CN101248190A - 检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸 - Google Patents

检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸 Download PDF

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Abstract

本发明涉及检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的方法，包括鉴定是否存在特征性核酸区域。还提供适合用于此类方法的引物和探针。

Description

检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸
自从发现核酸(NA)以来，有关检测样品中是否存在特定DNA或RNA序列或其量的技术在学术界和产业界均引起了极大的兴趣。扩增技术方面的发明，特别是聚合酶链反应(PCR)和杂交，对所有类型的检测是否存在核酸序列或其量的测定法的开发均作出了巨大贡献。目前可以自生物体收集含有核酸的样品并确定其中是否存在某些特定核酸序列(靶序列)及其量。已经存在对多种靶序列同时进行此类分析的技术，即所谓的靶序列的多重检测，以便由此提高通量并提高诊断价值。
目前，基于核酸序列的检测还没有象例如糖尿病的血糖浓度测定那样成为一种常规基本检查。通常，为了得到可靠的结果，必需有精良的实验室设备和受过良好培训的人员，且必需采用仔细的方案。此外，当前的分析方法既耗费人力，也耗费时间。典型地，当前的DNA或RNA分析过程需要数天，这是因为需要各种不同的系统来采集样品、培养样品、自样品分离DNA或RNA、用于分析样品中是否存在靶序列或其量的后续测定法、处理所获得的任何结果以及相应的结果展示。
对整个或部分靶序列使用高度特异性的杂交和扩增方法使得能够确定是否存在某些特定核酸序列或其量，这可使得上述耗时的分析得到极大的改进。可以使用高度敏感性和特异性的PCR和/或杂交，后者则需要针对某些特定核酸靶序列的高度特异性引物。一些细菌菌株的核酸序列是已知的，例如金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)核酸序列公开于J Clin Microbiol.(2000)，38(2)，781-8，Journal of MicrobiologicalMethods(2004)，58，403-411，J Clin Microbiol.(2004)，42(3)，1048-57，US5,582,975，WO 90/14444，WO 03/095677，和US 5,958,679；表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)核酸序列公开于Journal of MicrobiologicalMethods(2004)，58，403-411和WO 03/095677；铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)核酸序列公开于Journal of MicrobiologicalMethods(2004)，58，403-411，J Clin Microbiol.(2004)，42(3)，1048-57，和WO 03/095677；肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)核酸序列公开于Journal of Microbiological Methods(2004)，58，403-411和WO03/095677；粪肠球菌(Enterococcus faecalis)核酸序列公开于Journal ofMicrobiological Methods(2004)，58，403-411；屎肠球菌(Enterococcusfaecium)核酸序列公开于Journal of Microbiological Methods(2004)，58，403-411和WO 03/095677；大肠杆菌(Escherichia coli)核酸序列公开于Journal of Microbiological Methods(2004)，58，403-411，J Clin Microbiol.(2004)，42(3)，1048-57和WO 03/095677；阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)核酸序列公开于US 5,958,679。某些抗生素抗性基因的核酸序列是已知的，例如，β-内酰胺酶SHV核酸公开于J.Clin Microbiol(2001)39，3193-3196，J.Clin Microbiol(1998)36，3105-3110，J.Clin Microbiol(1999)37，4020-4027，US 2004/0002080，和US 6,242,223；β-内酰胺酶GES-2核酸公开于International Journal of Antimicrobial Agents(2004)24，35-38和J.Antimicrobial Chemotherapy(2002)49，561-565；甲氧西林抗性MecA核酸公开于J Clin Microbiol.(2002)，40(5)，1821-3，J ClinMicrobiol.(1995)，33(11)，2864-7，J Clin Microbiol.2000 Jun_38(6)_2429-33，WO02082086A2和US 5,437,978；spA核酸公开于J.Clin Microbiol(2003)41，5442-5448和US 5,702,895；vanA核酸公开于J.Clin.Microbiol.(1997)，703-707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092-3095；vanB核酸公开于J.Clin.Microbiol.(1997)，703-707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092-3095；vanC核酸公开于J.Clin.Microbiol.(1997)，703-707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092-3095；β-内酰胺酶抗性TEM-1H核酸公开于Antimicrobial Agents And Chemotherapy(2001)，2407-2413，US2004/0002080和US 6,242,223。
不过，核酸检测领域的问题在于提供可靠的引物或探针。特别是在进行多重检测时，交叉反应和假阳性或假阴性结果是一个问题。本发明的目的在于通过提供适合用于具有特异性和可靠性的单一模式和多重核酸检测的方法、序列和引物来克服现有技术的这些问题。
本发明的一个实施方式涉及检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的方法，包括鉴定是否存在特征性核酸区域。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中微生物的所述特征性核酸区域是23S RNA基因。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中采用核酸扩增来鉴定所述特征性核酸区域。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中采用多重PCR来检测两种或多种特征性核酸区域。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中采用杂交来鉴定所述特征性核酸区域。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：3和4或SEQ ID NO：5和6所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：3至6中任一所表示的序列的杂交探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：1或2，而微生物是阴沟肠杆菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是粪肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12、或SEQ ID NO：15和11所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是粪肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：9至15中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：7或8，而微生物是粪肠球菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是屎肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：19和20、或SEQ ID NO：20和21所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是屎肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：19至21所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：16或17，而微生物是屎肠球菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是大肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：27和29、或SEQ ID NO：28和29所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是大肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：24至29中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：22或23，而微生物是大肠杆菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36或SEQ ID NO：37和33所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：32至37中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：30或31，而微生物是肺炎克雷伯菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：40和41或SEQ IDNO：40和42所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：40至42中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：38或39所表示的序列，而微生物是铜绿假单胞菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：45和46、SEQ IDNO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：45至51中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：43或44所表示的序列，而微生物是金黄色葡萄球菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、或SEQ ID NO：63和61所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：54至63中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：52或53，而微生物是表皮葡萄球菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是白色念珠菌(Candida albicans)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、或SEQ ID NO：70和71所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是白色念珠菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：66至71中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：64或65所表示的序列，而微生物是白色念珠菌。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blages-2，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：74和75或SEQID NO：76和77所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blages-2，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：74至77中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：72或73所表示的序列，而抗生素抗性标记物是blages-2。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blashv，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：80和81或SEQ IDNO：82和83所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blashv，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：80至83中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：78或79所表示的序列，而抗生素抗性标记物是blashv。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是mecA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：86和87或SEQID NO：88和89所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是mecA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：86或89所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：84或85所表示的序列，而抗生素抗性标记物是mecA。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是spA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：92和93或SEQ IDNO：94和95所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是spA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：92至95中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：90或91所表示的序列，而抗生素抗性标记物是Spa。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：98和99或SEQID NO：100和101所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：98至101所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：96或97所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanA。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanB，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：104和105或SEQID NO：106和107所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanB，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：104至107中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：102或103所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanB。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanC，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：110和111或SEQID NO：112和113所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanC，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：110至113中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：108或109所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanC。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDR-1，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：116和117或SEQ ID NO：118和119所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDR-1，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：116至119中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：114或115，而抗生素抗性标记物是MDR-1。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDR-1，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：122和123或SEQ ID NO：124和125所表示的序列的扩增引物对。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDR-1，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：122至125中任一所表示的序列的探针。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：120或121所表示的序列，而抗生素抗性标记物是CDR-1。
本发明的另一个实施方式涉及预先装有一对或多对扩增引物的容器，所述一对或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：5和6、SEQ ID NO：9和10、SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12、SEQ ID NO：15和11、SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、SEQ ID NO：20和21、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、SEQ ID NO：28和29、SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：37和33、SEQ ID NO：40和41、SEQ ID NO：40和42、SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51、SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、SEQ ID NO：63和61、SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、SEQ ID NO：70和71、SEQ ID NO：74和75、SEQ ID NO：76和77、SEQ ID NO：80和81、SEQ ID NO：82和83、SEQ ID NO：86和87、SEQ ID NO：88和89、SEQ ID NO：92和93、SEQ ID NO：94和95、SEQ ID NO：98和99、SEQ ID NO：100和101、SEQ ID NO：104和105、SEQ ID NO：106和107、SEQ ID NO：110和111、SEQ ID NO：112和113、SEQ ID NO：116和117、SEQ ID NO：118和119、SEQ ID NO：122和123、和SEQ ID NO：124和125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及预先装有一或多种探针的容器，所述一或多种探针选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含一对或多对扩增引物的试剂盒，所述一对或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：5和6、SEQ ID NO：9和10、SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ IDNO：13和14、SEQ ID NO：15和12、SEQ ID NO：15和11、SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、SEQ ID NO：20和21、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、SEQ ID NO：28和29、SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：37和33、SEQ ID NO：40和41、SEQ ID NO：40和42、SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51、SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、SEQ ID NO：63和61、SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、SEQ ID NO：70和71、SEQ ID NO：74和75、SEQ ID NO：76和77、SEQ ID NO：80和81、SEQ ID NO：82和83、SEQ ID NO：86和87、SEQ ID NO：88和89、SEQ ID NO：92和93、SEQ ID NO：94和95、SEQ ID NO：98和99、SEQ ID NO：100和101、SEQ ID NO：104和105、SEQ ID NO：106和107、SEQ ID NO：110和111、SEQ ID NO：112和113、SEQ ID NO：116和117、SEQ ID NO：118和119、SEQ ID NO：122和123、和SEQ ID NO：124和125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含一或多种探针的试剂盒，所述一或多种探针选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含一或多个如上所述的容器的试剂盒。
本发明的另一个实施方式涉及包含一对或多对扩增引物的装置，所述一对或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：5和6、SEQ ID NO：9和10、SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ IDNO：13和14、SEQ ID NO：15和12、SEQ ID NO：15和11、SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、SEQ ID NO：20和21、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、SEQ ID NO：28和29、SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：37和33、SEQ ID NO：40和41、SEQ ID NO：40和42、SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51、SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、SEQ ID NO：63和61、SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、SEQ ID NO：70和71、SEQ ID NO：74和75、SEQ ID NO：76和77、SEQ ID NO：80和81、SEQ ID NO：82和83、SEQ ID NO：86和87、SEQ ID NO：88和89、SEQ ID NO：92和93、SEQ ID NO：94和95、SEQ ID NO：98和99、SEQ ID NO：100和101、SEQ ID NO：104和105、SEQ ID NO：106和107、SEQ ID NO：110和111、SEQ ID NO：112和113、SEQ ID NO：116和117、SEQ ID NO：118和119、SEQ ID NO：122和123、SEQ ID NO：124和125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含一或多种探针的装置，所述一或多种探针选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的容器、试剂盒或装置用于检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的用途。
本发明的另一个实施方式涉及包含探针的组合物，所述探针选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ IDNO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含两种或多种探针的组合物，所述两种或多种探针选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ IDNO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含扩增引物对的组合物，所述扩增引物对选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：7和8、SEQ ID NO：11和12、SEQ ID NO：15和16、SEQ ID NO：19和20、SEQ ID NO：23和24、SEQ ID NO：27和28、SEQ ID NO：31和32、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：39和40、SEQ ID NO：43和44、SEQ ID NO：47和48、SEQ ID NO：51和52、SEQ ID NO：55和56、和SEQ ID NO：59和60所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及包含两对或多对扩增引物的组合物，所述两对或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：7和8、SEQ ID NO：11和12、SEQ ID NO：15和16、SEQ ID NO：19和20、SEQ ID NO：23和24、SEQ ID NO：27和28、SEQ ID NO：31和32、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：39和40、SEQ ID NO：43和44、SEQ ID NO：47和48、SEQ ID NO：51和52、SEQ ID NO：55和56、和SEQ ID NO：59和60所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及23S RNA基因的序列，其选自SEQID NO：131至157所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及抗生素抗性标记物的序列，其选自SEQ ID NO：158至261所表示的序列。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的组合物，其中由所述SEQID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的组合物，其中由SEQ IDNO所表示的序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的23S RNA基因的序列，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的23S RNA基因的序列，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
本发明的另一个实施方式涉及如上所述的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
图1：微生物的23S RNA序列的序列和比对。
图2：抗生素抗性基因的序列和比对。
本发明涉及微生物的23S RNA基因序列，并涉及抗生素抗性基因及其作为模板用于杂交和/或核酸扩增反应、和/或检测样品中是否存在一或多种微生物和/或抗生素抗性基因的其他鉴定方法中的用途。本发明还涉及适合用于对所述序列进行扩增和杂交的核酸扩增引物和杂交探针。
所述样品可以是任何感兴趣的样品，其可以来自动物(如人、农业动物、家畜、科研用动物、动物园动物)或非动物(如固体状和液体状耗材、水系统、污水系统、土壤、制暖/制冷系统)。如果是人的样品，其可以是例如血液、唾液、尿液、粪便以及任何体液或组织。样品是任何有理由进行研究并能够提供模板核酸的样品。
根据本发明的一个实施方式，可用于本发明的微生物物种选自以下一或多种：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、和白色念珠菌。
根据本发明的另一个实施方式，可用于本发明的抗生素抗性标记物选自以下一或多种：mecA(甲氧西林抗性基因，赋予对β-内酰胺的抗性)、vanA(万古霉素抗性基因A)、vanB(万古霉素抗性基因B)、vanC(万古霉素抗性基因C)、blashv(β-内酰胺抗性基因)、blages-2(β-内酰胺抗性基因)、spA(金黄色葡萄球菌蛋白A)、MDR-1(真菌的多重耐药基因-1)、和CDR-1(真菌的多重耐药基因-2)。
根据本发明，23S RNA或抗生素抗性标记物的核酸序列用作序列特异性核酸检测方法的模板。检测方法涉及检测是否存在一或多个特征性区域，即23S RNA基因的区域(包括23S RNA本身)或抗生素标记物的区域，所述区域具有足够的特征性，使得能够通过检测所述区域的存在而对物种或抗生素抗性标记物加以鉴定。可以通过扩增所述特征性区域的至少一部分而进行检测。或者，或额外地，可以通过采用抗核酸抗体或测序而进行检测。或者，或额外地，可通过使用探针的杂交而进行检测。检测可以在样品中存在来自其他物种或分类学上的其他型的总核酸的情况下进行。所述特征性区域可以，例如：
-包含物种之间非保守的序列部分，
-包含抗生素抗性标记物之间非保守的序列部分，
-包含保守序列部分之间非保守数量的残基，其使得能够基于扩增反应的产物长度进行鉴定，
-包含特定的折叠物理特性或者物种特有的相关蛋白质，其允许引物或探针在特定条件下发生结合。
特征性区域包括其中一或多个已经被缺失、取代和/或插入的同源性序列。同源性序列中允许存在的取代、缺失和/或插入的数量可以少于或等于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000个残基。或者，所述数量少于残基数目的1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％。同源性序列仍允许基于一些或者全部未改变的残基对特征性区域进行鉴定。特征性区域还包括所述特征性区域的互补序列。
扩增
如果使用核酸扩增(如PCR)，则引物对的序列和长度要使得仅当存在所述物种或抗性基因的一或多个特征性区域时才产生扩增产物(扩增子)。或者，引物可为感兴趣的物种提供特定长度或模式的产物，可与因其他序列的扩增而产生的扩增产物区别开。或者，或额外地，扩增引物可提供相对定量的产物，使得能够对物种进行鉴定(如电泳凝胶上的一或多条强条带)。用于将扩增结果与存在感兴趣的核酸相匹配的任何方法均属于本发明的范畴。
尽管核酸扩增方法如PCR法是本领域所熟知的(见美国专利4,683,195和4,683,202，通过引用将它们并入本申请)，且尽管大量厂家如Roche、Invitrogen、Qiagen、Promega等均销售PCR试剂并发表PCR方案，当为清楚起见，下文仍提供了一些通用的PCR信息。
PCR方法的开始需要将样品中的靶核酸变性(假定样品核酸是双链的)。通常将样品加热到大约95℃而实现变性。
一旦链分离，PCR的下一步涉及通过将样品的温度降低到解链温度TM而使得分离的链与所述靶区域或者亚序列两侧翼的引物杂交。然后通过将样品的温度升高至最佳延伸温度(如70至75℃)而使得引物延长，以形成所述靶链的互补拷贝，根据需要将变性、杂交和延伸的循环重复多次，以获得所需量的扩增核酸。
在PCR中，引物的模板依赖性延伸是在存在足量的4种脱氧核糖核苷三磷酸(deoxyribonucleotide triphosphate)(dATP、dGTP、dCTP、和dTTP)的反应介质中由聚合剂催化发生的，所述反应介质由合适的盐、金属阳离子和pH缓冲系统组成的。合适的聚合剂是已知能够催化模板依赖性DNA合成的酶。例如，如果模板是RNA，那么将RNA转化为互补DNA(cDNA)序列的合适的聚合剂是逆转录酶(RT)，如禽类髓母细胞白血病病毒(arian myeloblastosis virus)的RT。如果扩增的靶是DNA，则合适的聚合酶包括，例如，大肠杆菌DNA聚合酶I或其Klenow片段、T4 DNA聚合酶、和Taq聚合酶，后者是分离自栖热水生菌(Thermus aquaticus)的热稳定性DNA聚合酶。Taq DNA聚合酶被广泛用于核酸的扩增和测序。使用DNA聚合酶的反应条件是现有技术中已知的，且可参见例如，文集Methods in Enzymology，以及Maniatis等的Molecular Cloning：A Laboratory Manual。
在PCR方法中要仔细控制温度以达到解链以及引物退火和延伸的平衡。通常使用热循环仪产生的干热来实现温度调控。
在PCR方法的一个优选的实施方式中，反应由热稳定性DNA聚合酶如Taq DNA聚合酶催化，并在温度升高的条件下进行。优选的温度是酶具有热稳定性且核酸处于单链和双链的平衡状态的温度，由此足量的引物可与模板链退火，以达到合理的聚合速度。实现解链需要通过加热使反应达到足够高的温度并持续足够的时间，以便引起双链变性，但不要导致聚合酶不可逆的变性。
PCR方法可以一步步的方式进行，其中每一步之后添加新的试剂，或者可以在若干数量的步骤之后加入全部试剂的方式进行。例如，如果通过加热诱导解链，而聚合酶是热敏感的，则需要在每一轮解链之后添加聚合酶。而如果例如变性所使用的是解旋酶或者延伸所使用的是热稳定性聚合酶，则所有试剂均可在最初时添加，或者，如果试剂的摩尔比对于反应十分重要，则由于试剂在合成反应中被消耗，因此可以定期补充试剂。
检测PCR产物的存在、大小和/或质量的方法是本领域已知的，所述方法包括使用电泳、色谱法、毛细管区带电泳、分析离心等等。这些方法可与标记物(如荧光、化学发光、放射性同位素、酶标记物(如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)、染料、抗体等等)组合使用。检测还可使用溶液中的或固定化于固相支持物的、针对待检测DNA的杂交探针(见下文)或抗体。
根据本发明的一个实施方式，扩增在容器上或者容器内进行。容器可以是单样品型或多样品型的。单样品容器包括本领域人员所知的试管、离心管、Eppendorf管等等。多样品容器包括但不限于多孔板、固相载片、固相膜(如尼龙或硝酸纤维素)、微球、玻璃载片、微阵列、芯片等等。单样品容器可以使用单一样品模式的上述基材。多样品容器允许例如使用单一热循环仪同时进行多个或者大量PCR。容器可适合于高通量筛选或微阵列装置。可将一或多对引物或者样品固定化于固相上。所提供的容器可以是已经含有了一或多对引物。此类预先装载的容器可含有用于检测具体指出的微生物和/或抗性基因的引物组合。预先装载的容器可含有适合用于检测操作者感兴趣的有限的特征性区域组合的引物组合(如仅用于检测大肠杆菌和vanA或vanB或vanC)。也可以获得用于检测特定组合的若干变化形式。此类预先装载的容器可以成为试剂盒的一部分，也可以是单独的。
根据本发明的一个方面，可使用两对或多对扩增引物来同时检测两或多种物种或两或多种不同抗生素抗性标记的存在，或者至少一种物种或至少一种抗生素抗性标记物的存在。由此获得的扩增产物在性质上具有足够的差异，使得能够鉴定所述物种和/或抗生素抗性标记物的存在。所述同时扩增可以在相同的温度循环条件下、但在不同的孔或者空间(如在对不同的引物对具有不同的孔的微阵列上)进行。任选地，不同对扩增引物的缓冲液可以是相同的。不同引物对被设计成特定的序列和长度，以便在相同的温度以及任选地相同的缓冲液中发挥作用。
在本发明的另一方面，扩增引物占据相同的孔或空间，即所有引物出现于同一个反应中(多重的)。多重模式涉及使用多于一组的扩增引物对同时扩增不同的靶区域。因此，例如温度以及任选地缓冲液等条件对于多对多重PCR引物而言是相同的。因此，引物被进一步设计为在引物对之间不发生交叉反应，具有相似的热解链温度，且在相同的缓冲条件下操作。
优选地，用于多重PCR的引物彼此的Tm(杂交解链温度)相差在8℃以内，且平均Tm在45℃和大约70℃之间，平均Tm优选地在60℃和66℃之间。
同时扩增使得能够将多种待检测的菌种和/或抗生素抗性标记物置于单独一个微阵列上或者是单独一个反应容器中，因此可进行快速、经济和准确的筛选。
扩增引物与靶可以是完全互补的，即没有错配。而那些与靶不完全互补但仍然允许对其扩增的引物也属于本发明的范围。在靶模板上存在一或多个错配、缺失和/或插入的情况下引物仍能结合。靶模板中允许出现的错配、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区内的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个残基，但这仍允许对靶区域进行扩增。或者，该数量可低于天然互补区内模板残基的1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％。本领域人员已知这些数值取决于引物的长度和组成。优选地，所述错配、缺失和/或插入限于从互补区的中部到模板的3’末端的序列。
引物包括同源序列，其中已经缺失、取代和/或插入了一或多个碱基。引物中允许出现的取代、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区末端之间的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个残基。或者，该数量低于天然互补区末端之间的引物残基的1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％。本领域人员已知这些数值取决于探针的长度和组成。优选地，所述错配、缺失和/或插入限于从互补区的中部到引物的5’末端的序列。此外，扩增引物可以是化学修饰的，例如，具有修饰的碱基或主链(如硫代磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、肽核酸、或可含有螯合剂)。引入变化或修饰可能造成有必要对使用寡核苷酸以获得所需的特异性和敏感性的条件进行适应性修改。不过，扩增反应的最终结果将基本上相同。
为了积极影响例如退火动力学、退火的可逆性、寡核苷酸分子的生物学稳定性等特征，引入缺失、取代、插入或修饰是有利的。
此外，扩增引物可在5′方向延长一或多个额外的碱基、修饰的碱基、或化学基团(如标签)。此类修饰是本领域人员熟知的，且一般不会影响扩增。
在一个方面，鉴定包括双扩增，即例如通过巢式PCR扩增包围所述特征性区域的区域，随后扩增所述特征性区域。第一反应的产物(任选地是纯化的)可以作为模板用于第二反应中。或者，可允许第一反应进行有限数量的循环，然后在同一反应容器中加入与第二反应有关的引物。此类变化是本领域人员已知的。
杂交
如果使用杂交探针，探针的序列和长度可使得仅当反应中存在特征性区域的核酸时才发生杂交。实现杂交探针的选择性结合的方法和方案是本领域人员熟知的。或者，或额外地，探针可提供特定的信号相对强度，以便能够从背景或其他杂交中鉴定所述物种。用于将杂交反应的结果与存在感兴趣的核酸相匹配的任何方法均属于本发明的范围。
进行杂交反应的方法和条件是本领域已知的，且可参见，例如，Molecular Cloning：A Laboratory Manual(Third Edition)(Joseph Sambrook，Peter MacCallum，David Russell，Cold Spring Habor Laboratory Press)。
为了设计具有所需特性的探针，可采用以下本领域已知的原则。
由于诸如在此所述的杂交反应的程度和特异性受到多种因素的影响，因此操控这些因素中的一或多个可决定特定探针的确切的敏感性和特异性，即其是否与其靶序列精确互补。在此进一步解释各种测定条件的重要性和影响。
[探针：靶]核酸杂交体的稳定性应该被选择为适合于测定条件。这是可以实现的，例如，可通过避免长的富含AT的序列，通过以G:C碱基对终止杂交体，以及通过设计出具有合适Tm的探针。探针的起点和终点应该被选择为使得其长度和％GC导致其比进行最后测定时的温度高大约2至10℃。探针的碱基组成很重要，原因在于由于G-C碱基对具有额外的氢键而相对于A-T碱基对显示出更高的热稳定性。因此，如果互补的核酸具有较高的C-C含量，则在更高温度时，杂交会更加稳定。
在设计探针时还要考虑到探针所要使用的条件，诸如离子强度和温育温度。已知杂交的程度会随着反应混合物中离子强度的增加而增加，而杂交体的热稳定性会随着离子强度的增加而增加。另一方面，破坏氢键的化学试剂如甲酰胺、尿素、DMSO以及醇则会提高增加的严格性。这些试剂对氢键的去稳定化作用可显著降低Tm。总之，长度为大约10至50个碱基的探针的最佳杂交在低于给定双链体的解链温度大约5℃时出现。在低于最佳温度的温度温育可允许不匹配的碱基序列发生杂交，且因此可导致特异性降低。
合意的探针是那些仅在高严格性条件下杂交的探针。在高严格性条件下将仅形成高度互补性核酸杂交体；不具备足够程度的互补性的杂交体将不会形成或者是显示较弱的信号。因此，所述测定条件的严格性决定了两个核酸链之间形成杂交体所需的总体互补性。要选择严格性程度以使得靶核酸所形成的杂交体与非靶核酸所形成的杂交体之间的稳定性的差异最大化。
靶DNA或RNA内的已知形成抑制杂交的稳定内部结构的区域是不佳的。类似地，英国避免使用具有强烈自身互补性的探针。杂交是两条互补核酸单链相结合形成以氢键连接的双链。这意味着如果两条链之一整个或部分地形成杂交体将使其难以参与形成新的杂交体。如果一类探针的分子具有足够的自身互补性，则所述分子可以形成分子内或者分子间杂交体。可通过仔细设计探针来避免此类结构。通过设计探针可使得感兴趣的序列的大部分为单链，以明显提高杂交的比例和程度。用于查找此类相互作用的计算机软件是现有的。不过，在特定情况下可能无法避免出现此类相互作用。
检测序列存在的方法包括但不限于Southern印迹、Northern印迹、亲和层析和固相测定法。本领域人员已知，方法中可使用荧光标记物、放射性同位素标记物、酶联标记物、染料、抗体、连接于探针的酶。
根据本发明的一个实施方式，可以在容器上或者内部进行分析。容器可以是单样品型或多样品型的。单样品容器包括本领域人员所知的试管、离心管、Eppendorf管等等。多样品容器包括但不限于多孔板、固相支持物、固相载片、固相膜(如尼龙或硝酸纤维素)、多孔结构、微球、玻璃载片、微阵列、芯片等等。单样品容器可以使用单一样品模式的上述基材。例如，可采用多道加样器、软刻蚀技术(soft lithography)或微接触印刷术、喷墨技术等等。可将一或多种探针或样品固定化于容器上(如固定化于固相支持物上)。多样品固相支持物允许例如使用单一杂交仪或平台和/或单独一组试剂同时进行多个或者大量杂交。固相支持物可适合于高通量筛选或微阵列装置。所提供的容器可以是已经含有了一或多种探针。此类预先装载的容器可含有用于检测具体指出的微生物和/或抗性基因的探针组合。预先装载的容器可含有适合用于检测操作者感兴趣的有限的特征性区域组合的探针组合(如仅用于检测大肠杆菌和vanA或vanB或vanC)。也可以获得用于检测特定组合的若干变化形式。此类预先装载的容器可以成为试剂盒的一部分，也可以是单独的。
根据本发明的一个方面，可使用两种或多种杂交探针来同时检测两或多种物种或两或多种不同抗生素抗性标记的存在，或者至少一种物种或至少一种抗生素抗性标记物的存在。由此获得的杂交产物在性质上具有足够的差异，使得能够鉴定所述物种和/或抗生素抗性标记物的存在。所述同时杂交可以在相同的温度条件下、但在不同的孔或者空间(如在对不同的引物对具有不同的孔的微阵列上)进行。任选地，不同探针的缓冲液可以是相同的。不同探针对被设计成特定的序列和长度，以便在相同的温度条件下以及任选地相同的缓冲液中发挥作用。
在本发明的另一方面，杂交探针占据相同的孔或空间，即所有探针出现于同一个反应中。因此，例如温度以及任选地缓冲液等条件对于探针而言是相同的。因此，探针被进一步设计为防止发生交叉反应，并且产生的结果允许对两种或多种物种、DNA抗性基因或这两个方面进行可靠的鉴定。
这种同时杂交使得能够在单独一个微阵列上或者是单独一个反应中检测多种菌种和/或抗生素抗性标记物，并且将出现因交叉结合而引起的错误结果的可能性降到最低。
杂交探针与靶可以是完全互补的，即没有错配。而那些与靶不完全互补但仍然允许对其进行鉴定和辨别的探针也属于本发明的范围。在靶模板上存在一或多个错配、缺失和/或插入的情况下探针仍能结合。靶模板中允许出现的错配、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区末端之间的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个残基。或者，该数量可低于天然互补区末端之间模板残基的1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％。本领域人员已知这些数值取决于探针的长度和组成。
探针的序列包括同源序列，其中已经缺失、取代和/或插入了一或多个碱基。探针中允许出现的取代、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区末端之间的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个残基。或者，该数量低于天然互补区末端之间的引物残基的1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％。本领域人员已知这些数值取决于探针的长度和组成。此外，探针可以是化学修饰的，例如，具有修饰的碱基或主链(如硫代磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、肽核酸、或可含有螯合剂)。引入变化或修饰可能造成有必要对使用寡核苷酸以获得所需的特异性和敏感性的条件进行适应性修改。不过，杂交的最终结果将基本上相同。为了积极影响例如杂交动力学、杂交的可逆性、寡核苷酸分子的生物学稳定性等特征，引入这些修饰是有利的。
本发明的杂交探针能够与特征性区域中的任何5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个碱基的序列或其互补序列退火。
在一个方面，杂交中的模板是扩增产物。也就是说，先扩增含有特征性区域的核酸，并使用扩增产物进行杂交。
1.阴沟肠杆菌
根据本发明的一个方面，阴沟肠杆菌23S RNA基因的特征性区域包含表1和2所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：1或2)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：1
1251(5′)|CGGTTTAAGCATGTAGGCGGAGGTTCCAGGTAAATCCGGTACCTTTTAACGCTGAGGTGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGTAACAAATGCCCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACAYSAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGATATGTAGGTGAAGCCCCTGCGGGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGYAACGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACACTGGTCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGCGTGGACGCCAGTCTGCGTGGAGCCGTCCTTGAAATACCACCCTTTAATGGCTGGTGTTCTAACGTAGACCCGTWAYCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCT|2050(3′)
表1：阴沟肠杆菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的一个取代实例是T1502C(以下划线标出)。W是具有腺嘌呤或者胸腺嘧啶碱基的核苷酸。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：1的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1251和2050位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1279和1998位残基之间的任何区域(表2，SEQ ID NO：2)。
SEQ ID NO：2
1279(5′)|GGTAAATCCGGTACCTTTTAACGCTGAGGTGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGTAACAAATGCCCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACAYSAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGATATGTAGGTGAAGCCCCTGCGGGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGYAACGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACACTGGTCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGCGTGGACGCCAGTCTGCGTGGAGCCGTCCTTGAAATACCACCCTTTAATGGCTGGTGTTCTAACGTAGACC|1998(3′)
表2：阴沟肠杆菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的一个取代实例是T1502C(以下划线标出)。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1279和1998位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测阴沟肠杆菌的扩增引物包含表3的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表3所示的SEQ ID NO：3(F)和SEQ ID NO：4(R)；SEQ ID NO：5(F)和SEQ ID NO：6(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可以存在于组合物中。
  编号   序列/引物长度   TYPE   PAIR   LEN   Tm(℃)
  SEQ ID NO：3   GGTAAATCCGGTACCTTTTAAC/22   F   4   331   62
  SEQ ID NO：4   GGTCTACGTTAGAACACCAGC/21   R   3   331   64
  SEQ ID NO：5   GGAGCGTTCTGTAAGCCGTT/20   F   6   719   62
  SEQ ID NO：6   CACACCTCAGCGTTAAAAGGTA/22   R   5   719   64
表3：用于扩增阴沟肠杆菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：1或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1279和1998位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：2)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测阴沟肠杆菌的探针包含SEQID NO：3至6所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表3的引物对扩增核酸来鉴定阴沟肠杆菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：3至6中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表3所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
2.粪肠球菌
根据本发明的一个方面，粪肠球菌23S RNA基因的特征性区域包含表4和5所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：7或8)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的同源序列。
SEQ ID NO：7
1259(5′)|CATGCGATTGGAAGTGCATGTCCAAGCAATGAGTCTTGAGTAGAGTTAAATGCTTTACTCTTTAAGGACAAGTTGTGAYGGGGAGCGAAATAATAGTAGCGAAGTTCCTGATGTCACACTGCCAAGAAAAGCTTCTAGTGAGAAAACAACTGCCCGTACCGTAAACCGACACAGGTAGTCGAGGAGAGTATCCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTGACTTCGGTCAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCAAAATCGTAAGATGAAGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGATGGGTTAGCTTCGGCGAAGCTCAGAATTGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATTTTAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCATGGAGCTTTACTGTAGTTTGATATTGAGTGTTTGTACCACATGTACAGGATAGGTAGGAGCCGATGAGACCGGAACGCTAGTTTCGGAGGAGGCGCTGGTGGGATACTACCCTTGTGTTATGAACCC|1978(3′)
表4：粪肠球菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T1320Y和/或Y1337C(以下划线标出)，其中Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：7的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1251和1978位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1268和1940位残基之间的任何区域(表5，SEQ ID NO：8)。
  SEQ ID NO：8
  1268(5′)|GGAAGTGCATGTCCAAGCAATGAGTCTTGAGTAGAGTTAAATGCTTTACTCTTTAAGGACAAGTTGTGAYGGGGAGCGAAATAATAGTAGCGAAGTTCCTGATGTCACACTGCCAAGAAAAGCTTCTAGTGAGAAAACAACTGCCCGTACCGTAAACCGACACAGGTAGTCGAGGAGAGTATCCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTGACTTCGGTCAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGACTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGCAAAATCGTAAGATGAAGTATAGGGGCTGACGCCTGCCCGGTGCTGGAAGGTTAAGAGGATGGGTTAGCTTCGGCGAAGCTCAGAATTGAAGCCCCAGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGATTTGGGCACTGTCTCAACGAGAGACTCGGTGAAATTTTAGTACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCATGGAGCTTTACTGTAGTTTGATATTGAGTGTTTGTACCACATGTACAGGATAGGTAGGAGCCGATGAGACCGGAACGCTAGTTTCGG|1940(3′)
表5：粪肠球菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T1320Y和/或Y1337C(以下划线标出)，其中Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1268和1940位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1268(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1940(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测粪肠球菌的扩增引物包含表6的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表6所示的SEQ ID NO：9(F)和11(R)；SEQ IDNO：9(F)和12(R)；SEQ ID NO：13(F)和14(R)；SEQ ID NO：15(F)和12(R)；SEQ ID NO：15(F)和11(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可以存在于组合物中。
Figure A20068003088700431
表6：用于扩增粪肠球菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：7或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1279和1998位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：8)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测粪肠球菌的探针包含SEQID NO：9至15所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表6的引物对扩增核酸来鉴定粪肠球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：9至15中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表6所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
3.屎肠球菌
根据本发明的一个方面，屎肠球菌23S RNA基因的特征性区域包含表7和8所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：16或17)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：16
1381(5′)|GCCGAGAAAAGCTTCTAGTGAGAAAACAGCGGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCGAGGAGAGAATCCTAAGGTGAGCGAGAGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTGATCATACGATCAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCG|1560(3′)
表7：屎肠球菌23S RNA基因的特征性区域的序列
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：16的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1381和1560位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1392和1547位残基之间的任何区域(表8，SEQ ID NO：17)。
  SEQ ID NO：17
  1392(5′)|CTTCTAGTGAGAAAACAGCGGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCGAGGAGAGAATCCTAAGGTGAGCGAGAGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTGATCATACGATCAGCCGCAGTGA|1547(3′)
表8：屎肠球菌23S RNA基因的特征性区域的序列
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1392和1547位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测屎肠球菌的扩增引物包含表9的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表9所示的SEQ ID NO：18和19；SEQ ID NO：19和20；SEQ ID NO：20和21，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。
Figure A20068003088700451
表9：用于扩增屎肠球菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：16或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1392和1547位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：17)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测屎肠球菌的探针包含SEQID NO：18至21所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表9的引物对扩增核酸来鉴定屎肠球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：18至21中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表9所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
4.大肠杆菌
根据本发明的一个方面，大肠杆菌23S RNA基因的特征性区域包含表10和11所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：22或23)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：22
1201(5′)|GGGACGGAGAAGGCTATGTTGGCCGGGCGACGGTTGTCCCGGTTTAAGCGTGTAGGCTGGTTTTCCAGGCAAATCCGGAAAACCAAGGCTGAGGCGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGCGACAAATGCCCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACATCAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGATATGTAGGTGAAGCGACTTGCTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGTAACGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAC|1740(3′)
表10：大肠杆菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的缺失实例是G1294的缺失(以下划线标出)。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：22的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1201和1740位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1265和1667位残基之间的任何区域(表11，SEQ ID NO：23)。
  SEQ ID NO：23
  1265(5′)|CCAGGCAAATCCGGAAAACCAAGGCTGAGGCGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGCGACAAATGCCCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACATCAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGATATGTAGGTGAAGCGACTTGCTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGTAACGCGAAGCTCTTGATCG|1667(3′)
表11：大肠杆菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的缺失实例是G1294的缺失(以下划线标出)。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1265和1667位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1265(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1667(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测大肠杆菌的扩增引物包含表12的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表12所示的SEQ ID NO：24(F)和25(R)；SEQ ID NO：24(F)和26(R)；SEQ ID NO：27(F)和29(R)；SEQ ID NO：28(F)和29(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
Figure A20068003088700481
表12：用于扩增大肠杆菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：22或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1265和1667位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：23)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测大肠杆菌的探针包含SEQID NO：24至29所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表12的引物对扩增核酸来鉴定大肠杆菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：24至29中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表12所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
5.肺炎克雷伯菌
根据本发明的一个方面，肺炎克雷伯菌23S RNA基因的特征性区域包含表13和14所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：30或31)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：30
1251(5′)|CGGTTGTCCCGGTTTAAGCATGTAGGCTGGTTRTCCAGGCAAATCCGGATAATCAAGGCTGAGGTGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGTAACAAATGCCCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACATYAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGGTGTGTAGGTGAAGYCCCTGCGGRTGGAGCTGAGACCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAAC|1600(3′)
表13：肺炎克雷伯菌23S RNA基因的特征性区域的序列，其中R(以下划线标出)是G或A，而Y(以下划线标出)是C或T。本发明的取代实例是C1354T(以下划线标出)。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：30的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1251和1600位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1281和1560位残基之间的任何区域(表14，SEQ ID NO：31)。
  SEQ ID NO：31
  1281(5′)|TTRTCCAGGCAAATCCGGATAATCAAGGCTGAGGTGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGTAACAAATGCCCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACATYAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGGTGTGTAGGTGAAGYCCCTGCGGRTGGAGCTGAGACCAGTCGAAGATACCAGC|1560(3′)
表14：肺炎克雷伯菌23S RNA基因的特征性区域的序列，其中R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)，而Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)。本发明的取代实例是C1354T(以下划线标出)。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1281和1560位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1281(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1560(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测肺炎克雷伯菌的扩增引物包含表15的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表12所示的SEQ ID NO：32(F)和34(R)；SEQ ID NO：32(F)和33(R)；SEQ ID NO：35(F)和36(R)；SEQ IDNO：37(F)和33(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
Figure A20068003088700501
表15：用于扩增肺炎克雷伯菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。注意R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：30或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1281和1560位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：31)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1281(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1560(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测肺炎克雷伯菌的探针包含SEQ ID NO：32至37所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表15的引物对扩增核酸来鉴定肺炎克雷伯菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：32至37中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表15所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
6.铜绿假单胞菌
根据本发明的一个方面，铜绿假单胞菌23S RNA基因的特征性区域包含表16和17所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：38或39)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：38
51(5′)|TCATTGATTTTAGCGGAACGCTCTGGAAAGTGCGGCCATAGTGGGTGATAGCCCCGTACGCGAAAGGATCTTTGAAGTGAAATCGAGTAGGACGGAGCACGAGAAACTTTGTCTGAACATGGGGGGACCATCCTCCAAGGCTAAATACTACTGACTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGAGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATGCGTACAAGCAGTGGGAGCCTACTTGTTAGGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTATATTCAGTGGCAAGCTTAATCGTATAGGGTAGGCGTAGCGAAAGCGAGTCTTAATAGGGCGTTTAGTCGCTGGGTATAGACCCGAAACCGGGCGATCTATCCATGAGCAGGTTGAAGGTTAGGTAACACTGACTGGAGGACCGAACCCACTCCCGTTGAAAAGGTAGGGGATGACTTGTGGATCGGAGTGAAAGGCTAATCAAGCTCGGAGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCATGTATCACTCTGGGGGGTAGAGCACTGTTTCGGCTAGGGGGTCATCCCGACTTACCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCCAGAAGTGCCGAGCATGGGAGACACACGGCGGGTGCTAACGTCCGTCGTGAAAAGGGAAACAACC|750(3′)
表16：铜绿假单胞菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T374C(以下划线标出)。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：38的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第51和750位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第104和704位残基之间的任何区域(表17，SEQ ID NO：39)。
  SEQ ID NO：39
  104(5′)|CCGTACGCGAAAGGATCTTTGAAGTGAAATCGAGTAGGACGGAGCACGAGAAACTTTGTCTGAACATGGGGGGACCATCCTCCAAGGCTAAATACTACTGACTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGAGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATGCGTACAAGCAGTGGGAGCCTACTTGTTAGGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTATATTCAGTGGCAAGCTTAATCGTATAGGGTAGGCGTAGCGAAAGCGAGTCTTAATAGGGCGTTTAGTCGCTGGGTATAGACCCGAAACCGGGCGATCTATCCATGAGCAGGTTGAAGGTTAGGTAACACTGACTGGAGGACCGAACCCACTCCCGTTGAAAAGGTAGGGGATGACTTGTGGATCGGAGTGAAAGGCTAATCAAGCTCGGAGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCATGTATCACTCTGGGGGGTAGAGCACTGTTTCGGCTAGGGGGTCATCCCGACTTACCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCCAGAAGTGCCGAGCATGGG|704(3′)
表17：铜绿假单胞菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T374C(以下划线标出)。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第104和704位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第104(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和704(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测铜绿假单胞菌的扩增引物包含表18的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表18所示的SEQ ID NO：40(F)和41(R)；SEQ ID NO：40(F)和42(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
Figure A20068003088700531
表18：用于扩增铜绿假单胞菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：38或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第104和704位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：39)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第104(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和704(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测铜绿假单胞菌的探针包含SEQID NO：40至42所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表18的引物对扩增核酸来鉴定铜绿假单胞菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：40至42中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表18所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
7.金黄色葡萄球菌
根据本发明的一个方面，金黄色葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域包含表19和20所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：43或44)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：43
  1021(5′)|TAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTG|1320(3′)
表19：金黄色葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域的序列
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：43的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1021和1320位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基之间的任何区域(表20，SEQ ID NO：44)。
  SEQ ID NO：44
  1037(5′)|GGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGCGTAGGCGATGGATAACAGGTTGATATTCCTGTACCACCTATAATCGTTTTAATCGATGGGGG|1263(3′)
表20：金黄色葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域的序列
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测金黄色葡萄球菌的扩增引物包含表21的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表21所示的SEQ ID NO：45(F)和46(R)；SEQ ID NO：48(F)和47(R)；SEQ ID NO：48(F)和49(R)；SEQ IDNO：48(F)和51(R)；SEQ ID NO：50(F)和51(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
Figure A20068003088700551
表21：用于扩增金黄色葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：43或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1037和1263位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：44)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测金黄色葡萄球菌的探针包含SEQ ID NO：45至51所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表21的引物对扩增核酸来鉴定金黄色葡萄球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：45至51中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表21所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
8.表皮葡萄球菌
根据本发明的一个方面，表皮葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域包含表22和23所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：52或53)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：52
  501(5′)|CAAACTGCCCGCCTGACACTGTCTCCCACCACGATAAGTGGTGCGGGTTAGAAAGCCAACACAGCTAGGGTAGTATCCCACCAACGCCTCCACGTAAGCTAGCGCTCACGTTTCAAAGGCTCCTACCTATCCTGTACAAGCTGTGCCGAATTTCAATATCAGGCTACAGTAAAGCTCCACGGGGTCTTTCCGTCCTGTCGCGGGTAACCTGCATCTTCACAGGTACTATGATTTCACCGAGTCTCTCGTTGAGACAGTGCCCAAATCGTTACGCCTTTCGTGCGGGTCGGAACTTACCCGACAAGGAATTTCGCTACCTTAGGACCGTTATAGTTACGGCCGCCGTTTACTGGGGCTTTGATTCGTAGCTTCGCAGAAGCTAACCACTCCTCTTAACCTTCCAGCACCGGGCAGGCGTCAGCCCCTATACATCACCTTACGGTTTAGCAGAGACCTGTGTTTTTGATAAACAGTCGCTTGGGCCTATTCACTGCGGCTCTTCTGGGCGTGAACCCTAAAGAGCACCCCTTCTCCCGAAGTTACGGGGTCA|1050(3′)
表22：表皮葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T859C(以下划线标出)。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：52的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第501和1050位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基之间的任何区域(表23，SEQ ID NO：53)。
  SEQ ID NO：53
  1037(5′)|GCTAGGGTAGTATCCCACCAACGCCTCCACGTAAGCTAGCGCTCACGTTTCAAAGGCTCCTACCTATCCTGTACAAGCTGTGCCGAATTTCAATATCAGGCTACAGTAAAGCTCCACGGGGTCTTTCCGTCCTGTCGCGGGTAACCTGCATCTTCACAGGTACTATGATTTCACCGAGTCTCTCGTTGAGACAGTGCCCAAATCGTTACGCCTTTCGTGCGGGTCGGAACTTACCCGACAAGGAATTTCGCTACCTTAGGACCGTTATAGTTACGGCCGCCGTTTACTGGGGCTTTGATTCGTAGCTTCGCAGAAGCTAACCACTCCTCTTAACCTTCCAGCACCGGGCAGGCGTCAGCCCCTATACATCACCTTACGGTTTAGCAGAGACCTGTGTTTTTGATAAACAGTCGCTTGGGCCTATTCACTGCGGCTCTTCTGGGCGTGAACCCTAAAGAGCACCCCT|1263(3′)
表23：表皮葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T859C(以下划线标出)。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测表皮葡萄球菌的扩增引物包含表24的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表24所示的SEQ ID NO：54(F)和55(R)；SEQ ID NO：54(F)和56(R)；SEQ ID NO：54(F)和57(R)；SEQ IDNO：58(F)和57(R)；SEQ ID NO：58(F)和59(R)；SEQ ID NO：58(F)和60(R)；SEQ ID NO：58(F)和61(R)；SEQ ID NO：58(F)和62(R)；SEQID NO：63(F)和59(R)；SEQ ID NO：63(F)和60(R)；SEQ ID NO：63(F)和61(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
Figure A20068003088700581
表24：用于扩增表皮葡萄球菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：52或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1037和1263位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：31)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测表皮葡萄球菌的探针包含SEQ ID NO：54至63所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表24的引物对扩增核酸来鉴定表皮葡萄球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：54至63中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表24所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
9.白色念珠菌
根据本发明的一个方面，白色念珠菌23S RNA基因的特征性区域包含表25和26所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：64或65)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：64
181(5′)|TCCTTGGAACAGGACGTCACAGAGGGTGAGAATCCCGTGCGATGAGATGACCCGGGTCTGTGTAAAGTTCCTTYGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACAGTGATGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTGAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGGGCTTGAGATCAGACTTGGTATTTTGCATGYTGCTCTCTCGGGGGCGGCCGCTGCGGTTTACCGGGCCAGCATCGGTTTGGAGCGGCAGGATAATGGCGGAGGAATGTGGCACGGCTTCTGCTGTGTGTTATAGCCTCTGACGATACTGCCAGCCTAGACCGAGGACTGCGGTTTTTXXACCTAGGATGTTGGCATAATGATCTTAAGTCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACGTCTATGCGAGTGTTTGGGTGTAAAACCCGTACGCGTAATGAAAGTGAACGAAGGTGGGGGCCCATTAGGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTGTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATA|778(3′)
表25：白色念珠菌23S RNA基因的特征性区域的序列。Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。核苷酸″XX″可同时缺失，可以是″TT″或可以是单独的核苷酸″A″。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：64的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第181和778位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第214和739位残基之间的任何区域(表26，SEQ ID NO：65)。
  SEQ ID NO：65
  214(5′)|CCCGTGCGATGAGATGACCCGGGTCTGTGTAAAGTTCCTTYGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACAGTGATGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTGAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGGGCTTGAGATCAGACTTGGTATTTTGCATGYTGCTCTCTCGGGGGCGGCCGCTGCGGTTTACCGGGCCAGCATCGGTTTGGAGCGGCAGGATAATGGCGGAGGAATGTGGCACGGCTTCTGCTGTGTGTTATAGCCTCTGACGATACTGCCAGCCTAGACCGAGGACTGCGGTTTTTXXACCTAGGATGTTGGCATAATGATCTTAAGTCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACGTCTATGCGAGTGTTTGGGTGTAAAACCCGTACGCGTAATGAAAGTGAACGAAGGTGGGGGCCCATTAGGGTGCACCATCGAC|739(3′)
表26：白色念珠菌23S RNA基因的特征性区域的序列。Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。核苷酸″XX″可同时缺失，可以是″TT″或可以是单独的核苷酸″A″。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第214和739位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第214(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和739(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。
根据本发明的一个优选的方面，适合检测白色念珠菌的扩增引物包含表27的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表27所示的SEQ IDNO：66和67；SEQ ID NO：68和69；SEQ ID NO：70和71，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：66   CCCGTGCGATGAGATGACC/19   62   F   67   526
  SEQ ID NO：67   GTCGATGGTGCACCCTAATG/20   62   R   66   526
  SEQ ID NO：68   AGACGCGGCGGTGACTGTT/19   62   F   69   117
  SEQ ID NO：69   CTAAGTTGATCGTTAAACGTGC/20   62   R   68   117
  SEQ ID NO：70   CGGATCGCCCAGAGGGCT/18   62   R   71   506
  SEQ ID NO：71   GGCCGTCCGGGGCACGT/17   62   F   70   506
表27：用于扩增白色念珠菌23S RNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：64或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第214和739位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：65)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第214(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和739(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测白色念珠菌的探针包含SEQID NO：66至71所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表27的引物对扩增核酸来鉴定白色念珠菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：66至71中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表27所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
10.blages-2(β-内酰胺抗性基因)
根据本发明的一个方面，blages-2基因的特征性区域包含表28和29所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：72或73)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：72
  1(5′)|GCAATGTGCTCAACGTTCAAGTTTCCGCTAGCCGCGCTGGTCTTTGAAAGAATTGACTCAGGCACCGAGCGGGGGGATCGAAAACTTTCATATGGGCCGGACATGATCGTCRAATGGTCTCCTGCCACGGAGCGGTTTCTAGCATCGGGACACATGACGGTTCTCGAGGCAGCGCAAGCTGCGGTGCAGCTTAGCGACAATGGGGCTACTAACCTCTTACTGAGAGAAATTGGCGGACCTGCTGCAATGACGCAGTATTTTCGTAAAATTGGCGACTCTGTGAGTCGGCTAGACCGGAAAGAGCCGGAGATGRGCGACAACACACCTGGCGACCTCAGAGATACAACTACGCCTATTGCTATGGCACGTACTGTGGCTAAAGTCCTCTATGGCGGCGCACTGACGTCCACCTCGACCCACACCATTGAGAGGTGGCTGATCGGAAACCAAACGGGAGACGCGACACTACGAGCGGGTTTTCCTAAAGATTGGGTTGTTGGAGAGAAAACTGGTACCTGCGCCAACGGGGGCCGGAACGACATTGGTTTTTTTAAAGCCCAGGAGAGAGATTACGCTGTAGCGGTGTATACAACGGCCCCGAAACTATCGGCCGTAGAACGTGACGAATTAGTTGCCTCTGTCGGTCAAGTTAT|653(3′)
表28：blages-2基因特征性区域的序列。R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例是缺失R112和/或R313。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：72的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和653位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第140和482位残基之间的任何区域(表26，SEQ ID NO：73)。
  SEQ ID NO：73
  140(5′)|TAGCATCGGGACACATGACGGTTCTCGAGGCAGCGCAAGCTGCGGTGCAGCTTAGCGACAATGGGGCTACTAACCTCTTACTGAGAGAAATTGGCGGACCTGCTGCAATGACGCAGTATTTTCGTAAAATTGGCGACTCTGTGAGTCGGCTAGACCGGAAAGAGCCGGAGATGRGCGACAACACACCTGGCGACCTCAGAGATACAACTACGCCTATTGCTATGGCACGTACTGTGGCTAAAGTCCTCTATGGCGGCGCACTGACGTCCACCTCGACCCACACCATTGAGAGGTGGCTGATCGGAAACCAAACGGGAGACGCGACACTACGAGCGGGTTTTCC|482(3′)
表29：blages-2基因特征性区域的序列。注意R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例是缺失R112和/或R313。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第140和482位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第140(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和482(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测blages-2基因的扩增引物包含表30的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表30所示的SEQ ID NO：74(F)和75(R)；SEQID NO：76(F)和77(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：74   CCTGCTGCAATGACGCAGTAT  /21   64   F   75   338
  SEQ ID NO：75   GCGTAATCTCTCTCCTGGGC/20   64   R   74   338
  SEQ ID NO：76   TAGCATCGGGACACATGACG/20   62   F   77   343
  SEQ ID NO：77   GGAAAACCCGCTCGTAGTGT  /20   62   R   76   343
表30：用于扩增blages-2基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：72或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第140和482位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：73)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第140(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和482(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测blages-2基因的探针包含SEQID NO：74至77所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表30的引物对扩增核酸来鉴定blages-2基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：74至77中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表30所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
11.blashv(β-内酰胺抗性基因)
根据本发明的一个方面，blashv基因的特征性区域包含表31和32所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：78或79)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：78
  1(5′)|GTAGGCATGATAGAAATGGATCTGGCCAGCGGCCGCACGCTGACCGCCTGGCGCGCCGATGAACGCTTTCCCATGATGAGCACCTTTAAAGTAGTGCTCTGCGGCGCAGTGCTGGCGCGGGTGGATGCCGGTGACGAACAGCTGGAGCGAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGYGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCACCCGCCTTGACCGCTGGGAAACGGAACTGAATGAGGCGCTTCCCGGCGACGCCCGCGACACCACTACCCCGGCCAGCATGGCCGCGACCCTGCGCAAGCTGCTGACCAGCCAGCGTCTGAGCGCCCGTTCGCAACGGCAGCTGCTGCAGTGGATGGTGGACGATCGGGTCGCCGGACCGTTGATCCGCTCCGTGCTGCCGGCGGGCTGGTTTATCGCCGATAAGACCGGAGCTRGCGARCGGGGTGCGCGCGGGATTGTCGCCCTGCTTGGCCCGAATAACAAAGCAGAGCGCATTGTGGTGATTTATCTGCGGGATACSCCGGCGAGCATGGCCGAGCGAAAT|693(3′)
表31：blashv基因特征性区域的序列。注意Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)，R(以下划线标出)是任何嘌呤(A或G)，S是(C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失Y240、R583、R588和S669中的一或多个。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：78的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和693位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第149和350位残基之间的任何区域(表32，SEQ ID NO：79)。
SEQ ID NO：79
149(5′)|GAAAGATCCACTATCGCCAGCAGGATCTGGTGGACTACTCGCCGGTCAGCGAAAAACACCTTGCCGACGGCATGACGGTCGGCGAACTCTGYGCCGCCGCCATTACCATGAGCGATAACAGCGCCGCCAATCTGCTGCTGGCCACCGTCGGCGGCCCCGCAGGATTGACTGCCTTTTTGCGCCAGATCGGCGACAACGTCAC|350(3′)
表32：blashv基因特征性区域的序列。注意Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)。注意Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)，R(以下划线标出)是任何嘌呤(A或G)，S是(C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失Y240、R583、R588和S669中的一或多个。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第149和350位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第149(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和350(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测blashv基因的扩增引物包含表33的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表33所示的SEQ ID NO：80和81；SEQ ID NO：82和83，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：80   GAAAGATCCACTATCGCCAGC/21   64   F   81   202
  SEQ ID NO：81   GTGACGTTGTCGCCGATCT/19   60   R   80   202
  SEQ ID NO：82   GCTGGGAAACGGAACTGAAT/20   60   F   83   203
  SEQ ID NO：83   GATAAACCAGCCCGCCGG/18   60   R   82   203
表33：用于扩增blashv基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：78或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第149和350位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：79)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第149(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和350(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测blashv基因的探针包含SEQ IDNO：80至83所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表33的引物对扩增核酸来鉴定blashv基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：80至83中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表33所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
12.mecA(甲氧西林抗性基因)
根据本发明的一个方面，mecA基因的特征性区域包含表34和35所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：84或85)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：84
  1(5′)|AAGAGTATTTATAACAACATGAAAAATGATTATGGCTCAGGTACTGCTATCCACCCTCAAACAGGTGAATTATTAGCACTTGTAAGCACACCTTCATATGACGTCTATCCATTTATGTATGGCATGAGTAACGAAGAATATAATAAATTAACCGAAGATAAAAAAGAACCTCTGCTCAACAAGTTCCAGATTACAACTTCACCAGGTTCAACTCAAAAAATATTAACAGCAATGATTGGGTTAAATAACAAAACATTAGACGATAAAACAAGTTATAAAATCGATGGTAAAGGTTGGCAAAAAGATAAATCTTGGGGTGGTTACAACGTTACAAGATATGAAGTGGTAAATGGTAATATCGACTTAAAACAAGCAATAGAATCATCAGATAACATTTTCTTTGCTAGAGTAGCACTCGAATTAGGCAGTAAGAAATTTGAAAAAGGCATGAAAAAACTAGGTGTTGGTGAAGATATACCAAGTGATTATCCATTTTATAATGCTCAAATTTCAAACAAAAATTTAGATAATGAAATATTATTAGCTGATTCAGGTTACGGACAAGGTGAAATACTGATTAACCCAGTACAGATCCTTTCAATCTATAGCGC|611(3′)
表34：mecA基因特征性区域的序列。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：84的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和611位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第184和484位残基之间的任何区域(表35，SEQ ID NO：85)。
  SEQ ID NO：85
  184(5′)|TTCCAGATTACAACTTCACCAGGTTCAACTCAAAAAATATTAACAGCAATGATTGGGTTAAATAACAAAACATTAGACGATAAAACAAGTTATAAAATCGATGGTAAAGGTTGGCAAAAAGATAAATCTTGGGGTGGTTACAACGTTACAAGATATGAAGTGGTAAATGGTAATATCGACTTAAAACAAGCAATAGAATCATCAGATAACATTTTCTTTGCTAGAGTAGCACTCGAATTAGGCAGTAAGAAATTTGAAAAAGGCATGAAAAAACTAGGTGTTGGTGAAGATATACCAAGTG|484(3′)
表35：mecA基因特征性区域的序列。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第184和484位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第184(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和484(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测mecA基因的扩增引物包含表36的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表36所示的SEQ ID NO：86(F)和87(R)；SEQID NO：88(F)和89(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：86   TGGCTCAGGTACTGCTATCCA/21   64   F   87   297
  SEQ ID NO：87   ACGTTGTAACCACCCCAAGA/20   60   R   86   297
  SEQ ID NO：88   TTCCAGATTACAACTTCACCAG  /22   62   F   89   301
  SEQ ID NO：89   CACTTGGTATATCTTCACCAACA/23   64   R   88   301
表36：用于扩增mecA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：84或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第149和349位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：85)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第184(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和484(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测mecA基因的探针包含SEQ IDNO：86至89所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表36的引物对扩增核酸来鉴定mecA基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：86至89中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表36所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
13.spA(金黄色葡萄球菌蛋白A)
根据本发明的一个方面，spA基因的特征性区域包含表37和38所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：90或91)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：90
1(5′)|AAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACTTTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTSTTAAATATGCCTAACTTAAAYGCTGATCAACGYAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAASTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGHGCAACGYAAYGGYTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACYCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTAGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGAYAACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGA|501(3′)
表37：spA基因特征性区域的序列。注意S是(C或G)、Y是嘧啶(C或T)、H是(A、C或T)。本发明的缺失的实例是缺失S140、Y161、Y173、S287、H349、Y356、Y359、Y362、Y387和/或Y455。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：90的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和501位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第292和409位残基之间的任何区域(表38，SEQ ID NO：91)。
  SEQ ID NO：91
  292(5′)|ACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGHGCAACGYAAYGGYTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACYCAAGCCAAAGCACTAACGTTTT|409(3′)
表38：spA基因特征性区域的序列。注意Y是嘧啶(C或T)，H是(A、C或T)。本发明的缺失的实例包括缺失H349、Y356、Y359、Y362和/或Y387。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第292和409位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第292(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和409(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测spA基因的扩增引物包含表39的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表39所示的SEQ ID NO：92(F)和93(R)；SEQ IDNO：94(F)和95(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：92   ACAAAGATCAACAAAGCGCCT/21   60   F   93   118
  SEQ ID NO：93   AAAACGTTAGTGCTTTGGCTTG/22   62   R   92   118
  SEQ ID NO：94   TTGAACATGCCTAACTTAAACGAA/24   64   F   95   128
  SEQ ID NO：95   GCTTTCGGTGCTTGAGATTC/20   60   R   94   128
表39：用于扩增spA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：90或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第292和409位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：46)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第292(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和409(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测spA基因的探针包含SEQ IDNO：92至95所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表39的引物对扩增核酸来鉴定spA基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：92至95中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表39所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
14.VanA(万古霉素抗性基因A)
根据本发明的一个方面，VanA基因的特征性区域包含表40和41所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：96或97)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：96
  1(5′)|AAAGTTGCAATACTGTTTGGGGGTTGCTCAGAGGAGCATGACGTATCGGTAAAATCTGCAATAGAGATAGCCGCTAACATTAATAAAGAAAAATACGAGCCGTTATACATTGGAATTACGAAATCTGGTGTATGGAAAATGTGCGAAAAACCTTGCGCGGAATGGGAAAACGACAATTGCTATTCAGCTGTACTCTCGCCGGATAAAAAAATGCACGGATTACTTGTTAAAAAGAACCATGAATATGAAATCAACCATGTTGATGTAGCATTTTCAGCTTTGCATGGCAAGTCAGGTGAAGATGGATCCATACAAGGTCTGTTTGAATTGTCCGGTATCCCTTTTGTAGGCTGCGATATTCAAAGCTCAGCAATTTGTATGGACAAATCGTTGACATACATCGTTGCGAAAAATGCTGGGATAGCTACTCCCGCCTTTTGGGTTATTAATAAAGATGATAGGCCGGTGGCAGCTACGTTTACCTATCCTGTTTTTGTTAAGCCGGCGCGTTCAGGCTCATCCTTCGGBGTGAAAAAAGTCAATAGCGCGGACGAATTGGACTACGCAATTGAATCGGCAAGACAATATGACAGCAAAATCTTAATTGAGCAGGCTGTTTCGGGCTGTGAGGTCGGTTGTGCGGTATTGGGAAACAGTGCCGCGTTAGTTGTTGGCGAGGTGGACCAAATCAGGCTGCAGTACGGAATCTTTCGTATTCATCAGGAAGTCGAGCCGGAAAAAGGCTCTGAAAACGCAGTTATAACCGTTCCCGCAGACCTTTCAGCAGAGGAGCGAGGACGGATACAGGAAACGGCAAAAAAAATATATAAAGCGCTCGGCTGTAGAGGTCTAGCCCGTGTGGATATGTTTTTACAAGATAACGGCCGCATTGTACTGAACGAAGTCAATACTCTGCCCGGTTTCACGTCATACAGTCGTTATCC|944(3′)
表40：VanA基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失B528。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：96的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和944位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第138和641位残基之间的任何区域(表41，SEQ ID NO：97)。
  SEQ ID NO：97
  138(5′)|AATGTGCGAAAAACCTTGCGCGGAATGGGAAAACGACAATTGCTATTCAGCTGTACTCTCGCCGGATAAAAAAATGCACGGATTACTTGTTAAAAAGAACCATGAATATGAAATCAACCATGTTGATGTAGCATTTTCAGCTTTGCATGGCAAGTCAGGTGAAGATGGATCCATACAAGGTCTGTTTGAATTGTCCGGTATCCCTTTTGTAGGCTGCGATATTCAAAGCTCAGCAATTTGTATGGACAAATCGTTGACATACATCGTTGCGAAAAATGCTGGGATAGCTACTCCCGCCTTTTGGGTTATTAATAAAGATGATAGGCCGGTGGCAGCTACGTTTACCTATCCTGTTTTTGTTAAGCCGGCGCGTTCAGGCTCATCCTTCGGBGTGAAAAAAGTCAATAGCGCGGACGAATTGGACTACGCAATTGAATCGGCAAGACAATATGACAGCAAAATCTTAATTGAGCAGGCTGTTTCGGGCTGTGAGGTCGGTTGTGC|641(3′)
表41：VanA基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失B528。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第138和641位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第138(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和641(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测VanA基因的扩增引物包含表42的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表42所示的SEQ ID NO：98(F)和99(R)；SEQID NO：100(F)和101(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：98   TTTGCATGGCAAGTCAGGTG/20   60   F   99   501
  SEQ ID NO：99   AGGTCTGCGGGAACGGTTAT/20   62   R   98   501
  SEQ ID NO：100   AATGTGCGAAAAACCTTGCGC/21   62   F   101   504
  SEQ ID NO：101   GCACAACCGACCTCACAGC/19   62   R   100   504
表42：用于扩增VanA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：96或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第138和641位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：97)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第138(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和641(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测VanA基因的探针包含SEQ IDNO：98至101所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表42的引物对扩增核酸来鉴定VanA基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：98至101中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表42所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
15.VanB(万古霉素抗性基因B)
根据本发明的一个方面，VanB基因的特征性区域包含表43和44所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：102或103)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：102
  1(5′)|ATCGGAATTACAAAAAACGGTGTATGGAAGCTATGCAAGAAGCCATGTACGGAATGGGAAGCCGACAGTCTCCCCGCCATACTCTCCCCGGATAGGAAAACGCATGGGCTGCTTGTCATGAAAGAAAGCGAATACGAAACACGGCGTATTGATGTGGCTTTCCCGGTTTTGCATGGCAAATGCGGGGAGGATGGTGCGATACAGGGGCTGTTTGTATTGTCTGGTATCCCCTATGTGGGCTGTGATATTCAAAGCTCCGCAGCTTGCATGGACAAATCACTGGCCTACATTCTTACAAAAAATGCGGGCATCGCCGTTCCCGAATTTCAAATGATTGATAAAGGTGACAAGCCGGAGGCGGGTGCGCTTACCTACCCTGTCTTTGTGAAGCCGGCACGGTCAGGTTCGTCCTTTGGCBTAACCAAAGTAAACGGTACGGAAGAACTTAACGCTGCGATAGAAGCGGCAGGACAATATGATGGAAAAATCTTAATTGAGCAAGCGATTTCGGGCTGTGAGGTCGGGTGTGCGGTCATGGGRAACGAGGATGATTTGATTGTCGGCGAAGTGGATCAAATCCGGCTGAGCCACGGTATCTTCCGCATCCATCAGGAAAACGAGCCGGAAAAAGGCTCAGAAAATGCGATGATTACAGTTCCCGCAGACATTCCGGTCGAGGAACGAAATCGGGTGCARGAAACGGCAAAGAAAGTATATCGGGTGCTTGGATGCAGAGGGCTT|741(3′)
表43：VanB基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)，而R是嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例包括缺失B418、R540和R696中的一或多个。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：102的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和741位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第126和574位残基之间的任何区域(表44，SEQ ID NO：103)。
  SEQ ID NO：103
  126(5′)|AAGCGAATACGAAACACGGCGTATTGATGTGGCTTTCCCGGTTTTGCATGGCAAATGCGGGGAGGATGGTGCGATACAGGGGCTGTTTGTATTGTCTGGTATCCCCTATGTGGGCTGTGATATTCAAAGCTCCGCAGCTTGCATGGACAAATCACTGGCCTACATTCTTACAAAAAATGCGGGCATCGCCGTTCCCGAATTTCAAATGATTGATAAAGGTGACAAGCCGGAGGCGGGTGCGCTTACCTACCCTGTCTTTGTGAAGCCGGCACGGTCAGGTTCGTCCTTTGGCBTAACCAAAGTAAACGGTACGGAAGAACTTAACGCTGCGATAGAAGCGGCAGGACAATATGATGGAAAAATCTTAATTGAGCAAGCGATTTCGGGCTGTGAGGTCGGGTGTGCGGTCATGGGRAACGAGGATGATTTGATTGTCGGCGAAGTGGATC|574(3′)
表44：VanB基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)，而R是嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例包括缺失B418和R540中的一或多个。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第126和574位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第126(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和574(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测VanB基因的扩增引物包含表45的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表45所示的SEQ ID NO：104(F)和105(R)；SEQ ID NO：106(F)和107(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：104   TCCCCTATGTGGGCTGTGAT/20   62   F   105   445
  SEQ ID NO：105   GGAATGTCTGCGGGAACTGT/20   62   R   104   445
  SEQ ID NO：106   AAGCGAATACGAAACACGGC/20   60   F   107   449
  SEQ ID NO：107   GATCCACTTCGCCGACAATC/20   62   R   106   449
表45：用于扩增VanB基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：102或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第126和574位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：103)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第126(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和574(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测VanB基因的探针包含SEQ IDNO：102和103所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表45的引物对扩增核酸来鉴定VanB基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：104至107中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表45所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
16.VanC(万古霉素抗性基因C)
根据本发明的一个方面，VanC基因的特征性区域包含表46和47所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：108或109)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：108
  1(5′)|GCTTGATACTCAAAATCAACAGTCATCAATGCATTCTCTACGGCAAAGAAGTTTTCCTGACTCCCATTGAGTTCAAAATATTGCTTTATTTATTTGAGCACCAAGGATCCGTCGTCTCTTCCGAAACACTTTTCGAAGCGGTTTGGAAAGAAAAATATTTAGATAACAATAATACTGTCATGGCACACATTGCTCGTTTAAGAGAAAAATTGCATGAAGAACCTCGTAAACCTAAATTAATCAAAACCGTATGGGGGGTCGGCTATATCATTGAAAAATAGAAATCCTTTGATCCGAAAGCTCTTGACCCAATACTTCGTCACCACTGGAATCTTGCTGGCATTCCTTGTAATGATTCCATTAGTCATTCGCTTTATTGCCGGAACCCGGACTTGGTATGGAACGGAACCTATCTACTATATCTTACGTTTTTTTGCG|438(3′)
表46：VanC基因特征性区域的序列。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：108的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和438位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第27和407位残基之间的任何区域(表47，SEQ ID NO：109)。
  SEQ ID NO：109
  27(5′)|CAATGCATTCTCTACGGCAAAGAAGTTTTCCTGACTCCCATTGAGTTCAAAATATTGCTTTATTTATTTGAGCACCAAGGATCCGTCGTCTCTTCCGAAACACTTTTCGAAGCGGTTTGGAAAGAAAAATATTTAGATAACAATAATACTGTCATGGCACACATTGCTCGTTTAAGAGAAAAATTGCATGAAGAACCTCGTAAACCTAAATTAATCAAAACCGTATGGGGGGTCGGCTATATCATTGAAAAATAGAAATCCTTTGATCCGAAAGCTCTTGACCCAATACTTCGTCACCACTGGAATCTTGCTGGCATTCCTTGTAATGATTCCATTAGTCATTCGCTTTATTGCCGGAACCCGGACTTGGTATGGAACGGA|407(3′)
表47：VanC基因特征性区域的序列。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第27和407位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第27(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和407(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测VanC基因的扩增引物包含表48的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表48所示的SEQ ID NO：110(F)和111(R)；SEQ IDNO：112(F)和113(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：110   ACTCAAAATCAACAGTCATCAATG/24   64   F   111   378
  SEQ ID NO：111   TTCCGGCAATAAAGCGAATGA/21   60   R   110   378
  SEQ ID NO：112   CAATGCATTCTCTACGGCAAAG/22   64   F   113   381
  SEQ ID NO：113   TCCGTTCCATACCAAGTCCG/20   62   R   112   381
表48：用于扩增VanC基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：108或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第27和407位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：109)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第27(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和407(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测VanC基因的探针包含SEQ IDNO：110至113所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表48的引物对扩增核酸来鉴定VanC基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：110至113中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表48所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
17.MDR-1
根据本发明的一个方面，MDR-1基因的特征性区域包含表49和50所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：114或115)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
SEQ ID NO：114
201(5′)|CCCTCAAAATTGGCCAACTTTACAAAAAGCATTTTTCATTTTCCAAATTTCATTTTTGACAACTTCAGTTTATATGGGATCAGCAGTTTATACCCCTGGTATTGAAGAATTAATGCATGATTTTGGTATTGGAAGAGTCGTAGCTACATTACCTTTAACATTATTTGTTATTGGTTATGGTGTTGGCCCATTGGTTTTCAGTCCGATGTCAGAAAATGCTATATTTGGTCGTACATCCATATATATCATAACATTATTTTTATTTGTCATACTACAAATYCCCACTGCTTTGGTWAATAATATTGCYGGTTTATGTATATTGAGATTCTTGGGTGGATTCTTTGCTAGTCCTTGTTTGGCYACTGGTGGTGCWAGTGTTGCTGATGTGGTTAAATTTTGGAATTTACCAGTTGGGTTAGCCGCTTGGAGTTTGGGTGCYGTTTGTGGTCCTAGTTTTGGTCCATTCTTTGGTTCAATTTTAACTGTCAAAGCCAGTTGGAGATGGACTTTTTGGTTCATGTGTATYATTTCTGGGTTTTCATTTGTTATGTTGTGTTTCACTTTACCTGAAACTTTTGGCAAAACATTATTRTATCGCAAGGCTAAAAGATTGAGAGCCATCACCGGTAACGACAGAATCACAAGTGAAGGAGAAATTGAAAATAGCAAAATGACAAGTCATGAATTGATCATTGATACA|850(3′)
表49：MDR-1基因特征性区域的序列。Y是任何具有嘧啶碱基的核苷酸，R是任何具有嘌呤碱基的核苷酸，W是任何具有腺嘌呤或胸腺嘧啶碱基的核苷酸。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：108的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第201和850位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第275和834位残基之间的任何区域(表50，SEQ ID NO：115)。
  SEQ ID NO：115
  275(5′)|TGGGATCAGCAGTTTATACCCCTGGTATTGAAGAATTAATGCATGATTTTGGTATTGGAAGAGTCGTAGCTACATTACCTTTAACATTATTTGTTATTGGTTATGGTGTTGGCCCATTGGTTTTCAGTCCGATGTCAGAAAATGCTATATTTGGTCGTACATCCATATATATCATAACATTATTTTTATTTGTCATACTACAAATYCCCACTGCTTTGGTWAATAATATTGCYGGTTTATGTATATTGAGATTCTTGGGTGGATTCTTTGCTAGTCCTTGTTTGGCYACTGGTGGTGCWAGTGTTGCTGATGTGGTTAAATTTTGGAATTTACCAGTTGGGTTAGCCGCTTGGAGTTTGGGTGCYGTTTGTGGTCCTAGTTTTGGTCCATTCTTTGGTTCAATTTTAACTGTCAAAGCCAGTTGGAGATGGACTTTTTGGTTCATGTGTATYATTTCTGGGTTTTCATTTGTTATGTTGTGTTTCACTTTACCTGAAACTTTTGGCAAAACATTATTRTATCGCAAGGCTAAAAGATTGAGAGCCATCACCGGTAACGAC|834(3′)
表50：MDR-1基因特征性区域的序列。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第275和834位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第275(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和834(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测MDR-1基因的扩增引物包含表51的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表51所示的SEQ ID NO：116(F)和117(R)；SEQ ID NO：118(F)和119(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度   Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：116   TGGGATCAGCAGTTTATACCC/21   62   F   117   558
  SEQ ID NO：117   GTCGTTACCGGTGATGGCTC/20   64   R   116   558
  SEQ ID NO：118   TCACTTTACCTGAAACTTTTGGC/23   64   F   119   560
  SEQ ID NO：119   TTTGGAAAATCAAAAATGCACCAG/24   64   R   118   560
表51：用于扩增MDR-1基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：114或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第275和834位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：115)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第275(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和834(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测MDR-1基因的探针包含SEQID NO：116至119所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表51的引物对扩增核酸来鉴定MDR-1基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：116至119中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表51所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
18.CDR-1
根据本发明的一个方面，CDR-1基因的特征性区域包含表52和53所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：120或121)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。
  SEQ ID NO：120
  1(5′)|TCTTTTTCTATTGGTTAATGTGTRTTTGGTGTACATTTGTTATGTCCCATTTGTTTAGATCCATTGGTGCTGTTTCAACATCTATTKCTGGTGCYATGACYCCTGCTACYGTGTTGTTATTGGCTATGGTTATTTAYACTGGGTTCGTTATCCCAACTCCAAGTATGTTGGGTTGGTCWMGATGGATTAATTAYATYAAYCCTGTTGGTTATGTGTTYGAAKCSCTYATGGTTAATGARTTCCAYGGTCGTGAATTCCAATGTGCTCAATATGTTCCAAGTGGYCCAGGTTWTGAAAATRTATCACGTTCRAATCAAGTGTGTACTGCAGTKGGGTCTRTTCCAGGTAATGAAATGGTTAGTGGTACCAATTATTTGGCTGGTGCTT|387(3′)
表52：CDR-1基因特征性区域的序列。Y是任何具有嘧啶碱基的核苷酸，R是任何具有嘌呤碱基的核苷酸，K是任何具有胸腺嘧啶或鸟嘌呤碱基的核苷酸，W是任何具有腺嘌呤或胸腺嘧啶碱基的核苷酸，M是任何具有胞嘧啶或腺嘌呤碱基的核苷酸，S是任何具有胞嘧啶或鸟嘌呤碱基的核苷酸。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQ ID NO：120的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和387位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第111和178位残基之间的任何区域(表53，SEQ ID NO：121)。
  SEQ ID NO：121
  111(5′)|GTGTTGTTATTGGCTATGGTTATTTAYACTGGGTTCGTTATCCCAACTCCAAGTATGTTGGGTTGGT|178(3′)
表53：CDR-1基因特征性区域的序列。CDR-1基因特征性区域的序列。Y是任何具有嘧啶碱基的核苷酸。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第111和178位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第111(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和178(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测CDR-1基因的扩增引物包含表54的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表54所示的SEQ ID NO：122(F)和123(R)；SEQ ID NO：124(F)和125(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。
  编号   序列/长度 Tm(℃)   TYPE   PAIR   LEN
  SEQ ID NO：122   TCTTTTTCTATTGGTTAATGTGT/23   58   F   123   68
  SEQ ID NO：123   TGTTGAAACAGCACCAATGGA/21   60   R   122   68
  SEQ ID NO：124   GTGTTGTTATTGGCTATGGTTAT/23   62   F   125   80
  SEQ ID NO：125   GACCAACCCAACATACTTGGA/21   62   R   124   80
表54：用于扩增CDR-1基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQ ID NO，LEN是扩增产物的长度。
根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQ ID NO：120或其互补序列退火。
根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第111和178位残基(含)之间的区域(SEQ ID NO：121)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第111(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和178(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测MDR-1基因的探针包含SEQID NO：122至125所表示的序列及其互补序列。
本发明的另一个方面是通过使用表54的引物对扩增核酸来鉴定CDR-1基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQ ID NO：122至125中任一的合适序列。
本发明的另一个方面是相应于表54所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。
上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
图1
该图显示了金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、和白色念珠菌的各个23S RNA基因的序列比对，并标出了相同之处(标记为*)。
根据本发明的一个方面，微生物的23S RNA基因的特征性区域包含图1所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：131至157)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。本发明的一个方面是相应于图1所示的SEQ ID NO：131至157中任一序列或其互补序列的核苷酸。
根据本发明的一个方面，微生物的23S RNA基因的特征性区域包含图1所示的核苷酸序列，其相应于SEQ ID NO：1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域。
根据本发明的一个方面，微生物的23S RNA基因的特征性区域包含图1所示的核苷酸序列，其可通过使用特异于所述微生物的扩增引物对而获得。所述扩增引物如上所述，且根据所述微生物可以是：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3和4、或SEQ ID NO：5和6，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9和10、SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12或SEQ ID NO：15和11，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、或SEQ IDNO：20和21，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、或SEQ ID NO：28和29，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQID NO：35和36、或SEQ ID NO：37和33，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40和41或SEQ ID NO：40和42，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、或SEQ ID NO：50和51，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ IDNO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、或SEQ ID NO：63和61，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、或SEQID NO：70和71。
根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述特征性区域或其互补序列的同源序列。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增图1所示的SEQID NO或其互补序列的至少30个碱基的任何区域或所述区域的同源序列或其互补序列。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增图1所列序列的区域，其相应于SEQ ID NO：1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域。
在本发明的范围内，引物能够自一端或两端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基扩增图1中的上述相应区域。
本发明的杂交探针能够杂交于图1所列序列的区域，其相应于SEQID NO：1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。
在本发明的范围内，探针能够自一端或两端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基结合于图1中的上述相应序列。
本发明的另一个方面是通过使用针对图1所示序列的区域的引物对扩增核酸来鉴定特征性区域的方法，所述序列相应于SEQ ID NO：1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。
本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤。
相应于特征性区域的上述区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
图2
该图显示了mecA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages-2、spA、MDR-1、和CDR-1中各个经测序的基因的比对以及共有序列。
根据本发明的一个方面，抗生素抗性基因的特征性区域包含图2所示的核苷酸序列(SEQ ID NO：158至261)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQ ID NO的互补序列。本发明的一个方面是相应于图2所示的SEQ ID NO：158至261中任一所表示序列或其互补序列的核苷酸。
根据本发明的一个方面，抗生素抗性基因的特征性区域包含图2所示的核苷酸序列，其相应于SEQ ID NO：72或73(blages-2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域。
根据本发明的一个方面，抗生素抗性基因的特征性区域包含图2所示的核苷酸序列，其可通过使用特异于所述微生物的扩增引物对而获得。所述扩增引物如上所述，且根据所述标记物可以是：
blages-2标记物：SEQ ID NO：74和75、或SEQ ID NO：76和77，
blashv标记物：SEQ ID NO：80和81、或SEQ ID NO：82和83，
mecA标记物：SEQ ID NO：86和87、或SEQ ID NO：88和89，
spA标记物：SEQ ID NO：92和93、或SEQ ID NO：94和95，
VanA标记物：SEQ ID NO：98和99、或SEQ ID NO：100和101，
VanB标记物：SEQ ID NO：104和105、或SEQ ID NO：106和107，
VanC标记物：SEQ ID NO：110和111、或SEQ ID NO：112和113，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116和117、或SEQ ID NO：118和119，和
CDR-1标记物：SEQ ID NO：122和123、或SEQ ID NO：124和125。
根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述特征性区域或其互补序列的同源序列。
根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增图2所示的SEQID NO或其互补序列的至少30个碱基的任何区域或所述区域的同源序列或其互补序列。
根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增图2所列序列的区域，其相应于SEQ ID NO：72或73(blages-2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域。
在本发明的范围内，引物能够自一端或两端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基扩增图2中的上述相应区域。
本发明的杂交探针能够杂交于图2所列序列的区域，其相应于SEQID NO：72或73(blages-2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。
在本发明的范围内，探针能够自一端或两端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基结合于图2中的上述相应序列。
本发明的另一个方面是通过使用针对图1所示序列的区域的引物对扩增核酸来鉴定特征性区域的方法，所述序列相应于SEQ ID NO：72或73(blages-2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤。
相应于特征性区域的上述区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。
组合
如上所述，本发明还涉及同时检测两个或多个核酸特征性区域(如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)。本发明的一个实施方式是通过检测相应于23S RNA特征性区域的核酸而检测金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌和白色念珠菌中的两种或多种(如3、4、5、6、7、8、9或更多种)的方法。
本发明的另一个实施方式是通过检测相应于以下一组中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)的核酸来鉴定样品中的至少两种微生物的方法：
SEQ ID NO：1或2(阴沟肠杆菌)，
SEQ ID NO：7或8(粪肠球菌)，
SEQ ID NO：16或17(屎肠球菌)，
SEQ ID NO：22或23(大肠杆菌)，
SEQ ID NO：30或31(肺炎克雷伯菌)，
SEQ ID NO：38或39(铜绿假单胞菌)，
SEQ ID NO：43或44(金黄色葡萄球菌)，
SEQ ID NO：52或53(表皮葡萄球菌)，和
SEQ ID NO：64和65(白色念珠菌)。
本发明的另一个实施方式是通过检测图1所列核酸序列中的两或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各序列相应于所检测的微生物。
本发明的另一个实施方式是通过检测图1所列核酸中的至少两个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)区域来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各区域相应于SEQ ID NO：1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、或64和65(白色念珠菌)的特征性区域。
本发明的另一个实施方式是通过使用两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)引物对来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中所检测的两种或多种微生物以及引物对选自以下一组，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一对引物：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3和4、或SEQ ID NO：5和6，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9和10、SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12或SEQ ID NO：15和11，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、或SEQ IDNO：20和21，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、或SEQ ID NO：28和29，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQID NO：35和36、或SEQ ID NO：37和33，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40和41或SEQ ID NO：40和42，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、或SEQ ID NO：50和51，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ IDNO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、或SEQ ID NO：63和61，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、或SEQID NO：70和71。
本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)以下的引物对：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3和4，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9和12，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18和19，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24和25，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32和33，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40和42，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：48和49，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54和55，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66和67。
本发明的另一个实施方式是鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中使用相应于如下所要检测的两种或多种微生物的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)单个的探针，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3至6中的任一种，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9至15中的任一种，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18至21中的任一种，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24至29中的任一种，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32至37中的任一种，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40至42中的任一种，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：45至51中的任一种，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54至63中的任一种，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66至71中的任一种。
本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含以下探针中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3或4，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9或12，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18或19，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24或25，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32或33，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40或42，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：48或49，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54或55，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66或67。
本发明的另一个实施方式是通过检测相应于其中的特征性区域的核酸来检测以下抗生素抗性标记物中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10种)的方法：mecA、SpA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages-2、MDR-1、CDR-1。
本发明的另一个实施方式是通过检测相应于以下一组中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10种)的核酸而鉴定样品中的至少两种抗生素抗性标记物的方法：
SEQ ID NO：72或73(blages-2标记物)，
SEQ ID NO：78或79(blashv标记物)，
SEQ ID NO：84或85(mecA标记物)，
SEQ ID NO：90或91(spA标记物)，
SEQ ID NO：96或97(VanA标记物)，
SEQ ID NO：102或103(VanB标记物)，
SEQ ID NO：108或109(VanC标记物)，
SEQ ID NO：114或115(MDR-1标记物)，
SEQ ID NO：120或121(CDR-1标记物)。
本发明的另一个实施方式是通过检测图2所列核酸序列中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各序列相应于所检测的微生物。
本发明的另一个实施方式是通过检测图1所列核酸的至少两个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)区域来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各区域相应于SEQ ID NO：72或73(blages-2标记物)、SEQID NO：78或79(blashv标记物)、SEQ ID NO：84或85(mecA标记物)、SEQ ID NO：90或91(spA标记物)、SEQ ID NO：96或97(VanA标记物)、SEQ ID NO：102或103(VanB标记物)、SEQ ID NO：108或109(VanC标记物)、SEQ ID NO：114或115(MDR-1标记物)、或SEQ IDNO：120或121(CDR-1标记物)的特征性区域。
本发明的另一个实施方式是通过使用两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10个)引物对来鉴定样品中的至少两种抗生素抗性标记物的方法，其中所检测的抗生素抗性标记物以及引物对选自以下一组，优选地，但不是必须地，为一种标记物选定一种引物对：
blages-2标记物：SEQ ID NO：74和75、或SEQ ID NO：76和77，
blashv标记物：SEQ ID NO：80和81、或SEQ ID NO：82和83，
mecA标记物：SEQ ID NO：86和87、或SEQ ID NO：88和89，
spA标记物：SEQ ID NO：92和93、或SEQ ID NO：94和95，
VanA标记物：SEQ ID NO：98和99、或SEQ ID NO：100和101，
VanB标记物：SEQ ID NO：104和105、或SEQ ID NO：106和107，
VanC标记物：SEQ ID NO：110和111、或SEQ ID NO：112和113，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116和117、或SEQ ID NO：118和119，和
CDR-1标记物：SEQ ID NO：122和123、或SEQ ID NO：124和125。
本发明的另一个实施方式是组合物，其包含两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)以下引物对：
blages-2标记物：SEQ ID NO：76和77，
blashv标记物：SEQ ID NO：80和81，
mecA标记物：SEQ ID NO：88和89，
spA标记物：SEQ ID NO：92和93，
VanA标记物：SEQ ID NO：100和101，
VanB标记物：SEQ ID NO：106和107，
VanC标记物：SEQ ID NO：112和113，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116和117，
CDR-1标记物：SEQ ID NO：124和125。
本发明的另一个实施方式是通过使用两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10种)探针来鉴定样品中的至少两种抗生素抗性标记物的方法，其中所检测的抗生素抗性标记物以及探针选自以下一组，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针：
blages-2标记物：SEQ ID NO：74至77中的任一种，
blashv标记物：SEQ ID NO：80至83中的任一种，
mecA标记物：SEQ ID NO：86至89中的任一种，
spA标记物：SEQ ID NO：92至95中的任一种，
VanA标记物：SEQ ID NO：98至101中的任一种，
VanB标记物：SEQ ID NO：104至107中的任一种，
VanC标记物：SEQ ID NO：110至113中的任一种，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116至119中的任一种，
CDR-1标记物：SEQ ID NO：122至125中的任一种。
本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)以下探针，优选地，但不是必须地，为一种标记物选定一种探针：
blages-2标记物：SEQ ID NO：76或77，
blashv标记物：SEQ ID NO：80或81，
mecA标记物：SEQ ID NO：88或89，
spA标记物：SEQ ID NO：92或93，
VanA标记物：SEQ ID NO：100或101，
VanB标记物：SEQ ID NO：106或107，
VanC标记物：SEQ ID NO：112或113，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116或117，
CDR-1标记物：SEQ ID NO：124或125。
本发明的另一个实施方式是通过检测相应于其中的特征性区域的核酸来检测mecA、SpA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages-2、MDR-1和CDR-1中的至少一种(如2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多种)抗生素抗性标记物和阴沟肠杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、和白色念珠菌中的至少一种(如2、3、4、5、6、7、8或9或更多种)微生物的方法。
本发明的另一个实施方式是通过检测相应于上述SEQ ID NO的特征性区域来鉴定样品中的至少一种微生物和至少一种抗生素抗性标记物的方法。
本发明的另一个实施方式是通过使用相应于上述SEQ ID NO的两或多个引物对或单独的探针来鉴定样品中的至少一种微生物和至少一种抗生素抗性标记物的方法。
本发明的另一个实施方式是通过使用一种相应于上述与23S RNA有关的SEQ ID NO的引物对或单独的探针和两或多种(如3、4、5、6、7、8、9或10或更多种)相应于上述与抗生素抗性基因有关的SEQ IDNO的引物对或单独的探针来鉴定样品中的一种微生物和至少一种抗生素抗性标记物的方法。
本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含一或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)以下引物对：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3和4，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9和12，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18和19，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24和25，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32和33，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40和42，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：48和49，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54和55，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66和67，
和一或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)以下引物对：
blages-2标记物：SEQ ID NO：76和77，
blashv标记物：SEQ ID NO：80和81，
mecA标记物：SEQ ID NO：88和89，
spA标记物：SEQ ID NO：92和93，
VanA标记物：SEQ ID NO：100和101，
VanB标记物：SEQ ID NO：106和107，
VanC标记物：SEQ ID NO：112和113，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116和117，
CDR-1标记物：SEQ ID NO：124和125。
本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含一或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)以下探针，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针：
阴沟肠杆菌：SEQ ID NO：3或4，
粪肠球菌：SEQ ID NO：9或12，
屎肠球菌：SEQ ID NO：18或19，
大肠杆菌：SEQ ID NO：24或25，
肺炎克雷伯菌：SEQ ID NO：32或33，
铜绿假单胞菌：SEQ ID NO：40或42，
金黄色葡萄球菌：SEQ ID NO：48或49，
表皮葡萄球菌：SEQ ID NO：54或55，
白色念珠菌：SEQ ID NO：66或67，
和一或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)以下探针，优选地，但不是必须地，为一种标记物选定一种探针：
blages-2标记物：SEQ ID NO：76或77，
blashv标记物：SEQ ID NO：80或81，
mecA标记物：SEQ ID NO：88或89，
spA标记物：SEQ ID NO：92或93，
VanA标记物：SEQ ID NO：100或101，
VanB标记物：SEQ ID NO：106或107，
VanC标记物：SEQ ID NO：112或113，
MDR-1标记物：SEQ ID NO：116或117，
CDR-1标记物：SEQ ID NO：124或125。
本发明的组合物可以是溶液、混合物、搀合物，或可将这些组分置于本发明的容器或装置中。
本发明的另一个实施方式涉及容器，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)引物对。
本发明的另一个实施方式涉及容器，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)探针。
本发明的另一个实施方式涉及试剂盒，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)引物对。
本发明的另一个实施方式涉及试剂盒，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)探针。
根据本发明的一个方面，方法检测是否存在一或多种微生物的抗生素抗性基因。根据本发明的另一个方面，方法检测是否存在一或多种微生物的抗生素抗性基因以及所述微生物。
所述引物有利地使得能够在单一的反应中对模板序列进行同时或多重PCR，而不会形成引物二聚体或交叉反应。此外，产物的长度对于物种或抗生素抗性标记物是独特的。这使得扩增反应的产物能够被分离，例如，通过电泳，并能够通过评价认定的一或多个条带的长度来鉴定若干基因。
靶序列的多重检测不仅具有最佳通量的好处，还可在临床上用于鉴别诊断和对治疗进行监测。例如，菌血症和败血症由一或多种不同病原体引起，而治疗非常依赖于对所涉及的细菌和所涉及的抗生素耐药菌株的检测，这种检测将指导施用正确的抗生素。因此，为了做到适当的和有效的治疗，需要对是否存在一或多种病原体及其抗生素耐药菌株——所谓的病原体和抗生素耐药菌谱(panel of pathogens and antibiotic resistantspecies)——的特定核酸序列或其量作出非常特性的和敏感的检测。本领域人员熟知，对于菌血症和败血症，疾病发生后的一个非常短暂的时间窗决定了治疗是否会成功。此外，本领域人员也熟知，对疾病越早作出诊断，治疗便会越及时，治疗越有可能获得成功。不仅如此，本领域人员还熟知，对总体致病性的检测并不仅仅限于包括细菌和抗生素耐药菌株的谱，还涉及组合了真菌菌株、病毒株、蛋白质和/或半抗原的谱或者它们与细菌和抗生素耐药菌株的组合。
产品
本发明包括产品，所述产品包含一或多种引物或探针，其适合用于能够对在此所述的特征性区域进行鉴定的装置中。此类产品包括，例如，
-一或多个容器(如微阵列或多样品容器)，其预先装载了一对或多对扩增引物。多样品容器能够在同一个反应中或者作为分开的反应同时检测特征性区域，
-试剂盒，其包括用于进行扩增反应的一或多对引物以及任选地缓冲液、试剂和容器，
-试剂盒，其包括用于进行扩增反应的一或多个容器以及任选地缓冲液、试剂，
-装置，其包括用于进行扩增反应的一或多对引物，
-一或多个容器(如微阵列或多样品耗材)其预先装载了一或多种探针。多样品容器能够在同一个反应中或者作为分开的反应同时检测特征性区域，
-试剂盒，其包括用于进行杂交的一或多种探针以及任选地缓冲液、试剂和容器，
-试剂盒，其包括用于进行杂交的一或多个容器以及任选地缓冲液、试剂和容器，
-装置，其包括用于进行杂交的一或多种探针，
-组合物，其包含在此所述的一或多个引物对，
-组合物，其包含在此所述的一或多种探针。
实施例
以下实施例用于举例说明本发明的各种方法和化合物。
实施例1：样品制备
将200μl的患者血液加入到容器中，其中含有经酸洗涤的玻璃珠(Sigma-Aldrich)，直径为106μm或者更精细。在商品化的IKA MS2Minishaker上将悬液震荡混合1至3分钟，室温。
实施例2：核酸提取和纯化
在改进的商品化仿生自动机EZ1(Qiagen)上进行核酸提取和纯化。将震荡混合的血液样品与溶葡萄球菌酶(lysostaphin)在37℃温育10分钟。在接下来的反应步骤中将核酸固定化于磁珠上。通过在不同的洗涤溶液中以外部磁场驱动磁珠，固定化的核酸将与细胞残片和其他细胞蛋白质脱离。在最后的洗脱步骤中将核酸自磁性颗粒分离，然后在一独立的vessel中与多重PCR Mastermix(Qiagen)混合。混合后，将溶液分布于具有多重引物对和人对照引物对的带状容器(strip vessel)上。
实施例3：多重PCR
在商品化的热循环仪如Perkin Elmer 9700上进行多重PCR，使用Qiagen多重PCR试剂盒。采用通用的多重循环方案，第一起始活化步骤在95℃进行15分钟。随后是3步循环：94℃变性30秒，61℃退火90秒，和72℃延伸90秒。循环次数在30至45次之间，这取决于对敏感性的要求。最后在72℃延伸10分钟，结束扩增。
实施例4：检测
使用DNA 1000试剂盒对扩增的核酸进行检测。使用2100生物分析仪阅读试剂盒中的芯片。试剂盒和分析仪购自Agilent Technologies。
根据生产商的建议制备芯片并装载参照物和扩增的核酸，然后插入到2100生物分析仪上。分析运行30分钟后，使用PC运行proprietary软件读取并分析来自生物分析仪的数据。
序列表
<110>皇家飞利浦电子股份有限公司
<120>检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸
<130>PH002641 WO2
<140>PCT/IB2006/052919
<141>2006-08-23
<150>EP05107867.3
<151>2005-08-26
<160>248
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>800
<212>DNA
<213>Enterobacter cloacae
<400>1
cggtttaagc atgtaggcgg aggttccagg taaatccggt accttttaac gctgaggtgt     60
gatgacgagg cactacggtg ctgaagtaac aaatgccctg cttccaggaa aagcctctaa    120
gcatcaggta acaysaaatc gtaccccaaa ccgacacagg tggtcaggta gagaatacca    180
aggcgcttga gagaactcgg gtgaaggaac taggcaaaat ggtgccgtaa cttcgggaga    240
aggcacgctg atatgtaggt gaagcccctg cgggtggagc tgaaatcagt cgaagatacc    300
agctggctgc aactgtttat taaaaacaca gcactgtgca aacacgaaag tggacgtata    360
cggtgtgacg cctgcccggt gccggaaggt taattgatgg ggttagcggy aacgcgaagc    420
tcttgatcga agccccggta aacggcggcc gtaactataa cggtcctaag gtagcgaaat    480
tccttgtcgg gtaagttccg acctgcacga atggcgtaat gatggccagg ctgtctccac    540
ccgagactca gtgaaattga actcgctgtg aagatgcagt gtacccgcgg caagacggaa    600
agaccccgtg aacctttact atagcttgac actgaacact ggtccttgat gtgtaggata    660
ggtgggaggc tttgaagcgt ggacgccagt ctgcgtggag ccgtccttga aataccaccc    720
tttaatggct ggtgttctaa cgtagacccg twayccgggt tgcggacagt gtctggtggg    780
tagtttgact ggggcggtct                                                800
<210>2
<211>720
<212>DNA
<213>Enterobacter cloacae
<400>2
ggtaaatccg gtacctttta acgctgaggt gtgatgacga ggcactacgg tgctgaagta     60
acaaatgccc tgcttccagg aaaagcctct aagcatcagg taacaysaaa tcgtacccca    120
aaccgacaca ggtggtcagg tagagaatac caaggcgctt gagagaactc gggtgaagga    180
actaggcaaa atggtgccgt aacttcggga gaaggcacgc tgatatgtag gtgaagcccc    240
tgcgggtgga gctgaaatca gtcgaagata ccagctggct gcaactgttt attaaaaaca    300
cagcactgtg caaacacgaa agtggacgta tacggtgtga cgcctgcccg gtgccggaag    360
gttaattgat ggggttagcg gyaacgcgaa gctcttgatc gaagccccgg taaacggcgg    420
ccgtaactat aacggtccta aggtagcgaa attccttgtc gggtaagttc cgacctgcac    480
gaatggcgta atgatggcca ggctgtctcc acccgagact cagtgaaatt gaactcgctg    540
tgaagatgca gtgtacccgc ggcaagacgg aaagaccccg tgaaccttta ctatagcttg    600
acactgaaca ctggtccttg atgtgtagga taggtgggag gctttgaagc gtggacgcca    660
gtctgcgtgg agccgtcctt gaaataccac cctttaatgg ctggtgttct aacgtagacc    720
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cacacctcag cgttaaaagg ta                                               22
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<211>720
<212>DNA
<213>Enterococcus faecalis
<400>7
catgcgattg gaagtgcatg tccaagcaat gagtcttgag tagagttaaa tgctttactc     60
tttaaggaca agttgtgayg gggagcgaaa taatagtagc gaagttcctg atgtcacact    120
gccaagaaaa gcttctagtg agaaaacaac tgcccgtacc gtaaaccgac acaggtagtc    180
gaggagagta tcctaaggtg agcgagcgaa ctctcgttaa ggaactcggc aaaatgaccc    240
cgtaacttcg ggagaagggg tgctgacttc ggtcagccgc agtgaatagg cccaagcgac    300
tgtttatcaa aaacacaggt ctctgcaaaa tcgtaagatg aagtataggg gctgacgcct    360
gcccggtgct ggaaggttaa gaggatgggt tagcttcggc gaagctcaga attgaagccc    420
cagtaaacgg cggccgtaac tataacggtc ctaaggtagc gaaattcctt gtcgggtaag    480
ttccgacccg cacgaaaggc gtaacgattt gggcactgtc tcaacgagag actcggtgaa    540
attttagtac ctgtgaagat gcaggttacc cgcgacagga cggaaagacc ccatggagct    600
ttactgtagt ttgatattga gtgtttgtac cacatgtaca ggataggtag gagccgatga    660
gaccggaacg ctagtttcgg aggaggcgct ggtgggatac tacccttgtg ttatgaaccc    720
<210>8
<211>671
<212>DNA
<213>Enterococcus faecalis
<400>8
ggaagtgcat gtccaagcaa tgagtcttga gtagagttaa atgctttact ctttaaggac     60
aagttgtgay ggggagcgaa ataatagtag cgaagttcct gatgtcacac tgccaagaaa    120
agcttctagt gagaaaacaa ctgcccgtac cgtaaaccga cacaggtagt cgaggagagt    180
atcctaaggt gagcgagcga actctcgtta aggaactcgg caaaatgacc ccgtaacttc    240
gggagaaggg gtgctgactt cggtcagccg cagtgaatag gcccaagcga ctgtttatca    300
aaaacacagg tctctgcaaa atcgtaagat gaagtatagg ggctgacgcc tgcccggtgc    360
tggaaggtta agaggatggg ttagcttcgg cgaagctcag aattgaagcc ccagtaaacg    420
gcggccgtaa ctataacggt cctaaggtag cgaaattcct tgtcgggtaa gttccgaccc    480
gcacgaaagg cgtaacgatt tgggcactgt ctcaacgaga gactcggtga aattttagta    540
cctgtgaaga tgcaggttac ccgcgacagg acggaaagac cccatggagc tttactgtag    600
tttgatattg agtgtttgta ccacatgtac aggataggta ggagccgatg agaccggaac    660
gctagtttcg g                                                         671
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ggaagtgcat gtccaagcaa t                                                21
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tattcactgc ggctgaccga                                                  20
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ggtgcgggtt agagggttc                                                   19
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ccgaaactag cgttccggtc                                                  20
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gaaggggtgc tgacttcgg                                                   19
<210>16
<211>180
<212>DNA
<213>Enterococcus faecium
<400>16
gccgagaaaa gcttctagtg agaaaacagc ggcccgtacc gcaaaccgac acaggtagtc     60
gaggagagaa tcctaaggtg agcgagagaa ctctcgttaa ggaactcggc aaaatgaccc    120
cgtaacttcg ggagaagggg tgctgatcat acgatcagcc gcagtgaata ggcccaagcg    180
<210>17
<211>156
<212>DNA
<213>Enterococcus faecium
<400>17
cttctagtga gaaaacagcg gcccgtaccg caaaccgaca caggtagtcg aggagagaat   60
cctaaggtga gcgagagaac tctcgttaag gaactcggca aaatgacccc gtaacttcgg  120
gagaaggggt gctgatcata cgatcagccg cagtga                            156
<210>18
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<213>Artificial
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cttctagtga gaaaacagcg g                                                21
<210>19
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<213>Escherichia coli
<400>22
gggacggaga aggctatgtt ggccgggcga cggttgtccc ggtttaagcg tgtaggctgg     60
ttttccaggc aaatccggaa aaccaaggct gaggcgtgat gacgaggcac tacggtgctg    120
aagcgacaaa tgccctgctt ccaggaaaag cctctaagca tcaggtaaca tcaaatcgta    180
ccccaaaccg acacaggtgg tcaggtagag aataccaagg cgcttgagag aactcgggtg    240
aaggaactag gcaaaatggt gccgtaactt cgggagaagg cacgctgata tgtaggtgaa    300
gcgacttgct cgtggagctg aaatcagtcg aagataccag ctggctgcaa ctgtttatta    360
aaaacacagc actgtgcaaa cacgaaagtg gacgtatacg gtgtgacgcc tgcccggtgc    420
cggaaggtta attgatgggg ttagcggtaa cgcgaagctc ttgatcgaag ccccggtaaa    480
cggcggccgt aactataacg gtcctaaggt agcgaaattc cttgtcgggt aagttccgac    540
<210>23
<211>403
<212>DNA
<213>Escherichia coli
<400>23
ccaggcaaat ccggaaaacc aaggctgagg cgtgatgacg aggcactacg gtgctgaagc     60
gacaaatgcc ctgcttccag gaaaagcctc taagcatcag gtaacatcaa atcgtacccc    120
aaaccgacac aggtggtcag gtagagaata ccaaggcgct tgagagaact cgggtgaagg    180
aactaggcaa aatggtgccg taacttcggg agaaggcacg ctgatatgta ggtgaagcga    240
cttgctcgtg gagctgaaat cagtcgaaga taccagctgg ctgcaactgt ttattaaaaa    300
cacagcactg tgcaaacacg aaagtggacg tatacggtgt gacgcctgcc cggtgccgga    360
aggttaattg atggggttag cggtaacgcg aagctcttga tcg                      403
<210>24
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<212>DNA
<213>Artificial
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ccaggcaaat ccggaaaacc                                                  20
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
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cgatcaagag cttcgcgtta c                                                21
<210>26
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<213>Artificial
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<211>19
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<213>Artificial
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<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>28
aagcgtctgg aaaggcgcg                                                   19
<210>29
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>29
cctactcatc gagctcacaa t                                                21
<210>30
<211>350
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>30
cggttgtccc ggtttaagca tgtaggctgg ttrtccaggc aaatccggat aatcaaggct     60
gaggtgtgat gacgaggcac tacggtgctg aagtaacaaa tgccctgctt ccaggaaaag    120
cctctaagca tcaggtaaca tyaaatcgta ccccaaaccg acacaggtgg tcaggtagag    180
aataccaagg cgcttgagag aactcgggtg aaggaactag gcaaaatggt gccgtaactt    240
cgggagaagg cacgctggtg tgtaggtgaa gyccctgcgg rtggagctga gaccagtcga    300
agataccagc tggctgcaac tgtttattaa aaacacagca ctgtgcaaac               350
<210>31
<211>280
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>31
ttrtccaggc aaatccggat aatcaaggct gaggtgtgat gacgaggcac tacggtgctg     60
aagtaacaaa tgccctgctt ccaggaaaag cctctaagca tcaggtaaca tyaaatcgta    120
ccccaaaccg acacaggtgg tcaggtagag aataccaagg cgcttgagag aactcgggtg    180
aaggaactag gcaaaatggt gccgtaactt cgggagaagg cacgctggtg tgtaggtgaa    240
gyccctgcgg rtggagctga gaccagtcga agataccagc                          280
<210>32
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>32
ttrtccaggc aaatccggat                                                  20
<210>33
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>33
gctggtatct tcgactggtc                                                  20
<210>34
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>34
agggrcttca cctacacac                                                   19
<210>35
<211>20
<212>DNA
<213>artificial sequence
<220>
<223>artificial sequence
<400>35
gggtgatagt cccgtacacc                                                  20
<210>36
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>36
aggtacgcag tcacacccg                                                   19
<210>37
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>37
gggagaaggc acgctggtg                                                   19
<210>38
<211>700
<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosa
<400>38
tcattgattt tagcggaacg ctctggaaag tgcggccata gtgggtgata gccccgtacg     60
cgaaaggatc tttgaagtga aatcgagtag gacggagcac gagaaacttt gtctgaacat    120
ggggggacca tcctccaagg ctaaatacta ctgactgacc gatagtgaac cagtaccgtg    180
agggaaaggc gaaaagaacc ccggagaggg gagtgaaata gaacctgaaa ccgtatgcgt    240
acaagcagtg ggagcctact tgttaggtga ctgcgtacct tttgtataat gggtcagcga    300
cttatattca gtggcaagct taatcgtata gggtaggcgt agcgaaagcg agtcttaata    360
gggcgtttag tcgctgggta tagacccgaa accgggcgat ctatccatga gcaggttgaa    420
ggttaggtaa cactgactgg aggaccgaac ccactcccgt tgaaaaggta ggggatgact    480
tgtggatcgg agtgaaaggc taatcaagct cggagatagc tggttctcct cgaaagctat    540
ttaggtagcg cctcatgtat cactctgggg ggtagagcac tgtttcggct agggggtcat    600
cccgacttac caaaccgatg caaactccga atacccagaa gtgccgagca tgggagacac    660
acggcgggtg ctaacgtccg tcgtgaaaag ggaaacaacc                          700
<210>39
<211>601
<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosa
<400>39
ccgtacgcga aaggatcttt gaagtgaaat cgagtaggac ggagcacgag aaactttgtc     60
tgaacatggg gggaccatcc tccaaggcta aatactactg actgaccgat agtgaaccag    120
taccgtgagg gaaaggcgaa aagaaccccg gagaggggag tgaaatagaa cctgaaaccg    180
tatgcgtaca agcagtggga gcctacttgt taggtgactg cgtacctttt gtataatggg    240
tcagcgactt atattcagtg gcaagcttaa tcgtataggg taggcgtagc gaaagcgagt    300
cttaataggg cgtttagtcg ctgggtatag acccgaaacc gggcgatcta tccatgagca    360
ggttgaaggt taggtaacac tgactggagg accgaaccca ctcccgttga aaaggtaggg    420
gatgacttgt ggatcggagt gaaaggctaa tcaagctcgg agatagctgg ttctcctcga    480
aagctattta ggtagcgcct catgtatcac tctggggggt agagcactgt ttcggctagg    540
gggtcatccc gacttaccaa accgatgcaa actccgaata cccagaagtg ccgagcatgg    600
g                                                                    601
<210>40
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>40
ccgtacgcga aaggatcttt g                                                21
<210>41
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>41
acagtgctct accccccag                                                   19
<210>42
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>42
cccatgctcg gcacttctg                                                   19
<210>43
<211>300
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>43
taggagagcg ttctaagggc gttgaagcat gatcgtaagg acatgtggag cgcttagaag     60
tgagaatgcc ggtgtgagta gcgaaagacg ggtgagaatc ccgtccaccg attgactaag    120
gtttccagag gaaggctcgt ccgctctggg ttagtcgggt cctaagctga ggccgacagg    180
cgtaggcgat ggataacagg ttgatattcc tgtaccacct ataatcgttt taatcgatgg    240
ggggacgcag taggataggc gaagcgtgcg attggattgc acgtctaagc agtaaggctg    300
<210>44
<211>227
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>44
gggcgttgaa gcatgatcgt aaggacatgt ggagcgctta gaagtgagaa tgccggtgtg   60
agtagcgaaa gacgggtgag aatcccgtcc accgattgac taaggtttcc agaggaaggc  120
tcgtccgctc tgggttagtc gggtcctaag ctgaggccga caggcgtagg cgatggataa  180
caggttgata ttcctgtacc acctataatc gttttaatcg atggggg                227
<210>45
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>45
aagcagtaat gtggagccgt                                                  20
<210>46
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>46
taagcgctcc acatgtcctt a                                                21
<210>47
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>47
gcttagacgt gcaatccaat c                                                21
<210>48
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>48
gggcgttgaa gcatgatcgt                                                  20
<210>49
<211>22
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(22)
<400>49
cccccatcga ttaaaacgat ta                                               22
<210>50
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>50
taggataggc gaagcgtgcg                                                  20
<210>51
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>51
tgcggtacgg gcacctattt                                                  20
<210>52
<211>550
<212>DNA
<213>Staphylococcus epidermidis
<400>52
caaactgccc gcctgacact gtctcccacc acgataagtg gtgcgggtta gaaagccaac     60
acagctaggg tagtatccca ccaacgcctc cacgtaagct agcgctcacg tttcaaaggc    120
tcctacctat cctgtacaag ctgtgccgaa tttcaatatc aggctacagt aaagctccac    180
ggggtctttc cgtcctgtcg cgggtaacct gcatcttcac aggtactatg atttcaccga    240
gtctctcgtt gagacagtgc ccaaatcgtt acgcctttcg tgcgggtcgg aacttacccg    300
acaaggaatt tcgctacctt aggaccgtta tagttacggc cgccgtttac tggggctttg    360
attcgtagct tcgcagaagc taaccactcc tcttaacctt ccagcaccgg gcaggcgtca    420
gcccctatac atcaccttac ggtttagcag agacctgtgt ttttgataaa cagtcgcttg    480
ggcctattca ctgcggctct tctgggcgtg aaccctaaag agcacccctt ctcccgaagt    540
tacggggtca                                                           550
<210>53
<211>466
<212>DNA
<213>Staphylococcus epidermidis
<400>53
gctagggtag tatcccacca acgcctccac gtaagctagc gctcacgttt caaaggctcc     60
tacctatcct gtacaagctg tgccgaattt caatatcagg ctacagtaaa gctccacggg    120
gtctttccgt cctgtcgcgg gtaacctgca tcttcacagg tactatgatt tcaccgagtc    180
tctcgttgag acagtgccca aatcgttacg cctttcgtgc gggtcggaac ttacccgaca    240
aggaatttcg ctaccttagg accgttatag ttacggccgc cgtttactgg ggctttgatt    300
cgtagcttcg cagaagctaa ccactcctct taaccttcca gcaccgggca ggcgtcagcc    360
cctatacatc accttacggt ttagcagaga cctgtgtttt tgataaacag tcgcttgggc    420
ctattcactg cggctcttct gggcgtgaac cctaaagagc acccct                   466
<210>54
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>54
gctagggtag tatcccacca a                                                21
<210>55
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>55
aggggtgctc tttagggttc                                                  20
<210>56
<211>23
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(23)
<400>56
agaaaagcct ctagatagat aac                                              23
<210>57
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>57
gctgttggag tgcacgtcc                                                   19
<210>58
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>58
cggtacgggc acctgttatc                                                  20
<210>59
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>59
ggataggcga agcgtgctg                                                   19
<210>60
<211>22
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(22)
<400>60
tgatattcct gtaccaccta gt                                               22
<210>61
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>61
ggygtcgaag catgatcgc                                                   19
<210>62
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>62
taggcaaatc cggcactcat a                                                21
<210>63
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>63
gagtgccgga tttgcctaac                                                  20
<210>64
<211>600
<212>DNA
<213>Candida albicans
<220>
<221>misc_feature
<222>(413)..(414)
<223>n is a，c，g，or t
<400>64
tccttggaac aggacgtcac agagggtgag aatcccgtgc gatgagatga cccgggtctg     60
tgtaaagttc cttygacgag tcgagttgtt tgggaatgca gctctaagtg ggtggtaaat    120
tccatctaaa gctaaatatt ggcgagagac cgatagcgaa caagtacagt gatggaaaga    180
tgaaaagaac tttgaaaaga gagtgaaaaa gtacgtgaaa ttgttgaaag ggaagggctt    240
gagatcagac ttggtatttt gcatgytgct ctctcggggg cggccgctgc ggtttaccgg    300
gccagcatcg gtttggagcg gcaggataat ggcggaggaa tgtggcacgg cttctgctgt    360
gtgttatagc ctctgacgat actgccagcc tagaccgagg actgcggttt ttnnacctag    420
gatgttggca taatgatctt aagtcgcccg tcttgaaaca cggaccaagg agtctaacgt    480
ctatgcgagt gtttgggtgt aaaacccgta cgcgtaatga aagtgaacga aggtgggggc    540
ccattagggt gcaccatcga ccgatcctga tgtgttcgga tggatttgag taagagcata    600
<210>65
<211>528
<212>DNA
<213>Candida albicans
<220>
<221>misc_feature
<222>(380)..(381)
<223>n is a，c，g，or t
<400>65
cccgtgcgat gagatgaccc gggtctgtgt aaagttcctt ygacgagtcg agttgtttgg     60
gaatgcagct ctaagtgggt ggtaaattcc atctaaagct aaatattggc gagagaccga    120
tagcgaacaa gtacagtgat ggaaagatga aaagaacttt gaaaagagag tgaaaaagta    180
cgtgaaattg ttgaaaggga agggcttgag atcagacttg gtattttgca tgytgctctc    240
tcgggggcgg ccgctgcggt ttaccgggcc agcatcggtt tggagcggca ggataatggc    300
ggaggaatgt ggcacggctt ctgctgtgtg ttatagcctc tgacgatact gccagcctag    360
accgaggact gcggtttttn nacctaggat gttggcataa tgatcttaag tcgcccgtct    420
tgaaacacgg accaaggagt ctaacgtcta tgcgagtgtt tgggtgtaaa acccgtacgc    480
gtaatgaaag tgaacgaagg tgggggccca ttagggtgca ccatcgac                 528
<210>66
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>66
cccgtgcgat gagatgacc                                                   19
<210>67
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>67
gtcgatggtg caccctaatg                                                  20
<210>68
<211>19
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>68
agacgcggcg gtgactgtt                                                   19
<210>69
<211>22
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(22)
<400>69
ctaagttgat cgttaaacgt gc                                               22
<210>70
<211>18
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(18)
<400>70
cggatcgccc agagggct                                                    18
<210>71
<211>17
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(17)
<400>71
ggccgtccgg ggcacgt                                                     17
<210>72
<211>653
<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosa
<220>
<221>bla ges-2 gene CDS
<222>(1)..(653)
<400>72
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt craatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
gcggtgcagc ttagcgacaa tggggctact aacctcttac tgagagaaat tggcggacct    240
gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
gagccggaga tgrgcgacaa cacacctggc gacctcagag atacaactac gcctattgct    360
atggcacgta ctgtggctaa agtcctctat ggcggcgcac tgacgtccac ctcgacccac    420
accattgaga ggtggctgat cggaaaccaa acgggagacg cgacactacg agcgggtttt    480
cctaaagatt gggttgttgg agagaaaact ggtacctgcg ccaacggggg ccggaacgac    540
attggttttt ttaaagccca ggagagagat tacgctgtag cggtgtatac aacggccccg    600
aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt  tat          653
<210>73
<211>343
<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosa
<220>
<221>bla ges-2gene CDS
<222>(1)..(343)
<400>73
tagcatcggg acacatgacg gttctcgagg cagcgcaagc tgcggtgcag cttagcgaca     60
atggggctac taacctctta ctgagagaaa ttggcggacc tgctgcaatg acgcagtatt    120
ttcgtaaaat tggcgactct gtgagtcggc tagaccggaa agagccggag atgrgcgaca    180
acacacctgg cgacctcaga gatacaacta cgcctattgc tatggcacgt actgtggcta    240
aagtcctcta tggcggcgca ctgacgtcca cctcgaccca caccattgag aggtggctga    300
tcggaaacca aacgggagac gcgacactac gagcgggttt tcc                      343
<210>74
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>74
cctgctgcaa tgacgcagta t                                                21
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<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(20)
<400>75
gcgtaatctc tctcctgggc                                                  20
<210>76
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>76
tagcatcggg acacatgacg                                                  20
<210>77
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>77
ggaaaacccg ctcgtagtgt                                                  20
<210>78
<211>693
<212>DNA
<213>Escherichia coli
<220>
<221>bla shv gene CDS
<222>(1)..(693)
<400>78
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
gtggatgccg gtgacgaaca gctggagcga aagatccact atcgccagca ggatctggtg    180
gactactcgc cggtcagcga aaaacacctt gccgacggca tgacggtcgg cgaactctgy    240
gccgccgcca ttaccatgag cgataacagc gccgccaatc tgctgctggc caccgtcggc    300
ggccccgcag gattgactgc ctttttgcgc cagatcggcg acaacgtcac ccgccttgac    360
cgctgggaaa cggaactgaa tgaggcgctt cccggcgacg cccgcgacac cactaccccg    420
gccagcatgg ccgcgaccct gcgcaagctg ctgaccagcc agcgtctgag cgcccgttcg    480
caacggcagc tgctgcagtg gatggtggac gatcgggtcg ccggaccgtt gatccgctcc    540
gtgctgccgg cgggctggtt tatcgccgat aagaccggag ctrgcgarcg gggtgcgcgc    600
gggattgtcg ccctgcttgg cccgaataac aaagcagagc gcattgtggt gatttatctg    660
cgggatacsc cggcgagcat ggccgagcga aat                                 693
<210>79
<211>202
<212>DNA
<213>Escherichia coli
<220>
<221>bla shv gene CDS
<222>(1)..(202)
<400>79
gaaagatcca ctatcgccag caggatctgg tggactactc gccggtcagc gaaaaacacc     60
ttgccgacgg catgacggtc ggcgaactct gygccgccgc cattaccatg agcgataaca    120
gcgccgccaa tctgctgctg gccaccgtcg gcggccccgc aggattgact gcctttttgc    180
gccagatcgg cgacaacgtc ac                                             202
<210>80
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>80
gaaagatcca ctatcgccag c                                                21
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(19)
<400>81
gtgacgttgt cgccgatct                                                   19
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(20)
<400>82
gctgggaaac ggaactgaat                                                  20
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<212>DNA
<213>Artificial
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<223>artificial sequence
<220>
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<400>83
gataaaccag cccgccgg                                                    18
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<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>mecA gene CDS
<222>(1)..(611)
<400>84
aagagtattt ataacaacat gaaaaatgat tatggctcag gtactgctat ccaccctcaa     60
acaggtgaat tattagcact tgtaagcaca ccttcatatg acgtctatcc atttatgtat    120
ggcatgagta acgaagaata taataaatta accgaagata aaaaagaacc tctgctcaac    180
aagttccaga ttacaacttc accaggttca actcaaaaaa tattaacagc aatgattggg    240
ttaaataaca aaacattaga cgataaaaca agttataaaa tcgatggtaa aggttggcaa    300
aaagataaat cttggggtgg ttacaacgtt acaagatatg aagtggtaaa tggtaatatc    360
gacttaaaac aagcaataga atcatcagat aacattttct ttgctagagt agcactcgaa    420
ttaggcagta agaaatttga aaaaggcatg aaaaaactag gtgttggtga agatatacca    480
agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
ttagctgatt caggttacgg acaaggtgaa atactgatta acccagtaca gatcctttca    600
atctatagcg c                                                         611
<210>85
<211>301
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>85
ttccagatta caacttcacc aggttcaact caaaaaatat taacagcaat gattgggtta     60
aataacaaaa cattagacga taaaacaagt tataaaatcg atggtaaagg ttggcaaaaa    120
gataaatctt ggggtggtta caacgttaca agatatgaag tggtaaatgg taatatcgac    180
ttaaaacaag caatagaatc atcagataac attttctttg ctagagtagc actcgaatta    240
ggcagtaaga aatttgaaaa aggcatgaaa aaactaggtg ttggtgaaga tataccaagt    300
g                                                                    301
<210>86
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(21)
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tggctcaggt actgctatcc a                                                21
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(20)
<400>87
acgttgtaac caccccaaga                                                  20
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(22)
<400>88
ttccagatta caacttcacc ag                                               22
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(23)
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cacttggtat atcttcacca aca                                              23
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<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>spA gene CDS
<222>(1)..(501)
<400>90
aaaacattta ttcaattcgt aaactaggtg taggtattgc atctgtaact ttaggtacat    60
tacttatatc tggtggcgta acacctgctg caaatgctgc gcaacacgat gaagctcaac    120
aaaatgcttt ttatcaagts ttaaatatgc ctaacttaaa ygctgatcaa cgyaatggtt    180
ttatccaaag ccttaaagat gatccaagcc aaagtgctaa cgttttaggt gaagctcaaa    240
aacttaatga ctctcaagct ccaaaagctg atgcgcaaca aaataasttc aacaaagatc    300
aacaaagcgc cttctatgaa atcttgaaca tgcctaactt aaacgaaghg caacgyaayg    360
gyttcattca aagtcttaaa gacgacycaa gccaaagcac taacgtttta ggtgaagcta    420
aaaaattaaa cgaatctcaa gcaccgaaag ctgayaacaa tttcaacaaa gaacaacaaa    480
atgctttcta tgaaatcttg a                                              501
<210>91
<211>118
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>spA gene CDS
<222>(1)..(118)
<400>91
acaaagatca acaaagcgcc ttctatgaaa tcttgaacat gcctaactta aacgaaghgc    60
aacgyaaygg yttcattcaa agtcttaaag acgacycaag ccaaagcact aacgtttt     118
<210>92
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>92
acaaagatca acaaagcgcc t                                                21
<210>93
<211>22
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(22)
<400>93
aaaacgttag tgctttggct tg                                               22
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<211>24
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(24)
<400>94
ttgaacatgc ctaacttaaa cgaa                                             24
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
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<222>(1)..(20)
<400>95
gctttcggtg cttgagattc                                                  20
<210>96
<211>944
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>vanA gene CDS
<222>(1)..(944)
<400>96
aaagttgcaa tactgtttgg gggttgctca gaggagcatg acgtatcggt aaaatctgca     60
atagagatag ccgctaacat taataaagaa aaatacgagc cgttatacat tggaattacg    120
aaatctggtg tatggaaaat gtgcgaaaaa ccttgcgcgg aatgggaaaa cgacaattgc    180
tattcagctg tactctcgcc ggataaaaaa atgcacggat tacttgttaa aaagaaccat    240
gaatatgaaa tcaaccatgt tgatgtagca ttttcagctt tgcatggcaa gtcaggtgaa    300
gatggatcca tacaaggtct gtttgaattg tccggtatcc cttttgtagg ctgcgatatt    360
caaagctcag caatttgtat ggacaaatcg ttgacataca tcgttgcgaa aaatgctggg    420
atagctactc ccgccttttg ggttattaat aaagatgata ggccggtggc agctacgttt    480
acctatcctg tttttgttaa gccggcgcgt tcaggctcat ccttcggbgt gaaaaaagtc    540
aatagcgcgg acgaattgga ctacgcaatt gaatcggcaa gacaatatga cagcaaaatc    600
ttaattgagc aggctgtttc gggctgtgag gtcggttgtg cggtattggg aaacagtgcc    660
gcgttagttg ttggcgaggt ggaccaaatc aggctgcagt acggaatctt tcgtattcat    720
caggaagtcg agccggaaaa aggctctgaa aacgcagtta taaccgttcc cgcagacctt    780
tcagcagagg agcgaggacg gatacaggaa acggcaaaaa aaatatataa agcgctcggc    840
tgtagaggtc tagcccgtgt ggatatgttt ttacaagata acggccgcat tgtactgaac    900
gaagtcaata ctctgcccgg tttcacgtca tacagtcgtt atcc                     944
<210>97
<211>504
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>vanA gene CDS
<222>(1)..(504)
<400>97
aatgtgcgaa aaaccttgcg cggaatggga aaacgacaat tgctattcag ctgtactctc     60
gccggataaa aaaatgcacg gattacttgt taaaaagaac catgaatatg aaatcaacca    120
tgttgatgta gcattttcag ctttgcatgg caagtcaggt gaagatggat ccatacaagg    180
tctgtttgaa ttgtccggta tcccttttgt aggctgcgat attcaaagct cagcaatttg    240
tatggacaaa tcgttgacat acatcgttgc gaaaaatgct gggatagcta ctcccgcctt    300
ttgggttatt aataaagatg ataggccggt ggcagctacg tttacctatc ctgtttttgt    360
taagccggcg cgttcaggct catccttcgg bgtgaaaaaa gtcaatagcg cggacgaatt    420
ggactacgca attgaatcgg caagacaata tgacagcaaa atcttaattg agcaggctgt    480
ttcgggctgt gaggtcggtt gtgc                                           504
<210>98
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>98
tttgcatggc aagtcaggtg                                                  20
<210>99
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>99
aggtctgcgg gaacggttat                                                  20
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<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>100
aatgtgcgaa aaaccttgcg c                                                21
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<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(19)
<400>101
gcacaaccga cctcacagc                                                   19
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<211>741
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>vanB gene CDS
<222>(1)..(741)
<400>102
atcggaatta caaaaaacgg tgtatggaag ctatgcaaga agccatgtac ggaatgggaa     60
gccgacagtc tccccgccat actctccccg gataggaaaa cgcatgggct gcttgtcatg    120
aaagaaagcg aatacgaaac acggcgtatt gatgtggctt tcccggtttt gcatggcaaa    180
tgcggggagg atggtgcgat acaggggctg tttgtattgt ctggtatccc ctatgtgggc    240
tgtgatattc aaagctccgc agcttgcatg gacaaatcac tggcctacat tcttacaaaa    300
aatgcgggca tcgccgttcc cgaatttcaa atgattgata aaggtgacaa gccggaggcg    360
ggtgcgctta cctaccctgt ctttgtgaag ccggcacggt caggttcgtc ctttggcbta    420
accaaagtaa acggtacgga agaacttaac gctgcgatag aagcggcagg acaatatgat    480
ggaaaaatct taattgagca agcgatttcg ggctgtgagg tcgggtgtgc ggtcatgggr    540
aacgaggatg atttgattgt cggcgaagtg gatcaaatcc ggctgagcca cggtatcttc    600
cgcatccatc aggaaaacga gccggaaaaa ggctcagaaa atgcgatgat tacagttccc    660
gcagacattc cggtcgagga acgaaatcgg gtgcargaaa cggcaaagaa agtatatcgg    720
gtgcttggat gcagagggct t                                              741
<210>103
<211>449
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>vanB gene CDS
<222>(1)..(449)
<400>103
aagcgaatac gaaacacggc gtattgatgt ggctttcccg gttttgcatg gcaaatgcgg     60
ggaggatggt gcgatacagg ggctgtttgt attgtctggt atcccctatg tgggctgtga    120
tattcaaagc tccgcagctt gcatggacaa atcactggcc tacattctta caaaaaatgc    180
gggcatcgcc gttcccgaat ttcaaatgat tgataaaggt gacaagccgg aggcgggtgc    240
gcttacctac cctgtctttg tgaagccggc acggtcaggt tcgtcctttg gcbtaaccaa    300
agtaaacggt acggaagaac ttaacgctgc gatagaagcg gcaggacaat atgatggaaa    360
aatcttaatt gagcaagcga tttcgggctg tgaggtcggg tgtgcggtca tgggraacga    420
ggatgatttg attgtcggcg aagtggatc                                      449
<210>104
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>104
tcccctatgt gggctgtgat                                                  20
<210>105
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>105
ggaatgtctg cgggaactgt                                                  20
<210>106
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>106
aagcgaatac gaaacacggc                                                  20
<210>107
<211>20
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(20)
<400>107
gatccacttc gccgacaatc                                                  20
<210>108
<211>438
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>vanC gene CDS
<222>(1)..(438)
<400>108
gcttgatact caaaatcaac agtcatcaat gcattctcta cggcaaagaa gttttcctga     60
ctcccattga gttcaaaata ttgctttatt tatttgagca ccaaggatcc gtcgtctctt    120
ccgaaacact tttcgaagcg gtttggaaag aaaaatattt agataacaat aatactgtca    180
tggcacacat tgctcgttta agagaaaaat tgcatgaaga acctcgtaaa cctaaattaa    240
tcaaaaccgt atggggggtc ggctatatca ttgaaaaata gaaatccttt gatccgaaag    300
ctcttgaccc aatacttcgt caccactgga atcttgctgg cattccttgt aatgattcca    360
ttagtcattc gctttattgc cggaacccgg acttggtatg gaacggaacc tatctactat    420
atcttacgtt tttttgcg                                                  438
<210>109
<211>381
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<220>
<221>vanC gene CDS
<222>(1)..(381)
<400>109
caatgcattc tctacggcaa agaagttttc ctgactccca ttgagttcaa aatattgctt     60
tatttatttg agcaccaagg atccgtcgtc tcttccgaaa cacttttcga agcggtttgg    120
aaagaaaaat atttagataa caataatact gtcatggcac acattgctcg tttaagagaa    180
aaattgcatg aagaacctcg taaacctaaa ttaatcaaaa ccgtatgggg ggtcggctat    240
atcattgaaa aatagaaatc ctttgatccg aaagctcttg acccaatact tcgtcaccac    300
tggaatcttg ctggcattcc ttgtaatgat tccattagtc attcgcttta ttgccggaac    360
ccggacttgg tatggaacgg a                                              381
<210>110
<211>24
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(24)
<400>110
actcaaaatc aacagtcatc aatg                                             24
<210>111
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(21)
<400>111
ttccggcaat aaagcgaatg a                                                21
<210>112
<211>22
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
<223>artificial sequence
<220>
<221>primer_bind
<222>(1)..(22)
<400>112
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ccctcaaaat tggccaactt tacaaaaagc atttttcatt ttccaaattt catttttgac     60
aacttcagtt tatatgggat cagcagttta tacccctggt attgaagaat taatgcatga    120
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tgttggccca ttggttttca gtccgatgtc agaaaatgct atatttggtc gtacatccat    240
atatatcata acattatttt tatttgtcat actacaaaty cccactgctt tggtwaataa    300
tattgcyggt ttatgtatat tgagattctt gggtggattc tttgctagtc cttgtttggc    360
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aactgtcaaa gccagttgga gatggacttt ttggttcatg tgtatyattt ctgggttttc    540
atttgttatg ttgtgtttca ctttacctga aacttttggc aaaacattat trtatcgcaa    600
ggctaaaaga ttgagagcca tcaccggtaa cgacagaatc acaagtgaag gagaaattga    660
aaatagcaaa atgacaagtc atgaattgat cattgataca                          700
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<211>560
<212>DNA
<213>Artificial
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tgggatcagc agtttatacc cctggtattg aagaattaat gcatgatttt ggtattggaa     60
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ttttcagtcc gatgtcagaa aatgctatat ttggtcgtac atccatatat atcataacat    180
tatttttatt tgtcatacta caaatyccca ctgctttggt waataatatt gcyggtttat    240
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tctttttcta ttggttaatg tgtrtttggt gtacatttgt tatgtcccat ttgtttagat     60
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tccayggtcg tgaattccaa tgtgctcaat atgttccaag tggyccaggt twtgaaaatr    300
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gtggtaccaa ttatttggct ggtgctt                                        387
<210>121
<211>67
<212>DNA
<213>Artificial
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<223>artificial sequence
<220>
<221>CDR-1 gene CDS
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gtgttgttat tggctatggt tatttayact gggttcgtta tcccaactcc aagtatgttg    60
ggttggt                                                              67
<210>122
<211>23
<212>DNA
<213>Artificial
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<222>(1)..(23)
<400>122
tctttttcta ttggttaatg tgt                                              23
<210>123
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
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<222>(1)..(21)
<400>123
tgttgaaaca gcaccaatgg a                                                21
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<211>23
<212>DNA
<213>Artificial
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<222>(1)..(23)
<400>124
gtgttgttat tggctatggt tat                                              23
<210>125
<211>21
<212>DNA
<213>Artificial
<220>
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<222>(1)..(21)
<400>125
gaccaaccca acatacttgg a                                                21
<210>126
<211>2521
<212>DNA
<213>Enterobacter cloacae
<400>126
gaggaaaaga aatcaaccga gattccccca gtagcggcga gcgaacgggg agcagcccag     60
agtctgaatc agcttgtgtg ttagtggaag cgtctggaaa gtcgcacggt acagggtgaa    120
agtcccgtac acgaaaacac acaggctgtg aactcgaaga gtagggcggg acacgtggta    180
tcctgtctga atatgggggg accatcctcc aaggctaaat actcctgact gaccgatagt    240
gaaccagtac cgtgagggaa aggcgaaaag aaccccggcg aggggagtga aaaagaacct    300
gaaaccgtgt acgtacaagc agtgggagca ccttcgtggt gtgactgcgt accttttgta    360
taatgggtca gcgacttata ttctgtagca aggttaaccg tataggggag ccgaaggraa    420
accgagtctt aactgggcgt taagttgcag ggtatagacc cgaaacccgg tgatctagcc    480
atgggcaggt tgaaggttgg gtaacactaa ctggaggacc gaaccgacta atgttgaaaa    540
attagcggat gacctgtggc tgggggtgaa aggccaatca aaccgggaga tagctggttc    600
tccccgaaag ctatttaggt agcgcctcgt gaactcatct tcgggggtag agcactgttt    660
cggctagggg gccatcccgg cttaccaacc cgatgcaaac tacgaatacc gaagaatgtt    720
atcacgggag acacacggcg ggtgctaacg tccgtcgtga agagggaaac aacccagacc    780
gccagctaag gtcccaaagt catggttaag tgggaaacga tgtgggaagg cccagacagc    840
caggatgttg gcttagaagc agccatcatt taaagaaagc gtaatagctc actggtcgag    900
tcggcctgcg cggaagatgt aacggggcta aaccatgcac cgaagctgcg gcagcgacgc    960
ttatgcgttg ttgggtaggg gagcgttctg taagccgttg aaggtggcct gtgagggttg   1020
ctggaggtat cagaagtgcg aatgctgaca taagtaacga taaagcgggt gaaargcccg   1080
ctcgccggaa gaccaagggt tcctgtccaa cgttaatcgg ggcagggtga gtcgacccct   1140
aaggcgaggc cgaaaggcgt agtcgatggg aaacaggtta atattcctgt acttggtgtt   1200
actgcgaagg ggggacggag aaggctatgt tagccgggcg acggttgtcc cggtttaagc   1260
atgtaggcgg aggttccagg taaatccggt accttttaac gctgaggtgt gatgacgagg   1320
cactacggtg ctgaagtaac aaatgccctg cttccaggaa aagcctctaa gcatcaggta   1380
acaysaaatc gtaccccaaa ccgacacagg tggtcaggta gagaatacca aggcgcttga   1440
gagaactcgg gtgaaggaac taggcaaaat ggtgccgtaa cttcgggaga aggcacgctg    1500
atatgtaggt gaagcccctg cgggtggagc tgaaatcagt cgaagatacc agctggctgc    1560
aactgtttat taaaaacaca gcactgtgca aacacgaaag tggacgtata cggtgtgacg    1620
cctgcccggt gccggaaggt taattgatgg ggttagcggy aacgcgaagc tcttgatcga    1680
agccccggta aacggcggcc gtaactataa cggtcctaag gtagcgaaat tccttgtcgg    1740
gtaagttccg acctgcacga atggcgtaat gatggccagg ctgtctccac ccgagactca    1800
gtgaaattga actcgctgtg aagatgcagt gtacccgcgg caagacggaa agaccccgtg    1860
aacctttact atagcttgac actgaacact ggtccttgat gtgtaggata ggtgggaggc    1920
tttgaagcgt ggacgccagt ctgcgtggag ccgtccttga aataccaccc tttaatggct    1980
ggtgttctaa cgtagacccg twayccgggt tgcggacagt gtctggtggg tagtttgact    2040
ggggcggtct cctcccaaag agtaacggag gagcacgaag gttagctaat cctggtcgga    2100
catcaggagg ttagtgcaat ggcataagct agcttgactg cgagagtgac ggctcgagca    2160
ggtgcgaaag caggtcatag tgatccggtg gttctgaatg gaagggccat cgctcaacgg    2220
ataaaaggta ctccggggat aacaggctga taccgcccaa gagttcatat cgacggcggt    2280
gtttggcacc tcgatgtcgg ctcatcacat cctggggctg aagtaggtcc caagggtatg    2340
gctgttcgcc atttaaagtg gtacgcgagc tgggtttaga acgtcgtgag acagttcggt    2400
ccctatctgc cgtgggcgct ggagaattga ggggggctgc tcctagtacg agaggaccgg    2460
agtggacgca tcactggtgt tcgggttgtc atgccaatgg cactgcccgg tagctaaatg    2520
c                                                                    2521
<210>127
<211>2471
<212>DNA
<213>Enterobacter cloacae
<400>127
gaggaaaaga aatcaaccga gattccccca gtagcggcga gcgaacgggg agcagcccag     60
agtctgaatc agcttgtgtg ttagtggaag cgtctggaaa gtcgcacggt acagggtgaa    120
agtcccgtac acgaaaacac acaggctgtg aactcgaaga gtagggcggg acacgtggta    180
tcctgtctga atatgggggg accatcctcc aaggctaaat actcctgact gaccgatagt    240
gaaccagtac cgtgagggaa aggcgaaaag aaccccggcg aggggagtga aaaagaacct    300
gaaaccgtgt acgtacaagc agtgggagca ccttcgtggt gtgactgcgt accttttgta    360
taatgggtca gcgacttata ttctgtagca aggttaaccg tataggggag ccgaaggraa    420
accgagtctt aactgggcgt taagttgcag ggtatagacc cgaaacccgg tgatctagcc    480
atgggcaggt tgaaggttgg gtaacactaa ctggaggacc gaaccgacta atgttgaaaa    540
attagcggat gacctgtggc tgggggtgaa aggccaatca aaccgggaga tagctggttc    600
tccccgaaag ctatttaggt agcgcctcgt gaactcatct tcgggggtag agcactgttt    660
cggctagggg gccatcccgg cttaccaacc cgatgcaaac tacgaatacc gaagaatgtt    720
atcacgggag acacacggcg ggtgctaacg tccgtcgtga agagggaaac aacccagacc    780
gccagctaag gtcccaaagt catggttaag tgggaaacga tgtgggaagg cccagacagc    840
caggatgttg gcttagaagc agccatcatt taaagaaagc gtaatagctc actggtcgag    900
tcggcctgcg cggaagatgt aacggggcta aaccatgcac cgaagctgcg gcagcgacgc    960
ttatgcgttg ttgggtaggg gagcgttctg taagccgttg aaggtggcct gtgagggttg   1020
ctggaggtat cagaagtgcg aatgctgaca taagtaacga taaagcgggt gaaargcccg   1080
ctcgccggaa gaccaagggt tcctgtccaa cgttaatcgg ggcagggtga gtcgacccct   1140
aaggcgaggc cgaaaggcgt agtcgatggg aaacaggtta atattcctgt acttggtgtt   1200
actgcgaagg ggggacggag aaggctatgt tagccgggcg acggttgtcc cggtttaagc   1260
atgtaggcgg aggttccagg taaatccggt accttttaac gctgaggtgt gatgacgagg   1320
cactacggtg ctgaagtaac aaatgccctg cttccaggaa aagcctctaa gcatcaggta   1380
acaysaaatc gtaccccaaa ccgacacagg tggtcaggta gagaatacca aggcgcttga   1440
gagaactcgg gtgaaggaac taggcaaaat ggtgccgtaa cttcgggaga aggcacgctg   1500
atatgtaggt gaagcccctg cgggtggagc tgaaatcagt cgaagatacc agctggctgc   1560
aactgtttat taaaaacaca gcactgtgca aacacgaaag tggacgtata cggtgtgacg   1620
cctgcccggt gccggaaggt taattgatgg ggttagcggy aacgcgaagc tcttgatcga   1680
agccccggta aacggcggcc gtaactataa cggtcctaag gtagcgaaat tccttgtcgg   1740
gtaagttccg acctgcacga atggcgtaat gatggccagg ctgtctccac ccgagactca   1800
agaccccgtg aacctttact atagcttgac actgaacact ggtccttgat gtgtaggata   1860
ggtgggaggc tttgaagcgt ggacgccagt ctgcgtggag ccgtccttga aataccaccc   1920
tttaatggct ggtgttctaa cgtagacccg twayccgggt tgcggacagt gtctggtggg   1980
tagtttgact ggggcggtct cctcccaaag agtaacggag gagcacgaag gttagctaat   2040
cctggtcgga catcaggagg ttagtgcaat ggcataagct agcttgactg cgagagtgac   2100
ggctcgagca ggtgcgaaag caggtcatag tgatccggtg gttctgaatg gaagggccat   2160
cgctcaacgg ataaaaggta ctccggggat aacaggctga taccgcccaa gagttcatat    2220
cgacggcggt gtttggcacc tcgatgtcgg ctcatcacat cctggggctg aagtaggtcc    2280
caagggtatg gctgttcgcc atttaaagtg gtacgcgagc tgggtttaga acgtcgtgag    2340
acagttcggt ccctatctgc cgtgggcgct ggagaattga ggggggctgc tcctagtacg    2400
agaggaccgg agtggacgca tcactggtgt tcgggttgtc atgccaatgg cactgcccgg    2460
tagctaaatg c                                                         2471
<210>128
<211>831
<212>DNA
<213>Enterobacter cloacae
<400>128
catttaaaga aagcgtaata gctcactggt cgagtcggcc tgcgcggaag atgtaacggg     60
gctaaaccat gcaccgaagc tgcggcagcg acgcttatgc gttgttgggt aggggagcgt    120
tctgtaagcc gttgaaggtg gcctgtgagg gttgctggag gtatcagaag tgcgaatgct    180
gacataagta acgataaagc gggtgaaarg cccgctcgcc ggaagaccaa gggttcctgt    240
ccaacgttaa tcggggcagg gtgagtcgac ccctaaggcg aggccgaaag gcgtagtcga    300
tgggaaacag gttaatattc ctgtacttgg tgttactgcg aaggggggac ggagaaggct    360
atgttagccg ggcgacggtt gtcccggttt aagcatgtag gcggaggttc caggtaaatc    420
cggtaccttt taacgctgag gtgtgatgac gaggcactac ggtgctgaag taacaaatgc    480
cctgcttcca ggaaaagcct ctaagcatca ggtaacaysa aatcgtaccc caaaccgaca    540
caggtggtca ggtagagaat accaaggcgc ttgagagaac tcgggtgaag gaactaggca    600
aaatggtgcc gtaacttcgg gagaaggcac gctgacatgt aggtgaagcc cctgcgggtg    660
gagctgaaat cagtcgaaga taccagctgg ctgcaactgt ttattaaaaa cacagcactg    720
tgcaaacacg aaagtggacg tatacggtgt gacgcctgcc cggtgccgga aggttaattg    780
atggggttag cggyaacgcg aagctcttga tcgaagcccc ggtaaacggc g             831
<210>129
<211>2509
<212>DNA
<213>Enterococcus faecalis
<400>129
attcgattcc ctgagtagcg gcgagcgaaa cgggaagagc ccaaaccaac aagcttgctt     60
gttggggttg taggactcca atatggtagt ctgttagtat agttgaagga tttggaaaat    120
tccgctaaag agggtgaaag ccccgtagac gaaatgctga caacacctag gaggatcctg    180
agtacggcgg aacacgagaa attccgtcgg aatccgcggg gaccatcccg caaggctaaa    240
tactccctag tgaccgatag tgaaccagta ccgtgaggga aaggtgaaaa gcaccccgga    300
aggggagtga aatagatcct gaaaccgtgt gcctacaaca agtcaaagct cgttaatgag    360
tgatggcgtg ccttttgtag aatgaaccgg cgagttacga ttgcatgcga ggttaagtcg    420
aagagacgga gccgcagcga aagcgagtct gaatagggcg aatgagtatg tagtcgtaga    480
cccgaaacca tgtgatctac ccatgtccag gttgaaggtg cggtaaaacg cactggagga    540
ccgaacccac gtacgttgaa aagtgcgggg atgaggtgtg ggtagcggag aaattccaaa    600
cgaacttgga gatagctggt tctctccgaa atagctttag ggctagcctc ggaattgaga    660
atgatggagg tagagcactg tttggactag gggcccatct cgggttaccg aattcagata    720
aactccgaat gccattcatt tatatccggg agtcagactg cgagtgataa gatccgtagt    780
cgaaagggaa acagcccaga ccaccagcta aggtcccaaa atatatgtta agtggaaaag    840
gatgtggggt tgcacagaca actaggatgt tggcttagaa gcagccacca tttaaagagt    900
gcgtaatagc tcactagtcg agtgaccctg cgccgaaaat gtaccggggc taaacatatt    960
accgaagctg tggactacac cattaggtgt agtggtagga gagcgttcta agggcgttga   1020
aggtcgatcg tgaggacggc tggagcgctt agaagtgaga atgccggtat gagtagcgaa   1080
agacaggtga gaatcctgtc caccgtatga ctaaggtttc ctggggaagg ctcgtccgcc   1140
cagggttagt cgggacctaa gccgaggccg ataggcgtag gcgatggaca acaggttgat   1200
attcctgtac cagttgtttt tgtttgagca atggagggac gcagtaggct aaggaatgca   1260
tgcgattgga agtgcatgtc caagcaatga gtcttgagta gagttaaatg ctttactctt   1320
taaggacaag ttgtgayggg gagcgaaata atagtagcga agttcctgat gtcacactgc   1380
caagaaaagc ttctagtgag aaaacaactg cccgtaccgt aaaccgacac aggtagtcga   1440
ggagagtatc ctaaggtgag cgagcgaact ctcgttaagg aactcggcaa aatgaccccg   1500
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tttatcaaaa acacaggtct ctgcaaaatc gtaagatgaa gtataggggc tgacgcctgc   1620
ccggtgctgg aaggttaaga ggatgggtta gcttcggcga agctcagaat tgaagcccca   1680
gtaaacggcg gccgtaacta taacggtcct aaggtagcga aattccttgt cgggtaagtt   1740
ccgacccgca cgaaaggcgt aacgatttgg gcactgtctc aacgagagac tcggtgaaat   1800
tttagtacct gtgaagatgc aggttacccg cgacaggacg gaaagacccc atggagcttt   1860
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<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
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<210>139
<211>2503
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<213>Klebsiella pneumoniae
<400>139
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tatttaggta gcgcctcgtg aaytcatctt cgggggtaga gcactgtttc ggctaggggg     660
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<213>Staphylococcus aureus
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attgcttgcg gcggtaacgt ccaccacgta tatcttcaaa ctttgacctc aaatcaggta    600
ggactacccg ctgaacttaa gcatatcaat aagcggagga aaagaaacca acagggattg    660
cctcagtagc ggcgagtgaa gcggcaaaag ctcaaatttg aaatctggcg tctttggcgt    720
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aggacgtcac agagggtgag aatcccgtgc gatgagatga cccgggtctg tgtaaagttc    840
cttcgacgag tcgagttgtt tgggaatgca gctctaagtg ggtggtaaat tccatctaaa    900
gctaaatatt ggcgagagac cgatagcgaa caagtacagt gatggaaaga tgaaaagaac    960
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aatgatctta agtcgcccgt cttgaaacac ggaccaagga gtctaacgtc tatgcgagtg   1260
tttgggtgta aaacccgtac gcgtaatgaa agtgaacgaa ggtgggggcc cattagggtg   1320
caccatcgac cgatcctgat gtgttcggat ggatttgagt aagagcatag ctgttgggac   1380
ccgaaagatg gtgaactatg cctgaatagg gtgaagccag aggaaactct ggtggaggct   1440
cgtagcggtt ctgacgtgca aatcgatcgt cgaatttggg tataggggcg aaagactaat   1500
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agttttatga ggtaaagcga atgattagaa gtcttggggt tgaaatgacc ttaacttatt   1620
ctcaaacttt aaatatgtaa gaagtccttg ttgcttaatt gaacgtggac aattgaatga   1680
agagctttta gtgggccatt tttggtaagc agaactggcg atgcgggatg aaccgaacgt   1740
gaagttaaag tgccggaatg cacgctcatc agacaccaca aaaggtgtta gttcatctag   1800
acagccggac ggtggccatg gaagtcggaa tccgctaagg agtgtgtaac aactcaccgg   1860
ccgaatgaac tagccctgaa aatggatggc gctcaagcgt gctacttata cttcaccgtg   1920
attgctgttt tgacgctttc acgagtaggc aggcgtggag gtcagtgacg aagcctttgc   1980
tgtaaagctg ggtcgaacgg cctctagtgc agatcttggt ggtagtagca aatattcaaa    2040
tgagaacttt gaagactgaa gtggggaaag gttccatgtc aacagcagtt ggacatgggt    2100
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tatcaccctg gaattggttt atccggagat ggggtcttat ggctggaaga gcgcggtaat    2340
tttgccgcgt ccggtgcgct tacgacggtc cttgaaaatc cacaggaagg aatagttttc    2400
atgccaagtc gtactcataa ccgcagcagg tctccaaggt taacagcctc tagttgatag    2460
aataatgtag ataagggaag tcggcaaaat agatccgtaa cttcgggata aggattggct    2520
ctaaggatcg ggtgtcttgg gccttgtgta gacgcggcgg tgactgttgg cgggctgttt    2580
cacgacggac tgctggtgga tgctgctgta gacacgcttg gtaggtcttt atggccgtcc    2640
ggggcacgtt taacgatcaa cttagaactg gtacggacaa ggggaatctg actgtctaat    2700
taaaacatag cattgtgatg gtcagaaagt gatgttgaca caatgtgatt tctgcccagt    2760
gctctgaatg tcaaagtgaa gaaattcaac caagcgcggg taaacggcgg gagtaactat    2820
gactctctta aggtagccaa atgcctcgtc atctaattag tgacgcgcat gaatggatta    2880
acgagattcc cactgtccct atctactatc tagcgaaacc acagccaagg gaacgggctt    2940
ggcagaatca gcggggaaag aagaccctgt tgagcttgac tctagtttga cattgtgaaa    3000
agacatggag ggtgtagaat aagtgggagc ttcggcgccg gtgaaatacc actacctcta    3060
tagttttttt acttattcaa tgaagcggag ctggaggtca aactccacgt tctagcatta    3120
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catctgttaa acgataacgc aggtgtccta agggggactc atggagaaca gaaatctcca    3240
gtagaacaaa agggtaaaag tccccttgat tttgattttc agtgtgaata caaaccatga    3300
aagtgtggcc tatcgatcct ttagtccctc ggaatttgag gctagaggtg ccagaaaagt    3360
taccacaggg ataactggct tgtggcagtc aagcgttcat agcgacattg ctttttgatt    3420
cttcgatgtc ggctcttcct atcataccga agcagaattc ggtaagcg                 3468
<210>154
<211>653
<212>DNA
<213>Pseudomonas earuginosa
<400>154
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt cgaatggtct    120
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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accattgaga ggtggctgat cggaaaccaa acgggagacg cgacactacg agcgggtttt    480
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attggttttt ttaaagccca ggagagagat tacgctgtag cggtgtatac aacggccccg    600
aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt tat           653
<210>155
<211>653
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>155
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt cgaatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
gcggtgcagc ttagcgacaa tggggctact aacctcttac tgagagaaat tggcggacct    240
gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt tat           653
<210>156
<211>653
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>156
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt cgaatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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<210>157
<211>653
<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosae
<400>157
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt cgaatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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<210>158
<211>653
<212>DNA
<213>Escherichia coli
<400>158
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cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt tat           653
<210>159
<211>653
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>159
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt caaatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt tat           653
<210>160
<211>653
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>160
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt caaatggtct    120
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gcggtgcagc ttagcgacaa tggggctact aacctcttac tgagagaaat tggcggacct    240
gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
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<210>161
<211>653
<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosa
<400>161
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt cgaatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaactg    180
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
gagccggaga tgggcgacaa cacacctggc gacctcagag atacaactac gcctattgct    360
atggcacgta ctgtggctaa agtcctctat ggcggcgcac tgacgtccac ctcgacccac    420
accattgaga ggtggctgat cggaaaccaa acgggagacg cgacactacg agcgggtttt    480
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<210>162
<211>653
<212>DNA
<213>Enterobacter cloacae
<400>162
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aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt tat           653
<210>163
<211>653
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumonia
<400>163
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt caaatggtct    120
cctgccacgg agcggtttct agcatcggga cacatgacgg ttctcgaggc agcgcaagct    180
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<210>164
<211>653
<212>DNA
<213>Escherichia coli
<400>164
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attggttttt ttaaagccca ggagagagat tacgctgtag cggtgtatac aacggccccg    600
aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt tat           653
<210>165
<211>653
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>165
gcaatgtgct caacgttcaa gtttccgcta gccgcgctgg tctttgaaag aattgactca     60
ggcaccgagc ggggggatcg aaaactttca tatgggccgg acatgatcgt caaatggtct    120
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gctgcaatga cgcagtattt tcgtaaaatt ggcgactctg tgagtcggct agaccggaaa    300
gagccggaga tgagcgacaa cacacctggc gacctcagag atacaactac gcctattgct    360
atggcacgta ctgtggctaa agtcctctat ggcggcgcac tgacgtccac ctcgacccac    420
accattgaga ggtggctgat cggaaaccaa acgggagacg cgacactacg agcgggtttt    480
cctaaagatt gggttgttgg agagaaaact ggtacctgcg ccaacggggg ccggaacgac    540
attggttttt ttaaagccca ggagagagat tacgctgtag cggtgtatac aacggccccg    600
aaactatcgg ccgtagaacg tgacgaatta gttgcctctg tcggtcaagt  tat          653
<210>166
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>166
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
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cgctgggaaa cggaactgaa tgaggcgctt cccggcgacg cccgcgccac cactaccccg    420
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<210>167
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>167
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<213>Klebsiella pneumoniae
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<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>169
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<210>171
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>171
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
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<210>172
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>172
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
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<210>173
<211>693
<212>DNA
<213>Escherichia coli
<400>173
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<210>174
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>174
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
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<210>175
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<213>Klebsiella pneumoniae
<400>175
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cgctgggaaa cggaactgaa tgaggcgctt cccggcgacg cccgcgacac cactaccccg    420
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gggattgtcg ccctgcttgg cccgaataac aaagcagagc ggattgtggt gatttatctg    660
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<210>176
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>176
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gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
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<210>177
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>177
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
gtggatgccg gtgacgaaca gctggagcga aagatccact atcgccagca ggatctggtg    180
gactactcgc cggtcagcga aaaacatctt gccgacggca tgacggtcgg cgaactctgt    240
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<210>178
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>178
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<210>179
<211>693
<212>DNA
<213>Salmonella typhimurium
<400>179
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccggacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
gtggatgccg gtgacgaaca gctggagcga aagatccact atcgccagca ggatctggtg    180
gactactcgc cggtcagcga aaaacacctt gccgacggca tgacggtcgg cgaactctgc    240
gccgccgcca ttaccatgag cgataacagc gccgccaatc tgctgctggc caccgtcggc    300
ggccccgcag gattgactgc ctttttgcgc cagatcggcg acaacgtcac ccgccttgac    360
cgctgggaaa cggaactgaa tgaggcgctt cccggcgacg cccgcgacac cactaccccg    420
gccagcatgg ccgcgaccct gcgcaagctg ctgaccagcc agcgtctgag cgcccgttcg    480
caacggcagc tgctgcagtg gatggtggac gatcgggtcg ccggaccgtt gatccgctcc    540
gtgctgccgg cgggttggtt tatcgccgat aagaccggag ctagcgagcg gggtgcgcgc    600
gggattgtcg ccctgcttgg cccgaataac aaagcagagc gcattgtggt gatttatctg    660
cgggatacgc cggcgagcat ggccgagcga aat                                 693
<210>180
<211>693
<212>DNA
<213>Klebsiella pneumoniae
<400>180
gtaggcatga tagaaatgga tctggccagc ggccgcacgc tgaccgcctg gcgcgccgat     60
gaacgctttc ccatgatgag cacctttaaa gtagtgctct gcggcgcagt gctggcgcgg    120
gtggatgccg gtgacgaaca gctggagcga aagatccact atcgccagca ggatctggtg    180
gactactcgc cggtcagcga aaaacacctt gccgacggca tgacggtcgg cgaactctgc    240
gccgccgcca ttaccatgag cgataacagc gccgccaatc tgctgctggc caccgtcggc    300
ggccccgcag gattgactgc ctttttgcgc cagatcggcg acaacgtcac ccgccttgac    360
cgctgggaaa cggaactgaa tgaggcgctt cccggcgacg cccgcgacac cactaccccg    420
gccagcatgg ccgcgaccct gcgcaagctg ctgaccagcc agcgtctgag cgcccgttcg    480
caacggcagc tgctgcagtg gatggtggac gatcgggtcg ccggaccgtt gatccgctcc    540
gtgctgccgg cgggctggtt tatcgccgat aagaccggag ctagcgagcg gggtgcgcgc    600
gggattgtcg ccctgcttgg cccgaataac aaagcagagc gcattgtggt gatttatctg    660
cgggatacgc cggcgagcat ggccgagcga aat                                 693
<210>181
<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>181
aagagtattt ataacaacat gaaaaatgat tatggctcag gtactgctat ccaccctcaa     60
acaggtgaat tattagcact tgtaagcaca ccttcatatg acgtctatcc atttatgtat    120
ggcatgagta acgaagaata taataaatta accgaagata aaaaagaacc tctgctcaac    180
aagttccaga ttacaacttc accaggttca actcaaaaaa tattaacagc aatgattggg    240
ttaaataaca aaacattaga cgataaaaca agttataaaa tcgatggtaa aggttggcaa    300
aaagataaat cttggggtgg ttacaacgtt acaagatatg aagtggtaaa tggtaatatc    360
gacttaaaac aagcaataga atcatcagat aacattttct ttgctagagt agcactcgaa    420
ttaggcagta agaaatttga aaaaggcatg aaaaaactag gtgttggtga agatatacca    480
agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
ttagctgatt caggttacgg acaaggtgaa atactgatta acccagtaca gatcctttca    600
atctatagcg c                                                         611
<210>182
<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>182
aagagtattt ataacaacat gaaaaatgat tatggctcag gtactgctat ccaccctcaa     60
acaggtgaat tattagcact tgtaagcaca ccttcatatg acgtctatcc atttatgtat    120
ggcatgagta acgaagaata taataaatta accgaagata aaaaagaacc tctgctcaac    180
aagttccaga ttacaacttc accaggttca actcaaaaaa tattaacagc aatgattggg    240
ttaaataaca aaacattaga cgataaaaca agttataaaa tcgatggtaa aggttggcaa    300
aaagataaat cttggggtgg ttacaacgtt acaagatatg aagtggtaaa tggtaatatc    360
gacttaaaac aagcaataga atcatcagat aacattttct ttgctagagt agcactcgaa    420
ttaggcagta agaaatttga aaaaggcatg aaaaaactag gtgttggtga agatatacca    480
agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
ttagctgatt caggttacgg acaaggtgaa atactgatta acccagtaca gatcctttca    600
atctatagcg c                                                         611
<210>183
<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus sciuri
<400>183
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aagttccaga ttacaacttc accaggttca actcaaaaaa tattaacagc aatgattggg    240
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aaagataaat cttggggtgg ttacaacgtt acaagatatg aagtggtaaa tggtaatatc    360
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agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
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<210>184
<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>184
aagagtattt ataacaacat gaaaaatgat tatggctcag gtactgctat ccaccctcaa     60
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ggcatgagta acgaagaata taataaatta accgaagata aaaaagaacc tctgctcaac    180
aagttccaga ttacaacttc accaggttca actcaaaaaa tattaacagc aatgattggg    240
ttaaataaca aaacattaga cgataaaaca agttataaaa tcgatggtaa aggttggcaa    300
aaagataaat cttggggtgg ttacaacgtt acaagatatg aagtggtaaa tggtaatatc    360
gacttaaaac aagcaataga atcatcagat aacattttct ttgctagagt agcactcgaa    420
ttaggcagta agaaatttga aaaaggcatg aaaaaactag gtgttggtga agatatacca    480
agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
ttagctgatt caggttacgg acaaggtgaa atactgatta acccagtaca gatcctttca    600
atctatagcg c                                                         611
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<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus epidermidis
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ttagctgatt caggttacgg acaaggtgaa atactgatta acccagtaca gatcctttca    600
atctatagcg c                                                         611
<210>186
<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>186
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atctatagcg c                                                         611
<210>190
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<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>190
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<213>Staphylococcus aureus
<400>191
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<212>DNA
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ggagcctact tgttaggtga ctgcgtacct tttgtataat gggtcagcga cttatattca    360
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caacgttaat cgacgcaggg ttagtcggtt cctaaggcga ggctgaaaag cgtagtcgat    1140
gggaaacagg ttaatattcc tgtacttctg gttactgcga tggagggacg gagaaggcta    1200
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ccatccttga aataccaccc tggcatgctt gaggttctaa ctctggtccg tgatccggat    1980
cgaggacagt gtatggtggg cagtttgact ggggcggtct cctcctaaag agtaacggag    2040
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cgcttgactg cgagacagac acgtcgagca ggtacgaaag taggtcttag tgatccggtg    2160
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tgggtttaga acgtcgtgag acagttcggt ccctatctgc cgtggacgtt tgagatttga    2400
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<213>not found
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<211>611
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>194
aagagtattt ataacaacat gaaaaatgat tatggctcag gtactgctat ccaccctcaa     60
acaggtgaat tattagcact tgtaagcaca ccttcatatg acgtctatcc atttatgtat    120
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gacttaaaac aagcaataga atcatcagat aacattttct ttgctagagt agcactcgaa    420
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agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
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atctatagcg c                                                         611
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<213>Staphylococcus aureus
<400>195
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<400>196
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<211>611
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<400>197
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ggcatgagta acgaagaata taataaatta accgaagata aaaaagaacc tctgctcaac    180
aagttccaga ttacaacttc accaggttca actcaaaaaa tattaacagc aatgattggg    240
ttaaataaca aaacattaga cgataaaaca agttataaaa tcgatggtaa aggttggcaa    300
aaagataaat cttggggtgg ttacaacgtt acaagatatg aagtggtaaa tggtaatatc    360
gacttaaaac aagcaataga atcatcagat aacattttct ttgctagagt agcactcgaa    420
ttaggcagta agaaatttga aaaaggcatg aaaaaactag gtgttggtga agatatacca    480
agtgattatc cattttataa tgctcaaatt tcaaacaaaa atttagataa tgaaatatta    540
ttagctgatt caggttacgg acaaggtgaa atactgatta acccagtaca gatcctttca    600
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ttatccaaag ccttaaagat gatccaagcc aaagtgctaa cgttttaggt gaagctcaaa    240
aacttaatga ctctcaagct ccaaaagctg atgcgcaaca aaataagttc aacaaagatc    300
aacaaagcgc cttctatgaa atcttgaaca tgcctaactt aaacgaagag caacgcaatg    360
gtttcattca aagtcttaaa gacgatccaa gccaaagcac taacgtttta ggtgaagcta    420
aaaaattaaa cgaatctcaa gcaccgaaag ctgacaacaa tttcaacaaa gaacaacaaa    480
atgctttcta tgaaatcttg a                                              501
<210>199
<211>501
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<213>Staphylococcus aureus
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<211>501
<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
<400>201
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<212>DNA
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<213>Staphylocuccus aureus
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<213>not found
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<220>
<221>misc_feature
<222>(20)..(26)
<223>n is a，c，g，or t
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<212>DNA
<213>Staphylococcus aureus
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<213>Enterococcus faecium
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<400>215
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acgaag                                                               786
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<213>Enterococcus faecium
<400>216
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<212>DNA
<213>Enterococcus faecium
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<213>Enterococcus faecium
<400>233
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<212>DNA
<213>Enterococcus faecium
<400>234
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<212>DNA
<213>Enterococcus faecalis
<400>235
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<212>DNA
<213>Enterococcus faecalis
<400>236
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aaacgctgcg atagaagcag caggacaata tgatggaaaa atcttaattg agcaagcgat    300
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<210>237
<211>438
<212>DNA
<213>Enterococcus gallinarum
<400>237
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<212>DNA
<213>Aspergillus
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<213>Candida dubliniensis
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<213>Candida dubliniensis
<400>240
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<211>1550
<212>DNA
<213>Gentiana ligustica
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<211>1550
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<213>Gentiana ligustica
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<213>Gentiana ligustica
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<210>246
<211>1550
<212>DNA
<213>Gentiana ligustica
<400>246
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<210>247
<211>1550
<212>DNA
<213>Gentiana ligustica
<220>
<221>misc_feature
<222>(130)..(132)
<223>n is a，c，g，or t
<400>247
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<212>DNA
<213>Pseudomonas aeruginosa
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Claims (83)

1. 检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的方法，包括鉴定是否存在特征性核酸区域。
2. 权利要求1的方法，其中所述微生物的特征性核酸区域是23SRNA基因。
3. 权利要求1或2的方法，其中采用核酸扩增来鉴定所述特征性核酸区域。
4. 权利要求2或3的方法，其中采用多重PCR来检测两种或多种特征性核酸区域。
5. 权利要求1或2的方法，其中采用杂交来鉴定所述特征性核酸区域。
6. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：3和4或SEQ ID NO：5和6所表示的序列的扩增引物对。
7. 权利要求5的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：3至6中任一所表示的序列的杂交探针。
8. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：1或2，而微生物是阴沟肠杆菌。
9. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是粪肠球菌(Enterococcus faecalis)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12、或SEQ ID NO：15和11所表示的序列的扩增引物对。
10. 权利要求5的方法，其中所述微生物是粪肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：9至15中任一所表示的序列的探针。
11. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：7或8，而微生物是粪肠球菌。
12. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是屎肠球菌(Enterococcus faecium)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：19和20、或SEQ ID NO：20和21所表示的序列的扩增引物对。
13. 权利要求5的方法，其中所述微生物是屎肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：19至21中任一所表示的序列的探针。
14. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：16或17，而微生物是屎肠球菌。
15. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是大肠杆菌(Escherichia coli)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：24和25、SEQID NO：24和26、SEQ ID NO：27和29、或SEQ ID NO：28和29所表示的序列的扩增引物对。
16. 权利要求5的方法，其中所述微生物是大肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：24至29中任一所表示的序列的探针。
17. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：22或23，而微生物是大肠杆菌。
18. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、或SEQ ID NO：37和33所表示的序列的扩增引物对。
19. 权利要求5的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：32至37中任一所表示的序列的探针。
20. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：30或31，而微生物是肺炎克雷伯菌。
21. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：40和41或SEQ ID NO：40和42所表示的序列的扩增引物对。
22. 权利要求5的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：40至42中任一所表示的序列的探针。
23. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：38或39所表示的序列，而微生物是铜绿假单胞菌。
24. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、或SEQ ID NO：50和51所表示的序列的扩增引物对。
25. 权利要求5的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：45至51中任一所表示的序列的探针。
26. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：43或44所表示的序列，而微生物是金黄色葡萄球菌。
27. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、或SEQ ID NO：63和61所表示的序列的扩增引物对。
28. 权利要求5的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：54至63中任一所表示的序列的探针。
29. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：52或53，而微生物是表皮葡萄球菌。
30. 权利要求3或4的方法，其中所述微生物是白色念珠菌(Candida albicans)，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、或SEQ ID NO：70和71所表示的序列的扩增引物对。
31. 权利要求5的方法，其中所述微生物是白色念珠菌，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：66至71中任一所表示的序列的探针。
32. 权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：64或65所表示的序列，而微生物是白色念珠菌。
33. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blages-2，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：74和75或SEQ ID NO：76和77所表示的序列的扩增引物对。
34. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blages-2，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：74至77中任一所表示的序列的探针。
35. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：72或73所表示的序列，而抗生素抗性标记物是blages-2。
36. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blashv，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：80和81或SEQ ID NO：82和83所表示的序列的扩增引物对。
37. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blashv，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：80至83中任一所表示的序列的探针。
38. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：78或79所表示的序列，而抗生素抗性标记物是blashv。
39. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是mecA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：86和87或SEQ ID NO：88和89所表示的序列的扩增引物对。
40. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是mecA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：86或89所表示的序列的探针。
41. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：84或85所表示的序列，而抗生素抗性标记物是mecA。
42. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是spA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：92和93或SEQ ID NO：94和95所表示的序列的扩增引物对。
43. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是spA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：92至95中任一所表示的序列的探针。
44. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：90或91所表示的序列，而抗生素抗性标记物是Spa。
45. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：98和99或SEQ ID NO：100和101所表示的序列的扩增引物对。
46. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanA，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：98至101中任一所表示的序列的探针。
47. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：96或97所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanA。
48. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanB，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：104和105或SEQ ID NO：106和107所表示的序列的扩增引物对。
49. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanB，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：104至107中任一所表示的序列的探针。
50. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：102或103所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanB。
51. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanC，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：110和111或SEQ ID NO：112和113所表示的序列的扩增引物对。
52. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanC，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：110至113中任一所表示的序列的探针。
53. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：108或109所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanC。
54. 权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDR-l，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：116和117或SEQ ID NO：118和119所表示的序列的扩增引物对。
55. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDR-l，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：116至119中任一所表示的序列的探针。
56. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：114或115，而抗生素抗性标记物是MDR-l。
57.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDR-l，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：122和123或SEQ ID NO：124和125所表示的序列的扩增引物对。
58. 权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDR-l，所述方法包括使用相应于SEQ ID NO：122至125中任一所表示的序列的探针。
59. 权利要求1、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQ ID NO：120或121所表示的序列，而抗生素抗性标记物是CDR-l。
60. 一种容器，其预先装载有一或多对扩增引物，所述一或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：5和6、SEQ ID NO：9和1O、SEQ ID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12、SEQ ID NO：15和11、SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、SEQ ID NO：20和21、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、SEQ ID NO：28和29、SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：37和33、SEQ ID NO：40和41、SEQ ID NO：40和42、SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51、SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、SEQ ID NO：63和61、SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、SEQ ID NO：70和71、SEQ ID NO：74和75、SEQ ID NO：76和77、SEQ ID NO：80和81、SEQ ID NO：82和83、SEQ ID NO：86和87、SEQ ID NO：88和89、SEQ ID NO：92和93、SEQ ID NO：94和95、SEQ ID NO：98和99、SEQ ID NO：100和101、SEQ ID NO：104和105、SEQ ID NO：106和107、SEQ ID NO：110和111、SEQ ID NO：112和113、SEQ ID NO：116和117、SEQ ID NO：118和119、SEQ ID NO：122和123、和SEQ ID NO：124和125所表示的序列。
61. 一种容器，其预先装载有一或多种探针，所述一或多种探针选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ IDNO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
62. 一试剂盒，其包括一或多对扩增引物，所述一或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：5和6、SEQ ID NO：9和10、SEQID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12、SEQ ID NO：15和11、SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、SEQ ID NO：20和21、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、SEQ ID NO：28和29、SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：37和33、SEQ ID NO：40和41、SEQ ID NO：40和42、SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51、SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、SEQ ID NO：63和61、SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、SEQ ID NO：70和71、SEQ ID NO：74和75、SEQ ID NO：76和77、SEQ ID NO：80和81、SEQ ID NO：82和83、SEQ ID NO：86和87、SEQ ID NO：88和89、SEQ ID NO：92和93、SEQ ID NO：94和95、SEQ ID NO：98和99、SEQ ID NO：100和101、SEQ ID NO：104和105、SEQ ID NO：106和107、SEQ ID NO：110和111、SEQ ID NO：112和113、SEQ ID NO：116和117、SEQ ID NO：118和119、SEQ ID NO：122和123、和SEQID NO：124和125所表示的序列。
63. 一试剂盒，其包括一或多种探针，所述一或多种探针选自SEQID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
64. 一试剂盒，其包括一或多种权利要求60或61的容器。
65. 一种装置，其包括一或多对扩增引物，所述一或多对扩增引物选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：5和6、SEQ ID NO：9和10、SEQID NO：9和11、SEQ ID NO：9和12、SEQ ID NO：13和14、SEQ ID NO：15和12、SEQ ID NO：15和11、SEQ ID NO：18和19、SEQ ID NO：20和19、SEQ ID NO：20和21、SEQ ID NO：24和26、SEQ ID NO：24和25、SEQ ID NO：27和29、SEQ ID NO：28和29、SEQ ID NO：32和34、SEQ ID NO：32和33、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：37和33、SEQ ID NO：40和41、SEQ ID NO：40和42、SEQ ID NO：45和46、SEQ ID NO：48和47、SEQ ID NO：48和49、SEQ ID NO：48和51、SEQ ID NO：50和51、SEQ ID NO：54和55、SEQ ID NO：54和56、SEQ ID NO：54和57、SEQ ID NO：58和57、SEQ ID NO：58和59、SEQ ID NO：58和60、SEQ ID NO：58和61、SEQ ID NO：58和62、SEQ ID NO：63和59、SEQ ID NO：63和60、SEQ ID NO：63和61、SEQ ID NO：66和67、SEQ ID NO：68和69、SEQ ID NO：70和71、SEQ ID NO：74和75、SEQ ID NO：76和77、SEQ ID NO：80和81、SEQ ID NO：82和83、SEQ ID NO：86和87、SEQ ID NO：88和89、SEQ ID NO：92和93、SEQ ID NO：94和95、SEQ ID NO：98和99、SEQ ID NO：100和101、SEQ ID NO：104和105、SEQ ID NO：106和107、SEQ ID NO：110和111、SEQ ID NO：112和113、SEQ ID NO：116和117、SEQ ID NO：118和119、SEQ ID NO：122和123、SEQ IDNO：124和125所表示的序列。
66. 一种装置，其包括一或多种探针，所述一或多种探针选自SEQID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列。
67. 权利要求60至66中任一项的容器、试剂盒、或装置用于检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的用途。
68. 组合物，其包括选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列的探针。
69. 组合物，其包括选自SEQ ID NO：3至6、SEQ ID NO：9至15、SEQ ID NO：18至21、SEQ ID NO：24至29、SEQ ID NO：32至37、SEQ ID NO：40至42、SEQ ID NO：45至51、SEQ ID NO：54至63、SEQ ID NO：66至71、SEQ ID NO：74至77、SEQ ID NO：80至83、SEQ ID NO：86至89、SEQ ID NO：92至95、SEQ ID NO：98至101、SEQ ID NO：104至107、SEQ ID NO：110至113、SEQ ID NO：116至119、和SEQ ID NO：122至125所表示的序列的两种或多种探针。
70. 组合物，其包括选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：7和8、SEQ ID NO：11和12、SEQ ID NO：15和16、SEQ ID NO：19和20、SEQ ID NO：23和24、SEQ ID NO：27和28、SEQ ID NO：31和32、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：39和40、SEQ ID NO：43和44、SEQ ID NO：47和48、SEQ ID NO：51和52、SEQ ID NO：55和56、和SEQ ID NO：59和60所表示的序列的扩增引物对。
71. 组合物，其包括选自SEQ ID NO：3和4、SEQ ID NO：7和8、SEQ ID NO：11和12、SEQ ID NO：15和16、SEQ ID NO：19和20、SEQ ID NO：23和24、SEQ ID NO：27和28、SEQ ID NO：31和32、SEQ ID NO：35和36、SEQ ID NO：39和40、SEQ ID NO：43和44、SEQ ID NO：47和48、SEQ ID NO：51和52、SEQ ID NO：55和56、和SEQ ID NO：59和60所表示的序列的两对或多对扩增引物。
72. 23S RNA基因的序列，其选自SEQ ID NO：131至157所表示的序列。
73. 抗生素抗性标记物的序列，其选自SEQ ID NO：158至261所表示的序列。
74. 权利要求6至59中任一项的方法，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
75. 权利要求6至59、和74中任一项的方法，其中由所述SEQ IDNO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
76. 权利要求60至67中任一项的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
77. 权利要求60至67、和76中任一项的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
78. 权利要求68至71中任一项的组合物，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
79. 权利要求68至71、和78中任一项的组合物，其中由SEQ IDNO所表示的序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
80. 权利要求72的23S RNA基因的序列，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
81. 权利要求72或80的23S RNA基因的序列，其中由所述SEQID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
82. 权利要求73的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQ IDNO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的互补序列。
83. 权利要求73或82的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQ ID NO所表示的所述序列是所述SEQ ID NO的同源序列。
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