WO2016158809A1 - デリバリー機能と遺伝子発現制御能を有する一本鎖核酸分子 - Google Patents

デリバリー機能と遺伝子発現制御能を有する一本鎖核酸分子 Download PDF

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絵里子 青木
志織 加藤
忠明 大木
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Definitions

  • the present invention relates to a single-stranded nucleic acid molecule having a delivery function and a gene expression control ability, a composition containing the same, and use thereof.
  • RNA interference is known as a technique for suppressing gene expression (Non-patent Document 1). Inhibition of gene expression by RNA interference is generally performed, for example, by administering a short double-stranded RNA molecule to a cell or the like.
  • the double-stranded RNA molecule is usually referred to as siRNA (small interfering RNA).
  • siRNA small interfering RNA
  • gene expression can also be suppressed by an RNA molecule that is a circular RNA molecule and partially forms a double strand by intramolecular annealing (Patent Document 1).
  • Patent Document 1 RNA molecules that induce gene expression suppression have the following problems.
  • an object of the present invention is to provide a single-stranded nucleic acid capable of suppressing the expression of a target gene having a delivery function.
  • the single-stranded nucleic acid molecule of the present invention comprises a region (X), a linker region (Lx) and a region (Xc),
  • the region (X) is complementary to the region (Xc);
  • At least one of the region (X) and the region (Xc) is a single-stranded nucleic acid molecule for suppressing the expression of a target gene, comprising an expression suppressing sequence that suppresses the expression of the target gene, and suppressing the expression of the target gene
  • a biologically relevant substance having a delivery function is bound to at least one selected from the group consisting of the 5 ′ end, 3 ′ end and the linker region (Lx) of the single-stranded nucleic acid molecule for use.
  • a single-stranded nucleic acid molecule for suppressing the expression of a target gene is bound to at least one selected from the group consisting of the 5 ′ end, 3 ′ end and the linker region (Lx) of the single-stranded nucleic acid
  • an excellent delivery function to a target tissue / cell can be realized without requiring a carrier for delivery.
  • a carrier for example, it is not necessary to consider the toxicity of the carrier, and it is possible to avoid various conditions for the formation of a complex of a nucleic acid molecule and a carrier. For this reason, for example, it is possible to reduce labor and cost in terms of manufacturing and use.
  • FIG. 1 is a schematic diagram showing an example of a single-stranded nucleic acid molecule of the present invention.
  • FIG. 2 is an HPLC chart of C18-conjugated single-stranded nucleic acid molecules after purification in the examples of the present invention.
  • FIG. 3 is an HPLC chart of a purified DOPE-conjugated single-stranded nucleic acid molecule in an example of the present invention.
  • FIG. 4 is an HPLC chart of a lactose-conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in an example of the present invention.
  • FIG. 5 is an HPLC chart of a GE11-conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in an example of the present invention.
  • FIG. 6 is an HPLC chart of the GE11 (7) -conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in the examples of the present invention.
  • FIG. 7 is an HPLC chart of a GE11 (5) conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in an example of the present invention.
  • FIG. 8 is an HPLC chart of a GE11-conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in an example of the present invention.
  • FIG. 9 is an HPLC chart of GE11 (7) conjugated single-stranded nucleic acid molecules after purification in the examples of the present invention.
  • FIG. 7 is an HPLC chart of a GE11 (5) conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in an example of the present invention.
  • FIG. 8 is an HPLC chart of a GE11-conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in an example of the present invention.
  • FIG. 10 is an HPLC chart of the GE11 (5) conjugated single-stranded nucleic acid molecule after purification in the examples of the present invention.
  • FIG. 11 is a graph showing the relative value of the expression level of TGF- ⁇ 1 gene in the examples of the present invention.
  • FIG. 12 is a graph showing the relative value of TGF- ⁇ 1 gene expression level in the examples of the present invention.
  • FIG. 13 is a graph showing the relative value of TGF- ⁇ 1 gene expression level in the examples of the present invention.
  • FIG. 14 is a graph showing the relative value of TGF- ⁇ 1 gene expression level in the examples of the present invention.
  • FIG. 15 shows the result of electrophoresis showing the reactivity to Dicer protein in the examples of the present invention.
  • FIG. 16 shows the result of electrophoresis showing the reactivity to Dicer protein in the examples of the present invention.
  • FIG. 17 is a result of electrophoresis showing stability in an example of the present invention.
  • the single-stranded nucleic acid molecule of the present invention is a single-stranded nucleic acid molecule for suppressing the expression of a target gene having a delivery function, and comprises a region (X), a linker region (Lx) and a region (Xc).
  • the region (X) is complementary to the region (Xc), and at least one of the region (X) and the region (Xc) includes an expression suppression sequence that suppresses expression of the target gene.
  • a single-stranded nucleic acid molecule for expression suppression A biologically relevant substance having a delivery function binds to at least one selected from the group consisting of the 5 ′ end, 3 ′ end and the linker region (Lx) of the single-stranded nucleic acid molecule for suppressing the expression of the target gene. It is characterized by.
  • suppression of target gene expression means, for example, inhibiting the expression of the target gene.
  • the suppression mechanism is not particularly limited, and may be, for example, down regulation or silencing.
  • the suppression of the expression of the target gene can be achieved, for example, by reducing the production amount of the transcription product from the target gene, reducing the activity of the transcription product, reducing the production amount of the translation product from the target gene, or activity of the translation product. It can be confirmed by decrease of Examples of the translation product include a mature protein or a precursor protein before undergoing processing or post-translational modification.
  • the single-stranded nucleic acid molecule of the present invention is also referred to as “ssNc molecule” of the present invention.
  • the ssNc molecule of the present invention can be used, for example, in vivo or in vitro to suppress target gene expression, it is also referred to as “target gene expression suppression ssNc molecule” or “target gene expression inhibitor”.
  • target gene expression suppression ssNc molecule or “target gene expression inhibitor”.
  • the ssNc molecule of the present invention can suppress the expression of the target gene by, for example, RNA interference, “ssNc molecule for RNA interference”, “RNA interference induction molecule”, “RNA interference agent” or “RNA interference induction” It is also called “agent”.
  • the ssNc molecule of the present invention can suppress side effects such as interferon induction.
  • the ssNc molecule of the present invention has an unlinked 5 'end and 3' end, and can also be referred to as a linear single-stranded nucleic acid molecule.
  • the region (Xc) is complementary to the region (X), the region (Xc) is folded back toward the region (X), and the region (Xc) and the region ( X) can form a double chain by self-annealing.
  • the expression suppressing sequence is, for example, a sequence showing an activity of suppressing the expression of the target gene when the ssNc molecule of the present invention is introduced into a cell in vivo or in vitro. is there.
  • the expression suppression sequence is not particularly limited, and can be appropriately set according to the type of target gene of interest.
  • a sequence involved in RNA interference by siRNA can be appropriately applied.
  • RNA interference In RNA interference, generally, a long double-stranded RNA (dsRNA) is cleaved by Dicer into a double-stranded RNA (siRNA: small interfering RNA) of about 19 to 21 base pairs with a 3 ′ end protruding in a cell.
  • siRNA double-stranded RNA
  • siRNA small interfering RNA
  • a single-stranded RNA sequence of the siRNA can be used as the expression suppression sequence.
  • a sequence that will become clear in the future can be used as the expression-suppressing sequence.
  • the expression suppressing sequence preferably has 90% or more complementarity with respect to a predetermined region of the target gene, more preferably 95%, still more preferably 98%, Preferably it is 100%.
  • complementarity for example, off-target can be sufficiently reduced.
  • Suppression of the expression of the target gene by the ssNc molecule of the present invention can be achieved by, for example, adopting a structure in which the expression suppression sequence is arranged in at least one of the region (X) and the region (Xc), thereby causing RNA interference or RNA interference. It is presumed that a phenomenon similar to that (an RNA interference-like phenomenon) occurs. Note that the present invention is not limited by this mechanism.
  • the ssNc molecule of the present invention is not introduced into a cell or the like as a dsRNA consisting of a double-stranded single-stranded RNA, for example, so-called siRNA. , Not necessarily required. For this reason, it can also be said that the ssNc molecule of the present invention has an RNA interference-like function, for example.
  • the expression suppression sequence is contained in at least one of the region (X) and the region (Xc) as described above.
  • the ssNc molecule of the present invention may have, for example, one or more than two of the expression suppression sequences.
  • the ssNc molecule of the present invention may have two or more of the same expression suppression sequences for the same target gene, or may have two or more different expression suppression sequences for the same target gene. Two or more different expression suppression sequences for different target genes may be included.
  • the location of each expression suppressing sequence is not particularly limited, and may be any one of the region (X) and the region (Xc). It may be a different area.
  • the ssNc molecule of the present invention has two or more of the expression suppression sequences for different target genes, for example, the expression of two or more different target genes can be suppressed by the ssNc molecule of the present invention.
  • the expression suppression sequence may have, for example, expression suppression activity, and may be a mature miRNA sequence.
  • the production process of miRNA in vivo and the protein expression suppression process by miRNA are as follows. First, a single-stranded miRNA transcript (Pri-miRNA) having a cap structure at the 5 'end and a polyA structure at the 3' end is expressed in the nucleus.
  • the Pri-miRNA has a hairpin structure.
  • the Pri-miRNA is cleaved by RNase (Drosha) to generate a single-stranded precursor (Pre-miRNA).
  • the Pre-miRNA has a hairpin structure having a stem region and a loop region.
  • the Pre-miRNA is transported to the cytoplasm, then cleaved by RNase (Dicer), and from its stem structure, a double-stranded miRNA having an overhang of several bases (eg, 1 to 4 bases) at the 3 ′ end. Is generated.
  • the single-stranded mature miRNA of the double-stranded miRNA binds to a complex similar to RISC (RNA induced Silencing Complex), and the mature miRNA / RISC complex binds to a specific mRNA. , Protein translation from the mRNA is suppressed.
  • the mature miRNA sequence may be used as the expression suppression sequence.
  • the present invention relates to the structure of a nucleic acid molecule for allowing the expression suppression activity of the target gene by the expression suppression sequence to function in the cell, for example, not the point of the sequence information of the expression suppression sequence for the target gene. . Therefore, in the present invention, for example, in addition to the single-stranded mature miRNA sequence of the miRNA known at the time of filing, a sequence that will become apparent in the future can be used as the expression suppression sequence.
  • the mature miRNA sequence is generated from one strand (also referred to as a guide strand) of the stem structure by cleaving the Pre-miRNA.
  • a minor miRNA * sequence (also referred to as a passenger strand) is generated from the other strand of the stem structure.
  • the minor miRNA * sequence is usually a complementary strand having a mismatch of 1 to several bases when aligned with the Pre-miRNA.
  • the ssNc molecule of the present invention may further have the minor miRNA * sequence, for example.
  • the mature miRNA sequence and the minor miRNA * sequence may have a non-complementary base when both are aligned.
  • the minor miRNA * has, for example, a complementation to the mature miRNA sequence of, for example, 60 to 100%.
  • Each of the mature miRNA sequence and the minor miRNA * may have, for example, one base or several bases in the non-complementary base, and the several bases are, for example, 2 to 15 bases.
  • the non-complementary bases may be, for example, continuous or non-continuous.
  • the length of the minor miRNA * sequence is not particularly limited, and the difference from the length of the mature miRNA sequence is, for example, 0 to 10 bases long, preferably 0 to 7 bases long, more preferably 0 to 5 bases long It is.
  • the minor miRNA * sequence and the mature miRNA sequence may be, for example, the same length, the former may be longer, or the latter may be longer.
  • the region (Xc) is complementary to the region (X).
  • the region (Xc) may have a sequence complementary to the entire region of the region (X) or a partial region thereof.
  • the region (Xc) It is preferable that the entire region or a partial region thereof includes a complementary sequence or consists of the complementary sequence.
  • the region (Xc) may be, for example, completely complementary to the entire region complementary to the region (X) or the complementary partial region, and one or several bases may be non-complementary. May be.
  • the ssNc molecule of the present invention has a linker region (Lx) between the region (Xc) and the region (X), and the region (Xc) and the region are interposed via the linker region (Lx). (X) is connected.
  • the linker region (Lx) preferably has a structure that does not cause self-annealing within its own region.
  • the structure of the linker region (Lx) is, for example, International Application No. PCT / JP2011 / 067737 (filing date: July 8, 2011), International Application No. PCT / JP2011 / 067292 (filing date: July 2011). 28) and International Application No. PCT / JP2012 / 001711 (Filing Date: December 29, 2012) can be used, and the present invention can incorporate these documents.
  • the biological substance is a substance showing affinity for a living body, and can also be called a biocompatible substance.
  • the biological substance include substances contained in biological components or substances having the same or similar structure.
  • the biological substance is not particularly limited as long as it is a substance exhibiting affinity for a living body, and examples thereof include various functional substances such as vitamins and hormones. More specifically, for example, as follows.
  • the biological material includes, for example, lipids as the first form.
  • the ssNc molecule of the present invention can improve delivery and introduction efficiency and / or enzyme degradation resistance to target cells, for example, by having lipids. This is presumed to be due to the following mechanism, for example. That is, it is understood that the ssNc molecule of the present invention forms a micelle structure as a whole by the lipid region and other nucleic acid regions, thereby improving the permeability of the cell membrane and the resistance to enzymatic degradation. Further, it is understood that the ssNc molecule of the present invention is further improved in in vivo mobility by forming an exosome-like complex as a whole by the lipid region and other nucleic acid regions. Note that the present invention is not limited to these mechanisms.
  • the lipid examples include simple lipids, complex lipids, derived lipids, fat-soluble vitamins and the like.
  • Examples of the simple lipid include single-chain lipids that are esters of fatty acids and alcohols.
  • Examples of the complex lipid include double-stranded phospholipids and glycolipids.
  • Examples of the derived lipid include fatty acids such as saturated fatty acids and unsaturated fatty acids, steroids such as cholesterol and steroid hormones, and the like.
  • the fat-soluble vitamin examples include retinol, tocopherol, calciferol and the like.
  • examples of the lipid include oils and fats, hydrocarbons such as squalene, higher alcohols, and the like.
  • the single chain lipid can be represented by, for example, RCOO-.
  • the double-stranded lipid can be represented by the following formula, for example.
  • R include saturated fatty acids such as palmitic acid, stearic acid, and myristic acid, and unsaturated fatty acids such as oleic acid.
  • An example of the double-chain lipid is DOPE.
  • the lipid is at least one selected from the group consisting of palmitic acid, myristic acid, stearic acid, oleic acid, DOPE, and cholesterol.
  • the biological material includes, for example, peptides as the second form.
  • the ssNc molecule of the present invention for example, can improve delivery / introduction efficiency and / or resistance to enzymatic degradation to target cells by having the peptide.
  • the peptide is not particularly limited, for example, a protein that can bind to a membrane protein of a target cell or a peptide thereof; a protein that is selectively incorporated into a target site or a peptide thereof (also referred to as a membrane-permeable peptide), a specific receptor In vivo molecules or peptides thereof that act on the antibody, antibody proteins or peptides thereof that react with antigens expressed on the cell surface, peptides that interact with specific proteins, and the like.
  • peptide examples include polyarginine peptides (RRRRRRRRRR, RRRRRRR) (SEQ ID NOs: 1 and 2), penetratin (RQIKIWFGNNRMKWKK, RRMKWKK) (SEQ ID NOs: 3 and 4), Tat fragments (GRKKRRQRRKPP, RGRK) SEQ ID NOs: 5-8), transporters (GWTLNSAGYLLKINLKALAALAKIL, AGYLLGKINLKALALAKKIL) (SEQ ID NOs: 9 and 10), amphipathic model peptides (KLALKLALKALKALKAALKLA) (SEQ ID NO: 11), GE11 (YHWYGTPQN) (YHWYGY) (SEQ ID NO: 13), GE11 (5) (YHW ) (SEQ ID NO: 14), PVEC (LLIILRRRIRKQAHAHSK) (SEQ ID NO: 15), K-FGF (AAVALLPAVLLALLAP) (SEQ ID NO: 1
  • the peptide is at least one selected from the group consisting of GE11 (SEQ ID NO: 12), GE11 (7) (SEQ ID NO: 13), and GE11 (5) (SEQ ID NO: 14).
  • each said peptide sequence was described in the order of N terminal to C terminal using the amino acid 1 character code.
  • the biological material includes, for example, carbohydrates as a third form.
  • the ssNc molecule of the present invention for example, can improve delivery / introduction efficiency and / or enzyme degradation resistance to target cells by having the carbohydrate.
  • the carbohydrate is not particularly limited, and examples thereof include monosaccharides, disaccharides, trisaccharides, tetrasaccharides, oligosaccharides, and polysaccharides. More specifically, examples of the monosaccharide include fructose, galactose, glucose, mannose, galactosamine, glucosamine, N-acetylglucosamine, N-acetylgalactosamine, and glycerin. Examples of the disaccharide include sucrose, lactose, maltose, and the like. Examples of the trisaccharide include raffinose and maltotriose.
  • Examples of the tetrasaccharide include acarbose and stachyose.
  • Examples of the oligosaccharide include galactooligosaccharide and mannan oligosaccharide. Examples thereof include cellulose, glycogen, hyaluronic acid, chitosan and the like.
  • the carbohydrate is at least one selected from the group consisting of lactose, N-acetylglucosamine and N-acetylgalactosamine.
  • the monosaccharide may be an isomer such as a stereoisomer or a conformer, and may be substituted with an amino group, alcohol, thiol or the like. The above description can be similarly applied to the disaccharide, trisaccharide, tetrasaccharide, oligosaccharide, and polysaccharide.
  • biological substance examples include polyethylene glycol (PEG), polyamine, fluorescent molecule, biotin, intercalator molecule, water-soluble vitamin, metal chelating agent, cross-linking agent and the like.
  • the number of the biologically relevant substances is not particularly limited, and is, for example, 1 to 4, preferably 1 to 3, more preferably 1 or 2.
  • the combination is not particularly limited, and for example, only one type or two or more different combinations may be used.
  • the binding site of the biological substance is the 5 ′ end, 3 ′ end and the linker region (Lx) in the nucleic acid molecule as described above.
  • the binding site of the biological substance may be one or two or more.
  • the biological substance may be bound directly or indirectly to the nucleic acid molecule, for example, preferably the latter. In the latter case, for example, it is preferable to bind via a linker for binding.
  • the structure of the linker for binding is not particularly limited, and examples thereof include a GMBS linker, an ethylene glycol linker, and a structure represented by the following formula.
  • n ′ is a positive integer
  • Y is, for example, NH, S, O, CO or the like.
  • the biological substance when the biological substance has an amino acid such as cysteine, the biological substance may be bound to the nucleic acid molecule by a disulfide bond, for example.
  • FIG. 1 (A) is a schematic diagram showing an outline of the order of each region for the ssNc molecule as an example
  • FIG. 1 (B) shows that the ssNc molecule forms a double chain in the molecule.
  • FIG. 1B the ssNc molecule forms a double chain between the region (Xc) and the region (X), and the Lx region loops according to its length.
  • FIG. 1 merely shows the linking order of the regions and the positional relationship of each region forming a duplex. For example, the length of each region, the shape of the linker region (Lx), etc. Not limited.
  • the biological substance is any one of the free end of the region (Xc), the free end of the region (X), and the linker region (Lx) in FIG. May be combined.
  • the number of bases in the region (Xc) and the region (X) is not particularly limited, and is as follows, for example.
  • “the number of bases” means, for example, “length” and can also be referred to as “base length”.
  • the region (Xc) may be complementary to the entire region (X), for example, as described above.
  • the region (Xc) has the same base length as the region (X), and is composed of a base sequence complementary to the entire region from the 5 ′ end to the 3 ′ end of the region (X).
  • the region (Xc) has the same base length as the region (X), and all bases in the region (Xc) are complementary to all bases in the region (X). That is, for example, it is preferably completely complementary.
  • the present invention is not limited to this, and for example, as described above, one or several bases may be non-complementary.
  • the region (Xc) may be complementary to a partial region of the region (X), for example.
  • the region (Xc) has, for example, the same base length as the partial region of the region (X), that is, consists of a base sequence having a base length shorter by one base or more than the region (X). preferable. More preferably, the region (Xc) has the same base length as the partial region of the region (X), and all the bases of the region (Xc) are included in the partial region of the region (X). It is preferred that it is complementary to all bases, that is, for example, completely complementary.
  • the partial region of the region (X) is preferably, for example, a region (segment) having a base sequence continuous from the 5 ′ terminal base (first base) in the region (X).
  • the relationship between the number of bases (X) in the region (X) and the number of bases (Xc) in the region (Xc) satisfies, for example, the following condition (1) or (2): In the former case, specifically, for example, the following condition (3) is satisfied.
  • X ⁇ Xc 1 to 10, preferably 1, 2 or 3, More preferably 1 or 2 (3)
  • X Xc (2)
  • the length of each region is exemplified below, but the present invention is not limited thereto.
  • the numerical range of the number of bases discloses all positive integers belonging to the range.
  • the description “1 to 4 bases” includes “1, 2, 3, 4 bases”. "Means all disclosures (the same applies hereinafter).
  • the number of bases in the region (X) is, for example, 19 bases or more.
  • the lower limit of the number of bases is, for example, 19 bases, preferably 20 bases, and more preferably 21 bases.
  • the upper limit of the number of bases is, for example, 50 bases, preferably 40 bases, and more preferably 30 bases.
  • the region (X) may be a region composed of only the expression suppression sequence or a region including the expression suppression sequence, for example.
  • the number of bases in the expression suppressing sequence is, for example, 19 to 30 bases, and preferably 19, 20 or 21 bases.
  • the region (X) includes the expression suppression sequence it may further have an additional sequence on the 5 'side and / or 3' side of the expression suppression sequence.
  • the number of bases of the additional sequence is, for example, 1 to 31 bases, preferably 1 to 21 bases, more preferably 1 to 11 bases, and further preferably 1 to 7 bases.
  • the region (Xc) may be, for example, a region composed of only the expression suppression sequence or a region including the expression suppression sequence.
  • the length of the expression suppression sequence is, for example, as described above.
  • an additional sequence may be further provided on the 5 'side and / or 3' side of the expression suppressing sequence.
  • the number of bases of the additional sequence is, for example, 1 to 11 bases, and preferably 1 to 7 bases.
  • the length of the linker region (Lx) is not particularly limited.
  • the linker region (Lx) preferably has a length that allows the region (X) and the region (Xc) to form a double chain.
  • the lower limit of the number of bases in the linker region (Lx) is, for example, 1 base, preferably 2 bases, more preferably 3 bases, and the upper limit thereof is, for example, 100 bases, preferably 80 bases, more preferably 50 bases.
  • Specific examples of the number of bases in each linker region include 1 to 50 bases, 1 to 30 bases, 1 to 20 bases, 1 to 10 bases, 1 to 7 bases, and 1 to 4 bases. This is not a limitation.
  • the total length of the ssNc molecule of the present invention is not particularly limited.
  • the lower limit of the total number of bases is, for example, 38 bases, preferably 42 bases, more preferably 50 bases, and even more preferably 51 bases.
  • the upper limit is, for example, 300 bases, preferably 200 bases, more preferably 150 bases, still more preferably 100 bases, particularly preferably 80 bases. It is.
  • the lower limit of the total number of bases excluding the linker region (Lx) is, for example, 38 bases, preferably 42 bases, more preferably 50 bases, and even more preferably 51 Base, particularly preferably 52 bases, and the upper limit is, for example, 300 bases, preferably 200 bases, more preferably 150 bases, still more preferably 100 bases, particularly preferably 80 bases. It is.
  • the structural unit of the ssNc molecule of the present invention is not particularly limited, and examples thereof include nucleotide residues.
  • the nucleotide residues include ribonucleotide residues and deoxyribonucleotide residues.
  • the nucleotide residue include an unmodified unmodified nucleotide residue and a modified modified nucleotide residue.
  • the ssNc molecule of the present invention can improve nuclease resistance and stability by including, for example, the modified nucleotide residue.
  • the ssNc molecule of the present invention may further contain a non-nucleotide residue in addition to the nucleotide residue, for example. Details of the nucleotide residue and the non-nucleotide residue will be described later.
  • each of the constituent units of the region (X) and the region (Xc) is preferably the nucleotide residue.
  • Each region is composed of the following residues (1) to (3), for example. (1) Unmodified nucleotide residue (2) Modified nucleotide residue (3) Unmodified nucleotide residue and modified nucleotide residue
  • the structural unit of the linker region (Lx) is not particularly limited, and examples thereof include the nucleotide residue and the non-nucleotide residue.
  • the linker region may be composed of, for example, only the nucleotide residue, may be composed of only the non-nucleotide residue, or may be composed of the nucleotide residue and the non-nucleotide residue.
  • the linker region is composed of the following residues (1) to (7), for example.
  • the ssNc molecule of the present invention examples include a molecule composed only of the nucleotide residue, a molecule containing the non-nucleotide residue in addition to the nucleotide residue, and the like.
  • the nucleotide residue may be, for example, only the unmodified nucleotide residue, only the modified nucleotide residue, or the unmodified nucleotide residue and the modification. Both nucleotide residues may be present.
  • the number of the modified nucleotide residue is not particularly limited, and is, for example, “one or several”, specifically For example, 1 to 5, preferably 1 to 4, more preferably 1 to 3, and most preferably 1 or 2.
  • the number of the non-nucleotide residue is not particularly limited, and is, for example, “one or several”, specifically, for example, 1 to Eight, one to six, one to four, one, two or three.
  • the nucleotide residue is preferably, for example, a ribonucleotide residue.
  • the ssNc molecule of the present invention is also referred to as “RNA molecule” or “ssRNA molecule”, for example.
  • RNA molecule or “ssRNA molecule”
  • examples of the ssRNA molecule include a molecule composed only of the ribonucleotide residue, and a molecule containing the non-nucleotide residue in addition to the ribonucleotide residue.
  • the ribonucleotide residue may be, for example, only the unmodified ribonucleotide residue, only the modified ribonucleotide residue, or the unmodified ribonucleotide residue and Both of the modified ribonucleotide residues may be included.
  • the number of the modified ribonucleotide residue is not particularly limited. For example, “1 or several” Specifically, for example, 1 to 5, preferably 1 to 4, more preferably 1 to 3, and most preferably 1 or 2.
  • the modified ribonucleotide residue relative to the unmodified ribonucleotide residue may be, for example, the deoxyribonucleotide residue in which a ribose residue is replaced with a deoxyribose residue.
  • the number of the deoxyribonucleotide residue is not particularly limited, and is, for example, “one or several”. Specifically, for example, 1 to 5, preferably 1 to 4, more preferably 1 to 3, and most preferably 1 or 2.
  • the linker region (Lx) may contain a non-nucleotide residue, for example, a non-nucleotide residue represented by the following formula (I).
  • X 1 and X 2 are each independently H 2 , O, S or NH; Y 1 and Y 2 are each independently a single bond, CH 2 , NH, O or S; L 1 is an alkylene chain having n carbon atoms, and a hydrogen atom on the alkylene carbon atom is substituted with OH, OR a , NH 2 , NHR a , NR a R b , SH, or SR a May not be substituted, or L 1 is a polyether chain in which one or more carbon atoms of the alkylene chain are substituted with an oxygen atom,
  • L 2 is an alkylene chain having m carbon atoms, and a hydrogen atom on the alkylene carbon atom may be substituted with
  • L 2 is a polyether chain in which one or more carbon atoms of the alkylene chain are substituted with an oxygen atom
  • R a , R b , R c and R d are each independently a substituent or a protecting group
  • m is an integer ranging from 0 to 30
  • n is an integer ranging from 0 to 30
  • the region (Xc) and the region (X) are each bonded to the linker region (Lx) via —OR 1 — or —OR 2 —;
  • R 1 and R 2 may or may not be present, and when present, R 1 and R 2 are each independently a nucleotide residue or the structure (I);
  • A is an arbitrary atomic group, provided that the following formula (Ia) is the amino acid, and the
  • X 1 and X 2 are each independently, for example, H 2 , O, S or NH.
  • X 1 being H 2 means that X 1 together with the carbon atom to which X 1 is bonded forms CH 2 (methylene group). The same is true for X 2.
  • Y 1 and Y 2 are each independently a single bond, CH 2 , NH, O or S.
  • L 1 is an alkylene chain having n carbon atoms.
  • the hydrogen atom on the alkylene carbon atom may be substituted with, for example, OH, OR a , NH 2 , NHR a , NR a R b , SH, or SR a , or may not be substituted.
  • L 1 may be a polyether chain in which one or more carbon atoms of the alkylene chain are substituted with an oxygen atom.
  • the polyether chain is, for example, polyethylene glycol.
  • L 2 is an alkylene chain having m carbon atoms.
  • the hydrogen atom on the alkylene carbon atom may be substituted with, for example, OH, OR c , NH 2 , NHR c , NR c R d , SH or SR c , or may not be substituted.
  • L 2 may be a polyether chain in which one or more carbon atoms of the alkylene chain are substituted with an oxygen atom.
  • Y 2 is NH, O or S
  • the L 2 atom bonded to Y 2 is carbon
  • the L 2 atom bonded to OR 2 is carbon
  • oxygen atoms are not adjacent to each other. That is, for example, when Y 2 is O, the oxygen atom and the oxygen atom of L 2 are not adjacent, and the oxygen atom of OR 2 and the oxygen atom of L 2 are not adjacent.
  • N in L 1 and m in L 2 are not particularly limited, and the lower limit is, for example, 0, and the upper limit is not particularly limited.
  • n and m can be appropriately set depending on, for example, the desired length of the linker region (Lx).
  • n and m are each preferably 0 to 30, more preferably 0 to 20, and still more preferably 0 to 15 from the viewpoint of production cost and yield.
  • n + m is, for example, 0 to 30, preferably 0 to 20, and more preferably 0 to 15.
  • R a , R b , R c and R d are, for example, each independently a substituent or a protecting group, and may be the same or different.
  • substituents include hydroxy, carboxy, sulfo, halogen, alkyl halide (haloalkyl, eg, CF 3 , CH 2 CF 3 , CH 2 CCl 3 ), nitro, nitroso, cyano, alkyl (eg, methyl, ethyl).
  • alkenyl eg, vinyl
  • alkynyl eg, ethynyl
  • cycloalkyl eg, cyclopropyl, adamantyl
  • cycloalkylalkyl eg, cyclohexylmethyl, adamantylmethyl
  • cycloalkenyl eg, : Cyclopropenyl
  • cyclylalkyl hydroxyalkyl (eg, hydroxymethyl, hydroxyethyl), alkoxyalkyl (eg, methoxymethyl, ethoxymethyl, ethoxyethyl), aryl (eg, phenyl, naphthyl), arylalkyl
  • alkenyl eg, vinyl
  • alkynyl eg, ethynyl
  • cycloalkyl eg, cyclopropyl, adamantyl
  • cycloalkylalkyl e
  • substituents may be substituted with one or more further substituents or further protecting groups.
  • the further substituent is not particularly limited, and may be a substituent according to the above example, for example.
  • the further protecting group is not particularly limited, and may be, for example, a protecting group according to the following examples. The same applies to the following.
  • the protecting group is, for example, a functional group that converts a highly reactive functional group into an inert state, and includes known protecting groups.
  • the description of the literature J. F. W. McOmie, “Protecting Groups in Organic Chemistry” Prenum Press, London and New York, 1973) can be used as the protecting group.
  • the protective group is not particularly limited, and examples thereof include tert-butyldimethylsilyl group (TBDMS), bis (2-acetoxyethyloxy) methyl group (ACE), triisopropylsilyloxymethyl group (TOM), 1- (2 -Cyanoethoxy) ethyl group (CEE), 2-cyanoethoxymethyl group (CEM), tolylsulfonylethoxymethyl group (TEM), dimethoxytrityl group (DMTr) and the like.
  • R 3 is OR 4
  • the protecting group is not particularly limited, and examples thereof include a TBDMS group, an ACE group, a TOM group, a CEE group, a CEM group, and a TEM group.
  • silyl-containing groups represented by chemical formulas (P1) and (P2) described later are also included. The same applies to the following.
  • the hydrogen atoms may be independently halogens such as Cl, Br, F and I, for example.
  • the region (Xc) and the region (X) are bonded to the linker region (Lx) through, for example, —OR 1 — or —OR 2 —, respectively.
  • R 1 and R 2 may or may not exist.
  • R 1 and R 2 are each independently a nucleotide residue or the structure of formula (I) above.
  • the linker region (Lx) is, for example, the non-nucleotide residue having the structure of the formula (I) excluding the nucleotide residue R 1 and / or R 2. And a nucleotide residue.
  • the linker region (Xc) has, for example, two or more non-nucleotide residues having the structure of the formula (I) linked to each other. It becomes a structure.
  • the structure of the formula (I) may include 1, 2, 3, or 4, for example.
  • the linker region (Lx) is formed only from the non-nucleotide residue having the structure of the formula (I), for example.
  • the combination of the region (Xc) and the region (X), and —OR 1 — and —OR 2 — is not particularly limited, and examples thereof include any of the following conditions.
  • Condition (1) The region (Xc) is bonded to the structure of the formula (I) through —OR 2 —, and the region (X) is bonded through —OR 1 —.
  • Condition (2) The region (Xc) is bonded to the structure of the formula (I) through —OR 1 —, and the region (X) is bonded through —OR 2 —.
  • the atomic group A in the formula (I) is not particularly limited and is arbitrary.
  • the following formula (Ia) is an amino acid that is not a peptide.
  • the atomic group A in the formula (I), (IA) or (Ia) is, for example, at least one selected from the group consisting of a chain atomic group, an alicyclic atomic group, and an aromatic atomic group. It may or may not be included.
  • the chain atomic group is not particularly limited, and examples thereof include alkyl, alkenyl, alkynyl, haloalkyl, hydroxyalkyl, alkoxyalkyl, aminoalkyl, silyl, silyloxyalkyl and the like.
  • the alicyclic atomic group is not particularly limited, and examples thereof include cycloalkyl, cycloalkenyl, cycloalkylalkyl, cyclylalkyl and the like.
  • the aromatic atomic group is not particularly limited, and examples thereof include aryl, arylalkyl, alkylaryl, condensed ring aryl, condensed ring arylalkyl, and condensed ring alkylaryl.
  • each atomic group may or may not have a substituent or a protective group. In the case of plural substituents or protecting groups, they may be the same or different.
  • substituents examples include those exemplified for R a , R b , R c and R d , and more specifically, for example, halogen, hydroxy, alkoxy, amino, carboxy, sulfo, nitro Carbamoyl, sulfamoyl, alkyl, alkenyl, alkynyl, haloalkyl, aryl, arylalkyl, alkylaryl, cycloalkyl, cycloalkenyl, cycloalkylalkyl, cyclylalkyl, hydroxyalkyl, alkoxyalkyl, aminoalkyl, silyl, silyloxyalkyl, Examples include pyrrolyl, imidazolyl and the like.
  • the protecting group is, for example, the same as the protecting group exemplified for R a , R b , R c and R d .
  • amino acid refers to any organic compound containing one or more amino groups and carboxy groups in the molecule.
  • Peptide refers to an organic compound having a structure in which two or more amino acids are bound by peptide bonds. The peptide bond may have an acid amide structure or an acid imide structure.
  • the amino group explicitly shown in the formula (Ia) may be any amino group.
  • the carboxy group specified in the formula (Ia) may be any carboxy group.
  • the amino acid may be a natural amino acid or an artificial amino acid, for example.
  • “natural amino acid” refers to an amino acid having a naturally occurring structure or an optical isomer thereof.
  • the method for producing the natural amino acid is not particularly limited, and for example, it may be extracted from nature or synthesized.
  • “artificial amino acid” refers to an amino acid having a structure that does not exist in nature. That is, the artificial amino acid refers to a carboxylic acid derivative containing an amino acid, that is, an amino group (an organic compound containing one or more amino groups and carboxy groups in the molecule) and having a structure that does not exist in nature.
  • the artificial amino acid preferably does not include a heterocycle.
  • the amino acid may be, for example, an amino acid constituting a protein.
  • the amino acids include glycine, ⁇ -alanine, arginine, asparagine, aspartic acid, cysteine, cystine, glutamine, glutamic acid, histidine, isoleucine, leucine, lysine, hydroxylysine, methionine, phenylalanine, serine, threonine, tyrosine, valine, It may be tryptophan, ⁇ -alanine, 1-amino-2-carboxycyclopentane, or aminobenzoic acid, and may or may not have a substituent or a protecting group.
  • substituents examples include those exemplified for R a , R b , R c and R d , and more specifically, for example, halogen, hydroxy, alkoxy, amino, carboxy, sulfo, nitro Carbamoyl, sulfamoyl, alkyl, alkenyl, alkynyl, haloalkyl, aryl, arylalkyl, alkylaryl, cycloalkyl, cycloalkenyl, cycloalkylalkyl, cyclylalkyl, hydroxyalkyl, alkoxyalkyl, aminoalkyl, silyl, silyloxyalkyl, Examples include pyrrolyl, imidazolyl and the like.
  • the protecting group is, for example, the same as the protecting group exemplified for R a , R b , R c and R d .
  • an amino acid that is not a peptide of the formula (Ia) has an isomer such as an optical isomer, a geometric isomer, or a stereoisomer, any isomer may be used.
  • the linker region (Lx) may contain, for example, lysine-cholesterol represented by the following formula.
  • the ssNc molecule of the present invention may contain, for example, a labeling substance and may be labeled with the labeling substance.
  • the labeling substance is not particularly limited, and examples thereof include fluorescent substances, dyes, isotopes and the like.
  • the labeling substance include fluorophores such as pyrene, TAMRA, fluorescein, Cy3 dye, and Cy5 dye, and examples of the dye include Alexa dye such as Alexa488.
  • the isotope include a stable isotope and a radioactive isotope, and preferably a stable isotope.
  • the stable isotope has a low risk of exposure and does not require a dedicated facility, so that it is easy to handle and the cost can be reduced.
  • the stable isotope does not change the physical properties of the labeled compound, for example, and is excellent in properties as a tracer.
  • the stable isotope is not particularly limited, and examples thereof include 2 H, 13 C, 15 N, 17 O, 18 O, 33 S, 34 S, and 36 S.
  • the ssNc molecule of the present invention can suppress the expression of the target gene. Therefore, the ssNc molecule of the present invention can be used as a therapeutic agent for diseases caused by genes, for example.
  • the ssNc molecule of the present invention includes, for example, a sequence that suppresses the expression of a gene causing the disease as the expression suppression sequence, the disease can be treated by suppressing the expression of the target gene, for example.
  • “treatment” includes, for example, the meanings of preventing the disease, improving the disease, and improving the prognosis.
  • the method of using the ssNc molecule of the present invention is not particularly limited, and for example, the ssNc molecule may be administered to an administration subject having the target gene.
  • Examples of the administration subject include cells, tissues, and organs.
  • Examples of the administration target include non-human animals such as humans and non-human mammals other than humans.
  • the administration can be, for example, in vivo or in vitro .
  • the cells are not particularly limited, and examples thereof include various cultured cells such as HeLa cells, 293 cells, NIH3T3 cells, and COS cells, stem cells such as ES cells and hematopoietic stem cells, and cells isolated from living bodies such as primary cultured cells. can give.
  • the target gene to be subject to expression suppression is not particularly limited, and a desired gene can be set. Then, as described above, the expression suppression sequence may be appropriately designed according to the type of the target gene.
  • the ssNc molecule of the present invention can suppress the expression of a target gene as described above, it is useful as a research tool for, for example, pharmaceuticals, diagnostic agents and agricultural chemicals, and agricultural chemicals, medicine, and life sciences.
  • nucleotide residues include, for example, sugars, bases and phosphates as constituent elements.
  • examples of the nucleotide residues include ribonucleotide residues and deoxyribonucleotide residues as described above.
  • the ribonucleotide residue has, for example, a ribose residue as a sugar, and has adenine (A), guanine (G), cytosine (C) and U (uracil) as bases
  • the deoxyribose residue is For example, it has a deoxyribose residue as a sugar and has adenine (A), guanine (G), cytosine (C) and thymine (T) as bases.
  • the nucleotide residue includes an unmodified nucleotide residue and a modified nucleotide residue.
  • each of the constituent elements is, for example, the same or substantially the same as that existing in nature, and preferably the same or substantially the same as that naturally occurring in the human body. .
  • the modified nucleotide residue is, for example, a nucleotide residue obtained by modifying the unmodified nucleotide residue.
  • the modified nucleotide residue for example, any of the constituent elements of the unmodified nucleotide residue may be modified.
  • “modification” refers to, for example, substitution, addition and / or deletion of the component, substitution, addition and / or deletion of atoms and / or functional groups in the component, and is referred to as “modification”. be able to.
  • modified nucleotide residue include naturally occurring nucleotide residues, artificially modified nucleotide residues, and the like. For example, Limbac et al.
  • modified nucleosides of RNA Nucleic Acids Res. 22: 2183-2196
  • the modified nucleotide residue may be, for example, a residue of the nucleotide substitute.
  • ribophosphate skeleton examples include modification of a ribose-phosphate skeleton (hereinafter referred to as ribophosphate skeleton).
  • a ribose residue can be modified.
  • the ribose residue can be modified, for example, at the 2′-position carbon.
  • a hydroxyl group bonded to the 2′-position carbon can be replaced with hydrogen or a halogen such as fluoro.
  • the ribose residue can be replaced with deoxyribose.
  • the ribose residue can be substituted with, for example, a stereoisomer, and can be substituted with, for example, an arabinose residue.
  • the ribophosphate skeleton may be substituted with a non-ribophosphate skeleton having a non-ribose residue and / or non-phosphate, for example.
  • the non-ribophosphate skeleton include uncharged ribophosphate skeletons.
  • the substitute for the nucleotide substituted with the non-ribophosphate skeleton include morpholino, cyclobutyl, pyrrolidine and the like.
  • Other examples of the substitute include artificial nucleic acid monomer residues. Specific examples include PNA (peptide nucleic acid), LNA (Locked Nucleic Acid), ENA (2'-O, 4'-C-Ethylenebridged Nucleic Acid), and PNA is preferable.
  • a phosphate group can be modified.
  • the phosphate group closest to the sugar residue is called an ⁇ -phosphate group.
  • the ⁇ -phosphate group is negatively charged, and the charge is evenly distributed over two oxygen atoms that are not bound to a sugar residue.
  • the four oxygen atoms in the ⁇ -phosphate group in the phosphodiester bond between nucleotide residues, the two oxygen atoms that are non-bonded to the sugar residue are hereinafter referred to as “non-linking oxygen”.
  • the two oxygen atoms bonded to the sugar residue are hereinafter referred to as “linking oxygen”.
  • the ⁇ -phosphate group is preferably subjected to, for example, a modification that makes it uncharged or a modification that makes the charge distribution in the unbound oxygen asymmetric.
  • the phosphate group may replace the non-bonded oxygen, for example.
  • the oxygen is, for example, one of S (sulfur), Se (selenium), B (boron), C (carbon), H (hydrogen), N (nitrogen), and OR (R is an alkyl group or an aryl group).
  • R is an alkyl group or an aryl group.
  • S sulfur
  • Se se
  • C carbon
  • H hydrogen
  • N nitrogen
  • OR is an alkyl group or an aryl group
  • R is an alkyl group or an aryl group
  • the modified phosphate group include phosphorothioate, phosphorodithioate, phosphoroselenate, boranophosphate, boranophosphate ester, phosphonate hydrogen, phosphoramidate, alkyl or arylphosphonate, and phosphotriester.
  • phosphorodithioate in which the two non-bonded oxygens are both substituted with S is preferable.
  • the phosphate group may substitute, for example, the bonded oxygen.
  • the oxygen can be substituted with any atom of S (sulfur), C (carbon) and N (nitrogen), for example.
  • Examples of the modified phosphate group include a bridged phosphoramidate substituted with N, a bridged phosphorothioate substituted with S, and a bridged methylenephosphonate substituted with C.
  • the binding oxygen substitution is preferably performed, for example, on at least one of the 5 ′ terminal nucleotide residue and the 3 ′ terminal nucleotide residue of the ssNc molecule of the present invention, and in the case of the 5 ′ side, substitution with C is preferable. For the 'side, substitution with N is preferred.
  • the phosphate group may be substituted with, for example, the phosphorus-free linker.
  • the linker include siloxane, carbonate, carboxymethyl, carbamate, amide, thioether, ethylene oxide linker, sulfonate, sulfonamide, thioform acetal, form acetal, oxime, methyleneimino, methylenemethylimino, methylenehydrazo, methylenedimethyl. Hydrazo, methyleneoxymethylimino and the like, preferably methylenecarbonylamino group and methylenemethylimino group.
  • the ssNc molecule of the present invention for example, at least one nucleotide residue at the 3 'end or the 5' end may be modified.
  • the modification may be, for example, either the 3 'end or the 5' end, or both.
  • the modification is, for example, as described above, and is preferably performed on the terminal phosphate group.
  • the phosphate group may be modified entirely, or one or more atoms in the phosphate group may be modified. In the former case, for example, the entire phosphate group may be substituted or deleted.
  • Examples of the modification of the terminal nucleotide residue include addition of other molecules.
  • Examples of the other molecule include functional molecules such as a labeling substance and a protecting group as described above.
  • Examples of the protecting group include S (sulfur), Si (silicon), B (boron), ester-containing groups, and the like.
  • the functional molecule such as the labeling substance can be used for, for example, detection of the ssNc molecule of the present invention.
  • the other molecule may be added to the phosphate group of the nucleotide residue, for example, or may be added to the phosphate group or the sugar residue via a spacer.
  • the terminal atom of the spacer can be added or substituted, for example, to the binding oxygen of the phosphate group or O, N, S or C of the sugar residue.
  • the binding site of the sugar residue is preferably, for example, C at the 3 'position or C at the 5' position, or an atom bonded thereto.
  • the spacer can be added or substituted at a terminal atom of a nucleotide substitute such as PNA.
  • the spacer is not particularly limited.
  • the molecule added to the terminal includes, for example, a dye, an intercalating agent (for example, acridine), a crosslinking agent (for example, psoralen, mitomycin C), a porphyrin (TPPC4, texaphyrin, suffirin), a polycyclic Formula aromatic hydrocarbons (eg phenazine, dihydrophenazine), artificial endonucleases (eg EDTA), lipophilic carriers (eg cholesterol, cholic acid, adamantaneacetic acid, 1-pyrenebutyric acid, dihydrotestosterone, 1,3-bis -O (hexadecyl) glycerol, geranyloxyhexyl group, hexadecylglycerol, borneol, menthol, 1,3-propanediol, heptadecyl group, palmitic acid, myristic acid, O3- (oleoyl)
  • the 5 ′ end may be modified with, for example, a phosphate group or a phosphate group analog.
  • the phosphoric acid group include 5 ′ monophosphate ((HO) 2 (O) PO-5 ′), 5 ′ diphosphate ((HO) 2 (O) POP (HO) (O) —O).
  • the base is not particularly limited.
  • the base may be, for example, a natural base or a non-natural base.
  • the base may be, for example, naturally derived or a synthetic product.
  • a general base, its modified analog, etc. can be used, for example.
  • Examples of the base include purine bases such as adenine and guanine, and pyrimidine bases such as cytosine, uracil and thymine.
  • Other examples of the base include inosine, xanthine, hypoxanthine, nubalarine, isoguanisine, and tubercidine.
  • the base examples include alkyl derivatives such as 2-aminoadenine and 6-methylated purine; alkyl derivatives such as 2-propylated purine; 5-halouracil and 5-halocytosine; 5-propynyluracil and 5-propynylcytosine; 6-azouracil, 6-azocytosine and 6-azothymine; 5-uracil (pseudouracil), 4-thiouracil, 5-halouracil, 5- (2-aminopropyl) uracil, 5-aminoallyluracil; 8-halogenated, aminated Thiolation, thioalkylation, hydroxylation and other 8-substituted purines; 5-trifluoromethylated and other 5-substituted pyrimidines; 7-methylguanine; 5-substituted pyrimidines; 6-azapyrimidines; N-6 and O-6 substituted purines (2-aminopropyl) 5-propynyluracil and 5-prop
  • purines and pyrimidines include, for example, U.S. Pat. No. 3,687,808, “Concise Encyclopedia Of Polymer And Engineering”, pages 858-859, edited by Kroschwitz J. o. & Sons, 1990, and English et al., Angewante Chemie, International Edition, 1991, 30, p. 613 is included.
  • the modified nucleotide residue may include, for example, a residue lacking a base, that is, an abasic ribophosphate skeleton.
  • examples of the modified nucleotide residue include US provisional application No. 60 / 465,665 (filing date: April 25, 2003) and international application No. PCT / US04 / 07070 (filing date: 2004). (March 8) can be used, and the present invention can incorporate these documents.
  • Non-nucleotide residue is not particularly limited.
  • the ssNc molecule of the present invention may have, for example, a non-nucleotide structure containing an amino acid residue or a peptide residue as the non-nucleotide residue.
  • amino acids constituting the amino acid residue or peptide residue include basic amino acids and acidic amino acids.
  • the basic amino acid include lysine, arginine, histidine and the like.
  • Examples of the acidic amino acid include aspartic acid and glutamic acid.
  • the non-nucleotide residue is preferably present in the linker region (Lx).
  • the method for modifying the 5 'end, 3' end and the linker region (Lx) with the biological substance is not particularly limited.
  • the method for modifying the 5 'end of the nucleic acid molecule can be exemplified in the following scheme 1.
  • a modification method of a linker region having an amino acid residue or a peptide residue is exemplified below.
  • an amidite is synthesized by the synthesis method of Scheme 2 below.
  • the following scheme 2 is an example, and the present invention is not limited to this.
  • Fmoc is used in the following Scheme 2 as a protecting group for the amino group of the Lys side chain.
  • Tfa may be used as in Scheme 6 in the examples described later, or other protecting groups are used. May be.
  • nucleic acid molecule is synthesized by the method of Scheme 3 below, and the biological substance is linked to the binding linker in the nucleic acid molecule.
  • nucleic acid molecule is synthesized by the synthesis method of Scheme 4 below.
  • the schemes 2 and 3 are examples of a synthesis method when the amino acid residue is a lysine residue, but the amino acid residue or the peptide residue has a structure derived from another amino acid. Can be synthesized in the same manner.
  • composition for suppressing expression of the present invention is a composition for suppressing the expression of a target gene, and is characterized by containing the ssNc molecule of the present invention.
  • the composition of the present invention is characterized by containing the ssNc molecule of the present invention, and other configurations are not limited at all.
  • the expression suppressing composition of the present invention can also be referred to as an expression suppressing reagent, for example.
  • expression of the target gene can be suppressed by administration to a subject in which the target gene exists.
  • the pharmaceutical composition of the present invention is characterized by containing the ssNc molecule of the present invention.
  • the composition of the present invention is characterized by containing the ssNc molecule of the present invention, and other configurations are not limited at all.
  • the pharmaceutical composition of the present invention can also be referred to as a pharmaceutical product, for example.
  • treatment includes, for example, the meanings of prevention of the above-mentioned diseases, improvement of the diseases, and improvement of the prognosis.
  • the disease to be treated is not particularly limited, and examples thereof include diseases caused by gene expression.
  • a gene that causes the disease is set as the target gene, and the expression suppression sequence may be set as appropriate according to the target gene.
  • the target gene is set to the TGF- ⁇ 1 gene and an expression suppression sequence for the gene is arranged in the ssNc molecule, for example, for treatment of inflammatory diseases, specifically acute lung injury, etc. Can be used.
  • the ssNc molecule is administered to an administration subject having the target gene. do it.
  • Examples of the administration subject include cells, tissues, and organs.
  • Examples of the administration target include non-human animals such as humans and non-human mammals other than humans.
  • the administration can be, for example, in vivo or in vitro .
  • the cells are not particularly limited, and examples thereof include various cultured cells such as HeLa cells, 293 cells, NIH3T3 cells, and COS cells, stem cells such as ES cells and hematopoietic stem cells, and cells isolated from living bodies such as primary cultured cells. can give.
  • the administration method is not particularly limited, and can be appropriately determined according to the administration subject, for example.
  • the administration subject is a cultured cell
  • examples thereof include a method using a transfection reagent and an electroporation method.
  • composition of the present invention may contain, for example, only the ssNc molecule of the present invention, or may further contain other additives.
  • the additive is not particularly limited, and for example, a pharmaceutically acceptable additive is preferable.
  • the type of the additive is not particularly limited, and can be appropriately selected depending on, for example, the type of administration target.
  • the expression suppression method of the present invention is a method of suppressing the expression of a target gene, characterized by using the ssNc molecule of the present invention.
  • the expression suppression method of the present invention is characterized by using the ssNc molecule of the present invention, and other processes and conditions are not limited at all.
  • the mechanism of gene expression suppression is not particularly limited, and examples thereof include expression suppression by RNA interference or RNA interference-like phenomenon.
  • the expression suppression method of the present invention is, for example, a method of inducing RNA interference that suppresses the expression of the target gene, and can be said to be an expression induction method characterized by using the ssNc molecule of the present invention.
  • the expression suppression method of the present invention includes, for example, a step of administering the ssNc molecule to a subject in which the target gene is present.
  • the administration step for example, the ssNc molecule is brought into contact with the administration subject.
  • the administration subject include cells, tissues, and organs.
  • the administration target include non-human animals such as humans and non-human mammals other than humans.
  • the administration can be, for example, in vivo or in vitro .
  • the ssNc molecule may be administered alone, or the composition of the present invention containing the ssNc molecule may be administered.
  • the administration method is not particularly limited, and can be appropriately selected depending on, for example, the type of administration target.
  • the treatment method for a disease of the present invention includes the step of administering the ssNc molecule of the present invention to a patient as described above, and the ssNc molecule serves as the gene that causes the disease as the expression-suppressing sequence. It has a sequence that suppresses the expression of.
  • the treatment method of the present invention is characterized by using the ssNc molecule of the present invention, and other steps and conditions are not limited at all.
  • the expression suppression method of the present invention can be used.
  • the administration method is not particularly limited, and may be, for example, oral administration or parenteral administration.
  • ssNc molecule Use of ssNc molecule
  • the use of the present invention is the use of the ssNc molecule of the present invention for suppressing the expression of the target gene.
  • the use of the present invention is also the use of the ssNc molecule of the present invention for the induction of RNA interference.
  • the nucleic acid molecule of the present invention is a nucleic acid molecule for use in the treatment of a disease, wherein the nucleic acid molecule is the ssNc molecule of the present invention, and the ssNc molecule serves as the cause of the disease as the expression suppression sequence. It has a sequence that suppresses the expression of the gene to be
  • Example A1 Synthesis of conjugate single-stranded nucleic acid molecule
  • Nucleic acid synthesizers trade names: ABI Expedite (registered trademark) 8909 Nucleic Acid Synthesis System, Applied Biosystems
  • EMM amidite International Publication No. 2013/027843
  • the deprotection of the amidite followed a conventional method.
  • the synthesized single-stranded nucleic acid molecule was purified by HPLC. Each purified single-stranded nucleic acid molecule was lyophilized.
  • the underlined parts of KH-0001, NH-0005, and PH-0009 are human TGF- ⁇ 1 gene expression suppressing sequences
  • the underlined parts of KH-0010 are luciferase gene expression suppressing sequences. It is.
  • the single-stranded nucleic acid molecule of the present invention is a single-stranded nucleic acid molecule using the following lysine amidite as a linker region (Lx).
  • NH-0005 and PH-0009 are single-stranded nucleic acid molecules of comparative examples
  • NH-0005 is a single-stranded nucleic acid molecule using only nucleotide residues as a linker region (Lx)
  • PH-0009 is a linker.
  • KH-0010 which is a single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is a single-stranded nucleic acid molecule using the lysine amidite as a linker region (Lx).
  • KH-0030 which is a single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is a single-stranded nucleic acid molecule using the following lysine-cholesterol amidite as a linker region (Lx).
  • the PH-0000 is a negative-control single-stranded nucleic acid molecule, which is a single-stranded nucleic acid molecule using the above-mentioned L-proline diamide amidite as a linker region (Lx).
  • KH-0001-C18 is a single-stranded nucleic acid molecule in which stearic acid (C18), which is a single-stranded lipid, is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 by the method described later.
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical). The absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 6.5 mg of 98.45% pure KH-0001-C18 was obtained. Mass spectrum: 15990.34 (calculated value: 15998.06).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0001-DOPE which is a lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0001-DOPE is a single-stranded nucleic acid molecule in which DOPE, which is a double-stranded lipid, is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 by the method described later.
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mM TEAA, 5% CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the peak of the target product was fractionated.
  • the collected fraction was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection. The absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 3.0 mg of 98.64% pure KH-0001-DOPE was obtained. Mass spectrum: 16562.52 (calculated value: 16562.71).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0001-Chol which is a lipid conjugate single-stranded nucleic acid molecule of the present invention is shown below.
  • KH-0001-Chol is a single-stranded nucleic acid molecule in which cholesterol is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 via an ethylene glycol linker by the method described later.
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical). The absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 0.9 mg of KH-0001-Chol with a purity of 95.47% was obtained.
  • Mass spectrum 16382.13 (calculated value: 163822.55).
  • KH-0001-Lac is a single-stranded nucleic acid molecule in which lactose, which is a disaccharide, is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 by a method described later.
  • KH-0001-GalNAc which is a carbohydrate-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0001-GalNAc is a single-stranded nucleic acid molecule in which the monosaccharide N-acetylgalactosamine is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 by the method described later.
  • KH-0001-GlcNAc which is a carbohydrate-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0001-GlcNAc is a single-stranded nucleic acid molecule in which N-acetylglucosamine, which is a monosaccharide, is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 by a method described later.
  • KH-0010-GE11 is a single-stranded nucleic acid molecule in which GE11, which is the peptide represented by SEQ ID NO: 12, is bound to the linker region (Lx) of KH-0010 via a GMBS linker by a method described later. .
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the peak of the target product was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical). The absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 0.7 mg of KH-0010-GE11 having a purity of 95.97% was obtained.
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0010-GE11 (7) which is a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0010-GE11 (7) is a peptide obtained by binding GE11 (7), which is the peptide shown in SEQ ID NO: 13, to the linker region (Lx) of KH-0010 via a GMBS linker by the method described later.
  • Lx linker region
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical).
  • the absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated.
  • 0.3 mg of KH-0010-GE11 (7) having a purity of 95.12% was obtained. Mass spectrum: 16877.66 (calculated value: 16877.74).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0010-GE11 (5) which is a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0010-GE11 (5) is a peptide in which GE11 (5), which is the peptide shown in SEQ ID NO: 14, is bound to the linker region (Lx) of KH-0010 via a GMBS linker by the method described later.
  • Lx linker region
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical).
  • the absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated.
  • 0.6 mg of 92.12% pure KH-0010-GE11 (5) was obtained. Mass spectrum: 16657.41 (calculated value: 16665.54).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0001-GE11 which is a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0001-GE11 is a single-stranded nucleic acid molecule in which GE11, which is the peptide shown in SEQ ID NO: 12, is bound to the linker region (Lx) of KH-0001 via a GMBS linker by a method described later. .
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical).
  • the absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 1.1 mg of 96.85% pure KH-0001-GE11 was obtained.
  • Mass spectrometry 17530.41 (calculated value: 17530.61).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0001-GE11 (7) which is a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0001-GE11 (7) is a peptide obtained by binding GE11 (7), which is the peptide shown in SEQ ID NO: 13, to the linker region (Lx) of KH-0001 via a GMBS linker by the method described later.
  • Lx linker region
  • KH-0001-GE11 (7) 500 ⁇ mol / L KH-0001 800 ⁇ L, 4 mmol / L GMBS / DMF solution 2000 ⁇ L, 1 mol / L phosphate buffer (pH 7.0) 480 ⁇ L, distilled water for injection 720 ⁇ L Mix and stir at room temperature for 3 hours.
  • the reaction solution was purified using Sephadex G-25 (PD-10; GE Healthcare), and 1/3 amount thereof was used for the next reaction.
  • 1 mg of GE11 (7) peptide was added in 100 mmol / L phosphate buffer (pH 7.0), and the mixture was stirred at room temperature for 1 hour.
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical).
  • the absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 1.1 mg of 96.40% pure KH-0001-GE11 (7) was obtained. Mass spectrum: 16877.65 (calculated value: 16877.74).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • KH-0001-GE11 (5) which is a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention, is shown below.
  • KH-0001-GE11 (5) is a peptide obtained by binding GE11 (5), which is the peptide represented by SEQ ID NO: 14, to the linker region (Lx) of the KH-0001 via a GMBS linker by a method described later.
  • Lx linker region
  • the reaction solution was purified by HPLC (column: Develosil C8-UG-5, 5 ⁇ m, 10 ⁇ 50 mm; flow rate: 4.7 mL / min; detection: UV 260 nm; column oven: 35 ° C .; Buffer A: 50 mmol / L TEAA, 5 % CH 3 CN; Buffer B: CH 3 CN), and the target peak was fractionated.
  • the fraction collected was subjected to ethanol precipitation, and the resulting precipitate was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical).
  • the absorbance at UV 260 nm was measured, and the yield was calculated. 1.1 mg of KH-0001-GE11 (5) having a purity of 98.09% was obtained.
  • Mass spectrum 16657.49 (calculated value: 16665.54).
  • the HPLC chart after purification is shown in FIG.
  • Example B1 Effect of inhibiting gene expression of lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule
  • Lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule KH-0001-C18 synthesized in Example A1 having an expression suppressing sequence targeting the TGF- ⁇ 1 gene, as a comparative example a single-stranded nucleic acid molecule without a conjugate PH-0009 was examined for TGF- ⁇ 1 gene expression inhibitory effect.
  • Each single-stranded nucleic acid molecule was dissolved in distilled water for injection (Otsuka Pharmaceutical) to prepare a single-stranded nucleic acid molecule solution.
  • A549 cells (DS Pharma Biomedical) were used.
  • DMEM Invitrogen
  • the culture conditions were 37 ° C. and 5% CO 2 .
  • the cells were cultured in the above-mentioned medium, and the culture solution was dispensed into a 24-well plate in a volume of 400 ⁇ L at 4 ⁇ 10 4 cells / well. Furthermore, the cells in the well were transfected with the single-stranded nucleic acid molecule using the transfection reagent RNAiMAX (Invitrogen) according to the protocol attached to the transfection reagent. Specifically, the composition per well was set as follows, and transfection was performed. In the following composition, (A) is the transfection reagent, (B) is Opti-MEM (Invitrogen), (C) is the single-stranded nucleic acid molecule solution, and (B) and (C) are combined. 5 ⁇ L was added. In the well, the final concentration of the single-stranded nucleic acid molecule was 0.01, 0.1, 1 nmol / L.
  • PCR was performed using the synthesized cDNA as a template, and the expression level of the TGF- ⁇ 1 gene and the expression level of the ⁇ -actin gene as an internal standard were measured.
  • PCR primer set for TGF- ⁇ 1 gene (SEQ ID NO: 33) 5'-TTGTGCGGCAGTGGTTGAGCCG-3 ' (SEQ ID NO: 34) 5′-GAAGCAGGAAAGGCCGGTTCATGC-3 ′
  • Primer set for ⁇ -actin gene (SEQ ID NO: 35) 5'-GCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTC-3 ' (SEQ ID NO: 36) 5'-AGGTCTTTGCGGATGTCCACGTCAC-3 '
  • the gene expression level was also measured for cells in which only 100 ⁇ L of the solution (B) was added to the culture solution ( ⁇ ).
  • the RNA solution was not added, and the cells treated in the same manner except that (A) 1.5 ⁇ L and (B) were added in total 100 ⁇ L were also used for gene expression. The amount was measured (mock).
  • the expression level in the cells of the control ( ⁇ ) was 1, and the relative value of the expression level in the cells into which each single-stranded nucleic acid molecule was introduced was determined.
  • FIG. 11 is a graph showing the relative value of the TGF- ⁇ 1 gene expression level, and the vertical axis represents the relative gene expression level. As shown in FIG. 11, it was found that KH-0001-C18 exhibits a strong gene expression inhibitory activity similar to PH-0009.
  • Example B2 Gene expression inhibitory effect of lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule, carbohydrate-conjugated single-stranded nucleic acid molecule and peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule
  • the following lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule, carbohydrate-conjugated single-stranded nucleic acid molecule, and peptide-conjugated single-stranded nucleic acid synthesized in Example A1, having an expression suppressing sequence targeting the TGF- ⁇ 1 gene The molecule was examined for the TGF- ⁇ 1 gene expression inhibitory effect.
  • Lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecules include KH-0001-C18, KH-0001-DOPE, KH-0001-Chol and KH-0030, and carbohydrate-conjugated single-stranded nucleic acid molecules include KH-0001-Lac.
  • KH-0001-GalNAc and KH-0001-GlcNAc and peptide conjugate single-stranded nucleic acid molecules used were KH-0001-GE11, KH-0001-GE11 (7) and KH-0001-GE11 (5). .
  • PH-0000 was used as a negative control
  • KH-0001 and PH-0009 which are single-stranded nucleic acid molecules having no conjugate, were used as comparative examples.
  • A549 cells (DS Pharma Biomedical) were used in examining the gene expression suppression effect of lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecules and peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecules.
  • HepG2 cells (DS Pharma Biomedical) were used in the examination of the gene expression suppression effect of a carbohydrate conjugate single-stranded nucleic acid molecule.
  • As the medium DMEM (Invitrogen) containing 10% FBS was used. The culture conditions were 37 ° C. and 5% CO 2 .
  • the gene expression level was measured by the same method as in Example B1 except for the following points.
  • Transscriptor First Strand cDNA Synthesis Kit (trade name, Roche) as a reverse transcriptase
  • LightCycler 480 SYBR Green I Master (trade name, Roche) as a PCR reagent
  • Light4Cycicle 80 as a PCR instrument.
  • the final concentration of the carbohydrate-conjugated single-stranded nucleic acid molecule and the peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule is 0.1 and 1 nmol / L, respectively, and the final concentration of the lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule is 1 nmol / L.
  • the expression level in the cells of the control 2 was set to 1, and the relative value of the expression level in the cells into which each single-stranded nucleic acid molecule was introduced was determined.
  • FIGS. Each figure is a graph showing the relative value of TGF- ⁇ 1 gene expression level, and the vertical axis represents the relative gene expression level.
  • FIG. 12 shows a result of a sugar-conjugated single-stranded nucleic acid molecule
  • FIG. 13 shows a result of a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule
  • FIG. 14 shows a result of a lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule.
  • all of the sugar-conjugated single-stranded nucleic acid molecules showed a strong gene expression inhibitory activity similar to KH-0001 and PH-0009.
  • FIG. 12 shows a result of a sugar-conjugated single-stranded nucleic acid molecule
  • FIG. 13 shows a result of a peptide-conjugated single-stranded nucleic acid molecule
  • FIG. 14 shows a result of a lipid-conjugated single-stranded
  • KH-0001-C18 showed strong gene expression inhibitory activity comparable to KH-0001 and PH-0009.
  • the relative gene expression levels of KH-0001-DOPE, KH-0001-Chol, and KH-0030 were 0.1 to 0.35, and showed gene expression suppressing activity.
  • Example C1 Reactivity of lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule to Dicer protein
  • Lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule KH-0001-C18 synthesized in Example A1 as a comparative example, PH-0009, which is a single-stranded nucleic acid molecule without a conjugate, and linker region Lx are nucleotide residues.
  • the reactivity of NH-0005, which is a single-stranded nucleic acid molecule consisting only of a group, to Dicer protein was examined.
  • Recombinant Human Dicer Enzyme Kit (trade name, Genlantis) as a reagent
  • a reaction solution containing the Dicer protein and the nucleic acid molecule was prepared according to the attached protocol, and incubated at 37 ° C. Incubation time was 0, 2, 6, 24, 48, 72 hours.
  • the reaction stop solution of the reagent was added to the reaction solution after incubation for a predetermined time, and 7M urea-20% polyacrylamide gel electrophoresis was performed. Thereafter, the polyacrylamide gel was stained with SYBR Green II (trade name, Lonza) and analyzed using ChemiDoc (trade name, Bio-Rad).
  • FIG. 15A shows the result of electrophoresis showing the reactivity of NH-0005 to Dicer protein
  • FIG. 15B shows the result of electrophoresis showing the reactivity of PH-0009 to Dicer protein
  • C shows the result of electrophoresis showing the reactivity of KH-0001-C18 to Dicer protein.
  • lane “M” is a molecular weight marker (20, 30, 40, 50 and 100 base)
  • (h) is the incubation time
  • R represents an untreated sample.
  • Lane “M” is a molecular weight marker (20, 30, 40, 50 and 100 base), (min) is the incubation time (minutes), and R indicates an untreated sample.
  • KH-0001-C18 rapidly reacted with the Dicer protein, and the reaction was completed after 60 minutes.
  • the lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention has the ability to exert an RNA interference effect immediately after being introduced into a cell. It is thought that there is a possibility.
  • Example C2 Stability of lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule in human serum
  • Lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule KH-0001-C18 synthesized in Example A1 as a comparative example, PH-0009, which is a single-stranded nucleic acid molecule without a conjugate, and linker region Lx are nucleotide residues.
  • NH-0005 a single-stranded nucleic acid molecule consisting only of a group, was examined for its stability in human serum.
  • RNA fraction was extracted according to the Bligh & Dyer method (http://biochem2.umin.jp/contents/Manuals/manual54.html). The obtained extract was subjected to 7M urea-20% polyacrylamide gel electrophoresis, stained with SYBR Green II (trade name, Lonza), and analyzed using ChemiDoc (trade name, Bio-Rad).
  • lane “M” is a molecular weight marker
  • (h) shows the incubation time.
  • the lipid-conjugated single-stranded nucleic acid molecule of the present invention has stability in vivo and is introduced into cells. It is considered that there is a possibility of having an ability to exert an RNA interference effect immediately after the test.
  • reaction solution was diluted with ethyl acetate, washed 3 times with TEAA buffer (pH 8-9) and once with saturated brine, and then the organic layer was dried over sodium sulfate and the solvent was distilled off under reduced pressure. In this way, 31 g (containing pyridine) of Compound 2 as a pale yellow oily substance was obtained.
  • N- (4-hydroxybutyl) -N ⁇ -Fmoc-glycinamide (Compound 8) Fmoc-glycine (4.00 g, 13.45 mmol), dicyclohexylcarbodiimide (3.33 g, 16.15 mmol) and 1-hydroxybenzotriazole monohydrate (4.94 g, 32.29 mmol) in anhydrous N, N-dimethyl
  • 4-aminobutanol (1.44 g, 16.15 mmol) in anhydrous N, N-dimethylformamide (30 mL), and the mixture was stirred overnight at room temperature under an argon atmosphere.
  • N- (4-hydroxybutyl) -N ⁇ -Fmoc-glycinamide (8) (4.30 g, 87
  • the instrumental analysis value of N- (4-hydroxybutyl) -N ⁇ -Fmoc-glycinamide (8) is shown below.
  • N- (4-O-DMTr-hydroxybutyl) -glycinamide (Compound 10) N, N-dimethylformamide (45 mL) and piperidine (11.7 mL) were added to crude compound 9 (11.40 g, 16.99 mmol) at room temperature and stirred overnight at room temperature.
  • the solvent was distilled off from the reaction mixture under reduced pressure, and the resulting residue was subjected to silica gel column chromatography (developing solvent: dichloromethane-methanol (9: 1) + 0.05% pyridine) to give glycine-4,4′-. Dimethoxytrityloxybutanamide (3) (4.90 g, 96%, 2 steps) was obtained.
  • the instrumental analysis value of N- (4-O-DMTr-hydroxybutyl) -glycinamide (10) is shown below.
  • Triethylamine (3.90 g, 38.53 mmol) was added to the mixture thus obtained, and the mixture was stirred overnight at room temperature under an argon atmosphere.
  • Dichloromethane 200 mL was added to the resulting reaction mixture, and the mixture was washed 3 times with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate and once with saturated brine. The organic layer was separated and dried over sodium sulfate, and the solvent was distilled off under reduced pressure.
  • N- (4-O-DMTr-hydroxybutyl) -N ⁇ - (6- Hydroxyhexanoyl) -glycinamide (11) (4.80 g, 80%) was obtained.
  • the instrumental analysis value of N- (4-O-DMTr-hydroxybutyl) -N ⁇ - (6-hydroxyhexanoyl) -glycinamide (11) is shown below.
  • N- (4-O-DMTr-hydroxybutyl) -L-prolinamide (Compound 15) N- (4-hydroxybutyl) -N ⁇ -Fmoc-L-prolinamide (Compound 14) (7.80 g, 19.09 mmol) was mixed with anhydrous pyridine (5 mL) and dried azeotropically twice at room temperature. To the resulting residue, 4,4′-dimethoxytrityl chloride (8.20 g, 24.20 mmol), DMAP (23 mg, 0.19 mmol) and anhydrous pyridine (39 mL) were added.
  • the instrumental analysis values of the compound 15 are shown below.
  • Diisopropylammonium tetrazolide (2.91 g, 17.02 mmol) was added to the resulting residue, degassed under reduced pressure, and filled with argon gas.
  • Anhydrous acetonitrile (10 mL) was added to the mixture, and 2-cyanoethoxy-N, N, N ′, N′-tetraisopropyl phosphorodiamidite (5.13 g, 17.02 mmol) in anhydrous acetonitrile (7 mL) was added. ) Was added.
  • the mixture was stirred at room temperature for 2 hours under an argon atmosphere.
  • the mixture was diluted with dichloromethane, washed 3 times with saturated aqueous sodium hydrogen carbonate (200 mL), and then washed with saturated brine (200 mL).
  • the organic layer was collected and dried over sodium sulfate, and then the organic layer was filtered. About the obtained filtrate, the solvent was distilled off under reduced pressure.
  • the instrumental analysis values of the compound 17 are shown below.
  • EDC 1-Ethyl-3- (3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride (EDC) (1.1 g, 1.5 eq.) was added and stirred for 30 minutes. The mixture was then stirred overnight at room temperature. The solvent of the reaction solution was distilled off with an evaporator. Dichloromethane was added to the resulting residue, and the mixture was washed with a saturated aqueous sodium hydrogen carbonate solution and then with saturated brine. The organic phase was dried over sodium sulfate and evaporated under reduced pressure.
  • EDC 1-Ethyl-3- (3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride
  • Palmitic acid-N-hydroxysuccinimide ester (C16-NHS) Palmitic acid (6.0 g, 23 mmol) was dissolved in dichloromethane (110 mL) and stirred. To this solution, N-hydroxysuccinimide (3.2 g, 1.2 eq.) And 1-ethyl-3- (3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride (EDC) (5.4 g, 1.2 eq.) Were added overnight. Stir. After washing twice with water, it was washed once with saturated saline. The extract was dried over sodium sulfate, and the solvent was distilled off under reduced pressure.
  • EDC 1-ethyl-3- (3-dimethylaminopropyl) carbodiimide hydrochloride
  • the NMR measurement result of the obtained stearic acid-N-hydroxysuccinimide ester (C18-NHS) is shown below.
  • the single-stranded nucleic acid molecule of the present invention for example, excellent delivery to a target can be performed without requiring a carrier for delivery, and efficient gene expression control can be realized. For this reason, for example, it is not necessary to consider the toxicity of the carrier, and it is possible to avoid various conditions for the formation of a complex of a nucleic acid molecule and a carrier. For this reason, for example, it is possible to reduce labor and cost in terms of manufacturing and use.
  • This application is based on Japanese Patent Application No. 2015-0665570 filed in Japan (filing date: March 27, 2015), the contents of which are incorporated in full herein.

Abstract

 本発明は、デリバリー機能と標的遺伝子の発現抑制能を有する一本鎖核酸分子を提供する。本発明の一本鎖核酸分子は、領域(Xc)、リンカー領域(Lx)、領域(X)からなり、前記領域(Xc)が前記領域(X)と相補的であり、前記領域(X)、前記領域(Xc)の少なくとも一方が、標的遺伝子の発現を抑制する発現抑制配列を含み、該一本鎖核酸分子の5'末端、3'末端、および前記リンカー領域(Lx)からなる群から選択される少なくとも1つに、デリバリー機能を有する生体関連物質が結合していることを特徴とする一本鎖核酸分子である。

Description

デリバリー機能と遺伝子発現制御能を有する一本鎖核酸分子
 本発明は、デリバリー機能と遺伝子発現制御能を有する一本鎖核酸分子、およびそれを含む組成物およびその用途に関する。
 遺伝子の発現を抑制する技術として、例えば、RNA干渉(RNAi)が知られている(非特許文献1)。RNA干渉による遺伝子の発現抑制は、例えば、短い二本鎖のRNA分子を、細胞等に投与することによって、実施されるのが一般的である。前記二本鎖のRNA分子は、通常、siRNA(small interfering RNA)と呼ばれる。この他に、環状のRNA分子であり、分子内アニールにより、部分的に二重鎖を形成したRNA分子によっても、遺伝子の発現が抑制できることが報告されている(特許文献1)。しかしながら、これらの手法では、遺伝子の発現抑制を誘導するRNA分子は、以下のような問題がある。
 まず、前記siRNAを製造する場合、センス鎖およびアンチセンス鎖を別々に合成した上で、最後にこれらの鎖をハイブリダイズする工程が必要である。このため、製造効率が悪いという問題がある。また、前記siRNAを細胞に投与する際、一本鎖RNAへの解離を抑制した状態で、細胞に投与する必要があるため、その取り扱い条件の設定にも労力を要する。つぎに、環状のRNA分子の場合、その合成が困難という問題がある。これに対して、本発明者らは、このような問題を解消する、新たな一本鎖核酸分子を構築するに至った(特許文献2、3)。
特開2008-278784 国際公報WO2012/017919号パンフレット 国際公報WO2013/180038号パンフレット
ファイアら(Fire,et al.)、Nature 第391巻、p.806-811、1998年
 そして、このような新たな一本鎖核酸分子について、さらに、標的組織・細胞への優れたデリバリー機能の実現が求められている。
 そこで、本発明は、デリバリー機能を有する標的遺伝子の発現を抑制可能な一本鎖核酸の提供を目的とする。
 前記目的を達成するために、本発明の一本鎖核酸分子は、領域(X)、リンカー領域(Lx)および領域(Xc)からなり、
前記領域(X)が、前記領域(Xc)と相補的であり、
前記領域(X)および前記領域(Xc)の少なくとも一方が、標的遺伝子の発現を抑制する発現抑制配列を含む、標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子であって、該標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子の5’末端、3’末端、および前記リンカー領域(Lx)からなる群から選択される少なくとも1つに、デリバリー機能を有する生体関連物質が結合していることを特徴とする、標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子である。
 本発明の一本鎖核酸分子によれば、例えば、デリバリー用のキャリアを必須とすることなく、標的組織・細胞への優れたデリバリー機能を実現できる。このため、例えば、キャリアの毒性を考慮する必要がなく、核酸分子とキャリアとの複合体との形成に関する様々な条件設定の検討を回避できる。このため、例えば、製造面および使用面における労力やコストを低減可能である。
図1は、本発明の一本鎖核酸分子の一例を示す模式図である。 図2は、本発明の実施例における精製後のC18コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図3は、本発明の実施例における精製後のDOPEコンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図4は、本発明の実施例における精製後のラクトースコンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図5は、本発明の実施例における精製後のGE11コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図6は、本発明の実施例における精製後のGE11(7)コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図7は、本発明の実施例における精製後のGE11(5)コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図8は、本発明の実施例における精製後のGE11コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図9は、本発明の実施例における精製後のGE11(7)コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図10は、本発明の実施例における精製後のGE11(5)コンジュゲート一本鎖核酸分子のHPLCチャートである。 図11は、本発明の実施例におけるTGF-β1遺伝子発現量の相対値を示すグラフである。 図12は、本発明の実施例におけるTGF-β1遺伝子発現量の相対値を示すグラフである。 図13は、本発明の実施例におけるTGF-β1遺伝子発現量の相対値を示すグラフである。 図14は、本発明の実施例におけるTGF-β1遺伝子発現量の相対値を示すグラフである。 図15は、本発明の実施例におけるダイサータンパク質に対する反応性を示す電気泳動の結果である。 図16は、本発明の実施例におけるダイサータンパク質に対する反応性を示す電気泳動の結果である。 図17は、本発明の実施例における安定性を示す電気泳動の結果である。
 本明細書で使用する用語は、特に言及しない限り、当該技術分野で通常用いられる意味で用いることができる。
1.ssNc分子
 本発明の一本鎖核酸分子は、前述のように、デリバリー機能を有する標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子であって、領域(X)、リンカー領域(Lx)および領域(Xc)からなり、
前記領域(X)が、前記領域(Xc)と相補的であり、前記領域(X)および前記領域(Xc)の少なくとも一方が、標的遺伝子の発現を抑制する発現抑制配列を含む、標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子であって、
該標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子の5’末端、3’末端、および前記リンカー領域(Lx)からなる群から選択される少なくとも1つに、デリバリー機能を有する生体関連物質が結合していることを特徴とする。
 本発明において、「標的遺伝子の発現抑制」は、例えば、前記標的遺伝子の発現を阻害することを意味する。前記抑制のメカニズムは、特に制限されず、例えば、ダウンレギュレーションまたはサイレンシングでもよい。前記標的遺伝子の発現抑制は、例えば、前記標的遺伝子からの転写産物の生成量の減少、前記転写産物の活性の減少、前記標的遺伝子からの翻訳産物の生成量の減少、または前記翻訳産物の活性の減少等によって確認できる。前記翻訳産物としては、例えば、成熟タンパク質、または、プロセシングもしくは翻訳後修飾を受ける前の前駆体タンパク質があげられる。
 本発明の一本鎖核酸分子は、以下、本発明の「ssNc分子」ともいう。本発明のssNc分子は、例えば、in vivoまたはin vitroにおいて、標的遺伝子の発現抑制に使用できることから、「標的遺伝子の発現抑制用ssNc分子」または「標的遺伝子の発現抑制剤」ともいう。また、本発明のssNc分子は、例えば、RNA干渉により、前記標的遺伝子の発現を抑制できることから、「RNA干渉用ssNc分子」、「RNA干渉誘導分子」、「RNA干渉剤」または「RNA干渉誘導剤」ともいう。また、本発明のssNc分子は、例えば、インターフェロン誘導等の副作用を抑制できる。
 本発明のssNc分子は、その5’末端と3’末端とが未連結であり、線状一本鎖核酸分子ということもできる。
 本発明のssNc分子において、前記領域(Xc)は、前記領域(X)と相補的であり、前記領域(Xc)が前記領域(X)に向かって折り返し、前記領域(Xc)と前記領域(X)とが、自己アニーリングによって、二重鎖を形成可能である。
 本発明のssNc分子において、前記発現抑制配列は、例えば、本発明のssNc分子が、in vivoまたはin vitroで細胞内に導入された場合に、前記標的遺伝子の発現を抑制する活性を示す配列である。前記発現抑制配列は、特に制限されず、目的の標的遺伝子の種類に応じて、適宜設定できる。前記発現抑制配列は、例えば、siRNAによるRNA干渉に関与する配列を適宜適用できる。RNA干渉は、一般に、長い二本鎖RNA(dsRNA)が、細胞内において、Dicerにより、3’末端が突出した19~21塩基対程度の二本鎖RNA(siRNA:small interfering RNA)に切断され、その一方の一本鎖RNAが標的mRNAに結合して、前記mRNAを分解することにより、前記mRNAの翻訳を抑制する現象である。前記標的mRNAに結合する前記siRNAにおける一本鎖RNAの配列は、例えば、標的遺伝子の種類に応じて様々な種類が報告されている。本発明は、例えば、前記siRNAの一本鎖RNAの配列を、前記発現抑制配列として使用できる。本発明においては、例えば、出願時において公知となっている前記siRNAの一本鎖RNA配列の他、将来的に明らかとなる配列に関しても、前記発現抑制配列として利用できる。
 前記発現抑制配列は、例えば、前記標的遺伝子の所定領域に対して、90%以上の相補性を有していることが好ましく、より好ましくは95%であり、さらに好ましくは98%であり、特に好ましくは100%である。このような相補性を満たすことにより、例えば、オフターゲットを十分に軽減できる。
 本発明のssNc分子による前記標的遺伝子の発現の抑制は、例えば、領域(X)、前記領域(Xc)の少なくとも一つに前記発現抑制配列を配置した構造をとることで、RNA干渉またはRNA干渉に類似する現象(RNA干渉様の現象)が生じることによると推測される。なお、本発明は、このメカニズムにより限定されない。本発明のssNc分子は、例えば、いわゆるsiRNAのように、二本鎖の一本鎖RNAからなるdsRNAとして、細胞等へ導入するものではなく、また、細胞内において、前記発現抑制配列の切り出しは、必ずしも必須ではない。このため、本発明のssNc分子は、例えば、RNA干渉様の機能を有するということもできる。
 本発明のssNc分子において、前記発現抑制配列は、前述のように、前記領域(X)、前記領域(Xc)の少なくとも一つに含まれる。本発明のssNc分子は、前記発現抑制配列を、例えば、1つ有してもよいし、2つ以上有してもよい。
 後者の場合、本発明のssNc分子は、例えば、同じ標的遺伝子に対する同じ発現抑制配列を2つ以上有してもよいし、同じ標的遺伝子に対する異なる発現抑制配列を2つ以上有してもよいし、異なる標的遺伝子に対する異なる発現抑制配列を2つ以上有してもよい。本発明のssNc分子が、2つ以上の前記発現抑制配列を有する場合、各発現抑制配列の配置箇所は、特に制限されず、前記領域(X)、前記領域(Xc)のいずれか一領域でもよいし、異なる領域であってもよい。本発明のssNc分子が、異なる標的遺伝子に対する前記発現抑制配列を2つ以上有する場合、例えば、本発明のssNc分子によって、2種類以上の異なる標的遺伝子の発現を抑制可能である。
 本発明のssNc分子において、前記発現抑制配列は、例えば、発現抑制活性を有していればよく、成熟miRNA配列でもよい。生体内におけるmiRNAの生成プロセスおよびmiRNAによるタンパク質の発現抑制プロセスは、以下の通りである。まず、5’末端にキャップ構造、3’末端にポリA構造を有する、一本鎖のmiRNA転写産物(Pri-miRNA)が、核内で発現する。前記Pri-miRNAは、ヘアピン構造を有している。前記Pri-miRNAは、RNase(Drosha)によって切断され、一本鎖の前駆体(Pre-miRNA)が生成される。前記Pre-miRNAは、ステム領域とループ領域とを有するヘアピン構造をとる。前記Pre-miRNAは、細胞質に輸送された後、RNase(Dicer)によって切断され、そのステム構造から、3’末端に数塩基(例えば、1~4塩基)のオーバーハングを有する二本鎖のmiRNAが生成される。そして、二本鎖のmiRNAのうちの一本鎖の成熟miRNAが、RISC(RNA induced Silencing Complex)に類似した複合体に結合し、成熟miRNA/RISC複合体が、特定のmRNAに結合することで、前記mRNAからのタンパク質の翻訳が抑制される。本発明においては、前記成熟miRNAの配列を、前記発現抑制配列として使用すればよい。
 なお、本発明は、前記標的遺伝子に対する前記発現抑制配列の配列情報がポイントではなく、前記発現抑制配列による前記標的遺伝子の発現抑制活性を、例えば、細胞内で機能させるための核酸分子の構造に関する。したがって、本発明においては、例えば、出願時において公知となっている前記miRNAの一本鎖成熟miRNA配列の他、将来的に明らかとなる配列に関しても、前記発現抑制配列として利用できる。
 前述のように、生体内において、前記成熟miRNA配列は、前記Pre-miRNAが切断されることで、そのステム構造の一方の鎖(ガイド鎖ともいう)から生成される。この際、前記ステム構造の他方の鎖からは、minor miRNA配列(パッセンジャー鎖ともいう)が生成される。前記minor miRNA配列は、通常、前記Pre-miRNAとアライメントした際に、1~数塩基のミスマッチを有する相補鎖である。本発明のssNc分子は、例えば、さらに、前記minor miRNA配列を有してもよい。
 前記成熟miRNA配列と前記minor miRNA配列は、両者をアライメントした際、非相補的となる塩基を有してもよい。前記minor miRNAは、例えば、前記成熟miRNA配列に対する相補性が、例えば、60~100%である。前記成熟miRNA配列と前記minor miRNAは、それぞれ、内部に、前記非相補となる塩基を、例えば、1塩基または数塩基有してもよく、前記数塩基は、例えば、2~15塩基である。前記非相補的な塩基は、例えば、連続してもよいし、非連続でもよい。
 前記minor miRNA配列の長さは、特に制限されず、前記成熟miRNA配列の長さとの差が、例えば、0~10塩基長、好ましくは0~7塩基長、より好ましくは0~5塩基長である。前記minor miRNA配列と前記成熟miRNA配列は、例えば、同じ長さでもよいし、前者が長くてもよいし、後者が長くてもよい。
 本発明のssNc分子において、前記領域(Xc)は、前記領域(X)に相補的である。ここで、前記領域(Xc)は、前記領域(X)の全領域またはその部分領域に対して相補的な配列を有していればよく、具体的には、例えば、前記領域(X)の全領域またはその部分領域に相補的な配列を含む、または、前記相補的な配列からなることが好ましい。前記領域(Xc)は、前記領域(X)の相補的な前記全領域または相補的な前記部分領域に対して、例えば、完全に相補的でもよいし、1もしくは数塩基が非相補的であってもよい。
 本発明のssNc分子は、前記領域(Xc)と前記領域(X)との間に、リンカー領域(Lx)を有し、前記リンカー領域(Lx)を介して、前記領域(Xc)と前記領域(X)とが連結している。
 前記リンカー領域(Lx)は、それ自体の領域内部において、自己アニーリングを生じない構造であることが好ましい。
 前記リンカー領域(Lx)の構造は、例えば、国際出願第PCT/JP2011/065737号(出願日:2011年7月8日)、国際出願第PCT/JP2011/067292号(出願日:2011年7月28日)及び国際出願第PCT/JP2012/001711号(出願日:2012年12月29日)に記載される構造が使用でき、本発明はこれらの文献を援用できる。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質は、生体への親和性を示す物質であり、生体親和性物質ということもできる。前記生体関連物質としては、例えば、生体由来成分に含まれる物質、またはそれと同一もしくは類似の構造を有する物質があげられる。前記生体関連物質としては、生体への親和性を示す物質であれば、特に制限されないが、例えば、ビタミン、ホルモン等の各種機能性物質があげられる。より具体的には、例えば、以下のとおりである。
 前記生体関連物質は、第1形態として、例えば、脂質があげられる。本発明のssNc分子は、例えば、脂質を有することによって、標的細胞への送達と導入効率および/または耐酵素分解性を向上できる。これは、例えば、以下のようなメカニズムによると推測される。すなわち、本発明のssNc分子は、前記脂質領域と、その他の核酸領域とにより、全体としてミセル構造を形成することで、細胞膜の透過性および耐酵素分解性が向上すると解される。また、本発明のssNc分子は、前記脂質領域と、その他の核酸領域とにより、全体として、エクソソーム様複合体を形成することにより、生体内の移動性がより向上すると解される。なお、本発明は、これらのメカニズムには、制限されない。
 前記脂質の具体例は、例えば、単純脂質、複合脂質、誘導脂質、脂溶性ビタミン等があげられる。前記単純脂質としては、脂肪酸とアルコールとのエステルである一本鎖脂質があげられる。前記複合脂質としては、二本鎖のリン脂質、糖脂質等があげられる。前記誘導脂質としては、例えば、飽和脂肪酸、不飽和脂肪酸等の脂肪酸、コレステロール、ステロイドホルモン等のステロイド等があげられる。前記脂溶性ビタミンとしては、例えば、レチノール、トコフェロール、カルシフェロール等があげられる。また、この他に、前記脂質としては、例えば、油脂、スクアレン等の炭化水素、高級アルコール等があげられる。
 前記一本鎖脂質は例えば、RCOO-で表すことができる。前記二本鎖脂質は、例えば、下記式で表すことができる。Rは、例えば、パルミチン酸、ステアリン酸、ミリスチン酸等の飽和脂肪酸、オレイン酸等の不飽和脂肪酸等があげられる。また、前記二本鎖脂質としては、DOPEがあげられる。また、前記脂質は、パルミチン酸、ミリスチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、DOPEおよびコレステロールからなる群から選択される少なくとも一つである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
 前記生体関連物質は、第2形態として、例えば、ペプチドがあげられる。本発明のssNc分子は、例えば、前記ペプチドを有することによって、標的細胞への送達・導入効率および/または耐酵素分解性を向上できる。
 前記ペプチドは、特に制限されず、例えば、標的細胞の膜タンパク質に結合可能なタンパク質またはそのペプチド;標的部位に選択的に取り込まれるタンパク質もしくはそのペプチド(膜透過性ペプチドともいう)、特定の受容体に作用する生体内分子もしくはそのペプチド、細胞表面に発現する抗原と反応する抗体タンパク質もしくはそのペプチド、特定のタンパク質に相互作用するペプチド等があげられる。前記ペプチドとして具体的には、ポリアルギニンペプチド(RRRRRRRRR、RRRRRRR)(配列番号1および2)、ペネトラチン(RQIKIWFGNRRMKWKK、RRMKWKK)(配列番号3および4)、Tat断片(GRKKRRQRRRPPQC、YGRKKRRQRRRPPQ、YGRKKRRQRRR、RKKRRQRRR)(配列番号5~8)、トランスポータン(GWTLNSAGYLLKINLKALAALAKKIL、AGYLLGKINLKALAALAKKIL)(配列番号9および10)、両親媒性モデルペプチド(KLALKLALKALKAALKLA)(配列番号11)、GE11(YHWYGYTPQNVI)(配列番号12)、GE11(7)(YHWYGY)(配列番号13)、GE11(5)(YHWY)(配列番号14)、PVEC(LLIILRRRIRKQAHAHSK)(配列番号15)、K-FGF(AAVALLPAVLLALLAP)(配列番号16)、Ku70(VPMLKPMLKE)(配列番号17)、ムスカリン受容体活性化ペプチド(YTWYTP、YSWYTP、HWHTP、YHRHTP、NAYTWYTPEWHTPA)(配列番号18~22)、SAP(VRLPPPVRLPPPVRLPPP)(配列番号23)、MMP-1阻害ペプチド(VTYGNP、VTVGNP)(配列番号24および25)、Pep-1(KETWWETWWTEWSQPKKKRKV)(配列番号26)、Pep-7(SDLWEMMMVSLACQY)(配列番号27)、HN-1(TSPLNIHNGQKL)(配列番号28)等があげられる。また、前記ペプチドは、GE11(配列番号12)、GE11(7)(配列番号13)およびGE11(5)(配列番号14)からなる群から選択される少なくとも一つである。なお、上記各ペプチド配列は、アミノ酸1文字コードを用いN末端からC末端の順に表記した。
 前記生体関連物質は、第3形態として、例えば、糖質があげられる。本発明のssNc分子は、例えば、前記糖質を有することによって、標的細胞への送達・導入効率および/または耐酵素分解性を向上できる。
 前記糖質は、特に制限されず、例えば、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、多糖があげられる。さらに具体的には、前記単糖として、フルクトース、ガラクトース、グルコース、マンノース、ガラクトサミン、グルコサミン、N-アセチルグルコサミン、N-アセチルガラクトサミン、グリセリン等があげられ、前記二糖として、スクロース、ラクトース、マルトース等があげられ、前記三糖として、ラフィノース、マルトトリオース等があげられ、前記四糖として、アカルボース、スタキオース等があげられ、前記オリゴ糖として、ガラクトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖等があげられ、前記多糖としては、セルロース、グリコーゲン、ヒアルロン酸、キトサン等があげられる。また、前記糖質は、ラクトース、N-アセチルグルコサミンおよびN-アセチルガラクトサミンからなる群から選択される少なくとも一つである。
 前記単糖は、立体異性体、配座異性体等の異性体であってもよく、また、アミノ基、アルコール、チオール等による置換を受けていてもよい。上記記載は、前記二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、多糖についても同様に適用できる。
 前記生体関連物質は、その他の形態として、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリアミン、蛍光分子、ビオチン、インターカレーター分子、水溶性ビタミン、金属キレート剤、クロスリンク剤等もあげられる。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質の数は、特に制限されず、例えば、1個~4個、好ましくは、1~3個、より好ましくは、1個または2個である。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質を2個以上含む場合、その組み合わせは特に制限されず、例えば、1種類のみでもよいし、異なる2種類以上の組み合わせでもよい。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質の結合箇所は、前述のように、前記核酸分子における5’末端、3’末端、前記リンカー領域(Lx)である。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質の結合箇所は、一か所でもよいし、2か所以上でもよい。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質は、例えば、前記核酸分子に直接結合してもよいし、間接的に結合してもよく、好ましくは後者である。前記後者の場合、例えば、結合用リンカーを介して、結合することが好ましい。前記結合用リンカーの構造は、特に制限されず、例えば、GMBSリンカー、エチレングリコールリンカー、または下記式の構造が例示できる。下記式において、n’は正の整数であり、Yは、例えば、NH、S、O、CO等があげられる。また、本発明のssNc分子において、前記生体関連物質がシステイン等のアミノ酸を有する場合は、例えば、前記核酸分子に対して、ジスルフィド結合により前記生体関連物質を結合させてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
 本発明のssNc分子について、核酸構造の一例を、図1の模式図に示す。図1(A)は、一例として、前記ssNc分子について、各領域の順序の概略を示す模式図であり、図1(B)は、前記ssNc分子が、前記分子内において二重鎖を形成している状態を示す模式図である。図1(B)に示すように、前記ssNc分子は、前記領域(Xc)と前記領域(X)との間で、二重鎖が形成され、前記Lx領域が、その長さに応じてループ構造をとる。図1は、あくまでも、前記領域の連結順序および二重鎖を形成する各領域の位置関係を示すものであり、例えば、各領域の長さ、前記リンカー領域(Lx)の形状等は、これに制限されない。
 本発明のssNc分子において、前記生体関連物質は、前述のように、例えば、図1における前記領域(Xc)のフリーの末端、前記領域(X)のフリーの末端、リンカー領域(Lx)のいずれに結合してもよい。
 本発明のssNc分子において、前記領域(Xc)、前記領域(X)、の塩基数は、特に制限されず、例えば、以下の通りである。本発明において、「塩基数」は、例えば、「長さ」を意味し、「塩基長」ということもできる。
 前記領域(Xc)は、前述のように、例えば、前記領域(X)の全領域に相補的でもよい。この場合、前記領域(Xc)は、例えば、前記領域(X)と同じ塩基長であり、前記領域(X)の5’末端から3’末端の全領域に相補的な塩基配列からなることが好ましい。前記領域(Xc)は、より好ましくは、前記領域(X)と同じ塩基長であり、且つ、前記領域(Xc)の全ての塩基が、前記領域(X)の全ての塩基と相補的である、つまり、例えば、完全に相補的であることが好ましい。なお、これには制限されず、例えば、前述のように、1もしくは数塩基が非相補的であってもよい。
 また、前記領域(Xc)は、前述のように、例えば、前記領域(X)の部分領域に相補的でもよい。この場合、前記領域(Xc)は、例えば、前記領域(X)の部分領域と同じ塩基長であり、すなわち、前記領域(X)よりも、1塩基以上短い塩基長の塩基配列からなることが好ましい。前記領域(Xc)は、より好ましくは、前記領域(X)の前記部分領域と同じ塩基長であり、且つ、前記領域(Xc)の全ての塩基が、前記領域(X)の前記部分領域の全ての塩基と相補的である、つまり、例えば、完全に相補的であることが好ましい。前記領域(X)の前記部分領域は、例えば、前記領域(X)における、5’末端の塩基(1番目の塩基)から連続する塩基配列からなる領域(セグメント)であることが好ましい。
 本発明のssNc分子において、前記領域(X)の塩基数(X)と前記領域(Xc)の塩基数(Xc)との関係は、例えば、下記(1)または(2)の条件を満たし、前者の場合、具体的には、例えば、下記(3)の条件を満たす。
   X>Xc ・・・(1)
   X-Xc=1~10、好ましくは1、2または3、
        より好ましくは1または2   ・・・(3)
   X=Xc ・・・(2)
 本発明のssNc分子について、各領域の長さを以下に例示するが、本発明は、これには制限されない。本発明において、例えば、塩基数の数値範囲は、その範囲に属する正の整数を全て開示するものであり、例えば、「1~4塩基」との記載は、「1、2、3、4塩基」の全ての開示を意味する(以下、同様)。
 前記領域(X)の塩基数は、例えば、19塩基以上である。前記塩基数の下限は、例えば、19塩基であり、好ましくは20塩基であり、より好ましくは21塩基である。前記塩基数の上限は、例えば、50塩基であり、好ましくは40塩基であり、より好ましくは30塩基である。
 前記領域(X)が前記発現抑制配列を含む場合、前記領域(X)は、例えば、前記発現抑制配列のみから構成される領域でもよいし、前記発現抑制配列を含む領域でもよい。前記発現抑制配列の塩基数は、例えば、19~30塩基であり、好ましくは、19、20または21塩基である。前記領域(X)が前記発現抑制配列を含む場合、前記発現抑制配列の5’側および/または3’側に、さらに付加配列を有してもよい。前記付加配列の塩基数は、例えば、1~31塩基であり、好ましくは、1~21塩基であり、より好ましくは、1~11塩基であり、さらに好ましくは、1~7塩基である。
 前記領域(Xc)が前記発現抑制配列を含む場合、前記領域(Xc)は、例えば、前記発現抑制配列のみから構成される領域でもよいし、前記発現抑制配列を含む領域でもよい。前記発現抑制配列の長さは、例えば、前述の通りである。前記領域(Xc)が前記発現抑制配列を含む場合、前記発現抑制配列の5’側および/または3’側に、さらに付加配列を有してもよい。前記付加配列の塩基数は、例えば、1~11塩基であり、好ましくは、1~7塩基である。
 本発明のssNc分子において、前記リンカー領域(Lx)の長さは、特に制限されない。前記リンカー領域(Lx)は、例えば、前記領域(X)と前記領域(Xc)とが二重鎖を形成可能な長さであることが好ましい。前記リンカー領域(Lx)の塩基数は、その下限が、例えば、1塩基であり、好ましくは2塩基であり、より好ましくは3塩基であり、その上限が、例えば、100塩基であり、好ましくは80塩基であり、より好ましくは50塩基である。前記各リンカー領域の塩基数は、具体例として、例えば、1~50塩基、1~30塩基、1~20塩基、1~10塩基、1~7塩基、1~4塩基等が例示できるが、これには制限されない。
 本発明のssNc分子の全長は、特に制限されない。本発明のssNc分子において、前記塩基数の合計(全長の塩基数)は、下限が、例えば、38塩基であり、好ましくは42塩基であり、より好ましくは50塩基であり、さらに好ましくは51塩基であり、特に好ましくは52塩基であり、その上限は、例えば、300塩基であり、好ましくは200塩基であり、より好ましくは150塩基であり、さらに好ましくは100塩基であり、特に好ましくは80塩基である。本発明のssNc分子において、前記リンカー領域(Lx)を除く塩基数の合計は、下限が、例えば、38塩基であり、好ましくは42塩基であり、より好ましくは50塩基であり、さらに好ましくは51塩基であり、特に好ましくは52塩基であり、上限が、例えば、300塩基であり、好ましくは200塩基であり、より好ましくは150塩基であり、さらに好ましくは100塩基であり、特に好ましくは80塩基である。
 本発明のssNc分子の構成単位は、特に制限されず、例えば、ヌクレオチド残基があげられる。前記ヌクレオチド残基としては、例えば、リボヌクレオチド残基およびデオキシリボヌクレオチド残基があげられる。前記ヌクレオチド残基としては、例えば、修飾されていない非修飾ヌクレオチド残基および修飾された修飾ヌクレオチド残基があげられる。本発明のssNc分子は、例えば、前記修飾ヌクレオチド残基を含むことによって、ヌクレアーゼ耐性を向上し、安定性を向上可能である。また、本発明のssNc分子は、例えば、前記ヌクレオチド残基の他に、さらに、非ヌクレオチド残基を含んでもよい。前記ヌクレオチド残基および前記非ヌクレオチド残基の詳細は、後述する。
 本発明のssNc分子において、前記領域(X)、前記領域(Xc)の構成単位は、それぞれ、前記ヌクレオチド残基が好ましい。前記各領域は、例えば、下記(1)~(3)の残基で構成される。
(1)非修飾ヌクレオチド残基
(2)修飾ヌクレオチド残基
(3)非修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
 本発明のssNc分子において、前記リンカー領域(Lx)の構成単位は、特に制限されず、例えば、前記ヌクレオチド残基および前記非ヌクレオチド残基があげられる。前記リンカー領域は、例えば、前記ヌクレオチド残基のみから構成されてもよいし、前記非ヌクレオチド残基のみから構成されてもよいし、前記ヌクレオチド残基と前記非ヌクレオチド残基から構成されてもよい。前記リンカー領域は、例えば、下記(1)~(7)の残基で構成される。
(1)非修飾ヌクレオチド残基
(2)修飾ヌクレオチド残基
(3)非修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
(4)非ヌクレオチド残基
(5)非ヌクレオチド残基および非修飾ヌクレオチド残基
(6)非ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
(7)非ヌクレオチド残基、非修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
 本発明のssNc分子は、例えば、前記ヌクレオチド残基のみから構成される分子、前記ヌクレオチド残基の他に前記非ヌクレオチド残基を含む分子等があげられる。本発明のssNc分子において、前記ヌクレオチド残基は、前述のように、例えば、前記非修飾ヌクレオチド残基のみでもよいし、前記修飾ヌクレオチド残基のみでもよいし、前記非修飾ヌクレオチド残基および前記修飾ヌクレオチド残基の両方であってもよい。前記ssNc分子が、前記非修飾ヌクレオチド残基と前記修飾ヌクレオチド残基を含む場合、前記修飾ヌクレオチド残基の個数は、特に制限されず、例えば、「1もしくは数個」であり、具体的には、例えば、1~5個、好ましくは1~4個、より好ましくは1~3個、最も好ましくは1または2個である。本発明のssNc分子が、前記非ヌクレオチド残基を含む場合、前記非ヌクレオチド残基の個数は、特に制限されず、例えば、「1もしくは数個」であり、具体的には、例えば、1~8個、1~6個、1~4個、1、2または3個である。
 本発明のssNc分子において、前記ヌクレオチド残基は、例えば、リボヌクレオチド残基が好ましい。この場合、本発明のssNc分子は、例えば、「RNA分子」または「ssRNA分子」ともいう。前記ssRNA分子としては、例えば、前記リボヌクレオチド残基のみから構成される分子、前記リボヌクレオチド残基の他に前記非ヌクレオチド残基を含む分子があげられる。前記ssRNA分子において、前記リボヌクレオチド残基は、前述のように、例えば、前記非修飾リボヌクレオチド残基のみでもよいし、前記修飾リボヌクレオチド残基のみでもよいし、前記非修飾リボヌクレオチド残基および前記修飾リボヌクレオチド残基の両方を含んでもよい。
 前記ssRNA分子が、例えば、前記非修飾リボヌクレオチド残基の他に前記修飾リボヌクレオチド残基を含む場合、前記修飾リボヌクレオチド残基の個数は、特に制限されず、例えば、「1もしくは数個」であり、具体的には、例えば、1~5個、好ましくは1~4個、より好ましくは1~3個、最も好ましくは1または2個である。前記非修飾リボヌクレオチド残基に対する前記修飾リボヌクレオチド残基は、例えば、リボース残基がデオキシリボース残基に置換された前記デオキシリボヌクレオチド残基であってもよい。前記ssRNA分子が、例えば、前記非修飾リボヌクレオチド残基の他に前記デオキシリボヌクレオチド残基を含む場合、前記デオキシリボヌクレオチド残基の個数は、特に制限されず、例えば、「1もしくは数個」であり、具体的には、例えば、1~5個、好ましくは1~4個、より好ましくは1~3個、最も好ましくは1または2個である。
 本発明のssNc分子において、前記リンカー領域(Lx)は、非ヌクレオチド残基を含んでいてもよく、例えば、下記式(I)で表わされる非ヌクレオチド残基を含んでいてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
 前記式(I)中、例えば、
およびXは、それぞれ独立して、H、O、SまたはNHであり;
およびYは、それぞれ独立して、単結合、CH、NH、OまたはSであり;
は、n個の炭素原子を有するアルキレン鎖であり、アルキレン炭素原子上の水素原子は、OH、OR、NH、NHR、NR、SH、もしくはSRで置換されても置換されていなくてもよく、または、
は、前記アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、
ただし、Yが、NH、OまたはSの場合、Yに結合するLの原子は炭素であり、ORに結合するLの原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず;
は、m個の炭素原子を有するアルキレン鎖であり、アルキレン炭素原子上の水素原子は、OH、OR、NH、NHR、NR、SHもしくはSRで置換されても置換されていなくてもよく、または、
は、前記アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、
ただし、Yが、NH、OまたはSの場合、Yに結合するLの原子は炭素であり、ORに結合するLの原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず;
、R、RおよびRは、それぞれ独立して、置換基または保護基であり;
mは、0~30の範囲の整数であり;
nは、0~30の範囲の整数であり;
前記領域(Xc)および前記領域(X)は、それぞれ、-OR-または-OR-を介して、前記リンカー領域(Lx)に結合し、
ここで、RおよびRは、存在しても存在しなくてもよく、存在する場合、RおよびRは、それぞれ独立して、ヌクレオチド残基または前記構造(I)であり、
Aは、任意の原子団であり、ただし、下記式(Ia)は、前記アミノ酸であり、かつ、下記式(Ia)は、ペプチド以外のアミノ酸である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
 前記式(I)中、XおよびXは、例えば、それぞれ独立して、H、O、SまたはNHである。前記式(I)中において、XがHであるとは、Xが、Xの結合する炭素原子とともに、CH(メチレン基)を形成することを意味する。Xについても同様である。
 前記式(I)中、YおよびYは、それぞれ独立して、単結合、CH、NH、OまたはSである。
 前記式(I)中、Lは、n個の炭素原子を有するアルキレン鎖である。前記アルキレン炭素原子上の水素原子は、例えば、OH、OR、NH、NHR、NR、SH、もしくはSRで置換されてもよいし、置換されていなくてもよい。または、Lは、前記アルキレン鎖の1つ以上の炭素原子が酸素原子で置換されたポリエーテル鎖でもよい。前記ポリエーテル鎖は、例えば、ポリエチレングリコールである。なお、Yが、NH、OまたはSの場合、Yに結合するLの原子は炭素であり、ORに結合するLの原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接しない。つまり、例えば、YがOの場合、その酸素原子とLの酸素原子は隣接せず、ORの酸素原子とLの酸素原子は隣接しない。
 前記式(I)中、Lは、m個の炭素原子を有するアルキレン鎖である。前記アルキレン炭素原子上の水素原子は、例えば、OH、OR、NH、NHR、NR、SHもしくはSRで置換されてもよいし、置換されていなくてもよい。または、Lは、前記アルキレン鎖の1つ以上の炭素原子が酸素原子で置換されたポリエーテル鎖でもよい。なお、Yが、NH、OまたはSの場合、Yに結合するLの原子は炭素であり、ORに結合するLの原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接しない。つまり、例えば、YがOの場合、その酸素原子とLの酸素原子は隣接せず、ORの酸素原子とLの酸素原子は隣接しない。
 LのnおよびLのmは、特に制限されず、それぞれ、下限は、例えば、0であり、上限も、特に制限されない。nおよびmは、例えば、前記リンカー領域(Lx)の所望の長さに応じて、適宜設定できる。nおよびmは、例えば、製造コストおよび収率等の点から、それぞれ、0~30が好ましく、より好ましくは0~20であり、さらに好ましくは0~15である。nとmは、同じでもよいし(n=m)、異なってもよい。n+mは、例えば、0~30であり、好ましくは0~20であり、より好ましくは0~15である。
 R、R、RおよびRは、例えば、それぞれ独立して、置換基または保護基であり、同一でも異なってもよい。前記置換基は、例えば、ヒドロキシ、カルボキシ、スルホ、ハロゲン、ハロゲン化アルキル(ハロアルキル、例:CF、CHCF、CHCCl)、ニトロ、ニトロソ、シアノ、アルキル(例:メチル、エチル、イソプロピル、tert-ブチル)、アルケニル(例:ビニル)、アルキニル(例:エチニル)、シクロアルキル(例:シクロプロピル、アダマンチル)、シクロアルキルアルキル(例:シクロヘキシルメチル、アダマンチルメチル)、シクロアルケニル(例:シクロプロペニル)、シクリルアルキル、ヒドロキシアルキル(例:ヒドロキシメチル、ヒドロキシエチル)、アルコキシアルキル(例:メトキシメチル、エトキシメチル、エトキシエチル)、アリール(例:フェニル、ナフチル)、アリールアルキル(例:ベンジル、フェネチル)、アルキルアリール(例、p-メチルフェニル)、ヘテロアリール(例:ピリジル、フリル)、ヘテロアリールアルキル(例:ピリジルメチル)、ヘテロシクリル(例:ピペリジル)、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキル(例:モルホリルメチル)、アルコキシ(例:メトキシ、エトキシ、プロポキシ、ブトキシ)、ハロゲン化アルコキシ(例:OCF)、アルケニルオキシ(例:ビニルオキシ、アリルオキシ)、アリールオキシ(例:フェニルオキシ)、アルキルオキシカルボニル(例:メトキシカルボニル、エトキシカルボニル、tert-ブトキシカルボニル)、アリールアルキルオキシ(例:ベンジルオキシ)、アミノ[アルキルアミノ(例:メチルアミノ、エチルアミノ、ジメチルアミノ)、アシルアミノ(例:アセチルアミノ、ベンゾイルアミノ)、アリールアルキルアミノ(例:ベンジルアミノ、トリチルアミノ)、ヒドロキシアミノ]、アミノアルキル(例:アミノメチル)、アルキルアミノアルキル(例:ジエチルアミノメチル)、カルバモイル、スルファモイル、オキソ、シリル、シリルオキシアルキル等があげられる。これらの置換基は、1または複数のさらなる置換基またはさらなる保護基で置換されていても良い。前記さらなる置換基は、特に限定されないが、例えば、上記例示に係る置換基でも良い。前記さらなる保護基は、特に限定されないが、例えば、下記例示に係る保護基でも良い。以下において同様である。
 前記保護基(または、前記さらなる保護基)は、例えば、反応性の高い官能基を不活性に変換する官能基であり、公知の保護基等があげられる。前記保護基は、例えば、文献(J. F. W. McOmie, 「Protecting Groups in Organic Chemistry」 Prenum Press, London and New York, 1973)の記載を援用できる。前記保護基は、特に制限されず、例えば、tert-ブチルジメチルシリル基(TBDMS)、ビス(2-アセトキシエチルオキシ)メチル基(ACE)、トリイソプロピルシリルオキシメチル基(TOM)、1-(2-シアノエトキシ)エチル基(CEE)、2-シアノエトキシメチル基(CEM)およびトリルスルフォニルエトキシメチル基(TEM)、ジメトキシトリチル基(DMTr)等があげられる。RがORの場合、前記保護基は、特に制限されず、例えば、TBDMS基、ACE基、TOM基、CEE基、CEM基およびTEM基等があげられる。この他にも、後述する化学式(P1)および(P2)のシリル含有基もあげられる。以下において同様である。
 前記式(I)において、水素原子は、例えば、それぞれ独立して、Cl、Br、FおよびI等のハロゲンでもよい。
 前記領域(Xc)および前記領域(X)は、例えば、それぞれ、-OR-または-OR-を介して、前記リンカー領域(Lx)に結合する。ここで、RおよびRは、存在しても存在しなくてもよい。RおよびRが存在する場合、RおよびRは、それぞれ独立して、ヌクレオチド残基または前記式(I)の構造である。Rおよび/またはRが前記ヌクレオチド残基の場合、前記リンカー領域(Lx)は、例えば、ヌクレオチド残基Rおよび/またはRを除く前記式(I)の構造からなる前記非ヌクレオチド残基と、前記ヌクレオチド残基とから形成される。Rおよび/またはRが前記式(I)の構造の場合、前記リンカー領域(Xc)は、例えば、前記式(I)の構造からなる前記非ヌクレオチド残基が、2つ以上連結された構造となる。前記式(I)の構造は、例えば、1個、2個、3個または4個含んでもよい。このように、前記構造を複数含む場合、前記(I)の構造は、例えば、直接連結されてもよいし、前記ヌクレオチド残基を介して結合してもよい。他方、RおよびRが存在しない場合、前記リンカー領域(Lx)は、例えば、前記式(I)の構造からなる前記非ヌクレオチド残基のみから形成される。
 前記領域(Xc)および前記領域(X)と、-OR-および-OR-との結合の組合せは、特に制限されず、例えば、以下のいずれかの条件があげられる。
条件(1)
 前記領域(Xc)は、-OR-を介して、前記領域(X)は、-OR-を介して、前記式(I)の構造と結合する。
条件(2)
 前記領域(Xc)は、-OR-を介して、前記領域(X)は、-OR-を介して、前記式(I)の構造と結合する。
 本発明のssNc分子において、前記式(I)中の原子団Aは、特に限定されず、任意であり、ただし、前述のとおり、下記式(Ia)が、ペプチドでないアミノ酸である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
 前記式(I)、(IA)または(Ia)中の原子団Aは、例えば、鎖式原子団、脂環式原子団、および芳香族性原子団からなる群から選択される少なくとも一つを含んでいても含んでいなくても良い。前記鎖式原子団は、特に限定されないが、例えば、アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、シリル、シリルオキシアルキル等があげられる。前記脂環式原子団は、特に限定されないが、例えば、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクリルアルキル等があげられる。前記芳香族性原子団は、特に限定されないが、例えば、アリール、アリールアルキル、アルキルアリール、縮環系アリール、縮環系アリールアルキル、縮環系アルキルアリール等があげられる。また、前記式(I)、(IA)または(Ia)中の原子団Aにおいて、前記各原子団は、さらに置換基または保護基を有していても有していなくても良い。前記置換基または保護基は、複数の場合は同一でも異なってもよい。前記置換基としては、例えば、前記R、R、RおよびRで例示した置換基があげられ、より具体的には、例えば、ハロゲン、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、カルボキシ、スルホ、ニトロ、カルバモイル、スルファモイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、アリール、アリールアルキル、アルキルアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクリルアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、シリル、シリルオキシアルキル、ピロールイル、イミダゾリル、等があげられる。前記保護基は、例えば、前記R、R、RおよびRで例示した保護基と同様である。
 本発明において、「アミノ酸」は、分子中にアミノ基およびカルボキシ基をそれぞれ1つ以上含む任意の有機化合物をいう。また、「ペプチド」は、2分子以上のアミノ酸がペプチド結合により結合した構造の有機化合物をいう。前記ペプチド結合は、酸アミド構造でも良いし、酸イミド構造でも良い。また、前記式(Ia)で表すアミノ酸分子中にアミノ基が複数存在する場合は、前記式(Ia)中に明示しているアミノ基は、いずれのアミノ基であっても良い。また、前記式(Ia)で表すアミノ酸分子中にカルボキシ基が複数存在する場合は、前記式(Ia)中に明示しているカルボキシ基は、いずれのカルボキシ基であっても良い。
 本発明の一本鎖核酸の前記リンカー領域において、前記アミノ酸は、例えば、天然アミノ酸でも良いし、人工アミノ酸であっても良い。なお、本発明において、「天然アミノ酸」は、天然に存在する構造のアミノ酸またはその光学異性体をいう。前記天然アミノ酸の製造方法は特に限定されず、例えば、天然から抽出しても良いし、合成しても良い。また、本発明において、「人工アミノ酸」は、天然に存在しない構造のアミノ酸をいう。すなわち、前記人工アミノ酸は、アミノ酸すなわちアミノ基を含むカルボン酸誘導体(分子中にアミノ基およびカルボキシ基をそれぞれ1つ以上含む有機化合物)であって、天然に存在しない構造のカルボン酸誘導体をいう。前記人工アミノ酸は、例えば、ヘテロ環を含まないことが好ましい。前記アミノ酸は、例えば、タンパク質を構成するアミノ酸であっても良い。前記アミノ酸は、例えば、グリシン、α-アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、シスチン、グルタミン、グルタミン酸、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、ヒドロキシリジン、メチオニン、フェニルアラニン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、トリプトファン、β-アラニン、1-アミノ-2-カルボキシシクロペンタン、またはアミノ安息香酸であっても良く、さらに置換基または保護基を有していても有していなくても良い。前記置換基としては、例えば、前記R、R、RおよびRで例示した置換基があげられ、より具体的には、例えば、ハロゲン、ヒドロキシ、アルコキシ、アミノ、カルボキシ、スルホ、ニトロ、カルバモイル、スルファモイル、アルキル、アルケニル、アルキニル、ハロアルキル、アリール、アリールアルキル、アルキルアリール、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、シクリルアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アミノアルキル、シリル、シリルオキシアルキル、ピロールイル、イミダゾリル、等があげられる。前記保護基は、例えば、前記R、R、RおよびRで例示した保護基と同様である。また、前記式(Ia)のペプチドでないアミノ酸に、光学異性体、幾何異性体、立体異性体等の異性体が存在する場合は、いずれの異性体でも良い。
 前記式(I)の構造は、例えば、下記式(I-1)~(I-4)が例示でき、下記式において、nおよびmは、前記式(I)と同じである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
 前記式(I-1)~(I-4)において、nおよびmは前述の通りである。具体例として、前記式(I-1)において、n=11およびm=12があげられる。その構造を、下記式(I-1a)に示す。別の具体例として、前記式(I-1)において、n=5およびm=4があげられる。その構造を、下記式(I-1b)に示す。さらに別の具体例として、前記式(I-4)において、n=5およびm=4があげられる。その構造を、下記式(I-4a)に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000021
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000022
 本発明のssNc分子において、前記リンカー領域(Lx)は、例えば、下記式で表わされるリジン-コレステロールを含んでいてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000023
 本発明のssNc分子は、例えば、標識物質を含み、前記標識物質で標識化されてもよい。前記標識物質は、特に制限されず、例えば、蛍光物質、色素、同位体等があげられる。前記標識物質としては、例えば、ピレン、TAMRA、フルオレセイン、Cy3色素、Cy5色素等の蛍光団があげられ、前記色素は、例えば、Alexa488等のAlexa色素等があげられる。前記同位体は、例えば、安定同位体および放射性同位体があげられ、好ましくは安定同位体である。前記安定同位体は、例えば、被ばくの危険性が少なく、専用の施設も不要であることから取り扱い性に優れ、また、コストも低減できる。また、前記安定同位体は、例えば、標識した化合物の物性変化がなく、トレーサーとしての性質にも優れる。前記安定同位体は、特に制限されず、例えば、H、13C、15N、17O、18O、33S、34Sおよび36Sがあげられる。
 本発明のssNc分子は、前述のように、前記標的遺伝子の発現抑制ができる。このため、本発明のssNc分子は、例えば、遺伝子が原因となる疾患の治療剤として使用できる。本発明のssNc分子が、例えば、前記発現抑制配列として、前記疾患の原因となる遺伝子の発現を抑制する配列を含む場合、例えば、前記標的遺伝子の発現抑制により、前記疾患を治療できる。本発明において、「治療」は、例えば、前記疾患の予防、疾患の改善、予後の改善の意味を含み、いずれでもよい。
 本発明のssNc分子の使用方法は、特に制限されず、例えば、前記標的遺伝子を有する投与対象に、前記ssNc分子を投与すればよい。
 前記投与対象としては、例えば、細胞、組織または器官があげられる。前記投与対象としては、例えば、ヒト、ヒトを除く非ヒト哺乳類等の非ヒト動物があげられる。前記投与は、例えば、in vivoまたはin vitroでもよい。前記細胞は、特に制限されず、例えば、HeLa細胞、293細胞、NIH3T3細胞、COS細胞等の各種培養細胞、ES細胞、造血幹細胞等の幹細胞、初代培養細胞等の生体から単離した細胞等があげられる。
 本発明において、発現抑制の対象となる前記標的遺伝子は、特に制限されず、所望の遺伝子を設定できる。そして、前述のように、前記標的遺伝子の種類に応じて、前記発現抑制配列を適宜設計すればよい。
 本発明のssNc分子の使用に関しては、後述する本発明の組成物、発現抑制方法および治療方法等の記載を参照できる。
 本発明のssNc分子は、前述のように、標的遺伝子の発現を抑制可能であることから、例えば、医薬品、診断薬および農薬、ならびに、農薬、医学、生命科学等の研究ツールとして有用である。
2.ヌクレオチド残基
 前記ヌクレオチド残基は、例えば、構成要素として、糖、塩基およびリン酸を含む。前記ヌクレオチド残基としては、前述のように、例えば、リボヌクレオチド残基およびデオキシリボヌクレオチド残基があげられる。前記リボヌクレオチド残基は、例えば、糖としてリボース残基を有し、塩基として、アデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)およびU(ウラシル)を有し、前記デオキシリボース残基は、例えば、糖としてデオキシリボース残基を有し、塩基として、アデニン(A)、グアニン(G)、シトシン(C)およびチミン(T)を有する。
 前記ヌクレオチド残基としては、未修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基があげられる。前記未修飾ヌクレオチド残基は、前記各構成要素が、例えば、天然に存在するものと同一または実質的に同一であり、好ましくは、人体において天然に存在するものと同一または実質的に同一である。
 前記修飾ヌクレオチド残基は、例えば、前記未修飾ヌクレオチド残基を修飾したヌクレオチド残基である。前記修飾ヌクレオチド残基は、例えば、前記未修飾ヌクレオチド残基の構成要素のいずれが修飾されてもよい。本発明において、「修飾」は、例えば、前記構成要素の置換、付加および/または欠失、前記構成要素における原子および/または官能基の置換、付加および/または欠失であり、「改変」ということができる。前記修飾ヌクレオチド残基としては、例えば、天然に存在するヌクレオチド残基、人工的に修飾したヌクレオチド残基等があげられる。前記天然由来の修飾ヌクレオチド残基については、例えば、リンバックら(Limbach et al.、1994、Summary:the modified nucleosides of RNA、Nucleic Acids Res.22:2183~2196)を参照できる。また、前記修飾ヌクレオチド残基は、例えば、前記ヌクレオチドの代替物の残基であってもよい。
 前記ヌクレオチド残基の修飾としては、例えば、リボース-リン酸骨格(以下、リボリン酸骨格)の修飾があげられる。
 前記リボリン酸骨格において、例えば、リボース残基を修飾できる。前記リボース残基は、例えば、2’位炭素を修飾でき、具体的には、例えば、2’位炭素に結合する水酸基を、水素またはフルオロ等のハロゲンに置換できる。前記2’位炭素の水酸基を水素に置換することで、リボース残基をデオキシリボースに置換できる。前記リボース残基は、例えば、立体異性体に置換でき、例えば、アラビノース残基に置換してもよい。
 前記リボリン酸骨格は、例えば、非リボース残基および/または非リン酸を有する非リボリン酸骨格に置換してもよい。前記非リボリン酸骨格としては、例えば、前記リボリン酸骨格の非荷電体があげられる。前記非リボリン酸骨格に置換された、前記ヌクレオチドの代替物としては、例えば、モルホリノ、シクロブチル、ピロリジン等があげられる。前記代替物としては、この他に、例えば、人工核酸モノマー残基があげられる。具体例として、例えば、PNA(ペプチド核酸)、LNA(Locked Nucleic Acid)、ENA(2’-O,4’-C-Ethylenebridged Nucleic Acid)等があげられ、好ましくはPNAである。
 前記リボリン酸骨格において、例えば、リン酸基を修飾できる。前記リボリン酸骨格において、糖残基に最も隣接するリン酸基は、αリン酸基と呼ばれる。前記αリン酸基は、負に荷電し、その電荷は、糖残基に非結合の2つの酸素原子にわたって、均一に分布している。前記αリン酸基における4つの酸素原子のうち、ヌクレオチド残基間のホスホジエステル結合において、糖残基と非結合である2つの酸素原子は、以下、「非結合(non-linking)酸素」ともいう。他方、前記ヌクレオチド残基間のホスホジエステル結合において、糖残基と結合している2つの酸素原子は、以下、「結合(linking)酸素」という。前記αリン酸基は、例えば、非荷電となる修飾、または、前記非結合酸素における電荷分布が非対称型となる修飾を行うことが好ましい。
 前記リン酸基は、例えば、前記非結合酸素を置換してもよい。前記酸素は、例えば、S(硫黄)、Se(セレン)、B(ホウ素)、C(炭素)、H(水素)、N(窒素)およびOR(Rは、アルキル基またはアリール基)のいずれかの原子で置換でき、好ましくは、Sで置換される。前記非結合酸素は、例えば、片方がSで置換されていることが好ましく、より好ましくは、両方がSで置換される。前記修飾リン酸基としては、例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレネート、ボラノホスフェート、ボラノホスフェートエステル、ホスホネート水素、ホスホロアミデート、アルキルまたはアリールホスホネート、およびホスホトリエステル等があげられ、中でも、前記2つの非結合酸素が両方ともSで置換されているホスホロジチオエートが好ましい。
 前記リン酸基は、例えば、前記結合酸素を置換してもよい。前記酸素は、例えば、S(硫黄)、C(炭素)およびN(窒素)のいずれかの原子で置換できる。前記修飾リン酸基としては、例えば、Nで置換した架橋ホスホロアミデート、Sで置換した架橋ホスホロチオエート、およびCで置換した架橋メチレンホスホネート等があげられる。前記結合酸素の置換は、例えば、本発明のssNc分子の5’末端ヌクレオチド残基および3’末端ヌクレオチド残基の少なくとも一方において行うことが好ましく、5’側の場合、Cによる置換が好ましく、3’側の場合、Nによる置換が好ましい。
 前記リン酸基は、例えば、前記リン非含有のリンカーに置換してもよい。前記リンカーは、例えば、シロキサン、カーボネート、カルボキシメチル、カルバメート、アミド、チオエーテル、エチレンオキサイドリンカー、スルホネート、スルホンアミド、チオホルムアセタール、ホルムアセタール、オキシム、メチレンイミノ、メチレンメチルイミノ、メチレンヒドラゾ、メチレンジメチルヒドラゾ、およびメチレンオキシメチルイミノ等を含み、好ましくは、メチレンカルボニルアミノ基およびメチレンメチルイミノ基を含む。
 本発明のssNc分子は、例えば、3’末端および5’末端の少なくとも一方のヌクレオチド残基が修飾されてもよい。前記修飾は、例えば、3’末端および5’末端のいずれか一方でもよいし、両方でもよい。前記修飾は、例えば、前述の通りであり、好ましくは、末端のリン酸基に行うことが好ましい。前記リン酸基は、例えば、全体を修飾してもよいし、前記リン酸基における1つ以上の原子を修飾してもよい。前者の場合、例えば、リン酸基全体の置換でもよいし、欠失でもよい。
 前記末端のヌクレオチド残基の修飾としては、例えば、他の分子の付加があげられる。前記他の分子としては、例えば、前述のような標識物質、保護基等の機能性分子があげられる。前記保護基としては、例えば、S(硫黄)、Si(ケイ素)、B(ホウ素)、エステル含有基等があげられる。前記標識物質等の機能性分子は、例えば、本発明のssNc分子の検出等に利用できる。
 前記他の分子は、例えば、前記ヌクレオチド残基のリン酸基に付加してもよいし、スペーサーを介して、前記リン酸基または前記糖残基に付加してもよい。前記スペーサーの末端原子は、例えば、前記リン酸基の前記結合酸素、または、糖残基のO、N、SもしくはCに、付加または置換できる。前記糖残基の結合部位は、例えば、3’位のCもしくは5’位のC、またはこれらに結合する原子が好ましい。前記スペーサーは、例えば、前記PNA等のヌクレオチド代替物の末端原子に、付加または置換することもできる。
 前記スペーサーは、特に制限されず、例えば、-(CH-、-(CHN-、-(CHO-、-(CHS-、-O(CHCHO)CHCHOH、無塩基糖、アミド、カルボキシ、アミン、オキシアミン、オキシイミン、チオエーテル、ジスルフィド、チオ尿素、スルホンアミド、およびモルホリノ等、ならびに、ビオチン試薬およびフルオレセイン試薬等を含んでもよい。前記式において、nは、正の整数であり、好ましくはn=3または6である。
 前記末端に付加する分子としては、これらの他に、例えば、色素、インターカレート剤(例えば、アクリジン)、架橋剤(例えば、ソラレン、マイトマイシンC)、ポルフィリン(TPPC4、テキサフィリン、サッフィリン)、多環式芳香族炭化水素(例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ(例えば、EDTA)、親油性担体(例えば、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、1-ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、1,3-ビス-O(ヘキサデシル)グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、1,3-プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、O3-(オレオイル)リトコール酸、O3-(オレオイル)コール酸、ジメトキシトリチル、またはフェノキサジン)およびペプチド複合体(例えば、アンテナペディアペプチド、Tatペプチド)、アルキル化剤、リン酸、アミノ、メルカプト、PEG(例えば、PEG-40K)、MPEG、[MPEG]2、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射線標識マーカー、酵素、ハプテン(例えば、ビオチン)、輸送/吸収促進剤(例えば、アスピリン、ビタミンE、葉酸)、合成リボヌクレアーゼ(例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスター、アクリジン-イミダゾール複合体、テトラアザマクロ環のEu3+複合体)等があげられる。
 本発明のssNc分子は、前記5’末端が、例えば、リン酸基またはリン酸基アナログで修飾されてもよい。前記リン酸基としては、例えば、5’一リン酸((HO)2(O)P-O-5’)、5’二リン酸((HO)2(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’)、5’三リン酸((HO)2(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’)、5’-グアノシンキャップ(7-メチル化または非メチル化、7m-G-O-5’-(HO)(O)P-O-(HO)(O)PO-P(HO)(O)-O-5’)、5’-アデノシンキャップ(Appp)、任意の修飾または非修飾ヌクレオチドキャップ構造(N-O-5’-(HO)(O)P-O-(HO)(O)P-O-P(HO)(O)-O-5’)、5’一チオリン酸(ホスホロチオエート:(HO)2(S)P-O-5’)、5’一ジチオリン酸(ホスホロジチオエート:(HO)(HS)(S)P-O-5’)、5’-ホスホロチオール酸((HO)2(O)P-S-5’)、硫黄置換の一リン酸、二リン酸および三リン酸(例えば、5’-α-チオ三リン酸、5’-γ-チオ三リン酸等)、5’-ホスホルアミデート((HO)2(O)P-NH-5’、(HO)(NH2)(O)P-O-5’)、5’-アルキルホスホン酸(例えば、RP(OH)(O)-O-5’、(OH)2(O)P-5’-CH2、Rはアルキル(例えば、メチル、エチル、イソプロピル、プロピル等))、5’-アルキルエーテルホスホン酸(例えば、RP(OH)(O)-O-5’、Rはアルキルエーテル(例えば、メトキシメチル、エトキシメチル等))等があげられる。
 前記ヌクレオチド残基において、前記塩基は、特に制限されない。前記塩基は、例えば、天然の塩基でもよいし、非天然の塩基でもよい。前記塩基は、例えば、天然由来でもよいし、合成品でもよい。前記塩基としては、例えば、一般的な塩基、その修飾アナログ等が使用できる。
 前記塩基としては、例えば、アデニンおよびグアニン等のプリン塩基、シトシン、ウラシルおよびチミン等のピリミジン塩基があげられる。前記塩基としては、この他に、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、ヌバラリン(nubularine)、イソグアニシン(isoguanisine)、ツベルシジン(tubercidine)等があげられる。前記塩基としては、例えば、2-アミノアデニン、6-メチル化プリン等のアルキル誘導体;2-プロピル化プリン等のアルキル誘導体;5-ハロウラシルおよび5-ハロシトシン;5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシン;6-アゾウラシル、6-アゾシトシンおよび6-アゾチミン;5-ウラシル(プソイドウラシル)、4-チオウラシル、5-ハロウラシル、5-(2-アミノプロピル)ウラシル、5-アミノアリルウラシル;8-ハロ化、アミノ化、チオール化、チオアルキル化、ヒドロキシル化および他の8-置換プリン;5-トリフルオロメチル化および他の5-置換ピリミジン;7-メチルグアニン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2、N-6、およびO-6置換プリン(2-アミノプロピルアデニンを含む);5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシン;ジヒドロウラシル;3-デアザ-5-アザシトシン;2-アミノプリン;5-アルキルウラシル;7-アルキルグアニン;5-アルキルシトシン;7-デアザアデニン;N6,N6-ジメチルアデニン;2,6-ジアミノプリン;5-アミノ-アリル-ウラシル;N3-メチルウラシル;置換1,2,4-トリアゾール;2-ピリジノン;5-ニトロインドール;3-ニトロピロール;5-メトキシウラシル;ウラシル-5-オキシ酢酸;5-メトキシカルボニルメチルウラシル;5-メチル-2-チオウラシル;5-メトキシカルボニルメチル-2-チオウラシル;5-メチルアミノメチル-2-チオウラシル;3-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)ウラシル;3-メチルシトシン;5-メチルシトシン;N4-アセチルシトシン;2-チオシトシン;N6-メチルアデニン;N6-イソペンチルアデニン;2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデニン;N-メチルグアニン;O-アルキル化塩基等があげられる。また、プリンおよびピリミジンには、例えば、米国特許第3,687,808号、「Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering」、858~859頁、クロシュビッツジェーアイ(Kroschwitz J.I.)編、John Wiley & Sons、1990、およびイングリッシュら(Englischら)、Angewandte Chemie、International Edition、1991、30巻、p.613に開示されるものが含まれる。
 前記修飾ヌクレオチド残基は、これらの他に、例えば、塩基を欠失する残基、すなわち、無塩基のリボリン酸骨格を含んでもよい。また、前記修飾ヌクレオチド残基としては、例えば、米国仮出願第60/465,665号(出願日:2003年4月25日)、および国際出願第PCT/US04/07070号(出願日:2004年3月8日)に記載される残基が使用でき、本発明は、これらの文献を援用できる。
3.非ヌクレオチド残基
 前記非ヌクレオチド残基は、特に制限されない。本発明のssNc分子は、例えば、前記非ヌクレオチド残基として、アミノ酸残基またはペプチド残基を含む非ヌクレオチド構造を有してもよい。前記アミノ酸残基またはペプチド残基を構成するアミノ酸としては、例えば、塩基性アミノ酸、酸性アミノ酸等があげられる。前記塩基性アミノ酸としては、例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン等があげられる。前記酸性アミノ酸としては、例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸等があげられる。前記非ヌクレオチド残基は、例えば、前記リンカー領域(Lx)に有することが好ましい。
 本発明の一本鎖核酸分子において、5’末端、3’末端、前記リンカー領域(Lx)を前記生体関連物質で修飾する方法は、特に制限されない。
 修飾方法の第1形態として、例えば、前記核酸分子の5’末端の修飾方法は、例えば、下記スキーム1に例示できる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000024
 修飾方法の第2形態として、例えば、アミノ酸残基またはペプチド残基を有するリンカー領域の修飾方法を、以下に例示する。
 まず、下記スキーム2の合成方法により、アミダイトを合成する。ただし、下記スキーム2は例示であり、これに限定されない。例えば、Lys側鎖のアミノ基の保護基として、下記スキーム2ではFmocを用いているが、例えば、後述の実施例におけるスキーム6のようにTfaを用いてもよいし、その他の保護基を用いてもよい。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000025
 そして、前記結合用リンカーを有する前記アミダイトを用いて、下記スキーム3の方法により、核酸分子を合成し、前記核酸分子における前記結合用リンカーに前記生体関連物質を連結させる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000026
 また、前記結合用リンカーとして、チオールリンカーを導入する場合は、下記スキーム4の合成方法により、前記核酸分子を合成する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000027
 そして、下記スキーム5のように、前記核酸分子における前記チオールリンカーに、S-S結合により、前記生体関連物質を連結する。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028
 なお、これらの方法は、例示であって、本発明は、これらの形態に何ら制限されない。例えば、前記スキーム2および3は、前記アミノ酸残基がリジン残基である場合の合成方法の一例であるが、前記アミノ酸残基または前記ペプチド残基が、他のアミノ酸に由来する構造である場合も、同様にして合成できる。
4.組成物
 本発明の発現抑制用組成物は、前述のように、標的遺伝子の発現を抑制するための組成物であり、前記本発明のssNc分子を含むことを特徴とする。本発明の組成物は、前記本発明のssNc分子を含むことが特徴であり、その他の構成は、何ら制限されない。本発明の発現抑制用組成物は、例えば、発現抑制用試薬ということもできる。
 本発明によれば、例えば、前記標的遺伝子が存在する対象に投与することで、前記標的遺伝子の発現抑制を行うことができる。
 また、本発明の薬学的組成物は、前述のように、前記本発明のssNc分子を含むことを特徴とする。本発明の組成物は、前記本発明のssNc分子を含むことが特徴であり、その他の構成は何ら制限されない。本発明の薬学的組成物は、例えば、医薬品ということもできる。
 本発明によれば、例えば、遺伝子が原因となる疾患の患者に投与することで、前記遺伝子の発現を抑制し、前記疾患を治療することができる。本発明において、「治療」は、前述のように、例えば、前記疾患の予防、疾患の改善、予後の改善の意味を含み、いずれでもよい。
 本発明において、治療の対象となる疾患は、特に制限されず、例えば、遺伝子の発現が原因となる疾患があげられる。前記疾患の種類に応じて、その疾患の原因となる遺伝子を前記標的遺伝子に設定し、さらに、前記標的遺伝子に応じて、前記発現抑制配列を適宜設定すればよい。
 具体例として、前記標的遺伝子を前記TGF-β1遺伝子に設定し、前記遺伝子に対する発現抑制配列を前記ssNc分子に配置すれば、例えば、炎症性疾患、具体的には、急性肺傷害等の治療に使用できる。
 本発明の発現抑制用組成物および薬学的組成物(以下、「組成物」という)は、その使用方法は、特に制限されず、例えば、前記標的遺伝子を有する投与対象に、前記ssNc分子を投与すればよい。
 前記投与対象としては、例えば、細胞、組織または器官があげられる。前記投与対象としては、例えば、ヒト、ヒトを除く非ヒト哺乳類等の非ヒト動物があげられる。前記投与は、例えば、in vivoまたはin vitroでもよい。前記細胞は、特に制限されず、例えば、HeLa細胞、293細胞、NIH3T3細胞、COS細胞等の各種培養細胞、ES細胞、造血幹細胞等の幹細胞、初代培養細胞等の生体から単離した細胞等があげられる。
 前記投与方法は、特に制限されず、例えば、投与対象に応じて適宜決定できる。前記投与対象が培養細胞の場合、例えば、トランスフェクション試薬を使用する方法、エレクトロポレーション法等があげられる。
 本発明の組成物は、例えば、本発明のssNc分子のみを含んでもよいし、さらにその他の添加物を含んでもよい。前記添加物は、特に制限されず、例えば、薬学的に許容された添加物が好ましい。前記添加物の種類は、特に制限されず、例えば、投与対象の種類に応じて適宜選択できる。
5.発現抑制方法
 本発明の発現抑制方法は、前述のように、標的遺伝子の発現を抑制する方法であって、前記本発明のssNc分子を使用することを特徴とする。本発明の発現抑制方法は、前記本発明のssNc分子を使用することが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。
 本発明の発現抑制方法において、前記遺伝子の発現抑制のメカニズムは、特に制限されず、例えば、RNA干渉またはRNA干渉様の現象による発現抑制があげられる。ここで、本発明の発現抑制方法は、例えば、前記標的遺伝子の発現を抑制するRNA干渉を誘導する方法であり、前記本発明のssNc分子を使用することを特徴とする発現誘導方法ともいえる。
 本発明の発現抑制方法は、例えば、前記標的遺伝子が存在する対象に、前記ssNc分子を投与する工程を含む。前記投与工程により、例えば、前記投与対象に前記ssNc分子を接触させる。前記投与対象としては、例えば、細胞、組織または器官があげられる。前記投与対象としては、例えば、ヒト、ヒトを除く非ヒト哺乳類等の非ヒト動物があげられる。前記投与は、例えば、in vivoまたはin vitroでもよい。
 本発明の発現抑制方法では、例えば、前記ssNc分子を単独で投与してもよいし、前記ssNc分子を含む前記本発明の組成物を投与してもよい。前記投与方法は、特に制限されず、例えば、投与対象の種類に応じて適宜選択できる。
6.治療方法
 本発明の疾患の治療方法は、前述のように、前記本発明のssNc分子を、患者に投与する工程を含み、前記ssNc分子が、前記発現抑制配列として、前記疾患の原因となる遺伝子の発現を抑制する配列を有することを特徴とする。本発明の治療方法は、前記本発明のssNc分子を使用することが特徴であって、その他の工程および条件は、何ら制限されない。
 本発明の治療方法は、例えば、前記本発明の発現抑制方法等を援用できる。前記投与方法は、特に制限されず、例えば、経口投与および非経口投与のいずれでもよい。
7.ssNc分子の使用
 本発明の使用は、前記標的遺伝子の発現抑制のための、前記本発明のssNc分子の使用である。また、本発明の使用は、RNA干渉の誘導のための、前記本発明のssNc分子の使用である。
 本発明の核酸分子は、疾患の治療に使用するための核酸分子であって、前記核酸分子は、前記本発明のssNc分子であり、前記ssNc分子が、前記発現抑制配列として、前記疾患の原因となる遺伝子の発現を抑制する配列を有することを特徴とする。
 つぎに、本発明の実施例について説明する。ただし、本発明は、以下の実施例に限定されない。
(実施例A1:コンジュゲート一本鎖核酸分子の合成)
 (1)一本鎖核酸分子の合成
 以下に示す一本鎖核酸分子を、ホスホロアミダイト法に基づき、核酸合成機(商品名ABI Expedite(登録商標) 8909 Nucleic Acid Synthesis System、アプライドバイオシステムス)により合成した。前記合成には、RNAアミダイトとして、EMMアミダイト(国際公開第2013/027843号)を用いた(以下、同様)。前記アミダイトの脱保護は、定法に従った。合成した一本鎖核酸分子は、HPLCにより精製した。精製後の一本鎖核酸分子は、それぞれ凍結乾燥した。下記一本鎖核酸分子中、KH-0001、NH-0005、PH-0009の下線部は、ヒトTGF-β1遺伝子の発現抑制配列であり、KH-0010の下線部は、ルシフェラーゼ遺伝子の発現抑制配列である。
KH-0001(配列番号29)
5’-GCAGAGUACACACAGCAUAUACC-Lx-GGUAUAUGCUGUGUGUACUCUGCUU-3’
NH-0005(配列番号30)
5’-GCAGAGUACACACAGCAUAUACCCCACACCGGUAUAUGCUGUGUGUACUCUGCUU-3’
PH-0009(配列番号29)
5’-GCAGAGUACACACAGCAUAUACC-Lx-GGUAUAUGCUGUGUGUACUCUGCUU-3’
KH-0010(配列番号31)
5’-CUUACGCUGAGUACUUCGAUUCC-Lx-GGAAUCGAAGUACUCAGCGUAAGUU-3’
KH-0030(配列番号29)
5’-GCAGAGUACACACAGCAUAUACC-Lx-GGUAUAUGCUGUGUGUACUCUGCUU-3’
PH-0000(配列番号32)
5’-UACUAUUCGACACGCGAAGUUCC-Lx-GGAACUUCGCGUGUCGAAUAGUAUU-3’
 本発明の一本鎖核酸分子であるKH-0001は、リンカー領域(Lx)として下記リジンアミダイトを用いた一本鎖核酸分子である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029
 前記NH-0005およびPH-0009は比較例の一本鎖核酸分子であり、NH-0005はリンカー領域(Lx)としてヌクレオチド残基のみを用いた一本鎖核酸分子であり、PH-0009はリンカー領域(Lx)として下記L-プロリンジアミドアミダイトを用いた一本鎖核酸分子である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
 本発明の一本鎖核酸分子であるKH-0010は、リンカー領域(Lx)として上記リジンアミダイトを用いた一本鎖核酸分子である。
 本発明の一本鎖核酸分子であるKH-0030は、リンカー領域(Lx)として下記リジン-コレステロールアミダイトを用いた一本鎖核酸分子である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031
 前記PH-0000はネガティブコントロールの一本鎖核酸分子であり、リンカー領域(Lx)として上記L-プロリンジアミドアミダイトを用いた一本鎖核酸分子である。
(2)脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子の合成
 以下に本発明の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-C18の構造を示す。
 KH-0001-C18は、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にて一本鎖脂質であるステアリン酸(C18)を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-C18(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032
KH-0001-C18の合成
 500μmol/LのKH-0001 200μL、50mmol/LのC18-NHS/DMF溶液 80μL、イソプロパノール 320μL、pH9.2の炭酸緩衝液 400μL(最終濃度100mmol/L)を混合し、40℃にて3時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度98.45%のKH-0001-C18を6.5mg得た。質量分析:15989.34(計算値:15989.06)。精製後のHPLCチャートを図2に示す。
 以下に本発明の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-DOPEの構造を示す。
 KH-0001-DOPEは、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にて二本鎖脂質であるDOPEを結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-DOPE(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033
KH-0001-DOPEの合成
 KH-0001(1115μM)100μL、10mM DOPE-NHS/エタノール溶液 400μL、エタノール 200μL、1%トリエチルアミン水溶液 100μL、注射用蒸留水 200μLを混合し、40℃にて3時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mM TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度98.64%のKH-0001-DOPEを3.0mg得た。質量分析:16562.52(計算値:16562.71)。精製後のHPLCチャートを図3に示す。
 以下に本発明の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-Cholの構造を示す。
 KH-0001-Cholは、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてエチレングリコールリンカーを介してコレステロールを結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-Chol(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034
KH-0001-Cholの合成
 500μmol/LのKH-0001 200μL、50mmol/L のCholesteryl-EG-NHS Ester/DMF溶液 80μL、イソプロパノール 320μL、pH9.2の炭酸緩衝液 400μL(最終濃度100mmol/L)を混合し、50℃にて終夜撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度95.47%のKH-0001-Cholを0.9mg得た。質量分析:16382.13(計算値:16382.55)。
(3)糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子の合成
 以下に本発明の糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-Lacの構造を示す。
KH-0001-Lacは、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にて二糖であるラクトースを結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-Lac(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035
KH-0001-Lacの合成
 1mmol/LのKH-0001 100μL、2mol/Lのラクトース 50μL、メタノール 600μL、pH3.8の酢酸緩衝液 200μL(最終濃度200mmol/L)、10mol/LのNaBHCN/メタノール溶液 50μLを混合し、60℃にて20時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、質量分析より目的物の生成を確認した。質量分析:16048.38(計算値:16048.89)。精製後のHPLCチャートを図4に示す。
 以下に本発明の糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-GalNAcの構造を示す。
 KH-0001-GalNAcは、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にて単糖であるN-アセチルガラクトサミンを結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-GalNAc(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036
KH-0001-GalNAcの合成
 1mmol/LのKH-0001 100μL、2mol/LのN-アセチルガラクトサミン 50μL、メタノール 600μL、pH3.8の酢酸緩衝液 200μL(最終濃度200mmol/L)、10mol/LのNaBHCN/メタノール溶液 50μLを混合し、60℃にて終夜撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、質量分析より目的物の生成を確認した。質量分析:15927.54(計算値:15927.81)。
 以下に本発明の糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-GlcNAcの構造を示す。
 KH-0001-GlcNAcは、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にて単糖であるN-アセチルグルコサミンを結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-GlcNAc(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037
KH-0001-GlcNAcの合成
 1mmol/LのKH-0001 100μL、2mol/LのN-アセチルグルコサミン 50μL、メタノール 600μL、pH3.8の酢酸緩衝液 200μL(最終濃度200mmol/L)、10mol/LのNaBHCN/メタノール溶液 50μLを混合し、60℃にて終夜撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、質量分析より目的物の生成を確認した。質量分析:15927.85(計算値:15927.81)。
(4)ペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子の合成
 以下に本発明のペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0010-GE11の構造を示す。
 KH-0010-GE11は、前記KH-0010のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてGMBSリンカーを介して前記配列番号12で示すペプチドであるGE11を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0010-GE11(配列番号31)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038
KH-0010-GE11の合成
 500μmol/LのKH-0010 200μL、4mmol/LのGMBS/DMF溶液 500μL、pH7.0のリン酸緩衝液(最終濃度120mmol/L)を混合し、室温にて3時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、100mmol/Lのリン酸緩衝液(pH7.0)中にて1mgのGE11ペプチドを添加し、室温にて1時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN)し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度95.97%のKH-0010-GE11を0.7mg得た。精製後のHPLCチャートを図5に示す。
 以下に本発明のペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0010-GE11(7)の構造を示す。
 KH-0010-GE11(7)は、前記KH-0010のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてGMBSリンカーを介して前記配列番号13で示すペプチドであるGE11(7)を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0010-GE11(7)(配列番号31)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
KH-0010-GE11(7)の合成
 500μmol/LのKH-0010 200μL、4mmol/LのGMBS/DMF溶液 500μL、pH7.0のリン酸緩衝液(最終濃度120mmol/L)を混合し、室温にて3時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、100mmol/Lのリン酸緩衝液(pH7.0)中にて1mgのGE11(7)ペプチドを添加し、室温にて1時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度95.12%のKH-0010-GE11(7)を0.3mg得た。質量分析:16877.66 (計算値:16877.74)。精製後のHPLCチャートを図6に示す。
 以下に本発明のペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0010-GE11(5)の構造を示す。
 KH-0010-GE11(5)は、前記KH-0010のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてGMBSリンカーを介して前記配列番号14で示すペプチドであるGE11(5)を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0010-GE11(5)(配列番号31)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040
KH-0010-GE11(5)の合成
 500μmol/LのKH-0010 200μL、4mmol/LのGMBS/DMF溶液 500μL、pH7.0のリン酸緩衝液(最終濃度120mmol/L)を混合し、室温にて3時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、100mmol/Lのリン酸緩衝液(pH7.0)中にて1mgのGE11(5)ペプチドを添加し、室温にて1時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度92.12%のKH-0010-GE11(5)を0.6mg得た。質量分析:16657.41(計算値:16657.54)。精製後のHPLCチャートを図7に示す。
 以下に本発明のペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-GE11の構造を示す。
 KH-0001-GE11は、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてGMBSリンカーを介して前記配列番号12で示すペプチドであるGE11を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-GE11(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041
KH-0001-GE11の合成
 500μmol/LのKH-0001 800μL、4mmol/LのGMBS/DMF溶液 2000μL、1mol/Lのリン酸緩衝液 (pH7.0)  480μL、注射用蒸留水720μLを混合し、室温にて3時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、その1/3量を次反応に用いた。100mmol/Lのリン酸緩衝液(pH7.0)中にて1mgのGE11ペプチドを添加し、室温にて1時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度96.85%のKH-0001-GE11を1.1mg得た。質量分析:17530.41(計算値:17530.61)。精製後のHPLCチャートを図8に示す。
 以下に本発明のペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-GE11(7)の構造を示す。
 KH-0001-GE11(7)は、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてGMBSリンカーを介して前記配列番号13で示すペプチドであるGE11(7)を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-GE11(7)(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042
KH-0001-GE11(7)の合成
 500μmol/LのKH-0001 800μL、4mmol/LのGMBS/DMF溶液 2000μL、1mol/Lのリン酸緩衝液 (pH7.0)  480μL、注射用蒸留水720μLを混合し、室温にて3時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、その1/3量を次反応に用いた。100mmol/Lのリン酸緩衝液(pH7.0)中にて1mgのGE11(7)ペプチドを添加し、室温にて1時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度96.40%のKH-0001-GE11(7)を1.1mg得た。質量分析:16877.65(計算値:16877.74)。精製後のHPLCチャートを図9に示す。
 以下に本発明のペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子であるKH-0001-GE11(5)の構造を示す。
 KH-0001-GE11(5)は、前記KH-0001のリンカー領域(Lx)に、後述する方法にてGMBSリンカーを介して前記配列番号14で示すペプチドであるGE11(5)を結合させた一本鎖核酸分子である。
KH-0001-GE11(5)(配列番号29)
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043
KH-0001-GE11(5)の合成
 500μmol/LのKH-0001 800μL、4mmol/LのGMBS/DMF溶液 2000μL、1mol/Lのリン酸緩衝液 (pH7.0)  480μL、注射用蒸留水720μLを混合し、室温にて3時間撹拌した。反応液をSephadex G-25(PD-10;GEヘルスケア)を用いて精製し、その1/3量を次反応に用いた。100mmol/Lのリン酸緩衝液(pH7.0)中にて1mgのGE11(5)ペプチドを添加し、室温にて1時間撹拌した。反応液をHPLCにて精製 (カラム:Develosil C8-UG-5,5μm,10×50mm;流速:4.7mL/min;検出:UV260nm;カラムオーブン:35℃;Buffer A:50mmol/L TEAA,5%CHCN;Buffer B:CHCN) し、目的物のピークを分取した。分取したフラクションのエタノール沈殿を行い、生じた沈殿を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解させた。UV260nmにおける吸光度を測定し、収量を算出した。純度98.09%のKH-0001-GE11(5)を1.1mg得た。質量分析:16657.49(計算値:16657.54)。精製後のHPLCチャートを図10に示す。
(実施例B1:脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子の遺伝子発現抑制効果)
 TGF-β1遺伝子を標的とする発現抑制配列を有する、前記実施例A1にて合成した脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子KH-0001-C18、比較例として、コンジュゲートを持たない一本鎖核酸分子であるPH-0009について、TGF-β1遺伝子発現抑制効果を検討した。
 前記各一本鎖核酸分子を注射用蒸留水(大塚製薬)に溶解し、一本鎖核酸分子溶液を調製した。
 細胞は、A549細胞(DSファーマバイオメディカル)を使用した。培地は、10%FBSを含むDMEM(Invitrogen)を使用した。培養条件は、37℃、5%CO下とした。
 まず、細胞を、前記培地中で培養し、その培養液を、24穴プレートに、400μLずつ、4×10細胞/ウェルとなるように分注した。さらに、前記ウェル中の細胞に、前記一本鎖核酸分子をトランスフェクション試薬RNAiMAX(Invitrogen)を用いて、前記トランスフェクション試薬の添付プロトコールに従って、トランスフェクションした。具体的には、前記ウェルあたりの組成を以下のように設定し、トランスフェクションを行った。下記組成において、(A)は前記トランスフェクション試薬、(B)はOpti-MEM(Invitrogen)、(C)は前記一本鎖核酸分子溶液であり、(B)および(C)をあわせて98.5μL添加した。なお、前記ウェルにおいて、前記一本鎖核酸分子の最終濃度は、0.01、0.1、1nmol/Lとした。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000044
 トランスフェクション後、前記ウェル中の細胞を24時間培養した後、RNeasy Mini Kit(Qiagen、オランダ)を用い、添付のプロトコールに従って、RNAを回収した。次に、逆転写酵素(商品名SuperScript III、Invitrogen)を用い、添付のプロトコールに従って、前記RNAからcDNAを合成した。そして、以下に示すように、合成した前記cDNAを鋳型としてPCRを行い、TGF-β1遺伝子の発現量および内部標準であるβ-アクチン遺伝子の発現量を測定した。前記TGF-β1遺伝子の発現量は、前記β-アクチン遺伝子の発現量により補正した。
 前記PCRは、試薬としてLightCycler FastStart DNA Master SYBR Green I(商品名、Roche)、機器としてLight Cycler DX400(商品名、Roche)を用いた(以下、同様)。前記TGF-β1遺伝子およびβ-アクチン遺伝子の増幅には、それぞれ、以下のプライマーセットを使用した。
TGF-β1遺伝子用PCRプライマーセット
  (配列番号33) 5’-TTGTGCGGCAGTGGTTGAGCCG-3’
  (配列番号34) 5’-GAAGCAGGAAAGGCCGGTTCATGC-3’
β-アクチン遺伝子用プライマーセット
  (配列番号35) 5’-GCCACGGCTGCTTCCAGCTCCTC-3’
  (配列番号36) 5’-AGGTCTTTGCGGATGTCCACGTCAC-3’
 なお、コントロール1として、前記培養液に前記(B)液100μLのみを添加した細胞についても、遺伝子発現量を測定した(-)。また、コントロール2として、トランスフェクションにおいて、前記RNA溶液を未添加とし、前記(A)1.5μLと前記(B)とを合計100μL添加した以外は、同様にして処理した細胞についても、遺伝子発現量を測定した(mock)。
 補正後のTGF-β1遺伝子の発現量について、コントロール(-)の細胞における発現量を1として、各一本鎖核酸分子を導入した細胞での発現量の相対値を求めた。
 これらの結果を図11に示す。図11はTGF-β1遺伝子発現量の相対値を示すグラフであり、縦軸は相対遺伝子発現量である。図11に示すように、KH-0001-C18は、PH-0009と同程度の強い遺伝子発現抑制活性を示すことがわかった。
(実施例B2:脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子、糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子およびペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子の遺伝子発現抑制効果)
 TGF-β1遺伝子を標的とする発現抑制配列を有する、前記実施例A1にて合成した以下の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子、糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子およびペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子について、TGF-β1遺伝子発現抑制効果を検討した。脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子としては、KH-0001-C18、KH-0001-DOPE、KH-0001-CholおよびKH-0030、糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子としては、KH-0001-Lac、KH-0001-GalNAcおよびKH-0001-GlcNAcならびにペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子としては、KH-0001-GE11、KH-0001-GE11(7)およびKH-0001-GE11(5)を使用した。ネガティブコントロールとしてPH-0000、比較例としてコンジュゲートを持たない一本鎖核酸分子であるKH-0001およびPH-0009を使用した。
 脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子およびペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子の遺伝子発現抑制効果の検討において、A549細胞(DSファーマバイオメディカル)を使用した。糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子の遺伝子発現抑制効果の検討において、HepG2細胞(DSファーマバイオメディカル)を使用した。培地は、10%FBSを含むDMEM(Invitrogen)を使用した。培養条件は、37℃、5%CO下とした。
 以下の点を除き、実施例B1と同様の方法で遺伝子発現量を測定した。逆転写酵素としてTranscriptor First Strand cDNA Synthesis Kit(商品名、Roche)、PCRの試薬としてLightCycler480 SYBR Green I Master(商品名、Roche)およびPCRの機器としてLight Cycler480 Instrument II(商品名、Roche)を使用した。また、糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子およびペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子の最終濃度は、それぞれ、0.1、1nmol/L、脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子の最終濃度は、1nmol/Lとした。
 補正後のTGF-β1遺伝子の発現量について、コントロール2(mock)の細胞における発現量を1として、各一本鎖核酸分子を導入した細胞での発現量の相対値を求めた。
 これらの結果を図12~14に示す。各図は、TGF-β1遺伝子発現量の相対値を示すグラフであり、縦軸は相対遺伝子発現量である。図12は糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子、図13はペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子、図14は脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子の結果である。図12に示すように、いずれの糖質コンジュゲート一本鎖核酸分子も、KH-0001およびPH-0009と同程度の強い遺伝子発現抑制活性を示した。図13に示すように、いずれのペプチドコンジュゲート一本鎖核酸分子も、KH-0001およびPH-0009と同程度の強い遺伝子発現抑制活性を示した。図14に示すように、KH-0001-C18は、KH-0001およびPH-0009と同程度の強い遺伝子発現抑制活性を示した。また、KH-0001-DOPE、KH-0001-CholおよびKH-0030の相対遺伝子発現量は0.1~0.35であり、遺伝子発現抑制活性を示した。
(実施例C1:脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子のダイサータンパク質に対する反応性)
 前記実施例A1にて合成した、脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子KH-0001-C18、比較例として、コンジュゲートを持たない一本鎖核酸分子であるPH-0009、およびリンカー領域Lxがヌクレオチド残基のみからなる一本鎖核酸分子であるNH-0005について、ダイサータンパク質に対する反応性を検討した。
 試薬としてRecombinant Human Dicer Enzyme Kit(商品名、Genlantis)を用い、添付プロトコールに従って、前記ダイサータンパク質と前記核酸分子を含む反応液を調製し、これを37℃でインキュベートした。インキュベート時間は、0、2、6、24、48、72時間とした。所定時間インキュベート後の前記反応液に、前記試薬の反応停止液を加え、7M尿素-20%ポリアクリルアミドゲル電気泳動を行った。その後、前記ポリアクリルアミドゲルを、SYBR Green II(商品名、Lonza)で染色し、ChemiDoc(商品名、Bio-Rad)を使用して分析した。
 これらの結果を図15に示す。図15(A)はNH-0005のダイサータンパク質に対する反応性を示す電気泳動の結果であり、図15(B)はPH-0009のダイサータンパク質に対する反応性を示す電気泳動の結果であり、図15(C)はKH-0001-C18のダイサータンパク質に対する反応性を示す電気泳動の結果である。各々の図において、レーン「M」は分子量マーカー(20、30、40、50および100 base)であり、(h)は前記インキュベートの時間であり、Rは未処理のサンプルを示す。
 比較例のコンジュゲートを持たないPH-0009およびリンカー領域が天然のヌクレオチドからなるNH-0005は、前記ダイサータンパク質と徐々に反応し6時間後まで反応が続いていた。これに対して、脂質コンジュゲートを持つKH-0001-C18は、前記ダイサーと速やかに反応し2時間後において反応が終了していた。そこで、KH-0001-C18のダイサータンパク質との反応性を詳しく調べるために、インキュベート時間を、0、5、10、30、60、90、120分とし、同様にして反応および解析を行った。
 その結果を図16に示す。レーン「M」は分子量マーカー(20、30、40、50および100 base)であり、(min)は前記インキュベートの時間(分)であり、Rは未処理のサンプルを示す。図16に示す通り、KH-0001-C18は、速やかにダイサータンパク質と反応し60分後には反応が終了していた。
 以上の結果から、本発明の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子は、ダイサータンパク質に対する反応性が大きく向上していることがわかった。すなわち、前記実施例B1の遺伝子発現抑制効果の結果と併せて考慮すると、本発明の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子は、細胞内に導入された後速やかにRNA干渉効果を発揮する能力を有している可能性があると考えられる。
(実施例C2:脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子のヒト血清中での安定性)
 前記実施例A1にて合成した、脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子KH-0001-C18、比較例として、コンジュゲートを持たない一本鎖核酸分子であるPH-0009、およびリンカー領域Lxがヌクレオチド残基のみから成る一本鎖核酸分子であるNH-0005について、ヒト血清中での安定性を検討した。
 まず、1×PBSに、前記一本鎖核酸分子および正常ヒト血清(MP Biomedicals)を混合した混合液30μLを、37℃でインキュベートした。前記混合液30μLにおいて、前記一本鎖核酸分子の添加量は、60pmolとし、前記正常ヒト血清の添加量は、終濃度10%とした。そして、インキュベート開始から、0時間後、1時間後、3時間後、5時間後および24時間後に、95℃で10分加熱処理後氷中にて急冷し反応を停止した。その後、Bligh&Dyer法(http://biochem2.umin.jp/contents/Manuals/manual54.html)に従いRNA分画を抽出した。得られた抽出液を7M尿素-20%ポリアクリルアミドゲル電気泳動した後、SYBR Green II(商品名、Lonza)で染色し、ChemiDoc(商品名、Bio-Rad)を使用して分析した。
 この結果を図17に示す。図17において、レーン「M」は、分子量マーカーであり、(h)は、インキュベート時間を示す。
 図17に示すように、リンカー領域Lxがヌクレオチド残基のみから成る比較例のNH-0005は、速やかな分解反応が進行しインキュベート1時間後において完全分解に至っていることが確認された。これに対して、本発明のKH-0001-C18は、比較例のPH-0009と同程度に、分解が緩やかであり、反応5時間後においても完全分解には至らなかった。
 前記実施例B1、前記実施例B2、前記実施例C1、前記実施例C2の結果より、本発明の脂質コンジュゲート一本鎖核酸分子は、生体内における安定性を有しかつ細胞内に導入された後速やかにRNA干渉効果を発揮する能力を有している可能性があると考えられる。
(参考例1:Lysアミダイトの合成)
 下記スキーム6に従い、リジン(Lys)アミダイトであるDMTr-Lysアミダイト(7)を合成した。なお、下記スキーム6中、「Tfa」は、トリフルオロアセチル基を表す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045
(1)化合物2の合成
 6-ヒドロキシヘキサン酸(6g, 15.1mmol)のピリジン溶液(124mL)に4,4’-ジメトキシトリチルクロリド(20g, 1.3eq.)およびジメチルアミノピリジン(0.5g, 0.1eq.)を加え、室温にて20時間撹拌した。反応終了後メタノール(10mL)を加えて10分間撹拌し、溶媒留去した。反応液を酢酸エチルで希釈し、TEAA緩衝液(pH 8-9)で3回洗浄、飽和食塩水で1回洗浄後、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥、減圧下溶媒留去した。このようにして、薄黄色油状物質である化合物2を31g(ピリジン含有)得た。
(2)化合物4の合成
 化合物3(2.7g, 7.9mmol)、ジシクロヘキシルカルボジイミド(1.9g, 1.2eq.)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(2.6g, 2.4eq.)のアセトニトリル溶液(45mL)に、4-アミノ-1-ブタノール(0.86g, 1.2eq.)のアセトニトリル溶液(5mL)を加えて室温で16時間撹拌した。反応終了後沈殿物を濾取し、濾液をエバポレーターにて溶媒留去した。得られた残渣にジクロロメタンを加え、酢酸緩衝液(pH 4)で3回、飽和重曹水で3回洗浄後、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥、減圧下溶媒留去した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(展開溶媒:ジクロロメタン/メタノール=10/1)により精製し、白色固体である化合物4を2.8g(収率85%)得た。以下に、化合物4の機器分析値を示す。
化合物4;
1H-NMR(400MHz, CDCl3)  δ: 7.07(br, 1H), 6.72(t, J=5.6Hz, 1H), 4.03(m, 1H), 3.66(d, J=4.9Hz, 2H), 3.37(dd, J=12.9, 6.3Hz, 2H), 3.29(dd, J=12.4, 6.3Hz, 2H), 1.83(s, 2H), 1.66-1.60(m, 6H), 1.44(s, 9H), 1.41-1.37(m, 2H)
(3)化合物5の合成
 化合物4(2.5g, 6.1mmol)を塩酸/テトラヒドロフラン溶液(4M, 45mL)中で室温にて2時間撹拌した。反応終了後、減圧下溶媒留去した。得られた残渣をエタノールに溶かし、トルエンを加えて共沸した。溶媒留去後、白色固体である化合物5を1.9g得た。以下に、化合物5の機器分析値を示す。
化合物5;
1H-NMR(400MHz, CD3OD)  δ: 3.85-3.81(m, 1H), 3.59-3.56(m, 2H), 3.32-3.20(m, 2H), 1.94-1.80(m, 2H), 1.66-1.58(m, 6H), 1.46-1.40(m, 2H)
(4)化合物6の合成
 化合物2(ピリジン含有, 24g, 35.5mmol)、ジシクロヘキシルカルボジイミド(8.8g, 1.2eq.)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(7.2g, 1.5eq.)の溶液(150mL)にトリエチルアミン(4.5mL, 0.9eq.)を加え、さらに化合物5(10g, 0.9eq.)のN,N-ジメチルホルムアミド溶液(30mL)を加えて室温で20時間撹拌した。反応終了後沈殿物を濾取し、濾液をエバポレーターにて溶媒留去した。得られた残渣にジクロロメタンを加え、飽和重曹水で3回洗浄後、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥、減圧下溶媒留去した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(展開溶媒:ジクロロメタン/メタノール=20/1+0.05%ピリジン)により精製し、薄黄色固体である化合物6を16g(収率70%)得た。以下に、化合物6の機器分析値を示す。
化合物6;
1H-NMR(400MHz, CDCl3)  δ: 7.43-7.40(m, 2H), 7.32-7.26(m, 6H), 7.21-7.17(m, 1H), 6.81(d, J=8.8Hz, 4H), 4.39-4.37(m, 1H), 3.78(s, 6H), 3.64-3.61(m, 2H), 3.33-3.22(m, 4H), 3.03(t, J=6.6Hz, 2H), 2.19(t, J=7.6Hz, 2H), 1.79-1.54(m, 12H), 1.40-1.34(m, 4H)
(5)化合物7の合成
 アセトニトリルにて共沸乾燥した出発物質(1.26g, 1.73mmol)の無水アセトニトリル溶液(3.5mL)に、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド(394mg, 1.3eq.)、2-シアノエトキシ-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト(700mg, 1.3eq.)を加え、室温にて2.5時間撹拌した。ジクロロメタンを加えて飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄、硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒留去した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製(アミノシリカ、展開溶媒:n-ヘキサン/酢酸エチル=2/3)し、白色固体である化合物7を1.3g(収率78%)得た。以下に、化合物7の機器分析値を示す。
化合物7;
1H-NMR(400MHz, CDCl3)  δ: 7.43-7.41(m, 2H), 7.32-7.17(m, 7H), 6.81(dt, J=9.3, 2.9Hz, 4H), 4.42-4.37(m, 1H), 3.78(s, 6H), 3.88-3.54(m, 6H), 3.32-3.20(m, 4H), 3.03(t, J=6.3Hz, 2H), 2.19(t, J=7.6Hz, 2H), 1.83-1.53(m, 12H), 1.42-1.31(m, 4H), 1.28-1.24(m, 2H), 1.18-1.16(m, 12H)
31P-NMR(162MHz, CDCl3)  δ: 146.9
(参考例2:Glyアミダイトの合成)
 下記スキーム7に従い、グリシン(Gly)アミダイトであるDMTr-Glyアミダイト(化合物12)を合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000046
(1)N-(4-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-グリシンアミド(化合物8)
 Fmoc-グリシン(4.00g, 13.45mmol)、ジシクロヘキシルカルボジイミド(3.33g, 16.15mmol)及び1-ヒドロキシベンゾトリアゾール1水和物(4.94g, 32.29mmol)の無水N,N-ジメチルホルムアミド溶液(100mL)に4-アミノブタノール(1.44g, 16.15mmol)の無水N,N-ジメチルホルムアミド溶液(30mL)を加え、アルゴン雰囲気下、室温で終夜撹拌した。生成した沈殿をろ別し、ろ液を減圧下で濃縮した。得られた残渣にジクロロメタン(200mL)を加え、飽和重曹水で3回洗浄した。更に飽和食塩水で洗浄した。硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で溶媒を留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフ(展開溶媒:ジクロロメタン-メタノール(95:5)に付し、N-(4-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-グリシンアミド(8)(4.30g, 87%)を得た。以下に、N-(4-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-グリシンアミド(8)の機器分析値を示す。
N-(4-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-グリシンアミド(8);
H-NMR(400MHz, CDCl):δ=7.78-7.76(2H,d,J=7.3Hz),7.65-7.63(2H,d,J=7.3Hz),7.42-7.41(2H,t,J=7.6Hz),7.34-7.30(2H,td,J=7.6,1.1Hz),4.42-4.40(2H,d,J=7.3Hz),4.25-4.22(1H,t,J=6.8Hz),3.83(2H,s),3.60-3.55(2H,m),3.30-3.25(2H,m),1.61-1.55(4H,m).
(2)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-グリシンアミド(化合物9)
 化合物8(4.20g, 11.40mmol)に対し無水ピリジンを用いて3回共沸乾燥した。その共沸残渣に4,4’-ジメトキシトリチルクロリド(5.80g, 17.10mmol)及び無水ピリジン(80mL)を加え、室温下で終夜撹拌した。得られた反応混合物にメタノール(20mL)を加え室温で30分撹拌した後、減圧下で溶媒を留去した。その後、ジクロロメタン(200mL)を加え、飽和重曹水で3回洗浄し、更に飽和食塩水で洗浄した。硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で溶媒を留去した。未精製のN-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-グリシンアミド(9)(11.40g)を得た。
(3)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-グリシンアミド(化合物10)
 未精製の化合物9(11.40g, 16.99mmol)にN,N-ジメチルホルムアミド(45mL)及びピペリジン(11.7mL)を室温で加え、室温で終夜撹拌した。反応混合物を減圧下で溶媒を留去し、得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフ(展開溶媒:ジクロロメタン-メタノール(9:1)+0.05%ピリジン)に付し、グリシン-4,4’-ジメトキシトリチルオキシブタンアミド(3)(4.90g, 96%、 2steps)を得た。以下に、N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-グリシンアミド(10)の機器分析値を示す。
N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-グリシンアミド(10);
H-NMR(400MHz,CDCl):δ=7.44-7.42(2H,m),7.33-7.26(6H,m),7.21-7.20(1H,m),6.83-6.80(4H,m),3.79(6H,s), 3.49(2H,s),3.30-3.28(2H,t,J=6.3Hz),3.09-3.06(2H,t,J=5.9Hz),1.61-1.55(4H,m).
(4)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(化合物11)
 化合物10(4.80g, 10.70mmol)を無水ピリジンで3回共沸乾燥後、アルゴン雰囲気下で6-ヒドロキシヘキサン酸(1.70g, 12.84mmol)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(2.46g, 12.84mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール1水和物(3.93g, 25.69mmol)、及び無水ジクロロメタン(60mL)を室温で加え、10分間撹拌した。このようにして得た混合物にトリエチルアミン(3.90g, 38.53mmol)を加え、アルゴン雰囲気下、室温で終夜撹拌した。得られた反応混合物にジクロロメタン(200mL)を加え飽和重曹水で3回、更に飽和食塩水で1回洗浄した。有機層を分取し硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で溶媒を留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフ(展開溶媒:ジクロロメタン-メタノール(95:5)+0.05%ピリジン)に付し、N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(11)(4.80g, 80%)を得た。以下に、N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(11)の機器分析値を示す。
N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(11);
H-NMR(400MHz,CDCl):δ=7.43-7.40(2H,m),7.33-7.26(6H,m),7.22-7.20(1H,m),6.83-6.80(4H,m),3.85(2H,s),3.78(6H,s),3.63-3.60(2H,t,J=6.3Hz),3.26-3.23(2H,t,J=6.1Hz),3.07-3.05(2H,t,J=5.6Hz),2.26-2.22(2H,t,J=7.3Hz),1.68-1.52(8H,m),1.41-1.36(2H,m).
(5)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-O-(2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスフィチル)-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(化合物12)
 化合物11(4.70g, 8.35mmol)を無水ピリジンで3回共沸乾燥した。つぎに、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド(1.72g, 10.02mmol)を加え、減圧下で脱気してアルゴンガスを充填し、無水アセトニトリル(5mL)を加えた。さらに、2-シアノエトキシ-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト(3.02g, 10.02mmol)の無水アセトニトリルジクロロメタン混合溶液(1:1)(4mL)を加え、混合物をアルゴン雰囲気下、室温で4時間撹拌した。得られた反応混合物にジクロロメタン(150mL)を加え、飽和重曹水で2回、更に飽和食塩水で1回洗浄した。有機層を分取し、硫酸ナトリウムで乾燥後、減圧下で溶媒を留去した。アミノシリカを用いたカラムクロマトグラフ(展開溶媒:n-ヘキサン-アセトン(3:2)+0.1%トリエチルアミン)に残渣を付し、ヒドロキシヘキサン酸アミドグリシン-4,4’-ジメトキシトリチルオキシブタンアミドホスホロアミダイト(12)(4.50g, 71%, HPLC98.2%)を得た。以下に、N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-O-(2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスフィチル)-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(12)の機器分析値を示す。
N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-O-(2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスフィチル)-ヒドロキシヘキサノイル)-グリシンアミド(12);
H-NMR(400MHz,CDCl):δ=7.43-7.40(2H,m),7.33-7.26(6H,m),7.22-7.20(1H,m),6.83-6.80(4H,m),3.85-3.81(4H,s),3.78(6H,s),3.63-3.61(2H,t,J=6.3Hz),3.26-3.23(2H,t,J=6.1Hz),3.05-2.97(4H,m),2.64-2.62(2H,t,J=6.4Hz),2.25-2.23(2H,t,J=7.3Hz),1.68-1.52(8H,m),1.40-1.38(2H,m),1.13-1.20(12H,m).
31P-NMR(162MHz,CDCl): δ=146.57.
(参考例3:プロリンアミダイトの合成)
 下記スキーム8に従い、プロリン骨格を含むアミダイトである化合物17を製造した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000047
(1)N-(4-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-L-プロリンアミド(化合物14)
 化合物13(Fmoc-L-プロリン)を出発原料とした。前記化合物13(10.00g、29.64mmol)、4-アミノ-1-ブタノール(3.18g、35.56mmol)および1-ヒドロキシベンゾトリアゾール(10.90g、70.72mmol)を混合し、前記混合物に対し、減圧下で脱気し、アルゴンガスを充填した。前記混合物に、無水アセトニトリル(140mL)を室温で加え、さらに、ジシクロヘキシルカルボジイミド(7.34g、35.56mmol)の無水アセトニトリル溶液(70mL)を添加した後、アルゴン雰囲気下、室温で15時間撹拌した。反応終了後、生成した沈殿をろ別し、回収したろ液について、減圧下で溶媒を留去した。得られた残渣にジクロロメタン(200mL)を加え、飽和重曹水(200mL)で洗浄した。そして、有機層を回収し、硫酸マグネシウムで乾燥した後、前記有機層をろ過した。得られたろ液について、減圧下で溶媒を留去し、その残渣にジエチルエーテル(200mL)を加え、粉末化した。生じた粉末を濾取することにより、無色粉末状の化合物14(10.34g、収率84%)を得た。以下に、前記化合物14の機器分析値を示す。
化合物14:
H-NMR(CDCl): δ7.76-7.83(m,2H,Ar-H)、7.50-7.63(m,2H,Ar-H)、7.38-7.43 (m,2H,Ar-H)、7.28-7.33(m,2H,Ar-H),4.40-4.46(m,1H,CH),4.15-4.31(m,2H,CH),3.67-3.73(m,2H,CH)、3.35-3.52(m,2H,CH)、3.18-3.30(m,2H,CH)、2.20-2.50(m,4H)、1.81-2.03(m,3H)、1.47-1.54(m,2H);
Ms(FAB+): m/z409(M+H).
(2)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-L-プロリンアミド(化合物15)
 N-(4-ヒドロキシブチル)-Nα-Fmoc-L-プロリンアミド(化合物14)(7.80g、19.09mmol)を無水ピリジン(5mL)と混合し、室温で2回共沸乾燥した。得られた残留物に、4,4’-ジメトキシトリチルクロリド(8.20g、24.20mmol)、DMAP(23mg、0.19mmol)および無水ピリジン(39mL)を加えた。この混合物を、室温で1時間撹拌した後、メタノール(7.8mL)を加え、室温で30分撹拌した。この混合物を、ジクロロメタン(100mL)で希釈し、飽和重曹水(150mL)で洗浄後、有機層を分離した。前記有機層を、硫酸ナトリウムで乾燥した後、前記有機層をろ過した。得られたろ液について、減圧下で溶媒を留去した。得られた未精製の残渣に、無水ジメチルホルムアミド(39mL)およびピペリジン(18.7mL、189mmol)を加え、室温で1時間撹拌した。反応終了後、前記混合液について、減圧下、室温で、溶媒を留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(商品名Wakogel C-300、展開溶媒 CHCl:CHOH=9:1、0.05%ピリジン含有)に供し、淡黄色油状の化合物15(9.11g、収率98%)を得た。以下に、前記化合物15の機器分析値を示す。
化合物15:
H-NMR (CDCl): δ7.39-7.43(m,2H,Ar-H)、7.30(d,J=8.8Hz,4H,Ar-H)、7,21(tt,1H,4.9,1.3Hz,Ar-H)、6.81(d,J=8.8Hz,4H,Ar-H)、3.78(s,6H,OCH)、3.71(dd,H,J=6.3Hz,5.4Hz,CH)、3.21(2H,12.9,6.3Hz,2H,CH)、3.05(t,J=6.3Hz,2H,CH)、2.85-2.91(m,2H,CH)、2.08-2.17(m,1H,CH)、1.85-2.00(m,3H)、1.55-1.65(m,5H);
Ms(FAB+); m/z 489(M+H)、303(DMTr).
(3)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-ヒドロキシヘキサノイル)-L-プロリンアミド(化合物16)
 得られた前記N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-L-プロリンアミド(化合物15)(6.01g、12.28mmol)、EDC(2.83g、14.74mmol)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール(3.98g、29.47mmol)およびトリエチルアミン(4.47g、44.21mmol)の無水ジクロロメタン溶液(120mL)を混合した。この混合液に、さらに、アルゴン雰囲気下、室温で、6-ヒドロキシヘキサン酸(1.95g、14.47mmol)を加え、その後、アルゴン雰囲気下、室温で、1時間撹拌した。前記混合液をジクロロメタン(600mL)で希釈し、飽和食塩水(800mL)で3回洗浄した。有機層を回収し、前記有機層を、硫酸ナトリウムで乾燥した後、前記有機層をろ過した。得られたろ液について、減圧下で溶媒を留去した。これにより、淡黄色泡状の前記化合物16(6.29g、収率85%)を得た。以下に、前記化合物16の機器分析値を示す。
化合物16:
H-NMR (CDCl): δ7.41-7.43(m,2H,Ar-H)、7.27-7.31(m,4H,Ar-H)、7.19-7.26(m,2H,Ar-H)、7.17-7.21(m,1H,Ar-H)、6.79-6.82(m,4H,Ar-H)、4.51-4.53(m,1H,CH)、3.79(s,6H,OCH)、3.61(t,2H,J=6.4Hz,CH)、3.50-3.55(m,1H,CH)、3.36-3.43(m,1H,CH),3.15-3.24(m,2H,CH),3.04(t,J=6.3Hz,2H,CH)、2.38-2.45(m,1H,CH)、2.31(t,6.8Hz,2H,CH)、2.05-2.20(m,1H,CH)、1.92-2.00(m,1H,CH)、1.75-1.83(m,1H,CH)、1.48-1.71(m,8H)、1.35-1.44(m,2H,CH);
Ms(FAB+): m/z 602(M)、303(DMTr).
(4)N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-O-(2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルホスフィチル)-ヒドロキシヘキサノイル)-L-プロリンアミド(化合物17)
 得られた前記N-(4-O-DMTr-ヒドロキシブチル)-Nα-(6-ヒドロキシヘキサノイル)-L-プロリンアミド(化合物16)(8.55g、14.18mmol)を無水アセトニトリルと混合し、室温で3回共沸乾燥した。得られた残留物に、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド(2.91g、17.02mmol)を加え、減圧下で脱気し、アルゴンガスを充填した。前記混合物に対し、無水アセトニトリル(10mL)を加え、さらに、2-シアノエトキシ-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト(5.13g、17.02mmol)の無水アセトニトリル溶液(7mL)を加えた。この混合物を、アルゴン雰囲気下、室温で2時間撹拌した。そして、前記混合物をジクロロメタンで希釈し、飽和重曹水(200mL)で3回洗浄した後、飽和食塩水(200mL)で洗浄した。有機層を回収し、硫酸ナトリウムで乾燥した後、前記有機層をろ過した。得られた前記ろ液について、減圧下に溶媒を留去した。得られた残渣を、充填剤としてアミノシリカゲルを用いたカラムクロマトグラフィー(展開溶媒 ヘキサン:酢酸エチル=1:3、0.05%ピリジン含有)に供し、無色シロップ状の化合物17(10.25g、純度92%、収率83%)を得た。以下に、前記化合物17の機器分析値を示す。
化合物17:
H-NMR(CDCl): δ7.40-7.42(m,2H,Ar-H)、7.29-7.31(m,4H,Ar-H)、7.25-7.27(m,2H, Ar-H)、7.17-7.21(m,1H,Ar-H)、6.80-6.82(m,4H,Ar-H)、4.51-4.53(m,1H,CH)、3.75-3.93(m,4H)、3.79(s,6H,OCH)、3.45-3.60(m,4H)、3.35-3.45(m,1H,CH)、3.20-3.29(m,1H)、3.04(t,J=6.4Hz,2H,CH)、2.62(t,J=5.8Hz,2H,CH)、2.40-2.44(m,1H,CH)、2.31(t,7.8Hz,2H,CH)、2.03-2.19(m,1H,CH)、1.92-2.02(m,1H,CH)、1.70-1.83(m,1H,CH)、1.51-1.71(m,8H)、1.35-1.44(m,2H,CH)、1.18(d,J=6.8Hz,6H,CH)、1.16(d,J=6.8Hz,6H,CH);
31P-NMR(CDCl): δ147.17;
Ms(FAB+): m/z 802(M)、303(DMTr),201(C19OP).
(参考例4:リジン-コレステロールアミダイトの合成)
 下記スキームに従い、リジン-コレステロールアミダイトである化合物11を製造した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000048
(1)(コレスタ-5-エン-3β-イル)イミダゾール-1-カルボキシレート(化合物2)の合成
 コレステロール(化合物1)(8.0 g, 20 mmol)のピリジン溶液(200 mL)にN,N-カルボニルジイミダゾール(6.6 g, 2.0 eq.)を加え、室温にて4時間撹拌した。エバポレーターにて溶媒留去、ジクロロメタンを加えて溶液を希釈した。この溶液を5%リン酸二水素ナトリウム水溶液で洗浄し、その後飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒留去した。減圧乾燥し、白色固体物質を9.8 g(収率 98 %)得た。以下に、化合物(2)の機器分析値を示す。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 8.13 (s, 1H), 7.42 (s, 1H), 7.06 (s, 1H), 5.40-5.45 (m, 1H), 4.75-4.85 (m, 1H), 2.45-2.54 (m, 2H), 1.58-2.06 (m, 7H), 0.90-1.58 (m, 19H), 1.06 (s, 3H), 0.92 (d, 3H, J=6.3Hz), 0.87 (d, 6H, J=6.8Hz), 0.69 (s, 3H).   
(2)6-(4,4’-ジメトキシトリチル)ヘキサン酸(化合物4)の合成
 共沸乾燥した6-ヒドロキシヘキサン酸(化合物3)(3.0 g, 23 mmol)と4-ジメチルアミノピリジン(DMAP) (0.28 g, 0.1 eq.)のピリジン溶液 (75 mL) に4,4-ジメトキシトリチルクロリド(DMTrCl) (7.8 g, 1.0 eq.) を加えて室温にて5時間撹拌した。TLCにて原料の消失を確認後、メタノールを加えて30分撹拌した。エバポレーターにて溶媒留去、ジクロロメタンを加えて溶液を希釈した。この溶液を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄、飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒留去した。ヘキサンを用いてトリチレーションを行った。減圧乾燥し、油状物質を7.8 g得た。
(3)t-ブチル (1-((4-ヒドロキシブチル)アミノ)-1-オキソ-6-(2,2,2-トリフルオロアセトアミド)ヘキサン-2-イル)カルバメート(化合物6)の合成
 N-α-(t-ブトキシカルボニル)-N-ε-トリフルオロアセチル-L-リジン(化合物5)(8.0 g, 24 mmol)のN,N-ジメチルホルムアミド溶液(160 mL)に4-アミノ-1-ブタノール (2.4 g, 1.2 eq.)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(HOBt) (8.6 g, 2.4 eq.)を加え、0℃で撹拌した。1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC) (5.4 g, 1.2 eq.)を加え30分撹拌した。その後室温で一晩撹拌した。反応溶液をエバポレーターにて溶媒留去した。得られた残渣にジクロロメタンを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄後、飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥、減圧下溶媒留去した。ヘキサンで洗浄後、沈殿物をろ別して減圧乾燥させた。固体物質を7.0 g(収率 73 %)得た。以下に、化合物(6)の機器分析値を示す。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3)  δ: 7.16 (br, 1H), 6.77 (t, J= 5.4 Hz, 1H), 4.04 (m, 1H), 3.66 (d, J= 5.4 Hz, 2H), 3.37 (dd, J= 12.9, 6.3 Hz, 2H), 3.29 (dd, J= 12.4, 6.3 Hz, 2H), 1.84-1.79 (m, 2H), 1.66-1.56 (m, 6H), 1.44 (s, 9H), 1.41-1.37 (m, 2H).
(4)t-ブチル(6-アミノ-1-((4-ヒドロキシブチル)アミノ)-1-オキソヘキサン-2-イル)カルバメート(化合物7)の合成
 化合物6(3.0 g, 7.2 mmol)のメタノール溶液(30 mL)に、アンモニア水 (26.5 mL, 50eq.) を加えて室温で1日撹拌した。さらにアンモニア水 (26.5 mL, 50eq.) を加えて40℃で7時間撹拌した。反応終了後、減圧下溶媒留去した。減圧乾燥して油状物質を2.3 g得た。以下に、化合物(7)の機器分析値を示す。
ESI-MS: m/z 318.25 [M+H]+
(5)t-ブチル(コレスタ-5-エン-3β-イル) (6-((4-ヒドロキシブチル)アミノ)-6-オキソヘキサン-1,5-ジイル)ジカルバメート(化合物8)の合成
 化合物7(2.3 g, 7.3 mmol)のピリジン溶液(100 mL)に、化合物2 (14 g, 4.0 eq.)と4-ジメチルアミノピリジン(DMAP)(0.27 g, 0.3 eq.)を加えて、40℃で5日間撹拌した。エバポレーターにて溶媒留去、ジクロロメタンを加えて溶液を希釈した。この溶液を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄、飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフ(展開溶媒 ジクロロメタン:メタノール=20:1)に付し、固体物質を3.5 g(収率 67 %)得た。以下に、化合物(8)の機器分析値を示す。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 5.37 (s, 1H), 4.74 (m, 1H), 4.47 (m, 1H),   3.67 (m, 2H), 3.30 (m, 2H), 3.19-3.11 (m, 2H), 2.34 (d, 2H, J=6.3Hz), 1.98 (m, 2H), 1.90-1.80 (m, 5H), 1.65-1.00 (m, 38H), 0.99 (s, 3H), 0.92 (d, 3H, J=6.3Hz), 0.87 (d, 6H, J=6.8Hz), 0.69 (s, 3H).
ESI-MS: m/z 730.59 [M+H]+, 752.57 [M+Na]+, 1460.19 [2M+H]+, 1482.16 [2M+Na]+
(6)コレスタ-5-エン-3β-イル(5-アミノ-6-((4-ヒドロキシブチル)アミノ)-6-オキソヘキシル)カルバメート(化合物9)の合成
 化合物8(3.4 g, 4.7 mmol)を2M-塩酸/メタノール溶液(150 mL)に加え、室温で3時間撹拌した。反応終了後、減圧下溶媒留去した。ヘキサンを用いてトリチレーションを行った。減圧乾燥し、固体物質を2.7 g(収率 93 %)得た。以下に、化合物(9)の機器分析値を示す。
ESI-MS:m/z 630.54 [M+H]+, 1460.07 [2M+H]+
(7)コレスタ-5-エン-3β-イル(5-(6-(4,4’-ジメトキシトリチル)ヘキサンアミド)-6-((4-ヒドロキシブチル)アミノ)-6-オキソヘキシル)カルバメート(化合物10)の合成
 化合物9(2.5 g, 4.0 mmol)のN,N-ジメチルホルムアミド溶液(90 mL)に化合物4 (2.6 g, 1.5 eq.)、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(HOBt) (1.8 g, 3.0 eq.)、トリエチルアミン(1.2 g, 3.0 eq.)を加え、0℃で撹拌した。1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC) (1.1 g, 1.5 eq.)を加え30分撹拌した。その後室温で一晩撹拌した。反応溶液をエバポレーターにて溶媒留去した。得られた残渣にジクロロメタンを加え、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄後、飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥、減圧下溶媒留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフ(展開溶媒 酢酸エチル+0.05% ピリジン→酢酸エチル:メタノール(30:1)+0.05% ピリジン)に付し、固体物質を2.0 g(収率 50 %)得た。以下に、化合物(10)の機器分析値を示す。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 7.42-7.41 (m, 2H), 7.32-7.26 (m, 6H), 7.21-7.18 (m, 1H), 6.81 (d, J= 8.8 Hz, 4H), 5.37 (s, 1H), 4.79 (m, 1H), 4.32 (m, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.64-3.61 (m, 2H), 3.29-3.25 (m, 2H), 3.18-3.09 (m, 2H), 3.02 (t, J= 6.6 Hz, 2H), 2.35-2.26 (m, 2H), 2.19 (t, J= 7.6 Hz, 2H), 2.06-1.58 (m, 9H), 1.58-0.90 (m, 33H), 0.99 (s, 3H), 0.92 (d, 3H, J=6.3Hz), 0.87 (d, 6H, J=6.8Hz), 0.69 (s, 3H).
ESI-MS:m/z 1068.72 [M+Na]+, 1084.71 [M+K]+
(8)コレスタ-5-エン-3β-イル(5-(6-(4,4’-ジメトキシトリチル)ヘキサンアミド) -6-((4-(((2-シアノエトキシ)(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)ブチル)アミノ)-6-オキソヘキシル)カルバメート(化合物11)の合成
 共沸乾燥した化合物10 (2.3 g, 2.2 mmol) のジクロロメタン溶液 (8 mL) に、ジイソプロピルアンモニウムテトラゾリド(DIPAT) (0.45 g, 1.2 eq.)を加えた。2-シアノエトキシ-N,N,N’,N’-テトライソプロピルホスホロジアミダイト (0.80 g, 1.2 eq.) のジクロロメタン溶液 (2 mL)を加え、40℃にて3時間撹拌した。ジクロロメタンにて希釈し飽和重曹水および飽和食塩水で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥後、溶媒留去した。アミノシリカを用いたカラムクロマトグラフ(展開溶媒 n-ヘキサン:酢酸エチル(1:2)+0.1 %トリエチルアミン)に残渣を付し、固体物質を2.2 g(収率81%)得た。以下に、化合物(11)の機器分析値を示す。
1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 7.43-7.41 (m, 2H), 7.32-7.25 (m, 6H), 7.21-7.17 (m, 1H), 6.81 (d, J= 8.8 Hz, 4H), 5.36 (s, 1H), 4.78 (m, 1H), 4.34 (m, 1H), 3.78 (s, 6H), 3.70-3.55 (m, 6H), 3.28-3.23 (m, 2H), 3.13-3.09 (m, 2H), 3.02 (t, J= 6.6 Hz, 2H), 2.64 (t, J= 6.5 Hz, 2H), 2.19 (t, J= 7.6 Hz, 2H), 2.00-1.78 (m, 6H), 1.65-0.90 (m, 38H), 1.18-1.16 (m, 12H), 0.99 (s, 3H), 0.92 (d, 3H, J=6.3Hz), 0.87 (d, 6H, J=6.8Hz), 0.67 (s, 3H).
31P-NMR (202 MHz, CDCl3) : δ=148.074, 147.913 
ESI-MS:m/z 1268.85 [M+Na]+, 1284.82 [M+K]+
(参考例5:脂肪酸活性エステル体の合成)
 下記スキーム9に従い、ミリスチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C14-NHS)、パルミチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C16-NHS)またはステアリン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18-NHS)を、それぞれ合成した。また、下記スキーム10に従い、オレイン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18:1-NHS)を合成した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000049
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000050
ミリスチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C14-NHS)の合成
 ミリスチン酸(1.5g, 6.6mmol)をジクロロメタン(30mL)に溶解させ撹拌した。この溶液にN-ヒドロキシコハク酸イミド(0.91g, 1.2eq.)と1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)(1.5g, 1.2eq.)を加え、一晩撹拌した。水で2回洗浄後、飽和食塩水で1回洗浄した。硫酸ナトリウムで乾燥して、減圧下溶媒留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/ヘキサン=1/3)により精製し、目的物を1.4g(収率67%)得た。以下に、得られたミリスチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C14-NHS)のNMR測定結果を示す。
ミリスチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C14-NHS):
H-NMR(CDCl) δ: 2.83(4H, s), 2.60(2H, t, J=7.6Hz), 1.74(2H, q, J=7.6Hz), 1.44(2H, q, J=6.9Hz), 1.48-1.22(18H, m), 0.88(3H, t, J=6.8Hz).
パルミチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C16-NHS)の合成
 パルミチン酸(6.0g, 23mmol)をジクロロメタン(110mL)に溶解させ撹拌した。この溶液にN-ヒドロキシコハク酸イミド(3.2g, 1.2eq.)と1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)(5.4g, 1.2eq.)を加え、一晩撹拌した。水で2回洗浄後、飽和食塩水で1回洗浄した。硫酸ナトリウムで乾燥して、減圧下溶媒留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/ヘキサン=1/2)により精製し、目的物を7.8g(収率94%)得た。以下に、得られたパルミチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C16-NHS)のNMR測定結果を示す。
パルミチン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C16-NHS):
H-NMR(CDCl) δ: 2.84(4H, s), 2.60(2H, t, J=7.6Hz), 1.74(2H, q, J=7.6Hz), 1.38(2H, q, J=6.9Hz), 1.43-1.20(m, 22H), 0.88(3H, t, J=6.8Hz).
ステアリン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18-NHS)の合成
 ステアリン酸(3.0g, 11mmol)をジクロロメタン(100mL)に溶解させ撹拌した。この溶液にN-ヒドロキシコハク酸イミド(1.5g, 1.2eq.)と1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)(2.4g, 1.2eq.)を加え、2日間撹拌した。水で2回洗浄後、飽和食塩水で1回洗浄した。硫酸ナトリウムで乾燥して、減圧下溶媒留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/ヘキサン=1/3)により精製し、目的物を2.8g(収率70%)得た。以下に、得られたステアリン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18-NHS)のNMR測定結果を示す。
ステアリン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18-NHS):
H-NMR(CDCl) δ: 2.84(4H, m), 2.60(2H, t, J=7.6Hz), 1.74(2H, q, J=7.6Hz), 1.38(2H, q, J=6.9Hz), 1.43-1.20(m, 26H), 0.88(3H, t, J=6.8Hz).
オレイン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18:1-NHS)の合成
 オレイン酸(4.0g, 14mmol)をジクロロメタン(70mL)に溶解させ撹拌した。この溶液にN-ヒドロキシコハク酸イミド(2.0g, 1.2eq.)と1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(EDC)(3.3g, 1.2eq.)を加え、一晩撹拌した。水で2回洗浄後、飽和食塩水で1回洗浄した。硫酸ナトリウムで乾燥して、減圧下溶媒留去した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/ヘキサン=1/3)により精製し、目的物を5.2g(収率97%)得た。以下に、得られたオレイン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18:1-NHS)のNMR測定結果を示す。
オレイン酸-N-ヒドロキシコハク酸イミドエステル(C18:1-NHS):
H-NMR(CDCl) δ: 5.35(2H, m), 2.83(4H, s), 2.60(2H, t, J=7.6Hz), 2.01(4H, m), 1.75(2H, q, J=7.6Hz), 1.41-1.27(20H, m), 0.88(3H, t, J=6.8Hz).
 以上、実施形態を参照して本願発明を説明したが、本願発明は、上記実施形態に限定されるものではない。本願発明の構成や詳細には、本願発明のスコープ内で当業者が理解しうる様々な変更をすることができる。
 本発明の一本鎖核酸分子によれば、例えば、デリバリー用のキャリアを必須とすることなくターゲットへの優れたデリバリーを行い、かつ効率的な遺伝子発現制御を実現できる。このため、例えば、キャリアの毒性を考慮する必要がなく、核酸分子とキャリアとの複合体との形成に関する様々な条件設定の検討を回避できる。このため、例えば、製造面および使用面における労力やコストを低減可能である。
 本出願は、日本でされた特願2015-065570(出願日:2015年3月27日)を基礎としており、その内容はすべて本明細書に包含されるものとする。

Claims (41)

  1.  領域(X)、リンカー領域(Lx)および領域(Xc)からなり、
    前記領域(X)が、前記領域(Xc)と相補的であり、
    前記領域(X)および前記領域(Xc)の少なくとも一方が、標的遺伝子の発現を抑制する発現抑制配列を含む、標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子であって、
    該標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子の5’末端、3’末端、および前記リンカー領域(Lx)からなる群から選択される少なくとも1つに、デリバリー機能を有する生体関連物質が結合していることを特徴とする、標的遺伝子の発現抑制用一本鎖核酸分子。
  2.  前記生体関連物質が、脂質、ペプチド、糖質からなる群から選択される少なくとも一つである請求項1記載の一本鎖核酸分子。
  3.  前記生体関連物質が、脂質である、請求項1記載の一本鎖核酸分子。
  4.  前記脂質が、単純脂質、複合脂質、誘導脂質、一本鎖脂質、二本鎖脂質、糖脂質、脂溶性ビタミン、ステロイドである、請求項3記載の一本鎖核酸分子。
  5.  前記脂質が、パルミチン酸、ミリスチン酸、ステアリン酸、オレイン酸、DOPEおよびコレステロールからなる群から選択される少なくとも一つである請求項3記載の一本鎖核酸分子。
  6.  前記生体関連物質が、ペプチドである、請求項1記載の一本鎖核酸分子。
  7.  前記ペプチドが、抗体に由来するペプチド、膜透過性ペプチド、特定の受容体に作用するペプチドおよび特定のタンパク質に相互作用するペプチドからなる群から選択される少なくとも1つである、請求項6記載の一本鎖核酸分子。
  8.  前記ペプチドが、配列番号1~28のいずれかで表されるアミノ酸配列を有する、請求項6または7記載の一本鎖核酸分子。
  9.  前記生体関連物質が、糖質である、請求項1記載の一本鎖核酸分子。
  10.  前記糖質が、単糖、二糖、三糖、四糖、オリゴ糖、多糖からなる群から選択される少なくとも1つである、請求項9記載の一本鎖核酸分子。
  11.  前記リンカー領域(Lx)が、下記式(I)を含む、請求項1から10のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001

    前記式(I)中、
    およびXは、それぞれ独立して、H、O、SまたはNHであり;
    およびYは、それぞれ独立して、単結合、CH、NH、OまたはSであり;
    は、n個の炭素原子を有するアルキレン鎖であり、アルキレン炭素原子上の水素原子は、OH、OR、NH、NHR、NR、SH、もしくはSRで置換されても置換されていなくてもよく、または、
    は、前記アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、
    ただし、Yが、NH、OまたはSの場合、Yに結合するLの原子は炭素であり、ORに結合するLの原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず;
    は、m個の炭素原子を有するアルキレン鎖であり、アルキレン炭素原子上の水素原子は、OH、OR、NH、NHR、NR、SHもしくはSRで置換されても置換されていなくてもよく、または、
    は、前記アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、
    ただし、Yが、NH、OまたはSの場合、Yに結合するLの原子は炭素であり、ORに結合するLの原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず;
    、R、RおよびRは、それぞれ独立して、置換基または保護基であり;
    mは、0~30の範囲の整数であり;
    nは、0~30の範囲の整数であり;
    前記領域(Xc)および前記領域(X)は、それぞれ、-OR-または-OR-を介して、前記リンカー領域(Lx)に結合し、
    ここで、RおよびRは、存在しても存在しなくてもよく、存在する場合、RおよびRは、それぞれ独立して、ヌクレオチド残基または前記構造(I)であり、
    Aは、任意の原子団であり、ただし、下記式(Ia)は、前記アミノ酸であり、かつ、下記式(Ia)は、ペプチド以外のアミノ酸である。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
  12.  前記式(I)中、
    Aが、鎖式原子団、脂環式原子団、および芳香族性原子団からなる群から選択される少なくとも一つを含み、前記各原子団は、さらに置換基または保護基を有していても有していなくても良い、請求項11記載の一本鎖核酸分子。
  13.  前記アミノ酸が、天然アミノ酸または人工アミノ酸である請求項12に記載の一本鎖核酸分子。
  14.  前記アミノ酸が、グリシン、α-アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、シスチン、グルタミン、グルタミン酸、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、ヒドロキシリジン、メチオニン、フェニルアラニン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、トリプトファン、β-アラニン、1-アミノ-2-カルボキシシクロペンタン、またはアミノ安息香酸であり、さらに置換基または保護基を有していても有していなくても良い、請求項12に記載の一本鎖核酸分子。
  15.  前記式(I)の構造が、下記式(I-1)~(I-4)のいずれかひとつであり、下記式においてnおよびmは前述と同じである、請求項11から14のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003

    Figure JPOXMLDOC01-appb-I000004

    Figure JPOXMLDOC01-appb-I000005

    Figure JPOXMLDOC01-appb-I000006
  16. 前記式(I-1)が、下記式(I-1a)または下記式(I-1b)であり、前記式(I-4)が、下記式(I-4a)である、請求項15記載の一本鎖核酸分子。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007

    Figure JPOXMLDOC01-appb-I000008

    Figure JPOXMLDOC01-appb-I000009
  17.  前記リンカー領域(Lx)が、下記式を含む、請求項1から10のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
    Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
  18.  前記領域(X)の塩基数(X)および前記領域(Xc)の塩基数(Xc)が、下記式(1)または式(2)の条件を満たす、請求項1から17のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
       X>Xc ・・・(1)
       X=Xc ・・・(2)
  19.  前記領域(X)の塩基数(X)および前記領域(Xc)の塩基数(Xc)が、下記式(3)の条件を満たす、請求項18記載の一本鎖核酸分子。
       X-Xc=1、2または3 ・・・(3)
  20.  前記領域(Xc)の塩基数(Xc)が、19塩基~30塩基である、請求項18または19に記載の一本鎖核酸分子。
  21.  RNA分子である、請求項18から20のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  22.  前記一本鎖核酸分子において、塩基数の合計が、38塩基以上である、請求項18から21のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  23.  少なくとも1つの修飾された残基を含む、請求項1から22のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  24.  安定同位体を含む、請求項1から23のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  25.  前記リンカー領域(Lx)が、
    ヌクレオチド残基および非ヌクレオチド残基の少なくとも一つから構成される、請求項1から24のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  26.  前記ヌクレオチド残基が、非修飾ヌクレオチド残基および/または修飾ヌクレオチド残基である、請求項25記載の一本鎖核酸分子。
  27.  前記リンカー領域(Lx)が、下記(1)~(7)のいずれかの残基で構成される、請求項25または26記載の一本鎖核酸分子。
    (1)非修飾ヌクレオチド残基
    (2)修飾ヌクレオチド残基
    (3)非修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
    (4)非ヌクレオチド残基
    (5)非ヌクレオチド残基および非修飾ヌクレオチド残基
    (6)非ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
    (7)非ヌクレオチド残基、非修飾ヌクレオチド残基および修飾ヌクレオチド残基
  28.  前記発現抑制配列が、成熟miRNA配列である、請求項1から27のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  29.  前記一本鎖核酸分子が、配列番号29または31である、請求項1から27のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子。
  30.  標的遺伝子の発現を抑制するための組成物であって、
    請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子を含むことを特徴とする、発現抑制用組成物。
  31.  請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子を含むことを特徴とする、薬学的組成物。
  32.  炎症治療用である、請求項31記載の薬学的組成物。
  33.  標的遺伝子の発現を抑制する方法であって、
    請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子を使用することを特徴とする発現抑制方法。
  34.  前記一本鎖核酸分子を、細胞、組織または器官に投与する工程を含む、請求項33記載の発現抑制方法。
  35.  前記一本鎖核酸分子を、in vivoまたはin vitroで投与する、請求項34記載の発現抑制方法。
  36.  前記遺伝子の発現抑制が、RNA干渉による発現抑制である、請求項33から35のいずれか一項に記載の発現抑制方法。
  37.  標的遺伝子の発現を抑制するRNA干渉を誘導する方法であって、
    請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子を使用することを特徴とする発現誘導方法。
  38.  疾患の治療方法であって、
    請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子を、患者に投与する工程を含み、
    前記一本鎖核酸分子が、前記発現抑制配列として、前記疾患の原因となる遺伝子の発現を抑制する配列を有することを特徴とする治療方法。
  39.  標的遺伝子の発現抑制のための、請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子の使用。
  40.  RNA干渉の誘導のための、請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子の使用。
  41.  疾患の治療に使用するための核酸分子であって、
    前記核酸分子は、請求項1から29のいずれか一項に記載の一本鎖核酸分子であり、
    前記一本鎖核酸分子が、前記発現抑制配列として、前記疾患の原因となる遺伝子の発現を抑制する配列を有することを特徴とする核酸分子。
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