CN110129454A - 一种润州凤头白鸭品种鉴定方法 - Google Patents

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张莘
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Abstract

本发明涉及一种润州凤头白鸭品种鉴定方法，属于畜牧学、分子生物学领域技术领域。通过相关文献提供的微卫星位点，筛选出具有共有基因型的微卫星DNA座位进行STR分型测序，用Microsatellite‑Toolkit分析数据,统计基因型频率，辅以各品种共有的基因型条带对润州凤头白鸭进行鉴别。

Description

一种润州凤头白鸭品种鉴定方法
技术领域
本发明涉及一种润州凤头白鸭品种鉴定方法，属于畜牧学、分子生物学领域技术领域。
背景技术
2005年，扬州大学与镇江水禽研究所在镇江润州地区天然湖泊中一群鸭群中发现凤头鸭，经过将近10年的工作，在2013年成功恢复出与古代文献记载相一致的乌嘴白凤头的鸭—润州凤头白鸭。
传统的品种鉴定方法是依据动物群体的形态学、生化及分子标记等。形态学鉴定是指动物品种具有的外貌特征，但是有许多动物品种仅仅依据外貌特征，无法辨别出是哪个品种，是纯系还是杂系。分子标记是依据蛋白质、核酸分子的突变来鉴定,是在DNA水平上遗传变异的直接反映,该标记数量多,多态性高,遗传稳定,不受环境影响,是用于动物品种鉴定常用的一种标记形式。
微卫星(Microsatellite)又称简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)是一类广泛存在于真核生物基因组中的串联重复序列。微卫星由核心序列一般是2-6bp的重复，核心序列重复数的差异就形成了微卫星高度的多态性。自上世纪80年代末被发现以来，微卫星标记以其分布广泛、多态性高、共显性遗传、易检测的特点，已被大量应用于品种的鉴定。
发明内容
传统的根据形态学标记对鸭种进行鉴别的方法受环境因素的影响较大，而且通过形态学进行鉴定出的结果容易出现错误。应用分子标记这种分子生物学手段可以根据不同鸭种间的基因型频率差异来对鸭种进行精确的鉴定。为此，本发明提供了一种润州凤头白鸭品种鉴定方法。
为了达到上述发明目的，本发明所采用的技术方案如下：
通过相关文献提供的微卫星位点，筛选出具有共有基因型的微卫星DNA座位进行STR分型测序，用Microsatellite-Toolkit分析数据,统计基因型频率，辅以各品种共有的基因型条带对润州凤头白鸭进行鉴别。
本发明的有益效果如下：
根据结果得到的基因型频率为一种柱形图，润州凤头白鸭与其他鸭种的基因型频率柱形图有差异，根据这种差异，可以把润州凤头白鸭在不同鸭品种中鉴别出来。应用这种分子标记鉴定鸭种，操作简单且结果可靠，为鸭资源的正确保存和合理利用提供科学依据。
附图说明
图1为具体实施方式中基因型频率绘制的柱形图。
具体实施方式
一种润州凤头白鸭品种鉴定方法，具体步骤如下：
1.材料与方法
1.1实验材料
润州凤头白鸭、北京鸭、樱桃谷鸭、连城白鸭、吉安红毛鸭、于田麻鸭、金定鸭、巢湖鸭、三穗鸭、绍兴鸭、莆田黑鸭、靖西大麻鸭、临武鸭、荆江麻鸭、大余麻鸭、苏牧麻鸭、绿翅鸭、攸县麻鸭、四川麻鸭、中山麻鸭、建水黄褐鸭、山麻鸭、番鸭、广西小麻鸭、高邮鸭、麻旺鸭。
1.2鸭基因组DNA提取
每个鸭品种采集30个个体，于鸭翅静脉处采血，用传统酚-氯仿法提取基因组总DNA，测DNA浓度和纯度，将DNA稀释到100ng/L，-20℃冰箱保存。
1.3微卫星位点
文献提供的5对微卫星位点AJ515884、CMO11、AJ515898、AJ515893、AJ272579作为试验位点，引物可由北京擎科新业生物技术有限公司合成，如下表所示。
5对荧光引物的最优化反应条件
The optimize reaction conditions of 5pairs fluorescence primers
1.4PCR反应体系与产物扩增
PCR反应体系：Taq Master Mix(Dye Plus)10μL，超纯水7μL，10pmol/μL上下游引物各1μL，100ng/L DNA模板1.0μL。
PCR扩增程序：95℃预变性5min，95℃变性30s，53-63℃退火30s(因座位而异)，72℃延伸30s，共30-35个循环，72℃延伸10min，4℃保存。
1.5STR分型测序
利用ABI-3730XL DNA Analyzer全自动测序仪进行STR，可将PCR产物送至北京擎科新业生物技术有限公司进行检测。上样总体积为11.5μL，其中上样液Hi-Di Formamide为10μL，GS-500Size Standard(标准内参)0.5μL，混合PCR产物1μL。将Hi-Di Formamide与GS-500Size Standard均匀混合后加入到等量混合好的PCR产物中，加样到96孔板，变性然后上机进行毛细管电泳检测。
1.6统计分析
GeneMapper4.0软件生成独立的图谱文件并读出、峰值的大小、片段长度的大小、峰面积的大小，同时判断纯合子(单峰)或杂合子(双峰)。利用Microsatellite-Toolkit软件计算等位基因频率、利用Excel表格构建柱状图。如图1所示，据基因型频率绘制的柱形图，从图中可以看出润州凤头白鸭与其他鸭品种都不相同。

Claims (3)

1.一种润州凤头白鸭品种鉴定方法，其特征是，利用微卫星位点，筛选出具有共有基因型的微卫星DNA 座位进行STR分型测序，用Microsatellite-Toolkit 分析数据,统计基因型频率，辅以各品种共有的基因型条带对润州凤头白鸭进行鉴别。
2.根据权利要求1所述的一种润州凤头白鸭品种鉴定方法，其特征是，各品种中共有基因型的微卫星位点为5对，分别是引物： AJ515884、CMO11、AJ515898、AJ515893、AJ272579。
3.根据权利要求1所述的一种润州凤头白鸭品种鉴定方法，其特征是，根据统计基因型频率构建柱状图，便于快速鉴别。
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