CN105492626A - 用于核酸测序仪器中的流动池的清除装置和方法 - Google Patents
用于核酸测序仪器中的流动池的清除装置和方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN105492626A CN105492626A CN201480027942.7A CN201480027942A CN105492626A CN 105492626 A CN105492626 A CN 105492626A CN 201480027942 A CN201480027942 A CN 201480027942A CN 105492626 A CN105492626 A CN 105492626A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- operator
- flow cell
- liquid reagent
- inlet passage
- entrance end
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 58
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 22
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 22
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 22
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 title claims abstract description 19
- 238000010926 purge Methods 0.000 title 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 125
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims abstract description 71
- 239000012530 fluid Substances 0.000 claims abstract description 21
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 claims description 9
- 230000008676 import Effects 0.000 claims description 4
- 238000005086 pumping Methods 0.000 claims description 3
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 23
- 230000008569 process Effects 0.000 description 13
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 7
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 7
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 7
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 7
- 230000005499 meniscus Effects 0.000 description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 6
- 239000003570 air Substances 0.000 description 5
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 238000005336 cracking Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 3
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 3
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 3
- 238000007789 sealing Methods 0.000 description 3
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 238000009434 installation Methods 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 210000001364 upper extremity Anatomy 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N Dioxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 229940123973 Oxygen scavenger Drugs 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 239000012080 ambient air Substances 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 230000008602 contraction Effects 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 238000007872 degassing Methods 0.000 description 1
- 229910001873 dinitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000007599 discharging Methods 0.000 description 1
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005530 etching Methods 0.000 description 1
- 239000005357 flat glass Substances 0.000 description 1
- 238000012177 large-scale sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000000520 microinjection Methods 0.000 description 1
- 229960005419 nitrogen Drugs 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 230000002572 peristaltic effect Effects 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 239000002516 radical scavenger Substances 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 230000008521 reorganization Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000005619 thermoelectricity Effects 0.000 description 1
- 230000007306 turnover Effects 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/10—Devices for transferring samples or any liquids to, in, or from, the analysis apparatus, e.g. suction devices, injection devices
- G01N35/1004—Cleaning sample transfer devices
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/08—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor using a stream of discrete samples flowing along a tube system, e.g. flow injection analysis
- G01N35/085—Flow Injection Analysis
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/10—Devices for transferring samples or any liquids to, in, or from, the analysis apparatus, e.g. suction devices, injection devices
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
- B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
- B01L3/502707—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip characterised by the manufacture of the container or its components
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/10—Devices for transferring samples or any liquids to, in, or from, the analysis apparatus, e.g. suction devices, injection devices
- G01N35/1095—Devices for transferring samples or any liquids to, in, or from, the analysis apparatus, e.g. suction devices, injection devices for supplying the samples to flow-through analysers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
- Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
- Y10T29/00—Metal working
- Y10T29/49—Method of mechanical manufacture
- Y10T29/49826—Assembling or joining
Landscapes
- Physics & Mathematics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Mechanical Engineering (AREA)
Abstract
一种用于对核酸测序仪器进行操作的方法，该核酸测序仪器具有可移动的流动池。该方法包括：设置包括流道的流动池，该流道具有进口端和出口端；以及用第一液体试剂从所述进口端到所述出口端对所述流道进行填充。该方法还包括：设置具有进口通路和出口通路的操作台挡块；将所述流动池安装到所述操作台挡块上，以使所述进口端与所述进口通路流体连通并且所述出口端与所述出口通路流体连通；将气泡导入到所述进口端中；将第二液体试剂从所述进口通路输送到所述进口端中，以使气泡移动通过流道并且进入所述出口通路中，并且用所述第二液体试剂填充所述流道；以及将所述流动池从所述操作台挡块移除。
Description
相关申请的交叉引用
本申请涉及并要求于2013年3月14日提交的名称为“用于核酸测序仪器中的流动池的清除装置和方法(APPARATUSANDMETHODSFORPURGINGFLOWCELLSINNUCLEICACIDSEQUENCINGINSTRUMENTS)”的美国申请第13/802,957号的权益，其全部内容通过引用合并到本文中并且用于所有目的。
技术领域
本发明涉及用于确定核苷酸序列中的核酸同一性的仪器，并且具体实例涉及使用流动池以通过合成或者其他处理来进行测序的仪器。
背景技术
在过去的25年中，生成并且储存在基因库(Genbank)中的DNA序列信息量呈指数增长。下一代测序技术中有许多都使用合成测序(SBS)的形式，其中，使用专门设计的核苷酸和DNA聚合酶，以受控方式读取结合在芯片上的单链DNA模板的序列。其它的下一代测序技术可使用天然核苷酸和/或聚合酶，或者经标记的寡核苷酸和连接酶来确定核酸序列。为了实现高通量，数以百万计的模板斑点(每个模板斑点都是单个分子或者多个分子)被排列在测序芯片上，并且独立地读出并记录它们的序列。进行高通量测序的期望来源于对处理更快且成本降低的需求。然而，商用的高通量系统在降低了大规模测序(例如，10～100千兆碱基)成本的同时，却使小规模测序(例如，100百万碱基到1千兆碱基)昂贵且不方便。
近来，已经开发出以比传统设备小得多的规模进行测序的仪器。在美国专利公开第2010/0323350号(申请序列号12/719,469，于2010年3月8日提交)、第2010/0152050号(申请序列号12/704,842，于2010年2月12日提交)和第2009/0298131号(申请序列号12/370,125，于2009年2月12日提交)中，描述了可用于执行较小规模测序操作的示例性装置和方法。上述专利通过引用并入到本文中。这样的仪器使用“装配线”型的系统，该系统可以被布置成旋转式传送带(carousel)形式，以同时处理多个相对较小的流动池。在操作期间，使每个流动池物理移动，穿过一系列处理站。这些处理站中的一部分对流动池进行净化并且用新的试剂填充流动池，同时其它处理站用于对流动池进行成像，或者用作空闲站，流动池被保持在空闲站中但是并不进行实质性处理。还可以设置其它处理站。这些仪器提供了高通量SBS操作，且同时显著节省了试剂和其它处理成本。期望该新一代仪器能够让公众以降低的成本进行用于各种目的SBS操作，并且能够提供比之前的设备的周转更快速的周转。
测序仪器的现有技术状况仍然需要改进，尤其是那些使用可移动的流动池来进行小规模测序操作的测序仪器。
发明内容
在一个示例性实施方式中，提供了一种用于对核酸测序仪器进行操作的方法，该核酸测序仪器具有一个或多个可移动的流动池。该方法包括：设置包括流道的流动池，该流道具有进口端和出口端；以及用第一液体试剂从所述进口端到所述出口端对所述流道进行填充。该方法还包括：设置具有进口通路和出口通路的操作台挡块(stationblock)；以及将所述流动池安装到所述操作台挡块上，以使所述进口端与所述进口通路流体连通并且所述出口端与所述出口通路流体连通。该方法还包括：将气泡导入到所述进口端中；将第二液体试剂从所述进口通路输送到所述进口端中，以使所述气泡移动通过所述流道并且进入所述出口通路中，并且用所述第二液体试剂填充所述流道；以及将所述流动池从所述操作台挡块移除。
在另一个示例性实施方式中，提供了用于对核酸测序仪器进行操作的另一种方法，该核酸测序仪器具有一个或多个可移动的流动池。该实施方式包括：设置包括流道的流动池，该流道具有进口端和出口端；设置第一操作台挡块，该第一操作台挡块具有第一进口通路和第一出口通路；以及设置第二操作台挡块，该第二操作台挡块具有第二进口通路和第二出口通路。处理包括：将所述流动池安装到所述第一操作台挡块上，以使所述进口端与所述第一进口通路流体连通并且所述出口端与所述第一出口通路流体连通；将第一液体试剂从所述第一进口通路泵送到所述进口端中，以用所述第一液体试剂填充所述流道；以及将所述流动池从所述第一操作台挡块移除。该方法进一步包括：将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上，以使所述进口端与所述第二进口通路流体连通并且所述出口端与所述第二出口通路流体连通；将气泡导入到所述进口端中；将第二液体试剂从所述第二进口通路泵送到所述进口端中，以使所述气泡从所述进口端移动到所述第二出口通路，并且用所述第二液体试剂填充所述流道；以及将所述流动池从所述第一操作台挡块移除。
本发明内容的叙述并非要限制本发明的权利要求或者任何相关或不相关的应用。鉴于本文的公开内容，对于本领域普通技术人员而言，要求保护的本发明的其他方面、实施方式和特征以及对要求保护的本发明的修改将是明显的。
附图说明
可以参照附图来更好地理解示例性实施方式，其中，相同的附图标记表示相同的部分。附图是示例性的并且并非要以任何方式来限制权利要求。
图1是测序仪器的示意性前视图。
图2是图1的测序仪器的另一示意性视图。
图3是安装示例性流动池的示例性操作台挡块的横截面侧视图。
图4是示例性操作台挡块和流动池的入口侧的详细视图。
图5是图4的流动池的俯视图。
图6是另一示例性操作台挡块的入口侧的详细视图。
图7是又一示例性操作台挡块的入口侧的详细视图。
具体实施方式
本文中描述的示例性实施方式涉及下述装置和方法，该装置和方法用于从小规模合成测序(SBS)仪器中使用的流动池清理试剂。虽然本文中描述的实施方式被认为在前述申请中具有特定的应用，但鉴于本公开的内容并且根据本发明的实践，本装置和方法的其他应用对于本领域的普通技术人员而言是明显的。例如，可以找到实施方式在其他类型的定期将流动池从处理操作台挡块解除的仪器中的使用，其中将流体导入到流动池。因此，以下的示例并非要限制本发明的范围。
图1是被配置成同时对多个流动池进行小规模SBS处理的仪器的示意性前视图。该仪器包括主处理室100、试剂室102和成像室104。如本领域中公知的那样，在自动化操作期间可用外部壳体遮盖各室以防止侵入。应当理解的是并非在所有的实施方式中都需要使用图1中示出的分离的腔室和特定的布局。
主处理室100包括旋转式传送带(carousel)106，其中由旋转式传送带马达108使旋转式传送带106转动。旋转式传送带106被配置成沿着环形路径将流动池110传送到各个处理站，例如一个或多个操作台挡块112以及成像站114。可将旋转式传送带106和旋转式传送带马达108安装在升降台116上，升降台116由致动器118沿着竖直方向驱动。当旋转式传送带106被适当地定向以使流动池110在操作台挡块112之上时，致动器118使旋转式传送带106向下移动，以将流动池110放置在操作台挡块112上。升降台116可包括一个或多个夹具120(例如，加载弹簧的柱塞)，以使流动池110保持在操作台挡块112上的适当位置。
成像站114可包括单独的可移动平台，该单独的可移动平台保持并且操纵流动池110，以通过照相机122进行成像。诸如透镜124、光源126(例如LED组、激光等)、光源滤光片128以及分色镜130之类的各种光学设备可与成像站114结合使用，以过滤掉特定波长的光线。
每个操作台挡块112可被配置成执行一种或多种操作，例如加热、冷却、导入液体试剂、空转等。一个或多个操作台挡块112被配置成使液体试剂通过流动池110。为此，试剂室102持有一个或多个试剂容器132以及一个或多个废弃物容器134。每个试剂容器132都通过供给软管136的系统与一个或多个操作台挡块112连接。使用一个或多个泵138(例如，微量注射泵、蠕动泵等)，将试剂输送至操作台挡块112。在这种情况中，单个泵138通过抽吸软管140的系统与操作台挡块112连接。泵138通过废弃物软管142将使用过的试剂输送至废弃物容器134。
图2示出了旋转式传送带106如何覆在多个操作台挡块112上。操作台挡块112以围绕旋转式传送带的转动中心200的径向模式来布置，以便旋转式传送带106可沿着操作台挡块112逐步移动流动池，而不调整旋转式传送带106上的流动池的角度或径向位置。图2示出了具有自己的试剂容器132的各个操作台挡块112，和将所有使用过的试剂输送到单个废弃物容器134的单个泵138。其他实施方式可使用不同数量的试剂容器132、废弃物容器134和泵138。还可设想，实施方式可使用非圆形的输送系统(例如线性致动器)，以流动池110沿着操作台挡块112的直线移动等。
在同时待审的于2010年3月8日提交的美国申请12/719,469(下文“Gordonetal.”)(公开号US2010/0323350)中描述了对诸如上述的仪器之类的仪器进行操作的细节，以及仪器结构的多种可能的变型，其通过引用合并到本文中。变型的实施例包括在试剂容器132中使用正压力来使试剂移动通过流动池，在试剂离开流动池110之后进行回收等。鉴于本公开的内容，其他变型和修改对于本领域普通技术人员而言是明显的。
仪器中使用的试剂可取决于具体应用而发生变化。试剂的实例包括Gordonetal.中描述的那些试剂以及其他试剂。例如，试剂可包括：核酸测序试剂、核苷酸“鸡尾酒”和聚合酶混合物、解封闭(裂解)试剂(能去除保护基团的酶或者化合物，以通过聚合酶进行核酸延伸)、标记去除(裂解)剂(能去除荧光标记的酶或者化合物)、洗涤试剂、洗涤缓冲液、封闭缓冲液、裂解剂清除剂、除氧剂、纯净水等。仪器的其他型式可以使用其他试剂，并且除非有相反指示，否则其他实施方式并非要限定于前述列表或者本文中具体指出的其他试剂。
图3示出了用于暂时性安装可移除的流动池110的操作台挡块112。操作台挡块112包括从进口软管302接收试剂的进口通路300，和将使用过的试剂送往出口软管306的出口通路304。操作台挡块112的顶面被配置成接纳流动池110，并且优选是机械加工的平面。若需要，操作台挡块112和流动池110可包括相应的结构(例如销和孔)，以帮助将流动池110定位在操作台挡块112上期望的位置处。如在Gordonetal.中所描述的那样，操作台挡块112的顶面可包括围绕进口通路300和出口通路304的一个或多个密封件，例如径向间隔开的内O-环308和外O-环310。操作台挡块112还可包括电阻加热或者热电加热/冷却的温度控制元件312，以将操作台挡块112维持在期望的温度下，其中温度控制元件312经由导线314或者类似物与电源联通。可将热电偶(未示出)整合到操作台挡块112或者温度控制元件312中，或者与操作台挡块112或者温度控制元件312相联，以提供对操作台挡块温度的反馈控制。
示例性流动池110包括底板316和顶盖318。顶盖318通过间隔膜320与底板316接合，其中间隔膜320提供在顶盖318与底板316之间的流道322。间隔膜320还可形成围绕流道322周边的液封。底板316包括进口端324和出口端326。当流动池110安装在操作台挡块112上时，进口端324和出口端326被定位成分别与进口通路300和出口通路304流体连通，并且可位于直接对齐的位置，例如所示出的那样。顶盖318优选对用来检测核苷酸测序染料等的辐射是透明的。例如，顶盖318可包括透明的玻璃板。这种结构的变型可以用在其他实施方式中。例如，间隔膜320可被替换成粘合剂层或者底板316顶面上的脊状物，或者流道322可是机械加工的、蚀刻的或者以其他方式形成的底板316和/或顶盖318中的凹槽。Gordonetal.中描述了其他变型和修改，并且鉴于本公开的内容，其他变型和修改对于本领域的普通技术人员而言也是明显的。
如Gordonetal.中所描述的那样，通过使流动池110与一系列操作台挡块112相继接合来对流动池110进行处理。在操作台挡块112中的一些或者全部操作台挡块处，试剂可被泵送到流动池中，以在该操作台挡块112处执行期望的特定操作。在操作完成之后，流动池110从操作台挡块112移除并且被移动到下一个操作台挡块。来自每个操作台挡块112的试剂保留在流动池110的流道322中，直到该试剂被下一个操作台挡块112处泵入的试剂冲洗掉。例如，在一个操作台挡块112处被泵送到流道322中的核酸测序试剂可保留在原处，直到在下一个操作台挡块112处被导入的洗涤缓冲液冲洗掉。Gordonetal.解释到，流动池110可被构建成具有阀、水平通路或者小尺寸，来防止流体在操作台挡块112之间从流动池110排出。Gordonetal.还描述了，每当从操作台挡块112移除流动池110时，优选防止试剂流回到试剂容器132，例如通过使用止回阀等来阻止这样的流动。在与Gordonetal.中示出的相似的设备的使用中，已经发现当流动池110在连续的操作台挡块112之间移动时，小尺寸的进口端324和出口端326足以防止试剂离开流动池110。
前述的操作，即在运输过程中维持操作台挡块112中的液位以及防止试剂从流动池110逸出，防止了空气在该系列的处理步骤期间被导入到流动池110中。实际上，认为该结果是期望的，从而防止流动池110中数百万的核酸中的任意核酸被湍流逐出或者冲洗掉，该湍流可能潜在地由流经流道322的气泡产生。这样的扰动会使由仪器收集的数据的精度和有效性降低，因为仪器依赖于对固定至流动池110的每个核酸序列的位置的精确映射。此外，众所周知，使核酸暴露于空气会使核酸变干，并且通过防止进行进一步有用的化学反应而“杀死”这些核酸。
与现有概念相比，认为在一个或多个试剂流动之间，故意将气泡导入到流动池110中可具有下述特别有益的效果：克服了所研究的核酸群体将被气泡“杀死”、移位或者移除的任何风险。还认为，该群体的尺寸可以是最小的或者甚至几乎检测不到。
现在参照图4来描述用于将气泡导入到流动池110中的处理，其中图4是示例性操作台挡块112和流动池110的进口侧的详细视图。在该处理中，液体试剂400被提供在操作台挡块的进口通路300中。在常规操作中，液体试剂400将进口通路300填充至尽可能接近操作台挡块112的顶面402，并且可充满进口通路300以驻留在由O-环308、O-环310界定的区域中。然而，在图4的处理中，液体试剂400降低，使得液体试剂400的上边缘404(例如弯液面或者气泡层)与上表面间隔距离h，从而在进口通路300中的液体试剂400之上留下了充满气体的气体空间406。气体空间406中的气体可包括环境空气、从液体试剂400排出的气体或者其他气相物质(例如，纯氧)。
一旦在进口通路300中形成气体空间406，则泵138或者其他手段(例如，重力流动、试剂容器132中的正压气体等)使液体试剂400通过进口端324移动到流动池110中。O-环308、O-环310或者其他密封件防止气体逸出。因此，如图5所示，进入的液体试剂400将气体作为气泡500在液体试剂400之前输送到流道322中。
预期气泡500流经流道322能提供许多益处。首先，预期气泡500充当进入的液体试剂400与排出的使用过的液体试剂502之间的物理屏障。这样使两种试剂之间的直接接触以及两种试剂的混合最少化，从而抑制了使用过的试剂502回流以及分散到新的试剂400中。此外，认为进入的液体试剂400的弯液面504可充当弧刷(wiper)，以消除由排出的液体试剂502残留下来的颗粒、分子和液滴。该现象可能由进入的液体试剂400中的分子的表面张力足以将残余的试剂颗粒和液滴驱至弯液面504之前而引起。图5示出了具有凸弯液面504的进入的液体试剂400，但如果弯液面504是凹的，也可发生相同的现象。应当理解的是，上述解释是为了解释预期的操作现象，但本发明并非要限定于任何特定的操作理论。
期望减少混合和回流，并且期望进入的弯液面具有可能的消除效果，从而通过更有效地从流道322清除使用过的试剂而进一步减少试剂浪费。在现有的方法中，清除处理会考虑在清除处理期间的混合，因此进入的试剂持续流动足够长时间来确保流道322不包括新试剂与旧试剂的混合物。通过使用气泡500隔离开试剂400与试剂502，可不需要使试剂持续流动，而只要将旧试剂正常从流道322完全清除即可。为了努力实现这一目标，一个实施方式可导入至少大约2微升体积的气泡500，期望能完全阻止进入的液体流体400与排出的试剂502的主体(即，除了任何残留的颗粒、液滴等之外的全部)之间的接触。其他实施方式可取决于流道322的尺寸和其他规格，而使用具有不同尺寸的气泡500。期望当气泡的直径(在流道322中沿着宽度方向测量)等于或者大于流道322在最宽点处的宽度时，会获得最好的结果，因为这样能提供两种液体之间的完全隔离。但是也可使用其它尺寸，并且预期单个气泡500可被替代为多个较小的气泡或者一系列较大的气泡。
预期可使用任何适合的方法来形成气泡500。下文描述了非限制性实例。
在图4的实施方式中，可使用传统的操作台挡块112，通过在流动池110安装在操作台挡块112中之前蒸发掉一部分液体试剂400来形成气体空间406。在正常使用中，可加热操作台挡块112中的一个或多个操作台挡块，通常加热到37摄氏度～70摄氏度(98华氏度～158华氏度)之间的温度。然而，在这种情况下，被加热的操作台挡块112通常处于持续使用中，并且仅在移除一个流动池110并且替换成另一个流动池的过程中是闲置的。因此，在正常使用中，在将新的流动池110安装在操作台挡块112上之前没有足够的时间蒸发掉任何可察觉到的量的液体试剂400(并且即使有时间进行蒸发，也认为需要再填充以防止气泡的产生是个问题)。
为了小心地形成气体空间406，可在没有流动池110时对操作台挡块112加热足够长时间来引起蒸发，从而形成期望体积的气体空间406。该处理还可帮助除去液体试剂400中的气体，这对于在成像或者化学反应期间防止在流道322中稍后形成气泡可能是有用的。在进行除气的情况下，可在液体试剂400的上边缘404处产生微小气泡层，这可能有助于上述的消除功能。可以在没有任何加热(即，在环境温度下)的情况下引起期望的蒸发，但是更可取并且实践中可能需要的是，使用已有的温度控制元件312或者专用的加热元件(例如，围绕进口通路300的单独的加热器)来引起加热，该专用的加热元件将热量直接聚集在液体试剂400上。例如，认为可以在将流动池110放置在操作台挡块112上之前，使用已有的温度控制元件312(例如图3中所示出的)，通过在大约65摄氏度(大约150华氏度)的温度下对其操作大约15秒来引起足够的蒸发以获得气体空间406。其他实施方式可以脱离该实例。例如另一实施方式可以在大约140华氏度到大约150华氏度的温度下持续操作大约7.5秒到大约15秒的时间。
图6示出了用于在液体试剂400之上生成气体空间406的另一实施方式。在图6中，操作台挡块112包括与进口通路300流体连通的辅助通路600。辅助通路600与阀602和增压气体源(例如气泵604或者氮气瓶)连接。当流动池110与操作台挡块112连接时，打开阀602以让足够的空气(或者其他气体)进入，以生成期望尺寸的气泡。图6的替选的实施方式可在将每个流动池110放置在操作台挡块112上之前，替代地使用辅助通路600作为排放口，以从进口通路300排出一定量的液体试剂400。在该实施方式中，可打开阀602以将液体试剂400排出到贮存器606中或者排回到原始的试剂容器132中。
图7中示出了用于生成气体空间406的另一个示例性实施方式。在图7中，操作台挡块112包括与进口通路300处于流体连通的排量可变式腔室700。通过活塞702来调节排量可变式腔室700的容积。可以用诸如螺线管或者驱动马达之类的专用驱动器或者用其他手段来操作活塞702。在使用中，每次从操作台挡块112移除流动池110时，移动活塞702以扩大排量可变式腔室700的容积，从而将进口通路300中的液体试剂400的一部分泵回到排量可变式腔室700中，并且在进口通路300中留下气体空间406。在下一个流动池110安装到操作台挡块112上之后，移动活塞702以使排量可变式腔室700收缩。这可在泵138进行操作以使液体试剂400开始流动到流动池110中之前、期间或者之后来进行。活塞702使排量可变式腔室700保持在收缩状态，直到移除流动池110为止，然后再次开始循环。应当理解的是，排量可变式腔室700可包括注射器状布置、通过活塞或夹具进行压缩的柔性气囊等。
其他实施方式可使用其他方法和机制来生成气体空间406。例如，位于进口通路300上游的泵可被反向泵送，以将液体试剂400抽吸回来以生成气体空间406。或者，如果在阀的控制下，使试剂容器132位于进口通路300的下方，则可通过重力使液体试剂400向回流动。
在其他实施方式中，可将气泡500直接导入到流动池110中。例如，可在专用于将气体导入到流动池110中的单独操作台挡块112处，将气体直接注入到进口端324中。作为另一实例，流动池110可以包括与进口端324分离的、用于将气体注入到流道322中的专用端口。作为又一个实例，流动池110可被设计成，当流动池110从操作台挡块至操作台挡块移动时，试剂滴出到废弃物托盘或者贮存器中，或者在预定位置处可使流动池110倾斜以使用重力倒出使用过的试剂502中的一部分或者全部。在再一个实例中，当泵刚刚开始将新的试剂400抽入到流道322中时，可通过暂时破坏流动池进口端324处的密封件来导入空气。
鉴于本公开的内容，用于将气泡500设置在流道322中的其他的变型和修改对于本领域普通技术人员而言是明显的。应当理解的是，方法和装置的实施方式可适用在具有固定流动池的测序仪器中，而不是如Gordonetal.中所描述的可移动的流动池。
本公开的内容描述了许多可以单独使用或者结合使用的新颖的、有用的并且非显而易见的特征和/或特征的组合。本文中描述的实施方式都是示例性的，并非要限制本发明的范围。应当理解的是，可以以各种等效方式对本文中描述的本发明进行修改和改编，并且所有这样的修改和改编都包括在本公开内容及所附权利要求的范围内。
Claims (21)
1.一种用于对核酸测序仪器进行操作的方法，该核酸测序仪器具有一个或多个能移动的流动池，所述方法包括：
设置包括流道的流动池，该流道具有进口端和出口端；
用第一液体试剂从所述进口端到所述出口端对所述流道进行填充；
设置操作台挡块，该操作台挡块具有进口通路和出口通路；
将所述流动池安装到所述操作台挡块上，以使所述进口端与所述进口通路流体连通，并且所述出口端与所述出口通路流体连通；
将气泡导入到所述进口端中；
将第二液体试剂从所述进口通路输送到所述进口端中，以使所述气泡移动通过所述流道并且进入所述出口通路中，并且用所述第二液体试剂填充所述流道；以及
从所述操作台挡块移除所述流动池。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，将所述气泡导入到所述进口端中包括：
在将所述流动池安装到所述操作台挡块上之前，在所述进口通路的顶端处设置气体空间；以及
在将所述流动池安装至所述操作台挡块时，捕获所述气体空间中的气体，从而形成所述气泡。
3.根据权利要求2所述的方法，其中，将所述气泡导入到所述进口端中进一步包括：将所述第二液体试剂输送至所述进口端，以使所述气泡在所述第二液体试剂前面移动到所述进口端中。
4.根据权利要求2所述的方法，其中，在所述进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述操作台挡块上之前，使所述第二液体试剂的一部分蒸发。
5.根据权利要求4所述的方法，其中，使所述第二液体试剂的一部分蒸发包括：在大约140华氏度到大约150华氏度的温度下，对所述操作台挡块持续加热大约7.5秒到大约15秒的时间。
6.根据权利要求2所述的方法，其中，在所述进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述操作台挡块上之前，将增压气体输送到所述进口通路中。
7.根据权利要求2所述的方法，其中，在所述进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述操作台挡块上之前，将所述第二液体试剂的一部分从所述进口通路的顶部排出。
8.根据权利要求2所述的方法，其中，在所述进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述操作台挡块上之前，将所述第二液体试剂的一部分从所述进口通路的顶部泵出。
9.根据权利要求8所述的方法，其中，将所述第二液体试剂的一部分从所述进口通路的顶部泵出包括：用排量可变式腔室移除所述第二液体试剂的一部分。
10.根据权利要求1所述的方法，其中，将第二液体试剂从所述进口通路输送到所述进口端中，以使所述气泡移动通过所述流道并且进入所述出口通路中，并且用所述第二液体试剂填充所述流道包括：对位于所述出口通路下游的抽吸泵进行操作。
11.一种用于对核酸测序仪器进行操作的方法，该核酸测序仪器具有一个或多个能移动的流动池，所述方法包括：
设置包括流道的流动池，该流道具有进口端和出口端；
设置第一操作台挡块，该第一操作台挡块具有第一进口通路和第一出口通路；
将所述流动池安装到所述第一操作台挡块上，以使所述进口端与所述第一进口通路流体连通，并且所述出口端与所述第一出口通路流体连通；
将第一液体试剂从所述第一进口通路泵送到所述进口端中，以用所述第一液体试剂填充所述流道；
从所述第一操作台挡块移除所述流动池；
设置第二操作台挡块，该第二操作台挡块具有第二进口通路和第二出口通路；
将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上，以使所述进口端与所述第二进口通路流体连通，并且所述出口端与所述第二出口通路流体连通；
将气泡导入到所述进口端中；
将第二液体试剂从所述第二进口通路泵送到所述进口端中，以使所述气泡从所述进口端移动到所述第二出口通路并且用所述第二液体试剂填充所述流道；以及
从所述第一操作台挡块移除所述流动池。
12.根据权利要求11所述的方法，其中，将所述气泡导入到所述进口端中包括：
在将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上之前，在所述第二进口通路的顶端设置气体空间；以及
在将所述流动池安装至所述第二操作台挡块时，捕获所述气体空间中的气体，从而形成所述气泡。
13.根据权利要求12所述的方法，其中，将所述气泡导入到所述进口端中进一步包括：将所述第二液体试剂泵送到所述进口端，以使所述气泡在所述第二液体试剂前面移动到所述进口端中。
14.根据权利要求12所述的方法，其中，在所述进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上之前，使所述第二液体试剂的一部分蒸发。
15.根据权利要求14所述的方法，其中，使所述第二液体试剂的一部分蒸发包括：在大约140华氏度到大约150华氏度的温度下，对所述第二操作台挡块持续加热大约7.5秒到大约15秒的时间。
16.根据权利要求12所述的方法，其中，在所述第二进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上之前，将增压气体输送到所述第二进口通路中。
17.根据权利要求12所述的方法，其中，在所述第二进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上之前，将所述第二液体试剂的一部分从所述第二进口通路的顶部排出。
18.根据权利要求12所述的方法，其中，在所述第二进口通路的顶部处设置所述气体空间包括：在将所述流动池安装到所述第二操作台挡块上之前，将所述第二液体试剂的一部分从所述第二进口通路的顶部泵出。
19.根据权利要求18所述的方法，其中，将所述第二液体试剂的一部分从所述第二进口通路的顶部泵出包括：用排量可变的腔室移除所述第二液体试剂的一部分。
20.根据权利要求11所述的方法，其中，将所述第二液体试剂从所述第二进口通路泵送到所述进口端中，以使所述气泡移动通过所述流道并且进入所述出口通路中，并且用所述第二液体试剂填充所述流道包括：对位于所述出口通路下游的抽吸泵进行操作。
21.根据权利要求11所述的方法，其中，泵送所述第一液体试剂和泵送所述第二液体试剂的步骤包括：对单个抽吸泵进行操作，该单个抽吸泵与所述第一出口通路和所述第二出口通路流体连接。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US13/802,957 US9146248B2 (en) | 2013-03-14 | 2013-03-14 | Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments |
| US13/802,957 | 2013-03-14 | ||
| PCT/US2014/023474 WO2014159409A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-03-11 | Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN105492626A true CN105492626A (zh) | 2016-04-13 |
| CN105492626B CN105492626B (zh) | 2018-05-04 |
Family
ID=51520610
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201480027942.7A Expired - Fee Related CN105492626B (zh) | 2013-03-14 | 2014-03-11 | 用于核酸测序仪器中的流动池的清除装置和方法 |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9146248B2 (zh) |
| EP (1) | EP2971176A4 (zh) |
| JP (1) | JP6495885B2 (zh) |
| CN (1) | CN105492626B (zh) |
| AU (1) | AU2014240564B2 (zh) |
| WO (1) | WO2014159409A1 (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109313213A (zh) * | 2017-01-05 | 2019-02-05 | 伊鲁米那股份有限公司 | 用于选择性流出物收集的系统和方法 |
| CN110488026A (zh) * | 2018-05-15 | 2019-11-22 | 伊鲁米那股份有限公司 | 具有柔性连接的流动池 |
| CN112834771A (zh) * | 2019-11-22 | 2021-05-25 | 株式会社日立高新技术 | 自动分析装置 |
Families Citing this family (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7709197B2 (en) | 2005-06-15 | 2010-05-04 | Callida Genomics, Inc. | Nucleic acid analysis by random mixtures of non-overlapping fragments |
| US8951781B2 (en) * | 2011-01-10 | 2015-02-10 | Illumina, Inc. | Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis |
| US9962701B2 (en) | 2015-12-28 | 2018-05-08 | Qiagen Sciences, Llc | Flowcells with microretainers and particle separators for discrete seeding microspots |
| KR20180108578A (ko) | 2016-01-11 | 2018-10-04 | 일루미나, 인코포레이티드 | 마이크로 형광 측정기, 유체 시스템, 및 플로우 셀 래치 클램프 모듈을 구비하는 검출 장치 |
| MY194951A (en) * | 2016-10-14 | 2022-12-28 | Illumina Inc | Cartridge assembly |
| US10446138B2 (en) | 2017-05-23 | 2019-10-15 | Verbit Software Ltd. | System and method for assessing audio files for transcription services |
| US20210078003A1 (en) | 2018-01-26 | 2021-03-18 | Qiagen Gmbh | Sequencing flowcells |
| NL2021147B1 (en) | 2018-05-15 | 2019-11-21 | Illumina Inc | Flow cell with flexible connection |
| EP3891304A1 (en) * | 2018-12-04 | 2021-10-13 | Omniome, Inc. | Mixed-phase fluids for nucleic acid sequencing and other analytical assays |
| WO2020132350A2 (en) * | 2018-12-20 | 2020-06-25 | Omniome, Inc. | Temperature control for analysis of nucleic acids and other analytes |
| GB2611290A (en) * | 2021-09-23 | 2023-04-05 | Genome Res Ltd | Flow cell interface adaptor |
Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN1717280A (zh) * | 2002-11-28 | 2006-01-04 | 英国国防部 | 用于处理流体样本的设备 |
| WO2008097455A1 (en) * | 2007-02-05 | 2008-08-14 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Detection device and methods of use |
| US20100166612A1 (en) * | 2008-12-24 | 2010-07-01 | Life Technologies Corporation | Biological analysis systems, devices and methods |
| US20100323350A1 (en) * | 2007-02-05 | 2010-12-23 | Intelligent Biosystems, Inc. | Methods And Devices For Sequencing Nucleic Acids In Smaller Batches |
| US20110052446A1 (en) * | 2009-08-31 | 2011-03-03 | Life Technologies Corporation | Flow cells and methods of filling and using same |
| CN103402641A (zh) * | 2011-03-08 | 2013-11-20 | 莱顿大学 | 用于处理液体或基于液体的物质的装置和方法 |
Family Cites Families (221)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US3804593A (en) * | 1964-05-25 | 1974-04-16 | Technicon Instr | Automatic analysis apparatus and method |
| US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
| US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
| US5756334A (en) | 1990-04-26 | 1998-05-26 | New England Biolabs, Inc. | Thermostable DNA polymerase from 9°N-7 and methods for producing the same |
| DK0834575T3 (da) | 1990-12-06 | 2002-04-02 | Affymetrix Inc A Delaware Corp | Identifikation af nucleinsyrer i prøver |
| US5502773A (en) | 1991-09-20 | 1996-03-26 | Vanderbilt University | Method and apparatus for automated processing of DNA sequence data |
| EP0636413B1 (en) * | 1993-07-28 | 2001-11-14 | PE Corporation (NY) | Nucleic acid amplification reaction apparatus and method |
| US5374395A (en) | 1993-10-14 | 1994-12-20 | Amoco Corporation | Diagnostics instrument |
| US6090555A (en) | 1997-12-11 | 2000-07-18 | Affymetrix, Inc. | Scanned image alignment systems and methods |
| US5695934A (en) | 1994-10-13 | 1997-12-09 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel sequencing of sorted polynucleotides |
| SE9500342D0 (sv) | 1995-01-31 | 1995-01-31 | Marek Kwiatkowski | Novel chain terminators, the use thereof for nucleic acid sequencing and synthesis and a method of their preparation |
| US20020068357A1 (en) * | 1995-09-28 | 2002-06-06 | Mathies Richard A. | Miniaturized integrated nucleic acid processing and analysis device and method |
| US20040175718A1 (en) | 1995-10-16 | 2004-09-09 | Affymetrix, Inc. | Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation |
| JP2000512744A (ja) | 1996-05-16 | 2000-09-26 | アフィメトリックス，インコーポレイテッド | 標識材料を検出するシステムおよび方法 |
| US5900481A (en) | 1996-11-06 | 1999-05-04 | Sequenom, Inc. | Bead linkers for immobilizing nucleic acids to solid supports |
| WO1998033939A1 (fr) | 1997-01-31 | 1998-08-06 | Hitachi, Ltd. | Procede pour determiner une sequence de base d'acide nucleique et appareil correspondant |
| US6322968B1 (en) | 1997-11-21 | 2001-11-27 | Orchid Biosciences, Inc. | De novo or “universal” sequencing array |
| JP3813818B2 (ja) | 1998-05-01 | 2006-08-23 | アリゾナ ボード オブ リージェンツ | オリゴヌクレオチドおよびｄｎａ分子のヌクレオチド配列の決定方法 |
| US7875440B2 (en) | 1998-05-01 | 2011-01-25 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
| EP2360271A1 (en) | 1998-06-24 | 2011-08-24 | Illumina, Inc. | Decoding of array sensors with microspheres |
| AU4355899A (en) | 1998-06-26 | 2000-01-17 | Visible Genetics Inc. | Method for sequencing nucleic acids with reduced errors |
| US6223128B1 (en) | 1998-06-29 | 2001-04-24 | Dnstar, Inc. | DNA sequence assembly system |
| CA2348696A1 (en) | 1998-11-06 | 2000-05-18 | Solexa Ltd. | A method for reproducing molecular arrays |
| CA2255850C (en) | 1998-12-07 | 2000-10-17 | Her Majesty The Queen In Right Of Canada As Represented By The Minister Of Agriculture And Agri-Food | Rotary thermocycling apparatus |
| DE60044490D1 (de) | 1999-02-23 | 2010-07-15 | Caliper Life Sciences Inc | Manipulation von mikroteilchen in mikrofluiden systemen |
| JP2002537858A (ja) | 1999-03-10 | 2002-11-12 | エーエスエム サイエンティフィック， インコーポレイテッド | 核酸の配列を直接決定するための方法 |
| WO2000058507A1 (en) | 1999-03-30 | 2000-10-05 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
| US20060275782A1 (en) | 1999-04-20 | 2006-12-07 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
| US7387891B2 (en) | 1999-05-17 | 2008-06-17 | Applera Corporation | Optical instrument including excitation source |
| US7056661B2 (en) | 1999-05-19 | 2006-06-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for sequencing nucleic acid molecules |
| US6242193B1 (en) | 1999-07-30 | 2001-06-05 | Hitachi, Ltd. | Apparatus for determining base sequence of nucleic acid |
| US6309836B1 (en) | 1999-10-05 | 2001-10-30 | Marek Kwiatkowski | Compounds for protecting hydroxyls and methods for their use |
| US6784982B1 (en) | 1999-11-04 | 2004-08-31 | Regents Of The University Of Minnesota | Direct mapping of DNA chips to detector arrays |
| US6867851B2 (en) | 1999-11-04 | 2005-03-15 | Regents Of The University Of Minnesota | Scanning of biological samples |
| US6596483B1 (en) | 1999-11-12 | 2003-07-22 | Motorola, Inc. | System and method for detecting molecules using an active pixel sensor |
| US20020006617A1 (en) | 2000-02-07 | 2002-01-17 | Jian-Bing Fan | Nucleic acid detection methods using universal priming |
| EP1198596A1 (en) | 2000-02-15 | 2002-04-24 | Lynx Therapeutics, Inc. | Data analysis and display system for ligation-based dna sequencing |
| US20020004204A1 (en) | 2000-02-29 | 2002-01-10 | O'keefe Matthew T. | Microarray substrate with integrated photodetector and methods of use thereof |
| US6711558B1 (en) | 2000-04-07 | 2004-03-23 | Washington University | Associative database scanning and information retrieval |
| DE10021689A1 (de) | 2000-05-05 | 2001-12-06 | Biotechnolog Forschung Gmbh | Verfahren zur Untersuchung von Makromolekülen |
| US6397150B1 (en) | 2000-07-27 | 2002-05-28 | Visible Genetics Inc. | Method and apparatus for sequencing of DNA using an internal calibrant |
| US8463718B2 (en) | 2000-08-07 | 2013-06-11 | Health Discovery Corporation | Support vector machine-based method for analysis of spectral data |
| US6934408B2 (en) | 2000-08-25 | 2005-08-23 | Amnis Corporation | Method and apparatus for reading reporter labeled beads |
| EP1337541B1 (en) | 2000-10-06 | 2007-03-07 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Massive parallel method for decoding DNA and RNA |
| US6905881B2 (en) | 2000-11-30 | 2005-06-14 | Paul Sammak | Microbead-based test plates and test methods for fluorescence imaging systems |
| WO2002079502A1 (en) | 2001-03-28 | 2002-10-10 | The University Of Queensland | A method for nucleic acid sequence analysis |
| WO2002093144A1 (en) | 2001-05-10 | 2002-11-21 | Regents Of The University Of Minnesota | Imaging of biological samples using electronic light detector |
| US7668697B2 (en) | 2006-02-06 | 2010-02-23 | Andrei Volkov | Method for analyzing dynamic detectable events at the single molecule level |
| US6929944B2 (en) | 2001-08-31 | 2005-08-16 | Beckman Coulter, Inc. | Analysis using a distributed sample |
| DE10142457B4 (de) | 2001-08-31 | 2006-05-04 | Daimlerchrysler Ag | Digitale Bildmessung retroreflektierender Marken |
| DE10246005A1 (de) | 2001-10-04 | 2003-04-30 | Genovoxx Gmbh | Gerät zur Sequenzierung von Nukleinsäuremolekülen |
| AU2002334769A1 (en) | 2001-10-12 | 2003-04-28 | Duke University | Image analysis of high-density synthetic dna microarrays |
| CA2497740C (en) | 2001-10-15 | 2011-06-21 | Bioarray Solutions, Ltd. | Multiplexed analysis of polymorphic loci by probe elongation-mediated detection |
| JP3530842B2 (ja) | 2001-11-19 | 2004-05-24 | 株式会社日立製作所 | 核酸塩基配列アセンブル装置及びその動作方法 |
| US7635588B2 (en) | 2001-11-29 | 2009-12-22 | Applied Biosystems, Llc | Apparatus and method for differentiating multiple fluorescence signals by excitation wavelength |
| GB0129012D0 (en) | 2001-12-04 | 2002-01-23 | Solexa Ltd | Labelled nucleotides |
| US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
| DE10201463B4 (de) | 2002-01-16 | 2005-07-21 | Clondiag Chip Technologies Gmbh | Reaktionsgefäß zur Durchführung von Array-Verfahren |
| US7200254B2 (en) | 2002-02-14 | 2007-04-03 | Ngk Insulators, Ltd. | Probe reactive chip, sample analysis apparatus, and method thereof |
| US20050244827A1 (en) | 2002-04-04 | 2005-11-03 | Charlotta Olsson | Method |
| US20030215816A1 (en) | 2002-05-20 | 2003-11-20 | Narayan Sundararajan | Method for sequencing nucleic acids by observing the uptake of nucleotides modified with bulky groups |
| WO2003098471A1 (fr) | 2002-05-22 | 2003-11-27 | Fujitsu Limited | Procede d'analyse du genome |
| US7164533B2 (en) | 2003-01-22 | 2007-01-16 | Cyvera Corporation | Hybrid random bead/chip based microarray |
| SI3363809T1 (sl) | 2002-08-23 | 2020-08-31 | Illumina Cambridge Limited | Modificirani nukleotidi za polinukleotidno sekvenciranje |
| PT2119722T (pt) | 2002-08-23 | 2016-12-12 | Illumina Cambridge Ltd | Nucleótidos marcados |
| US7414116B2 (en) | 2002-08-23 | 2008-08-19 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
| US7157228B2 (en) | 2002-09-09 | 2007-01-02 | Bioarray Solutions Ltd. | Genetic analysis and authentication |
| US20040142347A1 (en) | 2002-09-26 | 2004-07-22 | Stockwell Timothy B. | Mitochondrial DNA autoscoring system |
| SE0202867D0 (sv) | 2002-09-27 | 2002-09-27 | Pyrosequencing Ab | New sequencing method |
| AU2003289853A1 (en) | 2002-11-04 | 2004-06-07 | Ludwig-Maximilian-Uni Versitat Munchen | Methods, device and instrument for detection of analytes |
| GB0228914D0 (en) | 2002-12-11 | 2003-01-15 | Dynal Biotech Asa | Particles |
| EP2159285B1 (en) | 2003-01-29 | 2012-09-26 | 454 Life Sciences Corporation | Methods of amplifying and sequencing nucleic acids |
| EP1592810A2 (en) | 2003-02-12 | 2005-11-09 | Genizon Svenska AB | Methods and means for nucleic acid sequencing |
| WO2004074503A2 (en) | 2003-02-21 | 2004-09-02 | Hoser Mark J | Nucleic acid sequencing methods, kits and reagents |
| WO2004104172A2 (en) | 2003-05-15 | 2004-12-02 | Bioarray Solutions, Ltd. | Hybridization-mediated analysis of polymorphisms |
| US20050170367A1 (en) | 2003-06-10 | 2005-08-04 | Quake Stephen R. | Fluorescently labeled nucleoside triphosphates and analogs thereof for sequencing nucleic acids |
| GB0317343D0 (en) | 2003-07-24 | 2003-08-27 | Medical Biosystems Ltd | Polynucleotide sequencing |
| US8280640B2 (en) | 2003-08-11 | 2012-10-02 | Eloret Corporation | System and method for pattern recognition in sequential data |
| GB0320337D0 (en) * | 2003-08-29 | 2003-10-01 | Syrris Ltd | A microfluidic system |
| GB0321306D0 (en) | 2003-09-11 | 2003-10-15 | Solexa Ltd | Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues |
| US7233393B2 (en) | 2004-08-05 | 2007-06-19 | Applera Corporation | Signal noise reduction for imaging in biological analysis |
| US7169560B2 (en) | 2003-11-12 | 2007-01-30 | Helicos Biosciences Corporation | Short cycle methods for sequencing polynucleotides |
| PT1776181E (pt) * | 2004-01-26 | 2014-01-02 | Harvard College | Sistema e método para o fornecimento de fluidos |
| US8030057B2 (en) * | 2004-01-26 | 2011-10-04 | President And Fellows Of Harvard College | Fluid delivery system and method |
| US20050239085A1 (en) | 2004-04-23 | 2005-10-27 | Buzby Philip R | Methods for nucleic acid sequence determination |
| JP2008512084A (ja) | 2004-05-25 | 2008-04-24 | ヘリコス バイオサイエンシーズ コーポレイション | 核酸の配列決定のための方法およびデバイス |
| US20080103053A1 (en) | 2005-11-22 | 2008-05-01 | Helicos Biosciences Corporation | Methods and compositions for sequencing a nucleic acid |
| US20080026379A1 (en) | 2006-07-31 | 2008-01-31 | Siddiqi Suhaib M | Nucleotide analogs |
| US20070117103A1 (en) | 2005-11-22 | 2007-05-24 | Buzby Philip R | Nucleotide analogs |
| US20070117104A1 (en) | 2005-11-22 | 2007-05-24 | Buzby Philip R | Nucleotide analogs |
| US7759061B2 (en) | 2004-06-02 | 2010-07-20 | Twistdx, Inc. | 2′-nitrobenzyl-modified ribonucleotides |
| US20060073493A1 (en) | 2004-06-15 | 2006-04-06 | Applera Corporation | Method of sequencing a genome |
| US8032310B2 (en) | 2004-07-02 | 2011-10-04 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy | Computer-implemented method, computer readable storage medium, and apparatus for identification of a biological sequence |
| US7315637B2 (en) | 2004-07-16 | 2008-01-01 | Bioarray Solutions Ltd. | Image processing and analysis of array data |
| US7276720B2 (en) | 2004-07-19 | 2007-10-02 | Helicos Biosciences Corporation | Apparatus and methods for analyzing samples |
| US7170050B2 (en) | 2004-09-17 | 2007-01-30 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Apparatus and methods for optical analysis of molecules |
| US20070048748A1 (en) | 2004-09-24 | 2007-03-01 | Li-Cor, Inc. | Mutant polymerases for sequencing and genotyping |
| US8986614B2 (en) | 2010-02-23 | 2015-03-24 | Rheonix, Inc. | Self-contained biological assay apparatus, methods, and applications |
| US20060105349A1 (en) | 2004-11-12 | 2006-05-18 | Promega Corporation | Device and method for purification of biological materials |
| EP1817572A2 (en) | 2004-11-16 | 2007-08-15 | Helicos Biosciences Corporation | An optical train and method for tirf single molecule detection and analysis |
| US20070070349A1 (en) | 2005-09-23 | 2007-03-29 | Helicos Biosciences Corporation | Optical train and method for TIRF single molecule detection and analysis |
| GB0427236D0 (en) | 2004-12-13 | 2005-01-12 | Solexa Ltd | Improved method of nucleotide detection |
| WO2006074351A2 (en) | 2005-01-05 | 2006-07-13 | Agencourt Personal Genomics | Reversible nucleotide terminators and uses thereof |
| EP1681555B1 (en) | 2005-01-18 | 2007-03-21 | Roche Diagnostics GmbH | Imaging of fluorescence signals using telecentric excitation and imaging optics |
| US7482120B2 (en) | 2005-01-28 | 2009-01-27 | Helicos Biosciences Corporation | Methods and compositions for improving fidelity in a nucleic acid synthesis reaction |
| EP1844328A4 (en) | 2005-01-31 | 2009-09-16 | Pacific Biosciences California | USE OF REVERSIBLE EXTENSION TERMINATOR IN NUCLEIC ACID SEQUENCING |
| US8212020B2 (en) | 2005-03-11 | 2012-07-03 | Steven Albert Benner | Reagents for reversibly terminating primer extension |
| US7544794B1 (en) | 2005-03-11 | 2009-06-09 | Steven Albert Benner | Method for sequencing DNA and RNA by synthesis |
| EP1888743B1 (en) | 2005-05-10 | 2011-08-03 | Illumina Cambridge Limited | Improved polymerases |
| GB0514910D0 (en) | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Method for sequencing a polynucleotide template |
| US7480593B2 (en) | 2005-08-03 | 2009-01-20 | Suresh Gopalan | Methods and systems for high confidence utilization of datasets |
| GB0517097D0 (en) | 2005-08-19 | 2005-09-28 | Solexa Ltd | Modified nucleosides and nucleotides and uses thereof |
| US7666593B2 (en) | 2005-08-26 | 2010-02-23 | Helicos Biosciences Corporation | Single molecule sequencing of captured nucleic acids |
| WO2007027146A1 (en) | 2005-08-30 | 2007-03-08 | Raydon Engineering Ab | Security system |
| CN102621053B (zh) | 2005-09-21 | 2015-05-06 | 卢米尼克斯股份有限公司 | 图像数据处理的方法和系统 |
| JP4955244B2 (ja) | 2005-09-27 | 2012-06-20 | 横河電機株式会社 | バイオチップ読み取り装置およびバイオチップ読み取り方法 |
| US20070082358A1 (en) | 2005-10-11 | 2007-04-12 | Roderic Fuerst | Sequencing by synthesis based ordered restriction mapping |
| WO2007053719A2 (en) | 2005-10-31 | 2007-05-10 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Chemically cleavable 3'-o-allyl-dntp-allyl-fluorophore fluorescent nucleotide analogues and related methods |
| US7982029B2 (en) | 2005-10-31 | 2011-07-19 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Synthesis of four color 3′O-allyl, modified photocleavable fluorescent nucleotides and related methods |
| US7998717B2 (en) | 2005-12-02 | 2011-08-16 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Mitigation of photodamage in analytical reactions |
| JP5368108B2 (ja) | 2005-12-21 | 2013-12-18 | エフ．ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | 可逆的停止ヌクレオチドを利用する配列決定法および遺伝型解析法 |
| EP3056575B1 (en) | 2005-12-22 | 2017-10-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerases for nucleotide analogue incorporation |
| US20070177799A1 (en) | 2006-02-01 | 2007-08-02 | Helicos Biosciences Corporation | Image analysis |
| JP5808515B2 (ja) | 2006-02-16 | 2015-11-10 | ４５４ ライフ サイエンシーズ コーポレイション | 核酸配列データのプライマー伸長誤差を補正するためのシステムおよび方法 |
| US20070196832A1 (en) | 2006-02-22 | 2007-08-23 | Efcavitch J William | Methods for mutation detection |
| CA2648149A1 (en) | 2006-03-31 | 2007-11-01 | Solexa, Inc. | Systems and devices for sequence by synthesis analysis |
| US7282337B1 (en) | 2006-04-14 | 2007-10-16 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for increasing accuracy of nucleic acid sequencing |
| US9377407B2 (en) | 2006-04-19 | 2016-06-28 | It-Is International Limited | Reaction monitoring |
| US8429108B2 (en) | 2006-05-11 | 2013-04-23 | Geistiges Eigentum, Inc. | Fast computation of compact poset isomorphism certificates using position weights |
| EP2021415B1 (en) | 2006-05-18 | 2017-03-15 | Illumina Cambridge Limited | Dye compounds and the use of their labelled conjugates |
| US8116988B2 (en) | 2006-05-19 | 2012-02-14 | The University Of Chicago | Method for indexing nucleic acid sequences for computer based searching |
| US7846391B2 (en) | 2006-05-22 | 2010-12-07 | Lumencor, Inc. | Bioanalytical instrumentation using a light source subsystem |
| WO2008002502A2 (en) | 2006-06-23 | 2008-01-03 | Illumina, Inc. | Devices and systems for creation of dna cluster arrays |
| US7745129B1 (en) | 2006-07-12 | 2010-06-29 | Kenneth David Schatz | Methods for sequencing of a necleic acid |
| WO2008037568A2 (en) | 2006-09-04 | 2008-04-03 | Quiatech Ab | Reversible terminators for efficient sequencing by synthesis |
| WO2008042067A2 (en) | 2006-09-28 | 2008-04-10 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for nucleotide sequencing |
| US8758682B2 (en) | 2006-09-29 | 2014-06-24 | Ge Healthcare Bio-Sciences Ab | Method and device for small scale reactions |
| WO2008069973A2 (en) | 2006-12-01 | 2008-06-12 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Four-color dna sequencing by synthesis using cleavable fluorescent nucleotide reversible terminators |
| US20080138804A1 (en) | 2006-12-12 | 2008-06-12 | Helicos Biosciences Corporation | Buffer composition |
| JP2010516285A (ja) | 2007-01-26 | 2010-05-20 | イルミナ インコーポレイテッド | 核酸配列決定システムおよび方法 |
| EP2121983A2 (en) | 2007-02-02 | 2009-11-25 | Illumina Cambridge Limited | Methods for indexing samples and sequencing multiple nucleotide templates |
| US8612161B2 (en) | 2008-03-19 | 2013-12-17 | Intelligent Biosystems Inc. | Methods and compositions for base calling nucleic acids |
| CA3135182C (en) | 2007-04-04 | 2024-01-23 | Ande Corporation | Plastic microfluidic separation and detection platforms |
| WO2008134867A1 (en) | 2007-05-04 | 2008-11-13 | Genizon Biosciences Inc. | Methods, kits, and systems for nucleic acid sequencing by hybridization |
| US7714303B2 (en) | 2007-05-10 | 2010-05-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and systems for analyzing fluorescent materials with reduced authofluorescence |
| US20100167413A1 (en) | 2007-05-10 | 2010-07-01 | Paul Lundquist | Methods and systems for analyzing fluorescent materials with reduced autofluorescence |
| US9163053B2 (en) | 2007-05-18 | 2015-10-20 | Fluidigm Corporation | Nucleotide analogs |
| US8703422B2 (en) | 2007-06-06 | 2014-04-22 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and processes for calling bases in sequence by incorporation methods |
| EP2155855B1 (en) | 2007-06-06 | 2016-10-12 | Pacific Biosciences of California, Inc. | Methods and processes for calling bases in sequence by incorporation methods |
| EP2181204A2 (en) | 2007-08-23 | 2010-05-05 | Applied Biosystems Inc. | Methods of modifying support surfaces for the immobilization of particles and the use of the immobilized particles for analyzing nucleic acids |
| EP2940029B1 (en) | 2007-10-19 | 2023-11-29 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Design and synthesis of cleavable fluorescent nucleotides as reversible terminators for dna sequencing by synthesis |
| CN101910399B (zh) | 2007-10-30 | 2015-11-25 | 考利达基因组股份有限公司 | 用于核酸高通量测序的装置 |
| WO2009085328A1 (en) | 2008-01-03 | 2009-07-09 | Helicos Biosciences Corporation | Molecules and methods for nucleic acid sequencing |
| AU2009212165A1 (en) | 2008-02-07 | 2009-08-13 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | CIS reactive oxygen quenchers integrated into linkers |
| US20090298131A1 (en) | 2008-02-19 | 2009-12-03 | Intelligent Biosystems, Inc. | Non-Emulsion Methods And Masked Biomolecules |
| US9017973B2 (en) | 2008-03-19 | 2015-04-28 | Intelligent Biosystems, Inc. | Methods and compositions for incorporating nucleotides |
| US8271206B2 (en) | 2008-04-21 | 2012-09-18 | Softgenetics Llc | DNA sequence assembly methods of short reads |
| US20110045489A1 (en) | 2008-04-22 | 2011-02-24 | New England Biolabs, Inc. | Polymerases for Incorporating Modified Nucleotides |
| US8058414B2 (en) | 2008-04-29 | 2011-11-15 | Life Technologies Corporation | Unnatural polymerase substrates that can sustain enzymatic synthesis of double stranded nucleic acids from a nucleic acid template and methods of use |
| US8039817B2 (en) | 2008-05-05 | 2011-10-18 | Illumina, Inc. | Compensator for multiple surface imaging |
| DE102008025618A1 (de) * | 2008-05-28 | 2009-12-03 | Minebea Co., Ltd. | Fluiddynamisches Lagersystem |
| BRPI0915173B8 (pt) | 2008-06-11 | 2021-05-25 | Agilent Technologies Inc | compostos de nucleotídeos e nucleosídeos e método de sequenciamento de um ácido nucleico-alvo |
| US8407012B2 (en) | 2008-07-03 | 2013-03-26 | Cold Spring Harbor Laboratory | Methods and systems of DNA sequencing |
| US8831316B2 (en) | 2008-07-31 | 2014-09-09 | Anastasia Tyurina | Point source detection |
| US20100227327A1 (en) | 2008-08-08 | 2010-09-09 | Xiaoliang Sunney Xie | Methods and compositions for continuous single-molecule nucleic acid sequencing by synthesis with fluorogenic nucleotides |
| US20100036110A1 (en) | 2008-08-08 | 2010-02-11 | Xiaoliang Sunney Xie | Methods and compositions for continuous single-molecule nucleic acid sequencing by synthesis with fluorogenic nucleotides |
| US20100063742A1 (en) | 2008-09-10 | 2010-03-11 | Hart Christopher E | Multi-scale short read assembly |
| US8486630B2 (en) | 2008-11-07 | 2013-07-16 | Industrial Technology Research Institute | Methods for accurate sequence data and modified base position determination |
| US8370079B2 (en) | 2008-11-20 | 2013-02-05 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Algorithms for sequence determination |
| US20100157086A1 (en) | 2008-12-15 | 2010-06-24 | Illumina, Inc | Dynamic autofocus method and system for assay imager |
| TWI482083B (zh) | 2008-12-15 | 2015-04-21 | Univ Nat Taiwan | 二階段式正規表示式比對處理方法及系統 |
| JP5581333B2 (ja) | 2008-12-18 | 2014-08-27 | サザン イノヴェーション インターナショナル プロプライアトリー リミテッド | 数学的変換を使用することによってパイルアップされたパルスを分離する方法および装置 |
| WO2010075188A2 (en) | 2008-12-23 | 2010-07-01 | Illumina Inc. | Multibase delivery for long reads in sequencing by synthesis protocols |
| WO2010075570A2 (en) | 2008-12-24 | 2010-07-01 | New York University | Methods, computer-accessible medium, and systems for score-driven whole-genome shotgun sequence assemble |
| US8407554B2 (en) | 2009-02-03 | 2013-03-26 | Complete Genomics, Inc. | Method and apparatus for quantification of DNA sequencing quality and construction of a characterizable model system using Reed-Solomon codes |
| US8929630B2 (en) | 2009-03-27 | 2015-01-06 | Life Technologies Corporation | Systems and methods for assessing images |
| US8300971B2 (en) | 2009-04-17 | 2012-10-30 | LevelSet Systems, Inc. | Method and apparatus for image processing for massive parallel DNA sequencing |
| US20100330569A1 (en) | 2009-04-23 | 2010-12-30 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Hydroxymethyl Linkers For Labeling Nucleotides |
| WO2010129019A2 (en) | 2009-04-27 | 2010-11-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Real-time sequencing methods and systems |
| WO2010129301A2 (en) | 2009-04-27 | 2010-11-11 | New York University | Method, computer-accessible medium and system for base-calling and alignment |
| WO2011011738A2 (en) | 2009-07-24 | 2011-01-27 | Life Technologies Corporation | Illumination in biotech instruments |
| WO2011011823A1 (en) | 2009-07-29 | 2011-02-03 | Pyrobett Pte Ltd | Method and apparatus for conducting an assay |
| US8182994B2 (en) | 2009-09-15 | 2012-05-22 | Illumina Cambridge Limited | Centroid markers for image analysis of high denisty clusters in complex polynucleotide sequencing |
| KR101107315B1 (ko) | 2009-09-29 | 2012-01-20 | 한국과학기술연구원 | ３′―하이드록실기에 형광을 띄는 장애그룹이 부착된 뉴클레오시드 삼인산을 가역적 종결자로서 이용한 ｄｎａ 염기서열 분석 방법 |
| US8609339B2 (en) | 2009-10-09 | 2013-12-17 | 454 Life Sciences Corporation | System and method for emulsion breaking and recovery of biological elements |
| US9315857B2 (en) | 2009-12-15 | 2016-04-19 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags |
| US8965076B2 (en) | 2010-01-13 | 2015-02-24 | Illumina, Inc. | Data processing system and methods |
| US8603741B2 (en) | 2010-02-18 | 2013-12-10 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Single molecule sequencing with two distinct chemistry steps |
| WO2011106315A1 (en) | 2010-02-23 | 2011-09-01 | Rheonix, Inc. | Self-contained biological assay apparatus, methods, and applications |
| US20110257889A1 (en) | 2010-02-24 | 2011-10-20 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Sequence assembly and consensus sequence determination |
| US20130138358A1 (en) | 2010-02-24 | 2013-05-30 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Algorithms for sequence determination |
| US9165109B2 (en) | 2010-02-24 | 2015-10-20 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Sequence assembly and consensus sequence determination |
| DE202011003570U1 (de) | 2010-03-06 | 2012-01-30 | Illumina, Inc. | Systeme und Vorrichtungen zum Detektieren optischer Signale aus einer Probe |
| US8774494B2 (en) | 2010-04-30 | 2014-07-08 | Complete Genomics, Inc. | Method and system for accurate alignment and registration of array for DNA sequencing |
| WO2011142307A1 (ja) | 2010-05-10 | 2011-11-17 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 核酸分析デバイス、その製造法及び核酸分析装置 |
| US9670243B2 (en) | 2010-06-02 | 2017-06-06 | Industrial Technology Research Institute | Compositions and methods for sequencing nucleic acids |
| EP2752668A3 (en) | 2010-07-23 | 2014-10-15 | Beckman Coulter, Inc. | System Or Method Of Including Analytical Units |
| US8465922B2 (en) | 2010-08-26 | 2013-06-18 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and systems for monitoring reactions |
| US8483969B2 (en) | 2010-09-17 | 2013-07-09 | Illuminia, Inc. | Variation analysis for multiple templates on a solid support |
| US10273540B2 (en) | 2010-10-27 | 2019-04-30 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatuses for estimating parameters in a predictive model for use in sequencing-by-synthesis |
| US8666678B2 (en) | 2010-10-27 | 2014-03-04 | Life Technologies Corporation | Predictive model for use in sequencing-by-synthesis |
| US20130060482A1 (en) | 2010-12-30 | 2013-03-07 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing |
| US10241075B2 (en) | 2010-12-30 | 2019-03-26 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing |
| US8951781B2 (en) | 2011-01-10 | 2015-02-10 | Illumina, Inc. | Systems, methods, and apparatuses to image a sample for biological or chemical analysis |
| US8594951B2 (en) | 2011-02-01 | 2013-11-26 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for nucleic acid sequence analysis |
| US8427637B2 (en) | 2011-03-28 | 2013-04-23 | Analogic Corporation | Optical detection system |
| WO2012162429A2 (en) | 2011-05-23 | 2012-11-29 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using raman and infrared spectroscopy detection |
| GB2497317A (en) | 2011-12-06 | 2013-06-12 | Univ Dublin | System and method for the detection of analytes using rod-shaped nanoparticles |
| WO2013012440A2 (en) | 2011-07-21 | 2013-01-24 | Cornell University | Methods and devices for dna sequencing and molecular diagnostics |
| US20140356884A1 (en) | 2011-08-23 | 2014-12-04 | Sukant Mittal | Boundary Layer Suction for Cell Capture |
| WO2013033119A1 (en) | 2011-08-29 | 2013-03-07 | Accumente, Llc | Utilizing multiple processing units for rapid training of hidden markov models |
| WO2013049135A1 (en) | 2011-09-26 | 2013-04-04 | Gen-Probe Incorporated | Algorithms for sequence determinations |
| US8637242B2 (en) | 2011-11-07 | 2014-01-28 | Illumina, Inc. | Integrated sequencing apparatuses and methods of use |
| KR20130051647A (ko) | 2011-11-10 | 2013-05-21 | 한국전자통신연구원 | 자성 입자를 이용한 바이오 물질의 분석 방법 |
| EP4219012A1 (en) | 2012-04-03 | 2023-08-02 | Illumina, Inc. | Method of imaging a substrate comprising fluorescent features and use of the method in nucleic acid sequencing |
| US8209130B1 (en) | 2012-04-04 | 2012-06-26 | Good Start Genetics, Inc. | Sequence assembly |
| US9150907B2 (en) | 2012-04-27 | 2015-10-06 | General Electric Company | Microfluidic flow cell assemblies and method of use |
| US9646132B2 (en) | 2012-05-11 | 2017-05-09 | Life Technologies Corporation | Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations |
| WO2014055963A1 (en) | 2012-10-05 | 2014-04-10 | California Institute Of Technology | Methods and systems for microfluidics imaging and analysis |
| WO2014165554A1 (en) | 2013-04-03 | 2014-10-09 | Life Technologies Corporation | Systems and methods for genetic sequencing |
| KR101869090B1 (ko) | 2013-08-08 | 2018-06-20 | 일루미나, 인코포레이티드 | 플로우 셀로의 시약 전달을 위한 유체 시스템 |
-
2013
- 2013-03-14 US US13/802,957 patent/US9146248B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2014
- 2014-03-11 JP JP2016501241A patent/JP6495885B2/ja active Active
- 2014-03-11 CN CN201480027942.7A patent/CN105492626B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2014-03-11 WO PCT/US2014/023474 patent/WO2014159409A1/en active Application Filing
- 2014-03-11 EP EP14775086.3A patent/EP2971176A4/en not_active Withdrawn
- 2014-03-11 AU AU2014240564A patent/AU2014240564B2/en not_active Ceased
Patent Citations (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN1717280A (zh) * | 2002-11-28 | 2006-01-04 | 英国国防部 | 用于处理流体样本的设备 |
| WO2008097455A1 (en) * | 2007-02-05 | 2008-08-14 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Detection device and methods of use |
| US20100323350A1 (en) * | 2007-02-05 | 2010-12-23 | Intelligent Biosystems, Inc. | Methods And Devices For Sequencing Nucleic Acids In Smaller Batches |
| US20100166612A1 (en) * | 2008-12-24 | 2010-07-01 | Life Technologies Corporation | Biological analysis systems, devices and methods |
| US20110052446A1 (en) * | 2009-08-31 | 2011-03-03 | Life Technologies Corporation | Flow cells and methods of filling and using same |
| CN103402641A (zh) * | 2011-03-08 | 2013-11-20 | 莱顿大学 | 用于处理液体或基于液体的物质的装置和方法 |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN109313213A (zh) * | 2017-01-05 | 2019-02-05 | 伊鲁米那股份有限公司 | 用于选择性流出物收集的系统和方法 |
| CN110488026A (zh) * | 2018-05-15 | 2019-11-22 | 伊鲁米那股份有限公司 | 具有柔性连接的流动池 |
| CN112834771A (zh) * | 2019-11-22 | 2021-05-25 | 株式会社日立高新技术 | 自动分析装置 |
| CN112834771B (zh) * | 2019-11-22 | 2024-05-17 | 株式会社日立高新技术 | 自动分析装置 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP2971176A1 (en) | 2016-01-20 |
| CN105492626B (zh) | 2018-05-04 |
| WO2014159409A1 (en) | 2014-10-02 |
| US20140259607A1 (en) | 2014-09-18 |
| US9146248B2 (en) | 2015-09-29 |
| JP6495885B2 (ja) | 2019-04-03 |
| JP2016511001A (ja) | 2016-04-14 |
| AU2014240564B2 (en) | 2019-11-21 |
| EP2971176A4 (en) | 2016-11-16 |
| AU2014240564A1 (en) | 2015-10-15 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN105492626A (zh) | 用于核酸测序仪器中的流动池的清除装置和方法 | |
| JP5535234B2 (ja) | 改良ガス管理を有する電気浸透流ポンプ | |
| US10167505B2 (en) | Integrated sequencing apparatuses and methods of use | |
| GB2588716A (en) | Flow cell device and use thereof | |
| CN109562384B (zh) | 用于样品分析与处理的快速热循环 | |
| JP4877710B2 (ja) | 液体処理装置および液体供給方法 | |
| JP2009532031A5 (zh) | ||
| JP7180060B2 (ja) | 病理標本作製装置、病理標本作製システム | |
| KR20140129040A (ko) | 액 처리 장치 및 액 처리 방법 | |
| CN1717280A (zh) | 用于处理流体样本的设备 | |
| CN102199529A (zh) | 一种生物芯片杂交系统 | |
| JP2016511001A5 (zh) | ||
| JP2003248008A (ja) | 反応液の攪拌方法 | |
| US20170089836A1 (en) | Analysis Device | |
| US11478791B2 (en) | Flow control and processing cartridge | |
| US20190329240A1 (en) | Analysis Apparatus | |
| US7722751B2 (en) | Apparatus for regulating salt concentration using electrodialysis, lab-on-a-chip including the same, and method of regulating salt concentration using the apparatus | |
| US20110021749A1 (en) | Chemical Plugs used with Automated Organic Polymer Synthesizers | |
| US20090275034A1 (en) | Temperature control system | |
| KR101254326B1 (ko) | 초임계 유체와 약액의 혼합장치 및 그것을 사용하여 초임계유체 혼합물을 공급하는 방법 | |
| US20220323963A1 (en) | Sample processing cartridge for use with a dna sequencer | |
| CN110734851B (zh) | 换液装置、基因测序仪 | |
| CN114096853A (zh) | 微流路器件、使用微流路器件的试验方法以及使用微流路器件的试验装置 | |
| JP2009106222A (ja) | 標的核酸のリアルタイムｐｃｒ方法及びその装置 | |
| Roh et al. | Physico-chemical characterization of caesium and strontium using fluorescent intensity of bacteria in a microfluidic platform |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| CP01 | Change in the name or title of a patent holder | ||
| CP01 | Change in the name or title of a patent holder |
Address after: Massachusetts, USA Patentee after: Kay Jay Walther M Co. Address before: Massachusetts, USA Patentee before: Smart Biosystems APS |
|
| TR01 | Transfer of patent right | ||
| TR01 | Transfer of patent right |
Effective date of registration: 20180720 Address after: American Maryland Patentee after: INTELLIGENT BIO-SYSTEMS, Inc. Address before: Massachusetts, USA Patentee before: Kay Jay Walther M Co. |
|
| CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee | ||
| CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |
Granted publication date: 20180504 |