CN109652533A - 一种用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明为一种用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因的方法，提供一种检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂在制备诊断引发心血管症状的其他系统疾病的产品中的应用，所述的试剂可最多同时检测263个疾病相关的基因，可以为患病个体分子的遗传学诊断和个性化治疗提供参考，以研究引发心血管症状的其他系统疾病的病因并评估危险因素来进行及早干预和及早治疗。
Description
技术领域
本发明属于基因工程及分子遗传学领域，具体涉及一种用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因的个性化捕获和测序的探针组、芯片及试剂盒。
背景技术
心血管疾病是一组心脏和血管的疾病，包括冠心病、脑血管疾病、周围末梢动脉血管疾病、风湿性心脏病、先天性心脏病、深静脉血栓和肺栓塞。具有发病率高、致残率高、死亡率高、复发率高的特点，是一种严重威胁人类健康的疾病。在心血管疾病中，除少部分为单基因遗传病外，绝大多数都是多基因多因素的疾病。而且已发现300多种危险因素与心血管疾病有关，如不合理膳食、吸烟、肥胖、高血压、糖尿病等都会导致心血管疾病的发生。对于遗传性心血管疾病而言，除了这些外部因素的诱导之外，基因缺陷是造成心血管疾病发生与发展的最根本原因。目前已有上百个心血管疾病相关基因被检测出来，一些功能基因的突变对心血管疾病的发生有很大影响甚至直接相关。随着研究的深入，越来越多的遗传因子被发现与遗传性心血管疾病有关。因此，寻找、确定引发心血管症状的其他系统疾病的致病/易感基因可为心血管疾病提供新的治疗靶点，以研究引发心血管症状的其他系统疾病的病因并评估危险因素来进行及早干预和及早治疗。
近年来被人们规划入血液病学领域的易栓症(thrombophilia)是指易于发生血栓的一种病理状态，是一类由于止血机制异常容易发生血栓的临床病症，即“血栓形成倾向”。易栓症是血栓形成的直接因素。常见的动脉血栓性疾病主要包括缺血性心脏病(冠心病和急性心肌梗塞)、缺血性脑血管病(脑血栓形成)，静脉血栓性疾病主要包括深静脉血栓形成和肺血栓栓塞症。其临床表现多以静脉血栓栓塞症的形式出现，某些病因的易栓症(例如遗传性抗凝蛋白缺陷、抗磷脂综合征等)与动脉血栓形成、尤其是早发的中青年动脉血栓事件密切相关。易栓症不是单一疾病，而是指由于抗凝蛋白、凝血因子、纤溶蛋白等的遗传性或获得性缺陷，或存在获得性危险因素而容易发生血栓栓塞的疾病或状态。易栓症导致的对动脉、静脉血栓性疾病的易感性严重危害人类生命健康。
多数血栓形成患者可无临床症状或体征，目前不能仅凭临床表现作出诊断，还要借助辅助检查加以证实，如影像学检查方法：超声多普勒血流检查、静脉造影、放射性核素检查、电阻抗体积描记法；而随着分子诊断技术的发展，目前对于已知易栓症致病基因的检测，只能在确定目标检测基因后采用逐一设计引物、PCR扩增、Sanger法测序、与reference序列比对的方法进行，费时费力且检测费用不菲；而对于在已知致病基因没有发现严重突变的患者，其分子遗传学诊断往往难以确立，这些都对遗传咨询及许多相关问题的解决造成了巨大的障碍。
专利CN105648093A中公开了MAFF基因和/或MAFF蛋白抑制剂在制备抗冠心病和/或冠心病合并糖尿病制剂中的应用，该抗冠心病和/或冠心病合并糖尿病制剂采用下述方法中的一种和/或几种抑制MAFF基因的表达：通过激活MAFF基因的抑制基因、激活抑制MAFF基因表达的蛋白、导入抑制MAFF基因表达的siRNA、激活促进MAFFmRNA降解的microRNA、导入促进MAFF蛋白降解的分子、抑制促进MAFF基因表达的因子及蛋白的表达。
专利CN105543408A中公开了检测SPEG基因表达的产品在制备诊断冠心病的工具中的应用，该产品包括：通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测SPEG基因表达水平以诊断冠心病的产品。
CN103374625A公开了先天性心脏病相关基因DLC1及其应用，该专利检测先天性心脏病易感性的方法，包括检测个体的DLC1基因、转录本和/或蛋白与正常相比是否存在变异。CN103374627A公开了先天性心脏病相关基因PKD1L1及其应用，该专利检测先天性心脏病易感性的方法，包括检测个体的PKD1L1基因、转录本和/或蛋白与正常相比是否存在变异。CN103374628A公开了先天性心脏病相关基因FAM71A及其应用，该专利检测先天性心脏病易感性的方法，包括检测个体的FAM71A基因、转录本和/或蛋白与正常相比是否存在变异。CN103290116A公开了一种与胎儿先天性心脏病相关的母体血清/血浆miRNA标志物及其应用，其标志物为mi-19b、mir-22、mir-29c、mir-375中多种的组合。CN104263724A公开了一种与散发型非综合征型CHD辅助诊断相关的低频SNV标志物及其应用，该标志物为rs75423398、rs7527798、rs200531164、rs6756629、rs139026854、rs79043251、rs1801212、rs4956145、rs7689099、rs145248317、rs34525648、rs16891235、rs13194053、rs41269281、rs41270593、rs3130250、rs3130379等41个低频SNV的组合。
CN106591461A公开了一种检测遗传性易栓症相关基因群的检测试剂盒，该试剂盒包括以下9个基因，SERPINC1、SERPIND1、HRG、PROC、PROS1、THBD、PLAT、F5、F2。
虽然第二代高通量测序技术可以快速、准确、低成本的对多个基因的各种类型突变进行检测，然而到目前为止，一直尚未有专门针对引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因检测的高通量探针、芯片或试剂盒，使得本病相关领域的进展严重滞后，不能够明确疾病的遗传原因，诊断敏感性较低，家系筛查和必要的早期干预治疗无法施行，不仅给患者和其家庭带来的巨大的痛苦和沉重的经济负担，也严重阻碍了我国整体人口素质的大幅度提高。
综上所述，开发一种高效、准确、快速、低价的引发心血管症状的其他系统疾病试剂盒，用于引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因的基因筛查和分子遗传学诊断，意义非常重大。
发明内容
本发明人通过创造性劳动筛选出263种引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因，根据这些基因的任意组合提供相应的组合的探针组、试剂盒或芯片，同时，本发明所述的探针组、芯片及试剂盒具有高效、检测位点多、准确、快速、实用性强且成本低的优势。本发明提供一种用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因的探针组，所述探针组包含能同时特异性捕获263个致病基因的探针。
首先，本发明提供一种探针组，所述探针组检测的基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
优选的，所述的探针组检测的基因为SERPINC1和/或PROS1。
更优选的，所述的探针组检测的基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4和MUC1。
优选的，上述基因通过公知、通用的方法设计并合成探针序列，对目的片段进行特异性捕获、扩增、测序，以达到检测样本的目的。
本发明所述的基因为引发心血管症状的其他系统疾病致病和/或易感的相关基因。
优选的，所述的检测引发心血管症状的其他系统疾病致病和/或易感的相关基因的试剂为检测引发心血管症状的其他系统疾病致病和/或易感基因的突变位点试剂。
在本发明的一个具体实施方式中，所述的突变位点为SERPINC1基因的c.770G>A和/或PROS1基因的c.77-1G>A。
优选的，所述的试剂选自探针组、引物组或基因芯片；所述产品包含所述的试剂或所述的产品为试剂盒。
本发明还提供了一种检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂在制备诊断引发心血管症状的其他系统疾病的产品中的应用，所述引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
优选的，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为SERPINC1和/或PROS1。
进一步优选的，所述引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4和MUC1。
优选的，所述的试剂选自探针组、引物组或基因芯片；所述产品包含所述的试剂或所述的产品为试剂盒。
本发明还提供了一种引发心血管症状的其他系统疾病的诊断标志物，所述的诊断标志物为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
本发明还提供了引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因在制备诊断引发心血管症状的其他系统疾病的产品中的应用，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
本发明进一步提供了一种检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
本发明还提供一种应用上述试剂或上述探针组进行基因检测的方法，所述的基因检测的方法包括将待检基因与所述探针组混合。
优选的，所述的基因检测包括检测所述基因的有或无，或者，突变的有或无。进一步优选的，所述的突变选自剪切位点突变、无义突变或移码突变。
优选的，所述的基因检测包括检测所述基因的水平。
本发明所述的基因检测的方法可以为非诊断目的或诊断目的。
本发明所述的非诊断目的为应用所述的探针组检测上述基因组合中各基因的突变有或无以及检测上述基因组合中各基因的水平。
本发明所述的诊断目的为应用所述的探针组检测上述基因后诊断或预测疾病。
本发明提供一种基因芯片，所述的基因芯片含有上述探针组。
优选的，所述的基因芯片还包括固相载体。进一步优选的，所述的固相载体选自硝酸纤维素膜、尼龙膜、聚苯乙烯、玻璃片、硅片或聚丙烯膜中的一种或两种以上的组合。
优选的，所述的基因芯片还包括相应的引物组。
优选的，所述探针固定在固相载体上的方法采用现有技术中常用的方法，例如，原位合成法、点样法或其他固定方法。
其中，将基因芯片中的探针固定在所述的固相载体上。优选的，将探针序列密集有序地排列固定在固相载体预先设置的区域内，形成微型检测器件。
本发明提供一种试剂盒，所述的试剂盒中含有上述的探针组或上述的基因芯片。
优选的，所述的试剂盒还包括杂交液和/或缓冲液和/或洗涤液。
进一步优选的，所述试剂盒还包括富集缓冲液、杂交缓冲液、结合缓冲液、漂洗液、NaOH溶液、Tris-HCl缓冲液、PCR反应液、TE缓冲液。
本发明所述的含有探针组的试剂盒的制备方法，包括：
1)根据上述引发心血管症状的其他系统疾病的各致病和/或易感基因制备相应的探针序列；
2)为步骤1)获得的探针序列加上生物素标记；
3)配制所需杂交液和/或缓冲液和/或洗涤液。
本发明还提供了一种引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的检测方法，包括：
(1)提取待检测的DNA，制备全基因组文库；
(2)将步骤(1)获得的全基因组文库与所述检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂混合，进行PCR；
(3)纯化步骤(2)所述的PCR产物；
(4)对步骤(3)纯化后的PCR产物进行测序；
(5)对步骤(4)的测序结果进行分析；
其中，所述的试剂为探针组、引物组或基因芯片。
优选的，所述的分析包括SNP分析和/或InDel分析。
本发明还提供了涉及一种上述的探针组、或上述的基因芯片、或上述的试剂盒在制备检测/预防引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的产品中的应用。
本发明还提供上述探针组或上述的基因芯片在制备试剂盒中的应用。
本发明所述的心血管症状包括但不限于心肌梗塞、心律失常、心力衰竭、低血压、高血压、休克、毛细管扩张、心肌缺血、心肌梗死、昏迷、贫血、肌张力异常、抽搐、呼吸困难/胸闷。
本发明所述的其他系统疾病包括但不限于非典型溶血尿毒综合征1型、端粒相关的骨髓造血功能衰竭和/或肺间质纤维化1型、低钙血症、婴儿型高钙血症1型、线粒体三功能蛋白缺乏症、Alstrom综合征、Shwachman-Diamond综合征、中央核性肌病5型、肉碱软脂酰转移酶1缺乏症、Hennekam淋巴管扩张-淋巴水肿综合征、多巴胺β羟化酶缺乏症、Simpson-Golabi-Behmel综合征1型、雷夫叙姆病、过氧化物酶体生物合成障碍9B型、阿尔兹海默病2型、Stargardt病1型、天冬氨酰葡糖胺尿症、球形细胞静脉畸形、癫痫性脑病，早期婴儿、低促性腺素性功能减退症16型伴或不伴嗅觉丧失、Bloom综合征、Proteus综合征、脊髓小脑性共济失调6型、阿兰岛眼病、补体因子I缺乏症、遗传性粪卟啉病、鱼鳞病、四肢痉挛性瘫痪及智力低下、骨发育不全1型、家族性地中海热、先天性指屈曲、关节病、髋内翻及心包炎综合征、Cowden综合征1型、视神经萎缩7型、综合征型小眼畸形2型、胼胝体发育不全、智力低下、眼缺损伴小颌畸形、综合征型小眼畸形3型、胼胝体发育不良伴生殖器异常、巨脑畸形-多小脑回-多指(趾)畸形-脑积水综合征2型、尼曼-匹克病C1型、耳-面-颈综合征1型、口-面-指综合征。
具体实施方式
下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本发明的部分实施例，而不是全部。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1：本发明探针组的设计和制备
一、致病和/或易感基因的筛选
本实施例中的致病和/或易感基因为：LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1。
对100位易栓症患者进行全外显子组测序，覆盖、检测范围为人类基因组已知的全部3万余个基因的所有外显子，其中，易栓症患者的突变基因高度集中，基因组的其余基因(占绝大多数)虽然也有累及，但突变频率非常低，很多甚至只在单一患者有发现，其与疾病的相关性难以确定。因此在设计本发明探针组时，纳入在本病患者发生突变概率最高的上述263个基因，其突变累及频率均大于5，这样能够在最大限度地增加检出致病和/或易感基因的同时合理控制检测成本。
二、探针的制备
根据上述致病和/或易感基因的基因组序列，本领域技术人员可以通过公知、通用的方法设计并合成探针序列，本实施例中对合成的探针序列进行生物素标记，具体操作为(也可参考专利WO2013/003585中的方法)：采用本领域公知方法合成探针序列，均匀混合在总体积1.2mL的dH2O中，取其中15μL利用通用的PCR引物：
5’端序列为GACTACATGGGACAT(SEQ ID NO：1)
3’端的序列为GGAACCTACGACGTA(SEQ ID NO：2)，
分三管进行PCR扩增，其中引物GACTACATGGGACAT(SEQ ID NO：1)为带有生物素标记的引物。
PCR扩增体系：上述探针溶液，5μL；正向引物(25μM)，2μL；反向引物(25μM)，2μL；MgCl2(50mM)，4μL；10x Platinum Taq聚合酶缓冲液(购自Life Technologies)，5μL；dNTPs(每种10mM)，4μL；Platinum Taq聚合酶(5U/μL，购自Life Technologies)，1μL；H2O，27μL；总体积50μL。
扩增条件：98℃，30s；(98℃，30s，60℃，25s，72℃，45s)35个循环；72℃，5min。
将PCR产物用MinElute PCR纯化试剂盒(购自Life Technologies)纯化后，取500ng，用MyOne链酶亲和素磁珠(购自Invitrogen)将PCR产物结合下来。然后加入碱性NaOH将没有生物素的互补链变性、洗脱下来；然后将整个磁珠用100℃的甲酰胺液体洗涤，使探针从磁珠上分离下来。用乙醇沉淀后即得到生物素标记的本实施例的探针组。
实施例2：本发明试剂盒组成、制备及使用
本实施例所述的用于检测易栓症的致病和/或易感基因的试剂盒，是通过检测上述263个致病和/或易感基因的突变来进行受检个体的分子遗传学诊断或发病风险预测的试剂盒。
所述试剂盒包含的成分为：实施例1所获得的探针组(160μL，150ng/μL)、富集缓冲液(208μL)、杂交缓冲液(800μL)、结合缓冲液(3.2mL)、漂洗液1(9mL)、漂洗液2(45mL)、NaOH溶液(0.1M，1mL)、Tris-HCl缓冲液(1M，pH 7.5，1.2mL)、PCR反应液(580μL)、TE缓冲液(800μL，10mM Tris-HCl，1mM EDTA，调pH至8.0，水定容至500mL)。其中各缓冲液组成如下：
(1)富集缓冲液(每20μL)：
人cot-1DNA(购自Invitrogen)，7μL；鲑鱼精DNA(购自Invitrogen)，3μL；
特异性封闭引物，共10μL，每种引物浓度为1nmol/μL：
引物1：
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCT(SEQ ID NO：3)；
引物2：
CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGC(SEQ ID NO：4)；
(2)杂交缓冲液：5倍浓度的SSPE(购自AMRESCO公司)，5倍浓度的Denhardt溶液(购自USB公司)，5mM EDTA(0.5M，pH8.0，购自Mediatech公司)，0.1％SDS；
(3)结合缓冲液：1M NaCl，10mM Tris-HCl(pH 7.5)，1mM EDTA；
(4)漂洗液1：1倍浓度的SSC溶液(NaCl 175g，柠檬酸三钠88g，调pH至7.4，dH2O定容至1升)，0.1％SDS；
(5)漂洗液2：0.1倍浓度的SSC溶液(NaCl 175g，柠檬酸三钠88g，调pH至7.4，dH2O定容至1升)，0.1％SDS；
(6)PCR反应液：2μL dNTPs(每种10mM)，
0.5μL引物1(AATGATACGGCGACCACCGA*G(SEQ ID NO：5)，50pmol)，
0.5μL引物2(CAAGCAGAAGACGGCATACG*A(SEQ ID NO：6)，50pmol)，
20μL 5倍浓度的Phusion缓冲液(购自New England Biolab公司)，1μL HotstartPhusion酶(购自New England Biolabs)，5μL DMSO，51μL dH2O；*表示中间有硫代修饰。
所述试剂盒的使用方法为：
1、DNA提取及全基因组文库制备
使用Qiagen DNA mini kit(250)(购自Qiagen)试剂盒提取外周血中的DNA。用分光光度计定量，琼脂糖凝胶电泳检测样本质量，完整的基因组DNA电泳条带通常应不小于20kb。质检合格的DNA将浓度调整到75ng/μL，总量3-5μg DNA随机打断、扩增，从而建立全基因组文库。
2、目标致病和/或易感基因片段的特异性捕获及测序
1)制备以下混合体系：取1μg步骤1的构建好的全基因组文库，13μL富集缓冲液，5μL实施例1的本发明探针组；置于PCR仪上：95℃，7min，之后65℃，2min；
2)取65℃预热的杂交缓冲液23μL加入到上述步骤1)得到的混合液中,然后于PCR仪上65℃杂交22小时，得到富集体系混合物；
3)将MyOne C1链霉亲和素磁珠(购自Invitrogen)漩涡震荡使磁珠充分悬浮，短暂离心，使磁珠离心至管底部，取50μL MyOne C1链霉亲和素磁珠到新的1.5mL的离心管；
4)将装有50μL MyOne C1链霉亲和素磁珠的1.5mL离心管漩涡震荡至少5s，使磁珠充分悬浮，短暂离心后放入磁力架上保持静止一分钟(不要旋转离心管)，小心吸弃上清；
5)取下离心管，加入50μL的1倍浓度的结合缓冲液，旋窝震荡至少5s，短暂离心后放入磁力架上静止一分钟，小心吸弃上清，重复三次；
6)取下离心管，加入100μL的2倍浓度的结合缓冲液，旋窝震荡至少5s，短暂离心后放入磁力架上静止一分钟；
7)将步骤2)得到的富集体系混合物加入到骤6)的离心管中，旋窝震荡至少5s(不用离心)，置于旋转仪上室温旋转1小时(60转/分钟)；
8)然后，利用漂洗液1室温清洗步骤7)的磁珠一次，15分钟，然后再用漂洗液2清洗3次，65℃，每次15分钟；
9)将步骤8)的磁珠用0.1M NaOH室温下洗脱10分钟，然后将洗脱液漩涡震荡至少5s，短暂离心后放入磁力架上静止一分钟，然后将上清液转移到含有70μL Tris-HCl缓冲液(1M，pH 7.5)的干净离心管中；
10)采用Qiagen MinElute Column(购自Qiagen)对步骤9)得到的DNA溶液进行纯化，其纯化步骤参照Qiagen MinElute Kit的实验操作手册；
11)纯化的DNA通过PCR最终扩增15个循环：
PCR反应液：2μL dNTPs(每种10mM)，0.5μL引物1(AATGATACGGCGACCACCGA*G(SEQID NO：5)，50pmol)，0.5μL引物2(CAAGCAGAAGACGGCATACG*A(SEQ ID NO：6)，50pmol)，20μL5倍浓度的Phusion缓冲液(购自New England Biolabs)，1μL Hotstart Phusion酶(购自New England Biolabs)，5μL DMSO，51μL dH2O；*表示中间有硫代修饰。PCR程序:98℃，30s(1cycle)；98℃，25s,65℃，30s,72℃，30s(15cycles)；72℃，5min(1cycle)；
12)利用Agencourt AMPure XP核酸纯化试剂盒(购自Beckman Coulter)，根据使用手册纯化步骤11)的PCR产物；
13)将步骤12)得到的DNA产物在Illumina Nexseq 500测序仪上进行测序。
3、生物信息学分析流程及结果输出：
(1)SNP分析流程
①获取原始短序列；
②去除测序数据中的接头和低质量数据等；
③把短序列用SOAPaligner软件定位到人MHC3.6M基因组数据相应的位置上，所用到参数：soap2.20-a-b-t-v 3-l 42-s 63-m100-x 400，其中序列错配数为3，具体参数含义参考：http://soap.genomics.org.cn/soapaligner.html；
④统计测序结果信息，短序列数量、目标区域覆盖大小、平均测序深度等；
⑤SOAPsnp用于在目标区域找出位点的基因型，所用到参数：soapsnp-i-d-o-r0.00005-e 0.0001-M-t-u-L-s-2–T，具体参数含义参考：http://soap.genomics.org.cn/soapsnp.html；
⑥过滤低质量值(质量值>＝20)和低覆盖度(深度>＝10)的SNP；
⑦利用CCDS、人基因组数据库(NCBI 37.2)、dbSNP(v138)信息对SNP进行注释，确定突变位点发生的基因、坐标、mRNA位点、氨基酸改变、SNP功能(错义突变/无义突变/可变剪切位点)、SIFT预测SNP影响蛋白功能预测等；
⑧根据疾病样品和正常样品信息，选出疾病样品所共有的而在正常组中不存在的SNP作为候选的SNPs，在候选的SNPs中去除掉在dbSNP、HAPMAP、1000人MHC3.6M基因组、其他外显子测序项目中出现的SNP。同时，过滤掉SIFT预测对蛋白功能无影响的SNPs作为最后疾病相关的候选SNPs；
(2)InDel分析流程
①把去除接头序列和低质量的测序数据用Burrows-Wheeler Aligner(BWA)比对到人MHC3.6M基因组上，所用到参数：bwa aln-L-l 31-i 10-k2-t 7-e 40，具体参数含义参考：http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml；
②用GATK软件找出序列中所含有的插入/缺失(InDel)的信息；
③利用CCDS、人基因组数据库(NCBI 37.2)、dbSNP(v138)信息对InDel进行注释，确定突变位点发生的基因、坐标、mRNA位点、编码区域序列的改变、对氨基酸的影响、InDel功能(氨基酸插入/氨基酸缺失/移码突变)。
实施例3：本发明试剂盒的使用效果验证
利用本发明所述试剂盒检测68例样本，结果证实目的致病和/或易感基因的捕获率满意，99.83％以上的原始短序列都能被比对回目标区域的参考序列，目标区域的平均有效测序数据量达到241.44Mb，目标区域的平均测序深度为379.14X(见表1)，远远高于一般的遗传疾病诊断要求(一般为20X)。
表1目的致病和/或易感基因测序数据质量
实施例4：本发明探针组及试剂盒的临床诊断实例
利用本发明实施例1制备的探针组及实施例2制备的试剂盒对2例患者做出的分子遗传学诊断。患者为医院临床确诊的引发心血管症状的其他系统疾病相关疾病，各患者均签署知情及自愿协议，并经医院医学伦理委员会批准。
按照实施例2所述的试剂盒的组成、制备及应用的步骤进行本实施例的患者的分子遗传学诊断。其分子遗传学诊断结果见表2。
表2引发心血管症状的其他系统疾病患者做出的分子遗传学诊断
1、两例易栓症患者分子遗传学诊断
①患儿(编号：1)，男，年龄23岁6月，临床诊断为易栓症待查。临床表现为：是一种遗传性凝血性疾病，容易造成血栓栓塞。患者具有高凝血倾向，血栓好发于下肢深静脉，这种情况被称为深静脉血栓形成(DVT)。患者也有发生肺栓塞的风险，即血凝块滞留在肺部血管内的情况。利用本发明所述试剂盒检测患儿外周血DNA样本后发现了SERPINC1基因有1个杂合突变：c.770G>A。由于缺少其父母的样本，未进行父母来源验证工作。该位点为致病性变异。
②患儿(编号：2)，男，34岁5月，临床诊断为肺栓塞，易栓症待查。临床表现为：利用本发明所述试剂盒检测患儿外周血DNA样本后发现了PROS1基因有1个杂合突变：c.77-1G>A。由于缺少其父母的样本，未进行父母来源验证工作。该位点为疑似致病性变异。
利用本发明试剂盒对2例疑似易栓症患者做出分子遗传学检测，同时，对这2名患者利用常规的易栓症致病基因进行分子遗传学检测。
检测结果中，利用常规的易栓症致病基因检测并未发现明确可疑的突变(即可能严重影响基因编码蛋白功能的突变)，而利用本发明试剂盒，则分别检测出其他致病和/或易感基因的剪切位点突变，该类突变与无义突变、移码突变一样，都属于公认的、可以严重影响蛋白功能进而参与疾病发生的严重突变，因而很可能为上述患者的致病突变。这些除已知致病基因之外的其他致病和/或易感基因的纳入，将可能为临床上约90％的患者的分子遗传学诊断提供机会，新的致病和/或易感基因突变类型、突变频率和突变谱的检出，对完善疾病病因学假说会有很大帮助。
综上所述，本发明提供的用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的探针组及试剂盒具有操作简便、成本低廉、特异性好、灵敏度高等特点，可以同时最多检测、明确263个致病和/或易感基因的各种类型突变，因此本发明的探针组和试剂盒可应用于患病个体的分子遗传学诊断，同时还可用于引发心血管症状的其他系统疾病高发区人群普查、筛查引发心血管症状的其他系统疾病患者的病因及各种危险因素以及为相应的遗传咨询或产前干预提供参考。
以上详细描述了本发明的优选实施方式，但是，本发明并不限于上述实施方式中的具体细节，在本发明的技术构思范围内，可以对本发明的技术方案进行多种简单变型，这些简单变型均属于本发明的保护范围。
另外需要说明的是，在上述具体实施方式中所描述的各个具体技术特征，在不矛盾的情况下，可以通过任何合适的方式进行组合，为了避免不必要的重复，本发明对各种可能的组合方式不再另行说明。
序列表
<110> 中国人民解放军总医院
北京迈基诺基因科技股份有限公司
<120> 一种用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病基因的方法
<130> 1
<160> 6
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 15
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gactacatgg gacat 15
<210> 2
<211> 15
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ggaacctacg acgta 15
<210> 3
<211> 50
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
aatgatacgg cgaccaccga gatctacact ctttccctac acgacgctct 50
<210> 4
<211> 50
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
caagcagaag acggcatacg agatcggtct cggcattcct gctgaaccgc 50
<210> 5
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aatgatacgg cgaccaccga g 21
<210> 6
<211> 21
<212> DNA/RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
caagcagaag acggcatacg a 21
Claims (10)
1.一种检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂在制备诊断引发心血管症状的其他系统疾病的产品中的应用，其特征在于，所述引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为SERPINC1和/或PROS1。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4和MUC1。
4.根据权利要求1-3任一所述的应用，其特征在于，所述的试剂选自探针组、引物组或基因芯片；所述产品包含所述的试剂或所述的产品为试剂盒。
5.一种引发心血管症状的其他系统疾病的诊断标志物，其特征在于，所述的诊断标志物为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
6.引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因在制备诊断引发心血管症状的其他系统疾病的产品中的应用，其特征在于，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
7.一种检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂，其特征在于，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
8.一种用于检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的探针组，其特征在于，所述的引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因为LRP8、F13A1、F7、GCLC、GCLM、ITGB3、LGALS2、LTA、MIAT、OLR1、PSMA6、TNFSF4、POLG、SDHAF1、BCS1L、TTC19、UQCRB、UQCRQ、UQCRC2、CYC1、UQCC2、LYRM7、UQCC3、ATM、MRE11、RASA1、FOXF1、USB1、PIK3CA、STAMBP、LBR、MEF2A、LRP6、F12、ITPKC、S100A12、CD40LG、CASP3、FAM167A、HLA-A、CD40、FCGR2A、BLK、NDUFS7、NDUFS8、SURF1、PDHA1、PEX1、PEX5、PEX6、PEX2、PEX16、CTC1、NIPBL、SMC1A、SMC3、RAD21、RPS19、RPS24、RPS17、RPL35A、RPL5、RPL11、RPS7、RPS10、RPS26、RPL26、RPL15、RPS29、TSR2、RPS28、PCCA、PCCB、GCDH、ETFA、ETFB、ETFDH、IVD、FAH、HBB、TRNT1、RBM8A、GATA1、PLA2G7、TIRAP、APP、CST3、ITM2B、PROS1、MYH9、HRG、PROC、SH2B3、JAK2、SERPINC1、PLAT、PDGFRA、C4A、HLA-B、IL10、IL23R、STAT4、TLR4、SERPIND1、MMACHC、SPINK1、CFTR、PRSS1、MPI、THBD、MPL、F9、F2、TET2、FADD、CFH、TERT、CASR、GNA11、CYP24A1、HADHB、PPARG、ALMS1、SBDS、SPEG、CPT1A、CCBE1、DBH、GPC3、ADRB1、PHYH、PEX7、APOE、ABCA4、AGA、GLMN、FGF12、SEMA3A、BLM、AKT1、CACNA1A、CACNA1F、CFI、CPOX、ELOVL4、FLNB、IKBKG、KCNK18、MEFV、PRG4、PTEN、TMEM126A、BCOR、IGBP1、SOX2、ARX、AKT3、NPC1、EYA1、OFD1、TCTN3、ERCC1、ERCC6、ATRX、PAX6、SFTPC、CSF2RA、SFTPA2、CTSA、FUCA1、CYP27A1、SLC17A5、VKORC1、NKX2-6、FIG4、RRM2B、HPS4、HPS1、MUT、CASQ1、POLG2、HSD17B10、EPOR、CISD2、HCCS、BIN1、NEU1、KCNH1、ATP6V1B2、MTM1、OCRL、TTPA、BANF1、CYP11A1、MAMLD1、ACADM、ADAMTSL2、AP1S1、ATP2A2、BEST1、C2、CDC73、CDKN2A、CEP120、CHST3、COL18A1、CX3CR1、CYP1B1、DST、DYNC2H1、FAT4、FGFR3、G6PC3、GBA、GJC2、GRN、HDAC8、HEXA、HTRA1、IFT43、ITGA2、KCNA1、KCNJ6、MED25、MTHFR、MYCN、NEK1、NOD2、NPC2、POLD1、PORCN、PSMB8、PTF1A、SACS、SCN1A、SCN9A、SMPD1、SP110、TJP2、VPS13B、WDR35、WDR60、WNT3、ZEB2、CREBBP、DNAH11、ZNF469、DNAH5、MID1、DNAI1、FGD1、LRP5、NPHP3、DLL3、RAI1、RPSA、ZMPSTE24、PKP4、CACNA1B、SFTPD、MUC5B、RECQL4、MUC1中的两种或两种以上的组合。
9.一种引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的检测方法，其特征在于，包括：
(1)提取待检测的DNA，制备全基因组文库；
(2)将步骤(1)获得的全基因组文库与检测引发心血管症状的其他系统疾病的致病和/或易感基因的试剂混合，进行PCR；
(3)纯化步骤(2)所述的PCR产物；
(4)对步骤(3)纯化后的PCR产物进行测序；
(5)对步骤(4)的测序结果进行分析；
其中，所述的试剂为探针组、引物组或基因芯片。
10.根据权利要求9所述的检测方法，其特征在于，所述的分析包括SNP分析和/或InDel分析。
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| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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