔利拉维和派姆单抗的组合长期治疗之后。NI：非注射转移瘤的活检；I：注射转移瘤的活检。
图5描绘了循环T细胞亚群和激活标志物的表达。通过流式细胞术分析获自基线、第1周、第6周、第8周和第30周的外周血细胞。(A)绝对CD3+/CD8+细胞的倍数变化。(B)描绘了绝对CD3+/CD4+细胞的倍数变化。(C)描绘了Ki67+(CD3+/CD8+)细胞的百分比变化。(D)仅描绘了第1周和第6周的PD-1+(CD3+/CD8+)细胞的百分比变化，因为在派姆单抗开始之后，染色抗体竞争相同的表位。(E)描绘了TIM3+(CD3+/CD8+)细胞的百分比变化。(F)描绘了BTLA+(CD3+/CD8+)细胞的百分比变化。基于来自线性混合效应建模的对比，与基线比较的p值在各个基线后访视数据的下方示出。对于每个研究者，针对最佳总体响应对响应进行颜色编码：完全响应或部分响应为红色并且无响应为蓝色。
图6描绘了研究中所招募患者的处置和生物标志物测试的活检可用性。
图7以病灶水平描绘了肿瘤负荷的变化。(A)描绘了经注射病灶响应。(B)描绘了非注射非内脏病灶响应。(C)描绘了非注射内脏病灶响应。
图8显示在施用塔利拉维之后，响应者在经注射病灶中的CD8密度增大。分别对响应者和非响应者在塔利拉维治疗之后但在组合治疗开始之前(W6)通过IHC测量的CD8密度相对于基线(BL，第1周)的变化作图。基于倍数变化比例尺，左图示出了经注射病灶(Inj)的变化，并且右图示出了非注射(Not Inj)病灶的变化。对于每个研究者，响应被定义为CR或PR的最佳总体响应，并且无响应为PD或SD。肿瘤耗尽的样品用空心圆圈表示。中位值倍数变化用水平线表示(实线为所有样品，虚线为仅有肿瘤存在的那些)。
图9显示塔利拉维降低肿瘤中CD4 T细胞的Treg分数。由来自13位患者中每一个的塔利拉维之前和之后成对肿瘤活检物在单个载片上进行十二色免疫荧光染色。所评价的标志物包括S100(作为黑素瘤划分标志物)、CD3、CD4、CD8、PD-1、PD-L1、CTLA-4、CD45RO、Foxp3、CD56、CD68和CD20。对于非注射样品(左)和注射样品(右)，对在第6周CD4 T细胞的Treg分数相对于基线的变化进行绘图。每个亚群的中位值变化用水平线示出。对于每个研究者，针对最佳总体响应对响应进行颜色编码：完全响应或部分响应为红色并且无响应为蓝色。
图10描绘了来自对治疗具有部分响应的患者的另外多参数成像(MultiOmyxTM平台)实例，其对于(A)在基线(第1周)、在第6周在注射塔利拉维之后、以及在第30周在用塔利拉维和派姆单抗的组合长期治疗之后S100、CD8和PD-L1的组合(0.6mm2和0.04mm2图像面积)示出。(B)描绘了另外患者的S100、CD3、CD4和Foxp3染色(0.6mm2和0.04mm2图像面积)。
图11描绘了根据本发明的某些实施方案的IFN-γ基因特征组。
图12描绘了3期研究设计和治疗方案的示意图，其中对象用塔利拉维加派姆单抗(分支1)或安慰剂加派姆单抗(分支2)治疗，直至从派姆单抗的第一剂量之日开始24个月或直至由于可注射病灶消失、完全响应、根据irRC-RECIST的疾病进展或研究治疗不耐受(AE)而结束治疗。AE，需要永久中止研究治疗的不良事件；CR，完全响应；PD，进行性疾病；Rx，治疗；T-VEC，塔利拉维。a对对象的严重不良事件进行随访，直至塔利拉维的最后剂量或派姆单抗的最后剂量之后90(+7)天，以较晚者为准。b每12周(±28天)进行长期随访，直至3期中所招募的最后一位对象之后约60个月。
具体实施方式
已经确定，肿瘤中的高CD8+ T细胞浸润水平、高PD-L1水平和/或阳性IFNγ基因特征是使用PD-1/PD-L1拮抗剂成功治疗肿瘤所需的。实际上，靶向程序性死亡-1(PD-1)受体的当前癌症治疗已示出在患有多种癌症类型的患者中具有前所未有的持久临床响应率，包括治疗性PD-1阻断之后的肿瘤消退，其中这样的结果需要高水平的预先存在的CD8+ T细胞(Tumeh et al.(2014)Nature 515：568-571)。确定抗PD-L1抗体在患有表达高水平PD-L1的肿瘤的患者中有效治疗多种癌症类型(Herbst et al.(2014)Nature 515：563-7)。此外，肿瘤中高干扰素γ(IFNγ)基因特征的存在与用PD-1拮抗剂治疗肿瘤的能力相关(WO 2015/094992；申请人，Merck Sharp&Dohme Corporation)。
令人惊讶地，并且与公认的教条(高CD8+ T细胞浸润水平、高PD-L1水平和/或阳性IFNγ基因特征是用PD-1拮抗剂成功治疗肿瘤所必需的)完全相反，已经发现，具有低CD8+T细胞浸润水平、低或阴性PD-L1状态和/或低或阴性IFNγ基因特征谱的肿瘤可使用与塔利拉维的组合治疗方法用PD-1拮抗剂派姆单抗有效地治疗。该发现代表了首次临床证明，即塔利拉维可在体内在肿瘤中触发足以使PD-1拮抗剂派姆单抗高效靶向该肿瘤的免疫应答。
还发现，瘤内施用塔利拉维通过例如提高CD8+ T细胞浸润、提高PD-L1表达和/或产生更加阳性的IFNγ基因特征而有利地改变经注射病灶的肿瘤微环境，因此使肿瘤细胞更易感于抗PD-1治疗。PD-L1的表达在用塔利拉维治疗之后提高，但在派姆单抗的情况下由于随后PD-1阻断而被抵消。在将塔利拉维注射到病灶中之后，肿瘤抗原特异性CD8+ T细胞被运输至局部病灶以及远处转移性病灶并对其进行浸润。使用派姆单抗和塔利拉维的组合治疗，抗PD-1阻断用以抵消免疫应答的检查点蛋白介导的抑制。
因此，溶瘤病毒的施用通过将“冷(cold)”肿瘤(即，表现出低免疫浸润水平(例如，通过CD8+ T细胞)、阴性IFNγ基因特征和/或低PD-L1状态的肿瘤)转变为“热(hot)”肿瘤(即，表现出高免疫浸润水平(例如，通过CD8+ T细胞)、阳性IFNγ基因特征和/或高PD-L1状态的肿瘤)来使这样的肿瘤更易感于派姆单抗阻断治疗。因此，可使先前对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗或者其变体或抗原结合片段))进行的单药治疗具有极低响应或无响应的肿瘤对用派姆单抗或者其变体或抗原结合片段进行的治疗敏感。
因此，在一个实施方案中，在患者中，与单独的派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段相比，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维的组合用于提高肿瘤特异性T细胞应答的幅度。对于先前未治疗的、不可切除的、稳定的IIIb-IV黑素瘤，可特别地观察到这种效果。派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维的组合旨在在塔利拉维在肿瘤中裂解性复制之后增强针对肿瘤抗原的全身性抗肿瘤响应。因此，组合治疗可导致经注射肿瘤以及非注射/远端肿瘤(包括微转移性疾病)的破坏增强，以改善总体肿瘤响应的比例和响应的持续时间。总的来说，这些作用可有助于总体存活的改善，特别是当与用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗相比时。与派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段组合的塔利拉维的用途旨在通过不同的机制增强T细胞激活，分别在通过裂解性病毒复制释放肿瘤抗原之后提高树突细胞介导的肿瘤抗原呈递(Kaufman et al.，Ann SurgOncol.，17(3)：718-730，2010)，通过GM-CSF的局部表达增强，以及通过阻断由免疫检查点抑制剂介导的抑制信号来拮抗免疫耐受(Kapadia和Fong，J Clin Oncol.，23：8926-8928，2005)。
在某些实施方案中，用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维的组合来治疗冷肿瘤相关癌症，其具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征。这样的肿瘤包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
在另一些实施方案中，用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维的组合来治疗对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的热肿瘤(或与热肿瘤相关的癌症)(即，与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或低IFNγ基因特征表达水平中一种或更多种不相关的癌症)。这样的癌症包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌(salivary cancer)、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin’slymphoma))和间皮瘤。
定义
下面具体定义了某些技术和科学术语，以便可以更容易地理解本发明。除非在本文件的其他地方具体定义，否则本文中使用的所有其他技术和科学术语具有本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义。
除非上下文另有明确指明，否则本文(包括所附权利要求书)中使用的没有数量词修饰的名词包括一个/种和/或更多个/种。
“约”当用于修饰数值限定的参数(例如，本文中讨论的基因特征的基因特征评分，或者派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段或塔利拉维的剂量，或者派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段或塔利拉维的治疗时长)时意指该参数可变化高于或低于该参数的指定数值多达10％。例如，由约10个基因组成的基因特征可具有9至11个基因。
“施用”和“治疗”，当其应用于动物、人、实验对象、细胞、组织、器官或生物流体时，是指外源药物性、治疗性、诊断性试剂或组合物与动物、人、对象、细胞、组织、器官或生物流体接触。对细胞的治疗涵盖试剂与细胞的接触，以及试剂与流体的接触，其中所述流体与所述细胞接触。“施用”和“治疗”还意指体外和离体治疗，例如通过试剂、诊断性、结合化合物或通过其他细胞对细胞进行的体外和离体治疗。
本文中使用的术语“抗体”是指表现出期望的生物学或结合活性的任何形式的抗体。因此，其以最广泛的含义使用并且具体地包括但不限于：单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)、多克隆抗体、多特异性抗体(例如，双特异性抗体)、人源化抗体、完全人抗体、嵌合抗体和骆驼化单域抗体。“亲本抗体”是通过在修饰抗体用于预期用途(例如使抗体人源化以用作人治疗剂)之前将免疫系统暴露于抗原而获得的抗体。
一般来说，基本的抗体结构单元包含四聚体。每个四聚体包含两个相同的多肽链对，每对具有一条“轻”链(约25kDa)和一条“重”链(约50至70kDa)。每条链的氨基端部分包含主要负责抗原识别的具有约100至110个或更多个氨基酸的可变区。重链的羧基端部分可限定主要负责效应子功能的恒定区。通常来说，人轻链被分类为κ和λ轻链。此外，人重链通常被分类为μ、δ、γ、α或ε，并且将抗体的同种型分别限定为IgM、IgD、IgG、IgA和IgE。在轻链和重链中，可变区和恒定区通过具有约12个或更多个氨基酸的“J”区连接，其中重链还包含具有约10个更多氨基酸的“D”区。一般参见Fundamental Immunology Ch.7(Paul，W.，ed.，2nd ed.Raven Press，N.Y.(1989))。
每个轻链/重链对的可变区形成抗体结合位点。因此，一般来说，完整的抗体具有两个结合位点。除了在双功能或双特异性抗体中之外，一般来说两个结合位点是相同的。
通常来说，重链和轻链的可变结构域均包含三个高变区，也称为互补决定区(complementarity determining region，CDR)，其位于相对保守的框架区(frameworkregion，FR)内。CDR通常通过框架区排列，使得能够与特定的表位结合。一般来说，从N端到C端，轻链和重链可变结构域均包含FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3和FR4。通常来说，氨基酸向每个结构域的分配根据以下的限定：Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest，Kabat，et al.；National Institutes of Health，Bethesda，Md.；5th ed.；NIHPubl.No.91-3242(1991)；Kabat(1978)Adv.Prot.Chem.32：1-75；Kabat，et al.，(1977)J.Biol.Chem.252：6609-6616；Chothia et al.，(1987)J Mol.Biol.196：901-917或Chothia et al.，(1989)Nature 342：878-883。
本文中使用的术语“高变区”是指抗体中负责抗原结合的氨基酸残基。高变区包含来自“互补决定区”或“CDR”的氨基酸残基(即轻链可变结构域中的LCDR1、LCDR2和LCDR3，以及重链可变结构域中的HCDR1、HCDR2和HCDR3)。参见Kabat et al.(1991)Sequences ofProteins of Immunological Interest，5th Ed.Public Health Service，NationalInstitutes of Health，Bethesda，Md.(通过序列限定抗体的CDR区)；还参见Chothia和Lesk(1987)J.Mol.Biol.196：901-917(通过结构限定抗体的CDR区)。本文中使用的术语“框架”或“FR”残基是指除了本文中限定为CDR残基的高变区残基之外的那些可变结构域残基。
除非另有说明，否则本文中使用的“抗体片段”或“抗原结合片段”是指抗体的抗原结合片段，即保留与全长抗体结合的抗原特异性结合的能力的抗体片段，例如保留一个或更多个CDR区的片段。抗体结合片段的一些实例包括但不限于Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如，sc-Fv)；纳米抗体和由抗体片段形成的多特异性抗体。
与特定靶蛋白“特异性结合”的抗体是相比于其他蛋白质表现出优先与该靶标结合的抗体，但这种特异性不需要绝对结合特异性。如果抗体的结合决定样品中靶蛋白的存在(例如，不产生不期望的结果，例如假阳性)，则认为该抗体对于其预期靶标是“特异性的”。与对非靶蛋白的亲和力相比，可用于本发明的抗体或其结合片段将以至少2倍高、优选至少10倍高、更优选至少20倍高并且最优选至少100倍高的亲和力与靶蛋白结合。如本文中所用，如果抗体与包含给定氨基酸序列(例如，成熟人PD-1或人PD-L1分子的氨基酸序列)的多肽结合但不与缺乏该序列的蛋白质结合，则认为该抗体与包含该序列的多肽特异性结合。
“嵌合抗体”是指其中重链和/或轻链的一部分与源自特定物种(例如，人)或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源而该链的其余部分与源自其他物种(例如，小鼠)或属于其他抗体类别或亚类的抗体中的相应序列相同或同源的抗体，以及这样的抗体的片段，只要其表现出期望的生物活性即可。
“人抗体”是指仅包含人免疫球蛋白序列的抗体。如果在小鼠、小鼠细胞或源自小鼠细胞的杂交瘤中产生，则人抗体可包含鼠碳水化合物链。类似地，“小鼠抗体”或“大鼠抗体”分别是指仅包含小鼠或大鼠免疫球蛋白序列的抗体。
“人源化抗体”是指包含来自非人(例如，鼠)抗体以及人抗体的序列的抗体形式。这样的抗体包含源自非人免疫球蛋白的极小序列。一般来说，人源化抗体将包含至少一个且通常两个可变结构域的基本上全部，其中高变环的全部或基本上全部对应于非人免疫球蛋白的高变环，并且FR区的全部或基本上全部是人免疫球蛋白序列的FR区。人源化抗体任选地还将包含免疫球蛋白恒定区(Fc)(通常为人免疫球蛋白的恒定区)的至少一部分。当必要时，将前缀“hum”、“hu”或“h”添加至抗体克隆名称，以区分人源化抗体与亲本啮齿动物抗体。啮齿动物抗体的人源化形式通常将包含亲本啮齿动物抗体的相同CDR序列，但可包含某些氨基酸替换以提高亲和力、提高人源化抗体的稳定性、或出于其他原因。
“生物治疗剂”意指在支持肿瘤维持和/或生长或抑制抗肿瘤免疫应答的任何生物途径中阻断配体/受体信号转导和/或募集向肿瘤的CD8+ T细胞浸润的生物分子，例如抗体。
术语“癌症”、“癌性的”或“恶性的”是指或描述哺乳动物中通常以不受调节的细胞生长为特征的生理状况。与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或低IFNγ基因特征表达水平中一种或更多种相关的癌症的一些实例包括但不限于：上皮癌(carcinoma)、淋巴瘤、白血病、母细胞瘤和肉瘤。
与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或低IFNγ基因特征表达水平中一种或更多种相关的具体癌症的一些实例包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌。
可与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关或不相关、对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的具体癌症的一些实例包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。在某些实施方案中，特定癌症类型可具有一个或更多个热子集(即，其与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征中一种或更多种不相关)和一个或更多个冷子集(即，其与小于1000个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关)。
可根据本发明治疗的特别优选的癌症包括以以下之一或任意组合为特征的那些：低CD8+ T细胞密度；低或阴性干扰素γ特征；以及低或阴性PD-L1状态。在某些实施方案中，癌症是“冷的”，其是指表现出低水平免疫浸润(例如，通过CD8+ T细胞)的癌症，其通常通过将这样的肿瘤转变为“热”肿瘤而易感于抗PD-1阻断治疗。在某些实施方案中，冷肿瘤具有小于或等于约3000、例如小于约3000、约2900、约2800、约2700、约2600、约2500、约2400、约2300、约2200、约2100、约2000、约1900、约1800、约1700、约1600、约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2或1mL(即1cm3)样品的CD8+ T细胞密度。
本文中使用的“热”肿瘤是比冷肿瘤表现出更高水平的免疫浸润(通过例如CD8+ T细胞)的肿瘤。在某些实施方案中，热肿瘤具有大于约3000个细胞、例如大于约4000个细胞或大于约5000个细胞/1mm2样品的CD8+T细胞密度。
CD8+(细胞毒性)T细胞在胸腺中产生并且表达T细胞受体。CD8+T细胞表达通常由一条CD8α链和一条CD8β链构成的二聚体共受体CD8。CD8+ T细胞识别由见于所有有核细胞上的MHC I类分子呈递的肽。CD8异二聚体在T细胞/抗原呈递细胞相互作用期间结合MHC I类的保守部分(α3区)。当CD8+ T细胞识别抗原并变得激活时，它可分泌细胞因子，产生并释放细胞毒性颗粒，并激活胱天蛋白酶(caspase)级联反应以杀伤恶性细胞。
高肿瘤浸润CD8+ T细胞密度在本领域中在非常大的癌症谱中常与有利的临床结局相关且指示正在进行的宿主免疫应答，并且高肿瘤浸润淋巴细胞密度对临床结局的预后价值已在多种癌症实体中评估(Zhang et al(2003)NEJM 348：203-13；Galon et al.(2006)Science 313：1960-64；Gao et al.(2007)J Clin Oncol.25：2586-93；Gooden etal.(2011)Br J Cancer 105：93-103)。
术语“CD8密度”、“CD8+密度”或“CD8+ T细胞密度”是指样品中(例如肿瘤样品中)存在的CD8+ T细胞的数目。在一些示例性实施方案中，CD8+ T细胞密度是样品(例如来自对象的肿瘤的1mm2样品(例如，钻取活检物(punch biopsy))或1mL(即1cm3)样品(例如，液体活检物))中存在的细胞的数目。在某些示例性实施方案中，低CD8+ T细胞密度(其与“冷”肿瘤相关)为小于约3000个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2900个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2800个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2700个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2600个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2500个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2400个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2300个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2200个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2100个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约2000个细胞/1mm2样品、小于约1900个细胞/1mm2样品、小于约1800个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1700个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1600个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1500个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1400个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1300个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1200个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1100个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约1000个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约900个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约800个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约700个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约600个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约500个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约400个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约300个细胞/1mm2或/1mL样品、小于约200个细胞/1mm2或/1mL样品、或者小于约100个细胞/1mm2或/1mL样品。在某些示例性实施方案中，低CD8+ T细胞密度为约3000至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2900至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2800至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2700至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2600至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2500至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2400至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2300至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2200至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2100至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约2000至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约1900至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约1800至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约1700至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约1600至500个细胞/1mm2或/1mL样品、1500至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约1400至600个细胞/1mm2或/1mL样品、约1300至700个细胞/1mm2或/1mL样品、约1200至800个细胞/1mm2或/1mL样品、约1100至900个细胞/1mm2或/1mL样品、或约1050至950个细胞/1mm2或/1mL样品。在某些示例性实施方案中，低CD8+ T细胞密度为约10至1000个细胞/1mm2或/1mL样品、约20至900个细胞/1mm2或/1mL样品、约30至800个细胞/1mm2或/1mL样品、约40至700个细胞/1mm2或/1mL样品、约50至600个细胞/1mm2或/1mL样品、约60至500个细胞/1mm2或/1mL样品、约70至400个细胞/1mm2或/1mL样品、约80至300个细胞/1mm2或/1mL样品、或者约90至100个细胞/1mm2或/1mL样品。在某些示例性实施方案中，样品不包含可检出的CD8+ T细胞。
除非另有说明，否则本文中使用的“CDR”意指使用Kabat编号系统限定的免疫球蛋白可变区中的互补决定区。
“检查点抑制剂”是指完全或部分地降低、抑制、干扰或调节一种或更多种检查点蛋白的分子。检查点蛋白调节T细胞激活或功能。许多检查点蛋白是已知的，例如CTLA-4及其配体CD80和CD86；以及PD1及其配体PDL1和PDL2(Pardoll(2012)Nature Reviews Cancer12：252-264)。这些蛋白质负责T细胞响应的共刺激或抑制相互作用。检查点蛋白调节并且维持自身耐受以及生理免疫应答的持续时间和幅度。在某些实施方案中，检查点抑制剂包含抗体或可源自抗体。
“化学治疗剂”是可用于治疗癌症的化合物。化学治疗剂的种类包括但不限于：烷化剂、抗代谢物、激酶抑制剂、纺锤体毒物植物生物碱、细胞毒性/抗肿瘤抗生素、拓扑异构酶抑制剂、光敏剂、抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(selective estrogen receptormodulator，SERM)、抗孕酮、雌激素受体下调剂(estrogen receptor down-regulator，ERD)、雌激素受体拮抗剂、黄体化激素释放激素激动剂、抗雄激素、芳香酶抑制剂、EGFR抑制剂、VEGF抑制剂、抑制异常细胞增殖或肿瘤生长所涉及的基因的表达的反义寡核苷酸。可用于本发明治疗方法的化学治疗剂包括细胞抑制剂和/或细胞毒性剂。
本文中使用的“Clothia”意指Al-Lazikani et al.，JMB 273：927-948(1997)中描述的抗体编号系统。
“经保守修饰的变体”或“保守替换”是指用具有类似特征(例如电荷、侧链大小、疏水性/亲水性、骨架构象和刚性等)的其他氨基酸替换蛋白质中的氨基酸，使得可通常产生变化而不改变(或基本上不改变)该蛋白质的生物活性或其他期望的特性，例如抗原亲和力和/或特异性。本领域技术人员认识到，一般来说，多肽的非必需区域中的单个氨基酸替换基本上不改变生物活性(参见例如Watson et al.(1987)Molecular Biology of theGene，The Benjamin/Cummings Pub.Co.，p.224(4th Ed.))。此外，结构上或功能上类似的氨基酸的替换不太可能破坏生物活性。
除非上下文由于表达语言或必要的含义而另外要求，否则“包括/包含”或其变化形式在整个说明书和权利要求书中以包括性的含义使用，即，指明指定特征的存在但不排除可实质上增强本发明的任何实施方案的操作或效用的其他特征的存在或添加。
在整个说明书和权利要求书中使用的“基本上由......组成”及其变化形式表示包括任何记载的要素或要素的组，并且任选地包括不实质上改变指定剂量方案、方法或组合物的基本或新特性的与所记载要素的性质类似或不同的其他要素。作为一个非限制性实例，如果基因特征评分被限定为由指定基因列表组成的基因集合的复合RNA表达评分，则技术人员将理解，该基因特征评分可包括对一个或更多个另外的基因、优选不超过三个另外的基因确定的RNA表达水平，如果这样的包括不实质上影响预测力的话。
本文中使用的“框架区”或“FR”意指除CDR区之外的免疫球蛋白可变区。
“同源性”是指当两个多肽序列最佳比对时其之间的序列相似性。当这两个比较序列二者中的一个位置被相同的氨基酸单体亚基占据时，例如，如果两个不同Ab的轻链CDR中的一个位置被丙氨酸占据，则这两个Ab在该位置是同源的。同源性百分比是两个序列共有的同源位置的数目除以所比较位置的总数×100。例如，如果当序列最佳比对时两个序列中10个位置中的8个匹配或同源，则这两个序列是80％同源的。通常来说，在将两个序列对齐时进行比较以给出最大百分比同源性。例如，可通过BLAST算法进行比较，其中选择算法的参数以在各个参考序列的整个长度上给出各个序列之间的最大匹配。
以下参考文献涉及经常用于序列分析的BLAST算法：BLAST ALGORITHMS：Altschul，S.F.，et al.，(1990)J.Mol.Biol.215：403-410；Gish，W.，et al.，(1993)NatureGenet.3：266-272；Madden，T.L.，et al.，(1996)Meth.Enzymol.266：131-141；Altschul，S.F.，et al.，(1997)Nucleic Acids Res.25：3389-3402；Zhang，J.，et al.，(1997)GenomeRes.7：649-656；Wootton，J.C.，et al.，(1993)Comput.Chem.17：149-163；Hancock，J.M.etal.，(1994)Comput.Appl.Biosci.10：67-70；ALIGNMENT SCORING SYSTEMS：Dayhoff，M.O.，et al.，“A model of evolutionary change in proteins.”in Atlas of ProteinSequence and Structure，(1978)vol.5，suppl.3.M.O.Dayhoff(ed.)，pp.345-352，Natl.Biomed.Res.Found.，Washington，D.C.；Schwartz，R.M.，et al.，“Matrices fordetecting distant relationships.”in Atlas of Protein Sequence and Structure，(1978)vol.5，suppl.3.M.O.Dayhoff(ed.)，pp.353-358，Natl.Biomed.Res.Found.，Washington，D.C.；Altschul，S.F.，(1991)J.Mol.Biol.219：555-565；States，D.J.，etal.，(1991)Methods 3：66-70；Henikoff，S.，et al.，(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：10915-10919；Altschul，S.F.，et al.，(1993)J.Mol.Evol.36：290-300；ALIGNMENTSTATISTICS：Karlin，S.，et al.，(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87：2264-2268；Karlin，S.，et al.，(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：5873-5877；Dembo，A.，et a1.，(1994)Ann.Prob.22：2022-2039；以及Altschul，S.F.“Evaluating the statisticalsignificance of multiple distinct local alignments.”in Theoretical andComputational Methods in Genome Research(S.Suhai，ed.)，(1997)pp.1-14，Plenum，N.Y.。
“分离的抗体”和“分离的抗体片段”是指纯化状态，并且在这样的背景下意指指定的分子基本上不含其他生物分子，例如核酸、蛋白质、脂质、碳水化合物或其他物质(例如细胞碎片和生长介质)。通常来说，术语“分离的”不旨在指完全不存在这样的物质或不存在水、缓冲液或盐，除非其以显著干扰本文中所述的结合化合物的实验或治疗用途的量存在。
本文中使用的“Kabat”意指由Elvin A.Kabat((1991)Sequences of Proteins ofImmunological Interest，5th Ed.Public Health Service，National InstitutesofHealth，Bethesda，Md.)倡导的免疫球蛋白比对和编号系统。
本文中使用的“单克隆抗体”或“mAb”或“Mab”是指基本上同质的抗体的群体，即除了可少量存在的可能天然发生的突变之外，构成群体的抗体分子在氨基酸序列上是相同的。相反，常规(多克隆)抗体制备物通常包含对不同表位通常具有特异性的多种不同抗体，所述抗体在其可变结构域(特别是其CDR)中具有不同氨基酸序列。修饰语“单克隆的”表示如从基本上同质的抗体群体获得的抗体的特征，并且不被解释为需要通过任何特定方法产生抗体。例如，根据本发明使用的单克隆抗体可通过由Kohler et al.(1975)Nature 256：495首次描述的杂交瘤方法制备，或者可通过重组DNA方法制备(参见例如美国专利No.4,816,567)。例如，还可使用Clackson et al.(1991)Nature 352：624-628和Marks et al.(1991)J.Mol.Biol.222：581-597中描述的技术从噬菌体抗体文库中分离“单克隆抗体”。还参见Presta(2005)J.Allergy Clin.Immunol.116：731。
“干扰素γ”和“IFNγ”(也称为免疫或II型干扰素)是指参与调节免疫应答和炎性应答的几乎所有阶段(包括T细胞、B细胞、巨噬细胞、NK细胞和其他细胞类型例如内皮细胞和成纤维细胞的激活、生长和分化)的多效细胞因子。IFNγ增强抗原呈递细胞上的MHC表达，并且在激活淋巴细胞中也起重要作用以增强抗肿瘤作用。
IFNγ可通过提高肿瘤抗原呈递给肿瘤特异性T细胞并且提高对NK细胞毒性的易感性而有助于约束肿瘤进展和生长。除促进针对肿瘤的免疫应答之外，IFN-γ还可诱导肿瘤抑制因子的表达。
本文中使用的“经遗传修饰的溶瘤病毒”是指与病毒的野生型形式相比已被修饰、通常用于去除和/或插入一个或更多个基因的溶瘤病毒。本发明优选的经遗传修饰的溶瘤病毒是塔利拉维，也称为
Figure BDA0002244590810000221
(INN＝塔利拉维(talimogene laherparepvec))，其是可从Amgen Inc.(Thousand Oaks，CA)商购获得的经遗传改造的疱疹病毒。塔利拉维描述于例如WO 2014036412中，其出于所有目的通过引用整体并入本文。
塔利拉维，HSV-1(毒株JS1)ICP34.5-/ICP47-/hGM-CSF(先前称为OncoVexGM-CSF)，是一种瘤内递送的溶瘤性免疫治疗剂，其包含在实体瘤中选择性复制的免疫增强型HSV-1。(Lui et al.，Gene Therapy，10：292-303，2003；美国专利No.7,223,593和美国专利No.7,537,924.)。HSV-1源自以保藏号01010209保藏于欧洲细胞培养物保藏中心(ECAAC)的毒株JS1。在塔利拉维中，已功能性缺失编码ICP34.5的HSV-1病毒基因。在HSV感染期间充当毒力因子的ICP34.5的功能性缺失限制了在非分裂细胞中的复制并使病毒为非致病性的。此外，在塔利拉维中，已功能性缺失编码ICP47(其阻断病毒抗原呈递至主要组织相容性复合物I类和II类分子)的HSV-1病毒基因。ICP47的功能性缺失还导致US11的提前表达，所述US11是促进在肿瘤细胞中的病毒生长而不降低肿瘤选择性的基因。最后，人GM-CSF(参与刺激免疫应答的细胞因子)的编码序列已被插入到塔利拉维的病毒基因组中。编码人GM-CSF的基因的插入使得它取代了ICP34.5基因的几乎全部，确保了塔利拉维和野生型病毒之间任何潜在的重组事件可仅导致失能的非致病性病毒且不能导致携带人GM-CSF基因的野生型病毒的产生。HSV胸苷激酶(thymidine kinase，TK)基因在塔利拉维中保持完整，这使得病毒对抗病毒剂(例如阿昔洛韦(acyclovir))敏感。因此，如果必要的话，阿昔洛韦可用于阻断塔利拉维复制。
在先前的3期临床试验中，与患有晚期黑素瘤患者中的皮下GM-CSF相比，将塔利拉维瘤内注射到黑素瘤转移瘤中改善了持久响应率(Andtbacka et al.(2015).TalimogeneLaherparepvec Improves Durable Response Rate in Patients With AdvancedMelanoma.J Clin Oncol 33，2780-2788)。当将塔利拉维与检查点抑制剂伊匹单抗(ipilimumab)一起给予时，也示出了有前景的抗肿瘤活性，所述伊匹单抗阻断细胞毒性T细胞相关抗原4(cytotoxic T-cell associated-antigen 4，CTLA-4)(Chesney，J.，Collichio，F.，Andtbacka，R.H.，Puzanov，I.，Glaspy，J.A.，Milhem，M.，Hamid，O.，Cranmer，L.，Saenger，Y.，Ross，M.，et al.(2016).Interim safety and efficacy of arandomized(1∶1)，open-label phase 2study of talimogene laherparepvec(T)andipilimumab(I)vs I alone in unresected，stage IIIB-IV melanoma.Ann Oncol 27(6)，379-400；Puzanov，I.，Milhem，M.M.，Minor，D.，Hamid，O.，Li，A.，Chen，L.，Chastain，M.，Gorski，K.S.，Anderson，A.，Chou，J.，et al.(2016).Talimogene Laherparepvec inCombination With Ipilimumab in Previously Untreated，Unresectable Stage IIIB-IV Melanoma.J Clin Oncol 34，2619-2626)。
塔利拉维于2015年在美国、欧盟和澳大利亚被批准作为用于转移性黑素瘤的单药治疗。在OPTiM，一项招募患有不能通过外科手术摘除的转移性黑素瘤的患者的多中心3期临床试验中，与接受对比治疗GM-CSF的患者相比，接受塔利拉维的患者显著地更可能经历持久的响应。(Andtbacka RHI，et al.，J.Clin Oncol.，33：2780-2788(2015))。
此外，功能性缺失ICP34.5的HSV的安全性已在多项临床研究中示出(MacKie etal，Lancet 357：525-526，2001；Markert et al，Gene Ther 7：867-874，2000；Rampling etal，Gene Ther 7：859-866，2000；Sundaresan et al，J.Virol 74：3822-3841，2000；Hunteret al，J Virol Aug；73(8)：6319-6326，1999)。
塔利拉维通过病毒在肿瘤中复制来产生直接溶瘤作用并且通过GM-CSF的局部表达来增强抗肿瘤免疫应答的诱导。预期的临床效果包括但不限于：破坏经注射肿瘤；破坏局部、局部-区域和远端非注射的肿瘤；降低新转移瘤的发生；降低总体进展速率；以及延长总体存活。
已在多种体外(细胞系)和体内鼠肿瘤模型中测试了塔利拉维的效力，并且已经显示其在与临床研究中使用的剂量相当的剂量下根除肿瘤或基本上抑制它们的生长。非临床评价还已证实，GM-CSF增强所产生的免疫应答，从而增强经注射和非注射肿瘤响应，并且证实了MHC I类分子的提高的表面水平是由ICP47的缺失引起。已将塔利拉维注射到正常小鼠和荷瘤小鼠中以评估其安全性。一般来说，病毒被良好地耐受，并且高至1×108PFU/剂量的剂量尚未给出任何安全性问题的指示。(参见例如Liu et al.，Gene Ther 10：292-303，2003)。
已经或正在在数种晚期肿瘤类型(晚期实体瘤、黑素瘤、头颈鳞状细胞癌和胰腺癌)中进行临床研究，其中超过400名对象用塔利拉维进行治疗(参见例如Hu et al.，ClinCan Res 12：6737-6747，2006；Harrington et al.，J Clin Oncol.27(15a)：摘要6018，2009；Kaufman et al.，Ann Surgic Oncol.17：718-730，2010；Kaufman和Bines，FutureOncol.6(6)：941-949，2010)。
“寡核苷酸”是指通常长度为5至100个连续碱基，并且最常见地长度为10至50、10至40、10至30、10至25、10至20、15至50、15至40、15至30、15至25、15至20、20至50、20至40、20至30或20至25个连续碱基的核酸。
“患者”或“对象”是指希望治疗或参与临床试验、流行病学研究或用作对照的任何单个对象，包括人，非人灵长类，哺乳动物兽医患者例如牛、马、狗、猫等，以及研究用动物例如非人灵长类、大鼠、小鼠、狗、兔等。
派姆单抗是针对结合并阻断PD-1的人源化单克隆抗体。派姆单抗通过以下发挥作用：通过阻断PD-1与其配体PD-L1和PD-L2之间的相互作用，从而激活可影响肿瘤细胞和健康细胞二者的T淋巴细胞来提高身体的免疫系统帮助检测和对抗肿瘤细胞的能力。
已知与见于无响应个体中的水平相比，派姆单抗单药治疗在具有更高基线CD8+ T细胞浸润密度、IFNγ基因特征和PD-L1表达的受影响个体中治疗黑素瘤、非小细胞肺癌和头颈鳞状细胞癌。这被本领域人员理解为限制派姆单抗在具有低CD8+ T细胞密度、阴性IFNγ基因特征和/或低或阴性PD-L1状态的个体中的效用。
本文中使用的“派姆单抗”是指专有名称为
Figure BDA0002244590810000241
(Merck Sharp&Dohme Corp.，Whitehouse Station，NJ)的可商购获得的单克隆抗体以及其变体和抗原结合片段，所述单克隆抗体描述于WO2016196173以及美国专利No.8,354,509和No.8,900,587中，其出于所有目的通过引用整体并入本文。派姆单抗可以以下文描述的重链结构域、轻链结构域、重链可变结构域、轻链可变结构域、重链互补决定序列和轻链互补决定序列之一或任意组合为特征。
派姆单抗可包含如下所示重链序列：
Figure BDA0002244590810000251
(SEQ ID NO：1)，以及如下所示轻链序列：
Figure BDA0002244590810000252
(SEQ ID NO：2)。
派姆单抗可包含如下所示重链可变(VH)结构域序列：
Figure BDA0002244590810000253
(SEQ ID NO：3)，以及如下所示轻链可变(VL)结构域：
Figure BDA0002244590810000254
(SEQ ID NO：4)。
派姆单抗可包含以下重链互补决定区(heavy chain complementarity-determining region，HCDR)：NYYMY(HCDR1，SEQ ID NO：5)；GINPSNGGTNFN(HCDR2，SEQ IDNO：6)；以及RDYRFDMGFDY(HCDR3，SEQ ID NO：7)。
派姆单抗可包含以下轻链互补决定区(light chain complementarity-determining region，LCDR)：RASKGVSTSGYSYLH(LCDR1，SEQ ID NO：8)；LASYLES(LCDR2，SEQID NO：9)；以及QHSRDLPLT(LCDR3，SEQ ID NO：10)。
在某些实施方案中，提供了派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段，其包含重链CDR SEQ ID NO：5、6和7，以及SEQ ID NO：8、9和10的轻链CDR。
在另一些实施方案中，提供了派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段，其包含来自SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4的VH/VL序列对的重链和轻链CDR序列。
在另一些优选的实施方案中，提供了派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段，其包含含有SEQ ID NO：3或其变体的重链可变区和/或含有SEQ ID NO：4或其变体的轻链可变区。在另一些实施方案中，派姆单抗变体或其抗原结合片段包含：重链可变区，其含有与SEQ ID NO：3具有至少80％序列同源性或同一性(例如，80％、85％、90％、95％、98％或99％)的序列；和/或轻链可变区，其含有与SEQ ID NO：4具有至少80％序列同源性或同一性(例如，80％、85％、90％、95％、98％或99％)的序列。
本文中使用的“重链可变区序列的变体”是与参考序列相同的序列，不同之处在于在框架区中(即，在CDR之外)具有多至17个保守氨基酸替换并且优选地在框架区中具有少于十个、九个、八个、七个、六个或五个保守氨基酸替换。本文中使用的“轻链可变区序列的变体”是与参考序列相同的序列，不同之处在于在框架区中(即，在CDR之外)具有多至五个保守氨基酸替换并且优选地在框架区中具有少于四个、三个或两个保守氨基酸替换。
在另一些实施方案中，提供了派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段，其包含含有SEQ ID NO：1或其变体的重链和/或含有SEQ ID NO：2或其变体的轻链。在另一些实施方案中，派姆单抗变体或其抗原结合片段包含：重链，其含有与SEQ ID NO：1具有至少80％序列同源性或同一性(例如，80％、85％、90％、95％、98％或99％)的序列；和/或轻链，其含有与SEQ ID NO：2具有至少80％序列同源性或同一性(例如，80％、85％、90％、95％、98％或99％)的序列。
本文中使用的“派姆单抗变体”是指包含与派姆单抗的重链和轻链序列相同的重链和轻链序列的单克隆抗体，不同之处在于在框架区中(即，在CDR之外)具有多至五个保守氨基酸替换并且优选地在框架区中具有少于四个、三个或两个保守氨基酸替换；以及在框架区中(即，在CDR之外)具有多至17个保守氨基酸替换且优选地在框架区中具有少于十个、九个、八个、七个、六个或五个保守氨基酸替换，且优选地在框架区中具有少于四个、三个或两个保守氨基酸替换。换句话说，派姆单抗和派姆单抗变体包含相同的CDR序列，但由于分别在其全长轻链和重链序列中在不超过三个或六个其他位置具有保守氨基酸替换而彼此不同。就以下特性而言，派姆单抗变体与派姆单抗基本上相同或比派姆单抗更好：在体内对PD-1的结合亲和力和中和作用。
在某些实施方案中，提供了派姆单抗的生物类似物(biosimilar)。本文中使用的术语“生物类似物”以与美国食品药品管理局(U.S.Food and Drug Administration)颁布的工作定义一致的方式使用，其将生物类似物产品限定为与参考产品“高度类似”(尽管临床非活性组分的微小差异)的产品。在实践中，就安全性、纯度和效力而言，参考产品与生物类似物产品之间不会存在临床上有意义的差异(Public Health Service(PHS)Act§262)。在某些实施方案中，进行双盲、单剂量比较药代动力学(pharmacokinetic，PK)交叉研究以比较派姆单抗与候选生物类似物抗体来确定相当的生物利用度。
本文中使用的术语“参考产品”用于指可商购获得的派姆单抗。
PD-1受体(也称为CD279)在激活的T细胞的表面上表达。其配体PD-L1(B7-H1；CD274)和PD-L2(B7-DC；CD273)通常在树突细胞或巨噬细胞的表面上表达。PD1和PD-L1/PD-L2属于充当共抑制因子的免疫检查点蛋白的家族，其可停止或限制T细胞应答的发生。PD1/PD-L1相互作用确保免疫系统仅在合适的时间被激活，以使慢性自身免疫炎症的可能性最小化。当PD-L1与PD-1结合时，抑制信号被传递到T细胞中，这降低细胞因子产生并抑制T细胞增殖。肿瘤细胞利用这种免疫检查点途径作为逃避检测和抑制免疫应答的机制。
PD-L1通常在肿瘤微环境中的肿瘤细胞上或非转化细胞上过表达。在肿瘤细胞上表达的PD-L1与在激活的T细胞上的PD-1受体结合，这导致细胞毒性T细胞的抑制。这些去活化的T细胞在肿瘤微环境中保持被抑制。PD1/PD-L1途径代表由肿瘤细胞响应于内源性抗肿瘤活性而发挥的适应性免疫抵抗机制。
本文中使用的“PD-L1状态”或“PD-L1表达状态”是指样品中(例如，肿瘤样品中)存在的PD-L1的水平。在某些实施方案中，PD-L1状态表示为“肿瘤比例评分(tumorproportion score)”或“TPS”，其是指样品中表达可检出水平之PD-L1的肿瘤细胞的百分比。(参见，Garon et al.(2015)NEJM 372：2018-28.)。如果PD-L1在样品中约1％至约49％的肿瘤细胞中表达，即，PD-L1状态为约1％至约49％，则PD-L1状态为“低表达”或“降低”或“低的”。如果PD-L1在样品中少于约1％的肿瘤细胞中表达，即，PD-L1状态小于约1％，则PD-L1状态为“阴性的”。如果PD-L1在样品中约50％或更多的肿瘤细胞中表达，即，PD-L1状态为约50％或更高，则PD-L1状态为“高的”。
在一些优选的实施方案中，低表达、降低或低的PD-L1状态小于约50％，或为约49％、约48％、约47％、约46％、约45％、约44％、约43％、约42％、约41％、约40％、约39％、约38％、约37％、约36％、约35％、约34％、约33％、约32％、约31％、约30％、约29％、约28％、约27％、约26％、约25％、约24％、约23％、约22％、约21％、约20％、约19％约18％、约17％、约16％、约15％、约14％、约13％、约12％、约11％、约10％、约9％、约8％、约7％、约6％、约5％、约4％、约3％、约2％或约1％。在一些特别优选的实施方案中，低表达、降低或低的PD-L1状态为约10％、约9％、约8％、约7％、约6％、约5％、约4％、约3％、约2％或约1％。在一些优选的实施方案中，低表达、降低或低的PD-L1状态为约1％至约10％、约1％至约9％、约1％至约8％、约1％至约7％、约1％至约6％、约1％至约5％、约1％至约4％、约1％至约3％、约1％至约2％、约2％至约6％、约3％至约7％、约4％至约8％、或约5％至约9％。
在一些优选的实施方案中，阴性PD-L1状态小于约1％，或为约0.9％、约0.8％、约0.7％、约0.6％、约0.5％、约0.4％、约0.3％、约0.2％、约0.1％、约0.05％、约0.01％、约0.005％、约001％或约0％(即，没有肿瘤细胞具有可检出水平的PD-L1)。
在一些优选的实施方案中，高PD-L1状态为约50％或更高，例如为约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或约100％(即，所有肿瘤细胞都具有可检出水平的PD-L1)。
在某些优选的实施方案中，在从对象中摘除的肿瘤样品的FFPE或冷冻组织切片的IHC测定中，使用诊断性抗人PD-L1抗体或其抗原结合片段检测PD-L1表达。在某些实施方案中，可使用PD-L1 IHC 22C3 pharmDx免疫组织化学测定在样品(例如，肿瘤样品)中评估PD-L1表达(Dako North America，Carpinteria，CA)。(参见Daud，A.I.，Wolchok，J.D.，Robert，C.，Hwu，W.J.，Weber，J.S.，Ribas，A.，Hodi，F.S.，Joshua，A.M.，Kefford，R.，Hersey，P.，etal.(2016).Programmed Death-Ligand 1Expression and Response to the Anti-Programmed Death 1Antibody Pembrolizumab in Melanoma.J Clin Oncol 34，4102-4109.)。通常来说，在开始用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段和/或塔利拉维治疗之前，对象的医生会要求进行诊断测试以确定从患者中摘除的肿瘤组织样品中的PD-L1表达，但是预见医生可要求在开始治疗之后的任何时间(例如在完成治疗周期之后)进行第一次或后续的诊断测试。
本文中使用的“派姆单抗一抗”和“派姆单抗变体一抗”是指在组织切片中与PD-L1特异性结合并且通常作为在肿瘤样品中PD-L1表达之IHC测定中使用的第一抗体的抗体。在一个实施方案中，一抗是在IHC测定中使用的唯一抗体。
本文中使用的“二抗”是指与派姆单抗一抗或派姆单抗变体一抗特异性结合，从而在一抗与随后的检测试剂(如果有的话)之间形成桥的抗体。二抗通常是在肿瘤样品中PD-L1表达之IHC测定中使用的第二抗体。
本文中使用的“患者”是指患有通过派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维的组合治疗的癌症的对象。
在某些实施方案中，患者患有与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和低IFNγ基因特征水平中一种或更多种相关的癌症，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌。
在另一些实施方案中，患者患有对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的癌症，其可任选地与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和低IFNγ基因特征水平中的一种或更多种相关，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。
本文中使用的“探针”是指能够在严格杂交条件下与由目的基因表达的转录物特异性杂交并且在一些优选实施方案中在严格杂交条件下与该目的基因的特定转录物特异性杂交的寡核苷酸。
本文中使用的“RECIST 1.1响应标准”意指Eisenhauer et al.，E.A.et al.，Eur.J Cancer 45：228-247(2009)中基于正在测量响应的情况针对靶病灶或非靶病灶(适当时)提出的定义。
本文中使用的“参考IFN-γ基因特征评分”意指以下IFN-γ基因特征的评分，已经确定其将对象的参考群体中的至少大部分响应者与至少大部分非响应者分开，所述对象与受试对象具有相同的肿瘤类型并且已经用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段与塔利拉维的组合治疗进行治疗。优选地，参考群体中60％、70％、80％或90％(至少任一个)的响应者将具有低于所选参考评分(例如，对照组的预先指定阈值)的IFN-γ基因特征评分(即，阴性IFNγ基因特征)，而参考群体中60％、70％、80％、90％或95％(至少任一个)的非响应者的IFN-γ基因特征将大于所选参考评分(即，阳性IFNγ基因特征)。在一些优选的实施方案中，参考群体中的响应者被限定为如通过RECIST 1.1标准所测量的实现部分响应(PR)或完全响应(CR)的对象，并且非响应者被限定为未实现任何RECIST 1.1临床响应。
当提及针对用本文中所述的组合治疗进行的治疗的特异性抗肿瘤响应时，“响应者患者”意指表现出抗肿瘤响应的患者。
当提及本文中提及的肿瘤或任何其他生物材料时，“样品”意指已从对象取出的样品。
“持续响应”意指在中断用本文中所述的治疗剂或组合治疗进行治疗之后的持续治疗效果。在一些实施方案中，持续响应的持续时间至少与治疗持续时间相同、或者是治疗持续时间的至少1.5、2.0、2.5或3倍长。
“组织切片”是指组织样品的单个部分或片，例如从正常组织样品或肿瘤样品切下的薄组织切片。
本文中使用的“治疗”癌症意指向患有癌症或被诊断患有癌症的对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段与塔利拉维和/或其他治疗剂，以实现至少一种阳性治疗效果，例如癌细胞数降低、肿瘤尺寸减小、到外周器官中的癌细胞浸润率降低、或肿瘤转移或肿瘤生长的速率降低。可以以多种方式测量癌症中的阳性治疗效果(参见，W.A.Weber，J.Null.Med.50：1S-10S(2009)；Eisenhauer et al.，同上)。在一些优选的实施方案中，使用RECIST 1.1标准评估针对派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段、和/或塔利拉维的响应。在一些实施方案中，通过治疗有效量实现的治疗是部分响应(PR)、完全响应(CR)、无进展存活(progression free survival，PFS)、无疾病存活(disease freesurvival，DFS)、客观响应(objective response，OR)或总体存活(overall survival，OS)中的任一种。在一些优选的实施方案中，本发明的CD8+细胞密度、基因特征生物标志物和/或低或阴性PD-L1状态预测患有实体瘤的对象是否可能实现PR或CR。有效治疗癌症患者的本文中所述治疗的剂量方案可根据例如以下的因素而变化：患者的疾病状态、年龄和体重，以及治疗在对象中引起抗癌响应的能力。虽然本发明的治疗方法、药物和用途的实施方案可以不在每位对象中都有效地实现阳性治疗效果，但是如通过本领域中已知的任何统计学检验(例如t检验(Student’s t-test)、卡方检验(chi2-test)、根据Mann和Whitney的U检验、Kruskal-Wallis检验(H检验)、Jonckheere-Terpstra检验和Wilcoxon检验)所确定的，其应在统计学上显著数目的对象中如此。
当“肿瘤”应用于被诊断患有或怀疑患有癌症的对象时，其是指任何大小的恶性或潜在恶性的赘生物或组织团块，并且包括原发性肿瘤和继发性赘生物。实体瘤是通常不包含囊肿或液体区域的异常生长或组织团块。不同类型的实体瘤以形成它们的细胞的类型命名。实体瘤的一些实例是肉瘤、上皮癌和淋巴瘤。白血病(血癌)通常不形成实体瘤(国家癌症研究所，癌症术语词典(National Cancer Institute，Dictionary of Cancer Terms))。
“肿瘤负荷”也称为“肿瘤负载”，是指分布在整个身体中的肿瘤物质的总量。肿瘤负荷是指整个身体(包括淋巴结和骨髓)中癌细胞的总数或肿瘤的总尺寸。肿瘤负荷可通过本领域中已知的多种方法来确定，例如通过在从对象取出之后例如使用卡尺、或者在体内时使用成像技术(例如，超声、骨扫描、计算机断层扫描(computed tomography，CT)或磁共振成像(magnetic resonance imaging，MRI)扫描)来测量肿瘤的尺寸。
术语“肿瘤尺寸”是指可作为肿瘤的长度和宽度来测量的肿瘤的总尺寸。肿瘤尺寸可通过本领域中已知的多种方法来确定，例如通过在从对象取出之后例如使用卡尺、或者在体内时使用成像技术(例如，骨扫描、超声、CT或MRI扫描)来测量肿瘤的尺寸。
本文中使用的“可变区”或“V区”意指在不同抗体之间序列可变的IgG链区段。其扩展至轻链中的Kabat残基109和重链中的Kabat残基113。
在本文中公开的本发明治疗方法、药物和用途的一些实施方案中，个体是人，并且癌症与低或阴性PD-L1状态和/或低或阴性CD8+ T细胞密度相关，包括但不限于：黑素瘤(通常高T细胞浸润高％PD-L1+；亚群PD-L1/TIL低，Tumeh et al Nature 2014；Daud，JCO2016)；非小细胞肺癌(一些高％PD-L1+；亚群PD-L1/TIL低，Topalian NEJM 2012；Garon etalNEJM 2015；Arneratunga PlosOne 2016)；复发性或转移性头颈鳞状细胞癌；HPV阳性头颈癌或HPV阴性头颈癌(通常高T细胞浸润高％PD-L1+；亚群PD-L1/TIL低，对HPV+和HPV-头颈癌均显然如此，Lyford-Pyke CanRes2013；Malm Head Neck 2015；Mandal et al JCI2016)；结直肠癌(错配修复缺陷型CRC/Lynch综合征高PD-L1+TIL浸润；MSI稳定CRC通常为冷肿瘤，Le et al NEJM 2015；Maby CanRes 2015)；HER2+乳腺癌(CD8+高(61％)Foxp3Treg高；淋巴细胞优势型乳腺癌(16％)，Stanton JAMA(2016))；HER2-(HR+)乳腺癌(CD8+中(43％)较低Foxp3 Treg；淋巴细胞优势型乳腺癌(6％)，Stanton JAMA(2016))；三阴性乳腺癌(CD8+高(60％)Foxp3 Treg高；淋巴细胞优势型乳腺癌(20％)，Stanton JAMA(2016))；卵巢癌(围绕TIL的预后数据与黑素瘤类似；Hamanishi JCO中的响应率为15％至40％，Hamanishi JCO，2015；Mandai IJCO 2016)；膀胱癌(与PD-L1相关；对于检查点抑制剂的可能的TIL膀胱癌相关性，Powles Nature 2014(Atezo)；Kim ICU 2016)；葡萄膜黑素瘤(Piperno-Neumann ASCO 2016提供的bmx数据，葡萄膜黑素瘤)；去势抵抗性前列腺癌(Paucity of PD-L1expression in prostate cancer：innate and adaptive immuneresistance，Martin Prostate Cancer and Prostatic Diseases 2015Kim ICU2016)；软组织肉瘤或骨肉瘤(适度的响应率；预后PD-L1/TIL数据可获得，或需要挖掘以寻找TIL相对于检查点抑制剂响应的临床数据-，L.Paoluzzi Clinical Sarcoma Research 2016；D’Angelo SP Human Pathol 2015)；以及肾细胞癌(派姆单抗主要在RCC中组合使用：Ipi，阿西替尼，抗VEGF等，通常高T细胞浸润高％PD-L1+；亚群PD-L1/TIL低，Taube Clin Can Res2014)。
在本文中公开的本发明治疗方法、药物和用途的另一些实施方案中，个体是人，并且癌症与低或阴性IFNγ mRNA特征相关，包括但不限于：黑素瘤(ORR/PFS与IFNγ特征相关，Ayers et al JITC 2015)；头颈癌(“炎性表型”特征是来自针对HNSCC的抗PD-1治疗的临床益处的有力预测因子，即使在已被认为是PD-L1+的患者组群中也是如此；临床试验信息：NCT01848834，SeiweaASCO et al JITC)；胃癌(PFS与IFNγ特征相关，Ayers et alJITC 2015)；食管癌(总体而言，具有较高特征评分的那些经历更稳健的针对派姆单抗的响应，并且进展显著延迟；与具有较高特征评分的那些的43％相比，在非炎性、低评分组中，ORR为11％，Doi et al GCS 2016；来自5种癌症的这一RNA谱数据集提高了越来越多的证据证明激活的T细胞的肿瘤浸润是对PD-1检查点阻断有响应的先决条件，并且证明T细胞炎性基因表达特征是来自抗PD-1治疗的临床益处的泛癌症(pan-cancer)预测因子，Piha-Paulet al.ASCO 2016)；肛管癌(根据Piha-Paul et al.ASCO 2016)；胆道癌(根据Piha-Paulet al.ASCO 2016)；结直肠癌(根据Piha-Paul et al.ASCO 2016)；卵巢癌(根据Piha-Paulet al.ASCO 2016)；以及移行细胞癌(就IFNγ特征的预测价值而言，与黑素瘤、SCCHN和胃癌类似)。
在上述治疗方法、药物和用途的另一些实施方案中，个体是人，并且癌症与低或阴性PD-L1 mRNA表达相关，包括但不限于：胰腺癌(4％PD-L1+，Ayers et al AACR 2015)；前列腺癌(14％PD-L1+，同上)；三阴性乳腺癌(29％PD-L1+，同上)；黑素瘤(41％PD-L1+，同上)；非小细胞肺癌(42％PD-L1+，同上)；尿路上皮癌(42％PD-L1+，同上)；以及头颈癌(59％PD-L1+，同上)(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)。
方法、用途和药物
在一个方面，本发明涉及用于在个体中治疗癌症的方法，其包括向个体施用组合治疗，所述组合治疗包含派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段，以及塔利拉维。
组合治疗还可包含一种或更多种另外的治疗剂。另外的治疗剂可以是例如化学治疗剂、生物治疗剂、免疫原性剂(例如，减毒的癌细胞、肿瘤抗原、抗原呈递细胞(例如用肿瘤来源抗原或核酸脉冲的树突细胞)、免疫刺激细胞因子(例如，IL-2、IFNα2、GM-CSF)和用编码免疫刺激细胞因子(例如但不限于GM-CSF)的基因转染的细胞)。另外的治疗剂的具体剂量和剂量方案还可变化，并且最佳剂量、给药方案和施用途径将基于所使用的具体治疗剂来确定。
化学治疗剂的一些实例包括：烷化剂，例如噻替派和环磷酰胺；烷基磺酸酯类，例如白消安、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类，例如苯佐替哌(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替哌(meturedopa)和乌瑞替哌(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimine)和甲基蜜胺类(methylamelamine)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(trietylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱类(camptothecin)(包括合成类似物拓扑替康(topotecan))；苔藓抑素(bryostatin)；卡利抑素(cally statin)；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；隐藻素类(cryptophycin)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；海兔毒素(dolastatin)；倍癌霉素(duocarmycin)(包括合成类似物KW-2189和CBI-TMI)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancrati statin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustard)，例如氯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸甲氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法仑、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；硝基脲类(nitrosurea)，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷莫司汀(ranimustine)；抗生素类，例如烯二炔类(enediyne)抗生素(例如，加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γll(calicheamicin gammall)和加利车霉素
Figure BDA0002244590810000341
(calicheamicin phill)，参见例如Agnew，Chem.Intl.Ed.Engl.，33：183-186(1994)；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素A；双膦酸盐类(bisphosphonate)，例如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新抑癌菌素(neocarzinostatin)生色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素生色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素、氨茴霉素(authramycin)、氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素、放线菌素C(cactinomycin)、卡柔比星(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素、地托比星(detorubicin)、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸、多柔比星(包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯代-多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、依达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(例如丝裂霉素C)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺加霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfimromycin)、嘌呤霉素、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素、链脲霉素(streptozocin)、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物类，例如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，例如二甲叶酸(denopterin)、甲氨喋呤(methotrexate)、蝶罗呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、多西氟尿啶(doxifluridine)、依诺他滨、氟尿苷；雄激素类，例如卡鲁睾酮、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，例如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦；叶酸补充剂，例如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷；氨基酮戊酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；氨苯吖啶(amsacrine)；贝他布昔(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鸟氨酸(elformithine)；醋酸羟吡咔唑(elliptinium acetate)；埃博霉素类(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidamine)；美登素生物碱类(maytansinoid)，例如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidamol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；喷司他丁；苯来美特(phenamet)；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；雷佐生(razoxane)；根毒素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2，2’，2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯类(trichothecene)(尤其是T-2毒素、疣孢菌素A(verracurinA)、杆孢菌素A和蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加西托星(gacytosine)；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替哌；紫杉烷类，例如紫杉醇和多西他赛(doxetaxel)；苯丁酸氮芥(chlorambucil)；吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨喋呤；铂类似物，例如顺铂和卡铂；长春碱；铂类；依托泊苷(VP-16)；异磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺安托(novantrone)；替尼泊苷；依达曲沙；柔红霉素；氨基蝶呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，例如视黄酸；卡培他滨；以及以上任一种的可药用盐、酸或衍生物。还包括发挥调节或抑制激素对肿瘤之作用的抗激素剂，例如抗雌激素和选择性雌激素受体调节剂(selective estrogen receptor modulator，SERM)，包括例如他莫昔芬、雷洛昔芬、屈洛昔芬(droloxifene)、4-羟基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、克昔芬(keoxifene)、LYI 17018、奥那斯酮(onapristone)和托瑞米芬(Fareston)；抑制酶芳香酶的芳香酶抑制剂，其调节肾上腺中的雌激素产生，例如，4(5)-咪唑、氨鲁米特、醋酸甲地孕酮、依西美坦、福美司坦(formestane)、法倔唑、伏氯唑(vorozole)、来曲唑和阿那曲唑；以及抗雄激素例如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；以及以上任一种的可药用盐、酸或衍生物。
本发明的组合治疗中的每种治疗剂可单独施用或者在根据标准药学实践包含治疗剂和一种或更多种可药用载体、赋形剂和稀释剂的药物(本文中也称为药物组合物)中施用。
本发明的组合治疗中的每种治疗剂可同时(即，在同一药物中)施用、同步施用(即，在单独的药物中以任意顺序一个紧接另一个地施用)或以任意顺序依次施用。当组合治疗中的治疗剂是不同剂型(一种药剂是片剂或胶囊剂，而另一种药剂是无菌液体)和/或以不同的给药方案施用(例如，化学治疗剂是至少每天施用，而生物治疗剂更低频率(例如每周一次、每两周一次或每三周一次)地施用)和/或施用于身体的不同部位(例如，一种治疗剂瘤内施用，而一种治疗剂全身性施用)时，依次施用是特别地可用的。
在一些特别优选的实施方案中，在施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前施用塔利拉维。在另一些实施方案中，在施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之后施用塔利拉维。在另一个实施方案中，塔利拉维与派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段同步施用。
在一些实施方案中，组合治疗中的至少一种治疗剂使用当药剂用作单药治疗治疗相同癌症时通常采用的相同剂量方案(治疗的剂量、频率和持续时间)施用。在另一些实施方案中，与药剂用作单药治疗时相比，患者接受组合治疗中至少一种治疗剂的更低总量，例如更小的剂量、更低频率的剂量和/或更短的治疗持续时间。
在某些实施方案中，塔利拉维瘤内施用。在某些实施方案中，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段肠胃外施用。
本发明的组合治疗可在外科手术去除肿瘤之前或之后使用，并且可在放射治疗之前、期间或之后使用。
在一些实施方案中，向未预先用生物治疗剂或化学治疗剂治疗(即，未经癌症治疗)的患者施用本发明的组合治疗。在另一些实施方案中，向在先前治疗之后未能实现持续响应(例如，在用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))或化学治疗剂治疗失败或无效之后，即，经历癌症治疗的)的患者施用组合治疗。
本发明的组合治疗通常用于治疗足够大以通过触诊或通过本领域中公知的成像技术(例如MRI、超声或CAT扫描)发现的肿瘤。
优选向患有具有低CD8+ T细胞密度、阴性IFNγ基因特征和/或具有低或阴性PD-L1状态的癌症的人患者施用本发明的组合治疗。
选择本发明的组合治疗的剂量方案(在本文中也称为施用方案)取决于数种因素，包括实体的血清或组织周转速率、症状的水平、实体的免疫原性、以及正在被治疗的个体中靶细胞、组织或器官的可及性。优选地，剂量方案使符合可接受副作用水平的递送至患者的每种治疗剂的量最大化。因此，组合中每种生物治疗剂和化学治疗剂的剂量和给药频率部分地取决于具体的治疗剂、正在治疗的癌症的严重程度和患者特征。选择抗体、细胞因子和小分子的合适剂量的指南是可获得的。参见例如Wawrzynczak(1996)Antibody Therapy，Bios Scientific Pub.Ltd，Oxfordshire，UK；Kresina(ed.)(1991)MonoclonalAntibodies，Cytokines and Arthritis，Marcel Dekker，New York，NY；Bach(ed.)(1993)Monoclonal Antibodies and Peptide Therapy in Autoimmune Diseases，MarcelDekker，New York，NY；Baert et al.(2003)New Engl.J.Med.348：601-608；Milgrom etal.(1999)New Engl.J.Med.341：1966-1973；Slamon et al.(2001)New Engl.J.Med.344：783-792；Beniaminovitz et al.(2000)New Engl.J.Med.342：613-619；Ghosh et al.(2003)New Engl.J.Med.348：24-32；Lipsky et al.(2000)New Engl.J.Med.343：1594-1602；Physicians’Desk Reference 2003(Physicians’Desk Reference，57th Ed)；Medical Economics Company；ISBN：1563634457；第57版(2002年11月)。合适剂量方案的确定可由临床医生例如使用本领域中已知或怀疑影响治疗或预测影响治疗的参数或因素来进行，并且将取决于例如患者的临床病史(例如，先前的治疗)、待治疗的癌症的类型和阶段以及对组合治疗中一种或更多种治疗剂有响应的生物标志物。与塔利拉维组合的派姆单抗的最佳剂量可通过这些药剂中一种或二者的剂量递增或剂量递减来确定。
本发明还提供了药物，其包含如上所述的派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段，以及可药用赋形剂。派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段可使用常规细胞培养和回收/纯化技术在CHO细胞中产生。
在一些实施方案中，包含派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段的药物可作为液体制剂提供，或者通过在使用之前用无菌注射用水重构冻干粉末来制备。WO 2012/135408描述了适用于本发明的包含派姆单抗的液体和冻干药物的制备。在一些实施方案中，在玻璃小瓶中提供包含派姆单抗的药物，其在4ml溶液中包含约100mg的派姆单抗。每1mL溶液包含25mg派姆单抗并且在以下中配制：L-组氨酸(1.55mg)、聚山梨酯80(0.2mg)、蔗糖(70mg)和注射用水，USP。该溶液需要稀释以用于IV输注。
本发明的组合治疗中的生物治疗剂可通过连续输注施用，或者通过例如以每天、每隔一天、每周三次、或每周一次、每两周一次、每三周一次、每月一次、每两月一次等为间隔的剂量施用。总周剂量通常为至少0.05μg/kg、0.2μg/kg、0.5μg/kg、1μg/kg、10μg/kg、100μg/kg、0.2mg/kg、1.0mg/kg、2.0mg/kg、10mg/kg、25mg/kg、50mg/kg体重或更多。参见例如Yang et al.(2003)New Engl.J.Med.349：427-434；Herold et al.(2002)NewEngl.J.Med.346：1692-1698；Liu et al.(1999)J.Neurol.Neurosurg.Psych.67：451-456；Portielji et al.(20003)Cancer Immunol.Immunother.52：133-144。
在使用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段的某些实施方案中，给药方案将包括在整个治疗过程中以约14天(±2天)或约21天(±2天)或约30天(±2天)的间隔以1、2、3、5或10mg/kg的剂量施用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段。在一个优选的实施方案中，每3周以2mg/kg的剂量使用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段(例如，用于黑素瘤)。在另一个优选的实施方案中，每3周以200mg(固定)的剂量使用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段(例如，用于非小细胞肺癌、头颈鳞状细胞癌和/或霍奇金淋巴瘤)。
在组合治疗中使用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段的另一些实施方案中，给药方案将包括在患者内剂量递增的情况下以约0.005mg/kg至约10mg/kg的剂量施用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段。在另一些递增剂量实施方案中，剂量之间的间隔将逐渐缩短，例如，第一剂量和第二剂量之间为约30天(±2天)，第二剂量和第三剂量之间为约14天(±2天)。在某些实施方案中，对于继第二剂量之后的剂量，给药间隔将为约14天(±2天)。
在某些实施方案中，将向对象施用包含派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段中任一种的药物的肠胃外给药，例如静脉内(intravenous，IV)输注。
在本发明的一个优选实施方案中，以选自以下的剂量以液体药物施用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段：1mg/kg每两周(Q2W)、2mg/kg Q2W、3mg/kg Q2W、5mg/kg Q2W、10mg Q2W、1mg/kg每3周(Q3W)、2mg/kg Q3W、3mg/kg Q3W、5mg/kg Q3W、10mg Q3W和这些剂量中任一种的平剂量当量，即，例如200mg Q3W。在一些实施方案中，派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段作为液体药物提供，其包含在10mM组氨酸缓冲液pH 5.5中的25mg/ml派姆单抗、7％(w/v)蔗糖、0.02％(w/v)聚山梨酯80。
在一些实施方案中，通过IV输注施用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段的所选剂量。在一个实施方案中，在25至40分钟、或约30分钟的时间段内通过IV输注施用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段的所选剂量。
本发明还提供了包含塔利拉维和可药用赋形剂的药物。可将塔利拉维悬浮在生理缓冲液中用于瘤内注射。
在某些实施方案中，在第1周的第1天以多至4.0ml 106噬斑形成单位/mL(PFU/mL)的剂量，然后在第4周和第6周的第1天以及之后每2周(±3天)以多至4.0ml 108PFU/mL的剂量，通过瘤内注射到可注射肿瘤中来施用塔利拉维。待注射到肿瘤中的塔利拉维的推荐体积取决于肿瘤的大小并且应根据表1中的注射体积指南确定。
表1.基于肿瘤大小的塔利拉维注射体积指南
Figure BDA0002244590810000401
所有可合理注射的病灶(可在有或没有超声引导的情况下注射的皮肤、皮下和结节疾病)应以在单独给药情况下可获得的最大给药体积注射。在每个治疗日，如下推荐注射的优先次序：自最后一次注射起出现的任何新的可注射肿瘤；按肿瘤大小，从最大的肿瘤开始；任何先前不可注射而现在可注射的肿瘤。组合物可包含选自以下的一种或更多种物质：缓冲剂，抗氧化剂例如抗坏血酸，低分子量多肽(例如具有少于10个氨基酸的那些)，蛋白质，氨基酸，碳水化合物例如葡萄糖、蔗糖或糊精，螯合剂例如EDTA、谷胱甘肽，稳定剂，以及赋形剂。中性缓冲盐水或与特定血清白蛋白混合的盐水是合适的稀释剂的一些实例。根据合适的工业标准，还可添加防腐剂例如苄醇。可使用合适的赋形剂溶液(例如，蔗糖)作为稀释剂将组合物配制成冻干物。在所用的剂量和浓度下，合适的组分对接受者无毒。
在一些实施方案中，如果患者如下，则选择该患者来用本发明的组合治疗进行治疗：(1)具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征；(2)已被诊断患有黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌。
在另一些实施方案中，如果患者如下，则选择该患者来用本发明的组合治疗进行治疗：(1)患有对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的癌症；(2)所述癌症可任选地与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关；以及(3)已被诊断患有黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、炎性乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。
本文中所述的药物可作为包含第一容器和第二容器以及包装插入物的药盒提供。第一容器包含含有派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段的药物的至少一个剂量，并且第二容器包含塔利拉维的至少一个剂量。药盒可任选地包含包装插入物或标签，其包含使用药物治疗患者的癌症的说明书。第一容器和第二容器可由相同或不同的形状(例如，小瓶、注射器和瓶)和/或材料(例如，塑料或玻璃)构成。药盒可还包含可用于施用药物的其他材料，例如稀释剂、滤器、IV袋和线、针和注射器。在药盒的一些优选实施方案中，说明书声明药物旨在用于治疗患有癌症的患者，所述癌症具有小于1,000个细胞/mm2的CD8+ T细胞密度、阴性IFNγ基因特征和/或低或阴性PD-L1状态。
药物组合物
本发明涉及上述药剂用于预防性和/或治疗性治疗的用途，如下所述。因此，本发明的派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段和/或塔利拉维可并入到适于施用的药物组合物中。这样的组合物通常包含派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段或塔利拉维和可药用载体。本文中使用的语言“可药用载体”旨在包括与药物施用相容的任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗细菌剂和抗真菌剂、等张剂和吸收延迟剂等。这样的介质和试剂用于药物活性物质的用途是本领域中公知的。除非任何常规介质或试剂与活性化合物不相容，否则其在组合物中的用途均在考虑之中。补充的活性化合物也可并入组合物中。
本发明的药物组合物配制成与其预期施用途径相容。施用途径的一些实例包括：肠胃外(例如，静脉内、皮内、皮下、腹膜内、肌内、经皮(表面)和经黏膜)施用。用于肠胃外、皮内或皮下施加的溶液剂或混悬剂可包含以下组分：无菌稀释剂例如注射用水、盐水溶液、不挥发性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合成溶剂；抗菌剂例如苄醇或对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂例如抗坏血酸或亚硫酸氢钠；螯合剂例如乙二胺四乙酸；缓冲剂例如乙酸盐、柠檬酸盐或磷酸盐和用于调节张度(tonicity)的试剂例如氯化钠或右旋糖(dextrose)。可用酸或碱(例如盐酸或氢氧化钠)调节pH。肠胃外制剂可封装在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多剂量小瓶中。
适于可注射使用的药物组合物包括无菌水溶液(在水溶性时)或分散体，以及用于即时制备无菌可注射溶液或分散体的无菌粉末。对于静脉内、IS、ICV和/或IT施用，合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM(BASF，Parsippany，N.J.)或磷酸缓冲盐水(PBS)。在所有情况下，组合物必须是无菌的并且在存在易注射性的程度上应是流体。其必须在制备和储存条件下是稳定的，并且必须针对微生物(例如细菌和真菌)的污染作用进行防腐。载体可以是溶剂或分散介质，其包含例如水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇和液体聚乙二醇等)，及其合适混合物。例如，可通过使用包衣(例如卵磷脂)、通过在分散体的情况下维持所需的颗粒尺寸和通过使用表面活性剂来维持适当的流动性。通过多种抗细菌剂和抗真菌剂(例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、酚、抗坏血酸、硫柳汞等)可实现防止微生物的作用。在许多情况下，将优选在组合物中包含等张剂，例如糖、多元醇(例如甘露醇、山梨醇)、氯化钠。可通过在组合物中包含延迟吸收的试剂(例如单硬脂酸铝和明胶)来实现可注射组合物的延长吸收。
无菌可注射溶液可通过将所需量的活性化合物与上面列举的成分之一或组合(根据需要)一起并入合适的溶剂中，然后过滤灭菌来制备。通常来说，分散体通过将活性化合物并入到无菌载剂中来制备，所述无菌载剂包含基础分散介质和来自上面列举的那些的所需其他成分。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下，优选的制备方法是真空干燥和冷冻干燥，这由其经预先无菌过滤溶液产生活性成分加任何另外的期望成分的粉末。
全身性施用可以是通过经黏膜或经皮的方式。对于经黏膜或经皮施用，在制剂中使用适合于待渗透之屏障的渗透剂。这样的渗透剂通常是本领域中已知的，并且例如对于经黏膜施用，包括洗涤剂、胆盐和夫西地酸(fusidic acid)衍生物。经黏膜施用可通过使用鼻喷雾剂或栓剂来完成。对于经皮施用，将活性化合物配制成软膏剂、油膏剂(salve)、凝胶剂或乳膏剂，如本领域中公知的。
在一个实施方案中，派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段或塔利拉维与载体一起制备，所述载体将保护化合物免于从身体迅速消除，例如控释制剂，包括植入物和微囊化递送系统。可使用生物可降解的生物相容性聚合物，例如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备这样的制剂的方法对于本领域技术人员来说是明显的。材料还可从Alza Corporation和Nova Pharmaceuticals，Inc商购获得。脂质体混悬液(包括靶向用针对病毒抗原的单克隆抗体感染细胞的脂质体)也可用作可药用载体。这些可根据本领域技术人员已知的方法(例如，如美国专利No.4,522,811中所述的)来制备。
以剂量单位形式配制肠胃外组合物对于方便施用和剂量均匀是特别有利的。本文中使用的剂量单位形式指适合作为用于待治疗对象的单位剂量的物理分散单元；每个单元包含经计算与所需药用载体联合产生期望治疗效果的预定量活性化合物。本发明的剂量单位形式的规格由以下决定并且直接取决于此：活性化合物的独特特征和待实现的特定治疗效果，以及复配这样的活性化合物的领域中针对个体治疗的固有限制。
药物组合物可与任选的施用说明书一起包含在容器、包装或分配器中。
本发明的药物组合物可以以多种方式施用，这取决于期望局部治疗还是全身治疗以及取决于待治疗的区域。施用可以是瘤内的或肠胃外的。肠胃外施用包括静脉内滴注、皮下、腹膜内或肌内注射、鞘内或室内(intraventricular administration)施用。
用于肠胃外施用的制剂可包括无菌水溶液，其还可包含缓冲剂、稀释剂和其他合适的添加剂。室内注射可通过例如附接至储器的室内导管来促进。对于静脉内使用，应控制溶质的总浓度以使制剂等张。
可用作载体的药用赋形剂的类型包括：稳定剂例如人血清白蛋白(human serumalbumin，HSA)、填充剂例如碳水化合物、氨基酸和多肽；pH调节剂或缓冲剂；盐例如氯化钠；等。这些载体可以是结晶或无定形形式，或者可以是二者的混合物。
特别有价值的填充剂包括相容性碳水化合物、多肽、氨基酸或其组合。合适的碳水化合物包括：单糖，例如半乳糖、D-甘露糖、山梨糖等；二糖，例如乳糖、海藻糖等；环糊精，例如2-羟基丙基-β-环糊精；以及多糖，例如棉子糖、麦芽糖糊精、葡聚糖等；糖醇，例如甘露醇、木糖醇等。碳水化合物的优选组包括乳糖、海藻糖、棉子糖、麦芽糖糊精和甘露醇。合适的多肽包括阿司帕坦。氨基酸包括丙氨酸和甘氨酸，其中优选甘氨酸。
合适的pH调节剂或缓冲剂包括由有机酸和碱制备的有机盐，例如柠檬酸钠、抗坏血酸钠等；柠檬酸钠是优选的。
在一个实施方案中，通过植入装置分配包含派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段或塔利拉维的组合物的单位剂量或测量剂量。装置可包括监测对象内参数的传感器。例如，装置可包括泵(例如渗透泵)以及任选的相关电子器件。
生物标志物测试
可在从对象取出的肿瘤组织样品中确定生物标志物表达评分(例如，IFN-γ基因特征评分和/或PD-L1状态)。肿瘤可以是原发性或复发性的，并且可以是任何类型(如上所述)、任何阶段(例如，I、II、III或IV期或其他分期系统的等同阶段)和/或任何组织学。对象可以是任何年龄、性别、治疗史和/或缓解的程度和持续时间。
可通过多种方法(包括但不限于手术切除、抽吸或活检)来获得肿瘤样品。可将组织样品切片并作为新鲜试样进行测定。或者，可冷冻组织样品用于进一步切片。在一些优选的实施方案中，通过固定和包埋在石蜡中等来保存组织样品。
可通过常规方法固定肿瘤组织样品，其中固定的长度取决于组织样品的大小和所用的固定剂。中性缓冲福尔马林、戊二醛、布安氏固定液(Bouin’s)和多聚甲醛是固定剂的一些非限制性实例。在一些优选的实施方案中，用福尔马林固定组织样品。在一些实施方案中，固定的组织样品还包埋在石蜡中以制备福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE)组织样品。
通常来说，将组织样品固定并通过一系列梯度醇脱水，用石蜡或其他切片介质浸润并包埋，使得组织样品可被切片。或者，首先将肿瘤组织样品切片，并随后固定单个切片。
在一些优选的实施方案中，使用在封固在显微镜载片上且干燥的约3至5微米且优选4或5微米的FFPE组织切片确定肿瘤的生物标志物表达评分。
IFN-γ基因特征评分和/或PD-L1状态的诊断测试
在一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自与低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征以及任选地小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度相关的癌症，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌。
在另一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的癌症，其可任选地与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。
一旦获得了合适的肿瘤组织样品，就可对其进行分析以量化包含待评分的特定IFN-γ基因特征(例如，IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、ID01和GZMA之一或任意组合)的基因中每一个的表达水平，或PD-L1的mRNA水平。本文中使用的短语“确定基因的表达水平”是指检测和量化由该基因转录的RNA或由这样的RNA翻译的蛋白质。术语“RNA转录物”包括由基因转录的mRNA、和/或其特定剪接变体、和/或这样的mRNA和剪接变体的片段。在一些优选的实施方案中，测量表达的RNA转录物是图11中的转录物和/或PD-L1转录物。
本领域技术人员将理解，可使用许多方法从组织样品中分离RNA用于分析。例如，可通过在异硫氰酸胍中均化和进行酸性酚-氯仿萃取来从冷冻的组织样品中分离RNA。商业试剂盒可用于从FFPE样品中分离RNA。
本领域技术人员还知晓数种可用于检测分离的RNA或全细胞裂解物中RNA转录物和量化其水平的方法。定量检测方法包括但不限于：阵列(即，微阵列)、定量实时PCR(RT-PCR)、多重测定、核酸酶保护测定和Northern印迹分析。通常来说，此类方法使用与待检测的每种转录物的一部分互补的经标记探针。可基于基因和由此表达的转录物的已知序列容易地设计用于这些方法的探针。在一些优选的实施方案中，探针设计成与图11中鉴定的每种基因特征转录物杂交。探针的合适的标记是公知的，并且包括例如荧光标记、化学发光标记和放射性标记。
在一些实施方案中，针对本发明的基因特征测定肿瘤样品采用使用与分子导标(molecular beacon)检测分子组合的基于核酸序列之扩增(nucleic acid sequencebased amplification，NASBA)的RNA水平的实时检测和量化。NASBA描述于例如ComptonJ.，Nature 350(6313)：91-92(1991)中。NASBA是一种单步骤等温RNA特异性扩增方法。通常来说，该方法包括以下步骤：向反应混合物提供RNA模板，其中第一引物在模板的3’端附接至其互补位点；逆转录酶合成相反的互补DNA链；RNA酶H破坏RNA模板(RNA酶H仅破坏RNA-DNA杂交体中的RNA，但不破坏单链RNA)；第二引物附接至DNA链的3’端，并且逆转录酶合成第二条DNA链；以及T7 RNA聚合酶结合双链DNA并产生可在步骤1中再次使用的互补RNA链，使得反应是循环的。
在另一些实施方案中，测定形式是基于侧翼内切核酸酶(flap endonuclease)的形式，例如InvaderTM测定(Third Wave Technologies)。在使用侵入物方法的情况下，制备包含对3’至靶位点的区域具有特异性的序列的侵入物探针，以及包含对5’至模板的靶位点的区域具有特异性的序列和不相关侧翼序列(flap sequence)的初始探针(primaryprobe)。然后，使裂解酶在这些探针、靶分子、以及包含与侧翼序列互补的序列和用荧光染料和猝灭剂二者标记的自动互补序列的FRET探针的存在下发挥作用。当初始探针与模板杂交时，侵入物探针的3’端穿透靶位点，并且该结构被裂解酶切割，导致侧翼的解离。侧翼与FRET探针结合，并且荧光染料部分被裂解酶切割，导致荧光的发射。
在另一些实施方案中，测定形式采用具有支化DNA的直接mRNA捕获(QuantiGeneTM，Panomics)或Hybrid CaptureTM(Digene)。
适用于测量IFN-γ基因特征中基因的表达或测量PD-L1表达的阵列技术的一个实例是ArrayPlateTM测定技术，其由HTG Molecular，Tucson AZ.销售，并且描述于Martel，R.R.，et al.，Assay and Drug Development Technologies 1(1)：61-71，2002中。简言之，该技术将核酸酶保护测定与阵列检测结合。对在微板孔中的细胞进行核酸酶保护测定。在结合所靶向mRNA物质的探针的存在下裂解细胞。在添加S1核酸酶之后，过量的探针和未杂交的mRNA被降解，使得仅留下mRNA：探针双链体。碱性水解破坏双链体的mRNA组分，使探针保持完整。在添加中和溶液之后，将经处理的细胞培养板的内容物转移至另一ArrayPlateTM，其称为经编程的ArrayPlateTM。ArrayPlateTM在每个孔的底部包含16-单元阵列(16-element array)。每个阵列单元包含位置特异性锚定物寡核苷酸，其在测定之间保持相同。用称为编程接头寡核苷酸的寡核苷酸修饰16种锚定物中每一种的结合特异性，所述寡核苷酸在一端与锚定物互补，并且在另一端与核酸酶保护探针互补。在杂交反应期间，通过固定化编程接头捕获从培养板转移的探针。通过与检测接头寡核苷酸杂交来标记所捕获的探针，所述检测接头寡核苷酸进而用并入过氧化物酶的检测缀合物进行标记。向该酶供应化学发光底物，并且在数字图像中捕获酶产生的光。在阵列单元的光强度是原始细胞中存在的相应靶mRNA的量的量度。
作为另一个实例，可使用DNA微阵列来测量基因表达。简言之，DNA微阵列(也称为DNA芯片)是以限定的模式布置于固体支持物上的DNA片段(例如合成的寡核苷酸)的微观阵列，其中其可通过标准杂交方法进行分析(参见Schena，BioEssays 18：427(1996))。示例性微阵列及其制造和使用的方法描述于T.R.Hughes et al.，Nature Biotechnology 9：342-347(2001)中。许多不同的微阵列配置及其产生方法是本领域技术人员已知的并且在以下中公开：美国专利No.5,242,974；5,384,261；5,405,783；5,412,087；5,424,186；5,429,807；5,436,327；5,445,934；5,556,752；5,405,783；5,412,087；5,424,186；5,429,807；5,436,327；5,472,672；5,527,681；5,529,756；5,545,531；5,554,501；5,561,071；5,571,639；5,593,839；5,624,711；5,700,637；5,744,305；5,770,456；5,770,722；5,837,832；5,856,101；5,874,219；5,885,837；5,919,523；6,022,963；6,077,674；以及美国专利No.6,156,501；Shena，et al.，Tibtech 6：301-306，1998；Duggan，et al.，Nat.Genet.2：10-14，1999；Bowtell，et al.，Nat.Genet.21：25-32，1999；Lipshutz，et al.，Nat.Genet.21：20-24，1999；Blanchard，et al.，Biosensors and Bioelectronics 77：687-90，1996；Maskos，et al.，Nucleic Acids Res.2：4663-69，1993；以及Hughes，et al.，Nat.Biotechnol.79：342-347，2001。描述在多种应用中使用阵列的方法的专利包括：美国专利No.5,143,854；5,288,644；5,324,633；5,432,049；5,470,710；5,492,806；5,503,980；5,510,270；5,525,464；5,547,839；5,580,732；5,661,028；5,848,659；以及5,874,219；其公开内容出于所有目的通过引用整体并入本文。
在一个实施方案中，寡核苷酸的阵列可在固体支持物上合成。示例性固体支持物包括玻璃、塑料、聚合物、金属、类金属、陶瓷、有机物等。使用芯片掩蔽技术和光保护化学，可产生核酸探针的有序阵列。这些阵列(其例如已知为“DNA芯片”或非常大规模的固定化聚合物阵列(
Figure BDA0002244590810000481
阵列))可在面积为约1cm2至数cm2的基底上包含数百万个限定的探针区域，从而并入少量至数百万个探针(参见例如美国专利No.5,631,734)。
为了比较表达水平，可在足以在靶核酸和阵列上探针之间结合的条件下使经标记的核酸与阵列接触。在一个实施方案中，可选择杂交条件以提供期望水平的杂交特异性；即，足以在经标记的核酸和微阵列上探针之间发生杂交的条件。
杂交可在允许基本上特异性杂交的条件下进行。核酸的长度和GC含量将决定热解链点，并且因此决定获得探针与靶核酸特异性杂交所必需的杂交条件。这些因素对于本领域技术人员来说是公知的，并且还可在测定中进行测试。核酸杂交的广泛指导可见于Tijssen，et al.(Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology，第24卷：Hybridization With Nucleic Acid Probes，P.Tijssen，ed.；Elsevier，N.Y.(1993))中。上述方法将导致在阵列表面上产生经标记靶核酸的杂交图案。所得的经标记核酸的杂交图案可以以多种方式可视化或检测，其中基于靶核酸的具体标记选择具体的检测方式。代表性的检测方法包括闪烁计数、放射自显影术、荧光测量、量热测量、光发射测量、光散射等。
一种这样的检测方法利用市售的阵列扫描仪(Affymetrix，Santa Clara，CA)，例如，
Figure BDA0002244590810000491
阵列仪(
Figure BDA0002244590810000492
Arrayer)、
Figure BDA0002244590810000493
阵列扫描仪或Agilent Gene
Figure BDA0002244590810000494
扫描仪。该扫描仪由具有界面和易使用软件工具的系统计算机控制。输出可直接输入到多种软件应用中或由多种软件应用直接读取。示例性扫描装置描述于例如美国专利No.5,143,854和5,424,186中。
用于测量生物标志物转录物丰度的一个优选测定方法包括使用由
Figure BDA0002244590810000495
Technologies(Seattle，Wash.USA)销售的
Figure BDA0002244590810000496
分析系统。由Geiss et al.，Nature Biotechnol.2(3)：317-325(2008)描述的该系统利用一对探针，即捕获探针和报道探针，其各自包含与待检测的转录物互补的35-至50-碱基序列。捕获探针另外地包含与固定化标签(例如亲和标签)偶联的短共同序列，所述固定化标签允许将复合物固定化以用于数据收集。报道探针另外地包含可检测信号或标记，例如，与颜色编码的标签偶联。在杂交之后，从样品中除去过量的探针，并对杂交的探针/靶标复合物进行排列并通过亲和标签或其他标签在盒中固定化。然后，分析样品，例如使用数字分析仪或适用于此目的其他处理器来进行。通常来说，对于每种靶转录物，对每种转录物上颜色编码的标签进行计数并制表，以产生样品中每种转录物的表达水平。该系统允许在由Nano-String设计使用捕获探针和报道探针在单个多重测定中测量数百种独特基因转录物的表达。
在测量IFN-γ基因特征中基因的表达时或为了确定本文中所述的PD-L1状态，将肿瘤样品中每种基因的绝对表达与对照进行比较。例如，对照可以是对象库中每种基因各自的平均表达水平。然而，为了提高比较的灵敏度，表达水平值优选以多种方式进行转换。
例如，基因特征中每种基因的表达水平可通过确定表达水平的所有基因的平均表达水平或所有基因的总表达水平、或通过一组对照基因的平均表达水平来归一化。因此，在一个实施方案中，基因由探针组表示，并且每种基因的表达水平通过所表示的所有基因(包括不是目的基因特征的一部分的任何基因)的平均或中位表达水平来归一化。在一个具体实施方案中，通过除以微阵列上所有基因的中位或平均表达水平进行归一化。在另一个实施方案中，特征基因的表达水平通过一组对照基因的平均或中位表达水平来归一化。在一个具体实施方案中，对照基因包含持家基因。在另一个具体实施方案中，通过除以对照基因的中位或平均表达水平来完成归一化。
如果将基因特征中单个基因的表达水平与肿瘤样品库中相同基因的表达进行比较，则基因特征评分的灵敏度也将提高。优选地，该比较是针对样品库中每个特征基因的平均或中位值表达水平。这样的比较可例如通过从目的对象样品中每种基因的表达水平除以库的每种基因的平均或中位表达水平来实现。这具有在整体上突出样品中基因和库中基因之间在表达方面的相对差异的效果，使得比较比单独使用绝对表达水平更灵敏并且更可能产生有意义的结果。表达水平数据可以以任何方便的方式转换。优选地，在取得平均值或中位值之前，对所有基因的表达水平数据进行对数转换。
在执行与库的比较时，可使用两种方法。第一，可将样品中特征基因的表达水平与库中那些基因的表达水平进行比较，其中来自样品的核酸和来自库的核酸在单个实验的过程期间杂交。这样的方法需要为每次比较或有限数量的比较产生新的核酸库，并因此受可获得的核酸的量限制。或者且优选地，库中的表达水平，无论是否经过归一化和/或转换，都存储在计算机上或计算机可读介质上，以用于与来自样品的单个表达水平数据(即，单通道数据)进行比较。
当将对象的肿瘤样品与标准品或对照进行比较时，将样品中特定基因的表达值与标准品或对照中该基因的表达值进行比较。对于本发明的基因特征中的每种基因，相对于标准品或对照，对单个样品中的表达值产生log10比值。通过确定特征中基因的平均log(10)比值来计算IFN-γ基因特征或PD-L1表达的评分。如果受试样品的基因特征评分高于该基因特征的预先确定阈值，则认为该样品对于IFN-γ基因特征生物标志物是阳性的。在本发明的一个实施方案中，预先确定的阈值设定为2.17至2.69的任何数值(即，2.18、2.19、2.20…2.66、2.67、2.68)。预先确定的阈值还可以是用作标准品或对照的样品集合或合并样品中该基因特征的评分的平均值、中位值或百分位数。
本领域技术人员将认识到，除log(10)比值之外的其他微分表达值也可用于计算特征评分，只要该值代表基因的转录物丰度的客观测量即可。一些实例包括但不限于：xdev、误差加权log(比值)和平均值减去log(强度)。
在一个优选的实施方案中，通过进行相对于参考分布的分位数归一化和随后的log 10-转换来使原始表达值归一化。当使用由NanoStringTechnologies销售的
Figure BDA0002244590810000512
分析系统检测基因表达时，通过在排除技术(阳性和阴性对照二者)探针的值之后并且在不进行依赖于阴性(背景调整)或阳性(掺入已知滴定的合成序列)的中间归一化的情况下合并受试样品和一个或更多个对照样品(优选至少2个样品，更优选4、8或16个样品中的至少任一种)的报告(即，原始)计数来产生参考分布。然后，将IFN-γ特征评分计算为基因特征(例如STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1和HLA-DRA之一或任意组合)中每种基因，或IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、ID01和GZMA中每一个，或PD-L1的归一化值的算术平均值。
在一些优选的实施方案中，参考分布由基因的归一化组的原始表达计数产生，所述归一化组基本上由图11中列出的400个基因的组或其子集中的每种基因组成。子集可由25、50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、375或25至400的任何整数中的至少任一个组成。
可由独立的个体/实体在独立的位置进行获得组织样品、由此制备一个或更多个组织切片用于基因特征生物标志物测定、进行测定以及对结果进行评分的步骤中的每一个。例如，外科医生可通过活检获得来自癌症患者肿瘤的组织样品，并随后将组织样品送至病理学实验室，该实验室可将组织样品固定并随后制备一个或更多个载片(各自具有单个组织切片)用于测定。载片可在制备之后不久进行测定，或者储存用于将来的测定。制备组织切片的实验室可进行测定或将载片送至不同的实验室进行测定。对载片进行IFN-γ基因特征评分的病理学家或经训练的专业人员可为诊断实验室工作，或者可以是独立的承包商。或者，一个诊断实验室从对象的医生或外科医生获得组织样品，并随后进行制备组织切片、测定载片和计算组织切片的基因特征评分所涉及的所有步骤。
在一些实施方案中，参与制备组织切片和测定其基因特征生物标志物的个体不知道样品正在被测试的对象的身份；即，实验室收到的样品在送至实验室之前以某种方式匿名处理。例如，可仅通过数字或一些其他代码(“样品ID”)来标识样品，并且使用样品ID将测定的结果报告给要求测试的当事人。在一些优选的实施方案中，对象的身份与对象的组织样品之间的联系仅为个体或个体的医生所知。
在一些实施方案中，在已获得测试结果之后，诊断实验室产生测试报告，其可包含以下结果中的任一个或这两个：组织样品是生物标志物阳性或阴性的、肿瘤样品的基因特征评分和该基因特征的参考评分。测试报告还可包含在测定中分析了表达的基因的列表。
在另一些实施方案中，测试报告还可包含关于如何解释结果用于预测对象是否可能对派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗有响应的指导。例如，在一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自癌症，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌，并且具有阴性IFN-γ基因特征评分和/或低或阴性PD-L1状态评分，测试报告可指示该对象具有与对用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗进行的治疗有响应或响应较好相关的评分，而如果CD8+ T细胞密度评分和/或IFN-γ基因特征评分高于阈值，和/或PD-L1状态评分高，则测试报告指示该患者具有与对用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗进行的治疗无响应或响应差相关的评分。
在另一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的癌症，其可任选地与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。
在一些实施方案中，测试报告是由诊断实验室准备的书面文件，并作为硬拷贝或通过电子邮件送至患者或患者的医生。在另一些实施方案中，测试报告由计算机程序生成并显示在医生办公室的视频监视器上。测试报告还可包括将测试结果直接口头传送至患者或患者医生或医生办公室的授权雇员。类似地，测试报告可包括医生在患者文件中作出的对测试结果的记录。
检测本发明标志物的存在或不存在可使用专门设计用于此目的的试剂盒进行。在一个实施方案中，试剂盒包含能够与基因特征中的靶转录物杂交的寡核苷酸探针组。试剂盒还可包含能够检测其他基因(例如对照基因或用于归一化目的的基因)的转录物的寡核苷酸探针。寡核苷酸探针组可在固体表面(例如微芯片、二氧化硅珠(例如来自Illumina，San Diego，Calif的BeadArray技术)或载玻片(参见例如WO 98/20020和WO 98/20019))上包含寡核苷酸的有序阵列。在一些实施方案中，寡核苷酸探针以液体或干燥形式在一种或更多种组合物中提供。
免疫组织化学(Immunohistochemistry，IHC)
IHC测定通常以抗原修复(antigen retrieval)开始，其可在试剂和方法方面变化。抗原修复过程可涉及在合适缓冲液的浴中对组织切片进行压力蒸煮、蛋白酶处理、微波处理、或加热，其标准目标是使通过福尔马林交联或其他固定而隐藏的抗原暴露。(参见例如Leong et al.Appl.Immnunohistochem.4(3)：201(1996).)
可使用两种普遍的IHC方法：直接测定和间接测定。在直接IHC测定中，直接确定抗体与靶抗原的结合。该直接测定使用经标记的试剂，例如荧光标签或酶标记的一抗，其可在没有进一步抗体相互作用的情况下可视化。在典型的间接测定中，未缀合的一抗与抗原结合，并且随后经标记的二抗与一抗结合。当二抗与酶标记缀合时，添加显色或荧光底物以提供抗原的可视化。发生信号放大是因为数种二抗可与一抗上的不同表位反应。
用于免疫组织化学的一抗和/或二抗通常将用可检测的部分进行标记。许多标记是可获得的，其通常可分为以下类别：(a)放射性同位素，例如35S、14C、131I、3H和123I(可使用例如Current Protocols in Immunology，第1和2卷，Coligen et al.，Ed.Wiley-Interscience，New York，N.Y.，Pubs.(1991)中描述的技术用放射性同位素来标记抗体，并且可使用闪烁计数来测量放射性。另一些放射性核素包括：99Tc、90Y、32P、13N、18F、51Cr、57To、225Ra、60Co、59Fe、57Se、152Eu、67Cu、217Ci、211At、212Pb、47Sc、109Pd、234Th、40K、157Gd、55Mn、52Tr、82Rb、201Th、92Sr、67Ga、192Ir、166Ho、10B、99mTc、42K、186Re、188Re、75Se、24Na、11C、13N、15O、57Co、67Ga、177Lu和56Fe。)；胶体金颗粒；以及荧光或化学发光标记，包括但不限于：稀土螯合物(铕螯合物)、荧光素及其衍生物、罗丹明及其衍生物、异硫氰酸酯、藻红蛋白、藻蓝蛋白、别藻蓝蛋白、邻苯二甲醛、荧光胺、丹酰(dansyl)、伞形花内酯、萤光素、鲁米诺(luminal)标记、异鲁米诺(isoluminal)标记、芳香吖啶酯标记、咪唑标记、吖啶盐标记、草酸酯标记、水母蛋白(aequorin)标记、2，3-二氢酞嗪二酮、德克萨斯红(Texas Red)、丹酰、丽丝胺(Lissamine)、伞形花内酯、藻红蛋白、藻蓝蛋白、或市售的荧光团(例如SPECTRUM
Figure BDA0002244590810000541
和SPECTRUM
Figure BDA0002244590810000542
)和/或以上任意一种或更多种的衍生物。例如，可使用CurrentProtocols in Immunology(同上)中公开的技术使荧光标记与抗体缀合。可使用荧光计来量化荧光。
多种酶-底物标记是可获得的(参见美国专利No.4,275,149)。酶通常催化显色底物的化学改变，其可使用多种技术测量。例如，酶可催化底物的颜色变化，其可通过分光光度法测量。或者，酶可改变底物的荧光或化学发光。上面描述了用于量化荧光变化的技术。化学发光底物通过化学反应变为电子激发的，并随后可发射可测量的光(例如，使用化学发光计)或向荧光接受器贡献能量。
酶标记的一些实例包括：萤光素酶(例如，萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶；美国专利No.4,737,456)、萤光素、2，3-二氢酞嗪二酮、苹果酸脱氢酶、脲酶、过氧化物酶(例如辣根过氧化物酶(horseradish peroxidase，HRPO))、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)、杂环氧化酶(例如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶)、乳过氧化物酶、微过氧化物酶等。用于使酶与抗体缀合的技术描述于O’Sullivan et al.，Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay，Methods in Enzym.(edJ.Langbne&H.Van Vunakis)，Academic press，New York，73：147-166(1981)中。
许多酶-底物组合对于本领域技术人员是可获得的。关于这些的一般性综述，参见美国专利No.4,275,149和4,318,980。酶-底物组合的一些实例为：(i)辣根过氧化物酶(HRP)和过氧化氢酶，作为底物，其中过氧化氢酶氧化染料前体，例如：3，3’二氨基联苯胺(DAB)，其产生棕色终产物；3-氨基-9-乙基咔唑(AEC)，其在氧化之后形成玫瑰红色终产物；4-氯-1-萘酚(CN)，其作为蓝色终产物沉淀；以及对苯二胺二盐酸盐/邻苯二酚，其产生蓝黑色产物；邻苯二胺(orthophenylene diamine，OPD)和3，3’，5，5’-四甲基联苯胺盐酸盐(TMB)；(ii)碱性磷酸酶(alkaline phosphatase，AP)与对硝基苯磷酸酯、萘酚AS-MX磷酸酯、Fast Red TR和Fast Blue BB、萘酚AS-BI磷酸酯、萘酚AS-TR磷酸酯、5-溴-4-氯-3-吲哚基磷酸酯(5-bromo-4-chloro-3-indoxyl phosphate，BCIP)、Fast Red LB、Fast GarnetGBC、硝基蓝四唑(Nitro Blue Tetrazolium，NBT)和碘硝基四唑紫(iodonitrotetrazoliumviolet，INT)；以及(iii)β-D-半乳糖苷酶(β-D-Gal)与显色底物(例如，对硝基苯基-P-D-半乳糖苷酶)或荧光底物(例如，4-甲基伞形花内酯基-P-D-半乳糖苷酶)。
可使用用于使抗体分子与多种部分缀合的本领域中已知的任何方法，包括Hunter，et al，(1962)Nature 144：945；David，et al，(1974)Biochemistry13：1014；Pain，et al，(1981)J.Immunol.Meth.40：219；以及Nygren，J.，(1982)Histochem.andCytochem.30：407描述的那些方法。
在一些实施方案中，标记与抗体间接缀合。技术人员将知晓用于实现该目的的多种技术。例如，抗体可与生物素缀合，并且上述四种广泛类别标记中的任一种都可与亲和素缀合，或反之亦然。生物素与亲和素选择性地结合，并且因此，标记可以以这种间接方式与抗体缀合。或者，为了实现标记与抗体的间接缀合，使抗体与小的半抗原缀合，并将上述不同类型标记中的一种与抗半抗原抗体缀合。因此，可实现标记与抗体的间接缀合。
在抗原修复和任选的封闭步骤之后，在足够时间内且在合适的条件下使组织切片暴露于作为一抗的派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段以允许一抗与组织切片中的PD-L1蛋白结合。实现该目的的合适条件可通过常规实验来确定。然后，洗涤载片以除去未结合和过量的一抗。
在一些实施方案中，一抗与可检测标记连接，例如顺磁性离子、放射性同位素、荧光色素等，并且使用合适的成像设备评价载片的PD-L1染色。
在另一些实施方案中，可使用与可检测标记连接的第二结合剂检测PD-L1与一抗之间的免疫复合物。第二结合剂优选是二抗，其以足以允许形成第二免疫复合物的浓度和时间施加于载片。然后，通常洗涤载片以除去任何非特异性结合的二抗，并检测第二免疫复合物中的标记。
二抗可使用亲和素、链霉亲和素或生物素来标记，其用可检测部分(例如荧光染料(染色剂)、发光染料或非荧光染料)独立标记。原则上，可使用可与二抗缀合或可与其间接结合(例如，通过缀合的亲和素、链霉亲和素、生物素)的任何酶。所用的酶可以是例如碱性磷酸酶(AP)、辣根过氧化物酶(HRP)、β-半乳糖苷酶和/或葡萄糖氧化酶。酶还可针对催化底物的发光反应，例如但不限于萤光素酶与水母蛋白，其具有基本上不可溶的反应产物，所述反应产物能够发光或能够指导第二底物的第二反应，例如但不限于萤光素与ATP、或腔肠素(coelenterazine)与Ca2+，其具有发光产物。最后，施加检测试剂，其包括生色原(chromagen)或荧光标记的分子以使免疫复合物的定位可视化。
可使用自动化病理学系统进行IHC测定，所述自动化病理学系统可包含自动化染色(常规染色剂、组织化学技术、免疫染色机(immunostainer))；自动化原位杂交系统；自动载片制备(盖片、载片干燥)以及一体化载片和盒标记，如Roja et al.，Review of imagingsolutions for integrated，quantitative immunohistochemistry in the Pathologydaily practice，Folia Histochemica et Cytobiologica，第47卷，第3期，349-354，2009中所述的。
在某些示例性实施方案中，IHC测定采用市售的Dako EnVisionTM FLEX检测系统，其旨在与Dako自动染色仪(Dako，Agilent Technologies Company，Glostrup，Denmark)一起使用。这些试剂可现货供应用于其他自动染色机或用于人工进行的染色(不用自动染色机进行)。
样品收集和组织切片的制备
可在对象暴露于一种或更多种治疗剂(例如派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段、塔利拉维和/或化学治疗剂)之前和/或之后从对象收集用于制备经染色组织切片以对PD-L1表达进行评分的肿瘤组织样品。因此，可在一段时间中从对象收集肿瘤样品。可通过多种方法(包括但不限于手术切除、抽吸或活检)来获得肿瘤样品。可将组织样品切片并作为新鲜试样检查PD-L1。在另一些实施方案中，将组织样品冷冻用于进一步切片。在另一些实施方案中，通过固定和包埋在石蜡中等来保存组织样品。
可通过常规方法固定组织样品，其中固定的长度取决于组织样品的大小和所用的固定剂。中性缓冲的福尔马林、戊二醛、布安氏固定液或多聚甲醛是固定剂的一些非限制性实例。在一些优选的实施方案中，用福尔马林固定组织样品。在一些实施方案中，还将固定的组织样品包埋在石蜡中以制备福尔马林固定且石蜡包埋(FFPE)组织样品。石蜡的一些实例包括但不限于Paraplast、Broloid和Tissuemay。
通常来说，将组织样品固定并通过一系列梯度醇脱水，用石蜡或其他切片介质浸润并包埋，使得组织样品可被切片。或者，首先将肿瘤组织样品切片，并随后固定单个切片。
在一些实施方案中，本发明的评分过程在封固在显微镜载片上且干燥的约3至4毫米且优选4微米的FFPE组织切片上进行。
派姆单抗和派姆单抗变体抗体
本文中所述的用于IHC测定的一抗是派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段，其与在某些哺乳动物细胞的表面上表达的成熟形式的PD-L1(缺乏预分泌前导序列，也称为前导肽)结合。术语“PD-L1”和“成熟PD-L1”在本文中可互换使用，并且应理解，除非另有说明或从上下文中显而易见，否则意指相同的分子。本文中使用的抗人PD-L1抗体或抗hPD-L1抗体是指与成熟人PD-L1特异性结合的抗体，例如派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段。成熟的人PD-L1分子由以下序列的第19至290位氨基酸组成：
Figure BDA0002244590810000571
“与人PD-L1特异性结合”的抗体或“与包含人PD-L1的氨基酸序列的多肽特异性结合”的抗体是表现出相比于其他抗原优先与人PD-L1结合的抗体，但这种特异性不需要绝对结合特异性。如果抗-hPD-L1抗体的结合决定样品中人PD-L1的存在，例如在不产生不期望结果(例如IHC诊断测定中假阳性)的情况下，则认为抗-hPD-L1抗体对于人PD-L1是“特异性的”。可在本发明的过程和方法中用作一抗的抗体或其结合片段将以是对任何非PD-L1蛋白的亲和力至少2倍高、优选至少10倍高、更优选至少20倍高且最优选至少100倍高的亲和力与人PD-L1结合。如本文中使用的，如果抗体与包含给定序列(例如成熟人PD-L1)的多肽结合但不与缺乏该序列的蛋白质结合，则认为该抗体与包含该序列的多肽特异性结合。可使用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段对来自人对象的肿瘤样品的组织切片进行PD-L1表达评分。
PD-L1表达的诊断测试
在一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自与低或阴性PD-L1状态以及任选地小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度和/或低或阴性PD-L1状态相关的癌症，并且来自黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌。
在另一个实施方案中，受试的肿瘤样品对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应，并且可任选地与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。
可由独立的个体/实体在相同或独立的位置进行获得组织样品、由此制备一个或更多个组织切片用于IHC测定、进行IHC染色以及对结果进行评分的步骤中的每一个。例如，外科医生可通过活检获得来自癌症患者肿瘤的组织样品，并随后将组织样品送至病理学实验室，该实验室可将组织样品固定并随后制备一个或更多个载片(各自具有单个组织切片)用于IHC测定。载片可在制备之后不久通过IHC进行分析，或者储存用于将来的测定。制备用于IHC测定的组织切片的实验室可进行测定或将载片送至不同的实验室进行测定。对经染色载片进行PD-L1染色评分的病理学家或经训练的专业人员可为诊断实验室工作，或者可以是独立的承包商。或者，一个诊断实验室从对象的医生或外科医生获得组织样品，并随后进行制备组织切片、对载片进行染色以及对经染色组织切片中PD-L1表达进行评分或将经染色载片送至经训练专业人员用于PD-L1评分所涉及的所有步骤。
在一些实施方案中，参与制备组织切片和通过IHC测定对其进行分析的个体不知道样品正在被测试的对象的身份，即，实验室收到的样品在送至实验室之前以某种方式匿名处理。例如，可仅通过数字或一些其他代码(“样品ID”)来标识样品，并且使用样品ID将IHC测定的结果报告给要求测试的当事人。在一些优选的实施方案中，对象的身份与对象的组织样品之间的联系仅为个体或个体的医生所知。
在一些实施方案中，在已获得测试结果之后，诊断实验室产生测试报告，其可包含组织样品对于PD-L1表达是阳性或阴性的结果。测试报告还可包含关于如何解释结果用于预测对象是否可能对派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗有响应的指导。例如，在一个实施方案中，如果患者的肿瘤低于预先指定的阈值，则测试报告可指示该患者具有与对用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗进行的治疗有响应或响应较好相关的PD-L1表达评分，而如果PD-L1表达评分为预先指定的阈值或比其高，则PD-L1表达评分与对用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗进行的治疗无响应或响应差相关。
在一些实施方案中，测试报告是由诊断实验室准备的书面文件，并作为硬拷贝或通过电子邮件送至患者或患者的医生。在另一些实施方案中，测试报告由计算机程序生成并显示在医生办公室的视频监视器上。测试报告还可包括将测试结果直接口头传送至患者或患者的医生或医生办公室中的授权雇员。类似地，测试报告可包括医生在患者文件中作出的对测试结果的记录。
量化淋巴细胞的方法
流式细胞术
通常通过用与特异性单克隆抗体缀合的荧光色素对细胞进行免疫荧光标记并通过流式细胞术量化特异性标记的细胞的比例来测量淋巴细胞亚群。流式细胞术的人工替代方案也可用于量化CD4细胞。它们是只需要细胞计数的简单光或荧光显微术方法。
在流式细胞术中，用荧光染料标记针对细胞上存在的特定CD抗原制备的特异性单克隆抗体。使经标记的单克隆抗体与单个核细胞(淋巴细胞和单核细胞)反应，并且可通过流式细胞仪将反应的细胞依据其结合哪种抗体分类为亚群体。流式细胞术通常给出CD4+或CD8+细胞的百分比。为了获得绝对细胞计数，使用双平台技术和单平台技术。双平台技术采用流式细胞仪和血液分析仪。使用双平台方法的CD4绝对计数是三种测量结果的产物：白细胞计数、作为淋巴细胞(差值)的白细胞计数的百分比、以及作为CD4细胞的淋巴细胞的百分比(通过流式细胞术确定)。如果使用单平台技术，则通过单个仪器在单个管中测量淋巴细胞亚群的绝对计数。这通常通过用已知数量的荧光珠(基于珠的系统)掺入固定体积的样品或通过精确记录所分析样品的体积来完成。最近的建议表明，单平台技术应为CD4绝对计数的金标准。
数种流式细胞仪是可获得的，其中FACSCalibur(Becton Dickinson)和EPICS XL(Beckman Coulter)是最流行的。这些仪器提供高样品通量、自动化的工作流管理和简单的软件应用。这两种仪器都可检测四种颜色并测量相对细胞大小和细胞复杂性。系统被设计成使用收集在液体EDTA中的全血。除了使用传统的流式细胞仪(可采用双平台或单平台技术的开放式平台)之外，还开发了用于CD4+ T细胞计数的简化专用平台。市售的专用平台包括FACScount(Becton Dickinson)、CyFLow Counter(Partec)和Guava Auto CD4/CD8％(Millipore/Merck)。专用平台允许以降低的技术复杂性对CD4+ T细胞进行计数，产生绝对CD4计数和CD4/CD8比而无需外部计算机。系统使用全血、无需裂解和洗涤步骤，并且具有自动识别目的淋巴细胞群体的独特软件算法。
量化淋巴细胞的人工方法
市场上可获得的流式细胞术的人工替代方案是：Cyto-Spheres(CoulterCorporation，USA)和Dynabeads(Dynal AS，Norway)。Dynal T4试剂盒(Dynabeads)用于在显微镜下在细胞计数室中对CD4细胞进行人工计数。该方法测量CD4绝对计数；不可确定淋巴细胞百分比。其需要一台落射荧光显微镜(推荐)，虽然其用仅光学显微镜即可进行；血细胞计数器、涡旋、管摇杆、计时器和磁体。用单克隆抗体包被磁珠作为固相以从全血中分离CD4和CD8细胞，而使用CD14磁珠预先耗尽CD4阳性单核细胞。在分离CD4细胞之后，将细胞裂解，染色并计数。血液样品应是新鲜的，优选不超过24小时。Coulter人工CD4计数试剂盒(用于Cyto-Spheres方法)需要光学显微镜、计时器和血细胞计数器，并且从收集在EDTA管中的全血测量CD4绝对计数(无百分比)。抗体包被的胶乳颗粒用于结合CD4细胞，从而在每个CD4细胞周围产生胶乳珠的“玫瑰花结”；通过光学显微术可容易地识别玫瑰花结。单核细胞封闭剂使来自包含CD4抗原的单核细胞的干扰最小化，因为其可在CD4细胞计数期间被识别。
对于本领域技术人员来说明显的是，可使用合适的等同方案对本文中所述的方法作出其他合适的修改和调整而不脱离本文中所公开的实施方案的范围。现在已经详细描述了某些实施方案，通过参考以下实施例将更清楚地理解这些实施方案，所述实施例包括在内仅用于举例说明的目的而不旨在限制。
CD8+表达的诊断测试
在一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+T细胞浸润密度相关、任选地具有低或阴性PD-L1状态和/或阴性IFNγ基因特征的癌症，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、非小细胞肺癌、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌)、结直肠癌、乳腺癌(例如，HER2+乳腺癌、HER2-(HR+)乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、膀胱癌(例如，移行细胞癌、尿路上皮癌)、前列腺癌(例如，去势抵抗性前列腺癌)、肉瘤(例如，软组织肉瘤、骨肉瘤)、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌或胰腺癌。
在一个实施方案中，受试的肿瘤样品来自对用检查点抑制剂(例如，用抗PD-L1治疗或抗PD-1治疗(例如，派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段))进行的单药治疗有响应的癌症，其可任选地与小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/1mm2样品(或/1mL样品)的CD8+ T细胞浸润密度、低或阴性PD-L1状态和阴性IFNγ基因特征中一种或更多种相关，包括但不限于：黑素瘤(例如，皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤、葡萄膜黑素瘤)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)、头颈癌(例如，复发性或转移性头颈鳞状细胞癌、鼻咽癌、甲状腺癌、唾液腺癌、食管癌)、乳腺癌(例如，ER+/HER2-乳腺癌、三阴性乳腺癌)、卵巢癌、宫颈癌、膀胱癌(例如，尿路上皮癌)、肾细胞癌、胃肠癌(例如，肝细胞癌、结直肠癌、肛门癌)、胆道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤(例如，纵隔大B细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)或间皮瘤。
可由独立的个体/实体在相同或独立的位置进行获得样品、制备用于流式细胞术的样品、进行流式细胞术以及对结果进行评分的步骤中的每一个。例如，外科医生可通过活检获得来自癌症患者的样品，并随后将样品送至病理学实验室，该实验室可制备用于流式细胞术的样品。载片可在制备之后不久通过IHC进行分析，或者储存用于将来的测定。制备用于流式细胞术的样品的实验室可进行测定或将载片送至不同的实验室进行测定。进行流式细胞术的病理学家或经训练的专业人员可为诊断实验室工作，或者可以是独立的承包商。或者，一个诊断实验室从对象的医生或外科医生获得样品，并随后进行制备样品和对样品中CD8+进行评分或将样品送至经训练专业人员用于CD8+评分所涉及的所有步骤。
在一些实施方案中，参与制备样品和通过流式细胞术对其进行分析的个体不知道样品正在被测试的对象的身份，即，实验室收到的样品在送至实验室之前以某种方式匿名处理。例如，可仅通过数字或一些其他代码(“样品ID”)来标识样品，并且使用样品ID将流式细胞术测定的结果报告给要求测试的当事人。在一些优选的实施方案中，对象的身份与对象的组织样品之间的联系仅为个体或个体的医生所知。
在一些实施方案中，在已获得测试结果之后，诊断实验室产生测试报告，其可包含关于如何解释结果用于预测对象是否可能对派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗有响应的指导。例如，在一个实施方案中，如果患者的肿瘤低于预先指定的阈值，则测试报告可指示患者具有与对用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗进行的治疗有响应或响应较好相关的CD8+表达评分，而如果CD8+表达评分为预先指定的阈值或比其高，则CD8+表达评分与对用派姆单抗、派姆单抗变体和/或其抗原结合片段/塔利拉维组合治疗进行的治疗无响应或响应差相关。
在一些实施方案中，测试报告是由诊断实验室准备的书面文件，并作为硬拷贝或通过电子邮件送至患者或患者的医生。在另一些实施方案中，测试报告由计算机程序生成并显示在医生办公室的视频监视器上。测试报告还可包括将测试结果直接口头传送至患者或患者的医生或医生办公室的授权雇员。类似地，测试报告可包含医生在患者文件中作出的对测试结果的记录。
对于本领域技术人员来说显而易见的是，可使用合适的等同方案对本文中所述的方法作出其他合适的修改和调整而不脱离本文中所公开的实施方案的范围。现在已经详细描述了某些实施方案，通过参考以下实施例将更清楚地理解这些实施方案，所述实施例包括在内仅用于举例说明的目的而不旨在限制。本文中所述的所有专利、专利申请和参考文献出于所有目的通过引用整体并入。
实施例
实施例1.将塔利拉维与派姆单抗组合的1b期临床试验
在患有晚期黑素瘤的患者中设计了1b期试验(MASTERKEY-265；ClinicalTrials.gov标识号：NCT02263508)，其将塔利拉维的瘤内注射与抗PD-1抗体派姆单抗的全身性施用组合，具有基线和重复治疗中活检，主要目的是测试这种组合的安全性，并探索其加强肿瘤炎性状态的能力。
符合条件的患者(≥18岁)具有在组织学上确认的、不可手术切除的IIIB-IV期皮肤黑素瘤、可测量疾病(≥1个最长直径≥10mm的黑素瘤病灶)、以及≥1个最长直径≥10mm的可注射的皮肤、皮下或结节黑素瘤病灶，不管是单独的还是聚集体，不推荐对其进行手术。要求患者具有适当的表现状态以及血液学、肝、肾和凝固功能。如果患者如下，则其被排除在外：患有葡萄膜黑素瘤/黏膜黑素瘤；先前已用全身治疗治疗过晚期黑素瘤，先前接受过塔利拉维或针对不可切除IIIB-IV期黑素瘤的任何先前全身性抗癌治疗；东部肿瘤协作组(Eastern Cooperative Oncology Group，ECOG)表现状态≥2；活性脑转移瘤；活性疱疹性皮肤病灶；来自疱疹性感染的先前并发症；不同于间歇性表面(topical)使用，需要全身性抗疱疹治疗。所有患者均提供书面知情同意书。研究操作由每个地点的机构伦理委员会批准。
研究设计
MASTERKEY-265研究的1b期部分是公开标签、多中心、单分支的研究，其主要评价与静脉内派姆单抗组合的病灶内塔利拉维的安全性(图6)。
简言之，为了使单纯疱疹病毒阴性患者血清转化，在研究第1周的第1天施用病灶内塔利拉维106pfu/mL。在第4周和第6周的第1天以及之后每2周施用塔利拉维的后续剂量108pfu/mL。在每次治疗访视时，可通过病灶内注射施用多至4mL(总体积)的塔利拉维。递送至每个经注射病灶的体积取决于病灶的直径(Hoffner，B.，Iodice，G.M.，和Gasal，E.(2016).Administration and Handling of Talimogene Laherparepvec：AnIntralesional Oncolytic Immunotherapy for Melanoma.Oncol Nurs Forum 43，219-226)。根据病灶的注射体积的范围为最长直径≤0.5em的病灶的0.1mL至最长直径＞5cm的病灶的4.0mL。继续施用塔利拉维直至可注射病灶消失、完全响应(CR)、根据修改的免疫相关响应标准(immune-related response criteria，irRC)(Wolchok et al.，2009)确认疾病进展(disease progression，PD)、治疗不耐受、从派姆单抗的第一剂量开始24个月或研究结束，以先发生者为准。如果发生毒性，则塔利拉维剂量可延迟多至4周；延迟＞4周导致永久中止。
在第6周的第1天(即，在塔利拉维的第三剂量时)开始，每2周静脉内施用派姆单抗(200mg)。继续派姆单抗治疗直至通过irRC确认PD、治疗不耐受、从派姆单抗的第一剂量开始24个月或研究结束，以先发生者为准。根据与美国处方信息(US prescribinginformation)一致的方案指定规则，可禁用或中止派姆单抗(Kaufman，H.L.，Kim，D.W.，DeRaffele，G.，Mitcham，J.，Coffin，R.S.，和Kim-Schulze，S.(2010).Local and distantimmunity induced by intralesional vaccination with an oncolytic herpes virusencoding GM-CSF in patients with stage IIIc and IV melanoma.Ann Surg Oncol17，718-730)。如果禁用派姆单抗＞12周，则永久中止派姆单抗治疗。
主要终点是从这两种药剂组合给予时开始剂量限制性毒性(dose limitingtoxicity，DLT)的发生率。通过剂量水平审查小组评价前6名DLT可评价患者中的DLT发生率和来自所有患者的另外安全性数据。如果在DLT评价期间DLT的发生率为＜33％，则该组合将被宣布为可耐受的。次要终点包括如由研究者根据irRC(Wolchok et al.，2009)所评价的确认客观响应率(ORR；CR加部分响应(PR)的比例)、最佳总体响应和AE发生率。
DLT限定为在从派姆单抗治疗开始的6周时间期间发生的以下治疗相关毒性中的任一种：4级非血液学毒性；3/4级肺炎；不管最佳支持性照顾，3级非血液学毒性持续＞3天(3级疲劳除外)；需要医疗干预/住院或持续＞1周的3/4级非血液学实验室值；3/4级发热性中性粒细胞减少；如果与危及生命的出血事件或需要血小板输注的出血事件相关的话，血小板减少＜25×109/L；任何5级毒性；或需要永久中止塔利拉维或派姆单抗的任何毒性。
研究临床评估
记录在研究治疗的最后剂量之后第1周至30天发生的不良事件，并使用通用不良事件术语标准4.0版(Common Terminology Criteria for Adverse Events version 4.0)对其进行分级。
通过研究人员根据修改的irRC(Wolchok，J.D.，Hoos，A.，O’Day，S.，Weber，J.S.，Hamid，O.，Lebbe，C.，Maio，M.，Binder，M.，Bohnsack，O.，Nichol，G.，et al.(2009).Guidelines for the evaluation of immune therapy activity in solid tumors：immune-related response criteria.Clin Cancer Res 15，7412-7420)评价肿瘤响应。完全响应限定为所有病灶消失；PR限定为相对于基线，肿瘤面积减小≥50％；PD限定为相对于最低点(nadir)，肿瘤面积增大≥25％；并且SD限定为招募之后经过≥77天不符合响应或PD的标准的任何结果。响应在自第一次响应记录之日起4周内确认。在筛选时、第6周(开始派姆单抗之前)、第18周以及之后每12周进行肿瘤评估。使用计算机断层扫描、正电子发射断层扫描、磁共振成像或超声进行用于病灶评估的射线照相术成像。用卡尺进行皮肤、皮下和可触知的结节肿瘤病灶的临床测量。通过在≥4周之后评估可测量/不可测量的新病灶以及指示病灶(index lesion)来确认PD的初始测量。如果在临床上稳定，则患者在等待PD确认的同时继续治疗。
生物标志物分析
流式细胞术
通过流式细胞术用以下标志物分析T细胞亚群：CD45、CD3、CD4、CD8和BDTruCOUNT。另外，所评估的检查点标志物包括如通过CD3、CD4、CD8、CCR7和CD45RA的表达所限定的T细胞亚群上的HLA-DR、PD-1、Tim3、BTLA、ICOS、OX40、41BB和GITR。
RNA谱分析和IFNγ基因特征
从固定在带正电荷载片上的5μm厚福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)切片分离总RNA。首先评估肿瘤面积百分比，并且刮下所有组织用于分离，或者如果存在＜50％肿瘤面积的话，对肿瘤组织进行宏观解剖用于分离。使用来自Roche Diagnostics(Indianapolis，IN)的高纯FFPET RNA分离试剂盒进行RNA分离。使用50ng RNA来进行NanoString基因表达谱分析，其根据制造商的说明书用来自NanoString Technologies(Seattle，WA)的nCounterPanCancer Immune Profiling Panel运行。通过从持家基因的log10计算平均值减去每种基因的log10转换原始计数来计算来自NanoString测定的归一化基因表达值。使用将特征内每种基因的归一化值与其预定加权评分进行比较的计算来获得干扰素γ基因特征评分。
免疫组织化学
使用如先前所述的IHC评估肿瘤中的PD-L1表达(Daud，A.I.，Wolchok，J.D.，Robert，C.，Hwu，W.J.，Weber，J.S.，Ribas，A.，Hodi，F.S.，Joshua，A.M.，Kefford，R.，Hersey，P.，et al.(2016).Programmed Death-Ligand 1Expression and Response tothe Anti-Programmed Death 1Antibody Pembrolizumab in Melanoma.J Clin Oncol34，4102-4109)使用Dako PD-L1 22C3测定的研究版本(Carpinteria，CA)。
对于CD8和颗粒酶B IHC分析，进行苏木精和伊红染色并由病理学家检查以验证黑素瘤的存在并将肿瘤面积限定为用于分析的目的区域。抗CD8小鼠单克隆抗体克隆C8/144B用于CD8 IHC。抗颗粒酶B小鼠单克隆抗体克隆GrB-7(Dako)用于颗粒酶B IHC。用基于聚合物的检测方法和红色色原进行免疫组织化学检测。使用ScanScope CS或AT Turbo系统(Aperio，Vista，CA，USA)扫描载片，圈出肿瘤区域，并通过自动化图像分析对阳性细胞的密度(例如，每mm2的CD8阳性细胞)进行评价。
免疫荧光
使用MultiOmyxTM技术使用单个载片对12种生物标志物进行染色对可获得的成对治疗前和治疗后活检进行评价。根据公开的方法(Au et al.，2016；Gerdes et al.，2013)，使用直接与Cy3或Cy5缀合的抗体对进行重复染色循环，然后进行成像和染料灭活。
量化和统计学分析
使用6+3试验设计，需要6至9名DLT可评价患者以评估与派姆单抗组合的塔利拉维的DLT谱，假设真正的DLT发生率为11％至33％。招募另外的患者以评价生物标志物与响应之间的联系。
DLT分析组包括在1b期所招募的所有DLT可评价患者，他们有机会从派姆单抗的初始剂量开始接受≥6周的治疗，并且他们接受组合的≥2个剂量的塔利拉维和2个剂量的派姆单抗，或者他们在开始组合治疗的6周内经历DLT。安全性分析组包括接受≥1个剂量塔利拉维或派姆单抗的所有患者。预测性生物标志物分析包括具有基线生物标志物结果的所有患者；生物标志物变化的分析包括具有基线生物标志物结果和≥1个后续生物标志物结果的所有患者。
对于ORR和疾病控制率，计算相应的精确95％置信区间(95％CI)。使用Kaplan-Meier法估计PFS(从招募至根据修改的irRC的疾病进展或死亡的时间)和OS(从招募至死亡的时间)。
对于来自IHC的细胞密度或H评分结果，分别用注射和非注射病灶中相对于基线(第1周)的基线后log2比值的符号检验来评估相对于基线的变化。对于流式细胞术结果，在基线作为协变量的情况下，针对log10比值(绝对计数或MESF)或相对于/与基线的％差异，用线性混合效应模型评估相对于基线的变化。对于基于免疫荧光的多参数成像，在因子访视和注射状态的情况下，针对密度的立方根用线性混合效应模型评估对细胞密度的作用(Ribas，A.(2015).Adaptive Immune Resistance：How Cancer Protects from ImmuneAttack.Cancer Discov 5，915-919)。
对于每个研究者，用在基线或给定访视时相对于基线的变化处响应(CR或PR)相对于连续生物标志物结果的逻辑斯谛回归(logistic regression)对截至2016年8月与未确认最佳响应的联系进行评价。转换的结果用于分析。独立分析经注射病灶和非注射病灶。在小样品尺寸的情况下还评价了Kruskal-Wallis检验。
用Benjamini-Hochberg法将FDR控制在5％，并通过终点和报告度量(Ab，MESF，％)的优先组对流式细胞术分析进行分层。
数据和软件可获得性
使用SAS 9.2版(SAS Institute，Cary，NC)进行统计学分析。使用Matlab R2015a(The Mathworks Inc.，Natick，MA)进行生物标志物统计学分析。
实施例2：将塔利拉维与派姆单抗组合的安全性和耐受性
在1b期临床试验中，向21位患有晚期黑素瘤、具有可注射皮肤病灶的患者施用瘤内塔利拉维和静脉内派姆单抗。该组合通常是良好耐受的，其中疲劳、发热和寒战是最常见的不良事件。没有剂量限制性毒性。一位患者患有肺炎，抗PD-1治疗的已知毒性。确认的客观响应率为62％，其中完全响应率为33％。对塔利拉维和派姆单抗的组合有响应的患者在塔利拉维之后具有提高的肿瘤中CD8+ T细胞。在塔利拉维治疗之后，PD-L1在肿瘤中多个免疫细胞亚群上随着干扰素γ基因表达而提高。对组合治疗的响应与通过CD8+ T细胞的基线浸润或干扰素γ特征无关。这些发现表明塔利拉维的瘤内注射可通过将T细胞吸引到肿瘤中来有利地改变肿瘤微环境，从而促进PD-1阻断治疗的临床活性。
1b期试验包括在开始瘤内塔利拉维注射之前的基线活检，其中首次注射为多至4mL×106噬斑形成单位(pfu)/mL，目的是诱导血清转化和针对溶瘤病毒载体的保护性免疫应答，接着，在三周之后，每两周重复注射全剂量多至4mL×108pfu/mL的塔利拉维(图1A)。在施用第二全剂量的塔利拉维之前并且在开始与下一剂量的塔利拉维同时每2周以200mg静脉内给予派姆单抗之前进行第二次肿瘤活检。设计了单一药剂塔利拉维施用的导入期(run-in period)，以分析在开始组合治疗之前塔利拉维的瘤内注射如何改变肿瘤微环境。在研究的组合治疗部分期间计划第三次肿瘤活检(图1A和6)。在2014年12月至2015年3月，临床试验招募了21位患有晚期黑素瘤和可瘤内注射的外周病灶的患者(全部患者特征参见表2)。在报告时，对患者随访持续平均18.8个月(17.7至20.7)。
表2.基线人口统计学和临床特征
Figure BDA0002244590810000681
Figure BDA0002244590810000691
ECOG，东部肿瘤协作组；HSV，单纯疱疹病毒；LDH，乳酸脱氢酶；PD-L1，程序性死亡配体1；ULN，正常值上限。
*通过免疫组织化学，阳性的截止值为≥1％PD-L1。
在组合治疗的情况下，在21位患者的任一名中都没有新毒性或剂量限制性毒性。最常见的毒性是疲劳(62％)、寒战(48％)和发热(43％)，其对于塔利拉维的瘤内注射是预料到的(Andtbacka et al.，2015)。常见的派姆单抗相关不良事件是疲劳(62％)、疹(33％)和关节痛(33％)，其对于该药剂是预料到的(Ribas et al.，2016)。研究人员认为可能归因于该组合的唯一严重不良事件是1级细胞因子释放综合征(1位患者)。归因于派姆单抗的严重不良事件包括3级自身免疫性肝炎、3级无菌性脑膜炎和4级肺炎(各1位患者)。在患有治疗相关无菌性脑膜炎的患者中，在脑脊液中未检测到单纯疱疹病毒，并且该患者在一个月之前已经停止用塔利拉维和派姆单抗进行治疗且在首次出现该不利事件时已经将治疗转换为达帕菲尼(dabrafenib)和曲美替尼(trametinib)。
实施例3.组合的塔利拉维和派姆单抗的抗肿瘤活性
根据免疫相关响应标准(irRC)(Wolchok et al.，2009)确认的客观响应率为61.9％(95％CI，38.4％至81.9％)，其中确认的完全响应率为33.3％(95％CI，14.6％至57.0％)(表3)。在黑素瘤的所有亚期均发生响应(图1B和1C)。在施用塔利拉维期间，特别是在第一亚治疗剂量之后并且在接受与派姆单抗一起的全剂量塔利拉维之前，9位患者表现出整体肿瘤尺寸的短暂增大，但是随后在组合治疗的情况下这些病灶仍有响应(图1D)。在最后一次随访时未达到中位值无进展存活(PFS)和总体存活(OS)(图1E和1F)。组合治疗导致82％经注射病灶、43.5％非注射非内脏病灶和33.4％非注射内脏病灶的尺寸减小超过50％(图6)。
表3.最佳总体响应*
Figure BDA0002244590810000701
*由研究人员根据免疫相关响应标准评价响应。
Figure BDA0002244590810000702
稳定疾病的最佳总体响应需要在不早于招募之后77天评价稳定疾病。
§在至少4周之后通过后续评估确认响应。
实施例4.与基线CD8+ T细胞浸润、PD-L1状态和干扰素特征无关的肿瘤响应
在允许癌细胞避免T细胞的细胞毒性活性的被称为适应性免疫抵抗中，PD-L1由肿瘤浸润性抗原特异性T细胞产生的干扰素γ诱导(Pardoll，2012；Ribas，2015)。然后，这些T细胞被PD-1：PD-L1相互作用阻断。对单一药剂PD-1阻断治疗有响应的患者具有较高的基线CD8+ T细胞浸润密度、干扰素γ基因表达特征和PD-L1表达(Herbst et al.，2014；Ribaset al.，2015；Tumeh et al.，2014)。分析本文中所述的1b期临床试验中患者的基线活检的CD8+ T细胞密度、PD-L1阳性和干扰素γ基因特征。与用单一药剂派姆单抗治疗(Ribas etal.，2015；Tumeh et al.，2014)的先前经验相反，对象临床试验中的响应在基线活检具有非常低CD8+ T细胞浸润或具有阴性干扰素γ基因特征或具有阴性PD-L1状态的患者中是明显的。在具有小于1,000个细胞/mm2的CD8+密度的13个活检中，9位患者继续对治疗有响应，并且4位患者具有疾病进展(图2A)。在具有低干扰素γ特征的五个基线活检中，3位患者继续具有完全响应，并且2位具有疾病进展(图2B)。仅有一个基线活检被评分为PD-L1阴性，但该患者继续对组合治疗具有完全响应(图2C)。
实施例5.在对组合治疗有响应的患者中塔利拉维瘤内注射提高CD8+ T细胞浸润
在基线活检具有相对低CD8+细胞密度并且对干扰素γ基因特征为非阳性的一些患者继续具有客观响应时，进行单一药剂塔利拉维的导入期以确定在对治疗有响应的患者中塔利拉维是否已经通过将T细胞引入到转移性黑素瘤病灶中改变了肿瘤微环境。实际上，将基线活检与在单独塔利拉维之后进行的活检进行比较的免疫组织化学(IHC)分析显示，在可用于分析的12个经注射病灶中的8个中，浸润CD8+ T细胞的密度增大，其在组合治疗时获得的数个活检中进一步增大(图3A和3B)。在对治疗有响应的3位患者中，在治疗中活检中CD8+密度下降，并且另一位患者的CD8+密度没有变化。没有响应的三位患者在治疗中活检中CD8+密度均下降。总体而言，在继续对治疗有响应的患者的经注射病灶中CD8+密度的增大最明显(图3B)，这是由逻辑斯谛回归支持的关系(p＝0.0048，图8A)。CD8+浸润密度的变化在第6周在非注射病灶中是变化的，甚至在后来对治疗有响应的患者中也是如此，但预先声明，只有三个这样的活检可用于解释(图3B)。发现一些活检在治疗之后具有低残余肿瘤含量(如图3B和3C中的空心符号所示)，不旨在受科学理论约束，这可以是由于在该位点处的完全病理学响应或缺少黑素瘤沉积的活检。与包含在该组中具有进展的单个患者的活检相比，具有这些肿瘤耗尽样品的5个响应活检中的4个在第6周显示出相对高的CD8+ T细胞密度。还对已经显示在PD-1阻断之后在肿瘤中提高的细胞毒性颗粒组分颗粒酶B(与CD8 T细胞和NK细胞的亚群相关)进行IHC(Tumeh et al.，2014)。还观察到表明在塔利拉维和组合治疗之后肿瘤中颗粒酶B提高的趋势，特别是对于具有低残余肿瘤含量的活检(图3C)。此外，在分析肿瘤基因表达数据时，确定了CD8+α和干扰素γmRNA在治疗之后升高，为增大干扰素γ产生细胞毒性T细胞的数量的肿瘤微环境中治疗相关变化提供了另外的支持证据(图3D，3E)。与基线相比，在第6周在经注射病灶中CD8α提高1.7倍(p＝0.01)，并且在非注射病灶中提高1.44倍(p＝0.0012)。类似地，对于经注射病灶和非注射病灶，干扰素γ分别提高1.63(p＝0.0004)和1.41(p＝0.17)。
实施例6.塔利拉维经注射病灶和非注射病灶中免疫细胞浸润变化的表征
为了进一步表征肿瘤的变化，进行了来自13位患者的不同时间点的成对活检的亚组的多重免疫荧光染色。在第6周在塔利拉维治疗之后，观察到肿瘤炎症的广泛变化，包括免疫细胞的浸润提高以及在10个经注射肿瘤中的8个和4个非注射肿瘤中的2个中表达PD-L1的细胞明显提高(图4A)。免疫浸润包括在来自一些患者的治疗中活检中汇集大比例的CD4+和CD8+ T细胞，许多共表达PD-1，以及CD56表达细胞和CD20阳性B细胞。还观察到表达记忆T细胞标志物CD45RO的细胞和表达调节性T细胞(Treg)标志物Foxp3的细胞的密度增大(图4A)。然而，相对于Treg，效应T细胞(Teff)的量级提高得远远更大，导致在塔利拉维之后肿瘤中Treg与Teff之比总体降低(图9)，这与先前的报道(Kaufman et al.，2010)一致。表4中报告了活检中免疫荧光分析的全集合，表4另外显示基于CD68染色，巨噬细胞密度没有明显增大。图4B中示出了相对于基线在第6周和第30周CD8+和PD-L1密度增大(通过免疫荧光)的一个实例。在第6周和第30周，针对S100(蓝色)和PD-L1染色(红色)共染色的肿瘤细胞与显示PD-L1共表达的CD8T细胞(绿色)一起是明显的。在响应患者的组合治疗期间取得的活检物几乎完全被CD8+ T细胞浸润。另外的代表性图像示于图10中。
表4.第6周的经注射病灶与基线病灶(第1周)之间的肿瘤内细胞亚群变化。
Figure BDA0002244590810000731
实施例7.在组合治疗的情况下循环T细胞的功能表型的变化
还在外周血中分析了免疫细胞的变化作为单一药剂和组合治疗的潜在药效学作用。在塔利拉维单一药剂治疗之后，大部分患者在外周血中循环CD8+和CD4+ T细胞的数目提高，这在添加派姆单抗时没有进一步提高(图5A和5B)。然而，添加派姆单抗倾向于提高循环中分裂中CD8 T细胞的数目，如Ki67+CD3+CD8+ T细胞的提高所示(图5C)。对循环CD3+CD8+ T细胞中不同免疫检查点受体的表达的分析揭示，在单一药剂塔利拉维治疗的情况下PD-1和TIM-3提高(图5D和5E)，而BTLA没有变化(图5F)。响应与基线细胞水平或随时间变化的联系都没有通过我们的假发现控制。
实施例8.讨论
该首次人体组合免疫治疗临床试验示出在患有晚期黑素瘤的患者中具有高总体响应率和完全响应率，其由肿瘤活检的变化介导，所述变化在机理上与以下假设相关：注射溶瘤病毒塔利拉维会通过吸引T细胞来改变肿瘤微环境，所述T细胞可在随后用派姆单抗阻断PD-1之后在远端转移瘤中诱导全身性应答。实际上，在单一药剂塔利拉维瘤内施用的情况下在研究的导入期期间，存在循环CD4和CD8 T细胞全身性提高和CD8 T细胞到肿瘤中的浸润提高的证据。这些T细胞表达PD-1并且肿瘤细胞表达PD-L1，可能限制单一药剂塔利拉维的抗肿瘤活性，这受益于阻断PD-1，导致提高的临床活性超出在任一单独治疗的情况下预期的活性。低毒性率实现了响应提高的益处，所述毒性中的大多数是在使用单一药剂塔利拉维或派姆单抗的情况下预期的毒性(Andtbacka，R.H.，Kaufman，H.L.，Collichio，F.，Amatruda，T.，Senzer，N.，Chesney，J.，Delman，K.A.，Spitler，L.E.，Puzanov，I.，Agarwala，S.S.，et al.(2015).Talimogene Laherparepvec Improves Durable ResponseRate in Patients With Advanced Melanoma.J Clin Oncol 33，2780-2788；Ribas，A.，Hamid，O.，Daud，A.，Hodi，F.S.，Wolchok，J.D.，Kefford，R.，Joshua，A.M.，Patnaik，A.，Hwu，W.J.，Weber，J.S.，et al.(2016).Association of Pembrolizumab With TumorResponse and Survival Among Patients With Advanced Melanoma.JAMA 315，1600-1609)。
用派姆单抗或纳武单抗(nivolumab)进行的PD-1阻断治疗导致对于没有进行先前治疗、患有转移性黑素瘤的未经治疗患者(naive patient)，客观响应为约35％至40％(Ribas et al.，2016；Robert，C.，Long，G.V.，Brady，B.，Dutriaux，C.，Maio，M.，Mortier，L.，Hassel，J.C.，Rutkowski，P.，McNeil，C.，Kalinka-Warzocha，E.，et al.(2015a).Nivolumab in previously untreated melanoma without BRAF mutaion.N Engl J Med372，320-330；Robert，C.，Schachter，J.，Long，G.V.，Arance，A.，Grob，J.J.，Mortier，L.，Daud，A.，Carlino，M.S.，McNeil，C.，Lotem，M.，et al.(2015b).Pembrolizumab versusIpilimumab in Advanced Melanoma.N Engl J Med 372，2521-2532)。不旨在受科学理论约束，即使考虑到选择具有可注射病灶的患者的需求可影响本研究中患者群体的准确性，62％的总体响应率和33％的完全响应率也不太可能是单独施用抗PD-1治疗的结果。在用派姆单抗治疗的655位患者的研究中，有34位患者仅患有皮肤和结节转移瘤(M1a期)，并且在该患者组中总体响应率为38％(Ribas et al.，2016)。目前正在进行进一步示出组合比单一药剂派姆单抗或塔利拉维更有效的随机化3期临床试验，其将派姆单抗的全身性施用与病灶内注射塔利拉维或安慰剂进行比较(NCT02263508)。
基线活检具有低CD8+ T细胞密度、缺乏显著干扰素γ表达和低PD-L1表达的患者不太可能对单一药剂抗PD-1治疗有响应(Ribas，A.，Robert，C.，Hodi，F.S.，Wolchok，J.D.，Joshua，A.M.，Hwu，W.J.，Weber，J.S.，Zarour，H.M.，Kefford，R.，Loboda，A.，et al.(2015).Association of response to programmed death receptor 1(PD-1)blockadewith pembrolizumab(MK-3475)with an interferon-inflammatory immune genesignature.J Clin Oncol 33，abstr 3001；Tumeh，P.C.，Harview，C.L.，Yearley，J.H.，Shintaku，I.P.，Taylor，E.J.，Robert，L.，Chmielowski，B.，Spasic，M.，Henry，G.，Ciobanu，V.，et al.(2014).PD-1blockade induces responses by inhibiting adaptiveimmune resistance.Nature515，568-571)。因此，本文中所述的组合治疗应提高CD8+ T细胞的瘤内浸润，这可吸引足够的具有肿瘤特异性的T细胞，其可逆转针对PD-1阻断治疗的原始抗性(Chen，P.L.，Roh，W.，Reuben，A.，Cooper，Z.A.，Spencer，C.N.，Prieto，P.A.，Miller，J.P.，Bassett，R.L.，Gopalakrishnan，V.，Wani，K.，et al.(2016).Analysis ofImmune Signatures in Longitudinal Tumor Samples Yields Insight intoBiomarkers of Response and Mechanisms of Resistance to Immune CheckpointBlockade.Cancer Discov 6，827-837；Ribas，A.(2015).Adaptive Immune Resistance：How Cancer Protects from Immune Attack.Cancer Discov 5，915-919)。本文中提供的数据表明，塔利拉维可提供这种组合效应。在本文中提供的系列中，与在单一药剂派姆单抗的情况下的先前经验相比，肿瘤具有低基线CD8+密度和低干扰素γ特征并且仍然对组合治疗具有客观响应的患者的数目明显更高(Ribas et al.，2015；Tumeh，P.C.，Harview，C.L.，Yearley，J.H.，Shintaku，I.P.，Taylor，E.J.，Robert，L.，Chmielowski，B.，Spasic，M.，Henry，G.，Ciobanu，V.，et al.(2014).PD-1blockade induces responses by inhibitingadaptive immune resistance.Nature 515，568-571)。
在引入派姆单抗之前未注射塔利拉维的肿瘤中观察到炎症提高提供了局部施用塔利拉维有助于全身性抗肿瘤作用的证据。大体上，4个第6周非注射病灶中的2个显示CD8+密度和PD-L1提高(通过免疫荧光)，并且5个中的3个显示出提高的干扰素γmRNA。
在正在进行的塔利拉维加派姆单抗组合的3期研究中，进一步评价对于基线肿瘤浸润的要求的不足，该研究目前累计了655位患者，一半接受组合，并且一半在对照分支中接受派姆单抗与瘤内安慰剂(ClinicalTrials.gov，NCT02263508)。同样，为了进一步评价塔利拉维的全身作用，正在进行单独的生物标志物研究，以评价来自超过100位患者的基线和塔利拉维后非注射肿瘤(NCT02366195)。这将使得能够对来自对象系列中未注射塔利拉维的肿瘤活检的小组的结果进行随访，其中许多显示出提高的肿瘤炎症。
总之，在该1期临床试验中的高响应率和在患者活检中记录的机理变化表明，塔利拉维和派姆单抗的组合可克服派姆单抗或塔利拉维单药治疗的一些限制并且在患者中提供超过在单独施用塔利拉维或派姆单抗的情况下所预期的响应的响应。
实施例9.将塔利拉维与派姆单抗组合的3期临床试验
在患有先前未治疗、不可切除的IIIB期至IVM1c期黑素瘤的患者中进行3期试验，以评价塔利拉维与派姆单抗相对于安慰剂与派姆单抗的效力，如通过无进展存活(PFS)(通过盲法独立中心评审使用修改的实体瘤响应评价标准1.1(RECIST)进行的响应评价)和总体存活(OS)所评估的(图12)。对象按1∶1随机化以接受以下：(1)分支1：塔利拉维加派姆单抗；以及(2)分支2：安慰剂加派姆单抗。
3期试验的次要目的包括(1)评价塔利拉维与派姆单抗相对于安慰剂与派姆单抗的效力，如通过完全响应率、排除IVM1c期的对象中OS、总体响应率、最佳总体响应、持久响应率和疾病控制率所评估的；(2)评价塔利拉维与派姆单抗相对于安慰剂与派姆单抗的安全性；以及(3)评价3期中的患者报告结果(Patient Reported Outcome，PRO)，如通过欧洲癌症研究与治疗组织(European Organization for Research and Treatment ofCancer，EORTC)生命质量核心问卷30(Quality of Life Questionnaire Core 30，QLQ-C30)全球健康状况/生命质量(Global Health Status/Quality of Life，GHS/QoL)子量表所评估的。
随机化通过疾病阶段进行分层：较不晚期阶段(IIIB、IIIC和IVM1a)相对于更晚期阶段(IVM1b和IVM1c)，以及通过先前BRAF抑制剂治疗进行分层：无先前BRAF抑制剂相对于在有或没有MEK抑制剂的情况下的BRAF抑制剂。
关键纳入标准包括：男性或女性年龄≥18岁，具有在组织学上确认的黑素瘤诊断，以及IIIB至IVM1c期，不建议其进行手术。对象应患有可测量的疾病并且是皮肤、皮下或结节病灶中病灶内治疗施用的候选者。对象应具有0或1的东部肿瘤协作组(ECOG)表现状态，以及适当的血液学、肝、肾和凝固功能。在非辅助情况下给予，对象应是未经治疗的(应尚未接受由化学治疗、免疫治疗或靶向治疗组成的任何先前全身性抗癌治疗)。患有BRAF突变肿瘤的对象可接受用单独或与MEK抑制剂组合的BRAF抑制剂进行的治疗作为其唯一的先前全身性治疗。
关键排除标准包括：无活性脑转移瘤和/或癌性脑膜炎，对象应未患葡萄膜黑素瘤或黏膜黑素瘤。对象应不具有免疫缺陷状态的病史。对象应尚未接受用塔利拉维、任何其他溶瘤病毒、派姆单抗或者PD-1、PD-L1或程序性细胞死亡配体2(PD-L2)的任何其他抑制剂进行的先前治疗。对象应不具有有症状的自身免疫病的证据史。对象应不具有活性疱疹性皮肤病灶或疱疹感染的先前并发症，并且应不需要用抗疱疹药物进行间歇性或长期治疗。
塔利拉维/安慰剂治疗
塔利拉维或安慰剂的第一周期是21(+3)天。后续周期应每2周(±3)天给予直至第9周且之后每3周(±3)天给予。在第1周期的第1天，塔利拉维的第一剂量为多至4.0mL106PFU/mL或安慰剂。应在初始注射之后21(+3)天(即不早于第22天，但应不延迟多于第21天时间点之后3天)施用多至4.0mL 108PFU/mL的第二次注射。应施用塔利拉维/安慰剂直至可注射病灶消失、完全响应、通过iRC-RECIST的记录的经确认进行性疾病、研究治疗不耐受、从第一个塔利拉维/安慰剂之日开始24个月、或研究结束，以先发生者为准。治疗周期间隔可由于毒性而提高。如果可能的话，当在同一天施用塔利拉维或安慰剂注射和派姆单抗时，应首先施用塔利拉维或安慰剂。
派姆单抗治疗
每3周(±3天)静脉内施用200mg剂量的派姆单抗。在初始剂量之后21(+3)天施用派姆单抗的第二剂量。治疗周期间隔可由于毒性而提高。如果可能的话，当在同一天施用塔利拉维和派姆单抗时，应首先施用塔利拉维。继续进行派姆单抗给药，直至根据irRC-RECIST的确认进行性疾病(PD)、对治疗不耐受、从派姆单抗的第一剂量之日开始24个月、或研究结束，以先发生者为准。对于以下对象，可考虑中止治疗：已经用派姆单抗治疗至少24周的已经获得确认的完全响应(CR)和在宣布初始CR的日期之后具有至少2次用派姆单抗进行的治疗的对象。
实施例10.在患有复发性或转移性头颈鳞状细胞癌的患者中将塔利拉维与派姆单抗组合的1b期临床试验
在患有复发性或转移性头颈鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma of thehead and neck，SCCHN)的患者中设计1b期试验(MASTERKEY232；ClinicalTrials.gov标识号：NCT02626000)，以接受塔利拉维的病灶内注射与派姆单抗的全身性施用的组合治疗。主要目的是评估该组合的安全性并且次要目的包括免疫相关的肿瘤响应。
符合条件的患者，18岁或更大，患有在组织学上确认的口腔、口咽、下咽或喉的转移性或复发性SCCHN，并且所述疾病被认为是不可切除的且不适于治愈性放射治疗，以及适于病灶内注射的可测量疾病(＞1个最长直径＞10mm的皮肤、皮下或结节SCCHN肿瘤，单独或聚集体的)。符合条件的患者在用含铂治疗进行治疗之后具有疾病进展或复发。要求患者具有适当的表现状态以及血液学、肾、肝和凝固功能。如果患者如下，则其被排除在外：患有活性CNS转移瘤和/或癌性脑膜炎、原发性鼻咽癌，或者由于肿瘤注射之后的肿胀/炎症而处于气道受损风险之中，先前接受过塔利拉维、派姆单抗或其他抗-PD-1治疗。所有患者均提供书面知情同意书。研究操作由每个地点的机构伦理委员会批准。
研究设计
该1b期研究是一项标记公开、多中心、单分支的研究，其主要评价与静脉内派姆单抗组合的病灶内塔利拉维的安全性。36位患者接受了塔利拉维和派姆单抗，其中前16位患者是DLT分析的一部分。
在第1周第1天施用多至8.0mL 106PFU/mL的病灶内塔利拉维的第一剂量。多至8.0mL 108PFU/mL的后续剂量每3周给予。在每次治疗访视时，可通过病灶内注射施用多至4mL(总体积)的塔利拉维。递送至每个经注射病灶的体积取决于病灶的直径。根据病灶的注射体积的范围为最长直径≤0.5cm的病灶的0.1mL至最长直径＞5cm的病灶的4.0mL。继续施用塔利拉维直至可注射病灶消失、完全响应(CR)、根据实体瘤免疫相关响应评价标准(iRECIST)的确认疾病进展(PD)、治疗不耐受、从派姆单抗的第一剂量开始24个月或研究结束，以先发生者为准。在第1周第1天(在同一天塔利拉维的初始剂量之后)开始每3周静脉内施用派姆单抗(200mg)。继续派姆单抗治疗直至iCR实现、确认iPD、对治疗不耐受、从派姆单抗的第一剂量之日开始24个月或研究结束，以先发生者为准。主要终点是从两种药剂组合给予时开始剂量限制性毒性(DLT)的患者发生率。通过剂量水平评审小组(dose levelreview team，DLRT)评审前16位可评价患者中的DLT发生率和另外的安全性数据。DLT评价期为从这两种研究治疗的初始给药开始6周。为了在DLT评价中被考虑，患者需要接受组合的2个剂量的塔利拉维和2个剂量的派姆单抗，或者在至少1个剂量的组合的塔利拉维和派姆单抗之后具有DLT。根据研究者，次要终点包括以下使用irRECIST的免疫相关肿瘤响应：客观响应率(iORR；完全响应+部分响应)、完全响应率(iCRR)、最佳总体响应(iBOR)、响应持续时间(iDOR)、疾病控制率(iDCR)和无进展存活(iPFS)。
1b期临床试验的主要分析是肿瘤响应评估，当所招募的最后一位对象有机会完成9周响应评估时，该评估完成。
基线人口统计学和特征
在1b期临床试验中，向36位患有复发性或转移性头颈鳞状细胞癌的患者施用瘤内塔利拉维和静脉内派姆单抗。表5中列出了基线人口统计学和临床特征。
表5.基线人口统计学和临床特征。
Figure BDA0002244590810000801
将塔利拉维与派姆单抗组合的剂量限制性毒性、安全性和耐受性
在1b试验的剂量限制性毒性阶段中包括16位患者。在这16位患者中，观察到一例(6.3％)DLT，5级(致命性)动脉出血。该6.3％的DLT率支持在试验的1b期部分中招募另外20位患者。
1b期试验中的36位患者接受组合中的至少一个剂量的瘤内塔利拉维和至少一个剂量的静脉内派姆单抗。没有非预期的安全性结果，并且不良事件与在单一塔利拉维和派姆单抗单药治疗的情况下观察到的那些一致。3级或更高级治疗紧急不良事件在5位(13.9％)患者中被报告认为与塔利拉维相关，并且3名(8.3％)患者与派姆单抗相关。在这些3级或更高级治疗紧急不良事件中，2例(5.6％)导致塔利拉维的中止，并且1例(2.8％)导致派姆单抗的中止。在研究期间报告了7例死亡，包括DLT患者(动脉出血)，其被认为与塔利拉维相关，并且0例死亡被认为与派姆单抗相关。最常见的治疗紧急不良事件是发热(36.1％)、呼吸困难(33.3％)和疲劳(25.0％)。
在组合的塔利拉维和派姆单抗的情况下的抗肿瘤活件
当所招募的最后一位对象有机会完成9周响应评估时，触发1b期试验的主要分析。主要效力终点是客观响应率(iORR)、完全响应率(iCRR)、最佳总体响应(iBOR)、响应持续时间(iDOR)和疾病控制率(iDCR)(通过研究者使用实体瘤免疫相关响应评价标准[irRECIST]的响应评价)。根据irRECIST，iCR、iPR和iPD的观察需要在从响应的原始观察开始不少于28天进行确认性浏览(confirmatory scan)，以被认为在响应分析中得到确认。
在所招募的36位患者中，28名(77.8％)患有确认的PD-L1阳性肿瘤，5名(13.9％)为HPV阳性，并且13名(36.1％)为HPV阴性，18名(50％)为未知的(表6)。根据iRECIST的未确认客观响应率(完全响应和部分响应)为16.7％(95％CI，6.4％至32.8％)，其中确认的iORR为11.1％(95％CI，3.1％至26.1％)。根据iRECIST的未确认和确认疾病控制率(完全、部分和稳定疾病)为38.9％(95％CI，23.1％至56.5％)。在主要分析时长期随访仍在进行中。
表6：最佳总体响应。
Figure BDA0002244590810000811
a根据irRECIST，iCR、iPR和iPD的观察需要在从响应的原始观察开始不少于28天进行确认性浏览，以被认为在响应分析中得到确认。
b具有精确95％置信区间(CI)的二项式比例。
序列表
<110> Gansert, Jennifer
Anderson, Abraham
Gorski, Kevin
<120> 用于癌症治疗的生物标志物
<130> 599200 - MA9-001PC
<160> 11
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体重链序列
<400> 1
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Val Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Tyr Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Gly Ile Asn Pro Ser Asn Gly Gly Thr Asn Phe Asn Glu Lys Phe
50 55 60
Lys Asn Arg Val Thr Leu Thr Thr Asp Ser Ser Thr Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Lys Ser Leu Gln Phe Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Asp Tyr Arg Phe Asp Met Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val
115 120 125
Phe Pro Leu Ala Pro Cys Ser Arg Ser Thr Ser Glu Ser Thr Ala Ala
130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Lys Thr Tyr Thr Cys Asn Val Asp His Lys
195 200 205
Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Ser Lys Tyr Gly Pro
210 215 220
Pro Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Phe Leu Gly Gly Pro Ser Val
225 230 235 240
Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr
245 250 255
Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser Gln Glu Asp Pro Glu
260 265 270
Val Gln Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys
275 280 285
Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Phe Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser
290 295 300
Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys
305 310 315 320
Cys Lys Val Ser Asn Lys Gly Leu Pro Ser Ser Ile Glu Lys Thr Ile
325 330 335
Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro
340 345 350
Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu
355 360 365
Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn
370 375 380
Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser
385 390 395 400
Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg
405 410 415
Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu
420 425 430
His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys
435 440 445
<210> 2
<211> 218
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体轻链序列
<400> 2
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Lys Gly Val Ser Thr Ser
20 25 30
Gly Tyr Ser Tyr Leu His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro
35 40 45
Arg Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Tyr Leu Glu Ser Gly Val Pro Ala
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser
65 70 75 80
Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln His Ser Arg
85 90 95
Asp Leu Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
100 105 110
Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln
115 120 125
Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr
130 135 140
Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser
145 150 155 160
Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr
165 170 175
Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys
180 185 190
His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro
195 200 205
Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
210 215
<210> 3
<211> 120
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体重链可变结构域
<400> 3
Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Val Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala
1 5 10 15
Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr
20 25 30
Tyr Met Tyr Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met
35 40 45
Gly Gly Ile Asn Pro Ser Asn Gly Gly Thr Asn Phe Asn Glu Lys Phe
50 55 60
Lys Asn Arg Val Thr Leu Thr Thr Asp Ser Ser Thr Thr Thr Ala Tyr
65 70 75 80
Met Glu Leu Lys Ser Leu Gln Phe Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
85 90 95
Ala Arg Arg Asp Tyr Arg Phe Asp Met Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln
100 105 110
Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 4
<211> 111
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体轻链可变结构域
<400> 4
Glu Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Ala Thr Leu Ser Leu Ser Pro Gly
1 5 10 15
Glu Arg Ala Thr Leu Ser Cys Arg Ala Ser Lys Gly Val Ser Thr Ser
20 25 30
Gly Tyr Ser Tyr Leu His Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro
35 40 45
Arg Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Ser Tyr Leu Glu Ser Gly Val Pro Ala
50 55 60
Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser
65 70 75 80
Ser Leu Glu Pro Glu Asp Phe Ala Val Tyr Tyr Cys Gln His Ser Arg
85 90 95
Asp Leu Pro Leu Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys
100 105 110
<210> 5
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体重链互补决定区1
<400> 5
Asn Tyr Tyr Met Tyr
1 5
<210> 6
<211> 12
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体重链互补决定区2
<400> 6
Gly Ile Asn Pro Ser Asn Gly Gly Thr Asn Phe Asn
1 5 10
<210> 7
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体重链互补决定区3
<400> 7
Arg Asp Tyr Arg Phe Asp Met Gly Phe Asp Tyr
1 5 10
<210> 8
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体轻链互补决定区1
<400> 8
Arg Ala Ser Lys Gly Val Ser Thr Ser Gly Tyr Ser Tyr Leu His
1 5 10 15
<210> 9
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体轻链互补决定区2
<400> 9
Leu Ala Ser Tyr Leu Glu Ser
1 5
<210> 10
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 单克隆抗体轻链互补决定区3
<400> 10
Gln His Ser Arg Asp Leu Pro Leu Thr
1 5
<210> 11
<211> 290
<212> PRT
<213> 智人（Homo sapiens）
<400> 11
Met Arg Ile Phe Ala Val Phe Ile Phe Met Thr Tyr Trp His Leu Leu
1 5 10 15
Asn Ala Phe Thr Val Thr Val Pro Lys Asp Leu Tyr Val Val Glu Tyr
20 25 30
Gly Ser Asn Met Thr Ile Glu Cys Lys Phe Pro Val Glu Lys Gln Leu
35 40 45
Asp Leu Ala Ala Leu Ile Val Tyr Trp Glu Met Glu Asp Lys Asn Ile
50 55 60
Ile Gln Phe Val His Gly Glu Glu Asp Leu Lys Val Gln His Ser Ser
65 70 75 80
Tyr Arg Gln Arg Ala Arg Leu Leu Lys Asp Gln Leu Ser Leu Gly Asn
85 90 95
Ala Ala Leu Gln Ile Thr Asp Val Lys Leu Gln Asp Ala Gly Val Tyr
100 105 110
Arg Cys Met Ile Ser Tyr Gly Gly Ala Asp Tyr Lys Arg Ile Thr Val
115 120 125
Lys Val Asn Ala Pro Tyr Asn Lys Ile Asn Gln Arg Ile Leu Val Val
130 135 140
Asp Pro Val Thr Ser Glu His Glu Leu Thr Cys Gln Ala Glu Gly Tyr
145 150 155 160
Pro Lys Ala Glu Val Ile Trp Thr Ser Ser Asp His Gln Val Leu Ser
165 170 175
Gly Lys Thr Thr Thr Thr Asn Ser Lys Arg Glu Glu Lys Leu Phe Asn
180 185 190
Val Thr Ser Thr Leu Arg Ile Asn Thr Thr Thr Asn Glu Ile Phe Tyr
195 200 205
Cys Thr Phe Arg Arg Leu Asp Pro Glu Glu Asn His Thr Ala Glu Leu
210 215 220
Val Ile Pro Glu Leu Pro Leu Ala His Pro Pro Asn Glu Arg Thr His
225 230 235 240
Leu Val Ile Leu Gly Ala Ile Leu Leu Cys Leu Gly Val Ala Leu Thr
245 250 255
Phe Ile Phe Arg Leu Arg Lys Gly Arg Met Met Asp Val Lys Lys Cys
260 265 270
Gly Ile Gln Asp Thr Asn Ser Lys Lys Gln Ser Asp Thr His Leu Glu
275 280 285
Glu Thr
290

Claims (39)

1.在对象中治疗肿瘤的方法，其包括：
选择患有肿瘤的对象，所述肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；
向所述对象施用塔利拉维(talimogene laherparepvec)；以及
向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
2.权利要求1所述的方法，其中与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在施用之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、信号转导及转录激活蛋白1(STAT1)、C-C趋化因子受体5型(CCR5)、趋化因子(C-X-C基序)配体9(CXCL9)、穿孔素1(PRF1)、HLA-DRA、趋化因子(C-X-C基序)配体10(CXCL10)、趋化因子(C-X-C基序)配体11(CXCL11)、吲哚胺2，3-双加氧酶1(IDO1)和颗粒酶A(GZMA)。
3.权利要求1所述的方法，其中在施用所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，所述肿瘤不表达IFNγ特征基因。
4.权利要求1所述的方法，其中在施用所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，所述肿瘤具有小于约50％的程序性死亡配体1(PD-L1)状态。
5.权利要求1所述的方法，其中在施用所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，所述肿瘤具有小于约1％的PD-L1状态。
6.权利要求1所述的方法，其中所述塔利拉维在施用所述派姆单抗或其抗原结合片段之前向所述对象施用。
7.权利要求1所述的方法，其中所述对象患有选自以下的癌症：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
8.权利要求7所述的方法，其中：
所述黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤；
所述乳腺癌是HER2+乳腺癌、HER2-HR+乳腺癌或三阴性乳腺癌；
所述前列腺癌是去势抵抗性前列腺癌；
所述膀胱癌是移行细胞癌或尿路上皮癌；
所述头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌；和/或
所述肉瘤是软组织肉瘤或骨肉瘤。
9.权利要求1所述的方法，其中所述肿瘤包含小于约1000个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
10.在对象中治疗对用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段进行的单药治疗响应差或无响应的肿瘤的方法，其包括：
向所述对象施用塔利拉维；以及
向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
11.权利要求10所述的方法，其中：
在施用之前，所述肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；
与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在施用之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA；和/或
在施用所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
12.在对象中治疗在用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段进行单药治疗期间进展的肿瘤的方法，其包括：
向所述对象施用塔利拉维；以及
向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
13.权利要求12所述的方法，其中：
在施用之前，所述肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；
与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在施用之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL1l、IDO1和GZMA；和/或
在施用所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
14.治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，所述肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
15.权利要求14所述的方法，其中所述肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
16.权利要求15所述的方法，其中：
所述黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤；和/或
所述头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌。
17.权利要求14所述的方法，其中与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在接触之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
18.权利要求14所述的方法，其中在与所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1。
19.治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在治疗之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCLl0、CXCL11、IDO1和GZMA。
20.权利要求19所述的方法，其中所述肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
21.权利要求20所述的方法，其中：
所述黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤；和/或
所述头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌。
22.权利要求19所述的方法，其中在接触之前，所述肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
23.权利要求19所述的方法，其中在与所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
24.治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，在治疗之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
25.权利要求24所述的方法，其中所述肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
26.权利要求25所述的方法，其中：
所述黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤；和/或
所述头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌。
27.权利要求24所述的方法，其中在接触之前，所述肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
28.权利要求24所述的方法，其中与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比，在接触之前，所述肿瘤表达更低水平的两种、三种、四种或五种干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
29.治疗肿瘤的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维和派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触，所述肿瘤具有小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度，并且与选自以下的特征基因的对照组的预先指定阈值相比在治疗之前表达更低水平的五种或更少的干扰素γ(IFNγ)特征基因：IFNγ、STAT1、CCR5、CXCL9、PRF1、HLA-DRA、CXCL10、CXCL11、IDO1和GZMA。
30.权利要求29所述的方法，其中所述肿瘤来自患有选自以下的癌症的对象：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
31.权利要求30所述的方法，其中：
所述黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤；和/或
所述头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌。
32.权利要求29所述的方法，其中在与所述塔利拉维和所述派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段接触之前，所述肿瘤具有小于约50％的PD-L1状态。
33.在随后暴露于塔利拉维的对象中治疗先前对派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段具有抗性的肿瘤的方法，其包括向所述对象施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
34.权利要求33所述的方法，其中所述对象患有选自以下的癌症：黑素瘤、非小细胞肺癌、头颈癌、结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、膀胱癌、前列腺癌、肉瘤、肾细胞癌、胃癌、食管癌、肛管癌、胆道癌和胰腺癌。
35.权利要求34所述的方法，其中：
所述黑素瘤是皮肤黑素瘤、转移性黑素瘤或葡萄膜黑素瘤；和/或
所述头颈癌是复发性或转移性头颈鳞状细胞癌。
36.在对象中使对用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段进行的单药治疗具有抗性的肿瘤对派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段敏感的方法，其包括使所述肿瘤与塔利拉维接触。
37.权利要求36所述的方法，其中相对于在使所述肿瘤与塔利拉维接触之前取得的所述肿瘤的样品，在使所述肿瘤与塔利拉维接触之后从所述对象取得的所述肿瘤的样品具有提高水平的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、IFNγ、CD20+ B细胞、记忆T细胞、调节性T细胞和CD56+细胞之一或任意组合。
38.权利要求36所述的方法，其中在与塔利拉维接触之后，所述肿瘤具有大于1000个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度。
39.在对象中治疗肿瘤的方法，其包括：
选择患有肿瘤的对象，所述肿瘤包含小于约1500、约1400、约1300、约1200、约1100、约1000、约900、约800、约700、约600或约500个细胞/mm2的CD8+ T细胞浸润密度；
作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量向所述对象瘤内施用塔利拉维；以及
作为初始剂量接着是一个或更多个第二剂量向所述对象全身性施用派姆单抗、派姆单抗变体或其抗原结合片段。
CN201880026945.7A 2017-04-28 2018-04-27 用于癌症治疗的生物标志物 Pending CN110678750A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762491746P 2017-04-28 2017-04-28
US62/491,746 2017-04-28
PCT/US2018/029915 WO2018201028A1 (en) 2017-04-28 2018-04-27 Biomarkers for cancer therapeutics

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110678750A true CN110678750A (zh) 2020-01-10

Family

ID=62244544

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201880026945.7A Pending CN110678750A (zh) 2017-04-28 2018-04-27 用于癌症治疗的生物标志物

Country Status (15)

Country Link
US (1) US20210008135A1 (zh)
EP (2) EP3615934A1 (zh)
JP (1) JP2020517715A (zh)
KR (1) KR20190139225A (zh)
CN (1) CN110678750A (zh)
AR (1) AR111432A1 (zh)
AU (1) AU2018260777A1 (zh)
BR (1) BR112019022488A2 (zh)
CA (1) CA3057157A1 (zh)
CL (1) CL2019002904A1 (zh)
EA (1) EA201992575A1 (zh)
MX (1) MX2019012741A (zh)
SG (2) SG11201908296VA (zh)
TW (1) TW201900193A (zh)
WO (1) WO2018201028A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111766125A (zh) * 2020-07-29 2020-10-13 广州金域医学检验中心有限公司 利用荧光淬灭时间差进行的染色方法及自动染色装置、设备和介质

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2170959B1 (en) 2007-06-18 2013-10-02 Merck Sharp & Dohme B.V. Antibodies to human programmed death receptor pd-1
WO2019084418A1 (en) * 2017-10-27 2019-05-02 Merck Sharp & Dohme Corp. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE TREATMENT OF LIVER CANCER
TW202102543A (zh) * 2019-03-29 2021-01-16 美商安進公司 溶瘤病毒在癌症新輔助療法中之用途
US20220018844A1 (en) * 2020-07-20 2022-01-20 University Of Baltimore, Maryland Method for Treating a Cancer Based on Inflammatory Subtype Thereof
JP2023538955A (ja) * 2020-08-31 2023-09-12 ブリストル－マイヤーズ スクイブ カンパニー 細胞局在シグネチャーおよび免疫療法
KR102524548B1 (ko) * 2020-11-06 2023-04-20 사회복지법인 삼성생명공익재단 항암제 반응성 예측용 바이오마커 및 이의 용도
EP4358984A1 (en) * 2021-06-24 2024-05-01 Folkan, Gro Combination of an oncolytic virus, an anti-pd-1 inhibitor and an activator of the innate immune system for use in the treatment of prostate cancer

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150086541A1 (en) * 2013-09-21 2015-03-26 Carlos Estuardo Aguilar-Cordova Methods of Cytotoxic Gene Therapy To Treat Tumors
US20160339030A1 (en) * 2015-05-19 2016-11-24 University Of Maryland, Baltimore Treatment agents for inhibiting hiv and cancer in hiv infected patients

Family Cites Families (47)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4275149A (en) 1978-11-24 1981-06-23 Syva Company Macromolecular environment control in specific receptor assays
US4318980A (en) 1978-04-10 1982-03-09 Miles Laboratories, Inc. Heterogenous specific binding assay employing a cycling reactant as label
US4522811A (en) 1982-07-08 1985-06-11 Syntex (U.S.A.) Inc. Serial injection of muramyldipeptides and liposomes enhances the anti-infective activity of muramyldipeptides
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
US4737456A (en) 1985-05-09 1988-04-12 Syntex (U.S.A.) Inc. Reducing interference in ligand-receptor binding assays
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
US5202231A (en) 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
GB8822228D0 (en) 1988-09-21 1988-10-26 Southern E M Support-bound oligonucleotides
US5242974A (en) 1991-11-22 1993-09-07 Affymax Technologies N.V. Polymer reversal on solid surfaces
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US5547839A (en) 1989-06-07 1996-08-20 Affymax Technologies N.V. Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5527681A (en) 1989-06-07 1996-06-18 Affymax Technologies N.V. Immobilized molecular synthesis of systematically substituted compounds
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
DE3924454A1 (de) 1989-07-24 1991-02-07 Cornelis P Prof Dr Hollenberg Die anwendung von dna und dna-technologie fuer die konstruktion von netzwerken zur verwendung in der chip-konstruktion und chip-produktion (dna chips)
EP0430881A3 (en) 1989-11-29 1991-10-23 Ciba-Geigy Ag Photochromic compounds, process for their preparation and their use
US5288644A (en) 1990-04-04 1994-02-22 The Rockefeller University Instrument and method for the sequencing of genome
US5412087A (en) 1992-04-24 1995-05-02 Affymax Technologies N.V. Spatially-addressable immobilization of oligonucleotides and other biological polymers on surfaces
US5324633A (en) 1991-11-22 1994-06-28 Affymax Technologies N.V. Method and apparatus for measuring binding affinity
US5384261A (en) 1991-11-22 1995-01-24 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis using mechanically directed flow paths
DE69322266T2 (de) 1992-04-03 1999-06-02 Perkin-Elmer Corp., Foster City, Calif. Proben zusammensetzung und verfahren
US5554501A (en) 1992-10-29 1996-09-10 Beckman Instruments, Inc. Biopolymer synthesis using surface activated biaxially oriented polypropylene
US5503980A (en) 1992-11-06 1996-04-02 Trustees Of Boston University Positional sequencing by hybridization
DE4311230C2 (de) 1993-04-02 1996-12-19 Mannesmann Ag Nicht-spurgebundenes Fahrzeug mit Elektromotor
US5837832A (en) 1993-06-25 1998-11-17 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US5472672A (en) 1993-10-22 1995-12-05 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Apparatus and method for polymer synthesis using arrays
US5470710A (en) 1993-10-22 1995-11-28 University Of Utah Automated hybridization/imaging device for fluorescent multiplex DNA sequencing
US6156501A (en) 1993-10-26 2000-12-05 Affymetrix, Inc. Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use
US5429807A (en) 1993-10-28 1995-07-04 Beckman Instruments, Inc. Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface
US5631734A (en) 1994-02-10 1997-05-20 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US5624711A (en) 1995-04-27 1997-04-29 Affymax Technologies, N.V. Derivatization of solid supports and methods for oligomer synthesis
US5545531A (en) 1995-06-07 1996-08-13 Affymax Technologies N.V. Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays
US5661028A (en) 1995-09-29 1997-08-26 Lockheed Martin Energy Systems, Inc. Large scale DNA microsequencing device
US6022963A (en) 1995-12-15 2000-02-08 Affymetrix, Inc. Synthesis of oligonucleotide arrays using photocleavable protecting groups
EP0937096B1 (en) 1996-11-06 2004-02-04 Sequenom, Inc. Method of mass spectrometry analysis
JP4963139B2 (ja) 1996-11-06 2012-06-27 シークエノム・インコーポレーテツド 固体支持体に核酸を固定化するための組成物および方法
US6077674A (en) 1999-10-27 2000-06-20 Agilent Technologies Inc. Method of producing oligonucleotide arrays with features of high purity
AU2695101A (en) 2000-01-21 2001-07-31 Biovex Ltd Virus strains
EP2170959B1 (en) 2007-06-18 2013-10-02 Merck Sharp & Dohme B.V. Antibodies to human programmed death receptor pd-1
MX341076B (es) 2011-03-31 2016-08-04 Merck Sharp & Dohme Formulaciones estables de anticuerpos para el receptor humano pd-1 de meurte programada y tratamientos relacionados.
JP6457940B2 (ja) 2012-08-30 2019-01-23 アムジエン・インコーポレーテツド 単純ヘルペスウイルスおよび免疫チェックポイント阻害薬を使用して、メラノーマを治療するための方法
US20160304969A1 (en) 2013-12-17 2016-10-20 Merck Sharp & Dohme Corp. Ifn-gamma gene signature biomarkers of tumor response to pd-1 antagonists
WO2016196173A1 (en) 2015-05-29 2016-12-08 Merck Sharp & Dohme Corp. Combination of a pd-1 antagonist and cpg-c type oligonucleotide for treating cancer
WO2019084418A1 (en) * 2017-10-27 2019-05-02 Merck Sharp & Dohme Corp. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE TREATMENT OF LIVER CANCER

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20150086541A1 (en) * 2013-09-21 2015-03-26 Carlos Estuardo Aguilar-Cordova Methods of Cytotoxic Gene Therapy To Treat Tumors
US20160339030A1 (en) * 2015-05-19 2016-11-24 University Of Maryland, Baltimore Treatment agents for inhibiting hiv and cancer in hiv infected patients

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BALAR, A.V 等: "PD-1 and PD-L1 antibodies in cancer: current status and future directions" *
DUMMER, R 等: "Combining talimogene laherparepvec with immunotherapies in melanoma and other solid tumors" *
GEORGINA V. LONG, 等: "Efficacy analysis of MASTERKEY-265 phase 1b study of talimogene laherparepvec (T-VEC) and pembrolizumab (pembro) for unresectable stage IIIB-IV melanoma" *
GRIGG C 等: "talimogene laherparepvec (T-VEC) for the treatment of melanoma and other cancers" *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111766125A (zh) * 2020-07-29 2020-10-13 广州金域医学检验中心有限公司 利用荧光淬灭时间差进行的染色方法及自动染色装置、设备和介质

Also Published As

Publication number Publication date
BR112019022488A2 (pt) 2020-06-16
EA201992575A1 (ru) 2020-04-13
WO2018201028A1 (en) 2018-11-01
AU2018260777A1 (en) 2019-10-17
SG11201908296VA (en) 2019-10-30
JP2020517715A (ja) 2020-06-18
KR20190139225A (ko) 2019-12-17
SG10202110526WA (en) 2021-11-29
EP3615934A1 (en) 2020-03-04
MX2019012741A (es) 2020-01-21
TW201900193A (zh) 2019-01-01
CL2019002904A1 (es) 2020-01-17
CA3057157A1 (en) 2018-11-01
US20210008135A1 (en) 2021-01-14
AR111432A1 (es) 2019-07-10
EP4063859A1 (en) 2022-09-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110678750A (zh) 用于癌症治疗的生物标志物
US20180327848A1 (en) System and methods for deriving gene signature biomarkers of response to pd-1 antagonists
US20160304969A1 (en) Ifn-gamma gene signature biomarkers of tumor response to pd-1 antagonists
WO2016168133A1 (en) Blood-based biomarkers of tumor sensitivity to pd-1 antagonists
US20160312295A1 (en) Gene signature biomarkers of tumor response to pd-1 antagonists
CN109844536B (zh) 预测对pd-1轴抑制剂的响应
US20160312297A1 (en) Pd-l1 gene signature biomarkers of tumor response to pd-1 antagonists
KR101557545B1 (ko) 암 환자에서 진단 용도를 위한 방법 및 조성물
JP2021523213A (ja) 癌を治療する方法
US20220112564A1 (en) Gene expression based biomarker of tumor response to pd-1 antagonists
JP2021510833A (ja) 治療法に対する応答を予測する薬剤及び方法
JP2022519649A (ja) がんの診断および治療方法
US20220380854A1 (en) ANGIOGENESIS AND mMDSC GENE EXPRESSION BASED BIOMARKER OF TUMOR RESPONSE TO PD-1 ANTAGONISTS
US20210156866A1 (en) Detection of immune checkpoint molecules by deglycosylation
US20230250173A1 (en) Biomarkers for pd-1 axis binding antagonist therapy
US20240247065A1 (en) Methods of treatment of cancer patients having altered setd2 biomarker with a pd-1 antagonist
JP2023510847A (ja) 癌の治療方法
WO2024061930A1 (en) New method to treat and diagnose peripheral t-cell lymphoma (ptcl)

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20200110

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication