TW202246516A - 病毒蛋白之控制表現 - Google Patents

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傑佛瑞 莫利 史萊克
彼得 史萊德
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Abstract

本發明描述用於生產腺相關病毒(AAV)粒子,包括重組腺相關病毒(rAAV)粒子之方法及系統。在某些實施例中,該生產方法及系統使用草地黏蟲( Spodoptera frugiperda)昆蟲細胞(諸如Sf9或Sf21)作為病毒生產細胞(VPC)。

Description

病毒蛋白之控制表現
本發明描述用於生產腺相關病毒(AAV)粒子,包括重組腺相關病毒(rAAV)粒子之方法及系統。在某些實施例中,該生產方法及系統使用草地黏蟲( Spodoptera frugiperda)昆蟲細胞(諸如Sf9或Sf21)作為病毒生產細胞(VPC)。在某些實施例中,生產方法及系統使用AAV表現構築體,例如桿狀病毒表現載體(BEV)及/或桿狀病毒感染昆蟲細胞(BIIC),用於產生AAV粒子(例如rAAV)。在某些實施例中,生產方法及系統允許AAV非結構(例如複製)蛋白,諸如Rep78及Rep52之受控表現。
AAV已成為用於向哺乳動物細胞轉移基因的最廣泛研究及利用之病毒載體之一。參見例如Tratschin等人, Mol. Cell Biol., 5(11):3251-3260 (1985)及Grimm等人, Hum. Gene Ther., 10(15):2445-2450 (1999),其內容各自以全文引用之方式併入本文中。AAV載體,例如AAV粒子為用於治療性基因遞送之有前景的候選物。出於此目的,設計及生產經改良之AAV粒子為活躍的研究領域。
仍需要用於產生AAV結構(例如衣殼)蛋白及AAV衣殼、AAV非結構(例如複製)蛋白及相應AAV載體(例如rAAV粒子)的改良之系統及方法。
本發明至少部分地係關於用於產生AAV粒子及表現AAV衣殼蛋白(例如VP1、VP2及/或VP3)及複製蛋白(例如Rep52及/或Rep78)之組合物及方法。本發明亦描述AAV表現構築體(例如,桿狀病毒穿梭載體)及AAV生產系統以及使用其產生重組腺相關病毒(rAAV)粒子之方法。在一些實施例中,本文所述之AAV表現構築體展現優於先前AAV表現構築體之改善特性,包括改善之繼代穩定性、增加之AAV病毒效價、改善之衣殼蛋白比率、改良之衣殼品質及改善之AAV衣殼效力(例如增加之轉導效率),用於不同AAV血清型之AAV衣殼蛋白,包括但不限於AAV9衣殼蛋白及其變異體。
因此,在一些態樣中,本發明提供包含以下之AAV表現構築體:(i)至少兩個Rep編碼區,其各自包含編碼Rep蛋白之核苷酸序列,該Rep蛋白獨立地選自Rep52、Rep40、Rep68或Rep78蛋白,例如Rep52蛋白及Rep78蛋白;及(ii) VP編碼區,其包含編碼至少一種、兩種或三種VP蛋白之核苷酸序列,該等VP蛋白選自VP1蛋白、VP2蛋白、VP3蛋白或其組合,其中該等至少兩個Rep編碼區各自包含不同核苷酸序列及/或存在於不同位置中;其中該AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體,例如變異型桿狀病毒基因體之至少一部分,該變異型桿狀病毒基因體包含至少兩個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該等至少兩個非必需基因獨立地選自egt、p74 (PIF0)、p26、SOD、ChiA、v-cath、p10、多角體蛋白、ctx、odv-e56、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94;視情況其中該AAV表現構築體在宿主細胞(例如昆蟲細胞)中穩定維持至少5-10代,例如至少5、6、7、8、9或10代。在一些實施例中,VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼VP2蛋白之核苷酸序列及編碼VP3蛋白之核苷酸序列包含於編碼VP1蛋白之核苷酸序列內。在一些實施例中,AAV表現構築體包含第二VP編碼區。在一些實施例中,第二VP編碼區包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列。在一些實施例中,第二VP編碼區以可操作方式連接於ctx啟動子。在一些實施例中,AAV表現構築體包含經修飾之科紮克(Kozak)序列。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列存在於VP編碼區之5'端。
在另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)存在於該變異型桿狀病毒基因體之v-cath基因座中之第一Rep編碼區;(ii)存在於該變異型桿狀病毒基因體之egt基因座中之第二Rep編碼區;及(iii)存在於該變異型桿狀病毒基因體之v-cath基因座中之VP編碼區。
在另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子的第一Rep編碼區;(ii)存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子的第二Rep編碼區;以及(iii)存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子的VP編碼區。
在又另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;(ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;以及(iii) VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
在又另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;(ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;以及(iii) VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子;視情況其中該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以相反取向存在。
在又另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;(ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中;(iii) VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及(iv)第二VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之SOD基因座中。
在又另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;(ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;(iii) VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內;及(iv)第二VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列。
在另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;(ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;(iii) VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子;及(iv)第二VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列,其中該第二VP編碼區以可操作方式連接於ctx啟動子;視情況其中,該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。
在另一態樣中,本發明提供一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含:(i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;(ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;及(iii) VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子,其中該VP區包含:(a)經修飾之科紮克序列,其存在於該VP編碼區之該5'端處(例如在該VP編碼區之開始處),視情況其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之核苷酸序列,或相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33僅包含一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列;及(b)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
在另一態樣中,本發明提供一種包含有效負載編碼區之AAV有效負載表現構築體,該有效負載編碼區包含編碼有效負載之核苷酸序列,其中該AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體,例如變異型桿狀病毒基因體之至少一部分,該變異型桿狀病毒基因體包含至少兩個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該等至少兩個非必需基因獨立地選自egt、p74 (PIF0)、p26、SOD、ChiA、v-cath、p10、多角體蛋白、ctx、odv-e56、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。
在又另一態樣中,本發明提供一種細胞,其包含本文所述之AAV表現構築體及/或本文所述之AAV有效負載構築體。在一些實施例中,細胞為昆蟲細胞。
在又另一態樣中,本發明提供由本文所述之AAV表現構築體編碼之VP1蛋白。在另一態樣中,本發明提供由本文所述之AAV表現構築體編碼之VP2蛋白。在又另一態樣中,本發明提供由本文所述之AAV表現構築體編碼之VP3蛋白。在又另一態樣中,本發明提供由本文所述之AAV表現構築體編碼之Rep78蛋白。在又另一態樣中,本發明提供由本文所述之AAV表現構築體編碼之Rep52蛋白。在又另一態樣中,本發明提供由本文所述之AAV表現構築體編碼之AAV衣殼蛋白。
在又另一態樣中,本發明提供一種AAV生產系統,其包含本文所述之AAV表現構築體及本文所述之AAV有效負載構築體。在一些實施例中,該AAV生產系統包含病毒生產細胞,其包含該AAV表現構築體及AAV有效負載構築體。
在又另一態樣中,本發明提供一種產生Rep78蛋白、Rep52蛋白、VP1蛋白、VP蛋白及/或VP3蛋白中之一者、兩者、三者、四者或全部之方法,該方法包含:(i)提供包含本文所述之AAV表現構築體之細胞;(ii)在適合於產生該Rep78蛋白、該Rep52蛋白、該VP1蛋白、該VP蛋白及/或該VP3蛋白中之該一者、兩者、三者、四者或全部之條件下培育該細胞。
在又另一態樣中,本發明提供一種產生AAV粒子之方法,該方法包含:(i)提供包含本文所述之AAV表現構築體及本文所述之AAV有效負載構築體之細胞;(ii)在適合於產生該AAV粒子之條件下培育該細胞;藉此產生該AAV粒子。
在某些實施例中,本發明提出用於在重組腺相關病毒(rAAV)粒子產生期間控制AAV非結構(例如複製)蛋白(諸如Rep78及Rep52)之表現的AAV表現構築體。在某些實施例中,本發明提出AAV表現構築體,其包含:第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼一或多種選自Rep78及Rep52之AAV Rep蛋白的核苷酸序列;及第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第二ORF及編碼一或多種選自Rep78及Rep52之AAV Rep蛋白的核苷酸序列。在某些實施例中,第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列。在某些實施例中,第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52之核苷酸序列。
在某些實施例中,第一Rep編碼區之至少一部分相對於參考Rep編碼核苷酸序列經密碼子最佳化。在某些實施例中,該第一Rep編碼區針對昆蟲細胞經密碼子最佳化;視情況針對草地黏蟲昆蟲細胞。在某些實施例中,該第二Rep編碼區之至少一部分相對於參考Rep編碼核苷酸序列經密碼子最佳化。在某些實施例中,該第二Rep編碼區針對昆蟲細胞經密碼子最佳化;視情況針對草地黏蟲昆蟲細胞。
在某些實施例中,該第一Rep編碼區包含一或多個表現控制區,其包含一或多個啟動子序列。在某些實施例中,該第一Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個選自以下之啟動子序列:polh、ΔIE-1、p10、Δp10及其變體或衍生物。在某些實施例中,該第一Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個polh啟動子。在某些實施例中,該第一Rep編碼區包含polh啟動子,且該第一ORF包含僅編碼Rep78之核苷酸序列。
在某些實施例中,該第二Rep編碼區包含一或多個表現控制區,其包含一或多個啟動子序列。在某些實施例中,該第二Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個選自以下之啟動子序列:polh、ΔIE-1、p10、Δp10及其變體或衍生物。在某些實施例中,該第二Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個polh啟動子。在某些實施例中,該第二Rep編碼區包含polh啟動子,且該第二ORF包含僅編碼Rep52之核苷酸序列。
在某些實施例中,該第一Rep編碼區包含該第一ORF之5'處之一或多個表現修飾序列。在某些實施例中,該第一Rep編碼區包含該第一ORF之5'處之一或多個表現修飾序列,其中該一或多個表現修飾序列在該第一ORF之該起始密碼子處減少轉譯起始。在某些實施例中,該第一Rep編碼區在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-100個核苷酸。在某些實施例中,該第一Rep編碼區在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-25個核苷酸或3-10個核苷酸。在某些實施例中,該第一Rep編碼區在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3個核苷酸。
在某些實施例中,該第二Rep編碼區包含該第二ORF之5'處之一或多個表現修飾序列。在某些實施例中,該第二Rep編碼區包含該第二ORF之5'處之一或多個表現修飾序列,其中該一或多個表現修飾序列在該第二ORF之該起始密碼子處減少轉譯起始。在某些實施例中,該第二Rep編碼區在該第二ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-100個核苷酸。在某些實施例中,該第二Rep編碼區在該第二ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-25個核苷酸或3-10個核苷酸。在某些實施例中,該第二Rep編碼區在該第二ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3個核苷酸。
在某些實施例中,該一或多個表現修飾序列包含小順反子序列。在某些實施例中,小順反子插入序列來自桿狀病毒基因。在某些實施例中,小順反子插入序列來自桿狀病毒gp64基因。在某些實施例中,小順反子插入序列包含SEQ ID NO: 4。在某些實施例中,小順反子插入序列包含SEQ ID NO: 5。
在某些實施例中,AAV表現構築體包含重組桿狀病毒基因體(亦即,桿狀病毒穿梭載體)。在某些實施例中,該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之第一位置中,且該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之第二位置中,其與該桿狀病毒基因體之該第一位置不同。在某些實施例中,該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之Tn7/polh基因區中。在某些實施例中,該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之egt基因區中。在某些實施例中,該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中。在某些實施例中,該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區中。在某些實施例中,該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。在某些實施例中,該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中。
在某些實施例中,該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區中,且該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。在某些實施例中,該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區中,且該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。
在某些實施例中,該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中,且該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。在某些實施例中,該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中,且該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。
在某些實施例中,該AAV表現構築體包含VP編碼區,該VP編碼區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼一或多種選自VP1、VP2、VP3或其組合之AAV VP蛋白的核苷酸序列。在某些實施例中,該VP編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中。在某些實施例中,該AAV表現構築體包含位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中之VP編碼區及位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中之至少一個Rep編碼區。在某些實施例中,該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列,且位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中。在某些實施例中,該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列且位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中,且該第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52之核苷酸序列但不位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中(例如位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中)。在某些實施例中,該第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52之核苷酸序列且位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中,且該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列但不位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中(例如位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中)。
在某些實施例中,該AAV表現構築體包含:(i) VP編碼區,其位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中;(ii)第一Rep編碼區,其包含僅編碼Rep78之核苷酸序列,位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中;及(iii)第二Rep編碼區,其包含僅編碼Rep52之核苷酸序列,不位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中(例如位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中)。在某些實施例中,該AAV表現構築體包含:(i) VP編碼區,其位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中;(ii)第二Rep編碼區,其包含僅編碼Rep52之核苷酸序列,位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中;及(iii)第一Rep編碼區,其包含僅編碼Rep78之核苷酸序列,不位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中(例如位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中)。
在某些實施例中,本發明提出一種AAV病毒生產系統,其包含本發明之AAV表現構築體及包含轉殖基因有效負載之AAV有效負載構築體。在某些實施例中,該AAV病毒生產系統包含AAV病毒生產細胞,其包含該AAV表現構築體及該AAV有效負載構築體。在某些實施例中,該AAV病毒生產細胞為昆蟲細胞。在某些實施例中,該AAV病毒生產細胞為Sf9細胞或Sf21細胞。
在某些實施例中,本發明提出在AAV病毒生產細胞中表現AAV Rep78及Rep52蛋白之方法。在某些實施例中,本發明提出在AAV病毒生產細胞中表現AAV Rep78及Rep52蛋白之方法,其包含:(i)提供本發明之AAV表現構築體;(ii)將該AAV表現構築體轉染至AAV病毒生產細胞中;及(iii)使該AAV病毒生產細胞暴露於允許該AAV病毒生產細胞將該Rep編碼區加工成相應AAV Rep78及Rep52蛋白之條件。在某些實施例中,該AAV病毒生產細胞為昆蟲細胞。在某些實施例中,該AAV病毒生產細胞為Sf9細胞或Sf21細胞。在某些實施例中,本發明提出由本發明方法產生之Rep78蛋白。在某些實施例中,本發明提出由本發明方法產生之Rep52蛋白。
在某些實施例中,本發明提出在AAV病毒生產細胞中生產重組腺相關病毒(rAAV)粒子之方法。在某些實施例中,本發明提出在AAV病毒生產細胞中生產重組腺相關病毒(rAAV)粒子之方法,其包含:(i)提供本發明之AAV病毒生產系統,其包含AAV表現構築體及包含編碼轉殖基因有效負載之核苷酸序列的AAV有效負載構築體,其中該AAV表現構築體包含一或多個VP編碼區,其包含一或多個編碼VP1、VP2及VP3衣殼蛋白之核苷酸序列及一或多個編碼Rep78及Rep52蛋白之核苷酸序列;(ii)將該AAV病毒生產系統轉染至AAV病毒生產細胞中;及(iii)將該AAV病毒生產細胞暴露於允許該AAV病毒生產細胞將該AAV表現構築體及該AAV有效負載構築體加工成rAAV粒子之條件。在某些實施例中,該方法進一步包含(iv)自該AAV病毒生產細胞收集該等rAAV粒子。在某些實施例中,該AAV病毒生產細胞為昆蟲細胞。在某些實施例中,該AAV病毒生產細胞為Sf9細胞或Sf21細胞。
在某些實施例中,本發明提出由本發明方法產生之重組腺相關病毒(rAAV)粒子。在某些實施例中,本發明提出包含本發明之rAAV粒子及醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。
熟習此項技術者將認識到或能夠僅使用常規實驗確定本文所描述之本發明特定實施例的許多等效物。此類等效物意欲由以下所列舉之實施例涵蓋。 所列舉實施例 1.一種AAV表現構築體,其包含: (i)至少兩個Rep編碼區,其各自包含編碼Rep蛋白之核苷酸序列,該Rep蛋白獨立地選自Rep52、Rep40、Rep68或Rep78蛋白,例如Rep52蛋白及Rep78蛋白;及 (ii) VP編碼區,其包含編碼至少一種、兩種或三種VP蛋白之核苷酸序列,該等VP蛋白選自VP1蛋白、VP2蛋白、VP3蛋白或其組合, 其中該等至少兩個Rep編碼區各自包含不同核苷酸序列及/或存在於不同位置中; 其中該AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體,例如變異型桿狀病毒基因體之至少一部分,該變異型桿狀病毒基因體包含至少兩個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該等至少兩個非必需基因獨立地選自egt、p74 (PIF0)、p26、SOD、ChiA、v-cath、p10、多角體蛋白、ctx、odv-e56、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94; 視情況其中該AAV表現構築體在宿主細胞(例如昆蟲細胞)中穩定維持至少5-10代,例如至少5、6、7、8、9或10代。 2.如實施例1之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 3.如實施例1或2之AAV表現構築體,其中該變異型桿狀病毒基因體包含來自桿狀病毒基因體之核苷酸序列或其部分,該桿狀病毒基因體選自加洲苜蓿夜蛾( Autographa californica)多核型多角體病毒(AcMNPV) (例如AcMNPV病毒株E2、C6或HR3)、家蠶 (Bombyx mori)核型多角體病毒(BmNPV)、黎豆夜蛾( Anticarsia gemmatalis)核型多角體病毒(AgMNPV)、花旗松毒蛾( Orgyia pseudotsugata)核型多角體病毒(OpMNPV)或弧金翅夜蛾( Thysanoplusia orichalcea)核型多角體病毒(ThorMNPV)。 4.如實施例1至3中任一者之AAV表現構築體,其中該變異型桿狀病毒基因體包含來自該AcMNPV (例如AcMNPV E2)桿狀病毒基因體之核苷酸序列或其部分。 5.如實施例1至4中任一者之AAV表現構築體,其中該破壞引起該非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)或該非必需基因之調節區(例如在非必需基因相鄰處進行啟動子修飾或插入異源DNA)失活。 6.如實施例1至5中任一者之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因之該破壞為或包含插入、缺失、取代或突變(例如框移突變)。 7.如實施例1至6中任一者之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因中之一者或兩者之該破壞存在於該非必需基因之該調節區中(例如,在非必需基因相鄰處進行啟動子修飾或插入異源DNA)。 8.如實施例1至7中任一者之AAV表現構築體,其中該變異型桿狀病毒基因體包含至少三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或十個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該至少三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或十個非必需基因獨立地選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。 9.如實施例1至8中任一者之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因包含: (i) v-cath及egt; (ii) v-cath、egt及SOD; (iii) chiA、v-cath、egt、p26、p10及p74; (iv) chiA、v-cath、egt、p26、p10、p74及SOD;或 (v) chiA、v-cath、egt、p26、p10、p74、SOD、AcORF-91及AcORF-108。 10.如實施例1至9中任一者之AAV表現構築體,其中該破壞包含chiA基因、v-cath基因、p26基因、p10基因及/或p74基因或其部分之缺失。 11.如實施例1至10中任一者之AAV表現構築體,其中該破壞包含在該非必需基因或相鄰區中插入異源序列。 12.如實施例1至11中任一者之AAV表現構築體,其中該破壞包含在該非必需基因或相鄰區中之一或多個突變。 13.如實施例1至12中任一者之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因中之一者或兩者存在於同源重複區5 (hr5)附近(例如下游或上游)。 14.如實施例1至13中任一者之AAV表現構築體,其中該等至少兩個Rep編碼區各自包含不同核苷酸序列且存在於該變異型桿狀病毒基因體中之不同位置中。 15.如實施例1至14中任一者之AAV表現構築體,其中該等至少兩個Rep編碼區包含第一Rep編碼區及第二Rep編碼區。 16.如實施例15之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼Rep78蛋白之核苷酸序列,且該第二Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第二ORF及編碼Rep52蛋白之核苷酸序列。 17.如實施例15或16之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或兩者包含ATG起始密碼子(例如典型起始密碼子)。 18.如實施例15或16之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或兩者包含ACG起始密碼子、CTG起始密碼子、TTG起始密碼子或GTG起始密碼子(例如非典型起始密碼子)。 19.如實施例15至18中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含編碼Rep78蛋白之核苷酸序列。 20.如實施例15至19中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白之核苷酸序列。 21.如實施例15至20中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78蛋白之核苷酸序列。 22.如實施例15至19中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含編碼Rep78蛋白而非Rep52蛋白之核苷酸序列。 23.如實施例15至22中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白之核苷酸序列。 24.如實施例15至23中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含相對於Rep78蛋白,主要編碼Rep52蛋白,例如至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep52蛋白之核苷酸序列。 25.如實施例15至24中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52蛋白之核苷酸序列。 26.如實施例15至23中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。 27.如實施例15至26中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;及 (ii)該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。 28.如實施例15至27中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含SEQ ID NO: 201之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 201具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個不同核苷酸的核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 201具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 29.如實施例15至28中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區編碼SEQ ID NO: 202之胺基酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的胺基酸序列;相對於SEQ ID NO: 202包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個不同胺基酸的胺基酸序列;或相對於SEQ ID NO: 202之該胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個修飾(例如取代(例如保守取代)、插入或缺失)之胺基酸序列。 30.如實施例15至29中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含SEQ ID NO: 203之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 203具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個不同核苷酸的核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 203具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 31.如實施例15至30中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區編碼SEQ ID NO: 204之胺基酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的胺基酸序列;相對於SEQ ID NO: 204包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個不同胺基酸的胺基酸序列;或相對於SEQ ID NO: 204包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個修飾(例如取代(例如保守取代)、插入或缺失)之胺基酸序列。 32.如實施例15至31中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或兩者之核苷酸序列針對昆蟲細胞,視情況針對草地黏蟲( Spodoptera frugiperda)昆蟲細胞(例如Sf9昆蟲細胞)經密碼子最佳化。 33.如實施例15至32中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區之該核苷酸序列以可操作方式連接於第一啟動子。 34. 如實施例15至33中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區之該核苷酸序列以可操作方式連接於第二啟動子。 35. 如實施例33或34之AAV表現構築體,其中該第一啟動子、該第二啟動子或該第一啟動子及該第二啟動子兩者為桿狀病毒極晚期啟動子、病毒啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、來自一或多種物種之包括病毒及非病毒元件之嵌合啟動子、合成啟動子或其變異體。 36.如實施例33至35中任一者之AAV表現構築體,其中該第一啟動子、該第二啟動子或該第一啟動子及該第二啟動子兩者係選自多角體蛋白(polh)啟動子、p10啟動子、芋螺毒素(ctx)啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。 37.如實施例33至36之AAV表現構築體,其中該第一啟動子與該第二啟動子相同。 38.如實施例33至36之AAV表現構築體,其中該第一啟動子與該第二啟動子不同。 39.如實施例33至37之AAV表現構築體,該第一啟動子及該第二啟動子各自為polh啟動子。 40.如實施例39之AAV表現構築體,其中該polh啟動子包含SEQ ID NO: 167之核苷酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 167包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 167包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 41.如實施例15至40中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區或該第二Rep編碼區包含減少該第一Rep編碼區之轉錄起始的表現修飾序列。 42.如實施例41之AAV表現構築體,其中該表現修飾序列包含小順反子序列。 43.如實施例15至42中任一者之AAV表現構築體,該第一Rep編碼區包含小順反子序列,視情況其中該小順反子序列存在於該第一Rep編碼區之5'端。 44.如實施例41至43中任一者之AAV表現構築體,該第一Rep編碼區在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-100個核苷酸;視情況在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-25個核苷酸、3-10個核苷酸或3個核苷酸。 45.如實施例42至44中任一者之AAV表現構築體,其中該小順反子序列來自桿狀病毒基因;視情況,桿狀病毒gp64基因。 46.如實施例42至45中任一者之AAV表現構築體,其中該小順反子序列包含SEQ ID NO: 4或SEQ ID NO: 5;與SEQ ID NO: 4或5至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 4或5包含一個、兩個或三個修飾(例如取代)但不超過四個修飾(例如取代)之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 4或5包含一個、兩個或三個但不超過四個不同核苷酸之核苷酸序列。 47.如實施例15至46中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:polh啟動子、小順反子序列及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列。 48.如實施例15至46中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列。 49.如實施例15至48中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。 50.如實施例15至49中任一者之AAV表現構築體,其包含: (i)以5'至3'順序包含:polh啟動子、小順反子序列及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;及 (ii)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。 51.如實施例15至49中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;及 (ii)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。 52.如實施例15至51中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之第一位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94;及 (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之第二位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94; 其中第一基因座與第二基因座不同。 53.如實施例15至52之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區存在於v-cath基因座中且該第二Rep編碼區存在於egt基因座中。 54.如實施例15至52之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區存在於Tn7/polh基因座中且該第二Rep編碼區存在於該egt基因座中。 55.如實施例15至53中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子,且該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子。 56.如實施例15至53或55中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (ii)該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中。 57.如實施例15至53或55至56中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子;及 (ii)該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子。 58.如實施例15至53或55至57中任一者之AAV表現構築體,其包含: (i)以5'至3'順序包含:polh啟動子、小順反子序列及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (ii)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中。 59.如實施例15至53或55至58中任一者之AAV表現構築體,其包含: (i)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (ii)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中。 60.如實施例1或3至59中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼以下之核苷酸序列: (i)主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白及/或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白; (ii)僅編碼VP1蛋白; (iii)編碼VP1蛋白,但不編碼VP2蛋白或VP3蛋白; (iv)主要編碼VP2蛋白,例如相對於VP1蛋白及/或VP3蛋白,至少約50%、60%、70%、80%、90%或更多VP2蛋白; (v)僅編碼VP2蛋白; (vi)編碼VP2蛋白,但不編碼VP1蛋白或VP3蛋白; (vii)僅編碼VP3蛋白; (viii)編碼VP3蛋白,但不編碼VP1蛋白或VP2蛋白; (ix)編碼VP1蛋白及VP2蛋白,但不編碼VP3蛋白; (x)編碼VP1蛋白及VP3蛋白,但不編碼VP2蛋白; (xi)編碼VP2蛋白及VP3蛋白,但不編碼VP1蛋白; (xii)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白。 61.如實施例1至60中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 62.如實施例1至61中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF。 63.如實施例1至62中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子。 64.如實施例1至62中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子。 65.如實施例1至64中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼AAV1衣殼蛋白、AAV2衣殼蛋白、AAV3衣殼蛋白、AAV4衣殼蛋白、AAV5衣殼蛋白、AAV6衣殼蛋白、AAV8衣殼蛋白、AAV9衣殼蛋白、AAVrh10衣殼蛋白或前述衣殼蛋白中之任一者之變異體。 66.如實施例1至65中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼AAV5衣殼蛋白或其變異體,或AAV9衣殼蛋白或其變異體。 67.如實施例1至66中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼VP1蛋白,其包含SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之胺基酸序列或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。 68.如實施例1至67中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼VP2蛋白,例如SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之片段或部分,或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列,視情況其中該VP2蛋白包含SEQ ID NO: 71或46-48之胺基酸138-736;SEQ ID NO: 52、53、54、56、60、61、64、66、68之胺基酸138-743;或SEQ ID NO: 168之胺基酸137-724。 69.如實施例1至68中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼VP3蛋白,例如SEQ ID NO: 46、47、48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之片段或部分,或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列,視情況其中該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 71或46-48之胺基酸203-736;SEQ ID NO: 52、53、54、56、60、61、64、66、68之胺基酸203-743;或SEQ ID NO: 168之胺基酸193-724。 70.如實施例1至69中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含SEQ ID NO: 43-45、49-51、57-59、62、63、65、67、69、72、169或205-213中之任一者之核苷酸序列,或與前述核苷酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。 71.如實施例1至70中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP2蛋白之核苷酸序列,該VP2蛋白例如SEQ ID NO: 43-45、49-51、57-59、62、63、65、67、69、72、169或205-213中之任一者之片段或部分,或與前述核苷酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列,視情況其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列包含SEQ ID NO: 43-45、72、205或212之核苷酸412-2211;SEQ ID NO: 49-51、57-59、62、63、65、67、69、72或206-211之核苷酸412-2232;或SEQ ID NO: 169或213之核苷酸409-2175。 72.如實施例1至71中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP3蛋白之核苷酸序列,該VP3蛋白例如SEQ ID NO: 43-45、49-51、57-59、62、63、65、67、69、72、169或205-213中之任一者之片段或部分,或與前述核苷酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列,視情況其中編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含SEQ ID NO: 43-45、72、205或212之核苷酸607-2211;SEQ ID NO: 49-51、57-59、62、63、65、67、69、72或206-211之核苷酸607-2232;或SEQ ID NO: 169或213之核苷酸577-2175。 73.如實施例1至72中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區之該核苷酸序列針對昆蟲細胞,視情況針對草地黏蟲昆蟲細胞(例如Sf9昆蟲細胞)經密碼子最佳化。 74.如實施例1至73中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區之核苷酸序列以可操作方式連接於啟動子。 75.如實施例74之AAV表現構築體,其中該啟動子為桿狀病毒極晚期啟動子、病毒啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、來自一或多種物種之包括病毒及非病毒元件之嵌合啟動子、合成啟動子或其變異體。 76.如實施例74或75之AAV表現構築體,其中該啟動子係選自polh啟動子、p10啟動子、ctx啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。 77.如實施例74至76中任一者之AAV表現構築體,其中該啟動子為p10啟動子。 78.如實施例77之AAV表現構築體,其中該p10啟動子包含SEQ ID NO: 200之核苷酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;包含相對於SEQ ID NO: 200至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或包含相對於SEQ ID NO: 200至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 79.如實施例1至78中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:p10啟動子及該VP編碼區,該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 80.如實施例15至79中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中與該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或兩者之該位置不同的位置中。 81.如實施例15至79中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中與該第一Rep編碼區相同的位置中。 82.如實施例15至81中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以相反取向存在。 83.如實施例15至79、81或82中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中與該第一Rep編碼區相同的位置中且相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。 84.如實施例1至83中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於變異型桿狀病毒基因體中之位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。 85.如實施例1至84中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。 86.如實施例1至84中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因座中。 87.如實施例1至85中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子。 88.如實施例1至85或87中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,且其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF。 89.如實施例1至85、87或88中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,且其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 90.如實施例1至85或87至89中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且其中該VP編碼區: (i)包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內;及 (ii)以可操作方式連接於p10啟動子。 91.如實施例1至85或87至90中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:p10啟動子及該VP編碼區,該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。 92.如實施例1至85或87至91中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且其中該VP編碼區: (i)包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子;及 (ii)以可操作方式連接於p10啟動子。 93.如實施例1至85或87至92中任一者之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且其中該VP編碼區: (i)包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子;及 (ii)以可操作方式連接於p10啟動子。 94.如實施例1至85或87至93中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:p10啟動子;及該VP編碼區,該VP編碼區包含有包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF的核苷酸序列,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,及編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及。 95.如實施例1至85或87至93中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:p10啟動子;及該VP編碼區,該VP編碼區包含有包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF的核苷酸序列,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,及編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。 96.如實施例1至95中任一者之AAV表現構築體,其進一步包含第二VP編碼區。 97.如實施例96之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含編碼VP1蛋白之核苷酸序列。 98.如實施例96或97之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白及/或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白之核苷酸序列。 99.如實施例96至98中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含僅編碼VP1蛋白之核苷酸序列。 100.如實施例96或97之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含編碼VP1蛋白而非VP2蛋白或VP3蛋白之核苷酸序列。 101.如實施例96至99中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含有包含起始密碼子之單一ORF及主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白及/或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白之核苷酸序列。 102.如實施例96至99或101中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含有包含起始密碼子之單一ORF及編碼VP1蛋白之核苷酸序列。 103.如實施例96、97或99之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含有包含起始密碼子之單一ORF及編碼VP1蛋白而非VP2蛋白或VP3蛋白之核苷酸序列。 104.如實施例101至103中任一者之AAV表現構築體,其中該ORF包含ATG起始密碼子(例如典型起始密碼子)。 105.如實施例101至103之AAV表現構築體,其中該ORF包含ACG起始密碼子、CTG起始密碼子、TTG起始密碼子或GTG起始密碼子(例如非典型起始密碼子)。 106.如實施例96至105中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區編碼AAV1衣殼蛋白、AAV2衣殼蛋白、AAV3衣殼蛋白、AAV4衣殼蛋白、AAV5衣殼蛋白、AAV6衣殼蛋白、AAV8衣殼蛋白、AAV9衣殼蛋白、AAVrh10衣殼蛋白或前述衣殼蛋白中之任一者之變異體。 107.如實施例96至106中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區編碼AAV5衣殼蛋白或其變異體,或AAV9衣殼蛋白或其變異體。 108.如實施例96至107中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區編碼VP1蛋白,該VP1蛋白包含SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之胺基酸序列或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。 109.如實施例96至108之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區包含SEQ ID NO: 43、49、57、62、63、65、67、69、72、169或205-213之核苷酸序列,或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 43、49、57、62、63、65、67、69、72、169或205-213具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 43、49、57、62、63、65、67、69、72、169或205-213具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 110.如實施例96至109中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區之該核苷酸序列針對昆蟲細胞,視情況針對草地黏蟲昆蟲細胞(例如Sf9昆蟲細胞)經密碼子最佳化。 111.如實施例96至110中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區之核苷酸序列以可操作方式連接於啟動子。 112.如實施例111之AAV表現構築體,其中該啟動子為桿狀病毒極晚期啟動子、病毒啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、來自一或多種物種之包括病毒及非病毒元件之嵌合啟動子、合成啟動子或其變異體。 113.如實施例111或112之AAV表現構築體,其中該啟動子係選自polh啟動子、p10啟動子、ctx啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。 114.如實施例111至113中任一者之AAV表現構築體,其中該啟動子為ctx啟動子。 115.如實施例113或114之AAV表現構築體,其中該ctx啟動子包含CTX基因之啟動子區(例如AcORF3)及該ctx基因之5' UTR。 116.如實施例113至115之AAV表現構築體,其中該ctx啟動子包含SEQ ID NO: 164-166中之任一者之核苷酸序列;與SEQ ID NO: 164-166中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 164-166中之任一者包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 164-166中之任一者包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 117.如實施例113至116之AAV表現構築體,其中該ctx啟動子包含SEQ ID NO: 164之該核苷酸序列;與SEQ ID NO: 164至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 118.如實施例96至117中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:ctx啟動子及該第二VP編碼區,該第二VP編碼區包含相對於VP2蛋白及或VP3蛋白,主要編碼VP1蛋白,例如至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2蛋白或VP3蛋白)之核苷酸序列。 119.如實施例96至118中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:ctx啟動子及該第二VP編碼區,該第二VP編碼區包含僅編碼VP1蛋白之核苷酸序列。 120.如實施例96至119中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:ctx啟動子及該第二VP編碼區,該第二VP編碼區包含編碼VP1蛋白而非VP2蛋白或VP3蛋白之核苷酸序列。 121.如實施例96至120中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中與該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或該VP編碼區中之一者、兩者或全部之位置不同的位置中。 122.如實施例96至121中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。 123.如實施例96至122中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之SOD基因座中。 124.如實施例96至123中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且以可操作方式連接於ctx啟動子,視情況其中該ctx啟動子包含SEQ ID NO: 164之該核苷酸序列;與SEQ ID NO: 164至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 125.如實施例96至124中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中,且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列。 126.如實施例96至125中任一者之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且其中該第二VP編碼區: (i)包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列;及 (ii)以可操作方式連接於ctx啟動子,視情況其中該ctx啟動子包含SEQ ID NO: 164之該核苷酸序列;與SEQ ID NO: 164至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 127.如實施例96至126中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:ctx啟動子;及該第二VP編碼區,該第二VP編碼區包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列;其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因體中。 128.如實施例96至127中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:ctx啟動子;及單一ORF,該單一ORF包含起始密碼子及主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列;其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因體中。 129.如實施例1至128中任一者之AAV表現構築體,其進一步包含經修飾之科紮克序列。 130.如實施例129之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列能夠調節由緊接在該經修飾之科紮克序列下游之基因編碼之蛋白質的表現,例如增加其表現。 131.如實施例129或130之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列包含起始密碼子,其用於轉譯由緊接在該經修飾之科紮克序列下游之基因編碼之蛋白質。 132.如實施例129至131中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克包含SEQ ID NO: 32-42中之任一者之序列之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32-42不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 133.如實施例129至132中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該經修飾之科紮克之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 21-31中之任一者之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 21-31不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 134.如實施例129至131中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 118-162中之任一者之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 118-162不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 135.如實施例129至131或134中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該經修飾之科紮克序列之該核苷酸序列包含SEQ ID NO: 73-117中之任一者之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 73-117不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 136.如實施例129至133中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 33之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 137.如實施例129至133或136中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該經修飾之科紮克序列之該核苷酸序列包含SEQ ID NO: 22之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 22不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 138.如實施例129至133中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 139.如實施例129至133或138中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該經修飾之科紮克序列之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 21之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 21不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 140.如實施例129至139中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列存在於該VP編碼區之5'端,例如在編碼該VP1蛋白之該VP編碼區之開始處(例如編碼該VP1蛋白之該ORF)。 141.如實施例129至140中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列包含編碼該VP1蛋白之該ORF之該起始密碼子。 142.如實施例129至141中任一者之AAV表現構築體,其中該起始密碼子包含ATG。 143.如實施例129至133或136至142中任一者之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列及該VP編碼區包含SEQ ID NO: 44、45、50、51、58或59之核苷酸序列或與前述序列至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。 144.如實施例129至133、136、137、140至143中任一者之AAV表現構築體,其中包含經修飾之科紮克序列之該VP編碼區編碼VP1蛋白,該VP1蛋白包含SEQ ID NO: 47、53或61之胺基酸序列或與前述序列至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。 145.如實施例129至133或138至142中任一者之AAV表現構築體,其中包含經修飾之科紮克序列之該VP編碼區編碼VP1蛋白,該VP1蛋白包含SEQ ID NO: 46、52、54、60、64、66、68、70、71或168之胺基酸序列或與前述序列至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。 146.如實施例129至145中任一者之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:p10啟動子及VP編碼區,該VP編碼區包含經修飾之科紮克序列及編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內; 其中該經修飾之科紮克序列存在於該VP編碼區之該5'端,例如在編碼該VP1蛋白之該VP編碼區之開始處(例如編碼該VP1蛋白之該ORF); 視情況其中,該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 147.如實施例15至53、55至85或86至146中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。 148.如實施例15至53、55至85或86至147中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 149.如實施例15至53、55至85或86至148中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子。 150.如實施例15至53、55至85或86至149中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子; 視情況其中該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。 151.如實施例96至150中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中。 152.如實施例96至151中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列。 153.如實施例96至152中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異體之該SOD基因座中且以可操作方式連接於ctx啟動子。 154.如實施例96至153中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列,且其中該第二VP編碼區以可操作方式連接於ctx啟動子; 視情況其中,該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。 155.如實施例129至150中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,其中該VP編碼區包含經修飾之科紮克序列,視情況其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 156.如實施例129至150或155中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,其中該VP編碼區包含經修飾之科紮克序列,其存在於該VP編碼區之該5'端,例如在編碼該VP1蛋白之該VP編碼區之開始處(例如編碼該VP1蛋白之該ORF),視情況其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 157.如實施例129至150、155或156中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子,其中該VP區包含: (a)經修飾之科紮克序列(例如包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列),其存在於該VP編碼區之該5'端(例如在該VP編碼區之開始處);及 (b)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 158.如實施例129至150或155至157中任一者之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子,其中該VP區以5'至3'順序包含: (a)經修飾之科紮克序列,其視情況包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列;及 (b)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 159. 一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中;及 (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。 160.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子。 161.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 162.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子; 視情況其中該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。 163.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中; (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (iv)第二VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中。 164.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列; (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內;及 (iv)第二VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列。 165.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子;及 (iv)第二VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列,其中該第二VP編碼區以可操作方式連接於ctx啟動子; 視情況其中,該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。 166.一種包含變異型桿狀病毒基因體之AAV表現構築體,其包含: (i)第一Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)第二Rep編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)VP編碼區,其存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子,其中該VP區包含: (a)經修飾之科紮克序列,其存在於該VP編碼區之該5'端(例如在該VP編碼區之開始處),視情況其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列;及 (b)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。 167.如前述實施例中任一者之AAV表現構築體,其進一步包含編碼組裝活化蛋白(AAP)之核苷酸序列。 168.如實施例167之AAV表現構築體,其中該經編碼之AAP蛋白為AAV2 AAP蛋白。 169.如實施例167或168之AAV表現構築體,其中該經編碼之AAP蛋白包含SEQ ID NO: 218之胺基酸序列;與SEQ ID NO: 218包含至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%序列一致性之胺基酸序列;相對於SEQ ID NO: 218,包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾例如取代(例如保守取代)、插入或缺失但不超過30、20或10個修飾例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之胺基酸序列;或相對於SEQ ID NO: 218包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過30、20或10個不同胺基酸之胺基酸序列。 170.如實施例167至169中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該AAP蛋白之該核苷酸序列包含SEQ ID NO: 219之核苷酸序列;與SEQ ID NO: 219包含至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%序列一致性之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 219,包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個修飾例如取代(例如保守取代)、插入或缺失但不超過30、20或10個修飾例如取代(例如保守取代)、插入或缺失之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 219包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過30、20或10個不同核苷酸之核苷酸序列。 171.如實施例167至170中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該AAP蛋白之該核苷酸序列以可操作方式連接於啟動子。 172.如實施例171之AAV表現構築體,其中該啟動子為桿狀病毒極晚期啟動子、病毒啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、來自一或多種物種之包括病毒及非病毒元件之嵌合啟動子、合成啟動子或其變異體。 173.如實施例171或172之AAV表現構築體,其中該啟動子係選自polh啟動子、p10啟動子、ctx啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。 174.如實施例171至173中任一者之AAV表現構築體,其中該啟動子為gp64啟動子,視情況其中該啟動子為來自OpMNPV桿狀病毒基因體之gp64啟動子。 175.如實施例173或174之AAV表現構築體,其中該gp64啟動子包含SEQ ID NO: 217之核苷酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 217,包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 217,包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。 176.如實施例167至175中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該AAP蛋白之該核苷酸序列存在於變異型桿狀病毒基因體中之位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。 177.如實施例167至176中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該AAP蛋白之該核苷酸序列存在於p26、p10及p74基因座中。 178.如實施例167至177中任一者之AAV表現構築體,其中編碼該AAP蛋白之該核苷酸序列存在於該p26、p10及p74基因座中且以可操作方式連接於gp64啟動子。 179.如實施例1至178中任一者之AAV表現構築體,其進一步包含有包含編碼有效負載之核苷酸序列的有效負載編碼區。 180.如前述實施例中任一者之AAV表現構築體,其例如當藉由本文所述之分析,例如西方墨點分析、qPCR分析或SEAP分析,例如如實例5-8中所描述量測時,在宿主細胞(例如昆蟲細胞)中穩定維持至少5-10代,例如至少5、6、7、8、9或10代。 181.如實施例1至180中任一者之AAV表現構築體,其能夠在藉由分析,例如SEAP分析或qPCR分析,例如如實例7或8中所描述量測時,相對於參考物,例如包含重疊VP編碼區及雙順反子Rep78/52編碼區之AAV表現構築體(例如如實例8中所描述之Bac-to-Bac表現構築體)產生較高AAV效價。 182.如實施例96至181中任一者之AAV表現構築體,其能夠在藉由分析,例如西方墨點分析或qPCR分析,例如如實例7中所描述量測時,相對於參考物,例如包含具有ACG起始密碼子之單一VP編碼區的AAV表現構築體,產生改善之VP比率(例如VP3:VP2:VP1之比率)。 183.如實施例96至182中任一者之AAV表現構築體,其能夠在藉由分析,例如西方墨點分析或qPCR分析,例如如實例7中所描述量測時,相對於參考物,例如包含具有ACG起始密碼子之單一VP編碼區的AAV表現構築體,產生更強效之AAV衣殼(例如具有增加之轉導效率的AAV衣殼)。 184.一種AAV有效負載表現構築體,其包含有效負載編碼區,該有效負載編碼區包含編碼有效負載之核苷酸序列,其中該AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體,例如變異型桿狀病毒基因體之至少一部分,該變異型桿狀病毒基因體包含至少兩個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該等至少兩個非必需基因獨立地選自egt、p74 (PIF0)、p26、SOD、ChiA、v-cath、p10、多角體蛋白、ctx、odv-e56、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。 185.如實施例184之AAV有效負載構築體,其中該有效負載編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。 186.如實施例179至183中任一者之AAV表現構築體,或如實施例184或185之AAV有效負載構築體,其中該有效負載編碼區包含起始密碼子及編碼該有效負載之核苷酸序列。 187.如實施例179至183或186中任一者之AAV表現構築體,或如實施例184至186中任一者之AAV有效負載構築體,其中該有效負載編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。 188.如實施例179至183、186或187中任一者之AAV表現構築體或如實施例184至187中任一者之AAV有效負載構築體,其中該經編碼之有效負載包含治療蛋白或其功能變異體;抗體或抗體片段;酶;基因編輯系統之組分;RNAi試劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA);或其組合。 189.一種細胞,其包含如實施例179至183或186至188中任一者之AAV表現構築體及/或如實施例184至188中任一者之AAV有效負載構築體。 190.如實施例189之細胞,其為昆蟲細胞,視情況其中該昆蟲細胞為Sf9細胞或Sf21細胞。 191.一種VP1蛋白,其由如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體編碼。 192.一種VP2蛋白,其由如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體編碼。 193.一種VP3蛋白,其由如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體編碼。 194.一種AAV衣殼蛋白,其由如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體編碼,視情況其中該AAV衣殼蛋白為AAV9衣殼或其變異體或AAV5衣殼或其變異體。 195.一種Rep-78蛋白,其由如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體編碼。 196.一種Rep-52蛋白,其由如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體編碼。 197.一種AAV病毒生產系統,其包含如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體及如實施例184至188之AAV有效負載表現構築體。 198.如實施例197之AAV病毒生產系統,其進一步包含病毒生產細胞,該病毒生產細胞包含該AAV表現構築體及該AAV有效負載表現構築體。 199.如實施例197或198之AAV病毒生產系統,其中該病毒生產細胞為昆蟲細胞(例如Sf9細胞或Sf21細胞)。 200.一種生產Rep78蛋白、Rep52蛋白、VP1蛋白、VP蛋白及/或VP3蛋白中之一者、兩者、三者、四者或全部之方法,該方法包含: (i)提供包含如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體的細胞; (ii)在適合於生產該Rep78蛋白、該Rep52蛋白、該VP1蛋白、該VP蛋白及/或該VP3蛋白中之一者、兩者、三者、四者或全部的條件下培育該細胞。 201.如實施例200之方法,其在步驟(i)之前進一步包含將該AAV表現構築體引入至該細胞中。 202.一種生產AAV粒子之方法,該方法包含: (i)提供包含如實施例1至183中任一者之AAV表現構築體及如實施例184至188中任一者之AAV有效負載構築體的細胞,或包含如實施例197至199之AAV生產系統的細胞; (ii)在適合於生產該AAV粒子之條件下培育該細胞; 藉此產生該AAV粒子。 203.如實施例202之方法,其在步驟(i)之前進一步包含將該AAV表現構築體及該AAV有效負載構築體引入至該細胞中。 204.如實施例200至203中任一者之方法,其中該細胞為昆蟲細胞,例如Sf9細胞或Sf21細胞。 205.一種AAV粒子,其藉由如實施例200至204中任一者之方法製得。 206.一種醫藥組合物,其包含如實施例205之AAV粒子及醫藥學上可接受之賦形劑。 207.一種核酸,其包含有包含經修飾之科紮克序列及VP編碼區之核苷酸序列,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32-42中之任一者之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32-42不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 208.如實施例207之核酸,其中該經修飾之科紮克序列能夠調節由緊接在該經修飾之科紮克序列下游之基因編碼之蛋白質的表現,例如增加其表現。 209.如實施例207或208之核酸,其中該經修飾之科紮克序列包含起始密碼子,其用於轉譯由緊接在該經修飾之科紮克序列下游之基因編碼之蛋白質。 210.如實施例207至209中任一者之核酸,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 33之該核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 211.如實施例207至210中任一者之核酸,其中編碼該經修飾之科紮克序列之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 22之該核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 22不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 212.如實施例207至209之核酸,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32之該核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 213.如實施例207至209或212中任一者之核酸,其中編碼該經修飾之科紮克序列之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 21之該核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 21不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。 214.如實施例207至213中任一者之核酸,其中該經修飾之科紮克序列存在於該VP編碼區之該5'端,例如在編碼該VP1蛋白之該VP編碼區之開始處(例如編碼該VP1蛋白之該ORF)。 215.如實施例207至214中任一者之核酸,其中該經修飾之科紮克序列包含編碼該VP1蛋白之該ORF之該起始密碼子。 216.如實施例207至215中任一者之核酸,其中該起始密碼子包含ATG。 217.如實施例207至216中任一者之核酸,其包含SEQ ID NO: 44、45、50、51、58或59之核苷酸序列或與前述序列至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。 218.如實施例207至217中任一者之核酸,其編碼VP1蛋白,該VP1蛋白包含SEQ ID NO: 47、53或61之胺基酸序列或與前述序列至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。 219.如實施例207至218中任一者之核酸,其編碼VP1蛋白,該VP1蛋白包含SEQ ID NO: 46、52、54、60、64、66、68、70、71或168之胺基酸序列或與前述序列至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。 220.如實施例207至219中任一者之核酸,其以可操作方式連接於p10啟動子。 221.一種AAV表現構築體,其包含如實施例207至220中任一者之核酸。 222.一種AAV表現構築體,其包含:第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼一或多種選自Rep78及Rep52之AAV Rep蛋白的核苷酸序列;及第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第二ORF及編碼一或多種選自Rep78及Rep52之AAV Rep蛋白的核苷酸序列。 223.如實施例222之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列。 224.如實施例222或223之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52之核苷酸序列。 225.如實施例222至224中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區之至少一部分相對於參考Rep編碼核苷酸序列經密碼子最佳化。 226.如實施例225之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區針對昆蟲細胞經密碼子最佳化;視情況針對草地黏蟲昆蟲細胞。 227.如實施例222至226中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區之至少一部分相對於參考Rep編碼核苷酸序列經密碼子最佳化。 228.如實施例227之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區針對昆蟲細胞經密碼子最佳化;視情況針對草地黏蟲昆蟲細胞。 229.如實施例222至228中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含一或多個表現控制區,該一或多個表現控制區包含一或多個啟動子序列。 230.如實施例229之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個選自以下之啟動子序列:polh、ΔIE-1、p10、Δp10及其變體或衍生物;視情況其中該第一Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個polh啟動子。 231.如實施例222之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含polh啟動子,且其中該第一ORF包含僅編碼Rep78之核苷酸序列。 232.如實施例222至231中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含一或多個表現控制區,該一或多個表現控制區包含一或多個啟動子序列。 233.如實施例232之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個選自以下之啟動子序列:polh、ΔIE-1、p10、Δp10及其變體或衍生物;視情況其中該第二Rep編碼區之該表現控制區包含至少一個polh啟動子。 234.如實施例222或實施例231之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含polh啟動子,且其中該第二ORF包含僅編碼Rep52之核苷酸序列。 235.如實施例1至234中任一者之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含該第一ORF之5'處之一或多個表現修飾序列,其中該一或多個表現修飾序列在該第一ORF之該起始密碼子處減少轉錄起始。 236.如實施例235之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-100個核苷酸;視情況在該第一ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-25個核苷酸、3-10個核苷酸或3個核苷酸。 237.如實施例1至236中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含該第二ORF之5'處之一或多個表現修飾序列,其中該一或多個表現修飾序列在該第二ORF之該起始密碼子處減少轉錄起始。 238.如實施例237之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區在該第二ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-100個核苷酸;視情況在該第二ORF之該表現修飾序列與該起始密碼子之間包含3-25個核苷酸、3-10個核苷酸或3個核苷酸。 239.如實施例235至238中任一者之AAV表現構築體,其中該一或多種表現修飾序列包含小順反子序列。 240.如實施例239之AAV表現構築體,其中小順反子插入序列來自桿狀病毒基因;視情況,桿狀病毒gp64基因。 241.如實施例239之AAV表現構築體,其中該小順反子插入序列包含SEQ ID NO: 4。 242.如實施例239之AAV表現構築體,其中該小順反子插入序列包含SEQ ID NO: 5。 243.如實施例1至242中任一者之AAV表現構築體,其中該AAV表現構築體包含重組桿狀病毒基因體(亦即,桿狀病毒穿梭載體)。 244.如實施例243之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之第一位置中,且該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之第二位置中,其與該桿狀病毒基因體之該第一位置不同。 245.如實施例243或244之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區或egt基因區中;視情況其中該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區中。 246.如實施例243或244之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區或該egt基因區中;視情況其中該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中。 247.如實施例243至246中任一者之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區或該egt基因區中;視情況其中該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。 248.如實施例222至247中任一者之AAV表現構築體,其中該AAV表現構築體包含VP編碼區,該VP編碼區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼一或多種選自VP1、VP2、VP3或其組合之AAV VP蛋白之核苷酸序列。 249.如實施例248之AAV表現構築體,其中該VP編碼區位於該桿狀病毒基因體之該Tn7/polh基因區或該v-cath基因區中;視情況其中該VP編碼區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中。 250.如實施例248至249中任一者之AAV表現構築體,其中該AAV表現構築體包含位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中的VP編碼區及至少一個位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中的Rep編碼區。 251.如實施例250之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列,且位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中;且該第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52之核苷酸序列,而不位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中;視情況其中該第二Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。 252.如實施例250之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含僅編碼Rep52之核苷酸序列,且位於該桿狀病毒基因體之v-cath基因區中;且該第一Rep編碼區包含僅編碼Rep78之核苷酸序列,而不位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中;視情況其中該第一Rep編碼區位於該桿狀病毒基因體之該egt基因區中。 253.一種AAV有效負載構築體,其包含有效負載區,該有效負載區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼至少一種有效負載聚核苷酸之核苷酸序列,其中該有效負載區位於該桿狀病毒基因體之該v-cath基因區中。 254.一種AAV病毒生產系統,其包含AAV表現構築體及包含有效負載聚核苷酸之AAV有效負載構築體;其中該AAV表現構築體為如實施例222至252中任一者之AAV表現構築體。 255.一種AAV病毒生產系統,其包含AAV表現構築體及包含有效負載聚核苷酸之AAV有效負載構築體;其中該AAV有效負載構築體為如實施例254之AAV有效負載構築體。 256.如實施例34之AAV病毒生產系統,其中該AAV病毒生產系統包含AAV病毒生產細胞,其包含該AAV表現構築體及該AAV有效負載構築體。 257.如實施例35之AAV病毒生產系統,其中該AAV病毒生產細胞為昆蟲細胞;視情況為Sf9細胞或Sf21細胞。 258.一種在AAV病毒生產細胞中表現AAV Rep78及Rep52蛋白之方法,該方法包含:(i)提供如實施例1至257中任一者之AAV表現構築體;(ii)將該AAV表現構築體轉染至AAV病毒生產細胞中;及(iii)使該AAV病毒生產細胞暴露於允許該AAV病毒生產細胞將該Rep編碼區加工成相應AAV Rep78及Rep52蛋白之條件。 259.如實施例258之方法,其中該AAV病毒生產細胞為昆蟲細胞;視情況為Sf9細胞或Sf21細胞。 260.一種Rep78蛋白及/或Rep52蛋白,其藉由如實施例258或實施例259之方法產生。 261.一種在AAV病毒生產細胞中生產重組腺相關病毒(rAAV)粒子之方法,該方法包含:(i)提供如實施例254或255之AAV病毒生產系統,其中該AAV表現構築體包含一或多個VP編碼區,該一或多個VP編碼區包含一或多個編碼VP1、VP2及VP3衣殼蛋白之核苷酸序列;(ii)將該AAV病毒生產系統轉染至AAV病毒生產細胞中;(iii)將該AAV病毒生產細胞暴露於允許該AAV病毒生產細胞將該AAV表現構築體及該AAV有效負載構築體加工成rAAV粒子之條件;及視情況,(iv)自該AAV病毒生產細胞收集該等rAAV粒子。 262.如實施例261之方法,其中該AAV病毒生產細胞為昆蟲細胞;視情況為Sf9細胞或Sf21細胞。 263.一種重組腺相關病毒(rAAV)粒子,其藉由如實施例261或實施例262之方法產生。 264.一種醫藥組合物,其包含如實施例263之rAAV粒子及醫藥學上可接受之賦形劑。
相關申請案
本申請案主張於2021年3月3日申請之美國臨時申請案63/155,916、於2021年5月10日申請之美國臨時申請案63/186,408及於2021年8月27日申請之美國臨時申請案63/238,049的優先權,該等申請案之全部內容以引用之方式併入本文中。 序列表之引用
本申請案與電子格式之序列表一起申請。序列表以2021年8月27日創建之名稱為「V2071-707702_SL.txt」檔案形式提供,其大小為40,305個位元組。電子格式之序列表中之資訊以全文引用之方式併入本文中。
桿狀病毒表現系統為重組蛋白生產中廣泛使用之工具。其高可縮放性及生產率已進一步擴展至重組腺相關病毒(rAAV)之生產。然而,基於桿狀病毒之rAAV生產受若干因素阻礙,包括繼代穩定性、複雜性及支持rAAV複製所需之蛋白質產物之數目,及用於修飾大型病毒基因體之技術之一般低通量及訂製性質。
本文中描述用於產生AAV粒子及表現AAV衣殼蛋白(例如VP1、VP2及/或VP3)及複製蛋白(例如Rep52及/或Rep78)之組合物(例如AAV表現構築體)及方法。在一些實施例中,本文所述之AAV表現構築體展現優於先前AAV表現構築體之改善特性,包括改善之繼代穩定性、增加之AAV病毒效價、改善之衣殼蛋白比率、改良之衣殼品質及改善之AAV衣殼效力(例如增加之轉導效率),用於不同AAV血清型之AAV衣殼蛋白,包括但不限於AAV9衣殼蛋白及其變異體。不希望受理論所束縛,本文所述之組合物及方法允許基於AAV之基因療法的更有效生產。 I.腺相關病毒(AAV) 概述
腺相關病毒(AAV)為細小病毒科(Parvoviridae family)之小型無包膜二十面體衣殼病毒,其特徵在於單股DNA病毒基因體。細小病毒科病毒由兩個亞科組成:感染脊椎動物之微小病毒亞科(Parvovirinae)及感染無脊椎動物之濃核病毒亞科(Densovirinae)。細小病毒科包括依賴病毒屬(Dependovirus genus),其包括AAV,能夠在包括(但不限於)人類、靈長類動物、牛類、犬類、馬類及綿羊類物種之脊椎動物宿主中複製。
細小病毒及細小病毒科中之其他成員一般描述於Kenneth I. Berns, 「Parvoviridae: The Viruses and Their Replication」, 第69章, Fields Virology (第3版, 1996)中,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
已證實AAV由於其相對簡單的結構、其在不整合至宿主基因體中及不複製之情況下感染廣泛細胞(包括靜止及分裂細胞)之能力及其相對良性的免疫原性概況而適用作生物學工具。病毒之基因體可經操作以含有用於組裝功能性重組病毒或病毒粒子之最少組分,該功能性重組病毒或病毒粒子負載有所需有效負載或經工程改造以靶向特定組織且表現或遞送所需有效負載。 AAV 病毒基因體
野生型AAV病毒基因體為長度大致5,000個核苷酸(nt)之線性單股DNA (ssDNA)分子。反向末端重複序列(ITR)傳統地在5'端及3'端處對病毒基因體加帽,為病毒基因體提供複製起點。儘管不希望受理論約束,但AAV病毒基因體通常包含兩個ITR序列。此等ITR在ssDNA的5'端及3'端處具有由自補區(145 nt於野生型AAV中)定義之特徵性T形髮夾結構,形成能量上穩定的雙股區。該雙股髮夾結構包含多種功能,包含(但不限於)藉由充當宿主病毒複製細胞之內源DNA聚合酶複合物之引子來充當DNA複製的起點。
野生型AAV病毒基因體進一步包含用於兩個開放閱讀框架之核苷酸序列,一個用於四種非結構Rep蛋白(Rep78、Rep68、Rep52、Rep40,由Rep基因編碼),且一個用於三種衣殼或結構蛋白(VP1、VP2、VP3,由衣殼基因或Cap基因編碼)。Rep蛋白對於複製及封裝而言為重要的,而衣殼蛋白經組裝以產生AAV之蛋白質殼,或AAV衣殼。替代性剪接及替代性起始密碼子及啟動子引起自單一開放閱讀框架產生四種不同Rep蛋白及自單一開放閱讀框架產生三種衣殼蛋白。儘管其因AAV血清型而不同,但作為非限制性實例,對於AAV9/hu.14 (US 7,906,111之SEQ ID NO: 123,該文獻與AAV9/hu.14有關之內容以全文引用之方式併入本文中),VP1係指胺基酸1-736,VP2係指胺基酸138-736,且VP3係指胺基酸203-736。換言之,VP1為全長衣殼序列,而VP2及VP3為整體之較短組分。因此,VP3區中之序列的變化亦為VP1及VP2之變化,然而,VP3相比於親本序列之百分比差異將最大,因為其為三者中之最短序列。儘管本文中關於胺基酸序列進行描述,但可類似地描述編碼此等蛋白之核酸序列。三種衣殼蛋白一起組裝產生AAV衣殼蛋白。儘管不希望受理論束縛,但AAV衣殼蛋白通常包含莫耳比為1:1:10之VP1:VP2:VP3。如本文中所使用,「AAV血清型」主要由AAV衣殼定義。在一些情況下,ITR亦由AAV血清型(例如AAV2/9)特異性描述。
為了用作生物工具,可對野生型AAV病毒基因體進行修飾,以用包含具有至少一個ITR區之有效負載區的核酸序列置換rep/cap序列。通常,在重組AAV病毒基因體中,存在兩個ITR區。rep/cap序列可在生產期間以反式提供,以生成AAV粒子。
除經編碼的異源有效負載之外,AAV載體亦可包含任何天然存在之及/或重組AAV血清型核苷酸序列或變異體之完整或部分病毒基因體。AAV變異體可以在核酸層面(基因體或衣殼)及胺基酸層面(衣殼)具有顯著同源序列,以產生在實體及功能上大體等效的構築體,該等構築體藉由類似機制複製且藉由類似機制組裝。參見Chiorini等人, J. Vir. 71: 6823-33(1997);Srivastava等人, J. Vir. 45:555-64 (1983);Chiorini等人, J. Vir. 73:1309-1319 (1999);Rutledge等人, J. Vir. 72:309-319 (1998);及Wu等人, J. Vir. 74: 8635-47 (2000),其各者關於AAV變異體及等效物之內容以全文引用的方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。
在某些實施例中,本發明之AAV粒子、病毒基因體及/或有效負載,及其使用方法可如WO2017189963中所描述,該文獻關於AAV粒子、病毒基因體及/或有效負載之內容以全文引用之方式併入本文中。
本發明之AAV粒子可在包含熟習此項技術者顯而易知的此類調配物之任何變化形式之本發明的基因療法調配物中之任一者中調配。本申請案中提及的「AAV粒子」、「AAV粒子調配物」及「經調配AAV粒子」係指可經調配之AAV粒子及經調配之AAV粒子(均不受限制)。
在某些實施例中,本發明之AAV粒子為複製缺陷性重組AAV (rAAV)病毒粒子,其病毒基因體內缺乏編碼功能性Rep及Cap蛋白之序列。此等缺陷性AAV粒子可能缺乏大部分或全部親本編碼序列,且基本上僅攜有一或兩個用於遞送至細胞、組織、器官或生物體之AAV ITR序列及所關注之核酸(亦即有效負載)。
在某些實施例中,本發明之AAV粒子之病毒基因體包含至少一個控制元件,其提供其中所編碼之編碼序列的複製、轉錄及轉譯。並非所有的控制元件都需要始終存在,只要編碼序列能夠在適當的宿主細胞中進行複製、轉錄及/或轉譯即可。表現控制元件之非限制性實例包含用於轉錄起始及/或終止之序列、啟動子及/或增強子序列、高效RNA處理信號(諸如剪接及聚腺苷酸化信號)、使細胞質mRNA穩定之序列、增強轉譯功效之序列(例如科紮克共有序列),增強蛋白質穩定性之序列,及/或增強蛋白質處理及/或分泌之序列。
根據本發明,治療及/或診斷中所用的AAV粒子包含已蒸餾或減少至所關注之核酸有效負載或負荷之轉導所必需之最少組分的病毒。以此方式,AAV粒子經工程改造為特異性遞送媒劑,同時缺乏野生型病毒中所存在之有害複製及/或整合特徵。
本發明之AAV粒子可以重組方式生產,且可基於腺相關病毒(AAV)親本或參考序列。如本文中所使用,「載體」為轉運、轉導或以其他方式充當諸如本文中所描述之核酸的異源分子之載劑的任何分子或部分。
除單股AAV病毒基因體(例如ssAAV)以外,本發明亦提供自身互補型AAV (scAAV)病毒基因體。scAAV病毒基因體含有黏接在一起以形成雙股DNA的DNA股。藉由跳過第二股合成,scAAV在細胞中實現迅速表現。
在某些實施例中,本發明之AAV病毒基因體為scAAV。在某些實施例中,本發明之AAV病毒基因體為ssAAV。
生產及/或修飾AAV粒子之方法揭示於此項技術中,諸如假型AAV粒子(PCT專利公開案第WO200028004號;第WO200123001號;第WO2004112727號;第WO 2005005610號及第WO 2005072364號,其關於生產及/或修飾AAV粒子之內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突)。
AAV粒子可經修飾以增強遞送效率。此類經修飾之AAV粒子可經過有效封裝且用於成功地以高頻率及最小毒性感染目標細胞。在某些實施例中,AAV粒子之衣殼根據美國公開案第US 20130195801號中所述之方法經工程改造,該公開案關於修飾AAV粒子以增強遞送效率之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,AAV粒子包含編碼本發明之多肽或蛋白質之有效負載構築體及/或區域,且可引入哺乳動物細胞中。在某些實施例中,AAV粒子包含編碼本發明之多肽或蛋白質之有效負載構築體及/或區域,且可引入昆蟲細胞中。
在某些實施例中,本發明之AAV粒子包含具有至少一個ITR區及有效負載區之病毒基因體。在某些實施例中,病毒基因體具有兩個ITR。此兩個ITR在5'端及3'端側接有效負載區。ITR充當複製起點,包含用於複製之識別位點。ITR包含可互補且對稱配置的序列區。併入本發明之病毒基因體中之ITR可由天然存在之聚核苷酸序列或以重組方式衍生之聚核苷酸序列構成。
ITR可衍生自與衣殼相同的血清型,或其衍生物。ITR可具有與衣殼不同的血清型。在某些實施例中,AAV粒子具有超過一個ITR。在非限制性實例中,AAV粒子具有包含兩個ITR的病毒基因體。在某些實施例中,ITR具有彼此相同的血清型。在另一個實施例中,ITR具有不同血清型。非限制性實例包含ITR中之零個、一個或兩個具有與衣殼相同的血清型。在某些實施例中,AAV粒子之病毒基因體的兩個ITR均為AAV2 ITR。
獨立地,各ITR之長度可為約100至約150個核苷酸。ITR之長度可為約100-105個核苷酸,長度為106-110個核苷酸,長度為111-115個核苷酸,長度為116-120個核苷酸,長度為121-125個核苷酸,長度為126-130個核苷酸,長度為131-135個核苷酸,長度為136-140個核苷酸,長度為141-145個核苷酸或長度為146-150個核苷酸。在某些實施例中,ITR之長度為140-142個核苷酸。ITR長度之非限制性實例為長度為102、130、140、141、142、145個核苷酸。
在某些實施例中,各ITR之長度可為141個核苷酸。在某些實施例中,各ITR可為130個核苷酸之長度。在某些實施例中,各ITR可為119個核苷酸之長度。 病毒基因體大小
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的AAV粒子可為單股或雙股病毒基因體。病毒基因體之尺寸可為小、中、大或最大尺寸。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的病毒基因體可為小單股病毒基因體。小單股病毒基因體之尺寸可為2.1至3.5 kb,諸如尺寸為約2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4及3.5 kb。作為非限制性實例,小型單股病毒基因體之尺寸可為3.2 kb。作為另一非限制性實例,小單股病毒基因體之尺寸可為2.2 kb。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的病毒基因體可為小雙股病毒基因體。小雙股病毒基因體之尺寸可為1.3至1.7 kb,諸如尺寸為約1.3、1.4、1.5、1.6及1.7 kb。作為非限制性實例,小型雙股病毒基因體之尺寸可為1.6 kb。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的病毒基因體(例如聚核苷酸、siRNA或dsRNA)可為中等單股病毒基因體。中等單股病毒基因體之尺寸可為3.6至4.3 kb,諸如尺寸為約3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2及4.3 kb。作為非限制性實例,中等單股病毒基因體之尺寸可為4.0 kb。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的病毒基因體可為中等雙股病毒基因體。中等雙股病毒基因體之尺寸可為1.8至2.1 kb,諸如尺寸為約1.8、1.9、2.0及2.1 kb。作為非限制性實例,中等雙股病毒基因體之尺寸可為2.0 kb。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的病毒基因體可為大單股病毒基因體。大單股病毒基因體之尺寸可為4.4至6.0 kb,諸如尺寸為約4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9及6.0 kb。作為非限制性實例,大型單股病毒基因體之尺寸可為4.7 kb。作為另一非限制性實例,大單股病毒基因體可具有4.8 kb尺寸。作為又另一非限制性實例,大型單股病毒基因體之大小可為6.0 kb。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,包括本文所描述之有效負載的病毒基因體可為大雙股病毒基因體。大雙股病毒基因體之尺寸可為2.2至3.0 kb,諸如尺寸為約2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9及3.0 kb。作為非限制性實例,大雙股病毒基因體之尺寸可為2.4 kb。另外,病毒基因體可包括啟動子及polyA尾。
在某些實施例中,本發明之病毒基因體可包括至少一個填充區。在某些實施例中,本發明之病毒基因體可包括至少一個多選殖位點(MCS)區。在某些實施例中,本發明之病毒基因體可包括至少一個啟動子區。在某些實施例中,本發明之病毒基因體可包括至少一個外顯子區。在某些實施例中,本發明之病毒基因體可包括至少一個內含子區。 病毒基因體區:反向末端重複序列(ITR)
本發明之AAV粒子包括具有至少一個反向末端重複序列(ITR)區及有效負載區之病毒基因體。在某些實施例中,病毒基因體具有兩個ITR。此兩個ITR在5'端及3'端側接有效負載區。ITR充當複製起點,包括用於複製之識別位點。ITR包括可互補且對稱配置之序列區。併入本發明之病毒基因體中的ITR可包括天然存在之聚核苷酸序列或以重組方式衍生之聚核苷酸序列。
ITR可衍生自與衣殼相同的血清型,或其衍生物。ITR可具有與衣殼不同的血清型。在某些實施例中,AAV粒子具有超過一個ITR。在非限制性實例中,AAV粒子具有包括兩個ITR的病毒基因體。在某些實施例中,ITR具有彼此相同的血清型。在另一個實施例中,ITR具有不同血清型。非限制性實例包括ITR中之零個、一個或兩個具有與衣殼相同的血清型。在某些實施例中,AAV粒子之病毒基因體的兩個ITR均為AAV2 ITR。
獨立地,各ITR之長度可為約100至約150個核苷酸。ITR之長度可為約100-105個核苷酸,長度為106-110個核苷酸,長度為111-115個核苷酸,長度為116-120個核苷酸,長度為121-125個核苷酸,長度為126-130個核苷酸,長度為131-135個核苷酸,長度為136-140個核苷酸,長度為141-145個核苷酸或長度為146-150個核苷酸。在某些實施例中,ITR之長度為140-142個核苷酸。ITR長度之非限制性實例為102、130、140、141、142、145個核苷酸長度,及與其具有至少95%一致性之彼等核苷酸之長度。
在某些實施例中,各ITR之長度可為141個核苷酸。在某些實施例中,各ITR之長度可為130個核苷酸。在某些實施例中,各ITR可為119個核苷酸之長度。
在某些實施例中,AAV粒子包括兩個ITR,且一個ITR之長度為141個核苷酸且另一個ITR之長度為130個核苷酸。在某些實施例中,AAV粒子包括兩個ITR,且兩個ITR之長度均為141個核苷酸。
獨立地,各ITR之長度可為約75至約175個核苷酸。ITR之長度可獨立地為諸如(但不限於)75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174及175個核苷酸。病毒基因體之ITR的長度可為75-80、75-85、75-100、80-85、80-90、80-105、85-90、85-95、85-110、90-95、90-100、90-115、95-100、95-105、95-120、100-105、100-110、100-125、105-110、105-115、105-130、110-115、110-120、110-135、115-120、115-125、115-140、120-125、120-130、120-145、125-130、125-135、125-150、130-135、130-140、130-155、135-140、135-145、135-160、140-145、140-150、140-165、145-150、145-155、145-170、150-155、150-160、150-175、155-160、155-165、160-165、160-170、165-170、165-175及170-175個核苷酸。作為非限制性實例,病毒基因體包含長度為約105個核苷酸之ITR。作為非限制性實例,病毒基因體包含長度為約141個核苷酸之ITR。作為非限制性實例,病毒基因體包含長度為約130個核苷酸之ITR。作為非限制性實例,病毒基因體包含長度為約105個核苷酸及長度為約141個核苷酸之ITR。作為非限制性實例,病毒基因體包含長度為約105個核苷酸及長度為約130個核苷酸之ITR。作為非限制性實例,病毒基因體包含長度為約130個核苷酸及長度為約141個核苷酸之ITR。 AAV 血清型
本發明之AAV粒子可包括或衍生自任何天然或重組AAV血清型。根據本發明,AAV粒子可利用或基於血清型或包括肽,該血清型或肽選自以下中之任一者:VOY101、VOY201、AAVPHP.B (PHP.B)、AAVPHP.A (PHP.A)、AAVG2B-26、AAVG2B-13、AAVTH1.1-32、AAVTH1.1-35、AAVPHP.B2 (PHP.B2)、AAVPHP.B3 (PHP.B3)、AAVPHP.N/PHP.B-DGT、AAVPHP.B-EST、AAVPHP.B-GGT、AAVPHP.B-ATP、AAVPHP.B-ATT-T、AAVPHP.B-DGT-T、AAVPHP.B-GGT-T、AAVPHP.B-SGS、AAVPHP.B-AQP、AAVPHP.B-QQP、AAVPHP.B-SNP(3)、AAVPHP.B-SNP、AAVPHP.B-QGT、AAVPHP.B-NQT、AAVPHP.B-EGS、AAVPHP.B-SGN、AAVPHP.B-EGT、AAVPHP.B-DST、AAVPHP.B-DST、AAVPHP.B-STP、AAVPHP.B-PQP、AAVPHP.B-SQP、AAVPHP.B-QLP、AAVPHP.B-TMP、AAVPHP.B-TTP、AAVPHP.S/G2A12、AAVG2A15/G2A3 (G2A3)、AAVG2B4 (G2B4)、AAVG2B5 (G2B5)、PHP.S、AAV1、AAV2、AAV2G9、AAV3、AAV3a、AAV3b、AAV3-3、AAV4、AAV4-4、AAV5、AAV6、AAV6.1、AAV6.2、AAV6.1.2、AAV7、AAV7.2、AAV8、AAV9、AAV9.11、AAV9.13、AAV9.16、AAV9.24、AAV9.45、AAV9.47、AAV9.61、AAV9.68、AAV9.84、AAV9.9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV16.3、AAV24.1、AAV27.3、AAV42.12、AAV42-1b、AAV42-2、AAV42-3a、AAV42-3b、AAV42-4、AAV42-5a、AAV42-5b、AAV42-6b、AAV42-8、AAV42-10、AAV42-11、AAV42-12、AAV42-13、AAV42-15、AAV42-aa、AAV43-1、AAV43-12、AAV43-20、AAV43-21、AAV43-23、AAV43-25、AAV43-5、AAV44.1、AAV44.2、AAV44.5、AAV223.1、AAV223.2、AAV223.4、AAV223.5、AAV223.6、AAV223.7、AAV1-7/rh.48、AAV1-8/rh.49、AAV2-15/rh.62、AAV2-3/rh.61、AAV2-4/rh.50、AAV2-5/rh.51、AAV3.1/hu.6、AAV3.1/hu.9、AAV3-9/rh.52、AAV3-11/rh.53、AAV4-8/r11.64、AAV4-9/rh.54、AAV4-19/rh.55、AAV5-3/rh.57、AAV5-22/rh.58、AAV7.3/hu.7、AAV16.8/hu.10、AAV16.12/hu.11、AAV29.3/bb.1、AAV29.5/bb.2、AAV106.1/hu.37、AAV114.3/hu.40、AAV127.2/hu.41、AAV127.5/hu.42、AAV128.3/hu.44、AAV130.4/hu.48、AAV145.1/hu.53、AAV145.5/hu.54、AAV145.6/hu.55、AAV161.10/hu.60、AAV161.6/hu.61、AAV33.12/hu.17、AAV33.4/hu.15、AAV33.8/hu.16、AAV52/hu.19、AAV52.1/hu.20、AAV58.2/hu.25、AAVA3.3、AAVA3.4、AAVA3.5、AAVA3.7、AAVC1、AAVC2、AAVC5、AAV-DJ、AAV-DJ8、AAVF3、AAVF5、AAVH2、AAVrh.72、AAVhu.8、AAVrh.68、AAVrh.70、AAVpi.1、AAVpi.3、AAVpi.2、AAVrh.60、AAVrh.44、AAVrh.65、AAVrh.55、AAVrh.47、AAVrh.69、AAVrh.45、AAVrh.59、AAVhu.12、AAVH6、AAVLK03、AAVH-1/hu.1、AAVH-5/hu.3、AAVLG-10/rh.40、AAVLG-4/rh.38、AAVLG-9/hu.39、AAVN721-8/rh.43、AAVCh.5、AAVCh.5R1、AAVcy.2、AAVcy.3、AAVcy.4、AAVcy.5、AAVCy.5R1、AAVCy.5R2、AAVCy.5R3、AAVCy.5R4、AAVcy.6、AAVhu.1、AAVhu.2、AAVhu.3、AAVhu.4、AAVhu.5、AAVhu.6、AAVhu.7、AAVhu.9、AAVhu.10、AAVhu.11、AAVhu.13、AAVhu.15、AAVhu.16、AAVhu.17、AAVhu.18、AAVhu.20、AAVhu.21、AAVhu.22、AAVhu.23.2、AAVhu.24、AAVhu.25、AAVhu.27、AAVhu.28、AAVhu.29、AAVhu.29R、AAVhu.31、AAVhu.32、AAVhu.34、AAVhu.35、AAVhu.37、AAVhu.39、AAVhu.40、AAVhu.41、AAVhu.42、AAVhu.43、AAVhu.44、AAVhu.44R1、AAVhu.44R2、AAVhu.44R3、AAVhu.45、AAVhu.46、AAVhu.47、AAVhu.48、AAVhu.48R1、AAVhu.48R2、AAVhu.48R3、AAVhu.49、AAVhu.51、AAVhu.52、AAVhu.54、AAVhu.55、AAVhu.56、AAVhu.57、AAVhu.58、AAVhu.60、AAVhu.61、AAVhu.63、AAVhu.64、AAVhu.66、AAVhu.67、AAVhu.14/9、AAVhu.t 19、AAVrh.2、AAVrh.2R、AAVrh.8、AAVrh.8R、AAVrh.10、AAVrh.12、AAVrh.13、AAVrh.13R、AAVrh.14、AAVrh.17、AAVrh.18、AAVrh.19、AAVrh.20、AAVrh.21、AAVrh.22、AAVrh.23、AAVrh.24、AAVrh.25、AAVrh.31、AAVrh.32、AAVrh.33、AAVrh.34、AAVrh.35、AAVrh.36、AAVrh.37、AAVrh.37R2、AAVrh.38、AAVrh.39、AAVrh.40、AAVrh.46、AAVrh.48、AAVrh.48.1、AAVrh.48.1.2、AAVrh.48.2、AAVrh.49、AAVrh.51、AAVrh.52、AAVrh.53、AAVrh.54、AAVrh.56、AAVrh.57、AAVrh.58、AAVrh.61、AAVrh.64、AAVrh.64R1、AAVrh.64R2、AAVrh.67、AAVrh.73、AAVrh.74、AAVrh8R、AAVrh8R A586R突變體、AAVrh8R R533A突變體、AAAV、BAAV、山羊AAV、牛AAV、AAVhE1.1、AAVhEr1.5、AAVhER1.14、AAVhEr1.8、AAVhEr1.16、AAVhEr1.18、AAVhEr1.35、AAVhEr1.7、AAVhEr1.36、AAVhEr2.29、AAVhEr2.4、AAVhEr2.16、AAVhEr2.30、AAVhEr2.31、AAVhEr2.36、AAVhER1.23、AAVhEr3.1、AAV2.5T、AAV-PAEC、AAV-LK01、AAV-LK02、AAV-LK03、AAV-LK04、AAV-LK05、AAV-LK06、AAV-LK07、AAV-LK08、AAV-LK09、AAV-LK10、AAV-LK11、AAV-LK12、AAV-LK13、AAV-LK14、AAV-LK15、AAV-LK16、AAV-LK17、AAV-LK18、AAV-LK19、AAV-PAEC2、AAV-PAEC4、AAV-PAEC6、AAV-PAEC7、AAV-PAEC8、AAV-PAEC11、AAV-PAEC12、AAV-2-前miRNA-101、AAV-8h、AAV-8b、AAV-h、AAV-b、AAV SM 10-2、AAV改組(Shuffle) 100-1、AAV改組100-3、AAV改組100-7、AAV改組10-2、AAV改組10-6、AAV改組10-8、AAV改組100-2、AAV SM 10-1、AAV SM 10-8、AAV SM 100-3、AAV SM 100-10、BNP61 AAV、BNP62 AAV、BNP63 AAV、AAVrh.50、AAVrh.43、AAVrh.62、AAVrh.48、AAVhu.19、AAVhu.11、AAVhu.53、AAV4-8/rh.64、AAVLG-9/hu.39、AAV54.5/hu.23、AAV54.2/hu.22、AAV54.7/hu.24、AAV54.1/hu.21、AAV54.4R/hu.27、AAV46.2/hu.28、AAV46.6/hu.29、AAV128.1/hu.43、典型(true type) AAV (ttAAV)、UPENN AAV 10、日本(Japanese) AAV 10血清型、AAV CBr-7.1、AAV CBr-7.10、AAV CBr-7.2、AAV CBr-7.3、AAV CBr-7.4、AAV CBr-7.5、AAV CBr-7.7、AAV CBr-7.8、AAV CBr-B7.3、AAV CBr-B7.4、AAV CBr-E1、AAV CBr-E2、AAV CBr-E3、AAV CBr-E4、AAV CBr-E5、AAV CBr-e5、AAV CBr-E6、AAV CBr-E7、AAV CBr-E8、AAV CHt-1、AAV CHt-2、AAV CHt-3、AAV CHt-6.1、AAV CHt-6.10、AAV CHt-6.5、AAV CHt-6.6、AAV CHt-6.7、AAV CHt-6.8、AAV CHt-P1、AAV CHt-P2、AAV CHt-P5、AAV CHt-P6、AAV CHt-P8、AAV CHt-P9、AAV CKd-1、AAV CKd-10、AAV CKd-2、AAV CKd-3、AAV CKd-4、AAV CKd-6、AAV CKd-7、AAV CKd-8、AAV CKd-B1、AAV CKd-B2、AAV CKd-B3、AAV CKd-B4、AAV CKd-B5、AAV CKd-B6、AAV CKd-B7、AAV CKd-B8、AAV CKd-H1、AAV CKd-H2、AAV CKd-H3、AAV CKd-H4、AAV CKd-H5、AAV CKd-H6、AAV CKd-N3、AAV CKd-N4、AAV CKd-N9、AAV CLg-F1、AAV CLg-F2、AAV CLg-F3、AAV CLg-F4、AAV CLg-F5、AAV CLg-F6、AAV CLg-F7、AAV CLg-F8、AAV CLv-1、AAV CLv1-1、AAV Clv1-10、AAV CLv1-2、AAV CLv-12、AAV CLv1-3、AAV CLv-13、AAV CLv1-4、AAV Clv1-7、AAV Clv1-8、AAV Clv1-9、AAV CLv-2、AAV CLv-3、AAV CLv-4、AAV CLv-6、AAV CLv-8、AAV CLv-D1、AAV CLv-D2、AAV CLv-D3、AAV CLv-D4、AAV CLv-D5、AAV CLv-D6、AAV CLv-D7、AAV CLv-D8、AAV CLv-E1、AAV CLv-K1、AAV CLv-K3、AAV CLv-K6、AAV CLv-L4、AAV CLv-L5、AAV CLv-L6、AAV CLv-M1、AAV CLv-M11、AAV CLv-M2、AAV CLv-M5、AAV CLv-M6、AAV CLv-M7、AAV CLv-M8、AAV CLv-M9、AAV CLv-R1、AAV CLv-R2、AAV CLv-R3、AAV CLv-R4、AAV CLv-R5、AAV CLv-R6、AAV CLv-R7、AAV CLv-R8、AAV CLv-R9、AAV CSp-1、AAV CSp-10、AAV CSp-11、AAV CSp-2、AAV CSp-3、AAV CSp-4、AAV CSp-6、AAV CSp-7、AAV CSp-8、AAV CSp-8.10、AAV CSp-8.2、AAV CSp-8.4、AAV CSp-8.5、AAV CSp-8.6、AAV CSp-8.7、AAV CSp-8.8、AAV CSp-8.9、AAV CSp-9、AAV.hu.48R3、AAV.VR-355、AAV3B、AAV4、AAV5、AAVF1/HSC1、AAVF11/HSC11、AAVF12/HSC12、AAVF13/HSC13、AAVF14/HSC14、AAVF15/HSC15、AAVF16/HSC16、AAVF17/HSC17、AAVF2/HSC2、AAVF3/HSC3、AAVF4/HSC4、AAVF5/HSC5、AAVF6/HSC6、AAVF7/HSC7、AAVF8/HSC8、AAVF9/HSC9、AAVrh20、AAVrh32/33、AAVrh39、AAVrh46、AAVrh73、AAVrh74、AAVhu.26,或其變異體或衍生物。
在一些實施例中,本文中所描述之AAV表現構築體表現如WO2021230987、WO2019028306、WO2019222329、WO2020077165、WO2020028751、WO2020223280、WO2019222444、WO2019222441或WO2017100671中所提供之AAV衣殼蛋白,該等文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,本文中所描述之AAV表現構築體表現AAV衣殼蛋白,其由以下各者編碼或包含以下各者:如表7中所提供之序列,或與前述序列中之任一者實質上一致(例如具有至少約70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的序列。
AAV-DJ序列可包括兩種突變:(1) R587Q,其中胺基酸587處之精胺酸(R;Arg)變為麩醯胺酸(Q;Gln),及(2) R590T,其中胺基酸590處之精胺酸(R;Arg)變為蘇胺酸(T;Thr)。作為另一非限制性實例,可包括三種突變:(1) K406R,其中胺基酸406處之離胺酸(K;Lys)變為精胺酸(R;Arg);(2) R587Q,其中胺基酸587處之精胺酸(R;Arg)變為麩醯胺酸(Q;Gln);及(3) R590T,其中胺基酸590處之精胺酸(R;Arg)變為蘇胺酸(T;Thr)。
在某些實施例中,AAV可為藉由在胺基酸390-627 (VP1編號)中具有突變之AAV9衣殼庫產生的血清型。血清型及對應之核苷酸及胺基酸取代可為(但不限於):AAV9.1 (G1594C;D532H)、AAV6.2 (T1418A及T1436X;V473D及I479K)、AAV9.3 (T1238A;F413Y)、AAV9.4 (T1250C及A1617T;F417S)、AAV9.5 (A1235G、A1314T、A1642G、C1760T;Q412R、T548A、A587V)、AAV9.6 (T1231A;F411I)、AAV9.9 (G1203A、G1785T;W595C)、AAV9.10 (A1500G、T1676C;M559T)、AAV9.11 (A1425T、A1702C、A1769T;T568P、Q590L)、AAV9.13 (A1369C、A1720T;N457H、T574S)、AAV9.14 (T1340A、T1362C、T1560C、G1713A;L447H)、AAV9.16 (A1775T;Q592L)、AAV9.24 (T1507C、T1521G;W503R)、AAV9.26 (A1337G、A1769C;Y446C、Q590P)、AAV9.33 (A1667C;D556A)、AAV9.34 (A1534G、C1794T;N512D)、AAV9.35 (A1289T、T1450A、C1494T、A1515T、C1794A、G1816A;Q430L、Y484N、N98K、V606I)、AAV9.40 (A1694T、E565V)、AAV9.41 (A1348T、T1362C;T450S)、AAV9.44 (A1684C、A1701T、A1737G;N562H、K567N)、AAV9.45 (A1492T、C1804T;N498Y、L602F)、AAV9.46 (G1441C、T1525C、T1549G;G481R、W509R、L517V)、9.47 (G1241A、G1358A、A1669G、C1745T;S414N、G453D、K557E、T582I)、AAV9.48 (C1445T、A1736T;P482L、Q579L)、AAV9.50 (A1638T、C1683T、T1805A;Q546H、L602H)、AAV9.53 (G1301A、A1405C、C1664T、G1811T;R134Q、S469R、A555V、G604V)、AAV9.54 (C1531A、T1609A;L511I、L537M)、AAV9.55 (T1605A;F535L)、AAV9.58 (C1475T、C1579A;T492I、H527N)、AAV.59 (T1336C;Y446H)、AAV9.61 (A1493T;N498I)、AAV9.64 (C1531A、A1617T;L511I)、AAV9.65 (C1335T、T1530C、C1568A;A523D)、AAV9.68 (C1510A;P504T)、AAV9.80 (G1441A;G481R)、AAV9.83 (C1402A、A1500T;P468T、E500D)、AAV9.87 (T1464C、T1468C;S490P)、AAV9.90 (A1196T;Y399F)、AAV9.91 (T1316G、A1583T、C1782G、T1806C;L439R、K528I)、AAV9.93 (A1273G、A1421G、A1638C、C1712T、G1732A、A1744T、A1832T;S425G、Q474R、Q546H、P571L、G578R、T582S、D611V)、AAV9.94 (A1675T;M559L)及AAV9.95 (T1605A;F535L)。
在本文所提及及/或所描述之任何DNA及RNA序列中,單個字母符號描述如下:A代表腺嘌呤;C代表胞嘧啶;G代表鳥嘌呤;T代表胸腺嘧啶;U代表尿嘧啶;W代表弱鹼基,諸如腺嘌呤或胸腺嘧啶;S代表強核苷酸,諸如胞嘧啶及鳥嘌呤;M代表胺基核苷酸,諸如腺嘌呤及胞嘧啶;K代表酮基核苷酸,諸如鳥嘌呤及胸腺嘧啶;R代表嘌呤:腺嘌呤及鳥嘌呤;Y代表嘧啶:胞嘧啶及胸腺嘧啶;B代表任何非A鹼基(例如,胞嘧啶、鳥嘌呤及胸腺嘧啶);D代表任何非C鹼基(例如,腺嘌呤、鳥嘌呤及胸腺嘧啶);H代表任何非G鹼基(例如,腺嘌呤、胞嘧啶及胸腺嘧啶);V代表任何非T鹼基(例如,腺嘌呤、胞嘧啶及鳥嘌呤);N代表任何核苷酸(其不為空位);且Z代表零。
在本文所提及及/或所描述之任何胺基酸序列中,單個字母符號描述如下:G (Gly)代表甘胺酸;A (Ala)代表丙胺酸;L (Leu)代表白胺酸;M (Met)代表甲硫胺酸;F (Phe)代表苯丙胺酸;W (Trp)代表色胺酸;K (Lys)代表離胺酸;Q (Gln)代表麩醯胺酸;E (Glu)代表麩胺酸;S (Ser)代表絲胺酸;P (Pro)代表脯胺酸;V (Val)代表纈胺酸;I (Ile)代表異白胺酸;C (Cys)代表半胱胺酸;Y (Tyr)代表酪胺酸;H (His)代表組胺酸;R (Arg)代表精胺酸;N (Asn)代表天冬醯胺;D (Asp)代表天冬胺酸;T (Thr)代表蘇胺酸;B (Asx)代表天冬胺酸或天冬醯胺;J (Xle)代表白胺酸或異白胺酸;O (Pyl)代表吡咯離胺酸;U (Sec)代表硒半胱胺酸;X (Xaa)代表任何胺基酸;且Z (Glx)代表麩醯胺酸或麩胺酸。
在某些實施例中,AAV血清型可為或可包括如專利公開案WO2015038958、WO2017100671、WO2016134375、WO2017083722、WO2017015102、WO2017058892、WO2017066764、US9624274、US9475845、US20160369298、US20170145405中所描述之序列、插入、修飾或突變,該等公開案之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,AAV可為藉由基於Cre重組之AAV靶向演化(CREATE)所產生的血清型,如Deverman等人(Nature Biotechnology 34(2):204-209 (2016))所描述,該文獻的內容以全文引用之方式併入本文中。在某些實施例中,AAV血清型可如Jackson等人(Frontiers in Molecular Neuroscience 9:154 (2016))中所描述,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,AAV血清型由於其針對中樞神經系統之細胞的趨向性而經選擇以供使用。在某些實施例中,中樞神經系統之細胞為神經元。在另一實施例中,中樞神經系統之細胞為星狀細胞。
在某些實施例中,AAV血清型由於其針對肌肉之細胞的趨向性而經選擇以供使用。
在某些實施例中,用於轉譯AAV VP1衣殼蛋白之起始密碼子可為如美國專利第US8163543號中所描述之CTG、TTG或GTG,該專利之內容以全文引用之方式併入本文中。
本發明係指由衣殼(Cap)基因編碼之結構衣殼蛋白(包括VP1、VP2及VP3)。此等衣殼蛋白形成諸如AAV之病毒載體之蛋白質結構性外殼(亦即衣殼)。由Cap聚核苷酸合成之VP衣殼蛋白質通常包括甲硫胺酸作為肽序列中之第一胺基酸(Met1),其與相應的Cap核苷酸序列中之起始密碼子(AUG或ATG)相關聯。然而,通常使第一甲硫胺酸(Met1)殘基或大體上任何第一胺基酸(AA1)在多肽合成之後或期間藉由諸如Met-胺基肽酶之蛋白質處理酶裂解。此「Met/AA-削減」過程通常與多肽序列中之第二胺基酸(例如丙胺酸、纈胺酸、絲胺酸、蘇胺酸等)的對應乙醯化相關。Met-削減通常在VP1及VP3衣殼蛋白之情況下發生,但亦可在VP2衣殼蛋白之情況下發生。
當Met/AA-削減不完全時,可產生包括病毒衣殼之一或多種(一種、兩種或三種) VP衣殼蛋白之混合物,其中一些可包括Met1/AA1胺基酸(Met+/AA+),且其中一些可由於Met/AA-削減而缺乏Met1/AA1胺基酸(Met-/AA-)。關於衣殼蛋白中之Met/AA-削減之進一步論述,參見Jin等人. Direct Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis for Complete Characterization of Recombinant Adeno-Associated Virus Capsid Proteins. Hum Gene Ther Methods. 2017年10月28日(5):255-267;Hwang等人. N-Terminal Acetylation of Cellular Proteins Creates Specific Degradation Signals. Science. 2010年2月19日. 327(5968): 973-977;其內容各自以全文引用之方式併入本文中。
根據本發明,提及的衣殼蛋白不限於經削減的(Met-/AA-)或未經削減的(Met+/AA+),且在上下文中可指代獨立衣殼蛋白、衣殼蛋白混合物包括之病毒衣殼及/或編碼、描述、產生或獲得本發明之衣殼蛋白的聚核苷酸序列(或其片段)。直接提及的「衣殼蛋白」或「衣殼多肽」(諸如VP1、VP2或VP3)亦可包括:VP衣殼蛋白,其包括Met1/AA1胺基酸(Met+/AA+);以及對應VP衣殼蛋白,其由於Met/AA-削減而缺乏Met1/AA1胺基酸(Met-/AA-)。
另外,根據本發明,提及的分別包括或編碼一或多種包括Met1/AA1胺基酸(Met+/AA+)之衣殼蛋白的特定SEQ ID NO: (無論是蛋白質抑或核酸)應理解為教示缺乏Met1/AA1胺基酸之VP衣殼蛋白,當檢查序列時,其顯然為僅缺乏第一所列胺基酸(無論是否為Met1/AA1)之任何序列。
作為非限制性實例,提及的長度為736個胺基酸且包括由AUG/ATG起始密碼子編碼之「Met1」胺基酸(Met+)的VP1多肽序列亦可理解為教示VP1多肽序列,其長度為735個胺基酸且不包括736個胺基酸之Met+序列的「Met1」胺基酸(Met-)。作為第二非限制性實例,對長度為736個胺基酸且包括由任何NNN起始密碼子編碼之「AA1」胺基酸(AA1+)之VP1多肽序列之提及亦可理解為教示VP1多肽序列,其長度為735個胺基酸且不包括736胺基酸之AA1+序列之「AA1」胺基酸(AA1-)。
對由VP衣殼蛋白質形成之病毒性衣殼之提及(諸如對特異性AAV衣殼血清型之提及)可合併有包括Met1/AA1胺基酸(Met+/AA1+)之VP衣殼蛋白、由於Met/AA1-削減而不具有Met1/AA1胺基酸(Met-/AA1-)之相應的VP衣殼蛋白以及其組合(Met+/AA1+及Met-/AA1-)。
作為非限制性實例,AAV衣殼血清型可包括VP1 (Met+/AA1+)、VP1 (Met-/AA1-)或VP1 (Met+/AA1+)及VP1 (Met-/AA1-)之組合。AAV衣殼血清型亦可包括VP3 (Met+/AA1+)、VP3 (Met-/AA1-)或VP3 (Met+/AA1+)與VP3 (Met-/AA1-)之組合;且亦可包括類似的視情況選用之VP2 (Met+/AA1)與VP2 (Met-/AA1-)之組合。 有效負載
本發明之AAV粒子可包含至少一種包含至少一個有效負載區之有效負載構築體,或可使用該至少一種有效負載構築體生產。在某些實施例中,有效負載區可位於病毒基因體,諸如有效負載構築體之病毒基因體內。在有效負載區之5'端及/或3'端處可存在至少一個反向末端重複序列(ITR)。在有效負載區內,可存在啟動子區、內含子區及編碼區。
在某些實施例中,AAV粒子之有效負載區包含一或多個編碼一或多種有效負載(諸如有效負載多肽或聚核苷酸)之核酸序列。在某些實施例中,AAV粒子之有效負載區包含一或多個編碼所關注之一或多個多肽或蛋白質的核酸序列。在某些實施例中,AAV粒子之有效負載區包含一或多個編碼作為治療劑之一或多種調節聚核苷酸(例如RNA或DNA分子)之核酸序列。因此,本發明提供編碼聚核苷酸之病毒基因體,該等聚核苷酸經加工成靶向所關注之基因的小雙股RNA (dsRNA)分子(小干擾RNA、siRNA、miRNA、前miRNA)。本發明亦提供將其用於抑制所關注之基因之對偶基因的基因表現及蛋白生產,以治療疾病、病症及/或病況之方法。
在某些實施例中,有效負載區可包括於用於生產AAV粒子之有效負載構築體中。在某些實施例中,本發明之有效負載構築體可為桿狀病毒穿梭載體(bacmid),亦稱為桿狀病毒質體(baculovirus plasmid)或重組桿狀病毒基因體。在某些實施例中,本發明之有效負載構築體可為桿狀病毒表現載體(BEV)。在某些實施例中,本發明之有效負載構築體可為包括BEV之BIIC。如本文所用,術語「有效負載Bac」係指包含有效負載構築體及/或有效負載區之桿狀病毒穿梭載體(諸如BEV)。病毒生產細胞(例如Sf9細胞)可用有效負載Bac及/或用包含有效負載Bac之BIIC轉染。
在某些實施例中,本發明之AAV粒子包含一或多個編碼一或多種有效負載(諸如有效負載多肽或聚核苷酸)之核酸序列,其適用於治療、預防、減輕或改善疾病及/或病症,包括神經疾病及/或病症之醫學領域。在某些實施例中,本發明之AAV粒子適用於治療、預防、減輕或改善弗里德希氏共濟失調(Friedreich's ataxia)或任何源於共濟蛋白(frataxin)之喪失或部分喪失之疾病的醫學領域。在某些實施例中,本發明之AAV粒子適用於治療、預防、減輕或改善帕金森氏病(Parkinson's Disease)之醫學領域。在某些實施例中,本發明之AAV粒子適用於治療、預防、減輕或改善肌肉萎縮性側索硬化之醫學領域。在某些實施例中,本發明之AAV粒子適用於治療、預防、減輕或改善亨汀頓氏舞蹈症(Huntington's Disease)之醫學領域。在某些實施例中,本發明之AAV粒子適用於治療、預防、減輕或改善阿茲海默氏病(Alzheimer's Disease)之醫學領域。 有效負載:多肽及變異體
在某些實施例中,AAV粒子之有效負載區包含一或多個編碼所關注之多肽或蛋白質之核酸序列。在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼超過一種所關注之多肽之核酸序列。在某些實施例中,編碼一或多種多肽之病毒基因體可複製及封裝至病毒粒子中。經包含病毒基因體之病毒粒子轉導之目標細胞可在單一目標細胞中表現一或多種多肽中之每一者。
在AAV粒子有效負載區編碼多肽的情況下,該多肽可為肽、多肽或蛋白質。作為非限制性實例,有效負載區可編碼至少一種所關注之治療蛋白。編碼本文所描述之多肽的AAV病毒基因體可適用於人類疾病、病毒、感染獸醫學應用之領域及多種活體內及活體外環境中。
在某些實施例中,向個體投與經調配之AAV粒子(其包含病毒基因體)將增加個體之蛋白質表現。在某些實施例中,蛋白質表現之增加將減少與由有效負載編碼之多肽相關之疾病或病痛的影響及/或症狀。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼所關注之蛋白(亦即有效負載蛋白、治療蛋白)之核酸序列。
由本發明之病毒基因體之有效負載區編碼的胺基酸序列可轉譯為整個多肽、多個多肽或多肽片段,其獨立地可由一或多個核酸、核酸片段或前述任一者之變異體編碼。在某些實施例中,多肽可包括具有任何大小、結構或功能之蛋白質、多肽及肽。在一些情況下,所編碼之多肽小於約50個胺基酸(亦即肽)。若多肽為肽,則其長度將為至少約2、3、4或至少5個胺基酸殘基。因此,多肽包括基因產物、天然存在之多肽、合成多肽、同源物、直系同源物、旁系同源物、片段及前述者之其他等效物、變異體及類似物。多肽可為單分子或可為多分子複合物,諸如二聚體、三聚體或四聚體。其亦可包括單鏈或多鏈多肽,且可為締合或連接的。術語多肽亦適用於其中一或多個胺基酸殘基為對應天然存在之胺基酸之人工化學類似物的胺基酸聚合物。
在某些實施例中,多肽可為胺基酸序列與原生或參考序列不同的多肽變異體。相較於原生或參考序列,胺基酸序列變異體可在胺基酸序列內某些位置處具有取代、缺失及/或插入。通常,變異體將與原生或參考序列具有至少約50%一致性(同源性),且在某些實施例中,其將與原生或參考序列具有至少約80%或至少約90%一致性(同源性)。
在某些實施例中,AAV粒子之有效負載區包含一或多個編碼所關注之多肽或蛋白質之核酸序列。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼超過一種所關注之多肽之核酸序列。在某些實施例中,編碼一或多種多肽之病毒基因體可複製及封裝至病毒粒子中。經包含病毒基因體之病毒粒子轉導之目標細胞可在單一目標細胞中表現一或多種多肽中之每一者。
在AAV粒子有效負載區編碼多肽的情況下,該多肽可為肽、多肽或蛋白質。作為非限制性實例,有效負載區可編碼至少一種所關注之治療蛋白。編碼本文所描述之多肽的AAV病毒基因體可適用於人類疾病、病毒、感染獸醫學應用之領域及多種活體內及活體外環境中。
在某些實施例中,向個體投與經調配之AAV粒子(其包含病毒基因體)將增加個體之蛋白質表現。在某些實施例中,蛋白質表現之增加將減少與由有效負載編碼之多肽相關之疾病或病痛的影響及/或症狀。
在某些實施例中,可使用本發明之經調配AAV粒子來降低功能能力及日常生活活動的下降,如藉由標準評價系統所量測,諸如但不限於總功能能力(total functional capacity,TFC)量表。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼所關注之蛋白(亦即有效負載蛋白、治療蛋白)之核酸序列。
在某些實施例中,有效負載區包含編碼蛋白質之核酸序列,該蛋白質包括但不限於抗體、芳族L-胺基酸去羧酶(AADC)、ApoE2、共濟蛋白、運動神經元存活(SMN)蛋白、葡萄糖腦苷脂酶、N-磺基葡糖胺磺基水解酶、N-乙醯基-α-胺基葡糖苷酶、艾杜糖醛2-硫酸酯酶、α-L-艾杜糖苷、棕櫚醯基-蛋白硫酯酶1、三肽基肽酶1、百特寧蛋白(battenin)、CLN5、CLN6 (林克林蛋白(linclin))、MFSD8、CLN8、天冬醯轉移酶(ASPA)、粒子蛋白前體(progranulin)(GRN)、MeCP2、β-半乳糖苷酶(GLB1)及/或巨軸突蛋白(gigaxonin,GAN)。
在某些實施例中,AAV粒子包括具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼AADC之核酸序列或此項技術中已知用於治療帕金森氏病之任何其他有效負載。有效負載之非限制性實例可包括諸如以下之序列:NM_001082971.1 (GI: 132814447)、NM_000790.3 (GI: 132814459)、NM_001242886.1 (GI: 338968913)、NM_001242887.1 (GI: 338968916)、NM_001242888.1 (GI: 338968918)、NM_001242889.1 (GI: 338968920)、NM_001242890.1 (GI: 338968922)及其片段或變異體。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼共濟蛋白之核酸序列或此項技術中已知用於治療弗里德希氏共濟失調之任何其他有效負載。作為非限制性實例,有效負載可包含諸如以下之序列:NM_000144.4 (GI: 239787167)、NM_181425.2 (GI: 239787185)、NM_001161706.1 (GI: 239787197)及其片段或變異體。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼SMN之核酸序列或此項技術中已知用於治療脊髓性肌萎縮(SMA)之任何其他有效負載。作為非限制性實例,有效負載可包含諸如以下之序列:NM_001297715.1 (GI: 663070993)、NM_000344.3 (GI: 196115055)、NM_022874.2 (GI: 196115040)及其片段或變異體。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼美國專利公開案第20180258424號所述之疾病相關蛋白(及其片段或變異體)中之任一者的核酸序列;該公開案之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,AAV粒子包括具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼以下國際公開案中之任一者所述之任何疾病相關蛋白質(及其片段或變異體)的核酸序列:WO2016073693、WO2017023724、WO2018232055、WO2016077687、WO2016077689、WO2018204786、WO2017201258、WO2017201248、WO2018204803、WO2018204797、WO2017189959、WO2017189963、WO2017189964、WO2015191508、WO2016094783、WO20160137949、WO2017075335;其內容各自以全文引用之方式併入本文中
在某些實施例中,可使用本發明之經調配AAV粒子以改善任何用以量測神經退化性病症/疾病之症狀的評定的效能。此類評定包含但不限於阿茲海默氏病認知評定量表(Alzheimer Disease Assessment Scale-cognitive,ADAS-cog)、簡易精神狀態檢查(Mini-Mental State Examination,MMSE)、老人抑鬱量表(Geriatric Depression Scale,GDS)、功能活動問卷(Functional Activities Questionnaire,FAQ)、日常生活活動(Activities of Daily Living,ADL)、全科醫師認知評定(General Practitioner Assessment of Cognition,GPCOG)、簡易認知量表(Mini-Cog)、簡略心理測試評分(Abbreviated Mental Test Score,AMTS)、畫鐘測試(Clock-drawing test)、6項認知障礙測試(6-item Cognitive Impairment Test,6-CIT)、記憶力測試(Test Your Memory,TYM)、蒙特利爾認知評定(Montreal Cognitive Assessment,MoCa)、阿登布魯克斯認知評定(Addenbrookes Cognitive Assessment,ACE-R)、記憶障礙篩檢(Memory Impairment Screen,MIS)、布里斯托爾日常生活活動量表(Bristol Activities of Daily Living Scale,BADLS)、巴式指數(Barthel Index)、功能獨立性量測(Functional Independence Measure)、工具性日常生活活動(Instrumental Activities of Daily Living)、老人認知減退知情者問卷(Informant Questionnaire on Cognitive Decline in the Elderly,IQCODE)、神經精神評估量表(Neuropsychiatric Inventory)、柯恩-曼斯菲爾德精神激動評估量表(The Cohen-Mansfield Agitation Inventory)、阿茲海默氏病行為病理評定量表(BEHAVE-AD)、歐洲五維度問卷(EuroQol)、簡表-36 (Short Form-36)及/或MBR照護者壓力儀器(Caregiver Strain Instrument),或如Sheehan B (Ther Adv Neurol Disord 5(6):349-358 (2012))中所描述之其他測試中之任一者,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,提供「變異體模擬物」。如本文所用之術語「變異體模擬物」為含有一或多個模擬活化序列之胺基酸的模擬物。舉例而言,麩胺酸酯可充當偶磷基-蘇胺酸及/或偶磷基-絲胺酸之模擬物。或者,變異體模擬物可引起失活或產生含有該模擬物之非活化產物,例如苯丙胺酸可充當酪胺酸之失活性取代;或丙胺酸可充當絲胺酸之非活化性取代。
在某些實施例中,提供「胺基酸序列變異體」。術語「胺基酸序列變異體」係指胺基酸序列與原生或起始序列相比具有一些差異之分子。胺基酸序列變異體可在胺基酸序列內之某些位置處具有取代、缺失及/或插入。「天然」或「起始」序列不應與野生型序列混淆。如本文中所使用,原生或起始序列為相對術語,係指可進行比較之原始分子。「原生」或「起始」序列或分子可表示野生型(在自然中發現之序列),但未必為野生型序列。
通常,變異體將具有與原生序列之至少約70%同源性,及在某些實施例中,其將與原生序列至少約80%或至少約90%同源。在應用於胺基酸序列時,「同源性」定義為在比對序列且視需要引入空位以達成最大同源性百分比之後,候選胺基酸序列中之殘基與第二序列之胺基酸序列中之殘基之一致性百分比。用於比對之方法及電腦程式為此項技術中熟知的。應理解,同源性視一致性百分比之計算而定,但其值可能由於在計算中引入之空位及罰分而不同。
在應用於胺基酸序列時,「同源物」意謂與第二物種之第二序列實質上一致的其他物種之相應序列。
「類似物」意謂包含相差一或多個胺基酸改變(例如胺基酸殘基之取代、添加或缺失),仍維持親本多肽之特性的多肽變異體。
可將序列標籤或胺基酸,諸如一或多個離胺酸,添加至本發明之肽序列中(例如在N端或C端末端處)。序列標籤可用於肽純化或定位。離胺酸可用於提高肽溶解性或允許生物素標記。或者,位於肽或蛋白質之胺基酸序列的羧基及胺基端區域的胺基酸殘基可視情況缺失,從而提供截短型序列。或者可視序列之用途而定,例如序列表現為可溶的或與固體載體連接之較大序列的一部分,缺失某些胺基酸(例如,C端或N端殘基)。
在某些實施例中,提供「取代型變異體」。當提及蛋白質時,「取代型變異體」為將原生或起始序列中之至少一個胺基酸殘基移除且將不同胺基酸插入在同一位置處之地點的彼等蛋白質。取代可為單取代,其中分子中僅一個胺基酸經取代,或取代可為多取代,其中同一個分子中兩個或更多個胺基酸經取代。
如本文所用,術語「保守性胺基酸取代」係指用具有相似尺寸、電荷或極性之不同胺基酸取代通常存在於序列中之胺基酸。保守性取代之實例包含將諸如異白胺酸、纈胺酸及白胺酸之非極性(疏水性)殘基取代為另一種非極性殘基。同樣地,保守性取代之實例包含將一個極性(親水性)殘基取代為另一極性殘基,諸如在精胺酸與離胺酸之間、在麩醯胺酸與天冬醯胺酸之間及在甘胺酸與絲胺酸之間。另外,以諸如離胺酸、精胺酸或組胺酸之鹼性殘基取代另一鹼性殘基,或以一種諸如天冬胺酸或麩胺酸之酸性殘基取代另一酸性殘基為保守性取代之額外實例。非保守性取代之實例包含將諸如異白胺酸、纈胺酸、白胺酸、丙胺酸、甲硫胺酸之非極性(疏水性)胺基酸殘基取代為諸如半胱胺酸、麩醯胺酸、麩胺酸或離胺酸之極性(親水性)殘基及/或將極性殘基取代為非極性殘基。
在某些實施例中,提供「插入型變異體」。當提及蛋白質時,「插入型變異體」為將一或多個胺基酸緊鄰原生或起始序列中之特定位置處之胺基酸插入的蛋白質。「緊鄰」於胺基酸意謂連接至該胺基酸之α-羧基或α-胺基官能基。
在某些實施例中,提供「缺失型變異體」。當提及蛋白質時,「缺失型變異體」為將原生或起始胺基酸序列中之一或多個胺基酸移除之蛋白質。通常,缺失型變異體將在分子之特定區域中具有一或多個胺基酸缺失。
如本文中所使用,術語「衍生物」與術語「變異體」同義地使用,且係指已相對於參考分子或起始分子以任何方式加以修飾或變化的分子。在某些實施例中,衍生物包含已用有機蛋白質或非蛋白質衍生劑及轉譯後修飾來加以修飾之原生或起始蛋白質。共價修飾在傳統上係藉由使蛋白質之所靶向的胺基酸殘基與能夠與所選側鏈或末端殘基反應之有機衍生劑反應,或藉由利用在所選重組宿主細胞中起作用的轉譯後修飾機制來引入。所得共價衍生物適用於針對鑑別對生物學活性、免疫分析法或製備抗蛋白質抗體用於重組醣蛋白之免疫親和力純化而言重要之殘基的程式。此類修飾在一般熟習此項技術者之能力範圍內,且在無不當實驗之情況下進行。
某些轉譯後修飾由重組宿主細胞對所表現之多肽的作用產生。常使麩醯胺醯基及天冬醯胺醯基殘基在轉譯後去醯胺化,成為相應的麩胺醯基及天冬胺醯基殘基。或者,此等殘基在適度酸性條件下脫除醯胺基。任一形式之此等殘基皆可存在於根據本發明使用之蛋白質中。
其他轉譯後修飾包含脯胺酸及離胺酸之羥基化;絲胺醯基或蘇胺醯基殘基之羥基之磷酸化;離胺酸、精胺酸及組胺酸側鏈之α-胺基之甲基化(T. E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, 第79-86頁(1983))。
在提及蛋白質時,「特徵」被定義為分子中基於獨特胺基酸序列之組分。本發明之蛋白質的特徵包含表面表現特徵(manifestation)、局部構形形狀、摺疊、環、半環、域、半域、位點、端或其任何組合。
如本文所用,當提及聚核苷酸時,術語「環」係指可用以逆轉聚核苷酸之主鏈方向,使得聚核苷酸一定距離處之兩個區域在空間上結合在一起的結構特徵。環可為開放的或封閉的。封閉環或「環狀」環可包括2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個核苷酸。
如本文所用,術語「域」係指具有一或多種可鑑別之結構或功能特徵或特性(例如結合力,充當相互作用位點)之聚核苷酸的基元。
如本文所用,術語「位點」在其涉及聚核苷酸時與「核酸殘基」及/或「核苷酸」同義使用。位點表示聚核苷酸內之位置,其可經修飾、操縱、改變、衍生或變化。
如本文所用,術語「末端(termini/terminus」係指聚核苷酸之末端。此類末端並非僅限於聚核苷酸之第一或最末位點,而可包括末端區域中之其他核苷酸。本發明之聚核苷酸的特徵可為具有5'及3'末端。
一旦已將任一該等特徵鑑別或定義為本發明之分子的組分,就可藉由移動、調換、反轉、缺失、隨機化或複製來執行對此等特徵之若干操縱及/或修飾中的任一者。此外,應理解,操縱特徵可生產與修飾本發明分子相同的結果。舉例而言,涉及域缺失之操縱將引起分子長度之改變,正如修飾核酸以編碼小於全長分子一樣。
修飾及操縱可藉由此項技術中已知之方法,諸如定點突變誘發來實現。隨後可使用活體外或活體內分析,諸如本文所描述之彼等分析或此項技術中已知之任何其他適合的篩選分析,測試所得經修飾之分子的活性。 有效負載:靶向所關注之基因的調節聚核苷酸
本發明包含使用經調配AAV粒子,該等AAV粒子之病毒基因體編碼作為治療劑之調節聚核苷酸,例如RNA或DNA分子。因此,本發明提供編碼聚核苷酸之病毒基因體,該等聚核苷酸經加工成靶向所關注之基因的小雙股RNA (dsRNA)分子(小干擾RNA、siRNA、miRNA、前miRNA)。本發明亦提供將其用於抑制所關注之基因之對偶基因的基因表現及蛋白生產,以治療疾病、病症及/或病況之方法。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼或包含一或多種調節聚核苷酸之核酸序列。在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼所關注之調節聚核苷酸的核酸序列。在本發明之某些實施例中,調節聚核苷酸,例如RNA或DNA分子呈現為治療劑。由RNA干擾介導之基因靜默可特異性抑制所靶向之基因表現。
在某些實施例中,將編碼此類siRNA分子,或siRNA分子之單股的核酸序列插入腺相關病毒載體中且引入細胞,尤其中樞神經系統中之細胞中。
由於若干獨特的特徵,已研究將AAV粒子用於siRNA遞送。特徵之非限制性實例包含(i)感染分裂與非分裂細胞之能力;(ii)廣泛的感染性宿主範圍,包含人類細胞;(iii)野生型AAV尚未與任何疾病相關及尚未在經感染細胞中顯示出複製;(iv)缺乏針對載體的細胞介導之免疫反應及(v)宿主染色體中的非整合性質,由此降低長期表現之可能性。此外,經AAV粒子感染對改變細胞基因表現模式的影響極小(Stilwell及Samulski等人, Biotechniques, 2003, 34, 148)。
在某些實施例中,本發明之經編碼之siRNA雙螺旋體含有混雜在一起形成雙螺旋結構之反義股及有義股,其中反義股與所關注之靶向基因的核酸序列互補,且其中有義股與所關注之靶向基因的核酸序列同源。在其他態樣中,在各股之3'端存在0、1或2個核苷酸突出端。
本發明之經調配AAV粒子的有效負載可編碼一或多種試劑,其經受RNA干擾(RNAi)誘導之基因表現抑制。本文提供靶向所關注之基因的經編碼之siRNA雙螺旋體或經編碼之dsRNA (本文中統稱為「siRNA分子」)。例如經編碼之siRNA雙螺旋體、經編碼之dsRNA或經編碼之siRNA或dsRNA前驅體之此類siRNA分子可使細胞,例如星形膠質細胞或微神經膠質細胞、皮質、海馬、內嗅、丘腦、感覺或運動神經元中之基因表現減少或靜默。
RNAi (亦稱為轉錄後基因靜默(PTGS)、壓製或共同抑止)為轉錄後基因靜默過程,在該過程中,RNA分子以序列特異性方式抑制基因表現,通常藉由對特定mRNA分子造成破壞來達成。RNAi之活性組分為短/小雙股RNA (dsRNA),稱為小干擾RNA (siRNA),其通常含有15-30個核苷酸(例如,19至25、19至24或19-21個核苷酸)及2個核苷酸3'突出端,且其匹配目標基因之核酸序列。此等短RNA物種可藉由較大dsRNA的切丁酶(Dicer)介導之裂解而在活體內天然產生,且其在哺乳動物細胞中具有功能性。
天然表現之小RNA分子(稱為微RNA (miRNA))藉由調控mRNA之表現引發基因靜默。含有RNA誘導之靜默複合物(RISC)的miRNA靶向與miRNA之稱為種子區的5'區中之核苷酸2-7及其3'區之其他鹼基對呈現完美序列互補的mRNA。miRNA介導的基因表現之下調可由目標mRNA之分裂、目標mRNA之轉譯抑制或mRNA分解引起。miRNA靶向序列通常位於目標mRNA之3' UTR中。單一miRNA可靶向超過100個來自各種基因之轉錄物,且一個mRNA可被不同miRNA所靶向。
靶向特定mRNA之siRNA雙螺旋體或dsRNA可設計為AAV粒子之有效負載且引入細胞中用於活化RNAi過程。Elbashir等人證明,21-核苷酸siRNA雙螺旋體(稱為小干擾RNA)能夠在哺乳動物細胞中實現有力且特異性的基因表現減弱(gene knockdown)而不誘導免疫反應(Elbashir SM等人, Nature, 2001, 411, 494-498)。自此初始報導以來,藉由siRNA進行之轉錄後基因靜默很快成為了哺乳動物細胞中遺傳分析之有效工具,且具有產生新穎治療劑之潛力。
siRNA雙螺旋體包括與目標mRNA同源的有義股及與目標mRNA互補的反義股,在目標RNA破壞效率方面提供與使用單股(ss)-siRNA(例如,反義股RNA或反義寡核苷酸)相比要多得多的優點。在多數情況下,需要較高濃度之ss-siRNA來達成對應雙螺旋體之有效基因靜默效力。
在某些實施例中,siRNA分子可編碼於亦包含分子骨架之調節聚核苷酸中。如本文所用,「分子骨架」為形成針對其設計或製成後續分子之序列或結構性基礎之構架或起始分子。
在某些實施例中,包含有效負載(例如,siRNA、miRNA或本文所描述之其他RNAi劑)之調節聚核苷酸包含分子支架,該分子支架包含前導5'側接序列,其可具有任何長度且可完全或部分衍生自野生型微RNA序列或完全為人工的。3'側接序列之大小及起點可反映5'側接序列。在某些實施例中,5'及3'側接序列中之一者或兩者不存在。
在某些實施例中,分子骨架可包含一或多個此項技術中已知之連接子。連接子可使各區域分開或使一個分子支架與另一分子支架分開。作為非限制性實例,分子支架可為多順反子的。
在某些實施例中,使用以下特性中之至少一者設計調節聚核苷酸:環變異體、種子錯配/凸出/擺動變異體、莖錯配、環變異體及基部莖錯配變異體、種子錯配及基部莖錯配變異體、莖錯配及基部莖錯配變異體、種子擺動及基部莖擺動變異體,或莖序列變異體。
在某些實施例中,本發明提供經調配AAV粒子之用途,該等AAV粒子之病毒基因體編碼作為治療劑之調節聚核苷酸,例如RNA或DNA分子。因此,本發明提供編碼聚核苷酸之病毒基因體,該等聚核苷酸經加工成靶向所關注之基因的小雙股RNA (dsRNA)分子(小干擾RNA、siRNA、miRNA、前miRNA)。本發明亦提供將其用於抑制所關注之基因之對偶基因的基因表現及蛋白生產,以治療疾病、病症及/或病況之方法。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼或包含一或多種調節聚核苷酸之核酸序列。在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼所關注之調節聚核苷酸的核酸序列。在本發明之某些實施例中,調節聚核苷酸,例如RNA或DNA分子呈現為治療劑。由RNA干擾介導之基因靜默可特異性抑制所靶向之基因表現。
在某些實施例中,有效負載區包含編碼調節聚核苷酸之核酸序列,該調節聚核苷酸干擾目標基因表現及/或目標蛋白生產。在某些實施例中,待抑制/修飾之基因表現或蛋白生產可包含但不限於超氧化歧化酶1 (SOD1)、染色體9開放閱讀框架72 (C9ORF72)、TAR DNA結合蛋白(TARDBP)、共濟失調蛋白-3 (ATXN3)、亨汀頓蛋白(huntingtin,HTT)、澱粉樣蛋白前驅蛋白(APP)、脂蛋白元E (ApoE)、微管相關蛋白tau (MAPT)、α-突觸核蛋白(SNCA)、電壓閘控之鈉通道α次單位9 (SCN9A)及/或電壓閘控之鈉通道α次單位10 (SCN10A)。
本發明提供小干擾RNA (siRNA)雙螺旋體(及編碼其之調節聚核苷酸),其靶向SOD1 mRNA以干擾SOD1之基因表現及/或蛋白生產。本發明亦提供將其用於抑制SOD1之對偶基因的基因表現及蛋白生產,以治療肌肉萎縮性側索硬化(ALS)之方法。在某些實施例中,本發明之siRNA雙螺旋體可靶向沿著相應核苷酸序列之任何區段的SOD1。在某些實施例中,本發明之siRNA雙螺旋體可靶向SNP之位置處的SOD1或核苷酸序列內之變異體。
本發明提供小干擾RNA (siRNA)雙螺旋體(及編碼其之調節聚核苷酸),其靶向HTT mRNA以干擾HTT之基因表現及/或蛋白生產。本發明亦提供將其用於抑制HTT之對偶基因的基因表現及蛋白生產,以治療亨汀頓氏舞蹈症(HD)之方法。在某些實施例中,本發明之siRNA雙螺旋體可靶向沿著相應核苷酸序列之任何區段的HTT。在某些實施例中,本發明之siRNA雙螺旋體可靶向SNP之位置處的HTT或核苷酸序列內之變異體。
在某些實施例中,AAV粒子包含具有有效負載區之病毒基因體,該有效負載區包含編碼以下國際公開案中之任一者所述的調節聚核苷酸、RNAi分子、siRNA分子、dsRNA分子及/或RNA雙螺旋體中之任一者的核酸序列:WO2016077687、WO2016077689、WO2018204786、WO2017201258、WO2017201248、WO2018204803、WO2018204797、WO2017189959、WO2017189963、WO2017189964、WO2015191508、WO2016094783、WO20160137949、WO2017075335;該等文獻之內容各自以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,將編碼此類siRNA分子,或siRNA分子之單股的核酸序列插入腺相關病毒載體中且引入細胞,尤其中樞神經系統中之細胞中。
由於若干獨特的特徵,已研究將AAV粒子用於siRNA遞送。特徵之非限制性實例包含(i)感染分裂與非分裂細胞之能力;(ii)廣泛的感染性宿主範圍,包含人類細胞;(iii)野生型AAV尚未與任何疾病相關及尚未在經感染細胞中顯示出複製;(iv)缺乏針對載體的細胞介導之免疫反應及(v)宿主染色體中的非整合性質,由此降低長期表現之可能性。此外,經AAV粒子感染對改變細胞基因表現模式的影響極小(Stilwell及Samulski等人, Biotechniques, 2003, 34, 148)。
在某些實施例中,本發明之經編碼之siRNA雙螺旋體含有混雜在一起形成雙螺旋結構之反義股及有義股,其中反義股與所關注之靶向基因的核酸序列互補,且其中有義股與所關注之靶向基因的核酸序列同源。在其他態樣中,在各股之3'端存在0、1或2個核苷酸突出端。
根據本發明,靶向所關注之基因之siRNA雙螺旋體之各股的長度可為約19至25、19至24或19至21個核苷酸,諸如長度為約19個核苷酸、20個核苷酸、21個核苷酸、22個核苷酸、23個核苷酸、24個核苷酸或25個核苷酸。
在某些實施例中,siRNA或dsRNA包含至少兩個彼此互補的序列。dsRNA包含具有第一序列之有義股及具有第二序列之反義股。反義股包含實質上與編碼所關注之基因的mRNA之至少一部分互補的核苷酸序列,及互補區之長度為30個或更少核苷酸及至少15個核苷酸。一般而言,dsRNA之長度為19至25、19至24或19至21個核苷酸。在某些實施例中,dsRNA之長度為約15至約25個核苷酸,及在某些實施例中,dsRNA之長度為約25至約30個核苷酸。
當藉由此項技術中已知之方法或如本文所描述之方法分析時,在表現載體中編碼之dsRNA在與由所關注之基因編碼之表現蛋白的細胞接觸後,抑制由所關注之基因編碼之蛋白的表現至少10%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%或更高。
根據本發明,設計siRNA分子及測試其降低經培養細胞中之mRNA含量的能力。
在某些實施例中,設計siRNA分子及測試其降低經培養細胞中之所關注之基因含量的能力。
本發明亦提供醫藥組合物,其包含靶向所關注之基因之至少一種siRNA雙螺旋體及醫藥學上可接受之載劑。在某些實施例中,siRNA雙螺旋體由AAV粒子中之病毒基因體編碼。
在某些實施例中,本發明提供用於在細胞中抑制/靜默基因表現的方法。在一些態樣中,基因表現之抑制係指抑制至少約20%,諸如至少約30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%及100%或至少20-30%、20-40%、20-50%、20-60%、20-70%、20-80%、20-90%、20-95%、20-100%、30-40%、35-40%、30-50%、30-60%、30-70%、30-80%、30-90%、30-95%、30-100%、40-50%、40-60%、40-70%、40-80%、40-90%、40-95%、40-100%、50-60%、50-70%、50-80%、50-90%、50-95%、50-100%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-100%、70-80%、70-90%、70-95%、70-100%、80-90%、80-95%、80-100%、90-95%、90-100%或95-100%。
在某些實施例中,經編碼之siRNA雙螺旋體可用於使由所關注之基因編碼之蛋白質或mRNA的表現減少至少約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%及100%,或至少20-30%、20-40%、20-50%、20-60%、20-70%、20-80%、20-90%、20-95%、20-100%、30-40%、35-40%、30-50%、30-60%、30-70%、30-80%、30-90%、30-95%、30-100%、40-50%、40-60%、40-70%、40-80%、40-90%、40-95%、40-100%、50-60%、50-70%、50-80%、50-90%、50-95%、50-100%、60-70%、60-80%、60-90%、60-95%、60-100%、70-80%、70-90%、70-95%、70-100%、80-90%、80-95%、80-100%、90-95%、90-100或95-100%。作為非限制性實例,蛋白質或mRNA之表現可減少50-90%。作為非限制性實例,蛋白質或mRNA之表現可減少30-70%。作為非限制性實例,蛋白質或mRNA之表現可減少40-70%。
在某些實施例中,經編碼之siRNA雙螺旋體可用於減少由所關注之基因編碼及/或在CNS之至少一個區域中轉錄mRNA的蛋白之表現。作為非限制性實例,區域為神經元(例如,皮質神經元)。
在某些實施例中,可將包含此類經編碼siRNA分子的經調配AAV粒子直接引入個體之中樞神經系統中,例如藉由輸注至殼核中。
在某些實施例中,可將包含此類經編碼siRNA分子的經調配AAV粒子直接引入個體之中樞神經系統中,例如藉由輸注至個體的丘腦中。
在某些實施例中,可將包含此類經編碼siRNA分子的經調配AAV粒子直接引入個體之中樞神經系統中,例如藉由輸注至個體的白質中。
在某些實施例中,可將包含此類經編碼siRNA分子的經調配AAV粒子引入個體之中樞神經系統中,例如藉由向個體靜脈內投與。
在某些實施例中,本發明之醫藥組合物用作單獨療法。在某些實施例中,本發明之醫藥組合物用於組合療法中。組合療法可與已針對其對運動神經元退化之神經保護作用進行測試之一或多種神經保護劑組合,該等神經保護劑諸如小分子化合物、生長因子及激素。
本發明之經調配AAV粒子的有效負載可編碼一或多種試劑,其經受RNA干擾(RNAi)誘導之基因表現抑制。本文提供靶向所關注之基因的經編碼之siRNA雙螺旋體或經編碼之dsRNA (本文中統稱為「siRNA分子」)。例如經編碼之siRNA雙螺旋體、經編碼之dsRNA或經編碼之siRNA或dsRNA前驅體之此類siRNA分子可使細胞,例如星形膠質細胞或微神經膠質細胞、皮質、海馬、內嗅、丘腦、感覺或運動神經元中之基因表現減少或靜默。
RNAi (亦稱為轉錄後基因靜默(PTGS)、壓製或共同抑止)為轉錄後基因靜默過程,在該過程中,RNA分子以序列特異性方式抑制基因表現,通常藉由對特定mRNA分子造成破壞來達成。RNAi之活性組分為短/小雙股RNA (dsRNA),稱為小干擾RNA (siRNA),其通常含有15-30個核苷酸(例如,19至25、19至24或19-21個核苷酸)及2個核苷酸3'突出端,且其匹配目標基因之核酸序列。此等短RNA物種可藉由較大dsRNA的切丁酶介導之裂解而在活體內天然產生,且其在哺乳動物細胞中具有功能性。
在一些實施例中,病毒基因體之調節聚核苷酸可包含至少一個編碼至少一個siRNA分子之核酸序列。若存在超過一個,則核酸序列可獨立地編碼1、2、3、4、5、6、7、8、9或超過9個siRNA分子。
天然表現之小RNA分子(稱為微RNA (miRNA))藉由調控mRNA之表現引發基因靜默。含有RNA誘導之靜默複合物(RISC)的miRNA靶向與miRNA之稱為種子區的5'區中之核苷酸2-7及其3'區之其他鹼基對呈現完美序列互補的mRNA。miRNA介導的基因表現之下調可由目標mRNA之分裂、目標mRNA之轉譯抑制或mRNA分解引起。miRNA靶向序列通常位於目標mRNA之3' UTR中。單一miRNA可靶向超過100個來自各種基因之轉錄物,且一個mRNA可被不同miRNA所靶向。
靶向特定mRNA之siRNA雙螺旋體或dsRNA可設計為AAV粒子之有效負載且引入細胞中用於活化RNAi過程。Elbashir等人證明,21-核苷酸siRNA雙螺旋體(稱為小干擾RNA)能夠在哺乳動物細胞中實現有力且特異性的基因表現減弱而不誘導免疫反應(Elbashir SM等人, Nature, 2001, 411, 494-498)。自此初始報導以來,藉由siRNA進行之轉錄後基因靜默很快成為了哺乳動物細胞中遺傳分析之有效工具,且具有產生新穎治療劑之潛力。
siRNA雙螺旋體包括與目標mRNA同源的有義股及與目標mRNA互補的反義股,在目標RNA破壞效率方面提供與使用單股(ss)-siRNA(例如,反義股RNA或反義寡核苷酸)相比要多得多的優點。在多數情況下,需要較高濃度之ss-siRNA來達成對應雙螺旋體之有效基因靜默效力。
前述分子中之任一者可由AAV粒子或病毒基因體編碼。 引入細胞中
本發明之經編碼有效負載可藉由AAV粒子之病毒基因體編碼而引入至細胞中。此等AAV粒子可經工程改造及最佳化以便於進入不可輕易改良以進行轉染/轉導之細胞。此外,一些合成病毒載體能夠將有效負載整合至細胞基因體中,由此生產穩定有效負載表現及長期治療作用。以此方式,病毒載體經工程改造為用於特異性遞送,同時缺乏發現於野生型病毒中之有害複製及/或整合特徵的媒劑。
在某些實施例中,藉由用AAV粒子轉染、感染或轉導細胞來將經編碼有效負載引入細胞中,該AAV粒子包含在細胞中處理時能夠生產有效負載之核酸序列。在某些實施例中,藉由將AAV粒子注射至細胞或組織中來將有效負載引入細胞中,該AAV粒子包含在細胞中處理時能夠生產有效負載之核酸序列。
引入本文所描述之包含用於有效負載之核酸序列之AAV粒子的其他方法可包含如美國專利公開案第20120264807號中所描述之光化學內化,該公開案關於光化學內化之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,本文所描述之調配物可含有至少一種AAV粒子,其包含編碼本文所描述之有效負載的核酸序列。在某些實施例中,有效負載可靶向一個目標位點處的所關注之基因。在另一個實施例中,該調配物包含複數個AAV粒子,各AAV粒子包含編碼有效負載(其靶向不同目標位點處的所關注之基因)的核酸序列。可靶向2、3、4、5個或超過5個位點處的所關注之基因。
在某些實施例中,可將來自任何相關物種之AAV粒子引入細胞中,相關物種諸如但不限於人類、豬、狗、小鼠、大鼠或猴。
在某些實施例中,經調配AAV粒子可引入與待治療之疾病相關的細胞或組織中。在某些實施例中,可將經調配AAV粒子引入具有高水準之目標基因之內源性表現的細胞中。在另一實施例中,可將經調配AAV粒子引入具有低水準之目標基因之內源性表現的細胞中。在某些實施例中,細胞可為具有高AAV轉導效率之細胞。
在某些實施例中,包含編碼本發明之有效負載之核酸序列的經調配AAV粒子可用於將有效負載遞送至中樞神經系統(例如美國專利第6,180,613號;其關於與siRNA分子及AAV粒子之遞送及治療用途之內容以全文引用之方式併入本文中)。
在某些實施例中,包含編碼本發明之有效負載之核酸序列的經調配AAV粒子可進一步包含有包含來自非病毒來源之肽的經修飾之衣殼。在其他態樣中,AAV粒子可含有CNS特定嵌合衣殼以便於將經編碼siRNA雙螺旋體遞送至大腦及脊髓中。舉例而言,可進行來自展現CNS向性之AAV變異體之帽核苷酸序列的比對以鑑別可變區(VR)序列及結構。
在某些實施例中,本發明之包含用於siRNA分子之核酸序列的AAV粒子可經調配用於CNS遞送。可使用穿過腦血障之試劑。舉例而言,可將siRNA分子靶向腦血障壁內皮之一些細胞穿透肽可用於調配靶向所關注之基因之siRNA雙螺旋體。
在某些實施例中,包含編碼本發明之有效負載之核酸序列的經調配AAV粒子可直接投與至CNS。作為非限制性實例,載體包含編碼靶向所關注之基因之siRNA分子的核酸序列。作為非限制性實例,載體包含編碼靶向所關注之基因之多肽的核酸序列。
在某些實施例中,經調配AAV粒子可以治療有效量向個體(例如向個體之CNS)投與。 II. AAV生產 通用病毒生產方法
哺乳動物細胞及/或昆蟲細胞通常用作用於生產rAAV粒子之病毒生產細胞。在各種實施例中,本文所揭示之方法及系統採用昆蟲細胞,例如Sf9細胞。
使用哺乳動物或昆蟲細胞之AAV生產系統呈現一系列併發情況。仍需要在哺乳動物及昆蟲細胞中實現有效且高效地大規模(商業)生產rAAV粒子的方法及系統。
本發明之一或多個實施例之細節闡述於以下隨附說明書中。本發明之其他特徵、目標及優勢將自說明書、圖示及申請專利範圍顯而易見。在實施方式中,除非上下文另有明確規定,否則單數形式亦包括複數形式。除非另有定義,否則本文所用之所有技術及科學術語具有與本發明所屬領域之一般熟習此項技術者通常所理解相同之含義。在與以引用的方式併入之揭示內容有衝突的情況下,將以本說明書為準。
在某些實施例中,本發明之構築體、聚核苷酸、多肽、載體、血清型、衣殼調配物或粒子可為以下國際公開案中之一者中所描述之任何序列、元件、構築體、系統、目標或製程,可包含該序列、元件、構築體、系統、目標或製程,可由該序列、元件、構築體、系統、目標或製程修改,可由該序列、元件、構築體、系統、目標或製程使用,可用於該序列、元件、構築體、系統、目標或製程,可與該序列、元件、構築體、系統、目標或製程一起使用或可由該序列、元件、構築體、系統、目標或製程生產:WO2016073693、WO2017023724、WO2018232055、WO2016077687、WO2016077689、WO2018204786、WO2017201258、WO2017201248、WO2018204803、WO2018204797、WO2017189959、WO2017189963、WO2017189964、WO2015191508、WO2016094783、WO2016137949、WO2017075335;其內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。
本發明之AAV生產包含用於生產AAV粒子及病毒載體之製程及方法,該等AAV粒子及病毒載體可接觸目標細胞以遞送有效負載構築體(例如重組病毒構築體),該有效負載構築體包含編碼有效負載分子之核苷酸。在某些實施例中,病毒載體為腺相關病毒(AAV)載體,諸如重組腺相關病毒(rAAV)載體。在某些實施例中,AAV粒子為腺相關病毒(AAV)粒子,諸如重組腺相關病毒(rAAV)粒子。
本發明提供藉由以下生產AAV粒子或病毒載體之方法:(a)使病毒生產細胞與一或多種編碼至少一個AAV衣殼蛋白及/或至少一個AAV複製蛋白之病毒表現構築體及一或多種有效負載構築體載體接觸,其中該有效負載構築體載體包含編碼選自由轉殖基因、聚核苷酸編碼蛋白及調節核酸組成之群之有效負載分子的有效負載構築體;(b)在使得生產至少一種AAV粒子或病毒載體之條件下培養該病毒生產細胞,及(c)分離該至少一種AAV粒子或病毒載體。
在此等方法中,病毒表現構築體可編碼至少一種結構蛋白及/或至少一種非結構蛋白。結構蛋白可包含原生或野生型衣殼蛋白VP1、VP2及/或VP3或嵌合蛋白中之任一者。非結構蛋白可包含原生或野生型Rep78、Rep68、Rep52及/或Rep40蛋白或嵌合蛋白中之任一者。
在某些實施例中,如本文所揭示之rAAV生產方法包含瞬時轉染、病毒轉導及/或電穿孔。
在某些實施例中,病毒生產細胞係選自由哺乳動物細胞及昆蟲細胞組成之群。在某些實施例中,昆蟲細胞包含草地黏蟲昆蟲細胞。在某些實施例中,昆蟲細胞包含Sf9昆蟲細胞。在某些實施例中,昆蟲細胞包含Sf21昆蟲細胞。
本發明之有效負載構築體載體可包含至少一個反向末端重複序列(ITR)及可包含哺乳動物DNA。
亦提供根據本文所描述之方法產生之AAV粒子及病毒載體。
本發明之AAV粒子可調配為具有一或多種可接受之賦形劑的醫藥組合物。
在某些實施例中,AAV粒子或病毒載體可藉由本文所描述之方法產生。
在某些實施例中,AAV粒子可藉由使病毒生產細胞(例如昆蟲細胞)與至少一種編碼至少一種衣殼蛋白及至少一種AAV複製蛋白之病毒表現構築體以及至少一種有效負載構築體載體接觸來產生。在某些實施例中,可使用編碼至少一個衣殼蛋白及至少一個AAV複製蛋白之單獨的病毒表現構築體。病毒生產細胞可藉由瞬時轉染、病毒轉導及/或電穿孔接觸。有效負載構築體載體可包含編碼有效負載分子(諸如但不限於轉殖基因、聚核苷酸編碼蛋白及調節核酸)之有效負載構築體。病毒生產細胞可在使得生產、分離(例如使用溫度誘導之溶解、機械溶解及/或化學溶解)及/或純化(例如使用過濾、層析及/或免疫親和力純化)至少一種AAV粒子或病毒載體之條件下培養。作為非限制性實例,有效負載構築體載體可包含哺乳動物DNA。
在某些實施例中,使用本文所描述之方法在昆蟲細胞(例如草地黏蟲(Sf9)細胞)中產生AAV粒子。作為非限制性實例,使用可包含桿狀病毒轉導之病毒轉導來接觸昆蟲細胞。
在另一實施例中,使用本文所描述之方法在哺乳動物細胞中生產AAV粒子。作為非限制性實例,使用瞬時轉染來接觸哺乳動物細胞。
在某些實施例中,病毒表現構築體可編碼至少一種結構蛋白及至少一種非結構蛋白。作為非限制性實例,結構蛋白可包含VP1、VP2及/或VP3衣殼蛋白。作為另一非限制性實例,非結構蛋白可包含Rep78、Rep68、Rep52及/或Rep40複製蛋白。
在某些實施例中,本文所描述之AAV粒子生產方法在病毒生產細胞中生產大於10 1、大於10 2、大於10 3、大於10 4或大於10 5個AAV粒子。
在某些實施例中,本發明之方法包含使用病毒生產系統在病毒生產細胞中生產病毒粒子,該病毒生產系統包含至少一種病毒表現構築體及至少一種有效負載構築體。至少一種病毒表現構築體及至少一種有效負載構築體可共轉染(例如雙重轉染、三重轉染)至病毒生產細胞中。使用熟習此項技術者已知且常規進行之標準分子生物學技術來完成轉染。病毒生產細胞提供蛋白質表現所需之細胞機構及生產AAV粒子所需之其他生物材料,包含複製有效負載構築體之Rep蛋白及組裝以形成圍封複製之有效負載構築體之衣殼的Cap蛋白。自病毒生產細胞提取所得AAV粒子且加工成用於投與之醫藥製劑。
在某些實施例中,用於生產病毒粒子之方法利用病毒生產細胞之種子培養物,該等病毒生產細胞包含一或多種桿狀病毒(例如桿狀病毒表現載體(BEV)或經桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC),其已經病毒表現構築體(例如包含於表現Bac中)及有效負載構築體(例如包含於有效負載Bac中)轉染)。在某些實施例中,收穫種子培養物,將其分成等分試樣且冷凍,且可在稍後時間點使用以起始原生生產細胞群體之感染。
大規模生產AAV粒子可利用生物反應器。使用生物反應器實現精確量測及/或控制支持病毒生產細胞之生長及活性的變數,諸如質量、溫度、混合條件(葉輪RPM或波振盪)、CO 2濃度、O 2濃度、氣體噴射速率及體積、氣體覆蓋速率及體積、pH、活細胞密度(VCD)、細胞存活率、細胞直徑及/或光密度(OD)。在某些實施例中,生物反應器用於批量生產,其中整個培養物在以實驗方式確定之時間點收穫且AAV粒子經純化。在另一實施例中,生物反應器用於連續生產,其中一部分培養物在以實驗方式確定之時間點收穫以用於AAV粒子純化,且生物反應器中其餘的培養物用額外的生長培養基組分再新。
在某些實施例中,AAV病毒粒子可在包含細胞溶解、澄清、滅菌及純化之過程中自病毒生產細胞提取。細胞溶解包含破壞病毒生產細胞之結構,由此釋放AAV粒子之任何過程。在某些實施例中,細胞溶解可包含熱衝擊、化學或機械溶解方法。在一些實施例中,細胞溶解以化學方式進行。經溶解細胞之澄清可包含對經溶解細胞、培養基組分及AAV粒子之混合物進行總體純化。在某些實施例中,澄清包含離心及/或過濾,包含(但不限於):直向流(depth end)、切向流及/或中空纖維過濾。
病毒生產之最終結果為經純化AAV粒子集合,其包含兩種組分:(1)有效負載構築體(例如重組病毒基因體構築體)及(2)病毒衣殼。
在某些實施例中,本發明之病毒生產系統或製程包含使用病毒生產細胞(VPC)及質體構築體產生桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC)的步驟。來自細胞庫(CB)之病毒生產細胞(VPC)經解凍及擴增,得到目標工作體積及VPC濃度。將所得VPC池分成Rep/Cap VPC池及有效負載VPC池。將一或多個Rep/Cap質體構築體(病毒表現構築體)處理成Rep/Cap桿狀病毒穿梭載體聚核苷酸且轉染至Rep/Cap VPC池中。將一或多種有效負載質體構築體(有效負載構築體)處理成有效負載桿狀病毒穿梭載體聚核苷酸且轉染至有效負載VPC池中。培育兩個VPC池,以產生P1 Rep/Cap桿狀病毒表現載體(BEV)及P1有效負載BEV。將兩個BEV池擴增成空斑集合,其中選擇單一空斑用於純系空斑(CP)純化(亦稱為單一空斑擴增)。該方法可包含單一CP純化步驟或可包含連續或由其他處理步驟分開之多個CP純化步驟。一或多個CP純化步驟提供CP Rep/Cap BEV池及CP有效負載BEV池。此等兩個BEV池隨後可經儲存及用於未來的生產步驟,或其隨後可轉染至VPC中,以生產Rep/Cap BIIC池及有效負載BIIC池。
在某些實施例中,本發明之病毒生產系統或方法包含使用病毒生產細胞(VPC)及桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC)產生AAV粒子的步驟。來自細胞庫(CB)之病毒生產細胞(VPC)經解凍及擴增,得到目標工作體積及VPC濃度。此擴增可包括一或多個小體積擴增步驟直到工作體積為2000-5000 mL,隨後為於大規模生物反應器(例如Wave及/或N-1生物反應器)中的一或多個大體積擴增步驟直到工作體積為25-500 L。將工作體積之病毒生產細胞接種至生產用生物反應器中,且可進一步擴增為具有用於BIIC感染之目標VPC濃度的200-2500 L工作體積。
生產用生物反應器中之工作體積的VPC接著例如以目標VPC:BIIC比及目標BIIC:BIIC比用Rep/Cap BIIC及有效負載BIIC共感染。VCD感染亦可利用BEV。將共感染之VPC在生產用生物反應器中培育及擴增,以產生批量收穫之AAV粒子及VPC。
在某些實施例中,本發明之病毒生產系統或方法包含藉由處理、澄清及純化批量收穫之AAV粒子及病毒生產細胞來生產原料藥的步驟。經由細胞破壞及溶解(例如,化學溶解及/或機械溶解),之後核酸酶處理溶解池,藉此生產粗溶解物池,來處理批量收穫之AAV粒子及VPC (於生產用生物反應器內)。經由一或多個過濾及澄清步驟(包含深層過濾及/或微濾)處理粗溶解物池,以提供澄清溶解物池。澄清的溶解物池經由連續或交替之一或多個層析及純化步驟(包含一或多個親和層析(AFC)步驟及一或多個離子交換層析(AEX或CEX)步驟)處理,得到純化產物池。隨後視情況經由奈米過濾及隨後經由切向流過濾(TFF)處理經純化產物池。TFF方法包含連續或交替之一或多個透濾(DF)步驟及一或多個超濾(UF)步驟。產物池經由病毒保留過濾(VRF)及另一過濾步驟進一步處理,以提供原料藥池。原料藥池可進一步過濾,接著等分至小瓶中以用於儲存及處理。 病毒 例如 AAV 表現構築體
本發明之病毒生產系統包含一或多種病毒表現構築體,其可經轉染/轉導至病毒生產細胞(例如Sf9)中。在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體或有效負載構築體可為桿狀病毒穿梭載體,亦稱為桿狀病毒質體或重組桿狀病毒基因體。在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體可為桿狀病毒表現載體(BEV)。在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體可為包括BEV之BIIC。病毒生產細胞(例如Sf9細胞)可用表現Bac及/或用包含表現Bac之BIIC轉染。
在某些實施例中,病毒表現區包含蛋白質編碼核苷酸序列及至少一個用於在病毒生產細胞中表現之表現控制序列。在某些實施例中,病毒表現區包含蛋白質編碼核苷酸序列,其以可操作方式連接於至少一個用於在病毒生產細胞中表現之表現控制序列。在某些實施例中,病毒表現構築體含有在一或多個啟動子控制下之細小病毒基因。細小病毒基因可包含編碼非結構AAV複製蛋白之核苷酸序列,諸如編碼Rep52、Rep40、Rep68或Rep78蛋白之Rep基因,例如Rep78與Rep52之組合。細小病毒基因可包含編碼結構AAV蛋白之核苷酸序列,諸如編碼VP1、VP2及VP3蛋白之Cap基因。
本發明之病毒生產系統不受用於將細小病毒功能引入病毒複製細胞中之病毒表現載體的限制。病毒表現構築體於病毒複製細胞中之存在不必為永久的。病毒表現構築體可藉由任何已知方式引入,例如藉由細胞化學處理、電穿孔或感染。
本發明之病毒表現構築體可包含任何化合物或調配物、生物或化學物質,其便於細胞經核酸轉化、轉染或轉導。例示性生物病毒表現構築體包含質體、線性核酸分子及重組病毒,包含桿狀病毒。例示性化學載體包含脂質複合物。病毒表現構築體用於將核酸序列併入根據本發明之病毒複製細胞中。(O'Reilly, David R., Lois K. Miller及Verne A. Luckow. Baculovirus expression vectors: a laboratory manual. Oxford University Press, 1994.);Maniatis等人編. Molecular Cloning. CSH Laboratory, NY, N.Y. (1982);及Philiport及Scluber編. Liposomes as tools in Basic Research and Industry. CRC Press, Ann Arbor, Mich. (1995),其關於病毒表現構築體及其用途之內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。
在某些實施例中,病毒表現構築體為AAV表現構築體,其包含一或多個編碼非結構AAV複製蛋白、結構AAV衣殼蛋白或其組合之核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現區為包含一或多個編碼非結構AAV複製蛋白、結構AAV衣殼蛋白或其組合之核苷酸序列的表現構築體之AAV表現區。
在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體可為質體載體。在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體可為桿狀病毒構築體。
本發明不受限於用於生產AAV粒子或病毒載體之病毒表現構築體的數目。在某些實施例中,一個、兩個、三個、四個、五個、六個或更多個病毒表現構築體可用於在根據本發明之病毒生產細胞中產生AAV粒子。在一個非限制性實例中,五個表現構築體可個別地編碼AAV VP1、AAV VP2、AAV VP3、Rep52、Rep78,且其中伴隨的有效負載構築體包含有效負載聚核苷酸,及至少一個AAV ITR。在另一實施例中,表現構築體可用於表現例如Rep52及Rep40,或Rep78及Rep 68。表現構築體可包含VP1、VP2、VP3、Rep52/Rep40及Rep78/Rep68編碼序列之任何組合。
在本發明之某些實施例中,病毒表現構築體可用於在昆蟲細胞中產生AAV粒子。在某些實施例中,可對衣殼及/或rep基因之野生型AAV序列進行修飾,例如以改善病毒粒子之屬性,諸如增加感染性或特異性,或提高產量。
在某些實施例中,病毒表現構築體可編碼具有併入之Gly-Ala重複區之細小病毒衣殼的組分,該重複區可充當免疫逃避序列,如美國專利申請案20110171262中所描述,該申請案關於細小病毒衣殼蛋白之內容以全文引用之方式併入本文中。
在本發明之某些實施例中,病毒表現構築體可用於在昆蟲細胞中生產AAV粒子。在某些實施例中,可對衣殼及/或rep基因之野生型AAV序列進行修飾,例如以改善病毒粒子之屬性,諸如增強感染性或特異性,或提高來自昆蟲細胞之產量。 VP編碼區
在某些實施例中,病毒表現構築體可包含VP編碼區;VP編碼區為包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列的核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體可包含VP1編碼區;VP1編碼區為包含編碼VP1蛋白之VP1核苷酸序列的核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體可包含VP2編碼區;VP2編碼區為包含編碼VP2蛋白之VP2核苷酸序列的核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體可包含VP3編碼區;VP3編碼區為包含編碼VP3蛋白之VP3核苷酸序列的核苷酸序列。
在某些實施例中,VP編碼區編碼特定AAV血清型之一或多種AAV衣殼蛋白。VP編碼區之AAV血清型可相同或不同。在某些實施例中,VP編碼區可經密碼子最佳化。在某些實施例中,VP編碼區或核苷酸序列可針對哺乳動物細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,VP編碼區或核苷酸序列可針對昆蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,VP編碼區或核苷酸序列可針對草地黏蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,VP編碼區或核苷酸序列可針對Sf9或Sf21細胞株經密碼子最佳化。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含第一VP編碼區,其包含編碼一或多種選自VP1、VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼一或多種選自VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼VP1、VP2及VP3 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含僅編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白而非VP1之核苷酸序列。
在某些實施例中,核酸構築體包含第二VP編碼區,其包含編碼一或多種選自VP1、VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列。在某些實施例中,第二VP編碼區包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第二VP編碼區包含僅編碼VP1 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第二VP編碼區包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白而非VP2或VP3之核苷酸序列。
在某些實施例中,病毒表現構築體為經工程改造之核酸構築體。在某些實施例中,病毒表現構築體包含第一核苷酸序列,其包含第一VP編碼區及第二VP編碼區。在某些實施例中,第一核苷酸序列包含第一開放閱讀框架(ORF),其包含第一VP編碼區,及第二開放閱讀框架(ORF),其包含第二VP編碼區。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含第一核苷酸序列,其包含第一VP編碼區,及第二核苷酸序列,其包含第二VP編碼區。在某些實施例中,第一核苷酸序列包含第一開放閱讀框架(ORF),其包含第一VP編碼區,且第二核苷酸序列包含第二開放閱讀框架(ORF),其包含第二VP編碼區。在某些實施例中,第一開放閱讀框架不同於第二開放閱讀框架。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含第一VP編碼區,其包含編碼一或多種選自VP1、VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列;及第二VP編碼區,其包含編碼一或多種選自VP1、VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼VP1、VP2及VP3 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列;且第二VP編碼區包含僅編碼VP1 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼VP1、VP2及VP3 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列;且第二VP編碼區包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白而非VP2或VP3之核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含僅編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列;且第二VP編碼區包含僅編碼VP1 AAV衣殼蛋白之核苷酸序列。在某些實施例中,第一VP編碼區包含編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白但並非VP1之核苷酸序列;及第二VP編碼區,其包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白但並非VP2或VP3之核苷酸序列。
在某些實施例中,第一VP編碼區編碼AAV血清型,例如AAV2、AAV9或AAVPHPN之AAV衣殼蛋白。在某些實施例中,第二VP編碼區編碼AAV血清型,例如AAV2、AAV9或AAVPHPN之AAV衣殼蛋白。在某些實施例中,第一VP編碼區之AAV血清型與第二VP編碼區之AAV血清型相同。在某些實施例中,第一VP編碼區之AAV血清型與第二VP編碼區之AAV血清型不同。在某些實施例中,VP編碼區可針對昆蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,VP編碼區可針對草地黏蟲細胞經密碼子最佳化。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含:(i)第一核苷酸序列,該第一核苷酸序列包含第一表現控制區,其包含第一啟動子序列,及第一VP編碼區,其包含編碼一或多種選自VP1、VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列;及(ii)第二核苷酸序列,該第二核苷酸序列包含第二表現控制區,其包含第二啟動子序列,及第二VP編碼區,其包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白但並非VP2或VP3之核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體包含:(i)第一核苷酸序列,該第一核苷酸序列包含第一表現控制區,其包含第一啟動子序列,及第一VP編碼區,其包含編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白但並非VP1之核苷酸序列;及(ii)第二核苷酸序列,該第二核苷酸序列包含第二表現控制區,其包含第二啟動子序列,及第二VP編碼區,其包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白但並非VP2或VP3之核苷酸序列。在某些實施例中,第二VP編碼區之核苷酸序列經密碼子最佳化。在某些實施例中,第二VP編碼區之核苷酸序列針對昆蟲細胞,或更特定言之,針對草地黏蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,第二VP編碼區之核苷酸序列經密碼子最佳化,以與參考核苷酸序列具有小於100%、小於90%或小於80%之核苷酸同源性。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含:(i)第一核苷酸序列,該第一核苷酸序列包含第一表現控制區,其包含第一啟動子序列;第一起始密碼子區,其包含第一起始密碼子;第一VP編碼區,其包含編碼一或多種選自VP1、VP2及VP3之AAV衣殼蛋白的核苷酸序列;及第一終止密碼子區,其包含第一終止密碼子;及(ii)第二核苷酸序列,該第二核苷酸序列包含第二表現控制區,其包含第二啟動子序列;第二起始密碼子區,其包含第二起始密碼子;第二VP編碼區,其包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白但並非VP2或VP3之核苷酸序列;及第二終止密碼子區,其包含第二終止密碼子。在某些實施例中,核酸構築體包含:(i)第一核苷酸序列,該第一核苷酸序列包含第一表現控制區,其包含第一啟動子序列;第一起始密碼子區,其包含第一起始密碼子;第一VP編碼區,其包含編碼VP2及VP3 AAV衣殼蛋白但並非VP1之核苷酸序列;及第一終止密碼子區,其包含第一終止密碼子;及(ii)第二核苷酸序列,該第二核苷酸序列包含第二表現控制區,其包含第二啟動子序列;第二起始密碼子區,其包含第二起始密碼子;第二VP編碼區,其包含編碼VP1 AAV衣殼蛋白但並非VP2或VP3之核苷酸序列;及第二終止密碼子區,其包含第二終止密碼子。在某些實施例中,第一起始密碼子為ATG,第二起始密碼子為ATG,或第一及第二起始密碼子兩者均為ATG。
在某些實施例中,編碼VP1衣殼蛋白之核苷酸序列可經密碼子最佳化。在某些實施例中,編碼VP1衣殼蛋白之核苷酸序列可針對昆蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,編碼VP2衣殼蛋白之核苷酸序列可經密碼子最佳化。在某些實施例中,編碼VP2衣殼蛋白之核苷酸序列可針對昆蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,編碼VP3衣殼蛋白之核苷酸序列可經密碼子最佳化。在某些實施例中,編碼VP3衣殼蛋白之核苷酸序列可針對昆蟲細胞經密碼子最佳化。
在某些實施例中,編碼VP1衣殼蛋白之核苷酸序列可經密碼子最佳化以與參考核苷酸序列具有小於100%之核苷酸同源性。在某些實施例中,經密碼子最佳化之VP1核苷酸序列與參考VP1核苷酸序列之間的核苷酸同源性小於100%、小於99%、小於98%、小於97%、小於96%、小於95%、小於94%、小於93%、小於92%、小於91%、小於90%、小於89%、小於88%、小於87%、小於86%、小於85%、小於84%、小於83%、小於82%、小於81%、小於80%、小於78%、小於76%、小於74%、小於72%、小於70%、小於68%、小於66%、小於64%、小於62%、小於60%、小於55%、小於50%及小於40%。
在某些實施例中,編碼VP2衣殼蛋白之核苷酸序列可經密碼子最佳化以與參考核苷酸序列具有小於100%之核苷酸同源性。在某些實施例中,經密碼子最佳化之VP1核苷酸序列與參考VP1核苷酸序列之間的核苷酸同源性小於100%、小於99%、小於98%、小於97%、小於96%、小於95%、小於94%、小於93%、小於92%、小於91%、小於90%、小於89%、小於88%、小於87%、小於86%、小於85%、小於84%、小於83%、小於82%、小於81%、小於80%、小於78%、小於76%、小於74%、小於72%、小於70%、小於68%、小於66%、小於64%、小於62%、小於60%、小於55%、小於50%及小於40%。
在某些實施例中,編碼VP3衣殼蛋白之核苷酸序列可經密碼子最佳化以與參考核苷酸序列具有小於100%之核苷酸同源性。在某些實施例中,經密碼子最佳化之VP1核苷酸序列與參考VP1核苷酸序列之間的核苷酸同源性小於100%、小於99%、小於98%、小於97%、小於96%、小於95%、小於94%、小於93%、小於92%、小於91%、小於90%、小於89%、小於88%、小於87%、小於86%、小於85%、小於84%、小於83%、小於82%、小於81%、小於80%、小於78%、小於76%、小於74%、小於72%、小於70%、小於68%、小於66%、小於64%、小於62%、小於60%、小於55%、小於50%及小於40%。
病毒表現構築體之結構VP蛋白VP1、VP2及VP3可在單一開放閱讀框架中編碼,該單一開放閱讀框架藉由利用替代剪接受體及非典型轉譯起始密碼子來調控。VP1、VP2及VP3可自單一轉錄物轉錄及轉譯,其中框內及/或框外起始密碼子均經工程改造以控制由核苷酸轉錄物產生之VP1:VP2:VP3比。
在某些實施例中,VP1可由僅編碼VP1之序列產生。如本文所用,術語「僅針對VP1」或「僅VP1」係指相對於非VP1衣殼蛋白(例如VP2衣殼蛋白或VP3衣殼蛋白)主要編碼VP1衣殼蛋白之核苷酸序列或轉錄物。在一些實施例中,核苷酸序列或轉錄物:(i)缺乏VP1序列內之必要元件,使得VP2及VP3作為完整或部分序列自VP1序列之轉錄或轉譯減少或抑制(例如,VP2或VP3序列上游之VP1序列內的一或多個起始密碼子中之缺失或突變);(ii)在VP1序列內包含外源性核酸序列或結構(例如一或多個額外密碼子),其防止VP2及VP3自同一序列轉錄或轉譯;及/或(iii)包含VP1之起始密碼子(例如ATG),使得VP1為由核苷酸轉錄物產生之初級VP蛋白。
在某些實施例中,VP2可由僅編碼VP2之序列產生。如本文所用,術語「僅針對VP2」或「僅VP2」係指相對於非VP2衣殼蛋白(例如VP1衣殼蛋白或VP3衣殼蛋白)主要編碼VP2衣殼蛋白之核苷酸序列或轉錄物。在一些實施例中,核苷酸序列或轉錄物:(i)為僅編碼VP2衣殼蛋白之全VP衣殼序列(例如全VP1衣殼序列)的經截短變異體;(ii)缺乏VP2序列內之必要元件,使得VP3作為完整或部分序列自VP2序列之轉錄或轉譯減少或抑制(例如,VP3序列上游之VP2序列內的一或多個起始密碼子中之缺失或突變);(iii)在VP2序列內包含外源性核酸序列或結構(例如一或多個額外密碼子),其防止VP3自同一序列轉錄或轉譯;及/或(iv)包含VP2之起始密碼子(例如ATG),使得VP2為由核苷酸轉錄物產生之初級VP蛋白。
在某些實施例中,VP1及VP2可由僅編碼VP1及VP2之序列產生。如本文所用,術語「僅針對VP1及VP2」或「僅VP1及VP2」係指相對於非VP1/VP2衣殼蛋白(例如VP3衣殼蛋白)主要編碼VP1及VP2衣殼蛋白之核苷酸序列或轉錄物。在一些實施例中,核苷酸序列或轉錄物:(i)缺乏VP1及/或VP2序列內之必要元件,使得VP3作為完整或部分序列自VP1/VP2序列之轉錄或轉譯減少或抑制(例如,VP3序列上游之VP1/VP2序列內的一或多個起始密碼子中之缺失或突變);(ii)在VP1/VP2序列內包含外源性核酸序列或結構(例如一或多個額外密碼子),其防止VP3自同一序列轉錄或轉譯;(iii)包含VP1(例如ATG)及/或VP2(例如ATG)之起始密碼子,使得VP1及VP2為由核苷酸轉錄物產生之初級VP蛋白;及/或(iv)包含由連接子(諸如IRES區)連接之僅VP1核苷酸轉錄物及僅VP2核苷酸轉錄物。
在某些實施例中,VP3可由僅編碼VP3之序列產生。如本文所用,術語「僅針對VP3」或「僅VP3」係指相對於非VP3衣殼蛋白(例如VP1衣殼蛋白或VP2衣殼蛋白)僅編碼VP3衣殼蛋白之核苷酸序列或轉錄物。在一些實施例中,核苷酸序列或轉錄物:(i)為僅編碼VP3衣殼蛋白之全VP衣殼序列(例如,全VP1衣殼序列)之經截短變異體;及/或(ii)包含VP3之起始密碼子(例如ATG),使得VP3為由核苷酸轉錄物產生之唯一VP蛋白。
在某些實施例中,病毒表現構築體可含有包含起始密碼子區之核苷酸序列,諸如編碼包含一或多個起始密碼子區之AAV衣殼蛋白的序列。在某些實施例中,起始密碼子區可在表現控制序列內。起始密碼子可為ATG或非ATG密碼子(亦即,次佳起始密碼子,其中AAV VP1衣殼蛋白之起始密碼子為非ATG)。在某些實施例中,用於AAV生產之病毒表現構築體可含有編碼AAV衣殼蛋白之核苷酸序列,其中AAV VP1衣殼蛋白之起始密碼子為非ATG,亦即次佳起始密碼子,其使得在生產系統中表現經修改比率之病毒衣殼蛋白,以提供經改善之宿主細胞感染性。在非限制性實例中,病毒構築體載體可含有核酸構築體,其包含編碼AAV VP1、VP2及VP3衣殼蛋白之核苷酸序列,其中用於轉譯AAV VP1衣殼蛋白之起始密碼子為CTG、TTG或GTG,如美國專利第US 8,163,543號中所描述,該專利關於AAV衣殼蛋白及其生產之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,本文所描述之AAV表現構築體包含VP編碼區。在一些實施例中,VP編碼區包含編碼以下之核苷酸序列:(i)相對於VP2蛋白及/或VP3蛋白主要編碼VP1蛋白,例如至少50%、60%、70%、80%、90%、或更多VP1蛋白;(ii)僅編碼VP1蛋白;(iii)編碼VP1蛋白但並非VP2蛋白或VP3蛋白;(iv)相對於VP1蛋白及/或VP3蛋白主要編碼VP2蛋白,例如至少約50%、60%、70%、80%、90%、或更多VP2蛋白;(v)僅編碼VP2蛋白;(vi)編碼VP2蛋白但並非VP1蛋白或VP3蛋白;(vii)僅編碼VP3蛋白;(viii)編碼VP3蛋白但並非VP1蛋白或VP2蛋白;(ix)編碼VP1蛋白及VP2蛋白但並非VP3蛋白;(x)編碼VP1蛋白及VP3蛋白但並非VP2蛋白;(xi)編碼VP2蛋白及VP3蛋白但並非VP1蛋白;(xii)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白。
在一些實施例中,VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼VP2蛋白之核苷酸序列及編碼VP3蛋白之核苷酸序列包含於編碼VP1蛋白之核苷酸序列內。在一些實施例中,VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF。在一些實施例中,編碼VP1蛋白之ORF包含ACG起始密碼子,編碼VP2蛋白之ORF包含ACG起始密碼子,且編碼VP3蛋白之ORF包含ATG起始密碼子。在一些實施例中,編碼VP1蛋白之ORF包含ATG起始密碼子,編碼VP2蛋白之ORF包含ACG起始密碼子,且編碼VP3蛋白之ORF包含ATG起始密碼子。
在一些實施例中,VP編碼區編碼AAV1衣殼蛋白、AAV2衣殼蛋白、AAV3衣殼蛋白、AAV4衣殼蛋白、AAV5衣殼蛋白、AAV6衣殼蛋白、AAV8衣殼蛋白、AAV9衣殼蛋白、AAVrh10衣殼蛋白或任何前述衣殼蛋白之變異體。在一些實施例中,VP編碼區編碼AAV5衣殼蛋白或其變異體,或AAV9衣殼蛋白或其變異體。在一些實施例中,VP編碼區編碼如WO2021230987、WO2019028306、WO2019222329、WO2020077165、WO2020028751、WO2020223280、WO2019222444、WO2019222441或WO2017100671中所提供之衣殼蛋白,該等文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,VP編碼區編碼衣殼蛋白,該衣殼蛋白由表7中所提供之序列或與前述序列中之任一者實質上一致(例如具有至少約70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)的序列編碼或包含該序列。
在一些實施例中,VP編碼區編碼VP1蛋白,其包含SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之胺基酸序列或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。在一些實施例中,VP編碼區包含SEQ ID NO: 43-45、49-51、57-59、62、63、65、67、69、72、169或205-213中之任一者的核苷酸序列或與前述核苷酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。
在一些實施例中,VP編碼區編碼VP2蛋白,例如SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之片段或部分,或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。在一些實施例中,VP2蛋白包含SEQ ID NO: 71或46-48之胺基酸138-736;SEQ ID NO: 52、53、54、56、60、61、64、66、68之胺基酸138-743;或SEQ ID NO: 168之胺基酸137-724。在一些實施例中,VP編碼區包含編碼VP2蛋白之核苷酸序列,例如SEQ ID NO: 43-45、49-51、57-59、62、63、65、67、69、72、169或205-213中之任一者之片段或部分,或與前述核苷酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。在一些實施例中,VP2蛋白包含SEQ ID NO: 43-45、72、205或212之核苷酸412-2211;SEQ ID NO: 49-51、57-59、62、63、65、67、69、72或206-211之核苷酸412-2232;或SEQ ID NO: 169或213之核苷酸409-2175。
在一些實施例中,VP編碼區編碼VP3蛋白,例如SEQ ID NO: 46、47、48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之片段或部分,或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列。在一些實施例中,VP3蛋白包含SEQ ID NO: 71或46-48之胺基酸203-736;SEQ ID NO: 52、53、54、56、60、61、64、66、68之胺基酸203-743;或SEQ ID NO: 168之胺基酸193-724。在一些實施例中,VP編碼區包含編碼VP3蛋白之核苷酸序列,例如SEQ ID NO: 43-45、49-51、57-59、62、63、65、67、69、72、169或205-213中之任一者之片段或部分,或與前述核苷酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。在一些實施例中,VP3蛋白包含SEQ ID NO: 43-45、72、205或212之核苷酸607-2211;SEQ ID NO: 49-51、57-59、62、63、65、67、69、72或206-211之核苷酸607-2232;或SEQ ID NO: 169或213之核苷酸577-2175。
在一些實施例中,VP編碼區之核苷酸序列針對昆蟲細胞,視情況草地黏蟲昆蟲細胞(例如Sf9昆蟲細胞)經密碼子最佳化。 表7:例示性全長衣殼序列
描述 SEQ ID NO: 序列
AAV9 (DNA v1) 43 ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCCCAAGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9 (DNA v2) 205 ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCCCAAGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9 (DNA,其VP1aug13修飾之科紮克加下劃線) 44 cggtgtatggc TGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCCCAAGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9 (DNA,其VP1aug14修飾之科紮克加下劃線) 45 cggtgtatgag TGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCCCAAGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9 (胺基酸) 46 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9 (胺基酸) 47 MSADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v1 48 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v2 (DNA v1) 49 ATGGCTGCCGATGGTTATCTTCCAGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGATGGGACTTTGGCGGTGCCTTTTAAGGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v2 (DNA v2) 206 ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGATGGGACTTTGGCGGTGCCTTTTAAGGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v2 (DNA,其VP1aug13修飾之科紮克加下劃線) 50 cggtgtatggc TGCCGAcGGTTATCTaCCcGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGATGGGACTTTGGCGGTGCCTTTTAAGGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v2 (DNA,其VP1aug14修飾之科紮克加下劃線) 51 cggtgtatgag TGCCGAcGGTTATCTaCCcGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGATGGGACTTTGGCGGTGCCTTTTAAGGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v2 (胺基酸) 52 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSDGTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v2 (胺基酸) 53 MSADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSDGTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v3 (DNA)    ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAGGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGATGGGACTTTGGCGGTGCCTTTTAAGGCACAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCGGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGCTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v3 (胺基酸) 54 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSDGTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v4 (胺基酸) 56 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSDGTLAVPFKAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v5 (DNA v1) 57 atggctgccgatggttatcttccagattggctcgaggacaaccttagtgaaggaattcgcgagtggtgggctttgaaacctggagcccctcaacccaaggcaaatcaacaacatcaagacaacgctcgaggtcttgtgcttccgggttacaaataccttggacccggcaacggactcgacaagggggagccggtcaacgcagcagacgcggcggccctcgagcacgacaaggcctacgaccagcagctcaaggccggagacaacccgtacctcaagtacaaccacgccgacgccgagttccaggagcggctcaaagaagatacgtcttttgggggcaacctcgggcgagcagtcttccaggccaaaaagaggcttcttgaacctcttggtctggttgaggaagcggctaagacggctcctggaaagaagaggcctgtagagcagtctcctcaggaaccggactcctccgcgggtattggcaaatcgggtgcacagcccgctaaaaagagactcaatttcggtcagactggcgacacagagtcagtcccagaccctcaaccaatcggagaacctcccgcagccccctcaggtgtgggatctcttacaatggcttcaggtggtggcgcaccagtggcagacaataacgaaggtgccgatggagtgggtagttcctcgggaaattggcattgcgattcccaatggctgggggacagagtcatcaccaccagcacccgaacctgggccctgcccacctacaacaatcacctctacaagcaaatctccaacagcacatctggaggatcttcaaatgacaacgcctacttcggctacagcaccccctgggggtattttgacttcaacagattccactgccacttctcaccacgtgactggcagcgactcatcaacaacaactggggattccggcctaagcgactcaacttcaagctcttcaacattcaggtcaaagaggttacggacaacaatggagtcaagaccatcgccaataaccttaccagcacggtccaggtcttcacggactcagactatcagctcccgtacgtgctcgggtcggctcacgagggctgcctcccgccgttcccagcggacgttttcatgattcctcagtacgggtatctgacgcttaatgatggaagccaggccgtgggtcgttcgtccttttactgcctggaatatttcccgtcgcaaatgctaagaacgggtaacaacttccagttcagctacgagtttgagaacgtacctttccatagcagctacgctcacagccaaagcctggaccgactaatgaatccactcatcgaccaatacttgtactatctctcaaagactattaacggttctggacagaatcaacaaacgctaaaattcagtgtggccggacccagcaacatggctgtccagggaagaaactacatacctggacccagctaccgacaacaacgtgtctcaaccactgtgactcaaaacaacaacagcgaatttgcttggcctggagcttcttcttgggctctcaatggacgtaatagcttgatgaatcctggacctgctatggccagccacaaagaaggagaggaccgtttctttcctttgtctggatctttaatttttggcaaacaaggaactggaagagacaacgtggatgcggacaaagtcatgataaccaacgaagaagaaattaaaactactaacccggtagcaacggagtcctatggacaagtggccacaaaccaccagagtccgcttaatggtgccgtccatctttatgctcaggcgcagaccggctgggttcaaaaccaaggaatacttccgggtatggtttggcaggacagagatgtgtacctgcaaggacccatttgggccaaaattcctcacacggacggcaactttcacccttctccgctgatgggagggtttggaatgaagcacccgcctcctcagatcctcatcaaaaacacacctgtacctgcCgatcctccaacggccttcaacaaggacaagctgaactctttcatcacccagtattctactggccaagtcagcgtggagatcgagtgggagctgcagaaggaaaacagcaagcgGtggaacccggagatccagtacacttccaactattacaagtctaataatgttgaatttgctgttaatactgaaggtgtatatagtgaaccccgccccattggcaccagatacctgactcgtaatctgtaa
AAV9.v5 (DNA v2) 207 ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTCCGCTTAATGGTGCCGTCCATCTTTATGCTCAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCCGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGGTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v5 (DNA,其VP1aug13修飾之科紮克加下劃線) 58 cggtgtatggc TGCCGAcGGTTATCTaCCcGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGgccacaaaccaccagagtCCGCTTAATGGTGCCGTCCATCTTTATGCTCAGGCGCAGaccggctggGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCcGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGgTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v5 (DNA,其VP1aug14修飾之科紮克加下劃線) 59 cggtgtatgag TGCCGAcGGTTATCTaCCcGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGgccacaaaccaccagagtCCGCTTAATGGTGCCGTCCATCTTTATGCTCAGGCGCAGaccggctggGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCcGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGgTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v5 (胺基酸) 60 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSPLNGAVHLYAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v5 (胺基酸) 61 MSADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSPLNGAVHLYAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV9.v6 (DNA v1) 62 atggctgccgatggttatcttccagattggctcgaggacaaccttagtgaaggaattcgcgagtggtgggctttgaaacctggagcccctcaacccaaggcaaatcaacaacatcaagacaacgctcgaggtcttgtgcttccgggttacaaataccttggacccggcaacggactcgacaagggggagccggtcaacgcagcagacgcggcggccctcgagcacgacaaggcctacgaccagcagctcaaggccggagacaacccgtacctcaagtacaaccacgccgacgccgagttccaggagcggctcaaagaagatacgtcttttgggggcaacctcgggcgagcagtcttccaggccaaaaagaggcttcttgaacctcttggtctggttgaggaagcggctaagacggctcctggaaagaagaggcctgtagagcagtctcctcaggaaccggactcctccgcgggtattggcaaatcgggtgcacagcccgctaaaaagagactcaatttcggtcagactggcgacacagagtcagtcccagaccctcaaccaatcggagaacctcccgcagccccctcaggtgtgggatctcttacaatggcttcaggtggtggcgcaccagtggcagacaataacgaaggtgccgatggagtgggtagttcctcgggaaattggcattgcgattcccaatggctgggggacagagtcatcaccaccagcacccgaacctgggccctgcccacctacaacaatcacctctacaagcaaatctccaacagcacatctggaggatcttcaaatgacaacgcctacttcggctacagcaccccctgggggtattttgacttcaacagattccactgccacttctcaccacgtgactggcagcgactcatcaacaacaactggggattccggcctaagcgactcaacttcaagctcttcaacattcaggtcaaagaggttacggacaacaatggagtcaagaccatcgccaataaccttaccagcacggtccaggtcttcacggactcagactatcagctcccgtacgtgctcgggtcggctcacgagggctgcctcccgccgttcccagcggacgttttcatgattcctcagtacgggtatctgacgcttaatgatggaagccaggccgtgggtcgttcgtccttttactgcctggaatatttcccgtcgcaaatgctaagaacgggtaacaacttccagttcagctacgagtttgagaacgtacctttccatagcagctacgctcacagccaaagcctggaccgactaatgaatccactcatcgaccaatacttgtactatctctcaaagactattaacggttctggacagaatcaacaaacgctaaaattcagtgtggccggacccagcaacatggctgtccagggaagaaactacatacctggacccagctaccgacaacaacgtgtctcaaccactgtgactcaaaacaacaacagcgaatttgcttggcctggagcttcttcttgggctctcaatggacgtaatagcttgatgaatcctggacctgctatggccagccacaaagaaggagaggaccgtttctttcctttgtctggatctttaatttttggcaaacaaggaactggaagagacaacgtggatgcggacaaagtcatgataaccaacgaagaagaaattaaaactactaacccggtagcaacggagtcctatggacaagtggccacaaaccaccagagtgcacaggctcgtgattctccgaagggttggcaggcgcagaccggctgggttcaaaaccaaggaatacttccgggtatggtttggcaggacagagatgtgtacctgcaaggacccatttgggccaaaattcctcacacggacggcaactttcacccttctccgctgatgggagggtttggaatgaagcacccgcctcctcagatcctcatcaaaaacacacctgtacctgcCgatcctccaacggccttcaacaaggacaagctgaactctttcatcacccagtattctactggccaagtcagcgtggagatcgagtgggagctgcagaaggaaaacagcaagcgGtggaacccggagatccagtacacttccaactattacaagtctaataatgttgaatttgctgttaatactgaaggtgtatatagtgaaccccgccccattggcaccagatacctgactcgtaatctgtaa
AAV9.v6 (DNA v2) 208 ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCACAGGCTCGTGATTCTCCGAAGGGTTGGCAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCCGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGGTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
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AAV9.v6 (胺基酸) 64 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQARDSPKGWQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
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AAV9.v9 (DNA v1) 69 atggctgccgatggttatcttccagattggctcgaggacaaccttagtgaaggaattcgcgagtggtgggctttgaaacctggagcccctcaacccaaggcaaatcaacaacatcaagacaacgctcgaggtcttgtgcttccgggttacaaataccttggacccggcaacggactcgacaagggggagccggtcaacgcagcagacgcggcggccctcgagcacgacaaggcctacgaccagcagctcaaggccggagacaacccgtacctcaagtacaaccacgccgacgccgagttccaggagcggctcaaagaagatacgtcttttgggggcaacctcgggcgagcagtcttccaggccaaaaagaggcttcttgaacctcttggtctggttgaggaagcggctaagacggctcctggaaagaagaggcctgtagagcagtctcctcaggaaccggactcctccgcgggtattggcaaatcgggtgcacagcccgctaaaaagagactcaatttcggtcagactggcgacacagagtcagtcccagaccctcaaccaatcggagaacctcccgcagccccctcaggtgtgggatctcttacaatggcttcaggtggtggcgcaccagtggcagacaataacgaaggtgccgatggagtgggtagttcctcgggaaattggcattgcgattcccaatggctgggggacagagtcatcaccaccagcacccgaacctgggccctgcccacctacaacaatcacctctacaagcaaatctccaacagcacatctggaggatcttcaaatgacaacgcctacttcggctacagcaccccctgggggtattttgacttcaacagattccactgccacttctcaccacgtgactggcagcgactcatcaacaacaactggggattccggcctaagcgactcaacttcaagctcttcaacattcaggtcaaagaggttacggacaacaatggagtcaagaccatcgccaataaccttaccagcacggtccaggtcttcacggactcagactatcagctcccgtacgtgctcgggtcggctcacgagggctgcctcccgccgttcccagcggacgttttcatgattcctcagtacgggtatctgacgcttaatgatggaagccaggccgtgggtcgttcgtccttttactgcctggaatatttcccgtcgcaaatgctaagaacgggtaacaacttccagttcagctacgagtttgagaacgtacctttccatagcagctacgctcacagccaaagcctggaccgactaatgaatccactcatcgaccaatacttgtactatctctcaaagactattaacggttctggacagaatcaacaaacgctaaaattcagtgtggccggacccagcaacatggctgtccagggaagaaactacatacctggacccagctaccgacaacaacgtgtctcaaccactgtgactcaaaacaacaacagcgaatttgcttggcctggagcttcttcttgggctctcaatggacgtaatagcttgatgaatcctggacctgctatggccagccacaaagaaggagaggaccgtttctttcctttgtctggatctttaatttttggcaaacaaggaactggaagagacaacgtggatgcggacaaagtcatgataaccaacgaagaagaaattaaaactactaacccggtagcaacggagtcctatggacaagtggccacaaaccaccagagtgcacaggctcgggagagtcctcgtgggctgcaggcgcagaccggctgggttcaaaaccaaggaatacttccgggtatggtttggcaggacagagatgtgtacctgcaaggacccatttgggccaaaattcctcacacggacggcaactttcacccttctccgctgatgggagggtttggaatgaagcacccgcctcctcagatcctcatcaaaaacacacctgtacctgcCgatcctccaacggccttcaacaaggacaagctgaactctttcatcacccagtattctactggccaagtcagcgtggagatcgagtgggagctgcagaaggaaaacagcaagcgGtggaacccggagatccagtacacttccaactattacaagtctaataatgttgaatttgctgttaatactgaaggtgtatatagtgaaccccgccccattggcaccagatacctgactcgtaatctgtaa
AAV9.v9 (DNA v2) 211 ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTTAGTGAAGGAATTCGCGAGTGGTGGGCTTTGAAACCTGGAGCCCCTCAACCCAAGGCAAATCAACAACATCAAGACAACGCTCGAGGTCTTGTGCTTCCGGGTTACAAATACCTTGGACCCGGCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCGGTCAACGCAGCAGACGCGGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAGGCCGGAGACAACCCGTACCTCAAGTACAACCACGCCGACGCCGAGTTCCAGGAGCGGCTCAAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAAAAGAGGCTTCTTGAACCTCTTGGTCTGGTTGAGGAAGCGGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAGAGGCCTGTAGAGCAGTCTCCTCAGGAACCGGACTCCTCCGCGGGTATTGGCAAATCGGGTGCACAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTCGGTCAGACTGGCGACACAGAGTCAGTCCCAGACCCTCAACCAATCGGAGAACCTCCCGCAGCCCCCTCAGGTGTGGGATCTCTTACAATGGCTTCAGGTGGTGGCGCACCAGTGGCAGACAATAACGAAGGTGCCGATGGAGTGGGTAGTTCCTCGGGAAATTGGCATTGCGATTCCCAATGGCTGGGGGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGAACCTGGGCCCTGCCCACCTACAACAATCACCTCTACAAGCAAATCTCCAACAGCACATCTGGAGGATCTTCAAATGACAACGCCTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGACTTCAACAGATTCCACTGCCACTTCTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAACTGGGGATTCCGGCCTAAGCGACTCAACTTCAAGCTCTTCAACATTCAGGTCAAAGAGGTTACGGACAACAATGGAGTCAAGACCATCGCCAATAACCTTACCAGCACGGTCCAGGTCTTCACGGACTCAGACTATCAGCTCCCGTACGTGCTCGGGTCGGCTCACGAGGGCTGCCTCCCGCCGTTCCCAGCGGACGTTTTCATGATTCCTCAGTACGGGTATCTGACGCTTAATGATGGAAGCCAGGCCGTGGGTCGTTCGTCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCGTCGCAAATGCTAAGAACGGGTAACAACTTCCAGTTCAGCTACGAGTTTGAGAACGTACCTTTCCATAGCAGCTACGCTCACAGCCAAAGCCTGGACCGACTAATGAATCCACTCATCGACCAATACTTGTACTATCTCTCAAAGACTATTAACGGTTCTGGACAGAATCAACAAACGCTAAAATTCAGTGTGGCCGGACCCAGCAACATGGCTGTCCAGGGAAGAAACTACATACCTGGACCCAGCTACCGACAACAACGTGTCTCAACCACTGTGACTCAAAACAACAACAGCGAATTTGCTTGGCCTGGAGCTTCTTCTTGGGCTCTCAATGGACGTAATAGCTTGATGAATCCTGGACCTGCTATGGCCAGCCACAAAGAAGGAGAGGACCGTTTCTTTCCTTTGTCTGGATCTTTAATTTTTGGCAAACAAGGAACTGGAAGAGACAACGTGGATGCGGACAAAGTCATGATAACCAACGAAGAAGAAATTAAAACTACTAACCCGGTAGCAACGGAGTCCTATGGACAAGTGGCCACAAACCACCAGAGTGCACAGGCTCGGGAGAGTCCTCGTGGGCTGCAGGCGCAGACCGGCTGGGTTCAAAACCAAGGAATACTTCCGGGTATGGTTTGGCAGGACAGAGATGTGTACCTGCAAGGACCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACGGACGGCAACTTTCACCCTTCTCCGCTGATGGGAGGGTTTGGAATGAAGCACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACACCTGTACCTGCCGATCCTCCAACGGCCTTCAACAAGGACAAGCTGAACTCTTTCATCACCCAGTATTCTACTGGCCAAGTCAGCGTGGAGATCGAGTGGGAGCTGCAGAAGGAAAACAGCAAGCGGTGGAACCCGGAGATCCAGTACACTTCCAACTATTACAAGTCTAATAATGTTGAATTTGCTGTTAATACTGAAGGTGTATATAGTGAACCCCGCCCCATTGGCACCAGATACCTGACTCGTAATCTGTAA
AAV9.v9 (胺基酸) 70 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQARESPRGLQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL
AAV1 (DNA v1) 72 atggctgccgatggttatcttccagattggctcgaggacaacctctctgagggcattcgcgagtggtgggacttgaaacctggagccccgaagcccaaagccaaccagcaaaagcaggacgacggccggggtctggtgcttcctggctacaagtacctcggacccttcaacggactcgacaagggggagcccgtcaacgcggcggacgcagcggccctcgagcacgacaaggcctacgaccagcagctcaaagcgggtgacaatccgtacctgcggtataaccacgccgacgccgagtttcaggagcgtctgcaagaagatacgtcttttgggggcaacctcgggcgagcagtcttccaggccaagaagcgggttctcgaacctctcggtctggttgaggaaggcgctaagacggctcctggaaagaaacgtccggtagagcagtcgccacaagagccagactcctcctcgggcatcggcaagacaggccagcagcccgctaaaaagagactcaattttggtcagactggcgactcagagtcagtccccgatccacaacctctcggagaacctccagcaacccccgctgctgtgggacctactacaatggcttcaggcggtggcgcaccaatggcagacaataacgaaggcgccgacggagtgggtaatgcctcaggaaattggcattgcgattccacatggctgggcgacagagtcatcaccaccagcacccgcacctgggccttgcccacctacaataaccacctctacaagcaaatctccagtgcttcaacgggggccagcaacgacaaccactacttcggctacagcaccccctgggggtattttgatttcaacagattccactgccacttttcaccacgtgactggcagcgactcatcaacaacaattggggattccggcccaagagactcaacttcaaactcttcaacatccaagtcaaggaggtcacgacgaatgatggcgtcacaaccatcgctaataaccttaccagcacggttcaagtcttctcggactcggagtaccagcttccgtacgtcctcggctctgcgcaccagggctgcctccctccgttcccggcggacgtgttcatgattccgcaatacggctacctgacgctcaacaatggcagccaagccgtgggacgttcatccttttactgcctggaatatttcccttctcagatgctgagaacgggcaacaactttaccttcagctacacctttgaggaagtgcctttccacagcagctacgcgcacagccagagcctggaccggctgatgaatcctctcatcgaccaatacctgtattacctgaacagaactcaaaatcagtccggaagtgcccaaaacaaggacttgctgtttagccgtgggtctccagctggcatgtctgttcagcccaaaaactggctacctggaccctgttatcggcagcagcgcgtttctaaaacaaaaacagacaacaacaacagcaattttacctggactggtgcttcaaaatataacctcaatgggcgtgaatccatcatcaaccctggcactgctatggcctcacacaaagacgacgaagacaagttctttcccatgagcggtgtcatgatttttggaaaagagagcgccggagcttcaaacactgcattggacaatgtcatgattacagacgaagaggaaattaaagccactaaccctgtggccaccgaaagatttgggaccgtggcagtcaatttccagagcagcagcacagaccctgcgaccggagatgtgcatgctatgggagcattacctggcatggtgtggcaagatagagacgtgtacctgcagggtcccatttgggccaaaattcctcacacagatggacactttcacccgtctcctcttatgggcggctttggactcaagaacccgcctcctcagatcctcatcaaaaacacgcctgttcctgcgaatcctccggcggagttttcagctacaaagtttgcttcattcatcacccaatactccacaggacaagtgagtgtggaaattgaatgggagctgcagaaagaaaacagcaagcgctggaatcccgaagtgcagtacacatccaattatgcaaaatctgccaacgttgattttactgtggacaacaatggactttatactgagcctcgccccattggcacccgttaccttacccgtcccctgtaa
AAV1 (DNA v2) 212 ACGGCTGCCGACGGTTATCTACCCGATTGGCTCGAGGACAACCTCTCTGAGGGCATTCGCGAGTGGTGGGACTTGAAACCTGGAGCCCCGAAGCCCAAAGCCAACCAGCAAAAGCAGGACGACGGCCGGGGTCTGGTGCTTCCTGGCTACAAGTACCTCGGACCCTTCAACGGACTCGACAAGGGGGAGCCCGTCAACGCGGCGGACGCAGCGGCCCTCGAGCACGACAAGGCCTACGACCAGCAGCTCAAAGCGGGTGACAATCCGTACCTGCGGTATAACCACGCCGACGCCGAGTTTCAGGAGCGTCTGCAAGAAGATACGTCTTTTGGGGGCAACCTCGGGCGAGCAGTCTTCCAGGCCAAGAAGCGGGTTCTCGAACCTCTCGGTCTGGTTGAGGAAGGCGCTAAGACGGCTCCTGGAAAGAAACGTCCGGTAGAGCAGTCGCCACAAGAGCCAGACTCCTCCTCGGGCATCGGCAAGACAGGCCAGCAGCCCGCTAAAAAGAGACTCAATTTTGGTCAGACTGGCGACTCAGAGTCAGTCCCCGATCCACAACCTCTCGGAGAACCTCCAGCAACCCCCGCTGCTGTGGGACCTACTACAATGGCTTCAGGCGGTGGCGCACCAATGGCAGACAATAACGAAGGCGCCGACGGAGTGGGTAATGCCTCAGGAAATTGGCATTGCGATTCCACATGGCTGGGCGACAGAGTCATCACCACCAGCACCCGCACCTGGGCCTTGCCCACCTACAATAACCACCTCTACAAGCAAATCTCCAGTGCTTCAACGGGGGCCAGCAACGACAACCACTACTTCGGCTACAGCACCCCCTGGGGGTATTTTGATTTCAACAGATTCCACTGCCACTTTTCACCACGTGACTGGCAGCGACTCATCAACAACAATTGGGGATTCCGGCCCAAGAGACTCAACTTCAAACTCTTCAACATCCAAGTCAAGGAGGTCACGACGAATGATGGCGTCACAACCATCGCTAATAACCTTACCAGCACGGTTCAAGTCTTCTCGGACTCGGAGTACCAGCTTCCGTACGTCCTCGGCTCTGCGCACCAGGGCTGCCTCCCTCCGTTCCCGGCGGACGTGTTCATGATTCCGCAATACGGCTACCTGACGCTCAACAATGGCAGCCAAGCCGTGGGACGTTCATCCTTTTACTGCCTGGAATATTTCCCTTCTCAGATGCTGAGAACGGGCAACAACTTTACCTTCAGCTACACCTTTGAGGAAGTGCCTTTCCACAGCAGCTACGCGCACAGCCAGAGCCTGGACCGGCTGATGAATCCTCTCATCGACCAATACCTGTATTACCTGAACAGAACTCAAAATCAGTCCGGAAGTGCCCAAAACAAGGACTTGCTGTTTAGCCGTGGGTCTCCAGCTGGCATGTCTGTTCAGCCCAAAAACTGGCTACCTGGACCCTGTTATCGGCAGCAGCGCGTTTCTAAAACAAAAACAGACAACAACAACAGCAATTTTACCTGGACTGGTGCTTCAAAATATAACCTCAATGGGCGTGAATCCATCATCAACCCTGGCACTGCTATGGCCTCACACAAAGACGACGAAGACAAGTTCTTTCCCATGAGCGGTGTCATGATTTTTGGAAAAGAGAGCGCCGGAGCTTCAAACACTGCATTGGACAATGTCATGATTACAGACGAAGAGGAAATTAAAGCCACTAACCCTGTGGCCACCGAAAGATTTGGGACCGTGGCAGTCAATTTCCAGAGCAGCAGCACAGACCCTGCGACCGGAGATGTGCATGCTATGGGAGCATTACCTGGCATGGTGTGGCAAGATAGAGACGTGTACCTGCAGGGTCCCATTTGGGCCAAAATTCCTCACACAGATGGACACTTTCACCCGTCTCCTCTTATGGGCGGCTTTGGACTCAAGAACCCGCCTCCTCAGATCCTCATCAAAAACACGCCTGTTCCTGCGAATCCTCCGGCGGAGTTTTCAGCTACAAAGTTTGCTTCATTCATCACCCAATACTCCACAGGACAAGTGAGTGTGGAAATTGAATGGGAGCTGCAGAAAGAAAACAGCAAGCGCTGGAATCCCGAAGTGCAGTACACATCCAATTATGCAAAATCTGCCAACGTTGATTTTACTGTGGACAACAATGGACTTTATACTGAGCCTCGCCCCATTGGCACCCGTTACCTTACCCGTCCCCTGTAA
AAV1 (胺基酸) 71 MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPATPAAVGPTTMASGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSASTGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEEVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLNRTQNQSGSAQNKDLLFSRGSPAGMSVQPKNWLPGPCYRQQRVSKTKTDNNNSNFTWTGASKYNLNGRESIINPGTAMASHKDDEDKFFPMSGVMIFGKESAGASNTALDNVMITDEEEIKATNPVATERFGTVAVNFQSSSTDPATGDVHAMGALPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKNPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL
AAV5 (DNA v1) 169 atgtcttttgttgatcaccctccagattggttggaagaagttggtgaaggtcttcgcgagtttttgggccttgaagcgggcccaccgaaaccaaaacccaatcagcagcatcaagatcaagcccgtggtcttgtgctgcctggttataactatctcggacccggaaacggtctcgatcgaggagagcctgtcaacagggcagacgaggtcgcgcgagagcacgacatctcgtacaacgagcagcttgaggcgggagacaacccctacctcaagtacaaccacgcggacgccgagtttcaggagaagctcgccgacgacacatccttcgggggaaacctcggaaaggcagtctttcaggccaagaaaagggttctcgaaccttttggcctggttgaagagggtgctaagacggcccctaccggaaagcggatagacgaccactttccaaaaagaaagaaggctcggaccgaagaggactccaagccttccacctcgtcagacgccgaagctggacccagcggatcccagcagctgcaaatcccagcccaaccagcctcaagtttgggagctgatacaatgtctgcgggaggtggcggcccattgggcgacaataaccaaggtgccgatggagtgggcaatgcctcgggagattggcattgcgattccacgtggatgggggacagagtcgtcaccaagtccacccgaacctgggtgctgcccagctacaacaaccaccagtaccgagagatcaaaagcggctccgtcgacggaagcaacgccaacgcctactttggatacagcaccccctgggggtactttgactttaaccgcttccacagccactggagcccccgagactggcaaagactcatcaacaactactggggcttcagaccccggtccctcagagtcaaaatcttcaacattcaagtcaaagaggtcacggtgcaggactccaccaccaccatcgccaacaacctcacctccaccgtccaagtgtttacggacgacgactaccagctgccctacgtcgtcggcaacgggaccgagggatgcctgccggccttccctccgcaggtctttacgctgccgcagtacggttacgcgacgctgaaccgcgacaacacagaaaatcccaccgagaggagcagcttcttctgcctagagtactttcccagcaagatgctgagaacgggcaacaactttgagtttacctacaactttgaggaggtgcccttccactccagcttcgctcccagtcagaacctgttcaagctggccaacccgctggtggaccagtacttgtaccgcttcgtgagcacaaataacactggcggagtccagttcaacaagaacctggccgggagatacgccaacacctacaaaaactggttcccggggcccatgggccgaacccagggctggaacctgggctccggggtcaaccgcgccagtgtcagcgccttcgccacgaccaataggatggagctcgagggcgcgagttaccaggtgcccccgcagccgaacggcatgaccaacaacctccagggcagcaacacctatgccctggagaacactatgatcttcaacagccagccggcgaacccgggcaccaccgccacgtacctcgagggcaacatgctcatcaccagcgagagcgagacgcagccggtgaaccgcgtggcgtacaacgtcggcgggcagatggccaccaacaaccagagctcTACTACTGCCCCCGCGACCGGCACGTACAACCTCCAGGAAATCGTGCCCGGCAGCGTGTGGATGGAGAGGGACGTGTACCTCCAAGGACCCATCTGGGCCAAGATCCCAGAGACGGGGGCGCACTTTCACCCCTCTCCGGCCATGGGCGGATTCGGACTCAAACACCCACCGCCCATGATGCTCATCAAGAACACGCCTGTGCCCGGAAATATCACCAGCTTCTCGGACGTGCCCGTCAGCAGCTTCATCACCCAGTACAGCACCGGGCAGGTCACCGTGGAGATGGAGTGGGAGCTCAAGAAGGAAAACTCCAAGAGGTGGAACCCAGAGATCCAGTACACAAACAACTACAACGACCCCCAGTTTGTGGACTTTGCCCCGGACAGCACCGGGGAATACAGAACCACCAGACCTATCGGAACCCGATACCTTACCCGACCCCTTTAA
AAV5 (DNA v2) 213 AcGagTTTTGTTGATCACCCaCCcGATTGGTTGGAAGAAGTTGGTGAAGGTCTTCGCGAGTTTTTGGGCCTTGAAGCGGGCCCACCGAAACCAAAACCCAATCAGCAGCATCAAGATCAAGCCCGTGGTCTTGTGCTGCCTGGTTATAACTATCTCGGACCCGGAAACGGTCTCGATCGAGGAGAGCCTGTCAACAGGGCAGACGAGGTCGCGCGAGAGCACGACATCTCGTACAACGAGCAGCTTGAGGCGGGAGACAACCCCTACCTCAAGTACAACCACGCGGACGCCGAGTTTCAGGAGAAGCTCGCCGACGACACATCCTTCGGGGGAAACCTCGGAAAGGCAGTCTTTCAGGCCAAGAAAAGGGTTCTCGAACCTTTTGGCCTGGTTGAAGAGGGTGCTAAGACGGCCCCTACCGGAAAGCGGATAGACGACCACTTTCCAAAAAGAAAGAAGGCCCGGACCGAAGAGGACTCCAAGCCTTCCACCTCGTCAGACGCCGAAGCTGGACCCAGCGGATCCCAGCAGCTGCAAATCCCAGCCCAACCAGCCTCAAGTTTGGGAGCTGATACAATGTCTGCGGGAGGTGGCGGCCCATTGGGCGACAATAACCAAGGTGCCGATGGAGTGGGCAATGCCTCGGGAGATTGGCATTGCGATTCCACGTGGATGGGGGACAGAGTCGTCACCAAGTCCACCCGAACCTGGGTGCTGCCCAGCTACAACAACCACCAGTACCGAGAGATCAAAAGCGGCTCCGTCGACGGAAGCAACGCCAACGCCTACTTTGGATACAGCACCCCCTGGGGGTACTTTGACTTTAACCGCTTCCACAGCCACTGGAGCCCCCGAGACTGGCAAAGACTCATCAACAACTACTGGGGCTTCAGACCCCGGTCCCTCAGAGTCAAAATCTTCAACATTCAAGTCAAAGAGGTCACGGTGCAGGACTCCACCACCACCATCGCCAACAACCTCACCTCCACCGTCCAAGTGTTTACGGACGACGACTACCAGCTGCCCTACGTCGTCGGCAACGGGACCGAGGGATGCCTGCCGGCCTTCCCTCCGCAGGTCTTTACGCTGCCGCAGTACGGTTACGCGACGCTGAACCGCGACAACACAGAAAATCCCACCGAGAGGAGCAGCTTCTTCTGCCTAGAGTACTTTCCCAGCAAGATGCTGAGAACGGGCAACAACTTTGAGTTTACCTACAACTTTGAGGAGGTGCCCTTCCACTCCAGCTTCGCTCCCAGTCAGAACCTCTTCAAGCTGGCCAACCCGCTGGTGGACCAGTACTTGTACCGCTTCGTGAGCACAAATAACACTGGCGGAGTCCAGTTCAACAAGAACCTGGCCGGGAGATACGCCAACACCTACAAAAACTGGTTCCCGGGGCCCATGGGCCGAACCCAGGGCTGGAACCTGGGCTCCGGGGTCAACCGCGCCAGTGTCAGCGCCTTCGCCACGACCAATAGGATGGAGCTCGAGGGCGCGAGTTACCAGGTGCCCCCGCAGCCGAACGGCATGACCAACAACCTCCAGGGCAGCAACACCTATGCCCTGGAGAACACTATGATCTTCAACAGCCAGCCGGCGAACCCGGGCACCACCGCCACGTACCTCGAGGGCAACATGCTCATCACCAGCGAGAGCGAGACGCAGCCGGTGAACCGCGTGGCGTACAACGTCGGCGGGCAGATGGCCACCAACAACCAGAGCTCCACCACTGCCCCCGCGACCGGCACGTACAACCTCCAGGAAATCGTGCCCGGCAGCGTGTGGATGGAGAGGGACGTGTACCTCCAAGGACCCATCTGGGCCAAGATCCCAGAGACGGGGGCGCACTTTCACCCCTCTCCGGCCATGGGCGGATTCGGACTCAAACACCCACCGCCCATGATGCTCATCAAGAACACGCCTGTGCCCGGAAATATCACCAGCTTCTCGGACGTGCCCGTCAGCAGCTTCATCACCCAGTACAGCACCGGGCAGGTCACCGTGGAGATGGAGTGGGAGCTCAAGAAGGAAAACTCCAAGAGGTGGAACCCAGAGATCCAGTACACAAACAACTACAACGACCCCCAGTTTGTGGACTTTGCCCCGGACAGCACCGGGGAATACAGAACCACCAGACCTATCGGAACCCGATACCTTACCCGACCCCTTTAA
AAV5 (胺基酸) 168 MSFVDHPPDWLEEVGEGLREFLGLEAGPPKPKPNQQHQDQARGLVLPGYNYLGPGNGLDRGEPVNRADEVAREHDISYNEQLEAGDNPYLKYNHADAEFQEKLADDTSFGGNLGKAVFQAKKRVLEPFGLVEEGAKTAPTGKRIDDHFPKRKKARTEEDSKPSTSSDAEAGPSGSQQLQIPAQPASSLGADTMSAGGGGPLGDNNQGADGVGNASGDWHCDSTWMGDRVVTKSTRTWVLPSYNNHQYREIKSGSVDGSNANAYFGYSTPWGYFDFNRFHSHWSPRDWQRLINNYWGFRPRSLRVKIFNIQVKEVTVQDSTTTIANNLTSTVQVFTDDDYQLPYVVGNGTEGCLPAFPPQVFTLPQYGYATLNRDNTENPTERSSFFCLEYFPSKMLRTGNNFEFTYNFEEVPFHSSFAPSQNLFKLANPLVDQYLYRFVSTNNTGGVQFNKNLAGRYANTYKNWFPGPMGRTQGWNLGSGVNRASVSAFATTNRMELEGASYQVPPQPNGMTNNLQGSNTYALENTMIFNSQPANPGTTATYLEGNMLITSESETQPVNRVAYNVGGQMATNNQSSTTAPATGTYNLQEIVPGSVWMERDVYLQGPIWAKIPETGAHFHPSPAMGGFGLKHPPPMMLIKNTPVPGNITSFSDVPVSSFITQYSTGQVTVEMEWELKKENSKRWNPEIQYTNNYNDPQFVDFAPDSTGEYRTTRPIGTRYLTRPL
在一些實施例中,VP編碼區以可操作方式連接於啟動子。在一些實施例中,啟動子為桿狀病毒極晚期啟動子、病毒啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、來自一或多種物種之包括病毒及非病毒元件之嵌合啟動子、合成啟動子或其變異體。在一些實施例中,啟動子係選自polh啟動子、p10啟動子、Ctx啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。在一些實施例中,啟動子為p10啟動子。在一些實施例中,啟動子包含表17中所提供之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。在一些實施例中,啟動子包含SEQ ID NO: 200之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。在一些實施例中,啟動子為p10啟動子且包含SEQ ID NO: 200之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列。 表17:例示性啟動子序列
描述 SEQ ID NO 序列
polh啟動子 167 ATCATGGAGATAATTAAAATGATAACCATCTCGCAAATAAATAAGTATTTTACTGTTTTCGTAACAGTTTTGTAATAAAAAAACCTATAAAT
p10啟動子 200 GACCTTTAATTCAACCCAACACAATATATTATAGTTAAATAAGAATTATTATCAAATCATTTGTATATTAATTAAAATACTATACTGTAAATTACATTTTA
CTX啟動子 164 tgaaactaacttacaagTtggctagtttgttaaaatacgcgctgcgcttgactcgggaatacaaagaaaacattattccacactttgatcacttgactcgattgcgcgatttaatcgacggcTtgattaaaagcgaggatgtacaacgttttaatcgcactaatcgcaatgatttaatttcggcttgcTtgcaaatcaacgttcggacgtacTtgcccaacgccacgatagatTtgcgcaaacaacccaactgtatatattttcgaatttgccaatattgccacttggaggccgacgtgccttcgcccgacgatcattcggtgtacagatacttgtgcgtcgcgtgcggcacgccgctggtcatcgaccacccgctcgacgtgttcggccacacggaggaaggcgtcaacgaactgctcgaggtgcagcgagtcaacgcgggcggggagttgtaggcgtcataactatttattaaATAAGataatttaaaaaatcgccgttaat
gp64啟動子 217 AAATTATCGCAAGATAAGGCGCACGTTGATTGGGTCACCCGAGTGTACGTTGATAAAGTCACGTGGGCACCCAACGCGTTGATAAGCATCGGTATATAAGGGCCTACAGTGTTCTGGTAAATCAGTTGCACTGTGCTCTTCACAGGAACACTACAAGACCTACAAG
Rep編碼區
在某些實施例中,病毒表現構築體可包含Rep52編碼區。Rep52編碼區為包含編碼Rep52蛋白之Rep52核苷酸序列的核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體可包含Rep78編碼區。Rep78編碼區為包含編碼Rep78蛋白之Rep78核苷酸序列的核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體可包含Rep40編碼區。Rep40編碼區為包含編碼Rep40蛋白之Rep40核苷酸序列的核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體可包含Rep68編碼區。Rep68編碼區為包含編碼Rep68蛋白之Rep68核苷酸序列的核苷酸序列。
在某些實施例中,Rep78可由僅編碼Rep78之序列產生。如本文所用,術語「僅針對Rep78」或「僅Rep78」係指相對於非Rep78複製蛋白(例如Rep52複製蛋白)主要編碼Rep78蛋白之核苷酸序列或轉錄物。在一些實施例中,核苷酸序列或轉錄物:(i)缺乏Rep78序列內之必要元件,使得Rep52作為完整或部分序列自Rep78序列之轉錄或轉譯減少或抑制(例如,Rep52序列上游之Rep78序列內的一或多個起始密碼子中之缺失或突變);(ii)在Rep78序列內包含外源性核酸序列或結構(例如一或多個額外密碼子),其防止Rep52自同一序列轉錄或轉譯;及/或(iii)包含Rep78之起始密碼子(例如ATG),使得Rep78為由核苷酸轉錄物產生之初級Rep蛋白。
在某些實施例中,Rep52可由僅編碼Rep52之序列產生。如本文所用,術語「僅針對Rep52」或「僅Rep52」係指相對於非Rep52複製蛋白(例如Rep78複製蛋白)主要編碼Rep52蛋白之核苷酸序列或轉錄物。在一些實施例中,核苷酸序列或轉錄物:(i)為僅編碼Rep52蛋白之全Rep序列(例如,全Rep78序列)之經截短變異體;及/或(ii)包含Rep52之起始密碼子(例如ATG),使得Rep52為由核苷酸轉錄物產生之初級Rep蛋白。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含第一核苷酸序列,其包含:Rep52編碼區,其包含編碼Rep52蛋白之Rep52序列;Rep78編碼區,其包含編碼Rep78蛋白之Rep78序列;或其組合。在某些實施例中,第一核苷酸序列包含Rep52編碼區及Rep78編碼區兩者。在某些實施例中,第一核苷酸序列包含單一開放閱讀框架,基本上由單一開放閱讀框架組成或由單一開放閱讀框架組成。在某些實施例中,第一核苷酸序列包含:第一開放閱讀框架,其包含Rep52編碼區;及第二開放閱讀框架,其包含Rep78編碼區,且其不同於第一開放閱讀框架。
在一些實施例中,本文所描述之AAV表現構築體中之Rep編碼區包含表16中之核苷酸序列,或編碼Rep蛋白,其包含如表16中所提供之胺基酸序列或與其實質上一致(例如,具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%)之序列。在一些實施例中,編碼Rep52之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 201之核苷酸673-1866。在一些實施例中,經編碼之Rep52蛋白包含SEQ ID NO: 202之胺基酸225-621。 表16:例示性全長Rep序列
描述 SEQ ID NO: 序列
Rep78 (DNA) 201 ATGGCGGGGTTTTACGAGATTGTGATTAAGGTCCCCAGCGACCTTGACGAGCATCTGCCCGGCATTTCTGACAGCTTTGTGAACTGGGTGGCCGAGAAGGAGTGGGAGTTGCCGCCAGATTCTGACTTGGATCTGAATCTGATTGAGCAGGCACCCCTGACCGTGGCCGAGAAGCTGCAGCGCGACTTTCTGACGGAGTGGCGCCGTGTGAGTAAGGCCCCGGAGGCCCTTTTCTTTGTGCAATTTGAGAAGGGAGAGAGCTACTTCCACTTACACGTGCTCGTGGAAACCACCGGGGTGAAATCCTTAGTTTTGGGACGTTTCCTGAGTCAGATTCGCGAAAAACTGATTCAGAGAATTTACCGCGGGATCGAGCCGACTTTGCCAAACTGGTTCGCGGTCACAAAGACCAGAAACGGCGCCGGAGGCGGGAACAAGGTGGTGGACGAGTGCTACATCCCCAATTACTTGCTCCCCAAAACCCAGCCTGAGCTCCAGTGGGCGTGGACTAATTTAGAACAGTATTTAAGCGCCTGTTTGAATCTCACGGAGCGTAAACGGTTGGTGGCGCAGCATCTGACGCACGTGTCGCAGACGCAGGAGCAGAACAAAGAGAATCAGAATCCCAATTCTGACGCGCCGGTGATCAGATCAAAAACTTCAGCCAGaTACATGGAGCTGGTCGGGTGGCTCGTGGACAAGGGGATTACCTCGGAGAAGCAGTGGATCCAGGAGGACCAGGCCTCATACATCTCCTTCAATGCGGCCTCCAACTCGCGGTCCCAAATCAAGGCTGCCTTGGACAATGCGGGAAAGATTATGAGCCTGACTAAAACCGCCCCCGACTACCTGGTGGGCCAGCAGCCCGTGGAGGACATTTCCAGCAATCGGATTTATAAAATTTTGGAACTAAACGGGTACGATCCCCAATATGCGGCTTCCGTCTTTCTGGGATGGGCCACGAAAAAGTTCGGCAAGAGGAACACCATCTGGCTGTTTGGGCCTGCAACTACCGGGAAGACCAACATCGCGGAGGCCATAGCCCACACTGTGCCCTTCTACGGGTGCGTAAACTGGACCAATGAGAACTTTCCCTTCAACGACTGTGTCGACAAGATGGTGATCTGGTGGGAGGAGGGGAAGATGACCGCCAAGGTCGTGGAGTCGGCCAAAGCCATTCTCGGAGGAAGCAAGGTGCGCGTGGACCAGAAATGCAAGTCCTCGGCCCAGATAGACCCGACTCCCGTGATCGTCACCTCCAACACCAACATGTGCGCCGTGATTGACGGGAACTCAACGACCTTCGAACACCAGCAGCCGTTGCAAGACCGGATGTTCAAATTTGAACTCACCCGCCGTCTGGATCATGACTTTGGGAAGGTCACCAAGCAGGAAGTCAAAGACTTTTTCCGGTGGGCAAAGGATCACGTGGTTGAGGTGGAGCATGAATTCTACGTCAAAAAGGGTGGAGCCAAGAAAAGACCCGCCCCCAGTGACGCAGATATAAGTGAGCCCAAACGGGTGCGCGAGTCAGTTGCGCAGCCATCGACGTCAGACGCGGAAGCTTCGATCAACTACGCAGACAGGTACCAAAACAAATGTTCTCGTCACGTGGGCATGAATCTGATGCTGTTTCCCTGCAGACAATGCGAGAGAATGAATCAGAATTCAAATATCTGCTTCACTCACGGACAGAAAGACTGTTTAGAGTGCTTTCCCGTGTCAGAATCTCAACCCGTTTCTGTCGTCAAAAAGGCGTATCAGAAACTGTGCTACATTCATCATATCATGGGAAAGGTGCCAGACGCTTGCACTGCCTGCGATCTGGTCAATGTGGATTTGGATGACTGCATCTTTGAACAATAA
Rep78 (胺基酸) 202 MAGFYEIVIKVPSDLDEHLPGISDSFVNWVAEKEWELPPDSDLDLNLIEQAPLTVAEKLQRDFLTEWRRVSKAPEALFFVQFEKGESYFHLHVLVETTGVKSLVLGRFLSQIREKLIQRIYRGIEPTLPNWFAVTKTRNGAGGGNKVVDECYIPNYLLPKTQPELQWAWTNLEQYLSACLNLTERKRLVAQHLTHVSQTQEQNKENQNPNSDAPVIRSKTSARYMELVGWLVDKGITSEKQWIQEDQASYISFNAASNSRSQIKAALDNAGKIMSLTKTAPDYLVGQQPVEDISSNRIYKILELNGYDPQYAASVFLGWATKKFGKRNTIWLFGPATTGKTNIAEAIAHTVPFYGCVNWTNENFPFNDCVDKMVIWWEEGKMTAKVVESAKAILGGSKVRVDQKCKSSAQIDPTPVIVTSNTNMCAVIDGNSTTFEHQQPLQDRMFKFELTRRLDHDFGKVTKQEVKDFFRWAKDHVVEVEHEFYVKKGGAKKRPAPSDADISEPKRVRESVAQPSTSDAEASINYADRYQNKCSRHVGMNLMLFPCRQCERMNQNSNICFTHGQKDCLECFPVSESQPVSVVKKAYQKLCYIHHIMGKVPDACTACDLVNVDLDDCIFEQ
Rep52 (DNA) 203 ATGGAGCTGGTCGGGTGGCTCGTGGACAAGGGGATTACCTCGGAGAAGCAGTGGATCCAGGAGGACCAGGCCTCATACATCTCCTTCAATGCGGCCTCCAACTCGCGGTCCCAAATCAAGGCTGCCTTGGACAATGCGGGAAAGATTATGAGCCTGACTAAAACCGCCCCCGACTACCTGGTGGGCCAGCAGCCCGTGGAGGACATTTCCAGCAATCGGATTTATAAAATTTTGGAACTAAACGGGTACGATCCCCAATATGCGGCTTCCGTCTTTCTGGGATGGGCCACGAAAAAGTTCGGCAAGAGGAACACCATCTGGCTGTTTGGGCCTGCAACTACCGGGAAGACCAACATCGCGGAGGCCATAGCCCACACTGTGCCCTTCTACGGGTGCGTAAACTGGACCAATGAGAACTTTCCCTTCAACGACTGTGTCGACAAGATGGTGATCTGGTGGGAGGAGGGGAAGATGACCGCCAAGGTCGTGGAGTCGGCCAAAGCCATTCTCGGAGGAAGCAAGGTGCGCGTGGACCAGAAATGCAAGTCCTCGGCCCAGATAGACCCGACTCCCGTGATCGTCACCTCCAACACCAACATGTGCGCCGTGATTGACGGGAACTCAACGACCTTCGAACACCAGCAGCCGTTGCAAGACCGGATGTTCAAATTTGAACTCACCCGCCGTCTGGATCATGACTTTGGGAAGGTCACCAAGCAGGAAGTCAAAGACTTTTTCCGGTGGGCAAAGGATCACGTGGTTGAGGTGGAGCATGAATTCTACGTCAAAAAGGGTGGAGCCAAGAAAAGACCCGCCCCCAGTGACGCAGATATAAGTGAGCCCAAACGGGTGCGCGAGTCAGTTGCGCAGCCATCGACGTCAGACGCGGAAGCTTCGATCAACTACGCAGACAGgtaccaaaacaaatgttctcgtcacgtgggcatgaatctgatgctgtttccctgcagacaatgcgagagaatgaatcagaattcaaatatctgcttcactcacggacagaaagactgtttagagtgctttcccgtgtcagaatctcaacccgtttctgtcgtcaaaaaggcgtatcagaaactgtgctacattcatcatatcatgggaaaggtgccagacgcttgcactgcctgcgatctggtcaatgtggatttggatgactgcatctttgaacaataa
Rep52 (胺基酸) 204 MELVGWLVDKGITSEKQWIQEDQASYISFNAASNSRSQIKAALDNAGKIMSLTKTAPDYLVGQQPVEDISSNRIYKILELNGYDPQYAASVFLGWATKKFGKRNTIWLFGPATTGKTNIAEAIAHTVPFYGCVNWTNENFPFNDCVDKMVIWWEEGKMTAKVVESAKAILGGSKVRVDQKCKSSAQIDPTPVIVTSNTNMCAVIDGNSTTFEHQQPLQDRMFKFELTRRLDHDFGKVTKQEVKDFFRWAKDHVVEVEHEFYVKKGGAKKRPAPSDADISEPKRVRESVAQPSTSDAEASINYADRYQNKCSRHVGMNLMLFPCRQCERMNQNSNICFTHGQKDCLECFPVSESQPVSVVKKAYQKLCYIHHIMGKVPDACTACDLVNVDLDDCIFEQ
在某些實施例中,病毒表現構築體包含第一轉錄卡匣(例如ORF)中之Rep78編碼區。在某些實施例中,病毒表現構築體包含第二轉錄卡匣(例如ORF)中之Rep52編碼區,該第二轉錄卡匣與第一(亦即Rep78編碼)轉錄卡匣分開。在某些實施例中,第一(亦即Rep78編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之第一位置,且第二(亦即Rep52編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之第二位置。在某些實施例中,第一位置及第二位置彼此遠離(例如相隔至少5000 bp)。在某些實施例中,第一位置及第二位置在桿狀病毒載體內相隔至少2000 bp、相隔至少2500 bp、相隔至少3000 bp、相隔至少3500 bp、相隔至少4000 bp、相隔至少4500 bp、相隔至少5000 bp、相隔至少5500 bp、相隔至少6000 bp、相隔至少6500 bp、相隔至少7000 bp、相隔至少7500 bp、相隔至少8000 bp、相隔至少8500 bp、相隔至少9000 bp、相隔至少9500 bp、相隔至少10000 bp、相隔至少10500 bp、相隔至少11000 bp、相隔至少11500 bp、相隔至少12000 bp、相隔至少12500 bp、相隔至少13000 bp、相隔至少13500 bp、相隔至少14000 bp、相隔至少14500 bp、相隔至少15000 bp、相隔至少15500 bp、相隔至少16000 bp、相隔至少16500 bp、相隔至少17000 bp、相隔至少17500 bp、相隔至少18000 bp、相隔至少18500 bp、相隔至少19000 bp、相隔至少19500 bp、相隔至少20000 bp、相隔至少20500 bp、相隔至少21000 bp、相隔至少21500 bp、相隔至少22000 bp、相隔至少22500 bp、相隔至少23000 bp、相隔至少23500 bp、相隔至少24000 bp、相隔至少24500 bp或相隔至少25000 bp。在某些實施例中,第一(亦即Rep78編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 polh基因位置。在某些實施例中,第一(亦即Rep78編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 egt基因位置。在某些實施例中,第二(亦即Rep52編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 polh基因位置。在某些實施例中,第二(亦即Rep52編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 egt基因位置。在某些實施例中,第一(亦即Rep78編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 polh基因位置,且第二(亦即Rep52編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 egt基因位置。在某些實施例中,第一(亦即Rep78編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 egt基因位置,且第二(亦即Rep52編碼)轉錄卡匣處於桿狀病毒載體之 polh基因位置。
在某些實施例中,病毒表現構築體之非結構蛋白Rep52及Rep78可在單一開放閱讀框架中編碼,該單一開放閱讀框架藉由利用替代剪接受體及非典型轉譯起始密碼子來調控。
Rep78及Rep52均可自單一轉錄物轉譯:Rep78轉譯起始於第一起始密碼子(AUG或非AUG),且Rep52轉譯起始自Rep78序列內之Rep52起始密碼子(例如AUG)。Rep78及Rep52亦可自具有獨立起始密碼子之單獨的轉錄物轉譯。Rep78序列內之Rep52起始密碼子可經突變、修飾或移除,使得經修飾之Rep78序列之處理將不產生Rep52蛋白。
在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體可為質體載體或桿狀病毒構築體,其編碼細小病毒rep蛋白以在昆蟲細胞中表現。在某些實施例中,單一編碼序列用於Rep78及Rep52蛋白,其中用於轉譯Rep78蛋白之起始密碼子為次佳起始密碼子,其選自由ACG、TTG、CTG及GTG組成之群,其在昆蟲細胞中表現時影響部分外顯子跳躍,如美國專利第8,512,981號中所描述,其關於Rep78之充分表現的促進相較於Rep52較低,以促成載體產量提高之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,病毒表現構築體可為用於在昆蟲細胞中表現之質體載體或桿狀病毒構築體,其含有具有差異性密碼子偏倚之重複密碼子,例如以獲得改良之Rep蛋白(例如Rep78及Rep52)比,從而改良在昆蟲細胞中大規模(商業)產生病毒表現構築體及/或有效負載構築體載體,如美國專利第8,697,417號中所教示,該專利關於AAV複製蛋白及其生產之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某個實施例中,改良之rep蛋白比可使用美國專利第8,642,314號中所描述之方法及構築體達成,該專利關於AAV複製蛋白及其生產之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,病毒表現構築體可編碼突變型細小病毒Rep多肽,該等多肽與其對應野生型Rep多肽相比具有一或多種改善之特性,諸如製備較高病毒效價以用於大規模生產。可替代地,其可能能夠允許生產品質更佳之病毒粒子或維持更穩定的病毒生產。在非限制性實例中,病毒表現構築體可編碼具有突變之核定位序列或鋅指域之突變型Rep多肽,如專利申請案US 20130023034中所述,該申請案關於AAV複製蛋白及其生產之內容以全文引用之方式併入本文中。
在本發明之某些實施例中,Rep52或Rep78係轉錄自桿狀病毒來源之多面體啟動子(polh)。Rep52或Rep78亦可轉錄自較弱啟動子,例如IE-1啟動子之缺失突變體ΔIE-1啟動子之轉錄活性為IE-1啟動子的約20%。可使用基本上與ΔIE-1啟動子同源之啟動子。相對於啟動子,將至少50%、60%、70%、80%、90%或更大的同源性視為基本上同源之啟動子。 聚核苷酸插入物
在某些實施例中,本發明之病毒,例如AAV、表現構築體或有效負載構築體(例如桿狀病毒穿梭載體)可使用分子生物學技術(例如轉座子供體/受體系統)產生。在某些實施例中,併入至桿狀病毒穿梭載體中之聚核苷酸可包括以可操作方式連接於蛋白質編碼核苷酸序列之表現控制序列。在某些實施例中,併入至桿狀病毒穿梭載體中之聚核苷酸可包括表現控制序列,其包括啟動子,諸如p10或polh,且其以可操作方式連接於編碼結構AAV衣殼蛋白(例如VP1、VP2、VP3或其組合)之核苷酸序列。在某些實施例中,併入至桿狀病毒穿梭載體中之聚核苷酸可包括表現控制序列,其包括啟動子,諸如p10或polh,且其以可操作方式連接於編碼非結構AAV衣殼蛋白(例如Rep78、Rep52或其組合)之核苷酸序列。
在某些實施例中,聚核苷酸插入物可使用Gibson組裝方法併入至桿狀病毒穿梭載體中,如Gibson等人. (2009) Nat. Methods 6, 343-345及Gibson等人. (2010) Science 329, 52-56中所述;其關於使用Gibson組裝方法用於將聚核苷酸插入物併入至桿狀病毒穿梭載體之內容各自以全文引用之方式併入本文中。在某些實施例中,聚核苷酸插入物可包括一或多個在插入物之5'端、插入物之3'端或插入物之5'端及3'端兩者處之Gibson組裝序列;使得該一或多個Gibson組裝序列允許將聚核苷酸插入物併入至桿狀病毒穿梭載體之目標位置中。在某些實施例中,Gibson組裝方法可包括使用NEBuilder Hifi最佳化酶混合物。
在某些實施例中,聚核苷酸插入物可在桿狀病毒基因位置處併入桿狀病毒穿梭載體中。在某些實施例中,聚核苷酸插入物可在非必需桿狀病毒基因的位置處併入桿狀病毒穿梭載體中。在某些實施例中,聚核苷酸插入物可藉由用聚核苷酸插入物置換桿狀病毒基因或桿狀病毒基因之一部分而併入桿狀病毒穿梭載體中。在某些實施例中,聚核苷酸插入物可藉由用融合聚核苷酸置換桿狀病毒基因或桿狀病毒基因之一部分而併入至桿狀病毒穿梭載體中,該融合聚核苷酸包括聚核苷酸插入物及置換之桿狀病毒基因(或其部分)。
在某些實施例中,聚核苷酸可在與桿狀病毒基因相關之限制性核酸內切酶(REN)裂解位點(例如REN進入點)的位置處併入桿狀病毒穿梭載體中。在某些實施例中,聚核苷酸可使用一或多種核酸內切酶(例如歸巢核酸內切酶)併入桿狀病毒穿梭載體中。參見例如Lihoradova等人, J Virol Methods, 140(1-2):59-65 (2007),其關於將外源DNA直接選殖至桿狀病毒基因體中之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為FseI (與全域反式活化因子(gta)桿狀病毒基因對應) (ggccggcc)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為SdaI (與DNA聚合酶桿狀病毒基因對應) (cctgcagg)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為MauBI (與lef-4桿狀病毒基因對應) (cgcgcgcg)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為SbfI (與gp64/gp67桿狀病毒基因對應) (cctgcagg)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為I-CeuI (與v-cath桿狀病毒基因對應)(SEQ ID NO: 1)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為AvrII (與脫皮素UDP-葡萄糖基轉移酶(egt)桿狀病毒基因對應)(cctagg)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為NheI (gctagc)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為SpeI (actagt)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為BstZ17I (gtatac)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為NcoI (ccatgg)。在某些實施例中,桿狀病毒穿梭載體中之REN進入點為MluI (acgcgt)。
聚核苷酸可藉由以下併入至此等REN進入點中:(i)提供已經工程改造以包括目標REN裂解序列之聚核苷酸插入物(例如經工程改造以在聚核苷酸之兩端包括FseI REN序列之聚核苷酸插入物);(ii)提供桿狀病毒穿梭載體,其包括用於聚核苷酸插入之目標REN進入點(例如AcMNPV桿狀病毒穿梭載體bMON14272之變異體,其包括用適當REN酶消化經REN工程改造之聚核苷酸的FseI裂解位點(ii)(例如使用FseI酶消化在兩端包括FseI區之REN工程改造之聚核苷酸,以產生聚核苷酸-FseI插入物);(iii)用相同REN酶消化桿狀病毒穿梭載體以在REN進入點產生單切桿狀病毒穿梭載體(例如使用FseI酶在FseI位置處產生單切桿狀病毒穿梭載體);及(iv)使用適當連接酶,諸如T4連接酶將聚核苷酸插入物連接至單切桿狀病毒穿梭載體中。結果為經工程改造之桿狀病毒穿梭載體DNA,其在目標REN進入點包括經工程改造之聚核苷酸插入物。
可重複插入過程一或多次,以在不同REN進入點將其他經工程改造之聚核苷酸插入物併入至相同桿狀病毒穿梭載體中(例如在egt中之AvrII REN進入點插入第一經工程改造聚核苷酸插入物,接著在cath基因中之I-CeuI REN進入點插入第二經工程改造聚核苷酸插入物,且接著在gta基因中之FseI REN進入點插入第三經工程改造聚核苷酸插入物)。
在某些實施例中,聚核苷酸插入物可藉由用聚核苷酸插入物分裂桿狀病毒基因而併入至桿狀病毒穿梭載體中(例如,聚核苷酸插入物係併入至基因中部,將基因之5'部分與桿狀病毒穿梭載體基因之3'部分分離)。在某些實施例中,聚核苷酸插入物可藉由用融合聚核苷酸分裂桿狀病毒基因而併入至桿狀病毒穿梭載體中,該融合聚核苷酸包括聚核苷酸插入物及分裂之桿狀病毒基因之部分。在某些實施例中,融合聚核苷酸之3'端包括分裂之基因的5'部分,使得融合聚核苷酸中之基因的5'部分及保留於桿狀病毒穿梭載體中之基因的3'部分形成完整桿狀病毒基因或其功能部分。在某些實施例中,融合聚核苷酸之5'端包括分裂之基因的3'部分,使得融合聚核苷酸中之基因的3'部分及保留於桿狀病毒穿梭載體中之基因的5'部分形成完整桿狀病毒基因或其功能部分。在某些實施例中,融合聚核苷酸經工程改造及製造以包括來自gta基因ORF之組件(完整/部分Ac-lef12啟動子、完整/部分Ac-gta基因)。本發明之融合聚核苷酸之非限制性實例包括SEQ ID NO: 2及SEQ ID NO: 3之聚核苷酸。
在某些實施例中,限制性核酸內切酶(REN)裂解可用於自桿狀病毒穿梭載體移除一或多個野生型基因。在某些實施例中,限制性核酸內切酶(REN)裂解可用於移除先前已插入桿狀病毒穿梭載體中之一或多個經工程改造之聚核苷酸插入物。在某些實施例中,限制性核酸內切酶(REN)裂解可用於用包括相同REN裂解序列之不同經工程改造聚核苷酸插入物替換一或多個經工程改造聚核苷酸插入物(例如FseI REN進入點處之經工程改造聚核苷酸插入物可經包括FseI REN裂解序列之不同經工程改造聚核苷酸插入物替換)。 表現控制表現控制區
本發明之AAV表現構築體(例如表現Bac)可包含一或多個由表現控制序列編碼之表現控制區。在某些實施例中,表現控制序列係用於在病毒生產細胞,諸如昆蟲細胞中表現。在某些實施例中,表現控制序列以可操作方式連接於蛋白質編碼核苷酸序列。在某些實施例中,表現控制序列以可操作方式連接於VP編碼核苷酸序列或Rep編碼核苷酸序列。
在本文中,術語「編碼核苷酸序列」、「蛋白質編碼基因」或「蛋白質編碼核苷酸序列」係指編碼或轉譯成蛋白質產物,諸如VP蛋白或Rep蛋白之核苷酸序列。以可操作方式連接指示表現控制序列相對於編碼序列定位,使其可促進經編碼之基因產物的表現。
「表現控制序列」係指調節其所以可操作方式連接之核苷酸序列之表現的核酸序列。因此,表現控制序列可包括啟動子、增強子、非轉譯區(UTR)、內部核糖體進入位點(IRES)、轉錄終止子、在蛋白質編碼基因前面的起始密碼子、用於內含子的剪接信號及終止密碼子。在最低限度下,術語「表現控制序列」意欲包括其存在經設計以影響表現之序列,且亦可包括其他有利組分。舉例而言,前導序列及融合搭配物序列為表現控制序列。該術語亦可包含核酸序列之設計,以使得自該序列移除框中及框外之非所需的潛在起始密碼子。其亦可包含核酸序列之設計,以使得移除非所需的潛在剪接位點。其包含序列或聚腺苷酸化序列(pA),該等序列導引polyA尾之添加,polyA尾例如mRNA之3'端處的一串腺嘌呤殘基,序列稱為polyA序列。其亦可經設計以增強mRNA穩定性。在昆蟲細胞中已知影響轉錄及轉譯穩定性之表現控制序列,例如啟動子,以及影響轉譯之序列,例如科紮克序列。表現控制序列可具有此類性質:關於調節其以可操作方式連接之核苷酸序列,以使得實現更低表現量或更高表現量。
在某些實施例中,表現控制序列可包含一或多個啟動子。啟動子可包含(但不限於):桿狀病毒極晚期啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、核基因啟動子、來自一或多種物種之包含病毒及非病毒元件之嵌合啟動子及/或合成啟動子。在某些實施例中,啟動子可為Ctx、Op-EI、EI、ΔEI、EI-1、pH、polh (多角體蛋白)、Δpolh、Dmhsp70、Hr1、Hsp70、4xHsp27、EcRE+最小(minimal)、Hsp70、IE、IE-1、ΔIE-1、ΔIE、p10、Δp10 (p10之經修飾變體或衍生物)、p5、p19、p35、p40、p6.9及其變體或衍生物。在某些實施例中,啟動子為ctx啟動子。在某些實施例中,啟動子為p10啟動子。在某些實施例中,啟動子為polh啟動子。在某些實施例中,啟動子可選自組織特異性啟動子、細胞類型特異性啟動子、細胞週期特異性啟動子及其變體或衍生物。在某些實施例中,啟動子可為CMV啟動子、α1-抗胰蛋白酶(α1-AT)啟動子、甲狀腺激素結合球蛋白啟動子、甲狀腺素結合球蛋白(LPS)啟動子、HCR-ApoCII雜合啟動子、HCR-hAAT雜合啟動子、白蛋白啟動子、脂蛋白元E啟動子、α1-AT+EaIb啟動子、腫瘤選擇性E2F啟動子、單核血液IL-2啟動子及其變體或衍生物。在某些實施例中,啟動子為低表現啟動子序列。在某些實施例中,啟動子為表現增強之啟動子序列。在某些實施例中,啟動子可包含如美國專利申請案20110136227中所描述之Rep或Cap啟動子,該申請案關於表現啟動子之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,AAV表現構築體包含ctx啟動子。在一些實施例中,CTX啟動子包含如表8中所提供之序列,或與其實質上一致(例如具有至少約70%、75%、80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%或99%序列一致性)之序列。 表8:例示性CTX啟動子序列
描述 SEQ ID NO: 序列
CTX啟動子 164 tgaaactaacttacaagTtggctagtttgttaaaatacgcgctgcgcttgactcgggaatacaaagaaaacattattccacactttgatcacttgactcgattgcgcgatttaatcgacggcTtgattaaaagcgaggatgtacaacgttttaatcgcactaatcgcaatgatttaatttcggcttgcTtgcaaatcaacgttcggacgtacTtgcccaacgccacgatagatTtgcgcaaacaacccaactgtatatattttcgaatttgccaatattgccacttggaggccgacgtgccttcgcccgacgatcattcggtgtacagatacttgtgcgtcgcgtgcggcacgccgctggtcatcgaccacccgctcgacgtgttcggccacacggaggaaggcgtcaacgaactgctcgaggtgcagcgagtcaacgcgggcggggagttgtaggcgtcataactatttattaaATAAGataatttaaaaaatcgccgttaat
CTX啟動子 165 ATAAGataatttaaaaaatcgccgttaat
CTX啟動子 166 gggcggggagttgtaggcgtcataactatttattaaATAAGataatttaaaaaatcgccgttaat
在某些實施例中,表現控制序列可包含一或多個表現修飾序列,諸如小順反子插入序列。在某些實施例中,表現控制序列可包含處於起始密碼子(例如VP1起始密碼子、Rep78起始密碼子)上游及功能上鄰近/接近處之一或多種表現修飾因子(例如小順反子插入)。不受理論束縛,在起始密碼子上游及功能上鄰近/接近處插入表現修飾因子(例如小順反子)可使得掃描核糖體識別、結合及/或起始目標ORF起始密碼子(例如Rep78 ATG起始密碼子)之轉譯的能力降低。此可引起目標ORF起始密碼子(例如Rep78 ATG起始密碼子)處之轉譯起始減少,且相應地引起下游ORF起始密碼子(例如雙順反子序列內的Rep52起始密碼子)處之起始增加。
在某些實施例中,表現修飾因子(例如小順反子插入)位於目標ORF起始密碼子(例如Rep78 ATG起始密碼子)上游。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子(例如小順反子插入)與目標ORF起始密碼子(例如Rep78 ATG起始密碼子)之間包含一或多個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含1-100個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-100個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-75個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-50個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-25個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-15個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-10個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3-6個核苷酸。在某些實施例中,表現控制序列在表現修飾因子與目標ORF起始密碼子之間包含3個核苷酸。
在某些實施例中,表現修飾因子為小順反子插入序列(亦即,小開放閱讀框架)。在某些實施例中,小順反子插入序列來自桿狀病毒基因。在某些實施例中,小順反子插入序列來自桿狀病毒gp64基因。在某些實施例中,小順反子插入序列包含SEQ ID NO: 4。在某些實施例中,小順反子插入序列包含SEQ ID NO: 5。
在某些實施例中,病毒表現構築體可在所有核苷酸序列中包含相同啟動子。在某些實施例中,病毒表現構築體可在兩個或更多個核苷酸序列中包含相同啟動子。在某些實施例中,病毒表現構築體可在兩個或更多個核苷酸序列中包含不同啟動子。在某些實施例中,病毒表現構築體可在所有核苷酸序列中包含不同的啟動子。
在某些實施例中,病毒表現構築體編碼元件以改善某些細胞類型中之表現。在另一實施例中,表現構築體可包含polh及/或ΔIE-1昆蟲轉錄啟動子、CMV哺乳動物轉錄啟動子及/或p10昆蟲特異性啟動子,以在哺乳動物或昆蟲細胞中表現所需基因。
超過一個表現控制序列能夠以可操作方式連接於給定核苷酸序列。舉例而言,啟動子序列、轉譯起始序列及終止密碼子能夠以可操作方式連接於核苷酸序列。
在某些實施例中,病毒表現構築體可包含蛋白質編碼核苷酸序列之間的一或多個表現控制序列。在某些實施例中,表現控制區可包含IRES序列區,其包含編碼內部核糖體入口位點(IRES)之IRES核苷酸序列。內部核糖體入口位點(IRES)可選自由以下組成之群:來自口蹄疫病毒之FMDV-IRES、來自腦心肌炎病毒之EMCV-IRES以及其組合。
在某些實施例中,病毒表現構築體係如PCT/US2019/054600及/或美國臨時專利申請案第62/741,855號中所描述,該等申請案之內容各自以全文引用之方式併入。
在某些實施例中,病毒表現構築體可含有包含起始密碼子區之核苷酸序列,諸如編碼包含一或多個起始密碼子區之AAV衣殼蛋白的序列。在某些實施例中,起始密碼子區可在表現控制序列內。
在某些實施例中,真核mRNA之轉譯起始位點可部分地由稱作科紮克序列之核苷酸序列控制,如Kozak, M Cell. 1986年1月31日;44(2):283-92及Kozak, M. J Cell Biol. 1989年2月;108(2):229-41中所描述,該等文獻各自關於科紮克序列及其用途之內容以全文引用之方式併入本文中。科紮克形式之天然存在之及合成轉譯起始位點均可用於藉由分子遺傳技術產生多肽,Kozak, M. Mamm Genome. 1996年8月;7(8):563-74,其關於科紮克序列及其用途之內容以全文引用之方式併入本文中。剪接位點為mRNA上之序列,其促進在轉錄(形成)mRNA之後移除部分mRNA序列。通常,剪接在mRNA轉運至細胞之細胞質中之前發生於細胞核中。
在一些實施例中,本文所描述之AAV表現構築體包含經修飾之科紮克序列。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列存在於VP編碼區(例如VP1、VP2或VP3編碼區)之上游。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列存在於Rep編碼區(例如Rep52編碼區或Rep78編碼區)之上游。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列包含如表9中所提供之序列。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列包含如表10中所提供之序列。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列包含如以下中所述之序列:Noderer, William L等人. 「Quantitative analysis of mammalian translation initiation sites by FACS‐seq.」 Molecular systems biology 10.8 (2014): 748;及Diaz de Arce等人 .「Complete motif analysis of sequence requirements for translation initiation at non-AUG start codons」 Nucleic Acids Res. 2018年1月. 46(2):985-994;及Kondratov等人. 「Direct Head-to-Head Evaluation of Recombinant Adeno-associated Viral Vectors Manufactured in Human versus Insect Cells」 Molecular Therapy. 2017年12月. 25(12):2661-2675,其內容以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中,經修飾之科紮克序列包含US20200123572、WO2017181162及WO2021222472中所提供之序列,該等申請案之內容以全文引用之方式併入本文中。 表9:例示性經修飾之科紮克序列
名稱 序列 (RNA) SEQ ID NO: 序列 (DNA) SEQ ID NO:
VP1aug13 cgguguAUGgc 21 cggtgtATGgc 32
VP1aug14 cgguguAUGag 22 cggtgtATGag 33
VP1aug28 uaguggAUGag 23 tagtggATGag 34
VP1aug29 uauuggAUGag 24 tattggATGag 35
VP1aug30 caguggAUGag 25 cagtggATGag 36
VP1aug31 cauuggAUGag 26 cattggATGag 37
VP1aug32 ugguggAUGag 27 tggtggATGag 38
VP1aug33 aauuggAUGag 28 aattggATGag 39
VP1aug34 aaguggAUGag 29 aagtggATGag 40
VP1aug35 ccguggAUGag 30 ccgtggATGag 41
VP1aug36 ggguggAUGag 31 gggtggATGag 42
表10:例示性經修飾之科紮克序列
序列 (RNA) SEQ ID NO: 序列 (DNA) SEQ ID NO:
UAGUGUAUGUC 73 TAGTGTATGTC 118
UAGUUUAUGUC 74 TAGTTTATGTC 119
UGUUUUAUGUC 75 TGTTTTATGTC 120
UCUUUUAUGUC 76 TCTTTTATGTC 121
UAGUGUAUGGG 77 TAGTGTATGGG 122
UAGUUUAUGGG 78 TAGTTTATGGG 123
UGUUUUAUGGG 79 TGTTTTATGGG 124
UCUUUUAUGGG 80 TCTTTTATGGG 125
UAGUGUAUGGC 81 TAGTGTATGGC 126
UAGUUUAUGGC 82 TAGTTTATGGC 127
UGUUUUAUGGC 83 TGTTTTATGGC 128
UCUUUUAUGGC 84 TCTTTTATGGC 129
CAUUGUAUGUC 85 CATTGTATGTC 130
UCGUUUAUGGA 86 TCGTTTATGGA 131
CAGUUUAUGGU 87 CAGTTTATGGT 132
CAUUGUAUGGU 88 CATTGTATGGT 133
UAGUGUAUGCU 89 TAGTGTATGCT 134
CAUUGUAUGCU 90 CATTGTATGCT 135
UCUUUUAUGUC 91 TCTTTTATGTC 136
UGUUUUAUGUC 92 TGTTTTATGTC 137
UAGUUUAUGUC 93 TAGTTTATGTC 138
UAGUGUAUGUC 94 TAGTGTATGTC 139
CGACAUGAAUGUC 95 CGACATGAATGTC 140
AGGGAUGGAUGUC 96 AGGGATGGATGTC 141
CUUGAUGGAUGUC 97 CTTGATGGATGTC 142
CGUGAUGUAUGUC 98 CGTGATGTATGTC 143
GGCGAUGGAUGUC 99 GGCGATGGATGTC 144
CGUGAUGGAUGUC 100 CGTGATGGATGTC 145
CGUAAUGCAUGUC 101 CGTAATGCATGTC 146
GAACAUGAAUGUC 102 GAACATGAATGTC 147
GGACAUGCAUGUC 103 GGACATGCATGTC 148
AAGAAUGAAUGUC 104 AAGAATGAATGTC 149
CCCGAUGGAUGUC 105 CCCGATGGATGTC 150
GCCGAUGUAUGUC 106 GCCGATGTATGTC 151
CGGGAUGAAUGUC 107 CGGGATGAATGTC 152
GACCAUGCAUGGCU 108 GACCATGCATGGCT 153
AAUUAUGCAUGGC 109 AATTATGCATGGC 154
AGACAUGUAUGGC 110 AGACATGTATGGC 155
AAGAAUGUAUGGC 111 AAGAATGTATGGC 156
GACCAUGCAUGGCU 112 GACCATGCATGGCT 157
CGCGAUGGAUGGC 113 CGCGATGGATGGC 158
AGCGAUGGAUGGC 114 AGCGATGGATGGC 159
GAUCAUGCAUGGC 115 GATCATGCATGGC 160
CGUAAUGGAUGGC 116 CGTAATGGATGGC 161
AACGAUGUAUGGC 117 AACGATGTATGGC 162
在某些實施例中,病毒表現構築體可含有包含終止密碼子區之核苷酸序列,諸如編碼包含一或多個終止密碼子區之AAV衣殼蛋白的序列。在某些實施例中,終止密碼子區可在表現控制序列內。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含一或多個包括起始密碼子之起始密碼子區。在某些實施例中,病毒表現構築體包含一或多個包括終止密碼子之終止密碼子區。在某些實施例中,病毒表現構築體包含一或多個起始密碼子區及一或多個終止密碼子區。在某些實施例中,起始密碼子區及/或終止密碼子區可在表現控制序列內。
在某些實施例中,病毒表現構築體包含一或多個包含表現控制序列之表現控制區。在某些實施例中,表現控制區包含一或多個啟動子序列。在某些實施例中,表現控制區包含一或多個選自由以下組成之群的啟動子序列:桿狀病毒極晚期啟動子、昆蟲病毒啟動子、非昆蟲病毒啟動子、脊椎動物病毒啟動子、核基因啟動子、來自一或多種物種之包括病毒及非病毒元件之嵌合啟動子、合成啟動子及其變體或衍生物。在某些實施例中,表現控制區包含一或多個選自由以下組成之群的啟動子序列:Ctx啟動子、polh昆蟲轉錄啟動子、ΔIE-1昆蟲轉錄啟動子、p10昆蟲特異性啟動子、Δp10昆蟲特異性啟動子(p10之變體或衍生物)、CMV哺乳動物轉錄啟動子及其變體或衍生物。在某些實施例中,表現控制區包含一或多個低表現啟動子序列。在某些實施例中,表現控制區包含一或多個表現增強之啟動子序列。
在某些實施例中,表現控制區可包含2A序列區,其包含編碼病毒2A肽之2A核苷酸序列。序列允許在單一開放閱讀框架(ORF)內共轉譯多個多肽。隨著ORF經轉譯,甘胺酸及脯胺酸殘基以及2A序列防止形成正常肽鍵,其導致多肽鏈內之核糖體「跳躍」及「自裂解」。病毒2A肽可選自由以下組成之群:來自口蹄疫病毒之F2A、來自明脈扁刺蛾( Thosea asigna)病毒之T2A、來自馬鼻炎A ( Equine rhinitis A)病毒之E2A、來自豬捷申病毒-1 ( porcine teschovirus-1)之P2A、來自質型多角體病毒之BmCPV2A、來自家蠶( B. mori)軟化病病毒之BmIFV 2A及其組合。
在一些實施例中,第一及/或第二核苷酸序列包含起始密碼子及/或終止密碼子及/或內部核糖體入口位點(IRES)。在某些實施例中,IRES核苷酸序列編碼選自由以下組成之群的內部核糖體入口位點(IRES):來自口蹄疫病毒之FMDV-IRES、來自腦心肌炎病毒之EMCV-IRES以及其組合。
本發明之方法不受限於使用特定表現控制序列。然而,當達成VP產物之某一化學計量(分別對於VP1、VP2及VP3,接近1:1:10)時,以及當Rep52或Rep40 (亦稱作p19 Rep)之量顯著高於Rep78或Rep68 (亦稱作p5 Rep)時,可獲得生產細胞(諸如昆蟲細胞)中改良之AAV產率。在某些實施例中,p5/p19比率低於0.6以上、低於0.4或低於0.3,但始終為至少0.03。此等比率可以蛋白質含量量測或可與特定mRNA之相對含量有關。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為1:1:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為2:2:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為2:0:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為1-2:0-2:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為1-2:1-2:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為2-3:0-3:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為2-3:2-3:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為3:3:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為3-5:0-5:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,AAV粒子產生於病毒生產細胞(諸如哺乳動物或昆蟲細胞)中,其中所有三種VP蛋白均以接近、大約或為3-5:3-5:10 (VP1:VP2:VP3)之化學計量表現。
在某些實施例中,表現控制區經工程改造以產生選自由以下組成之群的VP1:VP2:VP3比:約或確切為1:0:10、約或確切為1:1:10、約或確切為2:1:10、約或確切為2:1:10、約或確切為2:2:10、約或確切為3:0:10、約或確切為3:1:10、約或確切為3:2:10、約或確切為3:3:10、約或確切為4:0:10、約或確切為4:1:10、約或確切為4:2:10、約或確切為4:3:10、約或確切為4:4:10、約或確切為5:5:10、約或確切為1-2:0-2:10、約或確切為1-2:1-2:10、約或確切為1-3:0-3:10、約或確切為1-3:1-3:10、約或確切為1-4:0-4:10、約或確切為1-4:1-4:10、約或確切為1-5:1-5:10、約或確切為2-3:0-3:10、約或確切為2-3:2-3:10、約或確切為2-4:2-4:10、約或確切為2-5:2-5:10、約或確切為3-4:3-4:10、約或確切為3-5:3-5:10及約或確切為4-5:4-5:10。 轉錄調節系統
本發明提供可用於調節蛋白質編碼核苷酸序列之表現的轉錄調節系統。本發明提供病毒表現構築體,其包括可用於調節蛋白質編碼核苷酸序列之表現的轉錄調節系統。本發明提供表現控制區,其包括可用於調節蛋白質編碼核苷酸序列之表現的轉錄調節系統(例如可調節表現控制區)。
在某些實施例中,轉錄調節系統在增加蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用。在某些實施例中,轉錄調節系統在減少或靜默蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用。在某些實施例中,轉錄調節系統在增加、減少或靜默編碼一或多種結構AAV衣殼蛋白(例如VP1、VP2、VP3或其組合)之核苷酸序列的表現方面起作用。在某些實施例中,轉錄調節系統在增加、減少或靜默編碼一或多種非結構AAV複製蛋白(例如Rep78、Rep52或其組合)之核苷酸序列的表現方面起作用。在某些實施例中,轉錄調節系統在增加、減少或靜默編碼一或多種有效負載多肽之核苷酸序列的表現方面起作用。
在某些實施例中,轉錄調節系統包括至少一個調節子元件及至少一個調節子結合區。在某些實施例中,調節子元件可結合至調節子結合區。在某些實施例中,調節子元件對於結合至調節子結合區具有高親和力。在某些實施例中,調節子元件為誘導性調節子元件。在某些實施例中,轉錄調節系統包括至少一個調節子元件、至少一個調節子結合區及至少一個誘導子元件。在某些實施例中,誘導子元件可降低調節子元件結合至調節子結合區之親和力。在某些實施例中,當誘導子元件不存在或以低濃度存在時,調節子元件對結合於調節子結合區具有高親和力,且當誘導子元件存在或以高濃度存在時,對結合於調節子結合區具有低親和力。在某些實施例中,誘導子元件結合至調節子元件且在調節子元件中引起構形變化,以降低與調節子結合區之結合親和力。
在某些實施例中,調節子元件為Lac抑制子(LacR)蛋白,調節子結合區為Lac操縱子(LacO)核苷酸序列,且誘導子元件為選自乳糖、異乳糖及異丙基-β-D-硫代半乳糖(IPTG)的LacR誘導子元件。LacR蛋白為結合至一或多個Lac操縱子(LacO)核苷酸序列之同四聚蛋白質。四聚LacR蛋白通常同時結合至兩個LacO序列(諸如啟動子之各側上的一個LacO序列),且在作用於LacO序列時將啟動子(例如p10啟動子)約束成環。當此發生時,減少或完全抑制啟動子之轉錄起始。LacR與LacO之結合可藉由誘導子元件(諸如糖異乳糖)之存在來控制。當異乳糖結合至LacR時,其引起LacR構形變化且不結合至LacO核苷酸序列。異乳糖之合成類似物為異丙基β-d-1-硫代半乳糖苷(IPTG)。在某些實施例中,IPTG對於異乳糖為較佳的,因為其在添加至細胞培養物中之後未代謝且因此維持LacR之穩定誘導。
在某些實施例中,調節子元件為Lac抑制子(LacR)蛋白。LacR通常為具有38 kDa之分子量的360個胺基酸蛋白質,其通常由LacI基因編碼。在某些實施例中,調節子元件為由LacR核苷酸序列(亦即,LacI基因)編碼之Lac抑制子(LacR)蛋白。在某些實施例中,LacR蛋白可為來自LacI基因之野生型大腸桿菌(E.coli) LacR。在某些實施例中,LacR蛋白為用於在病毒生產細胞諸如昆蟲細胞中表現之經工程改造之LacR蛋白。對LacI基因(及對應的工程改造LacR蛋白)之修飾可包括:將轉譯起始密碼子變為ATG或包括ATG之科紮克序列(或經修飾之科紮克序列);及將SV40核定位信號(NLS)添加至LacR之N端。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白由包括NLS序列、連接子序列以及包括經修飾之科紮克序列及ATG起始密碼子之經修飾LacI基因的序列編碼。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白由SEQ ID NO: 6編碼。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白由與SEQ ID NO: 6具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%一致性之核苷酸序列編碼。
在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白經密碼子最佳化。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白針對昆蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白針對草地黏蟲昆蟲細胞經密碼子最佳化。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白由SEQ ID NO: 7編碼。在某些實施例中,經工程改造之LacR蛋白由與SEQ ID NO: 7具有至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%一致性之核苷酸序列編碼。
在某些實施例中,調節子結合區為Lac操縱子(LacO)核苷酸序列(通常35 bp半回文DNA元件)。在某些實施例中,誘導子元件為LacR誘導子元件,諸如乳糖、異乳糖(乳糖之中間代謝物)或異丙基-β-D-硫代半乳糖(IPTG) (異乳糖類似物)。在某些實施例中,LacR誘導子元件(例如IPTG)結合至LacR且引起LacR之構形變化以降低對LacO之結合親和力。
在某些實施例中,調節子元件為Tet抑制子(TetR)蛋白或四環素控制的反式活化子蛋白(tTA) (由與來自單純疱疹病毒之VP16之強反式活化域融合的TetR構成)。在某些實施例中,調節子元件為由TetR核苷酸序列編碼之TetR蛋白。在某些實施例中,調節子元件為由tTA核苷酸序列編碼之tTA融合蛋白。在某些實施例中,調節子結合區為Tet操縱子(tetO)核苷酸序列(通常19 bp DNA元件)或Tet反應元件(TRE) (其包括一系列兩個或更多個(例如七個)重複tetO單元)。在某些實施例中,誘導子元件為TetR/tTA誘導子元件,諸如四環素(Tet)或四環素類似物,諸如多西環素(Dox)。在某些實施例中,調節子元件包括TetR蛋白或tTA融合蛋白,調節子結合區包括至少一個tetO核苷酸序列(諸如包括2-7個重複tetO單元之TRE區),且誘導子元件為選自四環素(Tet)或多西環素(Dox)之TetR/tTA誘導子元件。在某些實施例中,TetR/tTA誘導子元件(例如Tet或Dox)結合至tTA融合蛋白之TetR蛋白或TetR組件,且引起TetR多肽之構形變化以降低與tetO之結合親和力。
在某些實施例中,轉錄調節系統可包括如US 6,133,027中所描述之一或多種組件(其關於轉錄調節系統及其組件之內容以全文引用之方式併入本文中),包括特定調節子元件、調節子結合區及誘導子元件。
在某些實施例中,轉錄調節系統在病毒表現構築體之表現控制區內包括至少一個調節子結合區(例如調節子結合序列)。在某些實施例中,表現控制區包括啟動子及至少一個調節子結合區。在某些實施例中,調節子結合區為來自啟動子之5-150個或5-100個核苷酸。在某些實施例中,調節子結合區為來自啟動子之5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-55、55-60、60-65、65-70、70-80、80-90、90-100、100-110、110-120、120-130、130-140或140-150個之間的核苷酸。在某些實施例中,將調節子結合區置於已知對於啟動子功能非必需的區域中。在某些實施例中,調節子結合區為Lac操縱子(LacO)核苷酸序列。在某些實施例中,Lac操縱子(LacO)核苷酸序列為SEQ ID NO: 8。在某些實施例中,Lac操縱子(LacO)核苷酸序列為與SEQ ID NO: 8具有至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%一致性的核苷酸序列。在某些實施例中,調節子結合區包括至少一個tetO核苷酸序列(諸如包括2-7個重複tetO單元之TRE區)。在某些實施例中,啟動子為p10啟動子。在某些實施例中,啟動子為polh啟動子。在某些實施例中,調節子結合區為Lac操縱子(LacO)核苷酸序列且啟動子為p10啟動子。
在某些實施例中,表現控制區包括啟動子及2-7個調節子結合區。在某些實施例中,表現控制區包括啟動子及兩個調節子結合區。在某些實施例中,表現控制區包括啟動子及啟動子上游之上游調節子結合區,及啟動子下游之下游調節子結合區。在某些實施例中,兩個調節子結合區在其之間具有100-300個核苷酸之空間間隔(自各調節子結合區之中心核苷酸量測)。在某些實施例中,兩個調節子結合區在其之間具有150-300、150-250、150-225或150-210個核苷酸之空間間隔(自各調節子結合區之中心核苷酸量測)。在某些實施例中,兩個調節子結合區具有來自啟動子之100-105、105-110、110-115、115-120、120-125、125-130、130-135、135-140、140-145、145-150、150-155、155-160、160-165、165-170、170-175、175-180、180-185、185-190、190-195、195-200、200-205、200-210、200-215、205-210、205-215、210-215、215-220、220-225、225-230、230-235、235-240、240-245、245-250、250-255、255-260、260-265、265-270、270-275、275-280、280-285、285-290、290-295或295-300個核苷酸的空間間隔。在某些實施例中,兩個調節子結合區具有112個核苷酸之空間間隔。在某些實施例中,兩個調節子結合區具有148個核苷酸之空間間隔。在某些實施例中,兩個調節子結合區具有152個核苷酸之空間間隔。在某些實施例中,兩個調節子結合區具有200個核苷酸之空間間隔。在某些實施例中,兩個調節子結合區具有208個核苷酸之空間間隔。
在某些實施例中,轉錄調節系統包括啟動子、來自啟動子之100個核苷酸內的至少一個調節子結合區及結合至調節子結合區之至少一個調節子元件。在某些實施例中,當調節子元件結合至位於來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區時,該調節子元件在減少自啟動子之轉錄方面起作用。在某些實施例中,當調節子元件結合至位於來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區時,該調節子元件在靜默自啟動子之轉錄方面起作用。在某些實施例中,當調節子元件結合至位於來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區時,該調節子元件在減少或抑制來自啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用。在某些實施例中,調節子元件藉由干擾啟動子處之RNA聚合酶活性而在減少或靜默來自啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用,進而抑制或降低自啟動子之轉錄伸長率。
在某些實施例中,表現控制區包括啟動子、至少兩個在來自啟動子區之各端100個核苷酸內且具有200-215個核苷酸之空間間隔(自各調節子結合序列之中心核苷酸量測)的調節子結合區(亦即調節子結合序列)及至少一個結合於調節子結合區之調節子元件。在某些實施例中,當調節子元件結合至位於來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區時,該調節子元件在減少自啟動子之轉錄方面起作用。在某些實施例中,當調節子元件結合至位於來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區時,該調節子元件在靜默自啟動子之轉錄方面起作用。在某些實施例中,當調節子元件結合至位於來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區時,該調節子元件在減少或抑制來自啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用。在某些實施例中,調節子元件藉由干擾啟動子處之RNA聚合酶活性而在減少或靜默來自啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用,進而抑制或降低自啟動子之轉錄伸長率。
本發明提供一種病毒表現構築體,其包括編碼調節子元件之核苷酸序列。在某些實施例中,病毒表現構築體包括:(i)第一區或開放閱讀框架(ORF),其包括以可操作方式連接於表現控制序列之蛋白質編碼核苷酸序列,其中該表現控制序列包括啟動子及至少一個來自啟動子之100個核苷酸內之調節子結合區;及(ii)第二區或ORF,其包括編碼調節子元件之核苷酸序列;且其中由第二區/ORF中之核苷酸序列編碼之調節子元件具有針對第一區/ORF之表現控制序列內之至少一個調節子結合區的結合親和力。在某些實施例中,當調節子元件結合至第一區/ORF之表現控制序列內之調節子結合區時,來自第二區/ORF之調節子元件在減少或靜默來自第一區/ORF中之啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列之表現方面起作用。
在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由編碼一或多種結構AAV衣殼蛋白(例如VP1、VP2、VP3或其組合)之核苷酸序列操作,使得轉錄調節系統中存在之調節子元件之濃度與藉由表現來自啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列產生之AAV衣殼蛋白物質之量成比例。在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由僅編碼VP1之核苷酸序列操作。在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由僅編碼VP2之核苷酸序列操作。在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由僅編碼VP3之核苷酸序列操作。在某些實施例中,轉錄調節系統經工程改造以在病毒表現構築體藉由病毒生產細胞加工時提供約1-2:1-2:10之VP蛋白比率(VP1:VP2:VP3)。在某些實施例中,轉錄調節系統經工程改造以在病毒表現構築體藉由病毒生產細胞加工時包括引起約1-2:1-2:10之VP蛋白比率(VP1:VP2:VP3)的一定濃度之調節子元件。
在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由編碼一或多種非結構AAV複製蛋白(例如Rep78、Rep52或其組合)之核苷酸序列操作,使得轉錄調節系統中存在之調節子元件之濃度與藉由表現來自啟動子之蛋白質編碼核苷酸序列產生的AAV複製蛋白物質之量成比例。在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由僅編碼Rep78之核苷酸序列操作。在某些實施例中,轉錄調節系統可藉由僅編碼Rep52之核苷酸序列操作。在某些實施例中,轉錄調節系統經工程改造以在病毒表現構築體藉由病毒生產細胞加工時提供約1:1-10之p5 Rep蛋白(Rep78及Rep68)與p19 Rep蛋白(Rep52及Rep40)之比率。在某些實施例中,轉錄調節系統經工程改造以在病毒表現構築體藉由病毒生產細胞加工時包括引起約1:1-10之p5 Rep蛋白(Rep78及Rep68)與p19 Rep蛋白(Rep52及Rep40)之比率的一定濃度之調節子元件。
在某些實施例中,轉錄調節系統可包括WO2016137949或WO2017075335中所提供之一或多種可調節元件,該等文獻中之每一者的內容以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。 病毒生產細胞及載體昆蟲細胞
本文所揭示之本發明之病毒生產描述用於生產AAV粒子或病毒載體之製程及方法,該等AAV粒子或病毒載體接觸目標細胞以遞送有效負載構築體(例如重組AAV粒子或病毒構築體),該有效負載構築體包含編碼有效負載分子之核苷酸。病毒生產細胞可選自任何生物學生物體,包含原核(例如細菌)細胞及真核細胞,該等真核細胞包含昆蟲細胞、酵母細胞及哺乳動物細胞。在某些實施例中,本發明之AAV粒子或病毒載體可在包含昆蟲細胞之病毒生產細胞中生產。
培養物中之昆蟲細胞之生長條件,及在培養物中之昆蟲細胞中產生異源產物為此項技術中熟知的,參見美國專利第6,204,059號,其關於在病毒生產中生長及使用昆蟲細胞之內容以全文引用之方式併入本文中。
可根據本發明使用允許細小病毒之複製且可維持於培養物中之任何昆蟲細胞。通常用於生產重組AAV粒子之AAV病毒生產細胞包含(但不限於):草地黏蟲,包含(但不限於)Sf9或Sf21細胞株;果蠅( Drosophila)細胞株;或蚊子細胞株,諸如白線斑蚊( Aedes albopictus)源性細胞株。使用昆蟲細胞表現異源蛋白質為有據可查的,因為其為將核酸,諸如載體,例如昆蟲-細胞相容載體引入至此類細胞中之方法及將此類細胞維持於培養物中之方法。參見例如Methods in Molecular Biology, 編輯Richard, Humana Press, NJ (1995);O'Reilly等人, Baculovirus Expression Vectors, A Laboratory Manual, Oxford Univ. Press (1994);Samulski等人, J. Vir.63:3822-8 (1989);Kajigaya等人, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 88: 4646-50 (1991);Ruffing等人, J. Vir. 66:6922-30 (1992);Kimbauer等人,Vir.219:37-44 (1996);Zhao等人, Vir.272:382-93 (2000);及Samulski等人, 美國專利第6,204,059號,其關於昆蟲細胞在病毒生產中之用途的內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。
在一個實施例中,AAV粒子使用WO2015/191508中所描述之方法來加以製造,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,可使用與桿狀病毒系統組合之昆蟲宿主細胞系統(例如如Luckow等人, Bio/Technology 6: 47 (1988)所描述)。在某些實施例中,用於製備嵌合肽之表現系統為粉紋夜蛾(Trichoplusia ni),亦即Tn 5B1-4昆蟲細胞/桿狀病毒系統,其可用於高含量蛋白質,如美國專利第6660521號中所述,其內容以全文引用之方式併入本文中。
擴增、培養、轉染、感染及儲存昆蟲細胞可在此項技術中已知之任何細胞培養基、細胞轉染培養基或儲存培養基中進行,該等培養基包括Hyclone SFX昆蟲細胞培養基、Expression System ESF AF昆蟲細胞培養基、ThermoFisher Sf900II培養基、ThermoFisher Sf900III培養基或ThermoFisher Grace之昆蟲培養基。本發明之昆蟲細胞混合物亦可包括本發明中所描述之調配物添加劑或元素中之任一者,包括(但不限於)鹽、酸、鹼、緩衝劑、界面活性劑(諸如泊洛沙姆(Poloxamer) 188/普洛尼克(Pluronic) F-68)及其他已知培養基元素。調配物添加劑可逐漸或以「尖峰(spike)」形式(在短時間內併入大量體積)併入。 桿狀病毒生產系統
在某些實施例中,本發明之方法可包含使用病毒,例如AAV、表現構築體及有效負載構築體載體(例如AAV有效負載表現構築體)產生桿狀病毒系統中之AAV粒子或病毒載體。在某些實施例中,桿狀病毒系統包含桿狀病毒表現載體(BEV)及/或經桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC)。在某些實施例中,本發明之病毒表現構築體(例如AAV表現構築體)或有效負載構築體(例如AAV有效負載構築體)可為桿狀病毒穿梭載體,亦稱為桿狀病毒質體或重組桿狀病毒基因體。在某些實施例中,編碼AAV衣殼蛋白(例如VP1蛋白、VP2蛋白及/或VP3蛋白)之VP編碼區、編碼AAV rep蛋白(例如Rep52蛋白、Rep40蛋白、Rep68蛋白、Rep78蛋白或其組合)之Rep編碼區及/或有效負載編碼區(例如編碼本文所描述之有效負載)藉由分子生物學技術(例如轉座子供體/受體系統或Gibson組裝)併入至桿狀病毒穿梭載體中以產生本文所描述之AAV表現構築體。分離病毒複製細胞群之轉染產生兩組或更多組(例如,兩組、三組) AAV表現構築體,及一或多組,該一或多組可包含有效負載構築體(例如,桿狀病毒為「有效負載BEV」或「有效負載Bac」)。本文中所描述之包含桿狀病毒基因體(例如,變異型桿狀病毒基因體)之AAV表現構築體可用於產生細胞(例如,病毒生產細胞)中之AAV粒子或病毒載體。
在某些實施例中,方法包含轉染單一病毒複製細胞群體以產生包含病毒表現構築體及有效負載構築體之單一桿狀病毒(BEV)組。此等桿狀病毒可用於感染病毒生產細胞以生產AAV粒子或病毒載體。
在某些實施例中,使用桿狀病毒穿梭載體轉染劑,諸如Promega FuGENE HD、WFI水或ThermoFisher Cellfectin II試劑來生產BEV。在某些實施例中,在諸如昆蟲細胞之病毒生產細胞中生產及擴增BEV。
在某些實施例中,該方法利用包含一或多種BEV之病毒生產細胞之種子培養物,該一或多種BEV包含經桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC)。種子BIIC已經包含病毒表現構築體之表現BEV,亦及包含有效負載構築體之有效負載BEV轉染/轉導/感染。在某些實施例中,收穫種子培養物,將其分成等分試樣且冷凍,且可在稍後時間使用以起始原生生產細胞群體之轉染/轉導/感染。在某些實施例中,一組種子BIIC儲存在-80℃下或在LN 2蒸氣中儲存。
桿狀病毒由若干必需蛋白質製成,該等必需蛋白質對於桿狀病毒之功能及複製為必需的,諸如複製蛋白、包膜蛋白及衣殼蛋白。桿狀病毒基因體因此包含編碼必需蛋白質之若干必需基因核苷酸序列。作為非限制性實例,基因體可包含必需基因型區域,其包含編碼用於桿狀病毒構築體之必需蛋白質的必需基因型核苷酸序列。必需蛋白質可包含:GP64桿狀病毒包膜蛋白、VP39桿狀病毒衣殼蛋白或用於桿狀病毒構築體之其他類似的必需蛋白質。
用於在包含(但不限於)草地黏蟲(Sf9)細胞之昆蟲細胞中生產AAV粒子之桿狀病毒表現載體(BEV)提供高效價之病毒載體產物。編碼病毒表現構築體及有效負載構築體之重組桿狀病毒引發病毒載體複製細胞之產毒性感染(productive infection)。自初級感染釋放之感染性桿狀病毒粒子其次感染培養物中之額外細胞,以指數方式感染多個感染週期中之整個細胞培養物群體(其為初始感染倍率之函數),參見Urabe, M.等人. J Virol. 2006年2月;80(4):1874-85,其關於BEV及病毒粒子之生產及用途之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,藉由利用無效價感染細胞保存及按比例擴大系統,本發明之生產系統在多個繼代內解決桿狀病毒不穩定性。病毒產生細胞之小規模種子培養物經編碼AAV粒子之結構及/或非結構組分的病毒表現構築體轉染。將桿狀病毒感染之病毒產生細胞收穫為可在液氮中低溫保藏之等分試樣;等分試樣保留感染大規模病毒產生細胞培養物之活力及感染性,Wasilko DJ等人. Protein Expr Purif. 2009年6月;65(2):122-32,其關於BEV及病毒粒子之生產及用途之內容以全文引用之方式併入本文中。
遺傳穩定之桿狀病毒可用於產生用以在無脊椎細胞中產生AAV粒子之組分中的一或多者之來源。在某些實施例中,缺陷型桿狀病毒表現載體可游離地維持於昆蟲細胞中。在此類實施例中,對應桿狀病毒穿梭載體載體用複製控制元件工程改造,該等複製控制元件包含(但不限於):啟動子、增強子及/或細胞週期調節複製元件。
在某些實施例中,桿狀病毒可經標記物工程改造以用於重組至殼質酶/組織蛋白酶基因座中。chia/v-cath基因座對於在組織培養物中繁殖桿狀病毒為非必需的,且V-cath (EC 3.4.22.50)係對含有受質之Arg-Arg二肽活性最強之半胱胺酸內切蛋白酶。Arg-Arg二肽存在於濃核病毒及細小病毒衣殼結構蛋白中但偶爾出現於依賴病毒VP1中。
在某些實施例中,容許桿狀病毒感染之穩定的病毒生產細胞用AAV複製及載體生產所需之元件中之任一者的至少一個穩定整合複本進行工程改造,該至少一個複本包含(但不限於):完整AAV基因體、Rep及Cap基因、Rep基因、Cap基因、呈獨立轉錄卡匣形式之各Rep蛋白、呈獨立轉錄卡匣形式之各VP蛋白、AAP (組裝活化蛋白)或至少一種具有天然或非天然啟動子之桿狀病毒輔助基因。
在某些實施例中,AAV表現構築體(例如桿狀病毒表現載體(BEV))可基於加洲苜蓿夜蛾多核型多角體病毒(AcMNPV桿狀病毒,例如病毒株E2)或BmNPV桿狀病毒。在某些實施例中,本發明之桿狀病毒穿梭載體係基於AcMNPV桿狀病毒穿梭載體,諸如bmon14272、vAce25ko或vAclef11KO (例如其經工程改造變異體)。
在某些實施例中,AAV表現構築體(例如BEV)在v-cath蛋白酶基因中包含破壞(例如改變),其中v-cath基因已中斷、突變、部分缺失或完全缺失(「v-cath修飾之BEV」)。在某些實施例中,BEV缺乏v-cath基因或包含v-cath基因之突變失活型式(「v-cath失活之BEV」)。在某些實施例中,BEV缺乏v-cath基因。在某些實施例中,BEV包含v-cath基因之突變失活型式。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中桿狀病毒chiA殼質酶基因已突變、部分缺失或完全缺失的BEV(「chiA修飾之BEV」)。在某些實施例中,BEV缺乏chiA基因或包含chiA基因之突變失活型式(「chiA失活之BEV」)。在某些實施例中,BEV缺乏chiA基因。在某些實施例中,BEV包含chiA基因之突變失活型式。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中桿狀病毒v-cath蛋白酶基因及/或桿狀病毒chiA殼質酶基因已突變、部分缺失或完全缺失的BEV(「v-cath修飾之BEV」)。在某些實施例中,v-cath及/或chiA基因藉由同源重組突變/缺失。在某些實施例中,v-cath及/或chiA基因藉由用映射至衍生自AcMNPV病毒株C6 (而非親本病毒株E2)之chiA C端及gp64 C端之區域進行同源重組而突變/缺失。在某些實施例中,v-cath及/或chiA基因藉由同源重組突變/缺失,導致相對於病毒株E2之若干點突變(亦即在殘餘chiA C端中)。在某些實施例中,v-cath及/或chiA基因藉由用歸巢核酸內切酶I-CeuI之26 bp識別位點置換而突變/缺失。在某些實施例中,使chiA基因突變/缺失,使得保持chiA C端之一部分保留必需桿狀病毒基因lef7之啟動子區。
在某些實施例中,藉由用經AscI側接之LacZa卡匣(例如經AscI側接之經密碼子最佳化之LacZa卡匣)置換,v-cath及/或chiA基因突變/缺失。在某些實施例中,經AscI側接之LacZa卡匣以功能方式插入v-cath基因座中之p10啟動子下游。在某些實施例中,經AscI側接之LacZa卡匣允許在群落篩選步驟中進行藍色/白色群落表型分型。在某些實施例中,經AscI側接之LacZa卡匣可經AscI消化,從而產生DNA末端,其與PacI切除之序列插入物(例如來自轉殖基因質體構築體或VP1/VP2/VP3表現構築體的PacI切除之轉殖基因插入物)的Gibson組裝相容。
在某些實施例中,AAV表現構築體(例如BEV)可包含在BEV之v-cath基因座內具有VP編碼序列的VP編碼區。在某些實施例中,BEV可包含v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列。
在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)可包含在BEV之v-cath基因座內具有Rep編碼序列的Rep編碼區。在某些實施例中,BEV可包含v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep78、Rep52或其組合之Rep核苷酸序列。
在某些實施例中,AAV表現構築體(例如BEV)可包含在BEV之v-cath基因座內具有VP編碼序列的VP編碼區,及在BEV之v-cath基因座內具有Rep編碼序列的Rep編碼區。在某些實施例中,BEV可包含v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列,及v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep78、Rep52或其組合之Rep編碼序列。
在某些實施例中,AAV表現構築體(例如BEV)可包含:(1) v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列;及(ii) v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep78或Rep52之Rep編碼序列。在某些實施例中,BEV可包含:(1) v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列;及(ii) v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep78之Rep編碼序列。在某些實施例中,BEV可包含:(1) v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列;及(ii) v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep52之Rep編碼序列。在某些實施例中,BEV可包含:(1) v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列;(ii) v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep78之Rep編碼序列;及(iii)不同基因座(例如egt基因座)中之Rep編碼區,其包含編碼Rep52之Rep編碼序列。在某些實施例中,BEV可包含:(1) v-cath基因座中之VP編碼區,其包含編碼VP1、VP2、VP3或其組合之VP核苷酸序列;(ii) v-cath基因座中之Rep編碼區,其包含編碼Rep52之Rep編碼序列;及(iii)不同基因座(例如egt基因座)中之Rep編碼區,其包含編碼Rep78之Rep編碼序列。
在某些實施例中,AAV表現(例如BEV)為其中桿狀病毒基因p26缺失或突變失活之BEV。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中桿狀病毒基因p10缺失或突變失活之BEV。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中桿狀病毒基因p74缺失或突變失活之BEV。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中桿狀病毒基因p26、p10及/或p74缺失或突變失活之BEV。參見例如Hitchman等人, Cell biology and toxicology 26.1 (2010): 57-68;其關於桿狀病毒載體中p26、p10及/或p74基因之缺失、置換及/或突變失活以全文引用之方式併入本文中。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中桿狀病毒基因p26、p10及/或p74缺失且用經I-SceI側接之氯黴素抗性卡匣置換之BEV。在某些實施例中,移除氯黴素抗性卡匣以提供單一I-SceI切割位點。
在某些實施例中,AAV表現(例如BEV)包含AscI側接之LacZa卡匣(例如在桿狀病毒載體之卡那黴素抗性卡匣與小型F複製子(例如多角體蛋白基因座)之間的AscI側接之經密碼子最佳化之LacZa卡匣(例如藉由置換原生LacZa卡匣,諸如bMON14272中之原生LacZa卡匣)。在某些實施例中,經AscI側接之LacZa卡匣允許在群落篩選步驟中進行藍色/白色群落表型分型。在某些實施例中,經AscI側接之LacZa卡匣可經AscI消化,從而產生DNA末端,其與PacI切除之序列插入物(例如來自轉殖基因質體構築體的PacI切除之轉殖基因插入物)的Gibson組裝相容。在某些實施例中,自多角體蛋白基因座移除經AscI側接之LacZa卡匣,且用單一SrfI切割位點置換。
在某些實施例中,AAV表現構築體(例如BEV)為其中位於細菌小型F複製子之ccdB ORF中的SrfI位點靜默突變(例如無胺基酸變化)之BEV。在某些實施例中,桿狀病毒表現載體(BEV)為其中ac-arif-1及ac-pkip-1基因中之AscI位點靜默突變(例如無胺基酸變化)之BEV。
本發明之病毒生產桿狀病毒穿梭載體可包含某些桿狀病毒基因或基因座之缺失。
本發明提供用於生產經桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC),例如表現BIIC及/或有效負載BIIC之方法。在某些實施例中,本發明提供用於生產經桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC)之方法,其包含以下步驟:(a)將一定體積之細胞培養基引入生物反應器中;(b)將至少一個病毒生產細胞(VPC)引入該生物反應器中且使該生物反應器中之VPC數目擴增至目標VPC細胞密度;(c)將至少一種桿狀病毒表現載體(BEV)引入該生物反應器中,其中該BEV包含AAV病毒表現構築體或AAV有效負載構築體;(d)在允許至少一種BEV感染至少一個VPC以生產經桿狀病毒感染之昆蟲細胞(BIIC)的條件下,在該生物反應器中培育VPC與BEV之混合物;(e)在允許該生物反應器中之BIIC數目達到目標BIIC細胞密度之條件下培育該生物反應器;及(f)自該生物反應器收穫該等BIIC。在某些實施例中,生物反應器之體積為至少5 L、10 L、20 L、50 L、100 L或200 L。在某些實施例中,生物反應器中之細胞培養基之體積(亦即工作體積)為至少5 L、10 L、20 L、50 L、100 L或200 L。
在某些實施例中,BEV引入時之VPC密度為1.0×10 5-2.5×10 5、2.5×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-7.5×10 5、7.5×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-5.0×10 6、1.0×10 6-2.0×10 6、1.5×10 6-2.5×10 6、2.0×10 6-3.0×10 6、2.5×10 6-3.5×10 6、3.0×10 6-4.0×10 6、3.5×10 6-4.5×10 6、4.0×10 6-5.0×10 6、4.5×10 6-5.5×10 6、5.0×10 6-1.0×10 7、5.0×10 6-6.0×10 6、5.5×10 6-6.5×10 6、6.0×10 6-7.0×10 6、6.5×10 6-7.5×10 6、7.0×10 6-8.0×10 6、7.5×10 6-8.5×10 6、8.0×10 6-9.0×10 6、8.5×10 6-9.5×10 6、9.0×10 6-1.0×10 7、9.5×10 6-1.5×10 7、1.0×10 7-5.0×10 7或5.0×10 7-1.0×10 8個細胞/mL。在某些實施例中,BEV引入時之VPC密度為5.0×10 5、6.0×10 5、7.0×10 5、8.0×10 5、9.0×10 5、1.0×10 6、1.5×10 6、2.0×10 6、2.5×10 6、3.0×10 6、3.5×10 6、4.0×10 6、4.5×10 6、5.0×10 6、5.5×10 6、6.0×10 6、6.5×10 6、7.0×10 6、7.5×10 6、8.0×10 6、8.5×10 6、9.0×10 6、9.5×10 6、1.0×10 7、1.5×10 7、2.0×10 7、2.5×10 7、3.0×10 7、4.0×10 7、5.0×10 7、6.0×10 7、7.0×10 7、8.0×10 7或9.0×10 7個細胞/mL。
在某些實施例中,BEV引入時之目標VPC細胞密度為1.5-4.0×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,BEV引入時之目標VPC細胞密度為2.0-3.5×10 6個細胞/mL。
在某些實施例中,將BEV以BEV對VPC之目標感染倍率(MOI)引入生物反應器中。在某些實施例中,BEV MOI為0.0005-0.003,或更特定言之為0.001-0.002。
在某些實施例中,在特定BIIC細胞密度下自生物反應器收穫BIIC。在某些實施例中,自生物反應器收穫之BIIC具有特定BIIC細胞密度。在某些實施例中,在收穫時之BIIC細胞密度為6.0-18.0×10 6個細胞/mL、8.0-16.5×10 6個細胞/mL、10.0-16.5×10 6個細胞/mL。
在某些實施例中,使用BIIC (表現BIIC、有效負載BIIC)轉染病毒生產細胞,例如Sf9細胞。在一些實施例中,包含諸如BEV之桿狀病毒穿梭載體之桿狀病毒用於轉染病毒生產細胞,例如Sf9細胞。 其他物種
在某些實施例中,表現宿主包含(但不限於):埃希氏桿菌屬( Escherichia)、芽孢桿菌屬( Bacillus)、假單胞菌屬( Pseudomonas)或沙門氏菌屬( Salmonella)內之細菌物種。
在某些實施例中,可將包含穩定整合於細胞的染色體內之AAV rep及cap基因的宿主細胞用於AAV粒子生產。在非限制性實例中,在其染色體中具有穩定整合之AAV rep基因及AAV cap基因之至少兩個複本的宿主細胞可用於根據美國專利第7238526號中所描述之方法及構築體產生AAV粒子,該專利關於生產病毒粒子之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,AAV粒子可在經分子穩定轉型之宿主細胞中生產,該分子包含准許在宿主細胞中調節表現稀有限制酶之核酸序列,如US20030092161及EP1183380中所描述,其關於病毒粒子生產之內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。
在某些實施例中,生產方法及生產AAV粒子之細胞株可包含(但不限於)以下所教示之彼等:PCT/US1996/010245、PCT/US1997/015716、PCT/US1997/015691、PCT/US1998/019479、PCT/US1998/019463、PCT/US2000/000415、PCT/US2000/040872、PCT/US2004/016614、PCT/US2007/010055、PCT/US1999/005870、PCT/US2000/004755、美國專利申請案第US08/549489號、US08/462014、US09/659203、US10/246447、US10/465302、美國專利第US6281010號、US6270996、US6261551、US5756283、US6428988、US6274354、US6943019、US6482634、(讓與NIH:US7238526、US6475769)、US6365394 (讓與NIH)、US7491508、US7291498、US7022519、US6485966、US6953690、US6258595、EP2018421、EP1064393、EP1163354、EP835321、EP931158、EP950111、EP1015619、EP1183380、EP2018421、EP1226264、EP1636370、EP1163354、EP1064393、US20030032613、US20020102714、US20030073232、US20030040101 (讓與NIH)、US20060003451、US20020090717、US20030092161、US20070231303、US20060211115、US20090275107、US2007004042、US20030119191、US20020019050,其內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。 病毒生產系統大規模生產
在某些實施例中,AAV粒子生產可經修改以增加生產規模。根據本發明之大規模病毒生產方法可包含以下中教示之方法或加工步驟中之任一者:美國專利第5,756,283號、第6,258,595號、第6,261,551號、第6,270,996號、第6,281,010號、第6,365,394號、第6,475,769號、第6,482,634號、第6,485,966號、第6,943,019號、第6,953,690號、第7,022,519號、第7,238,526號、第7,291,498號及第7,491,508號,或國際公開案第WO1996039530號、第WO1998010088號、第WO1999014354號、第WO1999015685號、第WO1999047691號、第WO2000055342號、第WO2000075353及第WO2001023597號,其內容各自以全文引用之方式併入本文中。
增加AAV粒子生產規模之方法通常包含增加病毒生產細胞之數目。在某些實施例中,病毒生產細胞包含黏附細胞。為了藉由黏附病毒生產細胞增加AAV粒子生產規模,需要較大的細胞培養物表面。在某些實施例中,大規模生產方法包含使用滾瓶以增加細胞培養物表面。具有增加之表面積的其他細胞培養物受質係此項技術中已知的。具有增加之表面積的額外黏附細胞培養產物之實例包含(但不限於):iCELLis (Pall公司, Port Washington, NY)、CELLSTACK ®、CELLCUBE ®(Corning公司, Corning, NY)及NUNC TMCELL FACTORY TM(Thermo Scientific, Waltham, MA)。在某些實施例中,大規模黏附細胞表面可包含約1,000 cm 2至約100,000 cm 2
在某些實施例中,本發明之大規模病毒生產方法可包含使用懸浮細胞培養物。懸浮細胞培養物可實現顯著增加之細胞數目。通常,可在約10-50 cm 2表面積上生長之一定數目的黏附細胞可以懸浮形式以約1 cm 3體積生長。
在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含約1.0×10 7至約9.9×10 9個細胞、約1.0×10 8至約9.9×10 10個細胞、約1.0×10 9至約9.9×10 11個細胞、約1.0×10 10至約9.9×10 12個細胞、約1.0×10 11至約9.9×10 13個細胞、約1.0×10 12至約9.9×10 14個細胞、約1.0×10 13至約9.9×10 15個細胞、約1.0×10 14至約9.9×10 16個細胞、約1.0×10 15至約9.9×10 17個細胞或約1.0×10 16至約9.9×10 18個細胞。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 12個AAV粒子。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 13個AAV粒子。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 14個AAV粒子。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 15個AAV粒子。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 16個AAV粒子。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 17個AAV粒子。在某些實施例中,大規模細胞培養物可包含至少1.0×10 18個AAV粒子。
以大規模培養物形式之複製細胞之轉染可根據此項技術中已知之任何方法進行。對於大規模黏附細胞培養物,轉染方法可包含(但不限於):使用無機化合物(例如磷酸鈣)、有機化合物(例如聚乙二亞胺(PEI))或使用非化學方法(例如電穿孔)。對於以懸浮形式生長之細胞,轉染方法可包含(但不限於):使用無機化合物(例如磷酸鈣)、有機化合物(例如聚乙二亞胺(PEI))或使用非化學方法(例如電穿孔)。在某些實施例中,大規模懸浮培養物之轉染可根據Feng, L.等人, 2008. Biotechnol Appl Biochem. 50:121-32中所描述之標題為「Transfection Procedure」之章節進行,其內容以全文引用之方式併入本文中。根據此類實施例,可形成PEI-DNA複合物以用於引入待轉染之質體。在某些實施例中,用PEI-DNA複合物轉染之細胞可在轉染之前進行『休克』。此包含將細胞培養物溫度降低至4℃持續約1小時之時段。在某些實施例中,細胞培養物可休克約10分鐘至約5小時之時段。在某些實施例中,細胞培養物可在約0℃至約20℃之溫度下休克。
在某些實施例中,轉染可包含一或多種用於表現RNA效應分子以減少來自一或多種有效負載構築體之核酸表現的載體。此類方法可藉由減少在表現有效負載構築體上浪費之細胞資源來提高AAV粒子之生產。在某些實施例中,此類方法可根據美國公開案第US2014/0099666號中所教示之彼等方法進行,該公開案之內容以全文引用之方式併入本文中。 生物反應器
在某些實施例中,懸浮細胞培養物生物反應器可用於大規模生產AAV粒子。在某些實施例中,生物反應器包含攪拌槽反應器。此類反應器一般包含具有攪拌器(例如葉輪)之容器,其形狀通常為圓柱形。在某些實施例中,此類生物反應器容器可置放於水套內以控制容器溫度及/或將環境溫度變化之影響降至最低。
生物反應器容器體積之大小可在以下範圍內:約500 ml至約2 L、約2 L至約5 L、約5 L至約20 L、約20 L至約50 L、約50 L至約100 L、約100 L至約500 L、約500 L至約2,000 L、約2,000 L至約10,000 L、約10,000 L至約20,000 L、約20,000 L至約50,000 L或超過50,000 L。容器底部可為圓形或平坦的。在某些實施例中,動物細胞培養物可維持在具有圓形容器底部之生物反應器中。
在某些實施例中,生物反應器容器可經由使用熱循環器而升溫。熱循環器在水套周圍泵送熱水。在某些實施例中,經加熱之水可經由存在於生物反應器容器內之管道(例如蛇形管)泵送。在某些實施例中,暖氣可在生物反應器周圍循環,包含(但不限於)培養基正上方之空氣空間。另外,可維持pH值及CO 2含量以最佳化細胞活力。
在某些實施例中,生物反應器可包含中空纖維反應器。中空纖維生物反應器可負載貼壁依賴性及非貼壁依賴性細胞兩者之培養物。其他生物反應器可包含(但不限於)填充床或固定床生物反應器。此類生物反應器可包含具有用於黏附細胞附著之玻璃珠的容器。其他填充床反應器可包含陶瓷珠。
在某些實施例中,病毒粒子經由使用拋棄式生物反應器而生產。在某些實施例中,生物反應器可包含GE WAVE生物反應器、GE Xcellerax生物反應器、Sartorius Biostat生物反應器、ThermoFisher Hyclone生物反應器或Pall Allegro生物反應器。
在某些實施例中,細胞生物反應器培養物中之AAV粒子生產可根據美國專利第5,064764號、第6,194,191號、第6,566,118號、第8,137,948號或美國專利申請案第US2011/0229971號中教示之方法或系統進行,該等文獻之內容各自以全文引用之方式併入本文中。 病毒生產細胞(VPC)混合物之擴增
在某些實施例中,本發明之AAV粒子或病毒載體可在病毒生產細胞(VPC),諸如昆蟲細胞中生產。生產細胞可源自細胞庫(CB)且通常儲存於冷凍細胞庫中。
在某些實施例中,來自細胞庫之病毒生產細胞以冷凍形式提供。將冷凍細胞之小瓶解凍,通常直至冰晶消散。在某些實施例中,冷凍細胞在10℃-50℃、15℃-40℃、20℃-30℃、25℃-50℃、30℃-45℃、35℃-40℃或37℃-39℃之溫度下解凍。在某些實施例中,冷凍的病毒生產細胞使用經加熱之水浴解凍。
在某些實施例中,解凍之CB細胞混合物的細胞密度將為1.0×10 4-1.0×10 9個細胞/mL。在某些實施例中,解凍之CB細胞混合物的細胞密度為1.0×10 4-2.5×10 4個細胞/mL、2.5×10 4-5.0×10 4個細胞/mL、5.0×10 4-7.5×10 4個細胞/mL、7.5×10 4-1.0×10 5個細胞/mL、1.0×10 5-2.5×10 5個細胞/mL、2.5×10 5-5.0×10 5個細胞/mL、5.0×10 5-7.5×10 5個細胞/mL、7.5×10 5-1.0×10 6個細胞/mL、1.0×10 6-2.5×10 6個細胞/mL、2.5×10 6-5.0×10 6個細胞/mL、5.0×10 6-7.5×10 6個細胞/mL、7.5×10 6-1.0×10 7個細胞/mL、1.0×10 7-2.5×10 7個細胞/mL、2.5×10 7-5.0×10 7個細胞/mL、5.0×10 7-7.5×10 7個細胞/mL、7.5×10 7-1.0×10 8個細胞/mL、1.0×10 8-2.5×10 8個細胞/mL、2.5×10 8-5.0×10 8個細胞/mL、5.0×10 8-7.5×10 8個細胞/mL或7.5×10 8-1.0×10 9個細胞/mL。
在某些實施例中,CB細胞混合物之體積擴大。此過程通常稱為種子馴養(Seed Train)、種子擴增或CB細胞擴增。細胞/種子擴增可包含使用依次增大的工作體積經由多個擴增步驟來接種及擴增細胞混合物之連續步驟。在某些實施例中,細胞擴增可包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、七個或超過七個擴增步驟。在某些實施例中,細胞擴增之工作體積可包含以下工作體積或工作體積範圍中之一或多者:5 mL、10 mL、20 mL、5-20 mL、25 mL、30 mL、40 mL、50 mL、20-50 mL、75 mL、100 mL、125 mL、150 mL、175 mL、200 mL、50-200 mL、250 mL、300 mL、400 mL、500 mL、750 mL、1000 mL、250-1000 mL、1250 mL、1500 mL、1750 mL、2000 mL、1000-2000 mL、2250 mL、2500 mL、2750 mL、3000 mL、2000-3000 mL、3500 mL、4000 mL、4500 mL、5000 mL、3000-5000 mL、5.5 L、6.0 L、7.0 L、8.0 L、9.0 L、10.0 L及5.0-10.0 L。
在某些實施例中,來自第一擴增細胞混合物之一定體積的細胞可用於接種第二單獨的種子馴養/種子擴增(而非使用經解凍之CB細胞混合物)。此過程通常稱為滾動接種。在某些實施例中,滾動接種用於一系列之兩個或更多個(例如,兩個、三個、四個或五個)單獨的種子馴養/種子擴增中。
在某些實施例中,大體積細胞擴增可包含使用生物反應器,諸如GE WAVE生物反應器、GE Xcellerex生物反應器、Sartorius Biostat生物反應器、ThermoFisher Hyclone生物反應器或Pall Allegro生物反應器。
在某些實施例中,將工作體積內之細胞密度擴增至目標輸出細胞密度。在某些實施例中,擴增步驟之輸出細胞密度為1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-5.0×10 6、5.0×10 6-1.0×10 7、1.0×10 7-5.0×10 7、5.0×10 7-1.0×10 8、5.0×10 5、6.0×10 5、7.0×10 5、8.0×10 5、9.0×10 5、1.0×10 6、2.0×10 6、3.0×10 6、4.0×10 6、5.0×10 6、6.0×10 6、7.0×10 6、8.0×10 6、9.0×10 6、1.0×10 7、2.0×10 7、3.0×10 7、4.0×10 7、5.0×10 7、6.0×10 7、7.0×10 7、8.0×10 7或9.0×10 7個細胞/mL。
在某些實施例中,工作體積之輸出細胞密度提供用於更大的連續工作體積之接種細胞密度。在某些實施例中,擴增步驟之接種細胞密度為1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-5.0×10 6、5.0×10 6-1.0×10 7、1.0×10 7-5.0×10 7、5.0×10 7-1.0×10 8、5.0×10 5、6.0×10 5、7.0×10 5、8.0×10 5、9.0×10 5、1.0×10 6、2.0×10 6、3.0×10 6、4.0×10 6、5.0×10 6、6.0×10 6、7.0×10 6、8.0×10 6、9.0×10 6、1.0×10 7、2.0×10 7、3.0×10 7、4.0×10 7、5.0×10 7、6.0×10 7、7.0×10 7、8.0×10 7或9.0×10 7個細胞/mL。
在某些實施例中,細胞擴增可持續1-50天。各細胞擴增步驟或總細胞擴增可持續1-10天、1-5天、1-3天、2-3天、2-4天、2-5天、2-6天、3-4天、3-5天、3-6天、3-8天、4-5天、4-6天、4-8天、5-6天或5-8天。在某些實施例中,各細胞擴增步驟或總細胞擴增可持續1-100代、1-1000代、100-1000代、100代或更多代或1000代或更多代。
在某些實施例中,經感染或轉染之生產細胞可以與CB細胞混合物相同之方式擴增,如本發明中所闡述。 病毒生產細胞之感染
在某些實施例中,本發明之AAV粒子在諸如昆蟲細胞之病毒生產細胞(VPC)中藉由用包含AAV表現構築體之病毒載體及/或包含AAV有效負載構築體之病毒載體感染VPC來生產。在某些實施例中,VPC經包含AAV表現構築體之表現BEV及包含AAV有效負載構築體之有效負載BEV感染。
在某些實施例中,AAV粒子由經包含AAV表現構築體及AAV有效負載構築體兩者之病毒載體感染VPC而生產。在某些實施例中,VPC經包含AAV表現構築體及AAV有效負載構築體兩者之單一BEV感染。
在某些實施例中,VPC (諸如昆蟲細胞)在包含以下步驟之感染方法中使用感染BIIC進行感染:(i)將VPC集合接種至生產用生物反應器中;(ii)接種之VPC可視情況擴增至目標工作體積及細胞密度;(iii)將包含表現BEV之感染BIIC及包含有效負載BEV之感染BIIC注入至生產用生物反應器中,生產感染之病毒生產細胞;及(iv)培育經感染之病毒生產細胞,以在病毒生產細胞內生產AAV粒子。
在某些實施例中,感染時之VPC密度為1.0×10 5-2.5×10 5、2.5×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-7.5×10 5、7.5×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-5.0×10 6、1.0×10 6-2.0×10 6、1.5×10 6-2.5×10 6、2.0×10 6-3.0×10 6、2.5×10 6-3.5×10 6、3.0×10 6-3.4×10 6、3.0×10 6-4.0×10 6、3.5×10 6-4.5×10 6、4.0×10 6-5.0×10 6、4.5×10 6-5.5×10 6、5.0×10 6-1.0×10 7、5.0×10 6-6.0×10 6、5.5×10 6-6.5×10 6、6.0×10 6-7.0×10 6、6.5×10 6-7.5×10 6、7.0×10 6-8.0×10 6、7.5×10 6-8.5×10 6、8.0×10 6-9.0×10 6、8.5×10 6-9.5×10 6、9.0×10 6-1.0×10 7、9.5×10 6-1.5×10 7、1.0×10 7-5.0×10 7或5.0×10 7-1.0×10 8個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為5.0×10 5、6.0×10 5、7.0×10 5、8.0×10 5、9.0×10 5、1.0×10 6、1.5×10 6、2.0×10 6、2.5×10 6、3.0×10 6、3.1×10 6、3.2×10 6、3.3×10 6、3.4×10 6、3.5×10 6、4.0×10 6、4.5×10 6、5.0×10 6、5.5×10 6、6.0×10 6、6.5×10 6、7.0×10 6、7.5×10 6、8.0×10 6、8.5×10 6、9.0×10 6、9.5×10 6、1.0×10 7、1.5×10 7、2.0×10 7、2.5×10 7、3.0×10 7、4.0×10 7、5.0×10 7、6.0×10 7、7.0×10 7、8.0×10 7或9.0×10 7個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為2.0-3.5×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為3.5-5.0×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為5.0-7.5×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為5.0-10.0×10 6個細胞/mL。
在某些實施例中,感染時之VPC密度為1.0×10 5-2.5×10 5、2.5×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-7.5×10 5、7.5×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-5.0×10 6、1.0×10 6-2.0×10 6、1.5×10 6-2.5×10 6、2.0×10 6-3.0×10 6、2.5×10 6-3.5×10 6、3.0×10 6-3.4×10 6、3.0×10 6-4.0×10 6、3.5×10 6-4.5×10 6、4.0×10 6-5.0×10 6、4.5×10 6-5.5×10 6、5.0×10 6-1.0×10 7、5.0×10 6-6.0×10 6、5.5×10 6-6.5×10 6、6.0×10 6-7.0×10 6、6.5×10 6-7.5×10 6、7.0×10 6-8.0×10 6、7.5×10 6-8.5×10 6、8.0×10 6-9.0×10 6、8.5×10 6-9.5×10 6、9.0×10 6-1.0×10 7、9.5×10 6-1.5×10 7、1.0×10 7-5.0×10 7或5.0×10 7-1.0×10 8個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為5.0×10 5、6.0×10 5、7.0×10 5、8.0×10 5、9.0×10 5、1.0×10 6、1.5×10 6、2.0×10 6、2.5×10 6、3.0×10 6、3.1×10 6、3.2×10 6、3.3×10 6、3.4×10 6、3.5×10 6、4.0×10 6、4.5×10 6、5.0×10 6、5.5×10 6、6.0×10 6、6.5×10 6、7.0×10 6、7.5×10 6、8.0×10 6、8.5×10 6、9.0×10 6、9.5×10 6、1.0×10 7、1.5×10 7、2.0×10 7、2.5×10 7、3.0×10 7、4.0×10 7、5.0×10 7、6.0×10 7、7.0×10 7、8.0×10 7或9.0×10 7個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為2.0-3.5×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為3.5-5.0×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為5.0-7.5×10 6個細胞/mL。在某些實施例中,感染時之VPC密度為5.0-10.0×10 6個細胞/mL。
在某些實施例中,感染BIIC與VPC以VPC:BIIC之目標比率組合。在某些實施例中,VPC:BIIC感染比率(體積比體積)在1.0×10 3-3.0×10 3、2.0×10 3-4.0×10 3、3.0×10 3-5.0×10 3、4.0×10 3-6.0×10 3、5.0×10 3-7.0×10 3、6.0×10 3-8.0×10 3、7.0×10 3-9.0×10 3、8.0×10 3-1.0×10 4、9.0×10 3-1.1×10 4、1.0×10 3-5.0×10 3、5.0×10 3-1.0×10 4、1.0×10 4-3.0×10 4、2.0×10 4-4.0×10 4、3.0×10 4-5.0×10 4、4.0×10 4-6.0×10 4、5.0×10 4-7.0×10 4、6.0×10 4-8.0×10 4、7.0×10 4-9.0×10 4、8.0×10 4-1.0×10 5、9.0×10 4-1.1×10 5、1.0×10 4-5.0×10 4、5.0×10 4-1.0×10 5、1.0×10 5-3.0×10 5、2.0×10 5-4.0×10 5、3.0×10 5-5.0×10 5、4.0×10 5-6.0×10 5、5.0×10 5-7.0×10 5、6.0×10 5-8.0×10 5、7.0×10 5-9.0×10 5、8.0×10 5-1.0×10 6、9.0×10 5-1.1×10 6、1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-3.0×10 6、2.0×10 6-4.0×10 6、3.0×10 6-5.0×10 6、4.0×10 6-6.0×10 6、5.0×10 6-7.0×10 6、6.0×10 6-8.0×10 6、7.0×10 6-9.0×10 6、8.0×10 6-1.0×10 7、9.0×10 6-1.1×10 7、1.0×10 6-5.0×10 6或5.0×10 6-1.0×10 7之間(VPC體積:BIIC體積)。在某些實施例中,VPC:BIIC感染比率(體積比體積)為約1.0×10 3、約1.5×10 3、約2.0×10 3、約2.5×10 3、約3.0×10 3、約3.5×10 3、約4.0×10 3、約4.5×10 3、約5.0×10 3、約5.5×10 3、約6.0×10 3、約6.5×10 3、約7.0×10 3、約7.5×10 3、約8.0×10 3、約8.5×10 3、約9.0×10 3、約9.5×10 3、約1.0×10 4、約1.5×10 4、約2.0×10 4、約2.5×10 4、約3.0×10 4、約3.5×10 4、約4.0×10 4、約4.5×10 4、約5.0×10 4、約5.5×10 4、約6.0×10 4、約6.5×10 4、約7.0×10 4、約7.5×10 4、約8.0×10 4、約8.5×10 4、約9.0×10 4、約9.5×10 4、約1.0×10 5、約1.5×10 5、約2.0×10 5、約2.5×10 5、約3.0×10 5、約3.5×10 5、約4.0×10 5、約4.5×10 5、約5.0×10 5、約5.5×10 5、約6.0×10 5、約6.5×10 5、約7.0×10 5、約7.5×10 5、約8.0×10 5、約8.5×10 5、約9.0×10 5、約9.5×10 5、約1.0×10 6、約1.5×10 6、約2.0×10 6、約2.5×10 6、約3.0×10 6、約3.5×10 6、約4.0×10 6、約4.5×10 6、約5.0×10 6、約5.5×10 6、約6.0×10 6、約6.5×10 6、約7.0×10 6、約7.5×10 6、約8.0×10 6、約8.5×10 6、約9.0×10 6或約9.5×10 6(VPC體積:BIIC體積)。在某些實施例中,VPC:BIIC感染比率(細胞比細胞)在1.0×10 3-3.0×10 3、2.0×10 3-4.0×10 3、3.0×10 3-5.0×10 3、4.0×10 3-6.0×10 3、5.0×10 3-7.0×10 3、6.0×10 3-8.0×10 3、7.0×10 3-9.0×10 3、8.0×10 3-1.0×10 4、9.0×10 3-1.1×10 4、1.0×10 3-5.0×10 3、5.0×10 3-1.0×10 4、1.0×10 4-3.0×10 4、2.0×10 4-4.0×10 4、3.0×10 4-5.0×10 4、4.0×10 4-6.0×10 4、5.0×10 4-7.0×10 4、6.0×10 4-8.0×10 4、7.0×10 4-9.0×10 4、8.0×10 4-1.0×10 5、9.0×10 4-1.1×10 5、1.0×10 4-5.0×10 4、5.0×10 4-1.0×10 5、1.0×10 5-3.0×10 5、2.0×10 5-4.0×10 5、3.0×10 5-5.0×10 5、4.0×10 5-6.0×10 5、5.0×10 5-7.0×10 5、6.0×10 5-8.0×10 5、7.0×10 5-9.0×10 5、8.0×10 5-1.0×10 6、9.0×10 5-1.1×10 6、1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-3.0×10 6、2.0×10 6-4.0×10 6、3.0×10 6-5.0×10 6、4.0×10 6-6.0×10 6、5.0×10 6-7.0×10 6、6.0×10 6-8.0×10 6、7.0×10 6-9.0×10 6、8.0×10 6-1.0×10 7、9.0×10 6-1.1×10 7、1.0×10 6-5.0×10 6或5.0×10 6-1.0×10 7之間(VPC細胞:BIIC細胞)。在某些實施例中,VPC:BIIC感染比率(細胞比細胞)為約1.0×10 3、約1.5×10 3、約2.0×10 3、約2.5×10 3、約3.0×10 3、約3.5×10 3、約4.0×10 3、約4.5×10 3、約5.0×10 3、約5.5×10 3、約6.0×10 3、約6.5×10 3、約7.0×10 3、約7.5×10 3、約8.0×10 3、約8.5×10 3、約9.0×10 3、約9.5×10 3、約1.0×10 4、約1.5×10 4、約2.0×10 4、約2.5×10 4、約3.0×10 4、約3.5×10 4、約4.0×10 4、約4.5×10 4、約5.0×10 4、約5.5×10 4、約6.0×10 4、約6.5×10 4、約7.0×10 4、約7.5×10 4、約8.0×10 4、約8.5×10 4、約9.0×10 4、約9.5×10 4、約1.0×10 5、約1.5×10 5、約2.0×10 5、約2.5×10 5、約3.0×10 5、約3.5×10 5、約4.0×10 5、約4.5×10 5、約5.0×10 5、約5.5×10 5、約6.0×10 5、約6.5×10 5、約7.0×10 5、約7.5×10 5、約8.0×10 5、約8.5×10 5、約9.0×10 5、約9.5×10 5、約1.0×10 6、約1.5×10 6、約2.0×10 6、約2.5×10 6、約3.0×10 6、約3.5×10 6、約4.0×10 6、約4.5×10 6、約5.0×10 6、約5.5×10 6、約6.0×10 6、約6.5×10 6、約7.0×10 6、約7.5×10 6、約8.0×10 6、約8.5×10 6、約9.0×10 6或約9.5×10 6(VPC細胞:BIIC細胞)。
在某些實施例中,包含表現BEV之感染BIIC與VPC以VPC:表現BIIC之目標比率組合。在某些實施例中,VPC:表現BIIC感染比率(體積比體積)在1.0×10 3-3.0×10 3、2.0×10 3-4.0×10 3、3.0×10 3-5.0×10 3、4.0×10 3-6.0×10 3、5.0×10 3-7.0×10 3、6.0×10 3-8.0×10 3、7.0×10 3-9.0×10 3、8.0×10 3-1.0×10 4、9.0×10 3-1.1×10 4、1.0×10 3-5.0×10 3、5.0×10 3-1.0×10 4、1.0×10 4-3.0×10 4、2.0×10 4-4.0×10 4、3.0×10 4-5.0×10 4、4.0×10 4-6.0×10 4、5.0×10 4-7.0×10 4、6.0×10 4-8.0×10 4、7.0×10 4-9.0×10 4、8.0×10 4-1.0×10 5、9.0×10 4-1.1×10 5、1.0×10 4-5.0×10 4、5.0×10 4-1.0×10 5、1.0×10 5-3.0×10 5、2.0×10 5-4.0×10 5、3.0×10 5-5.0×10 5、4.0×10 5-6.0×10 5、5.0×10 5-7.0×10 5、6.0×10 5-8.0×10 5、7.0×10 5-9.0×10 5、8.0×10 5-1.0×10 6、9.0×10 5-1.1×10 6、1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-3.0×10 6、2.0×10 6-4.0×10 6、3.0×10 6-5.0×10 6、4.0×10 6-6.0×10 6、5.0×10 6-7.0×10 6、6.0×10 6-8.0×10 6、7.0×10 6-9.0×10 6、8.0×10 6-1.0×10 7、9.0×10 6-1.1×10 7、1.0×10 6-5.0×10 6或5.0×10 6-1.0×10 7之間(VPC體積:表現BIIC體積)。在某些實施例中,VPC:表現BIIC感染比率(體積比體積)為約1.0×10 3、約1.5×10 3、約2.0×10 3、約2.5×10 3、約3.0×10 3、約3.5×10 3、約4.0×10 3、約4.5×10 3、約5.0×10 3、約5.5×10 3、約6.0×10 3、約6.5×10 3、約7.0×10 3、約7.5×10 3、約8.0×10 3、約8.5×10 3、約9.0×10 3、約9.5×10 3、約1.0×10 4、約1.5×10 4、約2.0×10 4、約2.5×10 4、約3.0×10 4、約3.5×10 4、約4.0×10 4、約4.5×10 4、約5.0×10 4、約5.5×10 4、約6.0×10 4、約6.5×10 4、約7.0×10 4、約7.5×10 4、約8.0×10 4、約8.5×10 4、約9.0×10 4、約9.5×10 4、約1.0×10 5、約1.5×10 5、約2.0×10 5、約2.5×10 5、約3.0×10 5、約3.5×10 5、約4.0×10 5、約4.5×10 5、約5.0×10 5、約5.5×10 5、約6.0×10 5、約6.5×10 5、約7.0×10 5、約7.5×10 5、約8.0×10 5、約8.5×10 5、約9.0×10 5、約9.5×10 5、約1.0×10 6、約1.5×10 6、約2.0×10 6、約2.5×10 6、約3.0×10 6、約3.5×10 6、約4.0×10 6、約4.5×10 6、約5.0×10 6、約5.5×10 6、約6.0×10 6、約6.5×10 6、約7.0×10 6、約7.5×10 6、約8.0×10 6、約8.5×10 6、約9.0×10 6或約9.5×10 6(VPC體積:表現BIIC體積)。在某些實施例中,VPC:表現BIIC感染比率(細胞比細胞)在1.0×10 3-3.0×10 3、2.0×10 3-4.0×10 3、3.0×10 3-5.0×10 3、4.0×10 3-6.0×10 3、5.0×10 3-7.0×10 3、6.0×10 3-8.0×10 3、7.0×10 3-9.0×10 3、8.0×10 3-1.0×10 4、9.0×10 3-1.1×10 4、1.0×10 3-5.0×10 3、5.0×10 3-1.0×10 4、1.0×10 4-3.0×10 4、2.0×10 4-4.0×10 4、3.0×10 4-5.0×10 4、4.0×10 4-6.0×10 4、5.0×10 4-7.0×10 4、6.0×10 4-8.0×10 4、7.0×10 4-9.0×10 4、8.0×10 4-1.0×10 5、9.0×10 4-1.1×10 5、1.0×10 4-5.0×10 4、5.0×10 4-1.0×10 5、1.0×10 5-3.0×10 5、2.0×10 5-4.0×10 5、3.0×10 5-5.0×10 5、4.0×10 5-6.0×10 5、5.0×10 5-7.0×10 5、6.0×10 5-8.0×10 5、7.0×10 5-9.0×10 5、8.0×10 5-1.0×10 6、9.0×10 5-1.1×10 6、1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-3.0×10 6、2.0×10 6-4.0×10 6、3.0×10 6-5.0×10 6、4.0×10 6-6.0×10 6、5.0×10 6-7.0×10 6、6.0×10 6-8.0×10 6、7.0×10 6-9.0×10 6、8.0×10 6-1.0×10 7、9.0×10 6-1.1×10 7、1.0×10 6-5.0×10 6或5.0×10 6-1.0×10 7之間(VPC細胞:表現BIIC細胞)。在某些實施例中,VPC:表現BIIC感染比率(細胞比細胞)為約1.0×10 3、約1.5×10 3、約2.0×10 3、約2.5×10 3、約3.0×10 3、約3.5×10 3、約4.0×10 3、約4.5×10 3、約5.0×10 3、約5.5×10 3、約6.0×10 3、約6.5×10 3、約7.0×10 3、約7.5×10 3、約8.0×10 3、約8.5×10 3、約9.0×10 3、約9.5×10 3、約1.0×10 4、約1.5×10 4、約2.0×10 4、約2.5×10 4、約3.0×10 4、約3.5×10 4、約4.0×10 4、約4.5×10 4、約5.0×10 4、約5.5×10 4、約6.0×10 4、約6.5×10 4、約7.0×10 4、約7.5×10 4、約8.0×10 4、約8.5×10 4、約9.0×10 4、約9.5×10 4、約1.0×10 5、約1.5×10 5、約2.0×10 5、約2.5×10 5、約3.0×10 5、約3.5×10 5、約4.0×10 5、約4.5×10 5、約5.0×10 5、約5.5×10 5、約6.0×10 5、約6.5×10 5、約7.0×10 5、約7.5×10 5、約8.0×10 5、約8.5×10 5、約9.0×10 5、約9.5×10 5、約1.0×10 6、約1.5×10 6、約2.0×10 6、約2.5×10 6、約3.0×10 6、約3.5×10 6、約4.0×10 6、約4.5×10 6、約5.0×10 6、約5.5×10 6、約6.0×10 6、約6.5×10 6、約7.0×10 6、約7.5×10 6、約8.0×10 6、約8.5×10 6、約9.0×10 6或約9.5×10 6(VPC細胞:表現BIIC細胞)。
在某些實施例中,包含有效負載BEV之感染BIIC與VPC以VPC:有效負載BIIC之目標比率組合。在某些實施例中,VPC:有效負載BIIC感染比率(體積比體積)在1.0×10 3-3.0×10 3、2.0×10 3-4.0×10 3、3.0×10 3-5.0×10 3、4.0×10 3-6.0×10 3、5.0×10 3-7.0×10 3、6.0×10 3-8.0×10 3、7.0×10 3-9.0×10 3、8.0×10 3-1.0×10 4、9.0×10 3-1.1×10 4、1.0×10 3-5.0×10 3、5.0×10 3-1.0×10 4、1.0×10 4-3.0×10 4、2.0×10 4-4.0×10 4、3.0×10 4-5.0×10 4、4.0×10 4-6.0×10 4、5.0×10 4-7.0×10 4、6.0×10 4-8.0×10 4、7.0×10 4-9.0×10 4、8.0×10 4-1.0×10 5、9.0×10 4-1.1×10 5、1.0×10 4-5.0×10 4、5.0×10 4-1.0×10 5、1.0×10 5-3.0×10 5、2.0×10 5-4.0×10 5、3.0×10 5-5.0×10 5、4.0×10 5-6.0×10 5、5.0×10 5-7.0×10 5、6.0×10 5-8.0×10 5、7.0×10 5-9.0×10 5、8.0×10 5-1.0×10 6、9.0×10 5-1.1×10 6、1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-3.0×10 6、2.0×10 6-4.0×10 6、3.0×10 6-5.0×10 6、4.0×10 6-6.0×10 6、5.0×10 6-7.0×10 6、6.0×10 6-8.0×10 6、7.0×10 6-9.0×10 6、8.0×10 6-1.0×10 7、9.0×10 6-1.1×10 7、1.0×10 6-5.0×10 6或5.0×10 6-1.0×10 7之間(VPC體積:有效負載BIIC體積)。在某些實施例中,VPC:有效負載BIIC感染比率(體積比體積)為約1.0×10 3、約1.5×10 3、約2.0×10 3、約2.5×10 3、約3.0×10 3、約3.5×10 3、約4.0×10 3、約4.5×10 3、約5.0×10 3、約5.5×10 3、約6.0×10 3、約6.5×10 3、約7.0×10 3、約7.5×10 3、約8.0×10 3、約8.5×10 3、約9.0×10 3、約9.5×10 3、約1.0×10 4、約1.5×10 4、約2.0×10 4、約2.5×10 4、約3.0×10 4、約3.5×10 4、約4.0×10 4、約4.5×10 4、約5.0×10 4、約5.5×10 4、約6.0×10 4、約6.5×10 4、約7.0×10 4、約7.5×10 4、約8.0×10 4、約8.5×10 4、約9.0×10 4、約9.5×10 4、約1.0×10 5、約1.5×10 5、約2.0×10 5、約2.5×10 5、約3.0×10 5、約3.5×10 5、約4.0×10 5、約4.5×10 5、約5.0×10 5、約5.5×10 5、約6.0×10 5、約6.5×10 5、約7.0×10 5、約7.5×10 5、約8.0×10 5、約8.5×10 5、約9.0×10 5、約9.5×10 5、約1.0×10 6、約1.5×10 6、約2.0×10 6、約2.5×10 6、約3.0×10 6、約3.5×10 6、約4.0×10 6、約4.5×10 6、約5.0×10 6、約5.5×10 6、約6.0×10 6、約6.5×10 6、約7.0×10 6、約7.5×10 6、約8.0×10 6、約8.5×10 6、約9.0×10 6或約9.5×10 6(VPC體積:有效負載BIIC體積)。在某些實施例中,VPC:有效負載BIIC感染比率(細胞比細胞)在1.0×10 3-3.0×10 3、2.0×10 3-4.0×10 3、3.0×10 3-5.0×10 3、4.0×10 3-6.0×10 3、5.0×10 3-7.0×10 3、6.0×10 3-8.0×10 3、7.0×10 3-9.0×10 3、8.0×10 3-1.0×10 4、9.0×10 3-1.1×10 4、1.0×10 3-5.0×10 3、5.0×10 3-1.0×10 4、1.0×10 4-3.0×10 4、2.0×10 4-4.0×10 4、3.0×10 4-5.0×10 4、4.0×10 4-6.0×10 4、5.0×10 4-7.0×10 4、6.0×10 4-8.0×10 4、7.0×10 4-9.0×10 4、8.0×10 4-1.0×10 5、9.0×10 4-1.1×10 5、1.0×10 4-5.0×10 4、5.0×10 4-1.0×10 5、1.0×10 5-3.0×10 5、2.0×10 5-4.0×10 5、3.0×10 5-5.0×10 5、4.0×10 5-6.0×10 5、5.0×10 5-7.0×10 5、6.0×10 5-8.0×10 5、7.0×10 5-9.0×10 5、8.0×10 5-1.0×10 6、9.0×10 5-1.1×10 6、1.0×10 5-5.0×10 5、5.0×10 5-1.0×10 6、1.0×10 6-3.0×10 6、2.0×10 6-4.0×10 6、3.0×10 6-5.0×10 6、4.0×10 6-6.0×10 6、5.0×10 6-7.0×10 6、6.0×10 6-8.0×10 6、7.0×10 6-9.0×10 6、8.0×10 6-1.0×10 7、9.0×10 6-1.1×10 7、1.0×10 6-5.0×10 6或5.0×10 6-1.0×10 7之間(VPC細胞:有效負載BIIC細胞)。在某些實施例中,VPC:有效負載BIIC感染比率(細胞比細胞)為約1.0×10 3、約1.5×10 3、約2.0×10 3、約2.5×10 3、約3.0×10 3、約3.5×10 3、約4.0×10 3、約4.5×10 3、約5.0×10 3、約5.5×10 3、約6.0×10 3、約6.5×10 3、約7.0×10 3、約7.5×10 3、約8.0×10 3、約8.5×10 3、約9.0×10 3、約9.5×10 3、約1.0×10 4、約1.5×10 4、約2.0×10 4、約2.5×10 4、約3.0×10 4、約3.5×10 4、約4.0×10 4、約4.5×10 4、約5.0×10 4、約5.5×10 4、約6.0×10 4、約6.5×10 4、約7.0×10 4、約7.5×10 4、約8.0×10 4、約8.5×10 4、約9.0×10 4、約9.5×10 4、約1.0×10 5、約1.5×10 5、約2.0×10 5、約2.5×10 5、約3.0×10 5、約3.5×10 5、約4.0×10 5、約4.5×10 5、約5.0×10 5、約5.5×10 5、約6.0×10 5、約6.5×10 5、約7.0×10 5、約7.5×10 5、約8.0×10 5、約8.5×10 5、約9.0×10 5、約9.5×10 5、約1.0×10 6、約1.5×10 6、約2.0×10 6、約2.5×10 6、約3.0×10 6、約3.5×10 6、約4.0×10 6、約4.5×10 6、約5.0×10 6、約5.5×10 6、約6.0×10 6、約6.5×10 6、約7.0×10 6、約7.5×10 6、約8.0×10 6、約8.5×10 6、約9.0×10 6或約9.5×10 6(VPC細胞:有效負載BIIC細胞)。
在某些實施例中,包含表現BEV之感染BIIC及包含有效負載BEV之感染BIIC與VPC以目標表現BIIC:有效負載BIIC比率組合。在某些實施例中,表現BIIC:有效負載BIIC之比率為10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4.5:1、4:1、3.5:1、3:1、2.5:1、2:1、1.5:1、1:1、1:1.5、1:2、1:2.5、1:3、1:3.5、1:4、1:4.5、1:5、1:5.5、1:6、1:6.5、1:7、1:7.5、1:8、1:9或1:10。在某些實施例中,表現BIIC:有效負載BIIC之比率在6.5-7.5:1、6-7:1、5.5-6.5:1、5-6:1、4.5-5.5:1、4-5:1、3.5-4.5:1、3-4:1、2.5-3.5:1、2-3:1、1.5-2.5:1、1-2:1、1-1.5:1、1:1-1.5、1:1-2、1:1.5-2.5、1:2-3、1:2.5-3.5、1:3-4、1:3.5-4.5、1:4-5、1:4.5-5.5、1:5-6、1:5.5-6.5、1:6-7或1:6.5-7.5之間。
在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在特定溶解氧(DO)含量(DO%)下培育。在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在10%-50%、20%-40%、10%-20%、15%-25%、20%-30%、25%-35%、30%-40%、35%-45%、40%-50%、10%-15%、15%-20%、20%-25%、25%-30%、30%-35%、35%-40%、40%-45%或45%-50%之間的DO%下培育。在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在約10%、約15%、約20%、約25%、約30%、約35%、約40%、約45%、約50%之DO%下培育。在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在20%-30%之間或約25%的DO%下培育。在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在25%-35%之間或約30%的DO%下培育。在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在30%-40%之間或約35%的DO%下培育。在某些實施例中,經感染之病毒生產細胞在35%-45%之間或約40%的DO%下培育。 細胞溶解
包含(但不限於)病毒生產細胞之本發明之細胞可根據此項技術中已知之任何方法進行細胞溶解。可進行細胞溶解,以獲得本發明之任何細胞內存在之一或多種試劑(例如病毒粒子)。在某些實施例中,將批量收穫之AAV粒子及病毒生產細胞根據本發明進行細胞溶解。
在某些實施例中,細胞溶解可根據以下中所呈現之任何方法或系統進行:美國專利第7,326,555號、第7,579,181號、第7,048,920號、第6,410,300號、第6,436,394號、第7,732,129號、第7,510,875號、第7,445,930號、第6,726,907號、第6,194,191號、第7,125,706號、第6,995,006號、第6,676,935號、第7,968,333號、第5,756,283號、第6,258,595號、第6,261,551號、第6,270,996號、第6,281,010號、第6,365,394號、第6,475,769號、第6,482,634號、第6,485,966號、第6,943,019號、第6,953,690號、第7,022,519號、第7,238,526號、第7,291,498號及第7,491,508號,或國際公開案第WO1996039530號、第WO1998010088號、第WO1999014354號、第WO1999015685號、第WO1999047691號、第WO2000055342號、第WO2000075353號及第WO2001023597號,其內容各自以全文引用之方式併入本文中。
細胞溶解方法及系統可為化學或機械的。化學細胞溶解通常包含在化學溶解條件下使一或多種細胞與一或多種化學溶解劑接觸。機械溶解通常包含使一或多種細胞經受藉由機械力進行之細胞溶解。溶解亦可藉由使細胞在達到約0%活力之後降解來完成。
在某些實施例中,化學溶解可用於溶解細胞。如本文所用,術語「化學溶解劑」係指可有助於破壞細胞之任何試劑。在某些實施例中,將溶解劑引入稱為溶解溶液或溶解緩衝液之溶液中。如本文所用,術語「化學溶解溶液」係指包含一或多種溶解劑之溶液(通常為水溶液)。除溶解劑以外,溶解溶液可包含一或多種緩衝劑、增溶劑、界面活性劑、防腐劑、低溫保護劑、酶、酶抑制劑及/或螯合劑。溶解緩衝液為包含一或多種緩衝劑之溶解溶液。溶解溶液之額外組分可包含一或多種增溶劑。如本文所用,術語「增溶劑」係指提高溶液之一或多種組分之溶解度及/或施加溶液之一或多種實體之溶解度的化合物。在某些實施例中,增溶劑提高蛋白質溶解度。在某些實施例中,基於其提高蛋白質溶解度同時維持蛋白質構形及/或活性之能力選擇增溶劑。
例示性溶解劑可包含描述於以下中之彼等溶解劑中之任一者:美國專利第8,685,734號、第7,901,921號、第7,732,129號、第7,223,585號、第7,125,706號、第8,236,495號、第8,110,351號、第7,419,956號、第7,300,797號、第6,699,706號及第6,143,567號,其中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文中。在某些實施例中,溶解劑可選自溶解鹽、兩性試劑、陽離子型試劑、離子型清潔劑及非離子型清潔劑。溶解鹽可包含(但不限於)氯化鈉(NaCl)及氯化鉀(KCl)。其他溶解鹽可包含描述於以下中之彼等溶解鹽中之任一者:美國專利第8,614,101號、第7,326,555號、第7,579,181號、第7,048,920號、第6,410,300號、第6,436,394號、第7,732,129號、第7,510,875號、第7,445,930號、第6,726,907號、第6,194,191號、第7,125,706號、第6,995,006號、第6,676,935號及第7,968,333號,其中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,細胞溶解物試劑包括胺基酸,諸如精胺酸,或酸化胺基酸混合物,諸如精胺酸HCl。在某些實施例中,細胞溶解物溶液包含穩定添加劑。在某些實施例中,穩定添加劑可包括海藻糖、甘胺酸甜菜鹼、甘露醇、檸檬酸鉀、CuCl 2、脯胺酸、木糖醇、NDSB 201、CTAB及K 2PO 4。在某些實施例中,穩定添加劑可包含胺基酸,諸如精胺酸,或酸化胺基酸混合物,諸如精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.1 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.2 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.25 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.3 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.4 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.5 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.6 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.7 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.8 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含0.9 M精胺酸或精胺酸HCl。在某些實施例中,穩定添加劑可包含1.0 M精胺酸或精胺酸HCl。
可提高或降低鹽濃度以獲得用於細胞膜破裂之有效濃度。如本文所提及之兩性試劑為能夠呈酸或鹼形式進行反應之化合物。兩性試劑可包含(但不限於):溶血磷脂醯膽鹼、3-((3-膽醯胺基丙基)二甲基銨)-1-丙磺酸鹽(CHAPS)、ZWITTERGENT®及其類似物。陽離子型試劑可包含(但不限於)溴化十六烷基三甲銨(C (16) TAB)及苯紮氯銨。包含清潔劑之溶解劑可包含離子型清潔劑或非離子型清潔劑。
清潔劑可用以分裂或溶解細胞結構,該等細胞結構包含(但不限於):細胞膜、細胞壁、脂質、碳水化合物、脂蛋白及糖蛋白。例示性離子型清潔劑包含美國專利第7,625,570號及第6,593,123號或美國公開案第US2014/0087361號中所教示之彼等中之任一者,其內容各自以全文引用之方式併入本文中。在某些實施例中,溶解溶液包含一或多種離子型清潔劑。用於溶解溶液之離子型清潔劑之實例包含(但不限於):十二烷基硫酸鈉(SDS)、膽酸鹽及去氧膽酸鹽。在某些實施例中,離子型清潔劑可以增溶劑形式包含於溶解溶液中。在某些實施例中,溶解溶液包含一或多種非離子型清潔劑。用於溶解溶液中之非離子型清潔劑可包含但不限於辛基葡糖苷、毛地黃皂苷、蘆布若爾(lubrol)、C12E8、TWEEN®-20、TWEEN®-80、曲拉通(Triton) X-100、曲拉通X-114、Brij-35、Brij-58及Noniodet P-40。非離子型清潔劑通常為較弱的溶解劑,但可以增溶劑形式包含在內以用於溶解細胞及/或病毒蛋白。在某些實施例中,溶解溶液包含一或多種兩性離子型清潔劑。用於溶解溶液中之兩性離子型清潔劑可包含但不限於:月桂基二甲胺N-氧化物(LDAO);N,N-二甲基-N-十二烷基甘胺酸甜菜鹼(Empigen® BB);3-(N,N-二甲基肉豆蔻基銨基)丙磺酸鹽(Zwittergent® 3-10);正十二烷基-N,N-二甲基-3-銨基-1-丙磺酸鹽(Zwittergent® 3-12);正十四烷基-N,N-二甲基-3-銨基-1-丙磺酸鹽(Zwittergent® 3-14);3-(N,N-二甲基棕櫚基銨基)丙磺酸鹽(Zwittergent® 3-16);3-((3-膽醯胺基丙基)二甲基銨基)-1-丙磺酸鹽(CHAPS);以及3-([3-膽醯胺基丙基]二甲基銨基)-2-羥基-1-丙磺酸鹽(CHAPSO)。
在某些實施例中,溶解溶液包含曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物),諸如0.5% w/v曲拉通X-100。在某些實施例中,溶解溶液包含月桂基二甲胺N-氧化物(LDAO),諸如0.184% w/v (4×CMC)的LDAO。在某些實施例中,溶解溶液包含種子油界面活性劑,諸如Ecosurf TMSA-9。在某些實施例中,溶解溶液包含N,N-二甲基-N-十二烷基甘胺酸甜菜鹼(Empigen® BB)。在某些實施例中,溶解溶液包含Zwittergent®清潔劑,諸如Zwittergent® 3-12 (正十二烷基-N,N-二甲基-3-銨基-1-丙磺酸鹽)、Zwittergent® 3-14 (正十四烷基-N,N-二甲基-3-銨基-1-丙磺酸鹽)或Zwittergent® 3-16 (3-(N,N-二甲基棕櫚基銨基)丙磺酸鹽)。
其他溶解劑可包含酶類及尿素。在某些實施例中,一或多種溶解劑可併入溶解溶液中以便提高細胞溶解及蛋白質溶解度中之一或多者。在某些實施例中,酶抑制劑可包含於溶解溶液中以便防止可能由細胞膜破壞觸發之蛋白分解。
在某些實施例中,溶解溶液包含0.1-1.0% w/v之間、0.2-0.8% w/v之間、0.3-0.7% w/v之間、0.4-0.6% w/v之間或約0.5% w/v之細胞溶解劑(例如清潔劑)。在某些實施例中,溶解溶液包含0.3-0.35% w/v之間、0.35-0.4% w/v之間、0.4-0.45% w/v之間、0.45-0.5% w/v之間、0.5-0.55% w/v之間、0.55-0.6% w/v之間、0.6-0.65% w/v之間或0.65%-0.7% w/v之間的細胞溶解劑(例如清潔劑)。
在某些實施例中,由黏附細胞培養物產生之細胞溶解物可用一或多種核酸酶,諸如Benzonase核酸酶(I級,99%純)或c-LEcta Denarase核酸酶(先前為Sartorius Denarase)處理。在某些實施例中,添加核酸酶以降低由釋放之DNA引起之溶解物的黏度。
在某些實施例中,化學溶解使用單一化學溶解混合物。在某些實施例中,化學溶解使用連續添加之若干溶解劑,以提供最終化學溶解混合物。
在某些實施例中,化學溶解混合物包含酸化胺基酸混合物(諸如精胺酸HCl)、非離子型清潔劑(諸如曲拉通X-100)及核酸酶(諸如Benzonase核酸酶)。在某些實施例中,化學溶解混合物可包含酸或鹼,以提供目標溶解pH。
在某些實施例中,溶解溶液包含0.5% w/v曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物)及200 mM精胺酸鹽酸鹽。在某些實施例中,溶解溶液包含0.5% w/v曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物)及200 mM精胺酸鹽酸鹽,且不具有可偵測之核酸酶。在某些實施例中,溶解溶液由0.5% w/v曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物)及200 mM精胺酸鹽酸鹽組成。
在某些實施例中,化學溶解係在化學溶解條件下進行。如本文所用,術語「化學溶解條件」係指可藉由化學溶解劑溶解目標細胞的環境條件(例如,溫度、壓力、pH等)之任何組合。
在某些實施例中,溶解pH在3.0-3.5、3.5-4.0、4.0-4.5、4.5-5.0、5.0-5.5、5.5-6.0、6.0-6.5、6.5-7.0、7.0-7.5或7.5-8.0之間。在某些實施例中,溶解pH在6.0-7.0、6.5-7.0、6.5-7.5或7.0-7.5之間。
在某些實施例中,溶解溫度在15℃-35℃之間、在20℃-30℃之間、在25℃-39℃之間、在20℃-21℃之間、在20℃-22℃之間、在21℃-22℃之間、在21℃-23℃之間、在22℃-23℃之間、在22℃-24℃之間、在23℃-24℃之間、在23℃-25℃之間、在24℃-25℃之間、在24℃-26℃之間、在25℃-26℃之間、在25℃-27℃之間、在26℃-27℃之間、在26℃-28℃之間、在27℃-28℃之間、在27℃-29℃之間、在28℃-29℃之間、在28℃-30℃之間、在29℃-30℃之間、在29℃-31℃之間、在30℃-31℃之間、在30℃-32℃之間、在31℃-32℃之間或在31℃-33℃之間。
在某些實施例中,溶解溶液包含0.5% w/v曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物)及200 mM精胺酸鹽酸鹽,且溶解條件包含在26℃-28℃ (例如27℃)下至少4小時(例如4-6小時,例如4小時)之持續時間。在某些實施例中,溶解溶液包含0.5% w/v曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物)及200 mM精胺酸鹽酸鹽,且不具有可偵測之核酸酶,並且溶解條件包含在26℃-28℃ (例如27℃)下至少4小時(例如4-6小時,例如4小時)之持續時間。在某些實施例中,溶解溶液由0.5% w/v曲拉通X-100 (辛基苯酚乙氧基化物)及200 mM精胺酸鹽酸鹽組成,且溶解條件包含在26℃-28℃ (例如27℃)下至少4小時(例如4-6小時,例如4小時)之持續時間。
在某些實施例中,進行機械細胞溶解。機械細胞溶解方法可包含使用一或多種溶解條件及/或一或多種溶解力。如本文所用,術語「溶解條件」係指促進細胞破壞之狀態或情況。溶解條件可包含特定溫度、壓力、滲透純度、鹽度及其類似條件。在某些實施例中,溶解條件包含升高或降低之溫度。根據某些實施例,溶解條件包含溫度變化以促進細胞破壞。根據此類實施例進行之細胞溶解可包含凍融溶解。如本文所用,術語「凍融溶解」係指其中細胞溶液經歷一或多個凍融循環之細胞溶解。根據凍融溶解方法,溶液中之細胞經冷凍以誘導由冰晶體形成及擴張引起之細胞膜的機械破壞。根據凍融溶解方法使用之細胞溶液可進一步包含一或多種溶解劑、增溶劑、緩衝劑、低溫保護劑、界面活性劑、防腐劑、酶類、酶抑制劑及/或螯合劑。一旦經受凍結之細胞溶液經解凍,此類組分可促進所需細胞產物之回收。在某些實施例中,一或多種低溫保護劑包含於經歷凍融溶解之細胞溶液中。如本文所用,術語「低溫保護劑」係指用於保護一或多種物質免於由於冷凍而受損的試劑。低溫保護劑可包含美國公開案第US2013/0323302號或美國專利第6,503,888號、第6,180,613號、第7,888,096號、第7,091,030號中所教示之彼等低溫保護劑中之任一者,其中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文中。在某些實施例中,低溫保護劑可包含(但不限於):二甲亞碸、1,2-丙二醇、2,3-丁二醇、甲醯胺、甘油、乙二醇、1,3-丙二醇及正二甲基甲醯胺、聚乙烯吡咯啶酮、羥乙基澱粉、瓊脂糖、聚葡萄糖、肌醇、葡萄糖、羥乙基澱粉、乳糖、山梨糖醇、甲基葡萄糖、蔗糖及尿素。在某些實施例中,凍融溶解可根據美國專利第7,704,721號中所述之任何方法進行,該專利之內容以全文引用之方式併入本文中。
如本文所用,術語「溶解力」係指用於破壞細胞之身體活動。溶解力可包含(但不限於):機械力、聲波力、重力、光學力、電力及其類似力。藉由機械力進行之細胞溶解在本文中稱為「機械溶解」。可根據機械溶解使用之機械力可包含高剪切流體力。根據此類機械溶解方法,可使用微流化床。微流化床通常包含其中可施加細胞溶液之入口儲集器。接著可經由泵(例如高壓泵)在高速及/或高壓下將細胞溶液泵送至相互作用腔室中以產生剪切流體力。所得溶解物接著可收集於一或多個輸出儲集器中。可調節泵速度及/或壓力以調節細胞溶解且促進產物(例如病毒粒子)之回收。其他機械溶解方法可包含藉由刮擦進行之細胞之物理破壞。
可基於待溶解之細胞之細胞培養物形式選擇細胞溶解方法。舉例而言,對於黏附細胞培養物,可使用一些化學及機械溶解方法。此類機械溶解方法可包含凍融溶解或刮擦。在另一實例中,黏附細胞培養物之化學溶解可經由與包含界面活性劑(諸如曲拉通X-100)之溶解溶液一起培育來進行。
在某些實施例中,用於在無溶解下收穫AAV粒子之方法可用於有效及可擴展的AAV粒子生產。在非限制性實例中,AAV粒子可藉由以下產生:培養缺乏肝素結合位點之AAV粒子,進而允許AAV粒子進入細胞培養物中之上清液中,自培養物收集上清液;及使AAV粒子與上清液分離,如美國專利申請案20090275107中所描述,該申請案之內容以全文引用之方式併入本文中。 澄清及純化:綜述
包含病毒粒子之細胞溶解物可經受澄清及純化。澄清通常係指自細胞溶解物純化病毒粒子中所進行之初始步驟,且用以藉由自批量溶解收穫物移除較大的不溶性碎屑而製備供進一步純化之溶解物。病毒生產可在病毒生產過程中之任何時間點包含澄清步驟。澄清步驟可包含但不限於離心及過濾。在澄清期間,離心可在低速下進行以僅移除較大碎屑。類似地,過濾可使用具有較大孔徑之過濾器進行以使得僅移除較大碎屑。
純化通常係指藉由自澄清之溶解收穫物移除較小碎屑而自細胞溶解物純化及濃縮病毒粒子以製備最終混合原料藥中所進行之最終步驟。病毒生產可在病毒生產過程中之任何時間點包含純化步驟。純化步驟可包含(但不限於)過濾及層析。過濾可使用具有較小孔徑之過濾器進行以自產物移除較小碎屑,或使用具有較大孔徑之過濾器進行以自產物保留較大碎屑。過濾可用於改變病毒生產池或流之濃度及/或含量。可進行層析以自一組雜質選擇性分離目標粒子。
高濃度之AAV粒子之聚集或聚結傾向使大規模生產高濃度AAV調配物複雜化。小規模澄清及濃縮系統,諸如透析卡匣或旋轉離心一般對於大規模生產不可充分擴展。本發明提供用於處理大體積之高濃度AAV生產調配物之澄清、純化及濃縮系統之實施例。在某些實施例中,大體積澄清系統包含以下處理步驟中之一或多者:深度過濾、微濾(例如0.2 µm過濾)、親和層析、離子交換層析(諸如陰離子交換層析(AEX)或陽離子交換層析(CEX))、切向流過濾系統(TFF)、奈米過濾(例如病毒保留過濾(VRF))、最終過濾(FF)及填充過濾。
病毒澄清及純化之目標包含高通量地處理細胞溶解物及使最終病毒回收最佳化。包含本發明之澄清及純化步驟之優點包含處理較大體積之溶解物的可擴展性。在某些實施例中,澄清及純化可根據以下中所呈現之方法或系統中之任一者進行:美國專利第8,524,446號、第5,756,283號、第6,258,595號、第6,261,551號、第6,270,996號、第6,281,010號、第6,365,394號、第6,475,769號、第6,482,634號、第6,485,966號、第6,943,019號、第6,953,690號、第7,022,519號、第7,238,526號、第7,291,498號、第7,491,508號,美國公開案第US2013/0045186號、第US2011/0263027號、第US2011/0151434號、第US2003/0138772號,及國際公開案第WO2002012455號、第WO1996039530號、第WO1998010088號、第WO1999014354號、第WO1999015685號、第WO1999047691號、第WO2000055342號、第WO2000075353號及第WO2001023597號,其內容各自以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,包含至少一種AAV粒子之組合物可使用美國專利第6146874號、第US 6660514號、第US 8283151號或第US 8524446號中所描述之方法或系統分離或純化,其內容以全文引用之方式併入本文中。 澄清及純化:離心
根據某些實施例,細胞溶解物可藉由一或多個離心步驟澄清。可使用離心使溶解物中之不溶性粒子集結。在澄清期間,離心強度(其可以重力單位(g)表示,其表示標準重力之倍數)可低於後續純化步驟中之離心強度。在某些實施例中,可以約200 g至約800 g、約500 g至約1500 g、約1000 g至約5000 g、約1200 g至約10000 g或約8000 g至約15000 g之重心力對細胞溶解物進行離心。在某些實施例中,細胞溶解物離心係在8000 g下進行15分鐘。在某些實施例中,可進行密度梯度離心以便藉由沈降速率分隔細胞溶解物中之微粒。根據本發明之方法或系統使用之梯度可包含(但不限於)氯化銫梯度及碘克沙醇步驟梯度。在某些實施例中,離心使用傾析器離心系統。在某些實施例中,離心使用盤堆疊(disc-stack)離心系統。在某些實施例中,離心包含超速離心,諸如雙循環CsCl梯度超速離心或碘克沙醇不連續密度梯度超速離心。 澄清及純化:過濾
在某些實施例中,在澄清、純化及/或滅菌期間可使用一或多個微濾、奈米過濾及/或超濾步驟。一或多個微濾、奈米過濾或超濾步驟可包含使用諸如以下之過濾系統:EMD Millipore Express SHC XL10 0.5/0.2 µm過濾器、EMD Millipore Express SHCXL6000 0.5/0.2 µm過濾器、EMD Millipore Express SHCXL150過濾器、EMD Millipore Millipak Gamma Gold 0.22 µm過濾器(雙列管線滅菌級過濾器)、Pall Supor EKV(0.2 µm滅菌級過濾器)、Asahi Planova 35N、Asahi Planova 20N、Asahi Planova 75N、Asahi Planova BioEx、Millipore Viresolve NFR或Sartorius Sartopore 2XLG (0.8/0.2 µm)。
在某些實施例中,可在澄清、純化及/或滅菌期間使用一或多個微濾步驟。微濾利用孔徑通常在0.1 µm與10 µm之間的微濾膜。微濾一般用於微粒之大體澄清、滅菌及移除。在某些實施例中,微濾用於移除病毒粒子之聚集凝塊。在某些實施例中,本發明之生產方法或系統包含至少一個微濾步驟。一或多個微濾步驟可包含具有深度過濾系統之深度過濾步驟,諸如EMD Millipore Millistak +POD過濾器(D0HC介質系列)、Millipore MC0SP23CL3過濾器(C0SP介質系列)或Sartorius Sartopore過濾器系列。本發明之微濾系統可用熟習此項技術者已知之包含本發明之AAV醫藥、處理及儲存調配物之調配物預沖洗、填充、平衡、沖洗、處理、溶離、洗滌或清潔。在某些實施例中,澄清包含使用C0SP介質系列過濾器。在一些實施例中,C0SP介質系列過濾器可有效減少或防止0.2微米過濾器堵塞。
在某些實施例中,可在澄清及純化期間使用一或多個超濾步驟。超濾步驟可用於對本發明之處理及/或調配溶液進行濃縮、調配、脫鹽或脫水。超濾利用孔徑通常在0.001與0.1 µm之間的超濾膜。超濾膜亦可由其分子量截斷(MWCO)定義且可在1 kD至500 kD範圍內。超濾一般用於濃縮及調配溶解之生物分子,諸如蛋白質、肽、質體、病毒粒子、核酸及碳水化合物。本發明之超濾系統可用熟習此項技術者已知之包含本發明之AAV醫藥、處理及儲存調配物之調配物預沖洗、填充、平衡、沖洗、處理、溶離、洗滌或清潔。
在某些實施例中,可在澄清及純化期間使用一或多個奈米過濾步驟。奈米過濾利用孔徑通常小於100 nm之奈米過濾膜。奈米過濾一般用於移除非所要內源病毒雜質(例如桿狀病毒)。在某些實施例中,奈米過濾可包含病毒移除過濾(VRF)。VRF過濾器之過濾大小可通常在15 nm與100 nm之間。VRF過濾器之實例包含(但不限於):Planova 15N、Planova 20N及Planova 35N (Asahi-Kasei Corp, Tokyo, Japan);及Viresolve NFP及Viresolve NFR (Millipore Corp, Billerica, MA, USA)。本發明之奈米過濾系統可用熟習此項技術者已知之包含本發明之AAV醫藥、處理及儲存調配物之調配物預沖洗、填充、平衡、沖洗、處理、溶離、洗滌或清潔。在某些實施例中,奈米過濾用於移除病毒粒子之聚集凝塊。
在某些實施例中,可在澄清及純化期間使用一或多個切向流過濾(TFF) (亦稱為交叉流過濾)步驟。切向流過濾為一種膜過濾形式,其中進料流(其包含待澄清及濃縮之目標試劑/粒子)自進料槽流至過濾模組或濾筒中。在TFF過濾模組內,進料流平行於膜表面傳遞,使得一部分進料流穿過膜(滲透物/濾液),而其餘部分之進料流(滯留物)經由過濾系統再循環返回且進入進料槽中。
在某些實施例中,TFF過濾模組可為平板模組(堆疊之平面卡匣)、螺旋捲繞之模組(螺旋捲繞之膜層)或中空纖維模組(膜管束)。用於本發明之TFF系統之實例包含但不限於:Spectrum mPES Hollow Fiber TFF系統(0.5 mm fiber ID,100 kDA MWCO)或Millipore Ultracel PLCTK系統伴以Pellicon-3卡匣(0.57 m 2,30 kDA MWCO)。
可在進料流經由TFF過濾系統循環時將新緩衝材料添加至TFF進料槽。在某些實施例中,可在流動流經由TFF過濾系統循環時完全補充緩衝材料。在此實施例中,以與滲透物中損失之緩衝材料相等的量將緩衝材料添加至流中,以產生恆定濃度。在某些實施例中,可在流動流經由過濾系統循環時減少緩衝材料。在此實施例中,將相對於滲透物中損失之緩衝材料減少量的緩衝材料添加至流中,以產生增加的濃度。在某些實施例中,可在流動流經由該過濾系統循環時替換緩衝材料。在此實施例中,添加至流中之緩衝液不同於滲透物中損失之緩衝材料,以使得最終替換流中之緩衝材料。本發明之TFF系統可用熟習此項技術者已知之包含本發明之AAV醫藥、處理及儲存調配物之調配物預沖洗、填充、平衡、沖洗、處理、溶離、洗滌或清潔。
在某些實施例中,TFF負載池可在過濾之前外加賦形劑或稀釋劑。在某些實施例中,TFF負載池在過濾之前外加高鹽混合物(諸如氯化鈉或氯化鉀)。在某些實施例中,TFF負載池在過濾之前外加高糖混合物(諸如50% w/v蔗糖)。
TFF處理之效果可視若干因素而定,其包含(但不限於):來自流動設計之剪應力、交叉流動速率、濾液流動控制、跨膜壓力(TMP)、膜調節、膜組成(例如中空纖維構造)及設計(例如表面積)、系統流動設計、儲集器設計及混合策略。在某個實施例中,過濾膜可暴露於預TFF膜調節。
在某些實施例中,TFF處理可包含一或多個微濾階段。在某些實施例中,TFF處理可包含一或多個超濾階段。在某些實施例中,TFF處理可包含一或多個奈米過濾階段。
在某些實施例中,TFF處理可包含一或多個濃縮階段,諸如超濾(UF)或微濾(MF)濃縮階段。在濃縮階段中,在流經由過濾系統循環時替換減少量的緩衝材料(相對於滲透物損失之緩衝材料的量)。未能完全替換滲透物中損失之所有緩衝材料導致過濾流內之病毒粒子的濃度增加。在某些實施例中,在流經由過濾系統循環時替換增加量之緩衝材料。併入相對於滲透物中損失之緩衝材料之量過量的緩衝材料導致過濾流內之病毒粒子之濃度減小。
在某些實施例中,TFF處理可包含一或多個透濾(DF)階段。透濾階段包含替換第二緩衝材料(諸如低鹽或零鹽材料)內之第一緩衝材料(諸如高鹽材料)。在此實施例中,將不同於滲透物中損失之第一緩衝材料之第二緩衝液添加至流動流中,以使得最終替換流中之緩衝材料。
在某些實施例中,TFF處理可包含連續的多個階段。在某些實施例中,TFF處理過程可包含超濾(UF)濃縮階段,繼之為透濾階段(DF)。在某些實施例中,相對於包含DF繼之以UF之TFF,包含UF繼之以DF之TFF引起rAAV回收率增加。在一些實施例中,包含UF繼之以DF之TFF引起rAAV之回收率為約70-80%。
在某些實施例中,TFF處理可包含透濾階段,繼之為超濾濃縮階段。在某些實施例中,TFF處理可包含第一透濾階段,繼之以超濾濃縮階段,繼之以第二透濾階段。在某些實施例中,TFF處理可包含第一透濾階段,其將高鹽低糖的緩衝材料併入流動流中,繼之為超濾/濃縮階段,其產生流動流中之高濃度之病毒材料,繼之為第二透濾階段,其將低鹽高糖或零鹽高糖的緩衝材料併入流動流中。在某些實施例中,鹽可為氯化鈉、磷酸鈉、氯化鉀、磷酸鉀或其組合。在某些實施例中,糖可為蔗糖,諸如5% w/v蔗糖混合物或7% w/v蔗糖混合物。
在某些實施例中,一或多個TFF步驟可包含調配物透濾步驟,其中用高蔗糖調配物緩衝液替換病毒生產池之至少一部分液體介質。在某些實施例中,高蔗糖調配物緩衝液包含6-8% w/v之間的糖或糖取代物及90-100 mM之間的鹼氯化鹽。在某些實施例中,高蔗糖調配物緩衝液包含7% w/v之蔗糖及90-100 mM之間的氯化鈉。在某些實施例中,高蔗糖調配物緩衝液包含7% w/v蔗糖、10 mM磷酸鈉、95-100 mM之間的氯化鈉及0.001% (w/v)泊洛沙姆188。在某些實施例中,調配物透濾步驟為一或多個TFF步驟中之最終透濾步驟。在某些實施例中,調配物透濾步驟為一或多個TFF步驟中之唯一透濾步驟。
在某些實施例中,TFF處理可包含同時進行之多個階段。作為非限制性實例,TFF澄清過程可包含與濃縮階段同時進行之超濾階段。
藉由過濾進行細胞溶解物澄清及純化之方法為此項技術中所充分理解的,且可根據包含(但不限於)被動過濾及流式過濾之多種可用方法進行。所用過濾器可包含多種材料及孔徑。舉例而言,細胞溶解物過濾器可包含約1 µM至約5 µM、約0.5 µM至約2 µM、約0.1 µM至約1 µM、約0.05 µM至約0.05 µM及約0.001 µM至約0.1 µM之孔徑。細胞溶解物過濾器之例示性孔徑可包含(但不限於)2.0、1.9、1.8、1.7、1.6、1.5、1.4、1.3、1.2、1.1、1、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.95、0.9、0.85、0.8、0.75、0.7、0.65、0.6、0.55、0.5、0.45、0.4、0.35、0.3、0.25、0.2、0.15、0.1、0.05、0.22、0.21、0.20、0.19、0.18、0.17、0.16、0.15、0.14、0.13、0.12、0.11、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02、0.01、0.02、0.019、0.018、0.017、0.016、0.015、0.014、0.013、0.012、0.011、0.01、0.009、0.008、0.007、0.006、0.005、0.004、0.003、0.002、0.001及0.001 µM。在某些實施例中,澄清可包含經由孔徑為2.0 µM之過濾器進行過濾以移除大碎屑,之後穿過孔徑為0.45 µM之過濾器以移除完整細胞。
過濾器材料可由多種材料構成。此類材料可包含(但不限於)聚合材料及金屬材料(例如燒結金屬及多孔鋁)。例示性材料可包含但不限於耐綸、纖維素材料(例如乙酸纖維素)、聚偏二氟乙烯(PVDF)、聚醚碸、聚醯胺、聚碸、聚丙烯及聚對苯二甲酸伸乙酯。在某些實施例中,適用於澄清細胞溶解物之過濾器可包含但不限於ULTIPLEAT PROFILE™過濾器(Pall Corporation, Port Washington, NY)、SUPOR™膜過濾器(Pall Corporation, Port Washington, NY)。
在某些實施例中,可進行流式過濾以提高過濾速度及/或效果。在某些實施例中,流式過濾可包含真空過濾。根據此類方法,在與待過濾之細胞溶解物之側部相對的過濾器側部上產生真空。在某些實施例中,細胞溶解物可藉由離心力穿過過濾器。在某些實施例中,使用泵迫使細胞溶解物穿過澄清過濾器。細胞溶解物穿過一或多個過濾器之流動速率可藉由調整通道尺寸及/或流體壓力中之一者來調節。 澄清及純化:層析
在某些實施例中,調配物中之AAV粒子可經由使用一或多種不同層析方法之一或多個層析步驟自細胞溶解物澄清及純化。層析係指用於自混合物選擇性分離出一或多種元素的此項技術中已知之任何數目的方法。此類方法可包含但不限於離子交換層析(例如陽離子交換層析及陰離子交換層析)、親和層析(例如免疫親和層析、金屬親和層析、假親和層析,諸如Blue Sepharose樹脂)、疏水相互作用層析(HIC)、尺寸排阻層析及多模態層析(MMC) (利用固定相與分析物之間的超過一種相互作用形式之層析方法)。在某些實施例中,病毒層析之方法或系統可包含以下所教示之彼等中之任一者:美國專利第5,756,283號、第6,258,595號、第6,261,551號、第6,270,996號、第6,281,010號、第6,365,394號、第6,475,769號、第6,482,634號、第6,485,966號、第6,943,019號、第6,953,690號、第7,022,519號、第7,238,526號、第7,291,498號及第7,491,508號或國際公開案第WO1996039530號、第WO1998010088號、第WO1999014354號、第WO1999015685號、第WO1999047691號、第WO2000055342號、第WO2000075353號及第WO2001023597號,其中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文中。
本發明之層析系統可用熟習此項技術者已知之包含本發明之AAV醫藥、處理及儲存調配物之調配物預沖洗、填充、平衡、沖洗、處理、溶離、洗滌或清潔。
在某些實施例中,一或多個離子交換(IEX)層析步驟可用於分離病毒粒子。離子交換步驟可包含陰離子交換(AEX)層析、陽離子交換(CEX)層析或其組合。在某些實施例中,離子交換層析以結合/溶離模式使用。可藉由基於病毒粒子之衣殼蛋白(或其他帶電組分)與固定相上存在之帶電位點之間的電荷-電荷相互作用將病毒粒子結合至固定相來使用結合/溶離IEX。此方法可包含使用管柱,病毒製劑(例如澄清之溶解物)穿過該管柱。在向帶電固定相(例如管柱)施加病毒製劑之後,結合之病毒粒子可接著藉由施加溶離溶液以破壞電荷-電荷相互作用而自固定相溶離。溶離溶液可藉由調整鹽濃度及/或pH來最佳化以促進經結合之病毒粒子的回收。在某些實施例中,溶離溶液可包含核酸酶,諸如Benzonase核酸酶。視所分離之病毒衣殼之電荷而定,可選擇陽離子或陰離子交換層析方法。在某些實施例中,離子交換層析以流通模式使用。可藉由將非病毒雜質或非所要病毒粒子結合至固定相(基於電荷-電荷相互作用)及允許病毒製劑中之目標病毒粒子「流動通過」IEX系統進入收集池來使用流通式IEX。
離子交換層析之方法或系統可包含(但不限於)以下中所教示之彼等中之任一者:美國專利第7,419,817號、第6,143,548號、第7,094,604號、第6,593,123號、第7,015,026號及第8,137,948號,其中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文中。
在某些實施例中,IEX方法使用AEX層析系統,諸如Sartorius Sartobind Q膜、Sartorius Sartobind STIC膜、Millipore Fractogel TMAE HiCap(m)流通式膜、GE Q Sepharose HP膜、Poros XQ或Poros HQ。在某些實施例中,IEX方法使用CEX系統,諸如Poros XS膜。在某些實施例中,AEX系統包含固定相,其包含三甲基銨基乙基(TMAE)官能基。在某些實施例中,IEX方法使用多模態層析(MMC)系統,諸如Nuvia aPrime 4A膜。
在某些實施例中,一或多個親和層析步驟,諸如免疫親和層析可用於分離病毒粒子。免疫親和層析係利用一或多種免疫化合物(例如抗體或抗體相關之結構)以保留病毒粒子之層析形式。免疫化合物可特異性地結合至病毒粒子表面上之一或多種結構,包含(但不限於)一或多種病毒鞘蛋白。在某些實施例中,免疫化合物可對特定病毒變異體具有特異性。在某些實施例中,免疫化合物可與多種病毒變異體結合。在某些實施例中,免疫化合物可包含重組單鏈抗體。此類重組單鏈抗體可包含Smith, R.H.等人, 2009. Mol. Ther. 17(11): 1888-96中所描述之彼等重組單鏈抗體,該文獻之內容以全文引用之方式併入本文中。此類免疫化合物(例如重組蛋白配體)能夠與數種AAV衣殼變異體結合,該等AAV衣殼變異體包含(但不限於):AAV1、AAV2、AAV3、AAV5、AAV6及/或AAV8或本文所教示之彼等中之任一者。在一些實施例中,此類免疫化合物(例如重組蛋白配體)能夠與至少AAV2結合。在某些實施例中,AFC方法使用GE AVB Sepharose HP管柱樹脂、Poros CaptureSelect AAV8樹脂(ThermoFisher)、Poros CaptureSelect AAV9樹脂(ThermoFisher)及Poros CaptureSelect AAVX樹脂(ThermoFisher)。
在某些實施例中,一或多個親和層析步驟先於一或多個陰離子交換層析步驟。在某些實施例中,一或多個陰離子交換層析步驟先於一或多個親和層析步驟。
在某些實施例中,一或多個尺寸排阻層析(SEC)步驟可用於分離病毒粒子。SEC可包含使用凝膠以根據大小分離粒子。在病毒粒子純化中,SEC過濾有時稱作「拋光」。在某些實施例中,可進行SEC以產生幾乎均質之最終產物。此類最終產物可在某些實施例中用於臨床前研究及/或臨床研究(Kotin, R.M. 2011. Human Molecular Genetics. 20(1):R2-R6,其內容以全文引用之方式併入本文中)。在某些實施例中,SEC可根據以下中教示之方法中之任一者進行:美國專利第6,143,548號、第7,015,026號、第8,476,418號、第6,410,300號、第8,476,418號、第7,419,817號、第7,094,604號、第6,593,123號及第8,137,948號,該等專利中之每一者之內容以全文引用之方式併入本文中。
在一些實施例中,重組AAV之純化生產之總rAAV加工產率為30-50%。 III.定義
在本發明中各個位置處,本發明化合物之取代物或特性以群組或範圍形式揭示。特別期望的是,本發明包含此類群組及範圍之每一個別成員或其子組合。
除非另有說明,否則以下術語及片語具有下文所描述之含義。定義本質上並不意謂為限制性的且用以提供對本發明之某些態樣之更清晰理解。
腺相關病毒:如本文所用之術語「腺相關病毒」或「AAV」係指依賴病毒屬之成員,包含來源於其之任何粒子、序列、基因、蛋白質或組分。
AAV 粒子:如本文所用,「AAV粒子」係指包含例如AAV衣殼變異體之AAV衣殼及例如病毒基因體或載體基因體之聚核苷酸的粒子或病毒粒子。在一些實施例中,AAV粒子之病毒基因體包含至少一個有效負載區及至少一個ITR。在一些實施例中,本發明之AAV粒子為包含AAV變異體之AAV粒子。在一些實施例中,AAV粒子能夠將編碼有效負載之例如有效負載區之核酸遞送至細胞,該等細胞通常為例如人類之哺乳動物之細胞。在一些實施例中,本發明之AAV粒子可以重組方式產生。在一些實施例中,AAV粒子可衍生自本文所描述或此項技術中已知之包括血清型組合之任何血清型(例如「假模式化」AAV),或衍生自各種基因體(例如單股的或自互補的)。在一些實施例中,AAV粒子可為複製缺陷型及/或經靶向的。應理解,對本發明之AAV粒子之提及亦包括其醫藥組合物,即使未明確地敍述。
投與:如本文所用,術語「投與」係指向個體提供醫藥試劑或組合物。
改善 如本文所用,術語「改善(amelioration/ameliorating)」係指病況或疾病之至少一種指標的嚴重程度減輕。舉例而言,在神經退化病症之情形下,改善包含神經元損失之減少。
動物 如本文所用,術語「動物」係指動物界之任何成員。在某些實施例中,「動物」係指任何發育階段之人類。在某些實施例中,「動物」係指任何發育階段之非人類動物。在某些實施例中,非人類動物為哺乳動物(例如,嚙齒動物、小鼠、大鼠、兔、猴、狗、貓、羊、牛、靈長類動物或豬)。在某些實施例中,動物包含(但不限於):哺乳動物、鳥類、爬行動物、兩棲動物、魚類及蠕蟲。在某些實施例中,動物為轉殖基因動物、經基因工程改造之動物或純系。
反義股 如本文所用,術語siRNA分子之「反義股」或「第一股」或「引導股」係指與所靶向以用於靜默之基因之mRNA的約10-50個核苷酸,例如約15-30、16-25、18-23或19-22個核苷酸之鏈段實質上互補的股。反義股或第一股具有與所需目標mRNA序列充分互補之序列以引導目標特異性之靜默,例如足以藉由RNAi機制或過程觸發所需目標mRNA之破壞的互補性。
大致 如本文所用,在應用於一或多個相關值時,術語「大致」或「約」係指與所陳述之參考值類似的值。如本文所用,術語「約」意謂所列舉之值的+/- 10%。在某些實施例中,除非另有說明或另外自上下文顯而易見(除了此類數目將超出可能值之100%的情況),否則術語「大致」係指在所陳述之參考值的任一方向(大於或小於)屬於25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更小內的一系列值。
…… 締合 如本文所用,當關於兩個或更多個部分使用時,術語「與……締合」、「結合」、「連接」、「附接」及「繫留」意謂該等部分直接或經由一或多個充當連接劑之額外部分而在物理上彼此締合或連接以形成足夠穩定之結構,使得該等部分在使用該結構之條件(例如生理學條件)下保持在物理上締合。「締合」不必嚴格經由直接共價化學鍵結進行。其亦可表示離子鍵結或氫鍵結或基於雜合之連接性足夠穩定以使得「締合的」實體保持在物理上締合。
桿狀病毒表現載體 (BEV) 如本文所用,BEV為桿狀病毒表現載體,例如桿狀病毒來源之聚核苷酸載體。桿狀病毒表現載體(BEV)為已經基因修飾以引起外源基因表現之重組桿狀病毒。使用BEV之系統稱為桿狀病毒表現載體系統(BEVS)。
mBEV 或經修飾之 BEV 如本文所用,經修飾之BEV為桿狀病毒來源之表現載體,其已例如藉由以下一或多者之破壞、添加及/或缺失及/或複製及/或倒置而相對於起始BEV (無論野生型抑或人工的)改變:基因;基因片段;裂解位點;限制位點;序列區;編碼有效負載或所關注之基因的序列;或前述之組合。
桿狀病毒基因體 如本文所用,「桿狀病毒基因體」包含野生型或改變之桿狀病毒或其部分。在一些實施例中,野生型或改變之桿狀病毒包含加洲苜蓿夜蛾多核型多角體病毒(AcMNPV) (例如AcMNPV病毒株E2、C6或HR3)、家蠶核型多角體病毒(BmNPV)、黎豆夜蛾核型多角體病毒(AgMNPV)、花旗松毒蛾核型多角體病毒(OpMNPV)或弧金翅夜蛾核型多角體病毒(ThorMNPV)。在一些實施例中,變異型桿狀病毒基因體為改變之桿狀病毒基因體或其部分。
BIIC:如本文所用,BIIC為經桿狀病毒感染之昆蟲細胞。
衣殼:如本文所用,術語「衣殼」係指實質上(例如>50%、>60%、>70%、>80%、>90%、>95%、>99%或100%)為蛋白質之例如AAV粒子之病毒粒子的例如蛋白質外殼之外部。在一些實施例中,衣殼為包含例如VP1、VP2及/或VP3多肽之本文所描述之AAV衣殼蛋白的AAV衣殼。AAV衣殼蛋白可為野生型AAV衣殼蛋白或變異體,該變異體例如為來自野生型或參考衣殼蛋白之結構及/或功能變異體,其在本文中稱為「AAV衣殼變異體」。在一些實施例中,本文所描述之AAV衣殼變異體具有圍封,例如囊封病毒基因體之能力且/或能夠進入例如哺乳動物細胞之細胞中。在一些實施例中,本文所描述之AAV衣殼變異體可具有與例如對應野生型衣殼之野生型AAV衣殼之趨性相比經調節的趨性。
經密碼子最佳化:如本文所用,術語「經密碼子最佳化」或「密碼子最佳化」係指編碼與親本/參考序列相同的胺基酸序列之經修飾之核酸序列,但已改變,使得經修飾之核酸序列之密碼子針對在特定系統(諸如特定物種或物種群)中之表現最佳化或改良。作為非限制性實例,包含AAV衣殼蛋白之核酸序列可經密碼子最佳化以用於在昆蟲細胞中或在特定昆蟲細胞(諸如草地黏蟲細胞)中表現。
互補及實質上互補:如本文所用,術語「互補」係指聚核苷酸彼此形成鹼基對之能力。鹼基對典型地由反平行聚核苷酸股中之核苷酸單元之間的氫鍵形成。互補聚核苷酸股可以瓦生克立克方式(Watson-Crick manner) (例如A對T、A對U、C對G)或以使得可形成雙螺旋體之任何其他方式形成鹼基對。如熟習此項技術者所瞭解,當使用RNA而非DNA時,尿嘧啶而非胸腺嘧啶為視為與腺苷互補之鹼基。然而,除非另有說明,否則當在本發明之上下文中指示U時,暗示能夠取代T。完美互補性或100%互補性係指一個聚核苷酸股之各核苷酸單元可與第二聚核苷酸股之核苷酸單元形成氫鍵之情況。次完美互補性係指兩個股之核苷酸單元中之一些而非所有都能彼此形成氫鍵的情況。舉例而言,對於兩個20聚體,若各股上僅兩個鹼基對可彼此形成氫鍵,則該等聚核苷酸股呈現10%互補性。在相同實例中,若各股上之18個鹼基對可彼此形成氫鍵,則聚核苷酸股呈現90%互補性。
保守:如本文所用,術語「保守」係指聚核苷酸序列或多肽序列之核苷酸或胺基酸殘基分別為在所比較之兩個或更多個序列之相同位置未發生改變的核苷酸或胺基酸殘基。相對保守之核苷酸或胺基酸為與序列中其他地方出現之核苷酸或胺基酸相比而言相關性較高之序列中之保守性核苷酸或胺基酸。
在某些實施例中,若兩個或更多個序列為彼此100%相同,則將其稱為「完全保守的」。在某些實施例中,若兩個或更多個序列為彼此至少70%一致、至少80%一致、至少90%一致或至少95%一致,則將其稱為「高度保守的」。在某些實施例中,若兩個或更多個序列為彼此約70%一致、約80%一致、約90%一致、約95%、約98%或約99%一致,則將其稱為「高度保守的」。在某些實施例中,若兩個或更多個序列為彼此至少30%一致、至少40%一致、至少50%一致、至少60%一致、至少70%一致、至少80%一致、至少90%一致或至少95%一致,則將其稱為「保守的」。在某些實施例中,若兩個或更多個序列為彼此約30%一致、約40%一致、約50%一致、約60%一致、約70%一致、約80%一致、約90%一致、約95%一致、約98%一致或約99%一致,則將其稱為「保守的」。序列之保守可適用於聚核苷酸或多肽之整個長度或可適用於其部分、區域或特徵。
保守胺基酸取代 如本文所用,「保守胺基酸取代」為胺基酸殘基用具有類似側鏈之胺基酸殘基置換的胺基酸取代。此項技術中已定義具有類似側鏈之胺基酸殘基家族。此等家族包括具有鹼性側鏈(例如,離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如,天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電極性側鏈(例如,甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(例如,丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β分支鏈側鏈(例如,蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳族側鏈(例如,酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)之胺基酸。
控制元件 如本文所用,「調控元件」、「調控控制元件」或「調控序列」係指提供接受者細胞中之編碼序列之複製、轉錄及轉譯的啟動子區、聚腺苷酸化信號、轉錄終止序列、上游調控域、複製起點、內部核糖體進入位點(「IRES」)、增強子及其類似物。並非所有此等控制元件都需要始終存在,只要所選擇之編碼序列能夠在適合的宿主細胞中進行複製、轉錄及/或轉譯即可。
遞送 如本文所用,「遞送」係指遞送AAV粒子、化合物、物質、實體、部分、負荷或有效負載的動作或方式。
囊封 如本文所用,術語「囊封」意謂圍封、包圍或包覆。
工程改造 如本文所用,當本發明之實施例經設計以具有因起始點、野生型或原生分子而異的特徵或特性(無論結構上抑或化學上)時,該等實施例「經工程改造」。
有效量 如本文所用,藥劑之術語「有效量」為足以實現有益或所需結果(例如臨床結果)之量,且因此「有效量」視其應用之情形而定。舉例而言,在投與治療癌症之藥劑的情形下,藥劑之有效量為例如相比於在未投與藥劑之情況下所獲得的反應,足以實現對癌症進行如本文所定義之治療的量。
表現:如本文所用,核酸序列之「表現」係指以下事件中之一或多者:(1)自DNA序列產生RNA模板(例如,藉由轉錄);(2)加工RNA轉錄物(例如,藉由剪接、編輯、5'帽形成及/或3'端加工);(3)將RNA轉譯成多肽或蛋白質;及(4)多肽或蛋白質之轉譯後修飾。
AAV 表現構築體 如本文所用,「AAV表現構築體」係指包含編碼至少AAV衣殼蛋白(例如VP1蛋白、VP2蛋白及/或VP3蛋白)及/或AAV rep蛋白(例如Rep52、Rep40、Rep68或Rep78蛋白或其組合)之核苷酸序列的聚核苷酸。在一些實施例中,AAV表現構築體進一步包含編碼有效負載之核苷酸序列(例如有效負載編碼區)。在一些實施例中,AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體(例如,變異型桿狀病毒基因體)之至少一部分。
表現 Bac:如本文所用,「表現Bac」或「rep/cap bac」係指包含桿狀病毒基因體之AAV表現構築體及/或區域。在一些實施例中,包含表現Bac之AAV表現構築體包含一或多種編碼用於AAV,諸如但不限於AAV2之衣殼及/或複製基因之聚核苷酸。舉例而言,一或多種編碼用於AAV之衣殼及/或複製基因之聚核苷酸可編碼VP1、VP2、VP3、Rep52及/或Rep78,且此等聚核苷酸可存在於一或多個開放閱讀框架,例如兩個開放閱讀框架中之構築體中。
表現 BIIC:如本文所用,「表現BIIC」或「rep/cap BIIC」係指包含有包含桿狀病毒基因體之AAV表現構築體(例如,表現Bac)之昆蟲細胞。在一些實施例中,昆蟲細胞為Sf9細胞。
調配物:如本文所用,「調配物」包含至少一種AAV粒子及遞送劑或賦形劑。
片段:如本文所用,「片段」係指一部分。舉例而言,蛋白質之片段可包含藉由使自經培養細胞分離之全長蛋白質分解而獲得的多肽。
功能性:如本文所用,「功能性」生物分子為呈展現出特性及/或活性之形式的生物分子,其藉由該特性及/或活性表徵。
基因表現:術語「基因表現」係指以下過程,藉由該過程核酸序列經歷成功轉錄且在大多數情況下經歷成功轉譯以產生蛋白質或肽。為了清楚起見,在提及量測「基因表現」時,此應該理解為意謂量測可針對核酸轉錄產物,例如對RNA或mRNA,或針對胺基酸轉譯產物,例如多肽或肽。量測RNA、mRNA、多肽及肽之量或含量的方法為此項技術中熟知的。
同源性:如本文所用,術語「同源性」係指聚合分子之間,例如聚核苷酸分子(例如DNA分子及/或RNA分子)之間及/或多肽分子之間的總體相關性。在某些實施例中,若聚合分子之序列為至少25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%一致或類似,則將聚合分子視為彼此「同源」。術語「同源」必然係指在至少兩個序列(聚核苷酸或多肽序列)之間的比較。根據本發明,若對於至少約20個胺基酸之至少一個延伸段,兩個聚核苷酸序列編碼之多肽為至少約50%、60%、70%、80%、90%、95%或甚至99%,則將兩個聚核苷酸序列視為同源。在某些實施例中,同源聚核苷酸序列之特徵在於編碼具有至少4-5個特別指定之胺基酸的延伸段的能力。對於長度小於60個核苷酸之聚核苷酸序列,同源性由編碼具有至少4-5個特別指定之胺基酸的延伸段的能力來確定。根據本發明,若對於至少約20個胺基酸之至少一個延伸段,蛋白質為至少約50%、60%、70%、80%或90%一致,則將兩個蛋白質序列視為同源。
一致性:如本文所用,術語「一致性」係指聚合分子之間,例如聚核苷酸分子(例如DNA分子及/或RNA分子)之間及/或多肽分子之間的總體相關性。舉例而言,兩個聚核苷酸序列之一致性百分比的計算可藉由出於最佳比較目的而比對兩個序列來進行(例如,可將空位引入第一及第二核酸序列中之一者或兩者中以便最佳比對且出於比較目的可忽略非一致序列)。在某些實施例中,出於比較目的比對之序列長度為參考序列長度之至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或100%。接著比較在對應核苷酸位置處之核苷酸。當第一序列中之位置被與第二序列中之對應位置相同的核苷酸佔據時,則該等分子在該位置相同。在考慮到為求兩個序列之最佳比對而需要引入之空位數目及各空位長度的情況下,該兩個序列之間的一致性百分比隨該等序列共有的一致位置之數目變化。可使用數學演算法達成序列比較及測定兩個序列之間的一致性百分比。舉例而言,兩個核苷酸序列之間的一致性百分比可使用諸如以下中所描述之方法來測定:Computational Molecular Biology, Lesk, A. M.編, Oxford University Press, New York, 1988;Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W.編, Academic Press, New York, 1993;Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987;Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M.及Griffin, H. G.編, Humana Press, New Jersey, 1994;及Sequence Analysis Primer, Gribskov, M.及Devereux, J.編, M Stockton Press, New York, 1991;其內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。舉例而言,兩個核苷酸序列之間的一致性百分比可使用Meyers及Miller (CABIOS, 1989, 4:11-17)之演算法來確定,該演算法已併入使用PAM120權重殘基表、空位長度罰分12及空位罰分4之ALIGN程式(2.0版)中。或者,兩個核苷酸序列之間的一致性百分比可使用GCG套裝軟體中之GAP程式,使用NWSgapdna.CMP矩陣來測定。通常用於測定序列之間的一致性百分比之方法包含(但不限於):Carillo, H.及Lipman, D., SIAM J Applied Math., 48:1073 (1988)中所揭示之彼等方法;其內容各自以全文引用之方式併入本文中,只要其不與本發明衝突。用於測定一致性之技術編碼於公開可獲得之電腦程式中。用以確定兩個序列之間的同源性的例示性電腦軟體包含(但不限於):GCG套裝程式(Devereux, J.等人, Nucleic Acids Research, 12(1), 387 (1984))、BLASTP、BLASTN及FASTA (Altschul, S. F.等人, J. Molec. Biol., 215, 403 (1990))。
抑制基因表現 如本文所用,片語「抑制基因表現」意謂引起基因表現產物之量減少。表現產物可為自基因轉錄之RNA (例如mRNA)或自mRNA (自基因轉錄)轉譯之多肽。通常,mRNA含量之減少引起自其轉譯之多肽的含量減少。表現量可使用量測mRNA或蛋白質之標準技術來測定。
經分離:如本文所用,術語「經分離」係指自天然狀態更改或移除,例如自與其在天然狀態上相關之組分中之至少一些更改或移除的物質或實體。舉例而言,天然存在於活動物中之核酸或肽並非「經分離」,但自其天然狀態之共存材料部分或完全分離之相同核酸或肽為「經分離」。經分離之核酸或蛋白質可以實質上純化形式存在,或可存在於諸如例如宿主細胞之非原生環境中。此類聚核苷酸可為載體之一部分且/或此類聚核苷酸或多肽可為組合物之一部分,且仍經分離以使得此類載體或組合物不為其天然存在於其中之環境的一部分。在一些實施例中,經分離之核酸為重組的,例如經併入載體中。
連接子 如本文所用,「連接子」係指連接兩個分子之分子或分子群。連接子可為連接編碼兩種不同多肽之兩個核酸序列之核酸序列。連接子可經轉譯或可未經轉譯。連接子可為可裂解連接子。
RNA (miRNA) 結合位點 如本文所用,微RNA (miRNA)結合位點表示核酸轉錄物中至少由miRNA之「種子」區域結合之核苷酸位置或區域。
經修飾 如本文所用,術語「經修飾」係指本發明分子之狀態或結構改變。分子可以包含化學上、結構上及功能上之許多方式經修飾。如本文所用,當本發明之實施例具有或擁有與起始點、野生型或原生分子不同的特徵或特性(無論結構上抑或化學上)時,該等實施例「經修飾」。
突變:如本文所用,術語「突變」係指基因結構之任何變化,產生變異體(亦稱為「突變體」)形式。在一些實施例中,基因突變可由DNA中之單鹼基之交替、或基因或染色體之較大部分之缺失、插入或重排引起。
天然存在 如本文所用,「天然存在」或「野生型」意謂存在於自然界中而沒有人工輔助或人的手的參與。
非人類脊椎動物 如本文所用,「非人類脊椎動物」包含除了智人(Homo sapiens)之外的所有脊椎動物,包含野生及家養物種。非人類脊椎動物之實例包含但不限於哺乳動物,諸如羊駝、爪哇牛、野牛、駱駝、貓、牛、鹿、狗、驢、大額牛、山羊、天竺鼠、馬、駱馬、騾、豬、兔、馴鹿、綿羊、水牛及犛牛。
核酸:如本文所用,術語「核酸」、「聚核苷酸」及「寡核苷酸」係指由以下構成之任何核酸聚合物:聚脫氧核糖核苷酸(含有2-脫氧-D-核糖)、或聚核糖核苷酸(含有D-核糖)、或本身為嘌呤或嘧啶鹼基或經修飾嘌呤或嘧啶鹼基之N醣苷的任何其他類型之聚核苷酸。在術語「核酸」、「聚核苷酸」及「寡核苷酸」之間不存在預期長度區別,且此等術語應可互換使用。此等術語僅指分子之一級結構。因此,此等術語包含雙股及單股DNA以及雙股及單股RNA。
開放閱讀框架 如本文所用,「開放閱讀框架」或「ORF」係指除了閱讀框架之末端以外,在給定閱讀框架內不含終止密碼子之序列。
以可操作方式連接 如本文所用,片語「以可操作方式連接」係指兩個或更多個分子、構築體、轉錄本、實體、部分或其類似物之間的功能性連接。作為非限制性實例,當啟動子序列控制及/或調控核苷酸序列之轉錄時,啟動子「以可操作方式連接」至核苷酸序列。
有效負載 如本文所用,「有效負載」或「有效負載區」係指一或多個由病毒基因體編碼或在病毒基因體內編碼之聚核苷酸或聚核苷酸區或此類聚核苷酸或聚核苷酸區之表現產物,例如轉殖基因、編碼多肽或多元多肽之聚核苷酸或調節核酸或調控核酸。
有效負載 Bac:如本文所用,「有效負載Bac」係指包含有效負載構築體及/或區域之桿狀病毒。在一些實施例中,有效負載Bac之有效負載構築體及/或區域包含編碼有效負載之聚核苷酸。
有效負載 BIIC:如本文所用,「有效負載BIIC」係指包含一或多種桿狀病毒(例如有效負載Bac)之昆蟲細胞,該一或多種桿狀病毒包含有效負載構築體及/或區域。在一些實施例中,有效負載構築體及/或區域包含編碼有效負載之聚核苷酸。在一些實施例中,昆蟲細胞為Sf9細胞。
有效負載構築體:如本文所用,「有效負載構築體」為包含聚核苷酸區之一或多個載體構築體,該聚核苷酸區編碼或包含在一側或兩側上側接有反向末端重複(ITR)序列的有效負載。有效負載構築體可呈現在病毒生產細胞中複製之模板,以生產治療性病毒基因體。
有效負載構築體載體:如本文所用,「有效負載構築體載體」為編碼或包含有效負載構築體,及用於在細菌細胞中複製及表現有效負載構築體之調控區的載體。
有效負載構築體表現載體:如本文所用,「有效負載構築體表現載體」為以下載體,其編碼或包含有效負載構築體且進一步包含一或多個編碼或包含用於在病毒複製細胞中進行病毒表現之組分的聚核苷酸區域。
醫藥學上可接受:片語「醫藥學上可接受」在本文中用於指在合理醫學判斷範疇內,在無過度毒性、刺激、過敏反應或其他問題或併發症情況下適用於與人類及動物之組織接觸、與合理益處/風險比相稱的彼等化合物、物質、組合物及/或劑型。
醫藥學上可接受之賦形劑 如本文所用,片語「醫藥學上可接受之賦形劑」係指除本文所述之化合物以外的任何成分(例如,能夠懸浮或溶解活性化合物之媒劑),且具有在患者中實質上無毒性及無炎性的特性。
醫藥學上可接受之鹽:本發明亦包含本文所述之化合物之醫藥學上可接受之鹽。如本文所用,「醫藥學上可接受之鹽」係指所揭示之化合物之衍生物,其中母體化合物藉由將現有酸或鹼部分轉化為其鹽形式(例如藉由使游離鹼基與適合有機酸反應)來改性。
醫藥學上可接受之溶劑合物:如本文所用,術語「醫藥學上可接受之溶劑合物」意謂本發明化合物,其中適合之溶劑的分子併入晶格中。
預防:如本文所用,術語「預防(preventing)」或「預防(prevention)」係指部分或完全地延遲感染、疾病、病症及/或病況之發作;部分或完全地延遲特定感染、疾病、病症及/或病況之一或多種症狀、特徵或臨床表現的發作;部分或完全地延遲特定感染、疾病、病症及/或病況之一或多種症狀、特徵或表現的發作;部分或完全地延遲感染、特定疾病、病症及/或病況之進展;及/或降低患上與感染、疾病、病症及/或病況相關之病變的風險。
經純化 如本文所用,「純化(purify)」、「經純化(purified)」、「純化(purification)」意謂自非所需組分、材料污物、混雜物或缺陷品變得實質上純的或乾淨的。「經純化」係指純的狀態。「純化」係指變純的過程。
如本文所用,術語「區」係指區段或一般區。在某些實施例中,當提及蛋白或蛋白模組時,區可包含沿著蛋白或蛋白模組之線性胺基酸序列,或可包含三維區域、抗原決定基及/或抗原決定基簇。在某些實施例中,區包含末端區。如本文所用,術語「末端區」係指位於給定藥劑之端部或末端處的區。當提及蛋白質時,末端區可包含N端及/或C端。N端係指包含具有游離胺基之胺基酸的蛋白質端部。C端係指包含具有游離羧基之胺基酸的蛋白質端部。因此,N端及/或C端區可包含N端及/或C端以及周圍的胺基酸。在某些實施例中,N端及/或C端區包含約3個胺基酸至約30個胺基酸、約5個胺基酸至約40個胺基酸、約10個胺基酸至約50個胺基酸、約20個胺基酸至約100個胺基酸及/或至少100個胺基酸。在某些實施例中,N端區可包含任何長度之胺基酸,其包含N端但不包含C端。在某些實施例中,C端區可包含任何長度之胺基酸,其包含C端但不包含N端。
在某些實施例中,當提及聚核苷酸時,區可包含沿著聚核苷酸之線性核酸序列,或可包含三維區域、二級結構或三級結構。在某些實施例中,區包含末端區。如本文所用,術語「末端區」係指位於給定藥劑之端部或末端處的區。當提及聚核苷酸時,末端區可包含5'端及3'端。5'端係指包含具有游離磷酸酯基團之核酸的聚核苷酸末端。3'端係指包含具有游離羥基之核酸的聚核苷酸末端。5'區及3'區可因此包含5'端及3'端以及周圍核酸。在某些實施例中,5'端及3'端區包含約9個核酸至約90個核酸、約15個核酸至約120個核酸、約30個核酸至約150個核酸、約60個核酸至約300個核酸及/或至少300個核酸。在某些實施例中,5'區可包含任何長度之核酸,其包含5'端但不包含3'端。在某些實施例中,3'區可包含任何長度之核酸,其包含3'端但不包含5'端。
RNA RNA 分子:如本文所用,術語「RNA」或「RNA分子」或「核糖核酸分子」係指核糖核苷酸之聚合物;術語「DNA」或「DNA分子」或「脫氧核糖核酸分子」係指脫氧核糖核苷酸之聚合物。DNA及RNA可分別例如藉由DNA複製及DNA轉錄來天然地合成;或以化學方式合成。DNA及RNA可為單股(亦即,分別為ssRNA或ssDNA)或多股(例如雙股,亦即分別為dsRNA及dsDNA)。如本文所用之術語「mRNA」或「信使RNA」係指編碼一或多個多肽鏈之胺基酸序列的單股RNA。
RNA 干擾或 RNAi 如本文所用,術語「RNA干擾」或「RNAi」係指由RNA分子介導的引起對應蛋白質編碼基因之表現受到抑制或干擾或「靜默」的序列特異性調控機制。已在許多類型之生物體中觀測到RNAi,該等生物體包含植物、動物及真菌。RNAi天然出現在細胞中以移除外來RNA (例如病毒RNA)。天然RNAi經由自游離dsRNA分裂之片段前進,其將降解機制引導至其他類似RNA序列。RNAi受RNA誘導之靜默複合體(RNA-induced silencing complex;RISC)控制且由細胞之細胞質中之短/小dsRNA分子起始,其中其與催化性RISC組分阿爾古(argonaute)相互作用。可將dsRNA分子外源地引入至細胞中。外源性dsRNA藉由活化核糖核酸酶蛋白質切丁酶起始RNAi,該切丁酶結合並分裂dsRNA以產生具有21-25個鹼基對之雙股片段,且各端具有若干未配對突出鹼基。此等短雙股片段被稱為小干擾RNA (siRNA)。
自互補病毒粒子:如本文所用,「自互補病毒粒子」為包含至少兩種組分,即蛋白質衣殼及封入該衣殼內之編碼自互補基因體之聚核苷酸序列的粒子。
有義股 如本文所用,術語siRNA分子之「有義股」或「第二股」或「隨從股」係指與反義股或第一股互補之股。siRNA分子之反義股與有義股雜交,形成雙螺旋結構。如本文所用,「siRNA雙螺旋體」包含siRNA股,該siRNA股具有與用於靜默之所靶向基因之mRNA的約10-50個核苷酸之部分的足夠互補性,及具有足夠互補性以與另一siRNA股形成雙螺旋體之siRNA股。
短干擾 RNA siRNA 如本文所用,術語「短干擾RNA」、「小干擾RNA」或「siRNA」係指包含在約5-60個之間的能夠導引或介導RNAi之核苷酸(或核苷酸類似物)的RNA分子(或RNA類似物)。在某些實施例中,siRNA分子包含在約15-30個之間的核苷酸或核苷酸類似物,諸如約16-25個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)、約18-23個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)、約19-22個之間的核苷酸(或核苷酸類似物) (例如19、20、21或22個核苷酸或核苷酸類似物)、約19-25個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)及約19-24個之間的核苷酸(或核苷酸類似物)。術語「短」siRNA係指包含5至23個核苷酸,諸如21個核苷酸(或核苷酸類似物),例如19、20、21或22個核苷酸之siRNA。術語「長」siRNA係指包含24-60個核苷酸,諸如約24-25個核苷酸,例如23、24、25或26個核苷酸之siRNA。短siRNA在一些情況下可包含少於19個核苷酸,例如16、17或18個核苷酸、或少至5個核苷酸,其限制條件為較短的siRNA保留介導RNAi之能力。同樣地,長siRNA在一些情況下可包含超過26個核苷酸,例如27、28、29、30、35、40、45、50、55或甚至60個核苷酸,其限制條件為較長的siRNA保留介導RNAi或轉譯抑制而不需進一步加工、例如酶促加工為短siRNA的能力。siRNA可為單股RNA分子(ss-siRNA)或包含有義股及反義股之雙股RNA分子(ds-siRNA),有義股與反義股雜交形成雙螺旋結構,該雙螺旋結構被稱為siRNA雙螺旋體。
信號序列 如本文所用,片語「信號序列」係指可引導蛋白質之轉運或定位之序列。
類似性:如本文所用,術語「類似性」係指聚合分子之間,例如聚核苷酸分子(例如DNA分子及/或RNA分子)之間及/或多肽分子之間的整體相關性。聚合物分子彼此之類似性百分比的計算可以與一致性百分比之計算相同的方式進行,不同之處在於計算類似性百分比時要考慮如此項技術中所理解之保守性取代。
個體 如本文所用,術語「個體」或「患者」係指可例如出於實驗、診斷、預防及/或治療目的而向其投與根據本發明之組合物的任何生物體。典型個體包含動物(例如哺乳動物,諸如小鼠、大鼠、兔、非人類靈長類動物及人類)及/或植物。個體或患者可能尋求或需要治療,要求治療,正在接受治療、即將接受治療,或受到經過訓練的專業人員針對特定疾病或病況之照護。
實質上:如本文所用,術語「實質上」係指展現所關注之特徵或特性之全部或接近全部界限或程度的定性病況。生物技術中之一般技術者所瞭解,生物及化學現象很少(若曾有)進行完全及/或繼續進行完整或很少達成或避免絕對結果。因此,本文中使用術語「實質上」以獲得許多生物及化學現象中所固有的完整性之潛在缺乏。
合成:如本文所用,術語「合成」或「以化學方式合成」在核酸序列之上下文中係指至少部分地經由化學製程形成的核酸分子,與天然來源之分子相對,或經由天然來源之分子的基於模板之擴增衍生的分子。在一些實施例中,不同於天然DNA複製或活體外聚合酶反應(如PCR),以化學方式合成之DNA未經模板化(例如序列經任意決定且在物理上不視親本序列而定)。
靶向 如本文所用,「靶向」意謂設計及選擇將與目標核酸雜交且誘導所需作用之核酸序列的過程。
目標細胞 如本文所用,「目標細胞」係指任何一或多種所關注之細胞。該等細胞可見於活體外、活體內、原位或生物體之組織或器官中。生物體可為動物,諸如哺乳動物、人類或人類患者。
治療有效量 如本文所用,術語「治療有效量」意謂當向罹患或易患感染、疾病、病症及/或病況之個體投與時,足以治療該感染、疾病、病症及/或病況,改善其症狀、對其進行診斷、預防及/或延遲其發作的所遞送之藥劑(例如核酸、藥物、治療劑、診斷劑、預防劑等)之量。在某些實施例中,治療有效量將以單一劑量提供。在某些實施例中,治療有效量以包含複數個劑量之給藥方案投與。熟習此項技術者應瞭解,在某些實施例中,若單位劑型包含在作為此類給藥方案之一部分投與時有效的量,則該單位劑型可視為包含治療有效量之特定藥劑或實體。
治療:如本文所用,術語「治療」係指部分或完全緩解、改善、改良、減輕特定感染、疾病、病症及/或病況、延遲其發作、抑制其進展、降低其嚴重程度及/或降低其一或多種症狀或特徵之發生率。舉例而言,「治療」癌症可指抑制腫瘤之存活、生長及/或擴散。出於降低患上與疾病、病症及/或病況相關之病變的風險的目的,可向未展現該疾病、病症及/或病況之病徵的個體及/或向僅展現該疾病、病症及/或病況之早期病徵的個體投與治療。
未經修飾:如本文所用,「未經修飾」係指任何以任何方式改變之前的物質、化合物或分子。未經修飾可以指,但並不始終指生物分子之野生型或原生形式。分子可經歷一系列修飾,由此,各經修飾之分子可充當後續修飾之「未經修飾」之起始分子。
變異體 如本文所用,術語「變異體」係指具有與參考序列實質上一致(例如具有至少70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%序列一致性)之胺基酸或核苷酸序列的多肽或聚核苷酸。在一些實施例中,變異體為功能變異體。
功能變異體:如本文所用,術語「功能變異體」係指具有參考序列之至少一種活性之多肽變異體或聚核苷酸變異體。
載體:如本文所用,術語「載體」係指轉運、轉導或另外充當異源分子之載體的任何分子或部分。在一些實施例中,載體可為質體。在一些實施例中,載體可為病毒。AAV粒子為載體之實例。本發明之載體可以重組方式產生,且可基於及/或可包含腺相關病毒(AAV)親本序列或參考序列。異源分子可為聚核苷酸及/或多肽。
病毒基因體:如本文所用,術語「病毒基因體」係指囊封於AAV粒子中之核酸序列。病毒基因體包含具有至少一個編碼有效負載之有效負載區及至少一個ITR之核酸序列。
熟習此項技術者僅使用常規實驗將認識到或能夠確定本文所描述之根據本發明之特定實施例的許多等效物。本發明之範疇不意欲受限於以上描述,而是如隨附申請專利範圍中所闡述。
在申請專利範圍中,除非相反地指示或另外從上下文顯而易見,否則諸如「一(a/an)」及「該」之冠詞可意謂一或多個。除非相反地指示或另外自上下文顯而易見,否則若一個、超過一個或所有群組成員存在於、用於給定產物或方法中或以其他方式與給定產物或方法有關,則在群組的一或多個成員之間包括「或」之申請專利範圍或描述視為滿足。本發明包括群組中確切為一個成員存在於、用於給定產物或方法中或以其他方式與給定產物或方法相關之實施例。本發明包括超過一個或所有的群組成員存在於、用於給定產物或方法中或以其他方式與給定產物或方法相關的實施例。
亦應注意,術語「包含」意欲為開放的且容許但不要求包括額外元件或步驟。當本文使用術語「包含」時,亦因此涵蓋及揭示術語「由……組成」。
在給出範圍的情況下,包括端點。此外,應理解,除非另有指示或以其他方式自上下文及一般熟習此項技術者之理解顯而易見,否則表示為範圍之值可在本發明之不同實施例中採用所陳述範圍內之任何特定值或子範圍,除非上下文另外明確規定,否則達至該範圍下限之單位之十分之一。
另外,應理解,本發明之屬於先前技術之任何特定實施例均可明確地自申請專利範圍中之任一或多者排除。因為認為此類實施例為一般熟習此項技術者已知的,所以可排除該等實施例,即使未在本文中明確地闡述該排除。本發明之組合物之任何特定實施例(例如任何抗生素、治療或活性成分;任何生產方法;任何使用方法;等)均可出於任何原因自任何一或多個申請專利範圍排除,無論是否與先前技術之存在相關。
應理解,已使用之文字係描述性而非限制性文字,且可在不背離本發明在其較廣泛態樣中之真實範疇及精神之情況下,在隨附申請專利範圍之範圍內作出改變。
儘管已經相對於若干所描述之實施例以一定長度及一些特殊性描述了本發明,但並非意欲本發明應受限於任何此類細節或實施例或任何特定實施例,而是應該參考隨附申請專利範圍進行解釋,以便鑒於先前技術提供對此類申請專利範圍之儘可能最廣泛的解釋,且因此有效地涵蓋本發明之預期範疇。
所有公開案、專利申請案、專利及本文所提及之其他參考案均以全文引用之方式併入。在有矛盾的情況下,將以本發明(包括定義)為準。另外,章節標題、材料、方法及實例僅為說明性的而不意欲為限制性的。 實例  實例1. polh-僅Rep78及polh-僅Rep52聚核苷酸 polh- Rep78
聚核苷酸卡匣經工程改造以包括polh啟動子(極晚期)及僅Rep78編碼序列(亦即,自Rep78 ORF極少轉譯Rep52蛋白)。使用Gibson組裝方法將聚核苷酸工程改造以插入/選殖至適合之桿狀病毒質體或載體中。polh-僅Rep78聚核苷酸(具有Gibson組裝序列)以SEQ ID NO: 9呈現。 polh- Rep52
聚核苷酸卡匣經工程改造以包括polh啟動子(極晚期)及僅Rep52編碼序列(亦即包括來自野生型AAV2之Rep52蛋白的整個編碼序列,但不包括通常上游的Rep78蛋白之編碼序列)。包括polh啟動子以驅動Rep52編碼序列之表現。使用Gibson組裝方法將聚核苷酸工程改造以插入/選殖至適合之桿狀病毒質體或載體中。polh-Rep52聚核苷酸(具有Gibson組裝序列)以SEQ ID NO: 10呈現。 實例2.使用Rep78/Rep52分離的桿狀病毒穿梭載體產生之AAV產量
完成研究以使用病毒表現構築體研究AAV粒子生產之產量,該等病毒表現構築體在生產桿狀病毒穿梭載體內包括一系列Rep78編碼區及Rep52編碼區之組態,包括標準雙順反子ORF(亦即編碼Rep78及Rep52兩者之序列)及分裂ORF(亦即,第一位置中之僅Rep78編碼區及第二位置中之僅Rep52編碼區)。根據表1製備表現Bac (N/A -指示特定編碼區不包括於表現Bac構築體中)。 表1.表現Bac設計
培養物編號 桿狀病毒穿梭載體中之v-cath 缺失 Rep78 編碼區位置 Rep78/Rep52 位置 Rep52 編碼區位置 VP 衣殼
1 N/A N/A N/A N/A
2 N/A N/A egt N/A
3 Tn7 N/A N/A AAV1
4 N/A Tn7 (雙順反子) N/A AAV1
5 Tn7 N/A egt AAV1
6 N/A Tn7 (雙順反子) N/A AAV1
7 N/A Tn7 (雙順反子) N/A AAV2
8 Tn7 N/A egt AAV2
9 N/A Tn7 (雙順反子) N/A AAV2
將Sf9細胞接種於50 mL錐形燒瓶中且在1 mL培養物中擴增直至約2×10 6vc/mL之VPC密度。將5 MOI之有效負載Bac物質(cmvGFP轉殖基因有效負載)及5 MOI之各表現Bac樣品合併於個別燒瓶中,且培育約30小時。用含有普洛尼克(pluronic) F-68之無菌PBS將各燒瓶注滿至50 mL。藉由以300g離心8 min,繼之抽吸上清液來使細胞集結。將集結粒用含有普洛尼克F-68之無菌PBS再懸浮於50 mL中(藉由混合及振盪),且再次以300g離心8分鐘。接著將經分離細胞集結粒再懸浮於6 mL ESF培養基中。
接著將各測試培養物燒瓶分成5個重複的燒瓶(1.1、1.2、1.3、1.4、1.5等)以提供總計45個重複的測試培養物燒瓶。將燒瓶在250 RPM及27℃下振盪約90小時。接著使用58.8 µL之10%曲拉通X-100 (0.5%最終)及117.6 µL之2.0 M精胺酸(0.2 M最終)繼之以0.047 µL之Benzonase(250 U/uL) (10 U/mL最終)溶解細胞,攪拌培育(220 RPM及37℃)約30小時。
提取來自各測試培養物重複燒瓶之65 µL樣品且將其與10 µL 10×NuPage還原劑+ 25 µL 4×NuPage樣品裝載緩衝液合併,得到100 µL蛋白質樣品。各測試培養物蛋白質樣品以4000g離心10分鐘,且藉由西方墨點分析針對AAV Rep及AAV Cap蛋白來分析所得集結粒。西方墨點分析結果顯示於圖1A中。西方墨點分析證實來自各測試培養物之Rep蛋白及VP蛋白生產,儘管表現Bac設計中無一者提供Rep78及Rep52蛋白兩者的強力生產。
亦使用qPCR分析各測試培養物之AAV效價(假設自互補載體基因體/mL)。AAV效價qPCR分析之結果顯示於圖1B中。結果顯示針對AAV1及AAV2衣殼粒子,當與標準雙順反子Rep蛋白ORF相比時,分裂Rep蛋白ORF提供改良之AAV載體基因體效價。 實例3.表現修飾小順反子插入物
完成研究以在Rep蛋白生產中研究使用具有Rep78/Rep52雙順反子表現卡匣之表現修飾小順反子插入物的作用。
聚核苷酸卡匣經工程改造以包括polh啟動子(極晚期)、小順反子插入物(SEQ ID NO: 4)及Rep78/Rep52雙順反子編碼序列。使用與Rep78起始密碼子ATG具有不同接近度(亦即中間核苷酸)之小順反子插入物製備五個不同構築體。使用非活性小順反子插入物(SEQ ID NO: 11)製備第六構築體。亦用Rep78/Rep52雙順反子編碼序列、Rep78之CTG起始密碼子及無小順反子插入物製備對照卡匣。接著將六個polh_MC_atgRep78卡匣及對照卡匣中之每一者併入至表現Bac中以供進一步研究。表2呈現經設計用於研究之polh_MC_atgRep78及對照構築體之其他細節(表2中之「接近度」表示小順反子插入物與ATG起始密碼子之分離,亦即中間核苷酸鹼基對之數目)。 表2. polh_MC_atgRep78設計
構築體編號 小順反子插入物 (SEQ ID NO) 小順反子插入物接近度 (bp) polh_MC_atgRep78 (SEQ ID NO)
MC1 4 3 bp 12
MC2 4 20 bp 13
MC3 4 37 bp 14
MC4 4 54 bp 15
MC5 4 71 bp 16
MCX 11 3 bp 17
對照 Rep78/Rep52雙順反子編碼序列;ctg起始密碼子;無小順反子插入物
將Sf9細胞接種於50 mL錐形燒瓶中且在2 mL培養物中擴增直至約3×10 6vc/mL之VPC密度。將5 MOI之有效負載Bac物質(cmvGFP轉殖基因有效負載)及5 MOI之七個表現Bac樣品中之各者合併於個別燒瓶中,且培育約96小時。自各細胞收集細胞且溶解,之後針對VP及Rep78/Rep52蛋白生產進行蛋白質粒化及西方墨點分析。
西方墨點分析結果顯示於圖2中。西方墨點分析證實僅來自對照卡匣之Rep78及Rep52蛋白生產。MC1及MCX卡匣產生可觀測量之Rep78,但無可量測之Rep52。MC5卡匣產生少量Rep78且無可量測Rep52。MC2、MC3及MC4卡匣產生無可量測的Rep78或Rep52。 實例4.分裂polh-MC-僅Rep78/Rep52 ORF
完成研究以使用病毒表現構築體研究AAV粒子生產,該等病毒表現構築體在生產桿狀病毒穿梭載體內包括一系列Rep78編碼區及Rep52編碼區之組態,包括:(i)原型分裂ORF構築體,其在桿狀病毒穿梭載體之Tn7基因座中包括polh-僅atgRep78卡匣且在桿狀病毒穿梭載體之egt基因座中包括polh-僅atgRep52卡匣;(ii)MC分裂的ORF構築體,其在桿狀病毒穿梭載體之Tn7基因座中包括polh-MC-僅atgRep78卡匣(SEQ ID NO: 12)及在桿狀病毒穿梭載體之egt基因座中包括polh-僅atgRep52卡匣;及(iii)Opie1分裂的ORF構築體,其在桿狀病毒穿梭載體之Tn7基因座中包括Opie1-僅atgRep78卡匣及在桿狀病毒穿梭載體之egt基因座中包括polh-僅atgRep52卡匣。亦用polh-ctgRep78/Rep52雙順反子編碼序列且無小順反子插入物製備FIH對照桿狀病毒穿梭載體。 Rep Cap 表現
將sf9細胞接種於燒瓶中且在200 mL培養物中擴增直至約2.8×10 6vc/mL之VPC密度。將0.002 MOI (TCID50/細胞)之有效負載Bac物質(靶向HTT之siRNA有效負載)及0.002 MOI (TCID50/細胞)之四種表現Bac中之各者合併於個別燒瓶中,且培育約6天。感染後3天、4天、5天及6天收集來自各燒瓶之樣品。
將細胞樣品以4000g短暫離心,接著溶解於200 µL以下混合物中:650 µL H 2O + 250 µL 4X NuPage樣品緩衝液+ 100 µL 10X NuPage還原劑。將所得樣品在80℃下沸騰10分鐘且接著大量渦旋。接著針對VP及Rep78/Rep52蛋白生產經由西方墨點分析處理樣品。
西方墨點分析結果顯示於圖3A中。西方墨點分析證實來自所有四種表現Bac之Rep及Cap蛋白生產。MC分裂的ORF構築體顯示與FIH對照桿狀病毒穿梭載體相當的Rep及Cap蛋白生產。相比於原型分裂ORF構築體(其顯示減少之Rep52生產及Cap生產)及Opie1分裂ORF構築體(其顯示最小Rep78生產及減少之Cap生產),MC分裂ORF構築體亦顯示明顯增加之Rep及Cap蛋白生產。 AAV 粒子生產
將sf9細胞接種於燒瓶中且在200 mL培養物中擴增直至約2.8×10 6vc/mL之VPC密度。將0.002 MOI (TCID50/細胞)之有效負載Bac物質(靶向HTT之siRNA有效負載)及0.002 MOI (TCID50/細胞)之四種表現Bac中之各者(一式三份之各表現Bac之3×樣品)合併於個別燒瓶中,且培育約6天。接著使用11.7 mL之10%曲拉通X-100 (0.5%最終)及22.0 mL之2.0 M精胺酸(0.2 M最終)繼之以10 µL之Benzonase(250 U/uL) (10 U/mL最終)溶解細胞,攪拌培育(220 RPM及37℃)約12小時。
將各測試培養物樣品以4000g離心15分鐘,且接著經由0.22 µm PES膜過濾。收集400 µL之各澄清溶解物樣品用於dPCR效價分析(圖3B)。接著經由AKTA親和層析純化處理各澄清溶解物樣品(其中針對AFB處理誤差,開始丟棄來自各表現Bac之一個重複的樣品)。接著再次取樣各AFB純化樣品用於ddPCR效價分析(圖3C)、藉由分析型超速離心(AUC)之全衣殼%分析(圖3D)、HTT基因減弱之效力(圖3E)及藉由CE-SDS之VP蛋白比。
來自澄清溶解物樣品(圖3B)及AFB純化樣品(圖3C)之ddPCR效價分析顯示,MC分裂ORF構築體(Tn7:polh-MC-僅atgRep78 / egt:polh-僅atgRep52)產生與FIH對照構築體(Tn7:polh-ctgRep78/Rep52雙順反子)相當(或略高)之AAV載體基因體效價,其中兩種AFB純化樣品顯示4.5-5.0×10 12vg/mL之間的平均ddPCR效價。原型分裂ORF構築體(Tn7:polh-僅atgRep78 / egt:polh-僅atgRep52)及Opie1分裂ORF構築體(Tn7:Opie1-僅atgRep78 / egt:polh-僅atgRep52)兩者顯示澄清溶解物與AFB純化樣品之較低ddPCR效價,其中AFB純化樣品顯示1.0-1.5×10 12vg/mL之間的平均ddPCR效價。
AFB純化樣品之AUC全衣殼%分析(圖3D)顯示,MC分裂ORF構築體及FIH對照構築體兩者提供85%-90%之間的平均完全量測值%。原型分裂ORF構築體提供75%-80%之間的平均完全量測值%,且Opie1分裂ORF構築體提供60%-65%之間的平均完全量測值%。
HTT基因減弱相對於參考之rAAV效力分析(圖3E)顯示,MC分裂ORF構築體提供約120%-125%之間的平均相對rAAV效力。FIH對照構築體及Opie1分裂ORF構築體兩者提供約90%-95%之間的平均相對rAAV效力。原型分裂ORF提供約50%-55%之間的平均相對rAAV效力。
藉由CE-SDS之VP蛋白比分析提供於表3中。 表3. VP蛋白比
構築體 VP3:VP2:VP1 相對純度 (%)
FIH (1) 17:01:01 98
FIH (2) 20:02:01 99
原型(1) 18:02:01 98
原型(2) 19:02:01 99
MC (1) 14:02:01 98
MC (2) 15:02:01 99
Opei1 (1) 19:03:01 99
Opei1 (2) 17:02:01 100
實例5.生產桿狀病毒穿梭載體AB189及AB191 生產桿狀病毒穿梭載體 AA965
提供桿狀病毒基因體桿狀病毒穿梭載體AA862,一種桿狀病毒穿梭載體bMON14272之經工程改造之變異體(描述於Luckow等人. Efficient generation of infectious recombinant baculoviruses by site-specific transposon-mediated insertion of foreign genes into a baculovirus genome propagated in Escherichia coli. J Virol. 1993年8月. 67(8):4566-79中;其內容以全文引用之方式併入本文中),其包括以下變化:(i) v-cath蛋白酶及 chiA殼質酶基因藉由Sf9昆蟲細胞培養物中之同源重組缺失,其中同源區域映射至來源於AcMNPV病毒株C6而非親本病毒株E2之 chiAC端及 gp64C端;及(ii) p26、p10及p74基因缺失且用經I-SceI側接之氯黴素抗性卡匣置換。亦提供包括聚核苷酸插入物卡匣之質體,該等卡匣包括以SEQ ID NO: 10呈現之polh-僅atgRep52序列(具有Gibson組裝序列)。
在37℃下用AvrII酶消化桿狀病毒穿梭載體DNA AA862 1.5小時。接著藉由Gibson組裝反應,藉由合併1.5 µL消化之AA862桿狀病毒穿梭載體、3.5 µL polh-僅atgRep52產物及5 µLNEB Hi-Fi Master,將polh-僅atgRep52插入物片段併入至經AvrII消化之AA862桿狀病毒穿梭載體基因體中,之後在50℃下混合1小時。使樣品脫鹽,電穿孔,且接著接種於KanR培養盤上用於群落選擇。選擇桿狀病毒穿梭載體群落AA965(在桿狀病毒穿梭載體egt基因座中具有polh-僅atgRep52表現卡匣)用於進一步工程改造工作。 生產桿狀病毒穿梭載體 AB189
首先處理桿狀病毒穿梭載體AA965以移除起始桿狀病毒穿梭載體中之現有AscI位點及LacZa卡匣。在37℃下在10 µL反應物(1× Cutsmart)中用AscI消化5 µg桿狀病毒穿梭載體AA965 1小時。接著使用SEQ ID NO: 18之引子在以下反應中重新連接桿狀病毒穿梭載體:4 µL AscI消化之AA965 + 1 µL連接引子(450 nM;SEQ ID NO: 18) + 5 µL 2× Hifi Assembly Mix。將混合物在50℃下培育1小時,接著透析,電穿孔,且接著接種於KAN+IPTG+X-GAL培養盤上用於群落選擇。選擇群落純系AB162及AB163用於進一步工程改造工作。
純系AB162及AB163之中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA係使用Macherey-Nagel Xtra Midi套組製備,針對各者產生約100 µg桿狀病毒穿梭載體DNA。兩種桿狀病毒穿梭載體DNA樣品藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中確認具有感染性。亦提供聚核苷酸插入物卡匣,其包括如SEQ ID NO: 19 (具有Gibson組裝序列)中所呈現之polh-MC1-atgRep78-p10-LacZa卡匣插入物且包括SEQ ID NO: 12之polh_MC1_atgRep78序列。
在37℃下藉由2 µL I-CeuI酶在20 µL反應物(1× Cutsmart)中消化5 µg純系AB162桿狀病毒穿梭載體中量提取物持續5個小時。接著使用以下Gibson組裝反應使I-CeuI切割AB162桿狀病毒穿梭載體與polh-MC1-atgRep78-p10-LacZa卡匣插入物連接:5 µL I-CeuI切割AB162 + 1 µL polh-MC1-atgRep78-p10-LacZa產物(約40 ng) + 6 µL 2× Hifi Assembly Mastermix。將混合物在50℃下培育1小時,接著透析,電穿孔,且接著接種於KAN+IPTG+X-GAL培養盤上用於群落選擇。選擇群落純系AB178及AB179用於進一步分析及工程改造工作。
純系AB178及AB179之中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA係使用Macherey-Nagel Xtra Midi套組製備,針對各者產生約100-130 µg桿狀病毒穿梭載體DNA。兩種桿狀病毒穿梭載體DNA樣品藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中確認具有感染性。亦經由PCR提取及DNA定序確認polh-MC1-atgRep78-p10-LacZa卡匣插入至AB178之 v-cath基因座中。
接著處理桿狀病毒穿梭載體AB178以移除現有氯黴素抗性卡匣。將5 µg之桿狀病毒穿梭載體AB178在37℃下在10 µL反應物(1× Cutsmart)中用I-SceI酶消化1小時,之後在65℃下熱失活20分鐘。接著在20 µL T4連接酶反應物(1X T4連接酶緩衝液)中重新連接5 µL之I-SceI切割AB178。將混合物在20℃下培育30分鐘,接著透析,電穿孔,且接種於KAN培養盤上用於群落選擇。選擇群落純系AB189及AB190用於進一步分析。
純系AB189及AB190之中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA係使用Macherey-Nagel Xtra Midi套組製備,針對各者產生約100 µg桿狀病毒穿梭載體DNA。兩種桿狀病毒穿梭載體DNA樣品藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中確認具有感染性。使用I-SceI消化確認CAM卡匣之缺失,之後與桿狀病毒穿梭載體AB178進行凝膠分析比較。 測試桿狀病毒穿梭載體 AB189
使用來自13種不同AAV衣殼血清型,包括AAV1、AAV2、AAV8、AAV9及若干其他AAV9變異體之AAV衣殼序列插入物,測試桿狀病毒穿梭載體AB189。
所得桿狀病毒穿梭載體AB189包含衣殼序列,如圖7中所示,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG包含在桿狀病毒穿梭載體中兩個獨立基因座(例如不同轉錄卡匣)中之Rep78及Rep52編碼區以及存在於單一基因座中之重疊VP 1、2及3編碼區(單一多順反子ORF)。Rep78及重疊VP編碼區均插入至 v-cath基因座中,其中Rep78編碼區處於多角體蛋白(polh)啟動子之控制下且重疊VP區處於p10啟動子之控制下。將小順反子插入Rep78 ORF上游以進一步調節Rep78蛋白之表現。為了控制VP蛋白之表現,VP1及VP2編碼區之起始密碼子為ACG起始密碼子,且VP3編碼區之起始密碼子為ATG起始密碼子。Rep52編碼區在polh啟動子之控制下插入至 egt基因座中。 chiA p26 p10p74基因亦自桿狀病毒穿梭載體AB189之基因體缺失。
在20 µL反應物(1× Cutsmart)中,在37℃下用AscI酶消化20 µg桿狀病毒穿梭載體AB189持續2小時。使用自源桿狀病毒穿梭載體之PCR提取,針對13種AAV血清型中之每一者製備衣殼序列插入物卡匣。接著使用以下Gibson組裝反應使AscI切割AB189桿狀病毒穿梭載體與13種衣殼序列插入物卡匣中之每一者連接:1.98 µL AscI切割AB189 + 1.06 µL衣殼插入產物+ 3.04 µL 2×Hifi Assembly Mastermix。將各混合物在50℃下培育1小時,接著透析,電穿孔,且接著接種於KAN+IPTG+X-GAL培養盤上用於群落選擇。對各群落進行群落選擇及後續中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA提取。藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中且經由REP/CAP西方墨點分析確認桿狀病毒穿梭載體DNA樣品具有感染性,且亦經由PCR提取及DNA定序確認cap序列卡匣插入至AB189中。AB189測試結果示於圖4中。所有測試之衣殼構築體均顯示可量測的CAP、REP及GP64生產。
綜合而言,此等資料證明桿狀病毒穿梭載體AB189,其包含桿狀病毒穿梭載體中之兩個獨立基因座(例如不同轉錄卡匣)中之Rep78及Rep52編碼區以及表現來自存在於同一基因座中之多順反子ORF之所有三者的重疊VP 1、2及3編碼區,能夠產生用於生產AAV粒子之多種血清型的AAV衣殼及複製蛋白。 生產桿狀病毒穿梭載體 AB191
首先處理桿狀病毒穿梭載體AA862以移除起始桿狀病毒穿梭載體中之現有AscI位點及LacZa卡匣。在37℃下在10 µL反應物(1× Cutsmart)中用AscI消化5 µg桿狀病毒穿梭載體AA862 1小時。接著使用SEQ ID NO: 18之引子在以下反應中重新連接桿狀病毒穿梭載體:4 µL AscI消化之AA862 + 1 µL連接引子(450 nM;SEQ ID NO: 18) + 5 µL 2× Hifi Assembly Mix。將混合物在50℃下培育1小時,接著透析,電穿孔,且接著接種於KAN+IPTG+X-GAL培養盤上用於群落選擇。選擇群落純系AB164及AB165用於進一步工程改造工作。
純系AB164及AB165之中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA係使用Macherey-Nagel Xtra Midi套組製備,針對各者產生約100 µg桿狀病毒穿梭載體DNA。兩種桿狀病毒穿梭載體DNA樣品藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中確認具有感染性。亦提供聚核苷酸插入物卡匣,其包括如SEQ ID NO: 20中所呈現之TgDest-LacZa卡匣插入物(具有Gibson組裝序列)。
在37℃下藉由2 µL I-CeuI酶在20 µL反應物(1× Cutsmart)中消化5 µg純系AB164桿狀病毒穿梭載體中量提取物持續5個小時。接著使用以下Gibson組裝反應使I-CeuI切割AB164桿狀病毒穿梭載體與TgDest-LacZa卡匣插入物連接:5 µL I-CeuI切割AB164 + 1 µL TgDest-LacZa產物(約40 ng) + 6 µL 2× Hifi Assembly Mastermix。將混合物在50℃下培育1小時,接著透析,電穿孔,且接著接種於KAN+IPTG+X-GAL培養盤上用於群落選擇。選擇群落純系AB180及AB181用於進一步分析及工程改造工作。
純系AB180及AB181之中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA係使用Macherey-Nagel Xtra Midi套組製備,針對各者產生約100-130 µg桿狀病毒穿梭載體DNA。兩種桿狀病毒穿梭載體DNA樣品藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中確認具有感染性。亦經由PCR提取及DNA定序確認TgDest-LacZa卡匣插入至AB180之 v-cath基因座中。
接著處理桿狀病毒穿梭載體AB180以移除現有氯黴素抗性卡匣。將5 µg之桿狀病毒穿梭載體AB180在37℃下在10 µL反應物(1× Cutsmart)中用I-SceI酶消化1小時,之後在65℃下熱失活20分鐘。接著在20 µL T4連接酶反應物(1× T4連接酶緩衝液)中重新連接5 µL之I-SceI切割AB180。將混合物在20℃下培育30分鐘,接著透析,電穿孔,且接種於KAN培養盤上用於群落選擇。選擇群落純系AB191及AB192用於進一步分析
純系AB191及AB192之中量提取桿狀病毒穿梭載體DNA係使用Macherey-Nagel Xtra Midi套組製備,針對各者產生約100 µg桿狀病毒穿梭載體DNA。兩種桿狀病毒穿梭載體DNA樣品藉由轉染至Sf9 GFP報導細胞中確認具有感染性。使用I-SceI消化確認CAM卡匣之缺失,之後與桿狀病毒穿梭載體AB178進行凝膠分析比較。 實例6.桿狀病毒穿梭載體繼代穩定性研究
使用兩個AAV9變異體衣殼分析桿狀病毒穿梭載體AA965及桿狀病毒穿梭載體AB189之BIIC繼代穩定性。
將兩個AAV9變異體衣殼中之每一者的AAV衣殼序列插入物選殖入桿狀病毒穿梭載體AA965及桿狀病毒穿梭載體AB189中(藉由定序確認),之後將各所得桿狀病毒穿梭載體轉染至Sf9細胞中,以提供相應p0 BIIC庫:BIIC 965_801、BIIC 965_804、BIIC 189_801及BIIC 189_804。滴定各p0 BIIC批料,且接著以.01 MOI感染至50 mL Sf9細胞(2×10 6個細胞/毫升)中。各培養物接著經歷5個繼代,各繼代相隔大致3天,使用1:10000倍稀釋(3 µl之前一培養物進入30 mL之2×10 6個細胞/毫升的新製Sf9細胞中)。接著測定(Spearman-Karber分析)針對各BIIC批料之各所得繼代的TCID50效價。所得Sf9細胞計數、存活率、細胞直徑及BIIC TCID50效價呈現於表4中 表4.桿狀病毒穿梭載體繼代穩定性結果-TCID50
培養物 繼代 細胞計數 存活率 % 直徑 (µM) TCID50 ( 效價/mL)
965_801 p0 - - - 1.33×10 7
p1 3.5×10 6 39.5 18.8 2.37×10 8
p2 3.94×10 6 81.6 20.4 1.78×10 8
p3 3.84×10 6 92.6 20.0 4.22×10 8
p4 3.12×10 6 92.1 20.3 7.5×10 8
p5 4.84×10 6 92.4 20.1 1.78×10 8
965_804 p0 - - - 7.5×10 6
p1 3.09×10 6 34 18.5 5.62×10 7
p2 4.17×10 6 74.4 20.4 4.22×10 8
p3 3.08×10 6 86.9 17.7 5.62×10 7
p4 3.41×10 6 93.3 20.4 1.33×10 8
p5 5.0×10 6 92.5 20.2 1.78×10 8
189_801 p0 - - - 5.62×10 7
p1 3.28×10 6 21.6 17.9 1.0×10 8
p2 3.62×10 6 91.9 17.4 1.0×10 7
p3 3.79×10 6 80.7 20.2 4.22×10 8
p4 3.04×10 6 9039 20.1 7.5×10 8
p5 5.44×10 6 82.2 20.5 1.78×10 8
189_804 p0 - - - 1.0×10 8
p1 3.47×10 6 22 18.0 4.22×10 7
p2 4.06×10 6 69.5 20.5 1.78×10 8
p3 3.46×10 6 69 19.9 5.62×10 8
p4 2.86×10 6 83.7 20.4 4.22×10 8
p5 4.62×10 6 79.3 20.6 4.22×10 8
接著在具有GFP轉殖基因BIIC之小規模生物反應器中測試各BIIC批料之各所得繼代的樣品的AAV生產。用25 mL之6.7×10 6個活細胞/毫升(95.5%存活率)之各Sf9細胞接種22個生物反應器管。將各生物反應器接著用0.03 MOI GFP轉殖基因BIIC及0.01 MOI衣殼BIIC (3:1比率)感染。在3天之後,收集病毒生產細胞,其中:(i)一部分在SDS裝載緩衝液中沸騰且接著冷凍以用於西方墨點分析,及(ii)使用3.6 mL 10%曲拉通X-100及2.4 mL 2M精胺酸(最終濃度為1.2%曲拉通X-100及164 mM精胺酸)繼之10 µL Benzonase混合物(217 µL PBS中之33 µL Benzonase)溶解剩餘部分,且接著使其振盪隔夜。
對於第一部分,將各生產運作之10,000細胞當量裝載於SDS-PAGE凝膠上,用於AAV REP及CAP蛋白之西方墨點分析。結果顯示於圖5A中。使用ImageJ軟體量測譜帶之所得劑量測定且加以圖示,如圖5B、圖5C及圖5D中所示。西方墨點分析顯示在前2個繼代之後桿狀病毒穿梭載體AA965之VP1、VP3及Rep78生產明顯下降,而桿狀病毒穿梭載體AB189在至少前5個繼代中維持VP1、VP3及Rep78生產。
對於剩餘部分,經由qPCR滴定各批料之粗溶解物。結果呈現於表5及圖6A(對數圖)及圖6B(線性圖)中。 表5.桿狀病毒穿梭載體繼代穩定性結果-效價
培養物 繼代 qPCR 效價 (vg/mL)
965_801 p1 9.35×10 10
p2 8.91×10 10
p3 3.28×10 10
p4 6.23×10 9
p5 1.02×10 9
965_804 p1 1.53×10 11
p2 1.27×10 11
p3 6.68×10 10
p4 1.20×10 10
p5 9.69×10 8
189_801 p1 2.03×10 11
p2 1.68×10 11
p3 9.80×10 10
p4 1.14×10 11
p5 1.49×10 11
189_804 p1 2.64×10 11
p2 2.58×10 11
p3 1.80×10 11
p4 1.70×10 11
p5 1.75×10 11
qPCR效價結果顯示在前2個繼代之後桿狀病毒穿梭載體AA965的AAV效價明顯下降,而桿狀病毒穿梭載體AB189在至少前5個繼代中反而維持AAV效價。 實施例7:VP1表現之調節
實例描述用於AAV生產之表現系統之產生(例如在Sf9細胞中),其經設計以使用如實例5及6中所描述之桿狀病毒穿梭載體AB189及桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG調變及增加VP1蛋白之表現以進一步改善衣殼蛋白比。 使用 CTX 啟動子調節 VP1 表現
為了增加VP1表現,除存在於先前插入至 v-cath桿狀病毒基因座中之重疊VP 1、2及3編碼區中之VP1之複本外,將VP1基因之第二複本添加至桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG中。VP1基因之此第二複本經工程改造以處於CTX桿狀病毒啟動子(SEQ ID NO: 164)之控制下。選擇CTX啟動子,因為其在桿狀病毒轉錄之極晚期中活化且預測產生23%由p10啟動子同時產生之RNA轉錄物。所使用之CTX啟動子包含CTX啟動子以及CTX基因中CTX啟動子上游通常存在之5' UTR (AcORF3) (SEQ ID NO: 164)。
使用Gibson組裝,將在CTX啟動子控制下之VP1基因插入AbsI限制性核酸內切酶(REN)裂解位點處之SOD桿狀病毒基因座中,該裂解位點存在於SOD ORF之中部中。所得桿狀病毒穿梭載體,亦即桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1顯示於圖8中。如圖8中所示,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP ACG-CTX VP1包含:Rep78基因,其具有在 v-cath基因座中的polh啟動子控制下之上游的小順反子及p10啟動子控制下的重疊VP1、VP2及VP3編碼區;Rep52基因,其在 egt基因座中之polh啟動子的控制下;及第二VP1基因,其在SOD基因座中的CTX啟動子的控制下。為了進一步控制VP蛋白在 v-cath基因座中之重疊VP編碼區中之表現,VP1及VP2編碼區之起始密碼子為ACG起始密碼子,且VP3編碼區之起始密碼子為ATG起始密碼子。 chiA p26 p10p74基因亦自桿狀病毒穿梭載體AB189-VP ACG-CTX VP1之基因體缺失。
接著測試桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1相對於僅含有1個VP1複本之桿狀病毒穿梭載體AB189生產AAV衣殼及增加VP1蛋白含量的能力。此等桿狀病毒穿梭載體經工程改造以表現AAV9衣殼變異體AAV9.v1之VP1、VP2及VP3蛋白。編碼AAV9.v1衣殼變異體之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1及亦編碼AAV9v.1衣殼變異體之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG轉染至Sf9 GFP報導細胞中。隨後收集此等Sf9病毒生產細胞(轉染後約4天)且進行SDS-PAGE及西方墨點分析以測定由此等兩種桿狀病毒穿梭載體產生之不同VP衣殼蛋白的相對含量。如圖9所示,具有兩個VP1複本(包括在CTX啟動子控制下之一個複本)之編碼AAV9.v1之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1,相對於僅編碼單一VP1複本之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG(凝膠之左泳道),導致VP1之含量提高(凝膠之右泳道)。此等結果表明包含兩個VP1複本(包括在CTX啟動子控制下的一個複本)之AB189-VP1 ACG-CTX VP1能夠產生與僅包含VP1基因之單一複本的桿狀病毒穿梭載體相比更高的量之VP1。 使用經修飾科紮克序列調節 VP1 表現
為了增加VP1表現,將經修飾科紮克轉譯起始序列在存在於 v-cath桿狀病毒基因座中之重疊VP1、2及3編碼區中插入VP1基因之上游。不希望受理論束縛,此經修飾之科紮克方法經選擇以使得在VP1基因之AUG強起始密碼子之前將存在較弱起始情形,且此將引起滲漏核糖體掃描增加、轉譯起始改變及VP1、VP2及VP3之化學計量之修飾。
設計表6中之經修飾之科紮克序列,且選擇VP1aug13及VP1aug14用於進一步表徵(亦提供於表9中)。 表6:例示性經修飾之科紮克序列
名稱 序列 (RNA) SEQ ID NO: 序列 (DNA) SEQ ID NO: 位置 2 處之胺基酸
VP1aug13 cgguguAUGgc 21 cggtgtATGgc 32 丙胺酸
VP1aug14 cgguguAUGag 22 cggtgtATGag 33 絲胺酸
VP1aug28 uaguggAUGag 23 tagtggATGag 34 絲胺酸
VP1aug29 uauuggAUGag 24 tattggATGag 35 絲胺酸
VP1aug30 caguggAUGag 25 cagtggATGag 36 絲胺酸
VP1aug31 cauuggAUGag 26 cattggATGag 37 絲胺酸
VP1aug32 ugguggAUGag 27 tggtggATGag 38 絲胺酸
VP1aug33 aauuggAUGag 28 aattggATGag 39 絲胺酸
VP1aug34 aaguggAUGag 29 aagtggATGag 40 絲胺酸
VP1aug35 ccguggAUGag 30 ccgtggATGag 41 絲胺酸
VP1aug36 ggguggAUGag 31 gggtggATGag 42 絲胺酸
將VP1aug13 (SEQ ID NO: 21(RNA)或32 (DNA))及VP1aug14 (SEQ ID NO: 22 (RNA)或SEQ ID NO: 33 (DNA))緊鄰編碼桿狀病毒穿梭載體AB189中之AAV9.v2衣殼變異體及AAV9.v5衣殼變異體之VP1基因之上游(例如5'端處)插入。包含VP1aug13修飾之科紮克序列的AAV9.v2 VP1編碼區之核苷酸序列及經編碼之VP1胺基酸序列分別提供為SEQ ID NO: 50及52。包含VP1aug14修飾之科紮克序列的AAV9.v2 VP1編碼區之核苷酸序列及經編碼之VP1胺基酸序列分別提供為SEQ ID NO: 51及53。包含VP1aug13修飾之科紮克序列的AAV9.v5 VP1編碼區之核苷酸序列及經編碼之VP1胺基酸序列分別提供為SEQ ID NO: 58及60。包含VP1aug14修飾之科紮克序列的AAV9.v2 VP1編碼區之核苷酸序列及經編碼之VP1胺基酸序列分別提供為SEQ ID NO: 59及61。亦將編碼AAP蛋白之核苷酸序列插入先前自桿狀病毒穿梭載體AB189缺失之p10、p26及p74基因座中。編碼AAP蛋白之核苷酸序列在gp64啟動子(SEQ ID NO: 217)之控制下。 表18:例示性AAP蛋白序列
描述 SEQ ID NO: 序列
AAP (胺基酸) 218 METQTQYLTPSLSDSHQQPPLVWELIRWLQAVAHQWQTITRAPTEWVIPREIGIAIPHGWATESSPPAPEPGPCPPTTTTSTNKFPANQEPRTTITTLATAPLGGILTSTDSTATFHHVTGKDSSTTTGDSDPRDSTSSSLTFKSKRSRRMTVRRRLPITLPARFRCLLTRSTSSRTSSARRIKDASRRSQQTSSWCHSMDTSP
AAP (DNA) 219 ATGGAGACACAGACGCAGTACCTGACGCCATCATTGTCTGATAGCCATCAGCAGCCTCCGCTTGTATGGGAACTTATACGTTGGCTCCAGGCCGTCGCCCATCAATGGCAGACGATCACTAGGGCTCCTACCGAATGGGTAATCCCCAGAGAGATTGGTATCGCCATCCCCCATGGCTGGGCTACCGAATCATCTCCTCCCGCCCCTGAGCCAGGTCCTTGTCCTCCGACAACTACAACTTCGACGAATAAATTCCCGGCTAACCAAGAGCCACGTACTACCATCACAACTTTGGCAACAGCTCCACTGGGTGGAATACTCACAAGCACAGACTCGACTGCTACGTTCCACCATGTGACAGGTAAGGATAGTAGTACAACGACCGGCGACTCTGATCCAAGGGACTCTACGTCATCGTCTTTGACTTTTAAGTCGAAAAGAAGCCGTCGTATGACTGTTCGTCGCAGGCTTCCCATTACCCTTCCCGCTAGGTTCAGATGCCTCCTTACACGCAGTACCAGTTCCAGAACTTCATCGGCTAGGAGAATAAAGGATGCTTCTAGACGCAGCCAACAAACTAGTTCATGGTGCCATTCCATGGACACTAGCCCAAGCGGAGACTATAAGGATGATGACGACAAGTAATAA
所得桿狀病毒穿梭載體亦即桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克包含重疊VP1、VP2及VP3編碼區(由單一多順反子ORF表現全部3個),其中VP1包含在VP1基因之5'端處具有ATG起始密碼子(VP1aug13或VP1aug14)的經修飾之科紮克序列,VP2基因包含ACG起始密碼子,且VP3基因包含ATG起始密碼子。將重疊VP編碼區及經修飾之科紮克序列插入至p10啟動子控制下之 v-cath桿狀病毒基因座中。桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克進一步包含:Rep78基因,其具有在polh啟動子之控制下處於上游的小順反子,該polh啟動子亦在 v-cath桿狀病毒基因座中;Rep52基因,其在 egt基因座中之polh啟動子之控制下;及編碼p26-p10-p74桿狀病毒基因座中之AAP蛋白在gp64啟動子之控制下的基因。 chiA p26 p10p74基因亦自桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克之基因體缺失。編碼AAV9.v2 VP1之例示性桿狀病毒穿梭載體修飾之科紮克提供於圖10A中。
接著測試包含VP1aug13修飾之科紮克序列的桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克及包含VP1上游之VP1aug14修飾之科紮克序列的桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克,相對於包含用於起始VP1基因轉譯之ACG起始密碼子之桿狀病毒穿梭載體AB189對照(包含ggcaacACGgc (SEQ ID NO: 163),產生AAV衣殼及增加VP1蛋白含量的能力。將包含VP1aug13修飾之科紮克序列的桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克及包含編碼AAV9.v2或AAV9.v5衣殼變異體之VP1上游的VP1aug14修飾之科紮克序列的桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之Kozak以及編碼AAV9.v2或AAV9.v5衣殼變異體之桿狀病毒穿梭載體AB189對照轉染至Sf9細胞中。隨後收集此等Sf9病毒生產細胞(轉染後約4天)且進行SDS-PAGE及西方墨點分析以測定由此等兩種桿狀病毒穿梭載體產生之不同VP衣殼蛋白的相對含量。如圖10B所示,相比於包含用於起始VP1轉譯之序列ggcaacACGgc (SEQ ID NO: 163)的對照桿狀病毒穿梭載體AB189,VP1aug13及VP1aug14設計支持AAV9.v2及AAV9.v5衣殼蛋白兩者之穩定VP1表現量。
與具有起始VP1轉譯之ACG起始密碼子的編碼AAV.v2衣殼變異體的桿狀病毒穿梭載體AB189對照(桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v2 ACG)相比,亦量測包含VP1aug13修飾之科紮克序列的桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克及包含編碼AAV9.v2衣殼變異體之VP1基因上游之VP1aug14修飾之科紮克序列的桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克(分別為桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9.v2及桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9.v2)的AAV生產率及效價。將桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9.v2及桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9.v2轉染至Sf9細胞中,且在轉染後52、75、100及114小時獲取此等經轉染細胞之樣品。藉由qPCR分析此等樣品以定量澄清細胞溶解物中之rAAV效價(以vg/mL為單位)(圖11)。如圖11所示,VP1aug14設計(例如桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9.v2)相比於VP1aug13設計(例如桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9.v2)及桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v2 ACG對照展現優良生產率。另外,計算桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9.v2、桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9.v2及桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v2 ACG對照之VP比率(VP3:VP2:VP1之比率)。如表11中所示,VP1aug13及VP1aug14設計在經純化之AAV9.v2衣殼變異體中顯著地改善VP比率,其中併入VP1aug14修飾之科紮克序列導致VP3:VP2:VP1之10:1:1比率。 表11:在具有或不具有經修飾之科紮克序列情況下的由桿狀病毒穿梭載體AB189產生AAV9.v2衣殼蛋白之VP比率的定量
AAV 表現構築體 AAV9.v2 VP3:VP2:VP1 比率
桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9.v2 6:1:1
桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9.v2 10:1:1
桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v2ACG對照 37:3:1
此等結果證明,與包含具有用於起始轉譯之ACG起始密碼子的VP1的桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG相比,在VP1基因之5'端處包含VP1aug13 (SEQ ID NO: 21 (RNA)或32 (DNA))或VP1aug14 (SEQ ID NO: 22 (RNA)或SEQ ID NO: 33 (DNA))修飾之科紮克序列用於VP1蛋白轉譯起始之桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克能夠使兩個AAV9蛋白衣殼變異體之VP1表現穩固,提高AAV生產率及效價以及改善VP比率。因此,此等經修飾之科紮克序列能夠成功地修飾VP1表現以在昆蟲細胞中之AAV生產期間調節VP衣殼蛋白含量。 AB189-VP ACG-CTX VP1 與桿狀病毒穿梭載體 AB189 修飾之 科紮克之比較
關於經編碼AAV衣殼的效力及AAV 9及其變異體產生之VP衣殼比率,比較AAV表現構築體桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1及桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克。
為了評估AAV效力,將Sf9細胞與SEAP-GFP有效負載BIIC物質(編碼插入至桿狀病毒穿梭載體AB191之 chiA/v-cath基因座中的SEAP-GFP轉殖基因之桿狀病毒穿梭載體AB191)及編碼AAV9.v1之AB189-VP1 ACG-CTX VP1 (桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1)、編碼AAV9之桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13 (桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9)、編碼AAV9之桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14 (桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9)或編碼AAV9.v1之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG對照(桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG)一起共轉染。包含VP1aug13修飾之科紮克序列之VP1編碼區之核苷酸序列及經編碼VP1胺基酸序列分別提供為SEQ ID NO: 44及46,且包含VP1aug14修飾之科紮克序列之VP1編碼區之核苷酸序列及經編碼VP1胺基酸序列分別提供為SEQ ID NO: 45及47。桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1及桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG對照編碼SEQ ID NO: 48之VP1胺基酸序列。
在Sf9細胞轉染後收集細胞且溶解。接著對包含AAV樣品之細胞溶解物進行親和力純化且用於轉導HEK293T細胞。經轉導之HEK293T細胞之鹼性磷酸酶活性(例如效力)在OD405下感染後15小時量測。測定各AAV表現構築體之SEAP活性/病毒基因體(vg)(表12及圖12)。 表12:SEAP活性作為對HEK293T細胞轉導之AAV效力的量度
AAV 表現構築體 樣品 SEAP 活性 /vg
桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG 1 1.38E-08
2 2.76E-08
桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1 1 1.95E-07
2 1.91E-07
桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9 1 1.56E-07
2 1.83E-07
桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9 1 2.97E-07
2 2.38E-07
與桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG對照相比,CTX (桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1)及經修飾之科紮克桿狀病毒穿梭載體設計(桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9及桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9)引起HEK293T細胞上AAV9衣殼變異體之顯著提高的轉導效率及效力(圖12及表12)。
另外,使用SDS-PAGE凝膠分析、考馬斯(coomassie)染色及ImageJ定量,與桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG對照(n=2個測試樣品)相比,來定量由桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1、桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9、桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9產生之VP1、VP2及VP3蛋白之相對量,其相對量提供於表13中。 表13:與桿狀病毒穿梭載體AB189對照相比,由桿狀病毒穿梭載體AB189-CTX VP1或桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克產生之VP蛋白的定量
桿狀病毒穿梭載體 樣品 VP3 (ng/µL) VP2 (ng/µL) VP1 (ng/µL) 總計 (ng/µL)
桿狀病毒穿梭載體 AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1 樣品1 60 ng/µL 6 ng/µL 10 ng/µL 76 ng/µL
樣品2 59 ng/µL 7 ng/µL 11 ng/µL 77 ng/µL
平均值 59.5 ng/µL 6.5 ng/µL 10.5 ng/µL 76.5 ng/µL
AB189 修飾之科紮克 -VP1aug13-AAV9 樣品1 38 ng/µL 4 ng/µL 8 ng/µL 50 ng/µL
樣品2 48 ng/µL 4 ng/µL 10 ng/µL 62 ng/µL
平均值 43 ng/µL 4 ng/µL 9 ng/µL 56 ng/µL
AB189 修飾之科紮克 -VP1aug14-AAV9 樣品1 54 ng/µL 3 ng/µL 5 ng/µL 61 ng/µL
樣品2 83 ng/µL 4 ng/µL 6 ng/µL 92 ng/µL
平均值 68.5 ng/µL 3.5 ng/µL 5.5 ng/µL 76.5 ng/µL
AB189-AAV9.v1 ACG 樣品1 93 ng/µL 4 ng/µL 3 ng/µL 99 ng/µL
樣品2 87 ng/µL 3 ng/µL 3 ng/µL 93 ng/µL
平均值 90 ng/µL 3.5 ng/µL 3 ng/µL 96 ng/µL
如表14中所提供,定量由桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1ACG-CTX VP1、桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9及桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9產生之VP蛋白的VP比率且將其與桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1 ACG對照(n=2個測試樣品)進行比較。 表14:與桿狀病毒穿梭載體AB189對照相比,桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v1ACG-CTX VP1或桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克之VP比率的定量
桿狀病毒穿梭載體 樣品 比率 (VP3:VP2:VP1)
桿狀病毒穿梭載體 AB189-AAV9.v1 ACG-CTX VP1 1 6:01:01
2 5:01:01
AB189 修飾之科紮克 -VP1aug13-AAV9 1 5:01:01
2 5:01:01
AB189 修飾之科紮克 -VP1aug14-AAV9 1 12:01:01
2 12:01:01
AB189-AAV9.v1 ACG 1 32:02:01
2 40:02:01
此等資料表明,使用驅動VP1基因之第二複本之表現的CTX啟動子以及使用自重疊VP1、VP2及VP3編碼區(單一多順反子ORF)起始轉譯VP1蛋白的經修飾之科紮克序列(例如,VP1aug13 (SEQ ID NO: 21 (RNA)或32 (DNA))及VP1aug14 (SEQ ID NO: 22 (RNA)或SEQ ID NO: 33 (DNA)))可各自成功地調節及提高VP1生產以產生用於改善AAV生產所需之VP蛋白比率。 實例8:編碼AAV1衣殼蛋白之桿狀病毒穿梭載體AB189的繼代穩定性
此實例研究相比於bMON14272 bac-to-bac構築體,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG之繼代穩定性(參見實例5及6)(描述於Luckow等人. Efficient generation of infectious recombinant baculoviruses by site-specific transposon-mediated insertion of foreign genes into a baculovirus genome propagated in Escherichia coli. J Virol. 1993年8月. 67(8):4566-79中;其內容以全文引用之方式併入本文中)。
如圖13A(底部構築體)所示,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG表現構築體包含桿狀病毒穿梭載體中之兩個獨立基因座(例如,不同轉錄卡匣)中之Rep78及Rep52編碼區以及存在於單一基因座中之重疊VP 1、2及3編碼區(單一多順反子ORF)。Rep78及重疊VP編碼區均插入至 v-cath基因座中,其中Rep78編碼區處於多角體蛋白(polh)啟動子之控制下且重疊VP區處於p10啟動子之控制下。將小順反子插入Rep78 ORF上游以進一步調節Rep78蛋白之表現。Rep52編碼區在polh啟動子之控制下插入至 egt基因座中。 chiA p26 p10p74基因亦自桿狀病毒穿梭載體AB189之基因體缺失。如圖13A(頂部構築體)所示,bMON14272 bac-to-bac對照表現構築體具有重疊VP編碼區,其具有用於表現VP1之ACG起始密碼子;以及雙順反子Rep78/52編碼區,其亦包含CTG起始密碼子。另外,在bac-to-bac桿狀病毒穿梭載體中,將Rep及Cap表現卡匣插入至KAN/小型F區中。bMON14272 bac-to-bac及桿狀病毒穿梭載體AB189兩者均經工程改造以表現AAV1衣殼蛋白。
使用桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG及對照bac-to-bac桿狀病毒穿梭載體轉染Sf9細胞。隨時間推移收集樣品持續10代,且進行qPCR分析以定量AAV1效價,及進行西方墨點分析以量測由AAV表現構築體兩者產生之Rep/Cap蛋白含量。另外,AAV效力藉由將Sf9細胞與SEAP-GFP轉殖基因有效負載BIIC物質(編碼插入至桿狀病毒穿梭載體AB191之 chiA/v-cath基因座中的SEAP轉殖基因之桿狀病毒穿梭載體AB191)及編碼AAV1衣殼蛋白之桿狀病毒穿梭載體AB189或bac-to-bac表現構築體一起共轉染來量測。隨時間推移收集細胞持續轉染後10代,且溶解。接著對包含AAV樣品之細胞溶解物進行親和力純化且用於轉導HEK293T細胞。經轉導之HEK293T細胞之鹼性磷酸酶活性(例如效力)在OD405下在感染後之不同時間點量測。針對各AAV表現構築體測定以轉導單位/µL量測之SEAP活性。
如圖13B所示,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG在至少10代內展示優異穩定性及連續較高水準之AAV1生產/效價,然而bac-to-bac對照表現構築體維持生產水準持續約4代但自第5代至第10代展現降低的穩定性。圖13C中之西方墨點分析確認圖13B中之qPCR結果。如圖13C中所展現,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG(西方墨點之右側)不僅展現相對於bac-to-bac構築體(西方墨點之左側)之AAV1衣殼及Rep蛋白增加之蛋白質含量,其亦在10代內產生Rep及Cap蛋白兩者之穩定蛋白質含量,然而,對於bac-to-bac構築體,在4-5代之後藉由西方墨點法偵測到無Rep及Cap蛋白表現。另外,如圖14及表15中所示,當在10代內如藉由SEAP活性分析所計算之以轉導單位/µL表現時,與bac-to-bac相比,桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG亦顯示增加之穩定性及效力,對圖13B至圖13C中所示之qPCR及西方墨點結果提供進一步證實。 表15:對於表現AAV1之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG及Bac-to-Bac對照構築體的定量(轉導單位/µL)
繼代 桿狀病毒穿梭載體 AB189-VP1 ACG 轉導單位 /µL Bac-to-Bac 轉導單位 /µL
0 3.16E+06 1.10E+06
2 4.47E+06 1.51E+06
4 2.82E+06 1.12E+06
6 7.41E+05 1.29E+06
8 3.16E+04 2.34E+06
10 5.75E+04 1.62E+06
綜合而言,此等資料表明,與具有位於桿狀病毒基因體之小型F區中之單一雙順反子Rep78/52編碼區之bac-to-bac相比,在桿狀病毒基因體中之不同位置具有單獨Rep編碼區之桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG的優良繼代穩定性。
前述及其他目標、特徵及優勢將自如隨附圖式中所說明之本發明特定實施例的以下描述顯而易見。圖式不一定按比例或全面的,替代地強調了說明本發明之各種實施例的原理。
1A呈現示出來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究之西方墨點分析結果的凝膠柱。 1B呈現來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究之qPCR分析結果。
2呈現示出來自本發明之僅polh_MC_Rep78研究之西方墨點分析結果的凝膠柱。
3A呈現示出來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究之西方墨點分析結果的凝膠柱。 3B呈現來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究的澄清裂解物樣品之ddPCR效價結果。 3C呈現來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究的AFB純化樣品之ddPCR效價結果。 3D呈現來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究的AFB純化樣品之全衣殼AUC %分析結果。 3E呈現來自本發明之分裂Rep78/Rep52研究的AFB純化樣品之HTT減弱相對於參考之rAAV效力分析結果。
4呈現示出來自相關AB189衣殼插入物測試之西方墨點分析結果的凝膠柱。
5A呈現示出來自針對桿狀病毒穿梭載體AA965及桿狀病毒穿梭載體AB189之相關BIIC繼代穩定性測試之西方墨點分析結果的凝膠柱; 5B 5C 5D呈現針對西方VP1 ( 5B)、西方VP3 ( 5C)及西方Rep78 ( 5D)之相應西方墨點譜帶劑量測定術量測值。
6A 6B呈現與針對桿狀病毒穿梭載體AA965及桿狀病毒穿梭載體AB189之BIIC繼代穩定性測試相關的qPCR效價結果之圖,其中 6A展示對數縮放且 6B展示線性縮放。
7為示出AAV表現構築體亦即桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1ACG用於產生AAV複製(Rep52及Rep78)及衣殼蛋白(VP1、VP2及VP3)之示意圖。桿狀病毒穿梭載體AB189包含Rep78編碼區,其上游具有小順反子,在 v-cath桿狀病毒基因座中之多角體蛋白(polh)啟動子之控制下;Rep52編碼區,其在 egt桿狀病毒基因座中之polh啟動子之控制下;及重疊VP 1、2及3編碼區(由單一多順反子ORF表現),其在亦處於 v-cath桿狀病毒基因座中之p10啟動子之控制下。
8為示出AAV表現構築體亦即桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACGCTX VP1用於產生AAV複製(Rep52及Rep78)及衣殼蛋白(VP1、VP2及VP3)之示意圖。桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACGCTX VP1包含Rep78編碼區,其上游具有小順反子,在 v-cath桿狀病毒基因座中之多角體蛋白(polh)啟動子之控制下;Rep52編碼區,其在 egt桿狀病毒基因座中之polh啟動子之控制下;重疊VP 1、2及3編碼(由單一多順反子ORF表現)區,其在亦處於 v-cath桿狀病毒基因座中之p10啟動子之控制下;及第二VP編碼區,其主要編碼SOD桿狀病毒基因座中存在之VP1且在CTX啟動子(例如包含SEQ ID NO: 164之核苷酸序列的CTX啟動子)之控制下。
9提供示出由桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG及桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1產生之AAV9.v1衣殼之VP1、2及3蛋白之相對含量的西方墨點,該桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG包含具有重疊VP1、VP2及VP3編碼區之多順反子ORF中之單一VP1複本(凝膠左側,頂部構築體),該桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG-CTX VP1包含兩個VP1複本,其包括具有重疊VP1、VP2及VP3編碼區之多順反子ORF中之一個VP1複本及在CTX啟動子(例如包含SEQ ID NO: 164之核苷酸序列的CTX啟動子)之控制下的第二VP1複本(西方墨點右側及底部構築體)。
10A提供包含經修飾之科紮克序列以起始VP1之轉譯之桿狀病毒穿梭載體AB189的示意圖。 10B提供西方墨點,其示出具有或不具有VP1aug13 (SEQ ID NO: 21 (RNA)或32 (DNA))或VP1aug14 (SEQ ID NO: 22 (RNA)或SEQ ID NO: 33 (DNA))修飾之科紮克序列情況下由編碼AAV9.v2或AAV9.v5衣殼變異體之桿狀病毒穿梭載體AB189產生VP1、VP2及VP3蛋白。
11為描繪經桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9.v2、桿狀病毒穿梭載體AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9.v2或桿狀病毒穿梭載體AB189-AAV9.v2 ACG對照感染Sf9細胞後數小時內以vg/mL為單位之AAV病毒效價的圖。
12為描繪X軸上指示之AAV表現構築體的每vg之SEAP活性的圖,該等AAV表現構築體自左至右為AB189-AAV9.v1ACG樣品1 (S1)、AB189-AAV9.v1ACG樣品2 (S2)、AB189- AAV9.v1ACG-CTX VP1 S1、AB189- AAV9.v1ACG -CTX VP1 S2、AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9 S1、AB189修飾之科紮克-VP1aug13-AAV9 S2、AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9 S1及AB189修飾之科紮克-VP1aug14-AAV9 S2。
13A提供bac-to-bac構築體(頂部)及桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG(底部)之示意圖。 13B為描繪由Bac-bac或桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG產生之在Rep/Cap BIIC繼代內的rAAV1病毒效價之圖。 13C為西方墨點,其示出由Bac-bac(左側)或桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG(右側)產生之AAV Cap及Rep蛋白。
14提供描繪編碼AAV1衣殼蛋白之bac-to-bac或桿狀病毒穿梭載體AB189-VP1 ACG在桿狀病毒穿梭載體繼代期間之轉導單位/µL之圖。
                                  
          <![CDATA[<110> 美商航海家醫療公司(VOYAGER THERAPEUTICS, INC.)]]>
          <![CDATA[<120> 病毒蛋白之控制表現]]>
          <![CDATA[<130> V2071-7077WO]]>
          <![CDATA[<140> TW 111107773]]>
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          taactataac ggtcctaagg tagcga                                            26
          <![CDATA[<210> 2]]>
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          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 2]]>
          ggccggcctg actaactaaa ctagtgcgat taacattagc acagagagcg ttttgccgag       60
          tcccatgtcg tcggcaagca cgccgccgtt gggccggccg tttttttctc tgttaatcat      120
          ccactgtatg ccttttttct gatgcgccaa tagattgggc gtttgatgtt caaagttggg      180
          atcgtcgttg tcgggcgctt ggtcaaaaaa ttcttgcaat tgcaatttgt aattatccat      240
          tgtggcgacg gctattctct tcgattaaac tatggttatt gcgcgctcgt aatctaagat      300
          atcacattta acacggacat tatctaatca acgtgattga cgacgagttc atttattgta      360
          tcttcaataa tttgttcgta aactggtaat gttgttactt gtatcgcacc aagttttcta      420
          acatacacac gaacatgttt gtagcttgtt tctgaaaaat tttgcacaaa atacggcaac      480
          ccgtccgcgt acatgttagc ttgtagcgtg cgcgtgtaca cgaccaattt gagggccacg      540
          acgtttttaa aaagcgtgta attcatgtac gtgtaacgcg actagttgta tactgattgt      600
          gagcgctcac aatttatttt acaaagattc agaaatacgc atcacttaca acaaggggga      660
          ctttgaaatt ttgcatttga ggttgccggg acctttaatt caacccaaca caatatatta      720
          tagttaaata agaattatta tcaaatcatt tgtatattaa ttaaaatact atactgtaaa      780
          ttacatttta tttacaatca ctgattgtga gcgctcacaa ttcccatggc tcctggaaag      840
          aagaggcctg tagagcagtc tcctcaggaa ccggactcct ccgcgggtat tggcaaatcg      900
          ggtgcacagc ccgctaaaaa gagactcaat ttcggtcaga ctggcgacac agagtcagtc      960
          ccagaccctc aaccaatcgg agaacctccc gcagccccct caggtgtggg atctcttaca     1020
          atggcttcag gtggtggcgc accagtggca gacaataacg aaggtgccga tggagtgggt     1080
          agttcctcgg gaaattggca ttgcgattcc caatggctgg gggacagagt catcaccacc     1140
          agcacccgaa cctgggccct gcccacctac aacaatcacc tctacaagca aatctccaac     1200
          agcacatctg gaggatcttc aaatgacaac gcctacttcg gctacagcac cccctggggg     1260
          tattttgact tcaacagatt ccactgccac ttctcaccac gtgactggca gcgactcatc     1320
          aacaacaact ggggattccg gcctaagcga ctcaacttca agctcttcaa cattcaggtc     1380
          aaagaggtta cggacaacaa tggagtcaag accatcgcca ataaccttac cagcacggtc     1440
          caggtcttca cggactcaga ctatcagctc ccgtacgtgc tcgggtcggc tcacgagggc     1500
          tgcctcccgc cgttcccagc ggacgttttc atgattcctc agtacgggta tctgacgctt     1560
          aatgatggaa gccaggccgt gggtcgttcg tccttttact gcctggaata tttcccgtcg     1620
          caaatgctaa gaacgggtaa caacttccag ttcagctacg agtttgagaa cgtacctttc     1680
          catagcagct acgctcacag ccaaagcctg gaccgactaa tgaatccact catcgaccaa     1740
          tacttgtact atctctcaag gactattaac ggttctggac agaatcaaca aacgctaaaa     1800
          ttcagtgtgg ccggacccag caacatggct gtccagggaa gaaactacat acctggaccc     1860
          agctaccgac aacaacgtgt ctcaaccact gtgactcaaa acaacaacag cgaatttgct     1920
          tggcctggag cttcttcttg ggctctcaat ggacgtaata gcttgatgaa tcctggacct     1980
          gctatggcca gccacaaaga aggagaggac cgtttctttc ctttgtctgg atctttaatt     2040
          tttggcaaac aaggaactgg aagagacaac gtggatgcgg acaaagtcat gataaccaac     2100
          gaagaagaaa ttaaaactac taacccggta gcaacggagt cctatggaca agtggccaca     2160
          aaccaccaga gtgatgggac tttggcggtg ccttttaagg cacaggcgca gaccggctgg     2220
          gttcaaaacc aaggaatact tccgggtatg gtttggcagg acagagatgt gtacctgcaa     2280
          ggacccattt gggccaaaat tcctcacacg gacggcaact ttcacccttc tccgctgatg     2340
          ggagggtttg gaatgaagca cccgcctcct cagatcctca tcaaaaacac acctgtacct     2400
          gcggatcctc caacggcctt caacaaggac aagctgaact ctttcatcac ccagtattct     2460
          actggccaag tcagcgtgga gatcgagtgg gagctgcaga aggaaaacag caagcgctgg     2520
          aacccggaga tccagtacac ttccaactat tacaagtcta ataatgttga atttgctgtt     2580
          aatactgaag gtgtatatag tgaaccccgc cccattggca ccagatacct gactcgtaat     2640
          ctgtaagcta gcacgcgtag ctgatgcata gcatgcggta ccgggagatg ggggaggcta     2700
          actgaaacac ggaaggagac aataccggaa ggaacccgcg ctatgacggc aataaaaaga     2760
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          aaagattcag aaatacgcat cacttacaac aagggggact ttgaaatttt gcatttgagg      120
          ttgccgggac ctttaattca acccaacaca atatattata gttaaataag aattattatc      180
          aaatcatttg tatattaatt aaaatactat actgtaaatt acattttatt tacaatcact      240
          gattgtgagc gctcacaatt cccatggctc ctggaaagaa gaggcctgta gagcagtctc      300
          ctcaggaacc ggactcctcc gcgggtattg gcaaatcggg tgcacagccc gctaaaaaga      360
          gactcaattt cggtcagact ggcgacacag agtcagtccc agaccctcaa ccaatcggag      420
          aacctcccgc agccccctca ggtgtgggat ctcttacaat ggcttcaggt ggtggcgcac      480
          cagtggcaga caataacgaa ggtgccgatg gagtgggtag ttcctcggga aattggcatt      540
          gcgattccca atggctgggg gacagagtca tcaccaccag cacccgaacc tgggccctgc      600
          ccacctacaa caatcacctc tacaagcaaa tctccaacag cacatctgga ggatcttcaa      660
          atgacaacgc ctacttcggc tacagcaccc cctgggggta ttttgacttc aacagattcc      720
          actgccactt ctcaccacgt gactggcagc gactcatcaa caacaactgg ggattccggc      780
          ctaagcgact caacttcaag ctcttcaaca ttcaggtcaa agaggttacg gacaacaatg      840
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          acatggctgt ccagggaaga aactacatac ctggacccag ctaccgacaa caacgtgtct     1320
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          cgcctcctca gatcctcatc aaaaacacac ctgtacctgc ggatcctcca acggccttca     1860
          acaaggacaa gctgaactct ttcatcaccc agtattctac tggccaagtc agcgtggaga     1920
          tcgagtggga gctgcagaag gaaaacagca agcgctggaa cccggagatc cagtacactt     1980
          ccaactatta caagtctaat aatgttgaat ttgctgttaa tactgaaggt gtatatagtg     2040
          aaccccgccc cattggcacc agatacctga ctcgtaatct gtaagctagc acgcgtagct     2100
          gatgcatagc atgcggtacc gggagatggg ggaggctaac tgaaacacgg aaggagacaa     2160
          taccggaagg aacccgcgct atgacggcaa taaaaagaca gaataaaacg cacgggtgtt     2220
          gggtcgtttg ttctctagat tagttagtca ggccggatgg ataattacaa attgcaattg     2280
          caagaatttt ttgaccaagc gcccgacaac gacgatccca actttgaaca tcaaacgccc     2340
          aatctattgg cgcatcagaa aaaaggcata cagtggatga ttaacagaga aaaaaacggc     2400
          cggcc                                                                 2405
          <![CDATA[<210> 4]]>
          <![CDATA[<211> 15]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 4]]>
          atgaacaaag attaa                                                        15
          <![CDATA[<210> 5]]>
          <![CDATA[<211> 18]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 5]]>
          atgcctcaat gctactag                                                     18
          <![CDATA[<210> 6]]>
          <![CDATA[<211>]]> 1128
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 6]]>
          atgacgcaac ctaagaagaa gaggaaggtt cccgggcaag tgactatgaa accagtaacg       60
          ttatacgatg tcgcagagta tgccggtgtc tcttatcaga ccgtttcccg cgtggtgaac      120
          caggccagcc acgtttctgc gaaaacgcgg gaaaaagtgg aagcggcgat ggcggagctg      180
          aattacattc ccaaccgcgt ggcacaacaa ctggcgggca aacagtcgtt gctgattggc      240
          gttgccacct ccagtctggc cctgcacgcg ccgtcgcaaa ttgtcgcggc gattaaatct      300
          cgcgccgatc aactgggtgc cagcgtggtg gtgtcgatgg tagaacgaag cggcgtcgaa      360
          gcctgtaaag cggcggtgca caatcttctc gcgcaacgcg tcagtgggct gatcattaac      420
          tatccgctgg atgaccagga tgccattgct gtggaagctg cctgcactaa tgttccggcg      480
          ttatttcttg atgtctctga ccagacaccc atcaacagta ttattttctc ccatgaagac      540
          ggtacgcgac tgggcgtgga gcatctggtc gcattgggtc accagcaaat cgcgctgtta      600
          gcgggcccat taagttctgt ctcggcgcgt ctgcgtctgg ctggctggca taaatatctc      660
          actcgcaatc aaattcagcc gatagcggaa cgggaaggcg actggagtgc catgtccggt      720
          tttcaacaaa ccatgcaaat gctgaatgag ggcatcgttc ccactgcgat gctggttgcc      780
          aacgatcaga tggcgctggg cgcaatgcgc gccattaccg agtccgggct gcgcgttggt      840
          gcggatatct cggtagtggg atacgacgat accgaagaca gctcatgtta tatcccgccg      900
          tcaaccacca tcaaacagga ttttcgcctg ctggggcaaa ccagcgtgga ccgcttgctg      960
          caactctctc agggccaggc ggtgaagggc aatcagctgt tgcccgtctc actggtgaaa     1020
          agaaaaacca ccctggcgcc caatacgcaa accgcctctc cccgcgcgtt ggccgattca     1080
          ttaatgcagc tggcacgaca ggtttcccga ctggaaagcg ggcagtga                  1128
          <![CDATA[<210> 7]]>
          <![CDATA[<211> 1128]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
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          <![CDATA[<400> 7]]>
          atgacccagc ccaaaaaaaa gagaaaagtc cctggtcagg taactatgaa gccggtcacc       60
          ttgtacgacg tcgctgaata cgcaggtgtg tcctatcaaa cagtgagtcg tgtggtcaac      120
          caggccagcc acgttagtgc aaaaacccgt gagaaagtgg aggcggcaat ggccgagctt      180
          aattacatac caaaccgtgt tgcacaacag cttgcaggca agcaatccct gctcattggc      240
          gttgcaacta gtagcctggc tcttcatgcg ccttcccaga ttgtggccgc tattaagagt      300
          agagcagatc agttgggagc atccgttgtc gtcagcatgg ttgaaaggag tggcgttgag      360
          gcttgcaaag ctgcggtcca taacctgctg gcacaaagag tgagcggact catcatcaac      420
          tacccactgg atgatcaaga cgcgattgcc gtcgaggctg catgtacgaa cgttccagct      480
          ctttttcttg acgtgtcaga ccaaacaccc ataaattcta ttatttttag tcacgaggac      540
          ggtacccgct tgggtgttga acacttggta gctttgggac atcagcagat cgcattgttg      600
          gctggtccac ttagtagcgt gagtgcaaga cttagactgg caggttggca caagtacttg      660
          acccgtaatc aaatacaacc tatagctgag cgcgaaggtg actggagcgc tatgagcggt      720
          ttccagcaaa cgatgcagat gctgaacgag ggaattgtac ccaccgctat gttggtcgct      780
          aacgaccaaa tggccttggg cgccatgaga gctattactg aaagcggctt gcgcgtgggc      840
          gcagatatct ctgtcgtagg ttacgatgat acggaagact ctagctgcta tatcccccca      900
          agcacgacga tcaagcagga tttccgtctc cttggacaga ccagtgtaga caggctcctt      960
          caactgagcc agggccaagc tgtgaagggc aaccaactct tgccagtgtc gttggtgaag     1020
          cgcaagacca ccctggctcc caacacgcaa actgcttctc ccagggcttt ggctgattcc     1080
          ctgatgcagc tcgcccgcca agtcagtaga cttgaatcag gccagtga                  1128
          <![CDATA[<210> 8]]>
          <![CDATA[<211> 20]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
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          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 8]]>
          gattgtgagc gctcacaatt                                                   20
          <![CDATA[<210> 9]]>
          <![CDATA[<211> 2401]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 9]]>
          tgtgttgggt tgaattaaag gtccgtaaat agggccggcc gttaacatca tggagataat       60
          taaaatgata accatctcgc aaataaataa gtattttact gttttcgtaa cagttttgta      120
          ataaaaaaac ctataaatat tccggattat tcataccgtc ccaccatcgg gcgcggttaa      180
          ccttaagaat aaaaatgccg gggttttacg agattgtgat taaggtcccc agcgaccttg      240
          acgagcatct gcccggcatt tctgacagct ttgtgaactg ggtggccgag aaggaatggg      300
          agttgccgcc agattctgac atggatctga atctgattga gcaggcaccc ctgaccgtgg      360
          ccgagaagct gcagcgcgac tttctgacgg aatggcgccg tgtgagtaag gccccggagg      420
          cccttttctt tgtgcaattt gagaagggag agagctactt ccacatgcac gtgctcgtgg      480
          aaaccaccgg ggtgaaatcc atggttttgg gacgtttcct gagtcagatt cgcgaaaaac      540
          tgattcagag aatttaccgc gggatcgagc cgactttgcc aaactggttc gcggtcacaa      600
          agaccagaaa tggcgccgga ggcgggaaca aggtggtgga tgagtgctac atccccaatt      660
          acttgctccc caaaacccag cctgagctcc agtgggcgtg gactaatatg gaacagtatt      720
          taagcgcctg tttgaatctc acggagcgta aacggttggt ggcgcagcat ctgacgcacg      780
          tgtcgcagac gcaggagcag aacaaagaga atcagaatcc caattctgat gcgccggtga      840
          tcagatcaaa aacttcagcc aggtacatgg agctggtcgg gtggctcgtg gacaagggga      900
          ttacctcgga gaagcagtgg atccaggagg accaggcctc atacatctcc ttcaatgcgg      960
          cctccaactc gcggtcccaa atcaaggctg ccttggacaa tgcgggaaag attatgagcc     1020
          tgactaaaac cgcccccgac tacctggtgg gccagcagcc cgtggaggac atttccagca     1080
          atcggattta taaaattttg gaactaaacg ggtacgatcc ccaatatgcg gcttccgtct     1140
          ttctgggatg ggccacgaaa aagttcggca agaggaacac catctggctg tttgggcctg     1200
          caactaccgg gaagaccaac atcgcggagg ccatagccca cactgtgccc ttctacgggt     1260
          gcgtaaactg gaccaatgag aactttccct tcaacgactg tgtcgacaag atggtgatct     1320
          ggtgggagga ggggaagatg accgccaagg tcgtggagtc ggccaaagcc attctcggag     1380
          gaagcaaggt gcgcgtggac cagaaatgca agtcctcggc ccagatagac ccgactcccg     1440
          tgatcgtcac ctccaacacc aacatgtgcg ccgtgattga cgggaactca acgaccttcg     1500
          aacaccagca gccgttgcaa gaccggatgt tcaaatttga actcacccgc cgtctggatc     1560
          atgactttgg gaaggtcacc aagcaggaag tcaaagactt tttccggtgg gcaaaggatc     1620
          acgtggttga ggtggagcat gaattctacg tcaaaaaggg tggagccaag aaaagacccg     1680
          cccccagtga cgcagatata agtgagccca aacgggtgcg cgagtcagtt gcgcagccat     1740
          cgacgtcaga cgcggaagct tcgatcaact acgcagacag gtaccaaaac aaatgttctc     1800
          gtcacgtggg catgaatctg atgctgtttc cctgcagaca atgcgagaga atgaatcaga     1860
          attcaaatat ctgcttcact cacggacaga aagactgttt agagtgcttt cccgtgtcag     1920
          aatctcaacc cgtttctgtc gtcaaaaagg cgtatcagaa actgtgctac attcatcata     1980
          tcatgggaaa ggtgccagac gcttgcactg cctgcgatct ggtcaatgtg gatttggatg     2040
          actgcatctt tgaacaataa actcgaggaa tcaagcttgc atgcctgcag gtcgactcta     2100
          gagcctgcag tctcgacaag cttgtcgaga agtactagag gatcataatc agccatacca     2160
          catttgtaga ggttttactt gctttaaaaa acctcccaca cctccccctg aacctgaaac     2220
          ataaaatgaa tgcaattgtt gttgttaact tgtttattgc agcttataat ggttacaaat     2280
          aaagcaatag catcacaaat ttcacaaata aagcattttt ttcactgcat tctagttgtg     2340
          gtttgtccaa actcatcaat gtatcttatc atgtctggat ctgatcactg cttgagccta     2400
          g                                                                     2401
          <![CDATA[<210> 10]]>
          <![CDATA[<211> 1432]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 10]]>
          agacacggta accgccgcta actacgctag cgtatcatgg agataattaa aatgataacc       60
          atctcgcaaa taaataagta ttttactgtt ttcgtaacag ttttgtaata aaaaaaccta      120
          taaatattcc ggattattca taccgtccca ccatcgggcg cggttaacct taagaataaa      180
          aatggagctg gtcgggtggc tcgtggacaa ggggattacc tcggagaagc agtggatcca      240
          ggaggaccag gcctcataca tctccttcaa tgcggcctcc aactcgcggt cccaaatcaa      300
          ggctgccttg gacaatgcgg gaaagattat gagcctgact aaaaccgccc ccgactacct      360
          ggtgggccag cagcccgtgg aggacatttc cagcaatcgg atttataaaa ttttggaact      420
          aaacgggtac gatccccaat atgcggcttc cgtctttctg ggatgggcca cgaaaaagtt      480
          cggcaagagg aacaccatct ggctgtttgg gcctgcaact accgggaaga ccaacatcgc      540
          ggaggccata gcccacactg tgcccttcta cgggtgcgta aactggacca atgagaactt      600
          tcccttcaac gactgtgtcg acaagatggt gatctggtgg gaggagggga agatgaccgc      660
          caaggtcgtg gagtcggcca aagccattct cggaggaagc aaggtgcgcg tggaccagaa      720
          atgcaagtcc tcggcccaga tagacccgac tcccgtgatc gtcacctcca acaccaacat      780
          gtgcgccgtg attgacggga actcaacgac cttcgaacac cagcagccgt tgcaagaccg      840
          gatgttcaaa tttgaactca cccgccgtct ggatcatgac tttgggaagg tcaccaagca      900
          ggaagtcaaa gactttttcc ggtgggcaaa ggatcacgtg gttgaggtgg agcatgaatt      960
          ctacgtcaaa aagggtggag ccaagaaaag acccgccccc agtgacgcag atataagtga     1020
          gcccaaacgg gtgcgcgagt cagttgcgca gccatcgacg tcagacgcgg aagcttcgat     1080
          caactacgca gacaggtacc aaaacaaatg ttctcgtcac gtgggcatga atctgatgct     1140
          gtttccctgc agacaatgcg agagaatgaa tcagaattca aatatctgct tcactcacgg     1200
          acagaaagac tgtttagagt gctttcccgt gtcagaatct caacccgttt ctgtcgtcaa     1260
          aaaggcgtat cagaaactgt gctacattca tcatatcatg ggaaaggtgc cagacgcttg     1320
          cactgcctgc gatctggtca atgtggattt ggatgactgc atctttgaac aataaacaat     1380
          caaattatcg caagctagct tgattgaaat gttcaaagac cagtttgaca at             1432
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          <![CDATA[<220>]]>
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          taaaacaaag attaa                                                        15
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          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
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          <![CDATA[<221> source]]>
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          <![CDATA[<400> 12]]>
          atcatggaga taattaaaat gataaccatc tcgcaaataa ataagtattt tactgttttc       60
          gtaacagttt tgtaataaaa aaacctataa atcgcggatc tgccgccaag cttacttact      120
          tacttagctt acttacttac ttagcttact tacttactta gcttacttac ttaattaacc      180
          tacaacatga acaaagatta aattatggcg gggttttacg agattgtgat taaggtcccc      240
          agcgaccttg acgagcatct gcccggcatt tctgacagct ttgtgaactg ggtggccgag      300
          aaggagtggg agttgccgcc agattctgac ttggatctga atctgattga gcaggcaccc      360
          ctgaccgtgg ccgagaagct gcagcgcgac tttctgacgg agtggcgccg tgtgagtaag      420
          gccccggagg cccttttctt tgtgcaattt gagaagggag agagctactt ccacttacac      480
          gtgctcgtgg aaaccaccgg ggtgaaatcc ttagttttgg gacgtttcct gagtcagatt      540
          cgcgaaaaac tgattcagag aatttaccgc gggatcgagc cgactttgcc aaactggttc      600
          gcggtcacaa agaccagaaa cggcgccgga ggcgggaaca aggtggtgga cgagtgctac      660
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          ccgactcccg tgatcgtcac ctccaacacc aacatgtgcg ccgtgattga cgggaactca     1500
          acgaccttcg aacaccagca gccgttgcaa gaccggatgt tcaaatttga actcacccgc     1560
          cgtctggatc atgactttgg gaaggtcacc aagcaggaag tcaaagactt tttccggtgg     1620
          gcaaaggatc acgtggttga ggtggagcat gaattctacg tcaaaaaggg tggagccaag     1680
          aaaagacccg cccccagtga cgcagatata agtgagccca aacgggtgcg cgagtcagtt     1740
          gcgcagccat cgacgtcaga cgcggaagct tcgatcaact acgcagacag gtaccaaaac     1800
          aaatgttctc gtcacgtggg catgaatctg atgctgtttc cctgcagaca atgcgagaga     1860
          atgaatcaga attcaaatat ctgcttcact cacggacaga aagactgttt agagtgcttt     1920
          cccgtgtcag aatctcaacc cgtttctgtc gtcaaaaagg cgtatcagaa actgtgctac     1980
          attcatcata tcatgggaaa ggtgccagac gcttgcactg cctgcgatct ggtcaatgtg     2040
          gatttggatg actgcatctt tgaacaataa                                      2070
          <![CDATA[<210> 17]]>
          <![CDATA[<211> 2070]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 17]]>
          atcatggaga taattaaaat gataaccatc tcgcaaataa ataagtattt tactgttttc       60
          gtaacagttt tgtaataaaa aaacctataa atcgcggatc tgccgccaag cttacttact      120
          tacttagctt acttacttac ttagcttact tacttactta gcttacttac ttaattaacc      180
          tacaactaaa acaaagatta aattatggcg gggttttacg agattgtgat taaggtcccc      240
          agcgaccttg acgagcatct gcccggcatt tctgacagct ttgtgaactg ggtggccgag      300
          aaggagtggg agttgccgcc agattctgac ttggatctga atctgattga gcaggcaccc      360
          ctgaccgtgg ccgagaagct gcagcgcgac tttctgacgg agtggcgccg tgtgagtaag      420
          gccccggagg cccttttctt tgtgcaattt gagaagggag agagctactt ccacttacac      480
          gtgctcgtgg aaaccaccgg ggtgaaatcc ttagttttgg gacgtttcct gagtcagatt      540
          cgcgaaaaac tgattcagag aatttaccgc gggatcgagc cgactttgcc aaactggttc      600
          gcggtcacaa agaccagaaa cggcgccgga ggcgggaaca aggtggtgga cgagtgctac      660
          atccccaatt acttgctccc caaaacccag cctgagctcc agtgggcgtg gactaattta      720
          gaacagtatt taagcgcctg tttgaatctc acggagcgta aacggttggt ggcgcagcat      780
          ctgacgcacg tgtcgcagac gcaggagcag aacaaagaga atcagaatcc caattctgac      840
          gcgccggtga tcagatcaaa aacttcagcc agatacatgg agctggtcgg gtggctcgtg      900
          gacaagggga ttacctcgga gaagcagtgg atccaggagg accaggcctc atacatctcc      960
          ttcaatgcgg cctccaactc gcggtcccaa atcaaggctg ccttggacaa tgcgggaaag     1020
          attatgagcc tgactaaaac cgcccccgac tacctggtgg gccagcagcc cgtggaggac     1080
          atttccagca atcggattta taaaattttg gaactaaacg ggtacgatcc ccaatatgcg     1140
          gcttccgtct ttctgggatg ggccacgaaa aagttcggca agaggaacac catctggctg     1200
          tttgggcctg caactaccgg gaagaccaac atcgcggagg ccatagccca cactgtgccc     1260
          ttctacgggt gcgtaaactg gaccaatgag aactttccct tcaacgactg tgtcgacaag     1320
          atggtgatct ggtgggagga ggggaagatg accgccaagg tcgtggagtc ggccaaagcc     1380
          attctcggag gaagcaaggt gcgcgtggac cagaaatgca agtcctcggc ccagatagac     1440
          ccgactcccg tgatcgtcac ctccaacacc aacatgtgcg ccgtgattga cgggaactca     1500
          acgaccttcg aacaccagca gccgttgcaa gaccggatgt tcaaatttga actcacccgc     1560
          cgtctggatc atgactttgg gaaggtcacc aagcaggaag tcaaagactt tttccggtgg     1620
          gcaaaggatc acgtggttga ggtggagcat gaattctacg tcaaaaaggg tggagccaag     1680
          aaaagacccg cccccagtga cgcagatata agtgagccca aacgggtgcg cgagtcagtt     1740
          gcgcagccat cgacgtcaga cgcggaagct tcgatcaact acgcagacag gtaccaaaac     1800
          aaatgttctc gtcacgtggg catgaatctg atgctgtttc cctgcagaca atgcgagaga     1860
          atgaatcaga attcaaatat ctgcttcact cacggacaga aagactgttt agagtgcttt     1920
          cccgtgtcag aatctcaacc cgtttctgtc gtcaaaaagg cgtatcagaa actgtgctac     1980
          attcatcata tcatgggaaa ggtgccagac gcttgcactg cctgcgatct ggtcaatgtg     2040
          gatttggatg actgcatctt tgaacaataa                                      2070
          <![CDATA[<210> 18]]>
          <![CDATA[<211> 49]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成引子」]]>
          <![CDATA[<400> 18]]>
          gattaaggcc ttaattaggc tgcggcccgg gccgagcgcg cagccttaa                   49
          <![CDATA[<210> 19]]>
          <![CDATA[<211> 3270]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 19]]>
          tggcagggaa caaacgaccc aacacccgtg cgttttattc tgtcttttta ttgccgtcat       60
          agcgcgggtt ccttccggta ttgtctcctt ccgtgtttca gttagcctcc cccatctccc      120
          ggtacacgcg gttagaggcg gttgctagcg gcgcgccgcg cctcggtgat gacggtgaaa      180
          acctctataa cgcgaagtaa tcttttcggt tttaaagaaa aagggcaggg tggtgacacc      240
          ttgccctttt ttgccggatt attacggcaa atcacactcc agccaactct cagggaccgc      300
          ttctggcgca ggaaaccacg caaaacgcca ctcaccgttt aagctacgca gttgttgact      360
          cggacggtca gtgcgtgcct cttcactatt gcgccacgag gcaaagggag ggtgcgctgc      420
          caaacggtta agctgcgtaa ctccagggtt ctcccagtca cggcgttgta aaaccaccgc      480
          taaagaattg ccggggaagt tgaccagccg cgtaacctgg caaaatcggt tacggttgag      540
          taataaatgg atgccctgcg taagcggggc attggacggg gtgatcatgg tcatctagta      600
          tttctcctct ttctctagta aacagtacta tgtgattata ccagccccct cactacatgt      660
          caagaataaa ctgccaaaga aacaaatagg ggttccgcgc acggcgcgcc ttaacaggat      720
          acagtctacg tcgagtgatt gtaaataaaa tgtaatttac agtatagtat tttaattaat      780
          atacaaatga tttgataata attcttattt aactataata tattgtgttg ggttgaatta      840
          aaggtccgta tactccggaa tattaataga tcatggagat aattaaaatg ataaccatct      900
          cgcaaataaa taagtatttt actgttttcg taacagtttt gtaataaaaa aacctataaa      960
          tcgcggatct gccgccaagc ttacttactt acttagctta cttacttact tagcttactt     1020
          acttacttag cttacttact taattaacct acaacatgaa caaagattaa attatggcgg     1080
          ggttttacga gattgtgatt aaggtcccca gcgaccttga cgagcatctg cccggcattt     1140
          ctgacagctt tgtgaactgg gtggccgaga aggagtggga gttgccgcca gattctgact     1200
          tggatctgaa tctgattgag caggcacccc tgaccgtggc cgagaagctg cagcgcgact     1260
          ttctgacgga gtggcgccgt gtgagtaagg ccccggaggc ccttttcttt gtgcaatttg     1320
          agaagggaga gagctacttc cacttacacg tgctcgtgga aaccaccggg gtgaaatcct     1380
          tagttttggg acgtttcctg agtcagattc gcgaaaaact gattcagaga atttaccgcg     1440
          ggatcgagcc gactttgcca aactggttcg cggtcacaaa gaccagaaac ggcgccggag     1500
          gcgggaacaa ggtggtggac gagtgctaca tccccaatta cttgctcccc aaaacccagc     1560
          ctgagctcca gtgggcgtgg actaatttag aacagtattt aagcgcctgt ttgaatctca     1620
          cggagcgtaa acggttggtg gcgcagcatc tgacgcacgt gtcgcagacg caggagcaga     1680
          acaaagagaa tcagaatccc aattctgacg cgccggtgat cagatcaaaa acttcagcca     1740
          gatacatgga gctggtcggg tggctcgtgg acaaggggat tacctcggag aagcagtgga     1800
          tccaggagga ccaggcctca tacatctcct tcaatgcggc ctccaactcg cggtcccaaa     1860
          tcaaggctgc cttggacaat gcgggaaaga ttatgagcct gactaaaacc gcccccgact     1920
          acctggtggg ccagcagccc gtggaggaca tttccagcaa tcggatttat aaaattttgg     1980
          aactaaacgg gtacgatccc caatatgcgg cttccgtctt tctgggatgg gccacgaaaa     2040
          agttcggcaa gaggaacacc atctggctgt ttgggcctgc aactaccggg aagaccaaca     2100
          tcgcggaggc catagcccac actgtgccct tctacgggtg cgtaaactgg accaatgaga     2160
          actttccctt caacgactgt gtcgacaaga tggtgatctg gtgggaggag gggaagatga     2220
          ccgccaaggt cgtggagtcg gccaaagcca ttctcggagg aagcaaggtg cgcgtggacc     2280
          agaaatgcaa gtcctcggcc cagatagacc cgactcccgt gatcgtcacc tccaacacca     2340
          acatgtgcgc cgtgattgac gggaactcaa cgaccttcga acaccagcag ccgttgcaag     2400
          accggatgtt caaatttgaa ctcacccgcc gtctggatca tgactttggg aaggtcacca     2460
          agcaggaagt caaagacttt ttccggtggg caaaggatca cgtggttgag gtggagcatg     2520
          aattctacgt caaaaagggt ggagccaaga aaagacccgc ccccagtgac gcagatataa     2580
          gtgagcccaa acgggtgcgc gagtcagttg cgcagccatc gacgtcagac gcggaagctt     2640
          cgatcaacta cgcagacagg taccaaaaca aatgttctcg tcacgtgggc atgaatctga     2700
          tgctgtttcc ctgcagacaa tgcgagagaa tgaatcagaa ttcaaatatc tgcttcactc     2760
          acggacagaa agactgttta gagtgctttc ccgtgtcaga atctcaaccc gtttctgtcg     2820
          tcaaaaaggc gtatcagaaa ctgtgctaca ttcatcatat catgggaaag gtgccagacg     2880
          cttgcactgc ctgcgatctg gtcaatgtgg atttggatga ctgcatcttt gaacaataaa     2940
          ctcgaggaat caagcttgca tgcctgcagg tcgactctag agcctgcagt ctcgacaagc     3000
          ttgtcgagaa gtactagagg atcataatca gccataccac atttgtagag gttttacttg     3060
          ctttaaaaaa cctcccacac ctccccctga acctgaaaca taaaatgaat gcaattgttg     3120
          ttgttaactt gtttattgca gcttataatg gttacaaata aagcaatagc atcacaaatt     3180
          tcacaaataa agcatttttt tcactgcatt ctagttgtgg tttgtccaaa ctcatcaatg     3240
          tatcttatca tgcctggatc tgatcactgc                                      3270
          <![CDATA[<210> 20]]>
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          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 20]]>
          cagtgatcag atccaggatt aaggccttaa ttaggctgcg gcgcgccgtg cgcggaaccc       60
          ctatttgttt ctggaaagcg ggcagtgagc gcaacgcaat taatgtgagt tagctcactc      120
          attaggcacc ccaggcttta cactttatgc ttccggctcg tatgttgtgt ggaattgcga      180
          gcggataaca actagagaaa gaggagaaat actagatgac catgatcacc ccgtccaatg      240
          ccccgcttac gcagggcatc catttattac tcaaccgtaa ccgattttgc caggttacgc      300
          ggctggtcaa cttccccggc aattctttag cggtggtttt acaacgccgt gactgggaga      360
          accctggagt tacgcagctt aaccgtttgg cagcgcaccc tccctttgcc tcgtggcgca      420
          atagtgaaga ggcacgcact gaccgtccga gtcaacaact gcgtagctta aacggtgagt      480
          ggcgttttgc gtggtttcct gcgccagaag cggtccctga gagttggctg gagtgtgatt      540
          tgccgtaata atccggcaaa aaagggcaag gtgtcaccac cctgcccttt ttctttaaaa      600
          ccgaaaagat tacttcgcgt tatagaggtt ttcaccgtca tcaccgaggc gcgccgagcg      660
          cgcagcctta atcctgccat agccact                                          687
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          cgguguaugg c                                                            11
          <![CDATA[<210> 22]]>
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          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
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          cgguguauga g                                                            11
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          uaguggauga g                                                            11
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          caguggauga g                                                            11
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          cauuggauga g                                                            11
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          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
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          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
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          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
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          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
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          atacctggac ccagctaccg acaacaacgt gtctcaacca ctgtgactca aaacaacaac     1500
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          gtcagcgtgg agatcgagtg ggagctgcag aaggaaaaca gcaagcgctg gaacccggag     2100
          atccagtaca cttccaacta ttacaagtct aataatgttg aatttgctgt taatactgaa     2160
          ggtgtatata gtgaaccccg ccccattggc accagatacc tgactcgtaa tctgtaa        2217
          <![CDATA[<210> 45]]>
          <![CDATA[<211> 2217]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 45]]>
          cggtgtatga gtgccgacgg ttatctaccc gattggctcg aggacaacct tagtgaagga       60
          attcgcgagt ggtgggcttt gaaacctgga gcccctcaac ccaaggcaaa tcaacaacat      120
          caagacaacg ctcgaggtct tgtgcttccg ggttacaaat accttggacc cggcaacgga      180
          ctcgacaagg gggagccggt caacgcagca gacgcggcgg ccctcgagca cgacaaggcc      240
          tacgaccagc agctcaaggc cggagacaac ccgtacctca agtacaacca cgccgacgcc      300
          gagttccagg agcggctcaa agaagatacg tcttttgggg gcaacctcgg gcgagcagtc      360
          ttccaggcca aaaagaggct tcttgaacct cttggtctgg ttgaggaagc ggctaagacg      420
          gctcctggaa agaagaggcc tgtagagcag tctcctcagg aaccggactc ctccgcgggt      480
          attggcaaat cgggtgcaca gcccgctaaa aagagactca atttcggtca gactggcgac      540
          acagagtcag tcccagaccc tcaaccaatc ggagaacctc ccgcagcccc ctcaggtgtg      600
          ggatctctta caatggcttc aggtggtggc gcaccagtgg cagacaataa cgaaggtgcc      660
          gatggagtgg gtagttcctc gggaaattgg cattgcgatt cccaatggct gggggacaga      720
          gtcatcacca ccagcacccg aacctgggcc ctgcccacct acaacaatca cctctacaag      780
          caaatctcca acagcacatc tggaggatct tcaaatgaca acgcctactt cggctacagc      840
          accccctggg ggtattttga cttcaacaga ttccactgcc acttctcacc acgtgactgg      900
          cagcgactca tcaacaacaa ctggggattc cggcctaagc gactcaactt caagctcttc      960
          aacattcagg tcaaagaggt tacggacaac aatggagtca agaccatcgc caataacctt     1020
          accagcacgg tccaggtctt cacggactca gactatcagc tcccgtacgt gctcgggtcg     1080
          gctcacgagg gctgcctccc gccgttccca gcggacgttt tcatgattcc tcagtacggg     1140
          tatctgacgc ttaatgatgg aagccaggcc gtgggtcgtt cgtcctttta ctgcctggaa     1200
          tatttcccgt cgcaaatgct aagaacgggt aacaacttcc agttcagcta cgagtttgag     1260
          aacgtacctt tccatagcag ctacgctcac agccaaagcc tggaccgact aatgaatcca     1320
          ctcatcgacc aatacttgta ctatctctca aagactatta acggttctgg acagaatcaa     1380
          caaacgctaa aattcagtgt ggccggaccc agcaacatgg ctgtccaggg aagaaactac     1440
          atacctggac ccagctaccg acaacaacgt gtctcaacca ctgtgactca aaacaacaac     1500
          agcgaatttg cttggcctgg agcttcttct tgggctctca atggacgtaa tagcttgatg     1560
          aatcctggac ctgctatggc cagccacaaa gaaggagagg accgtttctt tcctttgtct     1620
          ggatctttaa tttttggcaa acaaggaact ggaagagaca acgtggatgc ggacaaagtc     1680
          atgataacca acgaagaaga aattaaaact actaacccgg tagcaacgga gtcctatgga     1740
          caagtggcca caaaccacca gagtgcccaa gcacaggcgc agaccggctg ggttcaaaac     1800
          caaggaatac ttccgggtat ggtttggcag gacagagatg tgtacctgca aggacccatt     1860
          tgggccaaaa ttcctcacac ggacggcaac tttcaccctt ctccgctgat gggagggttt     1920
          ggaatgaagc acccgcctcc tcagatcctc atcaaaaaca cacctgtacc tgcggatcct     1980
          ccaacggcct tcaacaagga caagctgaac tctttcatca cccagtattc tactggccaa     2040
          gtcagcgtgg agatcgagtg ggagctgcag aaggaaaaca gcaagcgctg gaacccggag     2100
          atccagtaca cttccaacta ttacaagtct aataatgttg aatttgctgt taatactgaa     2160
          ggtgtatata gtgaaccccg ccccattggc accagatacc tgactcgtaa tctgtaa        2217
          <![CDATA[<210> 46]]>
          <![CDATA[<211> 736]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 46]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln 
                      580                 585                 590         
          Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln 
                  595                 600                 605             
          Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His 
              610                 615                 620                 
          Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met 
          625                 630                 635                 640 
          Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala 
                          645                 650                 655     
          Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr 
                      660                 665                 670         
          Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln 
                  675                 680                 685             
          Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn 
              690                 695                 700                 
          Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val 
          705                 710                 715                 720 
          Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                          725                 730                 735     
          <![CDATA[<210> 47]]>
          <![CDATA[<211> 736]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 47]]>
          Met Ser Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln 
                      580                 585                 590         
          Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln 
                  595                 600                 605             
          Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His 
              610                 615                 620                 
          Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met 
          625                 630                 635                 640 
          Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala 
                          645                 650                 655     
          Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr 
                      660                 665                 670         
          Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln 
                  675                 680                 685             
          Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn 
              690                 695                 700                 
          Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val 
          705                 710                 715                 720 
          Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                          725                 730                 735     
          <![CDATA[<210> 48]]>
          <![CDATA[<211> 736]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 48]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Gln Ala Gln 
                      580                 585                 590         
          Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile Leu Pro Gly Met Val Trp Gln 
                  595                 600                 605             
          Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His 
              610                 615                 620                 
          Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Met 
          625                 630                 635                 640 
          Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala 
                          645                 650                 655     
          Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr 
                      660                 665                 670         
          Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln 
                  675                 680                 685             
          Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn 
              690                 695                 700                 
          Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe Ala Val Asn Thr Glu Gly Val 
          705                 710                 715                 720 
          Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                          725                 730                 735     
          <![CDATA[<210> 49]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 49]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtga tgggactttg gcggtgcctt ttaaggcaca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgcgg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cgctggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 50]]>
          <![CDATA[<211> 2238]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「]]>人工序列之描述:合成聚核苷酸」
          <![CDATA[<400> 50]]>
          cggtgtatgg ctgccgacgg ttatctaccc gattggctcg aggacaacct tagtgaagga       60
          attcgcgagt ggtgggcttt gaaacctgga gcccctcaac ccaaggcaaa tcaacaacat      120
          caagacaacg ctcgaggtct tgtgcttccg ggttacaaat accttggacc cggcaacgga      180
          ctcgacaagg gggagccggt caacgcagca gacgcggcgg ccctcgagca cgacaaggcc      240
          tacgaccagc agctcaaggc cggagacaac ccgtacctca agtacaacca cgccgacgcc      300
          gagttccagg agcggctcaa agaagatacg tcttttgggg gcaacctcgg gcgagcagtc      360
          ttccaggcca aaaagaggct tcttgaacct cttggtctgg ttgaggaagc ggctaagacg      420
          gctcctggaa agaagaggcc tgtagagcag tctcctcagg aaccggactc ctccgcgggt      480
          attggcaaat cgggtgcaca gcccgctaaa aagagactca atttcggtca gactggcgac      540
          acagagtcag tcccagaccc tcaaccaatc ggagaacctc ccgcagcccc ctcaggtgtg      600
          ggatctctta caatggcttc aggtggtggc gcaccagtgg cagacaataa cgaaggtgcc      660
          gatggagtgg gtagttcctc gggaaattgg cattgcgatt cccaatggct gggggacaga      720
          gtcatcacca ccagcacccg aacctgggcc ctgcccacct acaacaatca cctctacaag      780
          caaatctcca acagcacatc tggaggatct tcaaatgaca acgcctactt cggctacagc      840
          accccctggg ggtattttga cttcaacaga ttccactgcc acttctcacc acgtgactgg      900
          cagcgactca tcaacaacaa ctggggattc cggcctaagc gactcaactt caagctcttc      960
          aacattcagg tcaaagaggt tacggacaac aatggagtca agaccatcgc caataacctt     1020
          accagcacgg tccaggtctt cacggactca gactatcagc tcccgtacgt gctcgggtcg     1080
          gctcacgagg gctgcctccc gccgttccca gcggacgttt tcatgattcc tcagtacggg     1140
          tatctgacgc ttaatgatgg aagccaggcc gtgggtcgtt cgtcctttta ctgcctggaa     1200
          tatttcccgt cgcaaatgct aagaacgggt aacaacttcc agttcagcta cgagtttgag     1260
          aacgtacctt tccatagcag ctacgctcac agccaaagcc tggaccgact aatgaatcca     1320
          ctcatcgacc aatacttgta ctatctctca aagactatta acggttctgg acagaatcaa     1380
          caaacgctaa aattcagtgt ggccggaccc agcaacatgg ctgtccaggg aagaaactac     1440
          atacctggac ccagctaccg acaacaacgt gtctcaacca ctgtgactca aaacaacaac     1500
          agcgaatttg cttggcctgg agcttcttct tgggctctca atggacgtaa tagcttgatg     1560
          aatcctggac ctgctatggc cagccacaaa gaaggagagg accgtttctt tcctttgtct     1620
          ggatctttaa tttttggcaa acaaggaact ggaagagaca acgtggatgc ggacaaagtc     1680
          atgataacca acgaagaaga aattaaaact actaacccgg tagcaacgga gtcctatgga     1740
          caagtggcca caaaccacca gagtgatggg actttggcgg tgccttttaa ggcacaggcg     1800
          cagaccggct gggttcaaaa ccaaggaata cttccgggta tggtttggca ggacagagat     1860
          gtgtacctgc aaggacccat ttgggccaaa attcctcaca cggacggcaa ctttcaccct     1920
          tctccgctga tgggagggtt tggaatgaag cacccgcctc ctcagatcct catcaaaaac     1980
          acacctgtac ctgcggatcc tccaacggcc ttcaacaagg acaagctgaa ctctttcatc     2040
          acccagtatt ctactggcca agtcagcgtg gagatcgagt gggagctgca gaaggaaaac     2100
          agcaagcgct ggaacccgga gatccagtac acttccaact attacaagtc taataatgtt     2160
          gaatttgctg ttaatactga aggtgtatat agtgaacccc gccccattgg caccagatac     2220
          ctgactcgta atctgtaa                                                   2238
          <![CDATA[<210> 51]]>
          <![CDATA[<211> 2238]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 51]]>
          cggtgtatga gtgccgacgg ttatctaccc gattggctcg aggacaacct tagtgaagga       60
          attcgcgagt ggtgggcttt gaaacctgga gcccctcaac ccaaggcaaa tcaacaacat      120
          caagacaacg ctcgaggtct tgtgcttccg ggttacaaat accttggacc cggcaacgga      180
          ctcgacaagg gggagccggt caacgcagca gacgcggcgg ccctcgagca cgacaaggcc      240
          tacgaccagc agctcaaggc cggagacaac ccgtacctca agtacaacca cgccgacgcc      300
          gagttccagg agcggctcaa agaagatacg tcttttgggg gcaacctcgg gcgagcagtc      360
          ttccaggcca aaaagaggct tcttgaacct cttggtctgg ttgaggaagc ggctaagacg      420
          gctcctggaa agaagaggcc tgtagagcag tctcctcagg aaccggactc ctccgcgggt      480
          attggcaaat cgggtgcaca gcccgctaaa aagagactca atttcggtca gactggcgac      540
          acagagtcag tcccagaccc tcaaccaatc ggagaacctc ccgcagcccc ctcaggtgtg      600
          ggatctctta caatggcttc aggtggtggc gcaccagtgg cagacaataa cgaaggtgcc      660
          gatggagtgg gtagttcctc gggaaattgg cattgcgatt cccaatggct gggggacaga      720
          gtcatcacca ccagcacccg aacctgggcc ctgcccacct acaacaatca cctctacaag      780
          caaatctcca acagcacatc tggaggatct tcaaatgaca acgcctactt cggctacagc      840
          accccctggg ggtattttga cttcaacaga ttccactgcc acttctcacc acgtgactgg      900
          cagcgactca tcaacaacaa ctggggattc cggcctaagc gactcaactt caagctcttc      960
          aacattcagg tcaaagaggt tacggacaac aatggagtca agaccatcgc caataacctt     1020
          accagcacgg tccaggtctt cacggactca gactatcagc tcccgtacgt gctcgggtcg     1080
          gctcacgagg gctgcctccc gccgttccca gcggacgttt tcatgattcc tcagtacggg     1140
          tatctgacgc ttaatgatgg aagccaggcc gtgggtcgtt cgtcctttta ctgcctggaa     1200
          tatttcccgt cgcaaatgct aagaacgggt aacaacttcc agttcagcta cgagtttgag     1260
          aacgtacctt tccatagcag ctacgctcac agccaaagcc tggaccgact aatgaatcca     1320
          ctcatcgacc aatacttgta ctatctctca aagactatta acggttctgg acagaatcaa     1380
          caaacgctaa aattcagtgt ggccggaccc agcaacatgg ctgtccaggg aagaaactac     1440
          atacctggac ccagctaccg acaacaacgt gtctcaacca ctgtgactca aaacaacaac     1500
          agcgaatttg cttggcctgg agcttcttct tgggctctca atggacgtaa tagcttgatg     1560
          aatcctggac ctgctatggc cagccacaaa gaaggagagg accgtttctt tcctttgtct     1620
          ggatctttaa tttttggcaa acaaggaact ggaagagaca acgtggatgc ggacaaagtc     1680
          atgataacca acgaagaaga aattaaaact actaacccgg tagcaacgga gtcctatgga     1740
          caagtggcca caaaccacca gagtgatggg actttggcgg tgccttttaa ggcacaggcg     1800
          cagaccggct gggttcaaaa ccaaggaata cttccgggta tggtttggca ggacagagat     1860
          gtgtacctgc aaggacccat ttgggccaaa attcctcaca cggacggcaa ctttcaccct     1920
          tctccgctga tgggagggtt tggaatgaag cacccgcctc ctcagatcct catcaaaaac     1980
          acacctgtac ctgcggatcc tccaacggcc ttcaacaagg acaagctgaa ctctttcatc     2040
          acccagtatt ctactggcca agtcagcgtg gagatcgagt gggagctgca gaaggaaaac     2100
          agcaagcgct ggaacccgga gatccagtac acttccaact attacaagtc taataatgtt     2160
          gaatttgctg ttaatactga aggtgtatat agtgaacccc gccccattgg caccagatac     2220
          ctgactcgta atctgtaa                                                   2238
          <![CDATA[<210> 52]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
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          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 52]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Asp Gly Thr Leu Ala Val 
                      580                 585                 590         
          Pro Phe Lys Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 53]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 53]]>
          Met Ser Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Asp Gly Thr Leu Ala Val 
                      580                 585                 590         
          Pro Phe Lys Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 54]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 54]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Arg Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Asp Gly Thr Leu Ala Val 
                      580                 585                 590         
          Pro Phe Lys Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 55]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 55]]>
          acggctgccg acggttatct acccgattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaggact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtga tgggactttg gcggtgcctt ttaaggcaca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgcgg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cgctggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 56]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 56]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Asp Gly Thr Leu Ala Val 
                      580                 585                 590         
          Pro Phe Lys Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 57]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<21]]>3> 人工序列]]&gt;
          <br/>
          <br/>&lt;![CDATA[&lt;220&gt;]]&gt;
          <br/>&lt;![CDATA[&lt;221&gt; source]]&gt;
          <br/>&lt;![CDATA[&lt;223&gt; /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]&gt;
          <br/><![CDATA[      
          <![CDATA[<400> 57]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtcc gcttaatggt gccgtccatc tttatgctca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgccg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cggtggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 58]]>
          <![CDATA[<211> 2238]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 58]]>
          cggtgtatgg ctgccgacgg ttatctaccc gattggctcg aggacaacct tagtgaagga       60
          attcgcgagt ggtgggcttt gaaacctgga gcccctcaac ccaaggcaaa tcaacaacat      120
          caagacaacg ctcgaggtct tgtgcttccg ggttacaaat accttggacc cggcaacgga      180
          ctcgacaagg gggagccggt caacgcagca gacgcggcgg ccctcgagca cgacaaggcc      240
          tacgaccagc agctcaaggc cggagacaac ccgtacctca agtacaacca cgccgacgcc      300
          gagttccagg agcggctcaa agaagatacg tcttttgggg gcaacctcgg gcgagcagtc      360
          ttccaggcca aaaagaggct tcttgaacct cttggtctgg ttgaggaagc ggctaagacg      420
          gctcctggaa agaagaggcc tgtagagcag tctcctcagg aaccggactc ctccgcgggt      480
          attggcaaat cgggtgcaca gcccgctaaa aagagactca atttcggtca gactggcgac      540
          acagagtcag tcccagaccc tcaaccaatc ggagaacctc ccgcagcccc ctcaggtgtg      600
          ggatctctta caatggcttc aggtggtggc gcaccagtgg cagacaataa cgaaggtgcc      660
          gatggagtgg gtagttcctc gggaaattgg cattgcgatt cccaatggct gggggacaga      720
          gtcatcacca ccagcacccg aacctgggcc ctgcccacct acaacaatca cctctacaag      780
          caaatctcca acagcacatc tggaggatct tcaaatgaca acgcctactt cggctacagc      840
          accccctggg ggtattttga cttcaacaga ttccactgcc acttctcacc acgtgactgg      900
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          accagcacgg tccaggtctt cacggactca gactatcagc tcccgtacgt gctcgggtcg     1080
          gctcacgagg gctgcctccc gccgttccca gcggacgttt tcatgattcc tcagtacggg     1140
          tatctgacgc ttaatgatgg aagccaggcc gtgggtcgtt cgtcctttta ctgcctggaa     1200
          tatttcccgt cgcaaatgct aagaacgggt aacaacttcc agttcagcta cgagtttgag     1260
          aacgtacctt tccatagcag ctacgctcac agccaaagcc tggaccgact aatgaatcca     1320
          ctcatcgacc aatacttgta ctatctctca aagactatta acggttctgg acagaatcaa     1380
          caaacgctaa aattcagtgt ggccggaccc agcaacatgg ctgtccaggg aagaaactac     1440
          atacctggac ccagctaccg acaacaacgt gtctcaacca ctgtgactca aaacaacaac     1500
          agcgaatttg cttggcctgg agcttcttct tgggctctca atggacgtaa tagcttgatg     1560
          aatcctggac ctgctatggc cagccacaaa gaaggagagg accgtttctt tcctttgtct     1620
          ggatctttaa tttttggcaa acaaggaact ggaagagaca acgtggatgc ggacaaagtc     1680
          atgataacca acgaagaaga aattaaaact actaacccgg tagcaacgga gtcctatgga     1740
          caagtggcca caaaccacca gagtccgctt aatggtgccg tccatcttta tgctcaggcg     1800
          cagaccggct gggttcaaaa ccaaggaata cttccgggta tggtttggca ggacagagat     1860
          gtgtacctgc aaggacccat ttgggccaaa attcctcaca cggacggcaa ctttcaccct     1920
          tctccgctga tgggagggtt tggaatgaag cacccgcctc ctcagatcct catcaaaaac     1980
          acacctgtac ctgccgatcc tccaacggcc ttcaacaagg acaagctgaa ctctttcatc     2040
          acccagtatt ctactggcca agtcagcgtg gagatcgagt gggagctgca gaaggaaaac     2100
          agcaagcggt ggaacccgga gatccagtac acttccaact attacaagtc taataatgtt     2160
          gaatttgctg ttaatactga aggtgtatat agtgaacccc gccccattgg caccagatac     2220
          ctgactcgta atctgtaa                                                   2238
          <![CDATA[<210> 59]]>
          <![CDATA[<211> 2238]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 59]]>
          cggtgtatga gtgccgacgg ttatctaccc gattggctcg aggacaacct tagtgaagga       60
          attcgcgagt ggtgggcttt gaaacctgga gcccctcaac ccaaggcaaa tcaacaacat      120
          caagacaacg ctcgaggtct tgtgcttccg ggttacaaat accttggacc cggcaacgga      180
          ctcgacaagg gggagccggt caacgcagca gacgcggcgg ccctcgagca cgacaaggcc      240
          tacgaccagc agctcaaggc cggagacaac ccgtacctca agtacaacca cgccgacgcc      300
          gagttccagg agcggctcaa agaagatacg tcttttgggg gcaacctcgg gcgagcagtc      360
          ttccaggcca aaaagaggct tcttgaacct cttggtctgg ttgaggaagc ggctaagacg      420
          gctcctggaa agaagaggcc tgtagagcag tctcctcagg aaccggactc ctccgcgggt      480
          attggcaaat cgggtgcaca gcccgctaaa aagagactca atttcggtca gactggcgac      540
          acagagtcag tcccagaccc tcaaccaatc ggagaacctc ccgcagcccc ctcaggtgtg      600
          ggatctctta caatggcttc aggtggtggc gcaccagtgg cagacaataa cgaaggtgcc      660
          gatggagtgg gtagttcctc gggaaattgg cattgcgatt cccaatggct gggggacaga      720
          gtcatcacca ccagcacccg aacctgggcc ctgcccacct acaacaatca cctctacaag      780
          caaatctcca acagcacatc tggaggatct tcaaatgaca acgcctactt cggctacagc      840
          accccctggg ggtattttga cttcaacaga ttccactgcc acttctcacc acgtgactgg      900
          cagcgactca tcaacaacaa ctggggattc cggcctaagc gactcaactt caagctcttc      960
          aacattcagg tcaaagaggt tacggacaac aatggagtca agaccatcgc caataacctt     1020
          accagcacgg tccaggtctt cacggactca gactatcagc tcccgtacgt gctcgggtcg     1080
          gctcacgagg gctgcctccc gccgttccca gcggacgttt tcatgattcc tcagtacggg     1140
          tatctgacgc ttaatgatgg aagccaggcc gtgggtcgtt cgtcctttta ctgcctggaa     1200
          tatttcccgt cgcaaatgct aagaacgggt aacaacttcc agttcagcta cgagtttgag     1260
          aacgtacctt tccatagcag ctacgctcac agccaaagcc tggaccgact aatgaatcca     1320
          ctcatcgacc aatacttgta ctatctctca aagactatta acggttctgg acagaatcaa     1380
          caaacgctaa aattcagtgt ggccggaccc agcaacatgg ctgtccaggg aagaaactac     1440
          atacctggac ccagctaccg acaacaacgt gtctcaacca ctgtgactca aaacaacaac     1500
          agcgaatttg cttggcctgg agcttcttct tgggctctca atggacgtaa tagcttgatg     1560
          aatcctggac ctgctatggc cagccacaaa gaaggagagg accgtttctt tcctttgtct     1620
          ggatctttaa tttttggcaa acaaggaact ggaagagaca acgtggatgc ggacaaagtc     1680
          atgataacca acgaagaaga aattaaaact actaacccgg tagcaacgga gtcctatgga     1740
          caagtggcca caaaccacca gagtccgctt aatggtgccg tccatcttta tgctcaggcg     1800
          cagaccggct gggttcaaaa ccaaggaata cttccgggta tggtttggca ggacagagat     1860
          gtgtacctgc aaggacccat ttgggccaaa attcctcaca cggacggcaa ctttcaccct     1920
          tctccgctga tgggagggtt tggaatgaag cacccgcctc ctcagatcct catcaaaaac     1980
          acacctgtac ctgccgatcc tccaacggcc ttcaacaagg acaagctgaa ctctttcatc     2040
          acccagtatt ctactggcca agtcagcgtg gagatcgagt gggagctgca gaaggaaaac     2100
          agcaagcggt ggaacccgga gatccagtac acttccaact attacaagtc taataatgtt     2160
          gaatttgctg ttaatactga aggtgtatat agtgaacccc gccccattgg caccagatac     2220
          ctgactcgta atctgtaa                                                   2238
          <![CDATA[<210> 60]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 60]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Pro Leu Asn Gly Ala Val 
                      580                 585                 590         
          His Leu Tyr Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 61]]>
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          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 61]]>
          Met Ser Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Pro Leu Asn Gly Ala Val 
                      580                 585                 590         
          His Leu Tyr Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 62]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 62]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtgc acaggctcgt gattctccga agggttggca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgccg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cggtggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 63]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
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          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
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          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
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          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtgc acaggctcgt gattctccga agggttggca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgcgg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cgctggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 64]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 64]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Arg Asp Ser 
                      580                 585                 590         
          Pro Lys Gly Trp Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 65]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序]]>列之描述:合成聚核苷酸」
          <![CDATA[<400> 65]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtgc acaggcttat tctacggatg tgaggatgca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgccg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cggtggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 66]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 66]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Tyr Ser Thr 
                      580                 585                 590         
          Asp Val Arg Met Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 67]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 67]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtgc acagattgtt atgaattcgt tgaaggctca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgccg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cggtggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 68]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 68]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ile Val Met Asn 
                      580                 585                 590         
          Ser Leu Lys Ala Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 69]]>
          <![CDATA[<211> 2232]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷]]>酸」
          <![CDATA[<400> 69]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
          caggtcaaag aggttacgga caacaatgga gtcaagacca tcgccaataa ccttaccagc     1020
          acggtccagg tcttcacgga ctcagactat cagctcccgt acgtgctcgg gtcggctcac     1080
          gagggctgcc tcccgccgtt cccagcggac gttttcatga ttcctcagta cgggtatctg     1140
          acgcttaatg atggaagcca ggccgtgggt cgttcgtcct tttactgcct ggaatatttc     1200
          ccgtcgcaaa tgctaagaac gggtaacaac ttccagttca gctacgagtt tgagaacgta     1260
          cctttccata gcagctacgc tcacagccaa agcctggacc gactaatgaa tccactcatc     1320
          gaccaatact tgtactatct ctcaaagact attaacggtt ctggacagaa tcaacaaacg     1380
          ctaaaattca gtgtggccgg acccagcaac atggctgtcc agggaagaaa ctacatacct     1440
          ggacccagct accgacaaca acgtgtctca accactgtga ctcaaaacaa caacagcgaa     1500
          tttgcttggc ctggagcttc ttcttgggct ctcaatggac gtaatagctt gatgaatcct     1560
          ggacctgcta tggccagcca caaagaagga gaggaccgtt tctttccttt gtctggatct     1620
          ttaatttttg gcaaacaagg aactggaaga gacaacgtgg atgcggacaa agtcatgata     1680
          accaacgaag aagaaattaa aactactaac ccggtagcaa cggagtccta tggacaagtg     1740
          gccacaaacc accagagtgc acaggctcgg gagagtcctc gtgggctgca ggcgcagacc     1800
          ggctgggttc aaaaccaagg aatacttccg ggtatggttt ggcaggacag agatgtgtac     1860
          ctgcaaggac ccatttgggc caaaattcct cacacggacg gcaactttca cccttctccg     1920
          ctgatgggag ggtttggaat gaagcacccg cctcctcaga tcctcatcaa aaacacacct     1980
          gtacctgccg atcctccaac ggccttcaac aaggacaagc tgaactcttt catcacccag     2040
          tattctactg gccaagtcag cgtggagatc gagtgggagc tgcagaagga aaacagcaag     2100
          cggtggaacc cggagatcca gtacacttcc aactattaca agtctaataa tgttgaattt     2160
          gctgttaata ctgaaggtgt atatagtgaa ccccgcccca ttggcaccag atacctgact     2220
          cgtaatctgt aa                                                         2232
          <![CDATA[<210> 70]]>
          <![CDATA[<211> 743]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 70]]>
          Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ala Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Ser Gly Ala Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Thr Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Ile Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Ala Pro Ser Gly Val Gly Ser Leu Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Val Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Ser Ser 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Gln Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Asn Ser Thr Ser Gly Gly Ser Ser Asn Asp Asn 
                      260                 265                 270         
          Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg 
                  275                 280                 285             
          Phe His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Asn Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile 
          305                 310                 315                 320 
          Gln Val Lys Glu Val Thr Asp Asn Asn Gly Val Lys Thr Ile Ala Asn 
                          325                 330                 335     
          Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp Ser Asp Tyr Gln Leu 
                      340                 345                 350         
          Pro Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Glu Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro 
                  355                 360                 365             
          Ala Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asp 
              370                 375                 380                 
          Gly Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe 
          385                 390                 395                 400 
          Pro Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Gln Phe Ser Tyr Glu 
                          405                 410                 415     
          Phe Glu Asn Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu 
                      420                 425                 430         
          Asp Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Ser 
                  435                 440                 445             
          Lys Thr Ile Asn Gly Ser Gly Gln Asn Gln Gln Thr Leu Lys Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Val Ala Gly Pro Ser Asn Met Ala Val Gln Gly Arg Asn Tyr Ile Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Ser Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Thr Thr Val Thr Gln Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Glu Phe Ala Trp Pro Gly Ala Ser Ser Trp Ala Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 
                          565                 570                 575     
          Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Arg Glu Ser 
                      580                 585                 590         
          Pro Arg Gly Leu Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 
                  595                 600                 605             
          Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 
              610                 615                 620                 
          Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 
          625                 630                 635                 640 
          Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 
                          645                 650                 655     
          Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 
                      660                 665                 670         
          Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 
                  675                 680                 685             
          Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 
              690                 695                 700                 
          Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser Asn Asn Val Glu Phe 
          705                 710                 715                 720 
          Ala Val Asn Thr Glu Gly Val Tyr Ser Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr 
                          725                 730                 735     
          Arg Tyr Leu Thr Arg Asn Leu 
                      740             
          <![CDATA[<210> 71]]>
          <![CDATA[<211> 736]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400]]>> 71]]&gt;
          <br/><![CDATA[Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 
          1               5                   10                  15      
          Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Asp Leu Lys Pro Gly Ala Pro Lys Pro 
                      20                  25                  30          
          Lys Ala Asn Gln Gln Lys Gln Asp Asp Gly Arg Gly Leu Val Leu Pro 
                  35                  40                  45              
          Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Phe Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 
              50                  55                  60                  
          Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Arg Tyr Asn His Ala 
                          85                  90                  95      
          Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Gln Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 
                      100                 105                 110         
          Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Val Leu Glu Pro 
                  115                 120                 125             
          Leu Gly Leu Val Glu Glu Gly Ala Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 
              130                 135                 140                 
          Pro Val Glu Gln Ser Pro Gln Glu Pro Asp Ser Ser Ser Gly Ile Gly 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Thr Gly Gln Gln Pro Ala Lys Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 
                          165                 170                 175     
          Gly Asp Ser Glu Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Leu Gly Glu Pro Pro 
                      180                 185                 190         
          Ala Thr Pro Ala Ala Val Gly Pro Thr Thr Met Ala Ser Gly Gly Gly 
                  195                 200                 205             
          Ala Pro Met Ala Asp Asn Asn Glu Gly Ala Asp Gly Val Gly Asn Ala 
              210                 215                 220                 
          Ser Gly Asn Trp His Cys Asp Ser Thr Trp Leu Gly Asp Arg Val Ile 
          225                 230                 235                 240 
          Thr Thr Ser Thr Arg Thr Trp Ala Leu Pro Thr Tyr Asn Asn His Leu 
                          245                 250                 255     
          Tyr Lys Gln Ile Ser Ser Ala Ser Thr Gly Ala Ser Asn Asp Asn His 
                      260                 265                 270         
          Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr Phe Asp Phe Asn Arg Phe 
                  275                 280                 285             
          His Cys His Phe Ser Pro Arg Asp Trp Gln Arg Leu Ile Asn Asn Asn 
              290                 295                 300                 
          Trp Gly Phe Arg Pro Lys Arg Leu Asn Phe Lys Leu Phe Asn Ile Gln 
          305                 310                 315                 320 
          Val Lys Glu Val Thr Thr Asn Asp Gly Val Thr Thr Ile Ala Asn Asn 
                          325                 330                 335     
          Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Ser Asp Ser Glu Tyr Gln Leu Pro 
                      340                 345                 350         
          Tyr Val Leu Gly Ser Ala His Gln Gly Cys Leu Pro Pro Phe Pro Ala 
                  355                 360                 365             
          Asp Val Phe Met Ile Pro Gln Tyr Gly Tyr Leu Thr Leu Asn Asn Gly 
              370                 375                 380                 
          Ser Gln Ala Val Gly Arg Ser Ser Phe Tyr Cys Leu Glu Tyr Phe Pro 
          385                 390                 395                 400 
          Ser Gln Met Leu Arg Thr Gly Asn Asn Phe Thr Phe Ser Tyr Thr Phe 
                          405                 410                 415     
          Glu Glu Val Pro Phe His Ser Ser Tyr Ala His Ser Gln Ser Leu Asp 
                      420                 425                 430         
          Arg Leu Met Asn Pro Leu Ile Asp Gln Tyr Leu Tyr Tyr Leu Asn Arg 
                  435                 440                 445             
          Thr Gln Asn Gln Ser Gly Ser Ala Gln Asn Lys Asp Leu Leu Phe Ser 
              450                 455                 460                 
          Arg Gly Ser Pro Ala Gly Met Ser Val Gln Pro Lys Asn Trp Leu Pro 
          465                 470                 475                 480 
          Gly Pro Cys Tyr Arg Gln Gln Arg Val Ser Lys Thr Lys Thr Asp Asn 
                          485                 490                 495     
          Asn Asn Ser Asn Phe Thr Trp Thr Gly Ala Ser Lys Tyr Asn Leu Asn 
                      500                 505                 510         
          Gly Arg Glu Ser Ile Ile Asn Pro Gly Thr Ala Met Ala Ser His Lys 
                  515                 520                 525             
          Asp Asp Glu Asp Lys Phe Phe Pro Met Ser Gly Val Met Ile Phe Gly 
              530                 535                 540                 
          Lys Glu Ser Ala Gly Ala Ser Asn Thr Ala Leu Asp Asn Val Met Ile 
          545                 550                 555                 560 
          Thr Asp Glu Glu Glu Ile Lys Ala Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Arg 
                          565                 570                 575     
          Phe Gly Thr Val Ala Val Asn Phe Gln Ser Ser Ser Thr Asp Pro Ala 
                      580                 585                 590         
          Thr Gly Asp Val His Ala Met Gly Ala Leu Pro Gly Met Val Trp Gln 
                  595                 600                 605             
          Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp Ala Lys Ile Pro His 
              610                 615                 620                 
          Thr Asp Gly His Phe His Pro Ser Pro Leu Met Gly Gly Phe Gly Leu 
          625                 630                 635                 640 
          Lys Asn Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala 
                          645                 650                 655     
          Asn Pro Pro Ala Glu Phe Ser Ala Thr Lys Phe Ala Ser Phe Ile Thr 
                      660                 665                 670         
          Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln 
                  675                 680                 685             
          Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Val Gln Tyr Thr Ser Asn 
              690                 695                 700                 
          Tyr Ala Lys Ser Ala Asn Val Asp Phe Thr Val Asp Asn Asn Gly Leu 
          705                 710                 715                 720 
          Tyr Thr Glu Pro Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu Thr Arg Pro Leu 
                          725                 730                 735     
          <![CDATA[<210> 72]]>
          <![CDATA[<211> 2211]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 72]]>
          atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca acctctctga gggcattcgc       60
          gagtggtggg acttgaaacc tggagccccg aagcccaaag ccaaccagca aaagcaggac      120
          gacggccggg gtctggtgct tcctggctac aagtacctcg gacccttcaa cggactcgac      180
          aagggggagc ccgtcaacgc ggcggacgca gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aagcgggtga caatccgtac ctgcggtata accacgccga cgccgagttt      300
          caggagcgtc tgcaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaagaagc gggttctcga acctctcggt ctggttgagg aaggcgctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaac gtccggtaga gcagtcgcca caagagccag actcctcctc gggcatcggc      480
          aagacaggcc agcagcccgc taaaaagaga ctcaattttg gtcagactgg cgactcagag      540
          tcagtccccg atccacaacc tctcggagaa cctccagcaa cccccgctgc tgtgggacct      600
          actacaatgg cttcaggcgg tggcgcacca atggcagaca ataacgaagg cgccgacgga      660
          gtgggtaatg cctcaggaaa ttggcattgc gattccacat ggctgggcga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgcacctg ggccttgccc acctacaata accacctcta caagcaaatc      780
          tccagtgctt caacgggggc cagcaacgac aaccactact tcggctacag caccccctgg      840
          gggtattttg atttcaacag attccactgc cacttttcac cacgtgactg gcagcgactc      900
          atcaacaaca attggggatt ccggcccaag agactcaact tcaaactctt caacatccaa      960
          gtcaaggagg tcacgacgaa tgatggcgtc acaaccatcg ctaataacct taccagcacg     1020
          gttcaagtct tctcggactc ggagtaccag cttccgtacg tcctcggctc tgcgcaccag     1080
          ggctgcctcc ctccgttccc ggcggacgtg ttcatgattc cgcaatacgg ctacctgacg     1140
          ctcaacaatg gcagccaagc cgtgggacgt tcatcctttt actgcctgga atatttccct     1200
          tctcagatgc tgagaacggg caacaacttt accttcagct acacctttga ggaagtgcct     1260
          ttccacagca gctacgcgca cagccagagc ctggaccggc tgatgaatcc tctcatcgac     1320
          caatacctgt attacctgaa cagaactcaa aatcagtccg gaagtgccca aaacaaggac     1380
          ttgctgttta gccgtgggtc tccagctggc atgtctgttc agcccaaaaa ctggctacct     1440
          ggaccctgtt atcggcagca gcgcgtttct aaaacaaaaa cagacaacaa caacagcaat     1500
          tttacctgga ctggtgcttc aaaatataac ctcaatgggc gtgaatccat catcaaccct     1560
          ggcactgcta tggcctcaca caaagacgac gaagacaagt tctttcccat gagcggtgtc     1620
          atgatttttg gaaaagagag cgccggagct tcaaacactg cattggacaa tgtcatgatt     1680
          acagacgaag aggaaattaa agccactaac cctgtggcca ccgaaagatt tgggaccgtg     1740
          gcagtcaatt tccagagcag cagcacagac cctgcgaccg gagatgtgca tgctatggga     1800
          gcattacctg gcatggtgtg gcaagataga gacgtgtacc tgcagggtcc catttgggcc     1860
          aaaattcctc acacagatgg acactttcac ccgtctcctc ttatgggcgg ctttggactc     1920
          aagaacccgc ctcctcagat cctcatcaaa aacacgcctg ttcctgcgaa tcctccggcg     1980
          gagttttcag ctacaaagtt tgcttcattc atcacccaat actccacagg acaagtgagt     2040
          gtggaaattg aatgggagct gcagaaagaa aacagcaagc gctggaatcc cgaagtgcag     2100
          tacacatcca attatgcaaa atctgccaac gttgatttta ctgtggacaa caatggactt     2160
          tatactgagc ctcgccccat tggcacccgt taccttaccc gtcccctgta a              2211
          <![CDATA[<210> 73]]>
          <![CDATA[<211> 11]]>
          <![CDATA[<212> RNA]]>
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          uaguguaugu c                                                            11
          <![CDATA[<210> 74]]>
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          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 74]]>
          uaguuuaugu c                                                            11
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          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
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          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
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          uguuuuaugu c                                                            11
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          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
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          uaguuuaugg g                                                            11
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          <![CDATA[<212> RNA]]>
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          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 79]]>
          uguuuuaugg g                                                            11
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          <![CDATA[<211> 11]]>
          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
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          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
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          cgacaugaau guc                                                          13
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          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> RNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之]]>描述:合成寡核苷酸」
          <![CDATA[<400> 117]]>
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          <![CDATA[<210> 118]]>
          <![CDATA[<211> 11]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
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          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
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          <![CDATA[<400> 118]]>
          tagtgtatgt c                                                            11
          <![CDATA[<210> 119]]>
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          <![CDATA[<400> 119]]>
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          tagtttatgg g                                                            11
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          aattatgcat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 155]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 155]]>
          agacatgtat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 156]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 156]]>
          aagaatgtat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> ]]>157
          <![CDATA[<211> 14]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 157]]>
          gaccatgcat ggct                                                         14
          <![CDATA[<210> 158]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 158]]>
          cgcgatggat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 159]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 159]]>
          agcgatggat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 160]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 160]]>
          gatcatgcat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 161]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 161]]>
          cgtaatggat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 162]]>
          <![CDATA[<211> 13]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 162]]>
          aacgatgtat ggc                                                          13
          <![CDATA[<210> 163]]>
          <![CDATA[<211> 11]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 163]]>
          ggcaacacgg c                                                            11
          <![CDATA[<210> 164]]>
          <![CDATA[<211> 504]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 164]]>
          tgaaactaac ttacaagttg gctagtttgt taaaatacgc gctgcgcttg actcgggaat       60
          acaaagaaaa cattattcca cactttgatc acttgactcg attgcgcgat ttaatcgacg      120
          gcttgattaa aagcgaggat gtacaacgtt ttaatcgcac taatcgcaat gatttaattt      180
          cggcttgctt gcaaatcaac gttcggacgt acttgcccaa cgccacgata gatttgcgca      240
          aacaacccaa ctgtatatat tttcgaattt gccaatattg ccacttggag gccgacgtgc      300
          cttcgcccga cgatcattcg gtgtacagat acttgtgcgt cgcgtgcggc acgccgctgg      360
          tcatcgacca cccgctcgac gtgttcggcc acacggagga aggcgtcaac gaactgctcg      420
          aggtgcagcg agtcaacgcg ggcggggagt tgtaggcgtc ataactattt attaaataag      480
          ataatttaaa aaatcgccgt taat                                             504
          <![CDATA[<210> 165]]>
          <![CDATA[<211> 29]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 165]]>
          ataagataat ttaaaaaatc gccgttaat                                         29
          <![CDATA[<210> 166]]>
          <![CDATA[<211> 65]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 166]]>
          gggcggggag ttgtaggcgt cataactatt tattaaataa gataatttaa aaaatcgccg       60
          ttaat                                                                   65
          <![CDATA[<210> 167]]>
          <![CDATA[<211> 92]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成寡核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 167]]>
          atcatggaga taattaaaat gataaccatc tcgcaaataa ataagtattt tactgttttc       60
          gtaacagttt tgtaataaaa aaacctataa at                                     92
          <![CDATA[<210> 168]]>
          <![CDATA[<211> 724]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 168]]>
          Met Ser Phe Val Asp His Pro Pro Asp Trp Leu Glu Glu Val Gly Glu 
          1               5                   10                  15      
          Gly Leu Arg Glu Phe Leu Gly Leu Glu Ala Gly Pro Pro Lys Pro Lys 
                      20                  25                  30          
          Pro Asn Gln Gln His Gln Asp Gln Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro Gly 
                  35                  40                  45              
          Tyr Asn Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Arg Gly Glu Pro Val 
              50                  55                  60                  
          Asn Arg Ala Asp Glu Val Ala Arg Glu His Asp Ile Ser Tyr Asn Glu 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Leu Glu Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala Asp 
                          85                  90                  95      
          Ala Glu Phe Gln Glu Lys Leu Ala Asp Asp Thr Ser Phe Gly Gly Asn 
                      100                 105                 110         
          Leu Gly Lys Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Val Leu Glu Pro Phe 
                  115                 120                 125             
          Gly Leu Val Glu Glu Gly Ala Lys Thr Ala Pro Thr Gly Lys Arg Ile 
              130                 135                 140                 
          Asp Asp His Phe Pro Lys Arg Lys Lys Ala Arg Thr Glu Glu Asp Ser 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Pro Ser Thr Ser Ser Asp Ala Glu Ala Gly Pro Ser Gly Ser Gln 
                          165                 170                 175     
          Gln Leu Gln Ile Pro Ala Gln Pro Ala Ser Ser Leu Gly Ala Asp Thr 
                      180                 185                 190         
          Met Ser Ala Gly Gly Gly Gly Pro Leu Gly Asp Asn Asn Gln Gly Ala 
                  195                 200                 205             
          Asp Gly Val Gly Asn Ala Ser Gly Asp Trp His Cys Asp Ser Thr Trp 
              210                 215                 220                 
          Met Gly Asp Arg Val Val Thr Lys Ser Thr Arg Thr Trp Val Leu Pro 
          225                 230                 235                 240 
          Ser Tyr Asn Asn His Gln Tyr Arg Glu Ile Lys Ser Gly Ser Val Asp 
                          245                 250                 255     
          Gly Ser Asn Ala Asn Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly Tyr 
                      260                 265                 270         
          Phe Asp Phe Asn Arg Phe His Ser His Trp Ser Pro Arg Asp Trp Gln 
                  275                 280                 285             
          Arg Leu Ile Asn Asn Tyr Trp Gly Phe Arg Pro Arg Ser Leu Arg Val 
              290                 295                 300                 
          Lys Ile Phe Asn Ile Gln Val Lys Glu Val Thr Val Gln Asp Ser Thr 
          305                 310                 315                 320 
          Thr Thr Ile Ala Asn Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr Asp 
                          325                 330                 335     
          Asp Asp Tyr Gln Leu Pro Tyr Val Val Gly Asn Gly Thr Glu Gly Cys 
                      340                 345                 350         
          Leu Pro Ala Phe Pro Pro Gln Val Phe Thr Leu Pro Gln Tyr Gly Tyr 
                  355                 360                 365             
          Ala Thr Leu Asn Arg Asp Asn Thr Glu Asn Pro Thr Glu Arg Ser Ser 
              370                 375                 380                 
          Phe Phe Cys Leu Glu Tyr Phe Pro Ser Lys Met Leu Arg Thr Gly Asn 
          385                 390                 395                 400 
          Asn Phe Glu Phe Thr Tyr Asn Phe Glu Glu Val Pro Phe His Ser Ser 
                          405                 410                 415     
          Phe Ala Pro Ser Gln Asn Leu Phe Lys Leu Ala Asn Pro Leu Val Asp 
                      420                 425                 430         
          Gln Tyr Leu Tyr Arg Phe Val Ser Thr Asn Asn Thr Gly Gly Val Gln 
                  435                 440                 445             
          Phe Asn Lys Asn Leu Ala Gly Arg Tyr Ala Asn Thr Tyr Lys Asn Trp 
              450                 455                 460                 
          Phe Pro Gly Pro Met Gly Arg Thr Gln Gly Trp Asn Leu Gly Ser Gly 
          465                 470                 475                 480 
          Val Asn Arg Ala Ser Val Ser Ala Phe Ala Thr Thr Asn Arg Met Glu 
                          485                 490                 495     
          Leu Glu Gly Ala Ser Tyr Gln Val Pro Pro Gln Pro Asn Gly Met Thr 
                      500                 505                 510         
          Asn Asn Leu Gln Gly Ser Asn Thr Tyr Ala Leu Glu Asn Thr Met Ile 
                  515                 520                 525             
          Phe Asn Ser Gln Pro Ala Asn Pro Gly Thr Thr Ala Thr Tyr Leu Glu 
              530                 535                 540                 
          Gly Asn Met Leu Ile Thr Ser Glu Ser Glu Thr Gln Pro Val Asn Arg 
          545                 550                 555                 560 
          Val Ala Tyr Asn Val Gly Gly Gln Met Ala Thr Asn Asn Gln Ser Ser 
                          565                 570                 575     
          Thr Thr Ala Pro Ala Thr Gly Thr Tyr Asn Leu Gln Glu Ile Val Pro 
                      580                 585                 590         
          Gly Ser Val Trp Met Glu Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile Trp 
                  595                 600                 605             
          Ala Lys Ile Pro Glu Thr Gly Ala His Phe His Pro Ser Pro Ala Met 
              610                 615                 620                 
          Gly Gly Phe Gly Leu Lys His Pro Pro Pro Met Met Leu Ile Lys Asn 
          625                 630                 635                 640 
          Thr Pro Val Pro Gly Asn Ile Thr Ser Phe Ser Asp Val Pro Val Ser 
                          645                 650                 655     
          Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Thr Val Glu Met Glu 
                      660                 665                 670         
          Trp Glu Leu Lys Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile Gln 
                  675                 680                 685             
          Tyr Thr Asn Asn Tyr Asn Asp Pro Gln Phe Val Asp Phe Ala Pro Asp 
              690                 695                 700                 
          Ser Thr Gly Glu Tyr Arg Thr Thr Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr Leu 
          705                 710                 715                 720 
          Thr Arg Pro Leu 
          <![CDATA[<210> 169]]>
          <![CDATA[<211> 2175]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 169]]>
          atgtcttttg ttgatcaccc tccagattgg ttggaagaag ttggtgaagg tcttcgcgag       60
          tttttgggcc ttgaagcggg cccaccgaaa ccaaaaccca atcagcagca tcaagatcaa      120
          gcccgtggtc ttgtgctgcc tggttataac tatctcggac ccggaaacgg tctcgatcga      180
          ggagagcctg tcaacagggc agacgaggtc gcgcgagagc acgacatctc gtacaacgag      240
          cagcttgagg cgggagacaa cccctacctc aagtacaacc acgcggacgc cgagtttcag      300
          gagaagctcg ccgacgacac atccttcggg ggaaacctcg gaaaggcagt ctttcaggcc      360
          aagaaaaggg ttctcgaacc ttttggcctg gttgaagagg gtgctaagac ggcccctacc      420
          ggaaagcgga tagacgacca ctttccaaaa agaaagaagg ctcggaccga agaggactcc      480
          aagccttcca cctcgtcaga cgccgaagct ggacccagcg gatcccagca gctgcaaatc      540
          ccagcccaac cagcctcaag tttgggagct gatacaatgt ctgcgggagg tggcggccca      600
          ttgggcgaca ataaccaagg tgccgatgga gtgggcaatg cctcgggaga ttggcattgc      660
          gattccacgt ggatggggga cagagtcgtc accaagtcca cccgaacctg ggtgctgccc      720
          agctacaaca accaccagta ccgagagatc aaaagcggct ccgtcgacgg aagcaacgcc      780
          aacgcctact ttggatacag caccccctgg gggtactttg actttaaccg cttccacagc      840
          cactggagcc cccgagactg gcaaagactc atcaacaact actggggctt cagaccccgg      900
          tccctcagag tcaaaatctt caacattcaa gtcaaagagg tcacggtgca ggactccacc      960
          accaccatcg ccaacaacct cacctccacc gtccaagtgt ttacggacga cgactaccag     1020
          ctgccctacg tcgtcggcaa cgggaccgag ggatgcctgc cggccttccc tccgcaggtc     1080
          tttacgctgc cgcagtacgg ttacgcgacg ctgaaccgcg acaacacaga aaatcccacc     1140
          gagaggagca gcttcttctg cctagagtac tttcccagca agatgctgag aacgggcaac     1200
          aactttgagt ttacctacaa ctttgaggag gtgcccttcc actccagctt cgctcccagt     1260
          cagaacctgt tcaagctggc caacccgctg gtggaccagt acttgtaccg cttcgtgagc     1320
          acaaataaca ctggcggagt ccagttcaac aagaacctgg ccgggagata cgccaacacc     1380
          tacaaaaact ggttcccggg gcccatgggc cgaacccagg gctggaacct gggctccggg     1440
          gtcaaccgcg ccagtgtcag cgccttcgcc acgaccaata ggatggagct cgagggcgcg     1500
          agttaccagg tgcccccgca gccgaacggc atgaccaaca acctccaggg cagcaacacc     1560
          tatgccctgg agaacactat gatcttcaac agccagccgg cgaacccggg caccaccgcc     1620
          acgtacctcg agggcaacat gctcatcacc agcgagagcg agacgcagcc ggtgaaccgc     1680
          gtggcgtaca acgtcggcgg gcagatggcc accaacaacc agagctctac tactgccccc     1740
          gcgaccggca cgtacaacct ccaggaaatc gtgcccggca gcgtgtggat ggagagggac     1800
          gtgtacctcc aaggacccat ctgggccaag atcccagaga cgggggcgca ctttcacccc     1860
          tctccggcca tgggcggatt cggactcaaa cacccaccgc ccatgatgct catcaagaac     1920
          acgcctgtgc ccggaaatat caccagcttc tcggacgtgc ccgtcagcag cttcatcacc     1980
          cagtacagca ccgggcaggt caccgtggag atggagtggg agctcaagaa ggaaaactcc     2040
          aagaggtgga acccagagat ccagtacaca aacaactaca acgaccccca gtttgtggac     2100
          tttgccccgg acagcaccgg ggaatacaga accaccagac ctatcggaac ccgatacctt     2160
          acccgacccc tttaa                                                      2175
          <![CDATA[<210> 170]]>
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          <![CDATA[<400> 188]]>
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          <![CDATA[<400> 192]]>
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          <![CDATA[<210> 195]]>
          <![CDATA[<400> 195]]>
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          <![CDATA[<400> 196]]>
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          <![CDATA[<400> 197]]>
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          <![CDATA[<400> 198]]>
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          <![CDATA[<400> 199]]>
          000
          <![CDATA[<210> 200]]>
          <![CDATA[<211> 101]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 200]]>
          gacctttaat tcaacccaac acaatatatt atagttaaat aagaattatt atcaaatcat       60
          ttgtatatta attaaaatac tatactgtaa attacatttt a                          101
          <![CDATA[<210> 201]]>
          <![CDATA[<211> 1866]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 201]]>
          atggcggggt tttacgagat tgtgattaag gtccccagcg accttgacga gcatctgccc       60
          ggcatttctg acagctttgt gaactgggtg gccgagaagg agtgggagtt gccgccagat      120
          tctgacttgg atctgaatct gattgagcag gcacccctga ccgtggccga gaagctgcag      180
          cgcgactttc tgacggagtg gcgccgtgtg agtaaggccc cggaggccct tttctttgtg      240
          caatttgaga agggagagag ctacttccac ttacacgtgc tcgtggaaac caccggggtg      300
          aaatccttag ttttgggacg tttcctgagt cagattcgcg aaaaactgat tcagagaatt      360
          taccgcggga tcgagccgac tttgccaaac tggttcgcgg tcacaaagac cagaaacggc      420
          gccggaggcg ggaacaaggt ggtggacgag tgctacatcc ccaattactt gctccccaaa      480
          acccagcctg agctccagtg ggcgtggact aatttagaac agtatttaag cgcctgtttg      540
          aatctcacgg agcgtaaacg gttggtggcg cagcatctga cgcacgtgtc gcagacgcag      600
          gagcagaaca aagagaatca gaatcccaat tctgacgcgc cggtgatcag atcaaaaact      660
          tcagccagat acatggagct ggtcgggtgg ctcgtggaca aggggattac ctcggagaag      720
          cagtggatcc aggaggacca ggcctcatac atctccttca atgcggcctc caactcgcgg      780
          tcccaaatca aggctgcctt ggacaatgcg ggaaagatta tgagcctgac taaaaccgcc      840
          cccgactacc tggtgggcca gcagcccgtg gaggacattt ccagcaatcg gatttataaa      900
          attttggaac taaacgggta cgatccccaa tatgcggctt ccgtctttct gggatgggcc      960
          acgaaaaagt tcggcaagag gaacaccatc tggctgtttg ggcctgcaac taccgggaag     1020
          accaacatcg cggaggccat agcccacact gtgcccttct acgggtgcgt aaactggacc     1080
          aatgagaact ttcccttcaa cgactgtgtc gacaagatgg tgatctggtg ggaggagggg     1140
          aagatgaccg ccaaggtcgt ggagtcggcc aaagccattc tcggaggaag caaggtgcgc     1200
          gtggaccaga aatgcaagtc ctcggcccag atagacccga ctcccgtgat cgtcacctcc     1260
          aacaccaaca tgtgcgccgt gattgacggg aactcaacga ccttcgaaca ccagcagccg     1320
          ttgcaagacc ggatgttcaa atttgaactc acccgccgtc tggatcatga ctttgggaag     1380
          gtcaccaagc aggaagtcaa agactttttc cggtgggcaa aggatcacgt ggttgaggtg     1440
          gagcatgaat tctacgtcaa aaagggtgga gccaagaaaa gacccgcccc cagtgacgca     1500
          gatataagtg agcccaaacg ggtgcgcgag tcagttgcgc agccatcgac gtcagacgcg     1560
          gaagcttcga tcaactacgc agacaggtac caaaacaaat gttctcgtca cgtgggcatg     1620
          aatctgatgc tgtttccctg cagacaatgc gagagaatga atcagaattc aaatatctgc     1680
          ttcactcacg gacagaaaga ctgtttagag tgctttcccg tgtcagaatc tcaacccgtt     1740
          tctgtcgtca aaaaggcgta tcagaaactg tgctacattc atcatatcat gggaaaggtg     1800
          ccagacgctt gcactgcctg cgatctggtc aatgtggatt tggatgactg catctttgaa     1860
          caataa                                                                1866
          <![CDATA[<210> 202]]>
          <![CDATA[<211> 621]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 202]]>
          Met Ala Gly Phe Tyr Glu Ile Val Ile Lys Val Pro Ser Asp Leu Asp 
          1               5                   10                  15      
          Glu His Leu Pro Gly Ile Ser Asp Ser Phe Val Asn Trp Val Ala Glu 
                      20                  25                  30          
          Lys Glu Trp Glu Leu Pro Pro Asp Ser Asp Leu Asp Leu Asn Leu Ile 
                  35                  40                  45              
          Glu Gln Ala Pro Leu Thr Val Ala Glu Lys Leu Gln Arg Asp Phe Leu 
              50                  55                  60                  
          Thr Glu Trp Arg Arg Val Ser Lys Ala Pro Glu Ala Leu Phe Phe Val 
          65                  70                  75                  80  
          Gln Phe Glu Lys Gly Glu Ser Tyr Phe His Leu His Val Leu Val Glu 
                          85                  90                  95      
          Thr Thr Gly Val Lys Ser Leu Val Leu Gly Arg Phe Leu Ser Gln Ile 
                      100                 105                 110         
          Arg Glu Lys Leu Ile Gln Arg Ile Tyr Arg Gly Ile Glu Pro Thr Leu 
                  115                 120                 125             
          Pro Asn Trp Phe Ala Val Thr Lys Thr Arg Asn Gly Ala Gly Gly Gly 
              130                 135                 140                 
          Asn Lys Val Val Asp Glu Cys Tyr Ile Pro Asn Tyr Leu Leu Pro Lys 
          145                 150                 155                 160 
          Thr Gln Pro Glu Leu Gln Trp Ala Trp Thr Asn Leu Glu Gln Tyr Leu 
                          165                 170                 175     
          Ser Ala Cys Leu Asn Leu Thr Glu Arg Lys Arg Leu Val Ala Gln His 
                      180                 185                 190         
          Leu Thr His Val Ser Gln Thr Gln Glu Gln Asn Lys Glu Asn Gln Asn 
                  195                 200                 205             
          Pro Asn Ser Asp Ala Pro Val Ile Arg Ser Lys Thr Ser Ala Arg Tyr 
              210                 215                 220                 
          Met Glu Leu Val Gly Trp Leu Val Asp Lys Gly Ile Thr Ser Glu Lys 
          225                 230                 235                 240 
          Gln Trp Ile Gln Glu Asp Gln Ala Ser Tyr Ile Ser Phe Asn Ala Ala 
                          245                 250                 255     
          Ser Asn Ser Arg Ser Gln Ile Lys Ala Ala Leu Asp Asn Ala Gly Lys 
                      260                 265                 270         
          Ile Met Ser Leu Thr Lys Thr Ala Pro Asp Tyr Leu Val Gly Gln Gln 
                  275                 280                 285             
          Pro Val Glu Asp Ile Ser Ser Asn Arg Ile Tyr Lys Ile Leu Glu Leu 
              290                 295                 300                 
          Asn Gly Tyr Asp Pro Gln Tyr Ala Ala Ser Val Phe Leu Gly Trp Ala 
          305                 310                 315                 320 
          Thr Lys Lys Phe Gly Lys Arg Asn Thr Ile Trp Leu Phe Gly Pro Ala 
                          325                 330                 335     
          Thr Thr Gly Lys Thr Asn Ile Ala Glu Ala Ile Ala His Thr Val Pro 
                      340                 345                 350         
          Phe Tyr Gly Cys Val Asn Trp Thr Asn Glu Asn Phe Pro Phe Asn Asp 
                  355                 360                 365             
          Cys Val Asp Lys Met Val Ile Trp Trp Glu Glu Gly Lys Met Thr Ala 
              370                 375                 380                 
          Lys Val Val Glu Ser Ala Lys Ala Ile Leu Gly Gly Ser Lys Val Arg 
          385                 390                 395                 400 
          Val Asp Gln Lys Cys Lys Ser Ser Ala Gln Ile Asp Pro Thr Pro Val 
                          405                 410                 415     
          Ile Val Thr Ser Asn Thr Asn Met Cys Ala Val Ile Asp Gly Asn Ser 
                      420                 425                 430         
          Thr Thr Phe Glu His Gln Gln Pro Leu Gln Asp Arg Met Phe Lys Phe 
                  435                 440                 445             
          Glu Leu Thr Arg Arg Leu Asp His Asp Phe Gly Lys Val Thr Lys Gln 
              450                 455                 460                 
          Glu Val Lys Asp Phe Phe Arg Trp Ala Lys Asp His Val Val Glu Val 
          465                 470                 475                 480 
          Glu His Glu Phe Tyr Val Lys Lys Gly Gly Ala Lys Lys Arg Pro Ala 
                          485                 490                 495     
          Pro Ser Asp Ala Asp Ile Ser Glu Pro Lys Arg Val Arg Glu Ser Val 
                      500                 505                 510         
          Ala Gln Pro Ser Thr Ser Asp Ala Glu Ala Ser Ile Asn Tyr Ala Asp 
                  515                 520                 525             
          Arg Tyr Gln Asn Lys Cys Ser Arg His Val Gly Met Asn Leu Met Leu 
              530                 535                 540                 
          Phe Pro Cys Arg Gln Cys Glu Arg Met Asn Gln Asn Ser Asn Ile Cys 
          545                 550                 555                 560 
          Phe Thr His Gly Gln Lys Asp Cys Leu Glu Cys Phe Pro Val Ser Glu 
                          565                 570                 575     
          Ser Gln Pro Val Ser Val Val Lys Lys Ala Tyr Gln Lys Leu Cys Tyr 
                      580                 585                 590         
          Ile His His Ile Met Gly Lys Val Pro Asp Ala Cys Thr Ala Cys Asp 
                  595                 600                 605             
          Leu Val Asn Val Asp Leu Asp Asp Cys Ile Phe Glu Gln 
              610                 615                 620     
          <![CDATA[<210> 203]]>
          <![CDATA[<211> 1194]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 203]]>
          atggagctgg tcgggtggct cgtggacaag gggattacct cggagaagca gtggatccag       60
          gaggaccagg cctcatacat ctccttcaat gcggcctcca actcgcggtc ccaaatcaag      120
          gctgccttgg acaatgcggg aaagattatg agcctgacta aaaccgcccc cgactacctg      180
          gtgggccagc agcccgtgga ggacatttcc agcaatcgga tttataaaat tttggaacta      240
          aacgggtacg atccccaata tgcggcttcc gtctttctgg gatgggccac gaaaaagttc      300
          ggcaagagga acaccatctg gctgtttggg cctgcaacta ccgggaagac caacatcgcg      360
          gaggccatag cccacactgt gcccttctac gggtgcgtaa actggaccaa tgagaacttt      420
          cccttcaacg actgtgtcga caagatggtg atctggtggg aggaggggaa gatgaccgcc      480
          aaggtcgtgg agtcggccaa agccattctc ggaggaagca aggtgcgcgt ggaccagaaa      540
          tgcaagtcct cggcccagat agacccgact cccgtgatcg tcacctccaa caccaacatg      600
          tgcgccgtga ttgacgggaa ctcaacgacc ttcgaacacc agcagccgtt gcaagaccgg      660
          atgttcaaat ttgaactcac ccgccgtctg gatcatgact ttgggaaggt caccaagcag      720
          gaagtcaaag actttttccg gtgggcaaag gatcacgtgg ttgaggtgga gcatgaattc      780
          tacgtcaaaa agggtggagc caagaaaaga cccgccccca gtgacgcaga tataagtgag      840
          cccaaacggg tgcgcgagtc agttgcgcag ccatcgacgt cagacgcgga agcttcgatc      900
          aactacgcag acaggtacca aaacaaatgt tctcgtcacg tgggcatgaa tctgatgctg      960
          tttccctgca gacaatgcga gagaatgaat cagaattcaa atatctgctt cactcacgga     1020
          cagaaagact gtttagagtg ctttcccgtg tcagaatctc aacccgtttc tgtcgtcaaa     1080
          aaggcgtatc agaaactgtg ctacattcat catatcatgg gaaaggtgcc agacgcttgc     1140
          actgcctgcg atctggtcaa tgtggatttg gatgactgca tctttgaaca ataa           1194
          <![CDATA[<210> 204]]>
          <![CDATA[<211> 397]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> ]]>204
          Met Glu Leu Val Gly Trp Leu Val Asp Lys Gly Ile Thr Ser Glu Lys 
          1               5                   10                  15      
          Gln Trp Ile Gln Glu Asp Gln Ala Ser Tyr Ile Ser Phe Asn Ala Ala 
                      20                  25                  30          
          Ser Asn Ser Arg Ser Gln Ile Lys Ala Ala Leu Asp Asn Ala Gly Lys 
                  35                  40                  45              
          Ile Met Ser Leu Thr Lys Thr Ala Pro Asp Tyr Leu Val Gly Gln Gln 
              50                  55                  60                  
          Pro Val Glu Asp Ile Ser Ser Asn Arg Ile Tyr Lys Ile Leu Glu Leu 
          65                  70                  75                  80  
          Asn Gly Tyr Asp Pro Gln Tyr Ala Ala Ser Val Phe Leu Gly Trp Ala 
                          85                  90                  95      
          Thr Lys Lys Phe Gly Lys Arg Asn Thr Ile Trp Leu Phe Gly Pro Ala 
                      100                 105                 110         
          Thr Thr Gly Lys Thr Asn Ile Ala Glu Ala Ile Ala His Thr Val Pro 
                  115                 120                 125             
          Phe Tyr Gly Cys Val Asn Trp Thr Asn Glu Asn Phe Pro Phe Asn Asp 
              130                 135                 140                 
          Cys Val Asp Lys Met Val Ile Trp Trp Glu Glu Gly Lys Met Thr Ala 
          145                 150                 155                 160 
          Lys Val Val Glu Ser Ala Lys Ala Ile Leu Gly Gly Ser Lys Val Arg 
                          165                 170                 175     
          Val Asp Gln Lys Cys Lys Ser Ser Ala Gln Ile Asp Pro Thr Pro Val 
                      180                 185                 190         
          Ile Val Thr Ser Asn Thr Asn Met Cys Ala Val Ile Asp Gly Asn Ser 
                  195                 200                 205             
          Thr Thr Phe Glu His Gln Gln Pro Leu Gln Asp Arg Met Phe Lys Phe 
              210                 215                 220                 
          Glu Leu Thr Arg Arg Leu Asp His Asp Phe Gly Lys Val Thr Lys Gln 
          225                 230                 235                 240 
          Glu Val Lys Asp Phe Phe Arg Trp Ala Lys Asp His Val Val Glu Val 
                          245                 250                 255     
          Glu His Glu Phe Tyr Val Lys Lys Gly Gly Ala Lys Lys Arg Pro Ala 
                      260                 265                 270         
          Pro Ser Asp Ala Asp Ile Ser Glu Pro Lys Arg Val Arg Glu Ser Val 
                  275                 280                 285             
          Ala Gln Pro Ser Thr Ser Asp Ala Glu Ala Ser Ile Asn Tyr Ala Asp 
              290                 295                 300                 
          Arg Tyr Gln Asn Lys Cys Ser Arg His Val Gly Met Asn Leu Met Leu 
          305                 310                 315                 320 
          Phe Pro Cys Arg Gln Cys Glu Arg Met Asn Gln Asn Ser Asn Ile Cys 
                          325                 330                 335     
          Phe Thr His Gly Gln Lys Asp Cys Leu Glu Cys Phe Pro Val Ser Glu 
                      340                 345                 350         
          Ser Gln Pro Val Ser Val Val Lys Lys Ala Tyr Gln Lys Leu Cys Tyr 
                  355                 360                 365             
          Ile His His Ile Met Gly Lys Val Pro Asp Ala Cys Thr Ala Cys Asp 
              370                 375                 380                 
          Leu Val Asn Val Asp Leu Asp Asp Cys Ile Phe Glu Gln 
          385                 390                 395         
          <![CDATA[<210> 205]]>
          <![CDATA[<211> 2211]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 205]]>
          acggctgccg acggttatct acccgattgg ctcgaggaca accttagtga aggaattcgc       60
          gagtggtggg ctttgaaacc tggagcccct caacccaagg caaatcaaca acatcaagac      120
          aacgctcgag gtcttgtgct tccgggttac aaataccttg gacccggcaa cggactcgac      180
          aagggggagc cggtcaacgc agcagacgcg gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac      240
          cagcagctca aggccggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgccgagttc      300
          caggagcggc tcaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgagc agtcttccag      360
          gccaaaaaga ggcttcttga acctcttggt ctggttgagg aagcggctaa gacggctcct      420
          ggaaagaaga ggcctgtaga gcagtctcct caggaaccgg actcctccgc gggtattggc      480
          aaatcgggtg cacagcccgc taaaaagaga ctcaatttcg gtcagactgg cgacacagag      540
          tcagtcccag accctcaacc aatcggagaa cctcccgcag ccccctcagg tgtgggatct      600
          cttacaatgg cttcaggtgg tggcgcacca gtggcagaca ataacgaagg tgccgatgga      660
          gtgggtagtt cctcgggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctggggga cagagtcatc      720
          accaccagca cccgaacctg ggccctgccc acctacaaca atcacctcta caagcaaatc      780
          tccaacagca catctggagg atcttcaaat gacaacgcct acttcggcta cagcaccccc      840
          tgggggtatt ttgacttcaa cagattccac tgccacttct caccacgtga ctggcagcga      900
          ctcatcaaca acaactgggg attccggcct aagcgactca acttcaagct cttcaacatt      960
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          tttacgctgc cgcagtacgg ttacgcgacg ctgaaccgcg acaacacaga aaatcccacc     1140
          gagaggagca gcttcttctg cctagagtac tttcccagca agatgctgag aacgggcaac     1200
          aactttgagt ttacctacaa ctttgaggag gtgcccttcc actccagctt cgctcccagt     1260
          cagaacctct tcaagctggc caacccgctg gtggaccagt acttgtaccg cttcgtgagc     1320
          acaaataaca ctggcggagt ccagttcaac aagaacctgg ccgggagata cgccaacacc     1380
          tacaaaaact ggttcccggg gcccatgggc cgaacccagg gctggaacct gggctccggg     1440
          gtcaaccgcg ccagtgtcag cgccttcgcc acgaccaata ggatggagct cgagggcgcg     1500
          agttaccagg tgcccccgca gccgaacggc atgaccaaca acctccaggg cagcaacacc     1560
          tatgccctgg agaacactat gatcttcaac agccagccgg cgaacccggg caccaccgcc     1620
          acgtacctcg agggcaacat gctcatcacc agcgagagcg agacgcagcc ggtgaaccgc     1680
          gtggcgtaca acgtcggcgg gcagatggcc accaacaacc agagctccac cactgccccc     1740
          gcgaccggca cgtacaacct ccaggaaatc gtgcccggca gcgtgtggat ggagagggac     1800
          gtgtacctcc aaggacccat ctgggccaag atcccagaga cgggggcgca ctttcacccc     1860
          tctccggcca tgggcggatt cggactcaaa cacccaccgc ccatgatgct catcaagaac     1920
          acgcctgtgc ccggaaatat caccagcttc tcggacgtgc ccgtcagcag cttcatcacc     1980
          cagtacagca ccgggcaggt caccgtggag atggagtggg agctcaagaa ggaaaactcc     2040
          aagaggtgga acccagagat ccagtacaca aacaactaca acgaccccca gtttgtggac     2100
          tttgccccgg acagcaccgg ggaatacaga accaccagac ctatcggaac ccgatacctt     2160
          acccgacccc tttaa                                                      2175
          <![CDATA[<210> 214]]>
          <![CDATA[<400> 214]]>
          000
          <![CDATA[<210> 215]]>
          <![CDATA[<400> 215]]>
          000
          <![CDATA[<210> 216]]>
          <![CDATA[<400> 216]]>
          000
          <![CDATA[<210> 217]]>
          <![CDATA[<211> 166]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 217]]>
          aaattatcgc aagataaggc gcacgttgat tgggtcaccc gagtgtacgt tgataaagtc       60
          acgtgggcac ccaacgcgtt gataagcatc ggtatataag ggcctacagt gttctggtaa      120
          atcagttgca ctgtgctctt cacaggaaca ctacaagacc tacaag                     166
          <![CDATA[<210> 218]]>
          <![CDATA[<211> 204]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成多肽」]]>
          <![CDATA[<400> 218]]>
          Met Glu Thr Gln Thr Gln Tyr Leu Thr Pro Ser Leu Ser Asp Ser His 
          1               5                   10                  15      
          Gln Gln Pro Pro Leu Val Trp Glu Leu Ile Arg Trp Leu Gln Ala Val 
                      20                  25                  30          
          Ala His Gln Trp Gln Thr Ile Thr Arg Ala Pro Thr Glu Trp Val Ile 
                  35                  40                  45              
          Pro Arg Glu Ile Gly Ile Ala Ile Pro His Gly Trp Ala Thr Glu Ser 
              50                  55                  60                  
          Ser Pro Pro Ala Pro Glu Pro Gly Pro Cys Pro Pro Thr Thr Thr Thr 
          65                  70                  75                  80  
          Ser Thr Asn Lys Phe Pro Ala Asn Gln Glu Pro Arg Thr Thr Ile Thr 
                          85                  90                  95      
          Thr Leu Ala Thr Ala Pro Leu Gly Gly Ile Leu Thr Ser Thr Asp Ser 
                      100                 105                 110         
          Thr Ala Thr Phe His His Val Thr Gly Lys Asp Ser Ser Thr Thr Thr 
                  115                 120                 125             
          Gly Asp Ser Asp Pro Arg Asp Ser Thr Ser Ser Ser Leu Thr Phe Lys 
              130                 135                 140                 
          Ser Lys Arg Ser Arg Arg Met Thr Val Arg Arg Arg Leu Pro Ile Thr 
          145                 150                 155                 160 
          Leu Pro Ala Arg Phe Arg Cys Leu Leu Thr Arg Ser Thr Ser Ser Arg 
                          165                 170                 175     
          Thr Ser Ser Ala Arg Arg Ile Lys Asp Ala Ser Arg Arg Ser Gln Gln 
                      180                 185                 190         
          Thr Ser Ser Trp Cys His Ser Met Asp Thr Ser Pro 
                  195                 200                 
          <![CDATA[<210> 219]]>
          <![CDATA[<211> 648]]>
          <![CDATA[<212> DNA]]>
          <![CDATA[<213> 人工序列]]>
          <![CDATA[<220>]]>
          <![CDATA[<221> source]]>
          <![CDATA[<223> /註=「人工序列之描述:合成聚核苷酸」]]>
          <![CDATA[<400> 219]]>
          atggagacac agacgcagta cctgacgcca tcattgtctg atagccatca gcagcctccg       60
          cttgtatggg aacttatacg ttggctccag gccgtcgccc atcaatggca gacgatcact      120
          agggctccta ccgaatgggt aatccccaga gagattggta tcgccatccc ccatggctgg      180
          gctaccgaat catctcctcc cgcccctgag ccaggtcctt gtcctccgac aactacaact      240
          tcgacgaata aattcccggc taaccaagag ccacgtacta ccatcacaac tttggcaaca      300
          gctccactgg gtggaatact cacaagcaca gactcgactg ctacgttcca ccatgtgaca      360
          ggtaaggata gtagtacaac gaccggcgac tctgatccaa gggactctac gtcatcgtct      420
          ttgactttta agtcgaaaag aagccgtcgt atgactgttc gtcgcaggct tcccattacc      480
          cttcccgcta ggttcagatg cctccttaca cgcagtacca gttccagaac ttcatcggct      540
          aggagaataa aggatgcttc tagacgcagc caacaaacta gttcatggtg ccattccatg      600
          gacactagcc caagcggaga ctataaggat gatgacgaca agtaataa                   648
          
Figure 12_A0101_SEQ_0001
Figure 12_A0101_SEQ_0002
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Claims (78)

  1. 一種AAV表現構築體,其包含: (i)至少兩個Rep編碼區,其各自包含編碼Rep蛋白之核苷酸序列,該Rep蛋白獨立地選自Rep52、Rep40、Rep68或Rep78蛋白,例如Rep52蛋白及Rep78蛋白;及 (ii) VP編碼區,其包含編碼至少一種、兩種或三種VP蛋白之核苷酸序列,該等VP蛋白選自VP1蛋白、VP2蛋白、VP3蛋白或其組合, 其中該等至少兩個Rep編碼區各自包含不同核苷酸序列且存在於不同位置中; 其中該AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體,例如變異型桿狀病毒基因體之至少一部分,該變異型桿狀病毒基因體包含至少兩個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該等至少兩個非必需基因獨立地選自egt、p74 (PIF0)、p26、SOD、ChiA、v-cath、p10、多角體蛋白、ctx、odv-e56、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94; 視情況其中該AAV表現構築體在昆蟲細胞中穩定維持至少5-10代,例如至少5、6、7、8、9或10代。
  2. 如請求項1之AAV表現構築體,其中該變異型桿狀病毒基因體包含來自桿狀病毒基因體之核苷酸序列或其部分,該桿狀病毒基因體選自加洲苜蓿夜蛾( Autographa californica)多核型多角體病毒(AcMNPV) (例如AcMNPV病毒株E2、C6或HR3)、家蠶 (Bombyx mori)核型多角體病毒(BmNPV)、黎豆夜蛾( Anticarsia gemmatalis)核型多角體病毒(AgMNPV)、花旗松毒蛾( Orgyia pseudotsugata)核型多角體病毒(OpMNPV)或弧金翅夜蛾( Thysanoplusia orichalcea)核型多角體病毒(ThorMNPV)。
  3. 如請求項1或2之AAV表現構築體,其中該變異型桿狀病毒基因體包含來自該AcMNPV (例如AcMNPV E2)桿狀病毒基因體之核苷酸序列或其部分。
  4. 如請求項1至3中任一項之AAV表現構築體,其中該破壞引起該非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)或該非必需基因之調節區(例如在非必需基因相鄰處進行啟動子修飾或插入異源DNA)失活。
  5. 如請求項1至4中任一項之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因之該破壞包含插入、缺失、取代或突變(例如框移突變)。
  6. 如請求項1至4中任一項之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因中之一者或兩者之該破壞存在於該非必需基因之該調節區中(例如,在非必需基因相鄰處進行啟動子修飾或插入異源DNA)。
  7. 如請求項1至6中任一項之AAV表現構築體,其中該變異型桿狀病毒基因體包含至少三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或十個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該至少三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或十個非必需基因獨立地選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。
  8. 如請求項1至7中任一項之AAV表現構築體,其中該等至少兩個非必需基因包含: (i) v-cath及egt; (ii) v-cath、egt及SOD; (iii) chiA、v-cath、egt、p26、p10及p74; (iv) chiA、v-cath、egt、p26、p10、p74及SOD;或 (v) chiA、v-cath、egt、p26、p10、p74、SOD、AcORF-91及AcORF-108。
  9. 如請求項1至8中任一項之AAV表現構築體,其中該破壞包含chiA基因、v-cath基因、p26基因、p10基因及/或p74基因或其部分之缺失。
  10. 如請求項1至9中任一項之AAV表現構築體,其中該等至少兩個Rep編碼區包含第一Rep編碼區及第二Rep編碼區。
  11. 如請求項10之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第一開放閱讀框架(ORF)及編碼Rep78蛋白之核苷酸序列,且該第二Rep編碼區包含有包含起始密碼子之第二ORF及編碼Rep52蛋白之核苷酸序列。
  12. 如請求項10或11之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或兩者包含ATG起始密碼子(例如典型起始密碼子)。
  13. 如請求項10或11之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區、該第二Rep編碼區或兩者包含ACG起始密碼子、CTG起始密碼子、TTG起始密碼子或GTG起始密碼子(例如非典型起始密碼子)。
  14. 如請求項10至13中任一項之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白之核苷酸序列。
  15. 如請求項10至14中任一項之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。
  16. 如請求項10至15中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;及 (ii)該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。
  17. 如請求項10至16中任一項之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區: (i)包含SEQ ID NO: 201之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 201具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個不同核苷酸的核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 201具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個修飾(例如取代)之核苷酸序列;及/或 (ii)編碼SEQ ID NO: 202之胺基酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的胺基酸序列;相對於SEQ ID NO: 202包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個不同胺基酸的胺基酸序列;或相對於SEQ ID NO: 202之該胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個修飾(例如取代(例如保守取代)、插入或缺失)之胺基酸序列。
  18. 如請求項10至17中任一項之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區: (i)包含SEQ ID NO: 203之核苷酸序列或與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 203具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個不同核苷酸的核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 203具有至少10、20、50、100、150、200、250、300、350、400或450個但不超過500個修飾(例如取代)之核苷酸序列;及/或 (ii)編碼SEQ ID NO: 204之胺基酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的胺基酸序列;相對於SEQ ID NO: 204包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個不同胺基酸的胺基酸序列;或相對於SEQ ID NO: 204包含至少1、2、3、4、5、10、15或20個但不超過30個修飾(例如取代(例如保守取代)、插入或缺失)之胺基酸序列。
  19. 如請求項10至18中任一項之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區之該核苷酸序列以可操作方式連接於第一啟動子。
  20. 如請求項10至19中任一項之AAV表現構築體,其中該第二Rep編碼區之該核苷酸序列以可操作方式連接於第二啟動子。
  21. 如請求項19或20之AAV表現構築體,其中該第一啟動子、該第二啟動子或該第一啟動子及該第二啟動子兩者係選自多角體蛋白(polh)啟動子、p10啟動子、芋螺毒素(ctx)啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。
  22. 如請求項19至21中任一項之AAV表現構築體,該第一啟動子及該第二啟動子各自為polh啟動子,視情況其中該polh啟動子包含SEQ ID NO: 167之核苷酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 167包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸的核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 167包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。
  23. 如請求項10至22中任一項之AAV表現構築體,該第一Rep編碼區包含小順反子序列,視情況其中該小順反子序列存在於該第一Rep編碼區之5'端,視情況其中該小順反子序列包含SEQ ID NO: 4或SEQ ID NO: 5;與SEQ ID NO: 4或5至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致的核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 4或5包含一個、兩個或三個修飾(例如取代)但不超過四個修飾(例如取代)之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 4或5包含一個、兩個或三個但不超過四個不同核苷酸之核苷酸序列。
  24. 如請求項10至23中任一項之AAV表現構築體,其包含: (i)以5'至3'順序包含:polh啟動子、小順反子序列及該第一Rep編碼區,該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列;及 (ii)以5'至3'順序包含:polh啟動子及該第二Rep編碼區,該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列。
  25. 如請求項10至24中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之第一位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94;及 (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之第二位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94; 其中第一基因座與第二基因座不同。
  26. 如請求項10至25中任一項之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區存在於v-cath基因座中且該第二Rep編碼區存在於egt基因座中。
  27. 如請求項10至26中任一項之AAV表現構築體,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子,且該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子。
  28. 如請求項10至27中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (ii)該第二Rep編碼區包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中。
  29. 如請求項1至28中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
  30. 如請求項1至29中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF。
  31. 如請求項1至30中任一項之AAV表現構築體,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子。
  32. 如請求項1至31中任一項之AAV表現構築體,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子。
  33. 如請求項1至32中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼AAV1衣殼蛋白、AAV2衣殼蛋白、AAV3衣殼蛋白、AAV4衣殼蛋白、AAV5衣殼蛋白、AAV6衣殼蛋白、AAV8衣殼蛋白、AAV9衣殼蛋白、AAVrh10衣殼蛋白或前述衣殼蛋白中之任一者之變異體(例如AAV5衣殼蛋白或其變異體,或AAV9衣殼蛋白或其變異體)。
  34. 如請求項1至33中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區編碼: (i)VP1蛋白,其包含SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之胺基酸序列或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列; (ii) VP2蛋白,例如SEQ ID NO: 46-48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之片段或部分,或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列,視情況其中該VP2蛋白包含 SEQ ID NO: 71或46-48之胺基酸138-736;SEQ ID NO: 52、53、54、56、60、61、64、66、68之胺基酸138-743;或SEQ ID NO: 168之胺基酸137-724;及/或 (iii) VP3蛋白,例如SEQ ID NO: 46、47、48、52、53、54、56、60、61、64、66、68、70、71或168中之任一者之片段或部分,或與前述胺基酸序列中之任一者至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之胺基酸序列,視情況其中該VP3蛋白包含SEQ ID NO: 71或46-48之胺基酸203-736;SEQ ID NO: 52、53、54、56、60、61、64、66、68之胺基酸203-743;或SEQ ID NO: 168之胺基酸193-724。
  35. 如請求項1至34中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區之核苷酸序列以可操作方式連接於啟動子。
  36. 如請求項35之AAV表現構築體,其中該啟動子係選自polh啟動子、p10啟動子、ctx啟動子、gp64啟動子、IE啟動子、IE-1啟動子、p6.9啟動子、Dmhsp70啟動子、Hsp70啟動子、p5啟動子、p19啟動子、p35啟動子、p40啟動子或其變異體,例如功能片段。
  37. 如請求項35或36之AAV表現構築體,其中該啟動子為p10啟動子,視情況其中該p10啟動子包含SEQ ID NO: 200之核苷酸序列;與其至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;包含相對於SEQ ID NO: 200至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或包含相對於SEQ ID NO: 200至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。
  38. 如請求項1至37中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於變異型桿狀病毒基因體中之位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。
  39. 如請求項1至38中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。
  40. 如請求項1至39中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,且其中該VP編碼區包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
  41. 如請求項1至40中任一項之AAV表現構築體,其中該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且其中該VP編碼區: (i)包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之單一多順反子ORF,其中編碼該VP1蛋白之該ORF包含ACG或ATG起始密碼子,編碼該VP2蛋白之該ORF包含ACG起始密碼子,且編碼該VP3蛋白之該ORF包含ATG起始密碼子;及 (ii)以可操作方式連接於p10啟動子。
  42. 如請求項1至41中任一項之AAV表現構築體,其進一步包含第二VP編碼區,其中該第二VP編碼區包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白及/或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白之核苷酸序列。
  43. 如請求項42之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區編碼AAV1衣殼蛋白、AAV2衣殼蛋白、AAV3衣殼蛋白、AAV4衣殼蛋白、AAV5衣殼蛋白、AAV6衣殼蛋白、AAV8衣殼蛋白、AAV9衣殼蛋白、AAVrh10衣殼蛋白或前述衣殼蛋白中之任一者之變異體(例如AAV5衣殼蛋白或其變異體,或AAV9衣殼蛋白或其變異體)。
  44. 如請求項42或43之AAV表現構築體,其中該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且以可操作方式連接於ctx啟動子,視情況其中該ctx啟動子包含SEQ ID NO: 164之核苷酸序列;與SEQ ID NO: 164至少70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%一致之核苷酸序列;相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個不同核苷酸之核苷酸序列;或相對於SEQ ID NO: 164包含至少一個、兩個、三個、四個、五個、六個或七個但不超過十個修飾(例如取代)之核苷酸序列。
  45. 如請求項1至44中任一項之AAV表現構築體,其進一步包含經修飾之科紮克(Kozak)序列。
  46. 如請求項45之AAV表現構築體,其中該經修飾之科紮克序列: (i)能夠調節由緊接在該經修飾之科紮克序列下游之基因編碼之蛋白質的表現,例如增加其表現;及/或 (ii)包含起始密碼子,其用於轉譯由緊接在該經修飾之科紮克序列下游之基因編碼之蛋白質。
  47. 如請求項45或46之AAV表現構築體,其中: (i)該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32-42中之任一者之序列的核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32-42不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列;及/或 (ii)編碼該經修飾之科紮克序列之核苷酸序列包含SEQ ID NO: 21-31中之任一者之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 21-31不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。
  48. 如請求項45至47中任一項之AAV表現構築體,其以5'至3'順序包含:p10啟動子及VP編碼區,該VP編碼區包含經修飾之科紮克序列及編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內; 其中該經修飾之科紮克序列存在於該VP編碼區之該5'端,例如在編碼該VP1蛋白之該VP編碼區之開始處(例如編碼該VP1蛋白之該ORF); 視情況其中,該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。
  49. 如請求項10至48中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。
  50. 如請求項10至49中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
  51. 如請求項10至50中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子。
  52. 如請求項10至51中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子; 視情況其中該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以相反取向存在。
  53. 如請求項42至52中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之SOD基因座中。
  54. 如請求項42至53中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列。
  55. 如請求項42至54中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異體之該SOD基因座中且以可操作方式連接於ctx啟動子。
  56. 如請求項42至55中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內,且其中該VP編碼區以可操作方式連接於p10啟動子;及 (iv)該第二VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該SOD基因座中且包含主要編碼VP1蛋白,例如相對於VP2蛋白或VP3蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多VP1蛋白(例如但不編碼VP2或VP3蛋白)之核苷酸序列,且其中該第二VP編碼區以可操作方式連接於ctx啟動子; 視情況其中,該VP編碼區相對於該第一Rep編碼區以該相反取向存在。
  57. 如請求項45至56中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,其中該VP編碼區包含經修飾之科紮克序列,視情況其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。
  58. 如請求項45至57中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列;及 (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中,其中該VP編碼區包含經修飾之科紮克序列,其存在於該VP編碼區之5'端,例如在編碼該VP1蛋白之該VP編碼區之開始處(例如編碼該VP1蛋白之該ORF),視情況其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。
  59. 如請求項45至58中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子,其中該VP區包含: (a)經修飾之科紮克序列(例如包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之核苷酸序列,或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列),其存在於該VP編碼區之5'端(例如在該VP編碼區之開始處);及 (b)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
  60. 如請求項45至59中任一項之AAV表現構築體,其中: (i)該第一Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且包含主要編碼Rep78蛋白,例如相對於Rep52蛋白,至少50%、60%、70%、80%、90%或更多Rep78蛋白(例如但不編碼Rep52蛋白)之核苷酸序列,且其中該第一Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (ii)該第二Rep編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該egt基因座中且包含編碼Rep52蛋白而非Rep78蛋白之核苷酸序列,且其中該第二Rep編碼區以可操作方式連接於polh啟動子; (iii)該VP編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中且以可操作方式連接於p10啟動子,其中該VP區以5'至3'順序包含: (a)經修飾之科紮克序列,其視情況包含SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32或SEQ ID NO: 33不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列;及 (b)編碼VP1蛋白、VP2蛋白及VP3蛋白之核苷酸序列,其中編碼該VP2蛋白之該核苷酸序列及編碼該VP3蛋白之該核苷酸序列包含於編碼該VP1蛋白之該核苷酸序列內。
  61. 如請求項1至60中任一項之AAV表現構築體,其進一步包含有包含編碼有效負載之核苷酸序列的有效負載編碼區。
  62. 如前述請求項中任一項之AAV表現構築體,其例如當藉由本文所述之分析,例如西方墨點分析、qPCR分析或SEAP分析,例如如實例5-8中所描述量測時,在宿主細胞(例如昆蟲細胞)中穩定維持至少5-10代,例如至少5、6、7、8、9或10代。
  63. 如請求項1至62中任一項之AAV表現構築體,其能夠在藉由分析,例如SEAP分析或qPCR分析,例如如實例7或8中所描述量測時,相對於參考物,例如包含重疊VP編碼區及雙順反子Rep78/52編碼區之AAV表現構築體(例如如實例8中所描述之Bac-to-Bac表現構築體)產生較高AAV效價。
  64. 如請求項42至63中任一項之AAV表現構築體,其能夠在藉由分析,例如西方墨點分析或qPCR分析,例如如實例7中所描述量測時,相對於參考物,例如包含具有ACG起始密碼子之單一VP編碼區的AAV表現構築體,產生改善之VP比率(例如VP3:VP2:VP1之比率)。
  65. 如請求項42至64中任一項之AAV表現構築體,其能夠在藉由分析,例如西方墨點分析或qPCR分析,例如如實例7中所描述量測時,相對於參考物,例如包含具有ACG起始密碼子之單一VP編碼區的AAV表現構築體,產生更強效之AAV衣殼(例如具有增加之轉導效率的AAV衣殼)。
  66. 一種AAV有效負載表現構築體,其包含有效負載編碼區,該有效負載編碼區包含編碼有效負載之核苷酸序列,其中該AAV表現構築體包含桿狀病毒基因體,例如變異型桿狀病毒基因體之至少一部分,該變異型桿狀病毒基因體包含至少兩個非必需基因(例如輔助及/或經口感染因子基因)之破壞,其中該等至少兩個非必需基因獨立地選自egt、p74 (PIF0)、p26、SOD、ChiA、v-cath、p10、多角體蛋白、ctx、odv-e56、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。
  67. 如請求項66之AAV有效負載構築體,其中該有效負載編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體中之位置中,該變異型桿狀病毒基因體選自ChiA、v-cath、p10、egt、多角體蛋白、SOD、ctx、p26、odv-e56、p74 (PIF0)、PIF1、PIF2、PIF3、PIF4、PIF5、Tn7、AcORF-91、AcORF-108、AcORF-52、v-ubi或p94。
  68. 如請求項61至65中任一項之AAV表現構築體,或如請求項66或67之AAV有效負載構築體,其中該有效負載編碼區包含起始密碼子及編碼該有效負載之核苷酸序列。
  69. 如請求項61至65或68中任一項之AAV表現構築體,或如請求項66至68中任一項之AAV有效負載構築體,其中該有效負載編碼區存在於該變異型桿狀病毒基因體之該v-cath基因座中。
  70. 如請求項61至65、68或69中任一項之AAV表現構築體或如請求項66至69中任一項之AAV有效負載構築體,其中該經編碼之有效負載包含治療蛋白或其功能變異體;抗體或抗體片段;酶;基因編輯系統之組分;RNAi試劑(例如dsRNA、siRNA、shRNA、前miRNA、初級miRNA、miRNA、stRNA、lncRNA、piRNA或snoRNA);或其組合。
  71. 一種細胞,其包含如請求項61至65或68至70中任一項之AAV表現構築體及/或如請求項66至70中任一項之AAV有效負載構築體,視情況其中該細胞為昆蟲細胞(例如Sf9細胞或Sf21細胞)。
  72. 一種AAV病毒生產系統,其包含如請求項1至65中任一項之AAV表現構築體及如請求項66至70中任一項之AAV有效負載表現構築體。
  73. 如請求項72之AAV病毒生產系統,其進一步包含病毒生產細胞,該病毒生產細胞包含該AAV表現構築體及該AAV有效負載表現構築體,視情況其中該病毒生產細胞為昆蟲細胞(例如Sf9細胞或Sf21細胞)。
  74. 一種生產Rep78蛋白、Rep52蛋白、VP1蛋白、VP蛋白及/或VP3蛋白中之一者、兩者、三者、四者或全部之方法,該方法包含: (i)提供包含如請求項1至65中任一項之AAV表現構築體的細胞; (ii)在適合於生產該Rep78蛋白、該Rep52蛋白、該VP1蛋白、該VP蛋白及/或該VP3蛋白中之一者、兩者、三者、四者或全部的條件下培育該細胞。
  75. 一種生產AAV粒子之方法,該方法包含: (i)提供包含如請求項1至65中任一項之AAV表現構築體及如請求項66至70中任一項之AAV有效負載構築體的細胞,或包含如請求項72至73中任一項之AAV生產系統的細胞; (ii)在適合於生產該AAV粒子之條件下培育該細胞; 藉此產生該AAV粒子。
  76. 如請求項74或75之方法,其中該細胞為昆蟲細胞,例如Sf9細胞或Sf21細胞。
  77. 一種AAV粒子,其藉由如請求項74至76中任一項之方法製得。
  78. 一種核酸,其包含有包含經修飾之科紮克序列及VP編碼區之核苷酸序列,其中該經修飾之科紮克序列包含SEQ ID NO: 32-42中之任一者之核苷酸序列或包含相對於SEQ ID NO: 32-42不超過一個、兩個或三個不同核苷酸之核苷酸序列。
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