CN109943566A - 特异性靶向YBX1基因的sgRNAs及其应用 - Google Patents

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CN109943566A CN201910245409.2A CN201910245409A CN109943566A CN 109943566 A CN109943566 A CN 109943566A CN 201910245409 A CN201910245409 A CN 201910245409A CN 109943566 A CN109943566 A CN 109943566A
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杨兴林
刘晓芬
马佩敏
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Abstract

本发明公开了特异性靶向YBX1基因的sgRNAs及其在提高腺相关病毒产毒效率中的应用。本发明首先获得特异性靶向YBX1基因第一内含子、第三内含子的sgRNAs序列;其次分别构建YBX1基因的两条sgRNAs到慢病毒载体系统,该载体表达Cas9蛋白;同时构建LoxP供体载体质粒,LoxP两端加Cas9剪切位点上下游各800bp的同源臂,LoxP中间添加含有第二外显子的切除片段,最后将三种载体质粒共同转染293T细胞,药筛后获得重组细胞,再转入Cre质粒,获得YBX1第二外显子缺失的敲除细胞株。所获得的YBX1的293T敲除细胞株具有产毒能力明显高于未敲除细胞的优势。本发明具有位点可控、操作步骤简单、sgRNA靶向性好,且对YBX1基因切割效率高;并能明显提高293T细胞的产AAV的能力,为基础研究和临床应用提供更好的细胞工具。

Description

特异性靶向YBX1基因的sgRNAs及其应用
技术领域
本发明属于基因工程领域,更具体地说,涉及特异性靶向YBX1基因的sgRNA及利用该sgRNA并基于CRISPR-Cas9技术改造293T细胞提高腺相关病毒产毒效率的方法。
背景技术
腺相关病毒(Adeno-Associated Viral Vector,AAV)属于微小病毒科(parvovirus),为无包膜的单链线状DNA病毒,具有宿主范围广、安全性高、免疫原性低、表达稳定和物理性质稳定等优点,已被广泛地应用于基础研究和临床试验中,并且腺相关病毒载体已成为世界上最常用的基因治疗载体之一。然而,较低滴度AAV的生产仍然是限制该技术进一步推广应用的一项挑战。
293T细胞是HEK-293(人胚肾细胞)细胞株插入了SV40T-antigen的温度敏感基因形成的高转染效率衍生株。
YBX1是一个DNA和RNA结合蛋白,参与了几乎所有的DNA和mRNA依赖的过程。YBX1对单链DNA(ssDNA)比双链DNA有更高的亲和力(Hasegawa et al.,1991;Izumi et al.,2001),尤其是对单链DNA基序GGGG(TT)有最大的结合偏好(zasedateleva et al,2002)。AAV2单链DNAITR区域内126-146核苷酸(包含位于137-142的GGGG(TT)片段),以及紧跟的125个核苷酸长发夹结构,对AAV基因组DNA的包装是必须的,也因此被作为AAV的包装信号,AAV衣壳蛋白的N端与ITR区域内126-146核苷酸序列的结合,致使AAV单链DNA包入AAV衣壳内(Wang andSrivastava,1997,Xiao et al.,1997)。因此,YB1和AAV衣壳竞争性与ITR126-146核苷酸序列结合,影响AAV基因组的包装效率。最近的报告显示,通过引入shRNA序列下调YB1来建立的239T细胞系,可以使AAV2和AAV8的物理滴度分别增加了45和9倍,AAV2感染基因组的滴度增加7倍。同时发现,YB1基因敲除促进了AAV2rep的表达和载体DNA的产生,减少了AAV2产物中空颗粒的数量。因此,敲除YBX1有助于提高293T细胞生产AAV的效率。
发明内容
为了更好的提高293T细胞产AAV的效率,本研究采用CRISPR/Cas9系统,通过在YBX1基因第二外显子上下游设计全新的sgRNA片段,并通过Cre-LoxP介导的同源重组,删除YBX1的第二外显子,从而特异性的靶向敲除YBX1基因。
本发明的首要目的在于提供用于靶向剪切YBX1基因的sgRNAs、LoxP供体(Donor)质粒、载体、试剂盒、CRISPR-Cas9系统等。
本发明的另一目的在利用上述sgRNAs、LoxP供体(Donor)质粒、载体、试剂盒、CRISPR-Cas9系统等靶向剪切YBX1基因,并提高293T细胞生产AAV的产毒效率。
本发明的目的通过下述技术方案实现:
在第一个方面,本发明提供了一对特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和第三内含子的sgRNA2,所述sgRNA1的序列如SEQ ID NO.1所示:TTTCCAAATCCGCCCGGCTT;所述sgRNA2的序列如SEQ ID NO.2所示:CCTGCTCTGTCGGCTTCTCG。所述sgRNA1和sgRNA2在YBX1基因上的靶序列是唯一的。
应该理解,在保持功能不变的情况下,与上述序列(及本发明中的其他序列)具有至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%序列同一性的序列也在本发明的保护范围之内。所述的序列的差异由碱基的取代、缺失或添加所致,本领域技术人员有能力,例如通过非保守碱基的替换,获得功能相似的序列,这样的序列在本发明的保护范围之内。
在本发明的一些实施方式中,sgRNA1和sgRNA2的引物包括:针对YBX1基因的靶点位于第一外显子和第三内含子上的引物对:
YBX1sgRNA1正向寡核苷酸链:如SEQ ID NO.3所示:5’-ACCGTTTCCAAATCCGCCCGGCTT-3’,
YBX1sgRNA1反向寡核苷酸链:如SEQ ID NO.4所示:5’-AAACAAGCCGGGCGGATTTGGAAA-3’;
YBX1sgRNA2正向寡核苷酸链:如SEQ ID NO.5所示:5’-ACCGCCTGCTCTGTCGGCTTCTCG-3’,
YBX1sgRNA2反向寡核苷酸链:如SEQ ID NO.6所示:5’-
AAACCGAGAAGCCGACAGAGCAGG-3’。
在第二个方面,本发明提供了一对载体,分别含有如上所述的sgRNA1和sgRNA2。
在本发明的一些实施方式中,所述载体是慢病毒载体。应该理解,本发明不限于慢病毒载体,在本发明的教导之下,本领域技术人员能够采用其他合适的载体,并且在本发明的保护范围之内。
在本发明的一些实施方式中,含有sgRNA1的慢病毒载体是靶向剪切YBX1基因第一内含子的CRISPR-Cas9重组表达慢病毒载体pLenti-U6-YBX1spgRNA1-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9,其含有特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和Cas9蛋白的重组表达载体,带有Puro(嘌呤霉素)筛选标记。
应该理解,在不改变功能的情况下,可以对其中一个或多个成分进行替换,例如可以选择除Puro之外的其他合适的筛选标记,而不超出本发明的保护范围。
作为示例,如下制备含有sgRNA1的慢病毒载体:
(1)提供sgRNA1,所述sgRNA1在YBX1基因上的靶序列符合5’-N(19)G的序列排列规则,所述sgRNA1在YBX1基因上的靶序列位于基因的第一内含子,所述sgRNA1在YBX1基因上的靶序列是唯一的,并且所述sgRNA1在YBX1上的靶位点序列如序列表SEQ ID NO.1序列所示,在所述sgRNA1在YBX1上的靶位点序列的5’-端加上ACCG序列合成得到正向寡核苷酸即Forwardoligo1;获得sgRNA1在YBX1上的靶位点序列的互补链,并且在互补链的5’-端加上AAAC序列得到反向寡核苷酸即Reverse oligo1;将合成的1对互补的sgRNA1寡聚核苷酸的Forward oligo1和Reverse oligo1成对变性、退火,退火之后形成可以连入包含U6启动子的慢病毒表达载体的双链sgRNA1寡聚核苷酸;
(2)线性化序列如序列表SEQ ID NO.7所示的pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9质粒;将退火的双链sgRNA1寡聚核苷酸与线性化的载体pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9连接获得携带含相应靶序列的sgRNA1寡聚核苷酸的表达载体pLenti-U6-YBX1spgRNA1-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9质粒,转化感受态细菌并涂Amp+平板,挑取单克隆并用通用引物U6通过测序鉴定出阳性克隆,并对所述阳性克隆摇菌、提取质粒。
在本发明的一些实施方式中,含有sgRNA2的慢病毒载体是靶向剪切YBX1基因第三内含子的CRISPR-Cas9重组表达慢病毒载体pLenti-U6-YBX1spgRNA2-CMV-Blasticidin(杀稻瘟菌素)-P2A-3Flag-spCas9,其含有特异性靶向YBX1基因第三内含子的sgRNA2和Cas9蛋白的重组表达载体,带有杀稻瘟菌素筛选标记。
应该理解,在不改变功能的情况下,可以对其中一个或多个成分进行替换,例如可以选择除杀稻瘟菌素之外的其他合适的筛选标记,而不超出本发明的保护范围。
作为示例,如下制备含有sgRNA2的慢病毒载体:
(1)提供sgRNA2,所述sgRNA2在YBX1基因上的靶序列符合5’-N(19)G的序列排列规则,所述sgRNA2在YBX1基因上的靶序列位于基因的第三内含子,所述sgRNA2在YBX1基因上的靶序列是唯一的,并且所述sgRNA2在YBX1上的靶位点序列如序列表SEQ ID NO.2序列所示,在所述sgRNA2在YBX1上的靶位点序列的5’-端加上ACCG序列合成得到正向寡核苷酸即Forward oligo2;获得sgRNA2在YBX1上的靶位点序列的互补链,并且在互补链的5’-端加上AAAC序列得到反向寡核苷酸即Reverse oligo2;将合成的1对互补的sgRNA2寡聚核苷酸的Forward oligo2和Reverse oligo2成对变性、退火,退火之后形成可以连入包含U6启动子的慢病毒表达载体的双链sgRNA2寡聚核苷酸;
(2)线性化序列如序列表SEQ ID NO.8所示的pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Blasticidin-P2A-3Flag-spCas9质粒;将退火的双链sgRNA2寡聚核苷酸与线性化的载体pLenti-U6-spgRNAv2.0-CMV-Blasticidin-P2A-3Flag-spCas9连接获得携带含相应靶序列的sgRNA2寡聚核苷酸的表达载体pLenti-U6-YBX1spgRNA2-CMV-Blasticidin-P2A-3Flag-spCas9质粒,转化感受态细菌并涂Amp+平板,挑取单克隆并用通用引物U6通过测序鉴定出阳性克隆,并对所述阳性克隆摇菌、提取质粒。
在本发明的一些实施方式中,含有sgRNA1的CRISPR-Cas9重组表达载体的序列如序列表中SEQ ID NO.10所示。
在本发明的一些实施方式中,含有sgRNA1的CRISPR-Cas9重组表达载体的骨架载体的序列如序列表中SEQ ID NO.7所示。
在本发明的一些实施方式中,含有sgRNA2的CRISPR-Cas9重组表达载体的序列如序列表中SEQ ID NO.11所示。
在本发明的一些实施方式中,含有sgRNA2的CRISPR-Cas9重组表达载体的骨架载体的序列如序列表中SEQ ID NO.8所示。
在第三个方面,本发明提供了试剂盒,包含上面所述的载体。
在本发明的一些实施方式中,试剂盒还包括LoxP供体载体质粒,所述LoxP供体载体质粒是一种靶向YBX1基因的LoxP重组表达腺相关病毒供体载体pAAV-YBX1供体
优选地,LoxP前端加sgRNA1-Cas9剪切位点上游800bp的同源臂,LoxP后端加sgRNA2-Cas9剪切位点下游800bp的同源臂,LoxP中间添加从sgRNA1-Cas9剪切位点到sgRNA2-Cas9剪切位点之间含有第二外显子的切除片段。
在本发明的一些实施方式中,所述LoxP供体载体质粒的序列如序列表中SEQ IDNO.12所示。
在本发明的一些实施方式中,所述LoxP供体载体质粒的骨架载体的序列如序列表中SEQ ID NO.9所示。
在第四个方面,本发明提供了一种特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和第三内含子的sgRNA2的CRISPR-Cas9系统,其含有前面所述的一对特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和第三内含子的sgRNA2。
在第五个方面,本发明提供了前面所述的sgRNA1和sgRNA2、载体或CRISPR-Cas9系统在特异性靶向删除YBX1基因中的用途。
在第六个方面,本发明提供了前面所述的sgRNA1和sgRNA2、载体或CRISPR-Cas9系统在制备高产腺相关病毒的细胞中的用途。
所述的细胞优选为人胚肾细胞株,所述人胚肾细胞优选为人胚肾细胞株293T。然而,应该理解,在本发明的教导之下,本领域技术人员能够采用其他合适的细胞,并且在本发明的保护范围之内。
在第七个方面,本发明提供了一种基于CRISPR-Cas9删除YBX1基因的方法,所述方法包括如下步骤:
(1)分别构建本发明的YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;
(2)构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体;
(3)将前面三种载体转染293T细胞;
(4)药筛后转入Cre质粒,通过同源重组删除YBX1基因。
在第八个方面,本发明提供了一种基于CRISPR-Cas9获得高产腺相关病毒的293T细胞株的方法,所述方法包括如下步骤:
(1)分别构建本发明的YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;
(2)构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体;
(3)将三种载体转染293T细胞;
(4)进行药物筛选,转入Cre质粒,得到高产腺相关病毒的293T细胞株。
在第九个方面,本发明提供了一种高产腺相关病毒的293T细胞株,该细胞株由上面所述的方法制备而得,其YBX1基因已被删除。
应该理解,本发明并不限于293T细胞株,任何利用本发明方法删除YBX1基因的细胞株都在本发明的保护范围之内。
在第十个方面,本发明提供了一种基于CRISPR-Cas9提高293T细胞产AAV的方法,所述方法包括如下步骤:
(1)分别构建YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;
(2)构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体质粒;
(3)将三种载体质粒转染293T细胞;
(4)药筛后转入Cre质粒,得到YBX1基因敲除细胞株。
在本发明的实施方式中,所述的靶向剪切YBX1基因的慢病毒载体的构建,包括如下步骤:
(1)使用BsmBI酶切慢病毒载体pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Puro-P2A-3FlagspCas9和pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9得到酶切后的pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9和pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9慢病毒载体;
(2)将上述靶向剪切YBX1基因的sgRNA1的DNA序列磷酸化后与酶切后的pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9慢病毒载体连接,得到靶向剪切YBX1基因的pLenti-U6-YBX1spgRNA1-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9慢病毒载体;将上述靶向剪切YBX1基因的sgRNA2的DNA序列磷酸化后与酶切后的pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9慢病毒载体连接,得到靶向剪切YBX1基因的pLenti-U6-YBX1spgRNA2-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9慢病毒载体。
步骤(2)中所述的DNA序列是将正向寡核苷酸链(Forward oligo)和反向寡核苷酸链(Reverse oligo)变性、退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链。
所述的LoxP供体质粒为包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体质粒pAAV-YBX1供体,其构建包括如下步骤:LoxP前端加sgRNA1-Cas9剪切位点上游800bp的同源臂,LoxP后端加sgRNA2-Cas9剪切位点下游800bp的同源臂,LoxP中间添加从sgRNA1-Cas9剪切位点到sgRNA2-Cas9剪切位点之间含有第二外显子的切除片段。
在本发明的实施方式中,所述的敲除YBX1基因的细胞株,具体是通过如下步骤构建得到:
(1)将所述的靶向剪切YBX1基因的慢病毒载体质粒及LoxP供体质粒转染目的细胞;
(2)转染48小时后,用2ug/ml嘌呤霉素(puromycin)和5ug/ml杀稻瘟菌素(Blasticidin)筛选一周后,活下来的混合细胞扩大培养,再用Cre过表达质粒转染混合细胞,所得细胞即为靶向敲除YBX1的混合细胞株,进一步培养得到混合克隆;
(3)铺单克隆细胞,并进一步放大培养;收集单克隆细胞,以其基因组DNA为模板扩增包含所述靶序列的基因片段,TA克隆测序确认YBX1基因已经被敲除并获得基因敲除的细胞。
在本发明的一些实施方式中,目的细胞为293T细胞,是293T细胞中的YBX1基因第二外显子缺失得到的细胞株,经sgRNA1和sgRNA2的切割后,由Donor质粒提供片段同源重组,再经Cre剪切,导致YBX1基因的第二号外显子缺失;经过比对,蛋白翻译提前终止。
本发明相对于现有技术具有如下的显著优点及效果:
本发明提供YBX1基因的sgRNAs能有效靶向YBX1基因的第一和第三内含子,将其构建入慢病毒载体,能靶向剪切YBX1基因,通过Cre-LoxP同源重组,能简单快速得到靶向敲除YBX1基因的细胞株,从而有利于提高293T细胞产AAV的产毒效率,所获得的YBX1的293T敲除细胞株具有产毒能力明显高于未敲除细胞的优势。
本发明具有位点可控、操作步骤简单、sgRNA靶向性好,且对YBX1基因切割效率高,为基础研究和临床应用提供更好的细胞工具。
本发明提供的YBX1基因的sgRNAs是本申请发明人精心设计的,具有新颖性和创造性。
附图说明
图1为本发明实施例中使用的载体质粒pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-嘌呤霉素(Puro)-P2A-3Flag-spCas9的质粒图谱。
图2为本发明实施例中使用的载体质粒pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-杀稻瘟菌素(Blasticidin)-P2A-3Flag-spCas9的质粒图谱。
图3为本发明实施例中使用的载体质粒pAAV-YBX1供体的质粒图谱。
图4为本发明实施例中293T细胞转染含有YBX1-sgRNA的活性鉴定测序图。
图5为本发明实施例中鉴定到的切割活性较高的一个单克隆细胞株与对照组细胞293T的Western Blot检测图。
图6为本发明实施例中单克隆细胞株与对照空细胞株(293T)的包装AAV的质粒图谱
图7为本发明实施例中单克隆细胞株与对照空细胞株(293T)的包装AAV上清感染293T的对比图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明的技术方案进行详细描述,但并不因此将本发明限制在所述的实施例范围之中。
下列实施例中未注明具体条件的实验方法,按照常规方法和条件,或按照商品说明书选择。本发明所用试剂和原料均市售可得。
本发明首先设计获得特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1、第三内含子的sgRNA2,并分别构建YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;其次构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体质粒;然后将三种载体质粒转染293T细胞,药筛后转入Cre质粒,通过挑取单克隆,得到YBX1基因敲除细胞株。详细过程如下描述:
实施例1
1.靶向剪切YBX1慢病毒质粒构建
1.1sgRNA寡核苷酸链合成
使用CRISPR在线设计工具(http://crispr.mit.edu/),根据评分系统,在靠近YBX1的二号外显子的上游和下游内含子中各设计1个20bp的sgRNA,并通过BLAST验证无非特异性基因。编码链模板5′端添加ACCG,非编码链模板3′端添加AAAC,与BsmBI酶切后形成的粘性末端互补,各设计1对CRISPR寡核苷酸链,见表1。
表1. YBX1靶向位点及sgRNAs寡核苷酸序列
sgRNA名称 sgRNA寡核苷酸序列
YBX1 sgRNA1 TTTCCAAATCCGCCCGGCTT
YBX1sgRNA1 oligo1 5’-ACCG TTTCCAAATCCGCCCGGCTT-3’
YBX1sgRNA1 oligo2 5’-AAAC AAGCCGGGCGGATTTGGAAA-3’
YBX1 sgRNA2 CCTGCTCTGTCGGCTTCTCG
YBX1sgRNA2 oligo1 5’-ACCG CCTGCTCTGTCGGCTTCTCG-3’
YBX1sgRNA2 oligo2 5’-AAAC CGAGAAGCCGACAGAGCAGG-3’
1.2载体构建
1.2.1使用BsmBI分别酶切2μg pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9质粒和pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9质粒,2h,37℃,酶切体系:
1.2.2使用GENRY胶回收试剂盒纯化酶切质粒产物,按说明书进行操作。
1.2.3磷酸化并退火sgRNA,酶连体系:
PCR仪器退火程序:37℃ 30min,95℃维持5min,每分钟降低5℃至25℃,4℃维持。
1.2.4将退火形成的sgRNA1双链和酶切后的pLenti-U6-spgRNAv2.0-CMV-PuroP2A-3Flag-spCas9载体直接连接;将退火形成的sgRNA2双链和酶切后的pLenti-U6-spgRNA v2.0-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9载体直接连接。室温下,10min。
1.2.5将连接后的质粒转化至感受态细胞DH5α中,均匀涂至LB固体培养基平板中,置于37℃培养箱中培养12-16小时,单个菌落即可出现。
1.3挑取单个菌落扩大培养并质粒小提。
1.4测序鉴定质粒构建成功,并命名为pLenti-U6-YBX1spgRNA1-CMVPuro-P2A-3Flag-spCas9和pLenti-U6-YBX1spgRNA2-CMV-杀稻瘟菌素-P2A-3Flag-spCas9。
2.LoxP供体载体构建
2.1选取sgRNA1-Cas9剪切位点上游800bp和sgRNA2-Cas9剪切位点下游800bp做为同源臂,上游同源臂3’端连接LoxP序列,下游同源臂5’端连接LoxP序列,两个LoxP序列中间连接sgRNA1-Cas9剪切位点和sgRNA2-Cas9剪切位点的中间序列(包含完整的第二外显子),合成寡核苷酸片段。
2.2将2.1步合成的寡核苷酸连接到pAAV-供体载体中,转化至感受态细胞DH5α中,涂板,挑单克隆,扩增并小抽质粒。
2.3测序鉴定质粒构建成功,并命名为pAAV-YBX1-供体。
3.筛选稳定细胞株
用含10%胎牛血清的高糖DMEM培养基于5%CO2,37℃恒温培养293T细胞(购于美国ATCC细胞库)。取对数期细胞以2×105/孔接种到12孔板培养。待细胞融合度达到60%~70%时更换成Opti-MEM培养基,1小时后将敲除两种sgRNA剪切质粒以及LoxP供体质粒各2μg经Lipo2000试剂,转染到293T细胞中,转染48小时后,向每孔加入嘌呤霉素(2μg/ml)和杀稻瘟菌素(5μg/ml),隔天换液,并保持培养基的嘌呤霉素和杀稻瘟菌素浓度恒定,筛选阳性克隆细胞。进一步扩大阳性克隆细胞,转染Cre质粒2μg,将所得细胞株命名为293T-YBX1。转染48h后,使用有限稀释法挑选293T-YBX1单克隆敲除细胞株。
4.稳定细胞株鉴定及基因打靶方式鉴定
以各组敲除YBX1的单克隆细胞株基因组DNA为模板,设计针对YBX1第一外显子和第三内含子的引物,序列如表2,进行两轮巢式PCR扩增。用H9271JD-4-1和H9271JD-4-2进行PCR,得到1481bp的片段a,以a为模板,用H9271JD-4-3和H9271JD-4-4进行PCR,得到1373的片段b,该片段电泳后,胶回收用于测序,测序引物为H9271JD-4-3和H9271JD-4-4,表2为引物序列。如测序结果打靶位点附近出现双峰的情况,则可能为打靶成功。如测序结果YBX1基因靶位点附近发生非三倍数的碱基插入或碱基缺失,导致阅读框移码突变,则可判断为YBX1基因敲除。鉴定出sgRNA是有活性的(图3),并且找到1株具有YBX1基因插入突变的单克隆细胞株,经WB检测YBX1敲除,蛋白不表达(图4)。
表2.测序引物名称及序列
引物名称 引物序列
H9271JD-4-1 GACAGTACCACTGGCCAGTGAAC
H9271JD-4-2 CTGTTAAGGAATGGCTCATTCAC
H9271JD-4-3 ATTCTCGCTAGTTCGATCGGTAG
H9271JD-4-4 AATTGCTTTGTACTGTGACGAAGC
实施例2
1.使用YBX1敲除细胞株进行AAV包装和感染测试
1.1YBX1敲除细胞株和对照空细胞株(293T)分别铺于6孔板1个孔。
1.2第二天细胞汇合度达80%的时候安排转染;转染时配制DNA和转染试剂:6孔板质粒时每孔比例为质粒pAAV-GFP(图6):pHelper:pAAV-RC:转染试剂(lipofectmine2000)=1ug:1ug:1ug:6ul;将稀释好DNA及转染试剂,常温孵育5min;将稀释好的DNA和转染试剂混匀,常温孵育20min;将孔板中的培养基弃上清,把残液吸干净,加入新鲜不含双抗的培养基;将混好的质粒及转染试剂滴加于孔中;转染6小时后,更换新鲜完全培养基;转染48小时后,显微镜下观察,X号克隆YBX1敲除株转染效率明显高于未进行敲除的空细胞,收集上清。测滴度,结果如下:。
1.3将293T铺于24孔板,待第二天细胞汇合度达到70%的时候进行病毒感染。将对照组(293T)和目的组(YBX1敲除株)包装得到的AAV上清,取相同体积(500ul)的病毒上清分别加入孔中;感染24小时后,更换新鲜完全培养基;感染48小时后,显微镜下观察,目的组(YBX1敲除株)的感染效率明显高于对照组(293T)(图7),说明,YBX1敲除株能明显提高AAV的产量。
参考文献:
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上述实施例为本发明较佳的实施方式,但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制,其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化,均应为等效的置换方式,都包含在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 和元生物技术(上海)股份有限公司
<120> 特异性靶向YBX1基因的sgRNAs及其应用
<160> 12
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tttccaaatc cgcccggctt 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cctgctctgt cggcttctcg 20
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
accgtttcca aatccgcccg gctt 24
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
aaacaagccg ggcggatttg gaaa 24
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
accgcctgct ctgtcggctt ctcg 24
<210> 6
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
aaaccgagaa gccgacagag cagg 24
<210> 7
<211> 12584
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
tggaagggct aattcactcc caaagaagac aagatatcct tgatctgtgg atctaccaca 60
cacaaggcta cttccctgat tagcagaact acacaccagg gccaggggtc agatatccac 120
tgacctttgg atggtgctac aagctagtac cagttgagcc agataaggta gaagaggcca 180
ataaaggaga gaacaccagc ttgttacacc ctgtgagcct gcatgggatg gatgacccgg 240
agagagaagt gttagagtgg aggtttgaca gccgcctagc atttcatcac gtggcccgag 300
agctgcatcc ggagtacttc aagaactgct gatatcgagc ttgctacaag ggactttccg 360
ctggggactt tccagggagg cgtggcctgg gcgggactgg ggagtggcga gccctcagat 420
cctgcatata agcagctgct ttttgcctgt actgggtctc tctggttaga ccagatctga 480
gcctgggagc tctctggcta actagggaac ccactgctta agcctcaata aagcttgcct 540
tgagtgcttc aagtagtgtg tgcccgtctg ttgtgtgact ctggtaacta gagatccctc 600
agaccctttt agtcagtgtg gaaaatctct agcagtggcg cccgaacagg gacttgaaag 660
cgaaagggaa accagaggag ctctctcgac gcaggactcg gcttgctgaa gcgcgcacgg 720
caagaggcga ggggcggcga ctggtgagta cgccaaaaat tttgactagc ggaggctaga 780
aggagagaga tgggtgcgag agcgtcagta ttaagcgggg gagaattaga tcgcgatggg 840
aaaaaattcg gttaaggcca gggggaaaga aaaaatataa attaaaacat atagtatggg 900
caagcaggga gctagaacga ttcgcagtta atcctggcct gttagaaaca tcagaaggct 960
gtagacaaat actgggacag ctacaaccat cccttcagac aggatcagaa gaacttagat 1020
cattatataa tacagtagca accctctatt gtgtgcatca aaggatagag ataaaagaca 1080
ccaaggaagc tttagacaag atagaggaag agcaaaacaa aagtaagacc accgcacagc 1140
aagcggccgg ccgctgatct tcagacctgg aggaggagat atgagggaca attggagaag 1200
tgaattatat aaatataaag tagtaaaaat tgaaccatta ggagtagcac ccaccaaggc 1260
aaagagaaga gtggtgcaga gagaaaaaag agcagtggga ataggagctt tgttccttgg 1320
gttcttggga gcagcaggaa gcactatggg cgcagcgtca atgacgctga cggtacaggc 1380
cagacaatta ttgtctggta tagtgcagca gcagaacaat ttgctgaggg ctattgaggc 1440
gcaacagcat ctgttgcaac tcacagtctg gggcatcaag cagctccagg caagaatcct 1500
ggctgtggaa agatacctaa aggatcaaca gctcctgggg atttggggtt gctctggaaa 1560
actcatttgc accactgctg tgccttggaa tgctagttgg agtaataaat ctctggaaca 1620
gatttggaat cacacgacct ggatggagtg ggacagagaa attaacaatt acacaagctt 1680
aatacactcc ttaattgaag aatcgcaaaa ccagcaagaa aagaatgaac aagaattatt 1740
ggaattagat aaatgggcaa gtttgtggaa ttggtttaac ataacaaatt ggctgtggta 1800
tataaaatta ttcataatga tagtaggagg cttggtaggt ttaagaatag tttttgctgt 1860
actttctata gtgaatagag ttaggcaggg atattcacca ttatcgtttc agacccacct 1920
cccaaccccg aggggacccg acaggcccga aggaatagaa gaagaaggtg gagagagaga 1980
cagagacaga tccattcgat tagtgaacgg atctcgacgg tatcgccttt aaaagaaaag 2040
gggggattgg ggggtacagt gcaggggaaa gaatagtaga cataatagca acagacatac 2100
aaactaaaga actacaaaaa caaattacaa aaattcaaaa ttttcgggtt tattacaggg 2160
acagcagaga tccagtttat cgatacgcgt gcggccgccc ccttcaccga gggcctattt 2220
cccatgattc cttcatattt gcatatacga tacaaggctg ttagagagat aattggaatt 2280
aatttgactg taaacacaaa gatattagta caaaatacgt gacgtagaaa gtaataattt 2340
cttgggtagt ttgcagtttt aaaattatgt tttaaaatgg actatcatat gcttaccgta 2400
acttgaaagt atttcgattt cttggcttta tatatcttgt ggaaaggacg aaacaccggg 2460
agacgatgca gtttaaggtt tacacctata aaagagagag ccgttatcgt ctgtttgtgg 2520
atgtacagag tgatattatt gacacgcccg ggcgacggat ggtgatcccc ctggccagtg 2580
cacgtctgct gtcagataaa gtctcccgtg aactttaccc ggtggtgcat atcggggatg 2640
aaagctggcg catgatgacc accgatatgg ccagtgtgcc ggtctccgtt atcggggaag 2700
aagtggctga tctcagccac cgcgaaaatg acatcaaaaa cgccattaac ctgatgttct 2760
ggggaatata acgtctcagt ttcagagcta tgctggaaac agcatagcaa gttgaaataa 2820
ggctagtccg ttatcaactt gaaaaagtgg caccgagtcg gtgctttttt ggatccatta 2880
gacgcgtggg agttccgcgt tacataactt acggtaaatg gcccgcctgg ctgaccgccc 2940
aacgaccccc gcccattgac gtcaataatg acgtatgttc ccatagtaac gccaataggg 3000
actttccatt gacgtcaatg ggtggagtat ttacggtaaa ctgcccactt ggcagtacat 3060
caagtgtatc atatgccaag tacgccccct attgacgtca atgacggtaa atggcccgcc 3120
tggcattatg cccagtacat gaccttatgg gactttccta cttggcagta catctacgta 3180
ttagtcatcg ctattaccat ggtgatgcgg ttttggcagt acatcaatgg gcgtggatag 3240
cggtttgact cacggggatt tccaagtctc caccccattg acgtcaatgg gagtttgttt 3300
tggcaccaaa atcaacggga ctttccaaaa tgtcgtaaca actccgcccc attgacgcaa 3360
atgggcggta ggcgtgtacg gtgggaggtc tatataagca gagctcgttt agtgaaccgt 3420
cagatcgcct gccatccacg ctgttttgac ctccatagaa gacaccgact ctactagagg 3480
atcgctagcg ctaccggact cagatctcga gctcaagctt cgaattcgcc accatgaccg 3540
agtacaagcc cacggtgcgc ctcgccaccc gcgacgacgt ccccagggcc gtacgcaccc 3600
tcgccgccgc gttcgccgac taccccgcca cgcgccacac cgtcgatccg gaccgccaca 3660
tcgagcgggt caccgagctg caagaactct tcctcacgcg cgtcgggctc gacatcggca 3720
aggtgtgggt cgcggacgac ggcgccgcgg tggcggtctg gaccacgccg gagagcgtcg 3780
aagcgggggc ggtgttcgcc gagatcggcc cgcgcatggc cgagttgagc ggttcccggc 3840
tggccgcgca gcaacagatg gaaggcctcc tggcgccgca ccggcccaag gagcccgcgt 3900
ggttcctggc caccgtcgga gtctcgcccg accaccaggg caagggtctg ggcagcgccg 3960
tcgtgctccc cggagtggag gcggccgagc gcgccggggt gcccgccttc ctggagacct 4020
ccgcgccccg caacctcccc ttctacgagc ggctcggctt caccgtcacc gccgacgtcg 4080
aggtgcccga aggaccgcgc acctggtgca tgacccgcaa gcccggtgcc ggctccggag 4140
ccacgaactt ctctctgtta aagcaagcag gcgacgtgga agaaaacccc ggtccggcta 4200
gcgccaccat ggactataag gaccacgacg gagactacaa ggatcatgat attgattaca 4260
aagacgatga cgataagatg gccccaaaga agaagcggaa ggtcggtatc cacggagtcc 4320
cagcagccga caagaagtac tccattgggc tcgatatcgg cacaaacagc gtcggctggg 4380
ccgtcattac ggacgagtac aaggtgccga gcaaaaaatt caaagttctg ggcaataccg 4440
atcgccacag cataaagaag aacctcattg gcgccctcct gttcgactcc ggggagaccg 4500
ccgaagccac gcggctcaaa agaacagcac ggcgcagata tacccgcaga aagaatcgga 4560
tctgctacct gcaggagatc tttagtaatg agatggctaa ggtggatgac tctttcttcc 4620
ataggctgga ggagtccttt ttggtggagg aggataaaaa gcacgagcgc cacccaatct 4680
ttggcaatat cgtggacgag gtggcgtacc atgaaaagta cccaaccata tatcatctga 4740
ggaagaagct tgtagacagt actgataagg ctgacttgcg gttgatctat ctcgcgctgg 4800
cgcatatgat caaatttcgg ggacacttcc tcatcgaggg ggacctgaac ccagacaaca 4860
gcgatgtgga caaactcttt atccaactgg ttcagactta caatcagctt ttcgaagaga 4920
acccgatcaa cgcatccgga gttgacgcca aagcaatcct gagcgctagg ctgtccaaat 4980
cccggcggct cgaaaacctc atcgcacagc tccctgggga gaagaagaac ggcctgtttg 5040
gtaatcttat cgccctgtca ctcgggctga cccccaactt taaatctaac ttcgacctgg 5100
ccgaagatgc caagcttcaa ctgagcaaag acacctacga tgatgatctc gacaatctgc 5160
tggcccagat cggcgaccag tacgcagacc tttttttggc ggcaaagaac ctgtcagacg 5220
ccattctgct gagtgatatt ctgcgagtga acacggagat caccaaagct ccgctgagcg 5280
ctagtatgat caagcgctat gatgagcacc accaagactt gactttgctg aaggcccttg 5340
tcagacagca actgcctgag aagtacaagg aaattttctt cgatcagtct aaaaatggct 5400
acgccggata cattgacggc ggagcaagcc aggaggaatt ttacaaattt attaagccca 5460
tcttggaaaa aatggacggc accgaggagc tgctggtaaa gcttaacaga gaagatctgt 5520
tgcgcaaaca gcgcactttc gacaatggaa gcatccccca ccagattcac ctgggcgaac 5580
tgcacgctat cctcaggcgg caagaggatt tctacccctt tttgaaagat aacagggaaa 5640
agattgagaa aatcctcaca tttcggatac cctactatgt aggccccctc gcccggggaa 5700
attccagatt cgcgtggatg actcgcaaat cagaagagac catcactccc tggaacttcg 5760
aggaagtcgt ggataagggg gcctctgccc agtccttcat cgaaaggatg actaactttg 5820
ataaaaatct gcctaacgaa aaggtgcttc ctaaacactc tctgctgtac gagtacttca 5880
cagtttataa cgagctcacc aaggtcaaat acgtcacaga agggatgaga aagccagcat 5940
tcctgtctgg agagcagaag aaagctatcg tggacctcct cttcaagacg aaccggaaag 6000
ttaccgtgaa acagctcaaa gaagactatt tcaaaaagat tgaatgtttc gactctgttg 6060
aaatcagcgg agtggaggat cgcttcaacg catccctggg aacgtatcac gatctcctga 6120
aaatcattaa agacaaggac ttcctggaca atgaggagaa cgaggacatt cttgaggaca 6180
ttgtcctcac ccttacgttg tttgaagata gggagatgat tgaagaacgc ttgaaaactt 6240
acgctcatct cttcgacgac aaagtcatga aacagctcaa gaggcgccga tatacaggat 6300
gggggcggct gtcaagaaaa ctgatcaatg gcatccgaga caagcagagt ggaaagacaa 6360
tcctggattt tcttaagtcc gatggatttg ccaaccggaa cttcatgcag ttgatccatg 6420
atgactctct cacctttaag gaggacatcc agaaagcaca agtttctggc cagggggaca 6480
gtcttcacga gcacatcgct aatcttgcag gtagcccagc tatcaaaaag ggaatactgc 6540
agaccgttaa ggtcgtggat gaactcgtca aagtaatggg aaggcataag cccgagaata 6600
tcgttatcga gatggcccga gagaaccaaa ctacccagaa gggacagaag aacagtaggg 6660
aaaggatgaa gaggattgaa gagggtataa aagaactggg gtcccaaatc cttaaggaac 6720
acccagttga aaacacccag cttcagaatg agaagctcta cctgtactac ctgcagaacg 6780
gcagggacat gtacgtggat caggaactgg acatcaatcg gctctccgac tacgacgtgg 6840
atcatatcgt gccccagtct tttctcaaag atgattctat tgataataaa gtgttgacaa 6900
gatccgataa aaatagaggg aagagtgata acgtcccctc agaagaagtt gtcaagaaaa 6960
tgaaaaatta ttggcggcag ctgctgaacg ccaaactgat cacacaacgg aagttcgata 7020
atctgactaa ggctgaacga ggtggcctgt ctgagttgga taaagccggc ttcatcaaaa 7080
ggcagcttgt tgagacacgc cagatcacca agcacgtggc ccaaattctc gattcacgca 7140
tgaacaccaa gtacgatgaa aatgacaaac tgattcgaga ggtgaaagtt attactctga 7200
agtctaagct ggtctcagat ttcagaaagg actttcagtt ttataaggtg agagagatca 7260
acaattacca ccatgcgcat gatgcctacc tgaatgcagt ggtaggcact gcacttatca 7320
aaaaatatcc caagcttgaa tctgaatttg tttacggaga ctataaagtg tacgatgtta 7380
ggaaaatgat cgcaaagtct gagcaggaaa taggcaaggc caccgctaag tacttctttt 7440
acagcaatat tatgaatttt ttcaagaccg agattacact ggccaatgga gagattcgga 7500
agcgaccact tatcgaaaca aacggagaaa caggagaaat cgtgtgggac aagggtaggg 7560
atttcgcgac agtccggaag gtcctgtcca tgccgcaggt gaacatcgtt aaaaagaccg 7620
aagtacagac cggaggcttc tccaaggaaa gtatcctccc gaaaaggaac agcgacaagc 7680
tgatcgcacg caaaaaagat tgggacccca agaaatacgg cggattcgat tctcctacag 7740
tcgcttacag tgtactggtt gtggccaaag tggagaaagg gaagtctaaa aaactcaaaa 7800
gcgtcaagga actgctgggc atcacaatca tggagcgatc aagcttcgaa aaaaacccca 7860
tcgactttct ggaggcgaaa ggatataaag aggtcaaaaa agacctcatc attaagcttc 7920
ccaagtactc tctctttgag cttgaaaacg gccggaaacg aatgctcgct agtgcgggcg 7980
agctgcagaa aggtaacgag ctggcactgc cctctaaata cgttaatttc ttgtatctgg 8040
ccagccacta tgaaaagctc aaagggtctc ccgaagataa tgagcagaag cagctgttcg 8100
tggaacaaca caaacactac cttgatgaga tcatcgagca aataagcgag ttctccaaaa 8160
gagtgatcct cgccgacgct aacctcgata aggtgctttc tgcttacaat aagcacaggg 8220
ataagcccat cagggagcag gcagaaaaca ttatccactt gtttactctg accaacttgg 8280
gcgcgcctgc agccttcaag tacttcgaca ccaccataga cagaaagcgg tacacctcta 8340
caaaggaggt cctggacgcc acactgattc atcagtcaat tacggggctc tatgaaacaa 8400
gaatcgacct ctctcagctc ggtggagaca agcgtcctgc tgctactaag aaagctggtc 8460
aagctaagaa aaagaaatga gtcgactcta gaccgcgtct ggaacaatca acctctggat 8520
tacaaaattt gtgaaagatt gactggtatt cttaactatg ttgctccttt tacgctatgt 8580
ggatacgctg ctttaatgcc tttgtatcat gctattgctt cccgtatggc tttcattttc 8640
tcctccttgt ataaatcctg gttgctgtct ctttatgagg agttgtggcc cgttgtcagg 8700
caacgtggcg tggtgtgcac tgtgtttgct gacgcaaccc ccactggttg gggcattgcc 8760
accacctgtc agctcctttc cgggactttc gctttccccc tccctattgc cacggcggaa 8820
ctcatcgccg cctgccttgc ccgctgctgg acaggggctc ggctgttggg cactgacaat 8880
tccgtggtgt tgtcggggaa gctgacgtcc tttccatggc tgctcgcctg tgttgccacc 8940
tggattctgc gcgggacgtc cttctgctac gtcccttcgg ccctcaatcc agcggacctt 9000
ccttcccgcg gcctgctgcc ggctctgcgg cctcttccgc gtcttcgcct tcgccctcag 9060
acgagtcgga tctccctttg ggccgcctcc ccgcctggaa ttaattctgc agtcgagacc 9120
tagaaaaaca tggagcaatc acaagtagca atacagcagc taccaatgct gattgtgcct 9180
ggctagaagc acaagaggag gaggaggtgg gtttttccag tcacacctca ggtaccttta 9240
agaccaatga cttacaaggc agctgtagat cttagccact ttttaaaaga aaagagggga 9300
ctggaagggc taattcactc ccaacgaaga caagatatcc ttgatctgtg gatctaccac 9360
acacaaggct acttccctga ttagcagaac tacacaccag ggccaggggt cagatatcca 9420
ctgacctttg gatggtgcta caagctagta ccagttgagc cagataaggt agaagaggcc 9480
aataaaggag agaacaccag cttgttacac cctgtgagcc tgcatgggat ggatgacccg 9540
gagagagaag tgttagagtg gaggtttgac agccgcctag catttcatca cgtggcccga 9600
gagctgcatc cggagtactt caagaactgc tgatatcgag cttgctacaa gggactttcc 9660
gctggggact ttccagggag gcgtggcctg ggcgggactg gggagtggcg agccctcaga 9720
tcctgcatat aagcagctgc tttttgcctg tactgggtct ctctggttag accagatctg 9780
agcctgggag ctctctggct aactagggaa cccactgctt aagcctcaat aaagcttgcc 9840
ttgagtgctt caagtagtgt gtgcccgtct gttgtgtgac tctggtaact agagatccct 9900
cagacccttt tagtcagtgt ggaaaatctc tagcagtagt agttcatgtc atcttattat 9960
tcagtattta taacttgcaa agaaatgaat atcagagagt gagaggcctt gacattgcta 10020
gcgttttacc gtcgacctct agctagagct tggcgtaatc atggtcatag ctgtttcctg 10080
tgtgaaattg ttatccgctc acaattccac acaacatacg agccggaagc ataaagtgta 10140
aagcctgggg tgcctaatga gtgagctaac tcacattaat tgcgttgcgc tcactgcccg 10200
ctttccagtc gggaaacctg tcgtgccagc tgcattaatg aatcggccaa cgcgcgggga 10260
gaggcggttt gcgtattggg cgctcttccg cttcctcgct cactgactcg ctgcgctcgg 10320
tcgttcggct gcggcgagcg gtatcagctc actcaaaggc ggtaatacgg ttatccacag 10380
aatcagggga taacgcagga aagaacatgt gagcaaaagg ccagcaaaag gccaggaacc 10440
gtaaaaaggc cgcgttgctg gcgtttttcc ataggctccg cccccctgac gagcatcaca 10500
aaaatcgacg ctcaagtcag aggtggcgaa acccgacagg actataaaga taccaggcgt 10560
ttccccctgg aagctccctc gtgcgctctc ctgttccgac cctgccgctt accggatacc 10620
tgtccgcctt tctcccttcg ggaagcgtgg cgctttctca tagctcacgc tgtaggtatc 10680
tcagttcggt gtaggtcgtt cgctccaagc tgggctgtgt gcacgaaccc cccgttcagc 10740
ccgaccgctg cgccttatcc ggtaactatc gtcttgagtc caacccggta agacacgact 10800
tatcgccact ggcagcagcc actggtaaca ggattagcag agcgaggtat gtaggcggtg 10860
ctacagagtt cttgaagtgg tggcctaact acggctacac tagaagaaca gtatttggta 10920
tctgcgctct gctgaagcca gttaccttcg gaaaaagagt tggtagctct tgatccggca 10980
aacaaaccac cgctggtagc ggtttttttg tttgcaagca gcagattacg cgcagaaaaa 11040
aaggatctca agaagatcct ttgatctttt ctacggggtc tgacgctcag tggaacgaaa 11100
actcacgtta agggattttg gtcatgagat tatcaaaaag gatcttcacc tagatccttt 11160
taaattaaaa atgaagtttt aaatcaatct aaagtatata tgagtaaact tggtctgaca 11220
gttaccaatg cttaatcagt gaggcaccta tctcagcgat ctgtctattt cgttcatcca 11280
tagttgcctg actccccgtc gtgtagataa ctacgatacg ggagggctta ccatctggcc 11340
ccagtgctgc aatgataccg cgagacccac gctcaccggc tccagattta tcagcaataa 11400
accagccagc cggaagggcc gagcgcagaa gtggtcctgc aactttatcc gcctccatcc 11460
agtctattaa ttgttgccgg gaagctagag taagtagttc gccagttaat agtttgcgca 11520
acgttgttgc cattgctaca ggcatcgtgg tgtcacgctc gtcgtttggt atggcttcat 11580
tcagctccgg ttcccaacga tcaaggcgag ttacatgatc ccccatgttg tgcaaaaaag 11640
cggttagctc cttcggtcct ccgatcgttg tcagaagtaa gttggccgca gtgttatcac 11700
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cactcatggt tatggcagca ctgcataatt ctcttactgt catgccatcc gtaagatgct 11280
tttctgtgac tggtgagtac tcaaccaagt cattctgaga atagtgtatg cggcgaccga 11340
gttgctcttg cccggcgtca atacgggata ataccgcgcc acatagcaga actttaaaag 11400
tgctcatcat tggaaaacgt tcttcggggc gaaaactctc aaggatctta ccgctgttga 11460
gatccagttc gatgtaaccc actcgtgcac ccaactgatc ttcagcatct tttactttca 11520
ccagcgtttc tgggtgagca aaaacaggaa ggcaaaatgc cgcaaaaaag ggaataaggg 11580
cgacacggaa atgttgaata ctcatactct tcctttttca atattattga agcatttatc 11640
agggttattg tctcatgagc ggatacatat ttgaatgtat ttagaaaaat aaacaaatag 11700
gggttccgcg cacatttccc cgaaaagtgc cacctgacgt cgacggatcg ggagatcaac 11760
ttgtttattg cagcttataa tggttacaaa taaagcaata gcatcacaaa tttcacaaat 11820
aaagcatttt tttcactgca ttctagttgt ggtttgtcca aactcatcaa tgtatcttat 11880
catgtctgga tcaactggat aactcaagct aaccaaaatc atcccaaact tcccacccca 11940
taccctatta ccactgccaa ttacctagtg gtttcattta ctctaaacct gtgattcctc 12000
tgaattattt tcattttaaa gaaattgtat ttgttaaata tgtactacaa acttagtagt 12060
ttttaaagaa attgtatttg ttaaatatgt actacaaact tagtagt 12107
<210> 12
<211> 4841
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
cctgcaggca gctgcgcgct cgctcgctca ctgaggccgc ccgggcaaag cccgggcgtc 60
gggcgacctt tggtcgcccg gcctcagtga gcgagcgagc gcgcagagag ggagtggcca 120
actccatcac taggggttcc tgcggccgca cgcgtgtgtc tagaccgcag ccggccccag 180
tcaccatcac cgcaaccatg agcagcgagg ccgagaccca gcagccgccc gccgcccccc 240
ccgccgcccc cgccctcagc gccgccgaca ccaagcccgg cactacgggc agcggcgcag 300
ggagcggtgg cccgggcggc ctcacatcgg cggcgcctgc cggcggggac aagaaggtca 360
tcggtgagga ccggacaggg acgggggtgg ggccctcggg cagcccagca gcggaaccgt 420
tagccggagc tgggcgagcc ggcgggcgcg cggccggtgg gcaccgactc cgcggcgcgc 480
ggccgcccat cccccccgtc cccccctcac tccctctcgc ggggacccgc ccggcaggcg 540
cgcgcgcact gcctcccgcg ccccctgtgg accccgcgcg gccgcgcgcc cctccccctg 600
cggccgcgcg ccgccgaccg cgtgtgcgac ggggtcccct ccccgccgac cggcctcgtg 660
cgctcgggcc cgcacgccgt tgttcgcgtc acccccaccc agctcccttc cgcgtgtgct 720
cggagggcgc ggcgcaccgc ctacgcaggc cggagcggct tccccttccc tcacgtgctc 780
tccgtccgcg gcctgcgcac acacccatcc tggggcccgc gccccgggcc tgccctggag 840
cgccccgcgc ttcagactca cccacgtgtg cggcggcggc ggcgactgcg tggccccgca 900
cccgggcggt ggagagaaag ggctgtcagg tggccgcggc ggccggcgtg cgagggaccg 960
gatgccataa cttcgtatag catacattat acgaagttat caagccgggc ggatttggaa 1020
aaggatagct ggtaatcgtg gcttgttttg ctttgttttc ttttccagca acgaaggttt 1080
tgggaacagt aaaatggttc aatgtaagga acggatatgg tttcatcaac aggtgagctg 1140
ccgggctctg aagcctccat cccaccttct tgcttgcttc ctgctctgtc ggcttctcgg 1200
ataacttcgt atagcataca ttatacgaag ttatggcttg ggaagcccca atccacagct 1260
ctgttctgaa aggcgtttac tacctctggt gtattagtat gattttttgt tgttgttgtt 1320
ttccttgatt agggattagt ggatctagag aatgcctttg ttttgcagct aaatattaat 1380
ttgaagctaa cttaaaaggc ttcgtcacag tacaaagcaa ttcaaaaggc aagcggagtg 1440
aatgagccat tccttaacag ggtaaacggg aaactacggt ccagtacatt tttatccttg 1500
tcatcttttt ctactttatt gaactcggta tttgagaatg tgatccactg acatcggata 1560
tttatacatt gttaacgttt tagggtaaga ggatttgact atatgaggtt ttgtcatctt 1620
taccgagagg ttgtattgcc tttgtttcac gtttcatttt aatacctgag ataaattttg 1680
tcttagcaca gctttgacca gagagaactg tttttatttg ctcatccagt aaataatata 1740
tttacaagaa agtggttttt tttccttctt ccgttcttat ttttcattct tccttgtcct 1800
agaatcataa ctggttaagt cgatttctgt tagatccctg gctgtagctt attagagtgg 1860
ccatagtcac tggtaacttg acatttttct tcctgtttga aggcaaagct gcagacacgt 1920
ctttaggact tacccttcgg gttgtttgta ggagtggtgg tggtaacgtg cagtagacgc 1980
actgtattcc atgggctccc ttgtaagccg ggcatcattt tcaagatggc tgccaaaagc 2040
tttaaaccgg tcttaaggga tccgaattcg gtaccggtaa ccacgtgcgg accgagcggc 2100
cgcaggaacc cctagtgatg gagttggcca ctccctctct gcgcgctcgc tcgctcactg 2160
aggccgggcg accaaaggtc gcccgacgcc cgggctttgc ccgggcggcc tcagtgagcg 2220
agcgagcgcg cagctgcctg caggggcgcc tgatgcggta ttttctcctt acgcatctgt 2280
gcggtatttc acaccgcata cgtcaaagca accatagtac gcgccctgta gcggcgcatt 2340
aagcgcggcg ggtgtggtgg ttacgcgcag cgtgaccgct acacttgcca gcgccctagc 2400
gcccgctcct ttcgctttct tcccttcctt tctcgccacg ttcgccggct ttccccgtca 2460
agctctaaat cgggggctcc ctttagggtt ccgatttagt gctttacggc acctcgaccc 2520
caaaaaactt gatttgggtg atggttcacg tagtgggcca tcgccctgat agacggtttt 2580
tcgccctttg acgttggagt ccacgttctt taatagtgga ctcttgttcc aaactggaac 2640
aacactcaac cctatctcgg gctattcttt tgatttataa gggattttgc cgatttcggc 2700
ctattggtta aaaaatgagc tgatttaaca aaaatttaac gcgaatttta acaaaatatt 2760
aacgtttaca attttatggt gcactctcag tacaatctgc tctgatgccg catagttaag 2820
ccagccccga cacccgccaa cacccgctga cgcgccctga cgggcttgtc tgctcccggc 2880
atccgcttac agacaagctg tgaccgtctc cgggagctgc atgtgtcaga ggttttcacc 2940
gtcatcaccg aaacgcgcga gacgaaaggg cctcgtgata cgcctatttt tataggttaa 3000
tgtcatgata ataatggttt cttagacgtc aggtggcact tttcggggaa atgtgcgcgg 3060
aacccctatt tgtttatttt tctaaataca ttcaaatatg tatccgctca tgagacaata 3120
accctgataa atgcttcaat aatattgaaa aaggaagagt atgagtattc aacatttccg 3180
tgtcgccctt attccctttt ttgcggcatt ttgccttcct gtttttgctc acccagaaac 3240
gctggtgaaa gtaaaagatg ctgaagatca gttgggtgca cgagtgggtt acatcgaact 3300
ggatctcaac agcggtaaga tccttgagag ttttcgcccc gaagaacgtt ttccaatgat 3360
gagcactttt aaagttctgc tatgtggcgc ggtattatcc cgtattgacg ccgggcaaga 3420
gcaactcggt cgccgcatac actattctca gaatgacttg gttgagtact caccagtcac 3480
agaaaagcat cttacggatg gcatgacagt aagagaatta tgcagtgctg ccataaccat 3540
gagtgataac actgcggcca acttacttct gacaacgatc ggaggaccga aggagctaac 3600
cgcttttttg cacaacatgg gggatcatgt aactcgcctt gatcgttggg aaccggagct 3660
gaatgaagcc ataccaaacg acgagcgtga caccacgatg cctgtagcaa tggcaacaac 3720
gttgcgcaaa ctattaactg gcgaactact tactctagct tcccggcaac aattaataga 3780
ctggatggag gcggataaag ttgcaggacc acttctgcgc tcggcccttc cggctggctg 3840
gtttattgct gataaatctg gagccggtga gcgtgggtct cgcggtatca ttgcagcact 3900
ggggccagat ggtaagccct cccgtatcgt agttatctac acgacgggga gtcaggcaac 3960
tatggatgaa cgaaatagac agatcgctga gataggtgcc tcactgatta agcattggta 4020
actgtcagac caagtttact catatatact ttagattgat ttaaaacttc atttttaatt 4080
taaaaggatc taggtgaaga tcctttttga taatctcatg accaaaatcc cttaacgtga 4140
gttttcgttc cactgagcgt cagaccccgt agaaaagatc aaaggatctt cttgagatcc 4200
tttttttctg cgcgtaatct gctgcttgca aacaaaaaaa ccaccgctac cagcggtggt 4260
ttgtttgccg gatcaagagc taccaactct ttttccgaag gtaactggct tcagcagagc 4320
gcagatacca aatactgtcc ttctagtgta gccgtagtta ggccaccact tcaagaactc 4380
tgtagcaccg cctacatacc tcgctctgct aatcctgtta ccagtggctg ctgccagtgg 4440
cgataagtcg tgtcttaccg ggttggactc aagacgatag ttaccggata aggcgcagcg 4500
gtcgggctga acggggggtt cgtgcacaca gcccagcttg gagcgaacga cctacaccga 4560
actgagatac ctacagcgtg agctatgaga aagcgccacg cttcccgaag ggagaaaggc 4620
ggacaggtat ccggtaagcg gcagggtcgg aacaggagag cgcacgaggg agcttccagg 4680
gggaaacgcc tggtatcttt atagtcctgt cgggtttcgc cacctctgac ttgagcgtcg 4740
atttttgtga tgctcgtcag gggggcggag cctatggaaa aacgccagca acgcggcctt 4800
tttacggttc ctggcctttt gctggccttt tgctcacatg t 4841

Claims (16)

1.一对特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和第三内含子的sgRNA2,其特征在于,所述sgRNA1的序列如SEQ ID NO.1所示:
TTTCCAAATCCGCCCGGCTT
所述sgRNA2的序列如SEQ ID NO.2所示:
CCTGCTCTGTCGGCTTCTCG。
2.一对载体,其特征在于,分别含有权利要求1所述的sgRNA1和sgRNA2。
3.根据权利要求2所述的一对载体,其特征在于,所述载体是慢病毒载体。
4.根据权利要求3所述的一对载体,其特征在于,
含有sgRNA1的慢病毒载体是靶向剪切YBX1基因第一内含子的CRISPR-Cas9重组表达慢病毒载体pLenti-U6-YBX1spgRNA1-CMV-Puro-P2A-3Flag-spCas9,其含有特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和Cas9蛋白,并带有Puro筛选标记;
含有sgRNA2的慢病毒载体是靶向剪切YBX1基因第三内含子的CRISPR-Cas9重组表达慢病毒载体pLenti-U6-YBX1spgRNA2-CMV Blasticidin-P2A-3Flag-spCas9,其含有特异性靶向YBX1基因第三内含子的sgRNA2和Cas9蛋白体,并带有Blasticidin筛选标记。
5.根据权利要求4所述的一对载体,其特征在于,
所述含有sgRNA1的慢病毒载体的序列如序列表中SEQ ID NO.10所示,其骨架载体的序列如序列表中SEQ ID NO.7所示
所述含有sgRNA2的慢病毒载体的序列如序列表中SEQ ID NO.11所示,其骨架载体的序列如序列表中SEQ ID NO.8所示。
6.试剂盒,其特征在于,包含权利要求1所述的sgRNA1和sgRNA2或权利要求2-5中任一项所述的载体。
7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括LoxP供体载体质粒,所述LoxP供体载体质粒是靶向YBX1基因的LoxP重组表达腺相关病毒供体载体pAAV-YBX1供体。
8.根据权利要求7所述试剂盒,其特征在于,LoxP前端加sgRNA1-Cas9剪切位点上游800bp的同源臂,LoxP后端加sgRNA2-Cas9剪切位点下游800bp的同源臂,LoxP中间添加从sgRNA1-Cas9剪切位点到sgRNA2-Cas9剪切位点之间含有第二外显子的切除片段。
9.根据权利要求7或8所述试剂盒,其特征在于,所述LoxP供体载体质粒的序列如SEQID NO.12所示,其骨架载体的序列如序列表中SEQ ID NO.9所示。
10.一种特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和第三内含子的sgRNA2的CRISPR-Cas9系统,其特征在于:含有权利要求1所述的一对特异性靶向YBX1基因第一内含子的sgRNA1和第三内含子的sgRNA2。
11.根据权利要求1所述的sgRNA1和sgRNA2,或根据权利要求2-5中任一项所述的载体,或根据权利要求10所述的CRISPR-Cas9系统在特异性靶向删除YBX1基因中的用途。
12.根据权利要求1所述的sgRNA1和sgRNA2,或根据权利要求2-5中任一项所述的载体,或根据权利要求10所述的CRISPR-Cas9系统在制备高产腺相关病毒的293T细胞株中的用途。
13.一种基于CRISPR-Cas9删除YBX1基因的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
(1)分别构建如权利要求1所述的特异性靶向YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;
(2)构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体;
(3)将步骤(1)和(2)中的三种载体转染293T细胞;
(4)药筛后转入Cre质粒,通过同源重组删除YBX1基因。
14.一种基于CRISPR-Cas9获得高产腺相关病毒的293T细胞株的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
(1)分别构建如权利要求1所述的特异性靶向YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;
(2)构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体;
(3)将步骤(1)和(2)中的三种载体转染293T细胞;
(4)药筛后转入Cre质粒,得到高产腺相关病毒的293T细胞株。
15.一种高产腺相关病毒的293T细胞株,其由权利要求13所述的方法制备而得。
16.一种基于CRISPR-Cas9提高293T细胞产腺相关病毒的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
(1)分别构建如权利要求1所述的特异性靶向YBX1基因的sgRNA1、sgRNA2到慢病毒载体;
(2)构建包含第二外显子切除片段的LoxP供体载体;
(3)将步骤(1)和(2)中的三种载体转染293T细胞;
(4)药筛后转入Cre质粒,得到YBX1基因敲除细胞株。
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