TWI555848B - 評估於一個體中發生腎臟結石之風險的方法、評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的方法與單核苷酸多型性ｒｓ１２３１３２７３作為腎臟結石發生或復發之一生物指標的用途 - Google Patents

評估於一個體中發生腎臟結石之風險的方法、評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的方法與單核苷酸多型性ｒｓ１２３１３２７３作為腎臟結石發生或復發之一生物指標的用途 Download PDF

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Description

評估於一個體中發生腎臟結石之風險的方法、評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的方法與單核苷酸多型性rs12313273作為腎臟結石發生或復發之一生物指標的用途
本發明係關於評估腎臟結石發生及/或復發之風險的方法，且特別關於利用核苷酸多型性(SNP) rs12313273(C/T)作為腎臟結石發生及/或復發之生物指標的方法。
鈣鹽結石(calcium containing stone)為腎臟結石疾患中最常見的一種，屬於多因子所共同影響的疾病。腎臟結石引起之尿路阻塞常造成絞痛、感染、腎積水等情形，其嚴重影響生活品質。在所有腎臟結石患者中，約有四分之一患者有腎臟結石家族病史。
另一方面，有腎臟結石家族病史的成員較易罹患腎臟結石，且其發病年齡較早且易復發。由此可知，基因組成不但為一腎臟結石重要的致病因子，且其和疾病之嚴重度及復發率亦有顯著相關。
ORAI1基因為鈣池調控鈣離子通道(store-operated calcium channel)的通道蛋白之次單元。在非興奮性細胞中，如腎細胞、肥大細胞及免疫細胞，鈣池調控鈣離子通道是鈣離子進入細胞的最主要方式之一。而改變細胞內鈣離子濃度會影響細胞內許多反應改變，如發炎反應、細胞增生及細胞凋亡等。文獻指出(Feske,S.,Gwack,Y.,Prakriya,M. et al.: A mutation in Orail causes immune deficiency by abrogating CRAC channel function. Nature 2006;441: 179)，T細胞中ORAI1基因的突變導致細胞內鈣離子失衡，進而造成嚴重的免疫疾病。在肥大細胞中，ORAI1離子通道可以改變鈣離子進入細胞的量，進而參與過敏反應。
鈣鹽結石會危害腎細胞生存能力，並影響胞內鈣離子的平衡，而導致發炎反應及細胞凋亡，且近一步使鈣鹽結石惡化並加速其他鈣鹽結石形成。為了能夠早期預防鈣鹽結石的發展，本發明研究鈣池調控鈣離子通道之基因多型性對鈣鹽結石發生的影響。本發明將增進對鈣鹽結石發病機制的理解，並可用於檢測罹病與否與發展檢驗試劑。
本發明提供一種評估於一個體中發生腎臟結石之風險的方法，包括：獲得該個體之一生物樣本；偵測該生物樣本中於ORAI1基因(序列辨識號：1)第30881個位置之單核苷酸多型性(SNP) rs12313273(C/T)的存在；以及評估該個體發生腎臟結石之風險，其中偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C存在時，表示該個體具有增加發生腎臟結石的風險。
本發明也提供一種評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的方法，包括：獲得該患有或曾患有腎臟結石之個體的一生物樣本；偵測該生物樣本中於ORAI1基因(序列辨識號：1)第30881個位置之單核苷酸多型性(SNP) rs12313273(C/T)的存在；以及評估該患有或曾患有腎臟結石之個體腎臟結石復發的風險，其中偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C存在時，表示該患有或曾患有腎臟結石之個體具有增加腎臟結石復發的風險。
本發明還提供一種單核苷酸多型性rs12313273(序列辨識號：3)作為腎臟結石發生之一生物指標的用途。
本發明又提供一種單核苷酸多型性rs12313273(序列辨識號：3)作為腎臟結石復發之一生物指標的用途。
為了讓本發明之上述和其他目的、特徵和優點能更明顯易懂，下文特舉較佳實施例，並配合所附圖示，作詳細說明如下：
為了瞭解單核苷酸多型性(SNP)與腎臟結石的關連性，本發明針對鈣池調控鈣離子通道之基因多型性對腎臟結石發生的影響進行研究。在一實施例中，本發明選擇ORAI1基因(序列辨識號：1，其中第32519個位置為+1轉錄起始位置)之單核苷酸多型性(SNP)來研究。
在一實施例中，本發明選擇5個ORAI1基因之單核苷酸多型性(SNP)以分別分析其與腎臟結石發生的關連性。上述5個ORAI1基因之單核苷酸多型性(SNP)分別為rs12320939(序列辨識號：2；位於序列辨識號1之第30567個位置至第30618個位置；以序列辨識號1之+1轉錄起始位置為基準則為於位於-1952~-1901)、rs12313273(序列辨識號：3；位於序列辨識號1之第30855個位置至第30906個位置；以序列辨識號1之+1轉錄起始位置為基準則為於位於-1664~-1613)、rs7135617(序列辨識號：4；位於序列辨識號1之第36850個位置至第36901個位置；以序列辨識號1之+1轉錄起始位置為基準則為於位於4332~4383)、rs6486795(序列辨識號：5；位於序列辨識號1之第43762個位置至第43813個位置；以序列辨識號1之+1轉錄起始位置為基準則為於位於11244~11295)與rs712853(序列辨識號：6；位於序列辨識號1之第47514個位置至第47565個位置；以序列辨識號1之+1轉錄起始位置為基準則為於位於14996~15047。上述5個單核苷酸多型性位於ORAI1基因的相對位置，如第1圖所示。
其中rs12320939(G/T)位於序列辨識號1之第30593個位置、rs12313273(C/T)位於序列辨識號1之第30881個位置、rs7135617(G/T)位於序列辨識號1之第36876個位置、rs6486795(C/T)位於序列辨識號1之第43788個位置與rs712853(C/T)位於序列辨識號1之第47593個位置。
在一實施例中，將健康人士群組與腎臟結石患者群組之生物樣本進行上述5個單核苷酸多型性(SNP)之基因型測定，並將測定結果進行統計分析，確認rs12313273(C/T)為一具潛力之評估腎臟結石發生及復發之生物指標。在另一實施例中，將腎臟結石患者及/或曾患有腎臟結石之患者群組的生物樣本進行上述5個單核苷酸多型性(SNP)之基因型測定並記錄其中各基因型腎臟結石復發之人數，且將測定結果進行統計分析，確認rs12313273(C/T)為一具潛力之評估腎臟結石復發之生物指標。
因此，在本發明一態樣中，本發明關於一種評估於一個體中發生腎臟結石之風險的方法，其可包括如下所述之步驟。首先獲得一個體之一生物樣本。個體可包括哺乳動物，在一實施例中，個體可包括人類。本發明之生物樣本可由任何具有染色體DNA之來源收集或分離而得。來源可包括血液及唾液等。在一實施例中，生物樣本可包括血液或唾液，例如約3-5 c.c之血液或唾液。
接著，偵測上述生物樣本中於ORAI1基因(序列辨識號：1)第30881個位置之單核苷酸多型性(SNP) rs12313273(C/T)的存在。偵測單核苷酸多型性(SNP) rs12313273的方法，可包括引子延伸法(例如，PinPoint分析、MassextendTM、SPC-SBE、或GOOD分析)、雜交法(例如，TaqMan分析、磁珠陣列(bead arry)、或SNP晶片)、ligation(例如，組成式綠螢光轉移標誌(CFET tags))，以及酵素切割(RFLP、分析)，PCR-SSCP(單鏈構象多態性)，MRD(mismatch repair dection)，BeadArrayTM，或SNPlexTM。在一實施例中，本發明可以TaqMan技術鑑定單核苷酸多型性(SNP) rs12313273的基因型。在一實施例中，單核苷酸多型性rs12313273(C/T)係藉由一第一寡核苷酸與一第二寡核苷酸來偵測，且第一寡核苷酸用以偵測單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因T，而第二寡核苷酸用以偵測單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C。
最後，評估上述個體發生腎臟結石之風險。在一實施例中，腎臟結石可包括腎臟鈣鹽結石。根據上述偵測結果，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C存在時，表示個體具有增加發生腎臟結石的風險。
在一實施例中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因T，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C時，增加發生腎臟結石之風險為一至少為約1.4-1.6的危險比值，較佳為一1.56的危險比值。在另一實施例中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT(兩個對偶基因皆為T)，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT(一個對偶基因為C且另一個對偶基因為T)時，增加發生腎臟結石之風險為一至少為約1.7-1.9的危險比值，較佳為一1.82的危險比值。又在另一實施例中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC(兩個對偶基因皆為C)時，增加發生腎臟結石之風險為一至少為約2.0-2.2的危險比值，較佳為一2.10的危險比值。
換句話說，具有rs12313273(C/T)之基因型為CT的個體，相較於具有rs12313273(C/T)之基因型為TT的個體，具有較高之發生腎臟結石的風險。而具有rs12313273(C/T)之基因型為CC的個體，相較於具有rs12313273(C/T)之基因型為CT的個體，具有較高之發生腎臟結石的風險。即，具有rs12313273(C/T)之基因型為CC的個體，相較於具有rs12313273(C/T)之基因型為TT或CT的個體，具有最高高之發生腎臟結石的風險。
而根據上述，清楚得知，單核苷酸多型性rs12313273(C/T)可作為腎臟結石發生之一生物指標。
因此，在本發明另一態樣中，本發明關於一種單核苷酸多型性rs12313273(序列辨識號：3)作為腎臟結石發生之一生物指標的用途或一種單核苷酸多型性(SNP) rs12313273(序列辨識號：3)用於評估於一個體中發生腎臟結石之風險的用途。
而在本發明又另一態樣中，本發明關於一種評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的方法，其可包括如下所述之步驟。首先獲得患有或曾患有腎臟結石之個體的一生物樣本。患有或曾患有腎臟結石之個體可包括哺乳動物，在一實施例中，上述個體可包括人類。上述生物樣本可由任何具有染色體DNA之來源收集或分離而得。來源可包括血液或唾液等。在一實施例中，生物樣本可包括血液或唾液，例如約3-5 c.c之血液或唾液。
接著，偵測上述生物樣本中於ORAI1基因(序列辨識號：1)第30881個位置之單核苷酸多型性(SNP) rs12313273(C/T)的存在。偵測單核苷酸多型性(SNP) rs12313273的方法，可包括引子延伸法(例如，PinPoint分析、MassextendTM、SPC-SBE、或GOOD分析)、雜交法(例如，TaqMan分析、磁珠陣列(bead arry)、或SNP晶片)、ligation(例如，組成式綠螢光轉移標誌(CFET tags))，以及酵素切割(RFLP、分析)，PCR-SSCP(單鏈構象多態性)，MRD(mismatch repair dection)，BeadArrayTM，或SNPlexTM。在一實施例中，本發明可以TaqMan技術鑑定單核苷酸多型性(SNP) rs12313273的基因型。在一實施例中，單核苷酸多型性rs12313273(C/T)係藉由一第一寡核苷酸與一第二寡核苷酸來偵測，且第一寡核苷酸用以偵測單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因T，而第二寡核苷酸用以偵測單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C。
最後，評估上述患有或曾患有腎臟結石之個體腎臟結石復發的風險。在一實施例中，腎臟結石可包括腎臟鈣鹽結石。根據上述偵測結果，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C存在時，表示上述患有或曾患有腎臟結石之個體具有增加腎臟結石復發的風險。
在一實施例中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT時，上述患有或曾患有腎臟結石之個體具有增加腎臟結石復發的風險。在另一實施例中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC時，上述患有或曾患有腎臟結石之個體具有增加腎臟結石復發的風險。在又另一實施例中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC時，上述患有或曾患有腎臟結石之個體具有增加腎臟結石復發的風險。
換句話說，具有rs12313273(C/T)之基因型為CT之患有或曾患有腎臟結石的個體，相較於具有rs12313273(C/T)之基因型為TT之患有或曾患有腎臟結石的個體，具有較高之腎臟結石復發的風險。而具有rs12313273(C/T)之基因型為CC之患有或曾患有腎臟結石的個體，相較於具有rs12313273(C/T)之基因型為CT之患有或曾患有腎臟結石的個體，具有較高之腎臟結石復發的風險。即，具有rs12313273(C/T)之基因型為CC之患有或曾患有腎臟結石的個體，相較於具有rs12313273(C/T)之基因型為TT或CT之患有或曾患有腎臟結石的個體，具有最高之腎臟結石復發的風險。
在一例子中，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT(兩個對偶基因皆為T)，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT(一個對偶基因為C且另一個對偶基因為T)時，增加發生腎臟結石之風險為一至少為約2.2-2.4的危險比值，較佳為一2.31的危險比值。而，相較於偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC(兩個對偶基因皆為C)時，增加發生腎臟結石之風險為一至少為約3.6-3.8的危險比值，較佳為一3.73的危險比值。
而根據上述，清楚得知，單核苷酸多型性rs12313273(C/T)可作為腎臟結石復發之一生物指標。
因此，在本發明再另一態樣中，本發明關於一種單核苷酸多型性rs12313273(序列辨識號：3)作為腎臟結石復發之一生物指標的用途或一種單核苷酸多型性(SNP)rs12313273(序列辨識號：3)用於評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的用途。
【實施例】
腎臟結石與ORAI1基因之單核苷酸多型性(SNP)之關 連性
1.　材料與方法
(a)　個體之生物樣本的DNA萃取
根據Gentra(Research Triangle,NC)公司的PuregeneTM kit所提供的標準步驟，靜脈全血5 ml存放於EDTA管中，以轉速3000 rpm/min離心10分鐘，使血漿、白血球細胞懸浮液(Buffy coat)及紅血球分離，利用微量吸管將Buffy coat吸取至1.5 ml微量離心管中，加入三倍體積的紅血球分解溶液(RBC lysis solution)，使之搖晃，讓試劑與血液充分混合，以轉速13,000-16,000 rpm/min離心1分鐘，使含有DNA的白血球細胞層沉澱，去除上清液，加入600 μl細胞分解溶液(cell lysis solution)使之完全搖晃混合，至少過一個晚上，以打破細胞膜釋出DNA隨後再加入300 μl蛋白質沈澱溶液(protein precipitation solution)混合均勻後，以轉速13,000-16,000 rpm/min離心5分鐘，將雜質沉澱下來，取出含有DNA的上清液至新的微量離心管，加入等量的異丙醇(isopropanol)稍加搖晃，以轉速13,000-16,000 rpm/min離心2分鐘，可看見底部含DNA之白色沉澱物，小心除去上清液，加入450 μl 85%酒精(ethanol)，以轉速13,000-16,000 rpm/min離心3分鐘，除去不要的鹽類，小心除去上清液，經風乾使酒精完全揮發，加入100 μl二次水(d.d. water)，置於65℃水浴中5分鐘，加速DNA的回溶。
取出DNA，以分光光度計(spectrophotometer)測定濃度及純度/吸光值(OD 260/280)，稀釋成10 ng/μl以供基因型測定時使用。
(b)　單核苷酸基因多形性選擇條件
本發明的單核苷酸基因多形性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是根據國際人類基因組單套型圖譜計畫(International Haplottpe HapMap project;http://www.hapmap.org)中的資料庫Phase III。Haplotype HapMap project由美國、中國、加拿大、日本、奈及利亞和英國政府及個人共同合作建構，目的是在鑑定不同種族和分布在不同地理的人群所有的SNP。Haplotype HapMap project涵蓋奈及利亞裔、日本裔、華裔和歐洲裔美國人，從中可以得到基因上的SNP分布在不同族群的頻率。
本發明篩選SNP的標準為r2≧0.8，最小等位基因頻率(minor allele frequency,MAF)在華裔族群中≧10%，而且所選的SNP都是在連鎖不平衡(linkage disequilibrium,LD)的基因組區域中具代表性的tSNP。本發明採用以上標準一共於ORAI1基因(序列辨識號：1)選出5個tSNP，分別為rs12320939(序列辨識號：2，位於序列辨識號1之第30567個位置至第30618個位置)、rs12313273(序列辨識號：3，位於序列辨識號1之第30855個位置至第30906個位置)、rs7135617(序列辨識號：4，位於序列辨識號1之第36850個位置至第36901個位置)、rs6486795(序列辨識號：5，位於序列辨識號1之第43762個位置至第43813個位置)與rs712853(序列辨識號：6，位於序列辨識號1之第47514個位置至第47565個位置)。
(c)　基因型檢定
本研究使用TaqMan技術(TaqMan Genotyping Assays products,Applied Biosystems Inc.)進行基因型檢測。於此技術中，使用兩個探針(Minor Grove Binder probe)，其5’端各自帶有不同的螢光(FAMTM dye與VICTM dye)。由於探針設計的序列不同，此兩個可專一地配對到SNP上不同的兩個對偶基因(allele)。此外，探針3’端上另外附著一個會吸收螢光能量的non-fluorescent quencher(NFQ)，使5’端上的螢光染劑暫時無法釋放螢光；直到聚合酶連鎖反應實驗中(Polymerase Chain Reaction,PCR)的聚合酶(AmpliTaq Gold DNA polymerase)將黏附到互補股探針上的螢光染劑和quencher分開，位於5’端的螢光染劑此時才會釋放螢光。依據偵測到的螢光不同，可區分不同的基因型。在此實驗中，以TaqMan(R) Genotyping Assays rs12320939 C__31833529_10來偵測rs12320939；以TaqMan(R) Genotyping Assays rs12313273 C__31833531_10來偵測rs12313273；以TaqMan(R) Genotyping Assays rs7135617 C__248428_10來偵測rs7135617；以TaqMan(R) Genotyping Assays rs6486795 C__1596513_20來偵測rs6486795；以Custom Taqman(R) SNP Genotyping Assay Service rs712853來偵測rs712853。
本研究基因型測定使用即時聚合酶連鎖反應機器(real-time PCR machine，ABI 7500機型，Applied Biosystems Inc,Foster City,CA)進行聚合酶連鎖反應實驗及基因型測定。將TaqMan universal Master Mix 2.5 μl加上40倍的TaqMan Genotyping Assay primer-probe Mix 0.0625 μl，再加上1 μl的DNA以及1.4375 μl的二次水，使每個樣本總體積為5 μl。將混合好的樣本置於96孔反應盤中，在即時聚合酶連鎖反應機器內進行PCR。反應條件：95℃ 10分鐘，再進行45個循環為95℃，15秒；60℃，1分鐘。利用ABI設計的軟體依據偵測到的螢光強度來判定基因型。
(d)　統計學分析
本研究統計分析使用SAS軟體9.1版進行運算。以卡方檢定中的適合度檢定(Chi-square Goodness-of-fit test)檢測在各個tSNPs是否符合哈溫平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)，當p值大於0.05時，表示基因型分布並無偏差。以卡方檢定(Chi-square test)檢測各個基因型及對偶基因在腎臟結石患者和健康對照間之分布有無顯著差異。又，以卡方檢定(Chi-square test)檢定腎臟結石患者及/或曾患有腎臟結石之患者群組在不同基因型間腎臟結石復發是否達顯著差異。
2.　腎臟結石之發生與ORAI1基因之單核苷酸多型性(SNP)之關連性
(a)　腎臟結石患者群組與健康人士群組
本發明進行一病例對照研究。選取136位腎臟結石患者與500健康人士來分別進行研究。腎臟結石患者群組與健康人士群組之詳細資料如表1所示。
(b)　腎臟結石之發生與rs12320939的關連性分析
針對136位腎臟結石患者與500健康人士之其rs12320939的基因型進行研究。結果如表2所示。
整體p值(overall p value)=0.9937
Trend P=0.9241
顯性模式P值(dominant model P value)=0.9641；危險性比值(OR)=1.01
隱性模式P值(recessive model P value)=0.9103；危險性比值(OR)=1.03
(c)　腎臟結石之發生與rs12313273的關連性分析
針對136位腎臟結石患者與500健康人士之其rs12313273的基因型進行研究。結果如表3所示。
整體p值(overall p value)=0.0058
Trend P=0.0020
顯性模式P值(dominant model P value)=0.0015；危險性比值(OR)=1.86
隱性模式P值(recessive model P value)=0.2030；危險性比值(OR)=1.57
(d)　腎臟結石之發生與rs7135617的關連性分析
針對136位腎臟結石患者與500健康人士之其rs7135617的基因型進行研究。結果如表4所示。
整體p值(overall p value)=0.5035
Trend P=0.3039
顯性模式P值(dominant model P value)=0.6373；危險性比值(OR)=1.12
隱性模式P值(recessive model P value)=0.2416；危險性比值(OR)=1.26
(e)　腎臟結石之發生與rs6486795的關連性分析
針對136位腎臟結石患者與500健康人士之其rs6486795的基因型進行研究。結果如表5所示。
整體p值(overall p value)=0.0348
Trend P=0.0095
顯性模式P值(dominant model P value)=0.0233；危險性比值(OR)=1.59
隱性模式P值(recessive model P value)=0.0509；危險性比值(OR)=1.62
(f)　腎臟結石之發生與rs712853的關連性分析
針對136位腎臟結石患者與500健康人士之其rs712853的基因型進行研究。結果如表6所示。
整體p值(overall p value)=0.5173
Trend P=0.5962
顯性模式P值(dominant model P value)=0.9912；危險性比值(OR)=1.00
隱性模式P值(recessive model P value)=0.2780；危險性比值(OR)=0.71
由以上結果發現，ORAI1中的多型性位點rs12313273(P=0.006)及rs6486795(P=0.035)在病例組及對照組中的分布有顯著差異。若是rs12313273 CC基因型攜帶者與TT參考基因型攜帶者相比，其腎臟結石發生之危險性比值有2.10(95%信賴區間：1.01~4.37)。若是rs6486795 CC基因型攜帶者與TT參考基因型攜帶者相比，腎臟結石發生之危險性比值有2.01(95%信賴區間：1.16~3.48)。
3.　腎臟結石復發與ORAI1基因之單核苷酸多型性(SNP)之關連性
將136位腎臟結石患者進行rs12313273基因型測定並記錄其中各基因型腎臟結石復發之人數，且將測定結果進行統計分析，其中復發定義如下所述：個案有兩次以上症狀，且每次症狀發生時間相隔6個月以上，或是經治療後又有新發生的結石。結果如表7所示。
表7顯示，rs12313273 CC基因型攜帶患者與TT參考基因型攜帶患者相比，其腎臟結石復發之危險性比值有3.73(95%信賴區間：1.73~13.59)。
因此，根據以上所有分析結果，其清楚顯示ORAI1基因多型性rs12313273可作為腎臟結石發生及復發的生物指標。
雖然本發明已以較佳實施例揭露如上，然其並非用以限定本發明，任何熟習此技藝者，在不脫離本發明之精神和範圍內，當可作些許之更動與潤飾，因此本發明之保護範圍當視後附之申請專利範圍所界定者為準。
<110>　高雄醫學大學
<120>　評估於一個體中發生腎臟結石之風險的方法、評估於一患有或曾患有腎臟結石之個體中腎臟結石復發之風險的方法與單核苷酸多型性rs12313273作為腎臟結石發生或復發之一生物指標的用途
<160>　6
<210>　1
<211>　64695
<212>　DNA
<213>　人類
<400>　1
<210>　2
<211>　52
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<213>　人類
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<400>　6
第1圖顯示rs12320939、rs12313273、rs7135617、rs6486795與rs712853位於ORAI1基因的相對位置。

Claims (18)

  1. 一種評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，包括：偵測一人類個體之一生物樣本中於ORAI1基因(序列辨識號：1)第30881個位置之單核苷酸多型性(SNP)rs12313273(C/T)的存在；以及評估該人類個體發生腎臟結石之風險，其中偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C存在時，表示該人類個體發生腎臟結石的風險增加。
  2. 如申請專利範圍第1項所述之評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因T，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C時，該人類個體發生腎臟結石之風險增加，具有一至少為約1.4-1.6的危險比值。
  3. 如申請專利範圍第1項所述之評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT時，該人類個體發生腎臟結石之風險增加，具有一至少為約1.7-1.9的危險比值。
  4. 如申請專利範圍第1項所述之評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到該單核 苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC時，該人類個體發生腎臟結石之風險增加，具有一至少為約2.0-2.2的危險比值。
  5. 如申請專利範圍第1項所述之評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，其中該腎臟結石包括腎臟鈣鹽結石。
  6. 如申請專利範圍第1項所述之評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，其中該生物樣本包括血液或唾液。
  7. 如申請專利範圍第1項所述之評估於一人類個體中發生腎臟結石之風險的方法，其中該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)係藉由一第一寡核苷酸與一第二寡核苷酸來偵測，且該第一寡核苷酸用以偵測該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因T，而該第二寡核苷酸用以偵測該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C。
  8. 一種評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，包括：偵測一患有或曾患有腎臟結石之人類個體的一生物樣本中於ORAI1基因(序列辨識號：1)第30881個位置之單核苷酸多型性(SNP)rs12313273(C/T)的存在；以及評估該患有或曾患有腎臟結石之人類個體腎臟結石復發的風險，其中偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C存在時，表示該患有或曾患有腎臟結石之人類個體腎臟結石復發的風險增加。
  9. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT時，該人類個體腎臟結石復發的風險增加。
  10. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC時，該人類個體腎臟結石復發的風險增加。
  11. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC時，該人類個體腎臟結石復發的風險增加。
  12. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型TT，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CT時，該人類個體腎臟結石復發之風險增加，具有一至少為約2.2-2.4的危險比值。
  13. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中相較於偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基 因型TT，當偵測到該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之基因型CC時，該人類個體腎臟結石復發之風險增加，具有一至少為約3.6-3.8的危險比值。
  14. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中該腎臟結石包括腎臟鈣鹽結石。
  15. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中該生物樣本包括血液或唾液。
  16. 如申請專利範圍第8項所述之評估於一患有或曾患有腎臟結石之人類個體中腎臟結石復發之風險的方法，其中該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)係藉由一第一寡核苷酸與一第二寡核苷酸來偵測，且該第一寡核苷酸用以偵測該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因T，而該第二寡核苷酸用以偵測該單核苷酸多型性rs12313273(C/T)之對偶基因C。
  17. 一種單核苷酸多型性rs12313273(序列辨識號：3)作為人類腎臟結石發生之一風險評估之生物指標的用途。
  18. 一種單核苷酸多型性rs12313273(序列辨識號：3)作為人類腎臟結石復發之一風險評估之生物指標的用途。
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