JP2019514885A - 皮膚障害の処置のための組成物および方法 - Google Patents
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Abstract
プロバイオティクスの使用に関するざ瘡および他の皮膚障害のための処置の組成物および方法が本明細書に記述される。特定の態様では、プロバイオティクスに含まれる微生物は、特定の皮膚障害の処置のために操作または選択された。【選択図】図1
Description
関連出願の相互参照
本出願は、2016年4月21日に出願された米国仮特許出願第62/325,851号;2016年7月29日に出願された米国仮特許出願第62/368,829号;2016年7月29日に出願された米国仮特許出願第62/368,837号;2016年9月9日に出願された米国仮特許出願第62/385,831号;および、2017年1月3日に出願された米国仮特許出願62/441,931号の利益を主張し、これらのすべてが全体として本明細書に組み込まれる。
本出願は、2016年4月21日に出願された米国仮特許出願第62/325,851号;2016年7月29日に出願された米国仮特許出願第62/368,829号;2016年7月29日に出願された米国仮特許出願第62/368,837号;2016年9月9日に出願された米国仮特許出願第62/385,831号;および、2017年1月3日に出願された米国仮特許出願62/441,931号の利益を主張し、これらのすべてが全体として本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は配列表を含み、これはASCIIフォーマットで電子的に提出されており、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。2017年4月20日に作成された前記ASCIIコピーは48236−706_601_SL.txtと命名され、2,294,816バイトのサイズである。
本出願は配列表を含み、これはASCIIフォーマットで電子的に提出されており、参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。2017年4月20日に作成された前記ASCIIコピーは48236−706_601_SL.txtと命名され、2,294,816バイトのサイズである。
個体上および/または内で生存する微生物のコミュニティがマイクロバイオームである。マイクロバイオームは、多くの様々な細菌種からなり、そのいくつかはヒトの健康に有益、中立、または有害である。マイクロバイオームの変化は、炎症性疾患、代謝疾患、発達疾患、心理学的疾病および癌などの多くの疾病の状態に関連している。マイクロバイオームの組成の判定およびマイクロバイオームの病的状態から健康状態への変更には、多様な疾病についての大きな治療上の将来性がある。
有害な細菌を除去または低減し、かつ健康な状態に皮膚を回復させるために皮膚上の有益な細菌を使用する、皮膚治療に対するマイクロバイオームに基づくアプローチが本明細書に提供される。本明細書に開示される方法および組成物は、ざ瘡、湿疹、乾癬、酒さおよび脂漏性皮膚炎を含む、広範囲の皮膚障害に使用されてもよい。これらの障害の現在の処置に伴う問題は、抗生物質耐性、副作用、複雑なレジメン、および、長期的な有効性の欠如を含んでいる。本明細書に開示される処置は、単純な処置レジメンおよび長期的な有効性で、抗生物質の代替物を提供し、健康な細菌を使用し、副作用は少ない。
本明細書に記述された組成物は、概して、皮膚障害を有する被験体に有益な効果を伝達する、少なくとも1つの健康関連微生物またはプロバイオティクスを含む。したがって、本明細書に開示される組成物は、皮膚上で(例えば皮膚温度で)有効である。これらの組成物は、しばしば、天然には存在しない細菌の特異的なカクテルを提供するために、それぞれ単離、精製、選択または操作されたいくつかの菌株の混合物を含む。これらの菌株は、図1に示されるように、容器内に、または綿棒などのアプリケーター上に、グリセロールまたはポリエチレングリコールなどの防腐剤とともに保存または包装することができる。これらの容器とアプリケーターは冷凍装置に格納することができる、冷蔵庫、あるいは使用の前の、およびその使用の間の室温の棚の上で。
本明細書に開示される組成物および方法の多くは、それぞれ、プロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)として知られ、P.アクネスと略される細菌、およびその使用を含む。しかしながら、遺伝子組み換え菌株を含む他の細菌およびその使用も本明細書で企図される。本明細書に開示される組成物および方法において使用されるP.アクネスのいくつかの菌株は、本明細書で、P.アクネスの健康な菌株、または単純に、「健康なP.アクネス」と称される。P.アクネスの健康な菌株は、概して、皮膚障害の予防または皮膚障害の病状の低減により皮膚の健康を促進する。P.アクネスの健康な菌株は、皮膚障害の原因の除去により皮膚の健康をさらに促進することがある。P.アクネスの他の菌株は、本明細書で病原性の菌株または「病原性P.アクネス」と呼ばれる。病原性P.アクネスは、概して皮膚障害またはその疾病を促進または引き起こす。概して、病原性P.アクネスは、本明細書に記述された組成物と方法では使用されない。代わりに、本明細書に開示される方法および組成物は、被験体の皮膚上の病原性P.アクネスの成長を低減または予防するのに役立ちうる。いくつかの場合には、ある量のP.アクネスは、健康的または病原性であるとみなすことができ、多すぎるまたは少なすぎることは望ましくまたは望ましくない。いくつかの場合には、多数のP.アクネス菌株の組み合わせが健康を与える。反対に、いくつかの場合には、多数のP.アクネス菌株の異なる組み合わせは病原性である可能性が有る。健康的および病原性の、P.アクネスの菌株、その組み合わせ、および、その量が、本明細書に記載される。
本明細書に開示される組成物および方法は、それぞれ、所与の遺伝子的特性を備えた細菌およびその使用を含む。P.アクネス本明細書において主に例示される細菌であるが、健康なP.アクネスと類似の特定の遺伝子的特性を有する他の細菌も同様に、本明細書に開示される組成物および方法に有用であり得ることが企図される。例えば、本明細書に健康なものとして同定される多くのP.アクネス菌株は、デオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)、II型リパーゼ、および、CRISPR関連Casエンドヌクレアーゼ(CRISPR associated Cas endonuclease)の組み合わせを含む。さらに、健康なP.アクネス菌株は、概して、pIMPLEプラスミドとして当該技術分野で知られている染色体外プラスミドが無いことまたはほんの少しの量しか無いことと関連している。P.アクネスのいくつかの菌株が、当業者によって「pIMPLEプラスミド」という用語が与えられた染色体外プラスミドを有していることが以前から報告されてきた。このようなプラスミドは、当該技術分野で容易に見つけられる。pIMPLEプラスミドには多数のオープンリーディングフレーム(ORF)があることがある。これらの前述の遺伝子(例えばdeoR、リパーゼ、Cas)が存在すること、および/または、pIMPLEプラスミドがあまり存在しないことは、本明細書に記載のざ瘡を処置する組成物および方法において有用な、P.アクネス以外の細菌を同定するために使用することができる遺伝子的特性を促進する健康な皮膚を提供する。
いくつかの態様において、本明細書に開示され、該医薬組成物は:第1の治療上有効的な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物;第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物;および、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、第2の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第2の健康関連微生物は、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約200nM未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約100nM未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約100nM未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約1マイクロモル未満のポルフィリンをインサイチュで産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約1マイクロモル未満のポルフィリンをインビトロで産生する。いくつかの実施形態では、少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(Propionibacterium granulosum)、プロピオニバクテリウム・アビダム(Propionibacterium avidum)またはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス(Propionibacterium acnes subsp. defendens)の菌株を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプRT1またはRT2のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は:(a)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み;(b)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み;または、(c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く。
いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は:(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株またはHP5G4菌株を含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。
いくつかの態様では、皮膚障害または疾病を処置する方法が本明細書に開示され、該方法は、治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはその組み合わせ、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された。いくつかの実施形態では、Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株またはHP5G4菌株を含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。
いくつかの態様において、該薬学的なプロバイオティクス組成物が本明細書に開示され、該薬学的なプロバイオティクス組成物は:(a)第1の治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;(b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、第2の健康関連微生物;および、(c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、第2の健康関連微生物は、P.アクネス、P.グラヌローサムまたはP.アビダムを含む細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、第2の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む細菌の菌株である。
いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は:(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤;および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現しない、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む。いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は:(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤;および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ATP結合カセットトランスポーターを発現する健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物を含む。いくつかの態様において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は:(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤;および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現せず、および、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む。いくつかの実施形態では、DNA結合応答調節因子は、SEQ ID NO:7の配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、DNA結合応答調節因子は、SEQ ID NO:7の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ホスホグリセリン酸キナーゼは、SEQ ID NO:9の配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ホスホグリセリン酸キナーゼは、SEQ ID NO:9の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ATP結合カセットトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ATP結合カセットトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、少なくとも2つの細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、RT1、RT2、RT3、RT4またはRT5のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、RT1またはRT2のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ゲル、軟膏、ローション、乳剤、ペースト、クリーム、泡、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散剤およびエアロゾルの形態である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、リポソームまたはナノ粒子を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含む。いくつかの実施形態では、Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、細菌の追加の菌株を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムおよびプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は:(a)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み;(b)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み;または、(c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く、ように選択、形質転換、または操作される。
いくつかの態様では、本明細書に開示される、治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含む、皮膚障害または疾病を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはその組み合わせ、を含む。
いくつかの態様において、該薬学的なプロバイオティクス組成物が本明細書に開示され、該薬学的なプロバイオティクス組成物は:(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1またはHP5G4菌株を含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない。
いくつかの態様では、皮膚障害または疾病を処置する方法が本明細書に開示され、該方法は、治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬、または、酒さ、を含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された。いくつかの実施形態では、Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、またはHP4G1菌株またはHP5G4菌株の少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む。いくつかの実施形態では、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスを含む。
いくつかの態様において、該薬学的なプロバイオティクス組成物が本明細書に開示され、該薬学的なプロバイオティクス組成物は:(a)第1の治療上有効な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドに操作または選択された、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;(b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。いくつかの実施形態では、第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は:(i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子、(ii)デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、または(iii)II型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は:(i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子、(ii)デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、または(iii)II型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、II型リパーゼ、および約10%未満のpIMPLEプラスミド、をコードする少なくとも1つの遺伝子を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、II型リパーゼ、および約10%未満のpIMPLEプラスミド、をコードする少なくとも1つの遺伝子を含むように操作または選択された。いくつかの実施形態では、第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、異なる菌株である。いくつかの実施形態では、第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はRT1リボタイプを含み、および、第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はRT2リボタイプを含む。いくつかの実施形態では、第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない。いくつかの実施形態では、薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約−30℃の温度での健康関連微プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、またはHP4G1菌株の少なくとも1つ、またはHP5G4菌株を含む。いくつかの実施形態では、第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する。いくつかの実施形態では、第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない。いくつかの態様において、本明細書に開示される薬学的なプロバイオティクス組成物は、皮膚障害または疾病の処置において使用するためのものである。
いくつかの態様において、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌の所望の調製物を産生する方法が本明細書に開示され、該方法は:(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを生産するために、グリセロール溶液にプロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを加える工程、および、(b)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約4℃以下の温度で保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌が周囲温度にされた時、P.アクネス細菌の約50%以上が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約25%と約75%の間のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約50%グリセロールである。いくつかの実施形態では、温度は約4度と約−80度の間である。いくつかの実施形態では、温度は約−20度である。いくつかの実施形態では、サンプルの少なくとも約70%から少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である。いくつかの実施形態では、サンプルの少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約20度と約30度の間である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約25度である。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックは、約90日間の最初の保存前に、周囲温度にされる。いくつかの実施形態では、サンプルの50%超が、約20日間の保存後に、生存可能である。いくつかの実施形態では、サンプルの約50%超が、約90日間の保存後に、生存可能である。いくつかの実施形態では、サンプルの約50%超が、少なくとも最大約90日間の保存後に、生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、またはHP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む。
いくつかの態様では、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの少なくとも約90%が、60日間の保存後に生存可能である方法が本明細書に開示され、該方法は:(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルをリン酸緩衝食塩水中の約25%から約50%の間のグリセロールの溶液に加える工程;および、(b)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約−20℃から約4℃の温度で冷却し、それにより、前記所望の調製物を形成する工程であって、上記プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの少なくとも約90%が、60日間の保存後に生存可能である、工程、を含む。いくつかの態様では、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの少なくとも約90%が、90日間の保存後に生存可能である方法が本明細書に開示され、該方法は:プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを約50%グリセロール溶液に加える工程;および、−20度でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを凍結し、それにより、前記所望の調製物を形成する工程であって、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの少なくとも約90%が、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックの解凍後に生存可能である、工程、を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、室温でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを解凍する工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、水中約25−50%v/vグリセロールである。いくつかの実施形態では、溶液は、緩衝溶液中約25−50%v/vグリセロールである。いくつかの実施形態では、緩衝溶液はリン酸緩衝食塩水である。いくつかの実施形態では、緩衝溶液は酢酸緩衝溶液である。いくつかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約150mMから約200mMの濃度でカリウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.05mMから約0.1mMの濃度でカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はプレバイオティクス安定化剤を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクス安定化剤はイヌリンである。いくつかの実施形態では、イヌリンは、約0.05%v/vから約0.2%v/vの濃度で溶液中に存在する。いくつかの実施形態では、溶液は抗ざ瘡剤を含む。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、またはそのアナログを含む。いくつかの実施形態では、レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレンまたはレチノールを含む。いくつかの実施形態では、ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンD、ビタミンC、ビタミンEまたはカルシプトトリエン(calciptotriene)を含む。いくつかの実施形態では、酸化防止剤はビタミンCまたはビタミンEを含む。いくつかの実施形態では、過酸化物は過酸化ベンゾイルである。いくつかの実施形態では、酸は、サリチル酸、アゼライン酸(azaelic acid)、トリクロラセティック酸(trichloracetic acid)またはグリコール酸を含む。いくつかの実施形態では、アルコールは、レチノールまたはレスベラトールを含む。いくつかの実施形態では、油はティーツリーオイルである。いくつかの実施形態では、抽出物は緑茶抽出物である。いくつかの実施形態では、溶液は、コールドチェーン保存を排除するために、生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる。いくつかの実施形態では、生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥(foam drying)または発泡(foam formation)を含む。いくつかの実施形態では、該液は、グリコナノ粒子(glyconanoparticle)、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、ショ糖、スタキオース、ヒドロキシエチルスターチ、または、グリシンおよびマンニトールの組み合わせ、の少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT1のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT2のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT1およびRT2のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、下記の少なくとも1つを特徴とする:deoRタンパク質を含むこと;II型リパーゼを含むこと;10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;Cas5タンパク質を含まないこと;ATP結合カセットトランスポータータンパク質を含むこと;DNA結合応答調節因子を含まないこと;および、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まないこと。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、HP3A11菌株、HP3B4菌株、またはHP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む。
以下の記載では、様々な実施形態についての完全な理解を与えるために、特定の具体的な詳細が説明されている。しかしながら、当業者は、これらの詳細がなくとも、提供される本実施形態を実行し得ることが理解されよう。文脈が特別に必要としない限り、以下の明細書と請求項の全体にわたって、「含む(comprise)」という単語およびその変更形態(例えば、「含む(comprises)」または「含むこと(comprising)」)は、開かれた包括的な意味で、すなわち、「限定されないが、〜を含む」という意味で解釈されるものとする。明細書および添付の請求項内で用いられる通り、単数形「a」、「an」および「the」は、その内容が他に明確に指示していない限り、複数形の指示物を含む。用語「または」は、その内容がそれ以外のものを明確に指示していない限り、「および/または」を含む意味で一般に用いられていることにも留意されたい。さらに、本明細書で提供される見出しは、便宜上のものであり、特許請求の本実施形態の範囲や意味を解釈するものではない。
本明細書に使用されるように、用語「約」は、約10%、5%または1%分だけ記載の量に近い量を指す。
本明細書に使用されるように、組成物と方法を定義するために使用される時の「実質的に〜からなる」は、記載された目的のために、その組み合わせに対し実質的に重要な他の要素を除外することを意味するものとする。したがって、本明細書に定義されるような要素から実質的に成る組成物は、ざ瘡、湿疹、乾癬および酒さなどの皮膚障害を処置するための組成物などの特許請求の本開示の基礎的で新規な特性に実際的に影響しない他の材料または工程を除外しないである。
本明細書に使用されるように、「健康関連」とは、所与の障害と診察された個体においてよりも、健康または疾病の無い個体において、より蔓延している微生物を意味する。特定の実施形態では、疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬、酒さ、またはその任意の組み合わせ、でありうる。健康関連微生物は、統計的に判定することができる。例えば、所与の疾患を有する個体と比較して、健康な疾患に罹患していない個体の皮膚、口腔、または消化器系におけるマイクロバイオームまたは特定の微生物種または菌株の有病率を比較することによる。健康な個体においてより蔓延している属、種または菌株が、健康に関連している。健康関連菌株はまた、所与の皮膚疾患に関連する低レベルの病原性因子を発現するように遺伝子的に組み換えされた、または選択された菌株であり得る。健康関連菌株はまた、所与の皮膚疾患からの保護に関連する高レベルの有益な遺伝子、RNA、またはタンパク質を発現するように遺伝子的に組み換えされた、または選択された菌株であり得る。健康関連菌株はまた、本明細書に記載されるように、マーカーを発現する、または発現しない、または好ましいレベルで発現するように、遺伝子的に組み換えされた、または選択された菌株であり得る。
本明細書に使用されるように、「プロバイオティクス」は、消費または適用された時健康上の利益を提供する微生物である。いくつかの例では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さに関連する、疾病を引き起こす細菌の活性または増殖を抑制する微生物である。
本明細書に使用されるように、参照配列に対し、本明細書においてアミノ酸配列または核酸配列を記載するために使用される場合、用語「相同している」、「相同」、または「パーセント相同する」は、KarlinおよびAltschulによって記述された式を使用して判定することができる(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 2264−2268, 1990, modified as in Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873−5877, 1993)。そのような式は、Altschulらのベーシックローカルアライメントサーチツール(basic local alignment search tool)(BLAST)プログラム(J. Mol. Biol. 215: 403−410, 1990)に組み込まれる。配列のパーセント相同は、本出願の出願日の時点で、BLASTの最新のバージョンを使用して判定することができる。
本明細書に記述されたプロピオニバクテリウム・アクネス、HP3A11、HP4G1およびHP5G4の菌株は、特許手続上の微生物寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の規定に従い、American Tissue Culture Collection (10801 University Boulevard Manassas, VA 20110−2209 USA)に2017年4月6日に寄託された。菌株は、NRRL/ATCCによって試験され、生存可能であると判定された。NRRL/ATCCは、以下のNRRL/ATCC寄託受け入れ番号を菌株:_________に割り当てた。
皮膚障害の処置のための組成物および方法が本出願の全体にわたって提供される。本明細書に開示される組成物は、本明細書に記述された方法によって使用されうることが理解されよう。反対に、本明細書に開示される方法は、本明細書に開示される組成物を適切に利用してもよい。
皮膚障害の処置のための組成物いくつかの態様において、本開示は、細菌の菌株を含む組成物を提供する。細菌の菌株は、概して、皮膚の健康を促進、回復、または増進させる菌株である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株を含む。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、プロピオニバクテリウム細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、ラクトバチルス細菌の菌株である。いくつかの実施形態では、組成物は、被験体の皮膚への適用のために製剤化される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は真菌を含む。真菌は、概して、皮膚の健康を促進、回復、または増進させる真菌である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも1つの健康関連真菌を含む。いくつかの実施形態では、真菌はマラセチアである。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、バクテリオファージを含み、これは簡略のために本明細書でファージとも呼ばれる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはプロピオニバクテリウムファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは健康関連プロピオニバクテリウムファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、皮膚障害がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、ざ瘡がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、湿疹がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、乾癬がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、脂漏性皮膚炎がない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、酒さがない被験体の皮膚上で見られるファージである。いくつかの実施形態では、健康関連プロピオニバクテリウムファージは、皮膚障害がある皮膚よりも、皮膚障害がない皮膚上で、より豊富またはより蔓延しているファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、プロピオニバクテリウム・アクネスファージである。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネスファージは、P.アクネスの選択菌株を標的とする。いくつかの実施形態では、プロピオニバクテリウム・アクネスファージは、P.アクネスの病原性の菌株を標的とする。プロピオニバクテリウム・アクネスファージの非限定的な例は、Farrar et al.(2007)J.Bacteriol., vol.189, pp.4161−4167, and Liu et al.(2015)ISME J,vol.9,pp.2078−2093に記載されている。
いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、(本明細書ではP.アクネスと呼ばれる)プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、P.アクネス亜種アクネス(P.acnes subsp.acnes)の菌株ではない。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、(本明細書にP.アビダムと呼ばれる)プロピオニバクテリウム・アビダムの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、(本明細書にP.グラヌローサムと呼ばれる)プロピオニバクテリウム・グラヌローサムの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、(本明細書にP.アクネス亜種デフェンデンスと呼ばれる)プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス・アウレウスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス・エピデルミディスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、スタフィロコッカス・ホミニスの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の少なくとも1つの健康関連菌株は、ラクトバチルス・ロイテリの菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の菌株は、健康な皮膚または正常な皮膚に関連し、プロバイオティクス(または生存生物学的治療製剤(live biologic therapeutic))と呼ばれる。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、ざ瘡がない皮膚に関連する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、ざ瘡が実質的にない皮膚に関連する。
本明細書に開示される少なくとも1つのプロバイオティクスを含む組成物が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、プロバイオティクスによって被験体の皮膚に引き起こされる炎症の量の評価により、処置のための組成物に選択または評価される。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、被験体のざ瘡を引き起こすのに十分な量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、被験体のざ瘡を悪化させるのに十分な量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連mRNAを誘導しないことがある。プロバイオティクスは、被験体の皮膚に適用される際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連mRNAをほんの少量しか誘導しないことがある。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、プロバイオティクスで角化細胞のサンプルをインキュベートすることにより、選択または評価される。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞と共インキュベートされる(co−incubated)際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、多数の被験体からプールされた皮膚の角化細胞と共インキュベートされる際、少量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導する。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞と共インキュベートされる際、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、多数の被験体からプールされた皮膚の角化細胞(例えば「プールされた皮膚の角化細胞」)と共インキュベートされる時、炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞またはプールされた皮膚の角化細胞と共インキュベートされる際、被験体のざ瘡を引き起こすのに十分な、ある量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、被験体の角化細胞またはプールされた皮膚の角化細胞と共インキュベートされる際、被験体のざ瘡を悪化させるのに十分な、ある量の炎症促進性メディエーターを産生または誘導しない。プロバイオティクスは、被験者自身の角化細胞または複数の健康なボランティア由来のプールされた角化細胞とインキュベートされる際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連mRNAを誘導しないことがある。プロバイオティクスは、被験者自身の角化細胞または複数の健康なボランティア由来のプールされた角化細胞とインキュベートされる際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連mRNAをほんの少量しか誘導しないことがある。プロバイオティクスは、初代ヒト単球とインキュベートされる際、インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインなどのヒト炎症関連のmRNAまたはタンパク質をほんの少量しか誘導しないことがある。ある実施形態では、炎症性インターロイキン、ケモカインまたはサイトカインは、IL−2、IL−12またはMCP−1を含む。細菌による単球におけるIL−12の誘導のための例示的アッセイは、米国特許第9,549,905号に見出すことができる。
本明細書に開示される組成物は、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンを産生する菌株を含んでもよい。いくつかの実施形態では、菌株は、検出できないレベルの少なくとも1つのポルフィリンを産生する。ポルフィリンの非限定的な例は、コプロポルフィリンIIIおよびプロトポルフィリンIXを含む。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約1マイクロモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約750ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約500ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約250ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約200ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約150ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約100ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約50ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約10ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルの少なくとも1つのポルフィリンは、約1ナノモル未満である。いくつかの実施形態では、低レベルは生体外で測定された濃度である。いくつかの実施形態では、低レベルとは、ポルフィリンの蛍光特性により、インサイチュで測定されたレベルである。いくつかの実施形態では、菌株は、ポルフィリン産生が少ない菌株を効果的に作製または選択するために、ポルフィリン産生経路の酵素をコードする核酸を欠失または突然変異させるように遺伝子的に組み換えられる。いくつかの実施形態では、菌株は、細菌の病原性の菌株と比較して、リパーゼ活性が低い。いくつかの実施形態では、菌株は、細菌の病原性の菌株と比較して、免疫性が低い。
医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は:(a)第1の治療上有効的な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物;(b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物;および、(c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む。さらに、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は、実質的に:(a)第1の治療上有効的な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物;(b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物;(c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、および、随意に、(d)本明細書に開示される追加の有効成分、からなる。いくつかの実施形態では、第2の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む。いくつかの実施形態では、ポルフィリンの濃度は、インビトロで測定された濃度である。いくつかの実施形態では、ポルフィリンの濃度は、インサイチュで測定された濃度である。例えば、ポルフィリンの濃度は、約400nmの波長の光、蛍光を検出するカメラ、および蛍光を定量するデジタル画像化ソフトウェアを使用して、被験体の皮膚上で直接測定することができる。いくつかの実施形態では、300から900nmの間の波長の光が使用される。
いくつかの実施形態では、第1の健康関連微生物は、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。
いくつかの実施形態では、第2の健康関連微生物は、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。
いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約800ナノモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約500ナノモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約200ナノモル未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約100nM未満のポルフィリンを産生する。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約10nM未満のポルフィリンを産生する。
いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプRT1またはRT2のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む。いくつかの実施形態では、第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプRT1またはRT2のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む。いくつかの実施形態では、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は:(a)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み;(b)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み;または、(c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く。いくつかの実施形態では、第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は:(a)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み;(b)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み;または、(c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く。
本明細書に開示されるプロバイオティクス菌株は、16S、18Sまたは23SのリボソームのDNA塩基配列、メタゲノムのDNA、特定の健康関連マーカーの存在、疾病関連マーカーの欠如、またはその組み合わせ、によって定義されうる。本明細書に開示されるプロバイオティクス菌株は、精製された菌株を得るために富化または単離されてもよい。
本明細書に開示される細菌の1つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の2つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の3つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の4つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の5つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の6つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の7つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の8つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の9つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。本明細書に開示される細菌の10つ以下の単離された菌株を含む組成物が、本明細書に提供される。
本明細書に開示されるプロバイオティクスは、P.アクネスの病原性菌株の活性を阻害する、細菌の少なくとも1つの菌株を含みうる。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、P.アクネスの病原性菌株に対し静菌性または殺菌性である。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、P.アクネスの病原性菌株の増殖、再増殖または代謝を低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、プラセボ/プロバイオティクスの無い場合(no probiotic)と比較して少なくとも約20%、病原性のP.アクネスの増殖(または再増殖)を低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約30%低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約40%低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約50%低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約60%低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約70%低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約2倍低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約3倍低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約5倍低減する。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、病原性P.アクネスの増殖(または再増殖)を少なくとも約10倍低減する。病原性のP.アクネスの増殖(または再増殖)の阻害または低減は、液体培養物中または固形培地上のいずれかにおけるインビトロのアッセイ中で評価されてもよい。
いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも1つの健康なP.アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、1つ以下の健康なP.アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも2つの健康なP.アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの健康なP.アクネス菌株は、P.アクネス亜種アクネスの菌株ではない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも1つの健康なP.アビダム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、1つ以下の健康なP.アビダム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも2つの健康なP.アビダム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも1つの健康なP.グラヌローサム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、1つ以下の健康なP.グラヌローサム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも2つの健康なP.グラヌローサム菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも1つの健康なP.アクネス亜種デフェンデンス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、1つ以下の健康なP.アクネス亜種デフェンデンス菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも2つの健康なP.アクネス亜種デフェンデンス菌株を含む。
P.アクネス菌株はリボタイプ(RT)によって特徴付けられる。リボタイプは、例えば、Fitz−Gibbon et al.,J.Investigative Dermatology 133:2152−60 (2013)でのように定義される。リボタイプは、菌株の16Sのリボソームのサブユニットの核酸配列によって判定することができる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9またはRT10のリボタイプの少なくとも1つから選択されたリボタイプの健康なP.アクネスを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9またはRT10のリボタイプの少なくとも1つから選択されたリボタイプの健康なP.アクネスを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、RT1およびRT2から選択されたリボタイプの健康なP.アクネスを含む。いくつかの例では、プロバイオティクスは、リボタイプRT6のP.アクネス菌株を含まない。いくつかの例では、プロバイオティクスは、RT3、RT4、RT5およびRT6から選択されたリボタイプのP.アクネス菌株を含まない。いくつかの例では、プロバイオティクスは、リボタイプRT6のP.アクネス菌株を含まない。いくつかの例では、プロバイオティクスは、RT3、RT4およびRT5から選択されたリボタイプのP.アクネス菌株を含まない。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT1のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT2のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT3のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT4のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT5のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT6のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT7のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT8のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT9のP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT10のP.アクネスの菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、RT1、RT2およびRT3の少なくとも1つから選択されたリボタイプのP.アクネスの菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT1のP.アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT2のP.アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT3のP.アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT3のP.アクネス菌株を含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスはRT6リボタイプを含まない。
特定の実施形態では、プロバイオティクスは、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、および、SEQ ID NO:54から選択される配列に95%、97%、98%、99%または100%相同している配列を有する核酸を備えた菌株を含まない。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、および、SEQ ID NO:54から選択される配列に50%を超えて相同している配列を有する核酸を備えた菌株を含まない。ある実施形態では、プロバイオティクスは、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53から選択される配列を有する核酸を備えた菌株を含まない。
特定の実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、異なるリボタイプの複数の微生物を含む。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの2つ以上のP.アクネス菌株の混合物である。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT1のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT2のP.アクネスの第2の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT1のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT3のP.アクネスの第2の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT1のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT6ではないP.アクネスの第2の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT2のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT3のP.アクネスの第2の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT2のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT6ではないP.アクネスの第2の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT2のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT3のP.アクネスの第2の菌株とを含む。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプRT1のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT2のP.アクネスの第2の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプRT1のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT3のP.アクネスの第2の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプRT1のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT6ではないP.アクネスの第2の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプRT2のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT3のP.アクネスの第2の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプRT2のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT6ではないP.アクネスの第2の菌株とからなる。特定の実施形態では、プロバイオティクスは、実質的に、リボタイプRT2のP.アクネスの第1の菌株と、リボタイプRT3のP.アクネスの第2の菌株とからなる。いくつかの実施形態では、P.アクネスの第1の菌株およびP.アクネスの第2の菌株は、別々に提供される。いくつかの実施形態では、P.アクネスの第1の菌株およびP.アクネスの第2の菌株は混合される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、リボタイプRT1、deoR−陽性、II型リパーゼ陽性であり、Cas5を含まず、5%未満のpIMPLEプラスミドを有する、健康関連P.アクネス菌株を含む。いくつかの実施形態では、deoR−陽性は、菌株がdeoRをコードする核酸を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、deoR−陽性は、菌株がdeoRタンパク質を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、II型リパーゼ陽性は、菌株がII型リパーゼをコードする核酸を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、II型リパーゼ陽性は、菌株がII型リパーゼタンパク質を含むことを意味する。いくつかの実施形態では、菌株は、Cas 5タンパク質をコード化する核酸を含まない。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、リボタイプRT2、deoR−陽性、II型リパーゼ陽性であり、Cas5陽性、および、5%未満のpIMPLEプラスミドを有する、健康関連P.アクネス菌株を含む。
特定の実施形態では、プロバイオティクスは、異なるリボタイプの複数の微生物である。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの3つ以上のP.アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、RT1、RT2およびRT3である。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、RT2、RT3でありおよびRT6ではない。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、RT1、RT2でありおよびRT6ではない。特定の実施形態では、異なるリボタイプは、RT1、RT3でありおよびRT6ではない。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、3つのP.アクネス菌株からなり、ここで、3つのP.アクネス菌株はリボタイプRT1、RT2およびRT3である。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、3つのP.アクネス菌株からなり、ここで、3つのP.アクネス菌株はリボタイプRT2、RT3でありおよびRT6ではない。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、3つのP.アクネス菌株からなり、ここで、3つのP.アクネス菌株はリボタイプRT1、RT2でありおよびRT6ではない。特定の実施形態では、混合物は、実質的に、3つのP.アクネス菌株からなり、ここで、3つのP.アクネス菌株はリボタイプRT1、RT3でありおよびRT6ではない。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、P.アクネスの少なくとも1つの健康関連菌株を含み、ここで、P.アクネスの健康関連菌株はRT1またはRT2のリボタイプを有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、P.アクネスの少なくとも2つの健康関連菌株を含み、ここで、P.アクネスの第1の健康関連菌株は、RT1のリボタイプを有しており、P.アクネスの第2の健康関連菌株はRT2のリボタイプを有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、RT1とRT2から選択されるリボタイプを有する本明細書に開示されるP.アクネスの健康関連菌株以外に、P.アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、リボタイプRT6を有するP.アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする核酸を含むP.アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、ATP結合カセットトランスポーターをコードする核酸を含むP.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現するP.アクネスの菌株を含まない。いくつかの実施形態では、プロバイオティクスは、本明細書に記述されるように、ATP結合カセットトランスポーターを発現するP.アクネスの菌株を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、遺伝子的特性によって特定することができる細菌の少なくとも1つの菌株を含む。この遺伝子的特性は、細菌の菌株において、少なくとも存在し、随意に発現される1つ以上の遺伝子として記述することができる。1つ以上の遺伝子は、デオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)をコードする遺伝子を含みうる。1つ以上の遺伝子は、I型リパーゼをコードしうる。1つ以上の遺伝子は、II型リパーゼをコードしうる。1つ以上の遺伝子は、Cas5をコードしうる。いくつかの例では、1つ以上の遺伝子は、デオキシリボースオペロンリプレッサー(deoRと略記される遺伝子、本明細書ではdeoRと略記されるタンパク質)をコードする遺伝子を含まない。いくつかの例では、1つ以上の遺伝子は、I型リパーゼをコードする遺伝子を含まない。いくつかの例では、1つ以上の遺伝子は、II型リパーゼをコードする遺伝子を含まない。いくつかの例では、1つ以上の遺伝子は、Cas5タンパク質をコードする遺伝子を含まない。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、II型リパーゼを発現する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、deoRおよびII型リパーゼを発現する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、Cas5およびII型リパーゼを発現する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるプロバイオティクスは、deoRおよびII型リパーゼおよびCas5を発現する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約25%未満の数の読み取りが整列する(align)。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約20%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約15%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約10%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約9%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約8%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約7%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約6%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約5%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約4%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約3%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約2%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約1%未満の数の読み取りが整列する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、ここで、菌株の配列決定からの読み取りがpIMPLEプラスミドに整列される時に試験された読み取り数あたり、約0.5%未満の数の読み取りが整列する。
いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1であり、I型リパーゼを発現し、deoRおよびCas5を発現しない細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、5%未満の数の読み取りがpIMPLEプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1であり、deoRおよびI型リパーゼを発現し、およびCas5を発現しない細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、5%未満の数の読み取りがpIMPLEプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1であり、deoRおよびII型リパーゼを発現し、およびCas5を発現しない細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、5%未満の数の読み取りがpIMPLEプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT2であり、deoR、II型リパーゼおよびCas5を発現する細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、5%未満の数の読み取りがpIMPLEプラスミドに整列する。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT4であり、I型リパーゼを発現するが、deoRは発現しない細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT6ではなく、deoR、II型リパーゼおよびCas5を発現する細菌の菌株を含み、および、ここで、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取り数当たり、5%未満の数の読み取りがpIMPLEプラスミドに整列する。
幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプRT1である細菌の菌株を含み、I型リパーゼをコードする核酸を含み、及びdeoR又はCas5をコードする核酸を含まず、ここで、読み取りの数の5%未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきpIMPLEプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプRT1である細菌の菌株を含み、deoR及びI型リパーゼをコードする少なくとも1つの核酸を含み、及びCas5をコードする核酸を含まず、ここで、読み取りの数の5%未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきpIMPLEプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプRT1である細菌の菌株、deoR及びII型リパーゼをコードする核酸を含み、Cas5をコードする核酸を含まず、ここで、読み取りの数の5%未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきpIMPLEプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプRT2である細菌の菌株を含み、deoR、II型リパーゼ、及びCas5をコードする少なくとも1つの核酸を含み、ここで、読み取りの数の5%未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきpIMPLEプラスミドに整列する。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプRT4である細菌の菌株を含み、I型リパーゼをコードする核酸を含むが、deoRをコードする核酸を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、リボタイプRT6ではない細菌の菌株を含み、deoR、II型リパーゼ、及びCas5をコードする少なくとも1つの核酸を含み、ここで、読み取りの数の5%未満は、菌株の全ゲノム配列決定から試験された読み取りの数につきpIMPLEプラスミドに整列する。
以下の表1は、異なる遺伝マーカーの解析によって区別され得る、P.アクネス細菌の非限定的な例、又はP.アクネス細菌を含む細菌の集団の要約を提供する。+記号は、deoRとCas5それぞれのラベルが付いたカラムにおける、deoR又はCas5(或いはdeoR又はCas5をコードする核酸)の存在を示す。−記号は、deoRとCas5それぞれのラベルが付いたカラムにおける、deoR又はCas5(或いはdeoR又はCas5をコードする核酸)がないことを示す。% pIMPLEプラスミドは、細菌がpIMPLEプラスミドについて配列決定された時の整列された読み取りの数/試験された読み取りの数を指す。
特定の実施形態において、組成物は、表1の群Aに対応するP.アクネス微生物の少なくとも1つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群Bに対応するP.アクネス微生物の少なくとも1つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群Cに対応するP.アクネス微生物の少なくとも1つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群Dに対応するP.アクネス微生物の少なくとも1つの菌株を含む。
特定の実施形態において、組成物は、表1の群A、B、C、又はDに対応するP.アクネス微生物の少なくとも1つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群A、B、C、又はDに対応するP.アクネス微生物の少なくとも2つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群A、B、C、又はDに対応するP.アクネス微生物の少なくとも3つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群A、B、C、又はDに対応するP.アクネス微生物の少なくとも4つの菌株を含む。特定の実施形態において、組成物は、表1の群A、B、C、又はDに対応するP.アクネス微生物の少なくとも5つの菌株を含む。
幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Eに対応するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Fに対応するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Gに対応するP.アクネスの菌株を含まない。
幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Aに対応するP.アクネスの少なくとも1つの菌株を含むが、表1の群E、F、又はGに対応するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Bに対応するP.アクネスの少なくとも1つの菌株を含むが、表1の群E、F、又はGに対応するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Cに対応するP.アクネスの少なくとも1つの菌株を含むが、表1の群E、F、又はGに対応するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Dに対応するP.アクネスの少なくとも1つの菌株を含むが、表1の群E、F、又はGに対応するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、組成物は、表1の群Cに対応するP.アクネスの少なくとも1つの菌株、及び表1の群Dに対応するP.アクネスの少なくとも1つの菌株を含むが、表1の群E、F、又はGに対応するP.アクネスの菌株を含まない。
健康関連微生物
本明細書には、皮膚障害を処置及び予防するための組成物が提供され、該組成物は健康関連微生物を含む。一般的に、用語「健康関連微生物」は、本明細書で使用されるように、皮膚病と診断された個体よりも、健康な個体又は皮膚病のない個体において蔓延している微生物を指す。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、望ましい又は最適な口腔の健康に関連する。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、望ましい又は最適な胃腸の健康に関連する。
本明細書には、皮膚障害を処置及び予防するための組成物が提供され、該組成物は健康関連微生物を含む。一般的に、用語「健康関連微生物」は、本明細書で使用されるように、皮膚病と診断された個体よりも、健康な個体又は皮膚病のない個体において蔓延している微生物を指す。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、望ましい又は最適な口腔の健康に関連する。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、望ましい又は最適な胃腸の健康に関連する。
健康関連微生物は、本明細書に記載されるプロバイオティクスを含む。健康関連微生物は、本明細書に記載される健康なP.アクネスを含む。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、病原性微生物の少なくとも一部を交換することができる微生物である。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、健康関連菌株の割合を増大するためにマイクロバイオームを改質することができる微生物である。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、病原性微生物又は疾患に関連する微生物の増殖を阻害する。幾つか実施形態の実施形態において、健康関連微生物は、病原性微生物又は疾患に関連する微生物を打ち負かす。特定の実施形態において、皮膚障害は、尋常性ざ瘡(ざ瘡)、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬、又は酒さのうち少なくとも1つから選択される。幾つかの実施形態において、皮膚傷害は、ざ瘡である。
特定の実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、本明細書に開示される疾患、障害、又は疾病を持つ被験体の健康に関する望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康に関連する。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾病、障害、又は疾患がないものとして特徴づけられ得る。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾病、障害、又は疾患のうち1つ以上の症状がないものとして特徴づけられ得る。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾病、障害、又は疾患の全ての症状がないものとして特徴づけられ得る。望ましい健康、最適な健康、又は改善された健康は、疾患、障害、又は疾病を伴う健康に比べて改善された健康として特徴づけられ得る。特定の実施形態において、健康関連微生物は、最適な、望ましい、又は改善された皮膚の健康に関連する。特定の実施形態において、健康関連微生物は、最適な、望ましい、又は改善された口腔の健康に関連する。特定の実施形態において、健康関連微生物は、最適な、望ましい、又は改善された消化の健康に関連する。特定の実施形態において、健康関連微生物は、疾病、障害、又は疾患に関連する健康に比べて最適な、望ましい、又は改善されている、皮膚の健康、消化の健康、又はそれらの任意の組み合わせに関連する、P.アクネスの菌株である。
特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、健康関連微生物の存在下での統計的有意差がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約10%多い量の健康関連微生物がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約50%多い量の健康関連微生物がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約100%多い量の健康関連微生物がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約2倍多い健康関連微生物の存在がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約3倍多い健康関連微生物の存在がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約5倍多い健康関連微生物の存在がある。特定の実施形態において、疾患を持つ個体と比較して、疾患の無い個体の皮膚上では、少なくとも約10倍多い健康関連微生物の存在がある。
特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の単離された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の精製された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の、単離され且つ精製され種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の単離された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の精製された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、細菌の、単離され且つ精製された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの単離された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの精製された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの、単離され且つ精製された種である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、P.アクネスの単離された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、P.アクネスの精製された菌株である。特定の実施形態において、健康関連微生物は、P.アクネスの、単離され且つ精製された菌株である。
本明細書に記載されるように、P.アクネスの幾つかの菌株は、ざ瘡に関連し、P.アクネスの幾つかの菌株はざ瘡又は疾患の無い皮膚に関連する。これらP.アクネスの菌株は、PCR、制限マッピング、サンガー配列決定、及び次世代配列決定などの、当該技術分野で既知の核酸配列決定方法の使用により、遺伝子のレベルで分化され得る。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、全ての皮膚障害ではなく特定の皮膚障害の処置に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、全ての皮膚障害ではなく複数の皮膚障害の処置に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、あらゆる皮膚障害の処置に有用である。非限定的な例として、本明細書に開示される健康関連微生物は、湿疹、脂漏性皮膚炎、又は乾癬ではなく、ざ瘡のみに有用でもよい。別の例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ざ瘡、脂漏性皮膚炎、又は乾癬ではなく、湿疹のみに有用でもよい。別の例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ざ瘡、脂漏性皮膚炎、又は湿疹ではなく、乾癬のみに有用でもよい。別の例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、乾癬、ざ瘡、又は湿疹ではなく、脂漏性皮膚炎のみに有用でもよい。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、湿疹、ざ瘡、及び乾癬に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、ざ瘡、及び湿疹や脂漏性皮膚炎から選択される疾病に有用である。幾つかの例において、本明細書に開示される健康関連微生物は、湿疹、脂漏性皮膚炎、ざ瘡、及び乾癬に有用である。
特定の例において、本明細書に開示される組成物は少なくとも1つの健康関連微生物を含み、該健康関連微生物は、健康な又は通常の皮膚に関連するP.アクネス又は細菌の菌株である。特定の例において、本明細書に開示される組成物は少なくとも1つの健康関連微生物を含み、該健康関連微生物は、被験体自身の角化細胞又は複数の被験体の貯留された角化細胞でインキュベートされると、低レベルの炎症性メディエーターを産生する、P.アクネス又は細菌の菌株である。
特定の実施形態において、組成物は単離されたプロピオンバクテリウム菌株を含む。幾つかの実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約10の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含むと。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約8の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約5の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約6の単離されたプロピオンバクテリウム菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。プロピオンバクテリウム菌株は、本明細書の全体にわたって開示されている。
特定の実施形態において、組成物は、単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、2つの単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約10の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約8の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約5の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約6の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なプロピオンバクテリウム菌株及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
特定の実施形態において、組成物は、単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、2つの単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたプロピオンバクテリウム菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約10の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約8の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約5の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約6の単離されたプロピオンバクテリウム菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なプロピオンバクテリウム菌株及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
特定の実施形態において、組成物は、単離されたP.アクネス菌株を含む。幾つかの実施形態において、単離されたP.アクネス菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約10の単離されたP.アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約8の単離されたP.アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約5の単離されたP.アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約6の単離されたP.アクネス菌株の混合物を含む。特定の実施形態において、単離されたP.アクネス菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。
特定の実施形態において、組成物は、単離されたP.アクネス菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、2つの単離されたP.アクネス菌株、及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたP.アクネス菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約10の単離されたP.アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約8の単離されたP.アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約5の単離されたP.アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約6の単離されたP.アクネス菌株、及び本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なP.アクネス及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
特定の実施形態において、組成物は、単離されたP.アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、2つの単離されたP.アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。幾つかの実施形態において、単離されたP.アクネス菌株は精製された菌株である。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約10の単離されたP.アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約8の単離されたP.アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約2〜約5の単離されたP.アクネス菌株、本明細書に開示される薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、組成物は、約3〜約6の単離されたP.アクネス菌株、薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤、及び少なくとも1つの本明細書に開示される付加的な有効成分から実質的に成る。特定の実施形態において、単離された菌株は、そのファイロタイプ又はリボタイプに基づいて単離される。典型的なP.アクネス及び薬学的に許容可能な賦形剤又は生物学的安定剤は、本明細書の全体にわたって記載される。
特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連ファイロタイプを持つ少なくとも1つのP.アクネスを含む。特定の実施形態において、健康関連ファイロタイプは、I型、II型、及びIII型から選択される。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連ファイロタイプを持つ少なくとも2つのP.アクネス菌株を含み、ここで、健康関連ファイロタイプは、I型、II型、及びIII型の組み合わせである。特定の実施形態において、I型ファイロタイプは、IA型、IB型、及びIC型から選択される。特定の実施形態において、IA型ファイロタイプは、IA1型及びIA2型から選択される。菌株は、McDowell et al. (PLoS ONE 8(9): e70897 (2013))におけるようにファイロタイプ化され(phylotyped)得る。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連微生物の組み合わせを含み、健康関連微生物は、P.アクネスの健康な菌株の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、P.アクネスの健康な菌株の組み合わせは、複数のリボタイプのP.アクネスの菌株の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、複数のリボタイプは、RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9、及びRT10から選択された少なくとも2つのリボタイプを含む。幾つかの実施形態において、複数のリボタイプは、RT1、RT2、及びRT3から選択された少なくとも2つのリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、RT6ではなく、RT1、RT2、RT3から選択された少なくとも2つのリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、RT1とRT2から選択されたリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、RT1とRT3から選択されたリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、RT2とRT3から選択されたリボタイプを含む。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、RT1を含むが、RT6は含まない。特定の実施形態において、複数のリボタイプは、RT2を含むが、RT6は含まない。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、健康関連微生物の組み合わせを含み、健康関連微生物は、P.アクネスの健康な菌株の組み合わせを含む。幾つかの実施形態において、組み合わせは、P.アクネスの第1の菌株及びP.アクネスの第2の菌株を含む。幾つかの実施形態において、P.アクネスの第1の菌株は第1のリボタイプであり、P.アクネスの第2の菌株は第2のリボタイプである。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプ及び第2のリボタイプは同じである。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプ及び第2のリボタイプは異なるものである。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT1であり、第2のリボタイプはRT1である。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT2であり、第2のリボタイプはRT2である。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT1であり、第2のリボタイプはRT2である。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT1であり、第2のリボタイプはRT3である。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT2であり、第2のリボタイプはRT3である。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT1であり、第2のリボタイプはRT6ではない。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT2であり、第2のリボタイプはRT6ではない。幾つかの実施形態において、第1のリボタイプはRT3であり、第2のリボタイプはRT6ではない。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、P.アクネスの健康な菌株を含み、他のタイプの微生物又は細菌を含まない。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、P.アクネスの少なくとも1つの健康関連菌株を含み、P.アクネスの健康関連菌株は、RT1又はRT2のリボタイプを持つ。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される健康関連微生物は、RT1及びRT2から選択されるリボタイプを持つ本明細書に記載されるP.アクネスの健康関連菌株以外の、P.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、リボタイプRT6を持つP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、本明細書に記載されるように、DNA結合応答調節因子又はホスホグリセリン酸キナーゼを発現するP.アクネスの菌株を含まない。幾つかの実施形態において、健康関連微生物は、本明細書に記載されるように、ATP結合カセットトランスポーターを発現するP.アクネスの菌株を含む。
特定の実施形態において、健康関連微生物は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、及びSEQ ID NO:54から選択された配列に95%、97%、98%、99%、又は100%相同する配列を持つ菌株を含まない。特定の実施形態において、健康関連微生物は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、及びSEQ ID NO:54から選択された配列に50%より多く相同する配列を持つ菌株を含まない。特定の実施形態において、健康関連微生物は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53から選択された配列を持つ菌株を含まない。
特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は健康関連微生物を含み、健康関連微生物は、ラクトバチルス・ロイテリ(本明細書ではL.ロイテリと称す)、又はその菌株である。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、KCTC 3679、KCTC 3594、KCTC 3678、及びそれらの任意の組み合わせなどの、Korean Collection for Type Cultures(KCTC)に寄託された菌株から選択された少なくとも1つのL.ロイテリ株を含む。
特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は健康関連微生物を含み、健康関連微生物はスタフィロコッカス−エピデルミディス(S.エピデルミディス)である。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は、14.1.R1、AS1、AU10、AU16、AU21、AU23、AU24、AU35、AU36、AU39、AU40、AU44、AU48、AU53、AU60、AU73、AU81、FS1、G53、IS2、及びそれらの組み合わせから選択された少なくとも1つのS.エピデルミディス株を含む。
選択され、形質転換され、又は操作された細菌
特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物は、皮膚障害に有用な遺伝子又は遺伝子突然変異で選択され、形質転換され、又は操作される、細菌の1つ以上の菌株を含む。故に、細菌は、疾患に関連した形態から「非病原性」形態、又は健康関連形態に形質転換される。特定の実施形態において、皮膚障害の病因に寄与する遺伝子は、対応する遺伝子産物を不活性化する又は少なくするために削除又は突然変異される。特定の実施形態において、皮膚障害の病因を少なくする遺伝子は、対応する遺伝子産物を活性化、又はそのレベルを増大するために突然変異される。特定の実施形態において、細菌は培養物から増殖及び選択され、又は健康な疾患の無い個体から選択される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物は、皮膚障害に有用な遺伝子又は遺伝子突然変異で選択され、形質転換され、又は操作される、細菌の1つ以上の菌株を含む。故に、細菌は、疾患に関連した形態から「非病原性」形態、又は健康関連形態に形質転換される。特定の実施形態において、皮膚障害の病因に寄与する遺伝子は、対応する遺伝子産物を不活性化する又は少なくするために削除又は突然変異される。特定の実施形態において、皮膚障害の病因を少なくする遺伝子は、対応する遺伝子産物を活性化、又はそのレベルを増大するために突然変異される。特定の実施形態において、細菌は培養物から増殖及び選択され、又は健康な疾患の無い個体から選択される。
特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、本明細書に開示される組成物及び方法を介してプロバイオティクスとして送達される特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)をコードする遺伝子を含む。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デオキシリボースオペロンリプレッサーを発現する。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、II型リバーゼをコードする遺伝子を含む。特定の実施形態の中で、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、II型リパーゼを発現する。非限定的な例として、II型リパーゼは、グリセリンエステルヒドロラーゼB(GehB)であり得る。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、I型リバーゼをコードする遺伝子を含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、I型リバーゼを発現しない。非限定的な例として、I型リパーゼは、グリセリンエステルヒドロラーゼA(GehA)であり得る。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、pIMPLEプラスミドを含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ABCトランスポーターをコードする遺伝子を含む。特定の実施形態の中で、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ABCトランスポーターを発現する。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼをコードする遺伝子を含まない。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、DNA結合応答調節因子をコードする遺伝子を含まない。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、DNA結合応答調節因子を含まない。
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシン(dermatin−sulfate adhesin)(例えばDSA1、DSA2)を発現しない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシン(例えばDSA1、DSA2)をコードする核酸を含まない。デルマタン硫酸アドヘシンの不在又は欠失は、角化細胞への微生物の付着を不能にし得る。
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼを発現する。幾つかの実施形態において、ヒアルロニダーゼは、細菌のB群レンサ球菌株により発現されたヒアルロニダーゼである。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼを発現しない。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼをコードする核酸を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、細菌のB群レンサ球菌株により発現されたヒアルロニダーゼをコードする。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌である、細菌の菌株が存在し、且つ、細菌が選択され、形質転換され、又は操作されていない時の細菌の菌株に比べて、ヒアルロニダーゼ遺伝子の発現を増加させる。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌である、細菌の菌株が存在し、且つ、細菌が選択され、形質転換され、又は操作されていない時の細菌の菌株に比べて、ヒアルロニダーゼ活性を増加させる。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌である、細菌の菌株が存在し、且つ、細菌が選択され、形質転換され、又は操作されていない時の細菌の菌株に比べて、ヒアルロニダーゼ活性を減少させる。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、ヒアルロニダーゼ遺伝子を欠いている。
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、トランスポサーゼ2酵素活性を減少させる。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、トランスポサーゼ2酵素活性を欠いている。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌に菌株は、細菌が選択され、形質転換され、操作されていない時の菌株に比べて、活性を減少させる。
特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、マクロライド及びテトラサイクリン系抗生物質に抗生物質感受性を与える。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌には、島をコードするチオペプチドが不在又は欠失している。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌には、チロシンデカルボキシラーゼ島(酸性環境を許容する圧力下で細胞内pHを増大させる)の存在又は追加がある。特定の実施形態において、本明細書に開示される、選択され、形質転換され、又は操作された細菌には、ゼラチンを代謝する能力がある。
特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたS.エピデルミディス(S. epidermidis)を含む。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネスを含む。
特定の実施形態において、細菌は、当該技術分野で既知の組換えDNA技術を使用して形質転換される。特定の実施形態において、細菌は、遺伝子、遺伝子産物、又はその発現を獲得又は失う選択圧の下で細菌を増殖させることにより形質転換される。特定の実施形態において、細菌はCRISPR技術を使用して形質転換される。特定の実施形態において、細菌は相同組換えを使用して形質転換される。
特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含む。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9、及びRT10から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9、及びRT10から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9、及びRT10から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT6ではなく、RT1、RT2、RT3から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT1及びRT2から選択されるリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT1のリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株を含み、ここで選択され、形質転換され、又は操作されたP.アクネス菌株は、RT2のリボタイプを持つ。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、P.アクネスのRT1菌株である。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、P.アクネスのRT2菌株である。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、P.アクネスのRT3菌株である。特定の実施形態において、選択され、形質転換され、又は操作された細菌は、P.アクネスのRT6菌株ではない。
マーカー
マーカー
本明細書には、プロバイオティクス及び健康関連微生物を含む組成物が開示される。本明細書に開示されるプロバイオティクス及び健康関連微生物は通常、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、少なくとも1つのマーカーの健康関連の存在、健康関連の不在、又は健康関連の発現レベルを示す。幾つかの例において、少なくとも1つのマーカーの健康関連発現は、発現の欠如である。幾つかの例において、少なくとも1つのマーカーの健康関連発現は、参考菌株における少なくとも1つのマーカーの発現と比較して低い発現である。幾つかの例において、参考菌株は病原性菌株である。幾つかの例において、参考菌株は健康関連菌株ではない。幾つかの例において、少なくとも1つのマーカーの健康関連発現は、参考菌株における少なくとも1つのマーカーの発現と比較して高い発現である。
幾つかの実施形態において、マーカーは核酸である。幾つかの実施形態において、核酸は、マーカーをコードする遺伝子又はその一部を含む。幾つかの実施形態において、核酸は、マーカーをコードする遺伝子又はその一部である。幾つかの実施形態において、マーカーはタンパク質である。幾つかの実施形態において、マーカーはペプチド(例えば100以下のアミノ酸)である。幾つかの実施形態において、マーカーは核酸でもタンパク質でもない。核酸もタンパク質も含まないマーカーの非限定的な例は、グリカンと脂質を含む。
本明細書に開示される健康関連微生物の典型的なマーカーは、限定されないが、デオキシリボースオペロンリプレッサー、CRISPR関連タンパク質(Casス)、リパーゼ、ATP結合カセットトランスポーター、DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、デルマタン硫酸アドヘシン、及びヒアルロニダーゼを含む。幾つかの例において、細菌の少なくとも1つの菌株はプラスミドを含む。幾つかの例においては、プラスミドの存在又は不在はマーカーである。非限定的な例として、プラスミドは、本明細書に開示されるpIMPLEプラスミドであり得る。更に本明細書に記載されるように、deoR、II型リパーゼ、ABCトランスポーター、又はCas5、或いはそれらの組み合わせの存在は通常、本明細書に開示されるプロバイオティクス及び健康関連微生物に関連する。対照的に、本明細書に開示されるプロバイオティクス及び健康関連微生物は通常、pIMPLEプラスミド、I型リパーゼ、DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、或いはデルマタン硫酸アドヘシン、又はそれらの組み合わせの不在、或いは低い発現に関連する。しかし、性質はそのような一般法則の例外を提示することを、当業者は理解する。それ故、本明細書に記載されるものに代わる、或いはそれとは反対のこれらマーカーの発現パターンは、同様に考慮される。そのようなマーカーによって特徴付けられた1つ以上の菌株を含む組成物は、以下のような記載を含んで、本明細書で更に特徴づけられる。
deoR
幾つかの実施形態において、マーカーはデオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)タンパク質である。幾つかの実施形態において、マーカーは、デオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)をコードする核酸である。幾つかの実施形態において、deoRは、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスに発現される、deoRファミリー転写制御因子である(ATCC 11828, GenBank: AER05724.1)。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、deoRの存在を獲得するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも80%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも90%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも95%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも97%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも98%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも99%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも100%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく病原性菌株)よりも、デオキシリボースオペロンリプレッサーの大きな発現又は活性を持つ。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株と比較して、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約5倍、又は少なくとも約10倍大きな、デオキシリボースオペロンリプレッサーの発現又は活性を持つ。
幾つかの実施形態において、マーカーはデオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)タンパク質である。幾つかの実施形態において、マーカーは、デオキシリボースオペロンリプレッサー(deoR)をコードする核酸である。幾つかの実施形態において、deoRは、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスに発現される、deoRファミリー転写制御因子である(ATCC 11828, GenBank: AER05724.1)。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、deoRの存在を獲得するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも80%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも90%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも95%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも97%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも98%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも99%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、deoRは、SEQ ID NO:1に少なくとも100%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく病原性菌株)よりも、デオキシリボースオペロンリプレッサーの大きな発現又は活性を持つ。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株と比較して、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約5倍、又は少なくとも約10倍大きな、デオキシリボースオペロンリプレッサーの発現又は活性を持つ。
pIMPLEプラスミド
幾つかの実施形態において、マーカーはpIMPLEプラスミドである。幾つかの実施形態において、マーカーはpIMPLEプラスミドの不在である。幾つかの実施形態において、マーカーは低割合のpIMPLEプラスミドである(例えば<10%)。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はpIMPLEプラスミドを含まない。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約80%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約90%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約95%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約97%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約98%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約99%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも100%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、SEQ ID NO:2に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同するプラスミドは、細菌の少なくとも1つの菌株から部分的に又は完全に削除される。特定の実施形態において、SEQ ID NO:2に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同するプラスミドは、1つ以上のヌクレオチドの挿入、又は、細菌の選択され、形質転換され、又は操作された菌株のフレームシフト突然変異の導入により分裂される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、完全なpIMPLEプラスミド(SEQ ID NO:2)の部分を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:2に明記される完全なpIMPLE配列セットの約約25%、20%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%未満を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、RT6菌株又は他の疾患に関連する菌株に存在するpIMPLEプラスミドの特定の部分を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、pIMPLEプラスミド(SEQ ID NO:2)の少ないコピー数を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの5未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの4未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの3未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの2未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの1つのコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、pIMPLEプラスミド(SEQ ID NO:2)の低い割合を含む。特定の実施形態において、細菌は、約15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、約1.0%、0.9%、0.8%、0.7%、0.6%、0.5%、0.4%、0.3%、0.2%、0.1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。pIMPLEプラスミドの割合は、%読み取りが整列されるように、P.アクネス細菌の次世代配列決定により判定され得る。特定の実施形態において、pIMPLEの割合は、HL096PA1(RT5)からpIMPLEへと整列する合計の配列決定の読み取りの割合である。
幾つかの実施形態において、マーカーはpIMPLEプラスミドである。幾つかの実施形態において、マーカーはpIMPLEプラスミドの不在である。幾つかの実施形態において、マーカーは低割合のpIMPLEプラスミドである(例えば<10%)。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はpIMPLEプラスミドを含まない。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約80%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約90%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約95%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約97%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約98%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも約99%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、pIMPLEプラスミドは、SEQ ID NO:2に少なくとも100%相同する配列を持つ。特定の実施形態において、SEQ ID NO:2に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同するプラスミドは、細菌の少なくとも1つの菌株から部分的に又は完全に削除される。特定の実施形態において、SEQ ID NO:2に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同するプラスミドは、1つ以上のヌクレオチドの挿入、又は、細菌の選択され、形質転換され、又は操作された菌株のフレームシフト突然変異の導入により分裂される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、完全なpIMPLEプラスミド(SEQ ID NO:2)の部分を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:2に明記される完全なpIMPLE配列セットの約約25%、20%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%未満を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、RT6菌株又は他の疾患に関連する菌株に存在するpIMPLEプラスミドの特定の部分を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、pIMPLEプラスミド(SEQ ID NO:2)の少ないコピー数を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの5未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの4未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの3未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの2未満のコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、1つの細菌ゲノムにつきpIMPLEプラスミドの1つのコピーを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、pIMPLEプラスミド(SEQ ID NO:2)の低い割合を含む。特定の実施形態において、細菌は、約15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、約1.0%、0.9%、0.8%、0.7%、0.6%、0.5%、0.4%、0.3%、0.2%、0.1%未満のpIMPLEプラスミドを含む。pIMPLEプラスミドの割合は、%読み取りが整列されるように、P.アクネス細菌の次世代配列決定により判定され得る。特定の実施形態において、pIMPLEの割合は、HL096PA1(RT5)からpIMPLEへと整列する合計の配列決定の読み取りの割合である。
リパーゼ
幾つかの実施形態において、マーカーはリバーゼである。幾つかの実施形態において、マーカーはリバーゼをコードする核酸である。幾つかの実施形態において、マーカーは、リバーゼをコードする核酸の不在である。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、リパーゼを発現する細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、リバーゼはI型リバーゼである。幾つかの実施形態において、リバーゼはII型リバーゼである。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、I型リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、II型リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、細菌の菌株は、II型リパーゼをコードする核酸を含む。I型リパーゼとII型リパーゼは、本明細書に記載されるように、同様の核酸によりコードされ得る。例えば、I型リパーゼをコードする遺伝子は、遺伝子間領域における6bp欠失及び単独塩基欠失の際にII型リパーゼをコードし、後者は未熟な終止コドンを作成するフレームシフトを引き起こす。例えば図7を参照。
幾つかの実施形態において、マーカーはリバーゼである。幾つかの実施形態において、マーカーはリバーゼをコードする核酸である。幾つかの実施形態において、マーカーは、リバーゼをコードする核酸の不在である。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、リパーゼを発現する細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、リバーゼはI型リバーゼである。幾つかの実施形態において、リバーゼはII型リバーゼである。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、I型リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、II型リパーゼを発現しない細菌の菌株を含む。幾つかの実施形態において、細菌の菌株は、II型リパーゼをコードする核酸を含む。I型リパーゼとII型リパーゼは、本明細書に記載されるように、同様の核酸によりコードされ得る。例えば、I型リパーゼをコードする遺伝子は、遺伝子間領域における6bp欠失及び単独塩基欠失の際にII型リパーゼをコードし、後者は未熟な終止コドンを作成するフレームシフトを引き起こす。例えば図7を参照。
I型リパーゼ
幾つかの実施形態において、マーカーはI型リバーゼである。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はI型リバーゼを発現しない。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はI型リバーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、I型リパーゼの発現又は活性の不在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、I型リパーゼの発現又は活性の存在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて低い、I型リパーゼの発現又は活性のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約1.5倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。
幾つかの実施形態において、マーカーはI型リバーゼである。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はI型リバーゼを発現しない。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はI型リバーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、I型リパーゼの発現又は活性の不在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、I型リパーゼの発現又は活性の存在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて低い、I型リパーゼの発現又は活性のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約1.5倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍低い、I型リパーゼの発現又は活性を有している。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はI型リバーゼを発現する。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、I型リパーゼの発現又は活性の存在のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、菌株は、参考菌株に比べて大きい、I型リパーゼの発現又は活性のために選択され、形質転換され、或いは操作されている。
幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:2の配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも80%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも90%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも95%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも97%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも98%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも99%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:10に少なくとも80%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60の配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも80%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも90%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも95%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも97%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも98%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも99%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60に少なくとも80%相同する配列によりコードされる。
特定の実施形態において、SEQ ID NO:10に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸は、少なくとも1つの菌株から部分的に又は完全に削除される。特定の実施形態において、核酸は、核酸の3’末端から少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又はそれ以上欠失される。特定の実施形態において、核酸は、核酸の5’末端から少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又はそれ以上欠失される。
特定の実施形態において、SEQ ID NO:10に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸は、1つ以上のヌクレオチドの挿入、又は、少なくとも1つの菌株のフレームシフト突然変異の導入により分裂される。特定の実施形態において、SEQ ID NO:10に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸の、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、又は少なくとも約95%が、分裂される。
II型リパーゼ
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はII型リバーゼを発現する。II型リパーゼの非限定的な例は、リパーゼADE00051、HMPREF0675_4856である。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はII型リバーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、II型リバーゼを発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて少なくとも約1.5倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はII型リバーゼを発現する。II型リパーゼの非限定的な例は、リパーゼADE00051、HMPREF0675_4856である。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はII型リバーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、II型リバーゼを発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて少なくとも約1.5倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍大きい、II型リパーゼの発現又は活性を有している。
幾つかの実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61を含む核酸から発現される。SEQ ID NO:61は、プロピオニバクテリウム・アクネスATCC 11828の完全な環状のゲノムに見出され、ATCC 11828の位置390,423にて開始する。以下のその後の位置は、SEQ ID NO:61の第1のヌクレオチドに関連している。リパーゼのコーディング配列は、ADE0051、HMPREF0675_4856、及びSEQ ID NO:3として本明細書で言及される、塩基22−1032である。塩基1−21は遺伝子間領域である。II型リパーゼは、位置7にGを有し、位置16にAを有している。幾つかの実施形態において、I型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:60を含む核酸から発現される。対照的に、SEQ ID NO:61に比べて、SEQ ID NO:60は、塩基対1と2の間に挿入された6bp配列TAGATA、位置7にA、位置16にG、及び塩基対145と146の間にGを有している。SEQ ID NO:60とSEQ ID NO:61を表8に示す。図7はまた、I型リパーゼ及びII型リパーゼをコードする配列間の差を示す。
特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:3に少なくとも約90%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:3に少なくとも約95%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:3に少なくとも約97%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:3に少なくとも約97%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:3に少なくとも約99%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:3に100%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61に少なくとも約90%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61に少なくとも約95%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61に少なくとも約97%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61に少なくとも約97%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61に少なくとも約99%相同する核酸によりコードされる。特定の実施形態において、II型リパーゼの少なくとも一部は、SEQ ID NO:61に100%相同する核酸によりコードされる。
CRISPR/Cas5
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCRISPR遺伝子座又はその一部を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、CRISPR関連タンパク質(Cas)を発現する。非限定的な例として、CRISPR関連タンパク質は、Cas5、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a、Cas8b、Cas8c、Cas10d、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、GSU0054、Cas10、Csm2、Cmr5、Cas10、Csx11、Csx10、Csf1、Csn2、Cas4、C2cl、C2c3、及びC2c2を含む。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCRISPR遺伝子座又はその一部を含む。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、CRISPR関連タンパク質(Cas)を発現する。非限定的な例として、CRISPR関連タンパク質は、Cas5、Cas9、Cpf1、Cas3、Cas8a、Cas8b、Cas8c、Cas10d、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、GSU0054、Cas10、Csm2、Cmr5、Cas10、Csx11、Csx10、Csf1、Csn2、Cas4、C2cl、C2c3、及びC2c2を含む。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCas5を発現する。幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCas5をコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、Cas5を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて少なくとも約1.5倍大きい、Cas5の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍大きい、Cas5の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株にて少なくとも約3倍大きい、Cas5の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍大きい、Cas5の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍大きい、Cas5の発現又は活性を有している。
幾つかの例において、細菌の少なくとも1つの菌株はCas5を発現する。幾つかの実施形態において、P.アクネスの菌株は、Cas5の存在に基づいて、健康関連P.アクネス、又は疾患に関連するP.アクネスと特徴付けられる。幾つかの実施形態において、Cas5は、P.アクネス菌株ATCC 11828に見出される。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に明記されるような配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に少なくとも約70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に対し約70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又は100%の配列同一性を持つ配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に約95%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に約97%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に約99%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、Cas5は、SEQ ID NO:8に約100%相同する配列によりコードされる。
幾つかの例において、細菌の少なくとも1つの菌株はCas5をコードする核酸を含み、核酸は、SEQ ID NO:8の少なくとも約10、少なくとも約20、少なくとも約30、少なくとも約40、少なくとも約50、少なくとも約60、少なくとも約70、少なくとも約80、少なくとも約90、少なくとも約100、少なくとも約110、少なくとも約120、少なくとも約130、少なくとも約140、少なくとも約150、少なくとも約160、少なくとも約170、少なくとも約180、少なくとも約190、少なくとも約200、少なくとも約210、少なくとも約220、少なくとも約230、少なくとも約240、少なくとも約250、少なくとも約260、少なくとも約270、少なくとも約280、少なくとも約290、少なくとも約300、少なくとも約310、少なくとも約320、少なくとも約330、少なくとも約340、少なくとも約350、少なくとも約360、少なくとも約370、少なくとも約380、少なくとも約390、少なくとも約400、少なくとも約410、少なくとも約420、少なくとも約430、少なくとも約440、少なくとも約450、少なくとも約460、少なくとも約470、少なくとも約480、少なくとも約490、少なくとも約500、少なくとも約550、少なくとも約650、少なくとも約700、又は約700より多くの連続する塩基を含む。幾つかの例において、細菌の少なくとも1つの菌株はCas5をコードする核酸を含み、核酸は、SEQ ID NO:8の約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、約100、約110、約120、約130、約140、約150、約160、約170、約180、約190、約200、約210、約220、約230、約240、約250、約260、約270、約280、約290、約300、約310、約320、約330、約340、約350、約360、約370、約380、約390、約400、約410、約420、約430、約440、約450、約480、約490、約500、約550、約650、約700、又は約700以上の連続する塩基を含む。
ABCトランスポーター
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はATP結合カセットトランスポーターを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ATP結合カセットトランスポーター(ABCトランスポーター)をコードする核酸を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の発現又は過剰発現のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターの活性の増加のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の存在のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の過剰発現のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターの活性の増加のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の存在のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の過剰発現のために操作される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターの活性の増加のために操作される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の存在のために操作される。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部である。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部であり、既知のABCのトランスポーターの一部は、既知のABCトランスポーターの活性を達成することができる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部であり、既知のABCのトランスポーターの一部は、既知のABCトランスポーターの酵素活性を達成することができる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部であり、既知のABCのトランスポーターの一部は、既知のABCトランスポーターの輸送活性を達成することができる。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はATP結合カセットトランスポーターを含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ATP結合カセットトランスポーター(ABCトランスポーター)をコードする核酸を含む。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の発現又は過剰発現のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターの活性の増加のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の存在のために選択される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の過剰発現のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターの活性の増加のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の存在のために形質転換される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の過剰発現のために操作される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターの活性の増加のために操作される。特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、ABCトランスポーターをコードする核酸の存在のために操作される。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部である。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部であり、既知のABCのトランスポーターの一部は、既知のABCトランスポーターの活性を達成することができる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部であり、既知のABCのトランスポーターの一部は、既知のABCトランスポーターの酵素活性を達成することができる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは既知のABCトランスポーターの一部であり、既知のABCのトランスポーターの一部は、既知のABCトランスポーターの輸送活性を達成することができる。
特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて少なくとも約1.5倍大きい、ABCトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍大きい、ABCトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍大きい、ABCトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍大きい、ABCトランスポーターの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍大きい、ABCトランスポーターの発現又は活性を有している。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示されるABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列、又はSEQ ID NO:6に相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約80%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約90%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約95%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約96%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約97%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約98%相同する配列によりコードされる。幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に少なくとも約99%相同する配列によりコードされる。
幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に100%相同する配列によりコードされる。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、少なくとも1つの菌株に部分的又は完全に存在するSEQ ID NO:6に少なくとも約80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸で、(完全に又は部分的に)選択され、形質転換され、又は操作される。
幾つかの実施形態において、ABCトランスポーターは、SEQ ID NO:6に100%相同する配列によりコードされる。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、少なくとも1つの菌株に部分的又は完全に存在するSEQ ID NO:6に少なくとも約80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸で、(完全に又は部分的に)選択され、形質転換され、又は操作される。
DNA結合応答調節因子
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はDNA結合応答調節因子を含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、DNA結合応答調節因子をコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、DNA結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために選択されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、DNA結合応答調節因子の不在のために選択されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の不在のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の不在のために操作されている。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はDNA結合応答調節因子を含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、DNA結合応答調節因子をコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、DNA結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために選択されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、DNA結合応答調節因子の不在のために選択されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の不在のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の発現又は活性の減少のために操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、DNA結合応答調節因子の不在のために操作されている。
特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて少なくとも約1.5倍少ない、DNA結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍少ない、DNA結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍少ない、DNA結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍少ない、DNA結合応答調節因子の発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍少ない、DNA結合応答調節因子の発現又は活性を有している。
特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:7に少なくとも90%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:7に少なくとも90%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:7に少なくとも95%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:7に少なくとも95%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:7に少なくとも97%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:7に少なくとも97%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:7に少なくとも99%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:7に少なくとも99%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:7に100%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:7に100%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。
特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、1つ以上のヌクレオチドの挿入、又はフレームシフト突然変異の導入により分裂される核酸を含み、核酸は、分裂される前に、SEQ ID NO:7に80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同している。例えば、特定の実施形態において、SEQ ID NO:7に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又はそれ以上の、核酸の3’末端により削除される。特定の実施形態において、SEQ ID NO:7に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又はそれ以上の、核酸の5’末端により削除される。
ホスホグリセリン酸キナーゼ
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はホスホグリセリン酸キナーゼを含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために選択されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために選択されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために操作されている。
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はホスホグリセリン酸キナーゼを含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼをコードする核酸を含まない。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために選択されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために選択されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために形質転換されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性の減少のために操作されている。特定の実施形態において、本明細書に開示される細菌は、ホスホグリセリン酸キナーゼの不在のために操作されている。
特定の実施形態において、細菌の少なくとも1つの菌株は、参考菌株(例えば、健康関連菌株ではなく、病原性の菌株)に比べて少なくとも約1.5倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約2倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約3倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約5倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて少なくとも約10倍少ない、ホスホグリセリン酸キナーゼの発現又は活性を有している。
特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:9に少なくとも90%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:9に少なくとも90%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:9に少なくとも95%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:9に少なくとも95%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:9に少なくとも97%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:9に少なくとも97%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:9に少なくとも99%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:9に少なくとも99%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、SEQ ID NO:9に100%相同する核酸を取り除くために選択され、形質転換され、又は操作されている。特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、参考菌株に比べて低いレベルで、SEQ ID NO:9に100%相同する核酸を発現するために選択され、形質転換され、又は操作されている。
特定の実施形態において、少なくとも1つの菌株は、1つ以上のヌクレオチドの挿入、又はフレームシフト突然変異の導入により分裂される核酸を含み、核酸は、分裂される前に、SEQ ID NO:9に80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同している。例えば、特定の実施形態において、SEQ ID NO:9に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又はそれ以上の、核酸の3’末端により削除される。特定の実施形態において、SEQ ID NO:9に少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、又は100%相同する核酸は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、又はそれ以上の、核酸の5’末端により削除される。
デルマタン硫酸アドヘシン
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシン(DSA1とDSA2)を含まない。ある実施形態では、少なくとも1つの菌株は、デルマタン硫酸アドヘシンをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、少なくとも1つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために選択された。ある実施形態では、少なくとも1つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために選択された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために形質転換された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために形質転換された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために操作された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために操作された。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシン(DSA1とDSA2)を含まない。ある実施形態では、少なくとも1つの菌株は、デルマタン硫酸アドヘシンをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、少なくとも1つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために選択された。ある実施形態では、少なくとも1つの菌株はデルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために選択された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために形質転換された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために形質転換された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの減少した発現または活性のために操作された。ある実施形態では、本明細書に開示された細菌は、デルマタン硫酸アドヘシンの欠如のために操作された。
ある実施形態では、細菌は、発現または活性の低下、あるいはデルマタン硫酸アドヘシンの欠失のために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、参考菌株と比較して、1.5倍、2倍、3倍、または10倍少ないDSA1またはDSA2の発現または活性を有する。ある実施形態では、DSA1またはDSA2は、選択され、形質転換され、操作され、または操作された最近のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、DSA1またはDSA2は、選択され、形質転換され、操作され、または操作された細菌のゲノムにおける1つ以上のヌクレオチドの挿入あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。
ヒアルロニダーゼ
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼを含まない。ヒアルロニダーゼはヒアルロン酸リアーゼ(locus tag PPA_RS01930)としても知られている。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼ活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するヒアルロニダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼを含まない。ヒアルロニダーゼはヒアルロン酸リアーゼ(locus tag PPA_RS01930)としても知られている。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼ活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するヒアルロニダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はヒアルロニダーゼをコードする核酸を有する。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するヒアルロニダーゼのより高い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、1.5倍大きなまたは1.5倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、2倍大きなまたは2倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、3倍大きなまたは3倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、5倍大きなまたは5倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、10倍大きなまたは10倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも90%の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも95%の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも97%の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも97%の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも99%の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して100%の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はP.アクネス細菌である。ある実施形態では、SEQ ID NO:4に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた遺伝子は、合成細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、SEQ ID NO:4に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた遺伝子は、選択され、形質転換され、または操作され、または操作された細菌のゲノムにおける1つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは選択された細菌は、deoR+、II型リパーゼ陽性、pIMPLE陰性、またはCRISPR Cas5陽性である。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌、あるいは選択された細菌は、リボタイプRT1および/またはRT2のP.アクネスを含む。
ある実施形態では、細菌はヒアルロン酸リアーゼのより少ない発現または欠如のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、ヒアルロニダーゼ遺伝子の存在を把握するために、選択され、形質転換され、操作され、または操作された。ヒアルロニダーゼはヒアルロン酸リアーゼ(locus tag PPA_RS01930)としても知られている。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、1.5倍大きなまたは1.5倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、2倍大きなまたは2倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、3倍大きなまたは3倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、5倍大きなまたは5倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌は、選択されていない、形質転換されていない、または、操作されていない菌株と比較して、10倍大きなまたは10倍小さなヒアルロン酸リアーゼの発現または活性を有する。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも90%の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも95%の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも97%の相同性を有する核酸を、より大きなレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも97%の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して少なくとも99%の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:4に対して100%の相同性を有する核酸を、より高いレベルで獲得するまたは発現するために、選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はP.アクネス細菌である。ある実施形態では、SEQ ID NO:4に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた核酸は、合成細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、SEQ ID NO:4に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムにおける1つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは選択された細菌は、deoR+、II型リパーゼ陽性、pIMPLE陰性、またはCRISPR Cas5陽性である。ある実施形態では、選択され、形質転換され、または操作された細菌、あるいは選択された細菌は、リボタイプRT1および/またはRT2のP.アクネスを含む。
アラニンデヒドロゲナーゼ
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼ活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するアラニンデヒドロゲナーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼ活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はアラニンデヒドロゲナーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するアラニンデヒドロゲナーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
ある実施形態では、細菌は、アラニンデヒドロゲナーゼをコードする核酸またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。いくつかの実施形態において、アラニンデヒドロゲナーゼはSEQ ID NO:5の配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、アラニンデヒドロゲナーゼは、SEQ ID NO:5に少なくとも80%相同する配列によってコードされる。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:5に少なくとも90%の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:5に少なくとも95%の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:5に少なくとも97%の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:5に少なくとも98%の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:5に少なくとも99%の相同性を有するアラニンデヒドロゲナーゼまたはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、SEQ ID NO:5に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、SEQ ID NO:5に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムにおける1つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、核酸は、核酸の3’末端から少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%以上欠失している。ある実施形態では、核酸は、核酸の5’末端から少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%以上欠失している。
トランスポゼース2
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2をコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するトランスポサーゼ2の低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2活性を有しておらず、deoRを発現し、リボタイプRT1である。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2活性を有していない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2をコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、それぞれ選択、形質転換、あるいは操作の前に、細菌に対するトランスポサーゼ2の低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はトランスポサーゼ2活性を有しておらず、deoRを発現し、リボタイプRT1である。
ある実施形態では、細菌は、トランスポサーゼ2をコードする核酸またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。いくつかの実施形態において、トランスポサーゼ2はSEQ ID NO:48の配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、トランスポサーゼ2は、SEQ ID NO:48に少なくとも80%相同する配列によってコードされる。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:48に少なくとも90%の相同性を有するトランスポサーゼ2またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:48に少なくとも95%の相同性を有するトランスポサーゼ2またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:48に少なくとも97%の相同性を有するトランスポサーゼ2またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:48に少なくとも98%の相同性を有するトランスポサーゼ2またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、細菌は、SEQ ID NO:48に少なくとも99%の相同性を有するトランスポサーゼ2またはその一部の欠如または欠失のために選択され、形質転換され、または操作される。ある実施形態では、SEQ ID NO:48に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムから部分的にまたは完全に欠失している。ある実施形態では、SEQ ID NO:48に対して少なくとも80%、90%、95%、98%、99%、または100%の相同性を備えた核酸は、選択され、形質転換され、または操作された、あるいは操作された細菌のゲノムにおける1つ以上のヌクレオチドの挿入、あるいはフレームシフト突然変異の導入によって崩壊する。ある実施形態では、核酸は、核酸の3’末端から少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%以上欠失している。ある実施形態では、核酸は、核酸の5’末端から少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%以上欠失している。
追加のマーカー
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、多糖類の生合成を媒介するタンパク質、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、アミノ酸の生合成を媒介するタンパク質、炭水化物代謝を媒介するタンパク質、およびグリセロール輸送を媒介するタンパク質から選択された少なくとも1つのタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、タンパク質をコードする少なくとも1つの核酸を含み、タンパク質は、多糖類の生合成、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、アミノ酸の生合成を媒介するタンパク質、炭水化物代謝を媒介するタンパク質、およびグリセロール輸送を媒介するタンパク質を媒介する。いくつかの実施形態において、多糖類の生合成を媒介するタンパク質はグリコシルトランスフェラーゼである。いくつかの実施形態において、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質は、D−アラニン−D−アラニンリガーゼである。いくつかの実施形態において、アミノ酸生合成を媒介するタンパク質はコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼである。いくつかの実施形態において、タンパク質はグリセロール取り込み促進タンパク質である。いくつかの実施形態では、PTX3タンパク質は、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼである。いくつかの実施形態において、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼはhemY遺伝子によってコードされる。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、多糖類の生合成を媒介するタンパク質、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、アミノ酸の生合成を媒介するタンパク質、炭水化物代謝を媒介するタンパク質、およびグリセロール輸送を媒介するタンパク質から選択された少なくとも1つのタンパク質を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、タンパク質をコードする少なくとも1つの核酸を含み、タンパク質は、多糖類の生合成、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、アミノ酸の生合成を媒介するタンパク質、炭水化物代謝を媒介するタンパク質、およびグリセロール輸送を媒介するタンパク質を媒介する。いくつかの実施形態において、多糖類の生合成を媒介するタンパク質はグリコシルトランスフェラーゼである。いくつかの実施形態において、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質は、D−アラニン−D−アラニンリガーゼである。いくつかの実施形態において、アミノ酸生合成を媒介するタンパク質はコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼである。いくつかの実施形態において、タンパク質はグリセロール取り込み促進タンパク質である。いくつかの実施形態では、PTX3タンパク質は、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼである。いくつかの実施形態において、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼはhemY遺伝子によってコードされる。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、グリコシルトランスフェラーゼ、D−アラニン−D−アラニンリガーゼ、およびコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼから選択されるタンパク質をコードする少なくとも1つの核酸を含む。
ある実施形態では、細菌はタンパク質のより多い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。タンパク質は、多糖類の生合成を媒介するタンパク質、細胞壁の生合成を媒介するタンパク質、およびアミノ酸の生合成を媒介するタンパク質から選択される。ある実施形態では、細菌は、グリコシルトランスフェラーゼ、D−アラニン−D−アラニンリガーゼ、およびコバラミン非依存性のメチオニンシンターゼから選択されたタンパク質のより大きな発現あるいは活性のために選択され、形質転換され、または操作された。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株は、Christie−Atkins−Munch−Petersen(CAMP)タンパク質を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCAMP1タンパク質を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCAMP2タンパク質を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCAMP3タンパク質を含まない。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はCAMPタンパク質をコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、選択、形質転換、あるいは操作がされていない細菌に対するCAMPタンパク質の低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はCAMPタンパク質の非発現または非活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は少なくともCAMPタンパク質をコードする核酸の一部を除去するために突然変異させられた。いくつかの実施形態において、CAMPタンパク質は、CAMP1、CAMP2、およびCAMP3から選択される。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はシアリダーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はシアリダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、選択、形質転換、あるいは操作がされていない細菌に対するシアリダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はシアリダーゼの非発現または非活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は少なくともシアリダーゼをコードする核酸の一部を除去するために突然変異させられた。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はノイラミニダーゼを含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、細菌の少なくとも1つの菌株を含み、細菌の少なくとも1つの菌株はノイラミニダーゼをコードする核酸を含まない。ある実施形態では、細菌は、選択、形質転換、あるいは操作がされていない細菌に対するノイラミニダーゼの低い発現または活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌はノイラミニダーゼの非発現または非活性のために選択され、形質転換され、または操作された。ある実施形態では、細菌は少なくともノイラミニダーゼをコードする核酸の一部を除去するために突然変異させられた。
ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより高い活性あるいは発現のために選択され、形質転換され、または操作された:アドヘシン(NCBI Accession No.50842581);CAMP因子(NCBI Accession No.50842175、50842711、50842820、50843546);エンドグリコセラミダーゼ(NCBI Accession No.50842131);鉄輸送リポタンパク質(NCBI Accession No.50841911);リゾチームM1(NCBI Accession No.50843125);プロテインPAGK_237(NCBI Accession No.482891444);プロテインPPA0532(NCBI Accession No.50842016);プロテインPPA0533(NCBI Accession No.50842017);あるいは、プロテインPPA1498(NCBI Accession No.50842976)。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする核酸を用いて、選択され、形質転換され、または操作された:アドヘシン(NCBI Accession No.50842581);CAMP因子(NCBI Accession No.50842175、50842711、50842820、50843546);エンドグリコセラミダーゼ(NCBI Accession No.50842131);鉄輸送リポタンパク質(NCBI Accession No.50841911);リゾチームM1(NCBI Accession No.50843125);プロテインPAGK_237(NCBI Accession No.482891444);プロテインPPA0532(NCBI Accession No.50842016);プロテインPPA0533(NCBI Accession No.50842017);あるいは、プロテインPPA1498(NCBI Accession No.50842976)。
ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより低い活性あるいは発現のために選択され、形質転換され、または操作された:アドヘシン(NCBI Accession No.50843565または50843645);細胞壁ヒドロラーゼ(NCBI Accession No.50843410);リパーゼ/アシルヒドロラーゼ(NCBI Accession No.50843480);NPL/P60タンパク質(NCBI Accession No.50842209);ペプチドABCトランスポーター(NCBI Accession No.50843590);プロテインPPA1197(NCBI Accession No.50842677);プロテインPPA1281(NCBI Accession No.50842762);プロテインPPA1715(NCBI Accession No.50843175);プロテインPPA1939(NCBI Accession No.50843388);プロテインPPA2239(NCBI Accession No.50843674);まれなリポタンパク質Arlpa(NCBI Accession No.50843612);あるいは、トリアシルグリセロールリパーゼ(NCBI Accession No.50843543)。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする遺伝子を欠失させるまたは崩壊させるためにヌクレオチドを用いて、選択され、形質転換され、または操作された:アドヘシン(NCBI Accession No.50843565または50843645);細胞壁ヒドロラーゼ(NCBI Accession No.50843410);リパーゼ/アシルヒドロラーゼ(NCBI Accession No.50843480);NPL/P60タンパク質(NCBI Accession No.50842209);ペプチドABCトランスポーター(NCBI Accession No.50843590);プロテインPPA1197(NCBI Accession No.50842677);プロテインPPA1281(NCBI Accession No.50842762);プロテインPPA1715(NCBI Accession No.50843175);プロテインPPA1939(NCBI Accession No.50843388);プロテインPPA2239(NCBI Accession No.50843674);まれなリポタンパク質Arlpa(NCBI Accession No.50843612);あるいは、トリアシルグリセロールリパーゼ(NCBI Accession No.50843543)。
ある実施形態では、本明細書で開示された細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより低い活性あるいは発現のために、選択され、形質転換され、または操作された:HMPREF0675_4855;HMPREF0675_4856;HMPREF0675_4479;HMPREF0675_4480;HMPREF0675_4481;HMPREF0675_3655/3657;HMPREF0675_4816;HMPREF0675_4817;HMPREF0675_5205;HMPREF0675_5206;HMPREF0675_5014;HMPREF0675_5101;HMPREF0675_5159;HMPREF0675_4093/4094;HMPREF0675_4163;HMPREF0675_5031;HMPREF0675_5390;HMPREF0675_3037。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする遺伝子を欠失させるまたは崩壊させるためにヌクレオチドを用いて、選択され、形質転換され、または操作された:HMPREF0675_4855;HMPREF0675_4856;HMPREF0675_4479;HMPREF0675_4480;HMPREF0675_4481;HMPREF0675_3655/3657;HMPREF0675_4816;HMPREF0675_4817;HMPREF0675_5205;HMPREF0675_5206;HMPREF0675_5014;HMPREF0675_5101;HMPREF0675_5159;HMPREF0675_4093/4094;HMPREF0675_4163;HMPREF0675_5031;HMPREF0675_5390;HMPREF0675_3037。
ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかのより高い活性あるいは発現のために選択され、形質転換され、または操作された:HMPREF0675_4855;HMPREF0675_4856;HMPREF0675_4479;HMPREF0675_4480;HMPREF0675_4481;HMPREF0675_3655/3657;HMPREF0675_4816;HMPREF0675_4817;HMPREF0675_5205;HMPREF0675_5206;HMPREF0675_5014;HMPREF0675_5101;HMPREF0675_5159;HMPREF0675_4093/4094;HMPREF0675_4163;HMPREF0675_5031;HMPREF0675_5390;HMPREF0675_3037。ある実施形態では、細菌は、以下のタンパク質のいずれかをコードする核酸を用いて、選択され、形質転換され、または操作された:HMPREF0675_4855;HMPREF0675_4856;HMPREF0675_4479;HMPREF0675_4480;HMPREF0675_4481;HMPREF0675_3655/3657;HMPREF0675_4816;HMPREF0675_4817;HMPREF0675_5205;HMPREF0675_5206;HMPREF0675_5014;HMPREF0675_5101;HMPREF0675_5159;HMPREF0675_4093/4094;HMPREF0675_4163;HMPREF0675_5031;HMPREF0675_5390;HMPREF0675_3037。
ある実施形態では、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌は、抗生物質耐性遺伝子を含まない。ある実施形態では、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌は、アミノグリコシド、ベータ−ラクタム、コリスチン、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、マクロライド、リンコサミド、ストレプトグラミンB、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、あるいはグリコペプチドのいずれか1つ以上に対する抗生物質耐性遺伝子を欠く。ある実施形態では、抗生物質は、本明細書に開示された、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌を用いる処置を停止させるために適用可能である。ある実施形態では、抗生物質は、アミノグリコシド、ベータ−ラクタム、コリスチン、フルオロキノロン、ホスホマイシン、フシジン酸、マクロライド、リンコサミド、ストレプトグラミンB、ニトロイミダゾール、オキサゾリジノン、フェニコール、リファンピシン、スルホンアミド、テトラサイクリン、トリメトプリム、あるいはグリコペプチドである。
ある実施形態では、細菌は、細菌が接触するヒト細胞による炎症促進性メディエーターの発現あるいは放出を減らすために、選択され、形質転換され、または操作される。細菌は、直接的あるいは間接的にヒト細胞(例えば、ヒト皮膚細胞)と接触することがある。例えば、細菌は、細菌から分泌または放出された因子によってヒト細胞と間接的に接触することがある。ヒト細胞からの炎症促進性メディエーターの非限定的な例は、IL−8、IL−1、IL−6、TNF−アルファ、INF−アルファ、およびヒトベータディフェンシンである。
様々な微生物の混合物
複数の健康関連微生物の組成物が本明細書で提供される。健康関連微生物の組成物は、複数の様々な健康関連微生物の混合物であってもよい。ある実施形態では、混合物は、少なくとも1つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を含む。ある実施形態では、混合物は、少なくとも1つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を含む。ある実施形態では、混合物は、細菌の2、3、4、5、6、7、8、9、あるいは10以上の単離および精製された種、菌株、リボタイプ、またはファイロタイプを含む。ある実施形態では、混合物は通常、皮膚以外の組織または身体領域をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。ある実施形態では、混合物は通常、口腔をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。ある実施形態では、通常口腔をコロニー形成する少なくとも1つの細菌は、S.サリバリウスである。ある実施形態では、混合物は、通常、胃腸管系の管腔をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。ある実施形態では、混合物は、通常、胃腸管系の管腔をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの細菌を含み、それはラクトバチルスまたはビフィドバクテリウムである。ある実施形態では、ビフィドバクテリウムは、ビフィドバクテリウム・ラクティス Bb−12、ビフィドバクテリウム・アニマリス、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、またはこれらの任意の組み合わせである。ある実施形態では、ラクトバチルスは、ラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルスブルガリカス、ラクトバチルス・ラムノサスGG、ラクトバチルス・ファーメンタムi、ラクトバチルス・サケイ、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・サリバリウス、Lラムノサス LC705、ラクトバチルスF19 L、ラクトバチルス・アシドフィルス La−5、またはこれらの任意の組み合わせである。ある実施形態では、混合物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれ以上のの異なる細菌種を含む。ある実施形態では、混合物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれ以上のの異なる細菌株を含む。ある実施形態では、混合物は、真菌、ウイルス、またはバクテリオファージなどの少なくとも1つの非細菌の微生物を含んでいる。複数のプロバイオティクス菌株のいずれの定義された混合物も「本質的に〜〜からなる」ように列挙されることもある。このことは、混合物が、指定された菌株に加えて、賦形剤または希釈剤などの局所製剤または経口製剤として適切な投与に必要な任意の非有効成分のみを含むことを意味する。
複数の健康関連微生物の組成物が本明細書で提供される。健康関連微生物の組成物は、複数の様々な健康関連微生物の混合物であってもよい。ある実施形態では、混合物は、少なくとも1つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を含む。ある実施形態では、混合物は、少なくとも1つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を含む。ある実施形態では、混合物は、細菌の2、3、4、5、6、7、8、9、あるいは10以上の単離および精製された種、菌株、リボタイプ、またはファイロタイプを含む。ある実施形態では、混合物は通常、皮膚以外の組織または身体領域をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。ある実施形態では、混合物は通常、口腔をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。ある実施形態では、通常口腔をコロニー形成する少なくとも1つの細菌は、S.サリバリウスである。ある実施形態では、混合物は、通常、胃腸管系の管腔をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの菌株を含む。ある実施形態では、混合物は、通常、胃腸管系の管腔をコロニー形成する細菌の少なくとも1つの細菌を含み、それはラクトバチルスまたはビフィドバクテリウムである。ある実施形態では、ビフィドバクテリウムは、ビフィドバクテリウム・ラクティス Bb−12、ビフィドバクテリウム・アニマリス、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、またはこれらの任意の組み合わせである。ある実施形態では、ラクトバチルスは、ラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルスブルガリカス、ラクトバチルス・ラムノサスGG、ラクトバチルス・ファーメンタムi、ラクトバチルス・サケイ、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・サリバリウス、Lラムノサス LC705、ラクトバチルスF19 L、ラクトバチルス・アシドフィルス La−5、またはこれらの任意の組み合わせである。ある実施形態では、混合物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれ以上のの異なる細菌種を含む。ある実施形態では、混合物は、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれ以上のの異なる細菌株を含む。ある実施形態では、混合物は、真菌、ウイルス、またはバクテリオファージなどの少なくとも1つの非細菌の微生物を含んでいる。複数のプロバイオティクス菌株のいずれの定義された混合物も「本質的に〜〜からなる」ように列挙されることもある。このことは、混合物が、指定された菌株に加えて、賦形剤または希釈剤などの局所製剤または経口製剤として適切な投与に必要な任意の非有効成分のみを含むことを意味する。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、湿疹を処置するのに特に役立つ健康関連微生物とプロバイオティクスを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された湿疹を処置するための組成物は、スタフィロコッカス・アウレウスを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された湿疹を処置するための組成物は、死んだスタフィロコッカス・アウレウス細菌を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された湿疹を処置するための組成物は、スタフィロコッカス・ホミニスを含む。他の実施形態では、プロバイオティクスは、S.アウレウスと負の相関関係にあるため、ダーマコッカス、メチロバクテリウム、またはプロピオンバクテリウムの1つ以上から構成される。他の実施形態では、S.ミティ、S.サングイニス、またはS.クリスタトゥスの局所的なプロバイオティクス組成物はプロバイオティクスに含まれる。
製剤
いくつかの態様では、本明細書で開示された少なくとも1つのプロバイオティクスまたは健康関連微生物を含む組成物が本明細書で提供され、ここで、組成物は、それを必要としている被験体への投与のために製剤される。一般に、被験体は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、またはこれらの任意の組み合わせに罹患したヒトである。いくつかの実施形態において、組成物は、それを必要としている被験体への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、被験体の皮膚への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、被験体の頭皮への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は経口投与のために製剤される。非限定的な例として、ラクトバチルスの菌株を含む本明細書で開示された組成物は経口投与によって優先的に投与されることがある。いくつかの実施形態では、組成物は経皮投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は注入可能な投与のために製剤される。ある実施形態では、組成物は、ゲル、軟膏、ローション、エマルジョン、ペースト、クリーム、フォーム、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散液、およびエアロゾルから選択された製剤である。ある実施形態では、製剤は、所望の形態と所望の粘性、流れ、あるいは効果的な適用、適用範囲、および皮膚への接着のための他の物理的または化学的な特性を提供する1つ以上の賦形剤を含む。
いくつかの態様では、本明細書で開示された少なくとも1つのプロバイオティクスまたは健康関連微生物を含む組成物が本明細書で提供され、ここで、組成物は、それを必要としている被験体への投与のために製剤される。一般に、被験体は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、またはこれらの任意の組み合わせに罹患したヒトである。いくつかの実施形態において、組成物は、それを必要としている被験体への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、被験体の皮膚への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、被験体の頭皮への局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は経口投与のために製剤される。非限定的な例として、ラクトバチルスの菌株を含む本明細書で開示された組成物は経口投与によって優先的に投与されることがある。いくつかの実施形態では、組成物は経皮投与のために製剤される。いくつかの実施形態では、組成物は注入可能な投与のために製剤される。ある実施形態では、組成物は、ゲル、軟膏、ローション、エマルジョン、ペースト、クリーム、フォーム、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散液、およびエアロゾルから選択された製剤である。ある実施形態では、製剤は、所望の形態と所望の粘性、流れ、あるいは効果的な適用、適用範囲、および皮膚への接着のための他の物理的または化学的な特性を提供する1つ以上の賦形剤を含む。
本明細書に開示された組成物は、有効期間、適用、皮膚への浸透性、および治療効果のいずれか1つ以上を改善するために1つ以上の賦形剤を含む製剤で提示されることがある。いくつかの実施形態において、賦形剤は、有効期間、適用、皮膚への浸透性、および治療効果のいずれか1つ以上を改善するのに必要である。
ある実施形態では、本明細書に記載された健康関連微生物またはプロバイオティクス組成物は、経口摂取のために製剤される。経口摂取形態は、丸剤、錠剤、カプセル、ペースト、液体懸濁液、コロイドであってもよく、あるいはキャンディー、チューイングガム、ヨーグルト、ミルク、コテージチーズ、またはミルクを含まない代用品、あるいは、ラクトースを減らした代用品と混合させることもある。製剤は、食用組成物の風味、匂い、あるいは口当たりを改善する追加の非有効成分を含むことがある。製剤は、有効期間とバイオアベイラビリティを保護する結合剤、封入フィルム、あるいは賦形剤をさらに含むことがある。
ある実施形態では、経口で投与される、本明細書に開示された健康関連微生物とプロバイオティクス組成物は、L.アシドフィルスLa−5、ビフィドバクテリウム・アニマリス、ラクトバチルス・ラムノサス 、ラクトバチルスF19、ラクトバチルス・ファーメンタム、ラクトバチルス・サケイ、ラクトバチルス・ロイテリ、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、プロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ亜種シェルマニJS、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ラクトバチルス・アシドフィルス、ラクトバチルス・カゼイ、および、ラクトバチルス・サリバリウス、ならびにこれらの組み合わせから選択されたの細菌種を含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・サリバリウスとフラクトオリゴ糖を含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・ラムノサスGGを含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・ラムノサスLC705を含む。いくつかの実施形態において、組成物はラクトバチルス・サリバリウスとプレバイオティクスを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ラクトバチルス・ラムノサスGGを含む加水分解されたホエー調整乳を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、ビフィドバクテリウム・ラクティスBb−12を含む加水分解されたホエー調整乳を含む。ある実施形態では、経口で投与される本明細書に開示された健康関連微生物とプロバイオティクス組成物は、ラクトバチルス・ラムノサスGGとビフィドバクテリアBb−12、およびこれらの組み合わせから選択された細菌を含む。
エマルジョンは、第2の液体全体にわたって微小球で分布される1つの液体の調製物として記載されることもある。いくつかの実施形態において、分散した液体は、不連続相であり、分散媒は連続相である。油が分散した液体であり、水溶液が連続相である場合、それは水中油型乳剤として知られており、その一方で、水または水溶液が分散相であり、油または油性の物質が連続相である場合、それは油中水型乳剤として知られている。油相は少なくとも部分的に、HFA噴霧剤などの噴霧剤からなることがある。油相と水相のどちらかあるいは両方は、1つ以上の界面活性剤、乳化剤、乳化安定剤、緩衝液、および他の賦形剤を含むこともある。好ましい賦形剤は、界面活性剤、とりわけ、非イオン性界面活性剤;乳化剤、とりわけ、乳化ろう;および、不揮発性、非水性の液体材料、とりわけ、プロピレングリコールなどのグリコールを含む。油相は他の油状の薬学的に承認された賦形剤を含むことがある。例えば、ヒドロキシル化したヒマシ油またはごま油などの材料は、界面活性剤または乳化剤として油相で使用されてもよい。
ローションは粘性の低い〜中程度の液体製剤として記載されてもよい。ローションは、懸濁化剤と分散剤の使用により分散媒に溶解可能な微粉状の物質を含むことができる。あるいは、ローションは、ビヒクルで不混和性であり、かつ、懸濁化剤と他の適切な安定化剤によって通常は分散する液状の物質を分散相として有することができる。1つの実施形態では、ローションは、100〜1000センチストークの粘性を有するエマルジョンの形態をしている。ローションの流動性は、広範な表面積にわたって迅速かつ均一な塗布を可能にする。ローションは典型的には、皮膚の表面にその医薬成分の薄い被膜を残して皮膚上で乾燥するように意図される。
クリームは、「水中油型」または「油中水形」の粘性液体または半固体のエマルジョンとして記載されることもある。クリームは、他の安定化剤および/または乳化剤を含むことがある。1つの実施形態では、製剤は典型的には、20,000−50,000センチストークの範囲で、1000センチストークを越える粘性を有するクリームの形態である。クリームは多くの場合、一般に拡散しやすく除去しやすいので、軟膏よりも好ましい。
クリームとローションの間の基本的な違いは粘性であり、これは、製剤を調製するために使用される様々な油の量/使用と水の割合に依存する。クリームはローションよりも典型的には厚く、様々な用途があり、および、皮膚に対する所望の効果に依存して、しばしば多くの様々な油剤/バターを使用する。クリーム製剤において、水性の割合は約60−75%であり、油性の割合は合計の約20−30%であり、他の割合は乳化剤薬剤、保存剤、および添加剤で合計100%となる。
軟膏は、軟膏基剤と随意に本開示の1つ以上の有効な薬剤を含む半固形製剤として記載されることもある。適切な軟膏基剤の例としては、炭化水素基剤(例えば、ペトロラタム、白色ワセリン、黄色軟膏、および鉱油);吸水性基剤(親水ワセリン、脱水ラノリン、ラノリン、およびコールドクリーム);水を除去可能な基剤(例えば、親水軟膏)、および水溶性基剤(例えば、ポリエチレングリコル軟膏)が挙げられる。ペーストは、固体の大部分を含むという点で軟膏とは典型的に異なる。ペーストは典型的には、同じ成分で調製した軟膏よりも吸収性が高く脂っぽさが少ない。
ゲルは、液状ビヒクルに溶けたまたは懸濁した増粘剤またはポリマー材料の作用によって半固体となる液状ビヒクル中の小さなまたは大きな分子の分散液を含む半固体のシステムとして記載されることもある。液体は親油性成分、水性成分、またはその両方を含み得る。いくつかのエマルジョンはゲルであってもよく、あるいは、それ以外の方法で、ゲル成分を含むこともある。しかしながら、ゲルの中には、不混和性成分の均質化された混合物を含まないためエマルジョンではないものもある。適切なゲル化剤としては、限定されないが、ヒドロキシプロピルセルロースやヒドロキシエチルセルロースなどの修飾されたセルロース;カーボポールホモポリマーとコポリマー;および、これらの組み合わせが挙げられる。液体ビヒクル中の適切な溶媒としては、限定されないが、ジグリコールモノエチルエーテル;プロピレングリコールなどのアルケングリコール;ジメチルイソソルビド;イソプロピルアルコールとエタノールなどのアルコールが挙げられる。溶剤は典型的には、薬を溶かす能力について選択される。皮膚の感触および/または製剤の軟化性を改善する他の添加剤も組み込まれることがある。こうした添加剤の例としては、限定されないが、ミリスチン酸イソプロピル、酢酸エチル、C12−C15安息香酸アルキル、鉱油、スクアラン、シクロメチコン、カプリン酸/カプリル酸トリグリセリド、および、これらの組み合わせが挙げられる。
フォームはガス状の噴霧剤と組み合わせたエマルジョンとして記載されることもある。ガス状の噴霧剤は主としてヒドロフルオロアルカン(HFA)からなる。適切な噴霧剤としては、1,1,1,2−テトラフルオロエタン(HFA134a)と1,1,1,2,3,3,3−ヘプタフルオロプロパン(HFA 227)などのHFAが挙げられるが、現在承認されている、または医療用に承認されるかもしれないこれらおよび他のHFAの混合物と混和物が適している。噴霧剤は好ましくは、噴霧中に可燃性または爆発性の蒸気を生成することができる炭化水素噴霧ガスではない。さらに、組成物は好ましくは、使用中に可燃性または爆発性の蒸気を生成することができる揮発性のアルコールを含んでいない。
皮膚軟化薬は、皮膚を柔らかくするか和らげ、当該技術分野で一般に知られている、および、“Handbook of Pharmaceutical Excipients”, 4.sup.th Ed., Pharmaceutical Press, 2003などの概論に列挙されている外用薬剤として記載されることもある。ある実施形態では、皮膚軟化薬は、アーモンド油、ヒマシ油、セラトニア抽出物、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、セチルエステルワックス、コレステロール、綿実油、シクロメチコン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、グリセリン、モノステアリン酸グリセリン、グリセリルモノオレアート、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、ラノリン、レシチン、軽油、中鎖トリグリセライド、鉱油とラノリンアルコール、ペトロラタム、ペトロラタムとラノリンアルコール、ダイズ油、デンプン、ステアリルアルコール、ひまわり油、キシリトール、およびこれらの組み合わせである。1つの実施形態では、皮膚軟化薬はステアリン酸エチルヘキシルとパルミチン酸エチルヘキシルである。
界面活性剤は、表面張力を低下させ、それにより、製品の乳化、泡立ち、分散、広がり、および湿潤性を増加させる表面活性剤である。ある実施形態では、適切な非イオン性界面活性剤は、乳化ろう、モノオレイン酸グリセリル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリソルベート、ソルビタンエステル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、シクロデキストリン、モノステアリン酸グリセリン、ポロクサマー、ポビドン、およびこれらの組み合わせを含む。1つの実施形態では、非イオン性界面活性剤はステアリルアルコールである。
乳化剤は、別の液体中の1つの液体の懸濁を促し、油と水の安定した混合物(すなわちエマルジョン)の形成を促す表面活性物質である。ある実施形態では、乳化剤は、金属セッケン、特定の動植物油、および様々な極性化合物である。適切な乳化剤としては、アカシア、アニオン性乳化ろう、ステアリン酸カルシウム、カルボマー、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、コレステロール、ジエタノールアミン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒプロメロース、ラノリン、含水、ラノリンアルコール、レシチン、中鎖トリグリセリド、メチルセルロース、鉱油とラノリンのアルコール、一塩基リン酸ナトリウム、モノエタノールアミン、非イオン性乳化ろう、オレイン酸、ポロクサマー、ポロクサマー、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ステアリン酸ポリオキシエチレン、アルギン酸プロピレングリコールエステル、自己乳化性モノステアリン酸グリセリン、クエン酸ナトリウム無水物、ラウリル硫酸ナトリウム、ソルビタンエステル、ステアリン酸、ひまわり油、トラガント、トリエタノールアミン、キサンタンガム、およびこれらの組み合わせが挙げられる。1つの実施形態では、乳化剤はステアリン酸グリセロールである。1つの実施形態では、乳化剤はグリセロールである。1つの実施形態では、乳化剤はグリセリンである。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、被験体の頭皮に適用されるために製剤される。いくつかの実施形態において、組成物は、シャンプー、コンディショナー、ムース、ゲル、およびスプレーから選択される製品として使用されるように製剤される。こうした組成物は脂漏性皮膚炎の処置に役立つ。こうした組成物を用いる脂漏性皮膚炎の処置は、頭部粃糠疹と乳痂から選択された症状の減少をもたらすことがある。しかしながら、本明細書で開示された組成物は、頭皮に加えて身体の他の領域の脂漏性皮膚炎を処置するために使用されてもよい。他の領域の非限定的な例としては、胸、胃、皮膚のひだ、腕、脚、鼠径部、および乳房下が挙げられる。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は緩衝液を含み、緩衝液は、組成物のpHを制御する。好ましくは、緩衝液は、約4のpHから約7.5のpHまで、約4のpHから約7のpHまで、および約5のpHから約7のpHまで組成物を緩衝する。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は望ましい皮膚のpHを与えるまたは維持するために製剤される。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚のpHは、約pH4.5〜約pH6.5の間である。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚のpHは、約pH5〜約pH6の間である。いくつかの実施形態では、望ましい皮膚のpHは、約pH5.5である。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、皮膚のpHを調節する薬剤ともに製剤される。pHを調節する薬剤の非限定的な例としては、サリチル酸、グリコール酸、トリクロロ酢酸、アゼライン酸(azeilic acid)、乳酸、アスパラギン酸、塩酸塩、ステアリン酸、ステアリン酸グリセリル、パルミチン酸セチル、尿素リン酸エステル、およびトコフェロール酢酸エステルを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に与えるために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素曝露を皮膚に供給するために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、皮膚へのより多くの酸素放散をもたらすために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、皮膚を通るより多くの酸素放散をもたらすために製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に与える薬剤とともに製剤される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤とともに使用される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤の使用の前に使用される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、より多くの酸素を皮膚に供給する薬剤の使用の後に使用される。皮膚に酸素を供給する薬剤の非限定的な例は、葉緑素である。
保存剤は真菌類と微生物の成長を防ぐために使用可能である。適切な抗真菌剤と抗菌薬としては、限定されないが、安息香酸、ブチルパラベン、エチルパラベン、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、塩化セチルピリジウム、クロロブタノール、フェノール、フェニルエチルアルコール、およびチメロサールが挙げられる。1つの実施形態では、局所適用時の意図された目的のために、組成物の有効性に影響を与えることなく、真菌の成長を防ぐのに効果的な防腐剤の濃度が選択される。
製剤中の賦形剤は所望の製剤のタイプに基づいて選択される。ある実施形態では、賦形剤は、ゼラチン、カゼイン、レシチン、アラビアガム、コレステロール、トラガント、ステアリン酸、塩化ベンザルコニウム、ステアリン酸カルシウム、モノステアリン酸グリセリン、セトステアリルアルコール、セトマクロゴール乳化ろう、ソルビタンエステル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコール、ステアリン酸ポリオキシエチレン、コロイド状二酸化ケイ素、リン酸塩、ドデシル硫酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、非結晶性セルロース、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、トリエタノールアミン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、砂糖、およびデンプンを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、グリセロールとともに製剤される。いくつかの例では、組成物中の細菌の菌株はグリセロールとともに発酵させ、それにより、短鎖脂肪酸を生成する。短鎖脂肪酸の非限定的な例は、酢酸、乳酸、およびプロピオン酸を含む。いくつかの実施形態において、細菌の菌株はプロピオンバクテリウム菌株である。いくつかの実施形態では、細菌の菌株はP.アクネス菌株である。
浸透促進剤は、皮膚全体、とりわけ、角質層全体への薬物の経皮的な送達を促すために頻繁に使用される。いくつかの浸透促進剤は、皮膚の刺激、皮膚毒性、および皮膚のアレルギーを引き起こす。しかしながら、より一般に使用されるものは、尿素、(カルボニルジアミド)、イミド尿素、N,N−ジエチルホルムアミド、N−メチル−2−ピロリジン、1−ドデカル−アザシクロフェプタン−2−オン、チオグリコール酸カルシウム、2−ピロリジン、N,N−ジエチル−m−トルアミド、オレイン酸、および、そのエステル誘導体、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、ビニル、およびモノオレイン酸グリセリル、ソルビタンラウリン酸モノエステルおよびモノオレイン酸ソルビタンなどのソルビタンエステル、ラウリン酸イソプロピル、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、アジピン酸ジイソプロピル、モノラウリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸プロピレングリコールなどの他の脂肪酸エステル、BRIJ.RTM76(ステアリルポリ(10)オキシエチレンエーテル)、BRIJ.RTM.78(ステアリルポリ(20)オキシエチレンエーテル)、BRIJ.RTM.96(オレイルポリ(10)オキシエチレンエーテル)、ならびにBRIJ.RTM.721.(ステアリルポリ(21)オキシエチレンエーテル)(ICI Americas Inc. Corp.)などの非イオン性界面活性剤を含む。
組成物は、特定の濃度の健康関連微生物またはプロバイオティクスを含むために製剤可能である。例えば、組成物は、微生物が効果的な量で送達され得るように、プロバイオティクスの量を含むことができる。ある実施形態では、送達されたプロバイオティクスの量は、単位投与量あたり、少なくとも1x103、1x104、1x105、1x106、1x107、1x108、1x109、1x1010コロニー形成単位である。組成物は、組成物の全重量に対して、少なくとも約0.0001重量%(乾燥重量によって表現される)、約0.0001重量%から約99重量%、約0.001重量%から約90重量%、約0.01重量%から約80重量%、また約0.1重量%から約70重量%の比率で健康関連微生物またはプロバイオティクスとともに製剤されてもよい。一般に、局所的に投与されるよう意図された組成物は、担体1グラムあたり、あるいは不活性な、または死んだ微生物について、あるいは細菌の画分について、あるいは生成された代謝産物について計算された同等の投与量で、少なくとも1x103、1x104、1x105、1x106、1x107、1x108、1x109、1x1010の微生物を含む。
本明細書に開示された微生物は、単位投与量について効果的な量の中で運ばれることがある、の、少なくとも1x102コロニー形成単位(cfu)に関して、に、1x1020 cfuに関して。局所的に投与されなければならない組成物の特定のケースでは、各細菌株および/または対応する画分および/または代謝産物の濃度は、約1x105〜約1x1012cfu/投与量の範囲の投与量(細菌の等価物として表現される)に一致するように調節可能である。
局所適用のために本明細書に開示された組成物は一般に、約1x102〜約1x1015cfu/g、約1x105〜約1x1012cfu/g、あるいは約1x106〜約10x1012cfu/gの細菌を含む。
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも106の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも107の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも108の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも109の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり109未満の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり108未満の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり107未満の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも約107と108の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも約106の微生物と、皮膚の1cm2当たり少なくとも約1010の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも約106の微生物と、皮膚の1cm2当たり少なくとも約109の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも約107の微生物と、皮膚の1cm2当たり少なくとも約1010の微生物を送達するために製剤される。ある実施形態では、組成物は、皮膚の1cm2当たり少なくとも約107の微生物と、皮膚の1cm2当たり少なくとも約109の微生物を送達するために製剤される。
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、ミリリットル当たり約105の微生物〜1ミリリットル当たり約1012の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、1ミリリットル当たり約106の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、1ミリリットル当たり約107の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、1ミリリットル当たり約108の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、1ミリリットル当たり約109の微生物の濃度で製剤される。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、1ミリリットル当たり約1010の微生物の濃度で製剤される。
ある実施形態では、局所使用または経口使用のための本明細書に開示された組成物は、限定されないが、トレハロース、マンノース、フルクトース、グルコース、スクロース、ラクトース、ラフィノース、スタキオース、メレチトース、デキストラン、および糖アルコールなどの炭水化物;および/または、グリセロール、ウシ由来ではない媒体(例えば、トリプチックソイブロス)、乳清タンパク質、NaCl、リン酸塩緩衝液、MgCl、凍結乾燥された細菌、あるいは他の不活性な/殺された細菌などの凍結保存物(cryopreservatives)を含む生物学的安定性を有する化合物を含んでいる。
製剤後、本明細書に開示された組成物は、エンドユーザによる送達と使用に適したやり方で包まれてもよい。1つの実施形態では、組成物は適切なディスペンサーに入れられ、エンドユーザに送られる。最終的な容器の例は、ポンプ瓶、スクィーズボトル、ジャー、チューブ、カプセル、あるいはバイアルを含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、パッケージングの前にアプリケーターに加えることができる。アプリケーターの非限定的な例としては、綿パッド、ポリエステルパッド、キューチップ、スポンジ、およびブラシが挙げられる。いくつかの実施形態では、アプリケーターは包装物の内部に置かれる。包装物の非限定的な例としては、バッグ、およびホイルまたはろうで裏打ちした紙パケットが挙げられる。包装物の内部は無菌であってもよい。いくつかの実施形態において、包装物中の空気は、密封の前に真空で除去される。いくつかの実施形態では、包装物は熱で密封される。いくつかの実施形態において、包装物は接着剤で密封される。
別の実施形態では、本明細書に開示された組成物は、皮膚への適用前に再構成するために、凍結乾燥またはフリーズドライされる。1つの実施形態では、凍結乾燥またはフリーズドライは、選択され、形質転換され、または操作された細菌の保存期間を改善するために、グリセロールまたは他の糖アルコールなどの1つ以上の賦形剤を用いて行われる。1つの実施形態では、凍結乾燥された組成物はトレハロース(.アルファ.−D−グルコピラノシル−1,1−.アルファ.−D−グルコピラノシド)を含まない。いくつかの実施形態において、組成物は冷凍である必要がない。
本明細書に開示された組成物は、1つ以上の容器でパッケージングされてもよい。例えば、単一の瓶、チューブ、容器、またはカプセルは、2つの等しいまたは等しくない部分に分けられても良く、1つの部分はその包装形態に細菌(フリーズドライした/不活性な、など)を含み、もう一方の部分は液体またはゲルであり得る活性化材料を含む。エンドユーザが皮膚または他の表面に、選択され、形質転換され、または操作された細菌と活性化材料を分注するために、2つの容器部分内の内容物のすべてまたは一部を、容器に加えられる単一の力を用いて分注することができるように、単一の瓶または容器は設計可能である。キットは2つ以上の容器を含む形態であってもよく、1つの容器は、選択され、形質転換され、あるいは操作された細菌の集団を含み、もう一方の容器は、選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団との混和物のための製剤を含む。別の例では、2つ以上の容器であってもよく、1つは選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団を含み、もう一方の容器は、選択、形質転換、または操作されていない天然の非病原性の皮膚細菌を含み、および、第3の容器は、選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団との混和物のための製剤を含む。別の例において、単一の瓶を構成する2つ以上の容器は、各々が異なるチャンバーから出る2本の別個のチューブに接続された1つのポンプを有する。キットはさらに、石鹸、身体洗浄剤あるいは特定のpHのモイスチャーローション、活性化合物、細菌、制限因子などを含むローションまたはクリームなどの1つ以上の補完的な製品を含み得る。別の実施形態では、補完的な製品は、成長(所望の化合物の永続的または連続的な発現をもたらすために該化合物の成長、活性、および/または発現を増強する制限因子である。補完的な製品は元々の製品の活性に有益な任意の化合物も含んでもよく、持続的な有効性のためにその活性を増強することがある。別の企図されたパッケージングは、選択され、形質転換され、または操作された細菌の集団が、細菌の活性化を可能にするとともに随意に再生/成長因子を制限することがある包帯またはフィルム上の層として維持されるようなものである。別の実施形態では、最終生成物は冷蔵されて保存され、細菌は活性状態にある。別の実施形態では、細菌は水溶性セルロースの小さなビーズに保存される。ビーズは日焼け止め/モイスチャー/身体洗浄剤または石鹸などの任意の溶液で混合可能である。
さらに別の実施形態では、本開示は、健康な皮膚のマイクロバイオーム移植片を含む組成物を提供する。本明細書に開示された健康な皮膚のマイクロバイオーム移植片は、健康または正常な皮膚から採取された細菌の集団を含む。本明細書に開示された健康な皮膚のマイクロバイオーム移植片は、マイクロバイオームがヒト細胞の集団でインキュベートされると、ヒト細胞の集団から低レベルのヒト炎症性メディエーター(RNAおよび/またはタンパク質レベルで)を引き起こすマイクロバイオームを特徴とすることができる。ヒト細胞の集団は被験体自身の角化細胞であってもよい。ヒト細胞の集団はプールされた角化細胞であってもよい。炎症性メディエーターの非限定的な例としては、IL−8、IL−6、TNF−アルファ、INF−アルファ、IL−1、およびベータデフェンシンなどのざ瘡に関連する炎症性のマーカーが挙げられる。mRNA、タンパク質、または機能レベルのいずれかでのこれらのメディエーターのレベルを測定する方法は、当該技術分野で知られており、かつ、定量的リアルタイムPCR、ノーザンブロット、RNA−seq、マイクロアレイ、ELISA、同種タンパク質アッセイ、免疫ブロット法、または質量分析法を含む。
さらに他の実施形態では、個体自身の修飾されたマイクロバイオームを含む組成物がある。個体自身の修飾されたマイクロバイオームを含む組成物は、本明細書に開示された方法によって得られてもよい。いくつかの実施形態において、個体自身の修飾されたマイクロバイオームは、個体自身のマイクロバイオーム(例えば皮膚スワブから)を採取または捕獲し、マイクロバイオームを培養し、細菌の少なくとも1つの炎症性の菌株を除去することにより生成される。いくつかの実施形態において、個体自身の修飾されたマイクロバイオームは、個体自身のマイクロバイオーム(例えば皮膚スワブから)を採取または捕獲し、マイクロバイオームを培養し、細菌の少なくとも1つの病原菌株を除去することにより生成される。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株は病原性の菌株である。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株または病原性の菌株は、角化細胞で菌株をインキュベートし、および角化細胞からの炎症性メディエーターの産生を検知することにより識別される。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株または病原性の菌株は、角化細胞を用いて菌株をインキュベートし、および角化細胞から炎症性メディエーターの産生を定量化する(例えば、菌株は、本明細書に開示された健康関連菌株よりも角化細胞から高いレベルの炎症性メディエーターを産生する)ことにより識別される。いくつかの実施形態において、炎症性の菌株または病原性の菌株は、角化細胞で菌株をインキュベートし、および望ましくない角化細胞遺伝子発現あるいは望ましくない角化細胞活性を検知することにより識別される。望ましくない角化細胞遺伝子発現あるいは望ましくない角化細胞活性は、皮膚障害を促す角化細胞の発現あるいは活性を意味することが当業者に理解されるであろう。いくつかの例では、角化細胞は被験体の角化細胞である。いくつかの例では、角化細胞はプールされた角化細胞である。いくつかの例では、該方法は、非限定的な例として、リボタイプRT4とRT5のいくつかのP.アクネス菌株およびクレードIaの細菌などのざ瘡に関連する菌株を識別および除去する工程を含む。いくつかの例では、該方法は、蒸気の方法によって識別された、または、健康な皮膚に関連することが知られている非炎症性の菌株だけを識別および選択し、修飾されたバイオームを患者に導入する工程を含む。非炎症性の菌株の非限定的な例としては、リボタイプRT2、RT6のP.アクネス菌株、およびクレードII細菌が挙げられる。
さらに別の実施形態では、健康な個体の糞便からのマイクロバイオームを含む組成物がある。これらの組成物は本明細書で「糞便移植片(fecal transplant)」と呼ばれることもある。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームは健康な個体の糞便の完全なマイクロバイオームである。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームは健康な個体の糞便の部分的なマイクロバイオームである。いくつかの例では、健康な個体はざ瘡を有していない。いくつかの例では、健康な個体は炎症性の疾病を有していない。いくつかの例では、健康な個体は炎症性の皮膚疾病を有していない。炎症性の疾病の非限定的な例は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、酒さ、狼瘡、天疱瘡、類天疱瘡、強皮症、円形脱毛症、苔癬硬化症、扁平苔癬、そう痒症、結節性痒疹、慢性単純性苔癬、炎症性腸疾患、大腸炎、過敏性腸症候群、アテローム性動脈硬化症、CAD、糖尿病、HIV、および癌である。いくつかの実施形態において、健康な個体は組織移植患者ではなく、免疫抑制剤を服用しておらず、または、現在/最近(12週以内に)抗生物質療法を受けていない。いくつかの実施形態において、マイクロバイオームは、結腸の粘膜細胞を同時にインキュベートしたときに炎症性メディエーターを生成しない細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態において、結腸の粘膜細胞を同時にインキュベートする際に炎症性メディエーターを生成しない細菌の菌株は、16S、18S、あるいは全ゲノム配列決定によって同定される。いくつかの実施形態において、部分的なマイクロバイオームは修飾されたマイクロバイオームであり、修飾されたマイクロバイオームは、病原性の菌株を除去することにより、または健康関連菌株を導入することにより、糞便移植片に由来する。
追加の有効成分
本明細書に開示された組成物は、追加の有効成分を含むことがある。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は少なくとも1つの生きていない非微生物の成分を含む。非限定的な例として、生きていない非微生物の成分は、小分子、脂肪酸、抗生物質、代謝産物、抗酸化剤、およびレチノイドから選択されることがある。抗酸化剤の非限定的な例はビタミンCとビタミンEである。レチノイドの非限定的な例は、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、およびレチノールである。いくつかの実施形態において、生きていない非微生物の成分はビタミンDであり、これは、カルシポトリエンの形態であってもよい。いくつかの実施形態において、追加の有効成分は抗炎症作用を有する薬剤である。
本明細書に開示された組成物は、追加の有効成分を含むことがある。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は少なくとも1つの生きていない非微生物の成分を含む。非限定的な例として、生きていない非微生物の成分は、小分子、脂肪酸、抗生物質、代謝産物、抗酸化剤、およびレチノイドから選択されることがある。抗酸化剤の非限定的な例はビタミンCとビタミンEである。レチノイドの非限定的な例は、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、およびレチノールである。いくつかの実施形態において、生きていない非微生物の成分はビタミンDであり、これは、カルシポトリエンの形態であってもよい。いくつかの実施形態において、追加の有効成分は抗炎症作用を有する薬剤である。
ある実施形態では、組成物は抗生物質を含んでいる。抗生物質の非限定的な例は、マクロライド、テトラサイクリン、β−ラクタム、アミノグリコシド、セファロスポリン、カルバペネム、キノロン/フルオロキノロン、スルホンアミド、サリチル酸、グリコール酸、アゼライン酸、生ファージ治療(live phage therapy)、合成ファージ収縮性のナノチューブ、レーザー、ダプソン、過酸化ベンゾイル、過酸化ベンゾイル/レスベラトロールの組み合わせ、および、これらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗生物質は、クリンダマイシン、ドキシサイクリン、エリスロマイシンおよびテトラサイクリンから選択され、ここで、抗生物質は局所投与のために製剤される。いくつかの実施形態において、抗生物質はエリスロマイシン、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、およびミノサイクリンから選択され、ここで、抗生物質は経口投与のために製剤される。
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、過酸化ベンゾイルまたはサリチル酸などの局所的な抗ざ瘡薬物を含む。組成物に含まれる過酸化ベンゾイルまたはサリチル酸の濃度は、単一の製剤(健康関連微生物またはプロバイオティクスを含まない)に一般に含まれる濃度よりも低いことがある。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約0.1%〜約3%の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約0.1%〜約2.5%の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約0.5%〜約2.5%の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約1%〜約2.5%の間である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約2.5%未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約2%未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約1.5%未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約1%未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約0.5%未満である。いくつかの実施形態において、抗ざ瘡薬物の濃度は約0.1%未満である。
ある実施形態では、本明細書に開示された組成物は、レチノイドなどの局所的な抗ざ瘡薬物を含む。局所的なレチノイド化合物の非限定的な例は、レチン酸、トレチノイン、アダパレン、およびタザロテンを含んでいる。ある実施形態では、本明細書に開示された組成物はレスベラトロールまたはトランス−レスベラトロールを含む。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約10%未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約5%未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約2.5%未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約1%未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約0.5%未満である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約0.5%〜約10%の間である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約1%〜約10%の間である。いくつかの実施形態において、組成物中のレチノイドまたはレスベラトロールの濃度は約0.5%〜約2.5%の間である。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は少なくとも1つのω−3脂肪酸を含む。ω−3脂肪酸の非限定的な例としては、ヘキサデカトリエン酸(HTA)(α)−リノレン酸(ALA)、ステアリドン酸(SDA)、エイコサトリエン酸(ETE)、エイコサテトラエン酸(ETA)、エイコサペンタエン酸(EPA)、ヘンエイコサペンタエン酸(HPA)、ドコサペンタエン酸(DPA)、イワシ酸、ドコサヘキサエン酸(DHA)、テトラコサペンタエン酸、テトラコサヘキサエン酸(ニシン酸)、およびフィトスフィゴシンが挙げられる。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、グリコール酸、アゼライン酸(azaelic acid)、およびトリクロロ酢酸から選択された酸を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、ティーツリー油または緑茶抽出物などの天然抽出物を含む。
いくつかの実施形態において、追加の有効成分は、P.アクネスの少なくとも1つの菌株を標的とする薬物を含む。いくつかの実施形態において、P.アクネスの少なくとも1つの菌株を標的とする薬物は小分子薬である。いくつかの実施形態において、P.アクネスの少なくとも1つの菌株を標的とする薬物は、P.アクネスによって発現された酵素の小分子阻害剤である。いくつかの実施形態において、P.アクネスによって発現された酵素は、P.アクネス成長あるいはP.アクネスエネルギー代謝に必要である。いくつかの実施形態において、P.アクネスの少なくとも1つの菌株を標的とする薬物は生物学的製剤である。いくつかの実施形態において、生物学的製剤はペプチドを含む。いくつかの実施形態において、生物学的製剤は抗体または抗原結合フラグメントを含む。いくつかの実施形態において、生物学的製剤は抗体−小分子抱合体。いくつかの実施形態において、生物学的製剤は抗体−薬物抱合体。いくつかの実施形態では、生物学的製剤は核酸を含む。いくつかの実施形態において、核酸はアンチセンス核酸分子を含み、アンチセンス核酸分子は、P.アクネスによって発現された酵素を阻害する。いくつかの実施形態において、P.アクネスによって発現された酵素は、P.アクネス成長あるいはP.アクネスエネルギー代謝に必要である。いくつかの例では、アンチセンス核酸分子はsiRNAを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンス核酸分子はshRNAを含む。いくつかの実施形態において、アンチセンス核酸分子は、CRISPRに関連するプロテアーゼと共に使用されるガイドRNAを含む。いくつかの実施形態において、追加の有効成分(例えば、ガイドRNAとCRISPRに関連するプロテアーゼ)は、ざ瘡に関連するP.アクネスの菌株に特異的なゲノム要素を標的とする。
皮膚障害を処置する方法
いくつかの態様において、本明細書に開示された皮膚障害を処置または予防する方法が本明細書で提供される。いくつかの態様では、該方法は本明細書に開示された細菌の菌株を投与する工程を含み、細菌の菌株は医薬組成物に組み入れられる。いくつかの態様では、方法は本明細書に開示された組成物を投与する工程を含む。いくつかの態様では、本開示は、ざ瘡を処置または予防する方法を提供する。ざ瘡を処置または予防する方法は一般に、被験体の皮膚に有効な量の本明細書で開示される細菌の菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも1つの種を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも1つの菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも1つのリボタイプを投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つのプロバイオティクスを投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの健康関連微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された選択された細菌の少なくとも1つの選択された種を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された選択された細菌の少なくとも1つの選択された菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された、少なくとも1つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの遺伝子組換えの細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの遺伝子操作された細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に記載された細菌の少なくとも1つの健康関連菌株を投与する工程を含む。
いくつかの態様において、本明細書に開示された皮膚障害を処置または予防する方法が本明細書で提供される。いくつかの態様では、該方法は本明細書に開示された細菌の菌株を投与する工程を含み、細菌の菌株は医薬組成物に組み入れられる。いくつかの態様では、方法は本明細書に開示された組成物を投与する工程を含む。いくつかの態様では、本開示は、ざ瘡を処置または予防する方法を提供する。ざ瘡を処置または予防する方法は一般に、被験体の皮膚に有効な量の本明細書で開示される細菌の菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも1つの種を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも1つの菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された細菌の少なくとも1つのリボタイプを投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つのプロバイオティクスを投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの健康関連微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された選択された細菌の少なくとも1つの選択された種を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された選択された細菌の少なくとも1つの選択された菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された、少なくとも1つの、選択され、形質転換され、または操作された細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの遺伝子組換えの細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に開示された少なくとも1つの遺伝子操作された細菌を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、方法は本明細書に記載された細菌の少なくとも1つの健康関連菌株を投与する工程を含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の単離した菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の単離した菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の精製された菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の、精製されかつ単離した菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示された方法は、細菌の菌株を選択し、単離し、または精製する工程を含む。選択する工程、単離する工程、または精製する工程は、選択された、単離された、または精製された菌株を得るために、細菌の単一のクローンを単離し、それを繁殖させる工程を含むことがある。いくつかの実施形態において、上記方法は、第1の選択され、単離され、または精製された菌株と、第2の、選択され、単離され、または精製された菌株とを得るために、細菌の複数の菌株を選択し、単離し、または精製する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、医薬組成物中で第1の選択され、単離され、または精製された菌株と、第2の、選択され、単離され、または精製された菌株とを組み合わせる工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、第1の選択され、単離され、または精製された菌株、あるいは第2の、選択され、単離され、または精製された菌株は、本明細書に開示された菌株から選択される。
いくつかの実施形態において、第1の選択され、単離され、または精製された菌株と、第2の、選択され、単離され、または精製された菌株は、本明細書に開示された菌株から選択される。
いくつかの実施形態において、方法は、プロピオンバクテリウム、スタフィロコッカス、およびラクトバチルスの細菌の健康関連菌株から選択された細菌の少なくとも1つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、プロピオンバクテリウム細菌の少なくとも1つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に記載されるP.アクネスの健康関連菌株、P.グラヌローサムの健康関連菌株、P.アビダムの健康関連菌株、P.アクネス亜種デフェンデンスの健康関連菌株、および、健康関連スタフィロコッカスから選択される少なくとも1つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、P.アクネスの健康関連菌株は、P.アクネス亜種P.アクネスではない。いくつかの実施形態において、上記方法は、P.アクネスの少なくとも1つの健康関連菌株を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、少なくとも1つの健康関連真菌を投与する工程を含む。健康関連真菌はマラッセジアであってもよい。
いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された少なくとも2つの微生物の混合物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された少なくとも1つの健康関連微生物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、微生物は真菌である。いくつかの実施形態では、微生物は原生生物である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態において、細菌は、プロピオンバクテリウム細菌の菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、P.アクネスの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、P.アビダムの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、P.グラヌローサムの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、P.アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む。いくつかの実施形態において、細菌は、P.アクネスの少なくとも1つの菌株から本質的になる。いくつかの実施形態において、細菌は、P.アビダムの少なくとも1つの菌株から本質的になる。いくつかの実施形態において、細菌は、P.グラヌローサムの少なくとも1つの菌株から本質的になる。いくつかの実施形態において、細菌は、P.アクネス亜種デフェンデンスの少なくとも1つの菌株から本質的になる。
いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、上記方法は、本明細書に開示された製剤を有する組成物を投与する工程を含む。
特定の実施形態では、本明細書に開示される方法は、異なるリボタイプの複数の微生物を含む組成物の有効量を適用する工程を含む。特定の実施形態では、菌株は、RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9およびRT10から選択されたリボタイプのP.アクネス菌株である。特定の実施形態では、菌株は、RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9およびRT10から選択されたリボタイプのP.アクネス菌株である。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの2つ以上のP.アクネス菌株の混合物である。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT1およびRT2を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプ、RT1およびRT3を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT6ではなくRT1を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT2およびRT3を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT6ではなくRT2を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT2およびRT3を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT6ではなくRT3を含む。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT1およびRT2を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT1およびRT3を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT6ではなくRT1を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT2およびRT3を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT6ではなくRT2を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT2およびRT3を主成分とする。特定の実施形態では、異なるリボタイプはRT6ではなくRT3を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はリボタイプRT6を含まない。
特定の実施形態では、本明細書に記載の方法は、異なるリボタイプの複数の微生物を含む組成物の有効量を提供する工程を含む。特定の実施形態では、複数の微生物は、異なるリボタイプの3つ以上のP.アクネス菌株の混合物である。特定の実施形態では、混合物はRT1、RT2およびRT3を含む。特定の実施形態では、混合物はRT6ではなくRT2、RT3を含む。特定の実施形態では、混合物はRT1、RT2およびRT6を含む。特定の実施形態では、混合物はRT6ではなくRT1、RT3を含む。特定の実施形態では、混合物はRT1、RT2およびRT3を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はRT6ではなくRT2、RT3を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はRT6ではなくRT1、RT2を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はRT6ではなくRT1、RT3を主成分とする。特定の実施形態では、混合物はRT6を含まない。
本明細書に記載される方法は、様々な菌株のプロバイオティクスを適用する工程を含む。本明細書に記載される組成物は、細菌の様々な菌株を含む。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも50%の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも60%の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも70%の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも80%の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも90%の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、本明細書に記載される菌株への少なくとも95%の相同性を有する。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも50%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも60%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも70%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも80%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも90%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも95%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に少なくとも99%の相同性がある。特定の実施形態では、菌株は、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:52、SEQ ID NO:53、またはSEQ ID NO:54に100%の相同性がある。
特定の実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は:必要としている被験体に、P.アクネスの菌株によって生成された代謝産物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、代謝産物は、細菌の培養上清、細胞可溶化物、タンパク質、核酸、脂質および他の細菌分子を含む群から選択される。特定の実施形態では、代謝産物は、細菌の培養上清、細胞可溶化物、タンパク質、核酸、脂質および他の細菌分子を含む群から選択される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物および方法はそれぞれP.アクネス菌を含まない細菌の使用、またはそれらの適用を含んでもよい。いくつかの実施形態では、細菌はスタフィロコッカス属の菌株を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物および方法は、マラセジア属などの真菌の使用を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、健康または正常な皮膚に関係する細菌の有効量を投与する工程を含む。健康または正常な皮膚はざ瘡を実質的に含まない皮膚であり得る。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、被験体の角化細胞と共インキュベートされた時に、低レベルの炎症促進性メディエーターを生成する、または全く生成しない細菌の有効量を投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質をコードするRNAの発現を誘導しない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の発現を誘導しない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の活性を誘発しない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質をコードするRNAの発現を誘導しない細菌の有効量を投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質をコードするRNAの発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、炎症促進性タンパク質の活性を増強しない細菌の有効量を投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌が被験体に適用された時にざ瘡をもたらす、または増加させるであろうレベルまで、炎症促進性タンパク質をコードするRNAの発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌が被験体に適用された時にざ瘡をもたらす、または増加させるであろうレベルまで、炎症促進性タンパク質の発現を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌が被験体に適用された時にざ瘡をもたらす、または増加させるであろうレベルまで、炎症促進性タンパク質の活性を増加させない細菌の有効量を投与する工程を含む。炎症促進性タンパク質の非限定的な例には、IL−8、IL−1、IL−6、TNF−α、INF−αおよびヒトベータディフェンシンが含まれる。
いくつかの実施形態では、脂漏性皮膚炎を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、必要とする被験体に、健康関連プロピオンバクテリウムの菌株の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、脂漏性皮膚炎を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、必要としている被験体に、健康関連P.アクネスの菌株の有効量を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、被験体が美容的な毛髪処理(例えば染毛剤)を受けた後に実行される。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約55%よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約60%よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約65%よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約70%よりも多いプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約55%から約75%のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約65%から約80%のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約70%から約80%のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚の冒された領域に約70%から約85%のプロピオンバクテリウムをもたらす量である。いくつかの実施形態では、有効量は、被験体の頭皮または皮膚において望ましいスタフィロコッカスとプロピオンバクテリウムの比率を提供する量である。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約2:1、約2.5:1、約3:1、約3.5:1、および約4:1から選択され得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、少なくとも約2:1、少なくとも約2.5:1、少なくとも約3:1、少なくとも約3.5:1、および少なくとも約4:1から選択され得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約1.5:1から約4:1であり得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約2:1から約4:1であり得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約2.5:1から約4:1であり得る。プロピオンバクテリウム対スタフィロコッカスの望ましい比率は、約3:1から約4:1であり得る。いくつかの実施形態では、有効量は、望ましい量のマラセチア菌を提供する量である。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される処置方法はさらに、被験体の皮膚の炎症を引き起こすまたは促進する、被験体の皮膚上の細菌の株を判定する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、角化細胞のサンプルにおける炎症媒介反応を評価する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、被験体から得られた角化細胞のサンプルにおける炎症媒介反応を評価する工程を含む。被験体は健康な被験体でもよい。被験体は、ざ瘡に苦しむ被験体などの、処置される被験体でよい。いくつかの実施形態では、方法は、多数の被験体からの角化細胞をプールまたは培養する工程を含む。
本明細書に開示される方法は被験体に薬物を投与する工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、薬物は経口で投与される。いくつかの実施形態では、薬物は局所的に投与される。いくつかの実施形態では、薬物は、ざ瘡に冒された被験体の皮膚に局所的に投与される。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、特異的にP.アクネスを標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、RT1、RT2、RT3、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9およびRT10、およびそれらの組み合わせから選択されたリボタイプのP.アクネスを標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、RT1、RT2、RT3、RT7、RT8、RT9およびRT10、およびそれらの組み合わせから選択されたリボタイプのP.アクネスを標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、被験体の角化細胞と共インキュベートされた時に、被験体の角化細胞からの炎症性メディエーターの生成を誘導または促進する細菌または真菌の株を標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。特定の実施形態では、被験体におけるざ瘡を処置または予防するための方法が本明細書に記載され、該方法は、細菌または真菌によって生成された因子が被験体の角化細胞と共インキュベートされた時に、被験体の角化細胞からの炎症性メディエーターの生成を誘導または促進する細菌または真菌の株を標的とする薬物の有効量を投与する工程を含む。そのような薬物が本明細書に開示され、例えば小分子、アンチセンス分子、siRNA、バイオロジクス、抗体、およびそれらの組み合わせである。
本明細書に開示される方法は、被験体の皮膚上でレーザー治療を実行する工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、レーザー治療は、被験体に、本明細書に開示される薬物または細菌の投与に先立って実行される。いくつかの実施形態では、レーザー治療は、被験体に、本明細書に開示される薬物または細菌の投与の後に実行される。いくつかの実施形態では、レーザー治療は、被験体に、本明細書に開示される薬物または細菌の投与と同時に実行される。レーザー治療は、ポルフィリンを標的とする青または赤の光レーザーでもよい。
本明細書に開示される組成物は、毎日、週1回、または月1回投与されてもよい。特定の実施形態では、組成物は1日2回、投与される。特定の実施形態では、組成物は少なくとも週2回投与される。特定の実施形態では、組成物は少なくとも月2回投与される。
<併用療法>
本明細書に開示される組成物、健康関連微生物またはプロバイオティクスのいずれかを、他の標準的処置と組み合わせて使用可能なことが予見される。例えば、いくつかの実施形態では、方法は追加の治療薬の投与の前、後、または同時に、本明細書に開示される組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は局所的に抗生物質を投与する工程を含んでもよい。局所用抗生物質の非限定的な例として、クリンダマイシン、ドキシサイクリン、エリスロマイシンおよびテトラサイクリンがあげられる。いくつかの実施形態では、方法は経口で抗生物質を投与する工程を含んでもよい。経口の抗生物質の非限定的な例としてエリスロマイシン、または、ドキシサイクリンまたはミノサイクリンなどのテトラサイクリンがあげられる。他の標準的な処置として、抗炎症剤、酸化防止剤、酸性物質、光線療法、またはそれらの組み合わせを施す工程を含んでもよい。
本明細書に開示される組成物、健康関連微生物またはプロバイオティクスのいずれかを、他の標準的処置と組み合わせて使用可能なことが予見される。例えば、いくつかの実施形態では、方法は追加の治療薬の投与の前、後、または同時に、本明細書に開示される組成物を投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は局所的に抗生物質を投与する工程を含んでもよい。局所用抗生物質の非限定的な例として、クリンダマイシン、ドキシサイクリン、エリスロマイシンおよびテトラサイクリンがあげられる。いくつかの実施形態では、方法は経口で抗生物質を投与する工程を含んでもよい。経口の抗生物質の非限定的な例としてエリスロマイシン、または、ドキシサイクリンまたはミノサイクリンなどのテトラサイクリンがあげられる。他の標準的な処置として、抗炎症剤、酸化防止剤、酸性物質、光線療法、またはそれらの組み合わせを施す工程を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、方法はレーザーで被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は青色光線で被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は赤色光線で被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも1つの炎症促進性のP.アクネスの菌株を対象とする標的化レーザー装置および/または有効成分で被験体を処置する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ポルフィリンを標的とするレーザーで処置する工程を含む。
<マイクロバイオーム移植片によるざ瘡および他の障害の処置>
特定の実施形態では、健康なドナーまたは疾患に冒されていないドナーからのマイクロバイオーム移植片を必要としている被験体に投与する工程を含む、皮膚病を処置する方法が本明細書に記載される。特定の実施形態では、皮膚病に冒されていない健康なドナーからのマイクロバイオーム移植片を投与する工程を含む、皮膚病を処置する方法が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、皮膚病はざ瘡である。特定の実施形態では、皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、自己免疫疾患、硬化性苔癬、扁平苔癬、そう痒、結節性痒疹、ビダール苔癬およびそれらの組み合わせから選択される。
特定の実施形態では、健康なドナーまたは疾患に冒されていないドナーからのマイクロバイオーム移植片を必要としている被験体に投与する工程を含む、皮膚病を処置する方法が本明細書に記載される。特定の実施形態では、皮膚病に冒されていない健康なドナーからのマイクロバイオーム移植片を投与する工程を含む、皮膚病を処置する方法が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、皮膚病はざ瘡である。特定の実施形態では、皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、自己免疫疾患、硬化性苔癬、扁平苔癬、そう痒、結節性痒疹、ビダール苔癬およびそれらの組み合わせから選択される。
特定の実施形態では、本開示は、健康な個体の便サンプルからマイクロバイオームを得て精製する方法を提供し、ここで健康な個体は、ざ瘡または他のいかなる皮膚病も患っていない第1の被験体であり、および皮膚病を患う第2の被験体にそれを移植する。皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、狼瘡、水疱性類天疱瘡、天疱瘡、扁平苔癬、そう痒、および乾燥症などの自己免疫疾患から選択され得る。別の実施形態では、本開示は、炎症性疾患を患っていない健康な個体の口のサンプルからマイクロバイオームを得て精製する方法、および皮膚病を患う被験体にそれを移植する方法が提供される。炎症性疾患の非限定的な例には、自己免疫疾患(例えば白斑、悪性貧血、円形脱毛症、天疱瘡、類天疱瘡、狼瘡、強皮症、糖尿病)、アテローム動脈硬化症および関節炎が含まれる。
<ざ瘡および他の疾患の診断>
健康関連P.アクネスは、遺伝子差異に基づいて、疾患関連P.アクネスと識別することができる。例えば、疾患関連P.アクネスは、多数の病原性遺伝子をコードするゲノム成分を抱えていることが示されてきた。他方で、多くの健康関連P.アクネスは、健康関連P.アクネスが病原性遺伝子を得るの防ぐクリスパー(CRISPR:clustered regularly interspaced short palindromic repeat)を運ぶ。遺伝子差異に加えて、ポルフィリン、プロテアーゼ、リパーゼおよび溶血素などのP.アクネス由来分子の増大が、疾患に関係する場合もある。したがって、P.アクネス由来分子(例えばポルフィリン、プロテアーゼ、リパーゼおよび溶血素)の生合成に関する遺伝子コード化は、健康関連P.アクネスと疾患関連P.アクネスとの間の判別に有用であり得る。
健康関連P.アクネスは、遺伝子差異に基づいて、疾患関連P.アクネスと識別することができる。例えば、疾患関連P.アクネスは、多数の病原性遺伝子をコードするゲノム成分を抱えていることが示されてきた。他方で、多くの健康関連P.アクネスは、健康関連P.アクネスが病原性遺伝子を得るの防ぐクリスパー(CRISPR:clustered regularly interspaced short palindromic repeat)を運ぶ。遺伝子差異に加えて、ポルフィリン、プロテアーゼ、リパーゼおよび溶血素などのP.アクネス由来分子の増大が、疾患に関係する場合もある。したがって、P.アクネス由来分子(例えばポルフィリン、プロテアーゼ、リパーゼおよび溶血素)の生合成に関する遺伝子コード化は、健康関連P.アクネスと疾患関連P.アクネスとの間の判別に有用であり得る。
1つの態様では、健康関連P.アクネス菌を、遺伝標識に基づいて疾患関連P.アクネス菌から識別する方法が本明細書に提供される。典型的な方法は、限定されないがdeoR、Cas5、pIMPLE、I型リパーゼ、II型リパーゼ、およびアラニンデヒドロゲナーゼを含む1つ以上の遺伝標識の発現を測定する工程を含む。いくつかの例では、健康関連P.アクネスと疾患関連P.アクネスを識別する方法は、リボタイプに基づいた識別を含む。さらに本明細書には、deoR、Cas5、pIMPLE、I型リパーゼ、II型リパーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼ、またはそれらの組み合わせなどの、少なくとも1つの遺伝標識の定量PCRまたは配列決定を含む、健康関連P.アクネスと疾患関連P.アクネスを識別する方法が提供される。場合によっては、方法はP.アクネス菌の株および/またはリボタイプを識別する工程を含む。P.アクネスRT6の非制限的な例として、DNA結合反応レギュレータおよび/またはホスホグリセレートキナーゼがあげられ、これはRT1、RT2、RT3、RT4およびRT5には存在しない。別の例として、ABC輸送体遺伝子はRT6に存在せず、RT1、RT2、RT3、RT4およびRT5に存在する。場合によっては、そのような方法は、本明細書に記載のプロバイオティクスに使用するための細菌の選択に使用される。例えば、RT6はプロバイオティクスに存在しない。場合によっては、そのような方法は、プロバイオティクスを持った個体の処置をモニタリングするために使用される。さらに場合によっては、該方法は、健康関連および疾患関連の同じリボタイプの細菌を判別するために使用される。例えば、P.アクネスRT1は、遺伝標識の有無に基づいて判別可能な、健康関連および疾患関連P.アクネスの両方を有する。
個体における疾患の処置を診断および/またはモニタリングする方法であって、個体からのサンプルにおいて、健康関連および/または疾患関連P.アクネスを定量化する工程を含む方法がさらに提供される。本明細書で提供されるような定量化のための特定の方法は、deoR、CRISPR関係タンパク質、pIMPLE、I型リパーゼ、II型リパーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼ、DNA結合反応レギュレータ、ホスホグリセレートキナーゼ、およびABC輸送体の少なくとも1つを測定する工程を含む。23SリボソームRNAを、サンプル中の細菌の合計量を判定するために測定してもよい。いくつかの実施形態では、該処置は、本明細書に提供される健康関連微生物またはプロバイオティクスを投与する工程を含む。非制限的な例として、プロバイオティクスは、RT1およびRT2のP.アクネスを含む。場合によっては、プロバイオティクスは、RT6のP.アクネスを含まない。
個体からのサンプルにおいて、deoR、CRISPR関係タンパク質、pIMPLE、I型リパーゼ、II型リパーゼ、アラニンデヒドロゲナーゼ、DNA結合反応レギュレータ、ホスホグリセレートキナーゼ、およびABC輸送体の少なくとも1つを検出および/または定量化することによって、個体におけるマイクロバイオームプロフィールを判定する方法が、さらに本明細書で提供される。サンプル中の細菌の相対的な定量を判定するために、23SリボソームRNA配列を、個体からのサンプル中の全細菌を推定するために使用してもよい。マイクロバイオームプロフィールの判定は、例えばプロバイオティクスまたはP.アクネスなどの健康関連細菌を用いた処置などの処置前および/または処置中に有用であり得る。マイクロバイオームプロフィールの判定に続く処置レジメンのモニタリング方法がさらに提供される。
さらに、個体におけるざ瘡または他の皮膚病を診断する、または特性評価する方法が提供される。そのような方法は、処置および/または処置モニタリングへの適合性を評価するために、本明細書で提供されるプロバイオティクスおよび細菌組成物と組み合わされてもよい。特定の実施形態では、疾患はざ瘡である。特定の実施形態では、皮膚病は、ざ瘡、湿疹、乾癬、脂漏性皮膚炎、しゅさ、自己免疫疾患、硬化性苔癬、扁平苔癬、そう痒、結節性痒疹、ビダール苔癬、またはそれらの組み合わせである。特定の実施形態では、個体がプロピオニバクテリウム・アクネス(P.アクネス)、スタフィロコッカス属またはマラセジア属の真菌の病原性株を有すると判定されると、個体がざ瘡と診断される。特定の実施形態では、P.アクネスの病原性株は、ざ瘡に関係するリボタイプ(RT)を含む。特定の実施形態では、P.アクネスの菌株に関係するざ瘡は、RT1、RT4、RT5、RT7、RT8、RT9およびRT10から選択されたリボタイプのものである。特定の実施形態では、P.アクネスの菌株に関係するざ瘡は、RT4、RT5、およびRT8から選択されたリボタイプのものである。特定の実施形態では、方法は、被験体のサンプルでスタフィロコッカス属菌の存在が検出された場合に、ざ瘡を有すると個体を診断する工程を含む。特定の実施形態では、方法は、被験体のサンプルでマラセジア属真菌の存在が検出された場合に、ざ瘡を有すると個体を診断する工程を含む。
特定の実施形態では、本開示は:被験体から皮膚サンプルを得る工程;サンプルから随意に細菌のDNAを単離する工程;DNAを増幅するために1つ以上のプライマーのセットを使用する工程;および増幅されたDNAを、SEQ ID NO:1−10、29−32および82−434の少なくとも1つと少なくとも95%の相同性を有する配列の存在に関して分析する工程を含み、ここで被験体は、SEQ ID NO:1−10、29−32および82−434の少なくとも1つと少なくとも95%の相同性を有する配列が存在する場合、ざ瘡を有していると診断される、方法を提供する。例えば、増幅されたDNAを、SEQ ID NO:1−10、29−32、および82−434の少なくとも1つと少なくとも99%の相同性を有する配列の存在に関して分析してもよく、および被験体は、SEQ ID NO:1−10、29−32および82−434の少なくとも1つと少なくとも99%の相同性を有する配列が存在する場合、ざ瘡を有していると診断される。別の例として、増幅されたDNAを、SEQ ID NO:1−10、29−32および82−434の少なくとも1つの存在に関して分析してもよく、および被験体は、SEQ ID NO:1−10、29−32および82−434の少なくとも1つが存在する場合、ざ瘡を有していると診断される。
特定の実施形態では、方法は被験体のサンプル中の微生物を検出または特性評価する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法はエクスビボサンプル中の微生物を検出する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法はインビボサンプル中の微生物を検出する工程を含む。典型的な方法は:被験体から便サンプルを得る工程;サンプルからの細菌のDNAを単離する工程;16SリボソームDNA、18SリボソームDNA、および/または23SリボソームDNAから選択されたDNAを増幅する工程、増幅されたDNA産物を配列決定する工程;および個体の腸バクテリアを分類する工程、を含む。特定の実施形態では、被験体がざ瘡を有するかどうかを判定する方法は:被験体から便サンプルを得る工程;サンプルから細菌のDNAを単離する工程、およびサンプル中のDNAを全ゲノムショットガン配列決定する工程、を含む。別の典型的な方法は、顔、背中、または他の冒された領域などの、被験体からの皮膚サンプルのスワブを得る工程を含む。
<診断用の生体サンプル>
特定の実施形態では、個体の診断には、生体サンプルを得る工程が含まれる。特定の実施形態において、生体サンプルは皮膚サンプルまたは生検である。特定の実施形態において、生体サンプルは便または糞便サンプルである。特定の実施形態において、生体サンプルは口または口腔粘膜のサンプルである。特定の実施形態では、生体サンプルは、綿棒または他の適合するスワブを使用して得られたスワブである。特定の実施形態では、サンプルは細菌を含む。特定の実施形態では、サンプルは真菌を含む。特定の実施形態では、サンプルはウイルスを含む。特定の実施形態では、ウイルスはバクテリオファージである。特定の実施形態では、サンプルは採取後に、ただし更なる工程が行われる前に保存される。特定の実施形態では、保存は8℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は4℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は0℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は−20℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は−70℃未満で行われる。特定の実施形態では、この保存は、グリセロール、グリコール、ジメチルスルホキシド、成長培地、普通ブロスまたはそれらの任意の組み合わせにおいて行われる。特定の実施形態では、サンプルは、少なくとも約1、2、3、4、5、6、または7日間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは、少なくとも約1、2、3、または4週間、保存される。いくかの実施形態では、サンプルは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは最大約1、2、3、または4週間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは最大約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月間、保存される。
特定の実施形態では、個体の診断には、生体サンプルを得る工程が含まれる。特定の実施形態において、生体サンプルは皮膚サンプルまたは生検である。特定の実施形態において、生体サンプルは便または糞便サンプルである。特定の実施形態において、生体サンプルは口または口腔粘膜のサンプルである。特定の実施形態では、生体サンプルは、綿棒または他の適合するスワブを使用して得られたスワブである。特定の実施形態では、サンプルは細菌を含む。特定の実施形態では、サンプルは真菌を含む。特定の実施形態では、サンプルはウイルスを含む。特定の実施形態では、ウイルスはバクテリオファージである。特定の実施形態では、サンプルは採取後に、ただし更なる工程が行われる前に保存される。特定の実施形態では、保存は8℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は4℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は0℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は−20℃未満で行われる。特定の実施形態では、保存は−70℃未満で行われる。特定の実施形態では、この保存は、グリセロール、グリコール、ジメチルスルホキシド、成長培地、普通ブロスまたはそれらの任意の組み合わせにおいて行われる。特定の実施形態では、サンプルは、少なくとも約1、2、3、4、5、6、または7日間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは、少なくとも約1、2、3、または4週間、保存される。いくかの実施形態では、サンプルは、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは最大約1、2、3、または4週間、保存される。いくつかの実施形態では、サンプルは最大約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月間、保存される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約1日間、室温(〜25℃)において安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約3日間安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約6日間安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約9日間安定している。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は少なくとも約12日間安定している。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚病を有する皮膚に適用された時、治療活性を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、組成物が製造または包装された時に、最初の治療活性を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約1日間、室温(〜25℃)においてその最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約3日間その最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約6日間その最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約9日間その最初の治療活性を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約12日間その最初の治療活性を維持する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約1日間、室温(〜25℃)においてその最初の治療活性の少なくとも約90%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約3日間、その最初の治療活性の少なくとも約90%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約6日間、その最初の治療活性の少なくとも約90%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約9日間、その最初の治療活性の少なくとも約90%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約12日間、その最初の治療活性の少なくとも約90%を維持する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約1日間、室温(〜25℃)においてその最初の治療活性の少なくとも約80%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約3日間、その最初の治療活性の少なくとも約80%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約6日間、その最初の治療活性の少なくとも約80%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約9日間、その最初の治療活性の少なくとも約80%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約12日間、その最初の治療活性の少なくとも約80%を維持する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約1日間、室温(〜25℃)においてその最初の治療活性の少なくとも約70%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約3日間、その最初の治療活性の少なくとも約70%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約6日間、その最初の治療活性の少なくとも約70%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約9日間、その最初の治療活性の少なくとも約70%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約12日間、その最初の治療活性の少なくとも約70%を維持する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約1日間、室温(〜25℃)においてその最初の治療活性の少なくとも約50%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約3日間、その最初の治療活性の少なくとも約50%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約6日間、その最初の治療活性の少なくとも約50%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約9日間、その最初の治療活性の少なくとも約50%を維持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも約12日間、その最初の治療活性の少なくとも約50%を維持する。
いくつかの実施形態では、サンプルは、30℃、31℃、32℃、33℃、34℃、35℃、36℃、37℃、38℃、39℃または40℃などの、細菌増殖に適した生理温度において培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは約35℃〜約39℃において培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは約36℃〜約38℃において培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは液体の成長培地で培養される。いくつかの実施形態では、サンプルは寒天プレートなどの固形成長培地上で培養される。いくつかの実施形態では、プレートはエクスビボにある。
特定の実施形態では、本明細書に開示されるサンプルは、分析の前にさらに処理される。いくつかの実施形態では、抽出または処理手順はサンプル上で実行されない。いくつかの実施形態では、核酸はサンプルから抽出される。いくつかの実施形態では、核酸はDNAである。いくつかの実施形態では、DNAは細菌DNAである。いくつかの実施形態では、細菌DNAは16SリボソームDNAである。いくつかの実施形態では、細菌DNAは18SリボソームDNAである。いくつかの実施形態では、細菌DNAは23SリボソームDNAである。いくつかの実施形態では、核酸はリボソームDNAである。いくつかの実施形態では、核酸はRNAである。いくつかの実施形態では、核酸はリボソームRNAである。特定の実施形態では、核酸は、続く分析に干渉しない任意の技術を使用して抽出される。特定の実施形態では、この技術は、エタノール、メタノールまたはイソプロピルアルコールを使用したアルコール沈殿を使用する。特定の実施形態では、この技術は、フェノール、クロロホルムまたはそれらの任意の組み合わせを使用する。特定の実施形態では、この技術は塩化セシウムを使用する。特定の実施形態では、この技術は、DNAを沈殿させるのに通常使用されるナトリウム、カリウムまたは酢酸アンモニウム、または他の任意の塩を使用する。特定の実施形態では、この技術は、一般に市販されているものなどの、カラムまたは樹脂ベースの核酸精製スキームを利用し、その非限定的な一例は、Sigma Aldrichから入手可能なGenElute Bacterial Genomic DNAであろう。特定の実施形態では、抽出後、核酸は続く分析の前に水、トリス緩衝液またはトリスEDTA緩衝液に保存される。特定の実施形態では、この保存は8℃未満である。特定の実施形態では、この保存は4℃未満である。特定の実施形態では、この保存は0℃未満である。特定の実施形態では、この保存は−20℃未満である。特定の実施形態では、この保存は−70℃未満である。特定の実施形態では、核酸は、1、2、3、4、5、6、または7日間、保存される。いくつかの実施形態では、核酸は、1、2、3、または4週間、保存される。いくかの実施形態では、核酸は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12ヶ月間、保存される。
サンプルを得て関連する核酸を単離した後に、核酸を配列決定する。いくつかの実施形態では、配列決定された核酸は細菌DNAである。特定の実施形態では、核酸配列は細菌16SリボソームDNAである。特定の実施形態では、核酸配列は細菌18SリボソームDNAである。特定の実施形態では、核酸配列は細菌23SリボソームDNAである。特定の実施形態では、核酸配列はバクテリオファージDNAである。特定の実施形態では、配列はPCRを使用して判定される。特定の実施形態では、PCRで使用される少なくとも1つのプライマーは、SEQ ID NO:11,SEQ ID NO:12,SEQ ID NO:13,SEQ ID NO:14,SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:16,SEQ ID NO:17,SEQ ID NO:18,SEQ ID NO:19,SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:21,SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:24,SEQ ID NO:25,SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27またはSEQ ID NO:28に対応する配列を有する。特定の実施形態において、使用されるPCRは定量である。特定の実施形態では、PCR反応は、Taqman(商標)または同様の定量PCR技術を利用する。特定の実施形態では、配列決定はサンガー法を使用して行なわれる。特定の実施形態では、配列決定は、連鎖停止ジデオキシヌクレオチドの使用を含む。特定の実施形態では、配列決定はゲル電気泳動を含む。特定の実施形態では、配列決定は次世代配列決定法を使用して行なわれる。特定の実施形態では、該方法はピロシーケンスである。特定の実施形態では、該方法はイオン半導体シーケンシングである。特定の実施形態では、該方法は合成による配列決定である。特定の実施形態では、該方法は核酸連結による配列決定である。特定の実施形態では、該方法は一分子リアルタイムシーケンシングである。
特定の実施形態では、核酸が配列決定された後、本明細書に記載の診断が行われる。特定の実施形態では、診断は、コンピューター、統計分析、統計分析ソフトウェア、配列分析ソフトウェア、またはそれらの任意の組み合わせの使用を必要とする。特定の実施形態では、異なる生物が特定される。特定の実施形態では、マラセジア属真菌が特定される。特定の実施形態では、細菌の種々の菌株が、マイクロバイオームの編集(コンパイル)中に特定される。特定の実施形態では、スタフィロコッカス属の細菌が特定される。特定の実施形態では、P.アクネスの種々の菌株はマイクロバイオームの編集(コンパイル)中に特定される。特定の実施形態では、P.アクネスの種々の菌株は、それらの16Sリボソーム配列またはリボタイプに基づいて特定される。特定の実施形態では、P.アクネはRT1−RT10に属するものとして特定される。特定の実施形態で、P.アクネスは、RT1、RT2、RT3、RT6、またはそれらの任意の組み合わせに属するものとして特定される。さらなる実施形態では、インターネットを通じて診断レポートを送ってもよく、またはインターネットで診断レポートにアクセスしてもよい。郵便で診断レポートを医療従事者、医師または患者に送ってもよい。
特定の実施形態では、本開示は、ざ瘡を有する個体における抗生耐性菌の存在を判定する方法を提供し、該方法は、個体から皮膚サンプルを得る工程、サンプルから細菌DNAを単離する工程;サンプルからの16S、18Sまたは23SリボソームRNAの関連する領域を増幅する工程、増幅されたDNA生成物を配列決定する工程、および、テトラサイクリンおよびエリスロマイシン/クリンダマイシンの抗生物質クラスに対するそれぞれの抗生物質耐性を判定する工程、を含む。特定の実施形態では、個体の皮膚に存在する最近、または個体の皮膚から単離された細菌は、抗生物質に耐性があることが試験または判定される。特定の実施形態では、抗生物質はエリスロマイシンである。特定の実施形態では、抗生物質はクリンダマイシンである。特定の実施形態では、抗生物質耐性は、16S、18Sまたは23Sのリボソームのサブタイプの配列から判定される。
<プロピオンバクテリウムの製剤を貯蔵する方法>
いくつかの態様では、所望のプロピオンバクテリウム製剤を製造する方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、該方法は、プロピオンバクテリウムの少なくとも1つの菌株の所望の製剤を製造する工程を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アクネスの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アクネスの亜種アクネスの菌株ではない。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アビダムの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.グラヌローサムの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アクネス亜種デフェンデンスの菌株である。好ましい実施形態では、プロピオンバクテリウムの菌株は、本明細書に記載されるように、健康関連菌株である。
いくつかの態様では、所望のプロピオンバクテリウム製剤を製造する方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、該方法は、プロピオンバクテリウムの少なくとも1つの菌株の所望の製剤を製造する工程を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アクネスの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アクネスの亜種アクネスの菌株ではない。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アビダムの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.グラヌローサムの菌株である。いくつかの実施形態では、少なくとも1つの菌株はP.アクネス亜種デフェンデンスの菌株である。好ましい実施形態では、プロピオンバクテリウムの菌株は、本明細書に記載されるように、健康関連菌株である。
いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを生成するために、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムのサンプルを加える工程、および約4℃以下の温度でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含む。プロピオンバクテリウムの望ましい製剤を製造する工程には、プロピオンバクテリウムサンプル、その組成物またはそのストックの冷却、凍結、および保存の少なくとも1つが含まれ得る。
非限定的な例として、P.アクネス細菌の所望の製剤を製造するための方法が本明細書に提供され、該方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを生成するために、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムのサンプルを加える工程、および約4℃以下の温度でプロピオンバクテリウムグリセロールストックを保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウム細菌が周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウム菌の約50%以上が生存可能である。
さらに非限定的なとして、貯蔵されたプロピオンバクテリウムの所望の製剤を製造するための方法が本明細書に提供され、前記プロピオンバクテリウムの約90%は、60日間の保存後にも生存可能であり、前記方法は:プロピオンバクテリウム・ストックを生成するために約50%のグリセロール溶液にプロピオンバクテリウムのサンプルを加える工程、−20℃でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを凍結する工程を含み、それによって前記所望の製剤が形成され、ここで、プロピオンバクテリウムのサンプルの約90%より多くが、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックの解凍後にも生存可能である。
いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約1%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約5%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約10%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約15%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約20%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約30%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約40%が生存可能である。いくつかの実施形態では、方法はプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、ここでグリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約50%が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約60%が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの少なくとも約70%が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、P.アクネス細菌の少なくとも約80%が生存可能である。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液中のプロピオンバクテリウムが周囲温度にさらされた時に、プロピオンバクテリウムの約90%より多くが生存可能である。
いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約5%〜約75%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約5%〜約65%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約5%〜約55%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約5%〜約45%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約5%〜約35%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約5%〜約25%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、方法は、グリセロール溶液にプロピオンバクテリウムを加える工程を含み、ここでグリセロール溶液は約25%〜約75%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約30%〜約70%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約35%〜約65%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約40%〜約60%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は約45%〜約50%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約25%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約30%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約35%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約40%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約45%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約50%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約55%のグリセロールである。いくつかの実施形態では、グリセロール溶液は、約60%のグリセロールである。
いくつかの実施形態では、方法は、選択された温度で、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウムまたはその組成物を保存する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、選択された温度で、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含む。いくつかの実施形態では、温度は約30℃〜約−80℃である。いくつかの実施形態では、温度は約25℃〜約−80℃である。いくつかの実施形態では、温度は約25℃〜約−20℃である。いくつかの実施形態では、温度は約30℃〜約4℃である。いくつかの実施形態では、温度は約10℃〜約−80℃である。いくつかの実施形態では、温度は約10℃〜約−40℃である。いくつかの実施形態では、温度は約10℃〜約−30℃である。いくつかの実施形態では、温度は約10℃〜約−20℃である。いくつかの実施形態では、温度は約4℃〜約−80℃である。いくつかの実施形態では、温度は約4℃〜約−25℃である。いくつかの実施形態では、温度は約4℃〜約−20℃である。いくつかの実施形態では、温度は約22℃〜約−28℃である。いくつかの実施形態では、温度は約25℃である。いくつかの実施形態では、温度は約4℃である。いくつかの実施形態では、温度は約−20℃である。いくつかの実施形態では、温度は約−80℃である。
いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウムの組成物を解凍する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウム菌の組成物を暖める工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、室温でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを解凍する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、浴槽でプロピオンバクテリウム・グリセロールストックを急速解凍する工程を含む。浴温は約25℃〜約40℃でもよい。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウム菌の組成物を急速解凍する工程を含む。非限定的な例として、被験体は本明細書に開示される組成物を使用し、該組成物は直接皮膚へと凍結される。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に開示されるプロピオンバクテリウム菌の組成物をゆっくり解凍する工程を含む。非限定的な例として、室温にさらされる前に、肌に適用される前に、または他の組成物(例えば皮膚軟化薬、ローション剤、ゲル)と併用される前に、冷蔵温度に達するように冷蔵庫で凍結される本明細書に開示される組成物を、被験体が運ぶ場合もある。用語「凍結」は、組成物が固体状または半固体状にある温度における組成物を含む。凍結は、0℃未満および−15℃未満の温度にある組成物を含み得る。用語「冷蔵温度」は、約0℃〜約10℃、例えば4℃の温度を指す。必ずしも冷蔵庫で冷蔵温度を達成する必要はない。非限定的な例として、アイスバケットも同様にサンプルを冷却することができた。
いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含み、少なくとも約60%〜約90%のプロピオンバクテリウムサンプルは、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、少なくとも約70%〜約90%のP.アクネスサンプルは、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、少なくとも約80%〜約90%が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、P.アクネスの少なくとも約70%が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。いくつかの実施形態では、P.アクネスサンプルの少なくとも約90%が、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックが周囲温度にさらされた後も生存可能である。周囲温度は許容可能な室温と考えられる。いくつかの実施形態では、周囲温度は約25℃〜約35℃である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約20℃〜約30℃である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約22℃〜約28℃である。いくつかの実施形態では、周囲温度は約25℃である。
いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウム・グリセロールストックを保存する工程を含み、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は少なくとも約30日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は少なくとも約30日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は少なくとも約20日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は少なくとも約30日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は少なくとも約30日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は少なくとも約30日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は少なくとも約60日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は少なくとも約60日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、P.アクネスサンプルの少なくとも約70%は少なくとも約60日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は少なくとも約60日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は少なくとも約60日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は少なくとも約60日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は少なくとも約90日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は少なくとも約90日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は少なくとも約90日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は少なくとも約90日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は少なくとも約90日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は少なくとも約90日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は少なくとも約120日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は少なくとも約120日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は少なくとも約120日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は少なくとも約120日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は少なくとも約120日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は少なくとも約120日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は少なくとも約180日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は少なくとも約180日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は少なくとも約180日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は少なくとも約180日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は少なくとも約180日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は少なくとも約180日間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は少なくとも約1年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は少なくとも約1年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は少なくとも約1年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は少なくとも約1年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は少なくとも約1年間の保存後も生存可能である。いくつかの実施形態では、プロピオンバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は少なくとも約1年間の保存後も生存可能である。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は溶液中で約10%のグリセロールv/v〜約90%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のグリセロールv/v〜約80%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約25%のグリセロールv/v〜約75%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約30%のグリセロールv/v〜約70%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約35%のグリセロールv/v〜約65%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約40%のグリセロールv/v〜約60%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約45%のグリセロールv/v〜約55%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のグリセロールv/v〜約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約20%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約25%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約45%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約50%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約50%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約55%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約60%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約65%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約75%のグリセロールv/vである。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウム菌を保存する工程を含み、溶液はグリセロールと水を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、グリセロールと水を主成分とする。いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液はグリセロールと食塩水を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、グリセロールと食塩水を主成分とする。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールと緩衝生理食塩水を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、グリセロールと緩衝生理食塩水を主成分とする。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールと緩衝液を含む。いくつかの実施形態では、緩衝液は炭酸水素ナトリウム、クエン酸またはトリエタノールアミンを含む。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールおよびリン酸緩衝食塩水の溶液を含む。いくつかの実施形態では、溶液はグリセロールおよびリン酸緩衝食塩水の溶液を主成分とする。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は約3.5〜約7pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4〜約6.5pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4〜約6pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4〜約5.5pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4.5〜約5.5pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4.8〜約5pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4.2pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4.4pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4.6pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約4.8pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約5pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約5.2pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約5.4pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約5.6pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約5.8pHを有する。いくつかの実施形態では、溶液は約6pHを有する。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は塩またはそのイオンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、カリウム、カルシウム、マグネシウム、ナトリウムおよびホウ素から選択されたイオンを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約0.001mM〜約1mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約0.001mM〜約0.1mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約0.01mM〜約0.1mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約0.05mM〜約0.1mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約0.01mM〜約1mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約0.1mM〜約1mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約100mM〜約250mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約125mM〜約225mMである。いくつかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は約150mM〜約200mMである。いくつかの実施形態では、カリウムの濃度は約100mM〜約250mMである。いくつかの実施形態では、カリウムの濃度は約125mM〜約225mMである。いくつかの実施形態では、カリウムの濃度は約150mM〜約200mMである。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.001mM〜約1mMの濃度でカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.01mM〜約0.5mMの濃度でカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.05mM〜約0.1mMの濃度でカルシウムを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液はプレバイオティクス安定剤を含む。いくつかの実施形態では、プレバイオティクス安定剤は多糖類またはオリゴ糖から選択される。いくつかの実施形態では、プレバイオティクス安定剤はイヌリンである。いくつかの実施形態では、安定剤は、約0.01%v/v〜約1%v/vの濃度で溶液に存在する。いくつかの実施形態では、安定剤は、約0.01%v/v〜約0.5%v/vの濃度で溶液に存在する。いくつかの実施形態では、安定剤は、約0.05%v/v〜約0.2%v/vの濃度で溶液に存在する。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.01%v/v〜約1%v/vの濃度でイヌリンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.01%v/v〜約0.5%v/vの濃度でイヌリンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約0.05%v/v〜約0.2%v/vの濃度でイヌリンを含む。明確性のために、本明細書で使用される用語%v/vは、溶液の構成要素の容積によって表される、溶液の全容積の割合を表す。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は抗ざ瘡薬を含み、抗ざ瘡薬はざ瘡を予防または低減する、または消失させる薬剤である。いくつかの実施形態では、抗ざ瘡薬は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸性物質、油脂、アルコール、抽出物およびその類似体から選択される。明確性のために、本明細書で使用される用語「類似体」は、他の化合物と類似する構造を持つが、全構造の約10%未満が異なっている化合物を指す。いくつかの実施形態では、レチノイドはトレチノイン、タザロテン、アダパレンおよびレチノールから選択される。いくつかの実施形態では、ビタミンまたはその類似体は、ビタミンA、ビタミンC、ビタミンD、ビタミンEおよびカルシポトリエンから選択される。いくつかの実施形態では、酸化防止剤はビタミンCおよびビタミンEから選択され、過酸化物は過酸化ベンゾイルである。いくつかの実施形態では、酸性物質は、サリチル酸、アゼライク酸、トリクロロ酢酸、およびグリコール酸から選択される。いくつかの実施形態では、アルコールはセチルアルコール、ステアリルアルコールおよびセテアリルアルコールから選択される。いくつかの実施形態では、アルコールはレチノール(ビタミンA1としても知られる)およびレスベラトロールから選択される。いくつかの実施形態では、油脂は、ラベンダー油、クラリーセージ油、ジュニパーベリー油、ベルガモット油、ホホバ油、ローズマリー油、やし油、アボカド油、ハッカ油およびティーツリー油から選択される。いくつかの実施形態では、油脂はティーツリー油である。いくつかの実施形態では、抽出物は、アロエ、ガーリック、アマランス、インドセンダン、コリアンダー、レモン、バジル、グレープフルーツ、キュウリ、ブドウ、ビート、緑茶またはそれらの組み合わせの抽出物から選択される。いくつかの実施形態では、抽出物は緑茶抽出物である。
いくつかの実施形態では、方法は、溶液にプロピオンバクテリウムを保存する工程を含み、溶液は生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる。いくつかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、温度制御、例えばコールドチェーン保存の必要を排除する。いくつかの実施形態では、生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥または発泡を含む。いくつかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、グライコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、スクロース、スタキオース、ヒドロキシエチル澱粉、およびグリシンとマンニトールの組み合わせの少なくとも1つを含む。
いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも1つの選択されたリボタイプのP.アクネスサンプルを保存または貯蔵する工程を含む。P.アクネス菌のサンプルは、リボタイプRT1のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、P.アクネス菌のサンプルは、リボタイプRT2のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、P.アクネス菌のサンプルは、リボタイプRT1およびRT2のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、P.アクネス菌のサンプルは、リボタイプRT1のP.アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、P.アクネス菌のサンプルは、リボタイプRT2のP.アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、P.アクネス菌のサンプルは、リボタイプRT1およびRT2のP.アクネス菌を主成分とする。
いくつかの実施形態では、方法は、P.アクネス菌のサンプルの初期培養を培養する工程を含み得る。初期培養はプロピオンバクテリウムのより小さなアリコートでもよく、および該方法は、所望量を得るためにプロピオンバクテリウムを増殖させる工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、方法は、培地で初期培養を培養する工程を含んでもよい。いくつかの実施形態では、細胞培養培地は補強クロストリジウム培地を含む。いくつかの実施形態では、細胞培養培地は、補強クロストリジウム培地を主成分とする。いくつかの実施形態では、細胞培養培地はルリア培地を含む。いくつかの実施形態では、細胞培養培地はトリプトンブロスを含む。いくつかの実施形態では、方法は、培地において初期培養またはその産物を分割、希釈、または継代培養する工程の少なくとも1つを含む。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物を洗浄する少なくとも1つの工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物を遠心分離機にかける、またはペレット化する少なくとも1つの工程を含む。いくつかの実施形態では、培養物は約3500rcfから約4500rcfで遠心分離機にかけられる。いくつかの実施形態では、培養物は約3800rcfから約4200rcfで遠心分離機にかけられる。いくつかの実施形態では、培養物は約4000rcfで遠心分離機にかけられる。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物を攪拌する少なくとも1つの工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、初期培養またはその産物をピペット操作する少なくとも1つの工程を含む。本明細書に記載される工程の1つはいずれも、少なくとも1回行われ得る。本明細書に記載される工程の1つはいずれも、少なくとも2回行われ得る。本明細書に記載される工程の1つはいずれも、少なくとも3回行われ得る。いくつかの実施形態では、方法は、プロピオンバクテリウムのサンプルを含む培養物またはその初期培養に小袋を加える工程を含む。いくつかの実施形態では、小袋は、プロピオンバクテリウムが酸素にさらされるのを減らす。
<貯蔵されたプロピオンバクテリウムの組成物>
いくつかの態様では、貯蔵された細菌のサンプルを含む組成物が本明細書に提供され、該細菌はプロピオンバクテリウムを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT1のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT2のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1およびRT2のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物の細菌は、リボタイプRT1のP.アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、組成物の細菌は、リボタイプRT2のP.アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1およびRT2のP.アクネス菌を含む。
いくつかの態様では、貯蔵された細菌のサンプルを含む組成物が本明細書に提供され、該細菌はプロピオンバクテリウムを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、リボタイプRT1のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT2のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1およびRT2のP.アクネス菌を含む。いくつかの実施形態では、組成物の細菌は、リボタイプRT1のP.アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、組成物の細菌は、リボタイプRT2のP.アクネス菌を主成分とする。いくつかの実施形態では、組成物は、リボタイプRT1およびRT2のP.アクネス菌を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、少なくとも1つの冷凍保存剤に保存された細菌のサンプルを含む。いくつかの実施形態では、冷凍保存剤はポリオールである。ポリオールの非限定的な例として、DMSO、エチレングリコール、グリセロール、プロピレン(PEG)グリコール、スクロース、トレハロースおよび2−メチル−2,4−ペンタンジオール(MPD)があげられる。様々な実施形態では、PEGは約10g/mol〜約10,000g/molの分子量を有し得る。様々な実施形態では、PEGは約10g/mol〜約5,000g/molの分子量を有し得る。様々な実施形態では、PEGは約10g/mol〜約1,000g/molの分子量を有し得る。様々な実施形態では、PEGは約10g/mol〜約500g/molの分子量を有し得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物はポリエチレングリコールを含む。いくつかの実施形態では、ポリエチレングリコールを含む組成物はグリセロールの量を減らすことを可能にし、一方で組成物中の細菌の生存率を維持し、それはポリエチレングリコールを含まず、およびより多量のグリセロールを含む組成物中の細菌の生存率に類似する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物中のグリセロールの量を減らすまたは最小化することで、被験体にとってより好ましい構成を有する製剤がもたらされる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物中のグリセロールの量を減らすまたは最小化することで、より多量のグリセロールを有する組成物と比較してよりニキビを生じさせない製剤がもたらされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、第1のポリオールおよび第2のポリオールの混合物に貯蔵された細菌のサンプルを含む。いくつかの実施形態では、第1のポリオールまたは第2のポリオールはグリセロールである。いくつかの実施形態では、第1のポリオールまたは第2のポリオールはポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は、グリセロールとポリエチレングリコールの混合物に貯蔵された細菌のサンプルを含む。いくつかの実施形態では、混合物は、約1%のグリセロールv/v〜約50%のグリセロールv/v、および約1%のポリエチレングリコールw/v〜約50%のw/vポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、混合物は、約5%のグリセロールv/v〜約50%のグリセロールv/v、および約5%のポリエチレングリコールw/v〜約50%のw/vポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、混合物は、約5%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/v、および約5%のポリエチレングリコールw/v〜約40%のw/vポリエチレングリコールである。いくつかの実施形態では、混合物は、約10%のグリセロールv/v〜約35%のグリセロールv/v、および約10%のポリエチレングリコールw/v〜約35%のw/vポリエチレングリコールである。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は溶液を含み、溶液は溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約75%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約50%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約25%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約20%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のグリセロールv/v〜約15%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のグリセロールv/v〜約50%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のグリセロールv/v〜約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のグリセロールv/v〜約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のグリセロールv/v〜約25%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のグリセロールv/v〜約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のグリセロールv/v〜約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のグリセロールv/v〜約25%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のグリセロールv/v〜約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のグリセロールv/v〜約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のグリセロールv/v〜約25%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のグリセロールv/v〜約50%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のグリセロールv/v〜約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のグリセロールv/v〜約30%のグリセロールv/vである。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物は溶液を含み、溶液は溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約75%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約50%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約40%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約35%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約30%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約25%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約20%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約1%のポリエチレングリコールw/v〜約15%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のポリエチレングリコールw/v〜約50%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のポリエチレングリコールw/v〜約40%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のポリエチレングリコールw/v〜約35%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のポリエチレングリコールw/v〜約30%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約5%のポリエチレングリコールw/v〜約25%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のポリエチレングリコールw/v〜約40%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のポリエチレングリコールw/v〜約35%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のポリエチレングリコールw/v〜約30%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約10%のポリエチレングリコールw/v〜約25%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のポリエチレングリコールw/v〜約40%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のポリエチレングリコールw/v〜約35%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のポリエチレングリコールw/v〜約30%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約15%のポリエチレングリコールw/v〜約25%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のポリエチレングリコールw/v〜約50%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のポリエチレングリコールw/v〜約40%のポリエチレングリコールw/vである。いくつかの実施形態では、溶液は、溶液中で約20%のポリエチレングリコールw/v〜約30%のポリエチレングリコールw/vである。
いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約5%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約10%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約15%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約20%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約25%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約30%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約35%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約40%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約45%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約50%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約55%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約60%のグリセロールv/vである。いくつかの実施形態では、溶液は溶液中で約70%のグリセロールv/vである。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、グリセロールおよび水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび水から本質的に成る。幾つかの実施形態では、方法は、溶液中にプロピオニバクテリウムを保存する工程を含み、ここで溶液は、グリセロールおよび生理食塩水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび生理食塩水から本質的に成る。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび緩衝生理食塩水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび緩衝生理食塩水から本質的に成る。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよび緩衝液を含む。幾つかの実施形態では、緩衝液は、炭酸水素ナトリウム、クエン酸またはトリエタノールアミンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよびリン酸緩衝生理食塩水を含む。幾つかの実施形態では、溶液は、グリセロールおよびリン酸緩衝生理食塩水から本質的に成る。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、約3.5から約7の間のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4から約6.5の間のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4から約6の間のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4から約5.5の間のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4.5から約5.5の間のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4.8から約5の間のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4.2のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4.4のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4.6のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約4.8のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約5のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約5.2のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約5.4のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約5.6のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約5.8のpHを有している。幾つかの実施形態では、溶液は、約6のpHを有している。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、塩またはそのイオンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、カリウム、カルシウム、マグネシウム、ナトリウム、およびホウ素から選択されるイオンを含む。幾つかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。幾つかの実施形態では、溶液はカリウムを含む。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約0.001mMから約1mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約0.001mMから約0.1mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約0.01mMから約0.1mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約0.05mMから約0.1mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約0.01mMから約1mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約0.1mMから約1mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約100mMから約250mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約125mMから約225mMの間である。幾つかの実施形態では、塩またはそのイオンの濃度は、約150mMから約200mMの間である。幾つかの実施形態では、カリウムの濃度は、約100mMから約250mMの間である。幾つかの実施形態では、カリウムの濃度は、約125mMから約225mMの間である。幾つかの実施形態では、カリウムの濃度は、約150mMから約200mMの間である。幾つかの実施形態では、溶液は、約0.001mMから約1mMの濃度のカルシウムを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約0.01mMから約0.5mMの濃度のカルシウムを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約0.05mMから約0.1mMの濃度のカルシウムを含む。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、少なくとも1つの安定化剤を含む。幾つかの実施形態では、安定化剤は、イヌリン、スクロース、トレハロース、コーンスターチ、マルトデキストリン、グアーガム、ローカストビーンガム、およびキサンタンガムから選択される。幾つかの実施形態では、トレハロースまたはスクロースは、コールドチェーンフリーの安定性(cold−chain free stability)のために細菌を安定させる。幾つかの実施形態では、安定化剤はイヌリンである。幾つかの実施形態では、安定化剤は、約0.01% v/vから約1% v/vの濃度の溶液中に存在する。幾つかの実施形態では、安定化剤は、約0.01% v/vから約0.5% v/vの濃度の溶液中に存在する。幾つかの実施形態では、安定化剤は、約0.05% v/vから約0.2% v/vの濃度の溶液中に存在する。幾つかの実施形態では、溶液は、約0.01% v/vから約1% v/vの濃度のイヌリンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約0.01% v/vから約0.5% v/vの濃度のイヌリンを含む。幾つかの実施形態では、溶液は、約0.05% v/vから約0.2% v/vの濃度のイヌリンを含む。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は抗ざ瘡剤を含み、そこで抗ざ瘡剤は、ざ瘡を予防するか、低減するか、または消失させる薬剤である。幾つかの実施形態では、抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、抗酸化剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、およびそれらのアナログから選択される。幾つかの実施形態では、レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、およびレチノールから選択される。幾つかの実施形態では、ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンD、ビタミンC、ビタミンE、およびカルシポトリエンから選択される。幾つかの実施形態では、抗酸化剤は、ビタミンCおよびビタミンEから選択される。過酸化物は過酸化ベンゾイルである。幾つかの実施形態では、酸は、サリチル酸、アゼライン酸、トリクロロ酢酸、およびグリコール酸から選択される。幾つかの実施形態では、アルコールは、レチノールおよびレスベラトロールから選択される。幾つかの実施形態では、油はティーツリーオイルである。幾つかの実施形態では、抽出物は緑茶抽出物である。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、溶液を含み、ここで溶液は、生物学的安定性プラットフォームに組み込まれる。幾つかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、温度調節、例えば、コールドチェーン保存の必要性を排除する。幾つかの実施形態では、生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロール保存液の泡乾燥または発泡を含む。幾つかの実施形態では、生物学的安定性プラットフォームは、グリコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、スクロース、スタキオース、ヒドロキシエチルデンプン、およびグリシンとマンニトールの組み合わせの少なくとも1つを含む。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、約−80℃から約10℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−80℃から約4℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−40℃から約10℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−25℃から約10℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−20℃から約4℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−90℃から約−70℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−30℃から約−10℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−80℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約−20℃である。幾つかの実施形態では、組成物の温度は、約4℃である。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックを含み、ここで、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%から少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%から少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%から少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、P.アクネスのサンプルの少なくとも約60%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックが周囲温度にされた後に生存可能である。周囲温度は、許容可能な室温と考えられる。幾つかの実施形態では、周囲温度は、約25℃から約35℃の間である。幾つかの実施形態では、周囲温度は、約20℃から約30℃の間である。幾つかの実施形態では、周囲温度は、約22℃から約28℃の間である。幾つかの実施形態では、周囲温度は約25℃である。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、プロピオニバクテリウムグリセロールストックを含み、ここでプロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、少なくとも約30日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約30日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、P.アクネスのサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約20日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約30日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約30日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約30日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、少なくとも約60日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約60日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約60日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約60日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約60日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約60日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、少なくとも約90日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約90日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約90日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約90日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約90日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約90日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。
幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、約1年の保存後に生存可能である。
幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約120日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、少なくとも約180日間の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約50%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約60%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約70%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約80%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約90%は、約1年の保存後に生存可能である。幾つかの実施形態では、プロピオニバクテリウムサンプルの少なくとも約95%は、約1年の保存後に生存可能である。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約30日から少なくとも約90日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約30日から少なくとも約120日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約30日から少なくとも約180日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、少なくとも約30日から約90日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、少なくとも約30日から約120日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物の温度は、少なくとも約30日から約180日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約30日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約60日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約90日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約120日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約180日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約240日の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、少なくとも約1年の保存期間を有している。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、約1年までの保存期間を有している。
幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、解凍され、続いて、必要としている被験体に適用されることが可能である。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、温められ、続いて、必要としている被験体に適用されることが可能である。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、冷凍され、続いて、必要としている被験体に適用されることが可能である。幾つかの実施形態では、被験体への続く適用は、被験体の皮膚への組成物の直接的な適用を含む。幾つかの実施形態では、被験体への続く適用は、皮膚への適用前の適用組成物への組成物の適用を含む。適用組成物は、液体、ゲル、ローション剤、皮膚軟化薬、ペースト、マスク、および被験体の皮膚に適用することができる事実上あらゆる溶液から選択され得る。幾つかの実施形態では、適用組成物は抗ざ瘡剤を含まない。幾つかの実施形態では、適用組成物は抗ざ瘡剤を含む。幾つかの実施形態では、本明細書に開示された組成物は、解凍または温めることなく、凍結ストックから被験体の皮膚へと直接適用することができる。
本開示は、本明細書に列挙される付番された実施形態のレビューによってさらに理解される。本明細書で熟考された様々な実施形態は、限定される必要はないが、下記の1つ以上、およびそれらの組み合わせを含み得る:
1.薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は、(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。
2.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された、実施形態1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
3.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態1または2に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
4.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態1乃至3のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
5.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態1乃至4のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
6.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態1乃至5のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
7.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態1乃至6のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
8.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態1乃至7のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
9.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態1乃至8のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
10.P・アクネスのHP3A11菌株、P・アクネスのHP3B4菌株、P・アクネスのHP4G1菌株、またはP・アクネスのHP5G4菌株の少なくとも1つを含む、実施形態1乃至9のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
11.プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムの少なくと1つの追加の菌株を含む、実施形態1乃至10のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
12.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態1乃至11のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
13.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態1乃至12のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
14.皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、方法。
15.皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さを含む、実施形態14に記載の方法。
16.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された、実施形態14または15に記載の方法。
17.CRISPR遺伝子座またはその部分は、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態14乃至16のいずれかに記載の方法。
18.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態14乃至17のいずれかに記載の方法。
19.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態14乃至18のいずれかに記載の方法。
20.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態14乃至19のいずれかに記載の方法。
21.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態14乃至20のいずれかに記載の方法。
22.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態14乃至21のいずれかに記載の方法。
23.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態14乃至22のいずれかに記載の方法。
24.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株の少なくとも1つを含む、実施形態14乃至23のいずれかに記載の方法。
25.薬学的なプロバイオティクス組成物は、プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムの追加の菌株を含む、実施形態14乃至24のいずれかに記載の方法。
26.薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は、(a)第1の治療上有効な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドに操作または選択された、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。
27.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、(i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子、(ii)デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、または(iii)II型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、を含むように操作または選択された、実施形態26に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
28.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、(i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子、(ii)デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、または(iii)II型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、を含むように操作または選択された、実施形態26または27に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
29.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、II型リパーゼ、および約10%未満のpIMPLEプラスミド、をコードする少なくとも1つの遺伝子を含むように操作または選択された、実施形態26乃至28のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
30.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、II型リパーゼ、および約10%未満のpIMPLEプラスミド、をコードする少なくとも1つの遺伝子を含むように操作または選択された、実施形態26乃至29のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
31.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、異なる菌株である、実施形態26乃至30のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
32.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態26乃至31のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
33.第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はRT1リボタイプを含み、および、第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はRT2リボタイプを含む、実施形態26乃至32のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
34.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態26乃至33のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
35.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約−30℃の温度での健康関連微プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態26乃至34のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
36.皮膚障害または疾病の処置において使用するための、実施形態26乃至35のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
37.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態26乃至36のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
38.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態26乃至37のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
39.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態26乃至38のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
40.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌の所望の調製物を産生する方法であって、(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを生産するために、グリセロール溶液にプロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを加える工程、 および、(b)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約4℃以下の温度で保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌が周囲温度にされた時、P.アクネス細菌の約50%以上が生存可能である、方法。
41.グリセロール溶液は、約25%と約75%の間のグリセロールである、実施形態40に記載の方法。
42.グリセロール溶液は約50%グリセロールである、実施形態40または41に記載の方法。
43.温度は約4度と約−80度の間である、実施形態40乃至42のいずれかに記載の方法。
44.温度は約−20度である、実施形態40乃至43のいずれかに記載の方法。
45.サンプルの少なくとも約70%から少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である、実施形態40乃至44のいずれかに記載の方法。
46.サンプルの少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である、実施形態40乃至45のいずれかに記載の方法。
47.周囲温度は約20度と約30度の間である、実施形態45または46に記載の方法。
48.周囲温度は約25度である、実施形態45または46に記載の方法。
49.プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックは、約90日間の保存前に、周囲温度にされる、実施形態45乃至48のいずれかに記載の方法。
50.サンプルの50%超が、約20日間の保存後に、生存可能である、実施形態40乃至49のいずれかに記載の方法。
51.サンプルの約50%超が、約90日間の保存後に、生存可能である、実施形態40乃至49のいずれかに記載の方法。
52.サンプルの約50%超が、少なくとも最大約90日間の保存後に、生存可能である、実施形態40乃至49のいずれかに記載の方法。
53.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株の少なくとも1つを含む、実施形態40乃至52のいずれかに記載の方法。
54.保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプル約90%までが、60日間の保存後に生存可能であり、該方法は、(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルをリン酸緩衝食塩水中の約1%から約50%の間のグリセロールの溶液に加える工程;(b)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックをある−20度から30度の間の温度で保存し、それにより、上記所望の調製物を形成する工程であって、上記プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの約90%までが、60日間の保存後に生存可能である、工程を含む方法。
55.保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプル約90%までが、90日間の保存後に生存可能であり、該方法は、(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを約50%グリセロール溶液に加える工程;および、(b)−20度でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを凍結し、それにより、上記所望の調製物を形成する工程であって、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの約90%までが、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックの解凍後に生存可能である、工程、を含む方法。
56.室温でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを解凍する工程を含む、実施形態55に記載の方法。
57.溶液は、約1−50%グリセロールv/vである、実施形態55または56に記載の方法。
58.溶液は、約5−50%グリセロールv/vである、実施形態55乃至57のいずれかに記載の方法。
59.溶液は緩衝液である、実施形態55乃至58のいずれかに記載の方法。
60.緩衝液は、リン酸緩衝食塩水および酢酸緩衝液から選択される、実施形態59に記載の方法。
61.溶液はカリウムを含む、実施形態55乃至60のいずれかに記載の方法。
62.溶液は、約150mMから約200mMの濃度でカリウムを含む、実施形態61に記載の方法。
63.溶液はカルシウムを含む、実施形態55乃至62のいずれかに記載の方法。
64.溶液は、約0.05mMから約0.1mMの濃度でカルシウムを含む、実施形態63に記載の方法。
65.溶液はプレバイオティクス安定化剤を含む、実施形態55乃至64のいずれかに記載の方法。
66.プレバイオティクス安定化剤はイヌリンである、実施形態65に記載の方法。
67.イヌリンは、約0.05%v/vから約0.2%v/vの濃度で溶液中に存在する、実施形態66に記載の方法。
68.溶液は抗ざ瘡剤を含む、実施形態55乃至67のいずれかに記載の方法。
69.抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、そのアナログ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態68に記載の方法。
70.レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、レチノール、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態69に記載の方法。
71.ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンD、ビタミンC、ビタミンEまたはカルシプトトリエンを含む、実施形態69に記載の方法。
72.酸化防止剤はビタミンCまたはビタミンEを含む、実施形態69に記載の方法。
73.過酸化物は過酸化ベンゾイルである、実施形態69に記載の方法。
74.酸は、サリチル酸、アゼライン酸、トリクロラセティック酸またはグリコール酸を含む、実施形態69に記載の方法。
75.アルコールは、レチノールまたはレスベラトールを含む、実施形態69に記載の方法。
76.油はティーツリーオイルである、実施形態69に記載の方法。
77.抽出物は緑茶抽出物である、実施形態69に記載の方法。
78.溶液は、コールドチェーン保存を排除するために、生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる、実施形態54乃至77のいずれかに記載の方法。
79.生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥または発泡を含む、実施形態78に記載の方法。
80.溶液は、グリコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、ショ糖、スタキオース、ヒドロキシエチルスターチ、または、グリシンおよびマンニトールの組み合わせ、の少なくとも1つを含む、実施形態78に記載の方法。
81.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT1のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態54乃至80のいずれかに記載の方法。
82.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT2のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態54乃至80のいずれかに記載の方法。
83.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT1およびRT2のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態54乃至80のいずれかに記載の方法。
84.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、下記の少なくとも1つを特徴とする、実施形態54乃至83のいずれかに記載の方法:deoRタンパク質を含むこと; II型リパーゼを含むこと; 10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; Cas5タンパク質を含まないこと; ATP結合カセットトランスポータータンパク質を含むこと; DNA結合応答調節因子を含まないこと; および、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まないこと。
85.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態54乃至83のいずれかに記載の方法。
86.医薬組成物であって、(a) 治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、 デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、 の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物; および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む医薬組成物。
87.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された、実施形態86に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
88.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態86または87に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
89.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態86乃至88のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
90.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態86乃至89のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
91.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態86乃至90のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
92.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態86乃至91のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
93.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86乃至92のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
94.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86乃至93のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
95.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−20℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態86乃至94のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
96.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態86乃至95のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
97.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態86乃至96のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
98.細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態86乃至97のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
99.皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:(a) 治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、 デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、 の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物; および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む方法。
100.皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態99に記載の方法。
101.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された、実施形態99または100に記載の方法。
102.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態99乃至101のいずれかに記載の方法。
103.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態99乃至102のいずれかに記載の方法。
104.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態99乃至103のいずれかに記載の方法。
105.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態99乃至104のいずれかに記載の方法。
106.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態99乃至105のいずれかに記載の方法。
107.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−20℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態99乃至106のいずれかに記載の方法。
108.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態99乃至107のいずれかに記載の方法。
109.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態99乃至108のいずれかに記載の方法。
110.薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム ・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態99乃至109のいずれかに記載の方法。
111.薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は:a) 第1の治療上有効な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物; および、c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む薬学的なプロバイオティクス組成物。
112.第2の健康関連微生物は、P.アクネス、P.グラヌローサム、P.アクネス亜種デフェンデンス、またはP.アビダムを含む細菌の菌株である、実施形態111に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
113.第2の健康関連微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、実施形態111または112に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
114.第2の健康関連微生物は、リボタイプRT1またはRT2のP.アクネス細菌の菌株である、実施形態111乃至113のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
115.第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、または、第2の健康関連微生物は、細菌の単離または精製された菌株を含む、実施形態111乃至114のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
116.医薬組成物であって、(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤; および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現しない、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
117.医薬組成物であって、(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤; および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ATP結合カセットトランスポーターを発現する健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
118.医薬組成物であって、a) 薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤; および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、 DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現せず、 および、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
119.DNA結合応答調節因子は、SEQ ID NO:7の配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
120.DNA結合応答調節因子は、SEQ ID NO:7の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
121.ホスホグリセリン酸キナーゼは、SEQ ID NO:9の配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
122.ホスホグリセリン酸キナーゼは、SEQ ID NO:9の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
123.ATP結合カセットトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列によってコードされる、実施形態116または117に記載の医薬組成物。
124.ATP結合カセットトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる、実施形態86、117、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
125.少なくとも2つの細菌の菌株を含む、実施形態86、および116乃至124のいずれか1つに記載の医薬組成物。
126.RT1、RT2、RT3、RT4またはRT5のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態86、および116乃至125のいずれか1つに記載の医薬組成物。
127.RT1またはRT2のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態86、および116乃至126のいずれか1つに記載の医薬組成物。
128.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態86、および116乃至127のいずれか1つに記載の医薬組成物。
129.医薬組成物は、局所投与のために製剤される、実施形態86、および116乃至128のいずれか1つに記載の医薬組成物。
130.医薬組成物は、ゲル、軟膏、ローション、乳剤、ペースト、クリーム、泡、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散剤およびエアロゾルの形態である、実施形態86、および116乃至129のいずれか1つに記載の医薬組成物。
131.リポソームまたはナノ粒子を含む、実施形態86、および116乃至130のいずれか1つに記載の医薬組成物。
132.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含む、実施形態86、および116乃至131のいずれか1つに記載の医薬組成物。
133.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態86、および116乃至132のいずれか1つに記載の医薬組成物。
134.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86、および116乃至133のいずれか1つに記載の医薬組成物。
135.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86、および116乃至133のいずれか1つに記載の医薬組成物。
136.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態86、および116乃至135のいずれか1つに記載の医薬組成物。
137.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態86、および116乃至136のいずれか1つに記載の医薬組成物。
138.細菌の追加の菌株を含む、実施形態86、および116乃至137のいずれか1つに記載の医薬組成物。
139.
細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態86、および116乃至137のいずれか1つに記載の医薬組成物。
140.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く、 ように選択、形質転換、または操作される、実施形態86、および116乃至137のいずれか1つに記載の医薬組成物。
141.皮膚障害または疾病を処置する方法であって、実施形態86および116乃至140のいずれか1つに記載の治療上有効な量の医薬組成物を適用する工程を含む、方法。
142.皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態141に記載の方法。
143.医薬組成物であって、該医薬組成物は: a)第1の治療上有効的な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物; b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物; および、c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、 を含む医薬組成物。
144.第2の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む、実施形態143に記載の医薬組成物。
145.第2の健康関連微生物は、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、実施形態143または144に記載の医薬組成物。
146.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至145のいずれか1つに記載の医薬組成物。
147.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約200nM未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至146のいずれか1つに記載の医薬組成物。
148.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約100nM未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至146のいずれか1つに記載の医薬組成物。
149.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約100nM未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至148のいずれか1つに記載の医薬組成物。
150.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約1マイクロモル未満のポルフィリンをインサイチュで産生する、実施形態143乃至149のいずれか1つに記載の医薬組成物。
151.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約1マイクロモル未満のポルフィリンをインビトロで産生する、実施形態143乃至150のいずれか1つに記載の医薬組成物。
152.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む、実施形態143乃至151のいずれか1つに記載の医薬組成物。
153.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態143乃至152のいずれか1つに記載の医薬組成物。
154.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプRT1またはRT2のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む、実施形態143乃至153のいずれか1つに記載の医薬組成物。
155.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は: (a)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み; (b)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み; または、(c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く、実施形態143乃至154のいずれか1つに記載の医薬組成物。
2.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された、実施形態1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
3.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態1または2に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
4.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態1乃至3のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
5.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態1乃至4のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
6.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態1乃至5のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
7.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態1乃至6のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
8.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態1乃至7のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
9.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態1乃至8のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
10.P・アクネスのHP3A11菌株、P・アクネスのHP3B4菌株、P・アクネスのHP4G1菌株、またはP・アクネスのHP5G4菌株の少なくとも1つを含む、実施形態1乃至9のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
11.プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムの少なくと1つの追加の菌株を含む、実施形態1乃至10のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
12.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態1乃至11のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
13.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態1乃至12のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
14.皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:(a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、方法。
15.皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さを含む、実施形態14に記載の方法。
16.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された、実施形態14または15に記載の方法。
17.CRISPR遺伝子座またはその部分は、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態14乃至16のいずれかに記載の方法。
18.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態14乃至17のいずれかに記載の方法。
19.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態14乃至18のいずれかに記載の方法。
20.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態14乃至19のいずれかに記載の方法。
21.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態14乃至20のいずれかに記載の方法。
22.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態14乃至21のいずれかに記載の方法。
23.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態14乃至22のいずれかに記載の方法。
24.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株の少なくとも1つを含む、実施形態14乃至23のいずれかに記載の方法。
25.薬学的なプロバイオティクス組成物は、プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムの追加の菌株を含む、実施形態14乃至24のいずれかに記載の方法。
26.薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は、(a)第1の治療上有効な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドに操作または選択された、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むように操作または選択された、第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物;および、(c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。
27.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、(i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子、(ii)デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、または(iii)II型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、を含むように操作または選択された、実施形態26に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
28.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、(i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子、(ii)デオキシリボースオペロンリプレッサーをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、または(iii)II型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子および約10%未満のpIMPLEプラスミド、を含むように操作または選択された、実施形態26または27に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
29.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、II型リパーゼ、および約10%未満のpIMPLEプラスミド、をコードする少なくとも1つの遺伝子を含むように操作または選択された、実施形態26乃至28のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
30.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサー、II型リパーゼ、および約10%未満のpIMPLEプラスミド、をコードする少なくとも1つの遺伝子を含むように操作または選択された、実施形態26乃至29のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
31.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、異なる菌株である、実施形態26乃至30のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
32.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態26乃至31のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
33.第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はRT1リボタイプを含み、および、第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物はRT2リボタイプを含む、実施形態26乃至32のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
34.第1および第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態26乃至33のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
35.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約−30℃の温度での健康関連微プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態26乃至34のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
36.皮膚障害または疾病の処置において使用するための、実施形態26乃至35のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
37.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態26乃至36のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
38.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態26乃至37のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
39.第1または第2の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態26乃至38のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
40.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌の所望の調製物を産生する方法であって、(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを生産するために、グリセロール溶液にプロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを加える工程、 および、(b)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを約4℃以下の温度で保存する工程を含み、ここで、グリセロール溶液中のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌が周囲温度にされた時、P.アクネス細菌の約50%以上が生存可能である、方法。
41.グリセロール溶液は、約25%と約75%の間のグリセロールである、実施形態40に記載の方法。
42.グリセロール溶液は約50%グリセロールである、実施形態40または41に記載の方法。
43.温度は約4度と約−80度の間である、実施形態40乃至42のいずれかに記載の方法。
44.温度は約−20度である、実施形態40乃至43のいずれかに記載の方法。
45.サンプルの少なくとも約70%から少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である、実施形態40乃至44のいずれかに記載の方法。
46.サンプルの少なくとも約90%は、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックが周囲温度にされた後、生存可能である、実施形態40乃至45のいずれかに記載の方法。
47.周囲温度は約20度と約30度の間である、実施形態45または46に記載の方法。
48.周囲温度は約25度である、実施形態45または46に記載の方法。
49.プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックは、約90日間の保存前に、周囲温度にされる、実施形態45乃至48のいずれかに記載の方法。
50.サンプルの50%超が、約20日間の保存後に、生存可能である、実施形態40乃至49のいずれかに記載の方法。
51.サンプルの約50%超が、約90日間の保存後に、生存可能である、実施形態40乃至49のいずれかに記載の方法。
52.サンプルの約50%超が、少なくとも最大約90日間の保存後に、生存可能である、実施形態40乃至49のいずれかに記載の方法。
53.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株の少なくとも1つを含む、実施形態40乃至52のいずれかに記載の方法。
54.保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプル約90%までが、60日間の保存後に生存可能であり、該方法は、(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルをリン酸緩衝食塩水中の約1%から約50%の間のグリセロールの溶液に加える工程;(b)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックをある−20度から30度の間の温度で保存し、それにより、上記所望の調製物を形成する工程であって、上記プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの約90%までが、60日間の保存後に生存可能である、工程を含む方法。
55.保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプルの所望の調製物を産生する方法であって、保存されたプロピオニバクテリウム・アクネスサンプル約90%までが、90日間の保存後に生存可能であり、該方法は、(a)プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを産生するために、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルを約50%グリセロール溶液に加える工程;および、(b)−20度でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを凍結し、それにより、上記所望の調製物を形成する工程であって、プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルの約90%までが、プロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックの解凍後に生存可能である、工程、を含む方法。
56.室温でプロピオニバクテリウム・アクネスグリセロールストックを解凍する工程を含む、実施形態55に記載の方法。
57.溶液は、約1−50%グリセロールv/vである、実施形態55または56に記載の方法。
58.溶液は、約5−50%グリセロールv/vである、実施形態55乃至57のいずれかに記載の方法。
59.溶液は緩衝液である、実施形態55乃至58のいずれかに記載の方法。
60.緩衝液は、リン酸緩衝食塩水および酢酸緩衝液から選択される、実施形態59に記載の方法。
61.溶液はカリウムを含む、実施形態55乃至60のいずれかに記載の方法。
62.溶液は、約150mMから約200mMの濃度でカリウムを含む、実施形態61に記載の方法。
63.溶液はカルシウムを含む、実施形態55乃至62のいずれかに記載の方法。
64.溶液は、約0.05mMから約0.1mMの濃度でカルシウムを含む、実施形態63に記載の方法。
65.溶液はプレバイオティクス安定化剤を含む、実施形態55乃至64のいずれかに記載の方法。
66.プレバイオティクス安定化剤はイヌリンである、実施形態65に記載の方法。
67.イヌリンは、約0.05%v/vから約0.2%v/vの濃度で溶液中に存在する、実施形態66に記載の方法。
68.溶液は抗ざ瘡剤を含む、実施形態55乃至67のいずれかに記載の方法。
69.抗ざ瘡剤は、レチノイド、ビタミン、酸化防止剤、過酸化物、酸、油、アルコール、抽出物、そのアナログ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態68に記載の方法。
70.レチノイドは、トレチノイン、タザロテン、アダパレン、レチノール、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態69に記載の方法。
71.ビタミンまたはそのアナログは、ビタミンD、ビタミンC、ビタミンEまたはカルシプトトリエンを含む、実施形態69に記載の方法。
72.酸化防止剤はビタミンCまたはビタミンEを含む、実施形態69に記載の方法。
73.過酸化物は過酸化ベンゾイルである、実施形態69に記載の方法。
74.酸は、サリチル酸、アゼライン酸、トリクロラセティック酸またはグリコール酸を含む、実施形態69に記載の方法。
75.アルコールは、レチノールまたはレスベラトールを含む、実施形態69に記載の方法。
76.油はティーツリーオイルである、実施形態69に記載の方法。
77.抽出物は緑茶抽出物である、実施形態69に記載の方法。
78.溶液は、コールドチェーン保存を排除するために、生物学的安定性プラットフォームに組み入れられる、実施形態54乃至77のいずれかに記載の方法。
79.生物学的保存プラットフォームは、溶液またはグリセロールストック溶液の泡乾燥または発泡を含む、実施形態78に記載の方法。
80.溶液は、グリコナノ粒子、リポソーム、ナノ粒子、トレハロース、ショ糖、スタキオース、ヒドロキシエチルスターチ、または、グリシンおよびマンニトールの組み合わせ、の少なくとも1つを含む、実施形態78に記載の方法。
81.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT1のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態54乃至80のいずれかに記載の方法。
82.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT2のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態54乃至80のいずれかに記載の方法。
83.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、リボタイプRT1およびRT2のプロピオニバクテリウム・アクネス細菌を含む、実施形態54乃至80のいずれかに記載の方法。
84.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌は、下記の少なくとも1つを特徴とする、実施形態54乃至83のいずれかに記載の方法:deoRタンパク質を含むこと; II型リパーゼを含むこと; 10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; Cas5タンパク質を含まないこと; ATP結合カセットトランスポータータンパク質を含むこと; DNA結合応答調節因子を含まないこと; および、ホスホグリセリン酸キナーゼを含まないこと。
85.プロピオニバクテリウム・アクネス細菌のサンプルは、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態54乃至83のいずれかに記載の方法。
86.医薬組成物であって、(a) 治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、 デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、 の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物; および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む医薬組成物。
87.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された、実施形態86に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
88.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態86または87に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
89.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、実施形態86乃至88のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
90.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、実施形態86乃至89のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
91.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態86乃至90のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
92.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態86乃至91のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
93.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86乃至92のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
94.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86乃至93のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
95.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−20℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態86乃至94のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
96.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態86乃至95のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
97.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態86乃至96のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
98.細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態86乃至97のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
99.皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:(a) 治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、 デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、 の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物; および、(b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む方法。
100.皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態99に記載の方法。
101.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された、実施形態99または100に記載の方法。
102.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態99乃至101のいずれかに記載の方法。
103.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、実施形態99乃至102のいずれかに記載の方法。
104.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態99乃至103のいずれかに記載の方法。
105.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態99乃至104のいずれかに記載の方法。
106.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態99乃至105のいずれかに記載の方法。
107.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−20℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態99乃至106のいずれかに記載の方法。
108.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態99乃至107のいずれかに記載の方法。
109.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株、またはHP5G4菌株を含む、実施形態99乃至108のいずれかに記載の方法。
110.薬学的なプロバイオティクス組成物は細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム ・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態99乃至109のいずれかに記載の方法。
111.薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は:a) 第1の治療上有効な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物; および、c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、を含む薬学的なプロバイオティクス組成物。
112.第2の健康関連微生物は、P.アクネス、P.グラヌローサム、P.アクネス亜種デフェンデンス、またはP.アビダムを含む細菌の菌株である、実施形態111に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
113.第2の健康関連微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、の少なくとも1つを特徴とする、実施形態111または112に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
114.第2の健康関連微生物は、リボタイプRT1またはRT2のP.アクネス細菌の菌株である、実施形態111乃至113のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
115.第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、または、第2の健康関連微生物は、細菌の単離または精製された菌株を含む、実施形態111乃至114のいずれかに記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
116.医薬組成物であって、(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤; および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現しない、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
117.医薬組成物であって、(a)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤; および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、ATP結合カセットトランスポーターを発現する健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
118.医薬組成物であって、a) 薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤; および、(b)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、 DNA結合応答調節因子、ホスホグリセリン酸キナーゼ、またはその組み合わせ、を発現せず、 および、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、を含む医薬組成物。
119.DNA結合応答調節因子は、SEQ ID NO:7の配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
120.DNA結合応答調節因子は、SEQ ID NO:7の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
121.ホスホグリセリン酸キナーゼは、SEQ ID NO:9の配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
122.ホスホグリセリン酸キナーゼは、SEQ ID NO:9の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる、実施形態86、116、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
123.ATP結合カセットトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列によってコードされる、実施形態116または117に記載の医薬組成物。
124.ATP結合カセットトランスポーターは、SEQ ID NO:6の配列に少なくとも50%相同している配列によってコードされる、実施形態86、117、および118のいずれか1つに記載の医薬組成物。
125.少なくとも2つの細菌の菌株を含む、実施形態86、および116乃至124のいずれか1つに記載の医薬組成物。
126.RT1、RT2、RT3、RT4またはRT5のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態86、および116乃至125のいずれか1つに記載の医薬組成物。
127.RT1またはRT2のリボタイプを有するプロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態86、および116乃至126のいずれか1つに記載の医薬組成物。
128.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、実施形態86、および116乃至127のいずれか1つに記載の医薬組成物。
129.医薬組成物は、局所投与のために製剤される、実施形態86、および116乃至128のいずれか1つに記載の医薬組成物。
130.医薬組成物は、ゲル、軟膏、ローション、乳剤、ペースト、クリーム、泡、ムース、液体、スプレー、懸濁液、分散剤およびエアロゾルの形態である、実施形態86、および116乃至129のいずれか1つに記載の医薬組成物。
131.リポソームまたはナノ粒子を含む、実施形態86、および116乃至130のいずれか1つに記載の医薬組成物。
132.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含む、実施形態86、および116乃至131のいずれか1つに記載の医薬組成物。
133.Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、実施形態86、および116乃至132のいずれか1つに記載の医薬組成物。
134.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86、および116乃至133のいずれか1つに記載の医薬組成物。
135.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約0.3%未満のpIMPLEプラスミドを含む、実施形態86、および116乃至133のいずれか1つに記載の医薬組成物。
136.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、実施形態86、および116乃至135のいずれか1つに記載の医薬組成物。
137.薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−10℃から約30℃の温度での、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、実施形態86、および116乃至136のいずれか1つに記載の医薬組成物。
138.細菌の追加の菌株を含む、実施形態86、および116乃至137のいずれか1つに記載の医薬組成物。
139.
細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、実施形態86、および116乃至137のいずれか1つに記載の医薬組成物。
140.健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み; ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み; または、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く、 ように選択、形質転換、または操作される、実施形態86、および116乃至137のいずれか1つに記載の医薬組成物。
141.皮膚障害または疾病を処置する方法であって、実施形態86および116乃至140のいずれか1つに記載の治療上有効な量の医薬組成物を適用する工程を含む、方法。
142.皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態141に記載の方法。
143.医薬組成物であって、該医薬組成物は: a)第1の治療上有効的な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物; b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物; および、c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、 を含む医薬組成物。
144.第2の健康関連微生物は、プロピオニバクテリウムの菌株を含む、実施形態143に記載の医薬組成物。
145.第2の健康関連微生物は、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、実施形態143または144に記載の医薬組成物。
146.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至145のいずれか1つに記載の医薬組成物。
147.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約200nM未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至146のいずれか1つに記載の医薬組成物。
148.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約100nM未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至146のいずれか1つに記載の医薬組成物。
149.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約100nM未満のポルフィリンを産生する、実施形態143乃至148のいずれか1つに記載の医薬組成物。
150.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約1マイクロモル未満のポルフィリンをインサイチュで産生する、実施形態143乃至149のいずれか1つに記載の医薬組成物。
151.第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物の少なくとも1つは、約1マイクロモル未満のポルフィリンをインビトロで産生する、実施形態143乃至150のいずれか1つに記載の医薬組成物。
152.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネス、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、プロピオニバクテリウム・アビダムまたはプロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンスの菌株を含む、実施形態143乃至151のいずれか1つに記載の医薬組成物。
153.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの菌株を含む、実施形態143乃至152のいずれか1つに記載の医薬組成物。
154.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、リボタイプRT1またはRT2のプロピオニバクテリウム・アクネスを含む、実施形態143乃至153のいずれか1つに記載の医薬組成物。
155.少なくとも第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は: (a)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含み; (b)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含み; または、(c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠く、実施形態143乃至154のいずれか1つに記載の医薬組成物。
以下の実施例は、開示の様々な実施形態を例示する目的で与えられ、いかなる方法でも本開示を制限するようには意図されていない。本明細書に記載される方法とともに、本実施例は、好ましい実施形態の代表例である且つ典型的なものであり、本開示の範囲を限定するものとしては意図されない。請求項の範囲によって定義される本開示の精神内に包含されるその変化および他の使用が、当業者に想定される。
実施例1:健康関連菌株の同定
特定の微生物を健康関連の微生物になりやすくさせ得る特徴は、健康な及び罹患した個体からのサンプルを使用し、その各々から微生物を培養し、および比較ゲノム解析を実行して判定され得る。本実施例において、健康関連のP.アクネス菌株を判定するために、サンプルを、尋常性ざ瘡に罹患した個体から収集した。
特定の微生物を健康関連の微生物になりやすくさせ得る特徴は、健康な及び罹患した個体からのサンプルを使用し、その各々から微生物を培養し、および比較ゲノム解析を実行して判定され得る。本実施例において、健康関連のP.アクネス菌株を判定するために、サンプルを、尋常性ざ瘡に罹患した個体から収集した。
マイクロコムドン(Microcomedone)またはスワブのサンプルを、同意を得た成人被験体から収集した。クローンのサンプルを、プレート上の限界希釈によって分離し、その後、200μLの液体培養液中で成長させた。微生物のDNAを、96の個々の培養物から単離した。DNAを、製造業者の指示に従って、QIAgenのDNeasy Blood & Tissueキットを使用して単離した。ペアエンドのDNA配列決定(2x300bp)を、製造業者の指示に従って、試薬キットv3を使用してIllumina MiSeq上で行い、96のサンプルの各々に対して200,000〜600,000の読み取りを生成した。IlluminaのBasespace Sequence Hubにおいて、初期解析を実行し、各サンプルからのすべての読み取りを、BWA Alignerを用いて以下に整列させる:
a. deoR;
b. プロピオニバクテリウム・アクネスATCC 11828(受入番号CP003084);または
c.pIMPLEおよび他の参照ゲノム。
アラインメントを、Broad InstituteのIntegrative Genomics Viewerを用いて調べ、BiomatterのGeneiousバージョン9.1を使用して確認した。96のクローンすべてを、deoR配列、I型リパーゼまたはII型リパーゼの配列の有無、およびpIMPLEプラスミドの有無に関して解析した。配列アラインメントを、健康なボランティアからのP.アクネスの配列とdeoR遺伝子からのP.アクネスの配列との間で実行した。解析は、すべての健康なクローンのおよそ半分が、deoRに対して陽性である(deoR遺伝子座にマッピングする読み取りの0.4%を超える)ことを明らかにした。配列アラインメントをまた、健康なボランティアとリパーゼ遺伝子のP.アクネス間で実行し、遺伝子座P.アクネスは、I型リパーゼおよびII型リパーゼに対して陽性であった。pIMPLE−HL096PA1(GenBank:CP003294.1)に対して実行された健康なボランティアからの読み取りのpIMPLEプラスミド配列アラインメントに関して、健康なボランティアから明らかにされたP.アクネスは、pIMPLEプラスミドを含んでいない。健康なボランティアからの読み取りは、P.アクネスをリボタイプRT1にマッピングする。図2は、より多くのRT1菌株が、RT2と比較したときにdeoR陽性である且つII型リパーゼ陽性であることを示すことによって、これを確証している。幾つかの結果を表2に要約する。
a. deoR;
b. プロピオニバクテリウム・アクネスATCC 11828(受入番号CP003084);または
c.pIMPLEおよび他の参照ゲノム。
アラインメントを、Broad InstituteのIntegrative Genomics Viewerを用いて調べ、BiomatterのGeneiousバージョン9.1を使用して確認した。96のクローンすべてを、deoR配列、I型リパーゼまたはII型リパーゼの配列の有無、およびpIMPLEプラスミドの有無に関して解析した。配列アラインメントを、健康なボランティアからのP.アクネスの配列とdeoR遺伝子からのP.アクネスの配列との間で実行した。解析は、すべての健康なクローンのおよそ半分が、deoRに対して陽性である(deoR遺伝子座にマッピングする読み取りの0.4%を超える)ことを明らかにした。配列アラインメントをまた、健康なボランティアとリパーゼ遺伝子のP.アクネス間で実行し、遺伝子座P.アクネスは、I型リパーゼおよびII型リパーゼに対して陽性であった。pIMPLE−HL096PA1(GenBank:CP003294.1)に対して実行された健康なボランティアからの読み取りのpIMPLEプラスミド配列アラインメントに関して、健康なボランティアから明らかにされたP.アクネスは、pIMPLEプラスミドを含んでいない。健康なボランティアからの読み取りは、P.アクネスをリボタイプRT1にマッピングする。図2は、より多くのRT1菌株が、RT2と比較したときにdeoR陽性である且つII型リパーゼ陽性であることを示すことによって、これを確証している。幾つかの結果を表2に要約する。
実施例2:ヒアルロニダーゼ遺伝子を用いる健康関連菌株の同定
RT1またはRT2陽性であった健康関連のP.アクネスのクローンを、ヒアルロニダーゼをコードする遺伝子の存在のためにさらに検査した。予想外なことに、II型リパーゼに対して陽性であったほとんどの健康関連菌株は、ヒアルロニダーゼ遺伝子も持っていた。表3を参照。
RT1またはRT2陽性であった健康関連のP.アクネスのクローンを、ヒアルロニダーゼをコードする遺伝子の存在のためにさらに検査した。予想外なことに、II型リパーゼに対して陽性であったほとんどの健康関連菌株は、ヒアルロニダーゼ遺伝子も持っていた。表3を参照。
実施例3:P.アクネスの生存率アッセイ
P.アクネスの生存率を、表4に示されるように2か月の保存期間にわたって毎週評価した。少なくとも3つのサンプルを、各時点で試験した。
P.アクネスの生存率を、表4に示されるように2か月の保存期間にわたって毎週評価した。少なくとも3つのサンプルを、各時点で試験した。
サンプルを、下記に従って調製した:
1.リボタイプRT1(HP3A11)およびRT2(HP5G4)のP.アクネスを、0.066 OD600で開始させ、補強クロストリジウム培地(RCM)中の対数期において〜1.0 OD600に増殖させた。
2.1日後、培養物は高密度濁度を示し、それらをRCMで1:2に分割して、各リボタイプ:4 RT2 LCおよび4 RT1 LCの4つの液体培養(LC)サンプルを生成した。
3.2日後、結果として生じるペレットと培地を分離した。LCの培地を、2つのチューブ(〜3ml)の間で分割し、チューブを、9mlの新鮮な培地で充填し、ボルテックスした。ペレットを、元の試験管に残し、8mlの新鮮なRCMを用いてピペット操作によって再懸濁した。すべてのLC(8つのペレットLC(4 RT1および4 RT2)、および16の培地由来のLC)を、大量の酸素の充填を考慮して2つの小袋を備えるジャーに入れた。
4.LCを、ボルテックスし、分割し、およびLCが非常に混濁し、大きなペレットが形成されると、それに新鮮な培地を与えた。
5.実験の1日前に、培養物を、ボルテックスし、分割し、5分間4,300gで遠心沈殿させ、培地を交換した。
6.保存の開始日に、LCを、無菌の50mlの円錐管へと分割し(例えば、RT1またはRT2の50mlのアリコート)、細胞のペレット化を回避した。円錐管を軽くボルテックスし、OD600を測定した。随意に、OD600が1.0を超えた場合に、LCは希釈されてもよい。
7.LCを、アリコートに分割し、5分間4,000rcfで遠心沈殿させた。培地は廃棄し、ペレットを5mlの25% v/vのグリセロール/水で洗浄して、細胞を洗浄した。細胞を、もう一度遠心分離にかけ、洗浄液を廃棄した。
8.細胞を、水中の8.75mlの25%グリセロール、水中の6mlの50%グリセロールまたはPBS中の3.25mlの25%グリセロールに加えて、生きている細菌溶液を生成した。
9.250マイクロリットルの生きている細菌溶液を、1.5mlのエッペンチューブに加え、4℃、−20℃または−80℃で静置させた。
1.リボタイプRT1(HP3A11)およびRT2(HP5G4)のP.アクネスを、0.066 OD600で開始させ、補強クロストリジウム培地(RCM)中の対数期において〜1.0 OD600に増殖させた。
2.1日後、培養物は高密度濁度を示し、それらをRCMで1:2に分割して、各リボタイプ:4 RT2 LCおよび4 RT1 LCの4つの液体培養(LC)サンプルを生成した。
3.2日後、結果として生じるペレットと培地を分離した。LCの培地を、2つのチューブ(〜3ml)の間で分割し、チューブを、9mlの新鮮な培地で充填し、ボルテックスした。ペレットを、元の試験管に残し、8mlの新鮮なRCMを用いてピペット操作によって再懸濁した。すべてのLC(8つのペレットLC(4 RT1および4 RT2)、および16の培地由来のLC)を、大量の酸素の充填を考慮して2つの小袋を備えるジャーに入れた。
4.LCを、ボルテックスし、分割し、およびLCが非常に混濁し、大きなペレットが形成されると、それに新鮮な培地を与えた。
5.実験の1日前に、培養物を、ボルテックスし、分割し、5分間4,300gで遠心沈殿させ、培地を交換した。
6.保存の開始日に、LCを、無菌の50mlの円錐管へと分割し(例えば、RT1またはRT2の50mlのアリコート)、細胞のペレット化を回避した。円錐管を軽くボルテックスし、OD600を測定した。随意に、OD600が1.0を超えた場合に、LCは希釈されてもよい。
7.LCを、アリコートに分割し、5分間4,000rcfで遠心沈殿させた。培地は廃棄し、ペレットを5mlの25% v/vのグリセロール/水で洗浄して、細胞を洗浄した。細胞を、もう一度遠心分離にかけ、洗浄液を廃棄した。
8.細胞を、水中の8.75mlの25%グリセロール、水中の6mlの50%グリセロールまたはPBS中の3.25mlの25%グリセロールに加えて、生きている細菌溶液を生成した。
9.250マイクロリットルの生きている細菌溶液を、1.5mlのエッペンチューブに加え、4℃、−20℃または−80℃で静置させた。
細胞生存率を下記に従って評価した:
1.各時点で、エッペンチューブを、各処置から選択し、室温にさらした。チューブを6回反転させた。
2.20マイクロリットルの解凍されたストックを、RCMを用いて96ウェルプレートにおいて連続希釈した。
3.解凍されたストックをまた、様々な希釈でBrucellaプレート上に置いた(spotted)。
4.プレートをデジタルカメラで画像化し、95%の信頼区間(Confidence Interval)で細胞をカウントした。
1.各時点で、エッペンチューブを、各処置から選択し、室温にさらした。チューブを6回反転させた。
2.20マイクロリットルの解凍されたストックを、RCMを用いて96ウェルプレートにおいて連続希釈した。
3.解凍されたストックをまた、様々な希釈でBrucellaプレート上に置いた(spotted)。
4.プレートをデジタルカメラで画像化し、95%の信頼区間(Confidence Interval)で細胞をカウントした。
図3は、30日、60日および90日間の保存後の様々なリボタイプ1およびリボタイプ2のP.アクネス調製物の生存率を示している。皮膚への直接的な適用をシミュレートする、サンプルの熱ショックは、これらのサンプルが、ざ瘡処置に使用された場合に報告された生存率を保持することを実証した。
実施例4.P.アクネスRT6の同定
P.アクネスの健康関連菌株(例えば、ざ瘡に関連する菌株)を単離する及び精製するために、サンプル中のP.アクネスの望ましくない菌株(例えば、ざ瘡を有する被験体の皮膚上で見つかった菌株)を同定することが有用であり得る。例えば、幾つかの場合では、リボタイプRT6のP.アクネスは望ましくない。この目的のために、対象の菌株に特異的な遺伝子が同定され得る。以下の例は、これがどのように実行され得るかを実証している。
P.アクネスの健康関連菌株(例えば、ざ瘡に関連する菌株)を単離する及び精製するために、サンプル中のP.アクネスの望ましくない菌株(例えば、ざ瘡を有する被験体の皮膚上で見つかった菌株)を同定することが有用であり得る。例えば、幾つかの場合では、リボタイプRT6のP.アクネスは望ましくない。この目的のために、対象の菌株に特異的な遺伝子が同定され得る。以下の例は、これがどのように実行され得るかを実証している。
リボタイプRT6のP.アクネスを健康な菌株と区別する遺伝子の同一性を確認した。DNA結合応答調節因子およびホスホグリセリン酸キナーゼをコードする遺伝子を、リボタイプRT1、RT2、RT3、RT4およびRT5ではなく、リボタイプRT6のP.アクネスにおいて同定した。加えて、ABCトランスポーターwoコードする遺伝子は、RT6には存在しないが、RT1、RT2、RT3、RT4およびRT5には存在する。これらの遺伝子に対する配列を、SEQ ID NO:6(ABCトランスポーター)、7(DNA結合応答調節因子)および9(ホスホグリセリン酸キナーゼ)として提供する。
これらの遺伝子の有無を、これらの3つの遺伝子配列の各々に対する、全ゲノムまたは完成したゲノムのスキャフォールドのすべてのいずれかを用いて、BLAST、Megablast(National Library of Medicineの登録商標)を使用して、配列アラインメントによって確認し、結果を表5に示す。「Y」は、配列全体に対する完全な一致またはOR>60bpの連続的な完全な配列アラインメントである。「N」は、<60bpの完全なアラインメントがあることを意味している。「N」の最適な一致は26bpであった。
実施例5.皮膚マイクロバイオームを特徴づけるための汎細菌アッセイ
皮膚マイクロバイオームの強固な汎サンプリングを、以下の例において実証する。これは、防腐剤を使用して又は使用せずに実行することができる。この方法は、qPCR解析と適合性があり、DNA精製を必要としない。顔から収集されたほとんどの細菌を定量化するために、TaqMan qPCRアッセイを使用した。2つの異なる細菌門、すべてのプロピオニバクテリウムおよびスタフィロコッカスで性能を確認した。この方法は、顔に一般に見られるほとんどの細菌(P.アクネス菌株およびスタフィロコッカス)を認識するのに単一の遺伝子座のみの評価を必要とし、一方で本分野の現在の方法は、類似したカバレッジを達成するために複数のプライマーペアを使用する。被験体の顔の皮膚上の細菌の大多数を、以下の表6に記載する。
皮膚マイクロバイオームの強固な汎サンプリングを、以下の例において実証する。これは、防腐剤を使用して又は使用せずに実行することができる。この方法は、qPCR解析と適合性があり、DNA精製を必要としない。顔から収集されたほとんどの細菌を定量化するために、TaqMan qPCRアッセイを使用した。2つの異なる細菌門、すべてのプロピオニバクテリウムおよびスタフィロコッカスで性能を確認した。この方法は、顔に一般に見られるほとんどの細菌(P.アクネス菌株およびスタフィロコッカス)を認識するのに単一の遺伝子座のみの評価を必要とし、一方で本分野の現在の方法は、類似したカバレッジを達成するために複数のプライマーペアを使用する。被験体の顔の皮膚上の細菌の大多数を、以下の表6に記載する。
ヒトの顔上で一般に見られる細菌からの23S配列の一部を、既知の配列と整列させた。図4およびSEQ ID NO:33−43を参照。(太文字および下線で示された)この遺伝子座での2つの一塩基多型にもかかわらず、プライマー(グレーおよび黒)およびTaqManレポーター(白色)の慎重な配置は、アクチノバクテリアおよびファーミキューテスの両方からの広く多様な細菌の定量化を可能にする。
すべてのアッセイに対する標準曲線を、P.アクネスとともに作成した。健康関連のP.アクネスのパーセンテージを、収集されたサンプル中の健康関連のP.アクネスのパーセンテージを定量化するために使用されたS.エピデルミディスまたは病原性のP.アクネスを用いて希釈系列を使用して計算した。細菌(PANBAC)の全体的なサンプルにおけるdeoR+またはCas5+細菌を測定することによって、これらのパーセンテージを判定した。例えば、図5を参照。
実施例6.pIMPLEプラスミドのパーセンテージの判定
pIMPLEプラスミドのパーセンテージを、生体サンプルから判定した。
pIMPLEプラスミドのパーセンテージを、生体サンプルから判定した。
生体サンプルを収集し、200μLの液体培養液中で成長させた。DNAを、製造業者の指示に従って、QIAgenのDNeasy Blood & Tissueキットを使用して単離した。ペアエンドのDNA配列決定(2x300bp)を、製造業者の指示に従って、試薬キットv3を使用してIllumina MiSeq上で行い、各サンプルに対して200,000〜600,000の読み取りを生成した。IlluminaのBasespace Sequence Hubにおいて、初期解析を実行し、各サンプルからのすべての読み取りを、BWA Alignerを用いてpIMPLEに整列させる。アラインメントを、Broad InstituteのIntegrative Genomics Viewerを用いて調べ、BiomatterのGeneiousバージョン9.1を使用して確認した。
pIMPLEのパーセンテージを、HL096PA1からpIMPLEプラスミドに整列させた合計の配列決定の読み取りのパーセンテージによって判定した。pIMPLEのパーセンテージを、カバレッジ*コピー数としても計算した。これらの方法を使用して、異なるリボタイプでのpIMPLEのパーセンテージを、表7に見られるように判定し。
実施例7.P.アクネスの遺伝子組み換え
健康なP.アクネスのクローンを改良するために、ポルフィリン合成経路における遺伝子の発現をノックアウトした。遺伝子HemY(プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ、EC:1.3.3.4 1.3.3.15)のオープンリーディングフレームの真中における終止コドンをP.アクネスのゲノムに挿入することによって、これを達成した。簡潔には、RNAにガイドされたDNAエンドヌクレアーゼCas9(CRISPR関連のタンパク質9)を、特異的なCRISPR RNA(crRNA)、およびHemY遺伝子中の望ましい位置で二本鎖切断を開裂するトランス活性化RNA(tracrRNA)を用いてHemYに対して標的とした。特異的配列を、相同性指向修復カセット(Homology Directed Repair cassette)(HDR)を用いて開裂の部位に挿入した。
健康なP.アクネスのクローンを改良するために、ポルフィリン合成経路における遺伝子の発現をノックアウトした。遺伝子HemY(プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ、EC:1.3.3.4 1.3.3.15)のオープンリーディングフレームの真中における終止コドンをP.アクネスのゲノムに挿入することによって、これを達成した。簡潔には、RNAにガイドされたDNAエンドヌクレアーゼCas9(CRISPR関連のタンパク質9)を、特異的なCRISPR RNA(crRNA)、およびHemY遺伝子中の望ましい位置で二本鎖切断を開裂するトランス活性化RNA(tracrRNA)を用いてHemYに対して標的とした。特異的配列を、相同性指向修復カセット(Homology Directed Repair cassette)(HDR)を用いて開裂の部位に挿入した。
Cas9、crRNA、tracrRNAおよびHDRのドナーテンプレートを、エレクトロポレーションを使用してP.アクネスへと導入し、細胞を形質転換した。細胞は、エレクトロポレーションを受ける前にエレクトロコンピテント(electrocompetent)でなければならない。エレクトロコンピテントなP.アクネスを、固定相へと成長させ、スクロース、塩化マグネシウム、および一ナトリウムリン酸塩の緩衝液中で洗浄することによって調製した。
tracrRNAおよびcrRNAを、IDTの二本鎖を形成する緩衝液(duplex−forming buffer)を使用して二本鎖にした。その後、tracrRNA:crRNAの二本鎖を、Cas9およびリン酸緩衝生理食塩水の溶液中にインキュベートして、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成した。RNP、HDR、およびエレクトロコンピテントなP.アクネスを組み合わせて、氷上でインキュベートし(形質転換培養物)、あらかじめ冷却したBioRADエレクトロポレーションキュベットへと移した。形質転換培養物を、BioRAD Micropulserを使用して電気穿孔した。豊富なクロストリジウム培地を、すぐに形質転換培養物に加え、24時間別の容器に移し、室温でインキュベートした。形質転換培養物を、qPCRで評価し(図6を参照)、37℃で最終的な72時間の嫌気性インキュベーションのために複数のBrucellaプレート上に広げた。
図6は、921bp(921)または123bpのHDRで形質転換された細胞からのqPCR結果を比較している。サンプルをそれぞれ、挿入された配列(Insert)あるいは非形質転換または野生型(wt)のゲノム配列のいずれかを認識したプライマーで評価した。より長い921bpのHDRを使用して、より高いパーセンテージの細胞を形質転換したことに留意されたい。「921」サンプルはより多くの細胞を有しており、結果としてInsertおよびwtの系統の両方の左方移行をもたらした。
実施例8.局所投与のためのスワブとしての細菌のパッケージング組成物
本明細書に開示された治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を保存し、ヒトの顔に送達するために、パッケージングシステムを作成した。これらのデバイスは、嫌気的に、薬学的に許容可能な賦形剤においておよそ4ミリリットルのP.アクネスを安全に保存し、送達する必要がある。さらに、これらのシステムは、−80°Cもの低い温度での保存に適用可能であった。パッケージングシステムは、(環境による)プロバイオティクスおよび(プロバイオティクスによる)環境の両方の汚染を予防し、あらゆる空気への露出を最小限にし、容易な適用を可能にする。
本明細書に開示された治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を保存し、ヒトの顔に送達するために、パッケージングシステムを作成した。これらのデバイスは、嫌気的に、薬学的に許容可能な賦形剤においておよそ4ミリリットルのP.アクネスを安全に保存し、送達する必要がある。さらに、これらのシステムは、−80°Cもの低い温度での保存に適用可能であった。パッケージングシステムは、(環境による)プロバイオティクスおよび(プロバイオティクスによる)環境の両方の汚染を予防し、あらゆる空気への露出を最小限にし、容易な適用を可能にする。
前述のパッケージの一例を図8に示す。簡潔には、直径およそ2インチの円形の綿パッドを、積層したポリプロピレン製バッグに入れた。3〜5ミリリットルのP.アクネスの溶液を、1ミリリットル当たり〜109の微生物で、綿パッドへと無菌で適用した。ほぼすべての空気を逃がし、バッグを、チャンバー真空シーラー(Vacmaster VP215)において熱で密封した。これらのパッケージを容易に開け、パッドを、プロバイオティクスの適用または回収および生存率の測定のために除去した。15ミリリットルの円錐管におけるパッドの遠心分離によって、定量的な無菌の回収をほぼ達成した。綿パッド、ポリプロピレン製バッグおよび高真空が、P.アクネスの生存率を損なわない、またはP.アクネスを保持しないことを確認するために、サンプルを、4つの異なる条件から収集し、コロニーを蒔く及びカウントすることによってCFU/ミリリットルを判定した。図9は、エッペンチューブ(対照)における、あるいは住宅用霜取り不要冷凍庫、研究室用冷凍庫、または密封前に軽い真空のみを有する研究室用冷凍庫における出願人のパッケージングのいずれかにおける−20°Cで1週間保存されたP.アクネスのサンプルからの回収を比較している。多数の生存可能なP.アクネスを、すべての条件から回収した。
代替的なタイプのパッドおよびバッグが、そのようなパッケージングに利用され得る。
例えば、ポリエステル製パッドが使用される場合、ヒートシールによって、パッドはバッグの片側に張り付けられて、乱雑になることなく及び手への露出なしで液体治療薬の適用を可能にするように遮蔽して、取り扱うことができる。同様に、ピールオープンパウチ(peel−open pouch)が使用される場合、清潔で容易な適用のために、はさみは必要とされないだろう。
例えば、ポリエステル製パッドが使用される場合、ヒートシールによって、パッドはバッグの片側に張り付けられて、乱雑になることなく及び手への露出なしで液体治療薬の適用を可能にするように遮蔽して、取り扱うことができる。同様に、ピールオープンパウチ(peel−open pouch)が使用される場合、清潔で容易な適用のために、はさみは必要とされないだろう。
本発明の好ましい実施形態が、本明細書に示され、記載されているが、このような実施形態がほんの一例として提供されることは当業者に明白となる。多くの変更、変化および置換が、本発明から逸脱することなく当業者に想到される。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用され得ることを理解されたい。
本明細書に記述されたプロピオニバクテリウム・アクネス、HP3A11、HP4G1およびHP5G4の菌株は、特許手続上の微生物寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の規定に従い、American Tissue Culture Collection(10801 University Boulevard Manassas, VA 20110−2209 USA) に2017年4月6日に寄託された。菌株は、American Tissue Culture Collection(ATCC)によって試験され、生存可能であると判定された。ATCCは、ATCC寄託受け入れ番号:PTA−124010を菌株HP3A11に、PTA−124011を菌株HP4G1に、および、PTA−124012をHP5G4に、割り当てた。
Claims (30)
- 医薬組成物であって、該医薬組成物は:
a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、
i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;
ii)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、
iii)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、および、
b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、医薬組成物。 - 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼを含むように操作または選択された、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、ATP結合カセットトランスポーターを発現する、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼを発現しない、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、約1%未満のpIMPLEプラスミドを含む、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−20℃から約30℃の温度での健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、プロピオニバクテリウム・アクネスの2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株またはHP5G4菌株を含む、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 細菌の追加の菌株を含み、追加の菌株はプロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、請求項1に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 皮膚障害または疾病を処置する方法であって、該方法は治療上有効な量の薬学的なプロバイオティクス組成物を適用する工程を含み、該組成物は:
a)治療上有効な量の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、
i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;
ii)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、
iii)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも1つを特徴とする、健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、および、
b)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、方法。 - 皮膚障害または疾病は、ざ瘡、湿疹、脂漏性皮膚炎、乾癬または酒さ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項13に記載の方法。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子に操作または選択された、請求項13に記載の方法。
- Cas5タンパク質は健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物に無い、請求項13に記載の方法。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT1またはRT2リボタイプを含む、請求項13に記載の方法。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、RT6リボタイプを含まない、請求項13に記載の方法。
- 薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤は、約−20℃から約30℃の温度での健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物の生存率を上昇させる、請求項13に記載の方法。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、2つ以上の異なるリボタイプの混合物を含む、請求項13に記載の方法。
- 健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物は、HP3A11菌株、HP3B4菌株、HP4G1菌株またはHP5G4菌株を含む、請求項13に記載の方法。
- 薬学的なプロバイオティクス組成物は追加の細菌の菌株を含み、追加の菌株は、プロピオニバクテリウム・アビダム、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種デフェンデンス、またはプロピオニバクテリウム・グラヌローサムを含む、請求項13に記載の方法。
- 薬学的なプロバイオティクス組成物であって、該組成物は:
a)第1の治療上有効な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物であって、
i)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;
ii)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、
iii)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも1つを特徴とする、第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、
b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物;および、
c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、薬学的なプロバイオティクス組成物。 - 第2の健康関連微生物は、P.アクネス、P.グラヌローサム、P.アクネス亜種デフェンデンス、またはP.アビダムを含む細菌の菌株である、請求項23に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 第2の健康関連微生物は、
a)デオキシリボースオペロンリプレッサーおよびII型リパーゼの少なくとも1つをコードする少なくとも1つの遺伝子、および約10%未満のpIMPLEプラスミドを含むこと;
b)ATP結合カセットトランスポーターをコードする少なくとも1つの遺伝子を含むこと;または、
c)DNA結合応答調節因子またはホスホグリセリン酸キナーゼをコードする少なくとも1つの遺伝子を欠くこと、
の少なくとも1つを特徴とする、請求項23に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。 - 第2の健康関連微生物は、リボタイプRT1またはRT2のP.アクネス細菌の菌株である、請求項23に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 第1の健康関連プロピオニバクテリウム・アクネス微生物、または、第2の健康関連微生物は、細菌の単離または精製された菌株を含む、請求項23に記載の薬学的なプロバイオティクス組成物。
- 医薬組成物であって、該医薬組成物は:
a)第1の治療上有効的な量の第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物であって、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物;
b)第2の治療上有効な量の第2の健康関連微生物;および、
c)薬学的に許容可能な賦形剤または生物学的安定剤、
を含む、医薬組成物。 - 第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で、約1マイクロモル未満のポルフィリンを産生する、請求項28に記載の医薬組成物。
- 第1の健康関連プロピオニバクテリウム微生物および第2の健康関連プロピオニバクテリウム微生物は、合計で約100nM未満のポルフィリンを産生する、請求項28に記載の医薬組成物。
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