调控植物中色素生产的组合物和方法
技术领域
本发明属于植物中色素发育(development)的领域。
背景技术
花青素色素的积累是水果质量的重要决定因素。色素为用户提供了基本的品种区别并涉及到苹果的健康属性(Boyer and Liu,2004)。
花青素色素属于遍在的统称为黄酮类化合物的二级代谢产物的不同组。在植物中,黄酮类化合物涉及到包括防御在内的无数生物学功能,同时,被着色的花青素化合物尤其在植物/动物相互作用中作为引诱剂扮演了重要的生理学角色。
包括花青素在内的全部黄酮类化合物的主要前体是丙二酸单酰辅酶A和对-香豆酰辅酶A。从这些前体查耳酮合成酶(CHS)合成出查耳酮,这是花青素生产和C15骨架建立的第一个关键步骤。查耳酮然后被查耳酮异构酶(CHI)异构化来生产查耳酮柑橘黄素,并且从那里,经由黄烷酮3[β]-羟化酶(F3H)的羟基化步骤转化柑橘黄素到二氢黄酮醇(dihydroflavonon)。二氢黄酮醇被二氢黄酮醇(dihydroflavonon)4-还原酶(DFR)还原,产生白花色苷,然后白花色苷被白花色苷元加双氧酶(LDOX)转化成有色化合物anthocyanindin,同时最终的糖基化步骤被尿嘧啶二磷酸盐(UDP)-葡萄糖:类黄酮3-邻-葡萄糖基转移酶(UFGT)所介导。花青素颜色的差异能归因于包括分子结构和羟基的类型和数目以及连接的糖和酸以及诸如pH值或超微结构的细胞环境在内的大量因素。在许多的花青素色素中,主要负责苹果皮中红色着色的色素是花青苷3-邻-半乳糖苷形式的花青素,并且在苹果的这个生物合成途径中的酶类已经被很好的描述(Kim et al.,2003,PlantScience 165,403-413;Honda et al.,2002,Plant Physiology andBiochemistry 40,955-962)。长久以来已经观察到,花青素类被升高来响应特定的环境、发育和病原刺激。在苹果中的研究已经证实了花青素积累的环境和发育调控。当水果遭受白光,或更显著地,UV光时,色素生物合成能被诱导,在其它物种中也观察到这个现象。而且,通过将所述水果进行低温储存,花青素水平能被提高。存在在苹果的发育方式中具有明显的花青素酶活性的花青素酶的同等诱导的证据,并且,依赖于品种,相关的着色在不熟的水果中增加并在成熟时再次增加。
研究显示,在花青素途径中,存在通过同启动子元件复合的转录因子(TFs)的特定结合进行的高度特异的基因调控(Holton and Cornish,1995,Plant Cell 7,1071-1083)。这个调控可能也扩展到诸如花青素运输蛋白的非途径基因。
MYB TFs已经被显示在花青素的转录调控中扮演重要的角色。植物MYBs已经被牵涉到像二级代谢(包括所述花青素途径)、发育、信号传导和疾病抵抗力一样多样的控制途径(Jin and Martin,1999,PlantMol Biol,41,577-585)。它们被包含单个或多个缺陷重复的结构保守DNA结合区域赋予特色;那些花青素途径相关的区域趋向于二重复(two-repeat)(R2R3)类别。调控也能在花青素生物合成途径早期或晚期对基因的谨慎的小组(discreet groups)特异。在紫苏(Perillafruitescens)叶片中,TF驱动的调控已经在从CHS到结果的花青素蛋白运输基因的实际上所有的花青素生物合成的阶段中观察到,同时,在葡萄(Vitis vinifera)中,被MybA进行的特定调控被限定在蛋白生产的终点(UFGT)。
在拟南芥属植物(Arabidopsis)中存在被分成24个亚组的大约140个R2R3 MYB TFs(Stracke et al 2001,Current Opinion in Plant Biology,4,447-556)。花青素色素1(PAP1)MYB的生产(Borevitz et al.,2000,PlantCell,12,2383-2394)属于亚组10(当Stracke et al.,2001的系统发育被使用时)并证明了同其它已知花青素调控子相比高度的氨基酸保守。PAP1在转基因拟南芥中过表达导致了花青素生物合成途径中从PAL到CHS和DFR的大量基因的上调(Borevitz et al.,2000,Plant Cell,12,2383-2394;Tohge et al.,2005,Plant Journal,42,218-235)。
一般地,MYBs同基础的螺旋环螺旋TFs(bHLH)紧密地相互作用,并且这个作用已经被广泛地研究其与黄酮类化合物生产的关系(Mol et al.,1996;Winkel-Shirley,2001)。范例包括玉米ZmC MYB和ZmB bHLH和牵牛花AN2 MYB和AN1/JAF13bHLHs(Goff et al.,1992Genes Dev,6,864-875;Mol et al.,1998,Trends in Plant Science,3,212-217)。明显地,在不同物种中存在这个同等物的保守程度。然而,MYB-bHLH合作不总是必需的。来源于PAP1过表达的结果暗示,相似于玉米P MYB(Grotewold et al.,2000 Proc Natl Acad Sci USA,97,13579-13584)和拟南芥MYB12(Mehrtens et al.,2005 Plant Physiology,138,1083-1096),PAP1不需要过表达的bHLH共同调节因子来驱动花青素生产的大量增加。然而,进一步的研究显示,PAP1确实同bHLHs紧密地相互作用,这在体内实验中导致更强启动子(DFR)激活(Zimmermann et al.,2004 Plant J,40,22-34)。更近期地,PAP1过表达线的整体的转录组学和代谢组学分析证实,PAP1上调bHLH TT8(At4g09820)18倍(Tohge et al.,2005,Plant J,42,218-235)。这个对共同调控因子的依赖同高度保守的R2R3结合区域中的少量氨基酸改变相关,如在不依赖bHLH的玉米P和依赖bHLH的玉米C1 MYBs间的对比所证明的,并足以定向不同种类的目标基因的激活(Grotewoldet al.,2000,Proc Natl Acad Sci USA,97,13579-13584)。在本研究中,从C1的R2R3区域到P1的相应位置的仅6个氨基酸的替换导致了具有同C1相似的依赖bHLH的行为的突变。更近期地,它被暗示,这可能是目标基因间允许MYBs区别的关键机理(Hernandez et al.,2004,J.Biol.CHem,279,48205-48213)。这些关键的氨基酸在图1中进行了标识。同PAP1相比,FaMYB1在草莓的后期发育过程中抑制了花青素的生物合成。不管这个改变的角色,FaMYB1分享了激活MYBs的同源性并能同诸如牵牛花AN1和JAF13的(激活)bHLH相互作用(Aharoni etal.,2001,Plant J,28,319-332)。不管PAP-样激活子和FaMYB-样抑制子的关键氨基酸残基一样,激活子倾向于属于亚组10而抑制子属于亚组17(根据Stracke et al)。
额外水平的花青素调控涉及含有同MYB和bHLH蛋白形成复合物的WD40区域蛋白的蛋白的单独类别(如在Ramsay and Glover,2005,Trends in Plant Science,10,63-70中回顾的)。范例包括牵牛花中的an1 1(de Vetten et al.,1997 Genes Dev,11,1422-1434)和拟南芥中的TTG1(Walker et al.,1999,Plant Cell,11,1337-1350)。花青素的转录控制可能被组织特异的调控(Kubo et at,1999,Plant Cell,11,1217-1226)和依赖于诸如冷、光和发育线索(cues)的刺激的可能不同的调控层次(Davuluri et al.,2005,Nature Biotechnology,23,890-895)进一步并发。
尽管对苹果花青素合成的激活和抑制的研究已经表明,截至目前,发育和环境调控,调控花青素合成的转录因子在这个物种或任何其它每年落叶的水果中是不同的。苹果中的花青素积累的控制是理解和处理水果颜色的关键问题。对施加这个控制的因子的鉴别提供了调节水果组织中起源于花青素的着色的程度和分布的工具。
因此,本发明的目标是提供调控苹果物种中花青素生产的转录因子序列和/或至少提供给公众有用的选择。
发明内容
在第一方面,本发明提供分离的多聚核苷酸,包括
a)编码具有SEQ ID NO:1-4和9-21或其变种的任何一种氨基酸序列的多肽的序列,其中的多肽或其变种是能调控植物中花青素生产的转录因子;
b)具有长度至少为a)的序列的15个核苷酸的片段;
c)a)的序列的互补序列;
d)b)的序列的互补序列;
e)在严格条件下能同a)的序列杂交的至少长15个核苷酸的序列。
在一个实施方案中,分离的多聚核苷酸包含
a)编码具有同SEQ ID NO:1-4和9-21的任何一种氨基酸序列至少65%同一性的多肽的序列,其中的多肽是能调控植物中花青素生产的转录因子;
b)具有长度至少为a)的序列的15个核苷酸的片段;
c)a)的序列的互补序列;
d)b)的序列的互补序列;
e)在严格条件下能同a)的序列杂交的至少长15个核苷酸的序列。
在进一步的实施方案中,所述多肽具有同SEQ ID NO:1的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,所述多肽具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列。
在进一步的实施方案中,所述多肽具有同SEQ ID NO:2的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,所述多肽具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列。
在进一步的实施方案中,所述多肽具有同SEQ ID NO:3的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,所述多肽具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列。
在进一步的实施方案中,所述多肽具有同SEQ ID NO:4的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,所述多肽具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列。
在进一步的实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:5-8、22-47和102的任何一种的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:5-8、22-47和102的任何一种的编码序列至少70%的同一性。
在进一步的实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:5的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:5的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQID NO:5的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:5的编码序列。
在进一步的实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:6的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:6的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQID NO:6的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:6的编码序列。
在进一步的实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:7的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:7的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQID NO:7的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:7的编码序列。
在进一步的实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:8的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:8的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQID NO:8的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:8的编码序列。
在进一步的方面,本发明提供分离的多聚核苷酸,其包含:
a)具有同SEQ ID NO:5-8、22-47和102的任何一种核苷酸序列至少70%同一性的序列,其中所述序列编码能调控植物中花青素生产的转录因子;
b)具有长度至少为a)的序列的15个核苷酸的片段;
c)a)的序列的互补序列;
d)b)的序列的互补序列;
e)在严格条件下能同a)的序列杂交的至少长15个核苷酸的序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:5的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:5的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQ IDNO:5的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:5的编码序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:6的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:6的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQ IDNO:6的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:6的编码序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:7的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:7的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQ IDNO:7的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:7的编码序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:8的序列至少70%的同一性。优选地,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:8的编码序列至少70%的同一性。更优选地,在a)中的序列具有SEQ IDNO:8的序列。更优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:8的编码序列。
在进一步的方面,本发明提供具有同编码含有选自SEQ ID NO:1到4和9到21的任何一种的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列至少70%序列同一性的分离多聚核苷酸,其中所述多聚核苷酸编码能调控植物中花青素生产的转录因子。
在一个实施方案中,分离多聚核苷酸具有同编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列至少70%的序列同一性。
在进一步的实施方案中,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列。优选地,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:5的编码序列。
在进一步的方面,本发明提供分离多聚核苷酸,其包含
a)编码具有同SEQ ID NO:1-4和9-21的任何一种氨基酸序列至少65%同一性的多肽的序列,其中所述多肽是能调控在花青素生物合成途径中的基因的启动子的转录因子;
b)具有长度至少为a)的序列的15个核苷酸的片段;
c)a)的序列的互补序列;
d)b)的序列的互补序列;
e)在严格条件下能同a)的序列杂交的至少长15个核苷酸的序列。
在进一步的方面,本发明提供了分离多聚核苷酸,其包含:
a)具有同SEQ ID NO:5-8、22-47和102的任何一种核苷酸序列至少70%同一性的序列,其中所述序列编码能调控在花青素生物合成途径中的基因的启动子的转录因子;
b)具有长度至少为a)的序列的15个核苷酸的片段;
c)a)的序列的互补序列;
d)b)的序列的互补序列;
e)在严格条件下能同a)的序列杂交的至少长15个核苷酸的序列。
在一个实施方案中,被调控的基因编码二氢黄酮醇(dihydroflavolon)4-还原酶(DFR)。
在另一个实施方案中,被调控的基因编码查耳酮合成酶(CHS)。
在进一步的方面,本发明提供分离多聚核苷酸,其包含:
a)编码SEQ ID NO:1-4和9-21的任何一种氨基酸序列的多肽变种的序列,其中所述多肽是能调控植物中花青素生产的转录因子,并且其中所述多肽包含SEQ ID NO:101的序列;
b)具有长度至少为a)的序列的15个核苷酸的片段;
c)a)的序列的互补序列;
d)b)的序列的互补序列;
e)在严格条件下能同a)的序列杂交的至少长15个核苷酸的序列。
优选地,所述变种多肽衍生自蔷薇科物种。
在进一步的方面,本发明提供分离多肽,其包含:
a)具有同选自SEQ ID NO:1-4和9-21任何之一的氨基酸序列至少65%同一性的序列,其中所述多肽是能调控植物中花青素生产的转录因子;或
b)具有长度至少为a)的序列的15个氨基酸的片段。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:1的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:1的序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:2的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:2的序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:3的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:3的序列。
在一个实施方案中,在a)中的序列具有同SEQ ID NO:4的氨基酸序列至少65%的同一性。优选地,在a)中的序列具有SEQ ID NO:4的序列。
在进一步的方面,本发明提供了编码本发明多肽的多聚核苷酸。
在进一步的方面,本发明提供了抗本发明的多肽的抗体。
在进一步的方面,本发明提供了包含本发明的任何一种多聚核苷酸的遗传学构建物。
在进一步的方面,本发明提供了包含本发明的遗传学构建物的宿主细胞。
在进一步的方面,本发明提供了被遗传修饰来表达本发明的任何一种多聚核苷酸的宿主细胞。
在进一步的方面,本发明提供了包含本发明的遗传学构建物的植物细胞。
在进一步的方面,本发明提供了被遗传修饰来表达本发明的多聚核苷酸的植物细胞。
在进一步的方面,本发明提供了包含本发明的植物细胞的植物。
在进一步的方面,本发明提供了生产本发明的多肽的方法,所述方法包括培养包含本发明的遗传学构建物的宿主细胞的步骤。
在进一步的方面,本发明提供了具有改变的花青素生产的植物细胞或植物,所述方法包含用遗传学构建物转化植物细胞或植物的步骤,所用的遗传学构建物包括:
a)至少一条编码本发明的多肽的多聚核苷酸;
b)至少一条包含具有长度至少为a)的多聚核苷酸的15个核苷酸的片段的多聚核苷酸;或
c)至少一条包含具有长度至少为a)的多聚核苷酸的15个核苷酸的互补序列的多聚核苷酸。
在进一步的方面,本发明提供了生产具有改变的花青素生产的植物细胞或植物的方法,所述方法包含用遗传学构建物转化植物细胞或植物的步骤,所用的遗传学构建物包括:
a)至少一条本发明的任何一个的多聚核苷酸。;
b)至少一条包含具有长度至少为a)的多聚核苷酸的15个核苷酸的片段的多聚核苷酸,或
c)至少一条包含具有长度至少为a)的多聚核苷酸的15个核苷酸的互补序列的多聚核苷酸
d)至少一条能在严格条件下同a)或b)的多聚核苷酸杂交的多聚核苷酸。
在所述方法的一个实施方案中,所述构建物被设计来表达一对转录因子,并且所述构建物包含:
i)编码具有同SEQ ID NO:1、2和9-21的任何一条氨基酸序列至少65%同一性的MYB转录因子的多聚核苷酸序列;和
ii)编码具有同SEQ ID NO:1或2的氨基酸序列至少65%同一性的bHLH转录因子的多聚核苷酸序列。
在进一步的实施方案中,在i)中的多聚核苷酸序列具有同SEQ IDNO:5、6、22-27和102的任何一条核苷酸序列至少70%的序列同一性;并且在ii)中的多聚核苷酸序列具有同SEQ ID NO:7或8的核苷酸序列至少70%的序列同一性。
在进一步的实施方案中,在i)中的多聚核苷酸序列具有同SEQ IDNO:5、6、22-27和102的任何一条核苷酸序列至少70%的序列同一性;并且在ii)中的编码序列具有同SEQ ID NO:7或8的编码序列至少70%的序列同一性。
在进一步的方面,本发明提供了用本发明的方法生产的植物。
在进一步的方面,本发明提供了选择花青素生产被改变的植物的方法,所述方法包含检测植物中的本发明的多聚核苷酸的改变的表达。
在进一步的方面,本发明提供了选择花青素生产被改变的植物的方法,所述方法包含检测植物中的本发明的多肽的改变的表达。
在进一步的方面,本发明提供了用本发明的方法选择的植物。
在进一步的方面,本发明提供了选择被转化的植物细胞或植物的方法,所述方法包含下述步骤
a)用本发明的能调控植物中花青素生产的多聚核苷酸或多肽转化植物细胞或植物;
b)在所述植物细胞或植物中表达所述多聚核苷酸或多肽;和
c)选择具有相对于其它植物细胞或植物而言增加了的花青素着色的植物细胞或植物,所述增加了的花青素着色表明所述植物细胞或植物已经被转化。
优选地,本发明的能调控植物中花青素生产的转录因子和变种能调控选自但不限于花青素-3-葡糖苷、花青素-3-邻-芸香糖苷、cyanadin-3-葡糖苷或cyanadin-3-戊糖苷的花青素的生产。
优选地,通过本发明的方法生产或选择的具有改变的花青素生产的植物或植物细胞在选自但不限于cyanadin-3-葡糖苷酶、cyaniding-3-邻-芸香糖苷、cyanadin-3-葡糖苷或cyanadin-3-戊糖苷的花青素的生产中发生改变。
本发明的多聚核苷酸和多聚核苷酸变种能衍生自任何物种或能通过重组或合成方法进行生产。
在一个实施方案中,所述多聚核苷酸或变种衍生自植物物种。
在进一步的实施方案中,所述多聚核苷酸或变种衍生自裸子植物物种。
在进一步的实施方案中,所述多聚核苷酸或变种衍生自被子植物物种。
在进一步的实施方案中,所述多聚核苷酸或变种衍生自双子叶植物物种。
本发明的多肽和多肽变种能衍生自任何物种,或能通过重组或合成方法进行生产。
在一个实施方案中,本发明的多肽或变种衍生自植物物种。
在进一步的实施方案中,本发明的多肽或变种衍生自裸子植物。
在进一步的实施方案中,本发明的多肽或变种衍生自被子植物。
在进一步的实施方案中,本发明的多肽或变种衍生自双子叶植物。
在进一步的实施方案中,本发明的多肽或变种衍生自单子叶植物。
本发明的植物细胞或植物能衍生自任何物种。
在一个实施方案中,本发明的植物细胞和植物衍生自裸子植物物种。
在进一步的实施方案中,本发明的植物细胞和植物衍生自被子植物物种。
在进一步的实施方案中,本发明的植物细胞和植物衍生自双子叶植物物种。
在进一步的实施方案中,本发明的植物细胞和植物衍生自单子叶植物物种。
优选的植物物种(对于本发明的多聚核苷酸和变种、多肽和变种以及植物细胞和植物)包括选自包含但不限定于下述属的水果植物物种:苹果属(Malus)、梨属(Pyrus)、李属(Prunis)、悬钩子属(Rubus)、蔷薇属(Rosa)、草莓属(Fragaria)、猕猴桃属(Actinidia)、榅桲属(Cydonia)、柑橘属(Citrus)和越橘属(Vaccinium)。
特别优选的水果植物物种是:家苹果(Malus domestica)、美味猕猴桃(Actidinia deliciosa)、中华猕猴桃(A.chinensis)、毛花猕猴桃(A.eriantha)、软枣猕猴桃(A.arguta)和上述四种猕猴桃物种的杂交品种、桃(Prunis persica)、岭南梨(Pyrus L.)、悬钩子属(Rubus)、蔷薇属(Rosa)和草莓属(Fragaria)。
优选的植物(对于本发明的多聚核苷酸和变种、多肽和变种以及植物细胞和植物)也包括选自包含但不限定于下述属的蔬菜植物品种:芸苔属(Brassica)、番茄属(Lycopersicon)和茄属(Solanum),
特别优选的蔬菜植物品种为:西红柿(Lycopersicon esculentum)和马铃薯(Solanum tuberosum)
优选的植物(对于本发明的多聚核苷酸和变种、多肽和变种以及植物细胞和植物)也包括选自包含但不限定于下述属的农作物植物品种:大豆属(Glycine)、玉米属(Zea)、大麦属(Hordeum)和稻属(Oryza)。
特别优选的农作物植物物种包括大豆(Glycine max)、玉米(Zeamays)和水稻(Oryza sativa)。
优选的植物(对于本发明的多聚核苷酸和变种、多肽和变种以及植物细胞和植物)也包括那些蔷薇科的物种。
优选的蔷薇科的属包括白鹃梅属(Exochorda)、臭樱属(Maddenia)、Oemleria、Osmaronia、扁核木属(Prinsepia)、李属(Prunus)、苹果亚科(Maloideae)、唐棣属(Amelanchier)、石灰树属(Aria)、腺肋花楸属(Aronia)、木瓜属(Chaenomeles)、Chamaemespilus、榛属(Cormus)、栒子属(Cotoneaster)、山楂属(Crataegus)Osmaronia、扁核木属(Prinsepia)、李属(Prunus)、苹果亚科(Maloideae)、唐棣属(Amelanchier)、Aria、腺肋花楸属(Aronia)、木瓜属(Chaenomeles)、Chamaemespilus、榛属(Cormus)、栒子属(Cotoneaster)、山楂属(Crataegus)、榅桲属(Cydonia)、牛筋条属(Dichotomanthes)、移属(Docynia)、Docyniopsis、枇杷属(Eriobotrya)、Eriolobus、Heteromeles、Kageneckia、Lindleya、Malacomeles、苹果属(Malus)、欧楂属(Mespilus)、小石积属(Osteomeles)、酸果木属(Peraphyllum)、石楠属(Photinia)、假榅桲属(Pseudocydonia)、火棘属(Pyracantha)、梨属(Pyrus)、石斑木属(Rhaphiolepis)、花楸属(Sorbus)、红果树属(Stranvaesia)、Torminalis、Vauquelinia、蔷薇亚科(Rosoideae)、芒刺果属(Acaena)、羽叶花属(Acomastylis)、龙牙草属(Agrimonia)、羽衣草属(Alchemilla)、Aphanes、Aremonia、Bencomia、Chamaebatia、Cliffortia、无尾果属(Coluria)、Cowania、Dalibarda、Dendriopoterium、仙女木属(Dryas)、蛇莓属(Duchesnea)、Erythrocoma、Fallugia、蚊子虫草属(Filipendula)、草莓属(Fragaria)、路边青属(Geum)、Hagenia、Horkelia、Ivesia、棣棠花属(Kerria)、Leucosidea、Marcetella、Margyricarpus、Novosieversia,Oncostylus、Polylepis、委陵菜属(Potentilla)、蔷薇属(Rosa)、悬钩子属(Rubus)、地榆属(Sanguisorba)、Sarcopoterium、山莓草属(Sibbaldia)、五瓣莲属(Sieversia)、太行花属(Taihangia)、Tetraglochin、林石草属(Waldsteinia)、蔷薇科地位未定(Rosaceae incertae sedis)、Adenostoma、假升麻属(Aruncus)、紫衫属(Cercocarpus)、Chamaebatiaria、地蔷薇属(Chamaerhodos)、美吐根属(Gillenia)、Holodiscus、Lyonothamnus、绣线梅属(Neillia)、Neviusia、风箱果属(Physocarpus)、Purshia、鸡麻属(Rhodotypos)、珍珠梅属(Sorbaria)、绣线菊属(Spiraea)和小米空木属(Stephanandra)。
优选的蔷薇科物种包括红柄白鹃梅(Exochorda giraldii)、Exochorda racemosa、Exochorda、红柄白鹃梅(Exochorda giraldii)、Exochorda racemosa、齿叶白鹃梅(Exochorda serratifolia)、臭樱(Maddenia hypoleuca)、Oemleria cerasiformis、Osmaronia cerasiformis、东北扁核木(Prinsepia sinensis)、齿叶扁核木(Prinsepia uniflora)、阿利根尼李子(Prunus alleghaniensis)、美洲李(Prunus americana)、Prunusandersonii、奇克索李(Prunus angustifolia)、Prunus apetala、Prunusargentea、山杏(Prunus armeniaca)、欧洲甜樱桃(Prunus avium)、Prunusbifrons、布里扬松杏(Prunus brigantina)、Prunus bucharica、橉木樱(Prunus buergeriana)、山樱花(Prunus campanulata)、加罗林桂樱(Prunus caroliniana)、红叶李(Prunus cerasifera)、酸樱桃(Prunuscerasus)、Prunus choreiana、那不勒斯李(Prunus cocomilia)、Prunuscyclamina、山桃(Prunus davidiana)、Prunus debilis、欧洲李(Prunusdomestica)、扁桃(Prunus dulcis)、苦樱桃(Prunus emarginata)、Prunusfasciculata、新疆桃(Prunus ferganensis)、Prunus fordiana、Prunusfremontii、灌木樱桃(Prunus fruticosa)、Prunus geniculata、麦李(Prunusglandulosa)、Prunus gracilis、灰叶稠李(Prunus grayana)、郝图兰李(Prunus hortulana)、圣叶樱桃(Prunus ilicifolia)、豆樱(Prunus incisa)、阿富汗樱桃(Prunus jacquemontii)、郁李(Prunus japonica)、Prunuskuramica、桂樱(Prunus laurocerasus)、Prunus leveilleana、葡萄牙桂樱(Prunus lusitanica)、斑叶稠李(Prunus maackii)、圆叶樱桃(Prunusmahaleb)、山杏(Prunus mandshurica)、沙滩李(Prunus maritima)、黑樱桃(Prunus maximowiczii)、Prunus mexicana、小樱桃(Prunusmicrocarpa)、光核桃(Prunus mira)、梅(Prunus mume)、雁李(Prunusmunsoniana)、加拿大李(Prunus nigra)、千岛樱(Prunus nipponica)、稠李(Prunus padus)、欧洲酸樱桃(Prunus pensylvanica)、碧桃(Prunuspersica)、Prunus petunnikowii、山樱桃(Prunus prostrata)、中国樱桃(Prunus pseudocerasus)、沙樱桃(Prunus pumila)、Prunus rivularis、中国李(Prunus salicina)、大山樱(Prunus sargentii)、Prunus sellowii、野黑樱(Prunus serotina)、樱花(Prunus serrulata)、西伯利亚杏(Prunussibirica)、红李(Prunus simonii)、刺李(Prunus spinosa)、刺叶稠李(Prunus spinulosa)、奥勒冈州李(Prunus subcordata)、大叶早樱(Prunus subhirtella)、Prunus takesimensis、俄罗斯矮杏(Prunustenella)、Prunus texana、毛樱桃(Prunus tomentosa)、Prunus tschonoskii、Prunus umbellata、霞樱花(Prunus verecunda)、美国稠李(Prunusvirginiana)、Prunus webbii、东京樱(Prunus x yedoensis)、大叶樱(Prunuszippeliana)、李属BSP-2004-1(Prunus sp.BSP-2004-1)、李属BSP-2004-2(Prunus sp.BSP-2004-2)、李属EB-2002(Prunus sp.EB-2002)、桤叶唐棣(Amelanchier alnifolia)、Amelanchier arborea、东亚唐棣(Amelanchier asiatica)、巴川姆唐棣(Amelanchier bartramiana)、加拿大唐棣(Amelanchier canadensis)、Amelanchier cusickii、Amelanchierfernaldii、Amelanchier florida、Amelanchier humilis、Amelanchierintermedia、平滑唐棣(Amelanchier laevis)、Amelanchier lucida、Amelanchier nantucketensis、Amelanchier pumila、Amelanchierquinti-martii、Amelanchier sanguinea、Amelanchier stolonifera、Amelanchier utahensis、Amelanchier wiegandii、Amelanchier x neglecta、巴川姆唐棣x唐棣属‘dentata’(Amelanchier bartramiana x Amelanchiersp.′dentata′)、唐棣属‘dentata’(Amelanchier sp.′dentata′)、唐棣属‘erecta’(Amelanchier sp.′erecta′)、唐棣属‘erecta’x光滑唐棣(Amelanchier sp.′erecta′x Amelanchier laevis)、唐棣属‘serotina’(Amelanchier sp.′serotina′)、Aria alnifolia、紫果腺肋花楸(Aroniaprunifolia)、毛叶木瓜(Chaenomeles cathayensis)、皱皮木瓜(Chaenomeles speciosa)、Chamaemespilus alpina、家榛(Cormusdomestica)、细尖栒子(Cotoneaster apiculatus)、团花栒子(Cotoneasterlacteus)、毡毛栒子(Cotoneaster pannosus)、Crataegus azarolus、Crataegus columbiana、白玉山楂(Crataegus crus-galli)、Crataeguscurvisepala、彩叶山楂(Crataegus laevigata)、Crataegus mollis、单子山楂(Crataegus monogyna)、欧洲黑山楂(Crataegus nigra)、Crataegusrivularis、Crataegus sinaica、榅桲(Cydonia oblonga)、光叶牛筋条(Dichotomanthes tristaniicarpa)、云南移(Docynia delavayi)、Docyniopsis tschonoskii、枇杷(Eriobotrya japonica)、栎叶枇杷(Eriobotrya prinoides)、Eriolobus trilobatus、Heteromeles arbutifolia、Kageneckia angustifolia、Kageneckia oblonga、Lindleya mespiloides、Malacomeles denticulata、Malus angustifolia、花红(Malus asiatica)、山荆子(Malus baccata)、Malus coronaria、台湾林檎(Malus doumeri)、Malus florentina、Malus floribunda、Malus fusca、垂丝海棠(Malushalliana)、河南海棠(Malus honanensis)、湖北海棠(Malus hupehensis)、Malus ioensis、光叶陇东海棠(Malus kansuensis)、毛山荆子(Malusmandshurica)、西府海棠(Malus micromalus)、红肉苹果(Malusniedzwetzkyana)、沧江海棠(Malus ombrophilia)、东方苹果(Malusorientalis)、西蜀海棠(Malus prattii)、楸子(Malus prunifolia)、苹果(Malus pumila)、撒氏海棠(Malus sargentii)、三叶海棠(Malussieboldii)、新疆野苹果(Malus sieversii)、野苹果(Malus sylvestris)、变叶海棠(Malus toringoides)、长圆果花叶海棠(Malus transitoria)、三裂叶海棠(Malus trilobata)、Malus tschonoskii、Malus x domestica、Malus x domestica x Malus sieversii、Malus x domestica x Pyruscommunis、小金海棠(Malus xiaojinensis)、滇池海棠(Malusyunnanensis)、苹果属、西洋木瓜(Mespilus germanica)、小石积(Osteomeles anthyllidifolia)、华西小石积(Osteomeles schwerinae)、Peraphyllum ramosissimum、红叶石楠(Photinia fraseri)、Photiniapyrifolia、卵叶石楠(Photinia serrulata)、毛叶石楠(Photinia villosa)、中华假榅桲(Pseudocydonia sinensis)、欧洲火棘(Pyracantha coccinea)、火棘(Pyracantha fortuneana)、豆梨(Pyrus calleryana)、Pyrus caucasica、西洋梨(Pyrus communis)、Pyrus elaeagrifolia、杂交梨品种(Pyrus hybridcultivar)、沙梨(Pyrus pyrifolia)、柳叶梨(Pyrus salicifolia)、秋子梨(Pyrusussuriensis)、白梨(Pyrus x bretschneideri)、石斑木(Rhaphiolepis indica)、美洲花楸(Sorbus americana)、白花花楸(Sorbus aria)、欧洲花楸(Sorbusaucuparia)、Sorbus californica、克什米尔花楸(Sorbus commixta)、湖北花楸(Sorbus hupehensis)、Sorbus scopulina、西伯利亚花楸(Sorbussibirica)、Sorbus torminalis、红果树(Stranvaesia davidiana)、Torminalisclusii、Vauquelinia californica、Vauquelinia corymbosa、Acaenaanserinifolia、Acaena argentea、灰蓝芒刺果(Acaena caesiiglauca)、Acaenacylindristachya、Acaena digitata、Acaena echinata、Acaena elongata、Acaena eupatoria、Acaena fissistipula、无刺芒刺果(Acaena inermis)、Acaena laevigata、Acaena latebrosa、Acaena lucida、Acaenamacrocephala、Acaena magellanica、Acaena masafuerana、Acaenamontana、Acaena multifida、新西兰芒刺果(Acaena novaezelandiae)、Acaena ovalifolia、Acaena pinnatifida、Acaena splendens、Acaenasubincisa、Acaena x anserovina、羽叶花(Acomastylis elata)、Acomastylisrossii、Acomastylis sikkimensis、欧洲龙牙草(Agrimonia eupatoria)、日本龙牙草(Agrimonia nipponica)、Agrimonia parviflora、龙牙草(Agrimonia pilosa)、高山羽衣草(Alchemilla alpina)、Alchemillaerythropoda、羽衣草(Alchemilla japonica)、Alchemilla mollis、Alchemillavulgaris、Aphanes arvensis、Aremonia agrimonioides、Bencomiabrachystachya、Bencomia caudata、Bencomia exstipulata、Bencomiasphaerocarpa、Chamaebatia foliolosa、Cliffortia burmeana、Cliffortiacuneata、Cliffortia dentata、Cliffortia graminea、Cliffortia heterophylla、Cliffortia nitidula、Cliffortia odorata、Cliffortia ruscifolia、Cliffortiasericea、Coluria elegans、Coluria geoides、Cowania stansburiana、Dalibarda repens、Dendriopoterium menendezii、Dendriopoterium pulidoi、德拉蒙德仙女木(Dryas drummondii)、仙女木(Dryas octopetala)、皱果蛇莓(Duchesnea chrysantha)、蛇莓(Duchesnea indica)、Erythrocomatriflora、Fallugia paradoxa、多叶蚊子草(Filipendula multijuga)裤叶蚊子草(Filipendula purpurea)、旋果蚊子草(Filipendula ulmaria)、六瓣绣线菊(Filipendula vulgaris)、智利草莓(Fragaria chiloensis)、裂萼草莓(Fragaria daltoniana)、细梗草莓(Fragaria gracilis)、Fragariagrandiflora、Fragaria iinumae、麝香草莓(Fragaria moschata)、黄毛草莓(Fragaria nilgerrensis)、Fragaria nipponica、西藏草莓(Fragarianubicola)、东方草莓(Fragaria orientalis)、五叶草莓(Fragariapentaphylla)、野草莓(Fragaria vesca)、弗州草莓(Fragaria virginiana)、荷兰草莓(Fragaria viridis)、草莓(Fragaria x ananassa)、草莓属CFRA538(Fragaria sp.CFRA 538)、草莓属(Fragaria sp.)、Geum andicola、Geum borisi、保加利亚路边青(Geum bulgaricum)、Geum calthifolium、智利路边青(Geum chiloense)、Geum geniculatum、Geum heterocarpum、Geum macrophyllum、Geum montanum、Geum reptans、紫萼路边青(Geumrivale)、Geum schofieldii、Geum speciosum、欧亚路边青(Geumurbanum)、Geum vernum、路边青属‘Chase 2507K’(Geum sp.′Chase2507K′)、Hagenia abyssinica、Horkelia cuneata、Horkelia fusca、Ivesiagordoni、重瓣棣棠花(Kerria japonica)、Leucosidea sericea、Marcetellamaderensis、Marcetella moquiniana、Margyricarpus pinnatus、Margyricarpus setosus、Novosieversia glacialis、Oncostylus cockaynei、Oncostylus leiospermus、Polylepis australis、Polylepis besseri、Polylepiscrista-galli、Polylepis hieronymi、Polylepis incana、Polylepis lanuginosa、Polylepis multijuga、Polylepis neglecta、Polylepis pauta、Polylepis pepei、Polylepis quadrijuga、Polylepis racemosa、Polylepis reticulata、Polylepisrugulosa、Polylepis sericea、Polylepis subsericans、Polylepis tarapacana、Polylepis tomentella、Polylepis weberbaueri、无毛蕨麻(Potentillaanserina)、Potentilla arguta、二裂委陵菜(Potentilla bifurca)、委陵菜(Potentilla chinensis)、薄叶皱叶委陵菜(Potentilla dickinsii)、Potentillaerecta、莓叶委陵菜(Potentilla fragarioides)、白毛金露梅(Potentillafruticosa)、Potentilla indica、Potentilla micrantha、多裂委陵菜(Potentillamultifida)、雪白委陵菜(Potentilla nivea)、挪威委陵菜(Potentillanorvegica)、沼生委陵菜(Potentilla palustris)、总梗委陵菜(Potentillapeduncularis)、匍匐委陵菜(Potentilla reptans)、Potentilla salesoviana、狭叶委陵菜(Potentilla stenophylla)、三齿委陵菜(Potentilla tridentata)、Rosa abietina、Rosa abyssinica、刺蔷薇(Rosa acicularis)、草地玫瑰(Rosaagrestis)、白蔷薇(Rosa alba)、白蔷薇x荆刺蔷薇(Rosa alba x Rosacorymbifera)、大花密刺蔷薇(Rosa altaica)、阿州蔷薇(Rosaarkansana)、野地玫瑰(Rosa arvensis)、本香花(Rosa banksiae)、弯刺玫瑰(Rosa beggeriana)、哈德逊湾玫瑰(Rosa blanda)、硕苞蔷薇(Rosabracteata)、复伞房蔷薇(Rosa brunonii)、Rosa caesia、加州蔷薇(Rosacalifornica)、犬蔷薇(Rosa canina)、卡罗莱纳蔷薇(Rosa Carolina)、月季(Rosa chinensis)、Rosa cinnamomea、Rosa columnifera、荆棘蔷薇(Rosa corymbifora)、山木香(Rosa cymosa)、山刺玫(Rosa davurica)、马尔密迪玫瑰(Rosa dumalis)、Rosa ecae、Rosa eglanteria、Rosaelliptica、腺果蔷薇(Rosa fedtschenkoana)、异味蔷薇(Rosa foetida)、Rosa foliolosa、法国蔷薇(Rosa gallica)、Rosa gallica x Rosa dumetorum、巨花蔷薇(Rosa gigantea)、瑞道特玫瑰(Rosa glauca)、卵果蔷薇(Rosahelenae)、软条七蔷薇(Rosa henryi)、黄蔷薇(Rosa hugonis)、蔷薇杂交品种(Rosa hybrid cultivar)、Rosa inodora、Rosa jundzillii、金樱子(Rosa laevigata)、疏花蔷薇(Rosa laxa)、光叶蔷薇(Rosa luciae)、重瓣五月玫瑰(Rosa majalis)、深山蔷薇(Rosa marretii)、伞花蔷薇(Rosamaximowicziana)、Rosa micrantha、毛叶广东蔷薇(Rosa mollis)、Rosamontana、射香玫瑰(Rosa moschata)、华西蔷薇(Rosa moyesii)、多苞蔷薇(Rosa multibracteata)、多花玫瑰(Rosa multiflora)、Rosa nitida、香水月季(Rosa odorata)、沼泽玫瑰(Rosa palustris)、高山玫瑰(Rosapendulina)、小檗蔷薇(Rosa persica)、Rosa phoenicia、宽刺蔷薇(Rosaplatyacantha)、樱草蔷薇(Rosa primula)、Rosa pseudoscabriuscula、缫丝花(Rosa roxburghii)、甜石南(Rosa rubiginosa)、玫瑰(Rosa rugosa)、山蔷薇(Rosa sambucina)、长青玫瑰(Rosa sempervirens)、绢毛蔷薇(Rosa sericea)、钝叶蔷薇(Rosa sertata)、刚毛玫瑰(Rosa setigera)、Rosa sherardii、Rosa sicula、密刺蔷薇(Rosa spinosissima)、Rosa stellata、平花山地玫瑰(Rosa stylosa)、Rosa subcanina、Rosa subcollina、Rosasuffulta、Rosa tomentella、被绒毛玫瑰(Rosa tomentosa)、Rosatunquinensis、苹果蔷薇(Rosa villosa)、维吉尼亚玫瑰(Rosa virginiana)、光叶蔷薇(Rosa wichurana)、小叶蔷薇(Rosa willmottiae)、伍兹氏蔷薇(Rosa woodsii);Rosa x damascena、Rosa xfortuniana、Rosa xmacrantha、黄刺玫(Rosa xanthina)、蔷薇属(Rosa sp.)、粗叶悬钩子Rubus alceifolius、美国黑莓(Rubus allegheniensis)、Rubus alpinus、周毛悬钩子(Rubus amphidasys)、北悬钩子(Rubus arcticus)、Rubusargutus、西南悬钩子(Rubus assamensis)、Rubus australis、Rubus bifrons、欧洲木莓(Rubus caesius)、欧洲木莓x复盆子(Rubus caesius x Rubusidaeus)、无刺小黑莓(Rubus canadensis)、Rubus canescens、Rubuscaucasicus、兴安悬钩子(Rubus chamaemorus)、山莓(Rubuscorchorifolius)、牛叠肚(Rubus crataegifolius)、沙黑莓(Rubuscuneifolius)、美味悬钩子(Rubus deliciosus)、Rubus divaricatus、椭圆悬钩子(Rubus ellipticus)、Rubus flagellaris、黑莓(Rubus fruticosus)、Rubus geoides、Rubus glabratus、Rubus glaucus、Rubus gunnianus、Rubushawaiensis、Rubus hawaiensis x Rubus rosifolius、硬毛黑莓(Rubushispidus)、Rubus hochstetterorum、葎草叶悬钩子(Rubus humulifolius)、复盆子(Rubus idaeus)、高粱泡(Rubus lambertianus)、Rubus lasiococcus、白皮糙莓(Rubus leucodermis)、绢毛悬钩子(Rubus lineatus)、Rubusmacraei、Rubus maximiforrnis、Rubus minusculus、Rubus moorei、大乌泡(Rubus multibracteatus)、Rubus neomexicanus、Rubus nepalensis、Rubus nessensis、雪露莓(Rubus nivalis)、红泡刺藤(Rubus niveus)、Rubus nubigenus、黑树莓(Rubus occidentalis)、香莓(Rubus odoratus)、Rubus palmatus、茅莓(Rubus parviflorus)、茅莓(Rubus parvifolius)、Rubus parvus、黄泡(Rubus pectinellus)、Rubus pedatus、Rubuspedemontanus、Rubus pensilvanicus、多腺悬钩子(Rubus phoenicolasius)、Rubus picticaulis、柔毛黑莓(Rubus pubescens)、Rubus rigidus、Rubusrobustus、Rubus roseus、空心泡(Rubus rosifolius)、Rubus sanctus、Rubussapidus、石生悬钩子(Rubus saxatilis)、Rubus setosus、美莓(Rubusspectabilis)、Rubus sulcatus、灰白毛莓(Rubus tephrodes)、三花悬钩子(Rubus trianthus)、三色莓(Rubus tricolor)、Rubus trifidus、Rubustrilobus、南露莓(Rubus trivialis)、榆叶黑莓(Rubus ulmifolius)、黑草莓(Rubus ursinus)、Rubus urticifolius、Rubus vigorosus、悬钩子属JPM-2004(Rubus sp.JPM-2004)、Sanguisorba albiflora、高山地榆(Sanguisorba alpina)、Sanguisorba ancistroides、Sanguisorba annua、美洲地榆(Sanguisorba canadensis)、矮地榆(Sanguisorba filiformis)、白山地榆(Sanguisorba hakusanensis)、Sanguisorba japonensis、小地榆(Sanguisorba minor)、Sanguisorba obtusa、地榆(Sanguisorbaofficinalis)、小白花地榆(Sanguisorba parviflora)、大白花地榆(Sanguisorba stipulata)、细叶地榆(Sanguisorba tenuifolia)、Sarcopoterium spinosum、山莓草(Sibbaldia procumbens)、Sieversiapentapetala、Sieversia pusilla、缘毛太行花(Taihangia rupestris)、Tetraglochin cristatum、Waldsteinia fragarioides、欧洲林石草(Waldsteiniageoides)、Adenostoma fasciculatum、Adenostoma sparsifolium、假升麻(Aruncus dioicus)、Cercocarpus betuloides、Cercocarpus ledifolius、Chamaebatiaria millefolium、直立地蔷薇(Chamaerhodos erecta)、Gillenia stipulata、美吐根(Gillenia trifoliata)、Holodiscus discolor、Holodiscus microphyllus、Lyonothamnus floribundus、川康绣线梅(Neilliaaffinis)、矮生绣线梅(Neillia gracilis)、中华绣线梅(Neillia sinensis)、疏花绣线梅(Neillia sparsiflora)、西康绣线梅(Neillia thibetica)、毛果绣线梅(Neillia thyrsiflora)、东北绣线梅(Neillia uekii)、Neviusiaalabamensis、Physocarpus alternans、Physocarpus arnurensis、太平洋风箱果(Physocarpus capitatus)、Physocarpus malvaceus、山风箱果(Physocarpus monogynus)、美国风箱果(Physocarpus opulifolius)、Purshia tridentata、鸡麻(Rhodotypos scandens)、高丛珍珠梅(Sorbariaarborea)、东北珍珠梅(Sorbaria sorbifolia)、Spiraea betulifolia、麻叶绣线菊(Spiraea cantoniensis)、Spiraea densiflora、粉花绣线菊(Spiraeajaponica)、Spiraea nipponica、菱叶绣线菊(Spiraea x vanhouttei)、绣线菊属(Spiraea sp.)、中国小米空木(Stephanandra chinensis)、小米空木(Stephanand ra incisa)和日本小米空木(Stephanandra tanakae)。
特别优选的蔷薇科的属包括:苹果属、梨属、榅桲属、李属、枇杷属和欧楂属。
特别优选的蔷薇科物种包括:家苹果、野苹果、西洋梨、沙梨、白梨、榅桲、中国李、红叶李、碧桃、枇杷、扁桃、欧洲甜樱桃、西洋木瓜和欧洲李。
更特别优选的蔷薇科的属包括苹果属和李属
特别优选的蔷薇科物种包括家苹果和红叶李。
术语“植物”包括整株植物、植物的任何部分、植物的繁殖体和后代。
术语“繁殖体”指能用在有性或无性生殖或繁殖中的植物的任何部分,包括种子和插穗。
附图说明
本发明参照附图将能被更好的理解:
图1:显示了MdMYB 10(SEQ ID NO:1)和MdMYB9(SEQ IDNO:2)同已知的来源于各种物种的花青素MYB调控因子在R2R3结合区域的比较。箭头标明有助于在拟南芥bHLH共同因子相互作用中涉及的基序的特定氨基酸残基(Zimmermann et al.,2000);这些相同的残基是MdMYB10和MdMYB9中暗示相似的蛋白质-蛋白质相互作用的证据。
图2:显示了显示拟南芥和苹果MYB TFs间关系的系统发育分析。箭头显示了在花青素MYB调控因子亚组10中位于AtPAP1的下一个的MdMYB10的位置。已知的花青素调控因子用灰点表示,图中包括的用黑点表示的其它基因是显示MdMYB10作用是对该MYB进化枝特异和不是对整体MYBs特异的阴性对照。
图3(A):显示了红地(Red Field)苹果和太平洋玫瑰(Pacific Rose)苹果的皮层、果皮和叶片中的如列在图右手侧的从CHS到UFGT的苹果花青素生物合成基因的qPCR分析数据。X轴数字指如下内容;1、40DAFB,2、67DAFB,3、102DAFB,4、130DAFB,5、146DAFB,6、红地苹果OP叶片和7、太平洋玫瑰苹果叶片。
图3(B):显示了贯通在如图3(A)中显示的发育阶段1到5的苹果果实(红地OP在上列,太平洋玫瑰苹果在下列)的切片。同太平洋玫瑰苹果相比,红地OP苹果的增加的着色明显可见。
图4:显示了MdMYB10、MdbHLH3和MdbHLH33的表达分析。(A)在红地苹果(皮层、果皮和叶片)和太平洋玫瑰苹果(皮层、果皮和叶片)中的MdMYB10的RT-PCR分析和(B)MdMYB10、MdbHLH3和MdbHLH33的相应的qPCR数据。凝胶泳道和X轴数字如下:1、40DAFB,2、67DAFB,3、102DAFB,4、130DAFB,5、146DAFB,6、红地苹果叶片和7、太平洋玫瑰苹果叶片。
图5:显示了双重荧光素酶实验显示了以LUC比REN的比率表示的启动子活性,其中,活性的增加同MYB TFs同/不同bHLH TFs组合的相对于REN的LUC的增加进行平均;(A)拟南芥TT4(CHS)-Luc启动子,(B)拟南芥TT3(DFR)-Luc启动子。0:单独的MYB,1:MYB+AtTT8,2:MYB+MdbHLH3,3:MYB+MdbHLH33。
图6:显示了烟草中短暂实验的数据。(A)显示了以a*/b*比率显示的用Minolta比色计测量的颜色测量数据。朝向正值的转变表明了从绿色到红色的颜色变化。(i)MdMYB10+MdbHLH3,(ii)单独的MdMYB10。
(B)显示了显示用20x(左)和40x(右)的MdMyb10+MdbHLH3浸润的烟草叶片组织中花青素(更黑的灰色)积累模式的显微影像。比例尺代表50微米。
图7:显示了显示用MdMYB10+MdbHLH3浸润的(A)烟草花瓣和(B)烟草叶片的HPLC痕量(traces)。1、花青苷-3-葡糖苷,2、矮牵牛素-3-半乳糖苷,3、花青苷-3-邻-芸香糖苷。在对照的烟草叶片中没有观测到峰(数据未显示)。
图8:显示了MdMyb10多肽序列和MdMYB10的多肽变种以及参考的AtPAP1(也称为AtMYB75)的蛋白序列比对。AtMYB75在GenBank数据库中的登入号是CAB09230。所述比对使用Clustal W算法进行创立(Thompson et al.,1994)。
图9:显示了MdMyb10多肽序列、MdMYB10的多肽变种和参考的AtPAP1间的%序列同一性。所述表格显示了包括在图8中的序列的所有可能的序列组合的%同一性值。
图10:显示了在烟草短暂转化实验中At-DFR基因启动子被同苹果bHLH TFs组合的MdMYB10和PcfMYB10(PcfMYB10的变种)的激活影响了At-DFR基因启动子的活性。双重荧光素酶实验显示了以DFR启动子荧光素酶(LUC)比35S海肾(REN)的比率表达的启动子活性,其中活性的增加同相对于REN的LUC的增加相平均。MYB转录因子(Md MYB10、PcfMYB10和MdMYB8(-ve对照)同bHLH转录因子Md bHLH3和MdbHLH33的组合的效应被显示。显示的误差条是6个重复反应的均值±S.E.。
图11:显示,MdMYB10在苹果细胞和/或植物中的过表达提高了花青素生产。(A)(i)显示了着色的愈伤组织细胞。A(ii)显示了用35S-MdMYB10转化的苹果植物(左)和空载体对照植物(右)。与空载体对照相比,用35-MdMYB10(左)转化的植物清楚地显示了强烈的着色。(B)显示了35S-MdMYB10苹果叶片(顶部的线条)和空载体对照(底部的线条)的抽提物的花青素轮廓。在520nm波长处由HPLC痕量鉴定的峰;cy-gal,花青苷-3-半乳糖苷,具有更低痕量的cy-glu,花青苷-3-葡糖苷和cy-pent,花青苷-3-戊糖苷。
具体实施方式
在本说明书中作出的针对专利说明书、其它外部文档或信息的其它来源的参考,其通常的目的是为讨论本发明的特点提供背景知识。除非特别指明,否则对这样的外部文档的参考不被解释为承认,这样的文档或信息的这样的来源,在任何权限内,是已有技术,或形成本领域公知常识的部分。
术语包含和其语法上的同义词是指“至少部分由……组成”。
多聚核苷酸和片段
如本文所用,术语“多聚核苷酸”指任何长度但优选为至少15个核苷酸的单链或双链脱氧核苷酸或核苷酸多聚体,并且包括,作为非限制性的范例,基因的编码和非编码序列、正义和反义序列互补序列、外显子、内含子、基因组DNA、cDNA、mRNA前体、mRNA、rRNA、siRNA、miRNA、tRNA、核酶、重组多肽、分离和纯化的自然出现的DNA或RNA序列、合成的RNA和DNA序列、核酸探针、引物和片段。
本文提供的多聚核苷酸序列的“片段”是能同目标靶子特异杂交的连续核苷酸的子序列,例如,至少15个核苷酸长的序列。本发明的片段包含本发明的多聚核苷酸的连续核苷酸的15个核苷酸,优选地至少20个核苷酸,更优选地至少30个核苷酸,更优选地至少50个核苷酸,更优选地至少50个核苷酸和最优选地至少60个核苷酸。多聚核苷酸的片段能以反义、沉默基因、三螺旋或核酶技术或以包括在微阵中的引物、探针进行使用,或用于本发明的基于多聚核苷酸的选择方法。
术语“引物”指通常具有游离3’OH基的同模板杂交并用于引发同目标互补的多聚核苷酸的聚合的短多聚核苷酸。
术语“探针”指在基于杂交的实验中用来检测同所述探针互补的多聚核苷酸序列的短多聚核苷酸。所述探针可能包含如本文定义的多聚核苷酸的“片段”。
多肽和片段
如本文所用,术语“多肽”包含氨基酸残基被共价肽键连接的包括全长蛋白质的任何长度的但优选地至少5个氨基酸的氨基酸链。本发明的多肽可能是被纯化的天然产物,或可能部分或完全通过使用重组或合成技术进行生产。所述术语可能指多肽、诸如二聚体或其它多聚体的多肽的聚集物、融合肽、多肽片段、多肽变种或其衍生物。
多肽的“片段”是指执行生物活性所需的和/或提供所述多肽三维结构的功能的多肽的子序列。所述术语可能指能执行上述酶活性的多肽、诸如二聚体或其它多聚体的多肽聚集物、融合肽、多肽片段、多肽变种或其衍生物。
如本文公开的,用于所述多聚核苷酸或多肽序列的术语“分离的”是用来指从它们的天然细胞环境中移去的序列。分离的分子可能通过包括生物化学、重组和合成技术在内的任何方法或方法的组合而获得。
术语“重组的”指从在它的天然环境中包围它的序列移去和/或同在它的天然环境中不存在的序列重组的多聚核苷酸序列。
“重组的”多肽序列通过从“重组的”的多聚核苷酸序列的翻译而生产。
关于本发明的衍生自具体属或种的多聚核苷酸或多肽的术语“衍生自”指,所述多聚核苷酸或多肽具有同在所述属或种中天然发现的多聚核苷酸或多肽相同的序列。衍生自具体属或种的所述多聚核苷酸或多肽因此可能被合成地或重组地生产。
变种
如本文中所用,术语“变种”指不同于具体鉴定的序列的多聚核苷酸或多肽序列,其中一个或多个核苷酸或氨基酸残基被删除、取代或加入。变种可能是自然发生的等位变种或非自然发生的变种。变种可能来源于相同的种或来源于其它种并且可能包括同源物、类似物和直系同源物。在某些实施方案中,本发明的多肽变种和多肽具有同本发明的多肽或多肽的生物活性相同或相似的活性。关于多肽和多肽的术语“变种”包括如本文定义的所有形式的多肽和多肽。
多聚核苷酸变种
变种多聚核苷酸序列优选地显示至少50%、更优选地至少51%、更优选地至少52%、更优选地至少53%、更优选地至少54%、更优选地至少55%、更优选地至少56%、更优选地至少57%、更优选地至少58%、更优选地至少59%、更优选地至少60%、更优选地至少61%、更优选地至少62%、更优选地至少63%、更优选地至少64%、更优选地至少65%、更优选地至少66%、更优选地至少67%、更优选地至少68%、更优选地至少69%、更优选地至少70%、更优选地至少71%、更优选地至少72%、更优选地至少73%、更优选地至少74%、更优选地至少75%、更优选地至少76%、更优选地至少77%、更优选地至少78%、更优选地至少79%、更优选地至少80%、更优选地至少81%、更优选地至少82%、更优选地至少83%、更优选地至少84%、更优选地至少85%、更优选地至少86%、更优选地至少87%、更优选地至少88%、更优选地至少89%、更优选地至少90%、更优选地至少91%、更优选地至少92%、更优选地至少93%、更优选地至少94%、更优选地至少95%、更优选地至少96%、更优选地至少97%、更优选地至少98%和最优选地至少99%的同本发明的序列的同一性。同一性通过具有至少20个核苷酸位置、优选地至少50个核苷酸位置、更优选地至少100个核苷酸位置和最优选地通过本发明的全长多聚核苷酸的对比窗而发现。
多聚核苷酸序列同一性能以下述方法进行测定。使用bl2seq中的BLASTN(来自BLAST套件程序,版本2.2.5[2002年11月])将所述目标多聚核苷酸序列同候选多聚核苷酸序列进行比较(Tatiana A.Tatusova,Thomas L.Madden(1999),″Blast 2 sequences-a new tool forcomparing protein and nucleotide sequences″,FEMS Microbiol Lett.174:247-250),公众可从NCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/)获得所述程序。除了低复杂度部分过滤(filtering of low complexity parts)应当被关闭外,bl2seq的默认参数被使用。
多聚核苷酸序列的同一性通过使用下述unix命令行参数进行检查:
bl2seq-i nucleotideseq1-j nucleotideseq2-F F-p blastn参数-F F关闭了低复杂度部分过滤。参数-P选择合适的序列配对算法。所述bl2seq程序在命令行“Identities=”中以相同核苷酸的数目和百分比报告序列同一性。
多聚核苷酸同一性也能通过使用通用序列比对程序测定候选和目标多聚核苷酸序列间的重叠的全部长度而进行计算(例如,Needleman,S.B.and Wunsch,C.D.(1970)J.MoL Biol.48,443-453)。Needleman-Wunsch通用比对算法的完整工具可在EMBOSS程序包中的针(needle)程序中发现(Rice,P.Longden,I.and Bleasby,A.EMBOSS:The EuropeanMolecular Biology Open Software Suite,Trends in Genetics June 2000,vol16,No 6.pp.276-277),所述程序包可从http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/)获得。欧洲生物信息学研究所服务器也提供执行两个序列间的EMBOSS-针(needle)通用比对的在线工具,网址为:http:/www.ebi.ac.uk/emboss/align/。
可选地,计算两个序列间的最佳通用比对而没有末端空位罚分的GAP序列能被使用。GAP在下述文章中进行了描述:Huang,X.(1994)On Global Sequence Alignment.Computer Applications in the Biosciences10,227-235。
本发明的多聚核苷酸变种也包括那些显示了同一种或更多种明确鉴定的序列的相似性的序列,该序列可能保留那些序列的功能等价物并且,该序列不能被适当地认为已经随机发生。关于多肽的这样的序列相似性可能通过使用公开可得的bl2seq程序进行测定,所述程序可从NCBI的BLAST程序套件(版本2.2.5[2002年11月])(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/)中获得。
多聚核苷酸序列的相似性可能通过使用下述unix命令行参数进行检查:
bl2seq-i nucleotideseq1-j nucleotideseq2-F F-p tblastx参数-F F关闭了低复杂度部分过滤。参数-P选择合适的序列配对算法。该程序发现序列间具有相似性的区域并为每一个这样的区域报告“E值”,所述“E值”是预期的一个人可以期望在含有随机序列的固定参考大小的数据库中看到的这样的偶然匹配的次数的数目。该数据库的大小在bl2seq程序中通过默认进行设定。对于比一小的多的小的E值,所述E值近似于这样的随机匹配的几率。
当同任何一种具体鉴定的序列比较时,变种多聚核苷酸序列优选地显示小于1×10-6、更优选地小于1×10-9、更优选地小于1×10-12、更优选地小于1×10-15、更优选地小于1×10-18、更优选地小于1×10-21、更优选地小于1×10-30、更优选地小于1×10-40、更优选地小于1×10-50、更优选地小于1×10-60、更优选地小于1×10-70、更优选地小于1×10-80、更优选地小于1×10-90和最优选地小于1×10-100的E值。
可选地,本发明的变种多聚核苷酸在严格条件下同特定多聚核苷酸序列或其互补序列杂交。
术语“在严格条件下杂交”和其语法上的同义词指多聚核苷酸在确定的温度和盐浓度条件下同目标多聚核苷酸分子(诸如固定在诸如Souther blot或Northern blot等DNA或RNA印记上的目标多聚核苷酸分子)杂交的能力。在严格条件下杂交的能力能通过在较低严格条件下初始杂交然后增加严格条件到期望的严格条件下的杂交进行测定。
关于长度大于大约100个碱基的多聚核苷酸分子,典型的严格的杂交条件是低于天然双链的解链温度(Tm)不超过25-30℃(例如,10℃)(通常参见,Sambrook et al.,Eds,1987,Molecular Cloning,ALaboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring Harbor Press;Ausubel et al.,1987,Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing,)。超过100个碱基的多聚核苷酸分子的Tm能通过公式Tm=81.5+0.41%(G+C-log(Na+)进行计算(Sambrook et al.,Eds,1987,MolecularCloning,A Laboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring Harbor Press;Boltonand McCarthy,1962,PNAS 84:1390)。对于长度超过大约100个碱基的多聚核苷酸的典型的严格条件将是诸如在6X SSC、0.2%SDS的溶液中预洗;在65℃、6X SSC、0.2%SDS过夜杂交;然后在1X SSC、0.1%SDS的溶液中在65℃下洗涤30分钟,洗涤两次,和在0.2X SSC、0.1%SDS的溶液中在65℃下洗涤30分钟,洗涤两次。
关于具有少于100个碱基的多聚核苷酸分子,范例性的严格的杂交条件是低于Tm 5-10℃。平均而言,长度低于100个碱基对的多聚核苷酸分子的Tm被降低大约(500/寡核苷酸长度)℃。
关于称为肽核酸(PNAs)的DNA模拟物(Nielsen et al.,Science.1991 Dec 6;254(5037):1497-500),其Tm值高于那些DNA-DNA或DNA-RNA杂交物的Tm值,并能通过使用在Giesen et al.,Nucleic AcidsRes.1998 Nov 1;26(21):5004-6中描述的公式进行计算。具有少于100个碱基的DNA-PNA杂交物的范例性的严格的杂交条件是低于Tm值5-10℃。
本发明的变种多聚核苷酸也包括不同于本发明的序列但,作为遗传密码简并性的结果,编码具有同被本发明的多聚核苷酸编码的多肽相似活性的多肽的多聚核苷酸。不改变所述多肽的氨基酸序列的序列改变是“沉默突变”。除了ATG(甲硫氨酸)和TGG(色氨酸)外,相同氨基酸的其它的密码子可能通过人工识别技术进行改变,例如,优化密码子在特定宿主生物中的表达。
导致在被编码的多肽序列中的一个或多个氨基酸保守替换而没有显著改变其生物活性的多聚核苷酸序列改变也包括在本发明中。技术人员将知道制备表型沉默的氨基酸替换的方法(参见例如,Bowie et al.,1990,Science 247,1306)。
归因于被编码的多肽序列中的沉默突变和保守替换的变种多聚核苷酸可能通过使用公众可得的bl2seq程序经由如前面所述的tblastx算法进行测定,所述程序来自NCBI的BLAST程序套件(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast)(版本2.2.5[2002年11月])。
多肽变种
关于多肽的术语“变种”包括天然发生地、重组地和合成地生产的多肽。变种多肽序列优选地显示至少50%、更优选地至少51%、更优选地至少52%、更优选地至少53%、更优选地至少54%、更优选地至少55%、更优选地至少56%、更优选地至少57%、更优选地至少58%、更优选地至少59%、更优选地至少60%、更优选地至少61%、更优选地至少62%、更优选地至少63%、更优选地至少64%、更优选地至少65%、更优选地至少66%、更优选地至少67%、更优选地至少68%、更优选地至少69%、更优选地至少70%、更优选地至少71%、更优选地至少72%、更优选地至少73%、更优选地至少74%、更优选地至少75%、更优选地至少76%、更优选地至少77%、更优选地至少78%、更优选地至少79%、更优选地至少80%、更优选地至少81%、更优选地至少82%、更优选地至少83%、更优选地至少84%、更优选地至少85%、更优选地至少86%、更优选地至少87%、更优选地至少88%、更优选地至少89%、更优选地至少90%、更优选地至少91%、更优选地至少92%、更优选地至少93%、更优选地至少94%、更优选地至少95%、更优选地至少96%、更优选地至少97%、更优选地至少98%和最优选地至少99%的同本发明的序列的同一性。同一性通过具有至少20个氨基酸位置、优选地至少50个氨基酸位置、更优选地至少100个氨基酸位置和最优选地通过本发明的全长多肽的对比窗而发现。
多肽序列同一性能以下述方法进行测定。使用bl2seq中的BLASTP(来自BLAST套件程序,版本2.2.5[2002年11月])将所述目标多肽序列同候选多肽序列进行比较,公众可从NCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/)获得所述程序。除了低复杂度部分过滤(filtering of low complexity parts)应当被关闭外,bl2seq的默认参数被利用。
多肽序列同一性也可能通过使用通用序列比对程序比对候选和目标多肽序列间的重叠的全部长度而计算。如上面所讨论的,EMBOSS-needle(来自http:/www.ebi.ac.uk/emboss/align/)和GAP(Huang,X.(1994)On Global Sequence Alignment.Computer Applications in theBiosciences 10,227-235.)也是计算多肽序列同一性的合适的通用序列比对程序。
优选的计算多肽序列同一性的方法基于通过使用Clustal W比对待比较序列(Thompson et al 1994,Nucleic Acid Res 11(22)4673-4680)。
本发明的多肽变种也包括那些显示了同一种或更多种明确鉴定的序列的相似性的序列,该序列可能保留那些序列的功能等价物并且,该序列不能被适当地认为已经随机发生。关于多肽的这样的序列相似性可能通过使用公开可得的bl2seq程序进行测定,所述程序可从NCBI的BLAST程序套件(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/)(版本2.2.5[2002年11月])中获得。多肽序列的相似性能通过使用下述unix命令行参数进行测定:
bl2seq-i peptideseq1-j peptideseq2-F F -p blastp
当同任何一种具体鉴定的序列比较时,变种多肽序列优选地显示小于1×10-6、更优选地小于1×10-9、更优选地小于1×10-12、更优选地小于1×10-15、更优选地小于1×10-18、更优选地小于1×10-21、更优选地小于1×10-30、更优选地小于1×10-40、更优选地小于1×10-50、更优选地小于1×10-60、更优选地小于1×10-70、更优选地小于1×10-80、更优选地小于1×10-90和最优选地小于1×10-100的E值。
参数-F F关闭了低复杂度部分过滤。参数-P选择合适的序列配对算法。该程序发现序列间具有相似性的区域并为每一个这样的区域报告“E值”,所述“E值”是预期的一个人可以期望在含有随机序列的固定参考大小的数据库中看到的这样的偶然匹配的次数的数目。对于比一小的多的小的E值,所述E值近似于这样的随机匹配的几率。
没有明显改变其生物活性的所述多肽序列的一个或多个保守替换也被包括在本发明中。技术人员将知晓制备表型沉默氨基酸替换的方法(参见例如,Bowie et al,1990,Science 247,1306)。
构建物、载体及其元件
术语“遗传构建物”指通常是双链DNA的多聚核苷酸分子,其可能已经被插入另外的诸如但不限于cDNA分子的多聚核苷酸分子(插入物多聚核苷酸分子)。遗传构建物可能包含支持转录所述插入物多聚核苷酸分子并且可选地翻译所述转录物到多肽的必需元件。所述插入物多聚核苷酸分子可能衍生自宿主细胞,或可能衍生自不同的细胞或生物体和/或可能是重组的多聚核苷酸。一旦处于宿主细胞内,所述遗传构建物可能会整合入宿主染色体DNA。所述遗传构建物可能被连接到载体。
术语“载体”指通常是双链DNA的多聚核苷酸分子,其被用来运输所述遗传构建物到宿主细胞。所述载体可能能在诸如E.coli的至少一种另外的宿主系统中复制。
术语“表达构建物”指包括支持转录所述插入物多聚核苷酸分子并且可选地翻译所述转录物到多肽的必需元件的遗传构建物。表达构建物典型地包含(5’到3’方向):
a)在所述构建物将被转化入的宿主细胞内起作用的启动子,
b)待表达的多聚核苷酸,和
c)在所述构建物将被转化入的宿主细胞内起作用的终止子。
术语“编码区”或“开放阅读框”(ORF)指能在适当调控序列的控制下生产转录产物和/或多肽的基因组DNA序列或cDNA序列的正义链。所述编码序列被5’翻译起始密码子和3’翻译终止密码子的存在而鉴定。当“编码序列”被插入到遗传构建物中时并且当“编码序列”被可操作地连接到启动子和终止子序列时,“编码序列”能被表达。
“可操作地连接”指,所述待表达的序列(sequenced)被置于包括启动子、组织特异性调控元件、时间调控元件、增强子、抑制子和终止子的调控元件的控制下。
术语“非编码区”指处于翻译起始位点上游和翻译终止位点下游的非翻译序列。这些序列也分别以5’UTR和3’UTR指代。这些区域包括转录起始和终止以及调控翻译效率所必需的元件。
终止子是终止转录并在被翻译序列下游的基因的3’非翻译末端发现的序列。终止子是mRNA稳定性的重要决定因素并在某些情况下被发现具有空间调控功能。
术语“启动子”指位于所述编码区上游的调控基因转录的非转录顺式调控元件。启动子包含指定转录起始位点和诸如TATA框的保守框以及被转录因子结合的基序的顺式起始元件。
“转基因”是从一种生物体获取并通过转化被引入到不同生物体的多聚核苷酸。所述转基因可能衍生自相同物种或同所述转基因被引入的生物体所属的物种不同的物种。
“转基因植物”指含有作为遗传操作或转化结果的新遗传物质的植物。所述新遗传物质可能衍生自与产生转基因植物的物种相同或与之不同的植物。
“反向重复”是被重复的、其中所述重复的第二个一半是互补链的序列,例如
(5’)GATCTA……TAGATC(3’)
(5’)CTAGAT……ATCTAG(3’)
只要在所述重复区域间具有3-5碱基对的间隔区,通读转录将产生经历互补碱基配对来形成发卡结构的转录物。
术语“调控花青素生产”要包括增加和减少花青素生产。优选地,该术语指增加花青素生产。可能被调控的花青素包括但不限于cyanindin-3-葡糖苷、cyaniding-3-邻-芸香糖苷、cyanadin-3-半乳糖苷和cyanadin-3-戊糖苷。
术语“改变本发明的多聚核苷酸或多肽的表达”或“改变的本发明的多聚核苷酸或多肽的表达”要包括相应于本发明的多聚核苷酸的基因组DNA被修饰从而导致本发明的多聚核苷酸或多肽的改变的表达的情况。所述基因组DNA的修饰可能是通过遗传转化或其他的本领域已知的诱导突变的方法而进行。所述“改变的表达”能与信使RNA和/或产生的多肽的量的增加或减少有关,并可能由于多聚核苷酸或产生的多肽的序列的改变而产生多肽的改变的活性。
申请人已经鉴定了来源于苹果分别编码多肽(SEQ ID NO:1到4)的多聚核苷酸序列(SEQ ID NO:5到8),这些序列是能调控植物中花青素生产的转录因子。申请人还鉴定了编码SEQ ID NO:1的多肽变种(SEQ ID NO:9到21)的SEQ ID NO:5的多聚核苷酸变种(SEQID NO:22到47)。所述多聚核苷酸和多肽间关系的概要可在表3(序列概要)中发现。
本发明提供了包含所述多聚核苷酸序列的遗传构建物、载体和植物。本发明也提供了包含本发明所述遗传构建物和载体的植物。
本发明提供了相对于合适的对照植物其花青素色素生产发生改变的植物。本发明提供了具有增加的和减少的花青素色素生产的植物。本发明也提供了生产所述植物的方法和选择所述植物的方法。
合适的对照植物可能包括相同物种和变种的未转化植物或用对照构建物转化的相同物种和变种的植物。
本发明组合物的用途包括具有增加的花青素着色水平的水果或其它植物部分的生产,例如,具有红色果皮和或红色果肉的苹果的生产。
本发明也提供通过选择具有增加的花青素色素的植物细胞和植物选择转化的植物细胞和植物的方法,所述增加的花青素色素指明所述植物被转化来表达本发明的多聚核苷酸或多肽。
分离或生产多聚核苷酸的方法
本发明的多聚核苷酸分子能通过使用本领域普通技术人员所知的各种技术进行分离。用例子进行说明,这样的多肽能通过使用在Mulliset al.,Eds.1994 The Polymerase Chain Reaction,Birkhauser中描述的聚合酶链反应(PCR)(将其引入本文作为参考)进行分离。如本文定义的,本发明的多肽能使用衍生自本发明的多聚核苷酸序列的引物进行扩增。
分离本发明的多聚核苷酸的进一步的方法包括具有本文创立的作为杂交探针的序列的多肽的全部或部分的使用。将标记的多聚核苷酸探针同固定在诸如硝酸纤维素滤纸或尼龙膜的固体支持介质上的多聚核苷酸进行杂交的技术能用来筛选基因组或cDNA文库。范例性的杂交和洗涤条件是:在5.0X SSC、0.5%十二烷基磺酸钠、1X Denhardt’s溶液中于65℃杂交20小时;在1.0X SSC、1%(w/v)十二烷基磺酸钠溶液中洗涤(于55℃洗涤三次,每次20分钟),和在0.5X SSC、1%(w/v)十二烷基磺酸钠溶液中于60℃可选地洗涤一次(20分钟)。可选的进一步的洗涤(20分钟)能在0.1X SSC、1%(w/v)十二烷基磺酸钠溶液中于60℃的条件下进行。
本发明的多聚核苷酸片段可能通过诸如限制性内切酶消化、寡核苷酸合成和PCR扩增等本领域著名的技术进行生产。
部分的多聚核苷酸序列可能以本领域著名的方法使用来鉴定相应的全长多聚核苷酸序列。这样的方法包括基于PCR的方法、5’RACE(Frohman MA,1993,Methods Enzymol.218:340-56)和基于杂交的方法、基于计算机/数据库的方法。进一步地,用例子进行说明,使用基于已知区域的引物的反向PCR支持获得位于本文公开的多聚核苷酸序列的两端的未知序列(Triglia et al.,1998,Nucleic Acids Res 16,8186,引入本文作为参考)。所述方法使用多个限制性酶来在基因的已知区域中产生合适的片段。所述片段然后通过分子内连接进行环化并用作PCR模板。分歧引物(divergent primers)从已知区域设计而来。为了完全地组装成全长的克隆,标准的分子生物学方法能被使用(Sambrooket al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd Ed.Cold SpringHarbor Press,1987)。
当从特定物种生产转基因植物时,用衍生自该物种的序列转化这样的植物可能是有益地。所述的益处可能是改善公众对在产生转基因生物中的物种间转化的关注。此外,当基因的下调是所期望的结果时,利用同所述植物中的序列相同(或至少是高度相似的)的序列可能是必需的,对该基因而言,降低的表达是所期望的。因为这些以及其它的原因,能鉴定和分离在多个不同植物物种中的特定基因的直系同源物是可期望的。变种(包括直系同源物)可能通过所描述的方法进行鉴定。
鉴定变种的方法
物理方法
变种多肽可能通过使用基于PCR的方法进行鉴定(Mullis et al.,Eds.1994 The Polymerase Chain Reaction,Birkhauser)。典型地,用来通过PCR扩增本发明的多聚核苷酸分子变种的引物的多聚核苷酸序列可能基于编码相应的氨基酸序列的保守区域的序列。
可选地,本领域技术人员所熟知的库筛选方法可能被使用(Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring Harbor Press,1987)。当鉴定所述探针序列的变种时,相对于当精确无误的序列匹配被寻找时所需的条件,其杂交和/或洗涤的严格条件将典型地被降低。
多肽变种也可能通过物理方法进行鉴定,例如,通过使用抗本发明的多肽的抗体筛选表达文库(Sambrook et al.,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring Harbor Press,1987)或在这样的抗体的帮助下将多肽从天然来源中鉴定出。
基于计算机的方法
包括多聚核苷酸和多肽变种的本发明的变种序列也可能通过本领域技术人员所熟知的基于计算机的方法通过使用公众域序列比对算法和序列相似性搜索工具来搜索序列数据库(公众域数据库包括Genbank、EMBL、Swiss-Prot、PIR和其它)而进行鉴定。参见例如,Nucleic Acids Res.29:1-10 and 11-16,2001中在线资源的例子。相似性搜索检索和比对针对同待分析序列相比较的序列(即查询序列)。序列比较算法使用打分矩阵来为每一条比对序列赋予总体的分数。
用于鉴定序列数据库中变种的范例性的程序族是包括BLASTN、BLASTP、BLASTX、tBLASTN和tBLASTX的BLAST程序套件(版本2.2.5[2002年11月]),公众可从(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/)或从美国马里兰州贝塞斯达市38A栋8N805房间的国家医学图书馆国家生物技术信息中心(NCBI)获取。NCBI服务器也提供使用所述程序来筛选大量公众可得的序列数据库的工具。BLASTN比较核苷酸查询序列和核苷酸序列数据库。BLASTP比较氨基酸查询序列和蛋白序列数据库。BLASTX比较在所有阅读框中被翻译的核苷酸查询序列和蛋白序列数据库。tBLASTN比较蛋白查询序列和在所有阅读框中动态翻译的核苷酸序列数据库。tBLASTX比较核苷酸查询序列的六读码框翻译和核苷酸序列数据库的六读码框翻译。所述BLAST程序可能以默认参数使用或所述参数可能按改进筛选所需而改变。
包括BLASTN、BLASTP和BLASTX的BLAST算法族的使用在出版物Altschul et al.,Nucleic Acids Res.25:3389-3402,1997中进行了描述。
被BLASTN、BLASTP、BLASTX、tBLASTN、tBLASTX或相似算法产生的被被查询序列产生的对一个或多个数据库序列的“击中序列数”(hits)比对和鉴定了序列的相似部分。击中序列数以相似性的程度和序列重叠的长度的顺序排列。对数据库序列的击中序列数通常代表了仅是被查询序列的序列长度的部分的重叠。
BLASTN、BLASTP、BLASTX、tBLASTN和tBLASTX算法也为比对产生“期望”(Expect)值。期望值(E)表明当搜索含有随机连续序列的相同大小的数据库时人们能“期望”随机看到的击中的数目。期望值用作决定所述对数据库的击中是否表明真的相似性的显著性阈值。例如,指定到多聚核苷酸击中数的0.1的E值被解释为意味着,在被筛选的数据库大小的数据库中,人们可能期望看到具有简单随机地相似分值的序列的被比对部分的0.1匹配。对于被比对和匹配部分具有0.01或更低的E值的序列,通过使用所述BLASTN、BLASTP、BLASTX、tBLASTN或tBLASTX算法在那个数据库中发现随机匹配的可能性是1%或更低。
一组相关序列的多序列比对能用CLUSTALW(Thompson,J.D.,Higgins,D.G.and Gibson,T.J.(1994)CLUSTALW:improving thesensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequenceweighting,positions-specific gap penalties and weight matrix choice.Nucleic Acids Research,22:4673-4680,
http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/Top.html)或T-COFFEE(Cedric Notredame,Desmond G.Higgins,Jaap Heringa,T-Coffee:Anovel method for fast and accurate multiple sequence alignment,J.Mol.Biol.(2000)302:205-217))或PILEUP进行,这些算法使用渐进(progressive)配对比对。(Feng and Doolittle,1987,J.Mol.Evol.25,351)。
模式识别软件应用可用于发现基序或标记序列。例如,MEME(用于基序引出的多重Em,Multiple Em for Motif Elicitation)在一组序列中发现基序标记序列,和MAST(基序比对和搜索工具,MotifAlignmentand Search Tool)使用这些基序来鉴定查询序列中的相似或相同基序。MAST结果以具有适当统计数据和发现的基序的可视概观的系列比对的形式提供。MEME和MAST在圣地亚哥的加利福尼亚大学开发。
PROSITE(Bairoch and Bucher,1994,Nucleic Acids Res.22,3583;Hofmann et al.,1999,Nucleic Acids Res.27,215)是鉴定从基因组或cDNA翻译而来的未鉴定蛋白的功能的方法。PROSITE数据库(www.expasy.org/prosite)含有生物学上重要的模式和轮廓并被设计以便它能同适当的计算机工具共同使用来指定新的序列到已知的蛋白家族或来测定已知的结构域在所述序列中存在(Falquet et al.,2002,Nucleic Acids Res.30,235)。Prosearch是能用给定序列模式或标记搜索SWISS-PROT和EMBL数据库的工具。
因为编码能调控植物中色素生产的转录因子的本发明的变种多聚核苷酸的功能,转录因子能被检测调控已知花青素生物合成基因的表达(例如实施例4)的这个能力或能被检测它们的调控色素生产的能力(例如实施例5和6)。
分离多肽的方法
包括变种多肽的本发明的多肽可能通过使用本领域著名的肽合成方法进行制备,例如使用固相合成技术的定向肽合成(例如Stewart etal.,1969,in Solid-Phase Peptide Synthesis,WH Freeman Co,加利福尼亚圣弗朗西斯科)或自动化合成,例如使用应用生物系统431A肽合成仪(加利福尼亚,福斯特市)。所述多肽的突变形式也可能在这样的合成过程中生产。
本发明的多肽和变种多肽也可能通过使用本领域著名的各种技术从天然来源中纯化而来(例如,Deutscher,1990,Ed,Methods inEnzymology,Vol.182,Guide to Protein Purification,)。
可选地,本发明的多肽和变种多肽可能在合适的宿主细胞中重组表达并按下面讨论的方法从所述细胞中分离而来。
生产构建物和载体的方法
本发明的遗传构建物包含一条或多条本发明的多聚核苷酸序列和/或编码本发明的多肽的多聚核苷酸,并可能是对转化有用的,例如,细菌、真菌、昆虫、哺乳动物或植物生物体。本发明的遗传构建物要包括如本文定义的表达构建物。
生产和使用遗传构建物和载体的方法在本领域中是公知的并通常在Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring Harbor Press,1987;Ausubel et al.,Current Protocols inMolecular Biology,Greene Publishing,1987)中进行了描述。
生产包含多聚核苷酸、构建物或载体的宿主细胞的的方法
本发明提供了包含本发明的遗传构建物或载体的宿主细胞。宿主细胞可能衍生自,例如,细菌、真菌、昆虫、哺乳动物或植物生物体。
包含本发明的诸如表达构建物的遗传构建物的宿主细胞在本领域著名的方法中对重组生产本发明的多肽的是有用的(例如,Sambrook etal.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring HarborPress,1987;Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology,Greene Publishing,1987)。这样的方法可能涉及在适当的培养基中在适于或有助于本发明的多肽的表达的条件下培养宿主细胞。可能会可选地分泌到培养物中的表达的重组多肽可能然后被从培养基、宿主细胞或培养物培养基中用本领域著名的方法分离(例如,Deutscher,Ed,1990,Methods in Enzymology,Vol 182,Guide to Protein Purification)。
生产包含构建物和载体的植物细胞和植物的方法
本发明进一步提供包含本发明的遗传构建物的植物细胞和被修饰来改变本发明的多聚核苷酸或多肽的表达的植物细胞。包含这样的细胞的植物也形成了本发明的一个方面。
在色素生产上发生改变的植物的生产可能通过本发明的方法而获得。这样的方法可能涉及用被设计来改变能调控在这样的植物细胞和植物中的色素生产的的多聚核苷酸或多肽的表达的本发明的构建物来转化植物细胞和植物。这样的方法也包括用本发明的构建物和一个或多个其它的设计来改变一个或更多个多肽或能调控在这样的植物细胞和植物中的色素生产的多肽的表达的构建物的组合来转化植物细胞和植物。
用多肽转化植物细胞、植物和其部分的方法在下述文献中进行了描述:Draper et al.,1988,Plant Genetic Transformation and GeneExpression.A Laboratory Manual Blackwell Sci.Pub.Oxford,p.365;Potrykus and Spangenburg,1995,Gene Transfer to Plants.Springer-Verlag,Berlin.;和Gelvin et al.,1993,Plant Molecular Biol.Manual.KluwerAcad.Pub.Dordrecht。包括转化技术的转基因植物的综述在Galun andBreiman,1997,Transgenic Plants.Imperial College Press,London中提供。
植物遗传操作的方法
大量植物转化策略是可获得的(例如,Birch,1997,Ann Rev PlantPhys Plant Mol Biol,48,297)。例如,在多聚核苷酸/多肽被正常表达时,策略可能被设计来增加多聚核苷酸/多肽在植物细胞、器官中和/或在特定发育阶段的表达,或在多聚核苷酸/多肽不能正常被表达时,策略被设计来在细胞、组织、器官中和/或特定发育阶段异常表达多聚核苷酸/多肽。表达的多聚核苷酸/多肽可能衍生自将被转化的植物物种或可能衍生自不同的植物物种。
转化策略可能被设计来降低多聚核苷酸/多肽在被正常表达时在植物细胞、组织、器官或在特定发育阶段的表达。这样的策略称为基因沉默策略。
在转基因植物中用于基因表达的遗传构建物典型地包括驱动一条或更多条克隆的多聚核苷酸表达的启动子、终止子和检测(detest)遗传构建物在被转化植物中存在的选择性标记序列。
适用于本发明构建物的启动子在单子叶植物或双子叶植物的细胞、组织或器官中是有作用的并包括细胞-、组织-和器官-特异的启动子、细胞周期特异的启动子、时间启动子、诱导型启动子、在大多数植物组织中有活性的组成型启动子和重组启动子。启动子的选择将依赖于所期望的克隆的多聚核苷酸在时间和空间上的表达。所述启动子可能是那些同目标转基因正常相关的启动子,或衍生自其它植物、病毒和植物病原性细菌和真菌的基因的启动子。在没有不恰当的实验下,本领域的技术人员将能通过使用包含本发明的多聚核苷酸序列的遗传构建物选择适用于修饰和调控植物特性的启动子。组成型植物启动子的例子包括CaMV 35S启动子、胆脂碱合成酶启动子和章鱼碱合成酶启动子和来自于玉米的Ubi 1启动子。在特定组织中有效并应对内部发育信号或外部无生命或有生命的应激的植物启动子在科学文献中进行了描述。范例性的启动子被进行了描述,例如在WO 02/00894中,将其引入本文作为参考。
在植物转化遗传构建物中普遍使用的范例性的终止子包括,例如,花椰菜花叶病毒(CaMV)35S终止子、根癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)胭脂碱合成酶或章鱼肉碱合成酶终止子、玉米(Zea mays)醇溶蛋白基因终止子、水稻(Oryza sativa)ADP葡糖焦磷酸化酶终止子和马铃薯(Solanum tuberosum)PI-II终止子。
在植物转化中普遍使用的选择性标记包括赋予卡那霉素抗性的新霉素磷酸转移酶(phophotransferase)II基因(NPT II)、赋予壮观霉素和链霉素抗性的aadA基因、赋予Ignite(AgrEvo)和Basta(Hoechst)抗性的phosphinothricin乙酰基转移酶(bar基因)和赋予潮霉素抗性的潮霉素磷酸转移酶基因(hpt)。
包含可能用于植物和植物组织中启动子表达分析的报告基因(表达对于宿主而言是外来的、通常是酶活性和/或可视信号(例如荧光素酶、GUS、GFP)的活性的编码序列)的遗传构建物的使用也是被考虑的。报告基因的文献在Herrera-Estrella et al.,1993,Nature 303,209,和Schrott,1995,In:Gene Transfer to Plants(Potrykus,T.,Spangenberg.Eds)Springer Verlag.Berline,pp.325-336中进行了综述。
基因沉默策略可能会聚焦于所述基因本身或影响被编码的多肽的表达的调控元件。“调控元件”在本文中以其最广泛可能的意思使用并包括同目标基因相互作用的其它基因。
设计来降低或沉默本发明的多聚核苷酸/多肽的表达的遗传构建物可能包括本发明多聚核苷酸的反义拷贝。在这样的构建物中,所述多聚核苷酸被以与启动子和终止子相关的反义方向进行放置。
“反义”多聚核苷酸通过逆变所述多聚核苷酸的多聚核苷酸或片段以使产生的转录物将对所述基因的mRNA转录物互补而获得,例如,
5′GATCTA 3′(编码链) 3′CTAGAT 5′(反义链)
3′CUAGAU 5′mRNA 5′GAUCUCG 3′反义RNA
为基因沉默设计的遗传构建物可能也包括反向重复序列。‘反向重复序列’是所述重复序列的第二个一半是在互补链内重复的序列,例如,
5′-GATCTA……TAGATC-3′
3′-CTAGAT……ATCTAG-5′
形成的转录物可能经历互补碱基配对来形成发卡结构。通常在所述重复区域间的至少3-5碱基对的间隔区是允许发卡形成所必需的。
另一种沉默方法涉及靶向miRNA的转录等价物的小反义RNA的使用(Llave et al.,2002,Science 297,2053)。这样的相应于本发明的多聚核苷酸的小反义RNA的使用是特别考虑的。
如本文中所用,术语遗传构建物也包括小反义RNA和其它影响基因沉默的这样的多肽。
如本文定义的,用表达构建物进行的转化可能也通过名为正义抑制的过程产生基因沉默(例如,Napoli et al.,1990,Plant Cell 2,279;deCarvalho Niebel et al.,1995,Plant Cell,7,347)。在某些情况下,正义抑制可能涉及全部或部分编码序列的过表达但也可能涉及所述基因的诸如内含子或5’或3’非翻译区(UTR)的非编码区的表达。嵌合的部分正义构建物能用来协调沉默多个基因(Abbott et al.,2002,Plant Physiol.128(3):844-53;Jones et al.,1998,Planta 204:499-505)。这样的用来沉默本发明的多聚核苷酸的表达的正义抑制的使用也是被考虑的。
遗传构建物中为基因沉默设计的多聚核苷酸插入物可能对应于诸如启动子和/或内含子和/或5’或3’UTR序列或相应基因的编码序列和/或非编码序列。
其它的基因沉默策略包括显性负向途径和核酶构建物的使用(McIntyre,1996,Transgenic Res,5,257)。
转录前沉默可能通过所述基因本身或它的调控元件的突变而带来。这样的突变可能包括点突变、移码、插入、删除和替换。
下述文献是披露能用来遗传转化下述植物物种的遗传转化方案的代表性出版物:水稻(Alam et al.,1999,Plant Cell Rep.18,572)、苹果(Yao et al.,1995,Plant Cell Reports 14,407-412)、玉米(美国专利序列号Nos.5,177,010和5,981,840)、小麦(Ortiz et al.,1996,Plant Cell Rep.15,1996,877)、番茄(美国专利序列号No.5,159,135)、马铃薯(Kumar et al.,1996 Plant J.9,:821)、木薯(Li et al.,1996 Nat.Biotechnology 14,736)、莴苣(Michelmore et al.,1987,Plant Cell Rep.6,439)、烟草(Horsch et al.,1985,Science 227,1229)、棉花(美国专利序列号Nos.5,846,797和5,004,863)、草(美国专利Nos.5,187,073和6,020,539)、薄荷(Niu et al.,1998,Plant Cell Rep.17,165)、柑橘植物(Pena et al.,1995,Plant Sci.104,183);葛缕子(Krens et al.,1997,Plant Cell Rep,17,39)、香蕉(美国专利序列号No.5,792,935)、大豆(美国专利Nos.5,416,011、5,569,834、5,824,877、5,563,04455和5,968,830)、菠萝(美国专利序列号No.5,952,543)、白杨(美国专利No.4,795,855)、普通单子叶植物(美国专利Nos.5,591,616和6,037,522)、芸苔(美国专利Nos.5,188,958、5,463,174和5,750,871)、谷物(美国专利No.6,074,877)、梨(Matsuda et al.,2005)、李子(Ramesh et al.,2006、Song and Sink 2005、Gonzalez Padillaet al.,2003)、草莓(Oosumi et al.,2006、Folta et al.,2006)、玫瑰(Li et al.,2003)和悬钩子(Graham et al.,1995)。其它物种的转化也被本发明所考虑。合适的方法和方案在科学文献中可以获得。
本领域已知的多个进一步的方法可能被用来改变本发明的核苷酸和/或多聚核苷酸的表达。这样的方法包括但不限于Tilling(Till et al.,2003,Methods Mol Biol,2%,205)、所谓的“Deletagene”技术(Li et al.,2001,Plant Journal 27(3),235)和诸如合成的锌指转录因子的人工转录因子的使用(例如,Jouvenot et al.,2003,Gene Therapy 10,513)。此外,靶向特定多肽的抗体或其片段也可能在植物中表达来调控该多肽的活性(Jobling et al.,2003,Nat.Biotechnol,21(1),35)。转座子标签途径也可能被应用。此外,同本发明的多肽相互作用的多肽可能通过诸如相位展示的技术(Dyax Corporation)进行鉴定。这样的相互作用的多肽可能在植物中表达或应用到植物来影响本发明的多肽的活性。上述改变本发明的核苷酸和/或多肽的表达的每一种方法的使用都是被特别考虑的。
选择植物的方法
也提供了选择具有改变的色素生产的植物的方法。这样的方法涉及检测植物中的本发明的多聚核苷酸或多肽的改变的表达。为了提高花青素含量,这样的方法可能在改变的色素生产可能不必是可视的幼龄或早期发育阶段来应用来加快培育程序。
诸如信使RNA的多聚核苷酸的表达被经常用作相应多肽表达的指示物。测定多聚核苷酸的表达的范例性的方法包括但不限于Northern分析、RT-PCR和斑点印记分析(Sambrook et al.,Molecular Cloning:ALaboratory Manual,2nd Ed.Cold Spring Harbor Press,1987)。因此,如本文定义的,本发明的多聚核苷酸或其部分在鉴定具有改变水平的花青素的植物的方法中是有用的探针或引物。本发明的多肽可能在设计来鉴定这样的植物的杂交实验中用作探针或在基于PCR的实验中用作引物。
可选地,抗体可能被产生来抵抗本发明的多肽。产生和使用抗体的方法在本领域是标准的方法(参见例如:Antibodies,A LaboratoryManual,Harlow A Lane,Eds,Cold Spring Harbour Laboratory,1998)。这样的抗体可能被用在检测调控植物花朵大小的多肽的改变的表达的方法中。这样的方法可能包括ELISA(Kemeny,1991,A Practical Guide toELISA,NY Pergamon Press)和Western分析(Towbin & Gordon,1994,JImmunol Methods,72,313)。
这些分析多聚核苷酸或多肽表达和选择具有改变的表达的植物的方法在设计来生产具有改变的色素生产的变种的传统的培育程序中是有用的。
植物
本发明的植物可能被栽培并且被自交或同不同的植物植株进行杂交并且产生的具有期望的表型特征的杂交体可能被鉴定。二或更多代植物可能被栽培来确保目标表型特征是稳定保持和遗传的。从这样的标准培育方法产生的植物也形成本发明的一个方面。
现在,本发明将参考下述非限制性实施例进行解释。
实施例1:用于编码调控色素生产的转录因子的多聚核苷酸的分离的恰当苹果组织和发育阶段的鉴定
材料和方法
实时(qPCR)表达分析
苹果在2003-2004年从春季(十月)经过夏季到(三月)的苹果季的6个时间点从HortResearch果园的苹果树上(新西兰纳尔逊)进行收集:十月(盛花期后7天,DAFB)、十一月(40 DAFB)、十二月(67DAFB)、一月(102 DAFB)、二月(130 DAFB)和三月(146 DAFB)。RNA被从所述果实(分别从相同的果树而来的6个果实、皮和皮层)和2个基因型的叶片分离而来(改自Chang et al.,1993的方法);白色果肉的商品化的家苹果品种变种Sciros(太平洋玫瑰(Pacific Rose)TM,衍生自噶拉和华丽苹果间的杂交)和红色果肉的家苹果品种变种红地,品种‘红地’的自花授粉幼苗(‘狼河’(Wolf River)和家苹果变种Niedzwetzkyana的杂交)(Brooks and Olmo,1972)。对于第一个发育水果时间点,十月(7 DAFB),从皮层成功地切除果皮是不可能的并且来源于这个样品的数据已经被排除。在第一链cDNA合成(每一个样品重复三次然后三次的结果被混合)前用DNase处理,然后按照厂商说明书使用寡dT进行合成(Transcriptor,Roche Applied Science)。编码苹果花青素路径酶和调控因子的基因通过在HortResearch EST数据库的同源性鉴定,并且,在可能的异型体的情况下,选择按照表达轮廓和文库组织进行制备。相应于这些基因的基因特定引物使用Vector NTI版本9.0.0(www.invitrogen.com)按照一套严格的标准进行设计,从而使通用反应条件的应用成为可能。为了检查反应的特异性,RT-PCR被按照厂商说明书进行使用(Platinum Taq,Invitrogen)。每一对引物的序列和相关的登入号在下面的表1中补充显示。
表1
DNA扩增和分析使用LightCycler系统(Roche LightCycler 1.5)进行。所有的反应均按照厂商方法用LightCycler FastStart SYBR GreenMaster Mix(Roche Applied Science)进行。反应通过使用2μl 5x MasterMix、0.5μM的每种引物、1μl稀释的cDNA和无核酶的水(RocheApplied Science)并使终体积为10μl进行,同时进行三份反应。在每一个反应中均包括阴性水对照。下述热循环被用于所有的qPCR反应:95℃预孵育5分钟,然后95℃(5秒)、60℃(5秒)和72℃(10秒)进行40个循环。在每一个退火步骤的末期测量荧光。扩增后,用在65℃到95℃熔解时获取的连续荧光数据进行熔解曲线分析。用LightCycler软件版本4分析原始数据并且表达用具有标称值1的作为校准的太平洋玫瑰苹果叶片样品来标准化到家苹果肌动蛋白(MdActin,登入号CN938023)。对于每一个基因,标准曲线用cDNA系列稀释产生并且产生的PCR效率计算结果(位于1.839到1.945间)被输入到相对表达数据分析中。
结果
生物合成酶的qPCR表达分析
为了鉴定水果发育中花青素合成的转录调控是最大的阶段,主要的生物合成基因的表达分析被进行。在太平洋玫瑰苹果和红地苹果间的编码花青素生物合成基因的转录物水平的比较显示了惊人的不同。在实验的代表所述路径中大多数酶步骤的所有基因中,与在太平洋玫瑰苹果中发现的转录水平相比,红地苹果的转录水平在水果发育的所有阶段均显示了显著的提高(图3)。
具有指明最高的转录物水平是在一月的时间点的一般模式的红地苹果生物合成基因的转录物丰度在果皮和皮层的整个水果发育阶段均被增强。这个格局模拟了在组织取样时被观测到的在发育早期(40DAFB)及然后再一次在仲夏(102 DAFB)被观测到的具有最强烈着色的的着色程度,该水平然后被保持到夏末水果成熟时(图3b)。在水果发育过程中通常具有下降的表达的太平洋玫瑰苹果皮层组织中,所有花青素生物合成基因的均具有相对低的转录物水平。中等的活性在果皮中观察到,具有同水果成熟过程中的增强的着色水平并发的在发育中途的在102 DAFB处的表达峰。在两种变种的叶片中的表达水平是明显的但相对的低且红地苹果和太平洋玫瑰苹果间的区别不明显。
花青素生物合成酶转录物水平的qPCR分析结果被分析来测定相关的MYB转录因子分离的最适组织/时间点。我们选择显示了最高的花青素生物合成基因表达水平的来源于红地苹果皮层的组织。
实施例2:编码潜在调控苹果中色素生产的转录因子的多聚核苷酸的分离
PCR通过使用来源于红地(一月时间点)皮层样品的cDNA和在基于各种物种的花青素调控因子的序列的R2R3结合区域设计的简并引物(具有32倍的简并性)进行。各种编码R2R3 MYB区域的cDNAs被获得。来源于测序数据的结果揭示,通过使用5’RACE(GeneRacer,Invitrogen)具有同花青素调控因子和全长序列的高度同一性的一种cDNA被获得。MdMYB10 cDNA的完整序列由重叠片段编译而来。为了比较来源于红地苹果的转录物,全长的cDNAs随后被从家苹果变种太平洋玫瑰苹果和史密斯祖母(Granny Smith)苹果分离而来。MdMYB11(亚组11MYB)(DQ074463)(根据Stracke et al.2001)也用相同的过程进行分离和测序。其它的候选转录因子从HortResearchEST标本分离而来:拟南芥TT2的苹果同族体MdMYB9(Nesi et al.,2001,AJ299452)和具有同已知花青素调控因子很少序列同源性的苹果MYB MdMYB8。
先前在其它物种中的研究已经表明,亚组10 MYB可能是着色的关键决定因素。在公众可得的苹果EST数据库中(在2005年8月时具有185,000种核苷酸序列),经过序列同源性比较,没有显示出同拟南芥PAP1和来源于其它物种的亚组10MYB高度同源性的MYB TF被发现。
在PCR后克隆的cDNAs的重叠序列比对显示,最好的候选者MdMYB10同其它MYB TFs在R2R3区域并且具体地,同来源于其它物种的花青素调控因子分享了高度的同源性(图1)。MdMYB10同拟南芥亚组10MYB、PAP1紧密相关,它们在R2R3结合区域具有77%的氨基酸同一性并整体具有58%的氨基酸同一性。对于拟南芥PAP2,这些氨基酸同一性百分比分别为75%和57%,同时对于其它物种,整体的同一性数字如下:牵牛花AN2 60%,番茄ANT1 57%,玉米C1 58%和玉米P 26%。
所有这些MYB TFs均具有同bHLHs特定相互作用的氨基酸残基(Grotewold et al.,2000)。因此,这些共同因子的候选者均选自HortResearch EST数据库。在具有组成型bHLH型TF的巨大系统发育家族中,似乎被涉及到类黄酮生物合成调控中的命名为IIIf的更小的进化枝(Heim et al,2003)是存在的。在这个进化枝内,两个来源于HortResearch EST数据库的苹果TFs集成簇(数据未显示)。这些均被全长测序并给予识别符MdbHLH3(CN934367)(拟南芥TT8基因的假定同源物)和MdbHLH33(Delila的假定同源物)(来源于金鱼草,Goodrich et al.,1992)。
种系发生
苹果EST序列用载体、接口和低质量序列区域修饰并被上传到Vector NTI版本9.0.0(www.invitrogen.com)。EST聚簇相(EST clusteringphase)通过使用Vector NTI AlignX程序进行。比对然后以MSF格式文档被输出到GeneDoc版本2.6.002(http://www.psc.edu/biomed/genedoc/)中。通过在CLUSTALX(vl.81)中使用默认设置重新排列输出的文档,进化树被产生(Thompson et al,1997)。使用PHYLIP软件包进行种系发生分析(Felsenstein,1993)。Tree View(v.l.6.5)被用来展示产生的进化树(Page,1996)或通过使用MEGA版本2.1产生环状进化树(circular trees)(Kumar et al,2001)。
实施例3:MdMyb10变种的鉴定
从全部为蔷薇科物种的家苹果、野苹果(Ms,欧洲山楂果)、西洋梨(Pc,梨)、沙梨(Ppy梨,Nashi)、白梨(Pb,梨,鸭梨)、榅桲(Co,榅桲)、中国李(Ps,日本李,洋李)、红叶李(Pcf,樱桃李)、碧桃(Ppr,桃)、枇杷(Ej,枇杷)、扁桃(Pd,杏)、欧洲甜樱桃(Pav,甜樱桃)、西洋木瓜(Mg,欧楂)、欧洲李(Pdm,普通李)、复盆子(Ri,红树莓)、山杏(par,杏)和乌荆子李(Pi,西洋李子)中收集组织。
使用DNeasy Plant Mini试剂盒(QIAGEN,目录号69104)按照厂商指导从每一种物种的叶片抽提基因组DNA(gDNA),砂梨(Ppy梨,Nashi)和白梨(Pb,梨,鸭梨)除外,它们的基因组DNA从水果果皮中分离。
使用在下面的表2中显示的引物的组合进行对来源于上述物种的gDNA的PCR(通过标准技术)。
表2
引物 |
序列(5’到3’) |
SEQ ID NO: |
RE73(简并引物)F |
AAAAGTTGCAGACTTAGATGGTTGAATTATTTGAAGCC |
48 |
RE77R |
GAGAATCGATCCGCAATCGAGTGTTCC |
49 |
RE78R |
ACCACCTGTTTCCCAAAAGCCTGTGAAGTCT |
50 |
RE79R |
CACAAGCTAGATGGTACCACAGAAGTGAGAATC |
51 |
RE95F |
TAAGAGATGGAGGGATATAACG |
52 |
RE96R |
CTAGCTATTCTTCTTTTGAATGATTC |
53 |
RE108F |
GATCGATTCTCGCATGAAAACGGT |
54 |
RE109R |
GACGACGTTTGTGGTGGCGTACT |
55 |
RE120F |
TGCCTGGACTCGAGAGGAAGACA |
56 |
RE121R |
CCTGTTTCCCAAAAGCCTGTGAA |
57 |
KL Ms1F |
CTTATAATTAGACTTCACAGGC |
58 |
KL Ms2R |
CACCGTTTTCATGCGAGAAT |
59 |
KL MdPAP1F |
GCAGATAAGAGATGGAGGGATATAACGAAAACCTGAG |
60 |
KLMdPAP1R |
TACACAAGCTAGATGGTACCACAGAAGTGAGAATC |
61 |
KL PcfF |
GACTTTATGGAAGATGAAGTAGATC |
62 |
KL PcfR |
AAGCGATAGTATATTATTGATGAAC |
63 |
KL Pcf2F |
CTTGGGTGTGAGAAAAGGAG |
64 |
KL Pcf3R |
CACGCTAAAAGAGAAATCAC |
65 |
KL Pcf4R |
GCTTGTGAAGCCTAATTATT |
66 |
KL Ppr1F |
GAAAGATAAACCCCAAGAAA |
67 |
KL Ppr2R |
TTTGAACTCTTGATGAAGCT |
68 |
KL Ppr3F |
CTGCGAATTTGTATTGTATGTC |
69 |
KL Ppr4R |
TTCCCACCAATCATTTCCAT |
70 |
KL Fv1F |
AAGAGAGGAGAGTTTGCAGAGG |
71 |
KL Fv2R |
TAGTTCTTCACATCATTGGCAG |
72 |
KL Fv6R |
AATATGCACCAGGAAGTCTTAAAGA |
73 |
KL Fv7F |
AAATCTGCTTAATTTTCATGGAGGG |
74 |
KL Rh1F |
TCAGAGAGAGAGAGATGGGTGGTATTCC |
75 |
KL Rh2R |
CTTCCTCTTGTTCAAAGCTCCCTCTC |
76 |
KL Rh3F |
AGAACTATTGGAATTGTCACTTGAG |
77 |
KL Rh4R |
AGAATAAAATCACTTTCATAACCAC |
78 |
KL蔷薇属deg 1F(具有64倍简并性的简并引物) |
AGACTTCCRGGAAGRACWGCNAATGMTGTG |
79 |
KL蔷薇属deg 2R(具有16倍简并性的简并引物) |
CCARTAATTTTTCACAKCATTNGC |
80 |
通过标准程序进行基因组PCR产物的测序。
从经测序的基因组DNA,内含子和外显子可通过用MdMYB10EST数据、已知的内含子/外显子边界和开放阅读框的比较的已知方法进行预测。从这些推论的cDNAs,翻译的蛋白质被产生。经鉴定的变种gDNA、预测的cDNA和预测的多肽序列的概要被包括在表X中。MdMyb10的多肽变种以SEQ ID NO:9-21列在序列表中。MdMyb10的多聚核苷酸变种以SEQ ID NO:22-47列在序列表中。SEQ ID NO:102是MdMyb10基因组序列。
变种多肽序列(以及MdMyb10和用作参考的AtPAP1)通过使用Clustal W算法的Vector NTI版本9.0进行比对(Thompson et al.,1994)。结果在图8中显示。
比对的多肽序列间的序列同一性百分比也通过使用Vector NTI版本9.0进行计算(2003年9月2日(c)1994-2003 InforMax,现在已经许可给Invitrogen)。结果在图9中显示。
这些数据显示,申请人已经从蔷薇科物种中鉴定了不同组的MdMyb10变种。蔷薇科序列分享了显著程度的序列保守性,并且,每一种蔷薇科序列与其它蔷薇科序列的相似性比它与AtPAP1的相似性更高。
实施例4:在植物中通过本发明的转录因子多聚核苷酸的表达激活色素启动子
双重荧光素酶实验
启动子序列被插入到pGreen 0800-LUC(Hellens et al,2005)的克隆位点并被修饰来在所述序列的3’端引入NcoI位点,这将使所述启动子以同萤火虫荧光素酶基因(LUC)转录融合的形式被克隆。这样,结合所述启动子并增加转录速率的TFs能通过发光活性的增加进行鉴定。拟南芥CHS(TT4)(AT5g13930)和拟南芥DFR(TT3)(AT5g42800)被从基因组DNA中分离。在同一构建物中,来源于海肾(REN)且处于35S启动子控制下的荧光素酶基因提供了短暂表达程度的估计。活性以LUC比REN活性比率的形式表达,因此,在TF(+/-bHLH)和所述启动子间的相互作用发生时,相对于REN的LUC活性的显著增加将被观测到。
烟草在温室条件下使用日光长度为16小时的自然光进行培育,直到至少6片叶片(长度为2-3cm)可用于用农杆菌进行的浸润。在实验的过程中,所述植物均维持在温室中。农杆菌菌株GV3101(MP90)在补充了选择抗生素的Lennox琼脂(Invitrogen)上培养并在28℃孵育。10μl环(loop)的汇合细菌重悬于10ml浸润培养基(10mM MgCl2、0.5μM乙酰丁香酮)中并使OD600为0.2,并于浸润前在没有摇动的情况下在室温下孵育2小时。浸润按照Voinnet et al(2003)的方法进行。大约150μl的这种农杆菌混合物在六个点浸润入烟草的幼叶并且在接种后3天进行短暂表达的实验。
在pGreenII 0800-LUC中的启动子-LUC融合物(CHS和DFR)被用在短暂转化中,通过将100μl用报道基因表达框转化的农杆菌同两种其它的用包含在pART27(Gleave,1992)或pGreenII 62-SK(Hellens etal.,2000)二元载体中的融合到35S启动子的MYB TF基因和bHLH TF基因的表达框转化的农杆菌菌株(每种450μl)混合可实现上述步骤。
萤火虫荧光素酶和海肾荧光素酶使用双重荧光素酶实验试剂(Promega,美国麦迪逊)进行实验。接种后三天,2cm叶片盘(来源于每种植物的6个技术重复)被移除并在500μl被动裂解缓冲液(PLB)中磨碎。10μl该粗提物的1/100稀释物在40μl的荧光素酶实验缓冲液中进行实验,并且化学发光被测量。40μl终止(Stop)和发光TM(GlowTM)缓冲液然后被加入并且第二化学发光测量被进行。绝对的相对发光单位(RLU)在Turner 20/20发光计上用5s延迟和15s测量进行测量。
双重荧光素酶实验
所述双重荧光素酶系统已经被证明能提供短暂基因表达分析的快速方法(Hellens et al.,2005)。它不需要选择性标记并且结果能用简单的酶学实验进行定量。在本研究中,当用假定结合所述启动子的TFs攻击时,所述系统被用来定量花青素生物合成基因的启动子的活性。我们在所述双重荧光素酶短暂实验中使用烟草来检测我们的候选TFs同已知被拟南芥PAP1和PAP2 MYB TFs调控的两个拟南芥花青素生物合成基因启动子AtCHS(TT4,AT5g13930)和AtDFR(TT3,AT5g42800)间的相互作用(Tohge et al.,2005,Zimmermann et al.,2004)。多个苹果MYB TFs被选来探测MdMYB10的特异性:MdMYB9、MdMYB11、MdMYB8和来源于拟南芥的AtPAP1。这些MYBs属于分别代表亚型10、9、11和7的进化枝(图2)。为了详细研究MYB和bHLH TFs间的相互作用,共转化用来源于苹果的bHLH类假定的调控因子;MdbHLH3和MdbHLH33和来源于拟南芥的bHLH,TT8(AtbHLH042;At4g09820)进行。
来源于基于CHS启动子的短暂分析的结果显示,拟南芥PAP1MYB的活性在用苹果bHLH进行的共转化中最大,但未料到的是,它不被用拟南芥TT8bHLH进行的共转化所影响。在对照中,MdMYB10的结果表明,可能独立于bHLH的仅具有MYB的活性具有最大的观察到的活性(图5)。MdMYB10同拟南芥bHLH的共转化似乎抑制活性。当同序列相似性同TT2-样基因相符的苹果bHLH合用时,MdMYB9也显示增强的活性。剩余MYBs的显著活性未被观察到并且这个活性程度被推测代表了基底水平的活性。
当MdMYB10(和AtPAP1)被同苹果bHLH共转化时,来源于DFR启动子实验的结果显示了标明显著活性增加的不同模式。在MdMYB10的情况下,当用MdbHLH3浸润时,最高的活性被观察到。与之相比较,AtPAP1当用苹果Delila同源物、MdbHLH33浸润时其活性是最高的。这些结果反映了在短暂原生质体转染系统中的先前的结果,其中在拟南芥DFR启动子:Gus中融合仅在存在bHLH时被PAP1激活(Zimmermann et al.,2004),尽管应该注意,当AtPAP 1被用AtTT8浸润时我们没有看到这样的巨大的活性增加。MdMYB9以相似但简化的方式进行,同时MbMYB11和MdMYB8的LUC比REN比率低于所有的条件。
当基因组樱桃梅MYB10(PcfMYB10)被克隆入pGREEN质粒载体并按上述方法进行实验时,DFR启动子的激活产生。当PcfMYB10被用MdbLHL3和MdbHLH33进行浸润时,最高的活性被显示(图10)。这个数据显示,来源于桃亚科或李亚科的MYB10序列也以同MdMYB10(蔷薇科的苹果亚科的)相似的机理在驱动花青素基因活性上起作用。
实施例5:植物中色素生物合成被本发明转录因子表达的激活
颜色实验
烟草变种Samsun在温室中于22℃使用日光长度为16小时的自然光进行培育,直至至少3片叶片(长度为10-15cm)能用于农杆菌的浸润。植物在实验的过程中均处于温室中。农杆菌培养物按双重荧光素酶实验的方法进行孵育并且含有在pART27二元载体中的MYB TF基因和融合到35S启动子的bHLH TF基因的分离菌株被混合(每种500μl)并按照用烟草进行实验的方法浸润到下部叶片表面。六个分离浸润被进行到烟草叶片中(每组处理两株植物)并且颜色变化使用MinoltaCR-300比色计(校正到D65光)和L*a*b系统(CIE,1986)每日测量。包含MdMYB10和苹果bHLH的浸润在四天后产生可见的着色。着色水平在整个实验过程中均增加;数码照片和显微图像在浸润后八天获取。当烟草用在平行实验中时,花青素着色没有发展(数据未显示)。
HPLC
烟草叶片盘沿浸润位点切下、冷冻干燥并在5ml甲醇和0.1%HCL中重悬前粗糙磨碎、在室温下抽提2小时并在3500rpm下离心。1ml等份在Labconco Centrivap浓缩器中干燥到彻底。样品重悬在20%甲醇中(250μl)。花青素在250x4.6mm、Synergi、4m粒度、Polar-RP、8
孔径、醚联苯柱(Phenomenex,新西兰奥克兰)上通过HPLC进行鉴定。这同具有柱加热炉、自动上样器、真空溶剂脱气器和二极管阵列检测器的Shimadzu分析型HPLC相符。溶剂是(A)乙腈+0.1%甲酸和(B)比例为5∶92∶3的乙腈/水/甲酸。流速是1.5ml/min并柱温为45℃。溶剂A的含量在0时是0%并在第17分钟线性增加到17%、在第20分钟增加到20%、在第26分钟增加到30%、在第28.5分钟增加到50%、在第32-35分钟间增加到95%并在第36-42分钟间变回到0%。反应产物的定量是,在520nm对花青素定量,在280nm对其他酚类化合物定量。波谱在从240到600nm的范围内以4nm的间隔记录。样品注射体积为40μl。
颜色实验
我们已经建立了经由农杆菌浸润来揭示烟草中花青素色素积累的简单方法。在被浸润的烟草叶片中的着色积累被可视检查。当用苹果bHLH共浸润时,对于MdMYB10而言,着色在浸润点在早至浸润后4天的时间即是明显的(图6A)。着色程度随实验周期而增加(长达十天)。在包含AtPAP1和苹果bHLH(MdbHLH3或MdbHLH33)、AtPAP1和AtTT8的浸润的处理中,着色也能被观察到但水平降低,并且,当单用MdMYB10浸润时,着色程度更低。在其他组合中没有着色是可见的。结果证明本实验的效率能作为研究着色过程的调控的有用的报告系统。
通过用Minolta比色计和使用L*a*b系统来定量颜色并确认从绿到红的视觉变化。数据以a*/b*的比率显示(图6B),其中从负值朝向正值的变化标明从绿色到红色的变化。在给定处理组的重复间存在像以误差条深度表示的明显可变性一样的着色程度的可变性(图6B)。
为了证实花青素化合物的细胞积累,显微图像从浸润后1周的表皮获取(图6C)。这例证了用候选基因进行的单个细胞的转化和液泡内花青素色素的积累的激活。
HPLC数据的分析
为了确认在选择的MYBs的烟草短暂表达过程中合成的花青素的鉴定,样品被抽提并且可溶的花青素被用HPLC分析。结果表明,当MdMYB10和MdbHLH3在烟草叶片中被共同过表达时,代表花青苷-3-葡糖苷和花青苷-3-邻-芸香苷的两个主要峰被观察到(图7)。这些化合物鉴定通过LC-MS确认(数据未显示)。在用空载体对照转化的烟草叶片的抽提物中没有可观察到的花青素的峰被发现(数据未显示)。为了比较这个化合物和在苹果和烟草中自然发生的化合物,来源于烟草花瓣和苹果果皮(太平洋玫瑰苹果,成熟果实)的花青素也被抽提,但如前面描述的,结果确证花青苷-3-半乳糖苷在苹果果皮中占优(数据未显示)(Tsou et al.2003)。花青苷-3-葡糖苷和矮牵牛素-3-半乳糖苷在烟草花瓣中观察到(图7)。矮牵牛素-3-半乳糖苷在烟草叶片中被MdMYB10和MdbHLH3的作用产生的轮廓中未被看到(图7)。
转录因子的qPCR表达分析
关于生物合成基因转录物的丰度、积累模式的知识提供了关于执行分离假定的转录调控因子的简并PCR的最恰当组织的信息。在这个相同的发育系列中的TFs的qPCR揭示了同太平洋玫瑰苹果相比,在红地苹果的果实组织中MdMYB10相对转录水平的增加。在皮层组织中,转录水平在太平洋玫瑰苹果中几乎检测不到,同时在太平洋玫瑰苹果果皮中,转录物是明显的且MYB转录物的水平在一月时间点同生物合成酶具体相关并涉及UFGT。在红地苹果中,MdMYB10的表达水平似乎大部分依照实验的所述酶的转录模式,具有遍及水果组织的高度升高的水平,特别是在十一月时间点,然后再在一月、二月和三月时间点(图4B)。同太平洋玫瑰苹果相比,在红地苹果叶片中的转录物水平被相似地升高。结果同RT-PCR的结果相似(图4A)并进一步证实了特异性,qPCR扩增物被测序、分析并被发现编码MdMYB10。
MdbHLH3和MdbHLH33的转录物水平似乎不依照在遍及发育系列和变种中的为生物合成基因或为MdBYB10展示的具有更一致表达水平的模式(图4B)。MdMYB8、MdMYB9和MdMYB11基因的转录物水平也被实验但并未显示同花青素酶转录物水平的相关模式(数据未显示)。
实施例6:MdMyb10在转基因苹果植物中的过表达产生升高的花青素生产
苹果的转化
用标准技术生产的包含被花椰菜花叶病毒35S启动子驱动的MdMYB10 cDNA的二元载体pSAK277-MdMYB10被通过本领域技术人员熟知的冻融法传递入根癌农杆菌菌株GV3101。转基因家苹果‘皇家噶拉’植物被通过农杆菌介导的叶片碎片的转化并通过使用先前报道的方法(Yao et al.,1995)产生。用相等的空载体转化的对照植物也以相同方式生产。
结果被显示在图11中。
高度着色的愈伤组织细胞在A(i)中显示。A(ii)显示了高度着色的35-5Mym10植物(左侧)和用作对照的空载体对照植物(右侧)。
图的B部分显示了来源于35S-MdMyB10和对照植物的抽提物的花青素轮廓(按实施例5中描述的方法产生)。结果显示,花青素色素的水平在35S-MdMYB10植物中明显可检测但在对照植物中检测不到。苹果组织在酸化甲醇中抽提并且峰在520nm从HPLC痕量中鉴定;cy-gal(cyaniding-3-半乳糖苷)、具有更痕量的cy-glu(cyaniding-3-葡糖苷)和cy-pent(cyaniding-3-戊糖苷)。
上述提及的实施例不是为了限制本发明的范围。如被本领域技术人员所理解的,在没有离开本发明的范围的许多变化是可能的。
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表X:序列概要
SEQ ID NO |
物种 |
参考 |
序列类型 |
1 |
家苹果 |
Md MYB10 |
多肽 |
2 |
家苹果 |
Md MYB9 |
多肽 |
3 |
家苹果 |
Md bHLH3 |
多肽 |
4 |
家苹果 |
Md bHLH33 |
多肽 |
5 |
家苹果 |
Md MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
6 |
家苹果 |
Md MYB9 |
多聚核苷酸(cDNA) |
7 |
家苹果 |
Md bHLH3 |
多聚核苷酸(cDNA) |
8 |
家苹果 |
Md bHLH33 |
多聚核苷酸(cDNA) |
9 |
野苹果 |
Ms MYB10 |
多肽 |
10 |
西洋梨 |
Pc MYB10 |
多肽 |
11 |
沙梨 |
Ppy MYB10 |
多肽 |
12 |
白梨 |
Pb MYB10 |
多肽 |
13 |
榅桲 |
Co MYB10 |
多肽 |
14 |
中国李 |
Ps MBY10 |
多肽 |
15 |
红叶李 |
Pcf MYB10 |
多肽 |
16 |
碧桃 |
Ppr MYB10 |
多肽 |
17 |
枇杷 |
Ej MYB10 |
多肽 |
18 |
扁桃 |
Pd MYB10 |
多肽 |
19 |
欧洲甜樱桃 |
Pav MYB10 |
多肽 |
20 |
西洋木瓜 |
Mg MYB10 |
多肽 |
21 |
欧洲李 |
Pdm MYB10 |
多肽 |
22 |
野苹果 |
Ms MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
23 |
野苹果 |
Ms MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
24 |
西洋梨 |
Pc MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
25 |
西洋梨 |
Pc MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
26 |
西洋梨 |
Pc MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
27 |
沙梨 |
Ppy MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
28 |
白梨 |
Pb MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
29 |
白梨 |
PB MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
30 |
榅桲 |
Co MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
31 |
榅桲 |
Co MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
32 |
中国李 |
Ps MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
33 |
中国李 |
Ps MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
34 |
红叶李 |
Pcf MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
35 |
红叶李 |
Pcf MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
36 |
碧桃 |
Ppr MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
37 |
碧桃 |
Ppr MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
38 |
枇杷 |
Ej MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
39 |
枇杷 |
Ej MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
40 |
扁桃 |
Pd MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
41 |
扁桃 |
Pd MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
42 |
欧洲甜樱桃 |
Pav MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
43 |
欧洲甜樱桃 |
Pav MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
44 |
西洋木瓜 |
Mg MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
45 |
西洋木瓜 |
Mg MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
46 |
欧洲李 |
Pdm MYB10 |
多聚核苷酸(cDNA) |
47 |
欧洲李 |
Pdm MYB10 |
多聚核苷酸(gDNA) |
48 |
人工/引物 |
RE73 |
多聚核苷酸 |
49 |
人工/引物 |
RE77R |
多聚核苷酸 |
50 |
人工/引物 |
RE78R |
多聚核苷酸 |
51 |
人工/引物 |
RE79R |
多聚核苷酸 |
52 |
人工/引物 |
RE95F |
多聚核苷酸 |
53 |
人工/引物 |
RE96R |
多聚核苷酸 |
54 |
人工/引物 |
RE108F |
多聚核苷酸 |
55 |
人工/引物 |
RE109R |
多聚核苷酸 |
56 |
人工/引物 |
RE120F |
多聚核苷酸 |
57 |
人工/引物 |
RE121R |
多聚核苷酸 |
58 |
人工/引物 |
KL Ms1F |
多聚核苷酸 |
59 |
人工/引物 |
KL Ms2R |
多聚核苷酸 |
60 |
人工/引物 |
KL Md PAP1F |
多聚核苷酸 |
61 |
人工/引物 |
KL MdPAP1R |
多聚核苷酸 |
62 |
人工/引物 |
KL PcfF |
多聚核苷酸 |
63 |
人工/引物 |
KL PcfR |
多聚核苷酸 |
64 |
人工/引物 |
KL Pcf2F |
多聚核苷酸 |
65 |
人工/引物 |
KL Pcf3R |
多聚核苷酸 |
66 |
人工/引物 |
KL Pcf4R |
多聚核苷酸 |
67 |
人工/引物 |
KL Ppr1F |
多聚核苷酸 |
68 |
人工/引物 |
KL Ppr2R |
多聚核苷酸 |
69 |
人工/引物 |
KL Ppr3F |
多聚核苷酸 |
70 |
人工/引物 |
KL Ppr4R |
多聚核苷酸 |
71 |
人工/引物 |
KL Fv1F |
多聚核苷酸 |
72 |
人工/引物 |
KL FV2R |
多聚核苷酸 |
73 |
人工/引物 |
KL Fv6R |
多聚核苷酸 |
74 |
人工/引物 |
KL Fv7F |
多聚核苷酸 |
75 |
人工/引物 |
KL Rh1F |
多聚核苷酸 |
76 |
人工/引物 |
KL Rh2R |
多聚核苷酸 |
77 |
人工/引物 |
KL Rh3F |
多聚核苷酸 |
78 |
人工/引物 |
KL Rh4R |
多聚核苷酸 |
79 |
人工/引物 |
KL蔷薇属deg 1F |
多聚核苷酸 |
|
|
(具有64倍简并性的简并引物) |
|
80 |
人工/引物 |
KL蔷薇属deg 2R(具有16倍简并性的简并引物) |
多聚核苷酸 |
81 |
人工/引物 |
CN944824mdCHS正向 |
多聚核苷酸 |
82 |
人工/引物 |
CN944824MdCHS反向 |
多聚核苷酸 |
83 |
人工/引物 |
CN946541MdCHI正向 |
多聚核苷酸 |
84 |
人工/引物 |
CN946541MdCHI反向 |
多聚核苷酸 |
85 |
人工/引物 |
CN491664MdF3H正向 |
多聚核苷酸 |
86 |
人工/引物 |
CN491664MdF3H反向 |
多聚核苷酸 |
87 |
人工/引物 |
AY227729MdDFR正向 |
多聚核苷酸 |
88 |
人工/引物 |
AY227729MdDFR反向 |
多聚核苷酸 |
89 |
人工/引物 |
AF117269MdLDOX正向 |
多聚核苷酸 |
90 |
人工/引物 |
AF117269MdLDOX反向 |
多聚核苷酸 |
91 |
人工/引物 |
AF117267MdUFGT正向 |
多聚核苷酸 |
92 |
人工/引物 |
AF117267MdUFGT反向 |
多聚核苷酸 |
93 |
人工/引物 |
MdMYB10正向 |
多聚核苷酸 |
94 |
人工/引物 |
MdMYB10反向 |
多聚核苷酸 |
95 |
人工/引物 |
MdbHLH33正向 |
多聚核苷酸 |
96 |
人工/引物 |
MdbHLH33反向 |
多聚核苷酸 |
97 |
人工/引物 |
CN934367MdbHLH3正向 |
多聚核苷酸 |
98 |
人工/引物 |
CN934367MdbHLH3反向 |
多聚核苷酸 |
99 |
人工/引物 |
CN938023MdActin正向 |
多聚核苷酸 |
100 |
人工/引物 |
CN938023MdActin反向 |
多聚核苷酸 |
101 |
人工 |
一致 |
多肽 |
102 |
家苹果 |
MdMYB10 |
多聚核苷酸(qDNA) |
序列表
<110>新西兰园艺和食品研究院有限公司
R·埃斯普利
R·海伦斯
A·阿兰
<120>调控植物中色素生产的组合物和方法
<130>HCF 517065
<150>542110
<151>2005-08-30
<160>102
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>243
<212>PRT
<213>家苹果
<400>1
Met Glu Gly Tyr Asn Glu Asn Leu Ser Val Arg Lys Gly Ala Trp Thr
1 5 10 15
Arg Glu Glu Asp Asn Leu Leu Arg Gln Cys Val Glu Ile His Gly Glu
20 25 30
Gly Lys Trp Asn Gln Val Ser Tyr Lys Ala Gly Leu Asn Arg Cys Arg
35 40 45
Lys Ser Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Lys Pro Asn Ile Lys
50 55 60
Arg Gly Asp Phe Lys Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Ile Arg Leu His
65 70 75 80
Arg Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Arg Arg Leu Pro Gly
85 90 95
Arg Thr Ala Asn Ala Val Lys Asn Tyr Trp Asn Thr Arg Leu Arg Ile
100 105 110
Asp Ser Arg Met Lys Thr Val Lys Asn Lys Ser Gln Glu Met Arg Glu
115 120 125
Thr Asn Val Ile Arg Pro Gln Pro Gln Lys Phe Asn Arg Ser Ser Tyr
130 135 140
Tyr Leu Ser Ser Lys Glu Pro Ile Leu Asp His Ile Gln Ser Ala Glu
145 150 155 160
Asp Leu Ser Thr Pro Pro Gln Thr Ser Ser Ser Thr Lys Asn Gly Asn
165 170 175
Asp Trp Trp Glu Thr Leu Leu Glu Gly Glu Asp Thr Phe Glu Arg Ala
180 185 190
Ala Tyr Pro Ser Ile Glu Leu Glu Glu Glu Leu Phe Thr Ser Phe Trp
195 200 205
Phe Asp Asp Arg Leu Ser Pro Arg Ser Cys Ala Asn Phe Pro Glu Gly
210 215 220
His Ser Arg Ser Glu Phe Ser Phe Ser Thr Asp Leu Trp Asn His Ser
225 230 235 240
Lys Glu Glu
<210>2
<211>290
<212>PRT
<213>家苹果
<400>2
Met Gly Arg Ser Pro Cys Cys Ser Lys Glu Gly Leu Asn Arg Gly Ala
1 5 10 15
Trp Thr Ala Leu Glu Asp Lys Ile Leu Thr Ala Tyr Ile Lys Ala His
20 25 30
Gly Glu Gly Lys Trp Arg Ser Leu Pro Lys Arg Ala Gly Leu Lys Arg
35 40 45
Cys Gly Lys Ser Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Arg Pro Asp
50 55 60
Ile Lys Arg Gly Asn Ile Ser Gly Asp Glu Glu Glu Leu Ile Val Arg
65 70 75 80
Leu His Asn Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Gly Arg Leu
85 90 95
Pro Gly Arg Thr Asp Asn Glu Ile Lys Asn Tyr Trp Asn Thr Thr Leu
100 105 110
Gly Lys Lys Ser Lys Val Asp Ser Phe Ser Gly Ser Ser Lys Glu Thr
115 120 125
Ser Leu Asn Pro Cys Lys Ser Ile Ala Lys Lys Lys Asp Val Glu Ser
130 135 140
Lys Thr Ser Thr Ala Ala Ala Gln Pro Leu Val Ile Arg Thr Lys Ala
145 150 155 160
Thr Arg Leu Thr Lys Ile Leu Val Pro Gln Asn Ile Pro Ser Asp Glu
165 170 175
Asn Tyr Thr Ala Ala Ala Ala Asn Pro Leu Glu Leu Gln Thr Gln Ser
180 185 190
Ala Glu Lys Gly Gly Ser Thr Glu Glu Phe Pro Arg Thr Asn Ala Gly
195 200 205
Asp Cys Ser Asn Ile Leu Lys Asn Phe Gly Cys Asp Asp Asp Asp Ile
210 215 220
Asp Ala Lys Gly Asp Gln Tyr Cys Asn Glu Phe Gln Leu Leu Asn Ser
225 230 235 240
Ile Pro Leu Asp Glu Ala Met Ile Asn Asp Gly Cys Trp Thr Gly Gly
245 250 255
Asn Gly Cys Asp Leu Glu Asp Tyr Gly Ala Ser Leu Asp Leu Asp Ser
260 265 270
Leu Ala Phe Leu Leu Asp Ser Glu Glu Trp Pro Ser Gln Glu Asn Val
275 280 285
Val Val
290
<210>3
<211>709
<212>PRT
<213>家苹果
<400>3
Met Ala Ala Pro Pro Pro Ser Ser Ser Arg Leu Arg Gly Met Leu Gln
1 5 10 15
Ala Ser Val Gln Tyr Val Gln Trp Thr Tyr Ser Leu Phe Trp Gln Ile
20 25 30
Cys Pro Gln Gln Gly Ile Leu Val Trp Ser Asp Gly Tyr Tyr Asn Gly
35 40 45
Ala Ile Lys Thr Arg Lys Thr Val Gln Pro Met Glu Val Ser Ala Asp
50 55 60
Glu Ala Ser Leu Gln Arg Ser Gln Gln Leu Arg Glu Leu Tyr Asp Ser
65 70 75 80
Leu Ser Ala Gly Glu Thr Asn Gln Pro Pro Ala Arg Arg Pro Cys Ala
85 90 95
Ser Leu Ser Pro Glu Asp Leu Thr Glu Ser Glu Trp Phe Tyr Leu Met
100 105 110
Cys Val Ser Phe Ser Phe Pro Pro Gly Val Gly Leu Pro Gly Lys Ala
115 120 125
Tyr Ala Arg Arg Gln His Val Trp Leu Thr Gly Ala Asn Glu Val Asp
130 135 140
Ser Lys Thr Phe Ser Arg Ala Ile Leu Ala Lys Ser Ala Arg Ile Gln
145 150 155 160
Thr Val Val Cys Ile Pro Leu Leu Asp Gly Val Val Glu Phe Gly Thr
165 170 175
Thr Glu Arg Val Pro Glu Asp His Ala Phe Val Glu His Val Lys Thr
180 185 190
Phe Phe Val Asp His His His Pro Pro Pro Pro Lys Pro Ala Leu Ser
195 200 205
Glu His Ser Thr Ser Asn Pro Ala Ala Ser Ser Asp His Pro His Phe
210 215 220
His Ser Pro His Leu Leu Gln Ala Met Cys Thr Asn Pro Pro Leu Asn
225 230 235 240
Ala Ala Gln Glu Asp Glu Glu Asp Glu Glu Glu Asp Asp Asn Gln Glu
245 250 255
Glu Asp Asp Gly Gly Ala Glu Ser Asp Ser Glu Ala Glu Thr Gly Arg
260 265 270
Asn Gly Gly Ala Val Val Pro Ala Ala Asn Pro Pro Gln Val Leu Ala
275 280 285
Ala Val Ala Glu Pro Ser Glu Leu Met Gln Leu Glu Met Ser Glu Asp
290 295 300
Ile Arg Leu Gly Ser Pro Asp Asp Ala Ser Asn Asn Leu Asp Ser Asp
305 310 315 320
Phe His Leu Leu Ala Val Ser Gln Ser Arg Asn Pro Ala Asp Gln Gln
325 330 335
Arg Gln Ala Asp Ser Tyr Arg Ala Glu Ser Thr Arg Arg Arg Pro Ser
340 345 350
Val Gln Glu Pro Leu Ser Ser Gly Leu Gln Pro Pro His Thr Gly Pro
355 360 365
Leu Ala Leu Glu Glu Leu Thr His Asp Asp Asp Thr His Tyr Ser Glu
370 375 380
Thr Val Ser Thr Ile Leu Gln Gly Gln Val Thr Gln Leu Met Asp Ser
385 390 395 400
Ser Ser Thr Asp Tyr Thr Ala Cys Leu Thr Gln Ser Ala Phe Ala Lys
405 410 415
Trp Ser Ser Arg Val Asp His His Phe Leu Met Pro Val Glu Gly Thr
420 425 430
Ser Gln Trp Leu Leu Lys Tyr Ile Leu Phe Ser Val Pro Phe Leu His
435 440 445
Ser Lys Tyr Arg Asp Glu Asn Ser Pro Lys Phe Gln Glu Gly Glu Gly
450 455 460
Ser Thr Arg Leu Arg Lys Gly Thr Pro Gln Asp Glu Leu Ser Ala Asn
465 470 475 480
His Val Leu Ala Glu Arg Arg Arg Arg Glu Lys Leu Asn Glu Arg Phe
485 490 495
Ile Ile Leu Arg Ser Leu Val Pro Phe Val Thr Lys Met Asp Lys Ala
500 505 510
Ser Ile Leu Gly Asp Thr Ile Glu Tyr Val Iys Gln Leu Arg Asn Lys
515 520 525
Ile Gln Asp Leu Glu Ala Arg Asn Met Leu Val Glu Glu Asp Gln Arg
530 535 540
Ser Arg Ser Ser Gly Glu Met Gln Arg Ser Asn Ser Cys Lys Glu Leu
545 550 555 560
Arg Ser Gly Leu Thr Leu Val Glu Arg Thr Gln Gly Gly Pro Pro Gly
565 570 575
Ser Asp Lys Arg Lys Leu Arg Ile Val Glu Gly Ser Gly Gly Val Ala
580 585 590
Ile Gly Lys Ala Lys Val Met Glu Asp Ser Pro Pro Ser Pro Pro Pro
595 600 605
Pro Pro Pro Gln Pro Glu Pro Leu Pro Thr Pro Met Val Thr Gly Thr
610 615 620
Ser Leu Glu Val Ser Ile Ile Glu Ser Asp Gly Leu Leu Glu Leu Gln
625 630 635 640
Cys Pro Tyr Arg Glu Gly Leu Leu Leu Asp Val Met Arg Thr Leu Arg
645 650 655
Glu Leu Arg Ile Glu Thr Thr Val Val Gln Ser Ser Leu Asn Asn Gly
660 665 670
Phe Phe Val Ala Glu Leu Arg Ala Lys Val Lys Asp Asn Val Ser Gly
675 680 685
Lys Lys Val Ser Ile Thr Glu Val Lys Arg Val Ile Asn Gln Ile Ile
690 695 700
Pro Gln Ser Asp Ser
705
<210>4
<211>651
<212>PRT
<213>家苹果
<400>4
Met Ala Gln Asn His Glu Arg Val Pro Gly Asn Leu Arg Lys Gln Phe
1 5 10 15
Ala Val Ala Val Arg Ser Ile Lys Trp Ser Tyr Ala Ile Phe Trp Ser
20 25 30
Leu Ser Thr Thr Gln Gln Gly Val Leu Glu Trp Gly Glu Gly Tyr Tyr
35 40 45
Asn Gly Asp Ile Lys Thr Arg Lys Lys Val Glu Gly Val Glu Leu Lys
50 55 60
Thr Asp Lys Met Gly Leu Gln Arg Asn Val Gln Leu Arg Glu Leu Tyr
65 70 75 80
Lys Ser Leu Leu Glu Gly Glu Thr Glu Thr Glu Gln Gln Ala Lys Ala
85 90 95
Pro Ser Ala Val Leu Ser Pro Glu Asp Leu Thr Asp Ala Glu Trp Tyr
100 105 110
Tyr Leu Leu Cys Met Ser Phe Ile Phe Asn Pro Gly Glu Gly Leu Pro
115 120 125
Gly Arg Ala Leu Ala Thr Gly Gln Thr Ile Trp Leu Cys Asn Ala Gln
130 135 140
His Thr Asp Ser Lys Val Phe Ser Arg Ser Leu Leu Ala Lys Ser Ala
145 150 155 160
Ser Val Gln Thr Val Val Cys Phe Pro Tyr Leu Gly Gly Val Val Glu
165 170 175
Leu Gly Val Thr Glu Leu Val Ser Glu Asp Leu Asn Leu Ile Gln His
180 185 190
Ile Lys Ala Ser Leu Leu Asp Phe Ser Lys Pro Asp Cys Cys Glu Lys
195 200 205
Ser Ser Ser Ala Pro His Lys Pro Asp Asp Asp Ser Glu Gln Ile Val
210 215 220
Ala Lys Val Asp His Asp Val Val Asp Thr Leu Pro Leu Glu Asn Leu
225 230 235 240
Tyr Ser Pro Ser Glu Glu Ile Lys Phe Asp Gln Arg Gly Ile Asn Gly
245 250 255
Leu Leu Gly Asn His Glu Glu Val Asn Met Asp Ser Ser Asp Glu Cys
260 265 270
Ser Asn Gly Cys Asp His Asn His Pro Thr Glu Asp Ser Met Met Leu
275 280 285
Glu Gly Thr Asn Ala Val Ala Ser Gln Val Gln Ser Trp His Phe Met
290 295 300
Asp Glu Asp Phe Ser Ser Gly Val Gln Asp Ser Met Asn Ser Ser Asp
305 310 315 320
Ser Ile Ser Glu Ala Phe Val Asn Gln Gly Lys Ala His Ser Phe Ala
325 330 335
Lys His Glu Asn Ala Asn His Ile His Leu Lys Glu Leu Gln Asn Phe
340 345 350
Asn Asp Thr Lys Leu Ser Ser Leu Tyr Leu Gly Ser Val Asp Glu His
355 360 365
Val His Tyr Lys Arg Thr Leu Cys Thr Leu Leu Gly Ser Ser Met Lys
370 375 380
Leu Ile Glu Asn Pro Cys Phe Cys Asp Gly Glu Ser Lys Ser Ser Phe
385 390 395 400
Val Lys Trp Lys Lys Glu Val Val Gly Ser Cys Arg Pro Thr Val His
405 410 415
Gln Lys Thr Leu Lys Lys Ile Leu Phe Thr Val Pro Leu Met Tyr Gly
420 425 430
Val His Ser Pro Met Ala Thr Gly Lys Glu Asn Thr Gly Lys Asp Leu
435 440 445
Leu Pro Asn Leu Gln Gly Asp Asp Ile Asn Arg Glu His Asp Lys Met
450 455 460
Arg Glu Asn Ala Lys Leu Leu Val Leu Arg Ser Met Val Pro Ser Ile
465 470 475 480
Thr Glu Val Asp Lys Ala Ser Ile Leu Asp Asp Thr Ile Lys Tyr Leu
485 490 495
Lys Glu Leu Glu Ala Arg Ala Glu Glu Met Glu Ser Cys Met Asp Thr
500 505 510
Val Glu Ala Ile Ser Arg Gly Lys Phe Leu Asn Arg Val Glu Lys Thr
515 520 525
Ser Asp Asn Tyr Asp Lys Thr Lys Lys Asn Asn Val Lys Lys Ser Leu
530 535 540
Val Lys Lys Arg Lys Ala Cys Asp Ile Asp Glu Thr Asp Pro Tyr Pro
545 550 555 560
Asn Met Leu Val Ser Gly Glu Ser Leu Pro Leu Asp Val Lys Val Cys
565 570 575
Val Lys Glu Gln Glu Val Leu Ile Glu Met Arg Cys Pro Tyr Arg Glu
580 585 590
Tyr Ile Leu Leu Asp Ile Met Asp Ala Ile Asn Asn Leu Tyr Leu Asp
595 600 605
Ala His Ser Val Gln Ser Ser Ile Leu Asp Gly Val Leu Thr Leu Ser
610 615 620
Leu Lys Ser Lys Phe Arg Gly Ala Ala Ile Ser Pro Val Gly Met Ile
625 630 635 640
Lys Gln Val Leu Trp Lys Ile Ala Gly Lys Cys
645 650
<210>5
<211>729
<212>DNA
<213>家苹果
<400>5
atggagggat ataacgaaaa cctgagtgtg agaaaaggtg cctggactcg agaggaagac 60
aatcttctca ggcagtgcgt tgagattcat ggagagggaa agtggaacca agtttcatac 120
aaagcaggct taaacaggtg caggaaaagt tgcagactta gatggttgaa ttatttgaag 180
ccaaatatca agagaggaga ctttaaagag gatgaagtag atcttataat tagacttcac 240
aggcttttgg gaaacaggtg gtcattgatt gctagaagac ttccaggaag aacagcaaat 300
gctgtgaaaa attattggaa cactcgattg cggatcgatt ctcgcatgaa aacggtgaaa 360
aataaatctc aagaaatgag agagaccaat gtgataagac ctcagcccca aaaattcaac 420
agaagttcat attacttaag cagtaaagaa ccaattctag accatattca atcagcagaa 480
gatttaagta cgccaccaca aacgtcgtcg tcaacaaaga atggaaatga ttggtgggag 540
accttgttag aaggtgagga tacttttgaa agagctgcat atcccagcat tgagttagag 600
gaagaactct tcacaagttt ttggtttgat gatcgactgt cgccaagatc atgcgccaat 660
tttcctgaag gacatagtag aagtgaattc tcctttagca cggacctttg gaatcattca 720
aaagaagaa 729
<210>6
<211>870
<212>DNA
<213>家苹果
<400>6
atggggagga gtccgtgttg ctccaaggaa ggactcaaca gaggagcctg gactgccttg 60
gaagataaaa ttttatcatc ttacatcaaa gctcatggag aaggaaaatg gagaagcctc 120
cctaaaagag ctggtctgaa gagatgtggt aaaagttgta gacttagatg gttaaactat 180
ctgagaccag acataaagag aggcaacatt tcaggtgatg aagaagaact cattgtcagg 240
ctccataacc ttcttggtaa cagatggtcc ttaatagccg gaaggctacc ggggcgaaca 300
gacaatgaaa tcaagaatta ctggaataca actttgggga agaaatcgaa agtcgattcg 360
ttttctggat cctcgaaaga aacttctcta aatccatgca aatccatagc gaaaaagaaa 420
gatgtcgagt ccaaaacatc aactgccgct gctcaacctc tagtaataag aaccaaggcc 480
actaggttga ccaaaatttt agtcccacaa aatattccta gtgacgaaaa ttatacagca 540
gctgccgcaa acccattaga gcttcagacc caatcggcgg aaaaaggcgg aagcaccgaa 600
gagtttccga ggactaatgc aggtgactgc agcaacatct tgaagaactt tggctgcgat 660
gatgacgaca ttgatgcgaa gggagatcaa tactgcaacg agtttcagtt gctcaactct 720
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<210>7
<211>2130
<212>DNA
<213>家苹果
<400>7
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tatgtccaat ggacttacag tctcttctgg caaatctgtc cccaacaagg gatcttagta 120
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gaggacttaa ccgaatctga atggttctac ttgatgtgcg tctcattctc ctttcccccc 360
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accgtggtgt gcattcctct tctagatggc gtcgtagaat ttggcaccac agagagggtt 540
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aatcaaatta taccccaatc tgactcttaa 2130
<210>8
<211>2457
<212>DNA
<213>家苹果
<220>
<221>misc_feature
<222>(1326)..(1326)
<223>n是a、c、g或t
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gcaaccggta aagaaaatac gggaaaagat ttgctcccaa atttgcaagg tgacgatatt 660
aacagggaac atgataaaat gagagagaac gcaaaattgt tggtcctcag gtcaatggtt 720
ccttctatca ctgaggttga taaagcttcg atccttgatg atacgatcaa gtacttgaaa 780
gagcttgagg cacgagcaga agagatggaa tcctgcatgg acaccgtgga agctatttct 840
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gaaggtgtgg aacttaaaac cgataaaatg ggtttacaga ggaatgtgca actcagagag 1980
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<211>243
<212>PRT
<213>野苹果
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Gly Lys Trp Asn Gln Val Ser Tyr Lys Ala Gly Leu Asn Arg Cys Arg
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Arg Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Arg Arg Leu Pro Gly
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Lys Glu Glu
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<212>PRT
<213>西洋梨
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Arg Glu Glu Asp Asn Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Ile His Gly Glu
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Gly Lys Trp Asn Gln Val Ser Tyr Lys Ala Gly Leu Asn Arg Cys Arg
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Arg Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Arg Arg Leu Pro Gly
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Ser Lys Glu Glu
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<212>PRT
<213>沙梨
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Ser Lys Glu Glu
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<212>PRT
<213>白梨
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<212>PRT
<213>榅桲
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Thr Arg Glu Glu Asp Asp Leu Leu Arg Gln Cys Ile Gly Ile Leu Gly
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Arg Lys Ser Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Lys Pro Asn Ile
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His Lys Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Gly Arg Leu Pro
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Asn Asp Trp Trp Glu Thr Leu Phe Glu Gly Glu Asp Thr Phe Glu Arg
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Ala Ala Cys Pro Ser Ile Glu Leu Glu Glu Glu Leu Phe Thr Ser Phe
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<212>PRT
<213>中国李
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Met Glu Gly Tyr Asn Leu Gly Val Arg Lys Gly Ala Trp Thr Arg Lys
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Glu Asp Asp Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Lys His Gly Glu Gly Lys
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Gly Leu Gly Leu Asp Glu Glu Leu Leu Ala Ser Phe Trp Val Asp Asp
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Leu Ser Arg Gly Asp Phe Ser Phe Ser Val Asp Leu Trp Asn His Ser
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Lys Glu Glu
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<212>PRT
<213>红叶李
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Met Glu Gly Tyr Asn Leu Gly Val Arg Lys Gly Ala Trp Thr Arg Lys
1 5 10 15
Glu Asp Asp Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Lys His Gly Glu Gly Lys
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Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Lys Pro Asn Ile Lys Arg Gly
Asp Phe Met Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Ile Arg Leu His Lys Leu
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Gly Leu Gly Leu Asp Glu Glu Leu Leu Ala Ser Phe Trp Val Asp Asp
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Leu Ser Arg Gly Asp Phe Ser Phe Ser Val Asp Leu Trp Asn His Ser
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Lys Glu Glu
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<211>243
<212>PRT
<213>碧桃
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Cys Arg Leu Arg Trp Met Asn Tyr Leu Lys Pro Asn Ile Lys Arg Gly
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Glu Phe Ala Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Ile Arg Leu His Lys Leu
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Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Gly Arg Leu Pro Gly Arg Thr
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Ala Asn Asp Val Lys Asn Tyr Trp Asn Thr Arg Leu Arg Thr Asp Ser
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180 185 190
Tyr Gly Leu Ala Leu Glu Glu Glu Glu Phe Thr Ser Phe Trp Val Asp
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Leu Gly Arg Gly Asp Phe Ser Phe Ser Val Asp Leu Trp Asn His Ser
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Lys Glu Glu
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<212>PRT
<213>枇杷
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Met Glu Gly Tyr Asn Val Asn Leu Arg Val Lys Arg Lys Gly Ala Trp
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Thr Arg Glu Glu Asp Asn Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Ile Leu Gly
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<212>PRT
<213>扁桃
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130 135 140
Ser Phe Lys Glu Pro Ile Leu Asp His Thr Gln Arg Asp Trp Trp Glu
145 150 155 160
Thr Phe Leu Asp Asp Lys Asp Ala Thr Glu Arg Ala Thr Gly Ser Gly
165 170 175
Leu Gly Leu Asp Glu Glu Leu Leu Ala Ser Phe Trp Val Asp Asp Asp
180 185 190
Met Pro Gln Ser Thr Arg Lys Cys Ile Asn Phe Ser Glu Gly Leu Ile
195 200 205
Arg Gly Asp Phe Ser Phe Ser Val Asp Pro Trp Asn His Ser Lys Glu
210 215 220
Glu
225
<210>19
<211>244
<212>PRT
<213>欧洲甜樱桃
<400>19
Met Glu Gly Tyr Asn Leu Gly Val Arg Lys Gly Ala Trp Thr Arg Gln
5 10 15
Glu Asp Asp Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Asn Gln Gly Glu Gly Lys
20 25 30
Trp His Gln Val Pro Tyr Lys Ala Gly Leu Asn Arg Cys Arg Arg Ser
35 40 45
Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Lys Pro Asn Ile Lys Arg Gly
50 55 60
Asp Phe Met Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Ile Arg Leu His Lys Leu
65 70 75 80
Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Gln Arg Leu Pro Gly Arg Thr
85 90 95
Ala Asn Asp Val Lys Asn Tyr Trp Asn Thr Arg Leu Arg Met Asp Tyr
100 105 110
Ser Leu Lys Lys Met Lys Asp Lys Ser Gln Glu Thr Ile Lys Thr Ile
115 120 125
Ile Ile Arg Pro Gln Pro Arg Ser Phe Thr Lys Ser Ser Asn Cys Leu
130 135 140
Ser Phe Lys Glu Pro Ile Leu Asp His Thr Gln Leu Glu Glu Asn Phe
145 150 155 160
Ser Thr Pro Ser Gln Thr Ser Thr Ser Thr Arg Ile Gly Ser Asp Trp
165 170 175
Trp Glu Thr Phe Leu Asp Asp Lys Asp Ala Thr Glu Arg Ala Thr Gly
180 185 190
Ser Gly Leu Gly Leu Asp Glu Glu Leu Leu Ala Ser Phe Trp Val Asp
195 200 205
Asp Asp Met Pro Gln Ser Thr Arg Thr Cys Ile Asn Phe Ser Glu Glu
210 215 220
Gly Leu Ser Arg Gly Asp Phe Ser Phe Ser Val Asp Leu Trp Asn His
225 230 235 240
Ser Lys Glu Glu
<210>20
<211>247
<212>PRT
<213>西洋木瓜
<400>20
Met Glu Gly Tyr Asn Val Asn Leu Ser Val Arg Lys Gly Ala Trp Thr
1 5 10 15
Arg Glu Glu Asp Asn Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Ile His Gly Glu
20 25 30
Gly Lys Trp Asn Gln Val Ser Tyr Lys Ala Gly Leu Asn Arg Cys Arg
35 40 45
Lys Ser Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Lys Pro Ser Ile Lys
50 55 60
Arg Gly Asp Phe Lys Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Ile Arg Leu His
65 70 75 80
Lys Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Gln Arg Leu Pro Gly
85 90 95
Arg Thr Ala Asn Asp Val Lys Asn Tyr Trp Asn Thr Arg Leu Arg Met
100 105 110
Asp Tyr Ser Leu Lys Lys Met Lys Asp Lys Ser Gln Glu Thr Ile Lys
115 120 125
Thr Ile Ile Ile Arg Pro Gln Pro Arg Ser Phe Thr Lys Ser Ser Asn
130 135 140
Cys Leu Ser Phe Lys Glu Pro Ile Leu Asp His Thr Gln Leu Glu Glu
145 150 155 160
Asn Phe Ser Thr Pro Ser Gln Thr Ser Thr Ser Thr Arg Ile Gly Ser
165 170 175
Asp Trp Trp Glu Thr Phe Leu Asp Asp Lys Asp Ala Thr Glu Arg Ala
180 185 190
Thr Gly Ser Gly Leu Gly Leu Asp Glu Glu Leu Leu Ala Ser Phe Trp
195 200 205
Val Asp Asp Asp Met Pro Gln Ser Thr Arg Thr Cys Ile Asn Phe Ser
210 215 220
Glu Glu Gly Leu Ser Arg Gly Glu Leu Ser Phe Ser Thr Asp Leu Trp
225 230 235 240
Asn His Ser Lys Lys Asn Ser
245
<210>21
<211>237
<212>PRT
<213>欧洲李
<400>21
Met Glu Gly Tyr Asn Val Gly Val Arg Lys Gly Ala Trp Thr Arg Glu
5 10 15
Glu Asp Asp Leu Leu Arg Gln Cys Ile Glu Asn His Gly Glu Gly Lys
20 25 30
Trp His Gln Val Pro Asn Lys Ala Gly Leu Asn Arg Cys Arg Lys Ser
35 40 45
Cys Arg Leu Arg Trp Leu Asn Tyr Leu Lys Pro Asn Ile Lys Arg Gly
50 55 60
Glu Phe Ala Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Ile Arg Leu His Lys Leu
65 70 75 80
Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Gly Arg Leu Pro Gly Arg Thr
85 90 95
Ala Asn Asp Val Lys Asn Tyr Trp Asn Thr Arg Leu Arg Lys Val Lys
100 105 110
Asp Lys Pro Gln Glu Thr Ile Lys Thr Ile Val Ile Arg Pro Gln Pro
115 120 125
Arg Ser Phe Ile Lys Ser Ser Asn Cys Leu Ser Ser Lys Glu Pro Ile
130 135 140
Leu Asp His Ile Gln Thr Val Glu Asn Phe Ser Thr Pro Ser Gln Ser
145 150 155 160
Ser Pro Ser Thr Lys Asn Gly Asn Asp Trp Trp Glu Thr Phe Leu Asp
165 170 175
Asp Glu Asp Val Phe Glu Lys Ala Thr Cys Tyr Gly Leu Ala Leu Glu
180 185 190
Glu Glu Glu Phe Thr Ser Phe Trp Val Asp Asp Met Pro Gln Ser Lys
195 200 205
Arg Gln Cys Thr Asn Val Thr Glu Glu Gly Leu Gly Thr Gly Asp Phe
210 215 220
Ser Phe Asn Val Asp Leu Trp Asn His Ser Lys Glu Glu
225 230 235
<210>22
<211>729
<212>DNA
<213>野苹果
<400>22
atggagggat ataacgaaaa cctgagtgtg agaaaaggtg cctggactcg agaggaagac 60
aatcttctca ggcagtgcgt tgagattcat ggagagggaa agtggaacca agtttcatac 120
aaagcaggct taaacaggtg caggaagagc tgcagacaaa gatggttaaa ctatctgaag 180
ccaaatatca agagaggaga ctttaaagag gatgaagtag atcttataat tagacttcac 240
aggcttttgg gaaacaggtg gtcattgatt gctagaagac ttccaggaag aacagcaaat 300
gctgtgaaaa attattggaa cactcgattg cggatcgatt ctcgcatgaa aacggtgaaa 360
aataaatctc aagaaatgag aaagaccaat gtgataagac ctcagcccca aaaattcaac 420
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gatttaagta cgccaccaca aacgtcgtcg tcaacaaaga atggaaatga ttggtgggag 540
accttgttag aaggcgagga tacttttgaa agagctgcat atcccagcat tgagttagag 600
gaagaactct tcacaagttt ttggtttgat gatcgactgt cgccaagatc atgcgccaat 660
tttcctgaag gacaaagtag aagtgaattc tcctttagca cggacctttg gaatcattca 720
aaagaagaa 729
<210>23
<211>4088
<212>DNA
<213>野苹果
<400>23
taagagatgg agggatataa cgaaaacctg agtgtgagaa aaggtgcctg gactcgagag 60
gaagacaatc ttctcaggca gtgcgttgag attcatggag agggaaagtg gaaccaagtt 120
tcatacaaag caggtatata tgttaatgtg tatatttaac tgtgaaagat ggatatgtgt 180
attattttaa agcatttcac tagtatttca ttctaagacc ttttgttaaa tagtttcaag 240
tttcaagttt tacttttatt aatgttttag aacatgttaa tatgtctaac ggtcatactt 300
gctctcacct cactcatcta ttgtgtttac atatatggct aaaatgacct atgcgtgtgt 360
gaggagggcc atgttgagag acttagtccc tcataaatat ttgttgttca cgtagaaaga 420
tgttatgtga atgtaaactt tgaattatgt atgcaggctt aaacaggtgc aggaagagct 480
gcagacaaag atggttaaac tatctgaagc caaatatcaa gagaggagac tttaaagagg 540
atgaagtaga tcttataatt agacttcaca ggcttttggg aaacaggtac taataaataa 600
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agattataat catagacctc aaattacttt ttccactctt ttaatatttt aatgtttttc 720
aatgaagtat tagtggtgtg tagaatataa aaaaaaataa aaggtgttgt gtaagtaatt 780
tggagtgtgt gaatataatc tttcttgtta atatattctg gctccccata ttttcagtat 840
tttctaatac ttcctaattt atatgtcatt ttatttttca tttagacatc aagcaaaaag 900
ttttcaattt tgtagtattt tttttagatt tattaaaaca attatttccc aaattttttt 960
tgtgggccaa tggcctacca catcattgtt tatggagaac ttaaaggcta gagtacgaag 1020
tatgatttta gagtaatcgt atttaggaat aaagtgagag gagaaaaact aagggtagca 1080
acttgcaaat ttcatgatac ttgagtatag taaagtgagg attactctta ttttttagct 1140
atagtctagc atgagaatct aaactacaaa atcattagag agggcaagcg ttataaacat 1200
tcattttaaa ttttttaata ttataatatt ctaccttaag gggcagagtt gttttttggt 1260
taagcaaaac aaaaaatcat tcgtatcaaa tgtggtatca ttgaaaatca aacttcagac 1320
tttagtctta atttttaaaa tgaagacaaa tatcgagtgc taatagcaat aaaccaaaaa 1380
ttttaggaac tgtttggtat cttatttgaa attttttatc atttctcaaa acatttttta 1440
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aagagagatg atcggatgaa atagagagga atatgagtga gagaaagaac tgagaggata 1680
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aaagagagag atagatttgg agagagagag gaggaaggag agaaaataaa taagagagtt 1800
taagtttaaa aactctaaaa ctcacttttt atgtttttag ataatagact atatttttga 1860
gttagtcttg agttcaattt ttaaaaatag tcctaccaaa aaagttttta aggcctaaaa 1920
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agttttttct tgaccgaaaa aataaaaatc tttatccgga agggcattag taaactcaaa 2040
caacctttct tcgtaatgat ttttgtatgt aaagtcattt tcatgctttt aatccctagt 2100
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ttggcacagc tcccttggag tgttggcact tggcgttgat gttggttgtt ggtcgagttc 2340
ttgctacttg gtgtgctaca agaagagtac aaagttagtt ttgaaatgtg cctttgtggg 2400
gccttagatg taggtcttga ggctcacaat caaaactaac aaaaagttag gcgtgccact 2460
gttatctcaa tataatagat gttgaatata tttgatctaa gtcgattact tgcgccccaa 2520
gatgcttaaa cttcttatta tcaaaggatt gtcacaaatg ggttaagtct gcattaagtt 2580
ctttttcttg ccttgtgacc aaggactttt tcttatagtt ttgtatgtta gatgaaggag 2640
tccataccct ttatcattcg ctgattacaa ttcgacgcta aagaagtgaa gttacttgct 2700
tagccaaatt gatcataaat gggtcttaga gcgagaacaa tgtaagtgag ttaaaacata 2760
acataatatg catttaaaca acaaatctac aaactgtaag tacaacacaa ggaagttggg 2820
caagatttca tcttgtcggg caaggttcaa acctcttgca accacttctc cttgagtttg 2880
tagaagagtt gtgggtactg caaaatggaa atgtaagcag gaaatacaaa caaggtttcc 2940
taaagggaat ctattctacg aatctaggat aaggtagcag agctttgcca aaagatggct 3000
ttctgcgtgg aatctatggc taaaaggtgc ataatctgga cgaagtgcag ctttttggtt 3060
atttgcttgt ctgagaggca agtttgtatg tcttttgttt gattggttga gtgtccttgt 3120
ctctgttgtc tctttctcct tttatagacg atttggcccg actgcttttg gctctattct 3180
tgtccgaaag ctcttggagg gcaatgagtc atcatctttt tacttgtagt gccattagaa 3240
agtgtttttt ggctaatagt gagttgatct ctgtcacttg tcacttcact cctacacatg 3300
tggcctatat tttaattgag gaggcaccaa tttgttccag gcttgtcgac tgggcctcgg 3360
gcaagtcttc acttaatttg acatccatgg gtcttggcta tttacaaaac cttatgttaa 3420
atattaactc aaacaactag tccactccat ttaattctaa agaagaaaat cgtttatgca 3480
atctctgttc cttttttttt ctttattcat cttatttttc aggcaaatgt attcatcatt 3540
ttttcttcat gcatgtaatg tacttaggtg gtcattgatt gctagaagac ttccaggaag 3600
aacagcaaat gctgtgaaaa attattggaa cactcgattg cggatcgatt ctcgcatgaa 3660
aacggtgaaa aataaatctc aagaaatgag aaagaccaat gtgataagac ctcagcccca 3720
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atcagcagaa gatttaagta cgccaccaca aacgtcgtcg tcaacaaaga atggaaatga 3840
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atgcgccaat tttcctgaag gacaaagtag aagtgaattc tcctttagca cggacctttg 4020
gaatcattca aaagaagaat agctagagaa aatgattctc acttctgtgg taccatctag 4080
cttgtgta 4088
<210>24
<211>735
<212>DNA
<213>西洋梨
<400>24
atggagggat ataacgttaa cttgagtgtg agaaaaggtg cctggactcg agaggaagac 60
aatcttctca ggcagtgcat tgagattcat ggagagggaa agtggaacca agtttcatac 120
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ccaaatatca agagaggaga ctttaaagag gatgaagtag atcttatact tagacttcac 240
aggcttttgg gaaacaggtg gtcattgatt gctagaagac ttccaggaag aacagcgaat 300
gatgtgaaaa attattggta cactcgattg cggatcgatt ctcgcatgaa aacggtgaaa 360
aataaatctc aagaaacgag aaagaccaat gtgataagac ctcagcccca aaaatttatc 420
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gatttaagta cgccatcaca aacgtcgtcg tcaacaaaga acggaaatga ttggtgggag 540
accttgttcg aaggcgagga tacttttgaa agggctgcat gtcccagcat tgagttagag 600
gaagaactct tcacaagttt ttggtttgat gatcgactgt cggcaagatc atgtgccaat 660
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<210>25
<211>1595
<212>DNA
<213>西洋梨
<400>25
taagagatgg agggatataa cgttaacttg agtgtgagaa aaggtgcctg gactcgagag 60
gaagacaatc ttctcaggca gtgcattgag attcatggag agggaaagtg gaaccaagtt 120
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attattttaa agcatttcac tagtatttca ttctaagacc ttttattaaa tagtttcaag 240
tttcaagttt tacttttatt aatgttttag aacatgttaa tgtgtttaac ggtcatactt 300
gctctcactt cagtaatcta ttgtgtttac atatatggct aaaatgacct ctgcgtgtgt 360
gaggagggcc atgttgagag acttagtccc tcataaatat gtattgttca cgtagaaaga 420
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gcagacaaag atggttaaac tatctgaagc caaatatcaa gagaggagac tttaaagagg 540
atgaagtaga tcttatactt agacttcaca ggcttttggg aaacaggtac taataaatgg 600
atcaggatcg caaatggtga ggatcctcct gaacaggccc atcgggccat tcaaatttta 660
tctaacggct acaaacagga gattcctcta aaagttatag gcagtgggtc atcatttttt 720
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tcacttcact cctaagcatg tggcctatat tttaattgag gaggcgccaa tttgttccaa 840
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agaagaaaat cgtttaagca atctctgttc tttttttttt ggtcgcttta ttcatcttat 1020
ttttcagcca aatgtattca tcattttttt cttcatgcat gtaatgtact caggtggtca 1080
ttgattgcta gaagacttcc aggaagaaca gcgaatgatg tgaaaaatta ttggtacact 1140
cgattgcgga tcgattctcg catgaaaacg gtgaaaaata aatctcaaga aacgagaaag 1200
accaatgtga taagacctca gccccaaaaa tttatcaaaa gttcatatta cttaagcagt 1260
aaagaaccaa ttctagaaca tattcaatca gcagaagatt taagtacgcc atcacaaacg 1320
tcgtcgtcaa caaagaacgg aaatgattgg tgggagacct tgttcgaagg cgaggatact 1380
tttgaaaggg ctgcatgtcc cagcattgag ttagaggaag aactcttcac aagtttttgg 1440
tttgatgatc gactgtcggc aagatcatgt gccaattttc ctgaagaagg acaaagtaga 1500
agtgaattct cctttagcat ggacctttgg aatcattcaa aagaagaata gctagagaaa 1560
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<210>26
<211>732
<212>DNA
<213>西洋梨
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aatcttctca ggcagtgcat tgagattcat ggagagggaa agtggaacca ggtttcatac 120
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ccaaatatca agagaggaga ctttaaagag gatgaagtag atcttatact tagacttcac 240
aggcttttgg gaaacaggtg gtcattgatt gctagaagac ttccaggaag aacagcgaat 300
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aataaatctc aagaaacgag aaagaccaat gtgataagac ctcagcccca aaaattcatc 420
aaaagttcat attacttaag cagtaaagaa ccaattctag aacatattca atcagcagaa 480
gatttaagta cgccatcaca aacgtcgtcg tcaacaaaga acggaaatga ttggtgggag 540
accttgttcg aaggcgagga tacttttgaa agggctgcat gtcccagcat tgagttagag 600
gaagaacttt tcacaacttt ttggtttgat gatcgactgt cggcaagatc atgtgccaat 660
tttcctgaag aaggacaaag tagaagtgaa ttctccttta gcatggacct ttggaatcat 720
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<211>1591
<212>DNA
<213>沙梨
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taagagatgg agggatataa cgttaacttg agtgtgagaa aaggtgcctg gactcgagag 60
gaagacaatc ttctcaggca gtgcattgag attcatggag agggaaagtg gaaccaggtt 120
tcatacaaag caggtatata tgttaatgtg tatatttaac tgtgaaagat ggatatgtgt 180
attattttaa agcatttcac tagtatttca ttctaagacc ttttattaaa tagtttcaag 240
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gctctcactt cagtaatcta ttgtgtttac atatatggct aaaatgacct ctgcgtgtgt 360
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tgttatgcga atttaaactt tgaattatgt atgcaggctt aaacaggtgc aggaagagct 480
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aaaaccctat gttaaatatt aaaccaaaca gccagtccac tacatttaat tctaaagaag 960
aaaatcattt aagcaatctc tgttcttttt tttttggtcg ctttattcat cttatttttc 1020
agccaaatgt attcatcatc ttttttcttc atgcatgtaa tgtactcagg tggtcattga 1080
ttgctagaag acttccagga agaacagcga atgatgtgaa aaattattgg aacactcgat 1140
tggggatcga ttctcgcatg aaaacgttga aaaataaatc tcaagaaacg agaaagacca 1200
atgtgataag acctcagccc caaaaattca tcaaaagttc atattactta agcagtaaag 1260
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cgtcaacaaa gaacggaaat gattggtggg agaccttgtt cgaaggcgag gatacttttg 1380
aaagggctgc atgtcccagc attgagttag aggaagaact tttcacaact ttttggtttg 1440
atgatcgact gtcggcaaga tcatgtgcca attttcctga agaaggacaa agtagaagtg 1500
aattctcctt tagcatggac ctttggaatc attcaaaaga agaatagcta gagaaaatga 1560
ttctcacttc tgtggtacca tctagcttgt g 1591
<210>28
<211>732
<212>DNA
<213>白梨
<400>28
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aatcttctca ggcagtgcat tgagattcat ggagagggaa agtggaacca ggtttcatac 120
aaagcaggct taaacaggtg caggaagagc tgcagacaaa gatggttaaa ctatctgaag 180
ccaaatatca agagaggaga ctttaaagag gatgaagtag atcttatact tagacttcac 240
aggcttttgg gaaacaggtg gtcattgatt gctagaagac ttccaggaag aacagcgaat 300
gatgtgaaaa attattggaa cactcgactg gggatcgatt ctcgcatgaa aacgttgaaa 360
aataaatctc aagaaacgag aaagaccaat gtgataagac ctcagcccca aaaattcatc 420
aaaagttcat attacttaag cagtaaagaa ccaattctag aacatattca atcagcagaa 480
gatttaagta cgccatcaca aacgtcgtcg tcaacaaaga acggaaatga ttggtgggag 540
accttgttcg aaggcgagga tacttttgaa agggctgcat gtcccagcat tgagttagag 600
gaagaacttt tcacaacttt ttggtttgat gatcgactgt cggcaagatc atgtgccaat 660
tttcctgaag aaggacaaag tagaagtgaa ttctccttta gcatggacct ttggaatcat 720
tcaaaagaag aa 732
<210>29
<211>1596
<212>DNA
<213>白梨
<400>29
taagagatgg agggatataa cgttaacttg agtgtgagaa aaggtgcctg gactcgagag 60
gaagacaatc ttctcaggca gtgcattgag attcatggag agggaaagtg gaaccaggtt 120
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attattttaa agcatttcac tagtatttca ttctaagacc ttttattaaa tagtttcaag 240
ttgaaagttt tacttttatt aatgttttag aacatgttaa tgtgtttaac ggtcatactt 300
gctctcactt cagtaatcta ttgtgtttac atatatggct aaaatgacct ctgcgtgtgt 360
gaggagggcc atgttgagag acttagtccc tcataaatat gtattgttca cgtagaaaga 420
tgttatgcga atttaaactt tgaattatgt atgcaggctt aaacaggtgc aggaagagct 480
gcagacaaag atggttaaac tatctgaagc caaatatcaa gagaggagac tttaaagagg 540
atgaagtaga tcttatactt agacttcaca ggcttttggg aaacaggtac taataaatgg 600
atcaggatcg caaatggtga ggatcctcct gaccaggctc atcgggccat tcaaatttta 660
tccaacagat acaaataggg ggtccctcta aaagttatag gcagtgagtc atcatctttt 720
tatttgtagt gttactagaa agtacttttt ggttgatagt gagttgatct ccatcacttg 780
tcacttcgct cgtaggcatg tggcctataa tttaattgag gtggtgccaa tttgttccag 840
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ttttcagcca aatgtattca tcatcttttt tcttcatgca tgtaatgtac tcaggtggtc 1080
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<212>DNA
<213>榅桲
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<212>DNA
<213>榅桲
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<212>DNA
<213>中国李
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cagcgaatga tgtgaaaaat tattgtaaca ctcgattacg gatcaattct cgcatgaaaa 1140
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<212>DNA
<213>扁桃
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atggagggat ataacttggg tgtgagaaaa ggagcttgga ctagagagga agatgatctt 60
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<212>DNA
<213>扁桃
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gatcttctga ggcagtgcat tgagaatcaa ggtgaaggaa agtggcacca agttccttac 120
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<212>DNA
<213>欧洲甜樱桃
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atggagggat ataacttggg tgtgagaaaa ggagcttgga caagacagga agatgatctt 60
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<212>DNA
<213>欧洲甜樱桃
<400>43
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<211>744
<212>DNA
<213>西洋木瓜
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atggagggat ataacgttaa cttgagtgtg agaaaaggtg cctggactcg agaggaagac 60
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<212>DNA
<213>西洋木瓜
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gaagacaatc ttctcaggca gtgcattgag attcatggag agggaaagtg gaaccaagtt 120
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cattaaaatt cccgttgaaa tctcattata ctttcagcta gtcatacaag aaacattact 900
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agtggagagt ttttctatgt tacaaagaaa aaaaaaatca tacagtataa ttattggggt 1020
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atggagggat ataacgtggg tgtgagaaaa ggagcttgga ctagagagga agatgatctt 60
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taagagatgg agggatataa cgtgggtgtg agaaaaggag cttggactag agaggaagat 60
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<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(248)..(248)
<223>E或N
<220>
<221>MISC_FEATURE
<222>(249)..(249)
<223>S或缺少
<400>101
Met Glu Gly Tyr Asn Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Ala Trp
1 5 10 15
Thr Arg Xaa Glu Asp Xaa Leu Leu Arg Gln Cys Xaa Xaa Xaa Xaa Gly
20 25 30
Glu Gly Lys Trp Xaa Gln Val Xaa Xaa Lys Xaa Gly Leu Xaa Arg Cys
35 40 45
Arg Xaa Ser Cys Arg Xaa Arg Trp Xaa Asn Tyr Xaa Lys Pro Xaa Ile
50 55 60
Lys Arg Gly Xaa Phe Xaa Glu Asp Glu Val Asp Leu Ile Xaa Arg Leu
65 70 75 80
His Xaa Leu Leu Gly Asn Arg Trp Ser Leu Ile Ala Xaa Arg Leu Xaa
85 90 95
Gly Arg Thr Ala Asn Xaa Val Lys Asn Tyr Xaa Xaa Thr Arg Leu Xaa
100 105 110
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Lys Xaa Gln Glu Xaa Xaa
115 120 125
Xaa Thr Xaa Xaa Xaa Xaa Pro Gln Pro Xaa Xaa Phe Xaa Xaa Ser Ser
130 135 140
Xaa Xaa Leu Ser Xaa Lys Xaa Pro Ile Leu Xaa His Xaa Gln Xaa Xaa
145 150 155 160
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
165 170 175
Xaa Asp Xaa Trp Glu Thr Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Glu
180 185 190
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Glu Glu Xaa Xaa Xaa Xaa
195 200 205
Phe Trp Xaa Asp Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
210 215 220
Xaa Xaa Glu Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Ser Xaa Xaa Xaa Xaa
225 230 235 240
Xaa Trp Asn His Ser Lys Xaa Xaa Xaa
245
<210>102
<211>4078
<212>DNA
<213>家苹果
<400>102
tcgatttaag agatggaggg atataacgaa aacctgagtg tgagaaaagg tgcctggact 60
cgagaggaag acaatcttct caggcagtgc gttgagattc atggagaggg aaagtggaac 120
caagtttcat acaaagcagg tatatatgtt aatgtgtata tttaactgtg aaagatggat 180
atgtgtatta ttttaaagca tttcactagt atttcattct aagacctttt gttaaatagt 240
ttcaagtttc aagttttact tttattaatg ttttagaaca tgttaatatg tctaacggtc 300
atacttgctc tcacctcact catctattgt gtttacatat atggctaaaa tgacctatgc 360
gtgtgtgagg agggccatgt tgagagactt agtccctcat aaatatttgt tgttcacgta 420
gaaagatgtt atgtgaatgt aaactttgaa ttatgtatgc aggcttaaac aggtgcagga 480
agagctgcag acaaagatgg ttaaactatc tgaagccaaa tatcaagaga ggagacttta 540
aagaggatga agtagatctt ataattagac ttcacaggct tttgggaaac aggtactaat 600
aaataagtgt cattttcaat tcatgtcgtc gttttcattg tacggaaatt gggcctatta 660
acagtgagat tataatcata gacctcaaat tactttttcc actcttttaa tatttaatgt 720
ttttcaatga agtattagtg gtgtgtagaa tataaaaaaa aataaaaggt gttgtgtaag 780
taatttggag tgtgtgaata taatctttct tgttaatata ttctggctcc ccatattttc 840
agtattttct aatacttcct aatttatatg tcattttatt tttcatttag acatcaagca 900
aaaagttttc aattttgtag tatttttttt agatttatta aaaacaatta tttcccaaat 960
tttttttgtg ggccaatggc ctaccacatc attgtttaat ggagaactta aaggctagag 1020
taacgaagta tgattttaga gtaaatcgta attttaggaa taaaagtgag aggagaaaaa 1080
ctaagggtag caacttgcaa acttcatgat acttgagtat agtaaagtga ggattactct 1140
tattttttag ctatagtcta gcatgagaat ctaaactaca aaatcattag agagggcaag 1200
cgttataaac attcatttta aattttttaa tattataata ttctacctta aggggcagag 1260
ttgttttttg gttaagcaaa acaaaaaatc attcgtatca aatgtggtat cattgaaaat 1320
caaacttcag actttagtct taatttttaa aatgaagaca aatatcgagt gctaatagca 1380
ataaaccaaa aattttagga actgtttggt atcttatttg aaatttttta tcatttctca 1440
aaacattttt taaaaacatt tcttgaaaac aattttcttt aagactcaaa aacttgatgg 1500
gtatgcaaat taaaaatttc aaatcttacg actttaacta gacaaagaga tctaaacaga 1560
gggggtcacg gtagagggag aaagaagaga gaggaggaaa aaaagtaaga gatgattgaa 1620
tgaaagagaa agaagagaga tgatcgggat gaaatagaga ggaatatgag tgagagaaag 1680
aactgagagg ataaaaagag cagattggag aaaagacgaa aaggtaataa aaaaaggaga 1740
gagaaagaag aaaagagaga gatagatttg gagagagaga gagaagaaga gaaaataaat 1800
aagagagttt aagtttaaaa actctaaaac tcacttttta tgttttagat aatagactat 1860
atttttgagt tagtcttgag ttcaattttt aaaaatagtc ctaccaaaaa agtttttaag 1920
gcctaaaact tgaaaattgt ttttgagttt aaaaagttgg attcaaataa agtatcaaac 1980
aggtccttag ttttttcttg accgaaaaaa taaaaatctt tatccggaag ggcattagta 2040
aactcaaaca acctttcttc gtaatgattt ttgtatgtaa agtcattttc atgcttttaa 2100
tccctagtcg actgagcaaa cctttaagat tgtgtattcg gccaacagag gcttggatca 2160
gaatagataa gaagttatac attcaaaatt tcacaattaa tagaattaga agggagaact 2220
ttggtaataa atacacgcag taattttatt ttttgtatta aaactaatgt tcgggcaagg 2280
atttggcctt ggcacagctc ccttggagtg ttggcacttg gcgttgatgt tggttgttgg 2340
tcgagttctt gctacttggt gtgctacaag aagagtacaa agttagtttt gaaatgtgcc 2400
tttgtggggc cttagatgta ggtcttgagg ctcacaatca aaactaacaa aaagttaggc 2460
gtgccactgt tatctcaata taatagatgt tgaatatatt tgatctaagt cgattacttg 2520
cgccccaaga tgcttaaact tcttattatc aaaggattgt cacaaatggg ttaagtctgc 2580
attaagttct ttttcttgcc ttgtgaccaa ggactttttc ttatagtttt gtatgtttag 2640
atgaagggag tccataaccc ttttaatcat tcgcttgatt acaattcgac gcttaaagaa 2700
gtgaagttaa cttgcttagc caaatttgat cataaatggg tcttagagcg agaaacaatt 2760
gtaagtgagt taaaacataa cataatatgc atttaaacaa caaatctaca aactgtaagt 2820
acaaacacaa ggaagttggg caagatttca tcttgtcggg caaggttcaa acctcttgca 2880
accacttctc cttgagtttg tagaagagtt gtgggtactg caaaatggaa atgtaagcag 2940
gaaatacaaa caaggtttcc taaagggaat ctattctacg aatctaggat aaggtagcag 3000
agctttgcca aaagatggct ttctgcgtgg aatctatggc taaaaggtgc ataatctgga 3060
cgaagtgcag ctttttggtt atttgcttgt ctgagaggca agtttgtatg tcttttgttt 3120
gattggttga gtgtccttgt ctctgttgtc tctttctcct tttatagacg atttggcccg 3180
actgcttttg gctctattct tgtccgaaag ctcttggagg gcaatgagtc atcatctttt 3240
tacttgtagt gccattagaa agtgtttttt ggctaatagt gagttgatct ctgtcacttg 3300
tcacttcact cctacacatg tggcctatat tttaattgag gaggcaccaa tttgttccag 3360
gcttgtcgac tgggcctcgg gcaagtcttc acttaatttg acatccatgg gtcttggcta 3420
tctacaaaac cttatgttaa atattaactc aaacaactag tccactccat ttaattctaa 3480
agaagaaaat cgtttatgca atctctgttc cttttttttt ctttattcat cttatttttc 3540
aggcaaatgt attcatcatt ttttcttcat gcatgtaatg tacttaggtg gtcattgatt 3600
gctagaagac ttccaggaag aacagcaaat gctgtgaaaa attattggaa cactcgattg 3660
cggatcgatt ctcgcatgaa aacggtgaaa aataaatctc aagaaatgag agagaccaat 3720
gtgataagac ctcagcccca aaaattcaac agaagttcat attacttaag cagtaaagaa 3780
ccaattctag accatattca atcagcagaa gatttaagta cgccaccaca aacgtcgtcg 3840
tcaacaaaga atggaaatga ttggtgggag accttgttag aaggcgagga tacttttgaa 3900
agagctgcat atcccagcat tgagttagag gaagaactct tcacaagttt ttggtttgat 3960
gatcgactgt cgccaagatc atgcgccaat tttcctgaag gacaaagtag aagggaattc 4020
tcctttagca cggacctttg gaatcattca aaagaagaat agctagagaa aatgattc 4078