CN109715179A - 用于治疗皮肤病症的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本文描述了涉及使用益生菌治疗痤疮和其他皮肤病症的组合物和方法。在某些方面，益生菌中包括的微生物已被工程化或选择用于治疗特定的皮肤病症。

Description

用于治疗皮肤病症的组合物和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求以下美国临时序列号的权益：2016年4月21日提交的62/325,851；2016年7月29日提交的62/368,829；2016年7月29日提交的62/368,837；2016年9月9日提交的62/385,831；和2017年1月3日提交的62/441,931，所有上述申请均以其全文并入本文。
序列表
本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式以电子方式提交，并且通过引用以其全文并入于此。在2017年4月20日创建的所述ASCII副本被命名为48236-706_601_SL.txt，并且大小为2,294,816个字节。
背景技术
生活在个体上和/或个体内的微生物群落是微生物群系(microbiome)。微生物群系由许多不同的细菌种组成，其中一些细菌种对人类健康是有益的、中性的或有害的。微生物群系的改变与许多疾病状态如炎症性疾病、代谢性疾病、发育性疾病、心理疾病和癌症有关。确定微生物群系的组成并将微生物群系从病理状态改变为健康状态对于许多不同的疾病具有很大的治疗前景。
发明内容
本文提供了基于微生物群系的皮肤治疗方法，该方法使用皮肤上的有益细菌来消除或减少有害细菌并使皮肤恢复健康状态。本文公开的方法和组合物可用于广泛的皮肤病症，包括痤疮、湿疹、银屑病、酒渣鼻和脂溢性皮炎。目前对这些病症的治疗存在的问题包括抗生素抗性、副作用、治疗方案复杂以及缺乏长期有效性。本文公开的治疗可提供抗生素的替代物，使用健康细菌，几乎没有副作用，治疗方案简单并且具有长期有效性。
本文所述的组合物通常含有至少一种健康相关的微生物或益生菌，其向患有皮肤病症的受试者传递有益效果。因此，本文公开的组合物对皮肤有效(例如，在皮肤温度下)。这些组合物有时含有几种已被各自分离、纯化、选择或工程化的菌株的混合物，以提供天然不存在的特定细菌混合物。这些菌株可以与防腐剂如甘油或聚乙二醇一起储存或包装在容器中或在涂药器如棉签上，如图1所示。这些容器和涂药器可以在使用前和使用过程中储存在冷冻箱、冰箱中或在室温下储存在搁架上。
本文公开的许多组合物和方法分别包括被称为疮疱丙酸杆菌(Propionibacterium acnes，缩写为P.acnes)的细菌及其应用。然而，本文还考虑了其他细菌(包括基因修饰的菌株)及其应用。在本文公开的组合物和方法中使用的一些疮疱丙酸杆菌菌株在本文中称为疮疱丙酸杆菌的健康菌株，或者为简单起见，称为“健康的疮疱丙酸杆菌”。疮疱丙酸杆菌的健康菌株通常通过预防皮肤病症或减轻皮肤病症的症状来促进皮肤健康。疮疱丙酸杆菌的健康菌株甚至可以通过消除皮肤病症的病因来促进皮肤健康。其他疮疱丙酸杆菌菌株在本文中称为致病菌株或“致病性疮疱丙酸杆菌”。致病性疮疱丙酸杆菌通常促进或引起皮肤病症或其症状。通常，致病性疮疱丙酸杆菌不在本文所述的组合物和方法中使用。相反，本文公开的方法和组合物可用于减少或防止受试者皮肤上致病性疮疱丙酸杆菌的生长。在一些情况下，一定量的疮疱丙酸杆菌可被认为是健康的或致病性的，太多或太少是可取的或不可取的。在一些情况下，多种疮疱丙酸杆菌菌株的组合赋予健康。相反地，在一些情况下，多种疮疱丙酸杆菌菌株的不同组合可能是致病性的。本文描述了疮疱丙酸杆菌菌株、其组合及其健康和致病性的量。
本文公开的组合物和方法可分别包括具有给定遗传特征的细菌及其应用。虽然疮疱丙酸杆菌是本文主要例示的细菌，但是预期具有与健康的疮疱丙酸杆菌相似的特定遗传特征的其他细菌同样可用于本文公开的组合物和方法。例如，在此被鉴定为健康的许多疮疱丙酸杆菌菌株包含脱氧核糖操纵子阻抑物(deoR)、II型脂肪酶和CRISPR相关的Cas内切核酸酶的组合。另外，健康的疮疱丙酸杆菌菌株通常与染色体外质粒(本领域中称为pIMPLE质粒)缺失或仅少量存在相关。先前已经报道了一些疮疱丙酸杆菌菌株含有染色体外质粒，本领域技术人员给出了术语“pIMPLE质粒”。这类质粒在本领域中很容易找到。pIMPLE质粒可具有多个开放阅读框(ORF)。这些上述基因(例如，deoR、脂肪酶、Cas)的存在和/或pIMPLE质粒的少量存在可提供促进遗传特征的健康皮肤，该遗传特征可用于鉴定在本文所述的治疗痤疮的组合物和方法中有用的除疮疱丙酸杆菌之外的细菌。
在一些方面，本文公开了药物组合物，其包含：第一治疗有效量的第一健康相关的丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物产生少于约一微摩尔的卟啉；第二治疗有效量的第二健康相关微生物；以及药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述第二健康相关微生物包含丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述第二健康相关微生物产生少于约一微摩尔的卟啉。在一些实施方案中，所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约一微摩尔的卟啉。在一些实施方案中，所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种产生少于约200nM的卟啉。在一些实施方案中，所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种产生少于约100nM的卟啉。在一些实施方案中，所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约100nM的卟啉。在一些实施方案中，所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种原位产生少于约一微摩尔的卟啉。在一些实施方案中，所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种在体外产生少于约一微摩尔的卟啉。在一些实施方案中，至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌(Propionibacterium granulosum)、贪婪丙酸杆菌(Propionibacterium avidum)或疮疱丙酸杆菌defendens亚种的菌株。在一些实施方案中，至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含核糖核酸型RT1或RT2的疮疱丙酸杆菌。在一些实施方案中，至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物：(a)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；(b)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；或(c)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。
在一些方面，本文公开了药物组合物，其包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因，以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。在一些实施方案中，Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。在一些实施方案中，所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌或颗粒丙酸杆菌。在一些实施方案中，所述另外的菌株包括疮疱丙酸杆菌defendens亚种。
在一些方面，本文公开了治疗皮肤病症或病况的方法，该方法包括施加治疗有效量的药物益生菌组合物，其包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因，以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻，或其组合。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因。在一些实施方案中，Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的混合物。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。在一些实施方案中，所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌或颗粒丙酸杆菌。在一些实施方案中，所述另外的菌株包括疮疱丙酸杆菌defendens亚种。
在一些方面，本文公开了药物益生菌组合物，其包含：(a)第一治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因；(b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物，其中所述第二健康相关微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述第二健康相关微生物是包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌或贪婪丙酸杆菌的细菌菌株。在一些实施方案中，所述第二健康相关微生物是包含疮疱丙酸杆菌defendens亚种的细菌菌株。
在一些方面，本文公开了药物组合物，其包含：(a)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(b)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶或其组合。在一些方面，本文公开了药物组合物，其包含：(a)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(b)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。在一些方面，本文公开了药物组合物，其包含：(a)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(b)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物：不表达DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶或其组合；并且表达ATP结合盒转运蛋白。在一些实施方案中，所述DNA结合反应调节物由SEQ ID NO：7的序列编码。在一些实施方案中，所述DNA结合反应调节物由与SEQ ID NO：7的序列至少50％同源的序列编码。在一些实施方案中，所述磷酸甘油酸激酶由SEQ ID NO：9的序列编码。在一些实施方案中，所述磷酸甘油酸激酶由与SEQ ID NO：9的序列至少50％同源的序列编码。在一些实施方案中，所述ATP结合盒转运蛋白由SEQ ID NO：6的序列编码。在一些实施方案中，所述ATP结合盒转运蛋白由与SEQ ID NO：6的序列至少50％同源的序列编码。在一些实施方案中，所述药物组合物包含至少两种细菌菌株。在一些实施方案中，所述药物组合物包含具有RT1、RT2、RT3、RT4或RT5核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述药物组合物包含具有RT1或RT2核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。在一些实施方案中，所述药物组合物被配制用于局部施用。在一些实施方案中，所述药物组合物为凝胶、软膏、洗剂、乳液、糊剂、乳膏、泡沫、摩丝、液体、喷雾剂、悬浮液、分散体和气雾剂的形式。在一些实施方案中，所述药物组合物包含脂质体或纳米颗粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。在一些实施方案中，Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。在一些实施方案中，所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。在一些实施方案中，所述药物组合物包含另外的细菌菌株。在一些实施方案中，所述药物组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌和颗粒丙酸杆菌。在一些实施方案中，所述另外的菌株包括疮疱丙酸杆菌defendens亚种。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物被选择、转化或工程化为：(a)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；(b)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或(c)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。
在一些方面，提供了治疗皮肤病症或病况的方法，该方法包括施加治疗有效量的本文公开的药物组合物。在一些实施方案中，所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻，或其组合。
在一些方面，本文公开了药物益生菌组合物，其包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。在一些实施方案中，Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。在一些实施方案中，所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。在一些实施方案中，所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌或颗粒丙酸杆菌。在一些实施方案中，所述另外的菌株包括疮疱丙酸杆菌defendens亚种。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。
在一些方面，本文公开了治疗皮肤病症或病况的方法，该方法包括施加治疗有效量的药物益生菌组合物，其包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因。在一些实施方案中，Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的混合物。在一些实施方案中，所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株或HP4G1菌株或HP5G4菌株中的至少一种。在一些实施方案中，所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌或颗粒丙酸杆菌。在一些实施方案中，所述另外的菌株包括疮疱丙酸杆菌defendens亚种。
在一些方面，本文公开了药物益生菌组合物，其包含：(a)第一治疗有效量的第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；(b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物，其中所述第二健康相关微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。在一些实施方案中，所述第一或所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含：(i)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因，(ii)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物的基因和少于约10％的pIMPLE质粒，或(iii)至少一种编码II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含：(i)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因，(ii)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物的基因和少于约10％的pIMPLE质粒，或(iii)至少一种编码II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述第一或所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物、II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物、II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物是不同的菌株。在一些实施方案中，所述第一或所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。在一些实施方案中，所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1核糖核酸型，并且所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT2核糖核酸型。在一些实施方案中，所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物都不包含RT6核糖核酸型。在一些实施方案中，所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约-30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。在一些实施方案中，所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株或HP4G1菌株或HP5G4菌株中的至少一种。在一些实施方案中，所述第一或第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。在一些实施方案中，所述第一或第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。在一些方面，本文公开的药物益生菌组合物用于治疗皮肤病症或病况。
在一些方面，本文公开了产生疮疱丙酸杆菌细菌的所需制剂的方法，所述方法包括：(a)将所述疮疱丙酸杆菌细菌的样品添加至甘油溶液中以产生疮疱丙酸杆菌甘油储备液，以及(b)在约4℃或更低的温度下储存所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液，其中当所述甘油溶液中的所述疮疱丙酸杆菌细菌达到环境温度时，超过约50％的所述疮疱丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，所述甘油溶液为约25％至约75％甘油。在一些实施方案中，所述甘油溶液为约50％甘油。在一些实施方案中，所述温度为约4℃至约-80℃。在一些实施方案中，所述温度为约-20℃。在一些实施方案中，在所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，所述样品中的至少约70％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，所述样品中的至少约90％是存活的。在一些实施方案中，所述环境温度为约20℃至约30℃。在一些实施方案中，所述环境温度为约25℃。在一些实施方案中，在开始储存约90天之前使所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度。在一些实施方案中，所述样品中的超过50％在储存约20天后是存活的。在一些实施方案中，所述样品中的超过约50％在储存约90天后是存活的。在一些实施方案中，所述样品中的超过约50％至少到储存约90天时是存活的。在一些实施方案中，所述疮疱丙酸杆菌细菌包含HP3A11菌株、HP3B4菌株或HP4G1菌株或HP5G4菌株。
在一些方面，本文公开了产生保存的疮疱丙酸杆菌样品的所需制剂的方法，其中所述保存的疮疱丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存六十天后是存活的，所述方法包括：(a)将疮疱丙酸杆菌细菌样品添加至在磷酸盐缓冲盐水溶液中的约25％至约50％甘油溶液中以产生疮疱丙酸杆菌甘油储备液；以及(b)在约-20℃至约4℃的温度下冷却所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液，从而形成所述所需制剂，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品中的至少约90％在储存六十天后是存活的。在一些方面，本文公开了产生保存的疮疱丙酸杆菌样品的所需制剂的方法，其中所述保存的疮疱丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存九十天后是存活的，所述方法包括：将疮疱丙酸杆菌细菌样品添加至约50％甘油溶液中以产生疮疱丙酸杆菌甘油储备液；以及在约-20℃下冷冻所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液，从而形成所述所需制剂，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品中的至少约90％在所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液解冻后是存活的。在一些实施方案中，所述方法包括在室温下解冻所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液。在一些实施方案中，所述溶液为在水中的约25-50％甘油v/v。在一些实施方案中，所述溶液为在缓冲溶液中的约25-50％甘油v/v。在一些实施方案中，所述缓冲溶液是磷酸盐缓冲盐水。在一些实施方案中，所述缓冲溶液是乙酸盐缓冲溶液。在一些实施方案中，所述溶液包含钾。在一些实施方案中，所述溶液包含浓度为约150mM至约200mM的钾。在一些实施方案中，所述溶液包含钙。在一些实施方案中，所述溶液包含浓度为约0.05mM至约0.1mM的钙。在一些实施方案中，所述溶液包含益生元稳定剂。在一些实施方案中，所述益生元稳定剂是菊粉。在一些实施方案中，菊粉以约0.05％v/v至约0.2％v/v的浓度存在于所述溶液中。在一些实施方案中，所述溶液包含抗痤疮剂。在一些实施方案中，所述抗痤疮剂包括类视黄醇、维生素、抗氧化剂、过氧化物、酸、油、醇、提取物或其类似物。在一些实施方案中，所述类视黄醇包括维甲酸、他扎罗汀(tazarotene)、阿达帕林(adapalene)或视黄醇。在一些实施方案中，所述维生素或其类似物包括维生素D、维生素C、维生素E或卡泊三烯(calciptotriene)。在一些实施方案中，所述抗氧化剂包括维生素C或维生素E。在一些实施方案中，所述过氧化物是过氧化苯甲酰。在一些实施方案中，所述酸包括水杨酸、壬二酸(azaelic acid)、三氯乙酸或乙醇酸。在一些实施方案中，所述醇包括视黄醇或白藜芦醇。在一些实施方案中，所述油是茶树油。在一些实施方案中，所述提取物是绿茶提取物。在一些实施方案中，将所述溶液并入生物稳定性平台中以消除冷链储存。在一些实施方案中，所述生物储存平台包括溶液或甘油储备溶液的泡沫干燥或泡沫形成。在一些实施方案中，所述溶液包含糖纳米颗粒、脂质体、纳米颗粒、海藻糖、蔗糖、水苏糖、羟乙基淀粉或甘氨酸和甘露醇的组合中的至少一种。在一些实施方案中，所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，所述疮疱丙酸杆菌细菌的特征在于以下至少一种：包含deoR蛋白；包含II型脂肪酶；包含少于10％的pIMPLE质粒；不包含Cas5蛋白；包含ATP结合盒转运蛋白；不包含DNA结合反应调节物；以及不包含磷酸甘油酸激酶。在一些实施方案中，所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含疮疱丙酸杆菌HP3A11菌株、HP3B4菌株或HP4G1菌株或HP5G4菌株。
附图说明
图1图示了本文公开的健康相关微生物组合物的示例性生产和包装。虚线指示可选的步骤。
图2示出了相比于定位到(map to)疮疱丙酸杆菌RT2的来自样品的读取百分比，定位到核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌(其均为deoR+和II型脂肪酶阳性)的来自健康志愿者(无痤疮)样品的读取百分比。
图3示出了在不同保存条件下对疮疱丙酸杆菌活力的测定结果。
图4示出了来自通常在人脸上发现的细菌的23S核糖体RNA序列的一部分，该序列能够表征受试者的皮肤微生物群系。序列左侧列出的数字对应于以下的细菌菌株：(1)疮疱丙酸杆菌_KPA171202_RT1_2；(2)疮疱丙酸杆菌_KPA171202_RT1_3；(3)疮疱丙酸杆菌ATCC11828_RT2_1；(4)疮疱丙酸杆菌ATCC 11828_RT2_2；(5)贪婪丙酸杆菌44067；(6)产丙酸丙酸杆菌(P.acidipropionici)ATCC4875；(7)金黄色葡萄球菌(S.aureus)04-02981；(8)金黄色葡萄球菌Bmb9393；(9)金黄色葡萄球菌FDA209P；(10)表皮葡萄球菌(S.epidermidis)ATCC 12228；以及(11)表皮葡萄球菌PM221。序列1-5对应于SEQ ID NO：33至37。序列6对应于SEQ ID NO：38。序列7-11对应于SEQ ID NO：39-43。
图5示出了用健康相关的疮疱丙酸杆菌和表皮葡萄球菌的组合的连续稀释液生成的标准曲线，该标准曲线可用于对所采集的样品中健康相关的疮疱丙酸杆菌的百分比进行定量。
图6示出了在疮疱丙酸杆菌中成功的CRISPR编辑的qPCR。
图7示出了编码疮疱丙酸杆菌I型脂肪酶的基因中的突变，该突变导致编码疮疱丙酸杆菌II型脂肪酶的基因。I型脂肪酶基因间区对应于SEQ ID NO.：44。I型脂肪酶第二脂肪酶(区域)(HMPREF0675_4856)按出现顺序分别对应于SEQ ID NO：45、46和47。II型脂肪酶第二脂肪酶(区域)(HMPREF0675_4856)按出现顺序分别对应于SEQ ID NO：50、55和56。I型脂肪酶基因间区对应于SEQ ID NO.：44。II型脂肪酶基因间区对应于SEQ ID NO.：49。SEQ IDNO：57被公开为从I型脂肪酶基因间区经过I型脂肪酶第二脂肪酶中接下来的12个残基(区域)延伸的序列。SEQ ID NO：58被公开为从II型脂肪酶基因间区经过I型脂肪酶第二脂肪酶中接下来的12个残基(区域)延伸的序列。
图8示出了本文公开的组合物的示例性包装。
图9示出了在几种条件下进行包装后，本文公开的组合物的细菌活力。
具体实施方式
在以下描述中，阐明了某些具体细节以便提供对各个实施方案的完全理解。然而，本领域技术人员将理解，可以在没有这些细节的情况下实践所提供的实施方案。除非上下文另有要求，否则在整个说明书和随附的权利要求书中，词语“包括”及其变化形式，如“包含”和“含有”，应以开放的、包含性的含义来解释，即“包括但不限于”。除非内容中另有明确说明，否则如在本说明书和所附的权利要求书中使用的，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数的指示对象。还应当指出，除非内容中另有明确说明，否则术语“或”通常以包括“和/或”的含义使用。此外，本文提供的标题仅是为了方便，并非解释所要求保护的实施方案的范围或含义。
如本文所用，术语“约”是指在所述量上下约10％、5％或1％的量。
如本文所用，“基本上由......组成”在用于定义组合物和方法时，应意指排除对于所述目的的组合具有任何重要意义的其他元素。因此，基本上由本文所定义的元素组成的组合物将不排除对所要求保护的公开内容(例如用于治疗诸如痤疮、湿疹、银屑病和酒渣鼻的皮肤病症的组合物)的基本和新颖性特征没有实质影响的其他材料或步骤。
如本文所用，“健康相关的”意指在健康或无疾病个体中比在被诊断为患有给定病症的个体中更普遍存在的微生物。在某些实施方案中，该疾病可以是痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病、酒渣鼻或其组合。可以在统计学上确定健康相关微生物。例如，通过与患有给定疾病的个体相比，对健康的非患病个体的皮肤上、口腔中或消化系统中的微生物群系或某些微生物种或菌株的普遍存在进行比较。在健康个体中/上更普遍存在的属、种或菌株是健康相关的。健康相关菌株也可以是经基因修饰或选择以表达低水平的与给定皮肤病相关的毒力因子的菌株。健康相关菌株也可以是经基因修饰或选择以表达高水平的与预防给定皮肤病相关的有益基因、RNA或蛋白质的菌株。如本文所述，健康相关菌株也可以是经基因修饰或选择以表达、不表达或表达所需水平的标志物的菌株。
如本文所用，“益生菌”是在服用或施加时提供健康益处的微生物。在一些情况下，本文公开的益生菌是抑制与痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻相关的致病细菌的活性或生长的微生物。
如本文所用，术语“同源的”、“同源性”或“同源性百分比”当在本文中用来相对于参考序列描述氨基酸序列或核酸序列时，可以使用由Karlin和Altschul(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:2264-2268,1990，如Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873-5877,1993中所示修改)描述的公式来确定。这样的公式并入Altschul等人(J.Mol.Biol.215:403-410,1990)的基本局部比对搜索工具(BLAST)程序中。序列的同源性百分比可以使用截至本申请提交日期时最新版本的BLAST来确定。
按照并根据《国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约》的规定，本文所述的疮疱丙酸杆菌菌株HP3A11、HP4G1和HP5G4在2017年4月6日保藏于美国组织培养物保藏中心(10801 University Boulevard Manassas,VA 20110-2209 USA)。这些菌株由NRRL/ATCC检测并确定为存活。NRRL/ATCC已将以下NRRL/ATCC保藏登录号分配给这些菌株：_________。
贯穿本申请提供了用于治疗皮肤病症的组合物和方法。应当理解，本文公开的组合物可根据本文所述的方法使用。反言之，本文公开的方法可适当地采用本文公开的组合物。
用于治疗皮肤病症的组合物
在一些方面，本公开内容提供了包含细菌菌株的组合物。该细菌菌株通常是促进、恢复或改善皮肤健康的菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种健康相关的细菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是丙酸杆菌属细菌的菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是葡萄球菌属细菌的菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是乳杆菌属(Lactobacillus)细菌的菌株。在一些实施方案中，所述组合物被配制用于施加至受试者的皮肤。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含真菌。该真菌通常是促进、恢复或改善皮肤健康的真菌。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种健康相关的真菌。在一些实施方案中，该真菌是马拉色菌(Malassezia)。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含细菌噬菌体，为简单起见，在本文中也称为噬菌体。在一些实施方案中，该噬菌体是丙酸杆菌噬菌体。在一些实施方案中，该噬菌体是健康相关的丙酸杆菌噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有皮肤病症的受试者皮肤上发现的噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有痤疮的受试者皮肤上发现的噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有湿疹的受试者皮肤上发现的噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有银屑病的受试者皮肤上发现的噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有脂溢性皮炎的受试者皮肤上发现的噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有酒渣鼻的受试者皮肤上发现的噬菌体。在一些实施方案中，该健康相关的丙酸杆菌噬菌体是在没有皮肤病症的皮肤上比在患有皮肤病症的皮肤上更丰富或更普遍存在的噬菌体。在一些实施方案中，该噬菌体是疮疱丙酸杆菌噬菌体。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌噬菌体靶向所选择的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌噬菌体靶向疮疱丙酸杆菌的致病菌株。疮疱丙酸杆菌噬菌体的非限制性实例描述于Farrar等人(2007)J.Bacteriol.,vol.189,pp.4161-4167和Liu等人(2015)ISME J,vol.9,pp.2078-2093。
在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是疮疱丙酸杆菌(在本文中称为P.acnes)菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株不是疮疱丙酸杆菌疮疱亚种菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是贪婪丙酸杆菌(在本文中称为P.avidum)菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是颗粒丙酸杆菌(在本文中称为P.granulosum)菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是疮疱丙酸杆菌defendens亚种(在本文中称为P.acnessubsp.defendens)菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是金黄色葡萄球菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是表皮葡萄球菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是人葡萄球菌(Staphylococcushominis)菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康相关的细菌菌株是罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)菌株。在一些实施方案中，该细菌菌株与健康皮肤或正常皮肤相关，并且被称为益生菌(或活生物治疗剂)。在一些实施方案中，益生菌与没有痤疮的皮肤相关。在一些实施方案中，益生菌与基本上没有痤疮的皮肤相关。
本文提供了包含至少一种本文公开的益生菌的组合物。在一些实施方案中，通过评估由益生菌对受试者皮肤引起的炎症的量，针对治疗用组合物选择或评估本文公开的益生菌。在一些实施方案中，当施加至受试者的皮肤时，益生菌产生或诱导少量的促炎介质。在一些实施方案中，当施加至受试者的皮肤时，益生菌产生或诱导少量的促炎介质。在一些实施方案中，当施加至受试者的皮肤时，益生菌不产生或诱导促炎介质。在一些实施方案中，当施加至受试者的皮肤时，益生菌不产生或诱导促炎介质。在一些实施方案中，当施加至受试者的皮肤时，益生菌不产生或诱导足以引起受试者痤疮的量的促炎介质。在一些实施方案中，当施加至受试者的皮肤时，益生菌不产生或诱导足以使受试者痤疮恶化的量的促炎介质。当施加至受试者的皮肤时，益生菌可能不会诱导人炎症相关的mRNA，如白细胞介素、趋化因子或细胞因子。当施加至受试者的皮肤时，益生菌可能仅诱导少量的人炎症相关的mRNA，如白细胞介素、趋化因子或细胞因子。
在一些实施方案中，通过将角质形成细胞样品与益生菌一起温育来选择或评估本文公开的益生菌。在一些实施方案中，当与受试者的角质形成细胞共温育时，益生菌产生或诱导少量的促炎介质。在一些实施方案中，当与来自多个受试者的合并的皮肤角质形成细胞共温育时，益生菌产生或诱导少量的促炎介质。在一些实施方案中，当与受试者的角质形成细胞共温育时，益生菌不产生或诱导促炎介质。在一些实施方案中，当与来自多个受试者的合并的皮肤角质形成细胞(例如，“合并的皮肤角质形成细胞”)共温育时，益生菌不产生或诱导促炎介质。在一些实施方案中，当与受试者的角质形成细胞或合并的皮肤角质形成细胞共温育时，益生菌不产生或诱导足以引起受试者痤疮的量的促炎介质。在一些实施方案中，当与受试者的角质形成细胞或合并的皮肤角质形成细胞共温育时，益生菌不产生或诱导足以使受试者痤疮恶化的量的促炎介质。当与受试者自身的角质形成细胞或来自多个健康志愿者的合并的角质形成细胞一起温育时，益生菌可能不会诱导人炎症相关的mRNA，如白细胞介素、趋化因子或细胞因子。当与受试者自身的角质形成细胞或来自多个健康志愿者的合并的角质形成细胞一起温育时，益生菌可能仅诱导少量的人炎症相关的mRNA，如白细胞介素、趋化因子或细胞因子。当与原代人单核细胞一起温育时，益生菌可能仅诱导少量的人炎症相关的mRNA或蛋白质，如白细胞介素、趋化因子或细胞因子。在某个实施方案中，该炎症性白细胞介素、趋化因子或细胞因子包括IL-2、IL-12或MCP-1。在美国专利号9,549,905中可以找到细菌诱导单核细胞中的IL-12的示例性测定。
本文公开的组合物可包含产生低水平的至少一种卟啉的菌株。在一些实施方案中，该菌株产生检测不到的水平的至少一种卟啉。卟啉的非限制性实例包括粪卟啉III和原卟啉IX。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约1微摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约750纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约500纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约250纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约200纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约150纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约100纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约50纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约10纳摩尔。在一些实施方案中，低水平的至少一种卟啉小于约1纳摩尔。在一些实施方案中，该低水平是在体外测定的水平。在一些实施方案中，该低水平是由于卟啉的荧光特性而原位测定的水平。在一些实施方案中，对菌株进行基因修饰以使编码卟啉产生途径中的酶的核酸缺失或突变，以有效地产生或选择具有低卟啉产量的菌株。在一些实施方案中，与致病性细菌菌株相比，该菌株具有低脂肪酶活性。在一些实施方案中，与致病性细菌菌株相比，该菌株具有低免疫原性。
本文公开了药物组合物，其包含：(a)第一治疗有效量的第一健康相关的丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物产生少于约一微摩尔的卟啉；(b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物；以及(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。本文进一步公开了药物组合物，其基本上由以下成分组成：(a)第一治疗有效量的第一健康相关的丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物产生少于约一微摩尔的卟啉；(b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物；(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(d)任选地，本文公开的另外的活性成分。在一些实施方案中，第二健康相关微生物包含丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，卟啉的浓度是在体外测定的浓度。在一些实施方案中，卟啉的浓度是原位测定的浓度。例如，可以使用波长约400nm的光、检测荧光的照相机和量化荧光的数字成像软件直接在受试者的皮肤上测定卟啉浓度。在一些实施方案中，使用波长在300和900nm之间的光。
在一些实施方案中，第一健康相关微生物产生少于约一微摩尔的卟啉。
在一些实施方案中，第二健康相关微生物产生少于约一微摩尔的卟啉。
在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物和第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约一微摩尔的卟啉。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物和第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约800纳摩尔的卟啉。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物和第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约500纳摩尔的卟啉。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物和第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约200纳摩尔的卟啉。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物和第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约100nM的卟啉。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物和第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约10nM的卟啉。
在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、贪婪丙酸杆菌或疮疱丙酸杆菌defendens亚种的菌株。在一些实施方案中，第二健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、贪婪丙酸杆菌或疮疱丙酸杆菌defendens亚种的菌株。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，第二健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含核糖核酸型RT1或RT2的疮疱丙酸杆菌。在一些实施方案中，第二健康相关的丙酸杆菌微生物包含核糖核酸型RT1或RT2的疮疱丙酸杆菌。在一些实施方案中，第一健康相关的丙酸杆菌微生物：(a)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；(b)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中人至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；或(c)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。在一些实施方案中，第二健康相关的丙酸杆菌微生物：(a)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；(b)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；或(c)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。
本文公开的益生菌菌株可以由16S、18S或23S核糖体DNA序列、宏基因组DNA、特定健康相关标志物的存在、疾病相关标志物的缺失或其组合来定义。可以富集或分离本文公开的益生菌菌株以获得纯化的菌株。
本文提供了包含不超过一种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过两种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过三种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过四种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过五种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过六种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过七种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过八种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过九种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。本文提供了包含不超过十种本文公开的分离的细菌菌株的组合物。
本文公开的益生菌可包含至少一种抑制疮疱丙酸杆菌致病菌株活性的细菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌对疮疱丙酸杆菌致病菌株是抑菌的或杀菌的。在一些实施方案中，该益生菌减少疮疱丙酸杆菌致病菌株的生长、再生长或代谢。在某些实施方案中，与安慰剂/无益生菌相比，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约20％。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约30％。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约40％。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约50％。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约60％。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约70％。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约2倍。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少至少约3倍。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少了至少约5倍。在某些实施方案中，该益生菌使致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)减少了至少约10倍。可以在液体培养物中或在固体培养基上的体外试验中评估致病性疮疱丙酸杆菌的生长(或再生长)的抑制或减少。
在一些实施方案中，所述益生菌包含至少一种健康的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含不超过一种健康的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少两种健康的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种健康的疮疱丙酸杆菌菌株不是疮疱丙酸杆菌疮疱亚种菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少一种健康的贪婪丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含不超过一种健康的贪婪疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少两种健康的贪婪丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少一种健康的颗粒丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含不超过一种健康的颗粒丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少两种健康的颗粒丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少一种健康的疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含不超过一种健康的疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株。在一些实施方案中，该益生菌包含至少两种健康的疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株。
疮疱丙酸杆菌菌株可以通过核糖核酸型(RT)表征。例如，在Fitz-Gibbon等人,J.Investigative Dermatology 133:2152-60(2013)中定义了核糖核酸型。核糖核酸型可以通过菌株的16S核糖体亚单位的核酸序列确定。在某些实施方案中，所述益生菌包含选自以下核糖核酸型中的至少一种的核糖核酸型的健康疮疱丙酸杆菌：RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9或RT10。在某些实施方案中，该益生菌包含选自以下核糖核酸型中的至少一种的核糖核酸型的健康疮疱丙酸杆菌：RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9或RT10。在某些实施方案中，该益生菌包含选自RT1和RT2的核糖核酸型的健康疮疱丙酸杆菌。在一些情况下，该益生菌不包含核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，该益生菌不包含选自RT3、RT4、RT5和RT6的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，该益生菌不包含核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，该益生菌不包含选自RT3、RT4和RT5的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT1的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT2的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT3的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT4的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT5的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT6的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT7的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT8的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT9的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖型RT10的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含选自RT1、RT2和RT3中至少一种的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT3的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT3的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌不包含RT6核糖核酸型。
在某些实施方案中，所述益生菌不包含具有以下核酸的菌株，该核酸具有与选自SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54的序列95％、97％、98％、99％或100％同源的序列。在某些实施方案中，该益生菌不包含具有以下核酸的菌株，该核酸具有与选自SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54的序列大于50％同源的序列。在某些实施方案中，该益生菌不包含具有以下核酸的菌株，该核酸具有选自SEQID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53的序列。
在某些实施方案中，本文公开的益生菌包含多种不同核糖核酸型的微生物。在某些实施方案中，所述多种微生物是两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT1的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT2的第二疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT1的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT3的第二疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT1的第一疮疱丙酸杆菌菌株，并且第二疮疱丙酸杆菌菌株不是核糖核酸型RT6。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT2的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT3的第二疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌包含核糖核酸型RT2的第一疮疱丙酸杆菌菌株，并且第二疮疱丙酸杆菌菌株不是核糖核酸型RT6。在某些实施方案中，益生菌包含核糖核酸型RT2的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT3的第二疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该益生菌基本上由核糖核酸型RT1的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT2的第二疮疱丙酸杆菌菌株组成。在某些实施方案中，该益生菌基本上由核糖核酸型RT1的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT3的第二疮疱丙酸杆菌菌株组成。在某些实施方案中，该益生菌基本上由核糖核酸型RT1的第一疮疱丙酸杆菌菌株组成，并且第二疮疱丙酸杆菌菌株不是核糖核酸型RT6。在某些实施方案中，该益生菌基本上由核糖核酸型RT2的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT3的第二疮疱丙酸杆菌菌株组成。在某些实施方案中，该益生菌基本上由核糖核酸型RT2的第一疮疱丙酸杆菌菌株组成，并且第二疮疱丙酸杆菌菌株不是核糖核酸型RT6。在某些实施方案中，该益生菌基本上由核糖核酸型RT2的第一疮疱丙酸杆菌菌株和核糖核酸型RT3的第二疮疱丙酸杆菌菌株组成。在一些实施方案中，分开提供第一疮疱丙酸杆菌菌株和第二疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，将第一疮疱丙酸杆菌菌株和第二疮疱丙酸杆菌菌株混合。
在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株，该健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株为核糖核酸型RT1、deoR阳性、II型脂肪酶阳性，不包含Cas5，并且具有少于5％的pIMPLE质粒。在一些实施方案中，deoR阳性意指该菌株包含编码deoR的核酸。在一些实施方案中，deoR阳性意指该菌株包含deoR蛋白。在一些实施方案中，II型脂肪酶阳性意指该菌株包含编码II型脂肪酶的核酸。在一些实施方案中，II型脂肪酶阳性意指该菌株包含II型脂肪酶蛋白。在一些实施方案中，该菌株不包含编码Cas5蛋白的核酸。在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株，该健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株为核糖核酸型RT1、deoR阳性、II型脂肪酶阳性、Cas5阳性，并且具有少于5％的pIMPLE质粒。
在某些实施方案中，所述益生菌是多种不同核糖核酸型的微生物。在某些实施方案中，所述多种微生物包含三种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型是RT1、RT2和RT3。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型是RT2、RT3而不是RT6。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型是RT1、RT2而不是RT6。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型是RT1、RT3而不是RT6。在某些实施方案中，所述混合物基本上由三种疮疱丙酸杆菌菌株组成，其中所述三种疮疱丙酸杆菌菌株具有核糖核酸型RT1、RT2和RT3。在某些实施方案中，所述混合物基本上由三种疮疱丙酸杆菌菌株组成，其中所述三种疮疱丙酸杆菌菌株是核糖核酸型RT2、RT3而不是RT6。在某些实施方案中，所述混合物基本上由三种疮疱丙酸杆菌菌株组成，其中所述三种疮疱丙酸杆菌菌株是核糖核酸型RT1、RT2而不是RT6。在某些实施方案中，所述混合物基本上由三种疮疱丙酸杆菌菌株组成，其中所述三种疮疱丙酸杆菌菌株是核糖核酸型RT1、RT3而不是RT6。
在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少一种健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株具有RT1或RT2的核糖核酸型。在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少两种健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株，其中第一健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株具有RT1的核糖核酸型，并且第二健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株具有RT2的核糖核酸型。在一些实施方案中，本文公开的益生菌不包含除了本文公开的具有选自RT1和RT2的核糖核酸型的健康相关疮疱丙酸杆菌菌株以外的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，所述益生菌不包含具有核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌菌株。如本文所述，在一些实施方案中，该益生菌不包含含有编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的核酸的疮疱丙酸杆菌菌株。如本文所述，在一些实施方案中，该益生菌包含含有编码ATP结合盒转运蛋白的核酸的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，如本文所述，该益生菌不包含表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，如本文所述，该益生菌包含表达ATP结合盒转运蛋白的疮疱丙酸杆菌菌株。
在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少一种可通过遗传特征鉴定的细菌菌株。遗传特征可以描述为在细菌菌株中至少存在并任选地表达的一种或多种基因。所述一种或多种基因可包含编码脱氧核糖操纵子阻抑物(deoR)的基因。所述一种或多种基因可编码I型脂肪酶。所述一种或多种基因可编码II型脂肪酶。所述一种或多种基因可编码Cas5。在一些情况下，所述一种或多种基因不包含编码脱氧核糖操纵子阻抑物(基因缩写为deoR，蛋白质在本文中缩写为deoR)的基因。在一些情况下，所述一种或多种基因不包含编码I型脂肪酶的基因。在一些情况下，所述一种或多种基因不包含编码II型脂肪酶的基因。在一些情况下，所述一种或多种基因不包含编码Cas5蛋白的基因。
在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少一种表达II型脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少一种表达deoR和II型脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少一种表达Cas5和II型脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的益生菌包含至少一种表达deoR和II型脂肪酶以及Cas5的细菌菌株。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约25％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约20％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约15％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约10％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约9％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约8％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约7％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约6％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约5％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约4％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约3％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约2％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约1％的读取数目对齐。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中当来自该菌株测序的读取与pIMPLE质粒比对时，基于所测试的读取数目，少于约0.5％的读取数目对齐。
在一些实施方案中，所述组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT1，表达I型脂肪酶并且不表达deoR和Cas5，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT1，表达deoR和I型脂肪酶并且不表达Cas5，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT1，表达deoR和II型脂肪酶并且不表达Cas5，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT2，表达deoR、II型脂肪酶和Cas5，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT4并且表达I型脂肪酶，但不表达deoR。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株不是核糖核酸型RT6，表达deoR、II型脂肪酶和Cas5，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。
在一些实施方案中，所述组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT1，包含编码I型脂肪酶的核酸，并且不包含编码deoR或Cas5的核酸，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT1，包含至少一种编码deoR和I型脂肪酶的核酸，不包含编码Cas5的核酸，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT1，包含编码deoR和II型脂肪酶的核酸，不包含编码Cas5的核酸，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT2，包含至少一种编码deoR、II型脂肪酶和Cas5的核酸，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株为核糖核酸型RT4并且包含编码I型脂肪酶的核酸，但不包含编码deoR的核酸。在一些实施方案中，该组合物包含细菌菌株，该细菌菌株不是核糖核酸型RT6，包含至少一种编码deoR、II型脂肪酶和Cas5的核酸，并且其中基于从该菌株的全基因组测序中测试的读取数目，少于5％的读取数目与pIMPLE质粒对齐。
下面的表1提供了疮疱丙酸杆菌细菌或包含疮疱丙酸杆菌细菌的细菌群体的非限制性实例的概述，其可通过分析不同的遗传标志物来区分。+符号表示在标记为deoR和Cas5的列中分别存在deoR或Cas5(或者编码deoR或Cas5的核酸)。-符号表示在标记为deoR和Cas5的列中分别不存在deoR或Cas5(或者编码deoR或Cas5的核酸)。％pIMPLE质粒是指当对细菌中的pIMPLE质粒进行测序时，对齐的读取数目/测试的读取数目。
表1.疮疱丙酸杆菌遗传元件的序列
ABC XP＝ATP结合盒转运蛋白
DBRR＝DNA结合反应调节物
PGK＝磷酸甘油酸激酶
在某些实施方案中，所述组合物包含至少一种对应于表1的组A的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组B的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组C的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组D的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。
在某些实施方案中，所述组合物包含至少一种对应于表1的组A、B、C或D的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少两种对应于表1的组A、B、C或D的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少三种对应于表1的组A、B、C或D的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少四种对应于表1的组A、B、C或D的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。在某些实施方案中，该组合物包含至少五种对应于表1的组A、B、C或D的疮疱丙酸杆菌微生物菌株。
在一些实施方案中，所述组合物不包含对应于表1的组E的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该组合物不包含对应于表1的组F的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该组合物不包含对应于表1的组G的疮疱丙酸杆菌菌株。
在一些实施方案中，所述组合物包含至少一种对应于表1的组A的疮疱丙酸杆菌菌株，但不包含对应于表1的组E、F或G的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组B的疮疱丙酸杆菌菌株，但不包含对应于表1的组E、F或G的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组C的疮疱丙酸杆菌菌株，但不包含对应于表1的组E、F或G的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组D的疮疱丙酸杆菌菌株，但不包含对应于表1的组E、F或G的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该组合物包含至少一种对应于表1的组C的疮疱丙酸杆菌菌株和至少一种对应于表1的组D的疮疱丙酸杆菌菌株，但不包含对应于表1的组E、F或G的疮疱丙酸杆菌菌株。
健康相关微生物
本文提供了用于治疗和预防皮肤病症的组合物，其中该组合物包含健康相关微生物。通常，如本文所用，术语“健康相关微生物”是指在健康或没有皮肤病的个体中比在被诊断为患有皮肤病的个体中更普遍存在的微生物。在一些实施方案中，本文公开的健康相关微生物与期望的或最佳的口腔健康相关。在一些实施方案中，本文公开的健康相关微生物与期望的或最佳的胃肠健康相关。
健康相关微生物包括本文所述的益生菌。健康相关微生物包括本文所述的健康疮疱丙酸杆菌。在一些实施方案中，健康相关微生物是可以代替至少一部分致病微生物的微生物。在一些实施方案中，健康相关微生物是可以改变微生物群系以增加健康相关菌株的百分比的微生物。在一些实施方案中，健康相关微生物抑制致病微生物或疾病相关微生物的生长。在一些实施方案中，健康相关微生物超过致病微生物或疾病相关微生物。在某些实施方案中，所述皮肤病症选自寻常痤疮(痤疮)、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻中的至少一种。在一些实施方案中，该皮肤病症是痤疮。
在某些实施方案中，本文公开的健康相关微生物与相对于患有本文公开的疾病、病症或病况的受试者健康所期望的健康、最佳的健康或改善的健康相关。期望的健康、最佳的健康或改善的健康可以表征为没有病况、病症或疾病。期望的健康、最佳的健康或改善的健康可以表征为没有病况、病症或疾病的一种或多种症状。期望的健康、最佳的健康或改善的健康可以表征为没有病况、病症或疾病的所有症状。期望的健康、最佳的健康或改善的健康可以表征为相对于患有疾病、病症或病况的健康所改善的健康。在某些实施方案中，健康相关微生物与最佳、期望或改善的皮肤健康相关。在某些实施方案中，健康相关微生物与最佳、期望或改善的口腔健康相关。在某些实施方案中，健康相关微生物与最佳、期望或改善的消化健康相关。在某些实施方案中，健康相关微生物是与皮肤健康、口腔健康、消化健康或其任何组合相关的疮疱丙酸杆菌菌株，这些健康相对于与病况、病症或疾病相关的相应健康是最佳的、期望的或改善的。
在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上，健康相关微生物的存在具有统计学显著差异。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上具有至少多出约10％的量的健康相关微生物。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上具有至少多出约50％的量的健康相关微生物。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上具有至少多出约100％的量的健康相关微生物。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上存在至少多出约2倍的健康相关微生物。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上存在至少多出约3倍的健康相关微生物。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上存在至少多出约5倍的健康相关微生物。在某些实施方案中，当与患有疾病的个体相比时，在没有该疾病的个体皮肤上存在至少多出约10倍的健康相关微生物。
在某些实施方案中，所述健康相关微生物是分离的细菌种。在某些实施方案中，该健康相关微生物是纯化的细菌种。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离并纯化的细菌种。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离的细菌菌株。在某些实施方案中，该健康相关微生物是纯化的细菌菌株。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离并纯化的细菌菌株。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离的丙酸杆菌种。在某些实施方案中，该健康相关微生物是纯化的丙酸杆菌种。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离并纯化的丙酸杆菌种。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该健康相关微生物是纯化的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该健康相关微生物是分离并纯化的疮疱丙酸杆菌菌株。
如本文所述，一些疮疱丙酸杆菌菌株与痤疮相关，而一些疮疱丙酸杆菌菌株与没有痤疮或疾病的皮肤相关。通过使用本领域已知的核酸序列测定方法，如PCR、限制性酶切作图、Sanger测序和下一代测序，可以在遗传水平上区分这些疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，本文公开的健康相关微生物有益于治疗特定的皮肤病症，但不是所有的皮肤病症。在一些情况下，本文公开的健康相关微生物有益于治疗多种皮肤病症，但不是所有的皮肤病症。在一些情况下，本文公开的健康相关微生物有益于治疗任何皮肤病症。作为非限制性实例，本文公开的健康相关微生物可仅对痤疮有益，而对湿疹、脂溢性皮炎或银屑病无益。在另一个实例中，本文公开的健康相关微生物仅对湿疹有益，而对痤疮、脂溢性皮炎或银屑病无益。在另一个实例中，本文公开的健康相关微生物仅对银屑病有益，而对痤疮、脂溢性皮炎或湿疹无益。在另一个实例中，本文公开的健康相关微生物仅对脂溢性皮炎有益，而对银屑病、痤疮、或湿疹无益。在另一个实例中，本文公开的健康相关微生物对湿疹、痤疮和银屑病有益。在一些情况下，本文公开的健康相关微生物对痤疮和选自湿疹、脂溢性皮炎的病况有益。在一些情况下，本文公开的健康相关微生物对湿疹、脂溢性皮炎、痤疮和银屑病有益。
在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种健康相关微生物，其中该健康相关微生物是疮疱丙酸杆菌菌株或与健康或正常皮肤相关的细菌菌株。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种健康相关微生物，其中该健康相关微生物是疮疱丙酸杆菌菌株或细菌菌株，该细菌在与受试者自身的角质形成细胞或来自多个受试者的合并的角质形成细胞一起温育时产生低水平的炎症介质。
在某些实施方案中，组合物包含分离的丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，分离的丙酸杆菌菌株是纯化的菌株。在某些实施方案中，组合物包含约2种至约10种分离的丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，组合物包含约3种至约8种分离的丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，组合物包含约2种至约5种分离的丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，组合物包含约3种至约6种分离的丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，分离的丙酸杆菌菌株是基于其种系型或核糖核酸型而分离的。在整个本说明书中公开了丙酸杆菌菌株。
在某些实施方案中，组合物基本上由分离的丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由两种分离的丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在一些实施方案中，分离的丙酸杆菌菌株是纯化的菌株。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约10种分离的丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约8种分离的丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约5种分离的丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约6种分离的丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，分离的菌株是基于其种系型或核糖核酸型而分离的。在整个本说明书中描述了示例性丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
在某些实施方案中，组合物基本上由分离的丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由两种分离的丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在一些实施方案中，分离的丙酸杆菌菌株是纯化的菌株。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约10种分离的丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约8种分离的丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约5种分离的丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约6种分离的丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，分离的菌株是基于其种系型或核糖核酸型而分离的。在整个本说明书中描述了示例性丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
在某些实施方案中，组合物包含分离的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，分离的疮疱丙酸杆菌菌株是纯化的菌株。在某些实施方案中，组合物包含约2种至约10种分离的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，组合物包含约3种至约8种分离的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，组合物包含约2种至约5种分离的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，组合物包含约3种至约6种分离的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，分离的菌株是基于其种系型或核糖核酸型而分离的。
在某些实施方案中，组合物基本上由分离的疮疱丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由两种分离的疮疱丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在一些实施方案中，分离的疮疱丙酸杆菌菌株是纯化的菌株。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约10种分离的疮疱丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约8种分离的疮疱丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约5种分离的疮疱丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约6种分离的疮疱丙酸杆菌菌株和本文公开的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂组成。在某些实施方案中，分离的菌株是基于其种系型或核糖核酸型而分离的。在整个本说明书中描述了示例性疮疱丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
在某些实施方案中，组合物基本上由分离的疮疱丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由两种分离的疮疱丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在一些实施方案中，分离的疮疱丙酸杆菌菌株是纯化的菌株。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约10种分离的疮疱丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约8种分离的疮疱丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约2种至约5种分离的疮疱丙酸杆菌菌株和本文所述的药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂以及至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，组合物基本上由约3种至约6种分离的疮疱丙酸杆菌菌株、药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂和至少一种本文公开的另外的活性成分组成。在某些实施方案中，分离的菌株是基于其种系型或核糖核酸型而分离的。在整个本说明书中描述了示例性疮疱丙酸杆菌菌株和药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种具有健康相关种系型的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，该健康相关种系型选自I型、II型和III型。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少两种具有健康相关种系型的疮疱丙酸杆菌菌株，其中该健康相关种系型是I型、II型和III型的组合。在某些实施方案中，I型种系型选自IA型、IB型和IC型。在某些实施方案中，IA型种系型选自IA1型和IA2型。菌株可以如McDowell等人(PLoS ONE 8(9):e70897(2013))中所述进行种系型分型。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含健康相关微生物的组合，其中该健康相关微生物包含疮疱丙酸杆菌的健康菌株的组合。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌的健康菌株的组合包含多种核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株的组合。在一些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含至少两种选自RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型。在一些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含至少两种选自RT1、RT2和RT3的核糖核酸型。在某些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含至少两种选自RT1、RT2、RT3而非RT6的核糖核酸型。在某些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含选自RT1和RT2的核糖核酸型。在某些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含选自RT1和RT3的核糖核酸型。在某些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含选自RT2和RT3的核糖核酸型。在某些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含RT1，而不包含RT6。在某些实施方案中，所述多种核糖核酸型包含RT2，而不包含RT6。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含健康相关微生物的组合，其中该健康相关微生物包含疮疱丙酸杆菌的健康菌株的组合。在一些实施方案中，该组合包含第一疮疱丙酸杆菌菌株和第二疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，第一疮疱丙酸杆菌菌株具有第一核糖核酸型，并且第二疮疱丙酸杆菌菌株具有第二核糖核酸型。在一些实施方案中，第一核糖核酸型和第二核糖核酸型是相同的。在一些实施方案中，第一核糖核酸型和第二核糖核酸型是不同的。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT1，并且第二核糖核酸型是RT1。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT2，并且第二核糖核酸型是RT2。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT1，并且第二核糖核酸型是RT2。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT1，并且第二核糖核酸型是RT3。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT2，并且第二核糖核酸型是RT3。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT1，并且第二核糖核酸型不是RT6。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT2，并且第二核糖核酸型不是RT6。在一些实施方案中，第一核糖核酸型是RT2，并且第二核糖核酸型不是RT6。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含疮疱丙酸杆菌的健康菌株，而不包含任何其他类型的微生物或细菌。在一些实施方案中，本文公开的健康相关微生物包含至少一种健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株，其中该健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株具有RT1或RT2的核糖核酸型。在一些实施方案中，本文公开的健康相关微生物不包含除了本文公开的具有选自RT1和RT2的核糖核酸型的健康相关疮疱丙酸杆菌菌株以外的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，健康相关微生物不包含具有核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，健康相关微生物不包含表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，如本文所述，健康相关微生物包含表达ATP结合盒转运蛋白的疮疱丙酸杆菌菌株。
在某些实施方案中，健康相关微生物不包含具有与选自SEQ ID NO：51、SEQ IDNO：52、SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54的序列95％、97％、98％、99％或100％同源的序列的菌株。在某些实施方案中，健康相关微生物不包含具有与选自SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54的序列大于50％同源的序列的菌株。在某些实施方案中，健康相关微生物不包含具有选自SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53的序列的菌株。
在某些实施方案中，本文公开的组合物包含健康相关微生物，其中该健康相关微生物是罗伊氏乳杆菌(在本文中称为L.reuteri)或其菌株。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种选自韩国典型培养物保藏中心(KCTC)保藏的菌株(如KCTC 3679、KCTC3594、KCTC 3678及其任何组合)的罗伊氏乳杆菌菌株。
在某些实施方案中，本文公开的组合物包含健康相关微生物，其中该健康相关微生物是表皮葡萄球菌(S.epidermidis)。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种选自14.1.R1、AS1、AU 10、AU16、AU21、AU23、AU24、AU35、AU36、AU39、AU40、AU 44、AU48、AU53、AU60、AU73、AU81、FS1、G53、IS2及其组合的表皮葡萄球菌菌株。
选择、转化或工程化的细菌
在某些实施方案中，本文所述的组合物包含一种或多种细菌菌株，该细菌菌株利用对皮肤病症有益的基因或基因突变进行选择、转化或工程化。因此，该细菌已经从疾病相关的形式转化为“非致病性”形式或健康相关的形式。在某些实施方案中，缺失或突变有助于皮肤病症的发病机制的基因，以使相应的基因产物失活或减少。在某些实施方案中，添加或突变减少皮肤病症的发病机制的基因，以激活或增加相应的基因产物的水平。在某些实施方案中，该细菌生长并从培养物中选择或从健康的无疾病个体中选择。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌将通过本文公开的组合物和方法作为益生菌递送。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌包含编码脱氧核糖操纵子阻抑物(deoR)的基因。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌表达脱氧核糖操纵子阻抑物。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌包含编码II型脂肪酶的基因。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌表达II型脂肪酶。作为非限制性实例，该II型脂肪酶可以是甘油酯水解酶B(GehB)。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不包含编码I型脂肪酶的基因。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不表达I型脂肪酶。作为非限制性实例，该I型脂肪酶可以是甘油酯水解酶A(GehA)。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌不包含pIMPLE质粒。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌包含编码ABC转运蛋白的基因。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌表达ABC转运蛋白。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不包含编码磷酸甘油酸激酶的基因。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌不包含磷酸甘油酸激酶。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不包含编码DNA结合反应调节物的基因。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌不包含DNA结合反应调节物。
在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不表达硫酸皮肤素粘附素(例如，DSA1、DSA2)。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不包含编码硫酸皮肤素粘附素(例如，DSA1、DSA2)的核酸。硫酸皮肤素粘附素的缺乏或缺失可能使微生物无法粘附于角质形成细胞。
在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌表达透明质酸酶。在一些实施方案中，该透明质酸酶是由B组链球菌属细菌菌株表达的透明质酸酶。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不表达透明质酸酶。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌包含编码透明质酸酶的核酸。在一些实施方案中，该核酸编码由B组链球菌属细菌菌株表达的透明质酸酶。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌不包含编码透明质酸酶的核酸。在某些实施方案中，存在经选择、转化或工程化的细菌的细菌菌株，或者相对于未经选择、转化或工程化的细菌菌株其具有增加的透明质酸酶基因的表达。在某些实施方案中，存在经选择、转化或工程化的细菌的细菌菌株，或者相对于未经选择、转化或工程化的细菌菌株其具有增加的透明质酸酶活性。在某些实施方案中，存在经选择、转化或工程化的细菌的细菌菌株，或者相对于未经选择、转化或工程化的细菌菌株其具有降低的透明质酸酶活性。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌缺乏透明质酸酶基因。
在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌具有降低的转座酶2的酶活性。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌缺乏转座酶2的酶活性。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌菌株分别相对于未经选择、转化或工程化的菌株具有降低的活性。
在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌赋予对大环内酯类和四环素类抗生素的抗生素敏感性。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌分别具有硫肽编码岛的缺乏或缺失。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌分别具有酪氨酸脱羧酶岛的存在或添加(其在应激下增加细胞内pH以耐受酸性环境)。在某些实施方案中，本文公开的选择、转化或工程化的细菌具有代谢明胶的能力。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌分别包含选择、转化或工程化的表皮葡萄球菌。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌。
在某些实施方案中，使用本领域已知的重组DNA技术转化细菌。在某些实施方案中，通过在选择性压力下生长细菌来转化细菌以获得或丢失基因、基因产物或其表达。在某个实施方案中，使用CRISPR技术转化细菌。在某个实施方案中，使用同源重组转化细菌。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT1、RT2、RT3而非RT6的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT1和RT2的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有RT1的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌包含选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株，其中所述选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌菌株具有RT2的核糖核酸型。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌是疮疱丙酸杆菌的RT1菌株。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌是疮疱丙酸杆菌的RT2菌株。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌是疮疱丙酸杆菌的RT3菌株。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌不是疮疱丙酸杆菌的RT6菌株。
标志物
本文公开了包含益生菌和健康相关微生物的组合物。本文公开的益生菌和健康相关微生物通常包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株展现出至少一种标志物的健康相关的存在、健康相关的缺失或健康相关的表达水平。在一些情况下，所述至少一种标志物的健康相关的表达是缺乏表达。在一些情况下，所述至少一种标志物的健康相关的表达是与参考菌株中所述至少一种标志物的表达相比的低表达。在一些情况下，参考菌株是致病菌株。在一些情况下，参考菌株不是健康相关的菌株。在一些情况下，所述至少一种标志物的健康相关的表达是与参考菌株中所述至少一种标志物的表达相比的高表达。
在一些实施方案中，所述标志物是核酸。在一些实施方案中，该核酸包含编码标志物或其一部分的基因。在一些实施方案中，该核酸是编码标志物或其一部分的基因。在一些实施方案中，该标志物是蛋白质。在一些实施方案中，该标志物是肽(例如，少于或等于100个氨基酸)。在一些实施方案中，该标志物不是核酸或蛋白质。既不包含核酸也不包含蛋白质的标记物的非限制性实例包括聚糖和脂质。
本文公开的健康相关微生物的示例性标志物包括但不限于脱氧核糖操纵子阻抑物、CRISPR相关蛋白(Cas)、脂肪酶、ATP结合盒转运蛋白、DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶、硫酸皮肤素粘附素和透明质酸酶。在一些情况下，所述至少一种细菌菌株包含质粒。在一些情况下，质粒的存在或缺失是标志物。作为非限制性实例，质粒可以是本文公开的pIMPLE质粒。如本文进一步描述的，deoR、II型脂肪酶、ABC转运蛋白或Cas5或其组合的存在通常与本文公开的益生菌和健康相关微生物相关。相反，本文公开的益生菌和健康相关微生物通常与pIMPLE质粒、I型脂肪酶、DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶或硫酸皮肤素粘附素或其组合的缺失或低表达相关。然而，本领域技术人员将理解，自然界呈现出这种一般性的例外。因此，也考虑了可替代的或与本文描述的那些标志物相反的这些标志物的表达模式。包含一种或多种以此类标志物为特征的菌株的组合物在本文中进一步表征，包括如下的描述。
deoR
在一些实施方案中，所述标志物是脱氧核糖操纵子阻抑物(deoR)蛋白。在一些实施方案中，该标志物是编码脱氧核糖操纵子阻抑物(deoR)的核酸。在一些实施方案中，该deoR是在疮疱丙酸杆菌defendens亚种(ATCC 11828，GenBank:AER05724.1)中表达的deoR家族转录调节物。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种细菌菌株以获得deoR的存在。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ ID NO：1至少80％同源的序列。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ ID NO：1至少90％同源的序列。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ ID NO：1至少95％同源的序列。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ IDNO：1至少97％同源的序列。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ ID NO：1至少98％同源的序列。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ ID NO：1至少99％同源的序列。在某些实施方案中，该deoR具有与SEQ ID NO：1为100％同源的序列。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株具有比参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关的菌株)更高的脱氧核糖操纵子阻抑物的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种菌株具有至少约1.5倍、至少约2倍、至少约3倍、至少约5倍或至少约10倍的脱氧核糖操纵子阻抑物的表达或活性。
pIMPLE质粒
在一些实施方案中，所述标志物是pIMPLE质粒。在一些实施方案中，该标志物是pIMPLE质粒的缺乏。在一些实施方案中，该标志物是低百分比的pIMPLE质粒(例如，<10％)。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含pIMPLE质粒。在某些实施方案中，该pIMPLE质粒具有与SEQ ID NO：2至少约80％同源的序列。在某些实施方案中，该pIMPLE质粒具有与SEQ ID NO：2至少约90％同源的序列。在某些实施方案中，该pIMPLE质粒具有与SEQ ID NO：2至少约95％同源的序列。在某些实施方案中，该pIMPLE质粒具有与SEQ ID NO：2至少约97％同源的序列。在某些实施方案中，该pIMPLE质粒具有与SEQ ID NO：2至少约98％同源的序列。在某些实施方案中，该pIMPLE质粒具有与SEQ ID NO：2至少约99％同源的序列。在某些实施方案中，pIMPLE质粒具有与SEQ IDNO：2为100％同源的序列。在某些实施方案中，从所述至少一种细菌菌株中部分或完全缺失与SEQ ID NO：2具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的质粒。在某些实施方案中，通过在选择、转化或工程化的细菌菌株中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏与SEQ ID NO：2具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株含有完整pIMPLE质粒(SEQ ID NO：2)的部分。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株可包含少于约25％、20％、15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％的SEQ ID NO：2中所示的完整pIMPLE序列。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株不包含存在于RT6菌株或任何其他疾病相关菌株中的pIMPLE质粒的特定部分。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含低拷贝数的pIMPLE质粒(SEQ ID NO：2)。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含每个细菌基因组少于5个拷贝的pIMPLE质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含每个细菌基因组少于4个拷贝的pIMPLE质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含每个细菌基因组少于3个拷贝的pIMPLE质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含每个细菌基因组少于2个拷贝的pIMPLE质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含每个细菌基因组1个拷贝的pIMPLE质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含低百分比的pIMPLE质粒(SEQ ID NO：2)。在某些实施方案中，该细菌包含少于约15％、14％、13％、12％、11％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％的pIMPLE质粒。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含少于约1.0％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、0.2％、0.1％的pIMPLE质粒。pIMPLE质粒百分比可以通过疮疱丙酸杆菌细菌的下一代测序来确定，如％对齐的读取。在某些实施方案中，pIMPLE百分比是与来自HL096PA1(RT5)的pIMPLE对齐的占总测序读取的百分比。
脂肪酶
在一些实施方案中，所述标志物是脂肪酶。在一些实施方案中，该标志物是编码脂肪酶的核酸。在一些实施方案中，该标志物是缺乏编码脂肪酶的核酸。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含表达脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，该脂肪酶是I型脂肪酶。在一些实施方案中，该脂肪酶是II型脂肪酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含不表达脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含不表达I型脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含不表达II型脂肪酶的细菌菌株。在一些实施方案中，该细菌菌株包含编码II型脂肪酶的核酸。如本文所述，I型脂肪酶和II型脂肪酶可以由相似的核酸编码。例如，编码I型脂肪酶的基因将在基因间区的6bp缺失和单碱基缺失时编码II型脂肪酶，后者导致产生过早的终止密码子的移码，参见，例如，图7。
I型脂肪酶
在一些实施方案中，所述标志物是I型脂肪酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不表达I型脂肪酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码I型脂肪酶的核酸。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中已经选择、转化或工程化所述至少一种细菌菌株以缺乏I型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中已经选择、转化或工程化所述至少一种细菌菌株以存在I型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中已经选择、转化或工程化所述菌株以获得相对于参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关菌株)更低的I型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，至少一种细菌菌株的I型脂肪酶的表达或活性低至少约1/3。在某些实施方案中，与参考菌株相比，至少一种细菌菌株的I型脂肪酶的表达或活性低至少约1/2。在某些实施方案中，与参考菌株相比，至少一种细菌菌株的I型脂肪酶的表达或活性低至少约2/3。在某些实施方案中，与参考菌株相比，至少一种细菌菌株的I型脂肪酶的表达或活性低至少约4/5。在某些实施方案中，与参考菌株相比，至少一种细菌菌株的I型脂肪酶的表达或活性低至少约9/10。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株表达I型脂肪酶。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中已经选择、转化或工程化所述至少一种细菌菌株以存在I型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中已经选择、转化或工程化所述菌株以获得相对于参考菌株更高的I型脂肪酶的表达或活性。
在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由SEQ ID NO：10的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少80％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少90％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少95％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少97％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少98％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少99％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：10具有至少80％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由SEQ ID NO：60的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：60具有至少80％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：60具有至少90％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：60具有至少95％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：60具有至少97％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：60具有至少98％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ ID NO：60具有至少99％同源性的序列编码。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由与SEQ IDNO：60具有至少80％同源性的序列编码。
在某些实施方案中，从所述至少一种菌株中部分或完全缺失与SEQ ID NO：10具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，该核酸从该核酸的3’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。在某些实施方案中，该核酸从该核酸的5’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。
在某些实施方案中，通过在所述至少一种菌株中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏与SEQ ID NO：10具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，破坏与SEQ ID NO：10具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸的至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。
II型脂肪酶
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株表达II型脂肪酶。II型脂肪酶的非限制性实例是脂肪酶ADE00051，HMPREF0675_4856。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含编码II型脂肪酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种细菌菌株以表达II型脂肪酶。在某些实施方案中，与参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关菌株)相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约1.5倍的II型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约2倍的II型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约3倍的II型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约5倍的II型脂肪酶的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约10倍的II型脂肪酶的表达或活性。
在一些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由包含SEQ ID NO.：61的核酸表达。SEQ ID NO.：61发现于疮疱丙酸杆菌ATCC 11828的完整环状基因组中，并且在ATCC 11828的390,423位置处开始。以下的后续位置参照SEQ ID NO.：61的第一个核苷酸。脂肪酶编码序列是碱基22-1032，在本文中称为ADE0051、HMPREF0675_4856和SEQ ID NO.：3。碱基1-21是基因间区。II型脂肪酶在位置7具有G并且在位置16具有A。在一些实施方案中，至少一部分I型脂肪酶由包含SEQ ID NO.：60的核酸表达。相反，相对于SEQ ID NO.61，SEQ ID NO.60具有在碱基对1与2之间插入的6bp序列TAGATA、在位置7具有A、在位置16具有G并且在碱基对145与146之间具有G。在表8中示出了SEQ ID NO.：60和SEQ ID NO.：61。图7也图示了编码I型脂肪酶和II型脂肪酶的序列之间的差异。
在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：3具有至少约90％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：3具有至少约95％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：3具有至少约97％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ IDNO：3具有至少约97％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：3具有至少约99％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：3具有100％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：61具有至少约90％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：61具有至少约95％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：61具有至少约97％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：61具有至少约97％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：61具有至少约99％同源性的核酸编码。在某些实施方案中，至少一部分II型脂肪酶由与SEQ ID NO：61具有100％同源性的核酸编码。
CRISPR/Cas5
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含CRISPR基因座或CRISPR基因座的一部分。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株表达CRISPR相关蛋白(Cas)。作为非限制性实例，CRISPR相关蛋白包括Cas5、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a、Cas8b、Cas8c、Cas10d、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、GSU0054、Cas10、Csm2、Cmr5、Cas10、Csx11、Csx10、Csf1、Csn2、Cas4、C2cl、C2c3和C2c2。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株表达Cas5。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含编码Cas5的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种细菌菌株以表达Cas5。在某些实施方案中，与参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关菌株)相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约1.5倍的Cas5的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约2倍的Cas5的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约3倍的Cas5的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约5倍的Cas5的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约10倍的Cas5的表达或活性。
在一些情况下，所述至少一种细菌菌株表达Cas5。在一些实施方案中，基于Cas5的存在将疮疱丙酸杆菌菌株表征为健康相关的疮疱丙酸杆菌或疾病相关的疮疱丙酸杆菌。在一些实施方案中，Cas5发现于疮疱丙酸杆菌菌株ATCC 11828中。在一些实施方案中，Cas5由如SEQ ID NO：8中所示的序列编码。在一些实施方案中，Cas5由与SEQ ID NO：8至少约70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％同源的序列编码。在一些实施方案中，Cas5由与SEQ ID NO：8具有约70％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％序列同一性的序列编码。在一些实施方案中，Cas5由与SEQ ID NO：8约95％同源的序列编码。在一些实施方案中，Cas5由与SEQ IDNO：8约97％同源的序列编码。在一些实施方案中，Cas5由与SEQ ID NO：8约99％同源的序列编码。在一些实施方案中，Cas5由与SEQ ID NO：8约100％同源的序列编码。
在一些情况下，所述至少一种细菌菌株包含编码Cas5的核酸，其中该核酸包含SEQID NO：8的至少约10、至少约20、至少约30、至少约40、至少约50、至少约60、至少约70、至少约80、至少约90、至少约100、至少约110、至少约120、至少约130、至少约140、至少约150、至少约160、至少约170、至少约180、至少约190、至少约200、至少约210、至少约220、至少约230、至少约240、至少约250、至少约260、至少约270、至少约280、至少约290、至少约300、至少约310、至少约320、至少约330、至少约340、至少约350、至少约360、至少约370、至少约380、至少约390、至少约400、至少约410、至少约420、至少约430、至少约440、至少约450、至少约460、至少约470、至少约480、至少约490、至少约500、至少约550、至少约650、至少约700或多于约700个连续碱基。在一些情况下，所述至少一种细菌菌株包含编码Cas5的核酸，其中该核酸包含SEQ ID NO：8的约10、约20、约30、约40、约50、约60、约70、约80、约90、约100、约110、约120、约130、约140、约150、约160about 170、约180、约190、约200、约210、约220、约230、约240、约250、约260、约270、约280、约290、约300、约310、约320、约330、约340、约350、约360、约370、约380、约390、约400、约410、约420、约430、约440、约450、约460、约470、约480、约490、约500、约550、约650、约700或多于约700个连续碱基。
ABC转运蛋白
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含ATP结合盒转运蛋白。在某些实施方案中，所述至少一种细菌菌株包含编码ATP结合盒转运蛋白(ABC转运蛋白)的核酸。在某些实施方案中，选择所述至少一种细菌菌株以表达或过表达编码ABC转运蛋白的核酸。在某些实施方案中，选择所述至少一种细菌菌株以增加ABC转运蛋白的活性。在某些实施方案中，选择所述至少一种细菌菌株以存在编码ABC转运蛋白的核酸。在某些实施方案中，转化所述至少一种细菌菌株以过表达编码ABC转运蛋白的核酸。在某些实施方案中，转化所述至少一种细菌菌株以增加ABC转运蛋白的活性。在某些实施方案中，转化所述至少一种细菌菌株以存在编码ABC转运蛋白的核酸。在某些实施方案中，工程化所述至少一种细菌菌株以过表达编码ABC转运蛋白的核酸。在某些实施方案中，工程化所述至少一种细菌菌株以增加ABC转运蛋白的活性。在某些实施方案中，工程化所述至少一种细菌菌株以存在编码ABC转运蛋白的核酸。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白是已知的ABC转运蛋白的一部分。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白是已知的ABC转运蛋白的一部分，其中所述已知的ABC转运蛋白的一部分可以表现已知的ABC转运蛋白的活性。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白是已知的ABC转运蛋白的一部分，其中所述已知的ABC转运蛋白的一部分可以表现已知的ABC转运蛋白的酶活性。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白是已知的ABC转运蛋白的一部分，其中所述已知的ABC转运蛋白的一部分可以表现已知的ABC转运蛋白的转运活性。
在某些实施方案中，与参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关菌株)相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约1.5倍的ABC转运蛋白的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约2倍的ABC转运蛋白的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约3倍的ABC转运蛋白的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约5倍的ABC转运蛋白的表达或活性。在某些实施方案中，与参考菌株相比，所述至少一种细菌菌株具有至少约10倍的ABC转运蛋白的表达或活性。
在一些实施方案中，本文公开的ABC转运蛋白由SEQ ID NO.：6的序列或与SEQ IDNO.：6同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约80％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约90％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约95％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约96％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约97％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约98％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6至少约99％同源的序列编码。在一些实施方案中，该ABC转运蛋白由与SEQ ID NO：6为100％同源的序列编码。在某些实施方案中，用与SEQ ID NO：6具有至少约80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸(完全地或部分地)选择、转化或工程化的至少一种菌株部分或完全地存在于所述至少一种菌株中。
DNA结合反应调节物
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含DNA结合反应调节物。在某些实施方案中，所述至少一种菌株不包含编码DNA结合反应调节物的核酸。在某些实施方案中，已经选择所述至少一种菌株以降低DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择所述至少一种菌株以缺乏DNA结合反应调节物。在某些实施方案中，已经转化本文公开的细菌以降低DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，已经转化本文公开的细菌以缺乏DNA结合反应调节物。在某些实施方案中，已经工程化本文公开的细菌以降低DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，已经工程化本文公开的细菌以缺乏DNA结合反应调节物。
在某些实施方案中，相对于参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关菌株)，所述至少一种细菌菌株具有低至少约1/3的DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约1/2的DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约2/3的DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约4/5的DNA结合反应调节物的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约9/10的DNA结合反应调节物的表达或活性。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ IDNO：7具有至少90％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：7具有至少90％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：7具有至少95％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：7具有至少95％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：7具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：7具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：7具有至少99％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：7具有至少99％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：7具有100％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：7具有100％同源性的核酸。
在某些实施方案中，所述至少一种菌株包含通过插入一个或多个核苷酸或引入移码突变而破坏的核酸，其中在被破坏之前，该核酸与SEQ ID NO：7具有80％、90％、95％、98％、99％或100％的同源性。例如，在某些实施方案中，与SEQ ID NO：7具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸从该核酸的3’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：7具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸从该核酸的5’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。
磷酸甘油酸激酶
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含磷酸甘油酸激酶。在某些实施方案中，所述至少一种菌株不包含编码磷酸甘油酸激酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择所述至少一种菌株以降低磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择所述至少一种菌株以缺乏磷酸甘油酸激酶。在某些实施方案中，已经转化本文公开的细菌以降低磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经转化本文公开的细菌以缺乏磷酸甘油酸激酶。在某些实施方案中，已经工程化本文公开的细菌以降低磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经工程化本文公开的细菌以缺乏磷酸甘油酸激酶。
在某些实施方案中，相对于参考菌株(例如，致病菌株、非健康相关菌株)，所述至少一种细菌菌株具有低至少约1/3的磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约1/2的磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约2/3的磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约4/5的磷酸甘油酸激酶的表达或活性。在某些实施方案中，相对于参考菌株，所述至少一种细菌菌株具有低至少约9/10的磷酸甘油酸激酶的表达或活性。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ IDNO：9具有至少90％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：9具有至少90％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：9具有至少95％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：9具有至少95％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：9具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：9具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：9具有至少99％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：9具有至少99％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以去除与SEQ ID NO：9具有100％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述至少一种菌株以相对于参考菌株以更低的水平表达与SEQ ID NO：9具有100％同源性的核酸。
在某些实施方案中，所述至少一种菌株包含通过插入一个或多个核苷酸或引入移码突变而破坏的核酸，其中在被破坏之前，该核酸与SEQ ID NO：9具有80％、90％、95％、98％、99％或100％的同源性。例如，在某些实施方案中，与SEQ ID NO：9具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸从该核酸的3’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：9具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸从该核酸的5’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。
硫酸皮肤素粘附素
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含硫酸皮肤素粘附素(DSA1和DSA2)。在某些实施方案中，所述至少一种菌株不包含编码硫酸皮肤素粘附素的核酸。在某些实施方案中，已经选择所述至少一种菌株以降低硫酸皮肤素粘附素的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择所述至少一种菌株以缺乏硫酸皮肤素粘附素。在某些实施方案中，已经转化本文公开的细菌以降低硫酸皮肤素粘附素的表达或活性。在某些实施方案中，已经转化本文公开的细菌以缺乏硫酸皮肤素粘附素。在某些实施方案中，已经工程化本文公开的细菌以降低硫酸皮肤素粘附素的表达或活性。在某些实施方案中，已经工程化本文公开的细菌以缺乏硫酸皮肤素粘附素。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以降低硫酸皮肤素粘附素的表达或活性或缺失。在某些实施方案中，与参考菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有低1/3、1/2、2/3或9/10的DSA1或DSA2的表达或活性。在某些实施方案中，从选择、转化或工程化或工程化的细菌的基因组中部分或完全缺失DSA1或DSA2。在某些实施方案中，通过在选择、转化或工程化或工程化的细菌的基因组中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏DSA1或DSA2。
透明质酸酶
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含透明质酸酶。透明质酸酶也被称为透明质酸裂解酶(基因座标签PPA_RS01930)。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不具有透明质酸酶活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码透明质酸酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得分别相对于选择、转化或工程化之前的细菌更低的透明质酸酶的表达或活性。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含透明质酸酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株具有透明质酸酶活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株具有编码透明质酸酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得分别相对于选择、转化或工程化之前的细菌更高的透明质酸酶的表达或活性。
在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有1.5倍或低1/3的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有2倍或低1/2的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有3倍或低2/3的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有5倍或低4/5的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有10倍或低9/10的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少90％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少95％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少99％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有100％同源性的核酸。在某些实施方案中，该细菌是疮疱丙酸杆菌细菌。在某些实施方案中，从合成细菌的基因组中部分或完全缺失与SEQ ID NO：4具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的基因。在某些实施方案中，通过在选择、转化或工程化或工程化的细菌的基因组中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏与SEQ ID NO：4具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的基因。在某些实施方案中，选择、转化或工程化或选择的细菌是deoR+、II型脂肪酶阳性、pIMPLE阴性或CRISPR Cas5阳性的。在某些实施方案中，选择、转化或工程化或选择的细菌包含核糖核酸型RT1和/或RT2的疮疱丙酸杆菌。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以较少表达或缺乏透明质酸裂解酶。在某些实施方案中，选择、转化或工程化或工程化所述细菌以获得透明质酸酶基因的存在。透明质酸酶也称为透明质酸裂解酶(基因座标签PPA_RS01930)。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化或工程化的细菌具有1.5倍或低1/3的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有2倍或低1/2的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有3倍或低2/3的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有5倍或低4/5的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，与未经选择、转化或工程化的菌株相比，选择、转化或工程化的细菌具有10倍或低9/10的透明质酸裂解酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少90％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少95％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少97％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有至少99％同源性的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌从而以更高水平获得或表达与SEQ ID NO：4具有100％同源性的核酸。在某些实施方案中，该细菌是疮疱丙酸杆菌细菌。在某些实施方案中，从合成细菌的基因组中部分或完全缺失与SEQ ID NO：4具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，通过在选择、转化或工程化或工程化的细菌的基因组中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏与SEQ ID NO：4具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，选择、转化或工程化或选择的细菌是deoR+、II型脂肪酶阳性、pIMPLE阴性或CRISPR Cas5阳性的。在某些实施方案中，选择、转化或工程化或选择的细菌包含核糖核酸型RT1和/或RT2的疮疱丙酸杆菌。
丙氨酸脱氢酶
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含丙氨酸脱氢酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不具有丙氨酸脱氢酶活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码丙氨酸脱氢酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得分别相对于选择、转化或工程化之前的细菌更低的丙氨酸脱氢酶的表达或活性。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化细菌以缺乏或缺失编码丙氨酸脱氢酶或其部分的核酸。在一些实施方案中，该丙氨酸脱氢酶由SEQ ID NO：5的序列编码。在一些实施方案中，该丙氨酸脱氢酶由与SEQ ID NO：5具有至少80％同源性的序列编码。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：5具有至少90％同源性的丙氨酸脱氢酶或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：5具有至少95％同源性的丙氨酸脱氢酶或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：5具有至少97％同源性的丙氨酸脱氢酶或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：5具有至少98％同源性的丙氨酸脱氢酶或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：5具有至少99％同源性的丙氨酸脱氢酶或其部分。在某些实施方案中，从选择、转化或工程化或工程化的细菌中部分或完全缺失与SEQ ID NO：5具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，通过在选择、转化或工程化的细菌中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏与SEQ ID NO：5具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，该核酸从该核酸的3’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。在某些实施方案中，该核酸从该核酸的5’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。
转座酶2
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含转座酶2。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不具有转座酶2活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码转座酶2的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得分别相对于选择、转化或工程化之前的细菌更低的转座酶2的表达或活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不具有转座酶2活性、表达deoR并且具有核糖核酸型RT1。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化细菌以缺乏或缺失编码转座酶2或其部分的核酸。在一些实施方案中，该转座酶2由SEQ ID NO：48的序列编码。在一些实施方案中，该转座酶2由与SEQ ID NO：48具有至少80％同源性的序列编码。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：48具有至少90％同源性的转座酶2或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：48具有至少95％同源性的转座酶2或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：48具有至少97％同源性的转座酶2或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：48具有至少98％同源性的转座酶2或其部分。在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以缺乏或缺失与SEQ ID NO：48具有至少99％同源性的转座酶2或其部分。在某些实施方案中，从选择、转化或工程化或工程化的细菌中部分或完全缺失与SEQ ID NO：48具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，通过在选择、转化或工程化的细菌中插入一个或多个核苷酸或引入移码突变来破坏与SEQ ID NO：48具有至少80％、90％、95％、98％、99％或100％同源性的核酸。在某些实施方案中，该核酸从该核酸的3’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。在某些实施方案中，该核酸从该核酸的5’末端缺失至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或更多。
另外的标志物
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含至少一种选自介导多糖生物合成的蛋白质、介导细胞壁生物合成的蛋白质、介导氨基酸生物合成的蛋白质、介导碳水化合物代谢的蛋白质和介导甘油转运的蛋白质的蛋白质。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含至少一种编码蛋白质的核酸，其中该蛋白质选自介导多糖的生物合成的蛋白质、介导细胞壁生物合成的蛋白质、介导氨基酸生物合成的蛋白质、介导碳水化合物代谢的蛋白质和介导甘油转运的蛋白质。在一些实施方案中，介导多糖生物合成的蛋白质是糖基转移酶。在一些实施方案中，介导细胞壁生物合成的蛋白质是D-丙氨酸-D-丙氨酸连接酶。在一些实施方案中，介导氨基酸生物合成的蛋白质是不依赖钴胺素的甲硫氨酸合成酶。在一些实施方案中，该蛋白质是甘油摄取促进蛋白质。在一些实施方案中，该蛋白质是原卟啉原氧化酶。在一些实施方案中，该原卟啉原氧化酶由hemY基因编码。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株包含至少一种编码蛋白质的核酸，该蛋白质选自糖基转移酶、D-丙氨酸-D-丙氨酸连接酶和不依赖钴胺素的甲硫氨酸合成酶。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得更高的蛋白质的表达或活性，其中该蛋白质选自介导多糖生物合成的蛋白质、介导细胞壁生物合成的蛋白质和介导氨基酸生物合成的蛋白质。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得更高的蛋白质的表达或活性，该蛋白质选自糖基转移酶、D-丙氨酸-D-丙氨酸连接酶和不依赖钴胺素的甲硫氨酸合成酶。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含Christie-Atkins-Munch-Petersen(CAMP)蛋白。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含CAMP1蛋白。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含CAMP2蛋白。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含CAMP3蛋白。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码CAMP蛋白的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得相对于未经选择、转化或工程化的该细菌更低的CAMP蛋白的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以使CAMP蛋白没有表达或活性。在某些实施方案中，该细菌已经突变以去除至少一部分编码CAMP蛋白的核酸。在一些实施方案中，该CAMP蛋白选自CAMP1、CAMP2和CAMP3。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含唾液酸酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码唾液酸酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得相对于未选择、转化或工程化的该细菌更低的唾液酸酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以使唾液酸酶没有表达或活性。在某些实施方案中，该细菌已经突变以去除至少一部分编码唾液酸酶的核酸。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含神经酰胺酶。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种细菌菌株，其中所述至少一种细菌菌株不包含编码神经酰胺酶的核酸。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得相对于未选择、转化或工程化的该细菌更低的神经酰胺酶的表达或活性。在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以使神经酰胺酶没有表达或活性。在某些实施方案中，该细菌已经突变以去除至少一部分编码神经酰胺酶的核酸。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得更高的任何以下蛋白质的活性或表达：粘附素(NCBI登录号50842581)；CAMP因子(NCBI登录号50842175、50842711、50842820、50843546)；神经节苷脂内切糖苷酶(NCBI登录号50842131)；铁转运脂蛋白(NCBI登录号50841911)；溶菌酶M1(NCBI登录号50843125)；蛋白质PAGK_237(NCBI登录号482891444)；蛋白质PPA0532(NCBI登录号50842016)；蛋白质PPA0533(NCBI登录号50842017)；或蛋白质PPA1498(NCBI登录号50842976)。在某些实施方案中，已经用编码任何以下蛋白质的核酸选择、转化或工程化所述细菌：粘附素(NCBI登录号50842581)；CAMP因子(NCBI登录号50842175、50842711、50842820、50843546)；神经节苷脂内切糖苷酶(NCBI登录号50842131)；铁转运脂蛋白(NCBI登录号50841911)；溶菌酶M1(NCBI登录号50843125)；蛋白质PAGK_237(NCBI登录号482891444)；蛋白质PPA0532(NCBI登录号50842016)；蛋白质PPA0533(NCBI登录号50842017)；或蛋白质PPA1498(NCBI登录号50842976)。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得更低的任何以下蛋白质的活性或表达：粘附素(NCBI登录号50843565或50843645)；细胞壁水解酶(NCBI登录号50843410)；脂肪酶或酰基水解酶(NCBI登录号50843480)；NPL/P60蛋白(NCBI登录号50842209)；肽ABC转运蛋白(NCBI登录号50843590)；蛋白质PPA1197(NCBI登录号50842677)；蛋白质PPA1281(NCBI登录号50842762)；蛋白质PPA1715(NCBI登录号50843175)；蛋白质PPA1939(NCBI登录号50843388)；蛋白质PPA2239(NCBI登录号50843674)；稀有脂蛋白A rlpa(NCBI登录号50843612)；或三酰甘油脂肪酶(NCBI登录号50843543)。在某些实施方案中，已经用核苷酸选择、转化或工程化所述细菌以缺失或破坏编码任何以下蛋白质的基因：粘附素(NCBI登录号50843565或50843645)；细胞壁水解酶(NCBI登录号50843410)；脂肪酶或酰基水解酶(NCBI登录号50843480)；NPL/P60蛋白(NCBI登录号50842209)；肽ABC转运蛋白(NCBI登录号50843590)；蛋白质PPA1197(NCBI登录号50842677)；蛋白质PPA1281(NCBI登录号50842762)；蛋白质PPA1715(NCBI登录号50843175)；蛋白质PPA1939(NCBI登录号50843388)；蛋白质PPA2239(NCBI登录号50843674)；稀有脂蛋白A rlpa(NCBI登录号50843612)；或三酰甘油脂肪酶(NCBI登录号50843543)。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化细菌以获得更低的任何以下蛋白质的活性或表达：HMPREF0675_4855；HMPREF0675_4856；HMPREF0675_4479；HMPREF0675_4480；HMPREF0675_4481；HMPREF0675_3655/3657；HMPREF0675_4816；HMPREF0675_4817；HMPREF0675_5205；HMPREF0675_5206；HMPREF0675_5014；HMPREF0675_5101；HMPREF0675_5159；HMPREF0675_4093/4094；HMPREF0675_4163；HMPREF0675_5031；HMPREF0675_5390；HMPREF0675_3037。在某些实施方案中，已经用核苷酸选择、转化或工程化所述细菌以缺失或破坏编码任何以下蛋白质的基因：HMPREF0675_4855；HMPREF0675_4856；HMPREF0675_4479；HMPREF0675_4480；HMPREF0675_4481；HMPREF0675_3655/3657；HMPREF0675_4816；HMPREF0675_4817；HMPREF0675_5205；HMPREF0675_5206；HMPREF0675_5014；HMPREF0675_5101；HMPREF0675_5159；HMPREF0675_4093/4094；HMPREF0675_4163；HMPREF0675_5031；HMPREF0675_5390；HMPREF0675_3037。
在某些实施方案中，已经选择、转化或工程化所述细菌以获得更高的任何以下蛋白质的活性或表达：HMPREF0675_4855；HMPREF0675_4856；HMPREF0675_4479；HMPREF0675_4480；HMPREF0675_4481；HMPREF0675_3655/3657；HMPREF0675_4816；HMPREF0675_4817；HMPREF0675_5205；HMPREF0675_5206；HMPREF0675_5014；HMPREF0675_5101；HMPREF0675_5159；HMPREF0675_4093/4094；HMPREF0675_4163；HMPREF0675_5031；HMPREF0675_5390；HMPREF0675_3037。在某些实施方案中，已经用编码任何以下蛋白质的核酸选择、转化或工程化所述细菌：HMPREF0675_4855；HMPREF0675_4856；HMPREF0675_4479；HMPREF0675_4480；HMPREF0675_4481；HMPREF0675_3655/3657；HMPREF0675_4816；HMPREF0675_4817；HMPREF0675_5205；HMPREF0675_5206；HMPREF0675_5014；HMPREF0675_5101；HMPREF0675_5159；HMPREF0675_4093/4094；HMPREF0675_4163；HMPREF0675_5031；HMPREF0675_5390；HMPREF0675_3037。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌不包含抗生素抗性基因。在某些实施方案中，选择、转化或工程化的细菌缺乏针对氨基糖苷、β-内酰胺、粘菌素、氟喹诺酮、磷霉素、梭链孢酸、大环内酯、林可酰胺、链阳菌素B、硝基咪唑、噁唑烷酮、利胆醇、利福平、磺酰胺、四环素、甲氧苄啶或糖肽中任何一种或多种的抗生素抗性基因。在某些实施方案中，可以施加抗生素来停止用本文公开的选择、转化或工程化的细菌进行的治疗。在某些实施方案中，该抗生素是氨基糖苷、β-内酰胺、粘菌素、氟喹诺酮、磷霉素、梭链孢酸、大环内酯、林可酰胺、链霉素B、硝基咪唑、噁唑烷酮、苯丙醇、利福平、磺酰胺、四环素、甲氧苄啶或糖肽。
在某些实施方案中，选择、转化或工程化所述细菌以便减少细菌接触的人细胞表达或释放促炎介质。细菌可以直接或间接接触人细胞(例如，人皮肤细胞)。例如，细菌可以通过从细菌分泌或释放的因子间接接触人细胞。来自人细胞的促炎介质的非限制性实例是IL-8、IL-1、IL-6、TNF-α、INF-α和人β防卫素。
不同微生物的混合物
本文提供了多种健康相关微生物的组合物。健康相关微生物的组合物可以是多种不同的健康相关微生物的混合物。在某个实施方案中，该混合物包含至少一种选择、转化或工程化的细菌。在某个实施方案中，该混合物包含至少一种选择、转化或工程化的疮疱丙酸杆菌。在某些实施方案中，该混合物包含2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种分离并纯化的细菌的种、菌株、核糖核酸型或种系型。在某个实施方案中，该混合物包含至少一种通常定植于除皮肤以外的组织或身体区域的细菌菌株。在某个实施方案中，该混合物包含至少一种通常定植于口腔的细菌菌株。在某些实施方案中，所述至少一种通常定植于口腔的细菌是唾液链球菌(S.salivarius)。在某个实施方案中，该混合物包含至少一种通常定植于胃肠系统的管腔的细菌菌株。在某个实施方案中，该混合物包含至少一种通常定植于胃肠系统的管腔的细菌，该细菌是乳杆菌或双歧杆菌。在某些实施方案中，该双歧杆菌是乳双歧杆菌(Bidifobacterium lactis)Bb-12、动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis)、短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)、两岐双岐杆菌(Bifidobacterium bifidum)或其任何组合。在某些实施方案中，该乳杆菌是嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricus)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)GG、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentumi)、清酒乳杆菌(Lactobacillus Sakei)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)、鼠李糖乳杆菌(Lrhamnosus)LC705、乳杆菌F19L、嗜酸乳杆菌La-5或其任何组合。在某个实施方案中，该混合物包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种不同的细菌种。在某个实施方案中，该混合物包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种不同的细菌菌株的混合物。在某个实施方案中，该混合物含有至少一种非细菌微生物，如真菌、病毒或噬菌体。可将多种益生菌菌株的任何确定的混合物描述为“基本上由......组成”。这意味着该混合物仅包含指定菌株加上作为局部或口服制剂适当施用所必需的任何非活性成分，如赋形剂或稀释剂。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含特别适用于治疗湿疹的健康相关微生物和益生菌。在一些实施方案中，本文公开的用于治疗湿疹的组合物包含金黄色葡萄球菌。在一些实施方案中，本文公开的用于治疗湿疹的组合物包含死的金黄色葡萄球菌细菌。在一些实施方案中，本文公开的用于治疗湿疹的组合物包含人葡萄球菌。在其他实施方案中，益生菌包含皮生球菌属(Dermacoccus)、甲基杆菌属(Methlyobacterium)或丙酸杆菌属中的一种或多种，因为它们与金黄色葡萄球菌具有负相关性。在其他实施方案中，益生菌中包括缓症链球菌(S.mitis)、血链球菌(S.sanguinis)或嵴链球菌(S.cristatus)的局部益生菌组合物。
制剂
在一些方面，本文提供了包含至少一种本文公开的益生菌或健康相关微生物的组合物，其中该组合物被配制用于施用于有需要的受试者。通常，该受试者是患有痤疮、湿疹、银屑病、脂溢性皮炎、酒渣鼻或其任何组合的人。在一些实施方案中，组合物被配制用于局部施用于有需要的受试者。在一些实施方案中，该组合物被配制用于局部施用于受试者的皮肤。在一些实施方案中，该组合物被配制用于局部施用于受试者的头皮。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于口服施用。作为非限制性实例，本文公开的包含乳杆菌菌株的组合物可优先通过口服来施用。在一些实施方案中，组合物被配制用于透皮施用。在一些实施方案中，组合物被配制用于注射施用。在某些实施方案中，该组合物是选自凝胶、软膏、洗剂、乳液、糊剂、乳膏、泡沫、摩丝、液体、喷雾剂、悬浮液、分散体和气雾剂的制剂。在某些实施方案中，该制剂包含一种或多种赋形剂，以提供所需的形式和所需的粘度、流动或其他物理或化学特性，以用于有效施加、覆盖和粘附于皮肤。
本文公开的组合物可呈现于包含一种或多种赋形剂的制剂中，以改善保质期、施加、皮肤渗透和治疗效果中的任何一种或多种。在一些实施方案中，赋形剂对于改善保质期、施加、皮肤渗透和治疗效果中的任何一种或多种是必需的。
在某些实施方案中，本文所述的健康相关微生物或益生菌组合物被配制用于口服摄取。口服摄取形式可以是丸剂、片剂、胶囊、糊剂、液体悬浮液、胶体或与各种食物如糖果、求斯糖、酸奶、牛奶、松软干酪或非乳制品或乳糖减少的替代品混合。该制剂可含有另外的非活性成分，该非活性成分改善可食用组合物的风味、气味或质地。该制剂还可包含粘合剂、包封膜或维持保质期和生物利用度的赋形剂。
在某些实施方案中，口服施用的本文公开的健康相关微生物和益生菌组合物包含选自嗜酸乳杆菌La-5、动物双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、乳杆菌F19、发酵乳杆菌、清酒乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、短双歧杆菌、费氏丙酸杆菌谢氏JS亚种、两歧双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌和唾液乳杆菌及其组合的细菌种。在一些实施方案中，该组合物包含唾液乳杆菌和果寡糖。在一些实施方案中，该组合物包含鼠李糖乳杆菌GG。在一些实施方案中，该组合物包含鼠李糖乳杆菌LC705。在一些实施方案中，该组合物包含唾液乳杆菌和益生元。在一些实施方案中，该组合物包含具有鼠李糖乳杆菌GG的水解乳清配方。在一些实施方案中，该组合物包含具有乳双歧杆菌Bb-12的水解乳清配方。在某些实施方案中，口服施用的本文公开的健康相关微生物和益生菌组合物包含选自鼠李糖乳杆菌GG和双歧杆菌Bb-12及其组合的细菌。
乳液可被描述为一种液体分布在整个第二液体的主体内的小球中的制剂。在一些实施方案中，分散的液体是不连续相，并且分散介质是连续相。当油是分散的液体并且水溶液是连续相时，它被称为水包油乳液，而当水或水溶液是分散相并且油或含油物质是连续相时，它被称为油包水乳液。油相可以至少部分由推进剂如HFA推进剂组成。油相和水相中的任一种或两种可含有一种或多种表面活性剂、乳化剂、乳液稳定剂、缓冲液和其他赋形剂。优选的赋形剂包括表面活性剂，尤其是非离子表面活性剂；乳化剂，特别是乳化蜡；以及液体非挥发性非水性物质，特别是二醇类，如丙二醇。油相可含有其他药学上批准的油性赋形剂。例如，诸如羟基化蓖麻油或芝麻油的物质可以在油相中用作表面活性剂或乳化剂。
洗剂可被描述为低粘度至中等粘度的液体制剂。洗剂可含有细粉状物质，该物质通过使用悬浮剂和分散剂可溶于分散介质中。或者，洗剂可以具有与媒介物不混溶的分散相液体物质，并且通常借助于乳化剂或其他合适的稳定剂分散。在一个实施方案中，洗剂是粘度为100至1000厘沲的乳液形式。洗剂的流动性允许在宽大的表面积上快速且均匀地施加。洗剂通常旨在于皮肤上干燥，在皮肤表面留下药学成分薄层。
乳膏可被描述为“水包油”或“油包水型”的粘性液体或半固体乳液。乳膏可含有乳化剂和/或其他稳定剂。在一个实施方案中，制剂是粘度大于1000厘沲(通常在20,000-50,000厘沲的范围内)的乳膏形式。乳膏通常优于软膏，因为它们通常更容易涂抹并且更容易去除。
乳膏与洗剂之间的基本区别是粘度，其取决于各种油的量/使用和用于制备制剂的水的百分比。乳膏通常比洗剂更浓稠，可具有各种用途，并且通常使用更多种不同的油/黄油，这取决于对皮肤的预期效果。在乳膏制剂中，水基百分比为约60-75％并且油基百分比为总量的约20-30％，其中其他百分比为乳化剂、防腐剂和添加剂，总量为100％。
软膏可被描述为含有软膏基质和可选的一种或多种本公开内容的活性剂的半固体制剂。合适的软膏基质的实例包括烃类基质(例如，凡士林、白凡士林、黄色软膏和矿物油)；吸收基质(亲水凡士林、无水羊毛脂、羊毛脂和冷霜)；可用水去除的基质(例如，亲水软膏)和水溶性基质(例如，聚乙二醇软膏)。糊剂与软膏的不同之处通常在于它们含有更大百分比的固体。相比于用相同组分制备的软膏，糊剂通常更具吸收性且少油腻。
凝胶可被描述为含有小分子或大分子在液体媒介物中的分散体的半固体系统，其通过溶解或悬浮在液体媒介物中的增稠剂或聚合材料的作用而呈半固态。该液体可包括亲脂性组分、水性组分或二者。一些乳液可以是凝胶或以其他方式包括凝胶组分。然而，一些凝胶不是乳液，因为它们不含有不混溶组分的均匀化掺合物。合适的胶凝剂包括但不限于改性纤维素，如羟丙基纤维素和羟乙基纤维素；卡波姆(Carbopol)均聚物和共聚物；及其组合。液体媒介物中合适的溶剂包括但不限于二甘醇单乙醚；烯烃二醇，如丙二醇；二甲基异山梨酯；醇类，如异丙醇和乙醇。溶剂通常根据其溶解药物的能力而选择。还可以掺入其他添加剂，其改善制剂的皮肤感觉和/或润肤性。这类添加剂的实例包括但不限于肉豆蔻酸异丙酯、乙酸乙酯、C12-C15烷基苯甲酸酯、矿物油、角鲨烷、环聚二甲基硅氧烷、癸酸/辛酸甘油三酯及其组合。
泡沫可被描述为与气态推进剂组合的乳液。气态推进剂主要由氢氟烷烃(HFA)组成。合适的推进剂包括HFA，如1,1,1,2-四氟乙烷(HFA 134a)和1,1,1,2,3,3,3-七氟丙烷(HFA 227)，但是目前批准或可能批准用于医疗用途的这些和其他HFA的混合物和掺合物是合适的。推进剂优选地不是可能在喷雾过程中产生易燃或易爆蒸气的烃类推进剂气体。此外，所述组合物优选地不含可能在使用过程中产生易燃或易爆蒸气的挥发性醇。
润肤剂可被描述为软化或舒缓皮肤的外用药剂，并且通常是本领域已知的并且在药典(如“Handbook of Pharmaceutical Excipients”，第4版,Pharmaceutical Press,2003)中列出。在某些实施方案中，润肤剂是杏仁油、蓖麻油、长角豆提取物、鲸蜡硬脂醇、鲸蜡醇、鲸蜡酯蜡、胆固醇、棉籽油、环聚二甲基硅氧烷、硬脂酸棕榈酸乙二醇酯、甘油、单硬脂酸甘油酯、单油酸甘油酯、肉豆蔻酸异丙酯、棕榈酸异丙酯、羊毛脂、卵磷脂、轻质矿物油、中链甘油三酯、矿物油和羊毛脂醇、凡士林、凡士林和羊毛脂醇、大豆油、淀粉、硬脂醇、葵花油、木糖醇及其组合。在一个实施方案中，润肤剂是硬脂酸乙基己酯和棕榈酸乙基己酯。
表面活性剂是降低表面张力，从而增加产品的乳化、起泡、分散、铺展和润湿性质的表面活性试剂。在某些实施方案中，合适的非离子表面活性剂包括乳化蜡、单油酸甘油酯、聚氧乙烯烷基醚、聚氧乙烯蓖麻油衍生物、聚山梨酯、失水山梨醇酯、苯甲醇、苯甲酸苄酯、环糊精、单硬脂酸甘油酯、泊洛沙姆(poloxamer)、聚维酮(povidone)及其组合。在一个实施方案中，非离子表面活性剂是硬脂醇。
乳化剂是促进一种液体在另一种液体中悬浮并促进形成油和水的稳定混合物或乳液的表面活性物质。在某些实施方案中，乳化剂是金属皂、某些动物和植物油以及各种极性化合物。合适的乳化剂包括阿拉伯胶、阴离子乳化蜡、硬脂酸钙、卡波姆、鲸蜡硬脂醇、鲸蜡醇、胆固醇、二乙醇胺、硬脂酸棕榈酸乙二醇酯、单硬脂酸甘油酯、单油酸甘油酯、羟丙基纤维素、羟丙甲纤维素、羊毛脂、含水羊毛脂醇、卵磷脂、中链甘油三酯、甲基纤维素、矿物油和羊毛脂醇、磷酸二氢钠、单乙醇胺、非离子乳化蜡、油酸、泊洛沙姆、多种泊洛沙姆、聚氧乙烯烷基醚、聚氧乙烯蓖麻油衍生物、聚氧乙烯失水山梨醇脂肪酸酯、聚氧乙烯硬脂酸酯、藻酸丙二醇酯、自乳化单硬脂酸甘油酯、脱水柠檬酸钠、十二烷基硫酸钠、失水山梨醇酯、硬脂酸、葵花油、黄蓍胶、三乙醇胺、黄原胶及其组合。在一个实施方案中，乳化剂是硬脂酸甘油酯。在一个实施方案中，乳化剂是甘油。在一个实施方案中，乳化剂是丙三醇。
在一些实施方案中，本文公开的组合物被配制用于施加至受试者的头皮。在一些实施方案中，该组合物被配制成用作选自洗发剂、护发素、摩丝、凝胶和喷雾剂的产品。这类组合物将用于治疗脂溢性皮炎。用这类组合物治疗脂溢性皮炎可以导致减少选自头皮屑和乳痂的症状。然而，本文公开的组合物可用于治疗除头皮以外的身体其他部位的脂溢性皮炎。其他部位的非限制性实例包括胸部、胃部、皮肤皱褶、手臂、腿部、腹股沟区和乳房下方。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含缓冲液，其中该缓冲液控制该组合物的pH。优选地，缓冲液将该组合物从pH约4缓冲至pH约7.5、从pH约4缓冲至pH约7，以及从pH约5缓冲至pH约7。
在一些实施方案中，本文公开的组合物被配制用于提供或维持所需的皮肤pH。在一些实施方案中，所需的皮肤pH为约4.5至约6.5。在一些实施方案中，所需的皮肤pH为约5至约6。在一些实施方案中，所需的皮肤pH为约5.5。在一些实施方案中，本文公开的组合物与皮肤pH调节剂一起配制。pH调节剂的非限制性实例包括水杨酸、乙醇酸、三氯乙酸、壬二酸、乳酸、天冬氨酸、盐酸盐、硬脂酸、硬脂酸甘油酯、棕榈酸鲸蜡酯、磷酸脲和生育酚乙酸酯。
在一些实施方案中，本文公开的组合物被配制用于向皮肤提供更多氧气。在一些实施方案中，本文公开的组合物被配制用于提供更多的氧气暴露于皮肤。在一些实施方案中，本文公开的组合物被配制用于提供更多的氧气扩散到皮肤中。在一些实施方案中，本文公开的组合物被配制用于提供更多的氧气通过皮肤扩散。在一些实施方案中，本文公开的组合物与向皮肤提供更多氧气的试剂一起配制。在一些实施方案中，本文公开的组合物与向皮肤提供更多氧气的试剂一起使用。在一些实施方案中，在使用向皮肤提供更多氧气的试剂之前使用本文公开的组合物。在一些实施方案中，在使用向皮肤提供更多氧气的试剂之后使用本文公开的组合物。向皮肤提供氧气的试剂的非限制性实例是叶绿素。
防腐剂可用于防止真菌和微生物的生长。合适的抗真菌剂和抗微生物剂包括但不限于苯甲酸、对羟基苯甲酸丁酯、对羟基苯甲酸乙酯、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠、丙酸钠、苯扎氯铵、苄索氯铵、苯甲醇、氯化十六烷基吡啶、氯丁醇、苯酚、苯乙醇和硫柳汞。在一个实施方案中，选择对防止真菌生长有效的防腐剂浓度，而不影响组合物在局部施加时用于其预期目的的有效性。
基于所预期的制剂类型选择制剂中的赋形剂。在某些实施方案中，赋形剂包括明胶、酪蛋白、卵磷脂、阿拉伯树胶、胆固醇、黄蓍胶、硬脂酸、苯扎氯铵、硬脂酸钙、单硬脂酸甘油酯、鲸蜡硬脂醇、聚西托醇乳化蜡、失水山梨醇酯、聚氧乙烯烷基醚、聚氧乙烯蓖麻油衍生物、聚氧乙烯失水山梨醇脂肪酸酯、聚乙二醇、聚氧乙烯硬脂酸酯、胶体二氧化硅、磷酸盐、十二烷基硫酸钠、羧甲基纤维素钙、羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、非结晶纤维素、硅酸镁铝、三乙醇胺、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、糖和淀粉。
在一些实施方案中，本文公开的组合物与甘油一起配制。在一些情况下，该组合物中的细菌菌株发酵甘油，从而产生短链脂肪酸。短链脂肪酸的非限制性实例包括乙酸、乳酸和丙酸。在一些实施方案中，细菌菌株是丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，细菌菌株是疮疱丙酸杆菌菌株。
渗透促进剂经常用于促进药物穿过皮肤，特别是穿过角质层的透皮递送。一些渗透促进剂会引起皮肤刺激、皮肤毒性和皮肤变态反应。然而，更常用的渗透促进剂包括尿素、(羰基二酰胺)、咪脲、N,N-二乙基甲酰胺、N-甲基-2-吡咯烷、1-十二烷基-氮杂环庚烷-2-酮、巯基乙酸钙、2-吡咯烷、N,N-二乙基-间-甲苯酰胺、油酸及其酯衍生物(如单油酸甲酯、单油酸乙酯、单油酸丙酯、单油酸异丙酯、单油酸丁酯、单油酸乙烯酯和单油酸甘油酯)、失水山梨醇酯(如失水山梨醇单月桂酸酯和失水山梨醇单油酸酯)、其他脂肪酸酯(如月桂酸异丙酯、肉豆蔻酸异丙酯、棕榈酸异丙酯、己二酸二异丙酯、丙二醇单月桂酸酯、丙二醇单油酸酯)和非离子型去污剂(如BRIJ.RTM.76(硬脂基聚(10)氧乙烯醚)、BRIJ.RTM.78(硬脂基聚(20)氧乙烯醚)、BRIJ.RTM.96(油醇基聚(20)氧乙烯醚)和BRIJ.RTM.721(硬脂基聚(21)氧乙烯醚)(ICI Americas Inc.Corp.))。
可将所述组合物配制成包含特定浓度的健康相关微生物或益生菌。例如，该组合物可包含一定量的益生菌，使得微生物可以以有效量递送。在某些实施方案中，所递送的益生菌的量为每单位剂量至少1x103、1x104、1x105、1x106、1x107、1x108、1x109、1x1010个菌落形成单位。该组合物可与健康相关微生物或益生菌一起配制，其相对于组合物的总重量的比例为至少约0.0001％(以干重表示)、约0.0001％至约99％、约0.001％至约90％(重量)、约0.01％至约80％(重量)和约0.1％至约70％(重量)。通常，旨在局部施用的组合物包含至少1x103、1x104、1x105、1x106、1x107、1x108、1x109、1x1010个微生物/克载体，或为针对无活性或死亡的微生物或针对细菌级分或针对所产生的代谢物计算的等效剂量。
本文公开的微生物可以以每单位剂量的有效量递送，该有效量为至少约1x102个菌落形成单位(cfu)至约1x1020cfu。在必须局部施用的组合物的特定情况下，可以调节每种细菌菌株和/或相应级分和/或代谢物的浓度，以便对应于约1x105至约1x1012cfu/剂量范围内的剂量(表示为细菌当量)。
用于局部施加的本文公开的组合物通常包含约1x102至约1x1015cfu/g、约1x105至约1x1012cfu/g或约1x106至约10x1012cfu/g的细菌。
在某些实施方案中，配制本文公开的组合物以便递送至少106个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送至少107个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送至少108个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送至少109个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送少于109个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送少于108个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送少于107个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送约107至108个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送约106个微生物/cm2皮肤至约1010个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送约106个微生物/cm2皮肤至约109个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送约107个微生物/cm2皮肤至约1010个微生物/cm2皮肤。在某些实施方案中，配制该组合物以便递送约107个微生物/cm2皮肤至约109个微生物/cm2皮肤。
在某些实施方案中，本文公开的组合物以约105个微生物/毫升至约1012个微生物/毫升的浓度配制。在某些实施方案中，本文公开的组合物以约106个微生物/毫升的浓度配制。在某些实施方案中，本文公开的组合物以约107个微生物/毫升的浓度配制。在某些实施方案中，本文公开的组合物以约108个微生物/毫升的浓度配制。在某些实施方案中，本文公开的组合物以约109个微生物/毫升的浓度配制。在某些实施方案中，本文公开的组合物以约1010个微生物/毫升的浓度配制。
在某些实施方案中，用于局部或口服使用的本文公开的组合物含有生物稳定性化合物，包括但不限于碳水化合物，如海藻糖、甘露糖、果糖、葡萄糖、蔗糖、乳糖、棉子糖、水苏糖、松三糖、葡聚糖和糖醇；和/或冷冻保存剂，如甘油、无牛血清培养基(例如，胰蛋白酶大豆肉汤)、乳清蛋白、NaCl、磷酸盐缓冲液、MgCl、冻干细菌或其他无活性/杀死的细菌。
配制后，本文公开的组合物可以以适合于最终用户递送和使用的方式包装。在一个实施方案中，将该组合物放置于合适的分配器中并运送给最终用户。最终容器的实例可包括泵瓶、挤压瓶、广口瓶、管、胶囊或小瓶。
在一些实施方案中，可以在包装之前将本文公开的组合物添加至涂药器中。涂药器的非限制性实例包括棉垫、聚酯垫、棉签(q-tip)海绵和刷子。在一些实施方案中，将涂药器放置于包装中。包装的非限制性实例包括袋和箔或蜡衬纸包。包装的内部可以是无菌的。在一些实施方案中，在密封之前用真空去除包装中的空气。在一些实施方案中，包装是热密封的。在一些实施方案中，用粘合剂密封包装。
在另一个实施方案中，将本文公开的组合物冻干或冷冻干燥，以供在施加至皮肤之前重建。在一个实施方案中，用一种或多种赋形剂如甘油或其他糖醇进行冻干或冷冻干燥，以改善选择、转化或工程化细菌的保质期。在一个实施方案中，冻干的组合物不包含海藻糖(α-D-吡喃葡萄糖基-1,1-α-D-吡喃葡萄糖苷)。在一些实施方案中，该组合物不必冷冻。
本文公开的组合物可包装在一个或多个容器中。例如，可将单个瓶、管、容器或胶囊分成两个相等或不相等的部分，其中一个部分以其包装形式(冷冻干燥的/无活性的等)包含细菌，而另一部分包含活化材料，其可以是液体或凝胶。可以设计单个瓶或容器，使得最终用户可以利用施加至容器的单个力分配两个容器部分中的全部或部分内容物，以将选择、转化或工程化的细菌和活化材料分配到皮肤或其他表面上。试剂盒也可以是包含两个或更多个容器的形式，一个容器具有选择、转化或工程化的细菌群体，而另一个容器具有用于与选择、转化或工程化的细菌群体掺和的制剂。在另一个实例中，试剂盒有两个或更多个容器，一个容器具有选择、转化或工程化的细菌群体，另一个容器具有未选择、转化或工程化的天然非致病性皮肤细菌，而第三容器具有用于与选择、转化或工程化的细菌群体掺和的制剂。在另一个实例中，构成单个瓶的两个或更多个容器具有一个连接到两个单独管的泵，每个管从不同的腔室排出。试剂盒还可以包括一种或多种补充产品，如肥皂、沐浴露或具有特定pH的保湿洗剂、含有活性化合物的洗剂或乳膏、细菌和限制因子等。在另一个实施方案中，该补充产品是限制因子，该限制因子将增强感兴趣的化合物的生长、活性和/或表达，以提供该化合物的持续或连续表达。该补充产品可包括有益于原始产品活性的任何化合物，并增强其对持久效力的活性。另一种设想的包装是这样的包装，其中选择、转化或工程化的细菌群体作为层保持在绷带或膜上，该绷带或膜与第二层绷带/膜组合，该第二层绷带/膜将允许细菌活化，并且任选地也可以限制繁殖/生长因子。在另一个实施方案中，将最终产品冷冻储存，其中细菌处于其活性状态。在另一个实施方案中，将细菌储存在水溶性纤维素的小珠中。该小珠可以在任何溶液如防晒霜/保湿乳/沐浴露或肥皂中混合。
在另一个实施方案中，本公开内容提供了包含健康皮肤微生物群系移植物的组合物。本文公开的健康皮肤微生物群系移植物包含从健康或正常皮肤收获的细菌群体。本文公开的健康皮肤微生物群系移植物可以表征为微生物群系，当所述微生物群系与人细胞群体一起温育时，所述微生物群系诱导来自人细胞群体的低水平的人炎症介质(在RNA和/或蛋白质水平上)。人细胞群体可以是受试者自身的角质形成细胞。人细胞群体可以是合并的角质形成细胞。炎症介质的非限制性实例包括痤疮相关的炎症标志物，如IL-8、IL-6、TNF-α、INF-α、IL-1和β防卫素。测定这些介质在mRNA、蛋白质或功能水平上的水平的方法是本领域已知的，并且包括定量实时PCR、Northern印迹法、RNA-seq、微阵列、ELISA、同源蛋白质测定、免疫印迹法或质谱法。
在其他实施方案中是包含个体自身改变的微生物群系的组合物。包含个体自身改变的微生物群系的组合物可通过本文公开的方法获得。在一些实施方案中，通过收获或捕获个体自身的微生物群系(例如，来自皮肤拭子)、培养该微生物群系以及去除至少一种炎症性细菌菌株来产生个体自身改变的微生物群系。在一些实施方案中，通过收获或捕获个体自身的微生物群系(例如，来自皮肤拭子)、培养该微生物群系以及去除至少一种致病性细菌菌株来产生个体自身改变的微生物群系。在一些情况下，炎症性菌株是致病菌株。在一些实施方案中，通过将菌株与角质形成细胞一起温育并检测角质形成细胞的炎症介质产生来鉴定炎症性菌株或致病菌株。在一些实施方案中，通过将菌株与角质形成细胞一起温育并对角质形成细胞的炎症介质产生进行定量来鉴定炎症性菌株或致病菌株(例如，与本文公开的健康相关菌株相比，该菌株从角质形成细胞产生更高水平的炎症介质)。在一些实施方案中，通过将菌株与角质形成细胞一起温育并检测不希望的角质形成细胞基因表达或不希望的角质形成细胞活性来鉴定炎症性菌株或致病菌株。本领域技术人员通常理解，不希望的角质形成细胞基因表达或不希望的角质形成细胞活性意指促进皮肤病症的角质形成细胞中的表达或活性。在一些情况下，该角质形成细胞是受试者的角质形成细胞。在一些情况下，该角质形成细胞是合并的角质形成细胞。在一些情况下，方法包括鉴定并去除已知的痤疮相关菌株，例如，作为非限制性实例，一些核糖核酸型RT4和RT5和进化枝Ia细菌的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些情况下，方法包括仅鉴定并选择通过上述方法鉴定或已知与健康皮肤相关的非炎症性菌株，并将改变的生物群系引入患者。非炎症性菌株的非限制性实例包括核糖核酸型RT2、RT6和进化枝II细菌的疮疱丙酸杆菌菌株。
在另一个实施方案中是包含来自健康个体粪便的微生物群系的组合物。这些组合物在本文中可称为“粪便移植物”。在一些实施方案中，该微生物群系是健康个体粪便的完整微生物群系。在一些实施方案中，该微生物群系是健康个体粪便的部分微生物群系。在一些情况下，该健康个体不患有痤疮。在一些情况下，该健康个体不患有炎症性病况。在一些情况下，该健康个体不患有炎症性皮肤病况。炎症性病况的非限制性实例是痤疮、湿疹、银屑病、脂溢性皮炎、酒渣鼻、狼疮、天疱疮、类天疱疮、硬皮病、斑秃、硬化苔藓、扁平苔藓、瘙痒、结节性痒疹、慢性单纯性苔藓、炎性肠病、结肠炎、肠易激综合征、动脉粥样硬化、CAD、糖尿病、HIV和癌症。在一些实施方案中，该健康个体不是组织移植患者，不服用免疫抑制药物，或者目前/最近(在12周内)没有接受抗生素疗法。在一些实施方案中，该微生物群系包含在共温育结肠粘膜细胞时不产生炎症介质的细菌菌株。在一些实施方案中，通过16S、18S或全基因组测序来鉴定在共温育结肠粘膜细胞时不产生炎症介质的细菌菌株。在一些实施方案中，部分微生物群系是改变的微生物群系，其中改变的微生物群系通过去除致病菌株或引入健康相关菌株而从粪便移植物产生。
另外的活性成分
本文公开的组合物可包含另外的活性成分。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种无生命的、非微生物成分。作为非限制性实例，无生命的、非微生物成分可选自小分子、脂肪酸、抗生素、代谢物、抗氧化剂和类视黄醇。抗氧化剂的非限制性实例是维生素C和维生素E。类视黄醇的非限制性实例是维甲酸、他扎罗汀、阿达帕林和视黄醇。在一些实施方案中，无生命的、非微生物成分是维生素D，其可以是卡泊三烯的形式。在一些实施方案中，另外的活性成分是具有抗炎活性的药剂。
在某些实施方案中，所述组合物含有抗生素。抗生素的非限制性实例包括大环内酯、四环素、β-内酰胺、氨基糖苷、头孢菌素、碳青霉烯、喹诺酮/氟喹诺酮、磺酰胺类、水杨酸、乙醇酸、壬二酸、活噬菌体疗法、合成噬菌体收缩纳米管、激光、氨苯砜、过氧化苯甲酰、过氧化苯甲酰/白藜芦醇组合，及其任何组合。在一些实施方案中，抗生素选自克林霉素、多西环素、红霉素和四环素，其中该抗生素被配制用于局部施用。在一些实施方案中，抗生素选自红霉素、四环素、多西环素和米诺环素，其中该抗生素被配制用于口服施用。
在某些实施方案中，本文公开的组合物包含局部抗痤疮药物，如过氧化苯甲酰或水杨酸。包含在组合物中的过氧化苯甲酰或水杨酸的浓度可以低于通常包含在单一制剂(没有健康相关微生物或益生菌)中的浓度。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度为约0.1％至约3％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度为约0.1％至约2.5％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度为约0.5％至约2.5％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度为约1％至约2.5％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度小于约2.5％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度小于约2％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度小于约1.5％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度小于约1％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度小于约0.5％。在一些实施方案中，抗痤疮药物的浓度小于约0.1％。
在某些实施方案中，本文公开的组合物包含局部抗痤疮药物，如类视黄醇。局部类视黄醇化合物的非限制性实例包括视黄酸、维甲酸、阿达帕林和他扎罗汀。在某些实施方案中，本文公开的组合物包含白藜芦醇或反式白藜芦醇。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度小于约10％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度小于约5％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度小于约2.5％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度小于约1％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度小于约0.5％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度为约0.5％至约10％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度为约1％至约10％。在一些实施方案中，组合物中类视黄醇或白藜芦醇的浓度为约0.5％至约2.5％。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含至少一种ω-3脂肪酸。ω-3脂肪酸的非限制性实例包括十六碳三烯酸(HTA)、α-亚麻酸(ALA)、十八碳四烯酸(SDA)、二十碳三烯酸(ETE)、二十碳四烯酸(ETA)、二十碳五烯酸(EPA)、二十一碳五烯酸(HPA)、二十二碳五烯酸(DPA)、鳁酸、二十二碳六烯酸(DHA)、二十四碳五烯酸、二十四碳六烯酸(鲱酸)和植物鞘氨醇。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含选自乙醇酸、壬二酸和三氯乙酸的酸。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含天然提取物，如茶树油或绿茶提取物。
在一些实施方案中，另外的活性成分包含靶向至少一种疮疱丙酸杆菌菌株的药物。在一些实施方案中，靶向至少一种疮疱丙酸杆菌菌株的药物是小分子药物。在一些实施方案中，靶向至少一种疮疱丙酸杆菌菌株的药物是由疮疱丙酸杆菌表达的酶的小分子抑制剂。在一些实施方案中，由疮疱丙酸杆菌表达的酶是疮疱丙酸杆菌生长或疮疱丙酸杆菌能量代谢所需的。在一些实施方案中，靶向至少一种疮疱丙酸杆菌菌株的药物是生物制品。在一些实施方案中，该生物制品包含肽。在一些实施方案中，该生物制品包含抗体或抗原结合片段。在一些实施方案中，该生物制品包含抗体-小分子缀合物。在一些实施方案中，该生物制品包含抗体-药物缀合物。在一些实施方案中，该生物制品包含核酸。在一些实施方案中，该核酸包含反义核酸分子，其中该反义核酸分子抑制由疮疱丙酸杆菌表达的酶。在一些实施方案中，由疮疱丙酸杆菌表达的酶是疮疱丙酸杆菌生长或疮疱丙酸杆菌能量代谢所需的。在一些实施方案中，该反义核酸分子包含siRNA。在一些实施方案中，该反义核酸分子包含shRNA。在一些实施方案中，该反义核酸分子包含将要与CRISPR相关蛋白酶一起使用的指导RNA。在一些实施方案中，另外的活性成分(例如，指导RNA和CRISPR相关蛋白酶)靶向与痤疮相关的疮疱丙酸杆菌菌株所特有的基因组元件。
治疗皮肤病症的方法
在一些方面，本文提供了用于治疗或预防本文公开的皮肤病症的方法。在一些方面，该方法包括施用本文公开的细菌菌株，其中将该细菌菌株掺入药物组合物中。在一些方面，该方法包括施用本文公开的组合物。在一些方面，本公开内容提供了用于治疗或预防痤疮的方法。用于治疗或预防痤疮的方法通常包括向有需要的受试者的皮肤施用有效量的本文公开的细菌菌株。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的组合物。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的细菌种。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的细菌菌株。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的细菌核糖核酸型。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的益生菌。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的健康相关微生物。在一些实施方案中，方法包括施用本文公开的选定细菌的至少一种选定种。在一些实施方案中，方法包括施用本文公开的选定细菌的至少一种选定菌株。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的选择、转化或工程化的细菌。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的基因修饰的细菌。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文公开的遗传工程细菌。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种本文所述的健康相关的细菌菌株。
在一些实施方案中，本文公开的方法包括施用分离的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的方法包括施用分离的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的方法包括施用纯化的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的方法包括施用纯化并分离的细菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的方法包括选择、分离或纯化细菌菌株。选择、分离或纯化可包括分离细菌的单个克隆并将其繁殖以获得选择、分离或纯化的菌株。在一些实施方案中，该方法包括选择、分离或纯化多种细菌菌株以获得至少第一选择、分离或纯化的菌株和第二选择、分离或纯化的菌株。在一些实施方案中，该方法进一步包括将第一选择、分离或纯化的菌株和第二选择、分离或纯化的菌株在药物组合物中组合。在一些实施方案中，第一选择、分离或纯化的菌株或第二选择、分离或纯化的菌株选自本文公开的菌株。
在一些实施方案中，第一选择、分离或纯化的菌株和第二选择、分离或纯化的菌株选自本文公开的菌株。
在一些实施方案中，方法包括施用至少一种健康相关的细菌菌株，该健康相关的细菌菌株选自健康相关的丙酸杆菌属、葡萄球菌属和乳杆菌属细菌菌株。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种健康相关的丙酸杆菌属细菌菌株。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种健康相关的菌株，该健康相关的菌株选自如本文所述的健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株、健康相关的颗粒丙酸杆菌菌株、健康相关的贪婪丙酸杆菌菌株、健康相关的疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株和健康相关的葡萄球菌。在一些实施方案中，该健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株不是疮疱丙酸杆菌疮疱亚种。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，方法包括施用至少一种健康相关的真菌。该健康相关的真菌可以是马拉色菌。
在一些实施方案中，所述方法包括施用本文公开的微生物。在一些实施方案中，所述方法包括施用至少两种本文公开的微生物的混合物。在一些实施方案中，所述方法包括施用至少一种本文公开的健康相关微生物。在一些实施方案中，该微生物是真菌。在一些实施方案中，该微生物是原生生物。在一些实施方案中，该微生物是细菌。在一些实施方案中，该细菌包含丙酸杆菌属细菌菌株。在一些实施方案中，该细菌包含疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该细菌包含贪婪丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该细菌包含颗粒丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，该细菌包含疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株。在一些实施方案中，该细菌基本上由至少一种疮疱丙酸杆菌菌株组成。在一些实施方案中，该细菌基本上由至少一种贪婪丙酸杆菌菌株组成。在一些实施方案中，该细菌基本上由至少一种颗粒丙酸杆菌菌株组成。在一些实施方案中，该细菌基本上由至少一种疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株组成。
在一些实施方案中，方法包括施用本文公开的组合物。在一些实施方案中，方法包括施用具有本文公开的制剂的组合物。
在某些实施方案中，本文公开的方法包括施加有效量的含有多种不同核糖核酸型微生物的组合物。在某些实施方案中，菌株是选自RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，菌株是选自RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，所述多种微生物是两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT1和RT2。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT1和RT3。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT1而不包含RT6。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT2和RT3。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT2而不包含RT6。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT2和RT3。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型包含RT3而不包含RT6。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT1和RT2组成。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT1和RT3组成。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT1而非RT6组成。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT2和RT3组成。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT2而非RT6组成。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT2和RT3组成。在某些实施方案中，所述不同核糖核酸型基本上由RT3而非RT6组成。在某些实施方案中，所述混合物不包含核糖核酸型RT6。
在某些实施方案中，本文描述的方法包括施加有效量的含有多种不同核糖核酸型微生物的组合物。在某些实施方案中，所述多种微生物是三种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株的混合物。在某些实施方案中，该混合物包含RT1、RT2和RT3。在某些实施方案中，该混合物包含RT2、RT3而不包含RT6。在某些实施方案中，该混合物包含RT1、RT2和RT6。在某些实施方案中，该混合物包含RT1、RT3而不包含RT6。在某些实施方案中，该混合物基本上由RT1、RT2和RT3组成。在某些实施方案中，该混合物基本上由RT2、RT3而非RT6组成。在某些实施方案中，该混合物基本上由RT1、RT2而非RT6组成。在某些实施方案中，该混合物基本上由RT1、RT3而非RT6组成。在某些实施方案中，该混合物不包含RT6。
本文描述的方法包括施加各种菌株的益生菌。本文描述的组合物包含各种细菌菌株。在某些实施方案中，该菌株与本文描述的菌株具有至少50％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与本文描述的菌株具有至少60％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与本文描述的菌株具有至少70％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与本文描述的菌株具有至少80％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与本文描述的菌株具有至少90％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与本文描述的菌株具有至少95％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少50％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少60％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少70％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ IDNO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少80％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少90％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少95％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有至少99％的同源性。在某些实施方案中，该菌株与SEQ ID NO：51、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53或SEQ ID NO：54具有100％的同源性。
在某些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：向有需要的受试者施用有效量的由疮疱丙酸杆菌菌株产生的代谢物。在某些实施方案中，该代谢物选自细菌培养物上清液、细胞裂解物、蛋白质、核酸、脂质和其他细菌分子。在某些实施方案中，该代谢物选自细菌培养物上清液、细胞裂解物、蛋白质、核酸、脂质和其他细菌分子。
在一些实施方案中，本文公开的组合物和方法可分别包括使用不包含疮疱丙酸杆菌的细菌或其应用。在一些实施方案中，该细菌包含葡萄球菌菌株。在一些实施方案中，本文公开的组合物和方法可包括使用真菌，如马拉色菌。
在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的与健康或正常皮肤相关的细菌。健康或正常皮肤可以是基本上没有痤疮的皮肤。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌在与受试者的角质形成细胞共温育时产生低水平至缺失水平的促炎介质。
在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不诱导编码促炎蛋白质的RNA的表达。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不诱导促炎蛋白质的表达。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不诱导促炎蛋白质的活性。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不诱导编码促炎蛋白质的RNA的表达。
在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不增加编码促炎蛋白质的RNA的表达。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不增加促炎蛋白质的表达。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不增加促炎蛋白质的活性。
在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不会将编码促炎蛋白质的RNA的表达增加至当该细菌施加至受试者时会导致或增加痤疮的水平。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不会将促炎蛋白质的表达增加至当该细菌施加至受试者时会导致或增加痤疮的水平。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的细菌，该细菌不会将促炎蛋白质的活性增加至当该细菌施加至受试者时会导致或增加痤疮的水平。促炎蛋白质的非限制性实例包括IL-8、IL-1、IL-6、TNF-α、INF-α和人β防卫素。
在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防脂溢性皮炎的方法，该方法包括：向有需要的受试者施用有效量的健康相关的丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，本文描述了用于治疗或预防脂溢性皮炎的方法，该方法包括：向有需要的受试者施用有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述方法在受试者经历美发处理(例如，染发)后进行。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生多于约55％的丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生多于约60％的丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生多于约65％的丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生多于约70％的丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生约55％丙酸杆菌至约75％丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生约65％丙酸杆菌至约80％丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生约70％丙酸杆菌至约80％丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤的受影响区域上产生约70％丙酸杆菌至约85％丙酸杆菌的量。在一些实施方案中，该有效量是在受试者的头皮或皮肤上提供丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例的量。丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例可选自约2:1、约2.5:1、约3:1、约3.5:1和约4:1。丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例可选自至少约2:1、至少约2.5:1、至少约3:1、至少约3.5:1和至少约4:1。丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例可以为约1.5:1至约4:1。丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例可以为约2:1至约4:1。丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例可以为约2.5:1至约4:1。丙酸杆菌与葡萄球菌的理想比例可以为约3:1至约4:1。在一些实施方案中，有效量是提供所需量的马拉色菌真菌的量。
在一些实施方案中，本文公开的治疗方法进一步包括确定受试者皮肤上引起或促进受试者皮肤的炎症的细菌菌株。在一些实施方案中，方法包括评估角质形成细胞样品中炎症介导的反应。在一些实施方案中，方法包括评估从受试者获得的角质形成细胞样品中炎症介导的反应。该受试者可以是健康受试者。该受试者可以是待治疗的受试者，如患有痤疮的受试者。在一些实施方案中，所述方法包括合并或培养来自多个受试者的角质形成细胞。
本文公开的方法可包括向受试者施用药物。在一些实施方案中，口服施用药物。在一些实施方案中，局部施用药物。在一些实施方案中，将药物局部施用于受痤疮影响的受试者的皮肤。在某些实施方案中，本文描述了用于预防或治疗受试者的痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的特异性靶向疮疱丙酸杆菌的药物。在某些实施方案中，本文描述了用于预防或治疗受试者的痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的靶向选自RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9和RT10及其组合的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的药物。在某些实施方案中，本文描述了用于预防或治疗受试者的痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的靶向选自RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9和RT10及其组合的核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的药物。在某些实施方案中，本文描述了用于预防或治疗受试者的痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的靶向细菌或真菌菌株的药物，该细菌或真菌菌株在与受试者的角质形成细胞共温育时诱导或促进从受试者的角质形成细胞产生炎症介质。在某些实施方案中，本文描述了用于预防或治疗受试者的痤疮的方法，该方法包括：施用有效量的靶向细菌或真菌菌株的药物，该细菌或真菌菌株在由细菌或真菌产生的因子与受试者的角质形成细胞共温育时诱导或促进受试者的角质形成细胞产生炎症介质。本文公开了此类药物，例如小分子、反义分子、siRNA、生物制品、抗体及其组合。
本文公开的方法可以包括对受试者的皮肤进行激光疗法。在一些实施方案中，在向受试者施用本文公开的药物或细菌之前进行激光疗法。在一些实施方案中，在向受试者施用本文公开的药物或细菌之后进行激光疗法。在一些实施方案中，激光疗法与向受试者施用本文公开的药物或细菌同时进行。激光疗法可以是靶向卟啉的蓝光或红光激光。
本文公开的组合物可以每日、每周或每月施用。在某些实施方案中，该组合物每日施用两次。在某些实施方案中，该组合物每周施用至少两次。在某些实施方案中，该组合物每月施用至少两次。
联合治疗
设想本文公开的任何组合物、健康相关微生物或益生菌可以与其他标准治疗联合使用。例如，在一些实施方案中，方法包括在施用另外的治疗剂之前、之后或同时施用本文公开的组合物。在一些实施方案中，所述方法可包括局部施用抗生素。局部抗生素的非限制性实例包括克林霉素、多西环素、红霉素和四环素。在一些实施方案中，所述方法可包括口服施用抗生素。口服抗生素的非限制性实例包括红霉素；或四环素，如多西环素或米诺环素。其他标准治疗可包括施用抗炎剂、抗氧化剂、酸、光疗法或其组合。
在一些实施方案中，方法包括用激光治疗受试者。在一些实施方案中，方法包括用蓝光治疗受试者。在一些实施方案中，方法包括用红光治疗受试者。在一些实施方案中，方法包括用针对疮疱丙酸杆菌的至少一种促炎菌株的靶向激光装置和/或活性成分治疗受试者。在一些实施方案中，方法包括用靶向卟啉的激光进行治疗。
用微生物群系移植物治疗痤疮和其他病症
在某些实施方案中，本文描述了治疗皮肤病症的方法，该方法包括向有需要的受试者施用来自健康供体或未受疾病影响的供体的微生物群系移植物。在某些实施方案中，本文描述了治疗皮肤病症的方法，该方法包括施用来自未受皮肤病症影响的健康供体的微生物群系移植物。在某些实施方案中，该皮肤病症是痤疮。在某些实施方案中，该皮肤病症选自痤疮、湿疹、银屑病、脂溢性皮炎、酒渣鼻、自身免疫疾病、硬化苔藓、扁平苔癣、瘙痒、结节性痒疹、慢性单纯性苔藓及其组合。
在某些实施方案中，本公开内容提供了从健康个体(其中该健康个体是未患有痤疮或任何其他皮肤病症的第一受试者)的粪便样品中获得和纯化微生物群系，并将其移植到患有皮肤病症的第二受试者的方法。该皮肤病症可选自痤疮、湿疹、银屑病、脂溢性皮炎、酒渣鼻、自身免疫疾病如狼疮、大疱性类天疱疮、天疱疮、扁平苔癣、瘙痒和干燥病。在另一个实施方案中，本公开内容提供了从未患有炎症性病症的健康个体的口腔样品中获得和纯化微生物群系，并将其移植到患有皮肤病症的受试者的方法。炎症性病况的非限制性实例包括自身免疫疾病(例如，白癜风、恶性贫血、斑秃、天疱疮、类天疱疮、狼疮、硬皮病、糖尿病)、动脉粥样硬化和关节炎。
痤疮和其他疾病的诊断
可以基于遗传差异将健康相关的疮疱丙酸杆菌与疾病相关的疮疱丙酸杆菌区分开。例如，已经证明疾病相关的疮疱丙酸杆菌带有编码多种毒力基因的基因组元件。另一方面，许多健康相关的疮疱丙酸杆菌携带成簇的规律间隔的短回文重复(CRISPR)元件，该元件阻止健康相关的疮疱丙酸杆菌获得毒力基因。除遗传差异外，疮疱丙酸杆菌衍生的分子如卟啉、蛋白酶、脂肪酶和溶血素的增加也可能与疾病相关。因此，编码疮疱丙酸杆菌衍生的分子(例如，卟啉、蛋白酶、脂肪酶和溶血素)的生物合成的基因可用于区分健康相关的疮疱丙酸杆菌和疾病相关的疮疱丙酸杆菌。
在一个方面，本文提供了基于遗传标志物区分健康相关的疮疱丙酸杆菌细菌与疾病相关的疮疱丙酸杆菌细菌的方法。示例性方法包括测定一种或多种遗传标志物(包括但不限于deoR、Cas5、pIMPLE、I型脂肪酶、II型脂肪酶和丙氨酸脱氢酶)的表达。在一些情况下，用于区分健康相关的疮疱丙酸杆菌和疾病相关的疮疱丙酸杆菌的方法包括基于核糖核酸型的区分。本文还提供了区分健康相关的疮疱丙酸杆菌和疾病相关的疮疱丙酸杆菌的方法，该方法包括至少一种遗传标志物如deoR、Cas5、pFMPLE、I型脂肪酶、II型脂肪酶、丙氨酸脱氢酶或其组合的定量PCR或测序。在一些情况下，方法包括区分疮疱丙酸杆菌细菌的菌株和/或核糖核酸型。作为非限制性实例，疮疱丙酸杆菌RT6包含DNA结合反应调节物和/或磷酸甘油酸激酶，其不存在于RT1、RT2、RT3、RT4和RT5中。作为另一个实例，ABC转运蛋白基因不存在于RT6中，而存在于RT1、RT2、RT3、RT4和RT5中。在一些情况下，这类方法用来选择用于本文所述益生菌的细菌。例如，RT6不存在于益生菌中。在一些情况下，这类方法用来监测用益生菌对个体的治疗。此外，在一些情况下，所述方法用来区分相同核糖核酸型的健康相关细菌和疾病相关细菌。例如，疮疱丙酸杆菌RT1具有疾病相关的疮疱丙酸杆菌和健康相关的疮疱丙酸杆菌，它们基于遗传标志物的存在和/或不存在来区分。
还提供了诊断和/或监测个体疾病治疗的方法，该方法包括对来自个体的样品中健康相关的疮疱丙酸杆菌和/或疾病相关的疮疱丙酸杆菌进行定量。如本文提供的某些定量方法包括测定deoR、CRISPR相关蛋白、pFMPLE、I型脂肪酶、II型脂肪酶、丙氨酸脱氢酶、DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶和ABC转运蛋白中的至少一种。可以测定23S核糖体RNA以确定样品中总细菌的量。在一些实施方案中，所述治疗包括施用本文提供的健康相关微生物或益生菌。作为非限制性实例，该益生菌包含RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌。在一些情况下，该益生菌不包含RT6的疮疱丙酸杆菌。
本文进一步提供了通过对来自个体的样品中deoR、CRISPR相关蛋白、pFMPLE、I型脂肪酶、II型脂肪酶、丙氨酸脱氢酶、DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶和ABC转运蛋白中的至少一种进行检测和/或定量来确定个体中的微生物群系谱的方法。为了确定样品中细菌的相对量，可以使用23S核糖体RNA序列来估计来自个体的样品中的总细菌。在治疗(例如，用益生菌或健康相关的细菌如疮疱丙酸杆菌治疗)之前和/或期间确定微生物群系谱可能是有用的。还提供了在确定微生物群系谱后监测治疗方案的方法。
进一步提供了诊断或表征个体中的痤疮或其他皮肤病症的方法。这类方法可与本文提供的益生菌和细菌组合物组合以评估治疗和/或治疗监测的适用性。在某些实施方案中，该疾病是痤疮。在某些实施方案中，该皮肤病症是痤疮、湿疹、银屑病、脂溢性皮炎、酒渣鼻、自身免疫疾病、硬化苔藓、扁平苔癣、瘙痒、结节性痒疹、慢性单纯性苔藓或其组合。在某些实施方案中，如果确定个体具有疮疱丙酸杆菌(P.acnes)、葡萄球菌或马拉色菌真菌的致病菌株，则该个体被诊断为患有痤疮。在某些实施方案中，疮疱丙酸杆菌的致病菌株包含与痤疮相关的核糖核酸型(RT)。在某些实施方案中，痤疮相关的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT1、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9和RT10的核糖核酸型。在某些实施方案中，痤疮相关的疮疱丙酸杆菌菌株具有选自RT4、RT5和RT8的核糖核酸型。在某些实施方案中，所述方法包括如果在受试者的样品中检测到葡萄球菌细菌的存在，则诊断该个体患有痤疮。在某些实施方案中，所述方法包括如果在受试者的样品中检测到马拉色菌真菌的存在，则诊断该个体患有痤疮。
在某些实施方案中，本公开内容提供了一种方法，该方法包括：从受试者获得皮肤样品；任选地从该样品中分离细菌DNA；使用一个或多个引物组来扩增该DNA；以及分析所扩增的DNA是否存在与SEQ ID NO 1-10、29-32和82-434中的至少一个具有至少95％同源性的序列，其中如果存在与SEQ ID NO 1-10、29-32和82-434中的至少一个具有至少95％同源性的序列，则该受试者被诊断为患有痤疮。例如，可以分析所扩增的DNA是否存在与SEQ ID NO1-10、29-32和82-434中的至少一个具有至少99％同源性的序列，并且其中如果存在与SEQID NO 1-10、29-32和82-434中的至少一个具有至少99％同源性的序列，则受试者被诊断为患有痤疮。作为另一个实例，可以分析所扩增的DNA是否存在SEQ ID NO 1-10、29-32和82-434中的至少一个，并且其中如果存在SEQ ID NO 1-10、29-32和82-434中的至少一个，则受试者被诊断为患有痤疮。
在某些实施方案中，方法包括检测或表征受试者样品中的微生物。在一些实施方案中，所述方法包括检测离体样品中的微生物。在一些实施方案中，所述方法包括检测体内样品中的微生物。示例性方法包括：从受试者获得粪便样品；从该样品中分离细菌DNA；扩增选自16S核糖体DNA、18S核糖体DNA和/或23S核糖体DNA的DNA，对扩增的DNA产物进行测序；以及对个体的肠道细菌进行分型。在某些实施方案中是用于确定受试者是否患有痤疮的方法，该方法包括：从受试者获得粪便样品；从该样品中分离细菌DNA以及对该样品中的DNA进行全基因组鸟枪测序。另一种示例性方法包括从受试者获得皮肤样品的拭子，如从面部、背部或其他受影响的区域获得。
用于诊断的生物样品
在某些实施方案中，诊断个体包括获得生物样品。在某些实施方案中，该生物样品是皮肤样品或活检物。在某些实施方案中，该生物样品是粪便或排泄物样品。在某些实施方案中，该生物样品是口腔或口腔粘膜样品。在某些实施方案中，该生物样品是使用棉签或其他相容的拭子获得的拭子。在某些实施方案中，该样品包含细菌。在某些实施方案中，该样品包含真菌。在某些实施方案中，该样品包含病毒。在某些实施方案中，该病毒是噬菌体。在某些实施方案中，该样品在采集之后但在进行其他步骤之前储存。在某些实施方案中，储存在低于8℃下进行。在某些实施方案中，储存在低于4℃下进行。在某些实施方案中，储存在低于0℃下进行。在某些实施方案中，储存在低于-20℃下进行。在某些实施方案中，储存在低于-70℃下进行。在某些实施方案中，该储存在甘油、二醇、二甲基亚砜、生长培养基、营养肉汤或其任何组合中进行。在某些实施方案中，样品储存至少约1、2、3、4、5、6或7天。在一些实施方案中，样品储存至少约1、2、3或4周。在一些实施方案中，样品储存至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。在一些实施方案中，样品储存至多约1、2、3或4周。在一些实施方案中，样品储存至多约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在室温(约25℃)下稳定至少约一天。在一些实施方案中，本文公开的组合物稳定至少约三天。在一些实施方案中，本文公开的组合物稳定至少约六天。在一些实施方案中，本文公开的组合物稳定至少约九天。在一些实施方案中，本文公开的组合物稳定至少约十二天。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在施加至患有皮肤病症的皮肤时具有治疗活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物在生产或包装该组合物时具有初始治疗活性。在一些实施方案中，本文公开的组合物在室温(约25℃)下维持其初始治疗活性至少约一天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性至少约三天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性至少约六天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性至少约九天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性至少约十二天。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在室温(约25℃)下维持其初始治疗活性的至少约90％至少约一天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约90％至少约三天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约90％至少约六天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约90％至少约九天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约90％至少约十二天。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在室温(约25℃)下维持其初始治疗活性的至少约80％至少约一天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约80％至少约三天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约80％至少约六天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约80％至少约九天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约80％至少约十二天。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在室温(约25℃)下维持其初始治疗活性的至少约70％至少约一天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约70％至少约三天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约70％至少约六天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约70％至少约九天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约70％至少约十二天。
在一些实施方案中，本文公开的组合物在室温(约25℃)下维持其初始治疗活性的至少约50％至少约一天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约50％至少约三天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约50％至少约六天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约50％至少约九天。在一些实施方案中，本文公开的组合物维持其初始治疗活性的至少约50％至少约十二天。
在一些实施方案中，样品在适合于细菌生长的生理温度如30℃、31℃、32℃、33℃、34℃、35℃、36℃、37℃、38℃、39℃或40℃下培养。在一些实施方案中，样品在约35℃至约39℃下培养。在一些实施方案中，样品在约36℃至约38℃下培养。在一些实施方案中，样品在液体生长培养基中培养。在一些实施方案中，样品在固体生长培养基如琼脂平板上培养。在一些实施方案中，该平板是血琼脂。
在某些实施方案中，在分析前进一步处理本文公开的样品。在一些实施方案中，不对样品进行提取或处理程序。在一些实施方案中，从样品中提取核酸。在一些实施方案中，该核酸是DNA。在一些实施方案中，该DNA是细菌DNA。在一些实施方案中，该细菌DNA是16S核糖体DNA。在一些实施方案中，该细菌DNA是18S核糖体DNA。在一些实施方案中，该细菌DNA是23S核糖体DNA。在一些实施方案中，该核酸是核糖体DNA。在一些实施方案中，该核酸是RNA。在一些实施方案中，该核酸是核糖体RNA。在某些实施方案中，使用任何不干扰后续分析的技术提取核酸。在某些实施方案中，该技术使用乙醇、甲醇或异丙醇进行醇沉淀。在某些实施方案中，该技术使用苯酚、氯仿或其任何组合。在某些实施方案中，该技术使用氯化铯。在某些实施方案中，该技术使用乙酸钠、乙酸钾或乙酸铵或任何其他通常用于沉淀DNA的盐。在某些实施方案中，该技术利用基于柱或树脂的核酸纯化方案，如商业上通常销售的方案，一个非限制性实例是可从Sigma Aldrich购买的GenElute Bacterial Genomic DNA试剂盒。在某些实施方案中，提取后，在后续分析之前将核酸储存在水、Tris缓冲液或Tris-EDTA缓冲液中。在某些实施方案中，该储存低于8℃。在某些实施方案中，该储存低于4℃。在某些实施方案中，该储存低于0℃。在某些实施方案中，该储存低于-20℃。在某些实施方案中，该储存低于-70℃。在某些实施方案中，核酸储存1、2、3、4、5、6或7天。在某些实施方案中，核酸储存1、2、3或4周。在某些实施方案中，核酸储存1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。
在获得样品并分离相关核酸后，对核酸进行测序。在某些实施方案中，测序的核酸是细菌DNA。在某些实施方案中，核酸序列是细菌16S核糖体DNA。在某些实施方案中，核酸序列是细菌18S核糖体DNA。在某些实施方案中，核酸序列是细菌23S核糖体DNA。在某些实施方案中，测序的核酸是噬菌体DNA。在某些实施方案中，使用PCR确定序列。在某些实施方案中，PCR中使用的至少一种引物具有对应于SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQID NO：14、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：19、SEQID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：25、SEQID NO：26、SEQ ID NO：27或SEQ ID NO:28的序列。在某些实施方案中，使用的PCR是定量的。在某些实施方案中，PCR反应利用TaqmanTM或类似的定量PCR技术。在某些实施方案中，使用Sanger测序方法进行测序。在某些实施方案中，该测序涉及使用链终止双脱氧核苷酸。在某些实施方案中，该测序涉及凝胶电泳。在某些实施方案中，使用下一代测序方法进行测序。在某些实施方案中，该方法是焦磷酸测序。在某些实施方案中，该方法是离子半导体测序。在某些实施方案中，该方法是合成测序。在某些实施方案中，该方法是连接测序。在某些实施方案中，该方法是单分子实时测序。
在某些实施方案中，在对核酸进行测序后，进行本文所述的诊断。在某些实施方案中，诊断需要使用计算机、统计分析、统计分析软件、序列分析软件或其任何组合。在某些实施方案中，鉴定不同的生物体。在某些实施方案中，鉴定马拉色菌真菌。在某些实施方案中，在编译微生物群系过程中鉴定不同的细菌菌株。在某些实施方案中，鉴定葡萄球菌细菌。在某些实施方案中，在编译微生物群系过程中鉴定不同的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，基于其16S核糖体序列或核糖核酸型鉴定不同的疮疱丙酸杆菌菌株。在某些实施方案中，疮疱丙酸杆菌被鉴定为属于RT1-RT10。在某些实施方案中，疮疱丙酸杆菌被鉴定为属于RT1、RT2、RT3、RT6或其任何组合。在进一步的实施方案中，诊断报告可以通过因特网发送或访问。诊断报告可以通过邮件发送给医疗保健提供者、医师或患者。
在某些实施方案中，本公开内容提供了用于确定患有痤疮的个体中是否存在抗生素抗性细菌的方法，该方法包括从个体获得皮肤样品，从该样品中分离细菌DNA，扩增来自样品的16S、18S或23S核糖体RNA的相关区域，对扩增的DNA产物进行测序，以及分别确定对四环素和红霉素/克林霉素类抗生素的抗生素抗性。在某些实施方案中，检测或确定存在于个体皮肤上或从个体皮肤分离的细菌对抗生素的抗性。在某些实施方案中，该抗生素是红霉素。在某些实施方案中，该抗生素是克林霉素。在某些实施方案中，根据16S、18S或23S核糖体亚型的序列确定抗生素抗性。
保存丙酸杆菌制剂的方法
在一些方面，本文提供了产生丙酸杆菌的所需制剂的方法。在一些实施方案中，所述方法包括产生至少一种丙酸杆菌菌株的所需制剂。在一些实施方案中，所述至少一种菌株是疮疱丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种菌株不是疮疱丙酸杆菌疮疱亚种菌株。在一些实施方案中，所述至少一种菌株是贪婪丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种菌株是颗粒丙酸杆菌菌株。在一些实施方案中，所述至少一种菌株是疮疱丙酸杆菌defendens亚种菌株。在优选的实施方案中，如本文所述，所述丙酸杆菌菌株是健康相关的菌株。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌样品添加至甘油溶液中以产生丙酸杆菌甘油储备液，并在约4℃或更低的温度下储存丙酸杆菌甘油储备液。产生丙酸杆菌的所需制剂可包括冷却、冷冻和储存丙酸杆菌样品、其组合物或其储备液中的至少一种。
作为非限制性实例，本文提供了用于产生疮疱丙酸杆菌的所需制剂的方法，该方法包括将丙酸杆菌样品添加至甘油溶液中以产生丙酸杆菌甘油储备液，并在约4℃或更低的温度下储存丙酸杆菌甘油储备液，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌属细菌达到环境温度时，超过约50％的丙酸杆菌属细菌是存活的。
同样作为非限制性实例，本文提供了用于产生保存的丙酸杆菌的所需制剂的方法，其中约90％的所述丙酸杆菌在储存六天之后是存活的，所述方法包括：将丙酸杆菌样品添加至约50％甘油溶液中以产生丙酸杆菌储备液，在-20℃下冷冻该丙酸杆菌甘油储备液，从而形成所述所需制剂，其中在该丙酸杆菌甘油储备液解冻后，丙酸杆菌样品中的超过约90％是存活的。
在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约1％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约5％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约10％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约15％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约20％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约30％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约40％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌，其中当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约50％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约60％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约70％的丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，至少约80％的疮疱丙酸杆菌是存活的。在一些实施方案中，当甘油溶液中的丙酸杆菌达到环境温度时，超过约90％的丙酸杆菌是存活的。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约5％至约75％甘油。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约5％至约65％甘油。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约5％至约55％甘油。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约5％至约45％甘油。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约5％至约35％甘油。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约5％至约25％甘油。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌添加至甘油溶液中，其中该甘油溶液为约25％至约75％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约30％至约70％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约35％至约65％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约40％至约60％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约45％至约50％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约25％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约30％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约35％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约40％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约45％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约50％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约55％甘油。在一些实施方案中，该甘油溶液为约60％甘油。
在一些实施方案中，方法包括在选定温度下储存本文公开的丙酸杆菌或其组合物。在一些实施方案中，方法包括在选定温度下储存丙酸杆菌甘油储备液。在一些实施方案中，温度为约30℃至约-80℃。在一些实施方案中，温度为约25℃至约-80℃。在一些实施方案中，温度为约25℃至约-20℃。在一些实施方案中，温度为约30℃至约4℃。在一些实施方案中，温度为约10℃至约-80℃。在一些实施方案中，温度为约10℃至约-40℃。在一些实施方案中，温度为约10℃至约-30℃。在一些实施方案中，温度为约10℃至约-20℃。在一些实施方案中，温度为约4℃至约-80℃。在一些实施方案中，温度为约4℃至约-25℃。在一些实施方案中，温度为约4℃至约-20℃。在一些实施方案中，温度为约22℃至约28℃。在一些实施方案中，温度为约25℃。在一些实施方案中，温度为约4℃。在一些实施方案中，温度为约-20℃。在一些实施方案中，温度为约-80℃。
在一些实施方案中，方法包括解冻本文公开的丙酸杆菌的组合物。在一些实施方案中，方法包括加温本文公开的丙酸杆菌属细菌的组合物。在一些实施方案中，方法包括在室温下解冻丙酸杆菌甘油储备液。在一些实施方案中，方法包括在浴中快速解冻丙酸杆菌甘油储备液。浴温可为约25℃至约40℃。在一些实施方案中，方法包括快速解冻本文公开的丙酸杆菌属细菌的组合物。作为非限制性实例，受试者可将本文公开的组合物(其中该组合物是冷冻的)直接施加至皮肤。在一些实施方案中，方法包括缓慢解冻本文公开的丙酸杆菌属细菌的组合物。作为非限制性实例，在达到室温之前、在施加至皮肤之前或在与另一种组合物(例如，润肤剂、洗剂、凝胶)组合之前，受试者可将冷冻的本文公开的组合物转移至冰箱以达到冷藏温度。术语“冷冻的”包括在组合物为固体形式或半固体形式时的温度下的组合物。冷冻的可包括在低于0℃和低于-15℃的温度下的组合物。术语“冷藏温度”是指约0℃至约10℃的温度，例如4℃。冷藏温度不一定需要用冰箱来实现。作为非限制性示例，冰桶可以类似地冷却样品。
在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌甘油储备液，其中在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约60％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，疮疱丙酸杆菌样品中的至少约70％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，至少约80％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约60％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，疮疱丙酸杆菌样品中的至少约70％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约80％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，疮疱丙酸杆菌样品中的至少约90％是存活的。环境温度被认为是可接受的室温。在一些实施方案中，环境温度为约25℃至约35℃。在一些实施方案中，环境温度为约20℃至约30℃。在一些实施方案中，环境温度为约22℃至约28℃。在一些实施方案中，环境温度为约25℃。
在一些实施方案中，方法包括储存丙酸杆菌甘油储备液，其中丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约20天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，样品中的至少约70％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约一年后是存活的。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液为在溶液中的约10％甘油v/v至约90％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v至约80％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约25％甘油v/v至约75％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约30％甘油v/v至约70％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约35％甘油v/v至约65％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约40％甘油v/v至约60％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约45％甘油v/v至约55％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％甘油v/v至约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v至约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约25％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约45％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约50％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约50％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约55％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约60％甘油v/v。在一些实施方案中，溶液为在溶液中的约65％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约75％甘油v/v。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌属细菌储存在溶液中，其中该溶液包含甘油和水。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和水组成。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液包含甘油和盐水溶液。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和盐水溶液组成。在一些实施方案中，该溶液包含甘油和缓冲盐水溶液。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和缓冲盐水溶液组成。在一些实施方案中，该溶液包含甘油和缓冲溶液。在一些实施方案中，该缓冲溶液包含碳酸氢钠、柠檬酸或三乙醇胺。在一些实施方案中，该溶液包含甘油和磷酸盐缓冲盐水溶液。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和磷酸盐缓冲盐水溶液组成。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液的pH为约3.5至约7。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4至约6.5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4至约6。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4至约5.5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.5至约5.5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.8至约5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.2。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.4。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.6。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.8。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.2。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.4。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.6。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.8。在一些实施方案中，该溶液的pH为约6。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液包含盐或其离子。在一些实施方案中，该溶液包含选自钾、钙、镁、钠和硼的离子。在一些实施方案中，该溶液包含钾。在一些实施方案中，该溶液包含钾。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.001mM至约1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.001mM至约0.1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.01mM至约0.1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.05mM至约0.1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.01mM至约1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.1mM至约1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约100mM至约250mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约125mM至约225mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约150mM至约200mM。在一些实施方案中，钾的浓度为约100mM至约250mM。在一些实施方案中，钾的浓度为约125mM至约225mM。在一些实施方案中，钾的浓度为约150mM至约200mM。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.001mM至约1mM的钙。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.01mM至约0.5mM的钙。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.05mM至约0.1mM的钙。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液包含益生元稳定剂。在一些实施方案中，该益生元稳定剂选自多糖或寡糖。在一些实施方案中，该益生元稳定剂是菊粉。在一些实施方案中，该稳定剂以约0.01％v/v至约1％v/v的浓度存在于该溶液中。在一些实施方案中，该稳定剂以约0.01％v/v至约0.5％v/v的浓度存在于该溶液中。在一些实施方案中，该稳定剂以约0.05％v/v至约0.2％v/v的浓度存在于该溶液中。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.01％v/v至约1％v/v的菊粉。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.01％v/v至约0.5％v/v的菊粉。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.05％v/v至约0.2％v/v的菊粉。为清楚起见，如本文所用，术语％v/v表示占溶液总体积的百分比，其由溶液组分的体积表示。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液包含抗痤疮剂，其中该抗痤疮剂是预防、减少或消除痤疮的药剂。在一些实施方案中，该抗痤疮剂选自类视黄醇、维生素、抗氧化剂、过氧化物、酸、油、醇、提取物及其类似物。为清楚起见，如本文所用，术语“类似物”是指具有与另一种结构类似的结构的化合物，但与其差异小于总结构的约10％。在一些实施方案中，该类视黄醇选自维甲酸、他扎罗汀、阿达帕林或视黄醇。在一些实施方案中，该维生素或其类似物选自维生素A、维生素C、维生素D、维生素E和卡泊三烯。在一些实施方案中，该抗氧化剂选自维生素C和维生素E。过氧化物是过氧化苯甲酰。在一些实施方案中，该酸选自水杨酸、壬二酸、三氯乙酸和乙醇酸。在一些实施方案中，该醇选自鲸蜡醇、硬脂醇和鲸蜡硬脂醇。在一些实施方案中，该醇选自视黄醇(也称为维生素A1)和白藜芦醇。在一些实施方案中，该油选自薰衣草油、香紫苏油、杜松子油、香柠檬油、荷荷巴油(jojoba oil)、迷迭香油、椰子油、鳄梨油、薄荷油和茶树油。在一些实施方案中，该油是茶树油。在一些实施方案中，该提取物选自芦荟、大蒜、苋菜、印度楝、芫荽、柠檬、罗勒、葡萄柚、黄瓜、葡萄、甜菜、绿茶或其组合的提取物。在一些实施方案中，该提取物是绿茶提取物。
在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中将该溶液并入生物稳定性平台中。在一些实施方案中，该生物稳定性平台消除了对温度控制例如冷链储存的需要。在一些实施方案中，该生物储存平台包括溶液或甘油储备溶液的泡沫干燥或泡沫形成。在一些实施方案中，该生物稳定性平台包括糖纳米颗粒、脂质体、纳米颗粒、海藻糖、蔗糖、水苏糖、羟乙基淀粉以及甘氨酸和甘露醇的组合中的至少一种。
在一些实施方案中，方法包括储存或保存至少一种选定核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的样品。疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌细菌样品基本上由核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌细菌组成。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌细菌样品基本上由核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌细菌组成。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌细菌样品基本上由核糖核酸型RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌细菌组成。
在一些实施方案中，方法可包括培养疮疱丙酸杆菌细菌样品的初始培养物。初始培养物可以是较小份的丙酸杆菌，并且该方法可以包括增殖丙酸杆菌以获得所需量。在一些实施方案中，方法可包括在培养基中培养初始培养物。在一些实施方案中，细胞培养基包含强化梭菌培养基。在一些实施方案中，细胞培养基基本上由强化梭菌培养基组成。在一些实施方案中，细胞培养基包含Luria肉汤。在一些实施方案中，细胞培养基包含胰蛋白胨肉汤。在一些实施方案中，方法包括在培养基中拆分、稀释或传递初始培养物或其产物的至少一个步骤。在一些实施方案中，方法包括洗涤初始培养物或其产物的样品的至少一个步骤。在一些实施方案中，方法包括使初始培养物或其产物离心或制粒的至少一个步骤。在一些实施方案中，培养物以约3500rcf至约4500rcf离心。在一些实施方案中，培养物以约3800rcf至约4200rcf离心。在一些实施方案中，培养物以约4000rcf离心。在一些实施方案中，该方法包括使初始培养物或其产物涡旋的至少一个步骤。在一些实施方案中，该方法包括使初始培养物或其产物移液的至少一个步骤。本文所述的任一步骤可以进行至少一次。本文所述的任一步骤可以进行两次。本文所述的任一步骤可以进行三次。在一些实施方案中，方法包括将小袋添加至包含丙酸杆菌样品或其初始培养物的培养物中。在一些实施方案中，小袋减少了对丙酸杆菌的氧暴露。
保存的丙酸杆菌的组合物
在一些方面，本文提供了包含保存的细菌样品的组合物，其中该细菌包含丙酸杆菌。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，该组合物包含核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，该组合物包含核糖核酸型RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。在一些实施方案中，该组合物的细菌基本上由核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌细菌组成。在一些实施方案中，该组合物的细菌基本上由核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌细菌组成。在一些实施方案中，该组合物包含核糖核酸型RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含保存在至少一种冷冻保护剂中的细菌样品。在一些实施方案中，该冷冻保护剂是多元醇。多元醇的非限制性实例包括DMSO、乙二醇、甘油、丙二醇、聚乙二醇(PEG)、蔗糖、海藻糖和2-甲基-2,4-戊二醇(MPD)。在各种实施方案中，PEG可具有约10g/mol至约10,000g/mol的分子量。在各种实施方案中，PEG可具有约10g/mol至约5,000g/mol的分子量。在各种实施方案中，PEG可具有约10g/mol至约1,000g/mol的分子量。在各种实施方案中，PEG可具有约10g/mol至约500g/mol的分子量。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含聚乙二醇。在一些实施方案中，包含聚乙二醇的组合物允许有减少量的甘油，同时维持组合物中细菌的活力，其类似于不含聚乙二醇和更大量甘油的组合物中细菌的活力。在一些实施方案中，减少或最小化本文公开的组合物中甘油的量导致制剂具有对受试者更优选的质地。在一些实施方案中，减少或最小化本文公开的组合物中甘油的量导致制剂相对于具有更大量甘油的组合物产生更少的粉刺。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含保存在第一多元醇和第二多元醇的混合物中的细菌样品。在一些实施方案中，第一多元醇或第二多元醇是甘油。在一些实施方案中，第一多元醇或第二多元醇是聚乙二醇。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含保存在甘油和聚乙二醇的混合物中的细菌样品。在一些实施方案中，该混合物为约1％甘油v/v至约50％甘油v/v和约1％聚乙二醇w/v至约50％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该混合物为约5％甘油v/v至约50％甘油v/v和约5％聚乙二醇w/v至约50％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该混合物为约5％甘油v/v至约30％甘油v/v和约5％聚乙二醇w/v至约40％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该混合物为约10％甘油v/v至约35％甘油v/v和约10％聚乙二醇w/v至约35％聚乙二醇w/v。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约75％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约50％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约25％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约20％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％甘油v/v至约15％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％甘油v/v至约50％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％甘油v/v至约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％甘油v/v至约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％甘油v/v至约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％甘油v/v至约25％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％甘油v/v至约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％甘油v/v至约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％甘油v/v至约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％甘油v/v至约25％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％甘油v/v至约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％甘油v/v至约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％甘油v/v至约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％甘油v/v至约25％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v至约50％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v至约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v至约30％甘油v/v。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约75％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约50％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约40％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约35％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约30％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约25％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约20％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约1％聚乙二醇w/v至约15％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％聚乙二醇w/v至约50％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％聚乙二醇w/v至约40％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％聚乙二醇w/v至约35％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％聚乙二醇w/v至约30％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％聚乙二醇w/v至约25％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％聚乙二醇w/v至约40％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％聚乙二醇w/v至约35％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％聚乙二醇w/v至约30％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％聚乙二醇w/v至约25％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％聚乙二醇w/v至约40％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％聚乙二醇w/v至约35％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％聚乙二醇w/v至约30％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％聚乙二醇w/v至约25％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％聚乙二醇w/v至约50％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％聚乙二醇w/v至约40％聚乙二醇w/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％聚乙二醇w/v至约30％聚乙二醇w/v。
在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约5％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约10％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约15％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约20％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约25％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约30％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约35％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约40％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约45％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约50％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约55％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约60％甘油v/v。在一些实施方案中，该溶液为在溶液中的约70％甘油v/v。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液包含甘油和水。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和水组成。在一些实施方案中，方法包括将丙酸杆菌储存在溶液中，其中该溶液包含甘油和盐水溶液。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和盐水溶液组成。在一些实施方案中，该溶液包含甘油和缓冲盐水溶液。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和缓冲盐水溶液组成。在一些实施方案中，该溶液包含甘油和缓冲溶液。在一些实施方案中，该缓冲溶液包含碳酸氢钠、柠檬酸或三乙醇胺。在一些实施方案中，该溶液包含甘油和磷酸盐缓冲盐水溶液。在一些实施方案中，该溶液基本上由甘油和磷酸盐缓冲盐水溶液组成。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液的pH为约3.5至约7。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4至约6.5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4至约6。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4至约5.5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.5至约5.5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.8至约5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.2。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.4。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.6。在一些实施方案中，该溶液的pH为约4.8。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.2。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.4。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.6。在一些实施方案中，该溶液的pH为约5.8。在一些实施方案中，该溶液的pH为约6。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液包含盐或其离子。在一些实施方案中，该溶液包含选自钾、钙、镁、钠和硼的离子。在一些实施方案中，该溶液包含钾。在一些实施方案中，溶液包含钾。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.001mM至约1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.001mM至约0.1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.01mM至约0.1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.05mM至约0.1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.01mM至约1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约0.1mM至约1mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约100mM至约250mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约125mM至约225mM。在一些实施方案中，盐或其离子的浓度为约150mM至约200mM。在一些实施方案中，钾的浓度为约100mM至约250mM。在一些实施方案中，钾的浓度为约125mM至约225mM。在一些实施方案中，钾的浓度为约150mM至约200mM。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.001mM至约1mM的钙。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.01mM至约0.5mM的钙。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.05mM至约0.1mM的钙。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液包含至少一种稳定剂。在一些实施方案中，该稳定剂选自菊粉、蔗糖、海藻糖、玉米淀粉、麦芽糊精、瓜尔胶、刺槐豆胶和黄原胶。在一些实施方案中，海藻糖或蔗糖稳定细菌以获得无冷链稳定性。在一些实施方案中，该稳定剂是菊粉。在一些实施方案中，该稳定剂以约0.01％v/v至约1％v/v的浓度存在于该溶液中。在一些实施方案中，该稳定剂以约0.01％v/v至约0.5％v/v的浓度存在于该溶液中。在一些实施方案中，该稳定剂以约0.05％v/v至约0.2％v/v的浓度存在于该溶液中。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.01％v/v至约1％v/v的菊粉。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.01％v/v至约0.5％v/v的菊粉。在一些实施方案中，该溶液包含浓度为约0.05％v/v至约0.2％v/v的菊粉。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中该溶液包含抗痤疮剂，其中该抗痤疮剂是预防、减少或消除痤疮的药剂。在一些实施方案中，该抗痤疮剂选自类视黄醇、维生素、抗氧化剂、过氧化物、酸、油、醇、提取物及其类似物。在一些实施方案中，该类视黄醇选自维甲酸、他扎罗汀、阿达帕林或视黄醇。在一些实施方案中，该维生素或其类似物选自维生素D、维生素C、维生素E和卡泊三烯。在一些实施方案中，该抗氧化剂选自维生素C和维生素E。过氧化物是过氧化苯甲酰。在一些实施方案中，该酸选自水杨酸、壬二酸、三氯乙酸和乙醇酸。在一些实施方案中，该醇选自视黄醇和白藜芦醇。在一些实施方案中，该油是茶树油。在一些实施方案中，该提取物是绿茶提取物。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含溶液，其中将该溶液并入生物稳定性平台。在一些实施方案中，该生物稳定性平台消除了对温度控制例如冷链储存的需要。在一些实施方案中，该生物储存平台包括溶液或甘油储备溶液的泡沫干燥或泡沫形成。在一些实施方案中，该生物稳定性平台包括糖纳米颗粒、脂质体、纳米颗粒、海藻糖、蔗糖、水苏糖、羟乙基淀粉以及甘氨酸和甘露醇的组合中的至少一种。
在一些实施方案中，本文公开的组合物具有约-80℃至约10℃的温度。在一些实施方案中，该组合物处于约-80℃至约4℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-40℃至约10℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-25℃至约10℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-20℃至约4℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-90℃至约-70℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-30℃至约-10℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-80℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约-20℃的温度下。在一些实施方案中，该组合物处于约4℃的温度下。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含丙酸杆菌甘油储备液，其中在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约60％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约70％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约80％到至少约90％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，疮疱丙酸杆菌样品中的至少约60％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约70％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约80％是存活的。在一些实施方案中，在丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，丙酸杆菌样品中的至少约90％是存活的。环境温度被认为是可接受的室温。在一些实施方案中，环境温度为约25℃至约35℃。在一些实施方案中，环境温度为约20℃至约30℃。在一些实施方案中，环境温度为约22℃至约28℃。在一些实施方案中，环境温度为约25℃。
在一些实施方案中，本文公开的组合物包含丙酸杆菌甘油储备液，其中丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，疮疱丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约20天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约30天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约60天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约90天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约120天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，样品中的至少约70％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约180天后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约50％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约60％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约70％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约80％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约90％在储存至少约一年后是存活的。在一些实施方案中，丙酸杆菌样品中的至少约95％在储存至少约一年后是存活的。
在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约三十天到至少约九十天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约30天至至少约120天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约30天到至少约180天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约三十天至约九十天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约30天至约120天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约30天至约180天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约三十天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约六十天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约九十天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约120天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约180天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约240天的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有至少约一年的储存寿命。在一些实施方案中，本文公开的组合物具有最多约一年的储存寿命。
在一些实施方案中，本文公开的组合物能够得以解冻并随后施加至有需要的受试者。在一些实施方案中，本文公开的组合物能够得以加温并随后施加至有需要的受试者。在一些实施方案中，本文公开的组合物能够得以冷藏并随后施加至有需要的受试者。在一些实施方案中，随后施加至受试者包括将组合物直接施加至受试者的皮肤。在一些实施方案中，随后施加至受试者包括在施加至皮肤之前将组合物施加至施加组合物。该施加组合物可选自液体、凝胶、洗剂、润肤剂、糊剂、面膜以及实质上任何可施加至受试者皮肤的溶液。在一些实施方案中，该施加组合物不含任何抗痤疮剂。在一些实施方案中，该施加组合物包含抗痤疮剂。在一些实施方案中，本文公开的组合物能够从冷冻储备液直接施加至受试者的皮肤而无需解冻或加温。
表8.示例性序列(随附提交的序列表中提供的其他SEQ ID)。加粗的字符突出了I型脂肪酶与II型脂肪酶之间的差异。
通过综述本文所述的编号实施方案进一步理解本公开内容。本文考虑的各种实施方案可包括但不必限于以下的一种或多种及其组合：
1.一种药物益生菌组合物，其包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。2.如实施方案1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。3.如实施方案1或2所述的药物益生菌组合物，其中Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。4.如实施方案1-3中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。5.如实施方案1-4中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。6.如实施方案1-5中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。7.如实施方案1-6中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。8.如实施方案1-7中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。9.如实施方案1-8中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。10.如实施方案1-9中任一项所述的药物益生菌组合物，其包含疮疱丙酸杆菌HP3A11菌株、疮疱丙酸杆菌HP3B4菌株、疮疱丙酸杆菌HP4G1菌株或疮疱丙酸杆菌HP5G4菌株中的至少一种。11.如实施方案1-10中任一项所述的药物益生菌组合物，其包含至少一种另外的细菌菌株，所述另外的细菌菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。12.如实施方案1-11中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。13.如实施方案1-12中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。14.一种治疗皮肤病症或病况的方法，其包括施加治疗有效量的药物益生菌组合物，所述药物益生菌组合物包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。15.如实施方案14所述的方法，其中所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻。16.如实施方案14或15所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因。17.如实施方案14-16中任一项所述的方法，其中CRISPR基因座或其部分不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。18.如实施方案14-17中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。19.如实施方案14-18中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。20.如实施方案14-19中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。21.如实施方案14-20中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。22.如实施方案14-21中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的混合物。23.如实施方案14-22中任一项所述的方法，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。24.如实施方案14-23中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株中的至少一种。25.如实施方案14-24中任一项所述的方法，其中所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，所述另外的细菌菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。26.一种药物益生菌组合物，其包含：(a)第一治疗有效量的第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；(b)第二治疗有效量的第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；以及(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。27.如实施方案26所述的药物益生菌组合物，其中所述第一或所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含：(i)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因，(ii)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物的基因和少于约10％的pIMPLE质粒，或(iii)至少一种编码II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。28.如实施方案26或27所述的药物益生菌组合物，其中所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含：(i)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因，(ii)至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物的基因和少于约10％的pIMPLE质粒，或(iii)至少一种编码II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。29.如实施方案26-28中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一或所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物、II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。30.如实施方案26-29中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物、II型脂肪酶的基因和少于约10％的pIMPLE质粒。31.如实施方案26-30中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物是不同的菌株。32.如实施方案26-31中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一或所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。33.如实施方案26-32中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1核糖核酸型，并且所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT2核糖核酸型。34.如实施方案26-33中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一和所述第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物都不包含RT6核糖核酸型。35.如实施方案26-34中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约-30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。36.如实施方案26-35中任一项所述的药物益生菌组合物，其用于治疗皮肤病症或病况。37.如实施方案26-36中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。38.如实施方案26-37中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一或第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。39.如实施方案26-38中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一或第二健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。40.一种产生疮疱丙酸杆菌细菌的所需制剂的方法，所述方法包括：(a)将所述疮疱丙酸杆菌细菌的样品添加至甘油溶液中以产生疮疱丙酸杆菌甘油储备液，以及(b)在约4℃或更低的温度下储存所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液，其中当所述甘油溶液中的所述疮疱丙酸杆菌细菌达到环境温度时，超过约50％的所述疮疱丙酸杆菌细菌是存活的。41.如实施方案40所述的方法，其中所述甘油溶液为约25％至约75％甘油。42.如实施方案40或41所述的方法，其中所述甘油溶液为约50％甘油。43.如实施方案40-42中任一项所述的方法，其中所述温度为约4℃至约-80℃。44.如实施方案40-43中任一项所述的方法，其中所述温度为约-20℃。45.如实施方案40-44中任一项所述的方法，其中在所述丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，所述样品中的至少约70％到至少约90％是存活的。46.如实施方案40-45中任一项所述的方法，其中在所述丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度后，所述样品中的至少约90％是存活的。47.如实施方案45或46所述的方法，其中所述环境温度为约20℃至约30℃。48.如实施方案45或46所述的方法，其中所述环境温度为约25℃。49.如实施方案45-48中任一项所述的方法，其中在储存约90天之前使所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液达到环境温度。50.如实施方案40-49中任一项所述的方法，其中所述样品中的超过50％在储存约20天后是存活的。51.如实施方案40-49中任一项所述的方法，其中所述样品中的超过约50％在储存约90天后是存活的。52.如实施方案40-49中任一项所述的方法，其中所述样品中的超过约50％至少到储存约90天时是存活的。53.如实施方案40-52中任一项所述的方法，其中疮疱丙酸杆菌细菌包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株中的至少一种。54.一种产生保存的疮疱丙酸杆菌样品的所需制剂的方法，其中所述保存的疮疱丙酸杆菌样品中的至多约90％在储存六十天后是存活的，所述方法包括：(a)将疮疱丙酸杆菌细菌样品添加至在磷酸盐缓冲盐水溶液中的约1％至约50％甘油溶液中以产生疮疱丙酸杆菌甘油储备液；以及(b)在一定温度下储存所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液，其中所述温度为约-20℃至约30℃，从而形成所述所需制剂，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品中的至多约90％在储存六十天后是存活的。55.一种产生保存的疮疱丙酸杆菌样品的所需制剂的方法，其中所述保存的疮疱丙酸杆菌样品中的至多约90％在储存九十天后是存活的，所述方法包括：(a)将疮疱丙酸杆菌细菌样品添加至约50％甘油溶液中以产生疮疱丙酸杆菌甘油储备液；以及(b)在-20℃下冷冻所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液，从而形成所述所需制剂，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品中的至多约90％在所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液解冻后是存活的。56.如实施方案55所述的方法，其包括在室温下解冻所述疮疱丙酸杆菌甘油储备液。57.如实施方案55或56所述的方法，其中所述溶液为约1-50％甘油v/v。58.如实施方案55-57中任一项所述的方法，其中所述溶液为约5-25％甘油v/v。59.如实施方案55-58中任一项所述的方法，其中所述溶液是缓冲溶液。60.如实施方案59所述的方法，其中所述缓冲溶液选自磷酸盐缓冲盐水溶液和乙酸盐缓冲溶液。61.如实施方案55-60中任一项所述的方法，其中所述溶液包含钾。62.如实施方案61所述的方法，其中所述溶液包含浓度为约150mM至约200mM的钾。63.如实施方案55-62中任一项所述的方法，其中所述溶液包含钙。64.如实施方案63所述的方法，其中所述溶液包含浓度为约0.05mM至约0.1mM的钙。65.如实施方案55-64中任一项所述的方法，其中所述溶液包含益生元稳定剂。66.如实施方案65所述的方法，其中所述益生元稳定剂是菊粉。67.如实施方案66所述的方法，其中菊粉以约0.05％v/v至约0.2％v/v的浓度存在于所述溶液中。68.如实施方案55-67中任一项所述的方法，其中所述溶液包含抗痤疮剂。69.如实施方案68所述的方法，其中所述抗痤疮剂包括类视黄醇、维生素、抗氧化剂、过氧化物、酸、油、醇、提取物、其类似物或其组合物。70.如实施方案69所述的方法，其中所述类视黄醇包括维甲酸、他扎罗汀、阿达帕林、视黄醇或其组合物。71如实施方案69所述的方法，其中所述维生素或其类似物包括维生素D、维生素C、维生素E或卡泊三烯。72.如实施方案69所述的方法，其中所述抗氧化剂包括维生素C或维生素E。73.如实施方案69所述的方法，其中所述过氧化物是过氧化苯甲酰。74.如实施方案69所述的方法，其中所述酸包括水杨酸、壬二酸、三氯乙酸或乙醇酸。75.如实施方案69所述的方法，其中所述醇包括视黄醇或白藜芦醇。76.如实施方案69所述的方法，其中所述油是茶树油。77.如实施方案69所述的方法，其中所述提取物是绿茶提取物。78.如实施方案54-77中任一项所述的方法，其中将所述溶液并入生物稳定性平台中以消除冷链储存。79.如实施方案78所述的方法，其中所述生物储存平台包括溶液或甘油储备溶液的泡沫干燥或泡沫形成。80.如实施方案78所述的方法，其中所述溶液包含糖纳米颗粒、脂质体、纳米颗粒、海藻糖、蔗糖、水苏糖、羟乙基淀粉或甘氨酸和甘露醇的组合中的至少一种。81.如实施方案54-80中任一项所述的方法，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT1的疮疱丙酸杆菌细菌。82.如实施方案54-80中任一项所述的方法，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。83.如实施方案54-80中任一项所述的方法，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含核糖核酸型RT1和RT2的疮疱丙酸杆菌细菌。84.如实施方案54-83中任一项所述的方法，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌的特征在于以下至少一种：包含deoR蛋白；包含II型脂肪酶；包含少于10％的pIMPLE质粒；不包含Cas5蛋白；包含ATP结合盒转运蛋白；不包含DNA结合反应调节物；以及不包含磷酸甘油酸激酶。85.如实施方案54-83中任一项所述的方法，其中所述疮疱丙酸杆菌细菌样品包含含有HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株的疮疱丙酸杆菌细菌。86.一种药物组合物，其包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因，以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。87.如实施方案86所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。88.如实施方案86或87所述的药物益生菌组合物，其中Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。89.如实施方案86-88中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。90.如实施方案86-89中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。91.如实施方案86-90中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。92.如实施方案86-91中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。93.如实施方案86-92中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。94.如实施方案86-93中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。95.如实施方案86-94中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-20℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。96.如实施方案86-95中任一项所述的药物组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。97.如实施方案86-96中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。98.如实施方案86-97中任一项所述的药物益生菌组合物，其包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。99.一种治疗皮肤病症或病况的方法，其包括施加治疗有效量的药物益生菌组合物，所述药物益生菌组合物包含：(a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因，以及(b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。100.如实施方案99所述的方法，其中所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻，或其组合。101.如实施方案99或100所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因。102.如实施方案99至101中任一项所述的方法，其中Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。103.如实施方案99至102中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。104.如实施方案99至103中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。105.如实施方案99至104中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。106.如实施方案99至105中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。107.如实施方案99至106中任一项所述的方法，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-20℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。108.如实施方案99至107中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的混合物。109.如实施方案99至108中任一项所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。110.如实施方案99至109中任一项所述的方法，其中所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。111.一种药物益生菌组合物，其包含：(a)第一治疗有效量的第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因；(b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物；以及(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。112.如实施方案111所述的药物益生菌组合物，其中所述第二健康相关微生物是包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或贪婪丙酸杆菌的细菌菌株。113.如实施方案111或112所述的药物益生菌组合物，其中所述第二健康相关微生物的特征在于以下至少一种：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。114.如实施方案111-113中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第二健康相关微生物是核糖核酸型RT1或RT2的疮疱丙酸杆菌细菌菌株。115.如实施方案111-114中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物或所述第二健康相关微生物包含分离的或纯化的细菌菌株。116.一种药物组合物，其包含：(a)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(b)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶或其组合。117.一种药物组合物，其包含：(a)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(b)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。118.一种药物组合物，其包含：(a)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂；以及(b)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物：不表达DNA结合反应调节物、磷酸甘油酸激酶或其组合；并且表达ATP结合盒转运蛋白。119.如实施方案86、116和118中任一项所述的药物组合物，其中所述DNA结合反应调节物由SEQ ID NO：7的序列编码。120.如实施方案86、116和118中任一项所述的药物组合物，其中所述DNA结合反应调节物由与SEQ ID NO：7的序列至少50％同源的序列编码。121.如实施方案86、116和118中任一项所述的药物组合物，其中所述磷酸甘油酸激酶由SEQ ID NO：9的序列编码。122.如实施方案86、116和118中任一项所述的药物组合物，其中所述磷酸甘油酸激酶由与SEQ ID NO：9的序列至少50％同源的序列编码。123.如实施方案116或117所述的药物组合物，其中所述ATP结合盒转运蛋白由SEQ ID NO：6的序列编码。124.如实施方案86、117和118中任一项所述的药物组合物，其中所述ATP结合盒转运蛋白由与SEQ ID NO：6的序列至少50％同源的序列编码。125.如实施方案86和116-124中任一项所述的药物组合物，其包含至少两种细菌菌株。126.如实施方案86和116-125中任一项所述的药物组合物，其包含具有RT1、RT2、RT3、RT4或RT5核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。127.如实施方案86和116-126中任一项所述的药物组合物，其包含具有RT1或RT2核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌菌株。128.如实施方案86和116-127中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。129.如实施方案86和116-128中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物被配制用于局部施用。130.如实施方案86和116-129中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物为凝胶、软膏、洗剂、乳液、糊剂、乳膏、泡沫、摩丝、液体、喷雾剂、悬浮液、分散体和气雾剂的形式。131.如实施方案86和116-130中任一项所述的药物组合物，其包含脂质体和纳米颗粒。132.如实施方案86和116-131中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。133.如实施方案86和116-132中任一项所述的药物益生菌组合物，其中Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。134.如实施方案86和116-133中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。135.如实施方案86和116-133中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约0.3％的pIMPLE质粒。136.如实施方案86和116-135中任一项所述的药物组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。137.如实施方案86和116-136中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-10℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。138.如实施方案86和116-137中任一项所述的药物益生菌组合物，其包含另外的细菌菌株。139.如实施方案86和116-137中任一项所述的药物益生菌组合物，其包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。140.如实施方案86和116-137中任一项所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物被选择、转化或工程化为：包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。141.一种治疗皮肤病症或病况的方法，其包括施加治疗有效量的实施方案86和116-140中任一项的药物组合物。142.如实施方案141所述的方法，其中所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻，或其组合。143.一种药物组合物，其包含：(a)第一治疗有效量的第一健康相关的丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物产生少于约一微摩尔的卟啉；(b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物；以及(c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。144.如实施方案143所述的药物组合物，其中所述第二健康相关微生物包含丙酸杆菌菌株。145.如实施方案143或144所述的药物组合物，其中所述第二健康相关微生物产生少于约一微摩尔的卟啉。146.如实施方案143-145中任一项所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约一微摩尔的卟啉。147.如实施方案143-146中任一项所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种产生少于约200nM的卟啉。148.如实施方案143-146中任一项所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种产生少于约100nM的卟啉。149.如实施方案143-148中任一项所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约100nM的卟啉。150.如实施方案143-149中任一项所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种原位产生少于约一微摩尔的卟啉。151.如实施方案143-150中任一项所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物中的至少一种在体外产生少于约一微摩尔的卟啉。152.如实施方案143-151中任一项所述的药物组合物，其中至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、贪婪丙酸杆菌或疮疱丙酸杆菌defendens亚种的菌株。153.如实施方案143-152中任一项所述的药物组合物，其中至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含疮疱丙酸杆菌菌株。154.如实施方案143-153中任一项所述的药物组合物，其中至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物包含核糖核酸型RT1或RT2的疮疱丙酸杆菌。155.如实施方案143-154中任一项所述的药物组合物，其中至少所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物：(a)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；(b)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；或(c)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。
实施例
以下实施例是为了说明本公开内容的各种实施方案的目的而给出的，并不意味着以任何方式限制本公开内容。本发明实施例以及目前代表优选实施方案的本文所述的方法，均为示例性的，并非旨在限制本公开内容的范围。本领域技术人员将会想到包含在由权利要求范围限定的本公开内容精神内的其变化以及其他用途。
实施例1：健康相关菌株的鉴定
可以使用来自健康个体和受疾病困扰的个体的样品、培养来自每个样品的微生物并进行比较基因组分析来确定可能使特定微生物易于成为健康相关微生物的特征。在本实施例中，从患有寻常痤疮的个体采集样品，以便确定健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株。
从同意的成年受试者采集微粉刺或拭子样品。在平板上通过有限稀释分离克隆样品，然后在200μL的液体培养基中生长。从96个单独的培养物中分离微生物DNA。使用QIAgen的DNeasy Blood&Tissue试剂盒，按照制造商的说明分离DNA。按照制造商的说明，使用QIAgen的DNeasy Blood&Tissue试剂盒。按照制造商的说明，使用试剂盒v3在IlluminaMiSeq上进行配对末端DNA测序(2x 300bp)，从而对96个样品中的每一个产生200,000至600,000个读取。在Illumina的Basespace Sequence Hub中进行初始分析，来自每个样品的所有读取均使用BWA Aligner与以下进行比对：
a.deoR；
b.疮疱丙酸杆菌ATCC 11828(登录号CP003084)；或
c.pIMPLE和其他参考基因组使用Broad Institute的Integrative Genomics Viewer对比对进行探询，并使用Biomatter的Geneious 9.1版进行确认。分析所有96个克隆是否存在deoR序列、I型脂肪酶或II型脂肪酶序列以及是否存在pIMPLE质粒。在来自健康志愿者的疮疱丙酸杆菌序列与deoR基因之间进行序列比对。分析显示，所有健康克隆的大约一半对deoR呈阳性(超过0.4％的读取定位到deoR基因座)。还在健康志愿者的疮疱丙酸杆菌之间进行序列比对，脂肪酶基因座疮疱丙酸杆菌对I型脂肪酶和对II型脂肪酶均呈阳性。关于针对pIMPLE-HL096PA1(GenBank：CP003294.1)进行的来自健康志愿者的读取的pIMPLE质粒序列比对显示出来自健康志愿者的疮疱丙酸杆菌不含pIMPLE质粒。来自健康志愿者的读取将疮疱丙酸杆菌定位到核糖核酸型RT1。图2通过显示与RT2相比更多的RT1菌株呈deoR阳性和II型脂肪酶阳性证实了这一点。表2中总结了一些结果。
实施例2：用透明质酸酶基因对健康相关菌株的鉴定
进一步检测RT1或RT2阳性的健康相关的疮疱丙酸杆菌克隆是否存在编码透明质酸酶的基因。出乎意料的是，大多数呈II型脂肪酶阳性的健康相关菌株也具有透明质酸酶基因。参见表3。
实施例3：疮疱丙酸杆菌活力测定
如表4所示，在两个月的储存期间每周评估疮疱丙酸杆菌的活力。在每个时间点检测至少三个样品。
表4.评估疮疱丙酸杆菌的储存条件
溶液 温度
25％甘油水溶液 4℃
50％甘油水溶液 4℃
25％甘油在75％PBS中的溶液 4℃
25％甘油水溶液 -20℃
50％甘油水溶液 -20℃
25％甘油水溶液 -80℃
如下制备样品：
1.核糖核酸型RT1(HP3A11)和RT2(HP5G4)的疮疱丙酸杆菌在0.066OD600时开始，并在强化梭菌培养基(RCM)中在指数期生长至约1.0OD600。
2.一天后，培养物显示出稠密的浊度，并且用RCM将培养物1:2分开以产生每种核糖核酸型4个液体培养物(LC)样品：4个RT2LC和4个RT1LC。
3.两天后，分离所得到的沉淀物和培养基。将LC的培养基分成两管(约3ml)，并用9ml新鲜培养基填充管并进行涡旋。将沉淀物保留在原始试管中，并通过移取8ml新鲜RCM进行重悬浮。将所有LC(8个沉淀物LC(4个RT1和4个RT2)和16个培养基衍生的LC)放置于具有两个小袋的罐中，罐中充满了大量氧气。
4.当LC变得非常混浊并形成大的沉淀物时，将LC涡旋、分开并加入新鲜培养基。
5.在实验前一天，将培养物涡旋、分开、以4,300g离心5分钟，并更换培养基。
6.在开始储存的当天：将LC分入无菌的50ml锥形管(例如，50ml等份的RT1或RT2)，从而避免细胞沉淀。轻轻涡旋锥形管并测量OD600。任选地，如果OD600大于1.0，则可以稀释LC。
7.将LC分成等份并以4,000rcf离心5min。弃去培养基，并用5ml 25％v/v甘油/水洗涤沉淀物以洗涤细胞。将细胞再次离心，并弃去洗涤溶液。
8.将细胞添加至8.75ml 25％甘油水溶液、6ml 50％甘油水溶液或3.25ml 25％甘油在PBS中的溶液中，以产生活细菌溶液。
9.将250微升的活细菌溶液添加至1.5ml Eppendorf管中并置于4℃、-20℃或-80℃。
如下评估细胞活力：
1.在每个时间点，从每种处理中选择Eppendorf管，并使其达到室温。将管倒置六次。
2.将20微升的解冻储备液用RCM在96孔板中连续稀释。
3.以各种稀释度将解冻储备液也点样在布鲁氏菌平板上。
4.用数码相机对平板进行成像，并用95％置信区间对细胞进行计数。
图3示出了各种核糖核酸型1和核糖核酸型2的疮疱丙酸杆菌制剂在保存30天、60天和90天后的活力。模拟直接施加至皮肤的样品的热休克表明，如果用于痤疮治疗，则这些样品将保持所报告的活力。
实施例4.疮疱丙酸杆菌RT6的鉴定
为了分离和纯化健康相关的疮疱丙酸杆菌菌株(例如，与痤疮相关的菌株)，鉴定样品中不希望的疮疱丙酸杆菌菌株(例如，在患有痤疮的受试者的皮肤上发现的菌株)可能是有用的。例如，在一些情况下，核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌是不希望的。为了这个目的，可以鉴定对感兴趣的菌株具有特异性的基因。以下实施例说明了如何进行此鉴定。
确认了区分核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌与健康菌株的基因的身份。在核糖核酸型RT6的疮疱丙酸杆菌中鉴定出编码DNA结合反应调节物和磷酸甘油酸激酶的基因，但在核糖核酸型RT1、RT2、RT3、RT4和RT5的疮疱丙酸杆菌中没有鉴定出该基因。此外，编码ABC转运蛋白的基因不存在于RT6中，但存在于RT1、RT2、RT3、RT4和RT5中。这些基因的序列提供为SEQ ID NO：6(ABC转运蛋白)、7(DNA结合反应调节物)和9(磷酸甘油酸激酶)。
通过使用BLAST、Megablast(美国国家医学图书馆的注册商标)对全基因组或完整基因组的所有支架针对这三种基因序列中的每一种进行序列比对，来确认这些基因的存在或不存在；结果显示在表5中。“Y”是整个序列的完美匹配或>60bp的连续完美序列对齐。“N”意味着有<60bp的完美对齐。“N”的最佳匹配为26bp。
表5.示例性疮疱丙酸杆菌菌株的表征
实施例5.全面细菌测定以表征皮肤微生物群系
在以下实施例中证明了皮肤微生物群系的鲁棒的(robust)全面取样。这可以在使用或不使用防腐剂的情况下进行。该方法与qPCR分析兼容并且不需要DNA纯化。使用TaqManqPCR测定对从面部采集的大多数细菌进行定量。用两种不同的细菌门(所有的丙酸杆菌和葡萄球菌)确认了性能。该方法仅需要评估单个基因座即可识别通常在面部发现的大多数细菌(疮疱丙酸杆菌菌株和葡萄球菌)，而本领域的当前方法使用多个引物对来实现类似的覆盖。受试者面部皮肤上的大多数细菌描述于以下表6中。
表6.人面部皮肤上的细菌
来自常见于人类面部的细菌的23S序列的一部分与已知序列进行比对，参见图4和SEQ ID NO：33至43。尽管在该基因座处有两个单核苷酸多态性(用粗体和带下划线的字母表示)，但小心放置引物(灰色和黑色)和TaqMan报告基因(白色)使得能够对来自放线菌门和厚壁菌门的广泛多样的细菌进行定量。
用疮疱丙酸杆菌生成用于所有试验的标准曲线。使用表皮葡萄球菌或致病性疮疱丙酸杆菌的稀释系列计算健康相关的疮疱丙酸杆菌的百分比，所述稀释系列用来对采集的样品中健康相关的疮疱丙酸杆菌的百分比进行定量。通过测量整个细菌样品(PANBAC)中的deoR+或Cas5+细菌来确定这些百分比，参见，例如，图5。
实施例6.pIMPLE质粒的百分比的确定
从生物样品中确定pIMPLE质粒的百分比。
采集生物样品并在200μL液体培养基中生长。使用QIAgen的DNeasy Blood&Tissue试剂盒，按照制造商的说明分离DNA。按照制造商的说明，使用试剂盒v3在Illumina MiSeq上进行配对末端DNA测序(2x 300bp)，从而每个样品产生200,000至600,000个读取。在Illumina的Basespace Sequence Hub中进行初始分析，来自每个样品的所有读取均使用BWA Aligner与pIMPLE进行比对。使用Broad Institute的Integrative Genomics Viewer对比对进行探询，并使用Biomatter的Geneious 9.1版进行确认。
通过与来自HL096PA1的pFMPLE质粒进行比对的总测序读取的百分比来确定pFMPLE的百分比。pFMPLE的百分比也计算为覆盖率*拷贝数。使用这些方法，如表7所示确定不同核糖核酸型中pIMPLE的百分比。
表7.不同疮疱丙酸杆菌菌株中pIMPLE质粒的存在
实施例7.疮疱丙酸杆菌的基因修饰
为了改善健康的疮疱丙酸杆菌克隆，敲除了卟啉合成途径中基因的表达。这是通过在疮疱丙酸杆菌基因组中的基因HemY(原卟啉原氧化酶，EC：1.3.3.4 1.3.3.15)的开放阅读框中部插入终止密码子来实现的。简言之，将RNA引导的DNA核酸内切酶Cas9(CRISPR相关蛋白9)靶向至具有特异性CRISPR RNA(crRNA)和在HemY基因中的所需位置处切割双链断裂的反式激活RNA(tracrRNA)的HemY。用同源性引导的修复盒(HDR)将特异性序列插入该切割位点。
使用电穿孔将Cas9、crRNA、tracrRNA和HDR供体模板引入疮疱丙酸杆菌中以转化细胞。在经历电穿孔之前，细胞必须是电感受态的。通过使疮疱丙酸杆菌生长至稳定期并在蔗糖、氯化镁和磷酸二氢钠的缓冲液中洗涤它们来制备电感受态疮疱丙酸杆菌。
使用IDT的双链体形成缓冲液使tracrRNA和crRNA形成双链体。然后将tracrRNA：crRNA双链体在Cas9和磷酸盐缓冲盐水的溶液中温育，从而形成核糖核蛋白(RNP)复合物。将RNP、HDR和电感受态疮疱丙酸杆菌合并，在冰上温育(转化培养)，并转移至预冷的BioRAD电穿孔池中。使用BioRAD Micropulser对转化培养物进行电穿孔。立即将丰富梭菌培养基添加至该转化培养物中并转移至单独的容器中，以室温温育24小时。用qPCR评价该转化培养物(参见图6)，并涂布在多个布鲁氏菌平板上，以供在37℃下进行最后72小时厌氧温育。
图6比较了用921bp(921)或123bp HDR转化的细胞的qPCR结果。用识别插入序列(插入)或未转化或野生型(wt)基因组序列的引物评价每个样品。注意，使用较长的921bpHDR转化了更大百分比的细胞。‘921’样品具有更多细胞，从而导致插入和wt线均向左移动。
实施例8.将细菌组合物包装为用于局部施用的拭子
创建包装系统以将治疗有效剂量的本文公开的药物益生菌组合物储存和递送至人面部。这些装置需要在厌氧条件下安全地储存和递送大约4毫升的在药学上可接受的赋形剂中的疮疱丙酸杆菌。此外，这些系统适合在低至-80℃的温度下储存。该包装系统防止益生菌(被环境)和环境(被益生菌)污染，使得对任何空气的暴露减至最小，并且使得易于应用。
在图8中示出了上述包装的实例。简言之，将大约2英寸直径的圆形棉垫放置于层压的聚丙烯袋中。将3至5毫升的疮疱丙酸杆菌溶液(每毫升约109个微生物)无菌地施加至棉垫。抽空几乎所有空气，并将袋子在室真空密封器(Vacmaster VP215)中热密封。这些包装易于打开并移除棉垫以施加益生菌或测定回收率和活力。通过在15毫升锥形管中对棉垫进行离心来实现接近定量的无菌回收率。为了确认棉垫、聚丙烯袋和高真空不损害疮疱丙酸杆菌的活力或保留疮疱丙酸杆菌，从四种不同条件采集样品，并通过平板接种和菌落计数来确定CFU/毫升。图9比较了在Eppendorf管(对照)中，或在置于家用无霜冷冻箱、实验室冷冻箱中或密封前仅具有轻度真空的置于实验室冷冻箱中的我们的包装中，在-20℃下储存一周的疮疱丙酸杆菌样品的回收率。从所有条件回收了大量的活丙酸杆菌。
垫和袋的替代类型可用于这类包装。例如，如果使用聚酯垫，则热密封可以将垫粘附到袋的一侧，从而提供护罩和手柄，以使得能够施加液体治疗剂而不会弄脏及暴露于手。类似地，如果使用剥开式(peel-open)袋，则剪刀对于干净简单的施加不是必要的。
虽然本文中已经示出并描述了本发明的优选实施方案，但是对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下现将会想到多种变化、改变和替代。应当理解，本文中描述的本发明实施方案的各种替代方案可用于实施本发明。

Claims (30)

1.一种药物组合物，其包含：
a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：
i)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；
ii)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或
iii)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因，以及
b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
2.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶。
3.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。
4.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物表达ATP结合盒转运蛋白。
5.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不表达DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶。
6.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。
7.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。
8.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含少于约1％的pIMPLE质粒。
9.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-20℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。
10.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的疮疱丙酸杆菌的混合物。
11.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。
12.如权利要求1所述的药物益生菌组合物，其包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。
13.一种治疗皮肤病症或病况的方法，其包括施加治疗有效量的药物益生菌组合物，所述药物益生菌组合物包含：
a)治疗有效量的健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：
i)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；
ii)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或
iii)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因，以及
b)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
14.如权利要求13所述的方法，其中所述皮肤病症或病况包括痤疮、湿疹、脂溢性皮炎、银屑病或酒渣鼻，或其组合。
15.如权利要求13所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物已被工程化或选择为包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶的基因。
16.如权利要求13所述的方法，其中Cas5蛋白不存在于所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物中。
17.如权利要求13所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含RT1或RT2核糖核酸型。
18.如权利要求13所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物不包含RT6核糖核酸型。
19.如权利要求13所述的方法，其中所述药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂在约-20℃至约30℃的温度下增加所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的活力。
20.如权利要求13所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含两种或更多种不同核糖核酸型的混合物。
21.如权利要求13所述的方法，其中所述健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物包含HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株或HP5G4菌株。
22.如权利要求13所述的方法，其中所述药物益生菌组合物包含另外的细菌菌株，其中所述另外的菌株包括贪婪丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或颗粒丙酸杆菌。
23.一种药物益生菌组合物，其包含：
a)第一治疗有效量的第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物的特征在于以下至少一种：
i)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；
ii)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或
iii)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因；
b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物；以及
c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
24.如权利要求23所述的药物益生菌组合物，其中所述第二健康相关微生物是包含疮疱丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、疮疱丙酸杆菌defendens亚种或贪婪丙酸杆菌的细菌菌株。
25.如权利要求23所述的药物益生菌组合物，其中所述第二健康相关微生物的特征在于以下至少一种：
a)包含至少一种编码脱氧核糖操纵子阻抑物和II型脂肪酶中的至少一种的基因和少于约10％的pIMPLE质粒；
b)包含至少一种编码ATP结合盒转运蛋白的基因；或
c)缺乏至少一种编码DNA结合反应调节物或磷酸甘油酸激酶的基因。
26.如权利要求23所述的药物益生菌组合物，其中所述第二健康相关微生物是核糖核酸型RT1或RT2的疮疱丙酸杆菌细菌菌株。
27.如权利要求23所述的药物益生菌组合物，其中所述第一健康相关的疮疱丙酸杆菌微生物或所述第二健康相关微生物包含分离的或纯化的细菌菌株。
28.一种药物组合物，其包含：
a)第一治疗有效量的第一健康相关的丙酸杆菌微生物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物产生少于约1微摩尔的卟啉；
b)第二治疗有效量的第二健康相关微生物；以及
c)药学上可接受的赋形剂或生物稳定剂。
29.如权利要求28所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约一微摩尔的卟啉。
30.如权利要求28所述的药物组合物，其中所述第一健康相关的丙酸杆菌微生物和所述第二健康相关的丙酸杆菌微生物共同产生少于约100nM的卟啉。
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