CN101442902A - 具有增强的农艺性状的转基因植物 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了具有重组DNA用于表达蛋白质的转基因植物细胞,所述蛋白质对于赋予转基因农作物植物增强的农艺性状有用。本发明还提供包括转基因植物细胞的转基因植物和后代种子,其中植物根据具有增强的性状进行选择,所述性状选自增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。还公开了用于制备具有增强的性状的转基因种子和植物的方法。
Description
与相关申请的交叉参考
本申请根据35USC§119(e)要求于2004年12月21日提交的美国临时申请序列号60/638,099和于2005年3月10日提交的美国临时申请序列号60/660,320的利益,所述2个临时申请引入本文作为参考。
序列表的引入
引入本文作为参考的序列表的2份拷贝(拷贝1和拷贝2)和序列表的计算机可读形式(CRF)全都在CD-ROMs上,它们各自包含名称为38-21(53720)B的文件,所述文件是33,897千字节(在MS-WINDOWS中测量)并于2005年12月13日创建。
计算机程序列表的引入
计算机程序列表文件夹hmmer-2.3.2和67pfamDir包含在光盘中,并整体引入本文作为参考。文件夹hmmer-2.3.2包含用于执行Pfam分析的HMMer软件的源代码和其他相关文件。文件夹67pfamDir包含67Pfam隐马尔可夫模型。2个文件夹于2005年12月13日在磁盘上创建,总大小为7.7兆字节(在MS-WINDOWS中测量)。
发明领域
本文公开的是植物遗传学与发育生物学领域的发明。更具体而言,本发明提供了具有用于在转基因植物中提供增强的性状的重组DNA的植物细胞,包括此类细胞的植物,来源于此类植物的种子和花粉,制备及使用此类细胞、植物、种子和花粉的方法。
发明背景
具有改良的农艺性状例如产量、环境应激耐受性、害虫抗性、除草剂耐受性、改良的种子组成等的转基因植物是农民和消费者都需要的。尽管植物育种中的大量努力已提供了所需性状的显著收益,但将特定DNA导入植物基因组的能力为产生具有改良和/或独特性状的植物提供了进一步的机会。只将重组DNA导入植物基因组不总是产生具有增强的农艺性状的转基因植物。需要从群体中选择个别转基因事件的方法以鉴别其特征为增强的农艺特性的那些转基因事件。
发明概述
本发明采用重组DNA用于表达对赋予转基因植物增强的农艺特性有用的蛋白质。本发明中的重组DNA在包括启动子的构建体中提供,所述启动子在植物细胞中起作用并且与DNA可操作地连接,所述DNA编码在序列中具有至少一个氨基酸结构域的蛋白质,所述氨基酸结构域对于与如表28鉴别的Pfam名称组中由Pfam名称鉴别的蛋白质结构域家族的氨基酸序列比对超过Pfam聚集截止值。在本发明更具体的实施方案中,在植物细胞中表达的蛋白质具有的氨基酸序列与共有氨基酸序列群中的共有氨基酸序列具有至少90%的同一性,所述共有氨基酸序列群由关于SEQ ID NO:84构建的共有氨基酸序列和表2中列举的其同源物,以及关于SEQ ID NO:166构建的共有氨基酸序列和表2中列举的其同源物组成。在本发明再更具体的实施方案中,植物细胞中表达的蛋白质是选自表1中鉴别的蛋白质群的蛋白质。
本发明的其他方面具体涉及包括本发明的重组DNA的转基因植物细胞、包括多个此类植物细胞的转基因植物、来自此类植物的后代转基因种子和转基因花粉。通过在群体中筛选转基因植物与不具有所述重组DNA的对照植物相比增强的性状,从转基因植物群体中选择此类植物细胞,所述转基因植物群体从用重组DNA转化的植物细胞再生并表达蛋白,其中所述增强的性状选自增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。
在本发明的再一方面,植物细胞、植物、种子和花粉进一步包括表达蛋白质的DNA,所述蛋白质提供来自暴露于除草剂的耐受性,所述除草剂以对野生型所述植物细胞致死的水平应用。此类耐受性不仅在此类植物中作为有利性状特别有用,还在本发明方法的选择步骤中有用。在本发明的方面中此类除草剂的试剂是草甘膦、麦草畏或草铵膦化合物。
本发明的再其他方面提供对于重组DNA纯合的转基因植物,和来自玉米、大豆、棉花、低芥酸菜子、苜蓿、小麦或稻植物的本发明的转基因种子。在阿根廷用于实践本发明的各种方面的其他重要实施方案中,重组DNA在来源于玉米系的植物细胞中提供,所述玉米系是并维持对Mal de Rio Cuarto病毒或高粱柄锈菌(Puccina sorghi)真菌或两者的抵抗力。
本发明还提供了用于制备非天然的、转基因种子的方法,所述转基因种子可以用于生产一批具有增强的性状的转基因植物,所述增强的性状由稳定整合的重组DNA表达产生,所述重组DNA表达在序列中具有至少一个氨基酸结构域的蛋白质,所述氨基酸结构域对于与表28鉴别的Pfam名称组中由Pfam名称鉴别的蛋白质结构域家族的氨基酸比对超过Pfam聚集截止值。更具体而言,该方法包括(a)在植物群体中筛选增强的性状和重组DNA,其中在群体中的个体植物可以显示的性状水平低于、基本上等于或高于所述性状在不表达所述重组DNA的对照植物中显示的水平,(b)从群体中选出一种或多种植物,它们显示的性状水平大于所述性状在对照植物中显示的水平,(c)证实重组DNA稳定整合在所述选择的植物中,(d)分析所选植物的组织以确定生产的蛋白质具有由SEQ ID NO:1-83之一的序列中核苷酸编码的蛋白质的功能;和(e)收集来自所选植物的种子。在本发明的一个方面,群体中的植物进一步包括表达蛋白质的DNA,所述蛋白质提供针对暴露于除草剂的耐受性,所述除草剂以对野生型植物细胞致死的水平应用,并且选择通过用除草剂例如草甘膦、麦草畏或草铵膦化合物处理群体来实现。在本发明的另一方面,通过鉴别具有增强的性状的植物来选择植物。该方法对于制备玉米、大豆、棉花、苜蓿、小麦或稻种子特别有用。
本发明的另一方面提供了生产杂交玉米种子的方法,其包括从除草剂耐受性玉米植物中获得杂交玉米种子,所述玉米植物还具有稳定整合的重组DNA,所述重组DNA包括(a)在植物细胞中起作用并且(b)与DNA可操作地连接的启动子,所述DNA编码在序列中具有至少一个氨基酸结构域的蛋白质,所述氨基酸结构域对于与表28鉴别的Pfam名称组中由Pfam名称鉴别的蛋白质结构域家族的氨基酸比对超过Pfam聚集截止值。该方法进一步包括由所述杂交玉米种子生产玉米植物,其中由所述杂交玉米种子产生的植物的一部分对于所述重组DNA是纯合的,由所述杂交玉米种子产生的植物的一部分对于所述重组DNA是半合子的,并且由所述杂交玉米种子产生的所述植物的一部分没有一种所述重组DNA;通过用除草剂处理选择对于所述重组DNA是纯合和半合子的玉米植物;收集来自除草剂处理存活的玉米植物的种子并种植所述种子以产生进一步的后代玉米植物;将选择和收集步骤重复至少一次以产生近交玉米系;并使近交玉米系与第二种玉米系杂交以生产杂交种子。
本发明的另一方面提供了选择包括本发明植物细胞的植物的方法,其通过使用免疫反应性抗体检测重组DNA表达的蛋白质在种子或植物组织中的存在来实现。本发明的再一方面提供防伪的研磨种子,其具有作为来源指示的本发明的植物细胞。
本发明的再其他方面涉及具有增强的水利用效率或增强的氮利用效率的转基因植物。例如,本发明提供无需灌溉水培育玉米、棉花或大豆农作物的方法,其包括种植具有本发明的植物细胞的种子,所述种子根据增强的水利用效率进行选择。可替代的方法包括在玉米农作物生产过程中应用减少的灌溉水,例如提供最高达300毫米的地下水。本发明还提供了无需添加氮肥料培育玉米、棉花或大豆农作物的方法,其包括种植具有本发明的植物细胞的种子,所述种子根据增强的氮利用效率进行选择。
发明详述
如本文所使用的,“植物细胞”指用稳定整合、非天然的重组DNA转化的植物细胞,例如通过土壤杆菌属(Agrobacterium)介导的转化或通过使用重组DNA包被的微粒轰击或其他方法。本发明的植物细胞可以是作为微生物或作为后代植物细胞存在的最初转化的植物细胞,或来源于后代转基因植物的种子或花粉,所述后代植物细胞再生为分化的组织,例如再生为具有稳定整合、非天然重组DNA的转基因植物。
如本文所使用的,“转基因植物”指其基因组已通过重组DNA的稳定整合而改变的植物。转基因植物包括由最初转化的植物细胞再生的植物,和来自转化植物的较后世代或杂交的后代转基因植物。
如本文所使用的,“重组DNA”指已基因工程改造并在细胞外构建的DNA,包括包含天然存在的DNA或cDNA的DNA或合成DNA。
如本文所使用的,“共有序列”指在同源蛋白质氨基酸序列比对的保守区域中的人工氨基酸序列,例如,如由同源蛋白质的氨基酸序列的CLUSTALW比对确定的。
如本文所使用的,“同源物”指执行相同生物学功能的蛋白质群中的蛋白质,例如属于相同Pfam蛋白质家族并在本发明的转基因植物中提供共同的增强的性状的蛋白质。同源物由同源基因表达。同源基因包括天然存在的等位基因和人工生成的变体。遗传密码的简并提供下列可能性:不导致基因产生的多肽氨基酸序列的改变而用不同碱基置换该基因的蛋白质编码序列的至少一个碱基。因此,在本发明中有用的多核苷酸可以具有从SEQ ID NO:1到SEQ ID NO:83已根据遗传密码简并置换进行改变的任何碱基序列。同源物是在最佳比对时在全长蛋白质上具有至少60%同一性的蛋白质,更优选约70%或更高,更优选至少80%并且甚至更优选至少90%的同一性,所述全长蛋白质被鉴定为与在植物细胞中表达时赋予增强的性状相关联。同源物包括氨基酸序列与本文公开的蛋白质和同源物的共有氨基酸序列具有至少90%同一性的蛋白质。
通过氨基酸序列比较鉴别同源物,例如人工或通过使用基于计算机的工具,所述工具使用基于同源性的已知搜索算法,例如通常已知并称为BLAST、FASTA和Smith-Waterman的那些。局部序列比对程序例如BLAST,可以用于搜索序列数据库以找到相似序列,并且汇总的期望值(E值)用于测量序列碱基相似性。因为具有特定生物的最佳E值的蛋白质命中不必是直向同源物或唯一的直向同源物,所以在本发明中使用交互查询以过滤对于直向同源物鉴别具有显著E值的命中序列。交互查询需要搜索针对来自基础生物的氨基酸序列数据库的显著命中,它类似于查询蛋白质的序列。当交互查询的最佳命中是查询蛋白质自身或由物种形成后的重复基因编码的蛋白质时,命中的可能是直向同源物。本发明的进一步的方面包括功能性同源物蛋白质,作为保守氨基酸置换的结果它们在一个或多个氨基酸方面不同于公开的蛋白质的那些,例如在下列氨基酸中的置换:酸性(带负电荷的)氨基酸例如天冬氨酸和谷氨酸;碱性(带正电荷的)氨基酸例如精氨酸、组氨酸和赖氨酸;中性极性氨基酸例如甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺;中性非极性(疏水)氨基酸例如丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和甲硫氨酸;具有脂族侧链的氨基酸例如甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸;具有脂族-羟基侧链的氨基酸例如丝氨酸和苏氨酸;具有包含酰胺的侧链的氨基酸例如天冬酰胺和谷氨酰胺;具有芳族侧链的氨基酸例如苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸;具有碱性侧链的氨基酸例如赖氨酸、精氨酸和组氨酸;具有含硫侧链的氨基酸例如半胱氨酸和甲硫氨酸;天然保守的氨基酸例如缬氨酸-亮氨酸、缬氨酸-异亮氨酸、苯丙氨酸-酪氨酸、赖氨酸-精氨酸、丙氨酸-缬氨酸、天冬氨酸-谷氨酸、和天冬酰胺-谷氨酰胺。在本发明转基因植物中有用的DNA编码的同源物的进一步方面是作为在天然序列中一个或多个氨基酸缺失或插入的结果与公开的蛋白质不同的那些蛋白质。
如本文所使用的,“百分比同一性”指2个最佳比对的DNA或蛋白质区段在组分例如核苷酸序列或氨基酸序列比对窗口自始自终不变的程度。关于测试序列和参考序列的比对区段的“同一性分数”是通过比对窗口由2个比对区段序列共有的相同组分的数目除以参考区段中序列组分的总数目,所述总数目是完整的测试序列或完整的参考序列中的较小者。“百分比同一性”(“同一性%”)是同一性分数乘100。
如本文所使用的,“Pfam”指覆盖许多共同蛋白质家族的多重序列比对和隐马尔可夫模型的大集合,例如Pfam版本18.0(2005年8月)包含用于7973个蛋白质家族的比对和模型并且基于Swissprot 47.0和SP-TrEMBL 30.0蛋白质序列数据库。参见S.R.Eddy,“Profile HiddenMarkov Models”,Bioinformatics 14:755-763,1998。Pfam目前由PfamConsortium维持和更新。比对代表对蛋白质功能有牵连的某些进化保守结构。由Pfam比对建立的分布型(Profile)隐马尔可夫模型(分布型HMMs)对于自动识别属于现有蛋白质家族的新蛋白质有用,即使通过比对的同源性看起来低。一旦一种DNA鉴别为编码在转基因植物中表达时赋予增强的性状的蛋白质,就通过针对隐马尔可夫模型查询候选DNA编码的蛋白质氨基酸序列鉴别在相同蛋白质家族中的其他DNA编码蛋白质,所述模型使用HMMER软件表征Pfam结构域,其通用版本在附加的计算机列表中提供。满足特定Pfam比对的聚集截止值的候选蛋白质在蛋白质家族中,并且具有在构建用于本发明的植物细胞的重组DNA中有用的同源DNA。附加的计算机列表中还包括了伴随HMMER软件使用的隐马尔可夫模型数据库,用于鉴别在关于本发明的植物细胞中的重组DNA的共同Pfam中表达蛋白质的DNA。HMMER软件和Pfam数据库是版本18.0并用于鉴别对应于SEQID NO:84-SEQ ID NO:166氨基酸序列的蛋白质中的已知结构域。编码通过本文公开的Pfam分析得分高于表27中公开的聚集截止值的蛋白质的所有DNA都可以在本发明植物细胞的重组DNA中使用,例如用于选择具有增强的农艺性状的转基因植物。如下文更具体地公开的,在本发明中使用的相关Pfams是AAA、AP2、Aldo ket red、α淀粉酶、Aminotran 12、Ank、ArfGap、Asn合酶、BRO1、CBFD NFYBHMF、过氧化氢酶、CorA、Cpn60 TCP1、半胱氨酸蛋白酶抑制剂、DNA光解酶、DSPc、DUF1685、DUF296、Di19、E2F TDP、FAD结合7、FA去饱和酶、FBPase、GAF、GATA、GATase 2、Glyco hydrol、乙二醛酶、Gotl、HATPase c、HSF DNA-结合、HSP20、HisK A、同源异型框、Hpt、异淀粉酶N、K-框、内酰胺酶B、Metallophos、MtN3slv、NAF、NAM、NIF、Oxidored FMN、PAS、PDZ、PRA1、肽酶C15、肽酶S10、肽酶S41、光敏色素、Peinase、Pkinase Tyr、吡哆醛deC、RIO1、RRM 1、RTC、RTC插入片段、Ras、应答reg、SPC25、SPX、SRF-TF、小突触小泡蛋白、UPF0057、zf-C2H2、和zf-C3HC4,其数据库包括在附加的计算机列表中。
如本文所使用的“启动子”指用于起始转录的调节DNA。“植物启动子”是无论其起源是否是植物细胞都能够在植物细胞中起始转录的启动子,例如众所周知的是土壤杆菌属启动子在植物细胞中起作用。因此,植物启动子包括从植物、植物病毒和细菌例如土壤杆菌属和慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)细菌获得的启动子DNA。在发育控制下的启动子的实例包括优先起始在特定组织例如叶、根或种子中的转录的启动子。此类启动子称为“组织优选的”。只起始在特定组织中的转录的启动子称为“组织特异性的”。“细胞类型”特异性启动子主要驱动在一种或多种器官的特定细胞类型,例如根或叶中的血管细胞中的表达。“诱导型”或“阻抑型”启动子是在环境控制下的启动子。可以影响通过诱导型启动子的转录的环境条件的实例包括缺氧条件、或特定化学药品、或光的存在。组织特异性的、组织优选的、细胞类型特异性、和诱导型启动子构成“非组成型”启动子类别。“组成型”启动子是在大多数条件下有活性的启动子。
如本文所使用的,“可操作地连接”指在DNA构建体中结合2个或更多个DNA片段,从而使得一种例如编码蛋白质的DNA的功能受另一种例如启动子的控制。
如本文所使用的,“表达”指产生,例如当其同源DNA转录为mRNA,mRNA翻译成蛋白质时,蛋白质在植物细胞中表达。
如本文所使用的,“对照植物”指不包含重组DNA的植物,所述重组DNA表达赋予增强的性状的蛋白质。对照植物用于鉴别并选择具有增强的性状的转基因植物。适当的对照植物可以是用于产生转基因植物的亲本系的非转基因植物,即缺乏重组DNA。适当的对照植物在某些情况下是半合子转基因植物系的后代,它不包含重组DNA,称为阴性分离子。
如本文所使用的,“增强的性状”指转基因植物的特征,它包括但不限于,特征为增强的植物形态学、生理学、生长和发育、产量、营养增强、疾病或害虫抗性、或环境或化学药品耐受性的增强的农艺性状。在本发明的更具体的方面,增强的性状选自增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。在本发明的重要方面,增强的性状是增强的产量,包括在非应激条件下增加的产量和在环境应激条件下增加的产量。应激条件可以包括例如干旱、阴凉、真菌病、病毒病、细菌病、昆虫侵扰、线虫侵扰、冷温度暴露、热暴露、渗透性应激、减少的氮营养物利用率、减少的磷营养物利用率和高植物密度。“产量”可以受许多性质影响,包括但不限于,植物高度、荚果数目、在植物上的结荚位置、节间数目、裂果(pod shatter)发生率、粒度、结瘤和固氮作用的效率、营养物同化作用的效率、针对生物和非生物应激的抗性、碳同化作用、植物结构、抗倒伏性、种子发芽百分数、幼苗活力、和幼年性状。产量还可受发芽效率(包括在应激条件下的发芽)、生长速率(包括在应激条件下的生长速率)、谷穗数目、每个谷穗的种子数目、种子大小、种子组成(淀粉、油、蛋白质)和种子充填的特征的影响。
本发明转基因植物增加的产量可以以多种方法测量,包括测试重量、每株植物的种子数目、种子重量、每单位面积的种子数目(即,每英亩的种子、或种子重量)、每英亩的蒲式耳、每英亩的公吨、每英亩的吨、每公顷的公斤。例如,玉蜀黍产量可以根据每单位生产面积生产的玉米粒测量,例如每英亩的蒲式耳或每公顷的公吨,通常在调整湿度的基础上报告,例如在15.5百分数湿度上。增加的产量还可由关键生物化学化合物的改善利用产生,所述化合物例如氮、亚磷和碳水化合物,或者由环境应激的改善应答产生,所述环境应激例如冷、热、干旱、盐、和害虫或病原体攻击。在本发明中使用的重组DNA还可用于提供具有改善的生长和发育以及最终增加的产量的植物,作为植物生长调节剂的修饰的表达、或细胞周期或光合作用途径的修饰的结果。有意义的还有产生转基因植物,它就种子组分而言证实了增强的产量,所述种子组分可以对应或可以不对应总体植物产量的增加。此类性质包括种子油、种子分子例如生育酚、蛋白质和淀粉、或油特别是油组分的增强,如可以通过种子组分比率的改变证明的。
本发明的核分子的子集包括公开的重组DNA的片段,其由至少15个、优选至少16或17、更优选至少18或19、并甚至更优选至少20个或更多个邻接核苷酸的寡核苷酸组成。此类寡核苷酸是具有选自SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:83的序列的较大分子的片段,并且可用作例如用于检测本发明多核苷酸的探针和引物。
在本发明的某些实施方案中,产生天然基因的显性失活突变体以达到所需作用。如本文所使用的,“显性失活突变体”指其基因产物不利地影响相同细胞中正常、野生型基因产物的突变基因,通常通过与其二聚化(组合)。在聚合分子例如胶原的情况下,显性失活突变体通常比导致不产生基因产物的突变(无效突变或无效等位基因)更有害。SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7被构建为分别编码缺失了K-框的agl11蛋白质和缺失了MAD框的MADs3蛋白质。类似于AGL11的MADS框蛋白质可以视为具有3个功能结构域。存在N末端DNA结合结构域(MADS框)、更远端的二聚化结构域(K-框)和C末端结构域,它通常涉及与其他蛋白质的相互作用。在植物中,MADS框和K-框之间的区域已显示在某些蛋白质中对于DNA结合是重要的并且通常称为I-框(Fan等人,1997)。考虑了几种不同类别的显性失活构建体。DNA结合结构域的缺失或灭活可以产生蛋白质,它能够与其天然全长配对物以及其他天然二聚化配对物二聚化。同样地,C末端结构域的去除可以允许与天然蛋白质及其天然二聚化配对物二聚化。在2种情况下,这些类型的构建体使得靶蛋白以及能够与K-框相互作用的任何其他蛋白质失去能力。
在本发明的其他实施方案中,构建组成型活性突变以达到所需作用。SEQ ID NO:3只编码来自依钙蛋白激酶(CDPK)的激酶结构域。CDPK1具有的结构域结构类似于其他依钙蛋白激酶,其中蛋白激酶结构域通过42个氨基酸的“间隔区”区域与4个EF手型结构域分开。认为依钙蛋白激酶由钙诱导的构象变化激活,所述构象变化导致自身抑制性结构域从蛋白激酶活性位点移开(Yokokura等人,1995)。因此组成型活性蛋白质可以通过只超表达蛋白质激酶结构域来制备。
DNA构建体使用本领域普通技术人员众所周知的方法进行装配,并且一般包括与DNA可操作地连接的启动子,其表达提供增强的农艺性状。其他构建体组分可以包括另外的调节元件,例如用于增强转录的5’前导序列(leasder)和内含子、3’非翻译区(例如多腺苷酸化信号和位点)、用于转运的DNA或信号肽。
在植物细胞中有活性的众多启动子已在文献中得到描述。这些包括在植物基因组中存在的启动子以及来自其他来源的启动子,包括在根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)肿瘤诱导性质粒上携带的胭脂碱合酶(NOS)启动子和章鱼碱合酶(OCS)启动子、花椰菜花叶病毒启动子例如花椰菜花叶病毒。例如,参见美国专利号5,858,742和5,322,938,它公开了来源于花椰菜花叶病毒的组成型启动子的版本(CaMV35S),美国专利5,641,876,它公开了稻肌动蛋白启动子,美国专利申请公开2002/0192813A1,它公开了在有效的植物表达载体设计中有用的5’、3’和内含子元件,美国专利申请序列号09/757,089,它公开了玉蜀黍叶绿体醛缩酶启动子,美国专利申请序列号08/706,946,它公开了稻谷蛋白启动子;美国专利申请序列号09/757,089,它公开了玉蜀黍醛缩酶(FDA)启动子,以及美国专利申请序列号60/310,370,它公开了玉蜀黍nicotianamine合酶启动子,所述专利全部引入本文作为参考。在植物细胞中起作用的这些以及众多其他启动子是本领域技术人员已知的并且可在本发明的重组多核苷酸中用于提供在转基因植物细胞中表达所需基因。
在本发明的某些方面,在植物种子组织中的充分表达是完成种子组成中的改良所需的。用于种子组成修饰的示例性启动子包括来自种子基因例如油菜籽蛋白(美国专利5,420,034)、玉米醇溶蛋白Z27和谷蛋白1(Russell等人(1997)Transgenic Res.6(2):157-166),和过氧化物氧还蛋白抗氧化剂(Perl)(Stacy等人(1996)Plant MolBiol.31(6):1205-1216)、玉蜀黍L3油质蛋白(U.S.6,433,252)、球蛋白1(Belanger等人(1991)Genetics129:863-872)的启动子。
在本发明的其他方面,在植物绿色组织中的优先表达是所需的。用于此类用途的目的启动子包括来自基因的那些,例如鼠耳芥fArabidopsis thaliana)核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶(Rubisco)小亚基(Fischhoff等人(1992)Plant Mol Biol.20:81-93)、醛缩酶和丙酮酸正磷酸二激酶(PPDK)(Taniguchi等人(2000)Plant Cell Physiol.41(1):42-48)。
此外,启动子可以被改变以包含多重“增强子序列”以帮助提高基因表达。此类增强子是本领域已知的。通过在此类构建体中包含增强子序列,可以增强所选蛋白质的表达。这些增强子通常在真核细胞中起作用的启动子的转录起始的5’发现,但通常可以插入编码序列的上游(5’)或下游(3’)。在某些情况下,这些5’增强元件是内含子。作为增强子特别有用的是稻肌动蛋白1(参见美国专利5,641,876)和稻肌动蛋白2基因的5’内含子、玉蜀黍乙醇脱氢酶基因内含子、玉蜀黍热休克蛋白70基因内含子(美国专利5,593,874)和玉蜀黍shrunken1基因。
在本发明的其他方面,需要在植物种子组织中的充分表达以完成种子组成的改良。用于种子组成修饰的示例性启动子包括来自种子基因的启动子,例如油菜籽蛋白(U.S.5,420,034)、玉蜀黍L3油质蛋白(U.S.6,433,252)、玉米醇溶蛋白Z27(Russell等人(1997)TransgenicRes.6(2):157-166)、球蛋白1(Belanger等人(1991)Genetics129:863-872)、谷蛋白1(Russell(1997)同上)、和过氧化物氧还蛋白抗氧化剂(Perl)(Stacy等人(1996)Plant Mol Biol.31(6):1205-1216)。
根据本发明制备的重组DNA构建体通常还将包括3’元件,它一般包含多腺苷酸化信号和位点。众所周知的3’元件包括来自根癌土壤杆菌基因的那些,例如引入本文作为参考的U.S.6,090,627中公开的nos 3’、tml 3’、tmr 3’、tms 3’、ocs 3’、tr73’;来自植物基因例如小麦(普通小麦(Triticum aesevitum))热休克蛋白17(Hsp173’)、小麦遍在蛋白基因、小麦果糖-1,6-二磷酸酶基因、稻谷蛋白基因稻乳酸脱氢酶基因和稻β微管蛋白基因的3’元件,所有这些都在引入本文作为参考的美国公开专利申请2002/0192813 A1中公开;和豌豆(Pisumsativum)核酮糖二磷酸羧化酶基因(rbs 3’),和来自宿主植物中的基因的3’元件。
构建体和载体还可包括用于将基因靶靶向植物细胞器,特别是叶绿体、白色体或其他质体细胞器的转运肽。关于叶绿体转运肽使用的描述参见引入本文作为参考的美国专利5,188,642和美国专利号5,728,925。关于在本发明中有用的鼠耳芥EPSPS基因的转运肽区域的描述,参见Klee,H.J.等人(MGG(1987)210:437-442)。
包括或来源于用重组DNA转化的本发明植物细胞的转基因植物可以进一步用堆积性状增强,例如农作物植物具有的由本文公开的DNA表达产生的增强的性状,与除草剂和/或害虫抗性性状组合。例如,本发明的基因可以与其他农艺目的性状堆积,例如提供除草剂抗性或昆虫抗性的性状,例如使用来自苏云金芽孢杆菌(Bacillusthuringensis)的基因以提供针对鳞翅昆虫、鞘翅昆虫(coliopteran)、同翅昆虫、半翅昆虫(hemiopteran)和其他昆虫的抗性。其转基因植物耐受性已证实以及可以应用本发明方法的除草剂包括,但不限于,草甘膦、麦草畏、草铵膦、磺酰脲类、溴苯腈和达草灭除草剂。编码涉及除草剂耐受性的蛋白质的多核苷酸分子是本领域众所周知的,并且包括,但不限于,美国专利5,094,945;5,627,061;5,633,435和6,040,497中公开的、赋予草甘膦耐受性的编码5-烯醇式丙酮基莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)的多核苷酸分子;美国专利5,463,175中公开的编码草甘膦氧化还原酶(GOX)的多核苷酸分子,和美国专利申请公开2003/0083480A1中公开的、同样赋予草甘膦耐受性的草甘膦-N-乙酰转移酶(GAT);美国专利申请公开2003/0135879A1中公开的、赋予麦草畏耐受性的麦草畏单加氧酶;美国专利4,810,648中公开的、赋予溴苯腈耐受性的编码溴苯腈腈水解酶(Bxn)的多核苷酸分子;Misawa等人,(1993)Plant J.4:833-840和Misawa等人,(1994)Plant J.6:481-489中描述的、关于达草灭耐受性的编码八氢番茄红素去饱和酶(crtl)的多核苷酸分子;Sathasiivan等人(1990)Nucl.AcidsRes.18:2188-2193中描述的、赋予对磺酰脲类除草剂耐受性的编码乙酰羟酸合酶(AHAS,aka ALS)的多核苷酸分子;DeBlock,等人(1987)EMBO J.6:2513-2519中公开的、赋予草铵膦和双丙氨酰膦耐受性的称为bar基因的多核苷酸分子;美国专利申请公开2003/010609 A1中公开的、赋予N氨基甲基膦酸耐受性的多核苷酸分子;美国专利6,107,549中公开的、赋予吡啶除草剂抗性的多核苷酸分子;赋予多重除草剂例如草甘膦、莠去津、ALS抑制剂、isoxoflutole和草铵膦除草剂耐受性的分子和方法公开于美国专利6,376,754和美国专利申请公开2002/0112260中,所有所述美国专利和专利申请公开都引入本文作为参考。赋予昆虫/线虫/病毒抗性的分子和方法公开于美国专利5,250,515;5,880,275;6,506,599;5,986,175和美国专利申请公开2003/0150017 A1中,所有所述专利引入本文作为参考。
在具体实施方案中,本发明人预期了与本文公开的蛋白质结合的单克隆或多克隆抗体的用途。制备和表征抗体的方法是本领域众所周知的(参见,例如Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring HarborLaboratory,1988;引入本文作为参考)。产生单克隆抗体(mAbs)的方法一般根据与制备多克隆抗体的那些相同的路线开始。简言之,多克隆抗体通过用依照本发明的免疫原性组合物免疫动物并收集来自免疫动物的抗血清来制备。广泛范围的动物物种可以用于生产抗血清。一般地,用于生产抗血清的动物是兔、小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠或山羊。因为兔的血量相对较大,所以兔是生产多克隆抗体的优选选择。
如本领域众所周知的,给定组合物在其免疫原性方面可以不同。因此通常必须加强宿主的免疫系统,如可以通过将肽或多肽免疫原与载体偶联来完成。示例性和优选的载体是匙孔血蓝蛋白(KLH)和牛血清清蛋白(BSA)。其他清蛋白例如卵清蛋白、小鼠血清清蛋白或兔血清清蛋白也可用作载体。使多肽与载体蛋白缀合的方法是本领域众所周知的并且包括使用戊二醛、间-马来酰亚胺苯甲酰基-N-羟基琥珀酰亚胺酯、碳二亚胺和bis-biazotized联苯胺。
如本领域众所周知的,特定免疫原组合物的免疫原性可以通过使用称为佐剂的非特异性免疫应答刺激物增强。示例性和优选的佐剂包括完全弗氏佐剂(包含杀死的结核分枝杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)的非特异性免疫应答刺激物)、不完全弗氏佐剂和氢氧化铝佐剂。
用于生产多克隆抗体的免疫原组合物的量依免疫原的性质以及用于免疫接种的动物而变。多种途径可以用于施用免疫原(皮下、肌内、皮内、静脉内和腹膜内)。多克隆抗体的生产可以通过免疫动物在免疫接种后各个点上的抽样血液来监控。还可以给予第二次加强注射。重复加强和滴定过程直至达到合适滴度。当获得所需免疫原性水平时,可以对免疫的动物抽血并分离且贮存血清,和/或动物可以用于生产mAbs。
通过使用众所周知的技术可以容易地制备mAbs,例如引入本文作为参考的美国专利号4,196,265中例示的那些。一般地,这项技术涉及用所选免疫原组合物,例如纯化或部分纯化的抗真菌蛋白、多肽或肽免疫合适的动物。免疫组合物以有效刺激抗体生产性细胞的方式施用。啮齿类动物例如小鼠和大鼠是优选的动物,然而,兔、羊或青蛙细胞的使用也是可能的。大鼠的使用可以提供一定的优点(Goding,1986,第60-61页),但小鼠是优选的,BALB/c小鼠是最优选的,因为这是最常规使用的并且一般给出更高百分比的稳定融合物。
免疫接种后,选择具有生产抗体潜力的体细胞,特别是B淋巴细胞(B细胞)在mAb生产方案中使用。这些细胞从活组织检查的脾、扁桃体或淋巴结,或从外周血样品中获得。优选脾细胞和外周血细胞,前者是因为它们是成浆细胞分裂阶段中的抗体生产性细胞的丰富来源,并且后者是因为外周血易于获得。通常,一组动物将是已免疫的并且将取出具有最高抗体滴度的动物脾,并通过用注射器使脾匀浆来获得脾淋巴细胞。一般地,来自免疫的小鼠的脾包含大约5×107-2×108的淋巴细胞。
来自免疫的动物的抗体生产性B淋巴细胞随后与无限增殖骨髓瘤细胞的细胞融合,所述无限增殖骨髓瘤细胞一般是与被免疫的动物相同物种的。适合用于杂交瘤生产性融合操作的骨髓瘤细胞系优选是非抗体生产性的,具有高融合效率,并且具有致使它们不能在特定选择性培养基上生长的酶缺陷,所述选择性培养基只支持所需融合细胞(杂交瘤)生长。
众多骨髓瘤细胞中的任何一种都可使用,如本领域技术人员已知的(Goding,1986,第65-66页;Campbell,1984,第75-83页)。例如,当免疫的动物是小鼠时,人们可以使用P3-X63/Ag8、X63-Ag8.653、NS1/1.Ag41、Sp210-Ag14、FO、NSO/U、MPC-11、MPC11-X45-GTG1.7和S194/5XX0Bul;对于大鼠,人们可以使用R210.RCY3、Y3-Ag1.2.3、IR983F和4B210;并且U-266、GM1500-GRG2、LICR-LON-HMy2和UC729-6均在人细胞融合方面有用。
一种优选的鼠类骨髓瘤细胞是NS-1骨髓瘤细胞系(也称为P3-NS-1-Ag4-1),它通过要求细胞系保藏号GM3573从NIGMS HumanGenetic Mutant Cell Repository容易获得。可以使用的另一种小鼠骨髓瘤细胞系是8-氮鸟嘌呤抗性小鼠鼠类骨髓瘤SP2/0非生产者细胞系。
用于产生抗体生产性脾或淋巴结细胞与骨髓瘤细胞的杂交体的方法通常包括使体细胞与骨髓瘤细胞以2:1的比率混合,尽管在促进细胞膜融合的一种或多种试剂(化学或电)的存在下,比率可以分别为约20:1到约1:1。使用Spend病毒的融合方法(Kohler和Milstein,1975;1976),以及使用聚乙二醇(PEG),例如37%(v/v)PEG的那些(Gefter等人,1977)已得到描述。使用电诱导的融合方法也是适当的(Goding,1986,第71-74页)。
融合方法通常以低频率产生能存活的杂交体,约1×10-6-1×10-8。然而,这不造成问题,因为通过在选择性培养基中培养可以将能存活的、融合的杂交体与亲本、未融合的细胞(特别是未融合的骨髓瘤细胞,它将通常继续无限地分裂)区分开。选择性培养基一般是包含阻断组织培养基中核苷酸从头合成的试剂。示例性和优选试剂是氨基蝶呤、氨甲蝶呤和重氮丝氨酸。氨基蝶呤和氨甲蝶呤阻断嘌呤和嘧啶的从头合成,而重氮丝氨酸只阻断嘌呤合成。当使用氨基蝶呤或氨甲蝶呤时,培养基补加了次黄嘌呤和胸苷作为核苷酸来源(HAT培养基)。当使用重氮丝氨酸时,培养基补加了次黄嘌呤。
优选的选择性培养基是HAT。只有能够操作核苷酸补救途径的细胞能够在HAT培养基中存活。骨髓瘤细胞在补救途径的关键酶例如次黄嘌呤转磷酸核糖基酶(HPRT)上有缺陷,并且它们不能存活。B细胞可以操作这个途径,但它们在培养中具有有限的寿命并且一般在约2周内死亡。因此可以在选择性培养基中存活的唯一细胞是由骨髓瘤和B细胞形成的那些杂交体。
这种培养提供杂交瘤群体,从中可以选择特定的杂交瘤。一般地,杂交瘤的选择如下进行:通过在微量滴定板中单个克隆稀释培养细胞,随后测试个别克隆上清液(约2-3周后)的所需反应性。测定应该是灵敏、简单且快速的,例如放射免疫测定、酶免疫测定、细胞毒性测定、噬菌斑测定、免疫酶斑测定等。
选择的杂交瘤随后可以系列稀释并克隆到个别的抗体生产性细胞系中,其克隆可以随后无限地繁殖以提供mAbs。可以采用细胞系以2种基本方式生产mAb。杂交瘤的样品可以注射(通常注射到腹膜腔内)到组织相容性动物类型中,所述动物用于提供最初融合的体细胞和骨髓瘤细胞。注射的动物发展出分泌特定单克隆抗体的肿瘤,所述抗体由融合的细胞杂交体产生。随后可以抽取动物的体液,例如血清或腹水,以提供高浓度的mAbs。个别细胞系还可在体外培养,其中mAbs天然分泌到培养基中,从中它们可以容易地以高浓度获得。如果需要,通过任一方法产生的mAbs可以使用过滤、离心和各种色谱法例如HPLC或亲和色谱进一步纯化。
植物细胞转化方法
用重组DNA转化植物细胞的众多方法是本领域已知的并且可以在本发明中使用。用于植物转化的2种常用方法是土壤杆菌属介导的转化和微粒轰击。微粒轰击方法在美国专利5,015,580(大豆);5,550,318(玉米);5,538,880(玉米);5,914,451(大豆);6,160,208(玉米);6,399,861(玉米)和6,153,812(小麦)中说明,并且土壤杆菌属介导的转化在美国专利5,159,135(棉花);5,824,877(大豆);5,591,616(玉米);和6,384,301(大豆)中描述,所有专利都引入本文作为参考。对于基于根癌土壤杆菌的植物转化系统,在转化构建体上存在的另外元件将包括T-DNA左和右边界序列以促进重组多核苷酸整合到植物基因组中。
一般而言,在靶植物系的基因组中随机即在非特异性位置导入重组DNA是有用的。在特殊情况下,靶向重组DNA插入片段可以是有用的,以实现位点特异性整合,例如代替基因组中的现有基因,使用植物基因组中现有的启动子,或在已知对于基因表达有活性的预定位点插入重组多核苷酸。现有的已知对植入物起作用的几种位点特异性重组系统包括如美国专利4,959,317中公开的cre-lox,以及如美国专利5,527,695中公开的FLP-FRT,两个所述专利都引入本文作为参考。
本发明的转化方法优选在培养基上和控制环境中的组织培养中实践。“培养基”指众多营养物混合物,它们用于体外培养细胞,即在完整活生物之外。受体细胞靶包括,但不限于,分生组织细胞,愈伤组织,未成熟胚和配子细胞例如小孢子、花粉、精子和卵细胞。预期的是由其可以再生能育植物的任何细胞用作受体细胞。愈伤组织可以从组织来源开始,包括,但不限于,未成熟胚、幼苗顶端分生组织、小孢子等。能够作为愈伤组织增殖的细胞也是用于遗传转化的受体细胞。用于制备本发明转基因植物的实际转化方法和材料,例如各种培养基和受体靶细胞,未成熟胚细胞的转化和后续能育的转基因植物的再生公开于美国专利6,194,636和6,232,526中,它们引入本文作为参考。
可以从能育的转基因植物收获转基因植物的种子并且可以用于培育本发明的转化植物的后代,包括用于选择具有增强的性状的植物的杂交植物系。除了用重组DNA直接转化植物外,通过使具有重组DNA的第一种植物与缺乏DNA的第二种植物杂交可以制备转基因植物。例如,重组DNA可以导入顺应转化以生产转基因植物的第一种植物系中,所述第一种植物系可以与第二种植物系杂交以使重组DNA基因渐渗到第二种植物系中。具有提供增强的性状例如增强的产量的重组DNA的转基因植物可以与具有赋予另一种性状例如除草剂抗性或害虫抗性的其他重组DNA的转基因植物系杂交,以生产具有赋予2种性状的重组DNA的后代植物。一般地,在关于组合性状的此类育种中,供给另外性状的转基因植物是雄性系,并且携带基础性状的转基因植物是雌性系。将分离这种杂交的后代,从而使得某些植物将携带关于2种亲本性状的DNA,并且某些将携带关于一种亲本性状的DNA;此类植物可以通过与亲本重组DNA结合的标记鉴别,例如通过分析重组DNA的标记鉴别,或在其中选择标记连接至重组体的情况下,通过应用选择试剂,例如与除草剂耐受性标记一起使用的除草剂,或通过选择增强的性状。携带2种亲本性状的DNA的后代植物可以与雌性亲本系多次回交,例如通常为6-8代,以产生具有与一种最初转基因亲本系基本上相同的基因型但具有另一种转基因亲本系的重组DNA的后代植物。
在转化实践中,在任何一个转化实验中DNA一般只导入小百分比的靶植物细胞。标记基因用于提供鉴别那些细胞的有效系统,所述细胞通过在其基因组中接受和整合转基因DNA构建体稳定转化。优选的标记基因提供选择标记,所述选择标记赋予针对选择试剂,例如抗生素或除草剂的抗性。本发明植物对其可以是抗性的任何除草剂是选择标记的有用试剂。潜在转化的细胞暴露于选择剂。在存活细胞群体中的将是其中抗性赋予基因一般以足够水平整合并表达以允许细胞存活的那些细胞。可以测试细胞以进一步证实外源DNA的稳定整合。通常使用的选择标记基因包括赋予对抗生素抗性的那些,所述抗生素例如卡那霉素和巴龙霉素(nptII)、潮霉素B(aph IV)和庆大霉素(aac 3和aacCA),或针对除草剂例如草铵膦(bar或pat)和草甘膦(aroA或EPSPS)的抗性。此类选择的实例在美国专利5,550,318;5,633,435;5,780,708和6,118,047中说明,所有专利引入本文作为参考。提供视觉鉴别转化体的能力的选择标记也可以采用,例如表达有色或荧光蛋白质例如萤光素酶或绿色荧光蛋白(GFP)的基因,或表达β葡糖醛酸糖苷酶的基因或其各种显色底物是已知的uidA基因(GUS)。
暴露于选择剂存活的植物细胞或在筛选测定法中已评分为阳性的植物细胞,可以在再生培养基中培养并允许成熟为植物。由转化的植物细胞再生的发展中的小植物可以转移至植物生长混合物,并在转移至用于成熟的温室或生长室之前使其受冷而变得耐寒,例如在约85%相对湿度、600ppm CO2和25-250微爱因斯坦(microeinsteins)m-2s-1光的环境控制的室中。取决于最初组织,在鉴别出转化体后约6周-10个月再生出植物。可以使用本领域技术人员已知的常规植物育种方法给植物授粉并且产生种子,例如自花传粉通常对转基因玉米使用。可以测试再生的转化植物或其后代种子或植物的重组DNA表达并选择增强的农艺性状的存在。
转基因植物和种子
将来源于本发明植物细胞的转基因植物培育至产生与对照植物相比具有增强的性状的转基因植物,并产生本发明的转基因种子和单倍体花粉。通过在转化的植物或后代种子中选择增强的性状来鉴别具有增强的性状的此类植物。关于效率,设计选择方法以评估包括重组DNA的多重转基因植物(事件),例如来自2-20个或更多转基因事件的多重植物。从本文提供的转基因种子培育的转基因植物证实有助于增加产量的改良的农艺性状,或提供增加的植物价值,包括例如改良的种子质量的其他性状。特别感兴趣的是具有增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油的植物。
表1提供了编码蛋白质的DNA(“基因”)列表,它用作生产具有增强的农艺性状的转基因植物的重组DNA,表1的元件通过参考下列来描述:
“PEP SEQ”鉴别SEQ ID NO:84-166的氨基酸序列。
“NUC SEQ”鉴别SEQ ID NO:1-83的DNA序列。
“基础载体”鉴别用于转化重组DNA的基础质粒。
“蛋白质名称”是由重组DNA编码的蛋白质的俗名。
“增强的性状”鉴别由蛋白质在转基因农作物植物中表达赋予的增强的性状。
“质粒ID”鉴别关于植物转化质粒的任意名称,包括用于在植物细胞中表达重组DNA的重组DNA。
表1
PEPSEQIDNO | NUCSEQIDNO | 基础载体 | 蛋白质名称 | 增强的性状 | 质粒ID |
84 | 1 | pMON65154 | 乳酰谷胱苷肽裂合酶 | 增强的种子蛋白质 | pMON69462 |
85 | 2 | pMON72472 | rab7c | 增强的耐寒性 | pMON69456 |
86 | 3 | pMON65154 | CDPK激酶结构域 | 增强的水利用效率 | pMON67754 |
87 | 4 | pMON72472 | SCOF-1 | 增强的水利用效率和增强的耐寒性 | pMON72494 |
88 | 5 | pMON72472 | 聚球蓝细菌属物种(Synechococcus sp.)PCC6301δ9去饱和酶 | 增加的产量、增强的耐寒性和增强的水利用效率 | pMON68399 |
89 | 6 | pMON72472 | 鼠耳芥agl11 δ K-框 | 改善的耐寒性 | pMON73765 |
90 | 7 | pMON72472 | 稻MADS3 δ MADS-框-L37528 | 增强的耐寒性 | pMON73829 |
91 | 8 | pMON72472 | 玉米MADS框蛋白质110 | 增强的氮利用效率和增强的耐寒性 | pMON73816 |
92 | 9 | pMON72472 | 鼠耳芥同源结构域转录因子- | 增强的耐寒性 | pMON75305 |
93 | 10 | pMON72472 | 鼠耳芥AP2结构域转录因子 | 增强的耐寒性 | pMON75306 |
94 | 11 | pMON72472 | 鼠耳芥GATA结构域转录因子 | 增强的耐寒性 | pMON75309 |
95 | 12 | pMON72472 | 鼠耳芥AT-钩状结构域转录因子- | 增强的耐寒性 | pMON75312 |
96 | 13 | pMON72472 | 稻DET1-样-BAB16336 | 增强的氮利用效率和增强的耐寒性 | pMON80270 |
97 | 14 | pMON72472 | 大豆G482-样1 | 增强的水利用效率 | pMON76342 |
98 | 15 | pMON72472 | 鼠耳芥假设蛋白[NM_114802] | 增强的耐寒性 | pMON79174 |
99 | 16 | pMON72472 | 玉米假设蛋白 | 增强的耐寒性 | pMON79413 |
100 | 17 | pMON72472 | 大豆Pra2-样蛋白质2 | 增强的氮利用效率 | pMON75511 |
101 | 18 | pMON72472 | 土壤杆菌属隐花色素-样蛋白质-AE008050 | 增强的耐寒性 | pMON75515 |
102 | 19 | pMON72472 | 稻SNF1-样蛋白质9[OsPK4]-AB011967 | 增强的氮利用效率、增强的水利用效率、增加的产量 | pMON80542 |
103 | 20 | pMON72472 | 玉米sNF1-样蛋白质3 | 增强的水利用效率和增强的氮利用效率 | pMON78949 |
104 | 21 | pMON72472 | 玉米SNF1-样蛋白质8 | 增强的耐寒性和增强的水利用效率 | pMON78936 |
105 | 22 | pMON72472 | 玉米Rubisco激活酶2 | 增加的产量、增强的耐寒性和增强的氮利用效率 | pMON75524 |
106 | 23 | pMON72472 | NLI相互作用同工型T1- | 增强的耐寒性和增加的产量 | pMON79163 |
107 | 24 | pMON72472 | 玉蜀黍小突触小泡蛋白相关序列1- | 增强的耐寒性条件和增加的产量 | pMON75533 |
108 | 25 | pMON72472 | 玉蜀黍镁转运蛋白mrs2-1-样1序列 | 增强的氮利用效率和增加的产量 | pMON79709 |
109 | 26 | pMON72472 | 类似于结瘤蛋白MtN3蛋白质的玉米蛋白质 | 增强的水利用效率 | pMON79422 |
110 | 27 | pMON72472 | 玉米乙二醛酶II同工酶 | 增强的耐寒性 | pMON79425 |
111 | 28 | pMON72472 | 玉米RNA3-末端磷酸环化酶-样蛋白质 | 增强的耐寒性 | pMON79718 |
112 | 29 | pMON72472 | 稻Di19样序列 | 增强的耐寒性 | pMON79447 |
113 | 30 | pMON72472 | 大豆MAP激酶6样2序列 | 增强的耐寒性 | pMON78232 |
114 | 31 | pMON72472 | Ralstonia metallidurans谷氨酸脱羧酶 | 增强的耐寒性和增强的氮利用效率 | pMON75980 |
115 | 32 | pMON72472 | 稻HSF5样序列 | 增强的水利用效率 | pMON80489 |
116 | 33 | pMON72472 | 大豆hsp17.4样1序列 | 增强的耐寒性和增强的水利用效率 | pMON79697 |
117 | 34 | pMON72472 | 玉米的推定吡咯烷酮羧肽酶 | 增强的水利用效率 | pMON78237 |
118 | 35 | pMON72472 | 鼠耳芥E2F | 增强的耐寒性、增强的氮利用效率 | pMON80461 |
119 | 36 | pMON72472 | 鼠耳芥蛋白质磷酸酶1A | 增强的耐寒性 | pMON78235 |
120 | 37 | pMON72472 | 鼠耳芥CtpA | 增强的耐寒性和增强的水利用效率 | pMON80452 |
121 | 38 | pMON74532 | 鼠耳芥CtpA | 增加的产量 | |
122 | 39 | pMON72472 | 类似于鼠耳芥可能的微粒体信号肽酶的玉米蛋白质 | 增强的耐寒性 | pMON80500 |
123 | 40 | pMON72472 | [稻(Oryza sativa)]的推定醛糖还原酶 | 增强的氮利用效率 | pMON80850 |
124 | 41 | pMON72472 | 玉蜀黍(Zea Mays)激酶II(类似于酵母IKS1和At MRK1) | 增加的种子蛋白质 | pMON78949 |
125 | 42 | pMON72472 | 果糖-1-6-二磷酸酶 | 增加的产量 | pMON81853 |
126 | 43 | pMON72472 | 大豆G1928样1 | 增加的种子蛋白质 | pMON83769 |
127 | 44 | pMON74532 | 集胞蓝细菌属物种(Synechocystis sp.)6803 Hik 19 | 增加的产量 | pMON78911 |
128 | 45 | pMON72472 | 集胞蓝细菌属物种6803 Hik 19 | 增加的产量 | |
129 | 46 | pMON72472 | 鼠耳芥NAC结构域转录因子 | 增加的产量 | pMON73787 |
130 | 47 | pMON72472 | 酵母丙氨酸转氨酶1-AAB67593 | 增加的产量和增强的氮利用效率 | pMON77895 |
131 | 48 | pMON72472 | 大豆过氧化氢酶-样1 | 增加的产量 | pMON79152 |
132 | 49 | pMON72472 | 玉米ALG-2相互作用蛋白质 | 增加的产量 | pMON80921 |
133 | 50 | pMON72472 | 推定的丝氨酸羧肽酶 | 增加的产量 | pMON75505 |
134 | 51 | pMON72472 | 推定的锚蛋白样蛋白质- | 增加的产量 | pMON80925 |
135 | 52 | pMON72472 | 推定的激酶样蛋白质- | 增加的产量 | pMON78942 |
136 | 53 | pMON72472 | 推定的蛋白质- | 增加的产量 | pMON79164 |
137 | 54 | pMON72472 | 酵母YPR45W/asn1-U40829 | 增加的产量 | pMON79653 |
138 | 55 | pMON72472 | 稻AtHSP17.6A样1序列 | 增加的产量 | pMON81228 |
139 | 56 | pMON72472 | 酵母YDL123w | 增加的产量 | pMON79430 |
140 | 57 | pMON72472 | 稻12-oxophytodienoate还原酶样1序列 | 增加的产量 | pMON79731 |
141 | 58 | pMON72472 | 大豆MAP激酶6样3序列 | 增加的产量 | pMON78229 |
142 | 59 | pMON72472 | 鼠耳芥GAD1 | 增加的产量 | pMON79696 |
143 | 60 | pMON74532 | 鼠耳芥GAD1 | ||
144 | 61 | pMON72472 | 大豆hsp17.4样4序列 | 增加的产量 | pMON78240 |
145 | 62 | pMON72472 | 玉蜀黍hsp60样4序列 | 增加的产量 | pMON80283 |
146 | 63 | pMON72472 | 大豆dsPTP1 | 增加的产量 | pMON80866 |
147 | 64 | pMON72472 | 酵母GLC3糖原分支酶 | 增加的产量 | pMON80292 |
148 | 65 | pMON72472 | 鼠耳芥未知蛋白质 | 增加的产量 | pMON82223 |
149 | 66 | pMON72472 | β-D-葡糖苷酶 | 增加的产量 | pMON83553 |
150 | 67 | pMON72472 | 未知蛋白质1 | 增加的产量 | pMON81857 |
151 | 68 | pMON72472 | 醛氧化酶 | 增加的产量 | pMON82218 |
152 | 69 | pMON72472 | 玉米假设蛋白 | 在冷应激下改善的生长 | pMON78227 |
153 | 70 | pMON72472 | 玉米假设蛋白 | 在冷应激下改善的生长 | pMON78904 |
154 | 71 | pMON72472 | 鼠耳芥半胱氨酸蛋白酶抑制剂 | 增加的产量 | pMON78920 |
155 | 72 | pMON82053 | 鼠耳芥半胱氨酸蛋白酶抑剂 | 增加的产量 | pMON92646 |
156 | 73 | pMON72472 | 鼠耳芥假设蛋白 | 在冷应激下改善的生长 | pMON78922 |
157 | 74 | pMON72472 | 酵母SNF1-A26030 | 在低氮、干旱和/或冷应激下改善的生长 | pMON78948 |
158 | 75 | pMON72472 | 大豆SNF1-样蛋白质1 | 增加的产量 | pMON79660 |
159 | 76 | pMON72472 | 大豆SNF1-样蛋白质2 | 增强的氮利用效率、增强的水利用效率、增加的产量 | pMON78931 |
160 | 77 | pMON72472 | 大豆G1760 | 增加的产量和增强的水利用效率 | pMON82645 |
160 | 77 | 大豆G1760 | 增加的产量 | pMON74470 | |
161 | 78 | pMON72472 | 稻乙二醛酶II | 增加的产量 | pMON79665 |
162 | 79 | pMON72472 | 玉米OsPK7-样 | 增强的氮利用效率、增强的水利用效率、增加的产量 | pMON82629 |
163 | 80 | pMON75432 | 含有鼠耳芥phyC内含子1的稻phyA | 增加的产量 | pMON81344 |
164 | 81 | pMON82060 | 稻G975样1 | 在冷应激下改善的生长 | |
165 | 82 | 玉米光敏色素A | 增加的产量 | pMON74916 | |
166 | 83 | 鼠耳芥G1760 | 增加的产量 | pMON73957 |
具有增强的农艺性状的转基因植物的选择方法
在用重组DNA转化的植物细胞再生的转基因植物群体中,比产生种子和后代植物的能育的转基因植物活得长的许多植物将不显示增强的农艺特性。从群体选择必需鉴别一种或多种转基因植物细胞,它们可以提供具有增强的性状的植物。具有增强的性状的转基因植物选自再生或来源于如本文所述转化的植物细胞的植物群体,这通过在多种测定中评估植物以检测增强的性状,例如增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。这些测定还可以采取多种形式,包括,但不限于,在温室或田间试验中直接筛选性状或通过筛选替代性状。此类分析可以涉及检测植物化学组成、生物量、生理性质、形态学中的改变。化学组成中例如谷粒的营养组成的改变可以通过分析种子组成和蛋白质含量、游离氨基酸、油、游离脂肪酸、淀粉或生育酚来检测。生物量特征中的改变可以对温室或田间生长植物进行,并且可以包括植物高度、茎直径、根和枝条干重;和,对于玉米植物,谷穗长度和直径。生理性质中的改变可以通过评估针对应激条件的应答来鉴定,例如使用施加的应激条件例如水分亏缺、缺氮、寒冷生长条件、病原体或昆虫攻击或光缺乏、或增加的植物密度的测定。形态学中的改变可以通过目视观察具有增强的农艺性状的转化植物看起来也是正常植物,与朝向丛状分枝、更高、更厚、更狭窄的叶、有条纹的叶、具节的性状、缺绿症、白化、花色素苷产生、或改变的雄花穗、谷穗或根的改变比较的趋势。其他选择性质包括花粉释放的天数、抽丝的天数、叶伸展速率、叶绿素含量、叶温度、直立、幼苗活力、节间长度、植物高度、叶数目、叶面积、分蘖、支柱根、保持绿色(stay green)、茎倒伏、根倒伏、植物健康状况、不育/多育、绿色植物突然折断(green snap)和害虫抗性。另外,可以评估收获的谷粒的表型特征,包括谷穗上每行的谷粒数目、谷穗上谷粒的行数、谷粒败育、谷粒重量、谷粒大小、谷粒密度和物理谷粒质量。尽管本发明的植物细胞和方法可以应用于任何植物细胞、植物、种子或花粉,例如任何果实、蔬菜、草、树或观赏植物,但本发明的各个方面优选应用于玉米、大豆、棉花、低芥酸菜子、苜蓿、小麦和稻植物。在许多情况下,本发明应用于对来自Mal de Rio Cuarto病毒或高粱柄锈菌真菌或两者的疾病有固有抗性的玉米植物。
包括下列实施例以证实本发明的方面,根据本公开内容,本领域技术人员应当理解,在不背离本发明的精神和范围的情况下,可在公开的具体方面进行许多改变并且仍获得相同或相似结果。
实施例1.植物表达构建体
A.用于玉米转化的植物表达构建体
这个实施例说明了用于将重组DNA转化到植物细胞中的质粒的构建,所述植物细胞能够再生为本发明的转基因植物。在编码序列的起始和终止密码子处或附近设计用于PCR扩增重组DNA的蛋白质编码核苷酸的引物,以消除大部分5’和3’非翻译区。编码表1中鉴别的蛋白质的每种重组DNA在插入如表1中参考的基础载体之一的插入位点中之前通过PCR进行扩增。
使用GATEWAYTM Destination植物表达载体系统(从InvitrogenLife Technologies,Carlsbad,CA获得)建造基础植物转化载体pMON65154用于制备转化到玉米组织中的重组DNA。参考下表3中描述的元件和SEQ ID NO:10024,pMON65154包括选择标记表达盒和模板重组DNA表达盒。标记表达盒包括与编码新霉素磷酸转移酶II的基因(nptII)可操作地连接的CaMV 35S启动子,随后为根癌土壤杆菌胭脂碱合酶基因(nos)的3’区。模板重组DNA表达盒定位与标记表达盒尾部对尾部。模板重组DNA表达盒包括5’调节DNA,其包括稻肌动蛋白1启动子、外显子和内含子,随后为重组DNA的GATEWAYTM插入位点,随后为马铃薯蛋白酶抑制剂II(pinII)基因的3’区。一旦重组DNA已插入到插入位点中,质粒就对于植物转化有用,例如通过微粒轰击。
表3
构建类似的基础载体质粒pMON72472(SEQ ID NO:10025)在土壤杆菌属介导的植物转化方法中使用,所述载体质粒类似于pMON65154,只是除了(a)在模板重组DNA表达盒中的5’调节DNA是稻肌动蛋白启动子和稻肌动蛋白内含子,(b)加入来自土壤杆菌属的左和右T-DNA边界序列,右边界序列位于稻肌动蛋白1启动子的5’,并且左边界序列位于35S启动子的3’,和(c)加入DNA以促进质粒在大肠杆菌和根癌土壤杆菌中的复制。在T-DNA边界序列外加入质粒的DNA包括在土壤杆菌属中起作用的oriV广泛宿主范围的DNA复制起点,在大肠杆菌中起作用的pBR322复制起点,和在大肠杆菌和土壤杆菌属中用于选择的壮观霉素/链霉素抗性基因。
使用本领域已知的技术装配表4中举例说明的另一基础载体pMON82060(SEQ ID NO:10026)。
表4
B.用于大豆转化的植物表达载体
还制备了在大豆转化中使用的质粒。下表5中显示了示例性共同表达载体质粒pMON74532(SEQ ID NO:10027)的元件。
表5
使用本领域已知的技术装配表6中举例说明的另一基础载体pMON82053(SEQ ID NO:10028)。
表6
在插入位点插入载体之前通过PCR扩增重组DNA的蛋白质编码区段。在编码序列的起始和终止密码子处或附近设计用于PCR扩增的引物,以消除大部分5’和3’非翻译区。
实施例2.玉米转化
这个实施例说明了在生产本发明的转基因玉米植物细胞、植物、种子和花粉中有用的植物细胞转化方法,以及具有增强的性状的转基因玉米植物和种子的生产和鉴别,所述增强的性状即增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。通过将表1中鉴别的DNA克隆到鉴别的基础载体中制备质粒载体,以用于玉米植物细胞的玉米转化中以生产转基因玉米植物和后代植物、种子和花粉。
对于土壤杆菌属介导的玉米胚细胞转化,将容易转化的玉米植物系(命名为LH59)在温室中培育,并且当胚长度为1.5-2.0mm时收获谷穗。通过喷雾或将谷穗浸泡在80%乙醇中,随后风干来表面灭菌谷穗。从表面灭菌的谷穗上的个别谷粒分离出未成熟胚。在接种玉蜀黍细胞前,土壤杆菌属细胞在室温下生长过夜。未成熟的玉蜀黍胚细胞在切割后很快用土壤杆菌属接种,并在室温下与土壤杆菌属一起温育5-20分钟。未成熟胚植物细胞随后与土壤杆菌属在23℃在黑暗中共培养1-3天。将共培养的胚转移至选择培养基并培养大约2周,以允许胚发生愈伤组织发育。胚发生愈伤组织转移至包含100mg/L巴龙霉素的培养基中并在约2周的时间间隔进行传代培养。在选择开始后6-8周回收转化的植物细胞。
对于土壤杆菌属介导的玉蜀黍愈伤组织的转化,未成熟胚在切割后培养大约8-21天以允许愈伤组织发育。愈伤组织随后在室温下与土壤杆菌属悬浮液一起温育约30分钟,随后通过抽吸去除液体。愈伤组织和土壤杆菌属不加选择地共培养3-6天,随后通过对巴龙霉素选择大约6周,每两周一次转移至新鲜培养基,并且巴龙霉素抗性愈伤组织鉴别为在表达盒中包含重组DNA。
对于通过微粒轰击的转化,在轰击前3-4天分离并培养未成熟的玉蜀黍胚。在微粒轰击前,制备金颗粒悬浮液,在其上沉淀所需重组DNA表达盒。如美国专利5,550,318和6,399,861中所述,使用放电粒子加速基因递送装置将DNA导入玉蜀黍细胞中。在微粒轰击后,组织在黑暗中在27℃培养。用于制备本发明转基因植物的另外的转化方法和材料,例如,各种培养基和受体靶细胞、未成熟胚的转化和后续能育的转基因植物的再生公开于美国专利6,194,636和6,232,526以及美国专利申请序列号09/757,089中,其引入本文作为参考。
为了再生转基因玉米植物,由转化产生的转基因植物细胞的愈伤组织置于培养基上以起始小植物的枝条发育,所述小植物转移至盆栽土壤以在生长室中在26℃起始生长,随后为喷雾苗床,之后移植至5英寸罐中,在其中植物生长至成熟。再生的植物自体受精并收获种子以用于在一种或多种方法中选择种子、幼苗或后代第二代转基因植物(R2植物)或杂交体,例如通过与对照植物比较选择显示增强的性状的转基因植物。
转基因玉米植物细胞用来自表1中鉴别的每种基因的重组DNA转化。如实施例5中报告的,筛选后代转基因植物和转化的植物细胞的种子的增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。
实施例3.大豆转化
这个实施例说明了在生产本发明的转基因大豆植物中有用的植物转化,以及具有下列特性的转基因大豆的转基因种子的生产和鉴别:增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。
对于土壤杆菌属介导的转化,大豆种子发芽过夜并切下分生组织外植体。分生组织和外植体置于创伤容器中。大豆外植体和诱导的土壤杆菌属细胞在种子发芽开始后不迟于14小时混合,并且使用超声处理进行创伤,所述土壤杆菌属细胞来自包含具有目的基因盒和植物选择标记盒的质粒DNA的菌株。创伤后,外植体置于共培养中2-5天,在这个点上它们转移至选择培养基6-8周,以允许选择和培育转基因枝条。大约6-8周收获性状阳性枝条并置于选择性生根培养基中2-3周。生根的枝条转移至温室并在土壤中进行盆载。对选择保持健康但不产生根的枝条转移至非选择性生根培养基另外2周。对来自中止选择产生根的任何枝条的根测试植物选择标记的表达,之后将它们转移至温室并土壤中进行盆载。另外,如引入本文作为参考的美国专利5,015,580中所述,DNA构建体可以通过粒子轰击转移至大豆细胞基因组中,并且细胞再生为能育的大豆植物。
用来自表1中鉴别的每种基因的重组DNA转化转基因大豆植物细胞。如实施例5中报告的,筛选后代转基因植物和转化的植物细胞种子的增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。
实施例4.同源物鉴别
这个实施例说明了表1中鉴别的DNA编码的蛋白质同源物的鉴别,它用于提供具有增强的农艺性状的转基因种子和植物。从来自同源物的序列中,可以鉴别同源DNA序列以用于制备本发明的具有增强的农艺性状的另外的转基因种子和植物。
使用有所有权的序列数据库和国家生物技术信息中心(NationalCenter for Biotechnology Information)(NCBI)非冗余氨基酸数据库(nr.aa)构建已知蛋白质序列的“所有蛋白质数据库”。对于从中获得本文提供的多核苷酸序列的每种生物,构建生物的已知蛋白质序列的“生物蛋白质数据库”;它是基于生物的NCBI分类学ID的所有蛋白质数据库的子集。
使用NCBI“blastp”程序,E值截止值1e-8,使用本文提供的氨基酸序列如SEQ ID NO:84-SEQ ID NO:166查询所有蛋白质数据库。记录最高达1000的最高命中并通过生物名称分开。对于除查询序列的生物以外的每种生物,记录来自查询生物自身的命中列表,其具有比生物的最佳命中更显著的E值。列表包含本文提供的多核苷酸的可能的重复基因,并称为核心列表。另一列表记录来自每种生物的所有命中,通过E值分选,并称为命中列表。
使用NCBI“blastp”程序,E值截止值1e-4,使用本文提供的多肽序列如SEQ ID NO:84-SEQ ID NO:166查询生物蛋白质数据库。记录最高达1000的最高命中。基于这些命中构建BLAST可检索数据库,并称为“SubDB”。使用NCBI“blastp”程序,E值截止值1e-8,使用命中列表中的每种序列查询SubDB。具有最佳E值的命中与来自相应生物的核心列表比较。如果命中属于核心列表,则认为它是可能的直向同源物,否则就认为它不是可能的直向同源物,并且不在相同生物的命中列表中进一步检索序列。通过SEQ ID NO:167-SEQ ID NO:10023的氨基酸序列鉴别并报告来自大量不同生物的同源物。在表2中鉴别了SEQ ID NO:84-166的蛋白质以及SEQ ID NO:167-10023的同源物之间的这些关系。对于每种同源物的来源生物见序列表。
表2
PEP SEQ ID NO:同源物 SEQ ID NOs
84:4274 4007 7537 1472 2465 1788 1873 8538 2486 2101 2090
3705
513 7264 6280 4902 2624 8820 1614 5907 8247 2717 4147
5559
1631 7278 6566 6687 2116 9018 192 2002 5150 322 6314
6458
6281 1285 7292 4226 4543 2496 9903 1478 554 5383 7751
2484
4954 7695 5821 6271 3339 443 8542 1561 2321 5876 6877
3452
2879 3497 2097 4257 7449 7281 3708 4513 2001 4425 9319
4133
6686 2146 9698 1036 2026 1292 5566 181 6951 9794 2439
2621
5202 878 8081 1392 1950 9999 4392 2121 7824 2367 5102
6717
1541 9444 7051 529 4096 602 8266
85: 1163 3954 9565 5913 8096 1310 3871 3019 2926 1456 2770
4461
2570 5099 7946 3700 9665 1600 7270 7312 6531 9978 8803
8920
4917 6067 6352 6902 2025 2516 4213 9446 8483 5404 2213
4311
3724 9926 9599 3835 727 8396 190 3701 7478 706 4038
7149
5413 1538 8094 9467 7385 7520 7275 3299 3658
86: 2511 2513 7067 7055 5647 9608 9399 4420 9867 4564 2527
7769
2323 347 6509 2052 5258 4504 5363 3847 329 7133 1751
3243
8135 4767 5558 2719 6177 6161 6180 1606 3066 514 7725
4747
2868 3953 3995 9218 8245 1471 1050 4602 9788 5705 1043
87: 7338 2565 1372 619 8819 7803 7216 9263 8478 7286 2051
8010
4629 2569 8521 7659 6081 6080 2727 1944 5731 7616 8198
8166
6312 9586 2010 7801 4694 4265 3928 9925 1675 6099 5725
1040
5933 270 4135 6356 8593 7015 3351 9045 5105 9655 3874
5951
2184 7921 9476 3408 7095 1214 9077 3211 7050 7106 4788
3534
3093 7715
88: 9004 8450 3918 3721 516 8506 8664 3458 6365 2464 1564
4322
7760 3673 7547 2603 8146 1755 7919 4542 436 2278 4913
2453
9651 2319 3659 678 4640 3600 4171 1156 1807 5765 6619
2992
354 8233 2386 9454 9453 8837 1238 6971 7874 6538 8258
1371
1609 3120 3437 8825 7158 5623 1313 7335 6137 3691 8239
415
7580 5147 8818 6282 4612 543 6639 9686 7662 7683 7682
7664
5278 5260 8016 2558 2566 2530 9515 5921 8962 3892 7174
6793
表2(续)
6936 6938 8284 5225 9323 2932 4932 5328 6697 6602 5109
9625
1876 7435 7758 1719 662 6913 4095 5563 4919 8188 6804
360
9790 7742 7745 2584 8776 8004 862 6690 8757 5193 6618
9595
225 4815 5192 1055 4061 4017 9781 9955 8231 1254 5944
4087
8234 319 1180 4631 9258 6546 699 3498 866 588 189
4577
1244 5332 3952 9818 2700 9827 6958 7167 3762 9259 3504
4434
4968 3204 8580 1077 5275 9915 1474 9160 1653 2701 1637
5350
5299 1843 4178 10018 7040 2894 2821 5624 680 9370 7560
4573
2144 6813 6722 3689 6721 3373 8902 6656 8928 8462 1336
9106
6956 220 3196 221 6118 4162 7171 9683 3870 4094 8343
8342
213 904 6335 8822 2482 3806 1766 2692 9038 384 9008
9007
3843 2040 7982 9001 9002 4781 606 4807 4852 5595 1509
1018
8100 8751 6816 9347 8346
89:9376 7987 7994 8028 8008 9732 7256 7258 6605 6606 7280
3139
9607 7439 6711 9237 9236 6585 1956 1982 1979 7291 7290
1200
8901 7293 7295 7315 7297 7279 6624 6601 6622 6584 6583
6387
7341 9612 264 2843 1637 3217 3243 9476 3306 6206 600
6598
6675 9922 4296 3753 4899 6243 4253 4128 8555 2069 9831
3105
6073 6074 6075 7571 9157 3157 7568 8071 7565 5977 4467
7244
1849 7820 7235 3250 6000 1058 6372 9381 7369 4775 4109
609
9998 9373 6579 6559 6561 206 8729 1166 4317 1863 5710
381
2162 4270 6680 6925 752 2268 4086 394 378 3059 6262
9338
2659 8145 6646 9005 4294 6457 6451 8075 8093 3747 3558
7476
7475 7317 1709 6558 3764 3280 6580 1845
90:446 4338 4342 9732 4169 7256 7258 7260 6605 6606 7280
9607
3131 3148 6585 4388 3940 177 7243 7291 7290 1200 1231
1207
6265 7295 7293 7315 7297 7279 7792 7788 6624 6601 6622
6583
6584 6891 7253 7277 7262 7272 7271 7324 7321 6598 6620
6600
9922 7623 6675 9831 2069 3105 6073 6075 6074 7571 9157
7107
7110 7108 7109 7244 1849 7235 3250 176 179 3357 1058
6798
表2(续)
5204 9410 1816 5206 6794 1553 6056 6795 6372 9585 9587
7819
383 510 175 2068 2865 2823 450 9643 1555 1636 3418
2608
701 6147 6165 1470 6578 9307 4775 3206 4245 7525 8255
2331
9277 9305 9278 9274 6559 6579 6561 8729 7851 2561 7850
2208
1166 9701 670 6640 8134 5364 3904 6039 1320 6481 5993
3541
207 8345 8326 4696 7508 1266 2160 2162 1270 3958 4250
6887
3932 4270 5104 6680 8202 6925 1088 8251 1466 8249 9677
3579
7756 2119 4273 1011 245 3713 9490 5245 4735 2153 854
4214
5025 6660 5001 4086 4099 4077 7241 7237 3059 6262 2659
820
6646 9005 4294 6457 6451 2869 2767 7746 1732 1738 1734
1740
1617 6714 8105 7317 7318 1709 1731 6558 7716 7971 7968
1210
1248 925 6580 1247 1273 1274 3369 2586 3664
91:7402 7398 3583 3592 4729 6500 6496 2752 215 7280 3139
3136
7439 7440 7424 9236 9237 3124 3128 3938 177 1956 1982
1979
7291 7290 4868 6436 7355 7315 7297 7279 794 7341 7272
7262
290 304 289 291 288 7324 7321 3947 6330 6661 6658
4296
3753 8555 1943 8457 3157 7565 7568 7088 5977 4467 3998
3185
3181 3152 3155 7534 7516 7244 1847 7442 7468 6000 8494
375
1057 9773 6372 7369 957 2685 3508 3586 3087 8866 5749
1377
2317 723 4586 2111 4703 4413 3687 8541 9052 1793 6037
2164
2626 6824 5207 3238 7618 9974 9973 1815 1813 206 4540
2230
6716 5597 2206 2232 2200 5599 1187 3435 9672 9040 9039
2881
7223 2377 2292 7024 6395 4348 4880 744 8064 5301 8492
8447
4312 4317 8472 1863 7956 6694 8324 7358 381 5710 3028
2182
7020 3016 531 5699 9003 7798 7421 2299 787 1905 3641
1934
1893 1889 7496 5036 7100 3584 3055 2018 2043 2042 7345
1084
1086 8473 8350 4908 4934 8469 8477 8098 8215 6937 8496
4319
8499 8500 1741 5722 1844 1930 2265 2272 605 4099 4086
5667
7379 7378 6262 9338 4236 9976 9969 9972 819 9011 9012
4937
4956 2236 6461 5469 8073 6550 3501 2047 2133 7747 6304
1321
表2(续)
7230 5154 5153 7376 7373 7476 7490 6862 7512 7475 7562
7538
7536 7559 212 200 2238 3159 8122 1753 435 442 2337
3280
3274 8476 5502 6810 2934 4335 3380 8421 1125 1368
92:4117 4611 3810 2575 6435 3730 689 8501 7519 5065 7840
1174
8079 3550 8678 8411 9895 1790 4481 2401 2373 1224
93:3314 5148 1284 2180 7766 9728 8528 6328 7621 9726 1134
7569
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7642
2764 1736 6023 8126 164 8296 4997 6279 3822 9989 6339
5750
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94:370 4530 5496 2209 8764 5878 2102 3133 4500
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5182
表2(续)
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503
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6610
表2(续)
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666
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4458
表2(续)
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5435
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5466
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4443
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5266
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1829
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3790
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7221
表2(续)
1154 8756 3192 1603 8648 1347 1692 9684 3073 3212 8125
1563
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2263
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1145
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753
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1914
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3241
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4731
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2485
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2128
1830 7859 7156 4538 461 5632 4722 4804 449 7646 4227
5060
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466
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726
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1810
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1995
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9265
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7207
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6198
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7120
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3390
5246
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5742
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8505
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8460
表2(续)
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4031
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4136
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6231
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6914
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747
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1988
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2973
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1363
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7162
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2178
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7793
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297
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9019
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7564
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8676
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1754
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4646
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1251
表2(续)
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5596
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365
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2930
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5120
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1787
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2494
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6663
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1801
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3509
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3216
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2885
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7881
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8966
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2829
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1041
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3782
表2(续)
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5378
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7636
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7044
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7881
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3782
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5378
表2(续)
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5333
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6551
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6796
5401 3015 3974 9921 2789 8083 8082 6710 8905 7514 576
3319
表2(续)
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8634
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9014
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7551
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4155
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5548
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4020
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9805
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314
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5560
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6504
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7170
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7082
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444
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1517
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8518
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1017
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8908
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9088
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5027
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7965
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6229
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1268
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9262
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2151
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1639
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2108
8747 7188 1529 5986 8046 6381 1331 2403 209 1777 8557
1506
表2(续)
2579 8482 3343 2553 565 3342 3401 6464 5117 8449 3528
7042
1092 4056 4605 3546 5074 4182 6213 3686 8439 7265 9894
2923
4307 3005 7934 287 3138 6664 6013 4832 4468 3283 6236
9800
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7940
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5498
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3099
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5433
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1895
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2023
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6106
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1686
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2281
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4717
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3230
3231 2907 5201 4679 4662 2132 7944 9893 9351 9176 7697
4264
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8738
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5014
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9881
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1833
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5738
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273
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9906
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3638
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1197
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6678
4536 952 3461 5374 6774 99442 1230 6306 3483 5047 5450
4652
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7848
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8163
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2801
表2(续)
2151 8722 3469 2286 3100 5637 6002 1085 7774 3391 1250
5804
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2080
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8557
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4267
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6213
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6013
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6172
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5185
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5470
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4036
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9809
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3636
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5434
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2952
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4907
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9026
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4679
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9856
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9494
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5639
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6943
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6141
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9876
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9873
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6221
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3635
3154 3650 3082 9499 1198 8043 8063 9598 7101 1871 1197
4535
6057 7181 5995 6202 934 5123 5106 5576 5128 4166 6688
6678
表2(续)
4536 952 9386 3367 3461 5374 6774 9942 1230 6306 3483
5047
5450 4652 9013 4964 7678 5924 3945 5931 5883 3330 584
7843
7842 7848 7868 7847 4173 8628 8577 8303 8804 4589
129:6283 2094 3062 2271 6254 9056 4151 3773 1819 5768 1674
7328
5634 9770 3114 9282 6309 9704 845 5395 7738 5398 1796
5098
1232 5972
130:7784 5453 9584 6859 9085 5136 9525 2342 2327 2326 8227
3072
6540 5884 9046 3774 9221 8368 4647 6152 6616 4140 5610
267
1654 9864 3834 9194 5858 3771 2074 3054 970 1835 1677
7614
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1520
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1945
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1892
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7917
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9767
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3590
858 4660 8466 5760 453 2677 3069 3964 3914 4301 3064
3301
7884 2946 9593 1301 1216 9620 2994 2405 3203 6375 2147
4373
9796 8212 4251 5659 3187 9170 2662 2694 5304 4050 4069
4047
6861 9115 2858 481 41i9 7615 7762 10016 6239 337 338
8599
8597 929 927 924 363 7717 204 5991 3852 6318 1176
1179
2056 2441 8533 628 2053 8174 5619 1515 5080 7386 6250
7883
2826 5083 1164 9070 1162 1160 1438 1436 913 3235 596
3680
4588 4570 6183 6184 8547 367 1416 380 1891 3924 5262
5013
4687 5467 8364 7479 6919 5452 6845 2870 2993 3956 4175
1153
7594 1878 2488 9668 3669 9251 5263 7422 8183 5174 6764
8181
404 2913 6297 604 812 8190 9618 3480 3278 2591 5960
1324
7168 7056 8115 5520 9207 8128 218 1127 3477 3670 3125
8175
7877 1752 2733 1141 4208 4347 1178 1655 4864 9388 7195
1831
7319 2809 9983 8576 8209 6211 5985 7193 7172 3476 6946
8553
8127 336 9078 7210 7452 842 62967 259 8099 262 7208
5730
表2(续)
3224 5151 9273 3752 2509 4744 9275 8065 3772 8089 1647
761
393 9365 3811 2436 2699 9248 2055 5846 4705 4287 1594
2863
4479 6327 416 3939 1110 8556 8259 1688 3628 1083 9741
6541
4025 4046 4026 815 2691 8354 2970 2976 8363 5782 6532
6520
7608 3545 6249 10017 8969 170 7412 2402 1726 2886 6760
2893
8941 8926 1099 8899 5043 8842 9093 9097 9094 3237 997
5732
6302 4820 483 599 3492 485 9120 4799 5221 6286 3496
9084
5010 8262 3704 5443 4626 583 9310 4048 8575 3981 3979
7967
9931 8221 203 193 9874 470 4105 864 6260 2222 791
2909
2949 8495 479 5872 216 3623 3236 9418 3607 4308 7455
3010
9192 1583 9348 5873 796 9882 8903 2724 9328 3934 3514
7540
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2443
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621
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8767
7252 6126 3695 478 4249 9959 6269 8608 5706 951 3884
316
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7634
1870 302 4118 2842 652 6907 9815 9812 3365 9764 4844
4849
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5665
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9617
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697
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8391
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8335
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1493
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2545
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8045
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9832
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975
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7261
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4517
表2(续)
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9057
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1121
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3555
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5042
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3470
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5990
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9216
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9500
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5970
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8236
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6948
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1503
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3888
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2758
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4057
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2922
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5606
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1289
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1970
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2628
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9609
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4124
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6241
表2(续)
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8116
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5968
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2501
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5220
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10000
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4604
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5248
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9016
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9159
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7470
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5638
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4411
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1303
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4063
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648
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4384
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898
表2(续)
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2969
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1403
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1305
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6912
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2161
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968
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2420
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2800
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582
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3481
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7927
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1263
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4552
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6153
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2772
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1173
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8782
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1977
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2998
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6261
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7175
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5686
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8808
表2(续)
4152 8817 4150 5780 5776 9902 5830 5073 324 5617 5625
7408
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2120
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4752
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8937
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3532
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1360
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5756
1329 1650 915 3098 4511 4507 6837 7793 8451 8617 4070
7852
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3849
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2459
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140: 9075 587 5843 3210 5471 8034 8884 3547 8432 5657 433
3460
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5593
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6274
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5032
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2246
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3444
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8888
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8406
3056 2529 8973 1049 1082 6220 6984 9090 4858 8488 484
6596
1558 7383 8535 6808 9568 6266 168 406 1425 5748 6969
6702
9912 3294 9324 3291 6801 9081 1476 5724 8405 372 4330
5141
3067 7461 6014 3410 4643 4606 2961 6780 414 3074 4632
6130
1316 1319 2004 3438 2134 9758 1126 3244 3215 7234 722
1394
2679 7238 7007 4659 1903 7605 5015 9769 9693 6982 2630
6050
1465 244 4085 1276 4159 5963 9264 2927 6093 8298 3359
8697
8399 1481 4594 5950 5882 5282 6872 2524 9738 9706 6151
4349
498 4669 9149 5901 9185 7875 169 183 6175 4512 8771
174
6208 768 8720 1460 770 4495 4692 724 901 6744 6651
7901
表2(续)
1649 7047 5090 8755 5784 5815 9826 5681 1076 7590 1185
7406
3024 8988 7169 4476 2458 561 241 259 1191 7004 1219
6720
5056 7916 5849 2343 2984 6652 2915 261 4127 1948 6310
8213
7655 6289 6015 5992 713 737 9023 1906 3484 3994 4180
6042
4627 4179 6063 1342 4478 1760 735 7308 1211 211 2016
3413
2761 8403 9671 3223 2610 6373 2912 3345 6189 373 3613
430
7399 7985 4778 509 3557 3379 5229 629 3927 7993 8030
7991
505 9441 8091 635 8392 3382 9291 9299 2607 712 4192
7064
4220 5454 5175 8836 7428 1630 2531 4634 7795 3052 1659
532
8922 6060 8806 1643 1046 6432 530 5257 6181 5009 1144
173
2348 7322 7083 9654 255 2956 7522 9545 9523 3395 3709
236
4405 187 4154 2983 3573 5555 9760 7294 9331 2109 2167
1280
4396 1044 3149 4750 4896 2106 3020 6679 6549 7288 8013
9862
3450 1045 6386 9884 896 7380 3022 5932 492 3526 9847
7879
5847 2718 9458 4283 4104 5361 8282 6752 1668 9638 7885
3930
863 7550 4244 5787 2543 2906 4959 4952 418 4994 6927
5582
4076 9962 2092 8524 3145 4431 2557 5249 8225 6443 9667
4131
2416 8413 3643 4181 7952 9690 5499 2154 2155 2177 2061
8834
2175 2749 523 1716 8963 3110 3009 5753 4947 9619 3694
7995
9473 9431 1492 7403 4539 623 9195 2989 8057 1634 5530
3661
4674 8260 6635 4058 3824 6199 5809 3436 2191 9530 9501
1972
2813 6148 8444 1808 6021 7831 5292 3950 6999 6997 5133
6170
5636 3521 2788 9752 9527 1910 6847 7134 4013 1102 4506
7666
3334 5267 2644 3985 651 5046 4819 6263 9628 3518 3516
2113
2098 7129 3412 3092 5544 6537 4415 841 1037 836 6545
9865
9685 1632 9736 9510 6775 6136 3176 721 5911 3424 7246
5062
3402 7541 4475 7969 8925 307 8929 8910 8913 8915 5176
440
399 4558 1132 5824 8138 5406 8078 847 4706 2943 2722
9939
8129 6474 9988 9994 6797 4455 4457 4454 1607 916 9574
5091
表2(续)
9573 9416 6129 2974 9630 9904 8114 1131 1742 7897 5186
5618
2362 2379 468 7173 6703 2170 9387 9362 9562 1646 5807
3814
9186 6763 6268 2429 902 5140 4247 885 2652 6247 3161
3723
6096 7818 6599 2688 7827 1622 6633 8485 6498 4882 5163
5076
4563 5733 9810
141: 7726 7410 8023 8039 8037 6113 3318 7855 3370 7688 1661
4943
5627 8955 8914 4862 1500 344 3426 5227 3502 293 9110
3083
2887 9766 6856 1619 2546 6874 6190 5100 6923 4621 9470
8754
9389 6441 6376 4422 9154 345 457 6292 571 1061 3909
4751
2793 5101 4673 4878 8732 3491 6065 7011 7632 5390 8328
6022
880 2123 2931 4044 6650 7789 2392 3478 2204 1188 4440
1993
6419 5463 1704 1718 4102 6349 398 4776 8793 1919 7221
8756
1154 3192 1603 8648 2048 1692 1347 3073 9684 3212 8125
1563
5012 2143 2731 10006 5240 4915 7389 1729 7639 6319 844
2263
6343 891 3352 590 593 578 591 8035 6049 6731 7592
1145
7686 9079 4699 5323 4303 1000 579 340 9696 539 7817
7814
352 6724 1917 8987 3594 8858 8853 8855 1866 2559 5673
7130
142:9538 6322 8216 2187 2190 2706 2702 8864 7631 5819 4946
5429
1914 9292 4470 1705 2457 8384 7603 8655 376 1064 7518
5845
2936 6683 9763 9153 7043 3846 5324 5162 4489 5848 6367
5696
5854 2736 9284 6767 4015 4001 7119 7128 6819 6746 6637
8436
3198 7283 2695 597 5092 4684 1789 8417 7187 643 7053
7671
4633 4795 6275 3390 5246 4731
143:9538 6322 7202 114 8216 2187 2190 2706 2702 8864 7631
4188
753 4191 8728 4002 3875 5819 8780 4946 5429 1914 9292
4470
1705 2457 8384 7603 8655 376 7135 1064 1066 7518 6038
6924
5845 3207 2936 6683 10011 9763 9153 7043 4569 1296 3846
5324
5997 3321 5162 4489 9846 1282 8791 5848 6367 5696 5854
6828
2736 9284 6767 4015 4001 7119 7128 6819 6746 6637 8436
3198
9398 1094 7283 2695 597 5092 227 5082 4684 1789 3375
6456
表2(续)
8602 2128 5736 1183 4672 6560 688 466 3789 2075 6517
726
6083 2036 2533 4914 762 5115 4409 6251 704 1810 526
1665
7997 2732 5462 7207 8475 8840 7215 1585 1862 3807 5428
1234
8417 5801 6952 7120 7187 643 7053 7671 9298 4633 4795
6275
3390 5246 4731
144:7151 6340 8968 2512 9223 8511 6831 1411 8429 640 9838
8939
4614 2313 8017 7853 3726 4136 7242 5908 4839 3629 5553
2463
8002 685 2572 5679 5651 9641 5049 2397 6231 3777 9346
570
2598 5766 4493 4464 1856 3171 4078 2374 633 615 3079
3519
6914 6119 4782 8753 9483 1625 9549 944 6394 1818 7353
491
9429 2995 10019 8167 5902 2890 636 9917 9933 4734 4779
493
6410 3829 1821 2762 5900 7925 2780 627 6949 2928 9995
2157
1988 7313 4921 9729 2461 4689 9543 3358 1857 4528 9514
9214
3665 3506 2973 4875 3045 6374 6390 4895 6393 6392 8200
4665
3446 4551 1111 6433 5790 2532 6707 8937 4894 7719 7722
7644
6196 4546 7019 6334 4112 2693 5718 8868 8337 7105 8401
3479
9883 5297 5826 5195 1694 1052 7624 8084 5368 1792 1809
5308
5291 3604 6611 2470 4720 1363 1360 1366 2541 2540 2244
7448
7845 5208 5228 5224 5362 5230 3448 7779 7781 9870 7776
4248
2935 5756 4391 4378 9775 4390 1461 914 4939 6837 7793
8451
9304 9302 922 718 4070 7852 1527 1526 8977 246 684
3865
6547 1386 387 2223 1554 8322 252 249 248 2214 7084
4690
328 6873 7325 2968 9025 8682 9533 6729 9375 1072 6897
4926
7268 2344 6963 9907 4698 7342 949 5424 6033 1290 7577
297
3515 8897 9306 2854 9019 6360 6487 2389 9203 7871 9321
377
1683 8468 3397 4855 3219 4853 7825 8066 2391 2312 2364
2341
2308 2336 2359 2355 2291 2309 8676 2334 8674 2338 2293
6361
5880 4164 2896 6929 5179 4595 8031 1887 6630 5425 7499
1442
7539 5770
145:585 3920 765 759 2616 8355 4161 2637 7094 9183 4433
9037
表2(续)
5612 7711 708 9981 1449 535 369 3735 3293 3266 3269
8463
8467 8543 8464 3289 3286 3297 3287 3262 5702 5683 5698
7139
1676 9405 9107 8749 779 4302 6597 6771 5571 7748 6790
5122
8975 8959 6766 8978 8958 9114 7307 6807 8875 5118 8980
6787
7247 6769 6530 5704 6823 5121 6786 8954 873 8636 3808
3804
2021 8654 3510 3490 6003 413 2715 3140 589 7741 3717
7864
4809 1615 1297 3474 2657 8486 1090 4379 3610 1681 7276
3538
9250 5439 9541 6420 6446 6448 6453 1779 2759 4209 8839
5759
6316 5079 9067 7346 965 5537 4924 932 4239 5440 4550
4553
9891 728 6411 3757 1365 749 8359 4212 5384 5887 5885
7619
5344 8695 4266 8762 895 5170 9300 4177 3407 3406 1658
4158
39965 386 9435 3353 2967 7334 1571 9189 1662 9905 784
8069
1679 4032 8480 1420 8470 2469 6970 3941 10007 1233 7595
1223
3392 9479 5643 4657 5675 2843 6552 8891 733 1929 6409
4271
1806 8106 906 5484 7989 1861 5345 3310 2776 6368 2838
8416
5284 3760 9836 7972 7638 6223 760 8339 639 626 4576
7072
6595 3817 5644 3801 500 8184 9664 182 3226 3544 2678
5693
8861 428 9165 4156 8484 9539 275 279 280 730 736
739
741 758 763 767 778 781 3505 5684 3264 2966 7474
1093
7069 8585 5272 2654 2683 624 5465 5356 7266 5797 3536
1828
547 1597 8870 6843 10022 8087 8540 2613 3377 9407 1980
4818
5874 7036 1298 1335 2836 7790 3404 1182 3845 3785 8290
3075
7048 6182 3791 4149 2282 6718 5538 679 9878 2857 8645
5464
7964 1621 5456 477 476 475 2742 8088 8670 6713 9308
3421
5326 5668 4641 9333 1369 1749 6883 4532 961 7152 6032
5703
8658 774 9119 7953 3512 9537 3823 4365 8395 1780 488
2388
3356 6398 7648 3878 3906 7124 7182 5189 746 2122 644
8448
9888 8140 6672 217 4167 8812 6029 3543 4023 7409 8142
2473
5200 772 546 1868 7354 6135 3651 9257 8149 1604 9928
3589
表2(续)
1820 6020 4900 8814 963 2723 5479 5280 7755 1762 775
7059
776 5842 6839 3690 6921 8787 4186 8301 3732 1119 1114
1715
7142 7143 714 3780 9326 6442 5485 1407 6888 4871 3002
6383
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2325
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1169
表2(续)
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7016
表2(续)
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3744
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1245
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4562
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2324
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5442
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3272
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6278
表2(续)
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4285
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6849
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379
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1010
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5549
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2418
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4093
表2(续)
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9296
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2794
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9497
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2419
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9743
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6968
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9843
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677
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4865
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8148
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4872
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486
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8373
5779 5405 8890 3368 7467 1794 5605 3202 7077 3414 8605
8267
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5387
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8633
7703 6564 8195 4295 754 7579 7687 9829 1122 3935 9341
8268
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2356
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4571
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3254
4920 8452 5962 7186 1091 8162 8228 843 9140 2345 3987
7200
2814 6078 9492 3816 4354 6881 7705 1724 2597 102 4828
238
552 5676 1642 4417 5646 3678 6325 4282 2664 3035 9503
7204
表2(续)
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2704
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8235
3242 9062 7503 1242 6669 202 4252 3942 1837 5772 7013
3949
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1339
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1721
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5492
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162
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2311
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5850
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1348
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159:4624 1430 1961 1964 9456 5156 999 3374 6267 1053 4084
9627
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6842
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7566
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1846
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7200
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7829
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2249
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4400
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6605
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7290
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6598
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3181
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6579
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1863
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6519
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4319
表2(续)
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4077
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6007
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8105
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1722
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3921
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6479
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3582
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5161
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5222
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7489
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2766
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8856
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7549
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3119
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806
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1805
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487
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9475
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7397
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6197
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7189
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9457
表2(续)
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5253
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371
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9124
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9518
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7708
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8735
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9485
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9966
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1504
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9208
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9101
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1926
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2006
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7526
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853
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875
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4206
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7488
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890
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2452
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9177
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857
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8005
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7935
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1485
表2(续)
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1399
1521 1524 1507 1488 2472 1358 1376 1401 1464 3104 4949
4950
4955 4957 4960 4988 4989 4993 4998 4999 5022 5023 5024
5028
5031 5486 5488 5489 5490 5494 5507 5510 5513 5515 5511
5527
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7951
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7894
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2245
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4739
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2284
2212 2237 6357 4975 4756 9294 8327 5259 5256 5867 4794
8493
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3551
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9204
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2518
277 3910 3018 6615 3355 6975 6980 6976 7713 7000 3517
4790
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5318
4713 4793 4835 5319 5317 4742 4764 1421 1424 9606 6625
1969
1971 1434 8672 8669 3130 2013 2029 9516 8726 8730 9336
9339
9337 4829 6934 1743 5745 1958 7869 6426 1986 1987 7340
5037
4785 4789 912 3876 3873 3891 3102 8807 8626 8642 3132
4854
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1175
1177 9360 4765 5061 671 657 669 655 5314 5067 8113
8117
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6488
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3168
3172 4856 3156 1548 1798 1546 208 8944 8933 8949 8276
8279
8281 8203 8204 6005 8253 8992 8995 8996 8972 8991 9519
8197
5917 5978 8223 5984 5936 8316 5956 5958 8226 8229 8300
9098
9099 9560 9580 9579 9582 9583 8919 7418 7794 1587 1579
7692
5273 1593 5261 4710 4279 1547 6497 3895 3893 3907 3081
4195
5210 4758 4197 8832 891 68851 8857 8894 8892 8871 8865
8849
表2(续)
8872 8889 8874 8927 8932 8930 8895 8909 4770 7681 7691
5226
5213 5157 5160 1375 1400 1458 1462 1482 2037 2041 9172
5321
1396 1415 4714 4741 4966 4970 5000 5002 4745 5003 4760
4762
5005 4769 4798 5064 1379 1352 1341 1453 3929 3925 3080
8750
7430 9401 9403 2007 2062 2059 2064 4857 8675 8677 4940
4965
4973 5004 5039 5041 5045 705 707 691 693 692 2033
2035
4740 4709 4749 4748 4803 5312 5313 5315 1745 9855 6821
164:6237 6238 7766 2180 5501 6061 617 1996 7115 6328 7621
9726
1897 1879 6204 5480 6298 8537 6412 5959 1784 7642 8015
1736
9952 8126 432 3822 4362 5750 5671 7677
165:3151 1577 8646 4019 4005 282 299 4018 4831 2576 4850
3134
9124 9125 9174 9175 9209 9210 9127 9128 9134 7493 2483
9518
9521 907 7896 937 1505 2252 2804 2782 2779 2822 2224
2251
2149 2256 2846 2781 2257 2255 2855 2852 2797 2785 2221
2802
2873 2849 2786 2819 2795 2799 2148 2198 2192 2168 2225
2218
2197 2867 2864 2825 2196 2193 2171 2169 2830 2219 2173
2166
2853 2827 2889 2871 2874 8471 8474 8465 5165 5181 5180
7708
7710 5235 5233 4103 8785 8786 8790 8788 8723 8703 8733
8735
8748 3085 8752 8765 8763 8770 8784 1378 1402 8799 8800
8805
8802 8824 8821 8826 9314 9317 9320 9322 9318 9345 9344
9352
9354 9384 9400 9358 9356 9374 9380 9377 9382 9406 9408
9421
9425 9422 9427 9439 9440 9442 9447 9443 9461 9466 9463
9485
9468 9487 9488 9489 9495 9511 9963 9965 9970 9990 9968
9966
99961 0001 9997 8766 8768 8647 8651 8652 8667 8699 1432
1504
1455 1502 805 7528 5864 5866 2489 9147 9148 281 3195
2773
9206 9208 9225 9227 2563 9229 9230 715 2008 2011 1387
1389
9100 9101 9130 9131 7770 7787 9150 9151 4834 9179 9180
4837
3153 2065 2067 2086 2087 4460 3913 3911 3103 1391 1395
2491
1928 1926 1973 4008 4003 8746 8743 8833 8829 9993 1940
1963
1992 2006 1932 1938 5044 933 939 7558 4219 808 908
811
表2(续)
813 7526 7481 828 4221 826 814 931 829 910 851
832
7505 853 835 7429 7486 7391 7388 7364 7527 7417 7433
7465
964 875 7363 874 876 7361 7360 909 4223 7457 7462
879
7459 4206 7482 4733 7464 7507 7557 889 7392 935 7504
7393
7532 7488 4205 7554 7437 7533 960 7415 894 892 897
5532
959 890 7552 4942 3959 3972 3957 3991 3971 5758 5070
2448
2449 2452 2466 2493 2495 2497 2560 7368 7501 755 64726
4728
1966 9177 1397 2514 2538 711 958 1035 7575 7434 855
871
7484 860 857 962 7502 7420 7416 5068 4938 1433 7986
8001
1480 8005 1501 1528 1373 3095 4225 4730 7396 1277 1279
947
7932 7935 2285 2287 4374 4910 4927 4929 4931 4933 4935
9181
9182 1485 6986 976 3088 1522 1338 1356 1353 1427 1426
1487
1525 1351 1399 1521 1524 1507 1488 2472 1358 1376 1401
1464
3104 4949 4950 4955 4957 4960 4988 4989 4993 4998 4999
5022
5023 5024 5028 5031 5486 5488 5489 5490 5494 5507 5510
5513
5515 5511 5527 3101 7954 7958 7957 7899 7903 4372 4385
7928
7959 7976 7951 7981 7984 8019 8006 8025 8020 4368 4366
4343
4363 4382 7894 8026 4334 4332 4822 7117 8003 7923 7983
4336
3180 3158 3129 2245 3086 3137 2290 3183 3186 3188 8700
8701
2393 2368 3117 4739 4972 4763 4766 4772 4806 2241 2289
2305
2270 2264 2267 2284 2212 2237 6357 4975 4756 9294 8327
5259
5256 5867 4794 8493 8497 3144 3142 1113 7676 7658 7675
3548
3551 4329 8490 9196 9198 4848 9152 9155 9145 9144 9135
9136
9204 8385 2226 2228 2231 2234 3552 3553 7721 9640 2515
2518
277 3910 3018 6615 3355 6975 6980 6976 7713 7000 3517
4790
4802 4830 3405 2451 4011 4833 5828 4712 4805 4771 4746
5318
4713 4793 4835 5319 5317 4742 4764 1421 1424 9606 6625
1969
1971 1434 8672 8669 3130 2013 2029 9516 8726 8730 9336
9339
9337 6631 4829 6934 1743 5745 1958 7869 6426 1986 1987
7340
表2(续)
5037 4785 4789 912 3876 3873 3891 3102 8807 8626 8642
3132
4854 9232 9233 9202 9132 1418 1419 9199 9200 9184 1628
1172
1175 1177 9360 4765 9855 163 5084 6821 5061 671 657
669
655 5314 5067 8113 8117 298 1989 1991 4796 4808 6244
6488
6490 6503 4743 3312 6822 4067 5279 9156 9158 5205 3147
3168
4856 3156 1548 1798 1546 208 8944 8933 8949 8276 8279
8281
8203 6005 8253 8992 8995 8996 8972 8991 9519 8197 5917
5978
8223 5984 5936 8316 5956 5958 8226 8229 8300 9098 9099
9560
9563 9580 9579 9582 9583 8919 7418 7794 1587 1579 7692
5273
1593 5261 4710 4279 1547 3895 3893 3907 3081 4195 5210
4758
4197 4727 8832 8916 8851 8857 8894 8892 8871 8865 8849
8872
8889 8874 8927 8932 8930 8895 8909 4770 1062 7681 7691
5213
5226 5157 5160 1375 1400 1458 1462 1482 2037 2041 9172
5321
1396 1415 4714 4741 4966 4970 5000 5002 4745 5003 4760
4762
5005 4769 4798 5064 7114 1379 1352 1341 1453 3929 3925
3080
8750 7430 9401 9403 2007 2059 2062 2064 4857 8675 8677
4940
4965 4973 5004 5039 5041 5045 705 707 691 693 692
2033
2035 4740 4709 4749 4748 4803 5312 5313 5315 1745 8270
166:7398 6484 6449 4729 6500 6496 6480 6477 4169 7256 7258
2351
6605 6606 7280 9607 7439 9571 9415 6711 9236 9237 6585
177
1949 7291 7290 4868 6438 6265 7293 7295 7297 7315 7279
7792
7788 8159 6601 6622 6624 6584 6583 6388 7341 7253 7277
7321
7324 3947 6620 6598 6600 4296 3753 4899 6243 4253 4128
9355
8071 7568 7534 7244 7442 7468 7820 7235 3250 8494 176
6372
7369 4428 8866 4775 7525 8255 5421 9967 6579 6559 6561
2768
1166 9701 4083 9703 8447 4312 8472 4317 1863 7956 3400
757
3642 5036 7100 3055 3488 6680 4587 8473 8469 3126 8477
8098
5813 9879 2965 9740 5142 8499 4319 8500 1717 8410 2883
1410
641 854 6660 5001 4099 4086 7241 4077 7237 8777 3059
8185
5491 3060 5667 7379 6262 9338 4236 6646 2236 8075 8093
8076
表2(续)
2767 7746 7749 1321 6007 7724 7373 7376 3558 7476 1732
1734
1740 1738 212 200 6714 7317 7318 1689 1709 6558 7716
3764
435 7971 7968 6580 8476 5457 1346
实施例5.具有增强的农艺性状的转基因植物的选择
这个实施例说明了通过筛选衍生的植物和种子的增强的性状鉴别本发明的植物细胞。具有表1中鉴别的重组DNA的转基因玉米种子和植物通过用DNA转化的植物细胞制备,所述DNA稳定整合到玉米细胞的基因组中。使用测量方法选择转基因种子、小植物和后代植物。转基因玉米植物细胞用来自表1中鉴别的每种基因的重组DNA转化。与对照植物比较筛选转化的植物细胞的后代转基因植物和种子的增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。
A.强的氮利用效率的选择
可以在高通量氮(N)选择方法中测试转基因玉米植物(作为杂交体测试)的生理效率的氮利用效率(NUE)性状。使用统计学模型比较收集的数据与来自野生型对照的测量结果,以确定改变是否归因于转基因。使用SAS软件分析原始数据。本文显示的结果是转基因植物相对于野生型对照的比较。
(1)用于设置NUF方案的培养基制备
使用的种植培养基是:Metro Mix 200(厂商:Hummert)Cat.#10-0325,Scotts Micro Max Nutrients(厂商:Hummert)Cat.# 07-6330,OS 41/3″ x 37/8″(厂商:Hummert)Cat.# 16-1415,OS盘(厂商:Hummert)Cat.# 16-1515,Hoagland氏大量营养物溶液,Plastic 5″桩(厂商:Hummert)黄色Cat.# 49-1569,白色Cat.# 49-1505,具有说明材料的编号的标签包含在罐中。用Metro Mix 200装填500个罐至边缘,重量为~140g/罐。通过使用平衡器均一地装填罐。向每个罐中加入0.4g Micro Max营养物。用刮铲搅拌成分至3英寸深,同时防止材料损失。
(2)在温室中设置NUF选择
(a)种子发芽-使用逆向渗透的纯化水给每个罐轻微地浇水2次。安排第一次浇水紧在种植之前发生;并且第二次浇水在种子已种植到罐中之后。种植每次入组的10粒种子(每罐1粒种子)以选择8个健康状态均一的幼苗。种植另外的野生型对照用作边界行。可替代地,种植每次入组的15粒种子(每罐1粒种子)以选择12个健康状态均一的幼苗(这个较大的种植数目用于第二次或证实种植)。将罐在Conviron生长室中的12个架子的每一个上放置7天。这样做是为了允许更均一的发芽和早期的幼苗生长。随后的生长室设定为25℃/日和22℃/夜,14小时光照和10小时黑暗,湿度~80%,以及光强度~350μmol/m2/s(在罐的水平上)。经由类似于温室工作台的毛细管垫子在每天3次10分钟的持续时间内进行浇水。
(b)幼苗转移-7天后,分别选择第一次或证实途径运行的最佳的8或12个幼苗,并转移至温室工作台。使用毛细管垫子上印刷的间隔图案使罐相隔8英寸(中心与中心)并置于工作台上。Vattex垫子产生384位网格,其中所有列、行组合随机化。另外的对照罐沿着实验区组外放置以减少边界作用。
允许植物在低N运行下生长28天或在高N运行下生长23天。大量营养物以大量营养物溶液(参见下文的组合物)的形式分配,所述溶液包含精确量的添加的N(对于限制性N选择为2mM NH4NO3并且对于高N选择运行为20mM NH4NO3)。每个罐分别在高N和低N运行种植后8和10天时开始隔日人工分配100m1营养物溶液,一周3次。在营养物应用的当天,跳过05:00和13:00时的2次20分钟浇水。每第3次运行应当更换Vatter垫子以避免N积聚和根物质的累积。表7显示对于低或高氮选择的营养物溶液中营养物的量。
表7
注:用HCl或KOH将pH调整至5.6
(c)收获测量结果和数据收集-植物在低N运行下生长28天和植物在高N运行下生长23天后,进行下列测量(括号中为phenocodes):通过Sartorius电子天平测量的总枝条新鲜质量(g)(SFM),通过Minolta SPAD计测量的V6叶叶绿素(相对单位)(LC),通过Li-Cor叶面积计测量的V6叶面积(cm2)(LA),通过Sartorius电子天平测量的V6叶新鲜质量(g)(LFM),以及通过Sartorius电子天平测量的V6叶干质量(g)(LDM)。通过SAS软件分析原始数据。显示的结果是转基因植物相对于野生型对照的比较。
为了进行叶读取,从V6叶上切下样品。因为玉米叶的叶绿素计阅读受到叶的部分和叶在取样的植物上的位置影响,所以SPAD计阅读在植物的第6片叶上进行。每片叶进行3次测量,其中第一次阅读取自在叶尖和环之间一半距离,以及从叶缘到中脉的一半的点,而2次向叶尖获取。测量限制在叶总长度的1/2-3/4(从底部)的区域,它们之间的间隔大约相等。从SPAD机器获取3次测量结果的平均值。
记录切下的V6叶的叶新鲜质量,将叶置于纸袋中。包含叶的纸袋随后置于强制空气烘箱中在80℃进行3天。3天后,从烘箱中取出纸袋并进行叶干质量测量。
由收集的数据进行2次衍生测量:(1)叶叶绿素面积(LCA),这是V6相对叶绿素含量与其叶面积(相对单位)的乘积。叶叶绿素面积=叶叶绿素×叶面积。这个参数给出了叶绿素在整个叶面积上的展开的指示;(2)比叶面积(LSA)计算为V6叶面积与其干质量的比(cm2/g干质量),这个参数还识别为NUE的测量。数据显示于表8中。
氮使用田间效率测定
水平I.将本发明提供的转基因植物种植在田间而不应用任何氮源。转基因植物和对照植物通过基因型和构建体分群,其中对照随机安排在基因型区组中。每种类型的转基因植物通过3次重复并横过5个位置进行测试。通过收集来自0-24″和24-48″土壤层的30个样品土壤核心在4月初的预先种植中分析田间的氮水平。分析土壤样品的硝酸盐-氮、磷(P)、钾(K)、有机物质和pH以提供基线值。基于土壤测试建议应用P、K和微量营养物。
水平II.将本发明提供的转基因植物种植在应用3种氮(N)肥料水平的田间,即低水平(0N)、中等水平(80磅/英亩(1b/ac))和高水平(180磅/英亩)。液体28%或32%UAN(尿素,铵态氮)用作N源并通过散播吊杆应用,且合并在与预期的农作物行相同的方向具有后翻滚篮(rear ro1ling basket)的田地中耕机。尽管对于0N处理没有应用N,但土壤仍应当以与处理的区域相同的方式扰动。转基因植物和对照植物通过基因型和构建体分群,其中对照随机安排在基因型区组中。每种类型的转基因植物通过3次重复并横过4个位置进行测试。通过收集来自0-24″和24-48″土壤层的30个样品土壤核心在4月初的预先种植中分析田间的氮水平。分析土壤样品的硝酸盐-氮、磷(P)、钾(K)、有机物质和pH以提供基线值。基于土壤测试建议应用P、K和微量营养物。
B.对于增加的产量的选择
本发明的多种转基因植物与对照植物比较显示出改善的产量。改善的产量可以由增强的种子库潜力(sink potential),即胚乳细胞或谷粒的数目和大小和/或增强的库强(sink strength),即淀粉生物合成的速率引起。库潜力可以在谷粒发展过程的非常早期确定,因为胚乳细胞数目和大小在授粉后最初几天内测定。
在过去几十年中玉米产量的许多增加由种植密度的增加产生。在那个时期,玉米产量以2.1蒲式耳/英亩/年的速率增加,而种植密度已以250株植物/英亩/年的速率增加。现代杂交玉米的特征是这些变种以高密度种植的能力。许多研究已显示高于目前的种植密度应当导致更多生物量产生,但目前的种质在这些更高的密度上执行得不好。在高密度种植中增加产量的一个方法是增加收获指数(HI),这是与总生物量比较分配给谷粒的生物量的比例。
增强的所得转基因玉米事件的有效产量选择使用在多个位置的转基因事件的杂交后代,其中植物在最佳生产管理实践和最大害虫控制下生长。对于改善的产量有用的靶是,与来自对照植物种子培育的植物产生的产量比较,产量增加5%-10%。选择方法可以在多个和不同的地理位置中应用,例如最高达16或更多个位置,经过一个或多个种植季节,例如至少2个种植季节,以统计学区分产量改进与天然环境作用。在标准地块中种植多重转基因植物、阳性和阴性对照植物、以及授粉者植物,例如2排地块,20英尺长5英尺宽,排间距为30英寸,并且行之间有3英尺小径。转基因事件可以通过重组DNA构建体分群,群随机置于田间。当使用雄性不育转基因事件时,每2块地块种植高质量玉米系的授粉者地块以允许自由传粉。有用的种植密度是约30,000株植物/英亩。高种植密度大于30,000株植物/英亩,优选约40,000株植物/英亩,更优选约42,000株植物/英亩,最优选约45,000株植物/英亩。关于产量改善的替代指示包括源容量(生物量)、源输出(蔗糖和光合作用)、库组分(谷粒大小、谷穗大小、种子中的淀粉)、发育(光应答、高度、密度耐受性)、成熟度、早期开花性状和对高密度种植的生理学应答,例如45,000株植物/英亩,例如如表10和11中说明的。
表10
时间选择 | 评价 | 描述 | 评论 |
V2-3 | 早期直立 | 可以在发芽后和取出任何植物前的任何时候获取。 | |
花粉释放 | GDU至50%释放 | GDU至50%植物释放50%雄花穗。 | |
抽丝 | GDU至50%抽丝 | GDU至50%植物显示丝。 | |
成熟度 | 植物高度 | 从土壤表面到旗叶附着的高度(英寸)。 | 每地块10株植物-产量团队帮助 |
成熟度 | 谷穗高度 | 从土壤表面到第一个谷穗附着节的高度。 | 每地块10株植物-产量团队帮助 |
成熟度 | 谷穗上方的叶 | 视觉得分;竖直、大小、翻转 | |
成熟度 | 雄花穗大小 | 视觉得分+/-对WT | |
收获前 | 最终直立 | 收获前的最后直立计数,分蘖除外 | |
收获前 | 茎倒伏 | 第一个耳穗附着下方的茎折断的数目。倾斜的分蘖除外 | |
收获前 | 根倒伏 | 与垂线倾斜>45°角的茎的数目。 | |
收获前 | 保持绿色 | 生理成熟后并且当基因型中的差异明显时:等级1(90-100%的组织绿色)-9(0-19%的组织绿色)。 | |
收获 | 谷粒产量 | 谷粒产量/地块(壳重量) |
表11
时间选择 | 评价 | 描述 |
V8-V12 | 叶绿素 | |
V12-VT | 谷穗叶面积 | |
V15-15DAP | Ch1荧光 | |
V15-15DAP | CER | |
15-25DAP | 碳水化合物 | 蔗糖、淀粉 |
收获前 | 第一个节间的直径 | |
收获前 | 底部第三个节间的直径 | |
收获前 | 谷穗节间的直径 | |
成熟 | 谷穗性状 | 直径、长度、谷粒数目、谷粒重量 |
电子传递速率(ETR)和CO2交换速率(CER):使用Li6400LCF(Licor,Lincoln,NE)在约V9-R1阶段测量ETR和CER。叶叶绿素荧光是监控来源活性的快速方法并且报告与在各种条件下的CO2同化作用高度关联(Photosyn Research,37:89-102)。用光化性光1500(具有10%的蓝光)微摩尔m-2s-1,28℃,CO2水平450ppm测量最年幼的完全伸展的叶或耳穗叶上方的2片叶。在每个事件中测量10株植物。对于每株植物进行2次阅读。
手提式叶绿素计SPAD-502(Minolta-日本)用于测量在活转基因植物和野生型配对物上的总叶绿素水平。分析来自每株植物的3个三小叶,并且每个三小叶分析3次。随后将9个数据点平均以获得叶绿素水平。每种基因型分析的植物数目为5-8。
当选择产量改善时,有用的统计学测量方法包括3个组分,即模拟对于每个位置分开的测试田间的空间自相关,调整对于每个位置的空间依赖性的重组DNA事件的性状,和进行交叉位置分析。模拟空间自相关的第一个步骤是估计半变异函数(semivariogram)的协方差参数。假定球形协方差模型以模拟空间自相关。由于试验的大小和性质,空间自相关可能可以改变。因此,连同球形协方差结构一起也假定各向异性。下列方程式组描述了各向异性球形协方差模型的统计学形式。
其中I(●)是指示物函数, 且
其中s1=(x1,y1)是一个位置的空间坐标并且s2=(x2,y2)是第二个位置的空间坐标。共有5个相等协方差各向异性椭圆的协方差参数,θ=(v,σ2,ρ,ωn,ωj),其中是v是块金效应,σ2是偏基台值,ρ是由北顺时针方向旋转的度数,ωn是对于短轴的定标参数并且ωj是对于长轴的定标参数。限定空间趋势的5个协方差参数随后将通过使用来自大量重复授粉者地块的数据经由限制的最大似然方法估计。在多位置田间试验中,对于每个位置分开模拟空间趋势。
在获得模型的方差参数后,产生方差-协方差结构用于要分析的数据集。这个方差-协方差结构包含调整空间依赖性的产量数据所需的空间信息。在这种情况下,最佳代表本研究的处理和实验设计的嵌套模型连同方差-协方差结构一起使用以调整产量数据。在这个过程中,还可模拟并估计苗圃或种子批次作用,以关于由种子批次差异引起的任何产量相等调整产量。来自不同位置的空间调整的数据产生后,组合并分析所有调整的数据,其中假定位置作为复制。在这次分析中,组合位置内和位置间的方差以估计来自转基因植物和对照植物的产量标准误。相对平均数比较用于指示统计学显著的产量改善。
表14
表15
表15续
SEQIDNO | 构建体 | 事件 | 转基因平均值 | 对照平均值 | 百分比差异 | P值 |
116 | PMON79697 | ZM_M53938 | 171.6 | 176.1 | -2.6 | 0.171 |
116 | PMON79697 | ZM_M53939 | 180.2 | 176.1 | 2.3 | 0.236 |
116 | PMON79697 | ZM_M54371 | 1750 | 176.1 | -0.6 | 0.733 |
116 | PMON79697 | ZM_M54372 | 185.1 | 176.1 | 5.1 | 0.009 |
116 | PMON79697 | ZM_M54374 | 181.2 | 1761 | 2.8 | 0.127 |
144 | PMON78240 | ZM_M53464 | 184.1 | 176.1 | 4.5 | 0.015 |
144 | PMON78240 | ZM_M53465 | 175.2 | 176.1 | -0.5 | 0.785 |
144 | PMON78240 | ZM_M53470 | 174.4 | 176.1 | -1.0 | 0.811 |
144 | PMON78240 | ZM_M53471 | 166.7 | 176.1 | -5.4 | 0.005 |
144 | PMON78240 | ZM_M53478 | 173.6 | 176.1 | 1.4 | 0.456 |
144 | PMON78240 | ZM_M53673 | 175.8 | 176.1 | 0.2 | 0.917 |
144 | PMON78240 | ZM_M53674 | 172.5 | 176.1 | -2.1 | 0.269 |
144 | PMON78240 | ZM_M53684 | 179.4 | 176.1 | 1.8 | 0.342 |
122 | PMON80500 | ZM_M56549 | 173.4 | 176.1 | -1.6 | 0.408 |
122 | PMON80500 | ZM_M56560 | 173.4 | 176.1 | -1.6 | 0.394 |
122 | PMON80500 | ZM_M56565 | 175.4 | 176.1 | -0.4 | 0.811 |
122 | PMON80500 | ZM_M56567 | 177.9 | 176.1 | 1.0 | 0.599 |
122 | PMON80500 | ZM_M56568 | 185.9 | 176.1 | 5.6 | 0.003 |
122 | PMON80500 | ZM_M58003 | 169.4 | 176.1 | -3.8 | 0.047 |
145 | PMON80283 | ZM_M58140 | 174.6 | 176.1 | -0.9 | 0.641 |
145 | PMON80283 | ZM_M58141 | 179.7 | 176.1 | 2.0 | 0.294 |
145 | PMON80283 | ZM_M58143 | 183.8 | 176.1 | 4.4 | 0.024 |
146 | PMON80866 | ZM_M58256 | 177.6 | 176.1 | 0.8 | 0.651 |
146 | PMON80866 | ZM_M59441 | 183.3 | 176.1 | 4.1 | 0.028 |
146 | PMON80866 | ZM_M60646 | 174.8 | 176.1 | -0.7 | 0.692 |
147 | PMON80292 | ZM_M57487 | 180.8 | 176.1 | 2.6 | 0.159 |
147 | PMON80292 | ZM_M58571 | 184.2 | 176.1 | 4.6 | 0.021 |
147 | PMON80292 | ZM_M59578 | 177.5 | 176.1 | 0.8 | 0.717 |
142 | PMON79696 | ZM_M53849 | 177.6 | 179.1 | -1.2 | 0.431 |
142 | PMON79696 | ZM_M53849 | 190.3 | 179.1 | 5.8 | 0.0003 |
142 | PMON79696 | ZM_M53849 | 178.5 | 179.1 | -0.7 | 0.0635 |
150 | PMON81857 | ZM_M67504 | 178.8 | 178.1 | 1.5 | 0.415 |
150 | PMON81857 | ZM_M70000 | 182.7 | 176.1 | 3.7 | 0.047 |
150 | PMON81857 | ZM_M71064 | 172.1 | 176.1 | -2.3 | 0.229 |
150 | PMON81857 | ZM_M71065 | 184.6 | 176.1 | 4.8 | 0.011 |
150 | PMON81857 | ZM_M72550 | 174.3 | 176.1 | -1.0 | 0.589 |
149 | PMON83553 | ZM_M71131 | 150.7 | 176.1 | -14.5 | 0.000 |
149 | PMON83553 | ZM_M71140 | 187.4 | 176.1 | 6.4 | 0.001 |
149 | PMON83553 | ZM_M71156 | 150.3 | 176.1 | -14.7 | 0.000 |
149 | PMON83553 | ZM_M71161 | 172.7 | 176.1 | -1.9 | 0.298 |
150 | PMON81857 | ZM_M67504 | 178.8 | 176.1 | 1.5 | 0.415 |
150 | PMONB1857 | ZM_M70000 | 182.7 | 176.1 | 3.7 | 0.047 |
150 | PMON81857 | ZM_M71064 | 172.1 | 1761 | -2.3 | 0.229 |
150 | PMON81857 | ZM_M71065 | 184.8 | 176.1 | 4.8 | 0.011 |
150 | PMON81857 | ZM_M72550 | 174.3 | 176.1 | -1.0 | 0.589 |
151 | PMON82212 | ZM_M67581 | 171.1 | 176.1 | -2.8 | 0.126 |
51 | PMON82212 | ZM_M67583 | 186.1 | 176.1 | 5.6 | 0.002 |
51 | PMON82212 | ZM_M69111 | 173.2 | 176.1 | -1.7 | 0.368 |
表15续
PEP SEQ1D NO | 构建体 | 事件 | 转基因平均值 | 对照平均值 | 百分比差异 | P值 |
108 | PMON79709 | ZM_M51983 | 184.3 | 176.1 | 4.7 | 0.037 |
108 | PMON79709 | ZM_M51985 | 180.1 | 176.1 | 2.3 | 0.231 |
108 | PMON79709 | ZM_M52052 | 185.6 | 176.1 | 5.3 | 0.013 |
PMON79709 | 7M_M52710 | 175.5 | 176.1 | -0.4 | 0.862 | |
108 | PMON79709 | ZM_M62720 | 175.2 | 176. | -0.6 | 0.765 |
129 | PMON73787 | ZM_M55059 | 162.6 | 176.1 | -7.7 | 0.000 |
129 | PMON73787 | ZM_M61950 | 186.4 | 176.1 | 5.8 | 0.002 |
129 | PMON73767 | ZM_M61953 | 164.7 | 176.1 | -6.5 | 0.001 |
129 | PMON73787 | ZM_M61958 | 1659 | 176.1 | -5.8 | 0.003 |
129 | PMON73787 | ZM_M61965 | 1343 | 176.1 | -23.8 | 0.000 |
129 | PMON73787 | ZM_M61966 | 172.6 | 176.1 | -2.0 | 0.280 |
135 | PMON78942 | ZM_M66312 | 1762 | 176.1 | 0.0 | 0.997 |
135 | PMON78942 | ZM_M66316 | 173.1 | 1761 | -1.7 | 0.362 |
135 | PMON78942 | ZM_M66318 | 164.1 | 176.1 | -6.9 | 0.000 |
135 | PMON78942 | ZM_M66331 | 183.3 | 176.1 | 4.1 | 0.029 |
C.对干增强的水利用效率(WUE)的选择
在这个实施例中描述的是用于温室选择转基因玉米植物与野生型玉米植物(作为近交系或杂交体测试)的水利用效率的高通量方法。这个选择方法在最初11天无应激生长时间段后,经过总共15天的时间段对植物施加3次干旱/再浇水循环。每次循环由5天组成,在最初的4天不应用水并且在循环的第5天应用水淬火。如在植物干旱处理过程中通过高度和生物量测定的,通过选择方法分析的最初表现型是植物生长速率的改变。还测量了干旱后枝条组织的水合状态。在3个时间点上测量植物高度。第一次紧在植物为11天龄时干旱开始前进行,这是枝条初始高度(SIH)。还在种植后第18天贯穿干旱/再浇水方案中途测量植物高度,以产生枝条干旱中期高度(SMH)。在种植后第26天最终干旱循环完成后,收获植物的枝条部分并测量最终高度,这是枝条枯萎高度(SWH)并且还测量了枝条枯萎生物量(SWM)。将枝条在40℃在黑暗中置于水中。3天后,将枝条称重以产生枝条膨胀重量(STM)。在烘箱中干燥4天后,将枝条称重得到枝条干生物量(SDM)。枝条平均高度(SAH)是经过3次高度测量的平均植物高度。已知情形时,上文描述的程序对于每个步骤可以调整+/-~1天。
为了校正植物间的轻微差异,由SIH和SWH获得大小校正的生长值。这是相对生长速率(RGR)。对于每个枝条使用式[RGR%=(SWH-SIH)/((SWH+SIH)/2)*100]计算相对生长速率(RGR)。相对含水量(RWC)是植物在收获时有多少水(%)的测量结果。对于每个枝条使用式[RWC%=(SWM-SDM)/(STM-SDM)*100]计算含水量(RWC)。这个年龄的充分浇水的玉米植物为约98%RWC。
通过根据上述标准方法的选择方法选择本发明提供的转基因植物,并且这些转基因植物的性能显示于下表16中。
表16
在Satanta,IL和Dixon CA使用中等干旱条件在田间测试用pMON67754转化的转基因植物,所述pMON67754包括如SEQ ID NO:3中列出的重组DNA。与对照植物比较,在中等干旱应激下叶上的SPAD读数显示转基因植物中的叶绿素水平显著增加。2个事件显示叶绿素水平的SPAD读数显著增加,从而表明干旱耐受性的改善。在重复的田间试验中,6个测试的事件中的2个事件(ZM_M16396和ZM_M16401)显示2个不同位置中显著(p<0.1)改善的叶SPAD读数,从而表明干旱耐受性的改善。
D.在冷应激下生长的选择
(1)冷发芽测定-对于本测定使用3组种子。第一组由阳性转基因事件(F1杂交)组成,其中本发明的基因在种子中表达。第二个种子组是非转基因的、野生型阴性对照,由与转基因事件相同的基因型制备而成。第三组由2个耐寒性和1个冷敏感性玉米商业对照系组成。所有种子都用杀真菌剂“克菌丹”(80DF Fungicide,Arvesta Corporation,San Francisco,CA,USA)处理。通过将其充分混合并在实验前干燥杀真菌剂,对每45g玉米种子应用0.43mL克菌丹。
玉米谷粒胚侧向下置于发芽盘(54 x 36cm)的个别单元(8.9 x 8.9cm)中的吸墨纸上。来自一个事件的10粒种子置于发芽盘的一个单元中。每个盘可以容纳21个转基因事件和3份重复的野生型(LH244SDms+LH59),这在完全区组设计中随机化。对于每个事件,有5次重复(5个盘)。将盘置于Convrion生长室(Conviron ModelPGV36,Contro1led Environments,Winnipeg,加拿大)内在9.7℃下24天(无光)。将250毫升去离子水加入每个发芽盘。发芽计数在实验开始日后的第10天、第11天、第12天、第13天、第14天、第17天、第19天、第21天和第24天进行。如果出现的胚根大小为1cm,那么种子视为发芽的。从发芽计数计算发芽指数。
发芽指数根据下式计算:
发芽指数=(∑([T+1-ni]*[Pi-Pi-l]))/T
其中T为其中进行发芽测定的总天数。n定义种植后的天数。“i”表明已计数发芽的次数,包括当天。P是在任何给定等级中发芽种子的百分比。计算转基因事件和野生型对照之间的统计学差异。统计学分析后,显示相对于野生型对照统计学显著性为p水平小于0.1的事件将进行第二次冷选择。第二次冷筛选以第一次选择相同的方式进行,只将重复数目增至10。进行来自第二次选择数据的统计学分析以鉴别显示相对于野生型对照统计学显著性为p水平小于0.05的事件。
表17
(2)冷休克测定-对于冷休克测定的实验组织与上文冷发芽测定描述的相同,除了对于冷休克测定种子在盆栽培养基中生长外。
所需数目的2.5″正方形塑料罐置于浅苗床(flat)上(n=32,4x8)。罐装满Metro Mix 200土壤较少的培养基,其包含19:6:12肥料(6磅/立方码)(Metro Mix,罐和浅苗床从Hummert International,Earth City,MO获得)。种植种子后,将罐置于设定为23℃,相对湿度65%,12小时日和夜光周期(300uE/m2-分钟)的生长室中。种植的种子每隔一日通过地下灌溉浇水20分钟,并且对于生长中的玉米幼苗浅苗床每隔一天在生长室中旋转。
在种植后第10天,转基因阳性和野生型阴性(WT)植物以交替的模式置于浅苗床中。在生长黑暗时间段期间的第10天通过使用PAM-2000手提式荧光计根据制造商的说明(Walz,德国)测量植物的叶绿素荧光。叶绿素测量后,收集来自每个事件的叶样品以用于证实本发明基因的表达。对于表达分析,随机收获来自每次选择的6个V1叶尖。浅苗床移至设定为5℃的生长室。所有其他条件例如湿度、日/夜周期和光强度在生长室中保持不变。在移至冷温度后浅苗床每天进行地下灌溉。在第4天测量叶绿素荧光。在冷休克处理6天后将植物转移至正常生长条件并允许其在接下来的3天恢复。在这个恢复时间段期间,在第1天和第3天测量V3叶的长度。在恢复2天后,通过估计绿色V2叶的百分数视觉测定V2叶损害。
在休克前和冷休克过程中V3叶生长、V2叶坏死和荧光的统计学差异可以用于估计冷休克对玉米植物的损害。
(3)早期幼苗生长测定-对于本实验使用3组种子。第一组由阳性转基因事件(F1杂交)组成,其中本发明的基因在种子中表达。第二个种子组是非转基因的、野生型阴性对照,由与转基因事件相同的基因型制备而成。第三个种子组由2个耐寒性和2个冷敏感性玉米商业对照系组成。所有种子用杀真菌剂“克菌丹”(3a,4,7,a-四氢-2-[(三氯甲基)硫代]-1H-异吲哚-1,3(2H)-二酮,Drex Chemical Co.Memphis,TN)处理。通过将其充分混合并在实验前干燥杀真菌剂,对每45g玉米种子应用克菌丹(0.43mL)。
种子在发芽纸中生长以用于早期幼苗生长测定。对于测试中的每次入组使用3张12″ x 18″发芽纸(Anchor Paper #SD7606)(每个转基因事件重复3次)。纸在0.5% KNO3和0.1% Thyram的溶液中湿润。
对于每张纸,在沿着纸长度均匀隔开的线上放置15粒种子。将15粒种子定位在纸上,从而使得胚根(radical)将向下生长,例如与纸的边缘更长的距离。湿纸从短末端之一开始卷起来。纸均匀且足够紧地卷起以使种子维持在一定位置。纸卷用2个大纸夹固定在一定位置,一个纸夹在顶端并且一个在底部。在适当容器中的随机化的完全区组设计中纸卷在生长室于23℃温育3天。室设定为65%的湿度,没有光周期。对于冷应激处理,纸卷随后在生长室中于12℃温育12天。室设定为65%的湿度,没有光周期。
冷处理后,将发芽纸打开并丢弃不发芽的种子。通过自动化成像程序测量每个种子的胚根和胚芽鞘的长度,所述程序自动收集并处理图像。成像程序自动测量每一个单独幼苗的枝条长度、根长度和整个幼苗长度并随后计算每个纸卷的平均数。
统计学分析后,显示相对于野生型对照统计学显著性为p水平小于0.1的事件将进行第二次冷选择。第二次冷筛选以与第一次选择相同的方式进行,只将重复数目增至5。进行来自第二次选择数据的统计学分析以鉴别显示相对于野生型对照统计学显著性为p水平小于0.05的事件。
4.冷田间效力试验
这个实施例阐述了冷田间效力试验以鉴别基因构建体,在常规耕种和模拟的无耕种环境中在早春田间种植条件下所述构建体给予发芽时增强的冷活力和早期幼苗生长。在当地农民开始种植玉米前大约2周将种子种植到地里,从而使得对农作物施加显著的冷应激,命名为冷处理。种子还在当地最佳种植条件下种植,从而使得农作物只有很少或没有暴露于冷条件,命名为正常处理。冷田间效力试验在5个地点进行,包括Glyndon MN、Mason MI、Monmouth IL、Dayton IA、Mystic CT。在每个地点,种子在冷和正常条件下种植,每个处理重复3次,每行20个谷粒,并且每地块单行。种子种植到土壤中1.5-2英寸深,以避免多泥条件。在每个地点安置2个温度监视器以每天监控空气和土壤温度。
种子突出(emergence)定义为生长中的枝条刺破土壤表面时的时刻。从最早的地块开始突出那天开始每天计数每地块中突出的幼苗数目直至突出发生没有显著变化。此外,对于每个种植日期,还记录所有地块中突出为0时的最迟日期。还在玉米植物平均高度达到10英寸前的V3-V4阶段评价幼苗活力,其中1=极佳的早期生长,5=平均生长和9=生长差。使用SAS软件对于每个地点中或跨越所有地点的数据计算50%突出的天数、最大百分比突出和幼苗活力。
下列表列出了基于上文说明的方法收集并分析的数据。跨越所有地点分析的数据只包括来自Glyndon MN、Mason MI和Mystic CT的那些。
E.具有增加的蛋白质和/或油水平的转基因植物种子的筛选
这个实施例阐述了使用Infratec 1200系列谷粒分析仪鉴别在种子组成中具有改善的植物种子的高通量选择,所述谷粒分析仪是近红外透射率分光计,用于测定大批种子样品的组成。近红外分析是无破坏性、高通量的方法,它可以分析单一样品扫描中的多重性状。目的分析物的NIR校准用于预测未知样品的值。使用复合化学计量软件包获得样品的NIR光谱并与校准值比较,所述软件包提供预测值以及关于样品在校准中拟合得如何好的信息。
Foss North America具有转运模块的Infratec Model 1221、1225或1227与比色杯,条目# 1000-4033,Foss North America一起使用,或对于小样品与小单元比色杯,由Leon Girard Co.修改的Foss标准比色杯,一起使用。维持在对照单元比色杯中各种组成的玉米和大豆对照样品由Leon Girard Co.供应。NIT收集软件由Maximum Consulting Inc.Software提供。通过软件自动进行计算。种子样品在具有来自消费者的条形码标签的包装或容器中收到。在收到时将种子倾倒入比色杯中并进行分析。
表20
一般样品: | 全谷粒玉米和大豆种子 |
运行方法的分析时间: | 每个样品少于0.75分钟 |
每次运行经过的总时间: | 每个样品1.5分钟 |
一般和最小样品大小: | 玉米一般为:50cc;最小值30cc大豆一般为:50cc;最小值5cc |
一般分析范围: | 通过特别校准部分测定。玉米-湿度5-15%,油5-20%,蛋白质5-30%,淀粉50-75%,和密度1.0-1.3%。大豆-湿度5-15%,油15-25%和蛋白质35-50%。 |
表22
实施例6
这个实施例说明了转基因植物细胞的制备,所述细胞包含表达玉蜀黍光敏色素A蛋白(PHYA)的重组DNA(SEQ ID NO:82)。编码玉米PHYA蛋白质的全长cDNA从玉米中克隆。cDNA克隆包含3396bp核苷酸,其编码分子量为125.2kD的1131个氨基酸PHYA蛋白质。基于cDNA序列,设计引物以从玉蜀黍近交LH 172基因组文库中克隆图1中说明的基因组DNA。将重组DNA插入如SEQ ID NO:10030中列出的pMON74916转化载体中,所述重组DNA包括与编码玉米PHYA蛋白质的基因组DNA可操作地连接的稻肌动蛋白启动子,随后为Hsp17终止子。使用pMON74916用表达PHA的重组DNA转化玉米植物细胞,并将其用于再生转基因植物群体。由约100个转化的植物细胞事件再生转基因植物;选择来自90个事件具有各种表达水平的植物用于授粉以生产R1和F1种子;并且选择来自31个事件的植物用于增强的性状的筛选。
种子发芽和幼苗发育
选择5个事件连同其他转基因材料一起分析在黑暗条件下对种子发芽和幼苗发育的表型作用。每个野生型和转基因玉蜀黍事件的12粒近交种子在湿润且卷起的发芽纸中在完全黑暗的生长室中发芽10天。测量每个幼苗的中胚轴、胚芽鞘和根的长度。与非转基因对照比较,鉴别显示中胚轴和展开的胚芽鞘极大延长生长的转基因玉蜀黍幼苗,所述生长由表达PHYA蛋白质的重组DNA赋予。
密度研究
转基因植物以3个密度在田间生长:高密度为42,000株植物/英亩;中等密度为35,000株植物/英亩;和低密度为28,000株植物/英亩。选择来自表达PHYA的3个植物细胞事件的植物用于研究针对不同密度的生理学和产量应答。来自密度试验YI130的生理学数据概括于下文显示的表23中。在高种植密度下事件ZM_S83483显示植物高度、谷穗高度和节间长度显著减少并且叶绿素含量具有显著增加。
表23
谷粒性状分析
如表24中所示,事件ZM_S83444、ZM_S83446、ZM_S83473、ZM_S83480、ZM_S83483和ZM_S83907显示单谷粒重量显著增加。事件ZM_S83452显示单谷粒重量和总谷粒重量显著增加。筛选数据显示具有稳定整合、非天然、表达光敏色素A蛋白的重组DNA的植物细胞可以再生为与对照植物比较显示增加的产量的植物。
表24
实施例7
这个实施例说明了转基因植物细胞的制备,其包含表达大豆MADS框转录因子蛋白质的重组DNA(SEQ ID NO:77),并鉴别为G1760。
编码大豆MADS框转录因子的DNA从大豆文库中克隆,并插入重组DNA构建体中,所述构建体包括与编码转录因子的DNA可操作地连接的CaMV 35S启动子,随后为终止子。重组DNA构建体插入转化载体质粒中,以产生如SEQ ID NO:10029中所列出的质粒pMON74470,它用于土壤杆菌属介导的大豆植物细胞转化。
使用MON74470用表达MADS框转录因子的重组DNA转化大豆植物细胞并用于再生转基因植物群体。将转基因大豆植物再生并选择用于筛选增强的性状。
转基因大豆植物显示具有高度扩大的萼片和缠绕茎的花。主茎显示减少的侧出分枝和增加的总状花序形成。与对照植物比较,在短白昼(10小时)和长白昼(14小时)条件下,开花时间减少约2-4天。当置于非诱导的20小时光时,转基因植物还开花5周;野生型对照植物在此类条件下不开花。在转基因植物中花和荚果的脱离极大地减少,从而导致每株植物的荚果数目增加。野生型对照植物产生100个荚果左右,特定的转基因植物产生至少125个荚果/植物,并且由一个转基因事件的植物细胞再生的植物产生大于200个荚果/植物。成熟期也有所延迟,从来自单一拷贝事件A29204的植物显示的1周到来自多拷贝事件A28877的植物显示的1个月。来自事件A29204的转基因植物上超过95%的荚果在一个时间段内成熟;但来自事件A28877的转基因植物上只有50%的荚果在相同时间段内成熟。来自转基因植物的种子小于来自对照植物的种子,并且在数目上大于来自对照植物的种子,例如约多1800粒种子/磅。转基因植物还显示具有增强的水利用效率。
在测试大豆的干旱耐受性时,将4.5″罐用Metromix 200制备并将罐调整至相同重量。罐用水饱和。R2或R3纯合种子置于罐的土壤中,每个事件15个罐,每个构建体3-6个事件。植物在600μEM-2S-1的光强度;温度:28℃;相对湿度(RH):60%下生长。使用基因检查条(Trait RUR Lateral Flow 50测试,来自Strategic Diagnostics,Inc.)对选择的植物进行关于CP4基因存在的基因检查。丢弃不需要的阴性植物。当植物达到V1阶段时,通过彻底灌溉用水饱和罐。拍摄在水饱和罐中的植物的照片。排出过量的水并停止进一步的浇水直至对于良好浇水的对照和干旱处理的植物分别为50%的罐含水量和10%的持水量(通过每3-5天测量土壤湿度或罐重量监控含水量)。在大约10%的饱和水重量时,植物开始显示萎蔫表型的起始。每1-2天继续限制浇水以将罐含水量维持在50或10%。接下来的14天测定干旱伤害表型(参见测量结果表)。在干旱处理开始后14天的每一天进行植物的拍照和生理学测定。这些包括,但不限于,植物高度、叶相对含水量、叶水势、叶绿素含量和叶绿素荧光。在14天后罐用营养物溶液饱和并重新开始规律浇水时间表。
表25
测量结果 | 方案 |
农艺学测量结果 | 突出,早季节活力,高度(cm) |
视觉干旱得分 | 分数为1-4:1.健康植物,与对照植物没有差异;2.看见萎蔫,叶变得萎蔫;3.植物萎蔫,仍为绿色并可恢复;4.严重萎蔫,萎黄病并且不可恢复 |
如表25中描述对转基因大豆植物进行的干旱测定法测量结果显示,来自事件GM 29204的转基因植物细胞的转基因大豆植物呈现增强的水利用效率。
与150粒种子/植物的平均数比较,从来自41个转基因植物细胞事件中的一个转基因植物细胞事件(28877)再生的R0植物产生大数目的荚果/节和种子/植物-531R1种子/植物,即产量增加。
实施例6.共有序列
这个实施例说明了对于DNA编码的蛋白质和同源物的共有氨基酸序列的鉴别,所述DNA用于制备本发明的具有增强的农艺性状的转基因种子和植物。
选择ClustalW程序用于SEQ ID NO:136的氨基酸序列及其9个同源物,以及SEQ ID NO:151及其11个同源物的多重序列比对。显著影响序列比对的3个主要因素是(1)蛋白质权重矩阵;(2)缺口开放罚分;(3)缺口延伸罚分。对于ClustalW程序可用的蛋白质权重矩阵包括Blosum、Pam和Gonnet系列。广泛地测试具有缺口开放罚分和缺口延伸罚分的那些参数。在测试结果的基础上,对于多重序列比对选择Blosum权重矩阵、缺口开放罚分10和缺口延伸罚分1。图2显示SEQ ID NO:136、其同源物和结尾的共有序列(SEQ ID NO:10031)的序列。图3显示SEQ ID NO:151、其同源物和结尾的共有序列(SEQ ID NO:10032)的序列。关于共有序列的符号是(1)大写字母为多重序列比对输出的所有位置中100%的同一性;(2)小写字母为>=70%的同一性;符号;(3)“X”指示<70%的同一性;(4)破折号“-”指缺口在>=70%的序列中。
共有氨基酸序列可以用于鉴别对应本发明完全范围的DNA,所述DNA在提供转基因植物例如具有增强的农艺性状的玉米和大豆植物中有用,所述增强的农艺性状例如改善的氮利用效率、增加的产量、改善的水利用效率和/或在冷应激下改善的生长,这是由于编码的氨基酸序列等同于共有氨基酸序列的蛋白质的DNA在植物中的表达。
实施例7.通过Pfam分析鉴别氨基酸结构域
使用附加的计算机列表中的HMMER软件,针对多重序列比对的目前Pfam集合和隐马尔可夫模型分析Pfam蛋白质家族中显示与增强的性状结合的表达蛋白质的氨基酸序列。表26中显示了SEQ IDNO:84-166的蛋白质的Pfam蛋白质家族。附加的计算机列表中还有关于鉴别的专利家族的隐马尔可夫模型数据库,其允许鉴别其他同源蛋白质及其同源编码DNA,以使得本领域普通技术人员能够充分外延本发明。通过单个Pfam结构域鉴别特定蛋白质,并且通过多个Pfam结构域鉴别其他的蛋白质。例如,具有SEQ ID NO:91的氨基酸的蛋白质的特征为2个Pfam结构域,即SRF-TF和K-框;并且具有SEQ IDNO:165的氨基酸的蛋白质的特征为6个Pfam结构域,即GAF、光敏色素、PAS、重复的PAS、HisKA和HATPase。
表26
NUC SEQ ID | PEP SEQ ID | Pfam结构域名称 | 开始 | 终止 | 得分 | E值 |
3 | 86 | Pkinase | 79 | 337 | 343 | 4.30E-100 |
5 | 88 | FA_去饱和酶 | 99 | 319 | 206.2 | 6.60E-59 |
2 | 85 | Ras | 10 | 178 | 297.9 | 1.60E-86 |
1 | 84 | 乙二醛酶 | 27 | 171 | 130.1 | 5.40E-36 |
8 | 91 | SRF-TF | 9 | 59 | 121.4 | 2.30E-33 |
8 | 91 | K-框 | 75 | 176 | 151.7 | 1.70E-42 |
7 | 90 | K-框 | 4 | 104 | 145.6 | 1.20E-40 |
83 | 166 | SRF-TF | 9 | 59 | 99.2 | 1.10E-26 |
83 | 166 | K-框 | 75 | 172 | 92.4 | 1.20E-24 |
82 | 165 | GAF | 219 | 404 | 105.6 | 1.30E-28 |
82 | 165 | 光敏色素 | 415 | 595 | 407.6 | 1.60E-119 |
82 | 165 | PAS | 622 | 738 | 88.9 | 1.40E-23 |
82 | 165 | PAS | 753 | 878 | 101.1 | 2.80E-27 |
82 | 165 | HisKA | 898 | 957 | 27.6 | 4.00E-05 |
82 | 165 | HATPase c | 1012 | 1124 | 66.9 | 5.80E-17 |
9 | 92 | 同源异型框 | 97 | 158 | 68 | 2.80E-17 |
10 | 93 | AP2 | 5 | 68 | 127.5 | 3.30E-35 |
11 | 94 | GATA | 196 | 231 | 71.3 | 2.70E-18 |
12 | 95 | AT钩 | 57 | 69 | 7.4 | 1.1 |
12 | 95 | DUF296 | 84 | 208 | 183.6 | 4.30E-52 |
24 | 107 | 小突触小泡蛋白 | 128 | 215 | 137.6 | 2.90E-38 |
31 | 114 | 吡哆醛_deC | 28 | 381 | 194.6 | 2.10E-55 |
36 | 119 | Metallophos | 63 | 258 | 161 | 2.80E-45 |
21 | 104 | Pkinase | 12 | 267 | 346 | 5.40E-101 |
21 | 104 | Pkinase Tyr | 12 | 265 | 88.5 | 1.80E-23 |
21 | 104 | NAF | 310 | 369 | 98.6 | 1.60E-26 |
26 | 109 | MtN3 slv | 9 | 98 | 96.7 | 6.10E-26 |
26 | 109 | MtN3 slv | 132 | 218 | 116.8 | 5.70E-32 |
27 | 110 | 内酰胺酶_B | 94 | 252 | 125.1 | 1.80E-34 |
33 | 116 | HSP20 | 53 | 157 | 159.9 | 5.80E-45 |
28 | 111 | RTC | 3 | 353 | 275.2 | 1.10E-79 |
28 | 111 | RTC_插入片段 | 184 | 300 | 120.8 | 3.40E-33 |
37 | 120 | PDZ | 200 | 284 | 37.6 | 3.80E-08 |
37 | 120 | 肽酶_S41 | 320 | 483 | 244.5 | 1.90E-70 |
35 | 118 | E2F TDP | 167 | 232 | 131 | 2.90E-36 |
41 | 124 | Pkinase | 63 | 341 | 199.5 | 7.00E-57 |
41 | 124 | Pkinase Tyr | 63 | 341 | 243 | 5.60E-70 |
43 | 126 | zf-C2H2 | 72 | 94 | 25.6 | 0.00016 |
43 | 126 | zf-C2H2 | 149 | 171 | 20.5 | 0.0054 |
4 | 87 | zf-C2H2 | 85 | 107 | 22.1 | 0.0018 |
17 | 100 | PRA1 | 10 | 161 | 181.8 | 1.50E-51 |
22 | 105 | AAA | 154 | 352 | 85 | 2.10E-22 |
14 | 97 | CBFD NFYB HMF | 31 | 96 | 134.4 | 2.80E-37 |
34 | 117 | 肽酶_C15 | 11 | 219 | -72.2 | 3.50E-07 |
20 | 103 | Pkinase | 13 | 267 | 345.5 | 7.80E-101 |
20 | 103 | Pkinase Tyr | 13 | 265 | 75.2 | 1.80E-19 |
20 | 103 | NAF | 312 | 371 | 104.7 | 2.50E-28 |
32 | 115 | HSF_DNA-结合 | 49 | 225 | 212.2 | 1.00E-60 |
19 | 102 | Pkinase | 37 | 291 | 353.9 | 2.30E-103 |
19 | 102 | RIO1 | 50 | 208 | -88.1 | 0.0038 |
19 | 102 | NAF | 375 | 432 | 101.8 | 1.80E-27 |
40 | 123 | Aldo ket red | 7 | 284 | 448.1 | 1.00E-131 |
42 | 125 | FBPase | 13 | 337 | 691.6 | 5.30E-205 |
6 | 89 | SRF-TF | 9 | 59 | 119.7 | 7.20E-33 |
18 | 101 | DNA_光解酶 | 6 | 173 | 163.3 | 5.70E-46 |
18 | 101 | FAD_结合_7 | 205 | 476 | 425.8 | 5.50E-125 |
30 | 113 | Pkinase | 41 | 327 | 326.6 | 3.80E-95 |
23 | 106 | NIF | 95 | 291 | 90.6 | 4.10E-24 |
15 | 98 | Gotl | 30 | 130 | 237 | 3.60E-68 |
16 | 99 | RRM1 | 21 | 89 | 67.1 | 5.00E-17 |
29 | 112 | Di19 | 13 | 206 | 365.4 | 8.00E-107 |
25 | 108 | CorA | 90 | 467 | 408.2 | 1.00E-119 |
39 | 122 | SPC25 | 12 | 190 | 252.3 | 9.00E-73 |
44 | 127 | 应答_reg | 18 | 139 | 151.1 | 2.60E-42 |
44 | 127 | .HisKA | 320 | 385 | 101.5 | 2.30E-27 |
44 | 127 | HATPase c | 432 | 565 | 138.4 | 1.70E-38 |
44 | 127 | 应答_reg | 740 | 862 | 128 | 2.40E-35 |
44 | 127 | Hpt | 922 | 1013 | 63.4 | 6.60E-16 |
45 | 128 | 应答_reg | 18 | 139 | 151.1 | 2.60E-42 |
45 | 128 | HisKA | 320 | 385 | 101.5 | 2.30E-27 |
45 | 128 | HATPase c | 432 | 565 | 138.4 | 1.70E-38 |
45 | 128 | 应答_reg | 740 | 862 | 128 | 2.40E-35 |
45 | 128 | Hpt | 922 | 1013 | 63.4 | 6.60E-16 |
46 | 129 | NAM | 9 | 135 | 313.7 | 2.90E-91 |
47 | 130 | Aminotran 1_2 | 183 | 576 | 55.7 | 1.40E-13 |
48 | 131 | 过氧化氢酶 | 18 | 401 | 960.1 | 7.80E-286 |
49 | 132 | BRO1 | 10 | 172 | 177.8 | 2.40E-50 |
69 | 152 | Gotl | 30 | 130 | 211.8 | 1.40E-60 |
70 | 153 | Gotl | 30 | 130 | 174.9 | 1.80E-49 |
71 | 154 | 半胱氨酸蛋白酶抑制剂 | 36 | 124 | 87.6 | 3.40E-23 |
72 | 155 | 半胱氨酸蛋白酶抑制剂 | 36 | 124 | 87.6 | 3.40E-23 |
73 | 156 | RRM1 | 22 | 87 | 32.4 | 1.40E-06 |
74 | 157 | Pkinase_Tyr | 55 | 304 | 86.2 | 9.10E-23 |
74 | 157 | Pkinase | 55 | 306 | 362 | 8.40E-106 |
75 | 158 | SPX | 1 | 167 | 88.9 | 1.30E-23 |
75 | 158 | zf-C3HC4 | 238 | 286 | 17 | 0.0024 |
76 | 159 | Pkinase Tyr | 19 | 271 | 70.8 | 4.00E-18 |
76 | 159 | Pkinase | 19 | 273 | 359.7 | 4.10E-105 |
76 | 159 | NAF | 324 | 381 | 105.6 | 1.30E-28 |
77 | 160 | SRF-TF | 9 | 59 | 100.8 | 3.60E-27 |
77 | 160 | K-框 | 73 | 173 | 95.3 | 1.60E-25 |
50 | 133 | 肽酶_S10 | 1 | 227 | -42.7 | 6.00E-11 |
51 | 134 | Ank | 44 | 76 | 47.3 | 4.70E-11 |
51 | 134 | Ank | 77 | 109 | 33.5 | 6.40E-07 |
51 | 134 | Ank | 111 | 144 | 15.7 | 0.14 |
51 | 134 | Ank | 185 | 217 | 39.7 | 9.00E-09 |
51 | 134 | Ank | 228 | 260 | 30.7 | 4.50E-06 |
52 | 135 | Pkinase_Tyr | 51 | 341 | 158.7 | 1.40E-44 |
52 | 135 | Pkinase | 63 | 341 | 104.4 | 3.00E-28 |
54 | 137 | GATase 2 | 2 | 162 | 11.8 | 6.10E-12 |
54 | 137 | Asn_合酶 | 211 | 479 | 334.3 | 1.80E-97 |
55 | 138 | HSP20 | 56 | 164 | 168-2 | 1.90E-47 |
78 | 161 | 内酰胺酶_B | 93 | 251 | 129 | 1.20E-35 |
56 | 139 | UPF0057 | 11 | 62 | 102.9 | 8.40E-28 |
57 | 140 | Oxidored_FMN | 6 | 341 | 302.1 | 9.10E-88 |
58 | 141 | Pkirnase | 39 | 325 | 309.2 | 6.40E-90 |
59 | 142 | 吡哆醛_deC | 33 | 381 | 546 | 3.40E-161 |
60 | 143 | 吡哆醛_deC | 33 | 381 | 546 | 3.40E-161 |
61 | 144 | HSP20 | 57 | 160 | 178.8 | 1.20E-50 |
38 | 121 | PDZ | 200 | 284 | 37.6 | 3.80E-08 |
38 | 121 | 肽酶_S41 | 320 | 483 | 244.5 | 1.90E-70 |
62 | 145 | Cpn60 TCP1 | 59 | 562 | 578.6 | 5.40E-171 |
63 | 146 | DSPc | 50 | 188 | 142.9 | 7.70E-40 |
64 | 147 | 异淀粉酶_N | 61 | 149 | 94.9 | 2.10E-25 |
64 | 147 | α淀粉酶 | 209 | 589 | -36.4 | 1.30E-07 |
79 | 162 | Pkinase | 45 | 299 | 360.3 | 2.80E-105 |
79 | 162 | NAF | 384 | 441 | 105.2 | 1.70E-28 |
65 | 148 | DUF1685 | 38 | 146 | 184.5 | 2.40E-52 |
80 | 163 | GAF | 219 | 404 | 108.4 | 1.90E-29 |
80 | 163 | 光敏色素 | 415 | 595 | 409.1 | 5.70E-120 |
80 | 163 | PAS | 622 | 737 | 96.6 | 6.50E-26 |
80 | 163 | PAS | 752 | 877 | 107.4 | 3.80E-29 |
80 | 163 | HisKA | 897 | 956 | 26.7 | 7.10E-05 |
80 | 163 | HATPase c | 1011 | 1123 | 64.4 | 3.30E-16 |
66 | 149 | Glyco_hydro_1 | 74 | 558 | 1024.9 | 0 |
67 | 150 | ArfGap | 17 | 133 | 174.4 | 2.50E-49 |
81 | 164 | AP2 | 6 | 69 | 132 | 1.50E-36 |
表27
pfam结构域名称 | 登记号 | 聚集截止值 | 结构域描述 |
AAA | PF00004.17 | 10 | 与各种细胞活性相关的ATPase家族(AAA) |
AP2 | PF00847.9 | 0 | AP2结构域 |
Aldo ket red | PF00248.10 | -97 | 醛/酮还原酶家族 |
α淀粉酶 | PF00128.11 | -93 | α淀粉酶,催化结构域 |
Aminotran 1_2 | PF00155.9 | -57.5 | I和II类转氨酶 |
Ank | PF00023.17 | 21.6 | 锚蛋白重复序列 |
ArfGap | PF01412.8 | -17 | 对于Arf推定的GTP酶激活蛋白质 |
Asn_合酶 | PF00733.10 | -52.8 | 天冬酰胺合酶 |
BRO1 | PF03097.6 | 25 | BR01样结构域 |
CBFD NFYB HMF | PF00808.12 | 18.4 | 组蛋白样转录因子(CBF/NF-Y)和archaeal组蛋白 |
过氧化氢酶 | PF00199.8 | -229 | 过氧化氢酶 |
CorA | PF01544.8 | -61.3 | CorA样Mg2+转运蛋白 |
Cpn60TCP1 | PF00118.13 | -223.4 | TCP-1/cpn60陪伴蛋白家族 |
半胱氨酸蛋白酶抑制剂 | PF00031.10 | 17.5 | 半胱氨酸蛋白酶抑制剂结构域 |
DNA_光解酶 | PF00875.7 | -10 | DNA光解酶 |
DSPc | PF00782.9 | -21.8 | 双重特异性磷酸酶,催化结构域 |
DUF1685 | PF07939.1 | 25 | 未知功能的蛋白质(DUF1685) |
DUF296 | PF03479.4 | -11 | 未知功能的结构域(DUF296) |
Di19 | PF05605.2 | 25 | 干旱诱导的19蛋白质(Di19) |
E2F_TDP | PF02319.9 | 17 | E2F/TDP家族翼状螺旋DNA结合结构域 |
FAD_结合_7 | PF03441.3 | 25 | DNA光解酶的FAD结合结构域 |
FA_去饱和酶 | PF00487.13 | -46 | 脂肪酸去饱和酶 |
FBPase | PF00316.9 | -170.3 | 果糖-1,6-二磷酸酶 |
GAF | PF01590.14 | 23 | GAF结构域 |
GATA | PF00320.15 | 28.5 | GATA锌指 |
GATase_2 | PF00310.10 | -106.2 | II类谷氨酰胺转氨酶 |
Glyco_hydro_1 | PF00232.8 | -301.8 | 糖基水解酶家族1 |
乙二醛酶 | PF00903.14 | 12.1 | 乙二醛酶/博来霉素抗性蛋白质/加双氧酶超家族 |
Gotl | PF04178.2 | 25 | Gotl样家族 |
HATPase_c | PF02518.13 | 22.4 | 组氨酸激酶,DNA促旋酶B,和HSP90样ATPase |
HSF_DNA结合 | PF00447.7 | -70 | HSF类型DNA结合 |
HSP20 | PF00011.9 | 13 | HSP20/α晶体蛋白家族 |
HisKA | PF00512.13 | 10.2 | His激酶A(磷受体(phosphoacceptor))结构域 |
同源异型框 | PF00046.17 | -4.1 | 同源异型框结构域 |
Hpt | PF01627.11 | 25 | Hpt结构域 |
异淀粉酶N | PF02922.7 | -6.5 | 异淀粉酶N末端结构域 |
K-框 | PF01486.7 | 0 | K-框区域 |
内酰胺酶_B | PF00753.15 | 22.3 | 金属β内酰胺酶超家族 |
Metallophos | PF00149.16 | 22 | 钙依赖磷酸酶样磷酸酯酶 |
MtN3_slv | PF03083.5 | -0.8 | MtN3/唾液家族 |
NAF | PF03822.4 | 25 | NAF结构域 |
NAM | PF02365.5 | -19 | 无顶端分生组织(NAM)蛋白质 |
NIF | PF03031.7 | -81 | NLI相互作用因子样磷酸酶 |
Oxidored_FMN | PF00724.8 | -147.7 | NADH:黄素氧化还原酶/NADH氧化酶家族 |
PAS | PF00989.12 | 20 | PAS折叠 |
PDZ | PF00595.11 | 12.1 | PDA结构域(还称为DHR或GLGF) |
PRA1 | PF03208.8 | 25 | PRA1家族蛋白质 |
肽酶_C15 | PF01470.7 | -100 | 焦谷氨酰肽酶 |
肽酶_S10 | PF00450.11 | -198 | 丝氨酸羧肽酶 |
肽酶_S41 | PF03572.7 | -25.8 | 肽酶家族s41 |
光敏色素 | PF00360.9 | 11 | 光敏色素区域 |
Pkinase | PF00069.14 | -70.8 | 蛋白质激酶结构域 |
Pkinase_Tyr | PF07714.4 | 65 | 蛋白质酪氨酸激酶 |
吡哆醛_deC | PF00282.8 | -158.6 | 吡哆醛依赖性脱羧酶保守结构域 |
RIO1 | PF01163.11 | -89.1 | RI01家族 |
RRM_1 | PF00076.10 | 15.2 | RNA识别基序(也称为RRM、RBD或RNP结构域) |
RTC | PF01137.11 | -36.9 | RNA3′末端磷酸环化酶 |
RTC_插入片段 | PF05189.3 | 25 | RNA3′末端磷酸环化酶(RTC),插入结构域 |
Ras | PF00071.11 | 18 | Ras家族 |
应答_reg | PF00072.11 | -14.4 | 应答调节物接受结构域 |
SPC25 | PF06703.1 | 25 | 微粒体信号肽酶25kDa亚基(sPC25) |
SPX | PF03105.9 | -20 | SPX结构域 |
SRF-TF | PF00319.8 | 11 | SPF类型转录因子(DNA结合和二聚化结构域) |
小突触小泡蛋白 | PF00957.9 | 25 | 小突触小泡蛋白 |
UPF0057 | PF01679.7 | 25 | 未表征的蛋白质家族UPF0057 |
zf-C2H2 | PF00096.14 | 19 | 锌指,C2H2类型 |
zf-C3HC4 | PF00097.12 | 16.9 | 锌指,C3HC4类型(RINC指) |
实施例8.具有增强的农艺性状的转基因植物的选择
这个实施例说明了通过选择来源于本发明转基因植物细胞的转基因种子和植物的制备和鉴别,其中通过筛选由蛋白质表达赋予的增强的农艺性状来鉴别植物和种子,所述蛋白质选自实施例4中鉴别的同源蛋白质,SEQ ID NO:121、128、152-160、162和164。用重组DNA转化玉米、大豆、棉花、低芥酸菜子、小麦和稻的转基因植物细胞,以表达实施例4中鉴别的每种同源物。由转化的植物细胞再生植物并将其用于生产后代植物和种子,筛选所述后代植物和种子的增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。通过同源蛋白质的表达鉴别显示赋予的增强的性状的植物。
Claims (22)
1.一种具有稳定整合的重组DNA的植物细胞,其包括在植物细胞中起作用并且与来自植物、细菌或酵母的DNA可操作地连接的启动子,所述DNA编码在序列中具有至少一个氨基酸结构域的蛋白质,所述氨基酸结构域对于与Pfam名称组中由Pfam名称鉴别的蛋白质结构域家族的氨基酸序列比对超过Pfam聚集截止值,所述蛋白质结构域家族由AAA、AP2、Aldo ket red、α淀粉酶、Aminotran 1 2、Ank、ArfGap、Asn合酶、BRO1、CBFD NFYB HMF、过氧化氢酶、CorA、Cpn60 TCP1、半胱氨酸蛋白酶抑制剂、DNA光解酶、DSPc、DUF1685、DUF296、Di19、E2F TDP、FAD结合7、FA去饱和酶、FBPase、GAF、GATA、GATase 2、Glyco hydro1、乙二醛酶、Got1、HATPase c、HSFDNA-结合、HSP20、HisKA、同源异型框、Hpt、异淀粉酶N、K-框、内酰胺酶B、Metallophos、MtN3 slv、NAF、NAM、NIF、Oxidored FMN、PAS、PDZ、PRA1、肽酶C15、肽酶S10、肽酶S41、光敏色素、Peinase、Pkinase Tyr、吡哆醛deC、RIO1、RRM 1、RTC、RTC插入片段、Ras、应答reg、SPC25、SPX、SRF-TF、小突触小泡蛋白、UPF0057、zf-C2H2、和zf-C3HC4组成;其中关于所述蛋白质结构域家族的Pfam聚集截止值在表28中说明;其中通过筛选由所述群体中的植物细胞再生并表达所述蛋白质的植物与不具有所述重组DNA的对照植物相比增强的性状,从具有所述重组DNA的植物细胞群体选择所述植物细胞;并且其中所述增强的性状选自增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油。
2.权利要求1的植物细胞,其中所述蛋白质具有的氨基酸序列与共有氨基酸序列群中的共有氨基酸序列具有至少90%的同一性,所述共有氨基酸序列群由关于SEQ ID NO:84构建的共有氨基酸序列和表2中列举的其同源物,以及关于SEQ ID NO:166构建的共有氨基酸序列和表2中列举的其同源物组成。
3.权利要求1的植物细胞,其中所述蛋白质选自表1中鉴别的蛋白质群。
4.权利要求1的植物细胞,其进一步包括表达蛋白质的DNA,所述蛋白质提供来自暴露于除草剂的耐受性,所述除草剂以对野生型所述植物细胞致死的水平应用。
5.权利要求4的植物细胞,其中所述此类除草剂的试剂是草甘膦、麦草畏或草铵膦化合物。
6.一种转基因植物,其包括许多权利要求1的植物细胞。
7.权利要求6的转基因植物,其对于所述重组DNA是纯合的。
8.一种转基因种子,其包括许多权利要求1的植物细胞。
9.权利要求8的转基因种子,其来自玉米、大豆、棉花、低芥酸菜子、苜蓿、小麦或稻植物。
10.权利要求9的非天然、转基因玉米种子,其中所述种子可以产生对来自Mal de Rio Cuarto病毒或高粱柄锈菌真菌或两者的疾病有抵抗力的玉米植物。
11.一种转基因花粉粒,其包括权利要求1的植物细胞的单倍体衍生物。
12.一种用于制备非天然、转基因种子的方法,所述种子可以用于生产一批具有增强的性状的转基因植物,所述增强的性状由稳定整合的重组DNA表达产生,所述重组DNA包括(a)在植物细胞中起作用并且(b)与来自植物、细菌或酵母的DNA可操作地连接的启动子,所述DNA编码在序列中具有至少一个氨基酸结构域的蛋白质,所述氨基酸结构域对于与Pfam名称组中由Pfam名称鉴别的蛋白质结构域家族的氨基酸序列比对超过Pfam聚集截止值,所述蛋白质结构域家族由AAA、AP2、Aldo ket red、α淀粉酶、Aminotran12、Ank、ArfGap、Asn合酶、BRO1、CBFD NFYB HMF、过氧化氢酶、CorA、Cpn60 TCP1、半胱氨酸蛋白酶抑制剂、DNA光解酶、DSPc、DUF1685、DUF296、Di19、E2F TDP、FAD结合7、FA去饱和酶、FBPase、GAF、GATA、GATase 2、Glyco hydro1、乙二醛酶、Got1、HATPase c、HSFDNA-结合、HSP20、HisKA、同源异型框、Hpt、异淀粉酶N、K-框、内酰胺酶B、Metallophos、MtN3 slv、NAF、NAM、NIF、Oxidored FMN、PAS、PDZ、PRA1、肽酶C15、肽酶S10、肽酶S41、光敏色素、Peinase、Pkinase Tyr、吡哆醛deC、RIO1、RRM 1、RTC、RTC插入片段、Ras、应答reg、SPC25、SPX、SRF-TF、小突触小泡蛋白、UPF0057、zf-C2H2、和zf-C3HC4组成;其中关于所述蛋白质结构域家族的Pfam聚集截止值在表28中说明;并且其中所述增强的性状选自增强的水利用效率、增强的耐寒性、增加的产量、增强的氮利用效率、增强的种子蛋白质和增强的种子油,用于制备所述种子的所述方法包括:
(a)在植物群体中筛选所述增强的性状和所述重组DNA,其中在所述群体中的个体植物可以显示的所述性状水平低于、基本上等于或高于所述性状在不表达所述重组DNA的对照植物中显示的水平,
(b)从所述群体中选择一种或多种植物,它们显示的性状水平大于所述性状在对照植物中显示的水平,
(c)证实所述重组DNA稳定整合在所述选择的植物中,
(d)分析所选植物的组织以确定生产的蛋白质具有由SEQ ID NO:1-83之一序列中的核苷酸编码的蛋白质的功能;和
(e)收集来自所选植物的种子。
13.权利要求12的方法,其中所述群体的植物进一步包括表达蛋白质的DNA,所述蛋白质提供针对暴露于除草剂的耐受性,所述除草剂以对野生型植物细胞致死的水平应用,并且其中所述选择通过用所述除草剂处理所述群体来实现。
14.权利要求13的方法,其中所述除草剂包括草甘膦、麦草畏或草铵膦化合物。
15.权利要求12的方法,其中所述选择通过鉴别具有所述增强的性状的植物来实现。
16.权利要求12的方法,其中所述种子是玉米、大豆、棉花、苜蓿、小麦或稻种子。
17.一种生产杂交玉米种子的方法,其包括:
(a)从除草剂耐受性玉米植物获得杂交玉米种子,所述玉米植物还具有稳定整合的重组DNA,所述重组DNA包括(a)在植物细胞中起作用并且(b)与DNA可操作地连接的启动子,所述DNA编码在序列中具有至少一个氨基酸结构域的蛋白质,所述氨基酸结构域对于与Pfam名称组中由Pfam名称鉴别的蛋白质结构域家族的氨基酸序列比对超过Pfam聚集截止值,所述蛋白质结构域家族由AAA、AP2、Aldo ket red、α淀粉酶、Aminotran 1 2、Ank、ArfGap、Asn合酶、BRO1、CBFD NFYB HMF、过氧化氢酶、CorA、Cpn60 TCP1、半胱氨酸蛋白酶抑制剂、DNA光解酶、DSPc、DUF1685、DUF296、Di19、E2F TDP、FAD结合7、FA去饱和酶、FBPase、GAF、GATA、GATase 2、Glycohydro1、乙二醛酶、Got1、HATPase c、HSF DNA-结合、HSP20、HisKA、同源异型框、Hpt、异淀粉酶N、K-框、内酰胺酶B、Metallophos、MtN3 slv、NAF、NAM、NIF、Oxidored FMN、PAS、PDZ、PRA1、肽酶C15、肽酶S10、肽酶S41、光敏色素、Peinase、Pkinase Tyr、吡哆醛deC、RIO1、RRM 1、RTC、RTC插入片段、Ras、应答reg、SPC25、SPX、SRF-TF、小突触小泡蛋白、UPF0057、zf-C2H2、和zf-C3HC4组成;其中关于所述蛋白质结构域家族的Pfam聚集截止值在表28中说明;
(b)由所述杂交玉米种子生产玉米植物,其中由所述杂交玉米种子产生的所述植物的一部分对于所述重组DNA是纯合的,由所述杂交玉米种子产生的所述植物的一部分对于所述重组DNA是半合子的,并且由所述杂交玉米种子产生的所述植物的一部分没有一种所述重组DNA;
(c)通过用除草剂处理选择对于所述重组DNA是纯合和半合子的玉米植物;
(d)收集来自除草剂处理存活的玉米植物的种子并种植所述种子以产生进一步的后代玉米植物;
(e)将步骤(c)和(d)重复至少一次以产生近交玉米系;
(f)使所述近交玉米系与第二种玉米系杂交以生产杂交种子。
18.选择包括权利要求1的细胞的植物的方法,其中使用免疫反应性抗体检测所述蛋白质在种子或植物组织中的存在。
19.防伪的研磨种子,其具有作为来源指示的权利要求1的植物细胞。
20.一种无需灌溉水培育玉米、棉花或大豆农作物的方法,其包括种植具有权利要求1的植物细胞的种子,所述种子根据增强的水利用效率进行选择。
21.权利要求20的方法,其包括在所述农作物生产过程中提供最高达300毫米的地下水。
22.一种无需添加氮肥料培育玉米、棉花或大豆农作物的方法,其包括种植具有权利要求1的植物细胞的种子,所述种子根据增强的氮利用效率进行选择。
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