CN103987858A - 诊断和治疗特发性肺纤维化的方法 - Google Patents
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Abstract
本文中描述了用于诊断特发性肺纤维化的材料和方法。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2011年11月22日提交的美国临时申请号61/562,770和2012年5月17日提交的美国临时申请号61/648,548的优先权益。各优先权申请的公开内容是以全文引用的方式并入本文中。
发明领域
本申请是针对诊断和治疗特发性肺纤维化的方法。
以引用的方式并入以电子方式提交的材料
以全文引用的方式并入的是与本文同时提交且标识如下的计算机可读取核苷酸/氨基酸序列表:ASCII(文本)文件名“46562B_SeqListing.txt”,37,589个字节,2012年11月20日创建。
发明背景
特发性肺纤维化(IPF)是一种慢性间质性肺病,其特征在于细胞外基质沉积失调,从而导致持续不断地破坏正常的肺。经诊断患有IPF的患者通常经历进行性肺动脉瓣闭锁不全,且大部分死于呼吸衰竭。诊断后的估计中值存活率为约3年(ATS/ERS.Am J Respir Crit CareMed2002:165(2):277-304)。在美国,IPF的估计患病率(90,000名个体)和发病率(30,000名个体)的比率反映了这种不良预后(Raghu G,Weycker D,Edelsberg J,Bradford WZ,Oster G.Incidence andprevalence of idiopathic pulmonary fibrosis.Am JRespir Crit Care Med2006:174(7):810-816)。
特发性肺纤维化(IPF)是特发性间质性肺炎的最常见形式且其特征在于组织学UIP模式。IPF具有隐伏性发作,但在症状出现后,肺功能将无情地劣化且在诊断后3至5年内死亡。
miRNA是一类具有约19-25个核苷酸的小非编码RNA,其充当转录后基因调节子;且可以调控整个基因集(Lim等,Nature2005.433:769-73)。miRNA在多种生物过程(包括发育、细胞增殖、分化和凋亡)中提供重要的调控功能。
发明概要
在一个方面,本文中描述了一种在人受试者中诊断特发性肺纤维化(IPF)的方法,所述方法包括检测得自于所述受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平,其中所述一种或多种微RNA相对于预定标准或范围的差异性表达水平(增高或降低)指示诊断出IPF。举例来说,微RNA的水平可能相对于非IPF患者的样品中的水平有所增高或降低。所述方法任选地还包括比较所述微RNA水平(优选为标准化微RNA水平)与预定标准或范围的步骤。在相关方面,本文中描述了一种在人受试者中诊断IPF的方法,所述方法包括检测得自于所述受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平,其中检测水平在与IPF相关的预定范围内指示诊断出IPF。或者,检测水平在与非IPF患者相关的预定范围之外指示诊断出IPF。
在另一个方面,本文描述了一种治疗根据本文中所描述的任何诊断方法诊断为患有特发性肺纤维化(IPF)的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
在又另一个方面,本文描述了一种治疗基于受试者血液样品中的一种或多种IPF相关微RNA的异常水平而确定为患有特发性肺纤维化(IPF)或处于IPF风险的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ IDNO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ IDNO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID 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在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ IDNO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQID NO:49)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ IDNO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ IDNO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ IDNO:105)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-93(SEQ IDNO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ IDNO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ IDNO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ IDNO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a#(SEQID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ IDNO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ IDNO:36)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ IDNO:49)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ IDNO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ IDNO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ IDNO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ IDNO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ IDNO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ IDNO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ IDNO:72),miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ IDNO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ IDNO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQID NO:166)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ IDNO:183)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-130a(SEQID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-5p(SEQID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ IDNO:181)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-551b#(SEQ IDNO:172)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ IDNO:173)、miR-132(SEQ ID NO:159)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ IDNO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ IDNO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ IDNO:173)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-331-3p(SEQ IDNO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ IDNO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ IDNO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ IDNO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ IDNO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ IDNO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ IDNO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ IDNO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ IDNO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-27b#(SEQ IDNO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-379(SEQ ID NO:186)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、dme-miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-889(SEQ ID NO:153)、rno-miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ IDNO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ IDNO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ IDNO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ IDNO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ IDNO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-34a(SEQ IDNO:166)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-324-5p(SEQID NO:73)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ IDNO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-326(SEQ IDNO:225)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-378(SEQ IDNO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ IDN O:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106b#(SEQ IDNO:92)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ IDNO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-374a(SEQ IDNO:68)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-205(SEQID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-450a(SEQID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ IDNO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-95(SEQ ID NO:250)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合,且如本文中所公开,所述相对于预定标准或范围的水平有所增高或降低。
在本文中所描述的任何实施方案中,检测了1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40种或更多种不同的微RNA的水平。当检测多种不同的微RNA的水平时,其中一些可能相对于预定标准或范围有所增高或降低,各种增高或降低的水平形成了表达模式。
在一个变化形式中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
在一个变化形式中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-146a(SEQID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-130a(SEQID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
在另一个变化形式中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ IDNO:199)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ IDNO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-20b(SEQID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-320(SEQ IDNO:37)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a(SEQID NO:166)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-551b#(SEQ IDNO:172)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-142-5p(SEQ IDNO:43)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-324-3p(SEQ IDNO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-579(SEQID NO:170)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-205(SEQID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-450a(SEQID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ IDNO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-95(SEQ ID NO:250)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-598(SEQ ID NO:110)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的表达模式或水平增高或存在,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a#(SEQ ID NO:155)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-10b#(SEQ IDNO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ IDNO:202)、miR-1275(SEQ IDNO:203)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ IDNO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-326(SEQ IDNO:225)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-378(SEQ IDNO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ IDNO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ IDNO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ IDNO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)和miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ IDNO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)及其组合。
在另一个变化形式中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQIDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-340(SEQID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ IDNO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-30b(SEQ IDNO:42)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-301a(SEQ IDNO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-20a#(SEQ IDNO:75)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-411#(SEQ IDNO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ IDNO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-379(SEQ ID NO:186)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ IDNO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、dme-miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-889(SEQ ID NO:153)、rno-miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,指示诊断出进行性IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)。在一些实施方案中,向确定为患有进行性IPF的受试者施用本文中所描述的抗纤维化剂。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ IDNO:105)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-199b-5p(SEQID NO:213)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ IDNO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ IDNO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ IDNO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-548J(SEQ ID NO:148)及其组合。
在一些实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式或水平降低或不存在,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-411#(SEQ IDNO:147)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQID NO:102)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQ IDNO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ IDNO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQID NO:49)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ IDNO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ IDNO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ IDNO:105)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-93(SEQ IDNO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ IDNO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ IDNO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ IDNO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a#(SEQID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ IDNO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQ IDNO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ IDNO:36)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ IDNO:49)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ IDNO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ IDNO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ IDNO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ IDNO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ IDNO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ IDNO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72),miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-26a(SEQ IDNO:70)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-335(SEQ IDNO:119)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ IDNO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ IDNO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-5p(SEQID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ IDNO:181)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-551b#(SEQ IDNO:172)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-132(SEQ ID NO:159)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ IDNO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ IDNO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ IDNO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-28-5p(SEQ IDNO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ IDNO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ IDNO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ IDNO:88)及其组合。
在一些实施方案中,所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ IDNO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ IDNO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合。
在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
在一些实施方案中,基于(a)相对于预定标准或范围,所选微RNA存在或水平增高与(b)相对于预定标准或范围,其它所选微RNA不存在或水平降低的组合(例如,相对于非IPF患者的样品中的水平有所增高或降低)的“表达模式”指示诊断出IPF。
在本文中所公开的任何实施方案中,所述方法任选地包括向所述受试者施用治疗剂。示例性治疗剂包括但不限于选自由以下组成的组的药剂:类固醇(包括但不限于泼尼松龙(prednisolone))、细胞毒性剂(包括但不限于咪唑硫嘌呤和环磷酰胺)、巴多索隆(bardoxolone)、LPA激动剂(包括但不限于AM152);特癌适(Torisel)(西罗莫司脂化物(temsirolimus));PI3K抑制剂;穿透素或血清淀粉样蛋白P(包括但不限于穿透素-2(PTX-2或PRM-151));MEK抑制剂(包括但不限于ARRY-162和ARRY-300);p38抑制剂;PAI-1抑制剂(包括但不限于泰普替宁(Tiplaxtinin));降低转化生长因子β(TGF-β)的活性的药剂(包括但不限于GC-1008(Genzyme/MedImmune));乐德木单抗(lerdelimumab)(CAT-152;Trabio,Cambridge Antibody);美替木单抗(metelimumab)(CAT-192,Cambridge Antibody);LY-2157299(EliLilly);ACU-HTR-028(OpkoHealth),包括靶向一种或多种TGF-β同种型的抗体、TGF-β受体激酶TGFBR1(ALK5)和TGFBR2的抑制剂及受体后信号转导路径的调节剂;趋化因子受体信号转导;内皮肽受体拮抗剂,包括靶向内皮肽受体A和B的抑制剂及选择性地靶向内皮肽受体A的抑制剂(包括但不限于安立生坦(ambrisentan)、阿伏生坦(avosentan)、波生坦(bosentan)、克拉生坦(clazosentan)、达卢生坦(darusentan)、BQ-153、FR-139317、L-744453、马西替坦(macitentan)、PD-145065、PD-156252、PD163610、PS-433540、S-0139、西他塞坦钠(sitaxentansodium)、TBC-3711、齐泊腾坦(zibotentan));降低结缔组织生长因子(CTGF)的活性的药剂(包括但不限于FG-3019,FibroGen)且包括其它CTGF中和抗体;基质金属蛋白酶(MMP)抑制剂(包括但不限于MMPI-12、PUP-1和三氟乙酸替加泊肽(tigapotide triflutate));降低表皮生长因子受体(EGFR)的活性的药剂,包括但不限于厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、BMS-690514、西妥昔单抗(cetuximab)、靶向EGF受体的抗体、EGF受体激酶的抑制剂和受体后信号转导路径的调节剂;降低血小板衍生的生长因子(PDGF)的活性的药剂(包括但不限于甲磺酸伊马替尼(Imatinib mesylate)(Novartis))并且还包括PDGF中和抗体、靶向PDGF受体(PDGFR)的抗体、PDGFR激酶活性和受体后信号转导路径的抑制剂;降低血管内皮生长因子(VEGF)的活性的药剂(包括但不限于阿西替尼(axitinib)、贝伐单抗(bevacizumab)、BIBF-1120、CDP-791、CT-322、IMC-18F1、PTC-299和雷莫芦单抗(ramucirumab)),并且还包括VEGF中和抗体、靶向VEGF受体1(VEGFR1,Flt-1)和VEGF受体2(VEGFR2,KDR)的抗体、能中和VEGF的VEGFR1可溶性形式(sFlt)及其衍生物,以及VEGF受体激酶活性的抑制剂;多种受体激酶的抑制剂,如抑制血管内皮生长因子、纤维母细胞生长因子和血小板衍生的生长因子的受体激酶的BIBF-1120;干扰整合素功能的药剂(包括但不限于STX-100和IMGN-388),并且还包括整合素靶向的抗体;干扰IL-4的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、APG-201和sIL-4Rα)和干扰IL-13的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、安芦珠单抗(anrukinzumab)、CAT-354、贝辛白介素(cintredekin besudotox)、MK-6105、QAX-576、SB-313、SL-102和TNX-650),并且还包括针对任一细胞因子的中和抗体、靶向IL-4受体或IL-13受体的抗体、据报道能结合且中和IL-4与IL-13两者的IL-4受体可溶性形式或其衍生物、包括IL-13整体或一部分和经由JAK-STAT激酶路径进行信号转导的毒素(特别是假单胞菌内毒素)的嵌合蛋白质;干扰上皮-间质转化的药剂,包括mTor的抑制剂(包括但不限于AP-23573或雷帕霉素);降低铜的水平的药剂,如四硫钼酸盐;降低氧化应力的药剂,包括N-乙酰基半胱氨酸和四硫钼酸盐;和干扰素γ;磷酸二酯酶4(PDE4)的抑制剂(包括但不限于罗氟司特(Roflumilast));磷酸二酯酶5(PDE5)的抑制剂(包括但不限于米罗那非(mirodenafil)、PF-4480682、柠檬酸西地那非(sildenafil citrate)、SLx-2101、他达拉非(tadalafil)、乌地那非(udenafil)、UK-369003、伐地那非(vardenafil)和扎普司特(zaprinast));或花生四烯酸路径调节剂,包括环加氧酶和5-脂加氧酶抑制剂(包括但不限于齐留通(Zileuton));减轻组织重建或纤维化的化合物,包括脯氨酰水解酶抑制剂(包括但不限于1016548、CG-0089、FG-2216、FG-4497、FG-5615、FG-6513、菲布他丁A(fibrostatinA)(Takeda)、路西菲尔(lufironil)、P-1894B和沙非罗尼(safironil))和过氧化物酶体增殖物活化受体(PPAR)γ激动剂(包括但不限于吡格列酮(pioglitazone)和罗格列酮(rosiglitazone));及其组合。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述治疗剂可以是能降低一种或多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。或者,所述治疗剂可以是能增高一种或多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
在本文中所描述的任何实施方案中,所述血液样品可选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。在一个示例性实施方案中,所述血液样品是血浆。
所述治疗剂还可以是抗纤维化剂,如吡非尼酮(pirfenidone)。
还涵盖试剂盒、诊断性测试系统和计算机程序产品。
一种用于诊断患有如本文中所描述的特发性肺纤维化(IPF)的受试者的试剂盒,其优选包括一种或多种与选自由以下组成的组的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA特异性杂交的探针或特异性扩增选自由以下组成的组的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的引物:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ IDNO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ IDNO:26)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ IDNO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ IDNO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ IDNO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ IDNO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-340(SEQID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ IDNO:203)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-30e-3p(SEQID NO:224)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-487a(SEQ IDNO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ IDNO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)、miR-885-5p(SEQID NO:247)、miR-892b(SEQ ID NO:248)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)及其组合。
还提供了一种适于执行本文中所描述的任何诊断方法的诊断性测试系统。所述诊断性测试系统可以包括用于获得包括所述受试者的血液样品中的一种或多种与特发性肺纤维化(IPF)的诊断相关的微RNA的活性或水平的测试结果的构件;用于收集和跟踪一份或多份个体血液样品的测试结果的构件;用于比较一种或多种微RNA的活性或水平与预定标准的构件;和用于报告所述一种或多种微RNA的活性或水平是否满足或超过所述预定标准的构件。
还提供了一种计算机程序产品,其包括体现在计算机可读介质中的用于执行本文中所描述的任何诊断方法的步骤的计算机可执行指令。
前述发明概要不打算限定本发明的每个方面,并且在如发明详述等其它部分中描述了其它方面。整个文档打算关联为统一的公开内容,且应理解,涵盖本文中所描述的所有特征组合,即使在本文档的同一语句或短语或部分中并未一起发现所述特征的组合。关于本发明中以“一个(a/an)”描述或要求的方面,应理解除非上下文明确要求更具限制性的含义,否则这些术语意指“一个或多个”。术语“或”应理解为除非上下文另外明确要求,否则将涵盖可选项或组合项。如果本发明的方面描述为“包括”特征,那么也涵盖“由所述特征组成”或“基本上由所述特征组成”的实施方案。
附图简述
图1是基于实施例1中所提供的资料的对IPF和健康对照受试者的主要组分分析(PCA)。基于差异性调控miRNA群组的主要组分分析显示明显区分IPF与健康对照受试者。所述分析基于标准化值(ΔCt)且包括十个最具统计显著性的上调(相对增高)和十个最具统计显著性的下调(相对降低)序列,如通过ANOVA所确定。
图2是基于实施例2中所提供的资料的对IPF和健康对照受试者的另一个PCA。所述分析基于86种差异性表达的miRNA,如利用ANOVA所确定(FDR≤0.05)。
发明详述
本申请基于这样的发现,即人受试者血液样品中一种或多种微RNA的水平(包括所述微RNA的水平增加、存在、水平降低或不存在)或者一种或多种微RNA的表达模式变化是用于诊断患有特发性肺纤维化(IPF)的受试者有用工具。本文中所描述的诊断方法可以允许比依靠常规临床诊断的方案更早地诊断和进行治疗介入。本文中所描述的方法还提供了一种与利用肺组织样品进行诊断的常规方法相比侵袭性较小的诊断方法。
本文中描述了包括检测/测量人受试者血液样品中的疾病相关微RNA(“miRNA”)的水平和/或表达模式的诊断方法。一种或多种疾病相关miRNA与对照相比的差异性血液水平或表达模式的检测可以用来诊断罹患所述疾病或处于罹患所述疾病(例如,特发性肺纤维化)的风险的患者,从而确定何时开始施用治疗剂或者选择增加或减少治疗剂的量。一种或多种疾病相关miRNA的表达水平和/或表达模式还可以用来监测患者的治疗和疾病状态。所述方法包括向患者施用治疗剂,和以周期性间隔(例如约一周、一个月、两个月、三个月或六个月)检测一种或多种疾病相关miRNA的水平和/或表达模式。此外,一种或多种疾病相关miRNA的水平可能允许筛选药物候选物,以便改变与疾病相关的特定miRNA谱。
在本文中所描述的任何诊断方法、诊断装置/设备或治疗方法中,所筛选的miRNA的选择可以包括或不包括以下各项中的一、二、三、四、五、六项、更多项或所有项:miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-3p(SEQID NO:38)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)和miR-362(SEQID NO:96)。
在本文中的任何诊断方法、诊断装置/设备或治疗方法中,所筛选的miRNA的选择可以不包括以下各项中的一、二、三、四、五、六项、更多项或所有项:miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-17(SEQ ID NO:162)、let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-122((SEQ ID NO:22)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-200c(SEQ ID NO:179)和miR-130a(SEQ ID NO:112)。
在一个方面,本文中描述了在人受试者中诊断特发性肺纤维化(IPF)的方法,所述方法包括检测或测量得自于所述受试者的血液样品中的一种或多种微RNA的水平或表达模式,其中所述一种或多种微RNA的水平或表达模式相对于预定标准的变化指示所述受试者的特发性肺纤维化。对于一些微RNA,相对于预定标准的高水平指示IPF,而对于其它微RNA,相对于预定标准的较低水平指示IPF。与相同微RNA在未患IPF的对照患者中的表达模式相比,在IPF患者中展现差异性表达的所述微RNA称为“疾病相关miRNA或IPF相关miRNA”。所述方法还可以包括比较所述一种或多种微RNA的水平或表达模式与所述预定标准的步骤。在相关实施方案中,所述诊断方法包括检测属于指示IPF的预定范围内的一种或多种微RNA的水平。水平的这一预定范围通常不同于(高于或低于)非IPF患者中可见的相应微RNA的水平。
如本文中所使用的术语“差异性表达”是指血液样品中的一种或多种微RNA的表达模式对比得自于健康受试者的血液样品中的一种或多种微RNA的表达模式的定量以及定性差异。举例来说,差异性表达的微RNA在正常状况对比疾病状况下可能存在或不存在,或在疾病状况对比正常状况下可能增高或降低。所述定性调控的微RNA可以在血液样品内展现可在对照状况或疾病状况之一中检测到但不可在两者中都检测到的表达模式。换句话说,当微RNA的表达相对于其在得自于未患IPF的无疾病受试者的血液样品中的表达水平以不同的水平(较高或较低、存在或不存在)发生在患有IPF的受试者的血液样品中时,微RNA得以差异性表达。差异性表达的微RNA的水平可能是指样品中的微RNA的未经修正(原始的)或经标准化的丰度。微RNA水平的比较可以考虑指定微RNA相对于未经修正的参考值的未经修正的定量丰度。或者,指定微RNA的丰度可以表达为相对于该样品中的一种或多种其它微RNA(或其它内部对照)的比率。在所述情况下,这一“标准化”比率将相对于得自于健康患者(或非IPF患者)的样品的类似“标准化”参考值进行比较。
如本文中所使用,术语“微RNA”、“miR”、“mir”和“miRNA”用来指一类能够调节RNA水平的小RNA分子(参见Zeng和Cullen,RNA,9(1):112-123,2003;Kidner和Martienssen Trends Genet,19(1):13-6,2003;Dennis C,Nature,420(6917):732,2002;Couzin J,Science298(5602):2296-7,2002,各文献以引用的方式并入本文中)。微RNA是一类一般充当转录后基因调节子的非编码小RNA。在一些情况下,微RNA可以与RNA(通常为mRNA)的3'非翻译区域(UTR)杂交,且可以介导翻译抑制或RNA裂解/破坏。最近的研究已经显示,微RNA在多种生物过程(包括细胞增殖、分化、发育和凋亡)中提供重要的调控功能。
不受理论束缚,可以转录编码miRNA的基因,从而导致产生miRNA前体,称为“pri-miRNA”。所述pri-miRNA可以是包含多种pri-miRNA的多顺反子RNA的一部分。所述pri-miRNA可以与茎和环形成发夹,且所述茎可以包含错配的碱基。
可以通过RNA酶III内切核酸酶Drosha识别所述pri-miRNA的发夹结构。通过Drosha处理可以产生具有5'磷酸和约2个核苷酸的3'突出(overhang)的pre-miRNA茎环。pri-miRNA处理的细节在本领域中众所周知,且可以在例如美国专利公布号20070050146中获得,所述专利公布以全文引用的方式并入本文中。
患有IPF或处于发展IPF风险的受试者将展现某些miRNA的水平或表达模式变化(相对于miRNA所特有的预定标准增高或降低,或处于与IPF相关的预定范围内,或处于与非IPF患者(例如健康患者)相关的预定范围外)。在本文中所描述的任何实施方案中,相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA的表达模式、存在或水平增高,且指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:miR-155(SEQ IDNO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ IDNO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-130a(SEQ IDNO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ IDNO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ IDNO:223)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548c-3p(SEQ IDNO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250),或其完全互补核苷酸序列及其组合;包含这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个连续碱基的微RNA;与这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的核苷酸序列具有至少80%或85%或90%或95%或更高同一性的微RNA;或与这些SEQ ID NO或其完全互补序列中的任一者或其组合杂交的核苷酸序列。在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ IDNO:22)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ IDNO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ IDNO:223)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548c-3p(SEQ IDNO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250),或其完全互补核苷酸序列或其组合;包含这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个连续碱基的微RNA;与这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的核苷酸序列具有至少80%或85%或90%或95%或更高同一性的微RNA;或与这些SEQ ID NO或其完全互补序列中的任一者或其组合杂交的核苷酸序列。
或者,检测一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平是否处于与IPF相关的预定范围内。水平的这一预定范围通常高于非IPF患者中所见的水平。
在本文中所描述的任何实施方案中,相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,且指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ IDNO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQID NO:63)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ IDNO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ IDNO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ IDNO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ IDNO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、miR-7(SEQ IDNO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ IDNO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-889(SEQ IDNO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-505#(SEQ ID NO:235),或其完全互补核苷酸序列或其组合;包含这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个连续碱基的微RNA;与这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的核苷酸序列具有至少80%或85%或90%或95%或更高同一性的微RNA;或与这些SEQ ID NO或其完全互补序列中的任一者或其组合杂交的核苷酸序列。在一些实施方案中,所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-142-3p(SEQID NO:38)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、let-7e(SEQ IDNO:93)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ IDNO:152)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-505#(SEQ ID NO:235),或其完全互补核苷酸序列或其组合;包含这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个连续碱基的微RNA;与这些SEQ IDNO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的核苷酸序列具有至少80%或85%或90%或95%或更高同一性的微RNA;或与这些SEQID NO或其完全互补序列中的任一者或其组合杂交的核苷酸序列。
在如实施例1中所述收集样品的实施方案中,相对于对照,检测到一种或多种微RNA的表达模式、不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-324-3p(SEQID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-598(SEQ ID NO:110),或其完全互补核苷酸序列或其组合;包含这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25个或更多个连续碱基的微RNA;与这些SEQ ID NO或其完全互补核苷酸序列中的任一者或其组合的核苷酸序列具有至少80%或85%或90%或95%或更高同一性的微RNA;或与这些SEQ ID NO或其完全互补序列中的任一者或其组合杂交的核苷酸序列。
术语“疾病相关miRNA”或“IPF相关miRNA”涵盖了前述这些差异性表达(即,与得自于非IPF患者的样品中的水平相比,在得自于IPF患者的样品中观察到水平增高或降低)的核苷酸序列中的任一者。
在两个或更多个多核苷酸或多肽序列的情形下,术语“同一的”或“同一性百分比”是指当比较和比对最大对应性时,如使用以下序列比较算法之一或通过直观检查所测量,两个或更多个序列或子序列相同或具有规定百分比的相同核苷酸。
关于序列比较,通常,一个序列充当参考序列,将测试序列与其进行比较。当使用序列比较算法时,将测试序列和参考序列输入到计算机中,必要时指定子序列坐标,且指定序列算法程序参数。序列比较算法基于所指定的程序参数计算测试序列相对于参考序列的序列同一性百分比。
可以对用于比较的序列进行最佳比对,例如通过局部同源性算法(Smith和Waterman,Adv.Appl.Math.2:482(1981))、通过同源性比对算法(Needleman和Wunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970))、通过相似性查找法(Pearson和Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:2444(1988))、通过计算机实施这些算法(威斯康星遗传学软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Genetics Computer Group,575ScienceDr.,Madison,WI)或通过直观检查。
或者,检测所述一种或多种微RNA的水平是否处于与IPF相关的预定范围内。水平的这一预定范围通常低于非IPF患者中所见的水平。
在本文中所描述的任何实施方案中,检测或测量了多种不同的微RNA的水平。因而,举例来说,在人受试者中诊断特发性肺纤维化(IPF)的前述方法可以包括:(a)检测或测量得自于所述受试者的血液样品中的第一微RNA的水平,其中所述第一微RNA的水平相对于第一预定标准的变化指示IPF(或其中检测到水平处于第一预定范围内指示IPF);和(b)检测或测量得自于所述受试者的血液样品中的第二微RNA的水平,其中所述第二微RNA的水平相对于第二预定标准的变化指示IPF(或其中检测到水平处于第二预定范围内指示IPF);且还任选地包括以下步骤:(c)比较所述第一微RNA的水平与所述第一预定标准或范围,和(d)比较所述第二微RNA的水平与所述第二预定标准或范围。类似地,所述方法还可以包括检测或测量第三微RNA的水平且任选地将所述第三微RNA的水平与第三预定标准或范围进行比较。可以对第四、第五、第六或更多微RNA重复所述步骤。举例来说,可以检测1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40个或更多个不同的微RNA,且可以与所述微RNA的对应预定标准或范围进行比较。应理解,本文中的一种或多种微RNA的组合包括本文中所描述的任何核苷酸序列的任何可能的组合,而不必列出每一个组合。
如本文中所使用的术语“预定标准”是指由先前测量得自于多名未患IPF的受试者的血液样品中的微RNA而获得的指示微RNA水平的数字。在一些变化形式中,预定标准是健康人对照(即,无任何呼吸异常临床表现的受试者)的微RNA水平,在这种情况下,与从健康对照获得的血液样品中的微RNA的水平或表达模式相比,特发性肺纤维化中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平增高(例如,miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ IDNO:202)、miR-1275(SEQ ID 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NO:233)、miR-505#(SEQ ID NO:235)。
如本文中所使用的术语“预定范围”是指在人IPF受试者中通常观察到的微RNA水平或测量值的范围,在这种情况下,如果所述微RNA水平处于预定范围内,则其指示IPF。
在其它变化形式中,所述预定标准或范围可能包括如平均值、标准偏差、四分位数测量值、置信区间等信息或关于IPF受试者或非IPF受试者中微RNA浓度的分布或范围的其它信息。在再其它变化形式中,所述预定标准是基于患有IPF的受试者和未患IPF的受试者中的微RNA测量数据的接受者工作特征曲线。在再其它变化形式中,所述预定标准是微RNA测量值的截止值,其中所述截止值是基于先前测量而确定,以便用由IPF人受试者与非IPF人受试者中的微RNA测量值计算得来的敏感性和特异性区分IPF。任选地,所述预定标准基于利用可以针对受试者确定的其它特征进行进一步分层的受试者,以进一步提高诊断精确度。所述其它特征包括例如性别、年龄、体重、吸烟习惯、人种或种族、血压、其它疾病和药物处理。
本文中所描述的方法中的核酸(即,微RNA)的“水平”是如通过标准实验室方法测量的核酸的量或其活性。所述术语包括例如通过northern印迹或微阵列分析或定量RT-PCR法以及检测核酸存在或不存在而在样品中检测到的核酸的量(例如,浓度或总量)。在一个实施方案中,使用如定量实时PCR(Q-PCR)等扩增法测量疾病相关miRNA的水平。所述扩增法将使用与(a)SEQIDNO:1-250中任一者的miRNA或(b)其完全互补序列的至少12个碱基互补的引物。在另一个实施方案中,通过使生物样品与探针或生物芯片接触且测量杂交的量来测量所述水平。差异性表达的微RNA的水平可能是指样品中的微RNA的未经修正(原始的)或经标准化的丰度。微RNA水平的比较可以考虑指定微RNA相对于未经修正的参考值的未经修正的定量丰度。或者,指定微RNA的丰度可以表达为相对于该样品中的一种或多种其它微RNA(或其它内部对照)的比率。在所述情况下,这一“标准化”比率将相对于得自于健康患者(或非IPF患者)的样品的类似“标准化”参考值进行比较。
在一个相关实施方案中,核酸可以通过以下方式加以检测:使包含所述核酸的样品与包括与所述核酸充分互补的附加寡核苷酸探针的生物芯片接触,且检测与所述探针的的杂交高于对照水平的杂交。特定寡核苷酸探针的杂交可以使用Northern印迹分析、窄缝印迹分析或原位杂交分析和本领域中已知的任何其它方法,如Sambrook等,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Springs HarborLaboratories(New York,1989)中所描述的那些技术加以检测。杂交意指在适合碱基配对的情况下使两个或更多个核酸接触。杂交包括部分或完全互补的核酸之间的相互作用。合适的杂交条件对于本领域技术人员是众所周知的。在某些应用中,应了解,可能需要较低严格度条件。在这些条件下,纵使相互作用的链的序列不完全互补,而是在一个或多个位置错配,也可能发生杂交。可以通过根据本领域内的知识调整条件,例如增加盐浓度和/或降低温度来获得严格度较低的条件。合适的杂交条件为允许检测从如基因等可识别表达单元的基因表达的那些条件。优选的杂交条件为严格的杂交条件,如在42℃下在包含50%甲酰胺、1%SDS、1MNaCl、10%硫酸葡聚糖的溶液(即,杂交溶液)中杂交且在65℃下在包含1×SSC和0.1%SDS的洗涤溶液中洗涤30分钟。在本领域中应理解,可以通过改变温度和缓冲液或盐浓度来实现具有相等严格度的条件,如Ausubel等(编),Protocols inMolecular Biology,John Wiley & Sons(1994),第6.0.3到6.4.10页中所描述。对杂交条件的修改可以凭经验确定或基于所述探针的鸟嘌呤核苷/胞嘧啶(GC)碱基配对的长度和百分比精确地计算。可以如Sambrook等(编),Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold SpringHarbor Laboratory Press:Cold Spring Harbor,New York(第2版;1989),第9.47到9.51页中所描述来计算杂交条件。
可以标记寡核苷酸探针以便检测与从生物样品中提取的RNA的杂交,或者可以标记RNA以便检测。标记包括放射性标记,如3H、14C、32P、35S或125I。另外,标记可以是荧光或化学发光化合物,如异硫氰酸荧光素、藻红蛋白、罗丹明或荧光素。标记可以是酶,如碱性磷酸酶、β半乳糖苷酶、生物素和亲和素或辣根过氧化物酶(Bayer等,Meth.Enz.,184:138-163(1990))。寡核苷酸探针可以连接到固体基质,如薄膜、珠粒、过滤器、玻璃、硅、金属、金属合金、Anopore、聚合物、尼龙或塑料。所述基质在连接探针之前可以用化学品进行化学处理,以便在使用期间增强结合或抑制非特异性结合。示例性处理包括用氨基烷基硅烷涂料或如丙烯酰胺或蛋白质等聚合物材料涂布玻璃载玻片。所述探针可以共价或非共价地连接到所述基质。探针或引物的长度可以是例如8-20、8-30、8-40、12-20、12-30或12-40个碱基。
如本文中所使用,如在miRNA靶标情形下所使用的术语“靶标”是指含有miRNA结合位点且大概由miRNA调控的RNA。
在一些实施方案中,miRNA序列的靶基因序列通过比较潜在靶基因序列的序列与miRNA序列的互补匹配(例如,Watson-Crick互补配对和/或G:U配对)来确定。举例来说,可以比较潜在靶基因序列的UTR与miRNA序列的互补匹配,且用于将具有高互补度的那些基因序列识别为靶基因序列。所述确定可以用人工方式或借助于机器如计算机系统来进行。
本文中所描述的miRNA的表达或活性可以通过施用以下物质来调节(增高或降低):(a)SEQ ID NO:1-250中的任一者或其完全互补序列的核苷酸序列;(b)包含(i)SEQ ID NO:1-250中的任一者的至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续碱基或(ii)所述至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续碱基的完全互补序列的核苷酸序列;或(c)与SEQ ID NO:1-250中的任一者或其完全互补序列具有至少80%、90%或95%或更高同一性的核苷酸序列;或(d)在严格条件下与SEQID NO:1-250中的任一者或其完全互补序列杂交的核苷酸序列。
本领域技术人员应了解,互补序列不必是精确互补序列,且采用miRNA片段、互补序列片段或与所述miRNA或其互补序列类似的序列在本发明的范围内。作为一个实例,在IPF患者中增高的miRNA(例如miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ IDNO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ IDNO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-130a(SEQ IDNO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ IDNO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ IDNO:223)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548c-3p(SEQ IDNO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250))的活性或水平可以使用与微RNA互补的序列、与至少8、9、10、11、12、13、14或15个连续碱基互补的片段或例如与所述互补序列(或其片段)具有80%、85%、90%或95%或更高同一性的序列来降低。在另一个实施例中,在IPF患者中有所降低的miRNA(例如miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQID NO:63)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ IDNO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ IDNO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ IDNO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ IDNO:118)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ IDNO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、miR-7(SEQ IDNO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ IDNO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-889(SEQ IDNO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-505#(SEQ ID NO:235))的水平或活性可以使用包含该SEQID的核苷酸序列的核苷酸序列、包含该SEQ ID的序列的核苷酸序列的片段或与所述序列或其片段具有80%、85%、90%或95%或更高同一性的序列来增高。
潜在靶标基因序列和miRNA序列优选为人的。
如上文所指出,miRNA可以通过将得自于血液样品的RNA固定在固体载体如尼龙薄膜上且使经过标记的探针与所述样品杂交来进行检测。类似地,miRNA还可以通过将经过标记的探针固定到固体载体且使包含所述miRNA的血液样品与所述探针杂交来进行检测。在洗涤以去除非特异性杂交之后,可以检测所述标记。
这些测定可以是直接杂交测定,或可以包括使用多种探针,如以下美国专利号中所概述:5,681,702、5,597,909、5,545,730、5,594,117、5,591,584、5,571,670、5,580,731、5,571,670、5,591,584、5,624,802、5,635,352、5,594,118、5,359,100、5,124,246和5,681,697,各专利在此以引用的方式并入。
另外,可以采用本领域中已知的用于检测miRNA其它方法。举例来说,可以使用美国专利公布号US2006/0292616A1、US2006/0228729和US2007/0050146中所描述的方法(各公布的公开内容都是以全文引用的方式并入本文中)。
一种检测方法为微阵列分析。在这种方法中,可以测定单一样品体积内的多个靶标序列。微阵列可用于鉴定前体和成熟miRNA。
一种优选的检测方法是定量RT-PCR。在这种方法中,使用反转录(RT)将靶标RNA转化成cDNA,然后使用标准PCR方法扩增和定量cDNA。用于反转录或PCR扩增的引物可以包括常规引物或经修饰引物,如茎环RT引物和含LNA的引物。定量PCR可以用于单一格式或多重格式。
其它检测方法可以使用微米或纳米技术以增加测量敏感性、精确度、动态范围和/或增加通量。这些方法可以包括化学、电学和/或光学检测方法。这些方法还可以与上文提到的常规分子检测方法(即,杂交或RT-PCR)组合使用。
为了进行本文中所描述的诊断方法,可以从生物流体样品中收集miRNA。生物流体包括但不限于血液、血清和血浆。在一些实施方案中,所述生物样品包括外来体或分离的微泡。所述生物样品可以(i)在从来源获得后依原样直接使用或(ii)在预处理以修饰所述样品的特征之后使用。因而,所述样品可以在使用之前通过例如由血液制备血浆、分离核酸、浓缩液体、灭活干扰组分、从所述样品中去除肝素、加入试剂等进行预处理。样品还可以经过预处理以消化、限制或使得双链核酸序列成为单链的。此外,样品可以经过预处理以积累、纯化、扩增或者浓缩其中可能含有的序列。
治疗用途
本文中还描述了治疗根据本文中所描述的任何诊断方法诊断为患有特发性肺纤维化(IPF)的人受试者的方法,其中所述方法包括向所述患者施用治疗剂以治疗IPF。任选地,所述方法还包括在处理后检测一种或多种微RNA的水平或表达模式,以便监测治疗的治疗效果和(如果得到授权的话)调节剂量、给药时程或治疗剂的一个或多个其它步骤。
在另一个方面,提供了一种治疗确定为受试者血液样品中具有异常水平的一种或多种IPF相关微RNA的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。如本文中所使用的术语“异常水平”是指罹患IPF的受试者的血液样品中所存在的一种或多种微RNA的水平在与如本文中所定义的术语预定标准相比时增高或降低,或处于如本文中所定义的术语指示IPF的预定范围内。或者,所述异常水平处于指示健康患者或非IPF患者的预定范围外。差异性表达的微RNA的水平可能是指样品中的微RNA的未经修正(原始的)或经标准化的丰度。微RNA水平的比较可以考虑指定微RNA相对于未经修正的参考值的未经修正的定量丰度。或者,指定微RNA的丰度可以表达为相对于该样品中的一种或多种其它微RNA(或其它内部对照)的比率。在所述情况下,这一“标准化”比率将相对于得自于健康患者(或非IPF患者)的样品的类似“标准化”参考值进行比较。
在一些实施方案中,所述治疗剂选自由以下组成的组:类固醇(包括但不限于泼尼松龙)、细胞毒性剂(包括但不限于咪唑硫嘌呤和环磷酰胺)、巴多索隆、LPA激动剂(包括但不限于AM152);特癌适(西罗莫司脂化物);PI3K抑制剂;穿透素(包括但不限于穿透素-2(PTX-2或PRM-151));MEK抑制剂(包括但不限于ARRY-162和ARRY-300);p38抑制剂;PAI-1抑制剂(包括但不限于泰普替宁);降低转化生长因子β(TGF-β)的活性的药剂(包括但不限于泛TGF-β中和抗体,如GC-1008(Genzyme/MedImmune));抗TGF-β2mAb,如乐德木单抗(CAT-152;Trabio,Cambridge Antibody);抗TGF-β1抗体,如美替木单抗(CAT-192,Cambridge Antibody);小分子TGF-βR1抑制剂,如LY-2157299(Eli Lilly);ACU-HTR-028(Opko Health),包括靶向一种或多种TGF-β同种型的抗体、TGF-β受体激酶TGFBR1(ALK5)和TGFBR2的抑制剂及受体后信号转导路径的调节剂;趋化因子受体信号转导的调节剂;内皮肽受体拮抗剂,包括靶向内皮肽受体A和B的抑制剂及选择性地靶向内皮肽受体A的抑制剂(包括但不限于安立生坦、阿伏生坦、波生坦、克拉生坦、达卢生坦、BQ-153、FR-139317、L-744453、马西替坦、PD-145065、PD-156252、PD163610、PS-433540、S-0139、西他塞坦钠、TBC-3711、齐泊腾坦);降低结缔组织生长因子(CTGF)的活性的药剂(包括但不限于FG-3019,FibroGen)且还包括其它CTGF中和抗体,如FG-3019;基质金属蛋白酶(MMP)抑制剂(包括但不限于MMPI-12、PUP-1和三氟乙酸替加泊肽以及多西环素(doxycycline)、马立马司他(marimastat)和西马司他(cipemastat));降低表皮生长因子受体(EGFR)的活性的药剂,包括但不限于厄洛替尼、吉非替尼、BMS-690514、西妥昔单抗、靶向EGF受体的抗体、EGF受体激酶的抑制剂和受体后信号转导路径的调节剂;降低血小板衍生的生长因子(PDGF)的活性的药剂(包括但不限于甲磺酸伊马替尼(Novartis))并且还包括PDGF中和抗体、靶向PDGF受体(PDGFR)的抗体、PDGFR激酶活性和受体后信号转导路径的抑制剂;降低血管内皮生长因子(VEGF)的活性的药剂(包括但不限于阿西替尼、贝伐单抗、BIBF-1120、CDP-791、CT-322、IMC-18F1、PTC-299和雷莫芦单抗),并且还包括VEGF中和抗体、靶向VEGF受体1(VEGFR1,Flt-1)和VEGF受体2(VEGFR2,KDR)的抗体、能中和VEGF的VEGFR1可溶性形式(sFlt)及其衍生物,以及VEGF受体激酶活性的抑制剂;多种受体激酶的抑制剂,如抑制血管内皮生长因子、纤维母细胞生长因子和血小板衍生的生长因子的受体激酶的BIBF-1120;干扰整合素功能的药剂(包括但不限于STX-100和IMGN-388),并且还包括整合素靶向的抗体;干扰IL-4的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、APG-201和sIL-4Rα)和干扰IL-13的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、安芦珠单抗、CAT-354、贝辛白介素、MK-6105、QAX-576、SB-313、SL-102和TNX-650),并且还包括针对任一细胞因子的中和抗体、靶向IL-4受体或IL-13受体的抗体、据报道能结合且中和IL-4与IL-13两者的IL-4受体可溶性形式或其衍生物、包括IL-13整体或一部分和经由JAK-STAT激酶路径进行信号转导的毒素(特别是假单胞菌内毒素)的嵌合蛋白质;干扰上皮-间质转化的药剂,包括mTor的抑制剂(包括但不限于AP-23573或雷帕霉素);降低铜的水平的药剂,如四硫钼酸盐;降低氧化应力的药剂,包括N-乙酰基半胱氨酸和四硫钼酸盐;和干扰素γ。还涵盖以下药剂:磷酸二酯酶4(PDE4)的抑制剂(包括但不限于罗氟司特);磷酸二酯酶5(PDE5)的抑制剂(包括但不限于米罗那非、PF-4480682、柠檬酸西地那非、SLx-2101、他达拉非、乌地那非、UK-369003、伐地那非和扎普司特);或花生四烯酸路径调节剂,包括环加氧酶和5-脂加氧酶抑制剂(包括但不限于齐留通)。还涵盖减轻组织重建或纤维化的化合物,包括脯氨酰水解酶抑制剂(包括但不限于1016548、CG-0089、FG-2216、FG-4497、FG-5615、FG-6513、菲布他丁A(Takeda)、路西菲尔、P-1894B和沙非罗尼)和过氧化物酶体增殖物活化受体(PPAR)γ激动剂(包括但不限于吡格列酮和罗格列酮)。所公开的方法可以包括施用如上文直接公开的药剂和/或选自以下的药剂:BG-12、趋化因子活性调节剂(包括但不限于靶向CCL2的抗体CNTO888)、Lys1氧化酶抑制剂(包括但不限于靶向人赖氨酰氧化酶样蛋白2的抗体AB0024/GS-6624)、NOX4抑制剂(包括但不限于选择性NOX1/4抑制剂GKT137831)、血管紧张素II受体拮抗剂(包括但不限于氯沙坦(lorsartan))、抑制剂或Wnt-β连锁蛋白信号转导剂(包括但不限于ICG-001);JNK抑制剂(包括但不限于CC930);IL-4/IL-13抗体/可溶性受体(包括但不限于SAR156597);和氘化吡非尼酮(例如,如WO 09/035598中所描述且具有一至十四个置换吡非尼酮中的氢原子的氘原子)。
举例来说,对于LPA1受体拮抗剂,所述药剂可以是:
或以下各项中的一项或多项:
(4'-{3-甲基-4-[1-(2-三氟甲基-苯基)-乙氧基羰基氨基]-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物1);(4'-{3-甲基-4-[1-(3-三氟甲基-苯基)-乙氧基羰基氨基]-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物2);(4'-{4-[1-(2,4-二氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物3);(4'-{4-[1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物4);(4'-{4-[1-(3-溴-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物5);(4'-{4-[1-(2-甲氧基-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物6);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-6-甲氧基-联苯-3-基)-乙酸(化合物7);4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-甲酸(化合物8);4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-2-甲酸(化合物9);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-2-基)-乙酸(化合物10);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物11);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-3-基)-乙酸(化合物12);3-(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物13);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基-3-甲基-异噁唑-5-基}-6-氟-联苯-3-基)-乙酸(化合物14);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-4-氟-联苯-3-基)-乙酸(化合物15);(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸甲酯(化合物16);2-(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸乙酯(化合物17);2-(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物18);2-(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-2-甲基-丙酸(化合物19);2-(4'-{4-[1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物20);4-(4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丁酸(化合物21);4'-{4-[1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-3-甲酸(化合物22);(4'-{4-[1-(4-氯-2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物23);(4'-{4-[(R)-1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物24);(4'-{4-[(R)-1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-2'-甲基-联苯-4-基)-乙酸(化合物25);2-(4'-{4-[1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-2-甲基-丙酸(化合物26);(4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物27);2-(4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-2-甲基-丙酸(化合物28);2-(4'-{4-[(R)-1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-2-甲基-丙酸(化合物29);2-(4'-{4-[(R)-1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物30);2-(4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物31);(4'-{4-[1-(2,6-二氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物32);2-(4'-{4-[(R)-1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-2'-甲基-联苯-4-基)-丙酸(化合物33);(4'-{4-[(S)-1-(2-氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物34);(4'-{4-[(S)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物35);{4'-[4-(2-氯-苄氧基羰基氨基)-3-甲基-异噁唑-5-基]-联苯-4-基}-乙酸(化合物36);{4'-[3-甲基-4-((R)-1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-4-基}-乙酸(化合物37);(4'-{4-[1-(2,3-二氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物38);(4'-{4-[1-(2,4-二氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物39);(4'-{4-[1-(2-氟-4-甲氧基-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物40);(4'-{4-[1-(2,5-二氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物41);(4'-{4-[1-(2,6-二氟-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物42);(4'-[3-甲基-4-((R)-1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-3-基}-乙酸(化合物43);4'-[3-甲基-4-((R)-1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-4-甲酸(化合物44);{4'-[3-甲基-4-((R)-1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-2-基}-乙酸(化合物45);{4'-[3-甲基-4-((R)-1-邻甲苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-4-基}-乙酸(化合物46);2-(4'-{4-[(R,R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物47);2-(4'-{4-[(R,S)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丙酸(化合物48);(3'-氯-4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物49);2-(4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-丁酸(化合物50);(2'-氯-4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物51);(4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-2'-氟-联苯-4-基)-乙酸(化合物52);4'-{4-[(R)-1-(2-氯-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-甲酸(化合物53);(4'-{4-[(R)-1-(3,5-二溴-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物56);{4'-[3-甲基-4-((S)-1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-4-基}-乙酸(化合物57);(4'-{4-[(R)-1-(3-羟基-苯基)-乙氧基羰基氨基]-3-甲基-异噁唑-5-基}-联苯-4-基)-乙酸(化合物58);{4'-[3-甲基-4-(1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-4-基}-乙酸(化合物59);[5-(4'-氰甲基-联苯-4-基)-3-甲基-异噁唑-4-基]-氨基甲酸(R)-1-(2-氯-苯基)-乙酯(化合物61);[5-(4'-氰甲基-联苯-4-基)-3-甲基-异噁唑-4-基]-氨基甲酸(R)-1-(2-氟-苯基)-乙酯(化合物62);{3-甲基-5-[4'-(2H-四唑-5-基甲基)-联苯-4-基]-异噁唑-4-基}-氨基甲酸(R)-1-(2-氟-苯基)-乙酯(化合物63);{3-甲基-5-[4'-(2H-四唑-5-基甲基)-联苯-4-基]-异噁唑-4-基}-氨基甲酸(R)-1-(2-氯-苯基)-乙酯(化合物64);[5-(4'-甲脒基甲基-联苯-4-基)-3-甲基-异噁唑-4-基]-氨基甲酸(R)-1-(2-氟-苯基)-乙酯(化合物65);{5-[4'-(2-乙酰基氨基-2-亚氨基-乙基)-联苯-4-基)-3-甲基-异噁唑-4-基}-氨基甲酸(R)-1-(2-氟-苯基)-乙酯(化合物66);和2-(2-{4'-[3-甲基-4-((R)-1-苯基-乙氧基羰基氨基)-异噁唑-5-基]-联苯-4-基}-乙酰基氨基)-乙磺酸。
确切地说,所述LPA1受体拮抗剂可以具有以下结构:如WO2011/041462中所公开的式(I)、式(Ia)、式(II)、式(IIa)、式(III)、式(IIIa)、式(IV)和式(V)中的任一者的结构;如WO2010/68775中所公开的式(I)、式(II)和式(III)中的任一者的结构;如US2010/311799中所公开的式(I)的结构;如WO2010/141761中所公开的式(I)的结构;如WO2010/141768中所公开的式(I)、式(II)、式(III)、式(IV)和式(IV)中的任一者的结构;如US2010/152257中所公开的式(I)的结构;如WO10/77882中所公开的式(I)、式(II)和式(III)中的任一者的结构;如WO10/77883中所公开的式(I)的结构;如US2011/0082164中所公开的式(I)的结构;如WO11/041461中所公开的式(I)和式(II)中的任一者的结构;如US2011/0082181中所公开的化合物1至化合物79或式(I)中的任一者的结构;如WO2011/041694中所公开的式(I)、式(II)、式(III)、式(IV)、式(V)、式(VI)和式(VI)中的任一者的结构;如WO11/041729中所公开的式(I)的结构;如WO11/017350中所公开的式(I)、式(II)、式(III)、式(IV)和式(V)中的任一者的结构,所述专利公布各自以全文引用的方式并入。这些和相关LPA1受体拮抗剂及其合成方法总体上公开于以下专利公布中:WO2010/68775、US2010/311799、WO2010/141761、WO2010/141768、US2010/152257、WO2010/77883、WO2010/77882、US2011/82164、WO2011/41461、WO2011/41462、US2011/82181、WO2011/41694、WO2011/41729、WO2011/17350,所述专利公布各自以全文引用的方式并入。
所涵盖的其它LPA1受体拮抗剂包括如美国专利号6,964,975和美国专利公布号2003/114505中所公开的式(1)、式(2)和式(5)的化合物且尤其是化合物101至169,所述专利和专利公布各自以全文引用的方式并入。这个家族中的一种具体化合物为
所涵盖的再其它LPA受体拮抗剂包括美国专利号7,517,996中所公开的化合物,且尤其是具有式(I)的结构的化合物,所述专利以全文引用的方式并入。
所涵盖的再其它LPA受体拮抗剂包括美国专利号7,288,558中所公开的化合物,且尤其是具有式(I)的结构的化合物,所述专利以全文引用的方式并入。
还涵盖作为PGD2调节剂的药剂,如具有如US 2011/0098302中所公开的式(I)、式(II)、式(III)、式(IV)、式(V)、式(VI)、式(VII)、式(VIII)和式(IX)中的任一者的结构或如US 2011/0098352中所公开的式(I)的结构的化合物,所述专利公布各自以全文引用的方式并入。
还涵盖以下药剂或药剂类别:一种或多种氧化氮(例如,吸入型氧化氮)、维生素E与己酮可可碱组合(例如,得自于PacificTherapeutics的PTL-202)、PXS25、达沙替尼(desatinib)(多重激酶抑制剂)、PI3K/mTor双重抑制剂(例如,BAY806946、XL765、GDC0980、GSK2126458、BEZ235、BGT226、PF04691502、PK1587和/或SF1126)、PI3K抑制剂(例如XL147、GDC0941、BKM120、PX866、ZSTK474、BYL719(PI3Kα)、AMG319(PI3Kδ)、CAL101(PI3Kδ)和/或GDC0032)、5-HT2A/B受体拮抗剂(特麦角脲(terguride))、端粒酶活化剂(例如TAT153)、趋化因子活性调节剂(例如,降低剂)(例如,靶向CCL2的抗体CNTO888)、Lys1氧化酶抑制剂(例如,靶向人赖氨酰氧化酶样蛋白2的人源化mAb AB0024/GS-6624)、NOX4抑制剂(例如,选择性Nox1/4抑制剂GKT137831)、血管紧张素II受体拮抗剂(例如,氯沙坦)、抗αvβ6整合素剂和穿透素(例如,血清类淀粉P、PTX-2或PRM-151)。
还涵盖作为吡非尼酮类似物的药剂,如具有如WO10/085805中所公开的式(I)、式(II)、式(III)、式(IV)和式(V)中的任一者的结构的化合物,所述专利公布的公开内容以全文引用的方式并入。WO10/085805中所公开的吡非尼酮类似物化合物的合成进一步描述于美国专利公布号2007/0049624(WO05/0047256的美国国家阶段)、国际公布号WO03/068230、WO08/003141、WO08/157786或美国专利号5,962,478、6,300,349、6,090,822、6,114,353、Re.40,155、6,956,044或5,310,562中,所述专利公布和专利各自以全文引用的方式并入。
WO10/085805中所公开的吡非尼酮类似物具有以下式(I)、式(II)、式(III)、式(IV)或式(V)的结构:
其中A为N或CR2;B为N或CR4;E为N或CX4;G为N或CX3;J为N或CX2;K为N或CX1;虚线为单键或双键;R1、R2、R3、R4、X1、X2、X3、X4、X5、Y1、Y2、Y3和Y4是独立地选自由以下组成的组:H、氘、C1-C10烷基、C1-C10氘化烷基、经过取代的C1-C10烷基、C1-C10烯基、经过取代的C1-C10烯基、C1-C10硫代烷基、C1-C10烷氧基、经过取代的C1-C10烷氧基、环烷基、经过取代的环烷基、杂环烷基、经过取代的杂环烷基、杂烷基、经过取代的杂烷基、芳基、经过取代的芳基、杂芳基、经过取代的杂芳基、卤素、羟基、C1-C10烷氧基烷基、经过取代的C1-C10烷氧基烷基、C1-C10羧基、经过取代的C1-C10羧基、C1-C10烷氧基羰基、经过取代的C1-C10烷氧基羰基、CO-糖醛化合物、CO-单糖、CO-寡糖和CO-多糖;X6和X7是独立地选自由以下组成的组:氢、芳基、经过取代的芳基、杂芳基、经过取代的杂芳基、环烷基、经过取代的环烷基、杂环烷基、经过取代的杂环烷基、亚烷基芳基、亚烷基杂芳基、亚烷基杂环烷基、亚烷基环烷基,或X6与X7一起形成任选地经取代的5或6元杂环;Ar为吡啶基或苯基;且Z为O或S。在一些实施方案中,A为N或CR2;B为N或CR4;E为N、N+X4或CX4;G为N、N+X3或CX3;J为N、N+X2或CX2;K为N、N+X1或CX1;虚线为单键或双键;R1、R2、R3、R4、X1、X2、X3、X4、X5、Y1、Y2、Y3和Y4是独立地选自由以下组成的组:H、氘、任选地经取代的C1-C10烷基、任选地经取代的C1-C10氘化烷基、任选地经取代的C1-C10烯基、任选地经取代的C1-C10硫代烷基、任选地经取代的C1-C10烷氧基、任选地经取代的环烷基、任选地经取代的杂环烷基、任选地经取代的杂烷基、任选地经取代的芳基、任选地经取代的杂芳基、任选地经取代的酰胺基、任选地经取代的磺酰基、任选地经取代的氨基、任选地经取代的磺酰胺基、任选地经取代的亚砜基、氰基、硝基、卤素、羟基、SO2H2、任选地经取代的C1-C10烷氧基烷基、任选地经取代的C1-C10羧基、任选地经取代的C1-C10烷氧基羰基、CO-糖醛化合物、CO-单糖、CO-寡糖和CO-多糖;X6和X7独立地选自由以下组成的组:氢、任选地经取代的芳基、任选地经取代的杂芳基、任选地经取代的环烷基、任选地经取代的杂环烷基、任选地经取代的亚烷基芳基、任选地经取代的亚烷基杂芳基、任选地经取代的亚烷基杂环烷基、任选地经取代的亚烷基环烷基,或X6与X7一起形成任选地经取代的5或6元杂环;且Ar是任选地经取代的吡啶基或任选地经取代的苯基;且Z为O或S。
本文中所公开的方法中所施用的吡非尼酮可以经过氘化。所述吡非尼酮可以是吡非尼酮的氘化形式的混合物、单一氘化形式或氘代化形式与非氘化吡非尼酮的混合物。所涵盖的氘化吡非尼酮包括具有1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个氘原子的吡非尼酮。吡非尼酮的苯基环可以用1、2、3、4或5个氘原子进行氘化。另外或作为替代方案,吡非尼酮的甲基可以用1、2或3个氘原子进行氘化。另外或作为替代方案,吡啶酮环氢可以经1、2、3或4个氘原子取代。多种不同的氘化吡非尼酮形式和各种氘化吡非尼酮形式的合成方法公开于WO09/035598中,所述专利公布的公开内容是以全文引用的方式并入。
还涵盖一种或多种前述药剂的组合。
在一个实施方案中,本发明提供了治疗患有IPF的受试者的方法,例如通过向所述受试者施用有效量的调节靶细胞中的至少一种miRNA的水平的药剂。在一些实施方案中,所述药剂增加或刺激miRNA在哺乳动物受试者中的表达或活性(即,miRNA增强剂)。在其它实施方案中,所述药剂降低或抑制miRNA在哺乳动物受试者中的表达或活性(即,miRNA或miRNA抑制剂)。
如本文中所使用,“调节miRNA的水平的药剂”指示所述药剂在施用到样品或受试者时增加或减少至少一种miRNA的测量值。在一些实施方案中,miRNA增加或减少介于1倍与20倍之间或多于20倍的量。在一些特定的实施方案中,miRNA增加或减少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、7倍、9倍、10倍、12倍或15倍或更多倍。在其它实施方案中,所述miRNA增加或减少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、150%、200%、300%或更多。
miRNA增强剂是用于增加细胞中的miRNA基因产物的水平的分子,例如核酸分子。在一个变化形式中,miRNA增强剂包含miRNA的序列或其变体。在另一个变化形式中,所述miRNA分子是合成的分子。在另一个变化形式中,所述miRNA分子包含一种或多种稳定突变。所述miRNA序列的长度可以是12至100个核苷酸。举例来说,所述miRNA序列可以包含20至80、20至70、20至60、20至50、20至40、21至23、21至25、12至33、18至24、18至26或21至23个核苷酸。在一些实施方案中,所述miRNA序列可以包含15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核苷酸。所述miRNA的序列可以是pre-miRNA的前13至33或21至25个核苷酸。在一些实施方案中,所述miRNA的序列可以是pre-miRNA的后13至33或21至25个核苷酸。
在另一个变化形式中,miRNA增强剂包含pri-miRNA的序列或其变体。所述pri-miRNA序列可以包含30至300、35至375、45至250、55至200、70至150或80至100个核苷酸。所述pri-miRNA还可以包含miRNA及其互补序列及其变体。所述pri-miRNA可以形成发夹结构。所述发夹可以包含大体上互补的第一和第二核酸序列。所述第一和第二核酸序列可以具有37至50个核苷酸。所述第一和第二核酸序列可以由具有8至12个核苷酸的第三序列隔开。所述发夹结构可以具有少于-25千卡/摩尔的自由能,如通过维也纳算法在缺省参数的情况下所计算,如Hofacker等,Monatshefte f.Chemie125:167-188(1994)中所描述,所述文献的内容并入本文中。所述发夹可以包含具有4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25个核苷酸的末端环。
相比之下,miRNA抑制剂减少或抑制miRNA在哺乳动物受试者中的表达或活性。在一些实施方案中,所述miRNA抑制剂是antagomir。如本文中所使用,术语“antagomir”是能够阻断miRNA的活性的抗miRNA分子。所述antagomir在长度上可以包含总计12至50或8至50或8至40或5至40个核苷酸。在一些实施方案中,所述antagomir包含总计至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55或60个核苷酸。antagomir的序列可以包含miRNA序列的互补序列,使得例如抗miRNA结合到miRNA以阻断其活性。
在一些实施方案中,所述antagomir包含一个或多个非天然存在的或经过修饰的核苷酸。所述一个或多个经过修饰的核苷酸类似物可以位于例如核酸分子的5'端和/或3'端或位于核酸分子内。核苷酸类似物的代表性实例可以选自经过糖或骨架修饰的核糖核苷酸。然而应注意,经过核碱基修饰的核糖核苷酸,即,含有非天然存在的核碱基代替天然存在的核碱基的核糖核苷酸,是合适的,如在5位经修饰的尿嘧啶核苷或胞嘧啶核苷,例如5-(2-氨基)丙基尿嘧啶核苷、5-溴尿嘧啶核苷;在8位经修饰的腺嘌呤核苷和鸟嘌呤核苷,例如8-溴鸟嘌呤核苷;脱氮核苷酸,例如7-脱氮-腺嘌呤核苷;O-烷基化和N-烷基化核苷酸,例如N6-甲基腺嘌呤核苷。2'-OH基团可以由选自以下的基团置换:H、OR、R、卤基、SH、SR、NH2、NHR、NR2或CN,其中R为C1-C6烷基、烯基或炔基,且卤基为F、Cl、Br或I。在一个优选实施方案中,antagomir包含2'-O甲基修饰。在一个非常优选的实施方案中,antagomir包含2',5'锁核酸(LNA)修饰。
由于各种原因可能对核糖-磷酸骨架进行修饰,例如以增加所述分子在生理环境中的稳定性和半衰期或作为生物芯片上的探针。可以制造天然存在的核酸与类似物的混合物;或者,可以制造不同的核酸类似物的混合物和天然存在的核酸与类似物的混合物。还应理解,可以对同一核酸分子进行修饰组合(例如,对骨架键联的修饰和2'O修饰)。稳定变化可以包括使用非离子DNA类似物,如烷基膦酸酯和芳基膦酸酯(其中带电的膦酸酯氧被烷基或芳基置换)、磷酸二酯和烷基磷酸三酯(其中带电的氧部分被烷基化)。
许多研究已经着眼于miRNA与其mRNA靶标之间的碱基配对要求,以便实现对翻译的有效抑制(由Bartel2004,Cell116-281综述)。在哺乳动物细胞中,miRNA的前8个核苷酸可能是重要的(Doench和Sharp2004GenesDev2004-504)。然而,微RNA的其它部分也可能参与mRNA结合。此外,3'处的充分碱基配对可以补偿5'处的不充分配对(Brennecke等,2005PLoS3-e85)。对整个基因组分析miRNA结合的计算研究已表明miRNA的5'处的碱基2-7在靶标结合中的具体作用,但也识别了第一个核苷酸(发现通常为“A”)的作用(Lewis等,2005Cell120-15)。类似地,使用核苷酸1至7或2至8来识别和确认靶标(Krek等,2005,Nat Genet.37-495)。
miRNA的核酸抑制剂与将要抑制其水平的miRNA分子具有互补性。在一个实施方案中,抑制剂与miRNA在其全长上100%互补(即,在miRNA分子的100%核苷酸处互补)。在另一个实施方案中,抑制剂与miRNA分子在其全长上95%、90%、85%或80%互补。在分子小于100%互补的实施方案中,优选地,miRNA分子5'端的2、3、4、5、6、7、8、9或10个碱基与抑制剂中相应位置处所存在的核苷酸互补;其它位置可能发生错配且实现所希望的互补水平性。
试剂盒
在另一个实施方案中,提供了含有用于进行本发明的测定的必需试剂的试剂盒。在一个实施方案中,本发明提供了一种用于严密接收一个或多个容器的隔室试剂盒,其包括检测得自于受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种与IPF诊断相关的微RNA的水平变化的构件。在一些实施方案中,所述试剂盒包括具有特定管和缓冲液的样品收集组件、miRNA提取组件、具有预设的酶和引物的miRNA定量RT-PCR组件及一个或多个包含能够特异性地且定量地扩增本文中所描述的任何IPF相关miRNA的引物的容器。如本文中所使用的术语“特异性地扩增”意指所述试剂盒中的引物扩增IPF相关miRNA,但实质上不扩增具有非同源序列的其它miRNA。定量RT-PCR试剂盒可以用于单次测定、多次(多重)测定或一组平行测定。
在另一个实施方案中,提供了含有用于进行本发明的测定的必需试剂的试剂盒。在一个实施方案中,本发明提供了一种用于严密接收一个或多个容器的隔室试剂盒,其包括检测得自于受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种与IPF诊断相关的微RNA的水平变化的构件。在一些实施方案中,所述试剂盒包括具有特定管和缓冲液的样品收集组件、miRNA提取组件、miRNA反转录和/或标记组件(视情况而定)及具有适当引物的组件或定制的特异性miRNA杂交组件。一个或多个容器包括能够与本文中所描述的任何IPF相关miRNA特异性杂交的探针或探针阵列。在其它实施方案中,所述试剂盒包括一个或多个微阵列,所述微阵列包括能够特异性检测本文中所描述的任何IPF相关miRNA的探针,且包括其它检测组件,所述其它检测组件可以包括化学、电学和/或光学检测方法。如本文中所使用的术语“特异性地杂交”意指所述试剂盒中的探针在严格条件下与IPF相关miRNA杂交,但实质上不与具有非同源序列的其它miRNA杂交。在其它实施方案中,所述试剂盒包括一个或多个微阵列,所述微阵列包括能够特异性地检测本文中所描述的任何IPF相关miRNA的探针。
在一些实施方案中,所述试剂盒包括用于样品收集的构件(例如收集管和用于维持样品中的微RNA完整性的缓冲液);用于从样品中提取微RNA的说明书和材料;用于微RNA反转录的说明书和适当的缓冲液、底物和酶;及用于微RNA扩增和定量的说明书和材料(例如,DNA聚合酶、核苷酸底物、PCR缓冲液、检测组件和通用PCR引物或微RNA特异性PCR引物)。
详细地说,隔室试剂盒包括其中试剂容纳于单独的容器中的任何试剂盒。所述容器包括小玻璃容器、塑料容器或者塑料条或纸条。所述容器允许有效地将试剂从一个隔室转移到另一个隔室,使得样品与试剂不会交叉污染,且各容器的药剂或溶液可以用定量的方式从一个隔室加入到另一隔室。所述容器将包括将接受测试样品的容器、含有测定中所使用的抗体的容器、含有洗涤试剂(如磷酸盐缓冲生理盐水、Tris缓冲液等)的容器和含有用于检测已结合的抗体或探针的试剂的容器。检测试剂的类型包括核酸探针或引物,所述核酸探针或引物中的任一者都可能经过标记。
诊断系统
“诊断系统”是能够进行本发明的方法的任何系统,包括计算系统、环境和/或可能适合与权利要求书的方法或系统一起使用的配置,包括但不限于个人计算机、服务器计算机、手提式或膝上型装置、多处理器系统、基于微处理器的系统、机顶盒、可编程消费性电子产品、网络PC、微型计算机、大型计算机、包括任何上述系统或装置的分布式计算环境等。本文中特别涵盖适于执行本文所描述的任何方法的步骤的系统,和包括体现在计算机可读取介质中的用于执行本文所描述的任何方法的步骤的计算机可执行指令的计算机程序产品。
用于测量和比较一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平的测试可以在多种诊断测试系统上实施。诊断测试系统是通常包括用于从生物样品获得测试结果的构件的设备。所述构件的实例包括自动进行所述测试(例如,生物化学测定、免疫学测定、核酸检测测定)的模组。一些诊断测试系统是设计用于处理多种生物样品,且可以经过编程以便对各样品进行相同或不同的测试。诊断测试系统通常包括用于收集、存储和/或追踪各样品的测试结果(通常处于数据结构或数据库中)的构件。实例包括众所周知的物理和电子数据存储装置(例如,硬盘驱动器、闪速存储器、磁带、打印纸)。诊断测试系统还通常包括用于报告测试结果的构件。报告构件的实例包括可视显示器、进入数据结构或数据库的链路或打印机。所述报告构件可能只不过是用于将测试结果发送到外部装置如数据结构、数据库、可视显示器或打印机的数据链路。
本发明的再另一个实施方案是一种具有用于诊断IPF的计算机可执行指令的计算机可读取介质,所述计算机可读取介质包括:存储在所述计算机可读取介质上且适于由处理器执行以存储一个或多个预定标准或范围的例行程序;和存储在所述计算机可读取介质上且适于由处理器执行以比较测试样品数据中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平与其对应的预定标准或预定范围以诊断IPF的例行程序。
计算机可读取存储介质可以包括编码有计算机可读取数据或数据阵列的数据存储材料,其在使用利用所述数据的使用说明书进行编程的机器时能够用于多种目的,如(而不限于)与诊断IPF有关的受试者信息。样品中的微RNA的测量可以在可编程计算机上执行的计算机程序中实施,所述可编程计算机尤其包括处理器、数据存储系统(包括易失性和非易失性存储器和/或存储元件)、至少一个输入装置和至少一个输出装置。程序码可以应用于输入数据以执行上述功能且产生输出信息。输出信息可以根据本领域中已知的方法应用于一个或多个输出装置。计算机可以是例如个人计算机、微型计算机或常规设计工作站。输出可以包括(a)一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平和(b)对应的一个或多个预定标准或预定范围。优选地,检测至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种不同的微RNA的水平,使得输出包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个不同的水平和预定标准或范围。类似地,可以检测至少21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40个或更多种不同的微RNA的水平。
各程序可以用高级过程语言或面向对象编程语言实现以便与计算机系统通信。然而,如果有需要,那么所述程序可以用汇编语言或机器语言实现。所述语言可以是编译语言或解释语言。各所述计算机程序可以存储在一般或特殊用途可编程计算机可读取的存储介质或装置上(例如,ROM或软磁盘或如本公开中其它部分所定义的其他装置),以便在计算机读取所述存储介质或装置以执行本文中所描述的程序时配置和操作计算机。还可以考虑将本发明的数据比较系统实现为配置有计算机程序的计算机可读取存储介质,其中如此配置的所述存储介质导致以特定且预定的方式操作计算机以执行本文中所描述的各种功能。然后可以确定样品中的微RNA的水平且与如本文中所描述的预定标准或范围比较。
在以下附加实施方案中进一步描述本发明:
1A.一种在人受试者中诊断特发性肺纤维化(IPF)的方法,所述方法包括检测得自于所述受试者的血液样品中的一种或多种微RNA的水平,其中所述一种或多种微RNA的水平相对于预定标准增高或降低指示诊断出IPF。
2A.根据实施方案1A所述的方法,其还包括比较所述微RNA的水平与预定标准或范围的步骤。
3A.根据实施方案1A或实施方案2A所述的方法,其中所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ IDNO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-202(SEQID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-572(SEQ IDNO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-340(SEQID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合。
4A.根据实施方案1A或实施方案2A所述的方法,其中所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ IDNO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ IDNO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ IDNO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ IDNO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ IDNO:88)及其组合。
5A.根据权利要求1A或权利要求2A所述的方法,其中所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ IDNO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ IDNO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQID NO:61)及其组合。
6A.根据实施方案1A或实施方案2A所述的方法,其中所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
7A.根据实施方案1A至6A中任一项所述的方法,其中检测了至少2种不同的微RNA的水平或表达模式。
8A.根据实施方案1A至6A中任一项所述的方法,其中检测了至少10种不同的微RNA的水平或表达模式。
9A.根据实施方案1A至6A中任一项所述的方法,其中检测了至少20种不同的微RNA的水平或表达模式。
10A.根据实施方案1A至4A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ IDNO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)及其组合。
11A.根据实施方案1A至4A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11);miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ IDNO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)及其组合。
12A.根据实施方案1A至4A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11);miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ IDNO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)及其组合。
13A.根据实施方案1A至4A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)及其组合。
14A.根据实施方案1A至13A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-340(SEQID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合。
15A.根据实施方案1A至11A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)及其组合。
16A.根据实施方案1A至11A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合。
17A.根据实施方案1A至11A中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一种或多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38),miR-18a(SEQ ID NO:39),miR-26b(SEQID NO:40),miR-106b(SEQ ID NO:41),miR-30b(SEQ ID NO:42),miR-142-5p(SEQ ID NO:43),miR-29c(SEQ ID NO:44),let-7d(SEQ IDNO:45),miR-144(SEQ ID NO:46),miR-1260(SEQ ID NO:47),miR-361-5p(SEQ ID NO:48),miR-520e(SEQ ID NO:49),miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
18A.根据实施方案1A至17A中任一项所述的方法,其中所述样品选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。
19A.根据实施方案1A至17A中任一项所述的方法,其中所述方法还包括向所述受试者施用治疗剂。
20A.一种治疗根据实施方案1A至18A中的任一项诊断为患有特发性肺纤维化(IPF)的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
21A.一种治疗基于受试者血液样品中的一种或多种IPF相关微RNA的异常水平而确定为患有特发性肺纤维化(IPF)或处于IPF风险的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
22A.根据实施方案20A或实施方案21A所述的方法,其中所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ IDNO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-202(SEQID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-572(SEQ IDNO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-340(SEQID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)或其组合。
23A.根据实施方案20A或实施方案21A所述的方法,其中检测了至少2种不同的微RNA的水平或表达模式。
24A.根据实施方案20A或实施方案21A所述的方法,其中检测了至少10种不同的微RNA的水平或表达模式。
25A.根据实施方案20A或实施方案21A所述的方法,其中检测了至少20种不同的微RNA的水平或表达模式。
26A.根据实施方案21A所述的方法,其中所述样品选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。
27A.根据实施方案19A至26A中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是降低一种或多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
28A.根据实施方案19A至26A中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是增高一种或多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
29A.根据实施方案19A至26A中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是抗纤维化剂。
30A.根据实施方案29A所述的方法,其中所述抗纤维化剂是吡非尼酮。
31A.根据实施方案19A至26A中任一项所述的方法,其中所述治疗剂选自由以下组成的组:类固醇(包括但不限于泼尼松龙)、细胞毒性剂(包括但不限于咪唑硫嘌呤和环磷酰胺)、巴多索隆、LPA激动剂(包括但不限于AM152);特癌适(西罗莫司脂化物);PI3K抑制剂;穿透素或血清淀粉样蛋白P(包括但不限于穿透素-2(PTX-2或PRM-151));MEK抑制剂(包括但不限于ARRY-162和ARRY-300);p38抑制剂;PAI-1抑制剂(包括但不限于泰普替宁);降低转化生长因子β(TGF-β)的活性的药剂(包括但不限于GC-1008(Genzyme/MedImmune));乐德木单抗(CAT-152;Trabio,CambridgeAntibody);美替木单抗(CAT-192,Cambridge Antibody);LY-2157299(EliLilly);ACU-HTR-028(Opko Health),包括靶向一种或多种TGF-β同种型的抗体、TGF-β受体激酶TGFBR1(ALK5)和TGFBR2的抑制剂及受体后信号转导路径的调节剂;趋化因子受体信号转导;内皮肽受体拮抗剂,包括靶向内皮肽受体A和B的抑制剂及选择性地靶向内皮肽受体A的抑制剂(包括但不限于安立生坦、阿伏生坦、波生坦、克拉生坦、达卢生坦、BQ-153、FR-139317、L-744453、马西替坦、PD-145065、PD-156252、PD163610、PS-433540、S-0139、西他塞坦钠、TBC-3711、齐泊腾坦);降低结缔组织生长因子(CTGF)的活性的药剂(包括但不限于FG-3019,FibroGen)且包括其它CTGF中和抗体;基质金属蛋白酶(MMP)抑制剂(包括但不限于MMPI-12、PUP-1和三氟乙酸替加泊肽);降低表皮生长因子受体(EGFR)的活性的药剂,包括但不限于厄洛替尼、吉非替尼、BMS-690514、西妥昔单抗、靶向EGF受体的抗体、EGF受体激酶的抑制剂和受体后信号转导路径的调节剂;降低血小板衍生的生长因子(PDGF)的活性的药剂(包括但不限于甲磺酸伊马替尼(Novartis))并且还包括PDGF中和抗体、靶向PDGF受体(PDGFR)的抗体、PDGFR激酶活性和受体后信号转导路径的抑制剂;降低血管内皮生长因子(VEGF)的活性的药剂(包括但不限于阿西替尼、贝伐单抗、BIBF-1120、CDP-791、CT-322、IMC-18F1、PTC-299和雷莫芦单抗),并且还包括VEGF中和抗体、靶向VEGF受体1(VEGFR1,Flt-1)和VEGF受体2(VEGFR2,KDR)的抗体、能中和VEGF的VEGFR1可溶性形式(sFlt)及其衍生物,以及VEGF受体激酶活性的抑制剂;多种受体激酶的抑制剂,如抑制血管内皮生长因子、纤维母细胞生长因子和血小板衍生的生长因子的受体激酶的BIBF-1120;干扰整合素功能的药剂(包括但不限于STX-100和IMGN-388),并且还包括整合素靶向的抗体;干扰IL-4的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、APG-201和sIL-4Rα)和干扰IL-13的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、安芦珠单抗、CAT-354、贝辛白介素、MK-6105、QAX-576、SB-313、SL-102和TNX-650),并且还包括针对任一细胞因子的中和抗体、靶向IL-4受体或IL-13受体的抗体、据报道能结合且中和IL-4与IL-13两者的IL-4受体可溶性形式或其衍生物、包括IL-13整体或一部分和经由JAK-STAT激酶路径进行信号转导的毒素(特别是假单胞菌内毒素)的嵌合蛋白质;干扰上皮-间质转化的药剂,包括mTor的抑制剂(包括但不限于AP-23573或雷帕霉素);降低铜的水平的药剂,如四硫钼酸盐;降低氧化应力的药剂,包括N-乙酰基半胱氨酸和四硫钼酸盐;和干扰素γ;磷酸二酯酶4(PDE4)的抑制剂(包括但不限于罗氟司特);磷酸二酯酶5(PDE5)的抑制剂(包括但不限于米罗那非、PF-4480682、柠檬酸西地那非、SLx-2101、他达拉非、乌地那非、UK-369003、伐地那非和扎普司特);或花生四烯酸路径调节剂,包括环加氧酶和5-脂加氧酶抑制剂(包括但不限于齐留通);减轻组织重建或纤维化的化合物,包括脯氨酰水解酶抑制剂(包括但不限于1016548、CG-0089、FG-2216、FG-4497、FG-5615、FG-6513、菲布他丁A(Takeda)、路西菲尔、P-1894B和沙非罗尼)和过氧化物酶体增殖物活化受体(PPAR)γ激动剂(包括但不限于吡格列酮和罗格列酮);及其组合。
32A.一种用于诊断患有特发性肺纤维化(IPF)的受试者的试剂盒,其包括一种或多种与选自由以下组成的组的一种或多种微RNA特异性杂交的探针或特异性扩增选自由以下组成的组的一种或多种微RNA的引物:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQID NO:96)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ IDNO:103)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ IDNO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合。
33A.一种诊断性测试系统,其适于执行根据实施方案1A至18A所述的方法中的任一种。
34A.根据实施方案32A或实施方案33A所述的诊断性测试系统,包括用于获得包括所述受试者的血液样品中的一种或多种与特发性肺纤维化(IPF)的诊断相关的微RNA的活性或水平的测试结果的构件;用于收集和跟踪一份或多份个体血液样品的测试结果的构件;用于比较一种或多种微RNA的活性或水平与预定标准的构件;和用于报告所述一种或多种微RNA的活性或水平是否满足或超过所述预定标准的构件。
35A.一种计算机程序产品,其包括体现在计算机可读取介质中的用于执行根据实施方案1A至18A所述的方法中的任一种的步骤的计算机可执行指令。
1B.一种在人受试者中诊断特发性肺纤维化(IPF)的方法,所述方法包括检测得自于所述受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平,其中所述一种或多种微RNA的水平相对于预定标准增高或降低指示诊断出IPF。
2B.根据实施方案1B所述的方法,其还包括比较所述微RNA的水平与预定标准或范围的步骤。
3B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQID NO:96)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ IDNO:103)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ IDNO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)及其组合。
4B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ IDNO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ IDNO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ IDNO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ IDNO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ IDNO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ IDNO:113)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ IDNO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ IDNO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)及其组合。
5B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ IDNO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ IDNO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQID NO:58)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ IDNO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-28-5p(SEQ IDNO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-652(SEQ IDNO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-194(SEQ IDNO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ IDNO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ IDNO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ IDNO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a#(SEQID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)及其组合。
6B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72),miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-103(SEQID NO:105)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ IDNO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQID NO:166)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ IDNO:183)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
7B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ IDNO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-335(SEQ IDNO:119)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-425(SEQ IDNO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-370(SEQ IDNO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
8B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-132(SEQ ID NO:159)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ IDNO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合。
9B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ IDNO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合。
10B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ IDNO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ IDNO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ IDNO:88)及其组合。
11B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-142-3p(SEQ IDNO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ IDNO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ IDNO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合。
12B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ IDNO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
13B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
14B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-26a(SEQ IDNO:70)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-379(SEQ ID NO:186)及其组合。
15B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、dme-miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-889(SEQ ID NO:153)、rno-miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合。
16B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
17B.根据实施方案1B或实施方案2B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ IDNO:185)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
18B.根据实施方案1B至17B中任一项所述的方法,其中检测了至少2种不同的微RNA的水平或表达模式。
19B.根据实施方案1B至17B中任一项所述的方法,其中检测了至少10种不同的微RNA的水平或表达模式。
20B.根据实施方案1B至17B中任一项所述的方法,其中检测了至少20种不同的微RNA的水平或表达模式。
21B.根据实施方案1B至4B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ IDNO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ IDNO:26)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ IDNO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
22B.根据实施方案1B至4B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-345(SEQ IDNO:18)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ IDNO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
23B.根据实施方案1B至4B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ IDNO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)及其组合。
24B.根据实施方案1B至4B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)及其组合。
25B.根据实施方案1B至4B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ IDNO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)及其组合。
26B.根据实施方案1B至25B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQID NO:96)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ IDNO:103)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ IDNO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ IDNO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
27B.根据实施方案1B至25B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-142-3p(SEQ IDNO:38)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、let-7e(SEQ IDNO:93)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ IDNO:152)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
28B.根据实施方案1B至25B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88),)及其组合。
29B.根据实施方案1B至25B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合。
30B.根据实施方案1B至25B中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
31B.根据实施方案1B至30B中任一项所述的方法,其中所述样品选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。
32B.根据实施方案1B至31B中任一项所述的方法,其中所述方法还包括向所述受试者施用治疗剂。
33B.一种治疗根据方法1B至30B中的任一种诊断为患有特发性肺纤维化(IPF)的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
34B.一种治疗基于受试者血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种IPF相关微RNA的异常水平而确定为患有特发性肺纤维化(IPF)或处于IPF风险的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
35B.根据实施方案33B或实施方案34B所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ IDNO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ IDNO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQID NO:96)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ IDNO:103)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ IDNO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)或其组合。
36B.根据实施方案33B或实施方案34B所述的方法,其中检测了至少2种不同的微RNA的水平或表达模式。
37B.根据实施方案33B或实施方案34B所述的方法,其中检测了至少10种不同的微RNA的水平或表达模式。
38B.根据实施方案33B或实施方案34B所述的方法,其中检测了至少20种不同的微RNA的水平或表达模式。
39.根据实施方案34B所述的方法,其中所述样品选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。
40B.根据实施方案32B至39B中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是降低一、二、三、四、五、六、七种或更多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
41B.根据实施方案32B至39B中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是增高一、二、三、四、五、六、七种或更多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
42B.根据实施方案32B至39B中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是抗纤维化剂。
43B.根据实施方案42B所述的方法,其中所述抗纤维化剂是吡非尼酮。
44B.根据实施方案32B至39B中任一项所述的方法,其中所述治疗剂选自由以下组成的组:类固醇(包括但不限于泼尼松龙)、细胞毒性剂(包括但不限于咪唑硫嘌呤和环磷酰胺)、巴多索隆、LPA激动剂(包括但不限于AM152);特癌适(西罗莫司脂化物);PI3K抑制剂;穿透素或血清淀粉样蛋白P(包括但不限于穿透素-2(PTX-2或PRM-151));MEK抑制剂(包括但不限于ARRY-162和ARRY-300);p38抑制剂;PAI-1抑制剂(包括但不限于泰普替宁);降低转化生长因子β(TGF-β)的活性的药剂(包括但不限于GC-1008(Genzyme/MedImmune);乐德木单抗(CAT-152;Trabio,CambridgeAntibody);美替木单抗(CAT-192,Cambridge Antibody);LY-2157299(Eli Lilly);ACU-HTR-028(Opko Health),包括靶向一种或多种TGF-β同种型的抗体、TGF-β受体激酶TGFBR1(ALK5)和TGFBR2的抑制剂及受体后信号转导路径的调节剂;趋化因子受体信号转导;内皮肽受体拮抗剂,包括靶向内皮肽受体A和B的抑制剂及选择性地靶向内皮肽受体A的抑制剂(包括但不限于安立生坦、阿伏生坦、波生坦、克拉生坦、达卢生坦、BQ-153、FR-139317、L-744453、马西替坦、PD-145065、PD-156252、PD163610、PS-433540、S-0139、西他塞坦钠、TBC-3711、齐泊腾坦);降低结缔组织生长因子(CTGF)的活性的药剂(包括但不限于FG-3019,FibroGen)且包括其它CTGF中和抗体;基质金属蛋白酶(MMP)抑制剂(包括但不限于MMPI-12、PUP-1和三氟乙酸替加泊肽);降低表皮生长因子受体(EGFR)的活性的药剂,包括但不限于厄洛替尼、吉非替尼、BMS-690514、西妥昔单抗、靶向EGF受体的抗体、EGF受体激酶的抑制剂和受体后信号转导路径的调节剂;降低血小板衍生的生长因子(PDGF)的活性的药剂(包括但不限于甲磺酸伊马替尼(Novartis))并且还包括PDGF中和抗体、靶向PDGF受体(PDGFR)的抗体、PDGFR激酶活性和受体后信号转导路径的抑制剂;降低血管内皮生长因子(VEGF)的活性的药剂(包括但不限于阿西替尼、贝伐单抗、BIBF-1120、CDP-791、CT-322、IMC-18F1、PTC-299和雷莫芦单抗),并且还包括VEGF中和抗体、靶向VEGF受体1(VEGFR1,Flt-1)和VEGF受体2(VEGFR2,KDR)的抗体、能中和VEGF的VEGFR1可溶性形式(sFlt)及其衍生物,以及VEGF受体激酶活性的抑制剂;多种受体激酶的抑制剂,如抑制血管内皮生长因子、纤维母细胞生长因子和血小板衍生的生长因子的受体激酶的BIBF-1120;干扰整合素功能的药剂(包括但不限于STX-100和IMGN-388),并且还包括整合素靶向的抗体;干扰IL-4的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、APG-201和sIL-4Rα)和干扰IL-13的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、安芦珠单抗、CAT-354、贝辛白介素、MK-6105、QAX-576、SB-313、SL-102和TNX-650),并且还包括针对任一细胞因子的中和抗体、靶向IL-4受体或IL-13受体的抗体、据报道能结合且中和IL-4与IL-13两者的IL-4受体可溶性形式或其衍生物、包括IL-13整体或一部分和经由JAK-STAT激酶路径进行信号转导的毒素(特别是假单胞菌内毒素)的嵌合蛋白质;干扰上皮-间质转化的药剂,包括mTor的抑制剂(包括但不限于AP-23573或雷帕霉素);降低铜的水平的药剂,如四硫钼酸盐;降低氧化应力的药剂,包括N-乙酰基半胱氨酸和四硫钼酸盐;和干扰素γ;磷酸二酯酶4(PDE4)的抑制剂(包括但不限于罗氟司特);磷酸二酯酶5(PDE5)的抑制剂(包括但不限于米罗那非、PF-4480682、柠檬酸西地那非、SLx-2101、他达拉非、乌地那非、UK-369003、伐地那非和扎普司特);或花生四烯酸路径调节剂,包括环加氧酶和5-脂加氧酶抑制剂(包括但不限于齐留通);减轻组织重建或纤维化的化合物,包括脯氨酰水解酶抑制剂(包括但不限于1016548、CG-0089、FG-2216、FG-4497、FG-5615、FG-6513、菲布他丁A(Takeda)、路西菲尔、P-1894B和沙非罗尼)和过氧化物酶体增殖物活化受体(PPAR)γ激动剂(包括但不限于吡格列酮和罗格列酮);及其组合。
45B.一种用于诊断患有特发性肺纤维化(IPF)的受试者的试剂盒,其包括一、二、三、四、五、六、七种或更多种与选自由以下组成的组的一种或多种微RNA特异性杂交的探针或特异性扩增选自由以下组成的组的一种或多种微RNA的引物:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ IDNO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-202(SEQID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-572(SEQ IDNO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQID NO:70)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ IDNO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ IDNO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-340(SEQID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-590-5p(SEQ IDNO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)及其组合。
46B.一种诊断性测试系统,其适于执行根据实施方案1B至31B所述的方法中的任一种。
47B.根据实施方案46B所述的诊断性测试系统,其包括用于获得包括所述受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种与特发性肺纤维化(IPF)的诊断相关的微RNA的活性或水平的测试结果的构件;用于收集和跟踪一份或多份个体血液样品的测试结果的构件;用于比较一种或多种微RNA的活性或水平与预定标准的构件;和用于报告所述一种或多种微RNA的活性或水平是否满足或超过所述预定标准的构件。
48B.一种计算机程序产品,其包括体现在计算机可读取介质中的用于执行根据实施方案1B至31B所述的方法中的任一种的步骤的计算机可执行指令。
在以下实施例中进一步描述本发明。以下实施例仅用于说明本发明且不打算以任何方式限制本发明的范围。
实施例
实施例1-经测定,IPF患者与健康对照相比具有独特的miRNA
谱。
材料与方法:
从经过安慰剂处理的白人男性IPF患者获得血浆样品。先前已经公布了这个包括患者纳入/排除标准和处理的试验设计(King等,2009)。具有相关病史和药物使用的人口统计上相匹配的健康对照受试者的血浆样品是以商购方式获得。将得自于IPF患者的血浆样品收集在含有肝素作为抗凝剂的小瓶中,而得自于对照受试者的样品收集在含有EDTA的小瓶中。所有样品都是在适当的书面知情同意书下获得。针对以下附加标准回顾病史:当前不抽烟(两组)、没有肺部或其它重大疾病(健康对照组)、最近没有使用氢化泼尼松或标示外使用的用于治疗IPF的其它药物(健康对照组)、样品收集前28天内没有使用氢化泼尼松或用于治疗IPF的其它药物(IPF组)。IPF患者和健康对照的大略人口分布示于表1中。
表1.
将得自于IPF患者的样品(n=24)、得自于健康对照的样品(n=12)和适当的技术重复实验样品(n=得自于IPF患者的8份和n=得自于健康对照的4份)脱除肝素且各自分组到两个批次中以便通过标准方法进行RNA分离。通过标准方法提取总RNA。使用Applied BiosystemsMegaplex RT和Preamplification Human Primer Pools根据制造商的方案反转录和预扩增分离的RNA。
通过实时PCR,使用TaqMan Human miRNA Array set v3.0(CardsA+B),根据制造商的方案分析miRNA谱。
选择Ct值小于35的微RNA用于数据分析。通过平均值中心化方法选择微RNA用于标准化(Wylie等,BMC Research Notes,4:555,2011)。标准化和所有的后续分析都是在Partek Genomics Suite(Partek,St.Louis,Missouri)中进行。通过ANOVA识别差异性表达的miRNA,针对多次比较进行修正。将在IPF组和对照组中的<50%样品中检测到的序列排除。评估来自于一组或另一组的<50%的样品中所存在的miRNA作为潜在疾病状态特异性序列。
以下表2中阐述了确定为在IPF患者血浆中的存在量相对于预定标准有所增高的miRNA。
表2.
以下表3中阐述了确定为在IPF患者血浆中的存在量相对于预定标准有所降低的miRNA。
表3.
实施例2-经测定,IPF患者与健康对照相比具有独特的miRNA
谱。
材料与方法:
从经过安慰剂处理的白人男性IPF患者获得血浆样品。具有相关病史和药物使用的人口统计上相匹配的健康对照受试者的血浆样品是以商购方式获得。所有血浆样品都收集在含有EDTA作为抗凝剂的小瓶中。所有样品都是在适当的书面知情同意书下获得。针对以下附加标准回顾病史:当前不抽烟(两组)、没有肺部或其它重大疾病(健康对照组)、最近没有使用氢化泼尼松或标示外使用的用于治疗IPF的其它药物(健康对照组)、样品收集前28天内没有使用氢化泼尼松或用于治疗IPF的其它药物(IPF组)。IPF患者和健康对照的大略人口分布示于表4中。
表4.
将得自于IPF患者的样品(n=15)、得自于健康对照的样品(n=15)和适当的技术重复实验样品(n=得自于IPF患者的3份和n=得自于健康对照的3份)各自分组到两个批次中以便利用标准方法进行RNA分离。通过标准方法提取总RNA。使用Applied Biosystems Megaplex RT和Preamplification Human Primer Pools根据制造商的方案反转录和预扩增分离的RNA。
通过实时PCR,使用TaqMan Human miRNA Array set v3.0(CardsA+B),根据制造商的方案分析miRNA谱。
两份对照样品由于数据品质不良而被排除。对于所有其余样品,选择Ct值小于35的微RNA用于数据分析。利用平均值中心化方法选择微RNA用于标准化(Wylie等,BMC Research Notes,4:555,2011)。标准化和所有的后续分析都是在Partek Genomics Suite(Partek,St.Louis,Missouri)中进行。通过ANOVA识别差异性表达的miRNA,针对多次比较进行修正。将在IPF组和对照组中的<50%样品中检测到的序列排除。评估来自于一组或另一组的<50%的样品中所存在的miRNA作为潜在疾病状态特异性序列。
以下表5中阐述了确定为在IPF患者血浆中的存在量相对于预定标准有所增高的miRNA。
表5.
以下表6中阐述了确定为在IPF患者血浆中的存在量相对于预定标准有所降低的miRNA。
表6.
以上表5和表6中所提供的资料显示,与健康对照受试者相比,IPF患者中存在独特的miRNA谱,且这些独特的谱可在所述患者的血液样品中检测。本文中所提供的资料显示,在人受试者的血液样品中检测的一种或多种miRNA的水平为用于诊断IPF的有用工具。
实施例3-在进一步研究中,经测定,IPF患者与健康对照相比
具有独特的miRNA谱。
材料与方法:从经过安慰剂处理的白人男性IPF患者获得血浆样品。具有相关病史和药物使用的人口统计上相匹配的健康对照受试者的血浆样品是以商购方式获得。所有样品都收集在含有EDTA作为抗凝剂的小瓶中。所有样品都是在适当的书面知情同意书下获得。针对以下附加标准回顾病史:当前不抽烟(两组)、没有肺部或其它重大疾病(健康对照组)、最近没有使用氢化泼尼松或标示外使用的用于治疗IPF的其它药物(健康对照组)、样品收集前28天内没有使用氢化泼尼松或用于治疗IPF的其它药物(IPF组)。IPF患者和健康对照的大略人口分布示于表7中。
表7.
将得自于IPF患者的样品(n=30,包括15份进行性IPF样品和15份稳定IPF样品)、得自于健康对照的样品(n=15)各自分组到两个批次中以便通过标准方法进行RNA分离。通过标准方法提取总RNA。使用Applied Biosystems Megaplex RT和Preamplification Human PrimerPools根据制造商的方案反转录和预扩增分离的RNA。
通过实时PCR,使用TaqMan Human miRNA Array set v3.0(CardsA+B),根据制造商的方案分析miRNA谱。
选择Ct值小于35的微RNA用于数据分析。通过平均值中心化方法选择微RNA用于标准化(Wylie等,BMC Research Notes,4:555,2011)。标准化和所有的后续分析都是在Partek Genomics Suite(Partek,St.Louis,Missouri)中进行。通过ANOVA识别差异性表达的miRNA,针对多次比较进行修正。将在IPF组和对照组中的<50%样品中检测到的序列排除。评估来自于一组或另一组的<50%的样品中所存在的miRNA作为潜在疾病状态特异性序列。用类似方式识别在进行性IPF患者与稳定IPF患者之间差异性表达的miRNA。
以下表8中阐述了确定为在IPF患者血浆中的存在量相对于预定标准有所增高的miRNA。
表8.
以下表9中阐述了确定为在IPF患者血浆中的存在量相对于对照有所减少的miRNA。
表9.
以上表8和表9中所提供的资料显示,与健康对照受试者相比,IPF患者中存在独特的miRNA谱,且这些独特的谱可在所述患者的血液样品中检测。另外,对样品中的miRNA的分析表明,与稳定IPF患者相比,两种miRNA(即miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248))在进行性IPF中的存在量有所降低。本文中所提供的资料显示,在人受试者的血液样品中检测的一种或多种miRNA的水平为用于诊断IPF的有用工具。
本文中所引用的所有参考文献,包括专利、专利申请、文献出版物等,都在此以全文引用的方式并入。
尽管已经用着重于优选实施方案的方式描述了本发明,但本领域普通技术人员应显而易见,可以使用优选化合物和方法的变化形式,且希望除本文中具体描述以外,可以用其它方式实施本发明。因此,本发明包括如以下权利要求书所定义的本发明精神和范围内所涵盖的所有修改。
Claims (63)
1.一种在人受试者中诊断特发性肺纤维化(IPF)的方法,所述方法包括检测得自于所述受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的水平,其中所述一种或多种微RNA的水平相对于预定标准增高或降低指示诊断出IPF。
2.根据权利要求1所述的方法,其还包括比较所述微RNA的水平与预定标准或范围的步骤。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ IDNO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQIDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQID NO:96)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ IDNO:103)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ IDNO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-143(SEQ IDNO:131)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、miR-889(SEQ ID NO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ IDNO:203)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-30e-3p(SEQID NO:224)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-487a(SEQ IDNO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ IDNO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)、miR-885-5p(SEQID NO:247)、miR-892b(SEQ ID NO:248)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)及其组合。
4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ IDNO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ IDNO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ IDNO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ IDNO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ IDNO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ IDNO:113)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ IDNO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ IDNO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ IDNO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ IDNO:152)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ IDNO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)及其组合。
5.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ IDNO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-361-5p(SEQ IDNO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-17#(SEQID NO:58)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ IDNO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-28-5p(SEQ IDNO:90)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-652(SEQ IDNO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-194(SEQ IDNO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-543(SEQ IDNO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ IDNO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ ID NO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ IDNO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、let-7a#(SEQID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)及其组合。
6.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQID NO:22)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72),miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-103(SEQ IDNO:105)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ IDNO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQID NO:166)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ IDNO:183)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
7.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-122(SEQ ID NO:22)、let-7f(SEQID NO:174)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-335(SEQ IDNO:119)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-425(SEQ IDNO:168)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-370(SEQ IDNO:184)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
8.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-132(SEQ ID NO:159)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ IDNO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合。
9.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-152(SEQ ID NO:130)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)及其组合。
10.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ IDNO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQID NO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ IDNO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ IDNO:88)及其组合。
11.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-142-3p(SEQ IDNO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ IDNO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ IDNO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ IDNO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合。
12.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ IDNO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ IDNO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
13.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-299-5p(SEQ IDNO:196)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
14.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-26a(SEQ IDNO:70)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-379(SEQ ID NO:186)及其组合。
15.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-18a(SEQ ID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQID NO:41)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-320B(SEQ ID NO:71)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、dme-miR-7(SEQ ID NO:132)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-889(SEQ ID NO:153)、rno-miR-29c#(SEQ ID NO:154)及其组合。
16.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
17.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ IDNO:101)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ IDNO:185)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)及其组合。
18.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合。
19.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ IDNO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合。
20.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-199a-5p(SEQ IDNO:81)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ IDNO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-140-5p(SEQ IDNO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ IDNO:64)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO.:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-200a(SEQ IDNO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQID NO:141)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-30a-5p(SEQ IDNO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-346(SEQ IDNO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQID NO:168)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ IDNO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b,(SEQ ID NO:248)及其组合。
21.根据权利要求1或权利要求2所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-23b(SEQ IDNO:222)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-744#(SEQ IDNO:245)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-548J(SEQ IDNO:148)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ IDNO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-193a-3p(SEQ IDNO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-618(SEQID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-95(SEQ ID NO:250)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ IDNO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQID NO:162)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)及其组合。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法,其中检测了至少2种不同的微RNA的水平或表达模式。
23.根据权利要求1至21中任一项所述的方法,其中检测了至少10种不同的微RNA的水平或表达模式。
24.根据权利要求1至21中任一项所述的方法,其中检测了至少20种不同的微RNA的水平或表达模式。
25.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQID NO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
26.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-185(SEQ ID NO:163)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-523(SEQ ID NO:171)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
27.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ IDNO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ IDNO:21)及其组合。
28.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)及其组合。
29.根据权利要求1至4中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)及其组合。
30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-29c(SEQ ID NO:44)、let-7d(SEQ IDNO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ IDNO:53)、miR-27b(SEQ ID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQID NO:58)、miR-22(SEQ ID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQID NO:63)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQID NO:78)、let-7g#(SEQ ID NO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ IDNO:85)、miR-369-3p(SEQ ID NO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ IDNO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ ID NO:103)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ IDNO:106)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ ID NO:117)、miR-93(SEQ IDNO:118)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ IDNO:126)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-212(SEQ ID NO:129)、miR-143(SEQ ID NO:131)、miR-7(SEQ IDNO:132)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-30d#(SEQ ID NO:134)、miR-213(SEQ ID NO:135)、miR-126#(SEQ ID NO:136)、miR-1197(SEQ ID NO:137)、miR-1255B(SEQ ID NO:138)、miR-154#(SEQ IDNO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-335#(SEQ ID NO:142)、miR-33a#(SEQ ID NO:143)、miR-374a#(SEQ ID NO:144)、miR-381(SEQ ID NO:145)、miR-409-5p(SEQ IDNO:146)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-551b(SEQ ID NO:149)、miR-616(SEQ ID NO:150)、miR-638(SEQ ID NO:151)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-889(SEQ IDNO:153)、miR-29c#(SEQ ID NO:154)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ IDNO:176)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
31.根据权利要求1至29中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-142-3p(SEQ IDNO:38)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、let-7e(SEQ IDNO:93)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-340#(SEQ IDNO:127)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ IDNO:152)、let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-181a-2#(SEQID NO:177)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ IDNO:188)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-1256(SEQ ID NO:195)、miR-299-5p(SEQ ID NO:196)及其组合。
32.根据权利要求1至29中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)及其组合。
33.根据权利要求1至29中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)及其组合。
34.根据权利要求1至29中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ IDNO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)及其组合。
35.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-1249(SEQ ID NO:200)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-199b-5p(SEQID NO:213)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ IDNO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ IDNO:122)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-668(SEQ ID NO:194)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-520a-3p(SEQ ID NO.188)及其组合。
36.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、miR-103(SEQ IDNO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ IDNO:177)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ ID NO:124)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ IDNO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
37.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7a(SEQ ID NO:173)、let-7d(SEQ ID NO:45)、let-7e(SEQ ID NO:93)、let-7f(SEQ ID NO:174)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-107(SEQ ID NO:175)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-125a-5p(SEQ ID NO:176)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-148b#(SEQ ID NO:128)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-181a-2#(SEQ ID NO:177)、miR-190(SEQ IDNO:63)、miR-196b(SEQ ID NO:140)、miR-19b-1#(SEQ ID NO:178)、miR-200c(SEQ ID NO:179)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-27b#(SEQ ID NO:180)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-30c(SEQID NO:52)、miR-331-3p(SEQ ID NO:181)、miR-339-5p(SEQ ID NO:182)、miR-340#(SEQ ID NO:127)、miR-362-5p(SEQ ID NO:183)、miR-370(SEQ ID NO:184)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-374b(SEQ ID NO:185)、miR-379(SEQ ID NO:186)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-539(SEQ ID NO:189)、miR-543(SEQ ID NO:133)、miR-548J(SEQ ID NO:148)、miR-664(SEQ ID NO:152)、miR-758(SEQ ID NO:190)、miR-766(SEQ ID NO:191)、miR-9(SEQ ID NO:192)、miR-98(SEQ ID NO:193)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-668(SEQ ID NO:194)及其组合。
38.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQ IDNO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-431(SEQID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-27b#(SEQ IDNO:180)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-454(SEQ ID NO:187)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-548J(SEQ ID NO:148)及其组合。
39.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA不存在或水平降低,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106b#(SEQ ID NO:92)、miR-1249(SEQ IDNO:200)、miR-145(SEQ ID NO:207)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-154#(SEQ ID NO:139)、miR-15a(SEQ ID NO:208)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-181c(SEQ ID NO:209)、miR-18a#(SEQ ID NO:211)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-199b-5p(SEQ ID NO:213)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-23b(SEQ ID NO:222)、miR-30e-3p(SEQ ID NO:224)、miR-324-5p(SEQID NO:73)、miR-411#(SEQ ID NO:147)、miR-431(SEQ ID NO:227)、miR-487a(SEQ ID NO:231)、miR-493(SEQ ID NO:232)、miR-494(SEQ ID NO:233)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-505#(SEQ ID NO:235)、miR-520a-3p(SEQ ID NO:188)、miR-744#(SEQ ID NO:245)、miR-769-5p(SEQ ID NO:246)及其组合。
40.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQ ID NO:162)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-200a( SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-30a-3p(SEQ ID NO:223)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)、miR-26a-2#(SEQ IDNO:82)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ IDNO:161)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-146b-5p(SE QID NO:24)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-185(SEQ IDNO:163)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-21(SE QIDNO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-335(SEQ IDNO:119)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-579(SEQ ID NO:170)及其组合。
41.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-551b#(SEQ ID NO:172)及其组合。
42.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-106a(SEQ ID NO:156)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-1227(SEQ ID NO:157)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-17(SEQ IDNO:162)、miR-222(SEQID NO:16)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-34a(SEQ ID NO:166)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-598(SEQ ID NO:110)、miR-551b#(SEQ IDNO:172)及其组合。
43.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-429(SEQ ID NO:169)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)、miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ IDNO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-618(SEQID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-95(SEQ ID NO:250)、let-7a#(SEQ ID NO:155)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-132(SEQ ID NO:159)、miR-141(SEQ ID NO:161)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-378(SEQ ID NO:167)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-598(SEQ ID NO:110)及其组合。
44.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA存在或水平增高,指示诊断出IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:let-7b(SEQ ID NO:76)、let-7a#(SEQ I DNO:155)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-1183(SEQ ID NO:197)、miR-1233(SEQ ID NO:198)、miR-1247(SEQ ID NO:199)、miR-1260(SEQ IDNO:47)、miR-1270(SEQ ID NO:201)、miR-1274A(SEQ ID NO:202)、miR-1275(SEQ ID NO:203)、miR-128(SEQ ID NO:158)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-1298(SEQ ID NO:204)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-135b(SEQ ID NO:205)、miR-138(SEQ ID NO:206)、miR-140-5p(SEQ ID NO:160)、miR-141(SEQ IDNO:161)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-148a(SEQ ID NO:91)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-152(SEQ ID NO:130)、miR-15a#(SEQ ID NO:64)、miR-185(SEQ IDNO:163)、miR-186(SEQ ID NO:210)、miR-193a-3p(SEQ ID NO:212)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-19a(SEQID NO:74)、miR-200a(SEQ ID NO:214)、miR-205(SEQ ID NO:215)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-20b(SEQ ID NO:216)、miR-21(SEQID NO:51)、miR-21#(SEQ ID NO:141)、miR-214(SEQ ID NO:217)、miR-214#(SEQ ID NO:218)、miR-218(SEQ ID NO:219)、miR-220b(SEQ ID NO:220)、miR-223(SEQ ID NO:221)、miR-30a-3p(SEQ IDNO:223)、miR-30a-5p(SEQ ID NO:164)、miR-30d(SEQ ID NO:165)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-326(SEQ ID NO:225)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-346(SEQ ID NO:226)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-362-3p(SEQ ID NO:96)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-378(SEQID NO:167)、miR-425(SEQ ID NO:168)、miR-450a(SEQ ID NO:228)、miR-450b-5p(SEQ ID NO:229)、miR-455-5p(SEQ ID NO:230)、miR-501-5p(SEQ ID NO:234)miR-511(SEQ ID NO:236)、miR-518d-3p(SEQ ID NO:237)、miR-518e(SEQ ID NO:238)、miR-518f(SEQ ID NO:239)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-548c-3p(SEQ ID NO:240)、miR-570(SEQ ID NO:241)、miR-571(SEQ ID NO:242)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-577(SEQ ID NO:243)、miR-579(SEQ ID NO:170)、miR-618(SEQ ID NO:244)、miR-885-5p(SEQ ID NO:247)、miR-9#(SEQ ID NO:249)、miR-95(SEQ ID NO:250)及其组合。
45.根据权利要求18至24中任一项所述的方法,其中相对于预定标准,检测到一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA的不存在或水平降低,指示诊断出进行性IPF,且所述一种或多种微RNA选自由以下组成的组:miR-1183(SEQ ID NO:197)和miR-892b(SEQ ID NO:248)。
46.根据权利要求1至45中任一项所述的方法,其中所述样品选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。
47.根据权利要求1至46中任一项所述的方法,其中所述方法还包括向所述受试者施用治疗剂。
48.一种治疗根据方法1至46中的任一种诊断患有特发性肺纤维化(IPF)的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
49.一种治疗基于受试者血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种IPF相关微RNA的异常水平而确定为患有特发性肺纤维化(IPF)或处于IPF风险的人受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用治疗剂以治疗IPF。
50.根据权利要求48或权利要求49所述的方法,其中所述一、二、三、四、五、六、七种或更多种微RNA选自由以下组成的组:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ ID NO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ ID NO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ IDNO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ ID NO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQ ID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ IDNO:27)、miR-202(SEQ ID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ IDNO:34)、miR-572(SEQ ID NO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQID NO:39)、miR-26b(SEQ ID NO:40)、miR-106b(SEQ ID NO:41)、miR-30b(SEQ ID NO:42)、miR-142-5p(SEQ ID NO:43)、miR-29c(SEQID NO:44)、let-7d(SEQ ID NO:45)、miR-144(SEQ ID NO:46)、miR-1260(SEQ ID NO:47)、miR-361-5p(SEQ ID NO:48)、miR-520e(SEQ ID NO:49)、miR-660(SEQ ID NO:50)、miR-21(SEQ ID NO:51)、miR-30c(SEQ ID NO:52)、miR-148b(SEQ ID NO:53)、miR-27b(SEQID NO:54)、miR-15b#(SEQ ID NO:55)、miR-15b(SEQ ID NO:56)、miR-16-1#(SEQ ID NO:57)、miR-17#(SEQ ID NO:58)、miR-22(SEQID NO:59)、miR-32(SEQ ID NO:60)、miR-532-5p(SEQ ID NO:61)、miR-101(SEQ ID NO:62)、miR-190(SEQ ID NO:63)、miR-15a#(SEQID NO:64)、miR-27a(SEQ ID NO:65)、miR-181a(SEQ ID NO:66)、miR-301a(SEQ ID NO:67)、miR-374a(SEQ ID NO:68)、miR-144#(SEQ ID NO:69)、miR-26a(SEQ ID NO:70)、miR-320B(SEQ IDNO:71)、let-7g(SEQ ID NO:72)、miR-324-5p(SEQ ID NO:73)、miR-19a(SEQ ID NO:74)、miR-20a#(SEQ ID NO:75)、let-7b(SEQ ID NO:76)、miR-422a(SEQ ID NO:77)、let-7f-2#(SEQ ID NO:78)、let-7g#(SEQ IDNO:79)、miR-128a(SEQ ID NO:80)、miR-199a-5p(SEQ ID NO:81)、miR-26a-2#(SEQ ID NO:82)、miR-29a#(SEQ ID NO:83)、miR-329(SEQ ID NO:84)、miR-337-5p(SEQ ID NO:85)、miR-369-3p(SEQ IDNO:86)、miR-376a#(SEQ ID NO:87)、miR-486-3p(SEQ ID NO:88)、miR-20a(SEQ ID NO:89)、miR-28-5p(SEQ ID NO:90)、miR-148a(SEQID NO:91)、miR-106b#(SEQ ID NO:92)、let-7e(SEQ ID NO:93)、miR-25(SEQ ID NO:94)、miR-656(SEQ ID NO:95)、miR-362-3p(SEQID NO:96)、miR-340(SEQ ID NO:97)、miR-451(SEQ ID NO:98)、miR-423-5p(SEQ ID NO:99)、miR-652(SEQ ID NO:100)、miR-127-3p(SEQ ID NO:101)、miR-495(SEQ ID NO:102)、miR-328(SEQ IDNO:103)、miR-590-5p(SEQ ID NO:104)、miR-103(SEQ ID NO:105)、miR-19b(SEQ ID NO:106)、miR-324-3p(SEQ ID NO:107)、miR-145#(SEQ ID NO:108)、miR-199a-3p(SEQ ID NO:109)、miR-598(SEQ IDNO:110)、miR-151-5P(SEQ ID NO:111)、miR-130a(SEQ ID NO:112)、miR-502-3p(SEQ ID NO:113)、miR-136#(SEQ ID NO:114)、miR-194(SEQ ID NO:115)、miR-221(SEQ ID NO:116)、miR-22#(SEQ IDNO:117)、miR-93(SEQ ID NO:118)、miR-335(SEQ ID NO:119)、miR-24-2#(SEQ ID NO:120)、miR-130b(SEQ ID NO:121)、miR-99b(SEQ ID NO:122)、miR-195(SEQ ID NO:123)、miR-411(SEQ IDNO:124)、miR-29b(SEQ ID NO:125)、miR-576-3p(SEQ ID NO:126)、miR-340#(SEQ ID 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51.根据权利要求48或权利要求49所述的方法,其中检测了至少2种不同的微RNA的水平或表达模式。
52.根据权利要求48或权利要求49所述的方法,其中检测了至少10种不同的微RNA的水平或表达模式。
53.根据权利要求48或权利要求49所述的方法,其中检测了至少20种不同的微RNA的水平或表达模式。
54.根据权利要求49所述的方法,其中所述样品选自由以下组成的组:全血、血清、血浆、外来体和分离的微泡。
55.根据权利要求47至54中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是降低一、二、三、四、五、六、七种或更多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
56.根据权利要求47至54中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是增高一、二、三、四、五、六、七种或更多种所述微RNA在所述受试者中的活性或表达水平的寡核苷酸。
57.根据权利要求47至54中任一项所述的方法,其中所述治疗剂是抗纤维化剂。
58.根据权利要求57所述的方法,其中所述抗纤维化剂是吡非尼酮。
59.根据权利要求47至54中任一项所述的方法,其中所述治疗剂选自由以下组成的组:类固醇(包括但不限于泼尼松龙)、细胞毒性剂(包括但不限于咪唑硫嘌呤和环磷酰胺)、巴多索隆、LPA激动剂(包括但不限于AM152);特癌适(西罗莫司脂化物);PI3K抑制剂;穿透素或血清淀粉样蛋白P(包括但不限于穿透素-2(PTX-2或PRM-151));MEK抑制剂(包括但不限于ARRY-162和ARRY-300);p38抑制剂;PAI-1抑制剂(包括但不限于泰普替宁);降低转化生长因子β(TGF-β)的活性的药剂(包括但不限于GC-1008(Genzyme/MedImmune));乐德木单抗(CAT-152;Trabio,CambridgeAntibody);美替木单抗(CAT-192,CambridgeAntibody);LY-2157299(EliLilly);ACU-HTR-028(OpkoHealth),包括靶向一种或多种TGF-β同种型的抗体、TGF-β受体激酶TGFBR1(ALK5)和TGFBR2的抑制剂及受体后信号转导路径的调节剂;趋化因子受体信号转导;内皮肽受体拮抗剂,包括靶向内皮肽受体A和B的抑制剂及选择性地靶向内皮肽受体A的抑制剂(包括但不限于安立生坦、阿伏生坦、波生坦、克拉生坦、达卢生坦、BQ-153、FR-139317、L-744453、马西替坦、PD-145065、PD-156252、PD163610、PS-433540、S-0139、西他塞坦钠、TBC-3711、齐泊腾坦);降低结缔组织生长因子(CTGF)的活性的药剂(包括但不限于FG-3019,FibroGen)且包括其它CTGF中和抗体;基质金属蛋白酶(MMP)抑制剂(包括但不限于MMPI-12、PUP-1和三氟乙酸替加泊肽);降低表皮生长因子受体(EGFR)的活性的药剂,包括但不限于厄洛替尼、吉非替尼、BMS-690514、西妥昔单抗、靶向EGF受体的抗体、EGF受体激酶的抑制剂和受体后信号转导路径的调节剂;降低血小板衍生的生长因子(PDGF)的活性的药剂(包括但不限于甲磺酸伊马替尼(Novartis))并且还包括PDGF中和抗体、靶向PDGF受体(PDGFR)的抗体、PDGFR激酶活性和受体后信号转导路径的抑制剂;降低血管内皮生长因子(VEGF)的活性的药剂(包括但不限于阿西替尼、贝伐单抗、BIBF-1120、CDP-791、CT-322、IMC-18F1、PTC-299和雷莫芦单抗),并且还包括VEGF中和抗体、靶向VEGF受体1(VEGFR1,Flt-1)和VEGF受体2(VEGFR2,KDR)的抗体、能中和VEGF的VEGFR1可溶性形式(sFlt)及其衍生物,以及VEGF受体激酶活性的抑制剂;多种受体激酶的抑制剂,如抑制血管内皮生长因子、纤维母细胞生长因子和血小板衍生的生长因子的受体激酶的BIBF-1120;干扰整合素功能的药剂(包括但不限于STX-100和IMGN-388),并且还包括整合素靶向的抗体;干扰IL-4的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、APG-201和sIL-4Rα)和干扰IL-13的促纤维化活性的药剂(包括但不限于AER-001、AMG-317、安芦珠单抗、CAT-354、贝辛白介素、MK-6105、QAX-576、SB-313、SL-102和TNX-650),并且还包括针对任一细胞因子的中和抗体、靶向IL-4受体或IL-13受体的抗体、据报道能结合且中和IL-4与IL-13两者的IL-4受体可溶性形式或其衍生物、包括IL-13整体或一部分和经由JAK-STAT激酶路径进行信号转导的毒素(特别是假单胞菌内毒素)的嵌合蛋白质;干扰上皮-间质转化的药剂,包括mTor的抑制剂(包括但不限于AP-23573或雷帕霉素);降低铜的水平的药剂,如四硫钼酸盐;降低氧化应力的药剂,包括N-乙酰基半胱氨酸和四硫钼酸盐;和干扰素γ;磷酸二酯酶4(PDE4)的抑制剂(包括但不限于罗氟司特);磷酸二酯酶5(PDE5)的抑制剂(包括但不限于米罗那非、PF-4480682、柠檬酸西地那非、SLx-2101、他达拉非、乌地那非、UK-369003、伐地那非和扎普司特);或花生四烯酸路径调节剂,包括环加氧酶和5-脂加氧酶抑制剂(包括但不限于齐留通);减轻组织重建或纤维化的化合物,包括脯氨酰水解酶抑制剂(包括但不限于1016548、CG-0089、FG-2216、FG-4497、FG-5615、FG-6513、菲布他丁A(Takeda)、路西菲尔、P-1894B和沙非罗尼)和过氧化物酶体增殖物活化受体(PPAR) γ激动剂(包括但不限于吡格列酮和罗格列酮);及其组合。
60.一种用于诊断患有特发性肺纤维化(IPF)的受试者的试剂盒,其包括一、二、三、四、五、六、七种或更多种与选自由以下组成的组的一种或多种微RNA特异性杂交的探针或特异性扩增选自由以下组成的组的一种或多种微RNA的引物:miR-155(SEQ ID NO:1)、miR-767-3p(SEQ ID NO:2)、miR-1303(SEQ ID NO:3)、miR-574-3p(SEQ ID NO:4)、miR-10b#(SEQ ID NO:5)、miR-875-5p(SEQ IDNO:6)、miR-29a(SEQ ID NO:7)、miR-375(SEQ ID NO:8)、miR-342-3p(SEQ ID NO:9)、miR-197(SEQ ID NO:10)、miR-663B(SEQ IDNO:11)、miR-193b(SEQ ID NO:12)、miR-34a#(SEQ ID NO:13)、miR-548a-3p(SEQ ID NO:14)、miR-338-5P(SEQ ID NO:15)、miR-222(SEQ ID NO:16)、miR-520D-3P(SEQ ID NO:17)、miR-345(SEQ IDNO:18)、miR-99b#(SEQ ID NO:19)、miR-1244(SEQ ID NO:20)、miR-146a(SEQ ID NO:21)、miR-122(SEQ ID NO:22)、miR-206(SEQID NO:23)、miR-146b-5p(SEQ ID NO:24)、miR-1300(SEQ ID NO:25)、miR-28-3p(SEQ ID NO:26)、miR-150(SEQ ID NO:27)、miR-202(SEQID NO:28)、miR-636(SEQ ID NO:29)、miR-27a#(SEQ ID NO:30)、miR-323-3p(SEQ ID NO:31)、miR-520c-3p(SEQ ID NO:32)、miR-191(SEQ ID NO:33)、miR-1290(SEQ ID NO:34)、miR-572(SEQ IDNO:35)、miR-886-3p(SEQ ID NO:36)、miR-320(SEQ ID NO:37)、miR-142-3p(SEQ ID NO:38)、miR-18a(SEQ ID 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NO:250)及其组合。
61.一种诊断性测试系统,其适于执行根据权利要求1至46所述的方法中的任一种。
62.根据权利要求61所述的诊断性测试系统,其包括用于获得包括所述受试者的血液样品中的一、二、三、四、五、六、七种或更多种与特发性肺纤维化(IPF)的诊断相关的微RNA的活性或水平的测试结果的构件;用于收集和跟踪一份或多份个体血液样品的测试结果的构件;用于比较一种或多种微RNA的活性或水平与预定标准的构件;和用于报告所述一种或多种微RNA的活性或水平是否满足或超过所述预定标准的构件。
63.一种计算机程序产品,其包括体现在计算机可读取介质中的用于执行根据权利要求1至46所述的方法中的任一种的步骤的计算机可执行指令。
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