CN109468316A - 一种基因序列组合物及其在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用 - Google Patents

Abstract

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种基因序列组合物及其在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用。申请人根据临床分离的分枝杆菌和数据库中公开的分枝杆菌全基因组数据，建立了从基因组水平鉴别各菌种的决策树模型，发现了27个基因序列的不同组合形式快速地将结核分枝杆菌（MTB）和非结核分枝杆菌（NTM）进行区分，而且能将非结核分枝杆菌进一步鉴定到种，所述的基因序列组合物为SEQ ID NO.1~27所示。可作为诊断分枝杆菌肺病的分子标志物，为分枝杆菌肺病的临床诊治提供参考。

Description

一种基因序列组合物及其在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中 的应用

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种基因序列组合物及其在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用。

背景技术

分枝杆菌包括结核分枝杆菌(MTB)、麻风分枝杆菌和非结核分枝杆菌(NTM)三类，可侵犯全身各器官引起严重感染，以肺部最多见。其中，MTB引起的结核病至今仍为重要的传染病，严重危害人类健康。《2017年全球结核病报告》显示，中国结核病新发病例84万，居世界第二。与此同时，NTM感染的发病率也迅速增长，其分离率已占分枝杆菌临床分离株的30％，部分NTM肺病的致死率甚至远远超过肺结核，其危害性之大也不容忽视。MTB与NTM生物学特征相近，均为抗酸染色阳性，由于目前诊断技术和认知程度的限制，临床工作中肺结核与NTM肺病几乎无法在病原学水平进行早期鉴别和诊断，导致相当一部分NTM肺病患者接受不必要隔离、转运以及抗结核治疗。因NTM肺病与肺结核的治疗方案存在很大差异，这种缺乏病原学依据的经验性处理和治疗，会造成患者身心伤害，并带来医疗资源和经济浪费。如何将MTB与NTM进行快速有效的鉴别，及早进行预防控制以及针对性治疗，是关系国计民生的重大问题。然而目前却存在巨大困境：

1)抗酸染色方法简便、快速，但不能区分MTB与NTM：目前临床上早期诊断分枝杆菌病最常用的初步筛选方法是抗酸染色(AFB)涂片镜检。然而，MTB与NTM在显微镜下都显示为红色的抗酸染色阳性菌。因此，该方法无法区分MTB与NTM，二者的鉴别最终依赖于菌株纯培养的获得和进一步菌种鉴定。

2)菌株纯培养方法耗时长、培养阳性率低：获得菌株纯培养是临床上诊断分枝杆菌病的金标准。但因分枝杆菌种类多(约207种)，可分为快生长型(约培养一周获得肉眼可见菌落)和慢生长型(约培养2月获得肉眼可见菌落)。因此，每个临床样本的培养时间难以明确，通常需耗时2月才能出具最终报告，导致诊断延迟，耽误患者针对性治疗。此外，即便是AFB阳性的样本，目前培养的阳性率不足50％，导致依赖于菌株纯培养方法诊断分枝杆菌病的漏诊率较高，延误患者病情。

3)即使获得纯培养菌株后，菌种的进一步鉴定仍是目前的难题：环境中存在的207种分枝杆菌，目前报道能引起感染性疾病的有39种(包括MTB和38种NTM)。不同菌种对抗菌药物的敏感性存在明显差异。因此，不同分枝杆菌肺病的治疗方案及预后是截然不同的，临床上亟需将分枝杆菌肺病的诊断深入到具体菌种。但受限于对分枝杆菌生物学特征的认识和各类分枝杆菌基因组特征的挖掘，至今尚无很好的生物marker能将各菌种进行快速区分。目前临床上常规开展的菌株纯培养技术可将MTB与NTM进行区分，但耗时长。而且该方法不能将NTM进一步鉴定到种，导致患者不能及时获得最好的针对性治疗。

4)Xpert MTB/RIF系统不能鉴定NTM：新型分子生物学快速检测系统Xpert MTB/RIF只能检测MTB，该系统未纳入NTM菌株鉴定的方法和数据库，不能用于NTM的检测，导致其在分枝杆菌病诊断领域的应用仍遗留一片空白和遗憾。

发明内容

本发明的目的在于提供了一组基因序列组合物，所述的基因序列组合物为SEQ IDNO.1～27所示。

本发明的另一个目的在于提供了基因序列组合物在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用。

为了达到上述目的，本发明采取以下技术措施：

申请人根据临床分离的分枝杆菌和数据库中公开的分枝杆菌全基因组数据，建立了从基因组水平鉴别各菌种的决策树模型，基于该模型算法，发现了27个基因(SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.27所示)具有菌种特异性，这27个基因序列的不同组合形式快速地将结核分枝杆菌(MTB)和非结核分枝杆菌(NTM)进行区分，而且能将非结核分枝杆菌进一步鉴定到种，所述的基因序列组合物为SEQ ID NO.1～27所示。

基因序列组合物在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用，包括用SEQ ID NO.1～27序列制备成结核分枝杆菌检测试剂盒；或是制备成非结核分枝杆菌检测试剂盒；或是制备成非结核分枝杆菌鉴定试剂盒。

针对SEQ ID NO.1～27所示序列分别设计的引物，得到的引物组合物，也属于本发明的保护范围。

利用该引物也可制备成分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用，包括制备成结核分枝杆菌检测试剂盒；或是制备成非结核分枝杆菌检测试剂盒；或是制备成非结核分枝杆菌鉴定试剂盒。

与现有技术相比，本发明具有以下优点：

结核分枝杆菌与非结核分枝杆菌抗酸染色均为阳性，抗酸染色无法将二者进行区分。目前也缺乏其他快速有效的方法区分二者，导致一部分非结核分枝杆菌感染的患者接受经验性抗结核治疗。非结核分枝杆菌种类繁多，大部分菌种对结核药物耐药，且非结核分枝杆菌各菌种的治疗方案相差比较大。所以，合理有效地治疗分枝杆菌感染患者，需将病原学准确鉴定到种，指导合理用药。目前尚无很有效的方法做到快速将以上菌种进行鉴定。

本发明提供的特异性基因组合，具有菌种特异性，这27个基因的不同组合形式可以快速地将结核分枝杆菌(MTB)和非结核分枝杆菌(NTM)进行区分，而且能将非结核分枝杆菌进一步鉴定到种，可作为诊断分枝杆菌肺病的分子标志物，为分枝杆菌肺病的临床诊治提供参考。

具体实施方式

本发明实施例所述技术方案，如未特别说明，均为本领域的常规方案；所述试剂或材料，如未特别说明，均来源于商业渠道。由于本发明在组合物开发过程中，就将所有分离的分枝杆菌进行了测序，具有各菌株的全基因组数据，因此在验证过程中直接进行的序列比对。那么利用本领域的常规知识，针对这27个基因片段，分别设计引物，对目的菌株进行PCR扩增，来判断目标序列的有无从而判断菌株类型，也可以完成本发明，限于篇幅，不再赘述。

实施例1：

1)菌种类别的确定：

申请人收集了2012年至2016年上海市肺科医院肺部感染患者肺部分离的1074株分枝杆菌，共涵盖26种，用于目标鉴定菌种，这26种菌种名及其在所有分离菌株中的占比如下：

表1 2012至2016年上海市肺科医院分离的1074株分枝杆菌种类及构成

实施例2：

1)筛选用于鉴定以上26种分枝杆菌的基因序列组合物：

申请人将表1中的分枝杆菌进行全基因组测序，针对全基因组测序结果，结合公共数据库NCBI公开的部分分枝杆菌(共390株)全基因组数据(表2)，申请人初步建立了从基因组水平鉴别各菌种的决策树模型，基于该模型算法，发现了27个基因(SEQ ID NO.1～SEQID NO.27所示)具有菌种特异性，这27个基因序列的不同组合形式快速地将结核分枝杆菌(MTB)和非结核分枝杆菌(NTM)进行区分，而且能将非结核分枝杆菌进一步鉴定到种(包括申请人临床分离的1074株分枝杆菌以及NCBI公开的390株分枝杆菌)，不同菌株对应的基因序列组合物结果见表2-1。因此，本发明发现的基因序列组合物，可以作为诊断分枝杆菌肺病的分子标志物，用于分枝杆菌肺病检测试剂盒的制备。

表2从NCBI数据库中下载的用于计算决策树模型的菌种及其菌株数目

表2-1本发明提供的基因序列组合物在不同菌株中的存在情况

0代表不存在该基因，1代表存在该基因，-代表可存在可不存在。

从上表中可以看到，本发明提供的基因序列组合物可对上述26种临床致病性常见菌株进行完全区分，具有极佳的临床意义。

2)利用本发明提供的基因序列组合物对已公开的26种分枝杆菌的检测

表2-2对已公开的分枝杆菌进行检测

将本发明提供的27个基因序列与表2-2中的全基因组序列进行比对，结果与表2-1中的完全一致，进一步表明本发明提供的序列组合物能完全区分这26种菌，具备很强的特异性。

实施例3：

该基因序列组合物在检测分枝杆菌中的应用：

基于实施例2中筛选的基因序列组合物，申请人进一步扩大样本量，下载了目前公开的所有分枝杆菌的全基因组数据，共7888株，用于本发明基因序列组合物鉴定准确率的测试。

将本发明提供的27个基因序列与选取的7888株菌株的全基因组序列进行比对，记录基因的有无。

结果显示，本发明提供的基因序列组合物，对于26种(共7888株)分枝杆菌的鉴定准确率高达97％-100％(表3)，说明本发明提供的基因序列组合物对识别分枝杆菌菌种具有很强的分辨率，可以作为诊断分枝杆菌肺病的分子标志物，用于分枝杆菌肺病检测试剂盒的制备。

表3本发明基因序列组合物用于鉴定7888株26种不同分枝杆菌的准确率

序列表

<110> 上海市肺科医院

<120> 一种基因序列组合物在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用

<160> 27

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 192

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 1

atgcgtgtcg gtgtagttcc tgaccgttgt gaaggcaact tggtatgcct cgggatcgct 60

ccagaggtat tcgacgtcga tgacgacgac tatgtcgtca tcctgcaaga ggaagtaccg 120

gccgatcagg aagatctggt cgagcaggcg atcgcggagt gcccgcgcgc cgcattgatc 180

cgcaaagact ag 192

<210> 2

<211> 153

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

atgcgcttac cgctgccggt tacgccggtc gcggccaaag gtgagcggac ttggcgtgag 60

ggcgtccggt tgaacggccc caacggcgtg tcggtgtacc gccacgtgcc ctggcgggtc 120

cacaaggtgt attcgagcga cgagccgacg tag 153

<210> 3

<211> 330

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

atggtcaccc cgctgacgct ggacaccggc cgtggtagcg acggcaaccc ggtgctggtg 60

gcagtgggcg aaatcgacct gagcaacatc gacgcattcc accgggcgct ggccaccgcc 120

accgcggagg tcaccgggag tgacggcgcg gtgctcgtcg acctcagcgc cgtggagtat 180

gtggacagcg ccgccatcaa tgcgttggcc gcgcacgccg accacatcgc gctcgtcgcg 240

cacccggtcc tgatgcccgt cttcagggtc agcggtttga ccgagctgac caccgtcgaa 300

gccgcacccc cgccgccggc gcctcgttga 330

<210> 4

<211> 156

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

atgacggcac agtcggcagg gcatgagtcg atgtccactt ccggctggca gctgacacct 60

cgctgctaca acacgtccta ccgcgtcgcg gcattccgcg cgctagtcat cgccgtcatc 120

ctcgcggccg gcctcgcgat tctcatcctg atctag 156

<210> 5

<211> 267

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

atgaccgtct acgacaacac ggtccccgcc gtcgactgcg ttgatttcgt ccgactcgtc 60

gacgacctgg tggactcgga cccgcaggag tggggagcga tcgtggccaa acacatcgac 120

gagtgcccgc catgcctggt gtatctgcag caaatgctgg acctcaaggt tctgctcaat 180

cacgtattcg atggggaaaa gctcagcgac gagcacatcg cgggggttat caacacgatc 240

aacaccctca ggaaaggcca agaatga 267

<210> 6

<211> 306

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

atgaccgacg ccaaccccgc gttcgacacc gtccatccca gcgggcacat cctggtccgg 60

tcctgccggg gcggttacat gcacagcgtg gccttgagcg agggagcgat ggagaccgac 120

gccgctgcgc tggccgaggg aattttgctg acggccgatg tctcatgtct gaaggctttg 180

ctagaagtgc gcgaagagat cgttgcggcc ggccacacgc catcggcgga ggtgccgacc 240

aaccgagatc tcgacgtcgc catcgagcga ctgctggccc accaattacg gccgcgccgc 300

cgctga 306

<210> 7

<211> 906

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 7

atggagctgc gacagctgga gtacttcgtg gccgtcgcgg aagagggcag cttcaccaag 60

gcggccgcgc gcatgcacat cgctcaatcg ggtgtgagcg ctcaaatcct gctactggag 120

cgtgaactcg gtcagcggct cttcgacagg tcacgttctc cggtgcggct caccaaggtc 180

ggtaccgcct tgctgacgca cgcgcatgcc gcgctcgccg cggtggccga cgccaggcag 240

gtagcagacg agtacggcgc tgccttgcgc ggccacgtca gcgtcggcct cgcggcatcg 300

tcgtcgctcg ctttcgatct ggtcgacatg ttggcggagt ttcaccgcgc acaccccatg 360

gtcgagatcg ctctgttgga ggcgaacacc gatgatctcg tcgacgggtt gctcgacgga 420

cgccatgaca tggcgatcat ctcgccgccg gcgacggtgc ctgctgatct tcgcctgcag 480

ctggtggcgg acgagcagat cgtcgccgcg gtaagttccg accatccgct gtgcggacgc 540

tcgggcgtga cactcgagga gctgaacggc tgccagctga tcaccttttc gtcgacgatc 600

gggactcgca gcaccatcga tgccgcgttc gcggccgccg gcatccaacc tcatgtcgcc 660

atcgaggcca gtgacccgaa tgtcctcgcc gaattggcgg gcgggggatt gggtgtggct 720

ctgattcccg agccgtatgc gcgtgcgcgt gattcgaggc tgcacgtcat gcagatcgcg 780

gacgtggatc tgcgcggcag cttggcgttg gtgtggaacg acgccaggaa accgagtacc 840

agtgcggccc gattggtcga ctacgcgcga cgttccttgc gatcgggtca ggcgttgtcg 900

ccctga 906

<210> 8

<211> 921

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 8

gtgggattgc tcgacggcgt tcgggcgcgc ggggcatttg tgttgcgcat gatgatggac 60

ccgccgtggt cgctgcgcat ccaggacgac gcgccgctgg cgatcatctg ccagacgcat 120

ggcagcgccg tcatcgtcgg cgacgacagc ggcaccgatt ggctacgtcc cggggacatt 180

gcgctcaccc gcggcaccca gcattacgtc ttcgcggacg accccgggac cgccccgatg 240

gcggtgatcc atccgggtca acggtgcacc acgcagaccg gggacgactt gcacttcgaa 300

atgtcgttgg gcgtgcggac gtggggtaac agtccctcgg gtgcgtcccg ctccatcgtc 360

tgcgcgtacg agggacgcag cgaggtcagc gcccggttgc tcgacgcgct gcccgccgtg 420

ctggtgttgc gcgcggacga atgggacagt ccgctggttc cgctgttggc cagcgaggcc 480

ggccgtggcg gccccggcca agaggcgtat ctggatcggc tgctcgactt gctgctcatc 540

ggggtgctgc gcatctggtt cgacaacgac gtcaacgcgc ccgcctggtg gcacgccgaa 600

cacgacgcgg tggtggggcc ggccttgaag ctgatctaca gcaaccccgc gcacccctgg 660

accgtcgcga atctcgctgc ggcagttggc gcgtcacgcg cagcgttcgc ccgccggttc 720

accgagcagg tgggcgagcc gccgatcgct ttcctcaccg gttggcggct tgcgttggcc 780

gccgatctgc tgcggtccag ccaggcgacc atcgccgccg tcgcccgaga ggtcggctac 840

gccaccccgt tcgcgttgag taccgccttc aaacgcgcct acggggtgag cccgaatacc 900

caccgcgccg gcgcgggctg a 921

<210> 9

<211> 432

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 9

atggcaacct cgcctaagca ctcggtcagt gtcgccggca tcgtagtgcg tgacgatgat 60

cgcgttctcg tgatcaggcg ggacgacaac ggccactggg aagcccctgg tggtgtactc 120

gaactaggcg aatcttttga ggacggtgtt cggcgcgaag tccttgagga aaccggattg 180

acggtgaagg tagaacgtct caccggcgtt tacaagaacc tgacccatgg gattgtcgct 240

ctggtctacc gctgccatcc ggccgatggg gacactcacc ccactgcgga agcccgcgag 300

gttcgttgga tgacaaggga ggaagttcag tcagcgatga atcctgcatt cgcggtgcgt 360

gtactggacg cgttcgacga agaaactcat tcgcgggtcc atgacggcgt caacctcgtg 420

tcgggctgct ag 432

<210> 10

<211> 696

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 10

gtgagtgccg aagacgacga agacgaacaa gagccgacaa gggcgtcacc aaccgcccta 60

gctgaaacgg gcgtcgtgga aatcaccccg gctgcttggt ccgactcaga cgaaattgac 120

gacattgatc cgtacgagga tcccgtgcgg cgcaattggc taatcagcgg cgccatattt 180

gcggcgacag ccgcggttgc gggactcgcg gcaggagggg cgttcgtctt cctccgtcag 240

gaacgaggca agacacccgt tacgacgagc acggtgttga tcgcctcccc gccagcaccg 300

acgtccgctg tcgtgctacc gccgccacca acgcaaagcc gaccccccac gcccatcgag 360

ctgtcggcca cgggcgactc ggtgtatgtg agcaccaaat cgggcaagac cgcctgccag 420

gtcacggtaa ataccgtctc gtgcatcgtg agattcgttg ggcgcacacc aattcgatac 480

ggcgtgccaa ccaacgtggt gatgatcacg tccggcggga tcatggattg gacagtcggc 540

gacgggggcc agctgcaaac ccacactttg aattacggaa cgctctatca cgctctaggt 600

tggaccatca cgccgaccag tgagggcacc acatttacga acgatgcgac cggtcgcggg 660

atgagcgtga acgtcgatgg cgccagggcg ttctag 696

<210> 11

<211> 801

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 11

gtgagcttct cgtatgcgtc cgtcatcgag accaaggcgc tcaacccccg gatggtccgg 60

atcacccttc aggtcgagga ccccgcttcc ctcgacgtgc agcaggccgc cgactcggca 120

gtcgcggtct tcatgcccgg caccgacgag ggccgcaact actccgtacg ccgccagcgc 180

ggcgatctgc tcgacctcga cgtggtgctg cacgcccgcg gtgtggggac cgactgggcg 240

gcgcgaaccc ggcccggtga ccgcgtcggc ctcgaccacg cacgctcgtg gtaccgcccg 300

gacccggccg cgcagtggca gctgttgatc accgacctgt ccgggctgcc ggccaccgcg 360

cgcatcctcg aagagttgtc tccggaagtc cccgtgacgg tgatcgccga ggtcgccgaa 420

gcgcaggatc tcgactacct gccggcgcat ccgcaggcgc ggttggtcac gtcgatcggg 480

acgggtaacg gcaacgcgcc gagcgaactg gccacgctgg tgcgtgagct ggccctgccg 540

cgggatcgcg gctactgctg gttcgcgggt gaagccgcag agtcgcgcgc ggtcaggaag 600

tatctcaggg ggctggggta ccagaacgaa caactcgaca tcacgggtta ctggaggttc 660

gactccgaga cctgggatgc cgcattcgct ctggtggaat cggatgtgtt ggcggtgtac 720

gagcgtgcac tcgccgaagg caagggggac aaagtggctt tcgaggagtt cgacgaggcc 780

tgcgagcgaa tcggtctgtg a 801

<210> 12

<211> 420

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 12

atgcagcaaa ctgaatgggg cccgtcgacc ggcgtcgtgc tggcctgcgc cgtagccgga 60

cttatcttgg ctatcaccgc tgtgacgctg gtcacagacg cgcccgggcg gatacttctg 120

ggtattgccg gcggcgggtt attggtgttt gcaatgatgt cgctgcgcgc tcggccgaag 180

ctggcaatca caaacgacgg cctcgtcacc cgcggttggt tccgcacgca gaccctcgcc 240

cgcaaagaca tcgcccatat ccggatcacg gagttccgcc ggctcgcccg caaagtgcgg 300

ctgctggaga tcgacaccgc cgacgacagg ctgctggtgt tcagccgatg ggacctggga 360

accgaaccac tgaatgtgct cgacgcactg accggcgccg gctataccgg cgccggtcga 420

<210> 13

<211> 1917

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 13

atgagtcaac tcctcgaacc cggcgtcacc ctcgatgccg acgaactgcg ggacgccctg 60

gcggaagcca atgtgccctg cctgatcggc gtgctctacc agctgaccgg agatgcccgg 120

tggctggccg agccgtaccg gatcaccccc accatgggct tcgagagcca cgacgacggc 180

gggctgcccg ccgaacgcgt cgaggagatc cggtcggcgg ccttcaccgc gatcacggac 240

tggagtgcgg gcgcaccggt cgcgtacccg gcacccgacg gcgccgagct ggtcgcgctg 300

atgtccgcgg tgatgggtga accggttgcc gagaagtatg ttccgttggc cgccgagcag 360

ctcgggttcg caccgttcgt cgccgatgac gtcacggacc gctgtgcgga caccgggttc 420

tcggtgatcg tggtcggcgc cggcttctcc ggcctggcgg cggcggtaca cctcaaacag 480

gccggcatcc cgttccgggt gctggaacgc aacgaccacg tcggcggcac ctggtacgag 540

gccaactacc ccggtgcccg cgtcgacgtt cccaacgatc tctactcgta ctccttcttc 600

caccgcgagt ggagccagaa cttcgcccag cccgacgaga tccggcagta catcgacgat 660

gtgatcgccc acttcgacct ggcgccgcac atcgagaccg gagtcagcgt cgacggcgcc 720

gaatgggatg ccgacggcag cgaatgggtg gtgaagatca actccggcaa cgggtccgag 780

accatccgtg ccactgcgtt gatcaccgcg gccgggctgc acaacacccc gaacatcccg 840

cagttccccg ggctctccga gttcaccggg gaggtgctgc actcggcccg atggtcgccg 900

gagaccgatc tgcgcggtaa gaaggtcgcc gtcgtcggag ccggggccag cgcgatgcag 960

gtggtctgca agatcgccga ggatgtcgag cagatggtcg tcgtccagcg cgaaccgcac 1020

tggaccacgc ccaacgagca gtacttccgc aagcagaccc cggcccggca ctggctgtac 1080

cgcaacgtgc cgttctaccg cgcctggttc cgattccggc tctactggat ctacaccgag 1140

cgcaactacc cggcgttgcg ggtggatccc aaggccgccg agaagggcaa gctggtcagc 1200

ggtctcaacg acgcctaccg gcgcaacctg accgcctatc tgcgcgcaca gctcgacggg 1260

cgcgaggacc tgatcgagaa gtccctgccc aagtacccgc cgttcggtaa acgtctgctg 1320

atggacaacg gctggttcgc cacgctgcgc cggccgaacg tcagcctggt cgccgagggg 1380

gtcgatcacc tcaccgaacg tggactggtc accgactccg gggagacctt cgacgtcgac 1440

atcctgatcc tgtgcaccgg attccagcag cagcgctacc tctacccgat ggagctgcgc 1500

ggtcgcgacg gcgtcgaact gcgcgaatcg tggagcgacg acaatgcccg ggcctacctc 1560

ggcatcaccg cacccgggtt ccccaacctg ttcttcctgt acgggcccaa caccaacccg 1620

ccgggcggca gctggctgac cgtcgccgag gcgcaggtgc gctacgtggt ggagatgctg 1680

accgagatgg tcaaagacga tgtggcgacc gtcgaggtcc gcgaggaacc gttcgaggat 1740

tacaaccgcg aactcgacga caccaacaac gccatggtct acgcgatgga cggcgtcgaa 1800

agctactacc gcaacagcac cggccgggtc gtcaccaact caccctgggc cgttcccgac 1860

tacttcgccc gtacctcggc cccgaatctg gcggactacg acgtcactcc ccgctga 1917

<210> 14

<211> 264

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 14

atgctgggcg gactatcggt tccgctgagc tggggcacgg ccgttccacc agacgactac 60

gaccattggg cgaaggagtc tgaatcaggt gtcgaggacg tcgtcgtggt gccaggtgcg 120

gtcgatccgg aaccgatcga accggccaac gacgagtggg atgagtgggc ggagtggaaa 180

cagtgggaag cggagaacgc tgaacctcgt ttcgagatgc cacgcggaag cagcgtggtc 240

ccgcattcgc cggcagccgg atga 264

<210> 15

<211> 411

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 15

gtgaccgcga ccccggaaaa cgagcctctg agcctgcgcg tccaggcaac ccggttcgtc 60

atcaccggag gtctgtcggc gatcgtcgac ttcggtctgt acgtactgat gctgcagctc 120

gggctgcacg tcaatgtggc caagaccctc agcttcatcg cgggcacgac gacggcctac 180

ctgataaacc gcaggtggac cttccgggcc gaaccaagcc gggcccgatt catcgcggtg 240

atggtgctct acgcgctgac ctacgccgtc caggtcggca tcaactacct gttctacctg 300

cagttcgaag gccggccgtg gcaggtgccg gtggcattcg tcatcgccca gggcacggcc 360

acggtgatta acttcgtcgt gcagcgcacg gtgatattcc ggctgcgttg a 411

<210> 16

<211> 168

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 16

atgccagcca aacctgatcc caccgagatc ggcgacgtcg agcccatcgc cgacagcacc 60

gagcgtcagg cgcgccgcgt ggtcgccgcc tacgccaccg acgccgacga atgccgtgtc 120

ttcctgtcga tgctgggaat cggaccggcg aagctcgccg acgcgtaa 168

<210> 17

<211> 477

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 17

atggtagact tctctcgctt atcgacaaat tggtaccaat gggcgcccgg gatgagcggc 60

ggcgatatat ctgtgtcgac cgactgcgaa gactgccaaa tcctcttcag ctctaccgat 120

tattcggtgc atctccgcaa tgatggccat tggtgggtcg tggacatcgt caacgaccgt 180

gggcagcggc ggagtggcgc tgccaaactc tcaagtttcg aattgacgga aaagtacctt 240

atctgggact gggcgactac cgcgcgttca agtctggcat ctggaccgtt aggcactgac 300

ctagctaggc aaggatacgc gcctgacgtt gaagtttcga aagccgacca gggttataag 360

atatgtttgg gtaatgaatg cgcaatacta tcggtcgtta acgctacaat ttttagtcat 420

ctaatgtcga aatcggtgga tgaaattgag catatggtat acgaaggtct catgtag 477

<210> 18

<211> 150

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 18

gtgacggaac aagagcagca acttacgttc ggccagaagg ccaagttggg gtggcaggcc 60

gcgggtgcgt tcgcgcgtaa ccccaaggcg ctggtagctc ttgtgaaata caagctggcc 120

gagcggaagt cggccaagcg ggcgggctga 150

<210> 19

<211> 318

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 19

atggcagatg tcgaagaaca aggcgctgcg ctgtgcaccg acgtcgaggc agccaccgtc 60

gacgtcgagt tggacggtgc tctccatcga ctgcaatggc gccgcgatcg gaccctggtc 120

gacacgatgc ttgacgccgg gatcaatgtg ccgcactcgt gtcgtgaagg acattgcggc 180

tcctgcgtgg cgaccctgat ttccggggag gtggagatgg ccggtggaga tgtgctggga 240

cccgaagacc gcgccgacgg cttgatcctc ggctgtcaag cccggccagt gacagacaac 300

atccacattg agttctag 318

<210> 20

<211> 297

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 20

atgctcgtgg gaggtattta catcgccgtc aaggcgcttc acagcgagga cgtcgaagac 60

agtggcaatc cgccacgaca tgccagcggg gaagaaacga gcctgcgtga tgcgctcctg 120

ttcgtccttg gagtgccagc tttcgtcgcg gggggtgcga gtttcatttg gtggggcatc 180

aactcagggt tgctttccgt gctcggactg ggacttgcca ccttcaccat gtccgtgctg 240

tctataccac atgcgatccc cgtgctgaaa tggctgttgc gccggttgaa gccgtga 297

<210> 21

<211> 381

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 21

gtgatttcgc gcacccaccg agccgtaccc gccgcgggac aggccaaggc cttcggattc 60

gtcgtattga ccgcgagctt gatcaccgcc gccgcgacgg tggcggcccc catccgtgcc 120

gacatggccg gcaaccgttt tttgtcggcg ctgacgaatg ccggcattgc ggtcactcag 180

ccggccacgg ctgtcgccgc gggtcagtcg gtctgtccga tgctgctgca gccgggccag 240

tcgttcgact cggtggtctc ggagatggcc tccgggagcg gcatgaccga gaagaacgcc 300

ggcatcttca ccatcgtcgc gatcgcgacg ttttgtcctg cgatgatcgc gccgctgata 360

ccggaccggt tcaaggcgta g 381

<210> 22

<211> 126

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 22

atgtcgatgc ggctggtgct tctgatcggc gcgggcctcg cggccgccgc ggtgctcgta 60

tggcgcaccc agcacggccc cgaagtgtgg cacaccctgc cggacccggc gtccgacgca 120

ccttga 126

<210> 23

<211> 381

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 23

atgatgctgg tcgactcaga catcctcgtc gcgcacctcc gtggcgtagc cgcggcgcgt 60

gattggctcc gtgagtctcg gagcgagggt ccgttagcca tcagcgtggt gtcgattagc 120

gaactggccg gcgggatgcg cagcgcggag cggcgcgagg tatggcagct gctcgcgtcg 180

tttcgcgccg aaccggtcac cgagatcatc gcgcggcggg ctggcgactt catgcgccgg 240

taccggcaga gtcattccgg tataggtttg ggtgactatc tggtggctgc gaccgcggac 300

atcaagggct atgagccggc gacgctgaac gtgaagcatt tcccgatgtt ccagaacctg 360

cggccgccat tcagactctg a 381

<210> 24

<211> 543

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 24

atgtcggcga tctgcgctgt cacgctgctg gggggtcact gtccggcgcg cgccgacacg 60

gcaaacccgc tggcggagtt ggtcgatgcg gccgcgcaac ggctgcaggt cgccgacgac 120

gtggccgccg acaagtggca ctccggtgcc gccatcgaag accccgcccg ggtgcagcaa 180

cagctgaccg ccctggcgtc ggccgccgac gccgagcatc tcgacgcaga ctatgtgcgg 240

cgggtgttca ccgaccagat cgctgccacc gaggcggcgg agcactaccg gttcgcccag 300

tggaagctgg acccggccgc cgcaccggcc ggtgcccccg acctcgccgc ctcacgagcc 360

cgcatcgacg gcttcaaccg cgtcatgctc acccagatcg gcttgcggtg gcagcaactg 420

cgggcacccg actgcggcgc ccagctcgag gaggcgaccc gcgacgtcag cgccgcaagg 480

caactcgatc cgttctaccg gcaggcgctg tcgtcggcga cgcgggacta ctgcgcgggg 540

tag 543

<210> 25

<211> 426

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 25

atgcgcagct atacgcggcc gctccgagca gtcgcggtcc tggccatcag cgctggagtc 60

gttgcgtgca gcccctccgg gaccgacaat cagctcgtcg tccaggacga tcaccacgtg 120

ctcgatcggt tcaccctcgc gcagctacag cagctaccgc agatggaggt cgccacgccg 180

caatcgcacg gcgcaccggt ccagaagggt cccagcgtgc gctcgattct caatgccgcc 240

ggcgcggccg atgccacccg ggtgcgggtg gaaggccgtg acccggccca gacgctggtc 300

gccgccgcgc tcgacgatca gacgatcctc agcttcacca agcgcaacac gctgaagctg 360

acgggcgcca aacttcgccg cgatcaatgg gtccgcgatg tcaccgcgct ggtggtcaac 420

ccgtga 426

<210> 26

<211> 192

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 26

atggtccgta ttattccaat cgggtccaaa ccggggcggg ggttgagcgc cgtgtacatc 60

aagccgatat accgataccg gatgggccgt atggcctggt cactcctgcg gcatccccgc 120

agaagccgag agtttcccgc caagcacgag cgcttgatca ccgccgacga actcatgcgc 180

ttcgcgacct ag 192

<210> 27

<211> 810

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 27

atgagcgact ggaccctgaa gctgtgtgtc gccatcatcg cggcaagcgg agtgatagtt 60

tccgccctaa taggtctctg gaaagatcgt aaaagtcgta gagaaatcct tcttcaagac 120

ctcgcgattt tagaaaagct gccgtgcccg tcacttgttc acatctcctt agcgcattac 180

gtggacaagc gtgcgctttt cctatccgta gaagacaaga tcggacttta tatattctcc 240

ggtggggtat tgatcatagt aatcataatt ttgacaatta ccatcgtcct gggtatcacg 300

acaaagcatc tgatatggcc ctttgcggca gctgccgttg ccttgacgat ggcaatcgtg 360

gcagttgtct accgatactc tgtagtaaag ctaactgact ggttgaaaaa tagaattgaa 420

acgagcagtc gtgcaacagc gatcaattta gtacgtgaca gcgtcgctga atccatccac 480

aacgaagtgc ttgaagattt gtatagcaaa ttccctgagc cttatcgtaa aacggtgaaa 540

gatagactgg gatcagctac cgatattcag attgctgaaa tggtcgagcg cggagttgac 600

agctttctct ctggcaatcg ttattcagat tggtctcctg acccgaaatc ggcgcccaca 660

ggaagcaagc ttgaactgcc gatcaagtta cgtttattgc tcgcaatttt gaaagtattt 720

aacgtcctcg cgcagtgggc cggcaagggg aataaagacg cgccacctcc aatcgtagaa 780

gcagaagaac catctcaggc cgcgcggtag 810

Claims (10)

1.一种基因序列组合物，所述的基因序列组合物为SEQ ID NO.1~27所示的多核苷酸。

2.权利要求1所述的基因序列组合物在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用。

3.权利要求1所述的基因序列组合物在制备成结核分枝杆菌检测试剂盒中的应用。

4.权利要求1所述的基因序列组合物在制备成非结核分枝杆菌检测试剂盒中的应用。

5.权利要求1所述的基因序列组合物在制备成非结核分枝杆菌鉴定试剂盒中的应用。

6.针对SEQ ID NO.1~27所示序列分别设计的引物，得到的引物组合物。

7.权利要求6所述的引物组合物在制备分枝杆菌肺病检测试剂盒中的应用。

8.权利要求6所述的引物组合物在制备成结核分枝杆菌检测试剂盒中的应用。

9.权利要求6所述的引物组合物在制备成非结核分枝杆菌检测试剂盒中的应用。

10.权利要求6所述的引物组合物在制备成非结核分枝杆菌鉴定试剂盒中的应用。