CN105307683A - 治疗癌症和预防癌症药物抗性的方法 - Google Patents

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Abstract

本文中提供使用本文中描述的染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)来治疗和/或预防癌症药物抗性的方法。

Description

治疗癌症和预防癌症药物抗性的方法
对相关申请的交叉引用
本申请要求2013年3月14日提交的美国专利申请No.61/785,645的优先权，通过援引将其内容收入本文。
发明领域
本文中提供使用本文中描述的染色质修饰剂(chromatinmodifier)调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)来治疗和/或预防癌症药物抗性的方法。
发明背景
相对快速获得对癌症药物的抗性仍然是成功癌症疗法的一项关键障碍。阐明此类药物抗性的分子基础的巨大努力已揭示了多种机制，包括药物外流、靶物的药物结合缺陷突变体的获得、备选存活途径的卷入、和后生改变。一般认为此类机制反映肿瘤细胞群体内在药物治疗期间选择的罕见的、随机的抗性赋予性遗传改变的存在。参见Sharma等人，Cell141(1)：69-80(2010)。在癌症疗法中越来越多观察到的一种现象是所谓的“再治疗响应”。例如，一些对EGFR(表皮生长因子受体)酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗响应较好且稍后经历疗法失败的非小细胞肺癌(NSCLC)患者在“药物假期”后展现对对EGFRTKI再治疗的第二响应。参见Kurata等人，Ann.Oncol.15：173-174(2004)；Yano等人，Oncol.Res.15：107-111(2005)。对数种其它抗癌剂较好地建立了类似的再治疗响应。参见Cara和Tannock，Ann.Oncol.12：23-27(2001)。此类发现提示获得性的对癌症药物的抗性可能牵涉可逆“药物耐受”状态，其机制基础仍然有待确立。
各种人肿瘤细胞系内可逆“药物耐受性”细胞群体的存在已显示出经IGF-1受体信号传导的卷入和需要组蛋白脱甲基酶KDM5A的染色质状态改变得以维持。虽然已在许多展现获得性药物抗性的癌症患者中鉴定出一些特定抗性赋予性突变，但是突变和非突变机制对药物抗性的相对贡献及各肿瘤细胞亚群的作用仍然有些不清楚。需要新的治疗方法来成功解决癌症细胞群体内的异质性和癌细胞对药物治疗的抗性的出现。
发明概述
本文中提供使用染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)的方法，例如用于在个体中治疗癌症和/或预防药物抗性。在一些实施方案中，选择该个体用癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)治疗。在一些实施方案中，该个体在该癌症疗法药剂的治疗之前开始包括施用该染色质修饰剂调控剂的治疗。在一些实施方案中，该个体并行接受包括该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂的治疗。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂延长癌敏感性时段和/或延迟形成癌抗性。
另一方面，本文中提供使用染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的组合疗法。
特别地，本文中提供在个体中治疗癌症的方法，其包括对该个体施用(a)染色质修饰剂调控剂和(b)癌症疗法药剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂各自的量有效延长癌敏感性时段和/或延迟癌细胞形成对该癌症疗法药剂的抗性。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂各自的量有效提高包含该癌症疗法药剂的癌症治疗的功效。例如，在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂各自的量与包括在没有该染色质修饰剂调控剂的情况下(在该染色质修饰剂调控剂缺失下)施用有效量的该癌症疗法药剂的标准治疗相比有效提高功效。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂各自的量与包括在没有该染色质修饰剂调控剂的情况下(在该染色质修饰剂调控剂缺失下)施用有效量的该癌症疗法药剂的标准治疗相比有效提高响应(例如完全响应)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。
本文中还提供在个体中提高包含癌症疗法药剂的癌症治疗的功效的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂。
本文中提供在个体中治疗癌症的方法，其中癌症治疗包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的癌症疗法药剂，其中该癌症治疗具有与包括在没有该染色质修饰剂调控剂的情况下(在该染色质修饰剂调控剂缺失下)施用有效量的该癌症疗法药剂的标准治疗相比升高的功效。
另外，本文中提供在个体中延迟和/或阻止癌症形成对癌症疗法药剂的抗性的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂。
本文中提供治疗形成对癌症疗法药剂的抗性的可能性升高的具有癌症的个体的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂。
另外，本文中提供在具有癌症的个体中提高对癌症疗法药剂的敏感性的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂。
本文中还提供在具有癌症的个体中延长癌症疗法药剂敏感性时段的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂。
本文中提供在具有癌症的个体中延长对癌症疗法药剂的响应的持续时间的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是多梳阻抑复合物(polycombrepressivecomplex,PRC)的成员。在一些实施方案中，该PRC成员是多梳阻抑复合物1(PRC1)的成员。在一些实施方案中，该PRC1成员是RING1B、CBX3、CBX6、和CBX8中的一种或多种。在一些实施方案中，该PRC成员是多梳阻抑复合物2(PRC2)的成员。在一些实施方案中，该PRC2成员是EZH2、SUZ12、和/或EED。在一些实施方案中，该PRC2成员是EZH2。在一些实施方案中，该PRC2成员是SUZ12。在一些实施方案中，该PRC2成员是EED。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是EZH2抑制剂。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是小分子EZH2抑制剂。在一些实施方案中，该小分子EZH2抑制剂是N-((4,6-二甲基-2-氧-1,2-二氢吡啶-3-基)甲基)-5-(乙基(四氢-2H-吡喃-4-基)氨基)-4-甲基-4'-(吗啉代甲基)-[1,1'-二苯基]-3-甲酰胺(N-((4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-5-(ethyl(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)amino)-4-methyl-4'-(morpholinomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide)或其药学可接受盐。在一些实施方案中，该小分子EZH2抑制剂是(S)-1-(仲丁基)-N-((4,6-二甲基-2-氧-1,2-二氢吡啶-3-基)甲基)-3-甲基-6-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-1H-吲哚-4-乙酰胺((S)-1-(sec-butyl)-N-((4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-3-methyl-6-(6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl)-1H-indole-4-carboxamide)或其药学可接受盐。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是核小体重塑和脱乙酰基复合物(nucleosomeremodelinganddeacetylationcomplex,NuRD)的成员。在一些实施方案中，该NuRD成员是CHD4、RBBP4、HDAC1、HDAC2、和HDAC3中的一种或多种。在一些实施方案中，该NuRD成员是HDAC2和/或HDAC3。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是遍在蛋白缀合酶。在一些实施方案中，该遍在蛋白缀合酶是UBE2A和/或UBE2B。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是ATRX、MYST4、CDYL、LRWD1、CHD7、PHF10、PHF12、PHF23、CHD1、MGEA5、MLLT10、SIRT4、TP53BP1、BRDT、CBX6、EVI1、GTF3C4、HIRA、MPHOSPH8、NCOA1、RBBP5、TDRD7、和ZCWPW1中的一种或多种。在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是ATRX、MYST4、CDYL、LRWD1、CHD7、PHF10、PHF12、PHF23、和CHD1中的一种或多种。在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是MGEA5、MLLT10、SIRT4、TP53BP1、ATRX、BRDT、CBX6、CHD1、EVI1、GTF3C4、HIRA、MPHOSPH8、NCOA1、RBBP5、TDRD7、和ZCWPW1中的一种或多种。
在任何所述方法的一些实施方案中，该癌症疗法药剂是靶向疗法。在一些实施方案中，该靶向疗法是EGFR拮抗剂。在任何所述方法的一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-二(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺(N-(3-ethynylphenyl)-6,7-bis(2-methoxyethoxy)-4-quinazolinamine)和/或其药学可接受盐。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-二(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺。
在任何所述方法的一些实施方案中，该癌症疗法药剂是化疗。在一些实施方案中，该化疗是紫杉烷(taxane)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛(paclitaxel)。
在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。
在任何所述方法的一些实施方案中，该癌症是肺癌。在一些实施方案中，该肺癌是NSCLC。
附图简述
图1|对药物耐受坚持者(DTP)的siRNA筛选最初是使用人非小细胞肺癌细胞系PC9使用实时汇合测量(ESSENIncucyte读出)和细胞存活力终点读出(CyQuant直接细胞增殖测定法)而开发和执行的。筛选是基于药物处理后DTP的存活和恢复而开发的。筛选由三个阶段组成：转染，药物或培养基处理和恢复阶段。最终的细胞数是基于Cyquant直接细胞增殖测定法信号测定的。
图2A-B|在完全独立的条件中运行siRNA筛选两次。对于这两次siRNA筛选运行，基于培养基和厄洛替尼处理条件之间(对于非靶向对照(NTC))以及非靶向对照和阳性对照(HDAC3siRNA单一3)之间(在厄洛替尼处理条件中)的差异计算Z因子。对于这两次筛选，比较这些条件的Z因子值介于0.5和1之间，确保是一种卓越的测定法。
图3A-D|在培养基和厄洛替尼处理二者中对于每一种条件将每孔细胞数通过每板每孔平均细胞数标准化。计算在两块不同板间运行的重复孔之间的相关性。
图4A-B|对于这两次siRNA筛选，基于培养基和厄洛替尼处理条件之间(对于非靶向对照(NTC))以及非靶向对照和阳性对照(HDAC3siRNA单一3)之间(在厄洛替尼处理条件中)的差异计算Z因子。对于这两次筛选，比较这些条件的Z因子值介于0.5和1之间，确保是一种卓越的测定法。
图5A-O|siRNA筛选运行#1和2中对于各种染色质修饰剂鉴定为命中的每孔细胞数：A：ATRX，B：UBE2A，C：UBE2B，D：MYST4，E：EZH2，F：HDAC2，G：HDAC3，H：CDYL，I：LRWD1，J：CHD7，K：PHF10，L：PHF12，M：PHF23，N：CHD1，O：环1B。连同非靶向对照(NTC)的数据一起呈现培养基(亲本细胞：菱形条)和厄洛替尼(药物耐受坚持者(DTP)：实心灰色条)条件中的细胞数，用4种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenomesiRNA)。
图6|siRNA敲低多梳组(PcG)多蛋白质PRC1样复合物(PRC1)的各种基本成分(RING1B，CBX2，CBX3，CBX4，CBX6，CBX7，CBX8)对PC9亲本(实心灰色条：培养基条件)和DTP(菱形条：厄洛替尼条件)细胞数的影响，使用每种基因的4种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenomesiRNA)。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。
图7|siRNA敲低PRC1和2的各种成分(EZH1，EZH2，SUZ12，EED，RBBP4，HDAC1，HDAC2)对PC9亲本(实心灰色条：培养基条件)或DTP(菱形条：厄洛替尼条件)细胞数的影响，使用每种基因的4种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenomesiRNA)。对于胚胎外胚层发育(EED)蛋白和HDAC1，使用8种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome(4种)和On-TargetPlus(OTP)(4种)siRNA)。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。
图8A-C|siRNA敲低PRC2复合物的基本成分(EZH2(A)，SUZ12(B)和EED(C))对PC9亲本(黑色条：培养基条件)或DTP(浅灰色条：厄洛替尼条件)细胞数的影响，使用每种基因的8种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome(4种)和On-TargetPlus(OTP)(4种))。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。
图9A-C|siRNA敲低PRC2复合物的基本成分(EZH2(A)，SUZ12(B)和EED(C))对H1299亲本(黑色条：培养基条件)或DTP(浅灰色条：帕利他赛条件)细胞数的影响，使用每种基因的8种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome(4种)和On-TargetPlus(OTP)(4种))。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。
图10A-C|siRNA敲低PRC2复合物的基本成分(EZH2(A)，SUZ12(B)和EED(C))对用(浅灰色条)或没有厄洛替尼(黑色条)处理的PC9物耐受建立坚持者(DTEP)的影响，使用每种基因的8种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome(4种)和On-TargetPlus(OTP)(4种))。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。
图11A-C|3-deazaneplanocinA(DZNep)的影响，它是3-脱氮腺苷的一种环戊烯基类似物，先前记载为以剂量依赖性方式(0.2-1μM)在培养的人急性髓样白血病中消减EZH2水平和抑制组蛋白H3上的赖氨酸27的三甲基化(Fiskus，W.etal.(2009)Blood114(13)，2733-2743)。于范围为0.625至40μM的浓度测试DZNep(A)。用DZNep(DZNep/培养基或DZNep/厄洛替尼)或DMSO对照(DMSO/培养基或DMSO/厄洛替尼)处理PC9细胞48小时，之后用(DTP)(DMSO/厄洛替尼或DZNep/厄洛替尼)或没有厄洛替尼(亲本)(DMSO/培养基或DZNep/培养基)处理72小时。在单独的培养基中的48-72小时恢复阶段之后测定细胞数。DZNep于5(B)和0.625μM(C)对PC9亲本(实心灰色条：培养基条件)或DTP(菱形条：厄洛替尼条件)细胞数的影响。
图12|siRNA敲低组蛋白脱乙酰酶NuRD复合物的基本成分(CHD4，MBD3，RBBP4，HDAC1，HDAC2)对PC9亲本(实心灰色条：培养基条件)或DTP(菱形条：厄洛替尼条件)细胞数的影响，使用每种基因的8种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome(4种)和On-TargetPlus(OTP)(4种))。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。
图13A-B|与其它染色质修饰剂(浅灰色点)相比，siRNA敲低ATRX(与词相关的深灰色点)对H1299亲本(X轴：培养基条件)或DTP(Y轴：帕利他赛条件)Z得分(计算基于所有筛选板之间的NTC对照，在针对每块板的NTC对照的数据标准化之后)的影响，使用每种基因的4种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome)。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)(右边的深灰色点)和siTOX对照(左边的深灰色点)的数据一起呈现数据。
图14A-B|(A)使用厄洛替尼处理在PC9细胞中鉴定的阳性siRNA的表。(B)使用帕利他赛处理在H1299细胞中鉴定的阳性siRNA的表。
图15A-C|在PC9DTP中组蛋白H3K27me3升高而H3K27Ac降低。(A)组蛋白H3尾部和翻译后修饰的氨基酸位置的示意图。包括SUZ12，EZH2，和EED的PRC2复合物甲基化K27。(B)与亲本PC9细胞系相比，在PC9DTP中组蛋白H3K27me3升高而H3K27Ac降低，如Western印迹显示的。(C)与亲本PC9细胞系相比，在PC9DTP中组蛋白H3K27me3升高而H3K27Ac降低，如质谱术测量的。
图16A-C|DTP在多种模型中展示升高的对HDAC抑制剂的敏感性。(A)在单独的培养基中或在25nMHDAC抑制剂TSA存在下用2.5Gy处理SKBR3。(B)在单独的培养基中或在25nMHDAC抑制剂TSA存在下用10Gy处理SKBR3。(C)在单独的培养基中或在25nMHDAC抑制剂TSA存在下用1μMLapatinib处理SKBR3。
图17A-C|HDAC(1)，2和3涉及药物耐受的建立。针对HDAC2和3的siRNA以及HDAC1/2或3偏向抑制剂破坏药物耐受状态。(A-B)siRNA敲低HDAC2和HDAC3的基本成分对PC9亲本(浅灰色条：培养基条件)或DTP(深灰色：厄洛替尼条件)细胞数的影响，使用每种基因的4种不同特异性siRNA。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。(C)(C1)HDAC1/2偏向抑制剂G946和(C2)HDAC3偏向抑制剂G877的影响。分别于50nM和5μM的浓度测试G946和G877。用(DTP)(DMSO/厄洛替尼或HDAC抑制剂/厄洛替尼)(C1和C2)或没有厄洛替尼(亲本)(DMSO/培养基或HDAC抑制剂/培养基)(数据未显示)处理PC9细胞30天。厄洛替尼浓度为1μM。
图18|PC9异种移植物中使用TSA(0.5mg/kg)的HDAC抑制对厄洛替尼响应的影响。
图19A-B|PRC2的成员EZH2涉及药物耐受的建立。针对EZH2的siRNA或和EZH2抑制剂的小分子抑制剂(GSK126)破坏药物耐受状态。(A)siRNA敲低EZH2对PC9亲本(浅灰色条：培养基条件)或DTP(深灰色：厄洛替尼条件)细胞数的影响，使用每种基因的8种不同特异性siRNA(DharmaconsiGenome(4种)和On-TargetPlus(OTP)(4种))。连同相似处理条件中的非靶向(NTC)和siTOX对照的数据一起呈现数据。(B)于1μM的浓度测试GSK126的影响。用GSK126(用培养基或用厄洛替尼)或DMSO对照(DMSO/培养基或DMSO/厄洛替尼)处理PC9细胞4天，之后用(DTP)(DMSO/厄洛替尼或GSK126/厄洛替尼)(B，分别为左和右下)或没有厄洛替尼(亲本)(DMSO/培养基或GSK126/培养基)(B，分别为左和右上)处理30天。
图20A-D|EZH2抑制剂(GSK126)破坏药物耐受状态。(A)用厄洛替尼处理的PC9DTP中组蛋白H3K27me3的升高受EZH2小分子抑制剂(GSK126)于0.1，0.5，和2.5μM抑制，如Western显示。(B)分别在第9天和第3天用DMSO/厄洛替尼或GSK126/厄洛替尼于0.1，0.5，或2.5μM(深灰色条)或没有厄洛替尼(DMSO/培养基或GSK126/培养基)(浅灰色条)处理nuc-redPC9细胞并分析IncuCyteTM。(C)用DMSO/厄洛替尼或GSK126/厄洛替尼于2.5μM处理nuc-redPC9细胞9天并成像。(D)用DMSO/厄洛替尼或GSK126/厄洛替尼于2.5μM处理nuc-redPC9细胞30天并用Giemsa染色。对于图20A-D，厄洛替尼浓度为1μM。
图21A-B|EZH2抑制剂(GSK126和EPZ-6438)破坏药物耐受状态。(A)用PI3K抑制剂GDC-0908处理的EVSATDTP中组蛋白H3K27me3的升高受EZH2小分子抑制剂(GSK126于0.1，0.5，和2.5μM和EPZ-6438于0.05，0.1，和0.5μM)抑制，如Western印迹显示的。(B)分别在第9天和第3天用DMSO/GDC-0908，GSK126/GDC-0908于0.1，0.5，或2.5μM，或EPZ-6438/GDC-0908于0.05，0.1，和0.5μM(深灰色条)或没有GDC-0908(DMSO/培养基，GSK126/培养基，EPZ-6438/培养基)(浅灰色条)处理nuc-redEVSAT细胞并分析IncuCyteTM。对于图21A-B，GDC-0908浓度为2μM。
图22A-D|EZH2抑制剂(EPZ-6438)破坏药物耐受状态。(A)用厄洛替尼处理的PC9DTP中组蛋白H3K27me3的升高受EZH2小分子抑制剂(EPZ-6438)于0.05，0.1，0.5，1，和1.5μM抑制，如Western印迹显示的。(B)分别在第9天和第3天用DMSO/厄洛替尼或EPZ-6438/厄洛替尼于0.05，0.1，0.5，1，和1.5μM(深灰色条)或没有厄洛替尼(DMSO/培养基或EPZ-6438/培养基)(浅灰色条)处理nuc-redPC9细胞并分析IncuCyteTM。(C)用DMSO/厄洛替尼或EPZ-6438/厄洛替尼于1μM处理nuc-redPC9细胞9天并成像。(D)用DMSO/厄洛替尼或EPZ-64386/厄洛替尼于0.05，0.1，或1.0μM)处理nuc-redPC9细胞30天并用Giemsa染色。对于图22A-D，厄洛替尼浓度为1μM。
发明详述
I.定义
感兴趣多肽的“拮抗剂”(可互换称作“抑制剂”)是干扰感兴趣多肽的活化或功能，例如部分或完全阻断、抑制、或中和由感兴趣多肽介导的生物学活性的药剂。例如，多肽X的拮抗剂可以指部分或完全阻断、抑制、或中和由多肽X介导的生物学活性的任何分子。抑制剂的例子包括抗体；配体抗体；小分子拮抗剂；反义和抑制性RNA(例如shRNA)分子。优选地，抑制剂是结合感兴趣多肽的抗体或小分子。在一个特定实施方案中，抑制剂具有约1,000nM或更少的对感兴趣多肽的结合亲和力(解离常数)。在另一个实施方案中，抑制剂具有约100nM或更少的对感兴趣多肽的结合亲和力。在另一个实施方案中，抑制剂具有约50nM或更少的对感兴趣多肽的结合亲和力。在一个特定实施方案中，抑制剂共价结合至感兴趣多肽。在一个特定实施方案中，抑制剂以1,000nM或更少的IC50抑制感兴趣多肽的信号传导。在另一个实施方案中，抑制剂以500nM或更少的IC50抑制感兴趣多肽的信号传导。在另一个实施方案中，抑制剂以50nM或更少的IC50抑制感兴趣多肽的信号传导。在某些实施方案中，拮抗剂将感兴趣多肽的表达水平或生物学活性降低或抑制至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多。在一些实施方案中，感兴趣多肽为染色质修饰剂。在一些实施方案中，感兴趣多肽为EGFR。
除非另有说明，如本文中使用的，术语“多肽”指来自任何脊椎动物来源(包括哺乳类动物，诸如灵长类动物(例如人)和啮齿类动物(例如小鼠和大鼠))的任何天然感兴趣多肽。该术语涵盖“全长”、未加工多肽以及源自细胞中加工的任何形式的多肽。该术语还涵盖多肽的天然发生变体，例如剪接变体或等位变体。
“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用，指任何长度的核苷酸聚合物，包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、经过修饰的核苷酸或碱基、和/或其类似物，或者是可通过DNA或RNA聚合酶，或者通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸，诸如甲基化核苷酸及其类似物。若存在的话，对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在合成后进一步修饰，诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代，核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯、磷酸三酯、磷酰胺酯(phosphoamidate)、氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)的修饰，含有悬垂模块(pendantmoiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚L-赖氨酸等)的修饰，具有嵌入剂(例如吖啶、补骨脂素等)的修饰，含有螯合剂(例如金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰，含有烷化剂的修饰，具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomericnucleicacid)等)的修饰，以及未修饰形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖类中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团、磷酸(phosphate)基团替换，用标准保护基团保护，或活化以制备与别的核苷酸的别的连接，或者可缀合至固体或半固体支持物。可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似物形式，包括例如2’-氧-甲基-、2’-氧-烯丙基-、2’-氟-或2’-叠氮-核糖，碳环糖类似物，α-端基异构糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖、木糖或来苏糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖，无环类似物及脱碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))、P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))、(O)NR2(“酰胺酯”(amidate))、P(O)R、P(O)OR’、CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替代，其中R或R’各自独立为H或者取代或未取代的烃基(1-20个C)，任选含有醚(-O-)连接、芳基、烯基、环烃基、环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和DNA。
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小，优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子。
“分离的”抗体指已经与其天然环境的组分分开的抗体。在一些实施方案中，抗体纯化至大于95％或99％的纯度，如通过例如电泳(例如SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或层析(例如离子交换或反相HPLC)测定的。关于用于评估抗体纯度的方法的综述，见例如Flatman等人，J.Chromatogr.B848：79-87(2007)。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。
术语“抗感兴趣多肽抗体”和“结合感兴趣多肽的抗体”指能够以足够亲和力结合感兴趣多肽，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向感兴趣多肽的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)的测量，抗感兴趣多肽抗体结合无关的、非感兴趣多肽的蛋白质的程度小于该抗体对感兴趣多肽的结合的约10％。在某些实施方案中，结合感兴趣多肽的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM、或≤0.001nM(例如10-8M或更少、例如10-8M至10-13M、例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在某些实施方案中，抗感兴趣多肽抗体结合在来自不同物种的感兴趣多肽中保守的感兴趣多肽表位。在一些实施方案中，感兴趣多肽为染色质修饰剂。在一些实施方案中，感兴趣多肽为EGFR。
“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体实质性或完全抑制抗原的生物学活性。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有指示，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1：1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶Y的亲和力通常可以用解离常数(Kd)来表述。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性的实施方案。
“抗体片段”指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体结合的抗原的部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。
术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生，而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。
术语“全长抗体”、“完整抗体”、和“全抗体”在本文中可互换使用，指与天然抗体结构具有基本上类似的结构或者具有含有Fc区的重链的抗体。
如本文中使用的，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外，此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此，修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性，而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，可以通过多种技术来生成要依照本发明使用的单克隆抗体，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法、和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体，例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
“免疫缀合物”指与一种或多种异源分子，包括但不限于细胞毒剂缀合的抗体。
如本文中使用的，术语“靶向疗法”指结合感兴趣多肽且抑制特定感兴趣多肽的活性和/或活化的治疗剂。此类药剂的例子包括结合感兴趣多肽的抗体和小分子。
“化疗”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗的实例包括烷化剂类(alkylatingagents)，诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclosphosphamide)磺酸烷基酯类(alkylsulfonates)，诸如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines)，诸如苯佐替派(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、美妥替派(meturedopa)和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撑蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide)、三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚(dronabinol)，)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinicacid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan)CPT-11(伊立替康(irinotecan)，)、乙酰喜树碱、东莨菪亭(scopolectin)和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成类似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogenmustards)，诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、胆磷酰胺(chlorophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、双氯乙基甲胺(mechlorethamine)、盐酸氧氮芥(mechlorethamineoxidehydrochloride)、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥胆甾醇(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿嘧啶氮芥(uracilmustard)；亚硝脲类(nitrosoureas)，诸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类，诸如烯二炔类抗生素(enediyne)(如加利车霉素(calicheamicin)，尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Nicolaou等人，Angew.ChemIntl.Ed.Engl.,33：183-186(1994))；CDP323，一种口服α-4整联蛋白抑制剂；蒽环类抗生素(dynemicin)，包括dynemicinA；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、氨茴霉素(authramycin)、偶氮丝氨酸(azaserine)、博来霉素(bleomycin)、放线菌素C(cactinomycin)、carabicin、洋红霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素D(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)(包括吗啉代多柔比星、氰基吗啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星、盐酸多柔比星脂质体注射剂脂质体多柔比星TLCD-99PEG化脂质体多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C、霉酚酸(mycophenolicacid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(porfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链佐星(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类，诸如甲氨蝶呤、吉西他滨(gemcitabine)替加氟(tegafur)卡培他滨(capecitabine)埃坡霉素(epothilone)和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，诸如二甲叶酸(denopterin)、甲氨蝶呤、蝶酰三谷氨酸(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物，诸如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤(mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物，诸如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-氮尿苷、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、双脱氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素类，诸如卡鲁睾酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)、表硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类，诸如氨鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，诸如亚叶酸(frolinicacid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinicacid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptiniumacetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids)，诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖复合物(JHSNaturalProducts，Eugene，OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2”-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、疣孢菌素(verracurin)A、杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine) 达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid)，例如帕利他塞(paclitaxel)清蛋白改造的纳米颗粒剂型帕利他塞(ABRAXANETM)和多西他塞(docetaxel)苯丁酸氮芥(chloranbucil)；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂剂，诸如顺铂(cisplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)(例如)和卡铂(carboplatin)；长春药类(vincas)，其阻止微管蛋白聚合形成微管，包括长春碱(vinblastine)长春新碱(vincristine)长春地辛(vindesine)和长春瑞滨(vinorelbine)依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；亚叶酸(leucovorin)；能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类维A酸(retinoids)，诸如维A酸(retinoicacid)，包括贝沙罗汀(bexarotene)二膦酸盐类(bisphosphonates)，诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如或)、依替膦酸钠(etidronate)()、NE-58095、唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronicacid/zoledronate)阿伦膦酸盐(alendronate)帕米膦酸盐(pamidronate)替鲁膦酸盐(tiludronate)或利塞膦酸盐(risedronate)以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；及任何上述各项的药学可接受盐、酸或衍生物；以及两种或更多种上述各项的组合，诸如CHOP(环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。
术语“细胞毒剂”在用于本文时指抑制或防止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、和Lu的放射性同位素)、化疗剂或化疗药物(例如甲氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamicin)、长春花生物碱类(vincaalkaloids)(长春新碱(vincristine)、长春碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法仑(melphalan)、丝裂霉素(mitomycin)C、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂)、生长抑制剂、酶及其片段、诸如溶核酶、抗生素、和毒素，诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活毒素，包括其片段和/或变体；及下文披露的各种抗肿瘤药或抗癌药。下文记载了其它细胞毒剂。杀肿瘤药引起肿瘤细胞的破坏。
“个体响应”或“响应”可使用指示对个体益处的任何终点评估，包括但不限于：(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展)，包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻、减缓或完全终止)癌细胞浸润入临近周围器官和/或组织；(4)抑制(即减轻、减缓或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)无进展存活的长度延长；和/或(8)治疗后给定时间点的死亡率降低。
术语“基本上相同”在用于本文时表示两个数值之间足够高的相似程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值或表达)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有很小的或没有生物学和/或统计学显著性。作为参照/比较值的函数，所述两个数值之间的差异例如小于约50％，小于约40％，小于约30％，小于约20％，和/或小于约10％。
短语“实质性不同”在用于本文时表示两个数值之间足够高的差异程度，以致本领域技术人员将认为在用所述数值(例如Kd值)所测量的生物学特性背景内两个数值之间的差异具有统计学显著性。作为参照/比较分子值的函数，所述两个数值之间的差异例如大于约10％，大于约20％，大于约30％，大于约40％，和/或大于约50％。
物质/分子(例如药物组合物)的“有效量”指在必需的剂量和时间段上有效实现期望的治疗或预防结果的量。
物质/分子的“治疗有效量”可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和重量及该物质/分子在个体中引发期望应答的能力等因素而变化。治疗有效量还指物质/分子的治疗有益效果胜过任何有毒或有害效果的量。“预防有效量”指在必需的剂量和时间段上有效实现期望的预防结果的量。通常而非必然，由于预防剂量是在疾病之前或在疾病的早期用于受试者的，因此预防有效量将低于治疗有效量。
术语“药物配制剂”指其形式容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的制剂。
“药学可接受载体”指药物配制剂中除了活性成分外对受试者无毒的成分。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂、或防腐剂。
如本文中使用的，“药学可接受盐”指化合物的药学可接受有机或无机盐。
如本文中使用的，“治疗/处理”(及其语法变型)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、缓解症状、削弱疾病的任何直接或间接病理学后果、预防转移、减缓疾病进展的速率、改善或减轻疾病状态、及免除或改善预后。在一些实施方案中，使用本发明的抗体来延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
“个体”或“受试者”指哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养动物(例如牛、绵羊、猫、犬、和马)、灵长类(例如人和非人灵长类诸如猴)、兔、和啮齿类(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或受试者是人。
术语“伴随”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂，给药的时间足够接近，其中各种治疗剂的效果在时间上交叠。因而，并行施用包括在中止施用一种或多种药剂后继续施用一种或多种其它药剂的给药方案。在一些实施方案中，伴随施用是并行地，序贯地，和/或同时地。
“降低或抑制”指引起20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或更大的总体降低的能力。降低或抑制可以指所治疗的病症的症状、转移的存在或大小、或原发性肿瘤的大小。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书，它们包含有关涉及此类治疗用产品应用的适应征、用法、剂量、施用、组合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
“制品”是包含至少一种试剂，例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于特异性检测本文所述生物标志物的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中，制造物或试剂盒以用于实施本文所述方法的单位推销、分销或销售。
如本领域技术人员理解的，本文中提述“约”某值或参数包括(且描述)针对该值或参数本身的实施方案。例如，提述“约X”的描述包括对“X”的描述。
应当理解，本文中描述的本发明的方面和实施方案包括由和/或基本上由各方面和实施方案“组成”。如本文中使用的，单数形式“一个”、“一种”和“所述/该”包括复数提及物，除非另外指示。
II.方法和用途
本文中提供使用染色质修饰剂调控剂的方法，例如用于治疗癌症和预防药物抗性。在一些实施方案中，选择个体用癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)治疗。在一些实施方案中，该个体在该癌症疗法药剂的治疗之前开始包括施用该染色质修饰剂调控剂的治疗。在一些实施方案中，该个体并行接受包括该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂的治疗。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂延长癌敏感性时段和/或延迟形成癌抗性。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
本文中还提供利用染色质修饰剂调控剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的方法。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂或紫杉烷(例如帕利他赛)。
特别地，本文中提供在个体中治疗癌症的方法，其包括对该个体施用(a)染色质修饰剂调控剂和(b)癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)各自的量有效延长癌敏感性时段和/或延迟细胞形成对该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的抗性。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)各自的量有效提高包含该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的癌症治疗的功效。例如，在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)各自的量与包括在没有该染色质修饰剂调控剂的情况下(在该染色质修饰剂调控剂缺失下)施用有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的标准治疗相比有效提高功效。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)各自的量与包括在没有该染色质修饰剂调控剂的情况下(在该染色质修饰剂调控剂缺失下)施用有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的标准治疗相比有效提高响应(例如完全响应)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包括(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼(erlotinib)和/或吉非替尼(gefitinib)。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包括(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
本文中又提供在个体中提高包含癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的癌症治疗的功效的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包括(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
本文中提供在个体中治疗癌症的方法，其中癌症治疗包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)，其中该癌症治疗具有与包括在没有该染色质修饰剂调控剂的情况下(在该染色质修饰剂调控剂缺失下)施用有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的标准治疗相比升高的功效。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
另外，本文中提供在个体中延迟和/或阻止癌症形成对癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的抗性的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
本文中提供治疗形成对癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的抗性的可能性升高的具有癌症的个体的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
本文中又提供在具有癌症的个体中提高对癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的敏感性的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
另外，本文中提供在具有癌症的个体中延长癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)敏感性时段的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
本文中还提供在具有癌症的个体中延长对癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的响应的持续时间的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂和该癌症疗法药剂伴随施用。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该癌症疗法药剂是紫杉烷。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
在提供针对癌症的改良治疗以外，与接受不同治疗的相同患者经历的生命质量相比，施用本文所述某些组合可改善患者的生命质量。例如，与相同患者若只接受所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)作为疗法则会经历的生命质量相比，对个体施用本文所述染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的组合可提供改善的生命质量。例如，本文所述组合的组合疗法可降低需要的癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)剂量，由此减轻与所述治疗剂有关的副作用(例如恶心、呕吐、脱发、皮疹、食欲降低、重量减轻、等)。所述组合还可引起肿瘤负荷降低和相关不利事件(诸如疼痛、器官功能障碍、重量减轻、等)减少/减轻。因而，一个方面提供染色质修饰剂拮抗剂，其用于改善用癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)治疗癌症的患者的生命质量的治疗性用途。在一些实施方案中，该靶向疗法是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，该化疗包括紫杉烷。在一些实施方案中，该紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
在任何所述方法的一些实施方案中，所述染色质修饰剂调控剂是抗体、结合多肽、结合小分子、或多核苷酸。在任何所述方法的一些实施方案中，所述染色质修饰剂拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子、或多核苷酸。在一些实施方案中，所述染色质修饰剂拮抗剂是EZH2、SUZ12、和/或EED的拮抗剂。在一些实施方案中，所述染色质修饰剂拮抗剂是HDAC2和/或HDAC3的拮抗剂。
在任何所述方法的一些实施方案中，所述癌症疗法药剂是靶向疗法。在任何所述方法的一些实施方案中，所述癌症疗法药剂是化疗。在任何所述方法的一些实施方案中，所述癌症疗法药剂是放疗。
对本文中使用的疗法具有抗性的癌症包括对疗法不响应和/或产生显著响应(例如部分响应和/或完全响应)的能力降低的癌症。抗性可以是在治疗方法过程中产生的获得性抗性。在一些实施方案中，所述获得性药物抗性是瞬时和/或可逆药物耐受。对疗法的瞬时和/或可逆药物抗性包括其中所述药物抗性能够在所述治疗方法暂停后再获得对疗法的敏感性。在一些实施方案中，所述获得性抗性是永久抗性。对疗法的永久抗性包括赋予药物抗性的遗传变化。
对本文中使用的疗法具有敏感性的癌症包括响应和/或能够产生显著响应(例如部分响应和/或完全响应)的癌症。
对疗法评估抗性获得和/或敏感性维持的测定方法是本领域已知的且在实施例中描述。药物抗性和/或敏感性可如下测定：(a)在染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)存在和/或缺失下将参照癌细胞或细胞群体暴露于癌症疗法药剂，和/或(b)测定例如癌细胞生长、细胞存活力、凋亡水平和/或百分比、和/或响应中的一项或多项。可以随时间和/或在多个浓度的癌症疗法药剂和/或量的染色质修饰剂拮抗剂测量药物抗性和/或敏感性。进一步地，可以测量和/或与参照细胞系(例如PC9和/或H1299)(包括细胞系的亲本细胞、药物耐受坚持细胞(drugtolerantpersistercell)、和/或药物耐受扩大坚持细胞(drugtolerantexpandedpersistercell))比较药物抗性和/或敏感性。在一些实施方案中，可以通过CyQuant直接细胞增殖测定法来测定细胞存活力。可以通过如实施例和Sharma等人中所述测定药物耐受坚持者的生长来评估抗性获得和/或敏感性维持(诸如药物耐受)的变化。可以通过如实施例和Sharma等人中所述测定药物耐受扩大坚持者的生长来评估抗性获得和/或敏感性维持(诸如永久抗性和/或扩大抵抗者)的变化。在一些实施方案中，可以通过IC50，EC50的变化或药物耐受坚持者和/或药物耐受扩大坚持者中肿瘤生长的降低来指示抗性。在一些实施方案中，所述变化大于约50％、100％、和/或200％任一。另外，可以在体内评估抗性获得和/或敏感性维持的变化，例如通过评估对疗法的响应、响应持续时间、和/或进展前时间，例如部分响应和完全响应。抗性获得和/或敏感性维持的变化可以基于一群个体中对疗法的响应、响应持续时间、和/或进展前时间的变化，例如部分响应和完全响应的数目。
在任何所述方法的一些实施方案中，所述癌症是实体瘤癌症。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌、乳腺癌、结肠直肠癌、结肠癌、黑素瘤、和/或胰腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌。在一些实施方案中，所述癌症是黑素瘤。在一些实施方案中，所述癌症是CD133阳性的。在一些实施方案中，所述癌症是CD24阳性的。在一些实施方案中，所述癌症具有高水平的H3K27三甲基化。在一些实施方案中，所述癌症有风险形成升高水平的H3K27三甲基化。在一些实施方案中，所述癌症具有低水平的H3K27乙酰化。在一些实施方案中，所述癌症是有风险形成降低水平的H3K27乙酰化。
开始包含所述染色质修饰剂拮抗剂和所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的治疗方法时本文所述任何组合疗法方法中的癌症可以是对包含单独的所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的治疗方法敏感性的(敏感性的例子包括但不限于响应和/或能够产生显著响应(例如部分响应和/或完全响应))。开始包含所述染色质修饰剂拮抗剂和所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的治疗方法时本文所述任何组合疗法方法中的癌症可以不是对包含单独的所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的治疗方法抗性的(抗性的例子包括但不限于不响应和/或能够产生显著响应(例如部分响应和/或完全响应)的能力降低和/或不能产生显著响应(例如部分响应和/或完全响应))。在一些实施方案中，所述癌症疗法药剂是靶向疗法且所述靶向疗法是EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，所述癌症疗法药剂是化疗且所述化疗是紫杉烷。
在任何所述方法的一些实施方案中，依照任何上述实施方案的个体可以是人。
在任何所述方法的一些实施方案中，组合疗法可伴随施用。在任何所述方法的一些实施方案中，组合疗法可涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在相同或分别的配制剂中)，和分开施用(在该情况中染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)可以在别的治疗剂和/或佐剂施用之前、同时、序贯、并行和/或之后施用)。在任何所述方法的一些实施方案中，所述染色质修饰剂在所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)之前和/或与所述癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)并行施用。在一些实施方案中，组合疗法进一步包含放疗和/或别的治疗剂。
在任何上述方法的一些实施方案中，可以通过任何合适的手段，包括口服、胃肠外、肺内、和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用来施用本文中描述的染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。胃肠外输注包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内、或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的，给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用、推注施用、和脉冲输注。
在任何上述方法的一些实施方案中，本文中描述的染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)可以一种符合良好的医学实践的方式配制、确定剂量及施用。在此背景中考虑的因素包括在治疗的特定病症、在治疗的特定哺乳动物、个体患者的临床状态、病症原因、药剂递送部位、施用方法、施用日程以及其它为从业医生所知的因素。染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)无需但可任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所述病症的药剂一起配制。这类其它药剂的有效量取决于配方中所存在的染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的量、病症或治疗的类型、以及其它上述讨论的因素。这些药剂通常以相同的剂量使用并具有本文中所描述的施用途径，或以约1-99％的本文所描述的剂量使用，或以任何剂量并通过任何途径使用，所述剂量和途径是凭经验确定的/经临床测定合适的。
为了预防或治疗疾病，本文中描述的染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)(当单独或与一种或多种其它别的治疗剂联合使用时)的合适剂量应取决于所要治疗的疾病的类型、疾病的严重性和病程、施用染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)是出于预防还是治疗目的、之前的治疗、患者的临床史和对染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的响应、以及主治医师的斟酌决定。染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。对于在数天或更长时间内的重复施用，根据状况，治疗一般将持续直至发生期望的对疾病症状的抑制。这类剂量可间歇施用，如每周或每三周施用，例如使得患者接受约2-约20剂，或例如约6剂的染色质修饰剂拮抗剂和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)。可施用初始较高的负荷剂量，接着施用一个或多个较低的剂量。例示性的给药方案包括施用。然而，可使用其它给药方案。通过常规技术和测定法易于监测该治疗的进展。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)紫杉烷(例如帕利他赛)。在一些实施方案中，组合疗法包含(a)染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)EGFR拮抗剂。
理解可以使用免疫缀合物作为染色质修饰剂和/或EGFR拮抗剂来实施任何上述配制剂或治疗方法。
III.治疗组合物
本文中提供染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)，其用于本文中描述的方法。在某些实施方案中，该组合提高单独施用的该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的功效。在某些实施方案中，该组合延迟和/或阻止癌症形成对该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的抗性。在某些实施方案中，该组合在具有癌症的个体中延长该癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)敏感性时段。在一些实施方案中，该染色质修饰剂拮抗剂和/或该癌症疗法药剂(例如靶向疗法)是抗体、结合多肽、结合小分子、和/或多核苷酸。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是多梳阻抑复合物(PRC)的成员。在一些实施方案中，该PRC成员是多梳阻抑复合物1(PRC1)的成员。在一些实施方案中，该PRC1成员是RING1B、CBX3、CBX6、和CBX8中的一种或多种。在一些实施方案中，该PRC成员是多梳阻抑复合物2(PRC2)的成员。在一些实施方案中，该PRC2成员是EZH2和/或EED。在一些实施方案中，该PRC2成员是EZH2。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是核小体重塑和脱乙酰化复合物(NuRD)的成员。在一些实施方案中，该NuRD成员是CHD4、RBBP4、HDAC1、HDAC2、和HDAC3中的一种或多种。在一些实施方案中，该NuRD成员是HDAC2和/或HDAC3。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是遍在蛋白缀合酶。在一些实施方案中，该遍在蛋白缀合酶是UBE2A和/或UBE2B。
在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是ATRX、MYST4、CDYL、LRWD1、CHD7、PHF10、PHF12、PHF23、CHD1、MGEA5、MLLT10、SIRT4、TP53BP1、BRDT、CBX6、EVI1、GTF3C4、HIRA、MPHOSPH8、NCOA1、RBBP5、TDRD7、和ZCWPW1中的一种或多种。在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是ATRX、MYST4、CDYL、LRWD1、CHD7、PHF10、PHF12、PHF23、和CHD1中的一种或多种。在任何所述方法的一些实施方案中，该染色质修饰剂是MGEA5、MLLT10、SIRT4、TP53BP1、ATRX、BRDT、CBX6、CHD1、EVI1、GTF3C4、HIRA、MPHOSPH8、NCOA1、RBBP5、TDRD7、和ZCWPW1中的一种或多种。
多种人染色质修饰剂的氨基酸序列是本领域已知的且公众可得的。参见例如ATRX(例如EntrezID546；UniProtBD/Swiss-ProtP46100-1，P46100-2，P46100-3，P46100-4，P46100-5，和/或P46100-6)，UBE2A(例如EntrezID7319；UniProtBD/Swiss-Prot49459-1，P49459-2，和/或P49459-3)，UBE2B(例如EntrezID7320；UniProtBD/Swiss-ProtP63146)，MYST4(例如EntrezID23522；UniProtBD/Swiss-ProtQ8WYB5-1，Q8WYB5-2，和/或Q8WYB5-3)，EZH2(例如EntrezID2146；UniProtBD/Swiss-ProtQ15910-1，Q15910-2，Q15910-3，Q15910-4，和/或Q15910-5)，HDAC2(例如EntrezID3066；UniProtBD/Swiss-ProtQ92769)，HDAC3(例如EntrezID8841；UniProtBD/Swiss-ProtO15379-1和/或O15379-2)，CDYL(例如EntrezID9425；UniProtBD/Swiss-ProtQ9Y232-1，Q9Y232-2，Q9Y232-3，和/或Q9Y232-4)，LRWD1(例如EntrezID222229；UniProtKB/Swiss-ProtQ9UFC0)，CHD7(例如EntrezID55636；UniProtBD/Swiss-ProtQ9P2D1-1和/或Q9P2D1-2)，PHF10(例如EntrezID55274；UniProtBD/Swiss-ProtQ8WUB8-1，Q8WUB8-2，和/或Q8WUB8-3)，PHF12(例如EntrezID57649；UniProtBD/Swiss-ProtQ96QT6-1，Q96QT6-2，Q96QT6-3，和/或Q96QT6-4)，PHF23(例如EntrezID79142；UniProtBD/Swiss-ProtQ9BUL5-1，和/或Q9BUL5-2)，CHD1(EntrezID1105；UniProtKB/Swiss-ProtO14646-1和/或O14646-2)，RING1B(例如EntrezID6045；UniProtBD/Swiss-ProtQ99496)，EED(例如EntrezID8726；UniProtBD/Swiss-ProtO75530-1，O75530-2，和/或O75530-3)，CBX3(例如EntrezID11335；UniProtBD/Swiss-ProtQ13185)，CBX6(例如EntrezID23466；UniProtBD/Swiss-ProtO95503)，CBX8(例如EntrezID57332；UniProtBD/Swiss-ProtQ9HC52)，CHD4(例如EntrezID1108；UniProtBD/Swiss-ProtQ14839-1和/或Q14839-2)，RBBP4(例如EntrezID5928；UniProtBD/Swiss-ProtQ09028-1，Q09028-2，Q09028-3，和/或Q09028-4)，MGEA5(例如UniProtBD/Swiss-ProtB4DYV7)，MLLT10(例如UniProtBD/Swiss-ProtP55197-1，P55197-2，和/或P55197-3)，SIRT4(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ9Y6E7)，TP53BP1(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ12888-1和/或Q12888-2)，BRDT(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ58F21-1，Q58F21-2，Q58F21-3，Q58F21-4，和/或Q58F21-5)，GTF3C4(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ05CN7)，EVI(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ9UBK3)，HIRA(例如UniProtBD/Swiss-ProtP54198-1和/或P54198-2)，MPHOSPH8(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ99549-1和/或Q99549-2)，NCOA1(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ15788-1，Q15788-2，和/或Q15788-3)，RBBP5(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ15291-1和/或Q15291-2)，TDRD7(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ8NHU6-1，Q8NHU6-2，和/或Q8NHU6-3)，和/或ZCWPW1(例如UniProtBD/Swiss-ProtQ9H0M4-1，Q9H0M4-2，Q9H0M4-3，Q9H0M4-4，和/或Q9H0M4-5)。
EZH2抑制剂的例子包括WO1996/035784中记载的抗体；WO2004/052392中记载的结合多肽；WO2011/140325，WO2011/140324，WO2012/034132，WO2012/005805，WO2013049770，U.S.8,410,088，US20120071418，WO2012050532，WO2007149782，Vermaetal.,ACSMed.Chem.Lett.3(12):1091-1096(2012)中的结合小分子；WO2011/111072，WO2012/050532，WO2003/070887，和/或一般性的WO2009/006577，WO2011/103016，WO2005/034845中记载的多核苷酸(通过援引将它们完整收录)。在一些实施方案中，EZH2抑制剂抑制组蛋白H3K27三甲基化。在一些实施方案中，EZH2抑制剂降低组蛋白H3K27三甲基化。在一些实施方案中，EZH2抑制剂提高组蛋白H3K27二、单、和/或无甲基化中的一项或多项。在一些实施方案中，EZH2抑制剂导致组蛋白H3K27乙酰化升高。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是异甘草素(Isoliquiritigenin)。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是DZNeP和/或其药学可接受盐和/或衍生物。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是GSK343和/或其药学可接受盐和/或衍生物。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是GSK126和/或其药学可接受盐和/或衍生物(McCabeetal.,Nature492:108-112(2012)中记载的GSK126)。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是CAS#1346574-57-9或其药学可接受盐。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是(S)-1-(仲丁基)-N-((4,6-二甲基-2-氧-1,2-二氢吡啶-3-基)甲基)-3-甲基-6-(6-(哌嗪-1-基)吡啶-3-基)-1H-吲哚-4-甲酰胺((S)-1-(sec-butyl)-N-((4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-3-methyl-6-(6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl)-1H-indole-4-carboxamide)或其药学可接受盐。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是
或其药学可接受盐。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是GSK926和/或其药学可接受盐和/或衍生物。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(I)的化合物：
其中
X和Z独立选自下组：氢，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，卤代，氰基，-CORa，CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-NRaNRaRb，NRaNRaC(O)Rb，-NRaNRaC(O)NRaRb，-NRaNRaC(O)ORa，-ORa，-OC(O)Ra，和-OC(O)NRaRb；
Y为H或卤代；
R1为(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb；
R3为氢，(C1-C8)烷基，氰基，三氟甲基，-NRaRb，或卤代；
R6选自下组：氢，卤代，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，-B(OH)2，取代的或未取代的(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基-(C1-C8)烷基，(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基(C1-C8)烷基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-NRaNRaRb，-NRaNRaC(O)Rb，-NRaNRaC(O)NRaRb，-NRaNRaC(O)ORa，-ORa，-OC(O)Ra，-OC(O)NRaRb；
其中任何(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，环烷基，环烯基，双环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基基团是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：-O(C1-C6)烷基(Rc)1-2，-S(C1-C6)烷基(Rc)1-2，-(C1-C6)烷基(Rc)1-2，(C1-C8)烷基-杂环烷基，(C3-C8)环烷基杂环烷基，卤代，(C1-C6)烷基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C1-C6)卤代烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-ORa，-OC(O)Ra，-OC(O)NRaRb，杂环烷基，芳基，杂芳基，芳基(C1-C4)烷基，和杂芳基(C1-C4)烷基；
其中所述芳基，杂芳基，芳基(C1-C4)烷基，或杂芳基(C1-C4)烷基的任何芳基或杂芳基模块是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：卤代，(C1-C6)烷基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C1-C6)卤代烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-ORa，-OC(O)Ra，和-OC(O)NRaRb；
Ra和Rb每个独立为氢，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C6-C10)双环烷基，杂环烷基，芳基，杂芳基，其中所述(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，环烷基，环烯基，双环烷基，杂环烷基，芳基或杂芳基基团是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：卤代，羟基，(C1-C4)烷氧基，氨基，(C1-C4)烷基氨基，((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)氨基，-CO2H，-CO2(C1-C4)烷基，-CONH2，-CONH(C1-C4)烷基，-CON((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)，-SO2(C1-C4)烷基，-SO2NH2，-SO2NH(C1-C4)烷基，或SO2N((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)；
或者Ra和Rb与它们所附着的氮一起代表5-8元饱和的或不饱和的环，任选含有另一个选自氧，氮，和硫的杂原子，其中所述环是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：(C1-C4)烷基，(C1-C4)卤代烷基，氨基，(C1-C4)烷基氨基，((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)氨基，羟基，氧，(C1-C4)烷氧基，和(C1-C4)烷氧基(C1-C4)烷基，其中所述环任选与(C3-C8)环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基环稠合；
或者Ra和Rb与它们所附着的氮一起代表6-10元桥连双环环体系，任选与(C3-C8)环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基环稠合；
每个Rc独立为(C1-C4)烷基氨基，-NRaSO2Rb，-SORa，-SO2Ra，-NRaC(O)ORa，-NRaRb，或-CO2Ra；
或其盐。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(II)的化合物：
其中
X和Z独立选自下组：氢，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，卤代，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，CONRaNRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-NRaNRaRb，-NRaNRaC(O)Rb，-NRaNRaC(O)NRaRb，-NRaNRaC(O)ORa，-ORa，-OC(O)Ra，和-OC(O)NRaRb；
Y为H或卤代；
R1为(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb；
R2为氢，(C1-C8)烷基，三氟甲基，烷氧基，或卤代，其中所述(C1-C8)烷基可以是用1-2个选自下组的基团取代的：氨基，和(C1-C3)烷基氨基；
R7为氢，(C1-C3)烷基，或烷氧基；R3为氢，(C1-C8)烷基，氰基，三氟甲基，-NRaRb，或卤代；
R6选自下组：氢，卤代，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，B(OH)2，取代的或未取代的(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基-(C1-C8)烷基，(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-NRaNRaRb，-NRaNRaC(O)Rb，-NRaNRaC(O)NRaRb，-NRaNRaC(O)ORa，-ORa，-OC(O)Ra，-OC(O)NRaRb；
其中任何(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，环烷基，环烯基，双环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基基团是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：-O(C1-C6)烷基(Rc)1-2，-S(C1-C6)烷基(Rc)1-2，-(C1-C6)烷基(Rc)1-2，(C1-C8)烷基-杂环烷基，(C3-C8)环烷基杂环烷基，卤代，(C1-C6)烷基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C1-C6)卤代烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-ORa，-OC(O)Ra，-OC(O)NRaRb，杂环烷基，芳基，杂芳基，芳基(C1-C4)烷基，和杂芳基(C1-C4)烷基；
其中所述芳基，杂芳基，芳基(C1-C4)烷基，或杂芳基(C1-C4)烷基的任何芳基或杂芳基模块是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：卤代，(C1-C6)烷基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C1-C6)卤代烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-ORa，-OC(O)Ra，和-OC(O)NRaRb；
每个Rc独立为(C1-C4)烷基氨基，-NRaSO2Rb，-SORa，-SO2Ra，-NRaC(O)ORa，NRaRb，或-CO2Ra；
Ra和Rb每个独立为氢，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C6-C10)双环烷基，杂环烷基，芳基，杂芳基，其中所述(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，环烷基，环烯基，双环烷基，杂环烷基，芳基或杂芳基基团是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：卤代，羟基，(C1-C4)烷氧基，氨基，(C1-C4)烷基氨基，((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)氨基，-CO2H，-CO2(C1-C4)烷基，-CONH2，-CONH(C1-C4)烷基，-CON((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)，-SO2(C1-C4)烷基，-SO2NH2，-SO2NH(C1-C4)烷基，或SO2N((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)；
或者Ra和Rb与它们所附着的氮一起代表5-8元饱和的或不饱和的环，任选含有另一个选自氧，氮，和硫的杂原子，其中所述环是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：(C1-C4)烷基，(C1-C4)卤代烷基，氨基，(C1-C4)烷基氨基，((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)氨基，羟基，氧，(C1-C4)烷氧基，和(C1-C4)烷氧基(C1-C4)烷基，其中所述环任选与(C3-C8)环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基环稠合；
或者Ra和Rb与它们所附着的氮一起代表6-10元桥连双环环体系，任选与(C3-C8)环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基环稠合；
或其盐。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是S-腺苷基-L-高半胱氨酸或其药学可接受盐和/或
或其药学可接受盐。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(III)的化合物：
其中
X和Z独立选自下组：氢，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，卤代，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-NRaNRaRb，NRaNRaC(O)Rb，-NRaNRaC(O)NRaRb，-NRaNRaC(O)ORa，-ORa，-OC(O)Ra，和-OC(O)NRaRb；
Y为H或卤代；
R1为(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基或-(C2-C8)烯基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-CONRaNRaRb；
R3为氢，(C1-C8)烷基，氰基，三氟甲基，-NRaRb，或卤代；
R6选自下组：氢，卤代，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基，未取代的或取代的(C3-C8)环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基，未取代的或取代的(C5-C8)环烯基-(C1-C8)烷基，(C6-C10)双环烷基，未取代的或取代的杂环烷基，未取代的或取代的杂环烷基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的芳基，未取代的或取代的芳基-(C1-C8)烷基，未取代的或取代的杂芳基，未取代的或取代的杂芳基-(C1-C8)烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，CONRaRb，-CONRaNRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-NRaNRaRb，-NRaNRaC(O)Rb，-NRaNRaC(O)NRaRb，-NRaNRaC(O)ORa，-ORa，-OC(O)Ra，-OC(O)NRaRb；
其中任何(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，环烷基，环烯基，双环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基基团是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：卤代，(C1-C6)烷基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C1-C6)卤代烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，CONRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-ORa，-OC(O)Ra，-OC(O)NRaRb，杂环烷基，芳基，杂芳基，芳基(C1-C4)烷基，和杂芳基(C1-C4)烷基；
其中所述芳基，杂芳基，芳基(C1-C4)烷基，或杂芳基(C1-C4)烷基的任何芳基或杂芳基模块是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：卤代，(C1-C6)烷基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C1-C6)卤代烷基，氰基，-CORa，-CO2Ra，-CONRaRb，-SRa，-SORa，-SO2Ra，-SO2NRaRb，硝基，-NRaRb，-NRaC(O)Rb，-NRaC(O)NRaRb，-NRaC(O)ORa，-NRaSO2Rb，-NRaSO2NRaRb，-ORa，-OC(O)Ra，和-OC(O)NRaRb；
Ra和Rb每个独立为氢，(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，(C3-C8)环烷基，(C5-C8)环烯基，(C6-C10)双环烷基，杂环烷基，芳基，杂芳基，其中所述(C1-C8)烷基，(C2-C8)烯基，(C2-C8)炔基，环烷基，环烯基，双环烷基，杂环烷基，芳基或杂芳基基团是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的；卤代，羟基，(C1-C4)烷氧基，氨基，(C1-C4)烷基氨基，((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)氨基，-CO2H，-CO2(C1-C4)烷基，-CONH2，-CONH(C1-C4)烷基，-CON((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)，-SO2(C1-C4)烷基，-SO2NH2，-SO2NH(C1-C4)烷基，或-SO2N((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)；
或者Ra和Rb与它们所附着的氮一起代表5-8元饱和的或不饱和的环，任选含有另一个选自氧，氮，和硫的杂原子，其中所述环是任选被1，2或3个独立选自下组的基团取代的：(C1-C4)烷基，(C1-C4)卤代烷基，氨基，(C1-C4)烷基氨基，((C1-C4)烷基)((C1-C4)烷基)氨基，羟基，氧，(C1-C4)烷氧基，和(C1-C4)烷氧基(C1-C4)烷基，其中所述环是任选与(C3-C8)环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基环稠合的；
或者Ra和Rb与它们所附着的氮一起代表6-10元桥连双环环体系，任选与(C3-C8)环烷基，杂环烷基，芳基，或杂芳基环稠合；
或其盐。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是Vermaetal.,ACSMed.Chem.Letters3:1091-1096(2012)中记载的EZH2抑制剂。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(IV)的化合物：
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(Ig)的化合物或其药学可接受盐：
其中R2，R4和R12每个独立为C1-6烷基；
R6为C6-C10芳基或5或6元杂芳基，其每个是任选用一个或多个-Q2-T2取代的，其中Q2为键或C1-C3烷基接头，任选用卤代，氰基，羟基或C1-C6烷氧基取代，且T2为H，卤代，氰基，-ORa，-NRaRb，-(NRaRbRc)+A-，-C(O)Ra，-C(O)ORa，-C(O)NRaRb，-NRbC(O)Ra，-NRbC(O)ORa，-S(O)2Ra，-S(O)2NRaRb，或RS2，其中每个Ra，Rb和Rc独立为H或RS3，A-为药学可接受阴离子，每个RS2和RS3独立为C1-C6烷基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，或5或6元杂芳基，或Ra和Rb与它们所附着的N原子一起形成具有0或1个另外的杂原子的4-12元杂环烷基环，且每个RS2，RS3，和由Ra和Rb形成的4-12元杂环烷基环是任选用一个或多个-Q3-T3取代的，其中Q3为键或C1-C3烷基接头，每个任选用卤代，氰基，羟基或C1-C6烷氧基取代的，且T3选自下组：卤代，氰基，C1-C6烷基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，5或6元杂芳基，ORd，COORd，-S(O)2Rd，-NRdRe，和-C(O)NRdRe，每个Rd和Re独立为H或C1-C6烷基，或-Q3-T3为氧；或任两个相邻-Q2-T2与它们所附着的原子一起形成5或6元环，任选含有1-4个选自N，O和S的杂原子且任选是用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，羟基，COOH，C(O)O-C1-C6烷基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，和5或6元杂芳基；
R7为-Q4-T4，其中Q4为键，C1-C4烷基接头，或C2-C4烯基接头，每个接头任选是用卤代，氰基，羟基或C1-C6烷氧基取代的，且T4为H，卤代，氰基，NRfRg，-ORf，-C(O)Rf，-C(O)ORf，-C(O)NRfRg，-C(O)NRfORg，-NRfC(O)Rg，-S(O)2Rf，或RS4，其中每个Rf和Rg独立为H或RS5，每个RS4和RS5独立为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，或5或6元杂芳基，且每个RS4和RS5任选是用一个或多个-Q5-T5取代的，其中Q5为键，C(O)，C(O)NRk，NRkC(O)，S(O)2，或C1-C3烷基接头，Rk为H或C1-C6烷基，且T5为H，卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，5或6元杂芳基，或S(O)qRq，其中q为0，1，或2且Rq为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，或5或6元杂芳基，且T5是任选用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，和5或6元杂芳基，当T5为H，卤代，羟基，或氰基时除外；或-Q5-T5为氧；且
R8为H，卤代，羟基，COOH，氰基，RS6，ORS6，或COORS6，其中RS6为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，4-12元杂环烷基，氨基，单C1-C6烷基氨基，或二C1-C6烷基氨基，且RS6是任选用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，羟基，COOH，C(O)O-C1-C6烷基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，和二C1-C6烷基氨基；或R7和R8与它们所附着的N原子一起形成具有0-2个另外的杂原子的4-11元杂环烷基环，且由R7和R8形成的4-11元杂环烷基环是任选用一个或多个-Q6-T6取代的，其中Q6为键，C(O)，C(O)NRm，NRmC(O)，S(O)2，或C1-C3烷基接头，Rm为H或C1-C6烷基，且T6为H，卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，5或6元杂芳基，或S(O)pRp，其中p为0，1，或2且Rp为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，或5或6元杂芳基，且T6是任选用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，和5或6元杂芳基，当T6为H，卤代，羟基，或氰基时除外；或-Q6-T6为氧。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(II)的化合物或其药学可接受盐：
其中Q2为键或甲基接头，T2为H，卤代，-ORa，-NRaRb，-(NRaRbRc)+A-，或-S(O)2NRaRb，R7为哌啶基，四氢吡喃，环戊基，或环己基，每个任选用一个-Q5-T5取代且R8为乙基。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是式(IIa)的化合物或其药学可接受盐：
其中每个Ra和Rb独立为H或RS3，RS3为C1-C6烷基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，或5或6元杂芳基，或Ra和Rb与它们所附着的N原子一起形成具有0或1个另外的杂原子的4-12元杂环烷基环，且每个RS3和由Ra和Rb形成的4-12元杂环烷基环是任选用一个或多个-Q3-T3取代的，其中Q3为键或C1-C3烷基接头，每个任选用卤代，氰基，羟基或C1-C6烷氧基取代，且T3选自下组：卤代，氰基，C1-C6烷基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-12元杂环烷基，5或6元杂芳基，ORd，COORd，-S(O)2Rd，-NRdRe，和-C(O)NRdRe，每个Rd和Re独立为H或C1-C6烷基，或-Q3-T3为氧；
R7为-Q4-T4，其中Q4为键，C1-C4烷基接头，或C2-C4烯基接头，每个接头任选用卤代，氰基，羟基或C1-C6烷氧基取代，且T4为H，卤代，氰基，NRfRg，-ORf，-C(O)Rf，-C(O)ORf，-C(O)NRfRg，-C(O)NRfORg，-NRfC(O)Rg，-S(O)2Rf，或RS4，其中每个Rf和Rg独立为H或RS5，每个RS4和RS5独立为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，或5或6元杂芳基，且每个RS4和RS5是任选用一个或多个-Q5-T5取代的，其中Q5为键，C(O)，C(O)NRk，NRkC(O)，S(O)2，或C1-C3烷基接头，Rk为H或C1-C6烷基，且T5为H，卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，5或6元杂芳基，或S(O)qRq，其中q为0，1，或2且Rq为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，或5或6元杂芳基，且T5是任选用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，和5或6元杂芳基，当T5为H，卤代，羟基，或氰基时除外；或-Q5-T5为氧；前提是R7不是H；且
R8为H，卤代，羟基，COOH，氰基，RS6，ORS6，或COORS6，其中RS6为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，氨基，单C1-C6烷基氨基，或二C1-C6烷基氨基，且RS6是任选用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，羟基，COOH，C(O)O-C1-C6烷基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，和二C1-C6烷基氨基；或R7和R8与它们所附着的N原子一起形成4-11元杂环烷基环，其具有0-2个另外的杂原子且任选是用一个或多个-Q6-T6取代的，其中Q6为键，C(O)，C(O)NRm，NRmC(O)，S(O)2，或C1-C3烷基接头，Rm为H或C1-C6烷基，且T6为H，卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，5或6元杂芳基，或S(O)pRp，其中p为0，1，或2且Rp为C1-C6烷基，C2-C6烯基，C2-C6炔基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，或5或6元杂芳基，且T6是任选用一个或多个选自下组的取代基取代的：卤代，C1-C6烷基，羟基，氰基，C1-C6烷氧基，氨基，单C1-C6烷基氨基，二C1-C6烷基氨基，C3-C8环烷基，C6-C10芳基，4-7元杂环烷基，和5或6元杂芳基，当T6为H，卤代，羟基，或氰基时除外；或-Q6-T6为氧。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是其中该EZH2抑制剂是化合物B：或其药学可接受盐。
在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是EPZ-6438。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是Knutsonetal.,PNAS110(9):7922-7927(2013)中记载的EPZ-6438，在此通过援引将其完整收录。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是CAS#：1403254-99-8或其药学可接受盐。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是N-((4,6-二甲基-2-氧-1,2-二氢吡啶-3-基)甲基)-5-(乙基(四氢-2H-吡喃-4-基)氨基)-4-甲基-4'-(吗啉代甲基)-[1,1'-二苯基]-3-甲酰胺(N-((4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl)-5-(ethyl(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)amino)-4-methyl-4'-(morpholinomethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-carboxamide)或其药学可接受盐。在一些实施方案中，该EZH2抑制剂是化合物Z：
或其药学可接受盐。
本文中还提供可用于本文所述方法的HDAC抑制剂。组蛋白脱乙酰酶(HDAC)是自组蛋白上的ε-N-乙酰基赖氨酸氨基酸去除乙酰基基团(O＝C-CH3)的一类酶。HDAC根据序列同一性和域组织分成四类。I类HDAC包括HDAC1、HDAC2、HDAC3、和HDAC8。IIA类HDAC包括HDAC4、HDAC5、HDAC7、和HDAC9。IIB类HDAC包括HDAC6和HDAC7。III类HDAC包括sirtuins(SIRT1-7)。IV类HDAC包括HDAC11。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是曲古抑菌素(trichostatin)A(TSA)和/或辛二酰苯胺氧肟酸(suberoylanilidehydroxamicacid)(SAHA)，其抑制I类和II类HDAC的。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是MS-275，其抑制HDAC1、2、3、和8。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是Scriptaid。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是HDACI类抑制剂。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂抑制一种、两种、三种、或四种I类HDAC的脱乙酰酶活性。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂抑制HDAC1、2、和3而非HDAC8的脱乙酰酶活性。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂抑制HDAC3而非HDAC1、2、和/或8的脱乙酰酶活性。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂抑制HDAC2而非HDAC1、3、和/或8的脱乙酰酶活性。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂抑制HDAC1和2而非HDAC3和/或8的脱乙酰酶活性。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂抑制组蛋白H3K27脱乙酰化(提高H3K27乙酰化)。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂导致组蛋白H3K27三甲基化升高。
在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是G946或其药学可接受盐，其中G946为
在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是G877或其药学可接受盐，其中G877为
在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是下述一种或多种：(I)氧肟酸类(hydroxamicacid)(诸如曲古抑菌素A(TSA)，oxamflatin，和基于氧肟酸的杂合极性化合物诸如辛二酰苯胺氧肟酸(SAHA)和pyroxamide)；(II)具有含环氧酮的氨基酸(2S,9S)-2-氨基-8-氧-9,10-环氧癸酰基(Aoe)的环状四肽类(诸如trapoxinA和B，Cyl-1和Cyl-2，HC-毒素，WF-3161，chlamydocin)；(III)没有Aoe的环状四肽类(诸如apicidin和缩酚酸肽FR-901228)；和/或(IV)短链和芳香族脂肪酸类(诸如丁酸盐/酯，4-苯基丁酸盐/酯，和丙戊酸)；(V)苯基酰胺类(诸如MS-275)。在一些实施方案中，该HDAC抑制剂是下述一种或多种：Givinostat(ITF2357)，LAQ824，Belinostat(PXD101)，PCI24781，Romidepsin(FK228)，Entinostat(MS275-SNDX275)，Mocetinostat(MGCD0103)，YM753，丙戊酸(VPA)，vironostat(SAHA)，Tacedinalien(CI994)。HDAC抑制剂的例子包括但不限于US7399787，US2009023786，US2009/270351，US2009/076101，US2009/239849，US2009/069391，US2009/215813，WO2009/045385，WO2009/020589，WO2009/005638，WO2009/002495，US2009/012075，US2009/118291，EP2091525，WO2009/014941，US2009/209596，WO2009/003625，WO2009/117831，和/或WO2009/126877，通过援引将其完整收录。
本文中还提供可用于本文所述方法的EGFR拮抗剂。EGFR意指受体酪氨酸激酶多肽表皮生长因子受体(记载于Ullrichetal.,Nature(1984)309:418-425，或者称作Her-1和c-erbB基因产物)及其变体，诸如EGFRvIII。EGFR的变体还包括删除、替代和插入变体，例如Lynchetal.(NEJM2004,350:2129),Paezetal.(Science2004,304:1497),Paoetal.(PNAS2004,101:13306)中记载的那些。在一些实施方案中，EGFR是野生型EGFR，其一般指包含天然发生EGFR蛋白质的氨基酸序列的多肽。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是抗体、结合多肽、结合小分子、和/或多核苷酸。
例示性EGFR拮抗剂(抗EGFR抗体)包括抗体，诸如称作nimotuzumab(YMBiosciences)的人源化单克隆抗体、完全人ABX-EGF(panitumumab，AbgenixInc.)以及称作E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3和E7.6.3且记载于US6,235,883的完全人抗体；MDX-447(MedarexInc)。Pertuzumab(2C4)是一种直接结合HER2但干扰HER2-EGFR二聚化由此抑制EGFR信号传导的人源化抗体。结合EGFR的抗体的其它例子包括GA201(RG7160；RocheGlycartAG)、MAb579(ATCCCRLHB8506)、MAb455(ATCCCRLHB8507)、MAb225(ATCCCRL8508)、MAb528(ATCCCRL8509)(参见美国专利No.4,943,533，Mendelsohn等人)及其变体，诸如嵌合化225(C225或Cetuximab；)和重定型式人225(H225)(参见WO96/40210，ImcloneSystemsInc.)；IMC-11F8，一种完全人的EGFR靶向性抗体(Imclone)；结合II类突变型EGFR的抗体(美国专利No.5,212,290)；结合EGFR、记载于美国专利No.5,891,996的人源化和嵌合抗体；和结合EGFR的人抗体，诸如ABX-EGF(参见WO98/50433，Abgenix)；EMD55900(Stragliotto等人，Eur.J.Cancer32A：636-640(1996))；EMD7200(matuzumab)，一种针对EGFR、与EGF和TGF-α二者竞争EGFR结合的人源化EGFR抗体；和mAb806或人源化mAb806(Johns等人，J.Biol.Chem.279(29)：30375-30384(2004))。抗EGFR抗体可以缀合有细胞毒剂，如此生成免疫缀合物(参见例如EP659,439A2，MerckPatentGmbH)。在一些实施方案中，该抗EGFR抗体是cetuximab。在一些实施方案中，该抗EGFR抗体是panitumumab。在一些实施方案中，该抗EGFR抗体是zalutumumab、nimotuzumab、和/或matuzumab。
可用于该方法的抗EGFR抗体包括以足够亲和力和特异性结合EGFR且能降低或抑制EGFR活性的任何抗体。选择的抗体通常会具有足够强的对EGFR的结合亲和力，例如抗体可以以介于100nM-1pM之间的Kd值结合人c-met。可以通过例如基于表面等离振子共振的测定法(诸如PCT申请公开号WO2005/012359中记载的BIAcore测定法)；酶联免疫吸附测定法(ELISA)；和竞争测定法(例如RIA)测定抗体亲和力。优选地，本发明的抗EGFR抗体可作为治疗剂用于靶向和干扰牵涉EGFR/EGFR配体活性的疾病或状况。还有，该抗体可以进行其它生物学活性测定法，例如为了评估其作为治疗剂的有效性。此类测定法是本领域已知的且取决于靶抗原和抗体的预定用途。在一些实施方案中，可以将EGFR臂与结合白细胞上触发性分子诸如T-细胞受体分子(例如CD2或CD3)，或IgG的Fc受体(FcγR)，诸如FcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)和FcγRIII(CD16)的臂组合，从而将细胞防御机制聚焦于表达EGFR的细胞。双特异性抗体还可用于将细胞毒剂定位至表达EGFR的细胞。这些抗体拥有EGFR结合臂和结合细胞毒剂(例如皂草毒蛋白、抗干扰素-α、长春花生物碱、蓖麻毒蛋白A链、甲氨蝶呤或放射性同位素半抗原)的臂。可以作为全长抗体或抗体片段(例如F(ab')2双特异性抗体)制备双特异性抗体。
例示性EGFR拮抗剂还包括小分子，诸如US5616582、US5457105、US5475001、US5654307、US5679683、US6084095、US6265410、US6455534、US6521620、US6596726、US6713484、US5770599、US6140332、US5866572、US6399602、US6344459、US6602863、US6391874、WO9814451、WO9850038、WO9909016、WO9924037、WO9935146、WO0132651、US6344455、US5760041、US6002008、和/或US5747498中记载的化合物。具体的小分子EGFR拮抗剂包括OSI-774(CP-358774，厄洛替尼，OSIPharmaceuticals)；PD183805(CI1033，2-丙烯酰胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-吗啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二盐酸盐，PfizerInc.)；(ZD1839，吉非替尼，AstraZeneca)；ZM105180(6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382(N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，BoehringerIngelheim)；PKI-166((R)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-酚)；(R)-6-(4-羟基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶；CL-387785(N-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；EKB-569(N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)；拉帕替尼(Tykerb，GlaxoSmithKline)；ZD6474(Zactima，AstraZeneca)；CUDC-101(Curis)；canertinib(CI-1033)；AEE788(6-[4-[(4-乙基-1-哌嗪基)甲基]苯基]-N-[(1R)-1-苯基乙基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-4-胺，WO2003013541，Novartis)和PKI166(4-[4-[[(1R)-1-苯基乙基]氨基]-7H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-酚，WO9702266，Novartis)。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-二(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺和/或其制药学可接受盐(例如N-(3-乙炔基苯基)-6,7-二(2-甲氧基乙氧基)-4-喹唑啉胺-HCl)。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是吉非替尼和/或其制药学可接受盐。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是拉帕替尼和/或其制药学可接受盐。在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂是吉非替尼和/或厄洛替尼。
在一些实施方案中，该EGFR拮抗剂可以是EGFR的特异性抑制剂。在一些实施方案中，该抑制剂可以是双重抑制剂或泛抑制剂，其中该EGFR拮抗剂抑制EGFR和一种或多种其它靶多肽。
本文中还提供可用于本文所述方法的紫杉烷。紫杉烷是可结合微管蛋白，促进微管组装和稳定化和/或阻止微管解聚的二萜。紫杉烷在本文中包括类紫杉烷10-脱乙酰基浆果赤霉素III和/或其衍生物。紫杉烷的例子包括但不限于帕利他赛(paclitaxel)(即泰素(Taxol)，CAS#33069-62-4)、多西他赛(docetaxel)(即泰索帝(Taxotere)，CAS#114977-28-5)、larotaxel、cabazitaxel、milataxel、tesetaxel、和/或orataxel。在一些实施方案中，所述紫杉烷是帕利他赛。在一些实施方案中，所述紫杉烷是多西他赛。在一些实施方案中，所述紫杉烷是在Cremophor(例如)或Tween诸如聚山梨酯80(例如)中配制的。在一些实施方案中，所述紫杉烷是脂质体封装的紫杉烷。在一些实施方案中，所述紫杉烷是原药形式和/或缀合形式的紫杉烷(例如DHA共价缀合至帕利他赛、帕利他赛聚氨葡糖、和/或碳酸亚油酯-帕利他赛)。在一些实施方案中，所述帕利他赛是基本上没用表面活性剂配制的(例如在Cremophor和/或Tween缺失下-诸如Tocosol帕利他赛)。在一些实施方案中，所述紫杉烷是清蛋白包被的纳米颗粒(例如Abraxane和/或ABI-008)。在一些实施方案中，所述紫杉烷是
A.抗体
本文中提供结合感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)的分离的抗体，供本文所述方法使用。在任何上述实施方案中，抗体是人源化的。另外，依照任何上述实施方案的抗体为单克隆抗体，包括嵌合、人源化或人抗体。在一个实施方案中，抗体为抗体片段，例如Fv、Fab、Fab’、scFv、双抗体、或F(ab’)2片段。在另一个实施方案中，抗体为全长抗体，例如“完整IgG1”抗体或本文中定义的其它抗体类或同种型。
在又一个实施方案中，依照上述任何实施方案的抗体可以单独或组合掺入任何特征，如下述部分中描述的：
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM、或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如10-9M至10-13M)的解离常数(Kd)。在一个实施方案中，Kd是通过放射性标记抗原结合测定法(RIA)来测量的。在一个实施方案中，用Fab型式的感兴趣抗体及其抗原实施RIA。例如，通过在存在未标记抗原的滴定系列的情况中用最小浓度的(125I)标记抗原平衡Fab，然后用抗Fab抗体包被板捕捉结合的抗原来测量Fab对抗原的溶液结合亲和力(见例如Chen等人，J.Mol.Biol.293：865-881(1999))。为了建立测定法的条件，将多孔板(ThermoScientific)用50mM碳酸钠(pH9.6)中的5μg/ml捕捉用抗Fab抗体(CappelLabs)包被过夜，随后用PBS中的2％(w/v)牛血清清蛋白于室温(约23℃)封闭2-5小时。在非吸附板(Nunc#269620)中，将100pM或26pM[125I]-抗原与连续稀释的感兴趣Fab(例如与Presta等人，CancerRes.57：4593-4599(1997)中抗VEGF抗体，Fab-12的评估一致)混合。然后将感兴趣的Fab温育过夜；然而，温育可持续更长时间(例如约65小时)以确保达到平衡。此后，将混合物转移至捕捉板，于室温温育(例如1小时)。然后除去溶液，并用PBS中的0.1％聚山梨酯20洗板8次。平板干燥后，加入150μl/孔闪烁液(MICROSCINT-20TM；Packard)，然后在TOPCOUNTTM伽马计数器(Packard)上对平板计数10分钟。选择各Fab给出小于或等于最大结合之20％的浓度用于竞争性结合测定法。
依照另一个实施方案，Kd是使用表面等离振子共振测定法测量的。例如，使用或(BIAcore,Inc.,Piscataway,NJ)于25℃使用固定化抗原CM5芯片在约10个响应单位(RU)实施测定法。在一个实施方案中，依照供应商的用法说明书用盐酸N-乙基-N’-(3-二甲氨基丙基)-碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖苷生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。将抗原用10mM乙酸钠pH4.8稀释至5μg/ml(约0.2μM)，然后以5μl/分钟的流速注射以获得约10个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注入抗原后，注入1M乙醇胺以封闭未反应基团。为了进行动力学测量，于25℃以约25μl/分钟的流速注入在含0.05％聚山梨酯20(TWEEN-20TM)表面活性剂的PBS(PBST)中两倍连续稀释的Fab(0.78nM至500nM)。使用简单一对一朗格缪尔(Langmuir)结合模型(EvaluationSoftwareversion3.2)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)以比率koff/kon计算。见例如Chen等人，J.Mol.Biol.293：865-881(1999)。如果根据上文表面等离振子共振测定法，结合速率超过106M-1S-1，那么结合速率可使用荧光淬灭技术来测定，即根据分光计诸如配备了断流装置的分光光度计(AvivInstruments)或8000系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic)中用搅拌比色杯的测量，在存在浓度渐增的抗原的情况中，测量PBSpH7.2中20nM抗抗原抗体(Fab形式)于25℃的荧光发射强度(激发＝295nm；发射＝340nm，16nm带通)的升高或降低。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等人，Nat.Med.9：129-134(2003)。关于scFv片段的综述，见例如Pluckthün,于ThePharmacologyofMonoclonalAntibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,NewYork),第269-315页(1994)；还可见WO93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP404,097；WO1993/01161；Hudson等人，Nat.Med.9：129-134(2003)；及Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90：6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等人，Nat.Med.9：129-134(2003)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516)。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
3.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81：6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠、大鼠、仓鼠、家兔、或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13：1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等人，Nature332：323-329(1988)；Queen等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA86：10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Kashmiri等人，Methods36：25-34(2005)(描述了特异性决定区(SDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28：489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等人，Methods36：43-60(2005)(描述了“FR改组”)；及Osbourn等人，Methods36：61-68(2005)和Klimka等人，Br.J.Cancer,83：252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等人，J.Immunol.151：2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89：4285(1992)；及Presta等人，J.Immunol.,151：2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13：1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等人，J.Biol.Chem.272：10678-10684(1997)及Rosok等人，J.Biol.Chem.271：22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于vanDijk和vandeWinkel,Curr.Opin.Pharmacol.5：368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20：450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg,Nat.Biotech.23：1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了技术；美国专利No.7,041,870，其描述了技术，和美国专利申请公开文本No.US2007/0061900，其描述了技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如KozborJ.Immunol.,133：3001(1984)；Brodeur等人，MonoclonalAntibodyProductionTechniquesandApplications,第51-63页(MarcelDekker,Inc.,NewYork,1987)；及Boerner等人，J.Immunol.,147：86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103：3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,XiandaiMianyixue,26(4)：265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Hist.&Histopath.,20(3)：927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,MethodsFind.Exp.Clin.Pharmacol.,27(3)：185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等人，MethodsMol.Biol.178：1-37(O’Brien等人编,HumanPress,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等人，Nature348：552-554；Clackson等人，Nature352：624-628(1991)；Marks等人，J.Mol.Biol.222：581-597(1992)；Marks和Bradbury,MethodsMol.Biol.248：161-175(Lo编,HumanPress,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等人，J.Mol.Biol.338(2)：299-310(2004)；Lee等人，J.Mol.Biol.340(5)：1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA101(34)：12467-12472(2004)；及Lee等人，J.Immunol.Methods284(1-2)：119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等人，Ann.Rev.Immunol.,12：433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等人，EMBOJ,12：725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227：381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373、和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature305：537(1983))、WO93/08829、和Traunecker等人，EMBOJ.10：3655(1991))、和“隆起-入-空穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等人，Science,229：81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等人，J.Immunol.,148(5)：1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90：6444-6448(1993))；及使用单链Fv(sFv)二聚体(见例如Gruber等人，J.Immunol.,152：5368(1994))；及如例如Tutt等人，J.Immunol.147：60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(见例如US2008/0069820)。
7.抗体变体
a)糖基化变体
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
在抗体包含Fc区的情况中，可以改变其附着的碳水化合物。由哺乳动物细胞生成的天然抗体通常包含分支的、双触角寡糖，其一般通过N连接附着于Fc区的CH2域的Asn297。见例如Wright等人，TIBTECH15：26-32(1997)。寡糖可以包括各种碳水化合物，例如，甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、和唾液酸，以及附着于双触角寡糖结构“主干”中的GlcNAc的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明的抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一个实施方案中，提供了抗体变体，其具有缺乏附着(直接或间接)于Fc区的岩藻糖的碳水化合物结构。例如，此类抗体中的岩藻糖量可以是1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的Eu编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。见例如美国专利公开文本No.US2003/0157108(Presta,L.)；US2004/0093621(KyowaHakkoKogyoCo.,Ltd)。涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的例子包括：US2003/0157108；WO2000/61739；WO2001/29246；US2003/0115614；US2002/0164328；US2004/0093621；US2004/0132140；US2004/0110704；US2004/0110282；US2004/0109865；WO2003/085119；WO2003/084570；WO2005/035586；WO2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人，J.Mol.Biol.336：1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87：614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等人，Arch.Biochem.Biophys.249：533-545(1986)；美国专利申请NoUS2003/0157108A1,Presta,L；及WO2004/056312A1,Adams等人，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等人，Biotech.Bioeng.87：614(2004)；Kanda,Y.等人，Biotechnol.Bioeng.,94(4)：680-688(2006)；及WO2003/085107)。
进一步提供了具有两分型寡糖的抗体变体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO2003/011878(Jean-Mairet等人)；美国专利No.6,602,684(Umana等人)；及US2005/0123546(Umana等人)。还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO1997/30087(Patel等人)；WO1998/58964(Raju,S.)；及WO1999/22764(Raju,S.)。
b)Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9：457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA83：7059-7063(1986))和Hellstrom,I.等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA82：1499-1502(1985)；5,821,337(见Bruggemann,M.等人，J.Exp.Med.166：1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性测定方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.MountainView,CA；和CytoTox非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如披露于Clynes等人，Proc.Nat’lAcad.Sci.USA95：652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。见例如WO2006/029879和WO2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等人，J.Immunol.Methods202：163(1996)；Cragg,M.S.等人，Blood101：1045-1052(2003)；及Cragg,M.S.和M.J.Glennie,Blood103：2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova,S.B.等人，Int’l.Immunol.18(12)：1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO2004/056312，及Shields等人，J.Biol.Chem.9(2)：6591-6604(2001))。在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298、333、和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551；WO99/51642；及Idusogie等人，J.Immunol.164：4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等人)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等人，J.Immunol.117：587(1976)及Kim等人，J.Immunol.24：249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。还可见Duncan和Winter,Nature322：738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO94/29351，其关注Fc区变体的其它例子。
c)经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建免疫缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
B.免疫缀合物
本文中还提供包含结合感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂或EGFR)的抗体的免疫缀合物，该抗体与一种或多种细胞毒剂诸如化疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如蛋白质毒素、细菌、真菌、植物、或动物起源的酶活性毒素、或其片段)、或放射性同位素缀合，供本文所述方法使用。
在一个实施方案中，免疫缀合物是抗体-药物缀合物(ADC)，其中抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木生物碱(maytansinoid)(参见美国专利No.5,208,020、No.5,416,064和欧洲专利EP0425235)；奥瑞司他汀(auristatin)诸如单甲基奥瑞司他汀药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(参见美国专利No.5,635,483和No.5,780,588，及No.7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(参见美国专利No.5,712,374、No.5,714,586、No.5,739,116、No.5,767,285、No.5,770,701、No.5,770,710、No.5,773,001、和No.5,877,296；Hinman等人，CancerRes.53：3336-3342(1993)；及Lode等人，CancerRes.58：2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(参见Kratz等人，CurrentMed.Chem.13：477-523(2006)；Jeffrey等人，Bioorganic&Med.Chem.Letters16：358-362(2006)；Torgov等人，Bioconj.Chem.16：717-721(2005)；Nagy等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA97：829-834(2000)；Dubowchik等人，Bioorg.&Med.Chem.Letters12：1529-1532(2002)；King等人，J.Med.Chem.45：4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷诸如多西他赛(docetaxel)、帕利他赛(paclitaxel)、larotaxel、tesetaxel、和ortataxel；单端孢菌素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含本文所述抗体，该抗体与酶活性毒素或其片段缀合，包括但不限于白喉毒素A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌Pseudomonasaeruginosa)、蓖麻毒蛋白(ricin)A链、相思豆毒蛋白(abrin)A链、蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链、α-帚曲霉素(sarcin)、油桐(Aleuritesfordii)毒蛋白、香石竹(dianthin)毒蛋白、美洲商陆(Phytolacaamericana)毒蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(Momordicacharantia)抑制物、麻疯树毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonariaofficinalis)抑制物、白树毒蛋白(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(tricothecenes)。
在另一个实施方案中，免疫缀合物包含本文所述抗体，该抗体与放射性原子缀合以形成放射缀合物。多种放射性同位素可用于生成放射缀合物。实例包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。在将放射缀合物用于检测时，它可包含放射性原子用于闪烁照相研究，例如Tc99m或I123，或自旋标记物用于核磁共振(NMR)成像(也称为磁共振成像，mri)，诸如碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可使用多种双功能蛋白质偶联剂来制备抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)、琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)、亚氨基硫烷(IT)、亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)、活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)乙二胺)、二异氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)、和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可如Vitetta等人，Science238：1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苯甲基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体缀合的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头、肽酶敏感接头、光不稳定接头、二甲基接头、或含二硫化物接头(Chari等人，CancerRes.52：127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的免疫缀合物或ADC明确涵盖但不限于用下列交联剂制备的此类缀合物，包括但不限于：商品化(如购自PierceBiotechnologyInc.,Rockford,IL,U.S.A)的BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、sulfo-EMCS、sulfo-GMBS、sulfo-KMUS、sulfo-MBS、sulfo-SIAB、sulfo-SMCC、和sulfo-SMPB、和SVSB(琥珀酰亚胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)。
C.结合多肽
本文中还提供结合多肽，供本文所述方法使用，结合多肽是如下的多肽，其结合，优选特异性结合感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)。在一些实施方案中，结合多肽为染色质修饰剂拮抗剂和/或靶向疗法(例如EGFR拮抗剂)。结合多肽可以使用已知的多肽合成方法学化学合成，或者可使用重组技术制备和纯化。结合多肽的长度通常是至少约5个氨基酸，或者长度为至少约6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100个氨基酸或更长，其中此类结合多肽能够结合，优选特异性结合靶物(诸如本文中描述的染色质修饰剂或EGFR)。结合多肽无需过多试验就可使用公知技术来鉴定。在这点上，注意到用于对多肽文库筛选能够特异性结合多肽靶物的结合多肽的技术是本领域公知的(参见例如美国专利5,556,762,5,750,373,4,708,871,4,833,092,5,223,409,5,403,484,5,571,689,5,663,143；PCT公开号WO84/03506和WO84/03564；Geysen等人，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.81：3998-4002(1984)；Geysen等人，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.82：178-182(1985)；Geysen等人，inSyntheticPeptidesasAntigens,130-149(1986)；Geysen等人，J.Immunol.Meth.102：259-274(1987)；Schoofs等人，J.Immunol.140：611-616(1988)；Cwirla,S.E.等人，(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87：6378；Lowman,H.B.等人，(1991)Biochemistry30：10832；Clackson,T.等人，(1991)Nature352：624；Marks,J.D.等人，(1991),J.Mol.Biol.222：581；Kang,A.S.等人，(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA88：8363；Smith,G.P.,(1991)CurrentOpin.Biotechnol.2：668)。
产生肽文库和筛选这些文库的方法还公开于美国专利5,723,286,5,432,018,5,580,717,5,427,908,5,498,530,5,770,434,5,734,018,5,698,426,5,763,192,和5,723,323。
D.结合小分子
本文中提供了作为染色质修饰剂、靶向疗法(例如小分子EGFR拮抗剂)、和/或化疗(例如紫杉烷)的小分子拮抗剂使用的结合小分子，供上文所述方法使用。
优选地，结合小分子指本文所定义的结合多肽或抗体以外，结合、优选特异性结合本文所述染色质修饰剂和/或EGFR的有机分子。结合有机小分子可以使用已知方法学来鉴定和化学合成(参见例如PCT公开号WO00/00823和WO00/39585)。结合有机小分子的大小通常小于约2000道尔顿，或者其大小小于约1500、750、500、250或200道尔顿，其中此类能够结合、优选特异性结合本文所述多肽的有机小分子无需过多实验就可使用公知技术来鉴定。在这点上，注意到用于对有机小分子文库筛选能够结合感兴趣多肽的分子的技术是本领域公知的(参见例如PCT公开号WO00/00823和WO00/39585)。结合有机小分子可以是例如醛、酮、肟、腙、缩氨基脲(semicarbazone)、卡巴肼(carbazide)、伯胺、仲胺、叔胺、N-取代的肼、酰肼、醇、醚、硫醇、硫醚、二硫化物、羧酸、酯、酰胺、脲、氨基甲酸酯(carbamate)、碳酸酯(carbonate)、缩酮、硫缩酮(thioketal)、缩醛、硫缩醛、芳基卤、芳基磺酸酯(arylsulfonate)、烃基卤、烃基磺酸酯(alkylsulfonate)、芳香族化合物、杂环化合物、苯胺、烯烃、炔烃、二醇、氨基醇、口恶唑烷、口恶唑啉、噻唑烷、噻唑啉、烯胺、磺酰胺(sulfonamide)、环氧化物、吖丙啶(aziridine)、异氰酸酯(isocyanate)、磺酰氯、重氮化合物、酰基氯(acidchloride)等。
E.拮抗剂多核苷酸
本文中提供了多核苷酸拮抗剂，供本文所述方法使用。多核苷酸可以是反义核酸和/或核酶。反义核酸包含至少与感兴趣基因(诸如本文所述染色质修饰剂基因和/或EGFR基因)的RNA转录物的一部分互补的序列。然而，尽管优选绝对互补性，但是其不是必要的。
本文中提及的“至少与RNA的一部分互补的”序列意指具有足够的互补性以能够与RNA杂交，形成稳定的双链体的序列；在双链反义核酸的情况中，如此可以测试双链体DNA的单链，或者可以测定三链体形成。杂交能力会取决于互补性程度和反义核酸的长度两者。一般地，杂交的核酸越大，与RNA的碱基错配越多，它可以含有且仍形成稳定的双链体(或三链体，情况也可以如此)。本领域技术人员可以通过使用标准规程测定杂交复合物的熔点来确认可容许的错配程度。
与信息5’端(例如5’非翻译序列直至AUG起始密码子且包括AUG起始密码子)互补的多核苷酸在抑制翻译方面应当最有效起作用。然而，已经显示了与mRNA的3’非翻译序列互补的序列也有效抑制mRNA的翻译。一般见Wagner,R.,1994,Nature372：333-335。如此，与基因的5’-或3’-非翻译、非编码区互补的寡核苷酸可以在反义方法中使用以抑制内源mRNA的翻译。与mRNA的5’非翻译区互补的多核苷酸应当包括AUG起始密码子的互补物。与mRNA编码区互补的反义多核苷酸是不太有效的翻译抑制剂，但是可以依照本发明使用。不论设计为与mRNA的5’、3’或编码区杂交，反义核酸的长度应当是至少6个核苷酸，并且优选是长度范围为6至约50个核苷酸的寡核苷酸。在具体的方面，寡核苷酸是至少10个核苷酸、至少17个核苷酸、至少25个核苷酸或至少50个核苷酸。
F.抗体和结合多肽变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体和/或结合多肽的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体和/或结合多肽的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体和/或结合多肽的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体和/或结合多肽的氨基酸序列内的残基的删除、和/或插入和/或替代。可以进行删除、插入、和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体和/或结合多肽变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。保守替代在表1中在“优选的替代”的标题下显示。更实质的变化在表1中在“例示性替代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体和/或结合多肽中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。
表1
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性、亲水性的：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的：Asp,Glu；
(4)碱性的：His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly,Pro；
(6)芳香族的：Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一个类别的。
G.抗体和结合多肽衍生物
在某些实施方案中，可进一步修饰本文中提供的抗体和/或结合多肽以包含本领域中已知的且容易获得的别的非蛋白质性质模块。适合于抗体和/或结合多肽衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇的共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖苷(dextran)、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧杂环戊烷、聚-1,3,6-三氧杂环戊烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(或是同聚物或是随机共聚物)，右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、聚丙二醇(propropyleneglycol)同聚物、聚环氧丙烷(prolypropyleneoxide)/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇，及其混合物。聚乙二醇丙醛由于其在水中的稳定性而有利于制备。聚合物可以是任何分子量的，且可以是分支的或不分支的。附着于抗体和/或结合多肽的聚合物数目是变化的，且若附着超过一个聚合物，则它们可以是相同的或不同的分子。通常，可基于以下考虑确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，所述考虑包括但不限于，待改进之抗体和/或结合多肽的具体特性或功能，抗体衍生物和/或结合多肽衍生物是否会在限定条件下用于治疗，等等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和/或结合多肽与可通过暴露于辐射而选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA102：11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，且包括但不限于不会伤害普通细胞但将非蛋白质性质模块加热至邻近抗体和/或结合多肽-非蛋白质性质模块的细胞被杀死的温度的波长。
IV.筛选和/或鉴定具有期望功能的染色质修饰剂拮抗剂的方法
上文已经描述了感兴趣多肽(诸如染色质修饰剂和/或EGFR)的别的拮抗剂(包括抗体，结合多肽，和/或小分子)，供本文所述方法使用。别的拮抗剂(诸如本文中提供的抗染色质修饰剂抗体，结合多肽，和/或结合小分子)可以通过本领域中已知的各种测定法对其鉴定、筛选、或表征其物理/化学特性和/或生物学活性。
在某些实施方案中，所包含的存储器包含染色质修饰剂多肽的原子坐标的计算机系统可作为模型用于理性鉴定结合染色质修饰剂上的配体结合位点的化合物。例如，可以从头或通过改良已知化合物来设计此类化合物。在其它情况中，可以通过测试已知化合物以确定它是否“停靠”染色质修饰剂的分子模型来鉴定结合化合物。此类停靠方法是是本领域普遍公知的。
染色质修饰剂晶体结构数据可以与计算机建模技术联合使用，从而通过分析晶体结构数据来开发各种染色质修饰剂-结合化合物的结合的模型。位点模型表征位点表面的三维拓扑学，以及包括范德华接触、静电相互作用、和成氢键机会等因素。然后使用计算机模拟技术来定位设计成与模型位点相互作用的官能团(包括但不限于质子、羟基基团、胺基团、二价阳离子、芳香族和脂肪族官能团、酰胺基团、醇基团、等)的相互作用位置。可以将这些基团设计入药效团或候选化合物，预期该候选化合物会特异性结合该位点。如此，药效团设计牵涉考虑落入药效团内的候选化合物经由任何或所有可用类型的化学相互作用(包括成氢键、范德华、静电、和共价相互作用)与位点相互作用的能力，尽管一般而言药效团经由非共价机制与位点相互作用。
在实际分析以外，可以使用计算机建模技术分析药效团或候选化合物结合染色质修饰剂多肽的能力。可以只合成那些通过计算机建模指示以足够结合能(在一个例子中，结合能对应于10-2M数量级或更紧密的对靶物的解离常数)结合靶物(例如染色质修饰剂多肽结合位点)的候选，并使用本领域技术人员知道的和/或本文所述的酶测定法测试它们它们结合染色质修饰剂多肽和抑制染色质修饰剂(如果适用的话)酶功能的能力。如此，计算评估步骤避免不太可能以适当亲和力结合染色质修饰剂多肽的化合物的不必要合成。
可以凭借一系列步骤计算评估和设计染色质修饰剂药效团或候选化合物，其中对化学实体或片段筛选和选择它们与染色质修饰剂多肽上的各个结合靶位点联合的能力。本领域技术人员可使用数种方法之一来对化学实体或片段筛选它们与染色质修饰剂多肽(更特别的是，染色质修饰剂多肽上的靶位点)联合的能力。该过程可以以基于染色质修饰剂多肽坐标或本领域已知的那些坐标的一个子集，在计算机屏幕上目视检测例如靶位点开始。
为了选择诱导癌症细胞死亡的拮抗剂，可以相对于参照评估膜完整性的丧失，其通过例如碘化丙啶(PI)、锥虫蓝或7AAD摄取来指示。可以在补体和免疫效应细胞缺失下实施PI摄取测定法。将肿瘤细胞与单独的培养基或含有适宜组合疗法的培养基一起温育。将细胞温育3天时间段。每次处理后，清洗细胞并等分入35mm带过滤器盖的12x75管(每管1ml，每个处理组3管)以去除细胞块。然后管接受PI(10μg/ml)。可以使用流式细胞仪和CellQuest软件(BectonDickinson)分析样品。可以选择那些与单独的培养基和/或单药疗法相比诱导统计学显著水平的细胞死亡(如通过PI摄取测定)的拮抗剂作为细胞死亡诱导型抗体、结合多肽或结合小分子。
在任何筛选和/或鉴定方法的一些实施方案中，所述候选染色质修饰剂拮抗剂是抗体，结合多肽，结合小分子，或多核苷酸。在一些实施方案中，所述染色质修饰剂拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述染色质修饰剂拮抗剂是是小分子。
V.药物配制剂
通过将具有期望纯度的此类抗体与一种或多种任选的药学可接受载体(Remington’sPharmaceuticalSciences第16版,Osol,A.编(1980))混合以冻干配制剂或水性溶液形式制备如本文中所描述的染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和/或癌症疗法药剂(例如靶向疗法、化疗、和/或放疗)的药物配制剂。在一些实施方案中，染色质修饰剂拮抗剂和/或癌症疗法药剂是结合小分子、抗体、结合多肽、和/或多核苷酸。在一些实施方案中，癌症疗法药剂为EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，癌症疗法药剂为化疗。在一些实施方案中，化疗为紫杉烷。在一些实施方案中，紫杉烷为帕利他赛。在一些实施方案中，紫杉烷为多西他赛。一般地，药学可接受载体在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，而且包括但不限于缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐、和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵、苄索氯铵；酚、丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐相反离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性的药学可接受载体进一步包含间质药物分散剂诸如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(BaxterInternational,Inc.)。某些例示性的sHASEGP和使用方法，包括rHuPH20记载于美国专利公开文本No.2005/0260186和2006/0104968。在一个方面，将sHASEGP与一种或多种别的糖胺聚糖酶诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干配制剂记载于美国专利No.6,267,958。水性抗体配制剂包括那些记载于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的，后一种配制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的配制剂还可含有超过一种所治疗具体适应症所必需的活性组分，优选那些活性互补且彼此没有不利影响的组分。此类活性组分适于以有效用于所需目的的量而组合存在。
活性成分可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，在胶状药物投递系统中(例如脂质体、清蛋白微球体、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊)，或在粗滴乳状液中。此类技术披露于Remington’sPharmaceuticalSciences,第16版,Osol,A.编(1980)。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有染色质修饰剂拮抗剂和/或癌症疗法药剂(例如靶向疗法和/或化疗)的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形商品形式，例如膜，或微胶囊。
用于体内施用的配制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现，例如通过穿过无菌滤膜过滤。
VI.制品
在本发明的另一个方面，提供了含有上文所述可用于治疗、预防和/或诊断病症的材料的制品。所述制品包括容器和所述容器上或与所述容器相连的标签或包装插页。合适的容器包括例如药瓶、药管、注射器、IV溶液袋、等。所述容器可以用多种材料制成，诸如玻璃或塑料。所述容器装有独自或与另一组合物组合有效治疗、预防和/或诊断所述疾患的组合物，而且可以具有无菌存取口(例如所述容器可以是静脉内溶液袋或带有皮下注射针可刺穿的塞子的管形瓶)。所述组合物中的至少一种活性药剂是本文所述染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)。所述标签或包装插页指明该组合物用于治疗选择的疾患。此外，制品可包括(a)其中装有组合物的第一容器，其中所述组合物包括染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)；和(b)其中装有组合物的第二容器，其中所述组合物包括癌症疗法药剂(例如靶向疗法和/或化疗)。
在一些实施方案中，所述制品包含容器、所述容器上的标签和所述容器内含有的组合物；其中所述组合物包含一种或多种试剂(例如结合一种或多种生物标志物的一抗，或针对本文所述一种或多种生物标志物的探针和/或引物)，指示该组合物可用于评估样品中一种或多种生物标志物的存在的容器上的标签，和用于使用所述试剂来评估样品中一种或多种生物标志物的存在的说明书。所述制品可进一步包括一套用于制备样品和利用试剂的说明书和材料。在一些实施方案中，所述制品可以包含试剂如一抗和二抗两者，其中二抗缀合于一种标记物，例如酶标记物。在一些实施方案中，所述制品包含针对本文所述一种或多种生物标志物的一种或多种探针和/或引物。
在任何制品的一些实施方案中，所述染色质修饰剂的拮抗剂和/或癌症疗法药剂(例如靶向疗法)是抗体、结合多肽、结合小分子、或多核苷酸。在一些实施方案中，所述癌症疗法药剂为紫杉烷。在一些实施方案中，所述紫杉烷为帕利他赛。在一些实施方案中，所述癌症疗法药剂为EGFR拮抗剂。在一些实施方案中，所述染色质修饰剂的拮抗剂和/或EGFR拮抗剂是小分子。在一些实施方案中，所述EGFR小分子拮抗剂是厄洛替尼和/或吉非替尼。在一些实施方案中，所述染色质修饰剂的拮抗剂和/或EGFR拮抗剂是抗体。在一些实施方案中，所述抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，所述抗体是人的、人源化的或嵌合的抗体。在一些实施方案中，所述抗体是抗体片段且该抗体片段结合染色质修饰剂和/或抑制剂。
本发明的此实施方案中的制品还可包括指示所述组合物可用于治疗特定疾患的包装插页。或者/另外，所述制品可进一步包括第二(或第三)容器，其中装有药学可接受的缓冲液，诸如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、林格(Ringer)氏溶液和右旋糖溶液。它可进一步包括从商业和用户立场出发需要的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、滤器、针头、和注射器。
制品中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液、清洗缓冲液、底物缓冲液等)、其它试剂诸如被酶标记物化学改变的底物(例如色原)、表位修复液、对照样品(阳性和/或阴性对照)、对照载玻片等。
要理解，任何上述制品可包括本文所述免疫缀合物代替或补充染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和癌症疗法药剂(例如EGFR拮抗剂或紫杉烷(例如帕利他赛))。
实施例
以下是本发明的方法和组合物的实施例。应当理解，鉴于上文提供的一般描述，可以实施各种其它实施方案。
实施例1
为了鉴定涉及导致癌细胞在癌细胞的标准护理或靶向药物治疗期间存活的染色质改变的基因产物，启动了组蛋白质谱术和siRNA筛选。特别地，使用亲本细胞和药物耐受群体(DTP)细胞的组蛋白质谱术来鉴定DTP中与亲本细胞系相比改变的组蛋白尾部修饰。而且，筛选大约300种染色质修饰剂的一个siRNA文库，其包括组蛋白脱甲基酶，甲基转移酶，组蛋白乙酰基转移酶，组蛋白脱乙酰酶，含有bromo域的蛋白质，遍在蛋白酶和脱遍在蛋白酶，以及组蛋白伴侣蛋白(每种基因4种不同siRNA序列)。
材料和方法
细胞培养
在补充有5％胎牛血清(FBS)和L-谷氨酰胺的RPMI培养基(高葡萄糖)中在5％CO2下于37℃维持所有细胞。
细胞存活测定法
在12孔聚簇盘的每个孔中分配3x104个细胞。分配后24小时，去除培养基，并用含有药物的培养基替换。每2天更换新鲜培养基，直至未处理细胞达到汇合。然后去除培养基，用磷酸盐缓冲盐水(PBS)清洗细胞，然后用PBS中的4％甲醛固定15分钟。然后用PBS清洗细胞，并用荧光核酸染料Syto60(PBS中的1nM；MolecularProbes)染色15分钟。去除染料，用PBS清洗细胞单层，并用Odyssey红外线成像仪(Li-CorBiosciences)于700nm进行荧光定量。
药物耐受坚持者(DTP)的生成
如本文所述以超出已确立IC50值100倍的浓度用有关药物处理药物敏感细胞(例如PC9和H1299)3轮，每次处理持续72小时。在第三轮有关药物处理结束时保持附着于盘的可存活细胞认为是DTP，并收集供分析用。
细胞收获和蛋白质分析
在Laemmli样品缓冲液中制备细胞裂解物，并如先前所述通过免疫印迹进行分析。使用针对H3上的修饰的商品化抗体(ActiveMotifandCellSignalingTechnologies)分析细胞裂解物。
siRNA文库创建
经由对数据库检索(例如Pfam)bromo，chromo和PHD域和本体论关键词(例如乙酰基转移酶，脱乙酰酶，甲基转移酶，脱甲基酶)以及文献检索，组装了靶向外因遗传学空间(epigeneticsspace)中的300种基因的siRNA文库(见表2)。利用四种靶向靶mRNA上的不同区域的单一siRNA作为未修饰siGENOMEsiRNA。
siRNA筛选方法
在黑色96孔透明底板(Corning，产品目录#3603)中以1000个细胞每孔使用0.0625ulDharmaFECT1转染脂质(Dharmacon，产品目录#T-2001)和单一siRNA(DharmaconsiGENOME)以12.5nM终浓度逆转染细胞(例如PC9和H1299)。随后转染细胞(例如PC9和H1299)48-72小时，之后用培养基中的1uM有关药物处理或单独的培养基替换转染培养基。温育72小时后，然后用新鲜培养基替换培养基+/-药物以使在有关药物处理后存活的药物耐受坚持者(DTP)能够恢复(恢复阶段)。3天恢复阶段后，使用CyQUANT直接细胞增殖测定法(MolecularProbes)依照制造商的方案测量最终的细胞存活力。使用GEIN细胞分析仪2000(4倍物镜)检测CyQUANT荧光信号，并使用用GEDeveloperTollbox1.9.1开发的图像分析算法以每孔细胞数量化。随后在MicrosoftExcel中加工筛选数据。在完全独立的条件中对每种细胞系运行整个Epi300siRNA筛选两次。
3-deazaneplanocinA(DZNep)细胞处理
在黑色96孔透明底板(Corning，产品目录#3603)中以1000个细胞每孔接种PC9细胞，之后用自40降至0.625μM的各种浓度的3-deazaneplanocinA(DZNep)处理。DZNep处理48小时后，单独地或在1μM厄洛替尼存在下用新鲜培养基更换培养基。温育72小时后，然后用新鲜培养基替换培养基+/-厄洛替尼以使在药物处理后存活的药物耐受坚持者(DTP)能够恢复。3天恢复阶段后，使用CyQUANT直接细胞增殖测定法(MolecularProbes)依照制造商的方案测量最终的细胞存活力。使用GEIN细胞分析仪2000(4倍物镜)检测CyQUANT荧光信号，并使用用GEDeveloperTollbox1.9.1开发的图像分析算法以每孔细胞数量化。随后在MicrosoftExcel中加工筛选数据。在完全独立的条件中对每种细胞系运行整个Epi300siRNA筛选两次。
筛选质量评估
使用基于培养基和有关药物处理条件之间(对于非靶向对照(NTC))以及非靶向对照和阳性对照(HDAC3siRNA单一3)(Dharmacon，产品目录#D-003496-03)之间(在有关药物处理条件中)的差异计算的Z因子来评估筛选的质量。对于筛选，比较这些条件的Z因子值介于0.5和1之间。
质谱术样品制备
裂解含有1x107个细胞的样品，并使用ActiveMotif组蛋白纯化试剂盒(万维网activemotif.com/catalog/171.html)自细胞裂解物分离组蛋白。使用Qubit荧光平台(Invitrogen)实施分离后蛋白质定量。目标产率为至少20μg或更多纯化的组蛋白每5x106个细胞。然后衍生化样品，并进行使用d0/d10丙酸酐和胰蛋白酶消化的二元比较。具体而言，用d0丙酸酐衍生化每种样品的5μg等分试样以封闭赖氨酸和单甲基化赖氨酸残基。对照样品利用15μg。用胰蛋白酶消化样品。用d0丙酸酐再衍生化(对暴露的肽N-末端)对照样品。用d10丙酸酐再衍生化(对暴露的N-末端)测试样品。每份测试样品与对照样品1:1独立合并。然后对样品进行多酶消化。采用每份样品一套三种酶来生成要表征的PTM位点周围的大肽，和伴随着所有位点周围的交叠序列覆盖。
质谱术
在LTQOrbitrapVelos串联质谱仪上以数据依赖性模式通过nanoLC/MS/MS分析肽消化物。使用CID，HCD和ETD片段化方案获取数据。数据获取后，使用用Mascot(MatrixScience)进行的数据库检索来测定乙酰化，甲基化，二甲基化，三甲基化，磷酸化和遍在蛋白化。对于Mascot中不匹配的经修饰肽，使用包括从头测序的人工数据分析来确认推定的计算机指派和查询原始数据。整合精确质量完全扫描LC/MS数据来测定样品间经修饰肽的相对丰度。通过比较d0/d5对在每次LC/MS运行内量化胰蛋白酶消化的丙酰化样品(依照Garciaetal.，JPR，8，5367-5374(2009)的工作)。在LC/MS运行间在无标记物的情况下量化备选酶样品。
异种移植物肿瘤研究
在生长培养基(RPMI1640，10％热灭活的胎牛血清，2mML-谷氨酰胺)中培养PC-9细胞至80％汇合，然后用胰蛋白酶处理，用PBS清洗一次，并在Hank氏平衡盐溶液(HBSS)或HBSS与Matrigel[生长因子减少的；产品目录#356231(BDBiosciences，WestGrove，PA)]的1:1混合物中重悬浮至5x107个细胞/ml的终浓度。使用在免疫受损小鼠的右后体侧皮下(s.c.)接种的5x106个细胞(100μL)建立每种异种移植物肿瘤模型。在有Matrigel的情况下在HBSS中将PC-9和PC-9-GFP细胞植入裸(nu/nu)小鼠(CharlesRiverLaboratories，Hollister，CA)中。当肿瘤体积达到大约100-200mm3时，将小鼠分入具有大小相似肿瘤的各组动物，并在分组后的那天启动处理。一周5天(QD)口服强饲法(PO)给小鼠服用厄洛替尼(头4剂为7.5％Captisol中50mg/kg，然后降低至7.5％Captisol中35mg/kg)和/或TSA(0.5mg/kg)，有适宜的媒介对照。
结果
在药物耐受坚持者(DTP)的背景中使用人非小细胞肺癌细胞系PC9开发和执行了一种siRNA筛选(图1)。如上所述制备和筛选PC9DTP细胞。在培养基和有关药物厄洛替尼处理二者中对于每一种条件(1200种单一siRNA)将每孔细胞数通过每板每孔平均细胞数标准化。使用基于培养基和厄洛替尼处理条件之间(对于非靶向对照(NTC))以及非靶向对照和阳性对照(HDAC3siRNA单一3)(Dharmacon，产品目录#D-003496-03)之间(在厄洛替尼处理条件中)的差异计算的Z因子来评估筛选的质量(图2)。对于筛选，比较这些条件的Z因子值介于0.5和1之间。计算在不同板间运行的重复孔之间的相关性(图3)。观察到重复板之间的强相关性(R2>0.8)。
基于培养基条件对厄洛替尼条件中特异性基因敲低的作用来定义阳性命中。基于阳性对照(HDAC3siRNA单一3)和阴性对照(非靶向对照)的变化来确定截留值以选拔在培养基条件中具有最低限度作用且在厄洛替尼条件中对细胞存活力具有强影响的阳性命中(图4)。必须有至少三种单一siRNA基于上文定义的截留是有作用才能使得该基因在该筛选中打分为阳性命中。
最初作为阳性siRNA命中选择靶物。图5A1-O2上描述每个命中个体的原始数据。靶向ATRX的单一siRNA无一在培养基条件中有任何显著作用，同时它们均在厄洛替尼存在下显著降低细胞存活力(图5A1-2)。对UBE2A(图5B1-2)，MYST4(图5D1-2)，EZH2(图5E1-2)，CHD7(图5J1-2)，和CHD1(图5N1-2)观察到相似的4种中的4种阳性siRNA结果。其它阳性siRNA命中包括UBE2B(图5C1-2)，HDAC2(图5F1-2)，HDAC3(图5G1-2)，CDYL(图5H1-2)，LRWD1(图5I1-2)，PHF10(图5K1-2)，PHF12(图5L1-2)，PHF23(图5M1-2)，和RING1B(图5O1-2)归类为4种中的3种阳性siRNA命中，因为siRNA之一在培养基条件中对细胞存活力有一些作用。
基于siRNA筛选数据，下述基因鉴定为涉及药物耐受坚持者表型：ATRX，UBE2A，UBE2B，MYST4，EZH2，HDAC2，HDAC3，CDYL，LRWD1，CHD7，PHF10，PHF12，PHF23，CHD1，环1B，EED，CBX3，CBX6，CBX8，CHD4，和RBBP4，如图14A所示。
在DTP的背景中使用人肺腺癌癌细胞系H1299开发和执行了第二项siRNA筛选。如上文关于PC9/厄洛替尼筛选所述制备和筛选H1299DTP细胞，使用紫杉烷帕利他赛作为药物代替厄洛替尼。图13中显示ATRX的结果。如图14B所示，使用紫杉烷帕利他赛在H1299细胞中进行的第二项siRNA筛选鉴定了涉及药物耐受坚持者表型的基因：MGEA5，MLLT10，SIRT4，TP53BP1，ATRX，BRDT，CBX6，CHD1，EVI1，GTF3C4，HIRA，MPHOSPH8，NCOA1，RBBP5，TDRD7，和ZCWPW1。对于HDAC2，在H1299细胞中测试的第一次运行的4种中的3种和第二次运行的4种中的2种siRNA是阳性的，而HDAC3在用帕利他赛处理的H1299中是阴性的(数据未显示)。而且，在H1299细胞系中，EZH2和SUZ12均确认为命中(8个中的6个阳性siRNA命中)(图9)。
多梳阻抑复合物1和2
既然分别为多梳阻抑复合物1(PRC1)和多梳阻抑复合物2(PRC2)的成分的RING1B和EZH2在PC9DTP细胞中的siRNA筛选中鉴定为阳性命中，那么实施进一步研究调查这些复合物成分在药物耐受坚持中的参与。
使用每种基因的4种单一siRNA(DharmaconsiGENOME)敲低PRC1复合物的数种其它成分(图6)。在确认RING1B为4种中的3种为阳性siRNA命中以外，CBX3，CBX6和CBX8也涉及4种中的至少2种siRNA在厄洛替尼存在下降低细胞存活力，在培养基中没有任何作用。
还调查了PRC2复合物的数种其它成分。在未修饰的siRNA(DharmaconSiGENOME)以外，对于EZH2，EED和SUZ12，作为经修饰的siRNA(DharmaconON-TARGETPLUS)对PC9细胞测试别的siRNA序列(图8)。使用这种办法，在PC9细胞中，EZH2确认为8种中的6种，EED为8种中的5种，而SUZ12为8种中的6种阳性siRNA命中。在用或不要帕利他赛(1uM)处理的人非小细胞肺癌细胞系H1299中敲低不同PRC2成分的作用(图9)。在H1299细胞系中，EZH2和SUZ12均确认为命中(8种中的6种阳性siRNA命中)。EED未获确认，8种中只有2种是阳性siRNA。有趣的是，这些基因无一在PC9DTEP中是阳性命中(图10)。
为了进一步验证PRC2(包括EZH2和EED)在响应厄洛替尼维持DTP细胞中的参与，如上所述测试3-deazaneplanocinA(DZNep)的作用，它是一种组蛋白甲基转移酶抑制剂，先前已经显示通过抑制EZH2而破坏PRC2。如图11A所示，在单独的培养基中用自0.625至10uM的渐增浓度的DZNep处理PC9DTP细胞对细胞存活力具有最低限度的影响。对于等于20和40uM的浓度，观察到DZNep作为单一药剂对PC9DTP细胞的显著作用。与厄洛替尼组合时，DZNep以低至0.625uM的浓度非常显著地降低PC9DTP细胞存活力。虽然DZNep自身在0.625(图11B)和5uM(图11C)对PC9DTP细胞存活力没有作用，但是这些浓度与单独的厄洛替尼相比分别导致75.8和87.5％细胞杀伤。这些结果与EZH2和EED敲低的作用有关联，而且进一步确立PRC2在维持DTP中的参与。
核小体重塑和组蛋白脱乙酰酶NuRD复合物
还使用多种单一siRNA(DharmaconsiGENOME或ON-TARGETPLUS)调查NuRD复合物的数种成分。在调查的不同成分中，8种中的4种靶向CHD4的单一siRNA在厄洛替尼存在下清楚地降低PC9DTP细胞存活力，同时在培养基中没有作用。这证明CHD4在维持DTP中的参与。4种中的3种靶向RBBP4的单一siRNA在培养基中对PC9DTP细胞存活力具有略微作用，同时在厄洛替尼存在下显著降低PC9DTP细胞存活。这同样强烈提示RBBP4在维持DTP中的参与。
组蛋白质谱术样品制备和分析
如上所述制备和分析PC9和PC9DTP细胞样品。该研究显示组蛋白尾部修饰的显著改变。具体而言，组蛋白H3在赖氨酸残基K9，K18，和K27处的乙酰化样式有变化。而且，组蛋白H3在赖氨酸残基K4，K9，和K27处的甲基化样式有变化。
通过组蛋白质谱术鉴定的组蛋白翻译后修饰与阳性siRNA筛选命中一致。特别地，阳性siRNA筛选命中是PC9DTP细胞中与PC9相比改变(如通过质谱术测定的)的特定组蛋白H3修饰的调控剂。例如，PC9DTP细胞中与PC9细胞相比组蛋白H3K4甲基化降低(例如未甲基化，单和二甲基化与三甲基化相比升高)且组蛋白H3K9甲基化升高(例如三甲基化与二，单或未甲基化相比升高)，如通过质谱术测定的。与这项发现一致，阳性siRNA筛选命中ATRX是低组蛋白H3K4甲基化和高组蛋白H3K9甲基化的一个读者(reader)，而另一个阳性siRNA筛选命中CHD7是组蛋白H3K4未甲基化的一个潜在读者。类似地，阳性siRNA筛选PRC1成分命中RING1B和CBX蛋白质阅读甲基化组蛋白H3K27，其在PC9DTP细胞中与PC9细胞相比升高(例如三甲基化与二，单，或未甲基化相比升高)，如Western印迹和质谱术显示的。见图15B和C。而且和与甲基化组蛋白H3K27的变化一致，组蛋白H3K27乙酰化样式降低，如Western印迹和质谱术显示的。见图15B和C。H3K4三甲基化降低和H3K9三甲基化和H3K27三甲基化升高得到质谱术和Western印迹确认(本文中的数据和未显示的数据)。
组蛋白脱乙酰酶在药物耐受中的作用
在别的模型中进一步测试组蛋白脱乙酰酶的作用以阐明它们在药物耐受中的作用。在SKBR3细胞中测试I和II类HDAC抑制剂TSA，与2.5Gy和10Gy的放疗组合。如图16A-B所示，HDAC抑制剂TSA具有显著作用且消除放疗药物耐受细胞。类似地，TSA在图17C中显示对lapatinib敏感性和DTP形成具有显著作用。
为了进一步调查HDAC在建立药物耐受中的作用，对针对HDAC2和3的siRNA以及HDAC1/2或3偏向的抑制剂测试它们破坏药物耐受状态的能力。如图17A-B所示，siRNA敲低HDAC2和HDAC3表达与厄洛替尼组合导致PC9DTP形成显著降低。另外，如图17C所示，HDAC小分子抑制剂G946(HDAC1/2偏向抑制剂)和G877(HDAC3偏向抑制剂)与厄洛替尼有效降低PC9DTP的细胞生长。
对于PC9异种移植物研究，给小鼠接种PC9细胞，并容许肿瘤生长至100-200mm3大小，然后分入四个处理组，即媒介对照，曲古抑菌素A(TSA)对照，单独的厄洛替尼，和厄洛替尼+TSA基团。虽然单独的TSA对肿瘤生长没有作用，但是厄洛替尼+TSA的组合导致肿瘤复发的实质性延迟，如图18所示。
PRC2和EZH2在药物耐受中的作用
为了进一步调查EZH2在建立药物耐受中的作用，对针对EZH2的siRNA以及小分子抑制剂测试它们破坏药物耐受状态的能力。如图19A所示，siRNA敲低EZH2表达与厄洛替尼组合导致PC9DTP形成显著降低。如图20A，21A，和22A所示，GSK126和EPZ-6438有效降低用Tarceva处理的PC9细胞和用PI3激酶抑制剂GDC-0908处理的EVSAT细胞中的H3K27三甲基化。另外，如图19B和20-B-D所示，EZH2小分子抑制剂GSK126以剂量依赖性方式与厄洛替尼有效降低PC9DTP的细胞生长。类似地，如图22B-D所示，EZH2小分子抑制剂EPZ-6438以剂量依赖性方式与厄洛替尼有效降低PC9DTP的细胞生长。EZH2抑制剂有效作用于其它药物耐受模型，诸如乳腺癌细胞系EVSAT(red)GDC-0908DTP，乳腺癌细胞系SKBR3(red)lapatinibDTP，乳腺癌细胞系BT474(red)lapatinibDTP，黑素瘤细胞系M14Mek抑制剂/帕利他赛DTP，和结肠癌细胞系colo205AZ628DTP。例如，如图21B所示，EZH2小分子抑制剂GSK126和EPZ-6438以剂量依赖性方式与PI3激酶抑制剂GDC-0980有效降低EVSATDTP的细胞生长。
尽管为了理解清楚的目的，上述发明已经通过例示和实施例较为详细地描述，描述和实施例不应解释为限制本发明的范围。通过提及明确完整收录本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容。

Claims (26)

1.一种在个体中治疗癌症的方法，其包括对该个体施用(a)染色质修饰剂(chromatinmodifier)调控剂和(b)EGFR拮抗剂或紫杉烷(taxane)。
2.权利要求1的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂和所述EGFR拮抗剂或紫杉烷各自的量有效延长癌敏感性时段和/或延迟细胞形成对该EGFR拮抗剂或紫杉烷的抗性。
3.一种在个体中提高包含EGFR拮抗剂或紫杉烷的癌症治疗的功效的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该EGFR拮抗剂或有效量的该紫杉烷。
4.一种在个体中治疗癌症的方法，其中癌症治疗包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的EGFR拮抗剂或紫杉烷，其中该癌症治疗具有与包括在没有该染色质修饰剂拮抗剂的情况下(在该染色质修饰剂拮抗剂缺失下)施用有效量的该EGFR拮抗剂或紫杉烷的标准治疗相比升高的功效。
5.一种在个体中延迟和/或阻止癌形成对EGFR拮抗剂或紫杉烷的抗性的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该EGFR拮抗剂或有效量的该紫杉烷。
6.一种治疗形成对EGFR拮抗剂或紫杉烷的抗性的可能性升高的具有癌症的个体的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该EGFR拮抗剂或有效量的该紫杉烷。
7.一种在具有癌症的个体中提高对EGFR拮抗剂或紫杉烷的敏感性的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂和(b)有效量的该EGFR拮抗剂或有效量的该紫杉烷。
8.一种在具有癌症的个体中延长EGFR拮抗剂或紫杉烷敏感性时段的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂抑制剂和(b)有效量的该EGFR拮抗剂或有效量的该紫杉烷。
9.一种在具有癌症的个体中延长对EGFR拮抗剂或紫杉烷的响应的持续时间的方法，其包括对该个体施用(a)有效量的染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和(b)有效量的该EGFR拮抗剂或有效量的该紫杉烷。
10.权利要求1-9任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂是染色质修饰剂拮抗剂。
11.权利要求1-10任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂是抗体抑制剂、小分子抑制剂、结合多肽抑制剂、和/或多核苷酸拮抗剂。
12.权利要求1-11任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂是多梳阻抑复合物(polycombrepressivecomplex)2(PRC2)的成员的拮抗剂。
13.权利要求12的方法，其中所述PRC2成员拮抗剂是EZH2、EED、和/或SUZ12的拮抗剂。
14.权利要求1-11任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂是多梳阻抑复合物1(PRC1)的成员的拮抗剂。
15.权利要求14的方法，其中所述PRC1成员拮抗剂是RING1B、CBX3、CBX6、和/或CBX8的拮抗剂。
16.权利要求1-11任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂是NURD复合物的成员的拮抗剂。
17.权利要求16的方法，其中所述NURD复合物成员拮抗剂是CHD4和/或RBBP4的拮抗剂。
18.权利要求1-11任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)是HDAC1、HDAC2、和/或HDAC3的拮抗剂。
19.权利要求1-11任一项的方法，其中所述染色质修饰剂调控剂是ATRX、MYST4、CDYL、LRWD1、CHD7、PHF10、PHF12、PHF23、CHD1、MGEA5、MLLT10、SIRT4、TP53BP1、ATRX、BRDT、CBX6、CHD1、EVI1、GTF3C4、HIRA、MPHOSPH8、NCOA1、RBBP5、TDRD7、和ZCWPW1中的一种或多种的拮抗剂。
20.权利要求1-19任一项的方法，其中该方法包含EGFR拮抗剂。
21.权利要求20的方法，其中所述EGFR拮抗剂是N-(3-乙炔基苯基)-6,7-二(2-甲氧基乙氧基)喹唑啉-4-胺(N-(3-ethynylphenyl)-6,7-bis(2-methoxyethoxy)quinazolin-4-amine)或其药学可接受盐。
22.权利要求20的方法，其中所述EGFR拮抗剂是吉非替尼(gefitinib)和/或厄洛替尼(erlotinib)。
23.权利要求1-19任一项的方法，其中所述方法包含紫杉烷。
24.权利要求23的方法，其中所述紫杉烷是帕利他赛(paclitaxel)或多西他赛(docetaxel)。
25.权利要求1-23任一项的方法，其中伴随施用该染色质修饰剂调控剂(例如染色质修饰剂拮抗剂)和该EGFR拮抗剂或紫杉烷。
26.权利要求1-23任一项的方法，其中所述癌症是肺癌(例如非小细胞肺癌(NSCLC))和/或乳腺癌。
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