CN101657217A - 确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法 - Google Patents
确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN101657217A CN101657217A CN200880006664A CN200880006664A CN101657217A CN 101657217 A CN101657217 A CN 101657217A CN 200880006664 A CN200880006664 A CN 200880006664A CN 200880006664 A CN200880006664 A CN 200880006664A CN 101657217 A CN101657217 A CN 101657217A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- expression
- biological marker
- kinds
- gene
- cancer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0693—Tumour cells; Cancer cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57419—Specifically defined cancers of colon
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
- G01N33/57492—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds localized on the membrane of tumor or cancer cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2503/00—Use of cells in diagnostics
- C12N2503/02—Drug screening
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
- C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
- C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2545/00—Reactions characterised by their quantitative nature
- C12Q2545/10—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis
- C12Q2545/114—Reactions characterised by their quantitative nature the purpose being quantitative analysis involving a quantitation step
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
本文描述的是确定特定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂是否有抗性或者敏感的方法和组合物。所述方法包括分析与对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的反应相关的至少四种生物标志基因的表达水平。本文还描述了增加在患者中进行有效治疗性治疗的可能性的方法和组合物,包括分析与对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的反应相关的至少四种生物标志基因的表达水平。本文还描述了来自对组蛋白脱乙酰酶抑制剂敏感或者有抗性的癌症的分离的核酸群体。还描述了与前述方法和组合物一起使用的试剂盒和指示。
Description
相关申请
【0001】本申请要求2007年1月30日提交、标题为“确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法”的美国临时专利申请第60/887,318号,和2007年4月13日提交、标题为“确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法”的美国临时专利申请第60/911,855号的权益,这两个申请的内容都在此引入其全部作为参考。
发明背景
【0002】在不同患者中,相同类型的癌症(如结肠癌)对给定抗癌化合物的高度异质性反应是最使人烦恼和可悲的现代医学问题之一。广泛地认为,人类遗传和外遗传多样性引起对化学治疗反应的多种变化。因此,一直在进行努力以便在人类群体中识别癌症对特定治疗剂的抗性和敏感性的分子遗传相关物(也就是分子标签)。期望这种努力会最终使医生能够预先确定患者的癌症可以用特定的抗癌化合物有效治疗的可能性。
发明概述
【0003】在本文中描述了将患者中的癌症分类为对组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HDACi)化合物具有抗性或敏感性的方法和组合物,所述分类如下实施:(i)将至少四种生物标志基因的表达水平与在已知对HDACi化合物有抗性的癌细胞中被确定的第一组生物标志基因表达水平值相比较,或者将所述表达水平与在已知对HDACi化合物敏感的癌细胞中被确定的第二组生物标志基因表达水平值相比较,和(ii)如果所述生物标志基因表达水平明显低于所述第一组表达水平值,则表明癌症对HDACi化合物是敏感的,或者如果所述生物标志基因表达水平高于所述第二组表达水平值,则表明癌症对HDACi化合物具有抗性。所涉及的生物标志基因包括PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
【0004】因此,一方面,本文提供了对患者中的癌症进行分类的方法,包括将所述癌症中的至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或者第二组表达水平阈值相比较;以及如果所述生物标志基因的表达水平低于第一组表达水平阈值,则表明癌症对HDAC抑制剂是敏感的,或者如果所述表达水平高于第二组表达水平阈值,则表明癌症对HDAC抑制剂具有抗性,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。在一些实施方式中,所述至少四种标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、RAB25、TM4SF4或IL18中的至少一种。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,所述表达水平中的一种或者更多种是mRNA表达水平。在一些实施方式中,所述表达水平中的一种或者更多种是多肽表达水平。在一些实施方式中,患者的癌症是结肠癌。在一些实施方式中,对癌症分类的方法还包括在所述比较步骤之前,确定在癌症中所述至少四种生物标志基因的表达水平。在一些实施方式中,所涉及的HDAC抑制剂是PCI-24781。在一些实施方式中,将所述至少四种生物标志基因的表达水平与所述第一组和所述第二组生物标志基因表达水平阈值水平相比较。
【0005】另一方面,本文提供了对患者中的癌症进行分类的方法,包括:确定癌症中至少四种生物标志基因的表达水平;将所述癌症中的至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或者第二组表达水平阈值相比较;和如果所述生物标志基因的表达水平低于第一组表达水平阈值,则表明癌症对HDAC抑制剂是敏感的,或者如果所述表达水平高于第二组表达水平阈值,则表明癌症对HDAC抑制剂具有抗性,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
【0006】在一些实施方式中,所述至少四种标志基因中的至少一种选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO 1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、RAB25、TM4SF4或IL18中的至少一种。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,其中所涉及生物标志基因的表达水平中的一种或更多种是mRNA表达水平。在一些实施方式中,所述表达水平中的一种或更多种是多肽表达水平。在一些实施方式中,患者的癌症是结肠癌。在一些实施方式中,所述HDAC抑制剂是PCI-24781。在一些实施方式中,所述方法还包括根据生物标志基因表达水平的比较,为患者开出HDAC抑制剂的处方或给予HDAC抑制剂。在一些实施方式中,将所述至少四种生物标志基因的表达水平与所述第一组和所述第二组生物标志基因表达水平阈值水平相比较。
【0007】另一方面,本文提供了包括来自癌细胞的多数核酸的分离的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物敏感的癌细胞类型。在一些实施方式中,所述分离群体包含RNAs。在一些实施方式中,所述分离群体包含cDNAs。在一些实施方式中,所涉及的HDAC抑制剂是PCI-24781。在一些实施方式中,所涉及的癌细胞从体外生长的细胞群中分离。在一些实施方式中,所述癌细胞是结肠癌细胞。在一些实施方式中,所述结肠癌细胞来自结肠癌R1059261097、R4498160614、R5456781761、R7424107588或R0948311023。在一些实施方式中,DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在分离的核酸群体中被表现。
【0008】在一个相关方面,本文提供了包括来自癌细胞的多数核酸的分离的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物有抗性的癌细胞类型。在一些实施方式中,所述分离群体含有RNAs。在一些实施方式中,所述分离群体含有cDNAs。在一些实施方式中,所涉及的HDAC抑制剂是PCI-24781。在一些实施方式中,所涉及的癌细胞从体外生长的细胞群中分离。在一些实施方式中,所述癌细胞是结肠癌细胞。在一些实施方式中,所述结肠癌细胞来自结肠癌R1059261097、R4498160614、R5456781761、R7424107588或R0948311023。在一些实施方式中,DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在分离的核酸群体中被表现。
【0009】在一些实施方式中,本文提供了试剂盒,其包括:上述分离的核酸群体;以及表明所述群体中生物标志基因核酸水平与所述群体中内表达对照基因核酸水平的比值的插入物。
【0010】在一些实施方式中,本文提供了试剂盒,其包括:上述分离的核酸群体;以及表明所述群体中生物标志基因核酸水平与来自癌细胞的核酸群体中所述生物标志基因的核酸水平的比值的插入物,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物敏感的癌细胞类型。
【0011】在另一方面,本文提供用于生成核酸的表达水平参考群体以进行表达型分析的方法,其包括从癌细胞获得分离的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物敏感的癌细胞类型。在一些实施方式中,所述分离群体包含RNAs。在一些实施方式中,所述分离群体包含cDNAs。在一些实施方式中,刚刚提及的HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。在一些实施方式中,所述癌细胞在活组织检查样品中存在。在一些实施方式中,所述癌细胞在体外生长的细胞群中存在。在一些实施方式中,所述癌细胞是结肠癌细胞。在一些实施方式中,所述癌细胞来自结肠癌R1059261097、R4498160614、R5456781761、R7424107588或R0948311023。在一些实施方式中,DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在上述分离的核酸群体中被表现。在一些实施方式中,所述方法还包括在所述分离步骤之前确定所述癌细胞类型对HDAC抑制剂化合物敏感。在一些实施方式中,在体外确定所述癌细胞类型对HDAC抑制剂化合物敏感。在一些实施方式中,所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
【0012】在一个相关方面,本文提供用于生成表达水平参考样品以进行表达型分析的方法,其包括从癌细胞获得分离的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物有抗性的癌细胞类型。在一些实施方式中,所述分离群体含有RNAs。在一些实施方式中,所述分离群体含有cDNAs。在一些实施方式中,刚刚提及的HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。在一些实施方式中,所述癌细胞在活组织检查样品中存在。在一些实施方式中,所述癌细胞在体外生长的细胞群中存在。在一些实施方式中,所述癌细胞是结肠癌细胞。在一些实施方式中,所述癌细胞来自结肠癌R1059261097、R4498160614、R5456781761、R7424107588或R0948311023。在一些实施方式中,DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在上述分离的核酸群体中被表现。在一些实施方式中,所述方法还包括在所述分离步骤之前确定所述癌细胞类型对HDAC抑制剂化合物有抗性。在一些实施方式中,在体外确定所述癌细胞类型对HDAC抑制剂化合物有抗性。在一些实施方式中,所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
【0013】在另一方面,本文提供了在体外对HDAC抑制剂化合物有抗性的人癌细胞系。在一些实施方式中,所述人细胞系表达DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,所述人癌细胞系对其具有抗性的HDAC抑制剂化合物是PCI 24781。在一些实施方式中,所述PCI 24781-抗性人癌细胞系对至少大约1μM的PCI 24781浓度有抗性。在一些实施方式中,所述人癌细胞系是结肠癌细胞系。在一些实施方式中,所述结肠癌细胞系是R5247682266、R9866135153、R1078103114或R4712781606。
【0014】在另一方面,本文提供了增加用HDAC抑制剂进行治疗有效的癌症治疗的可能性的方法,包括:如果来自患者癌症的样品中的至少四种生物标志基因的表达水平低于所述四种生物标志基因的表达水平阈值,则提供所述患者中的癌症对HDAC抑制剂治疗敏感的指示;或者如果所述生物标志基因的表达水平高于所述表达水平阈值,则提供所述癌症对HDAC抑制剂治疗有抗性的指示,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2,由此用HDAC抑制剂进行治疗有效的癌症治疗的可能性增加。在一些实施方式中,所述指示以数字媒体提供。在一些实施方式中,所述指示以硬拷贝媒体提供。在一些实施方式中,所述指示是生物医学公开参考资料(publication reference)。在一些实施方式中,所述指示是指至少两种生物标志基因的表达水平。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、RAB25、TM4SF4或IL18。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,所述癌症是结肠癌。在一些实施方式中,所述HDAC抑制剂是PCI-24781。
【0015】在又一方面,本文提供了与HDAC抑制剂化合物联合治疗癌症的抗癌剂的优化选择方法,其如下实施:(i)比较其表达与癌症对抗癌剂的抗性或者敏感性相关的第一组生物标志基因和其表达与对HDAC抑制剂化合物的抗性相关的第二组生物标志基因;和(ii)如果所述第一组中的生物标志基因不同于所述第二组中的生物标志基因,则选择所述抗癌剂,以便与HDAC抑制剂联合治疗癌症,其中所述第二组中的生物标志基因是DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。在一些实施方式中,所述方法还包括比较用HDAC抑制剂连同第二抗癌剂治疗的多数癌细胞中所述第二组生物标志基因的表达水平。
【0016】在另一方面,本文提供了用HDAC抑制剂化合物进行治疗有效的癌症治疗的可能性的指示,包括传送至少四种生物标志基因表达水平的解释的工具,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP。在一些实施方式中,所述指示还包括所述至少四种生物标志基因的表达水平。在一些实施方式中,所述传送工具是纸文档或者电子文档。在一些实施方式中,所述解释包括生物医学公开参考资料。在一些实施方式中,所述解释包括图表。在一些实施方式中,所述解释包括:表明患者中的癌症对HDAC抑制剂治疗敏感的信息——如果来自患者癌症的样品中生物标志基因的表达水平低于所述四种生物标志基因的表达水平阈值;或表明所述癌症对HDAC抑制剂治疗有抗性的信息——如果所述生物标志基因的表达水平高于所述表达水平阈值。
【0017】在另一方面,本文提供了确定用HDAC抑制剂化合物有效治疗患者中的癌症的可能性的方法,包括:(i)确定在所述癌症中至少四种生物标志基因的表达水平,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP;和(ii)将所述癌症中该至少四种生物标志基因的表达水平与来自之前被确定对HDAC抑制剂化合物有抗性的癌细胞的表达水平参考样品中所述至少四种生物标志基因的表达水平相比较,其中如果来自所述患者的癌中所述至少四种生物标志的表达水平低于所述表达水平参考样品中所述生物标志基因的表达水平,则有效治疗癌症的可能性较高。在一些实施方式中,所述方法还包括选择除HDAC抑制剂化合物之外的抗癌剂来治疗癌症。
【0018】在另一方面,本文提供了对患者中的癌症进行分类的方法,其包括比较癌症中至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或第二组表达水平值,并且对每种比较,为所述生物标志基因表达水平指定所述患者中的癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂化合物有抗性的概率,其中:(i)所述第一组表达水平值在确定对所述组蛋白脱乙酰酶抑制剂化合物有抗性的癌细胞中测量;(ii)所述第二组表达水平值在确定对所述组蛋白脱乙酰酶抑制剂化合物敏感的癌细胞中测量;(iii)所述指定概率与所述生物标志基因表达水平与所述第一组表达水平值的负偏差成反比,并与所述生物标志基因表达水平与所述第二组表达水平值的正偏差成正比;和(iv)所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
【0019】在另一方面,本文提供了对细胞群进行分类的方法,其包括:比较所述细胞群中至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或第二组表达水平阈值;以及如果所述生物标志基因的表达水平低于第一组表达水平阈值,则表明所述细胞群对HDAC抑制剂敏感,或如果所述表达水平高于第二组表达水平阈值,则表明所述细胞群对HDAC抑制剂有抗性,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTKK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
【0020】在另一方面,本文提供了确定体内HDAC抑制的方法,其包括在受试者被给予HDAC抑制剂化合物后,在从受试者获得的生物样品中确定HDAC抑制剂-反应性生物标志基因的表达水平,其中所述HDAC抑制剂-反应性生物标志基因是表5中列出的任何基因。
【0021】在另一方面,本文提供了确定对HDAC抑制剂最具反应性的组织和源自其的肿瘤的方法,其包括:(i)在第一时间点提供所述组织类型(包括血液)的第一组织和在第一时间点通过任何可用路径给予HDAC抑制剂化合物到所述第一组织,(ii)在第二时间点提供所述组织类型(包括血液)的第二组织和在第二时间点通过任何可用路径给予HDAC抑制剂化合物到所述第二组织,和(iii)确定表5中所列任意基因在所述第一和第二组织中的表达模式/表达图谱(expression profiles)。
【0022】在另一方面,本文提供了对一种或更多种细胞进行分类的方法,其包括确定在所述一种或更多种细胞中仅仅(no more than)4种到50种生物标志基因的表达水平,其中所述生物标志基因中的至少4种选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。在一些实施方式中,所述方法还包括:比较所述4到50种的生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或第二组表达水平阈值;并且如果所述生物标志基因的表达水平低于第一组表达水平阈值,则表明癌症对HDAC抑制剂敏感,或如果所述表达水平高于第二组表达水平阈值,则表明癌症对HDAC抑制剂有抗性。在一些实施方式中,所述一种或更多种细胞是癌细胞。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP。在一些实施方式中,所述方法还包括确定仅仅4种到20种生物标志基因的表达水平。在一些实施方式中,所述方法包括确定仅仅4种生物标志基因的表达水平。在一些实施方式中,所述4种生物标志基因由DEFA6、RAB25、TM4SF4和IL18组成。
【0023】在又一方面,本文提供了核酸杂交阵列,其包括在高严格杂交条件下与仅仅4种到50种生物标志基因杂交的核酸探针,其中所述生物标志基因中的至少4种选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。在一些实施方式中,所述核酸杂交阵列包括至少四种生物标志基因,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因由DEFA6、RAB25、TM4SF4和IL18组成。
【0024】应当理解的是,本文描述的方法和组合物不限于本文描述的具体方法、方案、细胞系、成分和试剂,并且因此可以改变。也应当理解的是,本文使用的术语仅仅是为了描述特定实施方式的目的,而不是意欲限制本文描述的方法和组合物的范围,所述范围仅被所附权利要求所限制。
【0025】如在本文和所附权利要求中使用,单数形式“一(a)”、“一(an)”和“该(the)”包括复数指代物,除非上下文清楚地另外表明。
【0026】术语“生物标志基因(biomarker gene)”指的是基因,其表达或者活性产生至少一种表达产物,所述表达产物的水平与感兴趣的表型状态(如药物抗性、病理学)是数量上相关的。
【0027】术语“可检测标记(detectable label)”指的是使用分析技术能够观察的标记,所述技术包括但不限于荧光、化学发光、电子自旋共振、紫外/可见吸收光谱、质谱、核磁共振、磁共振和电化学方法。
【0028】可交换使用的术语“差别表达的基因”、″差别基因表达(differential gene expression)″和它们的同义词指的是,相对于在二细胞群中的基因表达,在第一细胞群中相同基因的表达被上调或者下调。这样的差异通过如mRNA水平、表面表达、多肽的分泌或者其它划分(partitioning)的变化而证明。在一些实施方式中,差别基因表达包括两个或者更多个基因或者它们的基因产物之间的表达比较,或两个或者更多个基因或者它们的基因产物之间的表达比的比较,或者甚至相同基因的两种差别加工产物的比较,所述产物在两个细胞群之间是不同的。差别表达包括基因或其表达产物在时间表达模式或者细胞表达模式方面的定量或定性差异,例如,在正常和患病细胞之间,或者在经历了不同疾病事件或者疾病阶段的细胞之间,或者在对某些治疗药明显敏感或者有抗性的细胞之间。
【0029】术语“荧光团”指的是在激发时发射光子和因而产生荧光的分子。
【0030】短语″基因扩增″指的是方法,通过所述方法,在特定细胞或者细胞系中形成多拷贝的基因或者基因片段。复制区域(扩增DNA的序列)通常称为“扩增子”。通常,产生的信使RNA(mRNA)的量,也就是基因表达水平,也与特定基因形成的拷贝数量成比例地增加。
【0031】除非另有说明,术语“基因表达型分析(gene expressionprofiling)”以最广泛的含义使用,并且包括基因的mRNA或者源于其的核酸、和/或蛋白水平或源于其的肽、和/或生物样品中的蛋白功能的定量方法。
【0032】术语“高严格杂交”指的是如下杂交条件:68℃下温育1小时,随后在2X SSC和0.1%SDS中室温清洗3次,每次20分钟,并在0.1XSSC和0.1%SDS中50℃清洗2次;或任何本领域中公认的等价杂交条件。
【0033】术语“内表达对照基因(internal expression control gene)”指的是这样的基因:在一种或者更多种表型不同的细胞中或经受了不同实验处理的细胞中,已知或预期其表达水平是非常相似的。例如,在对HDACi化合物处理有抗性或敏感的结肠癌细胞中,基因HDAC3的表达表现得非常相似。
【0034】术语″分离的″指的是从不感兴趣的成分中分开和除去感兴趣的成分。分离的物质任选地处于干燥状态或者半干燥状态,或溶液形式,包括但不限于水溶液。分离的成分任选地处于均质状态,或者分离的成分任选地是包括另外的药学可接受的载体和/或赋形剂的药物组合物的一部分。例如,用分析化学技术来确定纯度和均匀性,所述分析化学技术包括但不限于聚丙烯酰胺凝胶电泳或高效液相色谱法。另外,当感兴趣的成分被分离并且是配制物中存在的主要种类时,该成分在本文中被描述为基本纯的。本文中使用的术语“纯的”指的是感兴趣的成分至少是85%纯、至少90%纯、至少95%纯、至少99%纯或者更纯。仅通过例子的方式,当核酸或者蛋白不含有在天然状态下与其相关的至少一些细胞成分、或者核酸或蛋白已被浓缩到大于它在体内或者在体外产生的浓度时,这种核酸或者蛋白是“分离的”。
【0035】术语“标记(lable)”指的是掺入化合物中并容易被检测的物质,借此其物理分布被检测和/或监测。
【0036】术语“微阵列(microarray)”指的是可杂交阵列成分在基底上的有序布置,所述成分优选地是多核苷酸探针。
【0037】术语“核酸”或“核酸探针”在单个或复数使用时,一般是指任何多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸,其包括未修饰的RNA或DNA,或修饰的RNA或DNA。因此,例如,如本文所定义的核酸没有限制地包括:单链和双链DNA,包括单链和双链区域的DNA,单链和双链RNA,以及包括单链和双链区域的RNA,包括DNA和RNA的杂交分子——所述DNA和RNA任选地是单链、或更典型地是双链、或包括单链和双链区域。另外,如本文使用的术语“核酸”指的是包含RNA或者DNA或者RNA和DNA两者的三链区域。这些区域中的链任选地来自相同的分子或者来自不同的分子。所述区域任选地包括所有的一种或者更多种分子,但是更典型地只涉及一些分子的区域。三螺旋区域分子之一通常是寡核苷酸。术语“核酸”具体地包括cDNAs。所述术语包括含有一种或者更多种修饰碱基的DNAs(包括cDNAs)和RNAs。因此,具有出于稳定性或者其它原因而被修饰的骨架的DNAs或RNAs是如本文中所指的“核酸”。包含稀有碱基例如次黄苷或者修饰碱基如氚标记碱基的DNAs或者RNAs包括在本文所定义的术语“核酸”之内。一般而言,术语“核酸”包括未修饰多核苷酸的所有化学、酶学和/或者代谢修饰形式,以及表征病毒和细胞的DNA和RNA的化学形式,所述细胞包括简单细胞和复杂细胞。
【0038】术语″寡核苷酸″指的是相对短的多核苷酸,其没有限制地包括;单链脱氧核糖核苷酸、单链或者双链核糖核苷酸、RNA:DNA杂交体和双链DNAs。寡核苷酸如单链DNA探针寡核苷酸通常通过化学方法合成,例如使用商业上可得到的自动寡核苷酸合成仪。然而,寡核苷酸任选地通过各种其它方法制备,包括体外重组DNA介导技术,和通过在细胞和生物体中的DNAs表达制备。
【0039】在本文中使用的术语“预测”、“预言”、“预示”或者“预后”指的是患者会对一种药物(如抗癌化合物)或者一组药物有利地或者不利地反应的可能性,也指这些反应的程度。在预测遭受癌症的患者是否可能对单独的HDAC抑制剂化合物治疗方案或者与另一治疗剂(如第二种抗癌化合物)联合有利地反应中,本文描述的预测方法是有价值的手段。
【0040】术语“受试者(subject)”或者“患者”指的是作为治疗、观察或实验的对象的动物。仅通过举例的方式,受试者包括但不限于哺乳动物,包括但不限于人。
【0041】术语“基本纯的”指的是感兴趣的成分基本上或者实质上不含在纯化之前通常伴随感兴趣的成分或与感兴趣的成分相互作用的其它成分。仅通过举例的方式,当感兴趣的成分的制备物包含小于大约30%、小于大约25%、小于大约20%、小于大约15%、小于大约10%、小于大约5%、小于大约4%、小于大约3%、小于大约2%或小于大约1%(干重)的污染成分时,所述感兴趣的成分是“基本纯的”。因此,“基本纯的”感兴趣成分任选地具有大约70%、大约75%、大约80%、大约85%、大约90%、大约95%、大约96%、大约97%、大约98%、大约99%或更高的纯度水平。
【0042】术语“治疗有效量”是指给予已遭受疾病、病或者病症的患者的量,其足以治愈或者至少部分地阻止或者一定程度地减轻被治疗的疾病、病或者病症的一种或者更多种症状。这种组合物的有效性取决于下列情况,包括但不限于:疾病、病或者病症的严重性和进程,先前的治疗,病人的健康状况和对药物的反应,以及治疗医生的判断。仅通过举例的方式,通过包括但不限于剂量递增临床试验的方法来确定治疗有效量。
【0043】术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”或“治疗/处理(treatment)”包括缓解、减轻或者改善疾病或者病的症状,预防另外的症状,改善或者预防症状的潜在代谢原因,抑制疾病或者病,如阻止疾病或者病的发展,缓解疾病或者病,引起疾病或者病的退化,减轻疾病或者病引起的病症,或者终止疾病或者病的症状。术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”或“治疗/处理(treatment)”包括但不限于预防和/或治疗性处理。
【0044】术语″肿瘤″或“症”指的是所有瘤细胞生长和增殖,不论是恶性或是良性,和所有的癌前细胞和组织以及癌性细胞和组织。
【0045】除非另有说明,应用细胞培养、蛋白质化学、生物化学、包括基因扩增和杂交技术的重组DNA技术、质谱和药物学的常规方法。
附图简述
【0046】图1是根据基因表达型分析识别癌细胞中HDACi化合物抗性的生物标志基因的方法以及识别的生物标志基因的表达型分析的临床应用的说明性示意流程图。
【0047】图2是显示一系列结肠癌细胞系的体外细胞增殖抑制对HDACi化合物PCI-24781浓度的说明性曲线图。
【0048】图3是说明用于分析微阵列数据的统计学方法的说明性流程图,所述方法用于识别在对HDACi化合物有抗性的癌细胞与对该化合物敏感的癌细胞的群体中的差别表达基因。
【0049】图4是说明在HDACi化合物处理和未处理的癌细胞以及敏感和抗性癌细胞中、基因表达微阵列数据的主成分分析的说明性散点图。
【0050】图5是比较微阵列方法与TaqMan定量RT-PCR方法的结果的说明性柱状图,所述方法用于确定PCI-24781-抗性与PCI-24781结肠癌细胞中一系列识别的HDACi化合物抗性生物标志基因的mRNA表达水平的比值。
【0051】图6是说明性柱状图,其比较了对HDAC抑制剂化合物(PCI-24781)有抗性的癌细胞中四种HDACi化合物抗性生物标志基因的相对表达水平与对该化合物敏感的癌细胞中该生物标志基因的表达情况。
【0052】图7(A)是说明性柱状图,其显示在来自HDAC抑制剂化合物PCI-24781处理的小鼠的外周血单核细胞中微管蛋白乙酰化作用的时间进程;图7(B)是其mRNA水平与微管蛋白乙酰化作用的变化相关的基因的表达模式的时间进程。
【0053】图8是说明性的两个线图组,其说明通过微阵列分析、定量RT-PCR和免疫印迹测定的两种HDAC抑制剂-反应性生物标志基因的表达模式。
【0054】图9是说明性柱状图,其显示在HDAC抑制剂处理后3和8小时、5种HDAC抑制剂-反应性生物标志基因在各种组织中的体内平均mRNA水平。
【0055】图10是说明性的一系列剂量反应曲线,其说明HDAC抑制剂PCI-24781对源于所示肿瘤的肿瘤的作用。
【0056】图11(A)是一系列线图,其说明HDAC抑制剂PCI-24781对源于新诊断的、初次接受治疗的(naive)结肠癌患者的原发性结肠肿瘤细胞的体外生长抑制量;图11(B)是一系列线图,其说明HDAC抑制剂PCI-24781对源于患有晚期、转移性结肠肿瘤的结肠癌细胞的体外生长抑制量;图11(C)是柱状图,其说明在对HDAC抑制剂的体外肿瘤细胞抗性和HDAC抗性生物标志基因DEFA6的mRNA表达水平之间的相关性。
发明详述
【0057】本文描述的方法包括将患者中的癌症分类为对组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HDACi)化合物有抗性或敏感,其通过如本文所述比较所述癌症中表达的至少四种生物标志基因的表达水平与生物标志基因表达水平阈值而实施。在至少四种生物标志基因的表达水平高于表达水平阈值的情况下,表明所述癌症对HDACi化合物有抗性。相反地,如果所述至少四种生物标志基因的表达水平低于表达水平阈值,则表明所述癌对HDACi化合物是敏感的。
【0058】在本文中也描述了源于癌细胞的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDACi化合物有抗性的癌细胞类型。本文进一步描述了源于癌细胞的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDACi化合物敏感的癌细胞类型。本文还描述了产生这些核酸群体的方法。这些核酸群体任选地用作设定如本文所述的生物标志基因表达阀值的表达水平参考标准。本文进一步描述了被确定对HDACi化合物有抗性的细胞系。本文还描述了被确定对HDACi化合物敏感的细胞系。
【0059】本文也描述了增加用HDACi化合物进行治疗有效的癌症治疗的可能性的方法,所述方法如下实施:如果本文描述的至少四种生物标志基因的表达水平低于这些生物标志基因的表达水平阈值,则提供癌症对HDACi化合物治疗敏感的指示;或者如果本文描述的至少四种生物标志基因的表达水平高于这些生物标志基因的表达水平阈值,则提供癌症对HDACi化合物治疗有抗性的指示。
【0060】本文进一步描述了与HDACi化合物联合治疗癌症的抗癌剂的优化选择方法,其如下实施:比较其表达与癌症对抗癌剂的抗性或者敏感性相关的第一组生物标志基因和其表达与对HDACi化合物的抗性相关的第二组生物标志基因;并且然后,仅在所述第一组中的所有生物标志基因都不同于所述第二组中的生物标志基因的情况下,选择所述抗癌剂,以便与HDAC抑制剂联合治疗癌症。
HDACi化合物抗性生物标志基因(HDACiR-BGs)的识别
【0061】本文描述了识别基因的方法,所述基因在癌细胞中的表达水平明显和一致地与细胞对HDACi化合物的抗性相关。这样的基因被称为HDACi化合物抗性生物标志基因(HDACiR-BGs)。在示例性实施方式中,如下识别HDACiR-BGs。
【0062】来自不同患者的原发肿瘤细胞(如结肠癌细胞)对HDAC抑制剂的离体反应通过在各种浓度的HDACi化合物存在的情况下培养所述细胞来确定。
【0063】在确定来自每个患者的癌细胞的HDACi化合物敏感性之后,对HDACi-抗性和敏感性肿瘤确定mRNA表达模式。分离总RNA和制备荧光探针,并依照制造商的说明书与全基因组cDNA微阵列(如含有~55,000个独特探针的Codelink人全基因组寡核苷酸微阵列;GEHealthcare Bio-Sciences Corp.,Piscataway,NJ)杂交。杂交之后,对微阵列进行扫描(如在GenePix 4000B扫描仪中;Molecular DevicesCorporation,Sunnyvale CA)。随后用Codelink软件处理图像和将数据针对中位数标准化(normalized to the median)。
【0064】将中位数标准化的微阵列数据输入到微阵列数据分析程序中进行主成分分析(PCA)和分级聚类分析(hierarchical clustering analysis)(如Agilent的Genespring软件)。在mRNA表达分析中,使用多种分析方法以便提供额外的置信度。对于多假设校正,任选地使用用于假发现率(FDR)的q值方法,如在Storey等(2003),Proc.Nat.Acad.Sci.USA,100:9440-9445中所描述。作为第二种分析方法,任选地使用在Ishwaran等(2003),J.Amer.Stat.Assoc.,98:438-455中描述的Bayesian方差分析(Bayesian ANOVA)方法。
【0065】在Bayesian方差分析方法中,不相关基因对ANOVA模型的贡献选择性减小以便平衡全假检测(total false detections)和全假非检测(total false non-detections)。输出是Zcut分数,其识别对ANOVA模型的贡献比标准Z-分数大的基因。参见前述Ishwaran等和网站bamarray.Com.
【0066】刚描述的方法和其变型任选地用于识别其它特定表型状态的生物标志基因,所述表型状态例如,对除HDACi化合物之外的抗癌剂有抗性。
【0067】通过刚刚描述的方法识别的HDACiR-BGs包括那些在表1中列出的物质。所列出每种基因的mRNA的序列包含在本文的附件中。
个体癌症患者分类为对HDACi化合物有抗性或者敏感
【0068】在一些实施方式中,对从患有癌症(如结肠癌肿瘤)的个体患者得到的生物样品进行基因表达型分析,以便将患者中的癌分类为对HDACi化合物有抗性或者敏感。基因表达型分析包括分析表1中列出的HDACi化合物抗性生物标志基因(HDACiR-BGs)中的至少一个的表达,其如本文所述进行识别。
【0069】在一些实施方式中,HDACiR-BG选自DEFA6、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、EPHA2、TNFRSF2、TM4SF3、IL18、TMPRSS2和CCL15。
【0070】在一些实施方式中,HDACiR-BGs中的至少四种被进行表达型分析。在一些实施方式中,所述四种HDACiR-BGs中的至少之一选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF3、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1。在一些实施方式中,所述至少四种HDACiR-BGs全部选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO 1、TM4SF3、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1。
【0072】在一些实施方式中,HDACiR-BGs中的至少十六种的表达被分析。在一些实施方式中,所述至少十六种HDACiR-BGs包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF3、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的一种或者更多种。在一些实施方式中,所述至少16种HDACiR-BGs包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF3、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1。
【0072】在各种实施方式中,针对对HDACi化合物有抗性或者敏感而被任选分类的癌和肿瘤的类型(来自个体患者)包括但不限于:结肠直肠癌;卵巢癌;胰腺癌;胆道癌;膀胱癌;骨癌;脑和中枢神经系统癌;乳腺癌;宫颈癌;绒毛膜癌;结缔组织癌;消化系统癌;子宫内膜癌;食管癌;眼癌;头颈癌;胃癌;上皮内肿瘤;肾癌;喉癌;白血病;肝癌;肺癌(如小细胞和非小细胞);包括霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤的淋巴瘤;黑色素瘤;骨髓瘤;神经母细胞瘤;口腔癌(如唇、舌、口和咽);前列腺癌;视网膜母细胞瘤;横纹肌肉瘤;直肠癌;肾癌;呼吸系统癌;肉瘤;皮肤癌;胃癌;睾丸癌;甲状腺癌;子宫癌;泌尿系统癌;以及其他癌和肉瘤。
【0073】在各种实施方式中,被任选分类的癌细胞类型包括但不限于:鳞状细胞乳头状瘤、鳞状细胞癌、基底细胞瘤、基底细胞癌、移行细胞乳头状瘤、移行细胞癌、腺上皮腺瘤、黑素细胞血管球瘤、黑素细胞痣、恶性黑色素瘤、纤维瘤、纤维肉瘤、腺癌、胃泌素瘤、恶性胃泌素瘤、嗜酸细胞瘤、胆管细胞腺瘤、胆管细胞癌、肝细胞腺瘤、肝细胞癌、肾小管腺瘤、肾细胞癌(Grawitz瘤)、粘液瘤、粘液肉瘤、脂肪瘤、脂肪肉瘤、平滑肌瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌瘤、横纹肌肉瘤、良性畸胎瘤、恶性畸胎瘤、血管瘤、血管肉瘤、卡波西肉瘤、淋巴管瘤、淋巴管肉瘤、骨瘤、骨肉瘤、骨源性肉瘤、软骨软骨瘤、软骨肉瘤、脑膜脑膜瘤、恶性脑膜瘤、少突星状胶质细胞瘤、室管膜瘤、星形细胞瘤、毛细胞性星形细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤、少突胶质细胞瘤、神经母细胞瘤、神经鞘瘤、视网膜母细胞瘤或神经纤维瘤。其他类型的癌和肿瘤包括在参考来源中所描述的那些,如“InternationalClassification of Diseases for Oncology,”3rd Edition,InternationalAssociation of Cancer Registries.
[0074]生物样品是包括DNA、RNA或蛋白质从中被任选分离的细胞材料的任何生物样品,例如,实体组织样品,如活检样品或从中得到的组织培养物或细胞或它们的子代,血液和生物起源的其它液体样品,如痰(包括唾液,口腔清洗液或支气管刷片)、便、精液、尿液、腹水、脑脊液、膀胱冲洗液或胸水。术语“生物样品”还包括在它们获得之后以任何方式操作的样品,如通过试剂、溶解或某些成分的富集进行处理。该术语包括临床样本,并且还包括细胞培养中的细胞、细胞上清液、细胞裂解液、血清、血浆、生物流体和组织样本,例如新鲜收集的组织、冰冻组织、存档组织或者生物流体。
【0075】在一些实施方式中,生物样品是含有一个或者更多个癌细胞的肿瘤活组织检查样品(如,组织芯活检、针吸活检或切除活组织检查)。在一种实施方式中,生物样品是通过激光捕获切割(laser capturedissection)从肿瘤组织部分获得的癌细胞群体,如在美国专利6,040,139中所描述。优化组织样品制备和处理而进行表达型分析的方法包括如Bova等(2005),Methods Mol.Med.,103:15-66。
[0076]在一些实施方式中,通过确定本文描述的仅仅4种到50种生物标志基因的表达水平,对一种或更多种细胞(如,来自培养癌细胞系)进行分类,例如,5、6、7、8、9、10、12、16、18、20、24、30、32、35、40、44、45、47或从4到50的任何其它数目的生物标志基因。在一些实施方式中,生物标志基因中的4到44种选自表3,例如,5、6、7、8、9、10、12、16、18、20、24、30、32、35、40或从4到44的任何其它数目的生物标志基因选自表3。在一些实施方式中,生物标志基因中的至少4种选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、KAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOX01、IFI27、CYP3A43和PKP2。在一些实施方式中,所述4到50种生物标志包括选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO 1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP的一种或者更多种基因。在一些实施方式中,细胞的分类包括:比较确定的表达水平与第一或第二组生物标志基因的表达水平阈值;以及如果生物标志基因的表达水平比第一组表达水平阈值低,则表明一种或者更多种细胞对HDAC抑制剂敏感,或如果所述表达水平比第二组表达水平阈值高,则表明一种或者多种细胞对HDAC抑制剂有抗性。在一些实施方式中,确定仅4种到20种生物标志基因的表达。在一些实施方式中,确定仅4种生物标志基因的表达水平。在一些实施方式中,被确定表达水平的4种生物标志基因是:DEFA6、RAB25、TM4SF4和IL18。
HDACiR-BG表达型分析方法
【0077】通过确定两个样品之间差别基因表达的任何常规方法任选地产生HDACiR-BG表达图谱,例如,mRNA、标记mRNA、扩增mRNA、cRNA等的定量杂交,定量PCR,蛋白定量的ELISA等。
【0078】在一些实施方式中,HDACiR-BG mRNA水平(包括cDNA拷贝或者aRNA拷贝)被定量。使用任何常规方案从最初的核酸样品任选地产生表达图谱。虽然已知产生表达图谱的各种不同方式,例如在差别基因表达分析领域中所使用的那些方式,但是一类有代表性和方便的产生表达图谱的方案是根据基因表达图谱产生方案的阵列。这种应用是杂交试验,其中使用对于待产生图谱中的每一种待检验/分析的基因显示为“探针”核酸的核酸。在这些试验中,目标核酸样品首先从被检验的最初核酸样品中制备,其中制备任选地包括用标记物如信号产生系统的成员来标记目标核酸。目标核酸样品制备后,样品与阵列在杂交条件下接触,从而与连接到阵列表面的探针序列互补的目标核酸之间形成复合物。随后检测和定量HDACiR-BG杂交复合物。
【0079】产生本文描述方法中使用的HDACiR-BG表达图谱的任选实施的具体杂交技术包括:美国专利5,143,854;5,288,644;5,324,633;5,432,049;5,470,710;5,492,806;5,503,980;5,510,270;5,525,464;5,547,839;5,580,732;5,661,028;5,800,992;以及WO 95/21265;WO96/31622;WO 97/10365;WO 97/27317;EP 373203;和EP 785280中描述的技术。在这些方法中,包括其表达被检验的每种表型决定基因的探针的“探针”核酸阵列与如上述的目标核酸接触。接触在杂交条件下进行,如严格杂交条件,如本领域中实践的那些条件;并且未结合的核酸然后被除去。得到的杂交核酸模式提供了关于每种已用探针探查的HDACiR-BGs的表达的定量信息。
【0080】表达值差别的评估使用任何常规方法学任选地进行,例如,通过比较表达谱的数字图像、通过比较表达数据的数据库等。描述比较表达图谱方式的专利包括但不限于美国专利第6,308,170和6,228,575号,以及美国申请专利申请序列第10/858,867号。
【0081】在一些实施方式中,本文描述的方法在包含核酸探针的核酸杂交阵列上进行,所述核酸探针在高严格杂交条件下与仅四种到五十种生物标志基因的核酸杂交,如5、6、7、8、9、10、12、16、18、20、24、30、32、35、40、44、45、47或从四到五十种中的任何其它数目的生物标志基因。在一些实施方式中,所述生物标志基因中的四到四十种选自表3,例如,5、6、7、8、9、10、12、16、18、20、24、30、32、35、40或从四到四十四种中的任何其它数目的生物标志基因选自表3。在一些实施方式中,用于阵列探针的生物标志基因中的至少四种选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP。在一些实施方式中,所述至少四种生物标志基因是DEFA6、RAB25、TM4SF4和IL18。
【0082】可替代地,使用不基于阵列的方法来定量样品中一种或者更多种核酸水平,包括定量PCR等。
【0083】在一些实施方式中,生物样品(如肿瘤活组织检查)中表达的HDACiR-BGs的表达型分析通过定量反转录PCR分析(qRT-PCR)进行。在这个方法中,来自生物样品的RNA被反转录以便产生cDNA片段,其随后通过基因特异性定量PCR进行扩增。特定PCR产物的积累速度任选地与原始样品中相应RNA种类的丰度相关,并因而提供了基因表达水平的指示。
【0084】在一个实施方式中,qPCR分析是TaqManTM分析。简单地说,PCR一般利用Taq或者Tth聚合酶的5′核酸外切酶活性来水解结合到其目标扩增子上的荧光标记的杂交探针,但是任选应用具有等价5′核酸外切酶活性的任何酶。使用两条寡核苷酸引物产生PCR反应典型的扩增子。设计第三种寡核苷酸或探针以便杂交到位于两条引物之间的核苷酸序列。探针不可通过Taq DNA聚合酶延伸,并且用报告荧光染料进行5′标记和用猝灭荧光染料进行3′标记。当两种染料在探针上时,当它们的位置靠近在一起时,来自报告染料的任何激光诱导的发射都被猝灭染料猝灭。在扩增反应期间,Taq DNA聚合酶以温度依赖性方式剪切探针。生成的探针片段在溶液中解离,并且来自释放的报告染料的信号免于第二种发色团的猝灭作用。对于每个合成的新分子,一分子的报告染料被释放,并且未猝灭报告染料的检测提供了数据定量说明的基础。
【0085】使用商业可得到的设备任选地进行qRT-PCR,例如,诸如ABIPRISM 7900TM Sequence Detection SystemTM(Perkin-Elmer-AppliedBiosystems,Foster City,CA)或LightCyclerTM。(Roche MolecularBiochemicals,Mannheim,Germany)。在一个实施方式中,5′核酸外切酶步骤在实时定量PCR设备上运行,例如在ABI PRISM 7900TM SequenceDetection SystemTM或者在这个仪器家族中一个类似系统上运行。所述系统由热循环仪、激光、电荷耦合器件(CCD)、照相机和计算机组成。所述系统在热循环仪上以96孔或者384孔形式扩增样品。在扩增期间,所有反应孔的激光诱导的荧光信号通过光导纤维电缆实时收集,并在CCD中检测。所述系统包括用于运行仪器和分析数据的软件。
【0086】核酸外切酶阵列数据最初表示为CT值,即,其中荧光信号被首次记录为有统计学意义的PCR循环。
【0087】为了最小化误差和样品-样品变化的影响以及过程可变性,mRNA水平测量值通常针对内表达对照基因的表达水平进行标准化。标准化qPCR分析的方法包括:参见,如网址normalisation.gene-quantification.info.理想的内表达对照基因是在不同患者或者受试者中以相对恒定水平表达和不被实验处理所影响的基因。
【0088】在一些实施方式中,内表达对照基因是RNA聚合酶II(GenBank登录号X74870)。
【0089】在其它实施方式中,内表达对照基因是HDAC3(NM_003883)。
【0090】在进一步的实施方式中,内表达对照基因是ZNF217(NM_006526)。
【0091】在一些实施方式中,每个样品的HDAiR-BG mRNA表达水平通过每个样品中的RNA总量进行标准化。任选地确定样品中的RNA量,如通过UV-光谱、或者通过使用RNA检测试剂如来自于Invitrogen(Carlsbad,CA)的RiboGreen。
【0092】在待确定的HDACiR-BG表达谱是蛋白表达谱的情况下,任何方便的蛋白定量方案被任选地应用,其中被检测样品中的一种或者更多种蛋白的水平被检测。代表性的方法包括但不限于:蛋白质组阵列、质谱或者标准的免疫测定(如RIA或ELISA)。参见例如,在下列文献中列出的方法:R.Scopes,Protein Purification,Springer-Verlag,N.Y.(1982);Sandana(1997)Bioseparation of Proteins,Academic Press,Inc.;Bollag等(1996)Protein Methods.2nd Edition Wiley-Liss,NY;Walker(1996)The Protein Protocols Handbook Humana Press,NJ,Harris andAngal(1990)Protein Purification:Principles and Practice 3rd EditionSpringer Verlag,NY;Janson and Ryden(1998)Protein Purification:Principles,High Resolution Methods and Applications,Second EditionWiley-VCH,NY;和Satinder Ahuja ed.,Handbook of Bioseparations,Academic Press(2000);Harlow等,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY,353-355(1988)。
【0093】蛋白质组表达型分析法检测方法包括各种多维电泳的方法(如2-维凝胶电泳)、基于质谱的方法如SELDI、MALDI、电喷射等)或表面等离子体共振的方法。例,如在MALDI中,样品通常与适当的基质混合,放置在探针表面和通过激光解吸/电离来检查。参见例如,美国专利5,045,694、5,202,561和6,111,251。类似地,对于SELDI,第一等分试样与固体支持物结合(例如基底结合)的吸附剂接触。基底通常是探针(如生物芯片),其任选地放置在与气相离子光谱仪的可询问关联中。SELDI已经应用于诊断蛋白质组学。参见例如,Issaq等(2003),Anal.Chem.75:149A-155A。
【0094】在一个实施方式中,使用刚描述的任何蛋白质检测方法来确定已知是分泌性蛋白的一种或者更多种HDACiR-BG蛋白的表达水平,如DEFA6、TM4SF4、TM4SF3、TGFA、FGFBP1、EPHA2、TNFRSF2、IL18、CCL15或TMPRSS2。
表达水平参考样品
【0095】在一些实施方式中,将感兴趣生物样品(如结肠癌活组织检查)中的HDACiR-BGs的表达图谱与表达水平参考样品中的HDACiR-BG表达图谱进行比较。表达水平参考样品是源于确定息有特定癌症或者肿瘤的一个或更多个癌症患者的生物样品,所述特定癌症或者肿瘤对于用HDACi化合物(如PCI-24781)治疗的敏感性或者抗性已被确定。换句话说,表达水平参考样品用作比较检测样品中每种HDACiR-BG的表达水平值的标准。HDACiR-BG表达水平与参考样品中表达水平值的偏差表明,患者——所述生物样品源于所述患者——中的癌症对于HDACi化合物治疗是否敏感或者有抗性。在一些实施方式中,HDACiR-BG阈值表达水平值根据一种或者更多种统计标准而任选地设定,所述统计标准针对与表达水平参考样品中HDACiR-BG表达水平值的偏差,例如,与参考样品HDACiR-BG表达水平偏离2个或更多个SDs。
【0096】在一些实施方式中,表达水平参考样品是是“阴性”参考样品,也就是,源于确定对HDACi化合物敏感的癌或肿瘤的患者的样品。因此,在多个HDACiR-BGs(例如至少4、5、6、8、10、12或16)的表达水平比根据阴性参考样品的阈值表达水平值明显高的情况下,表明患者的癌对HDACi化合物有抗性。
【0097】在一些实施方式中,表达水平参考样品是“阳性”参考样品,也就是,源于确定对HDACi化合物有抗性的癌或肿瘤的患者的样品。因此,在多个HDACiR-BGs(例如至少4、5、6、8、10、12或16)的表达水平比根据阴性参考样品的阈值表达水平值明显低的情况下,表明患者的癌对HDACi化合物是敏感的。
【0098】在一些实施方式中,将HDACiR-BG表达图谱与在阳性和阴性参考样品中的表达图谱进行比较。
【0099】在一些实施方式中,对感兴趣的生物样品和(阳性或阴性)表达水平参考平行地进行HDACiR-BGs表达水平测量。例如,在使用阵列杂交方法时,任选地同时测量感兴趣的生物样品和表达水平参考样品中的HDACiR-BG mRNA水平,其通过用可检测区分的荧光团单独标记来自每一样品的核酸群体(如mRNA、cDNA、aRNA群体)并且然后使荧光标记核酸杂交于同一阵列而实施。
【00100】在一些实施方式中,表达水平参考样品是源于癌活组织检查样品的核酸群体(如mRNAs、aRNAs、cDNAs或aRNAs),其中至少四种HDACiR-BGs的序列被示出,并且已确定其对HDACi化合物的敏感性。在一些实施方式中,核酸群体源自培养物中培养的患者肿瘤细胞。在其它实施方式中,群体直接源自活组织检查而不经细胞培养步骤。
【00101】在一些实施方式中,用作表达水平参考样品的核酸群体如下产生。如上所述从患者获得癌活组织检查样品,然后分离存活肿瘤细胞,并且如Kern等(1990),J.Natl.Cancer Inst.,82:582-588中所述培养生长。为了确定癌细胞是否对HDACi化合物敏感,它们随后在一定浓度范围例如(0-10μM)的HDACi化合物存在的情况下生长,和通过许多方法如氚化胸腺嘧啶掺入测量细胞增殖。测量相对于没有HDACi化合物存在情况下的肿瘤细胞增殖(也就是没有抑制),HDACi化合物对肿瘤细胞增殖的抑制。根据多个细胞增殖标准,任选地确定癌症为敏感或者有抗性的指定。例如,如果测试癌细胞中的HDACi化合物的IC50明显低于已知对该化合物敏感的细胞中所观察的该值(如2SDs),则该癌症被表征为有抗性。因此,源于所述抗性癌的细胞(如直接地或者培养传代之后)任选地用于产生作为表达水平(阳性)参考样品的核酸群体,用于设定上述HDACiR-BG表达水平阈值。相反地,发现对HDACi化合物敏感的肿瘤细胞用于产生作为表达水平(阴性)参考样品的核酸群体。
【00102】获得来自于生物样品(如组织或者细胞)的RNA的方法包括,如Luzzi等(2005),Methods Mol Biol.,293:187-207,包括从单个细胞的线性aRNA扩增。此外,用于高质量RNA纯化的各种试剂盒是商业可获得的,如从Qiagen(Valencia,CA)、Invitrogen(Carlsbad,CA)、Clontech(Palo Alto,CA)和Stratagene(La Jolla,CA)获得。
【00103】在一些实施方式中,表达水平参考样品是从一种或者更多种HDACi化合物-抗性结肠癌细胞中分离的RNA样品。在一个实施方式中,细胞源于本文描述的直肠癌活组织检查R5247682266、R9866135153、R1078103114或R4712781606。
HDACi抑制剂化合物
【00104】在另一实施方式中,癌症对其有抗性或者敏感的HDACi抑制剂肿瘤化合物包括但不限于:羧酸酯、短链脂肪酸、异羟肟酸、亲电子酮、环氧化物、环肽和苯甲酰胺。在另外的实施方式中,癌症对其有抗性或者敏感的HDACi抑制剂肿瘤化合物包括但不限于具有式(A)结构的异羟肟酸:
式(A)
其中:
Q是任选取代的C5-12芳基或者任选取代的C5-12杂芳基;
L是具有至少4个原子的接头(linker);
R1是H或者烷基;
和其药学可接受的盐、药学可接受的N-氧化物、药学活性代谢物、药学可接受的前药、药学可接受的溶剂化物。
【00105】癌症对其有抗性或者敏感的HDACi抑制剂肿瘤化合物包括但不限于具有式(I)结构的化合物:
式(I)
其中:
R1是氢或者烷基;
X是-O-、-NR2-或-S(O)n,其中n是0-2和R2是氢或者烷基;
Y是亚烷基,其被环烷基、任选取代的苯基、烷基硫代、烷基亚硫酰基、烷基磺酰基、任选取代的苯基烷基硫代、任选取代的苯基烷基磺酰基、羟基或任选取代的苯氧基任选取代;
Ar1是亚苯基或杂亚芳基,其中所述Ar1被一个或两个独立选自下列的基团任选取代:烷基、卤、羟基、烷氧基、卤烷氧基或卤烷基;
R3是氢、烷基、羟烷基或任选取代的苯基;和
Ar2是芳基、芳烷基、芳烯基、杂芳基、杂芳烷基、杂芳烯基、环烷基、环烷基烷基、杂环烷基或杂环烷基烷基;及各个立体异构体、各个几何异构体或它们的混合物;或其药学上可接受的盐。
【00106】在另一实施方式中,癌症对其有抗性或者敏感的HDACi抑制剂肿瘤化合物包括但不限于PCI-24781。
【00107】在一些实施方式中,根据基于本文描述方法进行的、患者的癌症为对HDAC抑制剂敏感或者有抗性的分类,为患者开出HDAC抑制剂的处方或给予患者HDAC抑制剂。
【00108】在一些实施方式中,本文描述的方法用于优化与HDACi化合物联合应用的抗癌剂的选择。在一些实施方式中,通过首先比较一组对HDACi化合物有抗性的已知生物标志基因与数组针对其它抗癌剂识别的生物标志基因,进行第二抗癌剂的优化选择。根据各组抗性生物标志基因的最小重叠,随后选择第二抗癌剂,以便与HDACi化合物联合使用。
【00109】任选地与HDACi化合物联合应用的抗癌剂的实例包括但不限于下列任一:棉子酚(gossyphol)、根纳三思(genasense)、多酚E、复杂环肽(Chlorofusin)、全反式维甲酸(ATRA)、苔藓抑素、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、5氮杂2′-脱氧胞苷、全反式维甲酸、阿霉素、长春新碱、依托泊苷、吉西他滨、伊马替尼(格列卫)、格尔德霉素、17-N-烷胺基-17-脱甲氧基格尔德霉素(17-AAG)、夫拉平度、LY294002、硼替佐米、曲妥珠单抗、BAY 11-7082、PKC412、或PD184352、TaxolTM——也被称为“紫杉醇”,是通过增强和稳定微管形成起作用的抗癌药、和Taxol紫杉醇TM的类似物如TaxotereTM。具有基本紫杉烷骨架作为共同结构特征的化合物也已显示由于稳定的微管而具有将细胞阻止在G2-M期的能力,并且任选地用于与本文描述的化合物联合来治疗癌症。
【00110】与HDACi化合物联合应用的抗癌剂的另外实例包括促分裂原活化蛋白激酶信号转导抑制剂,如U0126、PD98059、PD184352、PD0325901、ARRY-142886、SB239063、SP600125、BAY43-9006、渥曼青霉素或LY294002。
【00111】任选地与HDACi化合物联合使用的其它抗癌剂包括阿霉素、更生霉素、博莱霉素、长春花碱、顺铂、阿西维辛;阿柔比星;阿考达唑盐酸盐;阿克罗宁;阿多来新;阿地白介素;六甲蜜胺;二霉素;阿美蒽醌醋酸;氨鲁米特;安吖啶;阿纳托唑;安曲霉素;天冬酰胺酶;曲林菌素;阿扎胞苷;氮替派;阿佐霉素;巴马司他;苯佐替派;比卡鲁胺;比生群盐酸盐;双奈法德二甲磺酸盐;比折来新;博莱霉素硫酸盐;布喹那钠;溴匹立明;白消安;放线菌素C;卡普睾酮;卡醋胺;卡贝替姆;卡铂;卡氮芥;卡柔比星盐酸盐;卡折来新;西地芬戈;苯丁酸氮芥;西罗里霉素;克拉屈滨;克立那托甲磺酸;环磷酰胺;阿糖胞苷;达卡巴嗪;柔红霉素盐酸盐;地西他滨;右奥马铂;地扎呱宁;地扎呱宁甲磺酸;地吖醌;阿霉素;盐酸阿霉素;屈洛昔芬;柠檬酸屈洛昔芬;屈他雄酮丙酸;偶氮霉素;依达曲沙;依氟鸟氨酸盐酸盐;依沙芦星;恩洛铂;苯环丙炔酯;依匹哌啶;表柔比星盐酸盐;厄布洛唑;依索比星盐酸盐;雌莫司汀;雌莫司汀磷酸钠;依他硝唑;依托泊苷;磷酸依托泊苷;氯苯乙嘧胺;法倔唑盐酸盐;法扎拉滨;芬维A胺;氟尿苷;磷酸氟达拉滨;氟尿嘧啶;氟环胞苷;磷喹酮;福司曲星钠;吉西他滨;吉西他滨盐酸盐;羟基脲;盐酸伊达比星;异磷酰胺;异伊莫福新(iimofosine);白细胞介素I1(包括重组白细胞介素II或rIL2);干扰素α-2A;干扰素α-2b;干扰素α-n1;干扰素α-n3;干扰素β-1a;干扰素γ-1b;异丙铂;依立替康盐酸盐;兰瑞肽醋酸;来曲唑;醋酸亮丙瑞林;利阿唑盐酸盐;洛美曲索钠;洛莫司汀;洛索蒽醌盐酸盐;马索罗酚;美登素;氮芥盐酸盐;醋酸甲地孕酮;醋酸美伦孕酮;美法兰;美诺立尔;巯嘌呤;甲氨蝶呤;甲氨蝶呤钠;氯苯氨啶;美妥替哌;米丁度胺;米托克星(mitocromin);丝裂红素;米托洁林;丝裂马菌素;丝裂霉素;米托司培;米托坦;盐酸米托蒽醌;麦考酚酸;诺考达唑;诺加霉素;奥马铂;奥昔舒仑;培门冬酶;佩里霉素;戊氮芥;培洛霉素硫酸盐;过磷酰胺;哌泊溴烷;哌泊舒凡;吡罗蒽醌盐酸盐;普卡霉素;普洛美坦;卟吩姆钠;泊非霉素;泼尼莫司汀;盐酸甲基苄肼;嘌呤霉素;盐酸嘌呤霉素;吡唑呋喃菌素;异戊烯腺苷;洛太米特;沙芬戈;沙芬戈盐酸盐;甲基环己亚硝脲;辛曲秦;磷乙酰天冬氨酸钠;稀疏霉素;稀疏霉素盐酸盐;螺莫司汀;螺铂;链黑菌素;链佐星;磺氯苯脲;他利霉素;替可加兰钠;替加氟;替洛蒽醌盐酸盐;替莫泊芬;替尼泊苷;替罗昔隆;睾内酯;硫咪嘌呤;硫鸟嘌呤;塞替派;噻唑呋啉;替拉扎明;枸橼酸托瑞米芬;曲托龙醋酸盐;曲西立滨磷酸盐;三甲曲沙;葡醛酸三甲曲沙;曲普瑞林;妥布氯唑盐酸盐;尿嘧啶芥;乌瑞替派;伐普肽;维替泊芬;长春碱硫酸盐;长春新碱硫酸盐;长春地辛;硫酸长春地辛;长春匹定硫酸盐;长春甘酯硫酸盐;长春罗辛硫酸盐;酒石酸长春瑞滨;长春罗定硫酸盐;长春利定硫酸盐;伏氯唑;折尼铂;净司他丁;佐柔比星盐酸盐。
【00112】任选地与HDACi化合物联合使用的其它抗癌剂包括:20-表-1,25二羟维生素D3;5-乙炔基尿嘧啶;阿比特龙;阿柔比星;酰基亚甲基环戊二烯;艾迪烯醇(adecypenol);阿多来新;阿地白介素;ALL-TK拮抗剂;六甲蜜胺;氨莫司汀;胺氯杀螨(amidox);阿米福汀;氨基乙酰丙酸;氨柔比星;安吖啶;阿那格雷;阿纳托唑;穿心莲内酯;血管生成抑制剂;拮抗剂D;拮抗剂G;安雷利克斯;抗背部化形态发生蛋白1;抗雄激素;前列腺癌;抗雌激素;抗恶性肿瘤物质;反义寡核苷酸;阿非科林甘氨酸;凋亡基因调节剂;凋亡调节剂;无嘌呤酸ara-CDP-DL-PTBA;精氨酸脱氨酶;艾色艾克瑞(asulacrine)阿他美坦;阿莫司汀;海洋环肽(axinastatin)1;海洋环肽2;海洋环肽3;阿扎司琼;阿扎毒素;重氮酪氨酸;巴卡亭III衍生物;巴纳醇(balanol);巴马司他(batimastat);BCR/ABL拮抗剂;苯并叶酚(benzochlorins);苯甲酰星孢菌素(benzoylstaurosporine);β内酰胺衍生物;β-阿拉乙烯(β-alethine);β卡拉霉素B(βclamycin B);桦木酸;碱性成纤维细胞生长因子抑制剂;比卡鲁胺;比山群;双撒紫瑞迪尼精胺(bisaziridinylspermine);双奈法德;双枸橼酸环己噻卓酯A(bistratene A);比折来新;比瑞福拉(breflate);溴匹立明(bropirimine);布多替钛;丁硫氨酸亚砜胺;钙泊三醇;钙感光蛋白C;喜树碱衍生物;金丝雀白细胞介素2;卡培他滨;甲酰胺-氨基三唑;羧基酰胺三唑;CaRest M3;CARN 700;软骨源性抑制剂;卡折来新;酪蛋白激酶抑制剂(ICOS);澳粟精胺;抗菌肽B;西曲瑞克;卡罗瑞林(chlorlns);氯喹喔啉磺酰胺;西卡前列素;顺式卟啉;克拉屈滨;氯米芬类似物(clomifene analogues);克霉唑;克里斯霉素A(collismycin A);克里斯霉素B;考布他汀A4;考布他汀类似物;克纳格尼(conagenin);crambescidin 816;克立那托;自念珠藻环肽8(cryptophycin 8);自念珠藻环肽A衍生物;司可林A;五环蒽醌(cyclopentanthraquinones)环铂(cycloplatam);次帕霉素(cypemycin);阿糖胞苷ocfosfate;溶细胞因子;磷酸己烷雌酚;达昔单抗;地西他滨;去氢代代宁B(dehydrodidemnin B);地洛瑞林;地塞米松;右异环磷酰胺;右丙亚胺;右维拉帕米;地吖醌;代代宁B(didemnin B);双地噢新(didox);二乙基降精胺(diethylnorspermine);二氢-5-氮胞苷;9-二草霉素(dioxamycin);二苯基螺莫司汀;二十二醇;多拉司琼;去氧氟尿苷;洛昔芬;屈大麻酚;duocarmycin SA;依布硒;依考莫司汀;依地福新;依决可单抗;依氟鸟氨酸;榄香烯;乙嘧替氟;表阿霉素;爱普列特;雌莫司汀类似物;雌激素激动剂;雌激素拮抗剂;依他硝唑;磷酸依托泊苷;依西美坦;法倔唑;法扎拉滨;芬维A胺;惠尔血;非那司提;夫拉平度;氟卓斯汀;氟海星酮(fluasterone);氟达拉滨;氟多润尼茨盐酸盐(fluorodaunorunicin hydrochloride);福酚美克;福美坦;福司曲星;福莫司汀;钆texaphyrin;硝酸镓;加洛他滨;加尼瑞克;明胶酶抑制剂;吉西他滨;谷胱甘肽抑制剂;肝素氨基酸(hepsulfam);合热古琳(heregulin);六亚甲基二乙酰胺;金丝桃素;伊班膦酸;去甲氧柔红霉素;碘昔芬;伊决孟酮;伊莫福新;伊洛马司他;咪唑并吖啶酮(imidazoacridones);咪喹莫特;免疫刺激剂肽;胰岛素样生长因子-1受体抑制剂;干扰素激动剂;干扰素;白细胞介素;碘苄胍;碘阿霉素;甘薯苦醇;4-伊罗普拉;伊索格拉定;异本吡咯(isobengazole);异同卤葡萄糖醛酸B(isohomohalicondrin B);伊他司琼;jasplakinolide;kahalalide F;片螺素氮甘油酯;兰瑞肽;雷恩新生霉素(leinamycin);来诺拉提(lenograstim);香菇多糖硫酸酯;乐普他汀(leptolstatin);来曲唑;白血病抑制因子;白细胞α干扰素;亮丙瑞林+雌激素+孕激素;亮丙瑞林;左旋咪唑;利阿唑;线性多胺类似物;亲脂二糖肽;亲脂铂化合物;利索次酰胺7(lissoclinamide 7);乐铂;蚯蚓氨酸;洛美曲索;氯尼达明;洛索蒽醌;洛伐他汀;洛索立宾;勒托替康;镥化合物lutetium texaphyrin;利索发琳(lysofylline);裂解肽;美坦辛;美坦辛A;马马司他;马丙考;马斯品(maspin);基质溶解素抑制剂;基质金属蛋白酶抑制剂;美诺立尔;美巴龙;美替瑞林;甲硫氨;灭吐灵;MIF抑制剂;米非司酮;米替福新;米立司亭;错配双链RNA;丙米腙;二溴卫矛醇(mitolactol);丝裂霉素C类似物;胺硝萘酞胺;mitotoxin成纤维细胞生长因子-皂草素;米托蒽醌;莫法罗汀;莫拉司亭;单克隆抗体;人绒毛膜促性腺激素;单磷酰脂A+分支杆菌细胞壁sk(monophosphoryl lipid A+myobacterium cell wall sk);莫哌达醇;多药耐药基因抑制剂;基于多肿瘤抑制物1的治疗;芥抗癌剂;mycaperoxide B;分枝杆菌细胞壁提取物;米瑞阿泊瑞(myriaporone);N-乙酰地那林(N-acetyldinaline);N-取代苯甲酰胺类;纳发阮林;纳格瑞斯匹(nagrestip);纳洛酮+戊唑辛;纳帕威恩(napavin);纳匹特瑞平恩(naphterpin);那托司亭;奈达铂;奈莫柔比星;奈立膦酸;中性肽链内切酶;尼鲁米特;纳他霉素(nisamycin)氧化氮调节剂;氧化亚氮抗氧化剂;尼曲了恩(nitrullyn);O6-苄基鸟嘌呤;奥曲肽;奥康斯恩(okicenone);寡核苷酸类;奥那司酮;恩丹西酮;恩丹西酮;奥瑞斯恩(oracin);口腔细胞因子诱导剂;奥马铂;奥沙特隆;奥沙利铂;oxaunomycin;palauamine;棕榈酰根霉素;帕米膦酸;人参炔三醇;帕诺米芬;parabactin;帕折普汀;培门冬酶;培得星;戊聚硫钠;喷司他丁;泮托拉唑(pentrozole);全氟溴烷;磷酰胺;紫苏醇;phenazinomycin;苯乙酸;磷酸酶抑制剂类;溶链菌;匹鲁卡品盐酸盐;吡喃阿霉素;吡曲克辛;帕斯婷A(placetinA);帕斯婷B;纤溶酶原激活物抑制剂;铂配合;物铂化合物;铂三胺复合物;卟吩姆钠;紫菜霉素;泼尼松;丙基二吖啶酮;前列腺素J2;蛋白酶体抑制剂类;基于蛋白A的免疫调节剂;蛋白激酶C抑制剂;蛋白激酶C抑制剂类;微藻;蛋白酪氨酸磷酸酶抑制剂类;嘌呤核苷磷酸化酶抑制剂类;红紫素类;吡唑啉吖啶;吡醇羟乙酯化血红蛋白聚氧化乙烯偶联物(pyridoxylated hemoglobin polyoxyethylerie conjugate);raf拮抗剂类;雷替曲塞;雷莫司琼;ras法尼基蛋白转移酶抑制剂类;ras抑制剂类;ras-GAP抑制剂;脱甲基瑞替普汀(retelliptine demethylated);铼Re 186依替膦酸钠;根霉素;核酶;RII维酰胺(RII retinamide);罗谷亚胺;日灰图抗(rohitukine);罗莫肽;罗喹美克;瑞比格恩B1(rubiginone B1);ruboxyl;沙芬戈;塞特品(saintopin);SarCNU;萨克非脱A(sarcophytolA);沙莫司亭;Sdi 1模拟物;司莫司汀;衰老源性抑制剂1;正义寡核苷酸类;信号转导抑制剂类;信号转导调节剂类;单链抗原结合蛋白;西索菲兰;苏比新安(sobuzoxane);普罗比妥钠;苯乙酸钠;斯洛喔拉(solverol);生长调节素结合蛋白;索纳明;膦门冬酸;斯匹米林D(spicamycin D);螺莫司汀;脾脏五肽(splenopentin);spongistatin 1;角鲨胺;干细胞抑制剂;干细胞分裂抑制剂类;stipiamide;基质降解酶抑制剂类;苏菲斯恩(sulfinosine);强效的血管活性肠肽拮抗剂类;苏芮斯塔(suradista);舒拉明;苦马豆素;合成糖胺聚糖类;他莫司汀;三苯氧胺甲碘化物;牛碘莫司汀;他扎罗汀;替可加兰钠;替加氟;tellurapyrylium;端粒酶抑制剂类;替莫泊芬;替莫唑胺;替尼泊苷;四氯去氧卡氧化物(tetrachlorodecaoxide);四氮敏(tetrazomine);塔比斯听(thaliblastine);噻可拉林;血小板生成素;血小板生成素模拟物(thrombopoietin mimetic);胸腺法新;胸腺生成素受体激动剂;胸腺曲南;促甲状腺激素;锡乙基初卟啉(tin ethyl etiopurpurin);替拉扎明;环戊二烯钛二氯化物;图匹森听(topsentin);托瑞米芬;全能干细胞因子;翻译抑制剂;维甲酸;三乙酰基尿嘧啶核苷(triacetyluridine);曲西立滨;曲美沙特;曲普瑞林;托吡西隆;妥罗雄脲;酪氨酸激酶抑制剂类;酪氨酸磷酸化抑制剂类(tyrphostins);UBC抑制剂类;乌苯美司;泌尿生殖窦衍生生长抑制因子;尿激酶受体拮抗剂类;伐普肽;维林B(variolin B);载体系统,红细胞基因治疗;维拉雷琐;藜芦明;喔地斯(verdins);维替泊芬;长春瑞滨;维尼听(vinxaltine);维他信(vitaxin);伏氯唑;扎诺特隆(zanoterone);折尼铂;亚苄维(zilascorb)和净司他丁斯酯。
【00113】而任选地与HDACi化合物联合使用的其它抗癌剂包括烷基化剂类、抗代谢物类、天然产物类或激素类,如氮芥(如双氯乙基甲胺、环磷酰胺、苯丁酸氮芥等)、烷基磺酸盐类(如马利兰)、亚硝脲类(如卡氮芥、环己亚硝脲等)或三氮烯类(氨烯咪胺等)。抗代谢物的例子包括但不限于叶酸类似物(如甲氨蝶呤)或嘧啶类似物(如阿糖胞苷)、嘌呤类似物(如巯基嘌呤、硫鸟嘌呤、喷司他丁)。
【00114】用于与HDACi化合物联合的天然产物的例子包括但不限于长春花生物碱类(如长春堿、长春新碱)、鬼臼素类(如依托泊苷)、抗生素类(如红霉素、阿霉素、博莱霉素)、酶类(如L-天冬酰胺酶)或生物反应调节剂(如干扰素α)。
【00115】任选地与HDACi化合物联合使用的烷基化剂类的例子包括但不限于氮芥(如双氯乙基甲胺、环磷酰胺、苯丁酸氮芥、美法仑等)、氮丙啶和甲基蜜胺类(六甲蜜胺、塞替派)、烷基磺酸盐类(如马利兰)、亚硝脲类(如卡氮芥、环己亚硝脲、司莫司汀、链佐星等)或三氮烯类(氨烯咪胺等)。抗代谢物类的例子包括但不限于叶酸类似物(如甲氨蝶呤)或嘧啶类似物(如氟尿嘧啶、芬洛尿苷(floxouridine)、阿糖胞苷)、嘌呤类似物(如巯基嘌呤、硫鸟嘌呤、喷司他丁)。
【00116】用于与HDACi化合物联合的激素类和拮抗剂类的例子包括但不限于肾上腺皮质类固醇类(如强的松)、孕激素类(如己酸羟孕酮、甲地孕酮、醋酸甲羟孕酮)、雌激素类(如己烯雌酚、炔雌醇)、抗雌激素(如他莫昔芬)、雄激素(如丙酸睾丸酮、氟羚甲基睾丸素)、抗雄激素类(如氟他胺)、促性腺激素释放激素类似物(如醋酸亮丙瑞林)。在本文描述方法和组合物中任选使用的治疗或者预防癌症的其他药剂包括铂配位复合物(如顺铂、卡铂)、蒽二酮(如米托蒽醌)、取代脲(如羟基脲)、甲基肼衍生物(如甲苄肼)、肾上腺皮质抑制剂(如米托坦、氨鲁米特)。
【00117】通过由于稳定的微管将细胞阻止在G2-M阶段而起作用、并且任选地与HDACi化合物联合应用的抗癌剂的例子包括但不限制于以下市售的药物和在研发中的药物:厄布洛唑(也称为R-55104)、多拉司他汀10(也已知为DLS-10和NSC-376128)、米伏布林羟乙基磺酸盐(也已知为CI-980)、长春新碱、NSC-639829、Discodermolide(也已知为NVP-XX-A-296)、ABT-751(Abbott、也已知为E-7010)、Altorhyrtins(例如Altorhyrtin A和Altorhyrtin C)、Spongistatins(例如Spongistatin 1、Spongistatin 2、Spongistatin 3、Spongistatin 4、Spongistatin 5、Spongistatin6、Spongistatin 7、Spongistatin 8和Spongistatin 9)、西马多丁盐酸盐(也已知为LU-103793和NSC-D-669356)、埃博霉素类(如埃博霉素A、埃博霉素B、埃博霉素C(也已知为脱氧埃博霉素A或者dEpoA)、埃博霉素D(也称为KOS-862、dEpoB和脱氧埃博霉素B)、埃博霉素E、埃博霉素F、埃博霉素B N-氧化物、埃博霉素A N-氧化物、16-氮杂-埃博霉素B、21-氨基埃博霉素B(也已知为BMS-310705)、21-羟基埃博霉素D(也已知为脱氧埃博霉素F和dEpoF)、26-氟埃博霉素)、Auristatin PE(也已知为NSC-654663)、斯堡地汀(Soblidotin)(也已知为TZT-1027)、LS-4559-P(Pharmacia,也已知为LS-4577)、LS-4578(Pharmacia,也已知为LS-477-P)、LS-4477(Pharmacia)、LS-4559(Pharmacia)、RPR-112378(Aventis)、硫酸长春新碱、DZ-3358(Daiichi)、FR-182877(Fujisawa,也已知为WS-9885B)、GS-164(Takeda)、GS-198(Takeda)、KAR-2(匈牙利科学院)、BSF-223651(BASF,也已知为ILX-651和LU-223651)、SAH-49960(Lilly/Novartis)、SDZ-268970(Lilly/Novartis)、AM-97(Armad/Kyowa Hakko)、AM-132(Armad)、AM-138(Armad/Kyowa Hakko)、IDN-5005(Indena)、自念珠藻环肽52(也已知为LY-355703)、AC-7739(Ajinomoto,也已知为AVE-8063A和CS-39.HCI)、AC-7700(Ajinomoto,也已知为AVE-8062、AVE-8062A、CS-39-L-Ser.HCI和RPR-258062A)、维替乐维酰胺(Vitilevuamide)、图步斯恩A(Tubulysin A)、卡得斯尔(Canadensol)、矢车菊黄素(也已知为NSC-106969)、T-138067(Tularik,也已知为T-67、TL-138067和TI-138067)、COBRA-1(Parker Hughes Institute,也已知为DDE-261和WHI-261)、H10(Kansas State University)、H16(Kansas StateUniversity)、Oncocidin A1(也已知为BTO-956和DIME)、DDE-313(Parker Hughes Institute)、非加安得B(Fijianolide B)、拉力马得(Laulimalide)、SPA-2(Parker Hughes Institute)、SPA-1(Parker HughesInstitute,也已知为SPIKET-P)、3-IAABU(Cytoskeleton/Mt.Sinai Schoolof Medicine,也已知为MF-569)、那可丁(也已知为NSC-5366)、那撒卡品(Nascapine)、D-24851(Asta Medica)、A-105972(Abbott)、Hemiasterlin、3-BAABU(Cytoskeleton/Mt.Sinai School of Medicine,也已知为MF-191)、TMPN(Arizona State University)、瓦地斯恩乙酰丙酮化物(Vanadocene acetylacetonate)、T-138026(Tularik)、莫那撒尔(Monsatrol)、依那斯纳(lnanocine)(也已知为NSC-698666)、3-1AABE(Cytoskeleton/Mt.Sinai School of Medicine)、A-204197(Abbott)、T-607(Tuiarik,也已知为T-900607)、RPR-115781(Aventis)、刺五加苷类(Eleutherobins)(如去甲基刺五加苷、去乙酰刺五加苷、异刺五加苷A和Z-刺五加苷)、Caribaeoside、Caribaeolin、软海绵素B、D-64131(AstaMedica)、D-68144(Asta Medica)、Diazonamide A、A-293620(Abbott)、NPI-2350(Nereus)、塔卡那得A(Taccalonolide A)、TUB-245(Aventis)、A-259754(Abbott)、第在斯汀(Diozostatin)、(-)-苯基阿斯汀((-)-Phenylahistin)(也已知为NSCL-96F037)、D-68838(Asta Medica)、D-68836(Asta Medica)、米色维B(Myoseverin B)、D-43411(Zentaris,也已知为D-81862)、A-289099(Abbott)、A-318315(Abbott)、HTI-286(也已知为SPA-110,三氟醋酸盐(Wyeth)、D-82317(Zentaris)、D-82318(Zentaris)、SC-12983(NCI)、Resverastatin磷酸钠(Resverastatin phosphatesodium)、BPR-OY-007(National Health Research Institutes)和SSR-250411(Sanofi)。
HDACiR-BGs的应用
【00118】本文描述的方法和组合物任选地用于增加用HDACi化合物对患者的癌症进行治疗有效的治疗的可能性,其通过提供下列指示(例如,通过任何模拟或者数字媒体方式的口头或书面传送)实施:哪些基因是HDACiR-BGs;以及HDACiR-BG表达水平参考值(如表达水平阈值)——高于所述参考值则可能具有HDAC1化合物抗性(也就是,大于偶然概率)或者低于所述参考值则可能具有HDACi化合物敏感性。
【00119】在一些实施方式中,所述指示包括带有选自表1的至少四种生物标志基因的表达水平的说明的文档,所述说明是关于患者的癌症对用HDACi化合物治疗有抗性或者敏感的可能性。
【00120】在一些实施方式中,所述文档包括至少一种HDACiR-BG的表达水平的说明,所述至少一种HDACiR-BG选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
【00121】在一些实施方式中,以含有关于一种或者更多种HDACiR-BGs的信息的一个或者更多个数据库来提供指示,其包括一个或者更多个表达水平阈值,依照本文描述的任何方法,所述阈值允许解释HDACiR-BG表达水平对癌症对HDACi化合物的抗性或者敏感性的影响。这种表达水平阈值包括根据例如测试样品中HDACiR-BG表达水平与如本文描述的表达水平(阳性或阴性)参考样品中相应的HDACiR-BG表达水平的偏差所设定的哪些阈值。可替换地或者附加地,表达水平阈值根据HDACiR-BGs与一种或者更多种内表达对照基因(如RNA聚合酶II、HDAC3或ZNF217)的表达比的偏差任选地设定。例如,如本文描述,HDACiR-BG DEFA6与内表达对照基因ZNF217的平均表达比(根据TaqMan荧光强度)在HDACi-抗性结肠癌细胞中是5.83,而在HDACi敏感的结肠癌细胞中是0.24。
【00122】在一些实施方式中,数据库包括HDACiR-BG表达水平图谱或者阈值——其与一种或者更多种类型癌症对一种或者更多种HDACi化合物的抗性有关。
【00123】任选地包括在数据库中或者在其它类型的指示中的其它信息包括但不限制于:HDACiR-BG序列信息、在特定癌群体中的HDACiR-BG表达水平频率分布、关于进行HDACiR-BG表达谱分析的生物样品的临床状态或者从其中获得样品的患者的临床状态的描述性信息。数据库任选地设计为包括不同部分,例如HDACiR-BG列表数据库和信息性HDACiR-BG表达谱数据库,例如,与每种HDACiR-BG表达谱有关的数据库记录该表达谱与HDACi化合物抗性相关的可能性。数据库的构造和构建方法是可以广泛获得的,例如参见美国专利第5,953,727号。
【00124】本文描述的数据库任选地与外面或者外部数据库连接。在一些实施方式中,数据库任选地与外部数据源连接,例如,通过互联网与国立癌症研究所或国立生物技术信息中心的发展治疗计划数据库连接。
【00125】通过本文描述的方法,任何适当的计算机平台用于进行说明一种或者更多种HDACiR-BG表达图谱的方法。在一些实施方式中,计算机平台从数据库接受直接输入,如本文描述的数据库之一。例如,大量的计算机工作站可以从多个制造商获得,例如从Silicon Graphics能够获得的哪些。客户-服务器环境、数据库服务器和网络也可以广泛地获得,并且是本文描述数据库的适当平台。
【00126】本文描述的数据库任选地用于显示识别个体中的一组HDACiR-BG表达图谱的信息,并且根据个体的表达谱与如本文描述的HDACiR-BG表达水平阈值的统计学比较,这种显示任选地用于预测或者诊断个体的癌症用特定HDACi化合物进行治疗有效性治疗的可能性。因此,在测量的HDACiR-BG表达的任何阈值下,人们选择将癌症患者分配到亚组中,其中表达值高于所述阈值的所有患者有较高的风险,和表达值低于所述阈值的所有患者有较低的风险,所述风险是化合物-抗性癌症的风险,反之亦然,这取决于表达水平阈值是基于被确定对HDACi化合物治疗敏感(即阳性参考样品)还是对HDACi化合物治疗有抗性(即阴性参考样品)的癌症中的表达水平。可替代地,HDACiR-BG表达图谱以概率连续方式分级(ranked on probabilitycontinuum),其中HDACiR-BG表达水平负向地偏离(即小于)表达水平阳性参考值越多,癌症对HDACi化合物治疗敏感的可能性越高。相反地,HDACiR-BG表达水平正向地偏离(即大于)表达水平阴性参考值越多,癌症对HDACi化合物治疗有抗性的可能性越高。
实施例
【00127】下面的具体实施例被解释为仅仅是说明性的,并绝不以任何方式限制其余公开内容。无需进一步阐述,认为本领域技术人员根据本文描述可以最大程度地利用本发明。
实施例1:HDACi敏感对抗性结肠直肠肿瘤细胞的离体mRNA表达型分
析
【00127】我们和其他人先前开发了DACi化合物的几种药效标记物(例如微管蛋白或者组蛋白乙酰化、p21表达等)。然而,目前没有可用的对这些药剂的反应的临床预测性生物标志。在这项工作中,我们开发了识别原发性人结肠直肠肿瘤中针对HDACi化合物PCI-24781的这种生物标志的策略。
【00128】该方法使用软琼脂化学敏感性测定,其中原发性人肿瘤在培养中暴露于PCI-24781。随后使用氚化胸腺嘧啶脱氧核苷或者阿尔玛蓝测定来估计对PCI-24781有抗性的百分比。例如,在氚化胸苷测定中,被药物影响的敏感肿瘤细胞分裂较差并且因而掺入较少的胸苷,而抗性肿瘤细胞继续生长和分裂并且因而在它们的DNA中掺入较多的胸苷。历史上已表明,在这种测定的优化条件下,肿瘤被分类为对给定药物有抗性的患者在临床上对该药物反应的概率<1%(在公布的与临床结果相关性中,这些测定预测抗性的准确率在实体癌中是99%,在血癌中是92%)。例如,最近的一篇文章将B细胞CLL患者在DiSC测定中对氟达拉滨的体外敏感性或者抗性与临床结果关联起来(抗性患者的存活中值是7.9个月,敏感患者是41.7个月)。对实体瘤也公开了类似数据:如,在卵巢肿瘤中对Pt的敏感性或者抗性,以及在乳腺肿瘤中对CPX和DOX的敏感性或者抗性。
【00129】测定每种肿瘤对PCI-24781的离体敏感性或者抗性后,随后在微阵列上分析从肿瘤细胞中分离的RNA,并且通过数据的统计分析来识别标记设定。通过RT-PCR(TaqManTM)分析来验证这种标记设定。这种在临床上用于患者分层的药物基因组学生物标志在PCI-24781的开发中提供了竞争优势。在图1中说明了该方法的图解概要和它的临床应用。
【00130】我们检测来自各个病人的原发性结肠直肠肿瘤对HDAC抑制剂PCI-24781的离体反应,并随后在HDACi处理之前确定在敏感性与抗性肿瘤细胞的mRNA表达图谱中是否有稳定的(robust)不同。
【00132】原发性结肠直肠癌(CRC)样品从患者活组织检查(表2)获得。存活肿瘤细胞被铺板,并在软琼脂中如Kern等(1990),J.Natl.CancerInst.,82:582-588所描述而培养,并用一定范围的PCI-24781浓度(0.01-2μM)进行处理。在暴露于药物3天后,将氚化胸腺嘧啶脱氧核苷加入到培养物中,并在又2天之后定量掺入细胞中的放射活性量。通过比较处理的细胞与对照细胞来计算细胞生长抑制百分比(%GI),并根据这些生长模式、基于与中值的偏离,将肿瘤分类为敏感的或者有抗性的。如在图2中显示,在测试的PCI-24781浓度(多达2μM)下,原发性肿瘤相对于对照显示了从100%到0%的生长抑制表型范围。
表2
研究编号 癌名称 年龄 性别 位置 临床诊断 组织学 标本类型
R1078103114 直肠癌 54 女 右卵巢 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R1105698572 直肠癌 72 女 部分回肠 结肠癌 NA 实体瘤活检
R2163560366 直肠癌 58 女 子宫 直肠癌 NA 实体瘤活检
R4712781606 直肠癌 59 男 结肠切除术 结肠癌 NA 实体瘤活检
R5247682266 直肠癌 51 女 上肺叶 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R5891015174 直肠癌 43 女 结肠 盲肠癌 NA 实体瘤活检
R6173297194 直肠癌 65 男 网膜 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R7103644976 直肠癌 52 女 右输卵管和 结肠癌 NA 实体瘤活检
卵巢
R9866135153 直肠癌 55 女 右肝叶 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R2881036089 直肠癌 79 女 结肠 结肠癌 癌,PD 实体瘤活检
R5492724373 直肠癌 55 女 盲肠 结肠癌 结肠癌 实体瘤活检
R8624442989 直肠癌 47 女 脑 结肠癌 NA 实体瘤活检
R0948611023 直肠癌 33 女 左下肺叶结 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
节
R1059261097 直肠癌 50 男 肝 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R2191729233 直肠癌 62 女 卵巢 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R4498160614 直肠癌 40 女 左卵巢 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R4891777011 直肠癌 53 女 右腹侧壁 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R5456781761 直肠癌 65 女 肝叶5和6 结肠癌肝转移 NA 实体瘤活检
(Met Colon.C
A to L)
R5978110794 直肠癌 63 女 乙状结肠直 结肠癌 NA 实体瘤活检
肠
R6289195776 直肠癌 56 男 肝 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R6324805249 直肠癌 55 女 卵巢 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R7424107588 直肠癌 48 男 腰椎/脊柱活 结肠癌 NA 实体瘤活检
检
R8701041232 直肠癌 65 男 乙状结肠 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
R9418488310 直肠癌 55 女 盲肠 结肠癌 腺癌 实体瘤活检
【00133】确定肿瘤对PCI-24781的敏感性后,确定用PCI-24781(2μM)处理或者未处理的抗性的和敏感的肿瘤的基因表达图。使用Qiagen步骤(Qiagen,Inc.,Valencia,CA)分离总RNA和制备荧光探针,并依照制造商的操作指南杂交到含有~55,000个独特探针的Codelink人全基因组寡核苷酸微阵列(GE Healthcare Bio-Sciences Corp.,Piscataway,NJ)。在GenePix 4000B扫描仪(Molecular Devices Corporation,Sunnyvale CA)中扫描这些微阵列。使用Codelink软件处理图像并如下分析输出的数据。
【00134】将中位数标准化的微阵列数据输入Genespring软件(Agilent),并进行主成分分析(PCA)和等级聚类分析。我们从多种分析方法中寻找一致的结果,以便在我们的结果中提供额外的置信度。对于多假设校正,我们使用用于假发现率(FDR)的q值方法,如在Storey等(2003),Proc.Nat.Acad.Sci.USA,100:9440-9445中所描述。作为第二分析方法,我们采用在Ishwaran等(2003),J.Amer.Stat.Assoc.,98:438-455中描述的Bayesian ANOVA方法。
【00135】在Bayesian ANOVA方法中,不相关基因对ANOVA模型的贡献选择性减小以便平衡全假检测和全假非检测。输出是Zcut分数,其识别对ANOVA模型的贡献大于标准Z-分数的基因。参见前述Ishwaran等和网址bamarray.Com.。对于预测PCI-24781抗性的生物标志的识别,我们仅使用未处理的对照样品,所述样品根据以上描述的测定中的敏感性或者抗性分类被分为群(pools)。这种分析方法在图3中总结。
【00136】如在图4中所示,主成分分析清楚地区分了未处理细胞表达谱与处理细胞表达谱。对照(箭头所示)彼此更相似,并且与处理样品充分分开。主要成分PCA1清楚地分辨了处理与对照样品。令人感兴趣地,在处理之前和之后,抗性细胞表达图谱(在处理和未处理的样品中都圈出)簇集在一起,而敏感样品在用PCI-24781处理后其图谱广泛地不同。这提示,识别具有最有抗性的肿瘤的患者和将他们从临床试验中排除是较容易的,而不是识别具有敏感性肿瘤的患者。
【00137】根据微阵列分析,我们识别了在PCI-24781抗性细胞中表达水平明显高于(z分数大于35)PCI-24781敏感细胞(数据没有显示)的总共44个基因(参见表3)。值得注意地,识别的生物标志基因的表达没有被PCI-24781处理改变。
素受体) | ||||
跨膜4超家族成员4 | TM4SF4 | NM_004617 | 6.54 | 12.09 |
转化生长因子α | TGFA | NM_003236 | 6.44 | 3.11 |
成纤维细胞生长因子结合蛋白1 | FGFBP1 | NM_005130 | 6.27 | 5.35 |
PTK6蛋白酪氨酸激酶6 | PTK6 | NM_005975 | 6.24 | 3.10 |
上皮V样抗原1 | EVA1 | NM_005797 | 5.96 | 4.55 |
EPH受体A2 | EPHA2 | NM_004431 | 5.90 | 2.18 |
整联蛋白,α6 | ITGA6 | NM_000210 | 5.53 | 4.09 |
肿瘤坏死因子受体超家族成员21 | TNFRSF21 | NM_014452 | 5.47 | 2.16 |
跨膜4超家族成员3 | TM4SF3 | NM_004616 | 5.32 | 3.75 |
白介素18(干扰素γ诱导因子) | IL18 | NM_001562 | 5.24 | 5.22 |
骨形态发生蛋白4 | BMP4 | NM_130850 | 4.82 | 3.91 |
神经鞘磷脂磷酸二脂酶,酸样3B | SMPDL3B | NM_014474 | 4.62 | 5.49 |
跨膜蛋白酶,丝氨酶2 | TMPRSS2 | NM_005656 | 4.62 | 3.51 |
鸟嘌呤脱氨酶 | GDA | NM_004293 | 4.56 | 6.52 |
巨噬细胞刺激1受体(c-met-相关性酪氨酸激酶) | MST1R | NM_002447 | 4.49 | 4.52 |
整联蛋白β4 | ITGB4 | NM_000213 | 4.41 | 3.98 |
膜联蛋白A3 | ANXA3 | NM_005139 | 4.11 | 3.34 |
趋化因子(C-C基序)配体15 | CCL15 | NM_032965 | 3.87 | 3.74 |
二肽酶1(肾脏) | DPEP1 | NM_004413 | 3.72 | 5.53 |
NADPH氧化酶形成体1 | NOXO1 | NM_172167 | 3.71 | 8.92 |
干扰素,α-诱导蛋白27 | IFI27 | NM_005532 | 3.69 | 3.65 |
细胞色素P450,家族3,超家族A,多肽43 | CYP3A43 | NM_057095 | 3.65 | 3.40 |
亲斑蛋白2 | PKP2 | NM_004572 | 3.54 | 3.45 |
【00138】与这些基因相关的生物通路的分析表明,同源重组、核苷酸切除修复、细胞周期和凋亡在影响对PCI-24781的敏感性的因素之中。
【00140】选择基因的TaqMan基因表达测定从Applied Biosystems(Foster City,CA)获得。在ABI PRISM7900HT序列检测系统上,对来自于每个基因的25ng总RNA进行一步RT-PCR,一式三份。每个基因的mRNA水平针对孔中的RNA量进行标准化,如使用Ribogreen(Invitrogen,Inc.,Carlsbad,CA)平行测量的。我们随后计算抗性和敏感样品中(R/S)的生物标志基因的表达水平的比,并将它们与从微阵列分析中得到的相应比值进行比较。对表3中列出的生物标志基因中的16个进行的比较分析显示在表4中。作为我们的微阵列分析的进一步确证,我们对三个基因进行TaqMan测定,如通过微阵列杂交所测定,没有发现所述三种基因的表达与PCI-24781抗性相关(参见表3中的最后三个基因)。
【00141】微阵列与结果的比较在图2中进行了图示总结。如在表4和图2中显示,通过微阵列方法发现明显上调的基因通过TaqMan方法也发现被上调,虽然后者一般产生较高的R/S比。类似地,在微阵列分析中没有明显不同表达的3个基因在TaqMan测定中也没有显示出明显差异。
【00142】令人感兴趣地,数个识别生物标志基因在之前已经针对癌症进行了研究,如DEFA6、RAB25小GTP酶、MRP3(ABCC3)和TM4SF4。另外,许多识别基因编码分泌蛋白或者露出它们细胞外区域的跨膜蛋白。编码可分泌蛋白的基因包括,如,DEFA6(NM_001926)、TM4SF4(NM_004617)、TGFA(NM_003236)、FGFBP1(NM_005130)、EPHA2(NM_004431)、TNFRSF21(NM_014452)、TMF4SF3(NM_004616)、IL18(NM_001562)、TMPRSS2(NM_005656)和CCL15(NM_032965)。
【00143】根据这些数据,我们的结论是,识别生物标志基因的子集(例如,四种或者多种)的表达模式提供“抗性标记(resistance signatures)”,其任选地用于可靠地识别对HDAC抑制剂PCI-24781有抗性或者敏感的结肠直肠肿瘤。
【00144】在确证实验中,我们发现,来自12个新诊断的、初次接受治疗的患者的离体培养原发性结肠肿瘤细胞对HDAC抑制剂PCI-24781引起的生长抑制都是敏感的(图11A)。相比之下,我们发现,在许多情况下,晚期转移性结肠肿瘤细胞对HDAC抑制剂PCI-24781引起的生长抑制有抗性(图11B),并且DEFA6mRNA表达水平在HDAC-抗性细胞中比HDAC-敏感细胞中高(图11C)。
实施例2:HDAC抑制剂化合物的功能生物标志的识别和交叉确认以及
临床指示的选择
【00145】为了确定相关肿瘤类型和识别在临床中有用的药效(PD)标志物,我们首先在小鼠中识别HDAC抑制的生物标志,并且应用它们来识别HDACi-“敏感的”组织。此过程这样进行:在HDACi处理小鼠中识别外周血单核细胞(PBMC)中的基因,所述基因的mRNA水平显示出与乙酰化微管蛋白水平相同的时程,乙酰化微管蛋白水平是HDAC抑制的标志。随后使用这些生物标志基因识别HDACi反应性小鼠组织。对应于敏感组织的原发性人肿瘤随后在离体情况下用PCI-24781进行测试,发现来自显示较高水平活性的组织的肿瘤对PCI-24781抑制是敏感的,因此确证,这种技术确实预测了敏感的肿瘤类型。
【00146】简单地说,雌性BALB/c小鼠被静脉注射50mg/kg的PCI-24781或者载体。在给药后0.25、0.5、1、2、3和8小时,收集血液和各种组织。对于乙酰化的组蛋白和微管蛋白的检测,对每一载体和药物处理的器官组收集器官/组织。用PARIS蛋白和RNA分离系统(Ambion)从样品中提取RNA和蛋白。乙酰化的和总的a-微管蛋白和组蛋白的水平通过免疫印迹来评估。
【00147】使用GE-Codelink Mouse Uniset1 10K寡核苷酸阵列测定RNA表达图谱,一式二份。针对相应的载体对照对每一处理样品进行标准化。
为了确证通过基因表达阵列分析识别的HDADi-反应性基因的表达谱,使用Applied Biosystems Inc.测定进行Taqman基因表达测定。在ABIPRISM 7700仪器上,对来自于每个样品的25ng总RNA进行一步RT-PCR,一式三份。每个基因的mRNA水平针对孔中的RNA量进行标准化,例如使用Ribogreen(Molecular Probes)平行测量的。处理的样品随后针对该时间点的载体对照进行标准化。
【00148】在用HDAC抑制剂PCI-24781处理后,一组16个基因(表5)在PBMC中的表达模式(图7A)密切追随微管蛋白乙酰化水平的增加(图7B)。
表5:HDAC抑制剂(HDACi)-反应性生物标记基因
通用名 | 描述 | 功能 |
Slc9a3r1 | 溶质运载蛋白家族9同工型3调节物1 | 离子转运 |
Ing1I | 生长家族、成员1样的抑制剂 | 细胞增殖和分化 |
Gadd45g | 生长抑制DNA损伤诱导45γ | 细胞增殖和分化;凋亡 |
Plaur | 尿激酶型纤溶酶原激活剂受体 | 多样的 |
EST | RIKEN cDNA 2810405O22基因 | 未知 |
InsI6 | 胰岛素样6 | 生物过程未知 |
Luc7I | Luc7同源物(酿酒酵母)样 | RNA加工 |
Taf9 | TAF9R NA聚合酶II | mRNA转录 |
Gadd45b | 生长抑制DNA损伤诱导45β | 细胞增殖和分化 |
Syngr2 | 突触循环蛋白2 | 未知 |
Polr2e | 聚合酶(RNA)II(DNA定向的) | mRNA转录 |
多肽E | ||
Kras2 | 小鼠c-Ki-ras癌基因 | 癌基因 |
Hspa5 | 热休克70kD蛋白5 | 应激反应 |
Fgf15 | 成纤维细胞生长因子15 | 细胞增殖和分化 |
Tuba4 | 微管蛋白,α-4 | 细胞结构 |
H2afz | H2A组蛋白家族,成员Z | 染色质包装 |
【00149】随后,我们通过定量RT-PCR和免疫印迹确证两种HDACi-反应性基因Fgf15与Syngr2的表达模式。如在图8中显示,三种不同方法获得的表达模式彼此之间紧密匹配,这提示微阵列分析可靠地识别HDACi-反应性基因。
【00150】给予PCI-24781(50mg/kg)后3小时或者8小时之后,我们随后测定各种组织中五种HDACi-反应性生物标记基因的体内表达水平。进行Taqman测定,确定在脑、结肠、肾、肝、胃、卵巢、子宫、乳腺、肌肉、心脏、肺、脾和胰腺中的mRNA表达水平。在每种组织中、在每个时间点的所有5种基因的mRNA表达水平的均值和SD在图9中显示。在生物标记组之间,组织分布模式非常有再现性。卵巢显示最高水平的诱导,接下来是子宫。
【00151】随后,获得原发性人肿瘤样品,并将活肿瘤细胞铺板在软琼脂中和用HDAC抑制剂PCI-24781处理。3天后加入氚化胸苷,2天后定量掺入DNA中的放射活性。随后根据与中值图谱(median profile)(Oncotech,Inc.Tustin,CA)的偏离将肿瘤分类为有抗性的(EDR:极度耐药)、敏感的(LDR)或者中间的(IDR)。如根据HDACi反应性生物标志基因图谱所预测,造血系统肿瘤的抗性(EDR)肿瘤比例最低,而结肠最高(38%)。参见图10和表6。在实体瘤中,卵巢有最低比例的抗性肿瘤,这与该组织的高HDACi生物标志反应性一致。
【00152】根据以上结果,我们的结论是,直向同源人生物标记的表达谱会反映人血液中的PCI-24781活性,并且作为临床中的PD标记。另外,识别的HDACi-反应性生物标记基因组准确地预测肿瘤对HDAC抑制剂处理的敏感性。
附录
HDACi化合物抗性生物标志基因的核苷酸序列
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | SEQ ID NO(序列识别号) |
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
PTPN3 | PTPN3 | AK096975 | 1 |
1 tgaatagttt gctggtagca agacggatga agacctatat gggagattct ttatctctag
61 agctagcata tttacttgca tactttgttt cttttccaca tggatatttt actgctaaat
121 ggcagaggtg ggagggagat gtcacacagt accataaccc catattgaaa acaagaaacc
181 accagaaagt ttgcagctaa ggggcagggg attcagttcc tacgcccact cagcactaac
241 tacttgcggg cctggttgct tagaagctct acctctcttt cattatctgt aaaatagaaa
301 caatacttag gactttagtt ggaacatgag gattgaataa gatcacgcta ttcatgtgac
361 tttttatcgg ctagaacagc aacagacact gctgtgggtg agttacttag aaaagtttag
421 ttatcagtga ttagcccaaa aacacatcag tcaaaaatag aatccactgg atttttgtct
481 ctctttttag agacagggtc tcactgtcgc ccaggctgga gtacagtggc atgatcattg
541 ttcactgcag cctcaaattc ctgggctcaa gcaatcctcg cacctcagcc tcctgagtag
601 ccgggactat aggcacatgc cacctcacct ggcttgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg
661 tgtgtgtgtg tgtgtgtgta gagacaggat cttgatgtgt cgcctaggct ggtctcaaac
721 tcctggcctc aagtgatctt cccacctcag cctccaaaac tgttgggatt ataggcgtga
781 gccactgtgc ccagcctaac tgggttttta tgagaggaaa atagaaaatg ctcttctaga
841 agagagagaa caagagcaca aaataatctg gactcacaaa aattcagcaa gctccaagaa
901 agggggatgg agggaacgct ggcaaaaatt taaatgccat taggatattt agcaagttat
961 tactgtttgg taaaaatgca tcatcaccct gtgtgcaaaa tgcttgcaaa gtagtctaaa
1021 tgtctttgga gatgggtgtt ttactgcttt tttccaaaaa caaattgttt attatggttg
1081 cagaaatgca gccattacgg tcacataaat ttctaaaaag cctaccaaag gttgcaagca
1141 gtcttctgcc actgggcagg ccagcagttc agacccagcg aggttgccag gaacaaatcc
1201 aggaaatact gggaagaaca agacaagaga attacctaaa agagcaaaca attcaagtaa
1261 atcctgtagc tattaccact taaaatccgt agctcaagat tcctgtttca ccaccttata
1321 cacttaagca attatactta agcctttttt tagtcctaag tgaagaacta catcagaatc
1381 aggataagta ttttgcctgg gaaatttggc tgcatatgaa tggagaagac atttacatcc
1441 tatgttctgg cactttctga aagatctaat taaacatgtt gatgtgccaa tttaatcaag
1501 atgagagatc cctgctggtg tcaccctcta gaacctgcac ttggtgtttt gactttccag
1561 aagaaaaaaa tgcaactttg gttagggggc agtggttgga tcacacagtt gtctttcgtt
1621 tcctaccaca gtaattcata tttaaatatg cttttagatt agtgtggata ctattgctgc
1681 tgtgttgcta cctgaccttt ttctgggggg ggtacctcag aaatgagcat ttgagggcaa
1741 gcgaaaaagc cctcttcatc ctccagaggc aacaaagagg cagcagaaat ggggaaagat
1801 tgtgagaggc agggcttggg tctagacctg gacttaggca agatatgttg ccctcaaccc
1861 tgagttttct tatatgtaaa aagggaaggt tgggctggac tagatgaggt caagatttgc
1921 cattctggga ggctgatatt ccagagaatc aaaattaatc ctaaaccaaa gctttatggc
1981 tgctacagag acatgtcaca tttctgagac ttgtcaccaa gagtttgtcc ctcagacttt
2041 ggcgctgttg aatgcaaaga caaggatggc caccttctgg ttcttgcctg ttgtcctcag
2101 ctgagagcag tctcggtaaa ggtggcaaag attctgtgac ctcagaccgg ggaccaaatg
2161 cttgggagtc tgatggccgg gctgggccac cattctcata gctctcattc tgtttggagc
2221 aaccaaagga tttgtgtgaa gttatttgga aaaggacctt aactgagcag taatcttttt
2281 tctgtatatt tggaatgttt ttcattctga cctgttctgt cagtgattct actgaaaaac
2341 aatttaatca atataaaaat gttcaagcta tgcaac
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
ATP结合盒,亚家族C(CFTR/MRP),成员3 | ABCC3 | NM_020037 | 2 |
1 ctccggcgcc cgctctgccc gccgctgggt ccgaccgcgc tcgccttcct tgcagccgcg
61 cctcggcccc atggacgccc tgtgcggttc cggggagctc ggctccaagt tctgggactc
121 caacctgtct gtgcacacag aaaacccgga cctcactccc tgcttccaga actccctgct
181 ggcctgggtg ccctgcatct acctgtgggt cgccctgccc tgctacttgc tctacctgcg
241 gcaccattgt cgtggctaca tcatcctctc ccacctgtcc aagctcaaga tggtcctggg
301 tgtcctgctg tggtgcgtct cctgggcgga ccttttttac tccttccatg gcctggtcca
361 tggccgggcc cctgcccctg ttttctttgt cacccccttg gtggtggggg tcaccatgct
421 gctggccacc ctgctgatac agtatgagcg gctgcagggc gtacagtctt cgggggtcct
481 cattatcttc tggttcctgt gtgtggtctg cgccatcgtc ccattccgct ccaagatcct
541 tttagccaag gcagagggtg agatctcaga ccccttccgc ttcaccacct tctacatcca
601 ctttgccctg gtactctcta ccctcatctt ggcctgcttc agggagaaac ctccattttt
661 ctccgcaaag aatgtcgacc ctaaccccta ccctgagacc agcgctggct ttctctcccg
721 cctgtttttc tggtggttca caaagatggc catctatggc taccggcatc ccctggagga
781 gaaggacctc tggtccctaa aggaagagga cagatcccag atggtggtgc agcagctgct
841 ggaggcatgg aggaagcagg aaaagcagac ggcacgacac aaggcttcag cagcacctgg
901 gaaaaatgcc tccggcgagg acgaggtgct gctgggtgcc cggcccaggc cccggaagcc
961 ctccttcctg aaggccctgc tggccacctt cggctccagc ttcctcatca gtgcctgctt
1021 caagcttatc caggacctgc tctccttcat caatccacag ctgctcagca tcctgatcag
1081 gtttatctcc aaccccatgg ccccctcctg gtggggcttc ctggtggctg ggctgatgtt
1141 cctgtgctcc atgatgcagt cgctgatctt acaacactat taccactaca tctttgtgac
1201 tggggtgaag tttcgtactg ggatcatggg tgtcatctac aggaaggctc tggttatcac
1261 caactcagtc aaacgtgcgt ccactgtggg ggaaattgtc aacctcatgt cagtggatgc
1321 ccagcgcttc atggaccttg cccccttcct caatctgctg tggtcagcac ccctgcagat
1381 catcctggcg atctacttcc tctggcagaa cctaggtccc tctgtcctgg ctggagtcgc
1441 tttcatggtc ttgctgattc cactcaacgg agctgtggcc gtgaagatgc gcgccttcca
1501 ggtaaagcaa atgaaattga aggactcgcg catcaagctg atgagtgaga tcctgaacgg
1561 catcaaggtg ctgaagctgt acgcctggga gcccagcttc ctgaagcagg tggagggcat
1621 caggcagggt gagctccagc tgctgcgcac ggcggcctac ctccacacca caaccacctt
1681 cacctggatg tgcagcccct tcctggtgac cctgatcacc ctctgggtgt acgtgtacgt
1741 ggacccaaac aatgtgctgg acgccgagaa ggcctttgtg tctgtgtcct tgtttaatat
1801 cttaagactt cccctcaaca tgctgcccca gttaatcagc aacctgactc aggccagtgt
1861 gtctctgaaa cggatccagc aattcctgag ccaagaggaa cttgaccccc agagtgtgga
1921 aagaaagacc atctccccag gctatgccat caccatacac agtggcacct tcacctgggc
1981 ccaggacctg ccccccactc tgcacagcct agacatccag gtcccgaaag gggcactggt
2041 ggccgtggtg gggcctgtgg gctgtgggaa gtcctccctg gtgtctgccc tgctgggaga
2101 gatggagaag ctagaaggca aagtgcacat gaagggctcc gtggcctatg tgccccagca
2161 ggcatggatc cagaactgca ctcttcagga aaacgtgctt ttcggcaaag ccctgaaccc
2221 caagcgctac cagcagactc tggaggcctg tgccttgcta gctgacctgg agatgctgcc
2281 tggtggggat cagacagaga ttggagagaa gggcattaac ctgtctgggg gccagcggca
2341 gcgggtcagt ctggctcgag ctgtttacag tgatgccgat attttcttgc tggatgaccc
2401 actgtccgcg gtggactctc atgtggccaa gcacatcttt gaccacgtca tcgggccaga
2461 aggcgtgctg gcaggcaaga cgcgagtgct ggtgacgcac ggcattagct tcctgcccca
2521 gacagacttc atcattgtgc tagctgatgg acaggtgtct gagatgggcc cgtacccagc
2581 cctgctgcag cgcaacggct cctttgccaa ctttctctgc aactatgccc ccgatgagga
2641 ccaagggcac ctggaggaca gctggaccgc gttggaaggt gcagaggata aggaggcact
2701 gctgattgaa gacacactca gcaaccacac ggatctgaca gacaatgatc cagtcaccta
2761 tgtggtccag aagcagttta tgagacagct gagtgccctg tcctcagatg gggagggaca
2821 gggtcggcct gtaccccgga ggcacctggg tccatcagag aaggtgcagg tgacagaggc
2881 gaaggcagat ggggcactga cccaggagga gaaagcagcc attggcactg tggagctcag
2941 tgtgttctgg gattatgcca aggccgtggg gctctgtacc acgctggcca tctgtctcct
3001 gtatgtgggt caaagtgcgg ctgccattgg agccaatgtg tggctcagtg cctggacaaa
3061 tgatgccatg gcagacagta gacagaacaa cacttccctg aggctgggcg tctatgctgc
3121 tttaggaatt ctgcaagggt tcttggtgat gctggcagcc atggccatgg cagcgggtgg
3181 catccaggct gcccgtgtgt tgcaccaggc actgctgcac aacaagatac gctcgccaca
3241 gtccttcttt gacaccacac catcaggccg catcctgaac tgcttctcca aggacatcta
3301 tgtcgttgat gaggttctgg cccctgtcat cctcatgctg ctcaattcct tcttcaacgc
3361 catctccact cttgtggtca tcatggccag cacgccgctc ttcactgtgg tcatcctgcc
3421 cctggctgtg ctctacacct tagtgcagcg cttctatgca gccacatcac ggcaactgaa
3481 gcggctggaa tcagtcagcc gctcacctat ctactcccac ttttcggaga cagtgactgg
3541 tgccagtgtc atccgggcct acaaccgcag ccgggatttt gagatcatca gtgatactaa
3601 ggtggatgcc aaccagagaa gctgctaccc ctacatcatc tccaaccggt cagaagccgc
3661 ctccctcgct ccctgctcct ccaggaattc ccagcaggct ctctggtgtt cagggtcctt
3721 gtccctcctt tcccctaagc agaaaactgg ccctgccctg cccctgcccc atttcctcct
3781 catctgatcc cccataggcg gctgagcatc ggagtggagt tcgtggggaa ctgcgtggtg
3841 ctctttgctg cactatttgc cgtcatcggg aggagcagcc tgaacccggg gctggtgggc
3901 ctttctgtgt cctactcctt gcaggtgaca tttgctctga actggatgat acgaatgatg
3961 tcagatttgg aatctaacat cgtggctgtg gagagggtca aggagtactc caagacagag
4021 acagaggcgc cctgggtggt ggaaggcagc cgccctcccg aaggttggcc cccacgtggg
4081 gaggtggagt tccggaatta ttctgtgcgc taccggccgg gcctagacct ggtgctgaga
4141 gacctgagtc tgcatgtgca cggtggcgag aaggtgggga tcgtgggccg cactggggct
4201 ggcaagtctt ccatgaccct ttgcctgttc cgcatcctgg aggcggcaaa gggtgaaatc
4261 cgcattgatg gcctcaatgt ggcagacatc ggcctccatg acctgcgctc tcagctgacc
4321 atcatcccgc aggaccccat cctgttctcg gggaccctgc gcatgaacct ggaccccttc
4381 ggcagctact cagaggagga catttggtgg gctttggagc tgtcccacct gcacacgttt
4441 gtgagctccc agccggcagg cctggacttc cagtgctcag agggcgggga gaatctcagc
4501 gtgggccaga ggcagctcgt gtgcctggcc cgagccctgc tccgcaagag ccgcatcctg
4561 gttttagacg aggccacagc tgccatcgac ctggagactg acaacctcat ccaggctacc
4621 atccgcaccc agtttgatac ctgcactgtc ctgaccatcg cacaccggct taacactatc
4681 atggactaca ccagggtcct ggtcctggac aaaggagtag tagctgaatt tgattctcca
4741 gccaacctca ttgcagctag aggcatcttc tacgggatgg ccagagatgc tggacttgcc
4801 taaaatatat tcctgagatt tcctcctggc ctttcctggt tttcatcagg aaggaaatga
4861 caccaaatat gtccgcagaa tggacttgat agcaaacact gggggcacct taagattttg
4921 cacctgtaaa gtgccttaca gggtaactgt gctgaatgct ttagatgagg aaatgatccc
4981 caagtggtga atgacacgcc taaggtcaca gctagtttga gccagttaga ctagtccccc
5041 ggtctcccga ttcccaactg agtgttattt gcacactgca ctgttttcaa ataacgattt
5101 tatgaaatga cctctgtcct ccctctgatt tttcatattt tcctaaagtt tcgtttctgt
5161 tttttaataa aaagcttttt cctcctggaa cagaagacag ctgctgggtc aggccacccc
5221 taggaactca gtcctgtact ctggggtgct gcctgaatcc attaaaaatg ggagtactga
5281 tgaaataaaa ctacatggtc aacagtaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
特异性雄激素调节蛋白 | SARG | NM_023938 | 3 |
1 gtgggggcca ggcagcacag atgaagcatt tacctatcta ggtaagtcag gaggagctca
61 aaaggagaag aaaacagtag gaggcagggg aagcagcctc tgtctccatc tctgcccttt
121 gaaacaaaag ggtatttctt ttctctcttc agcccccaac ccagtggagg cccggcttgg
181 gacattgttc acttcccctc gcttcccctc tagaagcccc ctttgccatc cctgcacctt
241 gtttcgggtg atgcccgaga gggagctgtg gccagcgggg actggctcag aacccgtgac
301 ccgtgtcggc agctgtgaca gcatgatgag cagcacctcc acccgctctg gatctagtga
361 tagcagctac gacttcctgt ccactgaaga gaaggagtgt ctgctcttcc tggaggagac
421 cattggctca ctggacacgg aggctgacag cggactgtcc actgacgagt ctgagccagc
481 cacaactccc agaggtttcc gagcactgcc cataacccaa cccactcccc ggggaggtcc
541 agaggagacc atcactcagc aaggacgaac gccaaggaca gtaactgagt ccagctcatc
601 ccaccctcct gagccccagg gcctaggcct caggtctggc tcctacagcc tccctaggaa
661 tatccacatt gccagaagcc agaacttcag gaaaagcacc acccaggcta gcagtcacaa
721 ccctggagaa ccggggaggc ttgcgccaga gcctgagaaa gaacaggtca gccagagcag
781 ccaacccagg caggcacctg ccagccccca ggaggctgcc cttgacttgg acgtggtgct
841 catccctccg ccagaagctt tccgggacac ccagccagag cagtgtaggg aagccagcct
901 gcccgagggg ccaggacagc agggccacac accccagctc cacacaccat ccagctccca
961 ggaaagagag cagactcctt cagaagccat gtcccaaaaa gccaaggaaa cagtctcaac
1021 caggtacaca caaccccagc ctcctcctgc agggttgcct cagaatgcaa gagctgaaga
1081 tgctcccctc tcatcagggg aggacccaaa cagccgacta gctcccctca caacccctaa
1141 gccccggaag ctgccaccta atattgttct gaagagcagc cgaagcagtt tccacagtga
1201 cccccagcac tggctgtccc gccacactga ggctgcccct ggagattctg gcctgatctc
1261 ctgttcactg caagagcaga gaaaagcacg taaagaagct ctagagaagc tggggctacc
1321 ccaggatcaa gatgagcctg gactccactt aagtaagccc accagctcca tcagacccaa
1381 ggagacacgg gcccagcatc tgtccccagc tccaggtctg gctcagcctg cagctccagc
1441 ccaggcctca gcagctattc ctgctgctgg gaaggctctg gctcaagctc cggctccagc
1501 tccaggtcca gctcagggac ctttgccaat gaagtctcca gctccaggca atgttgcagc
1561 tagcaaatct atgccaattc ctatccctaa ggccccaagg gcaaacagtg ccctgactcc
1621 accgaagcca gagtcagggc tgactctcca ggagagcaac acccctggcc tgagacagat
1681 gaacttcaag tccaacactc tggagcgctc aggcgtggga ctgagcagct acctttcaac
1741 tgagaaagat gccagcccca aaaccagcac ttctctggga aagggctcct tcttggacaa
1801 gatctcgccc agtgtcttac gtaattctcg gccccgcccg gcctccctgg gcacggggaa
1861 agattttgca ggtatccagg taggcaagct ggctgacctg gagcaggagc agagctccaa
1921 gcgcctgtcc taccaaggac agagccgtga caagcttcct cgccccccct gtgtcagtgt
1981 caagatctcc ccaaagggtg tccccaatga acacagaagg gaggccctga agaagctggg
2041 actgttgaag gagtagactc tgcgaccagt acagaccctg tcctggctga acaagaagag
2101 acacatgctc cacttgggag cctttgccac cacgcaactc agggctcaag atgaatggga
2161 gggagagatt tgagtccaag catacattta tattcagtgt tgtgccattg agttcccatg
2221 tggatcattc tgaaggtgat ctccacaaga gggtgtgtgt gtgtgtgttt ggtgtgtgtg
2281 tggagggggg gccgctggat acatcactga agctattgat ataacacaat gagtcactgt
2341 tcagaatttt gctcttgtta gatgttttct tacattgggt agagtccagc ctagtgagag
2401 ctgagtgaag gggctggcca tgcctgagac aaaaagtcaa atgagacaat ggacgtgtca
2461 atgacttgaa aaaaagtcac atccagcaaa tgcagggtca catgaaatat gggcctcctg
2521 gaatccctac agtggatgga gactggctca taccttgcca gatccctctc tcagttccag
2581 ccttctggac aaggcctggg ctaagaggag ctgattcgtt atctcttcac ccactgccct
2641 ctcagtatca ccagtcccaa agacaggata cgtccctgta acccaatctc tcggttgatt
2701 gatagcagaa cagctcttgt tggtctgaga aggcaggata agtgaccaca tatttatgcc
2761 actacctcca ccagggagag tccttctcca caggcttgat aaattcaatc accaactgtg
2821 ctgtcgtccc tgactctgct actcccgttc ttcctgcttt cctgctccgt atctcagtct
2881 gcactgaccc cagggctggg ctgacatcaa gatgggagcc cagcccacgg gctttataaa
2941 cacccaagaa ccgtttcaga tcttctctgt gctgatgcag gtagttttaa atttttctca
3001 gttccagtga tagaaaaccc acacaataca tcctctgcca gtcttaatag aatatcagag
3061 gtaagagggg cctcagagaa gctctgacgc agtgctgctg gggaagggaa gtgactaacc
3121 ccgggtcagc ctgccattta gggaaagagc tgaggttctt acccttgttg catgctgcca
3181 cctctcctta gccagtgctc ttgtacatcc acacagcacc ctaaggagcc atagtcacca
3241 tcaaagactc aaccctaagg cccttcaaga tctcaaagtg ccttctgaag catcagagat
3301 taaatattgt tcaaactaat agttattgct gtggctttta attttatctt tggaagatag
3361 ctatatggta actcatcatt aaccagaaca cctctcccct caaattccgt gaccaagttg
3421 tgcagcttga gcaaatgccg aaagagggta ttatgggtgg gtggtgtggg cttgcaaata
3481 caagcttgga ggtgagacat ggccagacat gactcctgct tccccttagg aagtaaatct
3541 tacttatggt tgtgaactgc ttggagtcca ggatgcccag atgtgagggg cagatgaagg
3601 gaatgttgct ggaaaggtgc cttttaaggc tgctgagaat ttctggactg tgtcctgatg
3661 gacgcagcac catcaaagcc cagaatttct gaaaacggtg acaaggttaa cataaggaca
3721 acaaatactc caccctgtca tggtatgtga ggtgtgggtg tggcggtttc tgtgtacgtt
3781 tgctcataca cgcacatcca aaagcctgtg cctcattcct ggccatgggt gaggacttgg
3841 tctgtcacgg ctgatgagga ctcccacaac cggccaagtt atgtcttatt atacaccccc
3901 agaaagagag aaagctgcct tctggaggac tgattccaca tgctatattc agctgagttg
3961 atttctgtgt ctatttcaac ccataacctg aagaatgatc accttattcc ttattcatta
4021 attttcttga ttaataggga aacttgggaa tagctataaa gtaaaacttg ggtggaacct
4081 ggggccctgg catcacacaa gtgtgattag gatggtcaag gtcatcagga gtacagccta
4141 ttatattccc acatcctgag aaaggtcatt tctcccacac acgacaaagt cacagacatc
4201 ctgcacctgc cactaggcat cctcatccta ctgacatgcc catttctcca gttttcttaa
4261 tctgagactc ccttcccttg ttttttaaag ataccgtgct tctccacatc ctcatccttc
4321 aaggagcata ttttgctctt aggatggtct ttgggattca agaatagaat aataaatcca
4381 aacttggtca ttcccatttt gaagagatgc aagagggccc agtgaggaca tccgcctccc
4441 tgaaagtggt gctagacaga gctgaggtca ttgtatctgt gtatccacat aggatttctc
4501 ttaattcagc ttgaattgat ggggagggag gtaagagtag ggtcagagtt actcatccct
4561 tttcaaagaa ttgtgggtgg aagtttgtaa aggccattca tttgattttc aaaatcaaag
4621 cgacagctct acttccactt ggccttagat ctctgctata ccctgccata gccttgatgc
4681 cactgggcac aagccacctg ccaaatacag gagtggcctc tcccagcctg gcatgatagg
4741 ggggtctgtg ccctcagatg tgttgacagc tgctcttctg aattgccaca cctgtgctac
4801 acttggaatt ctgtgctctg actctgcagg gtaggaccac gtgccatctc acacagaggt
4861 caaccgatga gcccactcac tcgtacatgc cttcttccac agtgggaagc atgatctggc
4921 aggggccgcc ctgtaggctg gggatgggct gctgtgtgaa tgttgacgtt cgtttcatgg
4981 agaaagggga ggtgaaagat tgaagagcag gttcctgtca atgttctgag ttcgagctgg
5041 aggtgtagat tgaatagtct acatggtctg tgagtgtgtg agatgaaccc ttccatcctt
5101 tgacacctgg ttgtatgtgt aggctaagaa ggaaggaccc tcctgtcagt gtgcaaagct
5161 gtaatctcat ggactagagg agagggggcc aaggggatgg acaggagaag tcatgcagaa
5221 tctaagcagg aatgcagata gaacacatct aggctctttt ccccaggaga gtgatgatgg
5281 agcatataga tctggctcaa attcagcctc catcacttac cagtcaggaa ccctggcgat
5341 atcactttaa ctttctgaac ctcagagtct tcacctataa gacggggaaa ataataccac
5401 cctttcaaga ttgttgagat aaataagtga tataaaacat gtaaagctta gttctggcca
5461 cagtgtagct actcaataaa tgataatact
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
磷脂酸磷酸酶2C型 | PPAP2C | NM_177526 | 4 |
1 ctcctctccg cgcggggcgg gctccgcgcc acgtgactcc gcggccgggc cgggacgcga
61 cgggacgcgc tgggaccggc gtcgggggtc gcggggacca tgcagcggag cctccctgcc
121 cttcgctatc ctgacgctgg tgaacgcccc gtacaagcga ggattttact gcggggatga
181 ctccatccgg tacccctacc gtccagatac catcacccac gggctcatgg ctggggtcac
241 catcacggcc accgtcatcc ttgtctcggc cggggaagcc tacctggtgt acacagaccg
301 gctctattct cgctcggact tcaacaacta cgtggctgct gtatacaagg tgctggggac
361 cttcctgttt ggggctgccg tgagccagtc tctgacagac ctggccaagt acatgattgg
421 gcgtctgagg cccaacttcc tagccgtctg cgaccccgac tggagccggg tcaactgctc
481 ggtctatgtg cagctggaga aggtgtgcag gggaaaccct gctgatgtca ccgaggccag
541 gttgtctttc tactcgggac actcttcctt tgggatgtac tgcatggtgt tcttggcgct
601 gtatgtgcag gcacgactct gttggaagtg ggcacggctg ctgcgaccca cagtccagtt
661 cttcctggtg gcctttgccc tctacgtggg ctacacccgc gtgtctgatt acaaacacca
721 ctggagcgat gtccttgttg gcctcctgca gggggcactg gtggctgccc tcactgtctg
781 ctacatctca gacttcttca aagcccgacc cccacagcac tgtctgaagg aggaggagct
841 ggaacggaag cccagcctgt cactgacgtt gaccctgggc gaggctgacc acaaccacta
901 tggatacccg cactcctcct cctgaggccg gaccccgccc aggcagggag ctgctgtgag
961 tccagctgag gcccacccag gtggtccctc cagccctggt taggcactga gggctctgga
1021 cgggctccag gaaccctggg ctgatgggag cagtgagcgg gctccgctgc cccctgccct
1081 gcactggacc aggagtctgg agatgcctgg gtagccctca gcatttggag gggaacctgt
1141 tcccgtcggt ccccaaatat ccccttcttt ttatggggtt aaggaaggga ccgagagatc
1201 agatagttgc tgttttgtaa aatgtaatgt atatgtggtt tttagtaaaa tagggcacct
1261 gtttcacaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
神经增殖、分化和控制,1 | NPDC1 | NM_015392 | 5 |
1 gcgcgcctcg ccggcgcctc catcccggat ccttgctgca gcgtcagcgc cgccgcccgt
61 gcctttcctc ttcctcctcc tcctccttgg catccgcctc ttcttcctcc tgcgtcctcc
121 cccgctgcct ccgctgctcc cgacgcggag cccggagccc gcgccgagcc cctggcctcg
181 cggtgccatg ctgccccggc ggcggcgctg aaggatggcg acgccgctgc ctccgccctc
241 cccgcggcac ctgcggctgc tgcggctgct gctctccggc ctcgtcctcg gcgccgccct
301 gcgtggagcc gccgccggcc acccggatgt agccgcctgt cccgggagcc tggactgtgc
361 cctgaagagg cgggcaaggt gtcctcctgg tgcacatgcc tgtgggccct gccttcagcc
421 cttccaggag gaccagcaag ggctctgtgt gcccaggatg cgccggcctc caggcggggg
481 ccggccccag cccagactgg aagatgagat tgacttcctg gcccaggagc ttgcccggaa
541 ggagtctgga cactcaactc cgcccctacc caaggaccga cagcggctcc cggagcctgc
601 caccctgggc ttctcggcac gggggcaggg gctggagctg ggcctcccct ccactccagg
661 aacccccacg cccacgcccc acacctccat gggctcccct gtgtcatccg acccggtgca
721 catgtcgccc ctggagcccc ggggagggca aggcgacggc ctcgcccttg tgctgatcct
781 ggcgttctgt gtggccggtg cagccgccct ctccgtagcc tccctctgct ggtgcaggct
841 gcatcgtgag atccgcctga ctcagaaggc cgactacgcc actgcgaagg cccctggctc
901 acctgcagct ccccggatct cgcctgggga ccaacggctg gcacagagcg cggagatgta
961 ccactaccag caccaacggc aacagatgct gtgcctggag cggcataaag agccacccaa
1021 ggagctggac acggcctcct cggatgagga gaatgaggac ggagacttca cggtgtacga
1081 gtgcccgggc ctggccccga ccggggaaat ggaggtgcgc aaccctctgt tcgaccacgc
1141 cgcactgtcc gcgcccctgc cggcccccag ctcaccgcct gcactgccat gacctggagg
1201 cagacagacg cccacctgct ccccgacctc gaggcccccg gggaggggca gggcctggag
1261 cttcccacta aaaacatgtt ttgatgctgt gtgcttttgg ctgggcctcg ggctccaggc
1321 cctgggaccc cttgccaggg agacccccga acctttgtgc caggacacct cctggtcccc
1381 tgcacctctc ctgttcggtt tagaccccca aactggaggg ggcatggaga accgtagagc
1441 gcaggaacgg gtgggtaatt ctagagacaa aagccaatta aagtccattt cagaaaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
C-末端张力蛋白样 | CTEN | NM_032865 | 6 |
1 gggcaacagt ctgcccacct gtggacacca gatcctggga gctcctggtt agcaagtgag
61 atctctggga tgtcagtgag gctggttgaa gaccagaggt aaactgcaga ggtcaccacc
121 cccaccatgt cccaggtgat gtccagccca ctgctggcag gaggccatgc tgtcagcttg
181 gcgccttgtg atgagcccag gaggaccctg cacccagcac ccagccccag cctgccaccc
241 cagtgttctt actacaccac ggaaggctgg ggagcccagg ccctgatggc ccccgtgccc
301 tgcatggggc cccctggccg actccagcaa gccccacagg tggaggccaa agccacctgc
361 ttcctgccgt cccctggtga gaaggccttg gggaccccag aggaccttga ctcctacatt
421 gacttctcac tggagagcct caatcagatg atcctggaac tggaccccac cttccagctg
481 cttcccccag ggactggggg ctcccaggct gagctggccc agagcaccat gtcaatgaga
541 aagaaggagg aatctgaagc cttggacata aagtacatcg aggtgacctc cgccagatca
601 aggtgccacg attggcccca gcactgctcc agcccctctg tcaccccgcc cttcggctcc
661 cctcgcagtg gtggcctcct cctttccaga gacgtccccc gagagacacg aagcagcagt
721 gagagcctca tcttctctgg gaaccagggc agggggcacc agcgccctct gcccccctca
781 gagggtctct cccctcgacc cccaaattcc cccagcatct caatcccttg catggggagc
841 aaggcctcga gcccccatgg tttgggctcc ccgctggtgg cttctccaag actggagaag
901 cggctgggag gcctggcccc acagcggggc agcaggatct ctgtgctgtc agccagccca
961 gtgtctgatg tcagctatat gtttggaagc agccagtccc tcctgcactc cagcaactcc
1021 agccatcagt catcttccag atccttggaa agtccagcca actcttcctc cagcctccac
1081 agccttggct cagtgtccct gtgtacaaga cccagtgact tccaggctcc cagaaacccc
1141 accctaacca tgggccaacc cagaacaccc cactctccac cactggccaa agaacatgcc
1201 agcatctgcc ccccatccat caccaactcc atggtggaca tacccattgt gctgatcaac
1261 ggctgcccag aaccagggtc ttctccaccc cagcggaccc caggacacca gaactccgtt
1321 caacctggag ctgcttctcc cagcaacccc tgtccagcca ccaggagcaa cagccagacc
1381 ctgtcagatg ccccctttac cacatgccca gagggtcccg ccagggacat gcagcccacc
1441 atgaagttcg tgatggacac atctaaatac tggtttaagc caaacatcac ccgagagcaa
1501 gcaatcgagc tgctgaggaa ggaggagcca ggggcttttg tcataaggga cagctcttca
1561 taccgaggct ccttcggcct ggccctgaag gtgcaggagg ttcccgcgtc tgctcagaat
1621 cgaccaggtg aggacagcaa tgacctcatc cgacacttcc tcatcgagtc gtctgccaaa
1681 ggagtgcatc tcaaaggagc agatgaggag ccctactttg ggagcctctc tgccttcgtg
1741 tgccagcatt ccatcatggc cctggccctg ccctgcaaac tcaccatccc acagagagaa
1801 ctgggaggtg cagatggggc ctcggactct acagacagcc cagcctcctg ccagaagaaa
1861 tctgcgggct gccacaccct gtacctgagc tcagtgagcg tggagaccct gactggagcc
1921 ctggccgtgc agaaagccat ctccaccacc tttgagaggg acatcctccc cacgcccacc
1981 gtggtccact tcgaagtcac agagcagggc atcactctga ctgatgtcca gaggaaggtg
2041 tttttccggc gccattaccc actcaccacc ctccgcttct gtggtatgga ccctgagcaa
2101 cggaagtggc agaagtactg caaaccctcc tggatctttg ggtttgtggc caagagccag
2161 acagagcctc aggagaacgt atgccacctc tttgcggagt atgacatggt ccagccagcc
2221 tcgcaggtca tcggcctggt gactgctctg ctgcaggacg cagaaaggat gtaggggaga
2281 gactgcctgt gcacctaacc aacacctcca ggggctcgct aaggagcccc cctccacccc
2341 ctgaatgggt gtggcttgtg gccatattga cagaccaatc tatgggacta gggggattgg
2401 catcaagttg acacccttga acctgctatg gccttcagca gtcaccatca tccagacccc
2461 ccgggcctca gtttcctcaa tcatagaaga agaccaatag acaagatcag ctgttcttag
2521 atgctggtgg gcatttgaac atgctcctcc atgattctga agcatgcaca cctctgaaga
2581 cccctgcatg aaaataacct ccaaggaccc tctgacccca tcgacctggg ccctgcccac
2641 acaacagtct gagcaagaga cctgcagccc ctgtttcgtg gcagacagca ggtgcctggc
2701 ggtgacccac ggggctcctg gcttgcagct ggtgatggtc aagaactgac tacaaaacag
2761 gaatggatag actctatttc cttccatatc tgttcctctg ttccttttcc cactttctgg
2821 gtggcttttt gggtccaccc agccaggatg ctgcaggcca agctgggtgt ggtatttagg
2881 gcagctcagc agggggaact tgtccccatg gtcagaggag acccagctgt cctgcacccc
2941 cttgcagatg agtatcaccc catcttttct ttccacttgg tttttatttt tatttttttt
3001 gagacagagt ctcactgtca cccaggctga actgcagtgg tgtgatctag gctcactgca
3061 acctccacct cccaggttca agcaattatc ctgcctcagg ctcccgagta gctgggatta
3121 caggcatgtg caactcaccc agctaatttt gtatttttag tagagacagg gtttcaccat
3181 gttggccagg ctggtcttga actcctgacc gcaggtaatc cacctgcttc ggcctcccaa
3241 agtgctggga ttacaggcgc aagccaccca gcccagcttc tttccattcc ttgataggcg
3301 agtattccaa agctggtatc gtagctgccc taatgttgca tattaggcgg cgggggcaga
3361 gataagggcc atctctctgt gattctgcct cagctcctgt cttgctgagc cctcccccaa
3421 cccacgctcc aacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca
3481 cacgcccctc tactgctatg tggcttcaac cagcctcaca gccacacggg ggaagcagag
3541 agtcaagaat gcaaagaggc cgcttcccta agaggcttgg aggagctggg ctctatccca
3601 cacccacccc caccccaccc ccacccagcc tccagaagct ggaaccattt ctcccgcagg
3661 cctgagttcc taaggaaacc accctaccgg ggtggaaggg agggtcaggg aagaaaccca
3721 ctcttgctct acgaggagca agtgcctgcc ccctcccagc agccagccct gccaaagttg
3781 cattatcttt ggccaaggct gggcctgacg gttatgattt cagccctggg cctgcaggag
3841 aggctgagat cagcccaccc agccagtggt cgagcactgc cccgccgcca aagtctgcag
3901 aatgtgagat gaggttctca aggtcacagg ccccagtccc agcctggggg ctggcagagg
3961 cccccatata ctctgctaca gctcctatca tgaaaaataa aatgt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
RAB25,成员RAS致癌基因家族 | RAB25 | NM_020387 | 7 |
1 ctctgcttcc ttacagcacc cccacctgcc agagctgatc ctccctaggc cctgcctaac
61 cttgagttgg cccccaatcc ctctggctgc agaagtcccc ttacccccaa tgagaggagg
121 ggcaggacca gatcttttga gagctgaggg ttgagggcat tgagccaacacacagatttg
181 tcgcctctgt ccccgaagac acctgcaccc tccatgcgga gccaagatggggaatggaac
241 tgaggaagat tataactttg tcttcaaggt ggtgctgatc ggcgaatcaggtgtggggaa
301 gaccaatcta ctctcccgat tcacgcgcaa tgagttcagc cacgacagccgcaccaccat
361 cggggttgag ttctccaccc gcactgtgat gttgggcacc gctgctgtcaaggctcagat
421 ctgggacaca gctggcctgg agcggtaccg agccatcacc tcggcgtactatcgtggtgc
481 agtgggggcc ctcctggtgt ttgacctaac caagcaccag acctatgctgtggtggagcg
541 atggctgaag gagctctatg accatgctga agccacgatc gtcgtcatgctcgtgggtaa
601 caaaagtgac ctcagccagg cccgggaagt gcccactgag gaggcccgaatgttcgctga
661 aaacaatgga ctgctcttcc tggagacctc agccctggac tctaccaatgttgagctagc
721 ctttgagact gtcctgaaag aaatctttgc gaaggtgtcc aagcagagacagaacagcat
781 ccggaccaat gccatcactc tgggcagtgc ccaggctgga caggagcctggccctgggga
841 gaagagggcc tgttgcatca gcctctgacc ttggccagca ccacctgcccccactggctt
901 tttggtgccc cttgtcccca cttcagcccc aggacctttc cttgccctttggttccagat
961 atcagactgt tccctgttca cagcaccctc agggtcttaa ggtcttcatgccctatcaca
1021 aatacctctt ttatctgtcc acccctcaca gactaggacc ctcaaataaagctgttttat
1081 atcaaaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
铁转运辅助蛋白 | HEPH | NM_138737 | 8 |
1 gcccagcctg cctggagaaa agtgtctgct cctagccaag atctcctcat cacaaaagta
61 atgtgggcca tggagtcagg ccacctcctc tgggctctgc tgttcatgca gtccttgtgg
121 cctcaactga ctgatggagc cactcgagtc tactacctgg gcatccgggatgtgcagtgg
181 aactatgctc ccaagggaag aaatgtcatc acgaaccagc ctctggacagtgacatagtg
241 gcttccagct tcttaaagtc tgacaagaac cggatagggg gaacctacaagaagaccatc
301 tataaagaat acaaggatga ctcatacaca gatgaagtgg cccagcctgcctggttgggc
361 ttcctggggc cagtgttgca ggctgaagtg ggggatgtca ttcttattcacctgaagaat
421 tttgccactc gtccctatac catccaccct catggtgtct tctacgagaaggactctgaa
481 ggttccctat acccagatgg ctcctctggg ccactgaaag ctgatgactctgttcccccg
541 gggggcagcc atatctacaa ctggaccatt ccagaaggcc atgcacccaccgatgctgac
601 ccagcgtgcc tcacctggat ctaccattct catgtagatg ctccacgagacattgcaact
661 ggcctaattg ggcctctcat cacctgtaaa agaggagccc tggatgggaactcccctcct
721 caacgccagg atgtagacca tgatttcttc ctcctcttca gtgtggtagatgagaacctc
781 agctggcatc tcaatgagaa cattgccact tactgctcag atcctgcttcagtggacaaa
841 gaagatgaga catttcagga gagcaatagg atgcatgcaa tcaatggctttgtttttggg
901 aatttacctg agctgaacat gtgtgcacag aaacgtgtgg cctggcacttgtttggcatg
961 ggcaatgaaa ttgatgtcca cacagcattt ttccatggac agatgctgactacccgtgga
1021 caccacactg atgtggctaa catctttcca gccacctttg tgactgctgagatggtgccc
1081 tgggaacctg gtacctggtt aattagctgc caagtgaaca gtcactttcgagatggcatg
1141 caggcactct acaaggtcaa gtcttgctcc atggcccctc ctgtggacctgctcacaggc
1201 aaagttcgac agtacttcat tgaggcccat gagattcaat gggactatggcccgatgggg
1261 catgatggga gtactgggaa gaatttgaga gagccaggca gtatctcagataagtttttc
1321 cagaagagct ccagccgaat tgggggcact tactggaaag tgcgatatgaagcctttcaa
1381 gatgagacat tccaagagaa gatgcatttg gaggaagata ggcatcttggaatcctgggg
1441 ccagtgatcc gggctgaggt gggtgacacc attcaggtgg tcttctacaaccgtgcctcc
1501 cagccattca gcatgcagcc ccatggggtc ttttatgaga aagactatgaaggcactgtg
1561 tacaatgatg gctcatctta ccctggcttg gttgccaagc cctttgagaaagtaacatac
1621 cgctggacag tcccccctca tgccggtccc actgctcagg atcctgcttgtctcacttgg
1681 atgtacttct ctgctgcaga tcccataaga gacacaaatt ctggcctggtgggcccgctg
1741 ctggtgtgca gggctggtgc cttgggtgca gatggcaagc agaaaggggtggataaagaa
1801 ttctttcttc tcttcactgt gttggatgag aacaagagct ggtacagcaatgccaatcaa
1861 gcagctgcta tgttggattt ccgactgctt tcagaggata ttgagggcttccaagactcc
1921 aatcggatgc atgccattaa tgggtttctg ttctctaacc tgcccaggctggacatgtgc
1981 aagggtgaca cagtggcctg gcacctgctc ggcctgggca cagagactgatgtgcatgga
2041 gtcatgttcc agggcaacac tgtgcagctt cagggcatga ggaagggtgcagctatgctc
2101 tttcctcata cctttgtcat ggccatcatg cagcctgaca accttgggacatttgagatt
2161 tattgccagg caggcagcca tcgagaagca gggatgaggg caatctataatgtctcccag
2221 tgtcctggcc accaagccac ccctcgccaa cgctaccaag ctgcaagaatctactatatc
2281 atggcagaag aagtagagtg ggactattgc cctgaccgga gctgggaacgggaatggcac
2341 aaccagtctg agaaggacag ttatggttac attttcctga gcaacaaggatgggctcctg
2401 ggttccagat acaagaaagc tgtattcagg gaatacactg atggtacattcaggatccct
2461 cggccaagga ctggaccaga agaacacttg ggaatcttgg gtccacttatcaaaggtgaa
2521 gttggtgata tcctgactgt ggtattcaag aataatgcca gccgcccctactctgtgcat
2581 gctcatggag tgctagaatc tactactgtc tggccactgg ctgctgagcctggtgaggtg
2641 gtcacttatc agtggaacat cccagagagg tctggccctg ggcccaatgactctgcttgt
2701 gtttcctgga tctattattc tgcagtggat cccatcaagg acatgtatagtggcctggtg
2761 gggcccttgg ctatctgcca aaagggcatc ctggagcccc atggaggacggagtgacatg
2821 gatcgggaat ttgcattgtt gttcttgatt tttgatgaaa ataagtcttggtatttggag
2881 gaaaatgtgg caacccatgg gtcccaggat ccaggcagta ttaacctacaggatgaaact
2941 ttcttggaga gcaataaaat gcatgcaatc aatgggaaac tctatgccaaccttaggggt
3001 cttaccatgt accaaggaga acgagtggcc tggtacatgc tggccatgggccaagatgtg
3061 gatctacaca ccatccactt tcatgcagag agcttcctct atcggaatggcgagaactac
3121 cgggcagatg tggtggatct gttcccaggg acttttgagg ttgtggagatggtggccagc
3181 aaccctggga catggctgat gcactgccat gtgactgacc atgtccatgctggcatggag
3241 accctcttca ctgttttttc tcgaacagaa cacttaagcc ctctcaccgtcatcaccaaa
3301 gagactgaaa aagcagtgcc ccccagagac attgaagaag gcaatgtgaagatgctgggc
3361 atgcagatcc ccataaagaa tgttgagatg ctggcctctg ttttggttgccattagtgtc
3421 acccttctgc tcgttgttct ggctcttggt ggagtggttt ggtaccaacatcgacagaga
3481 aagctacgac gcaataggag gtccatcctg gatgacagct tcaagcttctgtctttcaaa
3541 cagtaacatc tggagcctgg agatatcctc aggaagcaca tctgtagtgcactcccagca
3601 ggccatggac tagtcactaa ccccacactc aaaggggcat gggtggtggagaagcagaag
3661 gagcaatcaa gcttatctgg atatttcttt ctttatttat tttacatggaaataatatga
3721 tttcactttt tctttagttt ctttgctcta cgtgggcacc tggcactaagggagtacctt
3781 attatcctac atcgcaaatt tcaacagcta cattatattt ccttctgacacttggaaggt
3841 attgaaattt ctagaaatgt atccttctca caaagtagag accaagagaaaaactcattg
3901 attgggtttc tacttctttc aaggactcag gaaatttcac tttgaactgaggccaagtga
3961 gctgttaaga taacccacac ttaaactaaa ggctaagaat ataggcttgatgggaaattg
4021 aaggtaggct gagtattggg aatccaaatt gaattttgat tctccttggcagtgaactac
4081 tttgaagaag tggtcaatgg gttgttgctg ccatgagcat gtacaacctctggagctaga
4141 agctcctcag gaaagccagt tctccaagtt cttaacctgt ggcactgaaaggaatgttga
4201 gttacctctt catgttttag acagcaaacc ctatccatta aagtacttgt tagaacactg
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
硫嘌呤S-甲基转移酶 | TPMT | NM_000367 | 9 |
1 gcgggcggag gcggggcgcg gagaagtggc ggaggtggaa gcggaggcgt acccgcccct
61 ggggacgtca ttggtggcgg aggcaatggc cggcaaccag ctgtaagcga ggcacggaag
121 acatatgctt gtgagacaaa ggtgtctctg aaactatgga tggtacaagaacttcacttg
181 acattgaaga gtactcggat actgaggtac agaaaaacca agtactaactctggaagaat
241 ggcaagacaa gtgggtgaac ggcaagactg cttttcatca ggaacaaggacatcagctat
301 taaagaagca tttagatact ttccttaaag gcaagagtgg actgagggtattttttcctc
361 tttgcggaaa agcggttgag atgaaatggt ttgcagaccg gggacacagtgtagttggtg
421 tggaaatcag tgaacttggg atacaagaat tttttacaga gcagaatctttcttactcag
481 aagaaccaat caccgaaatt cctggaacca aagtatttaa gagttcttcggggaacattt
541 cattgtactg ttgcagtatt tttgatcttc ccaggacaaa tattggcaaatttgacatga
601 tttgggatag aggagcatta gttgccatca atccaggtga tcgcaaatgctatgcagata
661 caatgttttc cctcctggga aagaagtttc agtatctcct gtgtgttctttcttatgatc
721 caactaaaca tccaggtcca ccattttatg ttccacatgc tgaaattgaaaggttgtttg
781 gtaaaatatg caatatacgt tgtcttgaga aggttgatgc ttttgaagaacgacataaaa
841 gttggggaat tgactgtctt tttgaaaagt tatatctact tacagaaaagtaaatgagac
901 atagataaaa taaaatcaca ctgacatgtt tttgaggaat tgaaaattatgctaaagcct
961 gaaaatgtaa tggatgaatt tttaaaattg tttataaatc atatgatagatctttactaa
1021 aaatggcttt ttagtaaagc catttacttt ttctaaaaaa gttttagaagaaaaagatgt
1081 aactaaactt ttaaagtagc tcctttggag aggagattat gatgtgaaagattatgccta
1141 tgtgtcttgc agattgcaag atattttacc aatcagcatg tgttacctgtacaattaaaa
1201 aaatatttca aaatgcaatg catattaaat ataatacaca cagaaaaactggcatttatt
1261 ttgttttatt tttttgagat ggagtttcgt tcttgttgcc caacctggagtgcaatggtg
1321 caatctcagc tcactgcaac ctctgcctcc caggttcagg tgattctcctgcctcagcct
1381 cctgagtagc tgggattaca ggtgtgcgcc accacgccca gctaattttttgtattttta
1441 gtagagacag ggtttcacca tgttggtcag gctgatctcg agctcctgacctcaggtgat
1501 ctacccacct cggcctccca aagtgctggg attacaggcg tgagccactgcacctggcct
1561 gacattcttt atgaaattta gaattgttga agaactataa catttcagtagggttcaagg
1621 tggtcccaaa agttatataa aagattagtt tttactataa acccttgtcttttactcaga
1681 tcctagcatc ccttttcaca tggtttctcc atgtatataa cagaatcaagaaacaaattt
1741 taattaaaca atctgtaaca gaatcaagaa acaaatacat tttaattaaacaatctatat
1801 ggaacaaaca ttcccaaatt ctaagaataa atttttcttt aagttttctctgagtttggc
1861 aattgttgtt ttttataatt taatctgttt aaatcatcag gtcttataaaatataatgta
1921 cttagagctg gattcatggc tgtttattat gaaaggttag atttctcagttcttctttaa
1981 ccacattttg ttatatcaga cagtcctcta taactctgta ctacccaacaactaaatggt
2041 ttagattgtt tagctcatgt taataggatg gttgtgtatt ataaaaaacgagttacgtgt
2101 gtgtgtgcac gcatgcacgc acatgtgctg gcttaaaggt tgttaatgcaaggtttgggg
2161 tcccctttaa cactggtgaa agctacggta ctctccccag agatatgtcttgtcagcctc
2221 tctagttccc cttggcctgc atgtacaaac ttctacccta gaagctctctgccatcgatg
2281 tattctaata gatttgtaag gctattaatt tgaagcaact ccttgctcacagtgattctt
2341 gcttctctga gacctgctcc cagtcgatac tgtgggcttc agaagccatgactccccaac
2401 tctgcctgta tcaccggttg aatggacaac taacccgagc tggaccaacacaattctctc
2461 cagagacttt tgattttact tttatgtaga gacagggtct cactttgttgcccacgctga
2521 tgttgaactt gacgtgaggc ctcaagcagt cctcctgtct tggccacccaaagtgctagg
2581 attacaggta tgagccattg cgctggccct cttcataggc ttttggacttgggaatagaa
2641 aagcaacccc gtctctacta aaaatacaaa aaaattagcc aggcgtggtggcacgtgcct
2701 gtaatcccag ctacttggga ggctgaggca ggagaatcac ttgaacctaggaggcggagg
2761 ttgcagtgag ctgagatcat gccactgcac gcaagcctgg gcaacagagcaagactctgt
2821 ctcaaaagaa agaaaaagaa aagaaaaaaa agaaaggcaa gttgactgctgaaaggggaa
2881 tctgtgtacg cctgggagct gtggggcagc cacattccag cacatggatctgagaaacag
2941 aacgctgatc tgcagaaaga gatgagaacc aaagagaggc cacctgcgtcctgggtccat
3001 tttcatcctc cctgaagccc agctgcccag ggtggggaga aacaccctgtgtccatggga
3061 tagagtcctt tccgcttgca gttgtgccca aagaatctta aatacaaatgagatatcctt
3121 aggtagttga tcatttatgt aatatgtgtc ttcactgggg aatactgacttcctaaaatc
3181 tcaagatgga agatatacca catgtaaatt attttagagc aattaaattgttttcaggat
3241 tttccaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
亲斑蛋白3 | PKP3 | NM_007183 | 10 |
1 ggcctcgagg gacaggacgt gaagatagtt gggtttggag gcggccgcca ggcccaggcc
61 cggtggacct gccgccatgc aggacggtaa cttcctgctg tcggccctgc agcctgaggc
121 cggcgtgtgc tccctggcgc tgccctctga cctgcagctg gaccgccggggcgccgaggg
181 gccggaggcc gagcggctgc gggcagcccg cgtccaggag caggtccgcgcccgcctctt
241 gcagctggga cagcagccgc ggcacaacgg ggccgctgag cccgagcctgaggccgagac
301 tgccagaggc acatccaggg ggcagtacca caccctgcag gctggcttcagctctcgctc
361 tcagggcctg agtggggaca agacctcggg cttccggccc atcgccaagccggcctacag
421 cccagcctcc tggtcctccc gctccgccgt ggatctgagc tgcagtcggaggctgagttc
481 agcccacaac gggggcagcg cctttggggc cgctgggtac gggggtgcccagcccacccc
541 tcccatgccc accaggcccg tgtccttcca tgagcgcggt ggggttgggagccgggccga
601 ctatgacaca ctctccctgc gctcgctgcg gctggggccc gggggcctggacgaccgcta
661 cagcctggtg tctgagcagc tggagcccgc ggccacctcc acctacagggcctttgcgta
721 cgagcgccag gccagctcca gctccagccg ggcagggggg ctggactggcccgaggccac
781 tgaggtttcc ccgagccgga ccatccgtgc ccctgccgtg cggaccctgcagcgattcca
841 gagcagccac cggagccgcg gggtaggcgg ggcagtgccg ggggccgtcctggagccagt
901 ggctcgagcg ccatctgtgc gcagcctcag cctcagcctg gctgactcgggccacctgcc
961 ggacgtgcat gggttcaaca gctacggtag ccaccgaacc ctgcagagactcagcagcgg
1021 ttttgatgac attgacctgc cctcagcagt caagtacctc atggcttcagaccccaacct
1081 gcaggtgctg ggagcggcct acatccagca caagtgctac agcgatgcagccgccaagaa
1141 gcaggcccgc agccttcagg ccgtgcctag gctggtgaag ctcttcaaccacgccaacca
1201 ggaagtgcag cgccatgcca caggtgccat gcgcaacctc atctacgacaacgctgacaa
1261 caagctggcc ctggtggagg agaacgggat cttcgagctg ctgcggacactgcgggagca
1321 ggatgatgag cttcgcaaaa atgtcacagg gatcctgtgg aacctttcatccagcgacca
1381 cctgaaggac cgcctggcca gagacacgct ggagcagctc acagacctggtgttgagccc
1441 cctgtcgggg gctgggggtc cccccctcat ccagcagaac gcctcggaggcggagatctt
1501 ctacaacgcc accggcttcc tcaggaacct cagctcagcc tctcaggccactcgccagaa
1561 gatgcgggag tgccacgggc tggtggacgc cctggtcacc tctatcaaccacgccctgga
1621 cgcgggcaaa tgcgaggaca agagcgtgga gaacgcggtg tgcgtcctgcggaacctgtc
1681 ctaccgcctc tacgacgaga tgccgccgtc cgcgctgcag cggctggagggtcgcggccg
1741 cagggacctg gcgggggcgc cgccgggaga ggtcgtgggc tgcttcacgccgcagagccg
1801 gcggctgcgc gagctgcccc tcgccgccga tgcgctcacc ttcgcggaggtgtccaagga
1861 ccccaagggc ctcgagtggc tgtggagccc ccagatcgtg gggctgtacaaccggctgct
1921 gcagcgctgc gagctcaacc ggcacacgac ggaggcggcc gccggggcgctgcagaacat
1981 cacggcaggc gaccgcaggt gggcgggggt gctgagccgc ctggccctggagcaggagcg
2041 tattctgaac cccctgctag accgtgtcag gaccgccgac caccaccagctgcgctcact
2101 gactggcctc atccgaaacc tgtctcggaa cgctaggaac aaggacgagatgtccacgaa
2161 ggtggtgagc cacctgatcg agaagctgcc gggcagcgtg ggtgagaagtcgcccccagc
2221 cgaggtgctg gtcaacatca tagctgtgct caacaacctg gtggtggccagccccatcgc
2281 tgcccgagac ctgctgtatt ttgacggact ccgaaagctc atcttcatcaagaagaagcg
2341 ggacagcccc gacagtgaga agtcctcccg ggcagcatcc agcctcctggccaacctgtg
2401 gcagtacaac aagctccacc gtgacttccg ggcgaagggc tatcggaaggaggacttcct
2461 gggcccatag gtgaagcctt ctggaggaga aggtgacgtg gcccagcgtccaagggacag
2521 actcagctcc aggctgcttg gcagcccagc ctggaggaga aggctaatgacggaggggcc
2581 cctcgctggg gcccctgtgt gcatctttga gggtcctggg ccaccaggaggggcagggtc
2641 ttatagctgg ggacttggct tccgcagggc agggggtggg gcagggctcaaggctgctct
2701 ggtgtatggg gtggtgaccc agtcacattg gcagaggtgg gggttggctgtggcctggca
2761 gtatcttggg atagccagca ctgggaataa agatggccat gaacagtcaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
UDP-N-乙酰基-a-D-氨基半乳糖:多肽N-乙酰半乳糖氨基转移酶5(GalNAc-T5) | GALNT5 | NM_014568 | 11 |
1 agtgtttatc agaacttagc cagggccagc caagcaggca cagatgctct gctatgaaat
61 gccacgcagg cagagactga caagcggtag gaactgagct ttccccttgg actgctgctt
121 cctgctgtgt tcaggggagg gggtcacttt ctggcaactc tgctgctgctgctgctgctg
181 ctgctacttc agcttcctct ccactcaagg taagcaggct aagggagggcaggctgctag
241 ggaaagcttt gtaccatgaa caggatccga aagtttttcc gaggaagtgggcgagtcttg
301 gcatttatct ttgtagcttc tgtcatctgg ctcctctttg acatggcagctctccgcctc
361 tcattcagtg agatcaacac tcgggtcatc aaggaagaca ttgtgaggagggagcggata
421 ggattcagag ttcagccaga ccaaggaaaa attttttaca gcagcataaaagagatgaaa
481 cctcccctaa ggggacatgg gaaaggggca tggggcaaag agaatgttagaaaaactgag
541 gagagtgtgc tcaaggttga ggtggacttg gaccaaaccc agagggaaagaaaaatgcag
601 aatgccctgg gaaggggcaa ggttgtgccg ttgtggcatc ctgcacatctgcagaccctc
661 cctgtgactc ctaacaagca gaagacagac gggagaggca ccaaacctgaagcctcctct
721 caccagggga caccaaagca aacgacagct cagggggctc caaagacctcattcatagca
781 gcaaaaggaa ctcaggtagt caaaatatca gtacacatgg gacgtgtcagtttaaaacag
841 gagccccgga agagtcatag tcccagcagt gacacatcaa aactagcagctgaaagggac
901 ttgaatgtga ccatcagtct tagtactgat agaccaaagc agcgatcacaggcagtagca
961 aacgagaggg cacaccctgc cagcacagca gtgccgaagt ctggggaagccatggcctta
1021 aacaaaacta agactcagag caaagaagtc aatgcaaata aacacaaagccaatacgagt
1081 cttccttttc ctaagttcac tgtcaattca aatcgcttaa ggaagcaatctattaatgag
1141 acacctttgg gaagtttgtc aaaggatgat ggagctagag gggctcatgggaagaaactc
1201 aatttctctg aaagccatct tgtgattata accaaagagg aagagcaaaaggcagacccc
1261 aaagaggtct ctaattctaa aaccaaaaca atatttccta aagtattgggtaaaagccaa
1321 agtaaacaca tttccaggaa tagaagtgag atgtcttcct cttcacttgctccacataga
1381 gtgccactgt cccaaactaa ccatgcttta actggagggc tagagccagcaaaaatcaac
1441 ataactgcca aagccccctc tacagaatac aaccagagtc atataaaagcccttttacct
1501 gaagacagtg gaacgcacca ggtgttaaga attgatgtga cactttctccaagggacccc
1561 aaagctccag ggcagtttgg gcgtcctgta gttgtccccc atggaaaggagaaggaggca
1621 gaaagaagat ggaaagaagg aaacttcaat gtctacctta gcgatttgatcccagtggat
1681 agagccattg aagacaccag acctgctgga tgtgcagagc agctagttcacaataacctc
1741 ccaaccacca gtgtcatcat gtgctttgtg gatgaagtgt ggtccactctcctgagatct
1801 gttcacagtg tcatcaatcg ctctcctcca cacctcatca aggagattctgctggtagat
1861 gacttcagca ccaaagacta tctaaaagat aatttggata aatacatgtcccagtttcca
1921 aaagttcgga ttcttcgcct caaagagaga catggcttaa taagggccaggctggcagga
1981 gcacagaatg caacaggtga tgtgttgaca tttttagatt ctcatgtggaatgtaacgtt
2041 ggttggttgg aacctcttct ggaaagagtt tatttaagta gaaagaaagtggcctgtcca
2101 gtaatcgaag tcatcaatga taaggatatg agttacatga cagtggataactttcaaaga
2161 ggcatctttg tgtggcccat gaactttggt tggagaacaa ttcctccagatgtcattgca
2221 aaaaacagaa ttaaagaaac tgatacaata aggtgccctg tcatggctggtggattgttt
2281 tctattgaca aaagttactt ttttgaactt ggaacatacg accctggccttgatgtttgg
2341 ggtggggaaa atatggagct ctcattcaag gtgtggatgt gtggtggtgaaattgagatc
2401 attccctgct cccgagtggg ccatatattc agaaatgaca atccatattccttccccaaa
2461 gaccggatga agacagtgga gcggaacttg gtgcgggttg ccgaggtctggctggatgag
2521 tataaggagc tgttctatgg ccacggagac cacctcatcg accaagggctagatgttggc
2581 aacctcaccc agcaaaggga gctgcgaaag aaactgaagt gcaaaagtttcaaatggtac
2641 ttggagaatg tctttcctga cttaagggct cccattgtga gagctagtggtgtgcttatt
2701 aatgtggctt tgggtaaatg catttccatt gaaaacacta cagtcattctggaagactgc
2761 gatgggagca aagagcttca acaatttaat tacacctggt taagacttattaaatgtgga
2821 gaatggtgta tagcccccat ccctgataaa ggagccgtaa ggctgcacccttgtgataac
2881 agaaacaaag ggctaaaatg gctgcataaa tcaacatcag tctttcatccagaactggtg
2941 aatcacattg tttttgaaaa caatcagcaa ttattatgct tggaaggaaatttttctcaa
3001 aagatcctga aagtagctgc ctgtgaccca gtgaagccat atcaaaagtggaaatttgaa
3061 aaatattatg aagcctgaag tgtaactgat gtttttatat agtaaacccattaaatactg
3121 tgaaaataac a
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
钙调蛋白样4 | CALML4 | NM_033429 | 12 |
1 ggggctgagg gtggagagag gaagggaagg aagaaaaggg gagccttcct ggccagggta
61 accggcacta agaggcctca ctccaagccc ccgaggagcc tgtggtgggg ctggagaccc
121 ggctcaggcc cctccaccac ccttaaagtc ctcagaaggt gggaactgaactggcacagg
181 atgggaaccg gctgtgcgct ggccacttga ttttgccagc tgccctgtaattcagctggt
241 gaggaaactg aggcacagac tgaggtagaa tgattcgcca gtcactcagcaagtcagcag
301 acggggagga ctgaatccca gcctgagagc accgaagctt gtatccctgcaataccgagc
361 cccaagcctg cgagccccgg tgcccatctc tgagttaggc cgtcttggaagggttccctt
421 cctcctacaa gatggtgtgt gaggagcctt caatacgacc cggggtgtaaagtgtccaac
481 tctagtaggg gcctgatggc atccccgccg agtcccagga gagagagagaagaccccttc
541 ctggagtcca gggctcccgg gaagaaacac tggcatttgt ccctttgcttcggcttctgg
601 aggcagagac tctgagccca gggagagcct tctgcagccc catttcctcaaaaatccaac
661 ctgcccaggt ggcgggtcat gagctgtgct caggaagctg gaatctgaccctggtggcgt
721 cgggcccagt ctccatggca gccgagcatt tattacccgg gcctccacccagcttggcag
781 actttagact tgaggctgga ggaaagggaa ctgaacgcgg ttctgggagcagcaagccca
841 cgggtagcag ccgaggcccc agaatggcca agtttctttc ccaagaccaaattaatgagt
901 acaaggaatg cttctccctg tatgacaagc agcagagggg gaagataaaagccaccgacc
961 tcatggtggc catgaggtgc ctgggggcca gcccgacgcc aggggaggtgcagcggcacc
1021 tgcagaccca cgggatagac ggaaatggag agctggattt ctccacttttctgaccatta
1081 tgcacatgca aataaaacaa gaagacccaa agaaagaaat tcttctagccatgttgatgg
1141 tggacaagga gaagaaaggt tacgtcatgg cgtccgacct gcggtcaaaactcacgagtc
1201 tgggggagaa gctcacccac aaggaagtgg atgatctctt cagggaagcagatatcgaac
1261 ccaatggcaa agtgaagtat gatgaattta tccacaagat cacccttcctggacgggact
1321 attgaaggag gagaatggga gagcctcccc tgggcctgaa aacttggagcaattaatttt
1381 ttttaaaaag tgttcttttc acttgggaga gatggcaaac acagtggcaagacaacatta
1441 cccaactata gaagagaggc taactagcaa caataataga tgatttcagccatggtatga
1501 gtagatcttt aataaaagat ttgtattgat tttattaact accgtgagtccggccctttc
1561 aagcatggaa ggagcctgcg gtttggagtc tggcctgggt tccagtcctggctctgctgc
1621 ttcccactgt gactttgggc aaatcatttc actcctcaaa gcccccccacacaagctgga
1681 ttcccacttc ttacctcatg gagcctgttg aggaaggatt gagctgatgacttaagggca
1741 atctaccaag agacttattc tgtatttggg ggctagaacc atcttccatatttccaagat
1801 tttccaagat gaagccagtg ctagctgaga agcagcaatg aacagaaagctgtaacactt
1861 atgacaacaa ttcttgcagt gccagaggcc catttacaaa ttctcatttccatctcaaca
1921 gatatagtga catagctcag gctattcatt cataaacaca gagtgtagagtgaaaacact
1981 agagtgaaaa cacatgctac aatgaggcag catcagctga gagcaggaagagcgatctac
2041 tttacacccc acaccaaagg aaaccagatg tgagctgcta aattgactggccttgcagag
2101 ctcaagaagg gggcttccaa tgctgtgaga attccgagct gttccctgggctctgttaac
2161 aggcagagag gttccgggat ggtctgctca agtggcccac actggtcattgccttaagcc
2221 acctccccag gacttacgga gagaaataag gggatgtaac cagcaatggccagggtacaa
2281 cagccctgga aaacagtagt aggagcacta ggctttctgg gagtccatccagctggagtg
2341 gctttgagtg agttacacag ctagaaggtg ccaggttggt gctgccagagattcagaggt
2401 gccatacact tgtcaaatct ggatcattcg tagtgccagc acagtcctaaaagggctgga
2461 gtaccacacc aacacaggta ggggtgcagg gcttcaagta caaagatttgcatccatgta
2521 tgtatcaaaa gtgggttctc tgggctgtgg ctttgtctag tagtaccacagtggctaaag
2581 tagaagaaaa ccaaatcaaa tgggatgtgt cttttgggag gatgtacaagacacaaatct
2641 ttcactaggc accgggcaca gggaaaactg cagggaacaa gagttgtagtgttagtgcaa
2701 ctgtctcaac gatgctgtgt ggcttcagac ccaaacaagg ccctgaggaaggagactctc
2761 atttccccaa gcataactgc aaggagagga ggaattccta ggagccaaagagttttgtgg
2821 ggtgagggta aataaatggc ccaaatgcca actaggtgaa gttgtgaccatctggctggg
2881 aagcccaggt ccacacagtg taggagcaga tgttttgtgg ggtctgaggtttacgagatt
2941 tggctgcctt aagaatacaa aaacagaaat gcagaatttc tggggctgctcctaggacca
3001 gaacaagtga agggtcctgg tgcttaaact tcattacctt catggtaaatccaccagagg
3061 gccggttaga tgctggcccc gccgagagaa ctgctgtcac tttcaggcaaagctcaaagg
3121 tcctaggccc acagttcttt tgagctccag tcatggacat taggaagtaaatcctgcaca
3181 gccaacctgg aataccaaag attagatggg agatagatac caatgatttagatggcacag
3241 gaagagcaag ttctggatat aataaatgag ggtactttcc gtcaaagcttttctatgtct
3301 atatttatca ctgaatagtc ccagtatggt tttaaagcaa gttttatgaatctcatttgc
3361 ctaacaggaa tctgaaatat aacttgccaa aaacacacag ttggtgtggaatggtcatta
3421 gaacctgggg ctcctcttca cggactccct gctcattaag ggattcagtggtccagagtc
3481 taagatccta ttaagtgttt gattcaaacc tctacccgag gaagggctgttaccttactc
3541 ctggtcctgg tttcaagctc attcctgaaa ttccagctgg tttctctagcacctagtgtt
3601 gtttacaaga aggccacggt gctcttagca ttcaaactgc agatactaaacagatgctgt
3661 gatttattaa agagttagcc atatttcaac aagaaaggga aatgatggctatattcatta
3721 cttacctcaa agcatgctgc aagaaaatta gttagttact tgtcatgctttgaaatctct
3781 ggatgaaagg tgctttggaa gcacaaacca ttatcacttg tctcatagggattgtcccct
3841 tgaacatcca gcagtgttat tttacagaag acaaattaac tgaaggcttttcttttatta
3901 catctaaaga gctctacata aacaggtaac attcaatagg taaacaatttttttccaatg
3961 catgtaataa atattttcac ttggtacttt tatacaaact gacattgtctactatacatt
4021 tttaaaagcc attttactgg tttggcatgc ggtatggaaa ttctaagagagaaagtttta
4081 aggcaatgaa tcacagattt aagttcatgg aatttatggt aactttatctgtttatgtac
4141 attttcccct ttgttaaaca attaacagca gcacactctg ggaccaccagctattttccc
4201 tctctttctg aaatctaagc tttgtattta attaaaaaac agaattcaacatctattgat
4261 aaaacaaaat tcttactaaa ataatttcaa atgtgcttta aaaagtcctgaagatcttga
4321 aagttttatg tgtttaaaat tgaaattgtc taaaaaaatg ctctttccacattaatttag
4381 ttaggatata ttttcactcc atttcagaca cttgactcaa aggaaaatctgccaaagaat
4441 ccgatttttc agagcttacg tgaatctttc ctcagtaaag atacagaattgtgatcatgt
4501 ctaaataatt agtaaagcaa ttttaatgct caaaatagtc aaccaagtatggcatggttc
4561 tggttcagat tttttttttt taagatgtat ccaataacac tcacgaagtaattaaaagcc
4621 actttaaccc tgctaaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
UDP-N-乙酰基-α-D-氨基半乳糖:多肽N-乙酰半乳糖氨基转移酶12(GalNAc-T12) | GALNT12 | AK024865 | 13 |
1 cattttataa tgaagcctgg tcaactctcc ttcggacagt ttacagtgtc cttgagacat
61 ccccggatat cctgctagaa gaagtgatcc ttgtagatga ctacagtgat agagagcacc
121 tgaaggagcg cttggccaat gagctttcgg gactgcccaa ggtgcgcctgatccgcgcca
181 acaagagaga gggcctggtg cgagcccggc tgctgggggc gtctgcggcgaggggcgatg
241 ttctgacctt cctggactgt cactgtgagt gccacgaagg gtggctggagccgctgctgc
301 agaggatcca tgaagaggag tcggcagtgg tgtgcccggt gattgatgtgatcgactgga
361 acaccttcga atacctgggg aactccgggg agccccagat cggcggtttcgactggaggc
421 tggtgttcac gtggcacaca gttcctgaga gggagaggat acggatgcaatcccccgtcg
481 atgtcatcag gtctccaaca atggctggtg ggctgtttgc tgtgagtaagaaatattttg
541 aatatctggg gtcttatgat acaggaatgg aagtttgggg aggagaaaacctcgaatttt
601 cctttaggat ctggcagtgt ggtggggttc tggaaacaca cccatgttcccatgttggcc
661 atgttttccc caagcaagct ccctactccc gcaacaaggc tctggccaacagtgttcgtg
721 cagctgaagt atggatggat gaatttaaag agctctacta ccatcgcaacccccgtgccc
781 gcttggaacc ttttggggat gtgacagaga ggaagcagct ccgggacaagctccagtgta
841 aagacttcaa gtggttcttg gagactgtgt atccagaact gcatgtgcctgaggacaggc
901 ctggcttctt cgggatgctc cagaacaaag gactaacaga ctactgctttgactataacc
961 ctcccgatga aaaccagatt gtgggacacc aggtcattct gtacctctgtcatgggatgg
1021 gccagaatca gtttttcgag tacacgtccc agaaagaaat acgctataacacccaccagc
1081 ctgagggctg cattgctgtg gaagcaggaa tggataccct tatcatgcatctctgcgaag
1141 aaactgcccc agagaatcag aagttcatct tgcaggagga tggatctttatttcacgaac
1201 agtccaagaa atgtgtccag gctgcgagga aggagtcgag tgacagtttcgttccactct
1261 tacgagactg caccaactcg gatcatcaga aatggttctt caaagagcgcatgttatgaa
1321 gcctcgtgta tcaaggagcc catcgaagga gactgtggag ccaggactctgcccaacaaa
1381 gacttagcta agcagtgacc agaacccacc aaaaactagg ctgcattgctttgaagaggc
1441 aatcattttg ccatttgtga aagttgtgtt ggatttagta aaaatgtgaataagctttgt
1501 acttattttg agaacttttt aaatgttcca aaatacccta ttttcaaagggtaatcgtaa
1561 gatgttaacc cttggtattt agaaaattaa aaccttataa tatttttctatcaagatgta
1621 tattttacag tcgtgccttt tactctcatt agcaaaaaag ataaagattttattttggta
1681 tttacaagaa ttcccaggta cgaagatatc tgcatgggtg gaaatcaggttcaagcaacg
1741 tactttgcat taactgataa tacctcagct gcggggttaa agttttcccagtatagagag
1801 actgtcacta ggaacattgt attgatttat tcaggtcatt gagatcttctagatgtattt
1861 taaaaagaat gctttttggt tatgtgttgc taccacagtt aacactccataatgttcatg
1921 tcagccaaag aggactaacc aaagctgaaa tctcagagaa caatttgctttactaagctg
1981 agtcaacttg agagcgaact tctaacaatg ccgcactgta gtgtggctggttctaccact
2041 atgactttaa aacatgttta tatcattttt aatttttatg atacggtagtgtcagggaga
2101 aatgtaatgt tctatatgaa attccttttt caagtttgtt cattaataacagttattaat
2161 ttaaatcagc gttagagttt gtgctgctgc aactgctgtg aaaatttctctgagtaattc
2221 tgatttgtga atgatcccag accaaccctg agattttgtc aacctgattaagtcaatatg
2281 aatgattaaa aagatgtgag
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
硫胺焦磷酸激酶1 | TPK1 | NM_022445 | 14 |
1 aaggctcctc agccgagcgc cgagcggtcg atcgccgtag ctcccgcagc ctgcgatctc
61 cagtctgtgg ctcctaccag ccattgtagg ccaataatcc gttatggagc atgcctttac
121 cccgttggag cccctgcttt ccactgggaa tttgaagtac tgccttgtaattcttaatca
181 gcctttggac aactattttc gtcatctttg gaacaaagct cttttaagagcctgtgccga
241 tggaggtgcc aaccgcttat atgatatcac cgaaggagag agagaaagctttttgcctga
301 attcatcaat ggagactttg attctattag gcctgaagtc agagaatactatgctactaa
361 gggatgtgag ctcatttcaa ctcctgatca agaccacact gactttactaagtgccttaa
421 aatgctccaa aagaagatag aagaaaaaga cttaaaggtt gatgtgatcgtgacactggg
481 aggccttgct gggcgttttg accagattat ggcatctgtg aataccttgttccaagcgac
541 tcacatcact ccttttccaa ttataataat ccaagaggaa tcgctgatctacctgctcca
601 accaggaaag cacaggttgc atgtagacac tggaatggag ggtgattggtgtggccttat
661 tcctgttgga cagccttgta tgcaggttac aaccacaggc ctcaagtggaacctcacaaa
721 tgatgtgctt gcttttggaa cattggtcag tacttccaat acctacgacgggtctggtgt
781 tgtgactgtg gaaactgacc acccactcct ctggaccatg gccatcaaaagctaacctgt
841 tgactggcat ccataagtgt gcctctgcct tatctcattt ctcaacagttcattgctcaa
901 caagaacgat tcacctgggt ttgcaagaat ctaaacctct ctaggggaagcccactgggt
961 ttaaagatgt tagtgtttag ataatacagg taacattata aatgacagatctcaatttta
1021 tagtagtggg aaagatacat gctaagaaag caaataagct ctattatattcggttggaac
1081 ctaatgggaa tcattccact atacaattca gtactgatta ttcttcttacattattaatc
1141 attccattta tcctagaaaa ttgtttttaa tttgaatcag agaaaactgttgaggttcct
1201 cttggagtct agaacatcct taaatgtcta acaacaaggg ctacctctgagtacctttta
1261 gtattagttt tctgtatatg atatatatta tcttatactg aaaaaaaattcctttcagat
1321 tggggtgtta gaagtgcacc aggtcactct gaccttatta ctgtctttggtattgtctta
1381 aataaatcaa gaatcattga cctaattgtt aaatttaaaa ataggtagttagcaataggt
1441 ggaaagagaa atgatgtgaa agataaatga tgattcgtgg agccctactcacacattaac
1501 ccccaaattc aaaagtaaga atgcaaaagt ctagaggggg taacagtctgcatcatcatc
1561 acaacctaaa tggagaaagc tgtgcagagg aaacttaagc ataaaaattgaattcgtttc
1621 tgacatacct tagactgaaa aactgttggt tcatccagaa gtgtattcatattaccagaa
1681 aatgagtttg tctatgggga tacatgaact tcatatacta aggagcctaactccaaagcc
1741 tgcgttctca tcccagtctg atattcacct aagtttccgg acccttttccttagctgtaa
1801 aatggaagcg gttggactga tggtgtctga ggttctttcc cacactgaaattctaaatat
1861 tgacacttag cagtcatagg gctgataata cacacagtta ctgacttagcctaaacaacc
1921 tggtgcatcg aaatgtattc acctttcttt tgtaaagaga ccatcttctatcttctttcc
1981 acctttctct gttttatgaa accaactgtt gacatacaaa ccatgattgaaggagaacct
2041 gtccaacatg ttttatgtac acaaatccct atgttgctat aagaaaagtgaaagtaactg
2101 ttttcttctt ggtgctatga cagtgtgaga ctcaggttgt ctgtagagaatgaaaggagc
2161 agtggcccgc gtgattgtgg catttaagga gcagtggccc atgtgactgtggcattttcg
2221 gcacttttca ttactttctg cttgaccgga agttgaggct tagctatgtttccatcttca
2281 gtttctgaag actagttata tattccttac tagaaatata ttcataatatataaaagaaa
2341 tatatctgtg attttaaaat tttgctacca aagaatgcat gttctgtgtgccctgaaaat
2401 gttaccagtg ttaataaatg gatacttatc aaaaaagaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
防卫素,α6,帕内特细胞专一性 | DEFA6 | NM_001926 | 15 |
1 acacatctgc tcctgctctc tctcctccag cgaccctagc catgagaacc ctcaccatcc
61 tcactgctgt tctcctcgtg gccctccagg ccaaggctga gccactccaa gctgaggatg
121 atccactgca ggcaaaagct tatgaggctg atgcccagga gcagcgtggggcaaatgacc
181 aggactttgc cgtctccttt gcagaggatg caagctcaag tcttagagctttgggctcaa
241 caagggcttt cacttgccat tgcagaaggt cctgttattc aacagaatattcctatggga
301 cctgcactgt catgggtatt aaccacagat tctgctgcct ctgagggatgagaacagaga
361 gaaatatatt cataatttac tttatgacct agaaggaaac tgtcgtgtgtcccatacatt
421 gccatcaact ttgtttcctc atctcaaata aagtcctttc agcaaaaaaa aaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
瘤β中丢失的上皮蛋白 | EPLIN | NM_016357 | 16 |
1 gcgctaggta gagcgccggg acctgtgaca gggctggtag cagcgcagag gaaaggcggc
61 ttttagccag gtatttcagt gtctgtagac aagatggaat catctccatt taatagacgg
121 caatggacct cactatcatt gagggtaaca gccaaagaac tttctcttgtcaacaagaac
181 aagtcatcgg ctattgtgga aatattctcc aagtaccaga aagcagctgaagaaacaaac
241 atggagaaga agagaagtaa caccgaaaat ctctcccagc actttagaaaggggaccctg
301 actgtgttaa agaagaagtg ggagaaccca gggctgggag cagagtctcacacagactct
361 ctacggaaca gcagcactga gattaggcac agagcagacc atcctcctgctgaagtgaca
421 agccacgctg cttctggagc caaagctgac caagaagaac aaatccaccccagatctaga
481 ctcaggtcac ctcctgaagc cctcgttcag ggtcgatatc cccacatcaaggacggtgag
541 gatcttaaag accactcaac agaaagtaaa aaaatggaaa attgtctaggagaatccagg
601 catgaagtag aaaaatcaga aatcagtgaa aacacagatg cttcgggcaaaatagagaaa
661 tataatgttc cgctgaacag gcttaagatg atgtttgaga aaggtgaaccaactcaaact
721 aagattctcc gggcccaaag ccgaagtgca agtggaagga agatctctgaaaacagctat
781 tctctagatg acctggaaat aggcccaggt cagttgtcat cttctacatttgactcggag
841 aaaaatgaga gtagacgaaa tctggaactt ccacgcctct cagaaacctctataaaggat
901 cgaatggcca agtaccaggc agctgtgtcc aaacaaagca gctcaaccaactatacaaat
961 gagctgaaag ccagtggtgg cgaaatcaaa attcataaaa tggagcaaaaggagaatgtg
1021 cccccaggtc ctgaggtctg catcacccat caggaagggg aaaagatttctgcaaatgag
1081 aatagcctgg cagtccgttc cacccctgcc gaagatgact cccgtgactcccaggttaag
1141 agtgaggttc aacagcctgt ccatcccaag ccactaagtc cagattccagagcctccagt
1201 ctttctgaaa gttctcctcc caaagcaatg aagaagtttc aggcacctgcaagagagacc
1261 tgcgtggaat gtcagaagac agtctatcca atggagcgtc tcttggccaaccagcaggtg
1321 tttcacatca gctgcttccg ttgctcctat tgcaacaaca aactcagtctaggaacatat
1381 gcatctttac atggaagaat ctattgtaag cctcacttca atcaactctttaaatctaag
1441 ggcaactatg atgaaggctt tgggcacaga ccacacaagg atctatgggcaagcaaaaat
1501 gaaaacgaag agattttgga gagaccagcc cagcttgcaa atgcaagggagacccctcac
1561 agcccagggg tagaagatgc ccctattgct aaggtgggtg tcctggctgcaagtatggaa
1621 gccaaggcct cctctcagca ggagaaggaa gacaagccag ctgaaaccaagaagctgagg
1681 atcgcctggc caccccccac tgaacttgga agttcaggaa gtgccttggaggaagggatc
1741 aaaatgtcaa agcccaaatg gcctcctgaa gacgaaatca gcaagcccgaagttcctgag
1801 gatgtcgatc tagatctgaa gaagctaaga cgatcttctt cactgaaggaaagaagccgc
1861 ccattcactg tagcagcttc atttcaaagc acctctgtca agagcccaaaaactgtgtcc
1921 ccacctatca ggaaaggctg gagcatgtca gagcagagtg aagagtctgtgggtggaaga
1981 gttgcagaaa ggaaacaagt ggaaaatgcc aaggcttcta agaagaatgggaatgtggga
2041 aaaacaacct ggcaaaacaa agaatctaaa ggagagacag ggaagagaagtaaggaaggt
2101 catagtttgg agatggagaa tgagaatctt gtagaaaatg gtgcagactccgatgaagat
2161 gataacagct tcctcaaaca acaatctcca caagaaccca agtctctgaattggtcgagt
2221 tttgtagaca acacctttgc tgaagaattc actactcaga atcagaaatcccaggatgtg
2281 gaactctggg agggagaagt ggtcaaagag ctctctgtgg aagaacagataaagagaaat
2341 cggtattatg atgaggatga ggatgaagag tgacaaattg caatgatgctgggccttaaa
2401 ttcatgttag tgttagcgag ccactgccct ttgtcaaaat gtgatgcacataagcaggta
2461 tcccagcatg aaatgtaatt tacttggaag taactttgga aaagaattccttcttaaaat
2521 caaaaacaaa acaaaaaaac acaaaaaaca cattctaaat actagagataactttactta
2581 aattcttcat tttagcagtg atgatatgcg taagtgctgt aaggcttgtaactggggaaa
2641 tattccacct gataatagcc cagattctac tgtattccca aaaggcaatattaaggtaga
2701 tagatgatta gtagtatatt gttacacact attttggaat tagagaacatacagaaggaa
2761 tttaggggct taaacattac gactgaatgc actttagtat aaagggcacagtttgtatat
2821 ttttaaatga ataccaattt aattttttag tatttacctg ttaagagattatttagtctt
2881 taaatttttt aggttaattt tcttgctgtg atatatatga ggaatttactactttatgtc
2941 ctgctctcta aactacatcc tgaactcgac gtcctgaggt ataatacaacagagcacttt
3001 ttgaggcaat tgaaaaacca acctacactc ttcggtgctt agagagatctgctgtctccc
3061 aaataagctt ttgtatctgc cagtgaattt actgtactcc aaatgattgctttcttttct
3121 ggtgatatct gtgcttctca taattactga aagctgcaat attttagtaataccttcggg
3181 atcactgtcc cccatcttcc gtgttagagc aaagtgaaga gtttaaaggaggaagaagaa
3241 agaactgtct tacaccactt gagctcagac ctctaaaccc tgtatttcccttatgatgtc
3301 ccctttttga gacactaatt tttaaatact tactagctct gaaatatattgatttttatc
3361 acagtattct cagggtgaaa ttaaaccaac tataggcctt tttcttgggatgattttcta
3421 gtcttaaggt ttggggacat tataaacttg agtacatttg ttgtacacagttgatattcc
3481 aaattgtatg gatgggaggg agaggtgtct taagctgtag gcttttctttgtactgcatt
3541 tatagagatt tagctttaat attttttaga gatgtaaaac attctgctttcttagtctta
3601 cctagtctga aacattttta ttcaataaag attttaatta aaatttgaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
氯化物细胞内通道5 | CLIC5 | NM_016929 | 17 |
1 gacagtcgcg gatcctgtga cacctccggg cagcccggca cttgttgctc ccacgacctg
61 ttgtcattcc cttaacccgg ctttccccgt ggccccccgc ctcctcccgg cttcgctcct
121 tttcatgtga gcatctggga cactgatctc tcagaccccg ctgctcgggctggagaatag
181 atggttttgt gaaaaattaa acaccgccct gaagaggagc cccgctgggcagcggcagga
241 gcgcagagtg ctggcccagg tgctgcagag gtggcgcctc cccggcccgggacggtagcc
301 ccgggcgcca acggcatgac agactcggcg acagctaacg gggacgacagggaccccgag
361 atcgagctct ttgtgaaggc tggaatcgat ggagaaagca tcggcaactgtcctttctct
421 cagcgcctct tcatgatcct ctggctgaaa ggagtcgtgt tcaatgtcaccactgtggat
481 ctgaaaagaa agccagctga cctgcacaac ctagcccccg gcacgcacccgcccttcctg
541 accttcaacg gggacgtgaa gacagacgtc aataagatcg aggagttcctggaggagacc
601 ttgacccctg aaaagtaccc caaactggct gcaaaacacc gggaatccaacacagcgggc
661 atcgacatct tttccaagtt ttctgcctac atcaaaaata ccaagcagcagaacaatgct
721 gctcttgaaa gaggcctaac caaggctcta aagaaattgg atgactacctgaacacccct
781 ctaccagagg agattgacgc caacacttgt ggggaagaca aggggtcccggcgcaagttc
841 ctggatgggg atgagctgac cctggctgac tgcaatctgt tgcccaagctccatgtggtc
901 aagattgtgg ccaagaaata ccgcaactat gatatcccgg ctgagatgacaggcctgtgg
961 cggtacctca agaacgccta tgcccgtgat gagttcacca acacctgtgcagctgacagt
1021 gagatcgagt tggcctacgc tgatgtcgcc aaacgcctca gccgatcctgagcacagcca
1081 ttttgcccca tccccgctgc agaaggactc aaccactccc ctaagactccagcttcatag
1141 actcctctgt atcactgcct tgaggcgcac tttttataat caagcctcatcttgctggta
1201 tcatgggaac tccagcctgc tatctttcat gaaggtcagc accatccctggcctcctcac
1261 ataggaatct agcagaaatg atagacacag tccacctttc ggccggccagcctgatctgg
1321 gctcagcatg tttggggtca gtcagtgttg gagagcccac atatgggattgccactagct
1381 tcttctgcca atatcaaaat accttctcag atgctttaga aacatgcaacaccaactcct
1441 tttctaccct cctctccgtc catacctaca aggccaagga caaacgccatcttcatcctt
1501 cttagaaaga gatctattac cccattaggg gagacagaga gagtgaatggaggagtaccg
1561 agctggctat ggacttgggt gtctggcaaa cacagcttca gtctcactacttctgacact
1621 ctggttattg ggcactaagg gccagactgg aaagtcactt gagacacattctcagtttgt
1681 tgcagtgcca ggaatgctgc gctgctgctg ctgcgcacct ggcccatgctgtccctggct
1741 tccatgccgt ccaggccctg ccagaaaagg aaattggcat gcaattctaaactgcagtga
1801 ctgggatggg aggggagggg agcagtgttg atgccaaaat acccacggggtctaccagcc
1861 atggggtttg cttgcttagg agtagttgtt tcagaggtga ttacaggcctgggtttgact
1921 gtgcttacca atgagtggtt tttgagctat gagaaagtgg atgggagtgggaggaggaga
1981 gatgggtgaa gacaaaagag ttctttatga gcctcgatgt tccctggtaaacttttaaaa
2041 aggccttctc tcatgatcta agtcttggac tggtggcatc atgtaactgctaaccttaca
2101 gtaaaaaccc aagaatgggt caaaaatgtc ttcccagttt ctccaagctgcttctggaat
2161 gcaggtctgt cggctgggtg ctctccagca gctgctcctg cctgattcaactgtagcctg
2221 taatgggtaa aagccacatt taggaggtgg tctgatcata gaacaccttaggaagaaagt
2281 ccatgagact ttctgactag gaaaccatgt ggtttgaact tgaagaaaaatgtagaccca
2341 tctgggttaa ttttcctaca atctgactca actgccaggt gaaaaaaaaaaggaaaaatt
2401 tttaagctaa tatttcactc ttttgtcatt ctccttaagt ttcatctcctaaaaagctta
2461 cccagcctga gcttggggac ctgtgcagag gaaactaaga aaaatgcactcatcaactcc
2521 ttctcccagt gaacgcccgg tgagaaaatc catttgccac aggcccttaccttcaacaat
2581 cccccttcta tagtgttcgc tggtaaaggg tgaggctccc aagtgctggaaagcccctgg
2641 acttggctca tttctcagca agggcaggat agcacgggtc ctttccatagaaatatcaac
2701 aaattctaac ccaagcaatc cctggaccta cctgcctcca gggatctctgaagaaaaaaa
2761 gtaacccatt gatcaaatca gaggagagga agcaggaggt ctcctagagcccattgagga
2821 agaggaactt tctcagtagg acactttata agcctgagaa agctttgaaaaggcggaatg
2881 agttgattca tttccacctc aaaaggaacc tttccaggtc cccctggaaattgtgccctg
2941 gagatgttta acaaggagaa ctggtgagga aagagtcctt ttttactgtagggaaaagcc
3001 ccaaactggc ctcctggggg atgagggctg aaatgatccc gaaggccttttaattagtgt
3061 gaaatcctgc tgtactcaga aatccttccc cgaatttaca gcacaggcaggatgacctaa
3121 gaggcagttt acttccctga gacccacagt tgggctgttc tggaaacacatctgtgaatc
3181 atagccaatt gccacagaga aaacagaacc aagcctccgg tgaggccactccaccccaga
3241 gaagtctgca gaattccaag gactcggatt ggatgttcag aattcagcaactggaaagtc
3301 cttaaaaaca aacaggccaa accaaatcaa tattgctgtt tctagatgtcccttctgtgg
3361 ttgagctagt tttacagaga taaatatatt aagacaagga ggtgggggtgttatatgatc
3421 aatgatagcc atttgaaaga gagggaggag tacagaagga aggcacttctgggtacttaa
3481 ttcagaaatt tctttatatt tcagcactgg attatcatat aatgcaagtgactatggact
3541 aagagttagt tatggtgtct tatgactaga tttattatgg tatattaaagtaacaataat
3601 attaatatta ccttcctttt tttttttgtt tcaaaagaga tctttctccagatgcttcag
3661 cctgtctggc cttcttatca tatgtgcagc acatcatgtc tcagcaacagtgtggtgagg
3721 tccttaggtg tcccaagaac aactcaggga gcacgggagg gtctgcagttgggaccccac
3781 aactatacag ctatagggta ggaggcttcc ttttcattgg tcctgaatgaatacaaatcg
3841 ctcagaaagc attttggtgg cacagaaagg ggatgtattt gtgttgagatcttattttat
3901 tttgtattta tttatcttct ttgacttgca cagcactatt gggggtgggggaagcagggt
3961 agtgggagac gaaggcagaa gcaagagtca aactcagaat gactgagttgaattcactgt
4021 ctagtcagca atgcctgctt ctgagtttgg cccagagaga aggtattgagtaagatttta
4081 ataactgtaa aaagtaagct ggataagtaa aatcatgatg gatccaaagcacagtttctt
4141 catctcctga taaagaaagt caaatgcttg ataaattcag agtcacagatgtgagcatag
4201 ctatattctt ttaaacgaga ggtagagtga cctagcacta agcaaatgagctgaaatgtc
4261 ggaaacagag tccatcagct tatttggcca cacgatccca aactagttttatcttgggaa
4321 atggccctgt cctcagcatt cccttcttgt gctggtgggg ccagtgaagtcttgatctta
4381 tcagaaaaag gccacaccaa gtgcgagttt tcccaggctg actttccaggcccttatcaa
4441 atgaaacaac agaagctctt cacagttctg tgccccatgg ccactccacagacagacaat
4501 accaagcatc ttagaactgt cataagatag gtcatgcctg aaatagatcttgaccatatg
4561 agagtcccag aaatcagcaa ggcctggaca aatagaacta agagagaggcagaggcagga
4621 agctgcgggt ctatcttgta aagagtttag catcactgtg agagtgtgtgtctaaaatta
4681 aattaaacta gaagcagcag gtgagtattt ggtaagtact tctgtgactcgcctcaattc
4741 ccactggcca ggggccatct caactgcacg gtgaatcaag atgctggtgtcatcctcctt
4801 ggaaaaagga aatgttaact catggttaaa actaagtaca atgattcccaagggatcact
4861 ttcttatttt tttaaatgac attaaggaga atcttaagaa agcatcagagaaagacatgt
4921 gcatgtgaag caccctgatt ctgatgttag gaaaacttaa gcgaacaggacctgctgcac
4981 acagccccat tgtcttctat ccatttctct ttatcattca aatcaagcaacatgtgccct
5041 cctcatcaac acacattctt cccctttgtc agtatgcatc tcccagcttagtgtcaggat
5101 actttcgatt cataattatg tatgatccaa agtgtgcata atttcatttaacgttaaaga
5161 aatagatcca attcctttct tgcaaccaaa aataaataaa atacgttgcctcaatataag
5221 gtttgggcta ttctgtgttt ctatagaagc aatctgtttt tggtaaaatgtacttttaag
5281 gatccagtca tctgaagtat tttatgtaga gttagagatt tcacaatattgactatacat
5341 atatttaaaa tataaattat ccagctgatg tttgaatttg tcttactttcctggccacct
5401 cgttgtccta ttttataagc tggggagtta actagcttaa caaaagatgcttagcttttg
5461 taaaagaaca agtgtttcat tttacaaaga cactccaaat gatagttacttgattttctc
5521 gagaccttta actatggtga tgaataacag gacttgcttt caagccttaataaatgtaaa
5581 atgcctttta atgaagatac agctgagtgt tttcctcatg aatctgaaccaattaccaat
5641 ttgtgttcca gtcttgattg gtattgactg attcaaataa agttggtttattttcaaata
5701 tta
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
PERP、TP53凋亡效应器 | PERP | NM_022121 | 18 |
1 gcttttgtgg cggcgcccgc gctcgcaggc cactctctgc tgtcgcccgt cccgcgcgct
61 cctccgaccc gctccgctcc gctccgctcg gccccgcgcc gcccgtcaac atgatccgct
121 gcggcctggc ctgcgagcgc tgccgctgga tcctgcccct gctcctactcagcgccatcg
181 ccttcgacat catcgcgctg gccggccgcg gctggttgca gtctagcgaccacggccaga
241 cgtcctcgct gtggtggaaa tgctcccaag agggcggcgg cagcgggtcctacgaggagg
301 gctgtcagag cctcatggag tacgcgtggg gtagagcagc ggctgccatgctcttctgtg
361 gcttcatcat cctggtgatc tgtttcatcc tctccttctt cgccctctgtggaccccaga
421 tgcttgtctt cctgagagtg attggaggtc tccttgcctt ggctgctgtgttccagatca
481 tctccctggt aatttacccc gtgaagtaca cccagacctt cacccttcatgccaaccctg
541 ctgtcactta catctataac tgggcctacg gctttgggtg ggcagccacgattatcctga
601 ttggctgtgc cttcttcttc tgctgcctcc ccaactacga agatgaccttctgggcaatg
661 ccaagcccag gtacttctac acatctgcct aacttgggaa tgaatgtgggagaaaatcgc
721 tgctgctgag atggactcca gaagaagaaa ctgtttctcc aggcgactttgaacccattt
781 tttggcagtg ttcatattat taaactagtc aaaaatgcta aaataatttgggagaaaata
841 ttttttaagt agtgttatag tttcatgttt atcttttatt atgttttgtgaagttgtgtc
901 ttttcactaa ttacctatac tatgccaata tttcctatct atccataacatttatactac
961 atttgtaaga gaatatgcac gtgaaactta acactttata aggtaaaaatgaggtttcca
1021 agatttaata atctgatcaa gttcttgtta tttccaaata gaatggactcggtctgttaa
1081 gggctaagga gaagaggaag ataaggttaa aagttgttaa tgaccaaacattctaaaaga
1141 aatgcaaaaa aaaagtttat tttcaagcct tcgaactatt taaggaaagcaaaatcattt
1201 cctaaatgca tatcatttgt gagaatttct cattaatatc ctgaatcattcattttagct
1261 aaggcttcat gttgactcga tatgtcatct aggaaagtac tatttcatggtccaaacctg
1321 ttgccatagt tggtaaggct ttcctttaag tgtgaaatat ttagatgaaattttctcttt
1381 taaagttctt tatagggtta gggtgtggga aaatgctata ttaataaatctgtagtgttt
1441 tgtgtttata tgttcagaac cagagtagac tggattgaaa gatggactgggtctaattta
1501 tcatgactga tagatctgtt aagttgtgta gtaaagcatt aggagggtcattcttgtcac
1561 aaaagtgcca ctaaaacagc ctcaggagaa taaatgactt gcttttctaaatctcaggtt
1621 tatctgggct ctatcatata gacaggcttc tgatagtttg caactgtaagcagaaaccta
1681 catatagtta aaatcctggt ctttcttggt aaacagattt taaatgtctgatataaaaca
1741 tgccacagga gaattcgggg atttgagttt ctctgaatag catatatatgatgcatcgga
1801 taggtcatta tgatttttta ccatttcgac ttacataatg aaaaccaattcattttaaat
1861 atcagattat tattttgtaa gttgtggaaa aagctaattg tagttttcattatgaagttt
1921 tcccaataaa ccaggtattc t
基因名称 | 基因符号 | GenBank | 序列识别号 |
登录号# | |||
脾酪氨酸激酶 | SYK | NM_003177 | 19 |
1 aggaagagcc gcgggcccgg cggctgaggc caccccggc ggcggctggag agcgaggagg
61 agcgggtggc cccgcgctgc gcccgccctc gcctcacct ggcgcaggtgg acacctgcgc
121 aggtgtgtgc cctccggccc ctgaagcatg gccagcagcg gcatggctgacagcgccaac
181 cacctgccct tctttttcgg caacatcacc cgggaggagg cagaagattacctggtccag
241 gggggcatga gtgatgggct ttatttgctg cgccagagcc gcaactacctgggtggcttc
301 gccctgtccg tggcccacgg gaggaaggca caccactaca ccatcgagcgggagctgaat
361 ggcacctacg ccatcgccgg tggcaggacc catgccagcc ccgccgacctctgccactac
421 cactcccagg agtctgatgg cctggtctgc ctcctcaaga agcccttcaaccggccccaa
481 ggggtgcagc ccaagactgg gccctttgag gatttgaagg aaaacctcatcagggaatat
541 gtgaagcaga catggaacct gcagggtcag gctctggagc aggccatcatcagtcagaag
601 cctcagctgg agaagctgat cgctaccaca gcccatgaaa aaatgccttggttccatgga
661 aaaatctctc gggaagaatc tgagcaaatt gtcctgatag gatcaaagacaaatggaaag
721 ttcctgatcc gagccagaga caacaacggc tcctacgccc tgtgcctgctgcacgaaggg
781 aaggtgctgc actatcgcat cgacaaagac aagacaggga agctctccatccccgaggga
841 aagaagttcg acacgctctg gcagctagtc gagcattatt cttataaagcagatggtttg
901 ttaagagttc ttactgtccc atgtcaaaaa atcggcacac agggaaatgttaattttgga
961 ggccgtccac aacttccagg ttcccatcct gcgacttggt cagcgggtggaataatctca
1021 agaatcaaat catactcctt cccaaagcct ggccacagaa agtcctcccctgcccaaggg
1081 aaccggcaag agagtactgt gtcattcaat ccgtatgagc cagaacttgcaccctgggct
1141 gcagacaaag gcccccagag agaagcccta cccatggaca cagaggtgtacgagagcccc
1201 tacgcggacc ctgaggagat caggcccaag gaggtttacc tggaccgaaagctgctgacg
1261 ctggaagaca aagaactggg ctctggtaat tttggaactg tgaaaaagggctactaccaa
1321 atgaaaaaag ttgtgaaaac cgtggctgtg aaaatactga aaaacgaggccaatgacccc
1381 gctcttaaag atgagttatt agcagaagca aatgtcatgc agcagctggacaacccgtac
1441 atcgtgcgca tgatcgggat atgcgaggcc gagtcctgga tgctagttatggagatggca
1501 gaacttggtc ccctcaataa gtatttgcag cagaacagac atgtcaaggataagaacatc
1561 atagaactgg ttcatcaggt ttccatgggc atgaagtact tggaggagagcaattttgtg
1621 cacagagatc tggctgcaag aaatgtgttg ctagttaccc aacattatgccaagatcagt
1681 gatttcggac tctccaaagc actgcgtgct gatgaaaact actacaaggcccagacccat
1741 ggaaagtggc ctgtcaagtg gtacgctccg gaatgcatca actactacaagttctccagc
1801 aaaagcgatg tctggagctt tggagtgttg atgtgggaag cattctcctatgggcagaag
1861 ccatatcgag ggatgaaagg aagtgaagtc accgctatgt tagagaaaggagagcggatg
1921 gggtgccctg cagggtgtcc aagagagatg tacgatctca tgaatctgtgctggacatac
1981 gatgtggaaa acaggcccgg attcgcagca gtggaactgc ggctgcgcaattactactat
2041 gacgtggtga actaaccgct cccgcacctg tcggtggctg cctttgatcacaggagcaat
2101 cacaggaaaa tgtatccaga ggaattgatt gtcagccacc tccctctgccagtcgggaga
2161 gccaggcttg gatggaacat gcccacaact tgtcacccaa agcctgtcccaggactcacc
2221 ctccacaaag caaaggcagt cccgggagaa aagacggatg gcaggatccaaggggctagc
2281 tggatttgtt tgttttcttg tctgtgtgat tttcatacag gttatttttacgatctgttt
2341 ccaaatccct ttcatgtctt tccacttctc tgggtcccgg ggtgcatttgttactcatcg
2401 ggcccaggga cattgcagag tggcctagag cactctcacc ccaagcggccttttccaaat
2461 gcccaaggat gccttagcat gtgactcctg aagggaaggc aaaggcagaggaatttggct
2521 gcttctacgg ccatgagact gatccctggc cactgaaaag ctttcctgacaataaaaatg
2581 ttttgaggct ttaaaaagaa aatcaagttt gaccagtgca gtttctaagcatgtagccag
2641 ttaaggaaag aaagaaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
溶质运载蛋白家族12(钠/钾/氯化物转运蛋白),成员2 | SLC12A2 | NM_001046 | 20 |
1 ggtggcctct gtggccgtcc aggctagcgg cggcccgcag gcggcgggga gaaagactct
61 ctcacctggt cttgcggctg tggccaccgc cggccagggg tgtggagggc gtgctgccgg
121 agacgtccgc cgggctctgc agttccgccg ggggtcgggc agctatggagccgcggccca
181 cggcgccctc ctccggcgcc ccgggactgg ccggggtcgg ggagacgccgtcagccgctg
241 cgctggccgc agccagggtg gaactgcccg gcacggctgt gccctcggtgccggaggatg
301 ctgcgcccgc gagccgggac ggcggcgggg tccgcgatga gggccccgcggcggccgggg
361 acgggctggg cagacccttg gggcccaccc cgagccagag ccgtttccaggtggacctgg
421 tttccgagaa cgccgggcgg gccgctgctg cggcggcggc ggcggcggcggcagcggcgg
481 cggctggtgc tggggcgggg gccaagcaga cccccgcgga cggggaagccagcggcgaga
541 gcgagccggc taaaggcagc gaggaagcca agggccgctt ccgcgtgaacttcgtggacc
601 cagctgcctc ctcgtcggct gaagacagcc tgtcagatgc tgccggggtcggagtcgacg
661 ggcccaacgt gagcttccag aacggcgggg acacggtgct gagcgagggcagcagcctgc
721 actccggcgg cggcggcggc agtgggcacc accagcacta ctattatgatacccacacca
781 acacctacta cctgcgcacc ttcggccaca acaccatgga cgctgtgcccaggatcgatc
841 actaccggca cacagccgcg cagctgggcg agaagctgct ccggcctagcctggcggagc
901 tccacgacga gctggaaaag gaaccttttg aggatggctt tgcaaatggggaagaaagta
961 ctccaaccag agatgctgtg gtcacgtata ctgcagaaag taaaggagtcgtgaagtttg
1021 gctggatcaa gggtgtatta gtacgttgta tgttaaacat ttggggtgtgatgcttttca
1081 ttagattgtc atggattgtg ggtcaagctg gaataggtct atcagtccttgtaataatga
1141 tggccactgt tgtgacaact atcacaggat tgtctacttc agcaatagcaactaatggat
1201 ttgtaagagg aggaggagca tattatttaa tatctagaag tctagggccagaatttggtg
1261 gtgcaattgg tctaatcttc gcctttgcca acgctgttgc agttgctatgtatgtggttg
1321 gatttgcaga aaccgtggtg gagttgctta aggaacattc catacttatgatagatgaaa
1381 tcaatgatat ccgaattatt ggagccatta cagtcgtgat tcttttaggtatctcagtag
1441 ctggaatgga gtgggaagca aaagctcaga ttgttctttt ggtgatcctacttcttgcta
1501 ttggtgattt cgtcatagga acatttatcc cactggagag caagaagccaaaagggtttt
1561 ttggttataa atctgaaata tttaatgaga actttgggcc cgattttcgagaggaagaga
1621 ctttcttttc tgtatttgcc atcttttttc ctgctgcaac tggtattctggctggagcaa
1681 atatctcagg tgatcttgca gatcctcagt cagccatacc caaaggaacactcctagcca
1741 ttttaattac tacattggtt tacgtaggaa ttgcagtatc tgtaggttcttgtgttgttc
1801 gagatgccac tggaaacgtt aatgacacta tcgtaacaga gctaacaaactgtacttctg
1861 cagcctgcaa attaaacttt gatttttcat cttgtgaaag cagtccttgttcctatggcc
1921 taatgaacaa cttccaggta atgagtatgg tgtcaggatt tacaccactaatttctgcag
1981 gtatattttc agccactctt tcttcagcat tagcatccct agtgagtgctcccaaaatat
2041 ttcaggctct atgtaaggac aacatctacc cagctttcca gatgtttgctaaaggttatg
2101 ggaaaaataa tgaacctctt cgtggctaca tcttaacatt cttaattgcacttggattca
2161 tcttaattgc tgaactgaat gttattgcac caattatctc aaacttcttccttgcatcat
2221 atgcattgat caatttttca gtattccatg catcacttgc aaaatctccaggatggcgtc
2281 ctgcattcaa atactacaac atgtggatat cacttcttgg agcaattctttgttgcatag
2341 taatgttcgt cattaactgg tgggctgcat tgctaacata tgtgatagtccttgggctgt
2401 atatttatgt tacctacaaa aaaccagatg tgaattgggg atcctctacacaagccctga
2461 cttacctgaa tgcactgcag cattcaattc gtctttctgg agtggaagaccacgtgaaaa
2521 actttaggcc acagtgtctt gttatgacag gtgctccaaa ctcacgtccagctttacttc
2581 atcttgttca tgatttcaca aaaaatgttg gtttgatgat ctgtggccatgtacatatgg
2641 gtcctcgaag acaagccatg aaagagatgt ccatcgatca agccaaatatcagcgatggc
2701 ttattaagaa caaaatgaag gcattttatg ctccagtaca tgcagatgacttgagagaag
2761 gtgcacagta tttgatgcag gctgctggtc ttggtcgtat gaagccaaacacacttgtcc
2821 ttggatttaa gaaagattgg ttgcaagcag atatgaggga tgtggatatgtatataaact
2881 tatttcatga tgcttttgac atacaatatg gagtagtggt tattcgcctaaaagaaggtc
2941 tggatatatc tcatcttcaa ggacaagaag aattattgtc atcacaagagaaatctcctg
3001 gcaccaagga tgtggtagta agtgtggaat atagtaaaaa gtccgatttagatacttcca
3061 aaccactcag tgaaaaacca attacacaca aagttgagga agaggatggcaagactgcaa
3121 ctcaaccact gttgaaaaaa gaatccaaag gccctattgt gcctttaaatgtagctgacc
3181 aaaagcttct tgaagctagt acacagtttc agaaaaaaca aggaaagaatactattgatg
3241 tctggtggct ttttgatgat ggaggtttga ccttattgat accttaccttctgacgacca
3301 agaaaaaatg gaaagactgt aagatcagag tattcattgg tggaaagataaacagaatag
3361 accatgaccg gagagcgatg gctactttgc ttagcaagtt ccggatagacttttctgata
3421 tcatggttct aggagatatc aataccaaac caaagaaaga aaatattatagcttttgagg
3481 aaatcattga gccatacaga cttcatgaag atgataaaga gcaagatattgcagataaaa
3541 tgaaagaaga tgaaccatgg cgaataacag ataatgagct tgaactttataagaccaaga
3601 cataccggca gatcaggtta aatgagttat taaaggaaca ttcaagcacagctaatatta
3661 ttgtcatgag tctcccagtt gcacgaaaag gtgctgtgtc tagtgctctctacatggcat
3721 ggttagaagc tctatctaag gacctaccac caatcctcct agttcgtgggaatcatcaga
3781 gtgtccttac cttctattca taaatgttct atacagtgga cagccctccagaatggtact
3841 tcagtgccta gtgtagtaac tgaaatcttc aatgacacat taacatcacaatggcgaatg
3901 gtgacttttc tttcacgatt tcattaattt gaaagcacac aggaaagttgctccattgat
3961 aacgtgtatg gagacttcgg ttttagtcaa ttccatatct caatcttaatggtgattctt
4021 ctctgttgaa ctgaagtttg tgagagtagt tttcctttgc tacttgaatagcaataaaag
4081 cgtgttaact ttttgattga tgaaagaagt acaaaaagcc tttagccttgaggtgccttc
4141 tgaaattaac caaatttcat ccatatatcc tcttttataa acttatagaatgtcaaactt
4201 tgccttcaac tgtttttatt tctagtctct tccactttaa aacaaaatgaacactgcttg
4261 tcttcttcca ttgaccattt agtgttgagt actgtatgtg ttttgttaattctataaagg
4321 tatctgttag atattaaagg tgagaattag ggcaggttaa tcaaaaatggggaaggggaa
4381 atggtaacca aaaagtaacc ccatggtaag gtttatatga gtatatgtgaatatagagct
4441 aggaaaaaaa gcccccccaa ataccttttt aacccctctg attggctattattactatat
4501 ttattattat ttattgaaac cttagggaag attgaagatt catcccatacttctatatac
4561 catgcttaaa aatcacgtca ttctttaaac aaaaatactc aagatcatttatatttattt
4621 ggagagaaaa ctgtcctaat ttagaatttc cctcaaatct gagggacttttaagaaatgc
4681 taacagattt ttctggagga aatttagaca aaacaatgtc atttagtagaatatttcagt
4741 atttaagtgg aatttcagta tactgtacta tcctttataa gtcattaaaataatgtttca
4801 tcaaatggtt aaatggacca ctggtttctt agagaaatgt ttttaggcttaattcattca
4861 attgtcaagt acacttagtc ttaatacact caggtttgaa cagattattctgaatattaa
4921 aatttaatcc attcttaata ttttaaaact tttgttaaga aaaactgccagtttgtgctt
4981 ttgaaatgtc tgttttgaca tcatagtcta gtaaaatttt gacagtgcatatgtactgtt
5041 actaaaagct ttatatgaaa ttattaatgt gaagtttttc atttataattcaaggaagga
5101 tttcctgaaa acatttcaag ggatttatgt ctacatattt gtgtgtgtgtgtgtatatat
5161 atgtaatatg catacacaga tgcatatgtg tatatataat gaaatttatgttgctggtat
5221 tttgcatttt aaagtgatca agattcatta ggcaaacttt ggtttaagtaaacatatgtt
5281 caaaatcaga ttaacagata caggtttcat agagaacaaa ggtgatcatttgaagggcat
5341 gctgtaattt cacacaattt tccagttcaa aaatggagaa tacttcgcctaaaatactgt
5401 taagtgggtt aattgataca agtttctgtg gtggaaaatt tatgcaggttttcacgaatc
5461 cttttttttt tttttttttt tttttgagac ggagtcttgc tctgttgccacgctggaatg
5521 cagtaacgtg atcttggctc actgcgacct ccacctcccc agttcaagcgattctcctgc
5581 ctcagcctcc ctagtagctg ggactacggg tgcacgccac catgcccagctaatttttgt
5641 attttgagta gagacagggt ttcaccgtgt tggctaggat ggtgtctatctcttgacctt
5701 gtgatccacc cgcctcagcc tcccagagtg ctgggattac aggtgcgagccactgcgcct
5761 ggctggtttt catgaatctt gatagacatc tataacgtta ttattttcagtggtgtgcag
5821 catttttgct tcatgagtat gacctaggta tagagatctg ataacttgaattcagaatat
5881 taagaaaatg aagtaactga ttttctaaaa aaaaaaaaaa aaaaaatttctacattataa
5941 ctcacagcat tgttccattg caggttttgc aatgtttggg ggtaaagacagtagaaatat
6001 tattcagtaa acaataatgt gtgaactttt aagatggata atagggcatggactgagtgc
6061 tgctatcttg aaatgtgcac aggtacactt accttttttt tttttttttttaagtttttc
6121 ccattcagga aaacaacatt gtgatctgta ctacaggaac caaatgtcatgcgtcataca
6181 tgtgggtata aagtacataa aatatatcta actattcata atgtggggtgggtaatactg
6241 tctgtgaaat aatgtaagaa gcttttcact taaaaaaaat gcattactttcacttaacac
6301 tagacaccag gtcgaaaatt ttcaaggtta tagtacttat ttcaacaattcttagagatg
6361 ctagctagtg ttgaagctaa aaatagcttt atttatgctg aattgtgatttttttatgcc
6421 aaattttttt tagttctaat cattgatgat agcttggaaa taaataattatgccatggca
6481 tttgacagtt cattattcct ataagaatta aattgagttt agagagaatggtggtgttga
6541 gctgattatt aacagttact gaaatcaaat atttatttgt tacattattccatttgtatt
6601 ttaggtttcc ttttacattc tttttatatg cattctgaca ttacatattttttaagacta
6661 tggaaataat ttaaagattt aagctctggt ggatgattat ctgctaagtaagtctgaaaa
6721 tgtaatattt tgataatact gtaatatacc tgtcacacaa atgcttttctaatgttttaa
6781 ccttgagtat tgcagttgct gctttgtaca gaggttactg caataaaggaagtggattca
6841 ttaaacctat ttaatgtcca
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
鸟苷酸环化酶2C(热稳定肠毒素受体) | GUCY2C | NM_004963 | 21 |
1 cgcaaagcaa gtgggcacaa ggagtatggt tctaacgtga ttggggtcat gaagacgttg
61 ctgttggact tggctttgtg gtcactgctc ttccagcccg ggtggctgtc ctttagttcc
121 caggtgagtc agaactgcca caatggcagc tatgaaatca gcgtcctgatgatgggcaac
181 tcagcctttg cagagcccct gaaaaacttg gaagatgcgg tgaatgaggggctggaaata
241 gtgagaggac gtctgcaaaa tgctggccta aatgtgactg tgaacgctactttcatgtat
301 tcggatggtc tgattcataa ctcaggcgac tgccggagta gcacctgtgaaggcctcgac
361 ctactcagga aaatttcaaa tgcacaacgg atgggctgtg tcctcatagggccctcatgt
421 acatactcca ccttccagat gtaccttgac acagaattga gctaccccatgatctcagct
481 ggaagttttg gattgtcatg tgactataaa gaaaccttaa ccaggctgatgtctccagct
541 agaaagttga tgtacttctt ggttaacttt tggaaaacca acgatctgcccttcaaaact
601 tattcctgga gcacttcgta tgtttacaag aatggtacag aaactgaggactgtttctgg
661 taccttaatg ctctggaggc tagcgtttcc tatttctccc acgaactcggctttaaggtg
721 gtgttaagac aagataagga gtttcaggat atcttaatgg accacaacaggaaaagcaat
781 gtgattatta tgtgtggtgg tccagagttc ctctacaagc tgaagggtgaccgagcagtg
841 gctgaagaca ttgtcattat tctagtggat cttttcaatg accagtacttggaggacaat
901 gtcacagccc ctgactatat gaaaaatgtc cttgttctga cgctgtctcctgggaattcc
961 cttctaaata gctctttctc caggaatcta tcaccaacaa aacgagactttgctcttgcc
1021 tatttgaatg gaatcctgct ctttggacat atgctgaaga tatttcttgaaaatggagaa
1081 aatattacca cccccaaatt tgctcatgct ttcaggaatc tcacttttgaagggtatgac
1141 ggtccagtga ccttggatga ctggggggat gttgacagta ccatggtgcttctgtatacc
1201 tctgtggaca ccaagaaata caaggttctt ttgacctatg atacccacgtaaataagacc
1261 tatcctgtgg atatgagccc cacattcact tggaagaact ctaaacttcctaatgatatt
1321 acaggccggg gccctcagat cctgatgatt gcagtcttca ccctcactggagctgtggtg
1381 ctgctcctgc tcgtcgctct cctgatgctc agaaaatata gaaaagattatgaacttcgt
1441 cagaaaaaat ggtcccacat tcctcctgaa aatatctttc ctctggagaccaatgagacc
1501 aatcatgtta gcctcaagat cgatgatgac aaaagacgag atacaatccagagactacga
1561 cagtgcaaat acgacaaaaa gcgagtgatt ctcaaagatc tcaagcacaatgatggtaat
1621 ttcactgaaa aacagaagat agaattgaac aagttgcttc agattgactattacaacctg
1681 accaagttct acggcacagt gaaacttgat accatgatct tcggggtgatagaatactgt
1741 gagagaggat ccctccggga agttttaaat gacacaattt cctaccctgatggcacattc
1801 atggattggg agtttaagat ctctgtcttg tatgacattg ctaagggaatgtcatatctg
1861 cactccagta agacagaagt ccatggtcgt ctgaaatcta ccaactgcgtagtggacagt
1921 agaatggtgg tgaagatcac tgattttggc tgcaattcca ttttacctccaaaaaaggac
1981 ctgtggacag ctccagagca cctccgccaa gccaacatct ctcagaaaggagatgtgtac
2041 agctatggga tcatcgcaca ggagatcatt ctgcggaaag aaaccttctacactttgagc
2101 tgtcgggacc ggaatgagaa gattttcaga gtggaaaatt ccaatggaatgaaacccttc
2161 cgcccagatt tattcttgga aacagcagag gaaaaagagc tagaagtgtacctacttgta
2221 aaaaactgtt gggaggaaga tccagaaaag agaccagatt tcaaaaaaattgagactaca
2281 cttgccaaga tatttggact ttttcatgac caaaaaaatg aaagctatatggataccttg
2341 atccgacgtc tacagctata ttctcgaaac ctggaacatc tggtagaggaaaggacacag
2401 ctgtacaagg cagagaggga cagggctgca agacttaact ttatgttgcttccaaggcta
2461 gtggtaaagt ctctgaagga gaaaggcttt gtggagccgg aactatatgaggaagttaca
2521 atctacttca gtgacattgt aggtttcact actatctgca aatacagcacccccatggaa
2581 gtggtggaca tgcttaatga catctataag agttttgacc acattgttgatcatcatgat
2641 gtctacaagg tggaaaccat cggtgatgcg tacatggtgg ctagtggtttgcctaagaga
2701 aatggcaatc ggcatgcaat agacattgcc aagatggcct tggaaatcctcagcttcatg
2761 gggacctttg agctggagca tcttcctggc ctcccaatat ggattcgcattggagttcac
2821 tctggtccct gtgctgctgg agttgtggga atcaagatgc ctcgttattgtctatttgga
2881 gatacggtca acacagcctc taggatggaa tccactggcc tccctttgagaattcacgtg
2941 agtggctcca ccatagccat cctgaagaga actgagtgcc agttcctttatgaagtgaga
3001 ggagaaacat acttaaaggg aagaggaaat gagactacct actggctgactgggatgaag
3061 gaccagaaat tcaacctgcc aacccctcct actgtggaga atcaacagcgtttgcaagca
3121 gaattttcag acatgattgc caactcttta cagaaaagac aggcagcagggataagaagc
3181 caaaaaccca gacgggtagc cagctataaa aaaggcactc tggaatacttgcagctgaat
3241 accacagaca aggagagcac ctatttttaa acctaaatga ggtataaggactcacacaaa
3301 ttaaaataca gctgcactga ggcagcgacc tcaagtgtcc tgaaagcttacattttcctg
3361 agacctcaat gaagcagaaa tgtacttagg cttggctgcc ctgtctggaacatggacttt
3421 cttgcatgaa tcagatgtgt gttctcagtg aaataactac cttccactctggaaccttat
3481 tccagcagtt gttccaggga gcttctacct ggaaaagaaa agaaatgaatagactatcta
3541 gaacttgaga agattttatt cttatttcat ttattttttg tttgtttatttttatcgttt
3601 ttgtttactg gctttccttc tgtattcata agatttttta aattgtcataattatatttt
3661 aaatacccat cttcattaaa gtatatttaa ctcataattt ttgcagaaaatatgctatat
3721 attaggcaag aataaaagct aaagg
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
跨膜4超家族成员4 | TM4SF4 | NM_004617 | 22 |
1 cttcaggtca gggagaatgt ataaatgtcc attgccatcg aggttctgct atttttgaga
61 agctgaagca actccaagga cacagttcac agaaatttgg ttctcagccc caaaatactg
121 attgaattgg agacaattac aaggactctc tggccaaaaa cccttgaagaggccccgtga
181 aggaggcagt gaggagcttt tgattgctga cctgtgtcgt accaccccagaatgtgcact
241 gggggctgtg ccagatgcct gggggggacc ctcattcccc ttgctttttttggcttcctg
301 gctaacatcc tgttattttt tcctggagga aaagtgatag atgacaacgaccacctttcc
361 caagagatct ggtttttcgg aggaatatta ggaagcggtg tcttgatgatcttccctgcg
421 ctggtgttct tgggcctgaa gaacaatgac tgctgtgggt gctgcggcaacgagggctgt
481 gggaagcgat ttgcgatgtt cacctccacg atatttgctg tggttggattcttgggagct
541 ggatactcgt ttatcatctc agccatttca atcaacaagg gtcctaaatgcctcatggcc
601 aatagtacat ggggctaccc cttccacgac ggggattatc tcaatgatgaggccttatgg
661 aacaagtgcc gagagcctct caatgtggtt ccctggaatc tgaccctcttctccatcctg
721 ctggtcgtag gaggaatcca gatggttctc tgcgccatcc aggtggtcaatggcctcctg
781 gggaccctct gtggggactg ccagtgttgt ggctgctgtg ggggagatggacccgtttaa
841 acctccgaga tgagctgctc agactctaca gcatgacgac tacaatttcttttcataaaa
901 cttcttctct tcttggaatt attaattcct atctgcttcc tagctgataaagcttagaaa
961 aggcagttat tccttctttc caaccagctt tgctcgagtt agaattttgttattttcaaa
1021 taaaaaatag tttggccact taacaaattt gatttataaa tctttcaaattagttccttt
1081 ttagaattta ccaacaggtt caaagcatac ttttcatgat ttttttattacaaatgtaaa
1141 atgtataaag tcacatgtac tgccatacta cttctttgta tataaagatgtttatatctt
1201 tggaagtttt acataaatca aaggaagaaa gcacatttaa aatgagaaactaagaccaat
1261 ttctgttttt aagaggaaaa agaatgattg atgtatccta agtattgttatttgttgtct
1321 ttttttgctg ccttgcttga gttgcttgtg actgatcttt tgaggctgtcatcatggcta
1381 gggttctttt atgtatgtta aattaaaacc tgaattcaga ggtaacgt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
转化生长因子α | TGFA | NM_003236 | 23 |
1 ctggagagcc tgctgcccgc ccgcccgtaa aatggtcccc tcggctggac agctcgccct
61 gttcgctctg ggtattgtgt tggctgcgtg ccaggccttg gagaacagca cgtccccgct
121 gagtgcagac ccgcccgtgg ctgcagcagt ggtgtcccat tttaatgactgcccagattc
181 ccacactcag ttctgcttcc atggaacctg caggtttttg gtgcaggaggacaagccagc
241 atgtgtctgc cattctgggt acgttggtgc acgctgtgag catgcggacctcctggccgt
301 ggtggctgcc agccagaaga agcaggccat caccgccttg gtggtggtctccatcgtggc
361 cctggctgtc cttatcatca catgtgtgct gatacactgc tgccaggtccgaaaacactg
421 tgagtggtgc cgggccctca tctgccggca cgagaagccc agcgccctcctgaagggaag
481 aaccgcttgc tgccactcag aaacagtggt ctgaagagcc cagaggaggagtttggccag
541 gtggactgtg gcagatcaat aaagaaaggc ttcttcagga cagcactgccagagatgcct
601 gggtgtgcca cagaccttcc tacttggcct gtaatcacct gtgcagccttttgtgggcct
661 tcaaaactct gtcaagaact ccgtctgctt ggggttattc agtgtgacctagagaagaaa
721 tcagcggacc acgatttcaa gacttgttaa aaaagaactg caaagagacggactcctgtt
781 cacctaggtg aggtgtgtgc agcagttggt gtctgagtcc acatgtgtgcagttgtcttc
841 tgccagccat ggattccagg ctatatattt ctttttaatg ggccacctccccacaacaga
901 attctgccca acacaggaga tttctatagt tattgttttc tgtcatttgcctactgggga
961 agaaagtgaa ggaggggaaa ctgtttaata tcacatgaag accctagctttaagagaagc
1021 tgtatcctct aaccacgaga ctctcaacca gcccaacatc ttccatggacacatgacatt
1081 gaagaccatc ccaagctatc gccacccttg gagatgatgt cttatttattagatggataa
1141 tggttttatt tttaatctct taagtcaatg taaaaagtat aaaaccccttcagacttcta
1201 cattaatgat gtatgtgttg ctgactgaaa agctatactg attagaaatgtctggcctct
1261 tcaagacagc taaggcttgg gaaaagtctt ccagggtgcg gagatggaaccagaggctgg
1321 gttactggta ggaataaagg taggggttca gaaatggtgc cattgaagccacaaagccgg
1381 taaatgcctc aatacgttct gggagaaaac ttagcaaatc catcagcagggatctgtccc
1441 ctctgttggg gagagaggaa gagtgtgtgt gtctacacag gataaacccaatacatattg
1501 tactgctcag tgattaaatg ggttcacttc ctcgtgagcc ctcggtaagtatgtttagaa
1561 atagaacatt agccacgagc cataggcatt tcaggccaaa tccatgaaagggggaccagt
1621 catttatttt ccattttgtt gcttggttgg tttgttgctt tatttttaaaaggagaagtt
1681 taactttgct atttattttc gagcactagg aaaactattc cagtaatttttttttcctca
1741 tttccattca ggatgccggc tttattaaca aaaactctaa caagtcacctccactatgtg
1801 ggtcttcctt tcccctcaag agaaggagca attgttcccc tgacatctgggtccatctga
1861 cccatggggc ctgcctgtga gaaacagtgg gtcccttcaa atacatagtggatagctcat
1921 ccctaggaat tttcattaaa atttggaaac agagtaatga agaaataatatataaactcc
1981 ttatgtgagg aaatgctact aatatctgaa aagtgaaaga tttctatgtattaactctta
2041 agtgcaccta gcttattaca tcgtgaaagg tacatttaaa atatgttaaattggcttgaa
2101 attttcagag aattttgtct tcccctaatt cttcttcctt ggtctggaagaacaatttct
2161 atgaattttc tctttatttt ttttttataa ttcagacaat tctatgacccgtgtcttcat
2221 ttttggcact cttatttaac aatgccacac ctgaagcact tggatctgttcagagctgac
2281 cccctagcaa cgtagttgac acagctccag gtttttaaat tactaaaataagttcaagtt
2341 tacatccctt gggccagata tgtgggttga ggcttgactg tagcatcctgcttagagacc
2401 aatcaatgga cactggtttt tagacctcta tcaatcagta gttagcatccaagagacttt
2461 gcagaggcgt aggaatgagg ctggacagat ggcggaacga gaggttccctgcgaagactt
2521 gagatttagt gtctgtgaat gttctagttc ctaggtccag caagtcacacctgccagtgc
2581 cctcatcctt atgcctgtaa cacacatgca gtgagaggcc tcacatatacgcctccctag
2641 aagtgccttc caagtcagtc ctttggaaac cagcaggtct gaaaaagaggctgcatcaat
2701 gcaagcctgg ttggaccatt gtccatgcct caggatagaa cagcctggcttatttgggga
2761 tttttcttct agaaatcaaa tgactgataa gcattggctc cctctgccatttaatggcaa
2821 tggtagtctt tggttagctg caaaaatact ccatttcaag ttaaaaatgcatcttctaat
2881 ccatctctgc aagctccctg tgtttccttg ccctttagaa aatgaattgttcactacaat
2941 tagagaatca tttaacatcc tgacctggta agctgccaca cacctggcagtggggagcat
3001 cgctgtttcc aatggctcag gagacaatga aaagccccca tttaaaaaaataacaaacat
3061 tttttaaaag gcctccaata ctcttatgga gcctggattt ttcccactgctctacaggct
3121 gtgacttttt ttaagcatcc tgacaggaaa tgttttcttc tacatggaaagatagacagc
3181 agccaaccct gatctggaag acagggcccc ggctggacac acgtggaaccaagccaggga
3241 tgggctggcc attgtgtccc cgcaggagag atgggcagaa tggccctagagttcttttcc
3301 ctgagaaagg agaaaaagat gggattgcca ctcacccacc cacactggtaagggaggaga
3361 atttgtgctt ctggagcttc tcaagggatt gtgttttgca ggtacagaaaactgcctgtt
3421 atcttcaagc caggttttcg agggcacatg ggtcaccagt tgctttttcagtcaatttgg
3481 ccgggatgga ctaatgaggc tctaacactg ctcaggagac ccctgccctctagttggttc
3541 tgggctttga tctcttccaa cctgcccagt cacagaagga ggaatgactcaaatgcccaa
3601 aaccaagaac acattgcaga agtaagacaa acatgtatat ttttaaatgttctaacataa
3661 gacctgttct ctctagccat tgatttacca ggctttctga aagatctagtggttcacaca
3721 gagagagaga gagtactgaa aaagcaactc ctcttcttag tcttaataatttactaaaat
3781 ggtcaacttt tcattatctt tattataata aacctgatgc ttttttttagaactccttac
3841 tctgatgtct gtatatgttg cactgaaaag gttaatattt aatgttttaatttattttgt
3901 gtggtaagtt aattttgatt tctgtaatgt gttaatgtga ttagcagttattttccttaa
3961 tatctgaatt atacttaaag agtagtgagc aatataagac gcaattgtgtttttcagtaa
4021 tgtgcattgt tattgagttg tactgtacct tatttggaag gatgaaggaatgaacctttt
4081 tttcctaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
成纤维细胞生长因子结合蛋白1 | FGFBP1 | NM_005130 | 24 |
1 gaatagtcta ccccccttgc actctacctg acacagctgc agcctgcaat tcactcgcac
61 tgcctgggat tgcactggat ccgtgtgctc agaacaaggt gaacgcccag ctgcagccat
121 gaagatctgt agcctcaccc tgctctcctt cctcctactg gctgctcaggtgctcctggt
181 ggaggggaaa aaaaaagtga agaatggact tcacagcaaa gtggtctcagaacaaaagga
241 cactctgggc aacacccaga ttaagcagaa aagcaggccc gggaacaaaggcaagtttgt
301 caccaaagac caagccaact gcagatgggc tgctactgag caggaggagggcatctctct
361 caaggttgag tgcactcaat tggaccatga attttcctgt gtctttgctggcaatccaac
421 ctcatgccta aagctcaagg atgagagagt ctattggaaa caagttgcccggaatctgcg
481 ctcacagaaa gacatctgta gatattccaa gacagctgtg aaaaccagagtgtgcagaaa
541 ggattttcca gaatccagtc ttaagctagt cagctccact ctatttgggaacacaaagcc
601 caggaaggag aaaacagaga tgtcccccag ggagcacatc aaaggcaaagagaccacccc
661 ctctagccta gcagtgaccc agaccatggc caccaaagct cccgagtgtgtggaggaccc
721 agatatggca aaccagagga agactgccct ggagttctgt ggagagacttggagctctct
781 ctgcacattc ttcctcagca tagtgcagga cacgtcatgc taatgaggtcaaaagagaac
841 gggttccctt aagagatgtc atgtcgtaag tccctctgta tactttaaagctctctacag
901 tccccccaaa atatgaactt ttgtgcttag tgagtgcaac gaaatatttaaacaagtttt
961 gtattttttg cttttgtgtt ttggaatttg ccttattttt cttggatgcgatgttcagag
1021 gctgtttcct gcagcatgta tttccatggc ccacacagct atgtgtttgagcagcgaaga
1081 gtctttgagc tgaatgagcc agagtgataa tttcagtgca acgaactttctgctgaatta
1141 atggtaataa aactctgggt gtttttcaga aatacattca
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
PTK6蛋白酪氨酸激酶6 | PTK6 | NM_005975 | 25 |
1 gctgggccac agcctggtcc tgccgctgcg cccgcccgcc atggtgtccc gggaccaggc
61 tcacctgggc cccaagtatg tgggcctctg ggacttcaag tcccggacgg acgaggagct
121 gagcttccgc gcgggggacg tcttccacgt ggccaggaag gaggagcagtggtggtgggc
181 cacgctgctg gacgaggcgg gtggggccgt ggcccagggc tatgtgccccacaactacct
241 ggccgagagg gagacggtgg agtcggaacc gtggttcttt ggctgcatctcccgctcgga
301 agctgtgcgt cggctgcagg ccgagggcaa cgccacgggc gccttcctgatcagggtcag
361 cgagaagccg agtgccgact acgtcctgtc ggtgcgggac acgcaggctgtgcggcacta
421 caagatctgg cggcgtgccg ggggccggct gcacctgaac gaggcggtgtccttcctcag
481 cctgcccgag cttgtgaact accacagggc ccagagcctg tcccacggcctgcggctggc
541 cgcgccctgc cggaagcacg agcctgagcc cctgccccat tgggatgactgggagaggcc
601 gagggaggag ttcacgctct gcaggaagct ggggtccggc tactttggggaggtcttcga
661 ggggctctgg aaagaccggg tccaggtggc cattaaggtg atttctcgagacaacctcct
721 gcaccagcag atgctgcagt cggagatcca ggccatgaag aagctgcggcacaaacacat
781 cctggcgctg tacgccgtgg tgtccgtggg ggaccccgtg tacatcatcacggagctcat
841 ggccaagggc agcctgctgg agctgctccg cgactctgat gagaaagtcctgcccgtttc
901 ggagctgctg gacatcgcct ggcaggtggc tgagggcatg tgttacctggagtcgcagaa
961 ttacatccac cgggacctgg ccgccaggaa catcctcgtc ggggaaaacaccctctgcaa
1021 agttggggac ttcgggttag ccaggcttat caaggaggac gtctacctctcccatgacca
1081 caatatcccc tacaagtgga cggcccctga agcgctctcc cgaggccattactccaccaa
1141 atccgacgtc tggtcctttg ggattctcct gcatgagatg ttcagcaggggtcaggtgcc
1201 ctacccaggc atgtccaacc atgaggcctt cctgagggtg gacgccggctaccgcatgcc
1261 ctgccctctg gagtgcccgc ccagcgtgca caagctgatg ctgacatgctggtgcaggga
1321 ccccgagcag agaccctgct tcaaggccct gcgggagagg ctctccagcttcaccagcta
1381 cgagaacccg acctgagctg ctgtggagcg ggcatggccg ggccctgctgaggaggggcc
1441 tgggcagagg gcctggacct gggatcaagg cccacgcgct tccctggggtttactgaggt
1501 gatgggtgca ggaaaggttc acaaatgtgg agtgtctgcg tccaatacacgcgtgtgctc
1561 ctctccttac tccatcgtgt gtgccttggg tctcagctgc tgacacgcagcctgctctgg
1621 agcctgcaga tgagatccgg gagactgaca cgaagccagc agaggtcagaggggactctg
1681 accacagccc gctctctggc tgtctgtctg cagtgcccgg ctgagggtgggaggcaaaca
1741 cgccttgttc ctgctcttcc cagttcagct tggtgggaga aagtcattcgcgtggctcgg
1801 gacgctcatg taaatttggt tttggtgctc aagggttctt tcctcccaggggcaggtgtt
1861 tctttcctgt ttgtcttgtg tcttgagagc ttggccttat gaccagtgagaactctctcc
1921 ctggtctctg ccagcccaag catcactgcc cgaggcgcca gctcagtttcaccgtccacg
1981 tccacaaggg gcttttccca ccttcacctt tgtcgctggg tcagtgctggaaagcgcccc
2041 tcactcctgc gctgacaagg gcccttctct actgtctgtg gggtggttccgggctggggg
2101 ggctgcctcc tttgcacctg attttgaagg tgtctctttc atccatggttaagtcataaa
2161 aagcttattg gttttggttt tgactcacct gaaagttttt ttggtttaaaagaagaatag
2221 gcggggcacg gtggctcatg cctgtaatcc cagcactttg ggaggctgaggcaggtggat
2281 cacgaggtca ggagatcgac accatcctgg ctaacacggt gaaaccccgtctctactaaa
2341 aaatacaaaa aattagctgg gtgtggtggt gggggtgggc gcctgtagtcccagctacgt
2401 gggaggctga ggcagcagac tggtgtgaac ccgggaggtg gagcttgcagtgagccgaga
2461 tcgcgccact gcactccagc ctgggcgaca gagcgagact ccatctcaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
上皮V样抗原1 | EVA1 | NM_005797 | 26 |
1 acaggcacag gtgaggaact caactcaaac tcctctctct gggaaaacgc ggtgcttgct
61 cctcccggag tggccttggc agggtgttgg agccctcggt ctgccccgtc cggtctctgg
121 ggccaaggct gggtttccct catgtatggc aagagctcta ctcgtgcggtgcttcttctc
181 cttggcatac agctcacagc tctttggcct atagcagctg tggaaatttatacctcccgg
241 gtgctggagg ctgttaatgg gacagatgct cggttaaaat gcactttctccagctttgcc
301 cctgtgggtg atgctctaac agtgacctgg aattttcgtc ctctagacgggggacctgag
361 cagtttgtat tctactacca catagatccc ttccaaccca tgagtgggcggtttaaggac
421 cgggtgtctt gggatgggaa tcctgagcgg tacgatgcct ccatccttctctggaaactg
481 cagttcgacg acaatgggac atacacctgc caggtgaaga acccacctgatgttgatggg
541 gtgatagggg agatccggct cagcgtcgtg cacactgtac gcttctctgagatccacttc
601 ctggctctgg ccattggctc tgcctgtgca ctgatgatca taatagtaattgtagtggtc
661 ctcttccagc attaccggaa aaagcgatgg gccgaaagag ctcataaagtggtggagata
721 aaatcaaaag aagaggaaag gctcaaccaa gagaaaaagg tctctgtttatttagaagac
781 acagactaac aattttagat ggaagctgag atgatttcca agaacaagaaccctagtatt
841 tcttgaagtt aatggaaact tttctttggc ttttccagtt gtgacccgttttccaaccag
901 ttctgcagca tattagattc tagacaagca acacccctct ggagccagcacagtgctcct
961 ccatatcacc agtcatacac agcctcatta ttaaggtctt atttaatttcagagtgtaaa
1021 ttttttcaag tgctcattag gttttataaa caagaagcta catttttgcccttaagacac
1081 tacttacagt gttatgactt gtatacacat atattggtat caaaagggataaaagccaat
1141 ttgtctgtta catttccttt cacgtatttc ttttagcagc acttctgctactaaagttaa
1201 tgtgtttact ctctttcctt cccacattct caattaaaag gtgagctaagcctcctcggt
1261 gtttctgatt aacagtaaat cctaaattca aactgttaaa tgacatttttatttttatgt
1321 ctctccttaa ctatgagaca catcttgttt tactgaattt ctttcaatattccaggtgat
1381 agatttttgt tgttttgtta attaatccaa gatttacaat agcacaacgctaaatcacac
1441 agtaactaca aaaggttaca tagatatgaa aagattggca gaggccattgcaggatgaat
1501 cacttgtcac ttttcttctg tgctgggaaa aataatcaac aatgtgggtctttcatgagc
1561 agtgacggat agtttagctt actatgtttc ccccccaatt caatgatctataacaacaga
1621 gcaaagtcta tgctcatttg cagactggaa tcattaagta atttaataaaaaaattgtga
1681 aacagcatat tacaagtttg aaaattcagg gctggtgaaa aaaatcaactctaaatgatg
1741 ataattttgt acagttttat ataaaactct gagaactaga agaaattattaacttttttt
1801 cttttttaat tctaattcac ttgtttattt tgggggagga agactttggtatggagcaaa
1861 gaaataccaa aactacttta aatggaataa aaccaacttt attctttttttcccccatac
1921 tggtagataa agcaaacttt ataagtgggc tattgaaaga aaagttacaagcttaagata
1981 cagaagcatt tgttcaaagg atagaaagca tctaaaagtt taggctcaagatcaatcttt
2041 acagattgat attttcagtt tttaatcgac tggactgcag atgttttttcttttaacaaa
2101 ctggaatttt caaacagatt atctgtattt aaatgtatag accttgatatttttccaata
2161 ctatttttta aaaaattgta tgatttacat atgaacctca gttctgaaattcattacata
2221 tctgtctcat tctgcctttt atactgtcta aaaaagcaaa gttttaaagtgcaattttaa
2281 aactgtaaat tacatctgaa ggctatatat cctttaatca cattttatattttttcttca
2341 caattctaac ctttgaaaat attataactg gatatttctt caaacagatgtcctggatga
2401 tggtccataa gaataatgaa gaagtagtta aaaatgtatg gacagtttttccggcaaaat
2461 ttgtagctta tgtcttggct aaatagtcaa ggggtaatat gggcctgttgtttagtgtct
2521 ccttcctaaa gagcactttt gtattgtaat ttatttttta ttatgctttaaacactatgt
2581 aaataaacct ttagtaataa agaattatca gttataaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
EPH受体A2 | EPHA2 | NM_004431 | 27 |
1 attaaggact cggggcagga ggggcagaag ttgcgcgcag gccggcgggc gggagcggac
61 accgaggccg gcgtgcaggc gtgcgggtgt gcgggagccg ggctcggggg gatcggaccg
121 agagcgagaa gcgcggcatg gagctccagg cagcccgcgc ctgcttcgccctgctgtggg
181 gctgtgcgct ggccgcggcc gcggcggcgc agggcaagga agtggtactgctggactttg
241 ctgcagctgg aggggagctc ggctggctca cacacccgta tggcaaagggtgggacctga
301 tgcagaacat catgaatgac atgccgatct acatgtactc cgtgtgcaacgtgatgtctg
361 gcgaccagga caactggctc cgcaccaact gggtgtaccg aggagaggctgagcgtatct
421 tcattgagct caagtttact gtacgtgact gcaacagctt ccctggtggcgccagctcct
481 gcaaggagac tttcaacctc tactatgccg agtcggacct ggactacggcaccaacttcc
541 agaagcgcct gttcaccaag attgacacca ttgcgcccga tgagatcaccgtcagcagcg
601 acttcgaggc acgccacgtg aagctgaacg tggaggagcg ctccgtggggccgctcaccc
661 gcaaaggctt ctacctggcc ttccaggata tcggtgcctg tgtggcgctgctctccgtcc
721 gtgtctacta caagaagtgc cccgagctgc tgcagggcct ggcccacttccctgagacca
781 tcgccggctc tgatgcacct tccctggcca ctgtggccgg cacctgtgtggaccatgccg
841 tggtgccacc ggggggtgaa gagccccgta tgcactgtgc agtggatggcgagtggctgg
901 tgcccattgg gcagtgcctg tgccaggcag gctacgagaa ggtggaggatgcctgccagg
961 cctgctcgcc tggatttttt aagtttgagg catctgagag cccctgcttggagtgccctg
1021 agcacacgct gccatcccct gagggtgcca cctcctgcga gtgtgaggaaggcttcttcc
1081 gggcacctca ggacccagcg tcgatgcctt gcacacgacc cccctccgccccacactacc
1141 tcacagccgt gggcatgggt gccaaggtgg agctgcgctg gacgccccctcaggacagcg
1201 ggggccgcga ggacattgtc tacagcgtca cctgcgaaca gtgctggcccgagtctgggg
1261 aatgcgggcc gtgtgaggcc agtgtgcgct actcggagcc tcctcacggactgacccgca
1321 ccagtgtgac agtgagcgac ctggagcccc acatgaacta caccttcaccgtggaggccc
1381 gcaatggcgt ctcaggcctg gtaaccagcc gcagcttccg tactgccagtgtcagcatca
1441 accagacaga gccccccaag gtgaggctgg agggccgcag caccacctcgcttagcgtct
1501 cctggagcat ccccccgccg cagcagagcc gagtgtggaa gtacgaggtcacttaccgca
1561 agaagggaga ctccaacagc tacaatgtgc gccgcaccga gggtttctccgtgaccctgg
1621 acgacctggc cccagacacc acctacctgg tccaggtgca ggcactgacgcaggagggcc
1681 agggggccgg cagcaaggtg cacgaattcc agacgctgtc cccggagggatctggcaact
1741 tggcggtgat tggcggcgtg gctgtcggtg tggtcctgct tctggtgctggcaggagttg
1801 gcttctttat ccaccgcagg aggaagaacc agcgtgcccg ccagtccccggaggacgttt
1861 acttctccaa gtcagaacaa ctgaagcccc tgaagacata cgtggacccccacacatatg
1921 aggaccccaa ccaggctgtg ttgaagttca ctaccgagat ccatccatcctgtgtcactc
1981 ggcagaaggt gatcggagca ggagagtttg gggaggtgta caagggcatgctgaagacat
2041 cctcggggaa gaaggaggtg ccggtggcca tcaagacgct gaaagccggctacacagaga
2101 agcagcgagt ggacttcctc ggcgaggccg gcatcatggg ccagttcagccaccacaaca
2161 tcatccgcct agagggcgtc atctccaaat acaagcccat gatgatcatcactgagtaca
2221 tggagaatgg ggccctggac aagttccttc gggagaagga tggcgagttcagcgtgctgc
2281 agctggtggg catgctgcgg ggcatcgcag ctggcatgaa gtacctggccaacatgaact
2341 atgtgcaccg tgacctggct gcccgcaaca tcctcgtcaa cagcaacctggtctgcaagg
2401 tgtctgactt tggcctgtcc cgcgtgctgg aggacgaccc cgaggccacctacaccacca
2461 gtggcggcaa gatccccatc cgctggaccg ccccggaggc catttcctaccggaagttca
2521 cctctgccag cgacgtgtgg agctttggca ttgtcatgtg ggaggtgatgacctatggcg
2581 agcggcccta ctgggagttg tccaaccacg aggtgatgaa agccatcaatgatggcttcc
2641 ggctccccac acccatggac tgcccctccg ccatctacca gctcatgatgcagtgctggc
2701 agcaggagcg tgcccgccgc cccaagttcg ctgacatcgt cagcatcctggacaagctca
2761 ttcgtgcccc tgactccctc aagaccctgg ctgactttga cccccgcgtgtctatccggc
2821 tccccagcac gagcggctcg gagggggtgc ccttccgcac ggtgtccgagtggctggagt
2881 ccatcaagat gcagcagtat acggagcact tcatggcggc cggctacactgccatcgaga
2941 aggtggtgca gatgaccaac gacgacatca agaggattgg ggtgcggctgcccggccacc
3001 agaagcgcat cgcctacagc ctgctgggac tcaaggacca ggtgaacactgtggggatcc
3061 ccatctgagc ctcgacaggg cctggagccc catcggccaa gaatacttgaagaaacagag
3121 tggcctccct gctgtgccat gctgggccac tggggacttt atttatttctagttctttcc
3181 tccccctgca acttccgctg aggggtctcg gatgacaccc tggcctgaactgaggagatg
3241 accagggatg ctgggctggg ccctctttcc ctgcgagacg cacacagctgagcacttagc
3301 aggcaccgcc acgtcccagc atccctggag caggagcccc gccacagccttcggacagac
3361 atataggata ttcccaagcc gaccttccct ccgccttctc ccacatgaggccatctcagg
3421 agatggaggg cttggcccag cgccaagtaa acagggtacc tcaagccccatttcctcaca
3481 ctaagagggc agactgtgaa cttgactggg tgagacccaa agcggtccctgtccctctag
3541 tgccttcttt agaccctcgg gccccatcct catccctgac tggccaaacccttgctttcc
3601 tgggcctttg caagatgctt ggttgtgttg aggtttttaa atatatattttgtactttgt
3661 ggagagaatg tgtgtgtgtg gcagggggcc ccgccagggc tggggacagagggtgtcaaa
3721 cattcgtgag ctggggactc agggaccggt gctgcaggag tgtcctgcccatgccccagt
3781 cggccccatc tctcatcctt ttggataagt ttctattctg tcagtgttaaagattttgtt
3841 ttgttggaca tttttttcga atcttaattt attatttttt ttatatttattgttagaaaa
3901 tgacttattt ctgctctgga ataaagttgc agatgattca aaccgaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
整联蛋白α6 | ITGA6 | NM_000210 | 28 |
1 aacgggctca ttcagcggtc gcgagctgcc cgcgaggggg agcggccgga cggagagcgc
61 gacccgtccc gggggtgggg ccgggcgcag cggcgagagg aggcgaaggt ggctgcggta
121 gcagcagcgc ggcagcctcg gacccagccc ggagcgcagg gcggccgctgcaggtccccg
181 ctcccctccc cgtgcgtccg cccatggccg ccgccgggca gctgtgcttgctctacctgt
241 cggcggggct cctgtcccgg ctcggcgcag ccttcaactt ggacactcgggaggacaacg
301 tgatccggaa atatggagac cccgggagcc tcttcggctt ctcgctggccatgcactggc
361 aactgcagcc cgaggacaag cggctgttgc tcgtgggggc cccgcgggcagaagcgcttc
421 cactgcagag agccaacaga acgggagggc tgtacagctg cgacatcaccgcccgggggc
481 catgcacgcg gatcgagttt gataacgatg ctgaccccac gtcagaaagcaaggaagatc
541 agtggatggg ggtcaccgtc cagagccaag gtccaggggg caaggtcgtgacatgtgctc
601 accgatatga aaaaaggcag catgttaata cgaagcagga atcccgagacatctttgggc
661 ggtgttatgt cctgagtcag aatctcagga ttgaagacga tatggatgggggagattgga
721 gcttttgtga tgggcgattg agaggccatg agaaatttgg ctcttgccagcaaggtgtag
781 cagctacttt tactaaagac tttcattaca ttgtatttgg agccccgggtacttataact
841 ggaaagggat tgttcgtgta gagcaaaaga ataacacttt ttttgacatgaacatctttg
901 aagatgggcc ttatgaagtt ggtggagaga ctgagcatga tgaaagtctcgttcctgttc
961 ctgctaacag ttacttaggt ttttctttgg actcagggaa aggtattgtttctaaagatg
1021 agatcacttt tgtatctggt gctcccagag ccaatcacag tggagccgtggttttgctga
1081 agagagacat gaagtctgca catctcctcc ctgagcacat attcgatggagaaggtctgg
1141 cctcttcatt tggctatgat gtggcggtgg tggacctcaa caaggatgggtggcaagata
1201 tagttattgg agccccacag tattttgata gagatggaga agttggaggtgcagtgtatg
1261 tctacatgaa ccagcaaggc agatggaata atgtgaagcc aattcgtcttaatggaacca
1321 aagattctat gtttggcatt gcagtaaaaa atattggaga tattaatcaagatggctacc
1381 cagatattgc agttggagct ccgtatgatg acttgggaaa ggtttttatctatcatggat
1441 ctgcaaatgg aataaatacc aaaccaacac aggttctcaa gggtatatcaccttattttg
1501 gatattcaat tgctggaaac atggaccttg atcgaaattc ctaccctgatgttgctgttg
1561 gttccctctc agattcagta actattttca gatcccggcc tgtgattaatattcagaaaa
1621 ccatcacagt aactcctaac agaattgacc tccgccagaa aacagcgtgtggggcgccta
1681 gtgggatatg cctccaggtt aaatcctgtt ttgaatatac tgctaaccccgctggttata
1741 atccttcaat atcaattgtg ggcacacttg aagctgaaaa agaaagaagaaaatctgggc
1801 tatcctcaag agttcagttt cgaaaccaag gttctgagcc caaatatactcaagaactaa
1861 ctctgaagag gcagaaacag aaagtgtgca tggaggaaac cctgtggctacaggataata
1921 tcagagataa actgcgtccc attcccataa ctgcctcagt ggagatccaagagccaagct
1981 ctcgtaggcg agtgaattca cttccagaag ttcttccaat tctgaattcagatgaaccca
2041 agacagctca tattgatgtt cacttcttaa aagagggatg tggagacgacaatgtatgta
2101 acagcaacct taaactagaa tataaatttt gcacccgaga aggaaatcaagacaaatttt
2161 cttatttacc aattcaaaaa ggtgtaccag aactagttct aaaagatcagaaggatattg
2221 ctttagaaat aacagtgaca aacagccctt ccaacccaag gaatcccacaaaagatggcg
2281 atgacgccca tgaggctaaa ctgattgcaa cgtttccaga cactttaacctattctgcat
2341 atagagaact gagggctttc cctgagaaac agttgagttg tgttgccaaccagaatggct
2401 cgcaagctga ctgtgagctc ggaaatcctt ttaaaagaaa ttcaaatgtcactttttatt
2461 tggttttaag tacaactgaa gtcacctttg acaccccaga tctggatattaatctgaagt
2521 tagaaacaac aagcaatcaa gataatttgg ctccaattac agctaaagcaaaagtggtta
2581 ttgaactgct tttatcggtc tcgggagttg ctaaaccttc ccaggtgtattttggaggta
2641 cagttgttgg cgagcaagct atgaaatctg aagatgaagt gggaagtttaatagagtatg
2701 aattcagggt aataaactta ggtaaacctc ttacaaacct cggcacagcaaccttgaaca
2761 ttcagtggcc aaaagaaatt agcaatggga aatggttgct ttatttggtgaaagtagaat
2821 ccaaaggatt ggaaaaggta acttgtgagc cacaaaagga gataaactccctgaacctaa
2881 cggagtctca caactcaaga aagaaacggg aaattactga aaaacagatagatgataaca
2941 gaaaattttc tttatttgct gaaagaaaat accagactct taactgtagcgtgaacgtga
3001 actgtgtgaa catcagatgc ccgctgcggg ggctggacag caaggcgtctcttattttgc
3061 gctcgaggtt atggaacagc acatttctag aggaatattc caaactgaactacttggaca
3121 ttctcatgcg agccttcatt gatgtgactg ctgctgccga aaatatcaggctgccaaatg
3181 caggcactca ggttcgagtg actgtgtttc cctcaaagac tgtagctcagtattcgggag
3241 taccttggtg gatcatccta gtggctattc tcgctgggat cttgatgcttgctttattag
3301 tgtttatact atggaagtgt ggtttcttca agagaaataa gaaagatcattatgatgcca
3361 catatcacaa ggctgagatc catgctcagc catctgataa agagaggcttacttctgatg
3421 catagtattg atctacttct gtaattgtgt ggattcttta aacgctctaggtacgatgac
3481 agtgttcccc gataccatgc tgtaaggatc cggaaagaag agcgagagatcaaagatgaa
3541 aagtatattg ataaccttga aaaaaaacag tggatcacaa agtggaacgaaaatgaaagc
3601 tactcatagc gggggcctaa aaaaaaaaag cttcacagta cccaaactgctttttccaac
3661 tcagaaattc aatttggatt taaaagcctg ctcaatccct gaggactgatttcagagtga
3721 ctacacacag tacgaaccta cagttttaac tgtggatatt gttacgtagcctaaggctcc
3781 tgttttgcac agccaaattt aaaactgttg gaatggattt ttctttaactgccgtaattt
3841 aactttctgg gttgccttta tttttggcgt ggctgactta catcatgtgttggggaaggg
3901 cctgcccagt tgcactcagg tgacatcctc cagatagtgt agctgaggaggcacctacac
3961 tcacctgcac taacagagtg gccgtcctaa cctcgggcct gctgcgcagacgtccatcac
4021 gttagctgtc ccacatcaca agactatgcc attggggtag ttgtgtttcaacggaaagtg
4081 ctgtcttaaa ctaaatgtgc aatagaaggt gatgttgcca tcctaccgtcttttcctgtt
4141 tcctagctgt gtgaatacct gctcacgtca aatgcataca agtttcattctccctttcac
4201 taaaacacac aggtgcaaca gacttgaatg ctagttatac ttatttgtatatggtattta
4261 ttttttcttt tctttacaaa ccattttgtt attgactaac aggccaaagagtctccagtt
4321 tacccttcag gttggtttaa tcaatcagaa ttagagcatg ggaggtcatcactttgacct
4381 aaattattta ctgcaaaaag aaaatcttta taaatgtacc agagagagttgttttaataa
4441 cttatctata aactataacc tctccttcat gacagcctcc accccacaacccaaaaggtt
4501 taagaaatag aattataact gtaaagatgt ttatttcagg cattggatattttttacttt
4561 agaagcctgc ataatgtttc tggatttcat actgtaacat tcaggaattcttggagaaaa
4621 tgggtttatt cactgaactc tagtgcggtt tactcactgc tgcaaatactgtatattcag
4681 gacttgaaag aaatggtgaa tgcctatggt ggatccaaac tgatccagtataagactact
4741 gaatctgcta ccaaaacagt taatcagtga gtcgatgttc tattttttgttttgtttcct
4801 cccctatctg tattcccaaa aattactttg gggctaattt aacaagaactttaaattgtg
4861 ttttaattgt aaaaatggca gggggtggaa ttattactct atacattcaacagagactga
4921 atagatatga aagctgattt tttttaatta ccatgcttca caatgttaagttatatgggg
4981 agcaacagca aacaggtgct aatttgtttt ggatatagta taagcagtgtctgtgttttg
5041 aaagaataga acacagtttg tagtgccact gttgttttgg gggggcttttttcttttcgg
5101 aaatcttaaa ccttaagata ctaaggacgt tgttttggtt gtactttggaattcttagtc
5161 acaaaatata ttttgtttac aaaaatttct gtaaaacagg ttataacagtgtttaaagtc
5221 tcagtttctt gcttggggaa cttgtgtccc taatgtgttt agattgctagattgctaagg
5281 agctgatact ttgacagtgt ttttagacct gtgttactaa aaaaaagatgaatgtcctga
5341 aaagggtgtt gggagggtgg ttcaacaaag aaacaaagat gttatggtgtttagatttat
5401 ggttgttaaa aatgtcatct caagtcaagt cactggtctg tttgcatttgatacattttt
5461 gtactaacta gcattgtaaa attatttcat gattagaaat tacctgtggatatttgtata
5521 aaagtgtgaa ataaattttt tataaaagtg ttcattgttt cgtaacacagcattgtatat
5581 gtgaagcaaa ctctaaaatt ataaatgaca acctgaatta tctatttcatcaaaccaaag
5641 ttcagtgttt ttatttttgg tgtctcatgt aatctcagat cagccaaagatactagtgcc
5701 aaagcaatgg gattcggggt ttttttctgt tttcgctcta tgtaggtgatcctcaagtct
5761 ttcattttcc ttctttatga ttaaaagaaa cctacaggta tttaacaacc
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
肿瘤坏死因子受体超家族成员21 | TNFRSF21 | NM_014452 | 29 |
1 gccaccacgt gtgtccctgc gcccggtggc caccgactca gtccctcgcc gaccagtctg
61 ggcagcggag gagggtggtt ggcagtggct ggaagcttcg ctatgggaag ttgttccttt
121 gctctctcgc gcccagtcct cctccctggt tctcctcagc cgctgtcggaggagagcacc
181 cggagacgcg ggctgcagtc gcggcggctt ctccccgcct gggcggccgcgccgctgggc
241 aggtgctgag cgcccctaga gcctcccttg ccgcctccct cctctgcccggccgcagcag
301 tgcacatggg gtgttggagg tagatgggct cccggcccgg gaggcggcggtggatgcggc
361 gctgggcaga agcagccgcc gattccagct gccccgcgcg ccccgggcgcccctgcgagt
421 ccccggttca gccatgggga cctctccgag cagcagcacc gccctcgcctcctgcagccg
481 catcgcccgc cgagccacag ccacgatgat cgcgggctcc cttctcctgcttggattcct
541 tagcaccacc acagctcagc cagaacagaa ggcctcgaat ctcattggcacataccgcca
601 tgttgaccgt gccaccggcc aggtgctaac ctgtgacaag tgtccagcaggaacctatgt
661 ctctgagcat tgtaccaaca caagcctgcg cgtctgcagc agttgccctgtggggacctt
721 taccaggcat gagaatggca tagagaaatg ccatgactgt agtcagccatgcccatggcc
781 aatgattgag aaattacctt gtgctgcctt gactgaccga gaatgcacttgcccacctgg
841 catgttccag tctaacgcta cctgtgcccc ccatacggtg tgtcctgtgggttggggtgt
901 gcggaagaaa gggacagaga ctgaggatgt gcggtgtaag cagtgtgctcggggtacctt
961 ctcagatgtg ccttctagtg tgatgaaatg caaagcatac acagactgtctgagtcagaa
1021 cctggtggtg atcaagccgg ggaccaagga gacagacaac gtctgtggcacactcccgtc
1081 cttctccagc tccacctcac cttcccctgg cacagccatc tttccacgccctgagcacat
1141 ggaaacccat gaagtccctt cctccactta tgttcccaaa ggcatgaactcaacagaatc
1201 caactcttct gcctctgtta gaccaaaggt actgagtagc atccaggaagggacagtccc
1261 tgacaacaca agctcagcaa gggggaagga agacgtgaac aagaccctcccaaaccttca
1321 ggtagtcaac caccagcaag gcccccacca cagacacatc ctgaagctgctgccgtccat
1381 ggaggccact gggggcgaga agtccagcac gcccatcaag ggccccaagaggggacatcc
1441 tagacagaac ctacacaagc attttgacat caatgagcat ttgccctggatgattgtgct
1501 tttcctgctg ctggtgcttg tggtgattgt ggtgtgcagt atccggaaaagctcgaggac
1561 tctgaaaaag gggccccggc aggatcccag tgccattgtg gaaaaggcagggctgaagaa
1621 atccatgact ccaacccaga accgggagaa atggatctac tactgcaatggccatggtat
1681 cgatatcctg aagcttgtag cagcccaagt gggaagccag tggaaagatatctatcagtt
1741 tctttgcaat gccagtgaga gggaggttgc tgctttctcc aatgggtacacagccgacca
1801 cgagcgggcc tacgcagctc tgcagcactg gaccatccgg ggccccgaggccagcctcgc
1861 ccagctaatt agcgccctgc gccagcaccg gagaaacgat gttgtggagaagattcgtgg
1921 gctgatggaa gacaccaccc agctggaaac tgacaaacta gctctcccgatgagccccag
1981 cccgcttagc ccgagcccca tccccagccc caacgcgaaa cttgagaattccgctctcct
2041 gacggtggag ccttccccac aggacaagaa caagggcttc ttcgtggatgagtcggagcc
2101 ccttctccgc tgtgactcta catccagcgg ctcctccgcg ctgagcaggaacggttcctt
2161 tattaccaaa gaaaagaagg acacagtgtt gcggcaggta cgcctggacccctgtgactt
2221 gcagcctatc tttgatgaca tgctccactt tctaaatcct gaggagctgcgggtgattga
2281 agagattccc caggctgagg acaaactaga ccggctattc gaaattattggagtcaagag
2341 ccaggaagcc agccagaccc tcctggactc tgtttatagc catcttcctgacctgctgta
2401 gaacataggg atactgcatt ctggaaatta ctcaatttag tggcagggtggttttttaat
2461 tttcttctgt ttctgatttt tgttgtttgg ggtgtgtgtg tgtgtttgtgtgtgtgtgtg
2521 tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tttaacagag aatatggcca gtgcttgagttctttctcct
2581 tctctctctc tctttttttt ttaaataact cttctgggaa gttggtttataagcctttgc
2641 caggtgtaac tgttgtgaaa tacccaccac taaagttttt taagttccatattttctcca
2701 ttttgccttc ttatgtattt tcaagattat tctgtgcact ttaaatttacttaacttacc
2761 ataaatgcag tgtgactttt cccacacact ggattgtgag gctcttaacttcttaaaagt
2821 ataatggcat cttgtgaatc ctataagcag tctttatgtc tcttaacattcacacctact
2881 ttttaaaaac aaatattatt actattttta ttattgtttg tcctttataaattttcttaa
2941 agattaagaa aatttaagac cccattgagt tactgtaatg caattcaactttgagttatc
3001 ttttaaatat gtcttgtata gttcatattc atggctgaaa cttgaccacactattgctga
3061 ttgtatggtt ttcacctgga caccgtgtag aatgcttgat tacttgtactcttcttatgc
3121 taatatgctc tgggctggag aaatgaaatc ctcaagccat caggatttgctatttaagtg
3181 gcttgacaac tgggccacca aagaacttga acttcacctt ttaggatttgagctgttctg
3241 gaacacattg ctgcactttg gaaagtcaaa atcaagtgcc agtggcgccctttccataga
3301 gaatttgccc agctttgctt taaaagatgt cttgtttttt atatacacataatcaatagg
3361 tccaatctgc tctcaaggcc ttggtcctgg tgggattcct tcaccaattactttaattaa
3421 aaatggctgc aactgtaaga acccttgtct gatatatttg caactatgctcccatttaca
3481 aatgtacctt ctaatgctca gttgccaggt tccaatgcaa aggtggcgtggactcccttt
3541 gtgtgggtgg ggtttgtggg tagtggtgaa ggaccgatat cagaaaaatgccttcaagtg
3601 tactaattta ttaataaaca ttaggtgttt gttaaaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
跨膜4超家族成员3 | TM4SF3 | NM_004616 | 30 |
1 agtgccccag gagctatgac aagcaaagga acatacttgc ctggagatag cctttgcgat
61 atttaaatgt ccgtggatac agaaatctct gcaggcaagt tgctccagag catattgcag
121 gacaagcctg taacgaatag ttaaattcac ggcatctgga ttcctaatccttttccgaaa
181 tggcaggtgt gagtgcctgt ataaaatatt ctatgtttac cttcaacttcttgttctggc
241 tatgtggtat cttgatccta gcattagcaa tatgggtacg agtaagcaatgactctcaag
301 caatttttgg ttctgaagat gtaggctcta gctcctacgt tgctgtggacatattgattg
361 ctgtaggtgc catcatcatg attctgggct tcctgggatg ctgcggtgctataaaagaaa
421 gtcgctgcat gcttctgttg tttttcatag gcttgcttct gatcctgctcctgcaggtgg
481 cgacaggtat cctaggagct gttttcaaat ctaagtctga tcgcattgtgaatgaaactc
541 tctatgaaaa cacaaagctt ttgagcgcca caggggaaag tgaaaaacaattccaggaag
601 ccataattgt gtttcaagaa gagtttaaat gctgcggttt ggtcaatggagctgctgatt
661 ggggaaataa ttttcaacac tatcctgaat tatgtgcctg tctagataagcagagaccat
721 gccaaagcta taatggaaaa caagtttaca aagagacctg tatttctttcataaaagact
781 tcttggcaaa aaatttgatt atagttattg gaatatcatt tggactggcagttattgaga
841 tactgggttt ggtgttttct atggtcctgt attgccagat cgggaacaaatgaatctgtg
901 gatgcatcaa cctatcgtca gtcaaacccc tttaaaatgt tgctttggctttgtaaattt
961 aaatatgtaa gtgctatata agtcaggagc agctgtcttt ttaaaatgtctcggctagct
1021 agaccacaga tatcttctag acatattgaa cacatttaag atttgagggatataagggaa
1081 aatgatatga atgtgtattt ttactcaaaa taaaagtaac tgtttacgtt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
白介素18(干扰素γ诱导因子) | IL18 | NM_001562 | 31 |
1 attctctccc cagcttgctg agccctttgc tcccctggcg actgcctgga cagtcagcaa
61 ggaattgtct cccagtgcat tttgccctcc tggctgccaa ctctggctgc taaagcggct
121 gccacctgct gcagtctaca cagcttcggg aagaggaaag gaacctcagaccttccagat
181 cgcttcctct cgcaacaaac tatttgtcgc aggaataaag atggctgctgaaccagtaga
241 agacaattgc atcaactttg tggcaatgaa atttattgac aatacgcttt
301 tgaagatgat gaaaacctgg aatcagatta ctttggcaag cttgaatctaaattatcagt
361 cataagaaat ttgaatgacc aagttctctt cattgaccaa ggaaatcggcctctatttga
421 agatatgact gattctgact gtagagataa tgcaccccgg accatatttattataagtat
481 gtataaagat agccagccta gaggtatggc tgtaactatc tctgtgaagtgtgagaaaat
541 ttcaactctc tcctgtgaga acaaaattat ttcctttaag gaaatgaatcctcctgataa
601 catcaaggat acaaaaagtg acatcatatt ctttcagaga agtgtcccaggacatgataa
661 taagatgcaa tttgaatctt catcatacga aggatacttt ctagcttgtgaaaaagagag
721 agaccttttt aaactcattt tgaaaaaaga ggatgaattg ggggatagatctataatgtt
781 cactgttcaa aacgaagact agctattaaa atttcatgcc gggcgcagtggctcacgcct
841 gtaatcccag ccctttggga ggctgaggcg ggcagatcac cagaggtcaggtgttcaaga
901 ccagcctgac caacatggtg aaacctcatc tctactaaaa atacaaaaaattagctgagt
961 gtagtgacgc atgccctcaa tcccagctac tcaagaggct gaggcaggagaatcacttgc
1021 actccggagg tagaggttgt ggtgagccga gattgcacca ttgcgctctagcctgggcaa
1081 caacagcaaa actccatctc aaaaaataaa ataaataaat aaacaaataaaaaattcata
1141 atgtg
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
骨形态发生蛋白4 | BMP4 | NM_130850 | 32 |
1 gagggagggg ccgccgggga agaggaggag gaaggaaaga aagaaagcga gggagggaaa
61 gaggaggaag gaagatgcga gaaggcagag gaggagggag ggagggaagg agcgcggagc
121 ccggcccgga agctaggagc cattccgtag tgccatcccg agcaacgcactgctgcagct
181 tccctgagcc tttccagcaa gtttgttcaa gattggctgt caagaatcatggactgttat
241 tatatgcctt gttttctgtc aagacaccat gattcctggt aaccgaatgctgatggtcgt
301 tttattatgc caagtcctgc taggaggcgc gagccatgct agtttgatacctgagacggg
361 gaagaaaaaa gtcgccgaga ttcagggcca cgcgggagga cgccgctcagggcagagcca
421 tgagctcctg cgggacttcg aggcgacact tctgcagatg tttgggctgcgccgccgccc
481 gcagcctagc aagagtgccg tcattccgga ctacatgcgg gatctttaccggcttcagtc
541 tggggaggag gaggaagagc agatccacag cactggtctt gagtatcctgagcgcccggc
601 cagccgggcc aacaccgtga ggagcttcca ccacgaagaa catctggagaacatcccagg
661 gaccagtgaa aactctgctt ttcgtttcct ctttaacctc agcagcatccctgagaacga
721 ggcgatctcc tctgcagagc ttcggctctt ccgggagcag gtggaccagggccctgattg
781 ggaaaggggc ttccaccgta taaacattta tgaggttatg aagcccccagcagaagtggt
841 gcctgggcac ctcatcacac gactactgga cacgagactg gtccaccacaatgtgacacg
901 gtgggaaact tttgatgtga gccctgcggt ccttcgctgg acccgggagaagcagccaaa
961 ctatgggcta gccattgagg tgactcacct ccatcagact cggacccaccagggccagca
1021 tgtcaggatt agccgatcgt tacctcaagg gagtgggaat tgggcccagctccggcccct
1081 cctggtcacc tttggccatg atggccgggg ccatgccttg acccgacgccggagggccaa
1141 gcgtagccct aagcatcact cacagcgggc caggaagaag aataagaactgccggcgcca
1201 ctcgctctat gtggacttca gcgatgtggg ctggaatgac tggattgtggccccaccagg
1261 ctaccaggcc ttctactgcc atggggactg cccctttcca ctggctgaccacctcaactc
1321 aaccaaccat gccattgtgc agaccctggt caattctgtc aattccagtatccccaaagc
1381 ctgttgtgtg cccactgaac tgagtgccat ctccatgctg tacctggatgagtatgataa
1441 ggtggtactg aaaaattatc aggagatggt agtagaggga tgtgggtgccgctgagatca
1501 ggcagtcctt gaggatagac agatatacac accacacaca cacaccacatacaccacaca
1561 cacacgttcc catccactca cccacacact acacagactg cttccttatagctggacttt
1621 tatttaaaaa aaaaaaaaaa aaaatggaaa aaatccctaa acattcaccttgaccttatt
1681 tatgacttta cgtgcaaatg ttttgaccat attgatcata tattttgacaaaatatattt
1741 ataactacgt attaaaagaa aaaaataaaa tgagtcatta ttttaaaggt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
神经鞘磷脂磷酸二脂酶,酸样3B | SMPDL3B | NM_014474 | 33 |
1 ccagatcata ccctgctggg caaaggagga agagccagag gatccagacg ccttggagga
61 cttggaacac ctgtaacagg acaaggagtt ctgctcaggc acgtggccac agaaaactac
121 ttaggaagcc tgtggtgaga acaacaacag tgcctgagaa tcccacggctctggggaagt
181 gagccccgag gatgaggctg ctcgcctggc tgattttcct ggctaactggggaggtgcca
241 gggctgaacc agggaagttc tggcacatcg ctgacctgca ccttgaccctgactacaagg
301 tatccaaaga ccccttccag gtgtgcccat cagctggatc ccagccagtgcccgacgcag
361 gcccctgggg tgactacctc tgtgattctc cctgggccct catcaactcctccatctatg
421 ccatgaagga gattgagcca gagccagact tcattctctg gactggtgatgacacgcctc
481 atgtgcccga tgagaaactg ggagaggcag ctgtactgga aattgtggaacgcctgacca
541 agctcatcag agaggtcttt ccagatacta aagtctatgc tgctttgggaaatcatgatt
601 ttcaccccaa aaaccagttc ccagctggaa gtaacaacat ctacaatcagatagcagaac
661 tatggaaacc ctggcttagt aatgagtcca tcgctctctt caaaaaaggtgccttctact
721 gtgagaagct gccgggtccc agcggggctg ggcgaattgt ggtcctcaacaccaatctgt
781 actataccag caatgcgctg acagcagaca tggcggaccc tggccagcagttccagtggc
841 tggaagatgt gctgaccgat gcatccaaag ctggggacat ggtgtacattgtcggccacg
901 tgcccccggg gttctttgag aagacgcaaa acaaggcatg gttccgggagggcttcaatg
961 aaaaatacct gaaggtggtc cggaagcatc atcgcgtcat agcagggcagttcttcgggc
1021 accaccacac cgacagcttt cggatgctct atgatgatgc aggtgtccccataagcgcca
1081 tgttcatcac acctggagtc accccatgga aaaccacatt acctggagtggtcaatgggg
1141 ccaacaatcc agccatccgg gtgttcgaat atgaccgagc cacactgagcctgaaggaca
1201 tggtgaccta cttcatgaac ctgagccagg cgaatgctca ggggacgccgcgctgggagc
1261 tcgagtacca gctgaccgag gcctatgggg tgccggacgc cagcgcccactccatgcaca
1321 cagtgctgga ccgcatcgct ggcgaccaga gcacactgca gcgctactacgtctataact
1381 cagtcagcta ctctgctggg gtctgcgacg aggcctgcag catgcagcacgtgtgtgcca
1441 tgcgccaggt ggacattgac gcttacacca cctgtctgta tgcctctggcaccacgcccg
1501 tgccccagct cccgctgctg ctgatggccc tgctgggcct gtgcacgctcgtgctgtgac
1561 ctgccaggct caccttcttc ctggtaacgg gtaacggggg cagcgcccaggatcacccag
1621 agctgggcct tccaccattt cctccgcgcc tgaggagtga actgaaataggacaaccgaa
1681 tcaggaagcg aagccccagg agctgcagcc atccgtgatc gcgccactgcactccagcct
1741 gggcgacaaa gccagactct ctccaaaaac aaaccagaaa cagaaaagaaatgacgaccc
1801 aagacccccc tacaagcata cttcttttgc gtattatgtt ttactcacaaaacaaagctc
1861 atcatgcgtt tgaaaaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
跨膜蛋白酶,丝氨酸2 | TMPRSS2 | NM_005656 | 34 |
1 cgcgagctaa gcaggaggcg gaggcggagg cggagggcga ggggcgggga gcgccgcctg
61 gagcgcggca ggtcatattg aacattccag atacctatca ttactcgatg ctgttgataa
121 cagcaagatg gctttgaact cagggtcacc accagctatt ggaccttactatgaaaacca
181 tggataccaa ccggaaaacc cctatcccgc acagcccact gtggtccccactgtctacga
241 ggtgcatccg gctcagtact acccgtcccc cgtgccccag tacgccccgagggtcctgac
301 gcaggcttcc aaccccgtcg tctgcacgca gcccaaatcc ccatccgggacagtgtgcac
361 ctcaaagact aagaaagcac tgtgcatcac cttgaccctg gggaccttcccgtgggagc
421 tgcgctggcc gctggcctac tctggaagtt catgggcagc aagtgctccaactctgggat
481 agagtgcgac tcctcaggta cctgcatcaa cccctctaac tggtgtgatggcgtgtcaca
541 ctgccccggc ggggaggacg agaatcggtg tgttcgcctc tacggaccaaacttcatcct
601 tcagatgtac tcatctcaga ggaagtcctg gcaccctgtg tgccaagacgactggaacga
661 gaactacggg cgggcggcct gcagggacat gggctataag aataatttttactctagcca
721 aggaatagtg gatgacagcg gatccaccag ctttatgaaa ctgaacacaagtgccggcaa
781 tgtcgatatc tataaaaaac tgtaccacag tgatgcctgt tcttcaaaagcagtggtttc
841 tttacgctgt atagcctgcg gggtcaactt gaactcaagc cgccagagcaggatcgtggg
901 cggtgagagc gcgctcccgg gggcctggcc ctggcaggtc agcctgcacgtccagaacgt
961 ccacgtgtgc ggaggctcca tcatcacccc cgagtggatc gtgacagccgcccactgcgt
1021 ggaaaaacct cttaacaatc catggcattg gacggcattt gcggggattttgagacaatc
1081 tttcatgttc tatggagccg gataccaagt agaaaaagtg atttctcatccaaattatga
1141 ctccaagacc aagaacaatg acattgcgct gatgaagctg cagaagcctctgactttcaa
1201 cgacctagtg aaaccagtgt gtctgcccaa cccaggcatg atgctgcagccagaacagct
1261 ctgctggatt tccgggtggg gggccaccga ggagaaaggg aagacctcagaagtgctgaa
1321 cgctgccaag gtgcttctca ttgagacaca gagatgcaac agcagatatgtctatgacaa
1381 cctgatcaca ccagccatga tctgtgccgg cttcctgcag gggaacgtcgattcttgcca
1441 gggtgacagt ggagggcctc tggtcacttc gaagaacaat atctggtggctgatagggga
1501 tacaagctgg ggttctggct gtgccaaagc ttacagacca ggagtgtacgggaatgtgat
1561 ggtattcacg gactggattt atcgacaaat gagggcagac ggctaatccacatggtcttc
1621 gtccttgacg tcgttttaca agaaaacaat ggggctggtt ttgcttccccgtgcatgatt
1681 tactcttaga gatgattcag aggtcacttc atttttatta aacagtgaacttgtctggct
1741 ttggcactct ctgccattct gtgcaggctg cagtggctcc cctgcccagcctgctctccc
1801 taaccccttg tccgcaaggg gtgatggccg gctggttgtg ggcactggcggtcaagtgtg
1861 gaggagaggg gtggaggctg ccccattgag atcttcctgc tgagtcctttccaggggcca
1921 attttggatg agcatggagc tgtcacctct cagctgctgg atgacttgagatgaaaaagg
1981 agagacatgg aaagggagac agccaggtgg cacctgcagc ggctgccctctggggccact
2041 tggtagtgtc cccagcctac ctctccacaa ggggattttg ctgatgggttcttagagcct
2101 tagcagccct ggatggtggc cagaaataaa gggaccagcc cttcatgggtggtgacgtgg
2161 tagtcacttg taaggggaac agaaacattt ttgttcttat ggggtgagaatatagacagt
2221 gcccttggtg cgagggaagc aattgaaaag gaacttgccc tgagcactcctggtgcaggt
2281 ctccacctgc acattgggtg gggctcctgg gagggagact cagccttcctcctcatcctc
2341 cctgaccctg ctcctagcac cctggagagt gcacatgccc cttggtcctggcagggcgcc
2401 aagtctggca ccatgttggc ctcttcaggc ctgctagtca ctggaaattgaggtccatgg
2461 gggaaatcaa ggatgctcag tttaaggtac actgtttcca tgttatgtttctacacattg
2521 ctacctcagt gctcctggaa acttagcttt tgatgtctcc aagtagtccaccttcattta
2581 actctttgaa actgtatcac ctttgccaag taagagtggt ggcctatttcagctgctttg
2641 acaaaatgac tggctcctga cttaacgttc tataaatgaa tgtgctgaagcaaagtgccc
2701 atggtggcgg cgaagaagag aaagatgtgt tttgttttgg actctctgtggtcccttcca
2761 atgctgtggg tttccaacca ggggaagggt cccttttgca ttgccaagtgccataaccat
2821 gagcactact ctaccatggt tctgcctcct ggccaagcag gctggtttgcaagaatgaaa
2881 tgaatgattc tacagctagg acttaacctt gaaatggaaa gtcttgcaatcccatttgca
2941 ggatccgtct gtgcacatgc ctctgtagag agcagcattc ccagggaccttggaaacagt
3001 tggcactgta aggtgcttgc tccccaagac acatcctaaa aggtgttgtaatggtgaaaa
3061 cgtcttcctt ctttattgcc ccttcttatt tatgtgaaca actgtttgtctttttttgta
3121 tcttttttaa actgtaaagt tcaattgtga aaatgaatat catgcaaataaattatgcga
3181 tttttttttc aaagcaaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank | 序列识别号 |
登录号# | |||
鸟嘌呤脱氨酶 | GDA | NM_004293 | 35 |
1 gtagggagcc agcccctggg cgcggcctgc agggtaccgg caaccgcccg ggtaagcggg
61 ggcaggacaa ggccggagcc tgtgtccgcc cggcagccgc ccgcagctgc agagagtccc
121 gctgcgtctc cgccgcgtgc gccctcctcg accagcagac ccgcgctgcgctccgccgct
181 gacatgtgtg ccgctcagat gccgcccctg gcgcacatct tccgagggacgttcgtccac
241 tccacctgga cctgccccat ggaggtgctg cgggatcacc tcctcggcgtgagcgacagc
301 ggcaaaatag tgtttttaga agaagcatct caacaggaaa aactggccaaagaatggtgc
361 ttcaagccgt gtgaaataag agaactgagc caccatgagt tcttcatgcctgggctggtt
421 gatacacaca tccatgcctc tcagtattcc tttgctggaa gtagcatagacctgccactc
481 ttggagtggc tgaccaagta cacatttcct gcagaacaca gattccagaacatcgacttt
541 gcagaagaag tatataccag agttgtcagg agaacactaa agaatggaacaaccacagct
601 tgttactttg caacaattca cactgactca tctctgctcc ttgccgacattacagataaa
661 tttggacagc gggcatttgt gggcaaagtt tgcatggatt tgaatgacacttttccagaa
721 tacaaggaga ccactgagga atcgatcaag gaaactgaga gatttgtgtcagaaatgctc
781 caaaagaact attctagagt gaagcccata gtgacaccac gtttttccctctcctgctct
841 gagactttga tgggtgaact gggcaacatt gctaaaaccc gtgatttgcacattcagagc
901 catataagtg aaaatcgtga tgaagttgaa gctgtgaaaa acttataccccagttataaa
961 aactacacat ctgtgtatga taaaaacaat cttttgacaa ataagacagtgatggcacac
1021 ggctgctacc tctctgcaga agaactgaac gtattccatg aacgaggagcatccatcgca
1081 cactgtccca attctaattt atcgctcagc agtggatttc taaatgtgctagaagtcctg
1141 aaacatgaag tcaagatagg gctgggtaca gacgtggctg gtggctattcatattccatg
1201 cttgatgcaa tcagaagagc agtgatggtt tccaatatcc ttttaattaataaggtaaat
1261 gagaaaagcc tcaccctcaa agaagtcttc agactagcta ctcttggaggaagccaagcc
1321 ctggggctgg atggtgagat tggaaacttt gaagtgggca aggaatttgatgccatcctg
1381 atcaacccca aagcatccga ctctcccatt gacctgtttt atggggacttttttggtgat
1441 atttctgagg ctgttatcca gaagttcctc tatctaggag atgatcgaaatattgaagag
1501 gtttatgtgg gcggaaagca ggtggttccg ttttccagct cagtgtaagaccctcgggcg
1561 tctacaaagt tctcctggga ttagcgtggt tctgcatctc ccttgtgcccaggtggagtt
1621 agaaagtcaa aaaatagtac cttgttcttg ggatgactat ccctttctgtgtctagttac
1681 agtattcact tgacaaatag ttcgaaggaa gttgcactaa ttctcaactctggttgagag
1741 ggttcataaa tttcatgaaa atatctccct ttggagctgc tcagacttactttaagctca
1801 aacagaaggg aatgctatta ctggtggtgt tcctacggta agacttaagcaaagcctttt
1861 tcatatttga aaatgtggaa agaaaagatg ttcctaaaag gttagatattttgagctaat
1921 aattgcaaaa attagaagac tgaaaatgga cccatgagag tatatttttatgagggagca
1981 aaagttagac tgagaacaaa cgttagaaaa tcacttcaga ttgtgtttgaaaattatata
2041 ctgagcatac taatttaaaa agagaacttg ttgaaattta aaacgtgtttctaggttgac
2101 cttgtgtttt agaaatttgc acttaatgga atttgcattt cagagatgtgttagtgttgt
2161 gctttgcctt ctttggcgat gaatgtcaga aattgaatgc cacatgctttcataatatag
2221 ttttgtgctt caaagtgttt gacagaagtt gggtattaaa gatttaaagtctcttaggaa
2281 tattattcat gtaactccat ggcataaata gttgtatttt tgtgtactttaaaatcaact
2341 tataactgtg agatgttatt gcttccattt tattagaaga gaaacaaattccatgcttta
2401 tggaatttat gtagactgga gtcttcgtga actggggcaa atgctggcatccaggagccg
2461 ccaatactaa caggacaggt tccattgcca tggcctattc cacccaaacaatatgttgta
2521 gtttctggaa attccatact cagatatcag tctgctagaa ctttaaaatgaaggacaaat
2581 cctgttaaag aaatattgtt aaaaatcttt aaaccctgtg tattgaaagcactctatttt
2641 ctaattttat ccagttttct gtttaactcc ttataatgtt taggatattaaaattttagg
2701 ataatgaaga gtacataatg tcctacttaa tatttatgtt aataggacttaattcttact
2761 agacatctag gaacattaca aagcaaagac tatttttatg cttccataacctagaattaa
2821 aaccaaatta tgaccttatg ataaatcttt aagtattggt gtgaatgttatttaaattct
2881 atatttttct tatttaatta caaatactat aaatgagcaa ggaaaaggaatagactttct
2941 taatatatta taacactcat tcctagagct taggggtgac tctttaatattaccttatag
3001 tagaaacttt atgtaatata gctaactccg tatttacaga acaaaaaaacacagttcccc
3061 ctcctgtagt ataaatttta ttttcacata cttagctaat ttagcagtaattggcccagt
3121 tttttcccta atagaaatac ttttagattt gattatgtat acatgacacctaaagaggga
3181 acaaaagtta gttttatttt tttaataaac aacagagttt gttttgtgagataagtatct
3241 tagtaaaccc aatttccagt cttagtctgt atttccaata tttctaattcctgagccacg
3301 tcaaagatgc cttgccaaat ttctccccat ttctctacgg ggctagcaaaaatcttcagc
3361 tttatcactc aacccctgcc aaaggaactt gattacatgg tgtctaaccaaatgagcagg
3421 cttaggaatt tagatgagat gtgtaagatt cacttacagg cagtagctgcttctagcatt
3481 tgcaagatcc tacactttta ccttctttaa gggtgtacat tttgatgttgaacatcagtt
3541 ttcatgtaga cttaggactc atgtgcagta aatataaata agtgtagcatcagaagcagt
3601 aggaatggcc gtatacaacc atcctgttaa acatttaaat ttagctctgatagtgtgtta
3661 agacctgaat atctttccta gtaaaaatag gatgtgttga aatatttatatgtactttga
3721 tctctccaca tcacttataa cttatgtgtt ttatttctcc aagtgcggtgttcctgaatg
3781 ttatgtatgc ttttttttct gtaccacagg cattatctat acctggggccagattttctg
3841 cactttgaaa tgttgccttt gcctaatgta ggttgacttt ctgaattgtggagaggcact
3901 tttccaagcc aatcttattt gtcacttttt gttttaatat cttgctctctgacaggaaag
3961 aaacaattca cttaccagcc tcctcacccc atcctccacc atttccttaatgttccatgg
4021 tattttcaac ggaatacact ttgaaaggta aaaacaattc aaaagtatcgattatcataa
4081 attcacaaaa tatttttgca accagaacac aaaagcaggc tagtcagctaaggtaaattt
4141 cattttcaaa cgagagggaa acatgggaag taaaagatta ggatgtgaaaggttgtccta
4201 aacagaccaa ggagactgtt ccctaattta ttctcttggc tggttctctcattgaattat
4261 cagaccccaa gaggagatat tggaacaggc tcccttcatg ccaagggtctttctaagtta
4321 atactgtgag cattgagccc ccattaaaac tcttttttac ttcagaaagaattttacagg
4381 ttaaagggaa agaaatggtg ggaaactctc cccgtaatgc ttagccaactttaaagtgta
4441 cccttcaata tccccattgg caactgcagc tgagatctta gagaggaaatataaccggtg
4501 tgagatctag caatgcattt tgaatcttca ctccctacca ggctcttcctatttttaatc
4561 tcttcacctc agaactagac atatggagag ctttaaaggc aagctggaaggcacattgta
4621 tcaattctac cttgtgctat acgtaggaga gatccaaaat ttggatgcttctggagactc
4681 ttagacatct tttcattgtt gtccattttt aaagttgatg attgctggaaacattcacac
4741 gcttaaaagc aatggtgtga gttattaatg ggtaaactaa gaagtgttataggcaatgac
4801 ttgaaatggt ttttaaattg tatggattgt taagaattgt tgaaaaaaaatttttttttt
4861 ttggacagct tcaaggagat gttagcaatt tcagatatac tagccagtttaggtatgact
4921 ttggaagtgc agaaacagaa ggatactgtt agaaaatcct aacattggtctccgtgcatg
4981 tgttcacacc tggtctcact gcctttcctt cccacagacc tgagtgtgaaagactgagag
5041 ttgaggagtt actttgtgga tcttgtccaa atttagtgaa atgtggaagtcaaccagacc
5101 aatgatggaa ttaaatgtaa attccaagag ggctttcaca gtccacagggttcaaatgac
5161 ttgggtaaca gaagttattc ttagcttacc tgttatgtga cagtgatttacctgtccatt
5221 tccaacccaa aagcctgtca gaaagcattc tttagagaaa accactttacatttgttgtt
5281 aaactcctga tcgctactct taagaatata catgtatgta ttcataggaacattttttct
5341 caatatttgt atgattcgct tactgttatt gtgctgagtg agctcctgtgtgcttcagac
5401 aaaaataaat gagactttgt gtttacgtta
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
巨噬细胞刺激1受体(c-met-相关性酪氨酸激酶) | MST1R | NM_002447 | 36 |
1 ggatcctcta gggtcccagc tcgcctcgat ggagctcctc ccgccgctgc ctcagtcctt
61 cctgttgctg ctgctgttgc ctgccaagcc cgcggcgggc gaggactggc agtgcccgcg
121 caccccctac gcggcctctc gcgactttga cgtgaagtac gtggtgcccagcttctccgc
181 cggaggcctg gtacaggcca tggtgaccta cgagggcgac agaaatgagagtgctgtgtt
241 tgtagccata cgcaatcgcc tgcatgtgct tgggcctgac ctgaagtctgtccagagcct
301 ggccacgggc cctgctggag accctggctg ccagacgtgt gcagcctgtggcccaggacc
361 ccacggccct cccggtgaca cagacacaaa ggtgctggtg ctggatcccgcgctgcctgc
421 gctggtcagt tgtggctcca gcctgcaggg ccgctgcttc ctgcatgacctagagcccca
481 agggacagcc gtgcatctgg cagcgccagc ctgcctcttc tcagcccaccataaccggcc
541 cgatgactgc cccgactgtg tggccagccc attgggcacc cgtgtaactgtggttgagca
601 aggccaggcc tcctatttct acgtggcatc ctcactggac gcagccgtggctggcagctt
661 cagcccacgc tcagtgtcta tcaggcgtct caaggctgac gcctcgggattcgcaccggg
721 ctttgtggcg ttgtcagtgc tgcccaagca tcttgtctcc tacagtattgaatacgtgca
781 cagcttccac acgggagcct tcgtatactt cctgactgta cagccggccagcgtgacaga
841 tgatcctagt gccctgcaca cacgcctggc acggcttagc gccactgagccagagttggg
901 tgactatcgg gagctggtcc tcgactgcag atttgctcca aaacgcaggcgccggggggc
961 cccagaaggc ggacagccct accctgtgct gcaggtggcc cactccgctccagtgggtgc
1021 ccaacttgcc actgagctga gcatcgccga gggccaggaa gtactatttggggtctttgt
1081 gactggcaag gatggtggtc ctggcgtggg ccccaactct gtcgtctgtgccttccccat
1141 tgacctgctg gacacactaa ttgatgaggg tgtggagcgc tgttgtgaatccccagtcca
1201 tccaggcctc cggcgaggcc tcgacttctt ccagtcgccc agtttttgccccaacccgcc
1261 tggcctggaa gccctcagcc ccaacaccag ctgccgccac ttccctctgctggtcagtag
1321 cagcttctca cgtgtggacc tattcaatgg gctgttggga ccagtacaggtcactgcatt
1381 gtatgtgaca cgccttgaca acgtcacagt ggcacacatg ggcacaatggatgggcgtat
1441 cctgcaggtg gagctggtca ggtcactaaa ctacttgctg tatgtgtccaacttctcact
1501 gggtgacagt gggcagcccg tgcagcggga tgtcagtcgt cttggggaccacctactctt
1561 tgcctctggg gaccaggttt tccaggtacc tatccgaggc cctggctgccgccacttcct
1621 gacctgtggg cgttgcctaa gggcatggca tttcatgggc tgtggctggtgtgggaacat
1681 gtgcggccag cagaaggagt gtcctggctc ctggcaacag gaccactgcccacctaagct
1741 tactgagttc cacccccaca gtggacctct aaggggcagt acaaggctgaccctgtgtgg
1801 ctccaacttc taccttcacc cttctggtct ggtgcctgag ggaacccatcaggtcactgt
1861 gggccaaagt ccctgccggc cactgcccaa ggacagctca aaactcagaccagtgccccg
1921 gaaagacttt gtagaggagt ttgagtgtga actggagccc ttgggcacccaggcagtggg
1981 gcctaccaac gtcagcctca ccgtgactaa catgccaccg ggcaagcacttccgggtaga
2041 cggcacctcc gtgctgagag gcttctcttt catggagcca gtgctgatagcagtgcaacc
2101 cctctttggc ccacgggcag gaggcacctg tctcactctt gaaggccagagtctgtctgt
2161 aggcaccagc cgggctgtgc tggtcaatgg gactgagtgt ctgctagcacgggtcagtga
2221 ggggcagctt ttatgtgcca caccccctgg ggccacggtg gccagtgtcccccttagcct
2281 gcaggtgggg ggtgcccagg tacctggttc ctggaccttc cagtacagagaagaccctgt
2341 cgtgctaagc atcagcccca actgtggcta catcaactcc cacatcaccatctgtggcca
2401 gcatctaact tcagcatggc acttagtgct gtcattccat gacgggcttagggcagtgga
2461 aagcaggtgt gagaggcagc ttccagagca gcagctgtgc cgccttcctgaatatgtggt
2521 ccgagacccc cagggatggg tggcagggaa tctgagtgcc cgaggggatggagctgctgg
2581 ctttacactg cctggctttc gcttcctacc cccaccccat ccacccagtgccaacctagt
2641 tccactgaag cctgaggagc atgccattaa gtttgagtat attgggctgggcgctgtggc
2701 tgactgtgtg ggtatcaacg tgaccgtggg tggtgagagc tgccagcacgagttccgggg
2761 ggacatggtt gtctgccccc tgcccccatc cctgcagctt ggccaggatggtgccccatt
2821 gcaggtctgc gtagatggtg aatgtcatat cctgggtaga gtggtgcggccagggccaga
2881 tggggtccca cagagcacgc tccttggtat cctgctgcct ttgctgctgcttgtggctgc
2941 actggcgact gcactggtct tcagctactg gtggcggagg aagcagctagttcttcctcc
3001 caacctgaat gacctggcat ccctggacca gactgctgga gccacacccctgcctattct
3061 gtactcgggc tctgactaca gaagtggcct tgcactccct gccattgatggtctggattc
3121 caccacttgt gtccatggag catccttctc cgatagtgaa gatgaatcctgtgtgccact
3181 gctgcggaaa gagtccatcc agctaaggga cctggactct gcgctcttggctgaggtcaa
3241 ggatgtgctg attccccatg agcgggtggt cacccacagt gaccgagtcattggcaaagg
3301 ccactttgga gttgtctacc acggagaata catagaccag gcccagaatcgaatccaatg
3361 tgccatcaag tcactaagtc gcatcacaga gatgcagcag gtggaggccttcctgcgaga
3421 ggggctgctc atgcgtggcc tgaaccaccc gaatgtgctg gctctcattggtatcatgtt
3481 gccacctgag ggcctgcccc atgtgctgct gccctatatg tgccacggtgacctgctcca
3541 gttcatccgc tcacctcagc ggaaccccac cgtgaaggac ctcatcagctttggcctgca
3601 ggtagcccgc ggcatggagt acctggcaga gcagaagttt gtgcacagggacctggctgc
3661 gcggaactgc atgctggacg agtcattcac agtcaaggtg gctgactttggtttggcccg
3721 cgacatcctg gacagggagt actatagtgt tcaacagcat cgccacgctcgcctacctgt
3781 gaagtggatg gcgctggaga gcctgcagac ctatagattt accaccaagtctgatgtgtg
3841 gtcatttggt gtgctgctgt gggaactgct gacacggggt gccccaccataccgccacat
3901 tgaccctttt gaccttaccc acttcctggc ccagggtcgg cgcctgccccagcctgagta
3961 ttgccctgat tctctgtacc aagtgatgca gcaatgctgg gaggcagacccagcagtgcg
4021 acccaccttc agagtactag tgggggaggt ggagcagata gtgtctgcactgcttgggga
4081 ccattatgtg cagctgccag caacctacat gaacttgggc cccagcacctcgcatgagat
4141 gaatgtgcgt ccagaacagc cgcagttctc acccatgcca gggaatgtacgccggccccg
4201 gccactctca gagcctcctc ggcccacttg acttagttct tgggctggacctgcttagct
4261 gccttgagct aaccccaagg ctgcctctgg gccatgccag gccagagcagtggccctcca
4321 ccttgttcct gccctttaac tttcagaggc aataggtaaa tgggcccattaggtccctca
4381 ctccacagag tgagccagtg agggcagtcc tgcaacatgt atttatggagtgcctgctgt
4441 ggaccctgtc ttctgggcac agtggactca gcagtgacca caccaacactgacccttgaa
4501 ccaataaagg aacaaatgac tattaaagca caaaaaaaaa a
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
整联蛋白β4 | ITGB4 | NM_000213 | 37 |
1 gcgctgcccg cctcgtcccc acccccccaa cccccgcgcc cgccctcgga cagtccctgc
61 tcgcccgcgc gctgcagccc catctcctag cggcagccca ggcgcggagg gagcgagtcc
121 gccccgaggt aggtccagga cgggcgcaca gcagcagccg aggctggccgggagagggag
181 gaagaggatg gcagggccac gccccagccc atgggccagg ctgctcctggcagccttgat
241 cagcgtcagc ctctctggga ccttggcaaa ccgctgcaag aaggccccagtgaagagctg
301 cacggagtgt gtccgtgtgg ataaggactg cgcctactgc acagacgagatgttcaggga
361 ccggcgctgc aacacccagg cggagctgct ggccgcgggc tgccagcgggagagcatcgt
421 ggtcatggag agcagcttcc aaatcacaga ggagacccag attgacaccaccctgcggcg
481 cagccagatg tccccccaag gcctgcgggt ccgtctgcgg cccggtgaggagcggcattt
541 tgagctggag gtgtttgagc cactggagag ccccgtggac ctgtacatcctcatggactt
601 ctccaactcc atgtccgatg atctggacaa cctcaagaag atggggcagaacctggctcg
661 ggtcctgagc cagctcacca gcgactacac tattggattt ggcaagtttgtggacaaagt
721 cagcgtcccg cagacggaca tgaggcctga gaagctgaag gagccctggcccaacagtga
781 cccccccttc tccttcaaga acgtcatcag cctgacagaa gatgtggatgagttccggaa
841 taaactgcag ggagagcgga tctcaggcaa cctggatgct cctgagggcggcttcgatgc
901 catcctgcag acagctgtgt gcacgaggga cattggctgg cgcccggacagcacccacct
961 gctggtcttc tccaccgagt cagccttcca ctatgaggct gatggcgccaacgtgctggc
1021 tggcatcatg agccgcaacg atgaacggtg ccacctggac accacgggcacctacaccca
1081 gtacaggaca caggactacc cgtcggtgcc caccctggtg cgcctgctcgccaagcacaa
1141 catcatcccc atctttgctg tcaccaacta ctcctatagc tactacgagaagcttcacac
1201 ctatttccct gtctcctcac tgggggtgct gcaggaggac tcgtccaacatcgtggagct
1261 gctggaggag gccttcaatc ggatccgctc caacctggac atccgggccctagacagccc
1321 ccgaggcctt cggacagagg tcacctccaa gatgttccag aagacgaggactgggtcctt
1381 tcacatccgg cggggggaag tgggtatata ccaggtgcag ctgcgggcccttgagcacgt
1441 ggatgggacg cacgtgtgcc agctgccgga ggaccagaag ggcaacatccatctgaaacc
1501 ttccttctcc gacggcctca agatggacgc gggcatcatc tgtgatgtgtgcacctgcga
1561 gctgcaaaaa gaggtgcggt cagctcgctg cagcttcaac ggagacttcgtgtgcggaca
1621 gtgtgtgtgc agcgagggct ggagtggcca gacctgcaac tgctccaccggctctctgag
1681 tgacattcag ccctgcctgc gggagggcga ggacaagccg tgctccggccgtggggagtg
1741 ccagtgcggg cactgtgtgt gctacggcga aggccgctac gagggtcagttctgcgagta
1801 tgacaacttc cagtgtcccc gcacttccgg gttcctctgc aatgaccgaggacgctgctc
1861 catgggccag tgtgtgtgtg agcctggttg gacaggccca agctgtgactgtcccctcag
1921 caatgccacc tgcatcgaca gcaatggggg catctgtaat ggacgtggccactgtgagtg
1981 tggccgctgc cactgccacc agcagtcgct ctacacggac accatctgcgagatcaacta
2041 ctcggcgatc cacccgggcc tctgcgagga cctacgctcc tgcgtgcagtgccaggcgtg
2101 gggcaccggc gagaagaagg ggcgcacgtg tgaggaatgc aacttcaaggtcaagatggt
2161 ggacgagctt aagagagccg aggaggtggt ggtgcgctgc tccttccgggacgaggatga
2221 cgactgcacc tacagctaca ccatggaagg tgacggcgcc cctgggcccaacagcactgt
2281 cctggtgcac aagaagaagg actgccctcc gggctccttc tggtggctcatccccctgct
2341 cctcctcctc ctgccgctcc tggccctgct actgctgcta tgctggaagtactgtgcctg
2401 ctgcaaggcc tgcctggcac ttctcccgtg ctgcaaccga ggtcacatggtgggctttaa
2461 ggaagaccac tacatgctgc gggagaacct gatggcctct gaccacttggacacgcccat
2521 gctgcgcagc gggaacctca agggccgtga cgtggtccgc tggaaggtcaccaacaacat
2581 gcagcggcct ggctttgcca ctcatgccgc cagcatcaac cccacagagctggtgcccta
2641 cgggctgtcc ttgcgcctgg cccgcctttg caccgagaac ctgctgaagcctgacactcg
2701 ggagtgcgcc cagctgcgcc aggaggtgga ggagaacctg aacgaggtctacaggcagat
2761 ctccggtgta cacaagctcc agcagaccaa gttccggcag cagcccaatgccgggaaaaa
2821 gcaagaccac accattgtgg acacagtgct gatggcgccc cgctcggccaagccggccct
2881 gctgaagctt acagagaagc aggtggaaca gagggccttc cacgacctcaaggtggcccc
2941 cggctactac accctcactg cagaccagga cgcccggggc atggtggagttccaggaggg
3001 cgtggagctg gtggacgtac gggtgcccct ctttatccgg cctgaggatgacgacgagaa
3061 gcagctgctg gtggaggcca tcgacgtgcc cgcaggcact gccaccctcggccgccgcct
3121 ggtaaacatc accatcatca aggagcaagc cagagacgtg gtgtcctttgagcagcctga
3181 gttctcggtc agccgcgggg accaggtggc ccgcatccct gtcatccggcgtgtcctgga
3241 cggcgggaag tcccaggtct cctaccgcac acaggatggc accgcgcagggcaaccggga
3301 ctacatcccc gtggagggtg agctgctgtt ccagcctggg gaggcctggaaagagctgca
3361 ggtgaagctc ctggagctgc aagaagttga ctccctcctg cggggccgccaggtccgccg
3421 tttccacgtc cagctcagca accctaagtt tggggcccac ctgggccagccccactccac
3481 caccatcatc atcagggacc cagatgaact ggaccggagc ttcacgagtcagatgttgtc
3541 atcacagcca ccccctcacg gcgacctggg cgccccgcag aaccccaatgctaaggccgc
3601 tgggtccagg aagatccatt tcaactggct gcccccttct ggcaagccaatggggtacag
3661 ggtaaagtac tggattcagg gtgactccga atccgaagcc cacctgctcgacagcaaggt
3721 gccctcagtg gagctcacca acctgtaccc gtattgcgac tatgagatgaaggtgtgcgc
3781 ctacggggct cagggcgagg gaccctacag ctccctggtg tcctgccgcacccaccagga
3841 agtgcccagc gagccagggc gtctggcctt caatgtcgtc tcctccacggtgacccagct
3901 gagctgggct gagccggctg agaccaacgg tgagatcaca gcctacgaggtctgctatgg
3961 cctggtcaac gatgacaacc gacctattgg gcccatgaag aaagtgctggttgacaaccc
4021 taagaaccgg atgctgctta ttgagaacct tcgggagtcc cagccctaccgctacacggt
4081 gaaggcgcgc aacggggccg gctgggggcc tgagcgggag gccatcatcaacctggccac
4141 ccagcccaag aggcccatgt ccatccccat catccctgac atccctatcgtggacgccca
4201 gagcggggag gactacgaca gcttccttat gtacagcgat gacgttctacgctctccatc
4261 gggcagccag aggcccagcg tctccgatga cactggctgc ggctggaagttcgagcccct
4321 gctgggggag gagctggacc tgcggcgcgt cacgtggcgg ctgcccccggagctcatccc
4381 gcgcctgtcg gccagcagcg ggcgctcctc cgacgccgag gcgccccacgggcccccgga
4441 cgacggcggc gcgggcggga agggcggcag cctgccccgc agtgcgacacccgggccccc
4501 cggagagcac ctggtgaatg gccggatgga ctttgccttc ccgggcagcaccaactccct
4561 gcacaggatg accacgacca gtgctgctgc ctatggcacc cacctgagcccacacgtgcc
4621 ccaccgcgtg ctaagcacat cctccaccct cacacgggac tacaactcactgacccgctc
4681 agaacactca cactcgacca cactgcccag ggactactcc accctcacctccgtctcctc
4741 ccacgactct cgcctgactg ctggtgtgcc cgacacgccc acccgcctggtgttctctgc
4801 cctggggccc acatctctca gagtgagctg gcaggagccg cggtgcgagcggccgctgca
4861 gggctacagt gtggagtacc agctgctgaa cggcggtgag ctgcatcggctcaacatccc
4921 caaccctgcc cagacctcgg tggtggtgga agacctcctg cccaaccactcctacgtgtt
4981 ccgcgtgcgg gcccagagcc aggaaggctg gggccgagag cgtgagggtgtcatcaccat
5041 tgaatcccag gtgcacccgc agagcccact gtgtcccctg ccaggctccgccttcacttt
5101 gagcactccc agtgccccag gcccgctggt gttcactgcc ctgagcccagactcgctgca
5161 gctgagctgg gagcggccac ggaggcccaa tggggatatc gtcggctacctggtgacctg
5221 tgagatggcc caaggaggag ggccagccac cgcattccgg gtggatggagacagccccga
5281 gagccggctg accgtgccgg gcctcagcga gaacgtgccc tacaagttcaaggtgcaggc
5341 caggaccact gagggcttcg ggccagagcg cgagggcatc atcaccatagagtcccagga
5401 tggaggaccc ttcccgcagc tgggcagccg tgccgggctc ttccagcacccgctgcaaag
5461 cgagtacagc agcatcacca ccacccacac cagcgccacc gagcccttcctagtggatgg
5521 gctgaccctg ggggcccagc acctggaggc aggcggctcc ctcacccggcatgtgaccca
5581 ggagtttgtg agccggacac tgaccaccag cggaaccctt agcacccacatggaccaaca
5641 gttcttccaa acttgaccgc accctgcccc acccccgcca cgtcccactaggcgtcctcc
5701 cgactcctct cccggagcct cctcagctac tccatccttg cacccctgggggcccagccc
5761 acccgcatgc acagagcagg ggctaggtgt ctcctgggag gcatgaagggggcaaggtcc
5821 gtcctctgtg ggcccaaacc tatttgtaac caaagagctg ggagcagcacaaggacccag
5881 cctttgttct gcacttaata aatggttttg ctactgctaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
膜联蛋白A3 | ANXA3 | NM_005139 | 38 |
1 gggtggggaag cttagagac cggtgaggga gcagagctgg ggcgcctgtg tacagggata
61 gagcccggcgg cagcagggc gcggcttccc tttcccgggg cctggggccg caatcaggtg
121 gagtcgagag gccggaggag gggcaggagg aaggggtgcg gtcgcgatccggacccggag
181 ccagcgcgga gcacctgcgc ccgcggctga caccttcgct cgcagtttgttcgcagttta
241 ctcgcacacc agtttccccc accgcgcttt ggattagtgt gatctcagctcaaggcaaag
301 gtgggatatc atggcatcta tctgggttgg acaccgagga acagtaagagattatccaga
361 ctttagccca tcagtggatg ctgaagctat tcagaaagca atcagaggaattggaactga
421 tgagaaaatg ctcatcagca ttctgactga gaggtcaaat gcacagcggcagctgattgt
481 taaggaatat caagcagcat atggaaagga gctgaaagat gacttgaagggtgatctctc
541 tggccacttt gagcatctca tggtggccct agtgactcca ccagcagtctttgatgcaaa
601 gcagctaaag aaatccatga agggcgcggg aacaaacgaa gatgccttgattgaaatctt
661 aactaccagg acaagcaggc aaatgaagga tatctctcaa gcctattatacagtatacaa
721 gaagagtctt ggagatgaca ttagttccga aacatctggt gacttccggaaagctctgtt
781 gactttggca gatggcagaa gagatgaaag tctgaaagtg gatgagcatctggccaaaca
841 agatgcccag attctctata aagctggtga gaacagatgg ggcacggatgaagacaaatt
901 cactgagatc ctgtgtttaa ggagctttcc tcaattaaaa ctaacatttgatgaatacag
961 aaatatcagc caaaaggaca ttgtggacag cataaaagga gaattatctgggcattttga
1021 agacttactg ttggccatag ttaattgtgt gaggaacacg ccggcctttttagccgaaag
1081 actgcatcga gccttgaagg gtattggaac tgatgagttt actctgaaccgaataatggt
1141 gtccagatca gaaattgacc ttttggacat tcgaacagag ttcaagaagcattatggcta
1201 ttccctatat tcagcaatta aatcggatac ttctggagac tatgaaatcacactcttaaa
1261 aatctgtggt ggagatgact gaaccaagaa gataatctcc aaaggtccacgatgggcttt
1321 cccaacagct ccaccttact tcttctcata ctatttaaga gaacaagcaaatataaacag
1381 caacttgtgt tcctaacagg aattttcatt gttctataac aacaacaacaaaagcgatta
1441 ttattttaga gcatctcatt tataatgtag cagctcataa atgaaattgaaaatggtatt
1501 aaagatctgc aactactatc caacttatat ttctgctttc aaagttaagaatctttatag
1561 ttctactcca ttaaatataa agcaagataa taaaaattgt tgcttttgtt aaaagtaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
趋化因子(C-C基序)配体15 | CCL15 | NM_032965 | 39 |
1 tgcagactga tatggattc accactgcta acacctcctg gttggaactac aggaatagaa
61 ctggaaaggg aaaaaaggc agcattcacc acatcccaat cctgaatccaa gagtctaaga
121 tagtccccca ctcctatctc aggcttagag gattagatta atctcctggagggaagactc
181 ttccttgaaa catttttttt tatctgcctg tagctattgg gataattcgggaaatccaca
241 gggacagttc aagtcatctt tgtcctctac tttctgttgc actctcagccttgttctctt
301 tttagaaact gcatggtaac tattatatag ctaaagaaga gcattctgacctctgccctg
361 ggacttcctg gatcctcctc ttcttataaa tacaagggca gagctggtatcccggggagc
421 caggaagcag tgagcccagg agtcctcggc cagccctgcc tgcccaccaggaggatgaag
481 gtctccgtgg ctgccctctc ctgcctcatg cttgttgctg tccttggatcccaggcccag
541 ttcataaatg atgcagagac agagttaatg atgtcaaagc ttccactggaaaatccagta
601 gttctgaaca gctttcactt tgctgctgac tgctgcacct cctacatctcacaaagcatc
661 ccgtgttcac tcatgaaaag ttattttgaa acgagcagcg agtgctccaagccaggtgtc
721 atattcctca ccaagaaggg gcggcaagtc tgtgccaaac ccagtggtccgggagttcag
781 gattgcatga aaaagctgaa gccctactca atataataat aaagagacaaaagaggccag
841 ccacccacct ccaacacctc ctgtgagttt cttggtctga aatacttaaaaaatatatat
901 attgttgtgt ctggtaatga aagtaatgca tctaataaag agtattcaat ttttt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
二肽酶1(肾脏的) | DPEP1 | NM_004413 | 40 |
1 cgggggggta ctgtgcgagc cctcaaggag gtggctgttc tgtagctgga gagctccgtg
61 ggtggcagga ctgaacttga acaccagaaa caacccccaa gccttgtgac ctgggaggca
121 ggaggcgggt ctgtctccct gggacttggg tggctgagcc gaggtactcgggaccctgtc
181 ccgcgcatgg cagagtggct cctcacagcc tgaagctcat ccttctgcacgggccagcca
241 ggccagcaca gaggcaccag ggcagcagtg cacacaggtc cccggggaccccaccatgtg
301 gagcggatgg tggctgtggc cccttgtggc cgtctgcact gcagacttctttcgggacga
361 ggcagagagg atcatgaggg actcccctgt cattgatggg cacaatgacctcccctggca
421 gctgctggat atgttcaaca accggctgca ggacgagagg gccaacctgaccaccttggc
481 cggcacacac accaacatcc ccaagctgag ggccggcttt gtgggaggccagttctggtc
541 cgtgtacacg ccctgcgaca cccagaacaa agacgccgtg cggaggacgctggagcagat
601 ggacgtggtc caccgcatgt gccggatgta cccggagacc ttcctgtatgtcaccagcag
661 tgcaggcatt cggcaggcct tccgggaagg gaaggtggcc agcctgatcggcgtggaggg
721 cggccactcc attgacagca gtttgggcgt cctgcgggca ctctatcagctgggcatgcg
781 gtacctgacc ctcacccaca gctgcaacac gccctgggct gacaactggctggtggacac
841 gggagacagc gagccccaga gccaaggctt gtcacccttt gggcagcgtgtggtgaagga
901 gctgaaccgt ctgggggtcc tcatcgactt ggctcacgtg tctgtggccaccatgaaggc
961 caccctgcag ctgtccagag ccccggtcat cttcagccac tcctcggcctacagcgtgtg
1021 cgcaagccgg cgcaacgtgc ctgacgacgt cctgaggctg gtgaaacagacagacagcct
1081 ggtgatggtg aacttctaca acaattacat ttcctgcacc aacaaggccaacctgtccca
1141 agtggccgac catctggatc acatcaagga ggtggcagga gccagagccgtgggttttgg
1201 tggggacttt gatggtgttc caagggtccc tgaggggctg gaggacgtctccaagtatcc
1261 agacctgatc gctgagctgc tcaggaggaa ctggacggag gcggaggtcaagggcgcact
1321 ggctgacaac ctgctgaggg tcttcgaggc tgtggaacag gccagcaacctcacacaggc
1381 tcccgaggag gagcccatcc cgctggacca gctgggtggc tcctgcaggacccattacgg
1441 ctactcctct ggggcttcca gcctccatcg ccactggggg ctcctgctggcctccctcgc
1501 tcccctggtc ctctgtctgt ctctcctgtg aaacctggga gaccagagtcccctttaggg
1561 ttcccggagc tccgggaaga cccgcccatc ccaggactcc agatgccaggagccctgctg
1621 cccacatgca aggaccagca tctcctgaga ggacgcctgg gcttacctggggggcaggat
1681 gcctggggac agttcaggac acacacacag taggcccgca ataaaagcaa cacccctt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
NADPH氧化酶形成体1 | NOXO1 | NM_172167 | 41 |
1 agccatggca ggcccccgat acccagtttc agtgcaaggg gcagccctgg tgcagatcaa
61 gaggctccaa acgtttgcct tctctgtgcg ctggtcagac ggcagcgaca ccttcgtgcg
121 caggagttgg gacgaattca ggcagctcaa gaagaccctc aaggagaccttcccggtgga
181 ggcgggcctg ctgcggagat ctgaccgcgt tctcccaaag cttctcgatgcaccactgtt
241 gggacgcgtg gggcgcacga gccgcggcct ggcgcgcctg cagctgttggaaacctattc
301 tcggaggctg ctggcgactg cagagcgcgt ggcacggagc ccgacgatcactggcttctt
361 cgcaccgcaa cccctggacc tggagcccgc gctgccaccc ggcagccgggtgatcctgcc
421 caccccagag gagcagcctc tttctcgcgc tgcgggccgc ctctccatccacagtctgga
481 ggctcagagc ctgcgctgcc tgcagccctt ctgtacccag gacacgcgggataggccttt
541 tcaggcgcag gcccaggaga gcctggacgt gctgctgcgg cacccctcaggctggtggct
601 ggtggagaac gaagaccggc agaccgcctg gtttccagcg ccctacctggaggaggcggc
661 cccgggccaa ggccgggagg gaggcccgtc cctagggagc agcggtccccagttctgtgc
721 ttcccgcgcc tacgagagca gccgcgcaga tgagctgtcc gtgcccgcgggggcgcgcgt
781 gcgcgtgttg gaaacgtcag accgcggctg gtggctatgc aggtacggcgaccgggcggg
841 cctactcccc gcggtgctgc tgcggccgga agggctgggc gctctcctgagcgggacggg
901 gttccgtgga ggagacgacc cggcgggtga ggcccggggc ttccctgaaccctcccaggc
961 caccgcccct ccccccaccg tgcccacccg accttcgccg ggcgccatccagagccgctg
1021 ctgcaccgtc acacgcaggg ccctggagcg gcgcccacgg cgccagggccgccctcgagg
1081 gtgcgtggac tctgtgccgc accccacgac ggagcagtga gcgcgaggat cc
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
干扰素α-诱导蛋白27 | IFI27 | NM_005532 | 42 |
1 gggaacacat ccaagcttaa gacggtgagg tcagcttcac attctcagga actctccttc
61 tttgggtctg gctgaagttg aggatctctt actctctagg ccacggaatt aacccgagca
121 ggcatggagg cctctgctct cacctcatca gcagtgacca gtgtggccaaagtggtcagg
181 gtggcctctg gctctgccgt agttttgccc ctggccagga ttgctacagttgtgattgga
241 ggagttgtgg ctgtgcccat ggtgctcagt gccatgggct tcactgcggcgggaatcgcc
301 tcgtcctcca tagcagccaa gatgatgtcc gcggcggcca ttgccaatgggggtggagtt
361 gcctcgggca gccttgtggc tactctgcag tcactgggag caactggactctccggattg
421 accaagttca tcctgggctc cattgggtct gccattgcgg ctgtcattgcgaggttctac
481 tagctccctg cccctcgccc tgcagagaag agaaccatgc caggggagaaggcacccagc
541 catcctgacc cagcgaggag ccaactatcc caaatatacc tggggtgaaatataccaaat
601 tctgcatctc cagaggaaaa taagaaataa agatgaattg ttgcaactct tcaaaa
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
细胞色素P450家族3,超家族A,多肽43 | CYP3A43 | NM_057095 | 43 |
1 acctctgggc agagaaacaa agctctatat gcacagccca gcaaagagca gcacacagct
61 gaaagaaaaa ctcagaagac agagctgaaa aagaaaactg gtgatggatc tcattccaaa
121 ctttgccatg gaaacatggg ttcttgtggc taccagcctg gtactcctctatatttatgg
181 gacccattca cataaacttt ttaagaagct gggaattcct gggccaacccctctgccttt
241 tctgggaact attttgttct accttagggg tctttggaat tttgacagagaatgtaatga
301 aaaatacgga gaaatgtggg ggctgtatga ggggcaacag cccatgctggtcatcatgga
361 tcccgacatg atcaaaacag tgttagtgaa agaatgttac tctgtcttcacaaaccagat
421 gcctttaggt ccaatgggat ttctgaaaag tgccttaagt tttgctgaagatgaagaatg
481 gaagagaata cgaacattgc tatctccagc tttcaccagt gtaaaattcaaggaaatggt
541 ccccatcatt tcccaatgtg gagatatgtt ggtgagaagc ctgaggcaggaagcagagaa
601 cagcaagtcc atcaacttga aagatttctt tggggcctac accatggatgtaatcactgg
661 cacattattt ggagtgaact tggattctct caacaatcca caagatccctttctgaaaaa
721 tatgaagaag cttttaaaat tggatttttt ggatcccttt ttactcttaatatcactctt
781 tccatttctt accccagttt ttgaagccct aaatatcggt ttgtttccaaaagatgttac
841 ccatttttta aaaaattcca ttgaaaggat gaaagaaagt cgcctcaaagataaacaaaa
901 gcatcgagta gatttctttc aacagatgat cgactcccag aattccaaagaaacaaagtc
961 ccataaagct ctgtctgatc tggagcttgt ggcccagtca attatcatcatttttgctgc
1021 ctatgacaca actagcacca ctctcccctt cattatgtat gaactggccactcaccctga
1081 tgtccagcag aaactgcagg aggagattga cgcagtttta cccaataaggcacctgtcac
1141 ctacgatgcc ctggtacaga tggagtacct tgacatggtg gtgaatgaaacgctcagatt
1201 attcccagtt gttagtagag ttacgagagt ctgcaagaaa gatattgaaatcaatggagt
1261 gttcattccc aaagggttag cagtgatggt tccaatctat gctcttcaccatgacccaaa
1321 gtactggaca gagcctgaga agttctgccc tgaaaggttc agtaagaagaacaaggacag
1381 catagatctt tacagataca taccttttgg agctggaccc cgaaactgcattggcatgag
1441 gtttgctctc acaaacataa aacttgctgt cattagagca ctgcagaacttctccttcaa
1501 accttgtaaa gagactcaga tcccactgaa attagacaat ctaccaattcttcaaccaga
1561 aaaacctatt gttctaaaag tgcacttaag agatgggatt acaagtggaccctgactttc
1621 cctaaggact tccactttgt tcaagaaagc tgtatcccag aacactagacacttcaaatt
1681 gttttgtgaa taaaactcag aaatgaagat gagcttaatt aacctagtatactgggtgaa
1741 taattagaaa ttctctacat tcattgagct ctcattgtct gggtagagtattacacgttg
1801 catactacaa agcaggtgac aaatcaatgc caaataagta cagtcatcttctctagttct
1861 cataagacta tctccccgcc acctatagtt agtaccctca agtcctcctgagctgtgatc
1921 agagaataaa catttctcaa caattttacc aacaattttt aatgaaaaggaaaattatac
1981 ttgtgattct cgtagtgaca tttatattac atgttccatt tgtgatattctataataagt
2041 attatattga gaaagtcaac aagcacctct ttacaaaact gttatctgatgtcttcctgc
2101 atattaagga tgaatctaca gaattagatc aataaggatc aacaaataaatatttttggt
2161 catt
基因名称 | 基因符号 | GenBank登录号# | 序列识别号 |
亲斑蛋白2 | PKP2 | NM_004572 | 44 |
1 gtggcggctt cgcccgcgag tccagaggca ggcgagcagc tcggtcgccc ccaccggccc
61 catggcagcc cccggcgccc cagctgagta cggctacatc cggaccgtcc tgggccagca
121 gatcctggga caactggaca gctccagcct ggcgctgccc tccgaggccaagctgaagct
181 ggcggggagc agcggccgcg gcggccagac agtcaagagc ctgcggatccaggagcaggt
241 gcagcagacc ctcgcccgga agggccgcag ctccgtgggc aacggaaatcttcaccgaac
301 cagcagtgtt cctgagtatg tctacaacct acacttggtt gaaaatgattttgttggagg
361 ccgttcccct gttcctaaaa cctatgacat gctaaaggct ggcacaactgccacttatga
421 aggtcgctgg ggaagaggaa cagcacagta cagctcccag aagtccgtggaagaaaggtc
481 cttgaggcat cctctgagga gactggagat ttctcctgac agcagcccggagagggctca
541 ctacacgcac agcgattacc agtacagcca gagaagccag gctgggcacaccctgcacca
601 ccaagaaagc aggcgggccg ccctcctagt gccaccgaga tatgctcgttccgagatcgt
661 gggggtcagc cgtgctggca ccacaagcag gcagcgccac tttgacacataccacagaca
721 gtaccagcat ggctctgtta gcgacaccgt ttttgacagc atccctgccaacccggccct
781 gctcacgtac cccaggccag ggaccagccg cagcatgggc aacctcttggagaaggagaa
841 ctacctgacg gcagggctca ctgtcgggca ggtcaggccg ctggtgcccctgcagcccgt
901 cactcagaac agggcttcca ggtcctcctg gcatcagagc tccttccacagcacccgcac
961 gctgagggaa gctgggccca gtgtcgccgt ggattccagc gggaggagagcgcacttgac
1021 tgtcggccag gcggccgcag ggggaagtgg gaatctgctc actgagagaagcactttcac
1081 tgactcccag ctggggaatg cagacatgga gatgactctg gagcgagcagtgagtatgct
1141 cgaggcagac cacatgccgc catccaggat ttctgctgca gctactttcatacagcacga
1201 gtgcttccag aaatctgaag ctcggaagag ggttaaccag cttcgtggcatcctcaagct
1261 tctgcagctc ctaaaagttc agaatgaaga cgttcagcga gctgtgtgtggggccttgag
1321 aaacttagta tttgaagaca atgacaacaa attggaggtg gctgaactaaatggggtacc
1381 tcggctgctc caggtgctga agcaaaccag agacttggag actaaaaaacaaataacaga
1441 ccatacagtc aatttaagaa gtaggaatgg ctggccgggc gcggtggctcacgcctgtaa
1501 tcccagcact ttgggaggcc aaggcgggcg gatcacgagg tcaggagttcgagaccagcc
1561 tgaccaacat ggtttgctgt ggaatttgtc atctaatgac aaactcaagaatctcatgat
1621 aacagaagca ttgcttacgc tgacggagaa tatcatcatc cccttttctgggtggcctga
1681 aggagactac ccaaaagcaa atggtttgct cgattttgac atattctacaacgtcactgg
1741 atgcctaaga aacatgagtt ctgctggcgc tgatgggaga aaagcgatgagaagatgtga
1801 cggactcatt gactcactgg tccattatgt cagaggaacc attgcagattaccagccaga
1861 tgacaaggcc acggagaatt gtgtgtgcat tcttcataac ctctcctaccagctggaggc
1921 agagctccca gagaaatatt cccagaatat ctatattcaa aaccggaatatccagactga
1981 caacaacaaa agtattggat gttttggcag tcgaagcagg aaagtaaaagagcaatacca
2041 ggacgtgccg atgccggagg aaaagagcaa ccccaagggc gtggagtggctgtggcattc
2101 cattgttata aggatgtatc tgtccttgat cgccaaaagt gtccgcaactacacacaaga
2161 agcatcctta ggagctctgc agaacctcac ggccggaagt ggaccaatgccgacatcagt
2221 ggctcagaca gttgtccaga aggaaagtgg cctgcagcac acccgaaagatgctgcatgt
2281 tggtgaccca agtgtgaaaa agacagccat ctcgctgctg aggaatctgtcccggaatct
2341 ttctctgcag aatgaaattg ccaaagaaac tctccctgat ttggtttccatcattcctga
2401 cacagtcccg agtactgacc ttctcattga aactacagcc tctgcctgttacacattgaa
2461 caacataatc caaaacagtt accagaatgc acgcgacctt ctaaacaccgggggcatcca
2521 gaaaattatg gccattagtg caggcgatgc ctatgcctcc aacaaagcaagtaaagctgc
2581 ttccgtcctt ctgtattctc tgtgggcaca cacggaactg catcatgcctacaagaaggc
2641 tcagtttaag aagacagatt ttgtcaacag ccggactgcc aaagcctaccactcccttaa
2701 agactgagga aaatgacaaa gtattctcgg ctgcaaaaat ccccaaaggaaaacacctat
2761 ttttctacta cccagcccaa gaaacctcaa aagcatgcct tgtttctatccttctctatt
2821 tccgtggtcc cctgaatcca gaaaacaaat agaacataat tttatgagtcttccagaaga
2881 cctttgcaag tttgccacca gtagataccg gccacaggct cgacaaatagtggtctttgt
2941 tattagggct tatggtacat ggcttcctgg aatcaaaatg tgaattcatgtggaagggac
3001 attaatccaa taaataagga aagaagctgt tgcattactg ggattttaaaagtttgattt
3061 acatttatat tccttttctg gttcccatgt tttgtcactc atgtgcacattgcttcgcca
3121 ttgggcctcc agtgtattgt tctgcagtgt tgaaacagaa tggaaatgacaagaaatatc
3181 tgcagttatc caggagaaag tataatggca aaattattgg tttctttctttactttgtgc
3241 ttgtttttat ccccttgggt tgtttttctc tgatttttaa ataaacttaagaaatttaga
3301 ttacagagta tgcatgactg taagaaaaag aaattgagag gaagtgatcatagcaaatta
3361 aagaagtctt ttcctcccag aacttaaagt aaaataaaaa ataaataaataaataaaatc
3421 ttttccacag agaaaggcaa ctgtgatgat aaaatttaac gttcccccaaacactgagtc
3481 aatgagattt ttctcaggag atactttacc tataacaacg ccgttaaatccaaatctctt
3541 ctaaacgatg gcattctatg taatgccttt cctggacttt tttggccactgccctggact
3601 agtgaaagaa tggactctat ctttatctgc aagaggaact aaggccttctatcagactgc
3661 ctggccagcc tggggcactg aaaatacggc tcatgttaat gagttacattatcagccagc
3721 ccagccttgc ccaccattta agaaatatca cagagccact agatctcatatgatcttctt
3781 caagccatta ttttaactca agaaaactct agagaagaaa agtgaagaagtcatgttgaa
3841 gaagatgtaa gaatgtgtca agaccatcca gaaatgatat gagaaatactgatattttaa
3901 atggttgaca tcatccagcg aaatgaatct acattaaatg ttgttttaactgcgctatga
3961 ttaaaaccat tcatatagag ttagtcttta caactactat tctgttatttttttttttaa
4021 tctgacaaca tttgtcctaa gtaagataag caaaaaaatt cttcaactccttttggcaag
4081 aaaactgtaa cagaaaataa attttgaatg tgtacttaag tctttattatatttgaagca
4141 attttttttc aattttaaaa gctgaatgaa gacaacttag gttgctaacctagttcaaaa
4201 tgaaattatt tagataccaa tttttaaaat actggagaga atttatatgtctttttccag
4261 agttctgatg ataagcattt ggagtgcatt tattcctcca gataataaatgtgtgttcag
4321 aactttttgt gttttttaag gcattaataa agccttcgat aatattaaat acaaaatgaa
Claims (103)
1.对患者中的癌症进行分类的方法,包括将所述癌症中的至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或者第二组表达水平阈值相比较;以及如果所述生物标志基因的表达水平低于所述第一组表达水平阈值,则表明所述癌症对HDAC抑制剂是敏感的,或者如果所述表达水平高于所述第二组表达水平阈值,则表明所述癌症对HDAC抑制剂具有抗性,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少四种基因中的至少一种选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、RAB25、TM4SF4或IL18中的至少一种。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。
5.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
6.根据权利要求1所述的方法,其中所述表达水平中的一种或更多种是mRNA表达水平。
7.根据权利要求1所述的方法,其中所述表达水平中的一种或更多种是多肽表达水平。
8.根据权利要求1所述的方法,其中所述癌症是结肠癌。
9.根据权利要求1所述的方法,还包括在所述比较步骤之前,确定所述癌症中所述至少四种生物标志基因的表达水平。
10.根据权利要求1所述的方法,其中所述HDAC抑制剂是PCI-24781。
11.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因的表达水平与所述第一组和所述第二组生物标志基因表达水平阈值水平相比较。
12.对患者中的癌症进行分类的方法,包括:确定所述癌症中至少四种生物标志基因的表达水平;将所述癌症中的所述至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或者第二组表达水平阈值相比较;和如果所述生物标志基因的表达水平低于所述第一组表达水平阈值,则表明所述癌症对HDAC抑制剂是敏感的,或者如果所述表达水平高于所述第二组表达水平阈值,则表明所述癌症对HDAC抑制剂具有抗性,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
13.根据权利要求12所述的方法,其中所述至少四种标志基因中至少一种选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
14.根据权利要求12所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、RAB25、TM4SF4或IL18中的至少一种。
15.根据权利要求12所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。
16.根据权利要求12所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
17.根据权利要求12所述的方法,其中所述表达水平中的一种或更多种是mRNA表达水平。
18.根据权利要求12所述的方法,其中所述表达水平中的一种或更多种是多肽表达水平。
19.根据权利要求12所述的方法,其中所述癌症是结肠癌。
20.根据权利要求12所述的方法,还包括根据所述比较为所述患者开出HDAC抑制剂的处方或给予HDAC抑制剂。
21.根据权利要求12所述的方法,其中所述HDAC抑制剂是PCI-24781。
22.根据权利要求12所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因的所述表达水平与所述第一组和所述第二组生物标志基因表达水平阈值水平相比较。
23.分离的核酸群体,其包括多数源于癌细胞的核酸,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物敏感的癌细胞类型。
24.根据权利要求23所述的分离群体,其中所述分离群体含有RNAs。
25.根据权利要求23所述的分离群体,其中所述分离群体含有cDNAs。
26.根据权利要求23所述的分离群体,其中所述HDAC抑制剂是PCI-24781。
27.根据权利要求23所述的分离群体,其中所述细胞分离自体外生长的细胞群。
28.根据权利要求23所述的分离群体,其中所述癌细胞是结肠癌细胞。
29.根据权利要求28所述的分离群体,其中所述结肠癌细胞源于结肠癌R1059261097、R4498160614、R5456781761、R7424107588或R0948311023。
30.根据权利要求23所述的分离群体,其中DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在所述分离群体中表现。
31.分离的核酸群体,其包括多数源于癌细胞的核酸,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物有抗性的癌细胞类型。
32.根据权利要求31所述的分离群体,其中所述分离群体含有RNAs。
33.根据权利要求31所述的分离群体,其中所述分离群体含有cDNAs。
34.根据权利要求31所述的分离群体,其中所述HDAC抑制剂是PCI-24781。
35.根据权利要求31所述的分离群体,其中所述细胞分离自体外生长的细胞群。
36.根据权利要求31所述的分离群体,其中所述癌细胞是结肠癌细胞。
37.根据权利要求36所述的分离群体,其中所述结肠癌细胞源于结肠癌R5247682266、R9866135153、R1078103114或R4712781606。
38.根据权利要求31所述的分离群体,其中DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在所述分离群体中表现。
39.试剂盒,其包括:权利要求31所述的分离群体;以及表明所述群体中生物标志基因核酸水平与所述群体中内表达对照基因核酸水平的比值的插入物。
40.权利要求31所述的试剂盒,以及表明所述群体中生物标志基因核酸水平与来自癌细胞的核酸群体中所述生物标志基因的核酸水平的比值的插入物,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物敏感的癌细胞类型。
41.生成核酸的表达水平参考群体以进行表达型分析的方法,其包括从癌细胞获得分离的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物敏感的癌细胞类型。
42.根据权利要求41所述的方法,其中所述分离群体含有RNAs。
43.根据权利要求41所述的方法,其中所述分离群体含有cDNAs。
44.根据权利要求所述41的方法,其中所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
45.根据权利要求41所述的方法,其中所述癌细胞在活组织检查样品中存在。
46.根据权利要求41所述的方法,其中所述癌细胞在体外生长的细胞群中存在。
47.根据权利要求41所述的方法,其中所述癌细胞是结肠癌细胞。
48.根据权利要求47所述的方法,其中所述癌细胞来自结肠癌R1059261097、R4498160614、R5456781761、R7424107588或R0948311023。
49.根据权利要求41所述的方法,其中DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在所述分离群体中表现。
50.根据权利要求41所述的方法,还包括在所述分离步骤前,确定所述癌细胞类型对HDAC抑制剂化合物敏感。
51.根据权利要求50所述的方法,其中确定对HDAC抑制剂化合物敏感的所述癌细胞在体外被确定对HDAC抑制剂化合物有抗性。
52.根据权利要求51所述的方法,其中所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
53.生成表达水平参考样品以进行表达型分析的方法,其包括从癌细胞获得分离的核酸群体,其中所述癌细胞是对HDAC抑制剂化合物有抗性的癌细胞类型。
54.根据权利要求53所述的方法,其中所述分离群体含有RNAs。
55.根据权利要求53所述的方法,其中所述分离群体含有cDNAs。
56.根据权利要求53所述的方法,其中所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
57.根据权利要求52所述的方法,其中所述细胞在活组织检查样品中存在。
58.根据权利要求53所述的方法,其中所述细胞在体外生长的细胞群中存在。
59.根据权利要求53所述的方法,其中所述癌细胞是结肠癌细胞。
60.根据权利要求59所述的方法,其中所述癌细胞来自结肠癌R5247682266、R9866135153、R1078103114或R4712781606。
61.根据权利要求53所述的方法,其中DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18或DPEP1中的至少四种的核苷酸序列在分离群体中表现。
62.根据权利要求53所述的方法,包括在所述分离步骤前,确定所述癌细胞类型对HDAC抑制剂化合物敏感。
63.根据权利要求51所述的方法,其中所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
64.在体外对HDAC抑制剂化合物有抗性的人癌细胞系。
65.根据权利要求64所述的人癌细胞系,其中所述人细胞系表达DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
66.根据权利要求64所述的人癌细胞系,其中所述HDAC抑制剂化合物是PCI-24781。
67.根据权利要求66所述的人癌细胞系,其中所述人细胞系对至少大约1μM的PCI-24781浓度有抗性。
68.根据权利要求64所述的人癌细胞系,其中所述人癌细胞系是结肠癌细胞系。
69.根据权利要求68所述的结肠癌细胞系,其中所述结肠癌细胞系是R5247682266、R9866135153、R1078103114或R4712781606。
70.增加用HDAC抑制剂进行治疗有效的癌症治疗的可能性的方法,包括:如果来自所述患者癌症的样品中的至少四种生物标志基因的表达水平低于所述四种生物标志基因的表达水平阈值,则提供所述患者中的癌症对HDAC抑制剂治疗敏感的指示;或者如果所述生物标志基因的表达水平高于所述表达水平阈值,则提供所述癌症对HDAC抑制剂治疗有抗性的指示,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2,由此用所述HDAC抑制剂进行治疗有效的癌症治疗的可能性增加。
71.根据权利要求70所述的方法,其中所述指示以数字媒体提供。
72.根据权利要求70所述的方法,其中所述指示以硬拷贝媒体提供。
73.根据权利要求70所述的方法,其中所述指示是生物医学公开参考资料。
74.根据权利要求70所述的方法,其中所述指示指的是至少两种所述生物标志基因的表达水平。
75.根据权利要求70所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、RAB25、TM4SF4或IL18。
76.根据权利要求70所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF3、SYK、PPAP2C和RAB25。
77.根据权利要求70所述的方法,其中所述至少四种生物标志基因包括DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
78.根据权利要求70所述的方法,其中所述癌症是结肠癌。
79.根据权利要求70所述的方法,其中所述HDAC抑制剂是PCI-24781。
80.与HDAC抑制剂化合物联合治疗癌症的抗癌剂的优化选择方法,所述方法包括:
(i)比较其表达与所述癌症对所述抗癌剂的抗性或者敏感性相关的第一组生物标志基因和其表达与对所述HDAC抑制剂化合物的抗性相关的第二组生物标志基因;和
(ii)如果所述第一组中的生物标志基因不同于所述第二组中的生物标志基因,则选择所述抗癌剂,以便与所述HDAC抑制剂联合治疗所述癌症,其中
所述第二组中的生物标志基因是DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP1。
81.根据权利要求80所述的方法,还包括比较用所述HDAC抑制剂连同第二抗癌剂治疗的多数癌细胞中所述第二组生物标志基因的表达水平。
82.用HDAC抑制剂化合物进行治疗有效的癌症治疗的可能性的指示,包括传送至少四种生物标志基因表达水平的解释的工具,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP。
83.根据权利要求82所述的指示,还包括所述至少四种生物标志基因的表达水平。
84.根据权利要求82所述的指示,其中所述传送工具是纸文档或者电子文档。
85.根据权利要求82所述的指示,其中所述解释包括生物医学公开参考资料。
86.根据权利要求82所述的指示,其中所述解释包括图表。
87.根据权利要求82所述的指示,其中所述解释包括表明患者中的癌症对HDAC抑制剂治疗敏感的信息——如果来自所述患者癌症的样品中所述生物标志基因的表达水平低于所述四种生物标志基因的表达水平阈值;或表明所述癌症对所述HDAC抑制剂治疗有抗性的信息——如果所述生物标志基因的所述表达水平高于所述表达水平阈值。
88.确定用HDAC抑制剂化合物有效治疗患者中的癌症的可能性的方法,包括:
(i)确定在所述癌症中至少四种生物标志基因的表达水平,所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP;和
(ii)将所述癌症中至少四种生物标志基因的表达水平与来自之前被确定对HDAC抑制剂化合物有抗性的癌细胞的表达水平参考样品中所述至少四种生物标志基因的表达水平相比较,其中如果来自所述患者的癌中所述至少四种生物标志的表达水平低于所述表达水平参考样品中所述生物标志基因的表达水平,则有效治疗所述癌症的可能性较高。
89.根据权利要求88所述的方法,还包括选择除HDAC抑制剂化合物之外的抗癌剂来治疗所述癌症。
90.对患者中的癌症进行分类的方法,其包括比较癌症中至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或第二组表达水平值,并且对每种比较,为所述生物标志基因表达水平指定所述患者中的癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂化合物有抗性的概率,其中:
(i)所述第一组表达水平值在确定对所述组蛋白脱乙酰酶抑制剂化合物有抗性的癌细胞中测量;
(ii)所述第二组表达水平值在确定对所述组蛋白脱乙酰酶抑制剂化合物敏感的癌细胞中测量;
(iii)所述指定概率与所述生物标志基因表达水平与所述第一组表达水平值的负偏差成反比,并与所述生物标志基因表达水平与所述第二组表达水平值的正偏差成正比;和
(iv)所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
91.对细胞群进行分类的方法,其包括:比较所述细胞群中至少四种生物标志基因的表达水平与所述生物标志基因的第一或第二组表达水平阈值;以及如果所述生物标志基因的表达水平低于所述第一组表达水平阈值,则表明所述细胞群对HDAC抑制剂敏感,或如果所述表达水平高于所述第二组表达水平阈值,则表明所述细胞群对HDAC抑制剂有抗性,其中所述至少四种生物标志基因选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
92.确定体内HDAC抑制的方法,其包括在受试者被给予HDAC抑制剂化合物后,在从所述受试者获得的生物样品中确定HDAC抑制剂-反应性生物标志基因的表达水平,其中所述HDAC抑制剂-反应性生物标志基因是表5中列出的任何基因。
93.确定对HDAC抑制剂最具反应性的组织和源自其的肿瘤的方法,其包括:
(i)在第一时间点提供所述组织类型(包括血液)的第一组织和在第一时间点通过任何可用路径给予HDAC抑制剂化合物到所述第一组织,
(ii)在第二时间点提供所述组织类型(包括血液)的第二组织和在第二时间点通过任何可用路径给予HDAC抑制剂化合物到所述第二组织,
(iii)确定表5中所列任意基因在所述第一和第二组织中的表达模式。
94.对一种或更多种细胞进行分类的方法,其包括确定在所述一种或更多种细胞中仅仅4种到50种生物标志基因的表达水平,其中所述生物标志基因中的至少4种选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
95.根据权利要求94所述的方法,还包括比较所述表达水平与所述生物标志基因的第一或第二组表达水平阈值;并且如果所述生物标志基因的表达水平低于所述第一组表达水平阈值,则表明所述一种或更多种细胞对HDAC抑制剂敏感,或如果所述表达水平高于所述第二组表达水平阈值,则表明所述一种或更多种细胞对HDAC抑制剂有抗性。
96.根据权利要求94所述的方法,其中所述一种或更多种细胞是癌细胞。
97.根据权利要求94所述的方法,其中所述四到五十种生物标志包括一种或者更多种选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP的基因。
98.根据权利要求94所述的方法,包括确定仅仅四种到二十种生物标志基因的表达水平。
99.根据权利要求98所述的方法,包括确定仅仅四种生物标志基因的表达水平。
100.根据权利要求99所述的方法,其中所述四种生物标志基因由DEFA6、RAB25、TM4SF4和IL18组成。
101.核酸杂交阵列,其包括在高严格杂交条件下与仅仅4种到50种生物标志基因杂交的核酸探针,其中所述生物标志基因中的至少4种选自PTPN3、ABCC3、SARG、PPAP2C、NPDC1、CTEN、RAB25、HEPH、TPMT、PKP3、GALNT5、CALML4、GALNT12、TPK1、DEFA6、EPLIN、CLIC5、PERP、SYK、SLC12A2、GUCY2C、TM4SF4、TGFA、FGFBP1、PTK6、EVA1、EPHA2、ITGA6、TNFRSF21、TM4SF3、IL18、BMP4、SMPDL3B、TMPRSS2、GDA、MST1R、ITGB4、ANXA3、CCL15、DPEP1、NOXO1、IFI27、CYP3A43和PKP2。
102.根据权利要求101所述的核酸杂交阵列,其中所述至少四种生物标志基因选自DEFA6、ITGB4、TM4SF4、SYK、PPAP2C、RAB25、HEPH、NOXO1、TM4SF4、PTPN3、EPHA2、FGFBP1、ABCC3、TPMT、IL18和DPEP。
103.根据权利要求102所述的核酸杂交阵列,其中所述至少四种生物标志基因由DEFA6、RAB25、TM4SF4和IL18组成。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US88731807P | 2007-01-30 | 2007-01-30 | |
US60/887,318 | 2007-01-30 | ||
US91185507P | 2007-04-13 | 2007-04-13 | |
US60/911,855 | 2007-04-13 | ||
PCT/US2008/052540 WO2008095050A1 (en) | 2007-01-30 | 2008-01-30 | Methods for determining cancer resistance to histone deacetylase inhibitors |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN101657217A true CN101657217A (zh) | 2010-02-24 |
CN101657217B CN101657217B (zh) | 2013-11-20 |
Family
ID=39674490
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN2008800066641A Active CN101657217B (zh) | 2007-01-30 | 2008-01-30 | 确定癌症对组蛋白脱乙酰酶抑制剂的抗性的方法 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US7838234B2 (zh) |
EP (2) | EP2993473A1 (zh) |
JP (2) | JP5670055B2 (zh) |
KR (1) | KR101483805B1 (zh) |
CN (1) | CN101657217B (zh) |
AU (2) | AU2008210421B2 (zh) |
CA (1) | CA2677000A1 (zh) |
EA (2) | EA201201640A1 (zh) |
NZ (1) | NZ579048A (zh) |
WO (1) | WO2008095050A1 (zh) |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN106467914A (zh) * | 2015-08-18 | 2017-03-01 | 华东理工大学 | 靶向人TSPAN8基因的siRNA及其应用 |
CN106755464A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-05-31 | 上海易毕恩基因科技有限公司 | 用于筛选肠癌和/或胃癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途 |
CN108138169A (zh) * | 2015-07-31 | 2018-06-08 | 国立大学法人北海道大学 | 抗Eva1蛋白质抗体 |
WO2018129988A1 (zh) * | 2017-01-11 | 2018-07-19 | 上海易毕恩基因科技有限公司 | 用于检测肠癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途 |
CN108367995A (zh) * | 2015-10-06 | 2018-08-03 | 安大略省癌症研究所 | 靶向组蛋白途径以检测和克服蒽环类抗生素耐受性 |
CN109097466A (zh) * | 2018-09-21 | 2018-12-28 | 王赞鑫 | 与主动脉夹层疾病相关的snp位点及其应用 |
CN114829375A (zh) * | 2019-10-07 | 2022-07-29 | 维拉克塔附属公司 | 具有降低的副作用的hdac治疗的剂量 |
Families Citing this family (24)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2529147T3 (es) | 2006-12-26 | 2015-02-17 | Pharmacyclics, Inc. | Método para usar los inhibidores de la histona deacetilasa y monitorear biomarcadores en la terapia de combinación |
WO2008095050A1 (en) * | 2007-01-30 | 2008-08-07 | Pharmacyclics, Inc. | Methods for determining cancer resistance to histone deacetylase inhibitors |
DE102008000715B9 (de) * | 2008-03-17 | 2013-01-17 | Sirs-Lab Gmbh | Verfahren zur in vitro Erfasssung und Unterscheidung von pathophysiologischen Zuständen |
US8603521B2 (en) | 2009-04-17 | 2013-12-10 | Pharmacyclics, Inc. | Formulations of histone deacetylase inhibitor and uses thereof |
WO2012149014A1 (en) | 2011-04-25 | 2012-11-01 | OSI Pharmaceuticals, LLC | Use of emt gene signatures in cancer drug discovery, diagnostics, and treatment |
WO2012166722A1 (en) * | 2011-06-03 | 2012-12-06 | The General Hospital Corporation | Treating colorectal, pancreatic, and lung cancer |
KR101384667B1 (ko) * | 2011-09-09 | 2014-04-21 | 강원대학교산학협력단 | 항암제인 택솔에 대한 민감성 여부를 판명하는 인자로서의 히스톤 탈아세틸화 효소 3의 용도 |
UA110853C2 (uk) | 2011-09-13 | 2016-02-25 | Фармасайклікс, Інк. | Лікарські форми інгібітора гістондеацетилази у комбінації з бендамустином та їхнє застосування |
CA2854665A1 (en) * | 2011-11-10 | 2013-05-16 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Gene expression signatures of neoplasm responsiveness to therapy |
CN104114568B (zh) | 2011-12-22 | 2017-09-01 | 艾丽奥斯生物制药有限公司 | 取代的核苷、核苷酸及其类似物 |
CN102532298B (zh) * | 2012-03-01 | 2013-11-06 | 刘林林 | 与自身抗体特异性结合的abcc3抗原多肽及应用 |
USRE48171E1 (en) | 2012-03-21 | 2020-08-25 | Janssen Biopharma, Inc. | Substituted nucleosides, nucleotides and analogs thereof |
US9441007B2 (en) | 2012-03-21 | 2016-09-13 | Alios Biopharma, Inc. | Substituted nucleosides, nucleotides and analogs thereof |
EP2839037B1 (en) * | 2012-04-19 | 2018-12-26 | Acetylon Pharmaceuticals, Inc. | Biomarkers to identify patients that will respond to treatment and treating such patients |
AU2013202506B2 (en) * | 2012-09-07 | 2015-06-18 | Celgene Corporation | Resistance biomarkers for hdac inhibitors |
US9421208B2 (en) | 2013-08-02 | 2016-08-23 | Pharmacyclics Llc | Methods for the treatment of solid tumors |
WO2017070441A1 (en) * | 2015-10-23 | 2017-04-27 | Icahn School Of Medicine At Mount Sinai | Identifying and treating cancer patients who are suitable for a targeted therapy using an hdac6 inhibitor |
US10591462B2 (en) | 2016-03-03 | 2020-03-17 | Mohammad Abdolahad | Electrochemical method and device for detecting the effect of anticancer drugs |
TWI794171B (zh) | 2016-05-11 | 2023-03-01 | 美商滬亞生物國際有限公司 | Hdac抑制劑與pd-l1抑制劑之組合治療 |
US20190046513A1 (en) * | 2017-08-10 | 2019-02-14 | Huya Bioscience International, Llc | Combination therapies of hdac inhibitors and tubulin inhibitors |
EP4013494A1 (en) | 2019-08-12 | 2022-06-22 | Regeneron Pharmaceuticals, Inc. | Macrophage stimulating 1 receptor (mst1r) variants and uses thereof |
EP3821890A1 (en) * | 2019-11-18 | 2021-05-19 | Strumberg, Dirk | Pharmaceutical compositions comprising an inhibitor of a histon-deacetylase (hdaci) and an agonist of toll-like-receptor 7 and/or 8 (tlr7 and/or tlr8) and their use in the treatment of cancer |
CA3175556A1 (en) * | 2020-04-09 | 2021-10-14 | Turun Yliopisto | Eplin as a biomarker for cancer |
WO2024128867A1 (ko) * | 2022-12-16 | 2024-06-20 | 한국원자력연구원 | 항-tm4sf4 인간화 항체 및 이의 용도 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20030166026A1 (en) * | 2002-01-09 | 2003-09-04 | Lynx Therapeutics, Inc. | Identification of specific biomarkers for breast cancer cells |
Family Cites Families (63)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
BE794063A (fr) | 1972-01-17 | 1973-07-16 | Henkel & Cie Gmbh | Anti-inflammatoires pour compositions cosmetiques |
EP0084236A3 (en) | 1981-12-22 | 1983-08-03 | Fbc Limited | Fungicidal heterocyclic compounds and compositions containing them |
US5525464A (en) | 1987-04-01 | 1996-06-11 | Hyseq, Inc. | Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes |
US5202231A (en) | 1987-04-01 | 1993-04-13 | Drmanac Radoje T | Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes |
DE3889545T2 (de) | 1987-10-20 | 1994-10-13 | Otsuka Pharma Co Ltd | Phenylcarbonsäure-abkömmlinge. |
GB8810400D0 (en) | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
US5143854A (en) | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US6040138A (en) | 1995-09-15 | 2000-03-21 | Affymetrix, Inc. | Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays |
US5045694A (en) | 1989-09-27 | 1991-09-03 | The Rockefeller University | Instrument and method for the laser desorption of ions in mass spectrometry |
EP0430881A3 (en) | 1989-11-29 | 1991-10-23 | Ciba-Geigy Ag | Photochromic compounds, process for their preparation and their use |
JPH03215470A (ja) | 1990-01-22 | 1991-09-20 | Suntory Ltd | プロピオン酸アミド誘導体,その製造法及びそれを有効成分として含有する除草剤 |
US5288644A (en) | 1990-04-04 | 1994-02-22 | The Rockefeller University | Instrument and method for the sequencing of genome |
DE4019005C2 (de) | 1990-06-13 | 2000-03-09 | Finnigan Mat Gmbh | Vorrichtungen zur Analyse von Ionen hoher Masse |
DE4124345A1 (de) | 1991-07-23 | 1993-01-28 | Gruenenthal Gmbh | Substituierte 3,4-dihydronaphthaline, diese verbindungen enthaltende arzneimittel und verfahren zur herstellung dieser verbindungen und arzneimittel |
US5324633A (en) | 1991-11-22 | 1994-06-28 | Affymax Technologies N.V. | Method and apparatus for measuring binding affinity |
JP2775346B2 (ja) | 1992-04-03 | 1998-07-16 | アプライド バイオシステムズ,インコーポレイテッド | プローブ構成物および方法 |
US5503980A (en) | 1992-11-06 | 1996-04-02 | Trustees Of Boston University | Positional sequencing by hybridization |
US5858659A (en) | 1995-11-29 | 1999-01-12 | Affymetrix, Inc. | Polymorphism detection |
DE4327365A1 (de) | 1993-08-14 | 1995-02-16 | Boehringer Mannheim Gmbh | Verwendung von Phenolen und Phenolderivaten als Arzneimittel mit fibrinogensenkender Wirkung |
US5470710A (en) | 1993-10-22 | 1995-11-28 | University Of Utah | Automated hybridization/imaging device for fluorescent multiplex DNA sequencing |
GB9401833D0 (en) | 1994-02-01 | 1994-03-30 | Isis Innovation | Method for discovering ligands |
GB9507238D0 (en) | 1995-04-07 | 1995-05-31 | Isis Innovation | Detecting dna sequence variations |
US6040139A (en) | 1995-09-19 | 2000-03-21 | Bova; G. Steven | Laser cell purification system |
US5661028A (en) | 1995-09-29 | 1997-08-26 | Lockheed Martin Energy Systems, Inc. | Large scale DNA microsequencing device |
JP2002515738A (ja) | 1996-01-23 | 2002-05-28 | アフィメトリックス,インコーポレイティド | 核酸分析法 |
AU2189397A (en) | 1996-02-08 | 1997-08-28 | Affymetrix, Inc. | Chip-based speciation and phenotypic characterization of microorganisms |
US5958957A (en) | 1996-04-19 | 1999-09-28 | Novo Nordisk A/S | Modulators of molecules with phosphotyrosine recognition units |
US5777324A (en) | 1996-09-19 | 1998-07-07 | Sequenom, Inc. | Method and apparatus for maldi analysis |
US5953727A (en) | 1996-10-10 | 1999-09-14 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Project-based full-length biomolecular sequence database |
WO1999005324A1 (en) | 1997-07-25 | 1999-02-04 | Affymetrix, Inc. | System for providing a polymorphism database |
US6211197B1 (en) | 1998-10-07 | 2001-04-03 | Merck Frosst Canada & Co. | Prostaglandin receptor ligands |
AU6936500A (en) | 1999-08-24 | 2001-03-19 | Regents Of The University Of California, The | Non-quinoline inhibitors of malaria parasites |
CA2391952C (en) | 1999-11-23 | 2012-01-31 | Methylgene Inc. | Inhibitors of histone deacetylase |
GB0023983D0 (en) | 2000-09-29 | 2000-11-15 | Prolifix Ltd | Therapeutic compounds |
JP4975941B2 (ja) | 2000-09-29 | 2012-07-11 | トポターゲット ユーケー リミテッド | (e)−n−ヒドロキシ−3−(3−スルファモイル−フェニル)アクリルアミド化合物及びその治療用途 |
EP1415987B1 (en) | 2000-10-20 | 2007-02-28 | Eisai R&D Management Co., Ltd. | Nitrogenous aromatic ring compounds as anti cancer agents |
DE60129043T2 (de) * | 2000-12-28 | 2008-02-21 | Epidauros Biotechnologie Ag | Identifizierung von genetischen determinanten der polymorphen cyp3a5 expression |
EP1407269B1 (en) * | 2001-06-22 | 2010-10-20 | Burkhard Jansen | A method for diagnosing a person having multiple sclerosis |
US7247426B2 (en) * | 2001-08-02 | 2007-07-24 | Agilent Technologies, Inc. | Classifying cancers |
ITMI20011733A1 (it) | 2001-08-07 | 2003-02-07 | Italfarmaco Spa | Derivati dell'acido idrossamico inibitori degli enzimi istone deacetilasi, quali nuovi farmaci antiinfiammatori inibenti la sintesi di citoc |
ES2371630T3 (es) * | 2001-08-21 | 2012-01-05 | Astellas Pharma Inc. | Uso medicinal de un inhibidor de histona desacetilasa y método para evaluar su efecto antitumoral. |
US20040142325A1 (en) * | 2001-09-14 | 2004-07-22 | Liat Mintz | Methods and systems for annotating biomolecular sequences |
JP2005516626A (ja) * | 2002-02-04 | 2005-06-09 | エピダウロス バイオテクノロジー アーゲー | Tpmtのヒト遺伝子における多型ならびに診断的適用および治療的適用におけるその使用方法 |
JPWO2003070691A1 (ja) | 2002-02-21 | 2005-06-09 | 財団法人大阪産業振興機構 | N−ヒドロキシカルボキサミド誘導体 |
US20060276547A1 (en) * | 2002-03-04 | 2006-12-07 | Bacopoulos Nicholas G | Methods of treating cancer with HDAC inhibitors |
US7371207B2 (en) * | 2002-04-12 | 2008-05-13 | Wyeth | Estrogen receptor α regulated gene expression, related assays and therapeutics |
JP3856734B2 (ja) * | 2002-06-28 | 2006-12-13 | 株式会社日立製作所 | 多発性硬化症に対するインターフェロン・ベータ薬物治療の有効性予測方法 |
KR20050034732A (ko) | 2002-08-02 | 2005-04-14 | 아젠터 디스커버리 리미티드 | 히스톤 디아세틸라제 억제제로서의 치환된티에닐-히드록사믹산 |
EP1400806A1 (en) | 2002-09-18 | 2004-03-24 | G2M Cancer Drugs AG | The use of molecular markers for the preclinical and clinical profiling of inhibitors of enzymes having histone deacetylase activity |
CA2519320A1 (en) | 2003-02-19 | 2004-09-02 | Astellas Pharma Inc. | Method of estimating antitumor effect of histone deacetylase inhibitor |
ATE488588T1 (de) * | 2003-03-10 | 2010-12-15 | Japan Science & Tech Agency | Verfahren zur kennzeichnung mesenchymaler stammzellen unter verwendung verschiedener marker |
BRPI0409227C1 (pt) | 2003-04-07 | 2021-05-25 | Axys Pharm Inc | composto, composição farmacêutica, uso de um composto e processo para a preparação de um composto de fórmula (i) |
EP2481814A3 (en) * | 2003-06-09 | 2012-10-10 | The Regents of the University of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
WO2005043161A2 (en) * | 2003-11-04 | 2005-05-12 | Roche Diagnostics Gmbh | Method for distinguishing leukemia subtypes |
CA2549324A1 (en) | 2003-12-12 | 2005-06-30 | Bayer Pharmaceuticals Corporation | Gene expression profiles and methods of use |
WO2005086891A2 (en) * | 2004-03-05 | 2005-09-22 | Rosetta Inpharmatics Llc | Classification of breast cancer patients using a combination of clinical criteria and informative genesets |
US20090239214A1 (en) * | 2004-07-30 | 2009-09-24 | Hongyue Dai | Prognosis of breast cancer patients |
DE102005011957A1 (de) * | 2005-03-14 | 2006-12-07 | Henkel Kgaa | Neues Haarbehandlungsmittel, enthaltend L-Carnitin oder L-Carnitinderivate |
CA2612021A1 (en) * | 2005-06-13 | 2006-12-28 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
WO2008095050A1 (en) | 2007-01-30 | 2008-08-07 | Pharmacyclics, Inc. | Methods for determining cancer resistance to histone deacetylase inhibitors |
UY34295A (es) | 2011-09-08 | 2013-04-30 | Servier Lab | Nuevo esquema de administración de la n-hidroxi -4- {2-[3- (n,ndimetilaminometil)benzofuran -2- ilcarbonilamino]etoxi}benzamida |
-
2008
- 2008-01-30 WO PCT/US2008/052540 patent/WO2008095050A1/en active Application Filing
- 2008-01-30 NZ NZ579048A patent/NZ579048A/en not_active IP Right Cessation
- 2008-01-30 US US12/022,977 patent/US7838234B2/en active Active
- 2008-01-30 CN CN2008800066641A patent/CN101657217B/zh active Active
- 2008-01-30 AU AU2008210421A patent/AU2008210421B2/en not_active Ceased
- 2008-01-30 CA CA 2677000 patent/CA2677000A1/en not_active Abandoned
- 2008-01-30 KR KR20097017869A patent/KR101483805B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2008-01-30 EA EA201201640A patent/EA201201640A1/ru unknown
- 2008-01-30 EA EA200900927A patent/EA017985B1/ru not_active IP Right Cessation
- 2008-01-30 EP EP15172858.1A patent/EP2993473A1/en not_active Withdrawn
- 2008-01-30 EP EP20080728620 patent/EP2107911A4/en not_active Withdrawn
- 2008-01-30 JP JP2009548433A patent/JP5670055B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2010
- 2010-10-05 US US12/898,314 patent/US9128096B2/en active Active
-
2014
- 2014-06-13 AU AU2014203224A patent/AU2014203224A1/en not_active Abandoned
- 2014-06-18 JP JP2014125267A patent/JP2014221049A/ja active Pending
-
2015
- 2015-07-27 US US14/810,081 patent/US20160160286A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20030166026A1 (en) * | 2002-01-09 | 2003-09-04 | Lynx Therapeutics, Inc. | Identification of specific biomarkers for breast cancer cells |
Cited By (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108138169A (zh) * | 2015-07-31 | 2018-06-08 | 国立大学法人北海道大学 | 抗Eva1蛋白质抗体 |
CN108138169B (zh) * | 2015-07-31 | 2021-07-06 | 国立大学法人北海道大学 | 抗Eva1蛋白质抗体 |
CN106467914A (zh) * | 2015-08-18 | 2017-03-01 | 华东理工大学 | 靶向人TSPAN8基因的siRNA及其应用 |
CN108367995A (zh) * | 2015-10-06 | 2018-08-03 | 安大略省癌症研究所 | 靶向组蛋白途径以检测和克服蒽环类抗生素耐受性 |
CN108367995B (zh) * | 2015-10-06 | 2021-08-27 | 安大略省癌症研究所 | 靶向组蛋白途径以检测和克服蒽环类抗生素耐受性 |
CN106755464A (zh) * | 2017-01-11 | 2017-05-31 | 上海易毕恩基因科技有限公司 | 用于筛选肠癌和/或胃癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途 |
WO2018129988A1 (zh) * | 2017-01-11 | 2018-07-19 | 上海易毕恩基因科技有限公司 | 用于检测肠癌的基因标志物的方法、用该方法筛选的基因标志物及其用途 |
CN109097466A (zh) * | 2018-09-21 | 2018-12-28 | 王赞鑫 | 与主动脉夹层疾病相关的snp位点及其应用 |
CN114829375A (zh) * | 2019-10-07 | 2022-07-29 | 维拉克塔附属公司 | 具有降低的副作用的hdac治疗的剂量 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20110053164A1 (en) | 2011-03-03 |
EP2107911A1 (en) | 2009-10-14 |
KR101483805B1 (ko) | 2015-01-16 |
US7838234B2 (en) | 2010-11-23 |
AU2008210421B2 (en) | 2014-03-13 |
CN101657217B (zh) | 2013-11-20 |
WO2008095050A1 (en) | 2008-08-07 |
JP5670055B2 (ja) | 2015-02-18 |
EA200900927A1 (ru) | 2010-04-30 |
US9128096B2 (en) | 2015-09-08 |
US20160160286A1 (en) | 2016-06-09 |
EP2107911A4 (en) | 2010-09-22 |
AU2008210421A1 (en) | 2008-08-07 |
EA201201640A1 (ru) | 2013-09-30 |
KR20090106417A (ko) | 2009-10-08 |
EP2993473A1 (en) | 2016-03-09 |
NZ579048A (en) | 2012-05-25 |
CA2677000A1 (en) | 2008-08-07 |
JP2014221049A (ja) | 2014-11-27 |
JP2010518811A (ja) | 2010-06-03 |
AU2014203224A1 (en) | 2014-07-10 |
EA017985B1 (ru) | 2013-04-30 |
US20090123374A1 (en) | 2009-05-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US7838234B2 (en) | Methods for determining cancer resistance to histone deacetylase inhibitors | |
ES2491222T3 (es) | Marcadores de expresión génica para el pronóstico de cáncer colorrectal | |
JP5219029B2 (ja) | 食道ガン及び食道ガン転移診断のための組成物及び方法 | |
CN101410532B (zh) | 用于检测癌症的尿基因表达比值 | |
CN108949990B (zh) | 一种检测egfr基因突变的试剂盒及方法 | |
JP4435259B2 (ja) | 微量胃癌細胞の検出法 | |
CN107743524A (zh) | 前列腺癌预后的方法 | |
CN113383085A (zh) | 用于分析核酸分子的方法和系统 | |
CN107916289B (zh) | 精子piRNA和精子蛋白MitoPLD作为检测和预测男性不育的生物标志物 | |
CN107076727A (zh) | 用于确定患者特定突变的致癌指数的方法和系统 | |
JP5527573B2 (ja) | Mcf7由来細胞 | |
RU2696114C2 (ru) | Способ диагностики рака молочной железы и рака яичников | |
EP2998408B1 (en) | Method for obtaining epigenetic cell information, method for determining cell characteristics, method for assessing drug sensitivity or selecting drug or immunotherapeutic agent variety, disease diagnosis method, self-replicating vector, assay kit, and analysis device | |
CN116024303A (zh) | 一种eml4-alk融合基因定量基因组rna标准物质及其制备方法 | |
WO2022022541A1 (zh) | Rbm10基因的用途 | |
CN110527726A (zh) | 用于非小细胞肺癌检测及分期判断的外泌体检测装置及应用 | |
Funasaka et al. | Mutation analysis of gastrointestinal stromal tumors using RNA obtained via endoscopic ultrasound-guided fine-needle aspiration | |
CN113929778A (zh) | 抗肌红蛋白的抗体以及试剂盒 | |
CN106460047A (zh) | 用于鉴定癌前结肠直肠息肉和结肠直肠癌的方法及试剂盒 | |
CN101126106A (zh) | 胃癌辅助诊断的基因序列及其应用 | |
US20090246787A1 (en) | Method and apparatus for determining chemosensitivity | |
EP4354143A1 (en) | Kit for diagnosis of cancer and use thereof | |
KR102331854B1 (ko) | 피부 노화 진단을 위한 신규한 바이오마커 | |
CN110512004A (zh) | 一种用于检测食管癌细胞迁移和侵袭能力的分子标志物及其应用 | |
AU2018100578A4 (en) | Method for detection & diagnosis of oral cancer in a sample |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
C06 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
C10 | Entry into substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
C14 | Grant of patent or utility model | ||
GR01 | Patent grant |