CN108396063B - Cdh23基因突变在垂体腺瘤分子诊断中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了CDH23基因突变在垂体腺瘤分子诊断中的应用，具体地，本发明提供了一种CDH23基因、或其蛋白或其检测试剂的用途，用于制备一检测试剂或试剂盒，所述检测试剂或试剂盒用于检测垂体腺瘤和/或其易感性，并且预测肿瘤生长趋势。通过对CDH23基因或其蛋白的突变的检测能够诊断垂体腺瘤患者和/或其易感性，并且预测肿瘤生长趋势。本发明还提供了此类突变的基因或其蛋白作为垂体腺瘤治疗靶点的应用。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域，尤其涉及CDH23基因突变在垂体腺瘤分子诊断中的应用。
背景技术
垂体腺瘤(Pituitary adenomas)是人体最常见的神经内分泌性肿瘤，也是最常见的脑肿瘤之一。按照激素过度分泌的能力和种类，垂体瘤可分为7种亚型，分别导致包括不孕不育、肢端肥大、Cushing综合症、甲亢等显著的内分泌紊乱症状，进而严重损害心肝肾等重要脏器功能。对于隐匿性生长的垂体腺瘤，发现时往往已经侵犯海绵窦，压迫包绕周围重要神经血管组织，呈“无孔不入”状生长，无法手术全切，患者仅能长期随访，对症治疗，预后很差。因此，早期诊断对于垂体腺瘤的诊治，改善患者的预后尤为重要，如能早期诊断出垂体腺瘤，并对其采取分层的二级预防及诊治，对于及时终止因肿瘤异常分泌激素对患者心肝肾等重要脏器产生的严重功能损害、防止因肿瘤持续隐匿生长压迫所致的不可逆神经功能损害以及降低治疗风险均有着非常重要的临床意义。目前临床上用于确诊垂体腺瘤的核磁共振检查(MRI)，不仅费用较昂贵，难以用于临床病例的大规模筛检，且由于受到分辨率的限制，难以发现直径<0.5cm的微腺瘤。故目前急需简便、价廉的垂体腺瘤早期筛查工具和方法，开发散发垂体腺瘤的早期分子筛查及分型产品。
家族性垂体瘤是指一个家族中多人患有垂体瘤，且以发病年龄早，肿瘤生长快，倾向于侵袭生长为主要特点。由于肿瘤发现时常常侵犯周围组织，手术疗效差，且药物不敏感，往往预后极差，因而早期诊断在家族性垂体瘤中尤为重要。然而，目前国际上仅发现了位于11q13的MEN-1基因，17q24的PRKAR1A基因，12p13的CDKN1B基因和11q12-13的AIP基因，且这些基因仅能解释不足20％的家族性垂体腺瘤，无法提供有效的基因筛查标准。
因此，本领域迫切需要探索新的家族性垂体腺瘤易感基因，开发汉族人群垂体腺瘤家系诊断的产品。
发明内容
本发明的目的在于探索新的家族性垂体腺瘤易感基因，开发汉族人群垂体腺瘤家系诊断的产品。
在本发明第一方面，提供了一种CDH23基因、或其蛋白或其检测试剂的用途，用于制备一检测试剂或试剂盒，所述检测试剂或试剂盒用于检测垂体腺瘤和/或其易感性。
在另一优选例中，所述检测试剂或试剂盒还用于判断垂体腺瘤的亚型。
在另一优选例中，所述垂体腺瘤的亚型包括突变型和野生型。
在另一优选例中，所述突变型包括CDH23基因发生突变的类型。
在另一优选例中，所述野生型包括CDH23基因未发生突变的类型。
在另一优选例中，所述垂体腺瘤选自下组：家族性垂体腺瘤、散发垂体腺瘤、或其组合。
在另一优选例中，所述垂体腺瘤为家族性垂体腺瘤。
在另一优选例中，所述家族性垂体腺瘤包括选自下组的一种或多种亚型：GH型、NF型。
在另一优选例中，所述垂体腺瘤为散发垂体腺瘤。
在另一优选例中，所述散发垂体腺瘤包括选自下组的一种或多种亚型：TSH、LH/FSH、PRL、GH、ACTH、NF。
在另一优选例中，所述CDH23基因含有选自下组的一个或多个基因突变位点(表A)：
表A
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列(NG_008835.1)。
在另一优选例中，所述检测试剂选自下组：抗体、引物、探针、测序文库、核酸芯片(如DNA芯片)、蛋白质芯片、或其组合。
在另一优选例中，所述试剂盒含有一种或多种选自下组的试剂：
(a)针对CDH23基因的特异性引物；
(b)用于检测一种或多种所述基因突变位点的特异性探针；
(c)用于检测一种或多种所述基因突变位点的芯片；
(d)用于检测一种或多种所述基因突变位点所对应的氨基酸突变的特异性抗体。
在另一优选例中，上述的引物选自引物对1-19中的一对或多对或全部。
在另一优选例中，所述的蛋白包括全长蛋白或蛋白片段。
在另一优选例中，所述的CDH23基因、或其蛋白来源于哺乳动物，更佳地来源于啮齿动物(如小鼠、大鼠)、灵长动物和人。
在另一优选例中，所述检测为外周血检测。
在另一优选例中，所述的CDH23蛋白偶联有或带有可检测标记。
在另一优选例中，所述可检测标记选自下组：生色团、化学发光基团、荧光团、同位素或酶。
在另一优选例中，所述CDH23蛋白还包括CDH23蛋白的衍生物。
在另一优选例中，所述CDH23蛋白的衍生物包括经修饰的CDH23蛋白、氨基酸序列与天然CDH23蛋白同源且具有天然CDH23蛋白活性的蛋白分子、含有CDH23蛋白氨基酸序列的融合蛋白。
在另一优选例中，所述经修饰的CDH23蛋白是PEG化的CDH23蛋白。
在另一优选例中，所述“氨基酸序列与天然CDH23蛋白同源且具有天然CDH23蛋白活性的蛋白分子”是指其氨基酸序列与CDH23蛋白相比具有≥85％的同源性，较佳地≥90％的同源性，更佳地≥95％的同源性，最佳地≥98％同源性；并且具有天然CDH23蛋白活性的蛋白分子。
在另一优选例中，所述检测试剂或试剂盒还用于辅助判断垂体腺瘤是否会进展为巨大侵袭性垂体瘤。
在本发明第二方面，提供了一种分离的含突变位点的多核苷酸、或其蛋白、或其检测试剂的用途，用于制备一检测试剂或试剂盒，所述检测试剂或试剂盒用于检测垂体腺瘤和/或其易感性，其中，所述的突变位点选自表A。
在另一优选例中，所述多核苷酸长度为8-5000bp，较佳地10-3000bp，更佳地15-1000bp，最佳地18-500bp。
在本发明第三方面，提供了一种分离的CDH23基因编码的多肽，所述CDH23基因含有选自表A的一个或多个基因突变位点。
在另一优选例中，所述多肽具有选自下组的一个或多个氨基酸残基突变：
第1379位，R→L(对应于10号染色体:73494028位，在家族性垂体瘤中)；
第2115位，R→H(对应于10号染色体:73553029位，在家族性垂体瘤中)；
第3138位，R→W(对应于10号染色体:73572268位，在家族性垂体瘤中)；
第3296位，D→N(对应于10号染色体:73574856位，在家族性垂体瘤中)；
第1283位，V→M(对应于10号染色体:73491875位，在散发垂体腺瘤中)；
第2743位，R→H(对应于10号染色体:73567083位，在散发垂体腺瘤中)；
第388位，V→M(对应于10号染色体:73405609位，在散发垂体腺瘤中)；
第2634位，E→Q(对应于10号染色体:73565590位，在散发垂体腺瘤中)；
第1684位，R→H(对应于10号染色体:73537642位，在散发垂体腺瘤中)；
第77位，F→L(对应于10号染色体:73269924位，在散发垂体腺瘤中)；
第173位，P→R(对应于10号染色体:73326587位，在散发垂体腺瘤中)；
第2276位，N→D(对应于10号染色体:73556974位，在散发垂体腺瘤中)；
第2672位，L→F(对应于10号染色体:73565704位，在散发垂体腺瘤中)；
第2768位，I→N(对应于10号染色体:73567158位，在散发垂体腺瘤中)；
第1088位，V→M(对应于10号染色体:73472463位，在散发垂体腺瘤中)；
第1327位，A→V(对应于10号染色体:73492008位，在散发垂体腺瘤中)；
第1133位，E→K(对应于10号染色体:73483829位，在散发垂体腺瘤中)；
第2581位，V→A(对应于10号染色体:73563047位，在散发垂体腺瘤中)；
第1555位，R→C(对应于10号染色体:73501496位，在散发垂体腺瘤中)；
其中，氨基酸位置编号基于野生型的人CDH23的氨基酸序列(登录号为XP_006718003.1)。
在本发明第四方面，提供了一种检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒，所述试剂盒包括检测CDH23基因、或其蛋白的检测试剂。
在另一优选例中，所述CDH23基因具有选自表A的一个或多个基因突变位点。
在另一优选例中，所述CDH23蛋白具有选自下组的一个或多个氨基酸残基突变：
第1379位，R→L(对应于10号染色体:73494028位，在家族性垂体瘤中)；
第2115位，R→H(对应于10号染色体:73553029位，在家族性垂体瘤中)；
第3138位，R→W(对应于10号染色体:73572268位，在家族性垂体瘤中)；
第3296位，D→N(对应于10号染色体:73574856位，在家族性垂体瘤中)；
第1283位，V→M(对应于10号染色体:73491875位，在散发垂体腺瘤中)；
第2743位，R→H(对应于10号染色体:73567083位，在散发垂体腺瘤中)；
第388位，V→M(对应于10号染色体:73405609位，在散发垂体腺瘤中)；
第2634位，E→Q(对应于10号染色体:73565590位，在散发垂体腺瘤中)；
第1684位，R→H(对应于10号染色体:73537642位，在散发垂体腺瘤中)；
第77位，F→L(对应于10号染色体:73269924位，在散发垂体腺瘤中)；
第173位，P→R(对应于10号染色体:73326587位，在散发垂体腺瘤中)；
第2276位，N→D(对应于10号染色体:73556974位，在散发垂体腺瘤中)；
第2672位，L→F(对应于10号染色体:73565704位，在散发垂体腺瘤中)；
第2768位，I→N(对应于10号染色体:73567158位，在散发垂体腺瘤中)；
第1088位，V→M(对应于10号染色体:73472463位，在散发垂体腺瘤中)；
第1327位，A→V(对应于10号染色体:73492008位，在散发垂体腺瘤中)；
第1133位，E→K(对应于10号染色体:73483829位，在散发垂体腺瘤中)；
第2581位，V→A(对应于10号染色体:73563047位，在散发垂体腺瘤中)；
第1555位，R→C(对应于10号染色体:73501496位，在散发垂体腺瘤中)；
其中，氨基酸位置编号基于野生型的人CDH23的氨基酸序列。
在另一优选例中，所述检测试剂选自下组：抗体、引物、探针、测序文库、核酸芯片(如DNA芯片)、蛋白质芯片、或其组合。
在另一优选例中，上述的引物选自引物对1-19中的一对或多对或全部。
在本发明第五方面，提供了一种检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒，所述试剂盒包括：
(a)CDH23基因、或其蛋白；和/或
(b)特异性扩增CDH23mRNA或CDH23cDNA的引物或引物对；
以及(c)标签或说明书；
其中，所述的组分(a)、(b)分别位于一个或多个不同的容器或位于同一容器中。
在另一优选例中，所述组分(a)可作为对照品或参照品。
在另一优选例中，所述标签或说明书注明所述试剂盒用于：
(i)检测垂体腺瘤和/或其易感性；
(ii)判断垂体腺瘤的亚型；和/或
(iii)辅助判断垂体腺瘤是否会进展为巨大侵袭性垂体瘤。
在本发明第六方面，提供了一种检测CDH23基因突变的方法，它包括步骤：
(a)提供一待测样本；
(b)对上述待测样本中的核酸进行检测，并与野生型CDH23序列进行比对，从而确定所述待测样本中的CDH23基因是否存在选自下组的一个或多个基因突变位点：
第4136位，G→T；
第6344位，G→A；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列(NG_008835.1)。
在另一优选例中，所述的待测样本为人的样本。
在另一优选例中，所述的检测包括对样本进行PCR扩增，并对扩增产物进行检测。
在另一优选例中，所述的“对扩增产物进行检测”包括探针杂交、测序、实时荧光PCR。
在另一优选例中，所述方法为非诊断性和非治疗性的。
在本发明的第七方面，提供了一种CDH23基因或其调节剂的用途，用于制备预防和/或治疗垂体腺瘤的药物。
在另一优选例中，所述调节剂包括拮抗剂和/或激活剂。
在另一优选例中，所述拮抗剂抑制所述基因的表达或抑制所述基因表达产物(蛋白)的活性。
在另一优选例中，所述激活剂促进所述基因的表达或提高所述基因表达产物(蛋白)的活性。
在另一优选例中，所述的各基因具有表1和表4中所示的突变位点。
在另一优选例中，所述调节剂包括：抗体、小分子化合物、核酸、多肽、或其组合。
应理解，在本发明范围内中，本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合，从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅，在此不再一一累述。
附图说明
图1显示了四个家族性垂体瘤CDH23突变位点的SANGER验证图谱，其中，MT—突变患者。WT—野生型的正常人。
图2显示了所有CDH23突变胞外段蛋白的位点。其中，最左侧为CDH23蛋白胞外段的EC结构域的序号，灰色表示每个结构域中的保守氨基酸片段，灰色带有黑色框表示每个结构域中与钙离子结合相关的保守氨基酸片段。蓝色标示散发垂体瘤的CDH23突变蛋白位点，可见突变位点均在保守碱基附近，红色表示家族性垂体瘤中CDH23突变的碱基位点。
图3显示了CDH23突变和非突变患者之间肿瘤大小的差异；
其中，左侧(蓝色)一列为野生型垂体瘤肿瘤直径，右侧一列(紫色)为CDH23突变肿瘤直径。两组肿瘤大小之间存在显著差异。
图4显示了家系1的家系图。
图5显示了家系2的家系图。
图6显示了家系3的家系图。
图7显示了家系4的家系图。
其中，图4至图7中，符号上方带水平短横线的标示接受过全面检查和外周血CDH23基因型检测的亲属，黑色表示携带CDH23突变的患病亲属，白色带黑点表示未患病的CDH23突变携带亲属，白色表示未患病未携带CDH23突变的亲属。
具体实施方式
本发明人通过广泛而深入的研究，意外地发现一类在垂体腺瘤患者体内特异的基因或其蛋白突变，即，CDH23基因或其蛋白的突变。实验结果表明，CDH23基因或其蛋白的突变与垂体腺瘤的易感性存在极其密切相关性，通过对CDH23基因或其蛋白的突变的检测能够诊断垂体腺瘤患者和/或其易感性。本发明还提供了此类突变的基因或其蛋白作为垂体腺瘤治疗靶点的应用。
针对CDH23基因进行特异性检测，能够鉴别检测对象是否对于垂体腺瘤有易感性，针对垂体瘤患者可以预测其肿瘤生长方式。具体地，本发明人发现，若待测对象外周血中CDH23基因全长或其部分片段序列与CDH23基因野生型全长序列或对应部分片段序列不完全一致(尤其是含有表1和表4的突变)，则待测对象对于垂体腺瘤易感性显著高于一般人群，且发生的垂体腺瘤往往较小；若待测对象外周血中CDH23基因全长或其部分片段序列与所述CDH23基因野生型全长序列或对应部分片段序列完全一致，则待测对象对于垂体腺瘤的易感性与一般人群相同。在此基础上，本发明人完成了本发明。
样品
本文中使用的术语“样品”或“样本”是指与受试者特异地相关联的材料，从其中可以确定、计算或推断出与受试者有关的特定信息。样品可以全部或部分由来自受试者的生物材料构成。样品也可以是以某种方式与受试者接触过的材料，这种接触方式使得对样品进行的测试可以提供与受试者有关的信息。样品也可以是已经与其它材料接触过的材料，这种其它材料不是受试者的，但是能够使第一材料随后被测试以确定与受试者有关的信息，例如样品可以是探针或解剖刀的清洗液。样品可以为接触受试者之外的生物材料源，只要本技术领域的专业人员仍然能够从样品确定与受试者有关的信息就行。
CDH23基因
CDH23是钙粘连家族蛋白中的一员。CDH23的生殖系突变会导致先天性耳聋，其机制已经十分明确。然而，CDH23突变在垂体瘤中尚无相关报道。
应理解，术语“CDH23基因”还包括各种天然存在的CDH23基因的变异形式。代表性的例子包括：因密码子的简并性而编码与野生型相同的CDH23蛋白的核苷酸序列，编码野生型CDH23蛋白的保守性变异多肽的核苷酸序列。此外，对于小鼠之外的其他哺乳动物时，该术语指CDH23基因在该哺乳动物中的同系物。
对于人而言，CDH23基因指人的CDH23基因，包括基因组序列基因和cDNA基因。野生型人的CDH23基因的登录号为NG_008835.1；野生型人CDH23蛋白的登录号为XP_006718003.1。
小鼠CDH23基因的登录号：JN957495.1；小鼠CDH23蛋白的登录号：XP_017169415.1。小鼠CDH23基因与人类CDH23基因的cDNA同源度为75％，氨基酸序列的同源度为93％。
基因突变
基因突变(DNA序列变异，gene mutation)是由于DNA分子中发生碱基对的增添、缺失或替换，而引起的基因结构的改变。
基因上发生基因突变的位点即为本文中的突变位点，在突变位点上可以发生碱基的增添、缺失或替换。
如“chr11:g.67051695A>C”表示在人第11号染色体上的g.67051695位点由A突变为了C。
“chr11:g.64577368_64577374(GCGGGTC)>-”表示在人第11号染色体上的g.64577368至64577374位点的GCGGGTC缺失。
“chr19:g.14938120->T”表示在人第19号染色体上的g.14938120位点增添了碱基T。
一类典型的基因突变是SNV，即单核苷酸变异，尤其是导致氨基酸突变的SNV。
单核苷酸变异(SNV)
单核苷酸变异是人类基因组中的DNA序列变异，在各种生物学和生物医学的应用中获得了越来越多的重要性。SNVs可以用来探索人类种群进化历史、分析法医样品，因此在遗传学中发挥重要作用。药物遗传学利用这些DNA变异来阐明构成不同药物功效或不良事件的基础遗传因素。
本发明涉及鉴定特定疾病的单核苷酸变异(SNVs)，其明确鉴定为与垂体腺瘤相关，因此，或者在疾病症状存在之前，可以对这些个体进行干预，例如饮食改变，锻炼和/或药物治疗。鉴定涉及垂体腺瘤的SNVs有助于更好的理解疾病过程，改善诊断试剂和治疗试剂。
如本文所用，术语“SNV”是指在个体群体之间不同的人类基因组中特定位置上的单核苷酸变异。在本发明中，SNV可以通过它的名称或通过位于特定序列的位置来确定。如SNV“[G/A]”表示在该序列的该位置的核苷酸碱基(或等位基因)可以是鸟嘌呤或腺嘌呤。
如本文所用，INDEL插入缺失标记，指的是两种亲本中在全基因组中的差异，相对另一个亲本而言，其中一个亲本的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。
如本文所用，本发明公开的核苷酸序列包括所述核苷酸序列的互补序列。另外，术语“SNV”包括在一组等位基因中的任何等位基因。
如本文所用，术语“等位基因”是指在定义SNV的核苷酸选择中特定的核苷酸。
如本文所用，术语“风险等位基因”是指与垂体腺瘤疾病关联的等位基因。
如本文所用，术语“单倍型”是指来自于两个或多个SNVs的具体等位基因的组合。
如本文所用，术语“风险状态单倍型”是指与垂体腺瘤疾病相关联的单倍型。
各具体基因及其所含的突变位点见表1和表4。如无特殊说明，本发明中基因位点编号依据人类基因组序列(UCSC)hg19版本。
含突变位点的多核苷酸
本发明还提供了含本发明所述突变位点的多核苷酸。在本发明的一个优选地实施方式中，本发明还提供了含有所述多核苷酸的载体、宿主细胞。
如本文所用，术语“多核苷酸”是指任何长度的核苷酸的多态式。多核苷酸可以含有脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、和/或它们的类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构，包括单链、双链和三螺旋分子结构，并且可以执行任何已知或未知的功能。如以下非限制性实施例：基因或基因片段、外显子、内含子、mRNA、tRNA、rRNA、siRNA、核酶、cDNA、重组多核苷酸、质粒、载体、分离的任何序列的DNA、分离的任何序列的RNA、核酸探针、引物。多核苷酸也可以包括经修饰的核酸分子，如甲基化核酸分子和核酸分子类似物。
在另一优选例中，所述的多核苷酸本身还可以包括检测所述多核苷酸的检测试剂，包括引物、探针、扩增产物、或质粒。
如本文所用，术语“基本分离的”或“分离的”多核苷酸是指基本没有天然的相关序列的多核苷酸。基本上没有是指至少50％、较优地至少70％、更优地至少80％或最优地至少90％不含其它天然相关物质。“分离的多核苷酸”还包括重组的多核苷酸。
如本文所用，术语“在严格条件下杂交”意在描述杂交条件，在该条件下，彼此至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％相同的核苷酸序列典型地彼此保持杂交。这些严格的条件是本领域技术人员已知的并且可以在Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley&Sons，N.Y(1989)中找到。严格杂交的一个非限制性实例是在约45℃下在6x氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中杂交，接着在0.2xSSC，0.1％SDS中在50-65℃下一次或多次洗涤。
如本文所用，术语“引物”是指在与模板配对，在DNA聚合酶的作用下能以其为起点进行合成与模板互补的DNA链的寡居核苷酸的总称。引物可以是天然的RNA、DNA，也可以是任何形式的天然核苷酸。引物甚至可以是非天然的核苷酸如LNA或ZNA等。引物“大致上”(或“基本上”)与模板上一条链上的一个特殊的序列互补。引物必须与模板上的一条链充分互补才能开始延伸，但引物的序列不必与模板的序列完全互补。比如，在一个3'端与模板互补的引物的5'端加上一段与模板不互补的序列，这样的引物仍大致上与模板互补。只要有足够长的引物能与模板充分的结合，非完全互补的引物也可以与模板形成引物-模板复合物，从而进行扩增。
如本文所用，术语“载体”是指可以携带插入的DNA并且可以为维持在宿主细胞中的DNA分子。载体也可以为克隆载体，克隆媒介物等。术语“载体”包括主要功能为将核酸分子插入到细胞中的载体，主要功能在于复制核酸的复制载体，和用于转录和/或翻译DNA或RNA的表达载体，还包括提供多余一种上述功能的载体。
如本文所用，术语“宿主细胞”是指单个细胞或细胞培养物，其可以是或已经是载体或核酸分子和/或蛋白质整合的接受体。宿主细胞包括单一宿主细胞的子代，并且由于天然的、随机的或有意突变，所述子代可能未必与亲代完全相同(在形态上或在总DNA互补序列上)。宿主细胞包括用本发明的多核苷酸转染的细胞。“分离的宿主细胞”是指已经与它来源的生物在物理上分离的宿主细胞。
宿主细胞可以是原核细胞，如细菌细胞；或是低等真核细胞，如酵母细胞；或是高等真核细胞，如哺乳动物细胞。代表性例子有：大肠杆菌，链霉菌属的细菌细胞；真菌细胞如酵母；植物细胞；昆虫细胞；动物细胞等。
用重组DNA转化宿主细胞可用本领域技术人员熟知的常规技术进行。当宿主为原核生物如大肠杆菌时，能吸收DNA的感受态细胞可在指数生长期后收获，用CaCl2法处理，所用的步骤在本领域众所周知。另一种方法是使用MgCl2。如果需要，转化也可用电穿孔的方法进行。当宿主是真核生物，可选用如下的DNA转染方法：磷酸钙共沉淀法，常规机械方法如显微注射、电穿孔、脂质体包装等。
试剂盒及其应用
本发明还包括可用于检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒，所述的试剂盒中可包括特异性扩增含突变位点的扩增产物的引物。更优选的，它还含有选自下组的试剂：(a)与突变位点结合的探针；(b)识别突变位点的限制性内切酶。
应理解，在本发明首次揭示了本发明突变位点与垂体腺瘤的相关性之后，本领域技术人员可以方便地设计出可特异性扩增出含所述突变位点的扩增产物，然后通过测序等方法确定是否存在这些突变位点。
通常，引物的长度为15-50bp，较佳地为20-30bp。虽然引物与模板序列完全互补是优选的，但是本领域技术人员知道，在引物与模板存在一定的不互补(尤其是引物的5'端)的情况下，也能够特异性地扩增(即仅扩增出所需的片段)。含有这些引物的试剂盒和使用这些引物的方法都在本发明范围之内，只要该引物扩增出的扩增产物含有本发明突变位点的对应位置。
虽然扩增产物的长度没有特别限制，但是通常扩增产物的长度为100-3000bp，较佳地为150-2000bp，更佳地为200-1000bp。
典型地，本发明的试剂盒包括：用于扩增CDH23基因部分片段的成套引物。
优选地，所述成套引物由引物对1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18和19组成；或者，所述成套引物由引物对1-19中任意的至少5对引物构成(如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18对)；其中，上述引物或引物对或其中各条引物均独立包装，各个引物对单独使用。此外，一对或多对引物对也可包装在一起，并且一起使用。
典型地，所述引物对1-19分别如下：
所述引物对1由SEQ ID No.:2和3所示的单链DNA分子组成；
所述引物对2由SEQ ID No.:4和5所示的单链DNA分子组成；
所述引物对3由SEQ ID No.:6和7所示的单链DNA分子组成；
所述引物对4由SEQ ID No.:8和9所示的单链DNA分子组成；
所述引物对5由SEQ ID No.:10和11所示的单链DNA分子组成；
所述引物对6由SEQ ID No.:12和13所示的单链DNA分子组成；
所述引物对7由SEQ ID No.:14和15所示的单链DNA分子组成；
所述引物对8由SEQ ID No.:16和17所示的单链DNA分子组成；
所述引物对9由SEQ ID No.:18和19所示的单链DNA分子组成；
所述引物对10由SEQ ID No.:20和21所示的单链DNA分子组成；
所述引物对11由SEQ ID No.:22和23所示的单链DNA分子组成；
所述引物对12由SEQ ID No.:24和25所示的单链DNA分子组成；
所述引物对13由SEQ ID No.:26和27所示的单链DNA分子组成；
所述引物对14由SEQ ID No.:28和29所示的单链DNA分子组成；
所述引物对15由SEQ ID No.:30和31所示的单链DNA分子组成；
所述引物对16由SEQ ID No.:32和33所示的单链DNA分子组成；
所述引物对17由SEQ ID No.:34和35所示的单链DNA分子组成；
所述引物对18由SEQ ID No.:36和37所示的单链DNA分子组成；
所述引物对19由SEQ ID No.:38和1所示的单链DNA分子组成。
在本发明中，典型的检测标准如下：
若待测对象外周血中DNA的CDH23基因全长或其部分片段序列与CDH23基因野生型全长序列或对应部分片段序列不完全一致(尤其是含有表1和表4的突变)，则待测对象为或候选为CDH23基因突变型；若待测对象外周血中CDH23基因全长或其部分片段序列与所述CDH23基因野生型全长序列或对应部分片段序列完全一致，则待测对象为或候选为CDH23基因野生型。
本发明的试剂盒可用于辅助检测待测垂体腺瘤患者的亲属是否易患垂体瘤或易感性。
本发明的试剂盒还可用于辅助检测(或辅助筛查)待测一般对象是否散发垂体腺瘤易感人群的试剂盒。
在另一优选例中，本发明的试剂盒还可用于辅助检测待测垂体腺瘤患者肿瘤是否为ACTH型。
本发明的实验证明，CDH23基因在家族性垂体瘤腺瘤中存在较高的突变频率，且带有CDH23突变的正常家属相比一般人更易患有垂体腺瘤。同时发现，CDH23基因突变的一般对象对于垂体腺瘤的易感性明显增高，且可能患有各亚型的垂体腺瘤。而正常未患垂体腺瘤的人群中CDH23基因突变概率几乎为0。垂体腺瘤患者可根据CDH23基因型进一步分型，即突变型(发生CDH23基因突变)和野生型(CDH23基因无突变)，前者平均体积偏小，侵袭度小；后组平均体积偏大，侵袭度大。可以通过检测CDH23基因是否突变判断垂体腺瘤的此两种亚型，也可以通过CDH23基因是否突变辅助判断垂体腺瘤是否会进展为巨大侵袭性垂体瘤，从而及时采取不同的临床治疗策略。
本发明的主要优点包括：
(1)本发明的首次揭示了与垂体腺瘤相关的CDH23基因的突变型；
(2)本发明公开的CDH23基因的突变型和垂体腺瘤之间具有非常高的关联性，因此可以用于垂体腺瘤和/或其易感性的诊断，为大样本筛查提供理论依据。
(3)本次发明首次发现CDH23突变的患者肿瘤较小，因此可以根据CDH23的基因型，指导垂体瘤患者临床选择保守用药还是开颅手术切除。
(4)本次发明首次在耳聋致病基因之一的CDH23与垂体腺瘤联系起来，为未来耳聋人群筛查是否需要包括垂体腺瘤MRI扫描提供依据。
下面结合具体实施例，进一步详陈本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明详细条件的实验方法，通常按照常规条件如美国Sambrook.J等著《分子克隆实验室指南》(黄培堂等译，北京：科学出版社，2002年)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明，否则百分比和份数按重量计算。以下实施例中所用的实验材料和试剂如无特别说明均可从市售渠道获得。
实施例1、CDH23基因是否突变在辅助鉴定垂体腺瘤家系中的应用
对12组家族性垂体腺瘤家系患者和同家族正常人进行外周血样本DNA抽提，进行全外显子测序对比分析(测序仪为Illumina Hiseq 2500)，结果在4家(4位患者)中出现CDH23基因突变，8家(8位患者)中CDH23基因为野生型；因此将家族性垂体腺瘤分为两种亚型：CDH23野生型垂体腺瘤和CDH23突变型垂体腺瘤。对于4家CDH23突变的垂体瘤家系中的其他家族成员(包括其余患者和正常亲属)，我们进行了Sanger验证，发现了4家共11名患者，均携带CDH23突变，且证实了CDH23突变与垂体瘤发病存在共分离现象(cosegregation)。以上突变均经过Sanger再次验证(图1)，确保真实可靠。4家CDH23突变的位点如表1和图2所示。
表1家族性垂体瘤中CDH23基因突变的突变位点
| 家系编号 | 垂体瘤亚型 | 染色体号 | 染色体位置 | 核苷酸改变 | 氨基酸改变 |
| 1 | 生长激素型 | chr10 | 73494028 | c.4136G>T | p.R1379L |
| 2 | 生长激素型 | chr10 | 73553029 | c.6344G>A | p.R2115H |
| 3 | 无功能型 | chr10 | 73572268 | c.9412C>T | p.R3138W |
| 4 | 无功能型 | chr10 | 73574856 | c.9886G>A | p.D3296N |
四家家系图如图4-图7所示，分别为家系1、家系2、家系3和家系4。从图4-图7可以看出，由于携带CDH23突变的未患病亲属均小于30岁(垂体腺瘤好发年龄为30岁以上)，因此，不排除将来垂体腺瘤发生的可能。
具体的检测方法如下：
首先根据CDH23基因设计用于扩增其的引物对，共4对引物对，每对引物对均能扩增CDH23基因部分片段，引物对具体序列如下：
引物对1：
1正向引物5'-gcaccaaaggcaatccagac-3'(SEQ ID NO.:2)
1反向引物5'-cacatgtacaagggaggggg-3'(SEQ ID NO.:3)
引物对2：
2正向引物5'-CCGGACAGAGGAAGTGACAT-3'(SEQ ID NO.:4)
2反向引物5'-TCTCATCCTAGCCCAACCTG-3'(SEQ ID NO.:5)
引物对3：
3正向引物5'-gcgcagctactcccttttcc-3'(SEQ ID NO.:6)
3反向引物5'-ctgtctggatggggttgagg-3'(SEQ ID NO.:7)
引物对4：
4正向引物5'-ggttcagccacatagccagt-3'(SEQ ID NO.:8)
4反向引物5'-ggggtctccatgatcacgtc-3'(SEQ ID NO.:9)
以上述4个家系中肿瘤患者肿瘤的基因组DNA为模板，分别用上述引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。
PCR扩增体系如表2所示：
表2
| 组分 | 终浓度 | 体积(μL) |
| ddWater | 6.4 | |
| 2X Taq PCR Master Mix | 1X | 10 |
| 正向引物 | 400nM | 0.8 |
| 反向引物 | 400nM | 0.8 |
| DNA | 1ng/μL | 2 |
| 合计 | 20 |
扩增程序如下表3所示。
表3
因此，可以通过CDH23基因是否发生突变检测或辅助检测待测垂体腺瘤患者是否为家族性垂体瘤，其亲属对于垂体腺瘤的易感性是否增高。
实施例2 CDH23基因是否突变在辅助检测待测对象为垂体腺瘤易感患者中的应用
在另外125例包含全7种亚型的散发垂体腺瘤中进行CDH23基因基因型检测，发现有15例肿瘤存在CDH23基因突变(12.0％)，存在于各个垂体瘤的各个亚型中，如表4和图2所示：
表4 CDH23基因突变的突变位点信息(散发垂体腺瘤)
| 垂体瘤亚型 | 染色体号 | 染色体位置 | 核苷酸改变 | 氨基酸改变 |
| TSH | chr10 | 73491875 | c.3847G>A | p.V1283M |
| TSH | chr10 | 73567083 | c.8228G>A | p.R2743H |
| LH/FSH | chr10 | 73405609 | c.1162G>A | p.V388M |
| PRL | chr10 | 73565590 | c.7900G>C | p.E2634Q |
| TSH | chr10 | 73537642 | c.5051G>A | p.R1684H |
| GH | chr10 | 73269924 | c.231C>A | p.F77L |
| PRL | chr10 | 73326587 | c.518C>G | p.P173R |
| PRL | chr10 | 73556974 | c.6826A>G | p.N2276D |
| ACTH | chr10 | 73565704 | c.8014C>T | p.L2672F |
| ACTH | chr10 | 73567158 | c.8303T>A | p.I2768N |
| ACTH | chr10 | 73472463 | c.3262G>A | p.V1088M |
| ACTH | chr10 | 73492008 | c.3980C>T | p.A1327V |
| GH+TSH | chr10 | 73483829 | c.3397G>A | p.E1133K |
| GH | chr10 | 73563047 | c.7742T>C | p.V2581A |
| NF | chr10 | 73501496 | c.4663C>T | p.R1555C |
具体的检测方法如下：
首先根据CDH23基因设计用于扩增其的引物对，共15对引物对，每对引物对均能扩增CDH23基因部分片段，引物对具体序列如下：
引物对5：
5正向引物5'-accacaggttttggcaggat-3'(SEQ ID NO.:10)
5反向引物5'-gccccatgtatatggccctg-3'(SEQ ID NO.:11)
引物对6：
6正向引物5'-ATGGTGGCCTGGTGAACTAC-3'(SEQ ID NO.:12)
6反向引物5'-GAAGCGGTACGTGATTTGGT-3'(SEQ ID NO.:13)
引物对7：
7正向引物5'-ttggagctgctctgggaaag-3'(SEQ ID NO.:14)
7反向引物5'-tcttctaccctaccctcgcc-3'(SEQ ID NO.:15)
引物对8：
8正向引物5'-gcacgtgtacgtgaccattg-3'(SEQ ID NO.:16)
8反向引物5'-tctaggggtggtaggtctgc-3'(SEQ ID NO.:17)
引物对9：
9正向引物5'-gtgatgatctgtggcctgct-3'(SEQ ID NO.:18)
9反向引物5'-gccacccattccaaccctaa-3'(SEQ ID NO.:19)
引物对10：
10正向引物5'-ggctcacccttgtacttgct-3'(SEQ ID NO.:20)
10反向引物5'-aatgccccgtcactctcttc-3'(SEQ ID NO.:21)
引物对11：
11正向引物5'-ccctgggaagggcagatttt-3'(SEQ ID NO.:22)
11反向引物5'-cctgggggttcagatcacac-3'(SEQ ID NO.:23)
引物对12：
12正向引物5'-aaacagggactggaagctcg-3'(SEQ ID NO.:24)
12反向引物5'-ctcctgcagtgtgaggtcag-3'(SEQ ID NO.:25)
引物对13：
13正向引物5'-cttgcaaaggctagggcaga-3'(SEQ ID NO.:26)
13反向引物5'-ctttccccacagcaccttcc-3'(SEQ ID NO.:27)
引物对14：
14正向引物5'-agcacagggcttatcatcacc-3'(SEQ ID NO.:28)
14反向引物5'-cctcaccgtgatggcgtcta-3'(SEQ ID NO.:29)
引物对15：
15正向引物5'-GTTGGGGAGGAGAGAAGAGG-3'(SEQ ID NO.:30)
15反向引物5'-CCCTAGGGACTTTCCAGGAG-3'(SEQ ID NO.:31)
引物对16：
16正向引物5'-CTACGGCAGGAGAAAGAGCA-3'(SEQ ID NO.:32)
16反向引物5'-CCCTAGGGACTTTCCAGGAG-3'(SEQ ID NO.:33)
引物对17：
17正向引物5'-CCCATAAGGCCTGGACAGTA-3'(SEQ ID NO.:34)
17反向引物5'-GGGCATATGTGGGTCATCTC-3'(SEQ ID NO.:35)
引物对18：
18正向引物5'-atgtggccttccttggacac-3'(SEQ ID NO.:36)
18反向引物5'-gaagccaagtttccccacct-3'(SEQ ID NO.:37)
引物对19：
19正向引物5'-ggtgctcacagaatgttcgc-3'(SEQ ID NO.:38)
19反向引物5'-tcttgttcccctcactcgga-3'(SEQ ID NO.:1)
以上述125例肿瘤患者肿瘤的基因组DNA为模板，分别用上述引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。
而在对于同一地区的260例正常人群对照中，仅发现2例(0.8％)带有CDH23突变的正常携带者。一般人群(正常)中的CDH23的突变频率与垂体腺瘤患者人群的突变频率(12％)中存在极其显著差异(P<0.0001)。
上述结果表明，CDH23突变携带者垂体腺瘤的发病率(或易感性)明显增高(与一般人群相比)。对于CDH23突变的筛查有助于早期预测垂体腺瘤的发生，可以辅助鉴定散发性垂体腺瘤易感人群。
实施例3 CDH23基因与垂体腺瘤肿瘤特性的相关性分析
在实施例1和实施例2中，总共有145例患者(125例散发垂体瘤患者和20名家族性垂体瘤患者)，其中CDH23突变型共27例，野生型118例。在27例突变型患者中，肿瘤直径中位数为19.0mm，四分位数：10.0-27.0mm，5例呈侵袭性(18.52％)；在剩余的118例野生型患者中，肿瘤直径中位数29.0mm，四分位数：16.0-40.0mm，72例呈侵袭性(61.02％)。肿瘤直径和侵袭性在CDH23突变型和野生型之间存在显著差异(图3)。
因此，可以通过CDH23基因是否发生突变检测或辅助检测待测垂体腺瘤患者肿瘤生长是否呈侵袭性，预测肿瘤发展规律：
若所述待测垂体腺瘤患者外周血中CDH23基因全长或其部分片段序列与CDH23基因野生型全长序列或对应部分片段序列不完全一致，则待测垂体腺瘤患者肿瘤为或候选为非侵袭性垂体腺瘤，生长较为缓慢；若所述待测垂体腺瘤患者外周血中CDH23基因全长或其部分片段序列与所述CDH23基因野生型全长序列或对应部分片段序列完全一致，则待测垂体腺瘤患者肿瘤为或候选为侵袭型垂体腺瘤，肿瘤倾向于形成巨大垂体腺瘤；据此，可以根据CDH23突变型调整患者的随访频率，对于野生型患者应该加强随访，防止肿瘤发展为侵袭性巨腺瘤。
实施例4垂体腺瘤检测试剂盒
基于本发明的突变位点与垂体腺瘤之间的相关性，使用本领域的常规方法设计了针对上表1和表4中突变位点的引物，以病人的血液样本的DNA为模板进行扩增并检测。所制备的检测试剂盒中含有上述引物，以及PCR反应液。
设计了针对CDH23基因的数十对引物，经过筛选，最终获得的特异性好，扩增效率高的引物对如下：
引物对1：
1正向引物5'-gcaccaaaggcaatccagac-3'(SEQ ID NO.:2)
1反向引物5'-cacatgtacaagggaggggg-3'(SEQ ID NO.:3)
引物对2：
2正向引物5'-CCGGACAGAGGAAGTGACAT-3'(SEQ ID NO.:4)
2反向引物5'-TCTCATCCTAGCCCAACCTG-3'(SEQ ID NO.:5)
引物对3：
3正向引物5'-gcgcagctactcccttttcc-3'(SEQ ID NO.:6)
3反向引物5'-ctgtctggatggggttgagg-3'(SEQ ID NO.:7)
引物对4：
4正向引物5'-ggttcagccacatagccagt-3'(SEQ ID NO.:8)
4反向引物5'-ggggtctccatgatcacgtc-3'(SEQ ID NO.:9)
引物对5：
5正向引物5'-accacaggttttggcaggat-3'(SEQ ID NO.:10)
5反向引物5'-gccccatgtatatggccctg-3'(SEQ ID NO.:11)
引物对6：
6正向引物5'-ATGGTGGCCTGGTGAACTAC-3'(SEQ ID NO.:12)
6反向引物5'-GAAGCGGTACGTGATTTGGT-3'(SEQ ID NO.:13)
引物对7：
7正向引物5'-ttggagctgctctgggaaag-3'(SEQ ID NO.:14)
7反向引物5'-tcttctaccctaccctcgcc-3'(SEQ ID NO.:15)
引物对8：
8正向引物5'-gcacgtgtacgtgaccattg-3'(SEQ ID NO.:16)
8反向引物5'-tctaggggtggtaggtctgc-3'(SEQ ID NO.:17)
引物对9：
9正向引物5'-gtgatgatctgtggcctgct-3'(SEQ ID NO.:18)
9反向引物5'-gccacccattccaaccctaa-3'(SEQ ID NO.:19)
引物对10：
10正向引物5'-ggctcacccttgtacttgct-3'(SEQ ID NO.:20)
10反向引物5'-aatgccccgtcactctcttc-3'(SEQ ID NO.:21)
引物对11：
11正向引物5'-ccctgggaagggcagatttt-3'(SEQ ID NO.:22)
11反向引物5'-cctgggggttcagatcacac-3'(SEQ ID NO.:23)
引物对12：
12正向引物5'-aaacagggactggaagctcg-3'(SEQ ID NO.:24)
12反向引物5'-ctcctgcagtgtgaggtcag-3'(SEQ ID NO.:25)
引物对13：
13正向引物5'-cttgcaaaggctagggcaga-3'(SEQ ID NO.:26)
13反向引物5'-ctttccccacagcaccttcc-3'(SEQ ID NO.:27)
引物对14：
14正向引物5'-agcacagggcttatcatcacc-3'(SEQ ID NO.:28)
14反向引物5'-cctcaccgtgatggcgtcta-3'(SEQ ID NO.:29)
引物对15：
15正向引物5'-GTTGGGGAGGAGAGAAGAGG-3'(SEQ ID NO.:30)
15反向引物5'-CCCTAGGGACTTTCCAGGAG-3'(SEQ ID NO.:31)
引物对16：
16正向引物5'-CTACGGCAGGAGAAAGAGCA-3'(SEQ ID NO.:32)
16反向引物5'-CCCTAGGGACTTTCCAGGAG-3'(SEQ ID NO.:33)
引物对17：
17正向引物5'-CCCATAAGGCCTGGACAGTA-3'(SEQ ID NO.:34)
17反向引物5'-GGGCATATGTGGGTCATCTC-3'(SEQ ID NO.:35)
引物对18：
18正向引物5'-atgtggccttccttggacac-3'(SEQ ID NO.:36)
18反向引物5'-gaagccaagtttccccacct-3'(SEQ ID NO.:37)
引物对19：
19正向引物5'-ggtgctcacagaatgttcgc-3'(SEQ ID NO.:38)
19反向引物5'-tcttgttcccctcactcgga-3'(SEQ ID NO.:1)
实施例5垂体腺瘤易感性辅助检测
采用实施例4中的试剂盒，随机取100例已知患有垂体腺瘤的患者样本，以及200例未知的样本(一般人群)。将两组样本混合，并利用随机双盲的方法，检测所有样本中突变位点的存在情况，并将其与已知患有疾病的样本进行结果比对。
检测结果显示有14例样本含有本发明突变位点(表1和表4)，而其中13例为来自于上述100例已知患有垂体腺瘤的对象。
由此可见，本发明的突变位点与垂体腺瘤有着非常强烈的相关性，而采用该突变位点可以对垂体腺瘤或其易感性进行有效的诊断、预测和评估。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
序列表
<110> 复旦大学附属华山医院
上海交通大学
<120> CDH23基因突变在垂体腺瘤分子诊断中的应用
<130> P2016-1928
<160> 38
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
tcttgttccc ctcactcgga 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
gcaccaaagg caatccagac 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
cacatgtaca agggaggggg 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
ccggacagag gaagtgacat 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 5
tctcatccta gcccaacctg 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 6
gcgcagctac tcccttttcc 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
ctgtctggat ggggttgagg 20
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ggttcagcca catagccagt 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
ggggtctcca tgatcacgtc 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 10
accacaggtt ttggcaggat 20
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
gccccatgta tatggccctg 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
atggtggcct ggtgaactac 20
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
gaagcggtac gtgatttggt 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
ttggagctgc tctgggaaag 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
tcttctaccc taccctcgcc 20
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
gcacgtgtac gtgaccattg 20
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
tctaggggtg gtaggtctgc 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
gtgatgatct gtggcctgct 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
gccacccatt ccaaccctaa 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 20
ggctcaccct tgtacttgct 20
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
aatgccccgt cactctcttc 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 22
ccctgggaag ggcagatttt 20
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
cctgggggtt cagatcacac 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
aaacagggac tggaagctcg 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
ctcctgcagt gtgaggtcag 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
cttgcaaagg ctagggcaga 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
ctttccccac agcaccttcc 20
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
agcacagggc ttatcatcac c 21
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
cctcaccgtg atggcgtcta 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
gttggggagg agagaagagg 20
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
ccctagggac tttccaggag 20
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
ctacggcagg agaaagagca 20
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
ccctagggac tttccaggag 20
<210> 34
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
cccataaggc ctggacagta 20
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
gggcatatgt gggtcatctc 20
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
atgtggcctt ccttggacac 20
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
gaagccaagt ttccccacct 20
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 38
ggtgctcaca gaatgttcgc 20
Claims (10)
1.一种检测CDH23基因突变位点的试剂在制备用于检测垂体腺瘤和/或其易感性的检测试剂中的用途；
其中所述CDH23基因突变位点为：
第4136位，G→T；
第6344位，G→A；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列。
2.一种检测CDH23基因突变位点的试剂在制备用于检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒中的用途；
其中所述CDH23基因突变位点为：
第4136位，G→T；
第6344位，G→A；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列。
3.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述垂体腺瘤选自下组：家族性垂体腺瘤、散发垂体腺瘤或其组合。
4.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述检测试剂选自下组：引物、探针、测序文库、核酸芯片、或其组合。
5.如权利要求2所述的用途，其特征在于，所述试剂盒含有一种或多种选自下组的试剂：
(a) 针对CDH23基因的所述基因突变位点的特异性引物；
(b) 用于检测所述基因突变位点的特异性探针；
(c) 用于检测所述基因突变位点的芯片。
6.一种检测分离的含突变位点的多核苷酸的试剂在制备用于检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂中的用途，其中，所述的突变位点为：
第4136位，G→T；
第6344位，G→A；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列。
7.一种检测分离的含突变位点的多核苷酸的试剂在制备用于检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒中的用途，其中，所述的突变位点为：
第4136位，G→T；
第6344位，G→A；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列。
8.一种检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括检测CDH23基因的突变位点的检测试剂，
所述CDH23基因的突变位点为：
第4136位，G→T；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列。
9.一种检测垂体腺瘤和/或其易感性的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：
(a) CDH23基因；和/或
(b)特异性扩增CDH23mRNA或CDH23cDNA的引物；
以及(c)标签或说明书；
其中，所述的组分(a)、(b)分别位于不同的容器或位于同一容器中；
所述CDH23基因的突变位点为：
第4136位，G→T；
第9412位，C→T；
第9886位，G→A；
第3847位，G→A；
第8228位，G→A；
第1162位，G→A；
第7900位，G→C；
第5051位，G→A；
第231位，C→A；
第518位，C→G；
第6826位，A→G；
第8014位，C→T；
第8303位，T→A；
第3262位，G→A；
第3980位，C→T；
第3397位，G→A；
第7742位，T→C；
第4663位，C→T；
其中，核苷酸位置编号基于野生型人CDH23基因序列。
10.一种非诊断性和非治疗性地检测CDH23基因突变的方法，其特征在于，包括步骤：
(a) 提供一待测样本；
(b) 用权利要求8所述的试剂盒对上述待测样本中的核酸进行检测，并与野生型CDH23序列进行比对，从而确定所述待测样本中的CDH23基因是否存在所述基因突变位点。
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|---|---|---|---|---|
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Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102137929A (zh) * | 2008-06-30 | 2011-07-27 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 用放射性同位素标记物标记的抗cdh3抗体及其用途 |
| CN102732616A (zh) * | 2012-05-29 | 2012-10-17 | 王秋菊 | 检测CDH23基因c.403C>T突变的试剂盒 |
-
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Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102137929A (zh) * | 2008-06-30 | 2011-07-27 | 肿瘤疗法科学股份有限公司 | 用放射性同位素标记物标记的抗cdh3抗体及其用途 |
| CN102732616A (zh) * | 2012-05-29 | 2012-10-17 | 王秋菊 | 检测CDH23基因c.403C>T突变的试剂盒 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| ss1337975289;PHASE3_V1_50651370;《dbSNP》;20140816;全文 * |
| Sustained cadherin 23 expression in young and adult cochlea of normal and hearing-impaired mice;Agnieszka K. Rzadzinska et,al.;《Hear Res.》;20051231;第208卷(第1-2期);第114-121页 * |
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| GR01 | Patent grant | ||
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