CN104531876B - 用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒 - Google Patents

用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN104531876B
CN104531876B CN201410851684.6A CN201410851684A CN104531876B CN 104531876 B CN104531876 B CN 104531876B CN 201410851684 A CN201410851684 A CN 201410851684A CN 104531876 B CN104531876 B CN 104531876B
Authority
CN
China
Prior art keywords
apoc3
pcr
primer
gene mutations
blood
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201410851684.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN104531876A (zh
Inventor
谢彩霞
蔡丽君
罗鹏
沈伟强
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Zhejiang Shaoxing Dingjing Biomedical Technology Co.,Ltd.
Original Assignee
Shanghai Ding Jing Biological Medicine Polytron Technologies Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shanghai Ding Jing Biological Medicine Polytron Technologies Inc filed Critical Shanghai Ding Jing Biological Medicine Polytron Technologies Inc
Priority to CN201410851684.6A priority Critical patent/CN104531876B/zh
Publication of CN104531876A publication Critical patent/CN104531876A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN104531876B publication Critical patent/CN104531876B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了用于检测人APOC3基因突变的引物,其序列为:正向引物:APOC3‑PF5’‑GACCCAGCTAAGGTTCTAC‑3’,如SEQ ID No.3所示;反向引物:APOC3‑PR5’‑AGGCTGAAGAGGCACAG‑3’,如SEQ ID No.4所示。此外,本发明还公开了一种用于检测人APOC3基因突变的PCR扩增试剂盒,其包含2×Taq Master Mix,所述引物对和去离子水ddH2O。本发明无需抽提基因组DNA,而从血液直接通过PCR方法扩增APOC3基因,经测序后鉴别APOC3突变位点,可以直接以全血作为PCR模板,减少检测费用,同时避免操作污染。

Description

用于检测人APOC3基因突变的引物及试剂盒
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域,具体涉及一种用于检测人APOC3基因突变的引物及试剂盒。
背景技术
高甘油三酯血症(hypertriglyceridemia,HTG)是高血脂症的一种,会引起动脉粥样硬化,造成血管堵塞和形成血栓,严重的还能引发冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronaryatherosclerotic heart disease,CHD)。然而在轻度和中度时期,甘油三酯高症状并不明显,可能患者丝毫没有感觉,当甘油三酯高症状逐渐出现时,却已发展到了血管堵塞变窄,影响机体血流供应和机体内部供血不足的情况了,此时病情已到了较严重的程度。人一旦被检测为高甘油三酯血症患者,他必须改变其生活方式,拒绝高油高糖高脂等三高食物,增加锻炼和戒烟。所以,定期血液生化检查显得非常重要,但是如果能从基因的角度来早期筛查人们患高甘油三酯血症的风险,从源头就开始杜绝患病隐患,改变不良的生活习惯,对人们日常生活方式的选择,疾病的个性化治疗尤其有现实意义。
许多研究表明,载脂蛋白CⅢ(ApoCⅢ)的表达水平与高甘油三酯血症呈正相关。载脂蛋白CⅢ由APOC3(apolipoprotein CⅢ)基因编码,是一个拥有99个氨基酸的糖蛋白,在人体内主要在肝脏合成,少量在小肠合成。载脂蛋白CⅢ在富含甘油三酯的脂蛋白(triglyceride-rich lipoprotein,TRL)代谢中起关键作用,具有抑制脂蛋白脂酶和肝脂酶活性的功能,干扰载脂蛋白E(apolipoprotein E,ApoE)介导的富含甘油三酯的脂蛋白(TRL)与肝脂酶的结合,影响脂质代谢的平衡,从而容易导致高甘油三酯血症。在正常人空腹血浆中载脂蛋白CⅢ主要与高密度脂蛋白HDL(约70%)结合,而高甘油三酯血症患者血浆载脂蛋白CⅢ水平显著升高,其主要(约86%)与极低密度脂蛋白VLDL结合。
研究发现,人群中至少存在4种APOC3基因突变类型,分别为无义突变(R19X,C>T),剪切位点突变(IVS2+1G>A),错义突变(A43T,G>A),剪切位点突变(IVS3+1G>T),这些突变与高甘油三酯血症和冠状动脉粥样硬化性心脏病相关,只要携带任意一个APOC3变异体的人群不但在他们的血液中具有较低水平的载脂蛋白CⅢ和甘油三酯含量,同时他们罹患冠心病的风险也大大降低了,属于不易发生心脏疾病的人群。
目前还没有检测APOC3基因突变的试剂盒。全血中存在一些抑制PCR反应的物质,一般需要抽提人基因组DNA后才能进行PCR反应,这样需要额外购买DNA抽提试剂盒,增加检测费用,同时增加检测步骤,容易造成样本污染。
发明内容
本发明要解决的技术问题之一是提供一种用于检测人APOC3基因突变的引物。
本发明要解决的技术问题之二是提供了一种无需抽提基因组DNA,而从血液直接通过PCR方法扩增APOC3基因,经测序后鉴别APOC3突变位点的试剂盒。本发明采用特殊的Taq酶和缓冲液配方,能够避免血液中的抑制因子对PCR造成的影响,可以直接以全血作为PCR模板,减少检测费用,同时避免操作污染。
为解决上述技术问题,本发明采用如下技术方案:
在本发明的一方面,提供一种用于检测人APOC3基因突变的引物,其序列为:
正向引物:APOC3-PF 5’-GACCCAGCTAAGGTTCTAC-3’,如SEQ ID No.3所示;
反向引物:APOC3-PR 5’-AGGCTGAAGAGGCACAG-3’,如SEQ ID No.4所示。
本发明中,人APOC3蛋白序列,如SEQ ID No.1所示。APOC3基因组序列(如SEQ IDNo.2所示):划横线为引物结合区域,斜体大写字母为外显子区域,黑色粗体小写字母为内含子区域,粗体加划横线为基因非编码区,“/”为突变位置,()内为PCR产物区。
tctccactggtcagcaggtgacctttgcccagcgccctgggtcctcagtgcctgctgccctggagatgatataaaacaggtcagaaccctcctgcctgtcTGgtaatgccctctggggaggggaaagaggaggggaggaggatgaagaggggcaagaggagctccctgcccagcccagccagcaagcctggagaagcacttgctagagctaaggaagcctcggagctggacgggtgccccccacccctcatcataacctgaagaacatggaggcccgggaggggtgtcacttgcccaaagctacacagggggtggggctggaagtggctccaagtgcaggttcccccctcattcttcaggcttagggctggaggaagccttagacagcccagtcctaccccagacagggaaactgaggcctggagagggccagaaatcacccaaagacacacagcatgttggctggactggacggagatcagtccagaccgcaggtgccttgatgttcagtctggtgggttttctgctccatcccacccacctccctttgggcctcgatccctcgcccctcaccagtcccccttctgagagcccgtattagcagggagccggcccctactccttctggca(cttaggggccacgccacctccccagggaggggtccagaggcatggggacctggggtgcccctcacaggacacttccttgcag taagcacttggtgggactgggctgggggcagggtggaggcaacttggggatcccagtcccaatgggtggtcaagcaggagcccagggctcgtccagaggccgatccaccccactcagccctgct tacacccgctggcctccctccccatcccccctgccagctgcctccattcccacccgcccctgccctggtgagatcccaacaatggaatggaggtgctccagcctcccctgggccctctttcctcacagggcctttgtcaggctgctgcgggagagatgacagagttgagactgcattcctcccaggtccctcctttctccccggagcagtcctagggcgtgccgttttagccctcatttccattttcctttcctttccctttctttctctttctatttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcctttctttctttcctttctttctttcctttctttctttctttcctttctttctctttctttctttctttcctttttctttctttccctctcttcctttctctctttctttcttcttcttttttttttaatggagtctccctctgtcacctaggctggagtgcagtggtgccatctcggctcactgcaacctccgtctcccgggttcaacccattctcctgcctcagcctcccaagtagctgggattacaggcacgcgccaccacacccagctaatttttgtatttttagcagagatggggtttcaccatgttggccaggttggtcttgaattcctgacctcaggggatcctcctgcctcggcctcccaaagtgctgggattacaggcatgagccactgcgcctggccccattttccttttctgaaggtctggctagagcagtggtcctcagcctttttggcaccagggaccagttttgtggtggacaatttttccatgggccagcggggatggttttgggatgaagctgttccacctcagatcatcaggcattagattctcataaggagccctccacctagatccctggcatgtgcagttcacaatagggttcacactcctatgagaatgtaaggccacttgatctgacaggaggcggagctcaggcggtattgctcactcacccaccactcacttcgtgctgtgcagcccggctcctaacagtccatggaccagtacctatctatgacttgggggttggggacccctgggctaggggtttgccttgggaggccccacctgacccaattcaagcccgtgagtgcttctgctttgttctaagacctggggccagtgtgagcagaagtgtgtccttcctctcccatcctgcccctgcccatcagtactctcctctcccctactcccttctccacctcaccctgactggcattagctggcatagcagaggtgttcataaacattcttagtccccagaaccggctttggggtaggtgttattttctcactttgcagatgagaaaattgaggctcagagcgattaggtgacctgccccagatcacacaactaatcaatcctccaatgactttccaaatgagaggctgcctccctctgtcctaccctgctcagagccaccaggttgtgcaactccaggcggtgctgtttgcacagaaaacaatgacagccttgacctttcacatctccccaccctgtcactttgtgcctcaggcccaggggcataaacatctgaggtgacctggagatggcagggtttgacttgtgctggggttcctgcaaggatatctcttctcccagggtggcagctgtgggggattcctgcctgaggtctcagggctgtcgtccagtgaagttgagagggtggtgtggtcctgactggtgtcgtccagtggggacatgggtgtgggtcccatggttgcctacagaggagttctcatgccctgctctgttgcttcccctgactgatttag Gagtgggccgtcgcaagtgtgccatctgtgtctgggcatgggaaagggccgaggctgttctgtgggtgggcactggacagactccaggtcaggcaggcatg
在本发明的另一方面,提供一种用于检测人APOC3基因突变的PCR扩增试剂盒,其包含2×Taq Master Mix,上述引物对和去离子水ddH2O。
作为本发明优选的技术方案,所述2×Taq Master Mix的配方是:0.05U/μlHaemoTaq酶、0.5mM dNTP,60mM Tricine,5mM(NH4)2SO4,3.5mM MgCl2,5-10%甘油,200ng/μl BSA。
作为本发明优选的技术方案,所述HaemoTaq酶是截短后的Taq DNA聚合酶,它缺失了5'-3'外切酶活性。
作为本发明优选的技术方案,该试剂盒进行PCR扩增的PCR模板为全血,PCR反应程序为:95℃5min预变性;然后95℃15sec变性,55℃30sec退火,72℃20sec延伸,72℃5min延伸循环30次。
作为本发明优选的技术方案,该试剂盒进行PCR扩增时,一次PCR反应能同时检测4个突变位点,分别为无义突变(R19X,C>T),剪切位点突变(IVS2+1G>A),错义突变(A43T,G>A),剪切位点突变(IVS3+1G>T)。
在本发明的另一方面,提供上述引物在制备检测人APOC3基因突变的试剂盒中的应用。
与现有技术相比,本发明的有益效果在于:
1、本发明特别设计的基因特异性引物,以及经过改造的Taq酶和PCR缓冲液配方可以有效消除血液中的抑制因子。该试剂盒20μlPCR反应体系最多可以加入6μl血液,可以满足绝大多数人的血液样本,特别对高脂人群也同样有效。
2、PCR条件宽泛,无需预实验,适用于多数普通PCR仪。
3、PCR模板为全血,无论是EDTA抗凝,肝素抗凝还是柠檬酸钠抗凝,都适用。无需抽提基因组DNA,所以不需要额外购买基因组DNA抽提试剂盒,节约成本,同时减少污染机会,适合大规模样本的检测。
4、一次PCR反应,一次测序可以同时检测4个突变位点,并且可以判断位点是纯合突变还是杂合突变,比荧光定量PCR ARMS检测基因突变更简单便捷,费用更低。
5、PCR产物直接外送商业化公司测序,无需电泳纯化,减少工作量。同时,在测序图上分析突变位点,一目了然,准确率100%。操作简单,成本低廉,快捷准确高通量,满足二三线城市普通医院的检测。
附图说明
图1为本发明实施例1中的电泳图。
图2是本发明实施例1中的测序结果示意图,其中,图2A是突变位点为无义突变(R19X,C>T)的C/C野生型测序结果示意图;图2B是突变位点为无义突变(R19X,C>T)的C/T杂合突变型测序结果示意图;图2C是突变位点为无义突变(R19X,C>T)的T/T纯合突变型测序结果示意图;图2D是突变位点为剪切位点突变(IVS2+1G>A)的G/G野生型测序结果示意图;图2E是突变位点为剪切位点突变(IVS2+1G>A)的G/A杂合突变型测序结果示意图;图2F是突变位点为剪切位点突变(IVS2+1G>A)的A/A纯合突变型测序结果示意图;图2G是突变位点为错义突变(A43T,G>A)的G/G野生型测序结果示意图;图2H是突变位点为错义突变(A43T,G>A)的G/A杂合突变型测序结果示意图;图2I是突变位点为错义突变(A43T,G>A)的A/A纯合突变型测序结果示意图;图2J是突变位点为剪切位点突变(IVS3+1G>T)的G/G野生型测序结果示意图;图2K是突变位点为剪切位点突变(IVS3+1G>T)的G/T杂合突变型测序结果示意图;图2L是突变位点为剪切位点突变(IVS3+1G>T)的T/T纯合突变型测序结果示意图。
图3是本发明实施例2中的电泳图。其中,图3-1是EDTA抗凝血的PCR结果示意图;图3-2是肝素钠抗凝血的PCR结果示意图;图3-3是柠檬酸钠抗凝血的PCR结果示意图。
图4是本发明实施例3中的电泳图。
图5是本发明实施例4中的电泳图。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。
实施例1:全血直接PCR,以血液抽提基因组DNA为模板的PCR,以pUC19-APOC3质粒为模板的PCR的结果比较
1、设计引物
APOC3基因特异性引物序列如下:
正向引物:APOC3-PF 5’-GACCCAGCTAAGGTTCTAC-3’,如SEQ ID No.3所示,反向引物:APOC3-PR 5’-AGGCTGAAGAGGCACAG-3’,如SEQ ID No.4所示。对应的PCR产物大小为559bp。引物委托苏州金唯智公司合成。
2、抽提血液基因组DNA
按照凯杰血液DNA提取试剂盒(货号158422)说明书,200ul新鲜采集的血液可以获得1-5ug人全基因组DNA,稀释到100ng/ul待用,-20度长期保存。
3、以抽提好的含有野生型APOC3基因和突变型APOC3基因的质粒为模板作为全血PCR的对照:全基因合成野生型APOC3基因,序列为1,以及含有APOC34个突变位点基因,序列为2。将合成好的基因分别连到pUC19载体中,测序验证正确后,野生型标记为pUC19-APOC3,突变型标记为pUC19-APOC3-M。
提取质粒pUC19-APOC3和pUC19-APOC3-M,稀释到浓度100ng/ul待用,-20度长期保存。
4、PCR反应液的配制
按以下方法配制PCR反应液,见表1:
表1
成分 全血 血液基因DNA 质粒
模板 2μl 1μl 0.5μl
2×Taq Master Mix 10μl 10μl 10μl
引物APOC3-PF/APOC3-PR 1-5pMol 1-5pMol 1-5pMol
ddH2O 至20ul 至20ul 至20ul
其中,2×Taq Master Mix的配方是:0.05U/μl HaemoTaq酶、0.5mM dNTP(脱氧核糖核苷三磷酸),60mM Tricine(三(羟甲基)甲基甘氨酸),5mM(NH4)2SO4,3.5mM MgCl2,5-10%甘油,pH 8.7@25℃,200ng/μl BSA(牛血清白蛋白)。(HaemoTaq酶,该酶是截短后的TaqDNA聚合酶,它缺失了5'-3'外切酶活性,购自上海近岸科技有限公司)。实验表明,5-10%甘油和200ng/μl BSA可以对Taq酶起保护作用,抑制血液中的脂肪,血红蛋白等对酶和引物的降解,具体对比试验见实施例4。
5、PCR反应:
使用杭州晶格KF960PCR仪进行反应,具体的PCR反应程序设置如表2所示:
表2
6、实验结果
如图1电泳图所示,血液PCR的结果与血液抽提基因组DNA后再PCR的结果一致。图1中,M:DNA分子MARKER,从上到下分别为:2000bp,1000bp,750bp,500bp,250bp,100bp。其中750bp是亮带泳道。泳道1:全血;泳道2:质粒pUC19-APOC3;泳道3:质粒pUC19-APOC3-M;泳道4:质粒pUC19-APOC3与pUC19-APOC3-M 1:1混合模板;泳道5:以ddH2O为模板的空白对照;泳道:6:以血液抽提基因组DNA为模板的阳性对照。结果表明,直接血液PCR与抽提血液基因组DNA后再PCR,以及与含有APOC3基因的质粒模板的阳性对照的PCR产物大小一致,条带单一无杂带。
其中,泳道3:质粒pUC19-APOC3-M中插入的野生型APOC3基因序列(如SEQ ID No.5所示):粗体为突变位点。
gagggccagaaatcacccaaagacacacagcatgttggctggactggacggagatcagtccagaccgcaggtgccttgatgttcagtctggtgggttttctgctccatcccacccacctccctttgggcctcgatccctcgcccctcaccagtcccccttctgagagcccgtattagcagggagccggcccctactccttctggcacttaggggccacgccacctccccagggaggggtccagaggcatggggacctggggtgcccctcacaggacacttccttgcagCAACAGAGGTGCCATGCAGCCCCGGGTACTCCTTGTTGTTGCCCTCCTGGCGCTCCTGGCCTCTGCCtaagcacttggtgggactgggctgggggcagggtggaggcaacttggggatcccagtcccaatgggtggtcaagcaggagcccagggctcgtccagaggccgatccaccccactcagccctgctctttcctcagGAGCTTCAGAGGCCGAGGATGCCTCCCTTCTCAGCTTCATGCAGGGTTACATGAAGCACGCCACCAAGACCCCAAGGATGCACTGAGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGTGGCCCAGCAGGCCAGtacacccgctggcctccctccccatcccccctgccagctgcctccattcccacccgcccctgccctggtgagatcccaacaatggaatggaggtgctccagcctcccctgggccctctttcctcacagggcctttgtcaggctgctgcgggagagatgacagagttgagactgcattcctcccaggtccctcctttctccccggagcagtcctagggcgtgccgttttagccctcatttcc
泳道3:质粒pUC19-APOC3-M中插入的突变型APOC3基因序列(如SEQ ID No.5所示):粗体为突变位点。
gagggccagaaatcacccaaagacacacagcatgttggctggactggacggagatcagtccagaccgcaggtgccttgatgttcagtctggtgggttttctgctccatcccacccacctccctttgggcctcgatccctcgcccctcaccagtcccccttctgagagcccgtattagcagggagccggcccctactccttctggcacttaggggccacgccacctccccagggaggggtccagaggcatggggacctggggtgcccctcacaggacacttccttgcagCAACAGAGGTGCCATGCAGCCCCGGGTACTCCTTGTTGTTGCCCTCCTGGCGCTCCTGGCCTCTGCCtaagcacttggtgggactgggctgggggcagggtggaggcaacttggggatcccagtcccaatgggtggtcaagcaggagcccagggctcgtccagaggccgatccaccccactcagccctgctctttcctcagGAGCTTCAGAGGCCGAGGATGCCTCCCTTCTCAGCTTCATGCAGGGTTACATGAAGCACGCCACCAAGACCCCAAGGATGCACTGAGCAGCGTGCAGGAGTCCCAGGTGGCCCAGCAGGCCAGtacacccgctggcctccctccccatcccccctgccagctgcctccattcccacccgcccctgccctggtgagatcccaacaatggaatggaggtgctccagcctcccctgggccctctttcctcacagggcctttgtcaggctgctgcgggagagatgacagagttgagactgcattcctcccaggtccctcctttctccccggagcagtcctagggcgtgccgttttagccctcatttcc
上述PCR产物交由上海美吉生物科技有限公司测序,根据测序结果,可以很容易的判断APOC3基因的突变类型。测序结果示意图如图2A-2L所示,图2A是突变位点为无义突变(R19X,C>T)的C/C野生型测序结果示意图;图2B是突变位点为无义突变(R19X,C>T)的C/T杂合突变型测序结果示意图;图2C是突变位点为无义突变(R19X,C>T)的T/T纯合突变型测序结果示意图;图2D是突变位点为剪切位点突变(IVS2+1G>A)的G/G野生型测序结果示意图;图2E是突变位点为剪切位点突变(IVS2+1G>A)的G/A杂合突变型测序结果示意图;图2F是突变位点为剪切位点突变(IVS2+1G>A)的A/A纯合突变型测序结果示意图;图2G是突变位点为错义突变(A43T,G>A)的G/G野生型测序结果示意图;图2H是突变位点为错义突变(A43T,G>A)的G/A杂合突变型测序结果示意图;图2I是突变位点为错义突变(A43T,G>A)的A/A纯合突变型测序结果示意图;图2J是突变位点为剪切位点突变(IVS3+1G>T)的G/G野生型测序结果示意图;图2K是突变位点为剪切位点突变(IVS3+1G>T)的G/T杂合突变型测序结果示意图;图2L是突变位点为剪切位点突变(IVS3+1G>T)的T/T纯合突变型测序结果示意图。
实施例2:不同抗凝来源的血液样本和不同血液浓度的PCR
1、采集全血
采集同一人的新鲜血液,分别收集在EDTA抗凝管,肝素钠抗凝管和柠檬酸钠抗凝管内,各编号为A,B,C。
2、PCR反应液的配制
按以下方法配制PCR反应液:
浓度1:每20μul反应液加入2μul全血,见表3所示。
表3
成分 反应管A1 反应管B1 反应管C1
模板全血 2μl 2μl 2μl
2×Taq Master Mix 10μl 10μl 10μl
引物APOC3-PF/APOC3-PR 1-5pMol 1-5pMol 1-5pMol
ddH2O 至20ul 至20ul 至20ul
浓度2:每20μul反应液加入:4μul全血,见表4所示。
表4
成分 反应管A2 反应管B2 反应管C2
模板全血 4μl 4μl 4μl
2×Taq Master Mix 10μl 10μl 10μl
引物APOC3-PF/APOC3-PR 1-5pMol 1-5pMol 1-5pMol
ddH2O 至20ul 至20ul 至20ul
浓度3:每20μul反应液加入:6μul全血,见表5所示。
表5
成分 反应管A3 反应管B3 反应管C3
模板全血 6μl 6μl 6μl
2×Taq Master Mix 10μl 10μl 10μl
引物APOC3-PF/APOC3-PR 1-5pMol 1-5pMol 1-5pMol
ddH2O 至20ul 至20ul 至20ul
3、PCR反应:
使用杭州晶格KF960PCR仪进行反应,具体的PCR反应程序设置如表6所示:
表6
4、实验结果如下:
如图3-1、图3-2、图3-3所示,其中,M:DNA分子MARKER,从上到下分别为:2000bp,1000bp,750bp,500bp,250bp,100bp。其中750bp是亮带泳道。泳道1:2μl全血,泳道2:4ul全血,泳道3:6ul全血,泳道4:质粒。实验结果表明,本试剂盒对不同抗凝来源的血液以及不同浓度的血液样本均有效。
实施例3:不同PCR反应程序对实验结果的影响
因为,虽然实验人员在PCR仪上设置了相同的PCR程序,但由于不同的PCR仪升降温速度会有差异,这种差异会导致各温度反应时间的差异,从而影响PCR结果。影响PCR结果关键的步骤是退火,所以我们采用晶格梯度PCR仪来验证不同的PCR反应条件,主要是退火温度对PCR结果的影响,来检测本试剂盒对不同PCR仪的适应性。
将新鲜采集的EDTA抗凝血按照实施例2方法配制PCR反应液。
20μl反应体系,如表7所示:
表7
成分 反应管
模板全血 2μl
2×Taq Master Mix 10μl
引物APOC3-PF/APOC3-PR 1-5pMol
ddH2O 至20ul
PCR反应程序如下表8:
表8
电泳结果如图4所示,图4中,M:DNA分子MARKER,从上到下分别为:2000bp,1000bp,750bp,500bp,250bp,100bp;泳道1:50℃退火温度,泳道2:52℃退火温度,泳道3:54℃退火温度,泳道4:56℃退火温度,泳道5:58℃退火温度,泳道6:60℃退火温度。本试剂盒试剂可以适应很宽泛的实验温度,满足不同PCR仪的升降温,不影响实验结果。
实施例4不同缓冲液配方以及Taq酶对血液直接PCR的影响
用普通Taq酶(未经改造,购自TAKALA公司)替代本发明试剂盒中的截短型HaemoTaq酶,使用未加BSA和甘油保护剂PCR缓冲液,来验证本发明的试剂配方有利于血液直接PCR。表9是不同缓冲液配方。
表9
成分 1 2 3
模板(全血) 2μl 2μl 2μl
2×PCR缓冲液 10μl 10μl 10μl
引物APOC3-PF/APOC3-PR 1-5pMol 1-5pMol 1-5pMol
普通Taq酶 0.2μl / /
截短型HaemoTaq酶 / 0.2μl 0.2μl
BSA+甘油 / 1μl /
ddH2O 至20ul 至20ul 至20ul
PCR反应程序如实施例1所述,电泳结果如图5所示,图5中,泳道1:普通Taq酶的血液直接PCR,M:DL2000分子MARKER,泳道2:使用发明试剂盒的缓冲液和酶配方的血液直接PCR;泳道3:HaemoTaq酶但无保护剂的血液直接PCR。电泳结果表明,使用普通Taq酶以及不加BSA和甘油保护剂的PCR配方,直接血液PCR不能获得条带,说明本发明采用的改造型Taq酶以及缓冲液配方可以降低血液中的PCR抑制因子的作用,获得PCR产物。

Claims (4)

1.一种用于检测人APOC3基因突变的PCR扩增试剂盒,其特征在于,其包含2×TaqMaster Mix,引物对和去离子水ddH2O;
所述引物对的序列为:
正向引物:APOC3-PF 5’-GACCCAGCTAAGGTTCTAC-3’,如SEQ ID No.3所示;
反向引物:APOC3-PR 5’-AGGCTGAAGAGGCACAG-3’,如SEQ ID No.4所示;
所述2×Taq Master Mix的配方是:0.05U/μl HaemoTaq酶、0.5mM dNTP,60mMTricine,5mM(NH4)2SO4,3.5mM MgCl2,5-10%甘油,200ng/μl BSA。
2.如权利要求1所述的用于检测人APOC3基因突变的PCR扩增试剂盒,其特征在于,所述HaemoTaq酶是截短后的Taq DNA聚合酶,它缺失了5'-3'外切酶活性。
3.如权利要求1所述的用于检测人APOC3基因突变的PCR扩增试剂盒,其特征在于,该试剂盒进行PCR扩增的PCR模板为全血,PCR反应程序为:95℃5min预变性;然后95℃15sec变性,55℃30sec退火,72℃20sec延伸,72℃5min延伸循环30次。
4.如权利要求1所述的用于检测人APOC3基因突变的PCR扩增试剂盒,其特征在于,该试剂盒进行PCR扩增时,一次PCR反应能同时检测4个突变位点,分别为:无义突变R19X,C>T;剪切位点突变IVS2+1G>A;错义突变A43T,G>A;剪切位点突变IVS3+1G>T。
CN201410851684.6A 2014-12-31 2014-12-31 用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒 Active CN104531876B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410851684.6A CN104531876B (zh) 2014-12-31 2014-12-31 用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410851684.6A CN104531876B (zh) 2014-12-31 2014-12-31 用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN104531876A CN104531876A (zh) 2015-04-22
CN104531876B true CN104531876B (zh) 2017-12-05

Family

ID=52847495

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410851684.6A Active CN104531876B (zh) 2014-12-31 2014-12-31 用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN104531876B (zh)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106636442B (zh) * 2017-02-23 2020-12-01 上海鼎晶生物医药科技股份有限公司 一种人类肿瘤基因变异联合检测试剂盒
CN107022614A (zh) * 2017-04-21 2017-08-08 唐旌生物科技(上海)有限公司 一种检测基因突变的方法和试剂盒
CN112779322A (zh) * 2021-02-06 2021-05-11 杭州迪安生物技术有限公司 一种基于非荧光标记探针的高分辨熔解曲线的基因突变检测试剂盒、检测方法及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103820545A (zh) * 2014-02-11 2014-05-28 上海鼎晶生物医药科技有限公司 用于检测人abcg2基因突变的探针、引物及试剂盒

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102533953B (zh) * 2010-12-16 2014-01-01 益善生物技术股份有限公司 一种lpl基因snp检测特异性引物和液相芯片
CN102533950B (zh) * 2010-12-16 2014-07-23 益善生物技术股份有限公司 一种apoC3基因SNP检测特异性引物和液相芯片
CN103290135A (zh) * 2013-06-26 2013-09-11 北京迈基诺基因科技有限责任公司 一种自闭症基因的筛查方法

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103820545A (zh) * 2014-02-11 2014-05-28 上海鼎晶生物医药科技有限公司 用于检测人abcg2基因突变的探针、引物及试剂盒

Also Published As

Publication number Publication date
CN104531876A (zh) 2015-04-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sampietro et al. Palaeogenetic evidence supports a dual model of Neolithic spreading into Europe
Pericic et al. High-resolution phylogenetic analysis of southeastern Europe traces major episodes of paternal gene flow among Slavic populations
Aynacioglu et al. Paraoxonase 1 mutations in a Turkish population
CN114686597B (zh) 一种银龙鱼性别鉴定snp分子标记及其应用
CN104805206B (zh) 检测tert基因启动子突变的试剂盒及其检测方法
CN104531876B (zh) 用于检测人apoc3基因突变的引物及试剂盒
CN110938682A (zh) 一种cyp2c19基因多态性检测试剂盒及其应用
CN104328164A (zh) 荧光探针杂交法检测人egfr基因突变试剂盒
CN104561296A (zh) 血液直接pcr法检测叶酸代谢相关基因多态性的引物、引物组、试剂盒及检测方法
Brown et al. Characterization of microsatellite loci in the eastern oyster, Crassostrea virginica.
CN107058530A (zh) 用于血液直接检测叶酸用药敏感型基因的试剂盒及其使用方法
CN101805790A (zh) 一种同时检测24个运动相关基因上32个snp位点多态性的方法
CN115927720A (zh) 一种大豆皂苷相关的kasp标记及其应用
Gavrilenko et al. Comparative analysis of the genetic diversity of Chilean cultivated potato based on a molecular study of authentic herbarium specimens and present-day gene bank accessions
CN104131097B (zh) 一种检测肉牛ucp3基因单核苷酸多态性的方法及其应用
CN108753953A (zh) 一种人dmd基因外显子pcr扩增系统、检测试剂盒及其应用的方法
CN111334597B (zh) 用于检测西瓜白粉病抗性的snp位点、kasp标记及其应用
CN117904318A (zh) 一种与藏绵羊免疫性状相关的snp分子标记及其应用
JPH03130100A (ja) Vntr遺伝子座に対するdnaプローブ
CN106367498A (zh) 美洲大蠊微卫星位点及其应用
CN103667439B (zh) 可区分hbv b型和非b型的双探针实时定量pcr法
CN102703440A (zh) 山羊sh2b1基因单核苷酸多态性位点及其检测方法
KR20150100468A (ko) 알콜 대사 유전자 검측 방법 및 키트
Azuma et al. Direct genotyping of Cytochrome P450 2A6 whole gene deletion from human blood samples by the SmartAmp method
CN101470095B (zh) 基于线粒体dna g5351a单核苷酸多态性检测高原肺水肿易感性的试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
CB02 Change of applicant information

Address after: 201203 Shanghai Guo Shou Jing Road, Zhangjiang High Tech Park of Pudong New Area No. 199 Chinese Medicine Innovation Building Room 105

Applicant after: Shanghai Ding Jing biological medicine Polytron Technologies Inc

Address before: 201203 Shanghai Guo Shou Jing Road, Zhangjiang High Tech Park of Pudong New Area No. 199 Chinese Medicine Innovation Building Room 105

Applicant before: SHANGHAI TOPGEN PHARMACEUTICALS CO., LTD.

COR Change of bibliographic data
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
CP03 Change of name, title or address
CP03 Change of name, title or address

Address after: 312000 block a, Kechuang building, No. 586, West Ring Road, Qixian street, Keqiao District, Shaoxing City, Zhejiang Province

Patentee after: Zhejiang Shaoxing Dingjing Biomedical Technology Co.,Ltd.

Address before: 201203 room 105, traditional Chinese medicine innovation building, No. 199, GuoShouJing Road, Zhangjiang High Tech Park, Pudong New Area, Shanghai

Patentee before: SHANGHAI TOPGEN BIOMEDICAL TECHNOLOGY CO.,LTD.