CN101031640A - 干细胞的分化 - Google Patents

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Abstract

所公开的是用于鉴定特异细胞类型的组合物和方法。

Description

干细胞的分化
相关申请的交叉引用
本申请要求以2004年7月29日提交的美国临时申请60/592,027作为优先权基础。2004年7月29日提交的流水号为60/592,027的申请通过引用的方式全部纳入本文。
背景技术
多潜能干细胞例如人类多潜能干细胞,具有使我们理解以及治疗许多目前医学难以克服的慢性疾病的能力均得到显著改变和拓展的前景。从药物开发到单克隆抗体的生成再到细胞疗法的产生可见,通过可产生特定的细胞类型例如任意的人类细胞类型,有望使人类细胞生物学发生很大转变。将多潜能干细胞应用于医学和工业就要求能够在体外产生大量单一细胞类型。通过已知的形态发生素、激素或其他化学物质的处理指导细胞分化的现有策略已获得某些成功的例子,但均始终不能达到实验室以外的任何实际应用所必需的细胞质量和体积。能够在体外产生各种细胞类型面临极大的需求。通过体外免疫系统的单克隆抗体生产,用于糖尿病治疗的胰岛生产以及用于神经相关功能障碍的神经前体生产,这些只是需要稳定可靠地生产特定细胞类型的人类疾病的几个方面。这个工程的经济意义是很显著的。仅是单克隆抗体的应用就是好几十亿美元的产业。美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)估计美国每年用于糖尿病的花费为1320亿美元(http://diabetes.niddk.nih.gov/dm/pubs/statistics/index.htm#14)。美国每年用于神经变性疾病的花费估计超过1000亿美元(http://www.alzheimers.org/pubs/prog00.htm#The%20Impact%20of%20Alzheimer%92s%20Disease)。
胚胎干细胞生物学的实际应用会要求产生大量同种细胞类型。在定向分化前大规模培养未分化的干细胞存在一系列的难题,这提示着需要其他的解决方案。ES和EG细胞系需要向细胞培养基中加入昂贵的重组激素例如成纤维细胞生长因子和白血病抑制因子以维持它们的生长并使它们保持不分化状态。总的来说,ES和EG细胞系仍是在饲养层上培养。它们生长缓慢,冷冻及复苏较差,难于传代。虽然目前取得了一定进展,使得可以更容易地制备ES和EG细胞培养物,但它们仍始终需要相当多的资源和具备一定知识的专业人员。
定向分化还存在其他的问题。分化可通过改变激素环境、形成类胚胎体(embryoid body)或者两者结合启动。类胚胎体的形成是目前运用最广泛的一般方法。此方法似乎可产生由类胚胎体内各种组织类型的并列而得的许多不同细胞。此方法的问题围绕着同源形成而产生。在静态培养中,会形成各种大小和形状的类胚胎体,导致可变化的分化过程。而且,虽然实验室规模的方法例如悬滴可避免这些问题,但用于大规模时仍存在问题。尽管使用激素和化学物质而非形成类胚胎体来指导分化似乎是更具吸引力的方法,但我们对器官发生所需的复杂相互作用的理解还很不够。要填补我们的认识上的这些空白还需要对不易进行实验的胚胎学过程进行辛苦和艰难的分析。
本文公开的是可以在体外产生几乎任何细胞类型的方法,以及在所述方法中使用的或来源于所述方法的组合物。产生的这些细胞系可被克隆、表征、冷冻、以及以任何所需量使用,同时例如保持正常核型的优点。这些细胞的可用性将能实现目前所预想的人类干细胞的许多潜在应用。
发明内容
所公开的内容是涉及细胞和细胞系的生产的方法和组合物。
附图说明
附图阐释了一些实施方案,并与具体实施方式一同阐释所公开的方法和组合物,将其引入本说明书并作为本说明书的一部分。
图1表示使用激活的显性负性成对转化基因的依序表达,可逆转化的盒的一个实例的示意图。该示意图下面显示的是多潜能干细胞至分化细胞的进程中该盒被活化部分的暂时性进程。
图2A-2C表示可用于分离来自ACTEG1的肝细胞来源细胞系的质粒的实例,所述ACTEG1是生殖嵴来源多潜能干细胞。
图3表示使用可切除的激活癌基因的可逆性转化的盒的一个实例的示意图。
图4表示ploxHBV-aRas的结构,它是可用于形成图3所示盒的质粒的一个实例。
图5表示使用温度敏感性转化基因的可逆性转化的盒的一个实例的示意图。
图6表示如Stratagene所指出的pEGSH质粒的示意图。
图7表示所公开的组织特异性可逆性转化(TSRT)方法的一种形式的框图。
图8表示使用驱动显性负性ras表达的四环素调节性CMV启动子和驱动a-ras表达的组织特异性启动子的可逆性转化的盒的一个实例的示意图。
具体实施方式
在公开和描述本申请的化合物、组合物、物品、装置和/或方法前,应当理解的是:除非另外说明,它们不限于具体的合成方法或具体的重组生物技术方法,或者除非另外说明,它们不限于具体的试剂;因为它们理所当然地可以有所变化。还应当理解的是,本文所使用的术语只是出于描述具体的实施方案的目的,而不意在限制。
已有很多作者著述了关于人类多潜能干细胞的可能应用的文献(例如Gearhart,J(1998)Science 282,1061-1062;Pera,MF,et al.,(2000)J.Cell Sci.113,5-10;Trounson,A(2001)Reprod FertilDev.2001;13(7-8):523-32;Sussman,NL,Kelly,JH.(1994)USPatent 5,368,555)。这些文献涉及从药物开发中的目标评价和毒性测试到试图通过将新的β细胞植入胰中来治疗I型糖尿病的各方面。这些应用的每一种均需要大量来自受控的和可新生的来源的分化细胞。现有技术不能满足这一要求,但本文公开的组合物和方法可以受控的和可重生的方式在体外生产大量所需细胞类型。
人类多潜能干细胞具有使我们治疗许多目前医学难以克服的慢性疾病的能力得到显著变化和拓展的前景。神经变性疾病、神经肌肉病、糖尿病、自身免疫性疾病、白血病和心脏病均是旨在替换和再生受损害组织的基于细胞的疗法的目标疾病的实例。
这一设想主要是基于使用多潜能干细胞以产生转基因小鼠的成功(Zambrowicz,BP,Sands,AT(2003)Nat.Rev.Drug Disc.2,38-51)。体外改变干细胞和用靶向突变生成小鼠的能力使得对于基因调节和功能以及哺乳动物发育的理解快速发展。这又转而使得能够在小鼠模型上模拟人类疾病,从而促进药物开发进程。对小鼠上的多潜能干细胞的研究已表明它们对于器官的任何组织有所帮助,并表明目的基因基本上可被随意改变——可根据具体实验的需要在单个组织中被关闭、缺失、激活或表达。
当这些结果真正地激发了人们对于人类多潜能干细胞的研究热情时,它们也提出了将此项研究由小鼠延及至人所带来的核心问题。由于转基因小鼠作为模型的成功以及它能够复制导致器官型分化的组织的复杂相互作用,因而对于限定体外再现分化的条件所给予的关注基本上己较少。然而为了实现基于细胞的疗法的设想,将需要在体外产生大量特异细胞类型或细胞类型组。为了避免文献普遍记载证明的多功能干细胞被植入非它们的正常环境时易形成肿瘤的倾向,使分化的干细胞包括完全同质的群体将是有益的,所谓完全同质的群体即它们为克隆的或为半纯化的(Andrew,PW(2002)Philos.Trans.R.Soc.Lond.B.Biol.Sci.357,405-417)。因此,本文公开了同质分化干细胞、克隆分化干细胞、半纯化分化干细胞和混合分化干细胞。本文还公开了细胞群,它们可以但不必是克隆的、可以但不必是相同细胞类型的、以及可以但不必是可被生产的所有细胞类型亚群的细胞群。这些细胞群可用于例如治疗、用于体内毒性分析或用于例如药物筛选等其他类型的体外分析。本文还公开了半纯化的细胞类型组,其含有至少99%、98%、97%、96%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%、80%、79%、78%、77%、76%、75%、74%、73%、72%、71%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%或25%的特定细胞类型,例如本文公开的任何细胞的任意组合、本文公开的任何细胞或肝细胞。
本文公开了一种用于生产分化的干细胞和/或一种或多种细胞类型的方法。还公开了由所公开的方法生产的细胞和/或细胞类型。该方法通常包括在促进分化的条件下培养干细胞并选择出或筛选出一种或多种细胞和/或细胞类型。使用的干细胞可包括这样的核酸区段——该核酸区段包含与编码标记的核酸序列可操作性连接的转录控制元件。选择或筛选可基于所述标记。可选择出或筛选出表达标记的细胞和/或细胞类型,或者可选择出或筛选出不表达标记的细胞和/或细胞类型。由此可由干细胞获得特定的细胞和/或细胞类型。
转录控制元件可以是组织特异性、细胞特异性、细胞类型特异性和/或细胞谱系特异性的转录控制元件,这表示转录控制元件使得或促进与转录控制元件可操作性连接的核酸序列分别在特异组织、细胞、细胞类型和/或细胞谱系中表达。因此,在公开的方法中,该标记可在转录控制元件具有特异性的组织、细胞、细胞类型和/或细胞谱系中表达。由此方法可由干细胞获得特定的细胞、特定组织的细胞、特定的细胞类型和/或特定细胞谱系的细胞。
本文公开的方法具有提供一种特征或特性(表达标记或不表达标记)的优点,通过所述特征或特性可从干细胞和非目的分化细胞中选择或筛选目的分化细胞。所公开方法的构思是与转录控制元件可操作性连接的标记仅在或主要在起始干细胞已分化为所需的细胞或组织类型(转录控制元件具特异性的组织或细胞类型)时表达(或不表达)。通过选择与目的细胞、细胞类型、细胞谱系和/或组织相关的转录控制元件使得任何目的细胞、细胞类型、细胞谱系和/或组织被靶向。
一类有用的标记是转化剂(transformation agent),例如癌基因。在这种情况下,转化剂的表达可引起细胞转化。其结果可以是表达转化剂的细胞的生长和/或优势生长。在分化干细胞的环境中,由于大多其他分化干细胞即使生长也生长得很缓慢,因而转化及与其相关的生长可使得表达转化剂的细胞选择性生长和/或优势生长。通过使用与标记相关的选择压力可以选择表达(或不表达)该标记的细胞。例如许多已知的基因和蛋白质可用于赋予细胞选择优势或选择劣势。可通过鉴别表达(或不表达)标记的细胞来筛选表达(或不表达)该标记的细胞。例如许多已知的酶和蛋白质构成和/或产生可检测的信号。这种信号就是细胞鉴定的基础。
该方法还包括标记表达的逆转。这可通过例如移去全部或部分核酸区段来完成,例如切除全部或部分核酸区段;使核酸区段、转录控制元件和/或标记失活;阻抑核酸区段、转录控制元件和/或标记;和/或导入和/或表达逆转剂从而移去全部或部分所述核酸区段。核酸区段的切除可通过多种方式实现。例如,可使用重组酶通过位点特异性重组切除该核酸区段。逆转剂可改变或/减弱标记的作用。例如,当该标记为转化剂例如Ras时,可通过表达显性负性Ras使得细胞转化(Ras的作用)被逆转。公开的包括使用转化剂和随后使转化被逆转的方法形式可被称为组织特异性可逆转化(TSRT)。尽管TSRT是指组织特异性可逆转化,但这只是为了方便,而意指的TSRT是指转化剂的组织特异性、细胞特异性、细胞类型特异性和/或细胞谱系特异性表达。
所述的逆转操作的组合可用于实现逆转。例如,核酸区段的切除和逆转剂的表达可以在本文公开的方法中联合使用。当需要基因改变极小的细胞(例如与相同类型的天然细胞相比)时,核酸区段的移除是有用的逆转操作。例如如果细胞将用于治疗,它就是理想的。
本文所公开的是涉及使用干细胞作为起始材料、用于建立任意特定细胞类型的分化细胞系的组织特异性可逆转化的策略。所公开的方法利用了转化基因的组织特异性表达,该方法可用于鉴定和培养特定的细胞类型。如本文所述,在该方法的某些形式中,然后可以使用多种可能的过程之一使转化事件被逆转,从而得到非转化的分化细胞的克隆群或半纯化群,包括分化的或半纯化的细胞群或者克隆细胞群。
公开了涉及例如多潜能干细胞的经修饰干细胞的组合物和方法,其中所述多潜能干细胞含有例如其表达被转录控制元件控制的标记,所述转录控制元件例如组织特异性启动子、细胞类型特异性启动子、细胞特异性启动子和/或细胞谱系特异性启动子。如本文所述,然后经修饰的多潜能干细胞可在可使细胞增殖或类胚胎体(EB)和分化细胞形成的条件下生长。当干细胞形成EB时,EB通过自发分化产生许多不同的细胞类型。在所公开方法的某些形式中,使EB形成一段所需时间后,通过例如在针对标记的同源选择培养基(cognate selection media)中培养细胞来施加选择压力。基于这点,当有许多(数目取决于在没有选择压力时使EB发育的时间长短)不同的细胞类型时,选择性压力使得具有表达标记的细胞被选择性增殖或可见。具有选择性标记的细胞为一种或多种需要的分化细胞类型,因为该标记可被设计成在一种或多种所需的细胞类型中由于组织特异性启动子而优势表达或选择性表达。还应当理解的是,在某些系统中可有一个以上的组织特异性启动子驱动标记。由于具有通过不同启动子驱动的多个标记,可使得对于组织特异性启动子并不在单一组织中唯一表达的细胞类型的选择严格性增加。还应当理解的是,在选择步骤后可有鉴定所需细胞的一个或多个其他鉴定步骤。然后这些经鉴定的细胞可被进一步分离或培养。
在选择性条件(例如选择压力)下一段时间后,可移去选择性条件促进细胞增殖,然后再施加选择压力。因此形成多个反复选择循环,增加了选择的严格性。选择循环还可发生于具有一种以上类型的由于相同组织特异性启动子而表达的标记的系统中。在该方法的某些形式中,可这样进行这些反复选择循环,例如利用第一标记,然后利用第二标记,然后再利用第一标记以及利用第二标记,如此反复。选择压力完成后,所需的分化细胞可在非选择条件下生长,此时如果需要可移除该标记和相关的DNA。有多种方法实现移除,包括例如使用重组酶技术,例如Cre-lox技术或温度特异性突变标记。还应当理解的是,标记可被整合入多潜能干细胞染色体或被载于外染色体表达盒,例如哺乳动物人工染色体。
本文公开了使用干细胞作为起始材料,建立任意特定细胞类型的分化细胞系的方法和组合物。此机制可使用用来鉴定和培养特定细胞类型的例如转化基因等标记的组织特异性表达。然后使用多种可能的方法可使该转化事件被逆转,得到克隆的或半纯化的非转化分化细胞群。
例如,公开了关于人类肝特异性启动子/增强子的组合物和方法,所述肝特异性启动子/增强子来自驱动RAS基因的不同变种的乙肝病毒核心抗原。在该方法的某些形式中,可使用与可由蜕皮激素诱导的显性负性RAS偶联的激活的RAS作为逆转剂。在该方法的某些形式中,HBV/RAS构建体侧翼带有可被CRE重组酶切除的loxP位点。该方法的某些形式可利用产生的温度敏感性(ts)激活的RAS。
通常标记构建体可被转染入干细胞系,例如人类胚胎生殖(EG)细胞系。然后例如通过形成类胚胎体可使生成的细胞系启动分化。在这种方法中,天然的生物过程导致了合适的细胞类型的发育。当细胞变为所需的细胞类型例如肝细胞时,组织或细胞特异性启动子例如肝特异性构建体将被激活,并将表达标记。该细胞例如被转化或通过标记的表达被标记。可使用选择性培养基,例如对于转化的细胞使用软琼脂;当被置于选择性培养基时,EB中仅有适当分化的转化细胞可存活或者具有选择优势。转化的细胞将优势生长或选择性生长并形成集落。可挑选集落并重新铺板以克隆。可用标准方法使细胞生长至所需的数量和构型以便应用。在适宜的时间可使用逆转信号,例如对于基因开关可使用蜕皮激素、对于lox构建体可使用CRE重组酶或者对于ts构建体可利用温度变动,使得细胞群与原代培养物在功能上等同。
例如,公开了含有包含P-I结构的核酸区段的多潜能干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中所述标记可包括转化剂。
公开了其中标记由异源核酸表达而来的细胞,其中所述核酸还包括自杀基因,其中P为组织特异性转录控制元件,其中P使得I优势表达或选择性表达,其中无限增殖因子为温度许可性因子,其中I包括SV40大T抗原,其中核酸区段侧翼有位点特异性切除序列,其中I侧翼有位点特异性切除序列,其中P侧翼有位点特异性切除序列,和/或其中P-I侧翼有位点特异性切除序列X,形成X-P-I-X。
还公开了通过将所述核酸区段从本文公开的干细胞切除而产生的细胞。
公开了这样的细胞——其中使用腺病毒介导的位点特异性切除法来切除包含P-I结构的核酸区段,和/或其中包含P-I结构的核酸分子的切除导致未切除核酸分子的重组。
公开了从干细胞获得有条件地永生的细胞类型群体的方法,包括:用含有一种本文公开的P-I核酸分子的构建体转染干细胞,在一种环境中培养干细胞以使得P转录控制元件被激活,由此使得I被优势表达或选择性表达,以及选择表达I的细胞类型。
公开的方法还包括提高表达I的细胞群的纯度的步骤,其中提高纯度的步骤包括形成克隆的或半纯化的细胞群,还包括切除核酸,还包括冷冻所选择的细胞类型,和/或还包括向细胞群中加入目的基因。
公开了获得有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有一种本文所公开的P-I核酸分子的构建体转染多潜能干细胞,激活控制元件P,由此使得I被优势表达或选择性表达,选择表达I的细胞类型并切除含有P-I核酸分子的构建体,将选择的细胞类型与一种环境接触以使原来含有包含P-I核酸分子的构建体的核酸的末端重新结合,以及冷冻所选择的细胞类型。
公开了其中使得干细胞培养物自发分化为类胚胎体的方法。
还公开了获得一种细胞培养物的方法,包括用含有一种本文所公开的P-I核酸分子的构建体转染多潜能干细胞,将干细胞与一种环境接触以使转录控制元件P被激活并使I优势表达或选择性表达,培养表达I的细胞。
公开的方法还包括克隆表达I的培养细胞。
公开了治疗患者的方法,包括给予本文公开的细胞,例如通过移植本文公开的细胞。
公开了测定组合物的毒性的方法,包括将组合物与由本文所公开的方法生产的细胞共同培养。
公开了含有包含P-I结构的核酸分子构建体的多潜能干细胞,其中P为组织特异性转录控制元件,P使得I优势表达或选择性表达,I为温度许可性无限增殖因子。
公开了含有包含X-P-I-X结构的核酸分子构建体的多潜能干细胞,其中P为组织特异性转录控制元件,P使得I优势表达或选择性表达,I为温度许可性无限增殖因子,X为位点特异性切除序列。
公开了这样的细胞——其中P-I被切除,其中通过腺病毒介导的位点特异性切除法在X处切除P-I,和/或其中P-I的切除使得原来含有包含P-I核酸分子的构建体的核酸分子重组。
公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,包括:用含有本文公开的核酸分子构建体P-I的构建体转染多潜能干细胞,将干细胞与一种环境接触以使转录控制元件P激活并使I优势表达或选择性表达,选择表达I的干细胞来源的细胞类型,以及克隆和冷冻所选择的细胞类型。
公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有本文所公开的核酸分子构建体X-P-I-X的构建体转染多潜能干细胞,将干细胞与一种环境接触以使转录控制元件P被激活并使I优势表达或选择性表达,选择表达I的干细胞来源的细胞类型,并克隆和冷冻选择的细胞类型。
公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有本文所公开的核酸分子构建体X-P-I-X的构建体转染多功能干细胞,将干细胞与一种环境接触以使转录控制元件P被激活并使I优势表达或选择性表达,选择表达I的干细胞来源的细胞类型,切除含有P-I核酸分子的构建体,以及克隆和冷冻选择的细胞类型。
公开了其中P和I被包含于相同的载体或者其中P和I被包含于不同的载体的细胞。
公开了用于从干细胞产生分化细胞的组合物和方法。特别地,该方法的可用形式包括位点特异性重组和组织特异性可逆转化(TSRT)的过程。该方法可使用例如flp/frt介导的重组和组织特异性启动子,以激活例如ras的转化并鉴定合适的细胞。然后使用例如四环素调节的显性负性ras表达,可逆转该转化。这些技术的依次应用得到任意所需细胞类型,这些细胞类型在不需全面了解它们的发育程序时就可被克隆、积聚和培养。转化的逆转得到可验证为一致的分化细胞群。该方法概括于图7,可使用例如图8图示的核酸区段。可通过关闭核酸区段中的组织特异性启动子(TS启动子)选择任何细胞类型。在这个实例中使用α-MHC启动子。图8中的组织特异性选择子由四环素调节性CMV启动子驱动的显性负性ras和组织特异性启动子驱动的a-ras组成。目的组织类型的形成激活启动子并使细胞转化。需要时,可通过加入四环素来逆转该转化。
该方法可使用可在确定的无饲养条件下培养的干细胞,例如人类胚胎生殖(EG)细胞系。在该方法的某些形式中,TSRT过程可用于这些细胞,用来鉴定和培养在类胚胎体分化的过程中形成的细胞类型,以及利用转化基因的能力的优势,所述转化基因例如由于组织特异性启动子而表达以驱动细胞生长的ras。然后这些细胞可被克隆、表征并冻存于主细胞库(Master cell bank)中以备在需要时使用。当使用细胞时,例如在药物筛选时或细胞疗法时,转化过程可被相应的显性负性ras的表达被逆转。使用此方法,任何所需的细胞类型均可被鉴定、培养至任意所需规模,以及定量转变为未转化的表形。
公开的方法可包括例如使用适用于该方法的经修饰的干细胞。例如可向干细胞系例如EG细胞系内插入frt重组位点,以使组织特异性选择子插入至对于每次选择的同一已知位点。选择子可以是含有例如表达调节性转化剂的核酸区段。独立的分离物可被表征以鉴定具有最佳整合位点的干细胞系。结果得到的干细胞系可被称为frt插入(FI)系。frt插入系可用来产生四环素调节的插入位点。得到的四环素操纵子frt插入(TOFI)系可使得显性负性转化剂调节性表达以逆转该转化。
flp是λ整合酶家族的一员,因它能在酵母中翻转DNA区段而得名(Branda and Dymecki,(2004)Talking about a revolution:theimpact of site specific recombinases on genetic analyses in mice.Developmental Cell 6,7-28)。它通过特异性识别序列frt(flp重组酶靶标)介导重组。已经证实frt序列的插入可使含有第二个frt序列的质粒发生位点特异性整合。已经证实flp/frt在胚胎干细胞中可有效地起作用(Dymecki,(1996)Flp recombinase promotes sitespecific DNA recombination in embryonic stem cells and transgenicmice.Proc.Natl.Acad.Sci.93,6191-6196)。
通过将frt位点(或其他位点特异性重组或插入位点)插入至干细胞系,选择子构建体(即与ras连接的组织特异性启动子)在任何筛选中均可靶向于相同的位点。这样消除了DNA非定向插入的问题,在DNA非定向插入中DNA整合入随分化程序开启或关闭的基因组的一段中或者整合入功能性基因中。虽然在常规DNA插入系统中这不是一个不可克服的问题(通常可通过在选择培养基中继续生长来克服),但本发明公开的方法提供了一个优越的解决方案。该公开的方法可以利用选择子的随机插入,但因为需要对每次插入评估插入效果,这就需要更多的操作。利用重组位点可使得合适的细胞一次产生。然后该细胞可被重复使用,重复重组入相同的位点以选择其他细胞类型。由于重组入已有的位点,所有的转染子应是相同的,从而可收集整个表面皿,避免了反复克隆的问题。使用flp/frt系统还可使转染效率最高。
基于例如使用在所需的细胞类型中激活的转录控制元件,公开的方法可用于制备任意所需的细胞类型。例如通过使用例如α肌球蛋白重链(αMHC)启动子驱动的ras在公开的方法中可生成心肌细胞。然后可使用插入的四环素调节的显性负性ras来逆转心肌细胞的转化。温度敏感性转化体或选择子(含有表达调节性转化剂的核酸区段)的切除通过flp重组酶的调节性表达而实现。
A组合物
1.干细胞
干细胞被定义为(Gilbert,(1994)DEVELOPMENTAL BIOLOGY,4thEd.Sinauer Associates,Inc.Sunderland,MA.,p.354)“能够广泛增殖、产生更多干细胞(自我更新)以及更多的分化的细胞子代”的细胞。这些特征可称作干细胞潜能。多潜能干细胞、成体干细胞、胚泡来源干细胞、生殖嵴来源干细胞、畸胎瘤来源干细胞、全能干细胞、多能干细胞、胚胎干细胞(ES)、胚胎生殖细胞(EG)以及胚胎癌细胞(EC)均是干细胞的实例。
干细胞可具有多种不同性质以及不同类别的这些性质。例如在某些形式中,干细胞在未分化的状态能增殖至少10、15、20、30或更多代。在某些形式中,干细胞可增殖一年以上不分化。干细胞在增殖和/或分化时还可维持正常的核型。干细胞还能保持分化成中胚层、内胚层和外胚层组织包括生殖细胞、卵子和精子的能力。一些干细胞还可以是能够在不分化的状态下在体外无限增殖的细胞。一些干细胞还可以在更长时间的培养中维持正常的核型。有些干细胞甚至在更长时间的培养后还可维持分化成全部三种胚胎层(内胚层、中胚层和外胚层)的衍生物的潜能。一些干细胞可在生物体形成任意细胞类型。一些干细胞在某些条件下可形成类胚胎体,例如在不维持未分化生长的培养基上生长时。一些干细胞可通过与例如胚泡融合形成嵌合体。
一些干细胞可通过多种标记来定义。例如,一些干细胞表达碱性磷酸酶。一些干细胞表达SSEA-1、SSEA-3、SSEA-4、TRA-1-60和/或TRA-1-81。一些干细胞不表达SSEA-1、SSEA-3、SSEA-4、TRA-1-60和/或TRA-1-81。一些干细胞表达Oct4和Nanog(Rodda et al.,J.Biol.Chem.280,24731-24737(2005);Chambers et al.,Cell 113,643-655(2003))。应了解的是一些干细胞在mRNA水平上表达这些标记,而还有其他一些还在蛋白质水平上在例如细胞表面或细胞内表达它们。
应当理解干细胞可具有本文所述的任何干细胞性质或类别或类别和性质的任意组合。例如一些干细胞可表达碱性磷酸酶,而不表达SSEA-1,增殖至少20代,以及能分化成任意细胞类型。另一组干细胞例如可在细胞表面表达SSEA-1,能够形成内胚层、中胚层和外胚层组织,以及培养一年也不分化。另一组干细胞例如可以是表达SSEA-1的多潜能干细胞。另一组干细胞例如可以是表达碱性磷酸酶的胚泡来源干细胞。
可使用强化所需类型的干细胞的性质的任何培养手段。例如可在碱性成纤维生长因子、白血病抑制因子、膜相关青灰因子和可溶性青灰因子存在时培养干细胞,从而产生多潜能胚胎干细胞。参见美国专利5,690,926、5,670,372和5,453,357,这些文献中至少关于获得和给养培养物中的多潜能干胚胎细胞的资料均通过引用的方式纳入本文。还可在胚胎成纤维细胞上培养干细胞,解离的细胞可重新在胚胎饲养细胞上铺板。参见例如美国专利6,200,806和5,843,780,这些文献中至少关于获得和给养干细胞的资料通过引用的方式纳入本文。
一类干细胞为多潜能胚胎干细胞。本文所使用的多潜能胚胎干细胞意为可在胚胎或成体产生许多分化的细胞类型的细胞,所述分化的细胞包括生殖细胞(精子和卵子)。多潜能胚胎干细胞也能够自我更新。因此,这些细胞不仅构成生殖细胞系以及产生许多组成成体专门器官的终末分化细胞,而且能使它们自己再生。
一类干细胞为能够自我更新并且可分化成中胚层、外胚层和内胚层的细胞类型但不产生生殖细胞即精子或卵子的细胞。
另一类干细胞为能够自我更新并可分化成中胚层、外胚层和内胚层的细胞类型但不产生胎盘细胞的干细胞。
另一类干细胞为非来源于胚胎或胎儿的任意类型干细胞的成体干细胞。虽然能产生全部三种细胞类型的成体干细胞已有描述(例如2004年6月3日公布的Furcht等人的公布号为No.20040107453的美国专利申请和PCT/US02/04652中,这些文献中至少关于成体干细胞和培养成体干细胞的资料通过引用的方式纳入本文),但通常成体干细胞产生新细胞类型的能力有限并且产生的是特定的谱系。成体干细胞的一个实例是多能造血干细胞,它可形成所有血液细胞例如红细胞、巨噬细胞、T细胞和B细胞。诸如此类的细胞因在造血谱系中的多潜能性而被称作“多潜能造血干细胞”。多潜能成体干细胞为具有多潜能性能的成体干细胞(参见例如公布号为No.20040107453的美国专利申请No.10/467963)。
另一类干细胞为胚泡来源干细胞,它为来源于从例如64、100或150个细胞期前的胚泡所获得的细胞的多潜能干细胞。胚泡来源干细胞可来源于胚泡的内部细胞群集,并常用于转基因小鼠的研究(Evans andKaufinan,(1981)Nature 292:154-156;Martin,(1981)Proc.Natl.Acad.Sci.78:7634-7638)。从培养的胚泡中分离的胚泡来源干细胞可产生永久细胞系,永久细胞系可无期限地保留它们不分化的特性。可使用任何当代分子生物学技术对胚泡来源干细胞进行操作,然后在将其植入新的胚泡。该胚泡可产生携带有胚泡来源干细胞基因组成的完全意义上的动物。(Misra and Duncan,(2002)Endocrine 19:229-238)。这类性质和操作一般可应用于胚泡来源干细胞。应当理解,胚泡来源干细胞可从植入前或植入后的胚胎获得,并可分别被称作植入前胚泡来源干细胞和植入后胚泡来源干细胞。
另一类干细胞为生殖嵴来源干细胞,它为来源于从例如在排卵后的6、7、8、9或10周时或在6、7、8、9或10周后(即发育阶段)的人类胚胎或胎儿获得的细胞的多潜能干细胞。在5-6周的阶段进行碱性磷酸酶染色。生殖嵴来源干细胞可来源于例如6-10周的人类胚胎或胎儿的生殖嵴,来自生殖嵴细胞。
另一类干细胞为胚胎来源干细胞,所述干细胞来源于最长妊娠6周的150个或以上细胞的胚胎。通常胚胎来源干细胞来源于由胚泡内部细胞群集细胞产生的细胞或将成为生殖嵴细胞的细胞,生殖嵴细胞可来自内部细胞群集细胞,例如在发育过程中迁移至生殖嵴的细胞。
其他组的干细胞为胚胎干细胞(ES细胞)、胚胎生殖细胞(EG细胞)和胚胎癌细胞(EC细胞)。
还公开了另一类称作畸胎瘤来源干细胞的干细胞,此类干细胞为来源于畸胎癌并以缺乏正常核型为特征的干细胞。畸胎癌为罕见肿瘤,与多数肿瘤不同,它由许多种不同的组织类型组成。畸胎癌的研究表明它们由脱离了通常的控制机制的原始生殖腺组织产生。这类性质和操作通常可应用于畸胎瘤来源干细胞。
干细胞还可根据其发育潜能分类。一类干细胞为可生长成完整生物体的干细胞。另一类干细胞为不能生长成整个生物体,但可成为体内的任意其他细胞类型的干细胞(如上文所述具有多潜能性能)。另一类干细胞为仅成为特定细胞类型例如血细胞或骨细胞的干细胞。其他类的干细胞包括全能干细胞、多潜能干细胞和多能干细胞。
公开的方法和组合物通常通过引用“干细胞”或“多潜能干细胞”来描述。然而,公开的方法不限于使用干细胞和多潜能干细胞。特别考虑到公开的方法和组合物可使用或包括任意类型或类别的干细胞,例如成体干细胞、胚泡来源干细胞、生殖嵴来源干细胞、畸胎瘤来源干细胞、全能干细胞和多能干细胞或具有任何本文所述的性质的干细胞。特别考虑并描述了在本公开方法和组合物中的或与本公开方法和组合物一起使用的、单独或以任意组合使用的、任意类型或类别的干细胞的用途。
2.体外干细胞的分化
直到最近,多潜能干细胞的研究工作仍几乎只限于小鼠。虽然已有来源于其他几个物种的细胞系,但小鼠的实验集中了大多数的工作的优点。小鼠作为实验模型的另一个结果是不必再强调建立促进体外分化的条件的研究工作。产生转基因小鼠相对简单,这使得为确定细胞培养条件的不确定的和偶然性的研究工作失去信心,所述条件为模拟导致器官型分化的极其复杂的细胞相互作用的条件。随着人类多潜能干细胞系的公布,在体外调节分化的能力已有突飞猛进的发展。
在例如饲养层上并用适宜的培养基使所给养的多潜能干细胞无限期地保持不分化。将其从饲养层上移出并在悬液中培养会导致凝集物和其他分化细胞的形成(Kyba,M,(2003)Meth.Enzymol.365,114-129)。这些凝集物开始组织和产生胚泡的某些特性。这些原始胚泡(protoblastocyst)称为类胚胎体(EB)。在EB内增殖和分化的进行性周期大致是按照发育的模式发生。当在EB中可鉴定到很多不同的组织类型时,若没有外部指导,分化就会紊乱,因而不能导致形成显著数量的任意一种细胞类型(Fairchild,PJ,(2003)Meth.Enzymol.365,169-186)。已制定了很多策略来指导更大比例的细胞循着特定的发育路线(Wassarman,PM,Keller,GM.(2003)METHODS IN ENZYMOLOGY,Differentiation of Embryonic Stem Cells,vol.365,ElsevierAcademic Press,New York,NY,510p.)。这些策略已经采用了使用已知的形态发生素处理、改变激素环境、在特定的基质上培养以及在体外相继使用化学物质以影响分化的方式。所有这些策略在某些应用中已经是成功的,但是它们都不能产生同质的一种细胞类型的细胞。
除了同质性的问题外,当人们考虑到在其他应用中实际使用特定细胞类型的可能性时还出现了另一个问题。例如,用于毒性测试的正常人类肝细胞在药物开发中十分有用。直接来源于人类肝脏的细胞——人类原代肝细胞的供给极为短缺。来源于干细胞系的肝细胞可解决这个问题,但需要获得显著数目的来源于干细胞系的肝细胞。所公开的组合物和方法能够解决这个问题。
为了使干细胞来源的产品用于实际应用中,需要产生大量的相同细胞。理想地,这可以是一种可广泛使用而不必对于每种细胞类型都需要繁冗的实验的通用方法。
3.细胞特异性产生
组织特异性可逆选择(例如转化)提供了一种产生分化的干细胞的有用方法。所公开的方法使得可以鉴定和培养任意特定类型的永久细胞系,然后可使整个群体回复为正常表型或者从该群体中被清除。
公开了使用将发育为任何所需细胞类型的组织特异性可逆转化干细胞系的组合物和方法。该公开的方法应用了转化基因的组织特异性表达。还公开了经任意数量的策略例如显性负性形式的转化基因的表达,来逆转该转化的方法,所述策略要根据所需细胞产品的背景而定。公开的组合物和方法避免了大规模地培养干细胞,因为干细胞自身只需在实验室规模上生长以分离所需的细胞类型;它们发育为能被克隆和表征的个体细胞系,所述克隆和表征就如同目前在任意大规模细胞培养应用上进行的一样,并且这些细胞系可被表征和冷冻;由于该组合物和方法利用了生物学本身的能力,而不是试图在大规模级别重复这些复杂的过程,因此它们绕过了目前难懂的生物学理论;该细胞系在一般培养条件的培养中的表现如同大多转化细胞系,即胰岛素、运铁蛋白、硒,普通细胞培养基对于大多数的这些细胞系是足够的。应当理解本文公开的非转化方法也是可以使用的,并可与转化的方法互换。
4.经修饰的干细胞
公开了经修饰的干细胞。经修饰的干细胞是具有不同于原细胞背景的遗传背景的干细胞。例如,经修饰的干细胞可以是表达标记的干细胞,标记可由外加的染色体核酸或整合的核酸表达。干细胞可通过多种途径进行修饰,包括通过表达标记的方式修饰。标记可以是使得可对干细胞或干细胞来源细胞进行选择或筛选的物质。例如标记可以是转化基因例如Ras,它提供给细胞在非转化细胞不能生长的条件下生长的能力。
细胞可被施以选择压力,这是指细胞在被设计成以某些与标记有关的方式改变细胞群体的条件下生长或被置于该条件下。例如,如果标记赋予表达标记的细胞抗生素抗性,那么该细胞群体可被置于存在该抗生素的条件下。只有表达传递抗生素抗性的基因的细胞可以存活,或其相对于不表达抗生素抗性基因的细胞具有存活优势。在所述方法的某种形式中,表达标记基因以及具有选择优势的细胞可以相对于不具有标记的其他细胞而言被选择性扩增,也就是说它们比不具有标记的细胞可以以更快的速度生长或存活。在该方法的某些形式中,具有标记的细胞的选择具有一定的选择严格性。选择严格性是标记从不具有标记的细胞中鉴别具有该标记的细胞的效率。例如选择严格性可以是诸如产生标记的细胞比非标记表达细胞具有至少2、4、8、10、15、20、25、30、40、50、75、100、200、400、500、800、1000、2000、4000、10,000、25000、50000倍的生长优势。在该方法的某些形式中,选择严格性可表示为在一段时间内(例如一代)存活的表达标记的细胞的百分比相对于在相同时间内存活的不表达标记的细胞的百分比的选择比率。例如所公开的是可产生下述选择比率的标记,所述选择比率至少为1、1.5、2、4、8、10、15、20、25、30、40、50、75、100、200、400、500、800、1000、2000、4000、10000、25000、50000或100000。该标记使得表达标记的细胞选择性生长或可见,这意为表达标记的细胞可优势生长或选择性生长或可从不表达标记的细胞中被识别出来。
a)标记
标记或标记产品可用于确定标记或某些其他核酸是否已被递送至细胞并在递送后表达。例如标记可以是标记基因或报告基因的表达产物。可用的标记基因的实例包括大肠杆菌lacZ基因,该基因编码β-半乳糖苷酶、腺苷磷酸核糖转移酶(APRT)和次黄嘌呤磷酸核糖转移酶(HPRT)。荧光蛋白质也可用作标记和标记产品。荧光蛋白质的实例包括绿色荧光蛋白(GFP)、绿色造礁珊瑚荧光蛋白(green reef coralfluorescent protein,G-RCFP)、青色荧光蛋白(cyan fluorescentprotein,CFP)、红色荧光蛋白(RFP或dsRed2)以及黄色荧光蛋白(YFP)。
(1)阴性选择标记
标记可以是可选择的标记。用于哺乳动物细胞的合适的可选择标记的实例为二氢叶酸还原酶(DHFR)、胸苷激酶、新霉素、新霉素类似物G418、湿霉素和嘌呤霉素。当这类可选标记被成功转入哺乳动物宿主细胞中时,若置于选择压力下,则被转化的哺乳动物宿主细胞可存活。有两种广泛应用的不同类别的选择方案。第一类基于细胞代谢和突变细胞系的使用,所述突变细胞系缺乏不依赖于补加培养基生长的能力。两个实例是:CHO的DHFR细胞和小鼠LTK细胞。这些细胞缺乏在不添加例如胸苷或次黄嘌呤的营养成分的条件下生长的能力。由于这些细胞缺乏完整的核酸合成途径所必需的某些基因,所以除非在补加培养基中提供了所缺少的核苷酸,否则它们不能存活。相对于补加培养基而言的另一种方法是将完整的DHFR或TK基因导入分别缺乏DHFR或TK基因的细胞中,从而改变它们的生长需求。未被DHFR或TK基因转化的个体细胞将不能在非补加培养基中存活。
(2)显性选择标记
第二类为显性选择,是指用于任意细胞类型并且不需要使用突变细胞系的选择方案的选择。这些方案通常使用抑制宿主细胞生长的药物。那些具有新基因的细胞可表达表现出药物抗性的蛋白质,从而可经选择后存活。这类显性选择的实例使用了药物新霉素(Southern P.andBerg,P.,J. Molec.Appl.Genet.1:327(1982))、霉酚酸(Mulligan,R.C.and Berg,P. Science 209:1422(1980))或潮霉素(Sugden,B.et al., Mol.Cell.Biol.5:410-413(1985))。这三个实例应用了真核生物控制下的细菌基因以表现出分别对适宜的药物G418或新霉素(遗传霉素)、xgpt(霉酚酸)或潮霉素的抗性。其他实例包括新霉素类似物G418和嘌呤霉素。
(3)转化基因
转化基因可用作标记。转化基因是任何编码使得细胞具有至少一种癌细胞的特性的蛋白质或RNA的序列,所述癌细胞特性例如在能够软琼脂上生长。其他特性包括例如接触抑制作用的缺失以及不依赖于生长因子。另外,转化的细胞可发生形态学上的改变,例如细胞变得不那么圆。转化基因也可被称作转化性基因。转化基因、转化性基因和它们的产物可被称为转化质或转化剂。转化剂也可称作无限增殖因子。
癌基因可以是转化基因,通常转化基因将会是癌基因。癌基因通常编码信号转导级联系统的组成部分。通常癌基因的正常基因产物调节细胞生长,发生于蛋白质或表达的突变解除了对此活性的控制或使该活性增加。癌基因通常编码信号转导途径例如MARK途径或Ras途径中的分子,例如生长因子、生长因子受体、转录因子(erbA:编码甲状腺激素受体(甾体激素受体)、re1:形成调节转录的配对组合(NF-κB)、v-re1:禽类网状内皮增殖、jun以及fos)、蛋白激酶、信号转导、丝氨酸/苏氨酸激酶、核内蛋白、生长因子受体激酶或胞质酪氨酸激酶。应该理解,组合的许多癌基因可能成为转化性的。特别考虑了所公开的癌基因和转化基因的组合的所有系列。某些癌基因例如Ras靠其自身转化。
膜相关转导分子常为癌基因。膜相关转导分子例如Ras通过其他分子与邻近受体的结合被间接激活。邻近受体的激活导致癌基因变为激活的,启动了导致正常细胞行为改变的信号级联系统。受体酪氨酸激酶也可以是癌基因。受体酪氨酸激酶是能将磷酸基团转移至靶分子的酶。当靶分子例如生长因子与激酶的细胞外部分结合时,信号就穿过细胞膜引起信号转导级联。这一类型的癌基因的实例为HER2蛋白。受体相关激酶也是膜相关酶,但它们通过与其他邻近受体结合而激活。此结合使得激酶磷酸化靶蛋白质而导致信号向核的转导。Src是这一类型癌基因的一个实例。转录因子是与沿DNA螺旋的特定序列结合而导致结合的基因在核内表达的蛋白质。这一类型的癌基因的实例为myc。一些转录因子为抑制剂,例如Rb。端粒末端转移酶是一种维持染色体末端的蛋白质-RNA复合物。如果端粒末端转移酶不存在或存在量很少,染色体就随着每次细胞分裂而缩短,直至发生严重损害。端粒末端转移酶在大多数正常细胞中不表达或不存在或表达量或存在量很少,但是在多数的转化细胞中该酶存在的浓度高于同质的未转化细胞中的浓度。凋亡调节蛋白是起控制程序性细胞死亡作用的蛋白质。当DNA受损害或发生其他损伤时就会发生凋亡。许多癌基因在它们的正常状态时阻抑细胞死亡,例如Bc1-2。
非穷举的癌基因有:ab1(酪氨酸激酶活性)、ab1/bcr(融合产生的新蛋白质)、Af4/hrx(融合影响hrx的转录因子产物)、akt-2(编码一种蛋白质——卵巢癌1丝氨酸/苏氨酸激酶)、alk(编码一种受体酪氨酸激酶)、ALK/NPM(融合产生的新蛋白质)、am11(编码转录因子)、am11/mtg8(融合产生的新蛋白质)、ax1(编码一种受体酪氨酸激酶)、bc1-2,3,6(阻抑凋亡(程序性细胞死亡)、bcr/ab1(融合产生的新蛋白质)、c-myc(细胞增殖和DNA合成)、db1(鸟嘌呤核苷酸交换因子)、dek/can(融合产生的新蛋白质)、E2A/pbx1(融合产生的新蛋白质)、egfr(酪氨酸激酶)、en1/hrx(融合产生的新蛋白质)、erg/c16(融合产生的新蛋白质)、erbB(酪氨酸激酶)、erbB-2(原为neu)(乳房酪氨酸激酶)、ets-1(一些启动子的转录因子)、ews/fli-1(融合产生的新蛋白质)、fms(酪氨酸激酶)、fos(API的转录因子)、fps(酪氨酸激酶)、gip(膜相关G蛋白)、gli(转录因子)、gsp(膜相关G蛋白)、HER2/neu(基因融合产生的新蛋白质)、hox11(DNA结合蛋白的过表达)、hrx/en1(融合产生的新蛋白质)、hrx/af4(融合产生的新蛋白质)、hst(编码成纤维细胞生长因子)、IL-3(蛋白质的过表达)、int-2(编码成纤维细胞生长因子)、jun(转录因子)、kit(酪氨酸激酶)、KS3(生长因子)、K-sam(编码生长因子受体)、Lbc(鸟嘌呤核苷酸交换因子)、lck(酪氨酸激酶对T细胞受体基因的再定位)、lmo-1,(2T细胞受体基因附近的转录因子的再定位)、L-myc(细胞增殖和DNA合成)、lyl-1(DNA结合蛋白的过表达)、lyt-10(IgH基因附近的转录因子的再定位)、lt-10/Cα1(融合产生的新蛋白质)、mas(血管紧张肽受体)、mdm-2(编码肉瘤1p53抑制剂)、MLH1(DNA错配修复)、m11(基因融合产生的新蛋白质)、MLM(编码p16——一种抑制细胞周期的负性生长调节子)、mos(丝氨酸/苏氨酸激酶)、MSH2(DNA错配修复)、mtg8/am11(融合产生的新蛋白质)、myb(编码有DNA结合结构域的转录因子)、MYH11/CBFB(融合产生的新蛋白质)、neu(现为erb-2)(酪氨酸激酶)、N-myc(细胞增殖和DNA合成)、NPM/ALK(融合产生的新蛋白质)、nrg/re1(融合产生的新蛋白质)、ost(鸟嘌呤核苷酸交换因子)、pax-5(转录因子对IgH基因的再定位)、pbx1/E2A(融合产生的新蛋白质)、pim-1(丝氨酸/苏氨酸激酶)、PML/RAR(融合产生的新蛋白)、PMS1,2(DNA错配修复)、PRAD-1(编码细胞周期蛋白D1,该蛋白质在细胞周期的G1期很重要)、raf(丝氨酸/苏氨酸激酶)、RAR/PML(融合产生的新蛋白)、rasH(参与细胞的信号转导)、rasK(参与细胞的信号转导)、rasN(参与细胞的信号转导)、re1/nrg(融合产生的新蛋白)、ret(编码受体酪氨酸激酶的DNA重排)、rhom-1,2(DNA结合蛋白的过表达)、ros(酪氨酸激酶)、ski(转录因子)、sis(生长因子)、set/can(基因融合产生的新蛋白)、Src(酪氨酸激酶)、tal-1,2(转录因子的过表达)、tan-1(蛋白质的过表达)、Tiam-1(鸟嘌呤核苷酸交换因子)、TSC2(GTP酶激活剂)、trk(重组的融合蛋白)。
转化基因的一个实例是Ras基因,其一个实例示于SEQ ID NO:2。ras癌基因家族包括3个主要成员:K-ras、H-ras和N-ras。所有这三种癌基因与多种癌症都有关。K-ras癌基因发现于12p12染色体,编码一种21kD的蛋白质(p21ras)。P21参与了G蛋白信号转导途径。K-ras癌基因的突变导致了G蛋白转导途径的组成性激活,这导致异常的增殖和分化。
在50%以上的结肠直肠腺瘤和癌中都存在激活K-ras的突变,绝大多数发生于癌基因的密码子12处。K-ras突变是胰腺癌和胆管癌中最常见的遗传异常之一(75%以上)。K-ras突变在肺腺瘤中也较频繁。
同样,所公开的转化基因可与具有具体的实验中所需的性质的其他基因或者各组别转化基因配对。不同的情况会使用不同的转化策略。例如,用激活的/显性负性对转化的细胞可使得多个周期回复。那么这些细胞同时具有原代细胞和细胞系的优点。这些细胞可被扩增、抑制、操作,然后再扩增。使用Cre/lox回复的细胞成为原代细胞的类似物,在基因组中只保留有34bp lox位点。这些细胞可用于细胞疗法处置。
b)表达系统
递送至细胞的核酸通常含有表达控制系统,这些表达控制系统常为组织特异性的。细胞含有组织特异性表达控制系统,也可能还含有不必为组织特异性的另一表达控制系统。表达控制系统为引起目的核酸表达的系统。例如,病毒和逆转录病毒系统中的插入基因常含有启动子和/或增强子以帮助控制所需基因产物的表达。启动子通常是在相对于转录起始位点的相对固定的位置起作用的一个或多个DNA序列。启动子含有RNA聚合酶和转录因子的基本相互作用所需的核心元件,还可含有上游元件和反应元件。影响转录的序列可被称为转录控制元件。
(1)组织特异性和细胞特异性启动子
分化是指导细胞表达一组特定转录因子的过程,所述转录因子转录该细胞类型的特性基因家族。然后这些转录因子在特征基因的启动子处联合起作用以使同源的mRNA和蛋白质表达。通过此方式,有限数目的转录因子基因可特异性调节更大组的基因(Alberts,B,Bray,D,Lewis,J,Raff,M,Roberts,K,Watson,JD.(1994)MOLECULARBIOLOGY OF THE CELL,3rd Ed.,Garland Publishing,New York,NY,1294p)。
组织特异性启动子只是在特定的生物环境中作用才最为有效(Kelly,JH,Darlington,GJ.(1985)Ann.Rev.Gen.19,273-296)。例如清蛋白是成人肝细胞的主要蛋白质产物,它仅在该细胞类型中显著表达。这是通过人类清蛋白基因的表达实现的,所述人类清蛋白基因具有只在肝细胞中驱动清蛋白基因表达的启动子和增强子。许多转基因小鼠的实验已证实,异源基因在清蛋白启动子/增强子的控制下几乎仅在肝细胞中专一地表达(Pinkert,CA,et al.,(1987)Genes Dev.3,268-76)。由于是通过特定基因和蛋白质的表达来定义细胞类型,每个特异类型具有在该细胞类型中专一或几乎专一表达的特异基因。视紫红质仅在视网膜细胞中表达,心肌球蛋白仅在心肌细胞中表达,胰岛素仅在胰的β细胞中表达。每个这些基因均是由仅在该细胞类型中作用的启动子驱动。
(a)细胞特异性基因具有细胞特异性启动子
表3中为示例性的基因列表,这些基因全部或部分在所示出的特异类型组织中表达。应当理解每个这些基因都具有含允许特异性表达模式的调节元件的5’上游区域。所公开的是包括每个这些基因的5’上游区域的100、350、500、750、1000、1500、2000、2500、3000、4000或5000个碱基的核酸,该核酸例如与本文公开的转化性基因操作性连接。还公开了制备和使用这些基因的5’上游区域的方法,包括识别和分离包含于这些区域内的、具有本文所述特定性质的特异元件的方法。方法为已知的,可用于识别调节元件。
表3附随本申请。
(b)特异性启动子
存在许多可用于本文公开的方法和组合物的细胞特异性启动子。启动子也可识别与基因转录物相关的调节区域来识别,所述基因转录物为细胞类型特异性的或存在于在细胞类型亚型中的。
例如,包括启动子和增强子的脂肪细胞调节序列,例如来自人类脂连蛋白基因序列的-908至+14的序列,可用于鉴定脂肪细胞(SEQ IDNO:9)。(Iwaki,M.,et al.Diabetes 52,1655-1663,2003,GenbankNo.Q15848和NM-004797,这些文献中至少关于脂连蛋白基因和调节序列(包括序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文。)
另一个实例是包括启动子和增强子的肝细胞调节序列,例如人类乙肝病毒序列从1610至1810的序列(SEQ ID NO:22)、人类α-1-抗胰蛋白酶启动子序列从-137至-37的序列(SEQ ID NO:10)和人类清蛋白基因序列从-434至+12的序列(SEQ ID NO:11)。(Gabriela Kramer,M.,et al.Molecular Therapy 7,375-385(2003),其中至少关于干细胞调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文。)
还公开了包括启动子和增强子的心脏细胞调节序列。例如人类肌球蛋白轻链基因序列VLC1序列从-357至+40的序列(SEQ ID NO:12)以心脏细胞特异性方式起作用。(Kurabayashi,el al.,J.Biol.Chem.265,19271-19278,(1990),其中至少关于心脏调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的视网膜调节序列,例如人类视紫红质基因的调节序列,例如从-176至+70的以及从-2140至-1894的246bp的序列(SEQ ID NO:13)(Nie el al.,J.Biol.Chem.271,2667-2675,(1996),其中至少关于视网膜调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子序列的B细胞调节序列,例如调节人类免疫球蛋白重链启动子和增强子元件的序列(Maxwell,IH,et al.Cancer Res.51,4299-4304,(1991),其中至少关于B细胞调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子序列的内皮细胞调节序列,例如人类E选择素基因的调节序列,例如从-547至+33的序列(SEQ ID NO:14)(Maxwell,IH,et al.Angiogenesis 6,31-38,(2003),其中至少关于内皮调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的T细胞调节序列,例如人类前T细胞受体的调节序列,例如从-279至+5的序列(SEQ ID NO:15),T细胞调节序列可包括上游增强子元件(Reizis and Leder,Exp.Med.,194,979-990,(2001),其中至少关于T细胞调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子序列的巨噬细胞调节序列,例如人类HCgp-39基因的序列从-308至+2的序列(SEQ ID NO:16)(Rehli,M.,et al.J.Biol.Chem.278,44058-44067,(2003),其中至少关于巨噬细胞调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的肾细胞的调节序列,例如人类尿调节素基因的调节序列,例如该基因的从-3.7kb开始的启动子序列(SEQ ID NO:17)(Zbikows ka,HM,et al.Biochem.J.365,7-11,(2002),其中至少关于肾细胞调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的脑调节序列,例如人类谷氨酸受体2基因(GluR2)的调节序列,例如该基因的从-302至+320的序列(SEQID NO:18)(Myers,SJ,et al.J.Neuroscience 18,6723-6739,(1998),其中至少关于脑调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的肺细胞调节序列,例如人类表面活性蛋白A2(SP-A2)的调节序列,例如该基因的从-296至+13的序列(SEQ ID NO:19)(Young,PP,CR Mendelson Am.J.Physiol.271,L287-289,(1996),其中至少关于肺细胞调节序列(该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的胰细胞调节序列,例如人类胰岛素基因的调节序列,例如该基因的从-279开始的序列(SEQ ID NO:20)(Boam,DS,et al.J.Biol.Chem.265,8285-8296,(1990),其中至少关于胰细胞调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了例如启动子和增强子的骨骼肌调节序列,例如人类快骨骼肌肌钙蛋白C基因的调节序列,例如该基因的从-978至+1的序列(SEQID MO:21)(Gahlmann,R,L.Kedes J.Biol.Chem.265,12520-12528,(1990),其中至少关于骨骼肌调节序列(包括该序列和获得该序列的方法)的资料被引入本文)。
还公开了含有自杀基因的核酸,例如本文所公开的那些,其中例如该基因被开启则会杀死细胞,例如这些基因可在其表达上被调节。例如自杀基因也可包括在cre-lox重组位点内,这样在发生如本文所公开的转化后、在细胞或成组细胞已在转化培养基中选择性生长后,转化性基因将被重组酶例如Cre切除,自杀基因也将被切除。然后在含开启自杀基因的适宜条件的非转化培养基中,只允许发生了重组的那些细胞存活。使用标记的此种结果有许多变化形式和组合,存在的本文公开的组合物和方法的组合也有多种。
(2)病毒启动子和增强子
来自哺乳动物宿主细胞内载体的、控制转录的优选启动子可从各种来源获得,例如病毒基因组,例如:多瘤(病毒)、猿猴病毒40(SV40)、腺病毒、逆转录病毒、乙型肝炎病毒和最优选的巨细胞病毒;或者来自异源哺乳动物启动子例如β-肌动蛋白启动子。SV40病毒的早期和晚期启动子可作为SV40限制性片段方便地获得,该区段还含有SV40的病毒复制起点(Fiers et al., Nature,273:113(1978))。人类巨细胞病毒的即时早期启动子作为HindIIIE限制性片段方便地获得(Greenway,P.J.et al., Gene 18:355-360(1982))。当然,来自宿主细胞或相关物种的启动子在本文中也是可用的。
增强子通常是指在距转录起始位点的非固定距离起作用的DNA序列,它可以从5’端(Laimins,L.et al., Proc.Natl.Acad.Sci.78:993(1981))或从3’端(Lusky,M.L.,et al., Mol.Cell Bio.3:1108(1983)))至转录单位。此外,增强子可在内含子内(Banerji,J.L.etal., Cell 33:729(1983))以及编码序列自身内(Osborne,T.F.,etal., Mol.Cell Bio.4:1293(1984))。它们通常长度在10至300bp间,并以顺式方式起作用。增强子起到增强源自邻近启动子的转录的作用。增强子常含有介导转录调节的反应元件。启动子也可以含有介导转录调节的反应元件。增强子常可决定基因表达的调节。已经由哺乳动物的基因(珠蛋白、弹性蛋白酶、清蛋白、α-胎儿球蛋白和胰岛素)得知了许多增强子序列,通常人们会使用来自真核细胞病毒的增强子用于一般表达。优选的实例为在复制起点后侧(late side)的SV40增强子(bp 100-270)、巨细胞病毒早期启动子增强子、复制起点后侧的多瘤增强子和腺病毒增强子。
启动子和/或增强子可特异地被触发它们功能的光或特异性的化学事件激活。系统可被例如四环素和地塞米松等的试剂所调节。还有通过暴露于辐射例如γ射线,或者通过烷基化化疗药物来增强病毒载体基因表达的方法。
启动子和/或增强子区域可作为组成性启动子和/或增强子起作用,以使待转录的转录单位区域的表达最大化。在某些构建体中,启动子和/或增强子区域在所有真核细胞类型中应均具有活性,即使它只在特定的细胞类型中、在特定的时间表达。此类型的一种优选的启动子为CMV启动子(650个碱基)。其他优选的启动子为SV40启动子、巨细胞病毒(全长启动子)和逆转录载体LTF。
已表明,所有特异性调节元件均可被克隆,并可用于构建在特异的细胞类型例如黑素瘤细胞中选择性表达的表达载体。胶质纤维酸性蛋白(GFAP)启动子已用于在胶质源细胞中选择性表达基因。
用于真核宿主细胞(酵母、真菌、昆虫、植物、动物、人或有核细胞)的表达载体还可含有影响mRNA表达的转录终止所必需的序列。这些区域作为在编码组织因子蛋白质的mRNA的非翻译部分中的多聚腺苷酸区段转录。3’端非翻译区还包括转录终止位点。优选地,转录单位也含有多聚腺苷酸化区域。该区域的一个好处是它增加了转录单位将如同mRNA一样被处理和转运的可能性。在表达构建体中的多聚腺苷酸化信号的识别和使用是很成熟的手段。优选地,应在转基因构建体中使用同源多聚腺苷酸化信号。在某些转录单位中,多聚腺苷酸化区域来源于SV40早期多聚腺苷酸化信号,由大约400个碱基组成。另外优选地,转录单位只含有其他标准序列或含有与上述序列组合的其他标准序列以改善源自构建体的表达或改善构建体的稳定性。
(c)可逆转的转化
转化是使细胞丧失应答正常调节其生长的信号的能力的方法。它可采用丧失功能突变的形式,例如导致细胞生长抑制物例如PTEN的丧失,或者采用获得功能突变的形式,由此基因变成的永久激活的,例如在许多RAS突变中发生的那样。许多实验室已表明向正常细胞插入一个或多个这些转化基因可解除对其生长的通常限制并使其增殖(Downward,J.(2002)Nat.Rev.Cancer 3,11-22)。可逆转化在一种情形中激活转化基因,然后在另一种情形下关闭该基因。有多种方式实现这种逆转。
组织特异性启动子/增强子与可逆转化基因的结合可从分化干细胞中鉴定和培养任意特异细胞类型。该系统提供了上述双重优点,因此具有通用性并可用于产生大量特异细胞类型。事实上,可建立永久的、克隆的或半纯化的分化细胞系,该细胞系可被表征和冷冻。逆转后全部细胞群体均回复,由此提供了具有特征的、分化的、正常的细胞的无限来源。
(1)显性负性逆转
许多转化基因例如RAS具有另一已知的显性负性突变。例如,显性负性RAS掩蔽了RAS信号传送中所必需的另一种蛋白质RAF,这样RAS信号传导就被关闭了(Fiordalisi,(2002)J Biol Chem..29,10813-23)。使用这类激活的/显性负性基因对提供一个可逆系统。这类基因对例如RAS、SRC和p53都是已知的(Barone and Cowtneidge,(1995)Nature.1995 Nov 30;378(6556):509-12;Willis A,et al.,Oncogene.2004 Mar 25;23(13):2330-8)。
(2)温度敏感突变体逆转
另一种实现可逆转化的机制是使用温度敏感性突变体实现(Jat,PS,et al.,(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.88,5096-5100)。温度敏感(ts)蛋白在许可温度下是稳定的,但在限制性温度下不稳定。T抗原(TAg)是熟知的SV40病毒转化基因,它具有多个ts突变体。当tsTAg被插入至正常细胞时,细胞在32℃为转化性的并且增殖,但在39℃被抑制并回复为正常细胞。几个这类温度敏感性突变体例如SV40T抗原和逆转录病毒E1A都是已知的(Fahnestock,ML,Lewis,JB.(1989)J.Virol.63,2348-2351)。
(3)重组酶逆转
可逆转化的第三种机制实际上是可逆地插入转化基因。Cre/lox和flp/frt是用于可逆插入的两种这样的机制(Sauer.B.(2002)Endocrine 19,221-228;Schaft,J,et al.,(2001)Genesis 31,6-10)。如果将基因转染至每个末端被lox重组位点加帽的靶细胞,那么用CRE重组酶对细胞的处理将切除所插入的序列,只剩下仅有的lox序列。同样,如果将基因转染至每个末端被frt加帽的靶细胞,那么使用flp的处理将切除所插入的序列,只剩下flp系列。
公开的组合物包括含一种或多种本文公开的序列的细胞,例如包含胰岛素启动子驱动的转化基因的细胞,例如包含重组酶序列的纯化的或半纯化的或克隆的细胞群体,所述重组酶序列例如在发生重组后仍保留的lox或flp序列,例如,其中该细胞是先前的含有本文所公开的一种或多种核酸的细胞。
5.通过公开的方法和组合物产生的细胞
成人人体产生许多不同的细胞类型。关于人类的细胞类型的信息可从下述网站获得http://encyclopedia.Thefreedictionary.com/List%20of%20distinct%20cell%20types%20in%20the%20adult%20human%20body。这些不同的细胞类型包括但不限于,角化上皮细胞、湿复层屏障上皮细胞(Wet Stratified Barrier Epithelial Cell)、外分泌上皮细胞、激素分泌细胞、上皮吸收细胞(消化道、外分泌腺和尿生殖道)、代谢和储存细胞、屏障功能细胞(肺、消化道、外分泌腺和尿生殖道)、闭合内部体腔被覆上皮细胞(Epithelial Cells LiningClosed Internal Body Cavities)、具有推进功能的纤毛细胞、细胞外基质分泌细胞、收缩性细胞、血液和免疫系统细胞、感觉传导细胞、自主神经细胞、感觉器官和外周神经元支持细胞、中枢神经系统神经元和神经胶质细胞、晶状体细胞、色素细胞、生殖细胞和抚育细胞。还包括本文公开细胞的任何干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。本文公开的方法中产生的目的细胞可参考这类细胞的一个或多个特征来鉴定。这些特征中有许多是已知的,有一些特征在本文中有述。
细胞类型
基于组织学研究的一般估计,在成人体内大约有200个不同种类的表现出不同结构和功能的细胞(David S.Goodsell,The Machineryof Life,Springer-Verlag,New York,1993;Bruce Alberts,DennisBray,Julian Lewis,Martin Raff,Keith Roberts,James D.Watson,The Molecular Biology of the Cell,Second Edition,GarlandPublishing,Inc.,New York,1989;Arthur J.Vander,James H.Sherman,Dorothy S.Luciano,Human Physiology:The Mechanismsof Body Function,Fifth Edition,McGraw-Hill Publishing Company,New York,1990)。这些代表着特征显著不同的细胞类型的离散类别,而不是根据形态学的连续系的任意细分。传统的分类是基于显微形态和结构,以及基于粗略的化学性质(例如对不同的染料的亲合性),但更新的免疫技术已揭示例如有10种以上不同类型的淋巴细胞。药理学和生理学检测揭示了有多种不同的平滑肌细胞变种——例如子宫壁平滑肌细胞对雌激素和(在妊娠晚期的)催产素高度敏感,而肠壁平滑肌细胞则不敏感。
人体细胞包括角化上皮细胞、表皮角质形成细胞(分化表皮细胞)、表皮基细胞(干细胞)、指甲和趾甲角质形成细胞、甲床基细胞(干细胞)、髓毛干细胞、皮质毛干细胞、表皮毛干细胞、表皮毛根鞘细胞、赫胥黎层毛根鞘细胞、亨勒层毛根鞘细胞、外毛根鞘细胞、毛母质细胞(干细胞)、湿复层屏障上皮细胞、角膜、舌、口腔、食管、肛管、远端尿道和阴道的复层扁平上皮的表面上皮细胞、角膜、舌、口腔、食管、肛管、远端尿道和阴道的上皮基细胞(干细胞)、尿上皮细胞(被覆膀胱和尿道)、外分泌上皮细胞、唾液腺粘液细胞(富含多糖的分泌)、唾液腺浆液细胞(富含糖蛋白酶的分泌)、舌的冯·埃布纳腺细胞(清洗味蕾)、乳腺细胞(分泌乳)、泪腺细胞(分泌泪)、耳的盯聍腺(分泌蜡)、外泌汗腺暗细胞(分泌糖蛋白)、外泌汗腺明细胞(分泌小分子)、顶泌汗腺细胞(有气味的分泌,性腺激素敏感性)、眼睑睫毛腺细胞(特殊汗腺)、皮脂腺细胞(富含脂质的皮质分泌)、鼻嗅腺细胞(清洗嗅觉上皮)、十二指肠内十二指肠腺细胞(酶和碱性粘液)、精囊细胞(分泌精液成分,包括用于精子泳动的果糖)、前列腺细胞(分泌精液成分)、尿道球腺细胞(分泌粘液)、巴多林腺细胞(分泌阴道润滑液)、尿道腺细胞(分泌粘液)、子宫内膜细胞(分泌糖类)、呼吸道和消化道的离体杯形细胞(分泌粘液)、胃被覆粘液细胞(分泌粘液)、胃腺产酶细胞(分泌胃蛋白酶原)、胃腺泌酸细胞(分泌盐酸)、胰腺腺泡细胞(分泌碳酸氢盐和消化酶)、小肠帕内特细胞(分泌溶菌酶)、肺II型肺细胞(分泌表面活性物质)、肺克拉拉细胞、激素分泌细胞、分泌生长激素的垂体前叶细胞、分泌促卵泡激素的垂体前叶细胞、分泌黄体生成素的垂体前叶细胞、分泌促乳素的垂体前叶细胞、分泌促肾上腺皮质激素的垂体前叶细胞、分泌促甲状腺激素的垂体前叶细胞、分泌促黑色素细胞激素的垂体中叶细胞、分泌催产素的垂体后叶细胞、分泌血管升压素的垂体后叶细胞、分泌5-羟色胺的消化道和呼吸道细胞、分泌内啡肽的消化道和呼吸道细胞、分泌促生长素抑制素的消化道和呼吸道细胞、分泌胃泌素的消化道和呼吸道细胞、分泌胰泌素的消化道和呼吸道细胞、分泌胆囊收缩素的消化道和呼吸道细胞、分泌胰岛素的消化道和呼吸道细胞、分泌胰高血糖素的消化道和呼吸道细胞、分泌铃蟾肽的消化道和呼吸道细胞、分泌甲状腺激素的甲状腺细胞、分泌降钙素的甲状腺细胞、分泌甲状旁腺素的甲状旁腺细胞、甲状旁腺嗜酸性细胞、分泌肾上腺素的肾上腺细胞、分泌去甲肾上腺素的肾上腺细胞、分泌类固醇激素(盐皮质激素和糖皮质激素)的肾上腺细胞、分泌睾酮的间质细胞、分泌雌激素的卵泡的卵泡膜细胞、分泌孕酮的裂卵泡黄体细胞、肾小球旁器细胞(分泌肾素)、肾致密斑细胞、肾极周细胞、肾系膜细胞、上皮吸收细胞(消化道、外分泌腺和尿生殖道)、肠刷状缘细胞(带微绒毛)、外分泌腺分泌管细胞、胆囊上皮细胞、肾近端小管刷状缘细胞、肾远端小管细胞、输精小管无纤毛细胞、附睾主细胞、附睾基细胞、代谢和储存细胞、肝细胞(肝脏细胞)、白脂肪细胞、褐色脂肪细胞、肝脂细胞、屏障功能细胞(肺、消化道、外分泌腺和尿生殖道)、I型肺细胞(肺的衬里气室(lining air space))、胰导管细胞(泡心细胞)、非复层导管细胞(汗腺的、唾液腺的、乳腺的等)、肾小球壁细胞、肾小球足细胞、亨利氏袢细段细胞(肾)、肾集合管细胞、导管细胞(精囊的、前列腺的等)、闭合内部体腔被覆上皮细胞、血管和淋巴管内皮有孔细胞、血管和淋巴管内皮连续细胞、血管和淋巴管内皮脾细胞、滑膜细胞(被覆关节腔、分泌透明质酸)、浆膜细胞(被覆腹膜腔、胸膜腔和心包腔(或围心腔))、扁平细胞(被覆耳的外淋巴隙)、扁平细胞(被覆耳的内淋巴隙(endolymphatic space))、具有微绒毛的内淋巴囊柱状细胞(被覆耳的内淋巴隙)、没有微绒毛的内淋巴囊柱状细胞(被覆耳的内淋巴隙)、暗细胞(被覆耳的内淋巴隙)、前庭膜细胞(被覆耳的内淋巴隙)、血管纹基细胞(被覆耳的内淋巴隙)、血管纹缘细胞(被覆耳的内淋巴隙)、克劳迪乌斯细胞(被覆耳的内淋巴隙)、伯特歇尔细胞(被覆耳的内淋巴隙)、脉络丛细胞(分泌脑脊液)、软膜蛛网膜扁平细胞、眼色素睫状上皮细胞、眼非色素睫状上皮细胞、角膜内皮细胞、具有推进功能的纤毛细胞、呼吸道纤毛细胞、输卵管纤毛细胞(雌性)、子宫内膜纤毛细胞(雌性)、睾丸网纤毛细胞(雄性)、输精小管纤毛细胞(雄性)、中枢神经系统纤毛室管膜细胞(被覆脑室)、细胞外基质分泌细胞、成釉质细胞上皮细胞(分泌牙釉质)、耳前庭器官半月平面上皮细胞(分泌蛋白聚糖)、柯替器齿间上皮细胞(分泌包覆毛细胞的覆膜)、疏松结缔组织成纤维细胞、角膜成纤维细胞、腱成纤维细胞、骨髓网状组织成纤维细胞、其他(非上皮)成纤维细胞、毛细血管周细胞、椎间盘髓核细胞、成牙骨质细胞/牙骨质细胞(分泌齿根骨样牙骨质)、成牙本质细胞/牙细胞(odontocyte)(分泌牙本质)、透明软骨软骨细胞、纤维软骨软骨细胞、弹性软骨软骨细胞、成骨细胞/骨细胞、骨原细胞(成骨细胞的干细胞)、眼玻璃体玻璃体细胞、耳的外淋巴隙星形细胞、收缩细胞(contractile cell)、红骨骼肌细胞(慢)(Red skeletal muscle cell)、白骨骼肌细胞(快)(White skeletal muscle cell)、中间型骨骼肌细胞(Intermediateskeletal muscle cell)、肌梭-核袋细胞、肌梭-核链细胞、卫星细胞(干细胞)、普通心肌细胞、结性心肌细胞(nodal heart muscle cell)、浦肯野纤维细胞、平滑肌细胞(各种类型)、虹膜肌上皮细胞、外分泌腺肌上皮细胞、血液和免疫系统细胞、红细胞(红血球)、巨核细胞、单核细胞、结缔组织巨噬细胞(各种类型)、表皮朗格汉斯细胞、破骨细胞(骨中)、树突细胞(淋巴组织中)、小神经胶质细胞(中枢神经系统中)、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、肥大细胞、辅助性T淋巴细胞、抑制性T淋巴细胞、杀伤性T淋巴细胞、IgM B淋巴细胞、IgG B淋巴细胞、IgA B淋巴细胞、IgE B淋巴细胞、杀伤细胞、血液和免疫系统的干细胞和定向祖细胞(各种类型)、感觉传导细胞、眼光感受器视杆细胞、眼光感受器蓝色敏感视锥细胞、眼光感受器绿色敏感视锥细胞、眼光感受器红色敏感视锥细胞、柯替器耳内毛细胞、柯替器耳外毛细胞、耳前庭器官I型毛细胞(加速和重力)、耳前庭器官II型毛细胞(加速和重力)、I型味蕾细胞、嗅觉神经元、嗅觉上皮基细胞(嗅觉神经元的干细胞)、I型颈动脉体细胞(血液pH感受器)、II型颈动脉体细胞(血液pH感受器)、表皮梅克尔细胞(触觉感受器)、触觉敏感一级感觉神经元(各种类型)、冷敏感一级感觉神经元、热敏感一级感觉神经元、疼痛敏感一级感觉神经元(各种类型)、本体感受一级感觉神经元(各种类型)、自主神经元细胞、胆碱能神经细胞(各种类型)、肾上腺素能神经细胞(各种类型)、肽能神经细胞(各种类型)、感觉器官和外周神经元支持细胞、柯替器内柱细胞、柯替器外柱细胞、柯替器内指细胞、柯替器外指细胞、柯替器边缘细胞、柯替器汉森细胞、前庭器官支持细胞、I型味蕾支持细胞、嗅觉上皮支持细胞、神经鞘细胞、卫星细胞(将外周神经细胞体包囊)、肠胶质细胞、中枢神经系统神经元和神经胶质细胞、神经元细胞(类型繁多,仍难于分类)、星形胶质细胞(各种类型)、少突胶质细胞、晶状体细胞、前晶状体上皮细胞、含晶体蛋白的晶状体纤维细胞、色素细胞、黑色素细胞、视网膜色素上皮细胞、生殖细胞、卵原细胞/卵母细胞、精母细胞、精原细胞(精母细胞的干细胞)、抚育细胞、卵泡细胞、支持细胞(睾丸)、胸腺上皮细胞。
按照细胞功能来组织该细胞列表,省略了平滑肌细胞、CNS中的各类神经元、各种关联的结缔组织和成纤维细胞类型以及例如角质形成细胞的成熟细胞的中间状态的细分(只给出了干细胞和分化的细胞类型)。另外,该目录表示的是成人的人类表型中所发现的约219个细胞种类的详尽列举(复杂性理论和种系发生的比较表明,对于具有约105个基因数(N基因)的人类而言,最多的细胞类型数为约N基因 1/2,即370种细胞类型)(S.A.Kauffman,″Metabolic Stability and Epigenesis inRandomly Constructed Genetic Nets,″J.Theoret.Biol.22(1969):437-467;Stuart A.Kauffman,The Origins of Order:Self-organization and Selection in Evolution,Oxford UniversityPress,New York,1993)。
细胞标记
已有一些用于区分以及鉴定细胞的鉴别特征。不同的细胞类型在大小、形态、密度上具有独特性,并具有不同的细胞内、细胞表面以及分泌性蛋白的表达状况。所描述的标记可用于鉴别和定义本文所提供的分化细胞。这些标记可通过使用本技术领域已知的方法,使用本技术领域已知的抗体、探针、引物或其他这类靶向手段来评价。常规用于鉴别和区分分化细胞类型的标记实例在表4中提供。
表4常用于鉴定和表征细胞类型的标记
  标记名称   细胞类型   意义
  血管
  胎儿肝激酶-(Flkl)   内皮细胞   鉴定内皮细胞祖细胞的细胞表面受体蛋白;细胞间接触的标记
  平滑肌细胞特异性肌球蛋白重链   平滑肌   鉴定血管壁中的平滑肌细胞
  血管内皮细胞   钙粘着蛋白   平滑肌鉴定血管壁中的平滑肌细胞
  骨
  骨特异性碱性磷酸酶(BAP)   成骨细胞   表达于成骨细胞的酶;活性指示骨形成
  羟磷灰石   成骨细胞   矿化骨基质使骨结构完整;骨形成的标记
  骨钙蛋白(OC)   成骨细胞   仅由成骨细胞合成的矿质结合蛋白;骨形成的标记
  骨髓和血液
  骨形态发生蛋白受体(BMPR)   间充质干细胞和间充质祖细胞   对于定型间充质细胞类型自间充质干细胞和间充质祖细胞的分化很重要;BMPR鉴定早期间充质谱系(干细胞和祖细胞)
  CD4和CD8   白细胞(WBC)   特异性针对成熟T淋巴细胞的细胞表面蛋白质标记(WBC亚型)
  CD34   造血干细胞(HSC)、卫星细胞、内皮祖细胞   骨髓细胞上的细胞表面蛋白质,HSC和内皮祖细胞的指示物;CD34还可鉴定肌肉卫星细胞(肌肉干细胞)
  CD34+Scal+Lin-表达状况   间充质干细胞(MSC)   鉴定MSC,MSC可分化成脂肪细胞、骨细胞、软骨细胞和肌细胞
  CD38   不存在于HSC,存在于WBC谱系   鉴定WBC谱系的细胞表面分子。选择CD34+/CD38-细胞以使HSC群纯化
  CD44   间充质   用于鉴定间充质细胞的特异类型的一类细胞粘附分子
  c-kit   HSC、MSC   BM细胞类型的细胞表面受体,鉴定HSC和MSC;通过胎牛血清(FCS)结合从而促进ES细胞、HSC、MSC和造血祖细胞的增殖
  集落形成单位(CFU)   HSC、MSC祖细胞   CFU分析检测单个干细胞或祖细胞产生一个或多个细胞谱系例如红细胞(RBC)和/或白细胞谱系的能力
  成纤维细胞集落形成单位(CFU-F)   骨髓成纤维细胞   已产生多能成纤维细胞集落的个体骨髓成纤维细胞;这样鉴定的细胞为分化的间充质谱系的前体
  Hoechst染料   不存在于HSC   结合DNA的荧光染料;HSC排出该染料,与其他细胞类型相比轻微着色
  白细胞普通抗原(CD45)   WBC   WBC祖细胞上的细胞表面蛋白质
  谱系表面抗原(Lin)   HSC、MSC分化的RBC和WBC谱系   13至14种不同的细胞表面蛋白为成熟血细胞谱系的标记;检测Lin阴性细胞可帮助纯化HSC和造血祖细胞群
  Mac-1   WBC   特异性针对成熟粒细胞和巨噬细胞(WBC亚型)的细胞表面蛋白
  Muc-18(CD146)   骨髓成纤维细胞、内皮细胞   可能在血细胞生成中很重要的、存在于骨髓成纤维细胞上的细胞表面蛋白(免疫球蛋白超家族),Muc-18+细胞的一个亚群为间充质前体
  干细胞抗原(Sca-1)   HSC、MSC   骨髓(BM)细胞上的细胞表面蛋白,HSC和MSC的指示物,骨髓和贮血器(blood cont)
  Stro-1抗原   间质(间充质)前体细胞、造血细胞   骨髓间质(间充质)细胞亚群的细胞表面糖蛋白;选择Stro-1+细胞可帮助分离间充质前体细胞,间充质前体细胞为可产生脂肪细胞、骨细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞、软骨细胞和血细胞的多能细胞
  Thy-1   HSC、MSC   细胞表面蛋白;阴性或低检测水平表示为HSC
  软骨
  II型和IV型胶原   软骨细胞   专门由软骨细胞产生的结构蛋白
  角蛋白   角质形成细胞   皮肤的主要蛋白质;鉴别分化的角质形成细胞
  硫酸化蛋白聚糖   软骨细胞   结缔组织中存在的分子;由软骨细胞合成
  脂肪
  脂肪细胞脂质结合蛋白(ALBP)   脂肪细胞   专门位于脂肪细胞中的脂质结合蛋白
  脂肪酸转运体(FAT)   脂肪细胞   专门位于脂肪细胞中的转运分子
  脂肪细胞脂质结合蛋白(ALBP)   脂肪细胞   专门位于脂肪细胞中的脂质结合蛋白
  肝
  清蛋白   肝细胞   由肝产生的主要蛋白;标示成熟的或完全分化的肝细胞在起作用
  B-1整联蛋白   肝细胞   在细胞间的相互作用中很重要细胞粘附分子;在肝
  发育过程中表达的标记
  神经系统
  CD133   神经干细胞,HSC   鉴别神经干细胞的细胞表面蛋白,可产生神经元和神经胶质细胞
  胶质纤维酸性蛋白(GFAP)   星形胶质细胞   专门由星形胶质细胞产生的蛋白质
  微管相关蛋白质-2(MAP-2)   神经元   树突特异性MAP;专门存在于神经元树突分支的蛋白质
  髓鞘碱性蛋白(MPB)   少突胶质细胞   由成熟的少突胶质细胞产生的蛋白质;位于神经元结构周围的髓鞘中
  巢蛋白   神经祖细胞   在原始神经组织表达的中间纤维结构蛋白
  神经微管蛋白   神经元   神经元的重要结构蛋白;鉴别分化的神经元
  神经丝蛋白(NF)   神经元   神经元的重要结构蛋白;鉴别分化的神经元
  头蛋白(Noggin)   神经元   神经元发育期间表达的神经元特异性基因
  O4   少突胶质细胞   未成熟的发育中的少突胶质细胞上的细胞表面标记
  O1   少突胶质细胞   成熟的少突胶质细胞的特征性表面标记
  突触小泡蛋白   神经元   位于突触中的神经元蛋白;标示神经元间的连接
  Tau   神经元   MAP型;有助于维持轴突的结构
  胰
  细胞角蛋白(CK19)   胰上皮   CK19鉴别是胰岛细胞和导管细胞的祖细胞的特异性的胰上皮细胞
  胰高血糖素   胰岛   由α-胰岛细胞表达
  胰岛素   胰岛   由β-胰岛细胞表达
  胰胰岛素促进因子-1(PDX-1)   胰岛   由β-胰岛细胞表达的转录因子
  巢蛋白   胰祖细胞   包括胰祖细胞系的祖细胞系的标示性结构丝蛋白
  胰多肽   胰岛   由γ-胰岛细胞表达
  促生长素抑制素   胰岛   多潜能干细胞,由δ-胰岛细胞表达
  甲胎蛋白(AFP)   内胚层   原始内胚层发育期间表达的蛋白质;反映内胚层的分化
  多潜能干细胞
  骨形态生成蛋白-4   中胚层   中胚层形成和分化早期表达的生长和分化因子
  Brachyury   中胚层   中胚层形成和分化的最早期的重要转录因子;用作中胚层形成的最早的标志物
  GATA-4基因   内胚层   在ES分化成内胚层时表达增加
  肝细胞核因子-4(HFN-4)   内胚层   内胚层形成早期表达的转录因子
  巢蛋白   内胚层、神经和胰祖细胞   细胞内的中间丝;原始神经内胚层形成的特征
  神经元细胞粘附分子(N-CAM)   内胚层   促进细胞间相互作用的细胞表面分子;标示原始神经内胚层的形成
  Pax6   内胚层   ES细胞分化成神经上皮时表达的转录因子
  波形蛋白   内胚层、神经和胰祖细胞   细胞内的中间丝;原始神经内胚层形成的特征
  骨骼肌/心肌/平滑肌
  MyoD和Pax7   成肌细胞、肌细胞   指导成肌细胞向成熟肌细胞分化的转录因子
  成肌蛋白和MR4   骨骼肌细胞   由肌干细胞向成肌细胞的分化所需的辅助转录因子(Secondary transcription factor)
  肌球蛋白重链   心肌细胞   存在于心肌细胞中的结构和收缩蛋白质组分
  肌球蛋白轻链   骨骼肌细胞   存在于骨骼肌细胞中的结构和收缩蛋白质组分
细胞表面抗原常用作标记以鉴别和区分细胞。几乎所有细胞均存在对于物种(异种型)、器官、组织或细胞类型的抗原特异性,——可能涉及多达约104种不同的抗原。可用于区分细胞类型的细胞表面抗原的实例在表5中提供。
表5人类细胞表面抗原
  B细胞   CD1C,CHST10,HLA-A,HLA-DRA,NT5E
  激活的B细胞   CD28,CD38,CD69,CD80,CD83,CD86,DPP4,FCER2,IL2RA,TNFRSF8,TNFSF7
  成熟B细胞   CD19,CD22,CD24,CD37,CD40,CD72,CD74,CD79A,CD79B,CR2,ILR2,ITGA2,ITGA3,MS4A1,ST6GAL1
  T细胞   CD160,CD28,CD37,CD3D,CD3G,CD3Z,CD5,CD6,CD7,FAS,KLRB1,KLRD1,NT5E,ST6GAL1
  细胞毒性T细胞   CD8A,CD8B1
  辅助性T细胞   CD4
  激活的T细胞   ALCAM,CD2,CD38,CD40LG,CD69,CD83,CD96,CTLA4,DPP4,HLA-DRA,IL12RB1,IL2RA,ITGA1,TNFRSF4,TNFRSF8,TNFSF7
  天然杀伤细胞   CD2,CD244,CD3Z,CD7,CD96,CHST10,FCGR3B,IL12RB1,KLRB1,KLRC1,KLRD1,LAG3,NCAM1
单核细胞/巨噬细胞   ADAM8,C5R1,CD14,CD163,CD33,CD40,CD63,CD68,CD74,CD86,CHIT1,CHST10,CSF1R,DPP4,FABP4,FCGR1A,HLA-DRA,ICAM2,IL1R2,ITGA1,ITGA2,S100A8,TNFRSF8,TNFSF7
  激活的巨噬细胞   CD69,ENG,FCER2,IL2RA
  内皮细胞   ACE,CD14,CD34,CD31,CDH5,ENG,ICAM2,MCAM,NOS3,PECAM1,PROCR,SELE,SELP,TEK,THBD,VCAM1,VWF.
  平滑肌细胞   ACTA2,MYH10,MYH11,MYH9,MYOCD.
  树突细胞   CD1A,CD209,CD40,CD83,CD86,CR2,FCER2,FSCN1
  肥大细胞   C5R1,CMA1,FCER1A,FCER2,TPSAB1
  成纤维细胞(间质的)   ALCAM,CD34,COL1A1,COL1A2,COL3A1,PH4
  上皮细胞   CD1D,K6IRS2,KRT10,KRT13,KRT17,KRT18,KRT19,KRT4,KRT5,KRT8,MUC1,TACSTD1.
  脂肪细胞   ADIPOQ,FABP4,RETN.
对于红细胞而言,Rh、Kell、Duffy和Kidd血型系统中的抗原专一地存在于红细胞的质膜上,而在血浆中的血小板、淋巴细胞、粒细胞上,或者在例如唾液、乳汁或羊水等的身体分泌物中还未检测到所述抗原(P.L.Mollison,C.P.Engelfriet,M.Contreras,BloodTransfusions in Clinical Medicine,Ninth Edition,BlackwellScientific,Oxford,1993)。因此该四抗原组中任何一员的检测都为红细胞鉴定确立了唯一的标记。MNS和Lutheran抗原也只限于红细胞,但有两点例外:GPA糖蛋白(MN活性)还存在于肾毛细血管内皮(P.Hawkins,S.E.Anderson,J.L.McKenzie,K.McLoughlin,M.E.J.Beard,D.N.J.Hart,″Localization of MN Blood Group Antigens inKidney,″Transplant.Proc.17(1985):1697-1700),以及,Lub样糖蛋白出现于肾内皮细胞和肝脏肝细胞上(D.J.Anstee,G.Mallinson,J·E·Yendle,et al.,″Evidence for the occurrence of Lub-activeglycoproteins in human erythrocytes,kidney,and liver,″International Congress ISBT-BBTS Book of Abstracts,1988,p.263)。与之截然不同的是ABH抗原存在于许多非RBC组织细胞上,例如肾和唾液腺(Ivan M.Roitt,Jonathan Brostoff,David K.Male,Immunology,Gower Medical Publishing,New York,1989)。在幼胚中,ABH可存在于除了中枢神经系统中的所有内皮细胞和上皮细胞上(Aron E.Szulman,″The ABH antigens in human tissues andsecretions during embryonal development,″J.Histochem.Cytochem.13(1965):752-754)。ABH、Lewis、I和P血型抗原存在于血小板和淋巴细胞,至少部分归因于从血浆至细胞膜上的吸附。粒细胞具有I抗原,但无ABH(P.L.Mollison,C.P.Engelfriet,M.Contreras,Blood Transfusions in Clinical Medicine,NinthEdition,Blackwell Scientific,Oxford,1993)。
除了与身体组织共有的HLA抗原之外,血小板在其质膜上还表达血小板特异性的同种异体抗原。目前有五种已被识别的已在分子水平上被定义的人类血小板同种异体抗原(HPA)系统。所给出的表型频率是高加索人群的;非洲人群和亚洲人群的频率可能有相当大的变化。例如28%的高加索人的血小板上表达HPA-1b,而日本人群中只有4%。(Thomas J.Kunicki,Peter J.Newman,″The molecular immunologyof human platelet proteins,″Blood 80(1992):1386-1404)。
具有某种特定功能活性的淋巴细胞可通过各种其细胞表面呈现的分化标记来区分。例如,所有成熟的T细胞表达一组名为CD3复合物的多肽链。辅助性T细胞还表达CD4糖蛋白,而细胞毒性T细胞和抑制性T细胞表达名为CD8的标记(Wayne M.Becker,David W.Deamer,TheWorld of the Cell,Second Edition,Benjamin/Cummings PublishingCompany,Redwood City CA,1991)。因此CD3+CD4+CD8-表型可肯定地鉴定出辅助性T细胞,而检测出CD3+CD4-CD8+可独特地鉴定出细胞毒性T细胞或抑制性T细胞。所有B淋巴细胞在其表面表达免疫球蛋白(它们的抗原受体或Ig),可基于这一点将其与T细胞区分开,例如如同Ig+II类MHC+
淋巴细胞表面还呈现代表特异性基因产物的特殊标记,该产物仅在细胞分化的特征时期表达。例如,I期B祖细胞呈现CD34+PhiLCD19-、II期呈现CD34+PhiL+CD19-、III期呈现CD34+PhiL+CD19+,最后在B前体期呈现CD34-PhiL+CD19+(Una Chen,″Chapter 33.LymphocyteEngineering,Its Status of Art and Its Future,″in Robert P.Lanza,Robert Langer,William L.Chick,eds.,Principles of TissueEngineering,R.G.Landes Company,Georgetown TX,1997,pp.527-561)。
白细胞具有嗜中性粒细胞特异性抗原和各种受体特异性的免疫球蛋白结合特异性。例如,单核细胞FcRI受体呈现测得的IgG1+++IgG2-IgG3+++IgG4+结合特异性,单核细胞FcRIII受体具有IgG1++IgG2-IgG3++IgG4-,嗜中性粒细胞和嗜酸性粒细胞的FcRII受体显示IgG1+++IgG2+IgG3+++IgG4+。嗜中性粒细胞在其表面还具有β-葡聚糖受体(Vicki Glaser,″Carbohydrate-Based Drugs Move CLoser toMarket,″Genetic Engineering News,15 April 1998,pp.1,12,32,34)。
组织细胞也在其表面呈现特异性组别的区分标记。甲状腺微粒体-微绒毛抗原是甲状腺所特有的(Ivan M.Roitt,Jonathan Brostoff,David K.Male,Immunology,Gower Medical Publishing,New York,1989)。胶质纤维酸性蛋白(GFAP)是一种星形胶质细胞的免疫细胞化学标记(Carlos Lois,Jose-Manuel Garcia-Verdugo,ArturoAlvarez-Buylla,″Chain Migration of Neuronal Precursors,″Science 271(16 February 1996):978-981),突触融合蛋白1A和1B为仅发现于神经细胞质膜的磷蛋白(Nicole Calakos,Mark K.Bennett,Karen E.Peterson,Richard H.Scheller,″Protein-ProteinInteractions Contributing to the Specificity of IntracellularVesicular Trafficking,″Science 263(25 February 1994):1146-1149)。α-胞衬蛋白是唾液腺细胞的器官特异性自身抗原标记(NorioHaneji,Takanori Nakamura,Koji Takio,et al.,″Identificationof alpha-Fodrin as a Candidate Autoantigen in Primary Sjogren’sSyndrome,″Science 276(25 April 1997):604-60)。受精蛋白(ADAM家族的一员)存在于哺乳动物精细胞的质膜上(Tomas Martin,UlrikeObst,Julius Rebek Jr.,″Molecular Assembly and EncapsulationDirected by Hydrogen-Bonding Preferences and the Filling ofSpace,″Science 281(18 September 1998):1842-1845)。肝细胞呈现ALB+++GGT-CK19-以及连接蛋白32、运铁蛋白和主要尿蛋白(MUP)的表型标记,而胆细胞呈现AFP-GGT+++CK19+++以及BD.1抗原、碱性磷酸酶和DPP4标记(Lola M.Reid,″Chapter 31.Stem Cell/LineageBiology and Lineage-Dependent Extracellular Matrix Chemistry:Keys to Tissue Engineering of Quiescent Tissues such as Liver,″in Robert P.Lanza,Robert Langer,William L.Chick,eds.,Principles of Tissue Engineering,R.G.Landes Company,Georgetown TX,1997,pp.481-514)。100KD的质膜鸟苷三磷酸酶家族涉及披有网格蛋白的小泡转运,包括发动蛋白I(仅在神经元表达)、发动蛋白II(存在于所有组织)和发动蛋白III(限于精巢、脑、肺),每种至少有4个不同的同种型,发动蛋白II还显现于在高尔基体外侧网络中的细胞内位置(Martin Schnorf,Ingo Potrykus,GuntherNeuhaus,″Microinjection Technique:Routine System forCharacterization of Microcapillaries by Bubble PressureMeasurement,″Experimental Cell Research 210(1994):260-267)。表6列举了肝生成细胞(hepatopoietic cell)(例如成肝细胞(hepatoblast))和造血细胞(例如祖红细胞)的多种独特抗原标记。
表6人类肝生成细胞和造血细胞的独特抗原标记
  肝生成细胞(例如成肝细胞)   甲胎蛋白、清蛋白、干细胞因子、肝硫酸肝素蛋白聚糖(粘结蛋白聚糖/串珠蛋白聚糖)、IGF I、IGF II、TGF-α、TGF-α受体、α1整联蛋白、α5整联蛋白、连接蛋白26和连接蛋白32
造血细胞(例如祖红细胞)   OX43(MCA276)、OX44(MCA371,CD37)、OX42(MCA275,CD118)、c-Kit、干细胞因子受体、造血性硫酸肝素蛋白聚糖(丝甘蛋白)、GM-CSF、CSF、α4整联蛋白和红细胞抗原
至1998年已发现细胞特异性细胞粘附分子的至少四个主要家族——免疫球蛋白(Ig)超家族(包括N-CAM和ICAM-1)、整联蛋白超家族、钙粘着蛋白家族和选择蛋白家族(见下文)。
整联蛋白是表达于多种细胞的约200KD的细胞表面粘附受体,大多细胞表达几种整联蛋白。多数整联蛋白参与与细胞骨架基底的连接,这些整联蛋白介导与细胞外基质的细胞连接。细胞类型特异性的实例包括血小板特异性整联蛋白(αIIbβ3)、白细胞特异性β2整联蛋白、晚期激活(αLβ2)淋巴细胞抗原、视网膜神经节轴突整联蛋白(α6β1)和角质形成细胞整联蛋白(α5β1)(Richard O.Hynes,″Integrins:Versatility,Modulation,and Signaling in Cell Adhesion,″Cell69(3 April 1992):11-25))。在1998年已经知道至少20种不同的异源二聚体整联蛋白受体。
723-748残基跨膜蛋白质的钙粘着蛋白分子家族又提供了另一种细胞特异性的细胞-细胞粘附途径(Masatoshi Takeichi,″Cadherins:A molecular family important in selective cell-cell adhesion,″Ann.Rev.Biochem.59(1990):237-252)。钙粘着蛋白与细胞骨架连接。传统意义上的钙粘着蛋白包括E-(上皮)钙粘着蛋白、N-(神经或A-CAM)钙粘着蛋白和P-(胎盘)钙粘着蛋白,但在1998年已经知道该家族的至少12种不同的成员(Elizabeth J.Luna,Anne L.Hitt,″Cytoskeleton-Plasma Membrane Interactions,″Science 258(1992):955-964)。它们富集于(但不是只存在于)细胞间连接处的细胞表面,似乎对于维持多细胞体系构架很关键。细胞优选与表达相同钙粘着蛋白类型的其他细胞粘附。肝脏肝细胞仅表达E-钙粘着蛋白;肺间充质细胞、视轴突和神经上皮细胞仅表达N-钙粘着蛋白;肺上皮细胞表达E-和P-钙粘着蛋白。钙粘着蛋白家族成员还以不同空间时间形式分布于胚胎中,当细胞分化时,钙粘着蛋白各类型的表达动态地发生改变(Masatoshi Takeichi,″Cadherins:A molecular familyimportant in selective cell-cell adhesion,″Ann.Rev.Biochem.59(1990):237-252)。
糖类在细胞识别中很关键。所有细胞都具有由糖蛋白和糖脂组成的很薄的糖包衣(多糖包被),其中至1998年已鉴定了约3000个不同的基序。在细胞发育、分化或致病时,糖类细胞表面结构的全部组成部分特征性地发生改变。例如,当胚胎恰恰发育到8至16个细胞的时期时,胚胎从一簇松散的细胞紧压成平滑的球形,此时细胞表面会出现一种独特的三糖(SSEA-1或Lex)。
理论上糖类基序比基于核苷酸或蛋白质的结构更具有组合多样性。核苷酸和氨基酸仅以一种方式互相连接,而寡糖和多糖中的单糖单位可在多个位点结合。因此两个氨基酸仅形成两个不同的二肽,而两个相同的单糖可结合形成11个不同的二糖,因为每个单糖有6个碳,给予了每个单位6个不同的连接位点,从而总共有6+5=11个可能的组合。四个不同的核苷酸仅形成24个不同的四核苷酸,但四个不同的单糖可形成35560个不同的四糖,包括许多带有分支结构的四糖(NathanSharon,Halina Lis,″Carbohydrates in Cell Recognition,″Scientific American 268(January 1993):82-89)。单独的六糖可形成约1012种不同的结构,相比之下,六肽仅有6.4×107种结构;9-聚糖类有成摩尔的异构体(Roger A.Laine.Glycobiology 4(1994):1-9)。
跨膜糖蛋白的CD44家族是介导ECM结合、细胞迁移和淋巴细胞归巢的80-95KD的细胞粘附受体。CD44抗原显示了多种细胞特异性和组织特异性的糖基化模式,每个细胞类型以其自身独特的糖类结构排列修饰CD44核心蛋白(Jayne Lesley,Robert Hyman,Paul W.Kincade,″CD44 and Its Interaction with Extracellular Matrix,″Advancesin Immunology 54(1993):271-335;Tod A.Brown,Todd Bouchard,TomSt.John,Elizabeth Wayner,William G.Carter,″HumanKeratinocytes Express a New CD44 Core Protein(CD44E)as aHeparin-Sulfate Intrinsic Membrane Proteoglycan with AdditionalExons,″J.Cell Biology l13(April 1991):207-221)。已在淋巴细胞、巨噬细胞、成纤维细胞、上皮细胞和角质化细胞上发现了不同的CD44细胞表面分子。CD44在神经系统的表达虽限于健康青年人的白质(包括星形胶质细胞和神经胶质细胞),但伴随着年龄或疾病因素还会在灰质出现(Jayne Lesley,Robert Hyman,Paul W.Kincade,″CD44and Its Interaction with Extracellular Matrix,″Advances inImmunology 54(1993):271-335)。一些组织为CD44阴性,包括肝脏肝细胞、肾管形上皮、心肌、精巢和皮肤的一部分。
约50KD细胞粘附受体糖蛋白分子的选择蛋白家族(Ajit Varki,″Selectin ligands,″Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91(August1994):7390-7397;Masatoshi Takeichi,″Cadherins:A molecularfamily important in selective cell-cell adhesion,″Ann.Rev.Biochem.59(1990):237-252)可识别多种细胞表面抗原糖类,并帮助白细胞定位于炎症区域(白细胞运输)。选择蛋白不与细胞骨架连接(Elizabeth J.Luna,Anne L.Hitt,″Cytoskeleton-Plasma MembraneInteractions,″Science 258(6 November 1992):955-964)。白细胞呈现L-选择蛋白、血小板呈现P-选择蛋白、内皮细胞呈现E-选择蛋白(以及L和P)的受体。被选择蛋白识别的细胞特异性分子包括肿瘤粘蛋白寡糖(被L、P和E识别)、脑糖脂(P和L)、嗜中性粒细胞糖蛋白(E和P)、白细胞唾液酸糖蛋白(E和P)和内皮蛋白聚糖(P和L)(Ajit Varki,(1994))。相关的MEL-14糖蛋白归巢受体家族,可使白细胞向带有“地址素”代码的特异的淋巴组织归巢,所述“地址素”为在肠派尔集合淋巴结、肠系膜淋巴结、肺相关淋巴结、滑膜细胞和哺乳期乳腺内皮的细胞上发现的细胞特异性表面抗原。归巢受体还可使一些淋巴细胞区分结肠和空肠(Ted A.Yednock,Steven D Rosen,“Lymphocyte Homing,”Advances in Immunology 44(1989):313-378;Lloyd M.Stoolman,″Adhesion Molecules Controlling LymphocyteMigration,″Cell 56(24 March 1989):907-910)。选择蛋白相关的相互作用和化学引诱物受体和整联蛋白-Ig一同调节白细胞连续外渗,为体内的细胞位置确定了“三位区域码”(Timothy A.Springer,″Traffic Signals on Endothelium for Lymphocyte Recirculation andLeukocyte Emigration,″Annu.Rev.Physiol.57(1995):827-872)。
最后,可根据细胞固有的跨膜细胞骨架相关蛋白来将细胞分类。例如红细胞膜含有血型糖蛋白C(约25KD,约3000个分子/平方微米)和3级离子交换剂(Band 3ion exchanger)(90-100KD,约10,000个分子/平方微米)(Elizabeth J.Luna,Anne L.Hitt,″Cytoskeleton-Plasma Membrane Interactions,″Science 258(6November 1992):955-964;M.J.Tanner,″The major integralproteins of the human red cell,″Baillieres Clin.Haematol.6(June 1993):333-356);血小板膜包括GP Ib-IX糖蛋白复合物(186KD);嗜中性粒细胞的细胞膜伸展性需要跨膜蛋白质膜桥蛋白(17KD);以及,横纹肌细胞膜在跨膜抗肌萎缩蛋白-糖蛋白复合物的最外的部分含有特异性层粘连蛋白结合糖蛋白(156KD)(Elizabeth J.Luna,AnneL.Hitt,″Cytoskeleton-Plasma Membrane Interactions,″Science258(6 November 1992):955-964)。细胞表面还经常出现多种糖类结合蛋白质(凝集素),这些蛋白质可区分不同的单糖和寡糖(Nathan Sharon,Halina Lis,″Carbohydrates in Cell Recognition,″ScientificAmerican 268(January 1993):82-89)。细胞特异性凝集素包括肝细胞的半乳糖(去唾液酸糖蛋白)结合的和岩藻糖结合凝集素、成纤维细胞的甘露糖基-6-磷酸盐(M6P)凝集素、肺泡巨噬细胞甘露糖基-N-乙酰葡萄糖胺结合凝集素、尿路上皮细胞的舣糖半乳二糖(galabiose)结合凝集素以及心、脑和肺中的几种半乳糖结合凝集素(Nathan Sharon,(1993);Mark J.Poznansky,Rudolph L.Juliano,“BiologicalApproaches to the Controlled Delivery of Drugs:A CriticalReview,″Pharmacological Reviews 36(1984):277-336;Karl-AndersKarlsson,″Glycobiology:A Growing Field for Drug Design,″Trendsin Pharmacological Sciences 12(July 1991):265-272;N.Sharon,H.Lis,″Lectins  --proteins with a sweet tooth:functions incell recognition,″Essays Biochem.30(1995):59-75)。
以下及本文其他段落进一步描述了在所公开的方法中产生的细胞类型。
(a)角质化上皮细胞
角质化上皮细胞包括包含表皮角质形成细胞(分化表皮细胞)。角质形成细胞构成了大约90%的表皮细胞。根据角质形成细胞形态学,将表皮分为四层,包括:基底层(在与真皮的连接处)、颗粒层、棘层和角质层。通过角质形成细胞的分化,角质形成细胞在基底层开始它们的发育。它们向上推进穿过表皮各层,进行逐步分化至到达角质层,在角质层它们形成死亡的、平扁的、高度角质化的细胞层,称为鳞状物。这一层形成了阻止外源物质和传染性物质进入人体的有效屏障,并使失水程度最小化。角质化上皮细胞还包括上皮基细胞,上皮基细胞是上皮干细胞。角质化上皮细胞还包括指甲和趾甲的角质形成细胞、甲床基细胞(干细胞)、髓毛干细胞、皮质毛干细胞、表皮毛干细胞、表皮毛根鞘细胞、赫胥黎层毛根鞘细胞、亨勒层毛根鞘细胞、外毛根鞘细胞和毛母质细胞(干细胞)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(b)湿复层屏障上皮细胞
人类湿复层屏障上皮细胞包括角膜、舌、口腔、食管、肛管、远端尿道和阴道的复层扁平上皮的表面上皮细胞,以及角膜、舌、口腔、食管、肛管、远端尿道和阴道的上皮基细胞(干细胞),以及尿上皮细胞(被覆膀胱和尿道)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
在动物解剖学中,上皮是由上皮细胞组成的组织。该组织通常包覆身体的部分,如同细胞膜包覆细胞。它也用于形成腺体。人皮肤的最外层以及口和体腔粘膜由死亡的扁平上皮构成。上皮细胞也被覆肺、胃肠道、生殖道和尿道的内部,还构成外分泌腺和内分泌腺。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(c)外分泌上皮细胞
外分泌上皮细胞包括唾液腺粘液细胞(产生富含多糖的分泌物)、唾液腺浆液细胞(富含糖蛋白酶的分泌)、舌的冯·埃布纳腺细胞(清洗味蕾)、乳腺细胞(分泌乳)、泪腺细胞(分泌泪)和耳的盯聍腺(分泌蜡)、外泌汗腺暗细胞(分泌糖蛋白)、外泌汗腺明细胞(分泌小分子)、顶泌汗腺细胞(有气味的分泌,性腺激素敏感性)、眼睑睫毛腺细胞(特殊汗腺)、皮脂腺细胞(富含脂质的皮质分泌)、鼻嗅腺细胞、十二指肠内十二指肠腺细胞(酶和碱性粘液)、精囊细胞(分泌精液成分)、前列腺细胞(分泌精液成分)、尿道球腺细胞(分泌粘液)、巴多林腺细胞(分泌阴道润滑液)、尿道腺细胞(分泌粘液)、子宫内膜细胞(分泌糖类)、呼吸道和消化道的离体杯形细胞(分泌粘液)、胃被覆粘液细胞(分泌粘液)、胃腺产酶细胞(分泌胃蛋白酶原)、胃腺泌酸细胞(分泌盐酸)、胰腺腺泡细胞(分泌碳酸氢盐和消化酶)、小肠帕内特细胞(分泌溶菌酶)、肺II型肺细胞(分泌表面活性物质)和肺克拉拉细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(d)激素分泌细胞
激素分泌细胞包括垂体前叶细胞;生长激素细胞;垂体催乳素细胞;促甲状腺素细胞(thyrotroph);促性腺激素细胞(gonadotroph);促皮质激素细胞;垂体中叶细胞,分泌促黑色素细胞激素;大细胞性神经分泌细胞,分泌催产素,分泌血管升压素;消化道和呼吸道细胞,分泌5-羟色胺、内啡肽、促生长素抑制素、胃泌素、胰泌素、胆囊收缩素、胰岛素、胰高血糖素、铃蟾肽;甲状腺细胞、甲状腺上皮细胞、滤泡旁细胞;甲状旁腺细胞;甲状旁腺主细胞、嗜酸性细胞;肾上腺细胞、嗜铬细胞,分泌类固醇激素(盐皮质激素和糖皮质激素);睾丸间质细胞,分泌睾酮;卵泡膜内层细胞,分泌雌激素;裂卵泡黄体细胞,分泌孕酮;肾小球旁器细胞(分泌肾素);肾致密斑细胞;肾极周细胞和肾系膜细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(e)上皮吸收细胞(消化道、外分泌腺和尿生殖道)
上皮吸收细胞包括肠刷状缘细胞(带微绒毛)、外分泌腺分泌管细胞、胆囊上皮细胞、肾近端小管刷状缘细胞、肾远端小管细胞、输精小管无纤毛细胞、附睾主细胞和附睾基细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(f)代谢和储存细胞
代谢和储存细胞包括肝细胞(肝脏细胞)、白脂肪细胞、褐色脂肪细胞和肝脂细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(g)屏障功能细胞(肺、消化道、外分泌腺和尿生殖道)
屏障功能细胞包括I型肺细胞(肺的衬里气室)、胰导管细胞(泡心细胞)、非复层导管细胞(汗腺的、唾液腺的、乳腺的等)、肾小球壁细胞、肾小球足细胞、亨利氏袢细段细胞(肾)、肾集合管细胞和导管细胞(精囊的、前列腺的等)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(h)闭合内部体腔被覆上皮细胞
闭合内部体腔被覆上皮细胞包括血管和淋巴管内皮有窗细胞、血管和淋巴管内皮连续细胞、血管和淋巴管内皮脾细胞、滑膜细胞(被覆关节腔、分泌透明质酸)、浆膜细胞(被覆腹膜腔、胸膜腔和心包腔)、扁平细胞(被覆耳的外淋巴隙)、扁平细胞(被覆耳的内淋巴隙)、具有微绒毛的内淋巴囊柱状细胞(被覆耳的内淋巴隙)、没有微绒毛的内淋巴囊柱状细胞(被覆耳的内淋巴隙)、暗细胞(被覆耳的内淋巴隙)、前庭膜细胞(被覆耳的内淋巴隙)、血管纹基细胞(被覆耳的内淋巴隙)、血管纹缘细胞(被覆耳的内淋巴隙)、克劳迪乌斯细胞(被覆耳的内淋巴隙)、伯特歇尔细胞(被覆耳的内淋巴隙)、脉络丛细胞(分泌脑脊液)、软膜蛛网膜扁平细胞、眼色素睫状上皮细胞、眼非色素睫状上皮细胞和角膜内皮细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(i)具有推进功能的纤毛细胞
具有推进功能的纤毛细胞包括呼吸道纤毛细胞、输卵管纤毛细胞(雌性)、子宫内膜纤毛细胞(雌性)、睾丸网纤毛细胞(雄性)、输精小管纤毛细胞(雄性)和中枢神经系统纤毛室管膜细胞(被覆脑室)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(j)细胞外基质分泌细胞
细胞外基质分泌细胞包括成釉质细胞上皮细胞(分泌牙釉质)、耳前庭器官半月平面上皮细胞(分泌蛋白聚糖)、柯替器齿间上皮细胞(分泌包覆毛细胞的覆膜)、疏松结缔组织成纤维细胞、角膜成纤维细胞、腱成纤维细胞、骨髓网状组织成纤维细胞、其他非上皮成纤维细胞、毛细血管周细胞、椎间盘髓核细胞、成牙骨质细胞/牙骨质细胞(分泌齿根骨样牙骨质)、成牙本质细胞/牙细胞(分泌牙本质)、透明软骨软骨细胞、纤维软骨软骨细胞、弹性软骨软骨细胞、成骨细胞/骨细胞、骨原细胞(成骨细胞的干细胞)、眼玻璃体的玻璃体细胞和耳的外淋巴隙星形细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(k)收缩细胞
收缩细胞包括红骨骼肌细胞(慢)、白骨骼肌细胞(快)、中间型骨骼肌细胞、肌梭核袋细胞、肌梭核链细胞、卫星细胞(干细胞)、普通心肌细胞、结性心肌细胞、浦肯野纤维细胞、平滑肌细胞(各种类型)、虹膜肌上皮细胞和外分泌腺肌上皮细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(l)血液和免疫系统细胞
血液和免疫系统细胞包括红细胞(红血球)、巨核细胞(血小板前体)、单核细胞、结缔组织巨噬细胞(各种类型)、表皮朗格汉斯细胞、破骨细胞(骨中)、树突细胞(淋巴组织中)、小神经胶质细胞(中枢神经系统中)、嗜中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、肥大细胞、辅助性T细胞、抑制性T细胞、细胞毒性T细胞、B细胞、天然杀伤细胞、网织红细胞和血液和免疫系统的干细胞和定向祖细胞(各种类型)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(m)感觉传导细胞
感觉传导细胞包括眼光感受器视杆细胞、眼光感受器蓝色敏感视锥细胞、眼光感受器绿色敏感视锥细胞、眼光感受器红色敏感视锥细胞、柯替器耳内毛细胞、柯替器耳外毛细胞、耳前庭器官I型毛细胞(加速和重力)、耳前庭器官II型毛细胞(加速和重力)、I型味蕾细胞、嗅感受器神经元、嗅觉上皮基细胞(嗅觉神经元的干细胞)、I型颈动脉体细胞(血液pH感受器)、II型颈动脉体细胞(血液pH感受器)、表皮梅克尔细胞(触觉感受器)、触觉敏感一级感觉神经元(各种类型)、冷敏感一级感觉神经元、热敏感一级感觉神经元、疼痛敏感一级感觉神经元(各种类型)和本体感受一级感觉神经元(各种类型)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(n)自主神经元细胞
自主神经细胞包括胆碱能神经细胞(各种类型)、肾上腺素能神经细胞(各种类型)和肽能神经细胞(各种类型)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(o)感觉器官和外周神经元支持细胞
感觉器官和外周神经元支持细胞包括柯替器内柱细胞、柯替器外柱细胞、柯替器内指细胞、柯替器外指细胞、柯替器边缘细胞、柯替器汉森细胞、前庭器官支持细胞、I型味蕾支持细胞、嗅觉上皮支持细胞、神经鞘细胞、卫星细胞(将外周神经细胞体包囊)和肠胶质细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(p)中枢神经系统神经元和神经胶质细胞
中枢神经系统神经元和神经胶质细胞包括神经元细胞(类型繁多)、星形胶质细胞(各种类型)和少突胶质细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(q)晶状体细胞
晶状体细胞前晶状体上皮细胞和含晶体蛋白的晶状体纤维细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(r)色素细胞
色素细胞包括黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(s)生殖细胞
生殖细胞包括卵原细胞/卵母细胞、精母细胞和精原细胞(精母细胞的干细胞)。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
(t)抚育细胞
抚育细胞包括卵泡细胞、支持细胞(睾丸)和胸腺上皮细胞。还包括本文公开的细胞的任意干细胞和祖细胞以及它们所导致的细胞。
6.用于组合物和方法的特征和技术
(a)序列相似性
应当理解,如本文所述,使用术语同源性和同一性意义是相同的,即指的是相似性。因此例如,如果词语同源性的使用是用于两个非天然序列之间,那么应当理解的是它并不一定表示这两个序列间的进化关系,而是着眼于它们的核酸序列间的相似性和相关性。用于确定两个进化上相关的分子间的同源性的许多方法常用于任意两个或多个核酸和蛋白质,以测量序列的相似性而不考虑它们是否是进化上相关的。
总的来说,应当理解的是,定义本文所公开的基因和蛋白质的任意已知变体和衍生物或可产生的变体和衍生物的一种方法,是通过根据与特异已知序列相比的同源性来定义该变体或衍生物。本文其他部分也论述了本文公开的具体序列的同一性。一般而言,本文所公开的基因和蛋白质的变体通常与规定序列或天然序列相比具有至少约70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的同源性。本技术领域的技术人员容易理解如何确定两个蛋白质或核酸例如基因间的同源性。例如可在比对了两个序列后计算同源性以便使该同源性为最高程度的同源性。
其他计算同源性的方法可通过公开的算法进行。用于比较的最佳序列比对可通过Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法、通过Needleman and Wunsch,J.MoL Biol.48:443(1970)的同源性比对算法、通过Pearson and Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2444(1988)的查找相似性的方法、通过下列算法(Wisconsin Genetics软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WI)的计算化工具或通过审查的方式来进行。
通过例如Zuker,M.Science 244:48-52,1989,Jaeger et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:7706-7710,1989,Jaeger et al.Methods Enzymol.183:281-306,1989中公开的算法,可获得核酸的相同类型的同源性,上述文献中至少与核酸比对相关的资料通过引用的方式纳入本文。应当理解通常可使用任意方法,在某些情况下各种这些方法的结果可不同,但本领域技术人员应当理解如果使用至少一种上述方法发现了同一性,那么就可以说该序列具有所述的同一性并公开于本文。
例如,如本文所使用的,所述的具有与另一序列相比的特定百分比同源性的序列是指具有由上述任意一种或多种计算方法所计算出的所述同源性的序列。例如,如果使用Zuker计算方法,第一序列被计算为具有与第二序列相比的80%的同源性,即使按照其他任何计算方法计算出该第一序列与第二序列相比都不具有80%的同源性,那么,如本文所定义的,第一序列也仍具有与第二序列相比的80%的同源性。另一个实例,如果使用Zuker计算方法和Pearson和Lipman计算方法,第一序列被计算为具有与第二序列相比的80%的同源性,即使通过Smith和Waterman计算方法、Needleman和Wunsch计算方法、Jaeger计算方法或任意其他计算方法计算,第一序列不具有与第二序列相比的80%的同源性,那么,如本文所定义的,第一序列也仍具有与第二序列相比的80%的同源性。再一个实例,如果使用每一种计算方法,第一序列都被计算为具有与第二序列相比的80%的同源性(尽管实际上不同的计算方法常得到不同的计算的同源性百分比),那么如本文所定义的,第一序列具有与第二序列相比的80%的同源性。
(b)杂交/选择性杂交
术语杂交通常意为至少两种核酸分子例如引物或探针和基因间的序列驱动的相互作用。序列驱动的相互作用意为:以核苷酸特异性的方式发生于两种核苷酸或核苷酸类似物或核苷酸衍生物间的相互作用。例如G与C相互作用或者A与T相互作用即为序列驱动的相互作用。通常序列驱动的相互作用发生于核苷酸的沃森-克里克面或Hoogsteen面。两种核酸的杂交受到本领域技术人员所知的许多条件和参数的影响。例如盐浓度、pH和反应温度均影响到两种核酸分子是否会杂交。
两种核酸分子间的选择性杂交的参数为本领域技术人员所熟知。例如,选择性杂交条件可被定义为严格杂交的条件。例如,杂交的严格性是通过杂交和/或洗涤步骤的温度和盐浓度共同控制的。例如实现选择性杂交的杂交条件可包括在比Tm(解链温度,在该温度下一半的分子与其杂交配对的另一部分解离)低大约12-25℃的温度下,在高离子强度溶液(6×SSC或6×SSPE)中杂交,然后在所选的温度和盐浓度的组合的条件下洗涤,此时洗涤温度为比Tm低大约5℃至20℃。在初步实验中,可根据经验容易地确定温度和盐浓度条件,在该实验中使固定在滤膜上的参照DNA的样品与带标记的目的核酸杂交,然后在不同严格度的条件下洗涤。对于DNA-RNA杂交和RNA-RNA杂交而言杂交温度通常较高一些。可使用如上所述的或本领域已知的(Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2nd Ed.,Cold SpringHarbor Laboratory,Cold Spring Harbor,New York,1989;Kunkelet al.Methods Enzymol.1987:154:367,1987,上述文献中至少与核酸杂交相关的资料通过引用的方式纳入本文)条件以达到严格度。优选的DNA:DNA杂交的严格条件可以是在约68℃(水溶液中),在6×SSC或6×SSPE中杂交,之后在68℃洗涤。如果需要,当所需的互补程度降低时,杂交的严格性可作相应减小,并且还根据寻找可变性的任何区域中的G-C或A-T的丰富程度而定。同样,如果需要,当所需的同源性增大时,杂交和洗涤的严格性可作相应增加,并且还根据需要高同源性的任何区域中的G-C或A-T的丰富程度而定,所有这些均为本领域已知。
另一种定义选择性杂交的方法是通过着眼于一种核酸与其他核酸结合的量(百分比)。例如,选择性杂交的条件可以为至少约60%、65%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%的限量核酸与非限量核酸结合时的条件。通常非限量引物要过量例如10或100或1000倍。此种类型的测定可在限量引物和非限量引物均比它们的kd低例如10倍或100倍或1000倍时进行,或者只是一种核酸分子为例如10倍或100倍或1000倍时进行,或两种核酸分子之一或两者均在kd之上时的条件下进行。
另一种定义选择性杂交的方法是通过着眼于引物的百分比,所述引物是在需要杂交以促使所需的酶操作的条件下得到酶操作的引物。例如,选择性杂交条件可以是至少约60%、65%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%的引物在促使酶操作的条件下进行酶操作时的条件,例如,如果酶操作是DNA延伸,那么选择性杂交条件可以是至少约60%、65%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%的引物分子被延伸时的条件。优选的条件还包括厂商所建议的或本领域所指出的适于酶进行操作的条件。
正如同源性一样,应当理解本文公开的用于确定两种核酸分子间的杂交水平的方法有许多种。应当理解这些方法和条件可提供不同百分比的两种核酸分子间的杂交,但是除非另外指明,否则满足任何方法的参数都是足够的。例如,如果需要80%杂交并且只要在这些方法的任意一种中所要求的参数内发生杂交,就认为它在本文得到了公开。
应当理解,本领域技术人员知道,如果组合物或方法满足用于单独或联合确定杂交的这些标准的任意一条,那么它就是本文所公开的组合物或方法。
(c)核酸
本文公开了基于核酸的多种分子,包括例如编码例如Ras以及本文公开的任意其他蛋白质的核酸,以及各种功能性核酸。所公开的核酸包括例如核苷酸、核苷酸类似物或核苷酸替代物。本文讨论了这些分子及其他分子的非穷尽性实例。应当理解,例如当载体在细胞中表达时,表达的mRNA通常由A、C、G和U组成。同样,应当理解,如果例如通过例如外源性送递使反义分子导入细胞或细胞环境中,那么反义核酸分子由核苷酸类似物构成是有利的,这样可减少在细胞环境中反义核酸分子的降解。
(1)核苷酸和相关分子
核苷酸是含有碱基部分、糖部分和磷酸部分的分子。核苷酸可通过它们的磷酸部分和糖部分形成核苷间键连接在一起。核苷酸的碱基部分可以是腺嘌呤-9-基(A)、胞嘧啶-1-基(C)、鸟嘌呤-9-基(G)、尿嘧啶-1-基(U)和胸腺嘧啶-1-基(T)。核苷酸的糖部分为核糖或脱氧核糖。核苷酸的磷酸部分为五价磷酸盐。核苷酸的非限制实例可以是3’-AMP(3’-单磷酸腺苷)或5’-GMP(5’-单磷酸鸟苷)。
核苷酸类似物是含有对碱基、糖或磷酸部分的一些类型的修饰的核苷酸。在本领域内对核苷酸的修饰是已熟知的,可包括例如5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤和2-氨基腺嘌呤以及在糖或磷酸部分的修饰。
核苷酸替代物为具有与核苷酸相似的功能属性的分子,但它不含磷酸部分,例如肽核酸(PNA)。核苷酸替代物是以沃森-克里克或Hoogsteen的方式识别核酸的分子,但它通过除磷酸部分以外的其他部分连接在一起。当与适宜的靶核酸相互作用时,核苷酸替代物能够符合双螺旋类型的结构。
还可能将其他类型的分子(缀合物)与核苷酸或核苷酸类似物连接以增强例如细胞的摄入。缀合物可与核苷酸或核苷酸类似物化学连接。这类缀合物包括但不限于脂质部分例如胆固醇部分(Letsinger etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)。
沃森-克里克相互作用是与核苷酸或核苷酸类似物或核苷酸替代物的沃森-克里克面的至少一种相互作用。核苷酸、核苷酸类似物或核苷酸替代物的沃森-克里克面包括嘌呤碱基核苷酸、核苷酸类似物或核苷酸替代物的C2、N1和C6位置,和嘧啶碱基核苷酸、核苷酸类似物或核苷酸替代物的C2、N3、C4位置。
Hoogsteen相互作用是在核苷酸或核苷酸类似物的Hoogsteen面发生的相互作用,Hoogsteen面暴露在双链DNA的大沟中。Hoogsteen面包括嘌呤核苷酸的C6位置的反应基团(NH2或O)和N7位置。
(2)序列
与例如Ras以及公开于Genbank的本文公开的任意其他蛋白质相关的序列有多种,这些序列和其他序列以及其中所含有个体子序列(subsequence)的序列通过引用的方式全部纳入本文。
本文提供了多种序列,这些以及其他序列可在Genbank中在www.pubmed.gov.上找到。本领域技术人员知道如何分辨序列的差异和区别,知道如何使与具体序列相关的组合物和方法适应其他相关序列。可根据本文所公开内容给出的任意序列信息以及本领域所已知的任意序列信息来设计引物和探针。
(3)引物和探针
所公开的组合物包括引物和探针,它们能与本文所公开的基因相互作用。该引物可用于支持DNA扩增反应。通常引物可以序列特异性的方式被延伸。序列特异性方式的引物延伸包括:其中与引物杂交或以其他方式连接的核酸分子的序列和/或组合物指导或影响引物延伸所产生的产物的组合物或序列的任意方法。因此,序列特异性方式的引物延伸包括但不限于,PCR、DNA序列测定、DNA延伸、DNA聚合、RNA转录或逆转录。优选以序列特异性方式扩增引物的技术和条件。引物可用于DNA扩增反应,例如PCR或直接测序。应当理解,还可使用非酶技术延伸引物,其中例如用于延伸引物的核苷酸或寡核苷酸为被修饰的,以使它们进行化学反应从而以序列特异性方式延伸引物。通常所公开的引物与核酸或核酸区域杂交,或者它们与核酸的互补部分或核酸区域的互补部分杂交。
(4)功能性核酸
功能性核酸是具有特异性功能例如结合靶分子或催化特异的反应的核酸分子。功能性核酸可分为下述类别,但下述类别并不意在限制。例如,功能性核酸包括反义核酸、适体、核酶、三链形成分子(triplexforming molecule)、RNAi和外部指导序列。功能性核酸可作为靶分子所具有的特异活性的影响剂、抑制剂、调节剂和刺激剂起作用,或者功能性核酸可具有独立于任何其他分子的新活性。
功能性核酸分子可与任何大分子例如DNA、RNA、多肽或糖链相互作用。因此功能性核酸可与Ras的mRNA或Ras的基因组DNA相互作用或者它们可与Ras多肽相互作用。功能性核酸常基于靶分子和功能性核酸分子间的序列同源性而被设计成可与其他核酸相互作用。在其他情形中,功能性核酸分子和靶分子的特异性识别并不是基于功能性核酸分子和靶分子的序列同源性,而是基于使得特异性识别发生的三级结构的形成。
反义分子被设计成可通过规范或非规范碱基对与靶核酸分子相互作用。反义分子和靶分子的相互作用被设计为促使通过例如RNA酶H介导的RNA-DNA杂交体的降解的靶分子的破坏。或者,反义分子被设计为干扰正常发生于靶分子的加工功能,例如转录或复制。可基于靶分子的序列设计反义分子。存在许多通过寻找靶分子的最易接近的区域来优化反义效率的方法。示例性的方法可以是使用DMS和DEPC的体外选择实验和DNA修饰研究。优选地,反义分子结合靶分子的解离常数(kd)小于或等于10-6、10-8、10-10或10-12。有助于设计和使用反义分子的方法和技术的代表性范例可以在以下非穷尽性列举的美国专利中得到:5,135,917、5,294,533、5,627,158、5,641,754、5,691,317、5,780,607、5,786,138、5,849,903、5,856,103、5,919,772、5,955,590、5,990,088、5,994,320、5,998,602、6,005,095、6,007,995、6,013,522、6,017,898、6,018,042、6,025,198、6,033,910、6,040,296、6,046,004、6,046,319和6,057,437。
适体是与靶分子优选以特异的方式相互作用的分子。通常,适体为折叠成确定的二级和三级结构例如茎环或G-四联体的、长度为15-50个碱基的小核酸。适体可与小分子例如ATP(美国专利5,631,146)和茶碱(美国专利5,580,737),以及大分子例如逆转录酶(美国专利5,786,462)和凝血酶(美国专利5,543,293)结合。适体可紧密地结合,其与靶分子解离的kds小于10-12M。优选地,适体与靶分子结合的kd小于10-6、10-8、10-10或10-12。适体可以以很高程度的特异性与靶分子结合。例如,已分离出了与分子的仅单一位点上不同的靶分子和其他分子间的结合亲和力差异大于10000倍的适体(5,543,293)。优选地,适体与靶分子的kd比与背景结合分子的kd低至少10、100、1000、10,000或100,000倍。优选地,例如当进行对多肽的比较时,背景分子是不同的多肽。例如,当确定Ras适体的特异性时,背景蛋白质可以是血清清蛋白。如何制备和使用适体以与多种不同的靶分子结合的代表性实例可在下述非穷尽列举性列举的美国专利中得到:5,476,766、5,503,978、5,631,146、5,731,424、5,780,228、5,792,613、5,795,721、5,846,713、5,858,660、5,861,254、5,864,026、5,869,641、5,958,691、6,001,988、6,011,020、6,013,443、6,020,130、6,028,186、6,030,776和6,051,698。
核酶是可在分子内或分子间催化化学反应的核酸分子。因此核酶是催化性核酸。优选地,核酶催化分子间反应。有许多不同类型的核酶催化核酸酶或核酸聚合酶类型反应,这类反应基于天然系统中存在的核酶,例如锤头状核酶(例如但不限于下述美国专利:5,334,711、5,436,330、5,616,466、5,633,133、5,646,020、5,652,094、5,712,384、5,770,715、5,856,463、5,861,288、5,891,683、5,891,684、5,985,621、5,989,908、5,998,193、5,998,203、Ludwig和Sproat的WO 9858058、Ludwig和Sproat的WO9858057和Ludwig和Sproat的WO9718312)、发夹型核酶(例如但不限于下述美国专利:5,631,115、5,646,031、5,683,902、5,712,384、5,856,188、5,866,701、5,869,339和6,022,962)以及四膜虫核酶(例如但不限于下述美国专利:5,595,873和5,652,107)。还有许多在天然系统中不存在的核酶,但已被基因工程改造为可从头催化特异反应(例如但不限于下述美国专利:5,580,967、5,688,670、5,807,718和5,910,408)。优选的核酶裂解RNA或DNA底物,更优选地裂解RNA底物。核酶通常通过识别和与靶底物的结合以及随后裂解来裂解核酸底物。这种识别常大多基于规范或非规范碱基对相互作用。此性质使得核酶成为核酸靶特异性裂解的特别优良候选物,因为靶底物的识别基于靶底物序列。如何制备和使用核酶以催化多种不同的反应的代表性实例可在下述非穷尽列举的美国专利中得到:5,646,042、5,693,535、5,731,295、5,811,300、5,837,855、5,869,253、5,877,021、5,877,022、5,972,699、5,972,704、5,989,906和6,017,756。
三链形成功能性核酸分子为可与双链或单链核酸相互作用的分子。当三链分子与靶区域相互作用时,形成被称为三链体的结构,其中有三条DNA链形成基于沃森-克里克和Hoogsteen碱基对的复合物。三链分子可以以高亲和力和高特异性与靶区域结合,因此三链分子是优选的。优选地,三链形成分子结合靶分子的kd小于10-6、10-8、10-10或10-12。如何制备和使用三链形成分子以结合多种不同的靶分子的代表性实例可在下述非穷尽性美国专利中得到:5,176,996、5,645,985、5,650,316、5,683,874、5,693,773、5,834,185、5,869,246、5,874,566和5,962,426。
外部指导序列(EGS)是与靶核酸结合形成复合物的分子,该复合物被裂解靶分子的RNA酶P识别。EGS可被设计为特异性靶向所选的RNA分子。RNA酶P有助于细胞内的转移RNA(tRNA)的加工。通过使用导致靶RNA:EGS复合物模拟天然tRNA底物的EGS,可补充RNA酶P以实际上裂解任何RNA序列。(Yale的WO 92/03566和Forster and Altman,Science 238:407-409(1990))
类似地,真核EGS/RNA酶P指导的RNA裂解可被用于裂解真核细胞内的所需靶标。(Yuan et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA89:8006-8010(1992);Yale的WO 93/22434;Yale的WO 95/24489;Yuan and Altman,EMBO J 14:159-168(1995)和Carrara et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)92:2627-2631(1995)。)如何制备和使用EGS分子以促进多种不同的靶分子裂解的代表性实例可在下述非穷尽列举的美国专利中得到:5,168,053、5,624,824、5,683,873、5,728,521、5,869,248和5,877,162。
还应当理解,所公开的核酸可用于RNAi或RNA干扰。RNAi被认为包括RNA干扰(RNAi)的两步机制:起始步骤和效应物步骤。例如,在第一步中,投入的双链(ds)RNA(siRNA)被处理成小片段,例如21-23核苷酸‘指导序列’。RNA扩增似乎能在整个的动物体中发生。然后指导RNA通常可被掺入能降解RNA的蛋白质RNA复合物即核酸酶复合物中,其已被称作RNA诱导的沉默复合物(RISC)。此RISC复合物在第二个效应物步骤中起到破坏由指导序列通过碱基对相互作用而识别的mRNA的作用。RNAi包括通过任何方式将双链RNA导入之细胞中的作用,所述导入作用触发导致靶RNA降解的事件。RNAi是一种转录后基因沉默的形式。所公开的RNA发夹可以在RNAi中起作用。关于制备和使用RNAi分子的描述可参见例如Hammond et al.,Nature Rev Gen 2:110-119(2001);Sharp,Genes Dev 15:485-490(2001),Waterhouse et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95(23):13959-13964(1998),上述文献中至少关于递送和制备RNAi分子的资料或其全部内容通过引用的方式纳入本文。
已有显示RNAi在包括哺乳动物细胞在内的许多细胞中均起作用。为了在哺乳动物细胞中起作用,优选地,将被用作RISC复合物内的引导序列的RNA分子更短一些。例如,长度小于或等于50或40或30或29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11或10个核苷酸。这些RNA分子也可在3’或5’末端具有相对于待降解靶RNA的突出端。这些突出端可至少为或小于或等于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15或20个核苷酸的长度。RNAi在哺乳动物干细胞例如小鼠ES细胞中起作用。
(d)组合物向细胞的送递
可用于在体外或在体内将核酸送递至细胞的组合物和方法有许多种。这些方法和组合物可大致分成两类:基于病毒的送递系统和非基于病毒的送递系统。例如,核酸可通过许多直接送递系统例如电穿孔、脂转染、磷酸钙沉淀、质粒、病毒载体、病毒核酸、噬菌体核酸、噬菌体、粘粒,或者经细胞或载体中的遗传物质例如阳离子脂质体的转移来进行送递。合适的转染手段包括病毒载体、化学转染子或者例如电穿孔和DNA直接扩散等物理机械方法,所述合适的转染手段描述于例如Wolff,J.A.,et al.,Science,247,1465-1468,(1990)和Wolff,J.A.Nature,352,815-818,(1991)。这类方法是本领域内已知的,并可容易地适用于本文描述的组合物和方法。在某些情况中,该方法会被改变为特别对于大DNA分子起作用。另外,通过使用载体的靶向特征,这些方法可用于靶向某些疾病和细胞群。
(1)基于核酸的送递系统
转移载体可以是下述任何核苷酸构建物,所述任何核苷酸构建物用于将基因送递至细胞(例如质粒),或者作为送递基因的总策略的一部分,例如作为重组逆转录病毒或腺病毒的一部分(Ram et al.CancerRes.53:83-88,(1993))。
本文所使用的质粒或病毒载体是这样的媒介,该媒介可将所公开的核酸例如表达Ras的核酸转运至细胞而不发生降解,并包括使得基因在所送递至的细胞内表达的启动子。载体可来源于病毒或逆转录病毒。病毒载体例如腺病毒、腺伴随病毒、疱疹病毒、痘苗病毒、脊髓灰质炎病毒、艾滋病病毒、神经元营养病毒(neuronal trophic virus)、新培斯病毒和其他RNA病毒,包括具有HIV骨架的这些病毒。任何具有使其适于用作载体的这些病毒的性质的任何病毒科也是优选的。逆转录病毒包括鼠马罗尼白血病病毒(murine Maloney Leukemia virus)、MMLV和表现的MMLV作为载体所需特性的逆转录病毒。逆转录载体与其他病毒载体相比可携带较大的遗传有效负载,即转基因或标记基因,由于此原因逆转录病毒为一种常用载体。然而,它们在非增殖细胞中并不实用。腺病毒载体相对稳定,易于操作,具有高滴度,而且可以气溶胶形式送递,可转染不分裂的细胞。痘病毒载体较大并具有一些可以插入基因的位点,它们具有热稳定性并可在室温下贮存。可使用已被基因工程改造的载体,从而抑制由病毒抗原引发的宿主生物体的免疫反应。这一类型的优选载体将携带白细胞介素8或10的编码区域。
与用化学或物理方法向细胞中导入基因相比,病毒载体可以具有较高的处理能力(导入基因的能力)。通常,病毒载体包括复制和壳体化所必需的非结构性早期基因、结构性晚期基因、RNA聚合酶III转录物、末端反向重复序列,以及控制病毒基因组的转录和复制的启动子。当病毒被改造为载体时,通常移除一个或多个早期基因,并将基因或基因/启动子盒插入病毒基因组中以取代被移除的病毒DNA。此类型的构建体可携带最多约8kb的外源遗传物质。被移除的早期基因的必要功能通常由已被改造以反式(in trans)表达早期基因产物的细胞系提供。
(a)逆转录病毒载体
逆转录病毒载体是属于逆转录病毒科的动物病毒,包括任何型、亚科、属或向性在内。Verma,I.M.,Retroviral vectors for genetransfer In Microbiology-1985,American Society forMicrobiology,pp.229-232,Washington,(1985)总地描述了逆转录病毒,该文献通过引用的方式纳入本文。将逆转录病毒用于基因治疗的方法的实例描述于美国专利4,868,116和4,980,286,PCT申请WO90/02806和WO89/07136,以及Mulligan,Science 260:926-932(1993)中;这些文献所教导的内容通过引用的方式纳入本文。
逆转录病毒本质上是其中包装有核酸负载的包(package)。核酸负载携带有包装信号,它确保复制的子代分子被有效地包装在包装衣壳(package coat)内。除包装信号之外,还有许多在复制中以及在复制好的病毒的包装中顺式(in cis)所需的分子。通常逆转录病毒基因组包括参与形成蛋白衣壳的gag、pol和env基因。gag、pol和env基因通常被要转移至靶细胞的外源DNA所取代。逆转录病毒载体通常包括:用于纳入包装衣壳的包装信号、对gag转录单位的起始发出信号的序列、包括逆转录中结合tRNA引物的引物结合位点在内的逆转录必需元件、在DNA合成过程中指导RNA链交换(switch)的末端重复序列、作为DNA合成中第二链合成的引发位点的5’到3’LTR的富含嘌呤的序列、以及使得逆转录病毒的DNA态(DNA state)插入物能够插入宿主基因组中的靠近LTR末端的特殊序列。gag、pol和env基因的移除使得约8kb的外源序列能够插入病毒基因组,被逆转录,并在复制时被包装入新的逆转录病毒颗粒中。所述的核酸量对于送递一个至多个基因是足够的,这根据每个转录物的大小而定。优选插入区段中包括阳性或阴性选择性标记以及其他基因。
由于大部分逆转录病毒载体中的复制工具和包装蛋白都已经被除去(gag、pol和env),该载体通常通过将其置于包装细胞系来产生。包装细胞系是已用含有复制和包装工具但是没有任何包装信号的逆转录病毒转染或转化的细胞系。当携带所选DNA的载体转染到所述细胞系中时,借助辅助细胞以顺式形式提供的工具,含有目的基因的载体可被复制并被包装成新的逆转录病毒颗粒。用作工具的基因组不被包装,因为它们缺少必需的信号。
(b)腺病毒载体
复制缺陷型腺病毒的构建物已有所描述(Berkner et al.,J.Virology 61:1213-1220(1987);Massie et al.,Mol.Cell.Biol.6:2872-2883(1986);Haj-Ahmad et al.,J.Virology 57:267-274(1986);Davidson et al.,J.Virology 61:1226-1239(1987);Zhang″Generation and identification of recombinant adenovirusby liposome-mediated transfection and PCR analysis″BioTechniques 15:868-872(1993))。使用这些病毒作为载体的益处在于:它们在能够传播到其他细胞类型的程度上是受到限制的,因为它们可在开始被感染的细胞内复制,但是不能形成新的感染性病毒颗粒。已经显示重组腺病毒在体内直接送递至气道上皮、肝细胞、血管内皮、CNS实质以及许多其他组织部位之后,可实现高效的基因转移(Morsy,J.Clin.Invest.92:1580-1586(1993);Kirshenbaum,J.Clin.Invest.92:381-387(1993);Roessler,J.Clin.Invest.92:1085-1092(1993);Moullier,Nature Genetics 4:154-159(1993);La Salle,Science 259:988-990(1993);Gomez-Foix,J.Biol.Chem.267:25129-25134(1992);Rich,Human Gene Therapy4:461-476(1993);Zabner,Nature Genetics 6:75-83(1994);Guzman,Circulation Research 73:1201-1207(1993);Bout,HumanGene Therapy 5:3-10(1994);Zabner,Cell 75:207-216(1993);Caillaud,Eur.J.Neuroscience 5:1287-1291(1993);以及Ragot,J.Gen.Virology 74:501-507(1993))。重组腺病毒通过与特异的细胞表面受体结合,然后病毒以与野生型或复制缺陷型腺病毒相同的方式通过受体介导的胞吞作用内化,实现基因转导(Chardonnetand Dales,Virology 40:462-477(1970);Brown and Burlingham,J.Virology 12:386-396(1973);Svensson and Persson,J.Virology55:442-449(1985);Seth,et al.,J.Virol.51:650-655(1984);Seth,et al.,Mol.Cell.Biol.4:1528-1533(1984);Varga et al.,J.Virology 65:6061-6070(1991);Wickham et al.,Cell73:309-319(1993))。
病毒载体可以是基于E1基因已被移除的腺病毒的载体,这些病毒在诸如人类293细胞系等的细胞系中产生。E1和E3基因均可从腺病毒基因组中被移除。
(c)腺伴随病毒载体
另一种类型的病毒载体基于腺伴随病毒(AVV)。这种缺陷型细小病毒是优选的载体,因为它能够感染许多细胞类型而对人类没有致病性。AAV型载体可转运约4至5kb,野生型AAV被认为可稳定地插入19号染色体。优选具有这种位点特异性整合特性的载体。这种类型载体的一种可用形式是由Avigen,San Francisco,CA生产的P4.1 C载体,所述载体可包括单纯疱疹病毒胸苷激酶基因HSV-tk和/或标记基因,例如编码绿色荧光蛋白(GFP)的基因。
在另一种类型的AAV病毒中,AAV含有一对末端反向重复序列(ITR),所述ITR侧翼有至少一个含有与异源基因可操作地相连的、指导细胞特异性表达的启动子的表达盒。此处的上下文中的异源性指天然AAV或B19细小病毒不含有的任何核苷酸序列或基因。
通常所述AAV和B19的编码区已经被删除,产生安全的无细胞毒性的载体。AAV的ITR或其修饰物使病毒具有感染性和位点特异性整合作用,但是不具有细胞毒作用,且上述启动子指导细胞特异性表达。美国专利6,261,834中关于AAV载体的资料通过引用的方式纳入本文。
因而公开的载体提供了能够整合到哺乳动物染色体中而基本上没有毒性的DNA分子。
在病毒和逆转录病毒中插入的基因通常包括启动子和/或增强子,以帮助控制所需基因产物的表达。启动子通常是当处在对于转录起始位点来说相对固定的位置时起作用的一段或多段DNA序列。启动子包括RNA聚合酶和转录因子的基本相互作用所需的核心元件,还可以包括上游元件和反应元件。
(d)高载量病毒载体
对大型人类疱疹病毒的分子遗传学实验已经提供了使异源DNA大片段在允许疱疹病毒感染的细胞中被克隆、增殖并定居的方法(Sun etal.,Nature genetics 8:33-41,1994;Cotter and Robertson,CurrOpin Mol Ther 5:633-644,1999)。这些大型DNA病毒(单纯疱疹病毒(HSV)和EB病毒(EBV))具有将大于150kb的人类异源DNA片段送递至特定细胞的潜力。EBV重组体可使受感染B-细胞中的DNA大片段保持为附加体DNA。单个克隆携带的最高达330kb的人类基因组插入物在遗传学上似乎是稳定的。这些附加体的保持需要在感染EBV的过程中组成性表达的特定的EBV核蛋白(EBNA1)。另外,这些载体可以被用于可在体外短暂地产生大量蛋白的转染。疱疹病毒扩增子系统也正被用来包装>220kb的DNA区段以及用于感染可将DNA稳定地保持为附加体的细胞。
其他有用的系统包括,例如,复制性的和宿主限制的非复制性的痘苗病毒载体。
(2)基于非核酸的系统
所公开的组合物可以各种途径送递至靶细胞。例如,该组合物可通过电穿孔或通过脂质转染或通过磷酸钙沉淀送递。选择的送递机制部分取决于靶细胞的类型和送递发生在例如体内还是体外。
因此,除了公开的载体,所述组合物还可以包括例如,脂质诸如脂质体,诸如阳离子脂质体(例如DOTMA、DOPE、DC-胆固醇)或阴离子脂质体。如果需要,脂质体可以进一步包括帮助靶向特定细胞的蛋白质。包括化合物和阳离子脂质体的组合物的给药可以给至向靶器官输送的血液中,或吸入呼吸道而靶向呼吸道的细胞。关于脂质体参见,例如Brigham et al.Am.J.Resp.Cell.Mol.Biol.1:95-100(1989);Felgner et al.Proc.Natl.Acad.Sci USA 84:7413-7417(1987);美国专利4,897,355。此外,所述化合物可以作为可靶向诸如巨噬细胞的特定细胞类型的微囊剂的组分给药,或其中所述化合物从微囊剂的扩散或释放被设计为具有特定的速率或剂量的微囊剂的组分给药。
在上述包括外源DNA的给药和摄取进入受试者的细胞的方法中(即基因转导或转染),组合物可以通过各种机制送递至细胞。例如,可以通过脂质体送递,可采用市售脂质体制品,例如LIPOFECTIN、LIPOFECTAMINE(GIBCO-BRL,Inc.,Gaithersburg,MD)、SUPERFECT(QIAGEN,Inc.Hilden,Germany)和TRANSFECTAM(Promega Biotec,Inc.,Madison,WI),以及其他根据本领域操作标准开发的脂质体。另外,所公开的核酸或载体可在体内通过电穿孔(该技术可获自Genetronics,Inc.(San Diego,CA)),以及通过借助SONOPORATION机(ImaRx Pharmaceutical Corp.,Tucson,AZ)来送递。
原料可以存在于溶液或悬浮液中(例如,掺入微粒、脂质体或细胞中)。这些原料可以通过抗体、受体或受体配体靶向特定的细胞类型。以下参考文献为应用这种技术使特定蛋白靶向到肿瘤组织的实例(Senter,et al.,BioconjugateChem.,2:447-451,(1991);Bagshawe,K.D.,Br.J.Cancer,60:275-281,(1989);Bagshawe,et al.,Br.J.Cancer,58:700-703,(1988);Senter,et al.,Bioconjugate Chem.,4:3-9,(1993);Battelli,et al.,CancerImmunol.Immunother.,35:421-425,(1992);Pietersz andMcKenzie,Immunolog.Reviews,129:57-80,(1992);以及Roffler,et al.,Biochem.Pharmacol,42:2062-2065,(1991))。这些技术能够用于各种其他具体的细胞类型。诸如“隐形”(″stealth″)载体和其他抗体缀合的脂质体(包括介导药物对结肠癌寻靶的脂质)的载体,通过细胞特异性配体介导DNA寻靶的受体,指引对肿瘤寻靶的淋巴细胞以及体内对鼠神经胶质瘤细胞寻靶的高度特异的治疗性逆转录病毒。以下参考文献为应用该技术来使特定蛋白靶向肿瘤组织的实例(Hughes et al.,Cancer Research,49:6214-6220,(1989)以及Litzinger and Huang, Biochimica et Biophysica Acta,1104:179-187,(1992))。一般而言,受体参与组成性或者配体诱导的胞吞作用途径。簇集于网格蛋白小窝之中的这些受体,通过网格蛋白小泡进入细胞,经过其中受体被分类的酸化内体,然后重新循环到细胞表面,储存于细胞内或者于溶酶体中降解。内化途径具有多种功能,例如养分摄入、激活蛋白的去除、大分子的清除、病毒和毒素的条件化进入、配体的解离与降解以及受体水平的调节。许多受体遵循一条以上的胞内途径,这根据细胞类型、受体浓度、配体类型、配体价态和配体浓度而定。受体介导的胞吞作用的分子机制和细胞机制已有综述(Brown and Greene,DNA and Cell Biology 10:6,399-409(1991))。
被送递至细胞中的将被整合到宿主细胞基因组的核酸,通常包括整合序列。这些序列通常是病毒相关序列,尤其在使用基于病毒的系统时。这些病毒整合系统还可被纳入将要用诸如脂质体的基于非核酸的送递系统送递的核酸中,由此包含在送递系统中的核酸可被整合到宿主基因组中。
其他整合到宿主基因组中的通用方法包括,例如,被设计为促进与宿主基因组同源重组的系统。这些系统通常依赖于位于要表达的核酸侧翼的序列,所述序列与宿主细胞基因组中的靶序列具有足够的同源性,在宿主细胞基因组中载体核酸和靶核酸之间发生重组,导致所送递的核酸被整合到宿主基因组之中。这些促进同源重组所必需的系统和方法是本领域技术人员已知的。
(3)体内/离体
如本文所述,所述组合物可以在可药用载体中给药并可通过本领域所熟知的各种机制(例如,裸露DNA的摄取、脂质体融合、通过基因枪的DNA肌内注射、内吞作用等等)在体内和/或离体送递至受试者的细胞。
如果采用离体方法,可根据本领域所熟知的标准规程将细胞或组织取出并保存在体外。组合物可以通过任何基因转移机制被导入细胞内,诸如,例如磷酸钙介导的基因送递、电穿孔法、显微注射法或脂蛋白体法。然后根据针对该细胞或组织类型的标准方法,转导的细胞可以被注入(例如,在可药用的载体中)或等位移植回受试者体内。将各种细胞移植或注入受试者体内的标准方法是已知的。
(e)肽
(1)蛋白质变体
已知的和本文所考虑的公开的蛋白质有许多变体。此外,除了已知功能系变体之外,还有许多也在公开的方法和组合物中起作用的蛋白质的衍生物。蛋白质变体和衍生物为本领域技术人员所熟知并能够参与氨基酸序列修饰。例如,氨基酸序列修饰物通常属于置换、插入或缺失变体这三类中的一类或多类。插入包括氨基和/或羧基末端融合以及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。插入通常是与氨基或羧基末端融合相比而言较小的插入,例如,大约一至四个残基的插入。通过体外交联或通过编码该融合物的DNA转化的重组细胞培养物,将大得足以将免疫原性赋予靶序列的多肽进行融合,从而制备例如实施例中所述的免疫原性的融合蛋白衍生物。缺失的特征是一个或多个氨基酸残基从蛋白序列中除去。通常,不超过约2至6个残基在蛋白分子中的任何一个位置被删除。这些变体通常通过在编码蛋白质的DNA中的核苷酸的位点特异性诱变,从而产生编码变体的DNA,然后在重组细胞培养物中表达该DNA来制备。在具有已知序列的DNA中预先设定的位点上进行置换型突变的技术已被熟知,例如M13引物诱变和PCR诱变。氨基酸置换通常为单个残基,但是可在许多不同的位置同时发生;插入通常近似为约1至10个氨基酸残基;缺失的范围为约1至30个残基。缺失或插入优选在邻近对中产生,即2个残基的缺失或2个残基的插入。置换、缺失、插入或其任何组合可以相结合以得到最终的构建体。所述突变不得将序列置于阅读框之外,并且优选不形成会产生二级mRNA结构的互补区。置换型变体是指其中至少一个残基被除去而在其位置上插入不同的残基。这类置换通常依照以下表1和2进行,并且被称为保守性置换。
表1:氨基酸缩写
  氨基酸   缩写
  丙氨酸   Ala A
  别异亮氨酸(Allosoleucine)   AIle
  精氨酸   Arg R
  天冬酰胺   Asn N
  天冬氨酸   Asp D
  半胱氨酸   Cys C
  谷氨酸   Glu E
  谷氨酰胺   Gln K
  甘氨酸   Gly G
  组氨酸   His H
  异亮氨酸   Ile I
  亮氨酸   Leu L
  赖氨酸   Lys K
  苯丙氨酸   Phe F
  脯氨酸   Pro P
  焦谷氨酸   Glu
  丝氨酸   Ser S
  苏氨酸   Thr T
  酪氨酸   Tyr Y
  色氨酸   Trp W
  缬氨酸   Val V
表2:氨基酸置换
  原残基的示例性保守置换,其它为本领域所知
  Ala   ser
  Arg   lys,gln
  Ash   gln;his
  Asp   glu
  Cys   ser
  Gln   asn,lys
  Glu   asp
  Gly   pro
  His   asn;gln
  Ile   leu;val
  Leu   ile;val
  Lys   arg;gln;
  Met   Leu;ile
  Phe   met;leu;tyr
  Ser   thr
  Thr   ser
  Trp   tyr
  Tyr   trp;phe
  Val   ile;leu
通过选择比表2中所示置换的保守性更低的置换,即选择对维持(a)置换区的多肽骨架结构,例如片层或螺旋构象,(b)位于靶点的分子的电荷和疏水性或者(c)侧链的大小方面的效果上差别更显著的残基,可能产生功能或免疫识别上的重大改变。一般预计在蛋白特性上产生最大改变的置换是这样的置换,其中(a)诸如丝氨酰基或苏氨酰基等亲水残基置换(或被置换成)诸如亮氨酰基、异亮氨酰基、苯丙氨酰基、缬氨酰基或丙氨酰基等的疏水性残基;(b)半胱氨酸或脯氨酸置换(或被置换成)任何其他残基;(c)诸如赖氨酰基、精氨酰基或组氨酰基等具有带有正电荷侧链的残基置换(或被置换成)诸如谷氨酰基或天冬氨酰基等带负电的残基;或(d)诸如苯丙氨酸的具有庞大侧链的残基置换(或被置换成)诸如甘氨酸的没有侧链的残基,在此情况下,(e)通过增加硫酸化和/或糖基化(作用)位点的数目。
例如,本领域技术人员知晓一个氨基酸残基被另一个在生物学和/或化学上相似的残基置换是保守置换。例如,保守置换是用一个疏水性残基置换另一个疏水性残基,或者用一个极性残基置换另一个极性残基。所述置换包括:例如Gly、Ala;Val、Ile、Leu;Asp、Glu;Asn、Gln;Ser、Thr;Lys、Arg;和Phe、Tyr的组合。各种明确公开序列的这种保守置换的变体包括在本文所提供的嵌合体多肽中。
置换型或缺失型突变可以用于插入N-糖基化(Asn-X-Thr/Ser)或O-糖基化(Ser或Thr)位点。半胱氨酸或其他不稳定的残基的缺失也是所希望的。诸如Arg等潜在蛋白水解位点的缺失或置换,可通过例如缺失一个碱性残基或用谷氨酰胺酰基或组氨酰基残基置换一个碱性残基而实现。
某些翻译后衍生化是重组宿主细胞对所表达的多肽进行作用的结果。谷氨酰胺酰基和天冬酰胺酰基残基常常在翻译后脱去酰氨基变成相对应的谷氨酰基和天冬酰基残基。或者,这些残基可在温和的酸性条件下脱去酰氨基。其他的翻译后修饰包括脯氨酸和赖氨酸的羟基化,丝氨酸或苏氨酸上羟基基团的磷酸化,赖氨酸、精氨酸和组氨酸侧链o-氨基基团的甲基化(T.E.Creighton,Proteins:Structureand Molecular Properties,W.H.Freeman & Co.,San Franciscopp 79-86[1983]),N末端氨基的乙酰化,以及某些情况下C末端羧基的酰胺化。
应当理解的是,定义本文所公开蛋白质的变体和衍生物的一种方法是根据与特定已知序列的同源性/同一性来定义变体和衍生物。特别公开了此处公开的这些蛋白和其他蛋白的变体,它们与所述序列有至少70%或75%或80%或85%或90%或95%的同源性。本领域技术人员容易知道如何确定两种蛋白的同源性。例如,同源性可在对这两条序列比对后使其同源性达到最高水平来进行计算。
其他计算同源性的方法可通过公布的算法执行。用于比较的序列最佳比对可以通过Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法、Needleman and Wunsch,J.MoL Biol.48:443(1970)的同源性比对算法、Pearson and Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.85:2444(1988)的查找相似性方法、这些算法的计算机化工具(Wisconsin Genetics软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WI)或通过审查的方式来进行。
对核酸而言,能够通过例如在Zuker,M.Science 244:48-52,1989,Jaeger et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:7706-7710,1989,Jaeger et al.Methods Enzymol.183:281-306,1989中公开的算法获得相同类型的同源性,上述文献中至少与核酸比对相关的资料通过引用的方式纳入本文。
应当理解的是,保守突变和同源性的描述可以以任何组合方式结合起来,如与某特定序列具有至少70%同源性的实施方案,其中该变体为保守突变。
由于本说明书详述了各种蛋白质和蛋白序列,应当理解的是,编码这些蛋白质序列的核酸也被公开。这可包括与具体蛋白质序列相关的所有简并序列,即含有编码一个具体蛋白质序列的序列的所有核酸,以及编码该蛋白序列的所公开变体和衍生物的包括简并核酸在内的所有核酸。因此,尽管各具体的核酸序列没有在此列出,应当理解的是,通过所公开的蛋白质序列,各条或每条序列实际上都在此得到公开和描述。还应当理解的是,尽管氨基酸序列没有指出在生物体内是哪种具体DNA序列编码这种蛋白质,但是由于其中所公开蛋白质的具体变体在此得到公开,因而已知的在具体细胞内编码从该细胞产生的所述蛋白质的核酸序列也是已知的并在此得到公开和描述。
应当理解的是,有许多氨基酸和肽类似物能够被引入所公开的组合物中。例如,有许多D氨基酸或者与表1和表2中所示的氨基酸具有不同功能性取代基的氨基酸。自然存在的肽的相对立体异构体以及肽类似物的立体异构体也得到公开。通过使tRNA分子负载选定的氨基酸,以及通过对利用如琥珀密码子的遗传构建体进行基因工程改造以将类似的氨基酸以位点特异性的方式插入到肽链中,可容易地将这些氨基酸掺入到多肽链中(Thorson et al.,Methods in Molec.Biol.77:43-73(1991),Zoller,Current Opinion in Biotechnology,3:348-354(1992);Ibba,Biotechnology & Genetic EngineeringReviews 13:197-216(1995),Cahill et al.,TIBS,14(10):400-403(1989);Benner,TIB Tech,12:158-163(1994);Ibba and Hennecke,Bio/technology,12:678-682(1994),所有上述文献中至少与氨基酸类似物相关的资料通过引用的方式纳入本文)。
可生产与肽类似的分子,但是它们不是通过天然肽键连接的。例如,氨基酸或氨基酸类似物的连接键可包括CH2NH--、--CH2S--、--CH2--CH2--、--CH=CH--(顺式和反式)、--COCH2--、--CH(OH)CH2--以及--CHH2SO-(这些实例及其他实例可见于Spatola,A.F.inChemistry and Biochemistry of Amino Acids,Peptides,andProteins,B.Weinstein,eds.,Marcel Dekker,New York,p.267(1983);Spatola,A.F.,Vega Data(March 1983),Vol.1,Issue3,Peptide Backbone Modifications(general review);Morley,Trends Pharm Sci(1980)pp.463-468;Hudson,D.et al.,Int JPept Prot Res14:177-185(1979)(--CH2NH--,CH2CH2--);Spatola etal.Life Sci 38:1243-1249(1986)(--CHH2--S);Hann J.Chem.Soc Perkin Trans.I 307-314(1982)(--CH--CH--,顺式和反式);Almquist et al.J.Med.Chem.23:1392-1398(1980)(--COCH2--);Jennings-White et al.Tetrahedron Lett 23:2533(1982)(--COCH2--);Szelke et al.European Appln,EP 45665 CA(1982):97:39405(1982)(--CH(OH)CH2--);Holladay et al.Tetrahedron.Lett 24:4401-4404(1983)(--C(OH)CH2--);以及Hruby Life Sci 31:189-199(1982)(--CH2--S--);所述每一篇文献均通过引用的方式纳入本文。特别优选的非肽连接键是--CH2NH--。应当理解的是,所述肽类似物在键原子之间可有多个原子,例如b-丙氨酸,g-氨基丁酸等等。
氨基酸类似物和类似物和肽类似物常常具有强化的或所希望的性质,例如更经济的生产、更好的化学稳定性、强化的药理学性质(半衰期、吸收、效价和效力等)、改变的特异性(例如较宽的生物学活性作用谱)、降低的抗原性等等。
D-氨基酸可用来产生更加稳定的肽,因为D氨基酸不为肽酶等所识别。将共有序列中的一种或多种氨基酸系统性地替换为同类型的D氨基酸(例如D-赖氨酸代替L-赖氨酸)可用来产生更稳定的肽。半胱氨酸残基可用来环化或将两个或多个肽连接在一起。这有利于将肽限制于特定的构象(Rizo and Gierasch Ann.Rev.Biochem.61:387(1992),该文献通过引用的方式纳入本文)。
(f)药物载体/药物学产物的送递
如上所述,所述组合物还可通过可药用载体在体内给药。所谓“可药用的”是指并非在生物学上或者在其他方面不合需要的物质,即该物质可与所述核酸或者载体一起给予受试者,而并不导致任何不良的生物学效应,或者并不以有害的方式与包含该物质的药学组合物的任何其他成分相互作用。可容易地选择载体以将活性成分的任何降解最小化,以及将在该受试者体内的任何不良副作用最小化,这为本领域内技术人员所熟知。
该组合物可以以口服的、肠胃外的(例如静脉内的)、肌内注射的、腹膜内注射的、经皮的、体外的、局部的等方式给药,包括局部鼻内给药或者吸入给药。本文所使用的“局部鼻内给药”是指所述组合物通过一个或两个鼻孔送递至鼻和鼻道,可包括通过喷射机制或者微滴机制送递,或者通过核酸和载体的气雾化送递。通过吸入方式的组合物的给药可通过经鼻和经口的喷射或者微滴机制的送递。还可通过插管法直接送递至呼吸系统的任何区域(例如肺)。所需的组合物的精确量因受试者而异,这取决于物种、年龄、体重和受试者的综合情况,所治疗的变应性病症的严重性,所使用的具体核酸或者载体,及其给药模式等等。因而,不可能为每种组合物指定精确的量。然而,利用本文的教导,本领域普通技术人员仅利用常规实验即能够确定合适的量。
若采用组合物的肠胃外给药,则通常以注射为特征。注射剂可制备为常规形式的,可为液体溶液或者悬液,或适于注射前悬浮溶于液体中的固体形式,或为乳状液。一种新近修订过的肠胃外给药的方法涉及缓释或者持续释放体系的使用,以便维持不变的剂量。参见例如美国专利3,610,795,该文献通过引用的方式纳入本文。
该物质可以是溶液、悬液的形式(例如,掺入微粒、脂质体或者细胞之中)。这些可以通过抗体、受体或受体配体而靶向特定的细胞类型。下面的参考文献是利用此技术将特定蛋白靶向到肿瘤组织的实例(Senter,et al.,Bioconjugate Chem.,2:447-451,(1991);Bagshawe,K.D.,Br.J.Cancer,60:275-281,(1989);Bagshawe,et al.,Br.J.Cancer,58:700-703,(1988);Senter,et al.,Bioconjugate Chem.,4:3-9,(1993);Battelli,et al.,CancerImmunol.Immunother.,35:421-425,(1992);Pietersz and McKenzie,Immunolog.Reviews,129:57-80,(1992);以及Roffler,et al.,Biochem.Pharmacol,42:2062-2065,(1991))。诸如“隐形”载体和其他抗体缀合的脂质体(包括介导药物对结肠癌寻靶的脂质)的载体,通过细胞特异性配体介导DNA寻靶的受体,指引对肿瘤寻靶的淋巴细胞,以及体内对鼠神经胶质瘤细胞寻靶的高度特异的治疗性逆转录病毒。下面的参考文献是利用此技术将特定蛋白靶向到肿瘤组织的实例(Hughes et al.,Cancer Research 49:6214-6220,(1989)以及Litzinger and Huang,Biochimica et Biophysica Acta,1104:179-187,(1992))。一般而言,受体参与组成性或者配体诱导的胞吞作用途径。簇集于网格蛋白小窝之中的这些受体,通过网格蛋白小泡进入细胞,经过其中受体被分类的酸化内体,然后重新循环到细胞表面,储存于细胞内或者于溶酶体中降解。所述内化途径具有各种功能,例如养分摄入、激活蛋白的去除、大分子的清除、病毒和毒素的条件化进入、配体的解离与降解以及受体水平的调节。许多受体遵循一条以上的胞内途径,这根据细胞类型、受体浓度、配体类型、配体价态和配体浓度而定。受体介导的胞吞作用的分子机制和细胞机制已有综述(Brown和Greene,DNA and Cell Biology 10:6,399-409(1991))。
(1)可药用载体
所述组合物,包括抗体,可结合可药用载体在治疗上得到应用。
合适的载体及其制剂在Remington:The Science and Practiceof Pharmacy(19th ed.)ed.A.R.Gennaro,Mack Publishing Company,Easton,PA 1995中有述。通常,在制剂中使用合适量的可药用的盐,以使制剂具有等渗性。可药用载体的实例包括但不限于盐水、林格液(Ringer’s solution)和葡萄糖溶液。所述溶液的pH值优选约5至约8,更优选约7至约7.5。另外,载体包括缓释制剂,例如包含抗体的固体疏水性聚合物的半透性基质,所述基质的形式为成形的物品,例如薄膜、脂质体或微粒。对本领域技术人员显而易见的是,根据例如给药途径和所给组合物的浓度,某些载体可能是更优选的。
药物的载体为本领域技术人员已知。最通常的情况下所述载体是对人类给药的标准载体,包括诸如无菌水、盐水和生理pH的缓冲液的溶液。所述组合物可以肌内或皮下给药。可根据本领域技术人员所采用的标准规程给予其他化合物。
除了选定的分子外,药物组合物可以包括载体、增稠剂、稀释剂、缓冲剂、防腐剂、表面活性剂等等。药物组合物还可以包括一种或多种活性组分,例如抗微生物剂、抗炎剂、麻醉剂等等。
所述药物组合物可以以多种途径给药,这取决于是需要局部还是全身治疗以及要治疗的区域。给药可以通过局部(包括眼部、阴道、直肠、鼻内)用药、口服、吸入,或者诸如通过静脉滴注、皮下、腹膜内或肌内注射的肠胃外给药。所公开的抗体可通过静脉内、腹膜内、肌内、皮下、腔内或经皮给药。
用于胃肠外给药的制剂包括无菌的水性或非水性溶液、悬浮液和乳状液。非水性溶剂的实例为丙二醇、聚乙二醇、诸如橄榄油的植物油以及诸如油酸乙酯的注射用有机酯。水性载体包括水、含醇/含水溶液、乳状液或包括盐水和缓冲介质的悬浮液。肠胃外载体包括氯化钠溶液、林格氏葡萄糖、葡萄糖和氯化钠、乳酸林格液或不挥发油。静脉内载体包括流体和营养补充剂、电解质补充剂(例如基于林格氏葡萄糖的电解质补充剂)等等。也可以存在防腐剂和其他添加剂,例如,诸如抗微生物剂、抗氧化剂、螯合剂以及惰性气体等等。
用于局部给药的制剂可以包括软膏剂、洗剂、乳膏、凝胶剂、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体和粉剂。常规的药物载体,含水、粉末或含油基质,增稠剂等等可能是必需的或合乎需要的。
用于口服给药的组合物包括粉末或颗粒、水或非水介质中的悬浮液或溶液、胶囊剂、囊剂或片剂。增稠剂、调味剂、稀释剂、乳化剂、分散助剂或粘合剂可能是合乎需要的。
某些组合物有可能以可药用的酸或碱加成盐的形式给药,所述酸或碱加成盐通过与无机酸(例如盐酸、氢溴酸、高氯酸、硝酸、硫氰酸、硫酸和磷酸)以及有机酸(例如甲酸、乙酸、丙酸、羟乙酸、乳酸、丙酮酸、乙二酸、丙二酸、丁二酸、顺丁烯二酸和反丁烯二酸)反应形成,或通过与无机碱(例如氢氧化钠、氢氧化铵、氢氧化钾)和有机碱(例如一,二,三烷基和芳基胺和取代的乙醇胺)反应形成。
(2)治疗用途
组合物给药的有效剂量和方案可以根据经验来决定,而作出这种决定是在本领域的技术范围之内。组合物给药的剂量范围应大到足以产生所需的能影响疾病症状的效果。所述剂量不应当大到以至于引起不良副作用,例如不想要的交叉反应、过敏反应等等。一般而言,所述剂量会根据患者的年龄、健康状况、性别和患病程度;给药途径或者是否在方案中还使用其他药物而变化,并且可由本领域技术人员确定。如果出现任何禁忌症,所述剂量可以由个人医生来调整。剂量可以变化并可以以每日一剂或多剂给药,给药一天或多天。用药指导可以在关于给定药物类别的合适剂量的文献中找到。例如,在选择抗体的合适剂量上的指导可在关于抗体的治疗性用途的文献中找到,例如Handbook of Monoclonal Antibodies,Ferrone et al.,eds.,NogesPublications,Park Ridge,N.J.,(1985)ch.22 and pp.303-357;Smith et al.,Antibodies in Human Diagnosis and Therapy,Haberet al.,eds.,Raven Press,New York(1977)pp.365-389。单独使用抗体的通常日剂量范围可为在每日每千克体重1μg至高达100mg或更高,这根据上述的因素而定。
g)芯片和微阵列
公开了其上至少有一处是本文所公开的任何核酸序列、肽或细胞所阐明的序列或其部分的芯片。还公开了其上至少有一处是本文所公开的任何肽序列所阐明的序列或其部分的芯片。例如,它可以具有不同的96孔板,例如其中一个有肝细胞、一个有肺细胞、一个有心脏细胞,它们可与试剂和介质一起作为试剂盒装运。然后最终的使用者可例如向孔中加入待测物。另一个实例包括使用薄膜上的化学物质的高密度阵列,然后用含有组合物例如细胞或其他物质的各种溶液洗涤薄膜,之后若组合物与芯片上的某些物质相互作用则给出指示,从而进行筛选。
还公开了其上至少有一处是本文所公开的任何核酸序列、肽或细胞所阐明的序列或其部分的变体的芯片。还公开了其上至少有一处是本文所公开的任何肽序列所阐明的序列或其部分的变体的芯片。
(h)计算机可读介质
应当理解,公开的核酸和蛋白质可表示为由核苷酸或氨基酸所构成的序列。表示这些序列的方式有多种,例如鸟苷核苷酸可表示为G或g。类似地,氨基酸缬氨酸可表示为Val或V。本领域技术人员知道如何以存在的多种方式中的任一种来表示或表达任意的核酸或蛋白质序列,其每一种均被认为是在本文公开内容的范围。在此特别考虑的是这些序列在计算机可读介质上的呈现,例如市售软盘、磁带、芯片、硬盘、光盘和视盘或其他计算机可读介质。还公开了所公开序列的二进制代码表示法。本领域技术人员知道什么是计算机可读介质。因此,核酸或蛋白质序列记录、储存或保存在计算机可读介质上。
公开了包括本文所述序列以及该序列相关的信息的计算机可读介质。
(i)试剂盒
本文公开了装有能够被用于实施本文所公开的方法的试剂的试剂盒。所述试剂盒可包括此处详述的任何试剂或试剂组合,或可理解为在所公开的方法的实施过程中所需的或有益的试剂或试剂组合。例如,该试剂盒可包括编码所需分子的核酸或在所述方法的某种形式中详述的经修饰的ES细胞,以及使用它们所需要的缓冲剂和酶。试剂盒的其他实例包括用于毒性筛选的由本文所述的方法获得的细胞。这些细胞可代表可给出相关的药物筛选情况的许多种终末分化的细胞。该细胞例如还可包括标记,或其标记已被切除。由于该方法允许使用多潜能干细胞作为起始细胞,因而从共同的一种多潜能干细胞就可获得多种细胞类型,它们因而可具有共同基因型。试剂盒可包括例如可包被有本文公开的组合物的平板,例如96孔板。
B.方法
1.使用经修饰的干细胞的方法
经修饰的干细胞可用于鉴定和选择所需的细胞类型和所需细胞类型的培养物。一般而言,经修饰的干细胞可在允许所有细胞生长的条件下培养。然后可向经修饰的干细胞施加选择压力,例如迁移至可选择出转化基因的存在的软琼脂。表达选择基因例如转化基因的这些细胞将继续生长或可被鉴定出。因为经修饰的干细胞已被改造,使得选择基因仅在单一细胞类型或细胞类型亚型中表达,所以只有这些细胞会继续增殖或保持可被鉴定出。进一步或另外的鉴定步骤,例如通过针对特定细胞类型标记的细胞分选或者可视化及随后的传代培养和克隆,可产生单一细胞类型的细胞群,若被克隆则产生由一个祖细胞生成的单一细胞类型的细胞群。由于经修饰的干细胞可在适宜的条件下形成类胚胎体,然后由于类胚胎体可自发产生任意细胞类型,因而通过使得经修饰的干细胞经历自发形成类胚胎体以及通过随后的如本文所述的选择(例如针对转化基因的选择)的过程可获得任意所需的细胞类型的细胞。应当理解,用这些方法和其他本文公开的方法以及所公开的组合物可生产出任意所需的细胞类型,例如本文公开的那些类型。为了启动类胚胎体的形成,通常利用胰酶或一些其他的解离方法将未分化的干细胞传代至未处理的无饲养层的塑料皿中。不经过特殊的处理,细胞通常不容易贴壁。在上述条件下,干细胞将分裂形成具有空洞的独立的细胞球。
2.使用分化的细胞的方法
本文公开的制备经修饰的干细胞的方法可生产适合体内方法和/或离体方法和/或体外方法的细胞。例如,激活的/显性负性转化基因策略例如可能最适于体外应用,但是由于例如转化基因的标记会保留在细胞内,从而对于细胞疗法而言可能并不理想。另一方面,CRE/lox适用于细胞疗法,因为例如转化基因的标记被从终细胞切除了。而且,对于体内机制,该标记可被置于例如哺乳动物人工染色体的染色体外的盒中,然后可利用多种机制将其从终细胞中全部除去。
(a)确定分化条件的方法
公开了在确定和优化分化干细胞的条件的方法中使用所公开的细胞的方法。分化过程以细胞在成为终细胞类型前从一种前体细胞向下一种细胞行进的逐步方式进行。造血系统中就存在一个实例,其中原始干细胞产生各种前体,这些前体在终B细胞或T细胞出现前转而又产生其他前体。公开的方法和组合物可用于定义该进程或任意其他从前体至终产物的进程,还包括所公开的可逆转化体系。
大多数功能已被熟知的基因是在终组织中表达的基因。这些基因的启动子可用于所公开的方法和组合物中,因为它们是终末细胞类型启动子。终末细胞类型是不再分化的细胞类型。清蛋白是基因在终末细胞中表达的一个很好的实例。清蛋白仅在肝细胞中表达。它的启动子由一系列已知的转录因子驱动,所述转录因子例如CAAT/增强子结合蛋白(C/EBP)和叉头(forkhead)家族蛋白(Schrem,H.,et al.Pharmacol.Rev.54,129-158,2002.)。使用公开的方法和组合物,例如组织特异性可逆转化法,可将成为肝细胞的细胞从由类胚胎体产生的其他细胞的混合物中鉴定出来。可使用由清蛋白控制转录因子之一驱动的启动子作为组织特异性选择子,并刚好在细胞成为肝细胞之前鉴定出该细胞。然后可分离该细胞,使用标准基因组技术,可鉴别在该细胞中表达的基因,并且可鉴别其他选择子即在该细胞中独特表达的基因。使用每个其他选择子重复该过程可追溯回谱系的起源。
该方法的变化形式可用于界定所述过程中的每一步的细胞培养条件。将例如转化基因如激活的Ras基因用作标记,可对在各种条件下的软琼脂中出现的集落多少进行定量。使用绿色荧光蛋白或乳酸脱氢酶也可进行定量。通过改变培养条件以及选择子、细胞或谱系特异性启动子,可在每一阶段使遵循某一特定途径的细胞数目最多,或者可鉴别任意其他所需特征。将每一阶段的产量最大化可允许例如人们制定可不使用选择子就导致所需细胞类型的分化方案。
(b)重建的免疫系统
在此公开了能产生和修饰任意所需人类细胞类型的方法和组合物。例如,公开了人类免疫系统的体外重建。目前可通过三步法在小鼠中生产单克隆抗体。首先用所期望的抗原接种小鼠。几天后取出小鼠的脾,将留存于脾内的免疫细胞与小鼠B淋巴瘤系融合。这样可使B细胞在脾中无限增殖。然后培养它们,并选择产生合适抗体的融合。
小鼠单克隆抗体用于人类的治疗效果不佳,因为它们被识别为外源物质并被破坏掉。目前用于治疗的单克隆抗体,例如治疗乳腺癌的Herceptin_,为人源化或嵌合抗体以最大程度地减少这些问题,但这些问题不能完全消除。全人单克隆抗体可解决这些问题。然而,这意味着要用抗原来接种人类。在已尝试了此法的很少的实例中,该方法并不受到欢迎,同时也不成功。如本文所述,组织特异性的干细胞的可逆转化可以选择出人类免疫细胞B、T和巨噬细胞系的匹配组。这只能通过来自干细胞实现,因为B、T和巨噬细胞应来自相同的遗传背景以便正确地起作用。当确定了合适的细胞,可将它们一起培养以产生体外免疫系统。在该系统中培养的抗原可被处理并正确地呈递至B细胞,由此扩增了同类细胞。在培养的过程中,这些细胞可优势增殖或选择性增殖而占到总B细胞群的较高百分比。然后这些细胞可被克隆并选出产生合适抗体的细胞。由于它们为转化细胞,因而它们可被表征、冷冻,然后无限增殖,产生全人单克隆抗体。该系统可显著扩展单克隆抗体用于治疗的可用性。
(c)毒性检测
制药企业想削减新药发现和开发的巨大成本的需求迫使人们对引起药物候选物失败的各因素进行检查。除了效力的问题,最常见的失败原因是毒性(van de Waterbeemd,H,Gifford,E.(2003)Nat.Rev.Drug Disc.2,192-204)。更成问题的是那些已经上市但由于未认识到的毒性只好撤回的化合物。曲格列酮和曲伐沙星是被召回或者由于肝毒性而受到严重缩减的化合物的众所周知的实例,格帕沙星具有肌肉毒性的问题,特非那定和阿司咪唑由于心脏毒性而被召回(Suchard,J.(2001)Int.J.Med.Toxicol.4,15-20)。
理想地,新化合物的毒性属性可在开发早期被认识和避免。基于人类肝细胞系的ACTIVTox被设计为为研究结构毒性关系而提供的高通量代谢活性平台。通过在多个浓度的一系列检测来筛选化合物,以得到可由化学师使用以指导下一个合成周期的结构分级。通过这种方法,化合物的毒性属性可降至最小,而治疗属性可被最大程度地放大。
通过开发一组相关的细胞系,可将ACTIVTox的这一构思推广。可针对一组匹配的非转化细胞系在高通量体系中检测新的化合物,增加了在临床试验中成功的可能性。使用本文所公开的方法,上述组可由代表许多组织(尽可能相近地匹配)的多个细胞系组成。这可通过对来自例如EG系的亲代干细胞系的测定中使用的细胞系进行衍化,并通过相同的机理被可逆转化而实现。这些细胞可组成来自单一个体的成组组织样本,从而使遗传背景差异性的问题减至最小。
使用本文公开的方法的预测毒理学还可用更大的细胞集合来进行。公开的是测试对心、神经元、肠、肾、肝、肌肉或肺细胞系的毒性的方法。和对肝的测试一样,可使用同样的化合物在同样的毒性检测中产生和筛选这些细胞系。
一个实例是搏动心脏细胞培养物。制药公司主要关注的是被称为QT延长的现象,QT延长可导致心律失常并可能导致死亡(Belardinelli,L.,et al.Trends in Pharmocol.Sci.24,619-625,2003)。几种化合物,例如特非那定,由于这个严重的副作用而被从市场上撤回。目前,由于QT延长是电学现象,所以除了在动物和人体中以外,很难检测QT延长。使用搏动心脏细胞培养物可进行针对这一问题的直接检测。
通过在同样的测定中使用许多不同的细胞类型来检测相同的化合物,可在用于人体检测前确定新的化合物的可能毒性的清晰概况。这将对新药开发的成本和速度产生显著影响,因为目前为止临床检测还是最昂贵的研究阶段。
(d)用于开发应用的特异性靶细胞
(1)多巴胺特异性神经元
组织特异性可逆转化还使得可以开发用于药物开发应用的特异性细胞类型。目前因为还无法获得天然的含靶细胞,所以经常在已被遗传操作以含有目的靶的细胞上检测新药。一个实例是多巴胺能神经元。许多神经活性药物是针对多巴胺受体的,例如三环抗抑郁剂或用于药物成瘾性的多巴胺重摄取抑制剂。本文公开了目的特异细胞类型(例如未被任意其他细胞类型污染的多巴胺能神经元)的无限量及可重复供给的可获得性。
(e)用于靶标验证的基因敲除
公开的方法和组合物,例如组织特异性可逆转化,以及靶标基因、同源重组,可使得特定基因缺失或被修饰的细胞发育。药物开发中的一个中心问题是治疗性靶标的验证。该测定法是用来确定当某具体蛋白质被药物阻断或激活时,实际上该蛋白质是否会显示出所希望的治疗效果。基因敲除或基因敲入小鼠常用于此应用(Zambrowicz,BP,etal.Nat.Rev.Drug Disc.2,38-51,2003)。如用本文公开内容产生的公开的细胞和细胞系将提供类似的体外验证的可能性。一个具体的实例是人类低密度脂蛋白受体的基因敲除。LDL受体被用作许多人类病毒包括人类乙肝病毒的进入通道。利用本文公开的细胞例如干细胞中的同源重组技术,可损害LDL受体基因,因此无法合成LDL受体蛋白。在这些细胞中使用组织特异性可逆转化,可形成无LDL受体的人类肝细胞。这些细胞可用于检查LDL受体在HBV感染中的作用。如果例如这些细胞不能被HBV感染,则可称该LDL受体为抗HBV疗法的验证有效的靶。可制定类似的策略以产生获得功能或丧失功能的突变体以用于其它目的。使用与上述相同的实例,LDL受体可在正常不表达该蛋白质的细胞中被激活。
(f)离体细胞疗法
(1)肝辅助装置
公开了基于本文公开的肝脏细胞系的肝辅助装置。美国每年完成的肝移植有大约5,000例。现在等待移植的名单上大约还有17,000例。每年等待移植的名单上的患者有大约1500例死亡。
目前还没有如同对于肾病患者的血液透析一样的支持已进入肝病末期的患者的方法。由于肝具有再生能力,该短暂的关键时期内的支持可使患者存活,直至可获得合适的器官,或者最好情况是用他们自己的肝。
在美国和英国已经开发了一种肝辅助装置并在动物以及52位患者身上进行了测试(Sussman,NL,et al.,(1992)Hepatology16,60-65;Sussman,NL,et al.,(1994)Artificial Organs 18,390-396;Millis,JM,et al.,(2002)Transplantation 74,1735-1746)。在此装置中,用实现肝的功能的人类肝脏细胞系填充中空纤维药筒(如同在肾透析中使用的一样)。通过乙酸纤维素纤维使该细胞与患者的免疫系统相分离。血液被泵过纤维的内腔,小分子经纤维扩散至细胞,它们在细胞中被适宜地代谢。该装置是安全的,虽然足够有力地证明其有效性的试验没有进行,但无对照的证据表明它能挽救生命。使用动物肝细胞的其他类似装置似乎也是有效的(Hui,T,etal.,(2001)J.Hepatobiliary Pancreat Surg.8,1-15)。
实际应用的问题出现于要装入装置中的肝细胞来源。为了具有有效性,每个装置需要大约200g细胞,即肝总质量的15%至20%。虽然肝细胞在体内具有再生能力,但它在培养物中即便是在该课题研究后几十年也不能进行任何程度的分裂。对于使用人类肝脏来供给用于支持装置的细胞,在开篇的段落中描述的统计量并不令人鼓舞。移植完全受到器官的限制。动物肝脏的使用可补给足量的细胞,但需要长期稳定地获取新器官,并且还出现了再生性和质量控制的问题。这个问题可通过应用人类肝脏细胞系来解决,该细胞系是无限增殖的并被冻存于细胞库中(Sussman,NL & Kelly,JH.(1995)ScientificAmerican:Science and Medicine 2,68-77)。这些细胞可为装置提供持续更新的可再生的无限补给。
不幸的是,由于这些细胞的肿瘤来源,它们在用于人类治疗时出现了许可性和调节的问题。由本文公开的组合物和方法生产的所公开的肝细胞可避开这一难题,因为在回复后它们就不再是细胞系。
(g)遗传匹配的细胞系
由于遗传干扰(noise)水平可被显著降低,遗传匹配的细胞系可用于基因表达研究和蛋白组学研究。
在所公开的细胞以前,使用培养物中的细胞来研究基因表达的一个主要缺点是这些细胞并不具有相同的遗传背景。在不同的个体中,不同组的基因以不同的水平表达。这取决于遗传和环境因素。而且,大多的培养物的细胞来源于肿瘤,根据定义,肿瘤为遗传异常的并通常含有多种倒位、重复以及完全重复或缺失的染色体。
从相同的干细胞中分离的一组细胞如同来自一个个体的组织样本。例如,来自肝和肠的细胞的遗传背景应是相同的。这就使得能够更为明确地确定基因和蛋白质的组织特异性表达,因为个体差异性被消除了。所公开的方法和组合物可用于从任意本文公开的细胞中生产具体细胞类型的遗传匹配的细胞,例如任意来源(例如任意唯一的个体)的干细胞。
(h)发育途径的鉴别和控制
如先前所述,转录因子联合作用以影响组织特异性的基因表达。公开的组合物和方法可用于鉴别激活了某些特异性针对给定细胞类型的基因的细胞时期。以肝细胞为例,清蛋白主要是成体肝细胞的产物。已知了一些调节它表达的转录因子。其中一个因子是C/EBP——参与中间代谢的许多基因的调节中的因子(Darlington,GJ,(1998)J.Biol.Chem.273,30057-30060)。例如在EG体系中使用C/EBP的启动子,可鉴定出激活该基因的细胞。其中之一是成肝细胞即肝细胞的前体。通过然后选择其表达调节C/EBP的基因,我们可循着发育途径逐步回溯至起点。
C.定义
除非在上下文中另外明确指明,说明书和随附的权利要求中所使用的单数形式的“一个”、“一种”和“该”包括复数指代对象。因此,例如,提及“一种药物载体”包括两种或更多种这类载体的混合物等等。
公开了用于制备所公开的组合物的组分,还公开了在本文公开的方法中使用的该组合物本身。本文公开了这些以及其他物质,应当理解的是在公开这些物质的组合、子集、相互作用和群组等的时候,尽管关于这些化合物的每种不同的个体和集体的组合和排列可能并未明确地公开,但每种都在此被特别地考虑和描述。例如,如果公开和讨论了一种具体的经修饰的ES细胞,并且讨论了可制成许多包括经修饰的ES细胞在内的分子的许多修饰物,则除非另外特别指明,经修饰的ES细胞和可能的修饰物的每种和各种组合和排列均得到特别地考虑。因此,如果公开了一类分子A、B和C,并且还公开了一类分子D、E和F以及组合分子A-D的实例,则即使没有每个逐一列举,每个也单独和共同得到考虑,意即A-E,A-F,B-D,B-E,B-F,C-D,C-E以及C-F等组合也被认为公开了。同样,这些分子的任何子集或组合也被公开了。因此,例如,A-E,B-F和C-E的子群被认为公开了。将这一概念适用于本申请的所有方面,包括但不限于,制备和应用公开组合物的方法中的步骤。因此,如果有多个其他步骤可以实施,应当理解的是,所述其他步骤的每一步都可以以所公开方法的任何具体实施方案或实施方案的组合来实施。
应当理解,本文公开了很多不同的组合物和方法步骤,本文所公开的每种组合物和方法的各种和每种组合和排列均被考虑并公开。例如,列举的转化性基因、启动子、细胞类型、重组酶的组合、经修饰的干细胞、标记、细胞特异性基因以及它们每个的单独的或总体的每种组合均被公开,由此提供了成千上万的具体实施方案和成组实施方案。只要公开了各列举和各部分,则即使不特别列举每一种组合,各组合也得到公开。
还应当理解,除非特别指出相反的情况,或者对于本领域技术人员而言应作相反的理解以外,若论述了一个具体实施方案,例如Ras转化性基因,则所有其他转化性基因由于该列举或实施方案也得到公开,同样对于本文所公开的每种组合物和方法而言也是类似的。
本文中范围可以表示为从“约”一个具体的数值,和/或至“约”另一个具体的数值。当表示为这种范围时,另一个实施方案包括从前述的一个具体的数值和/或至前述的另一个具体的数值。类似地,当通过在前面使用“约”将数值表示为近似值时,应当理解的是,该具体的数值构成另一个实施方案。应当进一步理解的是,该范围的每一个的端点既在与其他端点相关时具有意义,也在独立于其他端点时具有意义。还应当理解的是本文公开了许多数值,除了数值本身外每一个数值还被公开为“约”该具体数值。例如,如果公开了数值“10”,那么也公开了“约10”。还应当理解的是,当公开了一个数值时,“小于或等于”该数值,“大于或等于该数值”以及数值间可能的范围也得到公开,这正如本领域技术人员所恰当理解的那样。例如,如果公开了数值“10”,则也公开了“小于或等于10”以及“大于或等于10”。还应该理解,在通篇申请中,以各种不同的形式给出数据,并且该数据表示终点、起点以及各数据点的任意组合的范围。例如,如果公开了具体数据点“10”以及具体数据点15,那么应该理解大于、大于或等于、小于、小于或等于10和15同10和15之间的范围一起被公开了。还应当理解,两个具体单位间的每个单位也被公开了。例如,如果公开了“10”和“15”,那么11、12、13和14也被公开。
通篇所使用的“受试者”意为个体。因此“受试者”可包括,例如,驯养动物(例如猫、狗等)、牲畜(例如牛、马、猪、绵羊、山羊等)、实验室动物(例如小鼠、兔、大鼠、豚鼠等)、哺乳动物、非人类哺乳动物、灵长类、非人类灵长类、啮齿动物、禽类、爬行动物、两栖类、鱼以及任意其他动物。受试者可以是哺乳动物例如灵长类或人类。
“治疗”或“疗法”并不是指完全治愈。它是指减轻了存在的疾病的症状和/或减少了导致症状的一种或多种存在的细胞、生理或生物化学病因或机理。应当理解本文所使用的减轻是相对于疾病状况而言的,包括疾病的分子状况,而不仅仅是疾病的生理状况。
“减少”或减少的其他形式意为减少事件或特征。应当理解,它通常是相对于一些标准或期望值,也就是说它是相对的,但该标准或期望值并不总是必需被提及。例如,“减少磷酸化”意为减少相对于标准或对照产生的磷酸化的量。
“抑制”或抑制的其他形式意为阻碍或约束某具体特征。应当理解它通常是相对于一些标准或期望值,也就是说它是相对的,但该标准或期望值并不总是必需被提及。例如,“抑制磷酸化”意为阻碍或约束相对于标准或对照产生的磷酸化的量。
“阻止”或阻止的其他形式意为使具体的特征或状况停止。“阻止”不需要与对照比较,因为它通常比例如减少或抑制更绝对。正如本文所使用的,某些事(或物)可被较少但不被抑制或阻止,但某些事(或物)可被减少,也可以被抑制或阻止。应当理解,当使用减少、抑制或阻止时,除非另外特别指明,另两个词语也被表达公开了。因此,如果公开了抑制磷酸化,则减少和阻止磷酸化也被公开了。
术语“治疗有效的”意为所使用的组合物的量为改善疾病或病症的一种或多种病因或症状的足够量。所述改善只需减轻或改变而并不必须消除。术语“载体”意为一种化合物、组合物、物质或结构,其在与一种化合物或组合物联合时,基于预期目的或用途有助于或便于该化合物或组合物的制备、贮存、给药、送递、有效性、选择性或任意其他特征。例如,可选择一种载体以使活性成分的降解程度最小,并使受试者的任意不良副作用最少。
通篇申请的说明书和权利要求书中,词语“包括”和该词的变化形式,例如“包含”和“含有”意为“包括但不限于”,这意为不排除例如其他添加剂、组分、整数或步骤。
除非特别指明,本文所使用的术语“细胞”,是指个体细胞、细胞系、原代培养物或来源于这类细胞的培养物。“培养物”是指包含相同类型或不同类型的分离细胞的组合物。
细胞系是具体细胞类型的培养物,由于使得该细胞系“永生”了,因此该细胞系可无限繁殖。
细胞培养物是生长在例如琼脂的培养基上的细胞群。
原代细胞培养物是来自细胞或者直接取自活体生物的培养物,该培养物未被无限增殖化。
术语“前药”意在包括在生理条件下转变成治疗活性剂的化合物。制备前药的通常方法应包括选择在生理条件下可被水解以暴露出所需分子的部分。在其他实施方案中,前药可借助宿主动物的酶活性转变。
术语“代谢产物”是指将化合物引入例如患者的生物环境之后产生的活性衍生物。
在关于药物组合物的方面使用时,术语“稳定的”在本领域中通常理解为意为在指定贮存条件下一段规定时间段后活性成分的损失小于某量,通常为10%。认为组合物是稳定的所要求的时间是相对于每种产品的使用而言的,它是根据以下因素来规定的:在最终使用前的生产该产品的商业实践、维持其质量控制和检验、将其运送至批发商或直接至消费者(这期间它又维持在贮存状态)。包括安全性因素的几个月时间,药物的最短产品期限通常为一年,优选18个月以上。本文使用的术语“稳定的”是就市场客观实际和在易达到的条件例如2℃至8℃的冷藏条件下贮存和运输产品的能力而言的。
说明书以及最后的权利要求书中所提及的组合物或物品中具体成分或组分的重量份,表示该成分或组分和以重量份表示的该组合物或物品中的任意其他成分或组分间的重量关系。因此,在含有2份重量份的组分X和5份重量份的组分Y的配合物中,X和Y存在的重量比为2∶5,并且无论在该复合物中是否含有其他组分,它们均以该比例存在。
除非特别说明为相反的情况之外,组分的重量百分比基于包含了该组分的制剂或组合物的总重。
在本说明书和以下的权利要求书中,将会提及许多术语,定义它们的含义如下所述:
“任选的”或“任选地”意为随后所描述的事件或情况可以发生或可以不发生,以及该描述包括其中所述事件或情况发生的例子以及不发生的例子。
“引物”是能够支持一些类型的酶操作并可与靶核酸杂交从而使酶操作得以发生的探针亚类。引物可以由本领域可用的不干扰酶操作的核苷酸或者核苷酸衍生物或类似物的任意组合制得。
“探针”是能够与靶核酸相互作用的分子,通常是以序列特异性方式例如通过杂交相互作用。核酸杂交为本领域所熟知并在本文得到详述。通常探针可以由本领域可用的核苷酸或者核苷酸衍生物或类似物的任意组合制得。
在公开的方法中使用的核酸区段也可被称为核酸序列和核酸分子。除非上下文另外指明,所提及的核酸区段、核酸序列和核酸分子意在指可与任意其他核酸分离的或可掺入任意其他核酸的或为任意其他核酸的一部分的具有特定序列和/或功能的寡核苷酸或多核苷酸链。
在通篇申请中,参考了各种出版物。这些出版物的公开内容通过引用的方式全文纳入本申请,以便更充分地描述本发明所属领域的状况。基于倚赖参考文献的句子中所论述的包含在所述参考文献中的素材,因此在此还通过引用的方式将该参考文献单独地并特别地纳入本文。
D.制备组合物的方法
除非另有特别说明,本文所公开的组合物和实施所公开的方法所必需的组合物可使用本领域技术人员已知的任何用于制备该具体试剂或化合物的方法制备,。
1.核酸合成
例如,核酸诸如用作引物的寡核苷酸可用标准化学合成法制备或以酶学方法或其他已知方法生产。这类方法包括从先用标准的酶消化然后分离核苷酸片段(参见例如Sambrook et al.,Molecular cloning:A Laboratory Manual,2nd Edition(Cold Spring Harbor LaboratoryPress,Cold Spring Harbor,N.Y.,1989)Chapters 5,6)到完全的合成法,例如利用Milligen或Beckman System 1 Plus DNA合成仪(例如,马萨诸塞州伯林顿的Milligen-Biosearch的Model 8700自动合成仪,或ABI Model 380B)的氰乙基亚磷酰胺法。可用于制备寡核苷酸的合成法也在Ikuta et al.,Ann.Rev.Biochem.53:323-356(1984)(phosphotriester and phosphitetriester methods)和Naranget al.,Methods Enzymol.,65:610-620(1980)(phosphotriestermethod)中得到描述。蛋白质核酸分子可用已知的方法如Nielsen etal.,Bioconjug.Chem.5:3-7(1994))所述方法来制备。
2.肽合成
生产所公开蛋白质的一种方法是用蛋白质化学技术将两个或多个肽或多肽连在一起。例如,肽或多肽可使用当前可用的实验室设备用Fmoc(9-芴甲氧羰基,9-fluorenylmethyloxycarbonyl)或Boc(叔丁氧羰基,tert-butyloxycarbonyl)化学方法化学合成(AppliedBiosystems,Inc.,Foster City,CA)。本领域技术人员可容易地理解,与所公开的蛋白相应的肽或多肽例如可用标准化学反应合成。例如,一种肽或多肽可被合成并且不从其合成树脂上切割下来,而另一种肽或蛋白的其他片段可被合成并随后将其从树脂上切割下来,从而暴露在另一片段中被功能性封闭的末端基团。通过肽缩合反应,这两个片段可通过分别在其羧基和氨基末端的肽键共价连接以形成抗体或其片段。(Grant GA(1992)Synthetic Peptides:A User Guide.W.H.Freeman and Co.,N.Y.(1992);Bodansky M and Trost B.,Ed.(1993)Principles of Peptide Synthesis.Springer-Verlag Inc.,NY(上述文献中至少与肽合成相关的资料通过引用的方式纳入本文))。或者,如本文所述,肽或多肽可在体内独立合成。这些独立的肽或多肽被分离后,就可以通过类似的肽缩合反应被连接起来,从而形成肽或其片段。
例如,克隆的或合成的肽区段的酶连接反应使得相对较短的肽片段能够被连接起来以产生较大的肽片段、多肽或整个蛋白质结构域(Abrahmsen L et al.,Biochemistry,30:4151(1991))。或者,可应用合成肽的天然化学连接从较短的肽片段合成构建较大的肽或多肽。此方法包括两步化学反应(Dawson et al.Synthesis of Proteinsby Native Chemical Ligation.Science,266:776-779(1994))。第一步是无保护的合成肽-硫代酸酯与另一个包含氨基末端Cys残基的无保护的肽区段的化学选择性反应,产生硫酯连接的中间体作为初始共价产物。保持反应条件不变,此中间体经历自发的迅速的分子内反应,从而在该连接位点形成天然的肽键(Baggiolini M et al.(1992)FEBS Lett.307:97-101;Clark-Lewis I et al.,J.Biol.Chem.,269:16075(1994);Clark-Lewis I et al.,Biochemistry,30:3128(1991);Rajarathnam K et al.,Biochemistry 33:6623-30(1994))。
或者,无保护的肽区段可被化学连接,其中作为化学连接反应结果的于肽区段间形成的键是非天然的键(非肽键)(Schnolzer,M et al.Scierce,256:221(1992))。此技术已被用来合成大量具有完全生物活性的相对纯的蛋白质和蛋白质结构域类似物(deLisle Milton RC etal.,Techniques in Protein Chemistry IV.Academic Press,NewYork,pp.257-267(1992))。
3.制备组合物的方法
公开了制备组合物以及制备导致组合物的中间体的方法。例如,公开了由所公开的方法生产的细胞。可制备这些组合物的方法有多种,例如合成化学方法和标准分子生物学方法。应当理解,制备这些和其他所公开的组合物的方法被特别地予以公开。
公开了通过包括以操作性方式将包含本文所公开序列的核酸,和控制该核酸表达的序列连接的方法生产的核酸分子。
还公开了通过包括以操作性方式将包含具有本文所公开序列的80%同一性的序列的核酸分子,和控制该核酸表达的序列连接的方法生产的核酸分子。
公开了通过包括以操作性方式将包含在严格的杂交条件下可与本文所公开序列杂交的序列的核酸分子,和控制该核酸表达的序列连接的方法生产的核酸分子。
公开了通过包括以操作性方式将包含编码本文所公开肽的序列的核酸分子,和控制该核酸分子表达的序列连接的方法生产的核酸分子。
公开了通过包括以操作性方式将包含编码具有本文所公开肽的80%同源性的肽的序列的核酸分子,和控制该核酸分子表达的序列连接的方法生产的核酸分子。
公开了通过包括以操作性方式将包含编码具有本文所公开肽的80%同源性的肽的序列的核酸分子(其中肽序列的任何改变均为保守性改变),和控制该核酸分子表达的序列连接的方法生产的核酸。
公开了由用任意公开的核酸转化细胞的方法来生产的细胞。公开了由用任意非天然形成的公开的核酸转化细胞的方法来生产的细胞。还公开了由本文所述方法生产的不同的细胞的组合。还提供了由本文所述方法生产的细胞与其他细胞混合的组合。根据具体需求和应用,这些细胞可具有各种纯度。
公开了由表达所公开的任意核酸的方法生产的所公开的任意肽。公开了由表达公开的任意核酸的方法生产所公开的任意非天然形成的肽。公开了由表达所公开的任意非天然核酸的方法生产的公开的任意肽。
公开了由用本文公开的任意核酸分子转染动物体内的细胞的方法产生的动物。公开了由用本文公开的任意核酸分子转染动物体内的细胞的方法产生的动物,其中该动物为哺乳动物。还公开了由用本文公开的任意核酸分子转染动物体内的细胞的方法产生的动物,其中该哺乳动物为小鼠、大鼠、兔、牛、羊、猪或灵长类。
还公开了由将本文公开的任意细胞加至动物的方法产生的动物。
公开了通过用本文公开的核酸转化细胞的方法生产本文所公开的任意干细胞。还公开了通过本文所公开的方法生产的任意细胞,所述方法例如分离选择的特定的细胞类型和使用所公开的经修饰的干细胞的方法。
E.使用组合物的方法
1.将组合物用作研究工具的方法
所公开的组合物可以多种方式作为研究工具应用。
组合物可用作例如组合化学方案或其他筛选方案中的靶标,以分离出具有与具体细胞类型相关的所需功能属性的分子。
所公开的组合物可如本文所述地用作微阵列中的试剂或者用作探测或分析现有微阵列的试剂。所公开的组合物可用于分离或鉴定单核苷酸多态性的任何已知方法中。该组合物还可用于确定例如本文所公开的具体细胞类型中的具体基因的等位基因分析的任何方法中。该组合物还可用于与芯片/微阵列相关的筛选分析的任何已知方法中。该组合物还可用于利用所公开的组合物的计算机可读的具体形式的任何已知方法中,以例如研究关联性或进行与所公开组合物相关的分子模型分析。
2.基因修饰和基因断开的方法
公开的组合物和方法可用于针对任何可进行基因断开和经修饰的动物中的基因断开和修饰。基因修饰和基因断开是指围绕以用哺乳动物的种系来扩增经修饰的方式选择性移除或改变动物例如哺乳动物的染色体的基因或一段序列的方法、技术和组合物。一般而言,用被设计为可与例如如本文所述的细胞内所含的具体染色体的某区域同源重组的载体转化细胞。该同源重组的发生可产生具有例如在框架中引入的外源性DNA以及周围DNA(surrounding DNA)的染色体。此类型的方案使得可以将特异性很高的突变例如点突变引入该细胞所含的基因组内。本文公开了进行此类型的同源重组的方法。类似地,干细胞例如多潜能干细胞可用于敲除基因以产生转基因动物,此细胞可用于本文所述的方法中以产生可在多种测定中与动物进行比较的细胞系。
在哺乳动物细胞中进行同源重组的一个优选特征是该细胞应能够被培养,因为发生所需重组的频率很低。
通过本文所述方法产生该细胞后,则可由此细胞通过干细胞技术或克隆技术产生动物。例如,如果核酸被转染进入的细胞为该器官的干细胞,在转染和培养后该细胞可用于产生包含种系细胞中的基因修饰或基因断开的器官,然后所述细胞又可用于产生在所有细胞中都具有该基因修饰或断开的另一只动物。在用于产生所有其细胞中都含有该基因修饰或断开的动物的其他方法中可使用克隆技术。通常这些技术取转染细胞的细胞核,并通过融合或置换将转染的细胞核与之后可操作的卵母细胞融合以产生动物。使用克隆技术代替ES技术的方法的优势在于不是ES细胞的细胞可被转染。例如成纤维细胞,非常易于培养,可用作被转染的并发生基因修饰或断开的细胞,然后从该细胞获得的细胞可用于克隆整个动物。
F.具体实施方案
公开了含有核酸区段的多潜能干细胞,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制原件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养多潜能干细胞而生产的分化细胞,其中该多潜能干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了一种方法,该方法包括将分化细胞导入受试者,其中分化细胞是通过在转录控制因子被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养多潜能干细胞而产生的,其中该多潜能干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记为转化剂。
还公开了测定组合物毒性的方法,该方法包括将组合物与分化细胞共同培养以及对分化细胞测定毒性效应,其中该分化细胞是通过在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养多潜能干细胞来产生的,其中该多潜能干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中所述标记包括转化剂。
还公开了测定化合物毒性的方法,该方法包括将该化合物与分化细胞共同培养,以及对分化细胞测定毒性效应,其中该分化细胞是通过在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养多潜能干细胞来产生的,其中该多潜能干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了测定组合物对细胞的目标效应的方法,该方法包括将组合物与分化细胞共同培养,以及对分化细胞测定目标效应,其中该分化细胞是通过在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养多潜能干细胞来产生的,其中该多潜能干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了测定化合物对细胞的目标效应的方法,该方法包括将化合物与分化细胞共同培养,以及对分化细胞测定目标效应,其中该分化细胞是通过在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养多潜能干细胞来产生的,其中该多潜能干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了从干细胞的产生分化细胞的方法,该方法包括在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养干细胞,从而获得分化细胞,其中该干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂,其中I为异源核酸序列。
还公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,该方法包括在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达,的条件下培养干细胞,从而获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型,其中该干细胞含有核酸区段,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂,其中I为异源核酸序列。
还公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,该方法包括用包含P-I结构的核酸区段转染干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂;在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养干细胞,从而获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型。
还公开了从干细胞获得分化细胞的方法,该方法包括用包含P-I结构的核酸区段转染干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂;以及在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养干细胞,从而获得分化细胞。
还公开了从干细胞获得分化细胞的方法,该方法包括用包含P-I结构的核酸区段转染干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列;以及在转录控制元件被激活而使I被优势表达或选择性表达的条件下培养干细胞,其中转录控制元件被激活的条件为干细胞分化的条件,从而获得分化细胞。
还公开了含有包含P-I结构的核酸分子的多潜能干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。还公开了通过从干细胞切除一种核酸而产生的细胞,其中该干细胞含有包含P-I结构的核酸分子,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了从干细胞获得有条件地永生的细胞群的方法,包括用含有权利要求1中所述的一种P-I核酸分子的构建体转染干细胞;在转录控制元件P被激活而使I被优势表达或选择性表达的环境中培养该干细胞;以及选择表达I的细胞类型。
还公开了从干细胞获得有条件地永生的细胞群的方法,包括用含有权利要求1中所述的一种P-I核酸分子的构建体转染干细胞;在转录控制元件P被激活而使I被优势表达或选择性表达的环境中培养该干细胞;以及选择表达I的细胞类型。
还公开了获得有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有一种P-I核酸分子的构建体转染多潜能干细胞;激活控制元件P而使I被优势表达或选择性表达;选择表达I的细胞类型,以及;切除含有P-I核酸分子的构建体;将所选择的构建体与一种环境接触使得先前含有包含P-I核酸分子的构建体的核酸的末端重组;以及冷冻选择的细胞类型。
还公开了获得细胞培养物的方法,包括用含有一种P-I核酸分子的构建体转染多潜能干细胞;将干细胞与一种环境接触以使转录控制元件P被激活并且使I优势表达或选择性表达;以及,培养表达I的细胞;其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了含有包含P-I结构的核酸分子构建体的多潜能干细胞,其中P为组织特异性转录控制元件,P使得I优势表达或选择性表达,I为温度许可性无限增殖因子。
还公开了含有包含X-P-I-X结构的核酸分子构建体的多潜能干细胞,其中P为组织特异性转录控制元件,P使得I优势表达或选择性表达,I为温度许可性无限增殖因子,X为位点特异性切除序列。
还公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有核酸分子构建体P-I的构建体转染多潜能干细胞;将该细胞与一种环境接触以使转录控制因子被激活并使I优势表达或选择性表达;选择表达I的干细胞来源的细胞类型;以及,克隆和冷冻所选择的细胞类型;其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有核酸分子构建体X-P-I-X的构建体转染多潜能干细胞;将该细胞与一种环境接触以使转录控制因子被激活并使I优势表达或选择性表达;选择表达I的干细胞来源的细胞类型;以及,克隆和冷冻所选择的细胞类型;其中X为位点特异性重组位点,P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,包括用含有权利要求11所述的核酸分子构建体X-P-I-X的构建体转染多潜能干细胞;将该细胞与一种环境接触以使转录控制因子被激活并使I优势表达或选择性表达;选择表达I的干细胞来源的细胞类型;切除含有P-I核酸分子的构建体;以及,克隆和冷冻所选择的细胞类型;其中X为位点特异性重组位点,P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中该标记包括转化剂。
还公开了治疗患者的方法,包括移植来源于干细胞的细胞类型。还公开了治疗患者的方法,包括移植来源于干细胞的细胞类型。还公开了测定组合物毒性的方法,包括将组合物与来源于干细胞的细胞共同培养。
该核酸区段可以是异源核酸区段。该核酸区段可以是外源核酸区段。所述标记可以是异源的。I可以是异源核酸序列。P和I可以包含于相同的载体中。P和I可以包含于不同的载体中。该核酸区段还可包括自杀基因。P可以是组织特异性转录元件。P可以是细胞类型特异性转录控制元件。P可以是细胞谱系特异性转录控制元件。P可以是细胞特异性转录控制元件。P可使得I优势表达或选择性表达。
所述标记包括温度许可性无限增殖因子。转化剂可以是温度许可因子。I可包括SV40大T抗原.该核酸区段侧翼可有位点特异性切除序列。I侧翼可有位点特异性切除序列。P侧翼可有位点特异性切除序列。该核酸区段还可包括X,其中X可以是位点特异性切除序列,其中X位于P-I侧翼,其中该核酸区段包含X-P-I-X结构。该核酸区段可在X处被切除。X可以是loxP位点。
转录控制元件可被激活的条件可为干细胞分化的条件。干细胞可在转录控制元件被激活的条件下分化。可通过使得干细胞自发分化为类胚胎体来激活转录控制元件。所述核酸区段可从分化细胞中切除。可用腺病毒介导的位点特异性切除法将该核酸区段切除。可用重组酶将该核酸区段切除。所述重组酶可以是Cre。该核酸区段的切除导致该核酸区段可被切除的该核酸分子的重组。
I的表达的效果可被逆转。I的表达的效果可为分化细胞的转化,其中I的表达的效果的逆转可为分化细胞转化的逆转。可通过表达显性负性转化剂逆转I的表达的效果。可通过切除所述核酸区段逆转I的表达的效果。分化细胞可以是肝细胞。分化细胞可以是干细胞来源的有条件地永生的细胞。
分化细胞可通过将分化细胞给予受试者而导入。分化细胞可通过将分化细胞移植至受试者体内而导入。转录控制元件可被激活的条件可以是干细胞分化的条件。干细胞可在转录控制元件被激活的条件下分化。转录控制元件可通过使得干细胞自发分化成类胚胎体而被激活。
所述方法还可包括选择表达I的细胞。该方法还可包括增加表达I的细胞的纯度。增加纯度可包括形成克隆的或半纯化的细胞群。该方法还可包括切除核酸区段。该方法还可包括克隆分化细胞。该方法还可包括培养分化细胞。该方法还可包括冷冻分化细胞。该方法还可包括将目的基因加至所选的细胞。该方法还可包括切除核酸区段;以及冷冻所选择的细胞。当所述核酸区段被切除时,先前含有该核酸区段的核酸的末端可重组。该方法还可包括培养表达I的细胞。该方法还可包括克隆所培养的表达I的细胞。该方法还可包括将分化细胞导入受试者。
分化细胞可通过将分化细胞给予受试者而导入。分化细胞可通过将分化细胞移植至受试者体内而导入。该方法还可包括将组合物与分化细胞一同培养,以及对分化细胞测定毒性效应。该方法还可包括将化合物与分化细胞一同培养,以及对分化细胞测定毒性效应。该方法还可包括将组合物与分化细胞一同培养,以及对分化细胞测定目标效应。该方法还可包括将化合物与分化细胞一同培养,以及对分化细胞测定目标效应。该方法还可包括通过选择标记来选择分化细胞。该方法还可包括筛选出鉴定为表达标记的分化细胞。干细胞可在转录控制元件被激活的条件下分化。转录控制元件可通过使得干细胞自发分化为类胚胎体而被激活。
所述标记可由异源核酸表达。该核酸还可包括自杀基因。P可以是组织特异性转录控制元件。P可使得I优势表达或选择性表达。无限增殖因子可以是温度许可性因子。I可包括SV40大T抗原。所述核酸分子侧翼可有位点特异性切除序列。I侧翼可有位点特异性切除序列。P侧翼可有位点特异性切除序列。P-I侧翼可有位点特异性切除序列X而形成X-P-I-X。可使用腺病毒介导的位点特异性切除将包括P-I结构的核酸分子切除。包括P-I结构的核酸分子的切除可导致未切除的核酸分子重组。
所述方法还可包括增加表达I的细胞群纯度。增加纯度可包括形成克隆的或半纯化的细胞群。该方法还可包括切除所述核酸。该方法还可包括冷冻所选择的细胞类型。该方法还可包括将目的基因加至所述细胞群。控制元件P的激活可包括使得干细胞培养物自发分化为类胚胎体。该方法还可包括克隆所培养的表达I的细胞。
P-I可被切除。P-I可通过腺病毒介导的位点特异性切除法在X处被切除。P-I的切除使得先前含有包含P-I核酸分子的构建体的核酸重组。P和I可包含于相同的载体中。P和I可包含于不同的载体中。
G.实施例
提出下面的实施例以提供给本领域普通技术人员关于如何制得和评估本申请所要求保护的化合物、组合物、物品、装置和/或方法的完整公开和描述,并且这些实施例是纯粹为示例性的而不非依在限制所公开的内容。已努力确保关于数字方面(如数量和温度等)的准确性,但是某些误差和偏差是可以解释的。除非另有说明,份数是重量份数,温度以℃计或者处于环境温度,压力为大气压或者接近大气压。
实施例1-利用激活的/显性负性转化基因对进行人类肝细胞细胞系的鉴定
利用激活的和显性负性转化基因的连续表达对始于人类EG细胞的人类肝细胞系的鉴定可如下所述地进行。可用含人类乙肝病毒核心启动子/增强子(SEQ ID NO:1)驱动激活的H-RAS基因(SEQ ID NO:2)的构建体转染人类EG细胞,该构建体任选还含有蜕皮激素可诱导的基因开关启动子(SEQ ID NO:3)驱动的显性负性H-RAS基因(SEQ ID NO:4)(Sandig et al.,(1996)Gene Therapy 3,1002-1009;Saez et al.,(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.97,14512-14517)。激活的H-RAS基因可在EG细胞分化后被转录。转化的肝细胞可在软琼脂中分离、克隆、增殖和冷冻。将培养物以低密度铺板,然后用松甾酮A处理以诱导显性负性RAS并逆转转化。细胞如预期地生长停滞于汇合密度以下。由产生的清蛋白、可证实cyp1A和cyp3A为肝细胞。
可使用pHBV-aRAS和ACTEG1细胞进行这种转化以生成可被从类胚胎体中识别的肝细胞系。
a)方法
(1)质粒
如图2所示的质粒pLS-RAS含有驱动激活的H-Ras转录的来自乙肝病毒的启动子增强子以及驱动显性负性H-Ras的蜕皮激素可诱导的启动子。含有Ras的质粒可获自Upstate,Inc.。激活的Ras质粒和显性负性Ras质粒均可用Bg1 II和BamHI消化以移除CMV启动子增强子。通过PCR扩增可从pEco63(ATCC)分离出对应于人类乙肝病毒1610至1810核苷酸的序列。该区段可连接至Bg1 II/BamHI酶切的、含有激活的Ras的质粒,以形成pHBV-Ras(图2)。当需要成为构建体的一部分时,对应于pEGSH(Stratagene,在Salk Institute许可下)的蜕皮激素可诱导的启动子的序列可通过PCR扩增获得,并可连接至Bg1II/BamHI酶切的、含有显性负性Ras的质粒以形成pEcdys-Ras(图2)。
含有蜕皮激素可诱导的启动子、显性负性Ras和polyA添加位点的序列可通过PCR从pEcdys-Ras扩增。质粒pLS-Ras可通过下述方法构建:将线性化pHBV-Ras用SspI消化,再将PCR扩增产物平端连接到氨苄青霉素抗性基因和HBV启动子和增强子之间。
(2)细胞培养
人类EG细胞系ACTEG1可在含15%Knockout血清替代物的Knockout DMEM(均来自Invitrogen)中的小鼠STO饲养层上培养,所述培养基添加了如下列文献所述的用于其他EG细胞系的谷氨酰胺、巯基乙醇、非必需氨基酸、毛喉素或LIF、碱性成纤维生长因子和白血病抑制因子(美国专利5,690,926、5,670,372和5,453,357,deMiguel and Donovan,(2002)Meth.Enzymol.365,353-363)。可通过电穿孔将pHBV-aRAS转染至ACTEG1(人类生殖嵴来源干细胞,它为多潜能干细胞)中,以实现从EG细胞系中分离特定细胞系。可在基质胶平板上选择G418抗性的集落。将会选择出ACTEG-RAS以用于进一步研究。
为了诱导分化,可从基质胶包被的平板上将细胞取出,并可通过悬滴培养形成聚集体。两天后可收集类胚胎体并重铺于未包被的培养皿中进行细胞培养。每两天再饲养细胞一次。在第12天时可收集EB,并将其悬于含有含5%精制小牛血清的Amphioxus Cell TechnologiesMed3的软琼脂中。一周内在琼脂中即可见集落。可挑选集落,将其分散于5%血清的Med中并将其铺于24孔板中。可自大多类胚胎体形成转化的集落。这些集落为肝细胞标记例如cyp1A和cyp3A阳性。
可测定来自汇合的培养物的培养基中产生的清蛋白。细胞可用胰蛋白酶消化并使用血细胞计数器计数。然后将细胞悬于足够的细胞培养基中使得悬液中的细胞密度近似为每毫升3个细胞。然后可将悬液等分于96孔板的孔中,每孔200微升。得到的培养物每孔少于1个细胞。通过此方式,显现的集落已知由单个细胞产生。这样就确保了该克隆群具有同种遗传背景。
同样的克隆步骤可用于从混合的群中分离特定细胞类型的细胞。如果软琼脂中产生的集落为混合谱系的,如上所述地克隆细胞可将它们分为各自同质的群体。然后可通过任意的多种机制检查这些克隆中的目的细胞类型。通常的方法可在培养上清液中测量已知的分泌蛋白质。例如,对肝细胞集落分析时可测量清蛋白。鉴定特定细胞类型的其他方法为形态学目测检查,用特异性针对该细胞类型产生的蛋白质的抗体进行染色,或测量由该细胞类型产生的特定RNA。
(3)基因开关感受系(gene switch competent line)的产生
为了产生基因开关感受系,可利用电穿孔用pERV3(StratageneCorp)转染ACTEG1细胞以插入蜕皮激素受体。该质粒pERV3(或来自Invitrogen的pVgRXR)编码蜕皮激素敏感启动子的表达所必需的杂交体蜕皮激素受体。在基质胶包被的平板上选择潮霉素抗性的集落。将会选择出ACTEG1-Hyg1用于进一步研究。如果使用pVgRXR,则选择Zeocin抗性的集落。可选择出ACTEG1-Zeo1用于进一步研究。关闭转化基因后可产生细胞系的凋亡。(Hilger,RA,et al.,(2002)Onkologie 25,511-518)。由于可使用不同的激素浓度调节或滴定所产生的显性负性的量,因而蜕皮激素启动子系统可抑制凋亡。
若使用pERV3,则可利用电穿孔用pLS-Ras转染ACTEG1-Hygl。可选择并扩增G418抗性的集落。可选择出ACTEG1-Hyg。若使用pVgRXR,则可利用电穿孔用pLS-Ras转染ACTEG1-Zeo1。可选择并扩增G418抗性的集落。可选择出ACTEG1-ZeoNeo(AZN)。
为了诱导分化,将细胞从基质胶包被的平板中取出,通过悬滴培养形成聚集体。两天后,可收集类胚胎体并重铺于未包被的培养皿中进行细胞培养。每两天再饲养培养物一次。在第12天时可收集EB,将其悬于含有含5%精制小牛血清的Amphioxus Cell TechnologiesMed3的软琼脂中。一周内琼脂中即可见集落。可挑选集落,将其分散于含5%血清的Med3中,并将其铺于24孔板中。
可测定来自汇合的培养物的培养基中产生的人类清蛋白。集落应是阳性的。可通过有限稀释,在96孔板中选择和克隆几种培养物。ACTHep1至ACTHep6的细胞系可在75cm2的平板中生长至汇合,用胰蛋白酶消化并冷冻于可控速度的冷冻机中,然后在液氮的蒸汽相中贮存。
可进一步对ACTHep1-6进行表征。可如上所述使各管解冻并在含5%血清的Med3中铺板。可扩增细胞,然后以每孔10,000细胞的密度将细胞铺于96孔板中。过夜培养后,可将培养基更换为含5%血清以及10μM松甾酮A的Med3。再过24小时后,细胞生长终止,并停滞于汇合密度以下。选择具有立方形外观且具有明显核的肝细胞。可由产生清蛋白、乙氧基试卤灵(ethoxyresorufin)代谢为试卤灵(resorufin)(cyp1A活性)以及由睾酮形成6-β羟基睾酮(cyp3A活性)来确认肝细胞(Kelly,JH,Sussman,NL(2000)J.Biomol.Scr.5,249-253)。
实施例2-利用CRE/lox重组而回复的人类肝细胞系的鉴定
通过激活转化基因的组织特异性表达,然后用Cre重组酶切除,可鉴定人类肝细胞系。人类生殖嵴来源干细胞可用含驱动激活的H-RAS基因(侧翼有loxP位点)的人类乙肝病毒启动子/增强子转染。可如上所述地分离肝细胞谱系的细胞系。可用表达Cre重组酶的质粒转染细胞以切除激活的癌基因。Cre重组酶处理的细胞会停止分裂并表达分化的肝细胞的标记,例如清蛋白的产生、cyp1和cyp3的表达。
a)方法
(1)质粒
肝细胞特异性选择质粒pHBV-aRas如上所述可用于通过插入合成的loxP寡聚体(SEQ ID NO:5和6)构建ploxHBV-aRas。SspI可用于将pHBV-aRas在氨苄青霉素抗性基因和HBV启动子/增强子之间线性化。寡聚体5’ATT ATA ACT TCG TAT AAT GTA TGC TAT ACG AAG TTA T3’(SEQ ID NO:5)可被连接以在5’侧以重构Ssp1位点。然后可用BbsI使该质粒线性化,寡聚体5’ATA ACT TCG TAT AAT GTA TGC TAT ACG AAGTTA TGA AGA C3’(SEQ ID NO:6)可被连接以在3’侧以重构BbsI。得到的质粒ploxHBV-aRas示于图4。
(2)细胞培养
如上所述培养人类EG细胞系ACTEG-1。采用电穿孔将质粒ploxHBV-aRas转染至ACTEG-1中,利用G418选择集落。
如上所述可在软琼脂中的分化以及选择之后分离肝细胞。细胞系Heplox1至Heplox6可被扩增和冷冻。
可扩增Heplox1。以10,000个细胞/cm2的密度将细胞铺于含5%精制小牛血清的Med3中。含有在CMV启动子控制下的Cre重组酶基因的质粒pBS185可通过电穿孔被导入至Heplox1中。两天后,大量的细胞应停止分裂。如上所述测定培养物中清蛋白的产生以及cyp1A和cyp3A的活性。
ploxHBV-aRas的切除效率不可能是100%。随着培养时间增加,未被切除转化质粒的集落可能会变得明显。可采用其他策略例如在丙氧鸟苷(gancyclovir)中的二次选择,以获得被切除的细胞的100%选择。单纯疱疹病毒胸苷激酶赋予人类细胞对丙氧鸟苷的敏感性。若HSV-TK基因被包括在初始选择质粒中,则保留了该质粒的细胞会在存在丙氧鸟苷时死亡。通过使用CRE重组酶逆转转化,然后在丙氧鸟苷中培养,则只有缺失了ploxHBV-aRAS的细胞才会存活。转化是可逆转的。待检测的特征可为细胞抑制在低于汇合的密度,肝特异性特征的表达的放大。可通过PCNA和BrdU染色进行细胞分裂的测量;可进行清蛋白ELISA、产生乙氧基试卤灵代谢、二苄基荧光素的代谢。
实施例3-利用温度敏感的转化基因对人类肝细胞系的鉴定。
利用组织特异性启动子和温度敏感的转化基因的表达可进行人类肝细胞系的鉴定。可用含有驱动温度敏感性激活的RAS基因(SEQ IDNO:7)的人类乙肝病毒启动子转染人类生殖嵴来源多潜能干细胞(DeClue et al.,(1991)Mol.Cell.Biol.11,3132-3138)。类胚胎体在37℃分化12天后,可将集落分散于软琼脂中并在32℃培养。如上所述可分离肝细胞谱系的细胞。当将这些细胞重铺板并调至39℃时,它们停止分裂并表达人类肝细胞的标记,例如清蛋白、cyp1A和cyp3A.
(a)方法
(1)质粒
通过寡核苷酸定向诱变(Promega)可将aRAS的丝氨酸39突变为Cys39。通过EcoRI可将激活的RAS从pHBV-aRAS中切除并将其亚克隆至可选择的质粒pALTER1中。寡核苷酸5’-GAATACGACCCCACTATAGAGGATTGCTACCGGAAGCAGGTGGTCATTGAT-3’可用于将丝氨酸39变为半胱氨酸39(SEQ ID NO:8)。可通过抗生素选择使得适宜的质粒留存,并就该插入物对质粒测序以确保准确性。可用EcoR1将突变的aRAS(现称为tsaRAS)从pALTER中切除,并插入EcoR1切割的pHBV-aRAS中以产生pHBV-tsaRAS。
(2)细胞培养
可如上所述地培养人类生殖嵴来源多潜能干细胞系ACTEG-1。采用电穿孔转染质粒pHBV-tsaRAS,可选择G418抗性的集落。在如上所述的分化后,在32℃培养软琼脂板以分离转化的人类肝细胞系。可分离、克隆和冷冻ACTtsHepl至6。选择ACTtsHepl用于进一步表征。于32℃培养的细胞可用胰蛋白酶消化,以10,000个细胞/cm2铺板,然后在39℃下培养。两天内细胞停止分裂,停滞于汇合密度以下,并表达人类肝细胞标记例如清蛋白、cyp1A和cyp3A。
可利用可逆转化基因的组织特异性表达来选择多种细胞类型。利用RAS或一些其他转化基因可实现几种其他细胞类型的分离。分离的细胞的分析可包括分析被选择的细胞类型的特征标记的表达。
实施例4-在中空纤维生物反应器中培养本文所公开的一种肝细胞系,以形成肝辅助装置的基础
a)方法
基本按Amphioxus Cell Technologies中所述的人类肝脏细胞系HepG2/C3A的培养法在中空纤维生物反应器中培养ACTHep1和ACTtsHep1(Sussman et al,Hepatology 16,60-65,1992)。简而言之,用含血清的培养基在滚瓶中培养细胞。各含有约1g细胞的两瓶细胞用胰蛋白酶消化,悬于50ml培养基中,并接种至中空纤维药筒的毛细管外侧。将这些药筒保持在自动系统例如Cellex Maximizer系统中。接种后,可将这些药筒在含胰岛素的无血清培养基中培养约两周,在此期间它们增殖至充满培养空间。每天监测葡萄糖的消耗和清蛋白的产生,每天葡萄糖的消耗在约12g时达到峰值,每天产生超过1g的人类清蛋白(Kelly,(1997)IVD Technology 3,30-37)。
对于这些装置中的HepG2/C3A,它们复制肝特异性生物化学的能力已得到全面的表征。对装有ACTHep1和ACTtsHep1细胞系的装置可进行类似的分析。可从诸如生长曲线和培养基消耗的速度的基础指标开始这些研究。人们可确定它们与肿瘤来源的细胞系有多少相似。例如,HepG2/C3A可基本上无限期地保持在这些装置中。对于肿瘤来源的细胞系有一点是清楚的,当细胞死亡被新细胞所替代时就确立了某种稳定状态。可测定达到稳定状态所需的ACTHep1细胞的量,并且,由于细胞不是转化的细胞而且在回复后不会在装置中无限分裂,因而可添加新的细胞。可测定这些装置通过产生尿素代谢氨,代谢药物例如利多卡因、咖啡因和咪达唑仑,从丙酮酸和乳酸合成葡萄糖以及产生血清蛋白质例如清蛋白、运铁蛋白和IX因子的能力。
实施例5-一组用于毒理学检测的包含多种组织类型的匹配细胞系的产生
(a)方法
以上构建的质粒可构成选择新细胞系的基础。为合适的组织选择组织特异性启动子/增强子,然后将其拼接入质粒以取代HBV序列。可具代表性的组织包括例如肝、肾、心、脑、肌肉和肠。这涉及到多种细胞类型,例如对于脑就可选择几种细胞系,例如神经元、少突胶质细胞等。这些细胞的每一种可例如由相同的多潜能细胞系产生,例如从如上所述的人类EG细胞系ACTEG1产生。因此,这组细胞具有相同的基因型,提供了多种优势。
实施例6-体外免疫系统(IVIS)的产生
单克隆抗体(MAB)技术在25年多前就由Kohler和Milstein开发了(Kohler and Milstein,(1975)Nature 256,495-497)。然而,治疗应用的MAB仍相对很少。主要原因是小鼠单克隆抗体被识别为外源物质,因此作为治疗剂而言具有很短的有效寿命。目前市场上的MAB是通过向抗体基因中引入突变而被“人源化”的,所述突变是用人类抗体中存在的氨基酸替换小鼠的那些氨基酸。
全人抗体的生产目前被多个问题所阻碍。将抗原注射至小鼠,然后几天后取其脾,与小鼠骨髓瘤融合以无限增殖化,从而产生小鼠单克隆抗体。将抗原注入人体通常不可行,在少许的此类尝试的示例中也以失败而告终。此外,目前技术上还不允许取人类的脾,因而需要使用外周血细胞。最后,合适的人类骨髓瘤非常难以分离。
IVIS可通过将整个人类抗体产生系统移至试管中而避开了这些问题。从本文所述的干细胞开始,可产生例如多潜能干细胞或EG细胞、匹配的T细胞、B细胞和巨噬细胞系。可选择B和T细胞,使其处于适宜分化时期以使其适于被抗原免疫。由于三个细胞系是由相同亲代系发育而来,它们应具有相同的遗传背景,极其类似于人类自身的免疫系统。细胞可彼此识别并以复合的相互协作的方式作用以刺激B细胞增殖和抗体合成。因为该分离步骤可使B细胞有条件地无限增殖,所以可分离该产生抗体的细胞,之后可按从实验室级别至生产级别的任意所需量生长。
(a)方法
(1)质粒
每种必需的质粒可从pLS-RAS构建而得,含有活性ras和显性负性ras。对于B细胞的选择,pB-RAS可通过首先用BamH1切除HBV启动子/增强子来构建。人类免疫球蛋白重链启动子可连接至该位点以形成pB-RAS。对于T细胞的选择使用前T细胞启动子(pT-RAS),对于巨噬细胞的选择使用人类CHI 3L1基因启动子,从而制得类似的构建体。指导B、T和巨噬细胞系的分化所需的骨髓间质细胞系可用来自骨髓间质细胞抗原1(BST1)基因的启动子来选择。
(2)骨髓间质细胞的选择
可将BST1启动子连接至Bam/Bg1 II酶切的pLS-RAS中以制得pBST-RAS。可将它转染至ACTEG-1中,并可通过EB的形成启动分化。在EB形成后5天产生所得的骨髓间质细胞系ACT-BMST1(Kramer et al,Meth.Enzymol.365,251-268,2003),可通过BST1的表达进行表征。
(3)B细胞的选择
B细胞可从ACTEG-1发育而来。可如上所述地将质粒pB-RAS转染至干细胞中。可如文献中所述地启动B细胞由转染干细胞系的分化(Cho,SK,Zuniga-Pflucker,JC Meth.Enzymol.365,158-169,2003)。人类ACT-BMST1可代替小鼠OP9间质细胞系。人类Ig重链可用于选择任意发育时期的B细胞。可就Ig轻链的产生对几种细胞系进行表征以分离适宜发育时期的B细胞。
(4)T细胞选择
T细胞可通过含前T细胞受体启动子的质粒的转染而从ACTEG-1发育而来。分离此干细胞系后,可如文献中所述地进行T细胞分化(Schmitt et al.Nat.Immunol.5,410-417,2004)。ACT-BMST1可代替小鼠OP9间质细胞系。成熟T细胞可通过CD4和CD8抗原的表达来进行表征。
(5)巨噬细胞的选择
人类巨噬细胞系可通过含驱动ras的CHI 3L1基因启动子的质粒的转染而从ACTEG-1发育而来。第6天的类胚胎体中有大量的巨噬细胞集落(Kennedy and Keller,Meth.Enzymol.365,39-59,2003)。
(6)体外免疫系统
每个各自的细胞系均可被克隆、表征和冷冻。可在24孔板中的匹配的ACT-BMST1系上培养无限增殖的、匹配的B、T和巨噬细胞系。两周内每三天可将抗原与新鲜的细胞培养基一起加入。两周内每次加入培养基时,可通过酶联免疫测定法测定上清液中抗原特异性抗体的存在。检测到抗体后,可稀释并克隆孔中的各细胞。经过验证后,就可从每个B细胞克隆中继续产生抗体。可将表达适宜抗原的克隆冷冻用于进一步表征或者生产。
实施例7-人类胚胎生殖细胞系Hay1的建立
采用Matsui等人((1992)Cell 70,841-847)所述的技术建立人类EG系。简而言之,从10周的男性胚胎中解剖出生殖嵴,用胰蛋白酶-EDTA解离,并铺于辐照STO饲养层上。可用添加了非必需氨基酸和β-巯基乙醇、60ng/ml人类干细胞因子(SCF)、10ng/ml人类白血病抑制因子(LIF)和10ng/ml人类碱性成纤维生长因子(FGF)的含15%胎牛血清的DMEM每天饲养细胞。在第5天,对两个培养瓶中的一个进行碱性磷酸酶染色。观察到许多阳性细胞。在第6天,细胞用胰蛋白酶-EDTA传代,并以1分4的方式分至新鲜的辐照STO层上。重复该过程,每次传代均进行碱性磷酸酶染色。在第5代时,使用可控速度的冷冻机,将几小管细胞冷冻于15%胎牛血清以及10%二甲基亚砜的DMEM中。此后该细胞在丝裂霉素C处理过的STO饲养层上常规传代。
(a)Hay1的特征
如下所述,饲养层上以及塑料上的Hay1细胞如同与迁移的原始生殖细胞类似的延长细胞一样生长(Shamblott et al.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.95,13726-13731;Turnpenny et al.(2003)StemCells 21,598-609)。Hay1显示出的形态与Turnpenny等人所述的细胞相同。除了碱性磷酸酶,细胞还对SSEA-1、TRA1-60以及TRA1-80染色呈阳性。人类EG细胞不同于人类ES细胞的一个特征是表达SSEA-1。核型的确定以及多组织肿瘤的形成正在进行中。当转用低贴壁塑料且无饲养物或激素添加物时,它们易形成囊状类胚胎体。当将这些类胚胎体重铺于组织培养塑料上时,细胞表现出显著不同的形态以及丧失碱性磷酸酶的表达。
(b)在确定的条件下的Hay1的培养
饲养层的使用使得干细胞在多方面的应用中的用途变得复杂。饲养层的使用显著提高了标准体外毒性测定例如MTT或刃天青还原中的背景,使得结果混淆。Hay1可在确定的条件下常规生长。标准培养基由KO-DMEM、15%KO血清替代物、谷氨酰胺、非必需氨基酸、β-MeSH、10ng/ml制瘤素M、10ng/ml SCF和25ng/ml bFGF组成。使用该培养基,Hay1持续表达上文所列举的标记并且约每3至4天倍增。这比它们在饲养层上的倍增稍慢。
(c)Hay1表达Oct4和Nanog
表面标记和碱性磷酸酶是对于干细胞而言方便的标记,而逐渐明确的一点是转录因子Oct4和Nanog的表达是干细胞的基本特征(Roddaet al.(2005)J.Biol.Chem.280,24731-24737;Chambers et al.(2003)Cell 113,643-655))。采用实时RT-QPCR检测Hay1中这些因子的表达。将标准确定条件下的细胞表达与已经过EB形成以及之后在Med3(Kelly and Sussman,(2000)J.Biomol.Screen.5,249-254)中培养而经历分化的细胞表达相比较,所述Med3培养基为Weymouth’sMAB、Ham’s F12和William’s E的混合物。它还含有5%的精制小牛血清(Hyclone)。使用肌动蛋白作为标准。结果显示Oct4和Nanog均在Hay1中表达,分化后该表达显著减少。
(d)Hay1依赖于生长所需的gp130信号传导
在多种已知影响干细胞生长和分化的条件检测下Hay1的生长。小鼠和人类EG细胞在培养中需要生长所需的gp130信号的来源(Shamblott et al.(1998);Koshimuzu et al.(1996)Development122,1235-1242)。当从培养基中单独除去三种肽激素因子(Onc M、SCF、bFGF)的每一种时,每一种对生长都具有某些作用。然而,除去制瘤素则完全抑制培养物的生长,并且几天内它们变为碱性磷酸酶阴性。
(e)FGF诱导Oct4和Nanog
从培养物中除去FGF对培养物的生长具有轻微的负面影响,对形态学也有影响,使得细胞变得更扁平且在皿上更加展开。除去FGF后检测培养物中Oct4和Nanog的表达,观察到表达显著降低。重新加入FGF则使得Oct4的表达恢复至先前的水平。由于Oct4控制Nanog表达(Rodda et al.(2005)),期望诱导Oct4也可增加nanog,而这一点已被观察到。
(f)Zeocin敏感性
在建立frt插入系的制备过程中,测试了Hay1对zeocin的敏感性。标准滴定曲线表明75μg/ml的浓度是有效的选择浓度。
实施例8-心肌细胞的衍生
(a)frt插入(FI)细胞系FI Hay1的建立
使用Lipofectamine 2000(脂质转染胺试剂)将质粒pFrt/lac/Zeo(Invitrogen)转染至Hay1中。48小时后,通过改变成含有75μg/ml Zeocin(Invitrogen)的培养基可选择抗性细胞。非抗性细胞在大约7天时死亡。预计效率大约为1×10-5/μg。可选择约10种单独的转染子并用于lacZ表达的检测。可通过DNA印迹法评价质粒的拷贝数。可选择带有单一插入的转染子用于进一步分析。为检测插入物在分化过程中的表现,可使细胞经过EB形成、然后在含5%的精制小牛血清的Med3中培养1周。可再次评价它们的lacZ表达。由于还可以维持Zeo选择条件,因此预期所有存活的细胞都保留了LacZ的表达。一般的策略是维持对插入物的选择压力以确保周围DNA的表达,如同在许多其他研究中已成功采用的那样(Zweigerdt et al.,(2001)Cytotherapy 5,399-413;Liu et al.(2004)Stem CellsDev.13,636-645;Schuldiner et al.,(2003)Stem Cells 21,257-265)。
然后可就插入位点对10个克隆进行评价。理想的克隆应将该DNA引入基因组的一些冗余的或非功能性的区段中。虽然最终这可能是有些主观的评价,但重要的是该位点不应被引至功能基因中,这会干扰后来的分化的克隆的分离。可从细胞中分离DNA,插入的DNA以及一些周围序列可通过质粒拯救(plasmid rescue)被回收,并可被测序(Organet al.,(2004)BMC Cell Biology 5,41)。位点的引入可通过与人类序列数据库进行比较来确定。
(b)四环素操纵基因frt插入细胞系TOFI Hay1的产生
如上所述,利用脂质转染胺试剂,如上所述所产生的细胞系可用pcDNA6/TR_(Invitrogen)转染,并就杀稻瘟素抗性进行选择。此质粒在CMV启动子的控制下表达四环素阻遏物。在如上所述的选择压力下评价多克隆的继续表达。如上,可评价插入的位点以选择合适的克隆用于进一步评价。
使用pcDNA5/Frt/TO/CAT(试剂盒提供的对照质粒)评价frt插入克隆的效率。质粒pcDNA5/Frt/TO(Invitrogen)是frt靶向质粒,用于后续的选择研究。它包含紧挨被四环素调节的CMV启动子3’端的克隆位点。氯霉素乙酰转移酶(CAT)已被插入该质粒用作对照。质粒pcDNA5/Frt/TO/CAT可与pOG44(Invitrogen)一起被共转染至TOFIHay1细胞系中,以暂时表达flp重组酶。frt-CAT质粒可靶向TOFI Hay1中的frt插入位点,进行重组和合并。该插入是被编排的以使其破坏Zeo抗性基因,但它携带有潮霉素抗性基因。被成功靶向的克隆应为潮霉素和杀稻瘟素抗性以及Zeo敏感的。
frt介导的重组的效率可通过检测每毫克pcDNA/Frt/TO/CAT所获得的潮霉素抗性、杀稻瘟素抗性的克隆数来评价。插入的CAT基因的表达效率可采用上述的分化方案评价。可实行该方案的两种变化形式,一种是在全过程中存在有四环素,一种是仅在已经发生分化后才加入四环素。
(c)选择子质粒的构建
可使用Introvigen的Multisite Gateway三片段载体构建系统来构建选择子质粒(Hartley et al.,(2000)Genome Res.10,1788-1795)。此系统利用位点特异性λ整合酶序列和蛋白质在有序排列的序列中克隆和重组片段。激活的ras和显性负性ras获自UpstateBiotechnology。可使用引入λ整合酶位点的特异性引物来扩增a-ras和dn-ras序列。然后通过使用整合酶系统它们可被克隆至试剂盒的特异性质粒中。
已表明人类α-MHC启动子的从-454延至+32的序列指导高水平的组织特异性表达(Yamauchi-Takihara et al.(1989)Proc.Natl,Acad.Sci.86,3504-3508;Sucharov et al.(2004)Mol.Cell.Biol.24,8705-8715)。该序列以及该整合酶位点可被克隆至MultisiteGateway试剂盒的第三质粒中。之后这些序列可被重组至第四质粒中以形成具有“dn-ras-α-MHC启动子-a-ras”基因顺序的克隆。
可用PCR扩增从dn-ras经过启动子延至a-ras基因末端的序列,并使用拓扑异构酶克隆化将其克隆至pcDNA5/Frt/TO中,以产生选择子质粒用于插入至TOFI Hay1位点中的frt重组位点中。可称其为心脏选择子(cardiac selector)质粒。
(d)心脏选择性干细胞系的产生
心脏选择子质粒可与pOG一起被转染至TOFI Hay1中以暂时表达flp重组酶。如上所述,在frt位点的重组插入了潮霉素抗性基因而且破坏了Zeocin抗性。合适的重组体应是杀稻瘟素抗性、潮霉素抗性以及Zeo敏感的。可在潮霉素/杀稻瘟素中选择克隆,然后检测其对Zeocin的敏感性。可使用质粒拯救和测序来验证已构建的DNA序列的正确性。该细胞现应具有基因顺序为“CMV启动子-TO调节阻遏物-dn-ras-α-MHC启动子-a-ras”的插入物。可称该细胞系为Hay1-cadio。
(e)心肌细胞系的鉴别和克隆
在含5%的精制小牛血清以及加入了潮霉素/杀稻瘟素的Med3中,通过类胚胎体的形成来启动Hay1-cardio的分化。四天后,将该类胚胎体放回组织培养塑料中以使附着,并用相同的培养基饲养。大约14天后,在该处于分化的Hay1中出现了多批搏动的细胞。可观察培养物中搏动区域的出现,但心肌细胞的ras转化已显示出阻断搏动(Engelmann et al.(1993)J.Mol.Cell.Cardiol.25,197-213)。可用无选择子的TOFI Hay1的匹配培养物一起平行操作作为心肌分化开始的标志。
当在培养物中检测到心肌分化时,可用胰蛋白酶消化细胞,并将其铺于由相同的基于Med3的培养基构成的软琼脂中。用其他a-ras转化的细胞系的对照实验表明集落可在一周内鉴定。可挑选集落,将其分散于新鲜培养基中并重铺于组织培养塑料中。可分析细胞的心肌特异性标记例如真正的α-MHC的表达以及a-ras的表达。
(f)回复为“正常”心肌细胞
向培养基中加入1μg/ml四环素可释放四环素阻遏物并激活dn-ras的转录。探索性实验可用于确定dn-ras的作用和加至培养物中能使转化逆转但不杀伤细胞或破坏心肌功能的四环素的适宜量。适当的调节的明确标志是在培养物内出现同步搏动。
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序列。对于SEQ ID NO:9-23,指代物是指启动子的结构。所有真实序列来自加尼福尼亚大学圣克鲁斯基因组生物信息网站,即http://genome.ucsc.edu/index.html?org=Human&db=hg15&hgsid=34607112。SEQ ID NO:1是人类乙肝病毒核心启动子/增强子。SEQ IDNO:2为激活的H-RAS基因。SEQ ID NO:3为蜕皮激素可诱导基因开关启动子。SEQ ID NO:4为显性负性H-RAS基因。SEQ ID NO:5用于构建Cre-lox位点。SEQ ID NO:6用于构建该Cre-lox位点。SEQ ID NO:7为温度敏感性激活的RAS基因。SEQ ID NO:8为将激活的ras的丝氨酸39改变为半胱氨酸39的寡聚序列。SEQ ID NO:9为脂肪细胞人类脂连蛋白基因序列的从-908至+14位。Iwaki,M.,et al.Diabetes 52,1655-1663,2003。SEQ ID NO:10为人类α-1-抗胰蛋白酶启动子序列的从-137至-37位。SEQ ID NO:11为人类清蛋白基因序列的从-434至+12位。SEQ ID NO:12为人类肌球蛋白轻链基因VLC1序列的从-357至+40位。Kurabayashi,M.,el al.J.Biol.Chem.265,19271-19278,1990。SEQ ID NO:13为人类视紫红质基因序列的从-176至+70以及从-2140至-1894的246bp。Nie,Z.,el al.J.Biol.Chem.271,2667-2675,1996。SEQ ID NO:14为人类E选择素基因序列的从-547至+33位。Maxwell,IH,et al.Angiogenesis 6,31-38,2003。SEQID NO:15为人类前T细胞受体序列的从-279至+5位以及上游增强子元件。Reizis,B,P.Leder.J.Exp.Med.,194,979-990,2001。SEQ ID NO:16为人类CHI 3L1基因的从-308至+2位。Rehli,M.,etal.J.Biol.Chem.278,44058-44067,2003。SEQ ID NO:17为从-3.7kb的人类尿调制蛋白基因启动子序列。Zbikowska,HM,et al.Biochem.J.365,7-11,2002。SEQ ID NO:18为人类谷氨酸受体2基因(GluR2)序列的从-302至+320位。Myers,SJ,et al.J.Neuroscience 18,6723-6739,1998。SEQ ID NO:19为人类表面活性蛋白A2(SP-A2)序列的从-296至+13位。Young,PP,CR MendelsonAm.J.Physiol.271,L287-289,1996。SEQ ID NO:20为从-279的人类胰岛素基因序列。Boam,DS,et al.J.Biol.Chem.265,8285-8296,1990。SEQ ID NO:21为人类快骨骼肌肌钙蛋白C基因序列的从-978至+1位。Gahlmann,R,L.Kedes J.Biol.Chem.265,12520-12528,1990。SEQ ID NO:22为人类乙肝病毒序列的从1610至1810位。Gabriela Kramer,M.,et al.Molecular Therapy 7,375-385。SEQ ID NO:23为B细胞人类免疫球蛋白重链启动子。Staudt,L.M.,Lenardo,M.J.Ann.Rev.Immunol.9,373-398,1991基因名:IGH@基因库:无。SEQ ID NO:24为Lox序列,重组后的剩余序列。SEQ IDNO:25为frt序列。SEQ ID NO:26为pEGSH,4829bp。SEQ ID NO:27为pERV3,8433bp。
                                                    表3
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
脂肪细胞 ACDC 脂肪细胞,含CIQ和胶原结构域 NM_004797.2 Chr 3:187.962-187.978Mbp(+)   http:/genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34522615&g=htcDnaNearGene&i=NM_004797&c=chr3&1=187880375&r=187898165&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=5000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
COL6AI 胶原,VI型,α1 NM_001848.1 Chr 21:46.258-46.281Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34524523&g=htcDnaNearGene&i=NM_001063&c=chr3&1=134745845&r=134780246&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMaskding=lower&submit=subrmit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
COMP 软骨低聚基质蛋白 NM_000095.2 Chr 19:18.738-18.747Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603833&g=htcDnaNearGene&i=NM_001442&c=chr8&1=82113111&r=82119635&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreanSize=1000&hgSeq.granularit=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
FABP4 脂肪酸结合蛋白4,脂肪细胞 NM_001442.1 Chr 8:82.114-82.118Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603921&g=htcDnaNearGene&i=NM_001442&c=chr8&1=82113111&r=82119635&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
FADS1 脂肪酸去饱和酶1 NM_013402.3 Chr 11:61.817-61.835Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603932&g=htcDnaNearGee&i=NM_013402&c=chr11&1=61816983&r=61836195&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
GPAM 甘油-3-磷酸酰基转移酶,线粒体 NM_020918.2 Chr 10:114.04-114.074Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603949&g=htcDnaNearGene&i=NM_020918&c=chr10&1=114039847&r=114075744&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
GPD1 甘油-3-磷酸脱氢酶(可溶) NM_005276.2 Chr 12:50.214-50.221Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603967&g=htcDnaNearGene&i=NM_005276&c=chr12&1=50213547&r=50222843&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
LPL 脂蛋白脂肪酶 NM_000237.1 Chr 8:19.606-19.634Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603977&g=htcDnaNearGene&i=NM_000237&c=chr8&1=19605081&r=19635073&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
MFAP5 微原纤维相关蛋白5 NM_003480.2 Chr 12:8.698-8.715Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34603991&g=htcDnaNearGene&i=NM_003480&c=chr12&1=8697806&r=8716700&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrFxon3=1&boolshad,hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
RBP4 视黄醇结合蛋白4,血浆 NM_006744.2 Chr 10:95.482-95.492Mbp(+)   http://genome.ucsc.ehu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604016&g=htcDnaNearGene&i=NM_006744&c=chr10&1=95481826&r=95493223&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolahad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding=5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SCD 硬脂酰-CoA去饱和酶(δ-9-去饱和酶) NM_005063.3 Chr 10:102.238-102.255Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604048&g=htcDnaNearGene&i=NM_005063&c=chr10&1=102237106&r=102256817&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
肾上腺 AADAC 芳基乙酰胺脱乙酰酶(酯酶) NM_001086.1 Chr 3:152.813-152.827Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604278&g=htcDnaNearGene&i=NM_001086&c=chr3&1=152812476&r=152828885&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExom=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CYP11B1 细胞色素P450,家族11,亚家族B,多肽1 NM_000497.2 Chr 8:143.758-143.765Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604360&g=htcDnaNearGene&i=NM_000497&c=chr8&1=143758681&r=143766702&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CYP17A1 细胞色素P450,家族17,亚家族A,多肽1 NM_000102.2 Chr 10:104.721-104.728Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604080&g=htcDnaNearGene&i=NM_000102&c=chr10&1=104720517&r=104729404&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CYP21A2 细胞色素P450,家族21,亚家族A,多肽2 NM_000500.4 Chr 6:32.032-32.035Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604103&g=htcDnaNearGene&i=NM_000500&c=chr6&1=32031087&r=32036423&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.pronoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
GSTA2 谷胱甘肽S-转移酶A2 NM_000846.3 Chr 6:52.615-52.629Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604434&g=htcDnaNearGene&i=NM_000846&c=chr6&1=52615576&r=52630720&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.dowmstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HSD3B2 羟基-δ-5-类固醇脱氢酶,3β-和类固醇δ异构酶 NM_000198.1 Chr 1:119.104-119.112Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604155&g=htcDnaNearGene&i=NM_000198&c=chr1&1=119103821&r=119113700&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downsheamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
STAR 类固醇生成急性调节子 NM_000349.1 Chr 8:37.742-37.749Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604210&g=htcDnaNearGene&i=NM_000349&c=chr8&1=38017537&r=38026839&o=refGene&hgSeq.pronoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
全血 AIF1 同种异体移植炎症因子1 NM_032955.1 Chr 6:31.642-31.643Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604590&g=htcDnaNearGene&i=NM_001623&c=chr6&1=31641632&r=31644642&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
AQP9 水通道蛋白9 NM_020980.2 Chr 15:56.009-56.057Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604619&g=htcDnaNearGene&i=NM_020980&c=chr15&1=56008616&r=56058247&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExou5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ARHGAP25 Rho GTP酶激活蛋白25 ENST00000295381   Chr 2:68.919-69.011Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CCL5 趋化因子(C-C基序)配体5 NM_002985.2 Chr 17:34.047-34.056Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604667&g=htcDnaNearGene&i=NM_002985&c=chr17&1=34046151&r=34057034&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CDW52 CDW52抗原(CAMPATH-1抗原) NM_001803.1 Chr 1:25.877-25.88Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604691&g=htcDnaNearGene&i=NM_001803&c=chr1&1=25876528&r=25881054&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
DPEP2 二肽酶2 NM_022355.1 Chr 16:67.756-67.769Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604726&g=htcDnaNearGene&i=NM_022355&c=chr16&1=67755760&r=67769820&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
GNLY 颗粒溶素(Granulysin) NM_012483.1 Chr 2:85.879-85.883Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604755&g=htcDnaNearGene&i=NM_006433&c=chr2&1=85878124&r=85884591&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
GPR86 G蛋白偶联受体86 NM_023914.2 Chr 3:152.325-152.328Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604779&g=htcDnaNearGene&i=NM_053002&c=chr3&1=152324706&r=152329946&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ICAM3 细胞间黏附 NM_002162.2 Chr 19:10.289-10.295Mbp(-   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604808&g=htcDnaNearGene&i=NM_002162&c=chr19&1=10288660&r=10296509&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
IL8RB 白细胞介素8受体,β NM_001557.2 Chr 2:218.954-218.965Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604831&g=htcDnaNearGene&i=NM_001557&c=chr2&1=218953767&r=218966997&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
LST1 白细胞特异性转录物1 NM_007161.2 Chr 6:31.612-31.615Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604866&g=htcDnaNearGene&i=NM_007161&c=chr6&1=31611834&r=31616550&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.mtron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
LYZ 溶菌酶(肾淀粉样变性) NM_000239.1 Chr 12:69.458-69.464Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604885&g=htcDnaNearGene&i=NM_000239&c=chr12&1=69457910&r=69465760&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
MGAM 麦芽糖酶-葡萄糖淀粉酶(Glucomamylase)(α-葡糖苷酶) NM_004668.1 Chr 7:141.026-141.136Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604916&g=htcDnaNearGene&i=NM_004668&c=chr7&1=141025099&r=141137968&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.spliCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
MNDA 髓样细胞核分化抗原 NM_002432.1 Chr 1:155.579-155.597Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604938&g=htcDnaNearGene&i=NM_002432&c=chr1&1=155578041&r=155598144&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
NCF1 嗜中性粒细胞溶细胞因子1(neutrophilcytosolic factor 1)(47kD,慢性肉芽肿性疾病,1号常染色体) NM_000265.1 Chr 7:73.586-73.986Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604966&g=htcDnaNearGene&i=NM_000265&c=chr7&1=73969732&r=73987046&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.dowstreanSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
NKG7 天然杀伤细胞群组7序列 NM_005601.2 Chr 19:56.55-56.551Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34604988&g=htcDnaNearGene&i=NM_005601&c=chr19&1=56549894&r=56552910&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExor=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
NCR3 天然细胞毒性触发受体3 NM_147130.1   Chr 6:31.615-31.619Mbp(-)
PFC 备解素P因子,补体 NM_0026211 Chr X:46.309-46.316Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605014&g=htcDnaNearGene&i=NM_002621&c=chrX&1=46308953&r=46317033&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PPBP 前血小板碱性蛋白(趋化因子(C-X-C基序)配体7) NM_002704.2 Chr 4:75.253-75.254Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-biu/hgc?hgsid=34605036&g=htcDnaNearGene&i=NM_002704&c=chr4&1=75318005&r=75321151&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
S100A8 S100钙结合蛋白A8(钙粒蛋白A) NM_002964.3 Chr 1:150.137-150.138Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605075&g=htcDnaNearGene&i=NM_002964&c=chr1&1=150578089&r=150581131&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
S100A9 S100钙结合蛋白A9(钙粒蛋白B) NM_002965.2 Chr 1:150.105-150.108Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605111&g=htcDnaNearGene&i=NM_002965&c=chr1&1=150545911&r=150551081&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad,hfgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
S100P S100钙结合蛋白P NM_005980.2 Chr 4:6.688-6.691Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605130&g=htcDnaNearGene&i=NM_005980&c=chr4&1=6687292&r=6692624&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SEPX1 含硒蛋白质X,1 NM_016332.2 Chr 16:1.928-1.933Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605153&g=htcDnaNearGene&i=NM_016332&c=chr16&1=1927234&r=1934295&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
VNN2 血管非炎性蛋白2 NM_078488.1 Chr 6:133.0-133.019Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605180&g=htcDnaNearGene&i=NM_004665&c=chr6&1=132999138&r=133020728&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
骨髓 ALAS2 氨基乙酰丙酸,δ-,合成酶2(成高铁红细胞/低血色素贫血症 NM_0000321 Chr X:53.64-53.662Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605244&g=htcDnaNearGene&i=NM_000032&c=chrX&1=53639861&r=53663781&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
AZU1 天青杀素1(Azurocidin 1)(阳离子抗微生物蛋白37). NM_001700.3 Chr 19:0.765-0.772Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605294&g=htcDnaNearGene&i=NM_001700&c=chr19&1=766830&r=773017&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CAMP 组织蛋白酶抑制素(Cathelicidin)抗微生物肽 NM_004345.3 Chr 3:48.084-48.086Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605366&g=htcDnaNearGene&i=NM_004345&c=chr3&1=48083094&r=48087208&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CEACAM8 癌胚抗原相关细胞黏附分子8 NM_001816.2 Chr 19:47.76-47.775Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605434&g=htcDnaNearGene&i=NM_001816&c=chr19&1=47759443&r=47776099&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CLC 夏科-雷登氏(Chart-Leyden)晶体蛋白 NM_001828.4 Chr 19:44.897-44.904Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605548&g=htcDnaNearGene&i=NM_001828&c=chr19&1=44896943&r=44905717&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
DEFA1 防卫素,α1,皮质抑制素(corticostatin) NM_004084.2 Chr 8:7.014-7.016Mbp(+)   http://genorme.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605625&g=htcDnaNearGene&i=NM_004084&c=chr8&1=7013400&r=7017825&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
DEFA4 防卫素,α4,皮质抑制素 NM_001925.1 Chr 8:6.953-6.956Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605720&g=htcDnaNearGene&i=NM_001925&c=chr8&1=6952503&r=6956945&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ELA2 弹性蛋白酶,嗜中性粒细胞 NM_001972.1 Chr 19:0.792-0.796Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605796&g=htcDnaNearGene&i=NM_001972&c=chr19&1=791290&r=797242&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HBD 血红蛋白,δ NM_000519.2 Chr 11:5.213-5.214Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605890&g=htcDnaNearGene&i=NM_000519&c=chr11&1=5212100&r=5215750&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskdRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
HBG1 血红蛋白,γA NM_000559.2 Chr 11:5.228-5.23Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34605986&g=htcDnaNearGene&i=NM_000559&c=chr11&1=5227538&r=5231124&o=refGene&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&hgSeq.cdsExon=on&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
Hs.356861   CDNA FLJ26905fis,克隆RCTO1427,与IgλC链区域高度相似 Chr 22:21.56-21.562Mbp(+)
IGHG1   免疫球蛋白重链恒定区γ1(Glm标记)   Chr 14:104.202-104.211Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
  IGL@   免疫球蛋白λ基因座   Chr 22:21.425-21.568Mbp(+)
IGLJ3   免疫球蛋白λ连接(joining)3   Chr 22:20.977-21.568Mbp(+)
LCN2 脂笼蛋白2(癌基因24p3) NM_005564.2 Chr 9:124.365-124.369Mbp(+)   http://geuome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606119&g=htcDnaNearGene&i=NM_005564&c=chr9&1=124364387&r=124370404&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
LTF 乳运铁蛋白 NM_002343.1 Chr 3:46.296-46.345Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606155&g=htcDnaNearGene&i=NM_002343&c=chr3&1=46295736&r=46326886&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
MPO 髓过氧化物酶 NM_000250.1 Chr 17:56.689-56.7Mbp(-)   http://genome.uesc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606311&g=htcDnaNearGene&i=NM_000250&c=chr17&1=56688295&r=56701375&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
OLFM2 嗅介蛋白4 NM_006418.3 Chr 13:52.539-52.562Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606391&g=htcDnaNearGene&i=NM_006418&c=chr13&1=52538608&r=52563829&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PRG2 蛋白聚糖2,骨髓(天然杀伤细胞激活剂,嗜酸性粒细胞颗粒主要碱性蛋白 NM_002728.4 Chr 11:57.405-57.409Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606424&g=htcDnaNearGene&i=NM_002728&c=chr11&1=57404716&r=57410013&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
RNASE3 核糖核酸酶,RNA酶A家族3(嗜酸性粒细胞阳离子蛋白) NM_002935.2 Chr 14:19.349-19.35Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606450&g=htcDnaNearGene&i=NM_002935&c=chr14&1=19348689&r=19351635&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
扁桃体 APLP1 淀粉状β(A4)前体样蛋白1 NM_005166.2 Chr 19:41.035-41.046Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606560&g=htcDnaNearGene&i=NM_005166&c=chr19&1=41034518&r=41047740&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CaMKINalpha 钙/钙调蛋白依赖蛋白激酶II NM_018584.4 Chr 1:19.955-19.958Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606589&g=htcDnaNearGene&i=NM_018584&c=chr1&1=19954898&r=19959252&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
GPM6B 糖蛋白M6B NM_005278.2 Chr X:12.994-13.037Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606607&g=htcDnaNearGene&i=NM_005278&c=chrX&1=12993126&r=13038158&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
GRIA2 谷氨酸受体,离子型,AMPA2 NM_000826.1 Chr 4:158.608-158.751Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606642&g=htcDnaNearGene&i=NM_000826&c=chr4&1=158607221&r=158752289&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
OLFM1 嗅介蛋白1 NM_006334.2 Chr 9:131.49-131.536Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606662&g=htcDnaNearGene&i=NM_006334&c=chr9&1=131489268&r=131537122&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreanSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
STMN2 中断蛋白样-2(Stathmin-like 2) NM_007029.2 Chr 8:80.246-80.3Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606685&g=htcDnaNearGene&i=NM_007029&c=chr8&1=80245565&r=80301429&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
丘脑 GFAP 胶质细胞原纤维酸性蛋白 NM_002055.2 Chr 17:42.993-43.003Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606809&g=htcDnaNearGene&i=NM_002055&c=chr17&1=42992757&r=43004633&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
HTN3 富组蛋白3 NM_000200.1 Chr 4:71.144-71.152Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606828&g=htcDnaNearGene&i=NM_000200&c=chr4&1=71143105&r=71153177&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
MBP 髓鞘质碱性产物 NM_002385.1 Chr 18:74.454-74.491Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606859&g=htcDnaNearGene&i=NM_002385&c=chr18&1=74453704&r=74492956&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PLP1 蛋白脂质蛋白1(佩利措伊斯-梅茨巴赫病,痉挛性截瘫(parapeligia),2,非并发性) NM_199478.1 Chr X:101.064-101.08Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606886&g=htcDnaNearGene&i=NM_000533&c=chrX&1=101063720&r=101081515&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PRH1 富含脯氨酸蛋白HaeIII亚家族1 NM_006250.1 Chr 12:10.933-11.224Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606910&g=htcDnaNearGene&i=NM_006250&c=chr12&1=10932826&r=10938121&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PRH2 富含脯氨酸蛋白HaeIII亚家族2 NM_005042.1 Chr 12:10.982-10.986Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606929&g=htcDnaNearGene&i=NM_005042&c=chr12&1=10981106&r=10986184&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写     基因名称 转录物编号   基因位置     启动子区域
TTR 甲状腺素转运蛋白(Transythretin)(前清蛋白,I型淀粉样变) NM_000371.1 Chr 18:29.059-29.066Mbp(+) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606955&g=htcDnaNearGene&i=NM_000371&c=chr18&1=29058831&r=29067775&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ZIC1 zic家族成员1(奇成对同源物),果蝇 NM_000371.1 Chr 18:29.059-29.066Mbp(+) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34606980&g=htcDnaNearGene&i=NM_003412&c=chr3&1=148447089&r=148454257&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrEx0n5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&bgSeq,granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
32512_at 人类(homo sapiens)克隆BAC 72m22的8号染色体定位8p21,完整序列 Chr 8:24.596-24.597Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
Cuadatenucleus ARPP-21 环AMP-调节的磷蛋白,21KD NM_016300.3 Chr 3:35.556-35.671Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34607030&g=htcDnaNearGene&i=NM_016300&c=chr3&1=35555575&r=35672448&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
HPCA 海马钙蛋白 NM_002143.2 Chr 1:32.781-32.786Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34607057&g=htcDnaNearGene&i=NM_002143&c=chr1&1=32780120&r=32787890&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.rePMasking=lower&submit=submit
38291_at 人脑啡肽基因   Chr 8:57.076-57.077Mbp(-)
41602_at 人类脑啡肽基因   Chr 1:32.786-32.786Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
前额皮质 CHN1 嵌蛋白(嵌合蛋白(Chimaerin))1 NM_001822.2 Chr 2:175.628-175.833Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34607105&g=htcDnaNearGene&i=NM_001822&c=chr2&1=175627257&r=175834978&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
嗅球 S100B S100B钙结合蛋白,β(神经) NM_006272.1 Chr 21:46.875-46.881Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34607140&g=htcDnaNearGene&i=NM_006272&c=chr21&1=46874172&r=46882638&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PCP4 浦肯野细胞蛋白4 NM_006198.2 Chr 21:40.191-40.222Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34607176&g=htcDnaNearGene&i=NM_006198&c=chr21&1=40158742&r=40222718&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
下丘脑 PMCH 前黑色素聚集激素(pro-melanin-concentratinghormone) NM_002674.1 Chr 12:102.523-102.524Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608309&g=htcDnaNearGene&i=NM_002674&c=chr12&1=102522185&r=102525549&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  皮质 33925_at   人类NRGN基因,外显子2,3和4(结合CDS)   Chr 11:124.65-124.651Mbp(+)
38699_at   人β微管蛋白基因(5-β)以及10个Alu家族成员   Chr 19:6.434-6.434Mbp(-)
40995_at 人神经丝亚单位NF-L基因   Chr 8:24.63-24.63Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
GPR51 G蛋白偶联受体51 NM_005458.5   Chr 9:94.507-94.928Mbp(-)
SLC17A7  溶质载体家族17(钠依赖性无机磷酸盐共转运体),成员7 NM_020309.2 Chr 19:54.608-54.62Mbp(-)
SNAP91  突触小体相关蛋白,91kD同源物(小鼠)   Chr 6:84.212-84.368Mbp(-)
CA11 碳酸酐酶XI NM_001217.2   Chr 19:53.817-53.825Mbp(-)
DDN 石斛高碱   Chr 12:49.105-49.109Mbp(-)
胼胝体 BCAS1 乳腺癌扩增序列1 NM_003657.1   Chr 20:53.198-53.325Mbp(-)
UGT8  UDP糖基转移酶8(UDP-半乳糖神经酰胺半乳糖基转移酶) NM_003360.2 Chr 4:115.936-115.99Mbp(+)
小脑 NEUROD1 神经原性分化1 NM_002500.1   Chr 2:182.505-182.509Mbp(-)
支气管上皮 CDH1 钙黏着蛋白1,I型,E-钙黏着蛋白(上皮) NM_004360.2 Chr 16:68.506-68.604Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608402&g=htcDnaNearGene&i=NM_004360&c=chr16&1=68505610&r=68605860&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
thelial cell CDH3 钙黏着蛋白3,I型,P-钙黏着蛋白(胎盘) NM_001793.3 Chr 16:68.414-68.468Mbp(+)   http://genone.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608426&g=htcDnaNearGene&i=NM_001793&c=chr16&1=68453934&r=68510130&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CSTA 半胱氨酸蛋白酶抑制剂A(stefin A) NM_005213.2 Chr 3:123.325-123.341Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608458&g=htcDnaNearGene&i=NM_005213&c=chr3&1=123324311&r=123342740&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
FXYD3 含FXYD结构域的离子转运调节子3 NM_005971.2 Chr 19:40.282-40.291Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608472&g=htcDnaNearGene&i=NM_005213&c=chr3&1=123324311&r=123342740&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
KRT14 角蛋白14(单纯型大疱性表皮松解,Dowling-Meara型,Koebner型) NM_000526.3 Chr 17:39.647-39.651Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608502&g=htcDnaNearGene&i=NM_005971&c=chr19&1=40281847&r=40292276&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
KRT17 角蛋白17 NM_000422.1 Chr 17:39.684-39.689Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608554&g=htcDnaNearGene&i=NM_000422&c=chr17&1=39683457&r=39690573&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
KRT19 角蛋白19 NM_002276.3 Chr 17:39.588-39.593Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608593&g=htcDnaNearGene&i=NM_002276&c=chr17&1=39587632&r=39594398&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
KRT5 角蛋白5(单纯型大疱性表皮松解,Dowling-Maera/Koebner/Weber-Cockayne型) NM_000424.2 Chr 12:52.625-52.63Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608628&g=htcDnaNearGene&i=NM_002276&c=chr17&1=39587632&r=39594398&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
KRT6A 角蛋白6A NM_005554.2 Chr 12:52.597-52.603Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608657&g=htcDnaNearGene&i=NM_005554&c=chr12&1=52596723&r=52604767&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
KRT6B 角蛋白6B NM_005555.2 Chr 12:52.557-52.562Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608690&g=htcDnaNearGene&i=NM_000424&c=chr12&1=52624107&r=52631990&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
KRT6E 角蛋白6E NM_173086.2 Chr 12:52.579-52.584Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34608994&g=htcDnaNearGene&i=NM_173086&c=chr12&1=52578341&r=52585304&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.ghSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolsbad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
KRT7 角蛋白7 NM_005556.2 Chr 12:52.343-52.359Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_005556&c=chr12&1=52343784&r=52359456&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
LAMA3 层粘连蛋白,α3 NM_198129.1 Chr 18:21.157-21.423Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_000227&c=chr18&1=21332738&r=21422895&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
LGALS7 凝集素,半乳糖苷结合的,可溶的7(半乳凝素7) NM_002307.1 Chr 19:43.955-43.958Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_002307&c=chr19&1=43955900&r=43958443&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.paddig3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
S100A2 S100钙结合蛋白A2 NM_005978.3 Chr 1:150.36-150.365Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_005978&c=chr1&1=150360914&r=150365412&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SERPINB5 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体B(卵清蛋白),成员5 NM_002639.1 Chr 18:60.929-60.957Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_002639&c=chr18&1=60929192&r=60957291&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
SFN 层状蛋白(Stratifin) NM_006142.3 Chr 1:26.422-26.423Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_006142&c=chr1&1=26422672&r=26423992&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
TACSTD2 肿瘤相关钙信号转导蛋白2 NM_006142.3 Chr 1:58.398-58.401Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_002353&c=chr1&1=58398350&r=58401153&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
TFP12 组织因子途径抑制剂2 NM_006528.2   Cbr 7:93.113-93.118Mbp(-)
结肠直肠的 CST1 半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN NM_001898.2 Chr 20:23.676-23.679Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001898&c=chr20&1=23676189&r=23681199&o=refGeue&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&.boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreanSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
腺瘤 SERPINE1 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体E(微管连接蛋白,I型纤溶酶原激活物抑制剂),成员1 NM_000602.1 Chr 7:100.316-100.328Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_000602&c=chr7&1=100318110&r=100328878&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PB-BDCA4+ 216401_x_at   人免疫球蛋白κ链可变区部分IGKV基因,克隆38 Chr 2:89.482-89.482Mbp(-)
树枝状细胞 216491_x_at   人免疫球蛋白重链可变区(v4-4)基因,部分cds   Chr 14:104.449-104.45Mbp(-)
CLIC3 氯化物细胞内通道2 NM_004669.2 Chr 9:133.33-133.332Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_004669&c=chr9&1=133330155&r=133332086&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
DOCK2 胞质分裂作用因子2 NM_004946.1   Chr 5:168.999-169.445Mbp(+)
HLA-DQB1 主要组织相容性复合体,II类,DQβII NM_002123.2 Chr 6:32.628-32.635Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_002123&c=chr6_random&1=8324503&r=8331637&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
HLA-DRA 主要组织相容性复合体,II类,DRα NM_019111.2 Chr 6:32.433-32.438Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_019111&c=chr6_random&1=8129918&r=8134989&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
HLA-DRB3   主要组织相容性复合体,II类,DRβ3 NM_022555.3   Chr 6:32.489-32.502Mbp(-)
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
Hs.383169   免疫球蛋白重链可变区部分mRNA(IGHV32-D-JH-Cmu基因),克隆ET39 Chr 22:21.56-21.562Mbp(+)
IGH@   免疫球蛋白重链基因座   Chr 14:104.077-104.45Mbp(-)
ILT7 白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族A(无TM结构域),成员4 NM_012276.3 Chr 19:59.52-59.526Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_012276&c=chr19&1=59520712&r=59610729&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PACAP   前凋亡胱天蛋白酶衔接子蛋白 NM_016459.2   Chr 5:138.754138.756Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
RNASE6 核糖核酸酶,RNA酶A家族,k6 NM_005615.2 Chr 14:19.239-19.24Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_005615&c=chr14&1=19239337&r=19240752&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExor3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstresm=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
TNFRSF17 肿瘤坏死因子受体超家族,成员17 NM_001192.2 Chr 16:12.025-12.028Mbp(+)   http://genone.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001192&c=chr16&1=12025398&r=12028355&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstrean=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeqmaskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
216470_x_at T细胞受体β基因座   Chr 7:141.854-141.855Mbp(+)
组织类型 基因缩写 基因名称 转录物编号 基因位置 启动子区域
AMY2A 淀粉酶,α2A;胰 NM_000699.2 Chr 1:103.342-103.351Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001192&c=chr16&1=12025398&r=12028355&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ARFGEF2 ADP-核糖基化因子鸟嘌呤核苷酸交换因子2(布雷菲德菌素A-抑制) NM_006420.1 Chr 20:48.176-48.288Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_006420&c=chr20&1=48176848&r=48288660&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshadhgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CEL 羧基酯脂肪酶(胆汁盐激活脂肪酶) NM_001807.2 Chr 9:129.291-129.3Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001807&c=chr9&1=129291039&r=129300849&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CELP 羧基酯脂肪酶假基因 NM_001808 Chr 9:129.311-129.316Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_173692&c=chr9&1=129311595&r=129316412&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CLPS 辅脂肪酶,胰 NM_001832.2 Chr 6:35.764-35.766Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001832&c=chr6&1=35764174&r=35766515&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&bgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CPA1 羧肽酶A1(胰) NM_001868.1 Chr 7:129.559-129.567Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001868&c=chr7&1=129559540&r=129567150&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.dowstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CPA2 羧肽酶A2(胰) NM_001869.1 Chr 7:129.445-129.468Mbp(+)   http://genomeucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001869&c=chr7&1=129445905&r=129468834&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CPB1 羧肽酶B1(组织) NM_001871.1 Chr 3:149.827-149.859Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001871&c=chr3&1=149827217&r=149859585&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CTRB1 糜蛋白酶原B1 NM_001906.1 Chr 16:74.976-74.997Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001906&c=chr16&1=74976827&r=74979862&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CTRC 糜蛋白酶C(降钙蛋白) NM_007272.1 Chr 1:15.032-15.041Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_007272&c=chr1&1=15032850&r=15041061&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CTRL 糜蛋白酶样 NM_001907.1 Chr 16:67.698-67.701Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_001907&c=chr16&1=67698980&r=67705384&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CUZD1 CUB和透明带样结构域1 NM_022034.3 Chr 10:124.598-124.617Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646048&g=htcDnaNearGene&i=NM_022034&c=chr10&1=124597641&r=124618281&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
ELA2A 弹性蛋白酶2A NM_033440.1 Chr 1:15.051-15.066Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_033440&c=chr1&1=15051139&r=15066498&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ELA2B 胰弹性蛋白酶II B NM_015849.1 Chr 1:15.07-15.085Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34644330&g=htcDnaNearGene&i=NM_015849&c=chr1&1=15070511&r=15085810&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExou5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
ELA3A 弹性蛋白酶3A,胰 NM_005747.2 Chr 1:21.474-21.485Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645455&g=htcDnaNearGene&i=NM_005747&c=chr1&1=21473132&r=21486009&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ELA3B 弹性蛋白酶3B,胰 NM_007352.1 Chr 1:21.449-21.47Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645480&g=htcDnaNearGene&i=NM_007352&c=chr1&1=21448494&r=21462817&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promotet=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
FABP1 脂肪酸结合蛋白1,肝 NM_001443.1 Chr 2:88.307-88.312Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645611&g=htcDnaNearGene&i=NM_001443&c=chr2&1=88306824&r=88313893&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.pronoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lowe&submit=submit
GCG 胰高血糖素 NM_002054.2 Chr 2:162.963-162.972Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645642&g=htcDnaNearGene&i=NM_002054&c=chr2&1=162962411&r=162973781&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
GP2 糖蛋白2(酶原颗粒膜) NM_001502.1 Chr 16:20.248-20.266Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645676&g=htcDnaNearGene&i=NM_001502&c=chr16&1=20248517&r=20266229&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
INS 胰岛素 NM_000207.1 Chr 11:2.14-2.141Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645704&g=htcDnaNearGene&i=NM_000207&c=chr11&1=2139295&r=2142711&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstrearm=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
MT1G 金属硫蛋白1G NM_0059501   Chr 16:56.435-56.436Mbp(-)
PDIP 蛋白质二硫键异构酶,胰 NM_006849.1   Chr 16:0.273-0.277Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PLA2G1B 磷脂酶A2,IB型(胰) NM_000928.2 Chr 12:120.542-120.548Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645736&g=htcDnaNearGene&i=NM_000928&c=chr12&1=120541766&r=120549445&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeqsplitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PNLIP 胰脂肪酶 NM_000936.1 Chr 10:118.436-118.458Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645761&g=htcDnaNearGene&i=NM_000936&c=chr10&1=118435684&r=118459593&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PNILPRP1 胰脂肪酶相关蛋白2 NM_006229.1 Chr 10:118.481-118.499Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645797&g=htcDnaNearGene&i=NM_006229&c=chr10&1=118480715&r=118500912&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream==1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=geue&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PNLIPRP2 胰脂肪酶相关蛋白1 NM_005396.3 Chr 10:118.512-118.535Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645829&g=htcDnaNearGene&i=NM_005396&c=chr10&1=118511043&r=118536878&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstrea.m==1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PRSS2 蛋白酶,丝氨酸,2(胰蛋白酶2) NM_002770.2 Chr 7:141.822-141.866Mbp(+) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645849&g=htcDnaNearGene&i=NM_002770&c=chr7&1=141861729&r=141867315&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PRSS3 蛋白酶,丝氨酸,3(mesotrypsin) NM_002771.2 Chr 9:33.74-33.789Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645872&g=htcDnaNearGene&i=NM_002771&c=chr9&1=33784559&r=33790229&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=subrmit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
REG1A 再生胰岛来源1α(胰石蛋白(pancteatic stone)protein),胰线蛋白(pancreatic threadprotein)) NM_002909.3 Chr 2:79.305-79.308Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645890&g=htcDnaNearGene&i=NM_002909&c=chr2&1=79304291&r=79309253&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
REG1B 再生胰岛来源1β(胰线蛋白,胰石蛋白) NM_006507.2 Chr 2:79.269-79.272Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645907&g=htcDnaNearGene&i=NM_006507&c=chr2&1=79268858&r=79273827&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.uirExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
SERPIN12   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体I(神经丝抑蛋白),成员2 NM 006217.2 Chr 3:168.561-168.591Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SPINK1 丝氨酸蛋白酶抑制剂,Kazal I型 NM_003122.2 Chr 5:147.187-147.195Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34645943&g=htcDnaNearGene&i=NM_003122&c=chr5&1=147186303&r=147195418&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
SYCN 微管成束蛋白   Chr 19:44.369-44.37Mbp(-)
TRY6 胰蛋白酶原C NM_139000 Chr 7:141.842-141.845Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646018&g=htcDnaNearGene&i=NM_139000&c=chr7&1=141841283&r=141846943&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
胰岛 IAPP 胰岛淀粉状多肽 NM_000415.1 Chr 12:21.426-21.432Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646120&g=htcDnaNearGene&i=NM_000415&c=chr12&1=21425084&r=21433683&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
PAP 胰腺炎相关蛋白 NM_002580.1 Chr 2:79.341-79.344Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646153&g=htcDnaNearGene&i=NM_002580&c=chr2&1=79340840&r=79345587&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PCSK1 前蛋白转变酶枯草杆菌蛋白酶/kexin I型 NM_000439.3 Chr 5:95.754-95.797Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646184&g=htcDnaNearGene&i=NM_000439&c=chr5&1=95753830&r=95798664&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.gSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
SST 促生长素抑制素 NM_001048.2 Chr 3:188.788-188.79Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646232&g=htcDnaNearGene&i=NM_001048&c=chr3&1=188787726&r=188791133&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
UNQ429 LLM429 NM_198448.1   Chr 2:79.21-79.213Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
BM-CD105+ CA1 碳酸酐酶1 NM_001738.1 Chr 8:86.019-86.071Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646365&g=htcDnaNearGene&i=NM_001738&c=chr8&1=86019484&r=86071370&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
内皮 GYPA 血型糖蛋白A(包括MN血型) NM_002099.2 Chr 4:145.496-145.528Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646395&g=htcDnaNearGene&i=NM_002099&c=chr4&1=145495643&r=145529031&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HBG2 血红蛋白,γG NM_000184.2 Chr 11:5.233-5.235Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646434&g=htcDnaNearGene&i=NM_000184&c=chr11&1=5232457&r=5236048&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.paddig3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
HEMGN 生血蛋白(Hemogen) NM_197978.1 Chr 9:94.146-94.164Mbp(-)   http://genone.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646448&g=htcDnaNearGene&i=NM_018437&c=chr9&1=94145526&r=94165588&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
NMU 神经调节肽U NM_006681.1 Chr 4:56.311-56.352Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646473&g=htcDnaNearGene&i=NM_006681&c=chr4&1=56310320&r=56353388&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
SLC4A1 溶质载体家族4,阴离子交换剂,成员1(红细胞膜蛋白带3,Diego血型) NM_000342.1 Chr 17:42.802-42.82Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646489&g=htcDnaNearGene&i=NM_000342&c=chr17&1=42801204&r=42821632&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularit=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
top2A 拓扑异构酶(DNA)IIα170kDa NM_001067.2 Chr 17:38.453-38.482Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646510&g=htcDnaNearGene&i=NM_001067&c=chr17&1=38452558&r=38483933&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
BM-CD34+ DNTT 脱氧核苷酸转移酶,末端 NM_004088.2 Chr 10:98.195-98.229Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646546&g=htcDnaNearGene&i=NM_004088&c=chr10&1=98194437&r=98230547&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
FOSB FBJ鼠骨肉瘤病毒癌基因同源物B NM_006732.1 Chr 19:50.647-50.654Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646569&g=htcDnaNearGene&i=NM_006732&c=hr19&1=50646301&r=50655485&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ITGA2B 整联蛋白,α2b(血小板糖蛋白II B/II A复合物,抗原CD41B) NM_000419.2 Chr 17:42.46-42.477Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646591&g=htcDnaNearGene&i=NM_000419&c=chr17&1=42459314&r=42478638&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
BM-CD71+早期 ANK1 锚蛋白,红细胞 NM_000037.2 Chr 8:41.251-41.396Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646690&g=htcRefMrna&i=NM_000037&c=chr8&1=41250690&r=41397087&o=refGene&table=refGene
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
红细胞类(Erythroid) CA2 碳酸酐酶II NM_000067.1 Chr 8:86.156-86.173Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646734&g=htcDnaNearGene&i=NM_000067&c=chr8&1=86155273&r=86174749&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
CLIC2 氯化物细胞内通道2 NM_001289.3 Chr X:152.023-152.081Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646754&g=htcDnaNearGene&i=NM_001289&c=chrX&1=152022518&r=152082024&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
EPB42 红细胞膜蛋白带4.2 NM_000119.1 Chr 15:41.068-41.092Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646796&g=htcDnaNearGene&i=NM_000119&c=chr15&1=41067565&r=41093619&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ERAF 红细胞相关因子(Erythroid associatedfactor) NM_016633.1 Chr 16:31.536-31.537Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646847&g=htcDnaNearGene&i=NM_016633&c=chr16&1=31535165&r=31538069&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
FOXO3A 叉头框O3A NM_001455.2 Chr 6:108.881-109.002Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646917&g=htcDnaNearGene&i=NM_001455&c=chr6&1=108880155&r=109003098&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstrcam=1&hgSeq.dowustreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
GYPB 血型糖蛋白B(包括Ss血型) NM_002100.2 Chr 4:145.383-145.406Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34646972&g=htcDnaNearGene&i=NM_002100&c=chr4&1=145493904&r=145519123&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.gplitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HBQ1 血红蛋白,θ1 NM_005331.3 Chr 16:0.17-0.171Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647029&g=htcDnaNearGene&i=NM_005331&c=chr16&1=169334&r=172178&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshadhgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
MSCP 线粒体溶质载体蛋白 NM_016612.1 Chr 8:23.20723.25Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647097&g=htcDnaNearGeue&i=NM_016612&c=chr8&1=23206033&r=23251305&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstrearmSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
NFE2 核因子(红细胞来源2)45kD NM_006163.1 Chr 12:54.402-54.406Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647151&g=htcDnaNearGene&i=NM_006163&c=chr12&1=54401641&r=54407291&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
NUSAP1 核仁和纺锤体相关蛋白1 NM_016359.1 Chr 15:39.204-39.252Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647189&g=htcDnaNearGene&i=NM_016359&c=chr15&1=39203225&r=39253382&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
RHAG 猕猴血型相关糖蛋白 NM_000324.1 Chr 6:49.574-49.605Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647276&g=htcDnaNearGene&i=NM_000324&c=chr6&1=49573283&r=49606948&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreanSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
RHCE 猕猴血型,CcEe抗原 NM_020485.2 Chr 1:24.597-24.931Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647306&g=htcDnaNearGene&i=NM_020485&c=chr1&1=24596833&r=24657408&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
RHD 猕猴血型,D抗原 NM_001034.1 Chr 2:10.267-10.275Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647365&g=htcDnaNearGene&i=NM_016124&c=chr1&1=24667748&r=24860158&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
RRM2 核糖核苷酸还原酶M2多肽 NM_001034.1 Chr 2:10.267-10.275Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647447&g=htcDnaNearGene&i=NM_001034&c=chr2&1=10266649&r=10276538&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SELENBP1 硒结合蛋白1 NM_003944.2 Chr 1:148.111-148.12Mbp(-)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34647489&g=htcDnaNearGene&i=NM_003944&c=chr1&1=148110874&r=148121259&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
胎肝 1232_s_at   人胰岛素样生长因子结合蛋白(hIGFBP1)基因,完整cds Chr 7:45.639-45.639Mbp(+)
31506_s_at   人嗜中性粒细胞肽-3基因,完整cds   Chr 8:7.033-7.034Mbp(-)
33487_at   人4-对羟苯丙酮酸双加氧酶(HPD)基因,完整cds   Chr 12:122.046-122.054Mbp(-)
33703_f_at   人磷酸烯醇丙酮酸羧激酶(PCK1)基因,重复完整cds   Chr 20:56.779-56.779Mbp(+)
33990_at   类似于L-甘油-3-磷酸-NAD氧化还原酶和清蛋白基因序列的人mRNA克隆 Chr 4:74.687-74.687Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
33991_g_at 类似于L-甘油-3-磷酸-NAD氧化还原酶和清蛋白基因序列的人mRNA克隆 Chr 4:74.75-74.753Mbp(+)
33992_at 人血清清蛋白(ALB)基因完整cds   Chr 4:74.685-74.685Mbp(+)
  36646_at 人血纤蛋白溶解酶原基因   Chr 6:160.995-161.007Mbp(+)
36995_at 人间-α-胰蛋白酶抑制剂轻链(ITI)基因   Chr 9:110.276-110.278Mbp(-)
37175_at 人抗凝血酶III(ATIII)基因   Chr 1:170.453-170.459Mbp(-)
38585_at 人G-γ珠蛋白和A-γ珠蛋白基因,完整cds   Chr 11:5.233-5.235Mbp(-)
38825_at 人血纤蛋白原α链基因,完整mRNA   Chr 4:155.97-155.97Mbp(-)
38890_at 人血清淀粉状P组分基因,完整cds Chr 1:156.335-156.336Mbp(+)
39763_at 人血红素结合蛋白基因   Chr 11:6.411-6.412Mbp(-)
40114_at 人甲胎蛋白(AFP)mRNA,完整cds   Chr 4:74.718-74.722Mbp(+)
926_at HUMMT2A人(14VS克隆)金属硫蛋白-IG(MTIG)基因,完整cds Chr 16:56.435-56.436Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
AFP 甲胎蛋白 NM_001134.1 Chr 4:74.702-74.722Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34521952&g=htcDnaNearGene&i=NM_001134&c=chr4&1=74701568&r=74723128&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.paddig3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
AHSG α-2-HS-糖蛋白 NM_001622.1   Chr 3:187.732-187.741Mbp(+)
ALB 清蛋白 NM_000477.3 Chr 4:74.67-74.687Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34521814&g=htcDnaNearGene&i=NM_000477&c=chr4&1-74669641&r=74688768&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
ALDOB   醛缩酶B,果糖-二磷酸 NM_000035.2   Chr 9:97.641-97.655Mbp(-)
AMBP   α-1-微球蛋白/尿抑胰酶素前体 NM_001633.2   Chr 9:110.276-110.294Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
APOA1 载脂蛋白A-1 NM_000039.1 Chr 11:116.74-116.742Mbp(-)
APOA2 载脂蛋白A-II NM_001643.1   Chr 1:157.969-157.971Mbp(-)
APOB   载脂蛋白B(包括Ag(x)抗原) NM_000384.1   Chr 2:21.182-21.224Mbp(-)
APOC2 载脂蛋白C-II NM_000483.3   Chr 19:50.125-50.128Mbp(+)
APOC3 载脂蛋白C-III NM_000040.1   Chr 11:116.734-116.737Mbp(+)
APOH 载脂蛋白H(β-2-糖蛋白1) NM_000042.1   Chr 17:64.625-64.643Mbp(-)
CPS1 氨甲酰磷酸合成酶1线粒体 NM_001875.2   Chr 2:211.385-211.507Nbp(+)
CYP3A7   细胞色素P450,家族3,亚家族A,多肽7 NM_000765.2   Chr 7:98.998.93Mbp(-)
FGA 血纤蛋白原,Aα多肽 NM_000508.2   Chr 4:155.97-155.978Mbp(-)
FGB 血纤蛋白原,Bβ多肽 NM_005141.1   Chr 4:155.95-155.958Mbp(+)
FGG 血纤蛋白原,γ多肽 NM_000509.3   Chr 4:155.991-155.999Mbp(-)
GC   型特异性组分(维生素D结合蛋白) NM_000583.2   Chr 4:73.008-73.05Mbp(-)
HBZ 血红蛋白,ζ NM_005332.2   Chr 16:0.142-0.144Mbp(+)
Hs.407269   克隆FLB5539PR01454mRNA,完整cds   Chr 12:69.001-69.004Mbp(-)
IGF2 胰岛素样生长因子2(生长调节素) NM_000612.2 Chr 11:2.113-2.119Mbp(
LIPC 脂肪酶,肝 NM_000236.1   Chr 15:56.303-56.44Mbp(+)
ORM1   血清类粘蛋白1(Ororomucoid 1) NM_000607.1   Chr 9:110.538-110.542Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PLG 血纤蛋白溶解酶原 NM_000301.1   Chr 6:160.956-161.007Mbp(+)
PRTN3   蛋白酶3(丝氨酸蛋白酶,中性粒细胞。韦氏肉芽肿自身抗原 NM_002777.2 Chr 19:0.78-0.788Mbp(+)
SERPINA1   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体A(α-1扰蛋白酶,抗胰蛋白酶),成员1 NM_000295.2 Chr 14:92.834-92.845Mbp(-)
SERPINC1   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体C(抗凝血酶),成员2 NM_000488.1 Chr 1:170.453-170.467Mbp(-)
SLC2A2   溶质载体家族2(易化葡萄糖转运蛋白),成员2 NM_000340.1 Chr 3:172.116-172.146Mbp(-)
SPP2 分泌的磷蛋白2,24kD NM_006944.1   Chr 2:234.975-234.994Mbp(+)
TM4SF4 跨膜4超家族成员4 NM_004617.2   Chr 3:150.474-150.502Mbp(+)
UGT2B4   UDP糖基转移酶2家族,多肽B4 NM_021139.1   Chr 4:70.595-70.611Mbp(-)
胎脑 CHL1   与L1CAM同源的细胞黏附分子(L1的近同源物) NM_006614.2   Chr 3:0.213-0.426Mbp(+)
FABP7 脂肪酸结合蛋白7,脑 NM_001446.3   Chr 6:123.035-123.04Mbp(+)
FOX1B   叉头框G1B NM_005249.3   Chr 14:27.225-27.228Mbp(+)
GPM6A   糖蛋白M6A NM_005277.3   Chr 4:177.138-177.508Mbp(-)
Hs.4267   克隆24714和24715mRNA序列   Chr 18:29.58-29.582Mbp(+)
MGC8685   微管蛋白,β多肽种内同源物 NM_1780123   Chr 6:3.214-3.217Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
RTN1 转录序列 NM_021136.2 Chr 14:58.052-58.327Mbp(-)
TUBB 微管蛋白,β多肽 NM_001069.1   Chr 6:3.143-3.147Mbp(-)
胎儿甲状腺 ACTA1 肌动蛋白,α1,骨骼肌 NM_001100.3   Chr 1:225.966-225.969Mbp(-)
SLC26A7 溶质载体家族26,成员7 NM_134266.1 Chr 8:91.93-92.079Mbp(+)
TG 甲状腺球蛋白 NM_052832.2   Chr 8:91.93-92.079Mbp(+)
TPO 甲状腺过氧化物酶 NM_175719.1   Chr 2:1.49-1.619Mbp(+)
TSHR 促甲状腺激素受体 NM_000369.1   Chr 14:79.411-79.6Mbp(+)
胎肺 HPR 触珠蛋白相关蛋白 NM_020995.3   Chr 16:71.832-71.846Mbp(+)
SFTPB   表面活性物质,肺相关蛋白B NM_198843.1   Chr 2:85.842-85.853Mbp(-)
SFTPC   表面活性物质,肺相关蛋白C NM_003018.2   Chr 8:21.839-21.842Mbp(+)
DRG 40657_at y128b07.s1人cDNA3′端   Chr 3:187.978-187.978Mbp(+)
FABP4   脂肪酸结合蛋白4,脂肪细胞 NM_001442.1   Chr 8:82.114-82.118Mbp(-)
NEF3 神经丝3(150kD介质) NM_005382.1   Chr 8:24.591-24.597Mbp(+)
NEFL 神经丝,轻多肽68kD NM_006158.1   Chr 8:24.63-24.634Mbp(-)
TAC1   速激肽,前体1(K物质、k物质、神经激肽1、神经激肽2、神经调节肽L、神经激肽α、神经肽K、神经肽γ) NM_003182.1 Chr 7:96.959-96.967Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
前列腺 1197_at   人肠平滑肌ν肌动蛋白基因,5’侧翼和   Chr 2:74.098-74.104Mbp(+)
33767_at   人NF-H基因,外显子1(和结合的CDS)   Chr 22:28.211-28.211Mbp(+)
ACPP 酸性磷酸盐,前列腺 NM_001099.2   Chr 3:133.317-133.359Mbp(+)
AZGP1 α-2-糖蛋白1,锌 NM_001185.2   Chr 7:99.161-99.171Mbp(-)
CLDN 密蛋白3 NM_001306.2   Chr 7:72.581-72.582Mbp(-)
FOXA1 叉头框A1 NM_004496.2   Chr 14:36.049-36.054Mbp(-)
KLK2 激肽释放酶2,前列腺 NM_005551.2   Chr 19:56.052-56.059Mbp(+)
KLK3   激肽释放酶3,(前列腺特异性抗原) NM_001648.2   Chr 19:56.034-56.04Mbp(+)
KRT15 角蛋白15 NM_002275.2   Chr 17:39.578-39.587Mbp(-)
MSMB   微精原蛋白(Microseminoprotein),β- NM_002443.2   Chr 10:51.441-51.455Mbp(+)
MYH11   肌球蛋白,重多肽11,平滑肌 NM_002474.1   Chr 16:15.724-15.878Mbp(-)
NEFH 神经丝,重多肽200kD NM_021076.2   Chr 22:28.191-28.211Mbp(+)
TGM4 转谷氨酰胺酶(前列腺) NM_003241.1   Chr 3:44.735-44.775Mbp(+)
TMPRSS2 跨膜蛋白酶,丝氨酸2 NM_005656.2   Chr21:41.757-41.8Mbp(-)
子宫 40776_at 人结蛋白基因,完整cds   Chr 2:220.254-220.255Mbp(+)
CNN1   钙调理蛋白1,碱性,平滑肌 NM_001299.3   Chr 19:11.494-11.506Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
PAEP 结合孕激素相关子宫内膜蛋白(胎盘蛋白14,妊娠相关子宫内膜α2球蛋白,α子宫蛋白) NM_002571.1 Chr 9:131.976-131.981Mbp(+)
睾丸 34658_at 人鱼精蛋白1(PRM1),鱼精蛋白2(PRM2)和转换蛋白2(TNP2)基因,完整cds Chr 16:11.335-11.336Mbp(-)
36301_at 人19号染色体,粘粒F19847   Chr 19:17.772-17.773Mbp(-)
37008_r_at 人蛋白C抑制剂基因,完整cds   Chr 14:93.049-93.049Mbp(+)
39156_at dJ149A16.3(Ret指形蛋白样-3反义)   Chr 22:31.08-31.08Mbp(-)
41149_at 人16号染色体BAC克隆CIT987SK-44M2   Chr 16:20.783-20.788Mbp(+)
AKAP4 一种激酶(PRKA)锚定蛋白(anchor protein)4 NM_003886.2   Chr X:48.653-48.663Mbp(-)
ART3 ADP-核糖基转移酶3 NM_001179.2   Chr 4:77.388-77.426Mbp(+)
CDKN3 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂3(CDK2相关双重特异性磷酸酶) NM_005192.2 Chr 14:52.853-52.876Mbp(+)
GAGE4 G抗原5 NM_0014751   Chr X:48.023-48.04Mbp(+)
GK2 甘油激酶2 NM_033214.2   Chr 4:80.72-80.722Mbp(-)
Ins13 胰岛素样3(睾丸间质细胞) NM_005543.2   Chr 19:17.772-17.777Mbp(-)
LDHC 乳酸脱氢酶C NM_002301.2   Chr 11:18.473-18.511Mbp(+)
LOC81691 外切核酸酶NEF-sp NM_030941.1   Chr 16:20.745-20.788Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
ODF2 精子尾外周致密纤维2 NM_002540.3   Chr 9:124.672-124.716Mbp(+)
PRM1 鱼精蛋白1 NM_002761.1   Chr 16:11.341-11.341Mbp(-)
PRM2 鱼精蛋白2 NM_002762.1   Chr 16:11.335-11.336Mbp(-)
SPINK2   丝氨酸蛋白酶抑制剂,Kazal 2型(顶体蛋白-胰蛋白酶抑制剂) NM_021114.1 Chr 4:57.525-57.537Mbp(-)
TKTL1 转羟乙醛酶样-1 NM_012253.1   Chr X:151.109-151.144Mbp(+)
TNP1   转换蛋白1(组蛋白替换为鱼精蛋白时) NM_003284.2   Chr 2:217.688-217.688Mbp(-)
TSPY2 睾丸特异性蛋白,Y-连锁2 NM_022573.1   Chr Y:9.14-9.143Mbp(+)
ZPBP 透明带结合蛋白 NM_0070091   Chr 7:49.687-49.843Mbp(-)
睾丸生精小管 ANKRD7 锚蛋白重复结构域7 NM_019644.1   Chr 7:117.405-117.423Mbp(+)
胎盘 1332_f_at   生长激素的人种系基因(presomatotropin)   Chr 17:62335-62.336Mbp(-)
1691_g_at   来自人细胞色素P-450芳化酶基因卵巢和前列腺特异性外显子,多外显子1和外显子2 Chr 15:49.114-49.114Mbp(-)
203807_x_at 绒毛膜生长催乳激素2   Chr 17:62.29-62.291Mbp(-)
208294_x_at 类绒毛膜生长催乳激素1   Chr 17:62.327-62.329Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
31493_s_at   人生长激素(GH-1和GH-2)和绒毛膜生长催乳激素(CS-1、CS-2和CS-5)基因,完整cds Chr 17:62.29-62.314Mbp(-)
35721_at   人3-β羟类固醇脱氢酶/δ-5-δ-4-异构酶(3-β-HSD)基因,完整cds Chr 1:119.204-119.204Mbp(+)
36784_at   人生长激素(GH-1和GH-2)和绒毛生长催乳激素(CS-1、CS-2和CS-5)基因,完整cds Chr 17:62.328-62.328Mbp(-)
39352_at   促甲状腺激素c亚单位[人,基因组,1327nt 4区段]   Chr 6:87.745-87.748Mbp(-)
40316_at   人生长激素变种(HGH-V)基因,完整cds   Chr 17:62.298-62.299Mbp(-)
ABP1   氨氯吡嗪脒结合蛋白1(胺氧化酶(含铜)) NM_001091.1   Chr 7:149.864-149.873Mbp(+)
ADAM12   解连蛋白和金属蛋白酶结构域12(解连蛋白酶α) NM_003474.2   Chr 10:127.744-128.118Mbp(-)
ALPP   碱性磷酸酶,胎盘(里甘同工酶(reganisozyme)) NM_001632.2   Chr 2:233.207-233.211Mbp(+)
ALPPL2 碱性磷酸酶,类胎盘2 NM_031313.1   Chr 2:233.235-233.239Mbp(+)
CAPN6 钙激活中性蛋白酶6 NM_014289.2   Chr X:108.513-108.538Mbp(-)
CGA 糖蛋白激素,α多肽 NM_000735.2   Chr 6:87.745-87.754Mbp(-)
  组织类型   基因缩写    基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CGB 绒毛膜促性腺激素,β多肽 NM_000737.2   Chr 19:54.202-54.203Mbp(-)
CGB2 绒毛膜促性腺激素,β多肽2 NM_033378.1   Chr 19:54.211-54.212Mbp(+)
CRH 促肾上腺皮质素释放因子 NM_000756.1   Chr 8:66.811-66.813Mbp(-)
CSH1 绒毛膜生长催乳激素1(胎盘催乳素) NM_001317.3   Chr 17:62.313-62.314Mbp(-)
CSH2 绒毛膜生长催乳激素2 NM_020991.3   Chr 17:62.29-62.291Mbp(-)
CSHL1 类绒毛膜生长催乳激素1 NM_001318.2   Chr 17:62.327-62.329Mbp(-)
CYP19A1 细胞色素P450,家族19,亚家族A,多肽I NM_000103.2   Chr 15:49.08-49.209Mbp(-)
DLK1 类δ1同源物(果蝇(Drosophilia)) NM_003836.3   Chr 14:99.183-99.191Mbp(+)
EB13 EB病毒诱导基因3 NM_005755.2   Chr 19:4.169-4.177Mbp(+)
FBLN1 纤蛋白1 NM_001996.2   Chr 22:44.175-44.273Mbp(+)
GAGEC1 G抗原,家族C,1 NM_007003.2   Chr X:48.291-48.296Mbp(+)
GDF15 生长分化因子15 NM_004864.1   Chr 19:18.324-18.345Mbp(+)
GH1 生长激素1 NM_000515.3   Chr 17:62.335-62.337Mbp(-)
GH2 生长激素2 NM_002059.3   Chr 17:62.298-62.314Mbp(-)
HSD17B1 羟类固醇(17-β)脱氢酶1 NM_000413.1   Chr 17:40.612-40.615Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HSD3B1   羟-δ-5-类固醇脱氢酶,3.β-和类固醇δ-异构酶 NM_000862.1   Chr 1:119.196-119.204Mbp(+)
Hs.231971   MRNA全长插入cDNA克隆EUR0IMAGE248114   Chr 9:106.585-106.628Mbp(-)
IGFBP1   胰岛素样生长因子结合蛋白1 NM_000596.1   Chr 7:45.634-45.64Mbp(+)
KISS1 KISS-1转移抑制基因 NM_002256.2   Chr 1:200.52-200.526Mbp(-)
PAPPA 妊娠相关血浆蛋白A NM_002581.3   Chr 9:112.369-112.618Mbp(+)
PSG1 妊娠特异性β-1-糖蛋白1 NM_006905.2   Chr 19:48.047-48.059Mbp(-)
PSG2 妊娠特异性β-1-糖蛋白2 NM_031246.1   Chr 19:48.244-48.262Mbp(-)
PSG3 妊娠特异性β-1-糖蛋白3 NM_021016.2 Chr 19:47.901-47.92Mbp(-)
PSG4 妊娠特异性β-1-糖蛋白4 NM_002780.3   Chr 19:48.372-48.385Mbp(-)
PSG5 妊娠特异性β-1-糖蛋白5 NM_002781.2   Chr 19:48.347-48.366Mbp(-)
PSG7 妊娠特异性β-1-糖蛋白7 NM_002783.1   Chr 19:48.104-48.117Mbp(-)
PSG9 妊娠特异性β-1-糖蛋白9 NM_002784.2   Chr 19:48.433-48.449Mbp(-)
TFAP2A   转录因子AP-2α(激活增强子结合蛋白2α) NM_003220.1   Chr 6:10.46-10.477Mbp(-)
TGM2   转谷氨酰胺酶2(C多肽,蛋白-谷氨酰胺-γ-谷氨酰转移酶) NM_004613.2 Chr 20:37.395-37.432Mbp(-)
TIMP2 金属蛋白酶组织抑制剂2 NM_003255.2   Chr 17:77.312-77.382Mbp(-)
VGLL1 残退(vestigal)样1(果蝇) NM_016267.2   Chr X:133.559-133.583Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
睾丸生殖细胞 CRISP2 富含半胱氨酸分泌蛋白2 NM_003296.1   Chr 6:49.661-49.682Mbp(-)
203861_s_at 辅肌动蛋白,α2   Chr 1:233.217-233.222Mbp(+)
心脏 32485_at   人肌红蛋白基因(外显子1)(以及结合的cds)   Chr 22:34.274-34.275Mbp(-)
 36477_at   人TNNI3基因   Chr 19:60.339-60.341Mbp(-)
39063_at   人α心肌动蛋白基因,5侧翼   Chr 15:32.661-32.662Mbp(-)
39085_at   人慢缩骨骼肌/心肌肌钙蛋白C基因,完整cds   Chr 3:52.341-52.341Mbp(-)
ACTN2 辅肌动蛋白,α2 NM_001103.1   Chr 1:233.146-233.223Mbp(+)
CASQ2 肌集钙蛋白2(心肌) NM_001232.1   Chr 1:115.39-115.459Mbp(-)
CKM 肌酸激酶,肌肉 NM_001824.2   Chr 19:50.485-50.502Mbp(-)
COX6A2   细胞色素C氧化酶亚单位VIa多肽2 NM_005205.2   Chr 16.31.435-31.436Mbp(-)
CSRP3   富含半胱氨酸和甘氨酸蛋白3(心LIM蛋白) NM_003476.2   Chr 11:19.245-19.262Mbp(-)
DES 脱氨蛋白(Desamin) NM_001927.2   Chr 2:220.247-220.255Mbp(+)
HRC 富含组氨酸钙结合蛋白 NM_002152.1   Chr 19:54.33-54.334Mbp(-)
LDB3 LIM结构域结合蛋白3 NM_007078.1   Chr 10:88.559-88.625Mbp(+)
MB 肌红蛋白(Myglobin) NM_005368.2   Chr 22:34.274-34.291Mbp(-)
MYH6   肌球蛋白,重多肽6,心肌,α(心肌病,肥大性1) NM_002471.1   Chr 14:21.841-21.866Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
MYH7  肌球蛋白,重多肽7,心肌,β NM_000257.1   Chr 14:21872-21.893Mbp(-)
MYL2  肌球蛋白,轻多肽2,调节性,心,慢型 NM_000432.1   Chr 12:111.131-111.141Mbp(-)
MYL3  肌球蛋白,轻肽3,碱性;心室,骨骼,慢型 NM_000258.1   Chr 3:46.718-46.724Mbp(+)
MYL7  肌球蛋白,轻多肽7,调节性 NM_021223.1   Chr 7:43.885-43.888Mbp(+)
MYOZ2 Myozenin 2 NM_016599.2   Chr 4:120.45-120.502Mbp(+)
PGAM 磷酸甘油酸变位酶2(肌肉) NM_000290.1   Chr 7:43.809-43.811Mbp(-)
SLC4A3  溶质载体家族4,阴离子交换剂,成员3 NM_005070.1   Chr 2:220.456-220.47Mbp(+)
TCAP 肌联蛋白帽(视松蛋白) NM_003673.2   Chr 17:37.73-37.733Mbp(+)
TNNC1 肌钙蛋白C,慢型 NM_003280.1   Chr 3:52.341-52.344Mbp(+)
TNN13 肌钙蛋白1,心 NM_000363.3   Chr 19:60.339-60.345Mbp(-)
TNNT2 肌钙蛋白T2,心 NM_000364.2   Chr 1:198.616-198.635Mbp(-)
TPM1 原肌球蛋白1(α) NM_000366.4   Chr 15:60.913-60.937Mbp(+)
17369_THY- IGLL1 免疫球蛋白λ样多肽1 NM_020070.2   Chr 22:22.239-22.247Mbp(-)
MYB  V-MYB成髓细胞血症病毒癌基因同源物(禽类) NM_005375.2   Chr 6:135.437-135.475Mbp(+)
17299_THY+ 1369_s_at  人白细胞介素8(IL8)基因完整cds   Chr 4:75.009-75.009Mbp(+)
CACNA1E  钙通道,电压依赖性,α1E亚单位 NM_000721.1   Chr 1:177.972-178.288Mbp(+)
HIST1H2AE 组蛋白1,H2ae NM_0210522   Chr 6:26.279-26.28Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HIST2H2AA 组蛋白2,H2aa NM_003516.2   Chr 1:146.588-146.598Mbp(+)
17440_THY- EREG 表皮调节素(Epiregulin) NM_001432.1   Chr 4:75.631-75.655Mbp(+)
HL60 33641_g_at   人DNA,粘粒克隆TN62和TN82   Chr 6:31.643-31.643Mbp(+)
40019_at   人EVI12B3P基因,外显子和完整cds   Chr 17:29.48-29.481Mbp(-)
CLC 夏科-莱登晶体蛋白 NM_001828.4   Chr 19:44.897-44.904Mbp(-)
LILRB1   白细胞免疫球蛋白样受体,亚家族B(含TM和ITIM结构域),成员1 NM_006669.2 Chr 19:59.804-59.825Mbp(+)
MPO 髓过氧化物酶 NM_000250.1   Chr 17:56.689-56.7Mbp(-)
RNASE2   核糖核酸酶,RNA酶A家族,2(肝,嗜酸性粒细胞来源神经毒素) NM_002934.2 Chr 14:19.413-19.414Mbp(+)
SERPINB10   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体B(卵清蛋白),成员10 NM_005024.1 Chr 18:61.367-61.387Mbp(+)
MOL4 217028_at   趋化因子(C-X-C基序),受体4(融蛋白)   Chr 2:136.894-136.894Mbp(-)
33238_at   人T淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶p561ck(lck)异常型mRNA,完整cds Chr 1:32.177-32.178Mbp(+)
37861_at   人MHC相关抗原的CD1R2基因   Chr 1:155.104-155.105Mbp(+)
40775_at   人染色体Xq21.1-21.2的PAC696H22的DNA序列。含小鼠E25样基因,一种驱动蛋白样假基因和EST Chr X:76.657-76.657Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
ALDH1A2 醛脱氢酶1家族,成员A2 NM_003888.2   Chr 15:55.824-55.937Mbp(-)
AR-HGDIB   Rho GDP解离抑制剂(GDI)β NM_001175.1   Chr 12:14.995-15.014Mbp(-)
CD1B CD1B抗原,b多肽 NM_001764.1   Chr 1:155.075-155.079Mbp(-)
CFTR   囊性纤维化跨膜传导调节蛋白,ATP结合盒(亚家族C,成员7) NM_000492.2 Chr 7:116.66-116.849Mbp(+)
CORO1A   冠蛋白,肌动蛋白结合蛋白1A NM_007074.1   Chr 16:30.192-30.197Mbp(+)
CXCR4   趋化因子(C-X-C基序),受体4 NM_003467.1   Chr 2:137.082-137.086Mbp(-)
ITM2A 整合膜蛋白2A NM_004867.2   Chr X:76.657-76.664Mbp(-)
LEF1 淋巴样增强子结合因子1 NM_016269.2   Chr 4:109.361-109.482Mbp(-)
NINJ2 Ninjurin2 NM_016533.4   Chr 12:0.552-0.652Mbp(-)
hIAN2 人免疫相关核苷酸2 NM_0247112   Chr 7:149.637-149.644Mbp(-)
RHOH   Ras同源物基因家族,成员H NM_004310.2   Chr 4:40.033-40.08Mbp(+)
K562 217414_x_at 血红蛋白,α2   Chr 16:0.162-0.163Mbp(+)
GAGE2 G抗原2 NM_001472.1   Chr X:47.994-48.059Mbp(+)
HBA1 血红蛋白,α1 NM_000558.3   Chr 16:0.166-0.167Mbp(+)
HBE1 血红蛋白,ε1 NM_005330.3   Chr 11:5.248-5.25Mbp(-)
PRAME   黑色素瘤中优势表达的抗原 NM_006115.3   Chr 22:21.214-21.226Mbp(-)
  组织类型  基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SCG3 分泌粒蛋白III NM_013243.2   Chr 15:49.552-49.592Mbp(+)
SSX2 滑膜肉瘤,X断裂点2 NM_003147.4   Chr X:51.377-51.442Mbp(+)
睾丸间质细胞 SPAG11 精子相关抗原11 NM_016512.2   Chr 8:7.468-7.592Mbp(+)
睾丸间质 MCSP   线粒体被膜(capsule)含硒蛋白质 NM_030663.2   Chr 1:149.625-149.632Mbp(+)
白血病成淋巴 DNTT 末端脱氧核苷酸转移酶 NM_004088.2   Chr 10:98.195-98.229Mbp(+)
  细胞(molt,4)
白血病早幼粒 CR2   补体成分(3d/EB病毒)受体2 NM_001877.2   Chr 1:204.271-204.306Mbp(+)
  细胞(h160) RGS13 G蛋白信号传导调节子13 NM_002927.3   Chr 1:189.071-189.095Mbp(+)
  PB-CD56+NK细胞 203828_s_at 天然杀伤细胞转录物4   Chr 16:3.118-3.119Mbp(+)
37145_at 人NKG5基因,完整cds   Chr 2:85.879-85.883Mbp(+)
AKNA AT钩转录因子 NM_030767.2   Chr 9:110.552-110.603Mbp(-)
BIN2 桥连整合子(integrator) NM_016187.1   Chr 12:51.391-51.434Mbp(-)
CD3Z   CD32抗原,ζ多肽(TiT3复合物) NM_002985.2   Chr 17:34.047-34.056Mbp(-)
CD7 CD7抗原(p41) NM_006137.5   Chr 17:80.802-80.805Mbp(-)
CMRF-35H 白细胞膜抗原 NM_007261.1   Chr 17:72.926-72.945Mbp(+)
CST7   半胱氨酸蛋白酶抑制剂F(leukocystatin) NM_003650.2   Chr 20:24.877-24.888Mbp(+)
CTSW Cathespin W(淋巴痛) NM_001335.2   Chr 11:65.897-65901Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CX3CR1  趋化因子(C-X3-C基序)受体1 NM_001337.2   Chr 3:39.118-39.134Mbp(-)
EDG8  内皮分化,鞘脂G蛋白偶联受体8 NM_030760.3   Chr 19:10.468-10.473Mbp(-)
GNLY 粒溶素 NM_006433.2   Chr 2:85.879-85.883Mbp(+)
GZMH  粒酶H(组织蛋白酶G样-2,蛋白质h-CCPX) NM_033423.2   Chr 14:23.065-23.068Mbp(-)
HA-1 次要组织相容性抗原HA-1 NM_012292.2   Chr 19:1.018-1.037Mbp(+)
KLRB1  杀伤细胞凝集素样受体亚家族B,成员1 NM_002258.1   Chr 12:9.647-9.66Mbp(-)
KLRD1  杀伤细胞凝集素样受体亚家族D,成员1 NM_002262.2   Chr 12:10.36-10.369Mbp(+)
KLRF1  杀伤细胞凝集素样受体亚家族F,成员1 NM_016523.1   Chr 12:9.88-9.897Mbp(+)
MYOM2  肌中线蛋白(M-蛋白)2,165kD NM_003970.1   Chr 8:2.143-2.243Mbp(+)
NK4 天然杀伤细胞转录物4 NM_004221.3   Chr 16:3.115-3.119Mbp(+)
PRF1 穿孔蛋白1(孔形成蛋白) NM_005041.3   Chr 10:72.249-72.254Mbp(-)
PSMB8  蛋白酶体(前体,巨蛋白体(macropan)亚单位,β型,8(大型多功能蛋白酶7) NM_004159.3 Chr 6:32.81-32.814Mbp(-)
PTPRC  蛋白酪氨酸磷酸酶,受体型,C NM_002838.2   Chr 1:195.074-195.192Mbp(+)
RAC2  Ras相关C3肉毒毒素底物2(rho家族,小GTP结合蛋白Rac2) NM_002872.3 Chr 22:35.864-35.883Mbp(-)
RUNX3 runt相关转录因子3 NM_004350.1   Chr 1:24.205-24.235Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SH2D1A SH2结构域蛋白1A,邓肯氏病(淋巴组织增生综合征) NM_002351.1 Chr X:121.432-121.459Mbp(+)
STK10 丝氨酸/苏氨酸激酶10 NM_005990.2   Chr 5:171.406-171.55Mbp(-)
T3JAM   TRAF3-相互作用Jun N-末端激酶(JNK)-激活调质 NM_025228.1   Chr 1:206.568-206.594Mbp(+)
TRD@ T细胞受体δ基因座   Chr 14:20.908-20.925Mbp(+)
TRGV9 T细胞受体γ可变9   Chr 7:38.004-38.1Mbp(-)
XCL1 趋化因子(C基序)配体1 NM_002995.1   Chr 1:165.241-165.247Mbp(+)
XCL2 趋化因子(C基序)配体2 NM_003175.2   Chr 1:165.206-165.209Mbp(-)
ZAP70 ζ链(TCR)相关蛋白激酶70kD NM_001079.3   Chr 2:97.934-97.96Mbp(+)
721_B_淋巴 CTAG1B 癌症/睾丸抗原1 NM_001327.1   Chr X:151.398-151.432Mbp(+)
胚细胞 CTAG2 癌症/睾丸抗原2 NM_020994.1   Chr X:151.465-151.467Mbp(+)
FCER2 IgE的Fc片段,低亲和性II,CD23A的受体 NM_002002.3   Chr 19:7.648-7.661Mbp(-)
HLA-DQA1   主要组织相容性复合体,II类DQα1 NM_002122.2   Chr 6:32.656-32.662Mbp(+)
MAP4K1 促分裂原活化蛋白激酶1 NM_007181.3   Chr 19:43.754-43.784Mbp(-)
UNC13C   unc-13同源物C(线虫(C.elgans))   Chr 15:51.878-52.499Mbp(+)
PB-CD19+B细胞 ADAM28   解联蛋白和金属蛋白酶结构域28 NM_014265.1   Chr 8:23.972-24.033Mbp(+)
BLK B淋巴酪氨酸激酶 NM_001715.2   Chr 8:11.222-11.293Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
C14orf110 14号染色体可读框110   Chr 14:104.355-104.363Mbp(+)
CD22 CD22抗原 NM_001771.1   Chr 19:40.498-40.514Mbp(+)
CD37 CD37抗原 NM_001774.1   Chr 19:54.514-54.519Mbp(+)
HLA-DOB   主要组织相容性复合体,II类,DOβ NM_002120.2   Chr6_random:4.083-4.088Mbp(-)
HLA-DQB2   主要组织相容性复合体,II类,DQβ2 NM_182549.1   Chr 6:32.725-32.732Mbp(-)
ISG20 干扰素刺激基因20kD NM_002201.4   Chr 15:86.769-86.786Mbp(+)
LTB   淋巴毒素β(TNF超家族,成员3) NM_002341.1   Chr 6:31.607-31.609Mbp(-)
P2RX5   嘌呤能受体P2X,配体门控离子通道5 NM_002561.2   Chr 17:3.527-3.55Mbp(-)
POU2AFI POU结构域,2类,相关因子 NM_006235.1   Chr 11:111.256-111.284Mbp(-)
TOSO Fas诱导凋亡调节子 NM_005449.3   Chr 1:203.721-203.738Mbp(-)
1103_at   人血管生成素基因,完整cds和三个Alu重复序列   Chr 14:19.152-19.152Mbp(+)
1431_at   人细胞色素P450IIE1(乙醇可诱导的)基因,完整cds   Chr 10:135.263-135.268Mbp(+)
203722_at 醛脱氢酶4家族,成员A1   Chr 1:18.344-18.344Mbp(-)
31825_at   人肝素辅因子II(HCF2)基因,外显子1至5   Chr 22:19.466-19.466Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
33487_at   人4-羟苯丙酮酸双加氧酶(HPD),完整cds   Chr 12:122.046-122.054Mbp(-)
33703_f_at   人烯醇丙酮酸磷酸羧激酶(PCK1)基因,具有重复序列的完整cds Chr 20:56.779-56.779Mbp(+)
33990_at   类似于L-甘油-3-磷酸-NAD氧化还原酶和清蛋白基因序列的人mRNA克隆 Chr 4:74.687-74.687Mbp(+)
33991_g_at   类似于L-甘油-3-磷酸-NAD氧化还原酶和清蛋白基因序列的人mRNA克隆 Chr 4:74.684-74.687Mbp(+)
33992_at   人血清清蛋白(ALB)基因,完整cds   Chr 4:74.685-74.685Mbp(+)
34298_at   人间α胰蛋白酶抑制剂重链H1基因,外显子1-3   Chr 3:52.679-5268Mbp(+)
  36646_at   人血纤维蛋白溶酶原基因   Chr 6:160.995-161.007Mbp(+)
36995_at   人间α胰蛋白酶抑制剂轻链(ITI)基因   Chr 9:110.276-110.278Mbp(-)
37175_at 人抗凝血酶III(ATIII)基因   Chr 1:170.453-170.459Mbp(-)
39763_at 人血红素结合蛋白   Chr 11:6.411-6.412Mbp(-)
A1BG α-1-B糖蛋白 NM_130786.2   Chr 19:63.532-63.54Mbp(-)
AADAC 芳基乙酰胺脱乙酰酶(酯酶) NM_001086.1   Chr 3:152.813-152.827Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
ADH1A 醇脱氢酶1A(I类),α多肽 NM_000667.2   Chr 4:100.59-100.604Mbp(-)
ADH1C 醇脱氢酶1C(I类),γ多肽 NM_000669.2   Chr 4:100.65-100.666Mbp(-)
AGXT   丙氨酸-乙醛酸氨基转移酶(草酸盐积沉症I型、高草酸尿I型、羟基乙酸尿症、丝氨酸-丙酮酸氨基转移酶) NM_000030.1 Chr 2:241.827-241.838Mbp(+)
AKR1C4   醛酮还原酶家族I,成员C4(十氯酮(chlordecone)还原酶、3-α羟基类固醇脱氢酶I型、二氢二醇脱氢酶4) NM_001818.2 Chr 10:5.339-5.361Mbp(+)
AKR7A3   醛酮还原酶家族7,成员A3(黄曲霉毒素醛还原酶) NM_012067.2   Chr 1:18.755-18.761Mbp(-)
ALDH4A1 醛脱氢酶4家族,成员A1 NM_003748.2   Chr 1:18.343-18.375Mbp(-)
ALDOB 醛缩酶B,果糖二磷酸 NM_000035.2   Chr 9:97.641-97.655Mbp(-)
AMBP   α-1-微球蛋白/尿抑胰酶素前体 NM_001633.2   Chr 9:110.276-110.294Mbp(-)
APOC1 载脂蛋白C-1 NM_001645.2   Chr 19:50.094-50.098Mbp(+)
ASGR2 脱唾液酸糖蛋白受体2 NM_001181.2   Chr 17:6.949-6.961Mbp(-)
C8G 补体成分8,γ多肽 NM_000606.1 Chr 9:133.28-133.282Mbp(+)
CES1   羧酸酯酶1(单核细胞/巨噬细胞丝氨酸酯酶1) NM_001266.3   Chr 16:55.536-55.597Mbp(+)
CYP2A6   细胞色素P450,家族2,亚家族A,多肽6 NM_000762.4   Chr 19:46.025-46.209Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CYP2A7   细胞色素P450,家族2,亚家族A,多肽7 NM_000764.2   Chr 19:46.057-46.064Mbp(-)
CYP2D6   细胞色素P450,家族2,亚家族D,多肽6 NM_000106.3   Chr 22:40.767-40.771Mbp(-)
CYP2E1   细胞色素P450,家族2,亚家族E,多肽1 NM_000773.2   Chr 10:135.256-135.268Mbp(+)
DP1L1 息肉病基因座蛋白1样-1 NM_138393.1   Chr 19:1.431-1.437Mbp(+)
F12 凝结因子XII(Hageman因子) NM_000505.2   Chr 5:176.764-176.772Mbp(-)
F2 凝结因子II(凝血酶) NM_000506.2   Chr 11:46.772-46.792Mbp(+)
G6PC   葡萄糖-6-磷酸酶,催化性(1型糖原贮积病、冯吉尔克病) NM_000151.1 Chr 17:40.961-40.974Mbp(+)
HAMP Hepicidin抗微生物肽 NM_021175.1   Chr 19:40.449-40.452Mbp(+)
HMGCS2   3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶2(线粒体) NM_005518.1   Chr 1:119.438-119.458Mbp(-)
HP 触珠蛋白 NM_005143.1   Chr 16:71.824-71.83Mbp(+)
HPD   4-羟基苯基丙酮酸双加氧酶 NM_002150.2   Chr 12:122.046-122.065Mbp(-)
HPX 血红素结合蛋白 NM_000613.1   Chr 11:6.411-6.421Mbp(-)
ITIH1 间α(球蛋白)抑制剂H1 NM_002215.1   Chr 3:52.666-52.68Mbp(+)
ITIH4   间α(球蛋白抑制剂H4(血浆激肽释放酶敏感糖蛋白)) NM_002218.3   Ghr 3:52.701-52.719Mbp(-)
LBP 脂多糖结合蛋白 NM_004139.2   Chr 20:37.66-37.691Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
LCAT   磷脂酰胆碱-胆固醇酰基转移酶 NM_000229.1   Chr 16:67.708-67.713Mbp(+)
MAT1A 甲硫氨酸腺苷转移酶1,α NM_000429.1   Chr 10:82.162-82.18Mbp(-)
MUCDHL 粘蛋白和钙黏着蛋白样 NM_017717.3   Chr 11:0.573-0.583Mbp(+)
NNMT 烟酰胺N-甲基转移酶 NM_006169.1   Chr 11:114.201-114.217Mbp(+)
ORM2 血清类黏蛋白2 NM_000608.2   Chr 9:110.545-110.55Mbp(+)
PCK1   烯醇丙酮酸磷酸羧激酶1(可溶) NM_002591.2   Chr 20:56.774-56.779Mbp(+)
PPP1R1A   蛋白磷酸酶1,调节性(抑制剂)亚单位1A NM_006741.2   Chr 12:54.685-54.699Mbp(-)
PRAP1 富含脯氨酸酸性蛋白质1 NM_145202.3   Chr 10:135.079-135.082Mbp(+)
PROC   蛋白C(凝结因子Va和VIIIa的灭活因子 NM_000312.1   Chr 2:128.08-128.091Mbp(+)
RARRES2   视黄酸受体应答子(respon-der)(他扎罗汀诱导的)2 NM_002889.2   Chr 7:149.35-149.353Mbp(-)
RNASE4 核糖核酸酶,RNA酶家族,4 NM_002937.3   Chr 14:19.142-19.158Mbp(+)
SERPINA6   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体A(α-1抗蛋白酶,抗胰蛋白酶),成员6 NM_001756.2 Chr 14:92.76-92.779Mbp(-)
SERPIND1   丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体D(肝素辅因子),成员1 NM_000185.2 Chr 22:19.452-19.466Mbp(+)
SLC22A1   溶质载体家族22(有机阳离子转运体),成员1 NM_003057.2   Chr 6:160.376-160.413Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
SLC27A5   溶质载体家族27(脂肪酸转运体)。成员5 NM_012254.1   Chr 19:63.685-63.699Mbp(-)
TAT 酪氨酸氨基转移酶 NM_000353.1   Chr 16:71.336-71.346Mbp(-)
TF 运铁蛋白 NM_001063.2 Chr 3:134.746-134.779Mbp(+)   http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgc?hgsid=34524523&g=htcDnaNearGene&i=NM_001063&c=chr3&1=134745845&r=134780246&o=refGene&hgSeq.promoter=on&boolshad.hgSeq.promoter=1&hgSeq.promoterSize=1000&hgSeq.utrExon5=on&boolshad.hgSeq.utrExon5=1&boolshad.hgSeq.cdsExon=1&boolshad.hgSeq.utrExon3=1&boolshad.hgSeq.intron=1&boolshad.hgSeq.downstream=1&hgSeq.downstreamSize=1000&hgSeq.granularity=gene&hgSeq.padding5=0&hgSeq.padding3=0&boolshad.hgSeq.splitCDSUTR=1&hgSeq.casing=exon&boolshad.hgSeq.maskRepeats=1&hgSeq.repMasking=lower&submit=submit
TFR2 运铁蛋白受体2 NM_003227.2   Chr 7:99.815-99.836Mbp(-)
TST   硫代硫酸转硫酶(硫氰酸酶(rhodanase)) NM_0033124   Chr 22:35.649-35.658Mbp(-)
TTR   运甲状腺素蛋白(前清蛋白,淀粉样变I型) NM_000371.1   Chr 18:29.059-29.066Mbp(+)
VTN   玻连蛋白(血清扩散因子<生长调节素V,补体S蛋白) NM_000638.2   Chr 17:26.546-26.549Mbp(-)
HepG2 261_s_at   人载脂蛋白B-100(apoB)基因   Chr 2:21.182-21.182Mbp(-)
ABCC2   ATP结合盒,亚家族C(CFTR/MRP),成员2 NM_000392.1   Chr 10:101.673-101.742Mbp(+)
C20orf114 20号染色体可读框114 NM_033197.2   Chr 20:32.539-32.566Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
LAMP3 溶酶体相关膜蛋白 NM_014398.2   Chr 3:184.242-184.282Mbp(-)
MUC1 粘蛋白1,跨膜 NM_002456.3   Chr 1:151.933-151.94Mbp(-)
SCGB1A1  分泌珠蛋白(secretoglobin),家族1A,成员1(子宫珠蛋白) NM_003357.3   Chr 11:62.437-62.441Mbp(+)
SFTPA2  表面活性物质,肺相关蛋白A2 NM_006926.1   Chr 10:81.208-81.212Mbp(-)
SFTPD  表面活性物质,肺相关蛋白D NM_003019.3   Chr 10:81.828-81.84Mbp(-)
Daudi BMP7  骨形态发生蛋白7(骨发生(osteogenic)蛋白1) NM_001719.1   Chr 20:56.383-56.479Mbp(-)
CD19 CD19抗原 NM_001770.3   Chr 16:28.941-28.949Mbp(+)
CD53 CD53抗原 NM_000560.2   Chr 1:110.517-110.544Mbp(+)
CD79A  CD79A抗原(免疫球蛋白相关α) NM_001783.1   Chr 19:47.057-47.061Mbp(+)
CD79B  CD79B抗原(免疫球蛋白相关β) NM_000626.1   Chr 17:62.346-62.35Mbp(-)
CDKN3  细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂3(CDK2相关双重特异性磷酸酶) NM_005192.2 Chr 14:52.853-52.876Mbp(+)
CDW52  CDW52抗原(CAMPATH-1抗原) NM_001803.1   Chr 1:25.877-25.88Mbp(+)
DDX3Y  DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)盒多肽3,γ连锁的 NM_004660.2   Chr Y:14.326-14.342Mbp(+)
EVI2B 同向性病毒整合位点2B NM_006495.2   Chr 17:29.48-29.49Mbp(+)
HHL 表达于造血细胞、心、肝 NM_014857.2   Chr 1:170.709-171.508Mbp(+)
HLA-DPB1  主要组织相容性复合体,II类,DPβ1 NM_002121.4   Chr 6:33.045-33.056Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
HLA-DRA 主要组织相容性复合体,II类,DRα NM_019111.2   Chr 6:32.433-32.438Mbp(+)
IGJ 免疫球蛋白J多肽,免疫球蛋白α和μ多肽的接头蛋白质 NM_144646.2 Chr 4:71.922-71.932Mbp(-)
IGKC 免疫球蛋白κ恒定区   Chr 2:89.058-89.18Mbp(-)
IGLJ3 免疫球蛋白λ连接3   Chr 22:20.977-21.573Mbp(+)
LAPTM5 溶酶体相关多跨膜蛋白-5 NM_006762.1   Chr 1:30.631-30.657Mbp(-)
LCP1 淋巴细胞细胞溶质蛋白1(L-丝束蛋白) NM_002298.2   Chr 13:45.636-45.693Mbp(-)
MS4A1 膜跨越4结构域,亚家族A,成员1 NM_021950.2   Chr 11:60.474-60.487Mbp(+)
PTPN22 蛋白酪氨酸磷酸酶,非受体型22(淋巴) NM_012411.2   Chr 1:113.475-113.514Mbp(-)
TCL1A T细胞白血病/淋巴瘤1A NM_021966.1   Chr 14:94.166-94.17Mbp(-)
TNFRSF7 肿瘤坏死因子受体亚家族,成员7 NM_001242.3   Chr 12:6.433-6.44Mbp(+)
Raji CD48 CD48抗原(B细胞膜蛋白) NM_001778.2   Chr 1:157.426-157.459Mbp(-)
CD74 CD74抗原(主要组织相容性复合体的不变多肽,II类抗原相关) NM_004355.1 Chr 5:149.764-149.775Mbp(-)
HLA-DQB1 主要组织相容性复合体,II类,DQβ1) NM_002123.2   Chr 6:32.628-32.635Mbp(-)
HLA-DRB3 主要组织相容性复合体II类,DRβ3) NM_022555.3   Chr 6:32.489-32.502Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
KLK1 激肽释放酶1,肾/胰/唾液 NM_002257.2   Chr 19:55.998-56.003Mbp(-)
PLEK 普列克底物蛋白 NM_002664.1   Chr 2:68.55-68.582Mbp(+)
SPARCL1 SPARC样-1(mast9,hevin) NM_004684.2   Chr 4:88.787-88.843Mbp(-)
淋巴结 217378_x_at   免疫球蛋白λ可变区10R2-108   Chr 2:114.07-114.071Mbp(+)
CCL21   趋化因子(C-C基序)配体21 NM_002989.2   Chr 9:34.699-347Mbp(-)
  淋巴瘤burketts-  LRMP   淋巴限制膜蛋白 NM_006152.2   Chr 12:25.105-25.161Mbp(+)
  Daudi
  PB_CD14+单核细胞  CD14   CD14抗原 NM_000591.1   Chr 5:139.994-139.995Mbp(-)
CTSS   组织蛋白酶S NM_004079.3   Chr 1:147.477-147.513Mbp(-)
DUSP1 双重特异性磷酸酶1 NM_004417.2   Chr 5:172.13-172.133Mbp(-)
DUSP6   双重特异性磷酸酶6 NM_001946.2   Chr 12:89.674-89.679Mbp(-)
FCN1   Ficolin(含胶原/血纤蛋白原结构域)1 NM_002003.2   Chr 9:131.324-131.332Mbp(-)
GMFG   神经胶质成熟因子γ NM_004877.1   Chr 19:44.495-44.502Mbp(-)
HK3   己糖激酶3(白细胞) NM_002115.1   Chr 5:176.243-176.261Mbp (-)
IFI30   干扰素,γ可诱导蛋白质30 NM_006332.3   Chr 19:18.129-18.134Mbp(+)
LILRB2   白细胞免疫球蛋白样受体 NM_005874.1   Chr 19:59.454-59.46Mbp(-)
RGS2 G蛋白信号传导调节子2,24KD NM_002923.1   Chr 1:189.244-189.247Mbp(+)
TYROBP TYRO蛋白酪氨酸激酶结合蛋白 NM_003332.2   Chr 19:41.071-41.075Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
平滑肌 CCL2 趋化因子(C-C基序)配体2 NM_002982.2   Chr 17:32.43-32.432Mbp(+)
COL1A1 胶原,I型,α1 NM_000088.2   Chr 17:48.603-48.621Mbp(-)
CXCL1 趋化因子(C-X-C基序)配体6(粒细胞趋化蛋白2) NM_001511.1   Chr 4:75.135-75.137Mbp(+)
CXCL6 趋化因子(C-X-C基序)配体1(黑色素瘤生长刺激活性,α) NM_002993.1   Chr 4:75.103-75.105Mbp(+)
IL8 白细胞介素8 NM_000584.2   Chr 4:75.006-75.01Mbp(+)
LOXL1 赖氨酰氧化酶样-1 NM_005576.1   Chr 15:71.794-71.82Mbp(+)
MMP1 基质金属蛋白酶1(间质胶原酶) NM_002421.2   Chr 11:102.694-102.702Mbp(-)
PTX3 五聚环蛋白(pentaxin)相关基因,由IL-1β迅速诱导 NM_002852.2   Chr 3:158.436-158.442Mbp(+)
SERPINE1 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体E(微管连接蛋白,纤溶酶原激活物抑制剂1型),成员1 NM_000602.1 Chr 7:100.316-100.328Mbp(+)
SEPINH1 丝氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制剂,分化体H(热休克蛋白47),成员1(胶原结合蛋白1) NM_001235.2 Chr 11:75.495,75.506Mbp(+)
TFP12 组织因子途径抑制剂2 NM_006528.2   Chr 7:93.113-93.118Mbp(-)
骨骼肌 213201_s_at 肌钙蛋白T1,骨骼,慢   Chr 19:60.32-60.328Mbp(-)
ENO3 烯醇化酶3(β,肌肉) NM_001976.2   Chr 17:4.799-4.805Mbp(+)
HUMMLC2B 肌球蛋白轻链2 NM_013292.2   Chr 16:30.383-30.386Mbp(+)
  组织类型   基因缩写  基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
MYBPC2 肌球蛋白结合蛋白C,快型 NM_004533.1   Chr 19:55.612-55.645Mbp(+)
MYL1 肌球蛋白,轻多肽1,碱性;骨骼,快 NM_079420.1   Chr 2:211.118-211.143Mbp(-)
TNNC2 肌钙蛋白C2,快 NM_003279.2   Chr 20:45.09-45.094Mbp(-)
TNNI1 肌钙蛋白1,骨骼,慢 NM_003281.2   Chr 1:197.84-197.857Mbp(-)
TNNI2 肌钙蛋白1,骨骼,快 NM_003282.1   Chr 11:1.82-1.822Mbp(+)
TTN 肌联蛋白 NM_003319.2   Chr 2:179.354-179.636Mbp(-)
心肌细胞 POSTN 骨膜蛋白(periostin),成骨细胞特异性因子 NM_006475.1   Chr 13:37.073-37.109Mbp(-)
BM-CD33+骨髓 AIF1 同种异体移植炎症因子1 NM_001623.3   Chr 6:31.642-31.643Mbp(+)
COPEB 核心启动子元件结合蛋白 NM_001300.3   Chr 10:3.921-3.927Mbp(-)
CSPG2 硫酸软骨素蛋白聚糖2(多能聚糖) NM_004385.2   Chr 5:82.806-82.915Mbp(+)
FOSB FBJ鼠骨肉瘤病毒癌基因同源物B NM_006732.1   Chr 19:50.647-50.654Mbp(+)
唾液腺 AMY2B 淀粉酶,α2B;胰 NM_020978.2   Chr 1:103.28-103.305Mbp(+)
AZGP1 α-2-糖蛋白1,锌 NM_001185.2   Chr 7:99.161-99.171Mbp(-)
C20orf70 20号染色体可读框70 NM_080574.2   Chr 20:32.424-32.437Mbp(+)
CA6 碳酸酐酶VI NM_001215.1   Chr 1:8.602-8.631Mbp(+)
CRISP3 富含半胱氨酸分泌蛋白3 NM_006061.1   Chr 6:49.696-49.713Mbp(-)
CST1 半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN NM_001898.2   Chr 20:23.676-23.679Mbp(-)
  组织类型  基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CST2 半胱氨酸蛋白酶抑制剂SA NM_001322.2   Chr 20:23.752-23.755Mbp(-)
CST4 半胱氨酸蛋白酶抑制剂S NM_001899.2   Chr 20:23.614-23.617Mbp(-)
HTN1 富组蛋白1(histatinl) NM_002159.2   Chr4:71.166-71.174Mbp(+)
HTN3 富组蛋白3 NM_000200.1   Chr 4:71.144-71.152Mbp(+)
LOC124220   类似常见唾液蛋白(commonSalivary protein)1 NM_145252.1   Chr 16:2.88-2.882Mbp(+)
MUC7 粘蛋白7,唾液 NM_152291.1   Chr 4:71.587-71.598Mbp(+)
PIP 催乳素诱导的蛋白质 NM_002652.2 Chr 7:142.223-142.23Mbp(+)
PRB1   富含脯氨酸蛋白质BstNI亚家族1 NM_005039.2   Chr 12:11.405-11.448Mbp(-)
PRB2   富含脯氨酸蛋白质BstNI亚家族2   Chr 12:11.435-11.437Mbp(-)
PRB3   富含脯氨酸蛋白质BstNI亚家族3 NM_006249.3   Chr 12:11.319-11.322Mbp(-)
PRB4   富含脯氨酸蛋白质BstNI亚家族4 NM_002723.3   Chr 12:11.36-11.363Mbp(-)
PROL1 富含脯氨酸-1 NM_021225.1   Chr 4:71.513-71.525Mbp(+)
PROL3 富含脯氨酸-3 NM_006685.2   Chr 4:71.498-71.505Mbp(+)
PROL5 富含脯氨酸-5(唾液) NM_012390.1   Chr 4:71.477-71.482Mbp(+)
PRR4 富含脯氨酸-4(泪) NM_007244.1   Chr 12:10.898-10.905Mbp(-)
SLP1   分泌性白细胞蛋白酶抑制剂(抗白细胞蛋白酶) NM_003064.2   Chr 20:44.519-44.521Mbp(-)
STATH 富酪蛋白(Statherin) NM_003154.1   Chr 4:71.111-71.118Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
Clorf10 1号染色体可读框10 NM_016190.1   Chr 1:149.156-149.161Mbp(-)
Hs.46320  富含脯氨酸小蛋白SPRK[人,牙源性角化囊肿,部分mRNA,317nt] Chr 1:150.174-150.174Mbp(-)
KRT13 角蛋白13 NM_002274.2   Chr 17:39.565-39.57Mbp(-)
KRT16  角蛋白16(局部性非表皮松解性掌跖角化病) NM_005557.2   Chr 17:39.674-39.677Mbp(-)
KRT4 角蛋白4 NM_002272.1   Chr 12:52.917-52.925Mbp(-)
LY6D  淋巴细胞抗原6复合物,基因座D NM_003695.1   Chr 8:143.67-143.672Mbp(-)
MYH2  肌球蛋白,重多肽2,骨骼肌,成人 NM_017534.2   Chr 17:10.367-10.394Mbp(-)
PITX1  成对样同源结构域转录因子1 NM_002653.3   Chr 5:134.394-134.4Mbp(-)
PKP1  亲斑蛋白1(外胚层发育异常/皮肤脆性综合征) NM_000299.1   Chr 1:197.719-197.765Mbp(+)
RHCG Rh血型,C糖蛋白 NM_016321.1   Chr 15:87.601-87.627Mbp(-)
S100A7  S100钙结合蛋白A7(银屑素(psoriasin)1) NM_002963.2   Chr 1:150.205-150.206Mbp(-)
SPRR1A 富含脯氨酸小蛋白1A NM_006945.2   Chr 1:149.787-149.841Mbp(+)
SPRR2B 富含脯氨酸小蛋白2B NM_006945.2   Chr 1:149.787-149.841Mbp(+)
SPRR3 富含脯氨酸小蛋白3 NM_005416.1   Chr 1:149.749-149.751Mbp(+)
脑垂体 CGA 糖蛋白激素,α多肽 NM_000735.2   Chr 6:87.745-87.754Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
CHGB   嗜铬粒蛋白B(分泌粒蛋白1) NM_001819.1 Chr 20:5.84-5.854Mbp(+)
DLK1 δ样-1同源物(果蝇) NM_003836.3   Chr 14:99.183-99.191Mbp(+)
GAL 甘丙肽 NM_015973.2   Chr 11:68.702-68.708Mbp(+)
GH1 生长激素1 NM_000515.3   Chr 17:62.335-62.337Mbp(-)
GH2 生长激素2 NM_002059.3   Chr 17:62.298-62.314Mbp(-)
GHRHR 生长激素释放激素受体 NM_000823.1   Chr 7:30.711-30.727Mbp(+)
POMC   阿黑皮素原(促皮质素/β促脂解素/α促黑素细胞激素/β促黑素细胞激素/β内啡肽 NM_000939.1 Chr 2:25.341-25.349Mbp(-)
PRL 肌动蛋白原(proactin) NM_000948.2   Chr 6:22.35-22.36Mbp(-)
SCG2   分泌粒蛋白II(嗜铬粒蛋白C) NM_003469.2   Chr 2:224.425-224.431Mbp(-)
TSHB 促甲状腺激素,β NM_000549.2   Chr 1:114.672-114.677Mbp(+)
皮肤 SCGB1D2   分泌珠蛋白,家族1D,成员2 NM_006551.2   Chr 11:62.26-62.263Mbp(+)
UNQ467 KIPU467 NM_207392.1   Chr 19:40.654-40.657Mbp(-)
视网膜母细胞瘤 KIAA1199 KIAA1199 NM_018689.1   Chr 15:78.647-78.819Mbp(+)
脊髓 BCAS1 乳腺癌扩增序列1 NM_003657.1   Chr 20:53.198-53.325Mbp(-)
PTPRZ1 蛋白酪氨酸磷酸酶受体型Z多肽1 NM_002851.1   Chr 7:121.054-121.242Mbp(+)
  组织类型  基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
UGT8   UDP糖基转移酶8(UDP-半乳糖神经酰胺半乳糖基转移酶) NM_003360.2 Chr 4:115.936-115.99Mbp(+)
ECGF1   内皮细胞生长因子1(血小板来源) NM_001953.2   Chr 22:49.096-49.1Mbp(-)
HMOX1 血红素加氧酶(解环)1 NM_002133.1   Chr 22:34.101-34.114Mbp(+)
胸腺 CD1E CD1E抗原,e多肽 NM_030893.1   Chr 1:155.101-155.105Mbp(+)
LCK   淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶 NM_005356.2   Chr 1:32.143-32.178Mbp(+)
甲状腺 DIO1 脱碘酶,碘化甲状腺氨酸,I型 NM_000792.3   Chr 1:53.717-53.734Mbp(+)
PAX8 成对盒基因8 NM_003466.2   Chr 2:113.881-113.943Mbp(-)
PTH 甲状旁腺激素 NM_000315.2   Chr 11:13.552-13.556Mbp(-)
SLC6A4 溶质载体家族26,成员4 NM_000441.1   Chr 7:106.847-106.904Mbp(+)
TFF3 三叶因子3(肠) NM_003226.2   Chr 21:42.626,42.629Mbp(-)
气管 AGR2 前梯度2同源物(非洲爪蟾) NM_006408.2   Chr 7:16.541-16.554Mbp(-)
C17 细胞因子样蛋白质C17 NM_018659.1   Chr 4:5.009-5.013Mbp(-)
DMBT1 恶性脑肿瘤缺失-1 NM_004406.1   Chr10_random:0.506-0.658Mbp(+)
LOC389429 假设的LOC389429   Chr 6:127.833-127.848Mbp(+)
LTF 乳运铁蛋白 NM_002343.1   Chr 3:46.296-46.325Mbp(-)
MSMB 微精原蛋白,β NM_002443.2   Chr 10:51.441-51.455Mbp(+)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
BHMT   甜菜碱高半胱氨酸转甲基酶 NM_001713.1   Chr 5:78.446-78.466Mbp(+)
CDH16   钙黏着蛋白16,KSP-钙黏着蛋白 NM_004062.2   Chr 16:66.677-66.688Mbp(-)
CYP4A11   细胞色素P450,家族4,亚家族A,多肽11 NM_000778.2   Chr 1:46.781-46.793Mbp(-)
DDC   多巴脱羧酶(芳香L-氨基酸脱羧酶) NM_000790.1   Chr 7:50.233-50.336Mbp(-)
GSTA2 谷胱甘肽S-转移酶A2 NM_000846.3   Chr 6:52.616-52.629Mbp(-)
KNG1 激肽原1 NM_000893.2   Chr 3:187.756-187.782Mbp(+)
NAT8   N-乙酰转移酶8(camello-like) NM_003960.2   Chr 2:73.825-73.827Mbp(+)
SLC12A1   溶质载体家族12(钠/钾/氯转运体),成员1 NM_000338.1   Chr 15:46.079-46.175Mbp(+)
SLC13A3   溶质载体家族13(钠依赖性碳酸氢根转运体),成员3 NM_022829.3   Chr 20:45824-45.918Mbp(-)
UGT1A10   UDP糖基转移酶1家族,多肽A10 NM_019075.2   Chr 2:234.561-234.698Mbp(+)
UGT2B7   UDP糖基转移酶2家族,多肽B7 NM_001074.1   Chr 4:70.212-70.228Mbp(+)
UMOD   尿调制蛋白(尿类黏蛋白,Tamm-Horsfall)糖蛋白 NM_003361.1   Chr 16:20.271-20.291Mbp(-)
35460_at   人G蛋白偶联受体(GPR4)基因,完整cds   Chr 19:50.769-50.769Mbp(-)
Huvec 590_at   人细胞间黏附分子(ICAM-2)基因   Chr 17:62.42-62.422Mbp (-)
ERG   v-ets成红细胞增多症病毒E26癌基因样(禽类) NM_004449.3   Chr 21:38.673-38.954Mbp(-)
  组织类型   基因缩写   基因名称   转录物编号   基因位置   启动子区域
ESM1 内皮细胞特异性分子1 NM_007036.2   Chr 5:54.244-54.251Mbp(-)
ICAM2 细胞间黏附分子2 NM_000873.2   Chr 17:62.42-62.438Mbp(-)
TEK   TEK酪氨酸激酶,内皮(静脉畸形,多表皮和黏膜) NM_000459.1   Chr 9:27.099-27.22Mbp(+)
VEGFC 血管内皮生长因子C NM_005429.2   Chr 4:178.189-178.298Mbp(-)
                             序列表
<110>Plurion,Inc.
     J.H.凯利
<120>干细胞的分化
<130>16016.0007P1
<150>60/592,027
<151>2004-07-29
<160>29
<170>FastSEQ for Windows Version 4.0
<210>1
<211>202
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>1
cacgtcgcat ggagaccacc gtgaacgccc accaggtctt gcccaaggtc ttacataaga    60
ggactcttgg actctcagca atgtcaacga ccgaccttga ggcatacttc aaagactgtg    120
tgtttaaaga ctgggaggag ttgggggagg agattaggct aaaggtcttt gtactaggag    180
gctgtaggca taaattggtc tg                                             202
<210>2
<211>677
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>2
atgacagaat acaagcttgt ggtggtgggc gctggaggcg tgggaaagag tgccctgacc    60
atccagctga tccagaacca ctttgtggac gaatacgacc ccactataga ggattcctac    120
cggaagcagg tggtcattga tggggagacg tgcctgttgg acatcctgga taccgccggc    180
ctggaggagt acagcgccat gcgggaccag tacatgcgca ccggggaggg cttcctgtgt    240
gtgtttgcca tcaacaacac caagtctttt gaggacatcc accagtacag ggagcagatc    300
aaacgggtga aggactcgga tgatgtgccc atggtgctgg tggggaacaa gtgtgacctg    360
gctgcacgca ctgttgaatc tcggcaggct caggacctcg cccgaagcta cggcatcccc    420
tacatcgaga cctcggccaa gacccggcag ggagtggagg atgccttcta cacgttggtg    480
cgtgagatcc ggcagcacaa gctgcggaag ctgaaccctc ctgatgagag tggccccggc    540
tgcatgagct gcaagtgtgt gctctcctga cgcagcacaa gctcagaaca tggaggtgcc    600
ggatgcagaa agaaggtgca gacgaaagga ggaggaagaa agaacggaag caaggaagaa    660
agaaagggct gctggag                                                   677
<210>3
<211>530
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>3
tatagatctc ggccgcatat taagtgcatt gttctcgata ccgctaagtg cattgttctc    60
gttagctcga tggacaagtg cattgttctc ttgctgaaag ctcgatggac aagtgcattg    120
ttctcttgct gaaagctcga tggacaagtg cattgttctc ttgctgaaag ctcagtaccc    180
gggtcggagt actgccccgc ccctagcgat tagccccggc cccgcatagc tccgccccgg    240
gagtaccctc gaccgccgga gtataaatag aggcgcttcg tctacggagc gacaattcaa    300
ttcaaacaag caaagtgaac acgtcgctaa gcgaaagcta agcaaataaa caagcgcagc    360
tgaacaagct aaacaatctg cagtaaagtg caagttaaag tgaatcaatt aaaagtaacc    420
agcaaccaag taaatcaact gcaactactg aaatctgcca agaagtaatt attgaataca    480
agaagacaac tctgaatact ttcaaaagtt accgagaaag aagaactcag               530
<210>4
<211>677
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>4
atgacagaat acaagcttgt ggtggtgggc gctggaggcg tgggaaagag tgccctgacc    60
atccagctga tccagaacca ctttgtggac gaatacgacc ccactataga ggattcctac    120
cggaagcagg tggtcattga tggggagacg tgcctgttgg acatcctgga taccgccggc    180
ctggaggagt acagcgccat gcgggaccag tacatgcgca ccggggaggg cttcctgtgt    240
gtgtttgcca tcaacaacac caagtctttt gaggacatcc accagtacag ggagcagatc    300
aaacgggtga aggactcgga tgatgtgccc atggtgctgg tggggaacaa gtgtgacctg    360
gctgcacgca ctgttgaatc tcggcaggct caggacctcg cccgaagcta cggcatcccc    420
tacatcgaga cctcggccaa gacccggcag ggagtggagg atgccttcta cacgttggtg    480
cgtgagatcc ggcagcacaa gctgcggaag ctgaaccctc ctgatgagag tggccccggc    540
tgcatgagct gcaagtgtgt gctctcctga cgcagcacaa gctcagaaca tggaggtgcc    600
ggatgcagaa agaaggtgca gacgaaagga ggaggaagaa agaacggaag caaggaagaa    660
agaaagggct gctggag                                                   677
<210>5
<211>37
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>5
attataactt cgtataatgt atgctatacg aagttat                             37
<210>6
<211>40
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>6
ataacttcgt ataatgtatg ctatacgaag ttatgaagac                           40
<210>7
<211>677
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>7
atgacagaat acaagcttgt ggtggtgggc gctggaggcg tgggaaagag tgccctgacc    60
atccagctga tccagaacca ctttgtggac gaatacgacc ccactataga ggattgctac    120
cggaagcagg tggtcattga tggggagacg tgcctgttgg acatcctgga taccgccggc    180
ctggaggagt acagcgccat gcgggaccag tacatgcgca ccggggaggg cttcctgtgt    240
gtgtttgcca tcaacaacac caagtctttt gaggacatcc accagtacag ggagcagatc    300
aaacgggtga aggactcgga tgatgtgccc atggtgctgg tggggaacaa gtgtgacctg    360
gctgcacgca ctgttgaatc tcggcaggct caggacctcg cccgaagcta cggcatcccc    420
tacatcgaga cctcggccaa gacccggcag ggagtggagg atgccttcta cacgttggtg    480
cgtgagatcc ggcagcacaa gctgcggaag ctgaaccctc ctgatgagag tggccccggc    540
tgcatgagct gcaagtgtgt gctctcctga cgcagcacaa gctcagaaca tggaggtgcc    600
ggatgcagaa agaaggtgca gacgaaagga ggaggaagaa agaacggaag caaggaagaa    660
agaaagggct gctggag                                                   677
<210>8
<211>51
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>8
gaatacgacc ccactataga ggattgctac cggaagcagg tggtcattga t              51
<210>9
<211>1084
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(1084)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>9
tcagatcctg cccttcaaaa acaaaacatg agcgtgccaa gaaagtccaa ggtgttgaat    60
gttgccactt caagcctaaa ctttctagga acacctaagt gggtggcagc ttccagttct    120
ccaggctgct tctaggccag agctgggttc cacaagagac agaataggca tatatatgct    180
taaggaactg gaaaaacagg ctctctctct ctcacaaaca cacacacaca cataccaagg    240
tagctgtcaa aatgttatcc gaaattttgg aaccaaaaaa tcttgaaaga tggtattcca    300
atatcacatt ttatgtaagt tttctattat attagattca aattacgatt cgaggccaca    360
agctttaaga attcagggcc tttttaactt gccaagcccc acaccactcc aggaacttcc    420
ccacacccca gttctcagaa ttcatgtgca aggtctttcc taaatccagg gtccaggtca    480
gagagtggag gatgtgctct atttcttacc tgattgcaga cccctctgac agtgctccct    540
tctgaagcac tcactgtctg aacgtacaca gtctcagact taatcatgca cagtgagcaa    600
gactgtggtg tgataattgg cgtccctgac ttattagggc aaatctatgg gagggggaga    660
cctcctggac cactgagcaa ttaattcatt tacattagga agtttctccg tcagatgcag    720
gaaaaaaatc ttgttttcct gctgtggttt tgacttttgc cccatcttct gttgctgttg    780
taggaggcaa aataagggtc aaggcctgga aacacaagtg ctttgactga agctccactt    840
ggcttccgaa gcccaagctg ggttgtacca ggttccctag ggtgcaggct gtgggcaact    900
gccagggaca tgtgcctgcc caccggcctc tggccctcac tgagttggcc aatgggaaat    960
gacaattgtg aggtggggac tgcctgcccc cgtgagtacc aggctgttga ggctgggcca    1020
tctcctcctc acttccattc tgactgcagt ctgtggttct gattccatac cagaggggct    1080
cagg                                                                 1084
<210>1O
<211>1232
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(1232)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>10
agagccccaa ggtggaggca taaatgggac tggtgaatga cagaaggggc aaaaatgcac    60
tcatccattc actctgcaag tatctacggc acgtacgcca gctcccaagc aggtttgcgg    120
gttgcacagc gggcgatgca atctgattta ggcttttaaa gggattgcaa tcaagtgggg    180
ccccactagc ctcaaccctg tacctcccct cccctccacc cccagcagtc tccaaaggcc    240
tccaacaacc ccagagtggg ggccatgtat ccaaagaaac tccaagctgt atacggatca    300
cactggtttt ccaggagcaa aaacagaaac aggcctgagg ctggtcaaaa ttgaacctcc    360
tcctgctctg agcagcctgg ggggcagact aagcagaggg ctgtgcagac ccacataaag    420
agcctactgt gtgccaggca cttcacccga ggcacttcac aagcatgctt gggaatgaaa    480
cttccaactc tttgggatgc aggtgaaaca gttcctggtt cagagaggtg aagcggcctg    540
cctgaggcag cacagctctt ctttacagat gtgcttcccc acctctaccc tgtctcacgg    600
ccccccatgc cagcctgacg gttgtgtctg cctcagtcat gctccatttt tccatcggga    660
ccatcaagag ggtgtttgtg tctaaggctg actgggtaac tttggatgag cggtctctcc    720
gctctgagcc tgtttcctca tctgtcaaat gggctctaac ccactctgat ctcccagggc    780
ggcagtaagt cttcagcatc aggcattttg gggtgactca gtaaatggta gatcttgcta    840
ccagtggaac agccactaag gattctgcag tgagagcaga gggccagcta agtggtactc    900
tcccagagac tgtctgactc acgccacccc ctccaccttg gacacaggac gctgtggttt    960
ctgagccagg tacaatgact cctttcggta agtgcagtgg aagctgtaca ctgcccaggc    1020
aaagcgtccg ggcagcgtag gcgggcgact cagatcccag ccagtggact tagcccctgt    1080
ttgctcctcc gataactggg gtgaccttgg ttaatattca ccagcagcct cccccgttgc    1140
ccctctggat ccactgctta aatacggacg aggacagggc cctgtctcct cagcttcagg    1200
caccaccact gacctgggac agtgaatcga ca                                 1232
<210>11
<211>1039
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(1039)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>11
aaaattattc ttccttcgct ttgtttttag acataatgtt aaatttattt tgaaatttaa    60
agcaacataa aagaacatgt gatttttcta cttattgaaa gagagaaagg aaaaaaatat    120
gaaacaggga tggaaagaat cctatgcctg gtgaaggtca agggttctca taacctacag    180
agaatttggg gtcagcctgt cctattgtat attatggcaa agataatcat catctcattt    240
gggtccattt tcctctccat ctctgcttaa ctgaagatcc catgagatat actcacactg    300
aatctaaata gcctatctca gggcttgaat cacatgtggg ccacagcagg aatgggaaca    360
tggaatttct aagtcctatc ttacttgtta ttgttgctat gtctttttct tagtttgcat    420
ctgaggcaac atcagctttt tcagacagaa tggctttgga atagtaaaaa agacacagaa    480
gccctaaaat atgtatgtat gtatatgtgt gtgtgcatgc gtgagtactt gtgtgtaaat    540
ttttcattat ctataggtaa aagcacactt ggaattagca atagatgcaa tttgggactt    600
aactctttca gtatgtctta tttctaagca aagtatttag tttggttagt aattactaaa    660
cactgagaac taaattgcaa acaccaagaa ctaaaatgtt caagtgggaa attacagtta    720
aataccatgg taatgaataa aaggtacaaa tcgtttaaac tcttatgtaa aatttgataa    780
gatgttttac acaactttaa tacattgaca aggtcttgtg gagaaaacag ttccagatgg    840
taaatataca caagggattt agtcaaacaa ttttttggca agaatattat gaattttgta    900
atcggttggc agccaatgaa atacaaagat gagtctagtt aataatctac aattattggt    960
taaagaagta tattagtgct aatttccctc cgtttgtcct agcttttctc ttctgtcaac    1020
cccacacgcc tttggcaca                                                 1039
<210>12
<211>1051
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(1051)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>12
aggaatctag gggtgaaagc tgagaaactg gtccctgggc cagcaggggc tgaagaggga    60
ggctgctgaa ctggcctggg gcgactgccc tagagggagc agcatccttt ctcttgccct    120
ttgtgggggt tcctggagac ccttggaccc atagccaggg ctacagctgc ctgccatgac    180
cagacactca catacagaca catgtaaaca cccagacata aacacacaga agcaacaccc    240
gcagacacac tcacatagac acatagacac accacgcaca cataaagacc cagacccaca    300
gagacaaatg cagacacccg ggccatccct tacatagaca cagatacgga gcacacatag    360
gcacgcacag agccccccac cacggaggca cccagacaat acacacaggt gtacacagac    420
ccccctccac acaaacacag acacagagag acccacagac acatagacac cccgacacag    480
acacagacaa cacacacaga cacatgctga cttccgcctt cccccacatg gacacggtca    540
tagacacaga cacagacaca ggggactttg gagagcttaa gttcagaggt gcccttagat    600
catcccagtc cttctggccc caacacaaca cgtagcatgt acttggtcca cccttcttca    660
cctcttcaac ttacggacct gcagagaggc agcagggccc tgtgtgggta tgtgcgggtg    720
tgcagatgag tgtgtgtgta tgtgtgtatg tgtgtgttaa gcagtggcct ttgtccccct    780
ctctccctcc cccttcccaa caggtgattg ggaggaatgg agatccctcc tccactaccc    840
attcctgagc ctgaacaatg ccctccccag gccccaaaat agcccctaag cctagccata    900
tccttttatg gccctgtccc tattgtgcac tgcaggggtg gggctggggt catgaggtat    960
ccgggcagga taaaggcctg ggtgaggcgg ctcacctacc ctgctttctg cattcttctc    1020
tccacatccc tctctgtact tacagccccc a                                   1051
<210>13
<211>2295
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(2201)...(2295)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>13
gaacaaaaca gacatcatcc cacctctttc cactacaggc caagcaccat gctggtctct    60
gggaaccctg ttgtgagcaa gacagaccca ggcttaccct tgtggactca tgttacaggc    120
agggagacgg gcacaaaaca caaataaaaa gcttccatgc tgtcagaagc actatgcaaa    180
aagcaagatg ctgaggtact gctaagctgt gtgggatggg ggctcagccc ggccagggag    240
gggccagttg tgggtcagtc ttgacccaag gcatccagga caccctcctt ctggccatga    300
gggtccacgt cagaatcaaa ccctcacctt aacctcatta gcgttgggca taatcaccag    360
gccaagcgcc ttaaactacg agaggcccca tcccacccgc cctgccttag ccctgccacg    420
tgtgccaaac gctgttagac ccaacaccac ccaggccagg tagggggctg gagcccaggt    480
gggctgcagg gaagggggca ctcttctgag cagacagatc tgggaatcct gggtgggaag    540
agagacagtg agagagagat taagggatat ttcccaggca tcagggcttt gcactctcag    600
gggtccttcc gcctggatgt ccttcccctg aagcttcctc ctgttgttcc gttctcagct    660
caagctccag cttctcagag aagcctcctg tgttgggagt ggctgcgact gaactgtccc    720
tactgttatt cgctcttcta tttgtttgtg gtccctgtgc cccctcaccc cacaaaaaca    780
ctggcttctt gtgagcagga gcttgctctt tcgtgtaccc tgtgtgtccc caaggaccaa    840
gcaccttgtc tgggccacag taggtgctca atacacatgt tggctggaca gtggtcactg    900
agcggccgca cgtcgggcac tctcagcact tgcacaggcc gccccagaca ccccacttca    960
ttcctgggag gtgtcatcat gttgcttgga cgacggggag agggggacct gccagtgttg    1020
gcctccattt tcccccagtc atctgccccc aaggctctga ctactttctt tctcacggta    1080
catcctgcta ttctggaatc ggccctcgtg gggccacctg gtacatggca tttgaggccc    1140
tcgtggctga ttaggcctcc cccaacagtg ccctgtctgc tgcctccagg gccagcctcc    1200
ccttcagact ggagtcccct gaagggttct gcccctcccc tgctctggta gccccctcca    1260
tcctccctcc ctccactcca tctttggggg catttgagtc acctttctac accagtgatc    1320
tgcccaagcc actgctcact ttcctctgga taaagccagg ttccccggcc tagcgttcaa    1380
gacccattac aactgccccc agcccagatc ttccccacct agccacctgg caaactgctc    1440
cttctctcaa aggcccaaac atggcctccc agactgcaac ccccaggcag tcaggccctg    1500
tctccacaac ctcacagcca ccctggacgg aatctgcttc ttcccacatt tgagtcctcc    1560
tcagcccctg agctcctctg ggcagggctg tttctttcca tctttgtatt cccaggggcc    1620
tgcaaataaa tgtttaatga acgaacaaga gagtgaattc caattccatg caacaaggat    1680
tgggctcctg ggccctaggc tatgtgtctg gcaccagaaa cggaagctgc aggttgcagc    1740
ccctgccctc atggagctcc tcctgtcaga ggagtgtggg gactggatga ctccagaggt    1800
aacttgtggg ggaacgaaca ggtaaggggc tgtgtgacga gatgagagac tgggagaata    1860
aaccagaaag tctctagctg tccagaggac atagcacaga ggcccatggt ccctatttca    1920
aacccaggcc accagactga gctgggacct tgggacagac aagtcatgca gaagttaggg    1980
gaccttctcc tcccttttcc tggatcctga gtacctctcc tccctgacct caggcttcct    2040
cctagtgtca ccttggcccc tcttagaagc caattaggcc ctcagtttct gcagcgggga    2100
ttaatatgat tatgaacacc cccaatctcc cagatgctga ttcagccagg agcttaggag    2160
ggggaggtca ctttataagg gtctgggggg gtcagaaccc agagtcatcc agctggagcc    2220
ctgagtggct gagctcaggc cttcgcagca ttcttgggtg ggagcagcca cgggtcagcc    2280
acaagggcca cagcc                                                     2295
<210>14
<211>1116
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1002)...(1116)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>14
agagtttcac tcgtttccca ggctggagtg cactggcgtg atcttggctc actgcaacct    60
ccacttcccg ggttcaagcg attctcctgc ctcagcctcc cgagtagctg ggattacagg    120
catgcgccac catgcccagc taattttgta tttttagtag agatggcgtt tctccatgtt    180
ggtcaggctg gtcttgaact cccggcctca ggtgatccgc ctgcctcggc ctcccaaagt    240
ggtgggatta caggcgtgag ccactgtgcc tggcctcctt tttatttttt tcactgaaca    300
aaccatgaaa ctttcccaga tgtaaatatc tatttcccat ttttcttttt ttaaaataag    360
gcattatttt aaccatttga gtgttagata ttatttttag ataatatttt aatttaggca    420
taactgccgt gcaaaatctg aagattaata tctaccttgt gagtcattcc tctgtgagac    480
agtgcatgtt aaatatgttg aattggcagg tgaaaaagga agaaaaaatg agtagtgatt    540
ggttatccac agctatgaat gagaaattga aggtagtaga ctatggatga caaacctatt    600
cttggtttcc ttctgtttct gaaattctaa ttactaccac aactacatga gagacactac    660
taacaagcaa agttttacaa ctttttaaag acatagactt tatgttatta taattaaaaa    720
tcatgcattt ttgtcatatt aataaaattg catatacgat ataaaggcat ggacaaaggt    780
gaagtagctt caagagacag agtttctgac atcattgtaa ttttaagcat cgtggatatt    840
cccgggaaag tttttggatg ccattgggga tttcctcttt actggatgtg gacaatatcc    900
tcctattatt cacaggaagc aatccctcct ataaaagggc ctcagccgaa gtagtgttca    960
gctgttcttg gctgacttca catcaaaact cctatactga cctgagacag aggcagcagt    1020
gatacccacc tgagagatcc tgtgtttgaa caactgcttc ccaaaacgga aagtatttca    1080
agcctaaacc tttgggtgaa aagaactctt gaagtc                              1116
<210>15
<211>1081
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1002)...(1081)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>15
caacataggc aacaaagcaa gactccatct ctacaaaaaa tcaaaataaa aataaattag    60
ctgggtgtgg tagcgcatgc ctgtggtctt agctactcag gaggctgacg aaggaggatc    120
acttgagccc aggagttcaa gactgcagtg agctatgatt gtactgccgc attctagcct    180
gggcaacaaa gaaagaaccc catctctaaa aaaaaaaatt aaataaataa aaggagggct    240
gtaacaacat ggcaaaaagt ttactgggca tcttttttta tttttttttt ttgagatggc    300
gtctcgctct gtcgcccagg ttggagtgca gtggcacaat cttggctcac tgcaagctcc    360
acctcccggg ttcacaccat tctcctgcct cagcctcctg aatagctggg actacaggtg    420
cccgtcacca cacccagcta atttttttgt atttttagta gagacggggt ttcaccgtgt    480
tagccaggat ggtcttgatc tcctgacctt gtgatccgct cgtctcagcc tcccaaagtg    540
ctgggattac aggcgtgagc cactgcgcct ggccctgggt atctttttgc ctataataaa    600
gccagccatc taaaaacagt tcaagccctg gctctggtac ctgtcagctg tgtggccctg    660
ggcgggtccc tcactctctg tgagcctcag ttgcctcacc tgtgaaatgt aactcagtgg    720
ttgagtggat caagtgaagg gctgtatgtc aagcccctgt caagccacct ggtgctccgt    780
gtcctgtgga tggtagctgc cctgaagcgg gactttgcag actgaagtgc tgtctcttca    840
gagggagtgc aggtgtccgg ctcctggtgt gggagaggca ccctgtgctc cctggcccgt    900
gagacaagat tgggtttggg ggccagggca ggagtagggg cccgtcacca ggggaaacgg    960
ctcgtggtag agcagctgag gtgcagctgg gcctgtggcc tagaaggcag tcttgtgggt    1020
gcctcctccc ccagccgcaa ctcaggtctg cagctgggtc ctgcctcctt ccgagtgggc    1080
c                                                                    1081
<210>16
<211>1126
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(1126)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>16
tcactcactg cctattaatt aatgttaagc ctgcaaagaa tggagttgtc ctggatattt    60
ggccaaaaaa aaaatgtatc cacaaacagg gacgtaatca ggcagggagc ctcgttaaga    120
agttttgttc ttgtcctagg agtgatgaga gatcactgaa ggatttagag aggggctgta    180
tcatcaggct tgggttccaa agcctcactg agagagttgg ggagctgact gatgtcagat    240
gctcgtgcag ccgccccgta gggcctgtat ttcctccatg gtgcctcact gcagcaccga    300
gcttgcaaaa gatcctctct ctttatggga atttcaaaac agaagcaaaa tagcaccggg    360
gcttaaagca ttcttgggaa tttccctgtc tttccctcta aataatcagc atgtaaattg    420
caaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaga cacgggccca aaagggagcg ctcagtttca    480
ggctctttgc tttccttcct cccgaggctc tctggccctt acccagcctg aagacagaaa    540
gtgtgagggg gagggtagga aggtaggtca agcagggcaa tgctgagcct gggaagaaaa    600
caacagcctt gtttagggca ctgtggctta cgtaactaaa ttgtgcccag tttccacctg    660
gccaggggcc tggagtgaat gctgaagatg caaaggtaga ggctgccaga aaagccagga    720
aattgctggc aagaaaggcc agtggtgggg tgcaggagtg ggaggaaggc tgggaaatgc    780
ggctgagtca catctccaga agccccccat catcacccta gtggctcttc tgctggcagg    840
tgcctcatga agacctgacc caaagttttc aaaactctgc ggtttctcaa ccctcctctg    900
gtaatccata gtactccccc gcctccactt gccagcctcg tgattccttc attgacacat    960
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gggcaaggga agaggccaca ccctgccctg ctctgctgca gccaga                  1126
<21O>17
<211>4105
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(4002)...(4105)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>17
aaaggcacat tcacagataa gtcgtttttg atctctagta attattgagc cctgggaggg    60
gcagtccctc catgatcagt aaggccccaa aatgtacaag caccaaatac agaaactaga    120
aagcatggtg attacactta tgaatagatt ccaacccaaa ctccccattt tcctgcccaa    180
gtctttgtca agaaaactcc agaagccacc tggggtcact gtctttaatc ctttgaagac    240
acccataata aggtttagac aaggcctcat gaaaaaggta taggataaaa acgactagtt    300
cagaaaaaaa aaagtaaata aatgaagaga taacttccct tttcatcaaa gaattgcaaa    360
aatgaacaat aatgagatcg tttccactta tccttttggc aaagatgaaa gcaagttacc    420
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taccactgag tgggacagga tggagaaatg tcctgaaaag agcaattcac aatagcaaag    660
acttggaacc aactcaaatg tccatcaatg atagactgga ttaagaaaat gtggcacata    720
tacaccgtgg aatactatgc agccataaaa aatatgagtt catgtccttt gtagggacat    780
ggatgaagat ggaaaccatc attctcagca aactatcgca aggacaaaaa accaaacacc    840
gcatgttctc actcacaggt gggaattgaa caatgagagc acttggacac aggaagggga    900
acatcacacc caggggccta ttgtgggatg cggggagcgg ggagggatag cattaggagt    960
tatacctaat gtaaatgaca agttaatggg tgcagcacat caacatggca catgtataca    1020
tatgtaacaa acctgcacgt tgtgcacttg taccctaaaa cttaaagtat aaaaaaaaaa    1080
aagatcaatg cagtgatcat ggtgatattt tcctgctcag cccaagttca cacatatttt    1140
atttttctca acatgatgac agccactctc acactgactt ttggaatgtc atgtatgttg    1200
aactgggtct gaagacatgg ttttaactca ggctctgtca ttttctacct cagtgattgc    1260
acaacagcaa agcagaattt tcactacttc catgaatata atcattacta tatgacttta    1320
cttgcatcat ctcctttggt tactattact actgtgggag atgggtattc tcattttata    1380
gacaaggaaa ttgacctctg gacctcagga aggttaagaa atgagcccac tgccacacaa    1440
taaacaccag ataaaggagg cagactgact ccaaagtcag tctatttaag tgcaaattta    1500
tttcgcctcc aaagggacct cccagtcatc agacctgatt ctttgttgta cagagtgggt    1560
caggtccagt gatgtctgaa ctaccttctg gttctgactt tcagccattc tcagctcctc    1620
tcttgcttgt gtctggattc taaggctgat ctcatgagaa tgggtgtttc agaagggtgc    1680
cctctccaag acaggtgcac ctcccatctg gggcagtgaa tatccctttt gtccttatgc    1740
agcctggctt cagatactgg cttctgcctg gctccttgat cccaccctgc ccttgtcagt    1800
gaccaagaag aagcccagca ccttggcact gctttcccag ttaatttcta actatggaat    1860
ctcttgctgt tagaaggtgc gaaacagtga ccttgtattt ccgggcacag gtgtgacccc    1920
ccaatgtcaa tcatttgggg tctctagcta ttaggaaaaa gaacaacaac aacctcacag    1980
cttggacaag gcaaacatta tgccaggagg aaaaaatatt ccacccccaa gaaaacaata    2040
tcaaaaaaca gaactagaga ctaattggag gagagattgc cagcctgggg caaatgtgta    2100
tatataagta tgaggcacat catgaccaga ctaactctac ctttctggct tcaggtaagg    2160
ctatctgtag ctgtcttctc ctagcccagc ttctccccat cctatttgag ggaggtagga    2220
gaggaaatta agaccttgga cactggggtc agacctggat ttgagtcatt attctgccaa    2280
ttattggctt catgatcttt agtaagttag ttttcctctc tttgatcctc tctgtcctag    2340
taacaatgac tactattttt tgacttattc catgaatatt agttatgcac ctattatgtg    2400
ccaggtacca gggttacaac aatgaacaac ttgctatgtg ctgggccctg ctcgacatat    2460
gtcatcttag ttaatcccag tgacaatatg cagtgtttta ggtcgcatct tattagcggg    2520
tcataaaatc attccttttg tgggttatat ccagggactt cttttaatta aatataatag    2580
aatatgtcag taagcaatac aaatttgagg caagcagtta gcctctttgt ccccctgttt    2640
tctcatctgc aaactaggat aatacttatc tcatagggtt gtggtaagaa ttaaatcact    2700
taatgtagta aggatatcaa ttgtcttata aaattttatg tgtgtgtgca catacatgca    2760
gaagcgactg cactagatca tgacataaaa tgtttttctt tctttctgtc tttttttttt    2820
tggggggggg ggatggactc tctgtcaccc aggcaggagt gcagtggcac gatctcagct    2880
cactgcaacc tctgcctccc aggttcaagc aatcctcctg tctcagcctc ccgagtagct    2940
gggattacag gcgcccacca ccatgcccgg ctaatttttg tatttttatt agagatgggg    3000
tttcaccatg ctggccaggc tggtctcaaa ctcctgacct tgtgatccac cccctcagtc    3060
tcccaaagtg ttgggattac aggcatgagc cactgcacct ggcaacataa aatgtttttc    3120
ttttagtaca tcatggtcac gaagatctgg aaaacgttgc tctaggaccc aatgcctttg    3180
agcacatgaa tgtctttgaa ctgagcctgg cccatcatag atattcagtt tgtgaaagca    3240
acaatctcca tttcacagac aaaaacggag acttagtaaa ctgaaatacc cacatcacag    3300
tgttagtgat cagtaaagca gggatttgaa cctcaggtgc aggctgcagc tcctacatac    3360
ttaaccaaca tgccacccta ttttgctgct ataaacactg gggtaatact ggcatccacc    3420
ctggactatt tttccaattg gaagaaatag taagtgacca ctccagaaac atttaaatgc    3480
attgtgaagg ttaattacct ctcaagttgc tcgtctcaag ccacttcttt acgatatgtg    3540
agttgcatga aggagcagac tgccatgttc attgttctcc atggtgacta gctccctgtt    3600
tggcacaatg tagctactca atagatgttt gttgaatgaa taagtgatcc aggcaaattg    3660
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aatgtgctga gaattgggga gccaagactg ggatgttggt gaggtaagga gggggagtac    3840
aaggggtaaa gtcccagcaa aacaagggct gcagtgttat gcaatttttt agtccatata    3900
agtgacacct cctggagttg tatactatac aatcaaagca ctccttccag ctgtggggag    3960
gagagttaga tcatgcattt gtcccatcca tctctgttca caggacacca gacatcagag    4020
acagagagaa aaattcaaag ggccaacccg tctttccttt gggcaggtgc tatctagacc    4080
tgaagtagcg ggaagagcag aaagg                                          4105
<210>18
<211>1160
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1002)...(1160)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>18
agtgaaagct gcgagaaaga cccgtgcgct ctgtaactag gcgagtcagc atcacagccc    60
aatggaatat actctaaaga tgggattttc atgcaaaata tttaaaagat tccatcttga    120
tctcttgtgc ggcttaagca tttaaagata taacttgggg ttctccctgg atcctggcta    180
catcccatga agcccaagtg cacaattttg gaatatttcc tccacggtgc tttgcttgct    240
tgtttgcttt cggctgggtc aggtgaggag gatgacaggg cttctgtatt gctaaatggg    300
ttttcacagg agatggaaga taaaaatcaa aattatttgt aacgtaagac agcagggcct    360
ggtgagagga cgcttcgccg ccaacaatta gcaattcggc ttctacacag cagccggaga    420
tcagctttgc tgcatttggt ccaggttgga gcatctccgc agcagctgca acagccgcac    480
gaaggtagct ccgggcgggg agcgaggcgc tgtcctcggt gctgaaaggc cgaggcgcgc    540
ggtgggcgcg acagccccgg agacccgagg tctcgcggag ggacagcggc tacgggcccc    600
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gccgtgcggg ggagggggcg cgcgctcccg cctcctgccg cgagtcgcgc acgcgcgccc    720
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tgtgtgtgtg tgcgcgcgcg cgtgagtgag agaggagaga gggagaagag agcgcgagag    840
agggtgagtg tgtgtgagtg catgggaggg tgctgaatat tccgagacac tgggaccaca    900
gcggcagctc cgctgaaaac tgcattcagc cagtcctccg gacttctgga gcggggacag    960
ggcgcagggc atcagcagcc accagcagga cctgggaaat agggattctt ctgcctccac    1020
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<210>19
<211>1084
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1002)...(1084)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>19
gcctccccac agccaagttg ctggagcttc gccccacctg cccccaacct gcactggcct    60
gactccccca ttccacacct ggcccagcac ccaccacatg gtgtggcaga cagcactggg    120
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cacctccaca gttggagatt ccctcctaat ccagatgctc aaaccaggac cctaacaact    360
agggcttcat atatcactgg gacacttagc ataatcacca ttgcaggttg ccagacatca    420
cccaaagtga tgttctacca aagacagaaa ctgcagctct cccatgacct tccaggtgct    480
gccctgactc ctccagctga acctgctagg gcagagggaa gtggaacgtg cagcatattt    540
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<210>20
<211>1044
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1002)...(1044)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>20
gtccgagtgg cctgctgagg acttgctgct tgtccccagg tccccaggtc atgccctcct    60
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tctggggaca ggggtctgag gacaggggtg tggggacagg ggtgtgggga caggggtgtg    420
gggacagggg tgtggggaca ggggtctggg gacaggggtc cgggggacag gggtgtgggg    480
acaggggtgt ggggacaggg gtgtggggac aggggtctgg ggacaggggt gtggggacag    540
gggtcctggg gacaggggtg tggggatagg ggtgtgggga caggggtgtg gggacagggg    600
tgtggggaca ggggtctggg gacagcagcg caaagagccc cgccctgcag cctccagctc    660
tcctggtcta atgtggaaag tggcccaggt gagggctttg ctctcctgga gacatttgcc    720
cccagctgtg agcagggaca ggtctggcca ccgggcccct ggttaagact ctaatgaccc    780
gctggtcctg aggaagaggt gctgacgacc aaggagatct tcccacagac ccagcaccag    840
ggaaatggtc cggaaattgc agcctcagcc cccagccatc tgccgacccc cccaccccag    900
gccctaatgg gccaggcggc aggggttgag aggtagggga gatgggctct gagactataa    960
agccagcggg ggcccagcag ccctcagccc tccaggacag gctgcatcag aagaggccat    1020
caagcagatc actgtccttc tgcc                                           1044
<210>21
<211>1027
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(1027)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>21
ccagcacgca gtagtgctcg aggcagggag cgtgtttatc aagagggata aacttgatac    60
gaactctgta cgaaggaagg tgtaggtgga tggaggggtg tgtgctgcca ctgagcacaa    120
gaaccccacg gggtggcctg ccaaagttca aaacgaggga gacaggttga tctggaccca    180
ggaactacag tgctgaatcc taaaccgggg aaagatgaga cctagaagag ggaggtggta    240
acctaattgg agggtgagga gggaaagagc ctgccacaga tggggcatct ataggggtgc    300
tgttgaataa ctgagagcag ctgacttaag cccgaagtgg gtacttctcc ctgggcagat    360
gggaggtctg ggacaggctc ctctggcaga agggctcctg gccaccctgt cctaaggtgg    420
gtcagtcact tcctccttca ccagttccac agcatcttac tatgagcttg gcattcgagg    480
cttctcttgg cagggccctg cactcctagc ctctccttgc acattgcacc cccattccag    540
agaggtttag ttaaaggcgg gggttaccaa gtcagtcaga tcttgggcaa gtcaccactc    600
ctccagagcc tcagtttcct tatctggaaa gtggaggtca tggcaacccg ccaacctggt    660
tggatgggag cctgagctgt tgtgttgcac cttgcctggg gcccacgact ttgtagctcc    720
tgtcctgcac tgggcttatg ttttcattca ttccagaaac cttttcagag agtccctttg    780
gggagtgtgg gggacaggag ggaaagaaac ctggtccttg tagccgttcg tctgctccct    840
gccctgggca gaggacgtgg ggactcaggc cagcctgaga tcactgggac cagaggaggg    900
gctggaggat actacacgca ggggtgggct gggctgggct gggctgggcc aggaatgcag    960
cggggcaggg ctatttaagt caagggccgg ctggcaaccc cagcaagctg tcctgtgagc    1020
cgccagc                                                              1027
<210>22
<211>240
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>22
cgtcgcatgg agaccaccgt gaacgcccac caggtcttgc ccaaggtctt acataagagg    60
actcttggac tctcagcaat gtcaacgacc gaccttgagg catacttcaa agactgtgtg    120
tttaaagact gggaggagtt gggggaggag attaggctaa aggtctttgt actaggaggc    180
tgtaggcata aattggtctg ttcaccagca ccatgcaact ttttcacctc tgcctaatca    240
<210>23
<211>2562
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<220>
<221>misc_feature
<222>(1001)...(2562)
<223>第一外显子的第一核苷酸
<400>23
ggtgccctcc tgggtctggg cttgggctgg gctcttagat gtctcagaga aattgagact    60
ctattaatca tctgagtctt tccatttctg gtgagatgat catgggtcat cattggcctg    120
agtggtggga tgagctataa atagttctaa attcctggtg taagtccttg ttcaacgaga    180
tggacagaat ttggccttct aggatgtcat ttataacatt tggctctttg ccaaaatgca    240
agttagccca tgttttactc tggggactgt gaattgtgat ccctttaata gactttccca    300
tgttcctcca aatcctggag cagttcttat gggaactgat tagttttgtg aaagtctaaa    360
cttcacccat aaagccatct tggcctgaag tcatctgtga gggcaattat ttaataatct    420
taatgctttc ttgaggatta ctgttccaat tatgatttcc atttctcctt gagtcagctt    480
taagttttat tgctagaaaa gaaaaatgcc aacttgccgt catctctgct gtcactattt    540
tgtgttcaac aattgccttc tctatctgct gtatcttttt cagcacagaa gctgtaatgt    600
tattaaacaa agcaatgtat ccagatcact cagaatctat gcctgtcacg gggagcagga    660
gaagagggtg aatgaagagc cacagcatgg caggggagcc actgcaagga tgctgaaact    720
cgtgtgaaca gagttgctgt aggcaggctg ctatggaacc ttttggggaa gcactgcctc    780
ttagggatgg cagtgaaaat gggagaagag ggtggcattg cctccagatg gaagatgtag    840
tgctttgcct tgctccttgg tgcttggaga gggaaaggga tgctgctgta aagttcctgg    900
ctggactttg gcttgataaa gcacgggcac ctttgggagt atgagggtgg gtgggtgtgc    960
acatcttcca tgaaggaact gttaatattg gggcagatgt ttcaagtatg gcagacaaag    1020
gatgttctgc gtggggaaat gtggtgacac ccatttcaca aggacagctc acatagattg    1080
agtgctcagg aaggaccagc accataccca gtgcctgatg tgtatcatct caattagtcc    1140
ttgcctcaga tgcaaaagga aaccatcgcc atcatcatca ccaccatcat catcttcctc    1200
ctgtgcagat ggaaaggctg aggcatagag aggtgacgga gtctgcccag gactgcaagc    1260
ctgctggtgg cagagccagg ttccaatgga atgaaggctg tcatcctcag atggcagggt    1320
aggcaggtgg ctagagctca cttgggagaa ggggaaagga cactgacttt ggctagggat    1380
ggagcagagc ttgggctggc tttccatgca cgggcagggg gcgtggctca tggctacgct    1440
ccagccccgg gtgtggacat tgaatcttcc aggtctaccc taggctatgg gtctggacag    1500
cactgtgatg gaaagaagac actctatgtc ctgcattctg tgaccaatga tgtgactgtg    1560
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acccaggatg ggaccaccat gcgacttctt ccctcgctcc tcctggtcat gtccagagcc    1680
ccaggaggac cagcaaagcc tctcgagccg atggcagctc acgttctacc ttgtcagcta    1740
ctcctctcct gggcaacatt ggctgcttgc tgtggctctc cccggggtat gtgactgcct    1800
ctgtgctggg cacctggcct gggctttcct tctgggcctg ggcagctggg ctcagcttgg    1860
acccaggcag cagccacaga ggggcccatg gaggtgacag agttgcttct atgatggtga    1920
acgggcagct gtgacacgga ggaggcgacc actcctcagt ttccaagtgc tgcggtcagg    1980
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ctctgccaac ggccccgctc cttagctaac ccagcttgct cctgggttcc acggcggagt    2160
cagatgtttc tgggcagttt cacctttgtg ccttaaatgc atgttgagga ctttaaggaa    2220
ttgtggagaa atagggctgt ggcaaaggca agtgacaact gggaacaatg atcctgcaga    2280
ggctgctgag gcctgggccc caggggcgtg ggttcatcct tctgcctggg ctttggtggg    2340
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caagccctgc ctgcctccca ttgcccacct ggccctggct tg                       2562
<210>24
<211>33
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>24
ataacttcgt ataatgtatg ctatacgaag tta                                  33
<210>25
<211>50
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>25
tgaagttcct attccgaagt tcctattctc tagaaagtat aggaacttca                50
<210>26
<211>4829
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>26
ataataaacc caagcttggc actgggatct gcgaacgcag caagacgtag cccagcgcgt    60
cggccccgag atgcgccgcg tgcggctgct ggagatggcg gacgcgatgg atatgttctg    120
ccaagggttg gtttgcgcat tcacagttct ccgcaagaat tgattggctc caattcttgg    180
agtggtgaat ccgttagcga ggtgccgccc tgcttcatcc ccgtggcccg ttgctcgcgt    240
ttgctggcgg tgtccccgga agaaatatat ttgcatgtct ttagttctat gatgacacaa    300
accccgccca gcgtcttgtc attggcgaat tcgaacacgc agatgcagtc ggggcggcgc    360
ggtccgaggt ccacttcgca tattaaggtg acgcgtgtgg cctcgaacac cgagcgaccc    420
tgcagcgacc cgcttaacag cgtcaacagc gtgccgcaga tcccgggggg caatgagata    480
tgaaaaagcc tgaactcacc gcgacgtctg tcgagaagtt tctgatcgaa aagttcgaca    540
gcgtctccga cctgatgcag ctctcggagg gcgaagaatc tcgtgctttc agcttcgatg    600
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gttatgttta tcggcacttt gcatcggccg cgctcccgat tccggaagtg cttgacattg    720
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cgatcgctgc ggccgatctt agccagacga gcgggttcgg cccattcgga ccgcaaggaa    900
tcggtcaata cactacatgg cgtgatttca tatgcgcgat tgctgatccc catgtgtatc    960
actggcaaac tgtgatggac gacaccgtca gtgcgtccgt cgcgcaggct ctcgatgagc    1020
tgatgctttg ggccgaggac tgccccgaag tccggcacct cgtgcacgcg gatttcggct    1080
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gcgtttcttc cttttcccca ccccaccccc caagttcggg tgaaggccca gggctcgcag    1740
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ggtagcggtg gtttttttgt ttgcaagcag cagattacgc gcagaaaaaa aggatctcaa    2520
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gggattttgg tcatgagatt atcaaaaagg atcttcacct agatcctttt aaattaaaaa    2640
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ttaatcagtg aggcacctat ctcagcgatc tgtctatttc gttcatccat agttgcctga    2760
ctccccgtcg tgtagataac tacgatacgg gagggcttac catctggccc cagtgctgca    2820
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tgaatactca tcctcaggac tctccctttt tcaatattat tgaagcattt atcagggtta    3600
ttgtctcatg agcggataca tatttgaatg tatttagaaa aataaacaaa taggggttcc    3660
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gggtgtggtg gttacgcgca gcgtgaccgc tacacttgcc agcgccctag cgcccgctcc    3780
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tcgggggctc cctttagggt tccgatttag tgctttacgg cacctcgacc ccaaaaaact    3900
tgattagggt gatggttcac gtagtgggcc atcgccctga tagacggttt ttcgcccttt    3960
gacgttggag tccacgttct ttaatagtgg actcttgttc caaactggaa caacactcaa    4020
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<210>27
<211>8433
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>27
cacctgacgc gccctgtagc ggcgcattaa gcgcggcggg tgtggtggtt acgcgcagcg    60
tgaccgctac acttgccagc gccctagcgc ccgctccttt cgctttcttc ccttcctttc    120
tcgccacgtt cgccggcttt ccccgtcaag ctctaaatcg ggggctccct ttagggttcc    180
gatttagtgc tttacggcac ctcgacccca aaaaacttga ttagggtgat ggttcacgta    240
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atagtggact cttgttccaa actggaacaa cactcaaccc tatctcggtc tattcttttg    360
atttataagg gattttgccg atttcggcct attggttaaa aaatgagctg atttaacaaa    420
aatttaacgc gaattttaac aaaatattaa cgcttacaat ttacgcgtcc agacatgata    480
agatacattg atgagtttgg acaaaccaca actagaatgc agtgaaaaaa atgctttatt    540
tgtgaaattt gtgatgctat tgctttattt gtaaccatta taagctgcaa taaacaagtt    600
aacaacaaca attgcattca ttttatgttt caggttcagg gggaggtgtg ggaggttttt    660
taaagcaagt aaaacctcta caaatgtggt atggctgatt atgatcatga acagactgtg    720
aggactgagg ggcctgaaat gagccttggg actgtgatct aaaatacaca aacaattaga    780
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cggttccgct gccgcttgtc aatcaggcag tccttgttgt cgcggcaggt gtaggtcagg    1800
tccttgcgca ccgtccgctt gaagaagccc ttgcacccct cgcagctgta cactccatag    1860
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ccgttgccca tcggtaccgc tgatgtggtg gagctagcgg taacggcagc cgtgatactg    3120
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gtactgaccg cggacaagga accaggtgcg gttacggagg cgggcacggg agcggagacg    3240
ggaaggagct gtggctgtgg ttgaatctgt ggctggagtt gcgtctgaag ctgtgggtgg    3300
agctggggtt gcagttgacc ttgcagctga ggtggtagct gaggttgtag ctgcggctgt    3360
gtctggtgct gggaatcgtt ctgggtcagg gaggagggtt ggggctgggg ctgaggctga    3420
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gcggtaatgg cgcccccaac cgatgcccgc atacgctcag cccgctcgag acgctcgttc    3540
tcctcctggg taatctgaag gtgcgactgg accgatggcg ggatggcatg aacgtcccag    3600
atctcctcga ggaacttggg cagtttgcgg tttttgagct ttagtgagaa acacatctcg    3660
gcgttctggt tgcccagcgt acgcagctcg gtgaggatcg agagcagctt tgcgtagaag    3720
acgaggctca ttgagtcgcc gcagtggcgg ttgagtatat aaatgcgtag cgtgtcgatg    3780
tagtagctct ggatcgcttc gactagctgg gccttctcca ggcccggccg gtccgagaag    3840
atcacaatgg cagtgagaag cgcgtattcg acgttgtcca ccttcatcga gaacatttgg    3900
cggcagaaat gcagcaggtc ttcaatgtta tcagccattc cggccatttt gtaagaatcc    3960
cgcgtatatg atctattatt cgcgaagaat attgagtccg agctgtggtc atagcgtcgt    4020
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tggggtatct ttgtaaacgc tggtagacct ttagcaaact caacaatcaa ctggaccgtg    4140
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ggttgactca ttatacgcct gagatcctct tcagatggct gctcatagcc atcctggtac    4260
caaattaact tgtatataac ggccaactga ttgtacgtta aggaaggtat attgcgcgct    4320
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tcgccgcaaa ccaggcacag ctcctcttgc acccgtggcg caggtccctt cttgctcttc    4800
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agagcgccgt agggggcgga gtcgtggggg gtaaatcccg gacctgggga atccccgtcc    5040
cccaacatgt ccagatcgaa atcgtctagc gcgtcggcat gcgccatcgc cacgtcctcg    5100
ccgtctaagt ggagttcgtc ccccaggctg acatcggtcg ggggggccaa gtcttcttca    5160
gaaataagtt tttgttccat ggtggcggcc ggccactagc ggatctgacg gttcactaaa    5220
ccagctctgc ttatatagac ctcccaccgt acacgcctac cgcccatttg cgtcaatggg    5280
gcggagttgt tacgacattt tggaaagtcc cgttgatttt ggtgccaaaa caaactccca    5340
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ccgtcattga cgtcaatagg gggcgtactt ggcatatgat acacttgatg tactgccaag    5580
tgggcagttt accgtaaata ctccacccat tgacgtcaat ggaaagtccc tattggcgtt    5640
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ggcgggccat ttaccgtaag ttatgtaacg cggaactcca tatatgggct atgaactaat    5760
gaccccgtaa ttgattacta ttaataacta atgcaacggc gctgcagcca ctgcatggcg    5820
gtaatacggt tatccacaga atcaggggat aacgcaggaa agaacatgtg agcaaaaggc    5880
cagcaaaagg ccaggaaccg taaaaaggcc gcgttgctgg cgtttttcca taggctccgc    5940
ccccctgacg agcatcacaa aaatcgacgc tcaagtcaga ggtggcgaaa cccgacagga    6000
ctataaagat accaggcgtt tccccctgga agctccctcg tgcgctctcc tgttccgacc    6060
ctgccgctta ccggatacct gtccgccttt ctcccttcgg gaagcgtggc gctttctcat    6120
agctcacgct gtaggtatct cagttcggtg taggtcgttc gctccaagct gggctgtgtg    6180
cacgaacccc ccgttcagcc cgaccgctgc gccttatccg gtaactatcg tcttgagtcc    6240
aacccggtaa gacacgactt atcgccactg gcagcagcca ctggtaacag gattagcaga    6300
gcgaggtatg taggcggtgc tacagagttc ttgaagtggt ggcctaacta cggctacact    6360
agaaggacag tatttggtat ctgcgctctg ctgaagccag ttaccttcgg aaaaagagtt    6420
ggtagctctt gatccggcaa acaaaccacc gctggtagcg gtggtttttt tgtttgcaag    6480
cagcagatta cgcgcagaaa aaaaggatct caagaagatc ctttgatctt ttctacgggg    6540
tctgacgctc agtggaacga aaactcacgt taagggattt tggtcatgag attatcaaaa    6600
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tatgagtaac ctgaggctat ggcagggcct gccgccccga cgttggctgc gagccctggg    6720
ccttcacccg aacttggggg gtggggtggg gaaaaggaag aaacgcgggc gtattggccc    6780
caatggggtc tcggtggggt atcgacagag tgccagccct gggaccgaac cccgcgttta    6840
tgaacaaacg acccaacacc gtgcgtttta ttctgtcttt ttattgccgt catagcgcgg    6900
gttccttccg gtattgtctc cttccgtgtt tcagttagcc tccccctagg gtgggcgaag    6960
aactccagca tgagatcccc gcgctggagg atcatccagc cggcgtcccg gaaaacgatt    7020
ccgaagccca acctttcata gaaggcggcg gtggaatcga aatctcgtga tggcaggttg    7080
ggcgtcgctt ggtcggtcat ttcgaacccc agagtcccgc tcagaagaac tcgtcaagaa    7140
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ggtcagccca ttcgccgcca agctcttcag caatatcacg ggtagccaac gctatgtcct    7260
gatagcggtc cgccacaccc agccggccac agtcgatgaa tccagaaaag cggccatttt    7320
ccaccatgat attcggcaag caggcatcgc catgggtcac gacgagatcc tcgccgtcgg    7380
gcatgctcgc cttgagcctg gcgaacagtt cggctggcgc gagcccctga tgctcttcgt    7440
ccagatcatc ctgatcgaca agaccggctt ccatccgagt acgtgctcgc tcgatgcgat    7500
gtttcgcttg gtggtcgaat gggcaggtag ccggatcaag cgtatgcagc cgccgcattg    7560
catcagccat gatggatact ttctcggcag gagcaaggtg agatgacagg agatcctgcc    7620
ccggcacttc gcccaatagc agccagtccc ttcccgcttc agtgacaacg tcgagcacag    7680
ctgcgcaagg aacgcccgtc gtggccagcc acgatagccg cgctgcctcg tcttgcagtt    7740
cattcagggc accggacagg tcggtcttga caaaaagaac cgggcgcccc tgcgctgaca    7800
gccggaacac ggcggcatca gagcagccga ttgtctgttg tgcccagtca tagccgaata    7860
gcctctccac ccaagcggcc ggagaacctg cgtgcaatcc atcttgttca atcatgcgaa    7920
acgatcctca tcctgtctct tgatcgatct ttgcaaaagc ctaggcctcc aaaaaagcct    7980
cctcactact tctggaatag ctcagaggcc gaggcggcct cggcctctgc ataaataaaa    8040
aaaattagtc agccatgggg cggagaatgg gcggaactgg gcggagttag gggcgggatg    8100
ggcggagtta ggggcgggac tatggttgct gactaattga gatgcatgct ttgcatactt    8160
ctgcctgctg gggagcctgg ggactttcca cacctggttg ctgactaatt gagatgcatg    8220
ctttgcatac ttctgcctgc tggggagcct ggggactttc cacaccctaa ctgacacaca    8280
ttccacagct ggttctttcc gcctcaggac tcttcctttt tcaatattat tgaagcattt    8340
atcagggtta ttgtctcatg agcggataca tatttgaatg tatttagaaa aataaacaaa    8400
taggggttcc gcgcacattt ccccgaaaag tgc                                 8433<210>
28
<211>151
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>28
gaactcagac acagcagaag agcaattggt accggatccg atatcgatgc ggccgctcga    60
gactagtgag ctcgtcgact ctagactctt ctggttctgg cgactataag gatgacgatg    120
acaagtaata gccctttagt gagggttaat t                                   151
<210>29
<211>11
<212>PRT
<213>人工序列
<220>
<223>人工序列的描述:/注释=
     合成构建体
<400>29
Gly Ser G1y Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys
 1               5                  10

Claims (75)

1.一种含有一种核酸区段的多潜能干细胞,其中所述核酸区段包含P-I结构,其中P为转录控制元件,I为编码一种标记的序列,其中所述标记包括转化剂。
2.权利要求1的干细胞,其中所述核酸区段为异源核酸区段。
3.权利要求1的干细胞,其中所述核酸区段为外源核酸区段。
4.权利要求1的干细胞,其中所述标记为异源标记。
5.权利要求1的干细胞,其中P和I包含于同一载体。
6.权利要求1的干细胞,其中P和I包含于不同的载体。
7.权利要求1的干细胞,其中I为异源核酸序列。
8.权利要求7的干细胞,其中所述核酸区段还包括自杀基因。
9.权利要求7的干细胞,其中P为组织特异性转录控制元件。
10.权利要求7的干细胞,其中P为细胞类型特异性转录控制元件。
11.权利要求7的干细胞,其中P为细胞谱系特异性转录控制元件。
12.权利要求7的干细胞,其中P为细胞特异性转录控制元件。
13.权利要求7的干细胞,其中P使得I优势表达或选择性表达。
14.权利要求7的干细胞,其中所述标记包括温度许可性无限增殖因子。
15.权利要求7的干细胞,其中所述转化剂为温度许可性因子。
16.权利要求7的干细胞,其中I包括SV40大T抗原。
17.权利要求7的干细胞,其中所述核酸区段的侧翼有位点特异性切除序列。
18.权利要求7的干细胞,其中I的侧翼有位点特异性切除序列。
19.权利要求7的干细胞,其中P的侧翼有位点特异性切除序列。
20.权利要求7的干细胞,其中所述核酸区段还包括X,其中X为位点特异性切除序列,其中X位于P-I的侧翼,其中所述核酸区段包括X-P-I-X结构。
21.权利要求20的干细胞,其中所述核酸区段在X处被切除。
22.权利要求21的干细胞,其中X为loxP位点。
23.一种分化细胞,所述细胞通过培养权利要求7的干细胞而产生,所述培养在转录控制元件被激活而使得I优势表达或选择性表达的条件下进行。
24.权利要求23的分化细胞,其中使得转录控制元件被激活的条件为干细胞分化的条件。
25.权利要求23的分化细胞,其中所述干细胞在转录控制元件被激活的条件下分化。
26.权利要求23的分化细胞,其中通过使所述干细胞自发分化为类胚胎体来激活所述转录控制元件。
27.权利要求23的分化细胞,其中所述核酸区段从分化细胞中被切除。
28.权利要求27的分化细胞,其中利用腺病毒介导的位点特异性切除法来切除所述核酸区段。
29.权利要求27的分化细胞,其中利用重组酶切除所述核酸区段。
30.权利要求29的分化细胞,其中所述重组酶为Cre。
31.权利要求27的分化细胞,其中核酸区段的切除导致被切除所述核酸区段的核酸分子的重组。
32.权利要求23的分化细胞,其中I的表达的效果被逆转。
33.权利要求32的分化细胞,其中所述I的表达的效果为分化细胞的转化,其中I的表达的效果的逆转是分化细胞转化的逆转。
34.权利要求32的分化细胞,其中所述I的表达的效果被显性负性转化剂的表达而逆转。
35.权利要求32的分化细胞,其中所述I的表达的效果被所述核酸区段的切除而逆转。
36.权利要求23的分化细胞,其中所述分化细胞为肝细胞。
37.权利要求23的分化细胞,其中所述分化细胞为干细胞来源的有条件地永生的细胞。
38.一种方法,包括将权利要求23的分化细胞导入受试者。
39.权利要求38的方法,其中通过向受试者给予所述分化细胞而导入分化细胞。
40.权利要求38的方法,其中通过将分化细胞移植至受试者而导入分化细胞。
41.一种测定组合物毒性的方法,所述方法包括将该组合物与权利要求23的分化细胞共同培养,并且评价对该分化细胞的毒性效应。
42.一种测定化合物毒性的方法,所述方法包括将该化合物与权利要求23的分化细胞共同培养,并且评价对该分化细胞的毒性效应。
43.一种测定组合物对细胞的目标效应的方法,所述方法包括将该组合物与权利要求23的分化细胞共同培养,并且评价对该分化细胞的目标效应。
44.一种测定化合物对细胞的目标效应的方法,所述方法包括将该化合物与权利要求23的分化细胞共同培养,并且评价对该分化细胞的目标效应。
45.一种从干细胞获得分化细胞的方法,所述方法包括:
培养权利要求7的干细胞,所述培养在使得转录控制因子被激活而使I优势表达或选择性表达的条件下进行,从而获得分化细胞。
46.一种获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,所述方法包括:
培养权利要求7的干细胞,所述培养在使得转录控制元件被激活而使I优势表达或选择性表达的条件下进行,从而获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型。
47.一种获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型的方法,所述方法包括:
用包含P-I结构的核酸区段转染干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中所述标记包括转化剂;
培养上述干细胞,所述培养在使得转录控制元件被激活而使I优势表达或选择性表达的条件下进行,从而获得干细胞来源的有条件地永生的细胞类型。
48.一种从干细胞获得分化细胞的方法,所述方法包括:
用包含P-I结构的核酸区段转染干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列,其中所述标记包括转化剂;
培养上述干细胞,所述培养在使得转录控制元件被激活而使I优势表达或选择性表达的条件下进行,从而获得分化细胞。
49.权利要求48的方法,其中所述使得转录控制元件被激活的条件为所述干细胞分化的条件。
50.权利要求48的方法,其中所述干细胞在转录控制元件被激活的条件下分化。
51.权利要求48的方法,其中通过使所述干细胞自发分化为类胚胎体来激活所述转录控制元件。
52.权利要求48的方法,还包括选择表达I的细胞。
53.权利要求48的方法,还包括提高表达I的细胞的纯度。
54.权利要求53的方法,其中提高纯度包括形成克隆的或半纯化的细胞群。
55.权利要求48的方法,还包括切除所述核酸区段。
56.权利要求48的方法,还包括克隆所述分化细胞。
57.权利要求48的方法,还包括培养所述分化细胞。
58.权利要求48的方法,还包括冷冻所述分化细胞。
59.权利要求48的方法,还包括向所选细胞中加入目的基因。
60.权利要求48的方法,还包括:切除核酸区段;和冷冻所选择的细胞。
61.权利要求60的方法,其中当所述核酸区段被切除时,先前含有该核酸区段的核酸的末端重新结合。
62.权利要求48的方法,还包括培养表达I的细胞。
63.权利要求62的方法,还包括克隆所培养的表达I的细胞。
64.权利要求48的方法,还包括将所述分化细胞导入受试者。
65.权利要求64的方法,其中通过向受试者给予所述分化细胞而导入分化细胞。
66.权利要求64的方法,其中通过将分化细胞移植至受试者而导入分化细胞。
67.权利要求48的方法,还包括将一种组合物与所述分化细胞共同培养,并且评价对分化细胞的毒性效应。
68.权利要求48的方法,还包括将一种化合物与所述分化细胞共同培养,并且评价对分化细胞的毒性效应。
69.权利要求48的方法,还包括将一种组合物与所述分化细胞共同培养,并且评价对该分化细胞的目标效应。
70.权利要求48的方法,还包括将一种化合物与所述分化细胞共同培养,并且评价对该分化细胞的目标效应。
71.一种从干细胞获得分化细胞的方法,所述方法包括:
用包含P-I结构的核酸区段转染干细胞,其中P为转录控制元件,I为编码标记的序列;
培养上述干细胞,所述培养在使得转录控制元件被激活而使I优势表达或选择性表达的条件下进行,其中使得转录控制元件激活的条件为干细胞分化的条件,从而获得分化细胞。
72.权利要求71的方法,还包括通过对所述标记的筛选来选择所述分化细胞。
73.权利要求71的方法,还包括通过鉴别表达所述标记的细胞来筛选分化细胞。
74.权利要求71的方法,其中所述干细胞在转录控制元件被激活的条件下分化。
75.权利要求71的方法,其中通过使所述干细胞自发分化为类胚胎体来激活所述转录控制元件。
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