JP2021505667A - ざ瘡およびバイオフィルムに対するバクテリオファージ処置 - Google Patents

ざ瘡およびバイオフィルムに対するバクテリオファージ処置 Download PDF

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Abstract

バクテリオファージ組成物およびその治療的使用が開示される。特に、ざ瘡およびバイオフィルムに関連するPropionibacterium acnes(P.acnes)細菌株を溶解し、それによって、ざ瘡およびバイオフィルムを処置または予防することが可能である溶解性バクテリオファージの組成物が開示される。この組成物は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能な少なくとも2種のバクテリオファージを含み得る。

Description

本出願は、その内容および開示がその全体として参照により本明細書に組み込まれている、2017年12月5日に出願された米国仮特許出願第62/594,875号からの優先権および利益を主張する。
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体として本明細書に組み込まれている配列表を含む。前記ASCIIコピーは、2018年11月27日に作成され、000110−0001−WO1_SL.txtと称され、816,247バイトのサイズである。
開示の背景
本出願は、バクテリオファージ組成物およびその治療的使用に関する。特定の態様では、本開示は、Propionibacterium acnes(P.acnes)細菌株を溶解することが可能である溶解性バクテリオファージに関する。ある特定の実施形態では、溶解性バクテリオファージは、一般的に、ざ瘡(例えば、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎(Hidradenitis suppurative)(反対型ざ瘡(acne inverse))、頭皮ざ瘡、滑膜炎、ざ瘡、膿疱症、骨化過剰症、および骨炎に関連するざ瘡(SAPHO)症候群、進行性黄斑メラニン減少症(Progressive Macular Hypomelanosis)に関連するざ瘡ならびに外傷後の致死性細菌性肉芽腫(Fatal Bacterial Granuloma after Trauma)に関連するざ瘡)に関連すると考えられるP.acnes細菌株を溶解し、それによって、疾患を処置または予防することが可能である。ある特定の実施形態では、溶解性バクテリオファージは、バイオフィルムに関連するP.acnes細菌株を溶解し、それによって、バイオフィルムを処置または予防することが可能である。
ざ瘡は、世界中で8つの最も蔓延している疾患のうちの1つであり、世界の人口の9.4%に影響を及ぼしている(Tan and Bhate, 2015)。米国では、約5千万人の人々がざ瘡を患っており、そのうちの85%は12〜25歳である。P.acnesは、ざ瘡の発病に関連しており、免疫応答を誘発するその傾向により、おそらくざ瘡の主な原因の1つであると考えられる。Propionibacteriumは、健康な成人のヒト皮膚微生物叢の主な構成成分の1つである(Human Microbiome Project Consortium, 2012; Hannigan and Grice, 2013)。これは、皮脂腺領域において優勢であり、微生物叢のほぼ90%を示すと推定される(Fitz-Gibbon et al., 2013)。尋常性ざ瘡を患っているティーンエージャーの皮膚は、健康な皮膚と比較して、最大100倍高い数のP.acnesを有する(Leyden et al., 1975)。P.acnesは、バイオフィルム形成などのいくつかの病原性因子により疾患を引き起こす(Achermann et al., 2014)。さらに、P.acnesは、乳房インプラント(Del Pozo et al., 2009;Rieger et al., 2009)、神経外科シャント(Conen et al., 2008)、心血管装置(Delahaye et al., 2005)、眼インプラント(Deramo and Ting, 2001)、内部骨折固定装置、脊髄ハードウエア(spinal hardware)(Haidar et al., 2010)、人工関節(Piper et al., 2009)、人工大動脈弁、人工股関節および上腕骨インプラント(Stirling et al., 2001)、脳脊髄シャント(Deramo and Ting, 2001;Mayhall et al., 1984)、歯性感染症(Delgado et al., 2011;Gribbon et al., 1994;Cove et al., 1983)、肘関節感染症(Lyke et al., 2001)、心内膜炎(自然弁、人工弁)(Schafer et al., 2008;Guio et al., 2009)、神経外科感染症およびCNS感染症(Perry and Lambert 2011;McDowell et al., 2008)、眼感染症(眼内炎、細菌性角膜炎)(Hunyadkurti et al., 2011;Trampuz et al., 2007)、術後椎間板炎、脊椎椎間板炎および脊髄感染症(Del Pozo and Patel 2009;Sampedro et al., 2010;Aucoin et al., 1986;Hoefnagel et al., 2008)、人工関節/矯正装置に関連する感染症(Zeller et al., 2007;Soderquist et al., 2010;Dodson et al., 2010;Piper et al., 2009)を含む様々なタイプのインプラント関連感染症の原因としても関連付けられてきた(Portillo et al., 2013;Fischer et al., 2013;Perry and Lambert, 2011)。P.acnesは、これらの医療機器および他のインプラント上でバイオフィルムとして増殖することによって、日和見病原菌として作用し、侵襲性かつ慢性のインプラント感染症を引き起こし得る(Achermann et al., 2014)。インプラント感染症の経済的負担は重大である。例えば、米国における人工感染症の1年のコストは、2020年までに16億2千万ドルを超えと予想されている(Kurtz SM et al., 2012)。
ざ瘡の従来の処置は、典型的には、抗生物質、最も一般的には、ナジフロキサシン、オフロキサシン、エリスロマイシン、クリンダマイシン塩酸塩、ドキシサイクリン、テトラサイクリン塩酸塩、ミノサイクリン、アンピシリン、セファレキシン、ゲンタマイシン、およびトリメトプリム−スルファメトキサゾールの長期間の使用に関与する(Jonczyk-Matysiak, E, et al., 2017;Nishijima et al., 1996;Michalek et al., 2015)。ざ瘡の長期間の抗生物質療法は、P.acnes株の抗生物質耐性を導き(Sardana et al., 2016;Walsh et al., 2016)、皮膚の天然の微生物叢の撹乱およびStreptococcus pyogenesなどの株のコロニー形成のリスクにも関連している(Levy et al., 2003)。専門家は、抗生物質の過剰使用に対して警鐘を鳴らし、ざ瘡に対する局所抗生物質処置に対する代替物の開発を奨励している(Dreno, 2016)。さらに、インプラント関連感染症には、感染インプラントの外科的除去および感染組織の広範囲かつ積極的デブリードマン、それに続く長期間の抗生物質処置が必要とされ、このこともまた、抗生物質耐性をもたらし得る(Achermann et al., 2014)。それ故に、ざ瘡およびインプラント関連P.acnes感染症の有効で、信頼性の高い、かつ長期間にわたる処置および/または予防ならびにこのような処置および/または予防に影響を及ぼし得る化合物および組成物に対する重大なアンメットニーズが存在する。
バクテリオファージは、自然界において微生物の集団を制御する細菌ウイルスである。これらは、自然淘汰に基づく天然構造体であるため、生物圏において通常見られ、したがって、環境に害を与えない(Golkar et al., 2014)。これらは、その細菌宿主に対して特異的であり、敏感な細菌が存在する感染部位において増殖する。さらに、これらは、ほとんど副作用または毒性作用なく、安全かつ耐用性に優れることが証明されている(Jonczyk-Matysiak, E, et al. (2017))。
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ざ瘡に対する抗生物質処置の存在にもかかわらず、抗生物質処置の副作用の一部を回避する代替処置を提供することが望ましい。
本出願の開示の要旨
本出願は、バクテリオファージ組成物およびその治療的使用を提供する。具体的な実施形態では、本出願は、1種または複数のP.acnesの株、または亜株、例えば、P.acnes B9株(本明細書では、「B9」)またはP.acnes PA4株(本明細書では「PA4」)、もしくはP.acnes PA3株(本明細書では「PA3」)、もしくはP.acnes PA5株(本明細書では「PA5」)を溶解することが可能である溶解性バクテリオファージを提供し、これらはそれぞれ、一般的に、ざ瘡に関連すると考えられる。本開示は、皮膚上のざ瘡を処置もしくは予防する、皮膚およびインプラント上のP.acnesのバイオフィルムの発生を予防する、またはインプラント関連P.acnes感染症を予防するための方法を提供する。本開示は、本明細書に示される方法による処置に対して応答性である患者および本明細書において提供される方法により処置される患者を選択する方法も提供する。
本明細書に記載されているように、本開示は、特定のバクテリオファージが、P.acnes細菌を標的とし、溶解することができるという発見に関する。したがって、本開示は、皮膚、眼、歯およびインプラントの中/上のP.acnesのコロニー形成に関連する状態を処置または予防するためのバクテリオファージ組成物を提供する。本出願は、このようなバクテリオファージを含む組成物およびこれらの組成物を使用する方法も提供する。
ある特定の態様では、本出願は、(a)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第1のバクテリオファージ;(b)第1のバクテリオファージに感染せず、それによって溶解されない、B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第2のバクテリオファージ;ならびに(c)薬学的にまたは化粧品として許容されるアジュバント、担体またはビヒクルを含む組成物を提供する。
ある特定の態様では、本出願は、(a)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第1のバクテリオファージ;(b)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第2のバクテリオファージ;(c)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第3のバクテリオファージ;ならびに(d)薬学的にまたは化粧品として許容されるアジュバント、担体またはビヒクルを含む組成物であって;第2のバクテリオファージに感染した少なくとも1種のP.acnes株が、第1のバクテリオファージおよび第3のバクテリオファージのうちの少なくとも1種に感染せず、それによって溶解されず、第3のバクテリオファージに感染した少なくとも1種のP.acnes株が、第1のバクテリオファージおよび第2のバクテリオファージのうちの少なくとも1種に感染せず、それによって溶解されない、組成物を提供する。
一部の実施形態では、組成物は、PS7−1、NS19−1、NS13、PA1−13、PA1−4、NS7−1、PA1−9、PA1−11、PA1−12、PA1−13、PA1−14、PA2−7、PAP−1、PAP−4、PAP−12、PAP−13、PAP−14、PA1−4、およびPA2−13から選択される少なくとも2種、少なくとも3種、もしくは少なくとも4種またはそれより多いバクテリオファージを含む。
これらの実施形態の一部の態様では、組成物は、少なくとも以下の2種のバクテリオファージ:NS13およびNS7−1;NS13およびPA1−11;NS13およびPA1−12;NS13およびPA1−13;NS13およびPA1−14;NS13およびPA1−4;NS13およびPA1−9;NS13およびPA2−13;NS13およびPA2−7;NS13およびPAP−1;NS13およびPAP−12;NS13およびPAP−13;NS13およびPAP−14;NS13およびPAP−4;NS19−1およびNS7−1;NS19−1およびPA1−11;NS19−1およびPA1−12;NS19−1およびPA1−13;NS19−1およびPA1−14;NS19−1およびPA1−4;NS19−1およびPA1−9;NS19−1およびPA2−13;NS19−1およびPA2−7;NS19−1およびPAP−1;NS19−1およびPAP−12;NS19−1およびPAP−13;NS19−1およびPAP−14;NS19−1およびPAP−4;NS7−1およびPA1−11;NS7−1およびPA1−12;NS7−1およびPA1−13;NS7−1およびPA1−4;NS7−1およびPA1−9;NS7−1およびPA2−13;NS7−1およびPAP−12;PA1−11およびPA1−12;PA1−11およびPA1−13;PA1−11およびPA2−13;PA1−11およびPAP−12;PA1−12およびPA1−13;PA1−12およびPA2−13;PA1−12およびPAP−12;PA1−13およびPA1−14;PA1−13およびPA1−4;PA1−13およびPA1−9;PA1−13およびPA2−13;PA1−13およびPA2−7;PA1−13およびPAP−1;PA1−13およびPAP−12;PA1−13およびPAP−13;PA1−13およびPAP−14;PA1−13およびPAP−4;PA1−14およびPA1−11;PA1−14およびPA1−12;PA1−14およびPA1−9;PA1−14およびPA2−13;PA1−14およびPAP−12;PA1−4およびPA1−11;PA1−4およびPA1−12;PA1−4およびPA1−14;PA1−4およびPA1−9;PA1−4およびPA2−13;PA1−4およびPA2−7;PA1−4およびPAP−1;PA1−4およびPAP−12;PA1−4およびPAP−13;PA1−4およびPAP−14;PA1−4およびPAP−4;PA1−9およびPA1−11;PA1−9およびPA1−12;PA1−9およびPA2−13;PA1−9およびPAP−12;PA2−7およびPA1−11;PA2−7およびPA1−12;PA2−7およびPA1−9;PA2−7およびPA2−13;PA2−7およびPAP−12;PAP−1およびPA1−11;PAP−1およびPA1−12;PAP−1およびPA1−9;PAP−1およびPA2−13;PAP−1およびPAP−12;PAP−12およびPA2−13;PAP−4およびPA1−11;PAP−4およびPA1−12;PAP−4およびPA1−9;PAP−4およびPA2−13;PS7−1およびNS7−1;PS7−1およびPA1−11;PS7−1およびPA1−12;PS7−1およびPA1−13;PS7−1およびPA1−14;PS7−1およびPA1−4;PS7−1およびPA1−9;PS7−1およびPA2−13;PS7−1およびPA2−7;PS7−1およびPAP−1;PS7−1およびPAP−12;PS7−1およびPAP−13;PS7−1およびPAP−14;またはPS7−1およびPAP−4を含む。
一部の実施形態では、組成物は、少なくとも以下の3種のバクテリオファージ:NS13、NS7−1、およびPA1−11;NS13、NS7−1,およびPA1−12;NS13、NS7−1,およびPA1−13;NS13、NS7−1,およびPA1−4;NS13、NS7−1,およびPA1−9;NS13、NS7−1,およびPA2−13;NS13、NS7−1,およびPAP−12;NS13、PA1−11,およびPA1−12;NS13、PA1−11,およびPA1−13;NS13、PA1−11,およびPA1−14;NS13、PA1−11,およびPA1−4;NS13、PA1−11,およびPA1−9;NS13、PA1−11,およびPA2−13;NS13、PA1−11,およびPA2−7;NS13、PA1−11,およびPAP−1;NS13、PA1−11,およびPAP−12;NS13、PA1−11,およびPAP−13;NS13、PA1−11,およびPAP−14;NS13、PA1−11,およびPAP−4;NS13、PA1−12,およびPA1−13;NS13、PA1−12,およびPA1−14;NS13、PA1−12,およびPA1−4;NS13、PA1−12,およびPA1−9;NS13、PA1−12,およびPA2−13;NS13、PA1−12,およびPA2−7;NS13、PA1−12,およびPAP−1;NS13、PA1−12,およびPAP−12;NS13、PA1−12,およびPAP−13;NS13、PA1−12,およびPAP−14;NS13、PA1−12,およびPAP−4;NS13、PA1−13,およびPA1−14;NS13、PA1−13,およびPA1−4;NS13、PA1−13,およびPA1−9;NS13、PA1−13,およびPA2−13;NS13、PA1−13,およびPA2−7;NS13、PA1−13,およびPAP−1;NS13、PA1−13,およびPAP−12;NS13、PA1−13,およびPAP−13;NS13、PA1−13,およびPAP−14;NS13、PA1−13,およびPAP−4;NS13、PA1−14,およびPA1−4;NS13、PA1−14,およびPA1−9;NS13、PA1−14,およびPA2−13;NS13、PA1−14,およびPAP−12;NS13、PA1−4,およびPA1−9;NS13、PA1−4,およびPA2−13;NS13、PA1−4,およびPA2−7;NS13、PA1−4,およびPAP−1;NS13、PA1−4,およびPAP−12;NS13、PA1−4,およびPAP−13;NS13、PA1−4,およびPAP−14;NS13、PA1−4,およびPAP−4;NS13、PA1−9,およびPA2−13;NS13、PA1−9,およびPA2−7;NS13、PA1−9,およびPAP−1;NS13、PA1−9,およびPAP−12;NS13、PA1−9,およびPAP−13;NS13、PA1−9,およびPAP−14;NS13、PA1−9,およびPAP−4;NS13、PA2−13,およびPA2−7;NS13、PA2−13,およびPAP−1;NS13、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA2−13,およびPAP−13;NS13、PA2−13,およびPAP−14;NS13、PA2−13,およびPAP−4;NS13、PA2−7,およびPAP−12;NS13、PAP−1,およびPAP−12;NS13、PAP−12,およびPAP−13;NS13、PAP−12,およびPAP−14;NS13、PAP−12,およびPAP−4;NS19−1、NS7−1,およびPA1−11;NS19−1、NS7−1,およびPA1−12;NS19−1、NS7−1,およびPA1−13;NS19−1、NS7−1,およびPA1−4;NS19−1、NS7−1,およびPA1−9;NS19−1、NS7−1,およびPA2−13;NS19−1、NS7−1,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11,およびPA1−12;NS19−1、PA1−11,およびPA1−13;NS19−1、PA1−11,およびPA1−14;NS19−1、PA1−11,およびPA1−4;NS19−1、PA1−11,およびPA1−9;NS19−1、PA1−11,およびPA2−13;NS19−1、PA1−11,およびPA2−7;NS19−1、PA1−11,およびPAP−1;NS19−1、PA1−11,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11,およびPAP−13;NS19−1、PA1−11,およびPAP−14;NS19−1、PA1−11,およびPAP−4;NS19−1、PA1−12,およびPA1−13;NS19−1、PA1−12,およびPA1−14;NS19−1、PA1−12,およびPA1−4;NS19−1、PA1−12,およびPA1−9;NS19−1、PA1−12,およびPA2−13;NS19−1、PA1−12,およびPA2−7;NS19−1、PA1−12,およびPAP−1;NS19−1、PA1−12,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12,およびPAP−13;NS19−1、PA1−12,およびPAP−14;NS19−1、PA1−12,およびPAP−4;NS19−1、PA1−13,およびPA1−14;NS19−1、PA1−13,およびPA1−4;NS19−1、PA1−13,およびPA1−9;NS19−1、PA1−13,およびPA2−13;NS19−1、PA1−13,およびPA2−7;NS19−1、PA1−13,およびPAP−1;NS19−1、PA1−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−13,およびPAP−13;NS19−1、PA1−13,およびPAP−14;NS19−1、PA1−13,およびPAP−4;NS19−1、PA1−14,およびPA1−4;NS19−1、PA1−14,およびPA1−9;NS19−1、PA1−14,およびPA2−13;NS19−1、PA1−14,およびPAP−12;NS19−1、PA1−4,およびPA1−9;NS19−1、PA1−4,およびPA2−13;NS19−1、PA1−4,およびPA2−7;NS19−1、PA1−4,およびPAP−1;NS19−1、PA1−4,およびPAP−12;NS19−1、PA1−4,およびPAP−13;NS19−1、PA1−4,およびPAP−14;NS19−1、PA1−4,およびPAP−4;NS19−1、PA1−9,およびPA2−13;NS19−1、PA1−9,およびPA2−7;NS19−1、PA1−9,およびPAP−1;NS19−1、PA1−9,およびPAP−12;NS19−1、PA1−9,およびPAP−13;NS19−1、PA1−9,およびPAP−14;NS19−1、PA1−9,およびPAP−4;NS19−1、PA2−13,およびPA2−7;NS19−1、PA2−13,およびPAP−1;NS19−1、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA2−13,およびPAP−13;NS19−1、PA2−13,およびPAP−14;NS19−1、PA2−13,およびPAP−4;NS19−1、PA2−7,およびPAP−12;NS19−1、PAP−1,およびPAP−12;NS19−1、PAP−12,およびPAP−13;NS19−1、PAP−12,およびPAP−14;NS19−1、PAP−12,およびPAP−4;NS7−1、PA1−11,およびPA1−13;NS7−1、PA1−11,およびPA1−4;NS7−1、PA1−11,およびPAP−12;NS7−1、PA1−11,およびPS7−1;NS7−1、PA1−12,およびPA1−13;NS7−1、PA1−12,およびPA1−4;NS7−1、PA1−12,およびPAP−12;NS7−1、PA1−12,およびPS7−1;NS7−1、PA1−13,およびPA1−4;NS7−1、PA1−13,およびPA1−9;NS7−1、PA1−13,およびPA2−13;NS7−1、PA1−13,およびPAP−12;NS7−1、PA1−13,およびPS7−1;NS7−1、PA1−4,およびPA1−9;NS7−1、PA1−4,およびPA2−13;NS7−1、PA1−4,およびPAP−12;NS7−1、PA1−4,およびPS7−1;NS7−1、PA1−9,およびPAP−12;NS7−1、PA1−9,およびPS7−1;NS7−1、PA2−13,およびPAP−12;NS7−1、PA2−13,およびPS7−1;NS7−1、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−12,およびPA1−13;PA1−11、PA1−12,およびPA1−4;PA1−11、PA1−12,およびPAP−12;PA1−11、PA1−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−13,およびPA1−14;PA1−11、PA1−13,およびPA1−4;PA1−11、PA1−13,およびPA1−9;PA1−11、PA1−13,およびPA2−13;PA1−11、PA1−13,およびPA2−7;PA1−11、PA1−13,およびPAP−1;PA1−11、PA1−13,およびPAP−12;PA1−11、PA1−13,およびPAP−13;PA1−11、PA1−13,およびPAP−14;PA1−11、PA1−13,およびPAP−4;PA1−11、PA1−13,およびPS7−1;PA1−11、PA1−14,およびPA1−4;PA1−11、PA1−14,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4,およびPA1−9;PA1−11、PA1−4,およびPA2−13;PA1−11、PA1−4,およびPA2−7;PA1−11、PA1−4,およびPAP−1;PA1−11、PA1−4,およびPAP−12;PA1−11、PA1−4,およびPAP−13;PA1−11、PA1−4,およびPAP−14;PA1−11、PA1−4,およびPAP−4;PA1−11、PA1−4,およびPS7−1;PA1−11、PA1−9,およびPAP−12;PA1−11、PA1−9,およびPS7−1;PA1−11、PA2−13,およびPAP−12;PA1−11、PA2−13,およびPS7−1;PA1−11、PA2−7,およびPAP−12;PA1−11、PA2−7,およびPS7−1;PA1−11、PAP−1,およびPAP−12;PA1−11、PAP−1,およびPS7−1;PA1−11、PAP−12,およびPAP−13;PA1−11、PAP−12,およびPAP−14;PA1−11、PAP−12,およびPAP−4;PA1−11、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PAP−13,およびPS7−1;PA1−11、PAP−14,およびPS7−1;PA1−11、PAP−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1−13,およびPA1−14;PA1−12、PA1−13,およびPA1−4;PA1−12、PA1−13,およびPA1−9;PA1−12、PA1−13,およびPA2−13;PA1−12、PA1−13,およびPA2−7;PA1−12、PA1−13,およびPAP−1;PA1−12、PA1−13,およびPAP−12;PA1−12、PA1−13,およびPAP−13;PA1−12、PA1−13,およびPAP−14;PA1−12、PA1−13,およびPAP−4;PA1−12、PA1−13,およびPS7−1;PA1−12、PA1−14,およびPA1−4;PA1−12、PA1−14,およびPAP−12;PA1−12、PA1−14,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4,およびPA1−9;PA1−12、PA1−4,およびPA2−13;PA1−12、PA1−4,およびPA2−7;PA1−12、PA1−4,およびPAP−1;PA1−12、PA1−4,およびPAP−12;PA1−12、PA1−4,およびPAP−13;PA1−12、PA1−4,およびPAP−14;PA1−12、PA1−4,およびPAP−4;PA1−12、PA1−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1


−9,およびPAP−12;PA1−12、PA1−9,およびPS7−1;PA1−12、PA2−13,およびPAP−12;PA1−12、PA2−13,およびPS7−1;PA1−12、PA2−7,およびPAP−12;PA1−12、PA2−7,およびPS7−1;PA1−12、PAP−1,およびPAP−12;PA1−12、PAP−1,およびPS7−1;PA1−12、PAP−12,およびPAP−13;PA1−12、PAP−12,およびPAP−14;PA1−12、PAP−12,およびPAP−4;PA1−12、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PAP−13,およびPS7−1;PA1−12、PAP−14,およびPS7−1;PA1−12、PAP−4,およびPS7−1;PA1−13、PA1−14,およびPA1−4;PA1−13、PA1−14,およびPA1−9;PA1−13、PA1−14,およびPA2−13;PA1−13、PA1−14,およびPAP−12;PA1−13、PA1−14,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4,およびPA1−9;PA1−13、PA1−4,およびPA2−13;PA1−13、PA1−4,およびPA2−7;PA1−13、PA1−4,およびPAP−1;PA1−13、PA1−4,およびPAP−12;PA1−13、PA1−4,およびPAP−13;PA1−13、PA1−4,およびPAP−14;PA1−13、PA1−4,およびPAP−4;PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;PA1−13、PA1−9,およびPA2−13;PA1−13、PA1−9,およびPA2−7;PA1−13、PA1−9,およびPAP−1;PA1−13、PA1−9,およびPAP−12;PA1−13、PA1−9,およびPAP−13;PA1−13、PA1−9,およびPAP−14;PA1−13、PA1−9,およびPAP−4;PA1−13、PA1−9,およびPS7−1;PA1−13、PA2−13,およびPA2−7;PA1−13、PA2−13,およびPAP−1;PA1−13、PA2−13,およびPAP−12;PA1−13、PA2−13,およびPAP−13;PA1−13、PA2−13,およびPAP−14;PA1−13、PA2−13,およびPAP−4;PA1−13、PA2−13,およびPS7−1;PA1−13、PA2−7,およびPAP−12;PA1−13、PA2−7,およびPS7−1;PA1−13、PAP−1,およびPAP−12;PA1−13、PAP−1,およびPS7−1;PA1−13、PAP−12,およびPAP−13;PA1−13、PAP−12,およびPAP−14;PA1−13、PAP−12,およびPAP−4;PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PAP−13,およびPS7−1;PA1−13、PAP−14,およびPS7−1;PA1−13、PAP−4,およびPS7−1;PA1−14、PA1−4,およびPA1−9;PA1−14、PA1−4,およびPA2−13;PA1−14、PA1−4,およびPAP−12;PA1−14、PA1−4,およびPS7−1;PA1−14、PA1−9,およびPAP−12;PA1−14、PA1−9,およびPS7−1;PA1−14、PA2−13,およびPAP−12;PA1−14、PA2−13,およびPS7−1;PA1−14、PAP−12,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9,およびPA2−13;PA1−4、PA1−9,およびPA2−7;PA1−4、PA1−9,およびPAP−1;PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;PA1−4、PA1−9,およびPAP−13;PA1−4、PA1−9,およびPAP−14;PA1−4、PA1−9,およびPAP−4;PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;PA1−4、PA2−13,およびPA2−7;PA1−4、PA2−13,およびPAP−1;PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;PA1−4、PA2−13,およびPAP−13;PA1−4、PA2−13,およびPAP−14;PA1−4、PA2−13,およびPAP−4;PA1−4、PA2−13,およびPS7−1;PA1−4、PA2−7,およびPAP−12;PA1−4、PA2−7,およびPS7−1;PA1−4、PAP−1,およびPAP−12;PA1−4、PAP−1,およびPS7−1;PA1−4、PAP−12,およびPAP−13;PA1−4、PAP−12,およびPAP−14;PA1−4、PAP−12,およびPAP−4;PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−4、PAP−13,およびPS7−1;PA1−4、PAP−14,およびPS7−1;PA1−4、PAP−4,およびPS7−1;PA1−9、PA2−13,およびPAP−12;PA1−9、PA2−13,およびPS7−1;PA1−9、PA2−7,およびPAP−12;PA1−9、PA2−7,およびPS7−1;PA1−9、PAP−1,およびPAP−12;PA1−9、PAP−1,およびPS7−1;PA1−9、PAP−12,およびPAP−13;PA1−9、PAP−12,およびPAP−14;PA1−9、PAP−12,およびPAP−4;PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−9、PAP−13,およびPS7−1;PA1−9、PAP−14,およびPS7−1;PA1−9、PAP−4,およびPS7−1;PA2−13、PA2−7,およびPAP−12;PA2−13、PA2−7,およびPS7−1;PA2−13、PAP−1,およびPAP−12;PA2−13、PAP−1,およびPS7−1;PA2−13、PAP−12,およびPAP−13;PA2−13、PAP−12,およびPAP−14;PA2−13、PAP−12,およびPAP−4;PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA2−13、PAP−13,およびPS7−1;PA2−13、PAP−14,およびPS7−1;PA2−13、PAP−4,およびPS7−1;PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PAP−1、PAP−12,およびPS7−1;PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;またはPAP−12、PAP−4,およびPS7−1を含む。
一部の実施形態では、組成物は、少なくとも以下の4種のバクテリオファージ:NS13、NS7−1、PA1−11,およびPA1−4;NS13、NS7−1、PA1−11,およびPAP−12;NS13、NS7−1、PA1−12,およびPA1−4;NS13、NS7−1、PA1−12,およびPAP−12;NS13、NS7−1、PA1−13,およびPA1−4;NS13、NS7−1、PA1−13,およびPAP−12;NS13、NS7−1、PA1−4,およびPA1−9;NS13、NS7−1、PA1−4,およびPA2−13;NS13、NS7−1、PA1−4,およびPS7−1;NS13、NS7−1、PA1−9,およびPAP−12;NS13、NS7−1、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA1−12,およびPA1−4;NS13、PA1−11、PA1−12,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA1−13,およびPA1−4;NS13、PA1−11、PA1−13,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA1−14,およびPA1−4;NS13、PA1−11、PA1−14,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPA1−9;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPA2−13;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPA2−7;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPAP−13;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPAP−14;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPAP−4;NS13、PA1−11、PA1−4,およびPS7−1;NS13、PA1−11、PA1−9,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PA2−7,およびPAP−12;NS13、PA1−11、PAP−12,およびPAP−13;NS13、PA1−11、PAP−12,およびPAP−14;NS13、PA1−11、PAP−12,およびPAP−4;NS13、PA1−11、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PA1−12、PA1−13,およびPA1−4;NS13、PA1−12、PA1−13,およびPAP−12;NS13、PA1−12、PA1−14,およびPA1−4;NS13、PA1−12、PA1−14,およびPAP−12;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPA1−9;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPA2−13;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPA2−7;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPAP−12;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPAP−13;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPAP−14;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPAP−4;NS13、PA1−12、PA1−4,およびPS7−1;NS13、PA1−12、PA1−9,およびPAP−12;NS13、PA1−12、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−12、PA2−7,およびPAP−12;NS13、PA1−12、PAP−12,およびPAP−13;NS13、PA1−12、PAP−12,およびPAP−14;NS13、PA1−12、PAP−12,およびPAP−4;NS13、PA1−12、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PA1−13、PA1−14,およびPA1−4;NS13、PA1−13、PA1−14,およびPAP−12;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPA1−9;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPA2−13;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPA2−7;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPAP−12;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPAP−13;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPAP−14;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPAP−4;NS13、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;NS13、PA1−13、PA1−9,およびPAP−12;NS13、PA1−13、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−13、PA2−7,およびPAP−12;NS13、PA1−13、PAP−12,およびPAP−13;NS13、PA1−13、PAP−12,およびPAP−14;NS13、PA1−13、PAP−12,およびPAP−4;NS13、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PA1−14、PA1−4,およびPA1−9;NS13、PA1−14、PA1−4,およびPA2−13;NS13、PA1−14、PA1−4,およびPS7−1;NS13、PA1−14、PA1−9,およびPAP−12;NS13、PA1−14、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−14、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPA2−13;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPA2−7;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−13;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−14;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−4;NS13、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;NS13、PA1−4、PA2−13,およびPA2−7;NS13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−13;NS13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−14;NS13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−4;NS13、PA1−4、PA2−7,およびPS7−1;NS13、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PA1−4、PAP−13,およびPS7−1;NS13、PA1−4、PAP−14,およびPS7−1;NS13、PA1−4、PAP−4,およびPS7−1;NS13、PA1−9、PA2−13,およびPAP−12;NS13、PA1−9、PA2−7,およびPAP−12;NS13、PA1−9、PAP−12,およびPAP−13;NS13、PA1−9、PAP−12,およびPAP−14;NS13、PA1−9、PAP−12,およびPAP−4;NS13、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PA2−13、PA2−7,およびPAP−12;NS13、PA2−13、PAP−12,およびPAP−13;NS13、PA2−13、PAP−12,およびPAP−14;NS13、PA2−13、PAP−12,およびPAP−4;NS13、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;NS13、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;NS13、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;NS13、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;NS19−1、NS7−1、PA1−11,およびPA1−4;NS19−1、NS7−1、PA1−11,およびPAP−12;NS19−1、NS7−1、PA1−12,およびPA1−4;NS19−1、NS7−1、PA1−12,およびPAP−12;NS19−1、NS7−1、PA1−13,およびPA1−4;NS19−1、NS7−1、PA1−13,およびPAP−12;NS19−1、NS7−1、PA1−4,およびPA1−9;NS19−1、NS7−1、PA1−4,およびPA2−13;NS19−1、NS7−1、PA1−4,およびPS7−1;NS19−1、NS7−1、PA1−9,およびPAP−12;NS19−1、NS7−1、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、NS7−1、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA1−11、PA1−12,およびPA1−4;NS19−1、PA1−11、PA1−12,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PA1−13,およびPA1−4;NS19−1、PA1−11、PA1−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PA1−14,およびPA1−4;NS19−1、PA1−11、PA1−14,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPA1−9;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPA2−13;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPA2−7;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPAP−13;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPAP−14;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPAP−4;NS19−1、PA1−11、PA1−4,およびPS7−1;NS19−1、PA1−11、PA1−9,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PA2−7,およびPAP−12;NS19−1、PA1−11、PAP−12,およびPAP−13;NS19−1、PA1−11、PAP−12,およびPAP−14;NS19−1、PA1−11、PAP−12,およびPAP−4;NS19−1、PA1−11、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA1−12、PA1−13,およびPA1−4;NS19−1、PA1−12、PA1−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12、PA1−14,およびPA1−4;NS19−1、PA1−12、PA1−14,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPA1−9;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPA2−13;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPA2−7;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPAP−13;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPAP−14;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPAP−4;NS19−1、PA1−12、PA1−4,およびPS7−1;NS19−1、PA1−12、PA1−9,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12、PA2−7,およびPAP−12;NS19−1、PA1−12、PAP−12,およびPAP−13;NS19−1、PA1−12、PAP−12,およびPAP−14;NS19−1、PA1−12、PAP−12,およびPAP−4;NS19−1、PA1−12、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA1−13、PA1−14,およびPA1−4;NS19−1、PA1−13、PA1−14,およびPAP−12;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPA1−9;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPA2−13;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPA2−7;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPAP−12;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPAP−13;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPAP−14;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPAP−4;NS19−1、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;NS19−1、PA1−13、PA1−9,およびPAP−12;NS19−1、PA1−13、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−13、PA2−7,およびPAP−12;NS19−1、PA1−13、PAP−12,およびPAP−13;NS19−1、PA1−13、PAP−12,およびPAP−14;NS19−1、PA1−13、PAP−12,およびPAP−4;NS19−1、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA1−14、PA1−4,およびPA1−9;NS19−1、PA1−14、PA1−4,およびPA2−13;NS19−1、PA1−14、PA1−4,およびPS7−1;NS19−1、PA1−14、PA1−9,およ


びPAP−12;NS19−1、PA1−14、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−14、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPA2−13;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPA2−7;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPAP−13;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPAP−14;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPAP−4;NS19−1、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;NS19−1、PA1−4、PA2−13,およびPA2−7;NS19−1、PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−4、PA2−13,およびPAP−13;NS19−1、PA1−4、PA2−13,およびPAP−14;NS19−1、PA1−4、PA2−13,およびPAP−4;NS19−1、PA1−4、PA2−7,およびPS7−1;NS19−1、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA1−4、PAP−13,およびPS7−1;NS19−1、PA1−4、PAP−14,およびPS7−1;NS19−1、PA1−4、PAP−4,およびPS7−1;NS19−1、PA1−9、PA2−13,およびPAP−12;NS19−1、PA1−9、PA2−7,およびPAP−12;NS19−1、PA1−9、PAP−12,およびPAP−13;NS19−1、PA1−9、PAP−12,およびPAP−14;NS19−1、PA1−9、PAP−12,およびPAP−4;NS19−1、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PA2−13、PA2−7,およびPAP−12;NS19−1、PA2−13、PAP−12,およびPAP−13;NS19−1、PA2−13、PAP−12,およびPAP−14;NS19−1、PA2−13、PAP−12,およびPAP−4;NS19−1、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;NS19−1、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;NS19−1、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;NS19−1、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;NS7−1、PA1−11、PA1−13,およびPA1−4;NS7−1、PA1−11、PA1−13,およびPAP−12;NS7−1、PA1−11、PA1−4,およびPAP−12;NS7−1、PA1−11、PA1−4,およびPS7−1;NS7−1、PA1−11、PAP−12,およびPS7−1;NS7−1、PA1−12、PA1−13,およびPA1−4;NS7−1、PA1−12、PA1−13,およびPAP−12;NS7−1、PA1−12、PA1−4,およびPAP−12;NS7−1、PA1−12、PA1−4,およびPS7−1;NS7−1、PA1−12、PAP−12,およびPS7−1;NS7−1、PA1−13、PA1−4,およびPA1−9;NS7−1、PA1−13、PA1−4,およびPA2−13;NS7−1、PA1−13、PA1−4,およびPAP−12;NS7−1、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;NS7−1、PA1−13、PA1−9,およびPAP−12;NS7−1、PA1−13、PA2−13,およびPAP−12;NS7−1、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;NS7−1、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;NS7−1、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;NS7−1、PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;NS7−1、PA1−4、PA2−13,およびPS7−1;NS7−1、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;NS7−1、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;NS7−1、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−12、PA1−13,およびPA1−4;PA1−11、PA1−12、PA1−13,およびPAP−12;PA1−11、PA1−12、PA1−4,およびPAP−12;PA1−11、PA1−12、PA1−4,およびPS7−1;PA1−11、PA1−12、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−13、PA1−14,およびPA1−4;PA1−11、PA1−13、PA1−14,およびPAP−12;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPA1−9;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPA2−13;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPA2−7;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPAP−12;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPAP−13;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPAP−14;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPAP−4;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;PA1−11、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;PA1−11、PA1−13、PA1−9,およびPAP−12;PA1−11、PA1−13、PA2−13,およびPAP−12;PA1−11、PA1−13、PA2−7,およびPAP−12;PA1−11、PA1−13、PAP−12,およびPAP−13;PA1−11、PA1−13、PAP−12,およびPAP−14;PA1−11、PA1−13、PAP−12,およびPAP−4;PA1−11、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−14、PA1−4,およびPAP−12;PA1−11、PA1−14、PA1−4,およびPS7−1;PA1−11、PA1−14、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;PA1−11、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;PA1−11、PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;PA1−11、PA1−4、PA2−13,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PA2−7,およびPAP−12;PA1−11、PA1−4、PA2−7,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PAP−12,およびPAP−13;PA1−11、PA1−4、PAP−12,およびPAP−14;PA1−11、PA1−4、PAP−12,およびPAP−4;PA1−11、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PAP−13,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PAP−14,およびPS7−1;PA1−11、PA1−4、PAP−4,およびPS7−1;PA1−11、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PA1−11、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PA1−11、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;PA1−11、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1−13、PA1−14,およびPA1−4;PA1−12、PA1−13、PA1−14,およびPAP−12;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPA1−9;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPA2−13;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPA2−7;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPAP−12;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPAP−13;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPAP−14;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPAP−4;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1−13、PA1−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1−13、PA1−9,およびPAP−12;PA1−12、PA1−13、PA2−13,およびPAP−12;PA1−12、PA1−13、PA2−7,およびPAP−12;PA1−12、PA1−13、PAP−12,およびPAP−13;PA1−12、PA1−13、PAP−12,およびPAP−14;PA1−12、PA1−13、PAP−12,およびPAP−4;PA1−12、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PA1−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PA1−14、PA1−4,およびPAP−12;PA1−12、PA1−14、PA1−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1−14、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;PA1−12、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PA2−13,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PA2−7,およびPAP−12;PA1−12、PA1−4、PA2−7,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PAP−12,およびPAP−13;PA1−12、PA1−4、PAP−12,およびPAP−14;PA1−12、PA1−4、PAP−12,およびPAP−4;PA1−12、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PAP−13,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PAP−14,およびPS7−1;PA1−12、PA1−4、PAP−4,およびPS7−1;PA1−12、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PA1−12、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PA1−12、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;PA1−12、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;PA1−13、PA1−14、PA1−4,およびPA1−9;PA1−13、PA1−14、PA1−4,およびPA2−13;PA1−13、PA1−14、PA1−4,およびPAP−12;PA1−13、PA1−14、PA1−4,およびPS7−1;PA1−13、PA1−14、PA1−9,およびPAP−12;PA1−13、PA1−14、PA2−13,およびPAP−12;PA1−13、PA1−14、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPA2−13;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPA2−7;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−13;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−14;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPAP−4;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PA2−13,およびPA2−7;PA1−13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;PA1−13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−13;PA1−13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−14;PA1−13、PA1−4、PA2−13,およびPAP−4;PA1−13、PA1−4、PA2−13,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PA2−7,およびPAP−12;PA1−13、PA1−4、PA2−7,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PAP−12,およびPAP−4;PA1−13、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PAP−13,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PAP−14,およびPS7−1;PA1−13、PA1−4、PAP−4,およびPS7−1;PA1−13、PA


1−9、PA2−13,およびPAP−12;PA1−13、PA1−9、PA2−7,およびPAP−12;PA1−13、PA1−9、PAP−12,およびPAP−13;PA1−13、PA1−9、PAP−12,およびPAP−14;PA1−13、PA1−9、PAP−12,およびPAP−4;PA1−13、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PA2−13、PA2−7,およびPAP−12;PA1−13、PA2−13、PAP−12,およびPAP−13;PA1−13、PA2−13、PAP−12,およびPAP−14;PA1−13、PA2−13、PAP−12,およびPAP−4;PA1−13、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PA1−13、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PA1−13、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;PA1−13、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;PA1−14、PA1−4、PA1−9,およびPAP−12;PA1−14、PA1−4、PA1−9,およびPS7−1;PA1−14、PA1−4、PA2−13,およびPAP−12;PA1−14、PA1−4、PA2−13,およびPS7−1;PA1−14、PA1−4、PAP−12,およびPS7−1;PA1−14、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−14、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9、PA2−13,およびPAP−12;PA1−4、PA1−9、PA2−13,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9、PA2−7,およびPAP−12;PA1−4、PA1−9、PA2−7,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9、PAP−12,およびPAP−13;PA1−4、PA1−9、PAP−12,およびPAP−14;PA1−4、PA1−9、PAP−12,およびPAP−4;PA1−4、PA1−9、PAP−12,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9、PAP−13,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9、PAP−14,およびPS7−1;PA1−4、PA1−9、PAP−4,およびPS7−1;PA1−4、PA2−13、PA2−7,およびPAP−12;PA1−4、PA2−13、PA2−7,およびPS7−1;PA1−4、PA2−13、PAP−12,およびPAP−13;PA1−4、PA2−13、PAP−12,およびPAP−14;PA1−4、PA2−13、PAP−12,およびPAP−4;PA1−4、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−4、PA2−13、PAP−13,およびPS7−1;PA1−4、PA2−13、PAP−14,およびPS7−1;PA1−4、PA2−13、PAP−4,およびPS7−1;PA1−4、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PA1−4、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PA1−4、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;PA1−4、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;PA1−9、PA2−13、PAP−12,およびPS7−1;PA1−9、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PA1−9、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PA1−9、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;PA1−9、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1;PA2−13、PA2−7、PAP−12,およびPS7−1;PA2−13、PAP−12、PAP−13,およびPS7−1;PA2−13、PAP−12、PAP−14,およびPS7−1;またはPA2−13、PAP−12、PAP−4,およびPS7−1を含む。
ある特定の態様では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能な少なくとも2種のバクテリオファージを含む組成物であって、第1の選択されたファージがP.acnes株B9に感染し、これを溶解し、第2の選択されたファージがP.acnes株PA4に感染し、これを溶解し、2種の選択されたファージがP.acnes株B9およびPA4に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
ある特定の態様では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能な少なくとも2種のバクテリオファージを含む組成物であって、第1の選択されたファージがP.acnes株PA3に感染し、これを溶解し、第2の選択されたファージがP.acnes株B9に感染し、これを溶解し、2種の選択されたファージがP.acnes株PA3およびB9に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
ある特定の態様では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能な少なくとも2種のバクテリオファージを含む組成物であって、第1の選択されたファージがP.acnes株PA3に感染し、これを溶解し、第2の選択されたファージがP.acnes株PA5に感染し、これを溶解し、2種の選択されたファージがP.acnes株PA3およびPA5に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
ある特定の態様では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能な少なくとも2種のバクテリオファージを含む組成物であって、第1の選択されたファージがP.acnes株PA4に感染し、これを溶解し、第2の選択されたファージがP.acnes株PA5に感染し、これを溶解し、2種の選択されたファージがP.acnes株PA4およびPA5に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
一部の実施形態では、上記組成物のうちの1つまたは複数([0009]〜[0018]を参照されたい)は、PA1、PA2、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、およびPAPから選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する少なくとも1種のファージも含む。一部の実施形態では、上記組成物のうちの1つまたは複数は、全体として、P.acnes株PA1、PA2、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、およびPAPのそれぞれに感染しそれを溶解するファージを含む。
ある特定の態様では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能な少なくとも3種のバクテリオファージを含む組成物であって、第1の選択されたファージがP.acnes株PA3に感染し、これを溶解し、第2の選択されたファージがP.acnes株PA4に感染し、これを溶解し、第3の選択されたファージがP.acnes株B9に感染し、これを溶解し、3種の選択されたファージのそれぞれが、P.acnes株PA3、PA4およびB9に関して互いに異なる溶解特異性を有する、組成物を提供する。
一部の実施形態では、上記組成物のうちの1つまたは複数([0009]〜[0018]を参照されたい)は、PS7−1、PA1−11、PAP−12、PA1−9およびPA1−13から選択される少なくとも3種のバクテリオファージを含む。好ましい実施形態では、組成物は、皮膚、眼、歯への、またはインプラントへの送達のために製剤化されたバクテリオファージの以下の組合せを含む:PAP−12、PA1−9、およびPA1−13;PS7−1、PA1−9、およびPA1−13;PAP−12、PA1−9、PA1−13、およびPS7−1;PA1−13、PAP−12、およびPA1−11;またはPS7−1、PA1−13、およびPAP−12。
一部の実施形態では、組成物は、哺乳動物の皮膚、哺乳動物の眼、哺乳動物の歯または哺乳動物に挿入されるインプラントへの送達のために製剤化される。好ましくは、哺乳動物は、ヒトである。
一部の実施形態では、組成物は、局所適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、ゲル、クリーム、軟膏、ローション、ペースト、液剤、マイクロエマルション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、もしくは湿ったスポンジワイプの形態にあるか、または固体表面に結合している。一部の実施形態では、組成物は、アジュバント、担体またはビヒクルを含む。一部の実施形態では、組成物は、可溶化剤、軟化剤、湿潤剤、増粘剤、浸透エンハンサー、キレート剤、抗酸化剤、緩衝剤、等張剤、懸濁剤、乳化剤、安定剤および保存剤から選択される1つまたは複数の添加剤を含む。一部の実施形態では、組成物は、ゲル形成剤、クリーム形成剤、ワックス、オイル、界面活性剤、および結合剤のうちの1つまたは複数を含む。
ある特定の態様では、本出願は、それを必要とするかまたはそのリスクのある対象のざ瘡を処置または予防するための方法であって、(a)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のPropionibacterium acnes(P.acnes)株に感染しそれを溶解する第1のバクテリオファージ;ならびに(b)第1のバクテリオファージに感染せず、それによって溶解されない、B9、A4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第2のバクテリオファージを含む組成物を、対象に投与するステップを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、組成物は、(a)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第1のバクテリオファージ;(b)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第2のバクテリオファージ;ならびに(c)B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第3のバクテリオファージを含み、第2のバクテリオファージに感染した少なくとも1種のP.acnes株が、第1のバクテリオファージおよび第3のバクテリオファージのうちの少なくとも1種に感染せず、それによって溶解されず、第3のバクテリオファージに感染した少なくとも1種のP.acnes株が、第1のバクテリオファージおよび第2のバクテリオファージのうちの少なくとも1種に感染せず、それによって溶解されない。一部の実施形態では、組成物は、(a)P.acnes株PA3に感染し、P.acnes株PA3を溶解する第1のバクテリオファージ;(b)P.acnes株PA4に感染し、P.acnes株PA4を溶解する第2のバクテリオファージ;および(c)P.acnes株B9に感染し、P.acnes株B9を溶解する第3のバクテリオファージを含み、3種のバクテリオファージのそれぞれが、P.acnes株PA3、PA4およびB9に関して互いに異なる溶解特異性を有する。一部の実施形態では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株に感染しそれを溶解することができるファージの、抗生物質、抗面皰剤、バクテリオファージ以外の抗P.acnes剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、角質溶解剤、皮脂浸透エンハンサー、および日焼け止め剤を含むリストから選択される1つまたは複数の局所または経口剤と組み合わせた混合物を含む組成物を、対象に投与することによって、それを必要とするかまたはそのリスクのある対象のざ瘡を処置または予防するための方法を提供する。一部の実施形態では、本出願は、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能であるバクテリオファージの混合物を含む組成物を対象に投与することによって、対象の皮膚、眼、および/または歯の中/上のP.acnesの量を低減するための方法を提供する。
一部の実施形態では、抗生剤は、抗生物質ゲル、抗生物質クリーム、抗生物質ローションまたは経口抗生物質である。一部の実施形態では、抗面皰剤は、レチノイド、アゼライン酸、およびイソトレチノインのうちの1つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗P.acnes剤は、過酸化ベンゾイル、ダプソン、アゼライン酸、エリスロマイシン、テトラサイクリンおよびクリンダマイシン、スルファセタミドナトリウム、アダパレン、ミノサイクリン、トリメトプリム、ナジフロキサシン、オフロキサシン、ドキシサイクリン、アンピシリン、セファレキシン、ゲンタマイシン、およびトリメトプリムスルファメトキサゾールのうちの1つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗炎症剤は、テトラサイクリン、エリスロマイシン、クリンダマイシン、ニコチンアミド、ミノサイクリン、トリメトプリムおよびイソトレチノインのうちの1つまたは複数を含む。一部の実施形態では、抗脂漏剤は、スピロノラクトン、Dianette(商標)(酢酸シプロテロンおよびエチニルエストラジオール)およびイソトレチノインのうちの1つまたは複数を含む。
一部の実施形態では、角質溶解剤は、グリコール酸、乳酸、マンデル酸、ヒドロキシカプリン酸、フィチン酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸、サリチル酸、尿素、および硫黄のうちの1つまたは複数を含む。一部の実施形態では、皮脂浸透エンハンサーは、皮脂軟化剤、皮脂可溶化剤および乳化剤のうちの1つまたは複数を含む。一部の実施形態では、皮脂浸透エンハンサーは、ポリソルベートまたは他の非イオン性界面活性剤(例えば、ポリソルベート20、80など)、不飽和脂肪酸(例えば、オレイン酸)、不飽和アルコール(例えば、オレイルアルコール)、脂肪族アルコール(例えば、エタノールおよびイソプロピルアルコール)、トランスクトール(ジエチレングリコールモノエチルエーテル)、リン脂質、不飽和トリグリセリド、プロピレングリコール、およびジプロピレングリコールのうちの1つまたは複数を含む。
一部の実施形態では、バクテリオファージ組成物は、全体として、組成物に対して10から1013プラーク形成単位(PFU)の用量で、12時間、24時間、48時間または72時間ごとに投与される。好ましい実施形態では、バクテリオファージ組成物は、10から1011PFUの用量で、12時間、24時間、48時間、または72時間ごとに投与される。他の好ましい実施形態では、バクテリオファージ組成物は、10から1011PFUの用量で、12時間、24時間、48時間、または72時間ごとに投与される。さらに他の好ましい実施形態では、バクテリオファージ組成物は、10から10PFUの用量で、12時間、24時間、48時間、または72時間ごとに投与される。
本明細書で開示される組成物中に存在する様々なバクテリオファージは、等しいかまたは等しくない力価の量で存在してもよい。一部の実施形態では、特定のバクテリオファージは、等しい力価で存在する(例えば、1:1の第1のバクテリオファージ:第2のバクテリオファージ;1:1:1の第1のバクテリオファージ:第2のバクテリオファージ:第3のバクテリオファージなど)。他の実施形態では、ファージは、異なる相対的力価で存在してもよい。例えば、特定のバクテリオファージの他のバクテリオファージに対する力価の比率がより高いと、前者のバクテリオファージが後者のバクテリオファージよりも最終製剤において経時的により低い安定性を有する場合に有用である場合がある。このような場合には、所望の製品の貯蔵寿命にわたり最小の力価を維持するために、より低い安定性のバクテリオファージの量を増加させてもよい。このような実施形態では、安定性のより低いバクテリオファージの安定性のより高いバクテリオファージに対する比率は、例えば、2:1、5:1、10:1、25:1、50:1、100:1、500:1、1,000:1、5,000:1もしくは10,000:1または2:1から10,000:1の間の任意の比の範囲であり得る。
なお他の実施形態では、バクテリオファージのうちの1種の製造収率が低いことおよび/または製剤化中の体積制限によって、このようなバクテリオファージが、組成物中の他のバクテリオファージと比較してより低い力価で存在することになる場合がある。これらの実施形態では、前者のバクテリオファージが、組成物中の他のバクテリオファージの10,000分の1以上の初期力価で存在する場合がある。このような実施形態では、前者のバクテリオファージの他のバクテリオファージに対する力価の比率は、例えば、1:2、1:5、1:10、1:25、1:50、1:100、1:500、1:1,000、1:5,000または1:10,000であり得る。
一部の実施形態では、ざ瘡は、病変として存在する尋常性ざ瘡である。一部の実施形態では、病変は、非炎症性または炎症性である。一部の実施形態では、非炎症性病変は、面皰である。一部の実施形態では、炎症性病変は、丘疹、膿胞、結節または嚢胞である。一部の実施形態では、面皰は、ニキビまたは稗粒腫である。一部の実施形態では、ざ瘡は、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡(頭皮毛包炎、粟粒状壊死性ざ瘡またはPropionibacterium毛包炎)、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、SAPHO症候群に関連するざ瘡、または外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡である。
一部の実施形態では、対象は、1種または複数のP.acnes細菌株に関連する皮膚疾患を呈するか、またはこのような疾患を発症するリスクがある。
一部の態様では、本出願は、対象を処置することができるファージの混合物を選択する方法であって、(i)対象の罹患した領域または処置されるもしくは潜在的に処置される領域から生体試料を得るステップと、(ii)生体試料から得た細菌を培養するステップと、(iii)培養した細菌にバクテリオファージの混合物を接種するステップと、(iv)培養された細菌のいずれかがバクテリオファージの混合物によって溶解されるかを決定するステップを含み、培養された細菌のいずれかがバクテリオファージの混合物によって溶解される場合、対象は、バクテリオファージの混合物によって処置可能であると決定される、方法を提供する。
一部の態様では、本出願は、インプラントの前処置のために製剤化された、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能であるファージの混合物を含む組成物を提供する。
一部の実施形態では、本出願は、インプラント上のP.acnesを含有するバイオフィルムの発生を処置もしくは予防する、またはインプラント上のバイオフィルムにおけるP.acnesの量を低減するための方法であって、インプラントに、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能であるバクテリオファージの混合物を含む組成物を適用するステップを含む、方法を提供する。以下の1つまたは複数は、インプラントに、バクテリオファージ組成物と同時にまたは連続して、すなわち、単一の製剤からかまたは一緒にもしくは個別にパッケージングされた別々の製剤から適用されてもよい:抗微生物物質、親水性ポリマーコーティング、ポリマーブラシコーティング、または接触死滅表面コーティング。一部の実施形態では、インプラントは、コーティングからファージ、および必要に応じて、抗微生物物質を放出するか、または抗微生物物質に含浸される。一部の実施形態では、コーティングは、ヒドロゲル、ナノチューブ、微多孔性リン酸カルシウムコーティング、メッシュコーティング、ナノ粒子コーティング、ミクロスフェアコーティングまたはポリマーコーティングのうちの1つまたは複数である。一部の実施形態では、インプラントは、3Dプリンティングまたはエレクトロスピニングを使用して製造され、インプラント内に抗微生物物質を組み込む。
一部の実施形態では、本出願は、インプラント上のP.acnesのバイオフィルムの発生を処置または予防するための方法であって、インプラント上に、インプラントの前処置のために製剤化された、1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能であるバクテリオファージの混合物を含む組成物を適用するステップを含む、方法を提供する。これらの実施形態の一部の態様では、インプラントは、感覚系もしくは神経系インプラント、心血管医療機器、整形外科インプラントもしくは生体材料、避妊用インプラント、美容的インプラント、歯科インプラント、人工器官、整形外科用生体材料、または臓器不全用インプラントである。
一部の実施形態では、感覚系または神経系インプラントは、眼内レンズ、コンタクトレンズ、強膜バックル、結膜プラグ、涙道内挿管デバイス、眼窩インプラント、縫合材料、角膜実質内リングセグメント(intrastromal corneal ring segment)、蝸牛インプラント、中耳腔換気用チューブ、または神経刺激器である。一部の実施形態では、感覚系または神経系インプラントは、白内障、緑内障、円錐角膜、視覚障害、耳硬化症、難聴障害、中耳炎、中耳疾患、てんかん、パーキンソン病、および処置抵抗性うつ病を含むリストから選択される1つまたは複数の状態において使用される。
一部の実施形態では、心血管医療機器は、人工心臓、人工心臓弁、植込み型除細動器、心臓ペースメーカー、または冠動脈ステントである。一部の実施形態では、心血管医療機器は、心不全、不整脈、心室頻拍、心臓弁膜症、狭心症、およびアテローム性動脈硬化症を含むリストから選択される1つまたは複数の状態において使用される。
一部の実施形態では、整形外科インプラントまたは生体材料は、ピン、ロッド、スクリュー、プレート、金属ガラス、または生分解性医療用インプラントである。一部の実施形態では、整形外科インプラントまたは生体材料は、骨折、骨関節炎、脊柱側弯症、脊柱管狭窄症、および慢性疼痛を含むリストから選択される1つまたは複数の状態において使用される。
一部の実施形態では、避妊用インプラントは、銅またはホルモンベースの子宮内避妊具である。一部の実施形態では、避妊用インプラントは、予定外妊娠を予防すること、月経過多および多嚢胞性卵巣症候群を含むリストから選択される1つまたは複数の状態において使用される。
一部の実施形態では、美容的インプラントは、人工の乳房インプラント、肩インプラント、義鼻、または義眼である。一部の実施形態では、美容的インプラントは、乳房切除、豊尻手術、および顎の増強を含むリストから選択される1つまたは複数の状態において使用される。
一部の実施形態では、臓器不全用インプラントは、LINX、植込み型胃刺激装置、横隔膜/横隔神経刺激装置、神経刺激装置、外科用メッシュ、または陰茎プロテーゼである。一部の実施形態では、臓器不全用インプラントは、胃食道逆流性疾患、胃不全麻痺、呼吸不全、睡眠時無呼吸、尿および便の失禁、および勃起不全を含むリストから選択される1つまたは複数の状態において使用される。
上記方法のいずれかの一部の実施形態では、表1に示されるファージのうちのいずれか1種または複数は、組成物中に存在し、表1に示されているように、そのファージに対する配列番号のヌクレオチド配列を含む。
前述の概要、および以下の詳細な説明は、添付の図面と併せて読む場合によりよく理解され得る。例証のために、本発明において好ましい図面による実施形態が示される。しかしながら、本出願は、示される正確な配置および手段に限定されないことが理解されるべきである。
図1は、P.acnes株に関するファージの宿主範囲を示す図である。P.acnes株PA1、PA2およびPAPで単離されたファージに関する宿主範囲の分析は、9種の追加のP.acnes株:PA3、PA4、PA5、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10およびPA11に関して実施される。それぞれのファージを、液滴アッセイ(drop assay)によって、48ウェルプレートにおいて、様々なP.acnes株の細菌叢に添加する(10μL)。プレートを、嫌気的条件において、終夜(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。PA1、PA2およびPAPの細菌叢とそのそれぞれのファージを含むプレートを陽性対照とした。1ウェル当たり10個のファージを含有する10μLを使用して、各ファージに関する宿主範囲を試験する。+++ − プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、++ − 10個を超える計数可能な数のプラーク、+ − 1から10個の視認可能なプラーク、− − 視認可能なプラークがない。
図2は、P.acnes株の臨床単離株のサブセットに関するファージの宿主範囲を示す図である。健康なボランティアまたはざ瘡患者の皮膚試料から単離されたP.acnes株のファージ感受性を試験する。P.acnes株PA1、PA2およびPAPで単離されたファージに関する宿主範囲の分析は、P.acnesの臨床単離株から得られた14株に関して実施される。それぞれのファージを、液滴アッセイによって、48ウェルプレートにおいて、様々なP.acnes株の細菌叢に添加する(10μL)。プレートを、嫌気的条件において、24時間(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。上記のような液滴アッセイ(10個のファージを含有する10μL)または代わりにウェル当たり10個のファージを含有する5μLを使用する改変された液滴アッセイのいずれかを使用して、各ファージに関する宿主範囲を試験する。+++ − プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、++ − 10個を超える計数可能な数のプラーク、+ − 1から10個の視認可能なプラーク、− − 視認可能なプラークがない、NT − 試験されていない。
図3は、P.acnesファージによるP.granulosum臨床株PAC4の非感染力を示す図である。P.acnes株PA1、PA2およびPAPで単離されたファージに関する宿主範囲の分析は、P.granulosum株PAC4に関して実施される。それぞれのファージを、液滴アッセイによって、48ウェルプレートにおいて、P.granulosum株の細菌叢に添加する(10μL)。プレートを、嫌気的条件において、終夜(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。10PFU/mLの濃度の各ファージに関する宿主範囲を試験する。+++ − プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、++ − 10個を超える計数可能な数のプラーク、+ − 1から10個の視認可能なプラーク、− − 視認可能なプラークがない。
図4は、元のPA3株が敏感であるファージに対するB9突然変異体細菌の感受性を示す図である。PAP−1に対して発生した耐性に基づいて単離されたP.acnes PA3株のB9突然変異体に感染するファージの能力を、記載されているように調査した。それぞれのファージを、液滴アッセイによって、48ウェルプレートにおいて、B9株の細菌叢に添加する(10μL)。プレートを、嫌気的条件において、終夜(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。各ファージのB9突然変異体株に感染する能力を、10PFU/mLの濃度で試験する。R − 試験ファージによる感染に対する耐性、S − 試験ファージによる感染に対する感受性。
図5は、宿主PA4のPAP−12感染に関する他のファージの非干渉を示す図である。いずれの個々のファージの特異的機能も損なうことなく、混合物中でいくつかのファージを組み合わせる能力を、記載されているように試験する。PA4株(BHIS中で成長させた)のファージ感受性を、ファージPAP−12の存在下または非存在下で、P.acnes株PA1、PA2およびPAPで単離したファージに関して試験する。新鮮なBHISと1:1の比でまたはPAP−12のストックと1:1の比で混合した、それぞれのファージを、液滴アッセイによって、48ウェルプレートにおいて、PA4株の細菌叢に添加する(10μL)。プレートを、嫌気的条件において、終夜(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。10PFU/mLの濃度で、各ファージを試験する。+++ − プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態、++ − 10個を超える計数可能な数のプラーク、+ − 1から10個の視認可能なプラーク、− − 視認可能なプラークがない。
図6は、臨床株のサブセットのファージ感受性対抗生物質感受性を示す図である。個々のファージ、ファージ混合物および抗生物質の適用に対する様々な臨床的P.acnesおよびP.granulosum株の感受性を、記載されているように試験する。それぞれのファージまたはファージ混合物は、以前に記載されているように、液滴アッセイを使用して試験されるか、または様々な細菌株の細菌叢に添加される(5μL)。プレートを、嫌気的条件において、24時間(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢においてプラークが視認可能となる。10個のファージを含有する5μLを使用して、宿主感受性を各ファージに対して試験する。この株の抗生物質感受性を、5〜10μLの抗生物質を各株の細菌叢上に置くこと、および嫌気的条件において、終夜37℃でインキュベートすることによって測定する。++ − 全体がクリアリング状態、+ − 部分的にクリアリング状態、− − クリアリングなし、NT − 試験されていない;カクテル1 − PA1−13 + PS7−1 + PA1−9;カクテル2 − PA1−13 + PS7−1 + PAP−12。
図7は、P.acnes感染症のマウスモデルにおけるファージによる耳介膨張の予防を示すグラフである。対照として、左耳における20μLのPBSと一緒に、右耳における20μLのP.acnes株PA1(1010CFU/mL)の単回皮内注射によって、3群のマウスをモデル誘導に供する。(群1;n=20)。処置群では、PA1注射の3時間後に、20μLのファージ懸濁液(PAP−7)を右耳中に、20μLのPBSを左耳中に(群2;n=20)、またはPA1注射の3時間前に、20μLのPAP−7を右耳中に、20μLのPBSを左耳中に注射する(群3;n=20)。群1は、モデル誘導に関する対照の役割を果たす。右/左耳の厚み測定値の比は、モデル誘導の直前、ならびにモデル誘導の24時間、48時間および72時間後にマウスにおいて決定される。エラーバーは、平均値±SEMを示す。p=0.03、24時間目における群1対群3。
図8は、P.acnesによって引き起こされる膨張の局所マウスモデルにおいて実証されるファージ活性を示す図である。耳を優しく引っ掻き、続いて、10μLのPA1懸濁液(1010CFU/mL)(群2、3、および4)またはPBS(群1)を単回、局所的に適用し、次に、それに続いて図8に概略されるように、モデル誘導の30分および3時間後にファージを投与することによって、3群のマウスをモデル誘導に供する。群2は、10CFU/mLを含有する10μLのファージ懸濁液(PS7−1、PAP−1、PAP−12)を受け、一方、群3は、1011CFU/mLを含有する10μLのファージ懸濁液を受けた。モデル誘導の24時間後に、耳の厚みを測定する。エラーバーは、平均値±SEMを示す。P=0.03(群3)、P=0.02(群4)。
図9は、ファージ混合物対単一のファージの存在下で実証された時間増加に対するPA3耐性突然変異体の出現を示すグラフである。図9は、単独またはファージPAP−1、PA1−4、もしくはPAP−1およびPA1−4の組合せの存在下で培養されたPA3株の成長の特徴を例証する。PA3を、4mLのBHIS培養試験管中、37℃で嫌気的に終夜培養し、翌朝1:3に希釈し、OD0.8〜1.2に達するまで4時間インキュベートし、さらにOD0.2に希釈する。ファージPAP−1およびPA1−4を10PFU/mLまで希釈し、この濃度のこれらのファージの1:1混合物も調製する。PA3培養物を、ウェル当たり190μLで96ウェルプレート中に分注し、その後、10μLのファージを含有する試料を三連で添加する。最後に、これを40μLの鉱油で覆う。このプレートを密封し、37℃でTecan M200 Proプレートリーダー中でインキュベートし、15分ごとに測定しながら感染動態を追跡する。
図10は、ファージの遺伝子分析を示す図である。PA1、PA2、およびPAPに対して単離されたファージのパーセント相同性。すべての非重複BLASTNアライメントセグメント(BLAST HSP)を組合せ、それらの「完全一致の数」の値を合計し、この合計を2つの配列のより長い方の長さで割ることによって、ファージゲノム間のパーセント相同性を決定する。一部の実施形態では、これにより、非対称的マトリックスがもたらされる。
図11は、臨床的P.acnes株に関するファージカクテルの有効性を示す図である。図11(a〜c)は、50名のボランティアから単離された119個の臨床的P.acnes株に関するファージカクテル(PS7−1、PA1−13、およびPAP−12)の治療有効性を示し、尋常性ざ瘡グレード1〜4を有するボランティアのうちの26名について、実施例12に記載されているように調査した。R − 試験ファージカクテルによる感染に対する耐性、S − 試験ファージカクテルによる感染に対する感受性。
図12は、臨床的P.acnes株に関するファージカクテルの有効性を示す図である。10名のボランティアから単離された24個の抗生物質耐性臨床的P.acnes株に関するファージカクテル(PS7−1、PA1−13、およびPAP−12)の治療有効性であり、尋常性ざ瘡グレード1〜4を有するボランティアのうちの6名について、実施例12に記載されているように調査した。これらの株の様々な抗生物質に対する感受性も、実施例12に記載されているように測定した。R − 試験ファージカクテルによる感染に対する耐性、S − 試験ファージカクテルによる感染に対する感受性、C − 0.5μg/mlのクリンダマイシンに対する耐性、E − 0.5μg/mlのエリスロマイシンに対する耐性、T − 5μg/mlのテトラサイクリンに対する耐性、M − 5μg/mlのミノサイクリンに対する耐性。
詳細な説明
本明細書において別段に定義されていなければ、本出願において使用される科学および技術用語は、当業者によって通常理解される意味を有する。一般的に、本明細書に記載の薬理学、細胞および組織培養、分子生物学、細胞およびがん生物学、神経生物学、神経化学、ウイルス学、免疫学、微生物学、遺伝子およびタンパク質および核酸化学に関連して使用される命名法、および技法は、当技術分野において周知かつ通常使用されるものである。矛盾する場合には、定義を含む本明細書が支配することになる。
本出願の実践では、別段に示されていなければ、当業者の技術の範囲内にある分子生物学(組み換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の従来の技法が用いられる。このような技法は、文献、例えば、Molecular Cloning: A Laboratory Manual, second edition (Sambrook et al., 1989) Cold Spring Harbor Press;Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait, ed., 1984); Methods in Molecular Biology, Humana Press;Cell Biology: A Laboratory Notebook (J.E. Cellis, ed., 1998) Academic Press;Animal Cell Culture (R.I. Freshney, ed., 1987); Introduction to Cell and Tissue Culture (J.P. Mather and P.E. Roberts, 1998) Plenum Press;Cell and Tissue Culture: Laboratory Procedures (A. Doyle, J.B. Griffiths, and D.G. Newell, eds., 1993-1998) J. Wiley and Sons; Methods in Enzymology (Academic Press, Inc.);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J.M. Miller and M.P. Calos, eds., 1987); Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987);PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994);Sambrook and Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd. ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (2001);Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY (2002);Harlow and Lane Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (1998); Coligan et al., Short Protocols in Protein Science, John Wiley & Sons, NY (2003);Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999)において十分に説明されている。
本明細書に記載の生化学、免疫学、微生物学、分子生物学、およびウイルス学に関連して使用される命名法、ならびに実験手技および技術は、当技術分野において周知かつ通常使用されるものである。
本明細書および実施形態の全体を通して、「含む(comprise)」という語、または「含む(comprises)」もしくは「含むこと(comprising)」などの変化形は、記載された整数または整数の群の包含を意味するが、任意の他の整数または整数の群の除外を意味するものではないことが理解される。
実施形態が「含むこと(comprising)」という言語を用いて本明細書において記載される場合は常に、「からなる(consisting of)」および/または「から本質的になる(consisting essentially of)」という用語で記載される他の類似の実施形態もまた提供されると理解される。
「含む(including)」という用語は、「含むがこれらに限定されない(including but not limited to)」を意味するために使用される。「含む(including)」および「含むがこれらに限定されない(including but not limited to)」は、互換的に使用される。
「例えば(e.g.)」または「例えば(for example)」という用語に続くいかなる例も、網羅的または限定的であることを意図するものではない。
文脈によって別段に要求されなければ、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数を含む。
「a」、「an」および「the」という冠詞は、その冠詞の文法上の目的語の1つまたは1つより多く(すなわち、少なくとも1つ)を指すために、本明細書において使用される。例として、「ある要素(an element)」は、1つの要素または1つより多い要素を意味する。本明細書における「約」値またはパラメーターへの言及は、その値またはパラメーター自体を対象とする実施形態を含む(および記載する)。例えば、「約X」に言及する記載は「X」の記載を含む。数値範囲は、範囲を規定する数値を含むものである。本明細書で使用される場合、「約(about)」という用語は、有効数字の範囲内に±10%の変動を許容する。
本開示の数値範囲およびパラメーターは近似値であることにもかかわらず、特定の実施例に示される数値は、可能な限り正確に報告される。しかし、あらゆる数値は、そのそれぞれの試験測定において見出される標準偏差に必然的に起因する、ある特定の誤差を本質的に含有する。さらに、本明細書において開示されるすべての範囲は、そこに包含される任意かつすべての下位範囲を包含することが理解されるべきである。例えば、「1から10」と記載された範囲は、最小値の1と最大値の10との間の(およびこれらの値を含む)任意かつすべての下位範囲、すなわち、すべての下位範囲は、1またはそれより大きい最小値、例えば、1から6.1で始まり、10または10より小さい最大値、例えば、5.5から10で終わるすべての下位範囲を含むと考えられるべきである。
態様または実施形態がマーカッシュ群または他の代替的な群分類に関して記載されている場合、本出願は、列挙された群全てを全体として包含するのみではなく、群の各メンバーを個別に、また主要な群のすべての考えられる下位群も包含し、また群メンバーの1つまたは複数が含まれない主要な群もまた包含される。本出願はまた、マーカッシュ群または他の代替的な群分類の群メンバーのいずれかの1つまたは複数を明確に排除することも想定する。
例示的な方法および材料が本明細書に記載されているが、本明細書に記載されるものと類似するまたは等価な方法および材料もまた、様々な態様および実施形態の実施または試験において使用され得る。材料、方法、および実施例は例示に過ぎず、限定を意図しない。
定義
本開示がより容易に理解され得るために、まず、特定の用語が定義される。これらの定義は、本開示の残りの部分に照らし、当業者によって理解されるように読まれるべきである。別段に定義されていなければ、本明細書において使用されるすべての技術および科学用語は、当業者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。追加の定義は、詳細な説明全体を通して示される。
本明細書で使用される場合、「処置する」という用語およびその同族言語は、ざ瘡またはその少なくとも1つの認識できる症状の全体的または部分的な軽快またはモジュレーションを指す。一部の実施形態では、「処置する」および「モジュレートする」ならびにその同族言語は、少なくとも1つの測定可能な物理的パラメーターの軽快(必ずしも患者によって認識できる必要はない)を指す。一部の実施形態では、「処置する」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、物理的に(例えば、認識できる症状の安定化)、生理学的に(例えば、物理的パラメーターの安定化)、またはその両方のいずれかで、ざ瘡を阻害することもしくは低減することまたはその進行を遅延させることを指す。ある特定の実施形態では、「処置する」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、ざ瘡の進行を遅延させることまたはその進行を逆転させることを指す。
本明細書で使用される場合、「予防する」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、ざ瘡もしくはざ瘡に関連する症状の発症を遅延させること、その再発時間を遅延させることもしくはそれを獲得するリスクを低減すること、または皮膚、眼、歯もしくはインプラントの中/上の1種または複数のP.acnes株を含むバイオフィルムの発症を遅延させることもしくはそれを発生するリスクを低減すること、または未処置の対照に対して、P.acnesに関連するインプラント関連内部感染症もしくはP.acnesに関連するインプラント関連内部感染症に関連する症状の発症を遅延させることもしくはそれを獲得するリスクを低減することを指す。本明細書で使用される場合、「再発時間を遅延させること」およびその同族言語は、未処置の対照に対して、ざ瘡を発症する疑いのある個体において、ざ瘡またはざ瘡に関連する症状が再び起こるのを遅延させることを指す。
ここで定義されているように、「感染する」または「感染することが可能である」という用語は、宿主細胞を死滅させ、溶解するファージの能力を指す。P.acnesに感染するファージの能力は、スポット液滴アッセイにおいてまたは本明細書に記載されている溶液中で決定され、P.acnesのコロニーを有する軟寒天プレート上のプラーク形成もしくはクリアリングゾーンまたは細菌濃度を示す光学密度の低下は、ファージが感染に成功したことを実証する。本明細書において定義されているように、「溶解する」または「溶解」という用語は、P.acnesの細胞膜を溶かすかまたは破壊し、それによって、P.acnesを排除するファージの能力を指す。本発明の組成物中に存在するバクテリオファージは、細菌株が、S(B9株に対して)、または任意の他の株に対して++もしくは+++であるファージに対して感受性を有する場合に、その細菌株を「溶解する」または「感染および溶解する」ことが可能であると考えられる。
本明細書において定義されているように、「溶解特異性」という用語は、特定のP.acnes株を溶解するファージの能力を指す。溶解特異性は、固体培地アッセイにおいて約10PFU/mLの濃度で使用される場合に、+、++、または+++レベル(++は、10個を超える計数可能な数のプラークを示し、+++は、プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態を示す)で、軟寒天プレート上に叢として見られるP.acnesのコロニーに感染し、溶解する、ファージの能力によって決定される。最も好ましい実施形態では、特定のP.acnes株に対するファージの溶解特異性は、+++レベルである。他の好ましい実施形態では、特定のP.acnes株に対するファージの溶解特異性は、++レベルである。一部の実施形態では、B9株に対するファージの溶解特異性は、R、またはSレベル(Rは、B9株が、試験ファージによる感染に対して耐性であることを示し、Sは、B9株が、試験ファージによる感染に対して敏感であることを示す)で、軟寒天プレート上の叢におけるB9のコロニーに感染し、溶解するファージの能力によって決定される。本出願の目的として、B9の感染に関する「S」表示は、試験ファージを使用して、軟寒天プレート上のB9コロニーに感染させ、溶解させる少なくとも2つの個々の実験において、いずれかのプラークが出現することを意味する。
本明細書で使用される場合、「ざ瘡」という用語は、毛包が、油および死んだ皮膚細胞で塞がれている皮膚状態を指す。これは、顔、額、胸、上背および肩を含むがこれらに限定されない様々な身体構造上に現れ得る稗粒腫、ニキビ、吹き出物、結節、嚢胞、脂性肌および瘢痕によって特徴付けられる。ざ瘡の主要な病態生理学的特徴は、過角化、皮脂産生、細菌増殖および炎症を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、ざ瘡は、1種または複数のP.acnes株の炎症性の活性に関連する。一部の実施形態では、ざ瘡は、非炎症性の、開いたまたは閉じた面皰によって、および丘疹、膿胞、および結節によって特徴付けられる。本明細書で使用される場合、ざ瘡は、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、SAPHO症候群に関連するざ瘡、または外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡を指す。
本明細書で使用される場合、「バイオフィルム」という用語は、(i)基層、界面、または互いに付着し;(ii)(少なくとも部分的に自己産生された)細胞外ポリマー物質のマトリックス中に埋め込まれ;(iii)プランクトンの細菌細胞と比較して、成長、遺伝子発現、およびタンパク質産生の点で変更された表現型を示す(Achermann et al., 2014)、1種または複数のP.acnes株を含む微生物細胞の固着コミュニティーを指す。バイオフィルムの基本的成分は、微生物、菌体外多糖、および表面である(Dunne WM, 2002)。バイオフィルムマトリックスは、バイオフィルムの成長環境ならびに関与する細菌の属、種、および株に基づく割合で、内因的および外因的に産生された多糖、タンパク質、および/または細胞外DNAから構成され得る(Archer et al., 2011)。単一細胞から厚い多細胞層の範囲に及ぶ可能性のある、組織的なバイオフィルムのコミュニティーは、構造的かつ機能的な不均質性を有する(Costerton et al., 1999)。異なる構造は、養分、老廃物、気体、および空間の制限などの局所的環境条件に依存する(Dunne WM, 2002)。ある特定の実施形態では、バイオフィルムは、単一種のバイオフィルムである。他の実施形態では、バイオフィルムは、多微生物性であり、1種または複数のP.acnes細菌株と1種または複数の他の非P.acnes細菌株を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の1種または複数のバクテリオファージは、対象のざ瘡を処置するために投与され、未処置または対照対象におけるレベルと比較して、1つもしくは複数の症状または状態もしくは障害の物理的パラメーターの少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、またはそれより高い割合の改善をもたらす。一部の実施形態では、改善は、バクテリオファージの投与前後の、対象における症状または物理的パラメーターを比較することによって測定される。一部の実施形態では、試験される物理的パラメーターは、非炎症性病変の数、パーセンテージ、および/または重症度の低減、ならびに炎症性病変の数、パーセンテージ、および/または重症度の低減を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、物理的パラメーターは、認定臨床医によって定性的に評価される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の1種または複数のバクテリオファージは、対象の皮膚、対象の眼、歯、または対象に挿入されたインプラントの中/上の1種または複数のP.acnes株を含むバイオフィルムの発生を予防または阻止するために投与され、未処置または対照対象におけるレベルと比較して、皮膚、眼、歯、またはインプラントに関する1つもしくは複数の物理的パラメーターを、少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、またはそれより高い割合で改善させる。一部の実施形態では、改善は、バクテリオファージの投与前後の対象における物理的パラメーターを比較することによって測定される。一部の実施形態では、インプラントは、本明細書に記載の1種または複数のバクテリオファージによる前処置後に、対象に挿入される。
測定可能な物理的パラメーターは、例えば、バイオフィルムの形成および発生(Tyner and Patel, 2016)に対する、またはインプラントに関連する感染症に対する、当技術分野において公知の任意の適切なパラメーターであり得る。バイオフィルムの形成および発生のパラメーターは、微生物の付着、成熟および分散の評価、ならびにバイオフィルムの厚みを含むがこれらに限定されない。皮膚、歯、またはインプラントの中/上に形成されるバイオフィルムは、電子顕微鏡(EM)を走査することによって、in situのハイブリダイゼーションで透過型EM(Holmberg et al., 2009)の蛍光、免疫蛍光顕微鏡(Brandwein et al., 2016)によって分析することができる。さらに、歯上のバイオフィルム形成は、歯垢の評価を含むがこれらに限定されない。インプラント関連感染症のパラメーターは、手術中の組織培養におけるP.acnesの検出を含むがこれらに限定されない。組織試料、吸引液および生検試料は、患者から得られ、好気的および嫌気的条件下で5日より長い間、寒天プレートとブロスの両方で培養され、P.acnesを検出する感受性および特異度を最適化され得る(Saper et al., 2015)。患者は、紅斑、膨張、皮膚反応、滲出物生成、疼痛、硬化、およびインプラントの緩みを含むがこれらに限定されないP.acnes感染症の臨床症状を呈し得る。
予防または処置を必要とする対象として、ざ瘡を既に有する個体、およびざ瘡を有するリスクのある個体、または最終的にざ瘡を獲得する可能性のある個体を挙げることができる。予防または処置の必要性は、例えば、ざ瘡の発症に関連する1つもしくは複数のリスク因子の存在、またはざ瘡の存在もしくは進行によって評価される。例えば、ざ瘡を「予防すること」または「処置すること」は、関連する症状の発症を阻害すること、または関連する症状を低減もしくは排除することを包含し得るが、根底にある疾患の病因、例えば、遺伝的もしくは環境的因子の排除を必ずしも包含する訳ではない。
予防または処置を必要とする対象として、皮膚、眼または歯の中/上に1種または複数のP.acnes株を含むバイオフィルムを有する個体、および1種または複数のP.acnes株を含むバイオフィルムを有するリスクのある、または最終的にそれを獲得する可能性のある個体も挙げることができる。予防または処置に対する必要性は、例えば、バイオフィルムの発生に関連する1つもしくは複数のリスク因子の存在、バイオフィルムの存在もしくは進行、対象中もしくはインプラント上のバイオフィルム発生の予防、もしくはバイオフィルムを有する対象の処置に対する可能性のある受容性によって評価される。例えば、皮膚上のバイオフィルムの形成を「予防すること」または「処置すること」は、ざ瘡の関連する症状を低減または排除することを包含し得る。
一部の実施形態では、ざ瘡を有する対象は、寛解状態にあるおよび/または現在無症状であり、本明細書に記載のバクテリオファージは、寛解期間中に投与され、フレアアップに対する可能性を低減し得る。一部の実施形態では、ざ瘡に関して寛解状態にあるおよび/または現在無症状の個体は、処置、例えば、抗生物質、抗P.acnes剤、抗面皰剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、および/または抗P.acnesワクチンを受けており、本明細書に記載のバクテリオファージは、このような処置と同時投与され、フレアアップに対する可能性を低減し得る。
本明細書で使用される場合、「P.acnes」(Bacillus acnes、Corynebacterium acnes、Cutibacterium acnesまたはCorynebacterium parvumisとしても公知)は、Propionibacteriaceaeファミリーに属する(Perry and Lambert, 2011)、ヒトの皮膚、口腔、結膜、腸管および外耳道の表面および毛包脂腺嚢(pilosebaceous follicle)中に残存する、微好気性、嫌気性〜耐気性の、グラム陽性、多形性桿状細菌である。一部の実施形態では、P.acnesは、天然に存在するP.acnesを指す。一部の実施形態では、P.acnesは、天然に存在する、変異体または突然変異体P.acnes(例えば、抗生物質耐性、ファージ耐性、院内の)を指す。一部の実施形態では、変異体または突然変異体P.acnesは、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つの抗生物質に対して耐性である。一部の実施形態では、突然変異体細菌株は、バクテリオファージの存在下で生じ得、前記バクテリオファージに対して耐性となる。
本明細書で使用される場合、細菌の「株」は、細菌の遺伝子変異体またはサブタイプを指す。一部の実施形態では、細菌の「株」は、前記細菌の純粋培養において、単一の単離物からの子孫を含む。本明細書で使用される場合、細菌の「株」は、前記細菌の1種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを指し得る。例えば、本明細書で使用される場合、P.acnesの「株」は、PA1(ATCC 11828)、PA2(ATCC 33179)、PA3(ATCC 29399) PA4(DSM 32714、2017年12月5日に寄託された)、PA5(ATCC 51277)、PA6(ATCC 6923)、PA7(ATCC 6922)、PA8(ATCC 6921)、PA9(ATCC 12930)、PA10(ATCC 6919)、PA11(ATCC 11827)、PA13(DSM 16379)、PAP(DSM 32709、2017年12月5日に寄託された)、B9(DSM 32711、2017年12月5日に寄託された)、PAC1、PAC2、PAC3、PAC5、PAC6、PA12、PAC13、PAC14、2001−1、2001−3、2001−5、2002−3、2002−7、2002−9、2003−2、2003−10、2004−8_2、2002−8_3、2002−8_4、2002−8_5、2002−8_6、および2002−8_10を含むがこれらに限定されない、P.acnesの1種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを指し得る。同様に、本明細書で使用される場合、P.acnesの「株」を溶解することが可能であるバクテリオファージは、PA1、PA2、PA3、PA4、PA5、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、PA13、PAP、B9、PAC1、PAC2、PAC3、PAC5、PAC6、PAC7、PAC8、PAC9、PAC10、PAC11、PAC12、PAC13、PAC14、2001−1、2001−3、2001−5、2002−3、2002−7、2002−9、2003−2、2003−10、2004−8_2、2002−8_3、2002−8_4、2002−8_5、2002−8_6、および2002−8_10を含むがこれらに限定されない、P.acnesの1種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを溶解することが可能であるバクテリオファージを指す。
一部の実施形態では、本明細書で使用される場合、「突然変異体」細菌は、対応する野生型細菌株に対して、約85%を超える、約90%を超える、約95%を超える、約97%を超える、または約99%を超える相同性を含む細菌を指す。
本明細書で使用される場合、「バクテリオファージ」および「ファージ」は互換的に使用され、細菌に感染することが可能である単離されたウイルスを指す。一部の実施形態では、ファージは、DNAまたはRNAゲノムを含む。ファージは、天然または人工の環境から単離され得る。一部の実施形態では、ファージは、Siphoviridaeから選択される。一部の実施形態では、ファージは、約53%から約55%のGC含量を有する(Marinelli LJ 2012)。一部の実施形態では、すべてのP.acnesファージ間のゲノムのパーセンテージ同一性は、約80%から100%の範囲に及ぶ。本明細書で使用される場合、「P.acnesバクテリオファージ」は、P.acnes細菌を溶解することが可能であるバクテリオファージを指す。例えば、本明細書で使用される「バクテリオファージ」は、PS7−1(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−12(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された) PA1−13(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PA1−11(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PA1−12(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PA1−14(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PA2−4(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PA2−7(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−1(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された、PAP−4(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−11(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−13(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−14(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、NS13(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、NS7−1(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PA1−9(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−7(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、PAP−8(DSM xxxxx、2018年11月29日に寄託された)、NS19−1(DSM xxxxx、2018年12月4日に寄託された)、PA1−4(DSM xxxxx、2018年12月4日に寄託された)、PA2−13(DSM xxxxx、2018年12月4日に寄託された)を含むがこれらに限定されない、P.acnesバクテリオファージの1種または複数の遺伝子変異体またはサブタイプを指し得る。
所与のバクテリオファージの様々な単離株が、核酸配列レベルで変化し得ることが公知である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、これらが同一の溶解特異性を示す限り、「機能的に同等」であると考えられる。本明細書で使用される場合、「バクテリオファージ」という用語は、親のバクテリオファージおよびその後代または誘導体を包含する。
本明細書で使用される場合、「宿主範囲」は、特定のファージによる感染に対して感受性である細菌を指す。ファージの宿主範囲として、株、または種を挙げることができるがこれらに限定されない。この用語は、ファージの吸着可能な、産生性感染を包含する。一部の実施形態では、ファージは、2つまたはそれより多い株を認識することができる。一部の実施形態では、ファージは、野生型およびファージ耐性突然変異体株を認識することができる。
様々なファージ単離株が、当技術分野において公知の方法、例えば、固体培地アッセイ、または液体培地アッセイを使用して調製され、表現型を決定され得る。一部の実施形態では、ファージを定量および単離するための固体培地アッセイは、プレーティング効率(EOP)(Kutter, 2009)からスポット試験(Hyman & Abedon, 2010)の範囲に及ぶプラークアッセイ(Abedon & Yin, 2009)に基づく。一部の実施形態では、プラークアッセイに対して使用されるプレート形式は、例えば、ペトリ皿から48ウェルプレートまで改変され得る。
一部の実施形態では、二重層プラークアッセイを使用して、バクテリオファージ単離株の表現型を決定する。例えば、4mLのBHISの種菌に、プレート由来の5〜10個のコロニーを接種することができる。この培養物を、嫌気的条件下で、37℃にて終夜インキュベートすることができる。この培養物の100μLの体積を、100μLのファージ含有試料(または培地のみの対照)と混合し、15分間インキュベートすることができる。その後、3mLのBHIS上部寒天(1mMのCa2+とMg2+イオンを補充した融解前の0.4%寒天BHIS)を添加することができ、混合物をBHIS底寒天プレート(1.5%寒天BHIS)に対して注ぐことができる。このプレートを室温でゲルとし、次いで、プラークが特定されるまで、嫌気的条件下で、37℃にて終夜インキュベートすることができる。
一部の実施形態では、改変スポット液滴アッセイを使用して、バクテリオファージ単離株の表現型を決定する。例えば、4mLのBHISの種菌に、プレート由来の5〜10個のコロニーを接種することができる。この培養物を、嫌気的に、37℃でインキュベートすることができる。この段階で、10μLのファージ含有試料または培地のみの対照をウェルの真ん中に滴下し、吸収させることができ、プラークが計数のために視認可能となるまで、終夜(37℃、嫌気的に)インキュベートすることができる。
一部の実施形態では、液体培地アッセイを使用して、バクテリオファージの表現型を決定する。一部の実施形態では、液体ベースのファージ感染アッセイにより、感染の時間経過を追跡し、固相プラークアッセイと比較して、定量的エンドポイントを超えた感染症をもたらすことができる。一部の実施形態では、液体培地中でファージを細菌と混合し、次いで、培養物の濁度を経時的に追跡することによって、様々な細菌株がファージと相互作用する方法の間のより微細な差(例えば、細胞溶解時間の遅延)を認識することができる。一部の実施形態では、液体培地アッセイにより、96ウェルプレートを使用し、プレートリーダーにおいて光学密度を読み取ることによって、ハイスループット測定が可能となる。
例えば、細菌株を終夜成長させ、次いで、1:10に希釈し、OD600が約0.4〜0.8となるまでさらに成長させることができる。次いで、この培養物を、出発光学密度、典型的には、0.05から0.2の間のOD600まで、BHIS培地を使用してさらに希釈することができる。次いで、200μLの体積の培養物を、Nunclon平底96ウェルプレートのウェル中に分注することができる。ファージを含有する10μLの試料または対照としての10μLの培地を各ウェルに添加することができる。ウェルを50μLの鉱油で覆い、蒸発を制限することができ、薄い光学的に透明の滅菌ポリエステルフィルムを添加して、培養物を滅菌状態に保つことができる。光学密度の測定を、例えば、Tecan EVO75ロボットに接続したTecan Infinite M200プレートリーダーにおいて、15分ごとに行うことができる。測定の間に、例えば、EVO75インキュベーター内で、37℃で振盪しながら、プレートをインキュベートすることができる。
一部の実施形態では、固体アッセイのみにおいて、プラークの存在によって感染力を決定する。一部の実施形態では、液体アッセイのみにおいて、細菌培養物の光学密度の低下によって感染力を決定する。一部の実施形態では、液体アッセイと固体アッセイの両方において、細菌培養物の光学密度の低下とプラークの存在によって感染力を決定する。
本明細書で使用される場合、「溶解性」バクテリオファージは、細菌宿主に付着し、その遺伝子材料を細菌宿主細胞中に挿入する病原性バクテリオファージを指す。その後、ファージは、通常、2つのライフサイクル、すなわち、溶解性(病原性)または溶原性(テンペレート)のうちの1つに従う。溶解性ファージは、細胞の機構を乗っ取り、ファージの構成成分を作製する。次いで、これらは、細胞を破壊するか、または溶解し、新たなファージ粒子を放出する。例えば、Abedon et al., 2011;Sulakvelidze et al., 2001を参照されたい。本明細書で使用される場合、「溶解」は、検出可能な量の感染を指す。
一部の実施形態では、%溶解は、当技術分野において公知かつ本明細書に記載の方法によって、例えば、光学密度(OD)によって測定される。
本明細書で使用される場合、「%相同性」は、配列アライメントプログラムを使用して第2の核酸またはアミノ酸配列に対して整列された場合に、第1の核酸またはアミノ酸配列との間の核酸配列同一性またはアミノ酸配列同一性のレベルを指す。第1および第2の配列における位置が、同じ核酸またはアミノ酸によって占められている場合(例えば、第1の核酸配列と第2の核酸配列における位置が、シトシンによって占められている場合)、第1および第2の配列は、その位置で相同である。
一般的に、2つの配列間の相同性は、比較される位置の総数に対する、2つの配列によって共有されるマッチング数または相同な位置から計算される。一部の実施形態では、第1および第2の配列は、%相同性が最大となるように整列される。一部の実施形態では、%相同性は、2つの配列のより短い方に対する%同一性を指す。一部の実施形態では、核酸配列に関する%相同性は、イントロンおよび/または遺伝子間領域を含む。%相同性の例示的なレベルは、第1の配列と第2の配列の間の80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99%またはそれを超える割合の配列同一性を含むがこれらに限定されない。
2つの配列間の%相同性を決定するために使用され得る例示的な配列アライメントプログラムは、FASTAパッケージ(厳密な(SSEARCH、LALIGN、GGSEARCHおよびGLSEARCH)および発見的な(FASTA、FASTX/Y、TFASTX/YおよびFASTS/M/F)アルゴリズムを含む)、EMBOSSパッケージ(Needle、ストレッチャー、水および整合器)、BLASTプログラム(BLASTN、BLASTX、TBLASTX、BLASTP、TBLASTNを含むがこれらに限定されない)、MEGABLASTおよびBLATを含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、BLASTNである。例えば、95%の相同性は、すべての非重複アライメントセグメントを組合せ(BLAST HSP)、それらの完全一致数を合計し、この合計を短い方の配列の長さで除することによって、BLASTNによって決定された95%配列同一性を指す。
一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、基本的局所アライメントプログラム、例えば、BLASTである。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、ペアワイズグローバルアライメントプログラムである。一部の実施形態では、ペアワイズグローバルアライメントプログラムは、タンパク質−タンパク質アライメントに対して使用される。一部の実施形態では、ペアワイズグローバルアライメントプログラムは、Needleである。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、マルチプルアライメントプログラムである。一部の実施形態では、マルチプルアライメントプログラムは、MAFFTである。一部の実施形態では、配列アライメントプログラムは、全ゲノムアライメントプログラムである。一部の実施形態では、全ゲノムアライメントは、BLASTNを使用して実施される。一部の実施形態では、BLASTNは、デフォルトパラメーターにいかなる変更も加えずに利用される。
本明細書で使用される場合、「組成物」は、本開示のバクテリオファージの、他の構成成分、例えば、生理学的に許容される担体および/または賦形剤との調製物を指す。一部の実施形態では、組成物は、医薬組成物である。一部の実施形態では、組成物は、化粧品組成物である。
「生理学的に許容される担体」は、生物に対して重大な刺激をもたらさず、投与されたバクテリオファージ組成物の生物活性および特性を抑制しない薬学的にまたは化粧品として許容される担体または希釈液を指すように本明細書で使用される。アジュバントは、これらの表現に含まれる。
「賦形剤」という用語は、活性成分の投与をさらに容易にするために、医薬組成物または化粧品組成物に添加される不活性物質を指す。本出願の医薬組成物に対する賦形剤の例は、重炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、様々な糖および様々なタイプのデンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、植物油、ポリエチレングリコール、シリコーンベースの賦形剤、DMSO、例えば、BHT、BHA、a−トコフェロールを含む抗酸化剤、メチルパラベンおよびプロピルパラベンおよび安息香酸を含む保存剤、例えば、セチルエステルワックス、ステアリン酸およびセチルアルコールを含むワックス、プロピレングリコール、グリセリン、ソルビトール、尿素、アルファヒドロキシ酸を含む湿潤剤、例えば、グリセリン、プロピレングリコール、およびエタノールを含む共溶媒、例えば、水、界面活性剤、およびプロピレングリコールを含むエンハンサー、ならびに例えば、ポリソルベート20、Triton X−100、ポリソルベート80、ポリオキシエチレンソルビタン、脂肪酸エステル、様々なポロキサマー、ポリオキシ−40−ステアレートおよび他のポリオキシエチレンステアレート、グリセロールモノステアレート、ステアリン酸マクロゴール8(macrogol-8-stearat)、マクロゴールセトステアリルエーテル20およびポリオキシエチレンアルキルエーテル、ソルビタンモノステアレートおよび他のソルビタンモノエステル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化セチルピリジニウムを含む界面活性剤、例えば、デキストラン40、デキストラン70、カルボマー940、カルボマー974および他のポリアクリル酸誘導体、デキストリン、マルトデキストリン、ポリビニルアルコール、ポリエチレングリコールならびに寒天を含む増粘剤ならびにゲル化剤を含むがこれらに限定されない。化粧品組成物に対する賦形剤の例は、水、油、脂肪、ワックス、湿潤剤、界面活性剤、保存剤、香料および着色料、薬用植物または植物材料、機能的原材料、天然の界面活性剤(surface acting agent)/乳化剤、および他の化粧品として許容される担体または薬剤を含むがこれらに限定されない。例えば、Harry's Cosmeticology, 9th Edを参照されたい。一部の実施形態では、天然の界面活性剤または乳化剤として、例えば、ラムノリピドおよびソホロリピドを含むがこれらに限定されない発酵由来糖脂質;ココイルイセチオン酸ナトリウム、デシルグルコシド、ラウリルグルコシド、ココグルコシド、およびココアミドプロピルベタインを含むがこれらに限定されない植物由来アルキルポリグルコシド;コカミドモノエタノールアミンを含むがこれらに限定されない脂肪酸アミド;ならびにリン脂質が挙げられる。
「治療上有効な用量」および「治療上有効な量」という用語は、未処置対照と比較されるか、またはバクテリオファージの投与前後の対象におけるものと比較される、ざ瘡の予防、その症状の発症の遅延、その症状の軽快をもたらす化合物の量を指すために使用される。治療上有効な量は、例えば、未処置対照と比較される、ざ瘡の1つまたは複数の症状を処置する、予防する、その重症度を低下させる、その発症を遅延させる、および/またはそれが起こるリスクを低下させるのに十分であり得る。「治療上有効な用量」および「治療上有効な量」という用語は、皮膚、眼、歯の中/上の、またはインプラント上の、1種または複数のP.acnes株を含むバイオフィルムの発生の予防をもたらす化合物の量を指すためにも使用される。治療上有効な量は、例えば、未処置対照と比較される、1種または複数のP.acnes株を含むバイオフィルムを予防する、その重症度を低下させる、その発症を遅延させる、および/またはそれを発生するリスクを低下させるのに十分であり得る。
本明細書で使用される場合、「プラーク形成単位」は、ファージの生物活性の定量的測定値であるファージ力価を指すために使用され、1ml当たりのプラーク形成単位(PFU)として表される。一部の実施形態では、PFUは、活性の単位としても言及される。
本明細書で使用される場合、「皮膚」は、哺乳動物を覆う外側の軟組織を形成する外被系の器官を指す。これは、外胚葉組織の多層を包含し、下にある筋肉、骨、靭帯および内臓を保護する。これは、表皮、基底膜、真皮および皮下組織を包含する。表皮は、角質層、透明層(手のひらと足の裏においてのみ)、顆粒層、有棘細胞層、基底層(または基底細胞層)をさらに含む。真皮は、乳頭状領域、および網状領域をさらに含む。皮下組織は、脂肪および結合組織から構成されるより深部の皮下の組織をさらに含む。細菌は、皮膚全体を通して見られ得る。
本明細書で使用される場合、「インプラント」は、失われた生体構造を置き換える、損傷した生体構造をサポートする、または既存の生体構造を増強するために製造される医療用プロテーゼまたは美容デバイスを指す。これは、感覚系もしくは神経系インプラント、心血管医療機器、整形外科インプラントもしくは生体材料、避妊用インプラント、美容的インプラント、歯科インプラント、人工器官、または臓器不全用インプラントを包含する。「インプラント」は、眼内レンズ、コンタクトレンズ、強膜バックル、結膜プラグ、涙道内挿管デバイス、眼窩インプラント、縫合材料、角膜実質内リングセグメント、角膜実質内リングセグメント、蝸牛インプラント、中耳腔換気用チューブ、神経刺激器、人工心臓、人工心臓弁、植込み型除細動器、心臓ペースメーカー、冠動脈ステント、ピン、ロッド、スクリュー、プレート、金属ガラス、生分解性医療用インプラント、銅またはホルモンベースの子宮内避妊具、乳房インプラント、肩インプラント、義鼻、義眼、LINX、植込み型胃刺激装置、横隔膜/横隔神経刺激装置、神経刺激装置、外科用メッシュ、または陰茎プロテーゼなどのデバイスをさらに含む。インプラントは、白内障、緑内障、円錐角膜、視覚障害、耳硬化症、難聴障害、中耳炎、中耳疾患、てんかん、パーキンソン病、処置抵抗性うつ病、心不全、不整脈、心室頻拍、心臓弁膜症、狭心症、アテローム性動脈硬化症、骨折、骨関節炎、脊柱側弯症、脊柱管狭窄症、慢性疼痛、予定外妊娠を予防すること、月経過多、多嚢胞性卵巣症候群、乳房切除、豊尻手術、顎の増強、胃食道逆流性疾患、胃不全麻痺、呼吸不全、睡眠時無呼吸、尿および便の失禁、および勃起不全を含むがこれらに限定されない状態において使用することができる。
物質、化合物、組成物、製剤または薬剤を対象に「投与すること」またはその対象への「投与」は、当業者に公知の種々の方法のうちの1つを使用して行うことができる。例えば、化合物または薬剤を、皮膚、歯、眼または水晶体被膜および角膜実質を含むがこれらに限定されない眼の部分上に適用することによって局所的に投与することができる。例えば、組成物は、局所投与に好適な形態中、およびクリーム、ペースト、液剤、パウダー、スプレー、エアロゾル、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤もしくはゲルの形態にあってもよく、または固体表面に結合されてもよい。組成物は、洗顔剤、石鹸、塗布スティック、化粧品または包帯剤の一部を形成してもよい。投与することは、例えば、1回、複数回、および/または1回または複数回の延長した期間にわたって実施することもできる。一部の態様では、投与は、自己投与を含む直接的投与と、製剤を処方する行動を含む間接的投与の両方を含む。例えば、本明細書で使用される場合、製剤を自己投与すること、もしくは別の者に製剤を投与させることを患者に指導する医師および/または製剤に関する処方を患者に提供する医師は、製剤を患者に投与している。
物質、化合物、組成物、製剤または薬剤によるインプラントの「前処置」は、当業者に公知の種々の方法のうちの1つを使用して行うことができる。例えば、インプラントを、抗微生物物質、親水性ポリマーコーティング、ポリマーブラシコーティング、または接触死滅表面コーティングと一緒に、本明細書に記載の製剤でコーティングし、P.acnes細菌による表面のコロニー形成を回避し、それによって、バイオフィルム形成および臨床的感染症のリスクを低減することができる。一部の実施形態では、インプラントは、抗微生物物質に含浸される。一部の実施形態では、本明細書に記載の製剤は、ヒトの体内に挿入される前に、インプラントの表面から除去される。
すべての範囲は終点を含む。引用されるすべての参照文献は、いずれかの目的で組み込まれる(矛盾が生じる場合は明細書が支配する)。単数形は複数を含む。
本明細書に記載の各実施形態は、個別に、または本明細書に記載の任意の他の実施形態と組み合わせて使用することができる。
バクテリオファージ
本明細書に記載のバクテリオファージは、一般的に、ざ瘡、例えば、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、SAPHO症候群に関連するざ瘡または外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡に関連すると考えられる1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、一般的に、ざ瘡に関連すると考えられる1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、バイオフィルムに関連する1種または複数のP.acnes細菌株を溶解することが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物における1種または複数のP.acnes細菌を溶解することによってざ瘡をモジュレートすることが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼または歯の中/上の1種または複数のP.acnes細菌を溶解することによって、ざ瘡をモジュレートすることが可能である。一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼、歯の中/上、または哺乳動物に挿入されたインプラント上の1種または複数のP.acnes細菌を溶解することによって、P.acnesに関連するバイオフィルム形成をモジュレートすることが可能である。
一部の実施形態では、組成物は、PS7−1、NS19−1、ならびにPS7−1、およびNS19−1と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、PS7−1およびNS19−1のうちの少なくとも1種の配列に対して、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター1a」バクテリオファージと称され、P.acnes株B9、および本明細書に記載の細菌株に感染することが可能である。例えば、図1、図2、および図4を参照されたい。
一部の実施形態では、組成物は、NS13、およびNS13と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、NS13の配列に対して、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター1b」バクテリオファージと称され、P.acnes株B9、および本明細書に記載の細菌株に感染することも可能であるが、クラスター1aバクテリオファージと比較して、特定の株(すなわち、PA1、PA3、PA4、PA5、PA6、PA9、PA10、およびPA11)に関して溶解特異性を示さない。例えば、図1、および図2を参照されたい。
一部の実施形態では、組成物は、PA1−13、およびPA1−13と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、PA1−13の配列に対して、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター2」バクテリオファージと称され、P.acnes株PA3、および本明細書に記載の細菌株(すなわち、PA1、PA2、PAP、PA5、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、およびPA11)に感染することが可能であり、株PA4に有効に感染することが不可能である(すなわち+レベルよりも高い)。例えば、図1、および図2を参照されたい。
一部の実施形態では、組成物は、PAP−12、およびPAP−12と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、PAP−12の配列に対して、少なくとも約85%、少なくとも約87%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター3a」バクテリオファージと称され、本明細書に記載の細菌株(すなわち、PA1、PA2、PA3、PAP、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、およびPA11)に感染することが可能であり、株PA4に有効に感染することが可能であり、株PA5に有効に感染することが不可能である(すなわち+レベルよりも高い)。例えば、図1、および図2を参照されたい。
一部の実施形態では、組成物は、PA1−12、PA1−9、PAP−14、PAP−6、PAP−1、ならびにPA1−12、PA1−9、PAP−14、PAP−6およびPAP−1と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、PA1−12、PA1−9、PAP−14、PAP−6、およびPAP−1のうちの少なくとも1種の配列に対して、少なくとも約85%、少なくとも約87%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター3b」バクテリオファージと称され、本明細書に記載の細菌株に感染することが可能であり、株PA4に有効に感染することが不可能である(すなわち+レベルよりも高い)。例えば、図1、図2、および図4を参照されたい。
一部の実施形態では、組成物は、PA2−13、PAP−8、PA1−11、PAP−13、PA2−7、PAP−11、PA1−14、PAP−7、NS7−1、PA2−4、PAP−4、ならびにPA2−13、PAP−8、PA1−11、PAP−13、PA2−7、PAP−11、PA1−14、PAP−7、NS7−1、PA2−4、およびPAP−4と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、1種または複数のPA2−13、PAP−8、PA1−11、PAP−13、PA2−7、PAP−11、PA1−14、PAP−7、NS7−1、PA2−4、およびPAP−4のうちの少なくとも1種の配列に対して、少なくとも約88%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター4」バクテリオファージと称され、P.acnes株B9およびPA4に感染することが不可能であり、本明細書に記載の細菌株に感染することが可能である。例えば、図1、図2、および図4を参照されたい。
一部の実施形態では、組成物は、PA1−4、およびPA1−4と同じ溶解特異性を有するそのホモログから選択される少なくとも1種のバクテリオファージを含む。一部の実施形態では、ホモログは、BLASTNによって測定される場合、1種または複数のPA1−4のうちの少なくとも1種の配列に対して、少なくとも約88%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約97%、または少なくとも約99%の相同性を含む。本段落で同定されたバクテリオファージは、「クラスター5」バクテリオファージと称され、株B9およびPA4、ならびに本明細書に記載の他の細菌株に感染することが可能であり、株PA5に有効に感染することが不可能であり(すなわち+レベルよりも高い)、PA3に感染することが不可能である。例えば、図1、図2、および図4を参照されたい。
一部の実施形態では、ファージ感染の間に、ファージに対して耐性である突然変異体細菌株が生じた。一部の実施形態では、ファージが突然変異体細菌を標的とすることが有益である。前記ファージを同定するために、一部の実施形態では、このような感染に対して生き残ることができる突然変異体細菌株をまず生成するために、細菌をファージとともにインキュベートする。例えば、図4を参照されたい。次いで、得られた突然変異体細菌に関して様々なファージを試験し、このような突然変異体細菌細胞を溶解することができるファージを同定する。例示的な突然変異体B9株が本明細書に記載されている。例えば、図4を参照されたい。一部の実施形態では、突然変異体細菌は、対象が本明細書において開示されているファージで処置される場合に、in vivoで生じる傾向のある突然変異を反映する。一部の実施形態では、元の細菌株とそこから生じた突然変異体細菌株の両方に感染しそれを溶解することが可能であるバクテリオファージが生成され得る。よって、一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージは、改変されていないPA3細菌、および耐性B9突然変異体細菌を処置することが可能である。
一部の実施形態では、バクテリオファージは、P.acnesB9株ならびにPA1、PA2、PA5、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、およびPAPから選択される、少なくとも1種の細菌、少なくとも2種の細菌、少なくとも3種の細菌、少なくとも4種の細菌、または少なくとも5種の細菌、少なくとも6種の細菌、少なくとも7種の細菌、少なくとも8種の細菌、少なくとも9種の細菌、または少なくとも10種の細菌に感染することが可能である。例えば、図1および図4を参照されたい。
一部の実施形態では、バクテリオファージは、P.acnes株PA4、ならびにPA1、PA2、PA3、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、およびPAPから選択される、少なくとも1種の細菌、少なくとも2種の細菌、少なくとも3種の細菌、少なくとも4種の細菌、または少なくとも5種の細菌、少なくとも6種の細菌、少なくとも7種の細菌、少なくとも8種の細菌、少なくとも9種の細菌、または少なくとも10種の細菌に感染することが可能である。例えば、図1を参照されたい。
一部の実施形態では、バクテリオファージは、株B9および株PA4に感染することが不可能であるが、PA1、PA2、PA3、PA6、PA7、PA8、PA10、およびPAPから選択される、少なくとも1種の細菌、少なくとも2種の細菌、少なくとも3種の細菌、少なくとも4種の細菌、または少なくとも5種の細菌、少なくとも6種の細菌、少なくとも7種の細菌、または少なくとも8種の細菌に感染することが可能である。例えば、図1および図4を参照されたい。
本明細書で使用される場合、溶解性バクテリオファージの「混合物」は、本明細書に記載されている溶解性バクテリオファージの少なくとも2種の異なる単離株を含む組成物を指す。本明細書で使用される場合、「1つの(a)」または「1つの(one)」バクテリオファージは、バクテリオファージの単離株またはタイプを指し、単一のバクテリオファージ粒子を指すことを必ずしも意図する訳ではない。
一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株B9に感染することが可能である少なくとも1種のファージおよびP.acnes株PA4に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株B9に感染することが可能である少なくとも1種のファージおよびP.acnes株PA3に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株B9に感染することが可能である少なくとも1種のファージおよびP.acnes株PA5に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株PA4に感染することが可能である少なくとも1種のファージおよびP.acnes株PA3に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株PA4に感染することが可能である少なくとも1種のファージおよびP.acnes株PA5に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株PA3に感染することが可能である少なくとも1種のファージおよびP.acnes株PA5に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。
一部の実施形態では、少なくとも2種のファージを含む混合物は、単一のファージと比較して、ファージ耐性細菌の出現までの時間を低減する。図9を参照されたい。
一部の実施形態では、少なくとも3種のファージを含む混合物は、2種のファージと比較して、宿主範囲を拡大する。一部の実施形態では、混合物は、P.acnes株B9に感染することが可能である少なくとも1種のファージ、P.acnes株PA3に感染することが可能である少なくとも1種のファージ、およびP.acnes株PA4に感染することが可能である少なくとも1種のファージを含む。B9、PA3およびPA4に感染する能力はまた、少なくとも2種のファージ(例えば、少なくともPAP−12およびNS19−1、PS7−1、またはPA1−4のうちのいずれか1種;少なくともPA1−4およびNS7−1、PA1−9、PA1−14、PA2−7、PAP−1、PAP−4またはPAP−12のうちのいずれか1種)を含む特定のバクテリオファージ混合物の特性であり得る。
細菌の溶解
一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージによって溶解されるP.acnes細菌は、皮膚、眼または歯の中/上に存在する。一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージによって溶解されるP.acnes細菌は、皮膚、眼、歯の中/上の、またはインプラント上のバイオフィルム中に存在する。
一部の実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージは、一般的に、ざ瘡および/またはバイオフィルムに関連すると考えられるP.acnes細菌を溶解することが可能であり、状態またはその少なくとも1つの症状を軽快するために投与されてもよい。
化粧品組成物
本明細書に記載のバクテリオファージを含む化粧品組成物は、ざ瘡および/またはバイオフィルムをモジュレートするために使用することができる。1種または複数のバクテリオファージを、単独でまたは予防剤、治療剤、および/もしくは化粧品として許容される担体と組み合わせて含む化粧品組成物が提供される。ある特定の実施形態では、化粧品組成物は、本明細書に記載の2種のバクテリオファージを含む。他の実施形態では、化粧品組成物は、本明細書に記載の3種またはそれより多いバクテリオファージを含む。
本明細書に記載の化粧品組成物は、美容的使用のための組成物へと活性成分を処理することを容易にする、賦形剤および補助剤を含む1つまたは複数の化粧品として許容される担体を使用して、従来の方式で製剤化することができる。化粧品組成物を製剤化する方法は、当技術分野において公知である(例えば、"Harry's Cosmeticology, Chemical Publishing Company 9th Ed; Cosmetics: Science and Technology Series: Edward Sagarin, Interscience Publishersを参照されたい)。一部の実施形態では、化粧品組成物を、ゲル、クリーム、ローション、フェイスパウダーおよびコンパクト、皮膚着色剤、ボディーパウダー、フェイスパックおよびマスク、バスオイル、バスパウダー、バスフォーム、アストリンゼントローション、発汗抑制剤、プレシェーブおよびアフターシェーブローション、またはコロンを製造する方法を含むがこれらに限定されない、局所投与に適当な製剤化に供する。組成物は、1日に1回もしくは複数回、週に1回もしくは複数回、または月に1回または複数回投与することができる。
医薬組成物
本明細書に記載のバクテリオファージを含む医薬組成物は、ざ瘡および/またはバイオフィルムをモジュレートするために使用することができる。1種または複数のバクテリオファージを、単独でまたは予防剤、治療剤、および/もしくは薬学的に許容される担体と組み合わせて含む医薬組成物が提供される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載の2種のバクテリオファージを含む。他の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載の3種またはそれより多いバクテリオファージを含む。
本明細書に記載の医薬組成物は、薬学的使用のための組成物へと活性成分を処理することを容易にする、賦形剤および補助剤を含む1つまたは複数の薬学的に許容される担体を使用して、従来の方式で製剤化することができる。医薬組成物を製剤化する方法は、当技術分野において公知である(例えば、"Remington's Pharmaceutical Sciences," Mack Publishing Co., Easton, PAを参照されたい)。一部の実施形態では、医薬組成物を、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、液剤、マイクロエマルション、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、湿ったスポンジワイプ、または固体表面に結合している組成物を製造する方法を含むがこれらに限定されない、局所投与に適当な製剤化に供する。
本明細書に記載のバクテリオファージは、任意の好適な局所剤型(例えば、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、液剤、マイクロエマルション、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、湿ったスポンジワイプ、または固体表面に結合していてもよい)の、および任意の好適なタイプの投与(例えば、即時放出、拍動性放出、遅延放出、持続放出または徐放性放出)のための医薬組成物へと製剤化することができる。一部の実施形態では、バクテリオファージは、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、液剤、マイクロエマルション、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、湿ったスポンジワイプとしての投与のために製剤化されるかまたは固体表面に結合されてもよい。組成物は、1日に1回もしくは複数回、週に1回もしくは複数回、または月に1回または複数回投与することができる。
一部の実施形態では、バクテリオファージは、局所製剤として使用するためまたはインプラントに適用するために、担体粒子に共有結合により付着され得る。一部の実施形態では、担体粒子は、典型的には、およそ球形であり、最大20ミクロン、最大15ミクロン、最大10ミクロン、0.1ミクロンから、0.5ミクロンから、またはこれらの任意の組合せ、例えば、0.1ミクロンから20ミクロンもしくは0.5ミクロンから10ミクロンの平均直径を有し得る。粒子は、一般的に、およそ円形またはスフェロイドである場合があり;これらは、特に、体の敏感な部分に使用するために、好ましくは平滑である。粒径は、好適には、当技術分野における標準として認識されている方法および装置を使用して測定される。分散液中の粒径測定は、レーザー回折、動的光散乱(DLS)、ディスク遠心、および光学顕微鏡を含む種々の技法を使用して達成される。サイズ測定機器の例は、レーザー回折方法を使用するMalvern Instruments(UK)によって作製される。一部の実施形態では、バクテリオファージは、複数の粒子に共有結合により付着され得る。これらは、好ましくは、比較的均一な形態にあり、ここで、複数の粒子の多くは、最大20ミクロン、最大15ミクロン、最大10ミクロン、0.1ミクロンから、0.5ミクロンから、またはこれらの任意の組合せ、例えば、0.1ミクロンから20ミクロンもしくは0.5ミクロンから10ミクロンの直径を有する。一部の実施形態では、ファージが共有結合により付着した粒子の80%もしくはそれより高い割合、90%もしくはそれより高い割合または95%もしくはそれより高い割合は、最大20ミクロン、最大15ミクロン、最大10ミクロン、0.1ミクロンから、0.5ミクロンから、またはこれらの任意の組合せ、例えば、0.1ミクロンから20ミクロンもしくは0.5ミクロンから10ミクロンの直径を有する。WO2015118150は、バクテリオファージ製剤のために使用することができる担体粒子についてさらに記載している。
バクテリオファージが共有結合により固定されている、本出願において使用するための粒子は、一般的に、処置される動物に対して実質的に不活性である。実施例では、ナイロン粒子(ビーズ)を使用した。他の不活性の、好ましくは非毒性の生体適合性材料を使用してもよい。さらに、粒子は、生分解性材料から構成されてもよい。好適な材料として、ポリメチルメタクリレート、ポリエチレン、エチレン/アクリレートコポリマー、ナイロン−12、ポリウレタン、シリコーン樹脂、シリカおよびナイロン1010が挙げられる。WO2003093462は、粒子が作製され得るさらなる材料について記載している。
粒子基質へのバクテリオファージの固定または付着は、バクテリオファージ被覆タンパク質と担体基質の間に形成される共有結合によって達成され得る。バクテリオファージは、バクテリオファージの添加および結合の前に、基質粒子を活性化することによって、その頭部、尾部、または被膜を介して基質に固定することもできる。「活性化された/活性化すること/活性化」という用語は、例えば、コロナ放電によって電気的に、または前記基質を様々な化学基と反応させること(バクテリオファージの頭部、尾部または被膜の基などの表面化学基をウイルスに結合させること)によって、など基質の活性化を指す。WO2015118150、WO2003093462およびWO2007072049は、前記基質の活性化、ファージの基質への連結、およびファージの粒子への共有結合による付着のための方法の詳細についてさらに記載している。
一部の実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼、歯、またはインプラントに送達するために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、バクテリオファージおよび薬学的にまたは化粧品として許容される賦形剤を含み、バクテリオファージと賦形剤は、天然には一緒に存在しない。一部の実施形態では、組成物は、バクテリオファージおよび薬学的にまたは化粧品として許容される賦形剤を含み、賦形剤は、天然に存在しない賦形剤である。一部の実施形態では、組成物は、薬学的にまたは化粧品として許容されるポリマー中にカプセル化されたバクテリオファージを含み、ポリマーは天然に存在しないポリマーである。一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、再現可能な投薬量を確保するために、より長い貯蔵寿命およびファージの保管を容易にする、ならびに所望の作用部位または吸着部位への有効な送達を容易にするためにカプセル化されてもよい。一部の実施形態では、組成物は、エマルション、軟膏、ポリマーもしくは脂質微粒子(ミクロスフェアおよび微結晶)、ナノ粒子、ナノファイバー、マイクロファイバー、膜、薄膜構造および/またはリポソーム中にカプセル化されてもよい。天然および合成のポリマーを、ファージのカプセル化のために使用してもよい。ファージのカプセル化は、アガロース、アルギン酸、キトサン、ペクチン、ホエイタンパク質、ゲル化ミルクタンパク質、ヒアルロン酸メタクリレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)、ポリ(N−イソプロピルアクリルアミド)、ポリ(DL−ラクチド:グリコリド)、ポリエステルアミド、ポリビニルピロリドン、ポリエチレンオキシド/ポリビニルアルコール、セルロースジアセテート、および/またはポリメチルメタクリレートを含むがこれらに限定されない、種々の親水性および疎水性ポリマーを使用して実施することができる。リポソーム中にカプセル化されるファージの調製のために使用することができる材料の例は、ホスファチジルコリン、コレステロール、Softisan 100(商標);ダイズホスファチジルコリン、DOPC(1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホコリン)、DOPS(1,2−ジオレオイル−sn−グリセロ−3−ホスホ−L−セリン)、DLPC(1,2−ジラウロイル−sn−グリセロ−3−ホスホリルコリン)、コレステロール−PEG600、および/またはコレステリルエステルを含むがこれらに限定されない。局所投与のための固体−液体粒子は、界面活性剤および乳化剤、例えば、ステアリン酸、オレイン酸、トリパルミチン、セチルアルコール、セチルパルミテート、トリステアリン、トリミリスチン、および水添植物性脂肪(HVF)、ベヘン酸グリセリル、モノステアリン酸グリセリル、パルミトステアリン酸グリセリル、トリパルミチン酸グリセリル、タウロコール酸ナトリウム、オクタデシルアルコール、Tween 80、Poloxamer 188、Compritol(登録商標)888 ATO、Imwitor(登録商標)900、Precirol(登録商標)ATO5、カルナウバワックスおよびオレイン酸イソデシル、水添ホスファチジルコリン(hydrogenate phosphatidylcholine)、コレステロールを含むがこれらに限定されない固体脂質およびアジュバントによって生成することができる。Malik et al., 2017; Bacteriophages Methods and Protocols 2018;およびDas and Chaudhury, 2011は、バクテリオファージのカプセル化のための材料および技法についてさらに記載している。
一部の実施形態では、組成物は、単一の剤型中に存在する。単一の剤型は、液体、ゲルまたはクリーム形態であってもよい。単一の剤型は、改変することなく患者に直接的に投与されてもよく、または投与前に希釈もしくは再構成されてもよい。組成物の単一の剤型は、錠剤、顆粒剤、ナノ粒子、ナノカプセル、マイクロカプセル、マイクロタブレット、ペレット、または粉末などのより小さいアリコート、単回用量容器、単回用量液体形態、または単回用量固体形態に、組成物を分配することによって調製されてもよい。固体形態の単回用量は、患者への投与前に、液体、典型的には、滅菌水もしくは生理食塩水溶液を添加すること、または他の皮膚製剤構成成分と混合することによって、再構成されてもよい。
投薬レジメンは、治療応答をもたらすように調整され得る。投与は、疾患の重症度および応答性、投与経路、処置の時間経過(数日から数カ月から数年)、および状態の軽快までの時間を含むいくつかの因子に応じて変わり得る。例えば、単回ボーラスが1回で投与されてもよく、いくつかに分割した用量が所定の期間をかけて投与されてもよく、または用量は、治療状況によって示されるように低減もしくは増加されてもよい。
一部の実施形態では、成分は、別々にまたは単位剤型で一緒に混合して供給される。医薬組成物は、密閉シールされている容器、例えば、薬剤の量を示すアンプルまたはサシェ中にパッケージングされ得る。一部の実施形態では、1つまたは複数の医薬組成物は、密閉シールされている容器中の乾燥滅菌した凍結乾燥粉末または無水濃縮物として供給され、対象に投与するために適当な濃度に再構成(例えば、水または生理食塩水を用いて)することができる。一部の実施形態では、1つまたは複数の予防もしくは治療剤または医薬組成物は、密閉シールされている容器中の乾燥滅菌した凍結乾燥粉末として供給され、投与前に再構成される。一部の実施形態では、乾燥滅菌した凍結乾燥粉末は、噴霧乾燥させることによって製造され、以下のもののうちの1つの混合物を含むことができる:30〜50%のデキストラン、40〜70%のスクロース、0.5〜2%のトリス、および1〜3%のロイシン;または30〜50%のヒドロキシエチルデンプン、40〜70%のスクロース、0.5〜2%のトリス、および1〜3%のロイシン。凍結保護物質は、凍結乾燥剤型に対して、主に0〜10%のスクロース(最適には、0.5〜1.0%)として含まれ得る。他の適切な凍結保護物質として、トレハロースおよびラクトースが挙げられる。他の好適なバルク剤として、グリシンおよびアルギニン(そのいずれかは0〜0.05%の濃度で含まれ得る)、ならびにポリソルベート−80(最適には、0.005〜0.01%の濃度で含まれる)が挙げられる。追加の界面活性剤として、ポリソルベート20およびBRIJ界面活性剤が含まれるがこれらに限定されない。
処置方法
バクテリオファージ、バクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージもしくはバクテリオファージ混合物を含む組成物を使用して、哺乳動物におけるざ瘡を処置する方法が提供される。一部の実施形態では、ざ瘡を処置する方法は、本明細書に記載のP.acnesのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、ざ瘡を処置または予防する方法は、本明細書に記載のP.acnesのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、P.acnesの量を低減する方法は、本明細書に記載のP.acnesのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、皮膚、眼または歯の中/上のバイオフィルムの発生を処置または予防する方法は、本明細書に記載のP.acnesのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、インプラント上のバイオフィルムの発生を予防する方法は、本明細書に記載のP.acnesのバクテリオファージを対象に投与するステップを含む。
一部の実施形態では、ざ瘡を処置する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、1種または複数のP.acnes細菌株に関連する皮膚疾患を有すると決定された哺乳動物に投与するステップを含む。一部の実施形態では、ざ瘡を予防する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、1種または複数のP.acnes細菌株に関連する皮膚疾患を獲得するリスクのある哺乳動物に投与するステップを含む。一部の実施形態では、バイオフィルムを処置する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、1種または複数のP.acnes細菌株に関連する皮膚疾患を有すると決定された哺乳動物に投与するステップを含む。一部の実施形態では、インプラント上のバイオフィルムを予防する方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、P.acnes細菌によりコロニー形成されるリスクのあるインプラント上に適用するステップを含む。
一部の実施形態では、バクテリオファージおよび処置方法を予防的に使用する。例えば、方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージもしくはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、1種または複数のP.acnes細菌株に関連する皮膚疾患に対して感受性であると決定された哺乳動物に投与するステップを含む。別の例では、方法は、本明細書に記載のバクテリオファージ混合物、および/またはバクテリオファージもしくはバクテリオファージ混合物を含む組成物を、P.acnesのコロニー形成に対して感受性であると決定されたインプラント上に適用するステップを含む。一部の実施形態では、インプラントは、このようなインプラント上でのコロニー形成について科学文献において報告された発生率に基づいて、P.acnesのコロニー形成に感受性であると決定される。
一部の実施形態では、バクテリオファージは、所望の治療効果を達成するために1回より多い回数で投与される。例えば、宿主細菌が破壊される場合、前記細菌に感染したバクテリオファージは、その宿主が根絶されたためもはや増殖することができず、皮膚、眼、歯、またはインプラントから排除されてもよく、バクテリオファージは、例えば、1日に少なくとも2回、少なくとも毎日、少なくとも毎週、または少なくとも毎月、再投与される必要がある場合もある。
一部の実施形態では、本明細書に記載のファージは、抗生物質、抗面皰剤、抗P.acnes剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、抗P.acnesワクチン、角質溶解剤、皮脂浸透エンハンサー、および日焼け止め剤を含むリストから選択される1つまたは複数の局所または経口剤を含む、1つまたは複数の、公知かつ好適なざ瘡のための医薬と組み合わせて投与されてもよい。この文脈では、1つまたは複数の局所または経口剤およびファージは、同時に、またはバクテリオファージ組成物と連続して、すなわち、単一の製剤でまたは一緒にもしくは個別にパッケージングされた別々の製剤で投与されてもよい。一部の実施形態では、角質溶解剤または皮脂浸透エンハンサーは、孔を開くかまたは皮脂浸透を増強するクレンジング剤であってもよく、この薬剤は、ファージを投与する前に投与される。
適用する組成物を選択する方法
対象を処置することができるファージの混合物を選択する方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、本明細書に示される方法によって対象を処置することができる、ファージの混合物を選択する方法は、(1)対象から、例えば、皮膚、眼、歯から生体試料を得るステップと、(2)生体試料から得られた細菌を培養するステップと、(3)培養された細菌に、本明細書に記載のバクテリオファージの混合物を接種するステップと、(4)混合物によって溶解される試料中のP.acnes細菌の量(パーセンテージ)を決定するステップとを含む。一部の実施形態では、試料中のP.acnes細菌の少なくとも50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%またはそれより高い割合の溶解は、ファージの混合物を使用して対象を処置することができることを示す。一部の実施形態では、溶解は、本明細書に記載されている液体培地アッセイおよび/または固体培地アッセイによって決定される。
P.acnesがファージの混合物によって溶解されるかどうかを決定する方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、方法は、Propionobacteriumを選択する20μg/mLのフラゾリドンの存在下で試料を培養することによって、生体試料中のP.acnesを同定するステップと、16SリボソームRNA遺伝子(rRNA)シーケンシングによって各細菌のコロニーをチェックして、P.acnesを他のPropionobacterium種と区別するステップと、ファージ処置の前後に、P.acnesのファージの混合物に対するパーセンテージ感受性を決定するステップとを含む。好ましい実施形態では、ファージ処置に対する試料中のP.acnesのパーセンテージ感受性は、ファージ処置の前後に、P.acnes細菌に特異的なプライマーを用いる定量的PCR(qPCR)を使用することによって決定される。一部の実施形態では、ファージ処置に対する試料中のP.acnesのパーセンテージ感受性は、ファージ処置の前後に、ディープシーケンシングとそれに続くメタゲノム分析によって決定される。
一部の実施形態では、生体試料は、皮膚試料、スワブ、皮膚生検、皮膚削り、膿、創傷、膿瘍を含むがこれらに限定されない。一部の実施形態では、培養された細菌がバクテリオファージによって溶解されるかどうかを決定するステップは、本明細書に記載のプラークアッセイまたは液体OD方法を使用して、ファージの感受性に対する直接的試験を実施することを含む。一部の実施形態では、処置される陽性試料または対象は、プラークアッセイにおけるプラークの存在によって決定される。一部の実施形態では、処置される陽性試料または対象は、液体ODアッセイにおけるODの低下によって決定される。一部の実施形態では、ファージは、検出可能なマーカー、例えば、感染の際に活性化される蛍光または他のマーカーで標識され、細菌の感染は、例えば、ルミネセンスアッセイにおいて、マーカーの増加を検出することによって決定される。
(実施例1)
バクテリオファージに関する試料の供給および処理
材料および方法
候補バクテリオファージは、汚水(下水)試料から単離する。異なる時間に異なる場所から得られた、それぞれ400mLの5〜6個の生の汚水試料を含む汚水のバッチを遠心分離し、上清をMerck(Merck KGaA、Darmstadt、Germany)のMilliporeガラスファイバープレフィルターAPFD、続いてプレフィルターAPFB、続いて真空濾過システムを使用するExpress plus PESの47mmディスク0.45μmフィルターに連続的に通して濾過する。プールした汚水試料混合物をMerck Millipore 100kDa PelliconXLフィルターシステム(2Lから20mL)(Merck KGaA、Darmstadt、Germany)を使用して濃縮する。次いで、濃縮した汚水試料を0.45μmフィルターに通して濾過し、4℃で保管する。よって、各最終汚水ファージ試料は、異なる地理的起源の5〜6個の試料由来のバクテリオファージを含む。
(実施例2)
単離、生成および宿主範囲実験において使用されるP.acnes細菌宿主
材料および方法
以下のP.acnes株は、オーダーされるかまたは自社で単離される。培養採取物に由来する株を、それらの使用説明書によって生き返らせ、アリコートし、−80℃で保存する。PA4およびPAPは、実験室の単離株であり、3回連続のコロニーの単離によって精製され、16SサンガーシーケンシングによってP.acnesであることが確認される。さらに、市販のものと単離されたものの両方を含むすべての株をシーケンシングし、全ゲノムシーケンシングリードを、P.acnes KPA171202の参照ゲノムまたは利用可能であれば公開されたゲノムに対して整列させることによって、P.acnesとの同一性をチェックする。以下の表2は、P.acnes株の供給源を示す。
(実施例3)
P.acnesを認識するファージに関する環境および臨床試料のスクリーニング
材料および方法
P.acnesファージに関する濃縮汚水試料のスクリーニングを、記載されているように、改変したスポット/液滴プラークアッセイ(Mazzocco A., et al. (2009))を使用して実施する。簡潔には、5g/Lの酵母抽出物(Acros Organics、Geel、Belgium)を補充したBrain Heart Infusionブロス(Becton, Dickinson and Company、Franklin Lakes、New Jersey)(「BHIS」)中で終夜成長させた後、株をBHIS中で1:3に希釈する。希釈の約5.5時間後に、株を遠心分離し(2000×g、5分、室温)、200μLのBHIS中に再懸濁させる。並行して、1ウェル当たり0.5mLの1.5%寒天BHIS(「底寒天」)を含有する48ウェルプレートを調製し、Don Whitley A35嫌気性チャンバー(Don Whitley Scientific、Shipley、UK)中で少なくとも2時間インキュベートし、微量な酸素を培地から除去する。0.4%寒天BHISのアリコート(「上部寒天」)を融解し、嫌気性ワークステーション内で55度のヒートブロック中に挿入する。100μLの体積の濃縮したP.acnes培養物をそれぞれ、4mLの上部寒天と混合し、この混合物75μLを適当なウェル内の底寒天上に分注する。プレートを室温に20分間おいて固体化させ、次いで、回収するために37℃で40分間インキュベートする。
回収後、汚水試料のそれぞれ10μLを適当なウェル上にピペッティングし、20分間吸収させ、次いで、37℃で終夜、逆さにしてインキュベートする。プラークが観察される場合、これらを個々の、十分に孤立したプラークをピックアップすることによって(滅菌ピペットチップを使用して)ファージ緩衝液(DDW中のTris−HCL pH7.5 50mM、NaCl 100mM、MgCl・6HO 5mM、MnCl・4HO 0.1mM)中に単離し、このプロセスを合計3回の単離のためにさらに2回繰り返す。
上記の方法によって単離されたファージのファージストックを、4mLのBHISを、PA1の終夜培養物3mLからの400μLと混合することによって、細菌宿主PA1上に作成する。この培養物を、37℃で5時間嫌気的にインキュベートし、その後、各ファージ単離株50μLを添加し、この培養物をさらに終夜インキュベートする。翌朝、培養物を遠心分離し(4500×g、10分、4℃)、0.45μmフィルターに通して濾過し、4℃で保管する。上記のようにプラークアッセイを行い、各ファージストックの力価を評価する。
結果
全部で21種のファージを、上記の方法によって単離する。ファージPA1−4、PA1−9、PA1−11、PA1−12、PA1−13、PA1−14をPA1上で単離する。ファージNS19−1、NS13、NS7−1、PA2−4、PA2−7、PA2−13をPA2上で単離する。ファージPS7−1、PAP−1、PAP−4、PAP−7、PAP−8、PAP−11、PAP−12、PAP−13、PAP−14をPAP上で単離する。
(実施例4)
単離したファージの宿主範囲の分析
材料および方法
PA1、PA2、およびPAP株上で単離されたファージに関する宿主範囲の分析を、12種のP.acnes株:PA1、PA2、PA3、PA4、PAP、PA5、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、およびPA11に関して実施する。各ファージを、液滴アッセイによって、48ウェルプレート中のP.acnes株の細菌叢に添加する(10μL)。プレートを嫌気的条件下で24時間(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢上でプラークが視認可能となる。PA1、PA2、およびPAPの細菌叢と、それぞれのファージを含むプレートを陽性対照とする。1ウェル当たり10個のファージを含有する10μLを使用して、それぞれのファージについて宿主範囲の分析を行う。
結果
+++が、プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態であることを示し、++が、10個を超える計数可能な数のプラークを示し、+が、1から10個のプラークを示し、−が、視認可能なプラークがないことを示す、図1に示されるように、ほとんどのP.acnes細菌は、大多数の新たに単離されたファージに対して非常に敏感である。
(実施例5)
抗生物質耐性を示す臨床的P.acnes株に対する広いファージ宿主範囲の検証
臨床的P.acnes株の単離
鼻に適用されたHygiena Deepクレンジング鼻ストリップ(Beautycare E.G.、Bnei Darom、Israel)を使用することによって、健康なボランティアの皮膚試料から、ある範囲のP.acnes株(PAC1〜PAC6およびPAC12〜PAC14)が単離される。鼻に適用されたHygiena Deepクレンジング鼻ストリップを使用することによって、ざ瘡患者の皮膚試料から、ある範囲のP.acnes株(2001−1、2001−3、2001−5、2002−3、2002−7、2002−9、2003−2、2003−8、2003−10、2004−8_2、2004−8_3、2004−8_4、2004−8_5、2004−8_6、および2004−8_10)が単離される。鼻ストリップは、ボランティアの鼻に、製造業者の供給するユーザーガイドに従って適用する(湿った鼻の上に、10分)。次に、ストリップを鼻から注意深く取り除き、3mlの嫌気化されたBHISブロスを含むポリプロピレンチューブ中に挿入する。チューブを密閉し、15秒間パルスボルテックスし、次いで、嫌気的ワークステーション中に挿入する。滅菌ピンセットを使用して、鼻ストリップをチューブから取り除き、廃棄する。次いで、50μLの体積のBHISチューブの試料を、滅菌Drigalskiスパチュラを使用して、BHIS寒天ペトリ皿上に塗り付け、嫌気的ワークステーションインキュベーター中で37℃にて終夜インキュベートする。翌朝、滅菌ループを使用して(各コロニーに対して)、いくつかの別々のコロニーをピックアップし、新たなBHIS寒天プレート上に再度プレーティングする。このプレートを、嫌気的ワークステーションインキュベーター中で37℃にてインキュベートする。各単離株の分類について、16SシーケンシングによってP.acnesであることを確認する。20%のグリセロール中で静置培養物を凍結させることによって、各株に対して凍結ストックを調製し、−80℃で保管する。これらの株に関する宿主範囲の実験を、1ウェル当たり10個のファージを含有する10μLを使用して、上記のようにプラークアッセイによって実施する。以下の表3は、P.acnesの臨床的単離株のリストを示す。
P.acnesの臨床的単離株のサブセットに関するファージの宿主範囲
PA1、PA2、およびPAP株上で単離されたファージに関する宿主範囲の分析を、臨床的P.acnes株のサブセットに関して実施する。図2を参照されたい。液滴アッセイによって、48ウェルプレート中のP.acnes株の細菌叢に、各ファージを添加する(10μL)。プレートを嫌気的条件下で終夜(37℃)インキュベートし、その後、細菌叢上でプラークが視認可能となる。1ウェル当たり10個のファージを含有する10μLを使用して、それぞれのファージについて宿主範囲の分析を行う。+++が、プラークが多すぎて計数できないかまたは全体がクリアリング状態であることを示し、++が、10個を超える計数可能な数のプラークを示し、+が、1から10個のプラークを示し、−が、視認可能なプラークがないことを示し、NTが、試験されていないことを示す、図2に見ることができるように、ほとんどの臨床的P.acnes細菌は、大多数の異なるファージ株に対して非常に敏感である。
ファージまたは抗生物質に対する感受性のアッセイ
以前に記載した通常のプラークアッセイによって、またはファージのストック5μLを試験される細菌叢上に滴下し、プレートを37℃で24時間嫌気的にインキュベートさせることによって、細菌株のファージ感受性を試験する。この株の抗生物質感受性を、5〜10μLの抗生物質を、新たに調製された細菌株の叢上に置き、37℃で終夜嫌気的にインキュベートすることによって測定する。使用される臨床上関連する抗生物質の濃度は、15μg/mLのトリメトプリム(Merck KGaA、Darmstadt、Germany)、20μg/mLのエリスロマイシン(Acros Organics、Geel、Belgium)、1%のクリンダマイシン(Selleck Chemicals、Houston、Texas)および10μg/mLのテトラサイクリン(Merck KGaA、Darmstadt、Germany)である。++が、プラークが全体的にクリアリング状態であることを示し、+が、部分的にクリアリング状態であることを示し、−が、クリアリングがないことを示し、NTが、試験されていないことを示す、図6を参照されたい。臨床的P.acnes株に関する宿主範囲の研究結果により、複数のP.acnes株の広い範囲の感染力が、個々のファージまたは重複する宿主感染力パターンを有する様々なファージを含むファージ混合物の適用によって達成され得ることが示唆される。
(実施例5)
P.granulosum株PAC4の非感染力
材料および方法
他の細菌株に対する単離されたファージの特異性を調査するために、皮膚の微生物叢中にも見られるP.acnesの近縁であるP.granulosumに感染するそれらの能力を試験する。
実施例4に記載されている臨床的P.acnes株単離研究の一部として、P.granulosumのいくつかの株を、鼻に適用された鼻の細孔ストリップHygiena Deepクレンジング鼻ストリップ(Beautycare E.G.、Bnei Darom、Israel)を使用することによって、健康なボランティアの皮膚試料から単離する。16Sシーケンシング、それに続き、全ゲノムシーケンシングを使用する検証によって、株を割り当てる。以前に言及したプラークアッセイを使用して、P.granulosum株PAC4の感染力を、10PFU/mLの濃度のP.acnesファージの全パネルについて試験する。
結果
図3に見ることができるように、プレート/ウェルのいずれにおいてもプラークもクリアリングゾーンも観察されず、P.acnesファージが特異的な種であるという見解をさらに支持する。
これらの結果をさらに確認するために、P.granulosumの3種のより臨床的な単離株(2004−8、2004−4および2002−1)を、5μLの液滴を使用して、10PFU/mLの濃度で、スポット/液滴プラークアッセイによって、4種のP.acnesファージ(PS7−1、PA1−9、PA1−13、PAP−12)を用いて試験する。これらの細菌株は、抗生物質をこれらの株の細菌叢に直接的に適用した場合に、クリンダマイシン(1%のゲル、約10μL)およびエリスロマイシン(20μg/mL、5μL)に対する感受性を示すが、試験ファージのすべてに対して耐性である。
(実施例6)
ファージ耐性が発生したP.acnes突然変異体株に対するファージ活性
ファージ耐性突然変異体の発生
ファージ耐性突然変異体を発生させるために、PA3を、4mLのBHIS培養チューブ中で、37℃にて終夜、嫌気的に培養し、翌朝、1:10に希釈し、OD0.4〜0.8まで数時間成長させる。次いで、培養物をOD0.2までさらに希釈する。希釈した培養物を1ウェル当たり0.2mLで96ウェルプレート中に分注し、その後、10PFU/mLのファージPAP−1を10μL添加し、最終的に、これを40〜50μLの鉱油で覆う。滅菌SealPlateフィルム(Merck KGaA、Darmstadt、Germany)でプレートを密封した後、Tecan M200 Proプレートリーダー(Tecan Group、Mannedorf、Switzerland)中で、37℃にてプレートをインキュベートし、感染動態を追跡する。ファージによる溶解後に、ODが低下する。その後、耐性突然変異体の成長により、ODが増加し始める。次いで、新鮮なBHIS寒天プレートに、再成長を示すウェル中の100μLの培養物を接種し、37℃で48時間、嫌気的にインキュベートする。PAP−1ファージに対して耐性となったこの突然変異体PA3株をB9と称する。
B9のPAP−1耐性の確証
B9のコロニーを使用して、4mLのBHISに接種し、PA3株よりもゆっくりと成長させるために48時間インキュベートする。次いで、これらをOD0.2まで希釈し、上記と同じ方法を使用して試験する。突然変異体の成長は、高力価のファージPAP−1の添加の有無にかかわらず同一であるが、野生型(WT)対照は、ファージによる溶解およびファージを含まないWT対照と比較したODの低下を示し、これらが、このファージに対して敏感である親株に由来するとしても、実際に、PAP−1に対して耐性であるP.acnes突然変異体であるという事実を支持する。
耐性突然変異体のシーケンシング
突然変異体を再試験するために使用される同じ培養物を2つにさらに分割し、およそ2mLを50%のグリセロールと1:1で混合し、−80℃で凍結させて、ストックを作成する。残りの培養物をスピンダウンさせ、グラム陽性細菌からDNAを単離するために、製造業者のプロトコールに従って、QIAGEN QIAamp DNAミニキット(Qiagen N.V.、Hilden、Germany)を使用して、ゲノムDNAを抽出する。Illumina MiSeqマシーン(Illumina、San Diego、California)を使用して、このDNAをシーケンシングする。シーケンシング結果の分析により、突然変異体が、実際に、ゲノムに沿って様々な改変を有するP.acnes株PAP3であることが示される。
他のファージに対する突然変異体B9の感受性/耐性の試験
様々なP.acnesファージに対するB9の耐性を試験するために、BHISの4mLのチューブにB9コロニーを接種し、37℃で3日にわたってインキュベートする。次いで、これらを、遠心分離(5分、2000×g、RT)によってスピンダウンさせ、0.2mLのBHIS中に再懸濁させる。次いで、この培養物を、以前に記載した方法を使用するプラークアッセイを基礎として使用する。
Rが、試験ファージによる感染に対する耐性を示し、Sが、試験ファージによる感染に対する感受性を示す、図4において見ることができるように、PAP−1に対する耐性に基づいて単離されるB9突然変異体は、元のPA3が敏感である追加のファージに対する耐性を同時に発生させた。突然変異体細菌株(NS19−1、PS7−1、NS13およびPA1−4)に感染する能力を示す4種のファージおよび非常に限定された感染力を有する追加のファージ(PA1−13)が存在する。
B9突然変異体に感染するがその親のPA3には感染しないファージ
上記プラークアッセイを使用して、PA3と称される突然変異体B9の親株を試験する場合に、試験されたいくつかのファージは、10PFU/mLの力価で、ボーダーラインを示すか(1〜10個のプラーク、ファージNS19−1、PS7−1、PA2−13、PAP−7、PAP−11)または感染力を示さない(視認可能なプラークなし、ファージNS13、PA1−4、PA2−4、PAP−8)。興味深いことに、株PA3の感染力のボーダーラインを有するファージのいくつか、すなわち、ファージNS19−1およびPS7−1は、よりファージ耐性の突然変異体B9の感染力を示した。ファージNS19−1およびPS7−1は、89.5%を超えるゲノム類似性を有するが、B9に感染することができるが、親株のPA3には感染することができないファージNS13およびPA1−4はまた、91.5%を超えるゲノム類似性で密接に関連する。図10を参照されたい。
(実施例7)
宿主感染におけるファージ間の非干渉
材料および方法
ファージPA1−4およびPAP−12によってのみ有効に感染する宿主株PA4を使用して、様々なP.acnesファージを一緒に混合する際にいずれかの負の作用が存在するかどうかを試験する。株PA4を、4mLのBHIS中で終夜成長させる。翌朝、これを、BHIS中で10分の1に希釈し、ODが約0.8となるまで成長させる。この培養物を、以前に記載した48ウェルプラークアッセイを行うための基礎として使用する。底および上部の両方の寒天を細菌とともに含有する48ウェルプレートを調製した後、PAP−12を含むファージのすべてを、10PFU/mLまで希釈する。次いで、これらの希釈したファージを、新鮮なBHIS培地と1:1の比でまたはPAP−12の10PFU/mLのストックと1:1で、混合する。ファージ+BHISの組合せまたはファージ+PAP−12の組合せ10μLを、プラークアッセイにおいて使用する。必要とされる終夜のインキュベーション後に、プラークを計数する。
結果
図5において見ることができるように、追加のファージの存在は、PA4に関するPAP−12の作用と干渉せず、いくつかのファージを、いずれかの個々のファージの特異的機能を損なうことなく、混合物中で組み合わせることができることを示唆した。
(実施例8)
in vivoでの、マウスの耳のP.acnesに誘導される膨張モデルにおけるファージの有効性
皮内研究
材料および方法
皮内研究は、3つの群のICR雌マウス(n=20)(ENVIGO CRS、Ness Ziona、Israel)からなった。すべての群を、1×1010CFU/mLの濃度のP.acnes懸濁液20μLを、右耳の背側へと単回皮内(ID)注射することによって、モデル誘導に供する。群2では、P.acnes注射の3時間後に、PAP−7ファージ懸濁液20μLを、同じ耳へと皮内注射する。群3では、P.acnes注射の3時間前に、ファージ懸濁液20μLを、同じ耳に皮内注射する。すべての群では、同一の実験条件下で、左耳を対照として機能させ、群1に1回または群2および3に2回、PBSを注射する。群1は、モデル誘導に関する対照群として機能する。
耳の厚みは、モデル誘導の直前、モデル誘導の24時間、48時間および72時間後に、マイクロカリパス(Mitutoya、0.01mm)(Mitutoyo Europe GmbH、Neuss、Germany)によって測定する。右耳(すなわち、P.acnesを注射した耳)の耳の厚みの増加は、左耳(すなわち、PBSを注射した耳)のパーセンテージとして計算する。
結果
図7は、モデル誘導の24時間、48時間および72時間後に、P.acnes皮内感染モデルにおけるファージによる処置後に、耳の膨張の低減を示す。耳の厚みの増加がP.acnesの皮内注射によって誘導される場合、皮内ファージ投与により、マウスモデルにおける耳の膨張が妨げられる。この効果は、P.acnes誘導から24時間後に最も耳の厚みが増すことによって実証される。
局所的研究
材料および方法
局所的研究は、4群のn=6のICR雌マウス(ENVIGO CRS、Ness Ziona、Israel)からなる。すべての群を、0.2mlのチップで優しく引っ掻き(耳当たり10回)、単一の表面裂傷を生じさせることによって、モデル誘導に供する。裂傷は、皮膚に目に見える損傷をもたらし、出血は示さないが赤くなることによって特徴付けられる。裂傷の直後に、PS7−1、PAP−1、およびPAP−12(群2、3および4)またはPBS(群1)の1×1010CFU/mLのファージの組合せを10μL単回の局所適用により適用する。両耳を処置する。処置は、P.acnesによる感染後、30分および3時間においてである。群1および2はPBSを受け、群3は、1×10CFU/mLのファージ懸濁液を受け、群4は、1×1011CFU/mLのファージ懸濁液を受ける。すべての動物の両耳を、モデル誘導前およびモデル誘導の24時間後に、マイクロカリパス(Mitutoya、0.01mm)(Mitutoyo Europe GmbH、Neuss、Germany)を使用して測定する。
結果
このモデルを使用して、細菌に誘導される耳膨張モデルにおいて、P.acnesの後に投与される場合に、P.acnesファージの局所投与の有効性が実証される。図8において見ることができるように、24時間の時点で、P.acnesのみで処置した耳(群2)と比較して、P.acnes+ファージで処置した耳(群3および4)では膨張が存在しない。予期される治療用量に近似するより低い力価のファージ(群3)の投与により、完全な作用がもたらされ、より高い力価は必要とされないことも見ることができる。
(実施例9)
バイオフィルム上で単離されたファージの有効性
材料および方法
P.acnesのバイオフィルムに対して本発明者らのファージを試験するために、実験室内で産生されたバイオフィルムに関して、以下の実験を実施する。PA1の終夜培養物を、新鮮なBHISで1:1に希釈し、37℃で4時間インキュベートし、その後、培養物を今回は1%のグルコースを補充した嫌気化されたBHISで1:1にもう一度希釈する(最終濃度0.5%)。次に、96ウェルプレート(Thermo Fisher Scientific、Waltham、Massachusetts)に、1ウェル当たり200μLの希釈培養物を播種する。8ウェルのストリップキャップ(Thermo Fisher Scientific、Waltham、Massachusetts)を使用してウェルを密封する。これを3日間インキュベートし、バイオフィルムを形成させる。72時間後に、混合物1(PAP−12、PA1−9およびPA1−13)、混合物2(PA7−1、PA1−9およびPA1−13)、混合物3(PAP−12、PA1−9、PA1−13およびPS7−1)のいずれかを10μLまたは2μLのエリスロマイシンを、関連するウェルに添加する。混合物当たりに添加されるファージの量は、10の総PFUに相当するが、抗生物質であるエリスロマイシンに対しては、100μg/mLの最終濃度(バイオフィルム中にない場合、PA1の成長を阻害するのに十分な)が使用される。
ウェルに応じて、処置後24時間または48時間の時点で、培地を各ウェルから注意深く取り除き、残っているバイオフィルムを、滅菌チップを使用して、各ウェルから別のエッペンドルフチューブ中にピックアップする。この点で、1mLの新鮮なBHISをバイオフィルムチューブに添加し、5分間超音波処理して(Elmasonic S 100、37kHzで)(Elma Schmidbauer GmbH、Singen、Germany)、内部のファージを除去し、遠心分離する(4分、4000rpm、25℃)。ファージを含有する上清を、定量化のために清浄なチューブに注意深く取り除き、このプロセスを合計3回繰り返し、すべてのファージが除去されることを確認する。
生存している細菌を定量するために、ペレットを100μLのBHIS中に再懸濁させ、BHIS中で10倍に連続希釈し、BHIS寒天プレート上にプレーティングする。このプレートを37℃で72時間嫌気的にインキュベートし、その後、コロニーを計数し、結果を最も近い対数に丸める。並行して、バイオフィルム内部のファージの量を、上清をより早く取り除き、前述のプラークアッセイを使用して元の量を評価することによって試験する。
結果
表4において見ることができるように、抗生物質アームにおいて視認可能な減少が見られないのと比較して、ファージでは、24時間後の細菌数において少なくとも4桁の対数の大きな減少が見られる。48時間後には、2つの3種のファージの混合物が、処置なしのアームよりも対数が4桁少ないCFUを依然として示し、一方、4種のファージの混合物は、対数が6桁少ないCFUを示す。これは、1ミリリットル当たり8桁の対数の残存する細菌を示したこの実験の抗生物質アームと対照的である。これらの結果は、標的P.acnes細菌に対するファージの有効性を、これらがバイオフィルムの形態で成長している場合でさえ、実証する。比較によって、この細菌株が敏感である抗生物質のエリスロマイシンは、バイオフィルムとして成長しているP.acnes細菌の溶解において有効性が有意に低い。バイオフィルムの内部に残存しているファージの量は、ファージ混合物1、2および3に対して、それぞれ、ウェル当たり、5.3×10、7.0×10および4.3×10個である。
(実施例10)
ファージの組合せの適用により突然変異体が出現するまでの時間が延長される
材料および方法
P.acnesに感染するファージの組合せの適用を、耐性突然変異体P.acnes株の出現までの時間を遅延させるその能力について試験する。単一のファージを感染させる場合、そのファージ受容体に突然変異を有する細菌が選択される傾向にある。ファージを様々な受容体または様々な受容体親和性と組み合わせることによって、突然変異までの時間(TTM、細菌突然変異体が培養物に取って代わるのにかかる時間)が延長され得る。組み合わされる2種のファージ、すなわち、PAP1とPA1−4は、それらが、宿主範囲に基づいて、遺伝的におよび機能的にの両方で異なるために選択される。PAP1は、機能的クラスター3bに属するが、PA1−4は、機能的クラスター5に属する。ファージは、別々に、および以前に記載されたように、15分ごとのOD600の測定値を使用して、PA3細菌上の混合物中で試験される。個々のファージおよびファージ混合物は、10PFU/mLの最終濃度で試験される。
すべての作業は、A35 Don Whitley嫌気的ワークステーション中で嫌気的条件において実施する。PA3を、4mLのBHIS培養チューブ中で、37℃にて終夜、嫌気的に培養し、翌朝、1:3に希釈し、ODが0.8〜1.2に到達するまで、4時間インキュベートする。一方、ファージPAP−1およびPA1−4を10PFU/mLまで希釈し、この濃度のこれらのファージの1:1混合物も調製する。次いで、培養物を、OD0.2までさらに希釈する。これを、1ウェル当たり190μLで、96ウェルプレート中に分注し、その後、10μLのファージを含有する試料を三連で添加する。最後に、これを、40μLの鉱油で覆う。プレートを滅菌SealPlateフィルム(Merck KGaA、Darmstadt、Germany)で密封した後、プレートを、37℃で、Tecan M200 Proプレートリーダーにおいてインキュベートし、15分ごとに測定して感染動態を追跡する。ファージによる溶解後に、ODが低下する。その後、耐性突然変異体の成長により、ODが増加する。
結果
ファージを含有するすべての培養物は、ファージの捕食により、ODにおいて初期の予測される低下を示す。耐性突然変異体細菌が出現するのにかかる時間を比較するために、OD600の閾値0.2を使用してTTMを測定する。図9において見ることができるように、PAP−1およびPA1−4のみの培養物は、42および40時間のTTMを示し、一方、2種のファージの1:1の混合物ミックスは、50時間のTTMを示す。両方のファージが同時に適用される場合に、耐性突然変異体の出現までの時間のシフトを実証するこれらの結果は、これら2種のファージが異なる機能的クラスターに属するという以前の観察を支持する。
(実施例11)
ファージの遺伝子分析は、いくらかの小さな多様性を有するファージ間の高レベルの類似性を示す
ファージストックのシーケンシング
ファージDNAを、少なくとも10PFUを含有するストック200μLから抽出する。それぞれのライセート中に存在する細菌のDNAを、Ambion Turbo free DNAキット(Thermo Fisher Scientific、Waltham、Massachusetts)を用いて処置することによって除去し、その後、製造業者の使用説明書に従い、QIAGEN QIAamp DNAミニキット(Qiagen N.V.、Hilden、Germany)を使用して、ファージのgDNAを抽出する。スピンカラム上で3〜5分間インキュベートした30μLのAE緩衝液で2回溶出することによって、DNAの溶出を行い、Nanodrop 2000を使用してDNAを定量する。抽出後、Illuminaシーケンシングライブラリーを、Baymら(Baym et al., 2015)のプロトコールに従って作成し、MiSeqマシーンを使用してシーケンシングする。
ファージDNAのアセンブリおよび分析
SPAdes v3.10.1(Nurk et al., 2013)を使用してリードをアセンブルする。BLASTN(Altschul et al., 1997)を使用することによって、非重複アライメントセグメントをすべて組合せ(BLAST HSP)、それらの完全一致数を合計し、この合計をより長い配列の長さで除して、パーセント同一性を得ることによって、ファージゲノムを比較する。R−studioバージョン1.0.143(R Core Team (2017). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria)におけるHclustアルゴリズムによって、パーセント同一性テーブルのクラスタリングを行う。結果を以下の表5および図10に示す。図10に示されるように、非常に高いゲノム類似性を有する2つの小さな群、すなわち、群1(PA1−13、PA2−13およびPA1−4)および群2(PAP−1およびPAP−12)が存在する。
(実施例12)
臨床的P.acnes株に関する治療用カクテルの有効性
細菌の単離
プロトコールMBC−CL−01−2016(clinicaltrials.gov identifier NCT03009903)に従って、健康なボランティアおよびざ瘡を有する個体からP.acnesを単離した。両方のプロトコールおよびすべてのボランティアにサインされたインフォームドコンセントに対して、Helsinki IRBの承認を得た。皮膚からのP.acnesの採取および単離は、製造業者の使用説明書に従って適用した美容鼻ストリップ(Beautycare E.G.、Bnei Darom、Israel)を使用して鼻から、またはサンプリング緩衝液(0.1%のTriton+0.075Mのリン酸緩衝液)中で湿らせた滅菌乾燥スワブ(COPAN diagnostics)で、4cmの面積を30秒間擦ることによって額から得た。
得られた鼻ストリップを2つに切断し、1つ目の半分を細菌成長培地中に入れ、2つ目の半分をファージ緩衝液中に入れた。P.acnes細菌の存在について、Propionibacteriaの単離のためにフラゾリドンを含有する支持寒天プレート上にプレーティングし、コロニーの成長を追跡することによって、細菌培地をチェックした。同一性に関する分子生物学の技法によって、コロニーをピックアップし、名付け、試験した。細菌の種の割り当ては、16S rDNAシーケンシングと、それに続く、全ゲノムシーケンシングを使用する検証によってなされた。
あるいは、2つの皮膚試料は、それぞれの個体の額から得た:1つのスワブを、DNA抽出のために、空の滅菌チューブ中に−80℃で保管した。使用する他のスワブを0.1%のTriton+0.075Mのリン酸緩衝液4mLを含有する15mLの滅菌試験チューブ中に入れ、4℃で保管し、細菌の単離のために使用した。各スワブを30秒間ボルテックスし、各試料10μlを、20μg/mLのフラゾリドンを含有するBHIS寒天プレート上にストリークし、Propionibacteriaを選択した。単離したPropionibacteriumのコロニーを、嫌気的条件下で、BHIS中で培養し、グリセロールストックを調製した。等しい体積の終夜培養物を、50%のグリセロールと混合し、クライオチューブ中に分割し、−80℃で保管した。
抗生物質耐性の決定:
抗生物質耐性コロニーの単離のために、皮膚スワブ由来の4mlのうちの50μlを、プレート上に均一に広げ、それに抗生物質を以下のように添加した:0.5μg/mLのクリンダマイシン;BHIS+20μg/mLのフラゾリドン+0.5μg/mLのエリスロマイシン;BHIS+20μg/mLのフラゾリドン+5μg/mLのテトラサイクリン;BHIS+20μg/mLのフラゾリドン+5μg/mLのミノサイクリン。すべての抗生物質は、Sigma−Aldrich(Rehovot、Israel)から購入した。
プレートを、生物学的フード内で約30分間乾燥させ、次いで、嫌気的条件下で、37℃にておよそ1週間、3つのGasPak Easyサシェ(Becton Dickinson、Franklin Lakes、New Jersey)を含むロックロックボックス中でインキュベートした。コロニーの出現について、プレートを毎日検査した。細菌の成長が視認可能となった場合に、各試料から合計10個の個々のコロニーをピックアップした(異なる形態および異なる抗生物質を選択した)。
選択した細菌株の叢を調製し、選択した関連する抗生物質の液滴5〜10μLを新鮮な叢に添加し、嫌気的条件下で37℃にて終夜インキュベーションした後のクリアランスについて観察することによって、ざ瘡を有するボランティアとざ瘡を有さないボランティアとに由来する臨床単離株の抗生物質感受性をさらに評価した。臨床的に関連する抗生物質を以下の濃度で使用した:0.5μg/mlのクリンダマイシン(Selleck Chemicals、Houston、Texas)、5μg/mlのミノサイクリン(Sigma−Aldrich、Rehovot、Israel)、0.5μg/mlのエリスロマイシン(Acros Organics、Geel、Belgium)、5μg/mlのテトラサイクリン(Merck KGaA、Darmstadt、Germany))。臨床株の抗生物質耐性の結果を図12にまとめる。
ファージ感受性の決定
ファージカクテル(PS7−1、PA1−13およびPAP−12)の感受性を試験するために、選択された単離細菌のコロニーを、嫌気的ワークステーション中で、37℃にて、4mLのBHIS中で終夜成長させた。翌朝、各細菌株の培養物を、約0.7の開始ODまでBHIS中で希釈し、嫌気的ワークステーション中で、37℃にてインキュベートした。
細菌のODの増加が観察された場合、10の濃度のファージカクテル叢を調製し、5μlの細菌株をその上にプレーティングすることによって、または各株の叢をBHISプレート上に調製し、生物学的フード中で約30分間乾燥させて、各叢に10の最終濃度のファージカクテル5μlを添加することによって、試料を試験した。プレートを、生物学的フード中でさらに30分間乾燥させ、次いで、嫌気的ワークステーション中で、37℃にて約48時間インキュベートした。ファージ感染の結果を図11にまとめる。
リボタイプの決定
単離株のリボタイプを決定するために、プライマー27Fおよび1492Rを使用して16s遺伝子のPCR分析を実施し、サンガーシーケンシングによって分析し、CloneManageソフトウェアを用いてRT1リボタイプに対して整列させた。
リードの末端周辺の重複配列を得て、シーケンシングエラーによるミステイクを防止するために、3つのプライマーを使用して(27F、529F、1492R)、シーケンシングした。プライマーの配列は、以下のように、表6におけるものである。
RT1配列に対するアライメント(以下に示される)および表7に見られるリボタイプ特異的突然変異に従って、関連するリボタイプを決定した。
およそ130種の臨床系統を試験し、ほとんどをリボタイプRT1、RT2またはRT3として同定した。患者におけるざ瘡と最も関連すると考えられる4つのリボタイプ(RT4、RT5、RT8およびRT9)はまた、一般的に、ファージカクテルに対して感受性であることが判明し、決定された(図11および図12を参照されたい)。
結果
3種のファージのカクテルは、95%を超える臨床的P.acnes株を標的とする(図11を参照されたい)。およそ130種のP.acnesの臨床系統を、上記のように、ざ瘡患者と健康な個体から単離した。4つの抗生物質のパネルに対して試験した場合、これらのうち、大多数が、1つまたは複数の抗生物質に対して抗生物質耐性を示した(図12)。5つの試料のみが、上記の原理に基づいて設計された3種のファージのカクテルに対して耐性であることが判明した。フラゾリドンに対して耐性であり、かつファージカクテルに対して耐性であることが判明した少数の単離株は、P.acnes単離株ではないとシーケンシングによって後に特定された(データは示さず)。P.acnes臨床系統のサブセットをリボタイピングに供した場合、ファージ感受性の臨床系統が、一般的に、ざ瘡に関連すると考えられる4つのリボタイプの株を含むことがさらに観察された。これらは、リボタイプRT4、RT5、RT8およびRT9である。これらの結果は、設計されたファージカクテルに対する、一般的に疾患関連リボタイプと考えられる臨床株の感受性を実証する。
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65. 国際公開番号WO2003093462 Immobilisation and stabilisation of virus
66. 国際公開番号WO2007072049 Particle binding

Claims (26)

  1. B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のPropionibacterium acnes(P.acnes)株に感染しそれを溶解する第1のバクテリオファージ、
    前記第1のバクテリオファージに感染せず、それによって溶解されない、B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第2のバクテリオファージ、ならびに
    薬学的にまたは化粧品として許容されるアジュバント、担体またはビヒクル
    を含む組成物。
  2. 前記第1の選択されたファージが、P.acnes株B9に感染しそれを溶解し、
    前記第2の選択されたファージが、P.acnes株PA4に感染しそれを溶解し、
    前記2種の選択されたファージが、P.acnes株B9およびPA4に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項1に記載の組成物。
  3. 前記第1の選択されたファージが、P.acnes株PA3に感染しそれを溶解し、
    前記第2の選択されたファージが、P.acnes株B9に感染しそれを溶解し、
    前記2種の選択されたファージが、P.acnes株PA3およびB9に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項1に記載の組成物。
  4. 前記第1の選択されたファージが、P.acnes株PA3に感染しそれを溶解し、
    前記第2の選択されたファージが、P.acnes株PA4に感染しそれを溶解し、
    前記2種の選択されたファージが、P.acnes株PA3およびPA4に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項1に記載の組成物。
  5. 前記第1の選択されたファージが、P.acnes株PA4に感染しそれを溶解し、
    前記第2の選択されたファージが、P.acnes株PA5に感染しそれを溶解し、
    前記2種の選択されたファージが、P.acnes株PA4およびPA5に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項1に記載の組成物。
  6. PA1、PA2、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、およびPAPから選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する少なくとも1種のファージを含む、請求項1から5のいずれか一項に記載の組成物。
  7. 前記組成物中の前記ファージが、全体として、P.acnes株PA1、PA2、PA6、PA7、PA8、PA9、PA10、PA11、およびPAPのそれぞれに感染しそれを溶解する、請求項6に記載の組成物。
  8. a.B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第1のバクテリオファージ、
    b.B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第2のバクテリオファージ、ならびに
    c.B9、PA4、PA3、およびPA5から選択される少なくとも1種のP.acnes株に感染しそれを溶解する第3のバクテリオファージ
    を含み、
    前記第2のバクテリオファージに感染した少なくとも1種のP.acnes株が、前記第1のバクテリオファージおよび前記第3のバクテリオファージのうちの少なくとも1種に感染せず、それによって溶解されず、
    前記第3のバクテリオファージに感染した少なくとも1種のP.acnes株が、前記第1のバクテリオファージおよび前記第2のバクテリオファージのうちの少なくとも1種に感染せず、それによって溶解されない、請求項1から7のいずれか一項に記載の組成物。
  9. 前記第1のバクテリオファージが、P.acnes株PA3に感染しそれを溶解し、
    前記第2のバクテリオファージが、P.acnes株PA4に感染しそれを溶解し、
    前記第3のバクテリオファージが、P.acnes株B9に感染しそれを溶解し、
    3種のバクテリオファージのそれぞれが、P.acnes株PA3、PA4およびB9に関して互いに異なる溶解特異性を有する、請求項8に記載の組成物。
  10. PS7−1、PA1−11、PAP−12、PA1−9およびPA1−13から選択される少なくとも3種のバクテリオファージを含む、請求項1から9のいずれか一項に記載の組成物。
  11. 哺乳動物の皮膚または哺乳動物の眼への送達のために製剤化された、請求項1から10のいずれか一項に記載の組成物。
  12. 局所適用のために製剤化された、請求項11に記載の組成物。
  13. ゲル、クリーム、軟膏、ローション、ペースト、液剤、マイクロエマルション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯剤、洗顔剤、石鹸、パウダー、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、洗眼剤、固形剤、もしくは湿ったスポンジワイプの形態にあるか、または固体表面に結合している、請求項12に記載の組成物。
  14. それを必要とするかまたはそのリスクを有する哺乳動物対象のざ瘡を処置または予防するための方法であって、請求項1から13のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与するステップを含む、方法。
  15. 抗生物質、抗面皰剤、バクテリオファージ以外の抗P.acnes剤、抗炎症剤、抗脂漏剤、および日焼け止め剤から選択される1つまたは複数の局所または経口剤を、前記対象に投与する追加のステップを含む、請求項14に記載の方法。
  16. 前記1つまたは複数の局所剤が、角質溶解剤および皮脂浸透エンハンサーのうちの1つまたは複数も含み得る、請求項15に記載の方法。
  17. 前記抗生剤が、抗生物質ゲル、抗生物質クリーム、抗生物質ローションまたは経口抗生物質であり、
    前記抗面皰剤が、レチノイド、アゼライン酸およびイソトレチノインのうちの1つまたは複数を含み、
    前記抗P.acnes剤が、過酸化ベンゾイル、ダプソン、アゼライン酸、エリスロマイシン、テトラサイクリンおよびクリンダマイシン、スルファセタミドナトリウム、アダパレン、ミノサイクリン、トリメトプリム、ナジフロキサシン、オフロキサシン、ドキシサイクリン、アンピシリン、セファレキシン、ゲンタマイシン、およびトリメトプリムスルファメトキサゾールのうちの1つまたは複数を含み、
    前記抗炎症剤が、テトラサイクリン、エリスロマイシン、クリンダマイシン、ニコチンアミド、ミノサイクリン、トリメトプリムおよびイソトレチノインのうちの1つまたは複数を含み、
    前記抗脂漏剤が、スピロノラクトン、Dianette(商標)(酢酸シプロテロンおよびエチニルエストラジオール)およびイソトレチノインのうちの1つまたは複数を含む、請求項14から16のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記角質溶解剤が、グリコール酸、乳酸、マンデル酸、ヒドロキシカプリン酸、フィチン酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸、サリチル酸、尿素、および硫黄のうちの1つまたは複数を含む、請求項16に記載の方法。
  19. 前記皮脂浸透エンハンサーが、ポリソルベート界面活性剤、非イオン性界面活性剤、不飽和脂肪酸、不飽和アルコール、脂肪族アルコール、トランスクトール、リン脂質、不飽和トリグリセリド、プロピレングリコール、およびジプロピレングリコールのうちの1つまたは複数を含む、請求項16に記載の方法。
  20. 前記組成物が、10から1013プラーク形成単位(PFU)の用量で、12または24時間ごとに投与される、請求項14から19のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記組成物が、10から1013プラーク形成単位(PFU)の用量で、48または72時間ごとに投与される、請求項14から19のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記組成物が、10から1011PFUの用量で、12または24時間ごとに投与される、請求項20に記載の方法。
  23. 前記組成物が、10から1011PFUの用量で、48または72時間ごとに投与される、請求項21に記載の方法。
  24. 前記組成物が、10から1011PFUの用量で投与される、請求項20または21に記載の方法。
  25. 前記組成物が、10から10PFUの用量で投与される、請求項20または21に記載の方法。
  26. 前記ざ瘡が、尋常性ざ瘡、集簇性ざ瘡、電撃性ざ瘡、化膿性汗腺炎、頭皮ざ瘡、進行性黄斑メラニン減少症に関連するざ瘡、SAPHO症候群に関連するざ瘡および外傷後の致死性細菌性肉芽腫に関連するざ瘡から選択される、請求項14から25のいずれか一項に記載の方法。
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