CN107868833A - 一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法 - Google Patents

一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法 Download PDF

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李渊
张静
宋普庆
林龙山
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Jimei University
Third Institute of Oceanography SOA
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Abstract

本发明涉及一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物，该标记引物序列为：MiFish‑U‑F：5’‑GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC‑3′；MiFish‑U‑R：5’‑CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG‑3′。本发明有助于解决鲯鳅属鱼类种质混杂问题，本发明方法操作简单，易于掌握，准确性高。

Description

一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法
技术领域
本发明涉及分子生物学领域，尤其涉及一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法。
背景技术
棘鲯鳅隶属于辐鳍鱼纲、鲈形目、鲯鳅科、鲯鳅属，棘鲯鳅国内罕见，偶尔出现在台湾地区西南海域。其外部形态特征与鲯鳅极其相似，主要特征为：体极延长而侧扁，头部高大，向后逐渐变细，最高处在头部；额部具1骨质隆起，吻长而钝，眼中大，口大，微斜，下颌略突出上颌，上下颌、腭骨及舌面均具齿，上下颌牙多行，外形齿排列稀疏；体被不易脱落小圆鳞，头部除颊部外均裸露无鳞；侧线完全，在胸鳍上方呈不规则波浪形弯曲，向后平直，伸达尾鳍基。背鳍单一，基底颇长，自眼上缘起止于尾鳍基，具48～59鳍条，臀鳍较短，凸面，起点在背鳍中部鳍条下方，胸鳍小，镰刀形，不超过头长的一半，腹鳍颇长，部分可纳入腹沟内，尾鳍深叉形。体绿褐色，腹面颜色浅，体侧散布若干黑色斑点，背鳍与臀鳍黑色，其余各鳍黄褐色。棘鲯鳅与鲯鳅一样，皆为重要的经济鱼类，骨肉桃红色，极似三文鱼，口味鲜美，具有很高的食用价值。
由于棘鲯鳅和鲯鳅的外部形态非常相似，仅凭借其形态特征很难将两者区分。目前，用于鉴定棘鲯鳅的方法尚无正式报道。因此寻找区分棘鲯鳅和鲯鳅的可靠标准，从混杂的种质中鉴别、分离种质成为一个亟待解决的问题。这将有助于解决种质混杂等问题，为种质保护、合理利用以及种质的生物多样性研究提供技术支撑。
发明内容
本发明要解决的技术问题在于提供一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法，有助于解决鲯鳅属鱼类种质混杂问题，本发明方法操作简单，易于掌握，准确性高。
为解决上述技术问题，本发明提出的技术方案为：
一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物，该标记引物序列为：
MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；
MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。
作为一个总的技术构思，本发明还提供一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记方法，包括以下步骤：
(1)西太平洋和南海游泳动物调查采集的棘鲯鳅和鲯鳅，组成棘鲯鳅样本群和鲯鳅样本群，提取2个样本群体的总基因组DNA；
(2)以所提取的总基因组DNA为模板进行PCR扩增反应；
(3)对成功扩增的PCR产物进行纯化、测序，比对测序结果。
优选地，所述步骤(2)中的PCR扩增反应操作方法是将17.5ul的超纯水，2.5ul的10×buffer，2ul的dNTPs，0.15ul的rTaq酶，1ul的总基因组DNA模板，1ul的Primer依次加入到0.2ml的离心管中。
优选地，所述步骤(2)中的PCR扩增程序为：94℃预变性2min，(94℃变性15sec，50℃退火15sec，72℃延伸15sec)×30个循环，72℃延伸3min，4℃保存。
本发明的有益效果是：
由棘鲯鳅和鲯鳅线粒体DNA 12S基因168bp序列比对结果，可以看出棘鲯鳅和鲯鳅序列间存在7个碱基变异位点，分别为2个转换，5个颠换，无插入/缺失。5尾棘鲯鳅个体的扩增结果一致，5尾鲯鳅个体的扩增结果亦一致，均表现出高度的一致性。由此可以看出该方法的结果稳定，可重复性强。因此基于12S基因的碱基差异可以作为棘鲯鳅和鲯鳅的种质区分的分子标记。同时，鉴别方法简单，易操作。
具体实施方式
下面通过实例来对本发明的技术方案作进一步解释，但本发明的保护范围不受实例任何形式上的限制。
一种鉴别南海棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物及方法，包括以下步骤：
(1)选用西太平洋和南海游泳动物调查采集的棘鲯鳅和鲯鳅，组成棘鲯鳅样本群和鲯鳅样本群，提取2个样本群体的总基因组DNA；
(2)以所提取的总基因组DNA为模板进行PCR扩增反应；
(3)对成功扩增的PCR产物进行纯化、测序，比对测序结果。
得到的分子标记引物序列为MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。
分别取1ul的2个样本群体的总基因组DNA，并分别进行PCR扩增反应，PCR扩增反应在0.2ml的离心管中进行，操作方法具体为：在0.2ml的离心管中分别依次加入17.5ul的超纯水，2.5ul的10×buffer，2ul的dNTPs，0.15ul的rTaq酶，1ul的总基因组DNA模板，1ul的Primer。
PCR扩增程序为94℃预变性2min，(94℃变性15sec，50℃退火15sec，72℃延伸15sec)×30个循环，72℃延伸3min，4℃保存。
棘鲯鳅样本群和鲯鳅样本群的线粒体DNA 12S基因168bp序列的比对结果为：
其中Ce代表棘鲯鳅样品；Ch代表鲯鳅样品；“*”表示相同的碱基序列位点；“Ruler：·”表示碱基序列位点的序号。
由棘鲯鳅和鲯鳅的线粒体DNA 12S基因168bp序列排序结果，可以看出棘鲯鳅和鲯鳅序列间存在7个碱基变异位点，分别为2个转换，5个颠换，无插入/缺失。
测序结果表明，5尾棘鲯鳅个体扩增结果一致，5尾鲯鳅个体扩增结果亦一致，均表现出高度的一致性，结果稳定且可重复性。
由棘鲯鳅和鲯鳅线粒体DNA 12S基因168bp序列比对结果，可以看出棘鲯鳅和鲯鳅序列间存在7个碱基变异位点，分别为2个转换，5个颠换，无插入/缺失。5尾棘鲯鳅个体的扩增结果一致，5尾鲯鳅个体的扩增结果亦一致，均表现出高度的一致性。由此可以看出该方法的结果稳定，可重复性强，保证了极高的准确性，因此基于12S基因的碱基差异可以作为棘鲯鳅和鲯鳅的种质区分的分子标记。同时，鉴别方法简单，易操作。
本具体实施例仅仅是对本发明的解释，其并不是对本发明的限制，本领域技术人员在阅读完本说明书后可以根据需要对本实施例做出没有创造性贡献的修改，但只要在本发明的权利要求范围内都受到专利法的保护。

Claims (4)

1.一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记引物，该标记引物序列为：
MiFish-U-F：5’-GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC-3′；
MiFish-U-R：5’-CATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTG-3′。
2.一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记方法，其包括以下步骤：
(1)西太平洋和南海游泳动物调查采集的棘鲯鳅和鲯鳅，组成棘鲯鳅样本群和鲯鳅样本群，提取2个样本群体的总基因组DNA；
(2)以所提取的总基因组DNA为模板进行PCR扩增反应；
(3)对成功扩增的PCR产物进行纯化、测序，比对测序结果。
3.根据权利要求2所述的一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记方法，其特征在于：所述步骤(2)中的PCR扩增反应的操作方法是将17.5ul的超纯水，2.5ul的10×buffer，2ul的dNTPs，0.15ul的rTaq酶，1ul的总基因组DNA模板，1ul的Primer依次加入到0.2ml的离心管中。
4.根据权利要求2所述的一种鉴别棘鲯鳅和鲯鳅的分子标记方法，其特征在于：所述步骤(2)中的PCR扩增程序为：94℃预变性2min，(94℃变性15sec，50℃退火15sec，72℃延伸15sec)×30个循环，72℃延伸3min，4℃保存。
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Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
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CN102912012A (zh) * 2012-08-30 2013-02-06 浙江海洋学院 海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102912012A (zh) * 2012-08-30 2013-02-06 浙江海洋学院 海洋鱼类线粒体12S rRNA基因扩增引物及其设计和扩增方法

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MIYA,M等: "Coryphaena hippurus mitochondrial gene for 12S rRNA, partial sequence", 《NCBI》 *
廖梦香等: "核糖体DNA在厦门白姑鱼和大黄鱼染色体上的比较定位", 《水产学报》 *

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