CN103540585A - 一种改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供一种改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA的方法,该方法的特征在于用常规的Trizol法(Invitrogen公司)提取RNA后,加入苯酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1)进行抽提一次,然后转移上清液至一新管,加入上清液0.7倍体积异丙醇和总体积0.2倍体积1mol/L醋酸钠进行沉淀RNA,所获得的RNA使用1mL 3mol/L醋酸钠(pH=5.2)和1mL 75%乙醇各清洗一次,最后经过干燥,用DEPC水溶解,这种改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA获得率高,量大,并且质量好、纯度高,可以满足反转录、Northern杂交、基因体外翻译、cDNA文库构建、cDNA末端快速扩增等分子生物学研究。
Description
一、技术领域
本发明属于分子生物学领域,特别涉及一种提取马铃薯块茎RNA的方法。
二、背景技术
马铃薯(Solaunm tuberosum L.)是世界上重要的粮食作物、工业原料和保健食品,尤其是块茎与人类的关系尤为密切,在马铃薯基因组序列测定后,研究块茎中基因的功能至关重要,而获得高纯度、高质量的RNA是进行Northern杂交、基因体外翻译、cDNA文库构建、cDNA末端快速扩增等分子生物学研究必要前提和关键。
马铃薯块茎中含有大量淀粉、多糖、多酚类物质以及较多次级代谢产物,会严重影响其总RNA提取质量,例如液氮研磨时块茎中的大量淀粉会失水成干粉状,加入变性液后干粉迅速吸水呈凝胶状,即使通过高速离心亦无法使其与液相分离,导致RNA被包裹其中而无法提取;而块茎中的多糖会使RNA沉淀难溶于水,或者溶解后成粘稠状,同时多糖可以抑制许多酶的活性;多酚类化合物在研磨后匀浆时会被释放出来,氧化后使匀浆液变为褐色,被氧化的酚类化合物(如醌类)能与RNA稳定地结合,从而影响RNA的分离纯化。
目前,总RNA提取方法很多,主要有异硫氰酸胍法、CTAB法、Chan法、SDS法、Logeman法、苯酚法、Trizol法等。DAVID等(1998)通过采用加有尿素的裂解液和氯化锂沉淀的方法,从马铃薯块茎周皮组织中提取到高质量的RNA;杨建文等(2006)利用改进的异硫氰酸胍法提取到高质量的马铃薯块茎RNA;赵宝勰等(2010)分别采用Chan法和Trizol法提取马铃薯块茎总RNA,结果表明:Chan法比Trizol法更适宜提取马铃薯块茎总RNA;刘柏林等(2012)选用3种快捷的商品化提取试剂提取马铃薯块茎总RNA,结果表明:3种商品化试剂均可不同程度的提取马铃薯块茎总RNA,但纯度和浓度存在较大差异。Trizol法自问世以来,由于其操作简单方便,耗时较短,被广泛应用于组织的RNA提取,但它对于富含淀粉、多糖、多酚类物质以及较多次级代谢产物马铃薯块茎效果不理想。
三、发明内容
本发明的目的在于克服现有方法的缺点与不足,提供一种改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA的方法,该方法提取的马铃薯块茎总RNA获得率高,量大,并且质量好、纯度高。
本发明的目的通过下述技术方案实现:一种改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA的方法,包含以下步骤:
(1)取新鲜块茎加液氮研磨至粉末状,迅速转移到1.5mL离心管中,加入1mL Trizol试剂,充分混匀,25℃静置5min;
(2)4℃,12000r/min离心5min,直接倒上清入新1.5mL离心管中;
(3)将步骤(2)收集的上清液中加入200μl氯仿,颠倒混匀,室温静置5min,4℃,12000r/min离心15min;
(4)将步骤(3)收集的上清至新1.5mL离心管中,加入等体积的异丙醇,上下颠倒混匀,-20℃沉淀30min;
(5)4℃,12000r/min离心10min,弃上清,加入1mL 75%乙醇洗沉淀,4℃,8000r/min离心5min,弃上清,干燥;
(6)将步骤(5)干燥的沉淀加入500μl DEPC水溶解,再加入500μl苯酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1),颠倒混匀,4℃,12000r/min离心20min;
(7)将步骤(6)收集的上清转移至新1.5mL离心管中,加入上清液0.7倍体积异丙醇和总体积0.2倍体积1mol/L醋酸钠,上下颠倒混匀;
(8)-20℃沉淀30min。4℃,12000r/min离心20min,弃上清,加入1mL 3mol/L醋酸钠(PH=5.2)清洗,4℃,10000r/min离心5min;
(9)弃上清,用1mL 75%乙醇洗涤沉淀,在超净工作台干燥,加入DEPC水溶解,-20℃储存备用。
RNA提取中所用的试剂和耗材均用DEPC进行处理。
综上所述改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA的方法适用于富含淀粉、多糖、多酚类物质以及较多次级代谢产物的植物组织的总RNA提取。
本发明相对于现有Trzol法,具有如下的优点及有益效果:
本发明所述改良Trzol法提取马铃薯块茎总RNA的步骤虽然繁琐一些,时间较长一些,但是总RNA获得率高,量大,并且质量好、纯度高,可以满足反转录、Northern杂交、基因体外翻译、cDNA文库构建、cDNA末端快速扩增等分子生物学研究,例如利用本法提取的马铃薯块茎总RNA杂质较少,28S、18S和5S条带清晰,28S条带的亮度是18S条带的两倍左右,而常规Trizol法(Invitrogen公司)提取的电泳效果要差一些,28S条带的亮度并不是18S条带的两倍左右,杂质较多(附图1),通过对两种方法提取的RNA进行纯度检测,发现改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNAOD260/OD280比值在1.8-2.0之间,要明显高于常规Trizol法(Invitrogen公司)提取的INA样品(表1),说明改良Trizo1法提取RNA纯度较好,而常规Trizol法(Invitrogen公司)提取的RNAOD260/OD280比值低于1.8,说明有蛋白质和有机溶剂的污染,对于这4个样品的RNAOD260/OD230比值高于2,说明没有盐离子的残留。
表1提取RNA样品的纯度检测
表1提取RNA样品的纯度检测
1和2编号为改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA样品,3和4编号为Trizol法提取马铃薯块茎总RNA样品。
四、附图说明
图1为本发明的改良Trizo1法和常规Trizo1法(Invitrogen公司)提取的马铃薯块茎总RNA的琼脂糖凝胶电泳图,1和2泳道为改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA,3和4泳道为Trizol法提取马铃薯块茎总RNA。
五、具体实施方式
(1)取新鲜块茎约O.1g,加液氮研磨至粉末状,迅速转移到1.5mL离心管中,加入1mLTrizol试剂,充分混匀,25℃静置5min;(2)4℃,12000r/min离心5min,直接倒上清入新1.5mL离心管中;(3)将步骤(2)收集的上清液中加入200μl氯仿,颠倒混匀,室温静置5min,4℃,12000r/min离心15min;(4)将步骤(3)收集的上清至新1.5mL离心管中,加入等体积的异丙醇,上下颠倒混匀,-20℃沉淀30min;(5)4℃,12000r/min离心10min,弃上清,加入1mL 75%乙醇洗沉淀,4℃,8000r/min离心5min,弃上清,干燥;(6)将步骤(5)干燥的沉淀加入500μl DEPC水溶解,再加入500μl苯酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1),颠倒混匀,4℃,12000r/min离心20min;(7)将步骤(6)收集的上清转移至新1.5mL离心管中,加入上清液O.7倍体积异丙醇和总体积0.2倍体积1mol/L醋酸钠,上下颠倒混匀;(8)-20℃沉淀30min。4℃,12000r/min离心20min,弃上清,加入1mL 3mol/L醋酸钠(PH=5.2)清洗,4℃,10000r/min离心5min;(9)弃上清,用1mL 75%乙醇洗涤沉淀,在超净工作台干燥,加入40μl DEPC水溶解,-20℃储存备用。
Claims (1)
1.一种改良Trizol法提取马铃薯块茎总RNA的方法,其特征在于以下操作:
a、取新鲜块茎约0.1g,加液氮研磨至粉末状,迅速转移到1.5mL离心管中,加入1mL Trizol试剂,充分混匀,25℃静置5min,4℃,12000r/min离心5min,直接倒上清入新1.5mL离心管中,加入200μl氯仿,颠倒混匀,室温静置5min,4℃,12000r/min离心15min,吸取上清至新1.5mL离心管中,加入等体积的异丙醇,上下颠倒混匀,-20℃沉淀30min;
b、4℃,12000r/min离心10min,弃上清,加入1mL 75%乙醇洗沉淀,4℃,8000r/min离心5min,弃上清,加入500μl DEPC水溶解沉淀,再加入500μl苯酚/氯仿/异戊醇(25∶24∶1),颠倒混匀,4℃,12000r/min离心20min;
c、吸取上清至新1.5mL离心管中,加入0.7倍体积异丙醇和0.2倍体积1mol/L醋酸钠,上下颠倒混匀,-20℃沉淀30min,4℃,12000r/min离心20min,弃上清,加入1mL 3mol/L醋酸钠(PH=5.2)清洗,4℃,10000r/min离心5min,弃上清,75%乙醇洗沉淀;
d、沉淀在超净工作台干燥,加入40μl DEPC水溶解,储存备用。
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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CN106282162A (zh) * | 2016-08-16 | 2017-01-04 | 绵阳市农业科学研究院 | 一种用于提取块茎、块根高质量rna的方法 |
CN107513529A (zh) * | 2017-10-24 | 2017-12-26 | 刘俊男 | 一种纯化rna的方法以及试剂组合 |
CN108728454A (zh) * | 2018-06-25 | 2018-11-02 | 四川农业大学 | 一种马铃薯StDWF1基因及其制备方法以及过表达该基因以促进马铃薯快速生根的方法 |
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Application publication date: 20140129 |