CN110799203A - 用于治疗痤疮的包含痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合物 - Google Patents

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Abstract

本文尤其提供了预防或治疗痤疮的组合物、系统和方法。包括包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体的组合物、组合、系统和方法。还包括包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶的组合物、组合和系统。还提供了预防或治疗痤疮的方法。

Description

用于治疗痤疮的包含痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合物
相关申请的交叉引用
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政府支持
本发明是在美国国立卫生研究院资助的基金编号1R43AR068172–01的政府支持下完成的。政府拥有本发明的某些权利。
序列表的援引加入
于2018年4月20日创建、大小为101,782字节、名为“052004-503001WO_SequenceListing.TXT”的文本文件的全部内容，在此通过援引加入。
背景技术
痤疮是一种几乎全世界的病况，其影响全世界超过80％的人。这种慢性皮肤病况是复杂的，但主要病原体是痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)，其过度生长导致引起丘疹的炎症。尽管明确需要创新，但30多年来一直没有新型痤疮药物。目前的治疗(包括过氧化苯甲酰和抗生素)效果非常差，并且最有效的治疗——异维甲酸——由于危险的副作用(包括先天缺陷、肝损伤和自杀)仅限于少数患者。
需要治疗痤疮的新方法和组合物。
发明内容
本文尤其提供了预防或治疗痤疮的组合物、组合、系统和方法。
在一方面，本文提供了一种组合物，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体，基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成，或由至少一种痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成。
在一方面，本文提供了一种组合物，其包括至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、不超过一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体。
在一方面，本文提供了一种组合物，其包括由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和不超过一种抗痤疮化合物组成的活性成分，以及药学上可接受的载体。
在一方面，本文提供了一种组合物，其包括至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体，其中所述组合物不包含益生细菌。
在一方面，本文提供了一种组合物，其包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
在一方面，本文提供了一种组合，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物，基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物组成，或由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物组成，其中至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物的每个在于还包括药学上可接受的载体的组合物中。
在一方面，本文提供了一种组合，其包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
在一方面，本文提供了一种预防或治疗有需要的对象中的痤疮的方法，该方法包括施用有效量的本文提供的组合物或组合。
附图说明
图1.将痤疮丙酸杆菌(P.acnes)(引起痤疮，左半平板)或颗粒丙酸杆菌(P.granulosum)(共生的，右半平板)细菌铺板在RCM-琼脂培养皿上。将浸泡在米诺环素或PHIT-101(107pfu/mL)中的无菌半垫(half-pad)放在每块平板上。在37℃厌氧温育3天后，出现杀灭区(箭头)，这表明米诺环素杀死病原性和共生细菌，而PHIT-101杀死引起痤疮的细菌，而不会干扰共生的颗粒丙酸杆菌。
图2.将包括痤疮丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌(P.granulosum)和贪婪丙酸杆菌(P.avidum)的合成的皮肤微生物组(microbiome)在试管中生长至汇合。然后在存在或不存在PHIT-101的情况下将其温育48小时。通过使用Illumina MiSeq平台对洗涤后的细菌沉淀物的16S扩增子进行NGS测序，对这三种物种的相对比例进行定量。PHIT-101几乎能够完全清除引起痤疮的痤疮丙酸杆菌，而不会影响其他两种共生物种的生长。
图3.痤疮丙酸杆菌菌株之间的生物膜产生是高度可变的。96株痤疮丙酸杆菌在96孔聚苯乙烯微量滴定板中生长以刺激生物膜产生，并定量由各个菌株产生的生物膜。在这组菌株中证明的可变性表明，有必要在与人类毛孔中发现的条件更相似的生长条件下量化生物膜的形成。
图4.选择可以降解痤疮丙酸杆菌生物膜的酶的筛选。痤疮丙酸杆菌在聚苯乙烯微量滴定板中生长以刺激生物膜产生。将酶以0.01mg/mL添加到孔中，并在30℃温育30分钟。用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗去降解的生物膜，并通过用结晶紫染色并记录在590nm处的吸光度来定量每个孔中的残留生物膜。蛋白酶如蛋白酶K和枯草杆菌蛋白酶表现出良好的活性，而dispersin是测试过的最佳糖苷解聚酶。
图5.用生物膜降解酶(BDE)增强噬菌体大大增加细菌杀灭。将固着的痤疮丙酸杆菌细胞与PBS(未处理)、PHIT-101或PHIT-101和Dispersin温育。使用CellTiter-Blue试剂测量细胞存活，并在560Ex/590Em记录荧光。PHIT-101不能像在液体培养物中一样有效地杀死痤疮丙酸杆菌，但是添加生物膜降解酶Dispersin将细菌杀灭大大提高到类似于液体培养物的水平。
图6.益生菌株在附着(adherent)培养中产生低水平的脂肪酶。具有已知基因型的益生菌痤疮丙酸杆菌菌株在生物膜条件下在微量滴定板中生长。生长72小时后，将培养物上清液过滤灭菌，并与4-MU棕榈酸酯在37℃温育4小时，以确定细胞外脂肪酶的产生。与病原体相比，益生菌株(Pr#C)的脂肪酶产生非常低，表明较低的炎症潜力。
图7.益生菌株对上皮细胞的粘附比致病性痤疮丙酸杆菌显著更少。将选定的益生菌株与汇合的A-431上皮细胞温育(MOI 10)。洗涤孔后，使用0.1％Tween 80溶液洗下(lifted)细胞，并铺板在BHI板上。厌氧温育72小时后，对菌落计数。数据显示益生菌株显示出与上皮细胞的结合显著更低(*p<0.05，**p<0.005)。
图8A-8D.益生菌株在小鼠耳部炎症模型中具有较低的炎症潜力。向CBA/J小鼠(每组5只小鼠)注射痤疮丙酸杆菌菌株，并在第5天进行细胞因子分析。益生菌株Pr#C显示出比致病性菌株显著更低水平(*P<0.05，**P<0.01，***P<0.0001)的炎性细胞因子IL-1β(图8A)、IL-6(图8B)、IL-17(图8C)和TNFα(图8D)。Pr-C具有ProII 16S序列。
图9.痤疮丙酸杆菌菌株在浮游和固着培养物中具有不同的脂肪酶谱。评估了一组两种致病性(Path-1、Path-2)和两种益生性(Pr-1至Pr-6)痤疮丙酸杆菌菌株在浮游(灰色柱)和固着(黑色柱)培养物中脂肪酶的产生。虽然益生菌株的脂肪酶产生与液体(浮游)培养物的致病性菌株没有显著差异，但在附着培养物中它们的脂肪酶输出始终低于相应的致病性培养物。有趣的是，在益生菌株之间观察到脂肪酶产生的可变性。选择具有最低脂肪酶活性的菌株。
图10示出示例性噬菌体的生命周期。从左下方逆时针方向：噬菌体颗粒识别并吸附到宿主细菌的表面。将噬菌体基因组注入细菌中。在溶原性生命周期中，该DNA被整合到细菌基因组中，并与其复制数个周期。在裂解生命周期中，基因组不会整合并继续抢占(hijack)宿主机器以复制其基因组和噬菌体结构成分。然后，完全组装的噬菌体通常在感染后期通过产生内溶素和穴蛋白(holin)来裂解细胞。释放的噬菌体现在可以自由寻找并感染新的宿主细菌，从而启动另一个裂解周期。
图11示出示例性细菌生物膜的形成。细菌细胞到达并附着在具有良好生长条件的表面上。它们复制形成菌落，直到细胞密度(数量(quorum))的某个阈值触发生物膜形成。生物膜包括不同比例的多糖、蛋白质、DNA和脂质的混合物。生物膜是一种物理屏障，其保护细菌菌落免受恶劣的外部条件影响，并赋予对抗生素、毒素和免疫细胞的抗性。
图12示出三个组分共同作用的实施方案；对它们的作用进行顺序描述以进行阐述。通常，发炎的粉刺被由过度生长的痤疮丙酸杆菌(A)以及共生的皮肤细菌(B)产生的生物膜堵塞。生物膜降解酶(闪电)破裂痤疮丙酸杆菌生物膜以提供其它组分更好的可及性。然后，噬菌体(六边形)编辑或特异性杀死致病性痤疮丙酸杆菌并清除感染。最后，益生细菌(C)在毛孔中定殖并占据病原体的生态位，从而阻止其重新生长并将微生物组重新校准至健康状态。
图13是非限制性益生细菌筛选过程的图片。
图14是显示致病性菌株比PBS对照产生显著更高的耳部炎症的图，而主要(lead)益生菌株Pr-C诱导与PBS对照没有显著差异的耳部炎症。
图15是显示在低浓度(0.5％w/v)和高浓度(2％w/v)的水杨酸存在下噬菌体保持稳定的图。
图16是显示在过氧化苯甲酰存在下超过60天，噬菌体丧失活力的图。与较低浓度(2.5％w/v)相比，在较高浓度(10％w/v)下噬菌体活力的丧失速率更大。
发明详述
本文尤其提供了用于治疗和预防痤疮的组合物、组合、方法和系统。
水杨酸和过氧化苯甲酰是非处方(OTC)产品中最常用的抗痤疮剂。噬菌体与这些抗痤疮剂联用的稳定性尚不得而知，特别是因为噬菌体的稳定性和对外部理化因素的响应差异很大。过氧化苯甲酰和硫的氧化还原特性可潜在地导致噬菌体蛋白外壳的降解。以前的研究表明，暴露于过氧化物会通过使蛋白质不稳定并增加其对蛋白水解的易感性而提高蛋白质的降解速率(Fligiel et al.Protein degradation following treatment withhydrogen peroxide.Am J Pathol 1984,115(3),418-25；Kocha et al.Hydrogenperoxide-mediated degradation of protein:different oxidation modes of copper-and iron-dependent hydroxyl radicals on the degradation of albumin.BiochimBiophys Acta 1997,1337(2),319-26)。水杨酸因其蛋白质结合能力而著称(Lee etal.Protein binding of acetylsalicylic acid and salicylic acid in porcine andhuman serum.Vet Hum Toxicol 1995,37(3),224-5；Verbeeck and Cardinal,Plasmaprotein binding of salicylic acid,phenytoin,chlorpromazine,propranolol andpethidine using equilibrium dialysis and ultracentrifugation.Arzneimittelforschung 1985,35(6),903-6)，并且对衣壳或尾纤维的蛋白外壳具有高亲和力，将使噬菌体无法生存。
令人惊讶地，发现痤疮丙酸杆菌噬菌体在包括水杨酸的组合物中是稳定的。参见例如图15。因此，表明水杨酸被噬菌体很好地耐受并且水杨酸是用于共配制的合适的抗痤疮剂。在实施方案中，水杨酸的抗角质软化活性通过使噬菌体更深的渗透而补充了噬菌体活性，从而增加了其杀灭效率。在实施方案中，如本文所述的噬菌体可以在预防和治疗痤疮的组合物中与水杨酸组合。
尽管过氧化苯甲酰不适合与被测试的噬菌体共配制(参见图16)用于贮存将超过例如几天的配制物，但是过氧化苯甲酰可以与噬菌体产品一起使用，作为抗痤疮组合(例如试剂盒)的一部分。在实施方案中，过氧化苯甲酰是清洁剂中的活性成分，其在施用包含噬菌体组合物/配制物之前被施用于皮肤并被洗掉。在实施方案中，过氧化苯甲酰的抗角质软化和暂时抗菌作用补充了噬菌体对痤疮丙酸杆菌的特异性的更深和靶向的杀灭。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体和抗痤疮化合物(例如水杨酸和/或硫)在单一组合物中，其局部施用(topically adiministered)于对象的皮肤。在实施方案中，提供了包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和抗痤疮化合物的试剂盒(例如在单独的容器，例如瓶中)。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体在一种组合物中，并且抗痤疮化合物(如过氧化苯甲酰、水杨酸和/或硫)在另一种组合物中，并且每种组合物局部施用于对象的皮肤。在实施方案中，将痤疮丙酸杆菌噬菌体施用于对象，然后将抗痤疮化合物施用于对象。在实施方案中，将抗痤疮化合物施用给对象，然后将痤疮丙酸杆菌噬菌体施用给对象。在实施方案中，在将抗痤疮化合物和痤疮丙酸杆菌噬菌体(以任何顺序)局部施用于对象的脸时，清洗对象的脸。
在实施方案中，当与痤疮丙酸杆菌噬菌体联用时，抗痤疮化合物(例如过氧化苯甲酰、水杨酸或硫)的有效剂量小于如果单独使用抗痤疮化合物所需要的剂量。在实施方案中，当与痤疮丙酸杆菌噬菌体联用时，抗痤疮化合物(例如过氧化苯甲酰、水杨酸或硫)的有效剂量比单独使用抗痤疮化合物所需的剂量少90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％或10％。
定义
为了理解本主题并用于构成所附专利权利要求，包括以下定义。本文使用的缩写具有其在化学和生物学领域的常规含义。
尽管在此示出和描述了本发明的各种实施方案和方面，但是对于本领域技术人员明显的是，这些实施方案和方面仅以实例的方式提供。在不脱离本发明的情况下，本领域技术人员目前会想到许多变型、改变和替代。应当理解，本文描述的本发明的实施方案的各种替代方案可以用于实施本发明。
本文使用的章节标题仅用于组织目的，而不应被解释为限制所描述的主题。本申请中引用的所有文件或文件的一部分，包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、手册和论文，均通过引用全文明确地并入本文用于任何目的。
除非另有定义，否则本文中使用的技术和科学术语具有与本领域普通技术人员通常理解的相同含义。参见，例如，Singleton et al.,DICTIONARY OF MICROBIOLOGY ANDMOLECULAR BIOLOGY 2nd ed.,J.Wiley&Sons(New York,NY 1994)；Sambrook et al.,MOLECULAR CLONING,A LABORATORY MANUAL,Cold Springs Harbor Press(Cold SpringsHarbor,NY 1989)。类似于或等同于本文描述的那些方法、装置和材料的任何方法、装置和材料都可以用于实施本发明。提供以下定义以促进对本文中经常使用的某些术语的理解，并不意味着限制本公开的范围。
如本文所用，“痤疮丙酸杆菌噬菌体”是感染痤疮丙酸杆菌细胞、在痤疮丙酸杆菌细胞内复制并杀死痤疮丙酸杆菌细胞的噬菌体。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体是裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体能够裂解痤疮丙酸杆菌细菌，并且不能裂解不是痤疮丙酸杆菌的任何细菌。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体不能在细菌中维持溶原性。在实施方案中，使用可以裂解痤疮丙酸杆菌但不能维持溶原性的噬菌体的优势在于，噬菌体不能在细菌内处于休眠，而必须裂解细菌并因此杀死它。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体缺乏表达至少一种维持溶原性所必需的基因的能力。术语“缺乏表达至少一种维持溶原性所必需的基因的能力”旨在表示痤疮丙酸杆菌噬菌体缺乏产生维持溶原性所必需的全功能蛋白质产物的能力，例如，由于一或更多的基因组点突变或全部或部分缺失。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组缺乏维持溶原性所必需的至少一个基因的全部或部分(例如，人工地或天然地，例如，该菌株是或衍生自缺乏维持溶原性所必需的至少一个基因的全部或部分的菌株)。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体可在基因组中的非编码区中包含缺陷(例如，突变、插入或缺失)，但是其可能影响噬菌体维持溶原性的能力，例如(一个或多个)基因组整合位点中的缺陷(例如a/att/位点)或阻遏物结合位点中的缺陷。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体是天然存在的并且分离的，具有不需要人工突变引入噬菌体的附加优点。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体能够裂解多种痤疮丙酸杆菌细菌的菌株。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体能够裂解至少约5、10、15、20、25、30或更多种痤疮丙酸杆菌细菌的菌株。本文公开了痤疮丙酸杆菌噬菌体的非限制性实例。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体具有与SEQ ID NO：1具有至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、95％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、99.9％的序列相同性的基因组。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体具有具有SEQ ID NO：1的序列或包括SEQ ID NO：1的序列的基因组。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组与SEQ ID NO：1相比没有插入或缺失。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组与SEQ ID NO：1相比没有插入或缺失，并且仅具有保守取代。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体是以下示例性痤疮丙酸杆菌噬菌体分离株之一，其已根据布达佩斯条约的条款保藏于国家工业、食品和海洋微生物保藏中心(NCIMB),Ferguson Building,Craibstone Estate,Bucksburn,Aberdeen,AB21 9YA,UnitedKingdom，其保藏号为：保藏号NCIMB 41332(分离株PA6)；保藏号NCIMB41334(分离株1874)；保藏号NCIMB 41333(分离株1878)；保藏号NCIMB41335(分离株1905)；保藏号NCIMB 41349(分离株1894)；保藏号NCIMB41350(分离株103609)；保藏号NCIMB 41351(分离株103672)。在实施方案中，宿主细菌痤疮丙酸杆菌AT1的非限制性实例已被保藏为NCIMB41336。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体具有与以保藏号NCIMB 41349保藏的噬菌体的基因组具有至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、95％或99％的序列相同性的基因组。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体具有与以保藏号NCIMB 41350保藏的噬菌体的基因组具有至少约87％的序列相同性的基因组。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体具有与以保藏号NCIMB 41351保藏的噬菌体的基因组具有至少约88％的序列相同性的基因组。与痤疮丙酸杆菌噬菌体有关的其他非限制性描述在2015年6月30日授权的美国专利第9,068,159B2号中提供，其全部内容通过引用并入本文。术语“噬菌体(phage)”和“噬菌体(bacteriophage)”在本文可互换使用。
如本文所用，“降解”生物膜是指切割形成生物膜的一部分的至少一种化合物的共价键(例如，通过酶促活性)。可以形成生物膜的一部分的化合物的非限制性实例包括聚合物、糖苷、蛋白质、多糖和核酸。如本文所用，“痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶”是降解至少一种形成痤疮丙酸杆菌生物膜的一部分的化合物的酶。
本文提供的酶包括保持酶促活性(例如，与天然蛋白质相比，在至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的活性以内的)任何天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，变体与天然形式相比，在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。
术语“分离的”当应用于细菌或噬菌体时，是指(1)在最初产生时已与与之相关联的至少一些组分分离的细菌或噬菌体(无论是天然的或实验设置的)，和/或(2)人工生产、制备、纯化和/或制造，例如使用人工培养条件，例如(但不限于)在平板上和/或发酵罐中生长的细菌或噬菌体。分离的细菌包括那些被培养的细菌，即使这种培养不是单一培养物。在实施方案中，分离的细菌是作为单一培养物培养的细菌(例如，在平板上或在液体培养物中，例如在发酵罐中)。分离的细菌和噬菌体可以与至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约95％、约96％、约97％、约99％或更多(例如按重量计)最初与它们相关联的其他组分分离。在实施方案中，分离的细菌是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％(例如，按重量计)纯的。在实施方案中，分离的噬菌体是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％(例如，按重量计)纯的。在实施方案中，本文提供的组合物包含一种或多种分离的噬菌体。在实施方案中，本文提供的组合物包括分离的噬菌体。在实施方案中，所施用的噬菌体是分离的噬菌体。在实施方案中，本文提供的组合物包括一种或多种分离的细菌。在实施方案中，本文提供的组合物包括分离的细菌。在实施方案中，所施用的细菌是分离的细菌。
“对照”样品或值是指用作参照物的样品，通常是已知的参照物，用于与测试样品进行比较。例如，可以从测试条件(例如，在测试化合物(例如，酶)或噬菌体的存在下)中获取测试样品，并将其与已知条件下(例如，在测试化合物、噬菌体或细菌不存在的情况下(阴性对照)，或已知化合物、噬菌体或细菌存在的情况下(阳性对照))的样品进行比较。对照也可以代表从多个测试或结果中收集的平均值。本领域技术人员会认识到，可以将对照设计为用于评估任意数量的参数。例如，可以设计对照以基于药理学数据(例如，半衰期、生物膜或其组分的降解或细菌细胞裂解)或治疗量度(例如，副作用比较)来比较治疗益处。本领域技术人员会理解哪些对照在给定情况下是有价值的，并且能够基于与对照的比较来分析数据。对照对于确定数据的显著性也很有价值。例如，如果给定参数的值在对照中变化很大，则测试样本中的变化将不被认为是显著的。
“核酸”是指单链、双链或多链形式的核苷酸(例如，脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)及其聚合物，或其互补形式。在通常和习惯意义上，术语“多核苷酸”、“寡核苷酸(oligonucleotide)”，“寡核苷酸(oligo)”等是指核苷酸的线性序列。寡核苷酸的长度通常为约5、6、7、8、9、10、12、15、25、30、40、50或更多个核苷酸，长度至多约100个核苷酸。多核苷酸是任何长度的聚合物，包括更长的长度，例如200、300、500、1000、2000、3000、5000、7000、10000、20000、30000、40000等。多核苷酸和寡核苷酸通常会含有磷酸二酯键，尽管在某些情况下，包括核酸类似物，其可能具有替代的主链，包括例如氨基磷酸酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯或O-甲基亚磷酰胺键(参见Eckstein,Oligonucleotides and Analogues:APractical Approach,Oxford University Press)；和肽核酸主链和键。其他类似物核酸包括具有正主链；非离子主链和非核糖主链的核酸，包括美国专利第5,235,033和5,034,506号以及ASC Symposium Series 580,Carbohydrate Modifications in AntisenseResearch,Sanghui&Cook,eds第6和第7章描述的那些。含有一种或多种碳环糖的核酸也包括在核酸的一种定义内。出于多种原因可以进行核糖-磷酸主链的修饰，例如，以增加此类分子在生理环境中或作为生物芯片上的探针的稳定性和半衰期。可以制备天然存在的核酸和类似物的混合物。或者，可以制备不同核酸类似物的混合物，以及天然存在的核酸和类似物的混合物。
在通常和习惯意义上，术语“bp”等是指所示数目的碱基对。
“百分比序列相同性”是通过在比较窗口中比较两个最佳比对的序列来确定的，其中与参考序列(不包括添加或缺失)相比，比较窗口中的多核苷酸或多肽序列的部分可包括添加或缺失(即缺口)，以实现两个序列的最佳比对。在实施方案中，通过确定两个序列中相同核酸碱基或氨基酸残基出现的位置的数目以产生匹配的位置的数目，用匹配的位置的数目除以比较窗口序列中的总的位置的数目，并将结果乘以100得出序列百分比相同性来计算百分比。
在两个或更多个核酸或多肽序列的上下文中，术语“相同”或百分比“相同性”是指当进行比较和比对以获得比较窗口或使用以下序列比较算法或通过手动比对和目视检查之一所测量的指定区域上的最大对应性时，相同或具有特定百分比的氨基酸残基或核苷酸相同的两个或更多个序列或亚序列(即在特定区域(例如整个核酸或多肽序列或核酸或多肽的单个部分或结构域)具有50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的相同性)。然后这样的序列被称为“基本相同”。该定义也指测试序列的互补。在实施方案中，所述相同性存在于以下区域中，该区域的长度为约或至少约20、50、100、1000、2500、5000、7500、10000、15000、20000、25000或30000个氨基酸或核苷酸至长度约、小于约或至少约31000、32000、33000、34000或35000个氨基酸或核苷酸。任选地，相同性存在于长度至少约10至约100、约20至约75、约30至约50个氨基酸或核苷酸的区域。任选地，相同性存在于长度至少约50个氨基酸的区域，或更优选地存在于长度为100至500或1000或更多个氨基酸的区域。本文包括噬菌体，其包含具有与SEQ ID NO：1、11、13、15、17、19、21、23、25或27中的任一个序列基本相同的核酸(例如，基因组或其部分)。本文提供的噬菌体的非限制性实例包含具有与SEQ ID NO：1基本相同的序列的基因组。
为了进行序列比较，通常将一个序列用作参考序列，将其与测试序列进行比较。使用序列比较算法时，将测试序列和参考序列输入计算机，必要时指定子序列坐标，并指定序列算法程序参数。优选地，可以使用默认程序参数，或者可以指定替代参数。然后，序列比较算法根据程序参数计算测试序列相对于参考序列的序列相同性百分比。
如本文所用，“比较窗口”包括参考多个连续位置中的任意一个的区段，其中在两个序列最佳比对之后，可以将序列与相同数量的连续位置的参考序列进行比较。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约20、50、100、1000、2500、5000、7500、10000、15000、20000、25000或30000至大约、小于大约或至少大约31000、32000、33000、34000或35000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约20至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约25000至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约26000至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约27000至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约28000至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约29000至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较窗口包括大约或至少大约30000至大约、小于大约或至少大约31000个连续位置。在实施方案中，比较包括大约20至大约600、大约50至大约200或大约100至大约150个连续位置。在实施方案中，比较窗口是参考序列，例如噬菌体基因组序列的全长。用于比较的序列比对方法是本领域熟知的。在实施方案中，可以通过例如Smith&Waterman,Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法、通过Needleman&Wunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970)的同源性比对算法、通过Pearson&Lipman,Proc.Nat'l.Acad.Sci.USA 85:2444(1988)的检索相似性方法、通过这些算法的计算机化实施(Wisconsin Genetics Software Package,GeneticsComputer Group,575Science Dr.,Madison,Wis.中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA)，或通过手动比对和目视检查(参见，例如，Current Protocols in Molecular Biology(Ausubelet al.,eds.1995supplement))进行用于比较的序列的最佳比对。
适用于确定百分比序列相同性和序列相似性的算法的一个实例是BLAST和BLAST2.0算法，其分别描述于Altschul et al.,Nuc.Acids Res.25:3389-3402(1977)和Altschul et al.,J.Mol.Biol.215:403-410(1990)。如所属领域的技术人员将了解，用于进行BLAST分析的软件可通过国家生物技术信息中心(NCBI)的网站公开获得。在实施方案中，将BLAST和BLAST2.0与本文所述的参数一起用于确定核酸和蛋白质的百分比序列相同性。在实施方案中，BLAST算法涉及首先通过识别查询序列中长度为W的短字来识别高分序列对(HSP)，这些短字在与数据库序列中相同长度的字对齐时匹配或满足一些正值阈值T。在实施方案中，T被称为邻域字得分阈值(Altschul等人，同上)。在实施方案中，这些初始邻域字命中充当用于发起检索以找到包含它们的更长HSP的种子。在实施方案中，字命中沿着每个序列在两个方向上延伸，直到可以增加累积比对得分。在实施方案中，对于核苷酸序列，使用参数M(一对匹配残基的奖励分数；总是>0)和N(错配残基的罚分；总是<0)来计算累积分数。在实施方案中，对于氨基酸序列，使用得分矩阵来计算累积得分。在实施方案中，在以下情况时，停止字命中在每个方向上的扩展：累积对齐分数从其最大实现值下降量X；由于一个或多个负得分残基比对的累积，累积得分变为零或更低；或到达任一序列的末尾。在实施方案中，BLAST算法参数W、T和X确定比对的灵敏度和速度。在实施方案中，NCBI BLASTN或BLASTP程序用于比对序列。在实施方案中，BLASTN或BLASTP程序使用NCBI使用的默认值。在实施方案中，(用于核苷酸序列的)BLASTN程序使用默认值：字长(W)为28；期望阈值(E)为10；查询范围内的最大匹配数设置为0；匹配/不匹配分数为1、-2；线性缺口成本；用于低复杂度区域的过滤器；和仅用于查找表的掩码。在实施方案中，BLASTP程序(用于氨基酸序列)使用默认值：字长(W)为3；期望阈值(E)为10；查询范围内的最大匹配数设置为0；BLOSUM62矩阵(请参见Henikoff&Henikoff,Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:10915(1992))；存在的缺口成本：11，和扩展：1；以及条件成分得分矩阵调整。
术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用，是指氨基酸残基的聚合物。这些术语适用于其中一个或多个氨基酸残基是相应的天然存在的氨基酸的人工化学模拟物的氨基酸聚合物，以及天然存在的氨基酸聚合物和非天然存在的氨基酸聚合物。
术语“氨基酸”是指天然存在的和合成的氨基酸，以及以类似于天然存在的氨基酸的方式起作用的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然存在的氨基酸是由遗传密码编码的那些氨基酸，以及后来被修饰的那些氨基酸，例如羟脯氨酸、γ-羧基谷氨酸和O-磷酸丝氨酸。氨基酸类似物是指具有与天然氨基酸相同的基本化学结构的化合物，即与氢、羧基、氨基和R基团结合的α碳，例如高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、甲基锍甲硫氨酸。这样的类似物具有修饰的R基团(例如正亮氨酸)或修饰的肽骨架，但是保留与天然氨基酸相同的基本化学结构。氨基酸模拟物是指具有与氨基酸的一般化学结构不同的结构但以与天然氨基酸相似的方式起作用的化合物。
氨基酸在本文中可以用它们公知的三个字母符号或IUPAC-IUB生化命名委员会推荐的单字母符号来指代。同样，核苷酸可以用它们普遍接受的单字母代码来指代。
“保守修饰的变体”适用于氨基酸和核酸序列。关于特定的核酸序列，保守修饰的变体是指编码相同或基本相同的氨基酸序列的核酸，或其中核酸不编码氨基酸序列的那些核酸，指基本相同的序列。由于遗传密码的简并性，大量功能相同的核酸编码任何给定的蛋白质。例如，密码子GCA、GCC、GCG和GCU都编码氨基酸丙氨酸。因此，在由密码子指定丙氨酸的每个位置，可以将密码子改变为所描述的任何相应密码子，而无需改变编码的多肽。这样的核酸变异是“沉默变异”，其是保守修饰的变异的一种。本文中编码多肽的每个核酸序列也描述了核酸的每个可能的沉默变异。本领域技术人员会认识到，可以修饰核酸中的每个密码子(除了AUG(通常是甲硫氨酸的唯一密码子，以及TGG，通常是色氨酸的唯一密码子))以产生功能相同的分子。因此，相对于表达产物，而不是相对于实际探针序列，编码多肽的核酸的每个沉默变异都隐含在每个所述序列中。
关于氨基酸序列，本领域技术人员会认识到，改变单个氨基酸的肽、多肽或蛋白质序列的个体取代是“保守修饰的变体”，其中所述改变导致用化学上相似的氨基酸取代氨基酸。提供功能上相似的氨基酸的保守取代表是本领域熟知的。此类保守修饰的变体是多态变体、种间同系物和等位基因的补充，并且不排除这些变体。
以下八组各自含有彼此保守取代的氨基酸：1)丙氨酸(A)、甘氨酸(G)；2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)；3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)；4)精氨酸(R)、赖氨酸(K)；5)异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、缬氨酸(V)；6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)；7)丝氨酸(S)、苏氨酸(T)；8)半胱氨酸(C)、甲硫氨酸(M)(参见例如Creighton、Proteins(1984))。
术语“疾病”是指与哺乳动物正常健康的任何偏离，并且包括存在疾病症状时的状态以及其中发生偏差(例如，生态失调、感染、基因突变、遗传缺陷等)，但症状尚未显现的病况。在实施方案中，所述疾病是痤疮。在实施方案中，所述疾病包括皮肤生态失调。在实施方案中，本文提供的方法、组合物、系统、噬菌体和益生细菌适合用于脊椎动物类、哺乳动物成员的对象，包括但不限于灵长类(例如人)、牲畜、工作动物以及家养宠物(例如伴侣动物)。在实施方案中，对象是人对象。如本文所用，疾病的“症状”包括与疾病相关的临床或实验室表现，并且不限于对象可以感觉或观察到的。
如本文所用，术语“皮肤生态失调”是指与健康或普通人群相比皮肤微生物群落(microbiota)的差异。在实施方案中，生态失调是在皮肤表面上、在皮肤内(例如，在皮肤区域或皮肤细胞层内)、在腺体内和/或在皮肤的毛孔内。在实施方案中，生态失调在汗液和/或皮脂内。在实施方案中，皮肤在脸上(例如，对象的前额、一个或多个脸颊、鼻子或下巴)。在实施方案中，皮肤在肩膀、胸部或背部。在实施方案中，与健康或普通人群相比，真皮生态失调包括微生物群落共生物种多样性的变化，并且可包括有益微生物的减少和/或病原微生物(致病性或潜在致病性微生物)的增加和/或微生物群落总体物种多样性的降低。许多因素都可能导致生态失调，包括荷尔蒙变化(例如，在青春期)、不经常清洗、化妆品使用、抗生素使用、心理和身体压力、辐射以及饮食变化。
在实施方案中，将组合物以“治疗有效剂量”施用给患有痤疮的对象。对于这种用途的有效量可以取决于疾病的严重程度和患者健康的总体状况。可以根据患者所需要和耐受的剂量和频率单次或多次施用该组合物。“患者”或“对象”包括人类和其它动物，特别是哺乳动物。因此，该方法适用于人类治疗和兽医应用。
“药学上可接受的赋形剂”和“药学上可接受的载体”是指有助于给对象施用活性剂并被其吸收的物质，并且可以被包括在本发明的组合物中而不会对病人引起明显的不良毒理作用。药学上可接受的赋形剂的非限制性实例包括水、NaCl、生理盐水溶液、乳酸林格氏液、标准蔗糖(normal sucrose)、标准葡萄糖(normal glucose)、粘合剂、填充剂、崩解剂、润滑剂、包衣、甜味剂、调味剂、盐溶液(如林格氏溶液)、醇、油、明胶、碳水化合物(例如乳糖、直链淀粉或淀粉)、脂肪酸酯、羟甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮和色素等。可以对这些制剂进行灭菌，并且如果需要，可以与不会与噬菌体、益生菌和/或本发明的化合物有害反应的辅助剂如润滑剂、防腐剂、稳定剂、湿润剂、乳化剂、影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂和/或芳香族物质等混合。本领域技术人员会认识到，其他药物赋形剂可用于本发明。
术语“接触”可以包括允许两类物质(two species)反应、相互作用或物理接触，其中所述两类物质可以是例如本文所述的酶和包括该酶的底物的生物膜。在另一个实例中，两类物质可以是噬菌体和被噬菌体感染的物种的细胞。在实施方案中，接触包括例如允许本文所述的噬菌体与痤疮丙酸杆菌细胞相互作用。在实施方案中，接触包括例如允许本文所述的酶与痤疮丙酸杆菌生物膜相互作用。
“患者”或“有需要的对象”是指患有或可能患有所指出的病症的动物界的活体成员。在实施方案中，所述对象是包括天然患有该疾病的个体的物种的成员。在实施方案中，对象是哺乳动物。哺乳动物的非限制性实例包括啮齿动物(例如小鼠和大鼠)、灵长类(例如狐猴、灌丛婴猴、猴子、猿和人)、兔子、狗(例如陪伴犬、服务犬或工作犬，如警犬、军犬、竞赛犬或表演犬)、马(如赛马和工作马)、猫(如家养的猫)、牲畜(如猪、牛、驴、骡、野牛、山羊、骆驼和绵羊)和鹿。在实施方案中，所述对象是人。
术语“对象”、“患者”、“个体”等不意图是限制性的，并且通常可以互换。也就是说，被描述为“患者”的个体不一定患有某种疾病，而可能只是在寻求医疗建议。
如本文所用，物种的缩写“sp.”是指所指定属的至少一个物种(例如1、2、3、4、5物种或更多物种)。物种的缩写“spp.”表示所指定属的2个或更多物种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多)。在实施方案中，本文提供的方法和组合物包括在指定属或指定多个属内的单个物种，或在指定属或指定多个属内的2个或多个(例如，包括超过2个的多个)物种。在实施方案中，分离出1、2、3、4、5或更多或全部或指定物种。在实施方案中，将指定的物种一起施用。在实施方案中，每种指定的物种存在于包括每种物种的单一组合物中。在实施方案中，每种物种例如在约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、30或60、1-5、1-10、1-30、1-60或5-15秒或分钟之内同时施用。
在本公开中，“包含(comprises)”、“包含(comprising)”、“含有”和“具有”等可以具有美国专利法赋予它们的含义，并且可以表示“包括(includes)”、“包括(including)”等。因此，与“包括”、“含有”或“由...表征”同义的过渡术语“包含”是包含性的或开放式的，并且不排除其他未叙述的特征、整数、步骤、操作、要素、和/或组分。“基本上由...组成(consisting essentially)”或“基本上由...组成(consists essentially)”同样具有美国专利法中赋予的含义，并且该术语是开放式的，允许存在比所列举的更多的内容，只要所列举的特征的基本或新颖特征不会因所存在的比所列举的特征多的存在而改变，但是排除现有技术的实施方案。不同的是，过渡短语“由……组成”不包括未指定的任何特征、整数、要素、步骤、操作、组分和/或成分。
如本文所使用的，术语“约”在数值或范围的上下文中是指列举的或要求保护的数值或范围的±10％，除非上下文需要更有限的范围。
在本文和权利要求书中的描述中，可能出现短语例如“至少一种”或“一种或多种”，随后是要素或特征的组合列表。术语“和/或”也可以出现在两个或更多个要素或特征的列表中。除非与使用该上下文的上下文隐含或显著矛盾，否则该短语旨在表示单独列出的任何要素或特征，或者与其他任何引用的要素或特征联用任何引用的要素或特征。例如，短语“A和B中的至少一种”；“A和B中的一种或多种”；和“A和/或B”分别旨在表示“仅A，仅B或A和B一起”。类似的解释也适用于包含三个或更多项目的列表。例如，短语“A、B和C中的至少一种；”“A、B和C中的一种或多种；以及”A、B和/或C中的每个均旨在表示“仅A，仅B，仅C，A和B一起，A和C一起，B和C一起或A和B和C一起”。另外，本文和权利要求中的术语“基于”的使用旨在表示“至少部分地基于”，从而也允许未记载的特征或要素。
应当理解，在提供参数范围的情况下，本发明还提供了该范围内的所有整数及其十分位。例如，“0.2-5mg”是0.2mg、0.3mg、0.4mg、0.5mg、0.6mg等直至5.0mg(包括5.0mg)的公开内容。
如在本文的描述和随后的整个权利要求书中所使用的，“一(a)”、“一(an)”和“该”的含义包括复数含义，除非上下文另外明确指出。
如本文所用，“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”病况、疾病或病症或与并况、疾病或病症相关的症状是指用于获得有益或期望结果，包括临床结果的方法。有益或理想的临床结果可包括但不限于减轻或改善一种或多种症状或病况，减轻病况、病症或疾病的程度，稳定病况、疾病或病症的状态，防止病况、疾病或病症的发展，预防病况、疾病或病症的传播，延迟或减慢病况、疾病或病症的进展，延迟或减缓病况、疾病或病症的发作，缓解或缓和病况、疾病或病症状态，并消除，无论部分或完全地。“治疗”还可以意味着暂时抑制病况、疾病或病症的进展，暂时减缓病况、疾病或病症的进展，尽管在某些情况下，它涉及永久性地停止病况、疾病或病症的进展。在治疗痤疮的情况下，这些术语可以指减少，例如真皮生态失调和/或囊性病变的数量或大小、白头(封闭堵塞的毛孔)、黑头(开放堵塞的毛孔，其中暴露于空气的油脂具有深色，例如棕色或黑色)、mall red、疼痛的肿块(tender bump)(丘疹(papules))、丘疹(pimples)(脓疱；丘疹尖端有脓疱的丘疹)、皮肤表面下方大、结实、疼痛的硬块(结节)。
如本文中所使用的，术语“治疗”和“预防”并非意图是绝对术语。在实施方案中，治疗可以指10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％减少已确定的疾病、病况或疾病或病况的症状的严重性。在实施方案中，如果与对照相比，对象的一种或多种疾病症状减少了10％，则治疗疾病的方法被视为治疗。因此，与天然或对照水平相比，减少可以是10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％，或10％和100％之间的任何百分比。应当理解，治疗不一定是指疾病、病况或疾病或病况的症状的治愈或完全消除。在实施方案中，提及降低、减少或抑制包括与对照水平相比变化10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大，并且这些术语可以包括但不一定包括完全消除。治疗可以指任何延迟发作、症状改善、患者皮肤外观改善等。可以将治疗效果与未接受治疗的个体或一组个体进行比较，或者与治疗前或治疗期间不同时间的同一名患者进行比较。在实施方案中，与例如施用前的个体或未接受治疗的对照个体相比，疾病的严重性降低了至少10％。在某些方面，疾病的严重程度降低了至少25％、50％、75％、80％或90％，或者在某些情况下，无法使用标准诊断技术检测到。在实施方案中，治疗有效地减少痤疮的至少一种症状。在实施方案中，治疗有效地减少对象的面部、前额、胸部、背部和/或肩膀上的丘疹(脓疱)水平。在实施方案中，治疗有效地减少了对象的面部、前额、胸部、背部和/或肩膀上的白头(封闭堵塞的毛孔)水平。在实施方案中，治疗有效地减少了对象的面部、前额、胸部、背部和/或肩膀上的黑头(开放堵塞的毛孔)水平。在实施方案中，治疗可有效减少对象的面部、前额、胸部、背部和/或肩膀上的丘疹水平。在实施方案中，治疗有效地减少了对象的面部、前额、胸部、背部和/或肩膀上的皮肤表面下方结实、疼痛的硬块(结节)的水平。在实施方案中，治疗有效地减少对象的面部、前额、胸部、背部和/或肩膀上的囊性病变的水平。在实施方案中，与治疗开始之前相比，水平(例如，数目)降低。在实施方案中，与患有痤疮但未接受治疗的相应对象相比，水平(例如，数目)降低。在实施方案中，与患有痤疮但尚未接受包括噬菌体的治疗的相应对象相比，水平(例如，数目)降低。
如本文所述，术语“有效量”、“有效剂量”、“治疗有效量”等是指足以缓解病症的物质(agent)的量。例如，对于给定的参数，治疗有效量将显示出至少5％、10％、15％、20％、25％、40％、50％、60％、75％、80％、90％或至少100％的增加或减少。治疗功效也可以表示为“倍数”增加或减少。例如，治疗有效量相对于对照可以具有至少1.2倍，1.5倍，2倍，5倍或更多的作用。
术语“诊断”是指对象患有给定的代谢病症的相对概率。症状和诊断标准在本文中总结。类似地，术语“预后”是指对象中可能发生某些未来结果的相对概率。例如，在本发明的上下文中，预后可以指个体将发展痤疮的可能性。预后也可以指疾病的可能严重程度(例如，症状的严重程度，功能下降的速度等)。如医学诊断领域的任何技术人员所理解的，这些术语并非意图是绝对的。
包含噬菌体的组合物和组合
在一方面，本文提供了一种组合物，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体，基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成，或由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成。
在一方面，本文提供了一种组合物，其包括至少一种痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)噬菌体、不超过一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体。
在一方面，本文提供一种组合物，其包括由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和不超过一种抗痤疮化合物组成的活性成分，以及药学上可接受的载体。
在一方面，本文提供一种组合物，其包括至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体，其中所述组合物不包含益生细菌。
在实施方案中，所述至少一种抗痤疮化合物是过氧化苯甲酰。在实施方案中，过氧化苯甲酰的以2.5％至10％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，过氧化苯甲酰以小于2.5％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％或2％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，过氧化苯甲酰以2.5％至10％的浓度存在，例如约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％、8％、8.5％、9％、9.5％或10％(重量/体积)。在实施方案中，过氧化苯甲酰以小于2.5％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％或2％(重量/体积)的浓度存在。
在实施方案中，所述至少一种抗痤疮化合物是水杨酸。在实施方案中，水杨酸以0.5％至2％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，水杨酸以小于0.5％但大于约0.1％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，水杨酸以0.5％至2％的浓度存在，例如约0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.1％、1.2％、1.3％、1.4％、1.5％、1.6％、1.7％、1.8％、1.9％或2％(重量/体积)。在实施方案中，水杨酸以小于0.5％但大于约0.1％(重量/体积)的浓度存在。
在实施方案中，所述至少一种抗痤疮化合物是硫。在实施方案中，硫以3％至10％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，硫以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，硫以3％至10％的浓度存在，例如约3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％、8％、8.5％、9％、9.5％或10％(重量/体积)。在实施方案中，硫以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，间苯二酚以2％的浓度存在并且硫以3％至8％(例如，约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％或8％)(重量/体积)。
在实施方案中，所述至少一种抗痤疮化合物是间苯二酚和硫。在实施方案中，间苯二酚以2％的浓度存在并且硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，间苯二酚以2％的浓度存在并且硫以3％至8％(例如，约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％或8％)(重量/体积)。
在实施方案中，所述至少一种抗痤疮化合物包括间苯二酚单乙酸酯和硫。在实施方案中，间苯二酚单乙酸酯以3％的浓度存在，硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，间苯二酚单乙酸酯以3％的浓度存在，硫以3％至8％(例如，约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％或8％)(重量/体积)的浓度存在。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体是以约1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106、1×107、2×107、3×107、4×107、5×107、6×107、7×107、8×107、9×107、1×108、2×108、3×108、4×108、5×108、6×108、7×108、8×108、9×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、6×109、7×109、8×109、9×109、1×1010、2×1010、3×1010、4×1010、5×1010、6×1010、7×1010、8×1010、9×1010或1×1011噬菌斑形成单位(pfu)的量存在。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体以约1×106至1×1011pfu的量存在。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体以约1×106至1×108、约1×108至1×109、约1×109至1×1010、约1×109至1×1011或约1×1010至1×1011pfu的量存在。
在实施方案中，益生细菌以约1×106、2×106、3×106、4×106、5×106、6×106、7×106、8×106、9×106、1×107、2×107、3×107、4×107、5×107、6×107、7×107、8×107、9×107、1×108、2×108、3×108、4×108、5×108、6×108、7×108、8×108、9×108、1×109、2×109、3×109、4×109、5×109、6×109、7×109、8×109、9×109、1×1010、2×1010、3×1010、4×1010、5×1010、6×1010、7×1010、8×1010、9×1010或1×1011菌落形成单位(cfu)的量存在。在实施方案中，益生细菌以约1×106至1×1011cfu的量存在。在实施方案中，益生细菌以约1×106至1×108、约1×108至1×109、约1×109至1×1010、约1×109至1×1011或约1×1010至1×1011pfu的量存在。
在实施方案中，抗痤疮化合物是抗生素，类视黄醇或α-羟基酸。
在一方面，本文提供一种包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶的组合物。
在一方面，本文提供了一种组合，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物，基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物组成，或由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物组成，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物在还包括药学上可接受的载体的组合物中。
在一方面，本文提供了包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶的组合。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体具有线性双链DNA基因组。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体在长尾噬菌体科(Siphoviridae)内。
在实施方案中，噬菌体是野生型噬菌体。在实施方案中，噬菌体具有核苷酸序列与野生型痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组序列至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％、或99.9％相同的基因组。野生型痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组序列的非限制性实例如下：
Figure BDA0002328095800000221
Figure BDA0002328095800000231
Figure BDA0002328095800000241
Figure BDA0002328095800000251
Figure BDA0002328095800000261
Figure BDA0002328095800000271
Figure BDA0002328095800000281
Figure BDA0002328095800000291
Figure BDA0002328095800000301
Figure BDA0002328095800000321
在实施方案中，所述噬菌体是以保藏号NCIMB 41349、41350或41351保藏的噬菌体。在实施方案中，所述噬菌体具有核苷酸序列与以保藏号NCIMB 41349保藏的噬菌体基因组至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同的基因组。在实施方案中，所述噬菌体具有核苷酸序列与以保藏号NCIMB 41350保藏的噬菌体基因组至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同的基因组。在实施方案中，所述噬菌体具有核苷酸序列与以保藏号NCIMB 41351保藏的噬菌体基因组至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同的基因组。
在实施方案中，所述噬菌体具有核苷酸序列与SEQ ID NO:1的核苷酸序列至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同的基因组。在实施方案中，所述噬菌体具有的基因组具有与SEQ IDNO：1的核苷酸序列相同的核苷酸序列。
在实施方案中，噬菌体的基因组从5'端至3'端编码小末端酶、大末端酶、门户蛋白、gp4、支架蛋白、主要头部蛋白、gp7、gp8、gp9、gp10、主要尾蛋白、gp12、gp13、卷尺蛋白、次要尾亚基、任选存在的蛋白酶、gp17、gp18、尾蛋白、酰胺酶、穴蛋白、gp22、gp23、σ因子、gp25、gp26、gp27、gp28、gp29、gp30、DNA引发酶、DNA引发酶2、gp33、DNA解旋酶、gp35、gp36、外切核酸酶、gp38、gp39、gp40、gp41、gp42、gp43、gp44、gp45、gp46、gp47和gp48。
在实施方案中，所述组合物还包含痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。
在实施方案中，该酶是抗衰老酶。在实施方案中，抗衰老酶是超氧化物歧化酶或过氧化物酶。
在实施方案中，所述酶是痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。在实施方案中，所述酶是糖苷酶、蛋白酶、DNAse或限制性核酸内切酶。在实施方案中，所述酶是糖苷酶。在实施方案中，所述糖苷酶是糖苷水解酶。在实施方案中，所述酶催化N-乙酰基-D-葡糖胺的线性聚合物的水解。在实施方案中，所述酶是β-己糖胺酶。在实施方案中，所述酶水解乙酰基葡糖胺聚合物的β-1,6-糖苷键。在实施方案中，所述酶是DNAse I、限制性核酸内切酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、胰蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶、沙氏菌蛋白酶、dispersin、藻酸盐裂解酶、淀粉酶或纤维素酶。在实施方案中，酶是Dispersin B。在实施方案中，所述酶是蛋白酶，并且所述蛋白酶是蛋白酶K或枯草杆菌蛋白酶。
在实施方案中，所述酶是dispersin。在实施方案中，所述酶是DispersinB。在实施方案中，所述酶是保持酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的dispersin(例如Dispersin B)的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码Dispersin B的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGAATTGTTGCGTAAAAGGCAATTCCATATATCCGCAAAAAACAAGTACCAAGCAGACCGGATTAATGCTGGACATCGCCCGACATTTTTATTCACCCGAGGTGATTAAATCCTTTATTGATACCATCAGCCTTTCCGGCGGTAATTTTCTGCACCTGCATTTTTCCGACCATGAAAACTATGCGATAGAAAGCCATTTACTTAATCAACGTGCGGAAAATGCCGTGCAGGGCAAAGACGGTATTTATATTAATCCTTATACCGGAAAGCCATTCTTGAGTTATCGGCAACTTGACGATATCAAAGCCTATGCTAAGGCAAAAGGCATTGAGTTGATTCCCGAACTTGACAGCCCGAATCACATGACGGCGATCTTTAAACTGGTGCAAAAAGACAGAGGGGTCAAGTACCTTCAAGGATTAAAATCACGCCAGGTAGATGATGAAATTGATATTACTAATGCTGACAGTATTACTTTTATGCAATCTTTAATGAGTGAGGTTATTGATATTTTTGGCGACACGAGTCAGCATTTTCATATTGGTGGCGATGAATTTGGTTATTCTGTGGAAAGTAATCATGAGTTTATTACGTATGCCAATAAACTATCCTACTTTTTAGAGAAAAAAGGGTTGAAAACCCGAATGTGGAATGACGGATTAATTAAAAATACTTTTGAGCAAATCAACCCGAATATTGAAATTACTTATTGGAGCTATGATGGCGATACGCAGGACAAAAATGAAGCTGCCGAGCGCCGTGATATGCGGGTCAGTTTGCCGGAGTTGCTGGCGAAAGGCTTTACTGTCCTGAACTATAATTCCTATTATCTTTACATTGTTCCGAAAGCTTCACCAACCTTCTCGCAAGATGCCGCCTTTGCCGCCAAAGATGTTATAAAAAATTGGGATCTTGGTGTTTGGGATGGACGAAACACCAAAAACCGCGTACAAAATACTCATGAAATAGCCGGCGCAGCATTATCGATCTGGGGAGAAGATGCAAAAGCGCTGAAAGACGAAACAATTCAGAAAAACACGAAAAGTTTATTGGAAGCGGTGATTCATAAGACGAATGGGGATGAGTGA
(SEQ ID NO:11)
Dispersin B氨基酸序列的非限制性实例如下：
MNCCVKGNSIYPQKTSTKQTGLMLDIARHFYSPEVIKSFIDTISLSGGNFLHLHFSDHENYAIESHLLNQRAENAVQGKDGIYINPYTGKPFLSYRQLDDIKAYAKAKGIELIPELDSPNHMTAIFKLVQKDRGVKYLQGLKSRQVDDEIDITNADSITFMQSLMSEVIDIFGDTSQHFHIGGDEFGYSVESNHEFITYANKLSYFLEKKGLKTRMWNDGLIKNTFEQINPNIEITYWSYDGDTQDKNEAAERRDMRVSLPELLAKGFTVLNYNSYYLYIVPKASPTFSQDAAFAAKDVIKNWDLGVWDGRNTKNRVQNTHEIAGAALSIWGEDAKALKDETIQKNTKSLLEAVIHKTNGDE
(SEQ ID NO:12)
在实施方案中，该酶是藻酸盐裂解酶。在实施方案中，所述酶是保持藻酸盐裂解酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的藻酸盐裂解酶的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码藻酸盐裂解酶的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGAAAACGTCCCACCTGATCCGTATCGCCCTGCCCGGTGCCCTCGCCGCGGCATTGCTCGCCAGCCAGGTCAGCCAGGCCGCCGACCTGGTACCCCCGCCCGGCTACTACGCGGCGGTCGGCGAGCGCAAGGGCAGCGCCGGCAGCTGCCCCGCGGTGCCGCCGCCGTATACCGGCAGCCTGGTCTTCACCAGCAAGTACGAAGGCTCCGATTCGGCGCGGGCGACCCTCAACGTCAAGGCGGAGAAGACCTTCCGCTCGCAGATCAAGGACATCACCGACATGGAGCGCGGCGCCACCAAGCTGGTCACCCAGTACATGCGCAGCGGCCGCGACGGCGACCTGGCCTGCGCACTGAACTGGATGAGCGCCTGGGCCCGCGCCGGCGCCCTGCAGAGCGACGACTTCAACCACACCGGCAAGTCCATGCGCAAATGGGCGCTGGGCAGCCTCTCCGGCGCCTACATGCGCCTGAAGTTCTCCAGCTCGCGGCCGCTCGCGGCCCACGCCGAGCAGAGCCGGGAAATCGAGGACTGGTTCGCCCGGCTCGGCACCCAGGTAGTCCGCGACTGGAGCGGCCTGCCGCTGAAGAAGATCAACAACCATTCCTACTGGGCGGCCTGGTCGGTGATGTCCACCGCGGTGGTGACCAACCGCCGCGACCTCTTCGACTGGGCGGTGAGCGAGTTCAAGGTCGCCGCCAACCAGGTCGACGAGCAGGGCTTCCTGCCCAACGAACTCAAGCGCCGCCAGCGCGCCCTCGCCTACCACAACTATGCGCTGCCACCGCTGGCGATGATCGCCGCGTTCGCCCAGGTCAACGGCGTCGACCTGCGCCAGGAGAACCACGGCGCCCTGCAGCGCCTGGCCGAGCGGGTGATGAAGGGAGTCGACGACGAGGAAACCTTCGAGGAGAAGACCGGCGAGGACCAGGACATGACCGACCTCAAGGTCGACAACAAGTACGCCTGGCTGGAGCCCTACTGCGCCCTCTACCGCTGCGAGCCGAAGATGCTCGAGGCGAAGAAGGACCGCGAGCCGTTCAACAGTTTCCGCCTCGGCGGCGAAGTGACGCGGGTGTTCAGCCGCGAAGGGGGAAGTTG
(SEQ ID NO:13)
藻酸盐裂解酶氨基酸序列的非限制性实例如下：
MKTSHLIRIALPGALAAALLASQVSQAADLVPPPGYYAAVGERKGSAGSCPAVPPPYTGSLVFTSKYEGSDSARATLNVKAEKTFRSQIKDITDMERGATKLVTQYMRSGRDGDLACALNWMSAWARAGALQSDDFNHTGKSMRKWALGSLSGAYMRLKFSSSRPLAAHAEQSREIEDWFARLGTQVVRDWSGLPLKKINNHSYWAAWSVMSTAVVTNRRDLFDWAVSEFKVAANQVDEQGFLPNELKRRQRALAYHNYALPPLAMIAAFAQVNGVDLRQENHGALQRLAERVMKGVDDEETFEEKTGEDQDMTDLKVDNKYAWLEPYCALYRCEPKMLEAKKDREPFNSFRLGGEVTRVFSREGGS
(SEQ ID NO:14)
在实施方案中，所述酶是淀粉酶。在实施方案中，所述酶是保持淀粉酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的淀粉酶的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码淀粉酶的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGAAACAACAAAAACGGCTTTACGCCCGATTGCTGACGCTGTTATTTGCGCTCATCTTCTTGCTGCCTCATTCTGCAGCAGCGGCGGCAAATCTTAATGGGACGCTGATGCAGTATTTTGAATGGTACATGCCCAATGACGGCCAACATTGGAAGCGTTTGCAAAACGACTCGGCATATTTGGCTGAACACGGTATTACTGCCGTCTGGATTCCCCCGGCATATAAGGGAACGAGCCAAGCGGATGTGGGCTACGGTGCTTACGACCTTTATGATTTAGGGGAGTTTCATCAAAAAGGGACGGTTCGGACAAAGTACGGCACAAAAGGAGAGCTGCAATCTGCGATCAAAAGTCTTCATTCCCGCGACATTAACGTTTACGGGGATGTGGTCATCAACCACAAAGGCGGCGCTGATGCGACCGAAGATGTAACCGCGGTTGAAGTCGATCCCGCTGACCGCAACCGCGTAATTTCAGGAGAACACCTAATTAAAGCCTGGACACATTTTCATTTTCCGGGGCGCGGCAGCACATACAGCGATTTTAAATGGCATTGGTACCATTTTGACGGAACCGATTGGGACGAGTCCCGAAAGCTGAACCGCATCTATAAGTTTCAAGGAAAGGCTTGGGATTGGGAAGTTTCCAATGAAAACGGCAACTATGATTATTTGATGTATGCCGACATCGATTATGACCATCCTGATGTCGCAGCAGAAATTAAGAGATGGGGCACTTGGTATGCCAATGAACTGCAATTGGACGGTTTCCGTCTTGATGCTGTCAAACACATTAAATTTTCTTTTTTGCGGGATTGGGTTAATCATGTCAGGGAAAAAACGGGGAAGGAAATGTTTACGGTAGCTGAATATTGGCAGAATGACTTGGGCGCGCTGGAAAACTATTTGAACAAAACAAATTTTAATCATTCAGTGTTTGACGTGCCGCTTCATTATCAGTTCCATGCTGCATCGACACAGGGAGGCGGCTATGATATGAGGAAATTGCTGAACGGTACGGTCGTTTCCAAGCATCCGTTGAAATCGGTTACATTTGTCGATAACCATGATACACAGCCGGGGCAATCGCTTGAGTCGACTGTCCAAACATGGTTTAAGCCGCTTGCTTACGCTTTTATTCTCACAAGGGAATCTGGATACCCTCAGGTTTTCTACGGGGATATGTACGGGACGAAAGGAGACTCCCAGCGCGAAATTCCTGCCTTGAAACACAAAATTGAACCGATCTTAAAAGCGAGAAAACAGTATGCGTACGGAGCACAGCATGATTATTTCGACCACCATGACATTGTCGGCTGGACAAGGGAAGGCGACAGCTCGGTTGCAAATTCAGGTTTGGCGGCATTAATAACAGACGGACCCGGTGGGGCAAAGCGAATGTATGTCGGCCGGCAAAACGCCGGTGAGACATGGCATGACATTACCGGAAACCGTTCGGAGCCGGTTGTCATCAATTCGGAAGGCTGGGGAGAGTTTCACGTAAACGGCGGGTCGGTTTCAATTTATGTTCAAAGATAG
(SEQ ID NO:15)
淀粉酶氨基酸序列的非限制性实例如下：
MKQQKRLYARLLTLLFALIFLLPHSAAAAANLNGTLMQYFEWYMPNDGQHWKRLQNDSAYLAEHGITAVWIPPAYKGTSQADVGYGAYDLYDLGEFHQKGTVRTKYGTKGELQSAIKSLHSRDINVYGDVVINHKGGADATEDVTAVEVDPADRNRVISGEHLIKAWTHFHFPGRGSTYSDFKWHWYHFDGTDWDESRKLNRIYKFQGKAWDWEVSNENGNYDYLMYADIDYDHPDVAAEIKRWGTWYANELQLDGFRLDAVKHIKFSFLRDWVNHVREKTGKEMFTVAEYWQNDLGALENYLNKTNFNHSVFDVPLHYQFHAASTQGGGYDMRKLLNGTVVSKHPLKSVTFVDNHDTQPGQSLESTVQTWFKPLAYAFILTRESGYPQVFYGDMYGTKGDSQREIPALKHKIEPILKARKQYAYGAQHDYFDHHDIVGWTREGDSSVANSGLAALITDGPGGAKRMYVGRQNAGETWHDITGNRSEPVVINSEGWGEFHVNGGSVSIYVQR
(SEQ ID NO:16)
在实施方案中，所述酶是纤维素酶。在实施方案中，所述酶是保持纤维素酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的纤维素酶的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码纤维素酶的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGAAGTTTCAGAGCACTTTGCTTCTTGCCGCCGCGGCTGGTTCCGCGTTGGCTGTGCCTCATGGCTCCGGACATAAGAAGAGGGCGTCTGTGTTTGAATGGTTCGGATCGAACGAGTCTGGTGCTGAATTTGGGACCAATATCCCAGGCGTCTGGGGAACCGACTACATCTTCCCCGACCCCTCGACCATCTCTACGTTGATTGGCAAGGGAATGAACTTCTTCCGCGTCCAGTTCATGATGGAGAGGTTGCTTCCTGACTCGATGACTGGTTCATACGACGAGGAGTATCTGGCCAACTTGACGACTGTGGTGAAAGCGGTCACGGATGGAGGCGCGCATGCGCTCATCGACCCTCATAACTATGGCAGATACAACGGGGAGATCATCTCCAGTACATCGGATTTCCAGACTTTCTGGCAGAATCTGGCGGGCCAGTACAAAGATAACGACTTGGTCATGTTTGATACCAACAACGAATACTACGACATGGACCAGGATCTCGTGCTGAATCTCAACCAAGCAGCCATTAACGGCATCCGCGCTGCAGGTGCAAGCCAGTACATTTTCGTCGAAGGCAACTCCTGGACCGGAGCTTGGACATGGGTCGATGTCAACGATAATATGAAGAATTTGACCGACCCAGAAGACAAGATCGTCTATGAAATGCACCAGTACCTAGACTCCGACGGTTCCGGCACTTCGGAGACCTGTGTCTCCGGGACAATCGGAAAGGAGCGGATCACTGATGCTACACAGTGGCTCAAGGACAATAAGAAGGTCGGCTTCATCGGCGAATATGCCGGGGGGTCCAATGATGTGTGTCGGAGTGCCGTGTCCGGGATGCTAGAGTACATGGCGAACAACACCGACGTATGGAAGGGTGCGTCGTGGTGGGCAGCCGGGCCATGGTGGGGAGACTACATTTTCAGCCTGGAGCCCCCAGATGGAACTGCTTACACGGGTATGCTGGATATCCTGGAGACGTATCTCTGA
(SEQ ID NO:17)
纤维素酶氨基酸序列的非限制性实例如下：
MKFQSTLLLAAAAGSALAVPHGSGHKKRASVFEWFGSNESGAEFGTNIPGVWGTDYIFPDPSTISTLIGKGMNFFRVQFMMERLLPDSMTGSYDEEYLANLTTVVKAVTDGGAHALIDPHNYGRYNGEIISSTSDFQTFWQNLAGQYKDNDLVMFDTNNEYYDMDQDLVLNLNQAAINGIRAAGASQYIFVEGNSWTGAWTWVDVNDNMKNLTDPEDKIVYEMHQYLDSDGSGTSETCVSGTIGKERITDATQWLKDNKKVGFIGEYAGGSNDVCRSAVSGMLEYMANNTDVWKGASWWAAGPWWGDYIFSLEPPDGTAYTGMLDILETYL
(SEQ ID NO:18)
在实施方案中，所述酶是蛋白酶K。在实施方案中，所述酶是保持蛋白酶K活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的蛋白酶K的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码蛋白酶K的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGCGTTTGTCTGTTCTTCTGAGTCTTCTTCCCCTCGCTCTCGGCGCTCCTGCCGTTGAGCAGCGCTCCGAGGCTGCTCCTCTGATCGAGGCCCGCGGCGAGATGGTTGCCAACAAGTACATTGTCAAGTTCAAGGAGGGTAGCGCTCTTTCTGCTCTCGATGCTGCCATGGAGAAGATTTCTGGCAAGCCCGACCACGTCTACAAGAACGTCTTCAGTGGTTTCGCTGCGACCCTTGACGAGAACATGGTTCGGGTTCTCCGCGCCCATCCCGATGTTGAGTACATTGAGCAGGATGCTGTTGTCACCATCAACGCTGCGCAGACCAACGCTCCCTGGGGCCTTGCTCGCATCTCCAGCACCAGCCCCGGTACCTCTACTTACTACTATGACGAATCTGCCGGCCAAGGCTCCTGCGTCTACGTGATTGACACCGGTATCGAGGCATCGCACCCCGAGTTTGAGGGTCGTGCCCAGATGGTCAAGACCTACTACTACTCCAGTCGCGACGGTAACGGTCACGGCACTCACTGCGCTGGTACCGTTGGCTCCCGAACCTACGGTGTCGCCAAGAAGACCCAGCTCTTTGGTGTCAAGGTCCTCGATGACAACGGCAGTGGCCAGTACTCCACCATCATCGCCGGTATGGACTTTGTTGCCAGCGACAAGAACAACCGCAACTGCCCCAAAGGTGTCGTTGCCTCCTTGTCCCTTGGCGGTGGTTACTCCTCCTCCGTGAACAGCGCCGCTGCCAGGCTCCAGAGCTCTGGTGTCATGGTCGCCGTCGCTGCCGGTAACAACAACGCTGACGCCCGCAACTACTCCCCTGCTTCTGAGCCCTCGGTCTGCACTGTCGGTGCTTCTGACCGCTACGACAGACGCTCCAGCTTCTCCAACTACGGCAGCGTTTTGGACATCTTTGGCCCTGGTACCAGCATTCTCTCCACCTGGATCGGCGGCAGCACCCGCTCCATCTCTGGAACTTCCATGGCTACTCCCCACGTTGCCGGTCTCGCTGCCTACCTCATGACTCTTGGAAAGACTACCGCCGCCAGCGCTTGCCGATACATTGCCGACACCGCCAACAAGGGCGACTTGAGCAACATTCCCTTCGGCACTGTCAACCTGCTTGCCTACAACAACTACCAGGCTTAA
(SEQ ID NO:19)
蛋白酶K氨基酸序列的非限制性实例如下：
MRLSVLLSLLPLALGAPAVEQRSEAAPLIEARGEMVANKYIVKFKEGSALSALDAAMEKISGKPDHVYKNVFSGFAATLDENMVRVLRAHPDVEYIEQDAVVTINAAQTNAPWGLARISSTSPGTSTYYYDESAGQGSCVYVIDTGIEASHPEFEGRAQMVKTYYYSSRDGNGHGTHCAGTVGSRTYGVAKKTQLFGVKVLDDNGSGQYSTIIAGMDFVASDKNNRNCPKGVVASLSLGGGYSSSVNSAAARLQSSGVMVAVAAGNNNADARNYSPASEPSVCTVGASDRYDRRSSFSNYGSVLDIFGPGTSILSTWIGGSTRSISGTSMATPHVAGLAAYLMTLGKTTAASACRYIADTANKGDLSNIPFGTVNLLAYNNYQA
(SEQ ID NO:20)
在实施方案中，所述酶是枯草杆菌蛋白酶。在实施方案中，所述酶是保持枯草杆菌蛋白酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的枯草杆菌蛋白酶的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码枯草杆菌蛋白酶的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGATGAGGAAAAAGAGTTTTTGGCTTGGGATGCTGACGGCCTTCATGCTCGTGTTCACGATGGCATTCAGCGATTCCGCTTCTGCTGCTCAACCGGCGAAAAATGTTGAAAAGGATTATATTGTCGGATTTAAGTCAGGAGTGAAAACCGCATCTGTCAAAAAGGACATCATCAAAGAGAGCGGCGGAAAAGTGGACAAGCAGTTTAGAATCATCAACGCGGCAAAAGCGAAGCTAGACAAAGAAGCGCTTAAGGAAGTCAAAAATGATCCGGATGTCGCTTATGTGGAAGAGGATCATGTGGCCCATGCCTTGGCGCAAACCGTTCCTTACGGCATTCCTCTCATTAAAGCGGACAAAGTGCAGGCTCAAGGCTTTAAGGGAGCGAATGTAAAAGTAGCCGTCCTGGATACAGGAATCCAAGCTTCTCATCCGGACTTGAACGTAGTCGGCGGAGCAAGCTTTGTGGCTGGCGAAGCTTATAACACCGACGGCAACGGACACGGCACACATGTTGCCGGTACAGTAGCTGCGCTTGACAATACAACGGGTGTATTAGGCGTTGCGCCAAGCGTATCCTTGTACGCGGTTAAAGTACTGAATTCAAGCGGAAGCGGAACTTACAGCGGCATTGTAAGCGGAATCGAGTGGGCGACGACAAACGGCATGGATGTTATCAACATGAGTCTTGGAGGACCATCAGGCTCAACAGCGATGAAACAGGCGGTTGACAATGCATATGCAAGAGGGGTTGTCGTTGTGGCGGCTGCTGGGAACAGCGGATCTTCAGGAAACACGAATACAATCGGCTATCCTGCGAAATACGACTCTGTCATCGCAGTTGGCGCGGTAGACTCTAACAGCAACAGAGCTTCATTTTCCAGCGTCGGAGCAGAGCTTGAAGTCATGGCTCCTGGCGCAGGCGTGTACAGCACTTACCCAACCAGCACTTATGCAACATTGAACGGAACGTCAATGGCTTCTCCTCATGTAGCGGGAGCAGCAGCTTTGATCTTGTCAAAACATCCGAACCTTTCAGCTTCACAAGTCCGCAACCGTCTCTCCAGTACGGCGACTTATTTGGGAAGCTCCTTCTACTATGGAAAAGGTCTGATCAATGTCGAAGCTGCCGCTCAATAA
(SEQ ID NO:21)
枯草杆菌蛋白酶氨基酸序列的非限制性实例如下：
MMRKKSFWLGMLTAFMLVFTMAFSDSASAAQPAKNVEKDYIVGFKSGVKTASVKKDIIKESGGKVDKQFRIINAAKAKLDKEALKEVKNDPDVAYVEEDHVAHALAQTVPYGIPLIKADKVQAQGFKGANVKVAVLDTGIQASHPDLNVVGGASFVAGEAYNTDGNGHGTHVAGTVAALDNTTGVLGVAPSVSLYAVKVLNSSGSGSYSGIVSGIEWATTNGMDVINMSLGGASGSTAMKQAVDNAYAKGVVVVAAAGNSGSSGNTNTIGYPAKYDSVIAVGAVDSNSNRASFSSVGAELEVMAPGAGVYSTYPTNTYATLNGTSMASPHVAGAAALILSKHPNLSASQVRNRLSSTATYLGSSFYYGKGLINVEAAAQ
(SEQ ID NO:22)
在实施方案中，所述酶是胰蛋白酶。在实施方案中，所述酶是保持胰蛋白酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的胰蛋白酶的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码胰蛋白酶的DNA序列的非限制性实例如下：
ATCGTCGGGGGCTACACCTGCGCAGAGAATTCCGTCCCTTACCAGGTGTCCCTGAATGCTGGCTACCACTTCTGCGGGGGCTCCCTCATCAATGACCAGTGGGTGGTGTCCGCGGCTCACTGCTACCAGTACCACATCCAGGTGAGGCTGGGAGAATACAACATTGATGTCTTGGAGGGTGGTGAGCAGTTCATCGATGCGTCCAAGATCATCCGCCACCCCAAGTACAGCAGCTGGACTCTGGACAATGACATCCTGCTGATCAAACTCTCCACGCCTGCGGTCATCAATGCCCGGGTGTCCACCTTGCTGCTGCCCAGTGCCTGTGCTTCCGCAGGCACAGAGTGCCTCATCTCCGGCTGGGGCAACACCCTGAGCAGTGGCGTCAACTACCCGGACCTGCTGCAATGCCTGGTGGCCCCGCTGCTGAGCCACGCCGACTGTGAAGCCTCATACCCTGGACAGATCACTAACAACATGATCTGCGCTGGCTTCCTGGAAGGAGGCAAGGATTCCTGCCAGGGTGACTCTGGCGGCCCTGTGGCTTGCAACGGACAGCTCCAGGGCATTGTGTCCTGGGGCTACGGCTGTGCCCAGAAGGGCAAGCCTGGGGTCTACACCAAGGTCTGCAACTACGTGGACTGGATTCAGGAGACCATCGCCGCCAAC
(SEQ ID NO:23)
胰蛋白酶氨基酸序列的非限制性实例如下：
IVGGYTCGANTVPYQVSLNSGYHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSGIQVRLGEDNINVVEGNEQFISASKSIVHPSYNSNTLNNDIMLIKLKSAASLNSRVASISLPTSCASAGTQCLISGWGNTKSSGTSYPDVLKCLKAPILSDSSCKSAYPGQITSNMFCAGYLEGGKDSCQGDSGGPVVCSGKLQGIVSWGSGCAQKNKPGVYTKVCNYVSWIKQTIASN
(SEQ ID NO:24)
在实施方案中，所述酶是沙氏菌蛋白酶。在实施方案中，所述酶是保持沙氏菌蛋白酶活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的沙氏菌蛋白酶的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。编码沙氏菌蛋白酶的DNA序列的非限制性实例如下：
ATGCAATCTACTAAAAAGGCAATTGAAATTACTGAATCCAGCCTCGCTGCCGCGACAACCGGTTACGATGCTGTAGACGACCTGCTGCATTATCATGAGCGGGGTAACGGGATTCAGATTAATGGCAAGGATTCATTTTCTAACGAGCAAGCTGGGCTGTTTATTACCCGTGAGAACCAAACCTGGAACGGTTACAAGGTATTTGGCCAGCCGGTCAAATTAACCTTCTCGTTCCCGGACTATAAGTTCTCTTCCACCAACGTCGCCGGCGACACCGGGCTGAGCAAGTTCAGCGCGGAACAGCAGCAGCAGGCTAAGCTGTCGCTGCAGTCCTGGGCCGACGTCGCCAATATCACCTTCACCGAAGTGGCGGCCGGTCAAAAGGCCAATATCACCTTCGGCAACTACAGCCAGGATCGTCCCGGCCACTATGATTACGGCACCCAGGCCTACGCCTTCCTGCCGAACACCATTTGGCAGGGCCAGGATTTGGGCGGCCAGACTTGGTACAACGTAAACCAATCCAACGTGAAGCATCCGGCGACCGAAGACTACGGCCGCCAGACGTTCACCCATGAGATTGGCCATGCGCTGGGCCTGAGCCACCCGGGCGACTACAACGCCGGTGAGGGCAACCCGACCTATAGAGATGTCACCTATGCGGAAGATACCCGCCAGTTCAGCCTGATGAGCTACTGGAGTGAAACCAATACCGGTGGCGACAACGGCGGTCACTATGCCGCGGCTCCGCTGCTGGATGACATTGCCGCCATTCAGCATCTGTATGGCGCCAACCTGTCGACCCGCACCGGCGACACCGTGTACGGCTTTAACTCCAATACCGGTCGTGACTTCCTCAGCACCACCAGCAACTCGCAGAAAGTGATCTTTGCGGCCTGGGATGCGGGCGGCAACGATACCTTCGACTTCTCCGGTTACACCGCTAACCAGCGCATCAACCTGAACGAGAAATGGTTCTCCGACGTGGGCGGCCTGAAGGGCAACGTGTCGATCGCCGCCGGTGTGACCATTGAGAACGCCATTGGCGGTTCCGGCAACGACGTGATCGTCGGCAACGCGGCCAATAACGTGCTGAAAGGCGGCGCGGGTAACGACGTGCTGTTCGGCGGCGGCGGGGCGGATGAATTGTGGGGCGGTGCCGGCAAAGACATCTTCGTGTTCTCTGCCGCCAGCGATTCCGCACCGGGCGCTTCAGACTGGATCCGCGACTTCCAGAAAGGGATCGACAAGATCGACCTGTCGTTCTTCAATAAAGAAGCGCAGAGCAGCGATTTCATTCACTTCGTCGATCACTTCAGCGGCACGGCCGGTGAGGCGCTGCTGAGCTACAACGCGTCCAGCAACGTGACCGATTTGTCGGTGAACATCGGTGGGCATCAGGCGCCGGACTTCCTGGTGAAAATCGTCGGCCAGGTAGACGTCGCCACGGACTTTATCGTGTAA
(SEQ ID NO:25)
沙氏菌蛋白酶氨基酸序列的非限制性实例如下：
MQSTKKAIEITESSLAAATTGYDAVDDLLHYHERGNGIQINGKDSFSNEQAGLFITRENQTWNGYKVFGQPVKLTFSFPDYKFSSTNVAGDTGLSKFSAEQQQQAKLSLQSWADVANITFTEVAAGQKANITFGNYSQDRPGHYDYGTQAYAFLPNTIWQGQDLGGQTWYNVNQSNVKHPATEDYGRQTFTHEIGHALGLSHPGDYNAGEGNPTYRDVTYAEDTRQFSLMSYWSETNTGGDNGGHYAAAPLLDDIAAIQHLYGANLSTRTGDTVYGFNSNTGRDFLSTTSNSQKVIFAAWDAGGNDTFDFSGYTANQRINLNEKWFSDVGGLKGNVSIAAGVTIENAIGGSGNDVIVGNAANNVLKGGAGNDVLFGGGGADELWGGAGKDIFVFSAASDSAPGASDWIRDFQKGIDKIDLSFFNKEAQSSDFIHFVDHFSGTAGEALLSYNASSNVTDLSVNIGGHQAPDFLVKIVGQVDVATDFIV
(SEQ ID NO:26)
在实施方案中，所述酶是DNAse。在实施方案中，所述酶是保持DNAse活性(例如，与天然蛋白质相比，具有至少50％、80％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％内的活性)的DNAse的天然存在的形式、同系物、同工型或变体。在实施方案中，与天然存在形式相比，变体在整个序列或序列的一部分(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)中具有至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的氨基酸序列相同性。在实施方案中，酶是DNAse I。在实施方案中，所述酶是牛胰腺DNAse I。编码牛胰腺DNAse I的DNA序列的非限制性实例如下：
TTGAAGATTGCTGCTTTCAACATTAGAACTTTCGGTGAAACTAAAATGTCTAACGCTACTTTGGCATCTTACATCGTTAGAATTGTCAGAAGATATGATATCGTTTTAATTCAAGAAGTTAGAGACTCTCACTTGGTTGCAGTTGGTAAATTGTTAGACTACTTGAACCAAGATGACCCAAACACTTACCACTACGTTGTTTCTGAACCATTGGGTAGAAACTCTTACAAAGAAAGATACTTATTCTTGTTCAGACCAAACAAAGTTTCAGTTTTGGATACTTACCAATACGACGACGGTTGCGAATCTTGTGGTAACGATTCTTTCTCCAGAGAACCTGCTGTTGTTAAATTCTCATCACACTCTACCAAGGTTAAAGAGTTCGCTATCGTTGCTTTGCATTCTGCTCCTTCTGACGCTGTTGCTGAAATTAACTCTTTGTACGACGTTTACTTAGATGTTCAACAGAAATGGCACTTGAACGACGTCATGTTGATGGGTGACTTTAACGCTGATTGCTCTTATGTTACTTCTTCTCAATGGTCTTCAATTAGATTGAGAACATCTTCAACTTTCCAATGGTTAATTCCTGATTCCGCTGATACCACTGCTACTAGTACCAACTGTGCTTACGATAGAATCGTTGTTGCTGGATCATTATTGCAATCTTCTGTTGTCCCAGGTTCAGCGGCCCCTTTCGATTTCCAAGCTGCATATGGTTTGTCTAATGAAATGGCTTTAGCCATTTCTGATCACTACCCAGTTGAAGTCACATTGACATAA
(SEQ ID NO:27)
牛胰腺DNAse I氨基酸序列的非限制性实例如下：
LKIAAFNIRTFGETKMSNATLASYIVRIVRRYDIVLIQEVRDSHLVAVGKLLDYLNQDDPNTYHYVVSEPLGRNSYKERYLFLFRPNKVSVLDTYQYDDGCESCGNDSFSREPAVVKFSSHSTKVKEFAIVALHSAPSDAVAEINSLYDVYLDVQQKWHLNDVMLMGDFNADCSYVTSSQWSSIRLRTSSTFQWLIPDSADTTATSTNCAYDRIVVAGSLLQSSVVPGSAAPFDFQAAYGLSNEMALAISDHYPVEVTLT
(SEQ ID NO:28)
在实施方案中，该组合物或组合包括益生细菌。
在实施方案中，所述益生细菌是益生的丙酸杆菌物种(P.sp.)、葡萄球菌物种(Staphylococcus sp.)和/或棒状杆菌物种(Corynebacterium sp.)细菌。
在实施方案中，益生细菌是β-变形菌(Betaproteobacteria)纲内的细菌。
在实施方案中，益生细菌是益生菌痤疮丙酸杆菌细菌。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌(a)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S核糖体DNA(rDNA)序列相比具有T992C突变的16SrDNA序列；(b)具有与如SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16SrDNA序列相比具有T838C突变的16S rDNA序列；(c)具有与SEQID NO：2所示的KPA171202型菌株16S核糖体DNA(rDNA)序列相比具有C1322T突变的16SrDNA序列；(d)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S核糖体DNA(rDNA)序列相比具有C986T突变的16S rDNA序列；(e)具有与SEQ ID NO：3的序列相同的16S rDNA序列；(f)具有与SEQ ID NO：4的序列相同的16S rDNA序列；(g)不包含线性质粒；(h)不包含具有毒力因子的质粒；和/或(i)没有编码染色体外脂肪酶和/或紧密粘附毒力因子的质粒。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌(a)在浮游式培养中生长时，产生少于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；(b)当在附着培养物中生长时，产生少于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；(c)粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少50％；和/或(d)比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。
在实施方案中，组合或组合物包含至少一种额外的益生细菌。在实施方案中，至少一种额外的益生细菌包括颗粒丙酸杆菌(Propionibacterium granulosum)和/或贪婪丙酸杆菌(Propionibacterium avidum)。
在实施方案中，致病性痤疮丙酸杆菌菌株(a)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C突变的16S rDNA序列；(b)具有与SEQ IDNO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C和A1201C突变的16S rDNA序列；(c)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G529A突变的16S rDNA序列；(d)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1004A和T1007C突变的16S rDNA序列；(e)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16SrDNA序列相比具有G1268A突变的16S rDNA序列；(f)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T554C和G1058C突变的16SrDNA序列；(g)具有与SEQ ID NO：5的序列相同的16S rDNA序列；(h)具有与SEQ ID NO：6的序列相同的16S rDNA序列；(i)具有与SEQ ID NO：7的序列相同的16S rDNA序列；(j)具有与SEQ ID NO：8的序列相同的16SrDNA序列；(k)具有与SEQ ID NO：9的序列相同的16S rDNA序列；和/或(1)具有与SEQ IDNO：10的序列相同的16S rDNA序列。
在实施方案中，所述组合或组合物还包含至少一种额外的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
在实施方案中，该组合物或组合包括药学上可接受的载体。在实施方案中，药学上可接受的载体包括乳液。在实施方案中，乳液是水包油乳液或油包水乳液。在实施方案中，组合或组合包括霜(cream)、露(lotion)、悬浮液或水性溶液或以霜、露、悬浮液或水性溶液的形式存在。
在实施方案中，提供了包括噬菌体的组合物。在实施方案中，将组合物配制成用于局部施用于皮肤(即，该组合物是局部的(topical)组合物)。在实施方案中，该组合物是药物组合物。
在一方面，提供了一种药物组合物，其包括野生型痤疮丙酸杆菌噬菌体和分离的益生的痤疮丙酸杆菌细菌。在实施方案中，所述组合物还包括药学上可接受的载体。
在一方面，提供了一种药物组合物，其包括噬菌体和/或分离的益生痤疮丙酸杆菌细菌和药学上可接受的载体。
在实施方案中，将药物组合物配制成用于局部施用于皮肤。在实施方案中，药学上可接受的载体包括乳液。在实施方案中，乳液是水包油乳液或油包水乳液。在实施方案中，药物组合物为霜、露、悬浮液或水性溶液的形式。
在实施方案中，组合物或组合包括至少约2、3、4、5、6、7、8、9或10种痤疮丙酸杆菌噬菌体。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌噬菌体包括超过一种类型的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
在实施方案中，包括分离的益生菌痤疮丙酸杆菌细菌的组合或组合物可以进一步包含至少一种额外的细菌。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比包括T992C、T838C、C1322T和/或C986T突变的16S rDNA序列。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C和C1322T突变的16S rDNA序列。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌是ProI菌株。在实施方案中，在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T和T992C突变的16S rDNA序列。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌是ProII菌株。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌：(a)包括与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T992C突变的16S rDNA序列；(b)包括与SEQ IDNO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C突变的16S rDNA序列；(c)包括与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C1322T突变的16S rDNA序列；(d)包括与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T突变的16S rDNA序列；(e)包括与SEQ ID NO：3的序列相同的16S rDNA序列；(f)包括与SEQ ID NO：4的序列相同的16S rDNA序列；(g)不包含线性质粒；(h)不包括具有毒力因子的质粒；和/或(i)不包括编码染色体外脂肪酶和/或紧密粘附毒力因子的质粒。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：3或4的序列相同的16S rDNA序列。
在实施方案中，(a)在浮游式培养中生长时，产生少于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；(b)当在附着培养物中生长时，产生少于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；(c)粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少50％；和/或(d)比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。在实施方案中，致病性痤疮丙酸杆菌菌株(a)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C突变的16S rDNA序列；(b)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C和A1201C突变的16SrDNA序列；(c)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G529A突变的16S rDNA序列；(d)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1004A和T1007C突变的16S rDNA序列；(e)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1268A突变的16S rDNA序列；(f)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T554C和G1058C突变的16S rDNA序列；(g)具有与SEQ ID NO：5的序列相同的16S rDNA序列；(h)具有与SEQ ID NO：6的序列相同的16S rDNA序列；(i)具有与SEQ ID NO：7的序列相同的16S rDNA序列；(j)具有与SEQ ID NO：8的序列相同的16S rDNA序列；(k)具有与SEQ ID NO：9的序列相同的16S rDNA序列；和/或(1)具有与SEQ ID NO：10的序列相同的16S rDNA序列。
SEQ ID NO：2是KPA171202型菌株的16S rDNA序列，如下：
Figure BDA0002328095800000451
SEQ ID NO：3是ProI益生菌株的16S rDNA序列，如下：
核苷酸838..838
ProI突变T838C
核苷酸1322..1322
ProI突变C1322T
SEQ ID NO：4是ProII益生菌株的16S rDNA序列，如下：
核苷酸986..986
ProII突变C986T
核苷酸992..992
ProII突变T992C
在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生约1-5％、1-10％、1-20％、1-30％、5-50％、5-40％、5-30％、5-20％、5-10％、10-50％、10-40％、10-30％、10-20％、20-50％、20-40％或20-30％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约5％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约10％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约20％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约30％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约40％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在浮游式培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约50％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约5％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约10％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约20％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约30％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约40％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生少于约50％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，在附着培养中生长时，痤疮丙酸杆菌细菌产生约1-5％、1-10％、1-20％、1-30％、5-50％、5-40％、5-30％、5-20％、5-10％、10-50％、10-40％、10-30％、10-20％、20-50％、20-40％或20-30％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平。在实施方案中，所述脂肪酶是细胞外脂肪酶。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌(例如益生或致病性痤疮丙酸杆菌细菌，例如用于比较)产生的脂肪酶水平是培养上清液中的脂肪酶水平。在实施方案中，将培养上清液过滤。在实施方案中，培养物上清液来自液体(浮游式)培养物。在实施方案中，培养上清液来自附着培养。检测脂肪酶水平的方法的非限制性示例包括吸光度、Bradford蛋白检测、Biuret检测衍生检测、荧光胺、氨基黑、胶体金、氮检测、高效液相色谱(HPLC)、液相色谱-质谱(LC/MS)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、蛋白免疫沉淀、免疫电泳和Western印迹。
在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少粘附50％上皮细胞。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少60％。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少70％。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少约80％。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少90％。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少1-5％、1-10％、1-20％、1-30％、5-50％、5-40％、5-30％、5-20。％、5-10％、10-50％、10-40％、10-30％、10-20％、20-50％、20-40％、20-30％、50-60、50-70、50-80、50-90、60-80、70-90。
在实施方案中，使用A-432上皮细胞确定痤疮丙酸杆菌细菌(例如益生或致病性痤疮丙酸杆菌细菌，例如用于比较)的粘附。在实施方案中，上皮细胞在组织培养板或烧瓶上汇合。在实施方案中，通过确定粘附在培养的上皮细胞上的痤疮丙酸杆菌细菌形成的菌落数来检测粘附。
在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。
在实施方案中，如果与致病性痤疮丙酸杆菌菌株或由致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的化合物相比，接触痤疮丙酸杆菌细菌或由痤疮丙酸杆菌产生的化合物的免疫细胞所释放的炎性细胞因子水平较低(例如，少至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％)，则痤疮丙酸杆菌细菌比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。在实施方案中，如果在与痤疮丙酸杆菌细菌接触的组织(例如皮肤组织)中释放的炎性细胞因子水平较低，则痤疮丙酸杆菌细菌比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。在实施方案中，所述组织是皮肤组织。在实施方案中，所述组织是例如小鼠的耳组织。在实施方案中，所述炎性细胞因子是IL-1β、IL-6、IL-17或TNFα，或其任何组合。
在实施方案中，致病性痤疮丙酸杆菌菌株(a)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C突变的16S rDNA序列；(b)具有与SEQ IDNO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C和A1201C突变的16S rDNA序列；(c)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G529A突变的16S rDNA序列；(d)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16SrDNA序列相比具有G1004A和T1007C突变的16S rDNA序列；(e)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16SrDNA序列相比具有G1268A突变的16S rDNA序列；(f)具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T554C和G1058C突变的16S rDNA序列；(g)具有与SEQ ID NO：5的序列相同的16S rDNA序列；(h)具有与SEQ ID NO：6的序列相同的16S rDNA序列；(i)具有与SEQ ID NO：7的序列相同的16S rDNA序列；(j)具有与SEQ ID NO：8的序列相同的16SrDNA序列；(k)具有与SEQ ID NO：9的序列相同的16S rDNA序列；和/或(1)具有与SEQ IDNO：10的序列相同的16S rDNA序列。
SEQ ID NO：5如下(与类型菌株KPA171202的16S序列相比的突变用下划线标出)：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCTGCTTTTGTGGGGTGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTTTGGGATAACTTCAGGAAACTGGGGCTAATACCGGATAGGAGCTCCTGCTGCATGGTGGGGGTTGGAAAGTTTCGGCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCTTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCTTACCAAGGCTTTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCGCCTGTGACGAAGCGTGAGTGACGGTAATGGGTAAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGTGGTTGATCGCGTCGGAAGTGTAATCTTGGGGCTTAACCCTGAGCGTGCTTTCGATACGGGTTGACTTGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTTCCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGGTGGGTACTAGGTGTGGGGTCCATTCCACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCTTTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGGTTTGACATGGATCGGGAGTGCTCAGAGATGGGTGTGCCTCTTTTGGGGTCGGTTCACAGGTGGTGCATGCCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTCACTGTTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTCAGTGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCTGGTACAGAGAGTGGCGAGCCTGTGAGGGTGAGCGAATCTCGGAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGTTGTGGGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGA
SEQ ID NO：6如下(与类型菌株KPA171202的16S序列相比的突变用下划线标出)：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCTGCTTTTGTGGGGTGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTTTGGGATAACTTCAGGAAACTGGGGCTAATACCGGATAGGAGCTCCTGCTGCATGGTGGGGGTTGGAAAGTTTCGGCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCTTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCTTACCAAGGCTTTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCGCCTGTGACGAAGCGTGAGTGACGGTAATGGGTAAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGTGGTTGATCGCGTCGGAAGTGTAATCTTGGGGCTTAACCCTGAGCGTGCTTTCGATACGGGTTGACTTGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTTCCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGGTGGGTACTAGGTGTGGGGTCCATTCCACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCTTTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGGTTTGACATGGATCGGGAGTGCTCAGAGATGGGTGTGCCTCTTTTGGGGTCGGTTCACAGGTGGTGCATGCCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTCACTGTTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTCAGTGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCTGGTACAGAGAGTGGCGAGCCTGTGAGGGTGAGCGAATCTCGGAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGTTGTGGGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGA
SEQ ID NO：7如下(与类型菌株KPA171202的16S序列相比的突变用下划线标出)：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCTGCTTTTGTGGGGTGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTTTGGGATAACTTCAGGAAACTGGGGCTAATACCGGATAGGAGCTCCTGCTGCATGGTGGGGGTTGGAAAGTTTCGGCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCTTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCTTACCAAGGCTTTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCGCCTGTGACGAAGCGTGAGTGACGGTAATGGGTAAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGTGGTTGATCGCGTCGGAAGTGTAATCTTGGGGCTTAACCCTGAGCGTGCTTTCGATACGGGTTGACTTGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTTCCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGGTGGGTACTAGGTGTGGGGTCCATTCCACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCTTTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGGTTTGACATGGATCGGGAGTGCTCAGAGATGGGTGTGCCTCTTTTGGGGTCGGTTCACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTCACTGTTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTCAGTGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCTGGTACAGAGAGTGGCGAGCCTGTGAGGGTGAGCGAATCTCGGAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGTTGTGGGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGA
SEQ ID NO：8如下(与类型菌株KPA171202的16S序列相比的突变用下划线标出)：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCTGCTTTTGTGGGGTGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTTTGGGATAACTTCAGGAAACTGGGGCTAATACCGGATAGGAGCTCCTGCTGCATGGTGGGGGTTGGAAAGTTTCGGCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCTTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCTTACCAAGGCTTTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCGCCTGTGACGAAGCGTGAGTGACGGTAATGGGTAAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGTGGTTGATCGCGTCGGAAGTGTAATCTTGGGGCTTAACCCTGAGCGTGCTTTCGATACGGGTTGACTTGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTTCCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGGTGGGTACTAGGTGTGGGGTCCATTCCACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCTTTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGGTTTGACATGGATCGGAAGCGCTCAGAGATGGGTGTGCCTCTTTTGGGGTCGGTTCACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTCACTGTTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTCAGTGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCTGGTACAGAGAGTGGCGAGCCTGTGAGGGTGAGCGAATCTCGGAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGTTGTGGGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGA
SEQ ID NO：9如下(与类型菌株KPA171202的16S序列相比的突变用下划线标出)：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCTGCTTTTGTGGGGTGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTTTGGGATAACTTCAGGAAACTGGGGCTAATACCGGATAGGAGCTCCTGCTGCATGGTGGGGGTTGGAAAGTTTCGGCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCTTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCTTACCAAGGCTTTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCGCCTGTGACGAAGCGTGAGTGACGGTAATGGGTAAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGTGGTTGATCGCGTCGGAAGTGTAATCTTGGGGCTTAACCCTGAGCGTGCTTTCGATACGGGTTGACTTGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTTCCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGGTGGGTACTAGGTGTGGGGTCCATTCCACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCTTTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGGTTTGACATGGATCGGGAGTGCTCAGAGATGGGTGTGCCTCTTTTGGGGTCGGTTCACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTCACTGTTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTCAGTGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCTGGTACAGAGAGTGGCGAGCCTATGAGGGTGAGCGAATCTCGGAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGTTGTGGGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGA
SEQ ID NO：10如下(与菌株KPA171202类型的16S序列相比的突变用下划线标出)：
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAAAGGCCCTGCTTTTGTGGGGTGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTTTGGGATAACTTCAGGAAACTGGGGCTAATACCGGATAGGAGCTCCTGCTGCATGGTGGGGGTTGGAAAGTTTCGGCGGTTGGGGATGGACTCGCGGCTTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCTTACCAAGGCTTTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCGCCTGTGACGAAGCGTGAGTGACGGTAATGGGTAAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACGTAGGGTGCGAGCGTTGCCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGTGGTTGATCGCGTCGGAAGTGTAATCTTGGGGCTTAACCCTGAGCGTGCTTTCGATACGGGTTGACTTGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTTCCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGGTGGGTACTAGGTGTGGGGTCCATTCCACGGGTTCCGTGCCGTAGCTAACGCTTTAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAACCTTACCTGGGTTTGACATGGATCGGGAGTGCTCAGAGATGGGTGTGCCTCTTTTGGGGTCGGTTCACAGGTGGTGCATGCCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTTCACTGTTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTCAGTGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCTGGTACAGAGAGTGGCGAGCCTGTGAGGGTGAGCGAATCTCGGAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGTTGTGGGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGA
在实施方案中，所述至少一种额外的细菌包含益生细菌，基本上由益生细菌组成，或由益生细菌组成。在实施方案中，所述至少一种细菌包括1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种细菌菌株和/或物种，少于约10、9、8、7、6、5，4、3或2种细菌菌株和/或物种，或1-10、2-10、3-10、4-10、5-10、1-5、2-5、3-5或4-5种细菌菌株和/或物种。在实施方案中，所述至少一种细菌包括多种细菌菌株和/或物种，例如至少约2、3、4、5、6、7、8、9、10种细菌菌株和/或物种。在实施方案中，所述至少一种细菌包括分离的颗粒丙酸杆菌细菌、分离的贪婪丙酸杆菌、分离的表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、分离的金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)和/或分离的杰氏棒杆菌(Corynebacterium jeikeium)细菌。在实施方案中，所述至少一种细菌包括分离的颗粒丙酸杆菌细菌、分离的贪婪丙酸杆菌细菌、分离的表皮葡萄球菌细菌、分离的金黄色葡萄球菌细菌和/或分离的杰氏棒杆菌细菌的1、2(任何组合)、3(任何组合)、4(任何组合)或5种。
在实施方案中，本文提供的组合物或组合包括增强肽或酶。在实施方案中，所述增强肽或酶具有以下性质的一种或多种或任意组合：生物膜降解、改善皮肤渗透、抗菌、减轻炎症(例如皮肤的炎症)、减轻刺激(例如皮肤刺激)、减少发红(例如皮肤发挥红)、紧实皮肤、去除细纹、去除皱纹或改善外观(例如皮肤外观)。
在一方面，提供了包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和抗痤疮化合物的组合物。在实施方案中，该组合物包括药学上可接受的载体。在实施方案中，为了稳定性而调节(例如，增加或减少)痤疮丙酸杆菌噬菌体的剂量。在实施方案中，根据抗痤疮化合物上调或下调痤疮丙酸杆菌噬菌体的剂量以调节其与抗痤疮化合物组合的稳定性。
在一方面，提供了包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和一种或多种抗痤疮化合物的组合或系统。在实例中，所述噬菌体在一种组合物中(例如，在一个容器中，例如瓶、试管或其他容器中)，并且一种或多种抗痤疮化合物在不同的组合物中(在另一容器中，例如瓶、试管或其他容器中)。在实施方案中，包括噬菌体的组合物包括药学上可接受的载体。在实施方案中，包括抗痤疮化合物的组合物包括药学上可接受的载体。在实施方案中，额外的一种或多种化合物(例如，酶、水合化合物、紫外线吸收或阻断紫外线的化合物等)存在于包括噬菌体的组合物，存在于包括一种或多种抗痤疮化合物的组合物，或存在于第三种不同的组合物(在第三容器中，例如瓶、试管或其他容器中)。在实施方案中，一种或多种益生细菌存在于包括噬菌体的组合物中，存在于包括一种或多种抗痤疮化合物的组合物或存在于第三种不同的组合物(在第三容器中，例如瓶、试管或其他容器中)。在实施方案中，组合或系统还包括用于施用的说明。在实施方案中，所述组合或系统包括至少约2、3、4、5、6、7、8、9或10种痤疮丙酸杆菌噬菌体。
在一方面，提供了包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和一种或多种益生细菌和/或一种或多种化合物(例如一种或多种酶或抗痤疮化合物)的组合或系统。在实例中，噬菌体在一种组合物中(例如，在一个容器中，例如瓶、试管或其他容器中)，并且一种或多种益生菌在不同的组合物中(在另一容器中，例如瓶、试管或其他容器中)，并在任选地，额外的一种或多种化合物存在于包含噬菌体的组合物，存在于包括一种或多种益生菌的组合物，或存在于第三种单独的组合物(在第三容器中，例如瓶、试管或其他容器中)。在实施方案中，组合或系统还包括用于施用的说明。在实施方案中，所述组合或系统包括至少约2、3、4、5、6、7、8、9或10种痤疮丙酸杆菌噬菌体。
在实施方案中，系统、组合或组合物包括酶，例如生物膜降解酶或抗衰老酶。生物膜降解酶的非限制性实例包括DNAse(例如，DNAse I)、蛋白酶(例如，木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、胰蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶或沙氏菌蛋白酶)、糖苷酶(例如，Dispersin、藻酸盐裂解酶、淀粉酶或纤维素酶)。抗衰老酶的非限制性实例包括超氧化物歧化酶和过氧化物酶。
在实施方案中，系统、组合或组合物包括局部的类视黄醇、抗生素和/或α-羟基酸。在实施方案中，系统或组合物还包括局部的类视黄醇。在实施方案中，系统或组合物还包含抗生素。在实施方案中，系统或组合物还包含α-羟基酸。在实施方案中，该系统或组合物还包括过氧化苯甲酰、水杨酸、硫、间苯二酚、间苯二酚单乙酸酯或其任何组合。在实施方案中，过氧化苯甲酰以2.5％至10％的浓度存在，例如约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％、8％、8.5％、9％、9.5％或10％(重量/体积)。在实施方案中，过氧化苯甲酰以小于2.5％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％或2％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，水杨酸以0.5％至2％的浓度存在，例如约0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、1.1％、1.2％、1.3％、1.4％、1.5％、1.6％、1.7％、1.8％、1.9％或2％(重量/体积)。在实施方案中，水杨酸以小于0.5％但大于约0.1％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，硫以3％至10％的浓度存在，例如约3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％、8％、8.5％、9％、9.5％或10％(重量/体积)。在实施方案中，硫以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，间苯二酚以2％的浓度存在并且硫以3％至8％(例如，约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％或8％)(重量/体积)。在实施方案中，间苯二酚单乙酸酯以3％的浓度存在并且硫以3％至8％(例如，约2.5％、3％、3.5％、4％、4.5％、5％、5.5％、6％、6.5％、7％、7.5％或8％)(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，间苯二酚以小于2％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％(重量/体积)的浓度存在。在实施方案中，间苯二酚单乙酸酯以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。
在实施方案中，本文提供的组合物包括保湿剂。
治疗痤疮的方法
在一方面，本文提供一种预防或治疗有需要的对象中的痤疮的方法，该方法包括施用有效量的本文提供的组合物或组合。在实施方案中，将有效量的包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体，基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成，或由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成的组合物施用于对象。在实施方案中，给对象施用有效量的包括至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体的组合物，其中该组合物不包含益生细菌。在实施方案中，将有效量的包括痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶的组合物施用于对象。
在实施方案中，将有效量的包含本文所述的噬菌体的组合物(包括其实施方案)施用于对象。在实施方案中，噬菌体是野生型噬菌体。
在实施方案中，噬菌体是局部施用的。在实施方案中，噬菌体在还包含药学上或美容上可接受的载体的组合物(例如，药物或美容组合物中)中。
在实施方案中，该方法进一步包括给对象施用益生细菌。
在一方面，提供了一种治疗有需要的对象中的痤疮的方法。该方法包括给对象施用有效量的益生的痤疮丙酸杆菌细菌。在实施方案中，该方法还包括给对象施用噬菌体。
在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T992C、T838C、C1322T和/或C986T突变的16S rDNA序列。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C和C1322T突变的16S rDNA序列。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌是ProI菌株。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T和T992C突变的16S rDNA序列。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌细菌是ProII菌株。
在实施方案中，痤疮丙酸杆菌细菌：(a)包括与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T992C突变的16S rDNA序列；(b)包括与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C突变的16S rDNA序列；(c)包括与SEQ IDNO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C1322T突变的16S rDNA序列；(d)包括具有与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T突变的16S rDNA序列；(e)包括与SEQ ID NO：3的序列相同的16S rDNA序列；(g)包括与SEQ ID NO：4的序列相同的16S rDNA序列；(h)不包含线性质粒；(i)不包括具有毒力因子的质粒；和/或(j)不包括编码染色体外脂肪酶和/或紧密粘附毒力因子的质粒。
在实施方案中，该方法进一步包括给对象施用至少一种额外的益生细菌。
在实施方案中，所述至少一种额外的细菌包含益生细菌，基本上由益生细菌组成，或由益生细菌组成。在实施方案中，所述至少一种细菌包括1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种细菌菌株和/或物种，少于约10、9、8、7、6、5，4、3或2种细菌菌株和/或物种，或1-10、2-10、3-10、4-10、5-10、1-5、2-5、3-5或4-5种细菌菌株和/或物种。在实施方案中，所述至少一种细菌包括多种细菌菌株和/或物种，例如至少约2、3、4、5、6、7、8、9、10种细菌菌株和/或物种。在实施方案中，所述至少一种额外的细菌丙酸杆菌物种(Propionibacterium sp.)、葡萄球菌物种(Staphylococcus sp.)和/或棒状杆菌物种(Corynebacterium sp.)的细菌。在实施方案中，所述至少一种细菌包括β-变形菌(Betaproteobacteria)纲内的细菌。在实施方案中，所述至少一种细菌分离的颗粒丙酸杆菌细菌、分离的贪婪丙酸杆菌、分离的表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、分离的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和/或分离的杰氏棒杆菌(Corynebacterium jeikeium)细菌。在实施方案中，所述至少一种细菌包括分离的颗粒丙酸杆菌细菌、分离的贪婪丙酸杆菌细菌、分离的表皮葡萄球菌细菌、分离的金黄色葡萄球菌细菌和/或分离的杰氏棒杆菌细菌的1、2、3、4或5种。
在实施方案中，给对象施用了如本文所述的噬菌体，包括其实施方案。
在实施方案中，给对象施用了杀死痤疮丙酸杆菌的抗生素。在实施方案中，所述抗生素是克林霉素、强力霉素、红霉素或四环素，或克林霉素、强力霉素、红霉素或四环素的衍生物。
在实施方案中，所述抗生素是克林霉素、强力霉素、红霉素或四环素，或克林霉素、强力霉素、红霉素或四环素的衍生物。
在实施方案中，该方法进一步包括给对象施用酶，例如生物膜降解酶或抗衰老酶。生物膜降解酶的非限制性实例包括DNAse(例如，DNAse I)、蛋白酶(例如，木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、胰蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶或沙氏菌蛋白酶)、糖苷酶(例如，Dispersin、藻酸盐裂解酶、淀粉酶或纤维素酶)。抗衰老酶的非限制性实例包括超氧化物歧化酶和过氧化物酶。
在实施方案中，该方法进一步包括施用局部的类视黄醇、抗生素和/或α-羟基酸。在实施方案中，该方法进一步包括施用局部的类视黄醇。在实施方案中，该方法进一步包括施用抗生素。在实施方案中，该方法进一步包括施用α-羟基酸。在实施方案中，该方法进一步包括向对象施用过氧化苯甲酰、水杨酸、硫、间苯二酚和/或间苯二酚单乙酸酯。在实施方案中，该方法进一步包括施用过氧化苯甲酰。在实施方案中，该方法进一步包括施用水杨酸。在实施方案中，该方法进一步包括施用硫。在实施方案中，该方法进一步包括施用间苯二酚和/或硫。在实施方案中，该方法进一步包括施用间苯二酚和/或间苯二酚单乙酸酯。
在实施方案中，本文提供的组合物或组合包括增强肽或酶。在实施方案中，增强肽或酶具有以下性质的一种或多种或任意组合：生物膜降解、改善皮肤渗透、抗菌、减轻炎症(例如皮肤炎症)、减轻刺激(例如皮肤刺激)、减少发红(例如皮肤发红)、紧实皮肤、去除细纹、去除皱纹或改善外观(例如皮肤外观)。
在实施方案中，给对象施用至少约2、3、4、5、6、7、8、9或10种痤疮丙酸杆菌噬菌体。在实施方案中，所述痤疮丙酸杆菌噬菌体包括超过一种类型的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
治疗痤疮的示例性方法和组合物
在一方面，本文提供了一种包括噬菌体的组合物。在实施方案中，噬菌体存在于组合物，例如治疗或美容组合物中。在实施方案中，该组合物还包含益生细菌的菌株。在实施方案中，所述组合物还包含降解人皮肤孔中或其上的细菌生物膜(例如，其组分)的酶。在实施方案中，该酶增强噬菌体和/或益生细菌的渗透。在实施方案中，噬菌体(“噬菌体”)以高度的特异性和效力破坏引起痤疮(即，致病性)的痤疮丙酸杆菌菌株，而不杀死有益的皮肤细菌。在实施方案中，生物膜降解酶溶解生物膜以增加病原体的敏感性(例如，通过减少病原体对宿主细胞的粘附和/或通过增加噬菌体对病原体细胞的接近)。在实施方案中，益生细菌对噬菌体免疫(例如，细菌缺乏噬菌体特异性结合的细胞受体)。在实施方案中，益生细菌占据被杀死的痤疮丙酸杆菌致病性菌株留下的适当生境(niche)。在实施方案中，益生细菌减少或预防存活的致病细菌在对象的皮肤(例如毛孔)再定殖或生长。
在一方面，提供了用于皮肤疾病痤疮的治疗性治疗的组合物。在实施方案中，组合物包括裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体，和任选地源自健康皮肤的益生细菌，和/或任选地在组合物中包含作为佐剂的生物膜降解酶以增加活性成分的渗透性。
在实施方案中，裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体感染皮肤粉刺中的毒力痤疮丙酸杆菌。在实施方案中，噬菌体在痤疮丙酸杆菌内复制和裂解。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌裂解时，其释放新的病毒体。在实施方案中，酶使堵塞的粉刺疏通，溶解痤疮丙酸杆菌生物膜并增加病毒体进入痤疮丙酸杆菌的途径。在实施方案中，裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体的指数增殖以高特异性迅速杀死痤疮丙酸杆菌，而不干扰有益的皮肤共生细菌生长。在实施方案中，痤疮丙酸杆菌腾空的生境然后被益生细菌填充。在实施方案中，细菌源自健康的皮肤并扩增以占据生境，从而防止任何存活的痤疮丙酸杆菌的细菌再长回来。在实施方案中，该策略有助于平衡对象的皮肤微生物组并朝着健康的皮肤细菌群落重新校准它们的微生物组。在实施方案中，生物膜降解酶在配制物中作为佐剂，其有助于疏通被堵塞的痤疮并增加噬菌体和益生细菌进入孔的途径。
在一方面，提供了一种组合，其包括噬菌体、益生细菌和(任选地)增强噬菌体渗透的酶。在实施方案中，病原体被杀死并且益生细菌替代病原体。在实施方案中，使用“杀死并替代”方法来治疗痤疮。在实施方案中，将选择性杀死引起痤疮的致病细菌的生物制剂施用于对象。在实施方案中，源自健康皮肤的益生细菌被应用以占据被杀死病原体的生境。在实施方案中，该方法避免了与抗生素相关的普遍耐药性的问题。在实施方案中，主动分裂的益生细菌的存在通过不允许任何病原体重新生长来防止复发。在实施方案中，治疗对象皮肤上的生态失调。在实施方案中，将与痤疮相关的微生物组重新校准为健康的。
在实施方案中，噬菌体是天然存在的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
可与噬菌体共同施用的酶的非限制性实例包括来自地衣芽孢杆菌(Bacilluslicheniformis)的BL00275；DNaseI；限制性核酸内切酶；脱氧核糖核酸酶(例如来自金黄色葡萄球菌热核酸酶、地衣芽孢杆菌NucB、DNase 1L2)；糖苷水解酶(例如Dispersin B、藻酸盐裂解酶、淀粉酶、纤维素酶、聚糖酶)；和蛋白酶(例如枯草杆菌蛋白酶、蛋白酶K、胰蛋白酶、沙氏菌蛋白酶)。
可以在一个系统或组合物中施用的益生细菌的非限制性实例包括以下的细菌物种一种或多种或任何组合：痤疮丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌、贪婪丙酸杆菌、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌和/或杰氏棒杆菌。在实施方案中，基于以下能力选择益生细菌菌株：(a)定殖在皮肤上而不会引起不利的免疫应答，其特征在于低的脂肪酶活性和与人角质形成细胞降低的粘附；(b)占据类似于痤疮丙酸杆菌的生境。
在实施方案中，生物膜降解酶存在于配制物中并充当佐剂，以增加活性成分(例如噬菌体)的功效。在实施方案中，酶具有体外降解痤疮丙酸杆菌生物膜的能力。
实施方案
下面提供了实施方案和实例，以帮助对本发明的更完整的理解。以下实施方案和实例说明了制备和实施本发明的示例性模式。然而，本发明的范围不限于在这些实施方案和实例中公开的特定实施方案，其仅出于说明的目的，因为可以利用替代方法来获得类似的结果。
实施方案包括以下实施方案P1至P56：
实施方案P1.一种组合物，其基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成。
实施方案P2.一种组合物，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体，其中所述组合物不包含益生细菌。
实施方案P3.实施方案P2的组合物，其中所述组合物还包含痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。
实施方案P4.实施方案P1-P3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是过氧化苯甲酰。
实施方案P5.实施方案P4的组合物，其中所述过氧化苯甲酰以2.5％至10％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P6.实施方案P4的组合物，其中所述过氧化苯甲酰以小于2.5％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％或2％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P7.实施方案P1-P3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是水杨酸。
实施方案P8.实施方案P7的组合物，其中所述水杨酸以0.5％至2％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P9.实施方案P7的组合物，其中所述水杨酸以小于0.5％但大于约0.1％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P10.实施方案P1-P3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是硫。
实施方案P11.实施方案P10的组合物，其中所述硫以3％至10％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P12.实施方案P10的组合物，其中硫以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P13.实施方案P1-P3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是间苯二酚和硫。
实施方案P14.实施方案P13的组合物，其中所述间苯二酚以2％的浓度存在并且所述硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P15.实施方案P1-P3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物包含间苯二酚单乙酸酯和硫。
实施方案P16.实施方案P15的组合物，其中所述间苯二酚单乙酸酯以3％的浓度存在并且硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案P17.实施方案P1-P3中任一项的组合物，其中所述抗痤疮化合物是抗生素、类视黄醇或α-羟基酸。
实施方案P18.一种组合物，其包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
实施方案P19.实施方案P1-P18中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体是裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体。
实施方案P20.实施方案P1-P19中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体包含线性双链DNA基因组。
实施方案P21.实施方案P1-P20中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体在长尾噬菌体科内。
实施方案P22.实施方案P1-P21中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组包含与SEQ ID NO：1的核苷酸序列至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％相同的核苷酸序列。
实施方案P23.实施方案P18-P21中任一项的组合物，其中所述酶是痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。
实施方案P24.实施方案P3或P18-P23中任一项的组合物，其中所述酶是糖苷酶、蛋白酶、DNAse或限制性核酸内切酶。
实施方案P25.实施方案P3或P18-P24中任一项的组合物，其中所述酶是糖苷酶。
实施方案P26.实施方案P25的组合物，其中所述糖苷酶是糖苷水解酶。
实施方案P27.实施方案P26的组合物，其中所述酶催化N-乙酰基-D-葡糖胺的线性聚合物的水解。
实施方案P28.实施方案P27的组合物，其中所述酶是β-己糖胺酶。
实施方案P29.实施方案P28的组合物，其中所述酶水解乙酰基葡糖胺聚合物的β-1,6-糖苷键。
实施方案P30.实施方案P3或P18-P24中任一项的组合物，其中所述酶是DNAse I、限制性核酸内切酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、胰蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶、沙氏菌蛋白酶、dispersin、藻酸盐裂解酶、淀粉酶或纤维素酶。
实施方案P31.实施方案P3或P18-P24中任一项的组合物，其中所述酶是DispersinB。
实施方案P32.实施方案P3或P18-P24中任一项的组合物，其中所述酶是蛋白酶，并且所述蛋白酶是蛋白酶K或枯草杆菌蛋白酶。
实施方案P33.实施方案P18-P22中任一项的组合物，其中所述酶是抗衰老酶。
实施方案P34.实施方案P33的组合物，其中所述抗衰老酶是超氧化物歧化酶或过氧化物酶。
实施方案P35.实施方案P18-P34中任一项的组合物，其进一步包含益生细菌。
实施方案P36.实施方案P35的组合物，其中所述益生细菌是益生的丙酸杆菌物种、葡萄球菌物种和/或棒状杆菌物种细菌。
实施方案P37.实施方案P35的组合物，其中所述益生细菌是β-变形菌纲内的细菌。
实施方案P38.实施方案P36的组合物，其中所述益生细菌是益生的痤疮丙酸杆菌细菌。
实施方案P39.实施方案P38的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌细菌
(a)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T992C突变的16S rDNA序列；
(b)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C突变的16S rDNA序列；
(c)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C1322T突变的16S rDNA序列；
(d)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T突变的16S rDNA序列；
(e)包含与SEQ ID NO：3的序列相同的16S rDNA序列；
(f)包含与SEQ ID NO：4的序列相同的16S rDNA序列；
(g)不包含线性质粒；
(h)不包含包含毒力因子的质粒；和/或
(i)不包含编码染色体外脂肪酶和/或紧密粘附毒力因子的质粒。
实施方案P40.实施方案P38的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌细菌：
(a)在浮游式培养物中生长时，产生少于约20％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；
(b)当在附着培养物中生长时，产生少于约10％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；
(c)粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少50％；和/或
(d)比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。
实施方案P41.实施方案P35-P40中任一项的组合物，其还包含至少一种额外的益生细菌。
实施方案P42.实施方案P41的组合物，其中所述至少一种额外的益生细菌包括颗粒丙酸杆菌和/或贪婪丙酸杆菌。
实施方案P43.实施方案P40的组合物，其中所述致病性痤疮丙酸杆菌菌株
(a)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C突变的16S rDNA序列；
(b)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C和A1201C突变的16S rDNA序列；
(c)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G529A突变的16S rDNA序列；
(d)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1004A和T1007C突变的16S rDNA序列；
(e)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1268A突变的16S rDNA序列；
(f)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T554C和G1058C突变的16S rDNA序列；
(g)包含与SEQ ID NO：5的序列相同的16S rDNA序列；
(h)包含与SEQ ID NO：6的序列相同的16S rDNA序列；
(i)包含与SEQ ID NO：7的序列相同的16S rDNA序列；
(j)包含与SEQ ID NO：8的序列相同的16S rDNA序列；
(k)包含与SEQ ID NO：9的序列相同的16S rDNA序列；和/或
(1)包含与SEQ ID NO：10的序列相同的16S rDNA序列。
实施方案P44.实施方案P18-P43中任一项的组合物，其还包含至少一种额外的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
实施方案P45.实施方案P1-P44中任一项的组合物，其包含药学上可接受的载体。
实施方案P46.实施方案P45的组合物，其中所述药学上可接受的载体包括乳液。
实施方案P47.实施方案P46的组合物，其中所述乳液是水包油乳液或油包水乳液。
实施方案P48.实施方案P1-P47中任一项的组合物，其为霜、露、悬浮液或水性溶液的形式。
实施方案P49.一种组合，其基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物组成，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物的每一个在还包含药学上可接受的载体的组合物中。
实施方案P50.实施方案P49的组合，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物在不同组合物中。
实施方案P51.实施方案P50的组合，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物在不同容器内。
实施方案P52.一种组合，其包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
实施方案P53.实施方案P52的组合，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶在不同组合物内。
实施方案P54.实施方案P53的组合，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶在不同容器内。
实施方案P55.一种治疗有需要的对象中的痤疮的方法，该方法包括给所述对象施用有效量的实施方案P1-P46中任一项的组合物或实施方案P49-P54中任一项的组合。
实施方案P56.实施方案P55的方法，其中所述组合物是局部施用的。
另外的实施方案包括以下的实施方案1至55：
实施方案1.一种组合物，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体。
实施方案2.实施方案1的组合物，其不包含益生细菌。
实施方案3.实施方案1或2的组合物，其中所述组合物还包含痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。
实施方案4.实施方案1-3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是水杨酸。
实施方案5.实施方案4的组合物，其中所述水杨酸以0.5％至2％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案6.实施方案5的组合物，其中所述水杨酸以小于0.5％但大于约0.1％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案7.实施方案1-3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是硫。
实施方案8.实施方案7的组合物，其中所述硫以3％至10％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案9.实施方案7的组合物，其中硫以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案10.实施方案1-3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是间苯二酚和硫。
实施方案11.实施方案10的组合物，其中所述间苯二酚以2％的浓度存在并且所述硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案12.实施方案1-3中任一项的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物包含间苯二酚单乙酸酯和硫。
实施方案13.实施方案12的组合物，其中所述间苯二酚单乙酸酯以3％的浓度存在并且硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案14.实施方案1-3中任一项的组合物，其中所述抗痤疮化合物是抗生素、类视黄醇或α-羟基酸。
实施方案15.实施方案1-14中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体是天然存在的痤疮丙酸杆菌噬菌体
实施方案16.实施方案1-15中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体是裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体。
实施方案17.实施方案1-16中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体包含线性双链DNA基因组。
实施方案18.实施方案1-17中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体在长尾噬菌体科内。
实施方案19.实施方案1-19中任一项的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组包含与SEQ ID NO：1的核苷酸序列至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％相同的核苷酸序列。
实施方案20.实施方案3-19中任一项的组合物，其中所述酶是痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。
实施方案21.实施方案3-20中任一项的组合物，其中所述酶是糖苷酶、蛋白酶、DNAse或限制性核酸内切酶。
实施方案22.实施方案3-21中任一项的组合物，其中所述酶是糖苷酶。
实施方案23.实施方案22的组合物，其中所述糖苷酶是糖苷水解酶。
实施方案24.实施方案23的组合物，其中所述酶催化N-乙酰基-D-葡糖胺的线性聚合物的水解。
实施方案25.实施方案24的组合物，其中所述酶是β-己糖胺酶。
实施方案26.实施方案25的组合物，其中所述酶水解乙酰基葡糖胺聚合物的β-1,6-糖苷键。
实施方案27.实施方案3-20中任一项的组合物，其中所述酶是DNAseI、限制性核酸内切酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、胰蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶、沙氏菌蛋白酶、dispersin、藻酸盐裂解酶、淀粉酶或纤维素酶。
实施方案28.实施方案3-20中任一项的组合物，其中所述酶是Dispersin B。
实施方案29.实施方案3-20中任一项的组合物，其中所述酶是蛋白酶，并且所述蛋白酶是蛋白酶K或枯草杆菌蛋白酶。
实施方案30.实施方案1-29中任一项的组合物，其进一步包含抗衰老酶。
实施方案31.实施方案30的组合物，其中所述抗衰老酶是超氧化物歧化酶或过氧化物酶。
实施方案32.实施方案1-31中任一项的组合物，其进一步包含益生细菌。
实施方案33.实施方案32的组合物，其中所述益生细菌是益生的丙酸杆菌物种、葡萄球菌物种和/或棒状杆菌物种细菌。
实施方案34.实施方案32的组合物，其中所述益生细菌是β-变形菌纲内的细菌。
实施方案35.实施方案33的组合物，其中所述益生细菌是益生的痤疮丙酸杆菌细菌。
实施方案36.实施方案35的组合物，其中痤疮丙酸杆菌细菌
(a)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T992C突变的16S rDNA序列；
(b)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C突变的16S rDNA序列；
(c)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C1322T突变的16S rDNA序列；
(d)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T突变的16S rDNA序列；
(e)包含与SEQ ID NO：3的序列相同的16S rDNA序列；
(f)包含与SEQ ID NO：4的序列相同的16S rDNA序列；
(g)不包含线性质粒；
(h)不包含包含毒力因子的质粒；和/或
(i)不包含编码染色体外脂肪酶和/或紧密粘附毒力因子的质粒。
实施方案37.实施方案35或36的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌细菌：
(a)在浮游式培养物中生长时，产生少于约20％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；
(b)当在附着培养物中生长时，产生少于约10％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；
(c)粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少50％；和/或
(d)比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。
实施方案38.实施方案32-37中任一项的组合物，其进一步包含至少一种额外的益生细菌。
实施方案39.实施方案38的组合物，其中所述至少一种额外的益生细菌包括颗粒丙酸杆菌和/或贪婪丙酸杆菌。
实施方案40.实施方案37的组合物，其中所述致病性痤疮丙酸杆菌菌株
(a)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C突变的16S rDNA序列；
(b)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C和A1201C突变的16S rDNA序列；
(c)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G529A突变的16S rDNA序列；
(d)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1004A和T1007C突变的16S rDNA序列；
(e)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1268A突变的16S rDNA序列；
(f)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T554C和G1058C突变的16S rDNA序列；
(g)包含与SEQ ID NO：5的序列相同的16S rDNA序列；
(h)包含与SEQ ID NO：6的序列相同的16S rDNA序列；
(i)包含与SEQ ID NO：7的序列相同的16S rDNA序列；
(j)包含与SEQ ID NO：8的序列相同的16S rDNA序列；
(k)包含与SEQ ID NO：9的序列相同的16S rDNA序列；和/或
(1)包含与SEQ ID NO：10的序列相同的16S rDNA序列。
实施方案41.实施方案1-40中任一项的组合物，其进一步包含至少一种额外的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
实施方案42.实施方案1-41中任一项的组合物，其中所述药学上可接受的载体包括乳液。
实施方案43.实施方案42的组合物，其中所述乳液是水包油乳液或油包水乳液。
实施方案44.实施方案1-44中任一项的组合物，其为霜、露、悬浮液或水性溶液的形式。
实施方案45.一种组合，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物的每一个在还包含药学上可接受的载体的组合物中。
实施方案46.实施方案45的组合，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物在不同组合物中。
实施方案47.实施方案46的组合，其中所述至少一种抗痤疮化合物是过氧化苯甲酰。
实施方案48.实施方案47的组合，其中所述过氧化苯甲酰以2.5％至10％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案49.实施方案47的组合，其中所述过氧化苯甲酰以小于2.5％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％或2％(重量/体积)的浓度存在。
实施方案50.一种治疗有需要的对象中的痤疮的方法，该方法包括给对象施用有效量的实施方案1-44中任一项的组合物。
实施方案51.实施方案50的方法，其中所述组合物是局部施用的。
实施方案52.一种治疗有需要的对象中痤疮的方法，该方法包括给对象施用有效量的实施方案45-49中任一项的组合。
实施方案53.一种组合物，其包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
实施方案54.一种组合，其包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
实施方案55.一种组合物，其基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成。
实施例
以下实施例说明了本发明的某些具体实施方案，并不意味着限制本发明的范围。
通过以下实施例和详细方案来进一步说明本文的实施方案。但是，这些实施例仅旨在说明实施方案，而不应解释为限制本文的范围。在本申请全文中引用的所有参考文献和公开的专利以及专利申请的内容均通过引用并入本文。
实施例1.痤疮丙酸杆菌噬菌体PHIT-101选择性地和有效地杀死痤疮丙酸杆菌。
已显示痤疮丙酸杆菌噬菌体在遗传上高度相似，并且表现出针对多种痤疮丙酸杆菌菌株的广泛的范围。使用主要(lead)噬菌体(PHIT-101)进行实验。PHIT-101是单一裂解性噬菌体，其杀死所有测试的痤疮丙酸杆菌菌株类型(数据未显示)。PHIT-101具有SEQ IDNO：1的序列。为了展示该噬菌体的功效和特异性，如下进行平板测定。痤疮丙酸杆菌KPA171202和颗粒丙酸杆菌(密切相关但是良性的皮肤细菌)分别接种在BHI琼脂平板上。将无菌的棉垫放置在每个板上。将无菌棉垫浸入米诺环素(一种通常用于治疗痤疮的抗生素)或滴度为2x107 pfu/mL的噬菌体溶液中。在37℃厌氧温育平板72小时后，米诺环素垫不加选择地杀死细菌，在引起痤疮的痤疮丙酸杆菌和共生的颗粒丙酸杆菌上均显示出杀灭区(图1)。相反，PHIT-101垫仅杀死痤疮丙酸杆菌，而不会干扰有益的颗粒丙酸杆菌的生长。
在合成的皮肤微生物组测定中获得了PHIT-101选择性杀灭能力的进一步证据。配制了包含痤疮丙酸杆菌、颗粒丙酸杆菌和贪婪丙酸杆菌的合成的皮肤微生物组，三种皮肤细菌在皮肤毛孔中构成微生物群落的60-80％[Science(2009)324:1190-1192]。在存在或不存在PHIT-101(终浓度5x105pfu/mL)的情况下，该合成的皮肤微生物组在厌氧条件下生长。在37℃温育48小时后，将细胞沉淀并洗涤，并在Illumina MiSeq上使用16S扩增子下一代测序(NGS)确定三种物质的相对比例。图2的结果显示PHIT-101能够几乎完全杀死痤疮丙酸杆菌，而不会负面影响共生的颗粒丙酸杆菌和贪婪丙酸杆菌的生长。
筛选生物膜降解酶(BDE)以破坏痤疮丙酸杆菌生物膜。
最近的一些报道(Exp Dermatol(2014)23:687,Br J Dermatol(2015)172:13)已经确定痤疮丙酸杆菌在皮肤毛孔中产生大量生物膜，这阻止了抗生素的渗透并导致治疗结果差。为了证实这一点，定量了几种痤疮丙酸杆菌的生物膜产生。图3示出了从单个对象的微生物群落分离的多个菌株的附着培养物在相似条件下产生明显不同水平的生物膜。因此，先前使用浮游细胞的概念验证不能反映痤疮丙酸杆菌在皮肤上生长的真实条件。
不受任何科学理论的束缚，我们假设生物膜可能对噬菌体杀死固着痤疮丙酸杆菌细胞存在重要的障碍。该假设在细胞存活试验中得到证实(图5)，该试验表明，与浮游性痤疮丙酸杆菌(杀死99％，图2)不同，PHIT-101仅能够杀死约50％的包封在生物膜中的痤疮丙酸杆菌细胞。为了确定生物膜降解是否将改善噬菌体的杀灭，筛选了许多酶以找到对痤疮丙酸杆菌具有特异性的BDE。筛选包括三类酶，它们可能会降解生物膜中发现的材料类型：DNA、多糖和蛋白质。图4显示，在筛选中，DNA酶具有中等活性，而在蛋白酶和dispersin(来自Aggregatibacter actinomycetemcomitans的糖苷水解酶)中发现了最佳的生物膜降解速率。
在选择与噬菌体配对的BDE时，选择dispersin的原因有两个：首先，作为糖苷水解酶，不太可能攻击噬菌体本身的蛋白外壳，从而避免了噬菌体的可能降解。其次，痤疮丙酸杆菌与金黄色葡萄球菌共同形成坚固的生物膜[Anaerobe(2016)40:63-67]，并且dispersin对两种生物的生物膜都有活性。测定了添加dispersin是否会增加固着的痤疮丙酸杆菌的噬菌体杀灭效率。图5显示，在dispersin存在下，对PHIT-101的细菌杀灭作用增强，恢复了噬菌体约99％的杀灭效率。
实施例2益生细菌
益生菌株的基因型表征。
基于16S rDNA序列中的点突变来表征痤疮丙酸杆菌菌株，所述点突变导致系统发育分类为致病性和益生菌株类型，并且在致病性菌株中不存在携带有毒力因子的线性质粒。使用16S特异性引物扩增每个痤疮丙酸杆菌菌株的完整16S rDNA序列并进行Sanger测序。益生菌株被鉴定为具有ProI或ProII的核糖序列(RS)。ProI菌株相对于KPA171202型菌株的16S rDNA序列(NIH登录号NC_006085.1)具有T838C和C1322T突变。ProII菌株相对于KPA171202序列具有C986T和T992C突变。此外，使用特定的引物对，确定每个菌株中是否存在线性质粒。益生菌株被鉴定为缺少该质粒，该质粒携带染色体外脂肪酶以及Tad(紧密粘附)毒力因子。
在实施方案中，所述益生菌株的主要特征在于它们的16S序列，例如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4。在实施方案中，它们可以通过缺乏带有毒力因子的质粒如染色体外脂肪酶和Tad基因座进行基因型鉴定。
益生菌株组(cohort)进一步表征了其免疫原性潜力。主要益生候选菌株基于两个因素：低脂肪酶产生和对上皮细胞的较不紧密粘附。这些特征的表型验证对于选择益生主要候选菌株是重要的。
测试益生的痤疮丙酸杆菌菌株的免疫原性潜力：脂肪酶活性。
脂肪酶通过水解皮脂甘油三酯并在毛皮脂腺囊中释放刺激性游离脂肪酸，在痤疮的发病机理中起重要作用。脂肪酶是一种强大的趋化性和促炎性抗原。因此，脂肪酶作为抗痤疮药物的药理学靶具有很高的意义。在实施方案中，总体策略是用低分泌益生菌痤疮丙酸杆菌代替分泌高水平脂肪酶的致病性痤疮丙酸杆菌。为了量化我们组中每种菌株的脂肪酶表达表型，用荧光脂酶活性测定法比较益生的痤疮丙酸杆菌菌株与致病性痤疮丙酸杆菌菌株的脂肪酶产生。
最有趣的发现之一是，当在浮游与附着培养物中生长时，每种菌株分泌不同量的脂肪酶。先前已经在痤疮丙酸杆菌菌株中报道了这一点[Res Microbiol,(2007)158:386-392]。此外，数据显示当这些菌株在液体培养中生长时，致病性菌株和益生菌株的脂肪酶输出之间没有显著差异。但是，当这些菌株在生物膜条件下生长时，看到了一个有趣的变化。尽管仍然可以观察到菌株之间的产量变化，但是几种益生菌株的脂肪酶活性显著低于致病菌株(图11)。有趣的是，并不是益生组中的所有菌株都具有低脂肪酶活性。例如，菌株Pr-1和Pr-5的脂肪酶产生超过益生菌株的阈值，并且没有进一步发展。因此，通过定量固着痤疮丙酸杆菌细胞中脂肪酶的产生，可以在益生菌株中进行筛选，并选择具有最一致的低水平脂肪酶活性的主要候选菌株。
因此，尽管致病性和益生菌株在浮游培养中分泌相似量的脂肪酶，但是益生菌株在附着培养中分泌的脂酶比致病性菌株少得多。图8显示与致病性菌株相比，最佳的益生候选菌株具有低的脂肪酶谱。
测试益生菌痤疮丙酸杆菌菌株的免疫原性潜力：细胞粘附。
可用的致病性菌株被证实具有紧密粘附(tad)基因座，其在其它哺乳动物病原体中具有毒力作用[J Bacteriol(2000)182:6169-6176；Nat Rev Microbiol(2007)5:363-375；PNAS(2003)100:7295-7300]。对宿主细胞的更大粘附可能会增加毒力或诱导炎症性宿主应答。益生菌株先前已通过基因型验证不包含tad基因座，因此被预测与上皮细胞粘附的紧密性较弱。比较了致病性菌株和益生菌株对A-431真皮上皮细胞的粘附性，以评估粘附性是否存在明显差异。图9显示，排名前三位的益生候选菌株比致病性菌株的粘附性弱。有趣的是，再次发现痤疮丙酸杆菌的不同菌株家族之间细胞粘附细微但反复出现的差异。因此，具有ProI核糖序列的痤疮丙酸杆菌菌株表现出稍高的细胞粘附性(图9中的Pr-2)，而ProII菌株较不紧密地粘附于细胞(图9中的Pr-B、Pr-C)。
小鼠耳朵炎症模型中致病性和益生的痤疮丙酸杆菌的比较。
在验证益生菌株(显示出它们产生较少的脂肪酶并且较不紧密地粘附于上皮细胞上的低免疫原性潜力之后，在小鼠耳朵炎症模型中测试了这些菌株的炎症反应，该模型已经被很好地建立并且先前已被用于评估痤疮中痤疮丙酸杆菌的炎症潜力。在以下研究中比较了致病性和益生菌株的炎症潜力：将1010cfu的菌株注入CBA/J小鼠的耳朵。将5只小鼠的组分配给每个菌株。5天后，切除耳朵并检查炎症。测量几个炎性细胞因子(IL-1β、IL-6、IL-17、TNFa)的水平，并通过组织学检查组织的切片。图10示出，相对于益生菌株，致病性菌株具有显著更高水平的IL-1β、IL-6、IL-17和TNFa。
迷你猪皮肤模型中益生菌株的急性皮肤安全性和毒性。
使用迷你猪模型来测试益生菌株对皮肤的刺激。猪是转化研究中使用的主要动物之一，猪的皮肤在生理、解剖、生化和免疫方面与人的皮肤相似。迷你猪特别常用于模拟人类皮肤疾病和病况，如痤疮[Vet Pathol(2012)49:344-356]。益生菌株在限定的皮肤区域以两种剂量——108cfu和109cfu——施用于三只不同的迷你猪的皮肤。每天观察动物的临床体征，并在给药前、给药后0.5、1、4、8和24小时使用Draize评分系统对给药部位皮肤进行评分。在整个时期内，主要益生菌株没有引起的红斑或水肿(表1)，并且整个过程中观察到的Draize得分为0。这证明了益生菌株在动物皮肤模型中急性暴露的安全性。
表1：迷你猪皮肤模型中的急性皮肤安全性/毒性显示益生菌株的良好安全性。将益生细菌以正常剂量(108cfu)和急性剂量(109cfu)在3只雄性迷你猪的限定皮肤区域上施用，并在应用后24小时进行监测。使用Draize评分系统对红斑和水肿进行定量。Draize评分提供了红斑和水肿的相对严重程度。在整个监测期间，在所有皮肤区域均观察到Draize得分为0，表明完全没有红斑和水肿。
Figure BDA0002328095800000741
实施例3.具有抗痤疮化合物的组合物中的噬菌体稳定性
为了确定噬菌体在与水杨酸或过氧化苯甲酰(BPO)共同配制物中是否稳定，将噬菌体与这些试剂在低浓度和高浓度下共同温育。浓度范围由美国食品和药物管理局(FDA)痤疮专论中对于非处方使用指定的这些药物的允许浓度确定。对于水杨酸，这是0.5％至2％(w/v)，而对于BPO，该范围是2.5％至10％(w/v)。将经缓冲的噬菌体溶液添加到这些物质中，并经60-90天测试其在4℃的稳定性。图15显示在低剂量和高剂量水杨酸的存在下噬菌体都是稳定的。相比之下，图16显示过氧化苯甲酰使噬菌体不稳定，并且在较高的BPO浓度下观察到的噬菌体活力降低速率更陡。
实施例4(假想的(prophetic)).用噬菌体和水杨酸的组合治疗
进行包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和水杨酸的组合物的双盲安慰剂对照研究，确定该治疗与安慰剂、单独的痤疮丙酸杆菌噬菌体和单独的水杨酸的比较功效。在有和没有痤疮丙酸杆菌噬菌体的情况下施用浓度0.5％和2％(w/v)的水杨酸。在包括痤疮丙酸杆菌噬菌体在内的所有条件下，噬菌体的剂量为每剂109pfu(噬菌斑形成单位)。以下组分别治疗十名痤疮严重程度相当的对象：
(i)安慰剂(无活性剂)
(ii)0.5％水杨酸作为唯一活性剂
(iii)2％水杨酸作为唯一活性剂
(iv)痤疮丙酸杆菌噬菌体为唯一活性剂
(v)0.5％水杨酸和痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合(在单个组合物中)
(vi)2％水杨酸和痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合(在单个组合物中)
痤疮丙酸杆菌噬菌体与水杨酸的组合对治疗痤疮具有超过累加的作用，即具有协同作用(噬菌体和水杨酸的组合作用大于噬菌体和水杨酸的作用(当每种物质单独使用时)之和)。使用病变计数和IGA(研究者总体评估)评分来衡量治疗的有效性。
实施例5(假想的).用噬菌体和硫的组合治疗
进行包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和硫的组合物的双盲安慰剂对照研究，确定该治疗与安慰剂、单独的痤疮丙酸杆菌噬菌体和单独的硫的比较功效。在有和没有痤疮丙酸杆菌噬菌体的情况下施用浓度为3％和10％(w/v)的硫。在包括痤疮丙酸杆菌噬菌体的所有条件下，噬菌体以每剂量109pfu的剂量存在。以下组分别治疗十名痤疮严重程度相当的对象：
(i)安慰剂(无活性剂)
(ii)3％硫作为唯一活性剂
(iii)10％硫作为唯一活性剂
(iv)痤疮丙酸杆菌噬菌体为唯一活性剂
(v)3％硫和痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合(在单个组合物中)
(vi)10％硫和痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合(在单个组合物中)
痤疮丙酸杆菌噬菌体与硫的组合对治疗痤疮具有超过累加的作用，即具有协同作用(噬菌体和硫的组合作用大于噬菌体和硫的作用(当每种物质单独使用时)之和)。使用病变计数和IGA(研究者总体评估)评分来衡量治疗的有效性。
实施例6(假想的).用噬菌体和过氧化苯甲酰的组合治疗
进行包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和BPO的组合物的双盲安慰剂对照研究，以确定该治疗与安慰剂、单独的痤疮丙酸杆菌噬菌体和单独的BPO的比较功效。在有和没有痤疮丙酸杆菌噬菌体的情况下，施用2.5％和10％(w/v)BPO浓度。在包括痤疮丙酸杆菌噬菌体的所有条件下，噬菌体以每剂量109pfu的剂量存在。以下组分别治疗十名痤疮严重程度相当的对象：
(i)安慰剂(无活性剂)
(ii)2.5％BPO为唯一活性剂
(iii)10％BPO为唯一活性剂
(iv)痤疮丙酸杆菌噬菌体为唯一活性剂
(v)2.5％BPO和痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合(在单独的组合物中)
(vi)10％BPO和痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合(在单个组合物中)
痤疮丙酸杆菌噬菌体与BPO的组合对治疗痤疮具有超过累加的作用，即具有协同作用(噬菌体和BPO的组合作用大于噬菌体和BPO的作用(当每种物质单独使用时)之和)。使用病变计数和IGA(研究者总体评估)评分来衡量治疗的有效性。
实施例7(假想的).用噬菌体和过氧化苯甲酰的组合进行测定
进行体外研究，以确定(i)BPO；(ii)痤疮丙酸杆菌噬菌体；或(iii)痤疮丙酸杆菌噬菌体+BPO杀死浮游性和固着的致病性痤疮丙酸杆菌的功效。
痤疮丙酸杆菌噬菌体与BPO的组合对杀死固着致病性痤疮丙酸杆菌细菌具有超过累加的作用，即具有协同作用(噬菌体和BPO的组合作用大于噬菌体和BPO的作用(当每种物质单独使用时)之和)。BPO(类似于水杨酸和类视黄醇)的角质分解作用有助于噬菌体渗透皮肤毛孔，使痤疮丙酸杆菌进入毛孔深处。
序列表
<110> Phi治疗股份有限公司
<120> 用于治疗痤疮的包含痤疮丙酸杆菌噬菌体的组合物
<130> 052004-503001WO
<150> 62/488,326
<151> 2017-04-21
<160> 28
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 29752
<212> DNA
<213> Propionibacterium acnes bacteriophage
<400> 1
agtgaaatac ctcccttttg tggttttgtc tgtttgtcga ctttttgtgt tggtggtgag 60
tgttgtgcag cctgagcttc ctgagtctcg tgagtggtgt ggggagacgc gtcgttggtg 120
gcgtgtgtgg ggtgaggata gtcgcgcgcc gtatgtgtct gatgaggagt ggttgtttct 180
tatggatgct gcggtgattc atgattgtgt gtggcgtgag ggtcgcgcgg atttggtggc 240
ttcgcttcgt gcgcatgtga aggcttttat gggcatgttg gataggtatt cggttgatgt 300
ggcgtctggt ggccgtggtg ggggttctgc tgtggcgatg attgaccggt ataggaagcg 360
taggggggct tgagtaggtg tctggtgttg ttgggtctca ggttcctcgt caccgtgtgg 420
ctgcggcgta ttcggtgtct gctgggggtg atgctgggga gcttggtcgt gcgtatgggt 480
tgacgcctga tccgtggcag cagcaggtgt tggatgattg gctggctgtc ggtagcaatg 540
gcaggcttgc ttctggtgtg tgtggggtgt ttgttccgcg gcagaatggc aagaatgcta 600
ttttggagat tgtggagttg tttaaggcga ctattcaggg tcgccgtatt ttgcatacgg 660
ctcacgagtt gaagtcggct cgtaaggcgt ttatgcggtt gaggtcgttt tttgagaatg 720
agcggcagtt tcctgacttg tatcgtatgg tgaagtcgat tcgtgcgacg aatggtcagg 780
aggctattgt gttgcatcat ccggattgtg ccacttttga gaagaagtgt ggctgcagcg 840
gttggggttc ggttgagttt gtggctcgta gccggggttc ggctcgcggg tttacggttg 900
atgatttggt gtgtgatgag gctcaggagt tgtcggatga gcagttggag gctttgcttc 960
ctacggtaag tgctgccccg tctggtgatc cgcagcagat tttccttggt acgccgcctg 1020
ggccgttggc tgatggttct gtggtgttgc gtttgcgtgg gcaggcgctt ggtggcggta 1080
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ggcagtggcg gaagttggcg ggggatacga atccggcgtt ggggcgtcgc ctgaattttg 1200
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gctggtggga tcgtggccag tctgctgcgt ctgtggttcc tgctgataag tgggctcagt 1320
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ttattgatgg gctgtcggga acgattgttg atggtgtggg ccggttggct gactggttgg 1500
cggttcgttg gggtgatact gaccggatca tggttgccgg gtctggtgcg gtgttgttgc 1560
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ctcgtgctga ttctcgccgt gacatgttgg atattgctgt gaggtcggct gtgcagaagc 1740
gtaaggggtc tgcgtggggt tggggttcct cgtttaagga tggttctgag gttcctttgg 1800
aggctgtgtc tttggcgttt ttgggggcta aacgtgttcg tcgtggccgt cgggagcgta 1860
gtggtaggaa gcgggtgtct gtggtatgaa ctcggatgag ttggctctga ttgagggcat 1920
gtacgatcgt atccaaaggt tgtcttcgtg gcattgttgt attgagggct actatgaggg 1980
ctctaatcgg gtgcgtgacc ttggtgtggc tattccgccg gagttgcagc gtgtgcagac 2040
tgtggtgtcg tggcctggta tagctgtgga tgctttggag gagcgtctgg attggcttgg 2100
ctggactaat ggtgacggct acggccttga tggtgtgtat gctgcgaatc ggcttgctac 2160
ggcgtcgtgt gatgtgcatt tggatgcgct gatttttggg ttgtcgtttg ttgcgatcat 2220
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gttttcggct gacgggtctc gtttggatgc gggtttggtg gtgcagcaga cgtgtgatcc 2340
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ttcgcgtgaa tgggttgagg tggatcgtat accgaatgtg ttgggtgcgg ttccgttggt 2460
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tgatgcttcg acgcctaccc gggcggctac ggctgatgct gtgacgaagc ttgttggtgc 3060
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ggatagggcg aatgacacga ttgatgcgat ggcggcgggt tttgatcggg ctgttatgaa 3600
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tgatgatcat gggttgcagc aatcgcctgg caatattttg aaggctatgc gtactgttgg 3960
cgacatgaga taatttgatg tggtttccgg ttgtgcgccg ccggttattg gtgcacaggg 4020
ttgtctcccg cacgggggtc aacaatattg tgttgttttc cgcaaggagt gtagggttag 4080
gctatggccg atcagagtgt tgaggaacag aatgttgaca atgatgttgt ggagtccgga 4140
aaggataacg gcattgttga tacagtaaaa gacgatggcg ggcaggaggt agccgacaat 4200
cagttgaaga atgaaggcga gggtaaatcg ccggggactg attggaaggc tgaggcccgt 4260
aagtgggagt ctcgtgctaa aagtaatttt gccgagttgg agaagcttcg cgcctcggat 4320
ggtgatgcgg ggtctacgat tgatgagctt cgccgcaaga atgaggaact cgaagaccgg 4380
atcaatgggt ttgttcttga gggtgtgaag cgcgaggtgg ctgccgagtg tggcctgtcg 4440
ggtgatgctg tcgctttctt gtcgggtggc gataaggagt cgcttgccga gtctgcgaaa 4500
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agtgcccccg ttgatgatgt taaacgacgt gagggtgtcg cgtttgtgga tgctcttgtc 4620
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aagctttcgc cggagcagcc gactattttc gggcctgtga agggtgccgt gtttagtggt 4800
gttcctcgcg ccaagattgt tggtgagggc gaggttaagc cttccgcgtc tgttgatgtt 4860
tcggcgttta ctgcgcagcc tatcaaggtt gtgactcagc agcgtgtctc ggatgagttt 4920
atgtgggctg atgctgatta ccgtctgggt gtgcttcagg atctgatttc cccggctctt 4980
ggtgcttcga ttggtcgcgc cgtggatctg attgctttcc atggtattga tcctgccact 5040
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tatccgaagg ggtctccgct tgccggtcag cctatgtatc ctgccgccgg gtttgccggt 5280
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atgtcgcctg cctctggcgt taaggctatt gttggtgatt tctctcgtgt tcattggggt 5400
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gaggcgatga ttgccgatgt ggaggctgtg gctgtcagtg tcgccccctg tatcgctaaa 5760
ccggatttca aatacaagga tgccgctaag gctattctgc gcagggccct gttgcgctgg 5820
aatgataccg gggtttcggg tcaggtgcag tacgagtctg cgggcccgtt tgctcagact 5880
acacggtcga atactcccac gaatttgttg tggccttctg agattgccgc gttgaagaag 5940
ttgtgtgagg gtgatggtgg ggctggtaaa gcgttcacta ttacaccgac catgaggagt 6000
agtgtgaatc attctgaggt gtgttccacg gtgtggggtg agggttgctc gtgcggatct 6060
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ttcagcggtg acctgatttg gttggcgttg gatggcggcc cacagttgca tgttcgcgag 6900
caggtgtttt tgcgggtgaa cgtgttttct gatatgcctg atcgtgccat gtcgctagcc 6960
aggcgggttg aggctgtcct tgtagacggt gtggacggtg acccggtggt gttttgtcga 7020
cggtctactg gccctgattt gctggttgat ggtgcacgtt ttgatgtgta ttcgctgttt 7080
gagctgatat gcaggcctgt cgaatccgag taaacgtttt gttttgatat tgttgtttgt 7140
tttttgtttg atattgtttt tgggggttat gatggctgga acacgtaaag cgtctaatgt 7200
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gatgatttgt ttccacatag tccatgacac gtcgagccgg tccaatattt ccattgctgg 20280
aatgttgaac tggttcagga agagtatttc gtgggtgtag tattccttct cgtactggtc 20340
ccatccactt cggtgcctgt tgggctggtt tttggggtag gcttcccggc atactttgtg 20400
caaatgtttg gccatgtcgt cgggtagttt aatgtcaggg ttggcgcgga tcatggatcg 20460
catcccatca taggtggtgc cccaggtgtg catgatgtag gtggggtctt caccatcagc 20520
ccatttttct gcacagatgg cgaggcggat gcgtctcctg gctgattggc tggtgttgcg 20580
ccggttgggg atggggcacg tgtcgagggg atccatgatg ttttggtgta cctttcttgg 20640
tttaggttgc ttgtgtggtt ttattgtagc actgtgtcta gtgcttgtgt caaccctgtt 20700
ttgccggcct gaaggtaggt gtctgtgaca tcccccaggg tgaggggcac atgggtggct 20760
tgggggagtg cggcctggag tgtttgggcc atctggtggc ccgccttgtc tgggtctgac 20820
cagatgtaga tgtggtcgta gccttcaaaa aatttggtcc aaaaagtttg ccacgaggtt 20880
gcgccgggta gggctacggc tggccatccg cattgttcga ggatcatgga gtcgaattcg 20940
ccttcgcaaa tgtgcatttc ggctgccggg ttggccatgg cggccatgtt gtagatggag 21000
cctgtgtctc ctgccggggt tagatatttg gggtggttgt gggttttgca atcatgttgg 21060
agtgagcagc ggaaacgcat ttttcgtatt tcggctggcc cttcccagac ggggtacatg 21120
tatgggatgg tgatgcactg gttgtagttt tcgtggcctt ggatggggtc attgtcgatg 21180
tatccaaggt ggtggtagcg ggctgtttct tcgctgatgc ctcttgccga gagcaggtcg 21240
agtatgtttt cgaggtgggt ttcgtagcgg gctgaggctt tctggattcg gcggcgttcc 21300
gcaatgttgt aggggcgtat gctgtcgtac attcgggttt tcttcctcta atcgttgttt 21360
cagtttgtgg agtccgcctc cgataccgca tgtgtggcag taccagacgc ccttgtcgag 21420
gttgatgctc atggagggct ggtggtcgtc gtggaacggg cagaggatgt gttgctcgtt 21480
ccgtgacggg ttgtagcgta tctggtgggc gtctaggagg cggcaggtgt cagaggtgtg 21540
ggaggagctc gttgagggtt gataccacat aggcttcgct ccagggtttg ttgcgctgtt 21600
tcatgatgac gagtccgatg gtggattggt tttcgcggtt tcggtgtgtt tcgtagttgc 21660
gtgcctcccg gctggcttgt ttcacgaatt cggctaggtg tgcctgtcct gctttggctt 21720
cgatcacata ggttttgttg ccggttgtga ggatgaggtc gccttcgtct tctttaccgt 21780
tgaggtggag gcgttctata tcatagccgg tgtcgcgtag ctggtggagg agtcttgttt 21840
cccattcggc gccggctcgg cggttgcgtg cctgttgtgt tgacatgata gtcctttatg 21900
ttcttgtgtc atgttccagg gctgtttttc tactaggggc ccgaagaatg tgtattcggg 21960
gtaggctcgt agtcgttcgt attttgttcc gtctgggctg gatttgccgg ttctctgttt 22020
caggacggcg atgcgtgcct cggcggggat ggtgaggccg ttgccgttgt cttcgccacc 22080
atacagggag actcccaata tgagttgtgg tttttcggag aggccgtttt tgatttcccg 22140
cctagctggg gggtgttcga tgtcggtgcc ggttttgtcg gttgcgtggt gggtgacgat 22200
gatggtggag ccagtatctc tacctaaggc tgtgatccat tgcatggctt cttgctgtgc 22260
ctgatagtcg gattcgcagt cttggatgtc catcaggttg tctataacaa taatgggtgg 22320
gaaggtgttc cacatttcca tgtaggcttg cagttccatg gtgatgtctg tccatgtgat 22380
gggtgactgg aatgagaagg tgatgtgtcc gccgtggtgg atgctgtctc gatagtattc 22440
tggcccgtag ttgtcgatgt tgtgttgtat ctgttgggtg gtgtgttggg tgttgagtga 22500
gatgattcgt gtggaggcct cccagggtgt catgtcccct gatatgtaga gggctggctg 22560
gttgagcatc gcggtgatga acatggctag ccctgatttt tggctgccgg accgccccgc 22620
gatcatgacc aaatcccctt tgtggatgtg catgtccagg ttgtcataca agggtgctag 22680
ttggggtatg cggggcagtt cggcggctgt ttgggaggcc ctctcgaagg atctttggag 22740
agagagcatc gggaccttaa tctatctgtt ggttgggtgt gttttggtgg tcagatggag 22800
tcgatgtcga tgtcagcatc ggcgggggct gtggtgtcgt ctagctggcc gttgtcgcgt 22860
ttgtctacat attcggcaac cttatcgtag atggcgtcgt cgaggggttt gaggacgacc 22920
gcgttgaacc cgtttttggt gcgcacggtg gcaagtttga aggcttgttc ttcgccgaga 22980
tatgcttcta ggtcgcggat catggagtgt gggcggtcgt tgttgccgcg tgctttttcg 23040
atgatggcgt tggggatggt ttctggggtg ccgttgttga gatcctggag ggtgtggaag 23100
attgtgacat cagcgtagat gcggtctgcg acctgtccac cgtagccttc ggtgttgtgt 23160
tctacgtcgc ggattttgaa ggcgatggcg gtggcgtcct ggtttcggga ggggttgaag 23220
aaggtgctgt tgctgttgtt gtggtagttg gcgagtgcca tgattgtgtt atcctttact 23280
gttgtgtctg tttttgttgt cttatattgg tttatcgggt gaggctgttt cgtttgctgc 23340
ggaaagcctc ggaaacgtca ctgttactgg tgatggtctt cttgtactgt ttgagtaggt 23400
ctgctagctg tgtcttgctg gtggctttgt ttatccggtc gatgatgatg tcgttttcct 23460
gtgatgcgat tttgttgacg tagtctttgg cggctttatc gtatcggtct tgaagcagga 23520
ttgctgcgct agcgatgagg gttgcgagat cccagtcttt ggatacggtt tcgtctttca 23580
atcctcctag cagatcaata atggattgtt tgatgtcttc tgcggtgtct ccgcggatga 23640
ctgtccatgg ggcggcatag tcgccaccgt atttgagtgt gatagttagt tttccgctgt 23700
ctgtggtgtg ctcgtcggtc acgtgttttc cttttcgttg ttttcggctt ctggtggctg 23760
tacggtggtt tctatcgggt atctgtaggc gtctttcccg ttgacggccc agcaggcgtc 23820
cttgacgggg catcctttgc agagtgtggt gacgtggggt acgaagatgc cttggctgat 23880
tcctttcatt gcttgactgt acatggatga tacatgccgg taggtgttgt tgtcaagatc 23940
aatgagttcg gttgctgtgc cctgctcgac tgattgctcg tctcccttgg tggtggcggg 24000
tgtccaaaac atgcctttcg tcacatggat gccgtgttgg gcgagcatgt accggtatgt 24060
gtgcagctgc atactgtctg cgggtaggcg tccggttttg aggtccaaaa tgaaggtttc 24120
gccggtgtcg gtgtcggtga atacccggtc aatatatccg actatttttg tgtcatcgtc 24180
gagggtggtt tctaccgggt attcgatgcc tggctggccg tcaataacag cggtggcgta 24240
ttctgggtgg ttgcgcctcc atgttttcca gcggtccaca aaggtggggc cgtacatcat 24300
ccaccaattg tagtctttct tgtgtggccc gcctgactcg cacatgtttt tgcatattct 24360
gccggagggc tttatgtttg tgccttcgga ttcggcgagg gcgatttggg tgtcgaaaat 24420
gtttgtgaag gatgagagtt tgtctggcag tgcagggtat tcggcggggt tgtacaggtg 24480
taggtcgtat tgttcggtga tgtggtgtat ggcgcttccg gcgatggtgg cgtaccaggt 24540
gtggtgttgg gcgtggtagc cgtgtgctag gcgccatttt tcgccgcatt cggcccactg 24600
tgtgagtgaa ctgtaggaga tgtggcctgg atggttgatg gttttcgggt attgtgctag 24660
gggcattact tgtcgccttt gtgggtgttc catgggttgc gggtgtcttt gccggcgtgg 24720
tgttgctggt aggcgaggag tgcgaggcag tgccaggcag cgtgtgccag atgcggcaaa 24780
tgtgattcgt tgtcgaggtt gttgccttgc tgccatgata acaggtgccg gtagagggcg 24840
tcgacactgt ggctccacgg gtatcctccg gtccagttgt tgtcgccgta cttggtggca 24900
ccgtagcctg ccacggagcc tagggcgtgc aaggctgcgg ggtcgatgag ggagagcctg 24960
cagagtttca attcttttcg ggcaccgctg ttggggtcgg tgtacatgct ggtgggctca 25020
tccatggtgt gtgtgctcct taagcgtggg ttactggtta ttgtcgtggg cgagtgctac 25080
ggcgagaata atgatggcga gggtttcagc gatcagtatg ggtgttgtga tcatttagtg 25140
tctcggggat tattggtgag tgttgatgca cctaggaggg tggcgagggc gcatgcggcg 25200
atggtggcga gggctgcctt gtgtggggtg ccggttgcgt acatccatgt gatgatgccg 25260
ccttggatcc aggctagact ggtgaagaac gtttcgtaac tgtgtagctc aatgttgttg 25320
ttgggtgtgt tcatgcttgc tcctgaagaa tggtgttgat ggttttataa atgttgtaca 25380
ggtcggtttc gatagataac agttggttga tttggtggtc gagatcaatg tctgggttga 25440
gggtgtcgat gcgggcggcg atatcggtgg cggtgcgtag gcttactgct gcaccgtgga 25500
tgatgtggca catgtcggtg aggccgactt tggcgatata gtgtgacatg agaggcataa 25560
taggtgtgct gtctttctgg tcagcgtgaa gggttgatgg acatatcctc tacctgtggt 25620
ttgtcttcgg tgccggagac ttggcagaag actttcacat gcgtcttgga tgctccggcc 25680
tgtttggcgg tggcaccgta ggcgatagta aaggtgtctt tgtgggcgcc gatgactttg 25740
tgtaggaaga ggtcgatgtc ggggttgccg ttccatttga caccgttttc tgcggctgtc 25800
tgggtggctt tctgattgca ggcgtgtgcg gcggtgatca tggtgagacc cttgctggtt 25860
tcttcacccc ttgcttgggc ttgccggtgg gctttggcct gctcggcttg tagggagcgg 25920
actgctgcgg cctggcgggc cttcttctca gccttgcgct gctggacggt tttgggtgtc 25980
cattcggtgt tggctgtggt tacctgtggt gcgggttgtg aggcgagtgg cggattgtcg 26040
tctggggctg gcatgaagga tgctgcggca ataatggcga ctgtggcgcc tgcgatggtg 26100
tagcctgttt tcttgttcat gattttatgt tcccctttcc ggggtgttgt tcgttgctga 26160
catggttaat actttcagcg gctgggccca ctgtcaaggc tgcgctcagt ttgtgtgagc 26220
gtttcttgtg tggctagggg tgatggcttc tttcgcccaa taggatgtgc caccgctggt 26280
ccagtatccg agtttgttgc gctgcatgcc cttggcgtcc atctcgtcga tagtgaggca 26340
cctgcggcga ttggggcctg tcttgacccc gtggtcgcct gtccggtgca tgtcgcctga 26400
ggtggtactc gtgaatgttt catggcagat ggtacagtgc tctggtcgat atccggtgat 26460
tgtgctatcg cacttgtggc atgtccattc catgattgct cctattttcc attataagac 26520
ttcctgtagt gccattttag cgccttgcgg gtcttggggg tacaactata taggtcaggt 26580
gtttctaggc gattctaggc tcattgtgtg tggctggggt tttatcgggc acacagggtg 26640
agcaggtggc caacattgat gcgggtcaca ttccagtaga gttgcgtggc ttccccactg 26700
gtgagcggct tccactcgtc atggctgaac acggtgccat cggatgcgat gaacgtgttg 26760
gggcgtagct tgtggagttc ggcttccacg ctctgccggt aggcttcggc gaggccctca 26820
aaatccatgt ggtcgcaggg gaggttttcg aggcgtgtca ggtcgaaggg tgtggggcag 26880
tcgtagctgg cgggggtgta gagctgggtg aagtggttgg cgatcttctg catcatgatt 26940
ccttttctga tgatggtgtg ttgagggttt atcgggtgga tgcgacaagg atggcgtcta 27000
catcgatcat gtcgatgaga tcgtggagtt cctcggcctc gttctcagtg agtggctgcc 27060
aggcgtagtc gccgtatacg gcgccgtcga gggtgacagt ccacgggggc cggatgagtc 27120
gtatggcttc ttgtacttta gcgtggtaca tgcggcgcac catatccaga tcgatgtcgt 27180
ctgaatggtt tccggtgagg ctgtggaggc tgagcgggtc gatgtctgtc tgcctgtaga 27240
gggatgtgaa ggatggggtg atgagtgtgc catccatgag tgtgctcctt tcggtggttg 27300
taggggttgt tgtggtttct agagtgtgcg ggctgcgacc ccacagtcaa ggtgtcgctc 27360
aaactcagtg agcgtttcat atgggtgtgt tgggtgtgac agatgtcact taagccttga 27420
tggcctctct cagcgcctca aatcttctag gggtaggatt atgaagggtt ggccctgctg 27480
atcgattcta ggccccatac agggcgtctg aggggtgtgt ctgagtgata gtgggtgtgg 27540
cagatgatct agcgagtcaa ggtgccgagc tgagacataa gatctatcat ctaggtgtgt 27600
gagatgtatc acatcctccc ggcttggtgt gcaccctcaa ggccacccag tcgatctgac 27660
gtggagggtg tagcccagaa atactgttta aagccttcac acggcgccta ggagcgcctt 27720
acagggtggg ggctaggtat ttataccccc agcacattct gatcgattct agacgcctac 27780
aggagcccga tacacgatca gccatccaga cgcagatcat cagcacctat catggttagc 27840
taagcctcaa ctatgtggac agtgttggtt actgtggggg aagaaggaca cggtaaaaga 27900
aagaggggga gtatcagctt taaagcctta aggtcttagc gcttagcacc gatggtctta 27960
gcagttagca ccgagccccc tcaagggctc ggcatcagcc cgaacaggca cagccatgaa 28020
aggagtacac gccatcaggg aaggctttcg agtacgagga gcctcagcga cgagtactcg 28080
aaagcctgag ggaacaccca tcagcactga tgagcctagc gtattcggaa aggacacaag 28140
agtgaagtgt gacagctgtc cgggagtgaa ccccgttctg actaggggtt tcagccttaa 28200
ccaccctcaa aggttacaag actctaagaa aatttaagga aaagtttagg tttaattttt 28260
ggacctttac taccaaaaac acccgtttac agccctcaaa cccgcctata gagccaaaac 28320
caccagtttg actcatccca ggtggggtat gataggctgg acaggtagcc agctggacgc 28380
aaggccggaa agtgctaacg cactttccaa cctcgcttac catcagtcta ccaaacactt 28440
aaagacctaa gggcttagcg ctaaggtgct gatagcttag caccgagccc cctcaagggc 28500
tcggcatcag tcttaaagcc ttaaatactt aaagtaacta taaaacttta aaagcttaac 28560
acttaaggat ataaacttta catcagtgtt taagacttaa aaacttaaaa taactattaa 28620
gacttaaagt aactataaaa cattaaagac cttaagtact taaagttaac catcagtctt 28680
aaactttact atgataacct ataagtctta aagcttatag gtataataat ataatataag 28740
tattaaagct tataagttat aaaagtttta gaagagttaa agggttaact tctttacttc 28800
tcttctctct ttggttcttt ctctcttctc ttcttttctt catcggggga gaagaggaac 28860
ctttaacgtc aacgctgatg gacttttcgc cgtgtgtctc gtgtgcttct ggtcgcaagc 28920
tcccatcgca cactccccac actctttcac ctgtgtccct ttcaggctta gcgtgttcag 28980
ctgaaggcgt acagcgtgtc acgcttaaac ccttaacacc aggtaagact taaagtgcat 29040
attataagta gaagacttta aaaccttaag ggtgttcctg cttagcctgt gtcctttaac 29100
gctaggcgct aagccgtgaa acgtgaacac ccatccaccc ctcttctttt taccgtgtcc 29160
ttcttctttt gacaccgctg gggggcgatg tgatcttttt aacatgccag ggggtgcggg 29220
tagaaaacaa ccaccccacc acaaacagaa caccccctca aacgcacaaa acagccccca 29280
ggatcgatga acagggcaag ggcaaggtat tcataccccc agacgattcc aggccgttag 29340
agaggcaaat aagacccgta cagggctagg tgaggaatag acacatcatg gcacgcacca 29400
atcgcacagc tagccaagcc caccgacgct ggcggcaacg actcatcacc caagcccaac 29460
aacaaggcca aaccgaatgc ccactctgcg gagtcaccat cacctgggac acacacgacc 29520
taccaaccag ccccgaagcc gaccacatca cacccgtcag caggggagga ctcaacaccc 29580
tcgacaacgg gcaaatcatc tgcagaacat gcaacagaag caaaggcaat cgcagcgaac 29640
caaacatcaa attccaacaa caaaccacaa aaacattgat tccatggtga caaacccgcc 29700
aacccccacc ggggacaccc cctgcacagg cgtgcaagac ctcgtacggc tt 29752
<210> 2
<211> 1537
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S DNA sequence for the KPA171202 type strain
<400> 2
tttttcattg gagagtttga tcctggctca ggacgaacgc tggcggcgtg cttaacacat 60
gcaagtcgaa cggaaaggcc ctgcttttgt ggggtgctcg agtggcgaac gggtgagtaa 120
cacgtgagta acctgccctt gactttggga taacttcagg aaactggggc taataccgga 180
taggagctcc tgctgcatgg tgggggttgg aaagtttcgg cggttgggga tggactcgcg 240
gcttatcagc ttgttggtgg ggtagtggct taccaaggct ttgacgggta gccggcctga 300
gagggtgacc ggccacattg ggactgagat acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt 360
ggggaatatt gcacaatggg cggaagcctg atgcagcaac gccgcgtgcg ggatgacggc 420
cttcgggttg taaaccgctt tcgcctgtga cgaagcgtga gtgacggtaa tgggtaaaga 480
agcaccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtgatacgt agggtgcgag cgttgtccgg 540
atttattggg cgtaaagggc tcgtaggtgg ttgatcgcgt cggaagtgta atcttggggc 600
ttaaccctga gcgtgctttc gatacgggtt gacttgagga aggtagggga gaatggaatt 660
cctggtggag cggtggaatg cgcagatatc aggaggaaca ccagtggcga aggcggttct 720
ctgggccttt cctgacgctg aggagcgaaa gcgtggggag cgaacaggct tagataccct 780
ggtagtccac gctgtaaacg gtgggtacta ggtgtggggt ccattccacg ggttccgtgc 840
cgtagctaac gctttaagta ccccgcctgg ggagtacggc cgcaaggcta aaactcaaag 900
gaattgacgg ggccccgcac aagcggcgga gcatgcggat taattcgatg caacgcgtag 960
aaccttacct gggtttgaca tggatcggga gtgctcagag atgggtgtgc ctcttttggg 1020
gtcggttcac aggtggtgca tggctgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaaccct tgttcactgt tgccagcacg ttatggtggg gactcagtgg 1140
agaccgccgg ggtcaactcg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca tgccccttat 1200
gtccagggct tcacgcatgc tacaatggct ggtacagaga gtggcgagcc tgtgagggtg 1260
agcgaatctc ggaaagccgg tctcagttcg gattggggtc tgcaactcga cctcatgaag 1320
tcggagtcgc tagtaatcgc agatcagcaa cgctgcggtg aatacgttcc cggggcttgt 1380
acacaccgcc cgtcaagtca tgaaagttgg taacacccga agccggtggc ctaaccgttg 1440
tgggggagcc gtcgaaggtg ggactggtga ttaggactaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500
ccggaaggtg cggctggatc acctcctttc taaggag 1537
<210> 3
<211> 1537
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S DNA sequence for the ProI probiotic strain
<400> 3
tttttcattg gagagtttga tcctggctca ggacgaacgc tggcggcgtg cttaacacat 60
gcaagtcgaa cggaaaggcc ctgcttttgt ggggtgctcg agtggcgaac gggtgagtaa 120
cacgtgagta acctgccctt gactttggga taacttcagg aaactggggc taataccgga 180
taggagctcc tgctgcatgg tgggggttgg aaagtttcgg cggttgggga tggactcgcg 240
gcttatcagc ttgttggtgg ggtagtggct taccaaggct ttgacgggta gccggcctga 300
gagggtgacc ggccacattg ggactgagat acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt 360
ggggaatatt gcacaatggg cggaagcctg atgcagcaac gccgcgtgcg ggatgacggc 420
cttcgggttg taaaccgctt tcgcctgtga cgaagcgtga gtgacggtaa tgggtaaaga 480
agcaccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtgatacgt agggtgcgag cgttgtccgg 540
atttattggg cgtaaagggc tcgtaggtgg ttgatcgcgt cggaagtgta atcttggggc 600
ttaaccctga gcgtgctttc gatacgggtt gacttgagga aggtagggga gaatggaatt 660
cctggtggag cggtggaatg cgcagatatc aggaggaaca ccagtggcga aggcggttct 720
ctgggccttt cctgacgctg aggagcgaaa gcgtggggag cgaacaggct tagataccct 780
ggtagtccac gctgtaaacg gtgggtacta ggtgtggggt ccattccacg ggttccgcgc 840
cgtagctaac gctttaagta ccccgcctgg ggagtacggc cgcaaggcta aaactcaaag 900
gaattgacgg ggccccgcac aagcggcgga gcatgcggat taattcgatg caacgcgtag 960
aaccttacct gggtttgaca tggatcggga gtgctcagag atgggtgtgc ctcttttggg 1020
gtcggttcac aggtggtgca tggctgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaaccct tgttcactgt tgccagcacg ttatggtggg gactcagtgg 1140
agaccgccgg ggtcaactcg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca tgccccttat 1200
gtccagggct tcacgcatgc tacaatggct ggtacagaga gtggcgagcc tgtgagggtg 1260
agcgaatctc ggaaagccgg tctcagttcg gattggggtc tgcaactcga cctcatgaag 1320
ttggagtcgc tagtaatcgc agatcagcaa cgctgcggtg aatacgttcc cggggcttgt 1380
acacaccgcc cgtcaagtca tgaaagttgg taacacccga agccggtggc ctaaccgttg 1440
tgggggagcc gtcgaaggtg ggactggtga ttaggactaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500
ccggaaggtg cggctggatc acctcctttc taaggag 1537
<210> 4
<211> 1537
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S DNA sequence for the ProII probiotic strain
<400> 4
tttttcattg gagagtttga tcctggctca ggacgaacgc tggcggcgtg cttaacacat 60
gcaagtcgaa cggaaaggcc ctgcttttgt ggggtgctcg agtggcgaac gggtgagtaa 120
cacgtgagta acctgccctt gactttggga taacttcagg aaactggggc taataccgga 180
taggagctcc tgctgcatgg tgggggttgg aaagtttcgg cggttgggga tggactcgcg 240
gcttatcagc ttgttggtgg ggtagtggct taccaaggct ttgacgggta gccggcctga 300
gagggtgacc ggccacattg ggactgagat acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt 360
ggggaatatt gcacaatggg cggaagcctg atgcagcaac gccgcgtgcg ggatgacggc 420
cttcgggttg taaaccgctt tcgcctgtga cgaagcgtga gtgacggtaa tgggtaaaga 480
agcaccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtgatacgt agggtgcgag cgttgtccgg 540
atttattggg cgtaaagggc tcgtaggtgg ttgatcgcgt cggaagtgta atcttggggc 600
ttaaccctga gcgtgctttc gatacgggtt gacttgagga aggtagggga gaatggaatt 660
cctggtggag cggtggaatg cgcagatatc aggaggaaca ccagtggcga aggcggttct 720
ctgggccttt cctgacgctg aggagcgaaa gcgtggggag cgaacaggct tagataccct 780
ggtagtccac gctgtaaacg gtgggtacta ggtgtggggt ccattccacg ggttccgtgc 840
cgtagctaac gctttaagta ccccgcctgg ggagtacggc cgcaaggcta aaactcaaag 900
gaattgacgg ggccccgcac aagcggcgga gcatgcggat taattcgatg caacgcgtag 960
aaccttacct gggtttgaca tggattggga gcgctcagag atgggtgtgc ctcttttggg 1020
gtcggttcac aggtggtgca tggctgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaaccct tgttcactgt tgccagcacg ttatggtggg gactcagtgg 1140
agaccgccgg ggtcaactcg gaggaaggtg gggatgacgt caagtcatca tgccccttat 1200
gtccagggct tcacgcatgc tacaatggct ggtacagaga gtggcgagcc tgtgagggtg 1260
agcgaatctc ggaaagccgg tctcagttcg gattggggtc tgcaactcga cctcatgaag 1320
tcggagtcgc tagtaatcgc agatcagcaa cgctgcggtg aatacgttcc cggggcttgt 1380
acacaccgcc cgtcaagtca tgaaagttgg taacacccga agccggtggc ctaaccgttg 1440
tgggggagcc gtcgaaggtg ggactggtga ttaggactaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500
ccggaaggtg cggctggatc acctcctttc taaggag 1537
<210> 5
<211> 1525
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S DNA sequence
<400> 5
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc tgcttttgtg gggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccttg actttgggat aacttcagga aactggggct aataccggat aggagctcct 180
gctgcatggt gggggttgga aagtttcggc ggttggggat ggactcgcgg cttatcagct 240
tgttggtggg gtagtggctt accaaggctt tgacgggtag ccggcctgag agggtgaccg 300
gccacattgg gactgagata cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc ggaagcctga tgcagcaacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt 420
aaaccgcttt cgcctgtgac gaagcgtgag tgacggtaat gggtaaagaa gcaccggcta 480
actacgtgcc agcagccgcg gtgatacgta gggtgcgagc gttgtccgga tttattgggc 540
gtaaagggct cgtaggtggt tgatcgcgtc ggaagtgtaa tcttggggct taaccctgag 600
cgtgctttcg atacgggttg acttgaggaa ggtaggggag aatggaattc ctggtggagc 660
ggtggaatgc gcagatatca ggaggaacac cagtggcgaa ggcggttctc tgggcctttc 720
ctgacgctga ggagcgaaag cgtggggagc gaacaggctt agataccctg gtagtccacg 780
ctgtaaacgg tgggtactag gtgtggggtc cattccacgg gttccgtgcc gtagctaacg 840
ctttaagtac cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg 900
gccccgcaca agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgtaga accttacctg 960
ggtttgacat ggatcgggag tgctcagaga tgggtgtgcc tcttttgggg tcggttcaca 1020
ggtggtgcat gcctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080
cgcaaccctt gttcactgtt gccagcacgt tatggtgggg actcagtgga gaccgccggg 1140
gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcctcat gccccttatg tccagggctt 1200
cacgcatgct acaatggctg gtacagagag tggcgagcct gtgagggtga gcgaatctcg 1260
gaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac ctcatgaagt cggagtcgct 1320
agtaatcgca gatcagcaac gctgcggtga atacgttccc ggggcttgta cacaccgccc 1380
gtcaagtcat gaaagttggt aacacccgaa gccggtggcc taaccgttgt gggggagccg 1440
tcgaaggtgg gactggtgat taggactaag tcgtaacaag gtagccgtac cggaaggtgc 1500
ggctggatca cctcctttct aagga 1525
<210> 6
<211> 1525
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S Sequence
<400> 6
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc tgcttttgtg gggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccttg actttgggat aacttcagga aactggggct aataccggat aggagctcct 180
gctgcatggt gggggttgga aagtttcggc ggttggggat ggactcgcgg cttatcagct 240
tgttggtggg gtagtggctt accaaggctt tgacgggtag ccggcctgag agggtgaccg 300
gccacattgg gactgagata cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc ggaagcctga tgcagcaacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt 420
aaaccgcttt cgcctgtgac gaagcgtgag tgacggtaat gggtaaagaa gcaccggcta 480
actacgtgcc agcagccgcg gtgatacgta gggtgcgagc gttgtccgga tttattgggc 540
gtaaagggct cgtaggtggt tgatcgcgtc ggaagtgtaa tcttggggct taaccctgag 600
cgtgctttcg atacgggttg acttgaggaa ggtaggggag aatggaattc ctggtggagc 660
ggtggaatgc gcagatatca ggaggaacac cagtggcgaa ggcggttctc tgggcctttc 720
ctgacgctga ggagcgaaag cgtggggagc gaacaggctt agataccctg gtagtccacg 780
ctgtaaacgg tgggtactag gtgtggggtc cattccacgg gttccgtgcc gtagctaacg 840
ctttaagtac cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg 900
gccccgcaca agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgtaga accttacctg 960
ggtttgacat ggatcgggag tgctcagaga tgggtgtgcc tcttttgggg tcggttcaca 1020
ggtggtgcat gcctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080
cgcaaccctt gttcactgtt gccagcacgt tatggtgggg actcagtgga gaccgccggg 1140
gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg tccagggctt 1200
cacgcatgct acaatggctg gtacagagag tggcgagcct gtgagggtga gcgaatctcg 1260
gaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac ctcatgaagt cggagtcgct 1320
agtaatcgca gatcagcaac gctgcggtga atacgttccc ggggcttgta cacaccgccc 1380
gtcaagtcat gaaagttggt aacacccgaa gccggtggcc taaccgttgt gggggagccg 1440
tcgaaggtgg gactggtgat taggactaag tcgtaacaag gtagccgtac cggaaggtgc 1500
ggctggatca cctcctttct aagga 1525
<210> 7
<211> 1525
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S Sequence
<400> 7
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc tgcttttgtg gggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccttg actttgggat aacttcagga aactggggct aataccggat aggagctcct 180
gctgcatggt gggggttgga aagtttcggc ggttggggat ggactcgcgg cttatcagct 240
tgttggtggg gtagtggctt accaaggctt tgacgggtag ccggcctgag agggtgaccg 300
gccacattgg gactgagata cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc ggaagcctga tgcagcaacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt 420
aaaccgcttt cgcctgtgac gaagcgtgag tgacggtaat gggtaaagaa gcaccggcta 480
actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggtgcgagc gttgtccgga tttattgggc 540
gtaaagggct cgtaggtggt tgatcgcgtc ggaagtgtaa tcttggggct taaccctgag 600
cgtgctttcg atacgggttg acttgaggaa ggtaggggag aatggaattc ctggtggagc 660
ggtggaatgc gcagatatca ggaggaacac cagtggcgaa ggcggttctc tgggcctttc 720
ctgacgctga ggagcgaaag cgtggggagc gaacaggctt agataccctg gtagtccacg 780
ctgtaaacgg tgggtactag gtgtggggtc cattccacgg gttccgtgcc gtagctaacg 840
ctttaagtac cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg 900
gccccgcaca agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgtaga accttacctg 960
ggtttgacat ggatcgggag tgctcagaga tgggtgtgcc tcttttgggg tcggttcaca 1020
ggtggtgcat ggctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080
cgcaaccctt gttcactgtt gccagcacgt tatggtgggg actcagtgga gaccgccggg 1140
gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg tccagggctt 1200
cacgcatgct acaatggctg gtacagagag tggcgagcct gtgagggtga gcgaatctcg 1260
gaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac ctcatgaagt cggagtcgct 1320
agtaatcgca gatcagcaac gctgcggtga atacgttccc ggggcttgta cacaccgccc 1380
gtcaagtcat gaaagttggt aacacccgaa gccggtggcc taaccgttgt gggggagccg 1440
tcgaaggtgg gactggtgat taggactaag tcgtaacaag gtagccgtac cggaaggtgc 1500
ggctggatca cctcctttct aagga 1525
<210> 8
<211> 1525
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S Sequence
<400> 8
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc tgcttttgtg gggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccttg actttgggat aacttcagga aactggggct aataccggat aggagctcct 180
gctgcatggt gggggttgga aagtttcggc ggttggggat ggactcgcgg cttatcagct 240
tgttggtggg gtagtggctt accaaggctt tgacgggtag ccggcctgag agggtgaccg 300
gccacattgg gactgagata cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc ggaagcctga tgcagcaacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt 420
aaaccgcttt cgcctgtgac gaagcgtgag tgacggtaat gggtaaagaa gcaccggcta 480
actacgtgcc agcagccgcg gtgatacgta gggtgcgagc gttgtccgga tttattgggc 540
gtaaagggct cgtaggtggt tgatcgcgtc ggaagtgtaa tcttggggct taaccctgag 600
cgtgctttcg atacgggttg acttgaggaa ggtaggggag aatggaattc ctggtggagc 660
ggtggaatgc gcagatatca ggaggaacac cagtggcgaa ggcggttctc tgggcctttc 720
ctgacgctga ggagcgaaag cgtggggagc gaacaggctt agataccctg gtagtccacg 780
ctgtaaacgg tgggtactag gtgtggggtc cattccacgg gttccgtgcc gtagctaacg 840
ctttaagtac cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg 900
gccccgcaca agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgtaga accttacctg 960
ggtttgacat ggatcggaag cgctcagaga tgggtgtgcc tcttttgggg tcggttcaca 1020
ggtggtgcat ggctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080
cgcaaccctt gttcactgtt gccagcacgt tatggtgggg actcagtgga gaccgccggg 1140
gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg tccagggctt 1200
cacgcatgct acaatggctg gtacagagag tggcgagcct gtgagggtga gcgaatctcg 1260
gaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac ctcatgaagt cggagtcgct 1320
agtaatcgca gatcagcaac gctgcggtga atacgttccc ggggcttgta cacaccgccc 1380
gtcaagtcat gaaagttggt aacacccgaa gccggtggcc taaccgttgt gggggagccg 1440
tcgaaggtgg gactggtgat taggactaag tcgtaacaag gtagccgtac cggaaggtgc 1500
ggctggatca cctcctttct aagga 1525
<210> 9
<211> 1525
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S Sequence
<400> 9
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc tgcttttgtg gggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccttg actttgggat aacttcagga aactggggct aataccggat aggagctcct 180
gctgcatggt gggggttgga aagtttcggc ggttggggat ggactcgcgg cttatcagct 240
tgttggtggg gtagtggctt accaaggctt tgacgggtag ccggcctgag agggtgaccg 300
gccacattgg gactgagata cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc ggaagcctga tgcagcaacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt 420
aaaccgcttt cgcctgtgac gaagcgtgag tgacggtaat gggtaaagaa gcaccggcta 480
actacgtgcc agcagccgcg gtgatacgta gggtgcgagc gttgtccgga tttattgggc 540
gtaaagggct cgtaggtggt tgatcgcgtc ggaagtgtaa tcttggggct taaccctgag 600
cgtgctttcg atacgggttg acttgaggaa ggtaggggag aatggaattc ctggtggagc 660
ggtggaatgc gcagatatca ggaggaacac cagtggcgaa ggcggttctc tgggcctttc 720
ctgacgctga ggagcgaaag cgtggggagc gaacaggctt agataccctg gtagtccacg 780
ctgtaaacgg tgggtactag gtgtggggtc cattccacgg gttccgtgcc gtagctaacg 840
ctttaagtac cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg 900
gccccgcaca agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgtaga accttacctg 960
ggtttgacat ggatcgggag tgctcagaga tgggtgtgcc tcttttgggg tcggttcaca 1020
ggtggtgcat ggctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080
cgcaaccctt gttcactgtt gccagcacgt tatggtgggg actcagtgga gaccgccggg 1140
gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg tccagggctt 1200
cacgcatgct acaatggctg gtacagagag tggcgagcct atgagggtga gcgaatctcg 1260
gaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac ctcatgaagt cggagtcgct 1320
agtaatcgca gatcagcaac gctgcggtga atacgttccc ggggcttgta cacaccgccc 1380
gtcaagtcat gaaagttggt aacacccgaa gccggtggcc taaccgttgt gggggagccg 1440
tcgaaggtgg gactggtgat taggactaag tcgtaacaag gtagccgtac cggaaggtgc 1500
ggctggatca cctcctttct aagga 1525
<210> 10
<211> 1525
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 16S Sequence
<400> 10
agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60
ggaaaggccc tgcttttgtg gggtgctcga gtggcgaacg ggtgagtaac acgtgagtaa 120
cctgcccttg actttgggat aacttcagga aactggggct aataccggat aggagctcct 180
gctgcatggt gggggttgga aagtttcggc ggttggggat ggactcgcgg cttatcagct 240
tgttggtggg gtagtggctt accaaggctt tgacgggtag ccggcctgag agggtgaccg 300
gccacattgg gactgagata cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360
cacaatgggc ggaagcctga tgcagcaacg ccgcgtgcgg gatgacggcc ttcgggttgt 420
aaaccgcttt cgcctgtgac gaagcgtgag tgacggtaat gggtaaagaa gcaccggcta 480
actacgtgcc agcagccgcg gtgatacgta gggtgcgagc gttgcccgga tttattgggc 540
gtaaagggct cgtaggtggt tgatcgcgtc ggaagtgtaa tcttggggct taaccctgag 600
cgtgctttcg atacgggttg acttgaggaa ggtaggggag aatggaattc ctggtggagc 660
ggtggaatgc gcagatatca ggaggaacac cagtggcgaa ggcggttctc tgggcctttc 720
ctgacgctga ggagcgaaag cgtggggagc gaacaggctt agataccctg gtagtccacg 780
ctgtaaacgg tgggtactag gtgtggggtc cattccacgg gttccgtgcc gtagctaacg 840
ctttaagtac cccgcctggg gagtacggcc gcaaggctaa aactcaaagg aattgacggg 900
gccccgcaca agcggcggag catgcggatt aattcgatgc aacgcgtaga accttacctg 960
ggtttgacat ggatcgggag tgctcagaga tgggtgtgcc tcttttgggg tcggttcaca 1020
ggtggtgcat gcctgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080
cgcaaccctt gttcactgtt gccagcacgt tatggtgggg actcagtgga gaccgccggg 1140
gtcaactcgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg tccagggctt 1200
cacgcatgct acaatggctg gtacagagag tggcgagcct gtgagggtga gcgaatctcg 1260
gaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac ctcatgaagt cggagtcgct 1320
agtaatcgca gatcagcaac gctgcggtga atacgttccc ggggcttgta cacaccgccc 1380
gtcaagtcat gaaagttggt aacacccgaa gccggtggcc taaccgttgt gggggagccg 1440
tcgaaggtgg gactggtgat taggactaag tcgtaacaag gtagccgtac cggaaggtgc 1500
ggctggatca cctcctttct aagga 1525
<210> 11
<211> 1089
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes Dispersin B
<400> 11
atgaattgtt gcgtaaaagg caattccata tatccgcaaa aaacaagtac caagcagacc 60
ggattaatgc tggacatcgc ccgacatttt tattcacccg aggtgattaa atcctttatt 120
gataccatca gcctttccgg cggtaatttt ctgcacctgc atttttccga ccatgaaaac 180
tatgcgatag aaagccattt acttaatcaa cgtgcggaaa atgccgtgca gggcaaagac 240
ggtatttata ttaatcctta taccggaaag ccattcttga gttatcggca acttgacgat 300
atcaaagcct atgctaaggc aaaaggcatt gagttgattc ccgaacttga cagcccgaat 360
cacatgacgg cgatctttaa actggtgcaa aaagacagag gggtcaagta ccttcaagga 420
ttaaaatcac gccaggtaga tgatgaaatt gatattacta atgctgacag tattactttt 480
atgcaatctt taatgagtga ggttattgat atttttggcg acacgagtca gcattttcat 540
attggtggcg atgaatttgg ttattctgtg gaaagtaatc atgagtttat tacgtatgcc 600
aataaactat cctacttttt agagaaaaaa gggttgaaaa cccgaatgtg gaatgacgga 660
ttaattaaaa atacttttga gcaaatcaac ccgaatattg aaattactta ttggagctat 720
gatggcgata cgcaggacaa aaatgaagct gccgagcgcc gtgatatgcg ggtcagtttg 780
ccggagttgc tggcgaaagg ctttactgtc ctgaactata attcctatta tctttacatt 840
gttccgaaag cttcaccaac cttctcgcaa gatgccgcct ttgccgccaa agatgttata 900
aaaaattggg atcttggtgt ttgggatgga cgaaacacca aaaaccgcgt acaaaatact 960
catgaaatag ccggcgcagc attatcgatc tggggagaag atgcaaaagc gctgaaagac 1020
gaaacaattc agaaaaacac gaaaagttta ttggaagcgg tgattcataa gacgaatggg 1080
gatgagtga 1089
<210> 12
<211> 362
<212> PRT
<213> Aggregatibacter actinomycetemcomitans
<400> 12
Met Asn Cys Cys Val Lys Gly Asn Ser Ile Tyr Pro Gln Lys Thr Ser
1 5 10 15
Thr Lys Gln Thr Gly Leu Met Leu Asp Ile Ala Arg His Phe Tyr Ser
20 25 30
Pro Glu Val Ile Lys Ser Phe Ile Asp Thr Ile Ser Leu Ser Gly Gly
35 40 45
Asn Phe Leu His Leu His Phe Ser Asp His Glu Asn Tyr Ala Ile Glu
50 55 60
Ser His Leu Leu Asn Gln Arg Ala Glu Asn Ala Val Gln Gly Lys Asp
65 70 75 80
Gly Ile Tyr Ile Asn Pro Tyr Thr Gly Lys Pro Phe Leu Ser Tyr Arg
85 90 95
Gln Leu Asp Asp Ile Lys Ala Tyr Ala Lys Ala Lys Gly Ile Glu Leu
100 105 110
Ile Pro Glu Leu Asp Ser Pro Asn His Met Thr Ala Ile Phe Lys Leu
115 120 125
Val Gln Lys Asp Arg Gly Val Lys Tyr Leu Gln Gly Leu Lys Ser Arg
130 135 140
Gln Val Asp Asp Glu Ile Asp Ile Thr Asn Ala Asp Ser Ile Thr Phe
145 150 155 160
Met Gln Ser Leu Met Ser Glu Val Ile Asp Ile Phe Gly Asp Thr Ser
165 170 175
Gln His Phe His Ile Gly Gly Asp Glu Phe Gly Tyr Ser Val Glu Ser
180 185 190
Asn His Glu Phe Ile Thr Tyr Ala Asn Lys Leu Ser Tyr Phe Leu Glu
195 200 205
Lys Lys Gly Leu Lys Thr Arg Met Trp Asn Asp Gly Leu Ile Lys Asn
210 215 220
Thr Phe Glu Gln Ile Asn Pro Asn Ile Glu Ile Thr Tyr Trp Ser Tyr
225 230 235 240
Asp Gly Asp Thr Gln Asp Lys Asn Glu Ala Ala Glu Arg Arg Asp Met
245 250 255
Arg Val Ser Leu Pro Glu Leu Leu Ala Lys Gly Phe Thr Val Leu Asn
260 265 270
Tyr Asn Ser Tyr Tyr Leu Tyr Ile Val Pro Lys Ala Ser Pro Thr Phe
275 280 285
Ser Gln Asp Ala Ala Phe Ala Ala Lys Asp Val Ile Lys Asn Trp Asp
290 295 300
Leu Gly Val Trp Asp Gly Arg Asn Thr Lys Asn Arg Val Gln Asn Thr
305 310 315 320
His Glu Ile Ala Gly Ala Ala Leu Ser Ile Trp Gly Glu Asp Ala Lys
325 330 335
Ala Leu Lys Asp Glu Thr Ile Gln Lys Asn Thr Lys Ser Leu Leu Glu
340 345 350
Ala Val Ile His Lys Thr Asn Gly Asp Glu
355 360
<210> 13
<211> 1103
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes an alginate lyase
<400> 13
atgaaaacgt cccacctgat ccgtatcgcc ctgcccggtg ccctcgccgc ggcattgctc 60
gccagccagg tcagccaggc cgccgacctg gtacccccgc ccggctacta cgcggcggtc 120
ggcgagcgca agggcagcgc cggcagctgc cccgcggtgc cgccgccgta taccggcagc 180
ctggtcttca ccagcaagta cgaaggctcc gattcggcgc gggcgaccct caacgtcaag 240
gcggagaaga ccttccgctc gcagatcaag gacatcaccg acatggagcg cggcgccacc 300
aagctggtca cccagtacat gcgcagcggc cgcgacggcg acctggcctg cgcactgaac 360
tggatgagcg cctgggcccg cgccggcgcc ctgcagagcg acgacttcaa ccacaccggc 420
aagtccatgc gcaaatgggc gctgggcagc ctctccggcg cctacatgcg cctgaagttc 480
tccagctcgc ggccgctcgc ggcccacgcc gagcagagcc gggaaatcga ggactggttc 540
gcccggctcg gcacccaggt agtccgcgac tggagcggcc tgccgctgaa gaagatcaac 600
aaccattcct actgggcggc ctggtcggtg atgtccaccg cggtggtgac caaccgccgc 660
gacctcttcg actgggcggt gagcgagttc aaggtcgccg ccaaccaggt cgacgagcag 720
ggcttcctgc ccaacgaact caagcgccgc cagcgcgccc tcgcctacca caactatgcg 780
ctgccaccgc tggcgatgat cgccgcgttc gcccaggtca acggcgtcga cctgcgccag 840
gagaaccacg gcgccctgca gcgcctggcc gagcgggtga tgaagggagt cgacgacgag 900
gaaaccttcg aggagaagac cggcgaggac caggacatga ccgacctcaa ggtcgacaac 960
aagtacgcct ggctggagcc ctactgcgcc ctctaccgct gcgagccgaa gatgctcgag 1020
gcgaagaagg accgcgagcc gttcaacagt ttccgcctcg gcggcgaagt gacgcgggtg 1080
ttcagccgcg aagggggaag ttg 1103
<210> 14
<211> 367
<212> PRT
<213> Flavobacterium multivorum
<400> 14
Met Lys Thr Ser His Leu Ile Arg Ile Ala Leu Pro Gly Ala Leu Ala
1 5 10 15
Ala Ala Leu Leu Ala Ser Gln Val Ser Gln Ala Ala Asp Leu Val Pro
20 25 30
Pro Pro Gly Tyr Tyr Ala Ala Val Gly Glu Arg Lys Gly Ser Ala Gly
35 40 45
Ser Cys Pro Ala Val Pro Pro Pro Tyr Thr Gly Ser Leu Val Phe Thr
50 55 60
Ser Lys Tyr Glu Gly Ser Asp Ser Ala Arg Ala Thr Leu Asn Val Lys
65 70 75 80
Ala Glu Lys Thr Phe Arg Ser Gln Ile Lys Asp Ile Thr Asp Met Glu
85 90 95
Arg Gly Ala Thr Lys Leu Val Thr Gln Tyr Met Arg Ser Gly Arg Asp
100 105 110
Gly Asp Leu Ala Cys Ala Leu Asn Trp Met Ser Ala Trp Ala Arg Ala
115 120 125
Gly Ala Leu Gln Ser Asp Asp Phe Asn His Thr Gly Lys Ser Met Arg
130 135 140
Lys Trp Ala Leu Gly Ser Leu Ser Gly Ala Tyr Met Arg Leu Lys Phe
145 150 155 160
Ser Ser Ser Arg Pro Leu Ala Ala His Ala Glu Gln Ser Arg Glu Ile
165 170 175
Glu Asp Trp Phe Ala Arg Leu Gly Thr Gln Val Val Arg Asp Trp Ser
180 185 190
Gly Leu Pro Leu Lys Lys Ile Asn Asn His Ser Tyr Trp Ala Ala Trp
195 200 205
Ser Val Met Ser Thr Ala Val Val Thr Asn Arg Arg Asp Leu Phe Asp
210 215 220
Trp Ala Val Ser Glu Phe Lys Val Ala Ala Asn Gln Val Asp Glu Gln
225 230 235 240
Gly Phe Leu Pro Asn Glu Leu Lys Arg Arg Gln Arg Ala Leu Ala Tyr
245 250 255
His Asn Tyr Ala Leu Pro Pro Leu Ala Met Ile Ala Ala Phe Ala Gln
260 265 270
Val Asn Gly Val Asp Leu Arg Gln Glu Asn His Gly Ala Leu Gln Arg
275 280 285
Leu Ala Glu Arg Val Met Lys Gly Val Asp Asp Glu Glu Thr Phe Glu
290 295 300
Glu Lys Thr Gly Glu Asp Gln Asp Met Thr Asp Leu Lys Val Asp Asn
305 310 315 320
Lys Tyr Ala Trp Leu Glu Pro Tyr Cys Ala Leu Tyr Arg Cys Glu Pro
325 330 335
Lys Met Leu Glu Ala Lys Lys Asp Arg Glu Pro Phe Asn Ser Phe Arg
340 345 350
Leu Gly Gly Glu Val Thr Arg Val Phe Ser Arg Glu Gly Gly Ser
355 360 365
<210> 15
<211> 1539
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes an amylase
<400> 15
atgaaacaac aaaaacggct ttacgcccga ttgctgacgc tgttatttgc gctcatcttc 60
ttgctgcctc attctgcagc agcggcggca aatcttaatg ggacgctgat gcagtatttt 120
gaatggtaca tgcccaatga cggccaacat tggaagcgtt tgcaaaacga ctcggcatat 180
ttggctgaac acggtattac tgccgtctgg attcccccgg catataaggg aacgagccaa 240
gcggatgtgg gctacggtgc ttacgacctt tatgatttag gggagtttca tcaaaaaggg 300
acggttcgga caaagtacgg cacaaaagga gagctgcaat ctgcgatcaa aagtcttcat 360
tcccgcgaca ttaacgttta cggggatgtg gtcatcaacc acaaaggcgg cgctgatgcg 420
accgaagatg taaccgcggt tgaagtcgat cccgctgacc gcaaccgcgt aatttcagga 480
gaacacctaa ttaaagcctg gacacatttt cattttccgg ggcgcggcag cacatacagc 540
gattttaaat ggcattggta ccattttgac ggaaccgatt gggacgagtc ccgaaagctg 600
aaccgcatct ataagtttca aggaaaggct tgggattggg aagtttccaa tgaaaacggc 660
aactatgatt atttgatgta tgccgacatc gattatgacc atcctgatgt cgcagcagaa 720
attaagagat ggggcacttg gtatgccaat gaactgcaat tggacggttt ccgtcttgat 780
gctgtcaaac acattaaatt ttcttttttg cgggattggg ttaatcatgt cagggaaaaa 840
acggggaagg aaatgtttac ggtagctgaa tattggcaga atgacttggg cgcgctggaa 900
aactatttga acaaaacaaa ttttaatcat tcagtgtttg acgtgccgct tcattatcag 960
ttccatgctg catcgacaca gggaggcggc tatgatatga ggaaattgct gaacggtacg 1020
gtcgtttcca agcatccgtt gaaatcggtt acatttgtcg ataaccatga tacacagccg 1080
gggcaatcgc ttgagtcgac tgtccaaaca tggtttaagc cgcttgctta cgcttttatt 1140
ctcacaaggg aatctggata ccctcaggtt ttctacgggg atatgtacgg gacgaaagga 1200
gactcccagc gcgaaattcc tgccttgaaa cacaaaattg aaccgatctt aaaagcgaga 1260
aaacagtatg cgtacggagc acagcatgat tatttcgacc accatgacat tgtcggctgg 1320
acaagggaag gcgacagctc ggttgcaaat tcaggtttgg cggcattaat aacagacgga 1380
cccggtgggg caaagcgaat gtatgtcggc cggcaaaacg ccggtgagac atggcatgac 1440
attaccggaa accgttcgga gccggttgtc atcaattcgg aaggctgggg agagtttcac 1500
gtaaacggcg ggtcggtttc aatttatgtt caaagatag 1539
<210> 16
<211> 512
<212> PRT
<213> Bacillus licheniformis
<400> 16
Met Lys Gln Gln Lys Arg Leu Tyr Ala Arg Leu Leu Thr Leu Leu Phe
1 5 10 15
Ala Leu Ile Phe Leu Leu Pro His Ser Ala Ala Ala Ala Ala Asn Leu
20 25 30
Asn Gly Thr Leu Met Gln Tyr Phe Glu Trp Tyr Met Pro Asn Asp Gly
35 40 45
Gln His Trp Lys Arg Leu Gln Asn Asp Ser Ala Tyr Leu Ala Glu His
50 55 60
Gly Ile Thr Ala Val Trp Ile Pro Pro Ala Tyr Lys Gly Thr Ser Gln
65 70 75 80
Ala Asp Val Gly Tyr Gly Ala Tyr Asp Leu Tyr Asp Leu Gly Glu Phe
85 90 95
His Gln Lys Gly Thr Val Arg Thr Lys Tyr Gly Thr Lys Gly Glu Leu
100 105 110
Gln Ser Ala Ile Lys Ser Leu His Ser Arg Asp Ile Asn Val Tyr Gly
115 120 125
Asp Val Val Ile Asn His Lys Gly Gly Ala Asp Ala Thr Glu Asp Val
130 135 140
Thr Ala Val Glu Val Asp Pro Ala Asp Arg Asn Arg Val Ile Ser Gly
145 150 155 160
Glu His Leu Ile Lys Ala Trp Thr His Phe His Phe Pro Gly Arg Gly
165 170 175
Ser Thr Tyr Ser Asp Phe Lys Trp His Trp Tyr His Phe Asp Gly Thr
180 185 190
Asp Trp Asp Glu Ser Arg Lys Leu Asn Arg Ile Tyr Lys Phe Gln Gly
195 200 205
Lys Ala Trp Asp Trp Glu Val Ser Asn Glu Asn Gly Asn Tyr Asp Tyr
210 215 220
Leu Met Tyr Ala Asp Ile Asp Tyr Asp His Pro Asp Val Ala Ala Glu
225 230 235 240
Ile Lys Arg Trp Gly Thr Trp Tyr Ala Asn Glu Leu Gln Leu Asp Gly
245 250 255
Phe Arg Leu Asp Ala Val Lys His Ile Lys Phe Ser Phe Leu Arg Asp
260 265 270
Trp Val Asn His Val Arg Glu Lys Thr Gly Lys Glu Met Phe Thr Val
275 280 285
Ala Glu Tyr Trp Gln Asn Asp Leu Gly Ala Leu Glu Asn Tyr Leu Asn
290 295 300
Lys Thr Asn Phe Asn His Ser Val Phe Asp Val Pro Leu His Tyr Gln
305 310 315 320
Phe His Ala Ala Ser Thr Gln Gly Gly Gly Tyr Asp Met Arg Lys Leu
325 330 335
Leu Asn Gly Thr Val Val Ser Lys His Pro Leu Lys Ser Val Thr Phe
340 345 350
Val Asp Asn His Asp Thr Gln Pro Gly Gln Ser Leu Glu Ser Thr Val
355 360 365
Gln Thr Trp Phe Lys Pro Leu Ala Tyr Ala Phe Ile Leu Thr Arg Glu
370 375 380
Ser Gly Tyr Pro Gln Val Phe Tyr Gly Asp Met Tyr Gly Thr Lys Gly
385 390 395 400
Asp Ser Gln Arg Glu Ile Pro Ala Leu Lys His Lys Ile Glu Pro Ile
405 410 415
Leu Lys Ala Arg Lys Gln Tyr Ala Tyr Gly Ala Gln His Asp Tyr Phe
420 425 430
Asp His His Asp Ile Val Gly Trp Thr Arg Glu Gly Asp Ser Ser Val
435 440 445
Ala Asn Ser Gly Leu Ala Ala Leu Ile Thr Asp Gly Pro Gly Gly Ala
450 455 460
Lys Arg Met Tyr Val Gly Arg Gln Asn Ala Gly Glu Thr Trp His Asp
465 470 475 480
Ile Thr Gly Asn Arg Ser Glu Pro Val Val Ile Asn Ser Glu Gly Trp
485 490 495
Gly Glu Phe His Val Asn Gly Gly Ser Val Ser Ile Tyr Val Gln Arg
500 505 510
<210> 17
<211> 996
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes a cellulase
<400> 17
atgaagtttc agagcacttt gcttcttgcc gccgcggctg gttccgcgtt ggctgtgcct 60
catggctccg gacataagaa gagggcgtct gtgtttgaat ggttcggatc gaacgagtct 120
ggtgctgaat ttgggaccaa tatcccaggc gtctggggaa ccgactacat cttccccgac 180
ccctcgacca tctctacgtt gattggcaag ggaatgaact tcttccgcgt ccagttcatg 240
atggagaggt tgcttcctga ctcgatgact ggttcatacg acgaggagta tctggccaac 300
ttgacgactg tggtgaaagc ggtcacggat ggaggcgcgc atgcgctcat cgaccctcat 360
aactatggca gatacaacgg ggagatcatc tccagtacat cggatttcca gactttctgg 420
cagaatctgg cgggccagta caaagataac gacttggtca tgtttgatac caacaacgaa 480
tactacgaca tggaccagga tctcgtgctg aatctcaacc aagcagccat taacggcatc 540
cgcgctgcag gtgcaagcca gtacattttc gtcgaaggca actcctggac cggagcttgg 600
acatgggtcg atgtcaacga taatatgaag aatttgaccg acccagaaga caagatcgtc 660
tatgaaatgc accagtacct agactccgac ggttccggca cttcggagac ctgtgtctcc 720
gggacaatcg gaaaggagcg gatcactgat gctacacagt ggctcaagga caataagaag 780
gtcggcttca tcggcgaata tgccgggggg tccaatgatg tgtgtcggag tgccgtgtcc 840
gggatgctag agtacatggc gaacaacacc gacgtatgga agggtgcgtc gtggtgggca 900
gccgggccat ggtggggaga ctacattttc agcctggagc ccccagatgg aactgcttac 960
acgggtatgc tggatatcct ggagacgtat ctctga 996
<210> 18
<211> 331
<212> PRT
<213> Aspergillus niger
<400> 18
Met Lys Phe Gln Ser Thr Leu Leu Leu Ala Ala Ala Ala Gly Ser Ala
1 5 10 15
Leu Ala Val Pro His Gly Ser Gly His Lys Lys Arg Ala Ser Val Phe
20 25 30
Glu Trp Phe Gly Ser Asn Glu Ser Gly Ala Glu Phe Gly Thr Asn Ile
35 40 45
Pro Gly Val Trp Gly Thr Asp Tyr Ile Phe Pro Asp Pro Ser Thr Ile
50 55 60
Ser Thr Leu Ile Gly Lys Gly Met Asn Phe Phe Arg Val Gln Phe Met
65 70 75 80
Met Glu Arg Leu Leu Pro Asp Ser Met Thr Gly Ser Tyr Asp Glu Glu
85 90 95
Tyr Leu Ala Asn Leu Thr Thr Val Val Lys Ala Val Thr Asp Gly Gly
100 105 110
Ala His Ala Leu Ile Asp Pro His Asn Tyr Gly Arg Tyr Asn Gly Glu
115 120 125
Ile Ile Ser Ser Thr Ser Asp Phe Gln Thr Phe Trp Gln Asn Leu Ala
130 135 140
Gly Gln Tyr Lys Asp Asn Asp Leu Val Met Phe Asp Thr Asn Asn Glu
145 150 155 160
Tyr Tyr Asp Met Asp Gln Asp Leu Val Leu Asn Leu Asn Gln Ala Ala
165 170 175
Ile Asn Gly Ile Arg Ala Ala Gly Ala Ser Gln Tyr Ile Phe Val Glu
180 185 190
Gly Asn Ser Trp Thr Gly Ala Trp Thr Trp Val Asp Val Asn Asp Asn
195 200 205
Met Lys Asn Leu Thr Asp Pro Glu Asp Lys Ile Val Tyr Glu Met His
210 215 220
Gln Tyr Leu Asp Ser Asp Gly Ser Gly Thr Ser Glu Thr Cys Val Ser
225 230 235 240
Gly Thr Ile Gly Lys Glu Arg Ile Thr Asp Ala Thr Gln Trp Leu Lys
245 250 255
Asp Asn Lys Lys Val Gly Phe Ile Gly Glu Tyr Ala Gly Gly Ser Asn
260 265 270
Asp Val Cys Arg Ser Ala Val Ser Gly Met Leu Glu Tyr Met Ala Asn
275 280 285
Asn Thr Asp Val Trp Lys Gly Ala Ser Trp Trp Ala Ala Gly Pro Trp
290 295 300
Trp Gly Asp Tyr Ile Phe Ser Leu Glu Pro Pro Asp Gly Thr Ala Tyr
305 310 315 320
Thr Gly Met Leu Asp Ile Leu Glu Thr Tyr Leu
325 330
<210> 19
<211> 1155
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes proteinase K
<400> 19
atgcgtttgt ctgttcttct gagtcttctt cccctcgctc tcggcgctcc tgccgttgag 60
cagcgctccg aggctgctcc tctgatcgag gcccgcggcg agatggttgc caacaagtac 120
attgtcaagt tcaaggaggg tagcgctctt tctgctctcg atgctgccat ggagaagatt 180
tctggcaagc ccgaccacgt ctacaagaac gtcttcagtg gtttcgctgc gacccttgac 240
gagaacatgg ttcgggttct ccgcgcccat cccgatgttg agtacattga gcaggatgct 300
gttgtcacca tcaacgctgc gcagaccaac gctccctggg gccttgctcg catctccagc 360
accagccccg gtacctctac ttactactat gacgaatctg ccggccaagg ctcctgcgtc 420
tacgtgattg acaccggtat cgaggcatcg caccccgagt ttgagggtcg tgcccagatg 480
gtcaagacct actactactc cagtcgcgac ggtaacggtc acggcactca ctgcgctggt 540
accgttggct cccgaaccta cggtgtcgcc aagaagaccc agctctttgg tgtcaaggtc 600
ctcgatgaca acggcagtgg ccagtactcc accatcatcg ccggtatgga ctttgttgcc 660
agcgacaaga acaaccgcaa ctgccccaaa ggtgtcgttg cctccttgtc ccttggcggt 720
ggttactcct cctccgtgaa cagcgccgct gccaggctcc agagctctgg tgtcatggtc 780
gccgtcgctg ccggtaacaa caacgctgac gcccgcaact actcccctgc ttctgagccc 840
tcggtctgca ctgtcggtgc ttctgaccgc tacgacagac gctccagctt ctccaactac 900
ggcagcgttt tggacatctt tggccctggt accagcattc tctccacctg gatcggcggc 960
agcacccgct ccatctctgg aacttccatg gctactcccc acgttgccgg tctcgctgcc 1020
tacctcatga ctcttggaaa gactaccgcc gccagcgctt gccgatacat tgccgacacc 1080
gccaacaagg gcgacttgag caacattccc ttcggcactg tcaacctgct tgcctacaac 1140
aactaccagg cttaa 1155
<210> 20
<211> 384
<212> PRT
<213> Parengyodontium album
<400> 20
Met Arg Leu Ser Val Leu Leu Ser Leu Leu Pro Leu Ala Leu Gly Ala
1 5 10 15
Pro Ala Val Glu Gln Arg Ser Glu Ala Ala Pro Leu Ile Glu Ala Arg
20 25 30
Gly Glu Met Val Ala Asn Lys Tyr Ile Val Lys Phe Lys Glu Gly Ser
35 40 45
Ala Leu Ser Ala Leu Asp Ala Ala Met Glu Lys Ile Ser Gly Lys Pro
50 55 60
Asp His Val Tyr Lys Asn Val Phe Ser Gly Phe Ala Ala Thr Leu Asp
65 70 75 80
Glu Asn Met Val Arg Val Leu Arg Ala His Pro Asp Val Glu Tyr Ile
85 90 95
Glu Gln Asp Ala Val Val Thr Ile Asn Ala Ala Gln Thr Asn Ala Pro
100 105 110
Trp Gly Leu Ala Arg Ile Ser Ser Thr Ser Pro Gly Thr Ser Thr Tyr
115 120 125
Tyr Tyr Asp Glu Ser Ala Gly Gln Gly Ser Cys Val Tyr Val Ile Asp
130 135 140
Thr Gly Ile Glu Ala Ser His Pro Glu Phe Glu Gly Arg Ala Gln Met
145 150 155 160
Val Lys Thr Tyr Tyr Tyr Ser Ser Arg Asp Gly Asn Gly His Gly Thr
165 170 175
His Cys Ala Gly Thr Val Gly Ser Arg Thr Tyr Gly Val Ala Lys Lys
180 185 190
Thr Gln Leu Phe Gly Val Lys Val Leu Asp Asp Asn Gly Ser Gly Gln
195 200 205
Tyr Ser Thr Ile Ile Ala Gly Met Asp Phe Val Ala Ser Asp Lys Asn
210 215 220
Asn Arg Asn Cys Pro Lys Gly Val Val Ala Ser Leu Ser Leu Gly Gly
225 230 235 240
Gly Tyr Ser Ser Ser Val Asn Ser Ala Ala Ala Arg Leu Gln Ser Ser
245 250 255
Gly Val Met Val Ala Val Ala Ala Gly Asn Asn Asn Ala Asp Ala Arg
260 265 270
Asn Tyr Ser Pro Ala Ser Glu Pro Ser Val Cys Thr Val Gly Ala Ser
275 280 285
Asp Arg Tyr Asp Arg Arg Ser Ser Phe Ser Asn Tyr Gly Ser Val Leu
290 295 300
Asp Ile Phe Gly Pro Gly Thr Ser Ile Leu Ser Thr Trp Ile Gly Gly
305 310 315 320
Ser Thr Arg Ser Ile Ser Gly Thr Ser Met Ala Thr Pro His Val Ala
325 330 335
Gly Leu Ala Ala Tyr Leu Met Thr Leu Gly Lys Thr Thr Ala Ala Ser
340 345 350
Ala Cys Arg Tyr Ile Ala Asp Thr Ala Asn Lys Gly Asp Leu Ser Asn
355 360 365
Ile Pro Phe Gly Thr Val Asn Leu Leu Ala Tyr Asn Asn Tyr Gln Ala
370 375 380
<210> 21
<211> 1140
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes subtilisin
<400> 21
atgatgagga aaaagagttt ttggcttggg atgctgacgg ccttcatgct cgtgttcacg 60
atggcattca gcgattccgc ttctgctgct caaccggcga aaaatgttga aaaggattat 120
attgtcggat ttaagtcagg agtgaaaacc gcatctgtca aaaaggacat catcaaagag 180
agcggcggaa aagtggacaa gcagtttaga atcatcaacg cggcaaaagc gaagctagac 240
aaagaagcgc ttaaggaagt caaaaatgat ccggatgtcg cttatgtgga agaggatcat 300
gtggcccatg ccttggcgca aaccgttcct tacggcattc ctctcattaa agcggacaaa 360
gtgcaggctc aaggctttaa gggagcgaat gtaaaagtag ccgtcctgga tacaggaatc 420
caagcttctc atccggactt gaacgtagtc ggcggagcaa gctttgtggc tggcgaagct 480
tataacaccg acggcaacgg acacggcaca catgttgccg gtacagtagc tgcgcttgac 540
aatacaacgg gtgtattagg cgttgcgcca agcgtatcct tgtacgcggt taaagtactg 600
aattcaagcg gaagcggaac ttacagcggc attgtaagcg gaatcgagtg ggcgacgaca 660
aacggcatgg atgttatcaa catgagtctt ggaggaccat caggctcaac agcgatgaaa 720
caggcggttg acaatgcata tgcaagaggg gttgtcgttg tggcggctgc tgggaacagc 780
ggatcttcag gaaacacgaa tacaatcggc tatcctgcga aatacgactc tgtcatcgca 840
gttggcgcgg tagactctaa cagcaacaga gcttcatttt ccagcgtcgg agcagagctt 900
gaagtcatgg ctcctggcgc aggcgtgtac agcacttacc caaccagcac ttatgcaaca 960
ttgaacggaa cgtcaatggc ttctcctcat gtagcgggag cagcagcttt gatcttgtca 1020
aaacatccga acctttcagc ttcacaagtc cgcaaccgtc tctccagtac ggcgacttat 1080
ttgggaagct ccttctacta tggaaaaggt ctgatcaatg tcgaagctgc cgctcaataa 1140
<210> 22
<211> 379
<212> PRT
<213> Bacillus licheniformis
<400> 22
Met Met Arg Lys Lys Ser Phe Trp Leu Gly Met Leu Thr Ala Phe Met
1 5 10 15
Leu Val Phe Thr Met Ala Phe Ser Asp Ser Ala Ser Ala Ala Gln Pro
20 25 30
Ala Lys Asn Val Glu Lys Asp Tyr Ile Val Gly Phe Lys Ser Gly Val
35 40 45
Lys Thr Ala Ser Val Lys Lys Asp Ile Ile Lys Glu Ser Gly Gly Lys
50 55 60
Val Asp Lys Gln Phe Arg Ile Ile Asn Ala Ala Lys Ala Lys Leu Asp
65 70 75 80
Lys Glu Ala Leu Lys Glu Val Lys Asn Asp Pro Asp Val Ala Tyr Val
85 90 95
Glu Glu Asp His Val Ala His Ala Leu Ala Gln Thr Val Pro Tyr Gly
100 105 110
Ile Pro Leu Ile Lys Ala Asp Lys Val Gln Ala Gln Gly Phe Lys Gly
115 120 125
Ala Asn Val Lys Val Ala Val Leu Asp Thr Gly Ile Gln Ala Ser His
130 135 140
Pro Asp Leu Asn Val Val Gly Gly Ala Ser Phe Val Ala Gly Glu Ala
145 150 155 160
Tyr Asn Thr Asp Gly Asn Gly His Gly Thr His Val Ala Gly Thr Val
165 170 175
Ala Ala Leu Asp Asn Thr Thr Gly Val Leu Gly Val Ala Pro Ser Val
180 185 190
Ser Leu Tyr Ala Val Lys Val Leu Asn Ser Ser Gly Ser Gly Ser Tyr
195 200 205
Ser Gly Ile Val Ser Gly Ile Glu Trp Ala Thr Thr Asn Gly Met Asp
210 215 220
Val Ile Asn Met Ser Leu Gly Gly Ala Ser Gly Ser Thr Ala Met Lys
225 230 235 240
Gln Ala Val Asp Asn Ala Tyr Ala Lys Gly Val Val Val Val Ala Ala
245 250 255
Ala Gly Asn Ser Gly Ser Ser Gly Asn Thr Asn Thr Ile Gly Tyr Pro
260 265 270
Ala Lys Tyr Asp Ser Val Ile Ala Val Gly Ala Val Asp Ser Asn Ser
275 280 285
Asn Arg Ala Ser Phe Ser Ser Val Gly Ala Glu Leu Glu Val Met Ala
290 295 300
Pro Gly Ala Gly Val Tyr Ser Thr Tyr Pro Thr Asn Thr Tyr Ala Thr
305 310 315 320
Leu Asn Gly Thr Ser Met Ala Ser Pro His Val Ala Gly Ala Ala Ala
325 330 335
Leu Ile Leu Ser Lys His Pro Asn Leu Ser Ala Ser Gln Val Arg Asn
340 345 350
Arg Leu Ser Ser Thr Ala Thr Tyr Leu Gly Ser Ser Phe Tyr Tyr Gly
355 360 365
Lys Gly Leu Ile Asn Val Glu Ala Ala Ala Gln
370 375
<210> 23
<211> 669
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes trypsin
<400> 23
atcgtcgggg gctacacctg cgcagagaat tccgtccctt accaggtgtc cctgaatgct 60
ggctaccact tctgcggggg ctccctcatc aatgaccagt gggtggtgtc cgcggctcac 120
tgctaccagt accacatcca ggtgaggctg ggagaataca acattgatgt cttggagggt 180
ggtgagcagt tcatcgatgc gtccaagatc atccgccacc ccaagtacag cagctggact 240
ctggacaatg acatcctgct gatcaaactc tccacgcctg cggtcatcaa tgcccgggtg 300
tccaccttgc tgctgcccag tgcctgtgct tccgcaggca cagagtgcct catctccggc 360
tggggcaaca ccctgagcag tggcgtcaac tacccggacc tgctgcaatg cctggtggcc 420
ccgctgctga gccacgccga ctgtgaagcc tcataccctg gacagatcac taacaacatg 480
atctgcgctg gcttcctgga aggaggcaag gattcctgcc agggtgactc tggcggccct 540
gtggcttgca acggacagct ccagggcatt gtgtcctggg gctacggctg tgcccagaag 600
ggcaagcctg gggtctacac caaggtctgc aactacgtgg actggattca ggagaccatc 660
gccgccaac 669
<210> 24
<211> 223
<212> PRT
<213> Bos taurus
<400> 24
Ile Val Gly Gly Tyr Thr Cys Gly Ala Asn Thr Val Pro Tyr Gln Val
1 5 10 15
Ser Leu Asn Ser Gly Tyr His Phe Cys Gly Gly Ser Leu Ile Asn Ser
20 25 30
Gln Trp Val Val Ser Ala Ala His Cys Tyr Lys Ser Gly Ile Gln Val
35 40 45
Arg Leu Gly Glu Asp Asn Ile Asn Val Val Glu Gly Asn Glu Gln Phe
50 55 60
Ile Ser Ala Ser Lys Ser Ile Val His Pro Ser Tyr Asn Ser Asn Thr
65 70 75 80
Leu Asn Asn Asp Ile Met Leu Ile Lys Leu Lys Ser Ala Ala Ser Leu
85 90 95
Asn Ser Arg Val Ala Ser Ile Ser Leu Pro Thr Ser Cys Ala Ser Ala
100 105 110
Gly Thr Gln Cys Leu Ile Ser Gly Trp Gly Asn Thr Lys Ser Ser Gly
115 120 125
Thr Ser Tyr Pro Asp Val Leu Lys Cys Leu Lys Ala Pro Ile Leu Ser
130 135 140
Asp Ser Ser Cys Lys Ser Ala Tyr Pro Gly Gln Ile Thr Ser Asn Met
145 150 155 160
Phe Cys Ala Gly Tyr Leu Glu Gly Gly Lys Asp Ser Cys Gln Gly Asp
165 170 175
Ser Gly Gly Pro Val Val Cys Ser Gly Lys Leu Gln Gly Ile Val Ser
180 185 190
Trp Gly Ser Gly Cys Ala Gln Lys Asn Lys Pro Gly Val Tyr Thr Lys
195 200 205
Val Cys Asn Tyr Val Ser Trp Ile Lys Gln Thr Ile Ala Ser Asn
210 215 220
<210> 25
<211> 1464
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes serratiopeptidase
<400> 25
atgcaatcta ctaaaaaggc aattgaaatt actgaatcca gcctcgctgc cgcgacaacc 60
ggttacgatg ctgtagacga cctgctgcat tatcatgagc ggggtaacgg gattcagatt 120
aatggcaagg attcattttc taacgagcaa gctgggctgt ttattacccg tgagaaccaa 180
acctggaacg gttacaaggt atttggccag ccggtcaaat taaccttctc gttcccggac 240
tataagttct cttccaccaa cgtcgccggc gacaccgggc tgagcaagtt cagcgcggaa 300
cagcagcagc aggctaagct gtcgctgcag tcctgggccg acgtcgccaa tatcaccttc 360
accgaagtgg cggccggtca aaaggccaat atcaccttcg gcaactacag ccaggatcgt 420
cccggccact atgattacgg cacccaggcc tacgccttcc tgccgaacac catttggcag 480
ggccaggatt tgggcggcca gacttggtac aacgtaaacc aatccaacgt gaagcatccg 540
gcgaccgaag actacggccg ccagacgttc acccatgaga ttggccatgc gctgggcctg 600
agccacccgg gcgactacaa cgccggtgag ggcaacccga cctatagaga tgtcacctat 660
gcggaagata cccgccagtt cagcctgatg agctactgga gtgaaaccaa taccggtggc 720
gacaacggcg gtcactatgc cgcggctccg ctgctggatg acattgccgc cattcagcat 780
ctgtatggcg ccaacctgtc gacccgcacc ggcgacaccg tgtacggctt taactccaat 840
accggtcgtg acttcctcag caccaccagc aactcgcaga aagtgatctt tgcggcctgg 900
gatgcgggcg gcaacgatac cttcgacttc tccggttaca ccgctaacca gcgcatcaac 960
ctgaacgaga aatggttctc cgacgtgggc ggcctgaagg gcaacgtgtc gatcgccgcc 1020
ggtgtgacca ttgagaacgc cattggcggt tccggcaacg acgtgatcgt cggcaacgcg 1080
gccaataacg tgctgaaagg cggcgcgggt aacgacgtgc tgttcggcgg cggcggggcg 1140
gatgaattgt ggggcggtgc cggcaaagac atcttcgtgt tctctgccgc cagcgattcc 1200
gcaccgggcg cttcagactg gatccgcgac ttccagaaag ggatcgacaa gatcgacctg 1260
tcgttcttca ataaagaagc gcagagcagc gatttcattc acttcgtcga tcacttcagc 1320
ggcacggccg gtgaggcgct gctgagctac aacgcgtcca gcaacgtgac cgatttgtcg 1380
gtgaacatcg gtgggcatca ggcgccggac ttcctggtga aaatcgtcgg ccaggtagac 1440
gtcgccacgg actttatcgt gtaa 1464
<210> 26
<211> 487
<212> PRT
<213> Serratia sp
<400> 26
Met Gln Ser Thr Lys Lys Ala Ile Glu Ile Thr Glu Ser Ser Leu Ala
1 5 10 15
Ala Ala Thr Thr Gly Tyr Asp Ala Val Asp Asp Leu Leu His Tyr His
20 25 30
Glu Arg Gly Asn Gly Ile Gln Ile Asn Gly Lys Asp Ser Phe Ser Asn
35 40 45
Glu Gln Ala Gly Leu Phe Ile Thr Arg Glu Asn Gln Thr Trp Asn Gly
50 55 60
Tyr Lys Val Phe Gly Gln Pro Val Lys Leu Thr Phe Ser Phe Pro Asp
65 70 75 80
Tyr Lys Phe Ser Ser Thr Asn Val Ala Gly Asp Thr Gly Leu Ser Lys
85 90 95
Phe Ser Ala Glu Gln Gln Gln Gln Ala Lys Leu Ser Leu Gln Ser Trp
100 105 110
Ala Asp Val Ala Asn Ile Thr Phe Thr Glu Val Ala Ala Gly Gln Lys
115 120 125
Ala Asn Ile Thr Phe Gly Asn Tyr Ser Gln Asp Arg Pro Gly His Tyr
130 135 140
Asp Tyr Gly Thr Gln Ala Tyr Ala Phe Leu Pro Asn Thr Ile Trp Gln
145 150 155 160
Gly Gln Asp Leu Gly Gly Gln Thr Trp Tyr Asn Val Asn Gln Ser Asn
165 170 175
Val Lys His Pro Ala Thr Glu Asp Tyr Gly Arg Gln Thr Phe Thr His
180 185 190
Glu Ile Gly His Ala Leu Gly Leu Ser His Pro Gly Asp Tyr Asn Ala
195 200 205
Gly Glu Gly Asn Pro Thr Tyr Arg Asp Val Thr Tyr Ala Glu Asp Thr
210 215 220
Arg Gln Phe Ser Leu Met Ser Tyr Trp Ser Glu Thr Asn Thr Gly Gly
225 230 235 240
Asp Asn Gly Gly His Tyr Ala Ala Ala Pro Leu Leu Asp Asp Ile Ala
245 250 255
Ala Ile Gln His Leu Tyr Gly Ala Asn Leu Ser Thr Arg Thr Gly Asp
260 265 270
Thr Val Tyr Gly Phe Asn Ser Asn Thr Gly Arg Asp Phe Leu Ser Thr
275 280 285
Thr Ser Asn Ser Gln Lys Val Ile Phe Ala Ala Trp Asp Ala Gly Gly
290 295 300
Asn Asp Thr Phe Asp Phe Ser Gly Tyr Thr Ala Asn Gln Arg Ile Asn
305 310 315 320
Leu Asn Glu Lys Trp Phe Ser Asp Val Gly Gly Leu Lys Gly Asn Val
325 330 335
Ser Ile Ala Ala Gly Val Thr Ile Glu Asn Ala Ile Gly Gly Ser Gly
340 345 350
Asn Asp Val Ile Val Gly Asn Ala Ala Asn Asn Val Leu Lys Gly Gly
355 360 365
Ala Gly Asn Asp Val Leu Phe Gly Gly Gly Gly Ala Asp Glu Leu Trp
370 375 380
Gly Gly Ala Gly Lys Asp Ile Phe Val Phe Ser Ala Ala Ser Asp Ser
385 390 395 400
Ala Pro Gly Ala Ser Asp Trp Ile Arg Asp Phe Gln Lys Gly Ile Asp
405 410 415
Lys Ile Asp Leu Ser Phe Phe Asn Lys Glu Ala Gln Ser Ser Asp Phe
420 425 430
Ile His Phe Val Asp His Phe Ser Gly Thr Ala Gly Glu Ala Leu Leu
435 440 445
Ser Tyr Asn Ala Ser Ser Asn Val Thr Asp Leu Ser Val Asn Ile Gly
450 455 460
Gly His Gln Ala Pro Asp Phe Leu Val Lys Ile Val Gly Gln Val Asp
465 470 475 480
Val Ala Thr Asp Phe Ile Val
485
<210> 27
<211> 783
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> DNA sequence that encodes a bovine pancreatic DNAse I
<400> 27
ttgaagattg ctgctttcaa cattagaact ttcggtgaaa ctaaaatgtc taacgctact 60
ttggcatctt acatcgttag aattgtcaga agatatgata tcgttttaat tcaagaagtt 120
agagactctc acttggttgc agttggtaaa ttgttagact acttgaacca agatgaccca 180
aacacttacc actacgttgt ttctgaacca ttgggtagaa actcttacaa agaaagatac 240
ttattcttgt tcagaccaaa caaagtttca gttttggata cttaccaata cgacgacggt 300
tgcgaatctt gtggtaacga ttctttctcc agagaacctg ctgttgttaa attctcatca 360
cactctacca aggttaaaga gttcgctatc gttgctttgc attctgctcc ttctgacgct 420
gttgctgaaa ttaactcttt gtacgacgtt tacttagatg ttcaacagaa atggcacttg 480
aacgacgtca tgttgatggg tgactttaac gctgattgct cttatgttac ttcttctcaa 540
tggtcttcaa ttagattgag aacatcttca actttccaat ggttaattcc tgattccgct 600
gataccactg ctactagtac caactgtgct tacgatagaa tcgttgttgc tggatcatta 660
ttgcaatctt ctgttgtccc aggttcagcg gcccctttcg atttccaagc tgcatatggt 720
ttgtctaatg aaatggcttt agccatttct gatcactacc cagttgaagt cacattgaca 780
taa 783
<210> 28
<211> 260
<212> PRT
<213> Bos taurus
<400> 28
Leu Lys Ile Ala Ala Phe Asn Ile Arg Thr Phe Gly Glu Thr Lys Met
1 5 10 15
Ser Asn Ala Thr Leu Ala Ser Tyr Ile Val Arg Ile Val Arg Arg Tyr
20 25 30
Asp Ile Val Leu Ile Gln Glu Val Arg Asp Ser His Leu Val Ala Val
35 40 45
Gly Lys Leu Leu Asp Tyr Leu Asn Gln Asp Asp Pro Asn Thr Tyr His
50 55 60
Tyr Val Val Ser Glu Pro Leu Gly Arg Asn Ser Tyr Lys Glu Arg Tyr
65 70 75 80
Leu Phe Leu Phe Arg Pro Asn Lys Val Ser Val Leu Asp Thr Tyr Gln
85 90 95
Tyr Asp Asp Gly Cys Glu Ser Cys Gly Asn Asp Ser Phe Ser Arg Glu
100 105 110
Pro Ala Val Val Lys Phe Ser Ser His Ser Thr Lys Val Lys Glu Phe
115 120 125
Ala Ile Val Ala Leu His Ser Ala Pro Ser Asp Ala Val Ala Glu Ile
130 135 140
Asn Ser Leu Tyr Asp Val Tyr Leu Asp Val Gln Gln Lys Trp His Leu
145 150 155 160
Asn Asp Val Met Leu Met Gly Asp Phe Asn Ala Asp Cys Ser Tyr Val
165 170 175
Thr Ser Ser Gln Trp Ser Ser Ile Arg Leu Arg Thr Ser Ser Thr Phe
180 185 190
Gln Trp Leu Ile Pro Asp Ser Ala Asp Thr Thr Ala Thr Ser Thr Asn
195 200 205
Cys Ala Tyr Asp Arg Ile Val Val Ala Gly Ser Leu Leu Gln Ser Ser
210 215 220
Val Val Pro Gly Ser Ala Ala Pro Phe Asp Phe Gln Ala Ala Tyr Gly
225 230 235 240
Leu Ser Asn Glu Met Ala Leu Ala Ile Ser Asp His Tyr Pro Val Glu
245 250 255
Val Thr Leu Thr
260

Claims (55)

1.一种组合物，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体。
2.权利要求1的组合物，其不包含益生细菌。
3.权利要求1或2的组合物，其中所述组合物还包含痤疮丙酸杆菌(P.acnes)生物膜降解酶。
4.权利要求1的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是水杨酸。
5.权利要求4的组合物，其中所述水杨酸以0.5％至2％(重量/体积)的浓度存在。
6.权利要求5的组合物，其中所述水杨酸以小于0.5％但大于约0.1％(重量/体积)的浓度存在。
7.权利要求1的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是硫。
8.权利要求7的组合物，其中所述硫以3％至10％(重量/体积)的浓度存在。
9.权利要求7的组合物，其中硫以小于3％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％、2％或2.5％(重量/体积)的浓度存在。
10.权利要求1的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物是间苯二酚和硫。
11.权利要求10的组合物，其中所述间苯二酚以2％的浓度存在并且所述硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。
12.权利要求1的组合物，其中所述至少一种抗痤疮化合物包含间苯二酚单乙酸酯和硫。
13.权利要求12的组合物，其中所述间苯二酚单乙酸酯以3％的浓度存在并且硫以3％至8％(重量/体积)的浓度存在。
14.权利要求1的组合物，其中所述抗痤疮化合物是抗生素、类视黄醇或α-羟基酸。
15.权利要求1的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体是天然存在的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
16.权利要求1的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体是裂解性痤疮丙酸杆菌噬菌体。
17.权利要求1的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体包含线性双链DNA基因组。
18.权利要求1的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体在长尾噬菌体科(Siphoviridae)内。
19.权利要求1的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌噬菌体的基因组包含与SEQ ID NO：1的核苷酸序列至少约80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％相同的核苷酸序列。
20.权利要求3的组合物，其中所述酶是痤疮丙酸杆菌生物膜降解酶。
21.权利要求20的组合物，其中所述酶是糖苷酶、蛋白酶、DNAse或限制性核酸内切酶。
22.权利要求20的组合物，其中所述酶是糖苷酶。
23.权利要求22的组合物，其中所述糖苷酶是糖苷水解酶。
24.权利要求23的组合物，其中所述酶催化N-乙酰基-D-葡糖胺的线性聚合物的水解。
25.权利要求24的组合物，其中所述酶是β-己糖胺酶。
26.权利要求25的组合物，其中所述酶水解乙酰基葡糖胺聚合物的β-1,6-糖苷键。
27.权利要求20的组合物，其中所述酶是DNAse I、限制性核酸内切酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、胰蛋白酶、蛋白酶K、枯草杆菌蛋白酶、沙氏菌蛋白酶、dispersin、藻酸盐裂解酶、淀粉酶或纤维素酶。
28.权利要求20的组合物，其中所述酶是Dispersin B。
29.权利要求20的组合物，其中所述酶是蛋白酶，并且所述蛋白酶是蛋白酶K或枯草杆菌蛋白酶。
30.权利要求1的组合物，其还包含抗衰老酶。
31.权利要求30的组合物，其中所述抗衰老酶是超氧化物歧化酶或过氧化物酶。
32.权利要求1的组合物，其进一步包含益生细菌。
33.权利要求32的组合物，其中所述益生细菌是益生的丙酸杆菌物种(P.sp.)、葡萄球菌物种(Staphylococcus sp.)和/或棒状杆菌物种(Corynebacterium sp.)的细菌。
34.权利要求32的组合物，其中所述益生细菌是β-变形菌(Betaproteobacteria)纲内的细菌。
35.权利要求33的组合物，其中所述益生细菌是益生的痤疮丙酸杆菌细菌。
36.权利要求35的组合物，其中所述痤疮丙酸杆菌细菌
(a)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T992C突变的16S rDNA序列；
(b)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T838C突变的16S rDNA序列；
(c)包括与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C1322T突变的16S rDNA序列；
(d)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有C986T突变的16S rDNA序列；
(e)包含与SEQ ID NO：3的序列相同的16S rDNA序列；
(f)包含与SEQ ID NO：4的序列相同的16S rDNA序列；
(g)不包含线性质粒；
(h)不包含包含毒力因子的质粒；和/或
(i)不包含编码染色体外脂肪酶和/或紧密粘附毒力因子的质粒。
37.权利要求35的组合物，其中痤疮丙酸杆菌细菌：
(a)在浮游式培养物中生长时，产生少于约20％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；
(b)当在附着培养物中生长时，产生少于约10％的致病性痤疮丙酸杆菌菌株产生的脂肪酶水平；
(c)粘附上皮细胞比致病性痤疮丙酸杆菌菌株至少少50％；和/或
(d)比致病性痤疮丙酸杆菌菌株的炎性低。
38.权利要求35的组合物，其还包含至少一种额外的益生细菌。
39.权利要求38的组合物，其中所述至少一种额外的益生细菌包括颗粒丙酸杆菌(Propionibacterium granulosum)和/或贪婪丙酸杆菌(Propionibacterium avidum)。
40.权利要求37的组合物，其中所述致病性痤疮丙酸杆菌菌株
(a)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C突变的16S rDNA序列；
(b)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1058C和A1201C突变的16S rDNA序列；
(c)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G529A突变的16S rDNA序列；
(d)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1004A和T1007C突变的16S rDNA序列；
(e)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有G1268A突变的16S rDNA序列；
(f)包含与SEQ ID NO：2所示的KPA171202型菌株16S rDNA序列相比具有T554C和G1058C突变的16S rDNA序列；
(g)包含与SEQ ID NO：5的序列相同的16S rDNA序列；
(h)包含与SEQ ID NO：6的序列相同的16S rDNA序列；
(i)包含与SEQ ID NO：7的序列相同的16S rDNA序列；
(j)包含与SEQ ID NO：8的序列相同的16S rDNA序列；
(k)包含与SEQ ID NO：9的序列相同的16S rDNA序列；和/或
(1)包含与SEQ ID NO：10的序列相同的16S rDNA序列。
41.权利要求1的组合物，其还包含至少一种额外的痤疮丙酸杆菌噬菌体。
42.权利要求1的组合物，其中所述药学上可接受的载体包括乳液。
43.权利要求42的组合物，其中所述乳液是水包油乳液或油包水乳液。
44.权利要求1的组合物，其为霜、露、悬浮液或水性溶液的形式。
45.一种组合，其包含至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和至少一种抗痤疮化合物，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物的每个在还包含药学上可接受的载体的组合物中。
46.权利要求45的组合，其中所述至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体和所述至少一种抗痤疮化合物在不同组合物中。
47.权利要求46的组合，其中所述至少一种抗痤疮化合物是过氧化苯甲酰。
48.权利要求47的组合，其中所述过氧化苯甲酰以2.5％至10％(重量/体积)的浓度存在。
49.权利要求47的组合，其中所述过氧化苯甲酰以小于2.5％但大于约0.1％、0.5％、1％、1.5％或2％(重量/体积)的浓度存在。
50.一种治疗有需要的对象中的痤疮的方法，该方法包括给所述对象施用有效量的权利要求1的组合物。
51.权利要求50的方法，其中所述组合物是局部施用的。
52.一种治疗有需要的对象中的痤疮的方法，该方法包括给所述对象施用有效量的权利要求45的组合。
53.一种组合物，其包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
54.一种组合，其包含痤疮丙酸杆菌噬菌体和酶。
55.一种组合物，其基本上由至少一种痤疮丙酸杆菌噬菌体、至少一种抗痤疮化合物和药学上可接受的载体组成。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115813869A (zh) * 2022-12-15 2023-03-21 深圳市奥极因科技有限公司 一种感知进食状态智能给药的重组菌含片

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3448398A4 (en) 2016-04-21 2019-12-18 Naked Biome, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE TREATMENT OF SKIN DISORDERS
AU2018255972A1 (en) 2017-04-21 2019-10-31 Phi Therapeutics, Inc. Compositions comprising propionibacterium acnes bacteriophages for treating acne
MX2021005526A (es) * 2018-11-19 2021-06-18 Unilever Ip Holdings B V Una composicion antimicrobiana para inhibir selectivamente el crecimiento de la bacteria p. acnes.
KR20210033627A (ko) * 2019-09-19 2021-03-29 성균관대학교산학협력단 레조르시놀 또는 페닐에틸레조르시놀을 포함하는 공기오염물질에 의해 유발되는 피부 질환 예방, 치료, 또는 개선용 조성물

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0817613B1 (en) * 1996-01-31 2005-03-30 Cosmoferm B.V. Use of compositions comprising stabilized enzymes
WO2007007055A1 (en) * 2005-07-12 2007-01-18 The University Of Leeds Bacteriophage and their uses
WO2015118150A2 (en) * 2014-02-07 2015-08-13 Fixed Phage Limited Treatment of topical and systemic bacterial infections
US9125919B2 (en) * 2008-12-17 2015-09-08 Ei Llc Acne treatment powder foundation
US20160338979A1 (en) * 2014-01-10 2016-11-24 The Regents Of The University Of California Skin probiotic
US9526738B2 (en) * 2009-08-21 2016-12-27 Novan, Inc. Topical gels and methods of using the same

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US6034506A (en) 1998-01-16 2000-03-07 Space Systems/Loral, Inc. Lithium ion satellite battery charge control circuit
US6235033B1 (en) 2000-04-19 2001-05-22 Synthes (Usa) Bone fixation assembly
JP2008297241A (ja) 2007-05-31 2008-12-11 Fujifilm Corp ニキビ用皮膚外用剤
KR20120115920A (ko) 2011-04-11 2012-10-19 신라대학교 산학협력단 여드름 치료, 개선 또는 예방용 조성물
EP3360560A1 (en) * 2012-03-17 2018-08-15 The Regents of the University of California Composition for treating acne
KR101689033B1 (ko) * 2014-06-10 2016-12-22 경북대학교 산학협력단 여드름균을 사멸시키는 여드름균 특이적 박테리오파지
WO2016130024A1 (en) * 2015-02-13 2016-08-18 Supreme Biotechnologies Limited Endolysin expression platform
CN109689861A (zh) * 2016-05-15 2019-04-26 加州大学评议会 用于治疗痤疮的组合物和方法
AU2018255972A1 (en) 2017-04-21 2019-10-31 Phi Therapeutics, Inc. Compositions comprising propionibacterium acnes bacteriophages for treating acne
JP2021505667A (ja) * 2017-12-05 2021-02-18 バイオミックス リミテッド ざ瘡およびバイオフィルムに対するバクテリオファージ処置

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0817613B1 (en) * 1996-01-31 2005-03-30 Cosmoferm B.V. Use of compositions comprising stabilized enzymes
WO2007007055A1 (en) * 2005-07-12 2007-01-18 The University Of Leeds Bacteriophage and their uses
US9125919B2 (en) * 2008-12-17 2015-09-08 Ei Llc Acne treatment powder foundation
US9526738B2 (en) * 2009-08-21 2016-12-27 Novan, Inc. Topical gels and methods of using the same
US20160338979A1 (en) * 2014-01-10 2016-11-24 The Regents Of The University Of California Skin probiotic
WO2015118150A2 (en) * 2014-02-07 2015-08-13 Fixed Phage Limited Treatment of topical and systemic bacterial infections

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115813869A (zh) * 2022-12-15 2023-03-21 深圳市奥极因科技有限公司 一种感知进食状态智能给药的重组菌含片

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