CN102912012A - 海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法 - Google Patents

海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法 Download PDF

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Abstract

本发明属于海洋鱼类线粒体基因组研究领域,具体涉及一种海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物,由两条单链寡核苷酸链组成,其中轻链引物为SEQ ID No.1所示的核苷酸序列;重链引物为SEQ ID No.2所示的核苷酸序列。本发明还提供了所述扩增引物的设计方法和利用该扩增引物对海洋鱼类DNA溶液进行扩增的方法。本发明可以高效特异性地扩增多种海洋鱼类线粒体12S rRNA基因,能应用于鱼类不同分类阶元系统进化的分析研究,从而为鱼类种类鉴定、种质资源调查及系统进化研究提供一个有力工具。

Description

海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法
技术领域
本发明属于海洋鱼类线粒体基因组研究领域,具体涉及一种高效扩增多种海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法。
背景技术
鱼类线粒体DNA(Mitochondrial DNA, mtDNA)呈共价闭合环状结构,包括一条轻链及一条重链,是细胞核外相对独立的复制单位。相比于核DNA,鱼类线粒体DNA具有拷贝数多、分子结构简单、编码效率高、进化速度快、母系遗传及不同区域存在不同进化速率等特点。由于鱼类线粒体DNA所具有的这些特点,使其成为鱼类分子群体遗传学、系统发生学及保护生物学等研究领域的重要分子标记。与其他脊椎动物类似,鱼类线粒体DNA由13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因(12S rRNA及16S rRNA)共37个编码基因及一段主要的非编码控制区组成。12S rRNA作为编码线粒体中一种核糖体RNA的基因,与线粒体DNA上其它基因相比,在进化上较为保守,但种间变异度较大,是进行鱼类群体遗传结构评估、相似种类及系统发生关系等研究领域的重要遗传标记,特别在研究鱼类系统发生关系中,12S rRNA基因广泛地被应用于种、属、科、目不同分类阶元,是一种理想的分子标记。
目前,利用线粒体12S rRNA基因序列作为分子标记被广泛地应用到鱼类分子群体遗传学及系统发生学等领域,然而却缺乏扩增鱼类线粒体12S rRNA基因的通用引物,给相应的研究带了一定的困难。国内外关于12S rRNA通用引物的报道主要有:Springer等(Mol. Biol. Evol, 1995, 12: 1138-1150)设计的针对哺乳动物线粒体12S rRNA基因引物及Wang等(Zoological Studies, 2000, 39: 61-66)设计的脊椎动物线粒体12S rRNA基因通用引物。然而设计模板序列的选取、设计方法的不同以及通用引物自身扩增能力的局限性,利用已报道的通用引物扩增以虾虎鱼类及石首鱼类为主的多种海洋鱼类均存在着一定的不稳定性,因此设计新的针对鱼类线粒体12S rRNA基因通用引物,同已报道的引物进行互补,对于有效获得绝大多海洋数鱼类线粒体12S rRNA基因序列是十分必要的。
发明内容
针对上述现有技术存在的缺点和不足,本发明旨在提供一对可高效特异扩增多种海洋鱼类线粒体12S rRNA基因的单链寡核苷酸引物,从而为快速有效获取鱼类线粒体12S rRNA基因序列以进行种类鉴定、种质资源调查及系统进化研究提供一个有力工具。本发明的目的还在于提供所述海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物的设计方法,以及利用所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法。
为实现本发明的发明目的,发明人提供如下技术方案:
海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物,由两条单链寡核苷酸链组成,其中轻链引物为SEQ ID No.1所示的核苷酸序列;重链引物为SEQ ID No.2所示的核苷酸序列。
本发明的轻链引物Marinefish-12SrRNA-F(SEQ ID No.1所示)有22个碱基:ACTAAAGCATAACACTGAAGAT,位于tRNA-Phe基因上;重链引物Marinefish-12SrRNA-R(SEQ ID No.2所示)有22个碱基:TTCATTTCTCTTTCAGCTTTCC,位于16S rRNA基因上。
本发明所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物对在东海海域采集的46种海洋鱼类,以及1种淡水鱼类的DNA模板溶液进行PCR扩增,均能获得片段长度为1200bp左右的特异性扩增产物,经测序及与GenBank中同源序列的比较,确认为包含12S rRNA基因全序列、tRNA-Val全序列及长度为146bp左右的16S rRNA基因序列的扩增产物,体现出本发明较广的扩增范围与较强的扩增能力,从而为快速有效获取海洋鱼类线粒12S rRNA基因序列以进行种类鉴定、种质资源调查及鱼类系统进化研究提供一个有力工具。
作为优选,根据本发明所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物,其中所述的海洋鱼类包括但不限于下述:小黄鱼、眼斑拟石首鱼、白姑鱼、黄姑鱼、日本黄姑鱼、黑鳃梅橦鱼、棘头梅橦鱼、褐鯧鮋、尖头黄鳍牙、中华乌塘鳢、青弹涂鱼、斑纹舌虾虎鱼、髭缟虾虎鱼、孔虾虎鱼、蓝点深虾虎鱼、红狼牙虾虎鱼、普氏细刺虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、大弹涂鱼、矛尾虾虎鱼、舟山缰虾虎鱼、台湾沟虾虎鱼、矛尾刺虾虎鱼、双带缟虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼、平头竿虾虎鱼、龙头鱼、带鱼、鲻鱼、鳜鱼、青石斑鱼、宝石石斑鱼、褐牙鲆、横带髭鲷、斜带髭鲷、黄鳍刺鲷、条石鲷、二长刺鲷、角木叶鲽、斑鰶、三线舌鳎、刺鲳、银鲳、黑鲷、黄鲫、凤鲚。
本发明所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物还可用于扩增的淡水鱼类包括但并不限于鲫鱼。
本发明还提供了上述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物的设计方法,即登录NCBI网站中的GenBank数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)搜索已测定的海洋鱼类线粒体基因组的tRNA-Phe和16S rRNA基因序列,经同源性比较,找到保守序列,并利用Premier Primer5.0软件设计出海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物。所用的Premier Primer5.0软件在生物软件网http://www.bio-soft.net/下载。
本发明还提供了一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其是采用上述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物对待测样品的DNA模板溶液进行PCR扩增。
作为优选,根据本发明所述的一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其中PCR扩增的条件为:95℃预变性5min,然后95℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸75s,共35个循环,最后72℃延伸5min。
作为优选,根据本发明所述的一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其中PCR扩增的反应体系组成为:PCR反应体系为25μL,内含dNTP(2.5mM) 2μL、10×TaqDNA聚合酶 Buffer 2.5μL、10μM的轻链引物和重链引物各1μL、TaqDNA聚合酶(5U/ul) 0.2μL、含100ng的DNA模板溶液 1μL及ddH2O 17.3μL。
作为优选,根据本发明所述的一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA进行扩增的方法,其中所述的待测样品来自包括但不限于下述:小黄鱼、眼斑拟石首鱼、白姑鱼、黄姑鱼、日本黄姑鱼、黑鳃梅橦鱼、棘头梅橦鱼、褐鯧鮋、尖头黄鳍牙、中华乌塘鳢、青弹涂鱼、斑纹舌虾虎鱼、髭缟虾虎鱼、孔虾虎鱼、蓝点深虾虎鱼、红狼牙虾虎鱼、普氏细刺虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、大弹涂鱼、矛尾虾虎鱼、舟山缰虾虎鱼、台湾沟虾虎鱼、矛尾刺虾虎鱼、双带缟虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼、平头竿虾虎鱼、龙头鱼、带鱼、鲻鱼、鳜鱼、青石斑鱼、宝石石斑鱼、褐牙鲆、横带髭鲷、斜带髭鲷、黄鳍刺鲷、条石鲷、二长刺鲷、角木叶鲽、斑鰶、三线舌鳎、刺鲳、银鲳、黑鲷、黄鲫、凤鲚、鲫鱼。
与现有技术相比,本发明具有如下优点:
本发明提供的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物,可以高效特异性地扩增多种海洋鱼类线粒体12S rRNA基因,能应用于鱼类不同分类阶元系统进化的分析研究,从而为鱼类种类鉴定、种质资源调查及系统进化研究提供了一个有力工具。同时本发明所述通用引物及其设计方法也可作为通用引物PCR扩增原理及关键参数研究的具体实例,促进本发明所涉及领域的前进发展,因而具备重要发明价值和理论意义。
附图说明
图1为本发明海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物用以扩增不同鱼类线粒体12S rRNA基因的电泳图谱。
其中M:DNA分子量标准(DL2000),1-47:依次为:小黄鱼、眼斑拟石首鱼、白姑鱼、黄姑鱼、日本黄姑鱼、黑鳃梅橦鱼、棘头梅橦鱼、褐鯧鮋、尖头黄鳍牙、中华乌塘鳢、青弹涂鱼、斑纹舌虾虎鱼、髭缟虾虎鱼、孔虾虎鱼、蓝点深虾虎鱼、红狼牙虾虎鱼、普氏细刺虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、大弹涂鱼、矛尾虾虎鱼、舟山缰虾虎鱼、台湾沟虾虎鱼、矛尾刺虾虎鱼、双带缟虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼、平头竿虾虎鱼、龙头鱼、带鱼、鲻鱼、鳜鱼、青石斑鱼、宝石石斑鱼、褐牙鲆、横带髭鲷、斜带髭鲷、黄鳍刺鲷、条石鲷、二长刺鲷、角木叶鲽、斑鰶、三线舌鳎、刺鲳、银鲳、黑鲷、黄鲫、凤鲚、鲫鱼。
具体实施方式
下面结合实施例和说明书附图,更具体地说明本发明的内容。应当理解,本发明的实施并不局限于下面的实施例,对本发明所做的任何形式上的变通和/或改变都将落入本发明保护范围。
在本发明中,若非特指,所有的份、百分比均为重量单位,所有的设备和原料等均可从市场购得或是本行业常用的。若无特别指明,实施例采用的方法为本领域通用技术。
主要材料、试剂和仪器设备:
软件及序列资源:Premier Primer5.0 引物设计软件(下载自生物软件网http://www.bio-soft.net/),海水鱼类线粒体基因组序列资源(下载自NCBI中Genbank数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),序列分析软件MEGA5.0(下载自生物软件网http://www.bio-soft.net/)。
PCR扩增检测相关试剂仪器:海洋动物基因组DNA提取试剂盒(TIANGEN,北京),琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(TIANGEN,北京),常规台式离心机(Thermo),Bio-Rad C1000TM Thermal Cycler扩增仪器(Bio-Rad,美国),微量移液器(Enppdorf,德国),96孔PCR板(Axygen),dNTP(TIANGEN,北京),10×TaqDNA聚合酶 Buffer(TIANGEN,北京),Taq DNA聚合酶(TIANGEN,北京),灭菌双蒸水,DL2000 DNA marker(TIANGEN,北京),琼脂糖(Biowest,香港),电泳仪(DYY-6C型,北京六一),凝胶成像仪(Bio-Rad GD2000,美国)。
克隆测序相关试剂仪器:高压蒸气灭菌锅(SANYO,日本),加氨苄(Amp)抗生素的灭菌LB培养基,LB固体培养平皿(上海生工),超净工作台(SW—CJ—1G型,名牌之星,中国),恒温水浴锅(上海精宏),DH5α感受态细胞(TIANGEN),Amp抗生素(上海生工),5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷(上海生工),异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(上海生工),pGEM-T载体(Promega,美国),恒温培养箱(PH070A型,上海一恒科学仪器有限公司),恒温振荡摇床(培英,太仓市实验设备厂)自动DNA测序仪(ABI 3730型,美国)。
实施例中未注明具体条件的实验方法,是按照常规条件,例如Sambrook等作者的分子克隆实验室手册(New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商说明书建议的条件。
实施例1  
1、海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物的设计和合成:
登录NCBI网站中的GenBank数据库搜索已测定的海洋鱼类的线粒体基因组的tRNA-Phe和16S rRNA基因序列,将序列载入到分析软件MEGA5.0中,利用ClustalW算法进行多序列对位比对分析,找到保守序列,将所找到的保守序列载入到Premier Primer5.0软件在手动设计模式下(即在manual选项下选择Low,具体参数为默认设置)设计出海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物: 其中轻链引物Marinefish-12SrRNA-F(SEQ ID No.1所示)有22个碱基:ACTAAAGCATAACACTGAAGAT,位于tRNA-Phe基因上; 重链引物Marinefish-12SrRNA-R(SEQ ID No.2所示)有22个碱基:TTCATTTCTCTTTCAGCTTTCC,位于16S rRNA基因上。
由南京金斯瑞生物科技有限公司根据发明人的要求合成符合SEQ ID No.1和SEQ ID No.1所示核苷酸序列的引物。
2、对海洋鱼类线粒12S rRNA基因进行扩增
    本发明中的47个待测样本均采集于我国的东海海域,来自46种海洋鱼类和1种淡水鱼类。其中扩增的海洋鱼类为以下种类:小黄鱼、眼斑拟石首鱼、白姑鱼、黄姑鱼、日本黄姑鱼、黑鳃梅橦鱼、棘头梅橦鱼、褐鯧鮋、尖头黄鳍牙、中华乌塘鳢、青弹涂鱼、斑纹舌虾虎鱼、髭缟虾虎鱼、孔虾虎鱼、蓝点深虾虎鱼、红狼牙虾虎鱼、普氏细刺虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、大弹涂鱼、矛尾虾虎鱼、舟山缰虾虎鱼、台湾沟虾虎鱼、矛尾刺虾虎鱼、双带缟虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼、平头竿虾虎鱼、龙头鱼、带鱼、鲻鱼、鳜鱼、青石斑鱼、宝石石斑鱼、褐牙鲆、横带髭鲷、斜带髭鲷、黄鳍刺鲷、条石鲷、二长刺鲷、角木叶鲽、斑鰶、三线舌鳎、刺鲳、银鲳、黑鲷、黄鲫、凤鲚;扩增的淡水鱼类为鲫鱼一种。
利用海洋动物基因组DNA提取试剂盒提取待测样本的基因组DNA,方法按照试剂盒说明书进行,琼脂糖电泳检测提取的基因组DNA。
用于扩增多种海洋鱼类线粒体12S rRNA基因的PCR反应体系和反应条件如下:PCR反应体系为25μL,内含dNTP(TIANGEN),10×TaqDNA聚合酶 Buffer(TIANGEN),10μM的轻链引物Marinefish-12SrRNA-F和10μM的重链引物Marine-12SrRNA-R,Taq DNA 聚合酶(TIANGEN),含100ng的上述提取的基因组DNA模板溶液,ddH2O,其中:
10×TaqDNA聚合酶 Buffer     2.5μL
dNTP                          2μL
Marinefish-12SrRNA-F          1μL
Marinefish-12SrRNA-R          1μL
Template DNA                  1μL
ddH2O                         17.3μL
Taq DNA 聚合酶                0.2μL。
扩增反应在Bio-Rad C1000TM Thermal Cycler仪器上进行,扩增条件为:95℃预变性5min,然后95℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸75s,共35个循环,最后72℃延伸5min。扩增产物用1%的琼脂糖凝胶电泳检测其大小和纯度。不同鱼类线粒体12S rRNA基因扩增产物的电泳图谱见图1。
运用设计的引物扩增多数海洋鱼类线粒12S rRNA基因,均获得了单一的目的片段,产物大小约为1200 bp,并对PCR扩增产物直接进行测序,其步骤为:PCR扩增产物初步定量后,浓度达到约100ng/μl的样品,寄送南京金斯瑞生物科技有限公司,委托其进行双向测序,测序引物为Marinefish-12SrRNA-F(10μM)和Marinefish-12SrRNA-R(10μM)。经测序及与GenBank中的同源序列进行比对,确认为包含12S rRNA基因全序列、tRNA-Val全序列及长度为146bp左右的16S rRNA基因序列的扩增产物。
运用设计的引物扩增重要经济海洋鱼类小黄鱼,普氏细刺虾虎鱼和青弹涂鱼线粒体12S rRNA基因,均获得了单一的目的片段,产物大小约为1200 bp,并使用琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(TIANGEN,上海)对PCR扩增产物进行胶回收纯化,纯化产物同pGEM-T载体(Promega公司,美国)连接,转化,鉴定阳性克隆并测序。其步骤为:经胶回收纯化的PCR扩增产物在T4 DNA连接酶的作用下与pGEM-T载体进行连接反应。连接反应体系为载体1μl,T4 DNA连接酶1μl,连接Buffer 5ul,PCR纯化产物3μl。连接反应于冰上操作,反应液置于4℃冰箱连接过夜(至少12小时)。取DH5α感受态细胞(TIANGEN,北京),热激法进行转化,用含有氨苄抗生素(Amp)LB平板(使用前预先均匀涂布40ul 20mg/ml的5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷(X-Gal)和30ul 0.2mol/L的异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG))进行蓝白筛选,并通过菌液PCR扩增确认挑取的阳性克隆子。阳性克隆子经扩大培养后的菌液寄送南京金斯瑞生物科技有限公司进行双向直接测序。测序引物为SP6/T7。序列分析仪为ABI 3730 全自动DNA测序仪。经测序及与GenBank中的同源序列进行比对,确认为包含线粒体12S rRNA基因全序列、tRNA-Val全序列及长度为146bp左右的16S rRNA基因序列的扩增产物。
实用性
本发明所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物对在东海海域采集的46种海洋鱼类和舟山水产市场采集的1种淡水鱼类的DNA模板溶液进行PCR扩增,均能获得片段在1200bp左右的特异性扩增产物,经测序及与GenBank中同源序列的比较,确认为包含线粒体12S rRNA基因全序列、tRNA-Val全序列及长度为146bp左右的16S rRNA基因序列的扩增产物,体现出本发明较广的扩增范围与较强的扩增能力,因此,本发明所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物在海洋鱼类种类鉴定、种质资源调查及系统进化研究领域可予以应用。
尽管发明人已经对本发明的技术方案做了较为详细的阐述和列举,应当理解,对于本领域一个熟练的技术人员来说,对上述实施例作出修改和/或变通或者采用等同的替代方案是显然的,都不能脱离本发明精神的实质,本发明中出现的术语用于对本发明技术方案的阐述和理解,并不能构成对本发明的限制。
                         SEQUENCE LISTING
 
<110>  浙江海洋学院
 
<120>  海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法
 
<130>  Z121759
 
<160>  2    
 
<170>  PatentIn version 3.3
 
<210>  1
<211>  22
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  1
actaaagcat aacactgaag at                                              22
 
 
<210>  2
<211>  22
<212>  DNA
<213>  人工序列
 
<400>  2
ttcatttctc tttcagcttt cc                                              22
 
 

Claims (7)

1.海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物,其特征是由两条单链寡核苷酸链组成,其中轻链引物为SEQ ID No.1所示的核苷酸序列;重链引物为SEQ ID No.2所示的核苷酸序列。
2.如权利要求1所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物,其特征是所述的海洋鱼类包括小黄鱼、眼斑拟石首鱼、白姑鱼、黄姑鱼、日本黄姑鱼、黑鳃梅橦鱼、棘头梅橦鱼、褐鯧鮋、尖头黄鳍牙、中华乌塘鳢、青弹涂鱼、斑纹舌虾虎鱼、髭缟虾虎鱼、孔虾虎鱼、蓝点深虾虎鱼、红狼牙虾虎鱼、普氏细刺虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、大弹涂鱼、矛尾虾虎鱼、舟山缰虾虎鱼、台湾沟虾虎鱼、矛尾刺虾虎鱼、双带缟虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼、平头竿虾虎鱼、龙头鱼、带鱼、鲻鱼、鳜鱼、青石斑鱼、宝石石斑鱼、褐牙鲆、横带髭鲷、斜带髭鲷、黄鳍刺鲷、条石鲷、二长刺鲷、角木叶鲽、斑鰶、三线舌鳎、刺鲳、银鲳、黑鲷、黄鲫、凤鲚。
3.一种如权利要求1所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物的设计方法,其特征是登录NCBI网站中的GenBank数据库搜索已测定的海洋鱼类线粒体基因组的tRNA-Phe和16S rRNA基因序列,经同源性比较,找到保守序列,并利用Premier Primer5.0软件设计出海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物。
4.一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其特征是采用如权利要求1所述的海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物对待测样品的DNA模板溶液进行PCR扩增。
5.如权利要求4所述的一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其特征是PCR扩增的条件为:95℃预变性5min,然后95℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸75s,共35个循环,最后72℃延伸5min。
6.如权利要求4所述的一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其特征是PCR扩增的反应体系组成为:PCR反应体系为25μL,内含2.5mM的 dNTP 2μL、10×TaqDNA聚合酶 Buffer 2.5μL、10μM的轻链引物和重链引物各1μL、5U/ul的TaqDNA聚合酶0.2μL、含100ng的DNA模板溶液 1μL及ddH2O 17.3μL。
7.如权利要求4所述的一种对海洋鱼类线粒体12S rRNA基因进行扩增的方法,其特征是所述的待测样品来自包括小黄鱼、眼斑拟石首鱼、白姑鱼、黄姑鱼、日本黄姑鱼、黑鳃梅橦鱼、棘头梅橦鱼、褐鯧鮋、尖头黄鳍牙、中华乌塘鳢、青弹涂鱼、斑纹舌虾虎鱼、髭缟虾虎鱼、孔虾虎鱼、蓝点深虾虎鱼、红狼牙虾虎鱼、普氏细刺虾虎鱼、斑尾刺虾虎鱼、大弹涂鱼、矛尾虾虎鱼、舟山缰虾虎鱼、台湾沟虾虎鱼、矛尾刺虾虎鱼、双带缟虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼、平头竿虾虎鱼、龙头鱼、带鱼、鲻鱼、鳜鱼、青石斑鱼、宝石石斑鱼、褐牙鲆、横带髭鲷、斜带髭鲷、黄鳍刺鲷、条石鲷、二长刺鲷、角木叶鲽、斑鰶、三线舌鳎、刺鲳、银鲳、黑鲷、黄鲫、凤鲚的海洋鱼类。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106434984A (zh) * 2016-11-25 2017-02-22 淮海工学院 一种检测大分子水产胶原蛋白或明胶的pcr引物及方法
CN107699626A (zh) * 2017-11-24 2018-02-16 国家海洋局第三海洋研究所 一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物及方法
CN107699628A (zh) * 2017-11-24 2018-02-16 福建海洋研究所 一种鉴别梅芳蛇鲻和花斑蛇鲻的分子标记引物及方法
CN107699627A (zh) * 2017-11-24 2018-02-16 国家海洋局第三海洋研究所 一种鉴别南极革首南极鱼的分子标记引物及方法
CN107868833A (zh) * 2017-11-24 2018-04-03 国家海洋局第三海洋研究所 一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法
CN108070663A (zh) * 2017-12-06 2018-05-25 中国水产科学研究院南海水产研究所 鉴别长毛对虾幼体和墨吉对虾幼体的分子标记引物及方法
CN108165636A (zh) * 2017-10-26 2018-06-15 浙江海洋大学 一种鉴别两种多鳞鱚的微型dna条形码技术
CN109423511A (zh) * 2018-11-14 2019-03-05 浙江海洋大学 一种用于检测中华乌塘鳢Mn-SOD基因的引物和实时荧光定量PCR方法
CN109943645A (zh) * 2019-04-26 2019-06-28 南京易基诺环保科技有限公司 一种淡水鱼类线粒体12s通用宏条形码扩增引物及其应用方法
CN110106256A (zh) * 2019-04-18 2019-08-09 中国水产科学研究院南海水产研究所 一种鉴别卵形鲳鲹和布氏鲳鲹的分子标记引物及其应用
CN110283885A (zh) * 2019-07-10 2019-09-27 福建省水产研究所(福建水产病害防治中心) 小丑鱼线粒体16S rRNA基因全序列扩增引物及其扩增方法
CN110592202A (zh) * 2019-09-25 2019-12-20 浙江海洋大学 基于线粒体标记的黄鲫群体遗传多样性的评价方法
CN110878364A (zh) * 2019-12-20 2020-03-13 海南热带海洋学院 一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的dna条形码及其鉴别方法和应用
CN111926087A (zh) * 2020-08-28 2020-11-13 海南热带海洋学院 一种鉴别扁颌针鱼未定种sp与横带扁颌针鱼的DNA条形码及其鉴别方法和应用
CN111961733A (zh) * 2020-08-28 2020-11-20 海南热带海洋学院 一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的dna条形码及其鉴别方法和应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102409051A (zh) * 2011-10-18 2012-04-11 浙江海洋学院 海洋鱼类线粒体基因组控制区扩增引物及设计和扩增方法

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102409051A (zh) * 2011-10-18 2012-04-11 浙江海洋学院 海洋鱼类线粒体基因组控制区扩增引物及设计和扩增方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
《科技通报》 20110330 刘伟成等 "基于线粒体12S rRNA基因部分序列的6种浙南海域舌鳎属鱼类系统进化研究" 第28卷, 第3期 *
刘伟成等: ""基于线粒体12S rRNA基因部分序列的6种浙南海域舌鳎属鱼类系统进化研究"", 《科技通报》 *

Cited By (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106434984A (zh) * 2016-11-25 2017-02-22 淮海工学院 一种检测大分子水产胶原蛋白或明胶的pcr引物及方法
CN108165636A (zh) * 2017-10-26 2018-06-15 浙江海洋大学 一种鉴别两种多鳞鱚的微型dna条形码技术
CN107699626A (zh) * 2017-11-24 2018-02-16 国家海洋局第三海洋研究所 一种鉴别北太平洋大马哈鱼和虹鳟的分子标记引物及方法
CN107699628A (zh) * 2017-11-24 2018-02-16 福建海洋研究所 一种鉴别梅芳蛇鲻和花斑蛇鲻的分子标记引物及方法
CN107699627A (zh) * 2017-11-24 2018-02-16 国家海洋局第三海洋研究所 一种鉴别南极革首南极鱼的分子标记引物及方法
CN107868833A (zh) * 2017-11-24 2018-04-03 国家海洋局第三海洋研究所 一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法
CN108070663A (zh) * 2017-12-06 2018-05-25 中国水产科学研究院南海水产研究所 鉴别长毛对虾幼体和墨吉对虾幼体的分子标记引物及方法
CN109423511A (zh) * 2018-11-14 2019-03-05 浙江海洋大学 一种用于检测中华乌塘鳢Mn-SOD基因的引物和实时荧光定量PCR方法
CN110106256B (zh) * 2019-04-18 2020-12-01 中国水产科学研究院南海水产研究所 一种鉴别卵形鲳鲹和布氏鲳鲹的分子标记引物及其应用
CN110106256A (zh) * 2019-04-18 2019-08-09 中国水产科学研究院南海水产研究所 一种鉴别卵形鲳鲹和布氏鲳鲹的分子标记引物及其应用
CN109943645A (zh) * 2019-04-26 2019-06-28 南京易基诺环保科技有限公司 一种淡水鱼类线粒体12s通用宏条形码扩增引物及其应用方法
CN109943645B (zh) * 2019-04-26 2023-04-14 南京易基诺环保科技有限公司 一种淡水鱼类线粒体12s通用宏条形码扩增引物及其应用方法
CN110283885A (zh) * 2019-07-10 2019-09-27 福建省水产研究所(福建水产病害防治中心) 小丑鱼线粒体16S rRNA基因全序列扩增引物及其扩增方法
CN110592202A (zh) * 2019-09-25 2019-12-20 浙江海洋大学 基于线粒体标记的黄鲫群体遗传多样性的评价方法
CN110878364A (zh) * 2019-12-20 2020-03-13 海南热带海洋学院 一种鉴别中颌棱鳀与赤鼻棱鳀的dna条形码及其鉴别方法和应用
CN111926087A (zh) * 2020-08-28 2020-11-13 海南热带海洋学院 一种鉴别扁颌针鱼未定种sp与横带扁颌针鱼的DNA条形码及其鉴别方法和应用
CN111961733A (zh) * 2020-08-28 2020-11-20 海南热带海洋学院 一种鉴别中华栉孔虾虎鱼与孔虾虎鱼的dna条形码及其鉴别方法和应用

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