WO2012147757A1 - 加齢黄斑変性易罹患性の判定方法及び判定キット - Google Patents

加齢黄斑変性易罹患性の判定方法及び判定キット Download PDF

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WO2012147757A1
WO2012147757A1 PCT/JP2012/061016 JP2012061016W WO2012147757A1 WO 2012147757 A1 WO2012147757 A1 WO 2012147757A1 JP 2012061016 W JP2012061016 W JP 2012061016W WO 2012147757 A1 WO2012147757 A1 WO 2012147757A1
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allele
single nucleotide
nucleotide polymorphism
ncbi
gene
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聡 井上
公仁子 井上
圭介 森
新 米谷
将和 神田
康司 岡崎
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学校法人埼玉医科大学
参天製薬株式会社
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to an age-related macular degeneration susceptibility determination method and an age-related macular degeneration susceptibility determination kit based on an age-related macular degeneration susceptibility determination marker.
  • Age-related Macular Degeneration is an age-related ophthalmic disease in which the degeneration of the tissue and angiogenesis occur in the macular region at the center of the retina in the fundus of the elderly, resulting in visual impairment. It is a disease that is increasing in developed countries including Japan. Currently, about 0.9% of the population over 50 years old is considered to be affected, and has attracted attention as a disease in which QOL (Quality of Life) of millions of elderly people is significantly impaired.
  • QOL Quality of Life
  • CSH complement factor H
  • HTRA1 serine protease gene HTRA1
  • age-related macular degeneration has been pointed out not only by the above-mentioned genetic factors, but also by disease-related factors such as smoking and eating habits, so both genetic factors related to many genes and environmental factors Is considered to be a multifactorial disease.
  • age-related macular degeneration is associated with smoking history as an environmental factor in addition to genetic factors.
  • no genetic polymorphisms that have been associated with smoking history in age-related macular degeneration have been reported so far.
  • Age-related macular degeneration susceptibility determination method and age-related macular that can be suitably used for prevention and selection of the optimal drug treatment method for patients who have already developed and can easily determine the difficulty of age-related macular degeneration At present, it is strongly desired to provide a degenerative susceptibility determination kit.
  • the present invention is capable of predicting the susceptibility of age-related macular degeneration, which causes a significant decrease in visual acuity, with high accuracy and probability, early prevention of age-related macular degeneration, and an optimal drug treatment method for patients who have already developed It is an object of the present invention to provide an age-related macular degeneration susceptibility determination method and an age-related macular degeneration susceptibility determination kit that can be suitably used for selection of aging and can easily determine the susceptibility to age-related macular degeneration. To do.
  • the present inventors have made extensive studies and obtained the following knowledge. That is, by using the single nucleotide polymorphism rs4077551 of the brain-derived neurotrophic factor (BDNF) receptor NTRK2 / TrkB gene as a marker, the single nucleotide polymorphism can be detected with high probability and accuracy.
  • BDNF brain-derived neurotrophic factor
  • CCFH complement factor H
  • ARMS2 AMD susceptibility locus 2
  • the present invention is based on the above findings by the present inventors, and means for solving the above problems are as follows. That is, ⁇ 1> In a sample containing DNA derived from a subject, the allele G of the NSRK2 gene, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene, is detected in allele G of the dbSNP ID number: rs4077551 or its complementary strand Detection step (I); A determination step for determining the susceptibility to age-related macular degeneration when the rs4077551 has an allele G.
  • the detection step (I) is a step of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • NCBI National Center for Biotechnology Information
  • SNP database which is a single nucleotide polymorphism of LRP1B gene, dbSNP ID number: Allele G of rs9287326 or its complementary strand, US Biotechnology Information Center which is a single nucleotide polymorphism of NTRK2 gene (NCBI) SNP database dbSNP ID number: rs40775561 single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship, LRP1B gene single nucleotide polymorphism, National Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database dbSNP
  • DbSNP ID number of SNP database Allele C of rs1061170 or its allele G in its complementary strand, and the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP that is a single nucleotide polymorphism of the ARMS2 gene Database of dbSNP ID NO: further comprise additional detection step (i) includes a process for detecting at least one allele A in allele T or a complementary strand of rs10490924, In the determination step, when the rs9287326 has the allele C, the single nucleotide polymorphism in the linkage disequilibrium relationship with the rs40775561 has the allele in the linkage disequilibrium relationship with the rs40757561, and the linkage disequilibrium relationship with the rs9287326.
  • additional detection step (i) includes a process for detecting at least one allele A in allele T or a complementary strand of rs10490924, In the determination step, when
  • rs11200638 has allele A
  • rs80000292 has allele C
  • rs1410996 has allele C
  • rs1061170 In any one of ⁇ 1> to ⁇ 2>, in which it is determined that susceptibility to age-related macular degeneration is present when at least one of the above has allelic C and the rs10490924 has allele T. Determination of age-related macular degeneration susceptibility It is the law.
  • the above detection step (i) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 3>
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to 3> includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 3>.
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) greater than 0.5, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs40775274, rs45047715, rs44040690, rs4358882,
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) is greater than 0.7, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs407575274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs1115808s, rs1708803, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013
  • a single nucleotide polymorphism in the SRP database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene, is a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326 linkage disequilibrium coefficient (D 'Value' is a method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of ⁇ 3> to ⁇ 6>, which exceeds 0.5.
  • the above detection step (i) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 3>
  • the above detection step (i) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of 3> to ⁇ 8>.
  • the above detection step (i) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the additional detection step (i) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the additional detection step (i) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 3>
  • Detection step (II) A determination step of determining susceptibility to age-related macular degeneration when the rs9287326 has an allele C.
  • the detection step (II) is a step of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • NCBI National Biotechnology Information Center
  • SNP database dbSNP ID number came G of rs40775561 or its complementary strand
  • US Biotechnology Information Center is a single nucleotide polymorphism of NTRK2 gene
  • SNP database dbSNP ID number: rs40775561 single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship
  • LRP1B gene single nucleotide polymorphism NTRK2 gene
  • NCBI National Biotechnology Information Center
  • DbSNP ID number of SNP database Allele C of rs1061170 or its allele G in its complementary strand, and the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP that is a single nucleotide polymorphism of the ARMS2 gene Database of dbSNP ID NO: further comprise additional detection step (ii) includes a process for detecting at least one allele A in allele T or a complementary strand of rs10490924, In the determination step, when the rs4077551 has the allele G, the single nucleotide polymorphism in the linkage disequilibrium relationship with the rs40775561 has the allele in the linkage disequilibrium relationship with the rs40775561, and the linkage disequilibrium relationship with the rs9287326.
  • additional detection step (ii) includes a process for detecting at least one allele A in allele T or a complementary strand of rs10490924, In the determination step
  • rs1287326 has an allele in linkage disequilibrium
  • rs11200638 has allele A
  • rs80000292 has allele C
  • rs1410996 has allele C
  • rs1061170 The addition according to any one of ⁇ 13> to ⁇ 14>, in which it is determined that the susceptibility to age-related macular degeneration is at least one of the case where the allele C has allele C and the case where the rs10490924 has allele T.
  • Age-related macular degeneration A constant way.
  • the above detection step (ii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 15>.
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene which is a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) greater than 0.5, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs40775274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs11795
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) is greater than 0.7, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs407575274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs1115808s, rs1708803, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013
  • the above detection step (ii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the above detection step (ii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of 15> to ⁇ 20>.
  • the above detection step (ii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the above detection step (ii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of ⁇ 15> to ⁇ 22>.
  • the above detection step (ii) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of 15> to ⁇ 23>.
  • a single nucleotide polymorphism that is in linkage disequilibrium with rs4077551 includes a determination step that determines that it is susceptible to age-related macular degeneration when it has an allele in linkage disequilibrium with rs40775561.
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene which is a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) greater than 0.5, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs40775274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs11795863, rs1708803rs, rs1708803s, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013 , Rs4394479, rs2378
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) is greater than 0.7, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs407575274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs1115808s, rs1708803, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013 , Rs4394479,
  • NCBI National Biotechnology Information Center
  • SNP database dbSNP ID number: rs4077551 allele C in the National Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database or its complementary strand
  • the US Biotechnology Information Center is a single nucleotide polymorphism in the LRP1B gene (NCBI) dbSNP in SNP database ID number: Allele C in rs9287326 or allele G in the complementary strand thereof
  • DbSNP ID number of SNP database Allele C of rs1061170 or allele G in its complementary strand, and US Biotechnology Information Center (NCBI) which is a single nucleotide polymorphism of ARMS2 gene NP database dbSNP ID NO: further comprise additional detection step (iii) that includes a process for detecting at least one allele A in allele T or a complementary strand of rs10490924, In the determination step, when the rs40775561 has the allele G, the rs9287326 has the allele C, the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326 has an allele in linkage disequilibrium with the rs9287326 At least one of the following: rs11200638 has allele A, rs80000292 has allele C, rs1410996 has allele C, rs1061170 has allele C, and rs10
  • the above detection step (iii) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28>.
  • the above detection step (iii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28> ⁇ 29>
  • the above detection step (iii) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28> to ⁇ 31>.
  • the above detection step (iii) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28>
  • the determination method of age-related macular degeneration susceptibility according to any one of ⁇ 32>.
  • the additional detection step (iii) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28> ⁇ 33>
  • the above detection step (iii) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28> ⁇ 34>
  • the above detection step (iii) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 28>
  • the determination method of age-related macular degeneration susceptibility according to any one of ⁇ 35>.
  • NCBI National Biotechnology Information Center
  • SNP database dbSNP ID number: rs4077551 allele C in the National Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database or its complementary strand the US Biotechnology Information Center is a single nucleotide polymorphism in the LRP1B gene (NCBI) dbSNP ID number of the SNP database: Allele C of rs9287326 or allele G in the complementary strand thereof, NTK2 gene single nucleotide polymorphism in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database dbSNP ID number: rs4077551 DbSNP ID number: rs11 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database which is a single nucleotide polymorphism in equilibrium and a single nucleotide polymorphism near the HTRA1 gene DbNNP ID number: rs80000292 or allele G
  • DbSNP ID number of SNP database Allele C of rs1061170 or allele G in its complementary strand, and US Biotechnology Information Center (NCBI) which is a single nucleotide polymorphism of ARMS2 gene NP database dbSNP ID NO: further comprise additional detection step (iv) including a process for detecting at least one allele A in allele T or a complementary strand of rs10490924, In the determining step, when the rs4077551 has the allele G, the rs9287326 has the allele C, and when the rs40775326 has the allele C, the single nucleotide polymorphism that is in linkage disequilibrium with the rs40775561 has the allele in linkage disequilibrium with the rs40775561.
  • the age-related macular degeneration susceptibility determination method includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38>.
  • the additional detection step (iv) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38> to ⁇ 39>.
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) greater than 0.5, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs40775274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs11795863, r
  • the single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene which is a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, is a linkage disequilibrium coefficient (D 'Value) is greater than 0.7, dbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: rs4077552, rs407575274, rs45047715, rs44040690, rs4358882, rs4401950, rs1115808s, rs1708803, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013, rs17088013 , Rs4394479
  • the additional detection step (iv) includes a process of detecting the base sequences represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or their complementary base sequences in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38> to ⁇ 42>.
  • the additional detection step (iv) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38> to ⁇ 43>.
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of ⁇ 38> to ⁇ 43>.
  • 5′-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGGAGA-3 ′ (SEQ ID NO: 7)
  • 5′-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATAGGGTATGCAGGAAGGGGAGA-3 ′ (SEQ ID NO: 8)
  • the additional detection step (iv) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38> to ⁇ 44>.
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of ⁇ 44>.
  • 5′-TCTACCATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3 ′ (SEQ ID NO: 9)
  • 5′-TCTACATCAGGTGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3 ′ (SEQ ID NO: 10)
  • the above detection step (iv) includes a process of detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38> to ⁇ 45>.
  • the additional detection step (iv) includes a process of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject ⁇ 38> to ⁇ 46>.
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration is a method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to any one of ⁇ 1> to ⁇ 47>, in which smoking-sensitive age-related macular degeneration is performed.
  • ⁇ 49> The method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to ⁇ 48>, wherein the smoking-sensitive age-related macular degeneration is smoking-sensitive wet-type age-related macular degeneration.
  • ⁇ 51> A sequence in which the means for detecting allele G of the NSNP2 gene allele G in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene, or its allele C in its complementary strand, contains the rs4077551
  • the susceptibility to age-related macular degeneration according to ⁇ 50> including a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by No. 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof, and each probe It is a judgment kit.
  • NRISPR National Center for Biotechnology Information
  • SNP database means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with rs4077551; National Center for Biotechnology Information (NCBI) which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene )
  • ⁇ 53> A sequence in which means for detecting allele C in the SNP database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene, contains allele C of rs9287326 or allele G in its complementary strand,
  • NCBI National Center for Biotechnology Information
  • the susceptibility to age-related macular degeneration according to ⁇ 52> including a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by No. 3 and SEQ ID No. 4 or a complementary base sequence thereof, and each probe It is a judgment kit.
  • SNP database dbSNP ID number: rs11200638 allele A in the vicinity of HTRA1 gene or an allele T in its complementary strand includes the rs11200638.
  • the probe comprises a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof, and each probe. It is a determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration.
  • the probe includes a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by No.
  • the present invention further comprises means for detecting allele C in the SNP database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene, or allele C of rs9287326 or its complementary strand.
  • NCBI National Center for Biotechnology Information
  • a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene a means for detecting allele G of the dbSNP ID number: rs4077551 or its complementary strand in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene; DbSNP ID number of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database: means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with rs4077551; National Center for Biotechnology Information (NCBI) which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene
  • ⁇ 62> A sequence in which the means for detecting allele G of the NSNP2 gene, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene, dbSNP ID number: rs4077551 in the National Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database or the complementary strand thereof, contains the rs4077551
  • the susceptibility to age-related macular degeneration according to ⁇ 61> including a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by No. 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof, and each probe It is a judgment kit.
  • SNP database dbSNP ID number: rs11200638 allele A in the vicinity of the HTRA1 gene or an allele T in its complementary strand includes the rs11200638.
  • the ⁇ 61> to ⁇ 62> comprising a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof and each probe It is a determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration.
  • the present invention comprises means for detecting a single nucleotide polymorphism in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 in the US Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism in the NTRK2 gene.
  • the probe comprises a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof, and each probe. It is a determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration.
  • NBI National Center for Biotechnology Information
  • the probe comprises a set of a common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof, and each probe. It is a determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration.
  • the said various problems in the past can be solved, the said objective can be achieved, and the susceptibility of the age-related macular degeneration which brings about a remarkable visual acuity can be estimated with high precision and probability.
  • Suitable for early prevention of age-related macular degeneration and selection of optimal drug therapy for patients who have already developed age-related macular degeneration susceptibility determination, which can easily determine the difficulty of age-related macular degeneration A method and an age-related macular degeneration susceptibility determination kit can be provided.
  • FIG. 1 is a view showing the position of the NTRK2 gene in the 9th chromosome long arm 9q21.33 region (the part indicated by the arrow in FIG. 1).
  • FIG. 2 shows the exon-intron structure of NTRK2 gene contained in chr9: 86450,000-87000000 of NCBI Build 36 (hg 18), the position of NTRK2 gene SNP rs4075651 (the part indicated by the downward arrow in FIG. 2), It is a figure which shows the linkage disequilibrium block in an Asian (Japanese + Han Chinese).
  • FIG. 1 is a view showing the position of the NTRK2 gene in the 9th chromosome long arm 9q21.33 region (the part indicated by the arrow in FIG. 1).
  • FIG. 2 shows the exon-intron structure of NTRK2 gene contained in chr9: 86450,000-87000000 of NCBI Build 36 (hg 18), the position of NTRK2 gene SNP rs4075651
  • FIG. 3 shows the 3 'region of the NTRK2 locus and the linkage disequilibrium block in East Asians (Japanese + Han Chinese) in the region corresponding to chr9: 86763166-868484877 in NCBI Build 36 (hg 18).
  • FIG. 3 is a diagram showing a known single nucleotide polymorphism dbSNP ID contained in the linkage disequilibrium block.
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention includes at least a detection step and a determination step, and further includes other steps such as an additional detection step as necessary.
  • the detection step is an allele of dbSNP ID number: rs4077551 in the US Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene.
  • Aspect (I) which is a detection step (I) for detecting allele C in G or its complementary strand (hereinafter sometimes referred to as “first aspect”), US Biotechnology Information Center which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene (NCBI) dbSNP ID number: rs9287326 allele C of NP9287326 or allele G in its complementary strand (II) is a detection step (II) (hereinafter may be referred to as “second embodiment”), the above Detection step (I) for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs4077551 I) (hereinafter, sometimes referred to as “third aspect”), and the detection step (IV) of detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with rs9287326 (hereinafter referred to as “ May be referred to as “fourth aspect”).
  • first aspect
  • the first aspect and the second aspect are preferable, and the first aspect is more preferable.
  • susceptibility to age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy.
  • susceptibility to age-related macular degeneration, or smoking-sensitive exudation type Age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy.
  • the detection step comprises the US Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of a neurotrophic tyrosine receptor kinase type 2 (NTRK2) gene in a sample containing DNA derived from a subject.
  • NTRK2 neurotrophic tyrosine receptor kinase type 2
  • the detection step is a single nucleotide polymorphism of LRP1B (low-density lipoprotein receptor-related protein 1b) gene which is a low-density lipoprotein receptor family in a sample containing DNA derived from a subject.
  • LRP1B low-density lipoprotein receptor-related protein 1b
  • This is a step of detecting the allele C of the dbSNP ID number: rs9287326 in the Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database or allele G in its complementary strand (hereinafter sometimes referred to as “detection step (II)”).
  • the detection step in the third aspect is a step of detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs40775561 (hereinafter sometimes referred to as “detection step (III)”).
  • the detection step in the fourth aspect is a step of detecting a single nucleotide polymorphism that is in linkage disequilibrium with the rs9287326 (hereinafter sometimes referred to as “detection step (IV)”).
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • a polymorphism generally refers to a state in which the base sequence of a gene is different at one position and its site.
  • a polymorphism generally refers to two or more alleles (alleles) present at a frequency of 1% or more in the population.
  • the “SNP” is preferably an SNP registered in a public database that can be freely used by those skilled in the art and can be identified from the reference number. Examples of such databases include the SNP database of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and the JSNP (registered trademark) database of IMS-JST (University of Tokyo, Japan Science and Technology Foundation).
  • the SNP in the present invention can be specified by the dbSNP ID which is the reference number of the NCBI SNP database.
  • dbSNP ID is the reference number of the NCBI SNP database.
  • NTRK2 gene and rs4077551 -NTRK2 gene-
  • the NTRK2 gene is a gene encoding a brain-derived neurotrophic factor (BDNF) receptor, and is also referred to as a TrkB gene. As shown in FIGS. 1 and 2, the NTRK2 gene is located in the long arm q21.33 region of chromosome 9, and the gene orientation is forward in the chromosome direction.
  • BDNF brain-derived neurotrophic factor
  • rs4077551- of the NTRK2 gene The NTK2 gene SNP rs4077551 (hereinafter sometimes referred to as “SNP1”) is located in the 3 ′ intron region of the NTRK2 gene (for example, the 3 ′ downstream region in the short NTRK2 gene such as NM_00101805.22). Single nucleotide polymorphism, and its location is chr9: 86785591-86785591. Note that rs4077551 is the dbSNP ID number of the NCBI SNP database.
  • rs4077551 of the NTRK2 gene intron is expected to correspond to the base position involved in the binding ability change in the transcription factor binding site where a plurality of transcription factors (for example, FOXD1, NR2E3, RORA, etc.) bind, and is related to transcriptional regulation.
  • a plurality of transcription factors for example, FOXD1, NR2E3, RORA, etc.
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 shown below are base sequences including rs4077551 (SNP1).
  • the part marked with is the part of rs4077551 (SNP1).
  • the susceptibility allele (risk allele) of SNP1 is “G”.
  • the detection step (I) is preferably a step of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • LRP1B gene and rs9287326 -LRP1B gene-
  • the LRP1B gene is a gene encoding LRP1B belonging to the low density lipoprotein receptor family.
  • the LRP1B gene is located in the long arm q22.1-22.2 region of chromosome 2, and the gene orientation is reverse to the chromosome direction.
  • rs9287326 of LRP1B gene- Rs9287326 (hereinafter sometimes referred to as “SNP2”) of the SRP of the LRP1B gene is a single nucleotide polymorphism located in the first intron region of the LRP1B gene, and its location is chr2: 142358643-143358863 ( Human genome version: hg18). Note that rs9287326 is the dbSNP ID number of the NCBI SNP database.
  • rs9287326 of LRP1B gene intron is expected to correspond to a base position involved in binding ability change in a transcription factor binding site to which a plurality of transcription factors (for example, CREB1, ESR1, PAX2, etc.) bind, and is related to transcriptional regulation.
  • a plurality of transcription factors for example, CREB1, ESR1, PAX2, etc.
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 shown below are base sequences including rs9287326 (SNP2).
  • the part marked with is the part of rs9287326 (SNP2).
  • the susceptibility allele (risk allele) of SNP2 is “C”.
  • the detection step (II) is preferably a step of detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • a linkage disequilibrium is when the frequency of occurrence of a particular allele combination at two closely linked loci in an organism population differs from the expected value estimated from each gene frequency. In order for linkage disequilibrium to occur, it is essential that the physical distance between the two loci is very close. In the present invention, a relationship in which a combination of specific alleles in two SNPs has a high frequency within a certain group and the behaviors of the two SNPs are not independent is referred to as a “SNP in linkage disequilibrium”.
  • a haplotype is a continuous gene group or gene region on a haploid chromosome. A combination of SNPs that are statistically related on the same chromosome, that is, genetically linked to each other.
  • the “SNP in linkage disequilibrium relationship with rs4077551 (SNP1)” is not particularly limited and can be appropriately selected according to the purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient (D ′) between the two SNPs can be selected. Value) is preferably greater than 0.5, more preferably greater than 0.7.
  • the “linkage disequilibrium coefficient (D ′ value)” is related to the SNP at locus A and the SNP at locus B existing on the same chromosome (linkage disequilibrium exists).
  • the linkage disequilibrium coefficient: D value which is defined as a measure of linkage disequilibrium by how much the four haplotype frequencies resulting from the combination of two SNP alleles deviate from the product of each allele frequency.
  • the D ′ value is used as a scale representing the history of recombination.
  • Linkage disequilibrium coefficient: D value is calculated by the following formula (5) derived from the following formulas (1) to (4). The range of the D value is -0.25 to 0.25.
  • the range of the D ′ value is 0-1.
  • D max min (P A P b , P a P B ) Formula (7)
  • D ′
  • D ′
  • the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) can be obtained from the homepage of “International HapMap Project”. For example, linkage disequilibrium (LD) data “JPT” for the Japanese population is available at http: // hapmap. ncbi. nlm. nih. gov / index. html. ja, genome version: NCBI B38 assembly, dbSNP b126.
  • the single nucleotide polymorphisms in linkage disequilibrium relationship with rs40775561 include a linkage disequilibrium coefficient (D 'value) of rs40775561 exceeding 0.5, rs40775562, rs40775274, rs45047715, rs44040690, rs4358872, rs44015950, and rs1179586 , Rs17088001, rs17088013, rs17088022, rs17088028, rs1948308, rs7036090, rs4394479, rs2378676, rs101182581, rs1741138241, rs1138823, rs1138830, rs1138830 s972604, rs10435949, rs11791017, rs9886759, rs17334250, rs587861,
  • the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) with respect to rs40775561 exceeds 0.7, rs40775562, rs40775274, rs45047715, rs4406490, rs4358872, rs4401950.
  • r 2 value Another index indicating that two SNPs are in linkage disequilibrium is “r 2 value”.
  • the r 2 value is taken as a scale representing the origin of mutation.
  • the r 2 value can be obtained from the homepage of “International HapMap Project”.
  • linkage disequilibrium (LD) data “JPT” for the Japanese population is available at http: // hapmap. ncbi. nlm. nih. gov / index. html. ja, genome version: NCBI B38 assembly, dbSNP b126.
  • the linkage disequilibrium coefficient (r 2 value) for the single nucleotide polymorphism rs40775561 having a linkage disequilibrium relationship with rs4077551 (SNP1) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the purpose. It is preferable to exceed 2.
  • Examples of the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium coefficient (r 2 value) of more than 0.2 with respect to rs407755561 include rs407755562, rs40775274, rs44040690, rs4358872, rs10868246, rs1948308, rs7036090, rs2137576, rs10125141, rs70190, rs2291506, rs1387923, rs11140831.
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • the SNP in linkage disequilibrium relationship with the rs9287326 is not particularly limited as long as the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) with respect to the rs9287326 exceeds 0.5, and may be appropriately selected according to the purpose. However, it is preferable that the D ′ value exceeds 0.7. Further, the linkage disequilibrium coefficient (r 2 value) of the SNP having the linkage disequilibrium relationship with the rs9287326 (SNP2) with respect to the rs9287326 is not particularly limited and may be appropriately selected according to the purpose. It is preferable to exceed 2.
  • Examples of the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) of more than 0.5 with respect to rs9287326 include rs6429927, rs4662555, rs13429414, rs1991997, rs1991998, rs1408365, rs12611558, rs126214414, rs10165546, rs1118284, rs7599354, rs2381167, rs13418027, rs15661019, rs13012265, rs10496906, rs4662557, rs1435598, rs10183142, rs10496907, rs1529869, rs18998018, rs10198650, rs98943640, rs98943640, rs98943640, rs1689436 rs13013316, rs12466188
  • the single nucleotide polymorphisms in linkage disequilibrium relationship with rs9287326 include a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.7 for rs9287326, rs64299927, rs4662555, rs13429414, rs1991997, rs1991998, rs13408365, rs12611558.
  • linkage disequilibrium coefficient 0.2 for rs9287326, rs6429927, rs4662555, rs13429414, rs1991997, rs1991998, rs13408365, rs12611558 , Rs12621414, rs10165154, rs11884984, rs7602677, rs7595934, rs2381167, rs13418027, rs15661019, rs13012265, rs10496906, rs4662557, rs14383598, rs152969587, rs1529695980 , Rs16847640, rs1369542, rs13013316, rs12466188, rs13011272, rs956958, r
  • the DNA-containing sample has a linkage disequilibrium relationship with the NTRK2 gene region derived from the subject in the first embodiment, the LRP1B gene region derived from the subject in the second embodiment, and the rs4077551 in the third embodiment.
  • a region containing a single nucleotide polymorphism in the above, in the fourth aspect at least a region containing a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326, and including an additional detection step to be described later And a region containing a single nucleotide polymorphism detected in the additional detection step.
  • the DNA-containing sample may be prepared in advance as DNA, or may be collected from a specimen and prepared from DNA.
  • the DNA-containing sample may be a DNA transcription product instead of DNA, or a mixed solution thereof.
  • the sample derived from the subject used when the DNA-containing sample is collected from the subject is not particularly limited and can be appropriately selected according to the purpose.
  • cells, tissues, blood, blood cell components, saliva , Lymph and hair may be used alone or in combination of two or more.
  • the sample derived from the subject is preferable because blood and blood cell components that are fractions thereof are easy to collect.
  • the method for extracting DNA from the sample derived from the subject is not particularly limited and can be appropriately selected from known methods according to the purpose.
  • the DNA-containing sample may be the extracted DNA itself, and is obtained by previously amplifying a region containing at least one of the base sequences represented by SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 14 by PCR. Amplification products may also be used.
  • the determination step in the first aspect is a step of determining that the rs40775561 is susceptible to age-related macular degeneration when the rs4077551 has the allele G.
  • the complementary strand of the rs4077551 has the allele C and the rs40775561 has the allele G.
  • the determination step in the second aspect is a step of determining that the rs9287326 is susceptible to age-related macular degeneration when the rs9287326 has the allele C. It is to be noted that the complementary strand of rsrs9287326 has allele G and that rs9287326 has allele C.
  • the determination step is susceptible to age-related macular degeneration when the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with rs40775561 has an allele in linkage disequilibrium with rs40775561. It is a step of determining.
  • the determination step in the fourth aspect is a linkage disequilibrium relationship with the rs9287326, and a single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.5 for the rs9287326 is not linked with the rs9287326. It is a step of determining that it is susceptible to age-related macular degeneration when it has an allele in equilibrium.
  • the presence or absence of the allele in each of the above embodiments and the presence or absence of the allele detected in the additional detection step are combined, so that age-related macular degeneration susceptibility is achieved. Can be determined.
  • rs4077551 when the NTRK2 gene SNP rs4077551 is highly correlated with the susceptibility to age-related macular degeneration, rs4077551 is “G” (allele G; allele C in its complementary strand). In the case of a susceptible allele (risk allele), “T” (allele T; allele A in its complementary strand) is a susceptible allele, and rs4077551 has at least one allele G (ie, heterozygous or homozygous) ) If it has, it can be determined that it is susceptible to age-related macular degeneration with a high probability and accuracy, and if it has two alleles G (that is, homozygous), it has a higher probability and accuracy.
  • the disease is susceptible to degeneration.
  • SRP rs9287326 of the LRP1B gene shows a high correlation with susceptibility to age-related macular degeneration, and rs9287326 is “C” (allele C; allele G in its complementary strand)
  • the susceptibility allele (risk allele) And “A” allele A; allele T in its complementary strand
  • A allele A; allele T in its complementary strand
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention is combined with an additional detection step including at least one of the detection processes shown in the following (1) to (9), so that the detection step alone can be performed.
  • the difficulty of age-related macular degeneration susceptibility can be determined with a higher probability. That is, the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention preferably includes an additional detection step, and the additional detection step includes at least one of detection processes (1) to (9) described later. It is preferable to contain.
  • the additional detection step may be performed simultaneously with the detection step or may be performed separately. When performed separately, the order can be appropriately selected according to the purpose.
  • each detection process in the said additional detection process may be performed simultaneously, and may be performed separately. When performed separately, the order can be appropriately selected according to the purpose.
  • the determination step of the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention including the additional detection step is performed in addition to the case where the risk allele is detected in the detection step. It is a process of determining that it is susceptible to age-related macular degeneration when detected.
  • the additional detection step (i) can be suitably used when the detection step is “detection step (I)”.
  • the additional detection step (i) includes at least one of the following detection processes (2) to (9). Among these, the detection process is preferably at least one of the following (2), (5), (6), (7), and (9), (5) and (6), and (5) and More preferably, the detection process is any one of (7).
  • the preferable detection process is advantageous in that the difficulty of aging macular degeneration can be determined with a higher probability.
  • the additional detection step (ii) can be suitably used when the detection step is “detection step (II)”.
  • the additional detection step (ii) includes at least one of the following detection processes (1) and (3) to (9). Among these, the detection process (1) below is advantageous in that it is possible to determine the difficulty of age-related macular degeneration susceptibility with higher probability.
  • the additional detection step (iii) can be suitably used when the detection step is “detection step (III)”.
  • the additional detection step (iii) includes at least one of the following detection processes (1), (2), and (4) to (9).
  • the additional detection step (iv) can be suitably used when the detection step is “detection step (IV)”.
  • the additional detection step (iv) includes at least one of the following detection processes (1) to (3) and (5) to (9).
  • NTRK2 gene and rs4077551 The NTRK2 gene and rs4077551 are as described above.
  • SNP1 Single nucleotide polymorphism rs4077551 (SNP1) of the NTRK2 gene
  • SNP1 the allele G of dbSNP ID number: rs4077551 (SNP1) in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene, in a DNA-containing sample derived from a subject or its complement This is a process for detecting allele C in the chain.
  • NCBI National Center for Biotechnology Information
  • the determination step further includes the rs4075651 (SNP1). Is a step of determining that it is susceptible to age-related macular degeneration when it has allele G.
  • SNP1 complementary strand of rs4077551
  • the detection process (1) is preferably a step of detecting the base sequences represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or their complementary base sequences in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • LRP1B gene and rs9287326 The LRP1B gene and rs9287326 are as described above.
  • the detection process (2) is preferably a process for detecting the base sequences represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or their complementary base sequences in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • SNP in linkage disequilibrium with SNP1 (3) SNP in linkage disequilibrium with SNP1
  • the detection process (3) is in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs4077551 (SNP1) of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene, in a sample containing DNA derived from the subject. This is a process for detecting a single nucleotide polymorphism.
  • NCBI National Center for Biotechnology Information
  • the determination step is performed in addition to the case where the SNP in the detection step has a risk allele. It is a step of determining that it is susceptible to age-related macular degeneration when a single nucleotide polymorphism in equilibrium has an allele in linkage disequilibrium with rs40775561.
  • the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium relationship with rs4077551 in the detection process (3) is not particularly limited and can be appropriately selected depending on the purpose, but the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value for rs40775561) can be selected. ) Is preferably greater than 0.5, more preferably greater than 0.7.
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.5 for the rs4077551 is the same as that described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 1] in ⁇ Detection step> above. preferable.
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.7 for rs40775561 is the same as that described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 1] in ⁇ Detection step> above. preferable.
  • the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium relationship with rs4077551 in the detection process (3) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the purpose.
  • ( Binary) is preferably more than 0.2.
  • the SNP having the r 2 value exceeding 0.2 is preferably the same as that described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 1] in ⁇ Detection step> above.
  • SNP1 single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs4077551
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • SNP in linkage disequilibrium with SNP2 (4) SNP in linkage disequilibrium with SNP2
  • the detection process (4) is in a linkage disequilibrium relationship with the dbSNP ID number: rs9287326 (SNP2) in the US Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database, which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene, in a sample containing DNA derived from the subject. This is a process for detecting a single nucleotide polymorphism.
  • the determination step further includes linkage with the rs9287326. It is a step of determining that it is susceptible to age-related macular degeneration when a single nucleotide polymorphism in equilibrium has an allele in linkage disequilibrium with rs9287326.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs9287326 in the detection process (4) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) for rs9287326 ) Is preferably greater than 0.5, more preferably greater than 0.7.
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.5 for the rs9287326 is the same as that described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 2] in ⁇ Detection step> above. preferable.
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.7 for the rs9287326 is the same as that described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 2] in ⁇ Detection step> above. preferable.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs9287326 in the detection process (4) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient (rr) for rs9287326 (r ( Binary) is preferably more than 0.2.
  • the SNP having an r 2 value exceeding 0.2 is preferably the same as described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 2] in ⁇ Detection step> above.
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • HTRA1 gene and rs11200638 The serine protease gene (HTRA1) is a gene located in the chromosome 10 long arm q26 region, and rs11200638 (hereinafter sometimes referred to as “SNP3”) is a single nucleotide polymorphism located in the promoter region of the HTRA1 gene. It is.
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 shown below are base sequences including rs11200638 (SNP3), and the underlined portion in the base sequences represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 The portion marked with is rs11200638 (SNP3).
  • the susceptibility allele (risk allele) of SNP3 is “A” (its complementary pair is “T”).
  • the detection process (5) is preferably a process for detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • the complement factor H (CFH) gene is a gene located in the long arm q31.3 region of chromosome 1, and the following three single nucleotide polymorphisms are known as markers for susceptibility to age-related macular degeneration. It has been.
  • SNP4 amino acid mutation
  • SNP4 SNP of intron 14: rs1410996 (hereinafter sometimes referred to as “SNP5”).
  • SNP6 Missing SNP of coding region accompanied by amino acid mutation (Y402H) in which the tyrosine at protein 402 in exon 9 is mutated to histidine: rs1061170 (hereinafter sometimes referred to as “SNP6”).
  • the detection treatment (6) Single nucleotide polymorphism rs8000029 of the CFH gene
  • the allele C of dbSNP ID number rs80000292 (SNP4) of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) SNP database which is a single nucleotide polymorphism of the CFH gene, or a complementary chain thereof in a sample containing DNA derived from a subject This is a process for detecting allele G.
  • the determination step further includes the rs80000292 (SNP4).
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 shown below are base sequences including rs80000292 (SNP4).
  • the part marked with is the part of rs80000292 (SNP4).
  • the susceptibility allele (risk allele) of SNP4 is “C”
  • the base sequence represented by SEQ ID NO: 7 is “G” which is a complementary pair thereof.
  • the detection process (6) is preferably a process for detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 shown below are base sequences including rs1410996 (SNP5).
  • the part marked with is the part of rs1410996 (SNP5).
  • the susceptibility allele (risk allele) of SNP5 is “C”
  • the base sequence represented by SEQ ID NO: 9 is “G” which is a complementary pair thereof.
  • the detection process (7) is preferably a process for detecting the base sequences represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10 or their complementary base sequences in a DNA-containing sample derived from the subject.
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 shown below are base sequences including rs1061170 (SNP6), and the underlined portion in the base sequences represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 The part marked with is rs1061170 (SNP6). Further, the susceptibility allele (risk allele) of SNP6 is “C”, and the base sequence represented by SEQ ID NO: 11 is “G” which is a complementary pair thereof.
  • the detection process (8) is preferably a process for detecting the base sequences represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or their complementary base sequences in a DNA-containing sample derived from the subject.
  • AMD susceptibility locus 2 (ARMS2) is a gene located in the chromosome 10 long arm q26 region, and rs10490924 (hereinafter sometimes referred to as “SNP7”) has a protein whose 69th alanine is mutated to serine. It is a missense single nucleotide polymorphism of the coding region with an amino acid mutation (A69S).
  • the base sequences represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 shown below are base sequences including rs10490924 (SNP7), and the underlined portion in the base sequences represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 The part marked with is rs10490924 (SNP7).
  • the susceptibility allele (risk allele) of SNP7 is “T” (its complementary pair is “A”).
  • the detection process (9) is preferably a process for detecting a base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 or a complementary base sequence thereof in a DNA-containing sample derived from a subject.
  • the method for analyzing the SNP is not particularly limited, and can be appropriately selected from known methods according to the purpose. For example, Mori K et al. , Invest Ophthalmol Vis Sci, 2007, 48 (11), 5315-5319, and the method described in JP-T-2008-529536.
  • the method for detecting the single nucleotide polymorphism is not particularly limited, and a known method can be appropriately selected according to the purpose. For example, polymerase chain reaction (PCR), nucleotide sequence analysis, DNA microarray , Invader assay, PCR-RETINA method (PCR-real-time inverter assay; see JP 2008-263974 A), PCR-restriction fragment polymorphism method (PCR-RFLP method) and the like.
  • PCR polymerase chain reaction
  • nucleotide sequence analysis DNA microarray
  • Invader assay PCR-RETINA method
  • PCR-RETINA method PCR-real-time inverter assay; see JP 2008-
  • the age-related macular degeneration susceptibility determination method of the present invention enables determination of the susceptibility to age-related macular degeneration with higher probability and accuracy when used in combination with such a kit.
  • the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention can be suitably used as a method for determining susceptibility to smoking-sensitive age-related macular degeneration and smoking-sensitive wet-type age-related macular degeneration. That is, when the rs40775561 (SNP1) has the allele G, or the rs9287326 (SNP2) has the allele C, it can be determined that it is susceptible to aging-related macular degeneration.
  • the rs4077551 has at least one allele G (ie, hetero or homo), or the rs9287326 has at least one allele C (ie, hetero or homo), with high probability and accuracy. It can be determined that it is susceptible to smoking-related age-related macular degeneration, and if the rs40775561 has two alleles G (ie homozygous), or the rs9287326 has two alleles C (ie homozygous) ), It can be determined that it is susceptible to aging-related macular degeneration with higher probability and accuracy.
  • the rs4077551 has the allele G, or the rs9287326 has the allele C, it can be determined that the aging-sensitive macular degeneration is susceptible to smoking.
  • the rs4077551 has at least one allele G (ie, hetero or homo), or the rs9287326 has at least one allele C (ie, hetero or homo), with high probability and accuracy.
  • age-related macular degeneration is associated with smoking history as an environmental factor in addition to genetic factors.
  • no genetic polymorphisms that have been shown to be associated with smoking history in age-related macular degeneration have been reported so far. It is a genetic polymorphism that was first shown to be associated with smoking history in degeneration.
  • wet age-related macular degeneration refers to a broad sense of wet age-related macular degeneration accompanied by neovascularization. (PCV) is included.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs4077551 or the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs9287326 has a linkage disequilibrium relationship with rs40775561 or rs9287326. Similar to rs9287326, it can be suitably used to determine susceptibility to smoking-sensitive age-related macular degeneration and / or wet-type age-related macular degeneration.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs4077551 is at least one susceptibility allele (risk allele) in linkage disequilibrium relationship with allele G of rs40775561 or allele C in its complementary strand (ie, A single nucleotide polymorphism that is in linkage disequilibrium with rs9287326 or a susceptible allele that is in linkage disequilibrium with allele G in rs9287326 or its complementary strand (risk allele).
  • risk allele susceptibility allele
  • the age-related macular degeneration susceptibility determination method can be suitably used for the age-related macular degeneration susceptibility determination kit of the present invention described later. According to the method for determining susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention, it is possible to predict the onset and progression of age-related macular degeneration, smoking-sensitive age-related macular degeneration and smoking-sensitive exudative age-related macular degeneration. For people at high risk, more frequent ophthalmic examinations can prevent early age-related macular degeneration and, for patients who have already developed age-related macular degeneration, select the optimal drug treatment Is possible.
  • allele G of dbSNP ID number: rs4077551 (SNP1) in the US Biotechnology Information Center (NCBI) SNP database which is a single nucleotide polymorphism of the NTRK2 gene is used.
  • an embodiment comprising at least means for detecting allele C in its complementary strand (hereinafter sometimes referred to as “first embodiment”), the National Center for Biotechnology Information (NCBI), which is a single nucleotide polymorphism of the LRP1B gene
  • An aspect including at least a means for detecting a polymorphism (hereinafter sometimes referred to as “third aspect”), and at least a means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326 (SNP2).
  • the first aspect and the second aspect are preferable, and the first aspect is more preferable.
  • susceptibility to age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy.
  • susceptibility to age-related macular degeneration, or smoking-sensitive exudation type Age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy.
  • the kit for determining susceptibility to age-related macular degeneration includes means for detecting at least allele C of rs4077551 or allele C in its complementary strand, and if necessary, an additional detection set, Includes other elements such as enzymes, PCR buffers, containers and instructions for use.
  • the means for detecting allele G of rs4077551 or allele C in its complementary strand is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose. However, SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 including rs4077551 are included. A common primer pair for detecting the base sequence represented by or a complementary base sequence thereof and a set of each of the probes for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or their complementary base sequences It is preferable to include.
  • the kit for determining susceptibility to age-related macular degeneration includes a means for detecting at least allele C of rs9287326 or allele G in its complementary strand, and if necessary, an additional detection set, Includes other elements such as enzymes, PCR buffers, containers and instructions for use.
  • the means for detecting allele C of rs9287326 or allele G in its complementary strand is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • a common primer pair for detecting the base sequence represented by or a complementary base sequence thereof and a set of each of the probes for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or their complementary base sequences It is preferable to include. 5′-AGATAAAAGCAAACTATTCTTTGAGGT A ACACTAACCCGGTGAATAGGGAAATC-3 ′ (SEQ ID NO: 3) 5′-AGATAAAAGCAAACTATTCTTTGAGGT C ACACTAACCCGGTGAATAGGGAAATC-3 ′ (SEQ ID NO: 4)
  • the kit for determining the susceptibility to age-related macular degeneration includes at least a means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs4077551, and, if necessary, an additional detection set.
  • Other elements such as enzymes, PCR buffers, containers, instructions for use.
  • the means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with rs4077551 is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs4077551 is not particularly limited and can be appropriately selected according to the purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) with respect to rs40775561 is 0.5. It is preferable that it exceeds, and it is more preferable that it exceeds 0.7.
  • the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium relationship with rs4077551 is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient (r 2 value) with respect to rs40775561 is 0. It is preferable to exceed 2.
  • the SNP having an r 2 value exceeding 0.2 is described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 1] in ⁇ Detection step> in the above (determination method for susceptibility to age-related macular degeneration). The thing similar to is preferable.
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • the determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration includes at least means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326, and, if necessary, an additional detection set. , Other elements such as enzymes, PCR buffers, containers, instructions for use.
  • the means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with rs9287326 is not particularly limited and can be appropriately selected depending on the purpose.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs9287326 is not particularly limited as long as the linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) with respect to rs9287326 exceeds 0.5, and may be appropriately selected according to the purpose. However, it is preferable that the D ′ value exceeds 0.7.
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) of more than 0.5 for the rs9287326 is [SNP2 and linkage disequilibrium relationship] in ⁇ detection step> in the above (Method for determining susceptibility to age-related macular degeneration). The same as those described in SNP].
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.7 for the rs9287326 is [SNP2 and linkage disequilibrium relations] in ⁇ detection step> in the above (determination method for age-related macular degeneration susceptibility). The same as those described in SNP].
  • linkage disequilibrium coefficient for rs9287326 0. It is preferable to exceed 2.
  • the SNP having an r 2 value exceeding 0.2 is described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 2] in ⁇ Detection step> in the above (Method for determining susceptibility to age-related macular degeneration). The thing similar to is preferable.
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • a probe having a label is bound to a DNA-containing sample (DNA sample) derived from the analyte, the DNA sample is amplified, and the allele of the single nucleotide polymorphism is detected based on the presence or absence of the signal of the label.
  • DNA sample DNA-containing sample
  • the label of the probe for the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 is different from the label of the probe for the base sequence represented by SEQ ID NO: 2.
  • the method for determining the age-related macular degeneration susceptibility determination kit is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose, but the age-related macular degeneration susceptibility determination method of the present invention is used. Is preferred.
  • the primer and primer pair used in the PCR are not particularly limited as long as they can amplify the genomic region containing the SNP to be detected using the sample-containing DNA-containing sample as a template DNA. It can be selected appropriately.
  • the template DNA or a part of its complementary strand may have the same sequence as that of the template DNA or a part of its complementary strand. It may consist of a base sequence in which a base is deleted, substituted, or inserted.
  • the number of bases of the primer is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose, but is preferably 15 to 30 bases, more preferably 17 to 25 bases, and particularly preferably 18 to 22 bases. .
  • the primer pair is preferably designed so that it can be annealed to the template DNA at an equivalent temperature.
  • the method for designing the primer sequence is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the purpose.
  • the probe detects each allele of SNP rs4077551 of the NTRK2 gene, and specifically includes the rs4077551 site of the base sequence represented by SEQ ID NO: 1.
  • SEQ ID NO: 1 This is a combination of a probe having a sequence complementary to a region and a probe having a sequence complementary to a region containing the rs4077551 site of the base sequence represented by SEQ ID NO: 2.
  • other modes can be combined in accordance with the detection target.
  • the fluorescent label of the probe is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose. Examples thereof include FAM, VIC, Cy3, Cy5, FITC, Texas Red, and the like.
  • the probe may have a radioactive label instead of the fluorescent label, but a fluorescent label is preferable from the viewpoint of safety.
  • the method for detecting each allele of the SNP in each of the above embodiments is not particularly limited and can be appropriately selected depending on the purpose.
  • PCR method base sequence analysis, DNA microarray, invader assay, PCR-RETINA method And PCR-RFLP method. These may be used alone or in combination of two or more. Among these, the real-time PCR method is preferable because it can be easily measured.
  • the presence or absence of the allele can be detected by monitoring the fluorescence intensity of the probe over time.
  • the monitoring method is not particularly limited and is appropriately selected according to the purpose. Examples thereof include an intercalator method, a TaqMan method, and a cycling probe method (Molecular Beacon method).
  • the TaqMan method and the cycling probe method can obtain extremely high detection specificity by using a probe specific to the target sequence, and can perform multicolor analysis using a plurality of probes. It is preferable in that it can be performed.
  • the probe used in the TaqMan method is an oligonucleotide whose both ends are modified with a fluorescent substance and a quenching substance and can hybridize to the amplification region of the target nucleic acid, and hybridizes to the target nucleic acid at the time of annealing. It does not fluoresce due to its presence, but fluoresces when it is decomposed by the exonuclease activity of DNA polymerase and the fluorescent substance is released during the extension reaction. Therefore, the amount of amplification product produced can be monitored by measuring the fluorescence intensity, and thereby the presence or absence of the original template DNA can be estimated.
  • the primer and the probe may be in a dry state or in a solution state.
  • the solution is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose. Examples thereof include water and ethanol.
  • the primer and the probe can be appropriately prepared at the desired concentration with the solution at the time of use. There is no restriction
  • the kit for susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention is combined with at least one of the additional detection means shown in the following (1) to (9), so that age-related macular degeneration can be achieved as compared with the case of the detection means alone.
  • the susceptibility difficulty can be determined with a higher probability. That is, it is preferable that the determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration according to the present invention further includes at least one of additional detection means (1) to (9) described later. In the first aspect, it is preferable that at least one of the following detection means (2) to (9) is included as the additional detection means.
  • the additional detection means is an additional detection means of at least any one of the following (2), (5), (6), (7), and (9), (5) and (6), and (5 More preferably, it is an additional detection means of any one of () and (7).
  • the preferred additional detection means is advantageous in that it is possible to determine the difficulty of aging macular degeneration with a higher probability.
  • the additional detection means includes at least one of the following detection means (1) and (3) to (9).
  • the following additional detection means (1) is advantageous in that it is possible to determine the difficulty of aging macular degeneration with a higher probability.
  • the additional detection means includes at least one of the following detection means (1), (2), and (4) to (9).
  • the additional detection means (1) includes a means for detecting the allele G of the rs4077551 or the allele C in its complementary strand, and, if necessary, other elements such as an enzyme, a buffer for PCR, a container, and instructions for use. including.
  • the means for detecting the allele G of rs4077551 or the allele C of its complementary strand in the additional detection means (1) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the rs4077551 (SNP1) A common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 or a complementary base sequence thereof, and the base represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2 It is preferable to include a set with each probe for detecting the sequence or a complementary base sequence thereof.
  • the additional detection means (2) includes means for detecting the allele C of rs9287326 or the allele G in its complementary strand, and, if necessary, other elements such as an enzyme, a buffer for PCR, a container, and instructions for use. including.
  • the means for detecting the allele C of rs9287326 or the allele G of its complementary strand in the additional detection means (2) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the rs9287326 (SNP2) A common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 or a complementary base sequence thereof, and the base represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 It is preferable to include a set with each probe for detecting the sequence or a complementary base sequence thereof.
  • the additional detection means (3) includes a means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs40775561 (SNP1), and if necessary, an enzyme, a buffer for PCR, a container, an instruction manual, etc. Including other elements.
  • the means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs40775561 (SNP1) in the additional detection means (3) is not particularly limited and can be appropriately selected depending on the purpose.
  • the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium relationship with rs4077551 (SNP1) in the additional detection means (3) is not particularly limited and can be appropriately selected depending on the purpose.
  • the coefficient (D ′ value) is preferably more than 0.5, and more preferably 0.7.
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs4077551 in the additional detection means (3) is not particularly limited and can be appropriately selected according to the purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient with respect to rs40775561 (R 2 value) is preferably more than 0.2.
  • the SNP having an r 2 value exceeding 0.2 is described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 1] in ⁇ Detection step> in the above (determination method for susceptibility to age-related macular degeneration). The thing similar to is preferable.
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • the additional detection means (4) includes a means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326 (SNP2), and if necessary, an enzyme, a PCR buffer, a container, an instruction manual, etc. Including other elements.
  • the means for detecting a single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium with the rs9287326 (SNP2) in the additional detection means (4) is not particularly limited and can be appropriately selected depending on the purpose.
  • the single nucleotide polymorphism having a linkage disequilibrium relationship with rs9287326 (SNP2) in the additional detection means (4) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the linkage disequilibrium with respect to rs9287326 is not limited.
  • the coefficient (D ′ value) is preferably more than 0.5, and more preferably 0.7.
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.5 for the rs9287326 is the [detection step] [SNP2 and linkage disequilibrium relationship] of the above (determination method for age-related macular degeneration susceptibility). The same as those described in SNP].
  • the SNP having a linkage disequilibrium coefficient (D ′ value) exceeding 0.7 for the rs9287326 is [SNP1 and linkage disequilibrium relation] in the ⁇ detection step> of the above (determination method for age-related macular degeneration susceptibility). The same as those described in SNP].
  • the single nucleotide polymorphism in linkage disequilibrium relationship with rs9287326 in the additional detection means (4) is not particularly limited and can be appropriately selected according to the purpose.
  • the linkage disequilibrium coefficient for rs9287326 is not limited. (R 2 value) is preferably more than 0.2.
  • the SNP having an r 2 value exceeding 0.2 is described in [SNP in linkage disequilibrium with SNP 2] in ⁇ Detection step> in the above (Method for determining susceptibility to age-related macular degeneration). The thing similar to is preferable.
  • both of the linkage disequilibrium coefficients “D ′ value” and “r 2 value” satisfy the preferable value. preferable.
  • the additional detection means (5) includes a means for detecting the allele A of the single nucleotide polymorphism rs11200638 in the vicinity of the HTRA1 gene or the allele T in its complementary strand, and if necessary, an enzyme, a buffer for PCR , And other elements such as containers and instructions for use.
  • the means for detecting the allele A of rs11200638 or the allele T of its complementary strand in the additional detecting means (5) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose, but the rs11200638 (SNP3) A common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or a complementary base sequence thereof, and the base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 or their It is preferable to include a set with each probe for detecting a complementary base sequence.
  • the additional detection means (6) includes means for detecting the allele C of the single nucleotide polymorphism rs80000292 of the CFH gene or the allele G in its complementary strand, and if necessary, an enzyme, a buffer for PCR, a container, and a use Includes other elements such as instructions.
  • the means for detecting the allele C of rs80000292 or the allele G of its complementary strand in the additional detecting means (6) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • a common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 or a complementary base sequence thereof, and the base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 It is preferable to include a set with each probe for detecting a complementary base sequence.
  • the additional detection means (7) includes means for detecting the allele C of the single nucleotide polymorphism rs1410996 of the CFH gene or the allele G in its complementary strand, and further, if necessary, an enzyme, a buffer for PCR, a container, and instructions for use. Includes other elements such as letters.
  • the means for detecting the allele C of rs1410996 or the allele G of its complementary strand in the additional detection means (7) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • the rs1410996 SNP5
  • the additional detection means (8) includes means for detecting the allele C of the single nucleotide polymorphism rs1061170 of the CFH gene or the allele G in its complementary strand, and further, if necessary, an enzyme, a buffer for PCR, a container, and instructions for use. Includes other elements such as letters.
  • the means for detecting allele C of rs1061170 or its allele G in its complementary strand in the additional detection means (8) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • rs1061170 SNP6
  • SNP6 A common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or a complementary base sequence thereof, and the base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 or a sequence thereof It is preferable to include a set with each probe for detecting a complementary base sequence.
  • the additional detection means (9) includes means for detecting the allele T of the single nucleotide polymorphism rs10490924 of the ARMS2 gene or allele A in its complementary strand, and further, if necessary, an enzyme, a buffer for PCR, a container, and instructions for use. Includes other elements such as letters.
  • the means for detecting the allele T of rs10490924 or the allele A in its complementary strand in the additional detection means (9) is not particularly limited and may be appropriately selected depending on the intended purpose.
  • a common primer pair for detecting the base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 or a complementary base sequence thereof, and the base sequence represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 It is preferable to include a set with each probe for detecting a complementary base sequence.
  • the same primer, probe, etc. can be selected as appropriate.
  • the determination kit for susceptibility to age-related macular degeneration of the present invention can be suitably used as a kit for determining susceptibility to smoking-sensitive age-related macular degeneration and smoking-sensitive wet-type age-related macular degeneration.
  • the age-related macular degeneration susceptibility determination kit is suitable as a diagnostic kit for predicting the onset and progression of age-related macular degeneration, susceptibility to smoking-sensitive age-related macular degeneration and smoking-sensitive wet-type age-related macular degeneration Is available. This enables early prevention of age-related macular degeneration by taking ophthalmic examinations more frequently for people at high risk of onset, and is optimal for patients who have already developed age-related macular degeneration. Selection of appropriate drug treatment methods becomes possible.
  • Example 1 Determination of susceptibility to age-related macular degeneration by SNP1 ⁇ DNA collection process>
  • AMD affected group or “affected group”
  • control group Blood samples were collected from a total of 370 men and women of 123 non-affected individuals who have no fundus disease (hereinafter referred to as “control group”), and DNA samples were obtained from Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega). The product was purified using
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • TaqMan registered trademark SNP Genotyping method (Applied Biosystems) was used, and the following equipment, kits and reagents were used. Using.
  • the DNA sample is subjected to PCR amplification on an applied Biosystems 7000 by (1) StepOnePlus (registered trademark) real-time PCR system (Applied Biosystems) or (2) GeneAmp (registered trademark) PCR System 9700 (Applied Biosystems). Analysis was performed with a PCR system (Applied Biosystems). --PCR conditions-- Cycle 1: 95 ° C, 10 minutes Cycle 2-41: 95 ° C, 5 seconds, then 60 ° C, 1 minute-Kit- TaqMan (registered trademark) SNP Genotyping Assays (Applied Biosystems) -reagent- TaqMan (registered trademark) Genotyping Master Mix (Applied Biosystems)
  • NTRK2 SNP SNP1
  • target sequence 1 SNP1
  • Assay ID C — 279996879 — 20 from TaqMan (registered trademark) SNP Genotyping Assays (Applied Biosystems) was used.
  • PCR primer (the sequence details are not disclosed) is a forward primer having a sequence of about 20 bases from the 5 ′ end of the target sequence 1 of the SNP1 and a reverse primer having a sequence complementary to a sequence of about 20 bases from the 3 ′ end. As such, a pair of PCR primers is set.
  • the SNP allele detection mechanism is as follows.
  • the VIC fluorescent dye of the reporter is bonded to the 5 'end of the TaqMan probe for allele 1
  • the FAM fluorescent dye is bonded to the 5' end of the TaqMan probe for allele 2.
  • a quencher that absorbs fluorescence from the reporter dye is bound to the 3 'ends of both probes, and fluorescence from the reporter dye is not detected until PCR is extended. As the PCR reaction proceeds, the TaqMan probe is degraded, and the fluorescence of the reporter dye released from Quencher can be detected.
  • the SNP rs4077551 of the NTRK2 gene is highly correlated with AMD susceptibility and has one risk allele G, which is significantly more susceptible to AMD, and further, recessive genetic model analysis That is, when the risk allele G is homozygous, the odds ratio of AMD susceptibility may be higher than the odds ratio in the allele frequency analysis when the risk allele G is not homozygous. It became clear. Therefore, it was shown that the difficulty of age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy from SNP rs4077551 of the NTRK2 gene.
  • Example 2 Determination of susceptibility to smoking-sensitive age-related macular degeneration by SNP1
  • Example 1 Total of 226 men and women of AMD-affected group 178 and 48 men and women in the control group
  • the AMD susceptibility was similar to that in Example 1.
  • the odds ratio of smoking susceptibility AMD susceptibility is susceptibility in the whole AMD. It becomes clear that the ratio is higher than the sex odds ratio. Furthermore, in the recessive genetic model analysis, that is, when the risk allele G is homozygous, the risk allele G is not homozygous. It was found that the odds ratio of AMD susceptibility is significantly higher than the odds ratio of susceptibility in the whole AMD.
  • the difficulty of smoking-sensitive age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy from SNP rs4077551 of the NTRK2 gene.
  • the SNP1 has a deep P value (small value) and is susceptible to smoking-sensitive age-related macular degeneration. It was shown to be suitable as a marker for
  • Example 3 Determination of susceptibility to smoking-sensitive exudative age-related macular degeneration by SNP1
  • AMD susceptibility was determined in the same manner as in Example 1.
  • the allele frequency of the SNP1 was analyzed in a wet AMD-affected group with smoking history (157 men and women) and a control group with smoking history (48 men and women), and a significant difference test was performed by Fisher exact test. .
  • the results are shown in Table 5. As a result, the P value was 0.0035, the 95% confidence interval was 1.27 to 3.88, and the odds ratio was 2.23.
  • SNP rs4077551 of the NTRK2 gene has a high correlation with smoking-sensitive wet AMD susceptibility, and in the recessive genetic model analysis, that is, when risk allele G is homozygous, risk allele G is homozygous. It was found that the odds ratio of smoking-sensitive wet AMD susceptibility is higher than the odds ratio in the allele frequency analysis.
  • the NTRK2 gene SNP rs4077551 showed higher correlation between wet AMD susceptibility with a smoking history of 5 years as a boundary than wet AMD susceptibility based on smoking history .
  • the SNP1 has a deep P value (small value), and smoking-sensitive exudation-type age-related macular degeneration It was shown to be suitable as a marker of susceptibility to
  • Example 4 Determination of susceptibility to age-related macular degeneration by combination of SNPs-I
  • DNA collection process As in Example 1, with the approval of the Saitama Medical University Ethics Committee, blood was collected from a total of 370 men, 247 men and women in the AMD-affected group and 123 men and women in the control group, who visited the department of ophthalmology at Saitama Medical University Hospital. The DNA sample was then purified using Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega).
  • a detection step and an additional detection step were performed in the same manner as the detection step of Example 1 except that the SNPs to be detected were SNP3 to 5 shown below in addition to SNP1.
  • SNP3 the SNP rs11200638 of the HTRA1 gene whose correlation with AMD susceptibility has been clarified
  • SNP4 the SNP rs80000292 and rs1410996
  • SNP5 Genotypes of two types of CFH genes SNP rs80000292 and rs1410996
  • the SNP of the HTRA1 gene, the two types of SNPs of the CFH gene, and their target sequences are as shown in the following SNP3 to SNP5 and target sequences 3 to 5, respectively.
  • the SNP3 was genotyped using a custom-made product (Applied ID: RS11200638-RSNPM1) manufactured by Applied Biosystems.
  • SNP4 and SNP5 were genotyped using Assay ID: C_ — 2530382 — 10 and Assay ID: C — — 2530294 — 10 of TaqMan (registered trademark) SNP Genotyping Assays (Applied Biosystems), respectively.
  • -SNP5- SNP located in intron 14 of the CFH gene rs1410996 -Target sequence 5- 5′-TCTACATCAGGTGTATAGCTGAGTG [G / A] CATGAGGTAGGTCAGGGAACTGAGTCA-3 ′ (SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10) 5'-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTG G CATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3 ' ( SEQ ID NO: 9) 5'-TCTACATCAGGTGTAGTAGCTGAGTG A CATGAGGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3 '(SEQ ID NO: 10)
  • Example 5 Determination of susceptibility to age-related macular degeneration by combination of SNPs-II
  • DNA collection process As in Example 1, with the approval of the Saitama Medical University Ethics Committee, blood was collected from a total of 370 men and women, 233 men and women in the AMD affected group, and 123 men and women in the control group, who visited the department of ophthalmology at Saitama Medical University Hospital. The DNA sample was then purified using Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega).
  • a detection step and an additional detection step were performed in the same manner as the detection step of Example 1 except that the SNP to be detected was changed to SNP7 shown below in addition to SNP1.
  • SNP7 ARMS gene SNP rs10490924 whose correlation with AMD susceptibility has been clarified. Genotypes were determined using TaqMan® SNP Genotyping Assays (Applied Biosystems).
  • SNP7 was genotyped using Assay ID: C__29949373_20 of TaqMan (registered trademark) SNP Genotyping Assays (Applied Biosystems).
  • -SNP7- Missense SNP of coding region with amino acid mutation in which the 69th alanine of ARMS2 gene protein is mutated to serine: rs10490924 -Target sequence 7- 5′-TTTATCACACTCCCATGATCCCAGCT [T / G] CTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTTT-3 ′ (SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14) 5′-TTTATCACACTCCCATGATCCCAGCT T CTAAAATCCACACTGAGCTCTCTGTT-3 ′ (SEQ ID NO: 13) 5′-TTTATCACACTCCCATGATCCCAGCT G CTAAAATCCACACTGAGCTCTCTGTT-3 ′ (SEQ ID NO: 14)
  • SNP in linkage disequilibrium with SNP1 The SNPs having a relationship of linkage disequilibrium (Linkage Disequilibrium: LD) with SNP rs4077551 (SNP1) of the NTRK2 gene were analyzed as follows. As shown in FIGS. 1 and 2, the NTRK2 gene is located in the chromosome 9 long arm q21.33 region, the gene orientation is forward in the chromosome direction, and SNP1 is located near the end of the locus 3 It exists in the intron on the side (position of the downward arrow in FIG. 2). The dbSNP ID of SNP1 is rs4077551, and its location is chr9: 86785591-86785591.
  • the 3 ′ region of the NTRK2 locus in FIG. 2 is expanded, and linkage disequilibrium block (LD block: a region indicated by a downward inverted triangle in FIG. 2) in an East Asian (Japanese + Han Chinese) population including SNP1;
  • Tables 21-1 to 21-3 show SNPs that are in a strong linkage disequilibrium relationship with rs4077551 in this LD block in the Japanese population.
  • the basic human genome information was obtained as version NCBI36 / hg18 from UCSC genome browser.
  • the information acquired from International HapMap Project was used for East Asian or Japanese genetic information and linkage disequilibrium coefficient information.
  • the D ′ value is a linkage disequilibrium coefficient and takes a value between 0 and 1.
  • D ′ 0
  • SNP with a high D ′ value (D ′> 0.5 is preferred, D ′> 0.7 is more preferred) is more linkage disequilibrium with SNP1.
  • r 2 is also a linkage disequilibrium coefficient and takes a value between 0 and 1.
  • r 2 0 is indicated, and a SNP having a high r 2 value (preferably r 2 > 0.2) indicates a more linkage disequilibrium relationship with SNP1.
  • SNPs in linkage disequilibrium relationship can determine the difficulty of AMD affliction similar to SNP1 or correlated with SNP1 by analyzing the SNP, and thus can be used as a marker for determining the difficulty of AMD affliction.
  • Example 7 Linkage disequilibrium analysis between SNP1 and rs108682366
  • GWAS genome-wide association analysis
  • rs10868236 present in the intron of the NTRK2 gene as a SNP related to smoking habits (Vink et al., Am J). Hum Genet. (2009) 84, 367-379).
  • Vink et al That one of the intron SNPs of the NTRK2 gene correlates with smoking.
  • Table 22 shows the linkage disequilibrium coefficient information of rs10868236 with respect to SNP1 for rs10868236 as in Example 6.
  • the D ′ value was 0.104
  • the r 2 value was 0.010
  • Example 8 Determination of susceptibility to age-related macular degeneration by SNP2 ⁇ DNA collection process>
  • AMD affected group patients with age-related macular degeneration
  • control group patients with no fundus disease
  • DNA samples were collected from Wizard Genomic DNA. It refine
  • ⁇ Detection process> In the same manner as in Example 1, TaqMan (registered trademark) SNP Genotyping method (Applied Biosystems) was used for analysis of a single nucleotide polymorphism (hereinafter sometimes referred to as “SNP”), and the equipment used (PCR conditions). The same kits and reagents as in Example 1 were used.
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • LRP1B SNP SNP2
  • target sequence 2 target sequence of the LRP1B gene
  • PCR primer (sequence details are not disclosed) is a forward primer having a sequence of about 20 bases from the 5 ′ end of the target sequence 2 of the SNP2 and a reverse primer having a sequence complementary to a sequence of about 20 bases from the 3 ′ end. As such, a pair of PCR primers is set.
  • the allele detection mechanism of the SNP is the same as that of the first embodiment.
  • the SNP rs9287326 of the LRP1B gene is highly correlated with AMD susceptibility and has at least one risk allele C, and is significantly more susceptible to AMD.
  • the odds ratio of AMD susceptibility may be higher than the odds ratio in the allele frequency analysis, compared to the case of having the non-risk allele A in homo. It became clear. Therefore, it was shown that the difficulty of age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy from the SNP rs9287326 of the LRP1B gene.
  • Example 9 Determination of susceptibility to smoking-sensitive age-related macular degeneration by SNP2
  • the AMD susceptibility was the same as in Example 8.
  • the odds ratio of smoking susceptibility to AMD susceptibility is susceptibility to AMD as a whole. It becomes clear that the ratio is higher than the sex odds ratio. Furthermore, in the dominant genetic model analysis, that is, when there is even one risk allele C, the non-risk allele A is homozygous. It was found that the odds ratio of AMD susceptibility is significantly higher than the odds ratio of susceptibility in the whole AMD. Therefore, it was shown that the difficulty of smoking-sensitive age-related macular degeneration can be determined with high probability and accuracy from SNP rs4077551 of the NTRK2 gene.
  • Example 10 Determination of susceptibility to smoking-sensitive exudative age-related macular degeneration by SNP2
  • AMD susceptibility was determined in the same manner as in Example 8.
  • the results are shown in Table 27. As a result, the P value was 0.025, the 95% confidence interval was 1.06 to 4.25, and the odds ratio was 2.94.
  • the SNP rs9287326 of the LRP1B gene shows a high correlation with smoking-sensitive wet AMD susceptibility, and in the dominant genetic model analysis, that is, when there is even one risk allele C, the non-risk allele A is homozygous. It was revealed that the odds ratio of wet AMD susceptible to smoking is higher than the odds ratio in the allele frequency analysis. Moreover, the SNP rs9287326 of the LRP1B gene showed a higher correlation in wet AMD susceptibility with a smoking history as a boundary than in wet AMD susceptibility based on smoking history. . Therefore, it was shown from the SRP rs9287326 of the LRP1B gene that it is possible to determine the difficulty of smoking-sensitive wet age-related macular degeneration with high probability and accuracy.
  • Example 11 Determination of susceptibility to age-related macular degeneration by combination of SNPs-III
  • DNA collection process In the same manner as in Example 8, with the approval of Saitama Medical University Ethics Committee, blood was collected from a total of 370 men, 247 men and women in the AMD affected group and 123 men and women in the control group, who visited the department of ophthalmology at Saitama Medical University Hospital. The DNA sample was then purified using Wizard Genomic DNA Purification Kit (Promega).
  • a detection step and an additional detection step were performed in the same manner as the detection step of Example 8 except that the SNP to be detected was added to SNP2 to be SNP1.
  • the determination of SNP1, its target sequence, and genotype was performed in the same manner as in Example 1.
  • Example 12 SNP in linkage disequilibrium with SNP2
  • SNPs having a relationship of linkage disequilibrium (LD) with SNP rs9287326 (SNP2) of LRP1B gene were examined.
  • the LRP1B gene is located in the long arm q22.1-22.2 region of chromosome 2, the gene orientation is reverse to the chromosome direction, and SNP2 is located in the first intron region.
  • the dbSNP ID of SNP2 is rsrs9287326, and its location is chr2: 142358643-142357864.
  • Table 35-1 and Table 35-2 show the results of searching for SNPs in a linkage disequilibrium relationship with rs9287326 in the Japanese population.
  • the basic human genome information was obtained as version NCBI36 / hg18 from UCSC genome browser.
  • the information acquired from International HapMap Project was used for Japanese genetic information and linkage disequilibrium coefficient information.
  • the D ′ value is a linkage disequilibrium coefficient and takes a value between 0 and 1.
  • DNP 0
  • SNP with a high D ′ value (D ′> 0.5, preferably D ′> 0.7) is more in linkage disequilibrium with SNP2.
  • r 2 is also a linkage disequilibrium coefficient and takes a value between 0 and 1.
  • r 2 0 is indicated, and a SNP having a high r 2 value (preferably r 2 > 0.2) indicates a more linkage disequilibrium relationship with SNP2.
  • SNPs in linkage disequilibrium relationship can determine the difficulty of AMD affliction similar to SNP2 or correlated with SNP2 by analyzing the SNP, and thus can be used as a marker for determining the difficulty of AMD affliction.
  • the SNPs shown in the present invention have the onset and progression of age-related macular degeneration that causes marked visual loss. Because it is predictable, it can be used as a marker for determining age-related macular degeneration, and can be suitably used for DNA array, nucleotide sequence analysis, rapid DNA amplification method (invader assay) not using PCR method or PCR method, etc. is there.
  • the sex determination method for age-related macular degeneration and the kit for determining age-related macular degeneration according to the present invention include the onset and progression of age-related macular degeneration, smoking-sensitive age-related macular degeneration, and smoking-sensitive exudation-type aging. It is possible to predict the susceptibility to macular degeneration, which enables early prevention of age-related macular degeneration by taking more frequent ophthalmic examinations for people at high risk of onset. Can be suitably used for selection of an optimal drug treatment method. As a result, maintenance of the visual function and improvement of QOL of the elderly, as well as reduction of medical costs for the elderly, are expected, and profits are expected to be returned to society as a whole.

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Abstract

 被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する検出工程(I)と、前記rs4075561がアレルGを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含む加齢黄斑変性易罹患性の判定方法などである。

Description

加齢黄斑変性易罹患性の判定方法及び判定キット
 本発明は、加齢黄斑変性易罹患性判定マーカーに基づく加齢黄斑変性易罹患性判定方法及び加齢黄斑変性易罹患性判定キットに関する。
 加齢黄斑変性(Age-related Macular Degeneration:AMD)は、高齢者の眼底において、網膜中心部の黄斑部に組織の変性や血管新生が起こり、視機能障害に至る加齢性眼科疾患であり、我が国を含む先進国において増加傾向にある疾患である。現在、50歳以上の人口の約0.9%が罹患していると考えられ、数百万人単位の高齢者のQOL(Quality of Life)が著しく損なわれる疾患として注目されている。
 しかし、加齢黄斑変性に対する治療としては、視力低下発症後のものが主体であるため、病期進行してからの治療については効果が限られているのが現状である。
 加齢黄斑変性の発症リスク因子としては、近年、補体系の抑制因子である補体H因子(CFH)(非特許文献1~3参照)、及びセリンプロテアーゼ遺伝子HTRA1近傍(非特許文献4~5参照)の遺伝子多型が同定され、加齢黄斑変性が遺伝的背景により強く影響を受ける可能性が示唆されている。
 しかしながら、これらの遺伝子多型が加齢黄斑変性発症に関与するメカニズムの詳細については不明な点が多く、加齢黄斑変性の診断及び治療の分子標的として必要充分であるか否かについては明らかではない。
 これに対し、CFHをコードする遺伝子の多型部位における変異の存在又は非存在を、一塩基多型(SNP)を用いて測定する加齢黄斑変性を発症する被検体の性向を決定するための診断方法が開示されている(特許文献1参照)。
 しかしながら、この方法を用いても加齢黄斑変性疾患易罹患性の判定の確立及び精度が十分ではない点で問題であった。
 加齢黄斑変性の発症は、前記遺伝的な要因だけでなく、喫煙や食生活等の疾患関連性が指摘されていることから、多数の遺伝子が関連する遺伝的要因と、環境要因との両者が関与する多因子疾患であると考えられる。
 日本人においては、白人種に比べて、特に新生血管を伴う滲出型加齢黄斑変性が多いことが知られている。
 しかしながら、従来報告された遺伝子多型からだけでは日本人加齢黄斑変性の特徴は説明できず、特に滲出型加齢黄斑変性発症のメカニズムに特異的に関与する遺伝子多型及びそれを用いた判定用マーカーが診断・治療において必要とされている。
 また、加齢黄斑変性には、遺伝因子の他、環境因子として、喫煙歴が関連することが報告されてきた。
 しかしながら、加齢黄斑変性において喫煙歴との関連が示された遺伝子多型については、これまでに報告されていない。
 したがって、著しい視力低下をきたす加齢黄斑変性の発症及び進行、喫煙感受性加齢黄斑変性や喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の易罹患性を高い確率で予測可能であり、加齢黄斑変性の早期予防や、既に発症した患者に対する最適な薬剤治療法の選択に好適に利用可能であり、加齢黄斑変性の罹患の難易を簡便に判定可能な加齢黄斑変性易罹患性判定方法及び加齢黄斑変性易罹患性判定キットの提供が強く望まれているのが現状である。
特表2008-529536号公報
Klein RJ et al., Science, 2005, 308(5720), 385-389 Edwards AO et al., Science, 2005, 308(5720), 421-424 Haines JL et al., Science, 2005, 308(5720), 419-421 Yang Z et al., Science, 2006, 314(5801), 992-993 Dewan A et al., Science, 2006, 314(5801), 989-992
 本発明は、従来における前記諸問題を解決し、以下の目的を達成することを課題とする。即ち、本発明は、著しい視力低下をきたす加齢黄斑変性の易罹患性を、高い精度及び確率で予測可能であり、加齢黄斑変性の早期予防や、既に発症した患者に対する最適な薬剤治療法の選択に好適に利用可能であり、加齢黄斑変性の罹患の難易を簡便に判定可能な加齢黄斑変性易罹患性判定方法及び加齢黄斑変性易罹患性判定キットを提供することを目的とする。
 前記課題を解決するため、本発明者らは鋭意検討した結果、以下のような知見を得た。即ち、脳由来神経栄養因子(BDNF)受容体NTRK2/TrkB遺伝子の一塩基多型rs4075561をマーカーとして用い、前記一塩基多型を検出することで、前記一塩基多型から高い確率及び精度で加齢黄斑変性、喫煙感受性加齢黄斑変性、及び喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であること、LRP1B遺伝子の一塩基多型rs9287326をマーカーとして用い、前記一塩基多型を検出することで、前記一塩基多型から高い確率及び精度で加齢黄斑変性、喫煙感受性加齢黄斑変性、及び喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であること、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型をマーカーとして用い、該一塩基多型を検出することで、前記一塩基多型から高い確率及び精度で加齢黄斑変性、喫煙感受性加齢黄斑変性、及び喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であること、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型をマーカーとして用い、該一塩基多型を検出することで、前記一塩基多型から高い確率及び精度で加齢黄斑変性、喫煙感受性加齢黄斑変性、及び喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であること、また、前記各一塩基多型間での組合せ、又は、前記各一塩基多型と、補体H因子(CFH)遺伝子の一塩基多型、AMD感受性遺伝子座2(ARMS2)の一塩基多型、及びセリンプロテアーゼ遺伝子HTRA1近傍の一塩基多型の少なくともいずれかの一塩基多型との組合せにより更に高い精度及び確立で判定可能であることを知見し、本発明の完成に至った。
 本発明は、本発明者らによる前記知見に基づくものであり、前記課題を解決するための手段としては、以下の通りである。即ち、
<1> 被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する検出工程(I)と、
 前記rs4075561がアレルGを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<2> 検出工程(I)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する工程である前記<1>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<3> 被検体由来のDNA含有試料において、
 LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(i)を更に含み、
 判定工程が、更に、前記rs9287326がアレルCを有する場合、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する前記<1>から<2>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<4> 追加の検出工程(i)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<3>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<5> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、rs1982841、rs12000011、rs10868246、rs4419891、rs4242630、rs4305979、rs4631550、rs4394478、rs4242632、rs4142909、rs1490407、rs1490405、rs1490404、rs10116750、rs4142910、rs7853433、rs12378021、rs1490403、rs678654、及びrs474899から選択される少なくともいずれかである前記<3>から<4>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<6> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.7超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、及びrs1982841から選択される少なくともいずれかである前記<3>から<5>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<7> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである前記<3>から<6>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<8> 追加の検出工程(i)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<3>から<7>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<9> 追加の検出工程(i)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<3>から<8>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<10> 追加の検出工程(i)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<3>から<9>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<11> 追加の検出工程(i)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<3>から<10>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<12> 追加の検出工程(i)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<3>から<11>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<13> 被検体由来のDNA含有試料において、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する検出工程(II)と、
 前記rs9287326がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<14> 検出工程(II)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する工程である前記<13>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<15> 被検体由来のDNA含有試料において、
 NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルC、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(ii)を更に含み、
 判定工程が、更に、前記rs4075561がアレルGを有する場合、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する前記<13>から<14>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<16> 追加の検出工程(ii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<15>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<17> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、rs1982841、rs12000011、rs10868246、rs4419891、rs4242630、rs4305979、rs4631550、rs4394478、rs4242632、rs4142909、rs1490407、rs1490405、rs1490404、rs10116750、rs4142910、rs7853433、rs12378021、rs1490403、rs678654、及びrs474899から選択される少なくともいずれかである前記<15>から<16>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<18> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.7超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、及びrs1982841から選択される少なくともいずれかである前記<15>から<17>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<19> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである前記<15>から<18>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<20> 追加の検出工程(ii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<15>から<19>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<21> 追加の検出工程(ii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<15>から<20>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<22> 追加の検出工程(ii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<15>から<21>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<23> 追加の検出工程(ii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<15>から<22>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<24> 追加の検出工程(ii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<15>から<23>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<25> 被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する検出工程(III)と、
 前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<26> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、rs1982841、rs12000011、rs10868246、rs4419891、rs4242630、rs4305979、rs4631550、rs4394478、rs4242632、rs4142909、rs1490407、rs1490405、rs1490404、rs10116750、rs4142910、rs7853433、rs12378021、rs1490403、rs678654、及びrs474899から選択される少なくともいずれかである前記<25>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<27> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.7超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、及びrs1982841から選択される少なくともいずれかである前記<25>から<26>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<28> 被検体由来のDNA含有試料において、
 NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルC、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(iii)を更に含み、
 判定工程が、更に、前記rs4075561がアレルGを有する場合、前記rs9287326がアレルCを有する場合、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する前記<25>から<27>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<29> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<30> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>から<29>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<31> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである前記<28>から<30>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<32> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>から<31>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<33> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>から<32>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<34> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>から<33>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<35> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>から<34>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<36> 追加の検出工程(iii)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<28>から<35>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<37> 被検体由来のDNA含有試料において、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する検出工程(IV)と、
 前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含み、
 前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えであることを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<38> 被検体由来のDNA含有試料において、
 NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルC、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(iv)を更に含み、
 判定工程が、更に、前記rs4075561がアレルGを有する場合、前記rs9287326がアレルCを有する場合、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する前記<37>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<39> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<40> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>から<39>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<41> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、rs1982841、rs12000011、rs10868246、rs4419891、rs4242630、rs4305979、rs4631550、rs4394478、rs4242632、rs4142909、rs1490407、rs1490405、rs1490404、rs10116750、rs4142910、rs7853433、rs12378021、rs1490403、rs678654、及びrs474899から選択される少なくともいずれかである前記<38>から<40>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<42> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.7超えである、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、及びrs1982841から選択される少なくともいずれかである前記<38>から<41>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<43> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>から<42>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<44> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>から<43>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<45> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>から<44>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<46> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>から<45>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<47> 追加の検出工程(iv)が、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理を含む前記<38>から<46>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<48> 加齢黄斑変性が、喫煙感受性加齢黄斑変性である前記<1>から<47>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<49> 喫煙感受性加齢黄斑変性が、喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性である前記<48>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法である。
<50> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段を含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<51> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段が、前記rs4075561を含む、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<50>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<52> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段の少なくともいずれかを更に含む前記<50>から<51>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<53> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rsrs9287326を含む、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<52>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<54> HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段が、前記rs11200638を含む、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<52>から<53>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<55> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs800292を含む、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<52>から<54>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<56> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1410996を含む、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<52>から<55>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<57> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1061170を含む、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<52>から<56>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<58> ARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段が、前記rs10490924を含む、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<52>から<57>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<59> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<60> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs9287326を含む、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<59>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<61> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段の少なくともいずれかを更に含む前記<59>から<60>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<62> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段が、前記rs4075561を含む、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<61>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<63> HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段が、前記rs11200638を含む、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<61>から<62>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<64> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs800292を含む、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<61>から<63>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<65> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1410996を含む、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<61>から<64>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<66> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1061170を含む、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<61>から<65>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<67> ARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段が、前記rs10490924を含む、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<61>から<66>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<68> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<69> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段の少なくともいずれかを更に含む前記<68>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<70> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段が、前記rs4075561を含む、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<71> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rsrs9287326を含む、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>から<70>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<72> HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段が、前記rs11200638を含む、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>から<71>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<73> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs800292を含む、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>から<72>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<74> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1410996を含む、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>から<73>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<75> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1061170を含む、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>から<74>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<76> ARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段が、前記rs10490924を含む、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<69>から<75>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<77> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を含み、
 前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えであることを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<78> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段の少なくともいずれかを更に含む前記<77>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<79> NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段が、前記rs4075561を含む、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
<80> LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rsrs9287326を含む、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>から<79>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTAACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTCACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
<81> HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段が、前記rs11200638を含む、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>から<80>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCAGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
<82> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs800292を含む、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>から<81>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATGTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATATAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
<83> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1410996を含む、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>から<82>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGACATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<84> CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段が、前記rs1061170を含む、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>から<83>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATGATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATAATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
<85> ARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段が、前記rs10490924を含む、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む前記<78>から<84>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTGCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<86> 加齢黄斑変性が、喫煙感受性加齢黄斑変性である前記<50>から<85>のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
<87> 喫煙感受性加齢黄斑変性が、喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性である前記<86>に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットである。
 本発明によれば、従来における前記諸問題を解決し、前記目的を達成することができ、著しい視力低下をきたす加齢黄斑変性の易罹患性を、高い精度及び確率で予測可能であり、加齢黄斑変性の早期予防や、既に発症した患者に対する最適な薬剤治療法の選択に好適に利用可能であり、加齢黄斑変性の罹患の難易を簡便に判定可能な加齢黄斑変性易罹患性判定方法及び加齢黄斑変性易罹患性判定キットを提供することができる。
図1は、第9番染色体長腕9q21.33領域におけるNTRK2遺伝子の位置(図1中、矢印で示す部分)を示す図である。 図2は、NCBI Build 36(hg 18)のchr9:86450000-87000000に含まれるNTRK2遺伝子のエクソン-イントロン構造と、NTRK2遺伝子SNP rs4075561の位置(図2中、下向きの矢印で示す部分)と、東アジア人(日本人+漢族中国人)における連鎖不平衡ブロックを示す図である。 図3は、NCBI Build 36(hg 18)のchr9:86763166-86844877に相当する領域における、NTRK2遺伝子座の3’側領域と、東アジア人(日本人+漢族中国人)における連鎖不平衡ブロックと、該連鎖不平衡ブロックに含まれる既知の一塩基多型のdbSNP IDとを示す図である。
(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法は、検出工程と、判定工程と、を少なくとも含み、必要に応じて、更に追加の検出工程などのその他の工程を含む。
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法の態様としては、前記検出工程が、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する検出工程(I)である態様(以下、「第1の態様」と称することがある。)、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する検出工程(II)である態様(以下、「第2の態様」と称することがある。)、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する検出工程(III)である態様(以下、「第3の態様」と称することがある。)、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する検出工程(IV)である態様(以下、「第4の態様」と称することがある。)が挙げられる。
 これらの態様の中でも、前記第1の態様、前記第2の態様が好ましく、前記第1の態様がより好ましい。前記好ましい態様であると、加齢黄斑変性易罹患性を高い確率及び精度で判定することができ、前記より好ましい態様であると、喫煙感受性加齢黄斑変性易罹患性、又は喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性を高い確率及び精度で判定することができる。
<検出工程>
 前記第1の態様における前記検出工程は、被検体由来のDNA含有試料において、神経栄養性チロシン受容体キナーゼタイプ2(NTRK2)遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する工程(以下、「検出工程(I)」と称することがある。)である。
 前記第2の態様における前記検出工程は、被検体由来のDNA含有試料において、低比重リポタンパク質受容体ファミリーであるLRP1B(low-density lipoprotein receptor-related protein 1b)遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する工程(以下、「検出工程(II)」と称することがある。)である。
 前記第3の態様における前記検出工程は、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する工程(以下、「検出工程(III)」と称することがある。)である。
 前記第4の態様における前記検出工程は、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する工程(以下、「検出工程(IV)」と称することがある。)である。
-一塩基多型-
 一塩基多型(single nucleotide polymorphism:SNP)とは、一般的には、遺伝子の塩基配列が1カ所だけ異なる状態及びその部位をいう。また、多型とは、一般的には、母集団中1%以上の頻度で存在する2以上の対立遺伝子(アレル)をいう。本発明において、「SNP」は、好ましくは、当業者が自由に利用可能な公開されたデータベースに登録されたSNPであって、そのリファレンス番号から特定できるSNPである。このようなデータベースとしては、例えば、米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)のSNPデータベース、IMS-JST(東京大学、科学技術振興財団)のJSNP(登録商標)データベースなどが挙げられる。本発明におけるSNPは、上記NCBIのSNPデータベースのリファレンス番号であるdbSNP IDにより特定できる。以下、本発明においては、特定のSNPを、このNCBIのSNPデータベースのdbSNP IDで記載する。
[NTRK2遺伝子、及びrs4075561]
-NTRK2遺伝子-
 前記NTRK2遺伝子は、脳由来神経栄養因子(BDNF)受容体をコードする遺伝子であり、別名、TrkB遺伝子ともいう。前記NTRK2遺伝子は、図1及び2に示す通り、第9番染色体の長腕q21.33領域に位置し、遺伝子向きは染色体方向に順向きである。
-NTRK2遺伝子の一塩基多型rs4075561-
 NTRK2遺伝子のSNPであるrs4075561(以下、「SNP1」と称することがある)は、前記NTRK2遺伝子の3’側イントロン領域(例えば、NM_001018065.2などの短型NTRK2遺伝子では3’下流領域)に位置する一塩基多型であり、その存在位置は、chr9:86785591-86785591である。なお、rs4075561は、NCBIのSNPデータベースのdbSNP ID番号である。
 なお、NTRK2遺伝子イントロンのrs4075561は、複数の転写因子(例えば、FOXD1、NR2E3、RORAなど)が結合する転写因子結合部位における結合能変化に関与する塩基位置に相当すると予想され、転写調節に関連するSNPである可能性が考えられる。
 以下に示す配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列は、rs4075561(SNP1)を含む塩基配列であり、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs4075561(SNP1)の部位である。また、SNP1の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「G」である。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACT[G/T]GGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1及び配列番号:2)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
 前記検出工程(I)は、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する工程であることが好ましい。
[LRP1B遺伝子、及びrs9287326]
-LRP1B遺伝子-
 前記LRP1B遺伝子は、低比重リポタンパク質受容体ファミリーに属するLRP1Bをコードする遺伝子である。前記LRP1B遺伝子は、第2番染色体の長腕q22.1-22.2領域に位置し、遺伝子向きは染色体方向に逆向きである。
-LRP1B遺伝子の一塩基多型rs9287326-
 LRP1B遺伝子のSNPであるrs9287326(以下、「SNP2」と称することがある)は、前記LRP1B遺伝子の第1イントロン領域に位置する一塩基多型であり、その存在位置は、chr2:142358643-142358643(ヒトゲノムバージョン:hg18)である。なお、rs9287326は、NCBIのSNPデータベースのdbSNP ID番号である。
 なお、LRP1B遺伝子イントロンのrs9287326は、複数の転写因子(例えば、CREB1、ESR1、PAX2など)が結合する転写因子結合部位における結合能変化に関与する塩基位置に相当すると予想され、転写調節に関連するSNPである可能性が考えられる。
 以下に示す配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列は、rs9287326(SNP2)を含む塩基配列であり、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs9287326(SNP2)の部位である。また、SNP2の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「C」である。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGT[A/C]ACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3及び配列番号:4)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
 前記検出工程(II)は、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する工程であることが好ましい。
[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]
-連鎖不平衡-
 生物集団において2つの密に連鎖した遺伝子座における特定の対立遺伝子の組み合わせ出現頻度が、それぞれの遺伝子頻度から推定される期待値と異なる場合を連鎖不平衡という。連鎖不平衡が起こるためには、2つの遺伝子座の物理的距離が非常に近いことが必須である。
 本発明においては、2つのSNPにおける特定のアレルの組み合わせが、ある集団内で頻度が高く、2つのSNPの挙動が独立ではない関係を、「連鎖不平衡関係にあるSNP」という。また、ハプロタイプとは、一倍体染色体上の連続した遺伝子群又は遺伝子領域のことである。同一染色体上で統計学的に見て関連のある、つまり遺伝的に連鎖しているSNPなどの組合せをいう。
 ここで、「前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にあるSNP」としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、2つのSNP間の連鎖不平衡係数(D’値)が、0.5を超えていることが好ましく、0.7を超えていることがより好ましい。
 また、「連鎖不平衡係数(D’値)」は、同一染色体上に存在する遺伝子座AのSNP及び遺伝子座BのSNPについて、2つのSNPの間に関連性がある(連鎖不平衡が存在する)場合、2つのSNPのアレルの組合せにより生じる4つのハプロタイプ頻度が、各アレル頻度の積の値からどれだけずれるかの連鎖不平衡の尺度として定義されている連鎖不平衡係数:D値を規格化したものであり、D’値は組み換えの歴史を表す尺度として用いられる。
 連鎖不平衡係数:D値は、下記数式(1)~(4)より導かれた下記数式(5)により算出される。D値の範囲は、-0.25~0.25である。
  遺伝子座Aのアレル頻度:P P
  遺伝子座Bのアレル頻度:P P
  各ハプロタイプ頻度:PAB、PAb、PaB、Pab
  D = PAB-P   PAB = P+D    数式(1)
  D = P-PAb   PAb = P-D    数式(2)
  D = P-PaB   PaB = P-D    数式(3)
  D = Pab-P   Pab = P+D    数式(4)
  D=PAB・Pab-PAb・PaB    数式(5)
 連鎖不平衡係数(D’値)は、下記数式(6)及び(7)より導かれた下記数式(8)及び(9)により算出される。D’値の範囲は、0~1である。
  Dmin = max (-P, -P
       = (-1)×min (P, P)   数式(6)
  Dmax = min (P, P)         数式(7)
  D’ = |D / Dmax| (D>0の場合)      数式(8)
  D’ = |D / Dmin| (D<0の場合)      数式(9)
 なお、連鎖不平衡係数(D’値)は、「国際HapMap計画(International HapMap Project)」のホームページから入手することができる。例えば、日本人集団の連鎖不平衡(LD)データ「JPT」は、http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.ja、ゲノムバージョン:NCBI B38 assembly, dbSNP b126で入手することができる。
 前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである、rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、rs1982841、rs12000011、rs10868246、rs4419891、rs4242630、rs4305979、rs4631550、rs4394478、rs4242632、rs4142909、rs1490407、rs1490405、rs1490404、rs10116750、rs4142910、rs7853433、rs12378021、rs1490403、rs678654、及びrs474899から選択される少なくともいずれかであることが好ましい。
 また、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.7超えである、rs4075562、rs4075274、rs4504715、rs4406490、rs4358872、rs4401950、rs11795386、rs17088001、rs17088013、rs17088022、rs17088028、rs1948308、rs7036090、rs4394479、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs17418241、rs1387926、rs3739570、rs1387923、rs11140830、rs1073049、rs1586681、rs11140831、rs972604、rs10435949、rs11791017、rs9886759、rs17334250、rs587861、rs17088105、rs11140837、rs1038763、rs11140840、rs17419081、rs17334480、rs7019906、rs12338789、rs12555053、rs684006、rs1490402、rs7032009、rs555685、rs12683954、rs12350350、rs475335、rs596201、rs534196、rs7862675、rs1038762、rs2808708、rs2780931、rs614886、及びrs1982841から選択される少なくともいずれかであることがより好ましい。
 また、2つのSNPが連鎖不平衡関係にあることを示す他の指標としては、「r値」が挙げられる。
 前記r値は、変異の成り立ちを表す尺度として捉えられているものである。
 前記r値は、「国際HapMap計画(International HapMap Project)」のホームページから入手することができる。例えば、日本人集団の連鎖不平衡(LD)データ「JPT」は、http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.ja、ゲノムバージョン:NCBI B38 assembly, dbSNP b126で入手することができる。
 前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型のrs4075561に対する連鎖不平衡係数(r値)としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、0.2を超えていることが好ましい。
 前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(r値)が0.2超えである一塩基多型としては、例えば、rs4075562、rs4075274、rs4406490、rs4358872、rs10868246、rs1948308、rs7036090、rs2378676、rs10125141、rs10115908、rs3739570、rs2291506、rs1387923、rs11140831が挙げられる。
 また、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]
 前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にあるSNPとしては、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5超えであれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記D’値が0.7を超えていることが好ましい。
 また、前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にあるSNPの前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(r値)としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、0.2を超えていることが好ましい。
 前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
 前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5超えである一塩基多型としては、例えば、rs6429927、rs4662555、rs13429414、rs1991997、rs1991998、rs13408365、rs12611558、rs12621414、rs10165154、rs11884984、rs7602677、rs7593594、rs2381167、rs13418027、rs1561019、rs13012265、rs10496906、rs4662557、rs1435598、rs10183142、rs10496907、rs1529869、rs1898018、rs10198650、rs9789430、rs16847640、rs1369542、rs13013316、rs12466188、rs13011272、rs956958、rs10205836、rs12623563、rs13031056、rs2196353、rs12471235、rs12467014、rs10181838、rs1435616、rs1435612、rs16847729、rs7421755、rs16847733、rs1975248、rs1561022、rs1369540、rs7564502、rs10197277、rs16855095、rs1541974、rs1435607、rs1435609が挙げられる。
 前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.7超えである、rs6429927、rs4662555、rs13429414、rs1991997、rs1991998、rs13408365、rs12611558、rs12621414、rs10165154、rs11884984、rs7602677、rs7593594、rs2381167、rs13418027、rs1561019、rs13012265、rs10496906、rs4662557、rs1435598、rs10183142、rs10496907、rs1529869、rs1898018、rs10198650、rs9789430、rs16847640、rs1369542、rs13013316、rs12466188、rs13011272、rs956958、rs10205836、rs12623563、rs13031056、rs2196353、rs12471235、rs12467014、rs10181838、rs1435616、rs1435612、rs16847729、rs7421755、rs16847733、rs1975248、rs1561022、rs1369540、rs7564502、及びrs10197277から選択される少なくともいずれかであることが好ましい。
 前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(r値)0.2超えである、rs6429927、rs4662555、rs13429414、rs1991997、rs1991998、rs13408365、rs12611558、rs12621414、rs10165154、rs11884984、rs7602677、rs7593594、rs2381167、rs13418027、rs1561019、rs13012265、rs10496906、rs4662557、rs1435598、rs10183142、rs10496907、rs1529869、rs1898018、rs10198650、rs9789430、rs16847640、rs1369542、rs13013316、rs12466188、rs13011272、rs956958、rs10205836、rs12623563、rs13031056、rs2196353、rs12471235、rs12467014、rs10181838、rs1435616、rs1435612、rs16847729、rs7421755、rs16847733、rs1975248、rs1561022、rs1369540、rs7564502、rs10197277、rs16855095、rs1541974、rs1435607、及びrs1435609から選択される少なくともいずれかであることが好ましい。
-DNA含有試料-
 前記DNA含有試料は、前記第1の態様では被検体由来の前記NTRK2遺伝子領域を、前記第2の態様では被検体由来のLRP1B遺伝子領域を、前記第3の態様では前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が含まれる領域を、前記第4の態様では前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が含まれる領域を、少なくとも含み、後述する追加の検出工程を含む場合は、当該追加の検出工程で検出する一塩基多型が含まれる領域を更に含むものである。
 前記検出工程において、前記DNA含有試料は、予めDNAとして調製されたものであってもよく、被検体から採取してDNA調製から行ってもよい。
 また、前記DNA含有試料は、DNAの代わりにDNAの転写産物であってもよく、これらの混合溶液であってもよい。
 前記DNA含有試料を前記被検体から採取する際に用いる被検体由来の試料としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、細胞、組織、血液、血球成分、唾液、リンパ液、毛髪などが挙げられる。これらは、1種単独で使用してもよく、2種以上を併用してもよい。これらの中でも、前記被検体由来の試料は、血液及びその分画である血球成分が、採取が簡便であるため好ましい。
 前記被検体由来の試料からDNAを抽出する方法としては、特に制限はなく、公知の方法の中から、目的に応じて適宜選択することができる。
 また、前記DNA含有試料は、前記抽出したDNAそのものであってもよく、配列番号:1から配列番号:14で表される塩基配列の少なくともいずれかを含む領域を予めPCRで増幅して得られた増幅産物であってもよい。
<判定工程>
 前記第1の態様における前記判定工程は、前記rs4075561がアレルGを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs4075561の相補鎖がアレルCを有することと、前記rs4075561がアレルGを有することは同義である。
 前記第2の態様における前記判定工程は、前記rs9287326がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rsrs9287326の相補鎖がアレルGを有することと、前記rs9287326がアレルCを有することは同義である。
 前記第3の態様における前記判定工程は、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。
 前記第4の態様における前記判定工程は、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあり、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである一塩基多型が、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。
 なお、後述する追加の検出工程を行う場合、前記判定工程では、前記各態様におけるアレルの有無と、該追加の検出工程で検出するアレルの有無とを組み合わせることにより、加齢黄斑変性易罹患性の判定を行うことができる。
 下記の実施例から明らかな通り、NTRK2遺伝子のSNP rs4075561が、加齢黄斑変性罹患性と高い相関を示し、rs4075561が、「G」(アレルG;その相補鎖においてはアレルC)の場合、易罹患性アレル(リスクアレル)であり、「T」(アレルT;その相補鎖においてはアレルA)の場合、難罹患性アレルであり、rs4075561がアレルGを少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合に、高い確率及び精度で加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができ、アレルGを2つ(即ち、ホモで)有する場合に、更に高い確率及び精度で加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。
 また、LRP1B遺伝子のSNP rs9287326が、加齢黄斑変性罹患性と高い相関を示し、rs9287326が、「C」(アレルC;その相補鎖においてはアレルG)の場合、易罹患性アレル(リスクアレル)であり、「A」(アレルA;その相補鎖においてはアレルT)の場合、難罹患性アレルであり、rs9287326がアレルCを少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合に、高い確率及び精度で加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができ、アレルCを2つ(即ち、ホモで)有する場合に、更に高い確率及び精度で加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。
 そして、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、又は前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあり、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えである一塩基多型が、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合も高い確率及び精度で加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。
<追加の検出工程、及び判定工程>
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法は、下記(1)~(9)に示す検出処理の少なくともいずれかを含む追加の検出工程と組み合わせることにより、前記検出工程単独の場合よりも、加齢黄斑変性罹患性の難易を更に高い確率で判定することができる。
 すなわち、本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法は、追加の検出工程を含むことが好ましく、前記追加の検出工程としては、後述する検出処理(1)~(9)の少なくともいずれかを含むことが好ましい。
 前記追加の検出工程は、前記検出工程と同時に行ってもよいし、別々に行ってもよい。前記別々に行う場合、その順序は、目的に応じて適宜選択することができる。
 また、前記追加の検出工程における各検出処理は、同時に行ってもよいし、別々に行ってもよい。前記別々に行う場合、その順序は、目的に応じて適宜選択することができる。
 前記追加の検出工程を含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法の前記判定工程は、前記検出工程でリスクアレルが検出された場合に加え、更に前記追加の検出工程でもリスクアレルが検出された場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。
-追加の検出工程(i)-
 前記追加の検出工程(i)は、前記検出工程が「検出工程(I)」の場合に好適に用いることができる。
 前記追加の検出工程(i)は、下記(2)から(9)の少なくともいずれかの検出処理を含む。これらの中でも下記(2)、(5)、(6)、(7)、及び(9)の少なくともいずれかの検出処理であることが好ましく、(5)及び(6)、並びに(5)及び(7)のいずれかの検出処理であることがより好ましい。前記好ましい検出処理であると、更に高い確率で加齢黄斑変性罹患性の難易を判定することができる点で、有利である。
-追加の検出工程(ii)-
 前記追加の検出工程(ii)は、前記検出工程が「検出工程(II)」の場合に好適に用いることができる。
 前記追加の検出工程(ii)は、下記(1)、及び(3)から(9)の少なくともいずれかの検出処理を含む。これらの中でも下記(1)の検出処理が、更に高い確率で加齢黄斑変性罹患性の難易を判定することができる点で、有利である。
-追加の検出工程(iii)-
 前記追加の検出工程(iii)は、前記検出工程が「検出工程(III)」の場合に好適に用いることができる。
 前記追加の検出工程(iii)は、下記(1)、(2)、及び(4)から(9)の少なくともいずれかの検出処理を含む。
-追加の検出工程(iv)-
 前記追加の検出工程(iv)は、前記検出工程が「検出工程(IV)」の場合に好適に用いることができる。
 前記追加の検出工程(iv)は、下記(1)から(3)、及び(5)から(9)の少なくともいずれかの検出処理を含む。
[NTRK2遺伝子、及びrs4075561]
 NTRK2遺伝子、及びrs4075561は、上述した通りである。
(1)NTRK2遺伝子の一塩基多型rs4075561(SNP1)
 検出処理(1)は、被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561(SNP1)のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する処理である。
 前記検出処理(1)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs4075561(SNP1)がアレルGを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs4075561(SNP1)の相補鎖がアレルCを有することと、前記rs4075561がアレルGを有することは同義である。
 前記検出処理(1)は、被検体由来のDNA含有試料において、前記配列番号:1及び前記配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する工程であることが好ましい。
[LRP1B遺伝子、及びrs9287326]
 LRP1B遺伝子、及びrs9287326は、上述した通りである。
(2)LRP1B遺伝子の一塩基多型rs9287326(SNP2)
 検出処理(2)は、被検体由来のDNA含有試料において、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326(SNP2)のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する処理である。
 前記検出処理(2)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs9287326(SNP2)がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs9287326(SNP2)の相補鎖がアレルGを有することと、前記rs9287326がアレルCを有することは同義である。
 前記検出処理(2)は、被検体由来のDNA含有試料において、前記配列番号:3及び前記配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理であることが好ましい。
[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]
(3)SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP
 検出処理(3)は、被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する処理である。
 前記検出処理(3)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。
 前記検出処理(3)における前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が、0.5を超えていることが好ましく、0.7を超えていることがより好ましい。
 前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5を超えているSNPとしては、上記<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.7を超えているSNPとしては、上記<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記検出処理(3)における前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(r値)が、0.2を超えていることが好ましい。
 前記r値が0.2を超えているSNPとしては、上記<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]
(4)SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP
 検出処理(4)は、被検体由来のDNA含有試料において、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する処理である。
 前記検出処理(4)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。
 前記検出処理(4)における前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が、0.5を超えていることが好ましく、0.7を超えていることがより好ましい。
 前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5を超えているSNPとしては、上記<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.7を超えているSNPとしては、上記<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記検出処理(4)における前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(r値)が、0.2を超えていることが好ましい。
 前記r値が0.2を超えているSNPとしては、上記<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
[HTRA1遺伝子、及びrs11200638]
 セリンプロテアーゼ遺伝子(HTRA1)は、第10番染色体長腕q26領域に位置する遺伝子であり、rs11200638(以下、「SNP3」と称することがある)は、HTRA1遺伝子のプロモータ領域に位置する一塩基多型である。
(5)HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型rs11200638
 検出処理(5)は、被検体由来のDNA含有試料において、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638(SNP3)のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する処理である。
 前記検出処理(5)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs11200638(SNP3)がアレルAを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs11200638(SNP3)の相補鎖がアレルTを有することと、前記rs11200638がアレルAを有することは同義である。
 以下に示す配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列は、rs11200638(SNP3)を含む塩基配列であり、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs11200638(SNP3)の部位である。また、SNP3の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「A」(その相補対は「T」)である。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCC[A/G]GCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5及び配列番号:6)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
 前記検出処理(5)は、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理であることが好ましい。
[CFH遺伝子、並びにrs800292、rs1410996及びrs1061170]
 補体H因子(CFH)遺伝子は、第1番染色体長腕q31.3領域に位置する遺伝子であり、以下に示す、3種類の一塩基多型が特に加齢黄斑変性罹患性のマーカーとして知られている。
 (a)エクソン2の蛋白質62番目のイソロイシンがバリンへ変異したアミノ酸変異(I62V)を伴うコーディング領域のミスセンスSNP:rs800292(以下、「SNP4」と称することがある)。
 (b)イントロン14のSNP:rs1410996(以下、「SNP5」と称することがある)。
 (c)エクソン9の蛋白質402番目のチロシンがヒスチジンに変異したアミノ酸変異(Y402H)を伴うコーディング領域のミスセンスSNP:rs1061170(以下、「SNP6」と称することがある)。
(6)CFH遺伝子の一塩基多型rs800292
 検出処理(6)は、被検体由来のDNA含有試料において、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号rs800292(SNP4)のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する処理である。
 前記検出処理(6)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs800292(SNP4)がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs800292(SNP4)の相補鎖がアレルGを有することと、前記rs800292がアレルCを有することは同義である。
 以下に示す配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列は、rs800292(SNP4)を含む塩基配列であり、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs800292(SNP4)の部位である。また、SNP4の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「C」であり、配列番号:7で表される塩基配列では、その相補対である「G」である。
5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAAT[G/A]TAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7及び配列番号:8)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
 前記検出処理(6)は、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理であることが好ましい。
(7)CFH遺伝子の一塩基多型rs1410996
 検出処理(7)は、被検体由来のDNA含有試料において、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号rs1410996(SNP5)のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する処理である。
 前記検出処理(7)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs1410996(SNP5)がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs1410996(SNP5)の相補鎖がアレルGを有することと、前記rs1410996がアレルCを有することは同義である。
 以下に示す配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列は、rs1410996(SNP5)を含む塩基配列であり、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs1410996(SNP5)の部位である。また、SNP5の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「C」であり、配列番号:9で表される塩基配列では、その相補対である「G」である。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTG[G/A]CATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9及び配列番号:10)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
 前記検出処理(7)は、被検体由来のDNA含有試料において配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理であることが好ましい。
(8)CFH遺伝子の一塩基多型rs1061170
 検出処理(8)は、被検体由来のDNA含有試料において、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号rs1061170(SNP6)のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する処理である。
 前記検出処理(8)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs1061170(SNP6)がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs1061170(SNP6)の相補鎖がアレルGを有することと、前記rs1061170がアレルCを有することは同義である。
 以下に示す配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列は、rs1061170(SNP6)を含む塩基配列であり、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs1061170(SNP6)の部位である。また、SNP6の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「C」であり、配列番号:11で表される塩基配列では、その相補対である「G」である。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCAT[G/A]ATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11及び配列番号:12)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
 前記検出処理(8)は、被検体由来のDNA含有試料において配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理であることが好ましい。
[ARMS2遺伝子、及びrs10490924]
 AMD感受性遺伝子座2(ARMS2)は、第10番染色体長腕q26領域に位置する遺伝子であり、rs10490924(以下、「SNP7」と称することがある)は、蛋白質69番目のアラニンがセリンに変異したアミノ酸変異(A69S)を伴うコーディング領域のミスセンス一塩基多型である。
(9)ARMS2遺伝子の一塩基多型rs10490924
 検出処理(9)は、被検体由来のDNA含有試料において、ARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924(SNP7)のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する処理である。
 前記検出処理(9)を更に含む本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法においては、前記判定工程が、前記検出工程におけるSNPがリスクアレルを有する場合に加え、更に前記rs10490924(SNP7)がアレルTを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する工程である。なお、前記rs10490924(SNP7)の相補鎖がアレルAを有することと、前記rs10490924がアレルTを有することは同義である。
 以下に示す配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列は、rs10490924(SNP7)を含む塩基配列であり、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列中、下線部を付した箇所がrs10490924(SNP7)の部位である。また、SNP7の易罹患性アレル(リスクアレル)は、「T」(その相補対は「A」)である。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCT[T/G]CTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13及び配列番号:14)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
 前記検出処理(9)は、被検体由来のDNA含有試料において、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する処理であることが好ましい。
 前記SNPを解析する方法としては、特に制限はなく、公知の方法の中から、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Mori K et al., Invest Ophthalmol Vis Sci, 2007, 48(11), 5315-5319に記載の方法や、特表2008-529536号公報に記載の方法などが挙げられる。
 また、前記一塩基多型の検出方法としては、特に制限はなく、目的に応じて公知の方法を適宜選択することができ、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応法(PCR法)、塩基配列解析、DNAマイクロアレイ、インベーダアッセイ、PCR-RETINA法(PCR-real-time invader assay;特開2008-263974号公報参照)、PCR-制限酵素断片多型法(PCR-RFLP法)などが挙げられる。
 また、米国における唾液を用いた遺伝子解析キット(23andMe社)においては、糖尿病や関節リウマチ、各種悪性疾患、パーキンソン病などのリスク判定とともに、AMDに関する3遺伝子(補体系CFH、C2遺伝子、ARMS2遺伝子)のジェノタイピングを行い、AMD発症リスク情報を顧客に提供している。国内においては、京都大学などにおいて、外来診療におけるSmartAmp法を用いたARMS2遺伝子多型検出キットを臨床研究として用いており、迅速遺伝子型判定を実施している。本発明の加齢黄斑変性易罹患性判定方法は、このようなキットと組み合わせて用いることにより、より高い確率及び精度で加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能とするものである。
-喫煙感受性の加齢黄斑変性、及び喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性-
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法は、喫煙感受性の加齢黄斑変性、及び喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性の易罹患性の判定方法として好適に用いることができる。
 即ち、前記rs4075561(SNP1)がアレルGを有する場合、又は前記rs9287326(SNP2)がアレルCを有する場合に喫煙感受性の加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。ここで、前記rs4075561がアレルGを少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合、又は前記rs9287326がアレルCを少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合に、高い確率及び精度で喫煙感受性の加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができ、前記rs4075561がアレルGを2つ(即ち、ホモで)有する場合、又は前記rs9287326がアレルCを2つ(即ち、ホモで)有する場合に、更に高い確率及び精度で喫煙感受性の加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。
 さらに、前記rs4075561がアレルGを有する場合、又は前記rs9287326がアレルCを有する場合に喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。ここで、前記rs4075561がアレルGを少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合、又は前記rs9287326がアレルCを少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合に、高い確率及び精度で喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができ、前記rs4075561がアレルGを2つ(即ち、ホモで)有する場合、又は前記rs9287326がアレルCを2つ(即ち、ホモで)有する場合に、更に高い確率及び精度で喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性易罹患性であると判定することができる。
 これまでに、加齢黄斑変性には、遺伝因子の他、環境因子として、喫煙歴が関連することが報告されてきた。しかしながら、加齢黄斑変性において喫煙歴との関連が示された遺伝子多型については、これまでに報告されておらず、よって、NTRK2遺伝子のSNP rs4075561、及びLRP1B遺伝子のSNP rs9287326が、加齢黄斑変性において喫煙歴との関連が初めて示された遺伝子多型である。
 また、日本人においては、白人種に比べて、特に新生血管を伴う滲出型加齢黄斑変性が多いことが知られているが、従来報告された遺伝子多型からだけでは日本人加齢黄斑変性の特徴は説明できるものではなかった。本発明において、新たにNTRK2遺伝子のSNP rs4075561、及びLRP1B遺伝子のSNP rs9287326が、喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性に関与することが示され、よって、喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性罹患性の難易を判定する判定用マーカーとして利用できることが示された。
 ここで、「滲出型加齢黄斑変性」とは、血管新生を伴う、広義の滲出型の加齢黄斑変性を指し、ここには、狭義の滲出型加齢黄斑変性と、ポリープ状脈絡膜血管症(PCV)が含まれる。
 また、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、又は前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型は、rs4075561、又は前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるため、rs4075561、又は前記rs9287326と同様に、喫煙感受性の加齢黄斑変性及び/又は喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性についての易罹患性の判定に好適に用いることができる。
 すなわち、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCと連鎖不平衡関係にある易罹患性アレル(リスクアレル)を少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合、又は前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGと連鎖不平衡関係にある易罹患性アレル(リスクアレル)を少なくとも1つ(即ち、ヘテロ又はホモで)有する場合に、高い確率及び精度で喫煙感受性の加齢黄斑変性及び/又は喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性であると判定することができ、また、該易罹患性アレルを2つ(即ち、ホモで)有する場合に、更に高い確率及び精度で喫煙感受性の加齢黄斑変性及び/又は喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性であると判定することができる。
<用途>
 前記加齢黄斑変性易罹患性判定方法は、後述する本発明の加齢黄斑変性易罹患性判定用キットに好適に利用可能である。
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性判定方法によれば、加齢黄斑変性の発症及び進行、喫煙感受性加齢黄斑変性や喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性を予測可能であり、これにより発症の危険度が高い人に関しては、より頻回に眼科検査を受けることにより加齢黄斑変性の早期予防が可能となり、加齢黄斑変性を既に発症した患者に対しては、最適な薬剤治療法の選択が可能となる。
(加齢黄斑変性易罹患性の判定キット)
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットの態様としては、前記NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561(SNP1)のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段を少なくとも含む態様(以下、「第1の態様」と称することがある。)、前記LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326(SNP2)のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を少なくとも含む態様(以下、「第2の態様」と称することがある。)、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を少なくとも含む態様(以下、「第3の態様」と称することがある。)、前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を少なくとも含む態様(以下、「第4の態様」と称することがある。)が挙げられる。
 これらの態様の中でも、前記第1の態様、前記第2の態様が好ましく、前記第1の態様がより好ましい。前記好ましい態様であると、加齢黄斑変性易罹患性を高い確率及び精度で判定することができ、前記より好ましい態様であると、喫煙感受性加齢黄斑変性易罹患性、又は喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性を高い確率及び精度で判定することができる。
 これらのキットは、被検体由来のDNA含有試料を用い、PCR法などで簡便に加齢黄斑変性の罹患の難易を判定することができるものである。
[NTRK2遺伝子の一塩基多型rs4075561(第1の態様)]
 前記第1の態様の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、少なくとも、前記rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段を含み、更に必要に応じて、追加の検出セット、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs4075561を含む、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
[LRP1B遺伝子の一塩基多型rs9287326(第2の態様)]
 前記第2の態様の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、少なくとも、前記rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含み、更に必要に応じて、追加の検出セット、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs9287326を含む、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:3及び配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP(第3の態様)]
 前記第3の態様の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、少なくとも、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を含み、更に必要に応じて、追加の検出セット、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
 前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が、0.5を超えていることが好ましく、0.7を超えていることがより好ましい。
 前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.7を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(r値)が、0.2を超えていることが好ましい。
 前記r値が0.2を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP(第4の態様)]
 前記第4の態様の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、少なくとも、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を含み、更に必要に応じて、追加の検出セット、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
 前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5超えであれば特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記D’値が、0.7を超えていることが好ましい。
 前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが挙げられる。前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.7を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(r値)が、0.2を超えていることが好ましい。
 前記r値が0.2を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
 前記PCR法は、前記被検体由来のDNA含有試料(DNA試料)に標識を有するプローブを結合させ、該DNA試料を増幅させ、前記標識のシグナルの有無により前記一塩基多型のアレルを検出する方法である。
 前記PCRにおいて、例えば、前記第1の態様では、前記配列番号:1で表される塩基配列に対するプローブの標識と、前記配列番号:2で表される塩基配列に対するプローブの標識とで異なる標識を用いることで、これらのPCR増幅量を区別して検出することができ、他の態様でも同様にして検出することができる。
 前記加齢黄斑変性易罹患性判定用キットの使用方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、本発明の前記加齢黄斑変性易罹患性判定方法を用いることが好ましい。
-プライマー及びプライマー対-
 前記PCRに用いるプライマー及びプライマー対としては、前記被検体由来のDNA含有試料を鋳型DNAとして、検出対象とするSNPを含むゲノム領域を増幅させるものであれば、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。そのようなプライマー及びプライマー対としては、鋳型DNA乃至その相補鎖の一部と全ての配列が一致していてもよく、鋳型DNA乃至その相補鎖の一部の配列に対し、1若しくは数個の塩基が欠失、置換、挿入された塩基配列からなるものであってもよい。
 前記プライマーの塩基数としても、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、15塩基~30塩基が好ましく、17塩基~25塩基がより好ましく、18塩基~22塩基が特に好ましい。また、ある程度長いゲノム領域において、複数のプローブを用いたマルチPCRを行う場合は、プライマー対は、同等の温度で鋳型DNAにアニーリング可能なように設計されることが好ましい。
 前記プライマー配列を設計する方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、Primer Express ver 3.0ソフトウェア(アプライドバイオシステムズ社製)、遺伝子相同性探索プログラムBLASTなどを用いて設計する方法などが挙げられる。
 前記プライマーの入手方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、合成する方法、市販品を用いる方法などが挙げられる。
-プローブ-
 前記プローブとしては、例えば、前記第1の態様では、NTRK2遺伝子のSNP rs4075561の各アレルを検出するものであり、具体的には、前記配列番号:1で表される塩基配列のrs4075561部位を含む領域に相補的な配列を有するプローブと、前記配列番号:2で表される塩基配列のrs4075561部位を含む領域に相補的な配列を有するプローブとの組合せである。また、他の態様でも同様に、検出対象に合わせた組合せとすることができる。
 前記プローブの蛍光標識としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、FAM、VIC、Cy3、Cy5、FITC、Texas Redなどが挙げられる。また、前記プローブは、蛍光標識の代わりに放射性標識を有するものであってもよいが、安全性の点で蛍光標識が好ましい。
 前記プローブを入手する方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、合成する方法、市販品を用いる方法などが挙げられる。
 前記市販品を用いる場合、例えば、TaqMan MGBプローブ(Copy Number Assays:アプライドバイオシステムズ社製)などを用いることができる。
-アレルの検出-
 前記各態様におけるSNPの各アレルを検出する方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、PCR法、塩基配列解析、DNAマイクロアレイ、インベーダアッセイ、PCR-RETINA法、PCR-RFLP法などが挙げられる。これらは、1種単独で使用してもよく、2種以上を併用してもよい。
 これらの中でも、リアルタイムPCR法が簡便に測定できる点で好ましい。
 前記リアルタイムPCR法は、前記プローブの蛍光強度を経時的にモニターすることで前記アレルの有無を検出することができるが、該モニターする方法としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、インターカレーター法、TaqMan法、サイクリングプローブ法(Molecular Beacon法)などが挙げられる。これらの中でも、TaqMan法やサイクリングプローブ法が、標的配列に特異的なプローブを使用することにより極めて高い検出特異性を得ることができる点、また複数のプローブを用いたマルチカラー解析を行うことができる点で好ましい。
 前記TaqMan法で用いられるプローブは、その両端を蛍光物質と消光物質とで修飾され、標的核酸の増幅領域にハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドであり、アニーリング時に前記標的核酸にハイブリダイズするが消光物質の存在により蛍光を発せず、伸長反応時にDNAポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ活性により分解されて蛍光物質が遊離することにより蛍光を発する。したがって、蛍光強度を測定することにより増幅産物の生成量をモニタリングすることができ、それによって元の鋳型DNAの有無を推定することができる。
 前記加齢黄斑変性易罹患性の判定キットにおいて、前記プライマー及び前記プローブは、乾燥した状態であってもよく、溶液の状態であってもよい。前記プライマー及び前記プローブが溶液の状態である場合、該溶液としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができ、例えば、水、エタノールなどが挙げられる。
 前記プライマー及び前記プローブは、使用時に適宜前記溶液により所望の濃度に調製して用いることができる。前記プライマー及びプローブの濃度としては、特に制限はなく、反応条件などに応じて適宜選択することができる。
<<追加の検出手段>>
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、下記(1)~(9)に示す追加の検出手段の少なくともいずれかと組み合わせることにより、前記検出手段単独の場合よりも、加齢黄斑変性罹患性の難易を更に高い確率で判定することができる。
 すなわち、本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、後述する追加の検出手段(1)~(9)の少なくともいずれかを更に含むことが好ましい。
 前記第1の態様では、前記追加の検出手段として、下記(2)から(9)の少なくともいずれかの検出手段を含むことが好ましい。これらの中でも下記(2)、(5)、(6)、(7)、及び(9)の少なくともいずれかの追加の検出手段であることが好ましく、(5)及び(6)、並びに(5)及び(7)のいずれかの追加の検出手段であることがより好ましい。前記好ましい追加の検出手段であると、更に高い確率で加齢黄斑変性罹患性の難易を判定することができる点で、有利である。
 前記第2の態様では、前記追加の検出手段として、下記(1)、及び(3)から(9)の少なくともいずれかの検出手段を含むことが好ましい。これらの中でも下記(1)の追加の検出手段が、更に高い確率で加齢黄斑変性罹患性の難易を判定することができる点で、有利である。
 前記第3の態様では、前記追加の検出手段として、下記(1)、(2)、及び(4)から(9)の少なくともいずれかの検出手段を含むことが好ましい。
 前記第4の態様では、前記追加の検出手段として、下記(1)から(3)、及び(5)から(9)の少なくともいずれかの検出手段を含むことが好ましい。
(1)NTRK2遺伝子の一塩基多型rs4075561
 追加の検出手段(1)は、前記rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(1)における前記rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs4075561(SNP1)を含む、前記配列番号:1及び前記配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、前記配列番号:1及び前記配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
(2)LRP1B遺伝子の一塩基多型rs9287326
 追加の検出手段(2)は、前記rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(2)における前記rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs9287326(SNP2)を含む、前記配列番号:3及び前記配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、前記配列番号:3及び前記配列番号:4で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
(3)SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP
 追加の検出手段(3)は、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(3)における前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
 前記追加の検出手段(3)における前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が、0.5を超えていることが好ましく、0.7を超えていることがより好ましい。
 前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。前記rs4075561に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.7を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記追加の検出手段(3)における前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs4075561に対する連鎖不平衡係数(r値)が、0.2を超えていることが好ましい。
 前記r値が0.2を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
(4)SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP
 追加の検出手段(4)は、前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(4)における前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができる。
 前記追加の検出手段(4)における前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が、0.5を超えていることが好ましく、0.7を超えていることがより好ましい。
 前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.5を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)が0.7を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記追加の検出手段(4)における前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、rs9287326に対する連鎖不平衡係数(r値)が、0.2を超えていることが好ましい。
 前記r値が0.2を超えているSNPとしては、上記(加齢黄斑変性易罹患性の判定方法)の<検出工程>の[SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP]に記載したものと同様のものが好ましい。
 また、前記rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡関係にある一塩基多型としては、前記連鎖不平衡係数「D’値」及び「r値」のいずれもが前記好ましい値を満たしていることが好ましい。
(5)HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型rs11200638
 追加の検出手段(5)は、前記HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段を含み、を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(5)における前記rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs11200638(SNP3)を含む、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:5及び配列番号:6で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
(6)CFH遺伝子の一塩基多型rs800292
 追加の検出手段(6)は、前記CFH遺伝子の一塩基多型rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(6)における前記rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs800292(SNP4)を含む、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:7及び配列番号:8で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
(7)CFH遺伝子の一塩基多型rs1410996
 追加の検出手段(7)は、CFH遺伝子の一塩基多型rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(7)における前記rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs1410996(SNP5)を含む、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:9及び配列番号:10で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
(8)CFH遺伝子の一塩基多型rs1061170
 追加の検出手段(8)は、CFH遺伝子の一塩基多型rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(8)における前記rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs1061170(SNP6)を含む、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:11及び配列番号:12で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:11)
 5’-GGCAACGTCTATAGATTTACCCTGTACAAACTTTCTTCCATATTTTGATTATATCCATTTTCCAAATAAGGAAAATAACATTTTCCTAA-3’(配列番号:12)
(9)ARMS2遺伝子の一塩基多型rs10490924
 追加の検出手段(9)は、ARMS2遺伝子の一塩基多型rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段を含み、更に必要に応じて、酵素、PCR用バッファー、容器、使用説明書などのその他の要素を含む。
 前記追加の検出手段(9)における前記rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段としては、特に制限はなく、目的に応じて適宜選択することができるが、前記rs10490924(SNP7)を含む、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、配列番号:13及び配列番号:14で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する各プローブとのセットを含むことが好ましい。
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
 前記追加の検出手段(1)~(9)におけるプライマー、プローブなどについては、各検出手段の標的配列などの事項を除いて、本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットにおいて説明した前記プライマー、前記プローブなどと同様のものを適宜選択することができる。
-喫煙感受性の加齢黄斑変性、及び喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性-
 本発明の加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、喫煙感受性の加齢黄斑変性、及び喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性の易罹患性の判定キットとして好適に用いることができる。
<用途>
 前記加齢黄斑変性易罹患性判定キットは、加齢黄斑変性の発症及び進行、喫煙感受性加齢黄斑変性や喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の易罹患性を予測するための診断キットとして好適に利用可能である。
 これにより、発症の危険度が高い人に関してはより頻回に眼科検査を受けることにより加齢黄斑変性の早期予防が可能となり、また、加齢黄斑変性を既に発症した患者に対しては、最適な薬剤治療法の選択が可能となる。
 以下に本発明の実施例を挙げて本発明を具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に何ら限定されるものではない。
(実施例1:SNP1による加齢黄斑変性易罹患性の判定)
<DNA採取工程>
 埼玉医科大学倫理委員会の承認の下、埼玉医科大学病院眼科で受診した加齢黄斑変性罹患者(以下、「AMD罹患群」又は「罹患群」と称することがある。)男女247名と、眼底疾患を有さない非罹患者(以下、「対照群」と称することがある。)男女123名の合計370名より、血液を採取し、DNAサンプルをWizard Genomic DNA Purification Kit(プロメガ社製)を用いて精製した。
<検出工程>
 一塩基多型(以下、「SNP」と称することがある。)の解析には、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping法(Applied Biosystems社)を用い、使用機器、キット及び試薬として、下記のものを用いた。
-使用機器-
(1)StepOnePlus(登録商標)リアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems社製)、又は(2)GeneAmp(登録商標)PCR System 9700(Applied Biosystems社製)で前記DNAサンプルをPCR増幅の上、Applied Biosystems 7000リアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems社製)により解析を行った。
--PCR条件--
 サイクル1   :95℃、10分間
 サイクル2~41:95℃、5秒間の後、60℃、1分間
-キット-
 TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)
-試薬-
 TaqMan(登録商標)Genotyping Master Mix(Applied Biosystems社製)
<<NTRK2 SNP(SNP1)及びその標的配列>>
 本実施例1では、NTRK2遺伝子のSNPであるrs4075561を検出対象のSNPとした。前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561(以下、「SNP1」と称することがある。)及びその標的配列(以下、「標的配列1」と称することがある。)は、以下の通りである。
 なお、NTRK2 SNP rs4075561用検出キットとして、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)のAssay ID:C__27996879_20を用いた。
-SNP1-
 NTRK2遺伝子のイントロンに位置するSNP:rs4075561
-標的配列1-
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACT[G/T]GGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1及び配列番号:2)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
 5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
 なお、前記NTRK2 SNP rs4075561用検出キットでは、SNP塩基部位にある[G/T]のどちらかと結合(ハイブリダイズ)するよう、アレル1(G)又はアレル2(T)の2種類TaqManプローブが設定されている([G/T]を含む約15塩基対程度の長さのプローブであり、配列詳細は非公開)。また、PCRプライマー(配列詳細は非公開)は、上記SNP1の標的配列1の5’末端から約20塩基の配列がフォワードプライマーとして、3’末端から約20塩基の配列に対する相補的配列がリバースプライマーとして、一対のPCRプライマーが設定される。
 前記SNPのアレル検出メカニズムは、以下の通りである。アレル1用TaqManプローブの5’末端にはレポーターのVIC蛍光色素が、アレル2用TaqManプローブの5’末端にはFAM蛍光色素が結合している。また、両プローブの3’末端にレポーター色素からの蛍光を吸収する消光物質(Quencher)が結合しており、PCRが伸長するまではレポーター色素からの蛍光は検出されない。PCR反応が進行するに従い、TaqManプローブが分解され、Quencherから遊離したレポーター色素の蛍光が検出できる。
<SNP1によるAMD易罹患性の判定>
 前記AMD罹患群及び対照群における、前記SNP1のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表1に示す。その結果、P値:0.007128、95%信頼区間:1.138~2.436、オッズ比:1.667であった。
 また、AMD罹患群及び対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、GG対GT+TTの2群間での比較を行った。結果を表2-1及び表2-2に示す。その結果、P値:0.0114、95%信頼区間:1.131~2.892、オッズ比:1.808であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
 以上より、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561が、AMD罹患性と高い相関を示し、リスクアレルGを1つでも有する場合に、有意にAMD易罹患性が高いことが明らかとなり、更に、劣性遺伝モデル解析において、すなわち、リスクアレルGをホモで有する場合に、リスクアレルGをホモで有さない場合に対して、AMD易罹患性のオッズ比がアレル頻度解析におけるオッズ比よりも、更に高くなることが明らかとなった。したがって、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561から高い確率及び精度で加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であることが示された。
(実施例2:SNP1による喫煙感受性加齢黄斑変性易罹患性の判定)
 実施例1におけるAMD罹患群及び対照群の中から、喫煙歴がある対象(AMD罹患群男女178名及び対照群男女48名の合計226名)について、実施例1と同様にAMD易罹患性を判定した。
<SNP1による喫煙感受性AMD易罹患性の判定>
 前記喫煙歴ありのAMD罹患群及び対照群における、前記SNP1のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表3に示す。その結果、P値:0.007296、95%信頼区間:1.175~3.470、オッズ比:2.031であった。
 また、喫煙歴ありのAMD罹患群及び対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、GG対GT+TTの2群間での比較を行った。結果を表4-1及び表4-2に示す。その結果、P値:0.003847、95%信頼区間:1.308~5.341、オッズ比:2.631であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
 以上より、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561が、喫煙感受性のAMD罹患性と高い相関を示し、リスクアレルGを1つでも有する場合に、喫煙感受性のAMD易罹患性のオッズ比がAMD全体における易罹患性のオッズ比よりも高くなることが明らかとなり、更に、劣性遺伝モデル解析において、すなわち、リスクアレルGをホモで有する場合に、リスクアレルGをホモで有さない場合に対して、喫煙感受性のAMD易罹患性のオッズ比がAMD全体における易罹患性のオッズ比よりも、有意に高くなることが明らかとなった。したがって、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561から高い確率及び精度で喫煙感受性加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であることが示された。
 また、後述する「SNP2による喫煙感受性加齢黄斑変性易罹患性の判定」の結果と比較して、前記SNP1では、P値が深く(値が小さく)、喫煙感受性加齢黄斑変性の易罹患性のマーカーとして好適であることが示された。
(実施例3:SNP1による喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性易罹患性の判定)
<SNP1による喫煙感受性滲出型AMD易罹患性の判定>
 実施例1におけるAMD罹患群及び対象群の中から、以下の各対象を抽出し、実施例1と同様にAMD易罹患性を判定した。
(1) 喫煙歴ありの滲出型AMD罹患群(男女157名)及び喫煙歴ありの対照群(男女48名)における、前記SNP1のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表5に示す。その結果、P値:0.0035、95%信頼区間:1.27~3.88、オッズ比:2.23であった。
 また、喫煙歴ありの滲出型AMD罹患群及び喫煙歴ありの対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、GG対GT+TTの2群間での比較を行った。結果を表6-1及び表6-2に示す。その結果、P値:0.0030、95%信頼区間:1.39~5.85、オッズ比:2.84であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
(2) また、喫煙歴5年を境界としたアレルGの滲出型AMD罹患リスクについて、喫煙歴5年以上の滲出型AMD罹患群(男女153名)及び喫煙歴5年以上の対照群(男女46名)における、前記SNP1のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表7に示す。その結果、P値:0.0016、95%信頼区間:1.35~4.25、オッズ比:2.41であった。
 また、喫煙歴5年以上の滲出型AMD罹患群及び喫煙歴5年以上の対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、GG対GT+TTの2群間での比較を行った。結果を表8-1及び表8-2に示す。その結果、P値:0.0014、95%信頼区間:1.46~6.35、オッズ比:3.03であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000010
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000011
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000012
 以上より、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561が、喫煙感受性の滲出型AMD罹患性と高い相関を示し、劣性遺伝モデル解析において、すなわち、リスクアレルGをホモで有する場合に、リスクアレルGをホモで有さない場合に対して、喫煙感受性の滲出型AMD易罹患性のオッズ比がアレル頻度解析におけるオッズ比よりも、更に高くなることが明らかとなった。また、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561は、喫煙歴5年を境界とした滲出型AMD易罹患性のほうが、喫煙歴ありを基準にした滲出型AMD易罹患性よりも、更に高い相関性を示した。したがって、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561から高い確率及び精度で喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であることが示された。
 また、後述する「SNP2による喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性易罹患性の判定」の結果と比較して、前記SNP1では、P値が深く(値が小さく)、喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の易罹患性のマーカーとして好適であることが示された。
(実施例4:SNPの組合せによる加齢黄斑変性易罹患性の判定-I)
<DNA採取工程>
 実施例1と同様に、埼玉医科大学倫理委員会の承認の下、埼玉医科大学病院眼科で受診したAMD罹患群の男女247名と、対照群の男女123名の合計370名より、血液を採取し、DNAサンプルをWizard Genomic DNA Purification Kit(プロメガ社製)を用いて精製した。
<検出工程及び追加の検出工程>
 検出対象のSNPを、SNP1に加えて、以下に示すSNP3~5としたこと以外は、実施例1の検出工程と同様にして、検出工程及び追加の検出工程を行った。
<<SNP3~5及びそれらの標的配列>>
 Mori K et al., Ophthalmology, 2010, 117(5), 928-938に記載の方法により、AMD罹患性との相関が明らかになっているHTRA1遺伝子のSNP rs11200638(以下、「SNP3」と称することがある)、及びCFH遺伝子の2種類のSNP rs800292及びrs1410996(以下、「SNP4」及び「SNP5」と称することがある)について、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)を用いて遺伝子型を決定した。
 前記HTRA1遺伝子のSNP、及び前記CFH遺伝子の2種類のSNP並びにそれらの標的配列は、以下のSNP3~SNP5並びに標的配列3~5にそれぞれ示す通りである。
 なお、SNP3は、Applied Biosystems社にてカスタム製造した(Assay ID:RS11200638-RSNPM1)を用いて遺伝子型を決定した。また、SNP4及びSNP5は、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)のAssay ID:C___2530382_10及びAssay ID:C___2530294_10をそれぞれ用いて遺伝子型を決定した。
-SNP3-
 HTRA1遺伝子のプロモータ領域に位置するSNP:rs11200638
-標的配列3-
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCC[A/G]GCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5及び配列番号:6)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:5)
 5’-GGCGCGGGCTTTCTGCCAGCTCCGCGGACGCTGCCTTCGTCCGCCGCAGAGGCCCCGCGGTCAGGGTCCCGCG-3’(配列番号:6)
-PCRプライマー-
SNP3-Fw(フォワードプライマー):5’-GGCGCGGGCTTTCTG-3’(配列番号:15)
SNP3-Rv(リバースプライマー):5’-CGCGGGACCCTGACC-3’(配列番号:16)
-プローブ-
SNP3-P1(アレル1(G)用プローブ):5’-CTTCGTCCGCCGCA-3’(配列番号:17)
SNP3-P2(アレル2(A)用プローブ):5’-CTTCGTCCGCCGCA-3’(配列番号:18)
-SNP4-
 CFH遺伝子のエクソン2に位置し、CFH蛋白質62番目のイソロイシンがバリンへ変異したアミノ酸変異(I62V)を伴うコーディング領域のミスセンスSNP:rs800292
-標的配列4-
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAAT[G/A]TAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7及び配列番号:8)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:7)
 5’-CCCTGGATATAGATCTCTTGGAAATTAATAATGGTATGCAGGAAGGGAGA-3’(配列番号:8)
-SNP5-
 CFH遺伝子のイントロン14に位置するSNP:rs1410996
-標的配列5-
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTG[G/A]CATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9及び配列番号:10)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:9)
 5’-TCTACATCAGTGGTATAGCTGAGTGCATGAGGTAGTCAGGGACTGAGTCA-3’(配列番号:10)
<SNP1と、SNP3~5の少なくともいずれかとの組合せによるAMD易罹患性の判定>
 SNP1、SNP3、SNP4、及びSNP5のリスクアレル、遺伝子型及び劣性遺伝モデルは、表9に示す通りである。また、AMD罹患群及び対照群の全人数におけるSNP1、SNP3、SNP4、及びSNP5の遺伝子型の人数分布、及びこの結果から作成した劣性遺伝モデルによる分割表を表10に示す。
 以下、(1)SNP1単独、(2)SNP1と、SNP3との組合せ、(3)SNP1と、SNP4との組合せ、(4)SNP1と、SNP5との組合せ、(5)SNP1と、SNP3と、SNP4との組合せ、並びに(6)SNP1と、SNP3と、SNP5との組合せについてAMD易罹患性を解析した結果を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000013
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000014
(1)SNP1によるAMD易罹患性の判定
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2との4グループ間でFisher正確検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。結果を表11に示す。その結果、P値:0.0114、95%信頼区間:1.131~2.892、オッズ比:1.808であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000015
(2)SNP1と、SNP3との組合せによるAMD易罹患性の判定
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2と、SNP3の劣性遺伝1及び2との8グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表12に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表12において、SNP1劣性遺伝1かつSNP3劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000016
 表12の結果から、SNP1及びSNP3の2つのSNPがリスクホモである場合には、SNP1単独の場合に比べ、オッズ比が上昇することから、AMD罹患性と相関することが判明しているHTRA1のSNPとSNP1とを組み合わせることにより、SNP1単独よりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(3)SNP1と、SNP4との組合せによるAMD易罹患性の判定
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2と、SNP4の劣性遺伝1及び2との8グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表13に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表13において、SNP1劣性遺伝1かつSNP4劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000017
 表13の結果から、SNP1及びSNP4の2つのSNPがリスクホモである場合には、SNP1単独の場合に比べ、オッズ比が上昇することから、AMD罹患性と相関することが判明しているCFH遺伝子のSNPとSNP1とを組み合わせることにより、SNP1単独よりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(4)SNP1と、SNP5との組合せによるAMD易罹患性の判定
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2と、SNP5の劣性遺伝1及び2との8グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表14に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表14において、SNP1劣性遺伝1かつSNP5劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000018
 表14の結果から、SNP1及びSNP5の2つのSNPがリスクホモである場合には、SNP1単独の場合に比べ、オッズ比が上昇することから、AMD罹患性と相関することが判明しているCFH遺伝子のSNPとSNP1とを組み合わせることにより、SNP1単独よりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(5)SNP1と、SNP3と、SNP4との組合せによるAMD易罹患性の判定
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2と、SNP3の劣性遺伝1及び2と、SNP4の劣性遺伝1及び2との16グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表15に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表15において、SNP1劣性遺伝1かつSNP3劣性遺伝1かつSNP4劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000019
 表15の結果から、SNP1、SNP3、及びSNP4の3つのSNPがリスクホモである場合には、SNP1単独又は2つのSNPの組合せの場合に比べ、オッズ比が上昇することから、AMD罹患性と相関することが判明しているHTRA1遺伝子のSNP及びCFH遺伝子のSNPとSNP1とを組み合わせることにより、SNP1単独又は2つのSNPの組合せよりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(6)SNP1と、SNP3と、SNP5との組合せによるAMD易罹患性の判定
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2と、SNP3の劣性遺伝1及び2と、SNP5の劣性遺伝1及び2との16グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表16に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表16において、SNP1劣性遺伝1かつSNP3劣性遺伝1かつSNP5劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000020
 表16の結果から、SNP1、SNP3、及びSNP5の3つのSNPがリスクホモである場合には、SNP1単独又は2つのSNPの組合せの場合に比べ、オッズ比が上昇することから、AMD罹患性と相関することが判明しているHTRA1遺伝子のSNP及びCFH遺伝子のSNPとSNP1とを組み合わせることにより、SNP1単独又は2つのSNPの組合せよりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(実施例5:SNPの組合せによる加齢黄斑変性易罹患性の判定-II)
<DNA採取工程>
 実施例1と同様に、埼玉医科大学倫理委員会の承認の下、埼玉医科大学病院眼科で受診したAMD罹患群の男女233名と、対照群の男女123名の合計370名より、血液を採取し、DNAサンプルをWizard Genomic DNA Purification Kit(プロメガ社製)を用いて精製した。
<検出工程及び追加の検出工程>
 検出対象のSNPを、SNP1に加えて、以下に示すSNP7としたこと以外は、実施例1の検出工程と同様にして、検出工程及び追加の検出工程を行った。
<<SNP7及びその標的配列>>
 Mori K et al., Ophthalmology, 2010, 117(5), 928-938に記載の方法により、AMD罹患性との相関が明らかになっているARMS遺伝子のSNP rs10490924(以下、「SNP7」と称することがある)について、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)を用いて遺伝子型を決定した。
 前記ARMS遺伝子のSNP並びにその標的配列は、以下のSNP7並びに標的配列7にそれぞれ示す通りである。
 なお、SNP7は、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)のAssay ID:C__29934973_20を用いて遺伝子型を決定した。
-SNP7-
 ARMS2遺伝子の蛋白質69番目のアラニンがセリンへ変異したアミノ酸変異(A69S)を伴うコーディング領域のミスセンスSNP:rs10490924
-標的配列7-
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCT[T/G]CTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13及び配列番号:14)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:13)
 5’-TTTATCACACTCCATGATCCCAGCTCTAAAATCCACACTGAGCTCTGCTT-3’(配列番号:14)
<SNP1と、SNP7との組合せによるAMD易罹患性の判定>
 SNP1、及びSNP7のリスクアレル、遺伝子型、及び劣性遺伝モデルは、表17に示す通りである。また、AMD罹患群及び対照群の全人数におけるSNP1、及びSNP7の遺伝子型の人数分布、及びこの結果から作成した劣性遺伝モデルによる分割表を表18に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000021
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000022
<<SNP1によるAMD易罹患性の判定>>
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2との4グループ間でFisher正確検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。結果を表19に示す。その結果、P値:0.0112、95%信頼区間:1.116~2.883、オッズ比:1.793であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000023
<<SNP1と、SNP7との組合せによるAMD易罹患性の判定>>
 AMD罹患群及び対照群と、SNP1の劣性遺伝1及び2と、SNP7の劣性遺伝1及び2との8グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表20に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表20において、SNP1劣性遺伝1かつSNP7劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000024
 表20の結果から、SNP1及びSNP7の2つのSNPがリスクホモである場合には、SNP1単独の場合に比べ、オッズ比が上昇することから、両者を組み合わせることにより、SNP1単独よりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(実施例6:SNP1と連鎖不平衡関係にあるSNP)
 NTRK2遺伝子のSNP rs4075561(SNP1)と連鎖不平衡(Linkage disequilibrium:LD)の関係にあるSNPについて以下の通り解析を行った。
 NTRK2の遺伝子は、図1及び2に示す通り、第9番染色体長腕q21.33領域に位置し、遺伝子向きは染色体方向に順向きであり、SNP1は遺伝子座の終わりに近い位置である3’側のイントロンに存在する(図2中、下向き矢印の位置)。なお、SNP1のdbSNP IDは、rs4075561であり、その存在位置は、chr9:86785591-86785591である。
 図2におけるNTRK2遺伝子座の3’側領域を拡大し、SNP1を含む東アジア人(日本人+漢族中国人)集団における連鎖不平衡ブロック(LDブロック:図2中、下向き逆三角形で示す領域;このLDブロックの位置:chr9:86763166-86844877、このLDブロックの長さ:81,712bp)を模式的に示した図について、このLDブロックに含まれる既知の一塩基多型のdbSNP IDと共に、図3に示す。
 日本人集団におけるこのLDブロック内のrs4075561と強い連鎖不平衡関係にあるSNPについて、表21-1~表21-3に示す。
 なお、基となるヒトゲノム情報は、UCSC genome browserより、バージョンNCBI36/hg18として取得した。また、東アジア人又は日本人遺伝情報及び連鎖不平衡係数の情報は、International HapMap Projectから取得されたものを用いた。
 また、表21-1~表21-3中、D’値は、連鎖不平衡係数であり、0と1の間の値を取る。連鎖不平衡が無い場合は、D’=0を示し、D’値が高いSNP(D’>0.5が好ましく、D’>0.7がより好ましい)は、SNP1とより連鎖不平衡関係にあることを示す。
 また、表21-1~表21-3中、rも、連鎖不平衡係数であり、0と1の間の値を取る。連鎖不平衡が無い場合は、r=0を示し、r値が高いSNP(r>0.2が好ましい)は、SNP1とより連鎖不平衡関係にあることを示す。
 連鎖不平衡関係にあるSNPは、そのSNPを解析することにより、SNP1と同様又はSNP1と相関したAMD罹患の難易を判定でき、よって、AMD罹患の難易を判定するマーカーとして利用できる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000025
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000026
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000027
(実施例7:SNP1と、rs10868236との連鎖不平衡解析)
 これまでに、アムステルダム大学の研究チームによるゲノムワイド関連解析(GWAS)により、喫煙習慣に関連性のあるSNPとして、NTRK2遺伝子のイントロンに存在するrs10868236が報告されている(Vink et al.,Am J Hum Genet.(2009)84,367-379)。
 詳細には、このSNP rs10868236について、今現在の喫煙習慣との関連性を解析した結果、P=9.64×10-5、オッズ比=0.75であった。したがって、NTRK2遺伝子のイントロンSNPの1つが喫煙癖と相関することがVinkらによって示されている。
 前記rs10868236について、実施例6と同様に、SNP1に対するrs10868236の連鎖不平衡係数情報を表22に示す。D’値は0.104、r値は0.010であり、rs10868236は、SNP1と若干弱い連鎖不平衡関係にあることが明らかとなった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000028
(実施例8:SNP2による加齢黄斑変性易罹患性の判定)
<DNA採取工程>
 実施例1と同様に、埼玉医科大学倫理委員会の承認の下、埼玉医科大学病院眼科で受診した加齢黄斑変性罹患者(以下、「AMD罹患群」又は「罹患群」と称することがある。)男女247名と、眼底疾患を有さない非罹患者(以下、「対照群」と称することがある。)男女123名の合計370名より、血液を採取し、DNAサンプルをWizard Genomic DNA Purification Kit(プロメガ社製)を用いて精製した。
<検出工程>
 一塩基多型(以下、「SNP」と称することがある。)の解析には、実施例1と同様に、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping法(Applied Biosystems社)を用い、使用機器(PCR条件を含む)、キット及び試薬も実施例1と同様のものを用いた。
<<LRP1B SNP(SNP2)及びその標的配列>>
 本実施例8では、LRP1B遺伝子のSNPであるrs9287326を検出対象のSNPとした。前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326(以下、「SNP2」と称することがある。)及びその標的配列(以下、「標的配列2」と称することがある。)は、以下の通りである。
 なお、LRP1B SNP rs9287326用検出キットとして、TaqMan(登録商標)SNP Genotyping Assays(Applied Biosystems社製)のAssay ID:C__9067894_10を用いた。
-SNP2-
 LRP1B遺伝子のイントロンに位置するSNP:rs9287326
-標的配列2-
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGT[A/C]ACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3及び配列番号:4)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:3)
 5’-AGATAAAGCAAACTATCTTTGAGGTACACTAACCCGGTGAATAGGAAATC-3’(配列番号:4)
 なお、前記LRP1B SNP rs9287326用検出キットでは、SNP塩基部位にある[A/C]のどちらかと結合(ハイブリダイズ)するよう、アレル1(A)又はアレル2(C)の2種類TaqManプローブが設定されている([A/C]を含む約15塩基対程度の長さのプローブであり、配列詳細は非公開)。また、PCRプライマー(配列詳細は非公開)は、上記SNP2の標的配列2の5’末端から約20塩基の配列がフォワードプライマーとして、3’末端から約20塩基の配列に対する相補的配列がリバースプライマーとして、一対のPCRプライマーが設定される。
 前記SNPのアレル検出メカニズムは、前記実施例1と同様である。
<SNP2によるAMD易罹患性の判定>
 前記AMD罹患群及び対照群における、前記SNP2のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表23に示す。その結果、P値:0.003348、95%信頼区間:1.162~2.253、オッズ比:1.615であった。
 また、AMD罹患群及び対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、AC+CC対AAの2群間での比較を行った(優性遺伝モデル)。結果を表24-1及び表24-2に示す。その結果、P値:0.0105、95%信頼区間:1.138~2.932、オッズ比:1.827であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000029
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000030
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000031
 以上より、前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326が、AMD罹患性と高い相関を示し、リスクアレルCを1つでも有する場合に、有意にAMD易罹患性が高いことが明らかとなり、更に、優性遺伝モデル解析において、すなわち、リスクアレルCを1つでも有する場合に、非リスクアレルAをホモで有する場合に対して、AMD易罹患性のオッズ比がアレル頻度解析におけるオッズ比よりも、更に高くなることが明らかとなった。したがって、前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326から高い確率及び精度で加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であることが示された。
(実施例9:SNP2による喫煙感受性加齢黄斑変性易罹患性の判定)
 実施例8におけるAMD罹患群及び対照群の中から、喫煙歴がある対象(AMD罹患群男女178名及び対照群男女48名の合計226名)について、実施例8と同様にAMD易罹患性を判定した。
<SNP2による喫煙感受性AMD易罹患性の判定>
 前記喫煙歴ありのAMD罹患群及び対照群における、前記SNP2のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表25に示す。その結果、P値:0.0357、95%信頼区間:1.029~2.824、オッズ比:1.690であった。
 また、喫煙歴ありのAMD罹患群及び対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、AC+CC対AAの2群間での比較を行った。結果を表26-1及び表26-2に示す。その結果、P値:0.0374、95%信頼区間:1.006~4.135、オッズ比:2.043であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000032
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000033
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000034
 以上より、前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326が、喫煙感受性のAMD罹患性と高い相関を示し、リスクアレルCを1つでも有する場合に、喫煙感受性のAMD易罹患性のオッズ比がAMD全体における易罹患性のオッズ比よりも高くなることが明らかとなり、更に、優性遺伝モデル解析において、すなわち、リスクアレルCを1つでも有する場合に、非リスクアレルAをホモで有する場合に対して、喫煙感受性のAMD易罹患性のオッズ比がAMD全体における易罹患性のオッズ比よりも、有意に高くなることが明らかとなった。したがって、前記NTRK2遺伝子のSNP rs4075561から高い確率及び精度で喫煙感受性加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であることが示された。
(実施例10:SNP2による喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性易罹患性の判定)
<SNP2による喫煙感受性滲出型AMD易罹患性の判定>
 実施例8におけるAMD罹患群及び対象群の中から、以下の各対象を抽出し、実施例8と同様にAMD易罹患性を判定した。
(1) 喫煙歴ありの滲出型AMD罹患群(男女157名)及び喫煙歴ありの対照群(男女48名)における、前記SNP2のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表27に示す。その結果、P値:0.025、95%信頼区間:1.06~4.25、オッズ比:2.94であった。
 また、喫煙歴ありの滲出型AMD罹患群及び喫煙歴ありの対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、AC+CC対AAの2群間での比較を行った。結果を表28-1及び表28-2に示す。その結果、P値:0.0332、95%信頼区間:1.051~4.446、オッズ比:2.164であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000035
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000036
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000037
(2) また、喫煙歴5年を境界としたアレルCの滲出型AMD罹患リスクについて、喫煙歴5年以上の滲出型AMD罹患群(男女153名)及び喫煙歴5年以上の対照群(男女46名)における、前記SNP2のアレル頻度を解析し、Fisher正確検定により有意差検定を行った。結果を表29に示す。その結果、P値:0.0110、95%信頼区間:1.138~3.315、オッズ比:1.923であった。
 また、喫煙歴5年以上の滲出型AMD罹患群及び喫煙歴5年以上の対照群における、遺伝子型の罹患リスクを検討するため、AC+CC対AAの2群間での比較を行った。結果を表30-1及び表30-2に示す。その結果、P値:0.020、95%信頼区間:1.087~4.706、オッズ比:2.261であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000038
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000039
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000040
 以上より、前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326が、喫煙感受性の滲出型AMD罹患性と高い相関を示し、優性遺伝モデル解析において、すなわち、リスクアレルCを1つでも有する場合に、非リスクアレルAをホモで有する場合に対して、喫煙感受性の滲出型AMD易罹患性のオッズ比がアレル頻度解析におけるオッズ比よりも、更に高くなることが明らかとなった。また、前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326は、喫煙歴5年を境界とした滲出型AMD易罹患性のほうが、喫煙歴ありを基準にした滲出型AMD易罹患性よりも、更に高い相関性を示した。したがって、前記LRP1B遺伝子のSNP rs9287326から高い確率及び精度で喫煙感受性の滲出型加齢黄斑変性の罹患の難易を判定可能であることが示された。
(実施例11:SNPの組合せによる加齢黄斑変性易罹患性の判定-III)
<DNA採取工程>
 実施例8と同様に、埼玉医科大学倫理委員会の承認の下、埼玉医科大学病院眼科で受診したAMD罹患群の男女247名と、対照群の男女123名の合計370名より、血液を採取し、DNAサンプルをWizard Genomic DNA Purification Kit(プロメガ社製)を用いて精製した。
<検出工程及び追加の検出工程>
 検出対象のSNPを、SNP2に加えて、SNP1としたこと以外は、実施例8の検出工程と同様にして、検出工程及び追加の検出工程を行った。
 なお、SNP1及びその標的配列、並びに遺伝子型の決定は、実施例1と同様に行った。
<SNP2と、SNP1との組合せによるAMD易罹患性の判定>
 SNP2、及びSNP1のリスクアレル、遺伝子型、及び劣性遺伝モデルは、表31に示す通りである。また、AMD罹患群及び対照群の全人数におけるSNP2、及びSNP1の遺伝子型の人数分布、及びこの結果から作成した劣性遺伝モデルによる分割表を表32に示す。
 以下、SNP2と、SNP1との組合せについてAMD易罹患性を解析した結果を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000041
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000042
<<SNP2によるAMD易罹患性の判定>>
 AMD罹患群及び対照群と、SNP2の劣性遺伝1及び2との4グループ間でFisher正確検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。結果を表33に示す。その結果、P値:0.0406、95%信頼区間:1.017~4.047、オッズ比:1.973であった。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000043
<<SNP2と、SNP1との組合せによるAMD易罹患性の判定>>
 AMD罹患群及び対照群と、SNP2の劣性遺伝1及び2と、SNP1の劣性遺伝1及び2との8グループ間でカイ二乗検定による加齢黄斑変性の罹患の難易の相関解析を行った。また、オッズ比及びP値による有意差検定を行った。結果を表34に示す。なお、オッズ比は、最もリスクが低い群(表34において、SNP2劣性遺伝1かつSNP1劣性遺伝1の群)を1とする。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000044
 表34の結果から、SNP2及びSNP1の2つのSNPがリスクホモである場合には、SNP2単独の場合に比べ、オッズ比が上昇することから、SNP2と、SNP1とを組み合わせることにより、SNP2単独よりもAMD罹患の難易を更に高い確率で判定できることがわかった。
(実施例12:SNP2と連鎖不平衡関係にあるSNP)
 LRP1B遺伝子のSNP rs9287326(SNP2)と連鎖不平衡(LD)の関係にあるSNPについて、検討した。
 上記の通り、LRP1B遺伝子は、第2番染色体の長腕q22.1-22.2領域に位置し、遺伝子向きは染色体方向に逆向きであり、SNP2は第1イントロン領域に位置する。なお、SNP2のdbSNP IDは、rsrs9287326であり、その存在位置は、chr2:142358643-142358643である。
 対象を日本人集団とし、rs9287326と連鎖不平衡関係にあるSNPを探索した結果を表35-1及び表35-2に示す。
 なお、基となるヒトゲノム情報は、UCSC genome browserより、バージョンNCBI36/hg18として取得した。また、日本人遺伝情報及び連鎖不平衡係数の情報は、International HapMap Projectから取得されたものを用いた。
 また、表35-1及び表35-2中、D’値は、連鎖不平衡係数であり、0と1の間の値を取る。連鎖不平衡が無い場合は、D’=0を示し、D’値が高いSNP(D’>0.5であり、D’>0.7が好ましい)は、SNP2とより連鎖不平衡関係にあることを示す。
 また、表35-1及び表35-2中、rも、連鎖不平衡係数であり、0と1の間の値を取る。連鎖不平衡が無い場合は、r=0を示し、r値が高いSNP(r>0.2が好ましい)は、SNP2とより連鎖不平衡関係にあることを示す。
 連鎖不平衡関係にあるSNPは、そのSNPを解析することにより、SNP2と同様又はSNP2と相関したAMD罹患の難易を判定でき、よって、AMD罹患の難易を判定するマーカーとして利用できる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000045
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000046
 本発明で示したSNPであるrs4075561、rs9287326、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるSNP、及び前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるSNPは、著しい視力低下をきたす加齢黄斑変性の発症及び進行を予測可能であるため、加齢黄斑変性判定用のマーカーとして用いることができ、DNAアレイ、塩基配列解析、PCR法又はPCR法によらない迅速DNA増幅法(インベーダーアッセイ)などに好適に利用可能である。
 また、本発明の加齢黄斑変性易罹患の性判定方法及び加齢黄斑変性易罹患性の判定キットは、加齢黄斑変性の発症及び進行、喫煙感受性加齢黄斑変性や喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性の易罹患性を、予測可能であり、これにより発症の危険度が高い人に関しては、より頻回に眼科検査を受けることにより加齢黄斑変性の早期予防が可能となり、加齢黄斑変性を既に発症した患者に対しては、最適な薬剤治療法の選択に好適に利用可能である。これにより、高齢者の視機能の維持とQOL向上、ひいては高齢者の医療費の削減も期待され、社会全体にも利益還元が期待される。

Claims (15)

  1.  被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する検出工程(I)と、
     前記rs4075561がアレルGを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  2.  被検体由来のDNA含有試料において、
     LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(i)を更に含み、
     判定工程が、更に、前記rs9287326がアレルCを有する場合、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する請求項1に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  3.  被検体由来のDNA含有試料において、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する検出工程(II)と、
     前記rs9287326がアレルCを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  4.  被検体由来のDNA含有試料において、
     NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルC、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(ii)を更に含み、
     判定工程が、更に、前記rs4075561がアレルGを有する場合、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する請求項3に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  5.  被検体由来のDNA含有試料において、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する検出工程(III)と、
     前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  6.  被検体由来のDNA含有試料において、
     NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルC、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(iii)を更に含み、
     判定工程が、更に、前記rs4075561がアレルGを有する場合、前記rs9287326がアレルCを有する場合、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する請求項5に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  7.  被検体由来のDNA含有試料において、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する検出工程(IV)と、
     前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する判定工程とを含み、
     前記rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が、前記rs9287326に対する連鎖不平衡係数(D’値)0.5超えであることを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  8.  被検体由来のDNA含有試料において、
     NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルC、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルT、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルG、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAの少なくともいずれかを検出する処理を含む追加の検出工程(iv)を更に含み、
     判定工程が、更に、前記rs4075561がアレルGを有する場合、前記rs9287326がアレルCを有する場合、前記rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型が前記rs4075561と連鎖不平衡関係にあるアレルを有する場合、前記rs11200638がアレルAを有する場合、前記rs800292がアレルCを有する場合、前記rs1410996がアレルCを有する場合、前記rs1061170がアレルCを有する場合、及び前記rs10490924がアレルTを有する場合の少なくともいずれかの場合に加齢黄斑変性易罹患性であると判定する請求項7に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  9.  加齢黄斑変性が、喫煙感受性加齢黄斑変性である請求項1から8のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  10.  喫煙感受性加齢黄斑変性が、喫煙感受性滲出型加齢黄斑変性である請求項9に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定方法。
  11.  NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段を含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定キット。
  12.  NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段が、前記rs4075561を含む、配列番号:1及び配列番号:2で表される塩基配列又はそれらの相補塩基配列を検出する共通プライマー対と、各プローブとのセットを含む請求項11に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キット。
     5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTGGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:1)
     5’-CAAAATAGGAGTAAATGCATAAACTTGGGAAACGAAAGTCAGGGTAGGTGC-3’(配列番号:2)
  13.  LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段の少なくともいずれかを更に含む請求項11から12のいずれかに記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キット。
  14.  LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段を含むことを特徴とする加齢黄斑変性易罹患性の判定キット。
  15.  NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561のアレルG又はその相補鎖におけるアレルCを検出する手段、NTRK2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs4075561と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、LRP1B遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs9287326と連鎖不平衡関係にある一塩基多型を検出する手段、HTRA1遺伝子近傍の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs11200638のアレルA又はその相補鎖におけるアレルTを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs800292のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1410996のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、CFH遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs1061170のアレルC又はその相補鎖におけるアレルGを検出する手段、及びARMS2遺伝子の一塩基多型である米国バイオテクノロジー情報センター(NCBI)SNPデータベースのdbSNP ID番号:rs10490924のアレルT又はその相補鎖におけるアレルAを検出する手段の少なくともいずれかを更に含む請求項14に記載の加齢黄斑変性易罹患性の判定キット。
     
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2009027972A (ja) * 2007-07-26 2009-02-12 Nipro Corp 加齢黄斑変性症の発症リスクの予測方法
JP2010119383A (ja) * 2008-10-22 2010-06-03 Nationa Hospital Organization 滲出型加齢黄斑変性のリスクの予測方法

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008110283A2 (en) * 2007-03-14 2008-09-18 Dsm Ip Assets B.V. Method for prevention of age-related macular degeneration (amd)
CA2704447A1 (en) * 2007-11-01 2009-05-07 University Of Iowa Research Foundation Predicting amd with snps within or near c2, factor b, plekha1, htra1, prelp, or loc387715

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2009027972A (ja) * 2007-07-26 2009-02-12 Nipro Corp 加齢黄斑変性症の発症リスクの予測方法
JP2010119383A (ja) * 2008-10-22 2010-06-03 Nationa Hospital Organization 滲出型加齢黄斑変性のリスクの予測方法

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"Submitted SNP(ss) Details: ss14038385", 5 November 2003 (2003-11-05), Retrieved from the Internet <URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ss.cgi?subsnp_id=14038385> [retrieved on 20120709] *
"Submitted SNP(ss) Details: ss5454934", 21 September 2002 (2002-09-21), Retrieved from the Internet <URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ss.cgi?subsnpid=5454934> [retrieved on 20120709] *
KEISUKE MORI ET AL.: "Gannai Kekkan Shinseibyo no Idenshi Kaiseki to Ko Kekkan Shinsei Chiryo ni Taisuru Kobetsuka Iryo no Kakuritsu", JOURNAL OF SAITAMA MEDICAL UNIVERSITY, vol. 37, no. 1, 2010, pages 21 - 25 *
KEISUKE MORI: "Disease susceptibility genes and personalized medicine for age-related macular degeneration", GANKA, vol. 51, no. 12, 2009, pages 1647 - 1652 *
MACHIDA S. ET AL.: "Monozygotic twins with polypoidal choroidal vasuculopathy,", CLIN. OPHTHALMOL., vol. 4, 2010, pages 793 - 800 *
MORI K. ET AL.: "Coding and noncoding variants in the CFH gene and cigarette smoking influence the risk of age-related macular degeneration in a Japanese population", INVEST. OPHTHALMOL. VIS. SCI., vol. 48, no. 11, 2007, pages 5315 - 5319 *

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