CN109562048A - 用于促进皮肤健康的组合物和方法 - Google Patents

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康德智
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Abstract

本发明的各种方面涉及用于预防和治疗皮肤病状诸如痤疮的组合物和方法，其中所述预防或治疗受试者的皮肤病状的方法包括向所述受试者的皮肤施用包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型菌株的组合物。本文还提供确定受试者是否处于皮肤病状的风险的方法。

Description

用于促进皮肤健康的组合物和方法
相关申请
本申请要求2016年2月5日提交的美国临时专利申请序列号62/291,665的优先权权益，所述临时专利申请特此以引用的方式全文并入本文。
政府支持
本发明在政府支持下进行，由美国国立卫生研究院授予的资助号R01GM099530支持。政府享有本发明的某些权利。
背景技术
痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acne)是存在于人类皮肤上的主要共生细菌。它在维持皮肤健康方面起到重要作用，但是也涉及许多疾病和感染的发病机理，包括结节病、SAPHO综合征、牙髓病变、眼部感染、假体关节感染、前列腺癌和寻常痤疮(通常称为痤疮)。痤疮是最常见的皮肤病，影响全世界多于80％的青少年和年轻人。尽管所述疾病具有临床重要性，但是痤疮的病因尚不清楚。痤疮丙酸杆菌(P.acne)在痤疮患者和健康个体两者的皮肤中均占主导，因此它在痤疮发病机理中的作用尚未被充分了解。
发明内容
在一些方面中，本发明涉及一种预防或治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括向所述受试者的皮肤施用包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型菌株的组合物。在一些实施方案中，组合物被配制成用于口服递送以用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康，所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型菌株。在一些实施方案中，组合物包含多于一种菌株。痤疮丙酸杆菌菌株可选自HL042PA3、HL050PA2、HL025PA1、HL001PA1、HL103PA1、HL106PA1、HL110PA3、HL025PA2、HL046PA1、HL110PA2、HL053PA2、HL059PA1、HL201PA1、17A和20C。病状可以是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
在一些方面中，本发明涉及用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的局部用组合物，其包含痤疮丙酸杆菌的RT2菌株。菌株可以是例如HL001PA1。基于Belfast MLST8分类方案，HL001PA1是克隆复合体72(CC72)菌株；并且基于Aarhus MLST9分类方案，HL001PA1是克隆复合体60(CC60)菌株。
在一些方面中，本发明涉及一种用于确定受试者发展维生素B12诱导的痤疮的风险的方法，其包括测量获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌的卟啉产生。
在一些方面中，本发明涉及一种用于确定受试者发展维生素B12诱导的痤疮的风险的方法，其包括鉴定获自所述受试者的一种或多种痤疮丙酸杆菌菌株，以及如果所述一种或多种痤疮丙酸杆菌菌株对维生素B12敏感，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。在一些方面中，本发明涉及一种用于确定受试者发展维生素B12诱导的痤疮的风险的方法，其包括鉴定获自所述受试者的一种或多种痤疮丙酸杆菌菌株，以及如果所述一种或多种痤疮丙酸杆菌菌株产生升高水平的卟啉，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
在一些方面中，本发明涉及一种局部用组合物，其包含编码deoR的核酸。在其他方面中，本发明涉及一种被配制成用于口服递送的组合物，其包含编码deoR的核酸。
在一些方面中，本发明涉及一种用于治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括：测量获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌的卟啉产生；以及如果卟啉产生高于阈值，那么用光动力疗法治疗所述受试者。在一些实施方案中，本发明涉及一种用于治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括：确定获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌菌株的身份；以及如果所述痤疮丙酸杆菌菌株产生升高的卟啉水平，那么用光动力疗法治疗所述受试者。
在一些方面中，本发明涉及用于治疗受试者的皮肤病状的组合物和方法，所述方法包括向所述受试者施用包含痤疮丙酸杆菌的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌包含编码deoR的核酸。组合物可被配制成用于局部递送。组合物可被配制成用于口服递送。
在一些方面中，本文提供通过向受试者施用包含一种或多种痤疮丙酸杆菌菌株的组合物来减少所述受试者的皮肤上卟啉的量的方法。受试者可患有痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
在一些方面中，本文提供被配制成用于口服递送以用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的组合物，其包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型菌株。在其他方面中，本文提供用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的组合物(例如，口服或局部用组合物)，其包含痤疮丙酸杆菌菌株，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株包含编码deoR的核酸。痤疮丙酸杆菌菌株可选自HL042PA3、HL050PA2、HL025PA1、HL001PA1、HL103PA1、HL106PA1、HL110PA3、HL025PA2、HL046PA1、HL110PA2、HL053PA2、HL059PA1、HL201PA1、17A或20C。
附图说明
图1.痤疮相关联的IA-2型痤疮丙酸杆菌菌株产生比健康相关联的II型菌株显著更多的卟啉。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。显示获自至少三次独立实验的数据的平均值，每次实验重复至少三次。误差条代表标准误差。
图2.维生素B12补充显著增加痤疮相关联的IA-2型菌株中的卟啉产生，但不增加健康相关联的II型菌株中的卟啉产生。痤疮丙酸杆菌菌株培养于添加(黑色条)或没有添加(白色条)10μg/mL维生素B12的培养基中。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。显示获自至少三次独立实验的数据的平均值，每次实验重复至少三次。误差条代表标准误差。
图3.维生素B12补充阻遏维生素B12生物合成基因cbiL的表达。通过qRT-PCR量化在添加或没有添加10μg/mL维生素B12的情况下培养的痤疮丙酸杆菌菌株的cbiL的表达水平。显示IA-2型和II型菌株以及编码deoR的RT1菌株HL025PA1。每个条形代表与没有补充的培养物相比具有维生素B12补充的培养物中cbiL的基因表达的倍数变化。显示获自三次独立实验的数据的平均值，每次实验重复三次。误差条代表标准偏差。
图4.5-ALA增加卟啉产生，其在痤疮相关联的IA-2菌株中通过维生素B12补充被进一步增强。痤疮丙酸杆菌菌株培养于具有(灰色条)或不具有(白色条)底物5-ALA(0.1mg/mL)，或添加5-ALA和维生素B12(10μg/mL)两者的培养基中。5-ALA显著增加痤疮相关联的IA-2型菌株(P＜0.0001)和健康相关联的II型菌株(P＜0.06，除了HL001PA1)中的卟啉产生。在存在5-ALA的情况下，维生素B12补充进一步增加痤疮相关联的IA-2型菌株中的卟啉产生，但不增加健康相关联的II型菌株中的卟啉产生。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。显示获自至少三次独立实验的数据的平均值，每次实验重复至少三次。误差条代表标准误差。
图5.小分子抑制剂减少痤疮丙酸杆菌中的卟啉产生，并且在痤疮相关联的IA-2型菌株中它的抑制被维生素B12补充抵消。痤疮丙酸杆菌菌株培养于具有(灰色条)或不具有(白色条)抑制剂LA(0.1mg/mL)，或添加LA和维生素B12(10μg/mL)两者的培养基中。LA显著减少除HL001PA1之外所有菌株中的卟啉生物合成(P≤0.0001)。维生素B12补充抵消痤疮相关联的IA-2型菌株中LA对卟啉生物合成的抑制，但不抵消健康相关联的II型菌株中的抑制。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。显示获自至少三次独立实验的数据的平均值，每次实验重复至少三次。误差条代表标准误差。
图6.健康相关联的菌株编码并且表达作为卟啉生物合成操纵子中的阻遏物基因的deoR。凝胶图像中显示从多种菌株的cDNA和基因组DNA(gDNA)样本的deoR扩增。将16SrRNA基因用作阳性对照。将作为痤疮相关联的IA-2菌株并且不编码deoR的HL045PA1显示为阴性对照。
图7.粪卟啉是痤疮丙酸杆菌产生的主要卟啉同种型。由痤疮丙酸杆菌分泌的卟啉具有单一同位素粪卟啉同种型的质谱特征([M+H]+＝655.3)。还观察到带双电荷的母离子([M+2H]2+＝328.2)。
图8.痤疮丙酸杆菌菌株中的卟啉(Hem)基因簇。所有健康相关联的II型菌株在卟啉基因簇中携带deoR转录阻遏物(PPA0299，以绿色形式)。每个框下的数字代表基于KPA171202中的基因注释的基因ID。黑色框中的字母指示hem基因的名称，它们是卟啉生物合成基因。不将PPA0300和PPA0310指定为hem基因名称。
图9.痤疮丙酸杆菌谱系中deoR的存在。编码deoR的痤疮丙酸杆菌菌株涂成绿色并且包括每个IC、IB-3、II和III型菌株。另外，IA-2型痤疮丙酸杆菌的菌株HL025PA1编码deoR，但发现其他IA-1、IA-2、IB-1或IB-2菌株都不编码deoR基因。星号代表实施例部分中测试的菌株。
图10.类似于健康相关联的II型菌株，HL025PA1产生低水平的卟啉并且对维生素B12补充没有应答。HL025PA1培养于具有(黑色条)或不具有(白色条)维生素B12(10μg/mL)的培养基中。显示健康相关联的II型菌株HL103PA1和HL042PA3以用于比较。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。显示获自三次独立实验的数据的平均值，每次实验重复三次。误差条代表标准误差。
图11.I型痤疮丙酸杆菌菌株中的卟啉产生。在测试的菌株中，IA-1和IA-2型菌株产生最高水平的卟啉。RT8、RT3和RT16菌株产生的卟啉比IA-1和IA-2型菌株少，但是比RT2和RT6菌株多。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。显示获自至少两次独立实验的数据的平均值，每次实验重复至少三次。误差条代表标准误差。
图12.痤疮丙酸杆菌I型菌株产生显著多于II型和III型菌株的卟啉。每个条形代表由细菌培养物密度归一化的每种菌株产生的卟啉。I型菌株对维生素B12补充有应答，卟啉产生增加。在II型和III型菌株中没有观察到这种情况(数据未示出)。显示获自至少一次实验的数据的平均值，每次实验重复至少四次。误差条代表标准误差。
具体实施方式
本发明的一些方面是基于发现维生素B12补充增加痤疮丙酸杆菌产生卟啉，卟啉是一组痤疮发展中重要的促炎性代谢物。比较了来自痤疮和健康相关联的谱系的多种痤疮丙酸杆菌菌株的卟啉产生和调节。痤疮相关联的菌株固有地产生显著较高水平的卟啉，其通过维生素B12补充来进一步增强。另一方面，健康相关联的菌株产生低水平的卟啉并且对维生素B12没有应答。使用小分子底物和抑制剂，可以在代谢水平上调节卟啉生物合成。另外，卟啉生物合成的阻遏物基因(deoR)在所有健康相关联的菌株中编码，但不在痤疮相关联的菌株中编码。deoR的表达表明健康相关联的菌株中在转录水平上卟啉产生的另外调节。这些发现提供痤疮丙酸杆菌菌株对皮肤健康和疾病的不同贡献的分子机制，并且进一步支持维生素B12在痤疮发病机理中的作用。具体地，卟啉生物合成途径是痤疮和相关皮肤病状的药物靶标，并且痤疮丙酸杆菌的健康相关联的菌株可用作皮肤治疗剂中的益生菌。
本公开还提出可以不同方式治疗产生不同水平的卟啉的具有痤疮丙酸杆菌的受试者的健康病状。卟啉产生的维生素B12调节是菌株特异性的，并且表明个体皮肤微生物群的痤疮丙酸杆菌菌株组合物促成维生素B12诱导的痤疮。由于皮肤细菌产生更多卟啉的能力，携带痤疮相关联的菌株的个体可能回应于高维生素B12水平而处于增加的发展痤疮的风险。另一方面，皮肤受健康相关联的菌株支配的个体可具有较低的细菌产生的卟啉水平，导致当补充维生素B12时痤疮发展的风险降低。
定义
如本文在说明书中所用，“一个”或“一种”可意指一个(种)或多个(种)。如本文在一个或多个权利要求中所用，当与词语“包括/包含(comprising)”结合使用时，词语“一个”或“一种”可意指一个(种)或多于一个(种)。如本文所用，“另一”可意指至少第二个(种)或更多个(种)。
术语“预防”是本领域认可的，并且当关于病状诸如局部复发(例如，瑕疵)、疾病诸如痤疮或损伤诸如瘢痕使用时，是本领域中很好理解的，并且包括施用组合物，相对于没有接受组合物的受试者，所述组合物减少受试者的医学病状的症状的频率或延缓其发作。因此，痤疮的预防例如包括例如按统计上和/或临床上显著的量，减少接受预防性治疗的患者群体相对于未治疗对照群体的可检测瑕疵(例如，病变)的数量，和/或延缓治疗群体相对于未治疗对照群体的可检测瘢疤的出现。
术语“预防性治疗”和“治疗性治疗”是本领域认可的并且包括向受试者施用一种或多种组合物。如果在临床表现不希望的病状(例如，宿主动物的疾病或其他不希望的状态)之前施用组合物，那么治疗是预防性的(即，其保护受试者免受不希望的病状的发生)，而如果在出现不希望的病状之后施用，那么治疗是治疗性的(即，其旨在减弱、改善或稳定现有的不希望的病状或其副作用)。
术语“受试者”是指哺乳动物，包括但不限于人类或非人类哺乳动物，诸如灵长类动物、牛科动物、马科动物、绵羊科动物、猪科动物、犬科动物、兔科动物、猫科动物或啮齿动物。在优选实施方案中，受试者是人类。
关于标的治疗方法的化合物的“治疗有效量”是指制剂中一种或多种化合物的量，当作为所需剂量方案(向哺乳动物，优选地人类)施用时，所述量根据待治疗的病症或症状的临床上可接受的标准或美容目的减轻症状、改善病状或减慢疾病病状的发作，例如以适用于任何医学治疗的合理利益/风险比。
如本文所用，术语“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”包括以改善或稳定受试者病状的方式逆转、减少或阻止病状的症状、临床征象和潜在病理。
I.组合物
在一些方面中，本发明涉及一种用于治疗或预防受试者的病状的组合物。在一些方面中，本发明涉及一种用于维持皮肤健康的组合物。组合物可以是局部用组合物。组合物可被配制成用于口服递送。病状可以是皮肤病状。皮肤病状可以是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
组合物可包含痤疮丙酸杆菌菌株。痤疮丙酸杆菌菌株可选自例如RT1、RT2和RT6。在一些实施方案中，痤疮丙酸杆菌菌株选自RT3、RT8、RT16或III型。菌株可选自HL001PA1、HL103PA1、HL042PA3、HL106PA1、HL110PA3、HL050PA2或HL025PA1。在一些实施方案中，菌株可选自HL025PA2、HL046PA1、HL110PA2、HL053PA2、HL059PA1、HL201PA1、17A或20C。菌株可以是RT2，并且RT2菌株可以是HL001PA1、HL103PA1或HL106PA1。菌株可以是RT1，并且RT1菌株可以是HL050PA2或HL025PA1。菌株可以是RT6，并且RT6菌株可以是HL042PA3或HL110PA3。菌株可以是痤疮丙酸杆菌的II型菌株或III型菌株。菌株可以是RT3菌株，诸如HL025PA2或HL046PA1。菌株可以是RT8，诸如HL110PA2或HL053PA2。菌株可以是RT16菌株，诸如HL059PA1。菌株可以是III型菌株，诸如HL201PA1、17A或20C。组合物可被配制成用于口服递送。组合物可以是局部用组合物。组合物可包含多于一种痤疮丙酸杆菌菌株。组合物可包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种或至少7种痤疮丙酸杆菌菌株。
在优选实施方案中，组合物大体上不含痤疮丙酸杆菌的RT4菌株。在优选实施方案中，组合物大体上不含痤疮丙酸杆菌的RT5菌株。在优选实施方案中，组合物不包含HL045PA1、HL043PA1、HL043PA2或HL053PA2。在一些实施方案中，组合物大体上不含痤疮丙酸杆菌的IA-1型、IA-2型、IB-1型和/或IC型菌株。在优选实施方案中，组合物大体上不含痤疮丙酸杆菌的IA-1型、IA-2型和/或IC型菌株。在一些实施方案中，组合物大体上不含不表达、携带和/或编码deoR的菌株。在某些此类实施方案中，大体上不含指出组合物不包含指出的菌株，到损害组合物中有利菌株的治疗功效的程度。在其他此类实施方案中，如果组合物包含少于10％、优选地少于5％并且最优选地少于1％指出的菌株，那么组合物大体上不含所述菌株。
组合物可包含编码deoR的核酸(即，核酸可包含deoR核苷酸序列)。例如，组合物可包含载体，并且载体可包含核酸。组合物可包含痤疮丙酸杆菌菌株，并且痤疮丙酸杆菌菌株可包含核酸。核酸可以是DNA或RNA。
载体可以是噬菌体或质粒。载体可以是噬菌体，并且噬菌体可对痤疮丙酸杆菌具有向性，例如使得噬菌体可转化具有所述核酸的痤疮丙酸杆菌细胞。
核酸可包含启动子，并且启动子和deoR可以可操作地连接，例如使得包含所述核酸的细胞可转录核酸的RNA。
核酸可以是重组核酸。例如，deoR可以可操作地连接至除原生deoR启动子之外的启动子。类似地，deoR可存在于痤疮丙酸杆菌非原生的载体中，诸如包含不同物种诸如大肠杆菌(E.coli)的复制起点的载体或包含细菌噬菌体的包装信号的载体。核酸可以是痤疮丙酸杆菌基因组，并且deoR可随机地整合到基因组中。
组合物可包含一种或多种包含核酸的痤疮丙酸杆菌菌株，例如，其中核酸是痤疮丙酸杆菌基因组，核酸是质粒，或者核酸是RNA。组合物可包含一种或多种包含deoR蛋白产物(例如，转录阻遏物蛋白)的痤疮丙酸杆菌菌株。例如，此类菌株可表达deoR蛋白产物。组合物可包含一种或多种编码或携带deoR基因的痤疮丙酸杆菌菌株。组合物可包含一种或多种选自RT1、RT2或RT6菌株的痤疮丙酸杆菌菌株，和/或包含编码deoR的重组核酸的菌株。组合物可包含克隆复合体72(CC72)菌株，如Belfast MLST8分类方案所确定。组合物可包含克隆复合体60(CC60)菌株，如Aarhus MLST9分类方案所确定。组合物可包含一种或多种选自RT3、RT8、RT16或III型的痤疮丙酸杆菌菌株，和/或包含编码deoR的重组核酸的菌株。
组合物可还包含乙酰丙酸、4，6-二氧代庚酸和/或异烟肼。
本文所述的组合物可用于向胃肠道口服施用。本发明的组合物(例如，益生菌组合物)的制剂可以还包括其他益生菌试剂或促进孢子萌发和/或细菌生长的营养物质。示例性物质是双岐低聚糖，其促进有利益生菌的生长。在一些实施方案中，将益生菌组合物与治疗有效剂量的(优选地，广谱)抗生素或抗真菌剂一起施用。在一些实施方案中，将本文所述的组合物包封到肠溶包衣的、定时释放的胶囊或片剂中。
组合物可以是食品，诸如但不限于乳制品。乳制品可以是发酵(cultured)或非发酵(例如，牛奶)乳制品。发酵乳制品的非限制性实例包括酸奶、白软干酪、酸奶油、开菲尔(kefir)、酪乳等。乳制品还常常含有各种特制乳成分，例如乳清、脱脂乳粉(non-fat drymilk)、乳清浓缩蛋白固体等。乳产品可以以本领域中已知的任何方式进行处理，以实现期望的品质，诸如风味、增稠能力、营养、特定微生物和其他性质诸如霉菌生长控制。本发明的组合物可还包括已知的抗氧化剂、缓冲剂和其他试剂诸如着色剂、调味剂、维生素或矿物质。
在一些实施方案中，将本发明的组合物与载剂(例如，药学上可接受的载剂)组合，所述载剂与所施用的一个或多个受试者的胃肠组织生理上相容。载剂可包括基于固体的干式材料以用于配制成片剂、胶囊或粉末形式；或者载剂可包括基于液体或凝胶的材料以用于配制成液体或凝胶形式。载剂的具体类型以及最终制剂部分取决于选择的一个或多个施用途径。本发明的治疗组合物可还包括多种载剂和/或粘合剂。在一些实施方案中，载剂是以足以完成1克剂量总重量的量添加的微晶纤维素(MCC)。载剂可以是基于固体的干式材料以用于以片剂、胶囊或粉末形式的制剂，并且可以是基于液体或凝胶的材料以用于以液体或凝胶形式的制剂，这部分取决于施用途径。干式制剂的典型载剂包括但不限于：海藻糖、麦芽糖糊精、米粉、微晶纤维素(MCC)、硬脂酸镁、肌醇、FOS、GOS、右旋糖、蔗糖和类似载剂。合适的基于液体或凝胶的载剂包括但不限于：水和生理盐溶液；脲；醇类和衍生物(例如，甲醇、乙醇、丙醇、丁醇)；二醇类(例如，乙二醇、丙二醇等等)。优选地，基于水的载剂具有中性pH值(即，pH 7.0)。用于施用本文所述的组合物的其他载剂是本领域中已知的，例如美国专利号6,461,607中已知的。
A.媒介物、溶剂和稀释剂
组合物可包含媒介物、溶剂和/或稀释剂。用于与本发明的制剂一起使用的合适的局部媒介物和媒介物组分是美容和药物领域中熟知的，并且包括以下媒介物(或媒介物组分)：水；有机溶剂，诸如醇类(具体地讲，能够从皮肤蒸发的低级醇类，诸如乙醇)、二醇类(诸如丙二醇、丁二醇和甘油(丙三醇))、脂族醇类(诸如羊毛脂)；水和有机溶剂的混合物(诸如水和醇)和有机溶剂的混合物诸如醇和甘油(可选地还与水)；基于液体的物质，诸如脂肪酸、酰基甘油(包括油类，诸如矿物油和天然或合成来源的脂肪)、磷酸甘油酯、鞘脂和蜡；基于蛋白的物质，诸如胶原和明胶；基于硅氧烷的物质(非挥发性的和挥发性的)，诸如环甲基硅酮、聚二甲基硅氧烷醇、聚二甲基硅氧烷和聚二甲基硅氧烷共聚多元醇；基于烃的物质，诸如凡士林和角鲨烷；以及合适于向皮肤施用的其他媒介物和媒介物组分，以及局部用媒介物组分的混合物，如上文所鉴定或以其他方式为本领域已知。
在一个实施方案中，本发明的组合物是水包油乳液。合适于在配制本发明的组合物中使用的液体包括水以及水混溶性溶剂诸如二醇类(例如，乙二醇、丁二醇、异戊二醇、丙二醇)、甘油、液体多元醇、二甲亚砜和异丙醇。可以存在一种或多种水性媒介物。
在一个实施方案中，不含甲醇、乙醇、丙醇或丁醇的制剂可以是期望的。
B.表面活性剂和乳化剂
组合物可包含表面活性剂和/或乳化剂。许多局部用制剂含有化学乳液，所述化学乳液使用表面活性成分(乳化剂和表面活性剂)将相异的化学物质分散于特定溶剂体系中。例如，大部分类似脂质(油性或脂肪性)或亲脂性成分并不均匀地分散于水性溶剂中，除非它们首先与乳化剂组合，乳化剂形成含有亲脂性内部和亲水性外部的微观水溶性结构，导致水包油乳液。为了可溶于水性介质中，分子必须是极性或带电荷的，以便有利地与水分子相互作用，所述水分子也是极性的。类似地，为了将水溶性极性或带电荷的成分溶解于多半基于液体或油的溶剂中，通常使用形成稳定结构的乳化剂，所述稳定结构在结构的内部含有亲水性组分同时外部是亲脂性的，使得它可溶解于亲脂性溶剂中以形成油包水乳液。众所周知，此类乳液可以通过添加可与乳液液滴内的乳化剂的极性或带电荷的部分相互作用的盐或其他带电荷的成分而去稳定化。乳液去稳定化导致水性和亲脂性成分分成两层，可能破坏局部用产品的商业价值。
合适用于本发明的表面活性剂可以是离子型的或非离子型的。这些包括但不限于：鲸蜡醇、聚山梨醇酯(聚山梨醇酯20、聚山梨醇酯40、聚山梨醇酯60、聚山梨醇酯80)、硬脂醇聚醚-10(Brij 76)、十二烷基硫酸钠(月桂基硫酸钠)、月桂基二甲基氧化胺、十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)、聚乙氧基化醇、聚氧乙烯脱水山梨糖醇、辛苯聚醇、N，N-二甲基十二烷基胺-N-氧化物、十六烷基三甲基溴化铵(HTAB)、聚氧乙烯10月桂醇醚、胆汁盐(诸如脱氧胆酸钠或胆酸钠)、聚氧乙烯蓖麻油、壬基酚聚氧乙烯醚、环糊精、卵磷脂、聚二甲基硅氧烷共聚多元醇、月桂酰胺DEA、椰油酰胺DEA、椰油酰胺MEA、油基甜菜碱、椰油酰胺丙基甜菜碱、椰油酰胺丙基磷脂酰基PG-二甲基氯化铵、磷酸二鲸蜡酯(磷酸二-十六烷酯)、鲸蜡硬脂醇聚醚-10磷酸酯、氯化苄乙氧铵(methylbenzethonium chloride)、磷酸二鲸蜡酯、鲸蜡醇聚醚-10磷酸酯(鲸蜡醇聚醚-10是鲸蜡醇的聚乙二醇醚，其中n的平均值是10；鲸蜡醇聚醚-10磷酸酯是鲸蜡醇聚醚-10的磷酸酯的混合物)、鲸蜡醇聚醚-20、Brij S10(聚乙二醇十八烷基醚，平均Mn是约711)和泊洛沙姆(包括但不限于泊洛沙姆188(HO(C2H4O)a(CH(CH3)CH2O)b(C2H4O)aH，平均分子量是8400)和泊洛沙姆407(HO(C2H4O)a(CH(CH3)CH2O)b(C2H4O)aH，其中a是约101并且b是约56))。还可以根据本发明使用此类表面活性剂的适当组合或混合物。
许多这些表面活性剂还可用作本发明的制剂的乳化剂。
用于本发明的制剂的其他合适乳化剂包括但不限于山嵛基三甲基铵甲基硫酸盐(behentrimonium methosulfate)-鲸蜡硬脂醇、非离子型乳化剂如乳化蜡、聚氧乙烯油醚、PEG-40硬脂酸酯、十八十六醇(鲸蜡硬脂醇)、鲸蜡硬脂醇聚醚-12、鲸蜡硬脂醇聚醚-20、鲸蜡硬脂醇聚醚-30、鲸蜡硬脂醇聚醚醇、鲸蜡醇聚醚-20(鲸蜡醇聚醚-20是鲸蜡醇的聚乙二醇醚，其中n的平均值是20)、油酸、油醇、硬脂酸甘油酯、PEG-75硬脂酸酯、PEG-100硬脂酸酯和PEG-100硬脂酸酯、神经酰胺2、神经酰胺3、硬脂酸、胆固醇、硬脂醇聚醚-2和硬脂醇聚醚-20或其组合/混合物，以及阳离子型乳化剂如硬脂酰胺丙基二甲胺和山嵛基三甲基铵甲基硫酸盐或其组合/混合物。
C.保湿剂、润肤剂和湿润剂
组合物可包含保湿剂、润肤剂和/或湿润剂。一般局部用产品特别是化妆产品的一个最重要的方面是消费者对产品的美学品质的感知。例如，虽然白凡士林是一种极好的保湿剂和皮肤保护剂，但是它很少单独使用，尤其是用在脸上，因为它油腻、粘稠、不易摩擦皮肤并且可能会弄脏衣物。消费者非常重视美学上优雅且在皮肤上具有可接受的触感和性能的产品。
用于本发明的制剂的合适保湿剂包括但不限于乳酸和其他羟酸以及它们的盐、甘油、丙二醇、丁二醇、PCA钠、透明质酸钠、Carbowax 200、Carbowax 400和Carbowax 800。
用于本发明的制剂的合适润肤剂或湿润剂包括但不限于泛醇、棕榈酸鲸蜡酯、甘油(丙三醇)、PPG-15硬脂基醚、羊毛脂醇、羊毛脂、羊毛脂衍生物、胆固醇、凡士林、新戊酸异硬脂醇酯、硬脂酸辛酯、矿物油、硬脂酸异鲸蜡酯、肉豆蔻酸肉豆蔻醇酯、辛基十二醇、棕榈酸2-乙基己酯(棕榈酸辛酯)、聚二甲基硅氧烷、苯基聚三甲基硅氧烷、环甲基硅酮、C12-C15烷基苯甲酸酯、聚二甲基硅氧烷醇、丙二醇、大花可可树(Theobroma grandiflorum)籽脂、神经酰胺(例如，神经酰胺2或神经酰胺3)、羟丙基双棕榈酰胺MEA、羟丙基双月桂酰胺MEA、羟丙基双异硬脂酰胺MEA、1，3-双(N-2-(羟乙基)硬脂酰基氨基)-2-羟基丙烷、双-羟乙基生育酚琥珀酰胺基羟基丙烷、脲、芦荟、尿囊素、甘草次酸、红花油、油醇、油酸、硬脂酸、二辛酸酯/二癸酸酯、癸二酸二乙酯、异硬脂醇、戊二醇、异壬酸异壬酯和1，3-双(N-2-(羟乙基)棕榈酰氨基)-2-羟基丙烷。
此外，根据本发明可以使用这些保湿剂和润肤剂中任一种的适当组合和混合物。
D.防腐剂和抗氧化剂
组合物可包含适于改善所施用制剂的稳定性或有效性的组分，诸如防腐剂和/或抗氧化剂。用于本发明的合适防腐剂包括但不限于：脲，诸如咪唑烷基脲和二偶氮烷基脲；苯氧基乙醇；对羟基苯甲酸甲酯钠、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸乙酯和对羟基苯甲酸丙酯；山梨酸钾；苯甲酸钠；山梨酸；苯甲酸；甲醛；柠檬酸；柠檬酸钠；二氧化氯；季铵化合物诸如苯扎氯铵、苄索氯汞试剂诸如硝酸苯汞、乙酸苯汞和硫柳汞；吡罗克酮乙醇胺盐(piroctone olamine)；葡萄(Vitis vinifera)籽油；以及酒精性试剂，例如氯丁醇、二氯苄醇、苯乙醇和苯甲醇。
合适的抗氧化剂包括但不限于抗坏血酸和它的酯、亚硫酸氢钠、丁基化羟基甲苯、丁基化羟基苯甲醚、生育酚、乙酸生育酚、抗坏血酸钠/抗坏血酸、棕榈酸抗坏血酸酯、没食子酸丙酯和螯合剂如EDTA (例如，EDTA钠)、柠檬酸和柠檬酸钠。
在某些实施方案中，抗氧化剂或防腐剂包括(3-(4-氯苯氧基)-2-羟丙基)氨基甲酸酯。
在某些实施方案中，本发明的抗氧化剂和防腐剂还可用作例如保湿剂或润肤剂。
此外，本发明的制剂中还可使用这些防腐剂或抗氧化剂的组合或混合物。
E.组合试剂
组合物还可含有当向哺乳动物特别是人类局部应用时具有所需效应的任何其他试剂。合适类别的活性剂包括但不限于抗生素剂、抗微生物剂、抗痤疮剂、抗细菌剂、抗真菌剂、抗病毒剂、甾族消炎剂、非甾族消炎剂、麻醉剂、止痒剂、抗原生动物剂、抗氧化剂、抗组胺剂、维生素和激素。也可以采用这些活性剂中任一种的混合物。另外，可以采用任何这些药剂的皮肤病学可接受的盐和酯。
已知，抗微生物剂诸如抗生素可以是杀菌的或抑菌的，限制和减少体内的细菌量。类视色素还可以减少毛细血管单位和微粉刺中的细菌量。基于光的疗法通过光热加热、细菌的化学灭活和各种光免疫反应来改善临床皮肤结果。一般来讲，上述疗法直接起到减少患者中致病细菌量的作用。因此，本发明提出，当与后续的局部益生菌治疗组合使用时，实现减少致病生物体数的相同目标的任何此类疗法将导致用健康皮肤或粘膜中富含的天然微生物区系代替患病状态中涉及的致病微生物区系，或较少的致病物种占据与引起疾病状态的类型相同的生态位。
合适的抗细菌化合物包括：卷曲霉素(capreomycin)，包括卷曲霉素IA、卷曲霉素IB、卷曲霉素IIA和卷曲霉素IIB；卡波霉素(carbomycin)，包括卡波霉素A；卡芦莫南(carumonam)；头孢克洛(cefaclor)、头孢羟氨苄(cefadroxil)、头孢孟多酯(cefamandole)、头孢曲嗪(cefatrizine)、头孢西酮(cefazedone)、头孢唑林(cefazolin)、头孢拉宗(cefbuperazone)、头孢卡品酯(cefcapene pivoxil)、头孢立定(cefclidin)、头孢地尼(cefdinir)、头孢托仑(cefditoren)、头孢克肟(cefime)、头孢他美(ceftamet)、头孢甲肟(cefmenoxime)、头孢美唑(cefmetzole)、头孢米诺(cefminox)、头孢地嗪(cefodizime)、头孢曲宁(cefonicid)、头孢哌酮(cefoperazone)、头孢雷特(ceforanide)、头孢噻肟(cefotaxime)、头孢替坦(cefotetan)、头孢替安(cefotiam)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢咪唑(cefpimizole)、头孢匹胺(cefpiramide)、头孢匹罗(cefpirome)、头孢丙烯(cefprozil)、头孢沙定(ce斤oxadine)、头孢磺啶(cefsulodin)、头孢他啶(ceftazidime)、头孢特仑(cefteram)、头孢替唑(ceftezole)、头孢布烯(ceftibuten)、头孢噻呋(ceftiofur)、头孢唑肟(ceftizoxime)、头孢曲松(ceftriaxone)、头孢呋辛(cefuroxime)、头孢唑喃(cefuzonam)、头孢氨苄(cephalexin)、头孢来星(cephalogycin)、头孢噻啶(cephaloridine)、头孢菌素(cephalosporin)C、头孢噻吩(cephalothin)、头孢匹林(cephapirin)、头霉素(头霉素)类诸如头霉素C、头孢拉定(cephradine)、氯四环素(chlortetracycline)；克拉霉素(chlarithromycin)、克林霉素(clindamycin)、氯苄西林(clometocillin)、氯米可林(clomocycline)、氯唑西林(cloxacillin)、环丙沙星(cyclacillin)、达氟沙星(danofloxacin)、地美环素(demeclocyclin)、去甲霉素(destomycin)A、双氯西林(dicloxacillin)、地红霉素(dirithromycin)、强力霉素(doxycyclin)、氨苄青霉素(epicillin)、红霉素(erythromycin)A、乙胺丁醇(ethanbutol)、芬贝西林(北nbenicillin)、氟罗沙芬(flomoxef)、氟苯尼考(florfenicol)、氟西林(floxacillin)、氟甲喹(flumequine)、福提霉素(fortimicin)A、福提霉素B、磷霉素(forfomycin)、呋喃他酮(foraltadone)、夫西地酸(fusidic acid)、庆大霉素(gentamycin)、葡烟腙(glyconiazide)、胍甲环素(guamecycline)、海他西林(hetacillin)、伊达比星(idarubicin)、亚胺培南(imipenem)、依帕米星(isepamicin)、交沙霉素(josamycin)、卡那霉素(kanamycin)、博来霉素(leumycin)类诸如博来霉素A1、林可霉素(lincomycin)、洛美沙星(lomefloxacin)、氯碳头孢(loracarbef)、赖甲环素(lymecycline)、美罗培南(meropenam)、美坦西林(metampicillin)、美他环素(methacycline)、甲氧西林(methicillin)、美洛西林(mezlocillin)、小诺霉素(micronomicin)、麦迪霉素(midecamycin)类诸如麦迪霉素A1、蜜柑霉素(mikamycin)、米诺环素(minocycline)、丝裂霉素(mitomycin)类诸如丝裂霉素C、拉氧头孢(moxalactam)、莫匹罗星(mupirocin)、萘夫西林(nafcillin)、萘替米星(netilicin)、诺卡迪安(norcardian)类诸如诺卡迪安A、竹桃霉素(oleandomycin)、氧四环素(oxytetracycline)、培尼培南(panipenam)、帕珠沙星(pazufloxacin)、培那西林(penamecillin)、青霉素类诸如青霉素G、青霉素N和青霉素O、青霉二酸(penillic acid)、戊基青霉素、匹来霉素(peplomycin)、非奈西林(phenethicillin)、吡拉西林(pipacyclin)、哌拉西林(piperacilin)、吡利霉素(pirlimycin)、匹氨西林(pivampicillin)、匹头孢氨苄(pivcefalexin)、泊非罗霉素(porfiromycin)、普罗吡林(propiallin)、喹那西林(quinacillin)、核糖霉素(ribostamycin)、利福布丁(rifabutin)、利福米特(rifamide)、利福平(rifampin)、利福霉素SV(rifamycin SV)、利福喷丁(rifapentine)、利福昔明(rifaximin)、利替培南(ritipenemn)、罗他霉素(rekitamycin)、罗利环素(rolitetracycline)、罗沙米星(rosaramicin)、罗红霉素(roxithromycin)、生环素(sancycline)、西索米星(sisomicin)、司帕沙星(sparfloxacin)、大观霉素(spectinomycin)、链佐星(streptozocin)、磺苄西林(sulbenicillin)、舒他西林(sultamicillin)、酞氨苄西林(talampicillin)、替考拉宁(teicoplanin)、替莫西林(temocillin)、四环素、硫链丝菌肽(thostrepton)、硫姆林(tiamulin)、替卡西林(ticarcillin)、替吉莫南(tigemonam)、替米考星(tilmicosin)、妥布霉素(tobramycin)、原大观霉素(tropospectromycin)、曲伐沙星(trovafloxacin)、泰洛星(tylosin)和万古霉素(vancomycin)，以及其类似物、衍生物、药学上可接受的盐、酯、前药和受保护形式。
合适的抗真菌化合物包括酮康唑(ketoconazole)、咪康唑(miconazole)、氟康唑(fluconazole)、克霉唑(clotrimazole)、十一烯酸、舍他康唑(sertaconazole)、特比奈芬(terbinafine)、布替萘芬(butenafine)、氯碘羟喹(clioquinol)、碘炔三氯酚(haloprogin)、制霉菌素(nystatin)、萘替芬(naftifine)、托萘酯(tolnaftate)、环吡酮(ciclopirox)、两性霉素(amphotericin)B或茶树油以及其类似物、衍生物、药学上可接受的盐、酯、前药和受保护形式。
合适的抗病毒剂包括阿昔洛韦(acyclovir)、叠氮尿苷(azidouridine)、茴香霉素(anismoycin)、金刚烷胺(amantadine)、溴乙烯去氧尿苷(bromovinyldeoxusidine)、氯乙烯去氧尿苷(chlorovinyldeoxusidine)、阿糖胞苷(cytarabine)、地拉韦啶(delavirdine)、地达诺新(didanosine)、脱氧野尻霉素(deoxynojirimycin)、双脱氧胞苷、双脱氧肌、双脱氧核苷、地昔洛韦(desciclovir)、脱氧阿昔洛韦(deoxyacyclovir)、依法韦仑(efavirenz)、恩韦肟(enviroxime)、非西他滨(fiacitabine)、膦甲酸(foscamet)、非阿尿苷(fialuridine)、氟胸苷、氟尿苷、更昔洛韦(ganciclovir)、金丝桃素(hypericin)、碘苷(idoxuridine)、干扰素、白介素、羟乙基磺酸盐(isethionate)、奈韦拉平(nevirapine)、戊双脒(pentamidine)、利巴韦林(ribavirin)、金刚乙胺(rimantadine)、司他夫定(stavudine)、沙格司亭(sargramostin)、舒拉明(suramin)、天花粉蛋白(trichosanthin)、三溴胸苷、三氯胸苷、三氟胸苷、磷甲酸三钠、阿糖腺苷、齐多夫定(zidoviridine)、扎西他滨(zalcitabine)和3-叠氮基-3-脱氧胸苷以及其类似物、衍生物、药学上可接受的盐、酯、前药和受保护形式。
其他合适的抗病毒剂包括2′，3′-二脱氧腺苷(ddA)、2′，3′-二脱氧鸟苷(ddG)、2′，3′-二脱氧胞啶(ddC)、2′，3′-二脱氧胸苷(ddT)、2′3′-二脱氧-二脱氧胸苷(d4T)、2′-脱氧-3′-噻-胞嘧啶(3TC或拉米夫定(lamivudime))、2′，3′-二脱氧-2′-氟腺苷、2′，3′-二脱氧-2′-氟肌苷、2′，3′-二脱氧-2′-氟胸苷、2′，3′-二脱氧-2′-氟胞嘧啶、2′3′-二脱氧-2′，3′-二脱氢-2′-氟胸苷(Fd4T)、2′3′-二脱氧-2′-β-氟腺苷(F-ddA)、2′3′-二脱氧-2′-β-氟-肌苷(F-ddI)和2′，3′-二脱氧-2′-β-氟胞嘧啶(F-ddC)。在一些实施方案中，抗病毒剂选自磷甲酸三钠、更昔洛韦、三氟胸苷、阿昔洛韦、3′-叠氮基-3′-胸苷(AZT)、二脱氧肌苷(ddI)和碘苷以及其类似物、衍生物、药学上可接受的盐、酯、前药和受保护形式。
F.缓冲盐
组合物可包含缓冲液或盐。合适的缓冲盐是本领域中熟知的。合适的缓冲盐的实例包括但不限于柠檬酸钠、柠檬酸、磷酸二氢钠、磷酸氢二钠、磷酸三钠、磷酸二氢钾、磷酸氢二钾和磷酸三钾。
G.粘度调节剂
组合物可包含粘度调节剂。用于本发明的制剂的合适的粘度调整剂(即，增稠剂和冲淡剂或粘度调节剂)包括但不限于保护胶体或非离子型胶诸如羟乙基纤维素、黄原胶和小核菌(sclerotium)胶以及硅酸镁铝、二氧化硅、微晶蜡、蜂蜡、石蜡和棕榈酸鲸蜡酯。此外，可以根据本发明利用这些粘度调整剂的适当组合或混合物。
H.附加组分
合适于并入本发明的乳液中的附加组分包括但不限于：皮肤保护基、吸附剂、缓和剂、润肤剂、保湿剂、持续释放物质、增溶剂、皮肤渗透剂、皮肤抚慰剂、除臭剂、止汗剂、防晒剂、无日照晒黑剂、维生素、毛发调理剂、抗刺激剂、抗老化剂、研磨剂、吸收剂、抗结块剂、抗静电剂、收敛剂(例如，金缕梅、醇和草药提取物诸如洋甘菊提取物)、粘合剂/赋形剂、缓冲剂、螯合剂、成膜剂、调理剂、遮光剂、脂质、免疫调节剂和pH调整剂(例如，柠檬酸、氢氧化钠和磷酸钠)。
例如，通常存在于健康皮肤中的脂质(或它们的功能等效物)可并入本发明的乳液中。在某些实施方案中，脂质选自由以下组成的组：神经酰胺、胆固醇和游离脂肪酸。脂质的实例包括但不限于神经酰胺1、神经酰胺2、神经酰胺3、神经酰胺4、神经酰胺5、神经酰胺6、羟丙基双棕榈酰胺MEA和羟丙基双月桂酰胺MEA以及其组合。
与真皮-表皮接合处的蛋白结构相互作用的肽的实例包括棕榈酰二肽-5二氨基丁酰基羟基苏氨酸和棕榈酰二肽-6二氨基羟基丁酸酯。
皮肤抚慰剂的实例包括但不限于藻类提取物、艾蒿提取物、甘草次酸硬脂酰酯、没药醇、尿囊素、芦荟、鳄梨油、绿茶提取物、啤酒花提取物、洋甘菊提取物、胶态燕麦粉(colloidal oatmeal)、炉甘石、黄瓜提取物和其组合。
在某些实施方案中，组合物包含香柠檬或香柠檬油。香柠檬油是天然的皮肤调色剂和解毒剂。在某些实施方案中，它可以防止皮肤过早老化，并可能对油性皮肤病状和痤疮有很好的效果。
维生素的实例包括但不限于维生素A、D、E、K和其组合。还可以想到维生素类似物；例如维生素D类似物卡泊三烯或卡泊三醇。
在某些实施方案中，维生素可以呈抗坏血酸四己基癸酯。这种化合物表现出抗氧化剂活性，抑制脂质过氧化。在某些实施方案中，使用可减轻UV暴露的损害效果。研究显示，它刺激胶原产生以及通过抑制黑素生成(色素的产生)净化并且提亮皮肤从而促成更均匀的肤色。
防晒剂的实例包括但不限于对氨基苯甲酸、阿伏苯宗(avobenzone)、西诺沙酯(cinoxate)、二羟苯宗(dioxybenzone)、胡莫柳酯(homosalate)、邻氨基苯甲酸甲酯、奥克立林(octocrylene)、甲氧基肉桂酸辛酯、水杨酸辛酯、氧苯酮、对二甲氨基甲酸辛酯(padimate O)、苯基苯並咪唑磺酸、磺异苯酮(sulisobenzone)、二氧化钛、水杨酸三乙醇胺(trolamine salicylate)、氧化锌、4-甲基亚苄基樟脑、亚甲基双苯并三唑基四甲基丁基苯酚、双乙基己氧苯酚甲氧苯基三嗪、对苯二亚甲基二樟脑磺酸(terephthalylidenedicamphor sulfonic acid)、甲酚曲唑三硅氧烷(drometrizole trisiloxane)、苯基二苯并咪唑四磺酸酯二钠(disodium phenyl dibenzimidazole tetrasulfonate)、二乙氨基羟苯甲酰基苯甲酸己酯、辛基三嗪酮、二乙基己基丁酰胺基三嗪酮、聚硅氧烷-15和其组合。
合适的香料和颜色可用于本发明的制剂中。合适用于局部用产品的香料和颜色的实例是本领域中已知的。
合适的免疫调节剂包括但不限于四氯十烷氧化物(tetrachlorodecaoxide)、脱氧胆酸、他克莫司(tacrolimus)、吡美莫司(pimecrolimus)和β-葡聚糖。
在某些实施方案中，添加棕榈酰-赖氨酰-缬氨酰-赖氨酸双三氟乙酸酯。这种肽刺激人类成纤维细胞中的胶原合成。
通常，组合物的一种成分可以实现若干功能。在一个实施方案中，本发明涉及可用作润滑剂、润肤剂或皮肤渗透剂的成分。在一个实施方案中，多功能成分是硬脂酸异鲸蜡酯、异硬脂酸异丙酯、棕榈酸异丙酯或肉豆蔻酸异丙酯。
II.预防或治疗受试者的病状的方法
在一些方面中，本发明涉及一种预防或治疗受试者的病状的方法，其包括向所述受试者施用组合物。病状可以是皮肤病状。组合物可以是本文所述的任何组合物。施用可包括局部施用。施用可包括口服施用。例如，所述方法可包括向所述受试者施用包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2和/或RT6菌株的组合物。在其他实施方案中，所述方法可包括向所述受试者施用本文所公开的组合物，所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT3、RT8、RT16或III型菌株。在一些实施方案中，所述方法可包括施用表达、编码或携带deoR的菌株。
在一些实施方案中，皮肤病状可以是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
受试者可接受每天至少2μg的维生素B12，诸如每天至少3μg、4μg、5μg、6μg、7μg、8μg、9μg或至少10μg的维生素B12。受试者可接受每天约2μg至约10mg的维生素B12，诸如每天约2μg至约1mg的维生素B12，每天约3μg至约1mg、约4μg至约1mg、约5μg至约1mg、约6μg至约1mg、约7μg至约1mg、约8μg至约1mg、约9μg至约1mg或约10μg至约1mg的维生素B12。
在一些方面中，本发明涉及一种用于确定受试者发展维生素B12诱导的痤疮的风险的方法。所述方法可包括计算包含获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液的卟啉浓度。所述方法可包括鉴定获自受试者的痤疮丙酸杆菌菌株。所述方法可包括鉴定获自受试者的属于特定核糖体型的痤疮丙酸杆菌的比例，所述痤疮丙酸杆菌包含编码deoR的基因或以其他方式与痤疮或健康皮肤相关联。
计算卟啉浓度可包括测量粪卟啉III或粪卟啉I的浓度，例如获自受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液中的粪卟啉III或粪卟啉I的浓度。计算卟啉浓度可包括测量光的吸光度，例如，其中光的波长是约380nm至约430nm，诸如约400nm、约405nm或约410nm。计算卟啉浓度可包括测量细胞悬浮液密度，例如，以归一化卟啉浓度测量值。测量细胞悬浮液密度可包括测量在约580nm至约620nm的波长诸如约590nm、约595nm、约600nm或约605nm的波长下光穿过细胞悬浮液的透射率。所述方法可包括或者可不包括培养获自受试者的痤疮丙酸杆菌，例如，在计算卟啉浓度之前进行培养。
方法可包括如果获自受试者的痤疮丙酸杆菌的卟啉浓度高于约2μM，诸如高于约3μM，那么诊断受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。方法可包括如果获自受试者的痤疮丙酸杆菌的卟啉浓度低于约2μM，那么诊断受试者具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
所述方法可包括鉴定获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌菌株，以及如果所述痤疮丙酸杆菌菌株对维生素B12敏感，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。例如，如果痤疮丙酸杆菌菌株是RT4或RT5，那么可将受试者诊断为具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。如果痤疮丙酸杆菌菌株是RT3菌株HL063PA2或RT8菌株HL082PA1，那么可将受试者诊断为具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。如果痤疮丙酸杆菌菌株是RT1菌株HL005PA2或HL083PA1，那么可将受试者诊断为具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
所述方法可包括鉴定获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌菌株，以及如果所述痤疮丙酸杆菌菌株不对维生素B12敏感，那么诊断所述受试者具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。例如，如果痤疮丙酸杆菌菌株是RT2或RT6，那么可将受试者诊断为具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。类似地，如果痤疮丙酸杆菌菌株是RT2或RT6，那么可将受试者诊断为不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。如果痤疮丙酸杆菌菌株是(即，不是HL063PA2的RT3菌株)、RT8(即，不是HL082PA1或HL053PA2的RT8菌株)或RT16，那么可将受试者诊断为不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。如果痤疮丙酸杆菌菌株是II型和III型，那么可将受试者诊断为不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。在一些实施方案中，如果受试者具有一种或多种痤疮丙酸杆菌菌株，但是大多数痤疮丙酸杆菌菌株是RT2、RT6、RT3(即，不是HL063PA2的RT3菌株)、RT8(即，不是HL082PA1或HL053PA2的RT8菌株)、RT16或III型，那么可诊断受试者具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
鉴定痤疮丙酸杆菌菌株可包括对痤疮丙酸杆菌菌株的核酸进行测序。例如，鉴定痤疮丙酸杆菌菌株可包括对菌株的编码16S rRNA的核苷酸序列进行测序，或者鉴定痤疮丙酸杆菌菌株可包括对菌株的编码所有或部分卟啉生物合成基因操纵子的核苷酸进行测序。
方法可包括如果受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险，那么用光动力疗法治疗受试者。方法可包括如果受试者具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险，那么用除光动力疗法之外的治疗(例如，用抗生素，诸如局部或口服抗生素)来治疗受试者。
方法可包括如果诊断所述受试者不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险，那么向所述受试者施用维生素B12。方法可包括如果诊断所述受试者具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险，那么向所述受试者施用维生素B12。
在一些方面中，本发明涉及一种用于治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括用光动力疗法治疗受试者。例如，所述方法可包括如果受试者的痤疮丙酸杆菌菌株是RT4菌株或RT5菌株，那么用光动力疗法治疗受试者。类似地，所述方法可包括如果获自受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液的卟啉浓度高于阈值，诸如高于约1μM、约2μM、约3μM、约4μM、约5μM或约6μM，那么用光动力疗法治疗受试者。
方法可包括如果受试者的痤疮丙酸杆菌菌株不是RT4菌株或RT5菌株，那么用除光动力疗法之外的治疗来治疗受试者。类似地，所述方法可包括如果获自受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液的卟啉浓度低于阈值，诸如低于约1μM、约2μM、约3μM、约4μM、约5μM或约6μM，那么用除光动力疗法之外的治疗来治疗受试者。所述方法可包括如果痤疮丙酸杆菌菌株是RT2或RT6，那么不用光动力疗法治疗受试者。在一些实施方案中，如果痤疮丙酸杆菌菌株是III型，那么不用光动力疗法治疗受试者。
所述方法可包括如本文所述计算包含获自受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液的卟啉浓度，例如，在测量卟啉浓度之前培养或不培养痤疮丙酸杆菌的情况下。
在一些方面中，所述方法包括通过向受试者施用包含一种或多种本文所公开的痤疮丙酸杆菌菌株的组合物(例如，本文所公开的口服或局部用组合物)来减少受试者皮肤上卟啉的量。
所述方法可包括确定受试者是否处于皮肤病状的风险，所述方法通过获得受试者的皮肤样本，任选地从皮肤样本中分离出细菌DNA，对皮肤样本中的细菌DNA进行测序，以及如果deoR转录阻遏物没有被表达、在低水平下表达或者不存在于细菌DNA中，那么认为受试者处于皮肤疾病的风险。
现已大体上描述本发明，参考以下实施例将更容易理解本发明，这些实施例被包括仅出于说明本发明的某些方面和实施方案的目的并且不意图限制本发明。
例证
材料和方法
痤疮丙酸杆菌菌株和培养物。此研究中所用的痤疮丙酸杆菌菌株(表1)分离自痤疮患者和健康个体的面部皮肤，如Fitz-Gibbon等人(J Invest Dermatol 133：2152-2160(2013))所述。简而言之，从痤疮患者或健康个体鼻部的多个毛囊收集的内容物分离出每种菌株。痤疮患者的取样皮肤部位可具有或可不具有可见的痤疮病变；因此，菌株不必对应于患病或健康状态。选择四种RT4和RT5痤疮丙酸杆菌菌株HL053PA1、HL045PA1、HL043PA1和HL043PA2代表IA-2型菌株，基于16S宏基因组学研究所述菌株与疾病相关联(J InvestDermatol 133：2152-2160(2013))。对于大部分RT4和RT5菌株是共同的，这些菌株在它们的16S和23S rRNA基因中携带突变，这赋予了抗生素抗性。选择三种RT2和RT6菌株HL001PA1、HL103PA1和HL042PA3代表II型菌株，所述菌株与健康皮肤相关联。微课确认这些发现，还测试另外三种II型菌株HL110PA3、HL106PA1和HL050PA2。先前已报道了这十种菌株的基因组序列(Fitz-Gibbon，J Invest Dermatol 133：2152-2160(2013)；Tomida，MBio 4：e00003-00013(2013))。对于每个实验，将5mL强化梭菌液体培养基接种每毫升5×105个痤疮丙酸杆菌细胞的培养物。在37℃下，在避光箱中，使培养物厌氧地生长至稳定期。在第0天将培养物补充维生素B12(10μg/mL)、5-ALA(0.1mg/mL)和/或LA(0.1mg/mL)。作为对照，还在没有补充的情况下培养痤疮丙酸杆菌菌株。对每种菌株进行三至五次独立实验，每个实验重复至少三次，除了菌株HL110PA3、HL106PA1和HL050PA2，所述菌株仅在一个实验中进行测试，重复三次。
表1.痤疮丙酸杆菌菌株
a，c如Fitz-Gibbon等人(J Invest Dermatol 133：2152-2160(2013))所述
b，d如McDowell等人(J Clin Microbiol 43：326-334(2005))所述
e如Lomholt and Kilian(PloS One 5：312277(2010))所述。
细胞外卟啉的提取、鉴别和量化。对于每种菌株，使用Kang等人(Sci Transl Med7：293ra103(2015))所述的方法提取卟啉。简而言之，在乙酸乙酯和乙酸(4∶1，v/v)中提取出500μL细菌培养物，并且在1.5M HCl中溶解。使用Tecan Genios分光光度计M1000(TecanUS Inc，Morrisville，NC)测量200μL可溶性相的在405nm下的吸光度。使用已知浓度的粪卟啉III标准物(C654-3，Frontier Sci)生成将吸光度转化成浓度的标准曲线。使用Wollenberg等人(MBio 5：e01286-01214(2014))所述的量化方法测量痤疮丙酸杆菌菌株KPA171202的卟啉水平。测量值是206pmol/mg，符合Wollenberg等人的报道值220pmol/mg。这指示所述方法与先前研究相当。从稳定期的培养物中提取出卟啉。对数中期的培养物的结果展示在稳定期的培养物中发现的一致趋势。在OD595下测量细菌培养物密度以用于归一化卟啉水平。对于质谱实验，将提取的卟啉直接注射到Agilent 6460 Triple Quad LC/MS系统上，并且鉴定负离子模式的各种菌株的m/z。
卟啉产生比较的统计分析。基于至少三个独立实验的数据计算在各种培养条件下每种菌株所产生的卟啉的平均量，每次计算重复至少三次。在线性混合效果模型中估计菌株、组(痤疮相关联的对健康相关联的)和培养条件(有治疗对没有治疗)之间的卟啉水平，试验的随机节距解释试验效果。使用Tukey的方法校正组中具体比较的P值。使用R软件(3.1.3版)进行所有统计分析。
deoR转录阻遏物的鉴定。使用多重序列比对软件(ClustalW2)对82种痤疮丙酸杆菌基因组的卟啉基因簇的序列(Tomida，MBio 4：e00003-00013(2013))进行比对。deoR转录阻遏物(PPA0299)被鉴定为存在于所有健康相关联的II型菌株和少数I型菌株中的额外基因组元件。
RNA提取和cDNA合成。对于cbiL和deoR基因表达分析，用珠磨(bead beating)将细胞裂解。使用标准苯酚-氯仿法提取总RNA，并且使用RNeasy试剂盒(Qiagen)纯化。使用TurboDNA-free试剂盒(Life Technologies)除去DNA。使用凝胶电泳估计RNA品质。使用SuperScript III第一链合成SuperMix(Life Technologies)合成单链互补DNA(cDNA)。
cbiL基因表达的分析。用以下引物使用LightCycler 480高分辨率熔解主混合物(Roche)在LightCycler 480(Roche)上进行qRT-PCR：cbiL正向，5′-GCGCGAGGCAGACGTGATCC-3′和cbiL反向，5′-GACACCGGACCTCTCCCGCA-3′。使用以下qRT-PCR方案：在95℃下初始变性持续5分钟，接着进行50次在95℃下持续10秒、在62℃下持续30秒和在72℃下持续30秒的循环。计算有维生素B12补充的培养物与没有补充的培养物之间的cbiL基因表达的倍数变化。针对16S rRNA转录水平归一化每个样本中cbiL的基因表达水平。使用Light Cycler 480软件1.5版(Roche)进行熔解曲线分析以基于扩增产物的熔解温度验证它们的特异性。所有反应都一式三份地进行。
deoR基因表达的分析。使用C1000热循环仪(BioRad)从若干痤疮丙酸杆菌菌株的cDNA和基因组DNA扩增deoR。PCR中使用以下引物：deoR正向，5′-CTGGCACGAGAAGGAACAA-3′和deoR逆向，5′-GAATCGAGCAGAACTAGGTCAC-3′。使用以下PCR方案：在95℃下初始变性持续5分钟，接着进行35次在95℃下持续10秒、在62℃下持续30秒、在72℃下持续30秒的循环，接着进行一次在72℃下持续5分钟的循环。在2％琼脂糖凝胶上可视化扩增的deoR产物。包括16S rRNA的扩增作为阳性对照。将痤疮相关联的菌株HL045PA1用作deoR表达的阴性对照。
结果
痤疮相关联的痤疮丙酸杆菌菌株产生比健康相关联的菌株显著更多的卟啉。为了研究是否不同的痤疮丙酸杆菌菌株产生相同的卟啉种类，使用质谱表征多种痤疮丙酸杆菌菌株所分泌的卟啉的类型。检查四种痤疮相关联的IA-2型菌株HL053PA1(RT4)、HL045PA1(RT4)、HL043PA1(RT5)和HL043PA2(RT5)以及三种健康相关联的II型菌株HL001PA1(RT2)、HL103PA1(RT2)和HL042PA3(RT6)(表1)。观察到这些痤疮丙酸杆菌菌株所产生的卟啉种类没有差异。粪卟啉III是所有菌株所产生的主要卟啉异构体([M+H]+＝655.3)。还检测到极少量的粪卟啉I。用以下方法测量卟啉水平。收集细菌细胞，并且提取卟啉。以分光光度法测量卟啉浓度，并且归一化至光密度(同样以分光光度法测量)。因此测量每个细菌单位的卟啉水平。
为了确定痤疮丙酸杆菌菌株是否产生不同量的卟啉，量化七种痤疮丙酸杆菌菌株中分泌的卟啉(图1)。痤疮相关联的IA-2型菌株所产生的平均卟啉水平是6.5μM(5.6-8.8μM)，其显著大于健康相关联的II型菌株所产生的平均卟啉水平1.1μM(0-2.1μM，P＜0.0001(图1))。值得注意的是，所有实验中，RT2菌株HL001PA1不产生可检测的卟啉。基于BelfastMLST8方案(表1)，这种菌株属于克隆复合体72(CC72)，并且所述菌株是从健康皮肤分离的。
维生素B12补充显著增加痤疮相关联的菌株中的卟啉产生，但不增加健康相关联的菌株中的卟啉产生。为了研究维生素B12是否以菌株特异性方式调节痤疮丙酸杆菌卟啉产生，比较在有和没有维生素B12补充的情况下不同痤疮丙酸杆菌菌株所产生的卟啉的水平。维生素B12补充导致所有测试的痤疮相关联的IA-2型菌株中卟啉产生增加(平均卟啉水平从6.5μM增加至9.2μM)，其中四种测试的菌株中有三种有统计学显著性(P≤0.02)(图2)。相比之下，维生素B12补充对健康相关联的II型菌株中的卟啉产生没有显著作用(平均卟啉水平依旧是1.1μM，P≥0.77)。HL001PA1中的卟啉水平依旧是不可检测的。为了确认这些结果，测量三种另外的II型菌株HL110PA3(RT6)、HL106PA1(RT2)和HL050PA2(RT1)中在添加和不添加维生素B12的情况下的卟啉产生。这些菌株产生类似地低水平的卟啉(1.4±1.2μM)，并且产生水平未受维生素B12补充的显著影响。这个数据表明，维生素B12调节痤疮相关联的IA-2型菌株中的卟啉产生，但是不调节健康相关联的II型菌株中的卟啉产生，指示皮肤微生物群的痤疮丙酸杆菌菌株组合物与观察到维生素B12诱导个体子组的痤疮之间的分子联系。
维生素B12补充阻遏维生素B12生物合成基因表达。为了确定维生素B12是否通过阻遏痤疮丙酸杆菌中它自己的生物合成来影响卟啉产生，进行qRT-PCR以测量cbiL的表达水平，cbiL是维生素B12生物合成途径中的基因。cbiL基因编码前咕啉-2 C20-甲基转移酶，它是维生素B12生物合成途径中咕啉环形成所涉及的一种关键的酶。向痤疮丙酸杆菌培养物中添加维生素B12导致cbiL基因表达的下调，痤疮相关联的IA-2型菌株中平均倍数变化是0.74并且健康相关联的II型菌株中平均倍数变化是0.24(图3)。cbiL基因表达的下调负荷先前的发现，即维生素B12补充阻遏维生素B12生物合成途径，导致卟啉产生增加。IA-2和II型菌株中cbiL的表达是下调的，尽管观察到II型菌株中的卟啉产生没有受到维生素B12补充的影响。这表明，抑制健康相关联的II型菌株中的卟啉产生涉及另外的机制。
添加5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)增加卟啉产生，其进一步由维生素B12增强。痤疮丙酸杆菌中是卟啉和维生素B12生物合成途径共享相同的初始酶促步骤和共同的前体、5-ALA、限速酶的底物、胆色素原合成酶。为了研究卟啉产生是否可以通过增加5-ALA的可用性来促进，比较在添加和不添加底物的情况下痤疮丙酸杆菌菌株的卟啉产生水平。另外，结合5-ALA评估维生素B12对卟啉产生的作用。仅添加底物时，与未处理的对照相比，痤疮相关联的IA-2型菌株中卟啉产生显著增加平均2.2倍(P＜0.0001)，并且健康相关联的II型菌株中卟啉产生增加3.4倍(P≤0.06，除了HL001PA1)(图4)。HL001PA1始终不产生可检测的卟啉，即使在添加5-ALA时也是这样。补充5-ALA结合维生素B12进一步增加痤疮相关联的IA-2型菌株中的卟啉产生(与仅有底物相比，增加2.7倍)，其中四种测试的菌株中有三种有统计学显著性(P≤0.04)，但是不增加健康相关联的II型菌株中的卟啉产生(P≥0.94)。这符合以上发现，即健康相关联的II型菌株在它们的卟啉产生方面对维生素B12没有应答(图2)。这个数据表明，底物的代谢流入影响痤疮丙酸杆菌中的卟啉产生。维生素B12补充对卟啉产生的调节特异于痤疮相关联的IA-2型菌株，但不特异于健康相关联的II型菌株。
小分子抑制剂减少痤疮丙酸杆菌中的卟啉产生，并且它的抑制被维生素B12补充抵消。为了进一步说明可以在代谢水平上调节卟啉产生，评估了小分子抑制剂乙酰丙酸(LA)对痤疮丙酸杆菌菌株中的卟啉生物合成的作用。另外，结合LA评估维生素B12补充对卟啉产生的作用。LA是5-ALA的类似物，并且已经在铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)中显示出抑制胆色素原合成酶的酶活性，阻止向卟啉和维生素B12生物合成途径的代谢流入。评估了0.1mg/mL至1.0mg/mL的一系列浓度的LA，并且0.1mg/mL LA不显著影响细菌生长，因此使得以实验方式测量卟啉产生是可行的。除HL001PA1之外，LA(0.1mg/mL)显著降低所有菌株中的卟啉产生，与未处理的培养物相比，平均降低30％(P≤0.0001)(图5)。但是，在痤疮相关联的IA-2型菌株中，当结合10μg/mL维生素B12进行补充时，卟啉没有显著减少。维生素B12补充抵消具体地说痤疮相关联的IA-2型菌株中LA对卟啉生物合成的抑制，但不抵消健康相关联的II型菌株中的抑制。这符合以上发现(图2和图4)，并且进一步支持维生素B12调节痤疮相关联的IA-2型菌株中的卟啉产生以及可以在代谢水平上调节卟啉产生的结论。这个数据还表明，LA是痤疮丙酸杆菌中卟啉生物合成的有效抑制剂，并且卟啉生物合成途径可以是新痤疮治疗的潜在治疗目标。
健康相关联的菌株携带卟啉生物合成基因deoR。为了鉴定可以解释由痤疮相关联和健康相关联的痤疮丙酸杆菌菌株产生的卟啉水平差异的潜在分子机制，比较了82种痤疮丙酸杆菌菌株的卟啉生物合成基因操纵子(Hem)，包括在此研究中测试的菌株。所有健康相关联的II型菌株和少数I型菌株(主要是IB-3和IC菌株)在卟啉生物合成操纵子中携带另外的基因，注释为deoR转录阻遏物(图8和9)。deoR基因位于卟啉生物合成基因簇上游13bp处。所有痤疮相关联的IA-2型菌株都不存在这个基因。为了确定deoR是否具有功能性，进行基因表达分析，并且发现在三种健康相关联的II型菌株中的两种HL001PA1和HL042PA3中表达，但在HL103PA1中不表达(图6)。类似deoR的阻遏物在多种其他物种中的表征已经揭示它们在调节细胞过程中的作用，诸如糖磷酸转移酶活性，达托霉素产生和脂肪酸β-氧化。在基因组中deoR与卟啉生物合成基因的紧密接近以及健康相关联的II型菌株中deoR的存在和表达表明，deoR可以在卟啉生物合成中用作转录阻遏物。这可部分解释健康相关联的II型菌株产生的低卟啉水平以及它们与健康皮肤的关联。
痤疮相关联的IA-2型菌株和健康相关联的II型菌株属于不同的痤疮丙酸杆菌谱系。为了进一步研究由健康相关联的II型菌株产生的低水平的卟啉是否可能是由于deoR的阻遏而不是由于其他谱系差异，检查由I型痤疮丙酸杆菌菌株HL025PA1产生的卟啉水平。HL025PA1代表I型内的不同谱系，并且在系统发生上更类似于IA-2型菌株而不是II型菌株(图9)。与大多数其他I型菌株不同，HL025PA1编码并且表达其卟啉生物合成操纵子中的deoR(图6)。HL025PA1产生的卟啉水平与健康相关联的II型菌株类似(2.7μM，P＝0.31)，显著低于痤疮相关联的IA-2型菌株(P＝0.0006)(图10)。符合在健康相关联的II型菌株中观察到的趋势，维生素B12补充导致HL025PA1中的其自身的转录阻遏(图3)，而其卟啉产生不受维生素B12补充的影响(图10)。这个发现进一步支持deoR在卟啉生物合成中的抑制作用，并且可能潜在地解释II型菌株的健康关联。
以引用方式并入
本文中引用的所有科学文章、专利和公开的专利申请均以引用方式并入本文。
等效方案
本领域的技术人员仅仅使用常规实验将认识到或者能够确定本文所述的发明的具体实施方案的许多等效方案。此类等效方案旨在由以下权利要求书涵盖。

Claims (81)

1.一种预防或治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括向所述受试者的皮肤施用包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型菌株的组合物。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2或RT6菌株。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT3、RT8、RT16或III型菌株。
4.如权利要求2所述的方法，其中：
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT1菌株，并且所述RT1菌株是HL050PA2或HL025PA1；
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT2菌株，并且所述RT2菌株是HL001PA1、HL103PA1或HL106PA1；或者
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT6菌株，并且所述RT6菌株是HL042PA3或HL110PA3。
5.如权利要求3所述的方法，其中：
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT3菌株，并且所述RT3菌株是HL025PA2或HL046PA1；
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT8菌株，并且所述RT8菌株是HL110PA2或HL053PA2；
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT16菌株，并且所述RT16菌株是HL059PA1；或者
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的III型菌株，并且所述III型株是HL201PA1、17A或20C。
6.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述皮肤病状是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
7.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述受试者正在接受每天至少2μg的维生素B12。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述受试者正在接受每天至少10μg的维生素B12。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述组合物大体上不含痤疮丙酸杆菌的RT4或RT5菌株。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。
11.一种用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的局部用组合物，其包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型菌株。
12.如权利要求11所述的局部用组合物，用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的局部用组合物，其包含痤疮丙酸杆菌的RT1、RT2或RT6菌株。
13.如权利要求11所述的局部用组合物，用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的局部用组合物，其包含痤疮丙酸杆菌的RT3、RT8、RT16或III型菌株。
14.如权利要求12所述的组合物，其中：
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT1菌株，并且所述RT1菌株是HL050PA2或HL025PA1；
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT2菌株，并且所述RT2菌株是HL001PA1、HL103PA1或HL106PA1；或者所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT6菌株，并且所述RT6菌株是HL042PA3或HL110PA3。
15.如权利要求13所述的组合物，其中：
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT3菌株，并且所述RT3菌株是HL025PA2或HL046PA1；
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT8菌株，并且所述RT8菌株是HL110PA2或HL053PA2；
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的RT16菌株，并且所述RT16菌株是HL059PA1；或者
所述组合物包含痤疮丙酸杆菌的III型菌株，并且所述III型株是HL201PA1、17A或20C。
16.如权利要求11至15中任一项所述的组合物，其还包含乙酰丙酸、4，6-二氧代庚酸或异烟肼。
17.如权利要求11至16中任一项所述的组合物，其中所述组合物大体上不含痤疮丙酸杆菌的RT4和RT5菌株。
18.一种用于确定受试者发展维生素B12诱导的痤疮的风险的方法，其包括计算包含获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液的卟啉浓度。
19.如权利要求18所述的方法，其中计算卟啉浓度包括测量粪卟啉III或粪卟啉I的浓度。
20.如权利要求18或19所述的方法，其中计算卟啉浓度包括测量在约380nm至约430nm的波长下的吸光度。
21.如权利要求18至20中任一项所述的方法，其还包括如果计算的卟啉浓度高于约3μM，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
22.如权利要求21所述的方法，其包括如果计算的卟啉浓度高于约2μM，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
23.如权利要求18至22中任一项所述的方法，其还包括如果计算的卟啉浓度低于约2μM，那么诊断所述受试者具有低的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
24.如权利要求18至23中任一项所述的方法，其还包括在计算卟啉浓度之前培养获自所述受试者的所述痤疮丙酸杆菌。
25.一种用于确定受试者发展维生素B12诱导的痤疮的风险的方法，其包括鉴定获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌菌株，以及如果所述痤疮丙酸杆菌菌株对维生素B12敏感，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
26.如权利要求25所述的方法，其中如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT4或RT5，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
27.如权利要求25或26所述的方法，其中如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT3菌株HL063PA2或RT8菌株HL082PA1，那么诊断所述受试者具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
28.如权利要求25至27中任一项所述的方法，其中如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT2或RT6，那么诊断所述受试者不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
29.如权利要求25至28中任一项所述的方法，其中如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是II型或III型，那么诊断所述受试者不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险。
30.如权利要求25至29中任一项所述之方法，其还包括如果诊断所述受试者不具有升高的发展维生素B12诱导的痤疮的风险，那么向所述受试者施用维生素B12。
31.如权利要求25至30中任一项所述的方法，其中鉴定痤疮丙酸杆菌菌株包括对编码所述菌株的16S rRNA的核酸进行测序。
32.一种用于确定受试者是否处于皮肤病状的风险的方法，所述方法包括：
从所述受试者获得皮肤样本，
任选地从所述皮肤样本中分离出细菌DNA，
对所述皮肤样本中的所述细菌DNA进行测序，
以及如果deoR转录阻遏物不存在于所述细菌DNA中，那么所述受试者被视为处于皮肤疾病的风险。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述皮肤病状是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
34.一种局部用组合物，其包含编码deoR的核酸。
35.如权利要求34所述的组合物，其中所述组合物包含载体，并且所述载体包含所述核酸。
36.如权利要求35所述的组合物，其中所述载体是噬菌体，并且所述噬菌体对痤疮丙酸杆菌具有向性。
37.一种用于预防或治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括向所述受试者的皮肤施用如权利要求34至36中任一项所述的组合物。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述皮肤病状是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
39.一种用于治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括：
计算包含获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌的细胞悬浮液的卟啉浓度；以及
如果计算的卟啉浓度高于阈值，那么用光动力疗法治疗所述受试者。
40.如权利要求39所述的方法，其中计算卟啉浓度包括测量粪卟啉III或粪卟啉I的浓度。
41.如权利要求39或40所述的方法，其中计算卟啉浓度包括测量在约380nm至约430nm的波长下的吸光度。
42.如权利要求39至41中任一项所述的方法，其还包括如果计算的卟啉浓度低于所述阈值，那么用除光动力疗法之外的疗法治疗所述受试者。
43.如权利要求42所述的方法，其中所述其他疗法包括向所述受试者施用抗生素。
44.如权利要求39至43中任一项所述的方法，其中所述阈值是约1μM至约6μM。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述阈值是约2μM至约5μM。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述阈值是约3μM至约4μM。
47.如权利要求39至46中任一项所述的方法，其还包括在计算卟啉浓度之前培养获自所述受试者的所述痤疮丙酸杆菌。
48.一种用于治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括：
确定获自所述受试者的痤疮丙酸杆菌菌株的身份；以及
如果所述痤疮丙酸杆菌菌株产生升高的卟啉水平，那么用光动力疗法治疗所述受试者。
49.如权利要求48所述的方法，其包括如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT4或RT5，那么用光动力疗法治疗所述受试者。
50.如权利要求48或49所述的方法，其中如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT2或RT6，那么不用光动力疗法治疗所述受试者。
51.如权利要求48至50中任一项所述的方法，其中如果所述痤疮丙酸杆菌菌株是III型，那么不用光动力疗法治疗所述受试者。
52.如权利要求48至51中任一项所述的方法，其包括如果所述痤疮丙酸杆菌菌株不产生升高的卟啉水平，那么用除光动力疗法之外的疗法治疗所述受试者。
53.如权利要求52所述的方法，其中所述其他疗法包括向所述受试者施用抗生素。
54.如权利要求39至53中任一项所述的方法，其中所述皮肤病状是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
55.一种预防或治疗受试者的皮肤病状的方法，其包括向所述受试者的皮肤施用包含痤疮丙酸杆菌菌株的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株包含编码deoR的核酸。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述核酸包含可操作地连接至deoR的启动子。
57.如权利要求55或56所述的方法，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株表达deoR转录阻遏物。
58.如权利要求55至57中任一项所述的方法，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT1、RT2或RT6。
59.如权利要求55至57中任一项所述的方法，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT3、RT8、RT16或III型。
60.如权利要求55至59中任一项所述的方法，其中所述组合物大体上不含不表达deoR的菌株，诸如痤疮丙酸杆菌的RT4或RT5菌株。
61.如权利要求55至60中任一项所述的方法，其中所述皮肤病状是痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
62.如权利要求55至61中任一项所述的方法，其中所述受试者正在接受每天至少2μg的维生素B12。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述受试者正在接受每天至少10μg的维生素B12。
64.如权利要求55至63中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类。
65.一种用于治疗皮肤病状或维持皮肤健康的局部用组合物，其包含痤疮丙酸杆菌菌株，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株包含编码deoR的核酸。
66.如权利要求65所述的组合物，其中所述核酸包含可操作地连接至deoR的启动子。
67.如权利要求65或66所述的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株表达deoR转录阻遏物。
68.如权利要求60至62中任一项所述的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT1、RT2或RT6。
69.如权利要求65至68中任一项所述的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT3、RT8、RT16或III型。
70.如权利要求68所述的组合物，其中：
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT1，并且所述RT1菌株是HL050PA2或HL025PA1；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT2，并且所述RT2菌株是HL001PA1、HL103PA1或HL106PA1；或者
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT6，并且所述RT6菌株是HL042PA3或HL110PA3。
71.如权利要求69所述的组合物，其中：
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT3，并且所述RT3菌株是HL025PA2或HL046PA1；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT8，并且所述RT8菌株是HL110PA2或HL053PA2；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT16，并且所述RT16菌株是HL059PA1；或者
所述痤疮丙酸杆菌菌株是III型，并且所述III型菌株是HL201PA1、17A或20C。
72.如权利要求65至71中任一项所述的组合物，其还包含乙酰丙酸、4，6-二氧代庚酸或异烟肼。
73.如权利要求65至72中任一项所述的组合物，其中所述组合物大体上不含不编码或携带deoR的菌株，诸如痤疮丙酸杆菌的RT4和RT5菌株。
74.如权利要求65至73中任一项所述的组合物，其中所述核酸包含可操作地连接至deoR的启动子，并且所述启动子不是原生deoR启动子。
75.如权利要求65至74中任一项所述的组合物，其中所述核酸是重组核酸。
76.一种减少受试者的皮肤上卟啉的量的方法，其包括向所述受试者施用包含一种或多种痤疮丙酸杆菌品系的组合物。
77.如权利要求76所述的方法，其中所述受试者患有痤疮、皮肤老化、酒渣鼻或迟发性皮肤卟啉病。
78.如权利要求76或77所述的方法，其中所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT1、RT2、RT3、RT6、RT8、RT16或III型。
79.如权利要求76至78中任一项所述的方法，其中：
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT1，并且所述RT1菌株是HL050PA2或HL025PA1；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT2，并且所述RT2菌株是HL001PA1、HL103PA1或HL106PA1；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT3，并且所述RT3菌株是HL025PA2或HL046PA1；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT6，并且所述RT6菌株是HL042PA3或HL110PA3；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT8，并且所述RT8菌株是HL110PA2或HL053PA2；
所述痤疮丙酸杆菌菌株是RT16，并且所述RT16菌株是HL059PA1；或者
所述痤疮丙酸杆菌菌株是III型，并且所述III型菌株是HL201PA1、17A或20C。
80.如权利要求76至79中任一项所述的方法，其中所述组合物被配制成用于局部递送。
81.如权利要求76至80中任一项所述的方法，其中所述组合物大体上不含不编码或携带deoR的菌株以及痤疮丙酸杆菌的RT4和RT5菌株。
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