JP2016028572A - 表現型を決定するためのエキソソームの使用方法およびそのシステム - Google Patents

表現型を決定するためのエキソソームの使用方法およびそのシステム Download PDF

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Abstract

【課題】診断的、治療関連、もしくは予後的方法のためのバイオマーカーの検出にエキソソームを使用して、病態または疾患、例えば、疾患の病期もしくは進行等の表現型を同定する方法を提供する。【解決手段】腫瘍または癌細胞である起始細胞に特異的なエキソソームから核酸、ペプチド等のバイオマーカーまたはマーカーを使用して、疾患、病態、病期、および病態の段階に対する治療計画を決定する、また治療効果を決定する。また、起始細胞に特異的なエキソソーム由来のマーカーを使用して、未知の起源の疾患の病態を同定する。【選択図】なし

Description

相互参照
本願は、２００８年１１月１２日出願の米国仮出願第６１／１１４，０４５号、２００８年１１月１２日出願の同第６１／１１４，０５８号、２００８年１１月１３日出願の同第６１／１１４，０６５号、２００９年２月９日出願の同第６１／１５１，１８３号、２００９年１０月２日出願の同第６１／２７８，０４９号、２００９年１０月９日出願の同第６１／２５０，４５４号、および２００９年１０月１９日出願の同第６１／２５３，０２７号の利益を主張し、それらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。本願はまた、２００９年１０月３０日出願の米国出願第１２／６０９，８４７号に関連し、これは、２００８年１０月３０日出願の米国仮出願第６１／１０９，７４２号、２００８年１１月７日出願の同第６１／１１２，５７１号、２００８年１１月１２日出願の同第６１／１１４，０４５号、２００８年１１月１２日出願の同第６１／１１４，０５８号、２００８年１１月１３日出願の同第６１／１１４，０６５号、２００９年２月９日出願の同第６１／１５１，１８３号、２００９年１０月２日出願の同第６１／２７８，０４９号、２００９年１０月９日出願の同第６１／２５０，４５４号、および２００９年１０月１９日出願の同第６１／２５３，０２７号の利益を主張し、それらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
疾患の検出、予後予測、モニタリング、および治療決定の臨界的な必要性は、アッセイの感度および特異度を改善している。現在、癌等の病態および疾患のためのバイオマーカー（疾患に伴う分子改変に対するタンパク質、ペプチド、脂質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、およびその修飾）は、病態または疾患を同定するために、ほとんど組織から試料を得ることのみに依存する。分析のために目的のこれらの組織を得るための方法は、しばしば、侵襲性かつ高価であり、患者に対して合併症のリスクをもたらす。さらになお、バイオマーカーを単離または検出するための体液の使用は、しばしばバイオマーカーを著しく希釈し、必要な感度を欠く読み出しをもたらす。さらに、ほとんどのバイオマーカーは、罹患組織以外の正常組織内で低量または中程度の量で生成され、しいては、特異度のこの欠如もまた、問題であり得る。
ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびタンパク質等の特異的なバイオマーカーの同定は、病態または疾患の診断、予後、またはテラノーシス（ｔｈｅｒａｎｏｓｉｓ）に使用されるバイオシグネチャーを提供することができる。エキソソームは、エキソソーム中またはその表面上に存在する１つ以上のバイオマーカーを評価するための良好な供給源である。さらになお、エキソソームの特定の特徴（例えば、大きさ、表面抗原、起始細胞）を同定することにより、それ自体、診断、予後、セラノスティック（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃ）読み出しを提供することができる。
癌性細胞、他の罹患細胞によって、または生理学的プロセス（例えば、妊娠）のある時期でのエキソソームの分泌は、診断に役立つように活用することができ、同様に、治療法の決定を個人に合わせて行うことができる。エキソソームは、血漿、母乳、気管支肺胞洗浄液、および尿を含む、多くの体液中に見出されている。エキソソームはまた、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ウイルス、およびプリオンのための輸送ビヒクルとして、細胞間の連通にも関与する。
本発明は、先行技術のアッセイの改善を提供する。製品およびプロセスは、改善されたアッセイ感度および特異度を提供し、疾患の検出、予後予測、疾患のモニタリング、疾患の病期、および治療法の決定、ならびに生理的状態の同定が可能になる。製品およびプロセスには、起始細胞に特異的なエキソソームの選択およびそれらのタンパク質組成物、ＲＮＡ組成物、ＤＮＡ組成物、脂質プロファイル、ならびにこれらの検体の関連代謝および／または後成的修飾の分析が含まれる。また、試料からのエキソソームの事前に濃縮または精製することなく、エキソソームについてのバイオマーカーおよびバイオシグネチャーを決定する方法も本明細書に提供する。
エキソソームを分析することによって表現型を特徴付けるための方法および組成物を本明細書に開示する。対象または個人における表現型を特徴付けることには、疾患もしくは病態の診断、疾患もしくは病態の予後診断、疾患の段階または病態の段階の決定、薬物の有効性、生理的状態、臓器障害または臓器拒絶反応、疾患もしくは病態の進行、疾患もしくは病態に対する治療関連のつながり、または特定の生理的もしくは生物学的状態が含まれ得るが、これらに限定されない。
該方法は、対象からの生体試料中のエキソソームのバイオシグネチャー（ｂｉｏ−ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を決定することと、バイオシグネチャーに基づいて該対象における表現型を特徴付けることと、を含むことができる。特徴付けはまた、生体試料中のエキソソームの量を決定することに基づくものであり得る。表現型の特徴付けは、少なくとも７０、８０、もしくは９０％の感度と特異度、またはその両方で行われ得る。
エキソソームは、エキソソームのバイオシグネチャーを決定する前に、単離または濃縮され得る。バイオシグネチャーは、バイオマーカーの発現レベル、存在、不在、突然変異、コピー数多様性（ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｔｉｏｎ）、切断、複製、挿入、修飾、配列多様性、または分子会合を含み得る。バイオシグネチャーはまた、単離されたエキソソームの定量化、エキソソームの半減期における変動の時間的評価、循環エキソソームの半減期、エキソソームの代謝半減期、またはエキソソームの活性も含み得る。
エキソソームは、起始細胞に特異的なエキソソームであり得る。エキソソームは、腫瘍または癌細胞に由来し得る。エキソソームの起始細胞は、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞であり得る。
エキソソームの１つ以上のバイオマーカーは、表現型を特徴付けるために評価され得る。該バイオマーカーは、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、またはＤＮＡもしくはＲＮＡ等のプロテオグリカンであり得る。該ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、またはｓｈＲＮＡであり得る。該バイオマーカーは、図１から選択される抗原、または図３〜６０に列記される表から選択されるバイオマーカーであり得る。１つ以上のバイオマーカーが、評価され得、表現型を特徴付けるために使用し得る。該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択される１つ以上のｍｉＲＮＡを含み得る。該バイオシグネチャーは、前立腺癌等の表現型を特徴付けるために使用し得る。他のバイオマーカーは、ＣＤ９、ＰＳＣＡ（前立腺幹細胞抗原）、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ（前立腺細胞表面抗原）、ＰＳＭ（もしくはＰＳＭＡ、前立腺特異的膜抗原）、５Ｔ４、ＣＤ５９、ＣＤ６６、ＣＤ２４、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択され得る。複数個のバイオマーカーを検出することにより、複数個未満のバイオマーカーを検出することと比較して、より高い感度または特異度を提供することができる。
複数個のエキソソームを多重化する方法、または複数個のエキソソームの多重分析も提供する。複数個のエキソソームを多重化することには、該複数個のエキソソームを複数個の粒子に適用し、該複数個の粒子のサブセットの各粒子が、異なる捕捉剤に連結されることと、該複数個のエキソソームのサブセットを捕捉することと、該捕捉したエキソソーム１つ以上のバイオマーカーを検出することと、が含まれ得る。また、多重化は、アレイを用いて実行され得、捕捉剤が、粒子またはビーズの代わりにアレイに付着される。
また、単離されたエキソソームも、本明細書に提供される。該単離されたエキソソームは、バイオマーカーの特定の組み合わせ等の本明細書に開示される任意の１つ以上のバイオマーカーを含むことができる。１つ以上の単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。該組成物は、大幅に濃縮されたエキソソームの集団を含むことができる。エキソソームの集団は、特定のバイオシグネチャーに対して、１つ以上の特定のバイオマーカーについて実質的に均質であり得るか、または特異的な細胞型に由来し得る。
検出システム、マイクロ流体デバイス、および１つ以上のエキソソームの単離、分離、もしくは検出のため等の１つ以上のエキソソームを評価するためのキットも提供される。
[本発明1001]
対象における表現型を特徴付ける方法であって、
ｉ） 前記対象からの生体試料中の1つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
ｉｉ） 前記バイオシグネチャーに基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
前記バイオシグネチャーに基づく前記表現型の前記特徴付けが、少なくとも70％の感度を有する、方法。
[本発明1002]
対象における表現型を特徴付ける方法であって、
ｉ） 前記対象からの生体試料中の1つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
ｉｉ） 前記バイオシグネチャーを用いて前記1つ以上のエキソソームの量を決定する工程と、
ｉｉｉ） 前記量に基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
前記特徴付けが、少なくとも70％の感度を有する、方法。
[本発明1003]
感度が、少なくとも80％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
感度が、少なくとも90％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1005]
特異度が、少なくとも80％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1006]
特異度が、少なくとも100％である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1007]
前記生体試料が、体液試料である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1008]
前記試料の体積が、2ｍＬ未満である、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥（ｃｈｙｍｅ）、乳糜（ｃｈｙｌｅ）、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、本発明1007の方法。
[本発明1010]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約800ｎｍの直径を有する、本発明1001または1002の方法。
[本発明1011]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約200ｎｍの直径を有する、本発明1009の方法。
[本発明1012]
前記エキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、本発明1001または1002の方法。
[本発明1013]
前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、本発明1001または1002の方法。
[本発明1014]
前記エキソソームが、起始細胞に特異的なエキソソームである、本発明1001または1002の方法。
[本発明1015]
前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、本発明1014の方法。
[本発明1016]
前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、本発明1014の方法。
[本発明1017]
前記エキソソームが、尿中のエキソソームである、本発明1001または1002の方法。
[本発明1018]
前記バイオシグネチャーが、バイオマーカーの発現レベル、存在、不在、突然変異、コピー数多様性（ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｔｉｏｎ）、切断、複製、挿入、修飾、配列多様性、または分子会合を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1019]
前記バイオシグネチャーが、単離されたエキソソームの定量化、エキソソームの半減期における変動の時間的評価、循環エキソソームの半減期、エキソソームの代謝半減期、またはエキソソームの活性を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1020]
前記バイオマーカーが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1021]
前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記核酸が、増幅される、本発明1020の方法。
[本発明1023]
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、本発明1021の方法。
[本発明1024]
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、本発明1021の方法。
[本発明1025]
前記バイオマーカーが、図1から選択される抗原である、本発明1020の方法。
[本発明1026]
前記バイオマーカーが、図3〜60に列記される表から選択される、本発明1020の方法。
[本発明1027]
前記バイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、本発明1020の方法。
[本発明1028]
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−7ａ、ｍｉＲ−15ｂ、ｍｉＲ−16、ｍｉＲ−19ｂ、ｍｉＲ−21、ｍｉＲ−26ａ、ｍｉＲ−27ａ、ｍｉＲ−92、ｍｉＲ−93、ｍｉＲ−320、およびｍｉＲ−20からなる群より選択される、本発明1024の方法。
[本発明1029]
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択される、本発明1024の方法。
[本発明1030]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1029の方法。
[本発明1031]
前記バイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＰＣＡ−3、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1032]
前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、本発明1031の方法。
[本発明1033]
前記バイオマーカーが、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1034]
前記バイオシグネチャーが、少なくとも2つのバイオマーカーを含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1035]
前記少なくとも2つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＣＤ63、ＣＤ81、ＰＳＭＡ、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1034の方法。
[本発明1036]
少なくとも3つのバイオマーカーが選択される、本発明1035の方法。
[本発明1037]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1033、1035、または1036の方法。
[本発明1038]
前記少なくとも2つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＣＤ63、およびＣＤ66からなる群より選択される、本発明1034の方法。
[本発明1039]
前記表現型が、結腸癌である、本発明1033または1038の方法。
[本発明1040]
前記バイオシグネチャーが、結合物質を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1041]
前記結合物質が、抗原、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、ｚＤＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、または化合物である、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記結合物質が、図2から選択される、本発明1040の方法。
[本発明1043]
前記バイオマーカーが、ＨＩＶタンパク質、ＨＣＶタンパク質、プリオンタンパク質、またはこれらのフラグメントからなる群より選択される、本発明1018の方法。
[本発明1044]
前記バイオマーカーが、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1018の方法。
[本発明1045]
前記バイオマーカーが、イメージサイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、質量分析、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1018の方法。
[本発明1046]
前記バイオマーカーが、
ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、
ｉｉｉ） 酵素結合二次抗体を、前記検出抗体と反応させる工程と、
ｉｖ） 検出試薬を添加する工程と、
ｖ） 前記試薬と前記酵素結合二次抗体との間の反応を検出する工程と、によって検出される、本発明1018の方法。
[本発明1047]
前記バイオマーカーが、
ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、によって検出される方法であって、
前記検出抗体が、直接標識される、本発明1018の方法。
[本発明1048]
前記一次抗体が、Ｒａｂ 5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1046または1047の方法。
[本発明1049]
前記検出抗体が、Ｒａｂ 5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1046または1047の方法。
[本発明1050]
前記一次抗体が、基質に付着される、本発明1046または1047の方法。
[本発明1051]
前記基質が、アレイ、ウェル、または粒子である、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記粒子が、磁性を帯びている、本発明1051の方法。
[本発明1053]
前記粒子が、内因的に標識される、本発明1051の方法。
[本発明1054]
前記粒子が、2つ以上の標識を用いて標識される、本発明1051の方法。
[本発明1055]
前記表現型が、黒色腫であり、前記一次抗体が、抗Ｒａｂ 5ｂであり、かつ前記検出抗体が、抗ＣＤ63または抗カベオリン−1である、本発明1046または1047の方法。
[本発明1056]
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1057]
前記表現型が、図3〜60に列記される表から選択される表現型である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1058]
前記表現型が、腫瘍または癌である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1059]
前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記表現型が、代謝性疾患または病態である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1061]
前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態であるか、または病態が、鉄代謝に関連する、本発明1060の方法。
[本発明1062]
前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1063]
前記特徴付けが、前記表現型に対する診断、予後診断、薬物の有効性の決定、状態のモニタリング、または治療の選択である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1064]
前記対象が、現在の治療に応答しない、本発明1001または1002の方法。
[本発明1065]
前記現在の治療が、癌治療である、本発明1064の方法。
[本発明1066]
対象における、表現型を特徴付ける方法であって、
ｉ） 生体試料中のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
ｉｉ） 前記バイオシグネチャーに基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
前記バイオシグネチャーが、複数個のバイオマーカーを含み、
前記バイオシグネチャーが、前記複数個のバイオマーカー未満の検出と比較して、前記表現型の特徴付けにおいて、より高い感度または特異度を提供する、方法。
[本発明1067]
前記生体試料が、体液試料である、本発明1066の方法。
[本発明1068]
前記試料の体積が、2ｍＬ未満である、本発明1067の方法。
[本発明1069]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、本発明1066の方法。
[本発明1070]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約800ｎｍの直径を有する、本発明1066の方法。
[本発明1071]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約200ｎｍの直径を有する、本発明1066の方法。
[本発明1072]
前記エキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、本発明1066の方法。
[本発明1073]
前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、本発明1066の方法。
[本発明1074]
前記エキソソームが、起始細胞に特異的なエキソソームである、本発明1066の方法。
[本発明1075]
前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、本発明1074の方法。
[本発明1076]
前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、本発明1074の方法。
[本発明1077]
前記エキソソームが、尿中のエキソソームである、本発明1066の方法。
[本発明1078]
前記複数個のバイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、本発明1066の方法。
[本発明1079]
前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、本発明1078の方法。
[本発明1080]
前記核酸が、増幅される、本発明1078の方法。
[本発明1081]
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、本発明1079の方法。
[本発明1082]
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、本発明1079の方法。
[本発明1083]
前記バイオマーカーが、図1から選択される抗原である、本発明1078の方法。
[本発明1084]
前記バイオマーカーが、図3〜60に列記される表から選択される、本発明1078の方法。
[本発明1085]
前記バイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、本発明1078の方法。
[本発明1086]
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−7ａ、ｍｉＲ−15ｂ、ｍｉＲ−16、ｍｉＲ−19ｂ、ｍｉＲ−21、ｍｉＲ−26ａ、ｍｉＲ−27ａ、ｍｉＲ−92、ｍｉＲ−93、ｍｉＲ−320、およびｍｉＲ−20からなる群より選択される、本発明1082の方法。
[本発明1087]
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択される、本発明1082の方法。
[本発明1088]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1087の方法。
[本発明1089]
前記バイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＰＣＡ−3、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1090]
前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、本発明1089の方法。
[本発明1091]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1092]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＨＩＶタンパク質、ＨＣＶタンパク質、プリオンタンパク質、もしくはこれらのフラグメントからなる群より選択される、本発明1078の方法。
[本発明1093]
前記複数個が、2個のバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1094]
前記複数個が、少なくとも3個のバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1095]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＣＤ63、ＣＤ81、ＰＳＭＡ、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される少なくとも2つのバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1096]
前記表現型が、前立腺癌である、本発明1091または1095の方法。
[本発明1097]
前記バイオマーカーの少なくとも1つのサブセットが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＣＤ63、およびＣＤ66からなる群より選択される少なくとも2つのバイオマーカーを含む、本発明1066の方法。
[本発明1098]
前記表現型が、結腸癌である、本発明1091または1097の方法。
[本発明1099]
前記バイオマーカーが、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1078の方法。
[本発明1100]
前記バイオマーカーが、イメージサイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、質量分析、またはこれらの組み合わせによって検出される、本発明1078の方法。
[本発明1101]
前記バイオマーカーが、
ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、
ｉｉｉ） 酵素結合二次抗体を、前記検出抗体と反応させる工程と、
ｉｖ） 検出試薬を添加する工程と、
ｖ） 前記基質と前記酵素結合二次抗体との間の反応を検出する工程と、によって検出される、本発明1078の方法。
[本発明1102]
前記バイオマーカーが、
ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、によって検出される方法であって、
前記検出抗体が、直接標識される、本発明1078の方法。
[本発明1103]
前記一次抗体が、Ｒａｂ 5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1101または1102の方法。
[本発明1104]
前記検出抗体が、Ｒａｂ 5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、本発明1101または1102の方法。
[本発明1105]
前記一次抗体が、基質に付着される、本発明1101または1102の方法。
[本発明1106]
前記基質が、アレイ、ウェル、または粒子である、本発明1105の方法。
[本発明1107]
前記粒子が、磁性を帯びている、本発明1105の方法。
[本発明1108]
前記粒子が、内因的に標識される、本発明1105の方法。
[本発明1109]
前記粒子が、2つ以上の標識を用いて標識される、本発明1105の方法。
[本発明1110]
前記表現型が、黒色腫であり、前記一次抗体が、抗Ｒａｂ 5ｂであり、かつ前記検出抗体が、抗ＣＤ63または抗カベオリン−1である、本発明1101または1102の方法。
[本発明1111]
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、本発明1066の方法。
[本発明1112]
前記表現型が、図3〜60に列記される表から選択される表現型である、本発明1066の方法。
[本発明1113]
前記表現型が、腫瘍または癌である、本発明1066の方法。
[本発明1114]
前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、本発明1113の方法。
[本発明1115]
前記表現型が、代謝性疾患または病態である、本発明1066の方法。
[本発明1116]
前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態であるか、または病態が、鉄代謝に関連する、本発明1115の方法。
[本発明1117]
前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、本発明1066の方法。
[本発明1118]
前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、状態のモニタリング、または治療の選択である、本発明1066の方法。
[本発明1119]
前記対象が、現在の治療に応答しない、本発明1066の方法。
[本発明1120]
前記現在の治療が、癌治療である、本発明1119の方法。
[本発明1121]
以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
ｉ） 前記複数個のエキソソームを複数個の基質に適用する工程であって、
各基質が、1つ以上の捕捉剤に結合され、かつ
前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の別のサブセットとは異なる捕捉剤または捕捉剤の組み合わせを含む、工程、
ｉｉ） 前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットを捕捉する工程、および
ｉｉｉ） 前記捕捉したエキソソームの1つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
[本発明1122]
前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の別のサブセットとは差別的に標識される、本発明1121の方法。
[本発明1123]
前記複数個の基質の少なくとも1つのサブセットが、内因的に標識される、本発明1121の方法。
[本発明1124]
前記複数個の基質の少なくとも1つのサブセットが、2つ以上の標識を含む、本発明1121の方法。
[本発明1125]
前記基質が、粒子またはビーズである、本発明1121の方法。
[本発明1126]
以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
ｉ） 前記複数個のエキソソームを平面基質に適用する工程であって、前記基質が、複数個の捕捉剤を含む、工程、
ｉｉ） 前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットを捕捉する工程、および
ｉｉｉ） 前記捕捉したエキソソームの1つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
[本発明1127]
エキソソームの少なくとも2つの異なる集団が、捕捉される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1128]
1つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、表現型を特徴付けるために使用される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1129]
前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、本発明1128の方法。
[本発明1130]
前記表現型が、図3〜60に列記される表から選択される表現型である、本発明1128の方法。
[本発明1131]
前記表現型が、腫瘍または癌である、本発明1128の方法。
[本発明1132]
前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、本発明1131の方法。
[本発明1133]
前記表現型が、代謝性疾患または病態である、本発明1128の方法。
[本発明1134]
前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態、または鉄代謝の病態である、本発明1133の方法。
[本発明1135]
前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、本発明1128の方法。
[本発明1136]
前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、前記表現型の状態のモニタリング、または治療の選択である、本発明1128の方法。
[本発明1137]
少なくとも5、10、15、または20個の異なる捕捉剤が使用される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1138]
前記1個以上の捕捉剤が、Ｒａｂ 5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、Ｂ7Ｈ3、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される標的に結合する、本発明1121または1126の方法。
[本発明1139]
前記1つ以上のバイオマーカーが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1140]
前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、本発明1138の方法。
[本発明1141]
前記核酸が、増幅される、本発明1138の方法。
[本発明1142]
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、本発明1140の方法。
[本発明1143]
前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、本発明1140の方法。
[本発明1144]
前記1つ以上のバイオマーカーが、図1から選択される抗原である、本発明1121または1126の方法。
[本発明1145]
前記1つ以上のバイオマーカーが、図3〜60に列記される表から選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1146]
前記1つ以上のバイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、本発明1121または1126の方法。
[本発明1147]
前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−7ａ、ｍｉＲ−15ｂ、ｍｉＲ−16、ｍｉＲ−19ｂ、ｍｉＲ−21、ｍｉＲ−26ａ、ｍｉＲ−27ａ、ｍｉＲ−92、ｍｉＲ−93、ｍｉＲ−320、およびｍｉＲ−20からなる群より選択される、本発明1143の方法。
[本発明1148]
前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択される、本発明1143の方法。
[本発明1149]
1つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、本発明1148の方法。
[本発明1150]
前記1つ以上のバイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＰＣＡ−3、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1151]
前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、本発明1150の方法。
[本発明1152]
前記1つ以上のバイオマーカーが、Ｒａｂ 5ｂ、ＣＤ63、カベオリン−1、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭ、5Ｔ4、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、Ｂ7Ｈ3、ＣＤ66、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1153]
少なくとも2つ、3つ、4つ、または5つのバイオマーカーが検出される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1154]
前記少なくとも2つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＣＤ63、ＣＤ81、ＰＳＭＡ、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される、本発明1153の方法。
[本発明1155]
前記1つ以上の捕捉剤が、ＥｐＣａｍを標的とし、かつ前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ9およびＣＤ63である、本発明1121または1126の方法。
[本発明1156]
前記1つ以上の捕捉剤が、ＰＣＳＡを標的とし、かつ前記1つ以上のバイオマーカーが、Ｂ7Ｈ3およびＰＳＭＡである、本発明1121または1126の方法。
[本発明1157]
前記1つ以上の捕捉剤が、ＣＤ63を標的とし、かつ前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ81、ＣＤ83、またはＣＤ9である、本発明1121または1126の方法。
[本発明1158]
前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ81である、本発明1157の方法。
[本発明1159]
前記1つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ63またはＣＤ9である、本発明1157の方法。
[本発明1160]
前記1つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、本発明1155、1156、1157、または1158の方法。
[本発明1161]
前記1つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、結腸癌を特徴付けるために使用される、本発明1157または1159の方法。
[本発明1162]
前記複数個のエキソソームが、生体試料から得られる、本発明1121または1126の方法。
[本発明1163]
前記生体試料が、体液試料である、本発明1162の方法。
[本発明1164]
前記試料の体積が、2ｍＬ未満である、本発明1163の方法。
[本発明1165]
前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、本発明1163の方法。
[本発明1166]
前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットが、約30ｎｍ〜約800ｎｍの直径を有する、本発明1121または1126の方法。
[本発明1167]
前記エキソソームが、約30ｎｍ〜約200ｎｍの直径を有する、本発明1166の方法。
[本発明1168]
前記複数個のエキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、本発明1121または1126の方法。
[本発明1169]
前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、本発明1162の方法。
[本発明1170]
前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットが、起始細胞に特異的なエキソソームを含む、本発明1121または1126の方法。
[本発明1171]
前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、本発明1170の方法。
[本発明1172]
前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、本発明1170の方法。
[本発明1173]
前記複数個のエキソソームの少なくとも1つのサブセットが、尿中のエキソソームを含む、本発明1121または1126の方法。
[本発明1174]
以下の工程を含む、表現型を特徴付けるための方法：
ｉ） 対象からの試料中のエキソソームの量を決定する工程、
ｉｉ） 前記試料中の起始細胞に特異的なエキソソームの量を決定する工程、ならびに
ｉｉｉ） 前記エキソソームの量および前記起始細胞に特異的なエキソソームの量を、参照値に対して比較することによって、前記表現型を特徴付ける工程。
[本発明1175]
工程（ａ）の前記エキソソームの量が、1つ以上のエキソソームバイオマーカーを検出することによって決定される、本発明1174の方法。
[本発明1176]
工程（ｂ）の前記起始細胞に特異的なエキソソームの量が、1つ以上の起始細胞に特異的なバイオマーカーを検出することによって決定される、本発明1174の方法。
[本発明1177]
前記表現型が、癌である、本発明1174の方法。
[本発明1178]
癌に固有の1つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの量を検出する工程をさらに含む、本発明1177の方法。
[本発明1179]
1つ以上のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームであって、
ｉ） 乳房細胞に由来し、ＥＴＶ6−ＮＴＲＫ3、ならびに乳癌に対する図3および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｉ） 卵巣細胞に由来し、ＣＤ24、ならびに卵巣癌に対する図4および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｉｉ） 肺細胞に由来し、ミッドカイン、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ1、ＴＧＦ−ＡＬＫ、ＣＤ74−ＲＯＳ1、ならびに肺癌に対する図5および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｖ） 結腸細胞に由来し、結腸癌に対する図6および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖ） 腺腫に由来し、図7、図9［結腸直腸癌もしくはＣＲＣ］、または図10のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖｉ） 腸細胞に由来し、図8［過敏性腸症候群またはＩＢＤ対正常］または図10［ＩＢＤ対ＣＲＣ］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖｉｉ） 結腸、直腸、または虫垂細胞に由来し、図11［ＣＲＣデュークスＢおよびＣＲＣデュークスＣ〜Ｄ］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｖｉｉｉ） 腸細胞に由来し、図12［低悪性度の異形成を伴う腺腫および高悪性度の異形成を伴う腺腫］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｉｘ） 腸細胞に由来し、図13［潰瘍性大腸炎（ＵＣ）対クローン病（ＣＤ）］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘ） 過形成ポリープに由来し、図14のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉ） 腸細胞に由来し、図15［低悪性度の異形成を伴う腺腫と正常との間］または図16［腺腫と正常を識別する］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｉ） 腸細胞に由来し、図17［ＣＲＣと正常を識別する］のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｉｉ） 前立腺細胞に由来し、ＢＰＨに対する図18および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｖ） 前立腺細胞に由来し、ＡＣＳＬ3−ＥＴＶ1、Ｃ15ＯＲＦ21−ＥＴＶ1、ＦＬＪ35294−ＥＴＶ1、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ1，ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＴＶ1／4／5、ＴＭＰＲＳＳ2−ＥＴＶ4／5、ＳＬＣ5Ａ3−ＥＲＧ、ＳＬＣ5Ａ3−ＥＴＶ1、ＳＬＣ5Ａ3−ＥＴＶ5もしくはＫＬＫ2−ＥＴＶ4、ならびに前立腺癌に対する図19、60、および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖ） 黒色腫細胞に由来し、黒色腫に対する図20および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖｉ） 膵臓細胞に由来し、膵臓癌に対する図21および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖｉｉ） 神経細胞に由来し、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ1、脳癌に対する図22および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｖｉｉｉ） 乾癬を特徴付けるためのものであり、乾癬に対する図23および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｉｘ） 心臓細胞に由来し、図24のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘ） 血液細胞癌に由来し、ＴＴＬ−ＥＴＶ6、ＣＤＫ6−ＭＬＬ、ＣＤＫ6−ＴＬＸ3、ＥＴＶ6−ＦＬＴ3、ＥＴＶ6−ＲＵＮＸ1、ＥＴＶ6−ＴＴＬ、ＭＬＬ−ＡＦＦ1、ＭＬＬ−ＡＦＦ3、ＭＬＬ−ＡＦＦ4、ＭＬＬ−ＧＡＳ7、ＴＣＢＡ1−ＥＴＶ6、ＴＣＦ3−ＰＢＸ1、ＴＣＦ3−ＴＦＰＴ、ＢＣＬ11Ｂ−ＴＬＸ3、ＩＬ2−ＴＮＦＲＦＳ17、ＮＵＰ214−ＡＢＬ1、ＮＵＰ98−ＣＣＤＣ28Ａ、ＴＡＬ1−ＳＴＩＬ、またはＥＴＶ6−ＡＢＬ2、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ、ＫＩＡＡ1618−ＡＬＫ、ＭＳＮ−ＡＬＫ、ＭＹＨ9−ＡＬＫ、ＮＰＭ1−ＡＬＫ、ＴＧＦ−ＡＬＫもしくはＴＰＭ3−ＡＬＫ、ＢＣＲ−ＡＢＬ1、ＢＣＲ−ＪＡＫ2、ＥＴＶ6−ＥＶＩ1、ＥＴＶ6−ＭＮ1、ＥＴＶ6−ＴＣＢＡ1、ＣＢＦＢ−ＭＹＨ11、ＣＨＩＣ2−ＥＴＶ6、ＥＴＶ6−ＡＢＬ1、ＥＴＶ6−ＡＢＬ2、ＥＴＶ6−ＡＲＮＴ、ＥＴＶ6−ＣＤＸ2、ＥＴＶ6−ＨＬＸＢ9、ＥＴＶ6−ＰＥＲ1、ＭＥＦ2Ｄ−ＤＡＺＡＰ1、ＡＭＬ−ＡＦＦ1、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＡＰ26、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＥＦ12、ＭＬＬ−ＣＡＳＣ5、ＭＬＬ−ＣＢＬ、ＭＬＬ−ＣＲＥＢＢＰ、ＭＬＬ−ＤＡＢ21Ｐ、ＭＬＬ−ＥＬＬ、ＭＬＬ−ＥＰ300、ＭＬＬ−ＥＰＳ15、ＭＬＬ−ＦＮＢＰ1、ＭＬＬ−ＦＯＸＯ3Ａ、ＭＬＬ−ＧＭＰＳ、ＭＬＬ−ＧＰＨＮ、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ1、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ11、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ3、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ6、ＭＬＬ−ＭＹＯ1Ｆ、ＭＬＬ−ＰＩＣＡＬＭ、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ2、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ6、ＭＬＬ−ＳＯＲＢＳ2、ＭＹＳＴ3−ＳＯＲＢＳ2、ＭＹＳＴ−ＣＲＥＢＢＰ、ＮＰＭ1−ＭＬＦ1、ＮＵＰ98−ＨＯＸＡ13、ＰＲＤＭ16−ＥＶＩ1、ＲＡＢＥＰ1−ＰＤＧＦＲＢ、ＲＵＮＸ1−ＥＶＩ1、ＲＵＮＸ1−ＭＤＳ1、ＲＵＮＸ1−ＲＰＬ22、ＲＵＮＸ1−ＲＵＮＸ1Ｔ1、ＲＵＮＸ1−ＳＨ3Ｄ19、ＲＵＮＸ1−ＵＳＰ42、ＲＵＮＸ1−ＹＴＨＤＦ2、ＲＵＮＸ1−ＺＮＦ687、ＴＡＦ15−ＺＮＦ−384、ＣＣＮＤ1−ＦＳＴＬ3、ＦＬＩＰ1−ＰＤＧＦＲＡ、ＦＬＴ3−ＥＴＶ6、ＫＩＡＡ1509−ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＥ4ＤＩＰ−ＰＤＧＦＲＢ、ＮＩＮ−ＰＤＧＦＲＢ、ＴＰ53ＢＰ1−ＰＤＧＦＲＢ、またはＴＰＭ3−ＰＤＧＦＲＢ、ならびに血液細胞癌に対する図25および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉ） 血液細胞癌に由来し、ＢＣＬ3−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ1、ＢＣＬ7Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ3−ＡＲＨＧＡＰ20もしくはＢＴＧ1−ＭＹＣ、ならびに図26のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｉ） Ｂ細胞に由来し、図27のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｉｉ） Ｂ細胞に由来し、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ6、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ21Ｒ−ＢＣＬ6、ＰＩＭ1−ＢＣＬ6、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ6、ＩＫＺＦ1−ＢＣＬ6、ＳＥＣ31Ａ−ＡＬＫ、および図28のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｖ） バーキットリンパ腫細胞に由来し、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ1−ＢＣＬ6、および図29のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖ） 肝細胞に由来し、肝細胞癌に対する図30および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖｉ） 子宮頸部細胞に由来し、子宮頸癌に対する図31および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖｉｉ） 子宮内膜細胞に由来し、子宮内膜癌に対する図32および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｖｉｉｉ） 頭部または頸部細胞に由来し、ＣＨＣＨＤ7−ＰＬＡＧ1、ＣＴＮＮＢ1−ＰＬＡＧ1、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ2、ＨＭＧＡ2−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ1、ＴＣＥＡ1−ＰＬＡＧ1、ならびに頭頸部癌に対する図33および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｉｘ） 腸細胞に由来し、ＩＢＤに対する図34および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘ） 膵臓細胞に由来し、糖尿病に対する図35および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉ） 食道細胞に由来し、バレット食道に対する図36および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｉ） 線維筋痛に対する図37および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｉｉ） 脳卒中に対する図38および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｖ） 多発性硬化症に対する図39および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖ） パーキンソン病に対する図40および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖｉ） リウマチ性疾患に対する図41および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖｉｉ） アルツハイマー病に対する図42および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｖｉｉｉ） プリオン病に対する図43および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｘｘｉｘ） 敗血症に対する図44のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌ） 慢性神経因性疼痛に対する図45および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉ） 末梢性神経因性疼痛に対する図46および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｉ） 統合失調症に対する図47および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｉｉ） 双極性障害に対する図48のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｖ） うつ病に対する図49のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖ） 消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）に対する図50および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖｉ） 腎細胞に由来し、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ3、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ3、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ3、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ3、ＭＡＬＡＴ1−ＴＦＥＢ、腎細胞癌に対する図51および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖｉｉ） 肝硬変に対する図52および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｖｉｉｉ） 食道細胞に由来し、食道癌に対する図53および図1中から選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｘｌｉｘ） 胃腸管細胞に由来し、胃癌に対する図54のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌ） 自閉症に対する図55および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉ） 臓器移植拒絶反応に対する図56のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｉ） メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に対する図57のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｉｉ） 不安定プラークに対する図58および図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｖ） 自己免疫疾患に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖ） 結核（ＴＢ）に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖｉ） ＨＩＶに対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖｉｉ） 喘息に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｖｉｉｉ） 狼瘡に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｉｘ） 甲状腺細胞に由来し、ＡＫＡＰ9−ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ6−ＲＥＴ、ＥＲＣ1−ＲＥＴＭ、ＧＯＬＧＡ5−ＲＥＴ、ＨＯＯＫ3−ＲＥＴ、ＨＲＨ4−ＲＥＴ、ＫＴＮ1−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ4−ＲＥＴ、ＰＣＭ1−ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲＡ1Ａ−ＲＥＴ、ＲＦＧ−ＲＥＴ、ＲＦＧ9−ＲＥＴ、Ｒｉａ−ＲＥＴ、ＴＧＦ−ＮＴＲＫ1、ＴＰＭ3−ＮＴＲＫ1、ＴＰＭ3−ＴＰＲ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、ＴＰＲ−ＮＴＲＫ1、ＴＲＩＭ24−ＲＥＴ、ＴＲＩＭ27−ＲＥＴもしくはＴＲＩＭ33−ＲＥＴ、ＰＡＸ8−ＰＰＡＲｙ、および甲状腺癌に対する図1のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｘ） 発癌遺伝子である図59のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、
ｌｘｉ） 前立腺細胞に由来し、ＰＦＫＦＢ3、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ42103、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ90、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ3Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ3、およびＴＯＰ2Ｂから選択される1つ以上のバイオマーカーを含むか、または、
ｌｘｉｉ） 前立腺細胞に由来し、図60のバイオマーカーから選択される1つ以上のバイオマーカーを含む、エキソソーム。
[本発明1180]
ＣＤ9、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ63、ＭＦＧ−Ｅ8、ＥｐＣＡＭ、Ｒａｂ、ＣＤ81、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ＥｐＣＡＭ、ＰＳＭＡ、ＣＤ59、ＣＤ66、ＣＤ24、およびＢ7Ｈ3からなる群より選択される1つ以上のバイオマーカーをさらに含む、本発明1179の単離されたエキソソーム。
[本発明1181]
Ｂ7Ｈ3、ＰＳＣＡ、ＭＦＧ−Ｅ8、Ｒａｂ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＭＡ、ＰＣＳＡ、5Ｔ4、ｍｉＲ−9、ｍｉＲ−629、ｍｉＲ−141、ｍｉＲ−671−3ｐ、ｍｉＲ−491、ｍｉＲ−182、ｍｉＲ−125ａ−3ｐ、ｍｉＲ−324−5ｐ、ｍｉＲ−148ｂ、およびｍｉＲ−222からなる群より選択されるバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
[本発明1182]
Ｂｃｌ−ＸＬ、ＥＲＣＣ1、ケラチン15、上皮に固有の抗原（ＥＳＡ）、および脂肪細胞キマーゼからなる群より選択される1つ以上のバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
[本発明1183]
実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物であって、前記濃縮されたエキソソームの集団が、1つ以上の特徴について少なくとも30％均質である、組成物。
[本発明1184]
前記1つ以上の特徴が、同じバイオマーカー、実質的に同様もしくは同一のバイオシグネチャー、同一の細胞型に由来、特定の大きさのエキソソームの存在、のうちの1つ以上、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1183の組成物。
[本発明1185]
前記エキソソームが、本発明1179、1180、1181、または1182の単離されたエキソソームである、本発明1183の組成物。
[本発明1186]
第2の濃縮されたエキソソームの集団をさらに含み、前記第2の濃縮されたエキソソームの集団が、1つ以上の特徴について、少なくとも30％均質である、本発明1183の組成物。
[本発明1187]
前記エキソソームが、2つ以上のバイオマーカーを標的とする2つ以上の結合物質を用いることによって得られる、本発明1186の組成物。
[本発明1188]
前記濃縮されたエキソソームの集団が、前記組成物の全エキソソーム集団の少なくとも30％を構成する、本発明1183の組成物。
[本発明1189]
前記組成物が由来した生体試料のエキソソーム濃度と比較して、少なくとも2倍のエキソソーム濃度を含む、本発明1183の組成物。
[本発明1190]
細胞残屑、細胞、非エキソソームタンパク質、ペプチド、核酸、またはこれらの任意の組み合わせが実質的に存在しない、本発明1183の組成物。
参照による引用
本明細書中で言及される全ての刊行物および特許出願は、各個別の刊行物または特許出願が、参照することにより組み込まれることが具体的かつ個別に示されるのと同程度に、参照することにより本明細書に組み込まれる。
図１（ａ）〜（ｇ）は、系統別の例示的な癌、細胞／組織の群比較、ならびに固有の病状、およびこれらの癌に固有の抗原、群細胞／組織比較、ならびに固有の病状を列記する表を表す。さらになお、該抗原は、バイオマーカーであり得る。１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図１ａの続きを示す。 図１ｂの続きを示す。 図１ｃの続きを示す。 図１ｄの続きを示す。 図１ｅの続きを示す。 図１ｆの続きを示す。
図２（ａ）〜（ｆ）は、系統別の例示的な癌、細胞／組織の群比較、ならびに特異的な病状、およびこれらの癌に固有の結合物質、群細胞／組織比較、ならびに特異的な病状を列記する表を表す。 図２ａの続きを示す。 図２ｂの続きを示す。 図２ｃの続きを示す。 図２ｄの続きを示す。 図２ｅの続きを示す。
図３（ａ）〜（ｂ）は、乳癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、乳癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な乳癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図３ａの続きを示す。
図４（ａ）〜（ｂ）は、卵巣癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、卵巣癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な卵巣癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図４ａの続きを示す。
肺癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、肺癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な肺癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図６（ａ）〜（ｄ）は、結腸癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、結腸癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な結腸癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図６ａの続きを示す。 図６ｂの続きを示す。 図６ｃの続きを示す。
過形成ポリープに対して腺腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、過形成ポリープに対して腺腫に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
正常組織に対して炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、正常組織に対して炎症性腸疾患に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図９（ａ）〜（ｃ）は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）に対して腺腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、結腸直腸癌に対して腺腫に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図９ａの続きを示す。 図９ｂの続きを示す。
ＣＲＣに対してＩＢＤに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、ＣＲＣに対してＩＢＤに固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図１１（ａ）〜（ｂ）は、ＣＲＣデュークスＣ−Ｄに対してＣＲＣデュークスＢに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、ＣＲＣデュークスＣ−Ｄに対してＣＲＣデュークスＢに固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図１１ａの続きを示す。
図１２（ａ）〜（ｄ）は、高度異形成を有する腺腫に対して低度異形成を有する腺腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、高度異形成を有する腺腫に対して低度異形成を有する腺腫に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図１２ａの続きを示す。 図１２ｂの続きを示す。 図１２ｃの続きを示す。
図１３（ａ）〜（ｂ）は、クローン病（ＣＤ）に対して潰瘍性大腸炎（ＵＣ）に由来し、分析され得る、ＣＤに対してＵＣに固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図１３ａの続きを示す。
正常組織に対して過形成ポリープに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、正常組織に対して過形成ポリープに固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
正常組織に対して低度異形成を有する腺腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、正常組織に対して低度異形成を有する腺腫に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
正常組織に対して腺腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、正常組織に対して腺腫に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
正常組織に対してＣＲＣに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、正常組織に対してＣＲＣに固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
良性前立腺肥大症に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、良性前立腺肥大症に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図１９（ａ）〜（ｃ）は、前立腺癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、前立腺癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な前立腺癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図１９ａの続きを示す。 図１９ｂの続きを示す。
図２０（ａ）〜（ｃ）は、黒色腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、黒色腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な黒色腫バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図２０ａの続きを示す。 図２０ｂの続きを示す。
図２１（ａ）〜（ｂ）は、膵臓癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、膵臓癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な膵臓癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図２１ａの続きを示す。
脳癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、脳癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、脳癌に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図２３（ａ）〜（ｂ）は、乾癬に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、乾癬に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な乾癬バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図２３ａの続きを示す。
図２４（ａ）〜（ｃ）は、心血管疾患に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、心血管疾患に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な心血管疾患バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図２４ａの続きを示す。 図２４ｂの続きを示す。
血液悪性腫瘍に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、血液悪性腫瘍に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、血液悪性腫瘍に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図２６（ａ）〜（ｂ）は、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図２６ａの続きを示す。
Ｂ細胞リンパ腫およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、Ｂ細胞リンパ腫およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）−胚中心様およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）−活性化Ｂ細胞様およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）−胚中心様およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）−活性化Ｂ細胞様およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）に固有の例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
バーキットリンパ腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、バーキットリンパ腫に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的なバーキットリンパ腫バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図３０（ａ）〜（ｂ）は、肝細胞癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、肝細胞癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、例示的な肝細胞癌バイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図３０ａの続きを示す。
子宮頸癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、子宮頸癌に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
子宮内膜癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、子宮内膜癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、子宮内膜癌に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図３３（ａ）〜（ｂ）は、頭頸部癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、頭頸部癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、頭頸部癌に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図３３ａの続きを示す。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、ＩＢＤに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、ＩＢＤに対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
糖尿病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、糖尿病に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、糖尿病に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
バレット食道に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、バレット食道に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、バレット食道に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
線維筋痛に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、線維筋痛に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
脳卒中に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、脳卒中に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、脳卒中に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
多発性硬化症（ＭＳ）に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、ＭＳに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、ＭＳに対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図４０（ａ）〜（ｂ）は、パーキンソン病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、パーキンソン病に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、パーキンソン病に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図４０ａの続きを示す。
リウマチ性疾患に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、リウマチ性疾患に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、リウマチ性疾患に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図４２（ａ）〜（ｂ）は、アルツハイマー病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、アルツハイマー病に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、アルツハイマー病に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図４２ａの続きを示す。
プリオン病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、プリオン病に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、プリオン病に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
敗血症に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、敗血症に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、敗血症に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
慢性神経因性疼痛に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、慢性神経因性疼痛に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
末梢性神経因性疼痛に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、末梢性神経因性疼痛に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
統合失調症に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、統合失調症に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、統合失調症に対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
双極性障害に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、双極性障害に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、双極性障害または疾患に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
うつ病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、うつ病に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、うつ病に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、ＧＩＳＴに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、ＧＩＳＴに対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図５１（ａ）〜（ｂ）は、腎細胞癌（ＲＣＣ）に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、ＲＣＣに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、ＲＣＣに対して例示的なバイオマーカーを列記する表を表す。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図５１ａの続きを示す。
肝硬変に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、肝硬変に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、肝硬変に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
食道癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、食道癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、食道癌に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
胃癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、胃癌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、胃癌に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
自閉症に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、自閉症に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、自閉症に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
臓器拒絶反応に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、臓器拒絶反応に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、臓器拒絶反応に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のエキソソームに由来し、分析され得る、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
不安定プラークに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために、不安定プラークに固有のエキソソームに由来し、分析され得る、不安定プラークに対して例示的なバイオマーカーを列記する表である。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、変異、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。
図５９（ａ）〜（ｉ）は、エキソソームに由来し得るか、または分析され得る、例示的な遺伝子融合を列記する表である。遺伝子融合は、バイオマーカーであり得、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、または後成的修飾もしくは翻訳後修飾等の修飾をされ得る。 図５９ａの続きを示す。 図５９ｂの続きを示す。 図５９ｃの続きを示す。 図５９ｄの続きを示す。 図５９ｅの続きを示す。 図５９ｆの続きを示す。 図５９ｇの続きを示す。 図５９ｈの続きを示す。
図６０（ａ）〜（ｂ）は、遺伝子、それらの関連ｍｉＲＮＡの表であり、これらのうち、遺伝子のｍＲＮＡ等の遺伝子、それらの関連ｍｉＲＮＡ、またはその任意の組み合わせは、エキソソームに分析され得る１つ以上のバイオマーカーとして使用され得る。さらになお、１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、突然変異、または修飾をされ得る。 図６０ａの続きを示す。
本明細書に開示される例示的な方法のフローチャートである。
本発明の幾つかの例示的な実施形態に使用され得るコンピュータシステムを図示する。
エキソソームに対するバイオマーカーとして使用することができる、エキソソーム上におけるタンパク質のスクリーニングから得られた結果を示し、タンパク質への抗体は、結合物質として使用することができる。同定されたタンパク質の例には、Ｂｃｌ−ＸＬ、ＥＲＣＣ１、ケラチン１５、ＣＤ８１／ＴＡＰＡ−１、ＣＤ９、上皮特異抗原（ＥＳＡ）、および脂肪細胞キマーゼが含まれる。１つ以上のバイオマーカーは、存在もしくは不在、過小発現もしくは過剰発現、突然変異、または修飾をされ得る。
図６４は、粒子に基づいたエキソソームを単離する方法を示す。（Ａ）は、捕捉抗体で被覆されたビーズの略図であり、そのタンパク質を発現するエキソソームを捕捉する。この略図において、捕捉抗体は、癌細胞に由来するエキソソーム（「癌エキソソーム」）に特異的ではないエキソソームのタンパク質に対するものである。検出抗体は、捕捉されたエキソソームに結合し、信号の蛍光を出す。この例において、検出抗体は、癌エキソソームと関連する抗原を検出する。 （Ｂ）は、（Ａ）に示されるようなビーズを用いて多重化することによって行われ得るスクリーニングのスキームの例である。
図６５は、ＶＣａＰエキソソームで培養されたＥｐＣａｍで共役されたビーズの走査型電子顕微鏡写真（ＳＥＭ）を示す。（Ａ）スライドガラスは、ポリ−Ｌ−リジンで被覆され、ビーズ溶液で培養された。付着した後、ビーズは、（ｉ）グルタルアルデヒドおよび四酸化オスミウムで順次固定し、各々の固定する工程は３０分で、それらの工程の間に数回洗浄を行い、（ｉｉ）１工程当たり約５〜７分間、２０％の増分にて、アセトン中で徐々に脱水し、（ｉｉｉ）臨界点乾燥させ、（ｉｖ）金でスパッタリング被覆した。 （Ｂ）左：（Ａ）において、ＥｐＣａｍ被覆したビーズ上にエキソソームのより高倍率を示す。右：（Ａ）において、超遠心分離法によって単離され、ポリ−Ｌ−リジンで被覆されたスライドガラスに付着させ、固定し、染色したエキソソームを示す。
エキソソームタンパク質の発現パターンの略図である。異なるタンパク質は、典型的には、エキソソームシェル上に均等に、または均一に分散しない。エキソソームに固有のタンパク質は、典型的には、より多く見られる一方、癌に固有のタンパク質は、それほど多くは見られない。エキソソームの捕捉は、より多く見られ、あまり癌に特異的ではないタンパク質、および検出工程に使用される癌に固有のタンパク質を用いてさらに容易に達成され得る。
図６７は、対象からのエキソソームを検出するビーズベースの方法を用いた結果を示す方法を示す。（Ａ）個々の患者に関する、図６４Ｂに示される、スクリーニングスキームを用いてビーズ計数および信号強度のグラフであり、１人の患者当たりそれぞれの捕捉／検出の組み合わせのアッセイに対して、約１００個の捕捉ビーズを使用する。所与の患者について、産出量は、信号の強度に対して検出されたビーズ数を示す。所与の強度で捕捉されたビーズ数は、エキソソームが、その強度において、どのような頻度で検出タンパク質を発現するかを示す１つの指標である。所与のビーズに対して信号が強くなるほど、検出タンパク質の発現が多くなる。 （Ｂ）正常な患者を１つの曲線に、癌患者を別の曲線に組み合わせて、生物統計学分析を用いて、曲線を微分することによって得られた正規化されたグラフである。検出器によって読み出したビーズ数の変動を考慮するために、各個人からのデータを正規化し、合算し、次いで、各集団中の異なる試料数を考慮するために、再度正規化する。
図６８は、前立腺癌のバイオシグネチャーを示す。（Ａ）Ｌｕｍｉｎｅｘプラットフォームを用いて、多重化実験から収集した強度値のヒストグラムであり、ビーズは、ＣＤ６３抗体を用いて官能化され、患者の血漿から精製したエキソソームと共に培養され、次いで、フィコエリトリン（ＰＥ）共役ＥｐＣａｍ抗体で標識した。濃い影付きの棒（青色）は、１２人の正常対象からの集団を表し、薄い影付きの棒（緑色）は、７人の第３期の前立腺癌患者である。 （Ｂ）図６７に記載される、（Ａ）に示されるそれぞれのヒストグラムの正規化グラフである。分布は、前立腺患者の試料と正常試料の両方におけるＬｕｍｉｎｅｘの（Ａ）の結果からの強度値にフィットするガウス関数である。 （Ｃ）（Ｂ）に示される前立腺バイオシグネチャーである、ＣＤ６３対ＣＤ６３のバイオシグネチャー（上のグラフ）のうちの１つの例であり、ＣＤ６３は、検出剤および捕捉抗体として使用される。下の３つのパネルは、３つの前立腺癌細胞株（ＶＣａＰ、ＬＮｃａｐ、および２２ＲＶ１）におけるフローサイトメトリーの結果を示す。横線より上の点は、Ｂ７Ｈ３を含むＣＤ６３を用いてエキソソームを捕捉したビーズを示す。縦線の右側にあるビーズは、ＰＳＭＡを有するＣＤ６３を用いてエキソソームを捕捉しているビーズを示す。線よりも上で右側にあるこれらのビーズは全て、３つの抗原を有する。ＣＤ６３は、エキソソームに付随する表面タンパク質であり、ＰＳＭＡは、前立腺細胞に付随する表面タンパク質であり、Ｂ７Ｈ３は、侵襲性の強い癌（具体的には、前立腺、卵巣、および非小細胞肺）に付随する表面タンパク質である。全ての３つの抗原を一緒にした組み合わせは、前立腺癌細胞からのエキソソームを同定する。前立腺癌エキソソームを発現するＣＤ６３の大部分はまた、前立腺に固有の膜抗原、ＰＳＭＡ、およびＢ７Ｈ３（腫瘍細胞移動および浸潤の制御、ならびに侵襲性の強い癌および臨床結果の指標に関与する）も有する。 （Ｄ）前立腺癌エキソソームのトポグラフィーである。上のパネルは、種々の組み合わせにおける、ＣＤ６３、ＣＤ９、およびＣＤ８１で捕捉し、これらで標識した結果を示す。ほとんど全ての点は、右上の象限内にあり、これらの３つのマーカーが高度に結合されていることを示す。エキソソームが、これらの１つを有する場合、それは、一般に、３つ全てを有する。下列は、細胞株エキソソームをＢ７Ｈ３で捕捉し、ＣＤ６３およびＰＳＭＡで標識した結果を示す。ＶＣａＰおよび２２ＲＶ１は共に、Ｂ７Ｈ３を用いて捕捉したほとんどのエキソソームはまた、ＣＤ６３をも有し、ＰＳＭＡを有するものと有さないものの２つの集団があることを示す。ＬｎＣａｐが多量のＢ７Ｈ３を含むエキソソームを有さない（ＣＤ６３を有するスポットが多くない）ので、Ｂ７Ｈ３の存在が、この癌がいかに侵襲性の強いものであるかを示す１つの指標となり得る。ＬｎＣａｐは、初期段階の前立腺癌類似細胞株である。
図６９は、結腸癌のバイオシグネチャーを示す。（Ａ）Ｌｕｍｉｎｅｘプラットフォームを用いて、種々の多重化実験から収集した強度値のヒストグラムを示し、ビーズは、捕捉抗体を用いて官能化され、患者の血漿から精製したエキソソームと共に培養され、次いで、検出抗体で標識した。濃い影付きの棒（青色）は、正常者からの集団であり、薄い影付きの棒（緑色）は、結腸癌患者からのものである。 （Ｂ）（Ａ）に示されるヒストグラムのそれぞれに対する正規化グラフを示す。 （Ｃ）Ｌｕｍｉｎｅｘ実験から収集した強度値のヒストグラムを示し、ビーズは、ＣＤ６６抗体（捕捉抗体）を用いて官能化され、患者の血漿から精製したエキソソームを用いて培養され、次いで、ＰＥ共役ＥｐＣａｍ抗体（検出抗体）で標識した。赤色の集団は、６人の正常者からのものであり、緑色は、２１人の結腸癌患者からのものである。各個人からのデータを正規化して、Ｌｕｍｉｎｅｘ装置によって読み出したビーズ数の変動を考慮し、加算し、次いで、再度正規化して、各集団中の異なる試料数を考慮した。
図７０は、多重検出剤が、エキソソーム検出の信号を増加させることができることを示す。（Ａ）強度値の中央値は、種々の前立腺に特異的なのＰＥ共役抗体で標識した際の、ＶＣａＰ細胞株からの精製されたエキソソーム濃度の関数としてプロットされる。ＥｐＣａｍ（左のグラフ）またはＰＣＳＡ（右のグラフ）で捕捉されたエキソソームおよび検出抗体によって検出された種々のタンパク質を、それぞれのグラフの右に列記する。両方の場合において、ＣＤ９とＣＤ６３の組み合わせは、バックグラウンドに対して信号の最大の増加を得る（下のグラフは、増加パーセントを示す）。ＣＤ９とＣＤ６３の組み合わせは、バックグラウンドに対して約２００％のパーセントの増加を得た。 （Ｂ）前立腺癌／前立腺エキソソームに固有のマーカーの多重化は、前立腺癌細胞に由来するエキソソームの検出を改善することをさらに示す。強度値の中央値は、種々の前立腺に固有のＰＥ共役抗体で標識した際の、ＶＣａＰ細胞株からの精製されたエキソソーム濃度の関数としてプロットされる。ＰＣＳＡで捕捉されたエキソソーム（左）およびＥｐＣａｍ（右）で捕捉されたエキソソームを示す。 両方の場合において、Ｂ７Ｈ３とＰＳＭＡの組み合わせは、バックグラウンドに対して信号の最大の増加を得る。
図７１は、ＣＤ６３検出剤およびＣＤ６３捕捉を用いた、病期別の結腸癌における、結腸癌のバイオシグネチャーを示す。ＣＤ６３で被覆したビーズで捕捉し、ＣＤ６３共役ＰＥで標識したエキソソームからの強度のヒストグラム。対照群（Ａ）に６人、第１期（Ｂ）に４人、第２期（Ｃ）に５人、第３期（Ｄ）に８人、および第４期（Ｅ）に４人の患者がいる。Ｌｕｍｉｎｅｘ装置によって読み出したビーズ数の変動を考慮するために、各個人からのデータを正規化し、合算し、次いで、各集団（Ｆ）中の異なる試料数を考慮するために、再度正規化した。 図７１Ａの続きを示す。 図７１Ｂの続きを示す。 図７１Ｃの続きを示す。 図７１Ｄの続きを示す。 図７１Ｅの続きを示す。
図７２は、ＥｐＣａｍ検出剤およびＣＤ９捕捉を用いた、段階別の結腸癌における、結腸癌のバイオシグネチャーを示す。強度のヒストグラムは、ＣＤ９で被覆したビーズで捕捉し、ＥｐＣａｍで標識したエキソソームからのものである。（Ａ）対照群、（Ｂ）第１期、（Ｃ）第２期、（Ｄ）第３期、および（Ｅ）第４期の患者がいる。Ｌｕｍｉｎｅｘ装置によって読み出したビーズ数の変動を考慮するために、各個人からのデータを正規化し、合算し、次いで、各集団（Ｆ）中の異なる試料数を考慮するために、再度正規化した。 図７２Ａの続きを示す。 図７２Ｂの続きを示す。 図７２Ｃの続きを示す。 図７２Ｄの続きを示す。 図７２Ｅの続きを示す。
図７３は、検出剤および捕捉抗体として列記される、列記したタンパク質に対する抗体を用いた前立腺癌の検出の感度および特異度、ならびに信頼度のレベルを（Ａ）に示す。ＣＤ６３、ＣＤ９、およびＣＤ８１は、一般的なエキソソームマーカーであり、ＥｐＣａｍは、癌マーカーである。 個々の結果は、ＥｐＣａｍ対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、１００％（ｎ＝８）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、７７％（ｎ＝１０）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｂ）に示す。 個々の結果は、ＣＤ８１対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、９０％（ｎ＝５）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、７７％（ｎ＝１０）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｃ）に示す。 個々の結果は、ＣＤ６３対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、６０％（ｎ＝５）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、８０％（ｎ＝１０）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｄ）に示す。 個々の結果は、ＣＤ９対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、９０％（ｎ＝５）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、７７％（ｎ＝１０）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｅ）に示す。
図７４は、検出剤および捕捉抗体として列記される、列記したタンパク質に対する抗体を用いて、結腸癌を検出するために、感度および信頼度のレベルを（Ａ）に示す。ＣＤ６３、ＣＤ９は、一般的なエキソソームマーカーであり、ＥｐＣａｍは、癌マーカーであり、ＣＤ６６は、結腸マーカーである。 個々の結果は、ＥｐＣａｍ対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、９５％（ｎ＝２）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、１００％（ｎ＝６）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｂ）に示す。 個々の結果は、ＥｐＣａｍ対ＣＤ９について、９９％の信頼度を有し、９０％（ｎ＝２０）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、７７％（ｎ＝６）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｃ）に示す。 個々の結果は、ＣＤ６３対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、６０％（ｎ＝５）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、８０％（ｎ＝１０）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｄ）に示す。 個々の結果は、ＣＤ９対ＣＤ６３について、９９％の信頼度を有し、６０％（ｎ＝２０）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、８０％（ｎ＝６）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｅ）に示す。 個々の結果は、ＣＤ６６対ＣＤ９について、９９％の信頼度を有し、９０％（ｎ＝２０）の癌患者の試料は、一般化正規分布とは異なり、９９％の信頼度を有し、７７％（ｎ＝６）の正常患者の試料は、一般化正規分布とは異ならないことを（Ｆ）に示す。
図７５は、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧの発現を評価することによってＥｐＣａｍを有する血漿からの前立腺癌細胞由来のエキソソームの捕捉を示す。（Ａ）段階的な量のＶＣＡＰ精製エキソソームを正常な血漿に添加した。ＥＰＣＡＭ抗体あるいはそのイソタイプ対照のいずれかを有するＤｙｎａｌビーズを用いて、エキソソームを単離した。エキソソームからのＲＮＡを単離し、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの融合転写物の発現をｑＲＴ−ＰＣＲを用いて測定した。 （Ｂ）ＶＣａＰ精製エキソソームを正常な血漿に添加し、次いで、ＥｐＣａｍあるいはそのイソタイプ対照抗体のいずれかで被覆されたＤｙｎａｌ磁気ビーズと共に培養した。ＤｙｎａｌビーズからＲＮＡを直接単離した。各試料からの等量のＲＮＡをＲＴ−ＰＣＲ、続いて、Ｔａｑｍａｎアッセイに使用した。 （Ｃ）ＥｐＣａｍとＩｇＧ２イソタイプ陰性対照ビーズで捕捉した２２ＲＶ１エキソソーム間のＳＰＩＮＫ１およびＧＡＰＤＨ転写物のサイクル閾値（ＣＴ）の差異。ＣＴ値が高いほど、転写物の発現が低いことを示す。
図７６は、ＶＣａＰ前立腺癌細胞由来のエキソソームと正常血漿エキソソームの間で上位１０の異なった形で発現したミクロＲＮＡを示す。ＶＣＡＰ細胞株エキソソームおよび正常血漿からのエキソソームは、超遠心分離法によって単離し、次いで、ＲＮＡ単離した。ｑＲＴ−ＰＣＲ分析を用いて、ミクロＲＮＡをプロファイルした。前立腺癌細胞株由来のエキソソームは、棒グラフ（Ａ）および表（Ｂ）に示されるように、示されたミクロＲＮＡのより高いレベル（より低いＣＴ値）を有する。 図７６Ａの続きを示す。
ＣＤ９ビーズ捕捉したｍｉＲ−２１発現の棒グラフを示す。前立腺癌患者からの１ｍｌの血漿、２５０ｎｇ／ｍｌのＬＮＣａＰ、または正常な精製エキソソームを、ＣＤ９で被覆したＤｙｎａｌビーズと共に培養した。ビーズおよびビーズの上清からＲＮＡを単離した。また、１つの試料（＃６）は、比較のために捕捉しなかった。ＭｉＲ−２１発現をｑＲＴ−ＰＣＲで測定し、各試料のＣＴの平均値を比較した。ＣＤ９捕捉は、前立腺癌試料中のｍｉＲ−２１の検出を改善する。
ＣＤ９ビーズ捕捉したｍｉＲ−１４１発現の棒グラフを示す。図７７のように、ｍｉＲ−２１の代わりに、ｑＲＴ−ＰＣＲで測定したｍｉＲ−１４１発現を用いて実験を行った。
異なる前立腺のシグネチャーに対する感度および特異度の表を示す。「エキソソーム」は、エキソソームレベルの閾値または参照値を列記し、「前立腺」は、前立腺エキソソームに使用された閾値または参照値を列記し、「癌１」、「癌２」、および「癌３」は、前立腺癌について３つの異なるバイオシグネチャーの閾値または参照値を列記し、「ＱＣ−１」および「ＱＣ−２」の欄は、品質管理の閾値または参照値を列記し、最後の４つの欄は、良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）における特異度および感度を列記する。
エキソソームを分析することによって個人の表現型を特徴付けるための製品およびプロセスを本明細書に開示する。表現型は、疾患もしくは病態、疾患の段階もしくは病態の段階、疾患もしくは病態に対する感受性、疾患の段階もしくは病態の予後、生理的状態、または治療学に対する反応等の対象の任意の観察可能な特徴もしくは特性であり得る。表現型は、対象の遺伝子発現、ならびに環境因子の影響、および２つの間の相互作用、ならびに核酸配列に対する後成的修飾に由来し得る。
該対象から生体試料を得、該試料からの１つ以上のエキソソームを分析することによって、対象における表現型を特徴付けることができる。例えば、対象または個人に対する表現型の特徴付けには、疾患もしくは病態を検出すること（兆候が現れる前の早期検出を含む）、疾患もしくは病態の予後診断、診断、もしくはテラノーシス（ｔｈｅｒａｎｏｓｉｓ）を決定すること、または疾患もしくは病態の病期もしくは進行を決定することが含まれ得る。表現型の特徴付けはまた、特定の疾患、病態、疾患の段階、および病態の段階における適切な治療もしくは治療効果、疾患の進行、特に疾患の再発、転移拡散、もしくは疾患の再燃（ｒｅｌａｐｓｅ）の予測および尤度解析を同定することも含むことができる。表現型はまた、癌または腫瘍等の病態または疾患の臨床的に明瞭な型またはサブタイプであり得る。表現型の決定はまた、生理学的状態の決定、または移植後等の臓器障害もしくは臓器拒絶反応の評価であり得る。本明細書に記載の産物およびプロセスは、個体ごとの対象の評価が可能であり、治療においてさらに効率的かつ経済的決定の利点を提供することができる。
該表現型は、表１に列記されるような、疾患もしくは病態であり得る。例えば、該表現型は、腫瘍、新生物（ｎｅｏｐｌａｓｍ）、または癌であり得る。本明細書に記載の産物およびプロセスによって検出される、または評価される癌としては、乳癌、卵巣癌、肺癌、結腸癌、過形成ポリープ、腺腫、結腸直腸癌、高度異形成、低度異形成、前立腺肥大、前立腺癌、黒色腫、膵臓癌、脳癌（膠芽細胞腫等）、血液悪性腫瘍、肝細胞癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、食道癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、または胃癌が挙げられるが、これらに限定されない。該結腸直腸癌は、ＣＲＣデュークスＢまたはデュークスＣ−Ｄであり得る。該血液悪性腫瘍は、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、Ｂ細胞リンパ腫−ＤＬＢＣＬ胚中心様、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）−活性化Ｂ細胞様、およびバーキットリンパ腫であり得る。該表現型はまた、バレット食道等の前癌状態であり得る。
該表現型はまた、炎症性疾患、免疫疾患、または自己免疫疾患であり得る。例えば、該疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、骨盤炎症、血管炎、乾癬、糖尿病、自己免疫性肝炎、多発性硬化症、重症筋無力症、Ｉ型糖尿病、リウマチ性関節炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、橋本甲状腺炎、グレーブス病、強直性脊椎炎、シェーグレン病、ＣＲＥＳＴ症候群、強皮症、リウマチ性疾患、臓器拒絶反応、原発性硬化性胆管炎、または敗血症であり得る。
該表現型はまた、アテローム性動脈硬化症、うっ血性心不全、不安定プラーク、脳卒中、または虚血等の心血管疾患であり得る。該心血管疾患または病態は、高血圧症、狭窄、血管閉塞、または血栓事象であり得る。
該表現型はまた、多発性硬化症（ＭＳ）、パーキンソン病（ＰＤ）、アルツハイマー病（ＡＤ）、統合失調症、双極性障害、うつ病、自閉症、プリオン病、ピック病、認知症、ハンチントン病（ＨＤ）、ダウン症候群、脳血管疾患、ラスムッセン脳炎、ウイルス性髄膜炎、全身性エリテマトーデスに伴う中枢神経障害（ＮＰＳＬＥ）、筋萎縮性側索硬化症、クロイツフェルトヤコブ病、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、感染性海綿状脳症、虚血再灌流損傷（例えば、脳卒中）、脳外傷、微生物感染、または慢性疲労症候群等の神経系疾患であり得る。該表現型はまた、線維筋痛、慢性神経因性疼痛、または末梢性神経因性疼痛等の病態であり得る。
該表現型はまた、細菌、ウイルス、またはイースト菌感染症等の感染症であり得る。例えば、該疾患もしくは病態は、ウィップル病、プリオン病、肝硬変、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌、ＨＩＶ、肝炎、梅毒、髄膜炎、マラリア、結核、またはインフルエンザであり得る。ＨＩＶまたはＨＣＶ様粒子等のウイルスタンパク質は、ウイルスの状態を特徴付けるために、エキソソーム中で評価され得る。
該表現型はまた、周産期または妊娠に関連した病態（例えば、子癇前症もしくは早産）、鉄代謝に関連する代謝性疾患もしくは病態等の代謝性疾患もしくは病態であり得る。例えば、ヘプシジンは、鉄分不足を特徴付けるために、エキソソーム中で評価され得る。該代謝性疾患または病態はまた、糖尿病、炎症、または周産期の病態であり得る。
対象
対象の１つ以上の表現型を、対象から得られる生体試料中のエキソソームを分析することによって決定することができる。対象または患者としては、ウシ、トリ、イヌ、ウマ、ネコ、ヒツジ、ブタ、または霊長類動物（ヒトおよび非ヒト霊長類を含む）等の哺乳動物を挙げることができるが、これらに限定されない。対象はまた、シベリアトラ等の絶滅の危機に瀕しているために重要な哺乳動物、ヒトによって消費用に農場で育てられる動物等の経済的に重要な哺乳動物、またはペットとして、または動物園で飼育されている動物等のヒトにとって社会的に重要な動物が含まれ得る。このような動物の例としては、ネコおよびイヌ等の肉食動物、ブタ（ｐｉｇ）、雄ブタ、およびイノシシを含むブタ（ｓｗｉｎｅ）、ウシ、雄ウシ、ヒツジ、キリン、シカ、ヤギ、バイソン、およびラクダ、またはウマ等の反芻動物または有蹄動物が挙げられるが、これらに限定されない。また、絶滅の危機に瀕したトリ、または、動物園で飼育されるトリ、ならびに家禽（ｆｏｗｌ）、さらに具体的には、家畜化された家禽、すなわち、シチメンチョウ、ニワトリ、アヒル、ガチョウ、ホロホロチョウ等の家禽類（ｐｏｕｌｔｒｙ）も含まれる。また、家畜化されたブタおよびウマ（競争馬を含む）も含まれる。加えて、農業および水産、ならびに他の活動と関係があるこれらの動物等の商業活動と関係がある任意の動物種も含まれ、疾患のモニタリング、診断、および治療の選択が、経済生産性および／または食物連鎖の安全性に対する畜産において通常の業務である。
該対象は、癌等の既存の疾患もしくは病態を有し得る。代替として、該対象は、いかなる既知の既存の病態を有し得ない。該対象はまた、癌の治療等の現行の、または過去の治療に応答し得ない。
試料
対象から得られた生体試料は、いかなる体液であり得る。例えば、該生体試料は、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液（前立腺液を含む）、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥（ｃｈｙｍｅ）、乳糜（ｃｈｙｌｅ）、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、または他の洗浄液であり得る。生体試料はまた、胚盤胞腔液、臍帯血、または胎児もしくは母体起源からのものであり得る母体循環系も含み得る。該生体試料はまた、組織試料または生検材料であり得、ここから、エキソソームが得られ得る。例えば、この試料が固体試料である場合、該試料からの細胞は、培養され、誘発されたエキソソーム産物であり得る（例えば、実施例１を参照のこと）。
表１は、疾患、病態、または生物学的状態の例の一覧、およびエキソソームが分析され得る生体試料の対応する一覧を提供する。
（表１）種々の疾患、病態、または生物学的状態におけるエキソソーム分析のための生体試料の例
Figure 2016028572
Figure 2016028572
該生体試料は、エキソソームの分析を行わない者等の第三者を通して得られ得る。例えば、該試料は、試料を得る対象の臨床医、医師、または他のヘルスケア管理者を通して得られ得る。代替として、該生体試料は、エキソソームを分析する同一の関係者によって得られ得る。
エキソソームを分析するために使用される生体試料の容量は、約２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１、もしくは０．１ｍＬ未満等の０．１〜２０ｍＬの範囲内であり得る。
さらになお、生体試料中の１つ以上のエキソソームの分析を、追加の生体試料を分析のために得るべきかどうかを決定するために使用することができる。例えば、血清試料中の１つ以上のエキソソームの分析は、生検材料を得るべきかどうかを決定するために使用することができる。
エキソソーム
分析のための生体試料からのエキソソームを使用して、表現型を決定する。エキソソームは、遺伝子、環境、および／または任意の他の変形もしくは変化を受ける任意のこのような細胞（例えば、遺伝子突然変異体を有する腫瘍細胞または細胞）を含む、外胚葉、内胚葉、もしくは中胚葉が起源である、またはそれらに由来する細胞等があるが、これらに限定されない、様々な異なる細胞から細胞外環境に放出される小疱である。エキソソームは、一般に、細胞膜の一部が自発的に陥入し、最終的に開口分泌される際に、細胞内に生成される（例えば、Ｋｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｌｅｔｔ．１０７（２）：１０２-８（２００６）を参照のこと）。これらのエキソソームは、約１０、２０、または３０ｎｍを超える直径を有することができるが、これらに限定されない。これらは、約３０〜１０００ｎｍ、約３０〜８００ｎｍ、約３０〜２００ｎｍ、または約３０〜１００ｎｍの直径を有し得る。幾つかの実施形態において、エキソソームは、約１０，０００ｎｍ、１０００ｎｍ、８００ｎｍ、５００ｎｍ、２００ｎｍ、１００ｎｍ、または５０ｎｍ未満の直径を有することができるが、これらに限定されない。全体で使用される、値または量に言及される場合の「約」という用語は、幾つかの実施形態において、変動が適切である場合、規定の量から±１０％の変動を包含することを意味する。
エキソソームはまた、微小胞、ナノ小胞、小胞、デキソソーム、ブレブ（ｂｌｅｂ）、小水疱（ｂｌｅｂｂｙ）、プロスタソーム、微小粒子、腔内小胞（ｉｎｔｒａｌｕｍｅｎａｌ ｖｅｓｉｃｌｅ）、エンドソーム小胞、または細胞外ビヒクルとも称され得る。本明細書で使用される、エキソソームはまた、原形質膜あるいは細胞内膜のいずれかに由来するいずれの流出した膜結合粒子を含むこともできる。エキソソームはまた、原形質膜の一部の脱出した内臓（ブレブ形成）の分離および閉鎖の両方から、または腫瘍起源の種々の膜結合タンパク質を含有する、任意の細胞内膜結合小胞構造の輸出から生じる、脂質二分子膜によって境界がつけられる細胞由来の構造を含むことができ、これには、腫瘍由来ミクロＲＮＡまたは細胞内タンパク質が挙げられるが、これらに限定されない、エキソソーム内腔中に含有される分子と一緒に腫瘍由来タンパク質に選択的に結合する宿主循環に由来する、表面結合分子を含む。ブレブおよびブレブ形成は、Ｃｈａｒｒａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．９，Ｎｏ．１１，ｐ．７３０−７３６（２００８）にさらに記載されている。エキソソームはまた、膜フラグメントを含むこともできる。本明細書に言及される、循環腫瘍由来のエキソソーム（ＣＴＥ）は、腫瘍細胞から循環または体液に流出するエキソソームである。起始細胞に特異的なエキソソームと同様に、ＣＴＥは、一般に、高度に特異的な様態で、体液からのそれらの単離を可能にする独特のバイオマーカーを有する。
エキソソームは、エキソソームのレベルを決定するか、またはエキソソームを事前に単離、精製、もしくは濃縮をすることなく、エキソソームの１つ以上のバイオマーカーを決定するために、生体試料から直接アッセイすることができる。代替として、エキソソームは、分析前に、試料から単離、精製、または濃縮され得る。
エキソソームの単離
エキソソームは、分析前に、精製または濃縮され得る。エキソソームの分析には、生体試料の１つ以上のエキソソーム集団の量を定量化することを挙げることができる。例えば、非均質のエキソソームの集団を定量化することができるか、または特定のバイオマーカープロファイル、特定のバイオシグネチャーを有する、もしくは特定の細胞型（起始細胞に特異的なエキソソーム）に由来する、エキソソームの集団等の均質エキソソームの集団を非均質のエキソソームの集団から単離し、定量化することができる。また、エキソソームの分析には、以下に記載されるような、エキソソームの特定のバイオマーカープロファイルまたはバイオシグネチャーを、定量的に、または定性的に検出することを挙げることもできる。
生体液バンク等において、エキソソームを保管し、保存し、必要に応じて分析のために取り出すことができる。エキソソームはまた、生存する、もしくは死亡している対象から既に採取され、保管されている生体試料から単離され得る。加えて、エキソソームは、Ｋｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７（５）：１９８−２０４（２００５）に記載されるように、収集されている生体試料から単離され得る。エキソソームは、保存または保管された試料から単離され得る。代替として、エキソソームは、生体試料から単離され、該試料を保管または保存することなく分析され得る。さらになお、第三者は、生体試料を得るか、もしくは保管し得るか、または分析のためにエキソソームを得るか、もしくは保管し得る。
濃縮されたエキソソームの集団は、生体試料から得ることができる。例えば、エキソソームは、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせを用いて、生体試料を濃縮し得るか、または単離され得る。
ゲル浸透カラム、遠心分離法、または密度勾配遠心分離法等のサイズ排除クロマトグラフィー、および濾過法を使用することができる。例えば、エキソソームは、分画遠心分離法、アニオン交換、および／またはゲル浸透クロマトグラフィー（例えば、米国特許第６，８９９，８６３号および第６，８１２，０２３号に記載）、蔗糖密度勾配、オルガネラ電気泳動（例えば、米国特許第７，１９８，９２３号に記載）、磁気活性細胞選別（ＭＡＣＳ）によって、またはナノ膜限外濾過濃縮器を用いて、単離することができる。単離法または濃縮法の種々の組み合わせを使用することができる。
アルブミンおよび免疫アルブミン等の高豊富タンパク質は、生体試料からエキソソームの単離を妨げ得る。例えば、エキソソームは、血液中に見出される最も豊富なタンパク質に特異的な多抗体を利用するシステムを用いて、生体試料から単離され得る。このようなシステムは、一度に幾つかのタンパク質を除去し、しいては、起始細胞に特異的なエキソソーム等の低豊富種を明らかにする。
この型のシステムは、血液、脳脊髄液、または尿等の生体試料からエキソソームの単離のために使用することができる。生体試料からのエキソソームの分離はまた、Ｃｈｒｏｍｙ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ ２００４；３：１１２０−１１２７に記載される、高豊富タンパク質の除去法によっても改善され得る。別の実施形態において、生体試料からのエキソソームの単離はまた、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２００５；４：１４４−１５５に記載される、糖ペプチドの捕捉を用いて血清タンパク質を除去することによっても改善され得る。加えて、尿等の生体試料からのエキソソームは、Ｐｉｓｉｔｋｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ，２００４；１０１：１３３６８−１３３７３に記載されるように、分画遠心分離法、続いて、細胞質または抗細胞質エピトープを対象にする抗体と接触させることによって、単離され得る。
生体試料からのエキソソームの単離または濃縮はまた、超音波処理の使用によって（例えば、超音波を適用することによって）、または洗浄剤、他の膜活性剤、もしくはこれらの任意の組み合わせの使用によって、改善され得る。例えば、超音波エネルギーは、潜在的な腫瘍部位に適用することができ、理論に拘束されるものではないが、組織からのエキソソームの放出を増加させることができ、本明細書に開示される１つ以上の方法を用いて、生体試料から分析、または評価することができる濃縮されたエキソソームの集団が得られる。
結合物質
結合物質は、エキソソームのバイオマーカー等のエキソソームの成分に結合する薬剤である。該結合物質は、捕捉剤であり得る。捕捉剤は、エキソソーム上のバイオマーカー等のエキソソームの標的に結合することによってエキソソームを捕捉する。例えば、該捕捉剤は、エキソソーム上の抗原に結合する捕捉抗体であり得る。該捕捉剤は、基質に連結され、本明細書に記載されるもの等のエキソソームを単離するために使用することができる。
結合物質は、エキソソームが濃縮されるか、または生体試料から単離された後、使用することができる。例えば、エキソソームは、まず、バイオマーカー用の結合物質を用いて、特異的なバイオマーカーを有する生体試料を単離する前に、単離することができる。故に、特異的なバイオマーカーを有するエキソソームは、非均質のエキソソームの集団から単離される。代替として、結合物質は、予め単離するまたはエキソソームを濃縮することなく、エキソソームを含む生体試料に使用され得る。例えば、結合物質を使用して、生体試料からの特異的なバイオマーカーを有するエキソソームを単離する。
結合物質は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、一本鎖抗体、合成抗体、アプタマー（ＤＮＡ／ＲＮＡ）、ペプトイド、ｚＤＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、レクチン、合成もしくは天然に存在する化学的化合物（薬物、標識試薬が挙げられるが、これらに限定されない）、デンドリマー、またはこれらの組み合わせであり得る。例えば、該結合物質は、捕捉抗体であり得る。
幾つかの例において、単一の結合物質を用いて、エキソソームを単離することができる。他の例において、異なる結合物質の組み合わせを用いて、エキソソームを単離し得る。例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００種の異なる結合物質を使用して、生体試料からエキソソームを単離し得る。さらになお、エキソソーム用の１種以上の異なる結合物質は、以下にさらに記載される、エキソソームのバイオシグネチャーを形成することができる。
また、異なる結合物質を、多重化するために使用することもできる。例えば、２つ以上のエキソソームの集団（例えば、特異的な細胞型からのエキソソーム）の単離は、異なる結合物質を用いて各エキソソーム集団を単離することによって行われ得る。異なる結合物質は、異なる粒子に結合することができ、該異なる粒子は標識される。別の実施形態において、異なる結合物質を含むアレイを、多重分析に使用することができ、該異なる結合物質は、差別的に標識されるか、またはアレイ上の結合物質の位置に基づいて確認され得る。多重化は、以下に記述されるように、標識の分解能または検出方法まで達することができる。
該結合物質は、抗体であり得る。例えば、エキソソームは、エキソソーム上に存在する１つ以上の抗原に固有の１つ以上の抗体を用いて単離され得る。例えば、エキソソームは、その表面上にＣＤ６３を有し得、ＣＤ６３の抗体、または捕捉抗体を使用して、エキソソームを単離することができる。代替として、腫瘍細胞に由来するエキソソームは、ＥｐＣａｍを発現することができ、ＥｐＣａｍおよびＣＤ６３の抗体を用いて、エキソソームを単離することができる。エキソソームを単離するための他の抗体には、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、Ｂ７Ｈ３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、もしくは５Ｔ４に対する抗体、または捕捉抗体を挙げることができる。
本明細書に開示される抗体は、免疫グロブリン分子または免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、抗原および合成抗体に特異的に結合する抗原結合部位を含有する分子であり得る。免疫グロブリン分子は、免疫グロブリン分子の任意のクラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、もしくはＩｇＡ）またはサブクラスのものであり得る。抗体としては、ポリクローナル、モノクローナル、二重特異性、合成、ヒト化およびキメラ抗体、一本鎖抗体、ＦａｂフラグメントおよびＦ（ａｂ’）２フラグメント、ＦｖもしくはＦｖ’部分、Ｆａｂ発現ライブラリーにより産生されたフラグメント、抗イディオタイプ（抗−Ｉｄ）抗体、または上記のいずれかのエピトープ結合フラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。抗体が、抗原に優先的に結合する場合、例えば、別の分子と約３０％、２０％、１０％、５％、または１％未満の交差反応を起こす場合、抗体、または一般的にあらゆる分子は、抗原（または他の分子）に「特異的に結合する」。
また、結合物質は、ポリペプチドまたはペプチドであり得る。ポリペプチドは、その最も広い意味で使用され、サブユニットアミノ酸、アミノ酸類似体、またはペプチド模倣物の配列を含み得る。サブユニットは、ペプチド結合によって連結され得る。ポリペプチドは、天然に存在する、（酵素消化によるような）天然に存在するポリペプチドの処理された形態、化学的に合成された、もしくは組換え発現されたものであり得る。本発明の方法に使用されるポリペプチドは、標準技術を用いて化学的に合成され得る。ポリペプチドは、特殊な特性を付与するために、Ｄ−アミノ酸（Ｌ−アミノ酸に特異的なプロテアーゼに対して耐性である）、Ｄ−およびＬ−アミノ酸の組み合わせ、βアミノ酸、または種々の他のデザイナーもしくは天然に存在しないアミノ酸（例えば、β−メチルアミノ酸、Ｃα−メチルアミノ酸、およびＮα−メチルアミノ酸等）を含み得る。合成アミノ酸には、リジンに対するオルニチン、およびロイシンまたはイソロイシンに対するノルロイシンが含まれ得る。加えて、ポリペプチドは、新規の特性を有するポリペプチドを調製するために、エステル結合等のペプチド模倣結合を有することができる。例えば、還元型のペプチド結合、すなわち、Ｒ１−ＣＨ２−ＮＨ−Ｒ２（Ｒ１およびＲ２はアミノ酸残基または配列である）を組み込むポリペプチドを作製し得る。還元型のペプチド結合は、ジペプチドサブユニットとして導入してもよい。このようなポリペプチドは、プロテアーゼ活性に対して耐性であり、延長された生体内での半減期を有することとなる。また、ポリペプチドは、側鎖が、アミノ酸の場合のようにα炭素に付いているのではなく、分子骨格に沿って窒素原子に付いている、ペプトイド（Ｎ−置換グリシン）を含むこともできる。ポリペプチドおよびペプチドは、本願を通して交換可能に使用されることを意図し、すなわち、ペプチドという用語が使用される場合、それは、ポリペプチドも含み得、ポリペプチドという用語が使用される場合、それは、ペプチドも含み得る。
エキソソームは、既知の結合物質を用いて、単離され得る。例えば、該結合物質は、エキソソームの「ハウスキーピングタンパク質」、またはＣＤ６３、ＣＤ９、ＣＤ８１、ＣＤ８２、ＣＤ３７、ＣＤ５３、またはＲａｂ−５ｂ等の一般的なエキソソームバイオマーカーに結合する薬剤であり得る。該結合物質はまた、以下に記載される、腫瘍細胞（例えば、ＥｐＣａｍに対する結合物質）、または起始細胞等の特異的な細胞型に由来するエキソソームに結合する薬剤でもあり得る。例えば、エキソソームを単離するために使用される結合物質は、図１から選択される抗原に対する結合物質であり得る。エキソソームに対する結合物質はまた、図２に列記されるものから選択することもできる。例えば、該結合物質は、５Ｔ４、Ｂ７Ｈ３、カベオリン、ＣＤ６３、ＣＤ９、Ｅ−カドヘリン、ＭＦＧ−Ｅ８、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、Ｒａｂ−５Ｂ、ＳＴＥＡＰ、ＴＮＦＲ１、ＣＤ８１、ＥｐＣａｍ、ＣＤ５９、またはＣＤ６６等の抗原に対するものであり得る。２つ以上の抗原に対する１つ以上の結合物質等の１つ以上の結合物質を、エキソソームを単離するために使用することができる。使用される結合物質は、特定の細胞型に由来するエキソソームまたは起始細胞に特異的なエキソソームの所望の単離に基づいて選択することができる。
また、結合物質は、固体表面または基質に直接または間接的に連結することもできる。固体表面または基質は、マイクロアレイおよびウェル、ビーズ等の粒子、カラム、光ファイバー、ふき取り繊維（ｗｉｐｅ）、ガラスおよび修飾もしくは機能性ガラス、水晶、雲母、ジアゾ化膜（紙もしくはナイロン）、ポリホルムアルデヒド、セルロース、酢酸セルロース、紙、セラミック、金属、半金属、半導体材料、量子ドット、被覆ビーズもしくは粒子、他のクロマトグラフ材料、磁気粒子によって提供される表面；プラスチック（アクリル、ポリスチレン、スチレンもしくは他の材料のコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、テフロン（商標）等を含む）、多糖類、ナイロンもしくはニトロセルロース、樹脂、シリカもしくはシリコンおよび修飾シリコンを含むシリカ系材料、カーボン、金属類、無機ガラス、プラスチック、セラミック、導電性ポリマー（ポリピロールおよびポリインドール等のポリマーを含む）；核酸タイリングアレイ、ナノチューブ、ナノワイヤー、もしくはナノ粒子で装飾された表面等のマイクロ構造もしくはナノ構造の表面；またはメタクリル樹脂、アクリルアミド、糖ポリマー、セルロース、ケイ酸塩、または他の繊維性ポリマーもしくは鎖ポリマー等の多孔性表面もしくはゲルが挙げられるが、これらに限定されない、直接もしくは間接的に結合物質を付着し得る、任意の物理的に分離可能な固体であり得る。加えて、従来技術に公知であるように、基は、デキストラン、アセチルアミド、ゼラチン、もしくはアガロース等のポリマーを含む材料の幾つかを用いて、受動的または化学的に誘導体化されたコーティングを用いて被覆され得る。このようなコーティングは、生体試料を有するアレイの使用を促進することができる。
例えば、エキソソームを単離するために使用される抗体は、市販のプレート（例えば、Ｎｕｎｃ、Ｍｉｌａｎ Ｉｔａｌｙより市販）等のウェル等の固体基質に結合することができる。各ウェルは、抗体で被覆することができる。幾つかの実施形態において、エキソソームを単離するために使用される抗体は、アレイ等の固体基質に結合することができる。該アレイは、分子相互作用、結合性アイランド、生体分子、ゾーン、ドメインの所定の空間的配置、または別個の境界内に沈積した結合性アイランドもしくは結合物質の空間的配置を有し得る。さらに、アレイという用語は、表面が、アレイの複数のコピーを有する場合のように、表面上に配置された複数アレイを指すよう、本明細書で使用され得る。また、複数のアレイを所持するこのような表面は、マルチアレイ（ｍｕｌｔｉｐｌｅ ａｒｒａｙ）または反復アレイと称されることもある。
また、結合物質は、ビーズまたはマイクロスフェア等の粒子に結合することもできる。例えば、エキソソームの成分に特異的な抗体は、粒子に結合することができ、抗体−結合粒子が、生体試料からエキソソームを単離するために使用される。幾つかの実施形態において、マイクロスフェアは、磁気または蛍光標識され得る。加えて、エキソソームを単離するための結合物質は、固体基質自体であり得る。例えば、アルデヒド／硫酸ビーズ（Ｉｎｔｅｒｆａｃｉａｌ Ｄｙｎａｍｉｃｓ，Ｐｏｒｔｌａｎｄ，ＯＲ）等のラテックスビーズを使用することができる。
また、磁気ビーズに結合した結合物質を、エキソソームを単離するために使用することもできる。例えば、患者からの血清等の生体試料を、結腸癌スクリーニングのために収集することができる。該試料は、磁気マイクロビーズに連結された抗ＣＣＳＡ−３（結腸癌固有の抗原）と共に培養することができる。低密度のマイクロカラムは、ＭＡＣＳ分離器の磁場内に置くことができ、次いで、トリス緩衝食塩水等の緩衝液で該カラムを洗浄する。次いで、磁気免疫複合体をこのカラムに適用し、結合していない、非特異性の材料を廃棄することができる。ＣＣＳＡ−３選択エキソソームは、分離器からカラムを除去し、収集管上にそれを置くことによって回収することができる。緩衝液をカラムに添加することができ、カラムに供給されたプランジャーを適用することによって、磁気標識されたエキソソームを放出することができる。単離されたエキソソームは、ＩｇＧ溶出緩衝液中で希釈することができ、次いで、複合体は、エキソソームからマイクロビーズを分離するために遠心分離することができる。ペレット化した単離された起始細胞に特異的なエキソソームは、リン酸緩衝生理食塩水等の緩衝液中で再懸濁し、定量化することができる。代替として、起始細胞に特異的なエキソソームを捕捉した抗体と磁気マイクロビーズとの間の強力な接着力によって、トリプシン等のタンパク質分解酵素を、遠心分離を必要とせずに、捕捉されたエキソソームの放出に使用することができる。エキソソームを放出するのに少なくとも十分な時間、起始細胞に特異的なエキソソームを捕捉した抗体と共に、このタンパク質分解酵素を培養することができる。
エキソソームを単離するためには、結合物質がエキソソームの成分に結合するのに少なくとも十分な時間、目的のエキソソームを含む生体試料と抗体等の結合物質を接触させることが好ましい。例えば、約１０分間、３０分間、１時間、３時間、５時間、７時間、１０時間、１５時間、１日間、３日間、７日間、または１０日間が挙げられるが、これらに限定されない、数秒間、数日間の範囲の様々な間隔で、生体試料と抗体を接触させ得る。
図１に列記される抗原に特異的な抗体等の結合物質、または図２に列記される結合物質は、磁気標識、蛍光部分、酵素、化学発光プローブ、金属粒子、非金属コロイド粒子、高分子色素粒子、色素分子、色素粒子、電気化学的に活性な種、半導体ナノ結晶もしくは量子ドットもしくは金粒子を含む他のナノ粒子が挙げられるが、これらに限定されない、もので標識することができる。標識は、フルオロフォア、量子ドット、または放射性標識であり得るが、これらに限定されない。例えば、標識は、３Ｈ、１１Ｃ、１４Ｃ、１８Ｆ、３２Ｐ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、６８Ｇａ、８６Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２３Ｉ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１３３Ｘｅ、１７７Ｌｕ、２１１Ａｔ、または２１３Ｂｉ等の放射性同位体（放射性核種）であり得る。標識は、希土類キレート（ユウロピウムキレート）等の蛍光標識、ＦＩＴＣ、５−カルボキシフルオレセイン、６−カルボキシフルオレセイン等があるが、これらに限定されない、フルオレセイン型；ＴＡＭＲＡ等があるが、これに限定されない、ローダミン型；ダンシル；リサミン；シアニン；フィコエリトリン；Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ；およびこれらの類似体であり得る。
結合物質は、例えば、ビオチン−ストレプトアビジンを介して抗体に標識を付着させるように、直接的または間接的に標識することができる。代替として、抗体は、標識されないが、第１の抗体を目的の抗原に結合させた後、標識された第２の抗体と後で接触させる。
例えば、種々の酵素基質標識が、利用可能であるか、または開示されている（例えば、米国特許第４，２７５，１４９号を参照のこと）。酵素は、一般に、種々の技術を用いて測定することができる発色性基質の化学変化を触媒する。例えば、酵素は、基質における色変化を触媒し得、それは分光学的に測定することができる。代替として、酵素は、基質の蛍光または化学発光を変化させ得る。酵素標識の例には、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４，７３７，４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸塩デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）等のペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖類オキシダーゼ（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、およびグルコース−６−ホスフェートデヒドロゲナーゼ）、ヘテロ環オキシダーゼ（ウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼ等）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼ等が含まれる。酵素−基質の組み合わせの例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と基質としての過酸化水素、ここで、過酸化水素が色素前駆物質（例えば、オルトフェニレンジアミン（ＯＰＤ）または３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジンヒドロクロリド（ＴＭＢ））を酸化する；アルカリホスファターゼ（ＡＰ）と発色性基質としてのパラ−ニトロフェニルホスフェート；およびβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）と発色性基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）または蛍光性基質４−メチルウンベリフェリル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼが挙げられるが、これらに限定されない。
使用した単離の方法に依存して、結合物質は、アレイ、粒子、ウェル等の固体表面もしくは基質、および上記の他の基質に連結され得る。細胞表面に対する、抗体の直接化学的カップリングの方法は、当該技術分野において公知であり、例えば、グルタルアルデヒドまたはマレイミドで活性化した抗体を用いてカップリングすることが含まれ得る。複数工程の手順を用いた化学的カップリングするための方法には、ビオチン化、例えば、これらの化合物のスクシンイミドエステルを用いたトリニトロフェノール（ＴＮＰ）またはジゴキシゲニンのカップリングが含まれる。ビオチン化は、例えば、Ｄ−ビオチニル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドの使用により達成され得る。スクシンイミド基は、７を超えるｐＨ値で、および、約ｐＨ８．０と約ｐＨ８．５との間で優先的にアミノ基と効率的に反応する。ビオチン化は、例えば、ビオチンマレイミドを添加した後に、細胞をジチオスレイトールで処理することによって達成され得る。
フローサイトメトリー
ビーズまたはマイクロスフェア等の粒子を用いたエキソソームの単離はまた、フローサイトメトリーを用いても行うことができる。フローサイトメトリーは、流体の流れ中に懸濁した微細粒子を選別するために使用することができる。粒子が通過する際、粒子を選択的に帯電させ、それらの出口で別個の経路に偏向させることができる。したがって、高度の精度および速度を伴って、生体試料等の元の混合物から集団を分離することが可能である。フローサイトメトリーは、光学／電子検出装置を流れる単一の細胞の物理的および／または化学的特性の同時の多様性解析を可能にする。単一周波数（色）の光線、多くの場合、レーザー光線が、流体力学的に集束された流体の流れに向けられる。多くの検出器が、１つは光線に沿って（前方散乱またはＦＳＣ）、および幾つかはこれに垂直に（側方散乱またはＳＳＣ）、流れが光線を通過する点に向けられ、１つ以上の蛍光検出器がある。
光線を通過する各々の懸濁粒子は、何らかの方法で光を散乱し、粒子内の蛍光化合物が励起されて、光源より低い周波数で発光し得る。この散乱光および蛍光の組み合わせが、検出器によって拾われて、各検出器（蛍光発光ピークの各々に対して１つずつ）における輝度（ｂｒｉｇｈｔｎｅｓｓ）の変化を解析することによって、個々の粒子それぞれの物理的および化学的構造についての種々の情報を外挿することが可能となる。ＦＳＣは、細胞の大きさと相関し、ＳＳＣは、核の形状、細胞質顆粒の量および種類、または膜の粗さ等の粒子の内部の複雑さに依存する。幾つかのフローサイトメーターは、蛍光の必要性を除去し、光の散乱のみを測定に用いている。
フローサイトメーターは、毎秒数千個の粒子を「リアルタイム」で解析することができ、特定の特性を有する粒子を能動的に分離および単離することができる。フローサイトメーターは、各解析期間中、多数の単一の細胞に対して設定パラメーターの、「高スループット」で自動化された定量化、および分離を提供する。現代の装置は、複数のレーザーおよび蛍光検出器、例えば、最多で４つのレーザーおよび１８の蛍光検出器を有し、これにより、複数の標識が、これらの表現型によって標的集団をより正確に特定するために使用することが可能である。
フローサイトメーターから得られるデータは、１次元にプロットしてヒストグラムを生成され得るか、ドットプロットとして２次元に、または最新のソフトウェアを用いて３次元に見られ得る。これらのプロット上の領域は、ゲートと呼ばれるサブセット抽出のシリーズによって順次に分離することができる。特定のゲートプロトコルが、特に、血液学に関して診断および臨床目的のために存在する。プロットは、多くの場合、対数スケール上に作成される。異なる蛍光色素の発光スペクトルのオーバーラップのため、検出器の信号は、電子的、およびコンピュータ的に補正されなければならない。バイオマーカーを標識するためのフルオロフォアには、Ｏｒｍｅｒｏｄ，Ｆｌｏｗ Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ ２ｎｄ ｅｄ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９９）、およびＮｉｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２００５；４ ８８９−８９４に記載されるものが含まれ得、これらは、参照することにより本明細書に組み込まれる。
多重化
異なる結合物質を、異なるエキソソーム集団を多重化するために使用することができる。異なる結合物質を用いて、異なるエキソソーム集団を単離するか、または検出することができる。生体試料中の各エキソソーム集団は、上記のものなどの、フルオロフォア、量子ドット、または放射性標識等の異なる信号標識で標識することができる。該標識は、結合物質に直接的に共役するか、または結合物質を検出するために間接的に使用することができる。多重化アッセイにおいて検出される集団数は、２つ以上の親和性要素に結合する２つを超える差別的に標識されたエキソソーム集団が加重信号を生成することができるので、標識の分解能および信号の加重に依存する。
少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００個の異なるエキソソーム集団の多重化が行われ得る。例えば、起始細胞に特異的な１つのエキソソームの集団を、異なる起始細胞に特異的な第２のエキソソームの集団と共にアッセイすることができ、各集団は、異なる標識で標識される。代替として、特定のバイオマーカーまたはバイオシグネチャーを有するエキソソームの集団を、異なるバイオマーカーまたはバイオシグネチャーを有する第２のエキソソームの集団と共にアッセイすることができる。
一実施形態において、多重化分析は、ビーズ等の複数個の基質に２つ以上のエキソソームの集団を含む複数個のエキソソームを適用することによって行われる。各ビーズは、１つ以上の捕捉剤に結合される。複数個のビーズは、サブセットに分割され、ビーズの各サブセットが、ビーズの別のサブセットとは異なる捕捉剤または捕捉剤の組み合わせを有するように、同一の捕捉剤または捕捉剤の組み合わせが、ビーズのサブセットを形成する。次いで、ビーズは、捕捉剤に結合する成分を含むエキソソームを捕捉するために使用することができる。異なるサブセットは、エキソソームの異なる集団を捕捉するために使用することができる。次いで、エキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出することによって、捕捉したエキソソームを分析することができる。
フローサイトメトリーを、粒子ベースまたはビーズベースのアッセイと組み合わせて使用することができる。高感度自動化と一致する比活性度を有する類似のリガンドおよびレポーター分子を有するビーズコーティングを用いて、マルチパラメトリックイムノアッセイまたは他のハイスループット検出アッセイを使用することができる。例えば、各サブセット中のビーズは、別のサブセットとは差別的に標識することができる。例えば、粒子ベースのアッセイ系において、アドレス可能なビーズまたはマイクロスフェア上に捕捉抗体等のエキソソームに対する結合物質または捕捉剤を固定化することができる。各個々の結合アッセイ（結合物質が抗体である場合のイムノアッセイ等）における各結合物質は、異なる型のマイクロスフェア（すなわち、マイクロビーズ）に連結され、結合アッセイ反応は、マイクロスフェアの表面上で起こる。マイクロスフェアは、異なる標識で区別することができる、例えば、特定の捕捉剤を有するマイクロスフェアは、別のマイクロスフェアを異なる捕捉剤と比較した場合、異なる信号標識を有する。例えば、特定の結合物質を有するマイクロスフェアの蛍光強度は、異なる結合物質を有する別のマイクロスフェアの蛍光強度とは異なるように、別個の蛍光強度でマイクロスフェアを染色することができる。
少なくとも２つの異なる標識または染色を用いて、マイクロスフェアを標識または染色することができる。幾つかの実施形態において、マイクロスフェアは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なる標識で標識される。複数個のマイクロスフェア中の異なるマイクロスフェアは、２つ以上の標識または染色を有することができ、マイクロスフェアの種々のサブセットは、標識または染色の種々の比および組み合わせを有し、異なる結合物質を用いる、異なるマイクロスフェアの検出を可能にする。例えば、該標識または染色の種々の比および組み合わせは、異なる蛍光強度を可能にし得る。代替として、該種々の比および組み合わせは、結合物質を同定するために異なる検出パターンを生成するために使用され得る。マイクロスフェアは、外面的に標識もしくは染色することができるか、または内部蛍光または信号標識を有し得る。ビーズは、それらの適切な結合物質を用いて、別々に充填することができ、ひいては、異なる結合物質が結合される差別的に標識されたマイクロスフェア上で異なる結合物質に基づく異なるエキソソーム集団を単離することができる。
別の実施形態において、平面基質を用いて多重化分析を行うことができ、該基質は、複数個の捕捉剤を含む。複数個の捕捉剤は、エキソソームの１つ以上の集団を捕捉することができ、捕捉したエキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出した。平面基質は、本明細書にさらに記載される、マイクロアレイまたは他の基質であり得る。
新規の結合物質
エキソソームは、目的のエキソソームに特異的な新規の抗原に対する抗体等のエキソソームの新規成分に対する結合物質を用いて単離され得る。目的のエキソソームに特異的な新規の抗原は、アレイまたは複数個の粒子等の基質に結合される既知の組成物の異なる試験化合物を用いて単離され得るか、または同定され得、大量の化学的／構造的空間を、そのほんのわずかな空間のみを使用して適切なサンプリングをすることが可能になり得る。また、同定された新規の抗原は、エキソソームのバイオマーカーとしての役割も果たし得る。例えば、起始細胞に特異的なエキソソームに対して同定された新規の抗原は、特定の起始細胞に特異的なエキソソームのバイオマーカーであり得る。
結合物質は、試験化合物に対して均質あるいは非均質のいずれかのエキソソーム集団をスクリーニングすることによって同定することができる。基質表面上の各試験化合物の組成物は既知であるため、これは、親和性要素に対するスクリーンを構成する。例えば、試験化合物のアレイは、基質のアドレス可能な位置にある特定の位置で、試験化合物を含み、エキソソームに対して１つ以上の結合物質を同定するために使用することができる。試験化合物は全て、コア配列または構造の軽微な変更に基づいて関連し得ないか、または関連し得る。異なる試験化合物には、所与の試験化合物（ポリペプチドアイソフォーム等）の変異体、構造的もしくは組成的に関連しない試験化合物、またはこれらの組み合わせが含まれ得る。
試験化合物は、ペプトイド、多糖類、有機化合物、無機化合物、ポリマー、脂質、核酸、ポリペプチド、抗体、タンパク質、多糖類、または他の化合物であり得る。試験化合物は、天然または合成であり得る。試験化合物は、多くの結合、または結合の組み合わせ（例えば、アミド、エステル、エーテル、チオール、ラジカル付加、金属配位等）、樹枝状構造物、環状構造物、空洞構造物、または特異的な付加がなされる骨格として働く多数の近接した付着部位を有する他の構造物のいずれかに基づく、直鎖状または分枝状のヘテロ多量体化合物を含むか、またはそれらからなり得る。これらの試験化合物は、当該技術分野において標準的な方法を用いて、基質上にスポットするか、または原位置で合成することができる。加えて、試験化合物は、協同的結合等の有用な相互作用を検出するために、組み合わせてスポットするか、または原位置で合成することができる。
試験化合物は、既知のアミノ酸配列を有するポリペプチドであり得、故に、エキソソームで結合する試験化合物を検出することにより、結合物質として使用することができる既知のアミノ酸配列のポリペプチドの同定をもたらすことができる。例えば、均質のエキソソームの集団を、アミノ酸の可変長を有する数個から１，０００，０００個の試験ポリペプチドを含むスライド上にスポット型アレイに添加することができる。ポリペプチドは、Ｃ末端を介して表面に付着させることができる。ポリペプチドの配列は、システインを除く１９種のアミノ酸からランダムに作製することができる。結合反応は、各ポリペプチド結合標的に対する特異性の比率を決定することができるように、別の色素で標識した過剰な細菌タンパク質等の非特異的競合物を含むことができる。最も高い特異性および結合を有するポリペプチドを選択することができる。各スポット上のポリペプチドが何であるかは既知であり、故に、容易に同定することができる。起始細胞に特異的なエキソソーム等の均質のエキソソーム集団に特異的な新規の抗原が同定されると、続いて、かかる起始細胞に特異的なエキソソームが、後に記載される方法において、かかる抗原を用いて単離され得る。
また、アレイは、エキソソームを単離するための抗体を同定するために使用することもできる。試験抗体は、エキソソームを単離し、同定するために使用することができる抗体を同定するために、アレイに付着させ、非均質のエキソソームの集団に対してスクリーニングすることができる。起始細胞に特異的なエキソソーム等の均質のエキソソームの集団はまた、抗体アレイを用いてスクリーニングすることもできる。均質のエキソソームの集団を単離するために抗体を同定すること以外に、均質のエキソソーム集団に特異的な１つ以上のタンパク質のバイオマーカーを同定することができる。事前に選択した試験抗体、またはアレイに付着させたカスタム選択した試験抗体を用いて市販のプラットフォームを使用することができる。例えば、Ｆｕｌｌ Ｍｏｏｎ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓからの抗体アレイは、前立腺癌細胞由来のエキソソームを用いて、スクリーニングし、結合物質としてＢｃｌ−ＸＬ、ＥＲＣＣ１、ケラチン１５、ＣＤ８１／ＴＡＰＡ−１、ＣＤ９、上皮特異抗原（ＥＳＡ）、および脂肪細胞キマーゼに対する抗体を同定することができ（例えば、図６３を参照のこと）、同定したタンパク質は、これらのエキソソームに対するバイオマーカーとして使用することができる。
結合物質として使用される抗体または合成抗体はまた、ペプチドアレイを介して同定することもできる。別の方法は、抗体ファージディスプレイ法による合成抗体産生の使用である。抗体（例えば、Ｆａｂ）のＭ１３バクテリオファージライブラリーは、外殻タンパク質への融合としてファージ粒子の表面上に提示させる。各ファージ粒子は、固有の抗体を提示し、コードＤＮＡを含むベクターも包含する。多様性に富むライブラリーを構築し、ファージプールとして示すことができ、固定化抗原に結合するための抗体選択に使用することができる。抗原結合ファージは、固定化抗原によって保持され、非結合ファージは、洗浄することによって除去される。保有したファージプールは、大腸菌の宿主の感染によって増幅することができ、抗原結合クローンによって支配される集団を最終的に得るようにさらなる様々な選択のために、増幅したプールを使用することができる。この段階で、個々のファージクローンを単離し、表示された抗体の配列を解読するためにＤＮＡ基配列決定法に暴することができる。ファージ表示の使用および当該技術分野において公知の他の方法を通して、エキソソームに対する高親和性のデザイナー抗体を生成することができる。
また、ビーズベースのアッセイを使用して、エキソソームを単離するための新規の結合物質を同定することもできる。試験抗体またはペプチドは、粒子に共役させることができる。例えば、ビーズは、抗体またはペプチドに共役させ、特異的な組織または腫瘍型からのエキソソームを標的することができる新規の抗体を発見し、特異的に選択するために、エキソソームの集団の表面上に発現したタンパク質を検出し、定量化するために使用することができる。有機起源の任意の分子を、製造業者の説明書に従って市販のキットの使用を通じてポリスチレンビーズにうまく共役させることができる。各ビーズセットは、ある検出可能な波長に着色することができ、それぞれは、既知の抗体またはペプチドと結合することができ、これは、どのビーズが、以前に共役した抗体またはペプチドのエピトープと一致するエキソソームのタンパク質に結合するかを特異的に測定するために使用することができる。異なる強度を有する各ビーズが、上記のような、異なる結合物質を有するように、別個の蛍光強度でビーズを染色することができる。
例えば、精製されたエキソソームの調製物は、実験的に決定したアッセイのダイナミックレンジに従って、適切な濃度に対してアッセイ緩衝液中で希釈することができる。十分な容量の結合したビーズを調製することができ、約１μｌの抗体に連結したビーズをウェルに分割し、最終容量の約５０μｌまで調節することができる。抗体に共役したビーズを真空互換性プレートに添加した時点で、これらのビーズを洗浄して、適当な結合状態を確保することができる。次いで、エキソソームの調製の適切な容量を、試験される各ウェルに添加し、１５〜１８時間など、混合物をインキュベートすることができる。検出抗体の希釈溶液を用いて、十分な容量の検出抗体を調製し、１時間、あるいは、必要な限り、混合物と共にインキュベートすることができる。次いで、ストレプトアビジンフィコエリトリンからなる検出抗体（ビオチンを発現する）の混合物を添加する前に、これらのビーズを洗浄することができる。次いで、計器が備わっているソフトウェアを用いて、懸濁アレイシステム上で解析する前に、これらのビーズを洗浄し、数回、真空吸引することができる。次いで、エキソソームを選択的に抽出するために使用することができる抗原の同一性は、解析から解明することができる。
イメージングシステムを用いたアレイを使用して、特異的な組織または腫瘍型を発見し、それらに対して特定的に選択し、それらからのエキソソームを濃縮するために、エキソソームの表面上に発現したタンパク質を検出し、定量化することができる。多重の炭素被覆したプレートを複数のウェルに共役した抗体、ペプチド、または細胞を使用することができる。パターン化した炭素の作業表面上に配置された捕捉抗体の使用を通して、ウェル中の多くの検体の同時測定を達成することができる。次いで、改善された電気化学発光法のプレートを用いて電極ウェル中の試薬で標識された抗体を用いて、検体を検出することができる。有機起源の任意の分子を、炭素被覆したプレートにうまく共役させることができる。エキソソームの表面上に発現したタンパク質をこのアッセイから同定することができ、特異的な組織または腫瘍型に特異的に選択し、それらからのエキソソームを濃縮するための標的として使用することができる。
また、この結合物質は、新規のアプタマーであり得る。米国特許第５，２７０，１６３号に記載されるような、指数濃縮（ＳＥＬＥＸ）によるリガンドの系統的進化（Ｔｕｅｒｋ ＆ Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：５０５−５１０，１９９０、Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ ＆ Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ ３４６：８１８−８２２，１９９０）を用いて、標的に対するアプタマーを同定することができる。核酸のライブラリーを標的エキソソームと接触させることができ、標的に特異的に結合する核酸が、ライブラリーにおける標的に特異的に結合しない核酸の残りから解離される。解離した核酸を増幅し、リガンドが濃縮されたプールを得る。結合、解離、および増幅（すなわち、選択）の複数のサイクルにより、所望の活性を有する１つ以上のアプタマーの同定をもたらす。エキソソームを単離するためのアプタマーを同定するための別の方法は、米国特許第６，３７６，１９号に記載されており、同特許は、ライブラリーにおける核酸の頻度を、化学的に合成したペプチドへの結合によって増加したり、減少させたりすることを説明する。米国特許公開第２００９０２６４５０８号に記載される、レーザーＳＥＬＥＸまたはｄｅＳＥＬＥＸ等の修正された方法も使用することができる。
マイクロ流体
エキソソームを単離するまたは同定するための方法は、マイクロ流体デバイスと組み合わせて使用することができる。マイクロ流体デバイスを用いて、本明細書に開示されるエキソソームを単離する方法を行うことができる。マイクロ流体デバイスは、「ラボチップ（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ）」システム、生物医学的なマイクロ電気機械システム（ｂｉｏＭＥＭ）、または多構成の集積システムとも称され得、エキソソームを単離し、分析するために使用することができる。かかるシステムは、エキソソームの結合、エキソソームのバイオマーカーの検出を可能にするプロセス、および他のプロセスを小型化し、分画化する。
マイクロ流体デバイスはまた、サイズ分別または親和性選択を通してエキソソームを単離するために使用することもできる。例えば、マイクロ流体デバイスは、サイズに基づいて、または生体試料からエキソソームを単離するための１つ以上の結合物質を用いることによって、生体試料からエキソソームを単離するための１つ以上のチャネルを使用することができる。１つ以上のマイクロ流体デバイスに生体試料を導入することができ、これにより、エキソソームの通過を選択的に可能にする。選択は、エキソソームの特性、例えば、サイズ、形状、変形能、バイオマーカープロファイル、またはバイオシグネチャーに基づくものであり得る。
代替として、非均質のエキソソームの集団をマイクロ流体デバイスに導入することができ、１つ以上の異なる均質のエキソソームの集団を得ることができる。例えば、異なるチャネルは、異なるエキソソーム集団を選択するために、異なるサイズ選択または結合物質を有し得る。故に、マイクロ流体デバイスは、複数個のエキソソームを単離することができ、該複数個のエキソソームの少なくとも１個のサブセットは、該複数個のエキソソームの別のサブセットとは異なるバイオシグネチャーを含む。例えば、該マイクロ流体デバイスは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個の異なるエキソソームのサブセットを単離することができ、エキソソームのそれぞれのサブセットは、異なるバイオシグネチャーを含む。
幾つかの実施形態において、該マイクロ流体デバイスは、エキソソームのさらなる濃縮または選択を可能にする１つ以上のチャネルを含むことができる。第１のチャネルの通過後、濃縮されたエキソソームの集団を第２のチャネルに導入でき、第２のチャネルに存在する結合物質等を通して、所望のエキソソーム集団の通過をさらに濃縮することが可能になる。
アレイベースのアッセイおよびビーズベースのアッセイを、マイクロ流体デバイスとともに使用することができる。例えば、該結合物質を、ビーズに結合させることができ、マイクロ流体デバイス中でビーズとエキソソームとの間の結合反応を行うことができる。また、マイクロ流体デバイスを用いて、多重化も行うことができる。異なる区画は、異なるエキソソームの集団に対して異なる結合物質を含むことができ、それぞれの集団は、異なる起始細胞に特異的なエキソソーム集団からのものであるか、またはそれぞれの集団は、異なるバイオシグネチャーを有する。マイクロ流体デバイス中でマイクロスフェアとエキソソームとの間のハイブリダイゼーション反応を行うことができ、該反応混合物を検出デバイスに送達することができる。二重または多重レーザー検出系等の検出デバイスは、マイクロ流体系の一部であり得、そのカラーコーディングによってそれぞれのビーズまたはマイクロスフェアを同定するためにレーザーを使用することができ、別のレーザーは、それぞれのビーズと関連するハイブリダイゼーション信号を検出することができる。
エキソソームに使用され得る、またはそれを用いて適用され得るマイクロ流体デバイスの例としては、米国特許第７，５９１，９３６号、同第７，５８１，４２９号、同第７，５７９，１３６号、同第７，５７５，７２２号、同第７，５６８，３９９号、同第７，５５２，７４１号、同第７，５４４，５０６号、同第７，５４１，５７８号、同第７，５１８，７２６号、同第７，４８８，５９６号、同第７，４８５，２１４号、同第７，４６７，９２８号、同第７，４５２，７１３号、同第７，４５２，５０９号、同第７，４４９，０９６号、同第７，４３１，８８７号、同第７，４２２，７２５号、同第７，４２２，６６９号、同第７，４１９，８２２号、同第７，４１９，６３９号、同第７，４１３，７０９号、同第７，４１１，１８４号、同第７，４０２，２２９号、同第７，３９０，４６３号、同第７，３８１，４７１号、同第７，３５７，８６４号、同第７，３５１，５９２号、同第７，３５１，３８０号、同第７，３３８，６３７号、同第７，３２９，３９１号、同第７，３２３，１４０号、同第７，２６１，８２４号、同第７，２５８，８３７号、同第７，２５３，００３号、同第７，２３８，３２４号、同第７，２３８，２５５号、同第７，２３３，８６５号、同第７，２２９，５３８号、同第７，２０１，８８１号、同第７，１９５，９８６号、同第７，１８９，５８１号、同第７，１８９，５８０号、同第７，１８９，３６８号、同第７，１４１，９７８号、同第７，１３８，０６２号、同第７，１３５，１４７号、同第７，１２５，７１１号、同第７，１１８，９１０号、および同第７，１１８，６６１号に記載されるものが挙げられるが、これらに限定されない。
起始細胞および疾患特異的なエキソソーム
本明細書に開示される結合物質を使用して、試料から非均質のエキソソームの集団を単離することができるか、または起始細胞に特異的なエキソソームまたは固有のバイオシグネチャーを有するエキソソーム等の均質のエキソソームの集団を単離もしくは同定することもできる。起始細胞に特異的なエキソソーム等の均質のエキソソームの集団を分析し、使用して、対象における表現型を特徴付けることができる。起始細胞に特異的なエキソソームは、固有の細胞型に由来するエキソソームであり、これは、特定の組織の細胞、目的の特定の腫瘍、または目的の罹患した組織からの細胞、循環する腫瘍細胞、または母体もしくは胎児起源の細胞を挙げることができるが、これらに限定されない。エキソソームは、腫瘍細胞もしくは肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞に由来し得る。単離されたエキソソームはまた、尿中のエキソソーム等の特定の試料型からのものであり得る。
起始細胞に特異的な１つ以上の結合物質を用いて、生体試料からの起始細胞に特異的なエキソソームを単離することができる。疾患もしくは病態の分析のためのエキソソームを、その疾患もしくは病態に対してバイオマーカーに特有の１つ以上の結合物質を用いて単離することができる。
上記のように、遠心分離法、クロマトグラフィー、もしくは濾過等を通し、起始細胞に特異的なエキソソームを単離する前に、エキソソームを濃縮して、起始細胞に特異的なエキソソームを単離する前に、非均質のエキソソームの集団を生じさせることができる。代替として、起始細胞エキソソームを単離する前に、該エキソソームは濃縮されていない、または該生体試料はエキソソームが濃縮されていない。
図６１は、起始細胞に特異的なエキソソームを単離または同定するために、１つの方法１００を示す、フローチャートを示す。第１に、工程１０２において、対象から生体試料を得る。該試料は、第三者または分析を行う同一の関係者から得られ得る。次に、工程１０４において、起始細胞に特異的なエキソソームを生体試料から単離する。次いで、工程１０６において、単離した起始細胞に特異的なエキソソームを分析し、工程１０８において、特定の表現型におけるバイオマーカーまたはバイオシグネチャーを同定する。該方法は、多くの表現型に対して使用され得る。幾つかの実施形態において、工程１０４の前に、エキソソームを濃縮するか、または生体試料から単離して、非均質のエキソソームの集団を生じる。例えば、非均質のエキソソームの集団は、特異的な細胞型に由来するエキソソーム、または起始細胞に特異的なエキソソームを単離または同定するために特異的な１つ以上の結合物質を使用する前に、遠心分離法、クロマトグラフィー、濾過、または上記の他の方法を用いて、単離され得る。
起始細胞に特異的なエキソソームは、起始細胞に特異的なエキソソームに対して高特異性で結合する１つ以上の結合物質を採用することによって、対象の生体試料から単離することができる。幾つかの例において、単一の結合物質を採用して、起始細胞に特異的なエキソソームを単離することができる。他の例において、結合物質の組み合わせを採用して、起始細胞に特異的なエキソソームを単離し得る。例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００種の異なる結合物質を使用して、起始細胞のエキソソームを単離し得る。したがって、エキソソーム集団（例えば、同一の結合物質プロファイルを有するエキソソーム）は、単一または複数個の結合物質を利用することによって同定することができる。
１つ以上の結合物質は、起始細胞、腫瘍、または疾患に固有の標的抗原に対するそれらの特異性に基づいて、選択することができる。起始細胞に特異的なエキソソーム、疾患に固有のエキソソーム、または腫瘍に固有のエキソソームを単離するために、単独で、または併用して使用され得る抗原の限定されない例を図１に示し、以下にも記載する。抗原は、結合物質に対して利用できる膜結合抗原であり得る。該抗原はまた、表現型に対するバイオマーカーであり得る。
乳癌
乳癌細胞に由来するエキソソームは、乳癌起源の細胞（例えば、腺または間質起源の細胞）と関連する抗原に固有の結合物質（例えば、抗体）を用いて単離することができる。乳癌細胞に由来するエキソソームは、ＢＣＡ−２２５、ｈｓｐ７０、ＭＡＲＴ１、ＥＲ、ＶＥＧＦＡ、クラスＩＩＩ ｂ−チューブリン、ＨＥＲ２／ｎｅｕ（Ｈｅｒ２＋ＢＣに対して）、ＧＰＲ３０、ＥｒｂＢ４（ＪＭ）アイソフォーム、ＭＰＲ８、ＭＩＳＩＩＲ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない抗原、または乳癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせを用いて単離することができる。
卵巣癌
卵巣癌細胞に由来するエキソソームは、ＣＡ１２５、ＶＥＧＦＲ２、ＨＥＲ２、ＭＩＳＩＩＲ、ＶＥＧＦＡ、ＣＤ２４、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、卵巣癌起源の細胞に特異的な抗原、または卵巣癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
肺癌
肺癌細胞に由来するエキソソームは、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＴＰＡ−Ｍ、ＴＰＳ、ＣＥＡ、ＳＣＣ−Ａｇ、ＸＡＧＥ−１ｂ、ＨＬＡクラス１、ＴＡ−ＭＵＣ１、ＫＲＡＳ、ｈＥＮＴ１、キニンＢ１受容体、キニンＢ２受容体、ＴＳＣ４０３、ＨＴＩ５６、ＤＣ−ＬＡＭＰ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、肺癌起源の細胞に特異的な抗原、または肺癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
結腸癌
結腸癌細胞に由来するエキソソームは、ＣＥＡ、ＭＵＣ２、ＧＰＡ３３、ＣＥＡＣＡＭ５、ＥＮＦＢ１、ＣＣＳＡ−３、ＣＣＳＡ−４、ＡＤＡＭ１０、ＣＤ４４、ＮＧ２、エフリンＢ１、プラコグロビン、ガレクチン４、ＲＡＣＫ１、テトラスパニン−８、ＦＡＳＬ、Ａ３３、ＣＥＡ、ＥＧＦＲ、ジペプチダーゼ１、ＰＴＥＮ、Ｎａ（＋）依存性グルコーストランスポーター、ＵＤＰグルクロノシルトランスフェラーゼ１Ａ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、結腸癌起源の細胞に特異的な抗原、または結腸癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
前立腺癌
前立腺癌細胞に由来するエキソソームは、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１０、ＰＳＭＡ、ＮＧＥＰ、Ｉｌ−７ＲＩ、ＣＳＣＲ４、ＣｙｓＬＴ１Ｒ、ＴＲＰＭ８、Ｋｖ１．３、ＴＲＰＶ６、ＴＲＰＭ８、ＰＳＧＲ、ＭＩＳＩＩＲ、ガレクチン−３、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、前立腺癌起源の細胞に特異的な抗原、または前立腺癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
脳癌
脳癌細胞に由来するエキソソームは、ＰＲＭＴ８、ＢＤＮＦ、ＥＧＦＲ、ＤＰＰＸ、Ｅｌｋ、Ｄｅｎｓｉｎ−１８０、ＢＡＩ２、ＢＡＩ３、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、脳癌起源の細胞に特異的な抗原、または脳癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
血液癌
血液悪性腫瘍細胞に由来するエキソソームは、ＣＤ４４、ＣＤ５８、ＣＤ３１、ＣＤ１１ａ、ＣＤ４９ｄ、ＧＡＲＰ、ＢＴＳ、Ｒａｆｔｌｉｎ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、血液悪性腫瘍起源の細胞に特異的な抗原、または血液悪性腫瘍細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
黒色腫
黒色腫細胞に由来するエキソソームは、ＤＵＳＰ１、ＴＹＲＰ１、ＳＩＬＶ、ＭＬＡＮＡ、ＭＣＡＭ、ＣＤ６３、Ａｌｉｘ、ｈｓｐ７０、メオシン、ｐ１２０カテニン、ＰＧＲＬ、シンタキシン結合タンパク質１＆２、カベオリン、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、黒色腫起源の細胞に特異的な抗原、または黒色腫細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
肝臓癌
肝細胞癌細胞に由来するエキソソームは、ＨＢｘＡｇ、ＨＢｓＡｇ、ＮＬＴ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、肝細胞癌起源の細胞に特異的な抗原、または肝細胞癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
子宮頸癌
子宮頸癌細胞に由来するエキソソームは、ＭＣＴ−１、ＭＣＴ−２、ＭＣＴ−４、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、子宮頸癌起源の細胞に特異的な抗原、または子宮頸癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
子宮内膜癌
子宮内膜癌細胞に由来するエキソソームは、αＶβ６インテグリン、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、子宮内膜癌起源の細胞に特異的な抗原、または子宮内膜癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
乾癬
乾癬を特徴付けるためにエキソソームは、ｆｌｔ−１、ＶＰＦ受容体、ｋｄｒ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、乾癬に固有の抗原、または乾癬に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
自己免疫疾患
自己免疫疾患を特徴付けるためにエキソソームは、Ｔｉｍ−２、このフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない、自己免疫疾患に固有の抗原、または自己免疫疾患に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
過敏性大腸疾患
過敏性大腸疾患（ＩＢＤ）または過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を特徴付けるためにエキソソームは、ＩＬ−１６、ＩＬ−１β、ＩＬ−１２、ＴＮＦ−α、インターフェロンγ、ＩＬ−６、ランテス（Ｒａｎｔｅｓ）、ＩＩ−１２、ＭＣＰ−１、５ＨＴ、これらのフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない、ＩＢＤもしくはＩＢＳに固有の抗原、またはＩＢＤもしくはＩＢＳに固有の抗原の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
糖尿病
膵臓細胞に由来するエキソソームは、ＩＬ−６、ＣＲＰ、ＲＢＰ４、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、膵臓起源の細胞に特異的な抗原、または膵臓細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
バレット食道
バレット食道を特徴付けるためにエキソソームは、ｐ５３、ＭＵＣ１、ＭＵＣ６、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、バレット食道に固有の抗原、またはバレット食道に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
線維筋痛
線維筋痛を特徴付けるためにエキソソームは、ネオプテリン、ｇｐ１３０、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、線維筋痛に固有の抗原、または線維筋痛に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
前立腺肥大症
良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）細胞に由来するエキソソームは、ＫＩＡ１、無傷フィブロネクチン、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、ＢＰＨ起源の細胞に特異的な抗原、またはＢＰＨ細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
多発性硬化症
多発性硬化症（ＭＳ）を特徴付けるためにエキソソームは、Ｂ７、Ｂ７−２、ＣＤ−９５（ｆａｓ）、Ａｐｏ−１／Ｆａｓ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、ＭＳに固有の抗原、またはＭＳに固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
パーキンソン病
パーキンソン病を特徴付けるためにエキソソームは、ＰＡＲＫ２、セルロプラスミン、ＶＤＢＰ、ｔａｕ、ＤＪ−１、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、パーキンソン病に固有の抗原、またはパーキンソン病に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
リウマチ性疾患
リウマチ性疾患を特徴付けるためにエキソソームは、シトルリン化フィブリンα鎖、ＣＤ５抗原様フィブリノーゲンフラグメントＤ、ＣＤ５抗原様フィブリノーゲンフラグメントＢ、ＴＮＦα、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、リウマチ性疾患に固有の抗原、またはリウマチ性疾患に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
アルツハイマー病
アルツハイマー病に罹患している患者の神経細胞に由来するエキソソームは、ＡＰＰ６９５、ＡＰＰ７５１もしくはＡＰＰ７７０、ＢＡＣＥ１、シスタチンＣ、アミロイドβ、Ｔ−ｔａｕ、補体因子Ｈ、もしくはα−２−マクログロブリン、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない抗原、またはアルツハイマー病に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いてさらに単離することができる。
頭頸部癌
頭頸部癌細胞に由来するエキソソームは、ＥＧＦＲ、ＥｐｈＢ４、もしくはエフリンＢ２、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、頭頸部癌起源の細胞に特異的な抗原、または頭頸部癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
消化管間質腫瘍
消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）細胞に由来するエキソソームは、ｃ−ｋｉｔ ＰＤＧＦＲＡ、ＮＨＥ−３、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、ＧＩＳＴ起源の細胞に特異的な抗原、またはＧＩＳＴ細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
腎細胞癌
腎細胞癌（ＲＣＣ）細胞に由来するエキソソームは、ｃ ＰＤＧＦＲＡ、ＶＥＧＦ、ＨＩＦ１α、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、ＲＣＣ起源の細胞に特異的な抗原、またはＲＣＣ細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
統合失調症
統合失調症を特徴付けるためにエキソソームは、ＡＴＰ５Ｂ、ＡＴＰ５Ｈ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ、ＤＮＭ１、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、統合失調症に固有の抗原、または統合失調症に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
末梢性神経因性疼痛
末梢性神経因性疼痛に罹患している患者の神経細胞に由来するエキソソームは、ＯＸ４２、ＥＤ９、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、末梢性神経因性疼痛に固有の抗原、または末梢性神経因性疼痛に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
慢性神経因性疼痛
慢性神経因性疼痛に罹患している患者の神経細胞に由来するエキソソームは、ケモカイン受容体（ＣＣＲ２／４）、このフラグメントが挙げられるが、これに限定されない、慢性神経因性疼痛に固有の抗原、または慢性神経因性疼痛に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
プリオン病
プリオン病に罹患している患者の細胞に由来するエキソソームは、ＰｒＰＳｃ、１４−３−３ζ、Ｓ−１００、ＡＱＰ４、これらのフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない、プリオン病に固有の抗原、またはプリオン病に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
脳卒中
脳卒中を特徴付けるためにエキソソームは、Ｓ−１００、神経特異的エノラーゼ、ＰＡＲＫ７、ＮＤＫＡ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＡｐｏＣ−ＩＩＩ、ＳＡＡ、もしくはＡＴ−ＩＩＩフラグメント、Ｌｐ−ＰＬＡ２、ｈｓ−ＣＲＰ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、脳卒中に固有の抗原、または脳卒中に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
心血管疾患
心血管疾患を特徴付けるためにエキソソームは、ＦＡＴＰ６、このフラグメントが挙げられるが、これに限定されない、心血管疾患に固有の抗原、または心血管疾患もしくは心臓細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
食道癌
食道癌細胞に由来するエキソソームは、ＣａＳＲ、このフラグメントが挙げられるが、これに限定されない、食道癌起源の細胞に特異的な抗原、または食道癌細胞に特異的な抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
結核
結核（ＴＢ）を特徴付けるためにエキソソームは、抗原６０、ＨＳＰ、リポアラビノマンナン、スルホリピド、アシル化トレハロースファミリーの抗原、ＤＡＴ、ＴＡＴ、トレハロース６，６−ジミコレート（コード因子）抗原、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、ＴＢに固有の抗原、またはＴＢに固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
ＨＩＶ
ＨＩＶを特徴付けるためにエキソソームは、ｇｐ４１、ｇｐ１２０、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、ＨＩＶに固有の抗原、またはＨＩＶに固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
自閉症
自閉症を特徴付けるためにエキソソームは、ＶＩＰ、ＰＡＣＡＰ、ＣＧＲＰ、ＮＴ３、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、自閉症に固有の抗原、または自閉症に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
喘息
喘息を特徴付けるためにエキソソームは、ＹＫＬ−４０、Ｓ−ニトロソチオール、ＳＳＣＡ２、ＰＡＩ、アンフィレブリン、ペリオスチン、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、喘息に固有の抗原、または喘息に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
狼瘡
狼瘡を特徴付けるためにエキソソームは、ＴＮＦＲ、このフラグメントが挙げられるが、これに限定されない、狼瘡に固有の抗原、または狼瘡に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
肝硬変
肝硬変を特徴付けるためにエキソソームは、ＮＬＴ、ＨＢｓＡｇ、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これに限定されない、肝硬変に固有の抗原、または肝硬変に固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
インフルエンザ
インフルエンザを特徴付けるためにエキソソームは、ヘマグルチニン、ニューロミニダーゼ（ｎｅｕｒｏｍｉｎｉｄａｓｅ）、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これに限定されない、インフルエンザに固有の抗原、またはインフルエンザに固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
不安定プラーク
不安定プラークを特徴付けるためにエキソソームは、αｖβ３インテグリン、ＭＭＰ９、これらのフラグメント、これらの任意の組み合わせが挙げられるが、これに限定されない、不安定プラークに固有の抗原、または不安定プラークに固有の抗原の任意の組み合わせに対する、抗体または任意の他の結合物質を用いて単離することができる。
起始細胞に特異的なエキソソームは、新規結合物質を用いて、上記の方法を用いて、単離され得る。さらになお、起始細胞に特異的なエキソソームはまた、かかるエキソソームの細胞結合パートナーまたは結合物質に基づく単離方法を用いて、生体試料から単離することもできる。かかる細胞結合パートナーとしては、１つ以上の固有のバイオマーカーが存在する場合、かかるエキソソームにのみ結合する、ペプチド、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡ、アプタマー、細胞、または血清付随タンパク質を挙げることができるが、これらに限定されない。単一の結合パートナーもしくは結合物質、または単独の適用または組み合わせた適用が起始細胞に特異的な単離をもたらす結合パートナーもしくは結合物質の組み合わせを用いて、起始細胞に特異的なエキソソームの単離を行うことができる。かかる結合物質の限定されない例を図２に提供する。例えば、乳癌を特徴付けるためのエキソソームは、エストロゲン、プロゲステロン、ハーセプチン（トラスツズマブ）、ＣＣＮＤ１、ＭＹＣ ＰＮＡ、ＩＧＦ−１ ＰＮＡ、ＭＹＣ ＰＮＡ、ＳＣ４アプタマー（Ｋｕ）、ＡＩＩ−７アプタマー（ＥＲＢ２）、ガレクチン−３、ムチン型Ｏ−グリカン、Ｌ−ＰＨＡ、ガレクチン９、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質を用いて単離することができる。
結合物質はまた、ｉ）起始細胞に特異的なエキソソーム細胞に特異的な抗原の存在、ｉｉ）起始細胞に特異的なエキソソームに特異的なマーカーの不在、またはｉｉｉ）起始細胞に特異的なエキソソームに特異的なバイオマーカーの発現レベルに基づいて、起始細胞に特異的なエキソソームを単離するために使用され得る。エキソソームの起始細胞の特徴を除外するまたは同定するように設計された特異的な結合物質で被覆された表面に非均質のエキソソームの集団を適用する。固体表面または基質上に抗体等の種々の結合物質を配列させることができ、十分な時間、非均質のエキソソームの集団を固体表面または基質に接触させて、相互作用を行う。次いで、アレイ表面または基質上のある抗体位置に対する特異的な結合または非結合は、ある起始細胞に特異的なエキソソーム集団の抗原に特異的な特徴を同定する役目を果たすことができる。
起始細胞に特異的なエキソソームは、上記の、磁気捕捉法、蛍光活性化細胞分類、またはレーザーサイトメトリー法を用いて、１つ以上の結合物質を用いて濃縮または単離することができる。磁気捕捉法としては、磁気活性化細胞分類（ＭＡＣＳ）のマイクロビーズまたは磁気カラムの使用を挙げることができるが、これらに限定されない。使用することができる免疫親和性および磁気粒子の方法は、米国特許第 ４，５５１，４３５号、同第４，７９５，６９８号、同第４，９２５，７８８号、同第５，１０８，９３３号、同第５，１８６，８２７号、同第５，２００，０８４号、または同第５，１５８，８７１号に記載されている。起始細胞に特異的なエキソソームはまた、米国特許第７，３９９，６３２号に記載の一般的方法に従って、エキソソームに特異的な抗原の組み合わせを用いることによって、単離することもできる。
また、生体試料について起始細胞に特異的なエキソソームを単離するか、そうでなければ濃縮するための任意の他の方法を、本発明と組み合わせて使用することができる。例えば、ゲル浸透カラム等のサイズ排除クロマトグラフィー、遠心分離法もしくは密度勾配遠心分離法、および濾過法は、本明細書に記載の抗原選択法と組み合わせて使用することができる。また、起始細胞に特異的なエキソソームは、Ｋｏｇａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２５：３７０３−３７０８（２００５）、Ｔａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，１１０：１３−２１（２００８）、Ｎａｎｊｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ，２０００；４６：２０７−２２３、または米国特許第７，２３２，６５３号に記載の方法に従って単離され得る。
エキソソームの評価
対象からの生体試料を分析し、該試料中のエキソソームの１つ以上の集団のレベル、量、もしくは濃度を決定することによって、対象に対する表現型を特徴付けることができる。エキソソームの量を決定する前に、エキソソームを精製または濃縮することができる。代替として、事前に精製または濃縮することなく、試料からエキソソームの量を直接アッセイすることができる。エキソソームは、起始細胞に特異的なエキソソーム、または特定のバイオマーカーまたはバイオマーカーの組み合わせを有するエキソソームであり得る。疾患の診断、テラノーシス、または予後等の表現型を特徴付けるために、エキソソームの量を使用することができる。妊娠または妊娠の段階等の生理学的または生物学的状態を決定するために、該量を使用してもよい。また、治療効果、疾患もしくは病態の段階、または疾患もしくは病態の進行を決定するために、エキソソームの量を使用することもできる。例えば、エキソソームの量は、疾患の病期または進行の増加に比例し得る。
エキソソームのレベルをエキソソームの参照レベルまたは値と比較することによって該エキソソームを評価することができる。参照値は、物理的または時間的エンドポイントに対して特有であり得る。例えば、該参照値は、エキソソームに対して試料を評価する同一の対象からのものであり得るか、または該参照値は、試料（例えば、疾患の症状を示さない正常な対象からの試料）の典型的な集団からのものであり得る。したがって、参照値は、所与の試料中にアッセイされる１つ以上のエキソソーム集団に対する対象試料の読み出しと比較される閾値の測定を提供することができる。年齢（例えば、新生児、幼児、青年、若者、中年成人、高齢者、および種々の年齢の成人）、人種／民族集団、正常対罹患対象、喫煙者対禁煙者、治療を受けている対象対治療を受けていない対象、同様の診断もしくは治療されている、またはこれらの組み合わせの特定の個人もしくは対象群における異なる治療の時点が挙げられるが、これらに限定されない、特定のコホートに対応する試料群からプールされるデータに従って、かかる参照値は、設定され得る。
参照値は、個人化した追跡を提供するために同一の対象から評価した試料に基づくものであり得る。患者の頻繁な試験は、特定の患者に対して以前構築された参照値に対してより良好な比較を提供し得、医師は、患者の疾患の段階もしくは進行をより正確に評価し、より良好な治療法の決定の情報を与えることが可能であり得る。エキソソームレベルの個人内変動の低下により、さらに特定かつ個別化された閾値を患者に対して定義することが可能である。一時的な被験者内変動は、各個人が疾患もしくは生理的状態の最適分析のための経時対照としての役割を果たすことを可能にする。
参照値は、非罹患者において、エキソソームの量を決定することによって、特定の表現型がない、（種々の年齢、民族的背景および性別の）非罹患者に対して構築され得る。例えば、参照集団の参照値は、試験対象において、１つ以上のエキソソーム集団の検出のための基線値として利用することができる。対象からの試料は、参照と同様のレベルもしくは値を有する場合、対象は、疾患に罹患していない、または疾患を発症する可能性が低いことが確認され得る。
代替として、参照値またはレベルは、表現型を有する個人において、１つ以上のエキソソーム集団の量を決定することによって、特定の表現型を有する個人に対して構築することができる。加えて、特定の表現型に対して、値の指標を作成することができる。例えば、異なる疾患の病期は、異なる疾患の病期にある個人から得られるもののような、異なる値を有し得る。対象の値は、指標と比較することができ、疾患の段階または進行等の疾患の診断または予後を決定することができる。他の実施形態において、値の指標は、治療効果に対して作成される。例えば、特定の疾患に罹患している個人のエキソソームのレベルを生じ、どんな治療が個人に有効であるかを指摘することができる。これらのレベルを使用して、対象の値が比較される値を生成することができ、治療または治療法を個人に対して選択することができる。
例えば、特定の癌に対して特異的に標的する抗原を用いてエキソソームを単離することによって、特定の癌に罹患していない個人に対する参照値を決定することができる。例えば、結腸直腸癌および非癌性のポリープの種々の段階を有する個人は、非罹患者について記載される同一の技法を用いて調査することができ、各群の循環エキソソームのレベルは、三重に行われた少なくとも２つの別個の実験からの平均値±標準偏差として定義される。これらの群間の比較は、各集団を比較する、一元配置分散分析（ｏｎｅ−ｗａｙ ＡＮＯＶＡ）、続いて、Ｔｕｋｅｙの多重比較事後検定（Ｔｕｋｅｙ’ｓ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ ｐｏｓｔ−ｔｅｓｔ）を用いてなされ得る。
また、疾患の再発のモニタリング（またはＭＳにおける再燃相）に対して、または治療反応のモニタリングに対して、参照値を構築することもできる。
これらの値は、定量的または定性的値であり得る。これらの値は、エキソソームのレベルの直接的測定値（例えば、体積当たりの質量）、または特定のエキソソームのマーカーの量等の間接的測定値であり得る。これらの値は、数値等の定量的であり得る。他の実施形態において、これらの値は、エキソソームなし、低レベルのエキソソーム、中度のレベルもしくは高レベルのエキソソーム、またはこれらの変動等の定性的である。
これらの参照値は、データベースに格納し、エキソソームの全量、または起始細胞に特異的なエキソソームもしくは１つ以上の固有のバイオマーカーを有するエキソソーム等の特定のエキソソーム集団の量等のエキソソームのレベルもしくは量に基づく、疾患もしくは病態の診断、予後診断、または治療における参照値として使用することができる。
エキソソームレベルは、質量分析またはフローサイトメトリーを用いて特徴付けられ得る。また、当該技術分野において公知の手順に従って、免疫細胞化学的染色、ウエスタンブロット法、電気泳動法、クロマトグラフィー、またはＸ線結晶学によって、分析は、エキソソーム上で実行され得る。エキソソームは、特徴付けられ、Ｃｌａｙｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２００１；１６３−１７４（参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、フローサイトメトリーを用いて定量的に分析され得る。エキソソームレベルは、上記の結合物質を用いて決定され得る。例えば、エキソソームに対する結合物質を、標識し、該標識を検出し、試料中のエキソソームの量を決定するために使用することができる。該結合物質は、上記の、アレイまたは粒子等の基質に結合することができる。代替として、該エキソソームを直接標識し得る。
また、電気泳動タグまたはｅタグは、エキソソームの量を決定するために使用することもできる。ｅタグは、核酸または抗体と結合している小蛍光分子であり、１つの特定の核酸配列またはタンパク質のそれぞれに結合するように設計される。ｅタグがその標的に結合した後、結合したｅタグを該標的から切断するために、酵素が使用される。「レポーター」と呼ばれる、放出したｅタグから生成された信号は、試料中の標的核酸またはタンパク質の量に比例する。ｅタグレポーターは、キャピラリー電気泳動法によって同定することができる。各ｅタグレポーター固有の電荷質量比（すなわち、その電荷をその分子量で割ったもの）は、キャピラリー電気泳動法の読み出しにおいて特定のピークとして現れる。故に、ｅタグを有するエキソソームの特異的なバイオマーカーを標的することによって、エキソソームの量またはレベルを決定することができる。
エキソソームレベルは、試料中のエキソソームの全集団等の非均質のエキソソームの集団から決定することができる。代替として、該エキソソームレベルは、前立腺癌細胞からのエキソソーム等の特異的な起始細胞エキソソームのレベル等の均質の集団、または実質的に均質のエキソソームの集団から決定される。さらに他の実施形態において、該レベルは、前立腺癌に固有のバイオマーカー等の特定のバイオマーカーまたはバイオマーカーの組み合わせを用いてエキソソームに対して決定される。該バイオマーカーまたは該エキソソームのバイオマーカーの組み合わせの決定と組み合わせて、エキソソームのレベルの決定を行うことができる。代替として、該バイオマーカーまたは該エキソソームのバイオマーカーの組み合わせを決定する前、または後で、エキソソームの量の決定を行うことができる。
エキソソームの量の決定は、多重化手段において、アッセイされ得る。例えば、本明細書に開示されるもの等の異なる起始細胞に特異的なエキソソームまたは異なるバイオマーカーもしくはバイオマーカーの組み合わせを有するエキソソーム等の２つ以上のエキソソームの集団の量の決定を行うことができる。
特異度および感度
本明細書に開示される１つ以上のプロセスを用いて決定した、エキソソームのレベルを使用して、増加した感度および特異度で表現型を特徴付けることができる。感度は、（真陽性の数）／（真陽性の数＋偽陰性の数）によって決定することができる。特異度は、（真陰性の数）／（真陰性の数＋偽陽性の数）によって決定することができる。
本明細書に開示される１つ以上のプロセスを用いて決定した、エキソソームのレベルを使用して、少なくとも６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、もしくは７０％の感度、少なくとも７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、もしくは８７％の感度で、表現型を特徴付けることができる。例えば、少なくとも８７．１、８７．２、８７．３、８７．４、８７．５、８７．６、８７．７、８７．８、８７．９、８８．０、もしくは８９％の感度、少なくとも９０％の感度で、表現型を特徴付けることができる。少なくとも９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の感度、表現型を特徴付けることができる。
また、少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、もしくは９７％の特異度、少なくとも９７．１、９７．２、９７．３、９７．４、９７．５、９７．６、９７．７、９７．８、９７．８、９７．９、９８．０、９８．１、９８．２、９８．３、９８．４、９８．５、９８．６、９８．７、９８．８、９８．９、９９．０、９９．１、９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９、もしくは１００％の特異度で、対象の表現型を特徴付けることもできる。
また、少なくとも７０％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも７５％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８６％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８７％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８８％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９０％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；または少なくとも１００％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度で、表現型を特徴付けることもできる。
さらになお、特異度、感度、または両方を決定することにおける信頼度のレベルは、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の信頼度を有し得る。
バイオシグネチャー
対象からのエキソソームのバイオシグネチャーを、表現型を特徴付けるために使用することができる。バイオシグネチャーは、エキソソーム上に存在する特定の抗原またはバイオマーカーを反映し得る。加えて、バイオシグネチャーはまた、エキソソームに運び込まれる１つ以上のバイオマーカーを反映し得る。代替として、バイオシグネチャーは、エキソソームにおいて検出される１つ以上のバイオマーカーを有するエキソソーム上に存在する１つ以上の抗原またはバイオマーカーの組み合わせを含むことができる。
エキソソームのバイオシグネチャーを決定する前に、エキソソームを精製または濃縮することができる。代替として、事前に精製または濃縮することなく、試料からエキソソームのバイオシグネチャーを直接アッセイすることができる。また、アッセイする前に、エキソソームを単離することもできる。例えば、起始細胞に特異的なエキソソームを単離し、そのバイオシグネチャーを決定することができる。該バイオシグネチャーは、疾患もしくは病態の診断、予後診断、または治療を決定するために使用する。したがって、バイオシグネチャーはまた、治療効果、疾患もしくは病態の段階、または疾患もしくは病態の進行を決定するために使用することもできる。さらになお、バイオシグネチャーは、妊娠等の生理的状態を決定するために、使用され得る。
バイオシグネチャーを決定するために、それ自体の中およびそれ自体のエキソソームの特徴を評価することができる。疾患の病期もしくは進行、または疾患もしくは病態の治療との関連を診断、検出、もしくは決定するために、または生理的状態を特徴付けるために、該エキソソームの特徴を使用することができる。エキソソームの特徴としては、エキソソームのレベルもしくは量、エキソソームの半減期における変動の時間的評価、循環するエキソソームの半減期もしくはエキソソームの代謝半減期、またはエキソソームに活性を挙げることができるが、これらに限定されない。
加えて、バイオシグネチャーはまた、１つ以上のバイオマーカーの発現レベル、存在、不在、突然変異体、変異体、コピー数多型（ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｔｉｏｎ）、切断、複製、修飾、または分子会合に対応することもできる。バイオマーカーは、任意のエキソソームの成分であり得、それ自体のシグネチャーを形成することができる。例えば、該バイオマーカーは、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、またはこれらの組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のＲＮＡ種を含むような、エキソソームのＲＮＡ含有量であり得る。したがって、ＲＮＡシグネチャーを決定するために、エキソソームをアッセイすることができる。
他のバイオマーカーとしては、１つ以上のタンパク質もしくはペプチド（例えば、タンパク質シグネチャーの場合）、核酸（例えば、上記のＲＮＡシグネチャー、もしくはＤＮＡシグネチャー）、脂質（例えば、脂質シグネチャー）、またはこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。幾つかの実施形態において、該バイオシグネチャーはまた、エキソソーム中に存在する薬物または薬物代謝産物の型もしくは量（例えば、薬物シグネチャー）を含むことができ、したがって、かかる薬物は、生体試料を得る対象によって摂取され、かかる薬物、もしくはかかる薬物の代謝産物を保有するエキソソームをもたらし得る。
ＲＮＡシグネチャーまたはＤＮＡシグネチャーはまた、エキソソーム中に存在するＲＮＡまたはＤＮＡの突然変異体、後成的修飾、または遺伝的変異の分析を含むこともできる。加えて、タンパク質シグネチャーとしては、突然変異体、修飾、過剰発現、過小発現、抗原の存在もしくは不在、ペプチド、タンパク質、またはこれらの組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
エキソソームのバイオシグネチャーは、ｍＲＮＡシグネチャー、ＤＮＡシグネチャー、タンパク質シグネチャー、ペプチドシグネチャー、抗原シグネチャー、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上のさらなるシグネチャーと組み合わせた１つ以上のｍｉＲＮＡシグネチャーを含むことができる。例えば、該バイオシグネチャーは、１つ以上のＤＮＡバイオマーカー、１つ以上のｍＲＮＡバイオマーカー、１つ以上のｓｎｏＲＮＡバイオマーカー、１つ以上のタンパク質バイオマーカー、１つ以上のペプチドバイオマーカー、１つ以上の抗原バイオマーカー、１つ以上の抗原バイオマーカー、１つ以上の脂質バイオマーカー、またはこれらの任意の組み合わせを有する１つ以上のｍｉＲＮＡバイオマーカーを含むことができる。
バイオシグネチャーは、図１および２のそれぞれに列記されるような、１つ以上の抗原または結合物質の組み合わせ（１つ以上の結合物質に結合する能力等）を含むことができる。該バイオシグネチャーは、ｍｉＲＮＡ、ＤＮＡ（例えば、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、もしくは非コードＤＮＡ）、またはｍＲＮＡ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の他のバイオマーカーをさらに含むことができる。例えば、エキソソームのバイオシグネチャーは、図１に示される、１つ以上の抗原、図２に示される、１つ以上の結合物質、および図３〜６０に列記されるような、病態もしくは疾患に対する１つ以上のバイオマーカーの組み合わせを含むことができる。該バイオシグネチャーは、１つ以上のバイオマーカー、例えば、癌細胞に特異的な１つ以上の抗原を有するｍｉＲＮＡ（例えば、図１に示される）を含むことができる。
エキソソームは、起始細胞に特異的なバイオシグネチャーを有することができ、したがって、起始細胞を表す、疾患特異的な、または生物学的状態に特異的な診断、予後診断、または治療関連バイオシグネチャーを得るように利用することができる。エキソソームはまた、起始細胞のバイオシグネチャーとは異なり得るが、同様に、診断、予後診断、病期診断、治療関連の決定または生理的状態の特徴付けにおいて重要であり得る、ある疾患または生理的状態に特異的なバイオシグネチャーも有し得る。
本明細書に記載される、起始細胞に特異的なエキソソーム等のエキソソームのバイオシグネチャーは、治療的介入、疾患の病期診断、疾患のモニタリング、および疾患の層別化等の診断基準、ならびに疾患の検出、転移もしくは再発もしくは進行の監視を含む、治療のモダリティを考慮する決定を行う際に、臨床的に使用することができる。単離した起始細胞に特異的なエキソソーム等のエキソソームのバイオシグネチャーは、手術を行うべきかどうか、またはどのような治療基準が手術（例えば、術前もしくは術後のいずれか）に伴って使用されるべきかを含む治療法の決定を行うために臨床的にさらに使用することができる。
また、治療関連の診断において、エキソソームバイオシグネチャーを使用して、疾患を診断する、または正しい処置計画を選択し、対象の反応を観察するのに有用な試験を提供することもできる。治療関連の試験は、個々の対象における薬物反応を予測し、評価する、すなわち、個別の医薬を提供するのに有用である。治療関連の試験はまた、治療が特に有効である可能性がある治療用の対象を選択するか、または個々の対象において、治療効果の早期および客観的指標を提供するのに有効である。例えば、有効な治療を遅延するという多大な損失、および効果がない薬物を投与する多大な経済的な費用を必要とせず、治療を変更することができる。
治療関連の診断学はまた、臨床診断、ならびに心血管疾患、癌、感染症、敗血症、神経系の疾患、中枢神経系関連の疾患、血管内関連の疾患、および自己免疫関連の疾患、または薬物毒性、薬物耐性、もしくは薬物反応の予測が挙げられるが、これらに限定されない、種々の疾患および障害の管理に有用である。治療関連の試験は、例えば、免疫組織化学的試験、臨床化学、イムノアッセイ、細胞ベースの技法、核酸試験、もしくは全身イメージング法が挙げられるが、これらに限定されない、任意の好適な診断試験形式において開発され得る。治療関連の試験は、治療の決定を補助する試験、治療毒性に対して監視する試験、または治療試験に対する反応をさらに挙げることができるが、これらに限定されない。例えば、バイオシグネチャーは、特定の疾患もしくは病態が薬物に耐性であるかどうかを決定することができ、したがって、医師は、無計画な処置で貴重な時間を無駄にしなくてよい。むしろ、薬物選択または処置計画の早期確認を得るために、対象から得られたエキソソームに対するバイオシグネチャーを決定し、次いで、特定の対象の疾患が薬物耐性と関連するバイオマーカーを有するかどうかを決定する。したがって、このような決定により、有効な治療のために医師は主要な時間を費やし、患者は財源を費やすことが可能になる。
さらに、エキソソームのバイオシグネチャーを使用して、対象が、疾患で苦しんでいるかどうか、疾患を発症するリスクがあるかどうかを評価する、または疾患の病期または進行を評価することができる。例えば、バイオシグネチャーを使用して、対象が、前立腺癌（例えば、図６８、７３）または結腸癌（例えば、図６９、７４）を有するかどうかを評価することができる。さらに、バイオシグネチャーを使用して、結腸癌（例えば、図７１、７２）等の疾患もしくは病態の病期を評価することができる。
さらになお、非均質のエキソソームの集団等のエキソソームの量、および同じバイオシグネチャーを有するエキソソームの集団等の１つ以上の均質のエキソソームの集団の決定を使用して、表現型を特徴付けることができる。例えば、試料中のエキソソームの総量（すなわち、特異的な細胞型ではない）の決定、および１つ以上の異なる起始細胞に特異的なエキソソーム（起始細胞に特異的なエキソソーム等）の存在の決定を使用して、表現型を特徴付けることができる。閾値、または参照値もしくは量は、正常な対象と目的の表現型を有する対象との比較に基づいて決定することができ、以下にさらに記載されるような、閾値または参照値に基づく基準を決定することができる。異なる基準を使用して、表現型を特徴付けることができる。
例えば、１つの判定基準は、試料中の非均質のエキソソームの集団の量に基づくことができる。その量が、閾値または参照値よりも低い場合、その判定基準を満たす。代替として、その判定基準は、エキソソームの量が、閾値または参照値よりも高いかどうかに基づき得る。別の判定基準は、特異的なバイオシグネチャーまたはバイオマーカーを有するエキソソームの量であり得る。特異的なバイオシグネチャーまたはバイオマーカーを有するエキソソームの量が、閾値または参照値よりも低いまたは高い場合、その判定基準を満たす。また、その判定基準は、特定の細胞型に由来するエキソソームの量に基づき得る。その量が、閾値または参照値よりも低い、または高い場合、その判定基準を満たす。別の判定基準は、エキソソームの量が、癌細胞に由来する、または１つ以上の癌に固有のバイオマーカーを含むかどうかに基づくものでもあり得る。その量が、閾値または参照値よりも低い、または高い場合、その判定基準を満たす。また、判定基準は、品質管理基準または価値を満たすような、結果の信頼性でもあり得る。
少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の基準に合うことに基づく、対象に対する表現型を特徴付けることができる。例えば、癌の特徴付けのために、以下の多くの異なる判定基準を使用することができる。１）対象からの試料中のエキソソームの量が、参照値よりも高い場合、２）細胞型（すなわち、特異的な組織または臓器に由来する）に特異的なエキソソームの量が、参照値よりも高い場合、および３）１つ以上の癌に固有のバイオマーカーを有するエキソソームの量が、参照値よりも高い場合、該対象は、癌であると診断される。この方法には、品質管理基準をさらに含むことができ、したがって、これらの試料が、品質管理基準を満たす場合、対象に対してこれらの結果を提供する。
エキソソームの量、エキソソームの構造、（透過電子顕微鏡法（例えば、Ｈａｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｃｈａｎｉｃｓ ３１，Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ １：１３４−１３４（１）（１９９８）を参照のこと）、または走査電子顕微鏡法を用いて）、または任意の他のエキソソームの特徴を比較することによって、バイオシグネチャーを決定することができる。１つ以上のエキソソームを解析するための方法および技法の種々の組み合わせを使用して、対象に対する表現型を決定することができる。
エキソソームの特徴としては、バイオマーカーの存在もしくは不在、コピー数、発現レベル、または活性レベルを挙げることができるが、これらに限定されない。突然変異（例えば、置換、欠失、もしくは挿入突然変異等のバイオマーカーの活性に影響を及ぼす突然変異）の存在、変異体、またはタンパク質バイオマーカー等のバイオマーカーの翻訳後修飾としては、アシル化、アセチル化、リン酸化反応、ユビキチン化、脱アセチル化、アルキル化、メチル化、アミド化、ビオチン化、ガンマカルボキシル化、グルタミル化、グリコシル化、グリシル化、ヒドロキシル化、ヘム部分の結合、ヨウ素化、イソプレニル化、リポイル化、プレニル化、ＧＰＩアンカー形成、ミリストイル化、ファルネシル化、ゲラニルゲラニル化、ヌクレオチドもしくはその誘導体の共有結合、ＡＤＰ−リボシル化、フラビン付加、酸化、パルミトイル化、ＰＥＧ化、ホスファチジルイノシトールの共有結合、ホスホパンテテイニル化、ポリシアル化、ピログルタミン酸の形成、プロリルイソメラーゼによるプロリンのラセミ化、ｔＲＮＡ媒介のアミノ酸付加、例えばアルギニル化、硫酸化、およびチロシンへの硫酸基付加を挙げることができるが、これらに限定されず、またはバイオマーカーのセレノイル化もエキソソームの特徴であり得る。
上記の方法を使用して、疾患、病態、または生理的状態と関連するエキソソームのバイオシグネチャーを同定することができる。
また、このバイオシグネチャーを利用して、対象が癌に苦しんでいるかどうか、または癌を発症しているリスクがあるかどうかを決定することができる。癌を発症しているリスクがある対象には、かかりやすい傾向がある者、または兆候が現れる前の早期疾患がある者を含み得る。
また、バイオシグネチャーを利用して、自己免疫疾患、炎症性腸疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、多発性硬化症、敗血症、もしくは膵臓炎が挙げられるが、これらに限定されない、他の疾患、または図３〜５８に列記される、任意の疾患、病態、もしくは症状に対する診断またはセラノスティック（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃ）の決定を提供することができる。
また、このバイオシグネチャーを使用して、末梢血、臍帯血、または羊水からのある妊娠状態（例えば、ダウン症候群に固有のｍｉＲＮＡシグネチャー）、または子癇前症、早産、早期破水、子宮内発育遅延、もしくは再発妊娠損失等の異常な妊娠結果を同定することができる。また、このバイオシグネチャーを使用して、母親、全ての発育段階での胎児、着床前の胚、または新生児の健康を示すこともできる。
兆候が現れる前の診断のためにバイオシグネチャーを利用することができる。さらになお、このバイオシグネチャーを利用して、疾患を検出する、疾患の病期もしくは進行を決定する、疾患の再発を決定する、治療プロトコルを同定する、または年齢および環境暴露に関連する個人の生理学的状態を評価することができる。
また、エキソソームのバイオシグネチャーのモニタリングを使用して、早期暴露もしくは未知もしくは未確認の毒剤への暴露の状況が挙げられるが、これらに限定されない、対象における毒性暴露を同定することもできる。作用機序に対していかなる１つの特定の理論に拘束されることなく、エキソソームは、損傷した細胞から、ならびに膜成分および囲まれた細胞質の含有物の両方を含む細胞の特異的な含有物を区分化するプロセスにおいて、流出する。毒剤／化学物質に暴露される細胞は、毒剤またはこれらの代謝産物を放出するためにエキソソームの流出を増加させ得、ひいては、エキソソームレベルの増加をもたらす。故に、エキソソームおよび／またはバイオシグネチャーは、潜在的な毒剤に対する個人の反応の評価を可能にする。
さらになお、エキソソームを使用して、１つ以上の特異的な抗原、結合物質、バイオマーカー、またはエキソソームのこれらの任意の組み合わせを検出することによって、薬物によって誘発される毒性または損傷した臓器の状態を同定することができる。したがって、エキソソームまたはエキソソームのバイオシグネチャーを使用して、天然に存在するあるいは本来は合成するいずれかの、薬物、抗生物質、工業用薬品、毒性がある抗生物質の代謝産物、ハーブ、家庭用薬品、および他の生物によって産生される薬品が挙げられるが、これらに限定されない、任意の数の毒剤に急性、慢性、または職業暴露に対する個人を監視することができる。
加えて、エキソソームのバイオシグネチャーを使用して、原発不明癌（ＣＵＰ）としても知られている、未知の起源の癌を含む、病態または疾患を同定することができる。例えば、前述に記載されるように、生体試料からエキソソームを単離して、非均質のエキソソームの集団に達することができる。次いで、ある起始細胞に特異的なエキソソーム集団の抗原に特異的な特徴を除外するか同定するように設計された特異的な結合物質で被覆された表面に、非均質のエキソソームの集団を適用することができる。さらに、上記のように、起始細胞に特異的なエキソソームのバイオシグネチャーは、細胞の癌性状態と相関することができる。対象において癌を阻害する化合物は、変化、例えば、起始細胞に特異的なエキソソームのバイオシグネチャーの変化を生じ得、長時間にわたる起始細胞エキソソームの連続単離、および治療経過によって監視することができる。
代替として、エキソソームのバイオシグネチャーを使用して、治療法、例えば、化学療法、放射線療法、手術、または対象における癌を阻害するために有用な任意の他の治療的なアプローチの有効性を評価することができる。加えて、起始細胞に特異的なエキソソームのバイオシグネチャーに調節作用を有する、候補もしくは試験化合物または薬剤（例えば、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣薬、ペプトイド、小分子、もしくは他の薬物）を同定するためのスクリーニングアッセイにおいて、エキソソームのバイオシグネチャーを使用することができる。このようなスクリーニングアッセイを介して同定された化合物は、例えば、病態もしくは疾患を調節するため、例えば、病態もしくは疾患を阻害する、改善する、治療する、または予防するために有用であり得る。
例えば、特定の癌に対して成功的治療を受けている患者からエキソソームに対するバイオシグネチャーを得ることができる。同じ薬物で治療されていない癌患者からの細胞を培養し、バイオシグネチャーを決定するために培養物からのエキソソームを得ることができる。これらの細胞は、試験化合物で処理され得、培養物からのエキソソームのバイオシグネチャーは、成功的治療を受けている患者から得られたエキソソームのバイオシグネチャーと比較することができる。成功的治療を受けている患者のエキソソームのバイオシグネチャーと類似したエキソソームのバイオシグネチャーをもたらす試験化合物をさらなる研究のために選択することができる。
また、起始細胞に特異的なエキソソームのバイオシグネチャーを使用して、臨床試験のバイオシグネチャーにおける薬剤（例えば、薬物化合物）の影響を監視することもできる。また、癌細胞を阻害するための試験化合物等の試験化合物の有効性を評価する方法において、エキソソームバイオシグネチャーのモニタリングを使用することもできる。
また、エキソソームのバイオシグネチャーを使用して、特定の治療的介入（薬学的または非薬学的）の効果を決定する、および１）有害結果を発生するリスクを低減する、２）介入の効果を増強する、または３）耐性状態を同定するように介入を変更することもできる。故に、疾患、病態、もしくは症候群の存在、またはこれらを発生するリスクを診断または確認することに加えて、本明細書に開示される方法および組成物はまた、このような疾患、病態、もしくは症候群を持つ対象の治療を最適化するためのシステムも提供する。例えば、エキソソームのバイオシグネチャーを同定することによって、診断学および治療学を統合して、対象のリアルタイム処置を改善することによる疾患、病態、もしくは症候群を処置するための治療関連のアプローチを決定することができる。
エキソソームバイオシグネチャーを同定する試験を使用して、治療計画を最適化するために、どの患者が特定の治療に最も適しているかを特定し、薬物がどれくらい良好に作用しているかについてのフィードバックを提供することができる。例えば、妊娠によって誘発された高血圧症および関連した病態において、治療関連の診断学は、処置を最適化するために、長い時間をかけて、重要なパラメーター（例えば、サイトカインおよび／または増殖因子レベル）における変化を柔軟に監視することができる。
ＦＤＡ、ＭＤＡ、ＥＭＡ、ＵＳＤＡ、およびＥＭＥＡによって定義されるような、治験中の薬剤の臨床試験の設定内において、本明細書に開示されるバイオシグネチャーによって決定されるような、治療関連の診断は、試験設計を最適化し、有効性を監視し、薬物安全性を向上させるための重要な情報を提供することができる。例えば、試験設計については、患者の階層化、患者の適格性（包含／排除）の決定、均質の処置群の作成、および対応症例対照コホートに対して最適化される患者の試料の選択のために、治療関連の診断を使用することができる。したがって、このような治療関連の診断学は、患者の有効性の強化のための手段を提供することができ、それによって、試験の募集に必要とされる個体の数を最小化することができる。例えば、有効性については、治療関連の診断学は、治療を監視し、有効性の判定基準を評価するのに有用である。代替として、安全性については、治療関連の診断学を使用して、医薬品副作用を阻止するか、または投薬ミスを回避し、治療計画の順守を監視することができる。
したがって、エキソソームのバイオシグネチャーを使用して、薬物の有効性を監視し、ある薬物に対する反応または耐性を決定し、それによって、薬物安全性を向上させることができる。例えば、結腸癌において、エキソソームは、一般的に、結腸癌細胞から流出し、末梢血から単離し、１つ以上のバイオマーカー（例えば、ＫＲＡＳ ｍＲＮＡ）を単離するために使用することができる。ｍＲＮＡバイオマーカーの場合、ｍＲＮＡを、ｃＤＮＡに逆転写し、配列決定し（例えば、サンガー配列決定法（Ｓａｎｇｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）によって）、薬物（例えば、セツキシマブまたはパニツミマブ）に対して耐性を与えることを示す突然変異があるかどうかを決定することができる。
別の例において、肺癌細胞から特異的に流出されるエキソソームを、生体試料から単離し、肺癌バイオマーカー、例えば、ＥＧＦＲ ｍＲＮＡを単離するために使用することができる。ｃＤＮＡに対してＥＧＦＲ ｍＲＮＡを処理し、配列決定して、肺癌に固有の薬物または治療に対して耐性または反応を示すことを示すＥＧＦＲ突然変異があるかどうかを決定する。
特定の群において、バイオシグネチャーのセットについて得られた情報が、診断、予後診断、または治療の管理（治療の選択等）等があるが、これらに限定されない、臨床的に関連する決定をするための合理的基礎を提供するように、１つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを分類することができる。
ほとんどの診断マーカーと同様に、多くの場合、正確な医学的判断を行うのに十分な最小限のマーカーを使用することが望ましい。これにより、さらなる解析を待つ間の治療の遅延、ならびに時間および財源の不適当な使用も防ぐ。
また、病状、疾患の病期、進行、予後；治療効果もしくは選択；または生理的状態の観点から臨床結果とエキソソームのバイオシグネチャー等の定性的および定量的特性とを相関させる目的で、試料（例えば、血清および組織バイオバンク）における遡及的分析を行う方法が、本明細書に開示される。さらになお、病状、疾患の段階、進行、予後；治療効果もしくは選択；または生理的状態の観点から臨床結果と定性的および定量的特性エキソソームのバイオシグネチャーとを相関させる目的で、試料（例えば、臨床試験において個人から回収された血清および／または組織）における遡及的分析を行うために、本明細書に開示される方法および組成物が利用される。本明細書に使用される、エキソソームのバイオシグネチャーは、起始細胞に特異的なエキソソームであり得る。さらになお、バイオシグネチャーは、エキソソームの表面マーカープロファイルおよび／またはエキソソームの含有物（例えば、バイオマーカー）に基づいて決定することができる。
エキソソームのバイオシグネチャーは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、５０、７５、または１００個の特徴を含むことができる。少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、５０、７５、または１００個の特徴等の２つ以上のエキソソームの特徴を有するバイオシグネチャーは、表現型の決定において、より高度な感度、特異度、または両方を提供し得る。例えば、複数個未満のエキソソームの特徴を評価することと比較する場合、複数個のエキソソームの特徴を評価することは、感度、特異度、または両方の増加をもたらすことができる。
２つ以上のエキソソームの特徴を含むバイオシグネチャーは、少なくとも６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、もしくは７０％の感度、少なくとも７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、もしくは８７％の感度などで、表現型を特徴付けるために使用することができる。例えば、少なくとも８７．１、８７．２、８７．３、８７．４、８７．５、８７．６、８７．７、８７．８、８７．９、８８．０、もしくは８９％の感度で、少なくとも９０％の感度などで、表現型を特徴付けることができる。少なくとも９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の感度で、表現型を特徴付けることができる。
該バイオシグネチャーは、少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、もしくは９７％の特異度で、少なくとも９７．１、９７．２、９７．３、９７．４、９７．５、９７．６、９７．７、９７．８、９７．８、９７．９、９８．０、９８．１、９８．２、９８．３、９８．４、９８．５、９８．６、９８．７、９８．８、９８．９、９９．０、９９．１、９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９、もしくは１００％の特異度などで、対象の表現型を特徴付けるために使用することができる。
また、少なくとも７０％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも７５％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８０％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８６％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８７％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８８％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９０％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；または少なくとも１００％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度で、バイオシグネチャーを用いて、表現型を特徴付けることもできる。
さらになお、特異度、感度、または両方を決定するための信頼度のレベルは、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の信頼度を有し得る。
バイオシグネチャー：エキソソームのバイオマーカー
エキソソームバイオシグネチャーは、１つ以上のバイオマーカーを含むことができる。エキソソームのバイオマーカーは、任意の核酸（例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ）、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、抗原、脂質、炭水化物、またはプロテオグリカン等の、エキソソーム中、またはエキソソーム上に存在する任意の成分であり得る。
該バイオシグネチャーとしては、バイオマーカー（例えば、図１、３〜６０に列記される任意の１つ以上のバイオマーカー）の存在もしくは不在、発現レベル、変異状態、遺伝的変異状態、またはいずれの修飾（後成的修飾、翻訳後修飾等）をあげることができる。バイオマーカーの発現レベルは、試料中のバイオマーカーの過剰発現もしくは過小発現（または上方制御もしくは下方制御）を決定するために、対照もしくは参照と比較することができる。対照もしくは参照レベルは、バイオマーカーの量、例えば、病態または疾患を有さないか、あるいは示さない対象からの試料等の対照試料中のｍｉＲＮＡであり得、以下にさらに記載され得る。
該核酸は、任意のＲＮＡまたはＮＡ種であり得る。例えば、該バイオマーカーは、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、小核小体ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、リボソームＲＮＡＳ（ｒＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、またはｓｈＲＮＡであり得る。該ＤＮＡは、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、または非コードＤＮＡであり得る。
加えて、該バイオマーカーは、上記のような、修飾状態、切断、突然変異、発現レベル（参照レベルと比較した場合の過剰発現または過小発現等）、翻訳後修飾等のポリペプチド、ペプチド、またはタンパク質であり得る。
エキソソームバイオシグネチャーには、多くの同種のバイオマーカー（例えば、異なる遺伝子にそれぞれ対応する、２つの異なるｍＲＮＡ）または１つ以上の異なる種類のバイオマーカー（例えば、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、タンパク質、ペプチド、リガンド、および抗原）が含まれ得る。
１つ以上のエキソソームバイオシグネチャーは、図１、３〜６０に列記されるようなものから選択される少なくとも１つのバイオマーカーを含むことができる。特異的な起始細胞バイオシグネチャーには、１つ以上のバイオマーカーが含まれ得る。図３〜５８は、エキソソームに由来し、分析され得る、多くの疾患もしくは病態に固有のバイオマーカーを列記する表を示す。該バイオマーカーはまた、ＣＤ２４、ミッドカイン、ヘプシジン、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＰＣＡ−３、ＰＳＡ、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＢＲＡＦ変異体、ＭＥＴ、ｃＫｉｔ、ＰＤＧＦＲ、Ｗｎｔ、β−カテニン、Ｋ−ｒａｓ、Ｈ−ｒａｓ、Ｎ−ｒａｓ、Ｒａｆ、Ｎ−ｍｙｃ、ｃ−ｍｙｃ、ＩＧＦＲ、ＰＩ３Ｋ、Ａｋｔ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＴＥＮ、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−１、Ｔｉｅ−２、ＴＥＭ−１、ＣＤ２７６、ＨＥＲ−２、ＨＥＲ−３、またはＨＥＲ−４であり得る。該バイオマーカーはまた、アネキシンＶ、ＣＤ６３、Ｒａｂ−５ｂ、またはカベオリン、またはｌｅｔ−７ａ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３２０、もしくはｍｉＲ−２０等のｍｉＲＮＡであり得る。該バイオマーカーはまた、表３〜１５に列記されるようなもの等のＰＣＴ公開ＷＯ第２００９／１０００２９号に開示される、任意の遺伝子、またはこれらのフラグメントであり得る。
本明細書に開示される方法および組成物において評価に有用な他のバイオマーカーは、Ｒａｊｅｎｄｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ２００６；１０３：１１１７２−１１１７７、Ｔａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｏｎｃｏｌ ２００８；１１０：１３−２１、Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔ ２００８；７４：６１３−６２１、Ｂｕｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００８、Ｐｒａｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００８；１８１：１５１９−１５２５、Ｖｅｌｌａ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｖｅｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｐａｔｈｏｌ １２４（３−４）：３８５−９３、Ｇｏｕｌｄ ｅｔ ａｌ．（２００３）．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １００（１９）：１０５９２−７、Ｆａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００７）．ＰＬｏＳ Ｂｉｏｌ ５（６）：ｅ１５８，Ｃｈｅｎ，Ｂ．Ｊ．ａｎｄ Ｒ．Ａ．Ｌａｍｂ（２００８）．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３７２（２）：２２１−３２，Ｂｈａｔｎａｇａｒ，Ｓ．ａｎｄ Ｊ．Ｓ．Ｓｃｈｏｒｅｙ（２００７）．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２８２（３５）：２５７７９−８９、Ｂｈａｔｎａｇａｒ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ １１０（９）：３２３４−４４、Ｙｕｙａｍａ，ｅｔ ａｌ．（２００８）．Ｊ Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ １０５（１）：２１７−２４、Ｇｏｍｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００７）．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ Ｌｅｔｔ ４２８（１）：４３−６、Ｎａｇａｈａｍａ ｅｔ ａｌ．（２００３）．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ ３６（３）：１２５−３１、Ｔａｙｌｏｒ，Ｄ．Ｄ．，Ｓ．Ａｋｙｏｌ，ｅｔ ａｌ．（２００６）．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７６（３）：１５３４−４２、Ｐｅｃｈｅ，ｅｔ ａｌ．（２００６）．Ａｍ Ｊ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ６（７）：１５４１−５０、Ｉｅｒｏ，Ｍ．，Ｍ．Ｖａｌｅｎｔｉ，ｅｔ ａｌ．（２００８）．Ｃｅｌｌ Ｄｅａｔｈ ａｎｄ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ １５：８０-８８、Ｇｅｓｉｅｒｉｃｈ，Ｓ．，Ｉ．Ｂｅｒｅｚｏｖｅｒｓｕｓｋｉｙ，ｅｔ ａｌ．（２００６），Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６６（１４）：７０８３−９４、Ｃｌａｙｔｏｎ，Ａ．，Ａ．Ｔｕｒｋｅｓ，ｅｔ ａｌ（２００４）．Ｆａｓｅｂ Ｊ １８（９）：９７７−９、Ｓｋｒｉｎｅｒ．，Ｋ．Ａｄｏｌｐｈ，ｅｔ ａｌ．（２００６）．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ５４（１２）：３８０９−１４、Ｂｒｏｕｗｅｒ，Ｒ．，Ｇ．Ｊ．Ｐｒｕｉｊｎ，ｅｔ ａｌ．（２００１）．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ ３（２）：１０２−６、Ｋｉｍ，Ｓ．Ｈ．，Ｎ．Ｂｉａｎｃｏ，ｅｔ ａｌ．（２００６）．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ １３（２）：２８９−３００、Ｅｖａｎｓ，Ｃ．Ｈ．，Ｓ．Ｃ．Ｇｈｉｖｉｚｚａｎｉ，ｅｔ ａｌ．（２０００）．Ｃｌｉｎ Ｏｒｔｈｏｐ Ｒｅｌａｔ Ｒｅｓ（３７９ Ｓｕｐｐｌ）：Ｓ３００−７、Ｚｈａｎｇ，Ｈ．Ｇ．，Ｃ．Ｌｉｕ，ｅｔ ａｌ．（２００６）．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７６（１２）：７３８５−９３、Ｖａｎ Ｎｉｅｌ，Ｇ．，Ｊ．Ｍａｌｌｅｇｏｌ，ｅｔ ａｌ．（２００４）．Ｇｕｔ ５２：１６９０−１６９７、Ｆｉａｓｓｅ，Ｒ．ａｎｄ Ｏ． Ｄｅｗｉｔ（２００７）．Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｏｎ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｐａｔｅｎｔｓ １７（１２）：１４２３−１４４１（１９）に開示される、病態または生理的状態と関連するものを含むことができる。
エキソソームに由来し、分析され得る、バイオマーカーとしては、ｍｉＲＮＡ（ｍｉＲ）およびｍｉＲＮＡ＊ナンセンス（ｍｉＲ＊）、ならびに他のＲＮＡ（ｍＲＮＡ、ｐｒｅＲＮＡ、ｐｒｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない）、ＤＮＡ、タンパク質、ペプチド、およびリガンドの存在もしくは不在、発現レベル、変異（例えば、欠失、転位、複製、ヌクレオチドもしくはアミノ酸置換等の遺伝的突然変異）が挙げられるが、これらに限定されない。また、バイオマーカーの任意の後成的修飾またはコピー数多型も分析され得る。ｍｉＲＮＡバイオマーカーとしては、そのｍｉＲＮＡおよびミクロＲＮＡ＊ナンセンスだけでなく、その前駆分子： 一次ミクロＲＮＡ（ｐｒｉ−ｍｉＲ）および前駆ミクロＲＮＡ（ｐｒｅ−ｍｉＲ）もバイオマーカーとして挙げられる。ｍｉＲＮＡの配列は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｉｒｂａｓｅ．ｏｒｇ／、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｉｃｒｏｒｎａ．ｏｒｇ／等の公的に入手可能なデータベース、または任意の他の入手可能なものから得られ得る。
エキソソームから分析される１つ以上のバイオマーカーは、以下にさらに記載される、特定の組織もしくは起始細胞、疾患、または生理的状態を示し得る。さらになお、本明細書に記載のバイオマーカーのうちの１つ以上の存在、不在、または発現レベルは、疾患、病態、予後、または薬物の有効性を含む、対象の表現型と相関性があり得る。以下に記載される該特異的なバイオマーカーおよびバイオシグネチャーは、疾患、病態比較、病態、および／または生理的状態のそれぞれに対する非包括的な例を構成する。さらになお、表現型に対して評価される１つ以上のバイオマーカーは、上記のもののような、起始細胞に特異的なエキソソームであり得る。
表現型を特徴付けるために使用される１つ以上のｍｉＲＮＡは、ＰＣＴ公開ＷＯ第２００９／０３６２３６号に開示されるものから選択される。例えば、表Ｉ〜ＶＩ（図６〜１１）に列記される１つ以上のｍｉＲＮＡを使用して、本明細書にさらに記載されるような、結腸腺癌、結腸直腸癌、前立腺癌、肺癌、乳癌、Ｂ細胞リンパ腫、膵臓癌、びまん性大細胞型ＢＣＬ癌、ＣＬＬ、膀胱癌、腎臓癌、低酸素症腫瘍、子宮平滑筋腫、卵巣癌、Ｃ型肝炎ウイルス関連肝細胞癌、ＡＬＬ、アルツハイマー病、骨髄線維症、真性赤血球増加症、血小板血症、ＨＩＶ、またはＨＩＶ−Ｉの潜伏を特徴付けることができる。
該１つ以上のｍｉＲＮＡは、血漿エキソソーム中で検出され得る。該１つ以上のｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−０１６、ｍｉＲ−０２６ａ、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−０２４、ｍｉＲ−１２６、およびｍｉＲ−３２であり得る。１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、ＰＢＭＣ中でも検出され得る。該１つ以上のｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−０１６、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−０２６ａ、ｍｉＲ−０１９ｂ、またはｍｉＲ−０２０ａであり得る。該１つ以上のｍｉＲＮＡを使用して、特定の疾患もしくは病態を特徴付けることができる。例えば、膀胱癌の疾患に関しては、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−１０３−１、ｍｉＲ−１８５、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２０５、または任意の組み合わせ等の１つ以上のｍｉＲＮＡを検出することができる。該１つ以上のｍｉＲＮＡは、上方制御または過剰発現され得る。
幾つかの実施形態において、該１つ以上のｍｉＲＮＡを使用して、低酸素症腫瘍を特徴付ける。該１つ以上のｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−２３、ｍｉＲ−２４、ｍｉＲ−２６、ｍｉＲ−２７、ｍｉＲ−１０３、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−１８１、ｍｉＲ−２１０、またはｍｉＲ−２１３であり得、上方制御され得る。また、１つ以上のｍｉＲＮＡを使用して、子宮平滑筋腫を特徴付けることもできる。例えば、子宮平滑筋腫を特徴付けるために使用される該１つ以上のｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ファミリーメンバー、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２９ｂ、またはｍｉＲ−１９７であり得る。該ｍｉＲＮＡは、上方制御であり得る。
上方制御され得るｍｉＲ−１９０、下方制御され得るｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−１５０、およびｍｉＲ−９５、またはこれらの任意の組み合わせ等の１つ以上のｍｉＲＮＡによって、骨髄線維症を特徴付けることもできる。さらになお、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−３２６、ｍｉＲ−１０５、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−１４７、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のｍｉＲＮＡを検出することによって、骨髄線維症、真性赤血球増加症、または血小板血症を特徴付けることもできる。該１つ以上のｍｉＲＮＡは、下方制御され得る。
１つ以上のバイオマーカーについてエキソソームを評価することによって特徴付けることができる表現型の他の例をさらに本明細書に記載する。
該１つ以上のバイオマーカーは、プローブによって検出され得る。プローブは、ＤＮＡもしくはＲＮＡ等のオリゴヌクレオチド、アプタマー、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、Ｆａｂｓ、Ｆａｂ’、一本鎖抗体、合成抗体、ペプトイド、ｚＤＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、レクチン、合成もしくは天然に存在する化学的化合物（薬物もしくは標識試薬が挙げられるが、これらに限定されない）、デンドリマー、またはこれらの任意の組み合わせ等からなり得る。該プローブは、例えば、直接標識することによって、直接的に検出され得るか、または標識試薬等を通して間接的に検出され得る。該プローブは、バイオマーカーに選択的にハイブリダイズすることができる。例えば、オリゴヌクレオチドであるプローブは、ｍｉＲＮＡバイオマーカーに選択的にハイブリダイズすることができる。
乳癌
乳癌に固有のバイオマーカーは、図３に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができる。
１つ以上の乳癌に固有のバイオマーカーを評価して、乳癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを提供することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−１２２ａ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−１２２ａ、ｍｉＲ−２１０、もしくはｍｉＲ−２１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーはまた、ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−１０ｂ、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１６、ｌｅｔ−７、ｌｅｔ−７、ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−１０ｂ、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、もしくはｍｉＲ−１４５、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＥＲ、ＰＲ、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１、もしくはＥＧＦＲ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。また、ＫＲＡＳ、Ｂ−Ｒａｆ、もしくはＣＹＰ２Ｄ６、またはこれらの任意の組み合わせに関連するものが挙げられるが、これらに限定されない、突然変異体は、乳癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとしても使用することができる。加えて、乳癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用され得る、タンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ｈｓｐ７０、ＭＡＲＴ−１、ＴＲＰ、ＨＥＲ２、ｈｓｐ７０、ＭＡＲＴ−１、ＴＲＰ、ＨＥＲ２、ＥＲ、ＰＲ、クラスＩＩＩ ｂ−チューブリン、もしくはＶＥＧＦＡ、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。さらになお、乳癌のエキソソームのバイオマーカーとして使用され得る、ｓｎｏＲＮＡとしては、ＧＡＳ５が挙げられるが、これに限定されない。また、遺伝子融合ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３は、乳癌のバイオマーカーとしても使用することができる。
また、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、または乳癌について図３および図１に列記されるバイオマーカー等の１つ以上の乳癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、または乳癌について図３および図１に列記されるバイオマーカー等の１つ以上の乳癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、乳癌に固有のエキソソーム、またはＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、または乳癌について図３および図１に列記されるバイオマーカー等の１つ以上の乳癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームついて実質的に均質である。
ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、または乳癌について図３および図１に列記されるバイオマーカー等の１つ以上の乳癌に固有のバイオマーカーはまた、乳癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、または乳癌について図３および図１に列記されるバイオマーカー等の１つ以上の乳癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
卵巣癌
卵巣癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、卵巣癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−２１４、ｍｉＲ−１９９＊、もしくはｍｉＲ−２１５、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１９９ａ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７クラスター、もしくはｍｉＲ−１２５ｂ−１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＥＲＣＣ１、ＥＲ、ＴＯＰＯ１、ＴＯＰ２Ａ、ＡＲ、ＰＴＥＮ、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ＣＤ２４、もしくはＥＧＦＲ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
エキソソーム中で評価され得る卵巣癌のバイオマーカーの突然変異体としては、ＫＲＡＳの突然変異体、Ｂ−Ｒａｆの突然変異体、または卵巣癌に固有の突然変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソームにおいて評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦＲ２、もしくはＨＥＲ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、卵巣癌細胞に特異的であり得るか、または卵巣癌細胞に由来し得る。
また、ＣＤ２４、卵巣癌について図４および図１に列記される、１つ以上の卵巣癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＣＤ２４、卵巣癌について図４および図１に列記される、１つ以上の卵巣癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、卵巣癌に固有のエキソソーム、またはＣＤ２４、卵巣癌について図４および図１に列記される、１つ以上の卵巣癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＣＤ２４、卵巣癌について図４および図１に列記される、１つ以上の卵巣癌に固有のバイオマーカーはまた、卵巣癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＣＤ２４、卵巣癌について図４および図１に列記される、１つ以上の卵巣癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
肺癌
肺癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、肺癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。
該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−２２１（保護）、ｌｅｔ−７ａ（保護）、ｍｉＲ−１３７（危険性のある）、ｍｉＲ−３７２（危険性のある）、もしくはｍｉＲ−１２２ａ（危険性のある）、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１７−９２、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ− １９１、ｍｉＲ−２０５、もしくはｍｉＲ−２１０等の１つ以上の上方制御もしくは過剰発現ｍｉＲＮＡ；ｍｉＲ−ｌｅｔ−７等の１つ以上の下方制御もしくは過小発現ｍｉＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＥＧＦＲ、ＰＴＥＮ、ＲＲＭ１、ＲＲＭ２、ＡＢＣＢ１、ＡＢＣＧ２、ＬＲＰ、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、クラスＩＩＩ ｂ−チューブリン、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
エキソソーム中で評価され得る肺癌のバイオマーカーの変異体としては、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、Ｂ−Ｒａｆ、ＵＧＴ１Ａ１の変異体、または肺癌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＫＲＡＳ、ｈＥＮＴ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
該バイオマーカーはまた、ミッドカイン（ＭＫまたはＭＤＫ）であり得る。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、肺癌細胞に特異的であり得るか、または肺癌細胞に由来し得る。
また、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＣＤ７４−ＲＯＳ１、または肺癌について図５および図１に列記される、１つ以上の肺癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＣＤ７４−ＲＯＳ１、または肺癌について図５および図１に列記される、１つ以上の肺癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、肺癌に固有のエキソソーム、またはＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＣＤ７４−ＲＯＳ１、または肺癌について図５および図１に列記される、１つ以上の肺癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＣＤ７４−ＲＯＳ１、または肺癌について図５および図１に列記される、１つ以上の肺癌に固有のバイオマーカーはまた、肺癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＣＤ７４−ＲＯＳ１、または肺癌について図５および図１に列記される、１つ以上の肺癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
結腸癌
結腸癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図６に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、結腸癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２４−１、ｍｉＲ−２９ｂ−２、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１２８ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２４−２、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２１３、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−５１０、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−５１３、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２０、ｍｉＲ−１８３、ｍｉＲ−９６、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−３４６、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−１５３ａ、ｍｉＲ−２１９、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１８５、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２１１、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１２７、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２１２、ｍｉＲ−９５、もしくはｍｉＲ−１７−５ｐ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−３４ｂ、ｍｉＲ−３４ｃ、ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−９−３、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−４５５、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１２９、ｍｉＲ−１２４ａ、ｍｉＲ−３０−３ｐ、ｍｉＲ−３２８、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３４ｂ、ｍｉＲ−２１５、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−３０１、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−３３１、もしくはｍｉＲ−１４８ｂ、またはこれらの任意の組み合わせ等の１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
結腸腺癌を特徴付けるための１つ以上のバイオマーカーは、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１８１ｂ、もしくはｍｉＲ−２０３等の上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡであり得る。ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１２７、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−９６、ｍｉＲ−１３５ｂ、およびｍｉＲ−１８３からなる群より選択される上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉｒｌ４３、ｍｉＲ−１３３ｂ、もしくはｍｉＲ−１４５等の下方制御または過小発現ｍｉＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせ等の、１つ以上のバイオマーカーを使用して、結腸直腸癌を特徴付けることができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＥＦＮＢ１、ＥＲＣＣ１、ＨＥＲ２、ＶＥＧＦ、もしくはＥＧＦＲ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得る結腸癌のバイオマーカーの変異体としては、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＶＥＧＦＡ、Ｂ−Ｒａｆ、ＡＰＣ、もしくはｐ５３の変異体、または結腸癌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＡＦＲ、Ｒａｂ、ＡＤＡＭ１０、ＣＤ４４、ＮＧ２、エフリンＢ１、ＭＩＦ、ｂ−カテニン、ジャンクション、プラコグロビン、ガレクチン−４、ＲＡＣＫ１、テトラスパニン−８、ＦａｓＬ、ＴＲＡＩＬ、Ａ３３、ＣＥＡ、ＥＧＦＲ、ジペプチダーゼ１、ｈｓｃ−７０、テトラスパニン、ＥＳＣＲＴ、ＴＳ、ＰＴＥＮ、もしくはＴＯＰＯ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、結腸癌細胞に特異的であり得るか、または結腸癌細胞に由来し得る。
また、結腸癌について図６および図１に列記されるような、１つ以上の結腸癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、結腸癌について図６および図１に列記されるような、１つ以上の結腸癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、結腸癌に固有のエキソソーム、または結腸癌について図６および図１に列記されるような、１つ以上の結腸癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
結腸癌について図６および図１に列記されるような、１つ以上の結腸癌に固有のバイオマーカーはまた、結腸癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、結腸癌について図６および図１に列記されるような、１つ以上の結腸癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
腺腫対過形成ポリープ
エキソソームからの過形成ポリープに対して腺腫に固有のバイオマーカーは、図７に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の突然変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、過形成ポリープに対して腺腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＡＢＣＡ８、ＫＩＡＡ１１９９、ＧＣＧ、ＭＡＭＤＣ２、Ｃ２ｏｒｆ３２、２２９６７０＿ａｔ、ＩＧＦ１、ＰＣＤＨ７、ＰＲＤＸ６、ＰＣＮＡ、ＣＯＸ２、もしくはＭＵＣ６、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
エキソソーム中で評価され得る過形成ポリープに対して腺腫を識別するためのバイオマーカーの変異体は、ＫＲＡＳの変異体、Ｂ−Ｒａｆの突然変異体、または腺腫と過形成ポリープを識別するための特異的な変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ｈＴＥＲＴを挙げることができるが、これに限定されない。
また、図７に列記されるようなような、腺腫と過形成ポリープを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図７に列記されるようなような、腺腫と過形成ポリープを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図７に列記されるようなような、腺腫と過形成ポリープを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図７に列記されるようなような、腺腫と過形成ポリープを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、腺腫と過形成ポリープを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図７に列記されるようなような、腺腫と過形成ポリープを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
過敏性大腸疾患（ＩＢＤ）
エキソソームからの正常対ＩＢＤのバイオマーカーには、図８に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、正常なものに対してＩＢＤに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＲＥＧ１Ａ、ＭＭＰ３、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図８に列記されるようなような、ＩＢＤと正常試料を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図８に列記されるようなような、ＩＢＤと正常試料を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図８に列記されるようなような、ＩＢＤと正常試料を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有するためについて実質的に均質である。
図８に列記されるようなような、ＩＢＤと正常試料を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、ＩＢＤと正常試料を識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図８に列記されるようなような、ＩＢＤと正常試料を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
腺腫対結腸直腸癌（ＣＲＣ）
エキソソームからのＣＲＣ対腺腫に固有のバイオマーカーは、図９に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＣＲＣ対腺腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＧＲＥＭ１、ＤＤＲ２、ＧＵＣＹ１Ａ３、ＴＮＳ１、ＡＤＡＭＴＳ１、ＦＢＬＮ１、ＦＬＪ３８０２８、ＲＤＸ、ＦＡＭ１２９Ａ、ＡＳＰＮ、ＦＲＭＤ６、ＭＣＣ、ＲＢＭＳ１、ＳＮＡＩ２、ＭＥＩＳ１、ＤＯＣＫ１０、ＰＬＥＫＨＣ１、ＦＡＭ１２６Ａ、ＴＢＣ１Ｄ９、ＶＷＦ、ＤＣＮ、ＲＯＢＯ１、ＭＳＲＢ３、ＬＡＴＳ２、ＭＥＦ２Ｃ、ＩＧＦＢＰ３、ＧＮＢ４、ＲＣＮ３、ＡＫＡＰ１２、ＲＦＴＮ１、２２６８３４＿ａｔ、ＣＯＬ５Ａ１、ＧＮＧ２、ＮＲ３Ｃ１＊、ＳＰＡＲＣＬ１、ＭＡＢ２１Ｌ２、ＡＸＩＮ２、２３６８９４＿ａｔ、ＡＥＢＰ１、ＡＰ１Ｓ２、Ｃ１０ｏｒｆ５６、ＬＰＨＮ２、ＡＫＴ３、ＦＲＭＤ６、ＣＯＬ１５Ａ１、ＣＲＹＡＢ、ＣＯＬ１４Ａ１、ＬＯＣ２８６１６７、ＱＫＩ、ＷＷＴＲ１、ＧＮＧ１１、ＰＡＰＰＡ、もしくはＥＬＤＴ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図９に列記されるようなような、腺腫とＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図９に列記されるようなような、腺腫とＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図９に列記されるようなような、腺腫とＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図９に列記されるようなような、腺腫とＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、腺腫とＣＲＣを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図９に列記されるようなような、腺腫とＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＩＢＤ対ＣＲＣ
エキソソームからのＣＲＣ対ＩＢＤに固有のバイオマーカーは、図１０に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＣＲＣに対してＩＢＤに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、２２７４５８＿ａｔ、ＩＮＤＯ、ＣＸＣＬ９、ＣＣＲ２、ＣＤ３８、ＲＡＲＲＥＳ３、ＣＸＣＬ１０、ＦＡＭ２６Ｆ、ＴＮＩＰ３、ＮＯＳ２Ａ、ＣＣＲＬ１、ＴＬＲ８、ＩＬ１８ＢＰ、ＦＣＲＬ５、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＥＣＧＦ１、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＧＢＰ５、もしくはＧＢＰ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図１０に列記されるような、ＩＢＤとＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１０に列記されるような、ＩＢＤとＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１０に列記されるような、ＩＢＤとＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図１０に列記されるような、ＩＢＤとＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、ＩＢＤとＣＲＣを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１０に列記されるような、ＩＢＤとＣＲＣを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＣＲＣデュークスＢ対デュークスＣ−Ｄ
エキソソームからのＣＲＣデュークスＣ−Ｄ対デュークスＢに固有のバイオマーカーは、図１１に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＣＲＣデュークスＣ−Ｄに対してデュークスＢに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＴＭＥＭ３７＊、ＩＬ３３、ＣＡ４、ＣＣＤＣ５８、ＣＬＩＣ６、ＶＥＲＳＵＳＮＬ１、ＥＳＰＮ、ＡＰＣＤＤ１、Ｃ１３ｏｒｆ１８、ＣＹＰ４Ｘ１、ＡＴＰ２Ａ３、ＬＯＣ６４６６２７、ＭＵＰＣＤＨ、ＡＮＰＥＰ、Ｃ１ｏｒｆ１１５、ＨＳＤ３Ｂ２、ＧＢＡ３、ＧＡＢＲＢ２、ＧＹＬＴＬ１Ｂ、ＬＹＺ、ＳＰＣ２５、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＦＡＭ８９Ａ、ＭＯＧＡＴ２、ＳＥＭＡ６Ｄ、２２９３７６＿ａｔ、ＴＳＰＡＮ５、ＩＬ６Ｒ、もしくはＳＬＣ２６Ａ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図１１に列記されるような、ＣＲＣデュークスＢとＣＲＣデュークスＣ−Ｄを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１１に列記されるような、ＣＲＣデュークスＢとＣＲＣデュークスＣ−Ｄを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１１に列記されるような、ＣＲＣデュークスＢとＣＲＣデュークスＣ−Ｄを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図１１に列記されるような、ＣＲＣデュークスＢとＣＲＣデュークスＣ−Ｄを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、ＣＲＣデュークスＢとＣＲＣデュークスＣ−Ｄを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１１に列記されるような、ＣＲＣデュークスＢとＣＲＣデュークスＣ−Ｄを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
低度異形成を有する腺腫対高度異形成を有する腺腫
エキソソームからの高度異形成を有する腺腫対低度異形成を有する腺腫に固有のバイオマーカーは、図１２に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、高度異形成の腺腫対低度異形成の腺腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＳＩ、ＤＭＢＴ１、ＣＦＩ＊、ＡＱＰ１、ＡＰＯＤ、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＣＸＣＬ１０、ＣＴＳＥ、ＩＧＨＡ１、ＳＬＣ９Ａ３、ＳＬＣ７Ａ１、ＢＡＴＦ２、ＳＯＣＳ１、ＤＯＣＫ２、ＮＯＳ２Ａ、ＨＫ２、ＣＸＣＬ２、ＩＬ１５ＲＡ、ＰＯＵ２ＡＦ１、ＣＬＥＣ３Ｂ、ＡＮＩ３ＢＰ、ＭＧＣ１３０５７、ＬＣＫ＊、Ｃ４ＢＰＡ、ＨＯＸＣ６、ＧＯＬＴ１Ａ、Ｃ２ｏｒｆ３２、ＩＬ１０ＲＡ、２４０８５６＿ａｔ、ＳＯＣＳ３，、ＭＥＩＳ３Ｐ１、ＨＩＰＫ１、ＧＬＳ、ＣＰＬＸ１、２３６０４５＿ｘ＿ａｔ、ＧＡＬＣ、ＡＭＮ、ＣＣＤＣ６９、ＣＣＬ２８、ＣＰＡ３、ＴＲＩＢ２、ＨＭＧＡ２、ＰＬＣＬ２、ＮＲ３Ｃ１、ＥＩＦ５Ａ、ＬＡＲＰ４、ＲＰ５−１０２２Ｐ６．２、ＰＨＬＤＢ２、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＩＮＤＯ、ＣＬＤＮ８、ＣＮＴＮ３、ＰＢＥＦ１、ＳＬＣ１６Ａ９、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＰＳＢ２、ＰＢＥＦ１、ＩＤ４、ＧＪＢ５、ＣＨＮ２、ＬＩＭＣＨ１、もしくはＣＸＣＬ９、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図１２に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と高度異形成を有する腺腫を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１２に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と高度異形成を有する腺腫を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１２に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と高度異形成を有する腺腫を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有するについて実質的に均質である。
図１２に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と高度異形成を有する腺腫を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、低度異形成を有する腺腫と高度異形成を有する腺腫を識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１２に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と高度異形成を有する腺腫を識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）対クローン病（ＣＤ）
エキソソームからのクローン病（ＣＤ）対潰瘍性大腸炎（ＵＣ）に固有のバイオマーカーは、図１３に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＣＤに対してＵＣに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＩＦＩＴＭ１、ＩＦＩＴＭ３、ＳＴＡＴ１、ＳＴＡＴ３、ＴＡＰ１、ＰＳＭＥ２、ＰＳＭＢ８、ＨＮＦ４Ｇ、ＫＬＦ５、ＡＱＰ８、ＡＰＴ２Ｂ１、ＳＬＣ１６Ａ、ＭＦＡＰ４、ＣＣＮＧ２、ＳＬＣ４４Ａ４、ＤＤＡＨ１、ＴＯＢ１、２３１１５２＿ａｔ、ＭＫＮＫ１、ＣＥＡＣＡＭ７＊、１５６２８３６＿ａｔ、ＣＤＣ４２ＳＥ２、ＰＳＤ３、２３１１６９＿ａｔ、ＩＧＬ＠＊、ＧＳＮ、ＧＰＭ６Ｂ、ＣＤＶ３＊、ＰＤＰＫ１、ＡＮＰ３２Ｅ、ＡＤＡＭ９、ＣＤＨ１、ＮＬＲＰ２、２１５７７７＿ａｔ、ＯＳＢＰＬ１、ＶＮＮ１、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＰＨＡＣＴＲ２、ＡＳＨ１Ｌ、２１３７１０＿ｓ＿ａｔ、ＣＤＨ１、ＮＬＲＰ２、２１５７７７＿ａｔ、ＯＳＢＰＬ１、ＶＮＮ１、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＰＨＡＣＴＲ２、ＡＳＨ１、２１３７１０＿ｓ＿ａｔ、ＺＮＦ３、ＦＵＴ２、ＩＧＨＡ１、ＥＤＥＭ１、ＧＰＲ１７１、２２９７１３＿ａｔ、ＬＯＣ６４３１８７、ＦＬＶＣＲ１、ＳＮＡＰ２３＊、ＥＴＮＫ１、ＬＯＣ７２８４１１、ＰＯＳＴＮ、ＭＵＣ１２、ＨＯＸＡ５、ＳＩＧＬＥＣ１、ＬＡＲＰ５、ＰＩＧＲ、ＳＰＴＢＮ１、ＵＦＭ１、Ｃ６ｏｒｆ６２、ＷＤＲ９０、ＡＬＤＨ１Ａ３、Ｆ２ＲＬ１、ＩＧＨＶ１−６９、ＤＵＯＸ２、ＲＡＢ５Ａ、もしくはＣＰ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、ＣＤに対してＵＣに固有のエキソソームからのバイオマーカーとしても使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るＵＣとＣＤを識別するためのバイオマーカーの変異体としては、ＣＡＲＤ１５の変異体、またはＵＣとＣＤを識別するために固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、（Ｐ）ＡＳＣＡを挙げることができるが、これに限定されない。
また、図１３に列記されるような、ＵＣとＣＤを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１３に列記されるような、ＵＣとＣＤを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該 組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１３に列記されるような、ＵＣとＣＤを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図１３に列記されるような、ＵＣとＣＤを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、ＵＣとＣＤを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１３に列記されるような、ＵＣとＣＤを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
過形成ポリープ
エキソソームからの正常なものに対して過形成ポリープに固有のバイオマーカーは、図１４に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の突然変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、正常なものに対して過形成ポリープに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＳＬＣ６Ａ１４、ＡＲＨＧＥＦ１０、ＡＬＳ２、ＩＬ１ＲＮ、ＳＰＲＹ４、ＰＴＧＥＲ３、ＴＲＩＭ２９、ＳＥＲＰＩＮＢ５、１５６０３２７＿ａｔ、ＺＡＫ、ＢＡＧ４、ＴＲＩＢ３、ＴＴＬ、ＦＯＸＱ１、または任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図１４に列記されるような、１つ以上の過形成ポリープに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１４に列記されるような、１つ以上の過形成ポリープに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、過形成ポリープに固有のエキソソーム、または図１４に列記されるような、１つ以上の過形成ポリープに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図１４に列記されるような、１つ以上の過形成ポリープに固有のバイオマーカーはまた、過形成ポリープを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１４に列記されるような、１つ以上の過形成ポリープに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
低度異形成を有する腺腫対正常
正常なものに対して低度異形成を有する腺腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図１５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、正常なものに対して低度異形成の腺腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得るＲＮＡとしては、ＵＧＴ２Ａ３、ＫＬＫ１１、ＫＩＡＡ１１９９、ＦＯＸＱ１、ＣＬＤＮ８、ＡＢＣＡ８、もしくはＰＹＹ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、正常なものに対して低度異形成の腺腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。さらになお、正常なものに対して低度異形成の腺腫に対するエキソソームのバイオマーカーとして使用することができるｓｎｏＲＮＡとしては、ＧＡＳ５を挙げることができるが、これに限定されない。
また、図１５に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１５に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１５に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図１５に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、低度異形成を有する腺腫と正常なものを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１５に列記されるような、低度異形成を有する腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
腺腫対正常
正常なものに対して腺腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図１６に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、正常なものに対して腺腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＫＩＡＡ１１９９、ＦＯＸＱ１、もしくはＣＡ７、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。正常なものに対して腺腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができるタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、クラステリンを挙げることができるが、これに限定されない。
また、腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１６に列記されるような、腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１６に列記されるような、腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図１６に列記されるような、腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、腺腫と正常なものを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１６に列記されるような、腺腫と正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＣＲＣ対正常
正常なものに対してＣＲＣに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図１７に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、正常なものに対してＣＲＣに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＶＷＦ、ＩＬ８、ＣＨＩ３Ｌ１、Ｓ１００Ａ８、ＧＲＥＭ１、もしくはＯＤＣ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、正常なものに対してＣＲＣに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得る正常なものに対してＣＲＣのバイオマーカーの変異体としては、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＡＰＣ、ＭＳＨ２、もしくはＭＬＨ１の変異体、またはＣＲＣと正常なものを識別するために特異的な変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、サイトケラチン１３、カルシニューリン、ＣＨＫ１、クラスリン軽鎖、ホスホ−ＥＲＫ、ホスホ−ＰＴＫ２、もしくはＭＤＭ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図１７に列記されるような、ＣＲＣと正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図１７に列記されるような、ＣＲＣと正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図１７に列記されるような、ＣＲＣと正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを有することについて実質的に均質である。
図１７に列記されるような、ＣＲＣと正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーはまた、ＣＲＣと正常なものを識別するために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図１７に列記されるような、ＣＲＣと正常なものを識別するための１つ以上の固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）
良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図１８に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＢＰＨに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、無傷フィブロネクチンを挙げることができるが、これに限定されない。
また、ＢＰＨについて図１８および図１に列記されるような、１つ以上のＢＰＨに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＢＰＨについて図１８および図１に列記されるような、１つ以上のＢＰＨに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＢＰＨに固有のエキソソーム、またはＢＰＨについて図１８および図１に列記されるような、１つ以上のＢＰＨに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＢＰＨについて図１８および図１に列記されるような、１つ以上のＢＰＨに固有のバイオマーカーはまた、ＢＰＨを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＢＰＨについて図１８および図１、１つ以上のＢＰＨに固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
前立腺癌
前立腺癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図１９に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、前立腺癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、前立腺癌のバイオシグネチャーには、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−１５５、またはｍｉＲ−１９６ａを含むことができる。幾つかの実施形態において、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２０２、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２９６、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−４９８、ｍｉＲ−５０３、ｍｉＲ−１８４、ｍｉＲ−１９８、ｍｉＲ−３０２ｃ、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−５１３、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ−１／２、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−１９６ａ−１／２、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−１９４−１／２、ｍｉＲ−１８１ａ−１／２、ｍｉＲ−３４ｂ、ｌｅｔ−７ｉ、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−４４９、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９２−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、もしくはｍｉＲ−１４１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーはまた、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｇ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９９ａ、ｍｉＲ−１０３、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１９９、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−４９７、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２２、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−２７ｂ、ｍｉＲ−２９ａ、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−３０＿５ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４８ａ、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−１３３ａ−１、ｍｉＲ−１−２、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−７−１／２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−４８７、もしくはｌｅｔ−７ｂ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むこともできる。該バイオシグネチャーは、上方制御もしくは過剰発現のｍｉＲ−２１、下方制御もしくは過小発現のｍｉＲ−１５ａ、ｍｉＲ−１６−１、ｍｉＲ−１４３、もしくはｍｉＲ−１４５、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＡＲ、ＰＣＡ３、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、前立腺癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＦＡＳＬＧもしくはＴＮＦＳＦ１０、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、前立腺癌細胞に特異的であり得るか、または前立腺癌細胞に由来し得る。さらになお、前立腺癌のエキソソームのバイオマーカーとして使用することができるｓｎｏＲＮＡとしては、Ｕ５０を挙げることができるが、これに限定されない。前立腺癌のバイオシグネチャーの例は、以下にさらに記載される。
また、ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５、もしくはＫＬＫ２−ＥＴＶ４、または前立腺癌について図１９、６０、および図１に列記されるもの等の１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５、もしくはＫＬＫ２−ＥＴＶ４、または前立腺癌について図１９、６０、および図１に列記されるもの等の１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、前立腺癌に固有のエキソソーム、またはＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５、もしくはＫＬＫ２−ＥＴＶ４、または前立腺癌について図１９、６０、および図１に列記されるもの等の１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５、もしくはＫＬＫ２−ＥＴＶ４、または前立腺癌について図１９、６０、および図１に列記されるもの等の１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーはまた、前立腺癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５、もしくはＫＬＫ２−ＥＴＶ４、または図１９、６０、および図１に列記されるもの等の１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
黒色腫
黒色腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２０に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、黒色腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−１４４、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２１１、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−３３１、もしくはｍｉＲ−３７４、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−１５ａ、ｍｉＲ−１７−３ｐ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−２８、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−３０ｂ、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３４ｂ、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−９５、ｍｉＲ−９６、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１０４、ｍｉＲ−１０５、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−１２２ａ、ｍｉＲ−１２４ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１２７、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１２８ｂ、ｍｉＲ−１２９、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１３７、ｍｉＲ−１３８、ｍｉＲ−１３９、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−１５４、ｍｉＲ−１５４＃３、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１８３、ｍｉＲ−１８４、ｍｉＲ−１８５、ｍｉＲ−１８９、ｍｉＲ−１９０、ｍｉＲ−１９９、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２０４、ｍｉＲ−２１３、ｍｉＲ−２１５、ｍｉＲ−２１６、ｍｉＲ−２１９、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−２２４、ｍｉＲ−２９９、ｍｉＲ−３０２ａ、ｍｉＲ−３０２ｂ、ｍｉＲ−３０２ｃ、ｍｉＲ−３０２ｄ、ｍｉＲ−３２３、ｍｉＲ−３２５、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、もしくはｌｅｔ−７ｇ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＭＵＭ−１、βカテニン、もしくはＮｏｐ／５／Ｓｉｋ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、黒色腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得る黒色腫のバイオマーカーの変異体としては、ＣＤＫ４の変異体、または黒色腫に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＤＵＳＰ−１、Ａｌｉｘ、ｈｓｐ７０、Ｇｉｂ２、Ｇｉａ、モエシン、ＧＡＰＤＨ、リンゴ酸脱水素酵素、ｐ１２０カテニン、ＰＧＲＬ、シンタキシン結合タンパク質１＆２、セプチン−２、もしくはＷＤリピート含有タンパク質１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。黒色腫に対するエキソソームのバイオマーカーとして使用され得るｓｎｏＲＮＡとしては、Ｈ／ＡＣＡ（Ｕ１０７ｆ）、ＳＮＯＲＡ１１Ｄ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、黒色腫細胞に特異的であり得るか、または黒色腫細胞に由来し得る。
また、黒色腫について図２０および図１に列記されるような、１つ以上の黒色腫に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、黒色腫について図２０および図１に列記されるような、１つ以上の黒色腫に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、黒色腫に固有のエキソソーム、または黒色腫について図２０および図１に列記されるような、１つ以上の黒色腫に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
黒色腫について図２０および図１に列記されるような、１つ以上の黒色腫に固有のバイオマーカーはまた、黒色腫を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、黒色腫について図２０および図１に列記されるような、１つ以上の癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
膵臓癌
膵臓癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２１に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、膵臓癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２１３、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−１８１ｂ−２、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１８１ｂ−１、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１８１ｄ、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−１００−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−１４６、ｍｉＲ−９９、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１９９ａ−１、ｍｉＲ−１０ｂ、ｍｉＲ−１９９ａ−２、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２１３、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−１８１ｂ−２、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１８１ｂ−１、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１８１ｄ、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−１００−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−１４６、ｍｉＲ−９９、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１９９ａ−１、ｍｉＲ−１０ｂ、ｍｉＲ−１９９ａ−２、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−１０３、ｍｉＲ−１０３−２、ｍｉＲ−１２５ｂ−１、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４２４、ｍｉＲ−３０１、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−３７６ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ−１、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１６−１、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−１５、ｍｉＲ−１５５、ｌｅｔ−７ｆ−１、ｍｉＲ−２１２、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−０２４−１／２、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−２２４、もしくはｌｅｔ−７ｄ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１４８ａ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−１４２、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−２１６、ｍｉＲ−２１７ ｏｒ ｍｉＲ−１３９、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＰＳＣＡ、メソテリン、もしくはオステオポンチン、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、膵臓癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得る膵臓癌のバイオマーカーの変異体としては、ＫＲＡＳ、ＣＴＮＮＬＢ１、ＡＫＴ、ＮＣＯＡ３、もしくはＢ−ＲＡＦ、または膵臓癌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。該バイオマーカーはまた、ＢＲＣＡ２、ＰＡＬＢ２、またはｐ１６であり得る。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、膵臓癌細胞に特異的であり得るか、または膵臓癌細胞に由来し得る。
また、図２１に列記されるような、１つ以上の膵臓癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図２１に列記されるような、１つ以上の膵臓癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、膵臓癌に固有のエキソソーム、または図２１に列記されるような、１つ以上の膵臓癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図２１に列記されるような、１つ以上の膵臓癌に固有のバイオマーカーはまた、膵臓癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの図２１に列記されるような、１つ以上の膵臓癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
脳癌
脳癌（神経膠腫、膠芽細胞腫、髄膜腫、聴神経腫／神経鞘腫、髄芽細胞腫が挙げられるが、これらに限定されない）に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、または図２２に列記されるもの等の、これらの任意の組み合わせを含むことができ、脳癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１０ｂ、ｍｉＲ−１３０ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−１２５ｂ−１、ｍｉＲ−１２５ｂ−２、ｍｉＲ−９−２、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２５、もしくはｍｉＲ−１２３、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−１８１ａ、もしくはｍｉＲ−１８１ｂ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＭＧＭＴが挙げられるが、これらに限定されず、脳癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＥＧＦＲを挙げることができるが、これに限定されない。
また、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ１、または脳癌について図２２および図１に列記されるような、１つ以上の脳癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ１、または脳癌について図２２および図１に列記されるような、１つ以上の脳癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、脳癌に固有のエキソソーム、またはＧＯＰＣ−ＲＯＳ１、もしくは脳癌について図２２および図１に列記されるもののような、１つ以上の脳癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
脳癌について図２２および図１に列記されるような、１つ以上の脳癌に固有のバイオマーカーはまた、脳癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ１、もしくは脳癌について図２２および図１に列記されるもののような、１つ以上の脳癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
乾癬
乾癬に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２３に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、乾癬に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−２１、もしくはｍｉＲ−１０６ａ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１２２ａ、ｍｉＲ−１９７、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−３８１、ｍｉＲ−５１８ｂ、ｍｉＲ−５２４、ｌｅｔ−７ｅ、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−３６５、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−２２、ｍｉＲ−３２６、もしくはｍｉＲ−２１５、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＩＬ−２０、ＶＥＧＦＲ−１、ＶＥＧＦＲ−２、ＶＥＧＦＲ−３、もしくはＥＧＲ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、乾癬に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得る乾癬のバイオマーカーの変異体としては、ＭＧＳＴ２の変異体、または乾癬に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
また、乾癬について図２３および図１に列記されるような、１つ以上の乾癬に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、乾癬について図２３および図１に列記されるような、１つ以上の乾癬に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、乾癬に固有のエキソソーム、または乾癬について図２３および図１に列記されるような、１つ以上の乾癬に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
乾癬について図２３および図１に列記されるような、１つ以上の乾癬に固有のバイオマーカーはまた、乾癬を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、乾癬について図２３および図１に列記されるような、１つ以上の乾癬に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
心血管疾患（ＣＶＤ）
ＣＶＤに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２４に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＣＶＤに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−２０８、ｍｉＲ−２１４、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｅ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２４、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−２７ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１０３、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１９９ａ、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１、もしくはｍｉＲ−４９９、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−２０ｂ、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−２８、ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−３７４、ｍｉＲ−４２２ｂ、もしくはｍｉＲ−４２３、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得るｍＲＮＡとしては、ＭＲＰ１４、ＣＤ６９、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、ＣＶＤに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るＣＶＤのバイオマーカーの変異体としては、ＭＹＨ７、ＳＣＮ５Ａ、もしくはＣＨＲＭ２の変異体、またはＣＶＤに固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＣＫ−ＭＢ、ｃＴｎＩ（心臓トロポニン）、ＣＲＰ、ＢＰＮ、ＩＬ−６、ＭＣＳＦ、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。さらになお、単離された、またはアッセイされたエキソソームは、ＣＶＤ細胞に特異的であり得るか、または心臓細胞に由来し得る。
また、ＣＶＤについて図２４および図１に列記されるような、１つ以上のＣＶＤに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＣＶＤについて図２４および図１に列記されるような、１つ以上のＣＶＤに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＣＶＤに固有のエキソソーム、またはＣＶＤについて図２４および図１に列記されるような、１つ以上のＣＶＤに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＣＶＤについて図２４および図１に列記されるような、１つ以上のＣＶＤに固有のバイオマーカーはまた、ＣＶＤを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＣＶＤについて図２４および図１に列記されるような、１つ以上のＣＶＤに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
血液癌
血液悪性腫瘍に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、血液悪性腫瘍に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＨＯＸ１１、ＴＡＬ１、ＬＹ１、ＬＭＯ１、もしくはＬＭＯ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、血液悪性腫瘍に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得る血液癌のバイオマーカーの変異体としては、ｃ−ｋｉｔ、ＰＤＧＦＲ、もしくはＡＢＬの変異体、または血液悪性腫瘍に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
また、血液癌について図２５および図１に列記されるような、１つ以上の血液癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、血液癌について図２５および図１に列記されるような、１つ以上の血液癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、血液癌に固有のエキソソーム、または血液癌について図２５および図１に列記されるような、１つ以上の血液癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
血液癌について図２５および図１に列記されるような、１つ以上の血液癌に固有のバイオマーカーはまた、血液癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、血液癌について図２５および図１に列記されるような、１つ以上の血液癌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
１つ以上の血液癌に固有のバイオマーカーはまた、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）に関しては、ＴＴＬ−ＥＴＶ６、ＣＤＫ６−ＭＬＬ、ＣＤＫ６−ＴＬＸ３、ＥＴＶ６−ＦＬＴ３、ＥＴＶ６−ＲＵＮＸ１、ＥＴＶ６−ＴＴＬ、ＭＬＬ−ＡＦＦ１、ＭＬＬ−ＡＦＦ３、ＭＬＬ−ＡＦＦ４、ＭＬＬ−ＧＡＳ７、ＴＣＢＡ１−ＥＴＶ６、ＴＣＦ３−ＰＢＸ１、もしくはＴＣＦ３−ＴＦＰＴ；Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）に関しては、ＢＣＬ１１Ｂ−ＴＬＸ３、ＩＬ２−ＴＮＦＲＦＳ１７、ＮＵＰ２１４−ＡＢＬ１、ＮＵＰ９８−ＣＣＤＣ２８Ａ、ＴＡＬ１−ＳＴＩＬ、もしくはＥＴＶ６−ＡＢＬ２；未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）に関しては、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ、ＫＩＡＡ１６１８−ＡＬＫ、ＭＳＮ−ＡＬＫ、ＭＹＨ９−ＡＬＫ、ＮＰＭ１−ＡＬＫ、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＴＰＭ３−ＡＬＫ；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）に関しては、ＢＣＲ−ＡＢＬ１、ＢＣＲ−ＪＡＫ２、ＥＴＶ６−ＥＶＩ１、ＥＴＶ６−ＭＮ１、もしくはＥＴＶ６−ＴＣＢＡ１；ＡＭＬに関しては、ＣＢＦＢ−ＭＹＨ１１、ＣＨＩＣ２−ＥＴＶ６、ＥＴＶ６−ＡＢＬ１、ＥＴＶ６−ＡＢＬ２、ＥＴＶ６−ＡＲＮＴ、ＥＴＶ６−ＣＤＸ２、ＥＴＶ６−ＨＬＸＢ９、ＥＴＶ６−ＰＥＲ１、ＭＥＦ２Ｄ−ＤＡＺＡＰ１、ＡＭＬ−ＡＦＦ１、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＡＰ２６、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＥＦ１２、ＭＬＬ−ＣＡＳＣ５、ＭＬＬ−ＣＢＬ、ＭＬＬ−ＣＲＥＢＢＰ、ＭＬＬ−ＤＡＢ２１Ｐ、ＭＬＬ−ＥＬＬ、ＭＬＬ−ＥＰ３００、ＭＬＬ−ＥＰＳ１５、ＭＬＬ−ＦＮＢＰ１、ＭＬＬ−ＦＯＸＯ３Ａ、ＭＬＬ−ＧＭＰＳ、ＭＬＬ−ＧＰＨＮ、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ１、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ３、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ６、ＭＬＬ−ＭＹＯ１Ｆ、ＭＬＬ−ＰＩＣＡＬＭ、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ２、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ６、ＭＬＬ−ＳＯＲＢＳ２、ＭＹＳＴ３−ＳＯＲＢＳ２、ＭＹＳＴ−ＣＲＥＢＢＰ、ＮＰＭ１−ＭＬＦ１、ＮＵＰ９８−ＨＯＸＡ１３、ＰＲＤＭ１６−ＥＶＩ１、ＲＡＢＥＰ１−ＰＤＧＦＲＢ、ＲＵＮＸ１−ＥＶＩ１、ＲＵＮＸ１−ＭＤＳ１、ＲＵＮＸ１−ＲＰＬ２２、ＲＵＮＸ１−ＲＵＮＸ１Ｔ１、ＲＵＮＸ１−ＳＨ３Ｄ１９、ＲＵＮＸ１−ＵＳＰ４２、ＲＵＮＸ１−ＹＴＨＤＦ２、ＲＵＮＸ１−ＺＮＦ６８７、もしくはＴＡＦ１５−ＺＮＦ−３８４；慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）に関しては、ＣＣＮＤ１−ＦＳＴＬ３；および過好酸球増加症／慢性好酸球性白血病に関しては、ＦＬＩＰ１−ＰＤＧＦＲＡ、ＦＬＴ３−ＥＴＶ６、ＫＩＡＡ１５０９−ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＥ４ＤＩＰ−ＰＤＧＦＲＢ、ＮＩＮ−ＰＤＧＦＲＢ、ＴＰ５３ＢＰ１−ＰＤＧＦＲＢ、もしくはＴＰＭ３−ＰＤＧＦＲＢからなる群より選択される遺伝子融合であり得る。
ＣＬＬにおける１つ以上のバイオマーカーはまた、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２４−１、ｍｉＲ−１４６、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−３３１、ｍｉＲ−２９ａ、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−３４ａ、もしくはｍｉＲ−２９ｃ等の上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡのうちの１つ以上、ｍｉＲ−１５ａ、ｍｉＲ−１６−１、ｍｉＲ−２９、もしくはｍｉＲ−２２３等の下方制御または過小発現ｍｉＲのうちの１つ以上、またはこれらの任意の組み合わせを含むこともできる。
ＡＬＬにおける１つ以上のバイオマーカーはまた、ｍｉＲ−１２８ｂ、ｍｉＲ− ２０４、ｍｉＲ−２１８、ｍｉＲ−３３１、ｍｉＲ−１８１ｂ−１、ｍｉＲ−１７−９２等の上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡのうちの１つ以上、またはこれらの任意の組み合わせを含むこともできる。
Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）
Ｂ−ＣＬＬに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２６に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、Ｂ−ＣＬＬに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１８３−ｐｒｅｃ、ｍｉＲ−１９０、ｍｉＲ−２４−１−ｐｒｅｃ、ｍｉＲ−３３、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１２３、ｍｉＲ−１０ｂ、ｍｉＲ−１５ｂ−ｐｒｅｃ、ｍｉＲ−９２−１、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−１５４、ｍｉＲ−２１７、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４１−ｐｒｅｃ、ｍｉＲ−１５３−ｐｒｅｃ、ｍｉＲ−１９６−２、ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１９２、もしくはｍｉＲ−１８１ｂ−ｐｒｅｃ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−２１３、ｍｉＲ−２２０、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＺＡＰ７０、ＡｄｉｐｏＲ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、Ｂ−ＣＬＬに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るＢ−ＣＬＬのバイオマーカーの変異体としては、ＩＧＨＶ、Ｐ５３、ＡＴＭの変異体、またはＢ−ＣＬＬに固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
また、ＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０、もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ、または図２６に列記されるもののような、１つ以上のＢ−ＣＬＬに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０、もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ、または図２６に列記されるもののような、１つ以上のＢ−ＣＬＬに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、Ｂ−ＣＬＬに固有のエキソソーム、またはＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０、もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ、または図２６に列記されるもののような、１つ以上のＢ−ＣＬＬに固有のバイオマーカーを含むＢ−ＣＬＬに固有のエキソソームについて実質的に均質である。
ＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０、もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ、または図２６に列記されるもののような、１つ以上のＢ−ＣＬＬに固有のバイオマーカーはまた、Ｂ−ＣＬＬを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０、もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ、または図２６に列記されるもののような、１つ以上のＢ−ＣＬＬに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
Ｂ細胞リンパ腫
Ｂ細胞リンパ腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２７に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、Ｂ細胞リンパ腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１７−９２ポリシストロン、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２１０、もしくはｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−１４２ ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２２１ ｍｉＲ−１７−９２、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−２０５、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。さらになお、Ｂ細胞リンパ腫におけるエキソソームのバイオマーカーとして使用され得るｓｎｏＲＮＡとしては、Ｕ５０を挙げることができるが、これに限定されない。
また、図２７に列記されるような、１つ以上のＢ細胞リンパ腫に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図２７に列記されるような、１つ以上のＢ細胞リンパ腫に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、Ｂ細胞リンパ腫に固有のエキソソーム、または図２７に列記されるような、１つ以上のＢ細胞リンパ腫に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図２７に列記されるような、１つ以上のＢ細胞リンパ腫に固有のバイオマーカーはまた、Ｂ細胞リンパ腫を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図２７に列記されるような、１つ以上のＢ細胞リンパ腫に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）
ＤＬＢＣＬに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２８に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＤＬＢＣＬに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１７−９２、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２１０、もしくはｍｉＲ−２１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、Ａ−ｍｙｂ、ＬＭＯ２、ＪＮＫ３、ＣＤ１０、ｂｃｌ−６、サイクリンＤ２、ＩＲＦ４、Ｆｌｉｐ、もしくはＣＤ４４、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、ＤＬＢＣＬに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、もしくはＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ、または図２８に列記されるもののような、１つ以上のＤＬＢＣＬに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、もしくはＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ、図２８に列記されるもののような、１つ以上のＤＬＢＣＬに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＤＬＢＣＬに固有のエキソソーム、またはＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、もしくはＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ、または図２８に列記されるもののような、１つ以上のＤＬＢＣＬに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、もしくはＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ、または図２８に列記されるもののような、１つ以上のＤＬＢＣＬに固有のバイオマーカーはまた、ＤＬＢＣＬを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、もしくはＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ、または図２８に列記されるもののような、１つ以上のＤＬＢＣＬに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
バーキットリンパ腫
バーキットリンパ腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図２９に列記されるような、１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、バーキットリンパ腫に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーはまた、ｐｒｉ−ｍｉＲ−１５５、またはこの組み合わせ等があるが、これに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＭＹＣ、ＴＥＲＴ、ＮＳ、ＮＰ、ＭＡＺ、ＲＣＦ３、ＢＹＳＬ、ＩＤＥ３、ＣＤＣ７、ＴＣＬ１Ａ、ＡＵＴＳ２、ＭＹＢＬ１、ＢＭＰ７、ＩＴＰＲ３、ＣＤＣ２、ＢＡＣＫ２、ＴＴＫ、ＭＭＥ、ＡＬＯＸ５、もしくはＴＯＰ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、バーキットリンパ腫に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＢＣＬ６、ＫＩ−６７、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ１−ＢＣＬ６、または図２９に列記されるもののような、１つ以上のバーキットリンパ腫に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ１−ＢＣＬ６、または図２９に列記されるもののような、１つ以上のバーキットリンパ腫に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、バーキットリンパ腫に固有のエキソソーム、またはＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ１−ＢＣＬ６、または図２９に列記されるもののような、１つ以上のバーキットリンパ腫に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ１−ＢＣＬ６、または図２９に列記されるもののような、１つ以上のバーキットリンパ腫に固有のバイオマーカーはまた、バーキットリンパ腫を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ１−ＢＣＬ６、または図２９に列記されるもののような、１つ以上のバーキットリンパ腫に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
肝細胞癌
肝細胞癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３０に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、肝細胞癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２２１等があるが、これに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｌｅｔ−７ａ−１、ｌｅｔ−７ａ−２、ｌｅｔ−７ａ−３、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ−２、ｌｅｔ−ｆｇ、ｍｉＲ−１２２ａ、ｍｉＲ−１２４ａ−２、ｍｉＲ−１３０ａ、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１３６、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４２、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４６、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−１５５（ＢＩＣ）、ｍｉＲ−１８１ａ−１、ｍｉＲ−１８１ａ−２、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１９９ａ−１−５ｐ、ｍｉＲ−１９９ａ−２−５ｐ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２１４、ｍｉＲ−２２３、もしくはｐｒｅ−ｍｉＲ−５９４、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＦＡＴ１０を挙げることができるが、これらに限定されない。
バイオシグネチャーの１つ以上のバイオマーカーはまた、Ｃ型肝炎ウイルス関連肝細胞癌を特徴付けるために使用することもできる。１つ以上のバイオマーカーは、過剰発現または過小発現ｍｉＲＮＡ等のｍｉＲＮＡであり得る。例えば、該上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１２２、ｍｉＲ−１００、またはｍｉＲ−１０ａであり得、該下方制御ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１９８またはｍｉＲ−１４５であり得る。
また、肝細胞癌について図３０および図１に列記されるような、１つ以上の肝細胞癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、肝細胞癌について図３０および図１に列記されるような、１つ以上の肝細胞癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、肝細胞癌に固有のエキソソーム、または肝細胞癌について図３０および図１に列記されるような、１つ以上の肝細胞癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
肝細胞癌について図３０および図１に列記されるような、１つ以上の肝細胞癌に固有のバイオマーカーはまた、肝細胞癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、肝細胞癌について図３０および図１に列記されるような、１つ以上の肝細胞癌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
子宮頸癌
子宮頸癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３１に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、子宮頸癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＨＰＶ Ｅ６、ＨＰＶ Ｅ７、もしくはｐ５３、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、子宮頸癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、子宮頸癌について図３０および図１に列記されるような、１つ以上の子宮頸癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、子宮頸癌について図３１および図１に列記されるような、１つ以上の子宮頸癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、子宮頸癌に固有のエキソソーム、または子宮頸癌について図３１および図１に列記されるような、１つ以上の子宮頸癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
子宮頸癌について図３１および図１に列記されるような、１つ以上の子宮頸癌に固有のバイオマーカーはまた、子宮頸癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、子宮頸癌について図３１および図１に列記されるような、１つ以上の子宮頸癌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
子宮内膜癌
子宮内膜癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３２に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、子宮内膜癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１８５、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−４２３、ｍｉＲ−１０３、ｍｉＲ−１０７、もしくはｌｅｔ−７ｃ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−７ｉ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−１９３、ｍｉＲ−１５２、もしくはｍｉＲ−３０ｃ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
エキソソーム中で評価され得る子宮内膜癌のバイオマーカーの変異体としては、ＰＴＥＮ、Ｋ−ＲＡＳ、Ｂ−カテニン、ｐ５３、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、または子宮内膜癌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＮＬＲＰ７、αＶβ６インテグリン、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、子宮内膜癌について図３２および図１に列記されるような、１つ以上の子宮内膜癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、子宮内膜癌について図３２および図１に列記されるような、１つ以上の子宮内膜癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、子宮内膜癌に固有のエキソソーム、または子宮内膜癌について図３２および図１に列記されるような、１つ以上の子宮内膜癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
子宮内膜癌について図３２および図１に列記されるような、１つ以上の子宮内膜癌に固有のバイオマーカーはまた、子宮内膜癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、子宮内膜癌について図３２および図１に列記されるような、１つ以上の子宮内膜癌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
頭頸部癌
頭頸部癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３３に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、頭頸部癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２１、ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−１８、ｍｉＲ−２９ｃ、ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−２０５、もしくはｍｉＲ−２１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−４９４等があるが、これに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＨＰＶ Ｅ６、ＨＰＶ Ｅ７、ｐ５３、ＩＬ−８、ＳＡＴ、Ｈ３ＦＡ３、もしくはＥＧＦＲ、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されず、頭頸部癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得る頭頸部癌のバイオマーカーの変異体としては、ＧＳＴＭ１、ＧＳＴＴ１、ＧＳＴＰ１、ＯＧＧ１、ＸＲＣＣ１、ＸＰＤ、ＲＡＤ５１、ＥＧＦＲ、ｐ５３、または頭頸部癌に固有の突然変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＥＧＦＲ、ＥｐｈＢ４、もしくはＥｐｈＢ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、頭頸部癌について図３３および図１に列記されるような、１つ以上の頭頸部癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＣＨＣＨＤ７−ＰＬＡＧ１、ＣＴＮＮＢ１−ＰＬＡＧ１、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ２、ＨＭＧＡ２−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ１、もしくはＴＣＥＡ１−ＰＬＡＧ１、または頭頸部癌について図３３および図１に列記されるような、１つ以上の頭頸部癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、頭頸部癌に固有のエキソソーム、またはＣＨＣＨＤ７−ＰＬＡＧ１、ＣＴＮＮＢ１−ＰＬＡＧ１、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ２、ＨＭＧＡ２−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ１、もしくはＴＣＥＡ１−ＰＬＡＧ１、または頭頸部癌について図３３および図１に列記されるような、１つ以上の頭頸部癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
頭頸部癌について図３３および図１に列記されるような、１つ以上の頭頸部癌に固有のバイオマーカーはまた、頭頸部癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＣＨＣＨＤ７−ＰＬＡＧ１、ＣＴＮＮＢ１−ＰＬＡＧ１、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ２、ＨＭＧＡ２−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ１、もしくはＴＣＥＡ１−ＰＬＡＧ１、または頭頸部癌について図３３および図１に列記されるような、１つ以上の頭頸部癌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）
ＩＢＤに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３４に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＩＢＤに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、トリプシノーゲンＩＶ、ＳＥＲＴ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、ＩＢＤに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るＩＢＤのバイオマーカーの変異体としては、ＣＡＲＤ１５の変異体、またはＩＢＤに固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＩＬ−１６、ＩＬ−１β、ＩＬ−１２、ＴＮＦ−α、インターフェロンγ、ＩＬ−６、ランテス、ＭＣＰ−１、レジスチン、もしくは５−ＨＴ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、ＩＢＤについて図３４および図１に列記されるような、１つ以上のＩＢＤに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＩＢＤについて図３４および図１に列記されるような、１つ以上のＩＢＤに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＩＢＤに固有のエキソソーム、またはＩＢＤについて図３４および図１に列記されるような、１つ以上のＩＢＤに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＩＢＤについて図３４および図１に列記されるような、１つ以上のＩＢＤに固有のバイオマーカーはまた、ＩＢＤを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＩＢＤについて図３４および図１に列記されるような、１つ以上のＩＢＤに固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
糖尿病
糖尿病に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、糖尿病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、Ｉｌ−８、ＣＴＳＳ、ＩＴＧＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＤ５３、ＰＬＡＧ２７、もしくはＭＭＰ９、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、糖尿病に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＲＢＰ４を挙げることができるが、これに限定されない。
また、糖尿病について図３５および図１に列記されるような、１つ以上の糖尿病に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、糖尿病について図３５および図１に列記されるような、１つ以上の糖尿病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、糖尿病に固有のエキソソーム、または糖尿病について図３５および図１に列記されるような、１つ以上の糖尿病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
糖尿病について図３５および図１に列記されるような、１つ以上の糖尿病に固有のバイオマーカーはまた、糖尿病を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、糖尿病について図３５および図１に列記されるような、１つ以上の糖尿病に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
バレット食道
バレット食道に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３６に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、バレット食道に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９４、もしくはｍｉＲ−２１５、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、Ｓ１００Ａ２、Ｓ１００Ａ４、またはこれらの任意の組み合わせを挙げられるが、これらに限定されず、バレット食道に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るバレット食道のバイオマーカーの変異体としては、ｐ５３の変異体、またはバレット食道に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ｐ５３、ＭＵＣ１、ＭＵＣ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、バレット食道について図３６および図１に列記されるような、１つ以上のバレット食道に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、バレット食道について図３６および図１に列記されるような、１つ以上のバレット食道に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、バレット食道に固有のエキソソーム、またはバレット食道について図３６および図１に列記されるような、１つ以上のバレット食道に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
バレット食道について図３６および図１に列記されるような、１つ以上のバレット食道に固有のバイオマーカーはまた、バレット食道を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、バレット食道について図３６および図１に列記されるような、１つ以上のバレット食道に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
線維筋痛
線維筋痛に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３７に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、線維筋痛に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＮＲ２Ｄを挙げることができるが、これに限定されず、線維筋痛に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、線維筋痛について図３７および図１に列記されるような、１つ以上の線維筋痛に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、線維筋痛について図３７および図１に列記されるような、１つ以上の線維筋痛に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、線維筋痛に固有のエキソソーム、または線維筋痛について図３７および図１に列記されるような、１つ以上の線維筋痛に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
線維筋痛について図３７および図１に列記されるような、１つ以上の線維筋痛に固有のバイオマーカーはまた、線維筋痛を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、線維筋痛について図３７および図１に列記されるような、１つ以上の線維筋痛に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
脳卒中
脳卒中に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３８に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、脳卒中に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＭＭＰ９、Ｓ１００−Ｐ、Ｓ１００Ａ１２、Ｓ１００Ａ９、凝固第Ｖ因子、アルギナーゼＩ、ＣＡ−ＩＶ、モノカルボン酸トランスポーター、ｅｔｓ−２、ＥＩＦ２α、細胞骨格関連タンパク質４、Ｎ−ホルミルペプチド受容体、リボヌクレアーゼ２、Ｎ−アセチルノイラミン酸ピルビン酸リアーゼ、ＢＣＬ−６、もしくはグリコーゲンホスホリラーゼ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これに限定されず、脳卒中に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、脳卒中について図３８および図１に列記されるような、１つ以上の脳卒中に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、脳卒中について図３８および図１に列記されるような、１つ以上の脳卒中に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、脳卒中に固有のエキソソーム、または脳卒中について図３８および図１に列記されるような、１つ以上の脳卒中に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
脳卒中について図３８および図１に列記されるような、１つ以上の脳卒中に固有のバイオマーカーはまた、脳卒中を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、脳卒中について図３８および図１に列記されるような、１つ以上の脳卒中に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
多発性硬化症（ＭＳ）
ＭＳに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図３９に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＭＳに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＩＬ−６、ＩＬ−１７、ＰＡＲ−３、ＩＬ−１７、Ｔ１／ＳＴ２、ＪｕｎＤ、５−ＬＯ、ＬＴＡ４Ｈ、ＭＢＰ、ＰＬＰ、もしくはα−βクリスタリン、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これに限定されず、ＭＳに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、ＭＳについて図３９および図１に列記されるような、１つ以上のＭＳに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＭＳについて図３９および図１に列記されるような、１つ以上のＭＳに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＭＳに固有のエキソソーム、またはＭＳについて図３９および図１に列記されるような、１つ以上のＭＳに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＭＳについて図３９および図１に列記されるような、１つ以上のＭＳに固有のバイオマーカーはまた、ＭＳを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＭＳについて図３９および図１に列記されるような、１つ以上のＭＳに固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
パーキンソン病
パーキンソン病に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４０に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、パーキンソン病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１３３ｂ等があるが、これに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、Ｎｕｒｒ１、ＢＤＮＦ、ＴｒｋＢ、ｇｓｔｍ１、もしくはＳ１００β、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、パーキンソン病に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るパーキンソン病のバイオマーカーの突然変異体としては、ＦＧＦ２０、α−シヌクレイン、ＦＧＦ２０、ＮＤＵＦＶ２、ＦＧＦ２、ＣＡＬＢ１、Ｂ２Ｍの変異体、またはパーキンソン病に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ａｐｏ−Ｈ、セルロプラスミン、ＢＤＮＦ、ＩＬ−８、β２−ミクログロブリン、ａｐｏＡＩＩ、ｔａｕ、Ａβ１−４２、ＤＪ−１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、パーキンソン病について図４０および図１に列記されるような、１つ以上のパーキンソン病に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、パーキンソン病について図４０および図１に列記されるような、１つ以上のパーキンソン病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、パーキンソン病に固有のエキソソーム、またはパーキンソン病について図４０および図１に列記されるような、１つ以上のパーキンソン病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
パーキンソン病について図４０および図１に列記されるような、１つ以上のパーキンソン病に固有のバイオマーカーはまた、パーキンソン病を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、パーキンソン病について図４０および図１に列記されるような、１つ以上のパーキンソン病に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
リウマチ性疾患
リウマチ性疾患に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４１に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、リウマチ性疾患に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１６、もしくはｍｉＲ−１８１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＨＯＸＤ１０、ＨＯＸＤ１１、ＨＯＸＤ１３、ＣＣＬ８、ＬＩＭホメオボックス２、もしくはＣＥＮＰ−Ｅ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、リウマチ性疾患に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＴＮＦαを挙げることができるが、これに限定されない。
また、リウマチ性疾患について図４１および図１に列記されるような、１つ以上のリウマチ性疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、リウマチ性疾患について図４１および図１に列記されるような、１つ以上のリウマチ性疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、リウマチ性疾患に固有のエキソソーム、またはリウマチ性疾患について図４１および図１に列記されるような、１つ以上のリウマチ性疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
リウマチ性疾患について図４１および図１に列記されるような、１つ以上のリウマチ性疾患に固有のバイオマーカーはまた、リウマチ性疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、リウマチ性疾患について図４１および図１に列記されるような、１つ以上のリウマチ性疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
アルツハイマー病
アルツハイマー病に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４２に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、アルツハイマー病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−２９ａ、ｍｉＲ−２９ｂ−１、もしくはｍｉＲ−９、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１２８等、またはこの任意の組み合わせ等の１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＨＩＦ−１α、ＢＡＣＥ１、リーリン、ＣＨＲＮＡ７、もしくは３Ｒｔａｕ／４Ｒｔａｕ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、アルツハイマー病に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るアルツハイマー病のバイオマーカーの変異体としては、ＡＰＰ、プレセニリン１、プレセニリン２、ＡＰＯＥ４の変異体、またはアルツハイマー病に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＢＡＣＥ１、リーリン、シスタチンＣ、短縮型シスタチンＣ、アミロイドβ、Ｃ３ａ、ｔ−Ｔａｕ、補体因子Ｈ、もしくはα−２−マクログロブリン、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、アルツハイマー病について図４２および図１に列記されるような、１つ以上のアルツハイマー病に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、アルツハイマー病について図４２および図１に列記されるような、１つ以上のアルツハイマー病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、アルツハイマー病に固有のエキソソーム、またはアルツハイマー病について図４２および図１に列記されるような、１つ以上のアルツハイマー病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
アルツハイマー病について図４２および図１に列記されるような、１つ以上のアルツハイマー病に固有のバイオマーカーはまた、アルツハイマー病を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、アルツハイマー病について図４２および図１に列記されるような、１つ以上のアルツハイマー病に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
プリオン病
プリオンに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４３に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、プリオンに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、アミロイドＢ４、Ａｐｐ、ＩＬ−１Ｒ１、もしくはＳＯＤ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、プリオンに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＰｒＰ（ｃ）、１４−３−３、ＮＳＥ、Ｓ−１００、Ｔａｕ、ＡＱＰ−４、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、プリオン病について図３６および図１に列記されるような、１つ以上のプリオン病に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、プリオン病について図４３および図１に列記されるような、１つ以上のプリオン病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、プリオン病に固有のエキソソーム、またはプリオン病について図４３および図１に列記されるような、１つ以上のプリオン病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
プリオン病について図４３および図１に列記されるような、１つ以上のプリオン病に固有のバイオマーカーはまた、プリオン病を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、プリオン病について図４３および図１に列記されるような、１つ以上のプリオン病に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
敗血症
敗血症に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４４に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、敗血症に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、１５−ヒドロキシ−ＰＧデヒドロゲナーゼ（上方）、ＬＡＩＲ１（上方）、ＮＦＫＢ１Ａ（上方）、ＴＬＲ２、ＰＧＬＹＰＲ１、ＴＬＲ４、ＭＤ２、ＴＬＲ５、ＩＦＮＡＲ２、ＩＲＡＫ２、ＩＲＡＫ３、ＩＲＡＫ４、ＰＩ３Ｋ、ＰＩ３ＫＣＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＭＡＰＫ１４、ＮＦＫＢ１Ａ、ＮＦＫＢ１、ＩＬ１Ｒ１、ＭＡＰ２Ｋ１ＩＰ１、ＭＫＮＫ１、ＦＡＳ、ＣＡＳＰ４、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＳＯＣＳ３、ＴＮＦＳＦ１０、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＯＳＭ、ＨＧＦ、もしくはＩＬ１８Ｒ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、敗血症に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、図４４に列記されるような、１つ以上の敗血症に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図４４に列記されるような、１つ以上の敗血症に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、敗血症に固有のエキソソーム、または図４４に列記されるような、１つ以上の敗血症に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図４４に列記されるような、１つ以上の敗血症に固有のバイオマーカーはまた、敗血症を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図４４に列記されるような、１つ以上の敗血症に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
慢性神経因性疼痛
慢性神経因性疼痛（ＣＮＰ）に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＣＮＰに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＩＣＡＭ−１（齧歯類）、ＣＧＲＰ（齧歯類）、ＴＩＭＰ−１（齧歯類）、ＣＬＲ−１（齧歯類）、ＨＳＰ−２７（齧歯類）、ＦＡＢＰ（齧歯類）、もしくはアポリポタンパク質Ｄ（齧歯類）、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、ＣＮＰに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ケモカイン、ケモカイン受容体（ＣＣＲ２／４）、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これに限定されない。
また、慢性神経因性疼痛について図４５および図１に列記されるような、１つ以上の慢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、慢性神経因性疼痛について図４５および図１に列記されるような、１つ以上の慢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、慢性神経因性疼痛に固有のエキソソーム、または慢性神経因性疼痛について図４５および図１に列記されるような、１つ以上の慢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
慢性神経因性疼痛について図４５および図１に列記されるような、１つ以上の慢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーはまた、慢性神経因性疼痛を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、慢性神経因性疼痛について図４５および図１に列記されるような、１つ以上の慢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
末梢性神経因性疼痛
末梢性神経因性疼痛（ＰＮＰ）に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＰＮＰに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＯＸ４２、ＥＤ９、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、末梢性神経因性疼痛について図４６および図１に列記されるような、１つ以上の末梢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、末梢性神経因性疼痛について図４６および図１に列記されるような、１つ以上の末梢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、末梢性神経因性疼痛に固有のエキソソーム、または末梢性神経因性疼痛について図４６および図１に列記されるような、１つ以上の末梢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
末梢性神経因性疼痛について図４６および図１に列記されるような、１つ以上の末梢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーはまた、末梢性神経因性疼痛を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、末梢性神経因性疼痛について図４６および図１に列記されるような、１つ以上の末梢性神経因性疼痛に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
統合失調症
統合失調症に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４７に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、統合失調症に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１８１ｂ等があるが、これに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−７、ｍｉＲ−２４、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−３０ｂ、ｍｉＲ−３０ｅ、ｍｉＲ−９２、もしくはｍｉＲ−１９５、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＩＦＩＴＭ３、ＳＥＲＰＩＮＡ３、ＧＬＳ、もしくはＡＬＤＨ７Ａ１ＢＡＳＰ１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、統合失調症に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得る統合失調症のバイオマーカーの変異体としては、ＤＩＳＣ１、ディスビンディン、ニューレグリン−１、セロトニン２ａ受容体、ＮＵＲＲ１の変異体、または統合失調症に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＡＴＰ５Ｂ、ＡＴＰ５Ｈ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｂ、ＤＮＭ１、ＮＤＵＦＶ２、ＮＳＦ、ＰＤＨＢ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、統合失調症について図４７および図１に列記されるような、１つ以上の統合失調症に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、統合失調症について図４７および図１に列記されるような、１つ以上の統合失調症に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、統合失調症に固有のエキソソーム、または統合失調症について図４７および図１に列記されるような、１つ以上の統合失調症に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
統合失調症について図４７および図１に列記されるような、１つ以上の統合失調症に固有のバイオマーカーはまた、統合失調症を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、統合失調症について図４７および図１に列記されるような、１つ以上の統合失調症に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
双極性疾患
双極性疾患に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４８に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、双極性疾患に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＦＧＦ２、ＡＬＤＨ７Ａ１、ＡＧＸＴ２Ｌ１、ＡＱＰ４、もしくはＰＣＮＴ２、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、双極性疾患に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得る双極性疾患のバイオマーカーの変異体としては、ディスビンディン、ＤＡＯＡ／Ｇ３０、ＤＩＳＣ１、ニューレグリン−１の変異体、または双極性疾患に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
また、図４８に列記されるような、１つ以上の双極性疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図４８に列記されるような、１つ以上の双極性疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、双極性疾患に固有のエキソソーム、または図４８に列記されるような、１つ以上の双極性疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図４８に列記されるような、１つ以上の双極性疾患に固有のバイオマーカーはまた、双極性疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図４８に列記されるような、１つ以上の双極性疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
うつ病
うつ病に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図４９に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、うつ病に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、もしくはＡＱＰ４、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、うつ病に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、図４９に列記されるような、１つ以上のうつ病に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図４９に列記されるような、１つ以上のうつ病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、うつ病に固有のエキソソーム、または図４９に列記されるような、１つ以上のうつ病に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図４９に列記されるような、１つ以上のうつ病に固有のバイオマーカーはまた、うつ病を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図４９に列記されるような、１つ以上のうつ病に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）
ＧＩＳＴに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５０に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、ＧＩＳＴに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＤＯＧ−１、ＰＫＣ−θ、ＫＩＴ、ＧＰＲ２０、ＰＲＫＣＱ、ＫＣＮＫ３、ＫＣＮＨ２、ＳＣＧ２、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、もしくはＣＤ３４、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されず、ＧＩＳＴに固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るＧＩＳＴのバイオマーカーの変異体としては、ＰＫＣ−θの変異体、またはＧＩＳＴに固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＰＤＧＦＲＡ、ｃ−ｋｉｔ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、ＧＩＳＴについて図５０および図１に列記されるような、１つ以上のＧＩＳＴに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＧＩＳＴについて図５０および図１に列記されるような、１つ以上のＧＩＳＴに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＧＩＳＴに固有のエキソソーム、またはＧＩＳＴについて図５０および図１に列記されるような、１つ以上のＧＩＳＴに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＧＩＳＴについて図５０および図１に列記されるような、１つ以上のＧＩＳＴに固有のバイオマーカーはまた、ＧＩＳＴを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＧＩＳＴについて図５０および図１に列記されるような、１つ以上のＧＩＳＴに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
腎細胞癌
腎細胞癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５１に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、腎細胞癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−２００ｃ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。１つ以上の上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−２８、ｍｉＲ−１８５、ｍｉＲ−２７、ｍｉＲ−ｌｅｔ−７ｆ−２、またはこれらの任意の組み合わせであり得る。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ラミニン受容体１、ｂｅｔａｉｇ−ｈ３、ガレクチン−１、ａ−２マクログロブリン、アディポフィリン、アンジオポエチン２、カルデスモン１、クラスＩＩ ＭＨＣ−関連インバリアント鎖（ＣＤ７４）、コラーゲンＩＶ−ａ１、補体成分、補体成分３、シトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＩＪポリペプチド２、デルタ睡眠誘発ペプチド、Ｆｃｇ受容体ＩＩＩａ（ＣＤ１６）、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｄｒａ、ＨＬＡ−ＤＲｂ、ＨＬＡ−ＳＢ、ＩＦＮ誘発膜貫通タンパク質３、ＩＦＮ誘発膜貫通タンパク質１、もしくはリシルオキシダーゼ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げられるが、これらに限定されず、腎細胞癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るバレット食道のバイオマーカーの変異体としては、ＶＨＬの変異体、または腎細胞癌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＩＦ１α、ＶＥＧＦ、ＰＤＧＦＲＡ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、もしくはＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥＢ、またはＲＣＣについて図５１および図１に列記されるような、１つ以上のＲＣＣに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、もしくはＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥ、またはＲＣＣについて図５１および図１に列記されるような、１つ以上のＲＣＣに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＲＣＣに固有のエキソソーム、またはＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、もしくはＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥ、またはＲＣＣについて図５１および図１に列記されるような、１つ以上のＲＣＣに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、もしくはＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥ、またはＲＣＣについて図５１および図１に列記されるような、１つ以上のＲＣＣに固有のバイオマーカーはまた、ＲＣＣを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、もしくはＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥ、またはＲＣＣについて図５１および図１に列記されるような、１つ以上のＲＣＣに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
肝硬変
肝硬変に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５２に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、肝硬変に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＮＬＴが挙げられるが、これに限定されず、肝硬変に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＮＬＴ、ＨＢｓＡＧ、ＡＳＴ、ＹＫＬ−４０、ヒアルロン酸、ＴＩＭＰ−１、α２マクログロブリン、ａ−１−抗トリプシンＰｌＺ対立遺伝子、ハプトグロビン、もしくは酸性ホスファターゼＡＣＰ ＡＣ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、肝硬変について図５２および図１に列記されるような、１つ以上の肝硬変に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、肝硬変について図５２および図１に列記されるような、１つ以上の肝硬変に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、肝硬変に固有のエキソソーム、または肝硬変について図５２および図１に列記されるような、１つ以上の肝硬変に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
肝硬変について図５２および図１に列記されるような、１つ以上の肝硬変に固有のバイオマーカーはまた、肝硬変を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、肝硬変について図５２および図１に列記されるような、１つ以上の肝硬変に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
食道癌
食道癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５３に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、食道癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−１５２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−４２４、もしくはｍｉＲ−１５１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−２７ｂ、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−３４２、ｌｅｔ−７ｃ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１５２、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−２７ｂ、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−９９ａ、ｍｉＲ−２９ｃ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１０３、もしくはｍｉＲ−１０７、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＭＴＨＦＲが挙げられるが、これに限定されず、食道癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。
また、食道癌について図５３および図１に列記されるような、１つ以上の食道癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、食道癌について図５３および図１に列記されるような、１つ以上の食道癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、食道癌に固有のエキソソーム、または食道癌について図５３および図１に列記されるような、１つ以上の食道癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
食道癌について図５３および図１に列記されるような、１つ以上の食道癌に固有のバイオマーカーはまた、食道癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、食道癌について図５３および図１に列記されるような、１つ以上の食道癌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
胃癌
胃癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５４に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、胃癌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２４−１、ｍｉＲ−２４−２、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−９２−２、ｍｉＲ−２１４、ｍｉＲ−２５、もしくはｍｉＲ−２２１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｌｅｔ−７ａ等があるが、これに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＲＲＭ２、ＥｐｈＡ４、もしくはスルビビン、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されず、胃癌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得る胃癌のバイオマーカーの変異体としては、ＡＰＣの変異体、または胃癌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソームにおいて評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＥｐｈＡ４を挙げることができるが、これに限定されない。
また、図５４に列記されるような、１つ以上の胃癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図５４に列記されるような、１つ以上の胃癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、胃癌に固有のエキソソーム、または図５４に列記されるような、１つ以上の胃癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図５４に列記されるような、１つ以上の胃癌に固有のバイオマーカーはまた、胃癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図５４に列記されるような、１つ以上の胃癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
自閉症
自閉症に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５５に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、自閉症に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２１２、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−５９８、ｍｉＲ−９５、ｍｉＲ−１２９、ｍｉＲ−４３１、ｍｉＲ−７、ｍｉＲ−１５ａ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−１３２、もしくはｍｉＲ−１２８、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−５３９、ｍｉＲ−６５２、ｍｉＲ−５５０、ｍｉＲ−４３２、ｍｉＲ−１９３ｂ、ｍｉＲ−１８１ｄ、ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−３８１、ｍｉＲ−３２０ａ、もしくはｍｉＲ−１０６ｂ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＧＭ１、ＧＤｌａ、ＧＤｌｂ、もしくはＧＴｌｂ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、自閉症について図５５および図１に列記されるような、１つ以上の自閉症に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、自閉症について図５５および図１に列記されるような、１つ以上の自閉症に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、自閉症に固有のエキソソーム、または自閉症について図５５および図１に列記されるような、１つ以上の自閉症に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
自閉症について図５５および図１に列記されるような、１つ以上の自閉症に固有のバイオマーカーはまた、自閉症を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、自閉症について図５５および図１に列記されるような、１つ以上の自閉症に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
臓器拒絶反応
臓器拒絶反応に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５６に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、臓器拒絶反応に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−６５８、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−３８１、ｍｉＲ−６２８、ｍｉＲ−６０２、ｍｉＲ−６２９、もしくはｍｉＲ−１２５ａ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過剰発現ｍｉＲを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−３２４−３ｐ、ｍｉＲ−６１１、ｍｉＲ−６５４、ｍｉＲ−３３０＿ＭＭ１、ｍｉＲ−５２４、ｍｉＲ−１７−３ｐ＿ＭＭ１、ｍｉＲ−４８３、ｍｉＲ−６６３、ｍｉＲ−５１６−５ｐ、ｍｉＲ−３２６、ｍｉＲ−１９７＿ＭＭ２、もしくはｍｉＲ−３４６、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、マトリックス金属タンパク質９、プロテイナーゼ３、もしくはＨＮＰ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。該バイオマーカーは、マトリックス金属プロテイナーゼのメンバーであり得る。
また、図５６に列記されるような、１つ以上の臓器拒絶反応に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図５６に列記されるような、１つ以上の臓器拒絶反応に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、臓器拒絶反応に固有のエキソソーム、または図５６に列記されるような、１つ以上の臓器拒絶反応に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図５６に列記されるような、１つ以上の臓器拒絶反応に固有のバイオマーカーはまた、臓器拒絶反応を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図５６に列記されるような、１つ以上の臓器拒絶反応に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５７に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。
分析され得る１つ以上のｍＲＮＡとしては、ＴＳＳＴ−１、またはこれらの任意の組み合わせを挙げられるが、これらに限定されず、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のエキソソームからのバイオマーカーとして使用することができる。エキソソーム中で評価され得るメチシリン耐性黄色ブドウ球菌のバイオマーカーの変異体としては、ｍｅｃＡ、タンパク質Ａ ＳＮＰの変異体、またはメチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有の変異体の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＥＴＡ、ＥＴＢ、ＴＳＳＴ−１、もしくはロイコシジン、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、図５７に列記されるような、１つ以上のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図５７に列記されるような、１つ以上のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のエキソソーム、または図５７に列記されるような、１つ以上のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図５７に列記されるような、１つ以上のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のバイオマーカーはまた、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、図５７に列記されるような、１つ以上のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
不安定プラーク
不安定プラークに固有のエキソソームからのバイオマーカーは、図５８に列記されるような、１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、またはそれ以上）の過剰発現ｍｉＲ、過小発現ｍｉＲ、ｍＲＮＡ、遺伝子の変異体、タンパク質、リガンド、ペプチド、ｓｎｏＲＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせを含むことができ、不安定プラークに固有のエキソソームバイオシグネチャーを作製するために使用することができる。エキソソーム中で評価され得るタンパク質、リガンド、またはペプチドとしては、ＩＬ−６、ＭＭＰ−９、ＰＡＰＰ−Ａ、Ｄダイマー、フィブリノーゲン、Ｌｐ−ＰＬＡ２、ＳＣＤ４０Ｌ、Ｉｌ−１８、ｏｘＬＤＬ、ＧＰｘ−１、ＭＣＰ−１、ＰＩＧＦ、もしくはＣＲＰ、またはこれらの任意の組み合わせを挙げることができるが、これらに限定されない。
また、不安定プラークについて図５８および図１に列記されるような、１つ以上の不安定プラークに固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、不安定プラークについて図５８および図１に列記されるような、１つ以上の不安定プラークに固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、不安定プラークに固有のエキソソーム、または不安定プラークについて図５８および図１に列記されるような、１つ以上の不安定プラークに固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
不安定プラークについて図５８および図１に列記されるような、１つ以上の不安定プラークに固有のバイオマーカーはまた、不安定プラークを特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、不安定プラークについて図５８および図１に列記されるような、１つ以上の不安定プラークに固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
自己免疫疾患
また、自己免疫疾患について図１に列記されるような、１つ以上の自己免疫疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、自己免疫疾患について図１に列記されるような、１つ以上の自己免疫疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、自己免疫疾患に固有のエキソソーム、または自己免疫疾患について図１に列記されるような、１つ以上の自己免疫疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
自己免疫疾患について図１に列記されるような、１つ以上の自己免疫疾患に固有のバイオマーカーはまた、自己免疫疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、自己免疫疾患について図１に列記されるような、１つ以上の自己免疫疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
結核（ＴＢ）
また、ＴＢ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＴＢ疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＴＢ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＴＢ疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＴＢ疾患に固有のエキソソーム、またはＴＢ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＴＢ疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＴＢ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＴＢ疾患に固有のバイオマーカーはまた、ＴＢ疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＴＢ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＴＢ疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＨＩＶ
また、ＨＩＶ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＨＩＶ疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＨＩＶ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＨＩＶ疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＨＩＶ疾患に固有のエキソソーム、またはＨＩＶ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＨＩＶ疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
ＨＩＶ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＨＩＶ疾患に固有のバイオマーカーはまた、ＨＩＶ疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、ＨＩＶ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のＨＩＶ疾患に固有のバイオマーカーを検出するために１つ以上のプローブを含むことができる。
１つ以上のバイオマーカーはまた、上方制御または過剰発現ｍｉＲＮＡ等のｍｉＲＮＡであり得る。該上方制御ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−２９ａ、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−３７８、またはｍｉＲ−３２４−５ｐであり得る。１つ以上のバイオマーカーはまた、１つ以上のｍｉＲＮＡを評価すること等によって、ＨＩＶ−１の潜伏を特徴付けるために使用することもできる。該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−２８、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−２２３、およびｍｉＲ−３８２であり、かつ上方制御であり得る。
喘息
また、喘息疾患について図１に列記されるような、１つ以上の喘息疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、喘息疾患について図１に列記されるような、１つ以上の喘息疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、喘息疾患に固有のエキソソーム、または喘息疾患について図１に列記されるような、１つ以上の喘息疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
喘息疾患について図１に列記されるような、１つ以上の喘息疾患に固有のバイオマーカーはまた、喘息疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、喘息疾患について図１に列記されるような、１つ以上の喘息疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
狼瘡
また、狼瘡疾患について図１に列記されるような、１つ以上の狼瘡疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、狼瘡疾患について図１に列記されるような、１つ以上の狼瘡疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、狼瘡疾患に固有のエキソソーム、または狼瘡疾患について図１に列記されるような、１つ以上の狼瘡疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
狼瘡疾患について図１に列記されるような、１つ以上の狼瘡疾患に固有のバイオマーカーはまた、狼瘡疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、狼瘡疾患について図１に列記されるような、１つ以上の狼瘡疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
インフルエンザ
また、インフルエンザ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のインフルエンザ疾患に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、インフルエンザ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のインフルエンザ疾患に固有のバイオマーカーをエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、インフルエンザ疾患に固有のエキソソーム、またはインフルエンザ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のインフルエンザ疾患に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
インフルエンザ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のインフルエンザ疾患に固有のバイオマーカーはまた、インフルエンザ疾患を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、インフルエンザ疾患について図１に列記されるような、１つ以上のインフルエンザ疾患に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
甲状腺癌
また、甲状腺乳頭癌の特徴を示す、ＡＫＡＰ９−ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＥＲＣ１−ＲＥＴＭ、ＧＯＬＧＡ５−ＲＥＴ、ＨＯＯＫ３−ＲＥＴ、ＨＲＨ４−ＲＥＴ、ＫＴＮ１−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ、ＰＣＭ１−ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲＡ１Ａ−ＲＥＴ、ＲＦＧ−ＲＥＴ、ＲＦＧ９−ＲＥＴ、Ｒｉａ−ＲＥＴ、ＴＧＦ−ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３−ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３−ＴＰＲ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、ＴＰＲ−ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ２４−ＲＥＴ、ＴＲＩＭ２７−ＲＥＴ、もしくはＴＲＩＭ３３−ＲＥＴ等、または、濾胞性甲状腺癌の特徴を示す、ＰＡＸ８−ＰＰＡＲｙ等の１つ以上の甲状腺癌に固有のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、甲状腺癌について図１に列記されるような、１つ以上の甲状腺癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、甲状腺癌に固有のエキソソーム、または甲状腺癌について図１に列記されるような、１つ以上の甲状腺癌に固有のバイオマーカーを含むエキソソームについて実質的に均質である。
甲状腺癌について図１に列記されるような、１つ以上の甲状腺癌に固有のバイオマーカーはまた、甲状腺癌を特徴付けるために、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの、甲状腺癌について図１に列記されるような、１つ以上の甲状腺癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
遺伝子融合
エキソソームの評価した１つ以上のバイオマーカーは、図５９に列記されるような１つ以上の、遺伝子融合であり得る。融合遺伝子は、２つの以前は別個の遺伝子の並列によって作製されるハイブリッド遺伝子である。これは、染色体転座もしくは逆位、欠失によって、またはトランススプライシングを介して生じ得る。結果として得られる融合遺伝子は、細胞増殖因子、血管新生因子、腫瘍プロモーター、または細胞の悪性形質転換および腫瘍の生成の一因となる他の因子の異常発現をもたらす等の遺伝子の異常な時間的および空間的発現を引き起こし得る。このような融合遺伝子は、１）細胞増殖因子、腫瘍プロモーター、または遺伝子発現の増加をもたらす発癌性を促進する他の遺伝子のコード領域に隣接した強力なプロモーター領域の並列のため、または２）２つの異なる遺伝子のコード領域の融合により、キメラ遺伝子、ひいては、異常な活性があるキメラタンパク質が生じるため、発癌性であり得る。
融合遺伝子の一例は、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）の約９０％および急性白血病のサブセットにおける特徴的分子異常である、ＢＣＲ−ＡＢＬである（Ｋｕｒｚｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２００３；１３８（１０）：８１９−８３０）。ＢＣＲ−ＡＢＬは、染色体９番と２２番の間の転座に起因する。転座は、ＢＣＲ遺伝子の５’領域およびＡＢＬ１の３’領域を接合し、キメラＢＣＲ−ＡＢＬ１遺伝子を生じ、これは、構造的に活性なチロシンキナーゼ活性を有するタンパク質をコードする（Ｍｉｔｔｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ２００７；７（４）：２３３−２４５）。異常なチロシンキナーゼ活性は、脱調節された細胞シグナリング、細胞増殖および細胞生存、アポトーシス抵抗性および増殖因子非依存性をもたらし、これらの全ては、白血病の病態生理の一因となる（Ｋｕｒｚｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２００３；１３８（１０）：８１９−８３０）。
別の融合遺伝子は、バーキットリンパ腫の約８０％を決定付ける特徴である、ＩＧＨ−ＭＹＣである（Ｆｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ． Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ ２００６； １１（４）：３７５−８３）。これにおける因果事象は、染色体８番と１４番の転座であり、免疫グロブリン重鎖遺伝子の強力なプロモーターに隣接してｃ−Ｍｙｃの発癌遺伝子をもたらし、ｃ−ｍｙｃ過剰発現を引き起こす（Ｍｉｔｔｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ２００７；７（４）：２３３−２４５）。ｃ−ｍｙｃ転位は、永続的に増殖性の状態をもたらす場合、リンパ腫発生において重要な事象である。それは、細胞周期、細胞分化、アポトーシス、および細胞粘着を通して、進行において広範な効果を有する（Ｆｅｒｒｙ ｅｔ ａｌ． Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ ２００６；１１（４）：３７５−８３）。
多くの再発融合遺伝子は、Ｍｉｔｔｌｅｍａｎデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｃｇａｐ．ｎｃｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ／Ｍｉｔｅｌｍａｎ）にカタログ化されており、エキソソーム中で評価され、表現型を特徴付けるために使用することができる。遺伝子融合は、血液悪性腫瘍または上皮腫瘍を特徴付けるために使用することができる。例えば、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ、およびＳＬＣ４５Ａ３−ＥＬＫ４融合を検出し、前立腺癌を特徴付けるために使用することができ、乳癌については、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３およびＯＤＺ４−ＮＲＧ１を検出することができる。
さらになお、融合遺伝子の存在もしくは不在、または発現レベルを評価することを、癌等の表現型を診断し、同様に、治療を選択することに対して治療反応をモニタリングするために使用することができる。例えば、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合遺伝子の存在は、ＣＭＬの診断のためだけでなく、ＣＭＬの治療に対する、Ｎｏｖａｒｔｉｓ社の薬物のメシル酸イマチニブ（グリベック）、受容体チロシンキナーゼ阻害剤の標的のためである特徴である。イマチニブ療法は、分子反応（ＢＣＲ−ＡＢＬの消失＋血液細胞）をもたらし、ＢＣＲ−ＡＢＬ＋ＣＭＬ患者において無増悪生存率を向上している（Ｋａｎｔａｒｊｉａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２００７；１３（４）：１０８９−１０９７）。
遺伝子融合の存在、不在、または発現レベルに対してエキソソームを評価することは、非均質のエキソソームの集団のものであり得る。代替として、該エキソソームは、上記の、起始細胞に特異的なエキソソーム等の特異的な細胞型に由来し得る。
乳癌
乳癌を特徴付けるために、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３が挙げられるが、これに限定されない、１つ以上の乳癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、乳癌細胞に由来し得る。
肺癌
肺癌を特徴付けるために、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、またはＣＤ７４−ＲＯＳ１が挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の肺癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、肺癌細胞に由来し得る。
前立腺癌
前立腺癌を特徴付けるために、ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１，ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５、またはＫＬＫ２−ＥＴＶ４が挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の前立腺癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、前立腺癌細胞に由来し得る。
脳癌
脳癌を特徴付けるために、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ１が挙げられるが、これに限定されない、１つ以上の脳癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、脳癌細胞に由来し得る。
頭頸部癌
頭頸部癌を特徴付けるために、ＣＨＣＨＤ７−ＰＬＡＧ１、ＣＴＮＮＢ１−ＰＬＡＧ１、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ２、ＨＭＧＡ２−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ１、またはＴＣＥＡ１−ＰＬＡＧ１が挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の頭頸部癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、頭頸部癌細胞に由来し得る。
腎細胞癌（ＲＣＣ）
ＲＣＣを特徴付けるために、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、またはＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥＢが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上のＲＣＣに固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、ＲＣＣ細胞に由来し得る。
甲状腺癌
甲状腺癌を特徴付けるために、甲状腺乳頭癌の特徴を示す、ＡＫＡＰ９−ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＥＲＣ１−ＲＥＴＭ、ＧＯＬＧＡ５−ＲＥＴ、ＨＯＯＫ３−ＲＥＴ、ＨＲＨ４−ＲＥＴ、ＫＴＮ１−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ、ＰＣＭ１−ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲＡ１Ａ−ＲＥＴ、ＲＦＧ−ＲＥＴ、ＲＦＧ９−ＲＥＴ、Ｒｉａ−ＲＥＴ、ＴＧＦ−ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３−ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３−ＴＰＲ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、ＴＰＲ−ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ２４−ＲＥＴ、ＴＲＩＭ２７−ＲＥＴ、もしくはＴＲＩＭ３３−ＲＥＴ、または濾胞性甲状腺癌の特徴を示す、ＰＡＸ８−ＰＰＡＲｙが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の甲状腺癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、甲状腺癌細胞に由来し得る。
血液癌
血液癌を特徴付けるために、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の特徴を示す、ＴＴＬ−ＥＴＶ６、ＣＤＫ６−ＭＬＬ、ＣＤＫ６−ＴＬＸ３、ＥＴＶ６−ＦＬＴ３、ＥＴＶ６−ＲＵＮＸ１、ＥＴＶ６−ＴＴＬ、ＭＬＬ−ＡＦＦ１、ＭＬＬ−ＡＦＦ３、ＭＬＬ−ＡＦＦ４、ＭＬＬ−ＧＡＳ７、ＴＣＢＡ１−ＥＴＶ６、ＴＣＦ３−ＰＢＸ１、もしくはＴＣＦ３−ＴＦＰＴ；Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）の特徴を示す、ＢＣＬ１１Ｂ−ＴＬＸ３、ＩＬ２−ＴＮＦＲＦＳ１７、ＮＵＰ２１４−ＡＢＬ１、ＮＵＰ９８−ＣＣＤＣ２８Ａ、ＴＡＬ１−ＳＴＩＬ、もしくはＥＴＶ６−ＡＢＬ２；未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）の特徴を示す、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ、ＫＩＡＡ１６１８−ＡＬＫ、ＭＳＮ−ＡＬＫ、ＭＹＨ９−ＡＬＫ、ＮＰＭ１−ＡＬＫ、ＴＧＦ−ＡＬＫ、もしくはＴＰＭ３−ＡＬＫ；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）の特徴を示す、ＢＣＲ−ＡＢＬ１、ＢＣＲ−ＪＡＫ２、ＥＴＶ６−ＥＶＩ１、ＥＴＶ６−ＭＮ１、もしくはＥＴＶ６−ＴＣＢＡ１；ＡＭＬの特徴を示す、ＣＢＦＢ−ＭＹＨ１１、ＣＨＩＣ２−ＥＴＶ６、ＥＴＶ６−ＡＢＬ１、ＥＴＶ６−ＡＢＬ２、ＥＴＶ６−ＡＲＮＴ、ＥＴＶ６−ＣＤＸ２、ＥＴＶ６−ＨＬＸＢ９、ＥＴＶ６−ＰＥＲ１、ＭＥＦ２Ｄ−ＤＡＺＡＰ１、ＡＭＬ−ＡＦＦ１、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＡＰ２６、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＥＦ１２、ＭＬＬ−ＣＡＳＣ５、ＭＬＬ−ＣＢＬ、ＭＬＬ−ＣＲＥＢＢＰ、ＭＬＬ−ＤＡＢ２１Ｐ、ＭＬＬ−ＥＬＬ、ＭＬＬ−ＥＰ３００、ＭＬＬ−ＥＰＳ１５、ＭＬＬ−ＦＮＢＰ１、ＭＬＬ−ＦＯＸＯ３Ａ、ＭＬＬ−ＧＭＰＳ、ＭＬＬ−ＧＰＨＮ、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ１、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ３、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ６、ＭＬＬ−ＭＹＯ１Ｆ、ＭＬＬ−ＰＩＣＡＬＭ、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ２、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ６、ＭＬＬ−ＳＯＲＢＳ２、ＭＹＳＴ３−ＳＯＲＢＳ２、ＭＹＳＴ−ＣＲＥＢＢＰ、ＮＰＭ１−ＭＬＦ１、ＮＵＰ９８−ＨＯＸＡ１３、ＰＲＤＭ１６−ＥＶＩ１、ＲＡＢＥＰ１−ＰＤＧＦＲＢ、ＲＵＮＸ１−ＥＶＩ１、ＲＵＮＸ１−ＭＤＳ１、ＲＵＮＸ１−ＲＰＬ２２、ＲＵＮＸ１−ＲＵＮＸ１Ｔ１、ＲＵＮＸ１−ＳＨ３Ｄ１９、ＲＵＮＸ１−ＵＳＰ４２、ＲＵＮＸ１−ＹＴＨＤＦ２、ＲＵＮＸ１−ＺＮＦ６８７、もしくはＴＡＦ１５−ＺＮＦ−３８４；慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）の特徴を示す、ＣＣＮＤ１−ＦＳＴＬ３；Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病（Ｂ−ＣＬＬ）の特徴を示す、ＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０、もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ；びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）の特徴を示す、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、もしくはＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ；過好酸球増加症／慢性好酸球性白血病の特徴を示す、ＦＬＩＰ１−ＰＤＧＦＲＡ、ＦＬＴ３−ＥＴＶ６、ＫＩＡＡ１５０９−ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＥ４ＤＩＰ−ＰＤＧＦＲＢ、ＮＩＮ−ＰＤＧＦＲＢ、ＴＰ５３ＢＰ１−ＰＤＧＦＲＢ、もしくはＴＰＭ３−ＰＤＧＦＲＢ；バーキットリンパ腫の特徴を示す、ＩＧＨ−ＭＹＣ、もしくはＬＣＰ１−ＢＣＬ６が挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の血液癌に固有の融合についてエキソソームを評価することができる。該エキソソームは、血液癌細胞に由来し得る。
また、図５９に列記されるような、本明細書に開示される、１つ以上の遺伝子融合を含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、図５９に列記されるような、１つ以上の遺伝子融合を含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、図５９に列記されるような、１つ以上の遺伝子融合を含むエキソソームについて実質的に均質である。
また、図５９に列記される１つ以上の遺伝子融合を検出するための検出システムも本明細書に提供される。例えば、検出システムは、図５９に列記される１つ以上の遺伝子融合を検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。１つ以上の遺伝子融合の検出を使用して、癌を特徴付けることができる。
遺伝子に関連したＭｉＲＮＡバイオマーカー
評価される１つ以上のバイオマーカーはまた、ＰＦＫＦＢ３、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ４２１０３、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ９０、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ３、およびＴＯＰ２Ｂからなる群より選択される１つ以上の遺伝子を含むこともできる。１つ以上の遺伝子と相互作用するミクロＲＮＡはまた、バイオマーカーであり得る（例えば、図６０を参照のこと）。さらになお、１つ以上のバイオマーカーを使用して、前立腺癌を特徴付けることができる。
また、ＰＦＫＦＢ３、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ４２１０３、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ９０、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ３、およびＴＯＰ２Ｂからなる１つ以上のバイオマーカー、または１つ以上の遺伝子と相互作用するミクロＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される（例えば、図６０を参照のこと）。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＰＦＫＦＢ３、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ４２１０３、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ９０、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ３、およびＴＯＰ２Ｂからなる１つ以上のバイオマーカー、または図６０に列記される、１つ以上の遺伝子と相互作用するミクロＲＮＡを含む、エキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＰＦＫＦＢ３、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ４２１０３、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ９０、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ３、およびＴＯＰ２Ｂからなる１つ以上のバイオマーカー、または図６０に列記されるような、１つ以上の遺伝子と相互作用するミクロＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。
図６０に列記されるような、１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームの図６０に列記されるような、１つ以上の前立腺癌に固有のバイオマーカーを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＰＦＫＦＢ３と相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−５１３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１２８、ｍｉＲ−４８８、ｍｉＲ−５３９、ｍｉＲ−６５８、ｍｉＲ−５２４−５ｐ、ｍｉＲ−１２５８、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−２１６ｂ、ｍｉＲ−３７７、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−５４８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−５２０ｄ−５ｐ、ｍｉＲ−２２４、ｍｉＲ−１２９７、ｍｉＲ−１１９７、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−４５２、ｍｉＲ−５０９−３−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｍ、ｍｉＲ−６２５、ｍｉＲ−５０９−５ｐ、ｍｉＲ−１２６６、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１９０ｂ、ｍｉＲ−４９６、ｍｉＲ−６１６、ｍｉＲ−６２１、ｍｉＲ−６５０、ｍｉＲ−１０５、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−３４６、ｍｉＲ−６２０、ｍｉＲ−６３７、ｍｉＲ−６５１、ｍｉＲ−１２８３、ｍｉＲ−５９０−３ｐ、ｍｉＲ−９４２、ｍｉＲ−１１８５、ｍｉＲ−５７７、ｍｉＲ−６０２、ｍｉＲ−１３０５、ｍｉＲ−２２０ｃ、ｍｉＲ−１２７０、ｍｉＲ−１２８２、ｍｉＲ−４３２、ｍｉＲ−４９１−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｎ、ｍｉＲ−７６５、ｍｉＲ−７６８−３ｐ、またはｍｉＲ−９２４であり得、バイオマーカーとして使用することができる。
また、ＰＦＫＦＢ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＰＦＫＦＢ３と相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＰＦＫＦＢ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＰＦＫＦＢ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＰＦＫＦＢ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＲＨＡＭＭと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−９３６、ｍｉＲ−６５６、ｍｉＲ−１０５、ｍｉＲ−３６１−５ｐ、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−３７４ａ、ｍｉＲ−５９０−３ｐ、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−７６９−５ｐ、ｍｉＲ−８９２ａ、ｍｉＲ−３８０、ｍｉＲ−８７５−３ｐ、ｍｉＲ−２０８ａ、ｍｉＲ−２０８ｂ、ｍｉＲ−５８６、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−６３０、ｍｉＲ−３７４ｂ、ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１２８６、ｍｉＲ−１１８５、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−６７１−５ｐ、ｍｉＲ−９５、ｍｉＲ−４２１、ｍｉＲ−４９６、ｍｉＲ−６３３、ｍｉＲ−１２４３、ｍｉＲ−１２７−５ｐ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２４、またはｍｉＲ−３４ｃ−３ｐであり得る。
また、ＲＨＡＭＭと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＲＨＡＭＭと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＲＨＡＭＭと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＲＨＡＭＭと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＲＨＡＭＭと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＣＥＮＰＦと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−３０ｂ、ｍｉＲ−１９０、ｍｉＲ−５０８−３ｐ、ｍｉＲ−３８４、ｍｉＲ−５１２−５ｐ、ｍｉＲ−５４８ｐ、ｍｉＲ−２９７、ｍｉＲ−５２０ｆ、ｍｉＲ−３７６ａ、ｍｉＲ−１１８４、ｍｉＲ−５７７、ｍｉＲ−７０８、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−３７６ｂ、ｍｉＲ−５２０ｇ、ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−５１９ｄ、ｍｉＲ−５９６、ｍｉＲ−７６８−３ｐ、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−６２０、ｍｉＲ−５３９、ｍｉＲ−５６７、ｍｉＲ−６７１−５ｐ、ｍｉＲ−１１８３、ｍｉＲ−１２９−３ｐ、ｍｉＲ−６３６、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１３０１、ｍｉＲ−１７、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−５７０、ｍｉＲ−６５６、ｍｉＲ−１２６３、ｍｉＲ−１３２４、ｍｉＲ−１４２−５ｐ、ｍｉＲ−２８−５ｐ、ｍｉＲ−３０２ｂ、ｍｉＲ−４５２、ｍｉＲ−５２０ｄ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｏ、ｍｉＲ−８９２ｂ、ｍｉＲ−３０２ｄ、ｍｉＲ−８７５−３ｐ、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−１２６６、ｍｉＲ−１３２３、ｍｉＲ−２０ｂ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−５２０ｅ、ｍｉＲ−６６４、ｍｉＲ−９２０、ｍｉＲ−９２２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−１２２８、ｍｉＲ−１２７１、ｍｉＲ−３０ｅ、ｍｉＲ−４８３−３ｐ、ｍｉＲ−５０９−３−５ｐ、ｍｉＲ−５１５−３ｐ、ｍｉＲ−５１９ｅ、ｍｉＲ−５２０ｂ、ｍｉＲ−５２０ｃ−３ｐ、またはｍｉＲ−５８２−３ｐであり得る。
また、ＣＥＮＰＦと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＣＥＮＰＦと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＣＥＮＰＦと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＣＥＮＰＦと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＣＥＮＰＦと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＮＣＡＰＧと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−８７６−５ｐ、ｍｉＲ−１２６０、ｍｉＲ−１２４６、ｍｉＲ−５４８ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−１２２４−３ｐ、ｍｉＲ−６１９、ｍｉＲ−６０５、ｍｉＲ−４９０−５ｐ、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−４４８、ｍｉＲ−１２９−５ｐ、ｍｉＲ−１８８−３ｐ、ｍｉＲ−５１６ｂ、ｍｉＲ−３４２−３ｐ、ｍｉＲ−１２７０、ｍｉＲ−５４８ｋ、ｍｉＲ−６５４−３ｐ、ｍｉＲ−１２９０、ｍｉＲ−６５６、ｍｉＲ−３４ｂ、ｍｉＲ−５２０ｇ、ｍｉＲ−１２３１、ｍｉＲ−１２８９、ｍｉＲ−１２２９、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−６１６、またはｍｉＲ−６２０であり得る。
また、ＮＣＡＰＧと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＮＣＡＰＧと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＮＣＡＰＧと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＮＣＡＰＧと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＮＣＡＰＧと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
アンドロゲン受容体と相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１２４ａ、ｍｉＲ−１３０ａ、ｍｉＲ−１３０ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−１９４、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−２９ｃ、ｍｉＲ−３０１、ｍｉＲ−３０ａ−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｄ、ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｍｉＲ−３３７、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−３６８、ｍｉＲ−４８８、ｍｉＲ−４９３−５ｐ、ｍｉＲ−５０６、ｍｉＲ−５１２−５ｐ、ｍｉＲ−６４４、ｍｉＲ−７６８−５ｐ、またはｍｉＲ−８０１であり得る。
ＥＧＦＲと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１０５、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−１２８ｂ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−２７ｂ、ｍｉＲ−３０２ａ、ｍｉＲ−３０２ｄ、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−５４８ｃ、ｍｉＲ−５７４、ｍｉＲ−５８７、またはｍｉＲ−７であり得る。
また、ＡＲと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＡＲと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＡＲと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＡＲと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＡＲと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＨＳＰ９０と相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−５１３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｄ−３ｐ、ｍｉＲ−６４２、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−４５０ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−１５２、ｍｉＲ−１４８ａ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−１８８−３ｐ、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−５７８、ｍｉＲ−６５３、ｍｉＲ−１２０６、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−２１５、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−１８１ｄ、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−６１３、ｍｉＲ−７６９−３ｐ、ｍｉＲ−９９ａ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−４５４、ｍｉＲ−５４８ｎ、ｍｉＲ−６４０、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−５２２、ｍｉＲ−６２４、ｍｉＲ−１３０ａ、ｍｉＲ−１３０ｂ、ｍｉＲ−１４６、ｍｉＲ−１４８ａ、ｍｉＲ−１４８ｂ、ｍｉＲ−１５２、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−２０４、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−２１１、ｍｉＲ−２１２、ｍｉＲ−２１５、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−３０１、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３２５、ｍｉＲ−３６３、ｍｉＲ−５６６、ｍｉＲ−９、またはｍｉＲ−９９ｂであり得る。
また、ＨＳＰ９０と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＨＳＰ９０と相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＨＳＰ９０と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＨＳＰ９０と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＨＳＰ９０と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＳＰＡＲＣと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−７６８−５ｐ、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−１９６ａ、ｍｉＲ−５６９、ｍｉＲ−１８７、ｍｉＲ−６４１、ｍｉＲ−１２７５、ｍｉＲ−４３２、ｍｉＲ−６２２、ｍｉＲ−２９６−３ｐ、ｍｉＲ−６４６、ｍｉＲ−１９６ｂ、ｍｉＲ−４９９−５ｐ、ｍｉＲ−５９０−５ｐ、ｍｉＲ−４９５、ｍｉＲ−６２５、ｍｉＲ−１２４４、ｍｉＲ−５１２−５ｐ、ｍｉＲ−１２０６、ｍｉＲ−１３０３、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−３０２ｄ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−５６２、ｍｉＲ−５７３、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２０４、ｍｉＲ−２１１、ｍｉＲ−２９、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−２９ｃ、ｍｉＲ−３３９、ｍｉＲ−４３３、ｍｉＲ−４５２、ｍｉＲ−５１５−５ｐ、ｍｉＲ−５１７ａ、ｍｉＲ−５１７ｂ、ｍｉＲ−５１７ｃ、ｍｉＲ−５９２、またはｍｉＲ−９６であり得る。
また、ＳＰＡＲＣと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＳＰＡＲＣと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＳＰＡＲＣと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＳＰＡＲＣと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＳＰＡＲＣと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＤＮＭＴ３Ｂと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−６１８、ｍｉＲ−１２５３、ｍｉＲ−７６５、ｍｉＲ−５６１、ｍｉＲ−３３０−５ｐ、ｍｉＲ−３２６、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−２９ａ、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−２９ｃ、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−３７９、ｍｉＲ−４２９、ｍｉＲ−５１９ｅ、ｍｉＲ−５９８、ｍｉＲ−６１８、またはｍｉＲ−６３５であり得る。
また、ＤＮＭＴ３Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＤＮＭＴ３Ｂと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＤＮＭＴ３Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＤＮＭＴ３Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＤＮＭＴ３Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＧＡＲＴと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４４、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１８９、ｍｉＲ−１９９ａ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２０２、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３８３、ｍｉＲ−４２９、ｍｉＲ−４３３、ｍｉＲ−４８５−５ｐ、ｍｉＲ−４９３−５ｐ、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−５１９ａ、ｍｉＲ−５１９ｂ、ｍｉＲ−５１９ｃ、ｍｉＲ−５６９、ｍｉＲ−５９１、ｍｉＲ−６０７、ｍｉＲ−６２７、ｍｉＲ−６３５、ｍｉＲ−６３６、またはｍｉＲ−６５９であり得る。
また、ＧＡＲＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＧＡＲＴと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＧＡＲＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＧＡＲＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＧＡＲＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＭＧＭＴと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１２２ａ、ｍｉＲ−１４２−３ｐ、ｍｉＲ−１７−３ｐ、ｍｉＲ−１８１ａ、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−１８１ｄ、ｍｉＲ−１９９ｂ、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２１７、ｍｉＲ−３０２ｂ、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−３２４−３ｐ、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−３７１、ｍｉＲ−４２５−５ｐ、ｍｉＲ−４９６、ｍｉＲ−５１４、ｍｉＲ−５１５−３ｐ、ｍｉＲ−５１６−３ｐ、ｍｉＲ−５７４、ｍｉＲ−５９７、ｍｉＲ−６０３、ｍｉＲ−６５３、ｍｉＲ−６５５、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９２ｂ、またはｍｉＲ−９９ａであり得る。
また、ＭＧＭＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＭＧＭＴと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＭＧＭＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＭＧＭＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＭＧＭＴと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＳＳＴＲ３と相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１３３ａ、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１３６、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−３８０−５ｐ、ｍｉＲ−５０４、ｍｉＲ−５５０、ｍｉＲ−６７１、ｍｉＲ−７６６、またはｍｉＲ−７６７−３ｐであり得る。
また、ＳＳＴＲ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＳＳＴＲ３と相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＳＳＴＲ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＳＳＴＲ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＳＳＴＲ３と相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
ＴＯＰ２Ｂと相互作用するｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−５４８ｆ、ｍｉＲ−５４８ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｇ、ｍｉＲ−５１３ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−６５３、ｍｉＲ−５４８ｄ−３ｐ、ｍｉＲ−５７５、ｍｉＲ−２９７、ｍｉＲ−５７６−３ｐ、ｍｉＲ−５４８ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−６２４、ｍｉＲ−５４８ｎ、ｍｉＲ−７５８、ｍｉＲ−１２５３、ｍｉＲ−１３２４、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−３２０ａ、ｍｉＲ−３２０ｂ、ｍｉＲ−１１８３、ｍｉＲ−１２４４、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−５６８、ｍｉＲ−１２７６、ｍｉＲ−５４８ｅ、ｍｉＲ−５９０−３ｐ、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１２９、ｍｉＲ−１３６、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４４、ｍｉＲ−１４７、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−１８、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−１８１ｃ、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１８４、ｍｉＲ−１８６、ｍｉＲ−１８９、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２０６、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２１８、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２４、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−３０２、ｍｉＲ−３０ａ、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−３２３、ｍｉＲ−３６２、ｍｉＲ−３７４、ｍｉＲ−３８３、ｍｉＲ−４０９−３ｐ、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−４８９、ｍｉＲ−４９３−３ｐ、ｍｉＲ−５１４、ｍｉＲ−５４２−３ｐ、ｍｉＲ−５４４、ｍｉＲ−５４８ａ、ｍｉＲ−５４８ｂ、ｍｉＲ−５４８ｃ、ｍｉＲ−５４８ｄ、ｍｉＲ−５５９、ｍｉＲ−５６８、ｍｉＲ−５７５、ｍｉＲ−５７９、ｍｉＲ−５８５、ｍｉＲ−５９１、ｍｉＲ−５９８、ｍｉＲ−６１３、ｍｉＲ−６４９、ｍｉＲ−６５１、ｍｉＲ−７５８、ｍｉＲ−７６８−３ｐ、またはｍｉＲ−９であり得る。
また、ＴＯＰ２Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含む単離されたエキソソームも本明細書に提供される。また、単離されたエキソソームを含む組成物も提供される。したがって、幾つかの実施形態において、該組成物は、ＴＯＰ２Ｂと相互作用するｍｉＲＮＡからなる１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの集団を含む。該組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み得、該エキソソームの集団は、ＴＯＰ２Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを含むエキソソームについて実質的に均質である。さらになお、ＴＯＰ２Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡはまた、本明細書に開示される１つ以上のシステムによっても検出され得る。例えば、検出システムは、生体試料の１つ以上のエキソソームのＴＯＰ２Ｂと相互作用する１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するために、１つ以上のプローブを含むことができる。
バイオシグネチャー：バイオマーカーの検出
バイオシグネチャーは、定性的にまたは定量的に検出され得る。エキソソームレベルは、上記のように、特徴付けられ得る。エキソソームの分析は、エキソソームのバイオマーカーを決定することと組み合わせて、エキソソームのレベルを検出することを含み得る。エキソソームのバイオマーカーを決定することと組み合わせて、エキソソームのレベルまたは量を決定することを行うことができる。代替として、エキソソームのバイオマーカーを決定する前、または後で、エキソソームの量を決定することを行うことができる。組織または細胞のバイオマーカーを分析するための方法を使用して、エキソソームと関連する、またはその中に含まれるバイオマーカーを分析することができる。
例えば、バイオマーカーは、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ、ｑＰＣＲ等のＰＣＲベースの方法を含む）、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの任意の組み合わせによって検出され得る。核酸等の該バイオマーカーは、検出前に増幅され得る。バイオマーカーはまた、免疫ブロット、免疫沈降、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、フローサイトメトリー、または電子顕微鏡法によっても検出され得る。
バイオマーカーを検出する１つの方法としては、上記のように、生体試料から非均質のエキソソーム集団を精製または単離し、サンドイッチアッセイを行うことを挙げることができる。該集団中のエキソソームは、基質、例えば、アレイ、ウェル、または粒子等に結合される抗体等の一次抗体を用いて捕捉することができる。捕捉または結合したエキソソームは、検出抗体を用いて検出され得る。例えば、該検出抗体は、エキソソームの抗原に対するものであり得る。該検出抗体は、直接標識化または検出され得る。代替として、酵素結合の二次抗体は、検出抗体と反応し得る。検出試薬または検出基質を添加し、ＰＣＴ公開ＷＯ第２００９０９２３８６号に記載されるような、反応物を検出し得る。該一次抗体は、抗Ｒａｂ ５ｂ抗体および検出抗体の抗ＣＤ６３または抗カベオリン−１であり得る。代替として、該捕捉抗体は、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、Ｂ７Ｈ３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、または５Ｔ４への抗体であり得る。該検出抗体は、ＣＤ６３、ＣＤ９、ＣＤ８１、Ｂ７Ｈ３、またはＥｐＣａｍへの抗体であり得る。
幾つかの実施形態において、該捕捉剤は、ＥｐＣａｍに結合するか、もしくは標的とし、エキソソーム上で検出された１つ以上のバイオマーカーは、ＣＤ９、ＣＤ６３、またはＣＤ９およびＣＤ６３の両方である。他の実施形態において、該捕捉剤は、ＰＣＳＡを標的とし、捕捉したエキソソーム上で検出された１つ以上のバイオマーカーは、Ｂ７Ｈ３、ＰＳＭＡ、またはＢ７Ｈ３およびＰＳＭＡの両方である。さらに他の実施形態において、該捕捉剤は、ＣＤ６３を標的とし、エキソソーム上で検出された１つ以上のバイオマーカーは、ＣＤ８１、ＣＤ８３、ＣＤ９、ＣＤ６３、またはこれらの任意の組み合わせである。前立腺癌または結腸癌等の表現型を特徴付けるために、異なる捕捉剤とバイオマーカーの組み合わせを使用することができる。例えば、ＥｐＣａｍを標的とする捕捉剤とＣＤ９およびＣＤ６３の検出、ＰＣＳＡを標的とする捕捉剤とＢ７Ｈ３およびＰＳＭＡの検出、またはＣＤ６３の捕捉剤と、ＣＤ８１の検出により、１つ以上のエキソソームの捕捉を行うことができ、前立腺癌を特徴付けるために使用することができる。結腸癌を特徴付けるために、ＣＤ６３を標的とする捕捉剤とＣＤ６３の検出、またはＣＤ９を標的とする捕捉剤とＣＤ６３の検出を使用することができる。
他の方法は、捕捉剤として固定化分子を用いて、アレイ（すなわち、バイオチップまたはマイクロアレイ）等の平面基質の使用を含むことができ、これにより、エキソソームの特定のバイオシグネチャーの検出を促進することができる。エキソソームをアッセイするためのキットの一部として、アレイを提供することができる。上記の、および図３〜６０に示されるバイオマーカーを同定する分子、ならびに図１の抗原は、発症前の疾患を含む疾患の検出および診断におけるカスタムアレイに含まれ得る。選択されたバイオマーカーを特異的に同定する生体分子を含むアレイは、本明細書に提供されるデータを用いて情報のデータベースを開発するために使用することができる。多変量予測モデル（例えば、ロジスティック回帰、判別分析、または回帰木モデル）において、クロス確認エラー率を改善するように導く、バイオシグネチャーを同定する追加の生体分子は、本発明のカスタムアレイに含まれ得る。
カスタマイズされたアレイは、疾患、病態、または症候群の生物動態を研究し、定義された生理的状態に与えられるエキソソームをプロファイルするための機会を提供する。有意性の標準ｐ値（０．０５）を、特定のバイオマーカーを同定するマイクロアレイ上に追加の特異的生体分子を排除するまたは含むために選択され得る。
平面アレイは、一般に、アレイ型式において、生体分子のアドレス可能位置（例えば、「パッド（ｐａｄ）」、「アドレス」、または「微小位置」）を含むことができる。アレイのサイズは、組成物およびアレイの最終用途に依存する。約２個の異なる分子から何千ものまでを含むアレイが作製され得る。一般的に、アレイは、アレイの最終用途に依存して、２個から１００，０００個程度またはそれ以上の分子を含むことができる。マイクロアレイは、一般的に、特異的な起始細胞エキソソームのバイオシグネチャーに存在するバイオマーカーを同定するまたは捕捉するバイオマーカーを同定または捕獲する、少なくとも１個の生体分子を含むことができる。幾つかの実施形態において、本発明の組成物は、アレイ型式にない場合がある；すなわち、幾つかの実施形態について、単一の生体分子を含む組成物も同様に作製され得る。加えて、幾つかのアレイにおいて、複数の基質が、異なるまたは同一の組成物のいずれかで用いられ得る。故に、例えば、大きな平面アレイは、複数個のより小さい基質を含み得る。
本発明のアレイは、バイオマーカーを検出するための任意の手段を包含する。例えば、マイクロアレイは、認識分子（例えば、抗体）の高密度固定化アレイを提供するバイオチップであり得、バイオマーカー結合は、間接的にモニターされる（例えば、蛍光により）。加えて、アレイは、質量分析（ＭＳ）による直接的検出と一緒に、生化学的または分子間相互作用によるタンパク質の捕捉を含む型式であり得る。
エキソソームのバイオシグネチャーのバイオマーカーを検出するために使用することができるアレイおよびマイクロアレイは、米国特許第６，３２９，２０９号、第６，３６５，４１８号、第６，４０６，９２１号、第６，４７５，８０８号、および第６，４７５，８０９号、ならびに米国特許出願第１０／８８４，２６９号に記載される方法に従って作製することができ、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書に記載されるバイオマーカーのセットの特定の選択を検出するために、新しいアレイはまた、これらの特許に記載される方法を用いて作製され得る。さらになお、タンパク質または核酸検出のためのような、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、Ａｇｉｌｅｎｔ（Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）、Ｅｘｉｑｏｎ（Ｄｅｎｍａｒｋ）、またはＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）等からの市販のマイクロアレイはまた、使用することができる。
多くの実施形態において、固定化分子、または固定化されるべき分子は、タンパク質またはペプチドである。１つ以上の種類のタンパク質が、表面上で固定化され得る。ある実施形態において、タンパク質は、タンパク質の変性を最小限にする、タンパク質の活性における変化を最小限にする、またはタンパク質とそれらが固定化されている表面との間の相互作用を最小限にする方法および材料を用いて固定化される。
有用な表面は、任意の所望の形状（形）およびサイズであり得る。表面の非限定的な例には、チップ、連続平面、曲面、可撓性表面、フィルム、プレート、シート、チューブ等が含まれる。表面は、約１平方ミクロンから約５００ｃｍ２の範囲の面積を有することができる。本発明による表面の面積、長さ、および幅は、行われるアッセイの必要条件に従って異なり得る。考慮すべきことは、例えば、操作の容易さ、表面が形成されている材料の制限、検出装置の必要条件、成膜装置（例えば、アレイヤー）の必要条件等を含み得る。
ある実施形態において、バインディングアイランドもしくは固定化生体分子の群またはアレイを分離するための物理的手段を用いることが望ましい：このような物理的分離は、目的の異なる溶液への異なる群またはアレイの曝露を容易にする。したがって、ある実施形態において、アレイは、任意のウェル数を有するマイクロウェルプレート内に位置する。かかる実施形態において、ウェルの底は、アレイの形成のための表面としての役割を果たし得るか、またはアレイは、他の表面上に形成され、次いで、ウェルへ置かれ得る。ある実施形態において、ウェルなしの表面が用いられる場合のように、バインディングアイランドが形成され得るか、または分子が表面上に固定化され得、かつアイランドもしくは生体分子に対応するように空間的に配置された穴を有するガスケットが、表面上に置かれ得る。このようなガスケットは、液密であることが好ましい。ガスケットは、アレイを作製するプロセス中のいつでも表面上に置かれ得、群またはアレイの分離がもはや必要がない場合には、除去され得る。
固定化分子は、固定化分子の上に横たわる生体試料に存在するエキソソームに結合することができる。代替として、固定化分子は、固定化分子の上に横たわるエキソソームに存在する分子を改変する、または、その分子により改変される。
溶液中のもしくはアレイに固定化された分子の改変または結合は、当該技術分野において公知の検出技術を用いて検出され得る。このような技術の例には、競合結合アッセイおよびサンドイッチアッセイ等の免疫学的技術；共焦点スキャナー、共焦点顕微鏡、またはＣＣＤに基づいたシステム等の装置、および蛍光、蛍光偏光（ＦＰ）、蛍光共鳴エネルギー移転（ＦＲＥＴ）、全内部反射蛍光（ＴＩＲＦ）、蛍光相関分光法（ＦＣＳ）等の技術を用いる蛍光検出；比色分析／分光分析技術；表面プラズモン共鳴、表面で吸着された物質の質量の変化が測定され得る；従来の放射性同位元素結合およびシンチレーション近接アッセイ（ＳＰＡ）を含む放射性同位元素を用いる技術；マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析（ＭＡＬＤＩ）およびＭＡＬＤＩ−飛行時間（ＴＯＦ）型質量分析等の質量分析；タンパク質フィルムの厚さを測定する光学的方法である偏光解析法；水晶結晶板微量天秤（ＱＣＭ）、表面へ吸着した物質の質量を測定するための非常に高感度の方法；ＡＦＭおよびＳＥＭ等の走査型プローブ顕微鏡；ならびに、電気化学、インピーダンス、音響、マイクロ波、およびＩＲ／ラマン検出等の技術が含まれる。例えば、Ｍｅｒｅ Ｌ，ｅｔ ａｌ．，“Ｍｉｎｉａｔｕｒｉｚｅｄ ＦＲＥＴ ａｓｓａｙｓ ａｎｄ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ：ｋｅｙ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ ｆｏｒ ｕｌｔｒａ−ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ，” Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ ４（８）：３６３−３６９（１９９９）、およびその中に引用されている参照文献；Ｌａｋｏｗｉｃｚ Ｊ Ｒ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ（１９９９）、またはＪａｉｎ ＫＫ：Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｏｍｉｃｓ，Ｐｈａｒｍａｃｏｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｂｏｄｙ Ｆｌｕｉｄｓ．Ｉｎ：Ｔｈｏｎｇｂｏｏｎｋｅｒｄ Ｖ，ｅｄ．，ｅｄ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｂｏｄｙ Ｆｌｕｉｄｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｖｏｌｕｍｅ １：Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．：Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，２００７を参照されたく、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
マイクロアレイ技術は、質量分光（ＭＳ）分析および他のツールと組み合わせられ得る。質量分析計へのエレクトロスプレーインターフェイスは、マイクロ流体デバイスにおいて、キャピラリーと共に一体化させることができる。例えば、１つの市販のシステムは、固有かつ明確な電気泳動移動度を有する蛍光標識であるｅタグレポーターを含み、各標識は、切断可能な連結を介して生物学的または化学的プローブと結合している。各ｅタグレポーターの異なる移動度のアドレスは、これらのタグの混合物がキャピラリー電気泳動法によって急速に解析され、定量化することを可能にする。このシステムは、同時遺伝発現、タンパク質発現、および同じ試料からのタンパク質の機能性分析を可能にする。Ｊａｉｎ ＫＫ：Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｏｍｉｃｓ，Ｐｈａｒｍａｃｏｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｂｏｄｙ Ｆｌｕｉｄｓ．Ｉｎ：Ｔｈｏｎｇｂｏｏｎｋｅｒｄ Ｖ，ｅｄ．，ｅｄ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｂｏｄｙ Ｆｌｕｉｄｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｖｏｌｕｍｅ １：Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．：Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，２００７、これは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
これらのバイオチップは、マイクロ流体またはナノ流体アッセイの要素を含むことができる。マイクロ流体デバイスは、バイオシグネチャーを決定すること等のエキソソームを分析することと組み合わせて、本明細書に記載される、エキソソームを単離するために使用することができる。かかるシステムは、エキソソームの捕捉、エキソソームのバイオマーカーの検出を可能にするプロセス、および他のプロセスを小型化し、分画化する。マイクロ流体デバイスは、少なくとも１つの態様において検出試薬を利用することができ、このような検出試薬は、エキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出するために使用し得る。例えば、このデバイスは、単離されたエキソソームまたは結合したエキソソーム上のバイオマーカーを検出することができる。単離されたエキソソームの試料の１つ以上のバイオマーカーは、マイクロ流体デバイスの使用を通して検出することができる。例えば、種々のプローブ、抗体、タンパク質、または結合物質を、バイオマーカーを検出するために使用することができる。検出剤は、マイクロ流体デバイスの異なる区画に固定化され得るか、または該デバイスの種々のチャネルを通してハイブリダイゼーションまたは検出反応に組み入れられ得る。
マイクロ流体デバイスにおいて、エキソソームは、溶解され得、ＤＮＡまたはＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ等）等のタンパク質または核酸等の含有物をマイクロ流体デバイス内で検出することができる。核酸は、マイクロ流体デバイス内で、検出前に増幅され得るか、または直接検出され得る。故に、マイクロ流体システムはまた、種々のバイオマーカーの検出を多重化するために使用することもできる。
新規のナノファブリケーション技術は、高密度の精密アレイ、例えば、あるいは非均質のナノアレイとして知られているヌクレオチドベースのチップおよびタンパク質アレイ等のファブリケーションに依存する、バイオセンシング応用に対する可能性を広げている。ナノ流体は、ナノリットルレベルに対してマイクロチップの流体検体量のさらなる減少を可能にし、ここで使用したチップは、ナノチップと称される。（例えば、Ｕｎｇｅｒ Ｍ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９９９； ２７（５）：１００８−１４、Ｋａｒｔａｌｏｖ ＥＰ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２００６； ４０（１）：８５−９０を参照されたく、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。）市販のナノチップは、現在、試料と試薬を組み合わせ、混合し、その反応をモニタリングすることによって実行され得る総コレステロール、総タンパク量またはグルコースアッセイ等の単純な１つの工程を提供する。液体クロマトグラフィー（ＬＣ）およびナノＬＣ分離法に基づくゲルフリーな解析手法（Ｃｕｔｉｌｌａｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，２００５；５：１０１−１１２およびＣｕｔｉｌｌａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２００５；４：１０３８−１０５１、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）は、ナノチップと組み合わせて使用することができる。
疾患、病態、もしくは症候群、または生理学的状態を同定するのに適しているアレイをキットに含み得る。また、このようなキットには、非限定的な例として、アレイの結合アイランドもしくはエリア上への固定化のための分子を調製するのに有用な試薬、固定化分子へのエキソソームもしくはエキソソームの成分の結合を検出するのに有用な試薬、および使用のために使用説明書を含み得る。
生体試料中のエキソソームの特定のバイオシグネチャーの検出を促進する急速な検出デバイスもさらに本明細書に提供される。このデバイスは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を生体試料の調製とチップ上で統合することができる。このデバイスは、生体試料中のエキソソームの特定のバイオシグネチャーの検出を容易にすることができ、一例は、Ｐｉｐｐｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ Ｃｈｅｍｉｅ，４７（２１），ｐ．３９００−３９０４（２００８）に記載されるように提供され、これは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖ Ｄｅｎｔ Ｒｅｓ １８（１）：３−５（２００５）に記載されるように、マイクロ／ナノ電気化学システム（ＭＥＭＳ／ＮＥＭＳ）センサーおよび診断的適用のために口腔液を用いて、エキソソームのバイオシグネチャーを組み込むことができ、これは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
平面アレイの代用として、本明細書に記載される、ビーズベースのアッセイ等の粒子を使用するアッセイを、フローサイトメトリーと組み合わせて使用することができる。高感度自動化と一致する比活性度を有する類似のリガンドおよびレポーター分子を有するビーズコーティングを用いて、マルチパラメトリックアッセイまたは他のハイスループット検出アッセイを使用することができる。ビーズベースのアッセイシステムにおいて、エキソソームに対する抗体等の結合物質は、アドレス可能なマイクロスフェア上に固定化することができる。各個々の結合アッセイにおける各結合物質は、異なる型のマイクロスフェア（すなわち、マイクロビーズ）に連結され、そのアッセイ反応は、図６４Ａに示される、マイクロスフェアの表面上で起こる。捕捉抗体等のエキソソームの結合物質は、ビーズに連結される。個別の蛍光強度を伴う染色したマイクロスフェアを、それらの適切な結合物質または捕捉プローブと共に、別々に充填される。異なる結合物質を有する異なるビーズセットを、カスタムビーズアレイを生成するために必要に応じてプールすることができる。次いで、ビーズアレイは、アッセイを行うために単一の反応槽中に試料と共に培養される。エキソソームと共に使用され得るか、またはそれと共に使用するのに適し得るマイクロ流体デバイスの例としては、本明細書に記載されるものが挙げられるが、これらに限定されない。
固定化した捕捉分子または結合物質を用いたバイオマーカーの産物形成は、蛍光ベースのレポーターシステム（例えば、図６４Ａを参照のこと）で検出することができる。バイオマーカーは、フルオロフォアによって直接標識されるか、または第２の蛍光標識した捕捉生体分子によって検出することができる。捕捉バイオマーカーに由来する信号強度は、フローサイトメーターにおいて測定される。まず、フローサイトメーターは、その個別の色コードによって各マイクロスフェアを同定する。例えば、異なる強度を有する各ビーズが、異なる結合物質を有するように、別個の蛍光強度で相異なるビーズを染色することができる。少なくとも２つの異なる標識または染色を用いて、ビーズを標識または染色することができる。幾つかの実施形態において、ビーズは、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なる標識で標識される。１個を超える標識または染色を有するビーズはまた、標識または染色の種々の比率および組み合わせを有することができる。ビーズは、外面的に標識もしくは染色することができるか、または内部蛍光または信号標識を有し得る。
各個別のビーズ上の捕捉されたバイオマーカーの量は、結合標的に特異的な第２のカラー蛍光によって測定することができる。これは、同じ実験内で、単一試料から複数の標的の多重的定量化を可能にする。感度、信頼度、および正確さは、標準マイクロタイターＥＬＩＳＡ手順と比較されるか、またはそれに対して改善され得る。ビーズベースのシステムの利点は、エキソソームに対する捕捉生体分子、または結合物質の相異なるマイクロスフェアへの個々の結合であり、これは多重化を提供する。例えば、図６４Ｂに示されるように、検出される（ＣＤ６３、ＣＤ９、ＣＤ８１、Ｂ７Ｈ３、およびＥｐＣａｍ等の抗原に対する抗体によって検出される）べき５つの異なるバイオマーカー、ならびにエキソソームを捕捉するための２０個のバイオマーカー（ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、Ｂ７Ｈ３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、および５Ｔ４に対する抗体等の捕捉抗体を用いて）の組み合わせは、検出されるべき１００個の組み合わせをもたらすことができる。故に、捕捉されたエキソソームは、抗体等の検出剤を用いて検出することができる。検出剤は、上記のように、直接または間接的に標識することができる。
少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００個の異なるバイオマーカーの多重化が行われ得る。例えば、差別的に標識された複数個の粒子を用いて、非均質のエキソソームの集団のアッセイを行うことができる。少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００個の差別的に標識された粒子があり得る。粒子は、タグを用いるような、外部から標識され得るか、または内因的に標識され得る。それぞれの差別的に標識された粒子は、エキソソームの捕捉をもたらす、エキソソームに対する結合物質等の捕捉剤に連結することができる。次いで、複数個の結合物質によって、捕捉されたエキソソームのバイオマーカーを検出することができる。結合物質は、直接標識され、故に、検出することができる。代替として、結合物質は、第２の薬剤によって標識される。例えば、結合物質は、エキソソーム上のバイオマーカーに対する抗体であり得る。結合物質は、ビオチンと結合している。第２の薬剤は、レポーターと結合したストレプトアビジンを含み、バイオマーカーを検出するために添加することができる。幾つかの実施形態において、捕捉されたエキソソームは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００個の異なるバイオマーカーに対してアッセイされる。例えば、図７０に示される、複数の検出器、すなわち、捕捉されたエキソソームの複数のバイオマーカーの検出は、得られた信号を増加させることができ、感度、特異度、または両方の増加、およびより少量の試料の使用を可能にすることができる。
サンドイッチアッセイ等のＥＬＩＳＡベースの方法はまた、エキソソーム上のバイオマーカーを検出するために使用することもできる。結合物質または捕捉剤は、ウェル、例えば、エキソソームの抗原に対する抗体に結合させることができる。捕捉されたエキソソーム上のバイオマーカーは、本明細書に記載される方法に基づいて検出することができる。
ペプチドまたはタンパク質バイオマーカーは、質量分析またはフローサイトメトリーによって分析することができる。エキソソームのプロテオーム解析はまた、当該技術分野において公知の手順に従って、免疫細胞化学的染色、ウエスタンブロット法、電気泳動法、クロマトグラフィー、またはＸ線結晶学によってエキソソーム上で実行され得る。他の実施形態において、エキソソームのタンパク質バイオシグネチャーは、Ｃｈｒｏｍｙ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ，２００４；３：１１２０−１１２７（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、２次元ゲル電気泳動を用いて、またはＺｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，２００５；４：１４４−１５５（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、液体クロマトグラフィー質量分析を用いて、解析され得る。例えば、Ｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ，２００４；４：３７１−３８１（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、活性に基づくタンパク質プロファイリングに、エキソソームを供し得る。他の実施形態において、Ｐｉｓｉｔｋｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ，２００４；１０１：１３３６８−１３３７３（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、ナノスプレー液体クロマトグラフィー／タンデム質量分析を用いて、エキソソームをプロファイリングし得る。別の実施形態において、例えば、ＬＴＱおよびＬＴＱ−ＦＴイオントラップ質量分析計を用いた液体クロマトグラフィー／ＭＳ／ＭＳ（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）等のタンデム質量分析（ＭＳ）を用いて、エキソソームをプロファイリングし得る。タンパク質同定を決定することができ、Ｓｍａｌｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ，２００８；７：２０８８−２０９６（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載されるように、スペクトル計数を比較することによって相対定量を評価することができる。
また、起始細胞に特異的なエキソソームの単離した後等に、エキソソームのタンパク質の発現を同定することもでき、かかるエキソソームを、緩衝液中で再懸濁し、例えば、免疫細胞化学的染色の調製において、接着性スライド上で細胞遠心分離機を用いて、３分間、１００ｘｇで、遠心分離することができる。サイトスピンしたものを一晩風乾させ、染色するまで−８０℃で保存することができる。次いで、スライドを固定し、無血清ブロッキング試薬でブロックすることができる。次いで、目的のタンパク質の発現を検出するために、これらのスライドを特異的抗体で培養することができる。幾つかの実施形態において、エキソソームは、タンパク質の発現を解析する前に、精製、単離、または濃縮されていない。
単離された起始細胞に特異的なエキソソーム等のエキソソームは、代謝産物マーカーまたは代謝産物の解析によって特徴付けることができ、これはまた、エキソソームに対するバイオシグネチャーを形成することもできる。代謝産物標的分析、代謝産物のプロファイリング、または代謝物のフィンガープリント等の種々の代謝産物指向のアプローチが記載されており、例えば、Ｄｅｎｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃａｎｃｅｒ ２００８；７：４５９８−４６１７、Ｅｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌｙｓｔ ２００６；８：８７５−８８５、Ｋｕｈｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２００７；２４：７４０１−７４０６、Ｆｉｅｈｎ Ｏ．，Ｃｏｍｐ Ｆｕｎｃｔ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２００１；２：１５５−１６８、Ｆａｎｃｙ ｅｔ ａｌ．，Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ ２０（１５）：２２７１−８０（２００６）、Ｌｉｎｄｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ，２３（６）：１０７５−８８（２００６）、Ｈｏｌｍｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．２００７ Ａｐｒ １；７９（７）：２６２９−４０．Ｅｐｕｂ ２００７ Ｆｅｂ ２７．Ｅｒｒａｔｕｍ ｉｎ：Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ．２００８ Ａｕｇ １；８０（１５）：６１４２−３、Ｓｔａｎｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．２００５ Ａｕｇ １５；３４３（２）：１９５−２０２、Ｌｅｈｔｉｍaｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．２００３ Ｎｏｖ １４；２７８（４６）：４５９１５−２３を参照されたく、これらのそれぞれは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。
Ｊａｉｎ ＫＫ：Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ Ｏｍｉｃｓ，Ｐｈａｒｍａｃｏｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｂｏｄｙ Ｆｌｕｉｄｓ．Ｉｎ：Ｔｈｏｎｇｂｏｏｎｋｅｒｄ Ｖ，ｅｄ．，ｅｄ．Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｂｏｄｙ Ｆｌｕｉｄｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｖｏｌｕｍｅ １：Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．：Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，ｃ２００７．，２００７（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、システムによって、エキソソームからのペプチドを分析することができる。このシステムは、体液、およびエキソソームに存在するタンパク質の高感度分子のフィンガープリントを生成することができる。クロマトグラフィー／質量分析、および人体における、全ての安定した代謝産物の参照ライブラリー、例えば、Ｐａｒａｄｉｇｍ Ｇｅｎｅｔｉｃ社のヒトメタボロームプロジェクト（Ｐａｒａｄｉｇｍ Ｇｅｎｅｔｉｃ’ｓ Ｈｕｍａｎ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔ）の使用を含む商業的応用は、単離された起始細胞に特異的なエキソソーム等のエキソソームの代謝産物のバイオシグネチャーを検出するために使用することができる。代謝プロファイルを解析するための他の方法は、米国特許第６，６８３，４５５号（Ｍｅｔａｂｏｍｅｔｒｉｘ）、米国特許出願公開第２００７０００３９６５号および第２００７０００４０４４号（Ｂｉｏｃｒａｔｅｓ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ）に記載される、方法およびデバイスを含むことができ、これらのそれぞれは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。他のプロテオミクスプロファイリング技術は、Ｋｅｎｎｅｄｙ，Ｔｏｘｉｃｏｌ Ｌｅｔｔ １２０：３７９−３８４（２００１）、Ｂｅｒｖｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｐｈａｒｍ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ７（３）：１４７−５８（２００６）、Ｃｏｎｒａｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２（５）：６９３−７０３、Ｄｅｃｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｕｒｏｌ ２５（５）：４５７−６５（２００７）、Ｄｅｃｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ７（１０）：１８５０−６２（２００８）、Ｄｅｃｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｎｔｒｉｂ Ｎｅｐｈｒｏｌ，１６０：１２７−４１（２００８）、Ｄｉａｍａｎｄｉｓ，Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ ５（９）：２０７９−８２（２００６）、Ｉｍｍｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ６（１０）：２９４７−５８（２００６）、Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ ５（１０）：２８２４−３８（２００６）、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ １１（５）：３８５−４０５（２００６）、Ｎｏｂｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ Ｔｒｅａｔ １０４（２）：１９１−６（２００７）、Ｏｍｅｎｎ，Ｄｉｓ Ｍａｒｋｅｒｓ ２０（３）：１３１−４（２００４）、Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ３（１）：６３−７４（２００６）、Ｒａｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ Ｐａｔｈｏｌ Ｌａｂ Ｍｅｄ，１２６（１２）：１５１８−２６（２００２）、Ｒａｍｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，３（２）：１８４−９０（２００３）、Ｔａｍｍｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ Ｔｒｅａｔ，７９（１）：８３−９３（２００３）、Ｔｈｅｏｄｏｒｅｓｃｕ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ，７（３）：２３０−４０（２００６）、またはＺｕｒｂｉｇ ｅｔ ａｌ．，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，２７（１１）：２１１１−２５（２００６）に記載されている。
ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、または他の小ＲＮＡの解析のために、まず、米国特許出願公開第２００８１３２６９４号（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される方法等の核酸を単離するための任意の他の既知の方法を用いて、エキソソームから全ＲＮＡを単離することができる。これらとしては、市販の、膜ベースのＲＮＡ精製法を行うためのキットが挙げられるが、これらに限定されない。一般に、これらのキットは、細胞および組織からのＲＮＡの小規模（３０ｍｇ以下）の調製、細胞および組織からのＲＮＡの中規模（２５０ｍｇ 組織）の調製、および細胞および組織からのＲＮＡの大規模（１ｇ 最大）の調製に使用可能である。小ＲＮＡを含有する全ＲＮＡの有効な単離のための他の市販のキットが使用可能である。
代替として、ＲＮＡは、米国特許第７，２６７，９５０号（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される方法を用いて単離することができる。米国特許第７，２６７，９５０号には、生物系（細胞、細胞フラグメント、細胞小臓器、組織、臓器、または生物）からのＲＮＡを抽出する方法が記載されており、ＲＮＡを含有する溶液は、ＲＮＡを結合させることができる基質と接触させ、陰圧を負荷することによって基質からＲＮＡを回収する。代替として、小ＲＮＡ分子の単離を記載する、米国特許出願第２００５００５９０２４号（参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される方法を用いて、ＲＮＡは、単離され得る。他の方法は、米国特許出願第２００５０２０８５１０、２００５０２７７１２１、２００７０２３８１１８号に記載されており、これらのそれぞれは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。
一実施形態において、ｍＲＮＡの発現解析は、試料から単離されたエキソソームからのｍＲＮＡ上において実行することができる。幾つかの実施形態において、該エキソソームは、起始細胞に特異的なエキソソームである。これらのエキソソームから生成された発現パターンは、所与の病状、疾患の病期、治療関連のシグネチャー、または生理的状態を示すことができる。全ＲＮＡが単離されると、ｃＤＮＡを合成することができ、特異的ｍＲＮＡ標的に対するｑＲＴ−ＰＣＲアッセイ（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ’ｓ Ｔａｑｍａｎ（登録商標）アッセイ）は、製造業者のプロトコルに従って行うことができるか、または発現のマイクロアレイを行って、１つの実験において、高度に多重化された発現マーカーのセットを検査することができる。遺伝子発現プロファイルを構築するための方法には、タンパク質またはペプチドをコードすることができる遺伝子によって産生されるＲＮＡの量を決定することが含まれる。これは、定量的逆転写酵素ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、競合的ＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ、差次的発現ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット分析、または他の関連試験によって達成される。個々のＰＣＲ反応を用いてこれらの技法を実行することが可能であるが、ｍＲＮＡから産生される相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）または相補的ＲＮＡ（ｃＲＮＡ）を増幅し、マイクロアレイを介してそれを解析することも可能である。
試料中のｍｉＲＮＡ産物のレベルは、ノーザンブロット分析、ＲＴ−ＰＣＲ、ｑＲＴ−ＰＣＲ、原位置ハイブリダイゼーション、またはマイクロアレイ解析が挙げられるが、これらに限定されない、生体試料中のｍＲＮＡ発現レベルを検出するために適している任意の技法を用いて測定することができる。例えば、遺伝子特異的なプライマーおよび標的ｃＤＮＡを用いて、ｑＲＴ−ＰＣＲは、９６ウェルまたは３８４ウェルプレート形式を用いて、少数の標的ｍｉＲＮＡ（単一および多重分析を介して）あるいはプラットフォームのいずれかの高感度の定量的なｍｉＲＮＡ測定を可能にする。例えば、Ｒｏｓｓ ＪＳ ｅｔ ａｌ，Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ．２００８ Ｍａｙ；１３（５）：４７７−９３を参照されたく、これは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。多くの異なるアレイ配置およびマイクロアレイ産生のための方法は、当業者には公知であり、米国特許第５，４４５，９３４号、第５，５３２，１２８号、第５，５５６，７５２号、第５，２４２，９７４号、第５，３８４，２６１号、第５，４０５，７８３号、第５，４１２，０８７号、第５，４２４，１８６号、第５，４２９，８０７号、第５，４３６，３２７号、第５，４７２，６７２号、第５，５２７，６８１号、第５，５２９，７５６号、第５，５４５，５３１号、第５，５５４，５０１号、第５，５６１，０７１号、第５，５７１，６３９号、第５，５９３，８３９号、第５，５９９，６９５号、第５，６２４，７１１号、第５，６５８，７３４号、または第５，７００，６３７号等の米国特許に記載されており、これらのそれぞれは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。ｍｉＲＮＡをプロファイリングする他の方法は、Ｔａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｏｎｃｏｌ．２００８ Ｊｕｌ；１１０（１）：１３−２１、Ｇｉｌａｄ ｅｔ ａｌ，ＰＬｏＳ ＯＮＥ．２００８ Ｓｅｐ ５；３（９）：ｅ３１４８、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｐａｔｈｏｌ．２００８ Ｓｅｐ ２５およびＭｉｔｃｈｅｌｌ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２００８ Ｊｕｌ ２９；１０５（３０）：１０５１３−８、Ｓｈｅｎ Ｒ ｅｔ ａｌ，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．２００４ Ｄｅｃ １４；５（１）：９４、Ｍｉｎａ Ｌ ｅｔ ａｌ，Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ Ｔｒｅａｔ．２００７ Ｊｕｎ；１０３（２）：１９７−２０８、Ｚｈａｎｇ Ｌ ｅｔ ａｌ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２００８ Ｍａｙ １３；１０５（１９）：７００４−９、Ｒｏｓｓ ＪＳ ｅｔ ａｌ，Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ．２００８ Ｍａｙ；１３（５）：４７７−９３、Ｓｃｈｅｔｔｅｒ ＡＪ ｅｔ ａｌ，ＪＡＭＡ．２００８ Ｊａｎ ３０；２９９（４）：４２５−３６、Ｓｔａｕｄｔ ＬＭ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００３；３４８：１７７７−８５、Ｍｕｌｌｉｇａｎ Ｇ ｅｔ ａｌ，Ｂｌｏｏｄ．２００７ Ａｐｒ １５；１０９（８）：３１７７−８８．Ｅｐｕｂ ２００６ Ｄｅｃ ２１、ＭｃＬｅｎｄｏｎ Ｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ．２００８ Ｏｃｔ ２３；４５５（７２１６）：１０６１−８、ならびに米国特許第５，５３８，８４８号、第５，７２３，５９１号、第５，８７６，９３０号、第６，０３０，７８７号、第６，２５８，５６９号、および第５，８０４，３７５号に記載されており、これらのそれぞれは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。
マイクロアレイ技術は、何千もの転写物またはｍｉＲＮＡの定常状態ｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡレベルの同時測定を可能にし、それによって、制御されていない細胞増殖の開始、停止、または調節等の効果を同定するための強力なツールを提供する。ｃＤＮＡアレイおよびオリゴヌクレオチドアレイ等の２つのマイクロアレイ技術を使用することができる。これらの分析の産物は、一般に、マイクロアレイ上の既知の位置で、核酸配列をハイブリダイズする試料からのｃＤＮＡ配列を検出するために使用された標識プローブから受けた信号の強度の測定である。一般に、信号の強度は、ｃＤＮＡの量に比例し、故に、ｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、試料細胞中に発現する。多くのこのような技法が使用可能であり、有用である。遺伝子発現を決定するための方法は、Ｌｉｎｓｌｅｙらの米国特許第６，２７１，００２号；Ｆｒｉｅｎｄらの米国特許第６，２１８，１２２号；Ｐｅｃｋらの米国特許第６，２１８，１１４号；またはＷａｎｇらの米国特許第６，００４，７５５号に見出され得、これらのそれぞれは、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。
発現レベルの解析は、このような強度を比較することによって行われる。これは、対照試料中の遺伝子の発現強度に対する試験試料中の遺伝子の発現強度の比率マトリックスを生成することによって行われ得る。対照試料は、参照として使用され得、年齢、民族、および性別を考慮するために異なる参照が使用され得る。異なる参照は、異なる病態または疾患、および疾患もしくは病態の異なる病期のために、ならびに治療効果を決定するために使用することができる。
例えば、罹患組織に由来するエキソソームから単離されたｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの遺伝子発現強度は、同じ型（例えば、罹患した乳房組織試料対正常乳房組織試料）の正常組織から単離されたエキソソームから発生された発現強度と比較することができる。これらの発現強度の比は、試験試料と対照試料との間の遺伝子発現の倍率変化を示す。代替として、エキソソームが、正常組織（例えば、乳房）から存在しない場合、当該技術分野に公知であるような、絶対量測定法を使用して、正常組織に由来するエキソソームから単離されたｍｉＲＮＡまたはｍＲＮＡを必要とせずに存在するｍｉＲＮＡ分子の数を画定することができる。
また、遺伝子発現プロファイルも、多くの方法で表示することができる。最も一般的な方法は、未加工の蛍光強度またはマトリックスの比を、縦の列が試験試料を示し、横の行が遺伝子を示す、グラフの樹状図（ｇｒａｐｈｉｃａｌ ｄｅｎｄｏｇｒａｍ）に配列することである。データは、類似した発現プロファイルを有する遺伝子が互いに近位になるように配列される。各遺伝子の発現比は、色で視覚化される。例えば、１未満の比（下方制御を示す）はスペクトルの青の部分に現れ得るが、１より大きい比（上方制御を示す）はスペクトルの赤の部分の色として現れ得る。市販のコンピュータソフトウェアプログラムは、このようなデータを表示するために使用できる。
特異的に発現したと見なされるｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡは、疾患を有する患者において、無病個人と比較して過剰発現あるいは過小発現のいずれかであり得る。過剰発現および過小発現は、（それを測定するために使用したシステムのノイズの寄与を超える）検出可能な差異が、ある基線値と比較してｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡの発現量に見出されることを意味する相対的な用語である。この場合には、基線値は、疾患のない個人の測定されたｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ発現である。次いで、罹患細胞において目的のｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡは、同じ測定方法を用いて基線値レベルに対する過剰発現あるいは過小発現のいずれかであり得る。この文脈において、罹患（ｄｉｓｅａｓｅｄ）とは、身体機能の適切な性能を、妨害するもしくは支障をきたす、または支障をきたす可能性がある、身体状態の変化のことを指し、それは制御されていない細胞増殖によって生じる。ある人について、その人の遺伝子型または表現型の幾つかの態様が、疾患の存在と一致する場合に、疾患であると診断される。しかしながら、診断および予後を行うという行為は、再発または転移の可能性の決定または治療観察といった疾患／状態の問題の決定を含んでいる。治療観察においては、ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ発現プロファイルが正常組織とより一致するパターンに変化したのかどうか、もしくは変化しつつあるのかどうかということを決定するために、長期間にわたり、遺伝子の発現を比較することによって、所定の一連の治療の効果についての臨床的判断が行われる。
過剰発現および過小発現のレベルは、ハイブリダイズしたマイクロアレイプローブの強度測定の倍率変化に基づいて区別される。２倍の違いは、このような区別を行うのに望ましい（あるいはｐ値が０．０５未満）。すなわち、ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡが正常／非再発細胞に対して罹患／再発細胞において特異的に発現していると考える前に、罹患細胞は、正常細胞と比較して少なくとも２倍より多い、もしくは２倍少ない強度をもたらすことが分かっている。より大きい倍率の差があるほど、診断もしくは予後の道具としてその遺伝子を使用することが好ましい。本発明の発現プロファイルのために選択されたｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡは、臨床用実験器具を使用してバックグラウンドを超える量で、正常な遺伝子もしくは非変調遺伝子の信号と区別可能な信号を結果として発生する発現レベルを有している。
調節された遺伝子を、非調整ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡおよびノイズと明確に区別するために、統計的値を使用することができる。統計的検定により、試料の様々な群の間で最も有意差のあるｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡを検出する。スチューデントのｔ−検定は、ロバストな統計的検定の一例であり、２群間の有意差を検出するために使用することができる。ｐ値が低いほど、その遺伝子が異なる群の間の差を示している証拠がより説得力を持つ。とはいえ、マイクロアレイは、１回に２つ以上のｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡを測定するので、数万もの統計的検定を一度に行うことがあり得る。このため、全くの偶然によって低いｐ値を見出す可能性は低く、シダックの補正のみでなく、ランダム化／置換の実験を用いることでこの調整を行うことができる。ｔ−検定による０．０５未満のｐ値は、遺伝子に有意差があるという証拠となる。シダックの補正を計算に入れた後の０．０５未満のｐ値は、より強力な証拠となる。各群の多数の試料に対して、ランダム化／置換検定を行った後の０．０５未満のｐ値は、有意差を示す最も強力な証拠となる。
一実施形態において、診断、予後、治療関連、または生理的状態の特異的なバイオシグネチャーのスコアを可能にするための事後確率スコアを生成する方法は、起始細胞に特異的なエキソソーム等の統計的に有意な数の患者のエキソソームからのｍＲＮＡまたはｍｉＲＮＡ（バイオマーカー）の発現データを取得すること、選択されるバイオマーカーを取得するためにデータに線形判別分析を適用すること、および事後確率スコアとして適用され得る予測モデルを取得するために判別関数因子で選択されたバイオマーカーに、重み付けされた発現レベルを適用することによって、達し得る。同じ問題に答えるために、ロジスティック回帰およびニューラルネットワークアプローチ等の、他の解析手段も使用することができる。
例えば、以下は、線形判別分析に使用することができる。
式中、
Ｉ（ｐｓｉｄ）＝括弧で囲まれているプローブセットの強度の底２の対数。ｄ（ｃｐ）＝疾患陽性群に対する判別関数 ｄ（ＣＮ）＝疾患陰性群に対する判別関数
Ｐ（ＣＰ）＝疾患陽性群に対する事後ｐ値
Ｐ（ＣＮ）＝疾患陰性群に対する事後ｐ値、である。
多くの他の周知のパターン認識方法が使用可能である。以下の参照は、幾つかの例を提供する：加重投票法：Ｇｏｌｕｂら（１９９９）、サポートベクターマシーン（Ｓｕｐｐｏｒｔ Ｖｅｃｔｏｒ Ｍａｃｈｉｎｅｓ）：Ｓｕら（２００１）、およびＲａｍａｓｗａｍｙら（２００１）、Ｋ−最近傍法：Ｒａｍａｓｗａｍｙ（２００１）、ならびに相関係数：ｖａｎ’ｔ Ｖｅｅｒら（２００２）、これらの全ては、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
以下にさらに記載される、バイオシグネチャーのポートフォリオは、ポートフォリオ内のバイオマーカーの組み合わせが、個々のバイオマーカーまたはランダムに選択されたバイオマーカーの組み合わせと比較して、改善された感度および特異度を示すように構築され得る。一実施形態において、バイオシグネチャーのポートフォリオの感度は、例えば、正常状態と比較して、罹患状態における転写物の発現によって示される、倍率の差に反映され得る。特異度は、転写物の発現の信号の、目的の条件に対する相関の統計的な測定に反映され得る。例えば、標準偏差は、このような測定として使用することができる。バイオシグネチャーのポートフォリオに包含するためのバイオマーカー群を考える場合、発現の測定における小さな標準偏差は、より高い特異度と相関する。相関係数等の他の変法の測定もまた、この限りにおいて使用することができる。
非変調ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡおよびノイズの信号よりも大きい信号を生成するｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡを選択するために使用することができる別のパラメーターは、絶対信号差の測定の使用である。変調ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ発現によって生成された信号は、正常または非変調遺伝子（絶対的基準において）の信号と少なくとも２０％の差異がある。このようなｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡは、正常または非変調ｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡの信号と少なくとも３０％の差異がある発現パターンを生じることがさらになお好ましい。
ｍｉＲＮＡはまた、生体試料から増幅することによって検出し、かつ測定することができ、米国特許第７，２５０，４９６号、米国出願公開第２００７０２９２８７８号、第２００７００４２３８０号、または第２００５０２２２３９９号に記載される方法を用いて測定することができ、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
リン酸-糖のポリヌクレオチド骨格が、可撓性擬似ペプチドポリマーで置き換えられる、合成核酸類似体の新しいクラスであるペプチド核酸（ＰＮＡ）は、エキソソームのバイオシグネチャーの解析に利用され得る。ＰＮＡは、相補ＲＮＡおよびＤＮＡ配列に対して高親和性および特異性を持ってハイブリダイズする能力があり、ヌクレアーゼおよびプロテイナーゼによる分解に強い抵抗性を示す。ペプチド核酸（ＰＮＡ）は、ヒト染色体の急速原位置同定およびコピー数多型（ＣＮＶ）の検出に対する細胞遺伝学における用途を有する魅力的な新しいクラスのプローブである。マルチカラーペプチド核酸蛍光原位置ハイブリダイゼーション（ＰＮＡ−ＦＩＳＨ）プロトコルは、幾つかのヒトＣＮＶ関連の生涯および感染症の同定に対して記載されている。ＰＮＡはまた、腫瘍標的する放射性核種−ＰＮＡ−ペプチドキメラを有する発癌遺伝子ｍＲＮＡを非侵襲測定するための分子診断手段として利用することもできる。ＰＮＡを使用する方法は、Ｐｅｌｌｅｓｔｏｒ Ｆ ｅｔ ａｌ，Ｃｕｒｒ Ｐｈａｒｍ Ｄｅｓ．２００８；１４（２４）：２４３９−４４，Ｔｉａｎ Ｘ ｅｔ ａｌ，Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ．２００５ Ｎｏｖ；１０５９：１０６−４４、Ｐａｕｌａｓｏｖａ Ｐ ａｎｄ Ｐｅｌｌｅｓｔｏｒ Ｆ，Ａｎｎａｌｅｓ ｄｅ Ｇeｎeｔｉｑｕｅ，４７（２００４）３４９-３５８、Ｓｔｅｎｄｅｒ Ｈ．Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｍｏｌ Ｄｉａｇｎ．２００３ Ｓｅｐ；３（５）：６４９−５５．Ｒｅｖｉｅｗ，Ｖｉｇｎｅａｕｌｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ，５（９），７７７-７７９（２００８）にさらに記載されており、各参照は、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。これらの方法は、エキソソームから単離された遺伝物質をスクリーニングするために使用することができる。起始細胞に特異的なエキソソームにこれらの技法を適用する場合、起始細胞に直接関連するある分子信号を同定するために使用することができる。
加えて、突然変異解析は、エキソソームから同定されるｍＲＮＡおよびＤＮＡに対して実行され得る。ＲＮＡ起源のものである標的またはバイオマーカーの突然変異解析について、ＲＮＡ（ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはその他）をｃＤＮＡに逆転写し、続いて、既知のＳＮＰ（例えば、Ｔａｑｍａｎ ＳＮＰアッセイによって）、または単一ヌクレオチド突然変異について配列決定またはアッセイすることができ、また、起始細胞中に存在する突然変異を決定するために挿入または欠失を探すための配列決定を用いてもよい。多重連鎖反応依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）は、代替として、目的の小さい特異的な領域におけるＣＮＶを同定する目的で使用することができた。例えば、全ＲＮＡが、単離された結腸癌固有のエキソソームから得られると、ｃＤＮＡを合成することができ、ＫＲＡＳ遺伝子のエクソン２および３に特異的なプライマーは、ＫＲＡＳ遺伝子のコドン１２、１３、および６１を含有するこれらの２つのエクソンを増幅するために使用することができる。ＰＣＲ増幅に使用される同じプライマーは、ＫＲＡＳのエクソン２および３において、突然変異を同定するために、ＡＢＩ ３７３０上でＢｉｇ Ｄｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ配列解析のために使用することができる。これらのコドンにおける突然変異は、セツキシマブおよびパニツミマブ（Ｐａｎｉｔｕｍｉｍａｂ）等の薬物に対する抵抗力を与えることで知られている。突然変異解析を行う方法は、Ｍａｈｅｓｗａｒａｎ Ｓ ｅｔ ａｌ，Ｊｕｌｙ ２，２００８（１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ０８００６６８）およびＯｒｉｔａ，Ｍ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ １９８９，（８６）：２７６６−７０に記載されており、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。突然変異解析を行う他の方法は、ｍｉＲＮＡ配列決定を含むことができる。ｍｉＲＮＡを同定し、プロファイリングするための応用は、クローニング技術、およびキャピラリーＤＮＡ配列決定または「次世代」配列決定技術の使用によって行うことができる。新しい配列決定技術は、現在、ハイブリダイゼーションに基づく方法によって検出され得ない、少量のｍｉＲＮＡおよび試料間の低い発現差異を示すものの同定を可能にする。このような新しい配列決定技術には、Ｎａｋａｎｏ ｅｔ ａｌ．２００６，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２００６；３４：Ｄ７３１-Ｄ７３５．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｊ０７７に記載される、大規模並列シグネチャー配列決定（ＭＰＳＳ）法、Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ ｅｔ ａｌ．２００５，Ｎａｔｕｒｅ．２００５；４３７：３７６-３８０に記載される、Ｒｏｃｈｅ／４５４プラットフォーム、またはＢｅｒｅｚｉｋｏｖ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２００６ｂ；３８：１３７５-１３７７に記載される、イルミナ配列決定プラットフォームが含まれ、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
バイオシグネチャーを決定するためのさらなる方法には、遺伝子の２つの対立遺伝子間で増幅し、同時に識別するための特異的なプライマーを含む対立遺伝子特異的なＰＣＲ、配列ならびにＤＮＡおよびＲＮＡアプタマーの微細な差異に基づいて一本鎖核酸の電気泳動分離を含む一本鎖ＤＮＡ高次構造多型（ＳＳＣＰ）によってバイオマーカーをアッセイすることが含まれる。ＤＮＡおよびＲＮＡアプタマーは、高親和性を有する特定の分子に結合する能力に基づいてランダムなプールから選択することができる短いオリゴヌクレオチド配列である。アプタマーを使用する方法は、Ｕｌｒｉｃｈ Ｈ ｅｔ ａｌ，Ｃｏｍｂ Ｃｈｅｍ Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｓｃｒｅｅｎ．２００６ Ｓｅｐ；９（８）：６１９−３２、Ｆｅｒｒｅｉｒａ ＣＳ ｅｔ ａｌ，Ａｎａｌ Ｂｉｏａｎａｌ Ｃｈｅｍ．２００８ Ｆｅｂ；３９０（４）：１０３９−５０、Ｆｅｒｒｅｉｒａ ＣＳ ｅｔ ａｌ，Ｔｕｍｏｕｒ Ｂｉｏｌ．２００６；２７（６）：２８９−３０１に記載されており、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
エキソソームのバイオマーカーはまた、蛍光原位置ハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を用いて検出することもできる。特異的なＤＮＡ配列を検出し、局在化するため、組織試料内で特異的なｍＲＮＡを局在化するため、または染色体異常を同定するためにＦＩＳＨを用いる方法は、Ｓｈａｆｆｅｒ ＤＲ ｅｔ ａｌ，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００７ Ａｐｒ １；１３（７）：２０２３−９，Ｃａｐｐｕｚｏ Ｆ ｅｔ ａｌ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ ２，Ｎｕｍｂｅｒ ５，Ｍａｙ ２００７、Ｍｏｒｏｎｉ Ｍ ｅｔ ａｌ，Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ．２００５ Ｍａｙ；６（５）：２７９−８６に記載されており、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
バイオシグネチャー：結合物質
エキソソームのバイオシグネチャーは、エキソソームのための結合物質を含むことができる。結合物質は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、アプタマー、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、一本鎖抗体、合成抗体、アプタマー（ＤＮＡ／ＲＮＡ）、ペプトイド、ｚＤＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、レクチン、合成もしくは天然に存在する化学的化合物（薬物、標識試薬が挙げられるが、これらに限定されない）であり得る。
結合物質は、上記のように、エキソソームの成分に結合することによって、エキソソームを単離するために使用することができる。該結合物質は、起始細胞に特異的なエキソソームを検出するような、該エキソソームを検出するために使用することができる。１つの結合物質または複数の結合物質はそれら自体、エキソソームのバイオシグネチャーを提供する結合物質のプロファイルを形成することができる。１つ以上の結合物質は、図２から選択することができる。例えば、非均質のエキソソームの集団からのエキソソームの分別検出または単離において、２つ、３つ、または４つの結合物質を用いて、エキソソーム集団を検出または単離する場合、エキソソーム集団における特定の結合物質のプロファイルは、特定のエキソソーム集団のバイオシグネチャーを提供する。
例示的な一例として、肺癌の分析のためのエキソソームは、ＳＣＬＣ特異的アプタマーＨＣＡ１２、ＳＣＬＣ特異的アプタマーＨＣＣ０３、ＳＣＬＣ特異的アプタマーＨＣＨ０７、ＳＣＬＣ特異的アプタマーＨＣＨ０１、Ａ−ｐ５０ アプタマー（ＮＦ−ＫＢ）、セツキシマブ、パニツムマブ、ベバシズマブ、Ｌ１９ Ａｂ、Ｆ１６ Ａｂ、抗ＣＤ４５（抗ＩＣＡＭ−１、別名ＵＶ３）、もしくはＬ２Ｇ７ Ａｂ（抗ＨＧＦ）、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
結腸癌の分析のためのエキソソームは、アンジオポエチン２特異的アプタマー、βカテニンアプタマー、ＴＣＦ１アプタマー、抗Ｄｅｒｌｉｎ１ ａｂ、抗ＲＡＧＥ、ｍＡｂｇｂ３．１、ガレクチン３、セツキシマブ、パニツムマブ、マツズマブ、ベバシズマブ、もしくはＭａｃ−２、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
結腸直腸癌（ＣＲＣ）に対する腺腫の分析のためのエキソソームは、補体Ｃ３、高ヒスチジン糖タンパク質、キニノゲン−１、もしくはガレクチン３、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
高度異形成を有する腺腫に対する低度異形成を有する腺腫の分析のためのエキソソームは、ガレクチン３、またはこの比較に特異的な結合物質の任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
正常状態に対するＣＲＣの分析のためのエキソソームは、抗ＯＤＣ ｍＡｂ、抗ＣＥＡ ｍＡｂ、もしくはＭａｃ−２、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
前立腺癌の分析のためのエキソソームは、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ｍＡＢ ５Ｄ４、ＸＰＳＭ−Ａ９、ＸＰＳＭ−Ａ１０、ガレクチン３、Ｅ−セレクチン、ガレクチン１、もしくはＥ４（ＩｇＧ２ａ κ）、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
黒色腫の分析のためのエキソソームは、トレメリムマブ（抗ＣＴＬＡ４）、イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ４）、ＣＴＬＡ−４アプタマー、ＳＴＡＴ−３ペプチドアプタマー、ガレクチン１、ガレクチン３、もしくはＰＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
膵臓癌の分析のためのエキソソームは、Ｈ３８−１５（抗ＨＧＦ）アプタマー、Ｈ３８−２１（抗ＨＧＦ）アプタマー、マツズマブ、セツキシマブ、もしくはベバシズマブ、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
脳癌の分析のためのエキソソームは、アプタマーＩＩＩ．１（ピグペン）および／もしくはＴＴＡ１（テネイシン−Ｃ）アプタマー、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
乾癬の分析のためのエキソソームは、Ｅ−セレクチン、ＩＣＡＭ−１、ＶＬＡ−４、ＶＣＡＭ−１、αＥβ７７、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
心血管疾患（ＣＶＤ）の分析のためのエキソソームは、ＲＢ００７（第ＩＸＡ因子アプタマー）、ＡＲＣ１７７９（抗ＶＷＦ）アプタマー、もしくはＬＯＸ１、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
血液悪性腫瘍の分析のためのエキソソームは、抗ＣＤ２０および／もしくは抗ＣＤ５２、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病の分析のためのエキソソームは、リツキシマブ、アレムツズマブ、Ａｐｔ４８（ＢＣＬ６）、Ｒ０−６０、もしくはＤ−Ｒ１５−８、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
Ｂ細胞リンパ腫の分析のためのエキソソームは、イブリツモマブ、トシツモマブ、抗ＣＤ２０抗体、アレムツズマブ、ガリキシマブ、抗ＣＤ４０抗体、エプラツズマブ（Ｅｐｒａｔｕｚｕｍａｂ）、ルミリキシマブ（Ｌｕｍｉｌｉｘｉｍａｂ）、Ｈｕ１Ｄ１０、ガレクチン３、もしくはＡｐｔ４８、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
バーキットリンパ腫の分析のためのエキソソームは、ＴＤ０５アプタマー、ＩｇＭ ｍＡＢ（３８−１３）、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
子宮頸癌の分析のためのエキソソームは、ガレクチン９および／もしくはＨＰＶＥ７アプタマー、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
子宮内膜癌の分析のためのエキソソームは、ガレクチン１、または子宮内膜癌に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
頭頸部癌の分析のためのエキソソームは、（１１１）Ｉｎ−ｃＭＡｂ Ｕ３６、抗ＬＯＸＬ４、Ｕ３６、ＢＩＷＡ−１、ＢＩＷＡ−２、ＢＩＷＡ−４、もしくはＢＩＷＡ−８、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
ＩＢＤの分析のためのエキソソームは、ＡＣＣＡ（抗グリカンＡｂ）、ＡＬＣＡ（抗グリカンＡｂ）、もしくはＡＭＣＡ（抗グリカンＡｂ）、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
糖尿病の分析のためのエキソソームは、ＲＢＰ４アプタマー、または糖尿病に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
線維筋痛の分析のためのエキソソームは、Ｌ−セレクチン、または線維筋痛に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
多発性硬化症（ＭＳ）の分析のためのエキソソームは、ナタリズマブ（Ｔｙｓａｂｒｉ）、またはＭＳに固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
加えて、リウマチ性疾患の分析のためのエキソソームは、リツキシマブ（抗ＣＤ２０Ａｂ）および／もしくはケリキシマブ（抗ＣＤ４Ａｂ）、またはリウマチ性疾患に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
アルツハイマー病の分析のためのエキソソームは、ＴＨ１４−ＢＡＣＥ１アプタマー、Ｓ１０−ＢＡＣＥ１アプタマー、抗Ａβ、バピネオズマブ（Ｂａｐｉｎｅｕｚｕｍａｂ）（ＡＡＢ−００１）−Ｅｌａｎ、ＬＹ２０６２４３０（抗アミロイドβＡｂ）−Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ、もしくはＢＡＣＥ１アンチセンス、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
プリオン病固有の疾患の分析のためのエキソソームは、ｒｈｕＰｒＰ（ｃ）アプタマー、ＤＰ７アプタマー、チオアプタマー９７、ＳＡＦ−９３アプタマー、１５Ｂ３（抗ＰｒＰＳｃ Ａｂ）、モノクローナル抗ＰｒＰＳｃ抗体Ｐ１：１、１．５Ｄ７、１．６Ｆ４ Ａｂｓ、ｍａｂ １４Ｄ３、ｍａｂ ４Ｆ２、ｍａｂ ８Ｇ８、もしくはｍａｂ １２Ｆ１０、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
敗血症の分析のためのエキソソームは、ＨＡ−１Ａ ｍＡｂ、Ｅ−５ ｍＡｂ、ＴＮＦ−αＭＡｂ、アフェリモマブ、もしくはＥ−セレクチン、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
統合失調症の分析のためのエキソソームは、Ｌ−セレクチンおよび／もしくはＮ−ＣＡＭ、または統合失調症に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
うつ病の分析のためのエキソソームは、ＧＰＩｂ、またはうつ病に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
ＧＩＳＴの分析のためのエキソソームは、抗ＤＯＧ１ Ａｂ、またはＧＩＳＴに固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
食道癌の分析のためのエキソソームは、ＣａＳＲ結合物質、または食道癌に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
胃癌の分析のためのエキソソームは、カルパインｎＣＬ−２結合物質および／もしくはドレブリン結合物質、または胃癌に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
ＣＯＰＤの分析のためのエキソソームは、ＣＸＣＲ３結合物質、ＣＣＲ５ 結合物質、もしくはＣＸＣＲ６結合物質、またはＣＯＰＤに固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
喘息の分析のためのエキソソームは、ＶＩＰ結合物質、ＰＡＣＡＰ結合物質、ＣＧＲＰ結合物質、ＮＴ３結合物質、ＹＫＬ−４０ 結合物質、Ｓ−ニトロソチロール、ＳＣＣＡ２結合物質、ＰＡＩ結合物質、アンフィレグリン結合物質、もしくはペリオスチン結合物質、または喘息に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
不安定プラークの分析のためのエキソソームは、Ｇｄ−ＤＴＰＡ−ｇ−ｍｉｍＲＧＤ（αｖβ３インテグリン結合ペプチド）、もしくはＭＭＰ−９結合物質、または不安定プラークに固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
卵巣癌の分析のためのエキソソームは、（９０）Ｙ−ｍｕＨＭＦＧ１結合物質および／もしくはＯＣ１２５（抗ＣＡ１２５抗体）、または卵巣癌に固有の結合物質の任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の結合物質で検出することができる。
該結合物質は、一般的なエキソソームマーカー、または「ハウスキーピングタンパク質」、またはＣＤ９、ＣＤ６３、もしくはＣＤ８１等の抗原のためのものであり得る。例えば、該結合物質は、ＣＤ９、ＣＤ６３、もしくはＣＤ８１に対する抗体であり得る。また、該結合物質は、前立腺固有のエキソソーム、またはＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、ＥｐＣａｍ、Ｂ７Ｈ３、もしくはＳＴＥＡＰ等の癌固有のエキソソーム等に対する他のエキソソームのタンパク質のためのものであり得る。例えば、該結合物質は、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、ＥｐＣａｍ、Ｂ７Ｈ３、もしくはＳＴＥＡＰの抗体であり得る。
さらになお、追加の細胞結合パートナーまたは結合物質は、当該技術分野において公知の、または本明細書に記載される、任意の従来の方法によって同定され得、さらに、診断、予後、または治療関連のマーカーとしても使用され得る。
バイオシグネチャー：前立腺癌、結腸癌、および卵巣癌
前立腺癌
エキソソームバイオシグネチャーは、前立腺癌を特徴付けるために使用することができる。上記のように、前立腺癌のバイオシグネチャーは、（例えば、図２に示すような）前立腺癌と関連する結合物質、および図１９に示すような、１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。例えば、前立腺癌のバイオシグネチャーは、１つ以上のｍｉＲＮＡ、１つ以上のＤＮＡ、１つ以上のさらなるペプチド、タンパク質、もしくは図１９に示すようなもの等があるが、これらに限定されない、前立腺癌と関連する抗原等の１つ以上のさらなるバイオマーカーを有する、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ｍＡＢ ５Ｄ４、ＸＰＳＭ−Ａ９、ＸＰＳＭ−Ａ１０、ガレクチン３、Ｅ−セレクチン、ガレクチン１、Ｅ４（ＩｇＧ２ａ κ）、またはこれらの任意の組み合わせに対する結合物質を含むことができる。
前立腺癌のバイオシグネチャーは、（例えば、図１に示すような）前立腺癌と関連する抗原、および図１９に示すような１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。前立腺癌のバイオシグネチャーは、ＫＩＡ１、無傷フィブロネクチン、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１０、ＰＳＭＡ、ＮＧＥＰ、ＩＬ−７ＲＩ、ＣＳＣＲ４、ＣｙｓＬＴ１Ｒ、ＴＲＰＭ８、Ｋｖ１．３、ＴＲＰＶ６、ＴＲＰＭ８、ＰＳＧＲ、ＭＩＳＩＩＲ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、前立腺癌と関連する１つ以上の抗原を含むことができる。前立腺癌のバイオシグネチャーは、前述の抗原のうちの１つ以上、およびｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ＤＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。
また、前立腺癌のバイオシグネチャーは、ＫＩＡ１、無傷フィブロネクチン、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１０、ＰＳＭＡ、ＮＧＥＰ、ＩＬ−７ＲＩ、ＣＳＣＲ４、ＣｙｓＬＴ１Ｒ、ＴＲＰＭ８、Ｋｖ１．３、ＴＲＰＶ６、ＴＲＰＭ８、ＰＳＧＲ、ＭＩＳＩＩＲ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、前立腺癌と関連する１つ以上の抗原、ならびにｍｉＲ−２０２、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２９６、ｍｉＲ−３２０、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−３７３、ｍｉＲ−４９８、ｍｉＲ−５０３、ｍｉＲ−１８４、ｍｉＲ−１９８、ｍｉＲ−３０２ｃ、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−５１３、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２６ａ−１／２、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−３７５、ｍｉＲ−１９６ａ−１／２、ｍｉＲ−３７０、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−４２５、ｍｉＲ−１９４−１／２、ｍｉＲ−１８１ａ−１／２、ｍｉＲ−３４ｂ、ｌｅｔ−７ｉ、ｍｉＲ−１８８、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−４４９、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−９２−１／２、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１４１、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｇ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−２３ａ、ｍｉＲ−２３ｂ、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９９ａ、ｍｉＲ−１０３、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１９５、ｍｉＲ−１９９、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−４９７、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２２、ｍｉＲ−２６ｂ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−２７ｂ、ｍｉＲ−２９ａ、ｍｉＲ−２９ｂ、ｍｉＲ−３０＿５ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−１００、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−１４８ａ、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−５２０ｈ、ｍｉＲ−４９４、ｍｉＲ−４９０、ｍｉＲ−１３３ａ−１、ｍｉＲ−１−２、ｍｉＲ−２１８−２、ｍｉＲ−２２０、ｍｉＲ−１２８ａ、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−４９９、ｍｉＲ−３２９、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４５、ｍｉＲ−４１０、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−７−１／２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−４８７、もしくはｌｅｔ−７ｂ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のｍｉＲＮＡバイオマーカーを含むことができる。
さらになお、前立腺癌バイオシグネチャーのｍｉＲＮＡは、ＰＦＫＦＢ３、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ４２１０３、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ９０、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ３、ＴＯＰ２Ｂ、または本明細書に記載されるものおよび図６０に示されるもの等のこれらの任意の組み合わせと相互作用する、ｍｉＲＮＡであり得る。該ｍｉＲＮＡはまた、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８Ｂ、ｍｉＲ−２２２、またはこれらの任意の組み合わせでもあり得る。
前立腺癌のバイオシグネチャーは、ＫＩＡ１、無傷フィブロネクチン、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＦＡＳＬＧ、ＴＮＦＳＦ１０、ＰＳＭＡ、ＮＧＥＰ、ＩＬ−７ＲＩ、ＣＳＣＲ４、ＣｙｓＬＴ１Ｒ、ＴＲＰＭ８、Ｋｖ１．３、ＴＲＰＶ６、ＴＲＰＭ８、ＰＳＧＲ、ＭＩＳＩＩＲ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、前立腺癌と関連する１つ以上の抗原、および前述のｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ（ＡＲもしくはＰＣＡ３等があるが、これらに限定されない）、ｓｎｏＲＮＡ（Ｕ５０等があるが、これに限定されない）、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。
また、該バイオシグネチャーは、ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５またはＫＬＫ２−ＥＴＶ４等の１つ以上の遺伝子融合を含むこともできる。
癌の病期、癌の有効性、または癌の他の特徴等の診断、予後、またはセラノスティック（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃ）プロファイルを提供するために、前立腺癌と関連する１つ以上のｍｉＲＮＡおよび１つ以上の抗原に対して、エキソソームを単離およびアッセイすることができる。代替として、前立腺癌と関連する１つ以上のｍｉＲＮＡまたは抗原に対するアッセイを行う前に、エキソソームが精製または濃縮されないように、試料からのエキソソームを直接アッセイすることができる。
図６８に示すように、前立腺癌バイオシグネチャーは、エキソソームの、ＥｐＣａｍ、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＤ９、またはこれらの任意の組み合わせをアッセイすることを含むことができる。前立腺癌バイオシグネチャーは、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＰＣＳＡ、またはこれらの任意の組み合わせの検出を含むことができる。例えば、該前立腺癌バイオシグネチャーは、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＣＤ６３およびＣＤ８１もしくはＰＣＳＡ、ＣＤ９、ＣＤ６３、およびＣＤ８１（例えば、図７０Ａを参照のこと）を含むことができる。また、該前立腺癌バイオシグネチャーは、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、Ｂ７Ｈ３、またはこれらの任意の組み合わせ（例えば、図７０Ｂを参照のこと）を含むことができる。
さらになお、複数個のバイオマーカーを評価することは、複数個未満のバイオマーカーを評価することと比較した場合、感度、特異度、または信号強度の増加をもたらすことができる。例えば、ＰＳＭＡおよびＢ７Ｈ３を評価することは、ＰＳＭＡまたはＢ７Ｈ３を単独で評価することと比較した場合、検出において感度の増加をもたらすことができる。ＣＤ９およびＣＤ６３を評価することは、ＣＤ９またはＣＤ６３を単独で評価することと比較した場合、検出において感度の増加をもたらすことができる。
また、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の判定基準を満たすことに基づいて、前立腺癌を、特徴付けることもできる。例えば、多くの異なる判定基準は、１）対象からの試料中のエキソソームの量が、参照値よりも高い場合、２）エキソソーム由来の前立腺細胞の量が、参照値よりも高い場合、および３）１つ以上の癌に固有のバイオマーカーを有するエキソソームの量が、参照値よりも高い場合、使用することができ、該対象は、前立腺癌であると診断される。該方法は、他の基準の判定が、[text cut out]である場合、対象が前立腺癌であると決定されるような、品質管理基準をさらに含むことができる。
少なくとも６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、または７０％の感度で、本明細書に開示される１つ以上のプロセスを用いて、前立腺癌を特徴付けることができる。少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、または８７％の感度で、前立腺癌を特徴付けることができる。例えば、少なくとも９０％の感度等の少なくとも８７．１、８７．２、８７．３、８７．４、８７．５、８７．６、８７．７、８７．８、８７．９、８８．０、もしくは８９％の感度、少なくとも９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の感度等で、前立腺癌を特徴付けることができる。
また、少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、もしくは９７％の特異度、少なくとも９７．１、９７．２、９７．３、９７．４、９７．５、９７．６、９７．７、９７．８、９７．８、９７．９、９８．０、９８．１、９８．２、９８．３、９８．４、９８．５、９８．６、９８．７、９８．８、９８．９、９９．０、９９．１、９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９、もしくは１００％の特異度などで、対象の前立腺癌を特徴付けることもできる。
また、少なくとも７０％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８０％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８６％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８７％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８８％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９０％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；または少なくとも１００％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度で、前立腺癌を特徴付けることもできる。
さらになお、特異度、感度、または両方を決定するための信頼度のレベルは、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の信頼度を有し得る。
結腸癌
結腸癌バイオシグネチャーは、図１に列記される結腸癌の任意の１つ以上の抗原、（例えば、図２に示すような）結腸癌を特徴付けるためのエキソソームを単離することに伴う１つ以上の結合物質、図６に示すような任意の１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。
該バイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２４−１、ｍｉＲ−２９ｂ−２、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−１０ａ、ｍｉＲ−３２、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−３０ｃ、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−１２８ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２４−２、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１５５、ｍｉＲ−２１３、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−１０７、ｍｉＲ−１９１、ｍｉＲ−２２１、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−５１０、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−５１３、ｍｉＲ−１９ａ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２０、ｍｉＲ−１８３、ｍｉＲ−９６、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−３１、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−２２２、ｍｉＲ−１８１ｂ、ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−２０ａ、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−３３８、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−３４６、ｍｉＲ−１０６ｂ、ｍｉＲ−１５３ａ、ｍｉＲ−２１９、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−１８５、ｍｉＲ−２２３、ｍｉＲ−２１１、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１２７、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２１２、ｍｉＲ−９５、もしくはｍｉＲ−１７−５ｐ、またはこれらの任意の組み合わせからなる群より選択される１つ以上のｍｉＲＮＡを含むことができる。該バイオシグネチャーはまた、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−３４ｂ、ｍｉＲ−３４ｃ、ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−９−３、ｍｉＲ−３４ａ、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−４５５、ｍｉＲ−４８４、ｍｉＲ−１０１、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１３３ｂ、ｍｉＲ−１２９、ｍｉＲ−１２４ａ、ｍｉＲ−３０−３ｐ、ｍｉＲ−３２８、ｍｉＲ−１０６ａ、ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−１、ｍｉＲ−３４ｂ、ｍｉＲ−２１５、ｍｉＲ−１９２、ｍｉＲ−３０１、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−３０ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３４ｃ、ｍｉＲ−３３１、およびｍｉＲ−１４８ｂ等の１つ以上の過小発現ｍｉＲを含むことができる。
該バイオシグネチャーは、ＥＦＮＢ１、ＥＲＣＣ１、ＨＥＲ２、ＶＥＧＦ、およびＥＧＦＲ等の１つ以上の遺伝子を評価することを含むことができる。また、エキソソーム中で評価され得る結腸癌のバイオマーカーの変異体としては、ＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＶＥＧＦＡ、Ｂ−Ｒａｆ、ＡＰＣ、またはｐ５３の１つ以上の変異体を挙げることができる。また、該バイオシグネチャーには、ＡＦＲ、Ｒａｂ、ＡＤＡＭ１０、ＣＤ４４、ＮＧ２、エフリン−Ｂ１、ＭＩＦ、ｂ−カテニン、ジャンクション、プラコグロビン、ガレクチン−４、ＲＡＣＫ１、テトラスパニン−８、ＦａｓＬ、ＴＲＡＩＬ、Ａ３３、ＣＥＡ、ＥＧＦＲ、ジペプチダーゼ１、ｈｓｃ−７０、テトラスパニン、ＥＳＣＲＴ、ＴＳ、ＰＴＥＮ、またはＴＯＰＯ１等のエキソソーム中で評価され得る１つ以上のタンパク質、リガンド、またはペプチドを含むことができる。
癌の病期、癌の有効性、または癌の他の特徴等の診断、予後、またはセラノスティック（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃ）プロファイルを提供するために、エキソソームを単離およびアッセイすることができる。代替として、結腸癌と関連するバイオシグネチャーに対するアッセイを行う前に、エキソソームが精製または濃縮されないように、試料からのエキソソームを直接アッセイすることができる。
図６９に示すように、結腸癌シグネチャーは、エキソソームの、ＥｐＣａｍ、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＤ９、ＣＤ６６、またはこれらの任意の組み合わせの検出を含むことができる。さらになお、種々の癌の段階における結腸癌バイオシグネチャーは、ＣＤ６３、ＣＤ９、ＥｐＣａｍ、またはこれらの任意の組み合わせ（例えば、図７１および７２を参照のこと）を含むことができる。例えば、該バイオシグネチャーは、ＣＤ９およびＥｐＣａｍを含むことができる。
少なくとも６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、または７０％の感度で、本明細書に開示される１つ以上のプロセスを用いて、該結腸癌を特徴付けることができる。少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、または８７％の感度で、該結腸癌を特徴付けることができる。例えば、少なくとも９０％の感度等の少なくとも８７．１、８７．２、８７．３、８７．４、８７．５、８７．６、８７．７、８７．８、８７．９、８８．０、もしくは８９％の感度、少なくとも９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％の感度で等、該結腸癌を特徴付けることができる。
また、少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、もしくは９７％の特異度、少なくとも９７．１、９７．２、９７．３、９７．４、９７．５、９７．６、９７．７、９７．８、９７．８、９７．９、９８．０、９８．１、９８．２、９８．３、９８．４、９８．５、９８．６、９８．７、９８．８、９８．９、９９．０、９９．１、９９．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９、もしくは１００％の特異度で、対象の結腸癌を特徴付けることもできる。
また、少なくとも７０％の感度および少なくとも８０、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８０％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８６％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８７％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８８％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも８９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９０％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９５％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；少なくとも９９％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度；または少なくとも１００％の感度および少なくとも８０、８５、９０、９５、９９、もしくは１００％の特異度で、結腸癌を特徴付けることもできる。
さらになお、特異度、感度、または両方を決定するための信頼度のレベルは、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の信頼度を有し得る。
卵巣癌
卵巣癌を特徴付けるためのバイオシグネチャーは、（例えば、図１に示すような）卵巣癌と関連する抗原、および図４に示すような、１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。一実施形態において、卵巣癌のバイオシグネチャーは、ＣＤ２４、ＣＡ１２５、ＶＥＧＦ１、ＶＥＧＦＲ２、ＨＥＲ２、ＭＩＳＩＩＲ、またはこれらの任意の組み合わせ等であるが、これらに限定されない、卵巣癌と関連する１つ以上の抗原を含むことができる。卵巣癌のバイオシグネチャーは、前述の抗原のうちの１つ以上、およびｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ＤＮＡ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のさらなるバイオマーカーを含むことができる。卵巣癌のバイオシグネチャーは、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−２００ａ、ｍｉＲ−２００ｂ、ｍｉＲ−２００ｃ、ｍｉＲ−２０３、ｍｉＲ−２０５、ｍｉＲ−２１４、ｍｉＲ−２１５、ｍｉＲ−１９９ａ、ｍｉＲ−１４０、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１２５ｂ−１、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上のｍｉＲＮＡバイオマーカーを有する、ＣＤ２４、ＣＡ１２５、ＶＥＧＦ１、ＶＥＧＦＲ２、ＨＥＲ２、ＭＩＳＩＩＲ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、１つ以上の抗原を含むことができる。
卵巣癌のバイオシグネチャーは、１つ以上のｍｉＲＮＡバイオマーカー（前述のｍｉＲＮＡ等）、ｍＲＮＡ（ＥＲＣＣ１、ＥＲ、ＴＯＰＯ１、ＴＯＰ２Ａ、ＡＲ、ＰＴＥＮ、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ＥＧＦＲ等があるが、これらに限定されない）、変異体（ＫＲＡＳおよび／もしくはＢ−Ｒａｆに関連するものが挙げられるが、これらに限定されない）、またはこれらの任意の組み合わせを有する、ＣＤ２４、ＣＡ１２５、ＶＥＧＦ１、ＶＥＧＦＲ２、ＨＥＲ２、ＭＩＳＩＩＲ、またはこれらの任意の組み合わせ等があるが、これらに限定されない、卵巣癌と関連する１つ以上の抗原を含むことができる。
診断、予後、またはセラノスティック（ｔｈｅｒａｎｏｓｔｉｃ）プロファイルを提供するために、１つ以上のｍｉＲＮＡおよび卵巣癌と関連する１つ以上の抗原に対するエキソソームを単離およびアッセイすることができる。代替として、卵巣癌と関連する１つ以上のｍｉＲＮＡまたは抗原に対するアッセイを行う前に、エキソソームが精製または濃縮されないように、試料からのエキソソームを直接アッセイすることができる。
バイオシグネチャー：臓器拒絶反応および自己免疫病態を評価すること
また、臓器障害および／もしくは臓器拒絶反応等の表現型を決定するために、エキソソームを使用することもできる。本明細書に使用される、臓器移植には、臓器または組織移植が含まれる。臓器拒絶反応または成功を観察するために、エキソソームに存在する１つ以上のバイオマーカーの存在、不在、またはレベルを評価する。また、試料中のエキソソームのレベルまたは量は、臓器拒絶反応または成功を評価するために使用することもできる。少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の特異度、感度、または両方で、評価を決定することができる。例えば、少なくとも９７．５、９７．６、９７．７、９７．８、９７．８、９７．９、９８．０、９８．１、９８．２、９８．３、９８．４、９８．５、９８．６、９８．７、９８．８、９８．９、９９．０、９９．１、９９８．２、９９．３、９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９％の感度、特異度、または両方で、評価を決定することができる。
分析前に、エキソソームを精製または濃縮することができる。代替として、事前に精製または濃縮することなく、試料からエキソソームのレベルまたは量を直接アッセイすることができる。定量化されたエキソソームは、起始細胞に特異的なエキソソームであり得る。例えば、特定の臓器に固有の１つ以上の結合物質を用いて、細胞または組織に特異的なエキソソームを単離することができる。臓器障害もしくは臓器拒絶反応と関連する１つ以上のバイオマーカー等の１つ以上の分子構造について、起始細胞に特異的なエキソソームを評価することができる。臓器拒絶反応または成功を観察するために、単離された起始細胞に特異的なエキソソームに存在する１つ以上のバイオマーカーの存在、不在、またはレベルを評価することができる。
対象による組織または臓器移植の拒絶の評価、検出、または診断について１つ以上のエキソソームを分析することができる。組織または臓器移植拒絶反応は、超急性、急性、または慢性拒絶であり得る。また、対象において、宿主疾患に対する移植片の評価、検出、または診断についてエキソソームを分析することもできる。該対象は、自己繁殖、同種、または異種の組織もしくは臓器移植の受容者であり得る。
また、組織または臓器移植の拒絶反応を検出するために、該エキソソームを分析することもできる。組織または臓器移植によって、エキソソームを生成し得る。このような組織または臓器としては、心臓、肺、膵臓、腎臓、眼、角膜、筋肉、骨髄、皮膚、軟骨、骨、付属肢、毛髪、顔、腱、胃、腸、静脈、動脈、分化した細胞、部分的に分化した細胞もしくは幹細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
エキソソームは、対象による組織または臓器移植の拒絶反応の可能性もしくは発現を評価、診断、または決定するために使用される、少なくとも１つのバイオマーカーを含むことができる。また、対象において、宿主疾患に対する移植片を評価、診断、または検出するために、バイオマーカーを使用することもできる。該バイオマーカーは、タンパク質、多糖、脂肪酸、または核酸（ＤＮＡもしくはＲＮＡ等）であり得る。該バイオマーカーは、特定の組織または臓器の拒絶反応または全身臓器の不全と関連し得る。２つ以上のバイオマーカーを分析することができ、例えば、１つ以上の核酸マーカーと組み合わせて、１つ以上のタンパク質マーカーを分析することができる。該バイオマーカーは、細胞内または細胞外マーカーであり得る。
また、対象による組織または臓器移植の拒絶反応と関連する細胞アポトーシスもしくは壊死の評価、検出、もしくは診断、またはその因果関係に対して、少なくとも１つのマーカーについてエキソソームを分析することもできる。
バイオマーカーの存在は、対象による組織または臓器の拒絶反応を示し得、該バイオマーカーとしては、ＣＤ４０、ＣＤ４０リガンド、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ前駆体、アディポネクチン、ＡＭＢＰタンパク質前駆体、Ｃ４ｂ結合タンパク質ａ鎖前駆体、セルロプラスミン前駆体、成分Ｃ３前駆体、補体成分Ｃ９前駆体、成分因子Ｄ前駆体、α１−Ｂ−糖タンパク質、β２糖タンパク質Ｉ前駆体、ヘパリン副因子ＩＩ前駆体、免疫グロブリンμ鎖Ｃ領域タンパク質、ロイシンに富むα２糖タンパク質前駆体、色素上皮由来因子前駆体、血漿レチノール結合タンパク質前駆体、翻訳開始因子３サブユニット１０、リボソームタンパク質Ｌ７、βトランスデューシン、１−ＴＲＡＦ、またはリシル−ｔＲＮＡシンテターゼが挙げられるが、これらに限定されない。
また、βトランスデューシンの存在についてエキソソームを分析することによって、対象による腎臓の拒絶反応を検出することもできる。また、ＣＤ４０発現細胞から起始細胞に特異的なエキソソームを単離し、Ｂｃｌ−２もしくはＴＮＦαの増加を検出することによって、移植した組織の拒絶反応を検出することもできる。
Ｆ１抗原マーカーの存在についてエキソソームを分析することによって、対象による肝臓移植の拒絶反応を検出することができる。Ｆ１抗原は、理論に拘束されるものではないが、肝臓に特異的であり、肝臓起始細胞に特異的なエキソソームの増加を検出するために使用することができる。この増加は、臓器障害／拒絶反応の初期兆候として使用することができる。
骨髄および／もしくは肺移植、または他の原因による閉塞性細気管支炎、またはグラフトアテローム性動脈硬化症／グラフトアテローム性静脈硬化症をエキソソームの分析によって診断することもできる。
また、対象において、自己免疫または他の免疫学反応関連表現型の検出、診断、または評価についてエキソソームを分析することもできる。このような疾患の例としては、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、円板状ループス、ループス腎炎、サルコイドーシス、炎症性関節炎（若年性関節炎、リウマチ性関節炎、乾癬性関節炎を含む）、ライター症候群、強直性脊椎炎、および痛風性関節炎、多発性硬化症、高ＩｇＥ症候群、結節性多発性動脈炎、原発性胆汁性肝硬変、炎症性腸疾患、クローン病、セリアック病（グルテン過敏性大腸疾患）、自己免疫性肝炎、悪性貧血、自己免疫性溶血性貧血、乾癬、強皮症、重症筋無力症、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性甲状腺炎、グレーブス病、橋本甲状腺炎、免疫複合体病、慢性疲労免疫異常症候群（ＣＦＩＤＳ）、多発性筋炎・皮膚筋炎、クリオグロブリン血症、血栓溶解、心筋症、尋常性天疱瘡、間質性肺線維症、喘息、チャーグ・ストラウス症候群（アレルギー性肉芽腫症）、アトピー性皮膚炎、アレルギー性および刺激性接触皮膚炎、蕁麻疹（ｕｒｔｅｃａｒｉａ）、ＩｇＥ媒介性アレルギー、アテローム性動脈硬化症、血管炎、特発性炎症ミオパシー（ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｍｙｏｐａｔｈｉｅｓ）、溶血性疾患、アルツハイマー病、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー、およびＡＩＤが挙げられるが、これらに限定されない。
エキソソームからの１つ以上のバイオマーカーを使用して、対象における自己免疫または他の免疫反応に関連する疾患の発症を評価、診断、または決定することができる。このバイオマーカーは、タンパク質、多糖、脂肪酸、または核酸（ＤＮＡもしくはＲＮＡ等）であり得る。このバイオマーカーは、特異的な自己免疫疾患、全身自己免疫疾患、または他の免疫反応に関連する疾患と関連し得る。２つ以上のバイオマーカーを分析することができる。例えば、１つ以上の核酸マーカーと組み合わせて、１つ以上のタンパク質マーカーを解析することができる。このバイオマーカーは、細胞内または細胞外マーカーであり得る。また、このバイオマーカーを使用して、炎症を検出、診断、または評価することもできる。
対象からのエキソソームの解析を使用して、喘息、サルコイドーシス、肺気腫、嚢胞性線維症、特発性肺線維症、慢性気管支炎、アレルギー性鼻炎と関連する炎症、および過敏性肺炎、好酸球性肺炎等の肺のアレルギー性疾患、ならびにコラーゲン、血管から生じる肺線維症、ならびにリウマチ性関節炎等の自己免疫疾患に罹患している対象を特定することができる。
エキソソーム組成物
特定のバイオシグネチャーを有する単離されたエキソソームも本明細書に提供する。単離されたエキソソームは、特定の細胞型に特異的である、または上記のような、表現型を特徴付けるために、１つ以上のバイオマーカーまたはバイオシグネチャーを含むことができる。例えば、単離されたエキソソームは、ＣＤ６３、ＥｐＣａｍ、ＣＤ８１、ＣＤ９、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、Ｂ７Ｈ３、ＴＮＦＲ、ＭＦＧ−Ｅ８、Ｒａｂ、ＳＴＥＡＰ、５Ｔ４、またはＣＤ５９等の１つ以上のバイオマーカーを含むことができる。単離されたエキソソームは、エキソソーム内のその表面上に１つ以上のバイオマーカーを有することができる。また、単離されたエキソソームは、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８Ｂ、またはｍｉＲ−２２２等の１つ以上のｍｉＲＮＡを含むこともできる。単離されたエキソソームは、ＣＤ６６等のバイオマーカーを含むことができ、ＥｐＣａｍ、ＣＤ６３、またはＣＤ９からなる群より選択される１つ以上のバイオマーカーをさらに含む。また、単離されたエキソソームは、ＴＭＲＳＳＧ２：ＥＲＧ等の融合遺伝子またはタンパク質を含むこともできる。
また、単離されたエキソソームは、１つ以上のバイオマーカーを含むことができ、正常な細胞に由来する単離されたエキソソーム（すなわち、目的の表現型がない対象に由来する細胞）と比較して、１つ以上のバイオマーカーの発現レベルは、単離されたエキソソームに対して、高い、低い、または同一である。例えば、単離されたエキソソームは、Ｂ７Ｈ３、ＰＳＣＡ、ＭＦＧ−Ｅ８、Ｒａｂ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＭＡ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択される１つ以上のバイオマーカーを含むことができ、正常な細胞に由来する単離されたエキソソームと比較して、単離されたエキソソームに対して、１つ以上のバイオマーカーの発現レベルは、高い。単離されたエキソソームは、この群から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９個のバイオマーカーを含むことができる。単離されたエキソソームは、ＥｐＣａｍ、ＣＤ６３、ＣＤ５９、ＣＤ８１、またはＣＤ９からなる群より選択される１つ以上のバイオマーカーをさらに含むことができる。
単離されたエキソソームは、バイオマーカーＰＣＳＡ、ＥｐＣａｍ、ＣＤ６３、およびＣＤ８；バイオマーカーＰＣＳＡ、ＥｐＣａｍ、Ｂ７Ｈ３、およびＰＳＭＡを含むことができる。単離されたエキソソームは、バイオマーカーｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２を含むことができる。
単離されたエキソソームを含む組成物も本明細書に提供される。該組成物は、１つ以上の単離されたエキソソームを含むことができる。例えば、該組成物は、複数個のエキソソーム、またはエキソソームの１つ以上の集団を含むことができる。
該組成物は、エキソソームについて実質的に濃縮することができる。例えば、該組成物は、細胞残屑、細胞、またはエキソソームでないタンパク質、ペプチド、または核酸（エキソソーム内に含有されない生体分子等）が実質的に不在であり得る。細胞残屑、細胞、またはエキソソームでないタンパク質、ペプチド、または核酸は、エキソソームと共に生体試料中に存在し得る。組成物は、細胞残屑、細胞、またはエキソソームでないタンパク質、ペプチド、または核酸（エキソソーム内に含有されない生体分子等）が実質的に不在であり得、１つ以上のエキソソームに対して１つ以上の結合物質または捕捉剤を用いるような、本明細書に開示される任意の方法によって得ることができる。エキソソームは、重量、または質量で、全組成物の少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５、または９９％を構成することができる。組成物のエキソソームは、非均質または均質のエキソソームの集団であり得る。例えば、均質のエキソソームの集団は、１つ以上の特性または特徴が均質であるエキソソームを含む。例えば、１つ以上の特徴は、同じ細胞型に由来する同じバイオマーカー、実質的に同様、もしくは同一のバイオシグネチャーのうちの１つ以上、特定の大きさのエキソソーム、およびこれらの組み合わせからなる群より選択することができる。
故に、幾つかの実施形態において、組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む。組成物は、１つ以上の特性または特徴が少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５、または９９％均質であるエキソソームの集団について濃縮することができる。例えば、１つ以上の特徴は、同じ細胞型に由来する同じバイオマーカー、実質的に同様、もしくは同一のバイオシグネチャーのうちの１つ以上、特定の大きさのエキソソーム、およびこれらの組み合わせからなる群より選択することができる。例えば、エキソソームの集団は、特定のバイオシグネチャーを有すること、同じバイオマーカーを有すること、同じバイオマーカーの組み合わせを有すること、または同じ細胞型に由来することの全てによって均質であり得る。幾つかの実施形態において、組成物は、特異的なバイオシグネチャーを有する集団、特定の細胞に由来する集団、または両方等の実質的に均質のエキソソームの集団を含む。
エキソソームの集団は、１つ以上の同じバイオマーカーを含むことができる。バイオマーカーは、任意の核酸（例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ）、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、抗原、脂質、炭水化物、またはプロテオグリカン等の、エキソソーム中、またはエキソソーム上に存在する任意の成分であり得る。例えば、一集団中の各エキソソームは、同じまたは同一の１つ以上のバイオマーカーを含むことができる。幾つかの実施形態において、この集団中の各エキソソームは、同じ１、２、３、４、５、６、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００個のバイオマーカーを含む。１つ以上のバイオマーカーは、図１、３〜６０から選択することができる。
同じまたは同一のバイオマーカーを含むエキソソーム集団は、バイオマーカーの同じ存在もしくは不在、発現レベル、突然変異状態、または修飾を有する集団中の各エキソソームを指すことができる。例えば、濃縮されたエキソソームの集団は、エキソソームを含むことができ、各エキソソームは、同じバイオマーカーの存在、同じバイオマーカーの不在、バイオマーカーの同じ発現レベル、バイオマーカーの同じ修飾、またはバイオマーカーの同じ変異体を有する。バイオマーカーの同じ発現レベルは、集団中のエキソソームの過小発現、過剰発現等の定量的もしくは定性的測定を指すことができるか、または参照レベルと比較して、バイオマーカーの同じ発現レベルを有することができる。代替として、バイオマーカーの同じ発現レベルは、集団中の各エキソソームに対して同様であるバイオマーカーの発現を示す数値であり得る。例えば、各エキソソームのｍｉＲＮＡのコピー数、タンパク質の量、またはｍＲＮＡのレベルは、集団中の各エキソソームに対して定量的に同様であり得、したがって、各エキソソームの数量は、変動が適切であれば、その集団中の各々の他のエキソソームの量から±１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、または２０％である。
幾つかの実施形態において、組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み、濃縮された集団中のエキソソームは、実質的に同様の、または同一のバイオシグネチャーを有する。バイオシグネチャーは、エキソソームのレベルもしくは量、エキソソームの半減期における変動の時間的評価、循環エキソソームの半減期、もしくはエキソソームの代謝半減期、またはエキソソームの活性等の１つ以上のエキソソームの特徴を含むことができる。また、バイオシグネチャーは、本明細書に記載されるもの等のバイオマーカーの存在もしくは不在、発現レベル、変異状態、または修飾を含むこともできる。
集団中の各エキソソームのバイオシグネチャーは、少なくとも３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５、または９９％同一であり得る。幾つかの実施形態において、各エキソソームのバイオシグネチャーは、１００％同一である。濃縮された集団中の各エキソソームのバイオシグネチャーは、同じ１、２、３、４、５、６、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、または１００個のエキソソームの特徴を有することができる。例えば、濃縮された集団中のエキソソームのバイオシグネチャーは、第１のバイオマーカーの存在、第２のバイオマーカーの存在、および第３のバイオマーカー過小発現であり得る。同じ集団中の別のエキソソームは、同じ第１および第２のバイオマーカーの存在ならびに第３のバイオマーカーの過小発現を有し、１００％同一であり得る。代替として、同じ集団中のエキソソームは、同じ第１および第２のバイオマーカーを有するが、第３のバイオマーカーの過小発現を有し得ない。
幾つかの実施形態において、組成物は、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含み、これらのエキソソームは、同じ細胞型に由来する。例えば、これらのエキソソームは全て、特定の組織の細胞、目的の特定の腫瘍からの細胞、もしくは目的の罹患組織、循環腫瘍細胞、または母体もしくは胎児起源の細胞に由来し得る。該エキソソームは全て、腫瘍細胞に由来し得る。これらのエキソソームは全て、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞に由来し得る。
また、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物は、特定の大きさからなるエキソソームを含むこともできる。例えば、これらのエキソソームは全て、約１０、２０、または３０ｎｍを超える直径を有することができる。これらは、約３０〜１０００ｎｍ、約３０〜８００ｎｍ、約３０〜２００ｎｍ、または約３０〜１００ｎｍの直径を有し得る。幾つかの実施形態において、これらのエキソソームは全て、約１０，０００ｎｍ、１０００ｎｍ、８００ｎｍ、５００ｎｍ、２００ｎｍ、１００ｎｍ、または５０ｎｍ未満の直径を有し得る。
１つ以上の特徴が均質であるエキソソームの集団は、組成物の全エキソソーム集団の少なくとも約３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５、または９９％を構成することができる。幾つかの実施形態において、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物は、組成物が由来した生体試料中のエキソソーム濃度と比較して、少なくとも２、３、４、５、１０、２０、２５、５０、１００、２５０、５００、または１０００倍のエキソソーム濃度を含む。さらに他の実施形態において、該組成物は、第２の濃縮されたエキソソームの集団をさらに含むことができ、エキソソームの集団は、本明細書に記載される、１つ以上の特徴が少なくとも３０％均質である。
多重分析を使用して、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０個のエキソソーム集団等の１個を超えるエキソソームの集団について実質的に濃縮された組成物を得ることができる。各々の実質的に濃縮されたエキソソーム集団は、重量または質量で、該組成物の少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、４６、４７、４８、または４９％を構成することができる。幾つかの実施形態において、実質的に濃縮されたエキソソーム集団は、重量または質量で、該組成物の少なくとも約３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５、または９９％を構成する。
実質的に濃縮されたエキソソームの集団は、本明細書に開示される、１つ以上の方法、プロセス、またはシステムを用いることによって得ることができる。例えば、エキソソームの２つ以上のバイオマーカーを標的とする２つ以上の結合物質を用いるような、エキソソームの１つ以上のバイオマーカーに対して１つ以上の結合物質を用いることによって、試料からのエキソソームの集団の単離を行うことができる。１つ以上の捕捉剤を使用して、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を得ることができる。１つ以上の検出剤を使用して、実質的に濃縮されたエキソソームの集団を同定することができる。
一実施形態において、特定のバイオシグネチャーを有するエキソソームの集団は、バイオシグネチャーのバイオマーカーに対して１つ以上の結合物質を用いることによって得られる。特定のバイオシグネチャーを有する実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物をもたらすエキソソームを単離することができる。別の実施形態において、目的の特定のバイオシグネチャーを有するエキソソームの集団は、目的のバイオシグネチャーの成分ではないバイオマーカーに対して１つ以上の結合物質を用いることによって得ることができる。故に、これらの結合物質を使用して、目的のバイオシグネチャーを有さないエキソソームを除去することができ、得られる組成物は、目的の特定のバイオシグネチャーを有するエキソソームの集団について実質的に濃縮される。得られる組成物は、結合物質のバイオマーカーを含むエキソソームが実質的に不在であり得る。
検出システムおよびキット
エキソソームに対して１つ以上のバイオシグネチャーを決定するように構成されている検出システムも提供される。検出システムは、非均質のエキソソームの集団または１つ以上の均質のエキソソームの集団を検出するために使用することができる。検出システムは、複数個のエキソソームを検出するように構成することができ、該複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットは、該複数個のエキソソームの別のサブセットとは異なるバイオシグネチャーを含む。検出システムは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個の異なるエキソソームのサブセットを検出し、エキソソームの各サブセットは、異なるバイオシグネチャーを含む。例えば、本明細書に開示される１つ以上の方法、プロセス、および組成物を用いるような、検出システムは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個の異なるエキソソームの集団を検出するために使用することができる。
検出システムは、１つ以上のエキソソームに対して、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１０００、２５００、５０００、７５００、１０，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、２５０，０００、３００，０００、３５０，０００、４００，０００、４５０，０００、５００，０００、７５０，０００、または１，０００，０００個の異なるバイオマーカーを評価するように設定することができる。幾つかの実施形態において、１つ以上のバイオマーカーは、図１、３〜６０から選択されるか、本明細書に開示される通りである。検出システムは、特定の起始細胞からのエキソソーム等の特定のエキソソームの集団を評価する、またはエキソソームの複数個の特定の集団を評価するように設定することができ、各エキソソームの集団は、特定のバイオシグネチャーを有する。
検出システムは、低密度検出システムまたは高密度検出システムであり得る。例えば、低密度検出システムは、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエキソソーム集団を検出することができる一方、高密度検出システムは、少なくとも約１５、２０、２５、５０、または１００個の異なるエキソソーム集団を検出することができる。別の実施形態において、低密度検出システムは、最大約１００、２００、３００、４００、または５００個の異なるバイオマーカーを検出することができる一方、高密度検出システムは、少なくとも約７５０、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、５０，０００、または１００，０００個の異なるバイオマーカーを検出することができる。さらに別の実施形態において、低密度検出システムは、最大約１００、２００、３００、４００、または５００個の異なるバイオシグネチャーまたはバイオマーカーの組み合わせを検出することができる一方、高密度検出システムは、少なくとも約７５０、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、５０，０００、または１００，０００個のバイオシグネチャーまたはバイオマーカーの組み合わせを検出することができる。
検出システムは、エキソソームに選択的にハイブリダイズするプローブを含むことができる。検出システムは、エキソソームを検出するために複数個のプローブを含むことができる。幾つかの実施形態において、非均質のエキソソームの集団中のエキソソームを検出するために、複数個のプローブが使用される。さらに他の実施形態において、均質のエキソソームの集団を検出するために、複数個のプローブが使用される。複数個のプローブは、エキソソームの少なくとも２つの異なるサブセットを単離する、または検出するために使用することができ、エキソソームの各サブセットは、異なるバイオシグネチャーを含む。
本明細書に開示される１つ以上の方法、プロセス、および組成物を用いるような、検出システムは、本明細書に開示される１つ以上の方法、プロセス、および組成物を用いるような、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個の異なるエキソソームのサブセットを検出する、または単離するように構成される複数個のプローブを含むことができ、エキソソームの各サブセットは、異なるバイオシグネチャーを含む。
例えば、検出システムは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００個の異なるエキソソームの集団を検出するように構成される複数個のプローブを含むことができる。検出システムは、１つ以上のエキソソームに対して、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１０００、２５００、５０００、７５００、１０，０００、１００，０００、１５０，０００、２００，０００、２５０，０００、３００，０００、３５０，０００、４００，０００、４５０，０００、５００，０００、７５０，０００、または１，０００，０００個の異なるバイオマーカーに選択的にハイブリダイズするように構成される複数個のプローブを含むことができる。幾つかの実施形態において、１つ以上のバイオマーカーは、図１、３〜６０から選択されるか、本明細書に開示される通りである。複数個のプローブを、特定の起始細胞からのエキソソーム等の特定のエキソソームの集団を評価する、またはエキソソームの複数個の特定の集団を評価するように構成することができ、各エキソソームの集団は、特定のバイオシグネチャーを有する。
検出システムは、エキソソームを検出するためのプローブを含む低密度検出システムまたは高密度検出システムであり得る。例えば、低密度検出システムは、最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の異なるエキソソーム集団を検出するためにプローブを含むことができる一方、高密度検出システムは、少なくとも約１５、２０、２５、５０、または１００個の異なるエキソソーム集団を検出するためにプローブを含むことができる。別の実施形態において、低密度検出システムは、最大約１００、２００、３００、４００、または５００個の異なるバイオマーカーを検出するためにプローブを含むことができる一方、高密度検出システムは、少なくとも約７５０、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、５０，０００、または１００，０００個の異なるバイオマーカーを検出するためにプローブを含むことができる。さらに別の実施形態において、低密度検出システムは、最大約１００、２００、３００、４００、または５００個の異なるバイオシグネチャーまたはバイオマーカーの組み合わせを検出するためにプローブを含むことができる一方、高密度検出システムは、少なくとも約７５０、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、５０，０００、または１００，０００個のバイオシグネチャーまたはバイオマーカーの組み合わせを検出するためにプローブを含むことができる。
プローブは、特定のエキソソーム集団、例えば、特定のバイオシグネチャーを有するエキソソームを検出するために特異的であり得、上記の通りである。前立腺固有のエキソソームを検出するための複数個のプローブも提供される。複数個のプローブは、以下のバイオマーカーのうちの１つ以上を検出するためのプローブを含むことができる：ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣＡＭ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣＡＭ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、ＣＤ２４、およびＢ７Ｈ３。Ｂｃｌ−ＸＬ、ＥＲＣＣ１、ケラチン１５、ＣＤ８１／ＴＡＰＡ−１、ＣＤ９、上皮特異抗原（ＥＳＡ）、および脂肪細胞キマーゼを検出するための複数個のプローブも提供される。エキソソームの１つ以上のｍｉＲＮＡを検出するための複数個のプローブは、以下のｍｉＲＮＡのうちの１つ以上を検出するためのプローブを含むことができる：ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２。
プローブは、アレイまたはビーズ等の固体基質に付着され得る。代替として、プローブは付着されない。検出システムは、上記のような、アレイベースのシステム、配列決定システム、ＰＣＲベースのシステム、またはビーズベースのシステムであり得る。例えば、検出システムは、上記のような、マイクロ流体デバイスであり得る。
検出システムは、キットの一部であり得る。代替として、キットは、本明細書に記載される、１つ以上のプローブセット、または複数個のプローブを含み得る。キットは、単離されたエキソソーム、非均質の集団中のエキソソーム等の複数個のエキソソームを検出するためにプローブを含むことができる。キットは、均質のエキソソームの集団を検出するためにプローブを含み得る。例えば、キットは、特定の起始細胞エキソソーム、または同じ特定のバイオシグネチャーを有するエキソソームの集団を検出するためにプローブを含み得る。
ポートフォリオ
臨床決定および疾患の検出を誘導するための多重化マーカーのポートフォリオは、ポートフォリオ内のバイオマーカーの組み合わせが、個々のバイオシグネチャーまたはランダムに選択されたバイオシグネチャーの組み合わせと比較して、改善された感度および特異度を示すように構築され得る。本発明の文脈において、ポートフォリオの感度は、正常状態と比較した、罹患状態におけるバイオシグネチャーの発現によって示される、倍数差に反映され得る。特異度は、例えば、目的の病態と遺伝子発現のシグナリングの相関の統計的測定に反映され得る（例えば、標準偏差は、このような測定として使用することができる）。ポートフォリオに包含するためのバイオシグネチャー群を考える場合、測定における小さな標準偏差は、より高い特異度と相関する。相関係数等の他の変法の測定もまた、この限りにおいて使用することができる。
本発明において、バイオマーカーまたはバイオシグネチャーを組み合わせる場合、体外診断多変量指数アッセイ（ＩＶＤＭＩＡ）ガイドラインおよび規制が適用され得る。ＩＶＤＭＩＡは、遺伝子、遺伝子変化、突然変異、増幅、欠失、多型、もしくはメチル化、またはタンパク質、ペプチド、ポリペプチドもしくはＲＮＡ分子、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、またはグループ化することができるＲＮＡの任意の組み合わせからなる、２つ以上のマーカーのセットとして定義される、バイオシグネチャーに適用することができるため、この群中のバイオシグネチャーのセットについて得られた情報が、診断、予後、または治療選択等の臨床的に関連する判断を下すための妥当な基盤を提供する。バイオシグネチャーのこれらのセットは、本発明の種々のポートフォリオを構成する。ほとんどの診断マーカーと同様に、多くの場合、正確な医学的判断を行うのに十分な最小限のマーカーを使用することが望ましい。これにより、さらなる解析を待つ間の治療の遅延、ならびに時間および財源の不適当な使用も防ぐ。好ましくは、ポートフォリオにおけるバイオシグネチャーの組み合わせが、個々のバイオシグネチャーまたはランダムに選択されたバイオシグネチャーの組み合わせと比較して、改善された感度および特異度を示すように、ポートフォリオは構築される。本発明の文脈において、ポートフォリオの感度は、正常状態と比較して、罹患状態におけるバイオシグネチャーの発現によって示される、倍数差に反映され得る。特異度は、例えば、目的の条件と、遺伝子の発現の信号との相関の統計的な測定に反映され得る。ポートフォリオに包含するためのバイオシグネチャー群を考える場合、標準偏差、分散、共分散、相関係数、加重平均、算術的合計、平均、倍数値、加重値もしくは平衡値、または全体としてより高い感度、特異度、陰性適中率、陽性適中率、または精度を生じることを示すことができる値またはスコアを計算するために、一緒に使用することができる、２つ以上のマーカーの値の任意の数学的な操作もまた、この能力において使用することができ、本発明の範囲内である。
別の実施形態において、パターン認識法を使用することができる。１つの例は、診断に帰するために、種々のバイオマーカー（またはバイオシグネチャーポートフォリオ）に対するバイオマーカーの発現プロファイルを比較することを含む。バイオシグネチャーポートフォリオを含むそれぞれのバイオマーカーの発現プロファイルは、コンピュータ可読媒体等の媒体中に固定される。
一例において、疾患、または生理的状態を示す信号の範囲（例えば、強度測定）を入力する表を構築することができる。次いで、実際の患者データを、表中の値と比較し、患者の試料が正常、良性、罹患しているか、または特異的な生理的状態を示すかどうかを決定することができる。さらに洗練された実施形態において、発現信号のパターン（例えば、蛍光強度）は、デジタル的または図表的に記録される。ＲＮＡの例において、患者の試料と組み合わせて使用されるバイオマーカーポートフォリオからの発現パターンが、次いでこれらの発現パターンと比較される。次いで、パターン比較ソフトウェアを使用して、患者試料が、疾患、ある予後を示すパターン、治療に反応する可能性が高いことを示すパターン、または特定の生理的状態を示すパターンを有するかどうかを決定することができる。次いで、これらの試料の発現プロファイルは、対照細胞のポートフォリオと比較される。試料の発現パターンが、疾患、予後、または治療関連の反応に対する発現パターンと一致する場合、（対抗する医学上の考察が存在しない場合には）該患者は、これらの種々の状況に関する条件を満たすとして診断される。試料の発現パターンが、正常／対照のエキソソーム集団に由来する発現パターンと一致する場合、該患者は、これらの条件に対して陰性であると診断される。
別の例示的な実施形態において、バイオマーカーの発現ポートフォリオを構築するための１つの方法は、株のポートフォリオを構築する際に広く使用されている、平均分散アルゴリズム等の最適化アルゴリズムの使用を介する。この方法は、米国出願公開第２００３０１９４７３４号に詳細に記載されており、参照することにより本明細書に組み込まれる。代替として、測定したＤＮＡの変化、有効性および毒性の表現型読み出しに対するｍＲＮＡ、タンパク質、もしくは代謝産物の変化を、米国特許第７，０８９，１６８号、第７，４１５，３５９号、および米国出願公開第２００８０２０８７８４号、第２００４０２４３３５４号、または第２００４００８８１１６号（これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される、アルゴリズム、システム、および方法を用いて、モデル化および解析し得る。
未知のもののバイオシグネチャーのポートフォリオ選択および特徴付けの例示的なプロセスを以下の通りにまとめる。
１． 基線の種類を選択する。
２． 基線の種類の試料に対して各バイオマーカーの平均、および標準偏差を計算する。
３． 各バイオマーカーについて、（Ｘ＊標準偏差＋平均）を計算する。これは、全ての他の試料が比較される基線の読み出しである。Ｘは、ストリンジェンシーの変数であり、高いＸ値は、低い値よりもさらにストリンジェントである。
４． 工程３において計算された基線の読み出しに対する各実験試料の比を計算する。
５． １未満の比が、負であるように比を変換する（例えば、底数１０対数を用いる）。（過小発現のバイオマーカーは、現在、ＭＶの最適化のために必要な負の値を正確に有する）。
６． これらの変換された比が、ソフトウェアアプリケーションに通常使用される、有用なリターン（ａｓｓｅｔ ｒｅｔｕｒｎ）の代わりに入力として使用される。
７． そのソフトウェアは、有効フロンティアをプロットし、有効フロンティアに沿ったいずれかの点で、最適ポートフォリオを戻す。
８． 有効フロンティアにおける所望の戻しまたは分散を選択する。
９． ポートフォリオ選択アルゴリズムにより生成される重量による、各遺伝子の強度値の積を合計することによって、各試料に対するポートフォリオの値を計算する。
１０． Ｙ×基線の平均バイオシグネチャーポートフォリオ値と基線のバイオシグネチャーポートフォリオ値の標準偏差を加算することによって境界値を計算する。この境界値よりも大きな値は、実験種類として区分されるであろう。
１１． 任意に、最良の予測を得るまで、このプロセスを繰り返すことができる。
また、バイオシグネチャーのポートフォリオを選択するプロセスは、発見的な規則の適用を含むことができる。好ましくは、このような規則は、生物学および臨床的な結果を生成するために使用される技術の理解に基づいて策定される。さらに好ましくは、これらは、最適化法からの出力に適用される。例えば、バイオシグネチャーのポートフォリオ選択の平均分散法は、特異的な疾患を有する対象で特異的に発現された多くのバイオマーカーに対するマイクロアレイデータに適用することができる。この方法からの出力は、罹患組織と同様にエキソソーム中に発現されたものを含む可能性のある、最適化されたバイオマーカーのセットとなる。試験方法に使用された試料がエキソソームから得られたものであり、疾患または生理的状態の例の中で特異的に発現されているあるバイオマーカーがエキソソーム中でも特異的に発現され得る場合、エキソソーム中で特異的に発現しているものを排除するような有効フロンティアからバイオマーカーのポートフォリオが選択される、という発見的な規則を適用することができる。もちろん、例えば、データの前選択の間に、この規則を適用することによって、有効フロンティアの形成の前に、この規則を適用することができる。
診断、予後、および治療選択および／もしくは生理的状態を定義する特徴付けのためのエキソソーム由来の多重検体プロファイルを同定するために、線形および非線形特徴部分空間の解析、大規模なデータセットにおける特徴抽出および信号デコンボリューションに対する他の統計、数学、および計算アルゴリズムは、主成分分析（ＰＣＡ）ならびに線形および非線形独立成分分析（ＩＣＡ）；ブラインド信号源分離、非ガウス性解析、自然勾配の最大尤度推定；結合近似対角化；固有行列（ｅｉｇｅｎｍａｔｒｉｃｅｓ）；ガウス型基底関数（Ｇａｕｓｓｉａｎ ｒａｄｉｃａｌ ｂａｓｉｓ ｆｕｎｃｔｉｏｎ）、カーネルおよび多項式カーネル解析の連続した浮いている前進選択（ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ ｆｌｏａｔｉｎｇ ｆｏｒｗａｒｄ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）が挙げられるが、これらに限定されない、監視されていない解析方法の任意の組み合わせを用いて行うことができる。
コンピュータシステム
例えば、図１、３〜６０に列記される、１つ以上のバイオマーカーの量、存在または不在を決定することによって、分子構造に対するエキソソームをアッセイすることができる。作成されたデータを使用して、バイオシグネチャーを生成することができ、図６２に示されるような、コンピュータシステムによって保存および解析することができる。１つ以上の表現型を有するバイオシグネチャーのアッセイまたは相関は、コンピュータ実行可能論理を用いること等によって、コンピュータシステムによって行うこともできる。
図６２に示されるような、コンピュータシステムを使用して、解析後のデータおよび結果を送信することができる。したがって、図６２は、報告または生成され得るエキソソーム解析からの結果となる代表例の論理デバイスを示すブロック図である。図６２は、エキソソーム解析から生成されたデータを受信し、保存し、１つ以上のバイオシグネチャーを生成するためのデータを解析し、１つ以上のバイオシグネチャーの報告書を生成するためのコンピュータシステム（またはデジタルデバイス）８００を示す。また、コンピュータシステムは、生成したバイオシグネチャーの比較および解析、ならびにその結果を送信することもできる。代替として、コンピュータシステムは、ネットワーク上のデータの送信を介するなどで、エキソソーム解析の生データを受信し、解析を行うことができる。
コンピュータシステム８００は、媒体８１１および／またはネットワークポート８０５からの命令を読み取ることができる論理的装置として理解され得、固定媒体８１２を有するサーバー８０９に任意に接続することができる。図６２に示されるシステムは、ＣＰＵ８０１、ディスクドライブ８０３、キーボード８１５および／もしくはマウス８１６等の任意の入力デバイス、ならびに任意のモニター８０７が含まれる。データ通信は、ローカル、またはリモートロケーションでサーバー８０９に表示された通信媒体を通して達成され得る。通信媒体には、データを送信および／または受信する任意の手段を含むことができる。例えば、通信媒体は、ネットワーク接続、無線接続、またはインターネット接続であり得る。このような接続は、ワールドワイドウェブ上の通信を提供することができる。本発明に関するデータは、当事者８２２による受信および／もしくは閲覧のためのこのようなネットワークまたは接続上で送信され得ることが想定される。受信当事者８２２としては、個人、ヘルスケア供給者、またはヘルスケア管理者等であるが、これらに限定されない。一実施形態において、コンピュータ可読媒体は、エキソソームバイオシグネチャー等の生体試料の解析の結果の送信に適している媒体を含む。この媒体は、対象のエキソソームバイオシグネチャーに関する結果を含むことができ、このような結果は、本明細書に記載の方法を用いて生成される。
エキソソームの生体外の収集
表現型の解析および決定のためのエキソソームはまた、生体外で収集されたものであり得る。細胞は、培養することができ、培養中で目的の細胞から放出されたエキソソームは、自然発生的に生じる、あるいは、培地にエキソソームを放出するように刺激され得る。（例えば、Ｚｉｔｖｏｇｅｌ，ｅｔ ａｌ．１９９８．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．４：５９４−６００、Ｃｈａｐｕｔ，ｅｔ ａｌ．２００４．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７２：２１３７−２１４６３１：２８９２−２９００、Ｅｓｃｕｄｉｅｒ，ｅｔ ａｌ．２００５．Ｊ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．３：１０、Ｍｏｒｓｅ，ｅｔ ａｌ．２００５，Ｊ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．３：９、Ｐｅｃｈｅ，ｅｔ ａｌ．２００６．Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．６：１５４１−１５５０、Ｋｉｍ，ｅｔ ａｌ．２００５．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７４：６４４０−６４４８を参照されたく、これらの全ては、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）。細胞株または組織試料は、未使用のＤＭＥＭ中で培養する前に、７２時間、８０％合流まで増殖させることができる。続いて、エキソソームの産生を、刺激することができる（例えば、Ｄｒｅｓｓｅｌ，ｅｔ ａｌ．２００３．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６３：８２１２−８２２０によって記載される、黒色腫細胞の熱ショック処理を参照されたく、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）。次いで、本明細書に記載されるように、上清を収集し、エキソソームを調製することができる。
一例において、生体外で生成されたエキソソームは、起始細胞または目的の細胞株から培養され得、エキソソームは、細胞培養培地から単離され、続いて、磁気標識、蛍光部分、放射性同位体、酵素、化学発光プローブ、金属粒子、非金属コロイド粒子、高分子色素粒子、色素分子、色素粒子、電気化学的に活性な種、半導体ナノ結晶もしくは量子ドットもしくは金粒子を含む他のナノ粒子で標識し、画像解析のための標識として生体内で再導入することができる。代替として、目的の特徴を有するある起始細胞に対する培養条件、例えば、ゲフィチニブに耐性、またはゲフィチニブに対して脆弱性を与える、既知のＥＧＦＲ突然変異を有する肺癌細胞もしくは細胞株の培養を設定することによって、ゲフィチニブへ細胞培養を暴露し、培養から生じるエキソソームを単離し、続いて、バイオシグネチャーとして使用し、エキソソームのこの種を捕捉することができるエキソソームの外側で発現される新規の抗原もしくは結合物質を探すための発見アレイ上でそれらを解析することによって、生体外で培養されたエキソソームを使用して、新規のバイオシグネチャーを同定することができる。さらに、診断、予後、または治療関連の推測を有し得る新規のシグネチャー（核酸、タンパク質、脂質、またはこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない）の発見のためにこれらのエキソソーム内で見出される任意の他のバイオマーカーまたはバイオシグネチャーを単離することは可能である。
目的の細胞はまた、まず、目的の組織から単離し、培養することもできる。例えば、成長期におけるヒト毛髪の小胞は、小胞を損傷しないように、滅菌装置およびプラスチックウェアを用いて、患者の頭皮から個別にむしりとることができる。各試料は、組織培養用の滅菌ＰＢＳを含有するペトリ皿に移すことができる。単離されたヒト成長期の毛髪の小胞は、１ｍｌのウィリアムＥ培地を含む２４ウェルプレートの個々のウェルに注意深く移すことができる。小胞は、加湿した培養器中で、５％ ＣＯ２および９５％ 大気の雰囲気下で、３７℃で自由に動くように維持することができる。小胞を損傷しないように、培地は、３日ごとに取り替えることができる。次いで、細胞を収集し、培地から沈降させることができる。次いで、前述の方法を用いて、このような起始細胞に特異的なエキソソームに特異的な抗原または細胞結合パートナーを用いて、エキソソームは、単離され得る。次いで、当業者に公知の方法によって、バイオマーカーおよびバイオシグネチャーを単離し、特徴付けることができる。
目的の細胞はまた、微小重力状態または無重力常態、または自由落下環境下で培養され得る。例えば、ＮＡＳＡのバイオリアクター技術は、さらに高速、かつさらに多大な量で、このような細胞を増殖させることが可能である。次いで、前述の方法を用いて、このような起始細胞に特異的なエキソソームに特異的な抗原または細胞結合パートナーを用いて、エキソソームは、単離され得る。
微小重力を模擬体験する静止環境下で、細胞の懸濁培養を増殖させるように設計されている、ＮＡＳＡによるＮＡＳＡのために開発されたバイオリアクターの類である回転壁容器またはＲＷＶｅｒｓｕｓも使用することができる。（例えば、米国特許第５，０２６，６５０号、第５，１５３，１３１号、第５，１５３，１３３号、第５，４３７，９９８号、第５，６６５，５９４号、第５，７０２，９４１号、第７，３５１，５８４号、第５，５２３，２２８号、第５，１０４，８０２号、第６，１１７，６７４号、Ｓｃｈｗａｒｚ，Ｒ Ｐ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｔｉｓｓ．Ｃｕｌｔ．Ｍｅｔｈ．１４：５１−５８，１９９２、Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２００４；２２；８０−８６、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｊｏｕｒｎａｌ ２００４；１８；９７−１０４，Ａｓｈａｍｍａｋｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ Ｎａｎｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２００６；９−１０：２６９３−２７１１、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２００７；４：６２３−６３８、Ｃｏｗｇｅｒ，Ｎ Ｌ，ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ ６４：１４−２６，１９９９、Ｓｐａｕｌｄｉｎｇ，Ｇ Ｆ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５１：２４９−２５１，１９９３、Ｇｏｏｄｗｉｎ，Ｔ Ｊ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｓｏｃ．Ｅｘｐ．Ｂｉｏｌ．Ｍｅｄ．２０２：１８１−１９２，１９９３、Ｆｒｅｅｄ，ＬＥ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ Ｃｅｌｌ．Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．３３：３８１−３８５，１９９７，Ｃｌｅｊａｎ，Ｓ．ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．５０：５８７−５９７，１９９６、Ｋｈａｏｕｓｔｏｖ，ＶＩ，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ Ｃｅｌｌ．Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．３５：５０１−５０９．１９９９を参照されたく、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）。
代替として、目的の細胞または単離されている起始細胞に特異的なエキソソームは、米国特許第６，９１１，２０１号、および米国出願公開第２００５０１８１５０４号、第２００５０１８０９５８号、第２００５０１７６１４３号、および第２００５０１７６１３７（これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）に一般に記載されるように、固定相栓流生物反応器中で培養され得る。代替として、目的の細胞または起始細胞に特異的なエキソソームはまた、米国特許第５，４８６，３５９号に一般に記載されるように、単離および培養され得る。
１つの実施形態には、目的の細胞または起始細胞に特異的なエキソソームを含む組織標本を提供する工程と、培養する場合、目的の細胞または起始細胞に特異的なエキソソームのみを選択的に接着させることができる培地に組織標本からの細胞またはエキソソームを基質表面に添加する工程と、標本−培地の混合物を培養する工程と、米国特許第５，４８６，３５９号（参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる）に一般に記載される、基質表面から接着しない物質を除去する工程を含むことができる。
画像手段としてのエキソソーム
他の実施形態において、画像手段として、エキソソームを使用することができる。標識した循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）が末梢血管系を介して流れる時、生体内で、それらを非侵襲的に可視化することができる（Ｈｅ，Ｗ ｅｔ ａｌ．（２００７）ＰＮＡＳ １０４（２８）１１７６０−１１７６５）。この方法は、腫瘍特異的な蛍光リガンドの静脈内注射し、次いで、表面の血管の多光子蛍光画像を撮り、流れているＣＴＣを定量化することを含むことができる。転移性腫瘍を有するマウスにおける研究は、転移性疾患が他の手段によって検出される数週間前に、ＣＴＣを定量化することができることを示した。同様の方法を用いて、循環する起始細胞に特異的なエキソソームにも適用することができた。腫瘍の切除後に化学療法を投与する決定は、通常、腫瘍学者の微視的転移性疾患の存在の評価に依存する。コンピュータ断層撮影法、ＭＲＩ、組織／センチネルリンパ節生検もしくは血清癌マーカー解析はそれぞれ、あるレベルの残留疾患を検出することができるが、循環腫瘍由来のエキソソームの存在が、癌の進行および転移と最も高感度に相関することができる。末梢血管系を流れる際のリアルタイムにおいてこれらのエキソソームの断層撮影技術は、著しく大きい血液量（患者の潜在的な全血液量）の解析を可能にすることによって、検出感度を改善することができ得る。体液から単離され、精製され、標識され、次いで、システムに再導入されたエキソソームを、従来の画像方法によってまだ可視されない初期腫瘍（例えば、初期乳房腫瘍または初期卵巣腫瘍細胞）を同定するために使用することができる。また、標識されたエキソソームは、転移能の腫瘍を同定するための信号として使用することもできる。
一実施形態において、生体内あるいは体外のいずれかでエキソソームを標識するためにペプチド／抗原を標的とし、次いで、画像診断法の目的のために循環系に再導入することによって、エキソソームを標識することができる。好適な標識には、生体フローサイトメトリー、Ｘ線写真術、ＮＭＲ、ＰＥＴ／ＳＰＥＣＴ、またはＭＲＩによって検出され得るものを含み得る。Ｘ線写真術に好適な標識は、例えば、バリウムまたはセシウム等の、検出可能な放射線を発するが、患者に対して明らかに有害ではない、任意の放射性同位体を含む。ＮＭＲまたはＭＲＩに好適な標識は、一般に、重水素等の検出可能な特徴的なスピンを有するものが含まれる。好適な画像化システムを使用して、循環系において標識されたエキソソームを検出し得る。
標識されたエキソソームは、動脈、または静脈注射によって投与することができ、無菌のパイロジェンフリーの非経口的に許容される水溶液として製剤化することができる。ｐＨ、等張性、安定性等を十分に考慮した、このような非経口的に許容される溶液の調製は、当業者の技術の範囲内である。静脈注射に好ましい製剤は、標識されたエキソソームに加えて、塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、デキストロース注射液、デキストロースおよび塩化ナトリウム注射液、乳酸加リンガー注射液等を含有するべきである。有効量の標識されたエキソソームは、臨床用途に利用可能である装置を用いて許容される画像を得るのに十分は量でありえる。有効量の標識されたエキソソームは、１回を超える注射で投与され得る。有効量の標識されたエキソソームは、個人の感受性、年齢、性別、および個人の体重、個人の特有の反応、線量測定の程度等の要因に従って異なり得る。また、有効量の標識されたエキソソームは、機器、およびフィルム関連の要因に従っても異なり得る。
さらなる実施形態において、生体フローサイトメトリーを使用して、末梢血管系を流れる際の生体内で標識されたエキソソームを非侵襲的に計数することができる。この方法は、腫瘍特異的な蛍光リガンドの静脈内注射し、次いで、表面の血管の多光子蛍光画像を撮り、流れているエキソソームを定量化することを含むことができる。エキソソームの検出のための生体フローサイトメトリーは、サンプリングの制限を回避し、患者の血液量の大部分（約５リットル）の解析を可能にすることによって、統計的に有意なまれな事象の定量を表示する。
多くのヒト癌腫は、ビタミン葉酸に対して受容体を過剰発現する（卵巣癌および子宮内膜癌の９０％超、腎臓癌の８６％、非小細胞肺癌の７８％等）。代替として、正常組織は、非経口的に投与された薬物に接近できない部位で、測定可能な葉酸受容体（ＦＲ）を欠失するか、あるいは、ＦＲを過剰発現するかのいずれかである。ＦＲを発現する癌集団は、ナノモル親和性を有するＦＲに結合する放射線によるあるいは蛍光の葉酸複合体の注射によって、生体内で選択的に標識することができるので、単一のエキソソームに対して、患者の末梢血管系を通過する際の生体内のそれらの検出を可能にするように、十分な数の葉酸複合体に結合することが可能である。信号対バックグラウンド比を増大させるために、エキソソームによって捕捉されなかった場合、循環から急速に除外される腫瘍特異的プローブが使用される。腫瘍特異的抗体が、それらに結合するエキソソームの食細胞の撤去を促進することが見出され、それによって、エキソソーム数の有意な過小評価を生じるため、この目的のために、葉酸色素複合体（例えば、葉酸−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８）複合体を使用することができる。葉酸−ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８で標識される細胞が実際に悪性であることをさらに確実にするために、ローダミン−Ｘに共役された適切な二次抗体に加えて、モノクローナル抗ヒト抗体（例えば、卵巣癌に対してＣＡ１２５）を使用することができる。
別の実施形態において、上記のものに類似の下流画像化用途のためのエキソソームを差別的に標識する標識剤を静脈内に導入することによって、エキソソームを生体内で標識することができる。
償還コード
一実施形態において、疾患、疾患の病期、進行、もしくは治療の同定における、診断、治療関連、もしくは予後診断マーカーとしてエキソソームの使用は、特定の米国メディケア償還コードに割り当てることができる。一実施形態において、起始細胞に特異的なエキソソームの単離および使用を用いる。償還コードは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｕｎｃｉｌ ｆｏｒ Ｐｒｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｄｒｕｇ Ｐｒｏｇｒａｍｓ Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ Ｐｈａｒｍａｃｙ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（ＮＣＰＤＰ／ＰＰＳコード）下で開発されたコードであり得る。償還コードは、例えば、保険会社によって利用される、または認識される診断コードであり得る。この診断コードは、第三者による償還要求に基づいて割当可能である。代替として、この診断コードは、医療資源の利用を解析する必要性に基づいて割当可能である。診断コードのセットは、例えば、ＩＣＤ（国際疾病分類）コード、第９版、臨床修正版（ＩＣＤ−９−ＣＭ）、第１、２、および３巻；ＩＣＤ−１０（米国保険福祉省によって保守され、区分される）；ＨＣＰＣＳ（ヘルスケアＨｅａｌｔｈ Ｃａｒｅ Ｆｉｎａｎｃｉｎｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ Ｃｏｍｍｏｎ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ Ｃｏｄｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ）；ＮＤＣ（全米医薬品コード）；ＣＰＴ−４（医師診療行為用語）；第４版ＣＤＰＮ（Ｃｏｄｅ ｏｎ Ｄｅｎｔａｌ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ ａｎｄ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ）；米国病理医協会による、ＳＮＯＭＥＤ−ＲＴ “Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｉｚｅｄ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ”；国立医学図書館による、ＵＭＬＳ（統一医学用語システム）；ＬＯＩＮＣ 論理的観察値の識別名称とコード；Ｒｅｇｅｎｓｔｒｉｅｆ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅおよび論理的観察値の識別名称とコード（ＬＯＩＮＣ（登録商標））委員会；「リードコード（Ｒｅａｄ Ｃｏｄｅ）」としても知られている臨床的用語；ＤＩＮ 医薬品認証番号；ＤＲＧ（診断関連群）を含む償還分類；ＣＤＴ 現代歯科用語；ＮＩＣ（看護介入コード）；または商業用語彙表サービス（Ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ Ｖｏｃａｂｕｌａｒｙ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ）（ＨｅａｌｔｈＬａｎｇｕａｇｅ Ｉｎｃ．によるＨｅａｌｔｈＬａｎｇｕａｇｅ等）に準拠する、および／または互換性があるものであり得、これらのそれぞれは、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。
一実施形態において、本明細書に記載される、エキソソームに対する単離方法のそれぞれは、特定の償還コードで割り当てられ得る。例えば、本明細書に記載される、起始細胞に特異的なエキソソームの単離方法のそれぞれは、特異的な償還コードで割り当てられ得る。別の実施形態において、エキソソームの解析から得られた特異的なバイオシグネチャーは、特異的な償還コードで割り当てられ得る。さらに別の実施形態において、起始細胞に特異的なエキソソームの解析から得られた特異的なバイオシグネチャーは、特異的な償還コードで割り当てられ得る。代替として、生体試料中のエキソソームの特定のバイオシグネチャーの検出用キットは、特異的な償還コードで割り当てられ得る。代替として、生体試料中の起始細胞に特異的なエキソソームの特定のバイオシグネチャーの検出用キットは、特異的な償還コードで割り当てられ得る。
本発明の好ましい実施形態が、本明細書に示され、説明されているが、かかる実施形態が、単に例示のみのために提供されたものであることは当業者には明らかであろう。ここで、多くの変形、変更、および置換は、当業者であれば、本発明から逸脱することなく、思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する種々の代替手段が、本発明を実行する際に利用され得ることを理解されるべきである。以下の特許請求の範囲が、本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内で方法および構造、ならびにそれらの同等物が、それによって網羅することが意図される。
実施例１：前立腺癌細胞株からのエキソソームの精製
前立腺癌細胞株を２０％ ＦＢＳ（ウシ胎仔血清）および１％ Ｐ／Ｓ／Ｇを含有する培養培地中で３〜４日間培養する。次いで、細胞は、４００ｘｇ、４℃で、１０分間、予め回転させる。上清を保持し、２０００ｘｇ、４℃で、２０分間、遠心分離する。エキソソームを含有する上清は、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎ Ｐｌｕｓ−７０（Ｃａｔ ＃ＵＦＣ７１０００８ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて濃縮することができる。
Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎは、１０００ｘｇ、室温で、３分間、３０ｍｌのＰＢＳで予め洗浄する。次に、１５〜７０ｍｌの事前回転させた細胞培養上清を濃縮カップに注ぎ入れ、１０００ｘｇ、室温で、３０分間、スイングバケットアダプタ（Ｆｉｓｈｅｒ Ｃａｔ ＃ ７５−００８−１４４）中で遠心分離する。
収集カップ中の通過画分を注ぎ出す。任意の追加の上清を用いて、濃縮カップ中の容量を６０ｍｌに戻す。濃縮カップは、細胞上清の全てが濃縮されるまで、１０００ｘｇ、室温で、３０分間、遠心分離する。
７０ｍｌのＰＢＳを添加することによって濃縮カップを洗浄し、約２ｍｌ残留するまで、１０００ｘｇで、３０〜６０分間遠心分離する。濃縮カップを小さな試料カップに反転させ、４℃で、１分間遠心分離することによって、フィルタからエキソソームを除去する。ＰＢＳを用いて容量を２５ｍｌにする。エキソソームを直ちに濃縮し、３０％ショ糖クッション（Ｓｕｃｒｏｓｅ Ｃｕｓｈｉｏｎ）に添加する。
クッションを作製するために、４ｍｌのトリス／３０％ショ糖／Ｄ２Ｏ溶液（３０ｇ プロテアーゼフリーのショ糖、２．４ｇ トリスベース、５０ｍｌ Ｄ２Ｏ、１０Ｎ ＮＣＬ小滴を用いてｐＨを７．４に調節し、Ｄ２Ｏを用いて１００ｍｌまで容量を調節し、０．２２ｕｍフィルタを通過させることにより滅菌する）を、３０ｍｌ Ｖ字底薄壁の超遠心分離管の底部に充填させる。希釈した２５ｍｌの濃縮エキソソームを、接合面に支障を来たすことなく、ショ糖クッションの上にそっと添加し、１００，０００ｘｇ、４℃で、７５分間遠心分離する。ショ糖クッションの上にある約２５ｍｌを、１０ｍｌ ピペットで慎重に除去し、約３．５ｍｌのエキソソームを、先端先細トランスファーピペット（ＳＡＭＣＯ ２３３）で収集し、未使用の超遠心分離管に移し、３０ｍｌ ＰＢＳを添加する。チューブは、１００，０００ｘｇ、４℃で、７０分間遠心分離する。上清を慎重に注ぎ出す。沈殿物は、２００ｕｌ ＰＢＳ中で再懸濁し、４℃で保管するか、アッセイのために使用することができる。ＢＣＡアッセイ（１：２）を使用して、タンパク質含有量を決定することができ、ウエスタンブロット法または電子顕微鏡検査を使用して、エキソソーム精製を決定することができる。
実施例２：ＶＣａＰおよび２２Ｒｖ１からのエキソソームの精製
まず、等量のＰＢＳ（１ｍｌ）で血清を希釈し、超遠心分離によって、ヒト前立腺癌異種移植片（ＣＷＲ２２Ｒ）に由来する前立腺の脊髄部分の癌（ＶＣａＰ）および２２Ｒｖ１、ヒト前立腺癌細胞株からのエキソソームを収集した。希釈流体を１５ｍｌ ファルコンチューブに移し、２０００ｘｇ、４℃で、３０分間遠心分離した。上清（約２ｍｌ）を超遠心分離管 ５．０ｍｌ ＰＡ薄壁チューブ（Ｓｏｒｖａｌｌ ＃ ０３１２７）に移し、１２，０００ｘｇ、４℃で、４５分間遠心分離した。
上清（約２ｍｌ）を、新しい５．０ｍｌ 超遠心分離管に移し、２．５ｍｌ ＰＢＳを添加して最大容量まで充填し、１１０，０００ｘｇ、４℃で、９０分間遠心分離した。沈殿物に支障を来たすことなく、上清を注ぎ出し、沈殿物は、１ｍｌ ＰＢＳで再懸濁した。チューブは、４．５ｍｌのＰＢＳを添加して、最大容量まで充填し、１１０，０００ｘｇ、４℃で、７０分間遠心分離した。
沈殿物に支障を来たすことなく、上清を注ぎ出し、さらに１ｍｌのＰＢＳを添加し沈殿物を洗浄した。容量は、４．５ｍｌのＰＢＳを添加して、最大容量まで増加させ、１１０，０００ｘｇ、４℃で、７０分間遠心分離した。約１００μｌのＰＢＳが、チューブの底部に残るまで、Ｐ−１０００ピペットで上清を除去した。残留している約９０μｌを、Ｐ−２００ピペットで除去し、微小遠心管にＰ−２０ピペットを用いて徐々に取ることによって、約１０μｌの残留しているＰＢＳを用いて、沈殿物を収集した。残存沈殿物を、さらに５μｌの未使用のＰＢＳを用いて乾燥チューブの底部から洗浄し、微小遠心管に収集し、５００μｇ／ｍｌの濃度まで、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で懸濁した。
実施例３：血漿収集およびエキソソーム精製
７ｍｌ Ｋ２−ＥＤＴＡチューブ中に標準的な静脈穿刺を通して、血液を収集する。４℃の遠心分離機中で、４００ｇで、１０分間、試料を回転させ、血液細胞（ＳＯＲＶＡＬＬ Ｌｅｇｅｎｄ ＲＴ＋遠心分離）から血漿を分離する。１５ｍｌ ファルコン遠心分離チューブに慎重にピペットで取るすることによって、上清（血漿）を移す。２，０００ｇで２０分間、血漿を回転させ、上清を収集する。
保存のためには、約１ｍｌの血漿（上清）をｃｒｙｏｖｉａｌにアリコートし、ドライアイス上におき、それらを冷凍し、−８０℃で保存する。エキソソームを精製する前に、試料が−８０℃で保管された場合、冷水槽中で５分間、試料を解凍する。手で回転させて試料を混合し、不溶性物質を消失させる。
第１の事前回転において、血漿を等量のＰＢＳで希釈する（例えば、約２ｍｌの血漿を２ｍｌのＰＢＳで希釈する）。希釈流体を１５ｍｌ ファルコンチューブに移し、２０００ｘｇ、４℃で、３０分間遠心分離する。
第２の事前回転に関しては、上清（約４ｍｌ）を５０ｍｌ ファルコンチューブに慎重に移し、１２，０００ｘｇ、４℃で、４５分間、Ｓｏｒｖａｌ中で遠心分離する。
単離工程において、Ｐ１０００ピペットを用いて、上清（約２ｍｌ）を５．０ｍｌ 超遠心分離ＰＡ薄壁チューブ（Ｓｏｒｖａｌｌ ＃０３１２７）に慎重に移し、さらに０．５ｍｌのＰＢＳを用いて最大容量まで充填する。チューブは、１１０，０００ｘｇ、４℃で、９０分間遠心分離する。
第１の洗浄において、沈殿物に支障を来たすことなく、上清を注ぎ出す。沈殿物は、再懸濁または１ｍｌ ＰＢＳで洗浄し、さらに４．５ｍｌのＰＢＳを添加して、最大容量まで管を充填する。チューブは、１１０，０００ｘｇ、４℃で、７０分間遠心分離する。同じ工程を繰り返すことによって、第２の洗浄を行う。
約１００μｌのＰＢＳが、チューブの底部に残るまで、Ｐ−１０００ピペットで上清を除去することによって、エキソソームを収集する。約９０μｌのＰＢＳを除去し、Ｐ−２００ピペットで廃棄する。Ｐ−２０ピペットを用いて徐々に取ることによって、沈殿物および残留しているＰＢＳを収集する。残存沈殿物を、さらに５μｌの未使用のＰＢＳを用いて乾燥チューブの底部から洗浄し、微小遠心管に収集する。
実施例４：抗体に結合したマイクロスフェアおよび直接に共役する抗体を用いたエキソソームの分析
この実施例は、抗体が結合した粒子の使用を示し、抗体は、エキソソームを捕捉する（例えば、図６４Ａを参照のこと）。１つの抗体の検出抗体は、標識に結合し、捕捉したエキソソーム上でバイオマーカーを検出するために使用される。
まず、抗体に結合したマイクロスフェアセット（Ｌｕｍｉｎｅｘ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）を選択する。マイクロスフェアセットは、種々の抗体を含むことができ、ひいては、多重化を可能にする。マイクロスフェアを、ボルテックスで再懸濁させ、約２０秒間、超音波処理する。作業用のマイクロスフェア混合物は、Ｓｔａｒｔｂｌｏｃｋ（Ｐｉｅｒｃｅ（３７５３８））中の各セットの１００個のマイクロスフェア／μＬの最終濃度まで連結したマイクロスフェアの原液を希釈することによって調製される。（注記：各ウェルに対して５０μＬの作業用のマイクロスフェア混合物を必要とする。）ＰＢＳ−１％ ＢＳＡあるいはＰＢＳ−ＢＮ（ＰＢＳ、１％ ＢＳＡ、０．０５％ アジド、ｐＨ７．４）のいずれかが、アッセイ緩衝液として使用され得る。
１．２μｍ ミリポアフィルタープレートは、１００μｌ／ウェルのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で事前に湿潤し、真空マニホールドによって吸引する。５０μｌの作業用のマイクロスフェア混合物のアリコートを、フィルタープレート（ミリポアマルチスクリーン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｍｕｌｔｉｓｃｒｅｅｎ）ＨＴＳ（ＭＳＢＶＮ１２５０））の適切なウェルに分注する。標準または試料の５０μｌのアリコートを、適切なウェルに分注する。フィルタープレートを覆い、プレート振盪器上で、室温で６０分間培養する。プレートをシーラーで覆い、軌道振盪器上に置き、ビーズを再懸濁するために、１５〜３０秒間、９００に設定する。これに続いて、培養期間中、速度を５５０に設定する。
上清は、真空マニホールドによって吸引する（全ての吸引工程において５インチ未満のＨｇ）。各ウェルは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で２回洗浄し、真空マニホールドによって吸引する。マイクロスフェアは、５０μＬのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で再懸濁される。ＰＥ共役された検出抗体は、ＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で４μｇ／ｍＬ（または適切な濃度）まで希釈される。（注記：各ウェルに対して５０μＬの希釈した検出抗体を必要とする。）５０μｌの希釈した検出抗体のアリコートを、各ウェルに添加する。フィルタープレートを覆い、プレート振盪器上で、室温で６０分間培養する。プレートをシーラーで覆い、軌道振盪器上に置き、ビーズを再懸濁するために、１５〜３０秒間、９００に設定する。これに続いて、培養期間中、速度を５５０に設定する。上清は、真空マニホールドによって吸引する。ウェルは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で２回洗浄し、真空マニホールドによって吸引する。マイクロスフェアは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で再懸濁される。システムマニュアルに従って、Ｌｕｍｉｎｅｘ分析器上でマイクロスフェアを分析する。
実施例５：抗体に結合したマイクロスフェアおよびビオチン化抗体を用いたエキソソームの分析
本実施例は、抗体に結合している粒子の使用を示し、抗体は、エキソソームを捕捉する。抗体、検出抗体をビオチン化する。ストレプトアビジンに結合した標識は、バイオマーカーを検出するために使用される。
まず、適切な抗体に連結したマイクロスフェアセット（Ｌｕｍｉｎｅｘ，Ａｕｓｔｉｎ，ＴＸ）を選択する。マイクロスフェアを、ボルテックスで再懸濁させ、約２０秒間、超音波処理する。作業用のマイクロスフェア混合物は、Ｓｔａｒｔｂｌｏｃｋ（Ｐｉｅｒｃｅ（３７５３８））中の各セットの５０個のマイクロスフェア／μＬの最終濃度まで連結したマイクロスフェアの原液を希釈することによって調製される。（注記：各ウェルに対して５０μＬの作業用のマイクロスフェア混合物を必要とする。）Ｓｔａｒｔ Ｂｌｏｃｋ中のビーズは、３０分間および１時間以下遮断しなければならない。
１．２μｍ ミリポアフィルタープレートを、１００μｌ／ウェルのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で事前に湿潤し、真空マニホールドによって吸引する。５０μｌの作業用のマイクロスフェア混合物のアリコートを、フィルタープレート（ミリポアマルチスクリーン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｍｕｌｔｉｓｃｒｅｅｎ）ＨＴＳ（ＭＳＢＶＮ１２５０））の適切なウェルに分注する。標準または試料の５０μｌのアリコートを、適切なウェルに分注する。フィルタープレートをシールで覆い、プレート振盪器上で、室温で６０分間培養する。覆ったフィルタープレートを軌道振盪器上に置き、ビーズを再懸濁するために、１５〜３０秒間、９００に設定する。これに続いて、培養期間中、速度を５５０に設定する。
上清は、真空マニホールドによって吸引する（全ての吸引工程において５インチ未満のＨｇ）。パール真空マニホールドを用いて吸引を行うことができる。バルブは、プレートがマニホールド上に置かれる場合、完全にオフポジションに置く。ゆっくりと吸引するために、バルブは、ウェルから流体を出すように開口し、ウェルから十分に吸引するには１００μｌの試料およびビーズに対して約３秒かかる。試料の全てが流出した時点で、マニホールド上のパージボタンを押し、プレートからの残存真空圧を放出させる。
各ウェルは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で２回洗浄し、真空マニホールドによって吸引する。マイクロスフェアは、５０μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（（Ｓｉｇｍａ （Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で再懸濁される。
ビオチン化検出抗体を、ＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（（Ｓｉｇｍａ （Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で４μｇ／ｍＬまで希釈する。（注記：各ウェルに対して５０μＬの希釈検出抗体を必要とする。）５０μｌの希釈検出抗体のアリコートを、各ウェルに添加する。
フィルタープレートをシーラーで覆い、プレート振盪器上で、室温で６０分間培養する。プレートを軌道振盪器上に置き、ビーズを再懸濁するために、１５〜３０秒間、９００に設定する。これに続いて、培養期間中、速度を５５０に設定する。
上清は、真空マニホールドによって吸引する。パール真空マニホールドを用いて吸引を行うことができる。バルブは、プレートがマニホールド上に置かれる場合、完全にオフポジションに置く。ゆっくりと吸引するために、バルブは、ウェルから流体を出すように開口し、ウェルから十分に吸引するには１００μｌの試料およびビーズに対して約３秒かかる。試料の全てが流出した時点で、マニホールド上のパージボタンを押し、プレートからの残存真空圧を放出させる。
各ウェルは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で２回洗浄し、真空マニホールドによって吸引する。マイクロスフェアは、５０μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で再懸濁される。
ストレプトアビジン−Ｒ−フィコエリトリンレポーター（分子プローブ １ｍｇ／ｍｌ）を、ＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）中で４μｇ／ｍＬまで希釈する。（注記：各反応に対して５０μＬのストレプトアビジン−Ｒ−フィコエリトリンを必要とする。）５０μｌの希釈ストレプトアビジン−Ｒ−フィコエリトリンのアリコートを、各ウェルに添加する。
フィルタープレートをシーラーで覆い、プレート振盪器上で、室温で６０分間培養する。プレートを軌道振盪器上に置き、ビーズを再懸濁するために、１５〜３０秒間、９００に設定する。これに続いて、培養期間中、速度を５５０に設定する。
上清は、真空マニホールドによって吸引する。パール真空マニホールドを用いて吸引を行うことができる。バルブは、プレートがマニホールド上に置かれる場合、完全にオフポジションに置く。ゆっくりと吸引するために、バルブは、ウェルから流体を出すように開口し、ウェルから十分に吸引するには１００μｌの試料およびビーズに対して約３秒かかる。試料の全てが流出した時点で、マニホールド上のパージボタンを押し、プレートからの残存真空圧を放出させる。
各ウェルは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））で２回洗浄し、真空マニホールドによって吸引する。マイクロスフェアは、１００μｌのＰＢＳ−１％ ＢＳＡ＋アジド（ＰＢＳ−ＢＮ）（（Ｓｉｇｍａ（Ｐ３６８８−１０ＰＡＫ＋０．０５％ Ｎａアジド（Ｓ８０３２）））中で再懸濁され、システムマニュアルに従って、Ｌｕｍｉｎｅｘ分析器上でマイクロスフェアを分析する。
実施例６：多重化を用いて前立腺癌に対するバイオシグネチャーを決定すること
実施例１〜３に記載される方法を用いて得られたエキソソーム試料は、実施例４および５に記載される、多重化アッセイに使用される。使用した検出抗体は、ＣＤ６３、ＣＤ９、ＣＤ８１、Ｂ７Ｈ３、およびＥｐＣａｍである。使用した捕捉抗体は、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３ ２Ｘ、Ｂ７Ｈ３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ ２Ｘ、ＣＤ６３、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＥＴＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、５Ｔ４、Ｒａｂ ＩｇＧ（対照）、およびＩｇＧ（対照）であり、これは、スクリーニングすべき１００個の組み合わせをもたらす（図６４Ｂ）。
１０人の前立腺癌および１２人の正常対照患者をスクリーニングした。図６８および図７０Ａに結果を示す。図７０Ｂは、ＰＣＳＡ捕捉抗体（図７０Ｂ、左グラフ）またはＥｐＣａｍ捕捉抗体（図７０Ｂ、右グラフ）を使用した結果、ならびに１つ以上の検出抗体を用いた検出を示す。異なる組み合わせの感度および特異度を図７３に示す。
実施例７：多重化を用いて結腸癌に対するバイオシグネチャーを決定すること
実施例３に記載される方法を用いて得られたエキソソーム試料は、実施例４および５に記載される、多重化アッセイに使用される。使用した検出抗体は、ＣＤ６３、ＣＤ９、ＣＤ８１、Ｂ７Ｈ３、およびＥｐＣａｍである。使用した捕捉抗体は、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３ ２Ｘ、Ｂ７Ｈ３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ ２Ｘ、ＣＤ６３、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、５Ｔ４、Ｒａｂ ＩｇＧ（対照）、およびＩｇＧ（対照）であり、これは、スクリーニングすべき１００個の組み合わせをもたらす。
図６９、７１、および７２に結果を示す。異なる組み合わせの感度を図７４に示す。
実施例９：磁気ビーズを用いたエキソソームの捕捉
実施例２に記載されるように単離したエキソソームを使用する。約４０μｌのエキソソームを、約５μｇ（約５０μｌ）のＤｙｎａｌビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）で被覆されたＥｐＣａｍ抗体および５０μｌのＳｔａｒｔｉｎｇ Ｂｌｏｃｋで培養する。エキソソームおよびビーズを、振盪培養器中で、４５℃で２時間振盪させながら培養する。Ｄｙｎａｌビーズを含むチューブを、磁性分離器上に１分間置き、上清を除去する。ビーズを２回洗浄し、上清を毎回除去する。ビーズを２回洗浄し、毎回上清を廃棄する。
実施例１０：エキソソーム中のＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの検出
実施例９のビーズ結合したエキソソームからのＲＮＡを、製造業者からの説明書に従って、Ｑｉａｇｅｎ ｍｉＲｎｅａｓｙ（商標）キット（Ｃａｔ．Ｎｏ．２１７０６１）を用いて単離した。
エキソソームは、ＱＩＡｚｏｌ（商標）溶解試薬（Ｃａｔ．Ｎｏ．７９３０６）中で均質化する。クロロホルムを添加した後、ホモジネートは、遠心分離によって水相と有機相に分離する。ＲＮＡは、上層の水相に分配され、一方ＤＮＡは中間層に、タンパク質は下層の有機相または中間層に分配される。上層の水相を抽出し、エタノールを添加し、１８ヌクレオチド（ｎｔ）以上の全てのＲＮＡ分子に対して適切な結合条件を提供する。次いで、試料をＲＮｅａｓｙ（商標）ミニスピンカラムに添加し、全ＲＮＡは、膜およびフェノールに結合し、他の混入物質は、十分に洗い流す。次いで、高品質のＲＮＡをＲＮａｓｅを含まない水中で溶出する。
ＶＣＡＰビーズで捕捉されたエキソソームからのＲＮＡは、Ｔａｑｍａｎ ＴＭＰＲＳＳ：ＥＲＧ融合転写アッセイを用いて測定した（Ｋｉｒｓｔｅｎ Ｄ．Ｍｅｒｔｚ ｅｔ ａｌ．Ｎｅｏｐｌａｓｉａ．２００７ Ｍａｒｃｈ；９（３）：２００-２０６．）。２２Ｒｖ１ビーズで捕捉されたエキソソームからのＲＮＡは、Ｔａｑｍａｎ ＳＰＩＮＫ１転写アッセイを用いて測定した（Ｓｃｏｔｔ Ａ．Ｔｏｍｌｉｎｓ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２００８ Ｊｕｎｅ １３（６）：５１９−５２８）。また、ＧＡＰＤＨ転写物（対照転写物）は、エキソソームのＲＮＡの両方のセットに対しても測定された。
ＣＴ値が高いほど、転写物の発現が低いことを示す。サイクル閾値（ＣＴ）の１つの変化は、２倍の変化、３つのＣＴの差異が、４倍の変化に同等である等のようであり、これは、２＾ＣＴ１−ＣＴ２で計算することができる。この実験は、融合転写物ＴＭＰＲＳＳ：ＥＲＧの発現のＣＴおよびＩｇＧ２陰性対照ビーズを用いて捕捉された同等物を示す（図７５）。２２ＲＶ１エキソソーム中のＳＰＩＮＫ１転写物の同じ比較は、６．１４のＣＴ差異を示し、７０．５の倍率変化に対応する（図７５Ｃ）。
実施例１１：エキソソーム中のマイクロＲＮＡプロファイル
エキソソームは、実施例１および２に記載される、２２Ｒｖ１、ＬＮＣａＰ、Ｖｃａｐ、および正常血漿（１６人のドナーからプールした）からの超遠心分離によって収集した。ＲＮＡは、Ｅｘｉｑｏｎ ｍｉＲ単離キット（Ｃａｔ．Ｎｏ．３００１１０，３００１１１）を用いて抽出した。ＢＣＡアッセイによって決定される場合、同量のエキソソーム（３０μｇ）を使用した。
同容量（５μｌ）を、ミクロＲＮＡのための逆転写反応に利用した。逆転写酵素反応物は、８１μｌのヌクレアーゼフリー水中で希釈し、次いで、９μｌのこの溶液を各個々のｍｉＲアッセイに添加した。ＭｉＲ−６２９は、ＰＣａ（前立腺癌）エキソソームにのみ発現されることが見出され、正常血漿エキソソーム中では実質的には検出することができなかった。ＭｉＲ−９は、全てのＰＣａ細胞株において、高度に過剰発現することが見出され（コピー数別に測定される場合、正常を超える約７０４倍の増加）、正常血漿エキソソーム中で非常に低い発現を有する。ｍｉＲＮＡを特異的に発現した上位１０を図７６に示す。
実施例１２：磁気ＥｐＣａｍで捕捉されたエキソソームのミクロＲＮＡのプロファイル
実施例９のビーズ結合したエキソソームを、ＱＩＡｚｏｌ（商標）溶解試薬（Ｃａｔ．＃７９３０６）に置いた。１２５ｆｍｏｌのシノラブディス・エレガンス（ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ）ｍｉＲ−３９のアリコートを添加した。エキソソームからのＲＮＡを、製造業者の説明書に従って、Ｑｉａｇｅｎ ｍｉＲｎｅａｓｙ（商標）キット（Ｃａｔ．＃２１７０６１）を用いて単離し、３０μｌのＲＮＡｓｅを含まない水中で溶出した。
１０μｌの精製したＲＮＡを、Ｖｅｒｉｔｉ ９６ウェルのサーモサイクラーを用いて、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−１４１、およびｍｉＲ−６２９に対して事前に増幅反応したものに入れた。１：５の事前に増幅した溶液の希釈を使用して、ｍｉＲ９（ＡＢＩ ４３７３２８５）、ｍｉＲ−１４１（ＡＢＩ ４３７３１３７）、およびｍｉＲ−６２９（ＡＢＩ ４３８０９６９）、ならびにシノラブディス・エレガンスｍｉＲ−３９（ＡＢＩ ４３７３４５５）に対するｑＲＴ−ＰＣＲ反応を設定した。各試料に対するシノラブディス・エレガンスの結果に対して、これらの結果を正規化した。
実施例１３：ＣＤ９で捕捉されたエキソソームのミクロＲＮＡのプロファイル
実施例１２のように、ＥｐＣａｍで被覆したビーズの代わりに、ＣＤ９で被覆したＤｙｎａｌビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用した。前立腺癌患者からのエキソソーム、ＬＮＣａＰ、または正常に精製したエキソソームを、ＣＤ９で被覆したビーズと共にインキュベートし、ＲＮＡを、実施例１２に記載されるように単離した。ｍｉＲ−２１およびｍｉＲ−１４１の発現を、ｑＲＴ−ＰＣＲによって検出し、これらの結果を図７７および７８に示す。
実施例１４：前立腺癌に対する参照値
１４人の第３期の前立腺癌対象、１１の良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）の試料、および１５個の正常試料を試験した。実施例３に記載される、方法を用いてエキソソーム試料を得、実施例４および５に記載されるように、多重化アッセイにおいて使用した。これらの試料を解析して、１）試料が過剰発現したエキソソームを有するか、２）試料が過剰発現した前立腺エキソソームを有するか、３）試料が過剰発現した癌エキソソームを有するか、および４）試料が信頼性があるかの４つの判定基準を決定した。試料が全て４つの判定基準を満たした場合、前立腺癌に対して陽性として試料のカテゴリー化は、以下に記載される、試料に対して存在する異なるバイオシグネチャー（癌−１、癌−２、および癌−３、図７９）に依存すして異なる感度および特異度を有した。４つの判定基準は以下の通りであった。
エキソソームの過剰発現
３つのアッセイにおいて、試料に対する平均蛍光強度（ＭＦＩ）を平均化し、該試料に対する値を決定した。各アッセイは、異なる捕捉抗体を使用した。第１は、ＣＤ９捕捉抗体、第２は、ＣＤ８１捕捉抗体、第３は、ＣＤ６３抗体を使用した。ＣＤ９、ＣＤ８１、およびＣＤ６３に対する抗体である、検出抗体の同じ組み合わせを各アッセイに対して使用した。３つのアッセイに対して得られた平均値が、３０００を超えた場合、該試料は、過剰発現エキソソームを有するものとして分類された（図７９、エキソソーム）。
前立腺エキソソームの過剰発現
２つのアッセイにおいて、試料に対するＭＦＩを平均化し、該試料に対する値を決定した。各アッセイは、異なる捕捉抗体を使用した。第１は、ＰＣＳＡ捕捉抗体を使用し、第２は、ＰＳＭＡ捕捉抗体を使用した。ＣＤ９、ＣＤ８１、およびＣＤ６３に対する抗体である、検出抗体の同じ組み合わせを各アッセイに対して使用した。２つのアッセイに対して得られた平均値が、１００を超えた場合、該試料は、過剰発現した前立腺エキソソームを有するものとして分類された（図７９、前立腺）。
癌エキソソームの過剰発現
３つの異なる癌のバイオシグネチャーを使用して、癌エキソソームが、試料中で過剰発現するかどうかを決定した。第１の癌−１は、ＥｐＣａｍ捕捉抗体およびＣＤ８１、ＣＤ９、およびＣＤ６３に対する検出抗体を使用した。第２の癌−２は、ＥｐＣａｍおよびＢ７Ｈ３に対する検出抗体とＣＤ９捕捉抗体を使用した。３つのバイオシグネチャーのうちのいずれか２つに対する試料のＭＦＩ値が、参照値を超えた場合、該試料は、過剰発現癌を有するものとして分類された（図７９、癌−１、癌−２、癌−３を参照のこと）。
試料の信頼性
２つの品質管理基準のＱＣ−１およびＱＣ−２を各試料に対して決定した。この試料が、これらのうちの１つを満たした場合、試料は、信頼性があるものとして分類された。
ＱＣ−１については、７つのアッセイの全てのＭＦＩの合計が決定された。７つのアッセイのそれぞれは、ＣＤ５９およびＰＳＭＡに対する検出抗体を使用した。各アッセイに使用された捕捉抗体は、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、Ｂ７Ｈ３、およびＥｐＣａｍであった。合計が、４０００を超えた場合、その試料は、信頼性がなく、含まれなかった。
ＱＣ−２については、５つのアッセイの全てのＭＦＩの合計が決定された。５つのアッセイのそれぞれは、ＣＤ９、ＣＤ８１、およびＣＤ６３に対する検出抗体を使用した。各アッセイに使用された捕捉抗体は、ＰＣＳＡ、ＰＳＭＡ、ＳＴＥＡＰ、Ｂ７Ｈ３、およびＥｐＣａｍであった。合計が、８０００を超えた場合、その試料は、信頼性がなく、含まれなかった。
試料が、本明細書に記載される、判定基準を満たした後の、ＢＰＨ試料を有する、ＢＰＨ試料を有さない、試料に対する感度および特異度を図７９に示す。
前述の説明は、本発明の例示的な実施形態のものであり、本発明は、本明細書に示される、または記載される特定の形態に限定されるものではないことも理解されよう。本明細書に開示される要素の設計、配列、および種類、ならびに本発明を利用する工程において、添付された特許請求の範囲に述べられる、本発明の範囲を逸脱することなく、種々の修正がなされ得る。

Claims (190)

  1. 対象における表現型を特徴付ける方法であって、
    ｉ） 前記対象からの生体試料中の１つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
    ｉｉ） 前記バイオシグネチャーに基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
    前記バイオシグネチャーに基づく前記表現型の前記特徴付けが、少なくとも７０％の感度を有する、方法。
  2. 対象における表現型を特徴付ける方法であって、
    ｉ） 前記対象からの生体試料中の１つ以上のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
    ｉｉ） 前記バイオシグネチャーを用いて前記１つ以上のエキソソームの量を決定する工程と、
    ｉｉｉ） 前記量に基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
    前記特徴付けが、少なくとも７０％の感度を有する、方法。
  3. 感度が、少なくとも８０％である、請求項１または２に記載の方法。
  4. 感度が、少なくとも９０％である、請求項１または２に記載の方法。
  5. 特異度が、少なくとも８０％である、請求項１または２に記載の方法。
  6. 特異度が、少なくとも１００％である、請求項１または２に記載の方法。
  7. 前記生体試料が、体液試料である、請求項１または２に記載の方法。
  8. 前記試料の体積が、２ｍＬ未満である、請求項７に記載の方法。
  9. 前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥（ｃｈｙｍｅ）、乳糜（ｃｈｙｌｅ）、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、請求項７に記載の方法。
  10. 前記エキソソームが、約３０ｎｍ〜約８００ｎｍの直径を有する、請求項１または２に記載の方法。
  11. 前記エキソソームが、約３０ｎｍ〜約２００ｎｍの直径を有する、請求項９に記載の方法。
  12. 前記エキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、請求項１または２に記載の方法。
  13. 前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、請求項１または２に記載の方法。
  14. 前記エキソソームが、起始細胞に特異的なエキソソームである、請求項１または２に記載の方法。
  15. 前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、請求項１４に記載の方法。
  17. 前記エキソソームが、尿中のエキソソームである、請求項１または２に記載の方法。
  18. 前記バイオシグネチャーが、バイオマーカーの発現レベル、存在、不在、突然変異、コピー数多様性（ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｔｉｏｎ）、切断、複製、挿入、修飾、配列多様性、または分子会合を含む、請求項１または２に記載の方法。
  19. 前記バイオシグネチャーが、単離されたエキソソームの定量化、エキソソームの半減期における変動の時間的評価、循環エキソソームの半減期、エキソソームの代謝半減期、またはエキソソームの活性を含む、請求項１または２に記載の方法。
  20. 前記バイオマーカーが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、請求項１８に記載の方法。
  21. 前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記核酸が、増幅される、請求項２０に記載の方法。
  23. 前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、請求項２１に記載の方法。
  24. 前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、請求項２１に記載の方法。
  25. 前記バイオマーカーが、図１から選択される抗原である、請求項２０に記載の方法。
  26. 前記バイオマーカーが、図３〜６０に列記される表から選択される、請求項２０に記載の方法。
  27. 前記バイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、請求項２０に記載の方法。
  28. 前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３２０、およびｍｉＲ−２０からなる群より選択される、請求項２４に記載の方法。
  29. 前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択される、請求項２４に記載の方法。
  30. 前記表現型が、前立腺癌である、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記バイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＰＣＡ−３、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、請求項１８に記載の方法。
  32. 前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記バイオマーカーが、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される、請求項１８に記載の方法。
  34. 前記バイオシグネチャーが、少なくとも２つのバイオマーカーを含む、請求項１または２に記載の方法。
  35. 前記少なくとも２つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＰＳＭＡ、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される、請求項３４に記載の方法。
  36. 少なくとも３つのバイオマーカーが選択される、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記表現型が、前立腺癌である、請求項３３、３５、または３６に記載の方法。
  38. 前記少なくとも２つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＣＤ６３、およびＣＤ６６からなる群より選択される、請求項３４に記載の方法。
  39. 前記表現型が、結腸癌である、請求項３３または３８に記載の方法。
  40. 前記バイオシグネチャーが、結合物質を含む、請求項１または２に記載の方法。
  41. 前記結合物質が、抗原、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、抗体、抗体フラグメント、アプタマー、ペプトイド、ｚＤＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、レクチン、ペプチド、デンドリマー、または化合物である、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記結合物質が、図２から選択される、請求項４０に記載の方法。
  43. 前記バイオマーカーが、ＨＩＶタンパク質、ＨＣＶタンパク質、プリオンタンパク質、またはこれらのフラグメントからなる群より選択される、請求項１８に記載の方法。
  44. 前記バイオマーカーが、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの組み合わせによって検出される、請求項１８に記載の方法。
  45. 前記バイオマーカーが、イメージサイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、質量分析、またはこれらの組み合わせによって検出される、請求項１８に記載の方法。
  46. 前記バイオマーカーが、
    ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
    ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、
    ｉｉｉ） 酵素結合二次抗体を、前記検出抗体と反応させる工程と、
    ｉｖ） 検出試薬を添加する工程と、
    ｖ） 前記試薬と前記酵素結合二次抗体との間の反応を検出する工程と、によって検出される、請求項１８に記載の方法。
  47. 前記バイオマーカーが、
    ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
    ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、によって検出される方法であって、
    前記検出抗体が、直接標識される、請求項１８に記載の方法。
  48. 前記一次抗体が、Ｒａｂ ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、Ｂ７Ｈ３、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、請求項４６または４７に記載の方法。
  49. 前記検出抗体が、Ｒａｂ ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、Ｂ７Ｈ３、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、請求項４６または４７に記載の方法。
  50. 前記一次抗体が、基質に付着される、請求項４６または４７に記載の方法。
  51. 前記基質が、アレイ、ウェル、または粒子である、請求項５０に記載の方法。
  52. 前記粒子が、磁性を帯びている、請求項５１に記載の方法。
  53. 前記粒子が、内因的に標識される、請求項５１に記載の方法。
  54. 前記粒子が、２つ以上の標識を用いて標識される、請求項５１に記載の方法。
  55. 前記表現型が、黒色腫であり、前記一次抗体が、抗Ｒａｂ ５ｂであり、かつ前記検出抗体が、抗ＣＤ６３または抗カベオリン−１である、請求項４６または４７に記載の方法。
  56. 前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、請求項１または２に記載の方法。
  57. 前記表現型が、図３〜６０に列記される表から選択される表現型である、請求項１または２に記載の方法。
  58. 前記表現型が、腫瘍または癌である、請求項１または２に記載の方法。
  59. 前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、請求項５８に記載の方法。
  60. 前記表現型が、代謝性疾患または病態である、請求項１または２に記載の方法。
  61. 前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態であるか、または病態が、鉄代謝に関連する、請求項６０に記載の方法。
  62. 前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、請求項１または２に記載の方法。
  63. 前記特徴付けが、前記表現型に対する診断、予後診断、薬物の有効性の決定、状態のモニタリング、または治療の選択である、請求項１または２に記載の方法。
  64. 前記対象が、現在の治療に応答しない、請求項１または２に記載の方法。
  65. 前記現在の治療が、癌治療である、請求項６４に記載の方法。
  66. 対象における、表現型を特徴付ける方法であって、
    ｉ） 生体試料中のエキソソームのバイオシグネチャーを決定する工程と、
    ｉｉ） 前記バイオシグネチャーに基づいて、前記対象における表現型を特徴付ける工程と、を含み、
    前記バイオシグネチャーが、複数個のバイオマーカーを含み、
    前記バイオシグネチャーが、前記複数個のバイオマーカー未満の検出と比較して、前記表現型の特徴付けにおいて、より高い感度または特異度を提供する、方法。
  67. 前記生体試料が、体液試料である、請求項６６に記載の方法。
  68. 前記試料の体積が、２ｍＬ未満である、請求項６７に記載の方法。
  69. 前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、請求項６６に記載の方法。
  70. 前記エキソソームが、約３０ｎｍ〜約８００ｎｍの直径を有する、請求項６６に記載の方法。
  71. 前記エキソソームが、約３０ｎｍ〜約２００ｎｍの直径を有する、請求項６６に記載の方法。
  72. 前記エキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、請求項６６に記載の方法。
  73. 前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、請求項６６に記載の方法。
  74. 前記エキソソームが、起始細胞に特異的なエキソソームである、請求項６６に記載の方法。
  75. 前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、請求項７４に記載の方法。
  76. 前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、請求項７４に記載の方法。
  77. 前記エキソソームが、尿中のエキソソームである、請求項６６に記載の方法。
  78. 前記複数個のバイオマーカーの少なくとも１つのサブセットが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、請求項６６に記載の方法。
  79. 前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項７８に記載の方法。
  80. 前記核酸が、増幅される、請求項７８に記載の方法。
  81. 前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、請求項７９に記載の方法。
  82. 前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、請求項７９に記載の方法。
  83. 前記バイオマーカーが、図１から選択される抗原である、請求項７８に記載の方法。
  84. 前記バイオマーカーが、図３〜６０に列記される表から選択される、請求項７８に記載の方法。
  85. 前記バイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、請求項７８に記載の方法。
  86. 前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３２０、およびｍｉＲ−２０からなる群より選択される、請求項８２に記載の方法。
  87. 前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択される、請求項８２に記載の方法。
  88. 前記表現型が、前立腺癌である、請求項８７に記載の方法。
  89. 前記バイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＰＣＡ−３、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、請求項７８に記載の方法。
  90. 前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記バイオマーカーの少なくとも１つのサブセットが、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される、請求項７８に記載の方法。
  92. 前記バイオマーカーの少なくとも１つのサブセットが、ＨＩＶタンパク質、ＨＣＶタンパク質、プリオンタンパク質、もしくはこれらのフラグメントからなる群より選択される、請求項７８に記載の方法。
  93. 前記複数個が、２個のバイオマーカーを含む、請求項６６に記載の方法。
  94. 前記複数個が、少なくとも３個のバイオマーカーを含む、請求項６６に記載の方法。
  95. 前記バイオマーカーの少なくとも１つのサブセットが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＰＳＭＡ、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される少なくとも２つのバイオマーカーを含む、請求項６６に記載の方法。
  96. 前記表現型が、前立腺癌である、請求項９１または９５に記載の方法。
  97. 前記バイオマーカーの少なくとも１つのサブセットが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＣＤ６３、およびＣＤ６６からなる群より選択される少なくとも２つのバイオマーカーを含む、請求項６６に記載の方法。
  98. 前記表現型が、結腸癌である、請求項９１または９７に記載の方法。
  99. 前記バイオマーカーが、マイクロアレイ解析、ＰＣＲ、対立遺伝子特異的プローブによるハイブリダイゼーション、酵素による突然変異検出、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）、フローサイトメトリーヘテロ二本鎖分析、ミスマッチの化学的切断、質量分析、核酸配列決定、一本鎖ＤＮＡ高次構造多型法（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、制限フラグメント多型、連続的遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、またはこれらの組み合わせによって検出される、請求項７８に記載の方法。
  100. 前記バイオマーカーが、イメージサイトメトリー、ｑＲＴ−ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＰＣＲ、フローサイトメトリー、質量分析、またはこれらの組み合わせによって検出される、請求項７８に記載の方法。
  101. 前記バイオマーカーが、
    ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
    ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、
    ｉｉｉ） 酵素結合二次抗体を、前記検出抗体と反応させる工程と、
    ｉｖ） 検出試薬を添加する工程と、
    ｖ） 前記基質と前記酵素結合二次抗体との間の反応を検出する工程と、によって検出される、請求項７８に記載の方法。
  102. 前記バイオマーカーが、
    ｉ） 一次抗体を用いて前記エキソソームを捕捉する工程と、
    ｉｉ） 検出抗体を用いて前記捕捉したエキソソームを検出する工程と、によって検出される方法であって、
    前記検出抗体が、直接標識される、請求項７８に記載の方法。
  103. 前記一次抗体が、Ｒａｂ ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、Ｂ７Ｈ３、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、請求項１０１または１０２に記載の方法。
  104. 前記検出抗体が、Ｒａｂ ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、Ｂ７Ｈ３、およびこれらのフラグメントからなる群より選択されるタンパク質または抗原に対する抗体である、請求項１０１または１０２に記載の方法。
  105. 前記一次抗体が、基質に付着される、請求項１０１または１０２に記載の方法。
  106. 前記基質が、アレイ、ウェル、または粒子である、請求項１０５に記載の方法。
  107. 前記粒子が、磁性を帯びている、請求項１０５に記載の方法。
  108. 前記粒子が、内因的に標識される、請求項１０５に記載の方法。
  109. 前記粒子が、２つ以上の標識を用いて標識される、請求項１０５に記載の方法。
  110. 前記表現型が、黒色腫であり、前記一次抗体が、抗Ｒａｂ ５ｂであり、かつ前記検出抗体が、抗ＣＤ６３または抗カベオリン−１である、請求項１０１または１０２に記載の方法。
  111. 前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、請求項６６に記載の方法。
  112. 前記表現型が、図３〜６０に列記される表から選択される表現型である、請求項６６に記載の方法。
  113. 前記表現型が、腫瘍または癌である、請求項６６に記載の方法。
  114. 前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、請求項１１３に記載の方法。
  115. 前記表現型が、代謝性疾患または病態である、請求項６６に記載の方法。
  116. 前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態であるか、または病態が、鉄代謝に関連する、請求項１１５に記載の方法。
  117. 前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、請求項６６に記載の方法。
  118. 前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、状態のモニタリング、または治療の選択である、請求項６６に記載の方法。
  119. 前記対象が、現在の治療に応答しない、請求項６６に記載の方法。
  120. 前記現在の治療が、癌治療である、請求項１１９に記載の方法。
  121. 以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
    ｉ） 前記複数個のエキソソームを複数個の基質に適用する工程であって、
    各基質が、１つ以上の捕捉剤に結合され、かつ
    前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の別のサブセットとは異なる捕捉剤または捕捉剤の組み合わせを含む、工程、
    ｉｉ） 前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブユニットを捕捉する工程、および
    ｉｉｉ） 前記捕捉したエキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
  122. 前記複数個の基質の各サブセットが、前記複数個の基質の別のサブセットとは差別的に標識される、請求項１２１に記載の方法。
  123. 前記複数個の基質の少なくとも１つのサブセットが、内因的に標識される、請求項１２１に記載の方法。
  124. 前記複数個の基質の少なくとも１つのサブセットが、２つ以上の標識を含む、請求項１２１に記載の方法。
  125. 前記基質が、粒子またはビーズである、請求項１２１に記載の方法。
  126. 以下の工程を含む、複数個のエキソソームの多重分析のための方法：
    ｉ） 前記複数個のエキソソームを平面基質に適用する工程であって、前記基質が、複数個の捕捉剤を含む、工程、
    ｉｉ） 前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブユニットを捕捉する工程、および
    ｉｉｉ） 前記捕捉したエキソソームの１つ以上のバイオマーカーを検出する工程。
  127. エキソソームの少なくとも２つの異なる集団が、捕捉される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  128. １つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、表現型を特徴付けるために使用される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  129. 前記表現型が、癌、炎症性疾患、免疫疾患、自己免疫疾患、心血管疾患、神経系疾患、感染症、または妊娠に関連した病態である、請求項１２８に記載の方法。
  130. 前記表現型が、図３〜６０に列記される表から選択される表現型である、請求項１２８に記載の方法。
  131. 前記表現型が、腫瘍または癌である、請求項１２８に記載の方法。
  132. 前記表現型が、膠芽細胞腫、前立腺癌、黒色腫、または結腸癌である、請求項１３１に記載の方法。
  133. 前記表現型が、代謝性疾患または病態である、請求項１２８に記載の方法。
  134. 前記代謝性疾患または病態が、糖尿病、炎症、周産期の病態、または鉄代謝の病態である、請求項１３３に記載の方法。
  135. 前記表現型が、臓器拒絶反応、臓器障害、または移植後の病態の評価である、請求項１２８に記載の方法。
  136. 前記特徴付けが、前記表現型についての診断、予後診断、薬物の有効性の決定、前記表現型の状態のモニタリング、または治療の選択である、請求項１２８に記載の方法。
  137. 少なくとも５、１０、１５、または２０個の異なる捕捉剤が使用される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  138. 前記１個以上の捕捉剤が、Ｒａｂ ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、Ｂ７Ｈ３、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される標的に結合する、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  139. 前記１つ以上のバイオマーカーが、核酸、ペプチド、タンパク質、脂質、抗原、炭水化物、およびプロテオグリカンからなる群より選択される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  140. 前記核酸が、ＤＮＡまたはＲＮＡである、請求項１３８に記載の方法。
  141. 前記核酸が、増幅される、請求項１３８に記載の方法。
  142. 前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、および非コードＤＮＡからなる群より選択される、請求項１４０に記載の方法。
  143. 前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、およびｓｈＲＮＡからなる群より選択される、請求項１４０に記載の方法。
  144. 前記１つ以上のバイオマーカーが、図１から選択される抗原である、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  145. 前記１つ以上のバイオマーカーが、図３〜６０に列記される表から選択される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  146. 前記１つ以上のバイオマーカーが、臨床的に明確な腫瘍型またはサブタイプと関連する、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  147. 前記ｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｍｉＲ−１５ｂ、ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１９ｂ、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２６ａ、ｍｉＲ−２７ａ、ｍｉＲ−９２、ｍｉＲ−９３、ｍｉＲ−３２０、およびｍｉＲ−２０からなる群より選択される、請求項１４３に記載の方法。
  148. 前記ｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択される、請求項１４３に記載の方法。
  149. １つ以上のバイオマーカーを検出する前記工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、請求項１４８に記載の方法。
  150. 前記１つ以上のバイオマーカーが、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、Ｋｒａｓ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＰＣＡ−３、ＰＳＡ、ヘプシジン、およびこれらの変異体からなる群より選択される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  151. 前記ＥＧＦＲ変異体が、ＥＧＦＲｖＩＩＩである、請求項１５０に記載の方法。
  152. 前記１つ以上のバイオマーカーが、Ｒａｂ ５ｂ、ＣＤ６３、カベオリン−１、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣａｍ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、ＰＳＭ、５Ｔ４、ＥｐＣａｍ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、Ｂ７Ｈ３、ＣＤ６６、およびこれらのフラグメントからなる群より選択される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  153. 少なくとも２つ、３つ、４つ、または５つのバイオマーカーが検出される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  154. 前記少なくとも２つのバイオマーカーが、ＥｐＣａｍ、ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＰＳＭＡ、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される、請求項１５３に記載の方法。
  155. 前記１つ以上の捕捉剤が、ＥｐＣａｍを標的とし、かつ前記１つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ９およびＣＤ６３である、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  156. 前記１つ以上の捕捉剤が、ＰＣＳＡを標的とし、かつ前記１つ以上のバイオマーカーが、Ｂ７Ｈ３およびＰＳＭＡである、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  157. 前記１つ以上の捕捉剤が、ＣＤ６３を標的とし、かつ前記１つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ８１、ＣＤ８３、またはＣＤ９である、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  158. 前記１つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ８１である、請求項１５７に記載の方法。
  159. 前記１つ以上のバイオマーカーが、ＣＤ６３またはＣＤ９である、請求項１５７に記載の方法。
  160. 前記１つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、前立腺癌を特徴付けるために使用される、請求項１５５、１５６、１５７、または１５８に記載の方法。
  161. 前記１つ以上のバイオマーカーを検出する工程が、結腸癌を特徴付けるために使用される、請求項１５７または１５９に記載の方法。
  162. 前記複数個のエキソソームが、生体試料から得られる、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  163. 前記生体試料が、体液試料である、請求項１６２に記載の方法。
  164. 前記試料の体積が、２ｍＬ未満である、請求項１６３に記載の方法。
  165. 前記体液が、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー液もしくは射精前液、女性射精液、汗、糞便、毛髪、涙、嚢胞液、胸水および腹水、囲心腔液、リンパ液、糜粥、乳糜、胆汁、間質液、月経分泌物、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物、粘膜からの分泌物、水便、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引物、胚盤胞腔液、または臍帯血である、請求項１６３に記載の方法。
  166. 前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットが、約３０ｎｍ〜約８００ｎｍの直径を有する、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  167. 前記エキソソームが、約３０ｎｍ〜約２００ｎｍの直径を有する、請求項１６６に記載の方法。
  168. 前記複数個のエキソソームが、サイズ排除クロマトグラフィー、密度勾配遠心分離法、分画遠心分離法、ナノ膜限外濾過、免疫吸着での捕捉、親和性精製、マイクロ流体分離、またはこれらの組み合わせによって単離される、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  169. 前記生体試料が、前記バイオシグネチャーを決定する工程の前に、エキソソームを濃縮されていない、請求項１６２に記載の方法。
  170. 前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットが、起始細胞に特異的なエキソソームを含む、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  171. 前記起始細胞が、腫瘍または癌細胞である、請求項１７０に記載の方法。
  172. 前記起始細胞が、肺、膵臓、胃、腸、膀胱、腎臓、卵巣、睾丸、皮膚、結腸直腸、乳房、前立腺、脳、食道、肝臓、胎盤、または胎児の細胞である、請求項１７０に記載の方法。
  173. 前記複数個のエキソソームの少なくとも１つのサブセットが、尿中のエキソソームを含む、請求項１２１または１２６に記載の方法。
  174. 以下の工程を含む、表現型を特徴付けるための方法：
    ｉ） 対象からの試料中のエキソソームの量を決定する工程、
    ｉｉ） 前記試料中の起始細胞に特異的なエキソソームの量を決定する工程、ならびに
    ｉｉｉ） 前記エキソソームの量および前記起始細胞に特異的なエキソソームの量を、参照値に対して比較することによって、前記表現型を特徴付ける工程。
  175. 工程（ａ）の前記エキソソームの量が、１つ以上のエキソソームバイオマーカーを検出することによって決定される、請求項１７４に記載の方法。
  176. 工程（ｂ）の前記起始細胞に特異的なエキソソームの量が、１つ以上の起始細胞に特異的なバイオマーカーを検出することによって決定される、請求項１７４に記載の方法。
  177. 前記表現型が、癌である、請求項１７４に記載の方法。
  178. 癌に固有の１つ以上のバイオマーカーを含むエキソソームの量を検出する工程をさらに含む、請求項１７７に記載の方法。
  179. １つ以上のバイオマーカーを含む単離されたエキソソームであって、
    ｉ） 乳房細胞に由来し、ＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３、ならびに乳癌に対する図３および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｉｉ） 卵巣細胞に由来し、ＣＤ２４、ならびに卵巣癌に対する図４および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｉｉｉ） 肺細胞に由来し、ミッドカイン、ＲＬＦ−ＭＹＣＬ１、ＴＧＦ−ＡＬＫ、ＣＤ７４−ＲＯＳ１、ならびに肺癌に対する図５および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｉｖ） 結腸細胞に由来し、結腸癌に対する図６および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｖ） 腺腫に由来し、図７、図９［結腸直腸癌もしくはＣＲＣ］、または図１０のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｖｉ） 腸細胞に由来し、図８［過敏性腸症候群またはＩＢＤ対正常］または図１０［ＩＢＤ対ＣＲＣ］のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｖｉｉ） 結腸、直腸、または虫垂細胞に由来し、図１１［ＣＲＣデュークスＢおよびＣＲＣデュークスＣ〜Ｄ］のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｖｉｉｉ） 腸細胞に由来し、図１２［低悪性度の異形成を伴う腺腫および高悪性度の異形成を伴う腺腫］のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｉｘ） 腸細胞に由来し、図１３［潰瘍性大腸炎（ＵＣ）対クローン病（ＣＤ）］のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘ） 過形成ポリープに由来し、図１４のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｉ） 腸細胞に由来し、図１５［低悪性度の異形成を伴う腺腫と正常との間］または図１６［腺腫と正常を識別する］のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｉｉ） 腸細胞に由来し、図１７［ＣＲＣと正常を識別する］のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｉｉｉ） 前立腺細胞に由来し、ＢＰＨに対する図１８および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｉｖ） 前立腺細胞に由来し、ＡＣＳＬ３−ＥＴＶ１、Ｃ１５ＯＲＦ２１−ＥＴＶ１、ＦＬＪ３５２９４−ＥＴＶ１、ＨＥＲＶ−ＥＴＶ１，ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ１／４／５、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＴＶ４／５、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＲＧ、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ１、ＳＬＣ５Ａ３−ＥＴＶ５もしくはＫＬＫ２−ＥＴＶ４、ならびに前立腺癌に対する図１９、６０、および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｖ） 黒色腫細胞に由来し、黒色腫に対する図２０および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｖｉ） 膵臓細胞に由来し、膵臓癌に対する図２１および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｖｉｉ） 神経細胞に由来し、ＧＯＰＣ−ＲＯＳ１、脳癌に対する図２２および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｖｉｉｉ） 乾癬を特徴付けるためのものであり、乾癬に対する図２３および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｉｘ） 心臓細胞に由来し、図２４のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘ） 血液細胞癌に由来し、ＴＴＬ−ＥＴＶ６、ＣＤＫ６−ＭＬＬ、ＣＤＫ６−ＴＬＸ３、ＥＴＶ６−ＦＬＴ３、ＥＴＶ６−ＲＵＮＸ１、ＥＴＶ６−ＴＴＬ、ＭＬＬ−ＡＦＦ１、ＭＬＬ−ＡＦＦ３、ＭＬＬ−ＡＦＦ４、ＭＬＬ−ＧＡＳ７、ＴＣＢＡ１−ＥＴＶ６、ＴＣＦ３−ＰＢＸ１、ＴＣＦ３−ＴＦＰＴ、ＢＣＬ１１Ｂ−ＴＬＸ３、ＩＬ２−ＴＮＦＲＦＳ１７、ＮＵＰ２１４−ＡＢＬ１、ＮＵＰ９８−ＣＣＤＣ２８Ａ、ＴＡＬ１−ＳＴＩＬ、またはＥＴＶ６−ＡＢＬ２、ＡＴＩＣ−ＡＬＫ、ＫＩＡＡ１６１８−ＡＬＫ、ＭＳＮ−ＡＬＫ、ＭＹＨ９−ＡＬＫ、ＮＰＭ１−ＡＬＫ、ＴＧＦ−ＡＬＫもしくはＴＰＭ３−ＡＬＫ、ＢＣＲ−ＡＢＬ１、ＢＣＲ−ＪＡＫ２、ＥＴＶ６−ＥＶＩ１、ＥＴＶ６−ＭＮ１、ＥＴＶ６−ＴＣＢＡ１、ＣＢＦＢ−ＭＹＨ１１、ＣＨＩＣ２−ＥＴＶ６、ＥＴＶ６−ＡＢＬ１、ＥＴＶ６−ＡＢＬ２、ＥＴＶ６−ＡＲＮＴ、ＥＴＶ６−ＣＤＸ２、ＥＴＶ６−ＨＬＸＢ９、ＥＴＶ６−ＰＥＲ１、ＭＥＦ２Ｄ−ＤＡＺＡＰ１、ＡＭＬ−ＡＦＦ１、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＡＰ２６、ＭＬＬ−ＡＲＨＧＥＦ１２、ＭＬＬ−ＣＡＳＣ５、ＭＬＬ−ＣＢＬ、ＭＬＬ−ＣＲＥＢＢＰ、ＭＬＬ−ＤＡＢ２１Ｐ、ＭＬＬ−ＥＬＬ、ＭＬＬ−ＥＰ３００、ＭＬＬ−ＥＰＳ１５、ＭＬＬ−ＦＮＢＰ１、ＭＬＬ−ＦＯＸＯ３Ａ、ＭＬＬ−ＧＭＰＳ、ＭＬＬ−ＧＰＨＮ、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ１、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ１１、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ３、ＭＬＬ−ＭＬＬＴ６、ＭＬＬ−ＭＹＯ１Ｆ、ＭＬＬ−ＰＩＣＡＬＭ、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ２、ＭＬＬ−ＳＥＰＴ６、ＭＬＬ−ＳＯＲＢＳ２、ＭＹＳＴ３−ＳＯＲＢＳ２、ＭＹＳＴ−ＣＲＥＢＢＰ、ＮＰＭ１−ＭＬＦ１、ＮＵＰ９８−ＨＯＸＡ１３、ＰＲＤＭ１６−ＥＶＩ１、ＲＡＢＥＰ１−ＰＤＧＦＲＢ、ＲＵＮＸ１−ＥＶＩ１、ＲＵＮＸ１−ＭＤＳ１、ＲＵＮＸ１−ＲＰＬ２２、ＲＵＮＸ１−ＲＵＮＸ１Ｔ１、ＲＵＮＸ１−ＳＨ３Ｄ１９、ＲＵＮＸ１−ＵＳＰ４２、ＲＵＮＸ１−ＹＴＨＤＦ２、ＲＵＮＸ１−ＺＮＦ６８７、ＴＡＦ１５−ＺＮＦ−３８４、ＣＣＮＤ１−ＦＳＴＬ３、ＦＬＩＰ１−ＰＤＧＦＲＡ、ＦＬＴ３−ＥＴＶ６、ＫＩＡＡ１５０９−ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＥ４ＤＩＰ−ＰＤＧＦＲＢ、ＮＩＮ−ＰＤＧＦＲＢ、ＴＰ５３ＢＰ１−ＰＤＧＦＲＢ、またはＴＰＭ３−ＰＤＧＦＲＢ、ならびに血液細胞癌に対する図２５および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｉ） 血液細胞癌に由来し、ＢＣＬ３−ＭＹＣ、ＭＹＣ−ＢＴＧ１、ＢＣＬ７Ａ−ＭＹＣ、ＢＲＷＤ３−ＡＲＨＧＡＰ２０もしくはＢＴＧ１−ＭＹＣ、ならびに図２６のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｉｉ） Ｂ細胞に由来し、図２７のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｉｉｉ） Ｂ細胞に由来し、ＣＩＴＴＡ−ＢＣＬ６、ＣＬＴＣ−ＡＬＫ、ＩＬ２１Ｒ−ＢＣＬ６、ＰＩＭ１−ＢＣＬ６、ＴＦＣＲ−ＢＣＬ６、ＩＫＺＦ１−ＢＣＬ６、ＳＥＣ３１Ａ−ＡＬＫ、および図２８のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｉｖ） バーキットリンパ腫細胞に由来し、ＩＧＨ−ＭＹＣ、ＬＣＰ１−ＢＣＬ６、および図２９のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｖ） 肝細胞に由来し、肝細胞癌に対する図３０および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｖｉ） 子宮頸部細胞に由来し、子宮頸癌に対する図３１および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｖｉｉ） 子宮内膜細胞に由来し、子宮内膜癌に対する図３２および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｖｉｉｉ） 頭部または頸部細胞に由来し、ＣＨＣＨＤ７−ＰＬＡＧ１、ＣＴＮＮＢ１−ＰＬＡＧ１、ＦＨＩＴ−ＨＭＧＡ２、ＨＭＧＡ２−ＮＦＩＢ、ＬＩＦＲ−ＰＬＡＧ１、ＴＣＥＡ１−ＰＬＡＧ１、ならびに頭頸部癌に対する図３３および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｉｘ） 腸細胞に由来し、ＩＢＤに対する図３４および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘ） 膵臓細胞に由来し、糖尿病に対する図３５および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｉ） 食道細胞に由来し、バレット食道に対する図３６および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｉｉ） 線維筋痛に対する図３７および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｉｉｉ） 脳卒中に対する図３８および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｉｖ） 多発性硬化症に対する図３９および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｖ） パーキンソン病に対する図４０および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｖｉ） リウマチ性疾患に対する図４１および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｖｉｉ） アルツハイマー病に対する図４２および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｖｉｉｉ） プリオン病に対する図４３および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｘｘｉｘ） 敗血症に対する図４４のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌ） 慢性神経因性疼痛に対する図４５および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｉ） 末梢性神経因性疼痛に対する図４６および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｉｉ） 統合失調症に対する図４７および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｉｉｉ） 双極性障害に対する図４８のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｉｖ） うつ病に対する図４９のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｖ） 消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）に対する図５０および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｖｉ） 腎細胞に由来し、ＡＬＰＨＡ−ＴＦＥＢ、ＮＯＮＯ−ＴＦＥ３、ＰＲＣＣ−ＴＦＥ３、ＳＦＰＱ−ＴＦＥ３、ＣＬＴＣ−ＴＦＥ３、ＭＡＬＡＴ１−ＴＦＥＢ、腎細胞癌に対する図５１および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｖｉｉ） 肝硬変に対する図５２および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｖｉｉｉ） 食道細胞に由来し、食道癌に対する図５３および図１中から選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｘｌｉｘ） 胃腸管細胞に由来し、胃癌に対する図５４のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌ） 自閉症に対する図５５および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｉ） 臓器移植拒絶反応に対する図５６のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｉｉ） メチシリン耐性黄色ブドウ球菌に対する図５７のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｉｉｉ） 不安定プラークに対する図５８および図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｉｖ） 自己免疫疾患に対する図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｖ） 結核（ＴＢ）に対する図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｖｉ） ＨＩＶに対する図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｖｉｉ） 喘息に対する図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｖｉｉｉ） 狼瘡に対する図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｉｘ） 甲状腺細胞に由来し、ＡＫＡＰ９−ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６−ＲＥＴ、ＥＲＣ１−ＲＥＴＭ、ＧＯＬＧＡ５−ＲＥＴ、ＨＯＯＫ３−ＲＥＴ、ＨＲＨ４−ＲＥＴ、ＫＴＮ１−ＲＥＴ、ＮＣＯＡ４−ＲＥＴ、ＰＣＭ１−ＲＥＴ、ＰＲＫＡＲＡ１Ａ−ＲＥＴ、ＲＦＧ−ＲＥＴ、ＲＦＧ９−ＲＥＴ、Ｒｉａ−ＲＥＴ、ＴＧＦ−ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３−ＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３−ＴＰＲ、ＴＰＲ−ＭＥＴ、ＴＰＲ−ＮＴＲＫ１、ＴＲＩＭ２４−ＲＥＴ、ＴＲＩＭ２７−ＲＥＴもしくはＴＲＩＭ３３−ＲＥＴ、ＰＡＸ８−ＰＰＡＲｙ、および甲状腺癌に対する図１のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｘ） 発癌遺伝子である図５９のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、
    ｌｘｉ） 前立腺細胞に由来し、ＰＦＫＦＢ３、ＲＨＡＭＭ（ＨＭＭＲ）、ｃＤＮＡ ＦＬＪ４２１０３、ＡＳＰＭ、ＣＥＮＰＦ、ＮＣＡＰＧ、アンドロゲン受容体、ＥＧＦＲ、ＨＳＰ９０、ＳＰＡＲＣ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＧＡＲＴ、ＭＧＭＴ、ＳＳＴＲ３、およびＴＯＰ２Ｂから選択される１つ以上のバイオマーカーを含むか、または、
    ｌｘｉｉ） 前立腺細胞に由来し、図６０のバイオマーカーから選択される１つ以上のバイオマーカーを含む、エキソソーム。
  180. ＣＤ９、ＰＳＣＡ、ＴＮＦＲ、ＣＤ６３、ＭＦＧ−Ｅ８、ＥｐＣＡＭ、Ｒａｂ、ＣＤ８１、ＳＴＥＡＰ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ＥｐＣＡＭ、ＰＳＭＡ、ＣＤ５９、ＣＤ６６、ＣＤ２４、およびＢ７Ｈ３からなる群より選択される１つ以上のバイオマーカーをさらに含む、請求項１７９に記載の単離されたエキソソーム。
  181. Ｂ７Ｈ３、ＰＳＣＡ、ＭＦＧ−Ｅ８、Ｒａｂ、ＳＴＥＡＰ、ＰＳＭＡ、ＰＣＳＡ、５Ｔ４、ｍｉＲ−９、ｍｉＲ−６２９、ｍｉＲ−１４１、ｍｉＲ−６７１−３ｐ、ｍｉＲ−４９１、ｍｉＲ−１８２、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３２４−５ｐ、ｍｉＲ−１４８ｂ、およびｍｉＲ−２２２からなる群より選択されるバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
  182. Ｂｃｌ−ＸＬ、ＥＲＣＣ１、ケラチン１５、上皮に固有の抗原（ＥＳＡ）、および脂肪細胞キマーゼからなる群より選択される１つ以上のバイオマーカーを含む、単離されたエキソソーム。
  183. 実質的に濃縮されたエキソソームの集団を含む組成物であって、前記濃縮されたエキソソームの集団が、１つ以上の特徴について少なくとも３０％均質である、組成物。
  184. 前記１つ以上の特徴が、同じバイオマーカー、実質的に同様もしくは同一のバイオシグネチャー、同一の細胞型に由来、特定の大きさのエキソソームの存在、のうちの１つ以上、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１８３に記載の組成物。
  185. 前記エキソソームが、請求項１７９、１８０、１８１、または１８２に記載の単離されたエキソソームである、請求項１８３に記載の組成物。
  186. 第２の濃縮されたエキソソームの集団をさらに含み、前記第２の濃縮されたエキソソームの集団が、１つ以上の特徴について、少なくとも３０％均質である、請求項１８３に記載の組成物。
  187. 前記エキソソームが、２つ以上のバイオマーカーを標的とする２つ以上の結合物質を用いることによって得られる、請求項１８６に記載の組成物。
  188. 前記濃縮されたエキソソームの集団が、前記組成物の全エキソソーム集団の少なくとも３０％を構成する、請求項１８３に記載の組成物。
  189. 前記組成物が由来した生体試料のエキソソーム濃度と比較して、少なくとも２倍のエキソソーム濃度を含む、請求項１８３に記載の組成物。
  190. 細胞残屑、細胞、非エキソソームタンパク質、ペプチド、核酸、またはこれらの任意の組み合わせが実質的に存在しない、請求項１８３に記載の組成物。
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