CN106868182A - 特异引物对及其在检测水稻对白叶枯病抗性中的应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种特异引物对及其在检测水稻对白叶枯病抗性中的应用。本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的方法，包括如下步骤：检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型，如果所述特异SNP位点的基因型为AA基因型、待测水稻为或候选为抗白叶枯病的水稻，如果所述特异SNP位点的基因型为GG基因型、待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻；所述特异SNP位点为水稻基因组中序列表的序列1自5’末端第68位核苷酸。本发明建立的检测方法可用于预测水稻对白叶枯病的抗性，在发掘抗白叶枯病水稻种质资源和选育抗白叶枯病水稻品种的研究中具有重要的应用价值。

Description

特异引物对及其在检测水稻对白叶枯病抗性中的应用
技术领域
本发明涉及一种特异引物对及其在检测水稻对白叶枯病抗性中的应用。
背景技术
水稻是我国重要的粮食作物之一，目前我国65％以上的人口以此作为主食。随着人口与经济的快速增长，粮食生产面临着巨大的挑战。由黄单胞杆菌水稻变种(Xanthomonas oryzaepv.oryzae，Xoo)引起的白叶枯病是水稻生产中一种毁灭性的细菌病害。该病在我国华南、华中和华东以及亚洲其他东南亚稻区，经常暴发成灾，是水稻高产、稳产的重要限制因子之一。长期以来，选育和种植抗病品种在防治白叶枯病害中起到了重要作用。开发检测水稻白叶枯病抗性的分子标记，对于筛选抗白叶枯病的水稻种质资源以及在育种过程中鉴定抗白叶枯病单株的研究中具有重要的应用价值。
发明内容
本发明的目的是提供一种特异引物对及其在检测水稻对白叶枯病抗性中的应用。
本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的方法，包括如下步骤：检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型，如果所述特异SNP位点的基因型为AA基因型、待测水稻为或候选为抗白叶枯病的水稻，如果所述特异SNP位点的基因型为GG基因型、待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻。
所述“检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型”的实现方法，为方法A或方法B。
所述方法A包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行测序。
所述方法B包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，将扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切，如果酶切产物中具有213-233bp的DNA片段且不具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为AA，如果酶切产物中具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段且不具有213-233bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为GG。
本发明还保护一种鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的方法，所述方法C或方法D。
所述方法C包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，将扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切，如果酶切产物中具有213-233bp的DNA片段且不具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段、待测水稻为抗白叶枯病水稻，如果酶切产物中具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段且不具有213-233bp的DNA片段、待测水稻为感白叶枯病水稻。
所述方法D包括如下步骤：检测待测水稻基因组DNA中是否含有特异DNA片段甲或特异DNA片段乙，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段甲、待测水稻为抗白叶枯病水稻，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段乙、待测水稻为感白叶枯病水稻。
所述特异DNA片段甲为序列表的序列4所示的DNA分子。
所示特异DNA片段乙为序列表的序列5所示的DNA分子。
本发明还保护一种检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型的方法，方法E或方法F。
所述方法E包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行测序。
所述方法F包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，将扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切如果酶切产物中具有213-233bp的DNA片段且不具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为AA，如果酶切产物中具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段且不具有213-233bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为GG。
以上任一所述引物F1为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子。
以上任一所述引物R1为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代且与序列3具有相同功能的DNA分子。
以上任一所述特异SNP位点为水稻基因组中序列表的序列1自5’末端第68位核苷酸。
以上任一所述213-233bp的DNA片段具体可为223bp的DNA片段。
以上任一所述112-132bp的DNA片段具体可为122bp的DNA片段。
以上任一所述91-111bp的DNA片段具体可为101bp的DNA片段。
本发明还保护一种特异引物对，由引物F1和引物R1组成；
所述引物F1为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R1为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代且与序列3具有相同功能的DNA分子。
本发明还保护所述特异引物对的应用，为如下(b1)-(b6)中的至少一种：
(b1)鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性；
(b2)筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻；
(b3)筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻；
(b4)制备用于鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的试剂盒；
(b5)制备用于筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻的试剂盒；
(b6)制备用于筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻的试剂盒。
本发明还保护含有所述特异引物对的试剂盒；所述试剂盒的应用为如下(c1)-(c3)中的至少一种：
(c1)鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性；
(c2)筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻；
(c3)筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻。
本发明还保护一种特异DNA分子，如序列表的序列1所示。
本发明还保护所述特异DNA分子的应用，为如下(d1)-(d3)中的至少一种：
(d1)鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性；
(d2)筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻；
(d3)筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻。
本发明还保护以上任一所述方法或所述特异引物对或所述试剂盒或所述特异DNA分子在水稻育种中的应用。
所述育种的目的为培育抗白叶枯病的水稻或培育感白叶枯病的水稻。
抗白叶枯病的水稻具体可为抗病性试验中叶片病斑长度小于等于6cm的水稻。
感白叶枯病的水稻具体可为抗病性试验中叶片病斑长度大于20cm的水稻。
所述抗病性试验为：将白叶枯病菌株的菌悬液接种至待测水稻分蘖盛期时的叶片中，培养待测水稻一段时间后测量叶片病斑长度(每个叶片沿叶脉有一个病斑)。
所述白叶枯病菌株具体可为菌株GD1358。
所述菌悬液的浓度具体可为108cfu/mL。
所述菌悬液的制备方法具体可为：将菌株GD1358接种于PSA固体培养基上，28℃静置培养48h，用无菌水将菌落洗脱，制备得到菌悬液。
所述“将白叶枯病菌株的菌悬液接种至待测水稻叶片”的方法具体可为人工剪叶法。
所述人工剪叶法具体可参照参考文献“Kauffman H E，Reddy A P K，Hsieh S P ，et al.A improved technique for evaluation of resistance of rice varieties toXanthomonasoryzea[J].Plant Dis Rep，1973，57：537-541”。
所述“培养待测水稻一段时间”具体可为培养待测水稻21天。
以上任一所述待测水稻具体可为如下水稻材料中的任意一种：CANLUBANG：：IRGC69816-1、VARIRANGAHY：：IRGC 69897-1、TUPA：：IRGC 29432-1、RACION 1：：IRGC 11340-1、PADI ADONG DUMARAT：：IRGC 14356-1、NAKPUI：：IRGC 67594-1、MESTRE、IKOGAN：：IRGC19412-1、GASMAL 339：：IRGC 29333-1、PINIDWA QAN QIPUGO QELEK：：IRGC 23360-1、BANBONG：：IRGC 94565-1、GOGOWIERIE：：IRGC 14791-1、SLOBOK：：IRGC 16571-1、CI 7061：：IRGC 968-1、HE GU TSAO、MADISA：：IRGC 27568-1、GRAAL、SAN CHIAO TSWEN、SHAN GU：：IRGC 59870-1、KITRANA 1007：：IRGC 68517-1、TSIMATAHOPAOSA：：IRGC 69884-1、TAICHUNGSEN YU 214：：IRGC 38899-1、RANRUWAN：：IRGC 36360-1、LALI GURMATIA：：IRGC 70854-1、19：：IRGC 70786-1、BAI MI ZAI 7：：IRGC 71940-1、CHANG LE SAN SHU ZAO、MACANBINUNDOK：：IRGC 8245-1、ARC 10905：：IRGC 12669-1、HENG YE ZAO：：IRGC 72092-1、ADUKKAN：：IRGC 81783-1、KODIA PHUL：：IRGC 52168-1、BEGUM、SANGHAI、SSANGDUJO、T 21：：IRGC 8892-1、AUS 84：：IRGC 28947-2。
以上所述待测水稻为以如下水稻材料中的任意一种或两种为亲本得到的后代：CANLUBANG：：IRGC 69816-1、VARIRANGAHY：：IRGC 69897-1、TUPA：：IRGC 29432-1、RACION1：：IRGC 11340-1、PADI ADONG DUMARAT：：IRGC 14356-1、NAKPUI：：IRGC 67594-1、MESTRE、IKOGAN：：IRGC 19412-1、GASMAL 339：：IRGC 29333-1、PINIDWA QAN QIPUGO QELEK：：IRGC23360-1、BAN BONG：：IRGC 94565-1、GOGOWIERIE：：IRGC 14791-1、SLOBOK：：IRGC 16571-1、CI 7061：：IRGC 968-1、HE GU TSAO、MADISA：：IRGC 27568-1、GRAAL、SAN CHIAO TSWEN、SHAN GU：：IRGC 59870-1、KITRANA 1007：：IRGC 68517-1、TSIMATAHOPAOSA：：IRGC 69884-1、TAICHUNG SEN YU 214：：IRGC 38899-1、RANRUWAN：：IRGC 36360-1、LALI GURMATIA：：IRGC 70854-1、19：：IRGC 70786-1、BAI MI ZAI 7：：IRGC 71940-1、CHANG LE SAN SHUZAO、MACAN BINUNDOK：：IRGC 8245-1、ARC 10905：：IRGC 12669-1、HENG YE ZAO：：IRGC72092-1、ADUKKAN：：IRGC 81783-1、KODIA PHUL：：IRGC 52168-1、BEGUM、SANGHAI、SSANGDUJO、T 21：：IRGC 8892-1、AUS 84：：IRGC 28947-2。
以上任一所述引物F1和引物R1均以引物溶液形式加入至PCR反应体系中，各条引物在引物溶液中的初始浓度均为10μM。
以上任一所述PCR扩增的反应体系具体可为：模板DNA 1.0μL(50ng)，引物F10.4μL，引物R10.4μL，2×EasyTaq Mix10.0μL和ddH2O8.2μL。
以上任一所述所述PCR扩增的反应程序具体可为：95℃预变性5min；95℃30s，55℃30s，72℃45s，35个循环；72℃延伸10min。
以上任一所述酶切的反应体系具体可为：PCR扩增产物10μL，10×NEB buffer2.5μL，ScrFI限制性内切酶2.0μL，ddH2O10.5μL。
以上任一所述酶切的反应条件具体可为37℃酶切60min。
以上任一所述白叶枯病具体可为由菌株GD1358引起的白叶枯病。
本发明提供了一种特异引物对，还提供了利用特异引物对检测水稻对白叶枯病抗性的方法。本发明建立的检测方法可用于预测水稻对白叶枯病的抗性，在发掘抗白叶枯病水稻种质资源和选育抗白叶枯病水稻品种的研究中具有重要的应用价值。
附图说明
图1为37份水稻材料基因组DNA的PCR扩增产物酶切电泳检测结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
以下实施例中，各条引物均以引物溶液形式加入至PCR反应体系中，各条引物在引物溶液中的初始浓度均为10μM。
以下实施例中的水稻材料均已经在参考文献：3K RGP.The 3,000rice genomesproject[J].Gigascience，2014，3：7.中公开记载；公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
菌株GD1358：参考文献：方中达，许志刚，过崇俭，等.中国水稻白叶枯病菌致病型的研究[J].植物病理学报，1990(2)：81-88.；菌株GD1358在参考文献中的名称为“粤1358”；公众可以从中国农业科学院作物科学研究所获得。
2×EasyTaq Mix：北京全式金生物技术有限公司，货号：AS111-02。
10×NEB buffer：NEB公司，货号：R0110S。
实施例1、特异SNP位点及引物设计
1、从已测序(平均深度14×)的全球水稻核心种质资源(3K RGP.The 3,000ricegenomes project[J].Gigascience，2014，3：7.)中选取576份水稻品种作为实验材料；针对576份水稻品种进行全基因组关联分析，发现一个与水稻对白叶枯病抗性相关的SNP位点。SNP位点及其附近的核苷酸如序列表的序列1所示，其中第68位核苷酸为SNP位点，为A/G多态。
2、针对步骤1的SNP位点设计了用于检测水稻对白叶枯病抗性的一对引物(5’→3’)：
F1(序列表的序列2)：GTGCGTCACTGCCCTAGATT；
R1(序列表的序列3)：AAGCCTCGTGAGGTTCCCTA。
实施例2、水稻对白叶枯病抗性检测方法建立
提取待测水稻的基因组DNA，以基因组DNA为模板，采用实施例1设计的引物对进行PCR扩增，将PCR扩增产物用ScrFI限制性内切酶37℃酶切60min。如果酶切产物中只具有223bp的DNA片段、待测水稻为抗白叶枯病水稻，如果酶切产物中只具有122bp的DNA片段和101bp的DNA片段、待测水稻为感白叶枯病水稻。
PCR扩增体系(20μL)：模板DNA 1.0μL(含50ng DNA)，引物F10.4μL，引物R10.4μL，2×EasyTaq Mix10.0μL和ddH2O8.2μL。
PCR扩增反应程序：95℃预变性5min；95℃30s，55℃30s，72℃45s，35个循环；72℃延伸10min。
酶切反应体系(25μL)：PCR扩增产物10μL，10×NEB buffer 2.5μL，ScrFI限制性内切酶2.0μL，ddH2O 10.5μL。
实施例3、水稻对白叶枯病抗性方法鉴定
1、将菌株GD1358接种于PSA固体培养基上，28℃静置培养48h，用无菌水将菌落洗脱，制备得到浓度为108cfu/mL的菌悬液。
2、选择表1中的37份水稻材料作为实验材料，将待测水稻的种子播于装有淋过土壤杀菌剂的营养土壤的育秧盘中，在温室中培养约25天后移栽至网室中进行种植，每个品种设置3次重复，每个重复种植2行，每行移栽6株。
3、在步骤2水稻植株的分蘖盛期时，取步骤1得到的菌悬液，采用人工剪叶法(方法参照文献：Kauffman H E，Reddy AP K，Hsieh S P Y，et al.A improved technique forevaluation ofresistance ofrice varieties to Xanthomonasoryzea[J].Plant DisRep，1973，57：537-541)对水稻植株进行人工接种，每株接种5-6张叶片。
4、完成步骤3后继续培养21天，21天后测量各植株叶片的病斑长度，每个叶片沿叶脉有一个病斑，每个植株测量3张接种叶片的病斑长度，每个重复调查6株，病斑长度取平均值。病斑长度小于等于6cm的为抗白叶枯病水稻，病斑长度大于20cm的为感白叶枯病水稻。
结果见表1。37份水稻材料中，13份为抗白叶枯病材料，24份为感白叶枯病材料。
表1水稻种质资源接种白叶枯病菌GD1358后的叶片病斑长度
5、分别提取表1中编号1-37号水稻的基因组DNA，以基因组DNA为模板，采用实施例1设计的引物对进行PCR扩增，将扩增产物测序，结果表明，编号为1-13的抗病水稻的扩增产物均为213-233bp，其中均含有序列4所示的166bp碱基(第68位碱基均为A)。编号为14-37的抗病水稻的扩增产物均为213-233bp，其中均含有序列5所示的166bp碱基(第68位碱基均为G)。
6、分别提取表1中编号1-37号水稻的基因组DNA，按照实施例2的方法进行检测。结果如图1所示。图1中，M为DNA maker，泳道1-37分别对应表1中编号1-37的水稻品种。泳道1-13均得到一个条带(条带甲)，条带甲经测序均为223bp，泳道14-37均得到两个条带(条带乙和条带丙)，条带乙经测序均为101bp，条带丙经测序均为122bp。
上述结果表明，13份抗白叶枯病水稻SNP位点的基因型均为AA，且基因组DNA采用引物F1和引物R1进行PCR扩增的扩增产物经ScrFI限制性内切酶酶切后的产物中均含有223bp的条带甲；24份感白叶枯病水稻SNP位点的基因型为GG，且基因组DNA采用引物F1和引物R1进行PCR扩增的扩增产物经ScrFI限制性内切酶酶切后的产物中均含有101bp条带乙和122bp的条带丙。
实施例4、敏感性
待测水稻为：表1中编号1的CANLUBANG：：IRGC 69816-1水稻和编号36的T21：：IRGC8892-1水稻。
1、提取待测水稻的基因组DNA。
2、用ddH2O稀释步骤1得到的DNA溶液，得到各个稀释液。
3、将步骤2得到的稀释液作为模板，采用实施例1制备的引物对进行PCR扩增。
PCR扩增体系(20μL)：模板DNA1.0μL，引物F10.4μL，引物R10.4μL，2×EasyTaqMix10μL和ddH2O8.2μL。
PCR扩增反应程序：95℃预变性5min；95℃30S，55℃30S，72℃45S，35个循环；72℃延伸10min。
由于采用的稀释液的稀释度不同，形成如下不同的反应体系：
反应体系1中，水稻基因组DNA的初始含量为300ng；
反应体系2中，水稻基因组DNA的初始含量为200ng；
反应体系3中，水稻基因组DNA的初始含量为150ng；
反应体系4中，水稻基因组DNA的初始含量为100ng；
反应体系5中，水稻基因组DNA的初始含量为50ng。
4、将步骤2的扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切，酶切产物用8％的琼脂糖凝胶进行电泳分析。
酶切反应体系(25μL)：PCR扩增产物10μμL，酶切buffer 2.5μL，ScrFI限制性内切酶2.0μL，ddH2O10.5μL。
结果：采用反应体系1-5扩增编号1的CANLUBANG：：IRGC 69816-1水稻基因组DNA，PCR产物经ScrFI酶切后，均能形成223bp的特征条带；采用反应体系1-5扩增编号36的T21：：IRGC 8892-1水稻基因组DNA，PCR产物经ScrFI酶切后，均能形成122bp和101bp的两条特征条带。结果表明，当待测水稻基因组DNA含量低至50ng时，采用实施例2建立的检测方法依然能够检测出水稻对白叶枯病的抗性。
<110> 中国农业科学院作物科学研究所
中国农业科学院深圳生物育种创新研究院
<120> 特异引物对及其在检测水稻对白叶枯病抗性中的应用
<160> 5
<210> 1
<211> 166
<212> DNA
<213> 水稻（Oryza sativa）
<220>
<221> misc_feature
<222> (68)..(68)
<223> r is a or g
<400> 1
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<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223>
<400> 2
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<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
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<211> 166
<212> DNA
<213> 水稻（Oryza sativa）
<400> 4
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<210> 5
<211> 166
<212> DNA
<213> 水稻（Oryza sativa）
<400> 5
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Claims (10)

1.一种鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的方法，包括如下步骤：检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型，如果所述特异SNP位点的基因型为AA基因型、待测水稻为或候选为抗白叶枯病的水稻，如果所述特异SNP位点的基因型为GG基因型、待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻；
所述特异SNP位点为水稻基因组中序列表的序列1自5’末端第68位核苷酸。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述“检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型”的实现方法，为方法A或方法B；
所述方法A包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行测序；
所述方法B包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，将扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切，如果酶切产物中具有213-233bp的DNA片段且不具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为AA，如果酶切产物中具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段且不具有213-233bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为GG；
所述引物F1为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R1为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代且与序列3具有相同功能的DNA分子。
3.一种鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的方法，所述方法C或方法D；
所述方法C包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，将扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切，如果酶切产物中具有213-233bp的DNA片段且不具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段、待测水稻为抗白叶枯病水稻，如果酶切产物中具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段且不具有213-233bp的DNA片段、待测水稻为感白叶枯病水稻；
所述引物F1为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R1为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代且与序列3具有相同功能的DNA分子；
所述方法D包括如下步骤：检测待测水稻基因组DNA中是否含有特异DNA片段甲或特异DNA片段乙，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段甲、待测水稻为抗白叶枯病水稻，如果所述基因组DNA中含有特异DNA片段乙、待测水稻为感白叶枯病水稻；
所述特异DNA片段甲为序列表的序列4所示的DNA分子；
所示特异DNA片段乙为序列表的序列5所示的DNA分子。
4.一种检测待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型的方法，方法E或方法F；
所述方法E包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行测序；
所述方法F包括如下步骤：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩增，将扩增产物用ScrFI限制性内切酶进行酶切如果酶切产物中具有213-233bp的DNA片段且不具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为AA，如果酶切产物中具有112-132bp的DNA片段和91-111bp的DNA片段且不具有213-233bp的DNA片段、待测水稻的基因组DNA中特异SNP位点的基因型为GG；
所述引物F1为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R1为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代且与序列3具有相同功能的DNA分子；
所述特异SNP位点为水稻基因组中序列表的序列1自5’末端第68位核苷酸。
5.特异引物对，由引物F1和引物R1组成；
所述引物F1为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R1为如下(a3)或(a4)：
(a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代且与序列3具有相同功能的DNA分子。
6.权利要求5所述的特异引物对的应用，为如下(b1)-(b6)中的至少一种：
(b1)鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性；
(b2)筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻；
(b3)筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻；
(b4)制备用于鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性的试剂盒；
(b5)制备用于筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻的试剂盒；
(b6)制备用于筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻的试剂盒。
7.含有权利要求5所述特异引物对的试剂盒；所述试剂盒的应用为如下(c1)-(c3)中的至少一种：
(c1)鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性；
(c2)筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻；
(c3)筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻。
8.一种特异DNA分子，如序列表的序列1所示。
9.权利要求8所述的特异DNA分子的应用，为如下(d1)-(d3)中的至少一种：
(d1)鉴定或辅助鉴定水稻对白叶枯病抗性；
(d2)筛选或辅助筛选抗白叶枯病的水稻；
(d3)筛选或辅助筛选感白叶枯病的水稻。
10.权利要求1-4任一所述的方法，或，权利要求5所述的特异引物对，或，权利要求7所述的试剂盒，或，权利要求8所述的特异DNA分子在水稻育种中的应用。
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