KR20230022175A - Aav 캡시드의 향성 방향변경 - Google Patents

Abstract

본원의 개시내용은 아데노 관련 바이러스 캡시드 단백질의 조성물, 이의 제조 방법 및 공정, 용도 및/또는 제형에 관한 것이고 상기 캡시드 단백질은 표적 조직에 대해 증진된 향성을 위한 표적화 펩타이드 삽입체를 포함한다.

Description

AAV 캡시드의 향성의 리디렉션

관련 출원

본 출원은 2020년 5월 13일자로 출원된 미국 가출원 제63/023,927호의 우선권 및 2020년 12월 7일자로 출원된 미국 가출원 제63/122,300호의 우선권을 주장하고 이들의 개시내용은 본원에 참조로 인용된다.

서열 목록에 대한 참조

본 출원은 전자 포맷의 서열 목록과 함께 출원된다. 서열 목록은 크기가 7,087,883 바이트이고 2021년 3월 31일자로 작성된 2057_1119PCT_SL 파일로서 제공된다. 서열 목록의 전자 포맷의 정보는 이의 전체가 본원에 참조로 인용된다.

본원의 개시내용은 아데노 관련 바이러스 캡시드 단백질의 조성물, 이의 제조 방법 및 공정, 용도 및/또는 제형에 관한 것이고, 여기서, 상기 캡시드 단백질은 표적 세포 또는 조직으로의 증진된 향성을 위한 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체를 포함한다.

성숙한 중추 신경계(CNS)로의 유전자 전달은 유전자 치료요법에서 여전히 중요한 과제이다. 개선된 뇌 향성을 가진 가공된 아데노 관련 바이러스(AAV) 캡시드는 CNS 전달의 한계에 대한 매력적인 해결책을 제공한다.

AAV 유래 벡터는 이들의 비병원성 특성, 이들의 낮은 면역원성 프로필, 숙주 게놈으로의 낮은 통합률 및 비분할 세포에서의 장기 전이유전자 발현으로 때문에 임상 유전자 전달을 위한 유망한 도구이다. 그러나 특정 기관에서 AAV 천연 변이체의 형질도입 효율은 임상 적용에 너무 낮고 기존 중화 항체에 의한 캡시드 중화는 많은 환자의 치료를 방해할 수 있다. 이들 이유 때문에 증진된 성질을 가진 새로운 캡시드 변이체를 수득하기 위해 상당한 노력을 기울였다. 지금까지 시험된 많은 접근법 중에서 유의적인 진보는 오류 성향 PCR, 다양한 모체 혈청형의 셔플링 또는 한정된 위치에서 완전히 무작위 배정된 짧은 펩타이드의 삽입을 사용한 캡시드 서열 무작위 배정에 의해 생성된 캡시드 변이체의 시험관내 또는 생체내 선택을 사용한 AAV 캡시드의 지시된 진전으로부터 비롯되었다.

개선된 성질, 예를 들어, 전신 투여시 표적 세포 또는 조직에 대한 개선된 향성을 갖는 AAV 캡시드를 제공하려는 시도는 제한된 성공을 거두었다. 이와 같이, 관심 대상의 페이로드를 표적 세포 또는 조직, 예를 들어 CNS 세포 또는 조직, 또는 근육 세포 또는 조직으로 전달하기 위한 AAV 캡시드 및 생성된 AAV 캡시드를 생성하는 개선된 방법이 필요하다.

발명의 개요

본원 개시내용은 적어도 부분적으로 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 생산 및 사용을 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 조직 또는 세포, 예를 들어, CNS 조직, CNS 세포, 근육 조직 또는 근육 세포에 대해 증진된 향성을 갖는다. 상기 향성은 장애, 예를 들어 신경학적 또는 신경퇴행성 장애, 근육 또는 신경근 장애, 또는 신경-종양학적 장애의 치료를 위한 페이로드, 예를 들어, 본원에 기재된 페이로드를 세포 또는 조직으로 전달하기 위해 유용할 수 있다.

따라서, 하나의 양상에서, 본원의 개시내용은 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 제공한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 루프 VIII에 존재한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원의 개시내용은 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체를 갖는 모체 아미노산 서열; 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 제공한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 대해 적어도 1개, 2개 또는 3개의 변형 그러나 30개, 20개 또는 10개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 및/또는 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 삽입체는 존재하고, 예를 들어, 모체 아미노산 서열의 루프 VII에 삽입된다. 일부 구현예에서, 삽입체는 존재하고, 예를 들어, 모체 서열의 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 삽입된다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 추가로 모체 아미노산 서열의 위치 587에서 결실 및/또는 위치 588에서 결실을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원의 개시내용은 적어도 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하는, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 펩타이드는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 핵산 서열; 또는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 핵산 서열; 또는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원의 개시내용은 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 제공하고, 여기서, 상기 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원의 개시내용은 본원에 기재된 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자를 제공한다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 페이로드를 암호화하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 페이로드를 암호화하는 핵산에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 바이러스 게놈을 추가로 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원의 개시내용은 본원에 기재된 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자를 제조하는 방법을 제공한다. 방법은 바이러스 게놈을 포함하는 숙주 세포를 제공하는 단계 및 바이러스 게놈을 AAV 캡시드 변이체, 예를 들어 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체에 봉입하기에 적합한 조건 하에서 숙주 세포를 항온처리함에 의해 AAV 입자를 제조하는 단계를 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원 개시내용은 세포 또는 조직(예를 들어, CNS 세포, CNS 조직, 근육 세포 또는 근육 조직)에 페이로드를 전달하는 방법을 제공한다. 방법은 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 유효량을 투여하는 것을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원 개시내용은 신경학적, 예를 들어 신경변성 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 방법은 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 유효량을 투여하는 것을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원 개시내용은 근육 장애 또는 신경근육 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 방법은 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 유효량을 투여하는 것을 포함한다.

또 다른 양상에서, 본원 개시내용은 신경-종양학적 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 방법은 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 유효량을 투여하는 것을 포함한다.

본원의 개시내용은 서열번호 1725-3622의 임의의 구성원으로부터 선택되는 적어도 하나의 펩타이드가 삽입될 수 있는 임의의 서열번호 1-1724로부터 선택되는 모체 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 단백질을 제공한다.

특정 구현예에서, 삽입된 펩타이드는 서열번호 1725-3622로부터 선택되고 모체 아미노산 서열에 삽입된다.

특정 구현예에서, 펩타이드는 모체 아미노산 서열을 포함하여 아미노산 586-592 사이의 임의의 아미노산 위치에 삽입된다. 이러한 구현예에서, 펩타이드는 모체 아미노산 서열의 아미노산 588-589 사이에 삽입될 수 있다.

일부 구현예에서, 모체 아미노산 서열은 서열번호 138 또는 서열번호 11일 수 있다.

본원 개시 내용은 또한 서열번호 1725-3622로 이루어진 그룹으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 펩타이드를 제공한다.

다른 양상에서, 본원 개시내용은 본원에 개시된 AAV 캡시드 단백질 및 바이러스 게놈을 포함하는 AAV 입자를 제공한다. 상기 양상에서, 바이러스 게놈은 페이로드를 암호화하는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 페이로드는 dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, miRNA 전구체, stRNA, lncRNA, piRNA 또는 snoRNA로 이루어질 수 있는 RNAi 제제일 수 있다.

추가적인 양상에서, 페이로드는 펩타이드, 폴리펩타이드, 항체 또는 항체 단편일 수 있다.

본원 개시내용은 또한 AAV 입자 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물, 및 대상체에게 약제학적 조성물을 투여함으로써 대상체에서 질환을 치료하는 방법을 제공한다.

당업자는 단지 일상적인 실험을 사용하여 본원에 기재된 본 발명의 특정 구현예에 대한 많은 등가물을 인지하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 다음의 열거된 구현예에 포함되도록 의도된다.

열거된 구현예

1. 다음을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열;

(b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산; 또는

(c) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열.

2. 다음을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(a) 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열;

(b) 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산; 또는

(c) 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환를 포함하는 아미노산 서열.

3. 구현예 1 또는 2에 있어서, 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

4. 구현예 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서, 3개의 연속적인 아미노산이 PLN을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

5. 구현예 1 내지 4 중 어느 하나에 있어서, 4개의 연속적인 아미노산이 PLNG(서열번호 3678)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

6. 구현예 1 내지 5 중 어느 하나에 있어서, 5개의 연속적인 아미노산이 PLNGA(서열번호 3679)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

7. 구현예 1 내지 6 중 어느 하나에 있어서, 6개의 연속적인 아미노산이 PLNGAV(서열번호 3680)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

8. 구현예 1 내지 7 중 어느 하나에 있어서, 7개의 연속적인 아미노산이 PLNGAVH(서열번호 3681)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

9. 구현예 1 내지 8 중 어느 하나에 있어서, 8개의 연속적인 아미노산이 PLNGAVHL(서열번호 3682)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

10. 구현예 1 내지 9 중 어느 하나에 있어서, 9개의 연속적인 아미노산이 PLNGAVHLY(서열번호 3648)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

11. 구현예 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서, 3개의 연속적인 아미노산이 YST를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

12. 구현예 1 내지 3 또는 11 중 어느 하나에 있어서, 4개의 연속적인 아미노산이 YSTD(서열번호 3690)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

13. 구현예 1 내지 3, 11 또는 12 중 어느 하나에 있어서, 5개의 연속적인 아미노산이 YSTDE(서열번호 3700)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

14. 구현예 1 내지 3 또는 11 내지 13 중 어느 하나에 있어서, 6개의 연속적인 아미노산이 YSTDER(서열번호 3692) 또는 YSTDVR (서열번호 3701)을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

15. 구현예 1 내지 3 중 어느 하나에 있어서, 3개의 연속적인 아미노산이 IVM을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

16. 구현예 1 내지 3 또는 15 중 어느 하나에 있어서, 4개의 연속적인 아미노산이 IVMN (서열번호 3693)을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

17. 구현예 1 내지 3, 15 또는 16 중 어느 하나에 있어서, 5개의 연속적인 아미노산이 IVMNS (서열번호 3694)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

18. 구현예 1 내지 3 또는 15 내지 17 중 어느 하나에 있어서, 6개의 연속적인 아미노산이 IVMNSL (서열번호 3695)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

19. 구현예 1 내지 3 또는 15 내지 18 중 어느 하나에 있어서, 7개의 연속적인 아미노산이 IVMNSLK (서열번호 3651)를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

20. 구현예 1 내지 19 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

21. 구현예 1 내지 10 또는 20 중 어느 하나에 있어서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열, 또는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하며, 위치 7이 H인, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

22. 구현예 1 내지 3 또는 20 중 어느 하나에 있어서, RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열, 또는 RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개의 변형 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

23. 구현예 1 내지 3 또는 15 내지 20 중 어느 하나에 있어서, IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열, 또는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개의 변형 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

24. 구현예 1 내지 3, 11 내지 14 또는 20 중 어느 하나에 있어서, YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열, 또는 YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개의 변형 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

25. 구현예 1 내지 3 또는 20 중 어느 하나에 있어서, RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열, 또는 RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개의 변형 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

26. 구현예 1 내지 25 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

27. 구현예 1 내지 26 중 어느 하나에 있어서, 다음을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열.

28. 구현예 1 내지 27 중 어느 하나에 있어서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드 서열이 하기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

29. 구현예 1 내지 10, 20, 21 또는 26 내지 28 중 어느 하나에 있어서, 하기에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

30. 구현예 1 내지 10, 20, 21 또는 26 내지 29 중 어느 하나에 있어서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드 서열이 하기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

31. 구현예 1 내지 3, 20, 22 또는 26 내지 28 중 어느 하나에 있어서, 하기에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

32. 구현예 1 내지 3, 20, 22, 26 내지 28 또는 31 중 어느 하나에 있어서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드 서열이 하기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

33. 구현예 1 내지 3, 11 내지 14, 20, 24 또는 26 내지 28 중 어느 하나에 있어서, 하기에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

34. 구현예 1 내지 3, 11 내지 14, 20, 24, 26 내지 28 또는 33 중 어느 하나에 있어서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드 서열이 하기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

35. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23 또는 26 내지 28 중 어느 하나에 있어서, 하기에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

36. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28 또는 35 중 어느 하나에 있어서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드 서열이 하기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

37. 구현예 1 내지 3, 20, 22 또는 25 내지 28 중 어느 하나에 있어서, 하기에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

38. 구현예 1 내지 3, 20, 25, 26 내지 28 또는 37 중 어느 하나에 있어서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드가 하기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

39. 구현예 1 내지 38 중 어느 하나에 있어서, 상기 아미노산 서열이 루프 VIII에 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

40. 구현예 1 내지 10, 20, 21, 26 내지 30, 또는 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

41. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28, 35. 36 또는 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 588에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

42. 구현예 1 내지 3, 11 내지 14, 20, 22, 24 내지 28, 31 내지 34, 또는 37 내지 38 또는 39 중 어느 하나에 있어서, 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

43. 구현예 1 내지 42 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138에 따라 넘버링된 위치 587에서 "A" 이외에 다른 아미노산 잔기 및/또는 위치 588에서 "Q" 이외에 다른 아미노산 잔기를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

44. 구현예 1 내지 10, 20, 21, 26 내지 30, 39 내지 40 또는 43 중 어느 하나에 있어서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하고, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

45. 구현예 1 내지 3, 20, 26 내지 28, 39, 40 또는 43 중 어느 하나에 있어서, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하고, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

46. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28, 35, 36, 39 또는 41 중 어느 하나에 있어서, IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하고, IVMNSLK (서열번호 3651)의 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 588에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

47. 구현예 1 -3, 1 내지 3, 11 내지 20, 24 22, 24 내지 28, 31, 36, 39 또는 42 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3649, 3650, 3652, 3653 또는 3655 내지 3659의 아미노산 서열을 포함하고, 상기 언급된 서열 중 어느 하나의 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

48.구현예 1 내지 47 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138에 따라 넘버링된 K449R의 아미노산 치환을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

49. 구현예 1 내지 48 중 어느 하나에 있어서, 루프 I, II, IV 및/또는 VI에서 변형, 예를 들어, 삽입, 치환 및/또는 결실을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

50. 구현예 1 내지 49 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개의 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

51. 구현예 1 내지 50 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

52. 구현예 1 내지 51 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

53. 구현예 1 내지 52 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

54. 구현예 1 내지 53 중 어느 하나에 있어서, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

55. 구현예 1 내지 54 중 어느 하나에 있어서, VP1 단백질, VP2 단백질, VP3 단백질 또는 이의 조합을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

56. 구현예 1 내지 55 중 어느 하나에 있어서, 위치 138-743에 상응하는 아미노산 서열, 예를 들어, 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 VP2, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

57. 구현예 1 내지 56 중 어느 하나에 있어서, 위치 203-743에 상응하는 아미노산 서열, 예를 들어, 서열번호 3636-3647의 어느 하나의 VP3, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

58. 구현예 1 내지 57 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3636 -3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

59. 구현예 1 내지 58 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

60. 구현예 1 내지 59 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3623-3635의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

61. 구현예 1 내지 60 중 어느 하나에 있어서, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열이 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

62. 구현예 1 내지 10, 20, 21, 26 내지 30, 39, 40, 43, 44 또는 48 내지 61 중 어느 하나에 있어서, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 3623의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

63. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28, 39, 41. 46 또는 48 내지 61 중 어느 하나에 있어서, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 3627의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

64. 구현예 1 내지 63 중 어느 하나에 있어서, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 상기 뉴클레오타이드 서열이 코돈 최적화된, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

65. 구현예 1 내지 10, 20 내지 21, 26 내지 30, 39 내지 40, 43, 44, 48 내지 62, 또는 64 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하고 서열번호 3636과 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

66. 서열번호 3636의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

67. 구현예 1 내지 3, 20, 22, 26 내지 28, 31, 32, 39, 42, 47 내지 61, 또는 64 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하고 서열번호 3637과 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

68. 서열번호 3637의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

69. 구현예 1 내지 3, 11, 12, 20, 24, 26 내지 28, 33, 34, 39, 42, 47 내지 61, 또는 64 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하고 서열번호 3638과 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

70. 서열번호 3638의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

71. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28, 35, 36, 32, 39, 41, 46, 48 내지 61, 63 또는 64 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하고 서열번호 3639와 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

72. 서열번호 3639의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

73. 구현예 1 내지 3, 20, 25 내지 28, 37 내지 39, 42, 47 내지 61, 또는 64 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하고 서열번호 3640과 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

74. 서열번호 3640의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

75. 서열번호 3641의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

76. 서열번호 3642의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

77. 서열번호 3643의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

78. 서열번호 3644의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

79. 서열번호 3645의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

80. 서열번호 3646의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

81. 서열번호 3647의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

82. 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 95% 동일한 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

83. 삽입체, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 갖는 모체 아미노산 서열을 포함하고 상기 상입체가 하기를 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열;

(b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산; 또는

(c) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환체를 포함하는 아미노산 서열.

84. 구현예 83에 있어서, 상기 모체 서열이 하기를 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열; 및/또는

(ii) 서열번호 138의 아미노산 서열과 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열.

85. 구현예 83 또는 84에 있어서, 상기 모체 서열이 추가로 위치 K449에서 치환, 예를 들어, K449R 치환을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

86. 구현예 83 내지 85 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

87. 구현예 83 내지 86 중 어느 하나에 있어서, 상기 모체 서열을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

88. 구현예 83 내지 87 중 어느 하나에 있어서. 상기 모체 서열이

(i) 서열번호 11의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열; 및/또는

(ii) 서열번호 11의 아미노산 서열과 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열을 포함하고;

임의로, 단, 서열번호 11의 위치 449가 K가 아니고, 예를 들어, R인, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

89. 구현예 83 내지 88 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

90. 구현예 83 내지 88 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 GGTLAVVSL(서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

91. 구현예 83 내지 88 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 IVMNSLK(서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

92. 구현예 83 내지 88 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

93. 구현예 83 내지 92 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 모체 아미노산 서열의 루프 VIII에 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

94. 구현예 83 내지 90 또는 93 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 모체 아미노산 서열에서 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

95. 구현예 83 내지 89, 93 또는 94 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하고, 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

96. 구현예 83 내지 88, 90, 93 또는 94 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하고, 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

97. 구현예 83 내지 90 또는 93 내지 96 중 어느 하나에 있어서, 모체 서열의 위치 587에서 "A" 이외에 다른 아미노산 및/또는 위치 588에서 "Q" 이외에 다른 아미노산을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

98. 구현예 83 내지 90 또는 93 또는 97 중 어느 하나에 있어서, 모체 아미노산 서열의 위치 587에서 아미노산 "A"의 결실 및/또는 위치 588에서 아미노산 "Q"의 결실을 추가로 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

99. 구현예 83 내지 89, 93 내지 95, 97 또는 98 중 어느 하나에 있어서, 다음을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체; 및

(ii) 모체 아미노산 서열의 위치 587 및 588에서 아미노산 "AQ"의 결실.

100. 구현예 83 내지 88, 90, 93, 94 또는 96 내지 98 중 어느 하나에 있어서, 다음을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체:

(i) 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체; 및

(ii) 모체 아미노산 서열의 위치 587 및 588에서 아미노산 "AQ"의 결실.

101. 구현예 83 내지 88, 91 또는 93 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 모체 아미노산 서열에서 위치 588에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

102. 구현예 83 내지 88, 91, 93 또는 101 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하고, 모체 아미노산 서열의 위치 588에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

103. 구현예 83 내지 88, 92 또는 93 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 모체 아미노산 서열에서 위치 589에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

104. 구현예 83 내지 88, 92, 93 또는 103 중 어느 하나에 있어서, 상기 삽입체가 RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하고, 모체 아미노산 서열의 위치 589에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

105. 구현예 1 내지 104 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개 연속 아미노산을 갖는, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재하는, 예를 들어, 표 6에 기재된 바와 같은 서열번호 1 내지 1724 중 어느 하나의 삽입체 서열을 포함하지 않는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

106. 구현예 1 내지 105 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138에 따라 넘버링된 위치 588에 바로 후속하여 존재하는 TLAVPFK (서열번호 1262)의 아미노산 서열을 포함하지 않는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

107. 구현예 1 내지 106 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는 참조 서열의 향성에 비해 CNS 세포 또는 조직, 예를 들어, 뇌 세포, 뇌 조직, 척수 세포 또는 척수 조직에 대해 증가된 향성을 갖는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

108. 구현예 1 내지 12, 15 내지 44, 46 내지 74, 82 내지 89, 91 내지 95, 97 내지 99 또는 101 내지 107 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비로부터 선택되는 뇌 영역에 형질도입되고, 임의로 상기 형질도입 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이 면역조직화학 검정, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 50, 100, 200, 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000배 큰, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

109. 구현예 1 내지 108 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10-배 풍부한, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

110. 구현예 1 내지 14, 20 내지 22, 24 내지 34, 39, 40, 42 내지 44, 47 내지 62, 64 내지 70, 79, 80, 82 내지 89, 92 내지 95, 97 내지 99 또는 103 내지 109 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 20, 30, 40 또는 50-배 풍부한, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

111. 구현예 1 내지 10, 20 내지 22, 26 내지 32, 39 내지 40, 42 내지 44, 47 내지 62, 64 내지 68, 82 내지 89, 92 내지 95, 97 내지 99 또는 103 내지 110 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 100, 200, 300 또는 400-배 풍부한, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

112. 구현예 1 내지 10, 20, 21, 26 내지 30, 39, 40, 43, 44, 48 내지 62, 64 내지 66, 82 내지 89, 93 내지 95, 97 내지 99 또는 105 내지 111 중 어느 하나에 있어서, 증사된 수준의 바이러스 게놈을 뇌 영역으로 전달하고, 임의로 상기 바이러스 게놈 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 20, 30, 40 또는 50-배까지 증가되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

113. 구현예 1 내지 12, 15 내지 44, 46 내지 74, 82 내지 89, 91 내지 95, 97 내지 99 또는 101 내지 112 중 어느 하나에 있어서, 증사된 수준의 페이로드를 뇌 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 100, 200, 500, 1,000, 2,000, 5,000 또는 10,000-배까지 증가되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

114. 구현예 113에 있어서, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

115. 구현예 1 내지 12, 15 내지 44, 46 내지 74, 82 내지 89, 91 내지 95, 97 내지 99 또는 101 내지 114 중 어느 하나에 있어서, 증사된 수준의 페이로드를 척수 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 10, 20, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 700, 800 또는 900-배까지 증가되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

116. 구현예 115에 있어서, 상기 척수 영역이 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

117. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28, 35, 36, 39, 41, 46, 48 내지 61, 63 내지 64, 71, 72, 83 내지 88, 91, 93, 101, 102, 105 내지 109 또는 113 내지 116 중 어느 하나에 있어서, 후근 신경절(DRG)에서 형질도입에 비해 뇌 영역에서 선호하는 형질도입을 보여주는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

118. 구현예 1 내지 10, 20, 21, 26 내지 30, 39, 40, 43, 44, 48 내지 62, 64 내지 66, 82 내지 89, 93 내지 95, 97 내지 99 또는 105 내지 116 중 어느 하나에 있어서, 상기 캡시드 변이체가

(i) 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 300, 또는 400-배 풍부하고;

(ii) 예를 들어, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비로부터 선택되는 뇌 영역에 형질도입되고, 상기 형질도입 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이 면역조직화학 검정, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000배 크고;

(iii) 증가된 수준의 페이로드를 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하고;

(iv) 증가된 수준의 페이로드를 척수 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800 또는 900-배까지 증가되고, 임의로, 척수 영역이 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함하고/하거나;

(v) 증가된 수준의 바이러스 게놈을 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 바이러스 게놈 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 20, 30, 40 또는 50-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

119. 다음을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체로서: (a) PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열; (b) PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; (c) PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고; 상기 캡시드 변이체가:

(i) 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 300 또는 400-배 풍부하고;

(ii) 예를 들어, 질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비로부터 선택되는 뇌 영역에 형질도입되고, 상기 형질도입 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이 면역조직화학 검정, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000배 크고;

(iii) 증가된 수준의 페이로드를 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하고;

(iv) 증가된 수준의 페리로드를 척수 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800 또는 900-배까지 증가되고, 임의로, 척수 영역이 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함하고/하거나;

(v) 증가된 수준의 바이러스 게놈을 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 바이러스 게놈 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 20, 30, 40 또는 50-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

120. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23, 26 내지 28, 35, 36, 39, 41, 46, 48 내지 61, 63, 64, 71, 72, 83 내지 88, 91, 93, 101, 102, 105 내지109 또는 113 내지117 중 어느 하나에 있어서, 상기 AAV 캡시드 변이체가 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는 참조 서열에 비해 근육 세포 또는 조직, 예를 들어, 심장 조직에 대해 증가된 향성을 갖는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

121. 구현예 1 내지 3, 15 내지 20, 23. 26 내지 28, 35, 36, 39, 41, 46, 48 내지 61, 63, 64, 71, 72, 83 내지 88, 91, 93, 101, 102, 105 내지 109, 113 내지 117 또는 120 중 어느 하나에 있어서, 증사된 수준의 페이로드를 근육 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, IHC 검정 또는 RT-ddPCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 10, 15, 20, 30 또는 40-배까지 증가되는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

122. 구현예 120 또는 121에 있어서, 상기 근육 영역이 심장 근육, 사두근 근육 및/또는 횡격막 금육 영역을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

123. 구현예 120 내지 122 중 어느 하나에 있어서, 상기 근육 영역이 심장 근육 영역, 예를 들어, 심장 심방 근육 영역 또는 심장 심실 근육 영역을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

124. 이전의 구현예 중 어느 하나에 있어서, 단리된, 예를 들어, 재조합체인, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

125. 구현예 1 내지 124 중 어느 하나의 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드.

126. 구현예 125에 있어서, 다음을 포함하는 폴리뉴클레오타이드:

(i) 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열.

127. 구현예 125 또는 126에 있어서, 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.

128. 구현예 125 내지 127 중 어느 하나에 있어서, 코돈 최적화된 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.

129. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열;

(b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(c) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.

130. 구현예 1 내지 106 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드.

131. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열;

(ii) PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.

132. 하기에 의해 암호화된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

133. 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드로서, 상기 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 다음을 포함하는, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

134. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열;

(ii) IVMNSLK(서열번호 3651)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.

135. 하기에 의해 암호화된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

136. 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드로서, 상기 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 다음을 포함하는, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

137. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열;

(ii) RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.

138. 하기에 의해 암호화된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

139. 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드로서, 상기 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 다음을 포함하는, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

140. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열;

(ii) YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.

141. 하기에 의해 암호화된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

142. 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드로서, 상기 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 다음을 포함하는, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

143. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열;

(ii) RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.

144. 하기에 의해 암호화된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

145. 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드로서, 상기 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 다음을 포함하는, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:

(i) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

146. 구현예 129 내지 145 중 어느 하나의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

147. 구현예 129 내지 145 중 어느 하나의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드.

148. 다음을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드:

(a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열;

(b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(c) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고;

임의로, (a), (b) 및/또는 (c)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재한다.

149. AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로서, 여기서 상기 AAV 캡시드 변이체는

(i) PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열;

(ii) PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고;

임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, 폴리뉴클레오타이드.

150. 구현예 149에 있어서, 다음을 포함하는 폴리뉴클레오타이드:

(i) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

151. AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로서, 여기서 상기 AAV 캡시드 변이체는:

(i) IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열;

(ii) IVMNSLK(서열번호 3651)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고;

임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 588에 바로 후속하여 존재하는, 폴리뉴클레오타이드.

152. 구현예 151에 있어서, 다음을 포함하는 폴리뉴클레오타이드:

(i) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

153. AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로서, 여기서 상기 AAV 캡시드 변이체는

(i) RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열;

(ii) RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고;

임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, 폴리뉴클레오타이드.

154. 구현예 153에 있어서, 다음을 포함하는 폴리뉴클레오타이드:

(i) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3661의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

155. AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로서, 여기서 상기 AAV 캡시드 변이체는

(i) YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열;

(ii) YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고;

임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, 폴리뉴클레오타이드.

156. 구현예 155에 있어서, 다음을 포함하는 폴리뉴클레오타이드:

(i) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3662의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

157. AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드로서, 여기서 상기 AAV 캡시드 변이체는

(i) RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열;

(ii) RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 또는 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열; 또는

(iii) RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고;

임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, 폴리뉴클레오타이드.

158. 구현예 157에 있어서, 다음을 포함하는 폴리뉴클레오타이드:

(i) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는

(ii) 서열번호 3664의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열.

159. 구현예 147 내지 158 중 어느 하나에 있어서, 상기 AAV 캡시드 변이체는

(i) 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열; 또는

(ii) 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.

160. 구현예 147 내지 159 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.

161. 구현예 125 내지 160 중 어느 하나에 있어서, 단리된, 예를 들어, 재조합체인, 폴리뉴클레오타이드, 펩타이드, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체.

162. 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자.

163. 구현예 162에 있어서, 페이로드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 입자.

164. 구현예 163에 있어서, 상기 암호화된 페이로드가 치료학적 단백질 또는 이의 기능적 변이체; 항체 또는 항체 단편; 효소; 유전자 편집 시스템의 구성 요소; RNAi 제제(예를 들어, dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA 또는 snoRNA); 또는 이들의 조합을 를 포함하는, AAV 입자.

165. 구현예 164에 있어서, 상기 치료학적 단백질 또는 이의 기능적 변이체, 예를 들어, 재조합 단백질이 신경학적 또는 신경퇴행성 장애, 근육 또는 신경근 장애, 또는 신경-종양학적 장애와 연관된(예를 들어, 비정상적으로 발현됨), AAV 입자.

166. 구현예 164 또는 165에 있어서, 상기 치료학적 단백질 또는 이의 기능성 변이체가 아포지질단백질 E (APOE) (예를 들어, ApoE2, ApoE3 및/또는 ApoE4); 사람 운동 뉴런 생존 (SMN) 1 또는 SMN2; 글루코세레브로시다제 (GBA1); 방향족 L-아미노산 데카복실라제 (AADC); 아스파토아실라제 (ASPA); 트리펩티딜 펩티다제 I (CLN2); 베타-갈락토시다제 (GLB1); N-설포글루코사민 설포하이드롤라제 (SGSH); N-아세틸-알파-글루코사미니다제 (NAGLU); 이두로네이트 2-설파타제 (IDS); 세포내 콜레스테롤 수송체 (NPC1); 기각소닌 (GAN); 또는 이의 조합물로부터 선택되는, AAV 입자.

167. 구현예 164에 있어서, 상기 항체 또는 항체 결합 단편이 하기에 결합하는, AAV 입자:

(i) CNS 관련 표적, 예를 들어, 신경학적 또는 신경퇴행성 장애와 연관된 항원, 예를 들어, β-아밀로이드, APOE, tau, SOD1, TDP-43, 헌팅틴 (HTT), 및/또는 시누클레인;

(ii) 근육 또는 신경근육 관련 표적, 예를 들어, 근육 또는 신경근육 장애와 연관된 항원; 또는

(iii) 신경-종양학 관련 표적, 예를 들어, 신경-종양학적 장애와 연관된 항원, 예를 들어, HER2, 또는 EGFR (예를 들어, EGFRvIII).

168. 구현예 164에 있어서, 상기 효소가 메가뉴클레아제, 아연 핑거 뉴클레아제, TALEN, 리컴비나제, 인터그라제, 염기 편집기, Cas9, 또는 이의 단편을 포함하는, AAV 입자.

169. 구현예 164에 있어서, 유전자 편집 시스템의 구성 요소가 CRISPR-Cas 시스템의 하나 이상의 구성 요소를 포함하는, AAV 입자.

170. 구현예 164 또는 169에 있어서, CRISPR-Cas 시스템의 하나 이상의 구성 요소가 Cas9, 예를 들어, Cas9 동원체 또는 Cpf1, 및 단일 가이드 RNA (sgRNA)를 포함하고, 임의로, 여기서

(i) sgRNA가 cas9 효소의 업스트림 (5')에 위치하거나;

(ii) sgRNA가 cas9 효소의 다운스트림 (3')에 위치한, AAV 입자.

171. 구현예 164에 있어서, 상기 RNAi 제제(예를 들어, dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA, 또는 snoRNA)가 CNS 관련 유전자, mRNA 및/또는 단백질의 발현을 조절, 예를 들어, 억제하는, AAV 입자.

172. 구현예 171에 있어서, 상기 CNS 관련 유전자가 SOD1, MAPT, APOE, HTT, C9ORF72, TDP-43, APP, BACE, SNCA, ATXN1, ATXN3, ATXN7, SCN1A-SCN5A, SCN8A-SCN11A, 또는 이의 조합으로부터 선택되는, AAV 입자.

173. 구현예 162 내지 172 중 어느 하나에 있어서, 페이로드를 암호화하는 핵산 서열에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자.

174. 구현예 173에 있어서, 상기 프로모터가 사람 연장 인자 1α-서브유닛(EF1α), 사이토메갈로바이러스(CMV) 이메디에이트-어얼리 인핸서 및/또는 프로모터, 닭 β-액틴(CBA) 및 이의 유도체 CAG, β 글루쿠로니다제(GUSB), 또는 유비퀴틴 C(UBC), 뉴런 특이적 에놀라제(NSE), 혈소판 유래 성장 인자(PDGF), 혈소판 유래 성장 인자 B-쇄 (PDGF-β), 세포간 접착 분자 2(ICAM-2)), 시냅신(Syn), 메틸-CpG 결합 단백질 2(MeCP2), Ca2+/칼모듈린 의존성 단백질 키나제 II(CaMKII), 대사자극성 글루타메이트 수용체 2(mGluR2), 신경필라멘트 경쇄(NFL) 또는 중쇄(NFH), β-글로빈 미니유전자 nβ2, 프레프로엔케팔린(PPE), 엔케팔린(Enk) 및 흥분성 아미노산 수송체 2(EAAT2), 신경교 원섬유 산성 단백질(GFAP), 미엘린 염기성 단백질(MBP), 심혈관 프로모터(예를 들어, αMHC, cTnT 및 CMV-MLC2k), 간 프로모터(예를 들어, hAAT, TBG), 골격근 프로모터(예를 들어, 데스민, MCK, C512) 또는 단편, 예를 들어, 절단, 또는 이의 기능적 변이체로부터 선택되는, AAV 입자.

175. 구현예 173 또는 174에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 추가로 폴리A 신호 서열을 포함하는, AAV 입자.

176. 구현예 173 내지 175 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 추가로 역위 말단 반복체 (ITR) 서열을 포함하는, AAV 입자.

177. 구현예 173 내지 176 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 암호화된 페이로드 대비 5'에 위치한 ITR 서열을 포함하는, AAV 입자.

178. 구현예 173 내지 177 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 암호화된 페이로드 대비 3'에 위치한 ITR 서열을 포함하는, AAV 입자.

179. 구현예 173 내지 178 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 암호화된 페이로드 대비 5'에 위치한 ITR 서열 및 암호화된 페이로드 대비 3'에 위치한 ITR 서열을 포함하는, AAV 입자.

180. 구현예 173 내지 179 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 추가로 인핸서, Kozak 서열, 인트론 영역, 및/또는 엑손 영역을 포함하는, AAV 입자.

181. 구현예 173 내지 180 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 추가로 miR 결합 부위, 예를 들어, 상응하는 miRNA가 발현된 세포 또는 조직에서 바이러스 게놈에 의해 암호화된 페이로드의 발현을 조절, 예를 들어, 억제하는 miR 결합 부위를 포함하는, AAV 입자.

182. 구현예 173 내지 181 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 miR 결합 부위의 적어도 1 내지 5개 카피물, 예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4 또는 5개 카피물을 포함하는 AAV 입자.

183. 구현예 173 내지 182 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 miR 결합 부위의 적어도 3개의 카피물를 포함하고, 임의로 여기서 모든 3개의 카피물이 동일한 miR 결합 부위를 포함하거나, 적어도 1개, 2개 또는 모든 카피물이 상이한 miR 결합 부위를 포함하는, AAV 입자.

184. 구현예 173 내지 182 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 miR 결합 부위의 적어도 4개의 카피물를 포함하고, 임의로 여기서 모든 4개의 카피물이 동일한 miR 결합 부위를 포함하거나, 적어도 1개, 2개, 3개 또는 모든 카피물이 상이한 miR 결합 부위를 포함하는, AAV 입자.

185. 구현예 181 내지 184 중 어느 하나에 있어서, 상기 miR 결합 부위가 miR122 결합 부위, miR183 결합 부위, miR-142-3p, 또는 이의 조합을 포함하고, 임의로 여기서,

(i) 상기 miR122 결합 부위가 서열번호 3672의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는 서열번호 3672의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고;

(ii) 상기 miR183 결합 부위가 서열번호 3675의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는 서열번호 3675의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고/하거나;

(iii) 상기 miR-142-3p 결합 부위가 서열번호 3674의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는 서열번호 3674의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 입자.

186. 구현예 173 내지 185 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 단일 가닥인, AAV 입자.

187. 구현예 173 내지 186 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 추가로 Rep 단백질, 예를 들어, 비-구조적 단백질을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 Rep 단백질이 Rep78 단백질, Rep68, Rep52 단백질, 및/또는 Rep40 단백질을 포함하는, AAV 입자.

188. 구현예 187에 있어서, 상기 Rep78 단백질, 상기 Rep68 단백질, 상기 Rep52 단백질 및/또는 상기 Rep40 단백질이 적어도 하나의 Rep 유전자에 의해 암호화된, AAV 입자.

189. 구현예 173 내지 188 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 추가로 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 핵산 서열을 포함하는, AAV 입자.

190. 구현예 162 내지 189 중 어느 하나에 있어서, 단리된, 예를 들어, 재조합체인, AAV 입자.

191. 구현예 1 내지 1724 중 어느 하나의 모체 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드로서, 여기에 하나 이상의 표적화 펩타이드 삽입체가 삽입되고, 상기 표적화 펩타이드 삽입체가 개별적으로 서열번호 1725 내지 3622의 임의의 표적화 펩타이드로부터 선택되는 2 내지 9개 아미노산의 연속 아미노산 서열을 개별적으로 포함하는, 폴리펩타이드.

192. 구현예 191에 있어서, 상기 폴리펩타이드가 제1 표적화 펩타이드 삽입체를 갖고, 상기 제1 표적화 펩타이드 삽입체가 서열번호 1725-3622의 임의의 표적화 펩타이드로부터 선택된 적어도 5개 아미노산의 연속 아미노산 영역을 갖는, 폴리펩타이드.

193. VP1, VP2 및 VP3 단백질을 포함하는 AAV 캡시드로서, 상기 VP1, VP2 및 VP3 단백질 각각이 구현예 191 또는 192의 임의의 것들의 폴리펩타이드를 포함하는, AAV 캡시드.

194. 구현예 191에 있어서, 상기 모체 아미노산 서열이 서열번호 138인, 폴리펩타이드.

195. 구현예 194에 있어서, 상기 모체 아미노산 서열이 치환 K449R을 갖는, 폴리펩타이드.

196. 구현예 194 또는 195에 있어서, 상기 제1 표적화 펩타이드 삽입체가 아미노산 서열 PLNGAVHLY (서열번호 3648)를 포함하고, 모체 아미노산 서열의 아미노산 586 직후에 삽입되는, 폴리펩타이드.

197. 구현예 196에 있어서, 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 추가로 포함하는 폴리펩타이드.

198. 구현예 194 또는 195에 있어서, 상기 제1 표적화 펩타이드 삽입체가 아미노산 서열 GGTLAVVSL (서열번호 3654)를 포함하고, 모체 아미노산 서열의 아미노산 586 직후에 삽입되는, 폴리펩타이드.

199. 구현예 198에 있어서, 모 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 추가로 포함하는 폴리펩타이드.

200. 구현예 194 또는 195에 있어서, 상기 제1 표적화 펩타이드 삽입체가 RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)로부터 선택된 7개 아미노산 서열을 포함하고, 모체 아미노산 서열의 아미노산 589 직후에 삽입되는, 폴리펩타이드.

201. 구현예 194 또는 195에 있어서, 상기 제1 표적화 펩타이드 삽입체가 7개 아미노산 서열 IVMNSLK (서열번호 3651)를 포함하고, 모체 아미노산 서열의 아미노산 588 직후에 삽입되는, 폴리펩타이드.

202. 구현예 191에 있어서, 상기 모체 아미노산 서열이 서열번호 5인, 폴리펩타이드.

203. 구현예 202에 있어서, 상기 모체 아미노산 서열이 치환 K449R을 갖는, 폴리펩타이드.

204. VP1, VP2 및 VP3 단백질을 포함하는 AAV 캡시드로서, 상기 VP1, VP2 및 VP3 단백질 각각이 구현예 194 내지 203의 임의의 것들의 폴리펩타이드를 포함하는, AAV 캡시드.

205. 구현예 191 내지 204 중 어느 하나의 폴리펩타이드 또는 캡시드 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드.

206. 구현예 205에 있어서, DNA이고, DNA 서열이 코돈 최적화된, 폴리뉴클레오타이드.

207. 구현예 193 또는 205 중 어느 하나의 캡시드 및 치료학적 페이로드를 암호화하는 벡터 게놈을 포함하는 AAV 입자.

208. 구현예 207에 있어서, 상기 치료학적 페이로드가 관심 대상의 유전자인, AAV 입자.

209. 구현예 208에 있어서, 상기 치료학적 페이로드가 치료학적 RNA를 암호화하는, AAV 입자.

210. 서열번호 3636 내지 3647 중 어느 하나로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 AAV VP1 캡시드.

211. 구현예 210의 AAV VP1 캡시드 단백질의 어느 하나를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드.

212. 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드, 구현예 126 내지 128, 147 내지 161, 205, 206, 또는 211 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드, 펩타이드, 예를 들어, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 표적화 펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 벡터.

213. 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 AAV 캡시드 변이체, 구현예 126 내지 128, 147 내지 161, 205, 206, 또는 211 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 구현예의 펩타이드, 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드, 구현예 162 내지 190 또는 207 내지 209 중 어느 하나의 AAV 입자 또는 구현예 212의 벡터를 포함하는 세포, 예를 들어, 숙주 세포.

214. 구현예 213에 있어서, 상기 세포가 포유 동물 세포 또는 곤충 세포인, 세포.

215. 구현예 213 또는 214에 있어서, 상기 세포가 뇌 영역 또는 척수 영역의 세포, 임의로 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 미상, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상, 조가비, 자궁경부 척수 영역, 흉추 척수 영역 및/또는 요추 척수 영역의 세포인, 세포.

216. 구현예 213 또는 214에 있어서, 상기 세포가 뉴런, 감각 뉴런, 운동 뉴런, 성상세포 또는 근육 세포(예를 들어, 심장, 횡경막 또는 사두근의 세포)인, 세포.

217. AAV 입자를 제조하는 방법으로서, 상기 방법이

(i) 바이러스 게놈을 포함하는 숙주 세포를 제공하는 단계; 및

(ii) 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 AAV 캡시드 변이체 또는 구현예 125 내지 128 또는 147 내지 161 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드에 의해 암호화된 AAV 캡시드 변이체 내에 바이러스 게놈을 봉입하기 위해 적합한 조건하에서 세포를 항온처리하여 AAV입자를 제조하는 단계를 포함하는, 방법.

218. 구현예 217에 있어서, 단계 (i) 전에 바이러스 게놈을 포함하는 제1 핵산 분자를 숙주 세포에 도입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.

219. 구현예 217 또는 218에 있어서, 상기 숙주 세포가 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 제2 핵산을 포함하는, 방법.

220. 구현예 217 내지 219 중 어느 하나에 있어서, 상기 제2 핵산 분자가 제1 핵산 분자 이전에, 동시에 또는 이후에 숙주 세포에 도입되는, 방법.

221. 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물.

222. 유효량의 구현예 221의 약제학적 조성물, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는, 세포 또는 조직 (예를 들어, CNS 세포, CNS 조직, 근육 세포 또는 근육 조직)에 페이로드를 전달하는 방법.

223. 구현예 222에 있어서, 상기 세포가 뇌 영역 또는 척수 영역의 세포, 임의로 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 미상, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상, 조가비, 자궁경부 척수 영역, 흉추 척수 영역 및/또는 요추 척수 영역의 세포인, 방법.

224. 구현예 222 또는 223에 있어서, 상기 세포가 뉴런, 감각 뉴런, 운동 뉴런, 성상세포 또는 근육 세포(예를 들어, 심장, 횡경막 또는 사두근의 세포)인, 방법.

225. 구현예 222 내지 224 중 어느 하나에 있어서, 상기 세포 또는 조직이 대상체 내에 있는, 방법.

226. 구현예 225에 있어서, 상기 대상체가 신경학적, 예를 들어 신경변성 장애를 가졌거나, 가진 것으로 진단받았거나, 가질 위험이 있는, 방법.

227. 구현예 225에 있어서, 상기 대상체가 근육 장애, 또는 신경근 장애를 가졌거나, 가진 것으로 진단받았거나, 가질 위험이 있는, 방법.

228. 구현예 225에 있어서, 상기 대상체가 신경-종양학적 장애를 가졌거나, 가진 것으로 진단받았거나, 가질 위험이 있는, 방법.

229. 유효량의 구현예 221의 약제학적 조성물, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는, 신경학적 장애, 예를 들어, 신경변성 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는 방법.

230. 유효량의 구현예 221의 약제학적 조성물, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는, 근육 장애 또는 신경근 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는 방법.

231. 유효량의 구현예 221의 약제학적 조성물, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는, 신경-종양학적 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는 방법.

232. 구현예 229 내지 231 중 어느 하나에 있어서, 치료가 대상체에서 질환 또는 장애의 진행의 예방을 포함하는, 방법.

233. 구현예 225 내지 232 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상체가 사람인, 방법.

234. 구현예 225-233 중 어느 하나에 있어서, AAV 입자가 대상체에게 근육내, 정맥내, 뇌내, 척추강내, 뇌실내로, 실질내 투여를 통해, 또는 수조내 마그나 주사(ICM)를 통해 투여되는, 방법.

235. 구현예 225 내지 233 중 어느 하나에 있어서, AAV 입자가 예를 들어 미세기포의 정맥내 투여(FUS-MB)와 커플링된 집속 초음파(FUS), 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI-유도 FUS를 통해 대상체에게 투여되는, 방법.

236. 구현예 225 내지 235 중 어느 하나에 있어서, AAV 입자가 대상체에게 정맥내 투여되는, 방법.

237. 구현예 222 내지 236 중 어느 하나에 있어서, AAV 입자의 투여가 유전자, mRNA, 단백질 또는 이들의 조합의 존재, 수준 및/또는 활성을 감소시키는, 방법.

238. 구현예 222 내지 148 중 어느 하나에 있어서, AAV 입자의 투여가 유전자, mRNA, 단백질 또는 이들의 조합의 존재, 수준 및/또는 활성을 증가시키는, 방법.

239. 구현예 221에 있어서, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 포함하는, 세포 또는 조직으로 페이로드를 전달하는 방법에 사용하기 위한 약제학적 조성물.

240. 구현예 221에 있어서, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 196 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 포함하는, 신경학적 장애, 신경변성 장애, 근육 장애, 신경근 장애 또는 신경-종양학적 장애를 치료하는 방법에 사용하기 위한 약제학적 조성물.

241. 구현예 221에 있어서, 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 포함하는, 약물의 제조에 사용하기 위한 약제학적 조성물.

242. 구현예 162 내지 190 중 어느 하나의 AAV 입자, 구현예 1 내지 124 또는 146 중 어느 하나의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 구현예 129 내지 145 또는 161 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 또는 구현예 191, 192 또는 194 내지 203 중 어느 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 포함하는, 신경학적 장애, 신경변성 장애, 근육 장애, 신경근 장애 또는 신경-종양학적 장애를 치료하는 약물의 제조에 있어서 구현예 221의 약제학적 조성물의 용도.

상기 및 기타 목적, 특징 및 이점은 첨부된 도면에 도시된 바와 같이 본원 개시내용의 특정 구현예에 대한 하기 설명으로부터 명백해질 것이다. 도면은 반드시 축척에 맞춰진 것은 아니며, 대신에 본 발명의 다양한 실시예의 원리를 설명하는 데 중점을 둔다.
도 1a 및 도 1b는 비-사람 영장류 (NHP) TRACER AAV 캡시드 라이브러리의 동정 및 디자인의 다이어그램을 제공한다.
도 2는 TRACER AAV 캡시드 라이브러리의 직교 진화의 다이어그램을 제공한다.
도 3은 비-사람 영장류에서 차세대 서열분석에 의한 고처리량 스크리닝의 다이어그램을 제공한다.
도 4는 예시적인 TRACER AAV 라이브러리 디자인(서열번호 3696-3699)의 다이어그램을 제공한다.
도 5는 교호 TRACER 백본 작제물의 다이어그램을 제공한다.
도 6a, 도 6b, 및 도 6c는 qRT-PCR을 사용하여 NHP 조직에서 AAV 입자 형질도입의 mRNA 정량을 보여준다.
도 7은 ddPCR을 사용하여 NHP 조직에서 AAV 입자 형질도입의 mRNA 정량을 보여준다.
도 8은 NHP의 척수 및 후근 신경절에서 AAV 입자 형질도입의 mRNA 정량을 보여준다.
도 9a, 도 9b, 도 9c, 및 도 9d는 NHP 조직에서 바이러스 게놈 정량을 보여준다.
도 10a 및 도 10b는 TBP 전사체에 대한 배수로서 (도 10a) 및 AAV9에 대한 배수로서 (도 10b) AAV 입자 형질도입 후 말초 조직에서 페이로드-HA 정량을 보여준다.
도 11a 및 도 11b는 TBP (하우스키핑 유전자)에 대한 배수로서 뇌 전이유전자 mRNA 발현 (RT-ddPCR)을 보여준다.
도 12a 및 도 12b는 세포 당 벡터 게놈으로서 뇌 바이러스 DNA 생분포 (ddPCR)를 보여준다.
도 13a 및 도 13b는 AAV9에 대한 배수로서 뇌 전이유전자 mRNA 발현 (RT-ddPCR)을 보여준다.
도 14a 및 도 14b는 AAV9에 대한 배수로서 뇌 바이러스 DNA 생분포 (ddPCR)를 보여준다.
도 15a 및 도 15b는 TATA 박스 결합 단백질에 대한 배수로서 척수 (도 15a) 및 DRG (도 15b) 전이유전자 mRNA 발현을 보여준다.
도 16a 및 도 16b는 세포 당 벡터 게놈으로서 척수(도 16a) 및 DRG (도 16b) 바이러스 게놈 생분포를 보여준다.
도 17a 및 도 17b는 AAV9에 대한 배수로서 척수 (도 17a) 및 DRG (도 17b) mRNA 발현을 보여준다.
도 18a 및 도 18b는 AAV9에 대한 배수로서 척수 (도 18a) 및 DRG (도 18b) 바이러스 게놈 생분포를 보여준다.
도 19a, 도 19b, 도 19c, 도 19d 및 도 19e는 치상핵(도 19a), 소뇌 피질(도 19b), 피질(도 19c), 뇌간, 해마, 시상 및 조가비(도 19d) 및 후근 신경절(도 19e)의 면역조직화학적 분석에 의해 결정된 바와 같은 TTD-001 및 AAV9에 대한 뇌 형질도입 프로파일의 이미지를 보여준다.
도 20a 및 도 20b는 AAV9과 비교하여 캡시드 변이체 TTD-004의 DRG 탈표적화 특징의 면역화학 이미지를 보여준다.
도 21a 및 도 21b는 세포 당 벡터 게놈으로서 정량된 말초 조직에서 바이러스 게놈 생분포를 보여준다.
도 22a, 도 22b, 및 도 22c는 TTD-001 캡시드 변이체, TTD-004 캡시드 변이체 또는 야생형 AAV9 대조군 캡시드 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자의 정맥내 투여 후 14일째에 암컷 NHP의 심장의 면역조직화학 이미지를 보여준다. 도 도 22a는 심장 근육의 일련의 글로벌 이미지를 제공하고, 도 22b는 심장의 좌심실의 일련의 이미지를 제공하고, 도 22c는 심장의 우심실의 일련의 이미지를 제공한다. 도 22a-22c에서 각각의 일련의 이미지에 대해, 좌측 상단 패널은 TTD-001 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 투여 후 염색을 보여주고, 우측 상단 패널은 TTD-004 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 투여 후 염색을 보여주고, 하단 패널은 야생형 AAV9 대조군 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 투여 후 염색을 보여준다.

하나 이상의 구현예의 세부사항은 하기의 수반되는 기재에 제시된다. 본원에 기재된 것들과 유사하거나 등가인 임의의 재료 및 방법이 본원 개시내용의 수행 또는 시험에 사용될 수 있지만, 바람직한 재료 및 방법은 지금 기재된다. 본원 개시내용의 다른 특징, 목적 및 이점은 본원의 기재로부터 명확해질 것이다. 상기 기재에서, 단수 형태는 또한 달리 명백하게 지적되지 않는 경우 복수의 형태를 포함한다. 달리 정의되지 않는 한, 여기에서 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본원 개시가 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해된다. 모순의 경우에, 본원의 개시내용이 통제한다. 특정 용어는 정의 부분 및 전반에 걸쳐 정의되어 있다.

특히, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체, 예를 들어 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 조성물, 및 이를 제조하고 사용하는 방법이 본원에 기재된다. 일반적으로, AAV 캡시드 변이체는 세포 또는 조직에 대해, 예를 들어, 상기 세포 또는 조직, 예를 들어, CNS 조직, CNS 세포, 근육 세포 또는 근육 조직으로의 페이로드의 전달을 위해 증진된 향성을 갖는다.

하기 본원의 실시예에서 입증된 바와 같이, 본원에 기재된 특정 AAV 캡시드 변이체는 야생형 AAV9에 비해 (i) 정맥내 투여 후 혈액 뇌 장벽을 통한 증가된 침투성, (ii) 다수의 뇌 영역에 걸친 보다 광범위한 분포, 예를 들어, 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마, 및/또는 (iii) 여러 뇌 영역에서 상승된 페이로드 발현을 포함하는 다수의 이점을 보여준다. 이론에 얽매이지 않고, 이러한 이점은 부분적으로 뇌 맥관구조를 통한 AAV 캡시드 변이체의 보급에 기인할 수 있다고 여겨진다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드는 예를 들어 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상, 및/또는 해마를 포함하는 뇌의 다수의 영역으로의 페이로드의 전달을 증진시킨다.

본원 개시내용에 따라, 표적 조직(예를 들어, CNS)에 대해 증진된 향성을 갖는 AAV 입자뿐만 아니라 이들의 표적화, 제조, 제형 및 사용을 위한 관련 방법이 제공된다. 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드, 및 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열, 예를 들어 표적화 펩타이드가 또한 제공된다. 이들 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 생체내, 생체외 또는 시험관내에서 특정 세포 유형, 조직, 기관 또는 유기체에 대한 향성을 변경하기 위해 AAV 캡시드 단백질 서열에 삽입될 수 있다.

세포 또는 조직, 예를 들어 CNS 세포 또는 조직에 대한 향성이 증진된 AAV 캡시드를 생성하기 위해 이전에 여러 접근법이 사용되었다. 하나의 접근법은 배양 세포(참조: Grimm 등, 2008, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨) 또는 제자리 동물 조직(참조: Lisowski 등, 2014, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)를 아데노바이러스로 공동 감염시켜 감염성 AAV DNA의 기하급수적 복제를 유발하기 위해 사용하였다. 또 다른 접근법은 성상세포에서 특이적으로 바이러스 DNA 재조합에 이어서 CRE-재조합된 캡시드 변이체의 회수를 가능하게 하는 세포 특이적 CRE 유전자전이 마우스(참조: Deverman 등, 2016. 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)의 사용을 수반하였다. 접근법 둘 다는 제한된 성공을 거두었다.

데버맨(Deverman) 등 (2016)이 사용하는 유전자전이 CRE 시스템은 다른 동물 종에서 제한적으로 다루기 쉬웠고 마우스 조직에서 유도 진화에 의해 선택된 AAV 변이체는 큰 동물에서 유사한 특성을 보여주지 않는다. 이전에 기재된 형질도입-특이적 접근법은 하기의 이유 때문에 큰 동물 연구에 순응할 수 없다: 1) 많은 관심대상의 조직(예를 들어, CNS)은 아데노바이러스 공동 감염에 쉽게 접근할 수 없고, 2) 특정 아데노바이러스 향성 자체가 라이브러리 분포를 편향시키며, 3) 큰 동물은 전형적으로 한정된 세포 유형에서 CDR 리컴비나제를 발현시키기 위한 유전자전이 또는 유전자 가공에 순응할 수 없다.

이들 한계를 해결하기 위해, 비-유전자전이 동물에서 세포 유형 특이적 바이오패닝을 위한 광범위하게 적용 가능한 기능적 AAV 캡시드 라이브러리 스크리닝 플랫폼이 개발되었으며 첨부된 실시예에 기재된다. TRACER (Tropism Redirection of AAV by Cell type-specific Expression of RNA(RNA의 세포 유형 특이적 발현에 의한 AAV의 향성 리디렉션(redirection))) 플랫폼 시스템에서, 캡시드 유전자는 세포 유형 특이적 프로모터의 제어하에 위치하여 헬퍼 바이러스 공동 감염의 부재하에 캡시드 mRNA 발현을 구동시킨다. 이론에 얽매이지 않고, 이러한 RNA-구동 스크리닝은 특정 세포 유형을 형질도입하는 캡시드 변이체에 유리한 선택 압력을 증가시키는 것으로 사료된다. TRACER 플랫폼은 AAV 캡시드 라이브러리 생성을 허용하여 유전자전이 동물 또는 헬퍼 바이러스 공동 감염 필요 없이 형질도입된 세포에서 발현된 캡시드 mRNA의 특정 복구 및 서브클로닝이 달성된다. 이론에 구애되는 것 없이, mRNA 전사가 완전한 형질도입의 특징이기 때문에, 본원에 기재된 방법은 완전히 감염성인 AAV 캡시드 돌연변이체의 확인을 가능하게 하고, 이의 보다 높은 엄격성에 더하여, 상기 방법은 이에 제한되지 않지만 시냅신-1 프로모터(뉴런), GFAP 프로모터(성상세포), TBG 프로모터(간), CAMK 프로모터(골격근), MYH6 프로모터(심근세포)와 같은 임의의 세포 특이적 프로모터의 제어하에 CAP mRNA를 발현하도록 디자인된 라이브러리를 사용하여 특정 세포 유형에 대해 높은 향성을 갖는 캡시드의 동정을 가능하게 한다. 예를 들어 CNS 세포, CNS 조직, 근육 세포 또는 근육 조직에서 증진된 향성을 입증하는 TRACER 방법을 사용하여 생성된 신규 AAV 캡시드 변이체가 본원에 기재되어 있다.

본원 개시내용의 AAV 입자 및 페이로드는 하나 이상의 표적 세포, 조직, 기관 또는 유기체에 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 표적 세포 유형, 조직 또는 기관에 대해 증진된 향성을 입증한다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 중추 또는 말초 신경계(각각 CNS 및 PNS)의 세포 및 조직, 또는 근육의 세포 및 조직에 대해 증진된 향성을 가질 수 있다. 본원 개시내용의 AAV 입자는 추가로 또는 대안적으로 바람직하지 않은 표적 세포 유형, 조직 또는 기관에 대해 감소된 향성을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV는 파보바이러스과 (Parvoviridae family)의 작은 비-외피 20면체 캡시드 바이러스를 포함하고 단일 가닥 DNA 바이러스 게놈을 특징으로 한다. 파보바이러스과 바이러스는 2개의 아과로 이루어진다. 척추동물을 감염시키는 파보비리나 (Parvovirinae), 및 무척추동물을 감염시키는 덴소비리나 (Densovirinae). 파보바이러스과는 사람, 영장류, 소, 개, 말 및 양 종을 포함하지만 이에 제한되지 않는 척추동물 숙주에서 복제할 수 있는 AAV를 포함하는 데펜도바이러스 속 (Dependovirus genus)을 포함한다.

파보바이러스과의 파보바이러스 및 다른 구성원은 일반적으로 문헌(참조: Kenneth I. Berns, "Parvoviridae: The Viruses and Their Replication," Chapter 69 in FIELDS VIROLOGY (3d Ed. 1996), 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다)에 기재되어 있다.

일부 구현예에서, AAV는 비교적 단순한 구조, 숙주 게놈으로의 통합 및 복제 없이 광범위한 세포(정지 및 분열 세포 포함)를 감염시키는 능력 및 비교적 양성 면역원성 프로필로 인해 생물학적 도구로서 사용된다. 바이러스의 게놈은 특정 조직을 표적으로 하고 목적하는 페이로드를 발현하거나 전달하도록 부하되거나 가공되는 기능성 재조합 바이러스 또는 바이러스 입자의 조립을 위한 최소한의 성분을 함유하도록 조작될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV는 천연적으로 존재하는 (예를 들어, 야생형) AAV 또는 재조합 AAV이다. 일부 구현예에서, 야생형 AAV 벡터 게놈은 길이가 대략 5,000개 뉴클레오티드(nt)인 선형의 단일 가닥 DNA(ssDNA) 분자이다. 일부 구현예에서, 역위 말단 반복체(ITR)는 5' 및 3' 말단 둘 다에서 바이러스 게놈을 캡핑하여 바이러스 게놈에 대한 복제 오리진을 제공한다. 일부 구현예에서, AAV 바이러스 게놈은 전형적으로 2개의 ITR 서열을 포함한다. 이들 ITR은 에너지적으로 안정한 이중 가닥 영역을 형성하는 ssDNA의 5' 및 3' 말단에서 자가 상보적 영역(야생형 AAV에서 145nt)에 의해 한정된 특징적인 T자형 헤어핀 구조를 갖고 있다. 이중 가닥 헤어핀 구조는 숙주 바이러스 복제 세포의 내인성 DNA 폴리머라제 복합체에 대한 프라이머로 기능함으로써 DNA 복제를 위한 오리진으로서 작용하는 것을 포함하지만 이에 제한되지 않는 다중 기능을 포함한다.

일부 구현예에서, 야생형 AAV 바이러스 게놈은 2개의 개방 해독 프레임에 대한 뉴클레오타이드 서열을 추가로 포함하고, 하나는 4개의 비-구조적 Rep 단백질(Rep 유전자에 의해 암호화되는 Rep78, Rep68, Rep52, Rep40)에 대한 뉴클레오티드 서열이고 하나는 3개의 캡시드 또는 구조적 단백질(VP1, VP2, VP3, 캡시드 유전자 또는 Cap 유전자에 의해 암호화됨)에 대한 뉴클레오타이드 서열이다. Rep 단백질은 복제 및 패키징에 사용되는 반면, 캡시드 단백질은 어셈블리되어 AAV 또는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체의 단백질 껍질을 생성한다. 대안적 스플라이싱 및 대안적 개시 코돈 및 프로모터는 단일 개방 판독 프레임의로부터 4개의 상이한 Rep 단백질을 생성하고 단일 개방 판독 프레임의로부터 3개의 캡시드 단백질을 생성한다. 비제한적 예로서 AAV 혈청형에 따라 다양하지만, AAV9/hu.14(US 7,906,111의 서열번호 123, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 대해 VP1은 아미노산 1-736을 지칭하고, VP2는 아미노산 138-736을 지칭하고, VP3은 아미노산 203-736을 지칭한다. 일부 구현예에서, 서열번호 3636-3647의 아미노산 서열 중 임의의 하나에 대해, VP1은 아미노산 1-743을 포함하고, VP2는 아미노산 138-743을 포함하고, VP3은 아미노산 203-743을 포함한다. 다른 말로, VP1은 전장 캡시드 서열이고 VP2와 VP3은 전체에서 보다 짧은 구성 요소이다. 결과로서, VP3 영역에서 서열 변화는 VP1 및 VP2의 변화이기도 하지만, 모체 서열과 비교하여 퍼센트 차이는 VP3이 3개 중 가장 짧은 서열이기 때문에 VP3에서 가장 클 것이다. 여기서는 아미노산 서열과 관련하여 기재하였지만, 이들 단백질을 암호화하는 핵산 서열도 유사하게 기재될 수 있다. 3개의 캡시드 단백질이 함께 어셈블리하여 AAV 캡시드 단백질을 생성한다. 이론에 얽매이는 것은 아니지만, AAV 캡시드 단백질은 전형적으로 1:1:10의 VP1:VP2:VP3의 몰비를 포함한다.

본원 개시내용의 AAV 벡터는 재조합적으로 생성될 수 있고 아데노 관련 바이러스(AAV) 모체 또는 참조 서열에 기초할 수 있다. 단일 가닥 AAV 바이러스 게놈(예를 들어, ssAAV)에 추가로, 본원의 개시내용은 또한 자가 상보적 AAV(scAAV) 바이러스 게놈을 제공한다. scAAV 벡터 게놈은 함께 어닐링하여 이중 가닥 DNA를 형성하는 DNA 가닥을 포함한다. scAAV는 제2 가닥 합성을 건너뛰어 형질도입된 세포에서 신속한 발현을 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 scAAV이다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 ssAAV이다.

AAV 입자를 생성하고/하거나 변형시키기 위한 방법은 슈도타이핑된 AAV 벡터와 같이 당업계에 기재되어 있다(참조: PCT 특허 공개 공보 WO200028004; WO200123001; WO2004112727; WO2005005610; 및 WO2005072364, 이의 각각의 내용은 이의 전문이 본원에 참조로 인용된다).

본원에 기재된 바와 같이, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체, 및 바이러스 게놈을 포함하는 본원 개시내용의 AAV 입자는 세포 유형 또는 조직, 예를 들어 CNS 세포 유형, 영역 또는 조직, 또는 근육 세포 유형 또는 조직에 대해 증진된 향성을 갖는다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 및 바이러스 게놈이 삽입된 캡시드를 포함하는 본원 개시내용의 AAV 입자는 사람 CNS 또는 근육의 세포 유형, 영역 또는 조직에 대해 증진된 향성을 가질 수 있다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드

본원에서는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 및 AAV 캡시드 폴리펩타이드를 포함하는 관련된 AAV 입자, 예를 들어, 표적 조직(예를 들어, CNS 또는 PNS의 세포)의 증진되거나 개선된 형질도입을 위해 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체를 갖는 AAV 캡시드 변이체가 기재된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 단리된, 예를 들어, 재조합 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 암호화하는 핵산은 단리된, 예를 들어, 재조합 핵산이다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자를 CNS의 세포, 영역 또는 조직으로 지시할 수 있다. CNS의 세포는 뉴런(예를 들어, 흥분성, 억제성, 운동신경, 감각신경, 자율신경, 교감신경, 부교감신경, 푸르킨예(Purkinje), 베츠(Betz) 등), 신경아교세포(예를 들어, 미세아교세포, 성상세포, 희돌기교세포) 및/또는 면역 세포(예를 들어, T 세포)와 같은 뇌의 지지 세포일 수 있지만 이에 제한되지 않는다. CNS의 조직은 피질(예를 들어, 전두엽, 두정엽, 후두엽, 측두엽), 시상, 시상하부, 선조체, 조가비, 미상, 해마, 내후각 피질, 기저핵 또는 심부 소뇌 핵일 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자를 PNS의 세포, 영역 또는 조직으로 지시할 수 있다. PNS의 세포 또는 조직은 후근 신경절(DRG)일 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 정맥내 투여 후 AAV 입자를 CNS(예를 들어, 피질)로 지시할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자를, 예를 들어 미세기포의 정맥내 투여와 커플링된 집속 초음파(FUS)(FUS-MB), 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI-가이드 FUS 후 CNS (예를 들어, 피질)로 지시할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 정맥내 투여 후 AAV 입자를 PNS (예를 들어, DRG)로 지시할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자를, 예를 들어, 미세기포의 정맥내 투여와 커플링된 집속 초음파 (FUS)(FUS-MB), 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI 가이드 FUS 후 PNS (예를 들어, DRG)로 지시할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자를 근육의 세포, 영역 또는 조직으로 지시할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 근육은 심장 근육이다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자를 정맥내 투여 후 근육 세포, 영역 또는 조직으로 지시할 수 있다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 다양할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 약 3 내지 약 20개 아미노산이다. 비제한적인 예로서, 표적화 펩타이드는 길이가 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 3-5, 3-8, 3-10, 3-12, 3-15, 3-18, 3-20, 5-10, 5-15, 5-20, 10-12, 10-15, 10-20, 12-20, 또는 15-20개 아미노산일 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 약 6 내지 12개 길이의 아미노산, 예를 들어, 약 9개 길이의 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 약 5 내지 10개 길이의 아미노산, 예를 들어, 약 7개 길이의 아미노산을 포함한다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 계속적(또는 연속적) 또는 비계속적(또는 비연속적)이거나, 길이가 다양할 수 있는 아미노산 서열을 개재함으로써 2개 이상의 아미노산 서열에 걸쳐 분할되거나 나누어질 수 있다. 계속적 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 다양할 수 있다. 비제한적인 예로서, 계속적 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 3-5, 3-8, 3-10, 3-12, 3-15, 3-18, 3-20, 5-10, 5-15, 5-20, 10-12, 10-15, 10-20, 12-20, 또는 15-20개 아미노산일 수 있다. 비계속적, 또는 분할된, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 다양할 수 있다. 비제한적인 예로서, 비계속적, 또는 분할, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 3-5, 3-8, 3-10, 3-12, 3-15, 3-18, 3-20, 5-10, 5-15, 5-20, 10-12, 10-15, 10-20, 12-20, 또는 15-20개 아미노산일 수 있다. 개재 아미노산 서열은 길이가 다양할 수 있다. 비제한적인 예로서, 개재 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 길이가 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 3-5, 3-8, 3-10, 3-12, 3-15, 3-18, 3-20, 5-10, 5-15, 5-20, 10-12, 10-15, 10-20, 12-20, 또는 15-20개 아미노산일 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 당업계에 공지된 임의의 슬라이딩 윈도우 알고리즘에 의해 동정 및/또는 디자인될 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드 및 관련 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체의 라이브러리로부터 동정될 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 5-10개 아미노산 서열, 예를 들어, 6-10개 아미노산 서열, 6-9개 아미노산 서열, 7-10개 아미노산 서열, 7-9개 아미노산 서열, 8-10개 아미노산 서열, 7개 아미노산 서열, 8개 아미노산 서열, 또는 9개 아미노산 서열일 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 5개 아미노산 서열 (5-량체)일 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 6개 아미노산 서열 (6-량체)일 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 7개 아미노산 서열 (7-량체)일 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 9개 아미노산 서열 (9-량체)일 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 또한 이의 생성 또는 디자인 방법이 상이할 수 있고, 비제한적 예로 무작위 펩타이드 선택, 부위 포화 돌연변이 유발, 및/또는 펩타이드의 특정 영역(예를 들어, 플랭킹 영역 또는 중심 코어)의 최적화를 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드 라이브러리, 예를 들어, 표적화 펩타이드 라이브러리는 PCR에 의해 무작위로 생성된 7개 길이 (7-량체)의 아미노산의 표적화 펩타이드를 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드 라이브러리는 3개의 돌연변이된 아미노산을 갖는 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 이들 3개의 돌연변이된 아미노산은 연속적이거나 계속적인 아미노산이다. 또 다른 구현예에서, 이들 3개의 돌연변이된 아미노산은 연속적이지 않거나 비계속적이거나 분할된 아미노산이다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 5-량체이다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 6-량체이다. 일부 구현예에서, 모체 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 7-량체이다. 또 다른 구현예에서, 모체 펩타이드는 9-량체이다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 라이브러리는 7-량체 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드를 포함하고, 여기서, 상기 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드의 아미노산 및/또는 플랭킹 서열은 3개의 연속 아미노산의 부위 포화 돌연변이 유발을 통해 진화된다. 일부 구현예에서, NNK (N = 임의의 염기; K = G 또는 T) 코돈을 사용하여 부위 포화된 돌연변이 서열을 생성한다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체(예를 들어, AAV 캡시드 변이체)를 갖는 캡시드 단백질을 포함하는 AAV 입자가 생성되고 리포터(예를 들어, GFP)를 암호화하는 바이러스 게놈이 내부에 캡슐화된다. AAV 캡시드 변이체를 포함하는 이들 AAV 입자(또는 AAV 캡시드 라이브러리)는 이어서 꼬리 정맥으로의 정맥내 전달에 의해 유전자전이 설치류 (예를 들어, 마우스)에 투여된다. 이들 캡시드 라이브러리의 cre-발현 마우스로의 투여는 Cre의 발현으로 인해 표적 조직에서 리포터 페이로드의 발현을 유도한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 mRNA 발현은 예를 들어 세포 유형 특이적 프로모터의 제어 하에 또는 이에 의해 구동되어 조절될 수 있다. 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드, 삽입체 및 내부에 캡슐화된 리포터를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함할 수 있는 이러한 캡시드는 예를 들어 꼬리 정맥으로의 정맥내 전달에 의해 비-유전자전이 설치류(예를 들어, 마우스), 예를 들어 이에 제한되지 않는 C57BL/6 마우스, BALB/C 마우스 및 래트에 투여될 수 있다. 상기 캡시드 라이브러리의 비-유전자전이 설치류로의 투여는 세포 유형 특이적 프로모터로 인해 표적 조직 내 리포터 페이로드의 발현을 유도할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 mRNA 발현은 세포 유형 특이적 프로모터의 제어 하에 또는 이에 의해 구동될 수 있다. 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드 삽입체 및 내부에 캡슐화된 리포터를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함할 수 있는 이러한 캡시드는 예를 들어 복재 정맥으로, 비-사람 영장류로, 예를 들어, 이에 제한되지 않는 시노몰구스 마카쿠에 및 레서스 마카쿠에로 정맥내 전달에 의해 투여될 수 있다. 상기 캡시드 라이브러리의 비-사람 영장류로의 투여는 세포 유형 특이적 프로모터로 인해 표적 조직 내 리포터 페이로드의 발현을 유도할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체를 갖는 캡시드 단백질을 포함하는 AAV 입자는 또한 이후에 펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리로 지칭될 수 있다.

AAV 입자 및/또는 바이러스 게놈은 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 및 표적 조직의 증진된 형질도입을 지적하는, 풍부해진 관련 AAV 입자의 동정을 위해 표적 조직으로부터 회수될 수 있다. 이에 제한되지 않는 차세대 서열분석(NGS), 바이러스 게놈 정량화, 생화학적 검정, 면역조직화학 및/또는 표적 조직 샘플의 영상화와 같은 당업계에서의 표준 방법을 사용하여 농축을 결정할 수 있다.

표적 조직은 대상체의 임의의 세포, 조직 또는 기관일 수 있다. 비제한적 예로서, 샘플은 뇌, 척수, 후근 신경절 및 관련 뿌리, 간, 심장, 비복근 근육, 가자미근, 췌장, 콩팥, 비장, 폐, 부신, 위, 좌골 신경, 복재 신경, 갑상선, 눈(시신경이 있거나 없음), 뇌하수체, 골격근(대퇴직근), 결장, 십이지장, 회장, 공장, 다리 피부, 상부 자궁경부 신경절, 방광, 난소, 자궁, 전립선, 고환 및/또는 병변이 있거나 관심이 있는 것으로 동정된 모든 부위로부터 수거될 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1에 제시된 바와 같이 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 2에 제시된 바와 같이 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 예를 들어, 표 2에 기재된 바와 같이 펩타이드 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 단리된, 예를 들어, 재조합체이다.

[표 1] 예시적인 펩타이드 서열, 예를 들어, 표적화 펩타이드

[표 2] 예시적인 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 서열

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함한다.

일부 구현예에서, 3개의 연속 아미노산은 PLN을 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 PLNG(서열번호 3678)를 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 PLNGA(서열번호 3679)를 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 PLNGAV(서열번호 3680)를 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 PLNGAVH(서열번호 3681)를 포함한다. 일부 구현예에서, 8개의 연속 아미노산은 PLNGAVHL(서열번호 3682)를 포함한다. 일부 구현예에서, 9개의 연속 아미노산은 PLNGAVHLY(서열번호 3648)를 포함한다.

일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 NGAV(서열번호 3683)를 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 GAVH(서열번호 3684)를 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 NGAVH(서열번호 3685)를 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 GAVHL(서열번호 3686)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 AVHLY(서열번호 3687)을 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 NGAVHL(서열번호 3688)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 NGAVHLY(서열번호 3689)를 포함한다.

일부 구현예에서, 3개의 연속 아미노산은 YST를 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 YSTD(서열번호 3690)를 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 YSTDE(서열번호 3691)를 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 YSTDV(서열번호 3700)를 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 YSTDER(서열번호 3692)을 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 YSTDVR(서열번호 3701)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 YSTDERM(서열번호 3657)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 YSTDERK(서열번호 3658)를 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 YSTDVRM(서열번호 3650)을 포함한다.

일부 구현예에서, 3개의 연속 아미노산은 IVM을 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 IVMN(서열번호 3693)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 IVMNS(서열번호 3694)를 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 IVMNSL(서열번호 3695)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 IVMNSLK(서열번호 3651)를 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열, 또는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열, 또는 RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열, 또는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열, 또는 YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열, 또는 RESPRGL(서열번호 3652)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725 -3622 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 표 2에 나타낸 서열 중 어느 하나와 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3648의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3649의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3650의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3651의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3652의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3653의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3654의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3655의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3656의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3657의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3658의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3659의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1726의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1729의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1760의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1769의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3622의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1798의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1785의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1767의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1734의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1737의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1819의 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 본원에 기재된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 중 어느 하나의 4개 이상의 연속 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 표 2에 제시된 바와 같은 서열 중 어느 하나의 4개의 연속 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 2에 제시된 바와 같은 서열 중 어느 하나의 5개의 연속 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 2에 제시된 바와 같은 서열 중 어느 하나의 6개의 연속 아미노산을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 본원에 기재된 뉴클레오타이드 서열, 예를 들어, 표 2의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드는 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 예를 들어, 펩타이드 1-12를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열은 본원에 기재된, 예를 들어, 표 2에 기재된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 표적화 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열은 단리된, 예를 들어, 재조합체이다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 펩타이드를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 예를 들어, AAV 캡시드, 및 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체를 갖는 AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, AAV 캡시드 변이체)를 포함하고, 여기서, 상기 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 표 2의 어느 하나에 제시된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체를 갖는 AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, AAV 캡시드 변이체)를 포함하고, 여기서, 상기 펩타이드는 표 1 또는 표 2의 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개의 변형 그러나 4개 이하의 변형을 갖는 아미노산을 갖는다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체를 갖는 AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, AAV 캡시드 변이체)를 포함하고, 여기서, 상기 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 표 2의 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열 중 어느 하나의 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9개 연속 아미노산을 포함하는 아미노산 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 AAV 캡시드, 예를 들어, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체를 갖는 AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, AAV 캡시드 변이체)를 포함하고, 여기서, 상기 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표 1 또는 표 2의 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열 중 어느 하나와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 2에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 3에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 3에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 4에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 4에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 4에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 5에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 5에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 5에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 4에서의 아미노산 내지 위치 5에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 6에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 6에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 6에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 4에서의 아미노산 내지 위치 6에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 5에서의 아미노산 내지 위치 6에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 7에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 7에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 7에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 4에서의 아미노산 내지 위치 7에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 5에서의 아미노산 내지 위치 7에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 6에서의 아미노산 내지 위치 7에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 4에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 5에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 6에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 7에서의 아미노산 내지 위치 8에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 4에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 5에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 6에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 7에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659의 위치 8에서의 아미노산 내지 위치 9에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 1에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 2에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 3에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 4에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 5에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 6에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 7에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 8에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 1725-3622의 위치 9에서의 아미노산 내지 위치 10에서의 아미노산을 포함할 수 있다.

본원의 개시내용은 또한 상기된 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 및 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, AAV 입자, 벡터를 암호화하는 핵산 또는 폴리뉴클레오타이드 및 이를 포함하는 세포를 제공한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드, 예를 들어, 모체 서열로의 삽입은 모체 아미노산 서열과 비교하여 삽입/대체의 조합을 초래한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모든 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 하나의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 하나의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 2개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 2개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 3개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 3개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 4개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 4개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 5개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 5개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 6개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 6개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 7개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 7개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 8개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 8개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 9개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드에서 9개의 아미노산을 대체하고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 하나의 아미노산은 모체 AAV 캡시드, 예를 들어, 모체 서열로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 2개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 3개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 4개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 5개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 6개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 7개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 8개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 9개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드로 삽입되고, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 나머지 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 상응하는 아미노산을 대체한다.

일부 구현예에서, 펩티드, 예를 들어 표적화 펩타이드의 특정 아미노산은 본래의 모체 AAV 캡시드 서열, 예를 들어 모체 서열에서와 같이 고정되고 되거나 유지될 수 있다. 특정 구현예에서, 이들 고정된 아미노산은 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드의 중앙에 위치하여 분할 삽입-앵커-삽입 디자인을 초래한다. 유사하게, 비제한적 예로서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드의 삽입은 분할 삽입-대체-삽입 디자인을 초래할 수 있다. 비제한적 예로서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열로의 삽입은 분할 대체-삽입-대체 디자인을 초래할 수 있다. 비제한적인 예로서, 분할 디자인 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 도 4에 나타낸 것 (예를 들어, TNHQSXXXXAVXXXAQAQT (서열번호 3699))일 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열, 예를 들어 모체 서열로의 삽입은 모체 AAV 캡시드의 적어도 하나의 아미노산의 대체 또는 돌연변이를 초래할 수 있다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 2개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 2개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 3개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 3개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 4개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 4개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 5개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 5개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 6개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 6개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 7개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 7개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 8개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 8개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 9개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 9개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 10개의 아미노산 (N-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 10개의 아미노산을 대체한다.

특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 2개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 2개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 3개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 3개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 4개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 4개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 5개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 5개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 6개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 6개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 7개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 7개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 8개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 8개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 9개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 9개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 마지막 10개의 아미노산 (C-말단)은 모체 AAV 캡시드 서열에서 10개의 아미노산을 대체한다.

특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 (N-말단) 및 마지막 (C-말단) 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열, 예를 들어, 모체 서열에서 아미노산을 대체할 수 있다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 2개 (N-말단) 및 마지막 2개 (C-말단) 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 아미노산을 대체할 수 있다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 첫번째 3개 (N-말단) 및 마지막 3개 (N-말단) 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 아미노산을 대체할 수 있다. 특정 구현예에서, 대체는 N-말단 및 C-말단 대체와 관련하여 비대칭이고 상기 중 어느 하나의 임의의 조합일 수 있다.

특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 하나의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열, 예를 들어, 모체 서열에서 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 2개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 2개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 3개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 3개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 4개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 4개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 5개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 5개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 6개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 6개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 7개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 7개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 8개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 8개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 9개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 9개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 10개의 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 10개의 아미노산을 대체한다. 특정 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모든 아미노산은 모체 AAV 캡시드 서열에서 동일한 수의 아미노산을 대체한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함할 수 있고, 여기서, 상기 폴리뉴클레오타이드는 핵산 삽입체, 예를 들어 표적화 핵산 삽입체를 추가로 포함하고, 여기서, 핵산 삽입체는 문헌(참조: Hanlon 등, 2019 (Hanlon 등, Mol Ther Methods Clin Dev. 2019 Oct 23;15:320-332, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨))에 기재된 임의의 것들을 실질적으로 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 갖는다. 비제한적인 핵산 삽입체로서, 예를 들어 표적화 핵산 삽입체는 AAV-S를 실질적으로 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는다. 비제한적인 예로서, 표적화 핵산 삽입체는 AAV-F를 실질적으로 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는다.

핵산 삽입체, 예를 들어, 표적화 핵산 삽입체를 포함하는 본원 개시내용의 AAV 입자는 모체 캡시드 서열과 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 동일성을 갖는 캡시드 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열을 가질 수 있다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체를 포함하는 본원 개시내용의 AAV 입자는 모체 캡시드 서열과 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 가질 수 있다.

AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 폴리펩타이드에 삽입되거나, 포함되거나 다르게는 혼입된다. 일부 구현예에서, 이러한 폴리펩타이드는 "모체 폴리펩타이드" 또는 "출발 폴리펩타이드" 또는 "모체 아미노산 서열"로 지칭될 수 있고, 이러한 삽입체는 "표적화 펩타이드 삽입체", "펩타이드 삽입체" 또는 "아미노산 서열 삽입체"로서 지칭될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체 및 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 보다 큰 폴리펩타이드를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체는 모체 AAV 캡시드보다 더 긴 아미노산 서열을 갖는다. 다른 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체는 모체 AAV 캡시드와 동일한 길이인 아미노산 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체는 모체 AAV 캡시드보다 보다 짧은 아미노산 서열을 갖는다.

펩타이드, 예를 들어 5-50개의 연속 아미노산의 서열을 포함하는 표적화 펩타이드가 모체 폴리펩타이드에 삽입되는 경우, 삽입은 모체 폴리펩타이드에서 2개의 아미노산 사이에 있을 수 있다. 삽입은 또한 분할 삽입일 수 있고, 이에 의해 펩타이드 삽입체의 하나의 연속 부분은 모체 폴리펩타이드 내의 2개 아미노산의 제1 세트 사이에 삽입되고, 펩타이드의 제2 부분은 모체 폴리펩타이드 내의 2개 아미노산의 제2 세트, 예를 들어, 상이한 부위 사이에 삽입된다. 제1 부위와 제2 부위 사이에, 모체 폴리펩타이드의 임의의 수의 아미노산은 보유될 수 있다. 일부 구현예에서, 모체 폴리펩타이드의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9개 아미노산은 제1 및 제2 펩타이드 삽입체 사이에 보유될 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드, 삽입체는 전체적으로 또는 부분적으로 모체 폴리펩타이드 내 하나 이상의 아미노산을 대체할 수 있다. 예를 들어, 4개 아미노산의 펩타이드 삽입체는 모체 폴리펩타이드에서 위치 586 바로 뒤에 삽입될 수 있고, 여기서, 펩타이드 삽입체의 마지막 2개 아미노산은 모체 폴리펩타이드의 위치 587 및 588에 있는 아미노산을 대체한다. 결과적으로, 새로 형성된 폴리펩타이드는 단지 2개의 아미노산, 예를 들어 2개는 삽입되고 2개는 치환된 만큼 길이가 증가할 것이다. 일부 구현예에서, 조합적 삽입체/치환(i/s) 변이체는 하나 이상의 아미노산 삽입체 및 하나 이상의 아미노산 치환을 포함할 수 있고, 예를 들어, 각각은 길이가 1 내지 15개 아미노산이고 수는 1 내지 15개이다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 독립형 펩타이드일 수 있거나 모체 서열에 삽입되거나 접합될 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 입자의 캡시드 단백질에 삽입된다.

하나 이상의 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 본원 개시내용의 AAV 입자를 생성하기 위해 모체 AAV 캡시드 서열에 삽입될 수 있다.

펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 완전히 기능적인 AAV 입자, 예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자를 초래하는 임의의 위치에서 모체 AAV 캡시드 서열 내로 삽입될 수 있다. 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 VP1, VP2 및/또는 VP3에 삽입될 수 있다. 아미노산 잔기의 넘버링은 AAV 혈청형에 따라 상이할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 모체 AAV 캡시드 서열의 아미노산 위치는 참조로서 AAV9(서열번호 138)를 사용하여 기재된다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 AAV 캡시드 서열의 초가변 영역에 삽입된다. 상기 초가변 영역의 비제한적인 예는 모체 AAV 캡시드의 루프 I, 루프 II, 루프 IV, 루프 VI, 및 루프 VIII를 포함한다. 이론에 얽매이고자 하는 것 없이, 일부 구현예에서 이들 표면 노출된 루프는 이후 또한 표면 루프로서 언급될 수 있고 전형적으로 비구조화되고 불량하게 보존되어 이들이 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 삽입을 위해 적합한 영역이 되게 하는 것으로 사료된다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 I로 삽입된다. 또 다른 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 I의 일부 또는 전부를 대체하기 위해 사용된다. 비제한적인 예로서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열로의 첨가는 모체 AAV 캡시드의 적어도 하나의 아미노산의 대체 또는 돌연변이를 초래할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 II로 삽입된다. 또 다른 구현예에서, 표적화 펩타이드는 루프 II의 일부 또는 전부를 대체하기 위해 사용된다. 비제한적인 예로서, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열로의 첨가는 모체 AAV 캡시드의 적어도 하나의 아미노산의 대체 또는 돌연변이를 초래할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 IV로 삽입된다. 또 다른 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 IV의 일부 또는 전부를 대체하기 위해 사용된다. 비제한적인 예로서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열로의 첨가는 모체 AAV 캡시드의 적어도 하나의 아미노산의 대체 또는 돌연변이를 초래할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 VI로 삽입된다. 또 다른 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 VI의 일부 또는 전부를 대체하기 위해 사용된다. 비제한적인 예로서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열로의 첨가는 모체 AAV 캡시드의 적어도 하나의 아미노산의 대체 또는 돌연변이를 초래할 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 VIII로 삽입된다. 또 다른 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 루프 VIII의 일부 또는 전부를 대체하기 위해 사용된다. 비제한적인 예로서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 캡시드 서열로의 첨가는 모체 AAV 캡시드의 적어도 하나의 아미노산의 대체 또는 돌연변이를 초래할 수 있다.

일부 구현예에서, 1개 초과의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 비-제한적인 예로서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 동일한 모체 AAV 캡시드 서열에서 루프 IV 및 루프 VIII 둘 다에 삽입될 수 있다.

펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 모체 AAV 캡시드 서열의 임의의 아미노산 위치에, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 위치 586-592, 588-589, 586-589, 452-458, 262-269, 464-473, 491-495, 546-557 및/또는 659-668에서 아미노산 사이에 삽입될 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 위치 588 및 589(루프 VIII)에서 아미노산 사이에 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다. 일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9(서열번호 138)이다. 일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드는 K449R AAV9(서열번호 11)이다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 위치 454, 455, 457, 458, 459, 460, 및/또는 461(루프 IV)에서 아미노산 사이에 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 위치 586, 587, 588, 589 및/또는 590(루프 VIII)에서 아미노산 사이에 모체 AAV 캡시드 서열로 삽입된다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 모체 AAV 캡시드 서열 루프 IV로 삽입된다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV5일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9hu.14(서열번호 137 또는 138)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9 K449R(서열번호 11 또는 138)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 PHP.B(서열번호 5 또는 6)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 PHP.N(서열번호 4)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 VOY101(서열번호 1 또는 2)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 VOY201(서열번호 3 또는 1724)일 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 모체 AAV 캡시드 서열 루프 VIII로 삽입된다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV5일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9hu.14(서열번호 137 또는 138)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 AAV9 K449R(서열번호 11)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 PHP.B(서열번호 5 또는 6)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 PHP.N(서열번호 4)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 VOY101(서열번호 1 또는 2)일 수 있다. 비제한적인 예로서, 모체 AAV 캡시드는 VOY201(서열번호 3 또는 1724)일 수 있다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체의 루프 VIII에 존재한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드는 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586에 바로 후속하여 존재한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드는 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 588에 바로 후속하여 존재한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드는 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 589에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, IVMNSLK (서열번호 3651)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 588에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 서열번호 3649, 3650, 3652, 3653 또는 3655-3659 중 임의의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, 상기 언급된 아미노산 서열 중 임의의 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 589에 바로 후속하여 존재한다.

본원에 기재된 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체가 부재인 모체 AAV 입자와 비교하여 표적 조직으로의 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어 AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 형질도입을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체가 부재인 모체 AAV 입자와 비교하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 125%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 이상까지 표적 조직으로의 AAV 입자의 형질도입을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체가 부재인 모체 AAV 입자와 비교하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 125%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 이상까지 CNS (예를 들어, 뇌 세포, 뇌 조직, 뇌 영역, 척수 세포, 척수 영역 또는 척수 조직)의 세포, 영역 또는 조직으로의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 형질도입을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함한다. 일부 구현예에서, 척수 영역은 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함한다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체가 부재인 모체 AAV 입자와 비교하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 125%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 이상까지 PNS의 세포 또는 조직으로의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 형질도입을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드 삽입체가 부재인 모체 AAV 입자와 비교하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 125%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 이상까지 DRG의 세포 또는 조직으로의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 형질도입을 증가시킨다.

일부 구현예에서, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드는 표적화 펩타이드 삽입체가 부재인 모체 AAV 입자와 비교하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 125%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 이상까지 근육의 세포, 영역 또는 조직으로의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 형질도입을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 근육 영역은 심장 근육, 대퇴사두근, 및/또는 횡경막 근육 영역을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 근육 영역은 심장 근육 영역, 예를 들어, 심장 심방 근육 영역 또는 심장 심실 근육 영역을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 표 1 또는 2에 기재된 바와 같은 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 1725-3622 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 루프 VIII에 존재한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, 3개의 연속 아미노산은 PLN을 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 PLNG(서열번호 3678)를 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 PLNGA(서열번호 3679)를 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 PLNGAV(서열번호 3680)를 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 PLNGAVH(서열번호 3681)를 포함한다. 일부 구현예에서, 8개의 연속 아미노산은 PLNGAVHL(서열번호 3682)를 포함한다. 일부 구현예에서, 9개의 연속 아미노산은 PLNGAVHLY(서열번호 3648)를 포함한다.

일부 구현예에서, 3개의 연속 아미노산은 YST를 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 YSTD(서열번호 3690)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 YSTDE(서열번호 3691)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 YSTDV(서열번호 3700)을 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 YSTDER(서열번호 3692)을 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 YSTDVR(서열번호 3701)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 YSTDERM(서열번호 3657)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 YSTDERK(서열번호 3658)를 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 YSTDVRM(서열번호 3650)을 포함한다.

일부 구현예에서, 3개의 연속 아미노산은 IVM을 포함한다. 일부 구현예에서, 4개의 연속 아미노산은 IVMN(서열번호 3693)을 포함한다. 일부 구현예에서, 5개의 연속 아미노산은 IVMNS(서열번호 3694)을 포함한다. 일부 구현예에서, 6개의 연속 아미노산은 IVMNSL(서열번호 3695)을 포함한다. 일부 구현예에서, 7개의 연속 아미노산은 IVMNSLK(서열번호 3651)를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 1725-3622 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 루프 VIII에 존재한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAv 캡시드 변이체는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열, 또는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열, 또는 RDSPKGW (서열번호 3649)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열, 또는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열, 또는 YSTDVRM (서열번호 3650)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열, 또는 RESPRGL (서열번호 3652)의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 1725 -3622 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 루프 VIII에 존재한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586에 바로 후속하여 존재한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 588에 바로 후속하여 존재한다. 일부 구현예에서, 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 589에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체)는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체)는 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체)는 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3660의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체)는 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 핵산 서열은 서열번호 3663의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 따라 넘버링된 위치 587에서 "A" 이외에 다른 아미노산 잔기 및/또는 위치 588에서 "Q" 이외에 다른 아미노산 잔기를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, IVMNSLK (서열번호 3651)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 588에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3649, 3650, 3652, 3653 또는 3655-3659 중 임의의 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, 상기 언급된 아미노산 서열 중 임의의 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 589에 바로 후속하여 존재한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 따라 넘버링된, 위치 K449에서의 치환, 예를 들어, K449R 치환을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 루프 I, II, IV 및/또는 VI에서 변형, 예를 들어, 삽입, 치환 및/또는 결실을 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개의 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 삽입체, 예를 들어, 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 갖는 모체 아미노산 서열을 포함하고, 여기서, 상기 삽입체는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 삽입체는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 삽입체는 서열번호 1725 -3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2, 또는 3개의 변형 그러나 4개 이하의 변형, 예를 들어, 치환을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체의 모체 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 대해 적어도 1, 2 또는 3개의 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 추가로 위치 K449에서의 치환, 예를 들어, K449R 치환을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 모체 서열을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 모체 서열은 서열번호 11의 아미노산 서열에 대해 적어도 1, 2 또는 3개의 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열을 포함하고, 단, 서열번호 11의 위치 449는 K가 아니고, 예를 들어, R이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 모체 서열은 서열번호 11의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체의 삽입체는 본원에 기재된 모체 아미노산 서열의 루프 VIII에 삽입된다. 일부 구현예에서, 삽입체는 본원에 기재된 모체 아미노산 서열에서 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 삽입된다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 본원에 기재된 모체 서열의 위치 587에서 "A" 이외에 다른 아미노산 및/또는 위치 588에서 "Q" 이외에 다른 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 추가로 본원에 기재된 모체 아미노산 서열의 위치 587에서 결실 및/또는 위치 588에서 결실을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 본원에 기재된 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 삽입체는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 삽입체 서열은 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입된다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 추가로 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체 및 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 삽입체는 GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 삽입체 서열은 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입된다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 추가로 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는 GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체 및 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 삽입체는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, IVMNSLK (서열번호 3651)의 삽입체 서열은 모체 아미노산 서열의 위치 588에 바로 후속하여 삽입된다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하고 이는 모체 아미노산 서열의 위치 589에 바로 후속하여 삽입된다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체의 삽입체는 RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)의 삽입체 서열은 모체 아미노산 서열의 위치 589에 바로 후속하여 삽입된다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체를 포함하고, 이는 모체 아미노산 서열의 위치 589에 바로 후속하여 삽입된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 본원에 기재된 바와 같은 아미노산 서열, 예를 들어, 표 3 및 4에 기재된 바와 같이 TTD-001, TTD-002, TTD-003, TTD-004, TTD-005, TTD-006, TTD-007, TTD-008, TTD-009, TTD-010, TTD-011, 또는 TTD-012로부터 선택된 AAV 캡시드 변이체의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 본원에 기재된 바와 같은 아미노산 서열, 예를 들어, 표 3 및 4에 기재된 바와 같이 TTD-001, TTD-002, TTD-003, TTD-004, TTD-005, TTD-006, TTD-007, TTD-008, TTD-009, TTD-010, TTD-011, 또는 TTD-012로부터 선택된 AAV 캡시드 변이체의 아미노산 서열을 포함하는 VP1, VP2 및/또는 VP3 단백질을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열, 예를 들어, 표 3 및 5에 기재된 바와 같이 TTD-001, TTD-002, TTD-003, TTD-004, TTD-005, TTD-006, TTD-007, TTD-008, TTD-009, TTD-010, TTD-011, 또는 TTD-012로부터 선택된 AAV 캡시드 변이체의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열, 예를 들어, 표 3 및 5에 기재된 바와 같이 TTD-001, TTD-002, TTD-003, TTD-004, TTD-005, TTD-006, TTD-007, TTD-008, TTD-009, TTD-010, TTD-011, 또는 TTD-012로부터 선택된 AAV 캡시드 변이체의 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 핵산 서열, 표적화 핵산 서열 또는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드의 모체 AAV 서열로의 삽입은 표 3, 4 및 5에 기재된 바와 같이 비제한적 예시적인 전장 캡시드 서열, 예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 생성한다.

[표 3] 예시적인 전장 캡시드 서열 (삽입체를 갖는 VP1)

[표 4] 예시적인 전장 캡시드 아미노산 서열

[표 5] 예시적인 전장 캡시드 핵산 서열

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 핵산 서열은 코돈 최적화된다.

일부 구현예에서, AAV의 입자의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 본원에 기재된 것들 중 어느 하나 또는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 80% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 90% 동일성을 갖는 핵산 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 95% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 96% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 97% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 98% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나와 적어도 99% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623-3635 중 어느 하나에 주어진 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 80% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 85% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 90% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3623과 적어도 95% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 96% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 97% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 98% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623과 적어도 99% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623을 포함하는 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3623으로 이루어진 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 80% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 85% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 90% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 95% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 96% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 97% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 98% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625와 적어도 99% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625를 포함하는 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3624 또는 3625로 이루어진 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 80% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 85% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 90% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 95% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 96% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 97% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 98% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626과 적어도 99% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626을 포함하는 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3626으로 이루어진 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 80% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 85% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 90% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 95% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 96% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 97% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 98% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627과 적어도 99% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627을 포함하는 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3627으로 이루어진 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 80% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 85% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 90% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 95% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 96% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 97% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 98% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628과 적어도 99% 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628을 포함하는 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열번호 3628으로 이루어진 핵산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열의 위치 138-743에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 VP2 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열의 위치 203-743에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 VP3 단백질을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 80% (예를 들어, 적어도 약 85, 90, 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV의 입자의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 본원에 기재된 것들 중 어느 하나 또는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나로서 제공된 것들 중 어느 하나와 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 90% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 95% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 96% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 97% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 98% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나와 적어도 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나를 포함하는 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 (예를 들어, VP1)는 서열번호 3636-3647 중 어느 하나로 이루어진 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 85% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 90% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 95% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 96% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 97% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 98% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636과 적어도 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636을 포함하는 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3636으로 이루어진 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, 서열번호 3636으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3623을 포함하는 핵산 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 서열번호 3636으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3623과 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 코돈 최적화된 핵산 서열에 의해 암호화되어 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 85% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 90% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 95% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 96% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 97% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 98% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637과 적어도 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637을 포함하는 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3637으로 이루어진 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, 서열번호 3637으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3624 또는 3625를 포함하는 핵산 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 서열번호 3637로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3624 또는 3625와 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 코돈 최적화된 핵산 서열에 의해 암호화되어 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 85% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 90% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 95% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 96% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 97% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 98% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638과 적어도 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638을 포함하는 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3638으로 이루어진 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, 서열번호 3638으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3626을 포함하는 핵산 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 서열번호 3638으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3626과 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 코돈 최적화된 핵산 서열에 의해 암호화되어 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 85% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 90% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 95% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 96% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 97% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 98% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639과 적어도 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639을 포함하는 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3639으로 이루어진 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, 서열번호 3639으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3627을 포함하는 핵산 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 서열번호 3639으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3627과 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 코돈 최적화된 핵산 서열에 의해 암호화되어 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 85% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 90% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 95% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 96% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 97% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 98% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640과 적어도 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640을 포함하는 아미노산 서열을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640의 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3640으로 이루어진 아미노산 서열을 가질 수 있다.

일부 구현예에서, 서열번호 3640으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3628을 포함하는 핵산 서열에 의해 암호화된다. 일부 구현예에서, 서열번호 3640으로서 나타낸 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 서열번호 3628과 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 코돈 최적화된 핵산 서열에 의해 암호화되어 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는 참조 서열의 향성에 비해 CNS 세포 또는 조직, 예를 들어, 뇌 세포, 뇌 조직, 척수 세포 또는 척수 조직에 대해 증가된 향성을 갖는다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 예를 들어, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비로부터 선택된 뇌 영역을 형질도입한다. 일부 구현예에서, 상기 뇌 영역의 형질 도입 수준은 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 50, 100, 200, 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000-배 크다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10-배 풍부하다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 20, 30, 40, 또는 50-배 풍부하다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 100, 200, 300, 또는 400-배 풍부하다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 증가된 수준의 바이러스 게놈을 뇌 영역에 전달한다. 일부 구현예에서, 바이러스 게놈의 수준은 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도, 5, 10, 20, 30, 40 또는 50-배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 증가된 수준의 페이로드를 뇌 영역에 전달한다. 일부 구현예에서, 페이로드의 수준은 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 50, 100, 200, 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000-배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 증가된 수준의 페이로드를 척수 영역에 전달한다. 일부 구현예에서, 페이로드의 수준은 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 10, 20, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800 또는 900-배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 척수 영역은 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 후근 신경절(DRG)에서의 형질도입에 비해 뇌 영역에서의 우선적인 형질도입을 보여준다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는 참조 서열의 향성에 비해 근육 세포 또는 조직, 예를 들어, 심장 세포 또는 조직에 대해 증가된 향성을 갖는다. 일부 구현예에서 AAV 캡시드 변이체는 증가된 수준의 페이로드를 뇌 영역에 전달한다. 일부 구현예에서, 페이로드는 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 10, 15, 20, 30, 또는 40-배까지 증가된다. 일부 구현예에서, 근육 영역은 심장 근육, 대퇴사두근, 및/또는 횡경막 근육 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 근육 영역은 심장 근육 영역, 예를 들어, 심장 심방 근육 영역 또는 심장 심실 근육 영역을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 단리된, 예를 들어, 재조합이다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 단리된, 예를 들어 재조합이다.

본원에서 참조 및/또는 기재된 임의의 DNA 및 RNA 서열에서, 단일 문자 기호는 다음과 같이 기재된다: 아데닌에 대해 A; 시토신에 대해 C; 구아닌에 대해 G; 티민에 대해 T; 우라실에 대해 U; 아데닌 또는 티민과 같은 약 염기에 대해 W; 시토신 및 구아닌가ㅗ 같은 강한 뉴클레오타이드에 대해 S; 아데닌 및 시토신과 같은 아미노 뉴클레오타이드에 대해 M; 구아닌 및 티민과 같은 케토 뉴클레오타이드에 대해 K; 퓨린 아데닌 및 구아닌에 대해 R; 피리미딘 시토신 및 티민에 대해 Y; A가 아닌 임의의 염기 (예를 들어, 시토신, 구아닌, 및 티민)에 대해 B; C가 아닌 임의의 염기 (예를 들어, 아데닌, 구아닌, 및 티민)에 대해 D; G가 아닌 임의의 염기 (예를 들어, 아데닌, 시토신 및 티민)에 대해 H; T가 아닌 임의의 염기 (예를 들어, 아데닌, 시토신 및 구아닌)에 대해 V; 임의의 뉴클레오타이드 (갭이 아닌)에 대해 N; 및 제로에 대해 Z.

본원에서 참조 및/또는 기재된 임의의 아미노산 서열에서, 단일 문자 기호는 다음과 같이 기재된다: 글라이신에 대해 G (Gly); 알라닌에 대해 A (Ala); 류신에 대해 L (Leu); 메티오닌에 대해 M (Met); 페닐알라닌에 대해 F (Phe); 트립토판에 대해 W (Trp); 라이신에 대해 K (Lys); 글루타민에 대해 Q (Gln); 글루탐산에 대해 E (Glu); 세린에 대해 S (Ser); 프롤린에 대해 P (Pro); 발린에 대해 V (Val); 이소류신에 대해 I (Ile); 시스테인에 대해 C (Cys); 티로신에 대해 Y (Tyr); 히스티딘에 대해 H (His); 아르기닌에 대해 R (Arg); 아스파라긴에 대해 N (Asn); 아스파르트산에 대해 D (Asp); 트레오닌에 대해 T (Thr); 아스파르트산 또는 아스파라긴에 대해 B (Asx); 류신 또는 이소류신에 대해 J (Xle); 피롤라이신에 대해 O (Pyl); 셀레노시스테인에 대해 U (Sec); 임의의 아미노산에 대해 X (Xaa); 및 글루타민 또는 글루탐산에 대해 Z (Glx).

또한 본원에서는 상기 기재된 임의의 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 서열 및 이를 포함하는 AAV 입자, 벡터 및 세포를 제공한다.

AAV 혈청형 및 캡시드

일부 구현예에서, 본 개시내용의 AAV 입자는 임의의 천연 또는 재조합 AAV 혈청형을 포함하거나 이로부터 유래될 수 있다. AAV 혈청형은 팩키징, 향성, 형질도입 및 면역원성 프로필과 같은 특징이 상이할 수 있지만 이에 제한되지 않는다. 이론에 얽매이고자 하는 것은 아니지만, 일부 구현예에서 AAV 캡시드 단백질, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체가 특정 조직에 대한 AAV 입자 향성을 조절할 수 있다고, 예를 들어 지시할 수 있다고 사료된다.

일부 구현예에서, AAV 입자는 캡시드 단백질, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 및 동일한 모체 혈청형(예를 들어, AAV2 캡시드 및 AAV2 ITR)으로부터 유래된 ITR 서열을 가질 수 있다. 또 다른 구현예에서, AAV 입자는 슈도타이핑된 AAV 입자일 수 있고, 여기서 캡시드 단백질 및 ITR 서열은 상이한 모체 혈청형(예를 들어, AAV9 캡시드 및 AAV2 ITR; AAV2/9)으로부터 유래된다.

본원 개시내용의 AAV 입자는 AAV 캡시드 단백질, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함할 수 있고, 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드는 모체 서열에 삽입된다. 모체 캡시드 또는 혈청형은 임의의 천연 또는 재조합 AAV 혈청형을 포함하거나 이로부터 유래될 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, "모체" 서열은 표적화 서열이 삽입되는 뉴클레오타이드 또는 아미노산 서열이다(예를 들어, 핵산 서열로의 뉴클레오타이드 삽입 또는 아미노산 서열로의 아미노산 서열 삽입).

특정 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 뉴클레오타이드 서열, 예를 들어 모체 핵산 서열은 서열번호 137에 제시된 바와 같다. 일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 137의 핵산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 아미노산 서열, 예를 들어, 모체 서열은 서열번호 137의 핵산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 핵산 서열에 의해 암호화된다.

일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 뉴클레오타이드 서열은 서열번호 137의 K449R 변이체이고, 여기서 아미노산 서열(뉴클레오타이드 1345-1347)의 위치 449에서 리신(예를 들어, AAA 또는 AAG)을 암호화하는 코돈은 아르기닌을 암호화하는 것(CGT, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG)으로 교환된다. 일부 구현예에서, K449R 변이체는 야생형 AAV9과 동일한 기능을 갖는다.

특정 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 아미노산 서열, 예를 들어 모체 아미노산 서열은 서열번호 138에 제시된 바와 같다.

MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPQPKANQQHQDNARGLVLPGYKYLGPGNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLKYNHADAEFQERLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRLLEPLGLVEEAAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSAGIGKSGAQPAKKRLNFGQTGDTESVPDPQPIGEPPAAPSGVGSLTMASGGGAPVADNNEGADGVGSSSGNWHCDSQWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTDNNGVKTIANNLTSTVQVFTDSDYQLPYVLGSAHEGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFSYEFENVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIFGKQGTGRDNVDADKVMITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGMKHPPPQILIKNTPVPADPPTAFNKDKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSNNVEFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL (서열번호 138)

일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 위치 K449에서의 치환, 예를 들어, K449R 치환을 포함한다.

특정 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 아미노산 서열, 예를 들어 모체 아미노산 서열은 서열번호 11에 제시된 바와 같다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 11의 아미노산 서열에 비해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 서열번호 11의 아미노산 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 문헌(참조: Jackson et al (Frontiers in Molecular Neuroscience 9:154 (2016))에 기재된 바와 같을 수 있고, 이의 내용은 이들의 전문이 본원에 참조로 인용된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드의 AAV 혈청형은 PHP.B 또는 AAV9이다. 일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 또는 AAV 캡시드 변이체의 AAV 혈청형은 보다 보편적인 프로모터가 사용되는 경우(예를 들어, CBA 또는 CMV)와 비교하여 뉴런 형질도입을 증진시키기 위해 시냅신 프로모터와 쌍을 이룬다.

일부 구현예에서 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAV9 또는 이의 변이체이다. 일부 구현예에서, AAV9 캡시드는 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV9 아미노산 서열은 서열번호 137을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화되어 있다. 일부 구현예에서, AAV9 캡시드는 서열번호 138과 적어도 70% 동일한, 예를 들어, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 초과로 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV9 캡시드는 서열번호 137과 적어도 70% 동일한, 예를 들어, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 초과로 동일한 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAV9 K449R 또는 이의 변이체이다. 일부 구현예에서, AAV9 K449R 캡시드는 서열번호 11의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV9 AAV9 캡시드는 서열번호 11과 적어도 70% 동일한, 예를 들어, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 초과로 동일한 아미노산 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAVDJ 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAVDJ8 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAVrh10 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAV1 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAVF7/HSC7 (WO2016049230의 서열번호 8 및 27)을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAVF15/HSC15 (WO2016049230의 서열번호 16 및 33)을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAVF17/HSC17 (WO2016049230의 서열번호 13 및 35)을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 AAV5 서열을 포함한다. 비제한적 예로서, AAV5 서열은 미국 특허 제6,984,517호의 서열번호 4이고, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 포함된다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 정맥내 투여 후 혈뇌 장벽 투과를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 예를 들어, 미세기포의 정맥내 투여와 커플링된 집속 초음파 (FUS)(FUS-MB), 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI 가이드 FUS 후 혈뇌 장벽 투과를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 뇌 영역으로의 증가된 분포를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 뇌 영역은 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 미상, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상, 조가비, 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 후근 신경절(DRG)에서의 형질도입에 비해 뇌 영역에서의 우선적인 형질도입을 보여준다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 척수 영역으로의 증가된 분포를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 척추 영역은 자궁경부 척수 영역, 흉추 척수 영역, 및/또는 요추 척수 영역을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 근육내 투여 및/또는 근육 섬유의 형질도입을 위해 적합하다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 척수 영역으로의 증가된 분포를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 근육 영역은 심장 근육, 대퇴사두근, 횡경막 근육 영역 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 근육 영역은 심장 근육 영역, 예를 들어, 심장 심방 근육 영역 또는 심장 심실 근육 영역을 포함한다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 표적화 서열은 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체 서열에 삽입된다. 비제한적인 예로서, 하나의 표적화 서열은 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 변이체 서열에 삽입될 수 있다. 비제한적인 예로서, 2개의 표적화 서열은 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 변이체 서열에 삽입될 수 있다. 비제한적인 예로서, 3개의 표적화 서열은 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 변이체 서열에 삽입될 수 있다. 비제한적인 예로서, 3개 초과의 표적화 서열은 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 변이체 서열에 삽입될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 삽입체, 예를 들어 표 1 또는 2에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 모체 AAV 캡시드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 적어도 1, 2, 3개 이상의 삽입체 서열을 포함할 수 있다.

이론에 얽매이는 것은 아니지만, 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체는 VP1 영역을 포함하는 것으로 이해된다. 일부 구현예에서, 모체 AAV 캡시드 서열 또는 AAV 캡시드 변이체는 VP1, VP2 및/또는 VP3 영역, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV VP1 캡시드 단백질, 예를 들어, 캡시드 변이체의 해독을 위한 개시 코돈은 CTG, TTG, 또는 GTG일 수 있고 이는 미국 특허 US8163543에 기재된 바와 같고, 이의 내용은 본원에서 전문이 참조로 인용된다.

본원의 개시내용은 캡시드 (Cap) 유전자에 의해 암호화된 구조적 캡시드 단백질(VP1, VP2 및 VP3을 포함하는)을 지칭한다. 이들 캡시드 단백질은 AAV와 같은 바이러스 벡터의 외부 단백질 구조 쉘(예를 들어, 캡시드)을 형성한다. Cap 폴리뉴클레오타이드로부터 합성된 VP 캡시드 단백질은 일반적으로 상응하는 Cap 뉴클레오티드 서열에서 개시 코돈(AUG 또는 ATG)과 관련된 펩타이드 서열에서의 첫번째 아미노산(Met1)으로서 메티오닌을 포함한다. 그러나 첫 번째 메티오닌(Met1) 잔기 또는 일반적으로 첫 번째 아미노산(AA1)이 Met-아미노펩티다제와 같은 단백질 처리 효소에 의해 폴리펩타이드 합성 후 또는 도중에 절단되는 것이 일반적이다. 이러한 "Met/AA-클리핑" 과정은 종종 폴리펩타이드 서열에서 두번째 아미노산 (예를 들어, 알라닌, 발린, 세린, 트레오닌 등)의 해당 아세틸화와 상호관련이 있다. Met-클리핑은 일반적으로 VP1 및 VP3 캡시드 단백질에서 발생하지만 VP2 캡시드 단백질에서도 발생할 수 있다.

Met/AA-클리핑이 불완전한 경우, 바이러스 캡시드를 포함하는 하나 이상 (1개, 2개 또는 3개)의 VP 캡시드 단백질의 혼합물이 생성될 수 있고, 이의 일부는 Met1/AA1 아미노산 (Met+/AA+)을 포함할 수 있고, 이의 일부는 Met/AA-클리핑의 결과로서 Met1/AA1 아미노산이 부재 (Met-/AA-)일 수 있다. 캡시드 단백질에서 Met/AA-클리핑에 관한 추가의 검토를 위해, 문헌(Jin, 등 Direct Liquid Chromatography/Mass Spectrometry Analysis for Complete Characterization of Recombinant Adeno-Associated Virus Capsid Proteins. Hum Gene Ther Methods. 2017 Oct. 28(5):255-267; Hwang, 등 N-Terminal Acetylation of Cellular Proteins Creates Specific Degradation Signals. Science. 2010 February 19. 327(5968): 973-977)을 참조하고; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다.

본원 개시내용에 따르면, 캡시드 단백질, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체에 대한 언급은 클리핑된(Met-/AA-) 또는 클리핑되지 않은(Met+/AA+) 중 하나로 제한되지 않고, 맥락상 독립적인 캡시드 단백질, 캡시드 단백질 및/또는 본원 개시내용의 암호화하거나, 기재하거나 생성하거나 초래하는 폴리뉴클레오타이드 서열 (또는 이의 단편)으로 구성된 바이러스 캡시드를 지칭할 수 있다. 캡시드 단백질 또는 캡시드 폴리펩타이드(예를 들어, VP1, VP2 또는 VP2)에 대한 직접적인 언급은 또한 Met1/AA1 아미노산(Met+/AA+)을 포함하는 VP 캡시드 단백질뿐만 아니라 Met/AA-클리핑의 결과로서 Met1/AA1 아미노산이 부재(Met-/AA-)인 상응하는 VP 캡시드 단백질을 포함할 수 있다.

추가로 본원 개시내용에 따르면, Met1/AA1 아미노산(Met+/AA+)을 포함하는 하나 이상의 캡시드 단백질을 각각 포함하거나 암호화하는 특정 서열번호(단백질이든 핵산이든)에 대한 언급은 Met1/AA1 아미노산이 결여된 VP 캡시드 단백질을 교시하는 것으로 이해되어야 하고, 서열 검토 시 단지 첫번째 목록의 아미노산(Met1/AA1 여부에 관계없이)이 단순히 결여된 임의의 서열을 쉽게 알 수 있다.

비제한적 예로서, 길이가 736개 아미노산이고 AUG/ATG 개시 코돈에 의해 암호화된 "Met1" 아미노산(Met+)을 포함하는 VP1 폴리펩타이드 서열에 대한 언급은 또한 길이가 735개 아미노산이고 736개 아미노산 Met+ 서열의 "Met1" 아미노산을 포함하지 않는 VP1 폴리펩타이드 서열(Met-)을 교시하는 것으로 이해되어야만 한다. 2번째 비제한적 예로서, 길이가 736개 아미노산이고 NNN 개시 코돈에 의해 암호화된 "AA1" 아미노산(Met+)을 포함하는 VP1 폴리펩타이드 서열에 대한 언급은 또한 길이가 735개 아미노산이고 736개 AA1+ 서열의 "AA1" 아미노산을 포함하지 않는 VP1 폴리펩타이드 서열(Met-)을 교시하는 것으로 이해되어야만 한다.

VP 캡시드 단백질로부터 형성된 바이러스 캡시드에 대한 언급(예를 들어, 특정 AAV 캡시드 혈청형에 대한 언급)은 Met1/AA1 아미노산(Met+/AA1+)을 포함하는 VP 캡시드 단백질, Met/AA1-클리핑의 결과로서 Met1/AA1 아미노산이 부재인 상응하는 VP 캡시드 단백질(Met-/AA1-) 및 이들의 조합(Met+/AA1+ 및 Met-/AA1-)을 포함할 수 있다.

비제한적인 예로서, AAV 캡시드 혈청형은 VP1 (Met+/AA1+), VP1 (Met-/AA1-), 또는 VP1 (Met+/AA1+) 및 VP1 (Met-/AA1-)의 조합을 포함할 수 있다. AAV 캡시드 혈청형은 또한 VP3 (Met+/AA1+), VP3 (Met-/AA1-), 또는 VP3 (Met+/AA1+) 및 VP3 (Met-/AA1-)을 포함할 수 있고; 또한 VP2 (Met+/AA1) 및 VP2 (Met-/AA1-)의 유사한 임의의 조합을 포함할 수 있다.

추가의 AAV 서열

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체는 하기를 포함하거나, 모체 AAV 캡시드는 서열 번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588 또는 589 바로 후속하여, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드가 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 임의의 것의 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 9개의 연속 아미노산을 포함하도록 변형된다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개 연속 아미노산을 갖는, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재하는, 삽입체 서열을 포함하지 않는다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 본원에 기재된 것들 중 어느 하나와 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.

본원에 기재된 임의의 구현예에서, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개의 연속 아미노산 이외의 위치는 서열번호 138인 참조 서열 및 탐색 서열의 정렬을 제공하고, 참조 서열에서 위치 586 내지 594에 상응하는 탐색 서열의 위치에 상응하는 잔기를 동정함에 의해 동정될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 본원에 기재된 것들 중 어느 하나와 50%, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일성을 갖는 핵산 서열에 의해 암호화될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 AAV9일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 AAV9hu.14 (서열번호 137 또는 138)일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 AAV9 K449R (서열번호 11)일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 PHP.B (서열번호 5 또는 6)일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 PHP.N (서열번호 4)일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 VOY101 (서열번호 1 또는 2)일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 VOY201 (서열번호 3 또는 1724)일 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 AAV5일 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 하기 중 어느 하나로부터 선택될 수 있다: VOY101, VOY201, AAVPHP.B (PHP.B), AAVPHP.A (PHP.A), AAVG2B-26, AAVG2B-13, AAVTH1.1-32, AAVTH1.1-35, AAVPHP.B2 (PHP.B2), AAVPHP.B3 (PHP.B3), AAVPHP.N/PHP.B-DGT, AAVPHP.B-EST, AAVPHP.B-GGT, AAVPHP.B-ATP, AAVPHP.B-ATT-T, AAVPHP.B-DGT-T, AAVPHP.B-GGT-T, AAVPHP.B-SGS, AAVPHP.B-AQP, AAVPHP.B-QQP, AAVPHP.B-SNP(3), AAVPHP.B-SNP, AAVPHP.B-QGT, AAVPHP.B-NQT, AAVPHP.B-EGS, AAVPHP.B-SGN, AAVPHP.B-EGT, AAVPHP.B-DST, AAVPHP.B-DST, AAVPHP.B-STP, AAVPHP.B-PQP, AAVPHP.B-SQP, AAVPHP.B-QLP, AAVPHP.B-TMP, AAVPHP.B-TTP, AAVPHP.S/G2A12, AAVG2A15/G2A3 (G2A3), AAVG2B4 (G2B4), AAVG2B5 (G2B5), PHP.S, AAV1, AAV2, AAV2G9, AAV3, AAV3a, AAV3b, AAV3-3, AAV4, AAV4-4, AAV5, AAV6, AAV6.1, AAV6.2, AAV6.1.2, AAV7, AAV7.2, AAV8, AAV9, AAV9 K449R, AAV9.11, AAV9.13, AAV9.16, AAV9.24, AAV9.45, AAV9.47, AAV9.61, AAV9.68, AAV9.84, AAV9.9, AAV10, AAV11, AAV12, AAV16.3, AAV24.1, AAV27.3, AAV42.12, AAV42-1b, AAV42-2, AAV42-3a, AAV42-3b, AAV42-4, AAV42-5a, AAV42-5b, AAV42-6b, AAV42-8, AAV42-10, AAV42-11, AAV42-12, AAV42-13, AAV42-15, AAV42-aa, AAV43-1, AAV43-12, AAV43-20, AAV43-21, AAV43-23, AAV43-25, AAV43-5, AAV44.1, AAV44.2, AAV44.5, AAV223.1, AAV223.2, AAV223.4, AAV223.5, AAV223.6, AAV223.7, AAV1-7/rh.48, AAV1-8/rh.49, AAV2-15/rh.62, AAV2-3/rh.61, AAV2-4/rh.50, AAV2-5/rh.51, AAV3.1/hu.6, AAV3.1/hu.9, AAV3-9/rh.52, AAV3-11/rh.53, AAV4-8/r11.64, AAV4-9/rh.54, AAV4-19/rh.55, AAV5-3/rh.57, AAV5-22/rh.58, AAV7.3/hu.7, AAV16.8/hu.10, AAV16.12/hu.11, AAV29.3/bb.1, AAV29.5/bb.2, AAV106.1/hu.37, AAV114.3/hu.40, AAV127.2/hu.41, AAV127.5/hu.42, AAV128.3/hu.44, AAV130.4/hu.48, AAV145.1/hu.53, AAV145.5/hu.54, AAV145.6/hu.55, AAV161.10/hu.60, AAV161.6/hu.61, AAV33.12/hu.17, AAV33.4/hu.15, AAV33.8/hu.16, AAV52/hu.19, AAV52.1/hu.20, AAV58.2/hu.25, AAVA3.3, AAVA3.4, AAVA3.5, AAVA3.7, AAVC1, AAVC2, AAVC5, AAV-DJ, AAV-DJ8, AAVF3, AAVF5, AAVH2, AAVrh.72, AAVhu.8, AAVrh.68, AAVrh.70, AAVpi.1, AAVpi.3, AAVpi.2, AAVrh.60, AAVrh.44, AAVrh.65, AAVrh.55, AAVrh.47, AAVrh.69, AAVrh.45, AAVrh.59, AAVhu.12, AAVH6, AAVLK03, AAVH-1/hu.1, AAVH-5/hu.3, AAVLG-10/rh.40, AAVLG-4/rh.38, AAVLG-9/hu.39, AAVN721-8/rh.43, AAVCh.5, AAVCh.5R1, AAVcy.2, AAVcy.3, AAVcy.4, AAVcy.5, AAVCy.5R1, AAVCy.5R2, AAVCy.5R3, AAVCy.5R4, AAVcy.6, AAVhu.1, AAVhu.2, AAVhu.3, AAVhu.4, AAVhu.5, AAVhu.6, AAVhu.7, AAVhu.9, AAVhu.10, AAVhu.11, AAVhu.13, AAVhu.15, AAVhu.16, AAVhu.17, AAVhu.18, AAVhu.20, AAVhu.21, AAVhu.22, AAVhu.23.2, AAVhu.24, AAVhu.25, AAVhu.27, AAVhu.28, AAVhu.29, AAVhu.29R, AAVhu.31, AAVhu.32, AAVhu.34, AAVhu.35, AAVhu.37, AAVhu.39, AAVhu.40, AAVhu.41, AAVhu.42, AAVhu.43, AAVhu.44, AAVhu.44R1, AAVhu.44R2, AAVhu.44R3, AAVhu.45, AAVhu.46, AAVhu.47, AAVhu.48, AAVhu.48R1, AAVhu.48R2, AAVhu.48R3, AAVhu.49, AAVhu.51, AAVhu.52, AAVhu.54, AAVhu.55, AAVhu.56, AAVhu.57, AAVhu.58, AAVhu.60, AAVhu.61, AAVhu.63, AAVhu.64, AAVhu.66, AAVhu.67, AAVhu.14/9, AAVhu.t 19, AAVrh.2, AAVrh.2R, AAVrh.8, AAVrh.8R, AAVrh.10, AAVrh.12, AAVrh.13, AAVrh.13R, AAVrh.14, AAVrh.17, AAVrh.18, AAVrh.19, AAVrh.20, AAVrh.21, AAVrh.22, AAVrh.23, AAVrh.24, AAVrh.25, AAVrh.31, AAVrh.32, AAVrh.33, AAVrh.34, AAVrh.35, AAVrh.36, AAVrh.37, AAVrh.37R2, AAVrh.38, AAVrh.39, AAVrh.40, AAVrh.46, AAVrh.48, AAVrh.48.1, AAVrh.48.1.2, AAVrh.48.2, AAVrh.49, AAVrh.51, AAVrh.52, AAVrh.53, AAVrh.54, AAVrh.56, AAVrh.57, AAVrh.58, AAVrh.61, AAVrh.64, AAVrh.64R1, AAVrh.64R2, AAVrh.67, AAVrh.73, AAVrh.74, AAVrh8R, AAVrh8R A586R 돌연변이체, AAVrh8R R533A 돌연변이체, AAAV, BAAV, 염소 AAV, 소 AAV, AAVhE1.1, AAVhEr1.5, AAVhER1.14, AAVhEr1.8, AAVhEr1.16, AAVhEr1.18, AAVhEr1.35, AAVhEr1.7, AAVhEr1.36, AAVhEr2.29, AAVhEr2.4, AAVhEr2.16, AAVhEr2.30, AAVhEr2.31, AAVhEr2.36, AAVhER1.23, AAVhEr3.1, AAV2.5T, AAV-PAEC, AAV-LK01, AAV-LK02, AAV-LK03, AAV-LK04, AAV-LK05, AAV-LK06, AAV-LK07, AAV-LK08, AAV-LK09, AAV-LK10, AAV-LK11, AAV-LK12, AAV-LK13, AAV-LK14, AAV-LK15, AAV-LK16, AAV-LK17, AAV-LK18, AAV-LK19, AAV-PAEC2, AAV-PAEC4, AAV-PAEC6, AAV-PAEC7, AAV-PAEC8, AAV-PAEC11, AAV-PAEC12, AAV-2-pre-miRNA-101　, AAV-8h, AAV-8b, AAV-h, AAV-b, AAV SM 10-2　, AAV 셔플 100-1　, AAV 셔플 100-3, AAV 셔플 100-7, AAV 셔플 10-2, AAV 셔플 10-6, AAV 셔플 10-8, AAV 셔플 100-2, AAV SM 10-1, AAV SM 10-8　, AAV SM 100-3, AAV SM 100-10, BNP61 AAV, BNP62 AAV, BNP63 AAV, AAVrh.50, AAVrh.43, AAVrh.62, AAVrh.48, AAVhu.19, AAVhu.11, AAVhu.53, AAV4-8/rh.64, AAVLG-9/hu.39, AAV54.5/hu.23, AAV54.2/hu.22, AAV54.7/hu.24, AAV54.1/hu.21, AAV54.4R/hu.27, AAV46.2/hu.28, AAV46.6/hu.29, AAV128.1/hu.43, 진정한 유형 AAV (ttAAV), UPENN AAV 10, 일본 AAV 10 혈청형, AAV CBr-7.1, AAV CBr-7.10, AAV CBr-7.2, AAV CBr-7.3, AAV CBr-7.4, AAV CBr-7.5, AAV CBr-7.7, AAV CBr-7.8, AAV CBr-B7.3, AAV CBr-B7.4, AAV CBr-E1, AAV CBr-E2, AAV CBr-E3, AAV CBr-E4, AAV CBr-E5, AAV CBr-e5, AAV CBr-E6, AAV CBr-E7, AAV CBr-E8, AAV CHt-1, AAV CHt-2, AAV CHt-3, AAV CHt-6.1, AAV CHt-6.10, AAV CHt-6.5, AAV CHt-6.6, AAV CHt-6.7, AAV CHt-6.8, AAV CHt-P1, AAV CHt-P2, AAV CHt-P5, AAV CHt-P6, AAV CHt-P8, AAV CHt-P9, AAV CKd-1, AAV CKd-10, AAV CKd-2, AAV CKd-3, AAV CKd-4, AAV CKd-6, AAV CKd-7, AAV CKd-8, AAV CKd-B1, AAV CKd-B2, AAV CKd-B3, AAV CKd-B4, AAV CKd-B5, AAV CKd-B6, AAV CKd-B7, AAV CKd-B8, AAV CKd-H1, AAV CKd-H2, AAV CKd-H3, AAV CKd-H4, AAV CKd-H5, AAV CKd-H6, AAV CKd-N3, AAV CKd-N4, AAV CKd-N9, AAV CLg-F1, AAV CLg-F2, AAV CLg-F3, AAV CLg-F4, AAV CLg-F5, AAV CLg-F6, AAV CLg-F7, AAV CLg-F8, AAV CLv-1, AAV CLv1-1, AAV Clv1-10, AAV CLv1-2, AAV CLv-12, AAV CLv1-3, AAV CLv-13, AAV CLv1-4, AAV Clv1-7, AAV Clv1-8, AAV Clv1-9, AAV CLv-2, AAV CLv-3, AAV CLv-4, AAV CLv-6, AAV CLv-8, AAV CLv-D1, AAV CLv-D2, AAV CLv-D3, AAV CLv-D4, AAV CLv-D5, AAV CLv-D6, AAV CLv-D7, AAV CLv-D8, AAV CLv-E1, AAV CLv-K1, AAV CLv-K3, AAV CLv-K6, AAV CLv-L4, AAV CLv-L5, AAV CLv-L6, AAV CLv-M1, AAV CLv-M11, AAV CLv-M2, AAV CLv-M5, AAV CLv-M6, AAV CLv-M7, AAV CLv-M8, AAV CLv-M9, AAV CLv-R1, AAV CLv-R2, AAV CLv-R3, AAV CLv-R4, AAV CLv-R5, AAV CLv-R6, AAV CLv-R7, AAV CLv-R8, AAV CLv-R9, AAV CSp-1, AAV CSp-10, AAV CSp-11, AAV CSp-2, AAV CSp-3, AAV CSp-4, AAV CSp-6, AAV CSp-7, AAV CSp-8, AAV CSp-8.10, AAV CSp-8.2, AAV CSp-8.4, AAV CSp-8.5, AAV CSp-8.6, AAV CSp-8.7, AAV CSp-8.8, AAV CSp-8.9, AAV CSp-9, AAV.hu.48R3, AAV.VR-355, AAV3B, AAV4, AAV5, AAVF1/HSC1, AAVF11/HSC11, AAVF12/HSC12, AAVF13/HSC13, AAVF14/HSC14, AAVF15/HSC15, AAVF16/HSC16, AAVF17/HSC17, AAVF2/HSC2, AAVF3/HSC3, AAVF4/HSC4, AAVF5/HSC5, AAVF6/HSC6, AAVF7/HSC7, AAVF8/HSC8, 및/또는 AAVF9/HSC9 및 이의 변이체.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서, 미국 공개 공보 US20030138772 (이의 내용은 이의 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV1 (US20030138772의 서열번호 6 및 64), AAV2 (US20030138772의 서열번호 7 및 70), AAV3 (US20030138772의 서열번호 8 및 71), AAV4 (US20030138772의 서열번호 63), AAV5 (US20030138772의 서열번호 114), AAV6 (US20030138772의 서열번호 65), AAV7 (US20030138772의 서열번호 1-3), AAV8 (US20030138772의 서열번호 4 및 95), AAV9 (US20030138772의 서열번호 5 및 100), AAV10 (US20030138772의 서열번호 117), AAV11 (US20030138772의 서열번호 118), AAV12 (US20030138772의 서열번호 119), AAVrh10 (US20030138772의 서열번호 81의 아미노산 1 내지 738), AAV16.3 (US20030138772의 서열번호 10), AAV29.3/bb.1 (US20030138772의 서열번호 11), AAV29.4 (US20030138772의 서열번호 12), AAV29.5/bb.2 (US20030138772의 서열번호 13), AAV1.3 (US20030138772의 서열번호 14), AAV13.3 (US20030138772의 서열번호 15), AAV24.1 (US20030138772의 서열번호 16), AAV27.3 (US20030138772의 서열번호 17), AAV7.2 (US20030138772의 서열번호 18), AAVC1 (US20030138772의 서열번호 19), AAVC3 (US20030138772의 서열번호 20), AAVC5 (US20030138772의 서열번호 21), AAVF1 (US20030138772의 서열번호 22), AAVF3 (US20030138772의 서열번호 23), AAVF5 (US20030138772의 서열번호 24), AAVH6 (US20030138772의 서열번호 25), AAVH2 (US20030138772의 서열번호 26), AAV42-8 (US20030138772의 서열번호 27), AAV42-15 (US20030138772의 서열번호 28), AAV42-5b (US20030138772의 서열번호 29), AAV42-1b (US20030138772의 서열번호 30), AAV42-13 (US20030138772의 서열번호 31), AAV42-3a (US20030138772의 서열번호 32), AAV42-4 (US20030138772의 서열번호 33), AAV42-5a (US20030138772의 서열번호 34), AAV42-10 (US20030138772의 서열번호 35), AAV42-3b (US20030138772의 서열번호 36), AAV42-11 (US20030138772의 서열번호 37), AAV42-6b (US20030138772의 서열번호 38), AAV43-1 (US20030138772의 서열번호 39), AAV43-5 (US20030138772의 서열번호 40), AAV43-12 (US20030138772의 서열번호 41), AAV43-20 (US20030138772의 서열번호 42), AAV43-21 (US20030138772의 서열번호 43), AAV43-23 (US20030138772의 서열번호 44), AAV43-25 (US20030138772의 서열번호 45), AAV44.1 (US20030138772의 서열번호 46), AAV44.5 (US20030138772의 서열번호 47), AAV223.1 (US20030138772의 서열번호 48), AAV223.2 (US20030138772의 서열번호 49), AAV223.4 (US20030138772의 서열번호 50), AAV223.5 (US20030138772의 서열번호 51), AAV223.6 (US20030138772의 서열번호 52), AAV223.7 (US20030138772의 서열번호 53), AAVA3.4 (US20030138772의 서열번호 54), AAVA3.5 (US20030138772의 서열번호 55), AAVA3.7 (US20030138772의 서열번호 56), AAVA3.3 (US20030138772의 서열번호 57), AAV42.12 (US20030138772의 서열번호 58), AAV44.2 (US20030138772의 서열번호 59), AAV42-2 (US20030138772의 서열번호 9), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 3개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 공개 공보 US20150159173 (이의 내용은 전문이 참조로 인용됨)에 기재된 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV2 (US20150159173의 서열번호 7 및 23), rh20 (US20150159173의 서열번호 1), rh32/33 (US20150159173의 서열번호 2), rh39 (US20150159173의 서열번호 3, 20 및 36), rh46 (US20150159173의 서열번호 4 및 22), rh73 (US20150159173의 서열번호 5), rh74 (US20150159173의 서열번호 6), AAV6.1 (US20150159173의 서열번호 29), rh.8 (US20150159173의 서열번호 41), rh.48.1 (US20150159173의 서열번호 44), hu.44 (US20150159173의 서열번호 45), hu.29 (US20150159173의 서열번호 42), hu.48 (US20150159173의 서열번호 38), rh54 (US20150159173의 서열번호 49), AAV2 (US20150159173의 서열번호 7), cy.5 (US20150159173의 서열번호 8 및 24), rh.10 (US20150159173의 서열번호 9 및 25), rh.13 (US20150159173의 서열번호 10 및 26), AAV1 (US20150159173의 서열번호 11 및 27), AAV3 (US20150159173의 서열번호12 및 28), AAV6 (US20150159173의 서열번호 13 및 29), AAV7 (US20150159173의 서열번호 14 및 30), AAV8 (US20150159173의 서열번호 15 및 31), hu.13 (US20150159173의 서열번호 16 및 32), hu.26 (US20150159173의 서열번호 17 및 33), hu.37 (US20150159173의 서열번호 18 및 34), hu.53 (US20150159173의 서열번호 19 및 35), rh.43 (US20150159173의 서열번호 21 및 37), rh2 (US20150159173의 서열번호 39), rh.37 (US20150159173의 서열번호 40), rh.64 (US20150159173의 서열번호 43), rh.48 (US20150159173의 서열번호 44), ch.5 (US20150159173의 서열번호 46), rh.67 (US20150159173의 서열번호 47), rh.58 (US20150159173의 서열번호 48), 또는 이의 변이체로서 다음을 포함하지만 이에 제한되지 않는 Cy5R1, Cy5R2, Cy5R3, Cy5R4, rh.13R, rh.37R2, rh.2R, rh.8R, rh.48.1, rh.48.2, rh.48.1.2, hu.44R1, hu.44R2, hu.44R3, hu.29R, ch.5R1, rh64R1, rh64R2, AAV6.2, AAV6.1, AAV6.12, hu.48R1, hu.48R2, 및 hu.48R3일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 제7198951호에 기재된 바와 같은 서열 (이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨), 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV9 (US 7198951의 서열번호 1 내지 3), AAV2 (US 7198951의 서열번호 4), AAV1 (US 7198951의 서열번호 5), AAV3 (US 7198951의 서열번호 6), 및 AAV8 (US7198951의 서열번호 7)일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 문헌(참조: N Pulicherla 등 (Molecular Therapy 19(6):1070-1078 (2011), 이의 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 의해 기재된 것과 같은 AAV9 서열에서 돌연변이, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV9.9, AAV9.11, AAV9.13, AAV9.16, AAV9.24, AAV9.45, AAV9.47, AAV9.61, AAV9.68, AAV9.84일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US 6156303에 기재된 바와 같은 서열 (이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨), 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV3B (US 6156303의 서열번호 1 및 10), AAV6 (US 6156303의 서열번호 2, 7 11), AAV2 (US 6156303의 서열번호 3 및 8), AAV3A (US 6156303의 서열번호 4 및 9), 또는 이의 유도체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 US20140359799 에 기재된 바와 같은 서열 (이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨), 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV8 (US20140359799의 서열번호 1), AAVDJ(US20140359799의 서열번호 2 및 3) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 AAVDJ 또는 이의 변이체, 예를 들어, 문헌(참조: Grimm 등 (Journal of Virology 82(12): 5887-5911 (2008), 이의 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같이 AAVDJ8 (또는 AAV-DJ8)일 수 있거나 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAVDJ8의 아미노산 서열은 헤파린 결합 도메인 (HBD)을 제거하기 위해 2개 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 미국 특허 제7,588,772호(이의 전문이 본원에 참조로 인용됨)에서 서열번호 1로서 기재된 AAV-DJ 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 WO1998011244(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 AAV4의 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV4 (WO1998011244의 서열번호 2-20)일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 국제 공개 공보 WO2014144229에 기재되고 이의 전문이 참조로 인용된 AAV2G9를 생성하기 위해 AAV2 서열 내 돌연변이일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이쳬, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 국제 공개 공보 WO2005033321(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV3-3 (WO2005033321의 서열번호 217), AAV1 (WO2005033321의 서열번호 219 및 202), AAV106.1/hu.37 (WO2005033321의 서열번호 10), AAV114.3/hu.40 (WO2005033321의 서열번호 11), AAV127.2/hu.41 (WO2005033321의 서열번호 6 및 8), AAV128.3/hu.44 (WO2005033321의 서열번호 81), AAV130.4/hu.48 (WO2005033321의 서열번호 78), AAV145.1/hu.53 (WO2005033321의 서열번호 176 및 177), AAV145.6/hu.56 (WO2005033321의 서열번호 168 및 192), AAV16.12/hu.11 (WO2005033321의 서열번호 153 및 57), AAV16.8/hu.10 (WO2005033321의 서열번호 156 및 56), AAV161.10/hu.60 (WO2005033321의 서열번호 170), AAV161.6/hu.61 (WO2005033321의 서열번호 174), AAV1-7/rh.48 (WO2005033321의 서열번호 32), AAV1-8/rh.49 (WO2005033321의 서열번호 103 및 25), AAV2 (WO2005033321의 서열번호 211 및 221), AAV2-15/rh.62 (WO2005033321의 서열번호 33 및 114), AAV2-3/rh.61 (WO2005033321의 서열번호 21), AAV2-4/rh.50 (WO2005033321의 서열번호 23 및 108), AAV2-5/rh.51 (WO2005033321의 서열번호 104 및 22), AAV3.1/hu.6 (WO2005033321의 서열번호 5 및 84), AAV3.1/hu.9 (WO2005033321의 서열번호 155 및 58), AAV3-11/rh.53 (WO2005033321의 서열번호 186 및 176), AAV3-3 (WO2005033321의 서열번호 201), AAV33.12/hu.17 (WO2005033321의 서열번호 4), AAV33.4/hu.15 (WO2005033321의 서열번호 50), AAV33.8/hu.16 (WO2005033321의 서열번호 51), AAV3-9/rh.52 (WO2005033321의 서열번호 96 및 18), AAV4-19/rh.55 (WO2005033321의 서열번호 117), AAV4-4 (WO2005033321의 서열번호 201 및 218), AAV4-9/rh.54 (WO2005033321의 서열번호 116), AAV5 (WO2005033321의 서열번호 199 및 216), AAV52.1/hu.20 (WO2005033321의 서열번호 63), AAV52/hu.19 (WO2005033321의 서열번호 133), AAV5-22/rh.58 (WO2005033321의 서열번호 27), AAV5-3/rh.57 (WO2005033321의 서열번호 105), AAV5-3/rh.57 (WO2005033321의 서열번호 26), AAV58.2/hu.25 (WO2005033321의서열번호 49), AAV6 (WO2005033321의 서열번호 203 및 220), AAV7 (WO2005033321의 서열번호 222 및 213), AAV7.3/hu.7 (WO2005033321의 서열번호 55), AAV8 (WO2005033321의 서열번호 223 및 214), AAVH-1/hu.1 (WO2005033321의 서열번호 46), AAVH-5/hu.3 (WO2005033321의 서열번호 44), AAVhu.1 (WO2005033321의 서열번호 144), AAVhu.10 (WO2005033321의 서열번호 156), AAVhu.11 (WO2005033321의 서열번호 153), AAVhu.12 (WO2005033321의 서열번호 59), AAVhu.13 (WO2005033321의 서열번호 129), AAVhu.14/AAV9 (WO2005033321의 서열번호 123 및 3), AAVhu.15 (WO2005033321의 서열번호 147), AAVhu.16 (WO2005033321의 서열번호 148), AAVhu.17 (WO2005033321의 서열번호 83), AAVhu.18 (WO2005033321의 서열번호 149), AAVhu.19 (WO2005033321의 서열번호 133), AAVhu.2 (WO2005033321의 서열번호 143), AAVhu.20 (WO2005033321의 서열번호 134), AAVhu.21 (WO2005033321의 서열번호 135), AAVhu.22 (WO2005033321의 서열번호 138), AAVhu.23.2 (WO2005033321의 서열번호 137), AAVhu.24 (WO2005033321의 서열번호 136), AAVhu.25 (WO2005033321의 서열번호 146), AAVhu.27 (WO2005033321의 서열번호 140), AAVhu.29 (WO2005033321의 서열번호 132), AAVhu.3 (WO2005033321의 서열번호 145), AAVhu.31 (WO2005033321의 서열번호 121), AAVhu.32 (WO2005033321의 서열번호 122), AAVhu.34 (WO2005033321의 서열번호 125), AAVhu.35 (WO2005033321의 서열번호 164), AAVhu.37 (WO2005033321의 서열번호 88), AAVhu.39 (WO2005033321의 서열번호 102), AAVhu.4 (WO2005033321의 서열번호 141), AAVhu.40 (WO2005033321의 서열번호 87), AAVhu.41 (WO2005033321의 서열번호 91), AAVhu.42 (WO2005033321의 서열번호 85), AAVhu.43 (WO2005033321의 서열번호 160), AAVhu.44 (WO2005033321의 서열번호 144), AAVhu.45 (WO2005033321의 서열번호 127), AAVhu.46 (WO2005033321의 서열번호 159), AAVhu.47 (WO2005033321의 서열번호 128), AAVhu.48 (WO2005033321의 서열번호 157), AAVhu.49 (WO2005033321의 서열번호 189), AAVhu.51 (WO2005033321의 서열번호 190), AAVhu.52 (WO2005033321의 서열번호 191), AAVhu.53 (WO2005033321의 서열번호 186), AAVhu.54 (WO2005033321의 서열번호 188), AAVhu.55 (WO2005033321의 서열번호 187), AAVhu.56 (WO2005033321의 서열번호 192), AAVhu.57 (WO2005033321의 서열번호 193), AAVhu.58 (WO2005033321의 서열번호 194), AAVhu.6 (WO2005033321의 서열번호 84), AAVhu.60 (WO2005033321의 서열번호 184), AAVhu.61 (WO2005033321의 서열번호 185), AAVhu.63 (WO2005033321의 서열번호 195), AAVhu.64 (WO2005033321의 서열번호 196), AAVhu.66 (WO2005033321의 서열번호 197), AAVhu.67 (WO2005033321의 서열번호 198), AAVhu.7 (WO2005033321의 서열번호 150), AAVhu.8 (WO2005033321의 서열번호 12), AAVhu.9 (WO2005033321의 서열번호 155), AAVLG-10/rh.40 (WO2005033321의 서열번호 14), AAVLG-4/rh.38 (WO2005033321의 서열번호 86), AAVLG-4/rh.38 (WO2005033321의 서열번호 7), AAVN721-8/rh.43 (WO2005033321의 서열번호 163), AAVN721-8/rh.43 (WO2005033321의 서열번호 43), AAVpi.1 (WO2005033321의 서열번호 28), AAVpi.2 (WO2005033321의 서열번호 30), AAVpi.3 (WO2005033321의 서열번호 29), AAVrh.38 (WO2005033321의 서열번호 86), AAVrh.40 (WO2005033321의 서열번호 92), AAVrh.43 (WO2005033321의 서열번호 163), AAVrh.44 (WO2005033321의 서열번호 34), AAVrh.45 (WO2005033321의 서열번호 41), AAVrh.47 (WO2005033321의 서열번호 38), AAVrh.48 (WO2005033321의 서열번호 115), AAVrh.49 (WO2005033321의 서열번호 103), AAVrh.50 (WO2005033321의 서열번호 108), AAVrh.51 (WO2005033321의 서열번호 104), AAVrh.52 (WO2005033321의 서열번호 96), AAVrh.53 (WO2005033321의 서열번호 97), AAVrh.55 (WO2005033321의 서열번호 37), AAVrh.56 (WO2005033321의 서열번호 152), AAVrh.57 (WO2005033321의 서열번호 105), AAVrh.58 (WO2005033321의 서열번호 106), AAVrh.59 (WO2005033321의 서열번호 42), AAVrh.60 (WO2005033321의 서열번호 31), AAVrh.61 (WO2005033321의 서열번호 107), AAVrh.62 (WO2005033321의 서열번호 114), AAVrh.64 (WO2005033321의 서열번호 99), AAVrh.65 (WO2005033321의 서열번호 35), AAVrh.68 (WO2005033321의 서열번호 16), AAVrh.69 (WO2005033321의 서열번호 39), AAVrh.70 (WO2005033321의 서열번호 20), AAVrh.72 (WO2005033321의 서열번호 9), 또는 이의 변이체로서 다음을 포함하지만 이에 제한되지 않는 AAVcy.2, AAVcy.3, AAVcy.4, AAVcy.5, AAVcy.6, AAVrh.12, AAVrh.17, AAVrh.18, AAVrh.19, AAVrh.21, AAVrh.22, AAVrh.23, AAVrh.24, AAVrh.25, AAVrh.25/42 15, AAVrh.31, AAVrh.32, AAVrh.33, AAVrh.34, AAVrh.35, AAVrh.36, AAVrh.37, AAVrh14일 수 있거나 가질 수 있다. 변이체의 비제한적인 예는 WO2005033321의 서열번호 13, 15, 17, 19, 24, 36, 40, 45, 47, 48, 51-54, 60-62, 64-77, 79, 80, 82, 89, 90, 93-95, 98, 100, 101, 109-113, 118-120, 124, 126, 131, 139, 142, 151,154, 158, 161, 162, 165-183, 202, 204-212, 215, 219, 224-236을 포함하고, 이의 내용은 이의 전문이 본원에 참조로 인용된다.

일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 WO2015168666(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAVrh8R (WO2015168666의 서열번호 9), AAVrh8R A586R 돌연변이체(WO2015168666의 서열번호 10), AAVrh8R R533A 돌연변이체 (WO2015168666의 서열번호 11) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US9233131(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAVhE1.1 (US9233131의 서열번호 44), AAVhEr1.5 (US9233131의 서열번호 45), AAVhER1.14 (US9233131의 서열번호 46), AAVhEr1.8 (US9233131의 서열번호 47), AAVhEr1.16 (US9233131의 서열번호 48), AAVhEr1.18 (US9233131의 서열번호 49), AAVhEr1.35 (US9233131의 서열번호 50), AAVhEr1.7 (US9233131의 서열번호 51), AAVhEr1.36 (US9233131의 서열번호 52), AAVhEr2.29 (US9233131의 서열번호 53), AAVhEr2.4 (US9233131의 서열번호 54), AAVhEr2.16 (US9233131의 서열번호 55), AAVhEr2.30 (US9233131의 서열번호 56), AAVhEr2.31 (US9233131의 서열번호 58), AAVhEr2.36 (US9233131의 서열번호 57), AAVhER1.23 (US9233131의 서열번호 53), AAVhEr3.1 (US9233131의 서열번호 59), AAV2.5T (US9233131의 서열번호 42), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 US20150376607(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV-PAEC (US20150376607의 서열번호 1), AAV-LK01 (US20150376607의 서열번호 2), AAV-LK02 (US20150376607의 서열번호 3), AAV-LK03 (US20150376607의 서열번호 4), AAV-LK04 (US20150376607의 서열번호 5), AAV-LK05 (US20150376607의 서열번호 6), AAV-LK06 (US20150376607의 서열번호 7), AAV-LK07 (US20150376607의 서열번호 8), AAV-LK08 (US20150376607의 서열번호 9), AAV-LK09 (US20150376607의 서열번호 10), AAV-LK10 (US20150376607의 서열번호 11), AAV-LK11 (US20150376607의 서열번호 12), AAV-LK12 (US20150376607의 서열번호 13), AAV-LK13 (US20150376607의 서열번호 14), AAV-LK14 (US20150376607의 서열번호 15), AAV-LK15 (US20150376607의 서열번호 16), AAV-LK16 (US20150376607의 서열번호 17), AAV-LK17 (US20150376607의 서열번호 18), AAV-LK18 (US20150376607의 서열번호 19), AAV-LK19 (US20150376607의 서열번호 20), AAV-PAEC2 (US20150376607의 서열번호 21), AAV-PAEC4 (US20150376607의 서열번호 22), AAV-PAEC6 (US20150376607의 서열번호 23), AAV-PAEC7 (US20150376607의 서열번호 24), AAV-PAEC8 (US20150376607의 서열번호 25), AAV-PAEC11 (US20150376607의 서열번호 26), AAV-PAEC12 (US20150376607의 서열번호 27)또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US9163261(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV-2-pre-miRNA-101 (US913261의 서열번호 1)일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 US20150376240(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV-8h (US20150376240의 서열번호 6), AAV-8b (US20150376240의 서열번호 5), AAV-h (US20150376240의 서열번호 2), AAV-b (US20150376240의 서열번호 1), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 US20160017295(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV SM 10-2 (US20160017295의 서열번호 22), AAV 셔플 100-1 (US20160017295의 서열번호 23), AAV 셔플 100-3 (US20160017295의 서열번호 24), AAV 셔플 100-7 (US20160017295의 서열번호 25), AAV 셔플 10-2 (US20160017295의 서열번호 34), AAV 셔플 10-6 (US20160017295의 서열번호 35), AAV 셔플 10-8 (US20160017295의 서열번호 36), AAV 셔플 100-2 (US20160017295의 서열번호 37), AAV SM 10-1 (US20160017295의 서열번호 38), AAV SM 10-8 (US20160017295의 서열번호 39), AAV SM 100-3 (US20160017295의 서열번호 40), AAV SM 100-10 (US20160017295의 서열번호 41), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 US20150238550(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 BNP61 AAV (US20150238550의 서열번호 1), BNP62 AAV (US20150238550의 서열번호 3), BNP63 AAV (US20150238550의 서열번호 4), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 US20150315612(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAVrh.50 (US20150315612의 서열번호 108), AAVrh.43 (US20150315612의 서열번호 163), AAVrh.62 (US20150315612의 서열번호 114), AAVrh.48 (US20150315612의 서열번호 115), AAVhu.19 (US20150315612의 서열번호 133), AAVhu.11 (US20150315612의 서열번호 153), AAVhu.53 (US20150315612의 서열번호 186), AAV4-8/rh.64 (US20150315612의 서열번호 15), AAVLG-9/rh.39 (US20150315612의 서열번호 24), AAV54.5/ hu.23 (US20150315612의 서열번호 60), AAV54.2/ hu.22 (US20150315612의 서열번호 67), AAV54.7/ hu.24 (US20150315612의 서열번호 66), AAV54.1/ hu.21 (US20150315612의 서열번호 65), AAV54.4R/ hu.27 (US20150315612의 서열번호 64), AAV46.2/ hu.28 (US20150315612의 서열번호 68), AAV46.6/ hu.29 (US20150315612의 서열번호 69), AAV128.1/hu.43 (US20150315612의 서열번호 80), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 국제 특허 공개 공보 WO2015121501(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 진정한 유형 AAV (ttAAV) (WO2015121501의 서열번호 2), "UPenn AAV10" (WO2015121501의 서열번호 8), "일본 AAV10" (WO2015121501의 서열번호 9), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

본원 개시내용에 따라, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 다양한 종으로부터 선택될 수 있거나 이로부터 유래할 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 조류 AAV (AAAV)일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US9238800 에 기재된 바와 같은 서열 (이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨), 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAAV (US9,238,800의 서열번호 1, 2, 4, 6, 8, 10, 12 및 14) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US 9,193,769(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 BAAV (US9193769의 서열번호 1 및 6)일 수 있거나 가질 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US7427396에 기재된 바와 같은 서열 (이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨), 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 BAAV (US7427396의 서열번호 5 및 6) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 염소 AAV일 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US7427396(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 염소 AAV (US7427396의 서열번호 3) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

다른 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 2개 이상의 혈청형, 예를 들어, 모체 혈청형으로부터의 하이브리드 AAV로서 가공될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 AAV2 및 AAV9으로부터의 서열을 포함하는 AAV2G9일 수 있고, 예를 들어, 여기서, 상기 AAV2G9 AAV 혈청형은 미국 특허 공개 공보 US20160017005(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 문헌(참조: Pulicherla 등 (Molecular Therapy 19(6):1070-1078 (2011)(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 아미노산 390-627 (VP1 넘버링)에서 돌연변이를 갖는 AAV9 캡시드 라이브러리에 의해 생성된 혈청형일 수 있다. 혈청형 및 상응하는 뉴클레오타이드 및 아미노산 치환은 이에 제한되지 않지만 AAV9.1 (G1594C; D532H), AAV6.2 (T1418A 및 T1436X; V473D 및 I479K), AAV9.3 (T1238A; F413Y), AAV9.4 (T1250C 및 A1617T; F417S), AAV9.5 (A1235G, A1314T, A1642G, C1760T; Q412R, T548A, A587V), AAV9.6 (T1231A; F411I), AAV9.9 (G1203A, G1785T; W595C), AAV9.10 (A1500G, T1676C; M559T), AAV9.11 (A1425T, A1702C, A1769T; T568P, Q590L), AAV9.13 (A1369C, A1720T; N457H, T574S), AAV9.14 (T1340A, T1362C, T1560C, G1713A; L447H), AAV9.16 (A1775T; Q592L), AAV9.24 (T1507C, T1521G; W503R), AAV9.26 (A1337G, A1769C; Y446C, Q590P), AAV9.33 (A1667C; D556A), AAV9.34 (A1534G, C1794T; N512D), AAV9.35 (A1289T, T1450A, C1494T, A1515T, C1794A, G1816A; Q430L, Y484N, N98K, V606I), AAV9.40 (A1694T, E565V), AAV9.41 (A1348T, T1362C; T450S), AAV9.44 (A1684C, A1701T, A1737G; N562H, K567N), AAV9.45 (A1492T, C1804T; N498Y, L602F), AAV9.46 (G1441C, T1525C, T1549G; G481R, W509R, L517V), 9.47 (G1241A, G1358A, A1669G, C1745T; S414N, G453D, K557E, T582I), AAV9.48 (C1445T, A1736T; P482L, Q579L), AAV9.50 (A1638T, C1683T, T1805A; Q546H, L602H), AAV9.53 (G1301A, A1405C, C1664T, G1811T; R134Q, S469R, A555V, G604V), AAV9.54 (C1531A, T1609A; L511I, L537M), AAV9.55 (T1605A; F535L), AAV9.58 (C1475T, C1579A; T492I, H527N), AAV.59 (T1336C; Y446H), AAV9.61 (A1493T; N498I), AAV9.64 (C1531A, A1617T; L511I), AAV9.65 (C1335T, T1530C, C1568A; A523D), AAV9.68 (C1510A; P504T), AAV9.80 (G1441A,;G481R), AAV9.83 (C1402A, A1500T; P468T, E500D), AAV9.87 (T1464C, T1468C; S490P), AAV9.90 (A1196T; Y399F), AAV9.91 (T1316G, A1583T, C1782G, T1806C; L439R, K528I), AAV9.93 (A1273G, A1421G, A1638C, C1712T, G1732A, A1744T, A1832T; S425G, Q474R, Q546H, P571L, G578R, T582S, D611V), AAV9.94 (A1675T; M559L) 및 AAV9.95 (T1605A; F535L)일 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 국제 공개 공보 WO2016049230(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAVF1/HSC1 (WO2016049230의 서열번호 2 및 20), AAVF2/HSC2 (WO2016049230의 서열번호 3 및 21), AAVF3/HSC3 (WO2016049230의 서열번호 5 및 22), AAVF4/HSC4 (WO2016049230의 서열번호 6 및 23), AAVF5/HSC5 (WO2016049230의 서열번호 11 및 25), AAVF6/HSC6 (WO2016049230의 서열번호 7 및 24), AAVF7/HSC7 (WO2016049230의 서열번호 8 및 27), AAVF8/HSC8 (WO2016049230의 서열번호 9 및 28), AAVF9/HSC9 (WO2016049230의 서열번호 10 및 29), AAVF11/HSC11 (WO2016049230의 서열번호 4 및 26), AAVF12/HSC12 (WO2016049230의 서열번호 12 및 30), AAVF13/HSC13 (WO2016049230의 서열번호 14 및 31), AAVF14/HSC14 (WO2016049230의 서열번호 15 및 32), AAVF15/HSC15 (WO2016049230의 서열번호 16 및 33), AAVF16/HSC16 (WO2016049230의 서열번호 17 및 34), AAVF17/HSC17 (WO2016049230의 서열번호 13 및 35), 또는 이의 변이체 또는 유도체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US 8734809(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV CBr-E1 (US8734809의 서열번호 13 및 87), AAV CBr-E2 (US8734809의 서열번호 14 및 88), AAV CBr-E3 (US8734809의 서열번호 15 및 89), AAV CBr-E4 (US8734809의 서열번호 16 및 90), AAV CBr-E5 (US8734809의 서열번호 17 및 91), AAV CBr-e5 (US8734809의 서열번호 18 및 92), AAV CBr-E6 (US8734809의 서열번호 19 및 93), AAV CBr-E7 (US8734809의 서열번호 20 및 94), AAV CBr-E8 (US8734809의 서열번호 21 및 95), AAV CLv-D1 (US8734809의 서열번호 22 및 96), AAV CLv-D2 (US8734809의 서열번호 23 및 97), AAV CLv-D3 (US8734809의 서열번호 24 및 98), AAV CLv-D4 (US8734809의 서열번호 25 및 99), AAV CLv-D5 (US8734809의 서열번호 26 및 100), AAV CLv-D6 (US8734809의 서열번호 27 및 101), AAV CLv-D7 (US8734809의 서열번호 28 및 102), AAV CLv-D8 (US8734809의 서열번호 29 및 103), AAV CLv-E1 (US8734809의 서열번호 13 및 87), AAV CLv-R1 (US8734809의 서열번호 30 및 104), AAV CLv-R2 (US8734809의 서열번호 31 및 105), AAV CLv-R3 (US8734809의 서열번호 32 및 106), AAV CLv-R4 (US8734809의 서열번호 33 및 107), AAV CLv-R5 (US8734809의 서열번호 34 및 108), AAV CLv-R6 (US8734809의 서열번호 35 및 109), AAV CLv-R7 (US8734809의 서열번호 36 및 110), AAV CLv-R8 (US8734809의 서열번호 X 및 X), AAV CLv-R9 (US8734809의 서열번호 X 및 X), AAV CLg-F1 (US8734809의 서열번호 39 및 113), AAV CLg-F2 (US8734809의 서열번호 40 및 114), AAV CLg-F3 (US8734809의 서열번호 41 및 115), AAV CLg-F4 (US8734809의 서열번호 42 및 116), AAV CLg-F5 (US8734809의 서열번호 43 및 117), AAV CLg-F6 (US8734809의 서열번호 43 및 117), AAV CLg-F7 (US8734809의 서열번호 44 및 118), AAV CLg-F8 (US8734809의 서열번호 43 및 117), AAV CSp-1 (US8734809의 서열번호 45 및 119), AAV CSp-10 (US8734809의 서열번호 46 및 120), AAV CSp-11 (US8734809의 서열번호 47 및 121), AAV CSp-2 (US8734809의 서열번호 48 및 122), AAV CSp-3 (US8734809의 서열번호 49 및 123), AAV CSp-4 (US8734809의 서열번호 50 및 124), AAV CSp-6 (US8734809의 서열번호 51 및 125), AAV CSp-7 (US8734809의 서열번호 52 및 126), AAV CSp-8 (US8734809의 서열번호 53 및 127), AAV CSp-9 (US8734809의 서열번호 54 및 128), AAV CHt-2 (US8734809의 서열번호 55 및 129), AAV CHt-3 (US8734809의 서열번호 56 및 130), AAV CKd-1 (US8734809의 서열번호 57 및 131), AAV CKd-10 (US8734809의 서열번호 58 및 132), AAV CKd-2 (US8734809의 서열번호 59 및 133), AAV CKd-3 (US8734809의 서열번호 60 및 134), AAV CKd-4 (US8734809의 서열번호 61 및 135), AAV CKd-6 (US8734809의 서열번호 62 및 136), AAV CKd-7 (US8734809의 서열번호 63 및 137), AAV CKd-8 (US8734809의 서열번호 64 및 138), AAV CLv-1 (US8734809의 서열번호 35 및 139), AAV CLv-12 (US8734809의 서열번호 66 및 140), AAV CLv-13 (US8734809의 서열번호 67 및 141), AAV CLv-2 (US8734809의 서열번호 68 및 142), AAV CLv-3 (US8734809의 서열번호 69 및 143), AAV CLv-4 (US8734809의 서열번호 70 및 144), AAV CLv-6 (US8734809의 서열번호 71 및 145), AAV CLv-8 (US8734809의 서열번호 72 및 146), AAV CKd-B1 (US8734809의 서열번호 73 및 147), AAV CKd-B2 (US8734809의 서열번호 74 및 148), AAV CKd-B3 (US8734809의 서열번호 75 및 149), AAV CKd-B4 (US8734809의 서열번호 76 및 150), AAV CKd-B5 (US8734809의 서열번호 77 및 151), AAV CKd-B6 (US8734809의 서열번호 78 및 152), AAV CKd-B7 (US8734809의 서열번호 79 및 153), AAV CKd-B8 (US8734809의 서열번호 80 및 154), AAV CKd-H1 (US8734809의 서열번호 81 및 155), AAV CKd-H2 (US8734809의 서열번호 82 및 156), AAV CKd-H3 (US8734809의 서열번호 83 및 157), AAV CKd-H4 (US8734809의 서열번호 84 및 158), AAV CKd-H5 (US8734809의 서열번호 85 및 159), AAV CKd-H6 (US8734809의 서열번호 77 및 151), AAV CHt-1 (US8734809의 서열번호 86 및 160), AAV CLv1-1 (US8734809의 서열번호 171), AAV CLv1-2 (US8734809의 서열번호 172), AAV CLv1-3 (US8734809의 서열번호 173), AAV CLv1-4 (US8734809의 서열번호 174), AAV Clv1-7 (US8734809의 서열번호 175), AAV Clv1-8 (US8734809의 서열번호 176), AAV Clv1-9 (US8734809의 서열번호 177), AAV Clv1-10 (US8734809의 서열번호 178), AAV.VR-355 (US8734809의 서열번호 181), AAV.hu.48R3 (US8734809의 서열번호 183), 또는 이의 변이체 또는 유도체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 국제 공개 공보 WO2016065001(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV CHt-P2 (WO2016065001의 서열번호 1 및 51), AAV CHt-P5 (WO2016065001의 서열번호 2 및 52), AAV CHt-P9 (WO2016065001의 서열번호 3 및 53), AAV CBr-7.1 (WO2016065001의 서열번호 4 및 54), AAV CBr-7.2 (WO2016065001의 서열번호 5 및 55), AAV CBr-7.3 (WO2016065001의 서열번호 6 및 56), AAV CBr-7.4 (WO2016065001의 서열번호 7 및 57), AAV CBr-7.5 (WO2016065001의 서열번호 8 및 58), AAV CBr-7.7 (WO2016065001의 서열번호 9 및 59), AAV CBr-7.8 (WO2016065001의 서열번호 10 및 60), AAV CBr-7.10 (WO2016065001의 서열번호 11 및 61), AAV CKd-N3 (WO2016065001의 서열번호 12 및 62), AAV CKd-N4 (WO2016065001의 서열번호 13 및 63), AAV CKd-N9 (WO2016065001의 서열번호 14 및 64), AAV CLv-L4 (WO2016065001의 서열번호 15 및 65), AAV CLv-L5 (WO2016065001의 서열번호 16 및 66), AAV CLv-L6 (WO2016065001의 서열번호 17 및 67), AAV CLv-K1 (WO2016065001의 서열번호 18 및 68), AAV CLv-K3 (WO2016065001의 서열번호 19 및 69), AAV CLv-K6 (WO2016065001의 서열번호 20 및 70), AAV CLv-M1 (WO2016065001의 서열번호 21 및 71), AAV CLv-M11 (WO2016065001의 서열번호 22 및 72), AAV CLv-M2 (WO2016065001의 서열번호 23 및 73), AAV CLv-M5 (WO2016065001의 서열번호 24 및 74), AAV CLv-M6 (WO2016065001의 서열번호 25 및 75), AAV CLv-M7 (WO2016065001의 서열번호 26 및 76), AAV CLv-M8 (WO2016065001의 서열번호 27 및 77), AAV CLv-M9 (WO2016065001의 서열번호 28 및 78), AAV CHt-P1 (WO2016065001의 서열번호 29 및 79), AAV CHt-P6 (WO2016065001서열번호 30 및 80), AAV CHt-P8 (WO2016065001의 서열번호 31 및 81), AAV CHt-6.1 (WO2016065001의 서열번호 32 및 82), AAV CHt-6.10 (WO2016065001의 서열번호 33 및 83), AAV CHt-6.5 (WO2016065001의 서열번호 34 및 84), AAV CHt-6.6 (WO2016065001의 서열번호 35 및 85), AAV CHt-6.7 (WO2016065001의 서열번호 36 및 86), AAV CHt-6.8 (WO2016065001의 서열번호 37 및 87), AAV CSp-8.10 (WO2016065001의 서열번호 38 및 88), AAV CSp-8.2 (WO2016065001의 서열번호 39 및 89), AAV CSp-8.4 (WO2016065001의 서열번호 40 및 90), AAV CSp-8.5 (WO2016065001의 서열번호 41 및 91), AAV CSp-8.6 (WO2016065001의 서열번호 42 및 92), AAV CSp-8.7 (WO2016065001의 서열번호 43 및 93), AAV CSp-8.8 (WO2016065001의 서열번호 44 및 94), AAV CSp-8.9 (WO2016065001의 서열번호 45 및 95), AAV CBr-B7.3 (WO2016065001의 서열번호 46 및 96), AAV CBr-B7.4 (WO2016065001의 서열번호 47 및 97), AAV3B (WO2016065001의 서열번호 48 및 98), AAV4 (WO2016065001의 서열번호 49 및 99), AAV5 (WO2016065001의 서열번호 50 및 100), 또는 이의 변이체 또는 유도체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 표 6에 나타낸 것들 중 어느 하나로부터 선택된 혈청형일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 표 6에서의 서열 중 어느 하나의 서열, 이의 단편 또는 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 위치에서 표 6에 기재된 바와 같은 서열, 이의 단편 또는 변이체에 의해 암호화될 수 있다.

[표 6] AAV 서열

표 6에 나열된 각각의 특허, 출원 및/또는 간행물은 전문이 참조로 본원에 인용된다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 국제 특허 공개 공보 WO2015038958(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV9 (WO2015038958의 서열번호 2 및 11 또는 본원에서 각각 서열번호 138 및 137), PHP.B (WO2015038958의 서열번호 8 및 9, 본원에서 서열번호 5 및 6), G2B-13 (WO2015038958의 서열번호 12, 본원에서 서열번호 7), G2B-26 (WO2015038958의 서열번호 13, 본원에서 서열번호 5), TH1.1-32 (WO2015038958의 서열번호 14, 본원에서 서열번호 8), TH1.1-35 (WO2015038958의 서열번호 15, 본원에서 서열번호 9) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 하기의 아미노산 서열 중 어느 하나의 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개의 연속 아미노산을 갖는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588 또는 589에 바로 후속하여 존재하는 삽입체 서열을 포함하지 않는다: TLAVPFK (서열번호 1262), KFPVALT (서열번호 1263), LAVPFK (서열번호 1264), AVPFK (서열번호 1265), VPFK (서열번호 1266), TLAVPF (서열번호 1267), TLAVP (서열번호 1268), TLAV (서열번호 1269), SVSKPFL (서열번호 1270), FTLTTPK (서열번호 1271), MNATKNV (서열번호 1272), QSSQTPR (서열번호 1273), ILGTGTS (서열번호 1274), TRTNPEA (서열번호 1275), NGGTSSS (서열번호 1276), 또는 YTLSQGW (서열번호 1277); 또는 서열번호 1278, 서열번호 1279, 서열번호 1280, 서열번호 1281, 서열번호 1282, 서열번호 1283, 서열번호 1284, 서열번호 1285, 서열번호 1286, 또는 서열번호 1287 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 것.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 국제 특허 공개 공보 WO2017100671(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV9 (서열번호 11), PHP.N (서열번호 4), PHP.S(서열번호 10) 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 WO2017100671에 기재된 표적화 펩타이드 또는 아미노산 삽입체의 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개 연속 아미노산을 갖는, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588 또는 589에 바로 후속하여 존재하는 삽입체 서열을 포함하지 않는다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 하기의 아미노산 서열 중 어느 하나의 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개 연속 아미노산을 갖는, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588 또는 589에 바로 후속하여 존재하는 삽입체 서열을 포함하지 않는다: AQTLAVPFKAQ (서열번호 1288), AQSVSKPFLAQ (서열번호 1289), AQFTLTTPKAQ (서열번호 1290), DGTLAVPFKAQ (서열번호 1291), ESTLAVPFKAQ (서열번호 1292), GGTLAVPFKAQ (서열번호 1293), AQTLATPFKAQ (서열번호 1294), ATTLATPFKAQ (서열번호 1295), DGTLATPFKAQ (서열번호 1296), GGTLATPFKAQ (서열번호 1297), SGSLAVPFKAQ (서열번호 1298), AQTLAQPFKAQ (서열번호 1299), AQTLQQPFKAQ (서열번호 1300), AQTLSNPFKAQ (서열번호 1301), AQTLAVPFSNP (서열번호 1302), QGTLAVPFKAQ (서열번호 1303), NQTLAVPFKAQ (서열번호 1304), EGSLAVPFKAQ (서열번호 1305), SGNLAVPFKAQ (서열번호 1306), EGTLAVPFKAQ (서열번호 1307), DSTLAVPFKAQ (서열번호 1308), AVTLAVPFKAQ (서열번호 1309), AQTLSTPFKAQ (서열번호 1310), AQTLPQPFKAQ (서열번호 1311), AQTLSQPFKAQ (서열번호 1312), AQTLQLPFKAQ (서열번호 1313), AQTLTMPFKAQ (서열번호 1314), AQTLTTPFKAQ (서열번호 1315), AQYTLSQGWAQ (서열번호 1316), AQMNATKNVAQ (서열번호 1317), AQVSGGHHSAQ (서열번호 1318), AQTLTAPFKAQ (서열번호 1319), AQTLSKPFKAQ (서열번호 1320), QAVRTSL (서열번호 1321), YTLSQGW (서열번호 1277), LAKERLS (서열번호 1322), TLAVPFK (서열번호 1262), SVSKPFL (서열번호 1270), FTLTTPK (서열번호 1271), MNSTKNV (서열번호 1323), VSGGHHS (서열번호 1324), SAQTLAVPFKAQAQ (서열번호 1325), SXXXLAVPFKAQAQ (여기서, X는 임의의 아미노산일 수 있고; 서열번호 1326), SAQXXXVPFKAQAQ (여기서, X는 임의의 아미노산일 수 있고; 서열번호 1327), SAQTLXXXFKAQAQ (여기서, X는 임의의 아미노산일 수 있고; 서열번호 1328), SAQTLAVXXXAQAQ (여기서, X는 임의의 아미노산일 수 있고; 서열번호 1329), SAQTLAVPFXXXAQ (여기서, X는 임의의 아미노산일 수 있고; 서열번호 1330), TNHQSAQ (서열번호 1331), AQAQTGW (서열번호 1332), DGTLATPFK (서열번호 1333), DGTLATPFKXX (여기서, X는 임의의 아미노산일 수 있고; 서열번호 1334), LAVPFKAQ (서열번호 1335), VPFKAQ (서열번호 1336), FKAQ (서열번호 1337), AQTLAV (서열번호 1338), AQTLAVPF (서열번호 1339), QAVR (서열번호 1340), AVRT (서열번호 1341), VRTS (서열번호 1342), RTSL (서열번호 1343), QAVRT (서열번호 1344), AVRTS (서열번호 1345), VRTSL (서열번호 1346), QAVRTS (서열번호 1347), 또는 AVRTSL (서열번호 1348); 또는 서열번호 1349, 서열번호 1350, 서열번호 1351, 서열번호 1352, 서열번호 1353, 서열번호 1354, 서열번호 1355, 서열번호 1356, 서열번호 1357,서열번호 1358 (여기서, N은 A, C, T, 또는 G일 수 있다), 서열번호 1359 (여기서, N은 A, C, T, 또는 G일 수 있다), 서열번호 1360 (여기서, N은 A, C, T, 또는 G일 수 있다), 서열번호 1361 (여기서, N은 A, C, T, 또는 G일 수 있다), 서열번호 1362 (여기서, N은 A, C, T, 또는 G일 수 있다), 서열번호 1279, 서열번호 1280, 서열번호 1281, 서열번호 1287, 또는 서열번호 1363 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 것.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US 9624274(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV1 (US9624274의 서열번호 181), AAV6 (US9624274의 서열번호 182), AAV2 (US9624274의 서열번호 183), AAV3b (US9624274의 서열번호 184), AAV7 (US9624274의 서열번호 185), AAV8 (US9624274의 서열번호 186), AAV10 (US9624274의 서열번호 187), AAV4 (US9624274의 서열번호 188), AAV11 (US9624274의 서열번호 189), bAAV (US9624274의 서열번호 190), AAV5 (US9624274의 서열번호 191), GPV (US9624274의 서열번호 192; 본원에서 서열번호 879), B19 (US9624274의 서열번호 193, 본원에서 서열번호 880), MVM (US9624274의 서열번호 194; 본원에서 서열번호 881), FPV (US9624274의 서열번호 195; 본원에서 서열번호 882), CPV (US9624274의 서열번호 196; 본원에서 서열번호 883), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 US 9624274에 기재된 구조 단백질 삽입체 중 어느 하나 또는 하기의 아미노산 서열 중 어느 하나의 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개의 연속 아미노산을 갖는, 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588 또는 589에 바로 후속하여 존재하는 삽입체 서열을 포함하지 않는다: VNLTWSRASG (서열번호 1364), EFCINHRGYWVCGD (서열번호 1365), EDGQVMDVDLS (서열번호 1366), EKQRNGTLT (서열번호 1367), TYQCRVTHPHLPRALMR (서열번호 1368), RHSTTQPRKTKGSG (서열번호 1369), DSNPRGVSAYLSR (서열번호 1370), TITCLWDLAPSK (서열번호 1371), KTKGSGFFVF (서열번호 1372), THPHLPRALMRS (서열번호 1373), GETYQCRVTHPHLPRALMRSTTK (서열번호 1374), LPRALMRS (서열번호 1375), INHRGYWV (서열번호 1376), CDAGSVRTNAPD (서열번호 1377), AKAVSNLTESRSESLQS (서열번호 1378), SLTGDEFKKVLET (서열번호 1379), REAVAYRFEED (서열번호 1380), INPEIITLDG (서열번호 1381), DISVTGAPVITATYL (서열번호 1382), DISVTGAPVITA (서열번호 1383), PKTVSNLTESSSESVQS (서열번호 1384), SLMGDEFKAVLET (서열번호 1385), QHSVAYTFEED (서열번호 1386), INPEIITRDG (서열번호 1387), DISLTGDPVITASYL (서열번호 1388), DISLTGDPVITA (서열번호 1389), DQSIDFEIDSA (서열번호 1390), KNVSEDLPLPTFSPTLLGDS (서열번호 1391), KNVSEDLPLPT (서열번호 1392), CDSGRVRTDAPD (서열번호 1393), FPEHLLVDFLQSLS (서열번호 1394), DAEFRHDSG (서열번호 1395), HYAAAQWDFGNTMCQL (서열번호 1396), YAAQWDFGNTMCQ (서열번호 1397), RSQKEGLHYT (서열번호 1398), SSRTPSDKPVAHWANPQAE (서열번호 1399), SRTPSDKPVAHWANP (서열번호 1400), SSRTPSDKP (서열번호 1401), NADGNVDYHMNSVP (서열번호 1402), DGNVDYHMNSV (서열번호 1403), RSFKEFLQSSLRALRQ (서열번호 1404); FKEFLQSSLRA (서열번호 1405), 또는 QMWAPQWGPD (서열번호 1406).

일부 구현예에서, AAV 혈청형, 모체 AAV 캡시드 폴리펩타이드 또는 AAV 캡시드 변이체는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 US9475845(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열일 수 있거나 가질 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 하기의 아미노산 서열 중 어느 하나의 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 적어도 5개의 연속 아미노산을 갖는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586, 588 또는 589에 바로 후속하여 존재하는 삽입체 서열을 포함하지 않는다: RGNRQA (서열번호 1407), SSSTDP (서열번호 1408), SSNTAP (서열번호 1409), SNSNLP (서열번호 1410), SSTTAP (서열번호 1411), AANTAA (서열번호 1412), QQNTAP (서열번호 1413), SAQAQA (n 서열번호 1414), QANTGP (서열번호 1415), NATTAP (서열번호 1416), SSTAGP (서열번호 1417), QQNTAA (서열번호 1418), PSTAGP (서열번호 1419), NQNTAP (서열번호 1420), QAANAP (서열번호 1421), SIVGLP (서열번호 1422), AASTAA (서열번호 1423), SQNTTA (서열번호 1424), QQDTAP (서열번호 1425), QTNTGP (서열번호 1426), QTNGAP (서열번호 1427), QQNAAP (서열번호 1428), 또는 AANTQA (서열번호 1429).

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 본원에 기재된 모체 AAV 캡시드는 AAV2 캡시드 단백질에 따라 넘버링된 아미노산 위치 262 내지 265 또는 예를 들어, 하기의 아미노산 서열 중 어느 하나의 표적화 서열을 갖는 또 다른 AAV의 캡시드 단백질에서 상응하는 위치에서 아미노산 변형, 예를 들어, 치환 또는 삽입을 추가로 포함한다: NGRAHA (서열번호 1430), QPEHSST (서열번호 1431), VNTANST (서열번호 1432), HGPMQKS (서열번호 1433), PHKPPLA (서열번호 1434), IKNNEMW (서열번호 1435), RNLDTPM (서열번호 1436), VDSHRQS (서열번호 1437), YDSKTKT (서열번호 1438), SQLPHQK (서열번호 1439), STMQQNT (서열번호 1440), TERYMTQ (서열번호 1441), DASLSTS (서열번호 1442), DLPNKKT (서열번호 1443), DLTAARL (서열번호 1444), EPHQFNY (서열번호 1445), EPQSNHT (서열번호 1446), MSSWPSQ (서열번호 1447), NPKHNAT (서열번호 1448), PDGMRTT (서열번호 1449), PNNNKTT (서열번호 1450), QSTTHDS (서열번호 1451), TGSKQKQ (서열번호 1452), SLKHQAL (서열번호 1453), SPIDGEQ (서열번호 1454), WIFPWIQL (서열번호 1455), CDCRGDCFC (서열번호 1456), CNGRC (서열번호 1457), CPRECES (서열번호 1458), CTTHWGFTLC (서열번호 1459), CGRRAGGSC (서열번호 1460), CKGGRAKDC (서열번호 1461), CVPELGHEC (서열번호 1462), CRRETAWAK (서열번호 1463), VSWFSHRYSPFAVS (서열번호 1464), GYRDGYAGPILYN (서열번호 1465), XXXYXXX (서열번호 1466), YXNW (서열번호 1467), RPLPPLP (서열번호 1468), APPLPPR (서열번호 1469), DVFYPYPYASGS (서열번호 1470), MYWYPY (서열번호 1471), DITWDQLWDLMK (서열번호 1472), CWDDXWLC (서열번호 1473), EWCEYLGGYLRCYA (서열번호 1474), YXCXXGPXTWXCXP (서열번호 1475), IEGPTLRQWLAARA (서열번호 1476), LWXXX (서열번호 1477), XFXXYLW (서열번호 1478), SSIISHFRWGLCD (서열번호 1479), MSRPACPPNDKYE (서열번호 1480), CLRSGRGC (서열번호 1481), CHWMFSPWC (서열번호 1482), WXXF (서열번호 1483), CSSRLDAC (서열번호 1484), CLPVASC (서열번호 1485), CGFECVRQCPERC (서열번호 1486), CVALCREACGEGC (서열번호 1487), SWCEPGWCR (서열번호 1488), YSGKWGW (서열번호 1489), GLSGGRS (서열번호 1490), LMLPRAD (서열번호 1491), CSCFRDVCC (서열번호 1492), CRDVVSVIC (서열번호 1493), MARSGL (서열번호 1494), MARAKE (서열번호 1495), MSRTMS (서열번호 1496, KCCYSL (서열번호 1497), MYWGDSHWLQYWYE (서열번호 1498), MQLPLAT (서열번호 1499), EWLS (서열번호 1500), SNEW (서열번호 1501), TNYL (서열번호 1502), WDLAWMFRLPVG (서열번호 1503), CTVALPGGYVRVC (서열번호 1504), CVAYCIEHHCWTC (서열번호 1505), CVFAHNYDYLVC (서열번호 1506), CVFTSNYAFC (서열번호 1507), VHSPNKK (서열번호 1508), CRGDGWC (서열번호 1509), XRGCDX (서열번호 1510), PXXX (서열번호 1511), SGKGPRQITAL (서열번호 1512), AAAAAAAAAXXXXX (서열번호 1513), VYMSPF (서열번호 1514), ATWLPPR (서열번호 1515), HTMYYHHYQHHL (서열번호 1516), SEVGCRAGPLQWLCEKYFG (서열번호 1517), CGLLPVGRPDRNVWRWLC (서열번호 1518), CKGQCDRFKGLPWEC (서열번호 1519), SGRSA (서열번호 1520), WGFP (서열번호 1521), AEPMPHSLNFSQYLWYT (서열번호 1522), WAYXSP (서열번호 1523), IELLQAR (서열번호 1524), AYTKCSRQWRTCMTTH (서열번호 1525), PQNSKIPGPTFLDPH (서열번호 1526), SMEPALPDWWWKMFK (서열번호 1527), ANTPCGPYTHDCPVKR (서열번호 1528), TACHQHVRMVRP (서열번호 1529), VPWMEPAYQRFL (서열번호 1530), DPRATPGS (서열번호 1531), FRPNRAQDYNTN (서열번호 1532), CTKNSYLMC (서열번호 1533), CXXTXXXGXGC (서열번호 1534), CPIEDRPMC (서열번호 1535), HEWSYLAPYPWF (서열번호 1536), MCPKHPLGC (서열번호 1537), RMWPSSTVNLSAGRR (서열번호 1538), SAKTAVSQRVWLPSHRGGEP (서열번호 1539), KSREHVNNSACPSKRITAAL (서열번호 1540), EGFR (서열번호 1541), AGLGVR 서열번호 1542), GTRQGHTMRLGVSDG (서열번호 1543), IAGLATPGWSHWLAL (서열번호 1544), SMSIARL (서열번호 1545), HTFEPGV (서열번호 1546), NTSLKRISNKRIRRK (서열번호 1547), LRIKRKRRKRKKTRK (서열번호 1548), GGG, GFS, LWS, EGG, LLV, LSP, LBS, AGG, GRR, GGH 및 GTV.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 서열번호 138에 대해 넘버링된 위치 586 내지 594에 상응하는 5개 연속 아미노산 이외의 다른 위치에서 미국 특허 공개 공보 제20160369298호(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV2 (US 20160369298의 서열번호 97; 본원에서 서열번호 1549), 또는 이의 변이체일 수 있거나 가질 수 있고, 여기서 상기 특이적 부위는 VP1 또는 이의 단편의 R447, G453, 및/또는 S662로부터 선택되는 적어도 하나의 부위이다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 US 20160369298에 기재된 돌연변이된 서열 중 어느 하나, 예를 들어, 하기의 서열 중 어느 하나를 추가로 포함할 수 있다: SDSGASN (서열번호 1550), SPSGASN (서열번호 1551), SHSGASN (서열번호 1552), SRSGASN (서열번호 1553), SKSGASN (서열번호 1554), SNSGASN (서열번호 1555), SGSGASN (서열번호 1556), SASGASN (서열번호 1557), SESGTSN (서열번호 1558), STTGGSN (서열번호 1559), SSAGSTN (서열번호 1560), NNDSQA (서열번호 1561), NNRNQA (서열번호 1562), NNNKQA (서열번호 1563), NAKRQA (서열번호 1564), NDEHQA (서열번호 1565), NTSQKA (서열번호 1566), YYLSRTNTPSGTDTQSRLVFSQAGA (서열번호 1567), YYLSRTNTDSGTETQSGLDFSQAGA (서열번호 1568), YYLSRTNTESGTPTQSALEFSQAGA (서열번호 1569), YYLSRTNTHSGTHTQSPLHFSQAGA (서열번호 1570), YYLSRTNTSSGTITISHLIFSQAGA (서열번호 1571), YYLSRTNTRSGIMTKSSLMFSQAGA (서열번호 1572), YYLSRTNTKSGRKTLSNLSFSQAGA (서열번호 1573), YYLSRTNDGSGPVTPSKLRFSQRGA (서열번호 1574), YYLSRTNAASGHATHSDLKFSQPGA (서열번호 1575), YYLSRTNGQAGSLTMSELGFSQVGA (서열번호 1576), YYLSRTNSTGGNQTTSQLLFSQLSA (서열번호 1577), YFLSRTNNNTGLNTNSTLNFSQGRA (서열번호 1578), SKTGADNNNSEYSWTG (서열번호 1579), SKTDADNNNSEYSWTG (서열번호 1580), SKTEADNNNSEYSWTG (서열번호 1581), SKTPADNNNSEYSWTG (서열번호 1582), SKTHADNNNSEYSWTG (서열번호 1583), SKTQADNNNSEYSWTG 서열번호 1584), SKTIADNNNSEYSWTG (서열번호 1585), SKTMADNNNSEYSWTG (서열번호 1586), SKTRADNNNSEYSWTG (서열번호 1587), SKTNADNNNSEYSWTG (서열번호 1588), SKTVGRNNNSEYSWTG (서열번호 1589), SKTADRNNNSEYSWTG (서열번호 1590), SKKLSQNNNSKYSWQG (서열번호 1591), SKPTTGNNNSDYSWPG (서열번호 1592), STQKNENNNSNYSWPG (서열번호 1593), HKDDEGKF (서열번호 1594), HKDDNRKF (서열번호 1595), HKDDTNKF (서열번호 1596), HEDSDKNF (서열번호 1597), HRDGADSF (서열번호 1598), HGDNKSRF (서열번호 1599), KQGSEKTNVDFEEV (서열번호 1600), KQGSEKTNVDSEEV (서열번호 1601), KQGSEKTNVDVEEV (서열번호 1602), KQGSDKTNVDDAGV (서열번호 1603), KQGSSKTNVDPREV (서열번호 1604), KQGSRKTNVDHKQV (서열번호 1605), KQGSKGGNVDTNRV (서열번호 1606), KQGSGEANVDNGDV (서열번호 1607), KQDAAADNIDYDHV (서열번호 1608), KQSGTRSNAAASSV (서열번호 1609), KENTNTNDTELTNV (서열번호 1610), QRGNNVAATADVNT (서열번호 1611), QRGNNEAATADVNT (서열번호 1612), QRGNNPAATADVNT (서열번호 1613), QRGNNHAATADVNT (서열번호 1614), QEENNIAATPGVNT (서열번호 1615), QPPNNMAATHEVNT (서열번호 1616), QHHNNSAATTIVNT (서열번호 1617), QTTNNRAAFNMVET (서열번호 1618), QKKNNNAASKKVAT (서열번호 1619), QGGNNKAADDAVKT (서열번호 1620), QAAKGGAADDAVKT (서열번호 1621), QDDRAAAANESVDT (서열번호 1622), QQQHDDAAYQRVHT (서열번호 1623), QSSSSLAAVSTVQT (서열번호 1624), QNNQTTAAIRNVTT (서열번호 1625), NYNKKSDNVDFT (서열번호 1626), NYNKKSENVDFT (서열번호 1627), NYNKKSLNVDFT (서열번호 1628), NYNKKSPNVDFT (서열번호 1629), NYSKKSHCVDFT (서열번호 1630), NYRKTIYVDFT (서열번호 1631), NYKEKKDVHFT (서열번호 1632), NYGHRAIVQFT (서열번호 1633), NYANHQFVVCT (서열번호 1634), NYDDDPTGVLLT (서열번호 1635), NYDDPTGVLLT (서열번호 1636), NFEQQNSVEWT (서열번호 1637), SQSGASN (서열번호 1638), NNGSQA (서열번호 1639), YYLSRTNTPSGTTTWSRLQFSQAGA (서열번호 1640), SKTSADNNNSEYSWTG (서열번호 1641), HKDDEEKF (서열번호 1642), KQGSEKTNVDIEEV (서열번호 1643), QRGNNQAATADVNT (서열번호 1644), NYNKKSVNVDFT (서열번호 1645), SQSGASNYNTPSGTTTQSRLQFSTSADNNNSEYSWTGATKYH (서열번호 1646), SASGASNFNSEGGSLTQSSLGFSTDGENNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1647), SQSGASNYNTPSGTTTQSRLQFSTDGENNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1648), SASGASNYNTPSGTTTQSRLQFSTSADNNNSEFSWPGATTYH (서열번호 1649), SQSGASNFNSEGGSLTQSSLGFSTDGENNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1650), SASGASNYNTPSGSLTQSSLGFSTDGENNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1651), SQSGASNYNTPSGTTTQSRLQFSTSADNNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1652), SGAGASNFNSEGGSLTQSSLGFSTDGENNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1653), SGAGASN (서열번호 1654), NSEGGSLTQSSLGFS (서열번호 1655), TDGENNNSDFS (서열번호 1656), SEFSWPGATT (서열번호 1657), TSADNNNSDFSWT (서열번호 1658), SQSGASNY (서열번호 1659), NTPSGTTTQSRLQFS (서열번호 1660), TSADNNNSEYSWTGATKYH (서열번호 1661), SASGASNF (서열번호 1662), TDGENNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1663), SASGASNY (서열번호 1664), TSADNNNSEFSWPGATTYH (서열번호 1665), NTPSGSLTQSSLGFS (서열번호 1666), TSADNNNSDFSWTGATKYH (서열번호 1667), SGAGASNF (서열번호 1668), CTCCAGVVSVVSMRSRVCVNSGCAGCTDHCVVSRNSGTCVMSACACAA (서열번호 1669), CTCCAGAGAGGCAACAGACAAGCAGCTACCGCAGATGTCAACACACAA (서열번호 1670), SAAGASN (서열번호 1671), YFLSRTNTESGSTTQSTLRFSQAG (서열번호 1672), SKTSADNNNSDFS (서열번호 1673), KQGSEKTDVDIDKV (서열번호 1674), STAGASN (서열번호 1675), YFLSRTNTTSGIETQSTLRFSQAG (서열번호 1676), SKTDGENNNSDFS (서열번호 1677), KQGAAADDVEIDGV (서열번호 1678), SEAGASN (서열번호 1679), YYLSRTNTPSGTTTQSRLQFSQAG (서열번호 1680), SKTSADNNNSEYS 서열번호 1681), KQGSEKTNVDIEKV (서열번호 1682), YFLSRTNDASGSDTKSTLLFSQAG (서열번호 1683), STTPSENNNSEYS (서열번호 1684), SAAGATN (서열번호 1685), YFLSRTNGEAGSATLSELRFSQAG (서열번호 1686), HGDDADRF (서열번호 1687), KQGAEKSDVEVDRV (서열번호 1688), KQDSGGDNIDIDQV (서열번호 1689), SDAGASN (서열번호 1690), YFLSRTNTEGGHDTQSTLRFSQAG (서열번호 1691), KEDGGGSDVAIDEV (서열번호 1692), SNAGASN (서열번호 1693), 및 YFLSRTNGEAGSATLSELRFSQPG (서열번호 1694); 또는 하기의 서열 중 어느 하나의 아미노산 돌연변이된 부위를 암호화할 수 있는 뉴클레오타이드 서열: 서열번호 1695, 서열번호 1696, 서열번호 1697, 서열번호 1698, 서열번호 1699, 서열번호 1700, 서열번호 1701, 서열번호 1702, 서열번호 1703, 서열번호 1704, 서열번호 1705, 서열번호 1706, 서열번호 1707, 서열번호 1708, 서열번호 1709, 서열번호 1710, 서열번호 1711, 서열번호 1712, 서열번호 1713, 서열번호 1714, 서열번호 1715, 서열번호 1716, 및 서열번호 1717.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 예를 들어, 국제 특허 공개 공보 WO2016134375(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 안구 세포 표적화 펩타이드, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 WO2016134375의 서열번호 9 및 서열번호 10을 추가로 포함할 수 있다. 추가로, WO2016134375에 기재된 임의의 안구 세포 표적화 펩타이드 또는 아미노산은 임의의 모체 AAV 캡시드 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 AAV2 (WO2016134375의 서열번호 8; 본원에서 서열번호 1718), 또는 AAV9 (WO2016134375의 서열번호 11; 본원에서 서열번호 1719)에 삽입될 수 있다. 안구 세포 표적화 펩타이드는 임의의 하기 아미노산 서열 GSTPPPM (서열번호 1720), 또는 GETRAPL (서열번호 1721)일 수 있고 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 미국 공개 공보 US 20170145405에 기재된 바와 같이 변형될 수 있고, 이의 내용은 이들의 전문이 본원에 참조로 인용된다. AAV 혈청형은 변형된 AAV2 (예를 들어, Y444F, Y500F, Y730F 및/또는 S662V에서 변형), 변형된 AAV3 (예를 들어, Y705F, Y731F 및/또는 T492V에서 변형), 및 변형된 AAV6 (예를 들어, S663V 및/또는 T492V에서 변형)을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 국제 공개 공보 WO2017083722에 기재된 바와 같이 변형될 수 있고, 이의 내용은 이들의 전문이 본원에 참조로 인용된다. AAV 혈청형은 AAV1 (Y705+731F+T492V), AAV2 (Y444+500+730F+T491V), AAV3 (Y705+731F), AAV5, AAV 5(Y436+693+719F), AAV6 (VP3 변이체 Y705F/Y731F/T492V), AAV8 (Y733F), AAV9, AAV9 (VP3 변이체 Y731F), 및 AAV10 (Y733F)을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 또는 모체 AAV 캡시드는 국제 특허 공개 공보 WO2017015102(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같이 아미노산 SPAKFA (WO2017015102의 서열번호 24; 본원에서 서열번호 1722) 또는 NKDKLN (WO2017015102의 서열번호 2; 본원에서 서열번호 1723)을 포함하는 가공된 에피토프를 포함할 수 있다. 에피토프는 AAV8의 VP1 캡시드AAV8의 VP1 캡시드 (WO2017015102의 서열번호 3) 및/또는 AAV3B의 잔기 664 내지 668(서열번호 3)의 넘버링을 기준으로 아미노산 665 내지 670의 영역에 삽입될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 국제 특허 공개 공보 WO2017058892(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같은 서열, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 임의의 조합으로 AAV1의 아미노산 잔기 262-268, 370- 379, 451 -459, 472-473, 493-500, 528-534, 547-552, 709-710, 716-722 또는 AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, AAV12, AAVrh8, AAVrh10, AAVrh32.33, 소 AAV 또는 조류 AAV에서 등가의 아미노산 잔기의 하나 이상 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7)에서 치환을 포함할 수 있는 캡시드 단백질과 함께 AAV 변이체일 수 있거나 가질 수 있다. 아미노산 치환은 WO2017058892에 기재된 임의의 아미노산 서열일 수 있지만 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, AAV는 임의의 조합으로 AAV1의 잔기 256L, 258K, 259Q, 261S, 263A, 264S, 265T, 266G, 272H, 385S, 386Q, S472R, V473D, N500E 547S, 709A, 710N, 716D, 717N, 718N, 720L, A456T, Q457T, N458Q, K459S, T492S, K493A, S586R, S587G, S588N, T589R 및/또는 722T (WO2017058892의 서열번호 1), 임의의 조합으로 AAV5의 244N, 246Q, 248R, 249E, 250I, 251K, 252S, 253G, 254S, 255V, 256D, 263Y, 377E, 378N, 453L, 456R, 532Q, 533P, 535N, 536P, 537G, 538T, 539T, 540A, 541T, 542Y, 543L, 546N, 653V, 654P, 656S, 697Q, 698F, 704D, 705S, 706T, 707G, 708E, 709Y 및/또는 710R(WO2017058892의 서열번호 5), AAV5의 248R, 316V, 317Q, 318D, 319S, 443N, 530N, 531S, 532Q 533P, 534A, 535N, 540A, 541 T, 542Y, 543L, 545G, 546N, 697Q, 704D, 706T, 708E, 709Y 및/또는 710R(WO2017058892의 서열번호 5), 임의의 조합으로 AAV6의 264S, 266G, 269N, 272H, 및/또는 457Q(WO2017058892의 서열번호 6), 임의의 조합으로 AAV8의 457T, 459N, 496G, 499N, 및/또는 500N(WO2017058892의 서열번호 8), 임의의 조합으로 AAV9의 451I, 452N, 453G, 454S, 455G, 456Q, 457N 및/또는 458Q(WO2017058892의 서열번호 9)에서 아미노산 치환을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 국제 공개 공보 WO 2017066764(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같이 VP1의 위치 155, 156 및 157에서 또는 VP2의 위치 17, 18, 19 및 20에서의 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 아미노산의 서열은 N-S-S, S-X-S, S-S-Y, N-X-S, N-S-Y, S-X-Y 및 N-X-Y일 수 있찌만 이에 제한되지 않고, 여기서, N, X 및 Y는 독립적으로 비-세린 또는 비-트레오닌 아미노산이지만 이에 제한되지 않고, 상기 AAV는 AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11 및 AAV12일 수 있지만 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, AAV는 VP1의 위치 156, 157 또는 158에서 또는 VP2의 위치 18, 20 또는 21에서의 적어도 하나의 아미노산의 결실을 포함할 수 있고, 여기서, 상기 AAV는 AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11 및 AAV12일 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체, 또는 모체 AAV 캡시드는 추가로 문헌(참조: Deverman 등, (Nature Biotechnology 34(2):204-209 (2016))에 기재된 바와 같이 Cre-재조합-기반 AAV 표적화된 전개 (CREATE)에 의해 생성된 하나 이상의 성분을 포함하고, 상기 문헌은 이의 전문이 본원에 참조로 인용된다. 일부 구현예에서, 상기 방식으로 생성된 AAV 혈청형은 다른 AAV 혈청형과 비교하여, 개선된 CNS 형질도입 및/또는 뉴런 및 성상세포 향성을 갖는다.

프로모터

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드,, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자 (예를 들어, TRACER AAV 입자)로서 또한 이후에 지칭될 수 있는 본원 개시내용의 신규 캡시드를 포함하는 AAV 입자는 표적 특이성 및 발현을 증진시키기 위해 적어도 하나의 요소를 포함한다(참조: 예를 들어, Powell 등 Viral Expression Cassette Elements to Enhance Transgene Target Specificity and Expression in Gene Therapy, 2015; 이의 내용은 이의 전문이 본원에 참조로 인용된다). 표적 특이성 및 발현을 증진시키는 요소의 비제한적 예는 프로모터, 내인성 miRNA, 전사 후 조절 요소(PRE), 폴리아데닐화(PolyA) 신호 서열 및 업스트림 인핸서(USE), CMV 인핸서 및 인트론을 포함한다.

당업자는 표적 세포에서 폴리펩타이드의 발현이 종 특이적, 유도성, 조직 특이적 또는 세포 주기 특이적인 프로모터를 포함하지만 이에 제한되지 않는 특이적 프로모터를 필요로 할 수 있음을 인지할 수 있다(참조: Parr 등, Nat. Med.3:1145-9 (1997); 이의 내용은 본원에 전문이 참조로 인용된다).

일부 구현예에서, 프로모터는 본원에 기재된 AAV 캡시드 mRNA에 의해 암호화된 폴리펩타이드(들)의 발현을 유도할 때 효율적인 것으로 간주된다. 일부 구현예에서, 프로모터는 본원에 기재된 캡시드 내에 캡슐화된 바이러스 게놈에 의해 암호화된 폴리펩타이드(들)의 발현을 구동시키는 경우 효율적인 것으로 간주된다.

일부 구현예에서, 프로모터는 표적화된 조직에서 일정 기간 동안 폴리펩타이드 (예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드)의 발현을 구동시킨다. 프로모터에 의해 구동된 발현은 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 19시간, 20시간, 21시간, 22시간, 23시간, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 1주, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 2주, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 3주, 22일, 23 일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 31일, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 1년, 13 개월, 14개월, 15개월, 16개월, 17개월, 18개월, 19개월, 20개월, 21개월, 22개월, 23개월, 2년, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 10년 또는 10년 초과의 기간 동안일 수 있다. 발현은 1-5시간, 1-12시간, 1-2일, 1-5일, 1-2주, 1-3주, 1-4주, 1-2개월, 1-4개월, 1-6개월, 2-6개월, 3-6개월, 3-9개월, 4-8개월, 6-12개월, 1-2년, 1-5년, 2-5년, 3-6년, 3-8년, 4-8년, 또는 5-10년 동안일 수 있다.

일부 구현예에서, 프로모터는 적어도 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 1년, 2년, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 10년, 11년, 12년, 13년, 14년, 15년, 16년, 17년, 18년, 19년, 20년, 21년, 22년, 23년, 24년, 25년, 26년, 27년, 28년, 29년, 30년, 31년, 32년, 33년, 34년, 35년, 36년, 37년, 38년, 39년, 40년, 41년, 42년, 43년, 44년, 45년, 46년, 47년, 48년, 49년, 50년, 55년, 60년, 65년, 또는 65년 초과 동안 폴리펩타이드 (예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드)의 발현을 구동시킨다.

프로모터는 천연적으로 존재하거나 비-천연적으로 존재할 수 있다. 프로모터의 비제한적인 예는 바이러스 프로모터, 식물 프로모터 및 포유동물 프로모터를 포함한다. 일부 구현예에서, 프로모터는 사람 프로모터일 수 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 절단될 수 있다.

대부분의 조직에서 발현을 구동시키거나 촉진시키는 프로모터는 사람 연장 인자 1α-서브유닛(EF1α), 사이토메갈로바이러스 (CMV) 이메디에이트-어얼리 인핸서 및/또는 프로모터, 닭 β-액틴(CBA; 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 문헌(참조: a CBA promotor as described in Miyazaki 등 (Gene. 1989 Jul 15;79(2):269-77, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다)에 기재된 바와 같은 CBA 프로모터 및 이의 유도체 CAG, β 글루쿠로니다제(GUSB), 또는 유비퀴틴 C (UBC)를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 조직-특이적 발현 요소를 사용하여 발현을 특정 세포 유형으로 제한할 수 있고, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 근육 특이적 프로모터, B 세포 프로모터, 단핵구 프로모터, 백혈구 프로모터, 대식세포 프로모터, 췌장 선포 세포 프로모터, 내피 세포 프로모터, 폐 조직 프로모터, 성상세포 프로모터, 또는 뉴런, 성상세포 또는 희소돌기신경교로 발현을 제한할 수 있는 신경계 프로모터이다.

근육 특이적 프로모터의 비제한적 예는 포유동물 근육 크레아틴 키나제(MCK) 프로모터, 포유동물 데스민(DES) 프로모터, 포유동물 트로포닌 I(TNNI2) 프로모터 및 포유동물 골격 알파-액틴(ASKA) 프로모터를 포함한다(참조: 예를 들어, 미국 특허 공개 공보 US20110212529, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨). 근육 특이적 프로모터는 또한 Mb 프로모터, 미오신 프로모터, 디스트로핀 프로모터, dMCK 및 tMCK를 포함할 수 있다. 비제한적인 예로서, 근육 특이적 프로모터를 사용하여 이에 제한되지 않지만 단핵구 및 근육 줄기 세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다.

혈액 특이적 프로모터의 비제한적인 예는 B29 프로모터, 면역글로불린 중쇄 프로모터, CD45 프로모터, 마우스 INF-β 프로모터, CD45 SV40 / CD45 프로모터, WASP 프로모터, CD43 프로모터, CD43 SV40 / CD43 프로모터, CD68 프로모터, GPIIb 프로모터, CD14 프로모터 및 CD2 프로모터를 포함한다. 비제한적 예로서, 혈액 특이적 프로모터는 이에 제한되지 않지만 B 세포, 조혈 세포, 백혈구, 혈소판, 대식세포, 거핵구, 단핵구 및/또는 T 세포에서와 같이 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시키기 위해 사용될 수 있다.

골 특이적 프로모터의 비제한적인 예는 오스테오칼신, 골 시알로단백질, 및 OG-2 프로모터를 포함한다. 비제한적인 예로서, 골 특이적 프로모터를 사용하여 이에 제한되지 않지만 조골세포 및 상아모세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다.

눈 특이적 프로모터의 비제한적인 예는 Chx10, PrP, Dkk3, Math5, Ptf1a, Pcp2, Nefh, 감마-시누클레인 유전자(SNCG), Grik4, Pdgfra, Chat, Thy1.2, hVmd2, Thy1, 변형된 αA-크리스탈린, hRgp, mMo, Opn4, RLBP1, Glast, Foxg1, hVmd2, Trp1, Six3, cx36, Grm6 - SV40 진핵 프로모터, hVmd2, Dct, Rpc65, mRho, Irbp, hRho, Pcp2, Rhodopsin 및 mSo를 포함한다. 비제한적 예로서, 안구 특이적 프로모터는 이에 제한되지 않지만 망막 뉴런, 수평 세포, 양극성 세포, 신경절 세포(GC), ONL 뮐러 세포, 무축삭 세포, 수정체 세포, S-원추 세포, M-원추 세포, 멜라놉신-발현 GC, 뉴런, ON 양극성, 시신경 세포, 색소 세포, 망막 색소 상피 세포, 막대 세포, 막대 양극 세포 및 막대 광수용체와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시키기 위해 사용될 수 있다.

심장 특이적 프로모터의 비제한적 예는 MLC2v 프로모터, αMHC 프로모터, 래트 트로포닌 T(Tnnt2), Tie2 및 Tcf21을 포함한다. 비제한적인 예로서, 골 특이적 프로모터를 사용하여 이에 제한되지 않지만 심근세포, 내피 세포 및 섬유아세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다.

콩팥 특이적 프로모터의 비제한적인 예는 ECAD, NKCC2, KSPC, NPHS1, 및 SGLT2를 포함한다. 비제한적인 예로서, 콩팥 특이적 프로모터는 집합관 세포, Henle 세포의 루프, 네프론 세포, 족세포 및 근위 관형 세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진하는 데 사용될 수 있다.

간 특이적 프로모터의 비제한적 예는 SV40/bAlb 프로모터, SV40/hAlb 프로모터, B형 간염 바이러스 코어 프로모터 및 알파 태아단백질을 포함한다. 비제한적인 예로서, 간 특이적 프로모터를 사용하여 이에 제한되지 않지만 간세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다.

폐-특이적 프로모터의 비제한적 예는 계면활성제 단백질 B 프로모터 및 계면활성제 단백질 C 프로모터를 포함한다. 비제한적 예로서, 폐 특이적 프로모터를 사용하여 이에 제한되지 않지만 AT II 세포 및 Clara 세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다.

췌장-특이적 프로모터의 비제한적인 예는 엘라스타제-1 프로모터, PDX1 프로모터, 및 인슐린 프로모터를 포함한다. 비제한적 예로서, 췌장 특이적 프로모터를 사용하여 이에 제한되지 않지만 선방세포, 베타 세포 및 랑게르한스 세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다.

혈관- 또는 맥관구조-특이적 프로모터의 비제한적 예는 Slco1c1, tie, 캐드헤린(cadherin), ICAM-2, 클라우딘 1, Cldn5, Flt-1 프로모터 및 엔도글린(Endoglin) 프로모터를 포함한다. 비제한적인 예로서, 혈관 특이적 프로모터를 사용하여 내피 세포와 같은 특정 세포 유형에서 발현을 구동시키거나 촉진시킬 수 있다. 비제한적인 예로서, 내피 세포는 혈뇌 장멱 내피 세포이다.

뉴런에 대한 조직 특이적 발현 요소의 비제한적 예는 뉴런 특이적 에놀라제(NSE), 혈소판 유래 성장 인자(PDGF), 혈소판 유래 성장 인자 B-쇄(PDGF-β), 시냅신(Syn 또는 Syn1), 메틸-CpG 결합 단백질 2(MeCP2), Ca²⁺/칼모듈린 의존성 단백질 키나제 II(CaMKII), 대사성 글루타메이트 수용체 2(mGluR2), 신경필라멘트 경쇄(NFL) 또는 중쇄(NFH), β-글로빈 미니유전자 nβ2, 프리프로엔케팔린 (PPE), 엔케팔린(Enk), VGF 및 흥분성 아미노산 수송체 2(EAAT2) 프로모터를 포함한다. 신경외배엽 줄기 세포에 대한 조직 특이적 발현 요소의 비제한적 예는 네스틴이다.

성상세포에 대한 조직 특이적 발현 요소의 비제한적인 예는 신경교 원섬유 산성 단백질(GFAP, GFabc1D) 및 EAAT2 프로모터를 포함한다. 희소돌기아교세포에 대한 조직 특이적 발현 요소의 비제한적 예는 미엘린 염기성 단백질(MBP) 프로모터를 포함한다.

일부 구현예에서, 프로모터는 1 kb 미만일 수 있다. 프로모터는 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 290, 300, 310, 320, 330, 340, 350, 360, 370, 380, 390, 400, 410, 420, 430, 440, 450, 460, 470, 480, 490, 500, 510, 520, 530, 540, 550, 560, 570, 580, 590, 600, 610, 620, 630, 640, 650, 660, 670, 680, 690, 700, 710, 720, 730, 740, 750, 760, 770, 780, 790, 800, 또는 800개 초과 뉴클레오타이드의 길이를 가질 수 있다. 프로모터는 200-300, 200-400, 200-500, 200-600, 200-700, 200-800, 300-400, 300-500, 300-600, 300-700, 300-800, 400-500, 400-600, 400-700, 400-800, 500-600, 500-700, 500-800, 600-700, 600-800, 또는 700-800의 길이를 가질 수 있다.

일부 구현예에서, 프로모터는 이에 제한되지 않지만 CMV 및 CBA와 같은 동일하거나 상이한 출발 또는 모체 프로모터의 2개 이상의 성분의 조합일 수 있다. 각각의 성분은 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 290, 300, 310, 320, 330, 340, 350, 360, 370, 380, 381, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 400, 410, 420, 430, 440, 450, 460, 470, 480, 490, 500, 510, 520, 530, 540, 550, 560, 570, 580, 590, 600, 610, 620, 630, 640, 650, 660, 670, 680, 690, 700, 710, 720, 730, 740, 750, 760, 770, 780, 790, 800, 또는 800 초과의 길이를 가질 수 있다. 각각의 성분은 200-300, 200-400, 200-500, 200-600, 200-700, 200-800, 300-400, 300-500, 300-600, 300-700, 300-800, 400-500, 400-600, 400-700, 400-800, 500-600, 500-700, 500-800, 600-700, 600-800 또는 700-800의 길이를 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 382개 뉴클레오타이드 CMV-인핸서 서열 및 260개 뉴클레오타이드 CBA-프로모터 서열의 조합이다.

일부 구현예에서, AAV 입자는 보편적 프로모터를 포함한다. 보편적 프로모터의 비제한적인 예는 CMV, CBA (유도체 CAG, CB6, CBh 등을 포함하는), EF-1α, PGK, UBC, GUSB (hGBp), 및 UCOE (HNRPA2B1-CBX3의 프로모터)를 포함한다.

문헌(참조: Yu 등 (Molecular Pain 2011, 7:63; 그 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)은 렌티바이러스 벡터를 사용하여 래트 DRG 세포 및 1차 DRG 세포에서 CAG, EFIα, PGK 및 UBC 프로모터 하에서 eGFP의 발현을 평가하였고, UBC가 다른 3개의 프로모터보다 약한 발현을 보여주고, 모든 프로모터에 대해 10-12%의 아교세포 발현만을 보여준 것으로 밝혀졌다. 문헌(참조: Soderblom 등 (E. Neuro 2015; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨))은 운동 피질에서 주사 후 CMV 및 UBC 프로모터를 갖는 AAV8에서 및 CMV 프로모터를 갖는 AAV2에서 eGFP의 발현을 평가하였다. UBC 또는 EFIα 프로모터를 함유하는 플라스미드의 비강내 투여는 CMV 프로모터를 사용한 발현보다 더 큰 지속적인 기도 발현을 보여주었다(참조: 예를 들어, Gill 등, Gene Therapy 2001, Vol. 8, 1539-1546; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨). 문헌(참조: Husain 등 (Gene Therapy 2009; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨))은 hGUSB 프로모터, HSV-1LAT 프로모터 및 NSE 프로모터를 갖는 HβH 작제물을 평가하였고, HβH 작제물이 마우스 뇌에서 NSE 보다 약한 발현을 보여줌을 밝혔다. 문헌(참조: Passini and Wolfe (J. Virol. 2001, 12382-12392, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다))은 신생아 마우스에서 뇌실내 주사 후 HβH 벡터의 장기 효과를 평가하였고, 적어도 1년 동안 발현이 지속된 것으로 밝혀졌다. NFL 및 NFH 프로모터가 CMV-lacZ, CMV-luc, EF, GFAP, hENK, nAChR, PPE, PPE + wpre, NSE (0.3 kb), NSE (1.8 kb) 및 NSE (1.8 kb + wpre)와 대비하여 사용된 경우, 모든 뇌 영역에서 낮은 발현은 문헌(참조: Xu 등 (Gene Therapy 2001, 8, 1323-1332; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨))에 의해 밝혀졌다. 수 등(Xu 등)은 내림차순으로 프로모터 활성이 NSE(1.8kb), EF, NSE(0.3kb), GFAP, CMV, hENK, PPE, NFL 및 NFH임을 밝혔다. NFL은 650개 뉴클레오타이드 프로모터이고 NFH는 920개 뉴클레오타이드 프로모터이며 둘 다 간에는 없지만 NFH는 감각 고유 수용 뉴런, 뇌 및 척수에 풍부하고 NFH는 심장에 존재한다. Scn8a는 해마 뉴런과 소뇌 푸르키니에 세포, 피질, 시상 및 시상하부에서 특히 높은 발현으로 나타나는 DRG, 척수 및 뇌 전체에 걸쳐 발현시키는 470개 뉴클레오티드 프로모터이다(참조: 예를 들어, Drews 등 Identification of evolutionary conserved, functional noncoding elements in the promoter region of the sodium channel gene SCN8A, Mamm Genome (2007) 18:723-731; and Raymond 등 Expression of Alternatively Spliced Sodium Channel α-subunit genes, Journal of Biological Chemistry (2004) 279(44) 46234-46241; 이의 각각의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨).

상기 언급된 Yu, Soderblom, Gill, Husain, Passini, Xu, Drews 또는 Raymond에 의해 교시된 임의의 프로모터가 본원 개시내용에 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 프로모터는 보편성이다. 일부 구현예에서, 프로모터는 세포 특이적이지 않다.

일부 구현예에서, 프로모터는 유비퀴틴 c (UBC) 프로모터이다. UBC 프로모터는 300-350개 뉴클레오타이드의 크기를 가질 수 있다. 비제한적인 예로서, UBC 프로모터는 332개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 β-글루쿠로니다제-(GUSB) 프로모터이다. GUSB 프로모터는 350-400개 뉴클레오타이드의 크기를 가질 수 있다. 비제한적인 예로서, GUSB 프로모터는 378개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 신경필라멘트 경쇄 (NFL) 프로모터이다. NFL 프로모터는 600-700개 뉴클레오타이드의 크기를 가질 수 있다. 비제한적인 예로서, NFL 프로모터는 650개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 신경필라멘트 중쇄 (NFH) 프로모터이다. NFH 프로모터는 900-950개 뉴클레오타이드의 크기를 가질 수 있다. 비제한적인 예로서, NFH 프로모터는 920개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 scn8a 프로모터이다. scn8a 프로모터는 450-500개 뉴클레오타이드의 크기를 가질 수 있다. 비제한적인 예로서, scn8a 프로모터는 470개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 포스포글리세레이트 키나제 1(PGK) 프로모터이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 닭 β-액틴 (CBA) 프로모터, 또는 이의 변이체이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 CB6 프로모터이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 최소 CB 프로모터이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 P40 프로모터이다. 일부 구현예에서, P40 프로모터는 AAV 캡시드 REP 유전자의 3'에 위치한다.

일부 구현예에서, 프로모터는 사이토메갈로바이러스(CMV) 프로모터이다.

일부 구현예에서, CMV 프로모터는 문헌(참조: Niwa 등, 1991, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같이 하이브리드 CMV 인핸서/닭 베타-액틴 프로모터 서열이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 CAG 프로모터이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 GFAP 프로모터이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 시냅신(syn 또는 syn1) 프로모터이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 간 또는 골격근 프로모터이다. 간 프로모터의 비제한적인 예는 사람 α-1-안티트립신 (hAAT) 및 티록신 결합 글로불린 (TBG)을 포함한다. 골격근 프로모터의 비제한적인 예는 데스민, MCK 또는 합성 C5-12를 포함한다.

일부 구현예에서, 프로모터는 RNA pol III 프로모터이다. 비-제한적인 예로서, RNA pol III 프로모터는 U6이다. 비-제한적인 예로서, RNA pol III 프로모터는 H1이다.

일부 구현예에서, 프로모터는 목적하는 향성에 따라 선택될 수 있다. 프로모터의 비제한적인 예는 WO2020072683에 기재되어 있고, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다.

일부 구현예에서, 프로모터는 헬퍼 바이러스 동시-감염에서 캡시드 mRNA 발현을 구동시킨다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 2개의 프로모터를 포함한다. 비제한적인 예로서, 프로모터는 P40 프로모터 CMV 프로모터이다. 비제한적인 예로서, 프로모터는 P40 프로모터 및 세포 유형 특이적 프로모터(예를 들어, 시냅신)이다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 가공된 프로모터를 포함한다.

또 다른 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 천연적으로 발현되는 단백질로부터의 프로모터를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 일부는 프로모터 삽입을 수용하기 위해 결실된다. 프로모터는 AAV 입자 CAP 유전자의 업스트림 또는 다운스트림에 삽입될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 캡시드 mRNA 발현을 구동시키기 위해 세포 유형 특이적 프로모터를 포함한다. 비제한적인 예로서, 프로모터는 세포 유형 특이적이다. 세포 유형 특이적 프로모터는 시냅신일 수 있다. 세포 유형 특이적 프로모터는 신경교 원섬유 산성 단백질(GFAP)일 수 있다. AAV 입자는 P40 프로모터 및 세포 유형 특이적 프로모터를 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 캡시드 도 4에 나타낸 바와 같은 구조를 포함한다. 일부 구현예에서, 교호 백본은 캡시드 라이브러리의 생성을 위해 사용될 수 있다. 교호 백본에서, 정배향 버전은 역배향으로 변화되고, 이는 캡시드 단백질의 발현 및 생체내 전개 동안에 이들 외래 캡시드 단백질에 대해 가능한 면역 반응을 회피할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 추가의 WPRE 요소들은 또한 백본에 첨가되어 바이러스 라이브러리 RNA 회수 동안에 RNA 수율을 개선시킬 수 있다. 일부 구현예에서, TRACER 접근법에 대한 백본은 도 5에 나타낸 바와 같다.

AAV 선택

본원 개시내용은 조직- 및/또는 세포 유형 특이적 형질도입을 위한 AAV 선택 방법을 제공하고, 이로써 조직(들) 및/또는 세포 유형(들)에 대해 높은 향성을 갖는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)가 동정되고, 사용을 위해 선택된다. 일부 구현예에서, AAV 선택은 당업계에 공지된 표준 방법(예를 들어, 정맥내)에 의해 세포 및/또는 대상체에 AAV 입자를 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 선택은 특정 조직 및/또는 세포 유형으로부터 AAV 입자에 의해 암호화된 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어 캡시드 RNA의 추출을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 조직은 비-신경계 조직, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 간, 비장 및 심장일 수 있다. 세포 유형은 예를 들어 간세포, 랑게르한스섬 세포 및 심근세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 조직은 신경계 조직, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 뇌 조직, 척수 조직 및 후근 신경절 조직일 수 있다. 세포 유형은 예를 들어 뉴런, 성상세포 또는 희소돌기아교세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 추출된 RNA는 농축되고, 역전사되고/되거나 증폭된다. 일부 구현예에서, 추출된 RNA는 다양한 생산 방법, 예를 들어 역전사 폴리머라제 연쇄 반응(RT-PCR)을 사용하여 특정 조직 및/또는 세포 유형으로부터 전장 캡시드 "앰플리콘(들)"의 회수를 가능하게 한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 앰플리콘은 증폭 이벤트, 예를 들어, PCR의 생성물로서 형성된 임의의 RNA 또는 DNA 조각을 지칭할 수 있다. 일부 구현예에서, 전장 캡시드 앰플리콘은 차세대 서열분석(NGS) 라이브러리 생성을 위한 주형으로 사용될 수 있다. 전장 캡시드 앰플리콘은 상기된 바와 같이 AAV 선택의 임의의 수의 추가 라운드를 위한 AAV TRACER 입자의 생성을 위한 DNA 라이브러리로의 클로닝에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 선택은 반복적으로 수행되거나 임의의 횟수 또는 라운드로 반복될 수 있다. AAV 입자의 상기된 선택은 또한 보다 일반적으로 본원에서 바이오패닝으로서 언급될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 선택은 당업계에 공지된 표준 방법(예를 들어, 감염)에 의해 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 세포에 투여하는 것을 포함한다. 비제한적인 예로서, 세포는 HEK293 세포이다. 또 다른 비제한적 예로서, 세포는 뉴런 및/또는 아교세포와 같은 신경계 세포이지만 이에 제한되지 않는다. 또 다른 비제한적 예로서, 세포는 뇌 미세혈관 내피 세포(BMVEC)이다. BMVEC는 사람 BMVEC (hBMVEC)일 수 있다. BMVEC는 비-사람 영장류 (NHP) BMVEC일 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 선택은 당업계에 공지된 표준 방법(예를 들어, 정맥내)에 의해 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 설치류에 투여하는 것을 포함한다. 설치류는 유전자전이 설치류 또는 비-유전자전이(예를 들어, 야생형) 설치류일 수 있다. 비제한적 예로서, 설치류는 래트 또는 마우스이다. 래트의 비제한적 예는 스파라그 돌리(Sprague Dawley), 위스타르 알비노(Wistar Albino) 및 롱 에반스(Long Evans) 래트를 포함한다. 마우스의 비제한적인 예는 BALB/C, FVB 및 C57BL/6 마우스를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 선택은 당업계에 공지된 표준 방법(예를 들어, 정맥내)에 의해 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 비-사람 영장류 (NHP)에 투여하는 것을 포함한다. NHP의 비제한적인 예는 레서스 마카쿠에스(rhesus macaques) (마카카 물라타(Macaca mulatta)) 및 시노몰구스 마카쿠에스(cynomolgus macaques) (마카카 파시쿨라리스(Macaca fascicularis))를 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 선택은 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 설치류, 비-사람 영장류 및/또는 사람 세포에 투여하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, AAV 선택은 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 설치류, 비-사람 영장류 및/또는 사람 대상체에 투여하는 것을 포함한다.

일부 구현예에서, AAV 선택은 단일 세포 또는 대상체 유형 내에서 반복적으로 수행되거나 임의의 횟수 또는 라운드에서 반복될 수 있고, 여기서 상기 단일 세포 또는 대상체 유형은 AAV 선택 라운드에서 변경되지 않거나 동일하게 유지될 수 있다. 세포 유형은 예를 들어, HEK293 세포, hBMVEC 및 NHP BMVEC일 수 있다. 대상체 유형은 예를 들어 스프라그 돌리 래트, 위스타르 알비노 래트, 롱 에반스 래트, BALB/C 마우스, FVB 마우스, C57BL/6 마우스, 레서스 마카쿠에스, 시노몰구스 마카쿠에스 및 사람일 수 있다. 비제한적인 예로서, AAV 선택은 hBMVEC 세포에서 1, 2 및/또는 3회 이상의 AAV 선택 라운드에 걸쳐 수행된다. 비제한적 예로서, AAV 선택은 이에 제한되지 않지만 BALB/C 마우스와 같은 마우스에서 1, 2 및/또는 3회 이상 라운드에 걸쳐 수행된다. 비제한적 예로서, AAV 선택은 이에 제한되지 않지만 도 1a 및 도 1b에 나타낸 바와 같이 시노몰구스 마카쿠에와 같은 NHP에서 1, 2 및/또는 3회 이상의 라운드에 걸쳐 수행된다.

AAV 선택은 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체 유형 내에서 반복적으로 수행되거나 임의의 수의 횟수 또는 라운드로 수행될 수 있고, 여기서, 상기 세포- 및 대상체-유형은 AAV 선택 방법에 걸쳐 변화하거나 상이할 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 선택은 레서스 마카쿠에에서 첫 번째 라운드를 수행하고, 추가로, 예를 들어, 스프라그-돌리 래트에서 1, 2 및/또는 3회 이상의 라운드로 수행된다.

AAV 선택은 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체 유형 내에서 임의의 횟수 또는 라운드로 반복적으로 수행되거나 반복될 수 있고, 추가로 본원에 개시된 바와 같은 임의의 AAV 캡시드 혈청형의 조합 및/또는 비교 및/또는 AAV 선택 라운드에서 AAV 입자 풀과 함께 이의 변이체 또는 유도체를 포함할 수 있다. 비제한적인 예로서, AAV 캡시드 혈청형은 AAVF7/HSC7(WO2016049230의 서열번호 8 및 27)을 포함한다. 또 다른 비제한적인 예로서, AAV 캡시드 혈청형은 AAVF15/HSC15(WO2016049230의 서열번호 16 및 33)를 포함한다. 또 다른 비제한적인 예로서, AAV 캡시드 혈청형은 AAVF17/HSC17(WO2016049230의 서열번호 13 및 35)를 포함한다. AAV 선택 라운드는 제1, 제2, 제3 또는 제4 AAV 선택 라운드일 수 있다.

직교 전개

본원 개시내용의 AAV 선택의 방법은 직교 전개를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 직교 전개는 AAV 입자가 상이한 종 및/또는 변종으로부터일 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 본원에 기재된 바와 같은 AAV 선택의 제1 라운드를 위해 투여되고, 임의의 수의 추가, 예를 들어 후속 AAV 선택 라운드는 상이한 종 및/또는 변종에서 유래할 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 또는 도 2에 나타낸 바와 같이, 동일한 종 및/또는 변종으로부터 유래할 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 개체 세트에 걸쳐 수행된다. 세포 유형은 예를 들어, HEK293 세포, hBMVEC 및 NHP BMVEC일 수 있다. 대상체 유형은 예를 들어 스프라그 돌리 래트, 위스타르 알비노 래트, 롱 에반스 래트, BALB/C 마우스, FVB 마우스, C57BL/6 마우스, 레서스 마카쿠에스, 시노몰구스 마카쿠에스 및 사람일 수 있다.

AAV 입자의 바이러스 게놈

펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드를 포함하고/하거나 TRACER 방법에 의해 선택되는 본원에 기재된 바와 같은 AAV 입자(예를 들어 AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어 본원에 기재된 AAV 캡시드 폴리펩티드, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 조직, 예를 들어, 표적 조직(예를 들어, CNS, DRG 및/또는 근육)으로의 바이러스 게놈의 전달을 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자는 바이러스 게놈을 조직 또는 세포, 예를 들어, CNS, DRG, 또는 근육 세포 또는 조직으로 전달하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 재조합 AAV 입자이다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 단리된 AAV 입자이다.

바이러스 게놈은 이에 제한되지 않지만 폴리펩타이드(예를 들어, 치료용 폴리펩타이드), 항체, 효소, RNAi 제제 및/또는 유전자 편집 시스템의 구성 요소와 같은 임의의 페이로드를 암호화할 수 있다. 하나의 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 정맥내 전달 후 CNS의 세포에 페이로드를 전달하기 위해 사용된다. 또 다른 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 정맥내 전달 후 DRG의 세포에 페이로드를 전달하기 위해 사용된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 정맥내 전달 후, 근육, 예를 들어, 심장 근육의 세포에 페이로드를 전달하기 위해 사용된다.

본원에 기재된 바와 같은 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 바이러스 게놈은 페이로드를 암호화하는 적어도 하나의 페이로드 영역, 및 적어도 하나의 ITR을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 바이러스 게놈은 전형적으로 5' 및 3' 말단 각각에 하나씩 2개의 ITR 서열을 포함한다. 추가로, 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈은 이에 제한되지 않지만 조절 요소(예를 들어, 프로모터), 비해독 영역(UTR), 폴리아데닐화 서열(polyA), 증진된 발현을 위한 충전제 또는 스터퍼 서열, 인트론 및/또는 링커 서열과 같은 추가의 구성 요소에 대한 핵산 서열을 포함할 수 있다.

이들 바이러스 게놈 성분은 표적 조직(예를 들어, CNS, 근육 또는 DRG)에서 소정의 페이로드의 발현의 특이성 및 효율을 추가로 조정하도록 선택되고/되거나 가공될 수 있다.

바이러스 게놈 구성 요소: 역위 말단 반복체 (ITR)

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자는 적어도 하나의 ITR 및 페이로드 영역을 갖는 바이러스 게놈을 포함한다. 하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 2개의 ITR을 갖는다. 이들 2개의 ITR은 5' 및 3' 말단에서 페이로드 영역을 플랭킹한다. ITR은 복제를 위한 인지 부위를 포함하는 복제 오리진으로서 기능한다. ITR은 상보성일 수 있고 대칭으로 정렬될 수 있는 서열 영역을 포함한다. 본원에 기재된 바와 같이 바이러스 게놈에 혼입된 ITR은 천연적으로 존재하는 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 재조합적으로 유도된 폴리뉴클레오타이드 서열로 구성될 수 있다.

ITR은 캡시드 폴리펩타이드와 동일한 혈청형, 예를 들어 임의의 공지된 혈청형 또는 이의 유도체로부터 선택된 캡시드 변이체로부터 유래될 수 있다. ITR은 캡시드와 다른 혈청형일 수 있다. 하나의 구현예에서, AAV 입자는 하나 초과의 ITR을 갖는다. 비제한적인 예에서, AAV 입자는 2개의 ITR을 포함하는 바이러스 게놈을 갖는다. 하나의 구현예에서, ITR은 서로 동일한 혈청형을 갖는다. 또 다른 구현예에서, ITR은 상이한 혈청형을 갖는다. 비제한적인 예는 0개, 캡시드와 동일한 혈청형을 갖는 ITR 중 하나 또는 둘 다를 포함한다. 하나의 구현예에서, AAV 입자의 바이러스 게놈의 ITR 둘 다는 AAV2 ITR이다.

독립적으로, 각각의 ITR은 길이가 약 100 내지 약 150개 뉴클레오타이드일 수 있다. ITR은 길이가 약 100-105개 뉴클레오타이드, 길이가 106-110개 뉴클레오타이드, 길이가 111-115개 뉴클레오타이드, 길이가 116-120개 뉴클레오타이드, 길이가 121-125개 뉴클레오타이드, 길이가 126-130개 뉴클레오타이드, 길이가 131-135개 뉴클레오타이드, 길이가 136-140개 뉴클레오타이드, 길이가 141-145개 뉴클레오타이드 또는 길이가 146-150개 뉴클레오타이드일 수 있다. 하나의 구현예에서, ITR은 길이가 140-142개 뉴클레오타이드이다. ITR 길이의 비제한적인 예는 길이가 102, 105, 130, 140, 141, 142, 145개 뉴클레오타이드이다. 본원 개시내용에 포함되는 ITR은 공지된 AAV 혈청형 ITR 서열과 적어도 90% 동일성, 적어도 95% 동일성, 적어도 98% 동일성 또는 적어도 99% 동일성을 갖는 것을 포함한다.

바이러스 게놈 구성 요소: 프로모터

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈의 페이로드 영역은 페이로드 표적 특이성 및 발현을 증진시키기 위한 적어도 하나의 구성 요소를 포함한다(참조: 예를 들어, Powell 등 Viral Expression Cassette Elements to Enhance Transgene Target Specificity and Expression in Gene Therapy, 2015; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다). 페이로드 표적 특이성 및 발현을 증진시키는 요소의 비제한적 예는 프로모터, 내인성 miRNA, 전사 후 조절 요소(PRE), 폴리아데닐화(PolyA) 신호 서열 및 업스트림 인핸서(USE), CMV 인핸서 및 인트론을 포함한다.

당업자는 표적 세포에서 페이로드의 발현이 종 특이적, 유도성, 조직 특이적 또는 세포 주기 특이적인 프로모터를 포함하지만 이에 제한되지 않는 특이적 프로모터를 필요로 할 수 있음을 인지할 수 있다(참조: Parr 등, Nat. Med.3:1145-9 (1997); 이의 내용은 본원에 전문이 참조로 인용된다).

하나의 구현예에서, 프로모터는 이것이 AAV 입자의 바이러스 게놈에 의해 암호화된 페이로드의 발현을 구동시키는 경우 효율적인 것으로 간주된다.

하나의 구현예에서, 프로모터는 이것이 표적화된 세포에서 발현을 구동시키는 경우 효율적인 것으로 간주되는 프로모터이다.

하나의 구현예에서, 프로모터는 표적화된 세포에 대한 향성을 갖는 프로모터이다.

하나의 구현예에서, 프로모터는 표적화된 조직에서 일정 기간 동안 페이로드의 발현을 구동시킨다. 프로모터에 의해 구동된 발현은 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 19시간, 20시간, 21시간, 22시간, 23시간, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 1주, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 2주, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 3주, 22일, 23 일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 31일, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 6개월, 7개월, 8개월, 9개월, 10개월, 11개월, 1년, 13 개월, 14개월, 15개월, 16개월, 17개월, 18개월, 19개월, 20개월, 21개월, 22개월, 23개월, 2년, 3년, 4년, 5년, 6년, 7년, 8년, 9년, 10년 또는 10년 초과의 기간 동안일 수 있다. 발현은 1-5시간, 1-12시간, 1-2일, 1-5일, 1-2주, 1-3주, 1-4주, 1-2개월, 1-4개월, 1-6개월, 2-6개월, 3-6개월, 3-9개월, 4-8개월, 6-12개월, 1-2년, 1-5년, 2-5년, 3-6년, 3-8년, 4-8년, 또는 5-10년 동안일 수 있다. 비제한적인 예로서, 프로모터는 중추 또는 말초 신경계의 조직 및/또는 세포에서 페이로드의 지속적인 발현을 위해 선택된다.

프로모터는 천연적으로 존재하거나 비-천연적으로 존재할 수 있다. 프로모터의 비제한적 예는 바이러스, 식물, 포유류 또는 사람으로부터 유래된 것들을 포함한다. 일부 구현예에서, 프로모터는 사람 세포 또는 시스템으로부터 유래된 것들일 수 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 절단되거나 돌연변이될 수 있다.

대부분의 조직에서 발현을 구동시키거나 촉진하는 프로모터는 사람 연장 인자 1α-서브유닛(EF1α) 프로모터, 사이토메갈로바이러스 (CMV) 이메디에이트-어얼리 인핸서 및/또는 프로모터, 닭 β-액틴(CBA) 프로모터 및 이의 유도체 CAG, β 글루쿠로니다아제(GUSB) 프로모터 또는 유비퀴틴 C(UBC) 프로모터를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 조직-특이적 프로모터는 이에 제한되지 않지만 중추 또는 말초 신경계의 세포, (예를 들어, 전두엽 피질) 내의 표적 영역, 및/또는 그 안의 세포의 서브세트(예를 들어, 흥분성 뉴런)와 같은 특정 세포 유형에 대한 발현을 제한하기 위해 사용될 수 있다. 비제한적 예로서, 세포 유형 특이적 프로모터는 흥분성 뉴런(예를 들어, 글루타메이트성), 억제성 뉴런(예를 들어, GABA-활성성), 교감 또는 부교감 신경계의 뉴런, 감각 뉴런, 후근 신경절의 뉴런, 운동 뉴런, 또는 미세아교세포, 성상세포, 희소돌기아교세포 및/또는 슈반 세포와 같은 신경계의 지지 세포로의 페이로드의 발현을 제한하기 위해 사용될 수 있다.

세포 유형 특이적 프로모터는 또한 신체의 다른 조직에도 존재하고, 비제한적 예는 간 프로모터(예를 들어, hAAT, TBG), 골격근 특이적 프로모터(예를 들어, 데스민, MCK, C512), B 세포 프로모터, 단핵구 프로모터, 백혈구 프로모터, 대식세포 프로모터, 췌장 선포 세포 프로모터, 내피 세포 프로모터, 폐 조직 프로모터, 및/또는 심장 또는 심혈관 프로모터(예를 들어 αMHC, cTnT 및 CMV-MLC2k)를 포함한다.

중추 신경계 조직 및 세포로의 페이로드 발현을 표적화하기 위한 조직 특이적 프로모터의 비제한적인 예는 시냅신(Syn), 글루타메이트 소포 수송체(VGLUT), 소포 GABA 수송체(VGAT), 파르발부민(PV), 나트륨 채널 Na_v 1.8, 티로신 하이드록실라제 (TH), 콜린 아세틸트랜스퍼라제 (ChaT), 메틸-CpG 결합 단백질 2 (MeCP2), Ca²⁺/칼모듈린-의존성 단백질 키나제 II (CaMKII), 대사자극성 글루타메이트 수용체 2 (mGluR2), 신경필라멘트 경쇄 (NFL) 또는 중쇄 (NFH), 뉴런 특이적 에놀라제(NSE), β-글로빈 미니유전자 nβ2, 프리프로엔케팔린(PPE), 엔케팔린(Enk) 및 흥분성 아미노산 수송체 2(EAAT2) 프로모터를 포함한다. 성상세포에 대한 조직 특이적 발현 요소의 비제한적인 예는 신경교 원섬유 산성 단백질(GFAP) 및 EAAT2 프로모터를 포함한다. 희소돌기아교세포에 대한 조직 특이적 발현 요소의 비제한적 예는 미엘린 염기성 단백질(MBP) 프로모터를 포함한다.

일부 구현예에서, 표적 조직에서 페이로드의 발현을 유도하는 데 사용되는 바이러스 게놈의 프로모터는 AAV 입자에서 사용하기 위해 본원에 언급된 것 중 임의의 것일 수 있다.

바이러스 게놈 구성 요소: 비해독된 영역(UTR)

일부 구현예에서, 유전자의 야생형 비해독된 영역(UTR)은 전사되지만 해독되지 않는다. 일반적으로 5' UTR은 전사 개시 부위에서 시작하여 개시 코돈에서 끝나고, 3' UTR은 종결 코돈 바로 다음에 개시하여 전사 종료 신호까지 지속된다.

특정 표적 기관(예를 들어, CNS 조직, 근육 또는 DRG)의 풍부하게 발현되는 유전자에서 일반적으로 발견되는 특성은 UTR로 가공되어 안정성과 단백질 생산을 증진시킬 수 있다. 비제한적 예로서, 뇌에서 정상적으로 발현되는 mRNA로부터의 5' UTR(예를 들어, 헌팅틴)은 뉴런 세포 또는 중추 신경계의 다른 세포에서의 발현을 증진시키기 위해 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈에서 사용될 수 있다.

이론에 얽매이는 것은 아니지만, 야생형 5' 비해독 영역(UTR)은 해독 개시에서 역할을 하는 특성을 포함한다. 리보솜이 많은 유전자의 해독을 개시하는 과정에 관여하는 것으로 일반적으로 알려진 Kozak 서열은 일반적으로 5' UTR에 포함된다. Kozak 서열은 컨센서스 CCR(A/G)CCAUGG를 갖고, 여기서 R은 개시 코돈(ATG)의 3개 염기 업스트림에 있는 퓨린(아데닌 또는 구아닌)이고, 뒤에 또 다른 'G'가 따른다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈 내 5'UTR은 Kozak 서열을 포함한다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈 내 5'UTR은 Kozak 서열을 포함하지 않는다.

이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 야생형 3' UTR은 그 안에 내장된 아데노신 및 우리딘의 스트레치를 갖는 것으로 공지되어 있다. 이러한 AU 풍부한 시그니처는 전환율이 높은 유전자에서 특히 만연되어 있다. 이들의 서열 특성 및 기능적 성질을 기반으로 AU 풍부한 요소(ARE)는 세 가지 부류로 분리될 수 있다(참조: Chen et al, 1995, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다): 이에 제한되지 않지만 c-Myc 및 MyoD와 같은 부류 I ARE는 U가 풍부한 영역 내에 AUUUA 모티프의 여러 분산 카피를 함유한다. 이에 제한되지 않지만 GM-CSF 및 TNF-a와 같은 부류 II ARE는 2개 이상의 중첩 UUAUUUA(U/A)(U/A) 노나머를 갖는다. 이에 제한되지 않지만 c-Jun 및 미오게닌과 같은 부류 III ARES는 매우 덜 한정되어 있다. 이들 U 풍부 영역은 AUUUA 모티프를 함유하지 않는다. ARE에 결합하는 대부분의 단백질은 메신저를 불안정화시키는 것으로 공지되어 있는 반면 ELAV 계열의 구성원, 특히 HuR은 mRNA의 안정성을 증가시키는 것으로 보고되었다. HuR은 모든 3개의 부류의 ARE에 결합한다. HuR 특이적 결합 부위의 핵산 분자의 3′ UTR로의 가공은 HuR 결합을 유도하고 따라서 생체내 메시지를 안정화시킨다.

3' UTR AU 풍부 요소(ARE)의 도입, 제거 또는 변형은 폴리뉴클레오타이드의 안정성을 조절하는데 사용될 수 있다. 특정 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어, 바이러스 게놈의 페이로드 영역을 가공할 때 하나 이상의 ARE 카피를 도입하여 폴리뉴클레오타이드를 덜 안정하게 만들고 이에 따라 해독을 줄이고 수득한 단백질의 생산을 감소시킬 수 있다. 마찬가지로, ARE를 동정하고 제거하거나 돌연변이시켜 세포내 안정성을 증가시켜 수득한 단백질의 해독 및 생산을 증가시킬 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈의 3' UTR은 폴리-A 꼬리의 주형 추가를 위한 올리고(dT) 서열을 포함할 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 적어도 하나의 miRNA 씨드, 결합 부위 또는 전장 서열을 포함할 수 있다. microRNA(또는 miRNA 또는 miR)는 핵산 표적 부위에 결합하고 핵산 분자 안정성을 감소시키거나 해독을 억제함으로써 유전자 발현을 하향 조절하는 19-25개 뉴클레오티드 비암호화 RNA이다. 일부 구현예에서, 마이크로RNA 서열은 씨드 영역, 예를 들어, 핵산의 miRNA 표적 서열에 완전하게 또는 부분적으로 상보성인 왓슨-크릭 서열을 갖는, 성숙한 마이크로RNA의 위치 2-8의 영역 내의 서열을 포함한다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 적어도 하나의 miRNA 결합 부위, 전체 서열 또는 씨드 영역을 포함, 변경 또는 제거하도록 가공될 수 있다.

당업계에 공지된 임의의 유전자로부터의 임의의 UTR은 AAV 입자의 바이러스 게놈에 혼입될 수 있다. 이러한 UTR 또는 이의 일부는 이들이 선택된 유전자에서와 동일한 배향으로 배치되거나 배향 또는 위치가 변경될 수 있다. 하나의 구현예에서, AAV 입자의 바이러스 게놈에 사용되는 UTR은 당업계에 공지된 하나 이상의 다른 5' UTR 또는 3' UTR로 만들어지는 역위, 단축, 연장될 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, UTR과 관련하여 "변경된"이라는 용어는 UTR이 참조 서열과 관련하여 일부 방식으로 변화되었음을 의미한다. 예를 들어, 3' 또는 5' UTR은 위에서 교시된 배향 또는 위치에서의 변화에 의해 야생형 또는 고유 UTR에 비해 변경될 수 있거나 추가 뉴클레오티드의 포함, 뉴클레오티드의 결실, 뉴클레오타이드의 스와핑 또는 전위에 의해 변경될 수 있다.

하나의 구현예에서, AAV 입자의 바이러스 게놈은 야생형 UTR의 변이체가 아닌 적어도 하나의 인공 UTR을 포함한다.

하나의 구현예에서, AAV 입자의 바이러스 게놈은 단백질이 공통 기능, 구조, 특성 또는 성질을 공유하는 전사체 패밀리로부터 선택된 UTR을 포함한다.

바이러스 게놈 구성 요소: 폴리아데닐화 서열

본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 적어도 하나의 폴리아데닐화 서열을 포함할 수 있다. 하나의 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 바이러스 게놈은 페이로드 암호화 영역의 3' 말단과 3'ITR의 5' 말단 사이에 폴리아데닐화 서열을 포함한다.

하나의 구현예에서, 폴리아데닐화 서열 또는 "폴리A 서열"은 부재이거나 길이가 약 500개 뉴클레오타이드 범위일 수 있다. 일부 구현예에서, polyA 서열은 약 100-600개의 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 100-500개의 뉴클레오타이드, 약 100-400개의 뉴클레오타이드, 약 100-300개의 뉴클레오타이드, 약 100-200개의 뉴클레오타이드, 약 200-600개의 뉴클레오타이드, 약 200-500개 뉴클레오타이드, 약 200-400개 뉴클레오타이드, 약 200-300개 뉴클레오타이드, 약 300-600개 뉴클레오타이드, 약 300-500개 뉴클레오타이드, 약 300-400개 뉴클레오타이드, 약 400-600개 뉴클레오타이드, 약 400-500개 뉴클레오타이드 또는 약 500-600개 뉴클레오타이드의 길이를 포함한다. 일부 구현예에서, polyA 신호 영역은 약 100 내지 150개의 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 127개의 뉴클레오타이드의 길이를 포함한다. 일부 구현예에서, polyA 서열은 약 450 내지 500개의 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 477개의 뉴클레오타이드의 길이를 포함한다. 일부 구현예에서, polyA 서열은 약 520 내지 560개의 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 552개의 뉴클레오타이드의 길이를 포함한다. 일부 구현예에서, polyA 서열은 약 127개의 뉴클레오타이드의 길이를 포함한다.

바이러스 게놈 구성 요소: 인트론

하나의 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 AAV 입자(AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 바이러스 게놈은 페이로드 표적 특이성 및 발현을 증진시키기 위한 적어도 하나의 구성 요소를 포함한다(참조: 예를 들어, Powell 등 Viral Expression Cassette Elements to Enhance Transgene Target Specificity and Expression in Gene Therapy, Discov. Med, 2015, 19(102): 49-57; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다). 인트론의 비제한적 예는 MVM(67-97bps), F.IX 절단된 인트론 1(300bps), β-글로빈 SD/면역글로불린 중쇄 스플라이스 수용체(250bps), 아데노바이러스 스플라이스 공여체/면역글로빈 스플라이스 수용체(500bps), SV40 후기 스플라이스 공여체/스플라이스 수용체(19S/16S)(180bps) 및 하이브리드 아데노바이러스 스플라이스 공여체/IgG 스플라이스 수용체(230bps)를 포함한다.

하나의 구현예에서, 인트론 또는 인트론 부분은 길이가 100-500개 뉴클레오타이드일 수 있다. 인트론은 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 190, 200, 210, 220, 230, 240, 250, 260, 270, 280, 290, 300, 310, 320, 330, 340, 350, 360, 370, 380, 390, 400, 410, 420, 430, 440, 450, 460, 470, 480, 490 또는 500개 뉴클레오타이드의 길이를 가질 수 있다. 인트론은 80-100, 80-120, 80-140, 80-160, 80-180, 80-200, 80-250, 80-300, 80-350, 80-400, 80-450, 80-500, 200-300, 200-400, 200-500, 300-400, 300-500, 또는 400-500 뉴클레오타이드의 길이를 가질 수 있다.

바이러스 게놈 구성 요소: 스터퍼 서열

하나의 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 바이러스 게놈은 팩키징 효율 및 발현을 개선하기 위해 적어도 하나의 요소, 예를 들어, 스터퍼 또는 충전제 서열을 포함한다. 스터퍼 서열의 비제한적인 예는 알부민 및/또는 알파-1 안티트립신을 포함한다. 임의의 공지된 바이러스, 포유동물, 또는 식물 서열은 스터퍼 서열로서 사용하기 위해 조작될 수 있다.

하나의 구현예에서, 스터퍼 또는 충전제 서열은 길이가 100-3500개 뉴클레오타이드일 수 있다. 스터퍼 서열은 약 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000, 2100, 2200, 2300, 2400, 2500, 2600, 2700, 2800, 2900 또는 3000개 뉴클레오타이드의 길이를 가질 수 있다.

바이러스 게놈 구성 요소: miRNA

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 "오프-표적" 조직에서 페이로드의 발현을 감소시키기 위해 miRNA를 암호화하는 적어도 하나의 서열을 포함한다. 본원에 사용된 바와 같은 "오프-표적"은 본원에 기재된 AAV 입자에 의해 비의도적으로 표적화되는 조직 또는 세포 유형을 지적한다. miRNA 및 이들의 표적화된 조직은 당업계에 널리 공지되어 있다. 하나의 예로서, DRG(후근 신경절)를 표적화하는 경우 "오프-표적" 조직 또는 세포는 교감 신경 또는 부교감 신경계와 같은 다른 신경절의 뉴런일 수 있다. 일부 구현예에서, miRNA, 예를 들어, miR183, miR182 및/또는 miR96은 DRG 뉴런에서 바이러스 게놈의 발현을 조졸, 예를 들어 감소시키기 위해 바이러스 게놈에 암호화될 수 있다. 또 다른 비제한적 예로서, miR-122 miRNA는 간에서 바이러스 게놈의 발현을 조절, 예를 들어 감소시키기 위해 바이러스 게놈에 암호화될 수 있다. 일부 구현예에서, miRNA, 예를 들어, miR-142-3p는 예를 들어, 면역 세포(예를 들어, 수지상 세포(DC), 대식세포 및 B-림프구를 포함하는 항원 제시 세포 또는 APC)를 포함하는 조혈 계통의 세포 또는 조직에서 바이러스 게놈의 발현을 조절, 예를 들어 감소시키기 위해 바이러스 게놈에 암호화될 수 있다.

바이러스 게놈 구성 요소: miR 결합 부위

본 발명의 AAV 바이러스 입자의 조직- 또는 세포-특이적 발현은 조직- 또는 세포-특이적 조절 서열, 예를 들어 프로모터, 인핸서, 마이크로RNA 결합 부위, 예를 들어 탈표적화 부위를 도입함으로써 증진될 수 있다. 이론에 구애됨이 없이, miR 결합 부위는 상응하는 내인성 마이크로RNA(miRNA) 또는 조직 또는 세포, 예를 들어 비표적화 세포 또는 조직에서 상응하는 제어된 외인성 miRNA의 발현을 기준으로 본 발명의 바이러스 게놈 상의 관심 대상의 유전자의 발현을 조절, 예를 들어, 예방, 저해 또는 달리 억제할 수 있는 것으로 사료된다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위는 상응하는 mRNA가 발현되는 세포 또는 조직에서 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈에 의해 암호화된 페이로드의 발현을 조절, 예를 들어 감소시킨다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈은 마이크로RNA 결합 부위, 예를 들어 탈표적화 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈은 miR 결합 부위, 마이크로RNA 결합 부위 시리즈(miR BS) 또는 이의 역 상보체에 대한 암호화 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈 또는 miR 결합 부위는 바이러스 게놈의 3'-UTR 영역(예를 들어, 페이로드를 암호화하는 핵산 서열에 대해 3')에 위치하고, 예를 들어, polyA 서열 전에, 바이러스 게놈의 5'-UTR 영역(예를 들어, 페이로드를 암호화하는 핵산 서열에 대해 5'), 또는 둘 다에 위치한다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 miR 결합 부위의 적어도 1-5개 카피, 예를 들어 적어도 1-3, 2-4, 3-5, 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 카피를 포함한다 (miRBS). 일부 구현예에서, 모든 카피는 동일하고, 예를 들어 동일한 miR 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈 내의 miR 결합 부위는 연속적이고 스페이서에 의해 분리되지 않는다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈 내의 miR 결합 부위는 스페이서, 예를 들어 비암호화 서열에 의해 분리된다. 일부 구현예에서, 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개의 뉴클레오타이드, 예를 들어 약 7-8개의 뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 (i) GGAT; (ii) CACGTG; (iii) GCATGC 또는 (i)-(iii) 중 하나 이상의 반복체를 포함한다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 miR 결합 부위의 적어도 1-5개 카피, 예를 들어 적어도 1-3, 2-4, 3-5, 1, 2, 3, 4, 5개 이상의 카피를 포함한다 (miRBS). 일부 구현예에서, 적어도 1, 2, 3, 4, 5개 또는 모든 카피는 상이하고, 예를 들어 상이한 miR 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈 내의 miR 결합 부위는 연속적이고 스페이서에 의해 분리되지 않는다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈 내의 miR 결합 부위는 스페이서, 예를 들어 비암호화 서열에 의해 분리된다. 일부 구현예에서, 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개의 뉴클레오타이드, 예를 들어 약 7-8개의 뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 (i) GGAT; (ii) CACGTG; (iii) GCATGC 또는 (i)-(iii) 중 하나 이상의 반복체를 포함한다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위는 숙주 세포에서 miR과 실질적으로 동일하다(예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% 또는 100% 동일). 일부 구현예에서, miR 결합 부위는 숙주 세포에서 miR에 대해 적어도 1, 2, 3, 4 또는 5개의 미스매치 또는 6, 7, 8, 9 또는 10개 이하의 미스매치를 포함한다. 일부 구현예에서, 미스매치된 뉴클레오타이드는 연속적이다. 일부 구현예에서, 미스매치된 뉴클레오타이드는 비연속적이다. 일부 구현예에서, 미스매치된 뉴클레오타이드는 miR 결합 부위의 한쪽 또는 양쪽 말단에서와 같이 miR 결합 부위의 씨드 영역-결합 서열 외부에 존재한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위는 숙주 세포 내 miR과 100% 동일하다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 또는 서열 영역은 길이가 적어도 약 10 내지 약 125개의 뉴클레오타이드, 예를 들어, 적어도 약 10 내지 50개의 뉴클레오타이드, 10 내지 100개의 뉴클레오타이드, 50 내지 100개의 뉴클레오타이드, 50 내지 125개의 뉴클레오타이드 또는 100 내지 125개 뉴클레오티드이다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 또는 서열 영역은 길이가 적어도 약 7 내지 약 28개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 적어도 약 8-28개 뉴클레오타이드, 7-28개 뉴클레오타이드, 8-18개 뉴클레오타이드, 12-28개 뉴클레오타이드, 12-28개 뉴클레오타이드, 20-26개 뉴클레오타이드, 22개 뉴클레오티드, 24개 뉴클레오티드 또는 26개 뉴클레오티드이고, 임의로 miRNA(예를 들어, miR122, miR142, miR183)의 씨드 서열에 상보적인 적어도 하나의 연속 영역(예를 들어, 7 또는 8개 뉴클레오타이드)을 포함한다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위는 miR122와 같은 간 또는 간세포에서 발현되는 miR에 상보적이다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 또는 miR 결합 부위 시리즈는 miR122 결합 부위 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, miR122 결합 부위는 ACAAACACCATTGTCACACTCCA(서열번호 3672)의 뉴클레오타이드 서열, 또는 서열번호 3672에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 적어도 95%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 예를 들어, 상기 변형은 miR 결합 부위와 상응하는 miRNA 사이의 미스매치를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, miR122 결합 부위는 ACAAACACCATTGTCACACTCCACACAAACACCATTGTCACACTCCACACAAACACCATTGTCACACTCCA(서열번호 3673)의 뉴클레오타이드 서열, 또는 서열번호 3673에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 적어도 95%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 예를 들어, 상기 변형은 miR 결합 부위와 상응하는 miRNA 사이의 미스매치를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, miR122 결합 부위의 적어도 2개는 직접, 예를 들어, 스페이서 없이 연결되어 있다. 다른 구현예에서, miR122 결합 부위의 적어도 2개는 2개 이상의 연속 miR122 결합 부위 서열 사이에 위치한 스페이서, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오타이드 길이에 의해 분리되어 있다. 일부 구현예에서, 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개의 뉴클레오타이드, 예를 들어 약 7-8개의 뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 (i) GGAT; (ii) CACGTG; (iii) GCATGC, 또는 이의 반복체 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 스페이서의 존재 또는 부재하에 적어도 3-5개 카피, 예를 들어, 4개 카피의 miR122 결합 부위를 포함하고, 상기 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 7-8개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위는 면역 세포(예를 들어, 수지상 세포(DC), 대식세포 및 B-림프구를 포함하는 항원 제공 세포 또는 APC)를 포함하는 조혈 계통에서 발현되는 miR에 상보적이다. 일부 구현예에서, 조혈 계통에서 발현된 miR에 상보적인 miR 결합 부위는 예를 들어 US 2018/0066279에 개시된 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 이의 내용은 전체가 본원에 참조로 인용된다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 또는 miR 결합 부위 시리즈는 miR-142-3p 결합 부위 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, miR-142-3p 결합 부위는 TCCATAAAGTAGGAAACACTACA (서열번호 3674)의 뉴클레오타이드 서열, 서열번호 3674에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 적어도 95%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖거나, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 예를 들어, 상기 변형은 miR 결합 부위와 상응하는 miRNA 사이의 미스매치를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, miR-142-3p 결합 부위는 적어도 3, 4, 또는 5개 카피의 miR-142-3p 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 스페이서의 존재 또는 부재하에 적어도 3-5개 카피, 예를 들어, 4개 카피의 miR-142- 3p 결합 부위를 포함하고, 상기 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 7-8개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위는 DRG(후근 신경절) 뉴런, 예를 들어 miR183, miR182 및/또는 miR96 결합 부위에서 발현되는 miR에 상보적이다. 일부 구현예에서, DRG 뉴런에서 발현된 miR에 상보적인 miR 결합 부위는 예를 들어 WO2020/132455에 개시된 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 이의 내용은 전체가 본원에 참조로 인용된다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 또는 miR 결합 부위 시리즈는 miR183 결합 부위 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, miR183 결합 부위는 AGTGAATTCTACCAGTGCCATA(서열번호 3675)의 뉴클레오타이드 서열, 또는 서열번호 3675에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 적어도 95%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 예를 들어, 상기 변형은 miR 결합 부위와 상응하는 miRNA 사이의 미스매치를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, 씨드 서열에 상보적인 서열은 miR-183 결합 부위 서열의 이중 밑줄에 해당한다. 일부 구현예에서, miR183 결합 부위는 적어도 3, 4, 또는 5개 카피의 miR183 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 스페이서의 존재 또는 부재하에 적어도 3-5개 카피, 예를 들어, 4개 카피의 miR183 결합 부위를 포함하고, 상기 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 7-8개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 또는 miR 결합 부위 시리즈는 miR182 결합 부위 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, miR-142- miR182 결합 부위는 AGTGTGAGTTCTACCATTGCCAAA (서열번호 3676)의 뉴클레오타이드 서열, 서열번호 3676에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 적어도 95%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖거나, 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 예를 들어, 상기 변형은 miR 결합 부위와 상응하는 miRNA 사이의 미스매치를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, miR182 결합 부위는 적어도 3, 4, 또는 5개 카피의 miR182 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 스페이서의 존재 또는 부재하에 적어도 3-5개 카피, 예를 들어, 4개 카피의 miR182 결합 부위를 포함하고, 상기 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 7-8개 뉴클레오타이드이다.

특정 구현예에서, miR 결합 부위 또는 miR 결합 부위 시리즈는 miR96 결합 부위 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, miR96 결합 부위는 AGCAAAAATGTGCTAGTGCCAAA(서열번호 3677)의 뉴클레오타이드 서열, 또는 서열번호 3677에 대해 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 적어도 95%, 적어도 99% 또는 100% 서열 동일성, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 예를 들어, 상기 변형은 miR 결합 부위와 상응하는 miRNA 사이의 미스매치를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, miR96 결합 부위는 적어도 3, 4, 또는 5개 카피의 miR96 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 스페이서의 존재 또는 부재하에 적어도 3-5개 카피, 예를 들어, 4개 카피의 miR96 결합 부위를 포함하고, 상기 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 7-8개 뉴클레오타이드이다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 miR122 결합 부위, miR142 결합 부위, miR183 결합 부위, miR182 결합 부위, miR 96 결합 부위 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 적어도 3, 4 또는 5개 카피의 miR122 결합 부위, miR142 결합 부위, miR183 결합 부위, miR182 결합 부위, miR 96 결합 부위 또는 이들의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위의 적어도 2개는 직접, 예를 들어, 스페이서 없이 연결되어 있다. 다른 구현예에서, miR 결합 부위의 적어도 2개는 2개 이상의 연속 miR 결합 부위 서열 사이에 위치한 스페이서, 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오타이드 길이에 의해 분리되어 있다. 일부 구현예에서, 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개의 뉴클레오타이드, 예를 들어 약 7-8개의 뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, 스페이서는 (i) GGAT; (ii) CACGTG; (iii) GCATGC 또는 (i)-(iii) 중 하나 이상의 반복체를 포함한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위 시리즈는 스페이서의 존재 또는 부재하에 적어도 3-5개 카피, 예를 들어, 4개 카피의 miR122 결합 부위, miR142 결합 부위, miR183 결합부위, miR182 결합 부위, miR96 결합 부위의 적어도 2, 3, 4, 5 또는 모든 조합을 포함하고, 상기 스페이서는 길이가 적어도 약 5 내지 10개 뉴클레오타이드, 예를 들어, 약 7-8개 뉴클레오타이드이다.

바이러스 게놈 구성 요소: 선택 마커

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 바이러스 게놈은 임의로 선택 마커를 암호화한다. 선택 가능한 마커는 수용체, CD 마커, 렉틴, 인테그린 또는 이의 절단된 버전을 포함하지만 이에 제한되지 않는 세포 표면상에 발현되는 임의의 단백질과 같은 세포 표면 마커를 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 선택 마커 수용체 유전자는 문헌(참조: 국제 공개 공보 WO 1996023810 및 WO 1996030540; Heim 등, Current Biology 2:178-182 (1996); Heim 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1995); or Heim 등, Science 373:663-664 (1995), 이들 각각의 내용은 이의 전문이 본원에 참조로 인용된다)에 기재되어 있다.

게놈 크기

하나의 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 단일 가닥 또는 이중 가닥의 바이러스 게놈을 포함한다. 바이러스 게놈의 크기는 소형, 중형, 대형 또는 최대 크기일 수 있다. 상기된 바와 같이, 바이러스 게놈은 프로모터 및 폴리A 꼬리를 포함할 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 소형 단일 가닥의 바이러스 게놈일 수 있다. 소형 단일 가닥의 바이러스 게놈은 크기가 2.1 내지 3.5 kb, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 크기가 약 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 3.0, 3.1, 3.2, 3.3, 3.4, 및 3.5 kb일 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 소형 이중 가닥의 바이러스 게놈일 수 있다. 소형 이중 가닥의 바이러스 게놈은 크기가 1.3 내지 1.7 kb, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 크기가 약 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 및 1.7 kb일 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 중형 단일 가닥의 바이러스 게놈일 수 있다. 중형 단일 가닥의 바이러스 게놈은 크기가 3.6 내지 4.3 kb, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 크기가 약 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 4.0, 4.1, 4.2, 및 4.3 kb일 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 중형 이중 가닥의 바이러스 게놈일 수 있다. 중형 이중 가닥의 바이러스 게놈은 크기가 1.8 내지 2.1 kb, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 크기가 약 1.8, 1.9, 2.0, 및 2.1 kb일 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 대형 단일 가닥의 바이러스 게놈일 수 있다. 대형 단일 가닥의 바이러스 게놈은 크기가 4.4 내지 6.0 kb, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 크기가 약 4.4, 4.5, 4.6, 4.7, 4.8, 4.9, 5.0, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4, 5.5, 5.6, 5.8, 5.9 및 6.0 kb일 수 있다.

하나의 구현예에서, 바이러스 게놈은 대형 이중 가닥의 바이러스 게놈일 수 있다. 대형 이중 가닥의 바이러스 게놈은 크기가 2.2 내지 3.0 kb, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 크기가 약 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 및 3.0 kb일 수 있다.

페이로드

본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 적어도 하나의 페이로드 영역을 갖는 바이러스 게놈을 포함한다. 일부 구현예에서, 페이로드 영역은 페이로드를 암호화하는 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈 내의 핵산 서열일 수 있고, 여기서 상기 페이로드는 RNAi 제제 또는 폴리펩타이드이다. 본원 개시내용의 페이로드는 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, 항체, RNAi 제제 등일 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, 페이로드 영역은 암호화 및 비암호화 핵산 서열의 조합을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 페이로드 영역은 암호화 및 비암호화 RNA를 암호화할 수 있다.

하나의 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 관심 대상의 하나 초과의 페이로드를 암호화하는 페이로드 영역을 갖는 바이러스 게놈을 포함한다. 상기 구현예에서, 하나 초과의 페이로드를 암호화하는 바이러스 게놈은 복제될 수 있고 바이러스 입자에 팩키징될 수 있다. 하나 초과의 페이로드를 포함하는 바이러스 입자로 형질도입된 표적 세포는 단일 세포에서 각각의 페이로드를 발현할 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자, 예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자는 페이로드를 암호화하는 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 암호화된 페이로드는 치료학적 단백질, 항체, 효소; 유전자 편집 시스템의 하나 이상의 구성 요소 및/또는 RNAi 제제(예를 들어, dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA 또는 snoRNA)를 포함한다. 일부 구현예에서, 암호화된 페이로드는 예를 들어 세포 또는 조직에서 유전자, mRNA, 단백질 또는 이들의 조합의 존재, 수준 및/또는 활성을 조절, 예를 들어, 증가 또는 감소시킨다.

폴리펩타이드

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자는 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 폴리펩타이드를 포함한다. 페이로드 영역이 폴리펩타이드를 암호화하는 경우, 폴리펩타이드는 펩타이드 또는 단백질일 수 있다. 페이로드 영역은 임의의 공지된 유전자의 생성물 및/또는 이의 재조합 버전을 암호화할 수 있다. 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 아포지질단백질 E (APOE), 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 ApoE2, ApoE3 및/또는 ApoE4의 적어도 하나의 대립유전자를 암호화할 수 있다. 하나의 구현예에서, 페이로드 영역은 ApoE2 (cys112, cys158)를 암호화한다. 하나의 구현예에서, 페이로드 영역은 ApoE3 (cys112, arg158)를 암호화한다. 하나의 구현예에서, 페이로드 영역은 ApoE4 (arg112, arg158)를 암호화한다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 방향족 L-아민산 데카복실라제(AADC)를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 항체 또는 이의 단편을 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 운동 뉴런 (SMN) 1 또는 SMN2, 또는 이의 단편 또는 변이체의 사람 생존력을 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 글루코세레브로시다제 (GBA1) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 그라눌린 전구체 또는 프로그라눌린 (GRN) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 아스파르토아실라제 (ASPA) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 트리펩티딜 펩티다제 I(CLN2) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 베타-갈락토시다제 (GLB1) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 N-설포글루코사민 설포하이드롤라제(SGSH) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 N-아세틸-알파-글루코사미니다제 (NAGLU) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 이두로네이트 2-설파타제 (IDS) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 세포내 콜레스테롤 수송체(NPC1) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 또 다른 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 기각소닌 (GAN) 또는 이의 단편 또는 변이체를 암호화할 수 있다. 본원에 기재된 폴리펩타이드를 암호화하는 AAV 바이러스 게놈은 사람 질환, 바이러스, 감염 수의학 적용 분야 및 다양한 생체내 및 시험관내 환경에서 유용할 수 있다.

본원에 기재된 바이러스 게놈의 페이로드 영역에 의해 암호화되는 아미노산 서열은 상기 임의의 언급된 하나 이상의 핵산, 핵산의 단편 또는 이의 변이체에 의해 독립적으로 암호화될 수 있는 전체 폴리펩타이드, 다수의 폴리펩타이드 또는 폴리펩티드의 단편으로서 해독될 수 있다.

항체 및 항체 결합 단편

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 페이로드는 항체 또는 항체 결합 단편을 포함한다. 페이로드 영역이 항체를 암호화하는 경우, "항체"는 목적하는 생물학적 활성을 나타내는 "기능적 항체"를 형성하는 전체 항체, 단편 또는 이의 임의의 유도체일 수 있다. 비제한적 예로서, 항체는 고유 항체(예를 들어, 2개의 중쇄 및 2개의 경쇄를 가짐), 중쇄 가변 영역, 경쇄 가변 영역, 중쇄 불변 영역, 경쇄 불변 영역, Fab, Fab', F(ab')₂, Fv 또는 scFv 단편, 디아바디, 선형 항체, 단일쇄 항체, 다중 특이적 항체, 인트라바디, 하나 이상의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR), 하나 이상의 경쇄 CDR, 이중특이성 항체, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 인간화 항체, 항체 모사체, 항체 변이체, 소형화 항체, 유니바디, 맥시바디 및/또는 키메라 항원 수용체일 수 있다.

본원에 기재된 AAV 입자의 페이로드 영역(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)은 당업계에 공지된 항체 및/또는 시판되는 항체를 포함하는 임의의 항체를 형성하거나 이로서 기능하는 폴리펩타이드를 암호화할 수 있다. 암호화된 항체 또는 항체 결합 단편은 치료학적, 진단학적 또는 연구 목적을 위한 것일 수 있다. 암호화된 항체 또는 항체 결합 단편은 신경학적 질환, 신경퇴행성 장애, 근육 질환, 신경근 장애, 신경-종양학적 장애, 또는 중추 및/또는 말초 신경계와 관련된 임의의 장애의 치료에 유용할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자 (예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 바이러스 게놈은 항체, 또는 이의 항체 결합 단편의 발현을 가능하게하거나 증진시키도록 가공된 핵산을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 페이로드의 암호화된 항체는 적어도 하나의 면역글로불린 가변 도메인 서열을 포함한다. 항체는 예를 들어, 전장, 성숙한 항체 및 항체의 항원 결합 단편을 포함할 수 있다. 예를 들어, 항체는 중쇄(H) 가변 도메인 서열(VH) 및 경쇄(L) 가변 도메인 서열(VL)을 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 항체는 2개의 중쇄(H) 가변 도메인 서열 및 2개의 경쇄(L) 가변 도메인 서열을 포함함으로써 Fab, Fab', F(ab')2, Fc, Fd, Fd', Fv, 단일쇄 항체(예를 들어, scFv), 단일 가변 도메인 항체, 디아바디(Dab)(2가 및 이중특이성) 및 키메라(예를 들어, 사람화된)와 같은 2개의 항원 결합 부위를 형성하고 이는 전체 항체 또는 재조합 DNA 기술을 사용하여 드 노보 합성된 것들의 변형에 의해 제조될 수 있다. 이들 기능성 항체 단편, 예를 들어 항체 결합 단편은 각각의 항원 또는 수용체와 선택적으로 결합하는 능력을 보유한다.

일부 구현예에서, 항체 결합 단편은 온전한 항체 또는 이의 재조합 변이체의 적어도 하나의 부분을 포함하고, 항원과 같은 표적에 대한 항체 단편의 인지 및 표적으로의 항체 단편의 특이적 결합을 부여하기에 충분한 온전한 항체의 항원 결합 도메인, 예를 들어, 항원 결정 가변 영역을 지칭한다. 항원 결합 단편의 예는 다음을 포함한다: (i) VL, VH, CL 및 CH1 도메인으로 이루어진 1가 단편인 Fab 단편; (ii) 힌지 영역에서 디설파이드 브릿지에 의해 연결된 2개의 Fab 단편을 포함하는 2가 단편인 F(ab')2 단편; (iii) VH 및 CH1 도메인으로 이루어진 Fd 단편; (iv) 항체의 단일 아암의 VL 및 VH 도메인으로 이루어진 Fv 단편, (v) VH 도메인으로 이루어진 디아바디(dAb) 단편; (vi) 낙타 또는 낙타화 가변 도메인; (vii) 단일쇄 Fv(scFv)(참조: Bird 등 (1988) Science 242:423-426; and Huston 등 (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883); 및 (viii) 단일 도메인 항체. 이들 항체 단편은 당업자에게 공지된 통상적인 기술을 사용하여 수득되고, 단편은 온전한 항체와 동일한 방식으로 유용성에 대해 스크리닝된다. 항체 단편은 또한 단일 도메인 항체, 맥시바디, 미니바디, 나노바디, 인트라바디, 디아바디, 트리아바디, 테트라바디, v-NAR 및 bis-scFv에 혼입될 수 있다(참조: 예를 들어, Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136, 2005).

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자의 페이로드의 암호화된 항체는 다중특이성 항체를 포함하고, 예를 들어 이것은 복수의 면역글로불린 가변 도메인 서열을 포함하고, 여기서 다수의 제1 면역글로불린 가변 도메인 서열은 제1 에피토프에 대한 결합 특이성을 갖고, 다수의 제2 면역글로불린 가변 도메인 서열은 제2 에피토프에 대한 결합 특이성을 갖는다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 동일한 항원, 예를 들어 동일한 단백질(또는 다량체 단백질의 서브유닛) 상에 있다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 중첩된다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 중첩되지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 상이한 항원, 예를 들어 상이한 단백질(또는 다량체 단백질의 상이한 서브유닛) 상에 있다. 일부 구현예에서, 다중특이적 항체는 제3, 제4 또는 제5 면역글로불린 가변 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 다중특이적 항체는 이중특이적 항체, 삼중특이적 항체 또는 사중특이적 항체이다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자의 페이로드의 암호화된 다중특이적 항체는 암호화된 이중특이적 항체이다. 이특이적 항체는 2개 이하의 항원에 대해 특이성을 갖는다. 이중특이적 항체는 제1 에피토프에 대한 결합 특이성을 갖는 제1 면역글로불린 가변 도메인 서열 및 제2 에피토프에 대한 결합 특이성을 갖는 제2 면역글로불린 가변 도메인 서열을 특징으로 한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 동일한 항원, 예를 들어 동일한 단백질(또는 다량체 단백질의 서브유닛) 상에 있다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 중첩된다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 중첩되지 않는다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 에피토프는 상이한 항원, 예를 들어 상이한 단백질(또는 다량체 단백질의 상이한 서브유닛) 상에 있다.

본원에 기재된 AAV 입자의 페이로드 영역에 암호화된 항체 또는 항체 결합 단편은 β-아밀로이드, APOE, tau, SOD1, TDP-43, 헌팅틴 및/또는 시누클레인에 결합하는 항체 또는 항체 단편일 수 있지만 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 암호화된 페이로드는 신경종양 관련 표적, 예를 들어, HER2, EGFR(예를 들어, EGFRvIII)에 결합하는 항체 또는 항체 단편을 포함한다.

유전자 편집 시스템

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 페이로드는 유전자 편집 시스템 또는 이의 하나 이상의 구성 요소를 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 편집 시스템은 (i) DNA 또는 RNA 서열에서 이중 또는 단일 가닥 절단을 선택적으로 유도하거나, (ii) DNA 또는 RNA에서 이중 또는 단일 가닥 절단이 없는 DNA 또는 RNA 서열의 특정 염기 또는 염기 세트를 대체, 삽입 또는 결실시키는 효소 활성을 갖는 단백질을 암호화하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 유전자 편집 시스템은 CRISPR-Cas 시스템(상이한 Cas 또는 Cas 관련 뉴클레아제 포함), 아연 핑거 뉴클레아제, 메가뉴클레아제, TALEN 또는 염기 편집기를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 유전자 편집 시스템은 예를 들어 외인성 뉴클레아제 또는 효소 실체의 부재 하에 파보바이러스 벡터에 의해 도입된 전이유전자의 염색체 통합을 포함한다.

RNAi 제제

일부 구현예에서, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자의 페이로드는 RNAi 제제, 예를 들어, 본원에 기재된 RNAi 제제를 포함한다. RNAi(전사 후 유전자 사일런싱(PTGS), 진압 또는 동시-억제로서도 공지된)는 전사 후 유전자 사일런싱 과정이고, 여기서, RNA 분자는 서열 특이적 방식으로 일반적으로 특이적 mRNA 분자의 파괴를 유발함에 의해 유전자 발현을 억제한다. RNAi 매개 유전자 사일런싱은 특히 표적 유전자 발현을 억제할 수 있다. 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈의 페이로드 영역이 RNAi 제제를 암호화하는 경우, RNAi 제제는 dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA, 또는 snoRNA일 수 있지만 이에 제한되지 않는다. RNAi 제제의 표적 유전자의 비제한적인 예는 SOD1, MAPT, APOE, HTT, C9ORF72, TDP-43, APP, BACE, SNCA, ATXN1, ATXN3, ATXN7, SCN1A-SCN5A, 또는 SCN8A-SCN11A을 포함한다.

본원에 기재된 AAV 입자는 RNAi 제제를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함할 수 있고, 여기서, RNAi 제제는 유전자 발현 및/또는 단백질 생성을 방해하기 위해 관심 대상의 유전자의 mRNA를 표적화한다. 상기 AAV 입자는 치료학적, 진단학적 또는 연구 목적을 위해 사용될 수 있다.

하나의 구현예에서, RNAi 제제는 이들 각각의 뉴클레오티드 서열의 임의의 세그먼트를 따라 관심 대상의 유전자를 표적화할 수 있다.

하나의 구현예에서, RNAi 제제는 뉴클레오타이드 서열 내의 단일 뉴클레오타이드 다형성(SNP) 또는 변이체의 위치에서 관심 대상의 유전자를 표적화할 수 있다.

일부 구현예에서, RNAi 제제를 암호화하는 핵산 서열, 또는 RNAi 제제의 단일 가닥은 AAV 입자의 바이러스 게놈에 삽입되고 세포, 특히 중추신경계 내 세포 또는 DRG의 세포에 도입된다.

RNAi 제제는 siRNA 듀플렉스일 수 있고, 여기서, siRNA 듀플렉스는 안티센스 가닥(가이드 가닥) 및 센스 가닥(패신저 가닥)이 함께 하이브리드화되어 듀플렉스 구조를 형성하고, 여기서, 안티센스 가닥은 표적화된 유전자의 핵산 서열에 상보적이고, 센스 가닥은 표적화된 유전자의 핵산 서열과 상동성이다. 일부 양상에서, 안티센스 가닥의 5' 말단은 5' 포스페이트 그룹을 갖고 센스 가닥의 3' 말단은 3' 하이드록실 그룹을 함유한다. 다른 양상에서, 각 가닥의 3' 말단에는 부재이거나 1개 또는 2개의 뉴클레오타이드 오버행이 있다.

관심 대상의 유전자를 표적화하는 siRNA 듀플렉스의 각 가닥은 길이가 약 19 내지 25개, 19 내지 24개 또는 19 내지 21개 뉴클레오타이드, 바람직하게는 길이가 약 19개 뉴클레오타이드, 20개 뉴클레오타이드, 21개 뉴클레오타이드, 22개 뉴클레오타이드, 23개 뉴클레오타이드, 24개 뉴클레오타이드, 또는 25개 뉴클레오타이드일 수 있다.

하나의 구현예에서, siRNA 또는 dsRNA는 서로 상보적인 적어도 2개의 서열을 포함한다. dsRNA는 제1 서열을 갖는 센스 가닥 및 제2 서열을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 안티센스 가닥은 표적 유전자를 암호화하는 mRNA의 적어도 일부에 실질적으로 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상보성 영역은 길이가 30개 이하의 뉴클레오타이드 및 적어도 15개의 뉴클레오타이드이다. 일반적으로, dsRNA는 길이가 19 내지 25개, 19 내지 24개 또는 19 내지 21개 뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, dsRNA는 길이가 약 15 내지 약 25개 뉴클레오타이드이고, 다른 구현예에서 dsRNA는 길이가 약 25 내지 약 30개 뉴클레오타이드이다. 일부 구현예에서, dsRNA는 약 15개 뉴클레오타이드 길이, 16개 뉴클레오타이드 길이, 17개 뉴클레오타이드 길이, 18개 뉴클레오타이드 길이, 19개 뉴클레오타이드, 20개 뉴클레오타이드, 21개 뉴클레오타이드, 22개 뉴클레오타이드, 23개 뉴클레오타이드, 24개 뉴클레오타이드, 25개 뉴클레오타이드 길이, 26개 뉴클레오타이드 길이, 27개 뉴클레오타이드 길이, 28개 뉴클레오타이드 길이, 29개 뉴클레오타이드 길이 또는 30개 뉴클레오타이드 길이이다.

dsRNA는 표적 단백질을 발현하는 세포와 접촉시 AAV 입자의 바이러스 게놈에 직접 투여되거나 암호화되는지 여부에 관계없이 예를 들어, 당업계에 공지된 방법에 으해 검정되는 경우 단백질의 발현을 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35% 또는 적어도 40% 이상까지 단백질의 발현을 억제한다.

하나의 구현예에서, RNAi 제제는 적어도 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 표적 단백질의 발현을 감소시키기 위해 사용될 수 있다. 비제한적인 예로서, 표적 단백질 발현은 50-90%까지 감소될 수 있다.

하나의 구현예에서, RNAi 제제는 적어도 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 표적 mRNA의 발현을 감소시키기 위해 사용될 수 있다. 비제한적인 예로서, 표적 mRNA 발현은 50-90%까지 감소될 수 있다.

하나의 구현예에서, RNAi 제제는 CNS의 적어도 하나의 영역에서 표적 단백질 및/또는 mRNA의 발현을 감소시키기 위해 사용될 수 있다. 표적 단백질 및/또는 mRNA의 발현은 CNS의 적어도 하나의 영역에서 적어도 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 감소된다. 비제한적인 예로서, 뉴런 (예를 들어, 피질 뉴런)에서 표적 단백질 및 mRNA 발현은 50-90%까지 감소된다. 비제한적인 예로서, 뉴런 (예를 들어, 피질 뉴런)에서 표적 단백질 및 mRNA 발현은 40-50%까지 감소된다.

일부 구현예에서, 관심 대상의 유전자를 표적화하는 적어도 하나의 RNAi 제제를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함하는 본원에 기재된 AAV 입자는 질환, 예를 들어 중추 똔느 말초 신경계와 관련된 임의의 질환의 신경학적 장애를 치료 및/또는 개선할 필요가 있는 대상체에게 투여된다.

하나의 구현예에서, RNAi 제제는 siRNA이다.

siRNA의 디자인

본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 관심 대상의 유전자를 표적화하고 표적 유전자 발현 및 단백질 생성을 억제하도록 특이적으로 디자인된 하나 이상의 siRNA 분자(예를 들어, siRNA 듀플렉스 또는 암호화된 dsRNA)를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함할 수 있다. 일부 양상에서, siRNA 분자는 세포에서 표적 유전자 변이체, 예를 들어 신경 질환에서 확인되는 전사체를 선택적으로 "녹아웃"하기 위해 디자인되고 사용된다. 일부 양상에서, siRNA 분자는 세포에서 표적 유전자 변이체를 선택적으로 "녹다운"하기 위해 디자인되고 사용된다.

일부 구현예에서, 관심 대상의 유전자를 표적화하는 siRNA 분자는 임의의 가용한 디자인 도구를 사용하여 디자인될 수 있다.

siRNA를 디자인하기 위한 (본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈에 삽입하기 위한) 일부 가이드라인은 당업계에서 제안되었다. 이러한 가이드라인은 일반적으로 19-뉴클레오티드 듀플렉스 영역, 대칭 2-3개 뉴클레오티드 3' 오버행, 5-포스페이트 및 3-하이드록실 그룹을 생성하여 사일런싱될 유전자 내 영역을 표적화할 것을 권장한다. siRNA 서열 선호도를 지배할 수 있는 다른 규칙은 (i) 안티센스 가닥의 5' 말단에 있는 A/U; (ii) 센스 가닥의 5' 말단에 있는 G/C; (iii) 안티센스 가닥의 5' 말단 1/3에 있는 적어도 5개의 A/U 잔기; 및 (iv) 9개 초과의 뉴클레오티드 길이의 임의의 GC 스트레치 부재를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 이러한 고려 사항에 따라, 표적 유전자의 특정 서열과 함께 포유동물 표적 유전자 발현을 억제하기 위해 필수적인 고도로 효과적인 siRNA 분자를 용이하게 디자인할 수 있다.

하나의 구현예에서, 센스 및/또는 안티센스 가닥은 유럽 특허 공개 공보 EP1752536에 명시된 방법 및 규칙에 기초하여 디자인되고, 이의 내용은 전체가 본원에 참조로 인용된다. 비제한적 예로서, 서열의 3'-말단 염기는 아데닌, 티민 또는 우라실이다. 비제한적 예로서, 서열의 5'-말단 염기는 구아닌 또는 시토신이다. 비제한적 예로서, 3'-말단 서열은 아데닌, 티민 및 우라실의 하나 이상의 염기가 풍부한 7개의 염기를 포함한다.

하나의 구현예에서, siRNA 분자는 센스 가닥 및 상보적 안티센스 가닥을 포함하고, 가닥 둘 다가 함께 하이브리드화하여 듀플렉스 구조를 형성한다. 안티센스 가닥은 표적 특이적 RNAi를 지시하기 위해 표적 mRNA 서열에 대해 충분한 상보성을 갖고, 예를 들어, siRNA 분자는 RNAi 기구 또는 과정에 의해 표적 mRNA의 파괴를 촉발하기에 충분한 서열을 갖는다.

일부 구현예에서, 안티센스 가닥 및 표적 mRNA 서열은 100% 상보성을 갖는다. 안티센스 가닥은 표적 mRNA 서열의 임의의 부분에 대해 상보적일 수 있다. 센스 서열의 동일성이나 안티센스 서열의 상동성 모두 표적에 100% 상보적일 필요는 없다.

다른 구현예에서, 안티센스 가닥 및 표적 mRNA 서열은 적어도 하나의 미스매치를 포함한다. 비제한적 예로서, 안티센스 가닥 및 표적 mRNA 서열은 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-99%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-99%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-99%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-99%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-99%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-99%, 80-90%, 80-95%, 80-99%, 90-95%, 90-99% 또는 95-99% 상보성을 갖는다.

siRNA 분자는 약 10-50개 이상의 뉴클레오타이드 길이를 가질 수 있고, 예를 들어, 각 가닥은 10-50개의 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체)를 포함한다. 바람직하게, siRNA 분자는 약 15-30개, 예를 들어, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개의 뉴클레오티드 길이를 갖고, 여기서 가닥 중 하나는 표적 영역에 대해 충분히 상보적이다. 하나의 구현예에서, siRNA 분자는 약 19 내지 25개, 19 내지 24개 또는 19 내지 21개 뉴클레오타이드의 길이를 갖는다.

일부 구현예에서, siRNA 분자는 약 19개 뉴클레오타이드 내지 약 25개 뉴클레오타이드, 및 3'-말단에 2개의 오버행 뉴클레오타이드를 포함하는 합성 RNA 듀플렉스일 수 있다.

siRNA 분자는 안티센스 서열 및 센스 서열, 또는 이의 단편 또는 변이체를 포함할 수 있다. 비제한적 예로서, 안티센스 서열 및 센스 서열은 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-99%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-99%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-99%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-99%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-99%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-99%, 80-90%, 80-95%, 80-99%, 90-95%, 90-99% 또는 95-99% 상보성을 갖는다.

센스 및 안티센스 서열은 길이의 상당 부분에서 완전히 상보적일 수 있다. 다른 구현예에서, 센스 서열 및 안티센스 서열은 독립적으로 가닥 길이의 적어도 50, 60, 70, 80, 85, 90, 95 또는 99%에 걸쳐 적어도 70, 80, 90, 95 또는 99% 상보적일 수 있다.

일부 구현예에서, siRNA 듀플렉스의 센스 및 안티센스 가닥은 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)로 불리는 스템-루프 구조의 발현을 유도하는 짧은 스페이서 서열에 의해 연결된다. 헤어핀은 Dicer에 의해 인지되고 절단되어 성숙한 siRNA 분자를 생성한다.

일부 구현예에서, siRNA 분자 및 일단 디자인되면 관련 스페이서 및/또는 플랭킹 영역은 세포로의 전달을 위해 본원에 기재된 AAV 입자의 바이러스 게놈에 의해 암호화될 수 있다.

분자 스캐폴드

일부 구현예에서, siRNA 분자는 분자 스캐폴드를 또한 포함하는 조절 폴리뉴클레오타이드에서 암호화될 수 있다.

일부 구현예에서, 페이로드(예를 들어, 본원에 기재된 siRNA, miRNA 또는 다른 RNAi 제제)를 포함하는 조절 폴리뉴클레오타이드는 임의의 길이일 수 있고 전체 또는 일부는 야생형 마이크로RNA 서열로부터 유래하거나 완전히 인공적일 수 있는 적어도 하나의 5' 플랭킹 서열을 포함하는 분자 스캐폴드를 포함한다. 3' 플랭킹 서열은 크기 및 기원에서 5' 플랭킹 서열을 반영할 수 있다. 플랭킹 서열 중 어느 하나는 부재일 수 있다. 하나의 구현예에서, 5' 및 3' 플랭킹 서열 둘 다는 부재이다. 3' 플랭킹 서열은 임의로 하나 이상의 CNNC 모티프를 함유할 수 있고, 여기서 "N"은 임의의 뉴클레오타이드를 나타낸다.

일부 구현예에서, 5' 및 3' 플랭킹 서열은 동일한 길이이다.

일부 구현예에서, 5' 플랭킹 서열은 1-10개 뉴클레오타이드 길이, 5-15개 뉴클레오타이드 길이, 10-30개 뉴클레오타이드 길이, 20-50개 뉴클레오타이드 길이, 40개 초과 뉴클레오타이드 길이, 50개 초과 뉴클레오타이드 길이, 100개 초과 뉴클레오타이드 길이 또는 200개 초과 뉴클레오티드 길이이다.

일부 구현예에서, 5' 플랭킹 서열은 길이가 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 377, 378, 379, 380, 381, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 410, 411, 412, 413, 414, 415, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 431, 432, 433, 434, 435, 436, 437, 438, 439, 440, 441, 442, 443, 444, 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451, 452, 453, 454, 455, 456, 457, 458, 459, 460, 461, 462, 463, 464, 465, 466, 467, 468, 469, 470, 471, 472, 473, 474, 475, 476, 477, 478, 479, 480, 481, 482, 483, 484, 485, 486, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 또는 500개 뉴클레오타이드일 수 있다.

하나의 구현예에서, 분자 스캐폴드는 적어도 하나의 3' 플랭킹 영역을 포함한다. 비제한적 예로서, 3' 플랭킹 영역은 임의의 길이일 수 있고 전체 또는 일부가 야생형 마이크로RNA 서열로부터 유래될 수 있거나 완전히 인공적인 서열일 수 있는 3' 플랭킹 서열을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 3' 플랭킹 서열은 1-10개 뉴클레오타이드 길이, 5-15개 뉴클레오타이드 길이, 10-30개 뉴클레오타이드 길이, 20-50개 뉴클레오타이드 길이, 40개 초과 뉴클레오타이드 길이, 50개 초과 뉴클레오타이드 길이, 100개 초과 뉴클레오타이드 길이 또는 200개 초과 뉴클레오티드 길이이다.

일부 구현예에서, 3' 플랭킹 서열은 길이가 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376, 377, 378, 379, 380, 381, 382, 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402, 403, 404, 405, 406, 407, 408, 409, 410, 411, 412, 413, 414, 415, 416, 417, 418, 419, 420, 421, 422, 423, 424, 425, 426, 427, 428, 429, 430, 431, 432, 433, 434, 435, 436, 437, 438, 439, 440, 441, 442, 443, 444, 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451, 452, 453, 454, 455, 456, 457, 458, 459, 460, 461, 462, 463, 464, 465, 466, 467, 468, 469, 470, 471, 472, 473, 474, 475, 476, 477, 478, 479, 480, 481, 482, 483, 484, 485, 486, 487, 488, 489, 490, 491, 492, 493, 494, 495, 496, 497, 498, 499, 또는 500개 뉴클레오타이드일 수 있다.

일부 구현예에서, 5' 및 3' 플랭킹 서열은 동일한 서열이다. 일부 구현예에서, 이들은 서로 정렬되는 경우 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20% 또는 30% 초과로 상이하다.

스템 루프 구조의 스템을 형성하는 것은 최소 적어도 하나의 페이로드 서열이다. 일부 구현예에서, 페이로드 서열은 부분적으로 상보적이거나 표적 서열에 하이브리드화하는 적어도 하나의 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 페이로드는 siRNA 분자 또는 siRNA 분자의 단편이다.

일부 구현예에서, 스템 루프의 5' 아암은 센스 서열을 포함한다.

일부 구현예에서, 스템 루프의 3' 아암은 안티센스 서열을 포함한다. 안티센스 서열은 일부 경우에, 5' 최외곽 말단에 "G" 뉴클레오타이드를 포함한다.

다른 구현예에서, 센스 서열은 스템 루프 구조의 스템의 3' 아암에 존재하는 반면 안티센스 서열은 5' 아암에 존재할 수 있다.

스템 루프 구조의 센스 및 안티센스 서열을 분리하는 것은 루프(루프 모티프로서 공지된)이다. 루프는 임의의 길이, 4-30개 뉴클레오타이드, 4-20개 뉴클레오타이드, 4-15개 뉴클레오타이드, 5-15개 뉴클레오타이드, 6-12개 뉴클레오타이드, 6개 뉴클레오타이드, 7개 뉴클레오타이드, 8개 뉴클레오타이드, 9개 뉴클레오타이드, 10개 뉴클레오타이드, 11개 뉴클레오타이드, 및/또는 12개 뉴클레오타이드일 수 있다.

일부 구현예에서, 루프는 적어도 하나의 UGUG 모티프를 포함한다. 일부 구현예에서, UGUG 모티프는 루프의 5' 말단에 위치한다.

스페이서 영역은 하나 이상의 모듈을 서로 분리하기 위해 조절 폴리뉴클레오타이드에 존재할 수 있다. 하나 이상의 상기 스페이서 영역이 존재할 수 있다.

하나의 구현예에서, 8-20개, 예를 들어, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 뉴클레오타이드의 스페이서 영역은 센스 서열과 플랭킹 서열 사이에 존재할 수 있다.

하나의 구현예에서, 스페이서는 13개의 뉴클레오티드이고, 센스 서열의 5' 말단과 플랭킹 서열 사이에 위치한다. 하나의 구현예에서, 스페이서는 서열의 대략 하나의 나선 회전을 형성하기에 충분한 길이이다.

하나의 구현예에서, 8-20개, 예를 들어, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 뉴클레오타이드의 스페이서 영역은 안티센스 서열과 플랭킹 서열 사이에 존재할 수 있다.

하나의 구현예에서, 스페이서 서열은 10-13개, 예를 들어, 10, 11, 12 또는 13개 뉴클레오타이드이고, 안티센스 서열의 3' 말단과 플랭킹 서열 사이에 위치한다. 하나의 구현예에서, 스페이서는 서열의 대략 하나의 나선 회전을 형성하기에 충분한 길이이다.

하나의 구현예에서, 조절 폴리뉴클레오타이드는 5'에서 3' 방향으로, 5' 플랭킹 서열, 5' 아암, 루프 모티프, 3' 아암 및 3' 플랭킹 서열을 포함한다. 비제한적인 예로서, 5' 아암은 센스 서열을 포함하고, 3' 아암은 안티센스 서열을 포함한다. 또 다른 비제한적 예에서, 5' 아암은 안티센스 서열을 포함하고, 3' 아암은 센스 서열을 포함한다.

하나의 구현예에서, 5' 아암, 페이로드(예를 들어, 센스 및/또는 안티센스 서열), 루프 모티프 및/또는 3' 아암 서열은 변경될 수 있다(예를 들어, 1개 이상의 뉴클레오티드 치환, 뉴클레오티드 추가 및/또는 뉴클레오티드 결실). 변경은 작제물의 기능에 유익한 변화를 야기할 수 있다(예를 들어, 표적 서열의 녹다운 증가, 작제물의 분해 감소, 오프 표적 효과 감소, 페이로드의 효율 증가 및 페이로드의 분해 감소).

하나의 구현예에서, 조절 폴리뉴클레오타이드의 분자 스캐폴드는 가이드 또는 안티센스 가닥의 절단 속도가 패신저 또는 센스 가닥의 절단 속도보다 크도록 정렬된다. 가이드 또는 패신저 가닥의 절단 속도는 독립적으로 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% 또는 99% 초과일 수 있다. 비제한적 예로서, 가이드 가닥의 절단 속도는 적어도 80%이다. 또 다른 비제한적 예로서, 가이드 가닥의 절단 속도는 적어도 90%이다.

하나의 구현예에서, 가이드 가닥의 절단 속도는 패신저 가닥의 절단 속도 초과이다. 하나의 양상에서, 가이드 가닥의 절단 속도는 패신저 가닥 보다 큰 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% 또는 99% 초과일 수 있다.

하나의 구현예에서, 가이드 가닥의 절단 효율은 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% 또는 99% 초과이다. 비제한적 예로서, 가이드 가닥의 절단 효율은 80% 초과이다.

하나의 구현예에서, 가이드 가닥의 절단 효율은 분자 스캐폴드로부터의 패신저 가닥의 절단 보다 크다. 가이드 가닥의 절단은 분자 스캐폴드로부터 패신저 가닥의 절단보다 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 또는 10배 초과로 효율적일 수 있다.

하나의 구현예에서, 분자 스캐폴드는 이중 기능 표적화 조절 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.

하나의 구현예에서, 분자 스캐폴드는 당업계에 공지된 하나 이상의 링커를 포함할 수 있다. 링커는 또 다른 하나로부터 영역 또는 하나의 분자 스캐폴드를 분리할 수 있다. 비제한적 예로서, 분자 스캐폴드는 다중시스트론일 수 있다.

하나의 구현예에서, 조절 폴리뉴클레오타이드는 하기 성질 중 적어도 하나를 사용하여 디자인된다: 루프 변이체, 씨드 미스매치/벌지/워블 변이체, 줄기 미스매치, 루프 변이체 및 기저 스템 미스매치 변이체, 씨드 미스매치 및 기저 스템 미스매치 변이체, 스템 미스매치 및 기저 스템 미스매치 변이체, 씨드 워블 및 기저 스템 워블 변이체, 또는 스템 서열 변이체.

AAV 생성

본원에 기재된 바이러스 생성은 페이로드를 전달하기 위해 표적 세포와 접촉시키는데 사용될 수 있는, AAV 입자(표적 조직에 대해 증진된, 개선된 및/또는 증가된 향성을 가짐), 예를 들어 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자를 생성하기 위한 프로세스 및 방법을 기재한다.

일부 구현예에서, 본원에서는 본원 개시내용의 AAV 입자, 예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자를 제조하는 프로세스 및 방법이 기재되고, 상기 방법은 하기의 단계를 포함한다: (i) 본원에 기재된 바이러스 게놈을 포함하는 숙주 세포를 제공하는 단계 및 (ii) 바이러스 게놈을 AAV 캡시드 변이체, 예를 들어 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체(예를 들어, 표 3, 4 또는 5에 열거된 AAV 캡시드 변이체)에 봉입하기에 적합한 조건 하에서 숙주 세포를 항온처리하여 AAV 입자를 제조하는 단계. 일부 구현예에서, 단계 (i) 전에 바이러스 게놈을 포함하는 제1 핵산을 세포에 도입하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 숙주 세포는 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 제2 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 제2 핵산 분자는 제1 핵산 분자 이전에, 이와 동시에 또는 이후에 숙주 세포에 도입된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 단리된 AAV 입자이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 재조합 AAV 입자이다.

본원 개시내용은 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드를 포함하는 AAV 입자(예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 생성 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 바이러스 복제 세포에서 바이러스 게놈 복제에 의해 제조된다. 당업계에 공지된 임의의 방법은 AAV 입자의 제조를 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 포유동물 세포(예를 들어, HEK293)에서 생성된다. 또 다른 구현예에서, AAV 입자는 곤충 세포(예를 들어, Sf9)에서 생성된다.

AAV 입자를 제조하는 방법은 당업계에 널리 공지되어 있고, 예를 들어, 문헌(참조: 미국 특허 번호 US6204059, US5756283, US6258595, US6261551, US6270996, US6281010, US6365394, US6475769, US6482634, US6485966, US6943019, US6953690, US7022519, US7238526, US7291498 및 US7491508, US5064764, US6194191, US6566118, US8137948; 또는 국제 공개 공보 WO1996039530, WO1998010088, WO1999014354, WO1999015685, WO1999047691, WO2000055342, WO2000075353 및 WO2001023597; Methods In Molecular Biology, ed. Richard, Humana Press, NJ (1995); O'Reilly 등, Baculovirus Expression Vectors, A Laboratory Manual, Oxford Univ. Press (1994); Samulski 등, J. Vir.63:3822-8 (1989); Kajigaya 등, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 88: 4646-50 (1991); Ruffing 등, J. Vir. 66:6922-30 (1992); Kimbauer 등, Vir., 219:37-44 (1996); Zhao 등, Vir.272:382-93 (2000); 이의 각각의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 국제 특허 공개 공보 WO2015191508에 기재된 방법을 사용하여 제조되고, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다.

치료학적 적용

본원 개시내용은 본원에 기재된 AAV 입자, 예를 들어 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체(예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체)를 포함하는 AAV 입자를 대상체에게 투여하거나, 본원에 기재된 약제학적 조성물을 포함하는, 임의의 기재된 조성물을 대상체에게 투여함을 포함하는, 사람 대상체를 포함하는 포유동물 대상체에서 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하기 위한 방법을 제공한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 질환의 발병을 예방하기 위해 예방학적으로 대상체에게 투여된다. 또 다른 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 질환 또는 이의 증상을 치료(그 효과를 줄이기 위해)하기 위해 투여된다. 또 다른 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 질환을 치유 (제거)하기 위해 투여된다. 또 다른 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 질환을 예방하기 위해 질환의 진행을 늦추기 위해 투여된다. 또 다른 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 질환의 해로운 효과를 역전시키기 위해 사용된다. 질환 상태 및/또는 진행은 당업계에 공지된 표준 방법에 의해 결정되거나 모니터링될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에서는 본원에 기재된 유효량의 약제학적 조성물 또는 AAV 입자, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 다수의 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는 대상체에서 신경학적 장애 및/또는 신경변성 장애를 치료하기 위한 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 신경학적 장애 및/또는 신경변성 장애의 치료는 상기 신경학적 장애 및/또는 신경학적 장애의 예방을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환 및/또는 또는 장애의 치료, 예방, 경감 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 타우병증의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 알츠하이머 질환의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 프리드라이히 운동실조증 또는 프라탁신 단백질의 소실 또는 부분적 소실로 인해 발생하는 임의의 질환의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 파킨슨 질환의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 근위축성 측삭 경화증의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 헌팅턴 질환의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 만성 또는 신경병증 통증의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 중추신경계와 연관된 질환의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 말초 신경계와 관련된 질환의 치료, 예방, 완화 또는 개선을 위한 약물 분야에서 유용하다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 본원에 기재된 질환 또는 증상의 적어도 하나를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 본원에 기재된 질환 또는 장애를 갖거나 앓는 것으로 진단된 대상체에게 투여된다.

일부 구현예에서, 본원에서는 본원에 기재된 유효량의 약제학적 조성물 또는 AAV 입자, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 다수의 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는 대상체에서 근육 장애 및/또는 신경근육 장애를 치료하기 위한 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 근육 장애 및/또는 신경근육 장애의 치료는 상기 근육 장애 및/또는 신경근육 장애의 예방을 포함한다.

일부 구현예에서, 본원에서는 본원에 기재된 유효량의 약제학적 조성물 또는 AAV 입자, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 다수의 입자를 대상체에게 투여함을 포함하는 대상체에서 신경-종양학적 장애를 치료하기 위한 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 신경-종양학적 장애의 치료는 상기 신경-종양학적 장애의 예방을 포함한다. 일부 구현예에서, 신경-종양학적 장애는 원발성 CNS 기원(예를 들어, CNS 세포, 조직 또는 영역)의 암, 또는 CNS 세포, 조직 또는 영역에서 전이성 암을 포함한다.

임의의 신경학적 질환 또는 장애, 신경변성 장애, 근육 장애, 신경근육 장애, 및/또는 신경-종양학적 장애는 본원 개시내용의 AAV 입자 또는 이의 약제학적 조성물로 치료될 수 있고, 이는 투명 중격의 부재(Absence of the Septum Pellucidum), 산성 리파제 질환, 산성 말타제 결핍증, 후천성 간질성 실어증, 급성 파종성 뇌척수염, 주의력 결핍-과잉 행동 장애(ADHD), 아디 동공(Adie's Pupil), 아디 증후군, 부신백질이영양증, 뇌량 무형성, 실인증, 아이카르디 증후군, 아이카르디-구티에르 증후군 장애, AIDS-신경학적 합병증, 알렉산더 질환, 알퍼스 질환, 교대 편마비, 알츠하이머 질환, 근위축성 측삭 경화증(ALS), 무뇌증, 동맥류, 엔젤만 증후군, 혈관종증, 산소 결핍증, 항인지질 증후군, 실어증, 실행증, 지주막 낭종, 지주막염, 아놀드- 치아리 기형, 동정맥 기형, 아스퍼거 증후군, 운동 실조, 운동 실조 모세혈관확장증, 운동실조 및 소뇌 또는 척수소뇌 변성, 심방세동 및 뇌졸중, 주의력 결핍-과잉 행동 장애, 자폐 스펙트럼 장애, 자율 신경 기능 장애, 요통, 바르스 증후군, 배튼 질환, 베커 근긴장증, 베체트병, 벨 마비, 양성 본태성 안검 경련, 양성 국소 근위축증, 양성 두개내 고혈압, 베른하르트-로스 증후군, 빈스방거 질환, 안검경련, 블로흐-설즈버거 증후군, 상완 신경총 출생 손상, 상완 신경총 손상, 브래드베리-에글스턴 증후군, 뇌 및 척추 종양, 뇌동맥류, 뇌 손상, 브라운- 세쿼드 증후군, 구근마비, 구상척수근위축, 대뇌피질 경색 및 백질뇌병증(CADASIL)과 함께 대뇌 상염색체 우세 동맥병증, 카나반 질환, 수근관 증후군, 작열통, 해면종, 해면혈관종, 해면기형, 중추 자궁경부 증후군, 중추 척수 증후군, 중추 통증 증후군, 중추 뇌교 수초 용해증, 세팔릭 장애(Cephalic Disorders), 세라미다제(Ceramidase) 결핍, 소뇌 변성, 소뇌 형성 부전증, 뇌 동맥류, 뇌 동맥 경화증, 뇌 위축, 뇌 각기병, 뇌 해면 기형, 뇌 거대증, 뇌 저산소증, 뇌성 마비, 뇌 안구 얼굴 얼굴 골격 증후군 (COFS), 샤르코 마리 투스병(Charcot-Marie Tooth Disease), 키아리 기형, 콜레스테롤 에스테르 축적병, 무도병, 무도포세포증, 만성 염증성 탈수초성 다발신경병증(CIDP), 만성 기립성 과민증, 만성 통증, 제2형 코카인 증후군, 코핀 로리 증후군, 질두증, 혼수, 복합부위 통증 증후군, 동심성 경화증(발로 경화증), 선천성 안면 마비, 선천성 근무력증, 선천성 근병증, 선천성 혈관 해면 기형, 피질기저 변성, 두개 동맥염, 두개유합증, 크리 뇌염, 크로이츠펠트-야콥병, 만성 진행성 외안근 마비, 누적 외상 장애, 쿠싱 증후군, 세포 비대 봉입체 질환, 거대세포 바이러스 감염, 댄싱 눈-댄싱 발 증후군, 댄디-워커 증후군, 도슨병, 드 모르시에 증후군, 데제린-클럼프마 마비, 치매, 치매 - 다발성 경색, 치매 - 의미, 치매 -피질하, 치매 레비 소체, 탈수초 질환, 치아 소뇌 운동 실조증, 치아 미간 위축증, 피부근염, 발달성 운동 장애, 데빅 증후군, 당뇨병성 신경병증, 미만성 경화증, 원위 유전성 운동 신경병증, 드라베 증후군, 자율신경 이상증, 기면증, 난독증, 삼킴곤란, 운동 장애, 소뇌동조통증, 근육간대경련증 진행성 소뇌증, 근긴장이상증, 조기 영아 간질 뇌병증, 빈 안장 증후군, 뇌염, 기면증 뇌염, 뇌류, 뇌척수염, 뇌병증, 뇌병증(가족성 영아), 뇌삼차신경혈관종증, 간질, 간질 편마비, 삽화성 운동 실조증, 에르브 마비, 에르브-뒤쉔느 및 데제린 -클룸프케 마비, 본태성 동요(Essential Tremor), 엑스트라폰틴 수초용해(Extrapontine myelinolysis), 파버 질환(Faber's disease), 파브리 질환(Fabry's disease), 파흐르 증후군(Fahr's syndrome), 실신, 가족성 자율신경실조증, 가족성 혈관종, 가족성 특발성 기저핵 석회화, 가족성 주기성 마비, 가족성 경련성 마비, 파버(Farber's) 질환, 열성발작, 섬유근이형성증, 피셔증후군, 영아 증후군, 족저하수, 프리드라이히 운동실조, 전두측두엽 치매, 고쉐병, 전신 강글리오시드증(GM1, GM2), 게르스트만 증후군, 게르스트만-스트라이슬러-샤잉커병, 거대 축삭 신경병증, 거대 세포 동맥염, 거대 세포 봉입 질환, 글로보이드 세포 백질이영양증, 설인두 신경통, 글리코겐 저장 질환, 길랭-바레 증후군, 할러보르덴-스파츠 질환(Hallervorden-Spatz disease), 두부 손상, 두통, 지속성 반두통, 반측 안면 경련, 변성 편마비, 유전성 신경병증, 유전성 강직 하반신 마비, 다발성 마비증, 대상포진, 귀대상포진, 히라야마 증후군, 홈즈-아디 증후군, 전뇌전증, HTLV-1 관련 골수병증, 휴즈 증후군, 헌팅턴병, 헐러 증후군, 수뇌증, 뇌수종, 수두증 - 정상압, 수질증, 코르티솔증, 수면과다증, 긴장항진, 근긴장저하, 저산소증, 면역매개 뇌척수염, 봉입체 근염, 색소실금, 영아 저산소증, 영아 신경축삭이영양증, 영아 피탄산 축적병, 영아 레프섬병, 영아 연축, 염증성 근병증, 뇌수종, 장 지방이영양증, 두개내 낭종, 두개내 고혈압, 이삭 증후군, 주베르 증후군, 컨스-세이어 증후군, 케네디병, 킨스본 증후군, 클라인-레빈 증후군, 클리펠-페일 증후군, 클리펠-트레노네이 증후군(KTS), 클뤼버-부시 증후군, 코르사코프 기억상실 증후군, 크라베병, 쿠겔베르그-웰란더 질병, 쿠루(Kuru), 램버트-이톤(Lambert-Eaton) 근무력증 증후군, 란다우-클레프너(Landau-Kleffner) 증후군, 외측 대퇴골 신경 포착, 외측 골수 증후군, 학습 장애, 레이병, 레녹스-가스토 증후군, 레쉬-니한 증후군, 백질이영양증, 레빈-크리츨리 증후군, 레비 소체 치매, 리히트하임병, 지질 축적병, 지질 단백증, 뇌수종증, 잠김 - 증후군에서 루게릭병, 루푸스 - 신경학적 후유증, 라임병 - 신경학적 합병증, 리소좀 축적 장애, 마차도-조셉병, 대뇌증, 거대뇌증, 멜커슨-로젠탈 증후군, 수막염, 수막염 및 뇌염, 멩크스병, 지각이상성대퇴신경통(Meralgia Paresthetica), 이염색성 백질이영양증, 소두증, 편두통, 밀러 피셔 증후군, 미니 뇌졸중, 미토콘드리아 근병증, 미토콘드리아 DNA 고갈 증후군, 뫼비우스 증후군, 단핵구 근위축증, 모르반 증후군, 운동 신경 질환, 모야모야병, 점액지질증, 점액다당증, 다발경색 치매, 다발성 운동신경병증, 다발성 경화증, 다계통 위축, 기립성 저혈압을 동반한 다계통 위축, 근이영양증, 근무력증 - 선천성, 중증근무력증, 골수파괴성 미만성 경화증, 척수염, 영아의 근간대성 뇌병증, 근간대성 간대성 간질병, 근병증, 선천성 근병증, 근병증 -갑상선독성, 근긴장증, 선천 근긴장증, 기면증, NARP(신경병증, 운동실조 및 색소성 망막염), 신경가시 세포증, 뇌 철 축적을 동반한 신경변성, 신경퇴행성 질환, 신경섬유종증, 신경이완 악성 증후군, AIDS의 신경학적 합병증, 라임병의 신경학적 합병증, 거대세포 바이러스 감염의 신경학적 결과, 폼페병의 신경학적 징후, 루푸스의 신경학적 후유증, 시신경척수염, 신경근긴장증, 신경 세로이드 지방푸진증, 신경 이동 장애, 신경병성 통증, 신경병증-유전, 신경병증, 신경육종증, 신경매독, 신경독성, 해면모반, 니만-픽병, 오설리반-맥레오드 증후군, 후두신경통, 오타하라 증후군, 척수소뇌변성증(Olivopontocerebellar Atrophy), 마이오클로누스 근간대성(Opsoclonus Myoclonus), 기립성 저혈압, 과사용 증후군, 통증-만성, 판토테네이트 키나아제 관련 신경변성, 신생물 부종양 증후군, 감각이상, 파킨슨병, 발작성 무도정체증, 발작성 반두통, 파리-롬버그(Parry-Romberg), 펠리자에우스 메르츠바허(Pelizaeus-Merzbacher) 질환, 페나 쇼케이르(Pena Shokeir) II 증후군, 신경주위 낭종, 비골근 위축, 주기성 마비, 말초 신경병증, 뇌실주위 백질연화증, 지속 식물 상태, 전반적 발달 장애, 피탄산 축적병, 픽병, 신경 꼬집음, 이상근 증후군, 뇌하수체 종양, 다발근염, 폼페병, 공뇌증(Porencephaly), 소아마비 후 증후군, 대상포진 후 신경통, 감염 후 뇌척수염, 기립성 저혈압, 기립성 기립성 빈맥 증후군, 기립성 빈맥 증후군, 원발성 치아 위축, 원발성 측삭 경화증, 원발성 진행성 실어증, 프리온 질환, 진행성 ve 구근 마비, 진행성 편측 안면 위축, 진행성 이동 운동 실조증, 진행성 다초점 백질뇌증, 진행성 근육 위축, 진행성 경화성 소아마비, 진행성 핵상 마비, 안면실인증, 가성연수마비, 가성토치 증후군, 가성독소플라즈마증 증후군, 가성 뇌종양, 심인성 운동, 람세이 헌트 증후군 I, 람세이 헌트 증후군 II, 라스무센 뇌염, 반사성 교감신경 위축증 증후군, 레프섬 질병, 레프섬 질병 - 영아, 반복 운동 장애, 반복 스트레스 손상, 하지 불안 증후군, 레트로바이러스 관련 골수병증, 레트 증후군, 라이 증후군, 류마티스성 뇌염, 라일리 -낮 증후군, 천골신경뿌리낭종, 성비투스춤, 타액선질환, 샌드호프병, 스킬더병, 정신분열증, 세이텔베르거병, 발작장애, 의미치매, 시신경이형성증, 중증 유아기 근간대 간질(SMEI), 흔들린 아기 증후군, 대상 포진, 샤이드래거 증후군, 쇼그렌 증후군, 수면 무호흡증, 수면병, 소토스 증후군, 경직, 이분 척추, 척수 경색, 척수 손상, 척수 종양, 척수 근육 위축, 척수 소뇌 운동 실조, 척수 소뇌 위축, 척수 소뇌 변성, 산발성 운동 실조, 스틸-리챠드슨-올스제브스키(Steele-Richardson-Olszewski) 증후군, 강직-사람 증후군, 선조체 흑질 변성, 뇌졸중, 스터지-웨버 증후군, 아급성 경화성 범뇌염, 피질하 동맥경화성 뇌병증, 단기 지속, 편측, 신경통형(SUNCT) 두통, 삼킴 장애, 시덴함 무도병, 실신, 매독성 척추 경화증, 척수수척수증, 척수공동증, 전신성 홍반성 루푸스, 척수척수염, 지발성 운동이상증, 탈로프 낭종, 테이삭스병, 측두 동맥염, 속박 척수 증후군, 톰센 근긴장증, 흉곽 출구 증후군, 갑상선 독성 근병증, 틱 둘로류, 토드 마비, 투렛 증후군, 일과성 허혈 발작, 전염성 해면상 엔세프 건망증, 횡단 척수염, 외상성 뇌손상, 떨림, 삼차신경통, 열대성 강직 하반신 마비, 트로이어 증후군, 결절성 경화증, 혈관성 발기성 종양, 중추 및 말초 신경계의 혈관염 증후군, 비타민 B12 결핍, 폰 이코노모병, 폰 히펠-린다우 질병(VHL), 폰 레클링하우젠 질환, 발렌베르그 증후군, 베르드니히-호프만 질환, 베르니케-코르사코프 증후군, 웨스트 증후군, 채찍질 질환, 휘플 질환, 윌리엄스 증후군, 윌슨 질환, 월만 질환, X-연관 척추 및 구근 근위축을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.

약제학적 조성물 및 제형

본원 개시내용에 따라, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자는 약제학적 조성물로서 제조될 수 있다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 적어도 하나의 활성 성분을 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, 본원에 기재된 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 다음을 위해 부형제를 사용하여 제형화될 수 있다: (1) 안정성을 증가시키기 위해; (2) 세포 형질감염 또는 형질도입을 증가시키기 위해; (3) 페이로드의 지속적이거나 지연된 발현을 가능하게 하기 위해; (4) 생체분포를 변경하기 위해(예를 들어, 특정 조직 또는 세포 유형에 바이러스 입자를 표적화하기 위해); (5) 암호화된 단백질의 해독을 증가시키기 위해; (6) 암호화된 단백질의 방출 프로필을 변경하기 위해; 및/또는 (7) 페이로드의 조절가능한 발현을 가능하게 하기 위해. 본원 개시내용의 제형은 식염수, 리포좀, 지질 나노입자, 중합체, 펩타이드, 단백질, 바이러스 벡터로 형질감염된 세포(예를 들어, 대상체로의 전이 또는 이식용) 및 이들의 조합을 포함할 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, 활성 성분(예를 들어, 본원에 기재된 AAV 입자), 약제학적으로 허용되는 부형제, 및/또는 본원의 개시내용에 따른 약제학적 조성물 내의 임의의 추가 성분의 상대적인 양은 치료받는 대상체의 정체, 크기 및/또는 조건에 따라 및 추가로 조성물이 투여되어야 할 경로에 의존하여 다양할 수 있다. 예를 들어, 조성물은 0.1% 내지 99%(w/w)의 활성 성분을 포함할 수 있다. 예를 들어, 조성물은 0.1% 내지 100%, 예를 들어, 0.5% 내지 50%, 1 내지 30%, 5 내지 80%, 적어도 80% (w/w)의 활성 성분을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자를 포함하는 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용되는 부형제의 존재 또는 부재하에 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체 및 페이로드, 예를 들어 본원에 기재된 페이로드를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함할 수 있다.

본원의 개시내용은 또한 일부 구현예에서, 대상체, 예를 들어, 사람에게 투여하기 위해 적합한 약제학적 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 대상체, 예를 들어, 사람에게 투여된다.

투여

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 전달 경로, 예를 들어, 국소 전달 경로 또는 전신 전달 경로에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 치료학적으로 효과적인 결과를 초래하는 전달 경로에 의해 대상체에게 투여된다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 혈뇌 장벽, 혈관 장벽, 또는 다른 상피 장벽을 통과시킬 수 있는 상기 경로를 통해 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 액체 용액 또는 현탁액으로서, 액체 용액 또는 액체 용액내 현탁액을 위해 적합한 고체 형태로서 임의의 적합한 형태로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 임의의 적당하고 약제학적으로 허용되는 부형제로 제형화될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 근육내, 정맥내, 뇌내, 척추강내, 뇌실내, 실질내 투여를 통해, 또는 수조내 마그나 주사(ICM)를 통해 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 단일 투여 경로를 통해 대상체에게 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 다중 부위 투여 경로를 통해 대상체에게 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 2, 3, 4, 5개 또는 5개 초과의 부위에 투여될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 볼러스 주입을 통해 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 분, 시간 또는 수일에 걸쳐 지속 전달을 통해 투여된다. 일부 구현예에서, 주입 속도는 대상체, 분포, 제형 및/또는 또 다른 전달 파라미터에 따라 변화될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 제어 방출, 예를 들어, 치료 결과를 달성하기 위해 특정 방출 패턴에 부합하는 방출 프로필을 사용하여 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 지속적 방출, 예를 들어, 특정 기간 동안 방출 속도에 부합하는 방출 프로필을 사용하여 투여된다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 하나 초과의 투여 경로에 의해 전달될 수 있다. 조합 투여의 비제한적 예로서, AAV 입자는 척추강내 및 뇌실내, 또는 정맥내 및 실질내 투여에 의해 전달될 수 있다.

정맥내 투여

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 전신 투여에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 전신 투여는 정맥내 투여이다. 또 다른 구현예에서, 전신 투여는 동맥내 투여이다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 정맥내 투여에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 정맥내 투여는 피하 전달에 의해 성취될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 예를 들어, 문헌(참조: Terstappen 등 (Nat Rev Drug Discovery, https://doi.org/10.1038/s41573-021-00139-y (2021)), 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 바와 같이, 미세기포의 정맥내 투여와 커플링된 집속 초음파(FUS)(FUS-MB) 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI-가이드 FUS를 통해 대상체에게 투여된다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 대상체에게 정맥내 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 사람이다.

CNS로의 투여

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 직접 뇌로의 주사에 의해 전달될 수 있다. 비제한적 예로서, 뇌 전달은 해마내 투여에 의한 것일 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 뇌실질내 투여에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 뇌실질내 투여는 중추신경계의 조직에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 두개내 전달에 의해 대상체에게 투여될 수 있다(참조: 예를 들어, 미국 특허 제8119611호; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다). 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자는 CSF 경로로의 주사에 의해 전달될 수 있다. CSF 경로로의 전달의 비제한적 예는 척추강내 및 뇌실내 투여를 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 전신 전달에 의해 뇌로 전달될 수 있다. 비제한적 예로서, 전신 전달은 정맥내 투여에 의한 것일 수 있다. 비제한적 예로서, 전신 또는 정맥내 투여는 정맥내일 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 안내 전달 경로에 의해 전달될 수 있다. 안내 투여의 비제한적인 예는 유리체내 주사를 포함한다.

근육내 투여

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 근육내 투여에 의해 전달될 수 있다. 이론에 얽매이지 않고, 일부 구현예에서 근육 세포의 다핵 특성이 AAV 전달에 후속하는 유전자 형질도입에 이점을 제공하는 것으로 사료된다. 일부 구현예에서, 근육의 세포는 적절한 해독 후 변형으로 재조합 단백질을 발현할 수 있다. 이론에 구애됨이 없이, 일부 구현예에서, 혈관 구조를 갖는 근육 조직의 강화는 혈류로의 전달 및 전신 전달을 가능하게 하는 것으로 사료된다. 근육내 투여의 예는 전신(예를 들어, 정맥내), 피하 또는 근육으로의 직접 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 1회 초과의 주사가 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 근육내 전달 경로에 의해 전달될 수 있다(참조: 예를 들어, 미국 특허 제6506379호; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다). 근육내 투여의 비제한적인 예는 정맥내 주사 또는 피하 주사를 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 대상체에게 투여되고 대상체의 근육에 형질도입된다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 근육내 투여에 의해 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 피하 투여에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 근육내 투여는 전신 전달을 통한 투여이다. 일부 구현예에서, 근육내 투여는 정맥내 전달을 통한 투여이다. 일부 구현예에서, 근육내 투여는 직접 근육으로의 주사를 통한 투여이다.

일부 구현예에서, 근육에는 투여, 예를 들어, 근육내 투여에 의해 형질도입된다. 일부 구현예에서, 근육내 전달은 하나의 부위에서의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 근육내 전달은 하나 초과의 부위에서의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 근육내 전달은 2, 3, 4개 이상의 부위에서의 투여를 포함한다. 일부 구현예에서, 근육내 전달은 적어도 하나의 다른 투여 방법과 조합된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 말초 주사에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 말초 주사의 비제한적인 예는 복막내, 근육내, 정맥내, 결막 또는 관절 주사를 포함한다. 당업계에서는 AAV 벡터의 말초 투여가 중추신경계로, 예를 들어, 운동 뉴런으로 수송될 수 있는 것으로 발견되었다(참조: 예를 들어, 미국 특허 공개 공보 US20100240739 및 US20100130594; 이의 각각의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다).

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 뇌실질내 투여에 의해 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 뇌실질내 투여는 근육 조직에 대한 투여이다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 문헌(참조: Bright et al 2015 (Neurobiol Aging. 36(2):693-709), 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다)에 기재된 바와 같이 전달된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 대상체의 비복근에 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 대상체의 대퇴이두근에 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 전경골근으로 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 가자미근에 투여된다.

데포 투여

본원에 기재된 바와 같이, 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 연장된 방출을 위해 데포로 제형화된다. 일반적으로, 특정 기관 또는 조직은 투여를 위해 표적화된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 표적 조직 내 또는 이에 인접하게 공간적으로 보유된다. 본원에서는 표적 조직(하나 이상의 표적 세포를 포함하는)을, 예를 들어, 적어도 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99, 99.9, 99.99 또는 99.99% 초과의 조성물은 표적 조직에 유지되도록 표적 조직에 실질적으로 보유되도록 하는 조건하에서 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자와 접촉시킴으로써 포유동물 대상체의 표적 조직에 약제학적 조성물, AAV 입자를 제공하는 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 보유는 표적 세포 또는 다수의 표적 세포에 진입하는 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자의 양을 측정함으로써 결정된다. 예를 들어, 대상체에게 투여된 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자의 적어도 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.9%, 99.99% 또는 99.99% 초과는 투여 후 일정 기간 동안 세포 내에 존재한다. 예를 들어, 대상체에 대한 근육내 주사는 본원 개시내용의 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자를 포함하는 수성 조성물 및 형질감염 시약을 사용하여 수행될 수 있고, 보유는 근육 세포 또는 복수의 근육 세포에 존재하는 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자의 양을 측정함으로써 결정된다.

일부 구현예에서, 본원에는 본원 개시내용의 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 조직(세포, 예를 들어, 다수의 세포 포함)을 조직에 실질적으로 보유되도록 하는 조건 하에서 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자와 접촉시킴으로써 대상체의 조직에 제공하는 방법이 기재된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자는 관심 대상의 효과가 적어도 하나의 세포에서 생성되도록 충분한 양의 활성 성분을 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물 및/또는 AAV 입자는 일반적으로 하나 이상의 세포 투과제를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용은 약제학적으로 허용되는 담체의 존재 또는 부재하에 나출된 제형(예를 들어, 세포 투과제 또는 기타 제제의 부재)을 제공한다.

치료 방법

단백질 페이로드를 암호화하는 AAV 입자

본원 개시내용에는 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 세포 내로 도입하기 위한 방법이 제공되고, 상기 방법은 표적 mRNA 및/또는 단백질의 생성을 조절, 예를 들어 증가시키기에 충분한 양으로 임의의 벡터를 상기 세포 내로 도입하는 것을 포함한다. 일부 양상에서, 세포는 이에 제한되지 않지만, 운동, 해마, 내후각, 시상, 피질, 감각, 교감 또는 부교감 뉴런과 같은 뉴런, 및 성상세포, 미세아교세포 및/또는 희돌기교세포와 같은 신경아교세포일 수 있다. 다른 양상에서, 세포는 근육 세포, 예를 들어, 횡경막, 대퇴사두근 또는 심장(예를 들어, 심방 또는 심실)의 세포일 수 있다.

본원에서는 단백질, 예를 들어, 치료가 필요한 대상체에서 표적 단백질의 기능/존재 이상, 예를 들어 불충분하거나 증가된 기능/존재와 관련된 신경학적 질환/장애 또는 신경변성 장애, 근육 또는 신경근육 장애, 또는 신경종양학적 장애를 치료하는 방법이 본 개시내용에 기재된다. 상기 방법은 대상체에게 본원 개시내용의 AAV 입자를 포함하는 조성물의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 유전자 발현을 증가시키고, 표적 단백질 생성을 증가시킬 수 있고, 따라서 대상체가 치료학적으로 치료되도록 대상체에서 신경학적 질환의 하나 이상의 증상을 감소시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자를 포함하는 조성물은 전신 투여를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다. 일부 구현예에서, 전신 투여는 정맥내(IV) 투여이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자, 또는 본원에 기재된 AAV 입자를 포함하는 약제학적 조성물은 예를 들어, 미세기포의 정맥내 투여와 커플링된 집속 초음파 (FUS)(FUS-MB), 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI 가이드 FUS에 의해 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실내 투여를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다. 일부 구현예에서, 뇌실내 투여는 수조내 마그나 주사(ICM)이다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실내 주사 및 정맥내 주사를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 대상체 당 특정 용량으로 ICM 주사 및 정맥내 주사를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 대상체 당 1x10⁴ VG의 용량으로 ICM 주사를 통해 투여된다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 대상체 당 2x10¹³ VG의 용량으로 IV 주사를 통해 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 대상체의 중추신경계에 투여된다. 다른 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자를 포함하는 조성물은 대상체의 CNS 조직(예를 들어, 대상체의 조가비핵, 시상 또는 피질)에 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실질내 주사를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다. 뇌실질내 주사의 비제한적인 예는 조가비핵 내, 피질 내, 시상하부, 선조체 내, 해마 내 또는 내후각 피질 내를 포함한다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실질내 주사 및 정맥내 주사를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실내 주사, 뇌실질내 주사 및 정맥내 주사를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 다수의 입자의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 정맥내 주사를 통해 대상체의 근육에 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 다수의 입자 중 AAV 입자를 포함하는 조성물은 근육내 주사를 통해 대상체의 근육에 투여된다.

일부 구현예에서, 본 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 시상, 해마, 내후각, 피질, 운동, 감각, 흥분, 억제, 교감 또는 부교감 신경; 희소돌기아교세포, 성상세포 및 소교세포를 포함하는 신경아교세포; 및/또는 T 세포와 같은 뉴런을 둘러싼 다른 세포를 포함하지만 이에 제한되지 않는 특정 유형의 표적화된 세포로 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 근육 세포, 예를 들어 대퇴사두근, 횡격막, 간 및/또는 심장의 세포로 전달될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 조가비핵, 시상 및/또는 피질에 전달될 수 있다.

일부 구현예에서, 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자의 AAV 입자, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAP 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환에 대한 치료제로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 타우병증에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 알츠하이머 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 근위축성 측삭 경화증에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 헌팅턴 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 파킨슨 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 프리드리히 운동실조에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 만성 또는 신경병증 통증에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 근육 장애 또는 신경근육 장애에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 신경-종양학적 장애에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 신경-종양학적 장애는 원발성 CNS 기원의 암(예를 들어, CNS 세포 및/또는 CNS 조직의 암)이다. 일부 구현예에서, 신경-종양학적 장애는 CNS 세포, CNS 영역, 및/또는 CNS 조직 내 전이성 암이다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 대상체에서 표적 단백질 수준을 증가시킬 수 있다. 표적 단백질 수준은 대상체, 예를 들어,, 이에 제한되지 않지만 대상체의 CNS, CNS 영역 또는 CNS의 특정 세포, 근육, 근육 영역 또는 근육 세포에서 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 증가될 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 단백질 수준을 적어도 50%까지 증가시킬 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 단백질 수준을 적어도 40%까지 증가시킬 수 있다. 비제한적 예로서, 대상체는 표적 단백질의 10%의 증가를 가질 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 단백질 수준을 기준선 대비 배수 증가로 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 5 내지 6배 높은 수준의 표적 단백질을 유도한다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 대상체로의 투여는 대상체에서 표적 단백질의 발현을 증가시킬 수 있다. 표적 단백질 수준은 대상체, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 대상체의 CNS, CNS 영역 또는 CNS의 특정 세포, 근육, 근육 영역 또는 근육 세포에서 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 증가될 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 발현을 적어도 50%까지 증가시킬 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 발현을 적어도 40%까지 증가시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 대상체로의 정맥내 투여는 대상체에서 표적 단백질의 CNS 발현 또는 근육에서 발현을 증가시킬 수 있다. 표적 단백질 수준은 대상체, 예를 들어,, 이에 제한되지 않지만 대상체의 CNS, CNS 영역 또는 CNS의 특정 세포, 근육, 근육 영역 또는 근육 세포에서 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 증가될 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 CNS에서 표적 단백질의 발현을 적어도 50%까지 증가시킬 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 CNS에서 표적 단백질의 발현을 적어도 40%까지 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 근육에서 표적 단백질의 발현을 적어도 50%까지 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 근육에서 표적 단백질의 발현을 적어도 50%까지 증가시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환을 치료하기 위해 성상세포에서 표적 단백질 발현을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 성상 세포에서 표적 단백질은 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 증가될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 미세아교세포에서 표적 단백질을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 미세아교세포에서 표적 단백질의 증가는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 증가될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 피질 뉴런에서 표적 단백질을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 피질 뉴런에서 표적 단백질의 증가는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 증가될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 해마 뉴런에서 표적 단백질을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 해마 뉴런에서 표적 단백질의 증가는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 증가될 수 있다.

일부 구현예에서, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 DRG 및/또는 교감 신경 뉴런에서 표적 단백질을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. DRG 및/똔느 교감신경 뉴런에서 총 단백질의 증가는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 증가될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환을 치료하기 위해 감각 뉴런에서 표적 단백질을 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 감각 뉴런에서 표적 단백질은 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 증가될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 대상체에서 표적 단백질을 증가시키고 신경학적 질환의 증상을 감소시키기 위해 사용될 수 있다. 표적 단백질의 증가 및/또는 신경학적 질환의 증상의 감소는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 변경될 수 있다(표적 단백질의 생성을 위해 증가되고 신경학적 질환의 증상에 대해 감소됨).

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 표준 평가 시스템, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 총 기능성 능력 (TFC) 스케일에 의한 측정시 일상 생활의 기능적 능력 및 활성의 쇠퇴를 감소시키기 위해 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환의 증상을 측정하기 위해 사용되는 임의의 평가에 대한 수행능을 개선시키기 위해 사용될 수 있다. 이러한 평가는 ADAS-cog(알츠하이머 질병 평가 스케일 - 인지), MMSE(소형 정신 상태 검사), GDS(노인 우울증 스케일), FAQ(기능 활동 설문지), ADL(일상 생활 활동), GPCOG(일반 수행자의 인지 평가(General Practitioner Assessment of Cognition)), Mini-Cog, AMTS(약칭 정신 시험 스코어), 시계 그리기 시험, 6-CIT(6-항목 인지 손상 시험), TYM(당신의 기억 시험), MoCa(몬트리올 인지 평가), ACE-R(애든브룩스 인지 평가), MIS(기억 장애 검사), BADLS(일상 생활 척도의 브리스톨 활동), 바델(Barthel) 지수, 기능적 독립 측정, 일상 생활의 도구적 활동, IQCODE(노인에서 인지 쇠퇴에 관한 정보원 설문지), 신경정신과 인벤토리, 코헨-맨스필드 교반 인벤토리, BEHAVE-AD, EuroQol, 단기 형태-36 및/또는 MBR 간병인 스트레인 기구, 또는 쉰한 B(Ther Adv Neurol Disord. 5(6):349-358 (2012). 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.

일부 구현예에서, 본원의 조성물은 신경학적 질환/장애 또는 신경변성 장애, 근육 장애 또는 신경근육 장애, 및/또는 신경-종양학적 장애의 치료를 위한 단독 치료제로서 또는 병용 치료제로서 투여된다.

표적 단백질을 암호화하는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 하나 이상의 다른 치료제와 함께 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물은 하나 이상의 다른 목적하는 치료 또는 의학적 절차와 동시에, 이전에 또는 이후에 투여될 수 있다. 일반적으로 각각의 약제는 해당 약제에 대해 결정된 용량 및/또는 시간 일정으로 투여된다.

본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)와 함께 사용될 수 있는 치료제는 항산화제, 항염증제, 항-아폽토시스제, 칼슘 조절제, 항-글루탐산제, 구조적 단백질 억제제, 근육 기능에 관여하는 화합물 및 금속 이온 조절에 관여하는 화합물인 소분자 화합물일 수 있다. 비제한적 예로서, 병용 치료요법은 운동 뉴런 변성에 대한 신경 보호 효과에 대해 시험된 소분자 화합물, 성장 인자 및 호르몬과 같은 하나 이상의 신경 보호제와 조합될 수 있다.

본원에 기재된 AAV 입자와 함께 사용될 수 있는 신경학적 질환을 치료하기 위해 시험된 화합물은 콜린에스테라제 억제제(도네페질, 리바스티그민, 갈란타민), 메만틴과 같은 NMDA 수용체 길항제, 항정신병제, 항우울제, 항경련제(예를 들어, 나트륨 발프로에이트 및 간대성 근경련용 레베티라세탐), 세크레타제 억제제, 아밀로이드 응집 억제제, 구리 또는 아연 조절제, BACE 억제제, 타우 응집 억제제, 예를 들어, 메틸렌 블루, 페노티아진, 안트라퀴논, n-페닐아민 또는 로다민, NAP, 탁솔 또는 파클리탁셀과 같은 미세소관 안정화제, GSK3β(리튬) 또는 PP2A를 표적화하는 것들과 같은 키나제 또는 포스파타제 억제제, Aβ 펩타이드 또는 타우 포스포-에피토프를 사용한 면역화, 항-타우 또는 항-아밀로이드 항체, 도파민 고갈제(예를 들어, 무도증에 대한 테트라베나진), 벤조디아제핀(예를 들어. 근간대성 근경련, 무도병, 근긴장이상, 강직증 및/또는 경직에 대한 클로나제팜), 도파민의 아미노산 전구체(예를 들어, 경직에 대한 레보도파), 골격근 이완제(예를 들어, 강직 및/또는 경직에 대한 바클로펜, 티자니딘), 근육 마비를 유발하는 신경근 접합부에서 아세틸콜린 방출 억제제(예를 들어, 이갈이 및/또는 근육긴장이상), 비정형 신경이완제(예를 들어, 정신병 및/또는 과민성에 대한 올란자핀 및 퀘티아핀, 정신병, 무도병 및/또는 과민성에 대한 리스페리돈, 설피리드 및 할로페리돌, 치료 저항성 정신병에 대한 클로자핀, 두드러진 음성 증상이 있는 정신병에 대한 아리피프라졸), 선택적 세로토닌 재흡수 억제제(SSRI)(예를 들어, 우울증, 불안, 강박 행동 및/또는 과민성에 대한 시탈로프람, 플루옥세틴, 파록세틴, 세르트랄린, 미르타자핀, 벤라팍신), 수면제(예를 들어, 변경된 수면-각성 주기에 대한 소피클론(xopiclone) 및/또는 졸피뎀), 항경련제(예를 들어, 조증 또는 경조증에 대한 나트륨 발프로에이트 및 카바마제핀) 및 기분 안정화제(예를 들어, 조증 또는 경조증에 대한 리튬)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.

신경 영양 인자는 신경학적 질환을 치료하기 위해 본 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)와의 병용 치료요법에서 사용될 수 있다. 일반적으로 신경영양인자는 뉴런의 생존, 성장, 분화, 증식 및/또는 성숙을 촉진하거나 뉴런의 증가된 활성을 자극하는 물질로 정의된다. 일부 구현예에서, 본원의 방법은 치료를 필요로 하는 대상체에 하나 이상의 영양 인자를 전달하는 것을 추가로 포함한다. 영양 인자는 IGF-I, GDNF, BDNF, CTNF, VEGF, 콜리벨린, 살리프로덴, 티로트로핀-방출 호르몬 및 ADNF, 및 이들의 변이체를 포함할 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

하나의 양상에서, 본원에 기재된 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 AAV-IGF-1과 같은 신경영양 인자를 발현하는 AAV 입자(참조: 예를 들어, Vincent 등, Neuromolecular medicine, 2004, 6, 79-85; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨) 및 AAV-GDNF(참조: 예를 들어, Wang 등, J Neurosci., 2002, 22, 6920-6928, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)과 동시 투여될 수 있다.

일부 구현예에서, 대상체에 대한 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 투여는 대상체에서 표적 단백질의 발현을 조절, 예를 들어, 증가 또는 감소시킬 것이고, 예를 들어, 표적 단백질의 존재, 수준, 활성 및/또는 발현의 증가 또는 감소는 대상체에서 신경학적 질환/장애 또는 신경변성 장애, 근육 장애 또는 신경근육 장애 및/또는 신경-종양학적 장애의 효과 및/또는 증상을 감소시킬 것이다.

비제한적 예로서, 표적 단백질은 치료 단백질 또는 기능적 변이체, 또는 항체 또는 이의 항체 결합 단편일 수 있다.

RNAi 제제 또는 조절 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 AAV 입자

본원 개시내용은 siRNA 분자를 포함하는 페이로드를 암호화하는 핵산 서열을 갖는 바이러스 게놈을 포함하는 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 세포에 도입하기 위한 방법을 제공하고, 상기 방법은 표적 mRNA의 분해가 일어나기에 충분한 양으로 임의의 벡터를 상기 세포에 도입함으로써 세포에서 표적-특이적 RNAi를 활성화시키는 것을 포함한다. 일부 양상에서, 세포는 이에 제한되지 않지만, 운동, 해마, 내후각, 시상, 피질, 감각, 교감 또는 부교감 뉴런과 같은 뉴런, 및 성상세포, 미세아교세포 및/또는 희돌기교세포와 같은 신경아교세포일 수 있다. 다른 양상에서, 세포는 근육 세포, 예를 들어, 횡경막, 대퇴사두근 또는 심장(예를 들어, 심방 또는 심실)의 세포일 수 있다.

본원 개시내용에는 신경학적 질환/장애 또는 신경변성 장애, 근육 또는 신경근육 장애, 또는 기능장애 및/또는 이상, 예를 들어 치료를 필요로 하는 대상체에서 표적 단백질의 증가 또는 감소된 발현과 관련된 신경종양학적 장애를 치료하는 방법이 기재된다. 방법은 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열을 갖는 바이러스 게놈을 포함하는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 치료학적 유효량의 조성물을 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 비제한적 예로서, siRNA 분자는 표적 유전자 발현을 사일런싱시키고, 표적 단백질 생성을 억제하고, 대상체가 치료학적으로 치료되도록 대상체에서 신경학적 질환의 하나 이상의 증상을 감소시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 바이러스 게놈을 포함하는 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 정맥내 투여 후 CNS 및/또는 PNS 세포의 증진된 형질도입을 가능하게 하는 AAV 캡시드를 포함한다.

일부 구현예에서, 적어도 하나의 siRNA 분자를 암호화하는 바이러스 게놈과 함께 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 대상체의 중추신경계에 투여된다. 다른 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자를 포함하는 조성물은 대상체의 조직(예를 들어, 대상체의 조가비핵, 시상 또는 피질)에 투여된다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 전신 투여를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다. 일부 구현예에서, 전신 투여는 정맥내 투여이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 입자, 또는 본원에 기재된 AAV 입자를 포함하는 약제학적 조성물은 예를 들어, 미세기포의 정맥내 투여와 커플링된 집속 초음파 (FUS)(FUS-MB), 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI 가이드 FUS에 의해 투여된다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실질내 투여를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다. 뇌실질내 주사의 비제한적인 예는 조가비핵 내, 피질 내, 시상하부, 선조체 내, 해마 내 또는 내후각 피질 내를 포함한다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, 본원 개시내용의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 뇌실질내 주사 및 정맥 주사를 통해 대상체의 중추신경계에 투여된다.

일부 구현예에서, 본원 개시내용의 다수의 입자의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)를 포함하는 조성물은 정맥내 주사를 통해 대상체의 근육에 투여된다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 다수의 입자 중 AAV 입자를 포함하는 조성물은 근육내 주사를 통해 대상체의 근육에 투여된다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 시상, 해마, 내후각, 피질, 운동, 감각, 흥분, 억제, 교감 또는 부교감 뉴런; 희소돌기아교세포, 성상세포 및 소교세포를 포함하는 신경아교세포; 및/또는 T 세포와 같은 뉴런을 둘러싸는 다른 세포를 포함하지만 이에 제한되지 않는 특정 유형 또는 표적화된 세포로 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 근육 세포, 예를 들어 대퇴사두근, 횡격막, 간 및/또는 심장의 세포로 전달될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 본원 개시내용의 다수의 입자는 조가비핵, 시상 및/또는 피질에 내 뉴런에 전달될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 신경학적 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 타우병증에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 알츠하이머 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 근위축성 측삭 경화증에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 헌팅턴 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 파킨슨 질환에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 프리드리히 운동실조에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 근육 장애 또는 신경근육 장애에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자), 예를 들어, 다수의 입자는 신경-종양학적 장애에 대한 치료요법으로서 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 신경-종양학적 장애는 원발성 CNS 기원의 암(예를 들어, CNS 세포 및/또는 CNS 조직의 암)이다. 일부 구현예에서, 신경-종양학적 장애는 CNS 세포, CNS 영역, 및/또는 CNS 조직 내 전이성 암이다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 대상체로의 투여는 대상체에서 표적 단백질 수준을 저하시킬 수 있다. 표적 단백질 수준은 대상체, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 대상체의 CNS, CNS 영역 또는 CNS의 특정 세포, 근육, 근육 영역 또는 근육 세포에서 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 저하될 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 단백질 수준을 적어도 50%까지 저하시킬 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 단백질 수준을 적어도 40%까지 저하시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 대상체로의 투여는 대상체에서 표적 단백질 수준을 저하시킬 수 있다. 표적 단백질의 발현은 대상체, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 대상체의 CNS, CNS 영역 또는 CNS의 특정 세포, 근육, 근육 영역 또는 근육 세포에서 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 저하될 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 발현을 적어도 50%까지 저하시킬 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 발현을 적어도 40%까지 저하시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 대상체로의 투여는 대상체의 CNS에서 표적 단백질의 발현을 저하시킬 수 있다. 표적 단백질의 발현은 대상체, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 대상체의 CNS, CNS 영역 또는 CNS의 특정 세포, 근육, 근육 영역 또는 근육 세포에서 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 및 100%, 또는 적어도 20-30%, 20-40%, 20-50%, 20-60%, 20-70%, 20-80%, 20-90%, 20-95%, 20-100%, 30-40%, 30-50%, 30-60%, 30-70%, 30-80%, 30-90%, 30-95%, 30-100%, 40-50%, 40-60%, 40-70%, 40-80%, 40-90%, 40-95%, 40-100%, 50-60%, 50-70%, 50-80%, 50-90%, 50-95%, 50-100%, 60-70%, 60-80%, 60-90%, 60-95%, 60-100%, 70-80%, 70-90%, 70-95%, 70-100%, 80-90%, 80-95%, 80-100%, 90-95%, 90-100% 또는 95-100%까지 저하될 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 발현을 적어도 50%까지 저하시킬 수 있다. 비제한적 예로서, AAV 입자는 표적 단백질의 발현을 적어도 40%까지 저하시킬 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환을 치료하기 위해 성상세포에서 표적 단백질을 억제하기 위해 사용될 수 있다. 성상세포에서 표적 단백질은 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 억제될 수 있다. 성상세포에서 표적 단백질은 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 감소될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 미세아교세포에서 표적 단백질을 억제하기 위해 사용될 수 있다. 미세아교세포에서 표적 단백질의 억제는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 억제될 수 있다. 감소는 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%일 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 피질 뉴런에서 표적 단백질을 억제하기 위해 사용될 수 있다. 피질 뉴런에서 표적 단백질의 억제는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 억제될 수 있다. 감소는 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%일 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 해마 뉴런에서 표적 단백질을 억제하기 위해 사용될 수 있다. 해마 뉴런에서 표적 단백질의 억제는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 억제될 수 있다. 감소는 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%일 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 DRG 및/또는 교감신경 뉴런에서 표적 단백질을 억제하기 위해 사용될 수 있다. DRG 및/또는 교감신경 뉴런에서 표적 단백질의 억제는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 억제될 수 있다. 감소는 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%일 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 신경학적 질환을 치료하기 위해 감각 뉴런에서 표적 단백질을 억제하기 위해 사용될 수 있다. 감각 뉴런에서 표적 단백질은 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 억제될 수 있다. 감각 뉴런에서 총 단백질은 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 감소될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 대상체에서 표적 단백질을 억제하고 신경학적 질환의 증상을 감소시키기 위해 사용될 수 있다. 총 단백질의 억제 및/또는 신경학적 질환의 증상의 감소는 독립적으로 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 95% 초과, 5-15%, 5-20%, 5-25%, 5-30%, 5-35%, 5-40%, 5-45%, 5-50%, 5-55%, 5-60%, 5-65%, 5-70%, 5-75%, 5-80%, 5-85%, 5-90%, 5-95%, 10-20%, 10-25%, 10-30%, 10-35%, 10-40%, 10-45%, 10-50%, 10-55%, 10-60%, 10-65%, 10-70%, 10-75%, 10-80%, 10-85%, 10-90%, 10-95%, 15-25%, 15-30%, 15-35%, 15-40%, 15-45%, 15-50%, 15-55%, 15-60%, 15-65%, 15-70%, 15-75%, 15-80%, 15-85%, 15-90%, 15-95%, 20-30%, 20-35%, 20-40%, 20-45%, 20-50%, 20-55%, 20-60%, 20-65%, 20-70%, 20-75%, 20-80%, 20-85%, 20-90%, 20-95%, 25-35%, 25-40%, 25-45%, 25-50%, 25-55%, 25-60%, 25-65%, 25-70%, 25-75%, 25-80%, 25-85%, 25-90%, 25-95%, 30-40%, 30-45%, 30-50%, 30-55%, 30-60%, 30-65%, 30-70%, 30-75%, 30-80%, 30-85%, 30-90%, 30-95%, 35-45%, 35-50%, 35-55%, 35-60%, 35-65%, 35-70%, 35-75%, 35-80%, 35-85%, 35-90%, 35-95%, 40-50%, 40-55%, 40-60%, 40-65%, 40-70%, 40-75%, 40-80%, 40-85%, 40-90%, 40-95%, 45-55%, 45-60%, 45-65%, 45-70%, 45-75%, 45-80%, 45-85%, 45-90%, 45-95%, 50-60%, 50-65%, 50-70%, 50-75%, 50-80%, 50-85%, 50-90%, 50-95%, 55-65%, 55-70%, 55-75%, 55-80%, 55-85%, 55-90%, 55-95%, 60-70%, 60-75%, 60-80%, 60-85%, 60-90%, 60-95%, 65-75%, 65-80%, 65-85%, 65-90%, 65-95%, 70-80%, 70-85%, 70-90%, 70-95%, 75-85%, 75-90%, 75-95%, 80-90%, 80-95%, 또는 90-95%까지 감소되거나 억제될 수 있다.

일부 구현예에서, 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩티드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 표준 평가 시스템, 예를 들어, 이에 제한되지 않지만 총 기능성 능력 (TFC) 스케일에 의한 측정시 일상 생활의 기능적 능력 및 활동의 쇠퇴를 감소시키기 위해 사용될 수 있다.

일부 구현예에서, 본원의 조성물은 신경학적 질환/장애 또는 신경변성 장애, 근육 장애 또는 신경근육 장애, 및/또는 신경-종양학적 장애의 치료를 위한 단독 치료제로서 또는 병용 치료제로서 투여된다.

하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 하나 이상의 다른 치료학적 제제와 조합하여 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물은 하나 이상의 다른 목적하는 치료 또는 의학적 절차와 동시에, 이전에 또는 이후에 투여될 수 있다. 일반적으로 각각의 약제는 해당 약제에 대해 결정된 용량 및/또는 시간 일정으로 투여된다.

하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)와 함께 사용될 수 있는 치료학적 제제는 항산화제, 항염증제, 항-아폽토시스제, 칼슘 조절제, 항-글루탐산제, 구조적 단백질 억제제, 근육 기능에 관여하는 화합물 및 금속 이온 조절에 관여하는 화합물인 소분자 화합물일 수 있다.

하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는 AAV 입자와 함께 사용될 수 있는 신경학적 질환을 치료하기 위해 시험된 화합물은 콜린에스테라제 억제제(도네페질, 리바스티그민, 갈란타민), 메만틴과 같은 NMDA 수용체 길항제, 항정신병제, 항우울제, 항경련제(예를 들어, 나트륨 발프로에이트 및 간대성 근경련용 레베티라세탐), 세크레타제 억제제, 아밀로이드 응집 억제제, 구리 또는 아연 조절제, BACE 억제제, 타우 응집 억제제, 예를 들어, 메틸렌 블루, 페노티아진, 안트라퀴논, n-페닐아민 또는 로다민, NAP, 탁솔 또는 파클리탁셀과 같은 미세소관 안정화제, GSK3β(리튬) 또는 PP2A를 표적화하는 것들과 같은 키나제 또는 포스파타제 억제제, Aβ 펩타이드 또는 타우 포스포-에피토프를 사용한 면역화, 항-타우 또는 항-아밀로이드 항체, 도파민 고갈제(예를 들어, 무도증에 대한 테트라베나진), 벤조디아제핀(예를 들어. 근간대성 근경련, 무도병, 근긴장이상, 강직증 및/또는 경직에 대한 클로나제팜), 도파민의 아미노산 전구체(예를 들어, 경직에 대한 레보도파), 골격근 이완제(예를 들어, 강직 및/또는 경직에 대한 바클로펜, 티자니딘), 근육 마비를 유발하는 신경근 접합부에서 아세틸콜린 방출 억제제(예를 들어, 이갈이 및/또는 근육긴장이상), 비정형 신경이완제(예를 들어, 정신병 및/또는 과민성에 대한 올란자핀 및 퀘티아핀, 정신병, 무도병 및/또는 과민성에 대한 리스페리돈, 설피리드 및 할로페리돌, 치료 저항성 정신병에 대한 클로자핀, 두드러진 음성 증상이 있는 정신병에 대한 아리피프라졸), 선택적 세로토닌 재흡수 억제제(SSRI)(예를 들어, 우울증, 불안, 강박 행동 및/또는 과민성에 대한 시탈로프람, 플루옥세틴, 파록세틴, 세르트랄린, 미르타자핀, 벤라팍신), 수면제(예를 들어, 변경된 수면-각성 주기에 대한 소피클론(xopiclone) 및/또는 졸피뎀), 항경련제(예를 들어, 조증 또는 경조증에 대한 나트륨 발프로에이트 및 카바마제핀) 및 기분 안정화제(예를 들어, 조증 또는 경조증에 대한 리튬)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.

신경영양성 인자는 신경학적 질환을 치료하기 위해 하나 이상의 siRNA 분자를 암호화하는 핵산 서열과 함께 바이러스 게놈을 포함하는, AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)와 함께 사용될 수 있다. 일반적으로 신경영양인자는 뉴런의 생존, 성장, 분화, 증식 및/또는 성숙을 촉진하거나 뉴런의 증가된 활성을 자극하는 물질로 정의된다. 일부 구현예에서, 본원의 방법은 치료를 필요로 하는 대상체에 하나 이상의 영양 인자를 전달하는 것을 추가로 포함한다. 영양 인자는 IGF-I, GDNF, BDNF, CTNF, VEGF, 콜리벨린, 살리프로덴, 티로트로핀-방출 호르몬 및 ADNF, 및 이들의 변이체를 포함할 수 있지만 이에 제한되지 않는다.

하나의 양상에서, 관심 대상의 유전자를 표적화하는 적어도 하나의 siRNA 듀플렉스에 대한 핵산 서열을 암호화하는 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)는 AAV-IGF-1과 같은 신경영양 인자를 발현하는 AAV 입자(참조: 예를 들어, Vincent 등, Neuromolecular medicine, 2004, 6, 79-85; 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨) 및 AAV-GDNF(참조: 예를 들어, Wang 등, J Neurosci., 2002, 22, 6920-6928, 이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)과 동시 투여될 수 있다.

일부 구현예에서, 대상체로의 AAV 입자(예를 들어, AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자)의 투여는 대상체에서 표적 유전자, mRNA 및/또는 단백질의 존재, 수준, 활성 및/또는 발현을 조절, 예를 들어, 감소시킬 것이고, 표적 단백질의 발현의 감소는 대상체에서 신경학적 질환/장애 또는 신경변성 장애, 근육 장애 또는 신경근육 장애 및/또는 신경-종양학적 장애의 효과 및/또는 증상을 감소시킬 것이다.

정의

달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다.

"a", "an" 및 "the"와 같은 관사는 반대로 언급되지 않거나 달리 문맥에서 분명하지 않은 경우 하나 초과를 의미한다.　그룹의 하나 이상의 구성원 사이에 "또는"을 포함하는 특허청구범위 또는 상세한 설명은 그룹 구성원의 1개, 1개 이상 또는 모두가 존재하거나 사용되거나 달리 주어진 물건 또는 방법과 관련되지 않거나 달리 이와 반대로 명시되지 않거나 달리 문맥으로부터 명백하지 않다면, 만족스로운 것으로 간주된다. 본원 개시내용은 그룹의 정확히 하나의 구성원이 주어진 제품 또는 프로세스에 존재하거나, 사용되거나, 그렇지 않으면 이와 관련되는 구현예를 포함한다.　 본원 개시내용은 그룹의 정확히 하나 초과 또는 전체 구성원이 주어진 제품 또는 프로세스에 존재하거나, 사용되거나, 그렇지 않으면 이와 관련되는 구현예를 포함한다.

"포함하는(comprising)"이라는 용어는 공개되고 허용되는 것으로 의도되지만 추가 요소 또는 단계의 포함을 요구하지 않는다는 점을 주지한다.　 "포함하는"이라는 용어가 본원에서 사용되는 경우, 용어 "로 이루어진" 및 "본질적으로 이루어진"도 포함되고 기재된다.

범위가 주어지는 경우, 종점은 포함된다.　 또한, 달리 나타내지 않거나 당업자의 문맥 및 이해로부터 달리 명백하지 않는 한, 범위로 표현된 값은 본 발명의 상이한 구현예에서 명시된 범위 내의 임의의 특정 값 또는 하위 범위를 달리 명시하지 않는 한 범위의 하한치의 10분의 1까지추정할 수 있음을 이해해야 한다.

아데노-관련 바이러스: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "아데노 관련 바이러스" 또는 "AAV"는 데펜도바이러스 속의 구성원 또는 이의 변이체, 예를 들어 기능적 변이체를 지칭한다. 일부 구현예에서, AAV는 야생형 또는 천연적으로 존재한다. 일부 구현예에서, AAV는 재조합체이다.

AAV 입자: 본원에서 사용되는 바와 같이, "AAV 입자"는 AAV 캡시드, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체, 및 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어 바이러스 게놈 또는 벡터 게놈을 포함하는 입자 또는 비리온을 지칭한다. 일부 구현예에서, AAV 입자의 바이러스 게놈은 적어도 하나의 페이로드 영역 및 적어도 하나의 ITR을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 AAV 캡시드 폴리펩타이드, 예를 들어 적어도 하나의 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드 삽입체를 갖는 모체 캡시드 서열을 포함하는 AAV 입자이다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 예를 들어, 페이로드를 암호화하는 핵산, 예를 들어 페이로드 영역을 세포, 전형적으로 포유동물, 예를 들어 사람 세포에 전달할 수 있다. 일부 구현예에서, 본원 개시내용의 AAV 입자는 재조합적으로 생성될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 혈청형의 조합(예를 들어, "슈도타이핑된" AAV)을 포함하는, 본원에 기재되거나 당업계에 공지된 임의의 혈청형 또는 다양한 게놈(예를 들어, 단일 가닥 또는 자가-상보적)으로부터 유래될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 복제 결함일 수 있고/있거나 표적화될 수 있다. 일부 구현예에서, AAV 입자는 목적하는 표적 조직에 대한 향성을 증진시키기 위해 캡시드에 존재하는, 예를 들어 삽입되는 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드를 포함할 수 있다. 명시적으로 언급되지 않더라도 본원 개시내용의 AAV 입자에 대한 언급은 또한 이의 약제학적 조성물을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.

투여하는: 본원에서 사용되는 바와 같이, "투여하는"이라는 용어는 약제 또는 조성물을 대상체에게 제공하는 것을 언급한다.

개선: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "개선" 또는 "개선하는"은 병태 또는 질환의 적어도 하나의 지표의 중증도 감소를 지칭한다. 예를 들어, 신경변성 장애의 맥락에서 개선은 뉴런 손실의 감소를 포함한다.

앰플리콘: 본원에서 사용되는 바와 같이, "앰플리콘"은 증폭 이벤트, 예를 들어, PCR의 생성물로서 형성된 임의의 RNA 또는 DNA 조각을 지칭할 수 있다. 일부 구현예에서, 전장 캡시드 앰플리콘은 차세대 서열분석(NGS) 라이브러리 생성을 위한 주형으로 사용될 수 있다. 전장 캡시드 앰플리콘은 상기된 바와 같이 AAV 선택의 임의의 수의 추가 라운드를 위한 DNA 라이브러리로의 클로닝에 사용될 수 있다.

동물: 본원에 사용되는 용어 "동물" 이란, 동물계의 모든 구성원을 의미한다. 일부 실시형태에서, "동물" 이란, 발생의 임의의 단계에서의 사람을 의미한다. 일부 실시형태에서, "동물" 이란, 발생의 임의의 단계에서 비-사람 동물을 의미한다. 특정 실시형태에서, 비-사람 동물은 포유동물 (예를 들면, 설치류, 마우스, 래트, 토끼, 원숭이, 개, 고양이, 양, 소, 영장류 또는 돼지) 이다. 일부 실시형태에서, 동물은 포유동물, 조류, 파충류, 양서류, 어류 및 벌레를 포함하지만, 이들에 한정되는 것은 아니다. 일부 구현예에서, 동물은 유전자전이 동물, 유전학적으로 가공된 동물 또는 클론이다.

안티센스 가닥: 본원에서 사용되는 바와 같이, siRNA 분자의 "안티센스 가닥" 또는 "제1 가닥" 또는 "가이드 가닥"이라는 용어는 사일런싱을 위해 표적화된 유전자의 mRNA의 약 10-50개의 뉴클레오타이드, 예를 들어 약 15-30개, 16-25개, 18-23개 또는 19-22개 뉴클레오타이드 섹션에 실질적으로 상보적인 가닥을 지칭한다. 안티센스 가닥 또는 제1 가닥은 표적-특이적 사일런싱을 지시하기 위해 목적하는 표적 mRNA 서열에 충분히 상보적인 서열, 예를 들어, RNAi 기구 또는 프로세스에 의해 목적하는 표적 mRNA의 파괴를 촉발하기에 충분한 상보성을 갖는다.

대략: 하나 이상의 관심대상의 값에 적용될 때, 본원에 사용되는 용어 "대략" 또는 "약" 이란, 표시된 기준 값과 유사한 값을 의미한다. 특정 실시형태에서, 용어 "대략" 또는 "약"이란, 달리 명시되지 않거나 달리 문맥으로부터 명백하지 않다면, 표시된 기준 값의 한쪽 방향으로 25%, 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1% 또는 그 이하 (초과 또는 미만) 내를 충족하는 값의 범위를 의미한다 (이러한 수치가 가능한 값을 100%를 초과하는 것은 제외함).

바이오패닝: 본원에서 사용되는 바와 같이, "바이오패닝"이라는 용어는 세포 및/또는 대상체에 대한 증진된 조직- 및/또는 세포 유형-특이적 형질도입을 갖는 AAV 입자의 투여; 상기 형질도입된 조직- 및/또는 세포 유형-특이적으로부터 상기 AAV 입자에 의해 암호화된 뉴클레오타이드의 추출; 및 동일한 것의 후속 라운드를 위한 AAV 입자의 생성을 위한 뉴클레오타이드 라이브러리로의 클로닝을 위한 추출된 뉴클레오티드의 사용을 포함하는 AAV 캡시드 라이브러리 선택 프로세스를 지칭한다.

캡시드: 본원에 사용된 바와 같은 용어 "캡시드"는 실질적으로 (예를 들어, >50%, >60%, >70%, >80%, >90%, >95%, >99%, 또는 100%) 단백질인 바이러스 입자, 예를 들어, AAV 입자의 외부, 예를 들어, 단백질 껍질을 지칭한다. 일부 구현예에서, 캡시드는 본원에 기재된 AAV 캡시드 단백질, 예를 들어 VP1, VP2 및/또는 VP3 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 캡시드이다. AAV 캡시드 단백질은 야생형 AAV 캡시드 단백질 또는 변이체, 예를 들어 본원에서 "AAV 캡시드 변이체"로 지칭되는 야생형 또는 참조 캡시드 단백질로부터의 구조적 및/또는 기능적 변이체일 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 바이러스 게놈을 봉입하는, 예를 들어 캡슐화하는 능력을 갖고/갖거나 세포, 예를 들어 포유동물 세포로 진입할 수 있다.　 일부 구현예에서, 본원에 기재된 AAV 캡시드 변이체는 야생형 AAV 캡시드, 예를 들어 상응하는 야생형 캡시드와 비교하여 변형된 향성을 가질 수 있다.

상보성 및 실질적으로 상보성: 본원에서 사용되는 용어 "상보적"은 서로 염기쌍을 형성하는 폴리뉴클레오타이드의 능력을 지칭한다. 염기쌍은 전형적으로 역평행 폴리뉴클레오타이드 가닥에서 뉴클레오타이드 유닛 사이의 수소 결합에 의해 형성된다. 상보적 폴리뉴클레오티드 가닥은 왓슨-크릭 방식(예를 들어, A와 T, A와 U, C와 G) 또는 듀플렉스의 형성을 허용하는 임의의 다른 방식으로 염기쌍을 형성할 수 있다. 당업자가 알고 있는 바와 같이, DNA와 반대로 RNA를 사용할 때, 티민보다는 우라실이 아데닌에 상보적인 것으로 간주되는 염기이다. 그러나 본원 개시내용의 맥락에서 U가 표시되는 경우, 달리 명시되지 않는 한 T를 대체하는 능력을 내포한다. 완벽한 상보성 또는 100% 상보성은 하나의 폴리뉴클레오타이드 가닥의 각 뉴클레오타이드 유닛이 두 번째 폴리뉴클레오타이드 가닥의 뉴클레오타이드 유닛과 수소 결합을 형성할 수 있는 상황을 지칭한다. 완벽하지 않은 상보성은 두 가닥의 뉴클레오티드 유닛이 전부는 아니지만 일부가 서로 수소 결합을 형성할 수 있는 상황을 지칭한다. 예를 들어, 2개의 20-량체에 대해, 각 가닥 상의 2개의 염기쌍만 서로 수소 결합을 형성할 수 있다면 폴리뉴클레오타이드 가닥은 10% 상보성을 나타낸다. 동일한 예에서 각 가닥 상의 18개 염기쌍이 서로 수소 결합을 형성할 수 있다면 폴리뉴클레오타이드 가닥은 90%의 상보성을 나타낸다. 본원에 사용된 바와 같은 "상보적"이라는 용어는 완전히 상보적인, 부분적으로 상보적인, 또는 실질적으로 상보적인 것을 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, "실질적으로 상보적인"이라는 용어는 siRNA가 목적하는 표적 mRNA에 결합하고 표적 mRNA의 RNA 사일런싱을 촉발하기에 충분한 서열(예를 들어, 안티센스 가닥에서)을 갖는다는 것을 의미한다. "완전히 상보적인", "완벽한 상보성" 또는 "100% 상보성"은 하나의 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드 가닥의 각 뉴클레오타이드 유닛이 두 번째 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드 가닥의 뉴클레오티드 유닛과 염기쌍을 형성할 수 있는 상황을 지칭한다.

제어 요소: 본원에서 사용된 바와 같이, "제어 요소", "조절 제어 요소" 또는 "조절 서열"은 프로모터 영역, 폴리아데닐화 신호, 전사 종결 서열, 업스트림 조절 도메인, 복제 오리진, 내부 리보솜 진입 부위("IRES"), 인핸서 등를 지칭하고, 이는 수용자 세포에서 암호화 서열의 복제, 전사 및 해독을 제공한다. 선택된 암호화 서열이 적절한 숙주 세포에서 복제, 전사 및/또는 해독될 수 있는 한 이들 제어 요소 모두가 항상 존재할 필요는 없다.

전달: 본원에 사용된 바와 같이, "전달"은 AAV 입자, 화합물, 물질, 실체, 모이어티, 카고 또는 페이로드를 전달하는 행위 또는 방식을 지칭한다.

요소: 본원에 사용된 바와 같은 용어 "요소"는 실체의 특징적 부분을 지칭한다. 일부 구현예에서, 요소는 보다 긴 폴리뉴클레오타이드 서열에 혼입되는 특정 목적을 갖는 폴리뉴클레오타이드 서열일 수 있다.

캡슐화하다: 본원에 사용되는 용어 "캡슐화하다" 란, 포위하거나 둘러싸거나 감싸는 것을 의미한다. 하나의 예로서, 캡시드 단백질, 예를 들어 AAV 캡시드 변이체는 흔히 바이러스 게놈을 캡슐화한다. 일부 구현예에서, 캡시드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체 내의 캡슐화는 캡시드에 의한 100% 커버리지뿐만 아니라 100% 미만의 커버리지, 예를 들어, 95%, 90%, 85%, 80%, 70%, 60% 이하를 포함한다. 예를 들어, 바이러스 게놈이 예를 들어 세포에 진입하기 전에 캡시드에 유지되는 한, 갭 및 불연속 부분이 캡시드에 존재할 수 있다.

가공된: 본원에 사용된 바와 같이, 본원 개시내용의 구현예는 이들이 개시점, 야생형 또는 고유 분자로부터 변하는, 구조적이든 화학적이든 특징 또는 특성을 갖도록 디자인될 때 "가공된" 것이다.

유효량: 본원에서 사용되는 바와 같이, 제제의 "유효량"이라는 용어는 유익하거나 목적하는 결과, 예를 들어 임상 결과를 달성하기에 충분한 양이고, 이와 같이 "유효량"은 적용되는 상황에 의존한다. 예를 들어, 암을 치료하는 제제를 투여하는 맥락에서, 제제의 유효량은 예를 들어 제제의 투여없이 수득된 반응과 비교하여 본원에 정의된 암 치료를 달성하기에 충분한 양이다.

발현: 본원에 사용되는 핵산 서열의 "발현" 이란, 하나 이상의 하기 이벤트를 의미한다: (1) DNA 서열로부터 RNA 주형의 생성(예를 들어, 전사에 의해); (2) RNA 전사체의 프로세싱(예를 들어, 스플라이싱, 편집, 5' 캡 형성 및/또는 3' 말단 프로세싱에 의해); (3) RNA의 폴리펩타이드 또는 단백질로의 해독; 및 (4) 폴리펩티드 또는 단백질의 해독 후 변형.

제형: 본원에서 사용된 바와 같은 "제형"은 적어도 하나의 AAV 입자(활성 성분) 및 부형제 및/또는 불활성 성분을 포함한다.

단편: 본원에서 사용되는 "단편" 이란, 일부를 의미한다. 예를 들어, 항체 단편은 CDR, 중쇄 가변 영역 또는 scFv 등을 포함할 수 있다.

기능성: 본원에서 사용되는 "기능적" 생물학적 분자는 성질 및/또는 활성을 나타내는 형태의 생물학적 분자이다.

이중-기능 표적화: 본원에서 사용되는 바와 같이, "이중-기능 표적화" 조절 폴리뉴클레오타이드는 가이드 및 패신저 가닥 둘 다가 동일한 표적을 녹다운시키거나 가이드 및 패신저 가닥이 상이한 표적을 녹다운시키는 폴리뉴클레오타이드이다.

유전자 발현: "유전자 발현"이라는 용어는 핵산 서열이 전사 및/또는 해독을 거쳐 단백질 또는 펩타이드를 생성하는 과정을 지칭한다. 명확화를 위해, "유전자 발현"의 측정에 대해 언급될 때, 이것은 측정물이 전사의 핵산 산물, 예를 들면, RNA 또는 mRNA, 또는 번역의 아미노산 산물, 예를 들면, 폴리펩타이드 또는 펩타이드일 수 있는 것을 의미하는 것으로 이해되어야 한다. RNA, mRNA, 폴리펩타이드 및 펩타이드의 양 또는 수준을 측정하는 방법은 당업계에 공지되어 있다.

상동성: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "상동성"은 중합체 분자, 예를 들어 폴리뉴클레오타이드 분자(예를 들어, DNA 분자 및/또는 RNA 분자) 사이 및/또는 폴리펩타이드 분자 사이에 전체 관련성을 지칭한다. 일부 구현예에서, 중합체 분자는 이들의 서열이 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70 %, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 동일하거나 유사한 경우 서로 "상동성"인 것으로 고려된다. 용어 "상동성" 이란, 필수적으로 적어도 2개의 서열 (폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열) 사이의 비교를 지칭한다. 본원 개시내용에 따르면, 2개의 폴리뉴클레오타이드 서열은 이들이 암호화하는 폴리펩타이드가 적어도 약 20개 아미노산의 적어도 하나의 스트레치에 대해 적어도 약 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 심지어 99%인 경우 상동성인 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 상동 폴리뉴클레오타이드 서열은 적어도 4-5개의 특이한 특정 아미노산의 스트레치를 암호화하는 능력을 특징으로 한다. 길이가 60개의 뉴클레오타이드 미만인 폴리뉴클레오타이드 서열의 경우, 상동성은 적어도 4-5개의 특이한 특정 아미노산의 스트레치를 암호화하는 능력에 의해 측정된다. 본원 개시내용에 따르면, 2개의 단백질 서열은 단백질이 적어도 약 20개 아미노산의 적어도 하나의 스트레치에 대해 적어도 약 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90%인 경우 상동성인 것으로 간주된다.

동일성: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "동일성"은 중합체 분자, 예를 들어, 폴리뉴클레오타이드 분자(예를 들어, DNA 분자 및/또는 RNA 분자) 사이 및/또는 폴리펩타이드 분자 사이에 전체 관련성을 지칭한다. 예를 들면, 2개의 폴리뉴클레오타이드 서열의 퍼센트 동일성의 계산은 최적 비교 목적을 위해 2개의 서열을 정렬함으로써 수행될 수 있다 (예를 들면, 캡이 최적 정렬을 위해 제1 및 제2 핵산 서열 중 하나 또는 둘 다에 도입될 수 있으며, 비-동일성 서열은 비교 목적을 위해 무시될 수 있다). 특정 실시형태에서, 비교 목적을 위해 정렬되는 서열의 길이는 기준 서열의 길이의 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100% 이다. 이어서, 상응하는 뉴클레오타이드 위치에서의 뉴클레오타이드가 비교된다. 제1 서열의 위치가 제 2 서열의 상응하는 위치와 동일한 뉴클레오타이드에 의해 점유될 때, 분자들은 그 위치에서 동일하다. 2개의 서열 사이의 퍼센트 동일성은 갭의 수를 고려하여 서열에 의해 공유되는 동일한 위치의 수, 및 2개의 서열의 최적 정렬을 도입하기 위해 필요한 각 갭의 길이의 함수이다. 2개의 서열 사이의 서열의 비교와 퍼센트 동일성의 측정은 수학적 알고리즘을 사용하여 수행할 수 있다. 예를 들어, 2개의 뉴클레오타이드 서열 간의 퍼센트 동일성은 문헌(참조: Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991; 이들의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)에 기재된 것들과 같은 방법을 사용하여 결정될 수 있다. 예를 들면, 2개의 뉴클레오타이드 서열 사이의 퍼센트 동일성은 문헌 [Meyers and Miller, CABIOS, 1989, 4:11-17] 에 개시된 알고리즘을 사용하여 측정할 수 있으며, 이 문헌은 PAM120 중량 잔기 표, 12의 갭 길이 페널티 및 4의 갭 페널티를 사용하여 ALIGN 프로그램 (버전 2.0) 에 도입되었다. 대안적으로, 2개의 뉴클레오타이드 서열 사이의 퍼센트 동일성은 NWSgapdna.CMP 매트릭스를 사용하여 GCG 소프트웨어 패키지에 GAP 프로그램을 사용하여 측정하였다. 서열들 사이에 퍼센트 동일성을 측정하는데 흔히 사용되는 방법은 문헌 [Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J Applied Math., 48:1073 (1988)] (이의 전문은 본원에 참조로 인용된다)에 개시된 것들을 포함하지만, 이들에 한정되는 것은 아니다 동일성의 측정 기술은 대중이 이용가능한 컴퓨터 프로그램으로 성분화되어 있다. 2개의 서열간의 상동성을 결정하기 위한 예시적 컴퓨터 소프트웨어는 GCG 프로그램 팩키지(참조: Devereux, J., 등, Nucleic Acids Research, 12(1), 387 (1984)), BLASTP, BLASTN, 및 FASTA (참조: Altschul, S. F. 등, J. Molec. Biol., 215, 403 (1990))를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.

유전자의 발현을 억제함: 본원에 사용되는 문구 "유전자의 발현을 억제하다" 란, 유전자의 발현 산물의 양의 감소를 초래하는 것을 의미한다. 발현 산물은 유전자 (예를 들면, mRNA) 로부터 전사된 RNA 또는 유전자로부터 전사된 mRNA로부터 번역된 폴리펩타이드일 수 있다. 전형적으로, mRNA 수준의 감소는 이로부터 해독된 폴리펩타이드 수준의 감소를 초래한다. 발현 수준은 mRNA 또는 단백질을 측정하기 위한 표준 기술을 사용하여 측정할 수 있다.

삽입체: 본원에 사용된 용어 "삽입체"는 폴리펩타이드를 언급할 때 하나 이상의 아미노산, 예를 들어 펩타이드, 예를 들어 표적 펩타이드 서열을 아미노산 서열, 예를 들어 모체 AAV 캡시드 서열에 부가하는 것을 지칭한다. 일부 구현예에서, 삽입은 아미노산 서열, 예를 들어 모체 AAV 캡시드 서열의 하나 이상의 아미노산의 대체를 초래할 수 있다. 일부 구현예에서, 삽입은 하나 이상의 아미노산, 예를 들어 펩타이드, 예를 들어 표적화 펩타이드 서열의 첨가를 넘어 아미노산 서열, 예를 들어 모체 AAV 캡시드 서열에 변화를 일으키지 않을 수 있다.

역위 말단 반복체: 본원에서 사용되는 용어 "역위 말단 반복체" 또는 "ITR"은 폴리뉴클레오타이드 서열을 바이러스 캡시드로 팩키징하기 위한 시스-조절 요소를 지칭한다.

단리된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "단리된"은 천연 상태로부터 변경되거나 제거된, 예를 들어 천연 상태에서 관련된 구성 요소의 적어도 일부로부터 변경되거나 제거된 물질 또는 실체를 지칭한다. 예를 들어, 살아있는 동물에 천연적으로 존재하는 핵산이나 펩타이드는 "단리된" 것이 아니라, 천연 상태의 공존 물질로부터 부분적으로 또는 완전히 분리된 동일한 핵산이나 펩타이드는 "단리된" 이다. 단리된 핵산 또는 단백질은 실질적으로 정제된 형태로 존재할 수 있거나, 예를 들어 숙주 세포와 같은 비-고유 환경에 존재할 수 있다. 상기 폴리뉴클레오타이드는 벡터의 일부일 수 있고/있거나 상기 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드는 조성물의 일부일 수 있고, 여전히 상기 벡터 또는 조성물이 천연에서 발견되는 환경의 일부가 아니라는 점에서 여전히 단리된다. 일부 구현예에서, 단리된 핵산은 재조합체, 예를 들어 벡터에 혼입된다.

라이브러리: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "라이브러리"는 선형 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, 바이러스 입자 또는 바이러스 벡터의 다양한 집합체를 지칭한다. 예로서, 라이브러리는 DNA 라이브러리 또는 AAV 캡시드 라이브러리일 수 있다.

분자 스캐폴드: 본원에 사용된 바와 같이 "분자 스캐폴드"는 후속 분자를 디자인하거나 제조하기 위한 서열 또는 구조적 기초를 형성하는 프레임워크 또는 출발 분자이다.

신경학적 질환: 본원에 사용된 바와 같이, "신경학적 질환"은 중추 또는 말초 신경계 및 이의 구성 요소(예를 들어, 뉴런)와 관련된 임의의 질환이다.

천연적으로 존재하는: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "천연적으로 존재하는" 또는 "야생형"은 천연 상태로부터 변경, 예를 들어, 구조적으로 변경 또는 제거, 예를 들어, 이것이 천연 상태와 관련된 구성 요소의 적어도 일부로부터 제거되지 않은 물질 또는 실체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 서열을 언급할 때 천연적으로 존재하는은 야생형 서열과 동일한 서열 또는 이의 천연적으로 존재하는 변이체를 지칭한다.

직교 전개: 본원에 사용된 바와 같은 용어 "직교 전개"는 AAV 입자가 상이한 종 및/또는 변종으로부터일 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 본원에 기재된 바와 같은 AAV 선택의 제1 라운드를 위해 투여되고, 임의의 수의 추가, 예를 들어 후속 AAV 선택 라운드는 상이한 종 및/또는 변종에서 유래할 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 또는 동일한 종 및/또는 변종으로부터 유래할 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 수행된다.

개방 판독 프레임: 본원에서 사용되는 바와 같이, "개방 판독 프레임" 또는 "ORF"는 소정의 판독 프레임에 정지 코돈을 포함하지 않는 서열을 지칭한다.

모체 서열: 본원에서 사용되는 바와 같이, "모체 서열"은 변이체가 유래되는 핵산 또는 아미노산 서열이다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 이종성 서열이 삽입되는 서열이다. 다른 말로, 모체 서열은 수용자 또는 수용자 서열로 간주될 수 있다. 일부 구현예에서, 모체 서열은 표적화 서열이 AAV 캡시드 서열이다.

입자: 본원에 사용된 바와 같이, "입자"는 적어도 2개의 성분, 단백질 캡시드 및 캡시드 내에 둘러싸인 폴리뉴클레오타이드 서열로 구성된 바이러스이다.

환자: 본원에 사용되는 "환자" 란, 치료를 찾고 있거나 치료의 필요성이 있거나 치료를 필요로 하거나 치료를 받고 있거나 치료를 받을 예정인 대상체 또는 특정 질병 또는 상태 동안 훈련된 전문가에 의해 치료 중인 대상체를 의미한다.

페이로드 영역: 본원에서 사용되는 바와 같이, "페이로드 영역"은 본원 개시내용의 하나 이상의 "페이로드"를 암호화하는 임의의 핵산 서열(예를 들어, 바이러스 게놈 내)이다. 비제한적인 예로서, 페이로드 영역은 페이로드를 암호화하는 AAV 입자의 바이러스 게놈 내의 핵산 서열일 수 있고, 여기서 상기 페이로드는 RNAi 제제 또는 폴리펩타이드이다. 본원 개시내용의 페이로드는 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, 항체, RNAi 제제 등일 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.

폴리펩타이드: 본원에 사용된 바와 같은 "폴리펩타이드"는 펩티드 결합에 의해 가장 자주 함께 연결된 아미노산 잔기(천연 또는 비천연)의 중합체를 의미한다. 본원에 사용되는 상기 용어는 임의의 크기, 구조 또는 기능의 단백질, 폴리펩타이드 및 펩타이드를 의미한다. 일부 경우에, 암호화된 폴리펩타이드는 약 50개 아미노산보다 작고 폴리펩타이드는 펩타이드로 호칭된다. 폴리펩타이드가 펩타이드인 경우, 길이는 적어도 약 2, 3, 4 또는 적어도 5개의 아미노산 잔기 길이일 것이다. 따라서, 폴리펩타이드는 유전자 생성물, 천연 발생 폴리펩타이드, 합성 폴리펩타이드, 동족체, 동원체, 이원체, 단편 및 기타 등가물, 변이체 및 유사체를 포함한다.　폴리펩타이드는 단일 분자이거나 이량체, 삼량체 또는 사량체와 같은 다분자 복합체일 수 있다. 이들은 또한 단일쇄 또는 다중쇄 폴리펩타이드를 포함할 수 있고 연합되거나 연결될 수 있다. 용어 폴리펩타이드는 또한 하나 이상의 아미노산 잔기가 상응하는 천연적으로 존재하는 아미노산의 인공적인 화학적 유사체인 아미노산 중합체에 적용될 수 있다.

폴리펩타이드 변이체: 용어 "폴리펩타이드 변이체"는 천연 또는 참조 서열과 아미노산 서열이 상이한 분자를 지칭한다. 아미노산 서열 변이체는 고유 또는 참조 서열과 비교하여 아미노산 서열 내의 특정 위치에서 치환, 결실 및/또는 삽입을 가질 수 있다. 일부 구현예에서, 변이체는 고유 또는 참조 서열과 적어도 약 50%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90% 동일성(상동성)을 갖는 서열을 포함한다.

펩타이드: 본원에 사용되는 "펩타이드" 란, 50개 이하의 길이의 아미노산, 예를 들면, 약 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 또는 50개의 길이의 아미노산이다.

약제학적으로 허용되는: 본원에서 사용되는 문구 "약제학적으로 허용되는" 이란, 건전한 의학적 판단의 범위 내에서, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응 또는 다른 문제 또는 합병증 없이, 합리적인 유익/위험 비율에 적합한, 사람 및 동물의 조직과의 접촉에 사용하기에 적합한 화합물, 물질, 조성물 및/또는 복용형을 의미한다.

예방: 본원에서 사용되는 용어 "예방하는" 또는 "예방"은 감염, 질환, 장애 및/또는 병태의 발병을 부분적으로 또는 완전히 지연시키는 것; 특정 감염, 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상, 특성 또는 임상 징후의 발병을 부분적으로 또는 완전히 지연시키는 것; 특정 감염, 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상, 특징 또는 징후의 개시를 부분적으로 또는 완전히 지연시키는 것; 감염, 특정 질환, 장애 및/또는 병태로부터의 진행을 부분적으로 또는 완전히 지연시키는 것; 및/또는 감염, 질환, 장애, 및/또는 병태와 관련된 병리 발생 위험 감소를 지칭한다.

예방적: 본원에서 사용되는 "예방적"은 질환의 확산을 방지하기 위해 사용되는 치료 또는 작용 과정을 지칭한다.

예방: 본원에서 사용된 바와 같은 "예방"은 건강을 유지하고 질환의 확산을 방지하기 위해 취해지는 조치를 지칭한다.

영역: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "영역"은 구역 또는 일반적인 영역을 지칭한다. 일부 구현예에서, 단백질 또는 단백질 모듈을 언급할 때, 영역은 단백질 또는 단백질 모듈을 따라 아미노산의 선형 서열을 포함할 수 있거나 3차원 영역, 에피토프 및/또는 에피토프 클러스터를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 영역은 말단 영역을 포함한다. 본원에서 사용되는 용어 "말단 영역"은 소정의 제제의 말단(end) 또는 말단 (termini)에 위치한 영역을 지칭한다. 단백질을 언급할 때, 말단 영역은 N- 및/또는 C-말단을 포함할 수 있다.

일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드를 언급할 때, 영역은 폴리뉴클레오타이드를 따라 핵산의 선형 서열을 포함할 수 있거나 3차원 영역, 2차 구조 또는 3차 구조를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 영역은 말단 영역을 포함한다. 본원에서 사용되는 용어 "말단 영역"은 소정의 제제의 말단(end) 또는 말단 (termini)에 위치한 영역을 지칭한다. 폴리뉴클레오타이드를 언급할때, 말단 영역은 5' 및/또는 3' 말단을 포함할 수 있다.

RNA 또는 RNA 분자: 본원에서 사용되는 용어 "RNA" 또는 "RNA 분자" 또는 "리보핵산 분자"는 리보뉴클레오타이드의 중합체를 지칭하고; 용어 "DNA" 또는 "DNA 분자" 또는 "데옥시리보핵산 분자"는 데옥시리보뉴클레오타이드의 중합체를 지칭한다. DNA와 RNA는 예를 들어 각각 DNA 복제와 DNA의 전사에 의해 천연적으로 합성될 수 있거나 화학적으로 합성될 수 있다. DNA 및 RNA는 단일 가닥(즉, 각각 ssRNA 또는 ssDNA) 또는 다중 가닥(예를 들어, 이중 가닥, 즉, 각각 dsRNA 및 dsDNA)일 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "mRNA" 또는 "메신저 RNA"는 하나 이상의 폴리펩타이드 쇄의 아미노산 서열을 암호화하는 단일 가닥 RNA를 지칭한다.

RNA 간섭 또는 RNAi: 본원에서 사용되는 용어 "RNA 간섭" 또는 "RNAi"는 상응하는 단백질 암호화 유전자의 발현을 억제 또는 간섭 또는 "사일런싱"시키는 RNA 분자에 의해 매개되는 서열 특이적 조절 기전을 지칭한다. RNAi는 식물, 동물 및 진균류를 포함한 많은 유형의 유기체에서 관찰되었다. RNAi는 외부 RNA(예를들어, 바이러스 RNA)를 제거하기 위해 천연적으로 세포에 존재한다. 천연 RNAi는 분해 기전을 다른 유사한 RNA 서열로 지시하는 유리된 dsRNA로부터 절단된 단편을 통해 진행된다. RNAi는 RNA-유도된 사일런싱 복합체(RISC)에 의해 제어되고, 촉매 RISC 구성 요소인 아르고나우테(argonaute)와 상호 작용하는 세포질의 짧은/작은 dsRNA 분자에 의해 개시된다. dsRNA 분자는 외인성으로 세포에 도입될 수 있다. 외인성 dsRNA는 리보뉴클레아제 단백질 Dicer를 활성화하여 RNAi를 개시하고, Dicer는 dsRNA에 결합하고 절단하여 각 말단에 몇 개의 쌍을 이루지 않은 오버행 염기가 있는 21-25 염기쌍의 이중 가닥 단편을 생성한다. 이들 짧은 이중 가닥 단편을 작은 간섭 RNA(siRNA)라고 호칭한다.

RNAi 제제: 본원에 사용된 바와 같은 용어 "RNAi 제제"는 표적 유전자 및/또는 이의 단백질 생성물의 발현의 억제, 간섭 또는 "사일런싱"을 유도할 수 있는 RNA 분자 또는 이의 유도체를 지칭한다. RNAi 제제는 발현을 녹아웃(사실상 제거 또는 제거)하거나 발현을 녹다운(줄이거나 감소)시킬 수 있다. RNAi 제제는 이에 제한되지 않지만 dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA, 또는 snoRNA일 수 있다.

miR 결합 부위: 본원에 사용된 바와 같이, "miR 결합 부위"는 전체적으로 또는 부분적으로 완전한 또는 부분적 하이브리드화를 통해 마이크로RNA(miR)에 결합할 수 있거나 결합하는 핵산 서열(RNA 또는 DNA, 예를 들어, RNA의 "U" 또는 DNA의 "T"가 상이함)을 포함한다. 전형적으로 이러한 결합은 miR과 miR 결합 부위 사이에서 역 상보체 배향으로 존재한다. 일부 구현예에서, miR 결합 부위는 miR 결합 부위를 암호화하는 AAV 벡터 게놈으로부터 전사된다.

일부 구현예에서, miR 결합 부위는 연속적으로 암호화되거나 전사될 수 있다. 이러한 "miR 결합 부위 시리즈" 또는 "miR BS"는 동일하거나 상이한 핵산 서열을 갖는 2개 이상의 miR 결합 부위를 포함할 수 있다.

페이서: 본원에서 사용되는 바와 같이, "스페이서"는 일반적으로 예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 뉴클레오티드 길이의 임의의 선택된 핵산 서열이고, 이는 2개 이상의 연속 miR 결합 부위 서열 사이에 위치한다. 스페이서는 또한 길이가 10개 초과의 뉴클레오타이드, 예를 들어 20, 30, 40 또는 50개 또는 50개 이상의 뉴클레오타이드일 수 있다.

샘플: 본원에서 사용되는 바와 같이, "샘플" 또는 "생물학적 샘플"이라는 용어는 이의 조직, 세포, 핵산 또는 구성 부분(예를 들어, 혈액, 혈청, 점액, 림프액, 윤활액, 뇌척수액, 타액, 양수, 양막 제대혈, 소변, 질액 및 정액을 포함하나 이에 제한되지 않는 체액)의 서브세트를 지칭한다. 샘플은 이에 한정되는 것은 아니지만, 예를 들면, 혈장, 혈청, 척수액, 림프액, 피부의 외부 부분, 호흡기, 장관, 및 비뇨 생식관, 눈물, 타액, 젖, 혈액 세포, 종양, 기관을 포함한, 조직, 세포 또는 성분 부분의 전체 유기체 또는 하위부분으로부터 제조된 균질물, 동결건조물 또는 추출물, 또는 분획 또는 이의 부분을 추가로 포함할 수 있다. 샘플은 단백질 또는 핵산 분자와 같은 세포 성분을 함유할 수 있는 영양 브로쓰 또는 겔와 같은 배지를 의미한다.

자가-상보적 바이러스 입자: 본원에 사용된 바와 같이, "자가-상보적 바이러스 입자"는 적어도 2개의 구성 요소, 단백질 캡시드 및 캡시드 내에 둘러싸인 자가-상보적 바이러스 게놈으로 구성된 입자이다.

센스 가닥: 본원에서 사용되는 바와 같이, siRNA 분자의 "센스 가닥" 또는 "제2 가닥" 또는 "패신저 가닥"이라는 용어는 안티센스 가닥 또는 제1 가닥에 상보적인 가닥을 지칭한다. siRNA 분자의 안티센스 및 센스 가닥이 하이브리드화하여 듀플렉스 구조를 형성한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, "siRNA 듀플렉스"는 사일런싱을 위해 표적화된 유전자의 mRNA의 약 10-50개 뉴클레오타이드 섹션에 대해 충분한 상보성을 갖는 siRNA 가닥 및 다른 siRNA 가닥과 듀플렉스를 형성하기에 충분한 상보성을 갖는 siRNA 가닥을 포함한다.

유사성: 본원에 사용되는 용어 "유사성" 이란, 중합체성 분자들 사이, 예를 들면, 폴리뉴클레오타이드 분자들 (예를 들면, DNA 분자들 및/또는 RNA 분자들) 사이 및/또는 폴리펩타이드 분자들 사이의 전반적인 관련성을 의미한다. 중합체성 분자들 서로의 퍼센트 유사성의 계산은 퍼센트 유사성의 계산이 당해 분야에서 이해되는 바와 같이 보존적 치환을 고려하는 것을 제외하고는 퍼센트 동일성의 계산과 동일한 방식으로 수행될 수 있다.

짧은 간섭 RNA 또는 siRNA: 본원에서 사용되는 용어 "짧은 간섭 RNA", "작은 간섭 RNA" 또는 "siRNA"는 약 5-60개의 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체)를 포함하는 RNA 분자(또는 RNA 유사체)를 의미하며, 이는 RNAi를 지시하거나 매개할 수 있다. 바람직하게는, siRNA 분자는 약 15-30개 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 유사체, 예를 들어, 약 16-25개 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체), 약 18-23개 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체), 약 19-22개 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체) (예를 들어, 19, 20, 21 또는 22개의 뉴클레오타이드 또는 뉴클레오타이드 유사체), 약 19-25개의 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체), 및 약 19-24개의 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체)를 포함한다. 용어 "짧은" siRNA는 5-23개의 뉴클레오타이드, 바람직하게는 21개의 뉴클레오타이드(또는 뉴클레오타이드 유사체), 예를 들어 19, 20, 21 또는 22개의 뉴클레오타이드를 포함하는 siRNA를 지칭한다. 용어 "긴" siRNA는 24-60개의 뉴클레오타이드, 바람직하게는 약 24-25개 뉴클레오타이드, 예를 들어 23, 24, 25 또는 26개의 뉴클레오타이드를 포함하는 siRNA를 지칭한다. 짧은 siRNA는 일부 경우에 19개 미만의 뉴클레오타이드, 예를 들어 16, 17 또는 18개 뉴클레오타이드, 또는 5개 미만의 뉴클레오타이드를 포함할 수 있고, 단 보다 짧은 siRNA는 RNAi를 매개하는 능력을 보유한다. 마찬가지로, 긴 siRNA는 일부 경우에는 26개 초과의 뉴클레오타이드, 예를 들어, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 55 또는 심지어 60개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있고. 단, 보다 긴 siRNA는 추가 프로세싱, 예를 들어 효소 처리 부재하에 RNAi 또는 해독 억제를 중재하는 능력을 보유한다. siRNA는 단일 가닥 RNA 분자(ss-siRNA) 또는 하이브리드화하여 siRNA 듀플렉스로 불리우는 듀플렉스 구조를 형성하는, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 RNA 분자(ds-siRNA)일 수 있다.

대상체: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "대상체" 또는 "환자"는 예를 들어 실험, 진단, 예방 및/또는 치료 목적을 위해 개시내용에 따른 조성물이 투여될 수 있는 임의의 유기체를 지칭한다. 전형적인 대상체는 동물 (예를 들면, 마우스, 래트, 토끼, 비-사람 영장류 및 사람) 및/또는 식물을 포함한다.

실질적으로: 본원에 사용되는 용어 "실질적으로" 란, 관심대상의 특징 또는 특성의 총 또는 거의 총 크기 또는 정도를 나타내는 정성적 상태를 의미한다. 생물학 기술 분야의 통상의 기술자는 생물학적 및 화학적 현상이 설령 가능하더라도 드물게 완료되고/되거나 완성도까지 진행하거나 절대적인 결과를 달성하거나 회피하는 것을 이해할 것이다. 따라서, 용어 "실질적으로" 란, 본원에 사용되어 다수의 생물학적 및 화학적 현상에 내재하는 완성도의 잠재적 부족을 포괄한다.

표적화 펩타이드: 본원에서 사용되는 바와 같이, "표적화 펩타이드"는 길이가 3-20개 아미노산인 펩타이드를 지칭한다. 이들 표적화 펩타이드는 모 단백질의 특징(예를 들어, 향성)을 변경하기 위해 모체 아미노산 서열에 삽입되거나 부착될 수 있다. 비제한적 예로서, 표적화 펩타이드는 목적하는 세포 유형, 조직, 기관 또는 유기체에 대한 증진된 표적화를 위해 AAV 캡시드 서열에 삽입될 수 있다. 표적화 펩타이드는 모체 폴리뉴클레오타이드 서열에 유사하게 삽입될 수 있는 표적화 폴리뉴클레오타이드에 의해 암호화됨을 이해해야 한다. 따라서, "표적화 서열"은 적절한 모체 서열(각각 아미노산 또는 폴리뉴클레오타이드)로 삽입하기 위한 펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드 서열을 지칭한다.

표적 세포: 본원에 사용된 바와 같은, "표적 세포" 또는 "표적 조직"은 관심 대상의 임의의 하나 이상의 세포를 지칭한다. 세포는 시험관내, 생체내, 동일반응계내 또는 유기체의 조직 또는 기관에서 발견될 수 있다. 유기체는 동물, 바람직하게는 포유동물, 보다 바람직하게는 사람, 가장 바람직하게는 환자일 수 있다.

치료제: 용어 "치료제" 란, 대상체에게 투여될 때, 치료적, 진단적 및/또는 예방적 효과를 가지고/거나 목적하는 생물학적 및/또는 약리학적 효과를 유도하는 임의의 제제를 의미한다.

치료학적 유효량: 본원에 사용되는 용어 "치료학적 유효량" 이란, 감염, 질환, 장애 및/또는 상태를 앓고 있거나 이들에 걸리기 쉬운 대상체에게 투여될 때, 감염, 질환, 장애 및/또는 상태의 증상을 치료 또는 개선하거나 이들의 발생을 진단, 예방 및/또는 지연시키기에 충분한 전달될 제제 (예를 들면, 핵산, 약물, 치료제, 진단제, 예방제 등) 의 양을 의미한다. 일부 구현예에서, 치료학적 유효량은 단일 용량으로 제공된다.

치료학적으로 유효한 결과: 본원에 사용되는 용어 "치료학적으로 유효한 결과" 란, 감염, 질환, 장애 및/또는 상태를 앓고 있거나 이들에 걸리기 쉬운 대상체에서 감염, 질환, 장애 및/또는 상태의 증상을 치료 또는 개선하거나 이들의 발생을 진단, 예방 및/또는 지연시키기에 충분한 결과를 의미한다.

치료: 본원에 사용되는 용어 "치료" 란, 특정 감염, 질환, 장애 및/또는 상태의 하나 이상의 증상 또는 특징의 개시를 부분적으로 또는 완전히 완화, 개선, 향상, 경감 또는 지연시키거나 이들의 진행을 억제하거나, 이들의 중증도를 감소시키고/거나 이들의 발생을 감소시키는 것을 의미한다. 예를 들면, 암의 "치료"란, 종양의 생존, 성장 및/또는 확산을 억제하는 것을 의미한다. 치료제는 질환, 장애 및/또는 상태의 징후를 나타내지 않는 대상체에게 및/또는 질환, 장애 및/또는 상태와 관련된 병변을 발생시킬 위험을 감소시킬 목적으로 질환, 장애 및/또는 상태의 조기 징후만을 나타내는 대상체에게 투여될 수 있다.

변이체: 본원에서 사용되는 용어 "변이체"는 실질적으로 동일한 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열을 갖는 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드를 지칭하고, 예를 들어, 참조 서열에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 변이체는 기능성 변이체이다.

기능성 변이체: 본원에서 사용되는 용어 "기능적 변이체"는 참조 서열의 적어도 하나의 활성을 갖는 폴리펩타이드 변이체 또는 폴리뉴클레오타이드 변이체를 지칭한다.

삽입 변이체: 폴리펩타이드를 언급할 때 "삽입 변이체"는 예를 들어 아미노산 서열의 위치에 바로 인접하거나 후속하여 하나 이상의 아미노산이 삽입된 변이체이다. 아미노산에 "바로 인접한" 또는 "즉시 후속하는"은 아미노산의 알파-카복시 또는 알파-아미노 기능성 그룹에 연결된 것을 의미한다.

결실 변이체: 폴리펩타이드를 언급할때 "결실 변이체"는 참조 단백질로부터 하나 이상의 아미노산이 결실된 변이체이다.

벡터: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "벡터"는 이종성 분자의 캐리어로서 수송, 형질도입 또는 달리 작용하는 임의의 분자 또는 모이어티를 지칭한다. 일부 구현예에서, 벡터는 플라스미드일 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는 바이러스일 수 있다. AAV 입자는 벡터의 예이다. 본원 개시내용의 벡터는 재조합적으로 생성될 수 있고 아데노 관련 바이러스(AAV) 모체 또는 참조 서열에 기초할 수 있고/있거나 이를 포함할 수 있다. 이종성 분자는 폴리뉴클레오타이드 및/또는 폴리펩타이드일 수 있다.

바이러스 게놈: 본원에서 사용되는 용어 "바이러스 게놈" 또는 "벡터 게놈"은 AAV 입자에 캡슐화된 핵산 서열(들)을 지칭한다. 바이러스 게놈은 페이로드를 암호화하는 적어도 하나의 페이로드 및 적어도 하나의 ITR을 갖는 핵산 서열을 포함한다.

등가물 및 범위

본원에 인용된 각각의 및 모든 특허, 특허 출원 및 간행물의 개시 내용은 전문이 본원에 참조로 인용된다. 당업자는 단지 일상적인 실험을 사용하여 본원에 기재된 본원 개시내용의 특정 구현예에 대한 많은 등가물을 인지하거나 확인할 수 있을 것이다.　 본원 개시내용의 범위는 상기로 제한되는 것이 아니라 첨부된 특허청구범위에 기재된 바와 같다.

또한, 종래 기술에 속하는 본 발명의 임의의 특정 구현예는 임의의 하나 이상의 청구범위로부터 명시적으로 제외될 수 있음을 이해해야 한다.　 이러한 실시형태는 통상의 기술자에게 알려져 있는 것으로 간주되기 때문에, 배제가 본원에서 명시적으로 설명되지 않을 지라도, 이들은 배제될 수 있다.　 본원 개시내용의 조성물의 임의의 특정 구현예(예를 들어, 임의의 항생제, 치료학적 또는 활성 성분; 임의의 생산 방법; 임의의 사용 방법 등)는 선행 기술의 존재와 관련이 있는지의 여부에 관계없이 임의의 이유로 하나 이상의 청구항으로부터 제외될 수 있다.

사용된 단어는 제한이라기보다는 설명의 단어이며, 더 넓은 측면에서 본 발명의 진정한 범위 및 정신을 벗어나지 않고 첨부된 청구 범위 내에서 변경이 이루어질 수 있음을 이해해야 한다.

본원 개시내용이 여러 기재된 실시예에 대해 어느 정도 구체적으로 설명되었지만, 임의의 이러한 특정 또는 구현예 또는 임의의 특정 구현예로 제한되어야 하는 것으로 의도되지 않고, 참조로 해석되어야 하고, 선행 기술의 관점에서 그러한 청구범위의 가장 넓은 가능한 해석을 제공하고 따라서 본원 개시내용의 의도된 범위를 효과적으로 포함한다.

본원 개시내용은 하기 비제한적 실시예에 의해 추가로 설명된다.

실시예

실시예 1 펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리 구성

펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리는 이에 제한되지 않지만 5-량체, 6-량체, 7-량체 및/또는 9-량체 아미노산과 같은 무작위 n-량체 미노산을, AAV5, AAV6, 또는 AAV-DJ8 뿐만 아니라 AAV9 캡시드 및/또는 이의 변이체를 포함하는, 임의의 AAV 캡시드 혈청형의 표면에 노출된 초가변 루프 I, 루프 IV, 루프 VI 및/또는 루프 VIII 영역에 삽입함으로써 구성된다. 펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리를 암호화하는 유전자는 목적하는 향성, 예를 들어, 뉴런 특이적 시냅신 프로모터(SYN 또는 Syn) 또는 성상세포 특이적 GFAP 프로모터에 따라 임의의 프로모터의 제어하에 있다.

펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리는 n-량체 펩타이드 삽입(들)이 슬라이딩 윈도우 알고리즘을 사용하여 매핑된 삽입 위치(들)과 함께 연속(또는 계속) 디자인 및/또는 비연속(또는 비계속), 또는 분할 디자인, 또는 이들의 조합을 따르도록 추가로 구성된다. 비제한적 예로서, 펩타이드 삽입은 임의의 아미노산 위치, 예를 들어 아미노산 454-461에서 기원하는 슬라이딩 윈도우를 갖는 AAV9 6-량체 연속 펩티드 삽입일 수 있다. 또 다른 비제한적 예로서, 펩타이드 삽입은 임의의 아미노산 위치, 예를 들어 아미노산 586-588에서 기원하는 슬라이딩 윈도우를 갖는 AAV9 3-량체 분할 디자인 또는 연속 펩타이드 삽입일 수 있다. 여전히 또 다른 비제한적 예로서, 펩타이드 삽입은 임의의 아미노산 위치, 예를 들어 아미노산 585-590에서 기원하는 슬라이딩 윈도우를 갖는 AAV9 6-량체 및/또는 7-량체 펩타이드 연속 펩타이드 삽입일 수 있다.

임의의 수의 이러한 구성된 펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리는 비-인간 영장류(NHP) 세포 및/또는 대상체를 포함하는 세포 및/또는 대상에서 풀링될 수 있고, 임의의 VG/세포 및/또는 VG/대상체 용량에서 IV 및/또는 ICM 주사를 포함하지만 이에 제한되지 않는 임의의 경로를 통해 임의의 조직(예를 들어, 중추 신경계 조직)에 투여될 수 있다. 비제한적 예로서, 6개의 구성된 펩타이드 디스플레이 캡시드 라이브러리가 풀링되고 용량 1x10¹⁴ VG/NHP의 정맥내 투여를 통해 NHP의 중추신경계에 투여된다. 또 다른 비제한적 예로서, 6개의 라이브러리가 풀링되고 뇌실내 투여, 예를 들어, 비제한적으로 2x10¹³ 용량의 VG/NHP의 수조 내 마그나 주사(ICM)인 뇌실내 투여를 통해 NHP의 중추신경계에 투여된다.

실시예 2. 비-사람 영장류 AAV 캡시드 라이브러리의 동정 및 디자인

비-사람 영장류(NHP)에서 증가된 신경계 조직 형질도입을 위한 TRACER RNA 구동 라이브러리 선택은 WO2020072683(이의 내용은 본원에 이의 전문이 참조로 인용되고, 특히 TRACER 방법과 관련하여 인용된다)에 기재된 것들과 유사하거나 동등한 방법에 따라 개발되고 수행된다.

생성된 AAV 라이브러리, 예를 들어, AAV9 라이브러리는 동물당 소정의 VG 용량(들)에서 NHP에 대한 임의의 경로에 의해 투여된다. NHP의 다수의 그룹은 야생형 AAV9 플랭킹 서열에서 유래된 프로모터 구동(예를 들어, SYN 구동 또는 GFAP 구동) 라이브러리에 투여되는 반면, 다른 그룹은 야생형, PHP.eB 유래되거나 다른 AAV 혈청형 서열을 함유하는 풀링된 라이브러리를 수용한다. 일정 기간 후, RNA는 이에 제한되지 않지만 척수 및 뇌 조직과 같은 조직으로부터 추출된다. RNA 제조는 mRNA 농축에 적용된다. 농축된 mRNA는 cDNA로 역 전사된다. cDNA를 증폭시킨다. 상기 방법은 조직 샘플로부터 풍부한 앰플리콘의 회수를 가능하게 한다.

전장 캡시드 앰플리콘은 NGS 라이브러리 생성을 위한 주형으로 사용되고, 다음 또는 후속 바이오패닝 라운드(들)(도 1a 및 도 1b)를 위해 DNA 라이브러리로 클로닝된다. 임의의 라운드 수의 AAV 선택은 수행될 수 있다. 특유의 캡시드 변이체의 총 수는 AAV 선택 라운드에 걸쳐 배수 양(fold amount)에 의해 감소될 수 있다. 캡시드 라이브러리는 본원에 기재된 임의의 다른 캡시드 라이브러리와 임의의 단계에서 풀링되거나 조합될 수 있다.

RNA 회수 및 PCR 증폭 후, NGS에 의한 체계적인 농축 분석이 수행된다. 벤치마크 및 서열 수렴에 대한 비교를 포함하는 캡시드 농축 비율이 평가된다.

펩타이드 라이브러리 후보물은 본원에 기재된 임의의 방법을 사용하여 평가되고 최적화되며, 예를 들어, 이의 내용의 전문이 본원에 참조로 인용되고, 특히 실시예 8, 9 및 10의 요지와 관련하여 인용되는 WO2020072683에 기재된 것과 유사하거나 동등한 방법을 사용하여 수행된다. 최상위 등급 펩타이드 변이체는 이의 내용의 전문이 본언에 참조로 인용되고, 특히 실시예 10, 12 및 13의 요지와 관련하여 인용되는 WO2020072683에 기재된 바와 같이 생성되고 형질도입 효능이 평가된다.

실시예 3. 직교 전개 AAV 캡시드 라이브러리의 동정 및 디자인

본 연구는 직교 전개의 용도를 포함하고, AAV 입자가 상이한 종 및/또는 변종으로부터 기원할 수 있는 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 AAV 선택의 제1 라운드를 위해 투여될 수 있고, 임의의 수의 추가, 즉, 후속 AAV 선택 라운드는 상이한 종 및/또는 변종에서 기원할 수 있는 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 또는 도 2에 나타낸 바와 같이, 동일한 종 및/또는 변종으로부터 기원할 수 있는 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체-유형의 세트에 걸쳐 수행된다.

상이한 종 및/또는 변종으로부터 기원할 수 있는 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체 유형의 세트의 증가된 신경계 조직 형질도입을 위한 ATRACER 기반 RNA 구동 라이브러리 선택은 이의 내용의 전문이 참조로 인용되고 특히 실시예 7의 요지와 관련하여 인용된 WO2020072683에 기재된 것들과 유사하거나 동등한 방법에 따라 개발되고 수행된다. 예를 들어, 생성된 AAV 라이브러리, 예를 들어 AAV9 라이브러리는 대상체 및/또는 세포 당 소정의 VG 용량(들)에서, 비-사람 영장류 (NHP), 설치류(예를 들어, 래트) 및/또는 세포(예를 들어, 사람 뇌 미세혈관 내피 세포, 또는 hBMVEC)에 임의의 경로에 의해 제1 라운드의 AAV 선택 (바이오패닝)을 위해 투여된다. NHP, 설치류 및/또는 세포의 다수의 그룹은 야생형 AAV9 서열로부터 유래된 프로모터 구동(예를 들어, SYN 구동 또는 GFAP 구동) 라이브러리에 투여되는 반면, 다른 그룹은 야생형, PHP.eB 유래되거나 다른 AAV 혈청형 서열을 함유하는 풀링된 라이브러리를 수용한다. 일정 기간 후, RNA는 이에 제한되지 않지만 척수 및 뇌 조직과 같은 조직으로부터 추출된다. RNA 제조는 mRNA 농축에 적용된다. 농축된 mRNA는 cDNA로 역 전사된다. cDNA를 증폭시킨다. 상기 방법은 조직 샘플로부터 풍부한 앰플리콘의 회수를 가능하게 한다.

전장 캡시드 앰플리콘은 NGS 라이브러리 생성을 위한 주형으로 사용되고, 다음 또는 후속 바이오패닝 라운드를 위해 DNA 라이브러리로 클로닝된다. 바이오패닝의 후속 라운드는 상기된 제1 라운드에 사용된 바와 같이 상이한 종 및/또는 변종으로부터 기원할 수 있는 임의의 수의 세포 및/또는 대상 유형의 세트에 걸쳐 수행되거나 상기된 제1 라운드에 사용된 바와 동일한 종 및/또는 변종으로부터 기원할 수 있는 임의의 수의 세포- 및/또는 대상체 유형의 세트에 걸쳐 수행된다. 임의의 수의 선택 라운드가 수행된다. 특유의 캡시드 변이체의 총 수는 AAV 선택 라운드에 걸쳐 배수 양(fold amount)에 의해 감소될 수 있다. 캡시드 라이브러리는 풀링될 수 있거나 본원에 기재된 임의의 다른 캡시드 라이브러리와 조합될 수 있다(도 2).

RNA 회수 및 PCR 증폭 후, NGS에 의한 체계적인 농축 분석이 수행된다. 벤치마크 및 서열 수렴에 대한 비교를 포함하는 캡시드 농축 비율이 평가된다.

펩타이드 라이브러리 후보물은 본원에 기재된 임의의 방법을 사용하여 평가되고 최적화되며, 예를 들어, 이의 내용의 전문이 본원에 참조로 인용되는 WO2020072683에 기재된 것과 유사하거나 동등한 방법을 사용하여 수행된다. 최상위 등급 펩타이드 변이체는 WO2020072683에서와 같이 생성되고 형질도입 효능이 평가된다.

실시예 4. TRACER AAV 라이브러리의 NHP 고속처리 스크리닝

WO2020072683에 기재된 TRACER 기반 방법(이의 내용은 전문이 본원에 참조로 인용됨)은 비사람 영장류(NHP)에 사용하기 위해 조정되었다. 도 2에 예시된 바와 같이 직교 전개 접근법(예를 들어, NHP 및 BMVEC)은 도 3에 나타낸 바와 같이 NHP에서 NGS에 의한 고속처리 스크리닝과 조합하였다. 간략하게 도 4에 나타낸 바와 같이 시냅신 또는 GFAP 프로모터에 의해 구동된 AAV9/AAV5 출발 라이브러리는 생체내 AAV 선택(바이오패닝)을 위해 비-사람 영장류 (NHP)에 정맥내로 투여하였고, 이는 반복적으로 수행하였다. 모든 라이브러리는 동물당 1e14VG의 용량(대략 3e13 VG/kg)으로 정맥내 주사하였다. 직교적으로, 동일한 출발 라이브러리를 사용하여 hBMVEC 세포에서 바이오패닝을 수행하였다. NHP에서의 제2 라운드의 바이오패닝에서는 시냅신 프로모터에 의해 구동되는 라이브러리만이 사용되었다. 일정 기간(예를 들어, 1개월) 후 신경 조직, 예를 들어, 뇌 및 척수로부터 RNA를 추출하였다. RNA 회수 및 RT-PCR 증폭 후, 체계적인 NGS 농축 분석을 수행하고 표 1에 나타낸 표적화 펩타이드를 동정하였다. 예를 들어, P2/P1 판독의 비율을 계산하고 벤치마크 (예를 들어, AAV9)와의 비교를 포함하는 캡시드 농축 비율을 평가하였다.

벤치마크 AAV9에 비해 표 1의 표적화 펩타이드에 대한 P3 NHP 뇌에서 후보물 라이브러리 농축 데이터는 표 7에 나타낸다. 데이터는 배수 농축으로서 제공된다. 51개 변이체는 AAV9보다 10배 초과의 농축을 보여주었다. AAV9에 비해 0.0 농축을 갖는 변이체는 표 7에 포함되지 않는다.

[표 7] NHP NGS AAV9 농축

NHP 바이오패닝으로부터의 표적화 펩타이드 변이체의 서브세트는 AAV9 및 PHP.B 대조군에 비해 매우 강력하고 일관된 농축을 보여주었다. 추가로, 서열번호 1725의 표적화 펩타이드는 뇌에서 AAV9에 비해 강한 농축을 보여줄 뿐만 아니라, 이것이 척수에서 AAV9에 비해 125.6배 농축을 유도함으로써 척수에서도 강한 농축을 보여주었다. 최소 신뢰할 수 있는 변이체를 제거한 후, AAV9에 비해 7배에서 >400배 범위의 농축 인자를 가진 22개 변이체 세트가 동정되었다. 이들은 병렬로 스크리닝된 비합성 PCR 증폭 라이브러리에 대해 상호 참조되었고 12개의 후보물운 검정 둘 다에서 신뢰할 수 있는 농축 및 높은 일관성을 보여주었다. 이들 중에서, 검정 둘 다에서 최고 농축 스코어를 갖고 동물 및 조직에 걸쳐 최고 일관성을 가진 5개의 후보물이 개별 평가를 위해 유지되었다. 후보물 캡시드는 상기 표 3에 나타낸 바와 같이 TTD-001, TTD-002, TTD-003, TTD-004 및 TTD-005으로 표지시켰다.

NHP에서 AAV9 펩타이드 삽입 라이브러리의 3라운드 스크리닝 후, 많은 캡시드가 혈액 뇌 장벽(BBB)의 침투에서 이들의 모체 캡시드 AAV9을 능가하였다. 표적화 펩타이드를 포함하는 일부 캡시드는 동일한 동물로부터의 상이한 뇌 조직 샘플 및 상이한 동물 둘 다에 걸쳐 높은 농축 스코어 및 높은 일관성을 나타내었다. NNK 및 NNM 코돈 둘 다에서 일관성이 또한 관찰되었다. 22개 캡시드 변이체는 뇌 조직에서 AAV9와 비교하여 7배 내지 >400배 범위의 농축 인자를 나타냈다. 이들 변이체의 대부분은 또한 척수에서 AAV9보다 최대 125배 높은 농축 인자를 입증하였다. 이들 중에서, 다양하게 삽입된 서열을 갖는 5개 후보물은 개별 캡시드로서 추가의 평가를 위해 선택하였다.

실시예 5. 개별 캡시드 특징 분석

이들 실험의 목표는 NHP(시노몰구스 마카쿠에(cynomolgus macaque))에 혈관내 주입 후 AAV9에 대한 실시예 4에 기재된 연구로부터 선택된 5개의 캡시드 후보물 각각의 형질도입 수준 및 공간 분포를 결정하는 것이었다. 5개의 선택된 캡시드 후보물은 상기 표 3에 명시된 바와 같이 TTD-001 (표적화 펩타이드 서열번호 1725 또는 3648을 포함하는 서열번호 3623 및 3636), TTD-002 (표적화 펩타이드 서열번호 1726 또는 3649를 포함하는 서열번호 3623, 3625, 및 3637), TTD-003 (표적화 펩타이드 서열번호 1729 또는 3650을 포함하는 서열번호 3626 및 3638), TTD-004 (표적화 펩타이드 서열번호 1760 또는 3651을 포함하는 서열번호 3627 및 3639) 및 TTD-005 (표적화 펩타이드 서열번호 1769 또는 3652를 포함하는 서열번호 3629 및 3641)이었다.

AAV 입자는 HA 태그(페이로드-HA)에 융합된 페이로드를 암호화하는 전이유전자를 캡슐화하고 HEK293T 세포에서 삼중 형질감염에 의해 전장 CMV/닭 베타 액틴 프로모터에 의해 구동되는 각각의 5개 캡시드로 생성되었고 약제학적으로 허용되는 용액으로 제형화하였다.

각각의 시험 캡시드 및 AAV9 대조군은 2e13 VG/kg의 용량으로 AAV 입자 제형을 2마리의 NHP 암컷에게 정맥내 제공함으로써 시험하였다. 수명 기간은 14일이었고, 전이유전자 mRNA, 전이유전자 단백질 및 바이러스 DNA(생체분포)의 정량화를 위해 CNS 및 말초 조직 배터리를 수거하였다. 샘플을 또한 수거하고, 면역조직화학 염색을 위해 고정화시키고 파라핀 포매하였다.

qRT-PCR 및 RT-ddPCR에 의한 RNA 정량의 1차 통과 스크리닝에서 총 RNA는 뇌의 다양한 영역(피질, 선조체, 해마, 소뇌), 척수 섹션, 간 및 심장의 3mm 펀치에서 추출되었고, 합성 CAG 엑손-엑손 접합에 특이적인 독점 Taqman 세트를 사용하여 qRT-PCR로 분석하였다. 하우스키핑 유전자로는 시노몰구스 TBP(TATA 박스-결합 단백질)를 사용하였다. 데이터는 도 6a, 도 6b, 및 도 6c에 나타낸다.

TRACER 캡시드는 적어도 한 마리의 동물에서 AAV9에 비해 모든 뇌 영역에서 RNA 발현의 증가를 보여주었다. 캡시드 TTD-003 및 TTD-004(다양한 해부학적 위치에 따라 8배 내지 200배)에서 뇌 형질도입이 가장 높고 가장 일관된 증가가 관찰되었다. 상기 초기 스크리닝에서 TTD-001은 시차를 둔 동물 투여로 인해 평가되지 않았다. 전체 뇌 절편(여러 영역의 평균에 해당)에서 대략 10~12배 증가가 일관되게 관찰되었고, 이는 차세대 서열분석(NGS) 검정에서 표시된 값과 일치하였다. 데이터 강건성을 높이기 위해, qRT-PCR과 병행하여 액적 디지털 RT-PCR(ddPCR)을 수행하였고, 도 7에 나타낸 바와 같이 qPCR 데이터가 나타내는 경향을 확인하였다.

흥미롭게도, 척수 및 후근 신경절에서 수행된 RNA 정량화는 캡시드 변이체 간의 중요한 차이점을 지적하였다. 척수 형질도입 프로필은 TTD-003 및 TTD-004 캡시드에서 강하고 일관된 증가와 함께 뇌와 일치했지만 흥미롭게도 DRG 형질도입은 TTD-004 캡시드의 실질적인 탈표적화를 시사한 반면 TTD-003 캡시드는 도 8에 도시된 바와 같이 강하게 증가된 RNA 발현을 보여주었다.

총 DNA는 RNA와 동일한 뇌 조직에서 추출되었고, CMV 프로모터 서열에 특이적인 Taqman 세트를 사용하여 ddPCR로 생체 분포를 측정하였다. RNAseP 유전자는 카피수 참조로서 사용하였다. 세포 당 벡터 게놈(VG) 값은 qPCR 및 ddPCR 둘 다에 의해 결정하였다. 증가된 생체분포는 대부분의 뇌 영역에서 TTD-004 캡시드에 대해 관찰되었지만, 놀랍게도 다른 후보물 중 어느 것도 AAV9와 비교하여 상당한 증가를 나타내지 않았다. RNA 정량화 데이터와의 이러한 명백한 모순은 일부 캡시드가 CNS 실질에서 엄격한 벡터 전위보다는 부착 후 기전에서 AAV9보다 개선된 특성을 나타낼 수 있음을 시사할 수 있다. 흥미롭게도, DNA 분석은 DRG로부터의 TTD-004 캡시드의 실질적인 탈표적화를 확인하였다(도 9a-9d).

캡시드 변이체 TTD-004의 거동을 추가로 조사하기 위해, 심방, 심실, 대퇴사두근, 간(좌우) 및 횡경막에서 수거한 조직에서 바이러스 게놈(VG) 정량화를 완료하고 동일한 조직 내 AAV9에 의해 전달된 바와 같은 벡터 게놈 존재와 비교하였다. 데이터는 도 10a 및 10b에 나타낸다.

TTD-003 및 TTD-004의 경우, 초기 면역조직화학적 분석은 치상핵을 포함하여 소뇌 조직에서 AAV9 전달에서 보이는 것보다 더 큰 정도로 페이로드-HA의 존재를 입증하였다. 면역조직화학은 TTD-003 및 AAV9와 비교하여 캡시드 변이체 TTD-004에 대한 후근 신경절의 탈표적화를 확인하였다.

각각의 변이체에 대한 데이터는 하기 표 8 및 각각 도 11a-11b 및 도 12a-12b에 나타낸 바와 같이 조직당 캡시드 변이체당 평균 mRNA(TBP에 대한 배수) 또는 DNA(세포당 VG) 정량화로서 수집되었다.

[표 8] 예시적인 캡시드 변이체의 특징 분석

AAV9에 대한 배수로서 계산되는 경우, 데이터는 하기 표 9 및 도 13a-13b 및 도 14a-14b에 나타낸 바와 같다.

[표 9] 예시적인 캡시드 변이체의 특징 분석

캡시드 변이체 TTD-001은 AAV9에 비해 뇌에 전달되는 페이로드-HA 수준이 5,000배 초과로 증가했으며 qRT-PCR로 측정하고 TBP로 정규화하였다. 측정된 모든 CNS 조직에서 TTD-001은 AAV9에 비해 페이로드-HA의 전달이 극적으로 증진되었음을 보여주었다.

표 8 및 9에 명시된 척수 및 후근 신경절 측정의 그래프는 도 15a-15b, 도 16a-16b, 도 17a-17b, 및 도 18a-18b에 나타낸다.

고정화된 뇌 조직의 면역조직화학은 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비핵의 TTD-001에 의해 시험된 NHP 둘 다에서 극적인 형질도입을 밝혔다. 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 해마, 시상 및 조가비핵의 AAV9 형질도입은 비교시 무시할만한 수준으로 나타났다. 따라서 TTD-001은 NHP에서 정맥 투여 후 뇌에서 광범위하고 강력한 발현 및 분포를 입증하였다. 후근 신경절에서, TTD-001 및 AAV9 둘 다는 유사한 IHC 패턴을 보여주었다. 이들 염색의 이미지는 도 19a-19e에 나타낸다.

캡시드 변이체 TTD-004(위에서 언급한 바와 같음)의 DRG 탈표적화 특성에 대한 면역조직화학적 지지는 도 20a-20b에 나타낸다.

변이체 캡시드 또는 AAV9에 의해 말초 조직으로 전달된 바이러스 게놈의 생체분포의 그래프는 도 21a-21b에 나타낸다.

실시예 6. 심장에서 개별 캡시드 특징 분석

본 실시예는 심장 근육에서 TTD-001(서열 번호 1725 또는 3648을 포함하는 서열 번호 3623 및 3636) 및 TTD-004(표적화 펩타이드 서열번호 1760 또는 3651을 포함하는 서열 번호 3627 및 3639) 캡시드 변이체의 형질도입 수준 및 공간 분포를 특징으로 한다.

AAV 입자는 TTD-001 및 TTD-004 캡시드 변이체 또는 야생형 AAV9 캡시드 폴리펩타이드 대조군 각각으로 생성되었고, HA 태그(페이로드-HA)에 융합된 페이로드를 암호화하는 전이유전자를 캡슐화하고 전장 CMV/닭 베타 액틴 프로모터에 의해 구동된다. TTD-001 또는 TTD-004 캡시드 변이체 또는 야생형 AAV9 캡시드 대조군을 포함하는 AAV 입자를 2e13 VG/kg의 용량으로 2마리의 암컷 NHP에 정맥내 투여하였다. AAV 입자의 투여 후 14일째에, 심장 조직을 수거하고, 면역조직화학적 염색을 위해 고정화하고, 파라핀 포매하였다. 조사된 AAV 캡시드 변이체의 형질도입 및 분포를 가시화하기 위해 심장 조직을 염색하기 위해 항-HA 항체(Cell Signal Technology)를 사용하였다. 좌심실 및 우심실 샘플 둘 다를 수거하고 분석하였다.

도 22a-22c에 도시된 바와 같이, 고정화된 심장 조직 및 심근 세포의 면역조직화학은 좌심실(도 22b) 및 우심실(도 22c)에서 TTD-001 및 TTD-004 둘 다에 의한 형질도입을 입증하였다. 그러나, 증가된 IHC 염색에 의해 입증되는 바와 같이, TTD-001 및 야생형 AAV9 대조군과 비교하여, TTD-004는 심장의 좌심실 및 우심실 영역에서 가장 큰 형질도입을 유도하였다. TTD-001 및 야생형 AAV9 대조군은 유사한 IHC 염색 패턴에 의해 입증되는 바와 같이 심장의 영역 둘 다에서 유사한 수준의 형질도입을 입증하였다. 이들 데이터는 TTD-001 및 TTD-004 캡시드 변이체 둘 다가 페이로드, 예를 들어 본원에 기재된 페이로드를 심장 근육으로 형질도입시키고/시키거나 전달하는 데 사용될 수 있음을 입증한다.

SEQUENCE LISTING <110> VOYAGER THERAPEUTICS, INC. <120> REDIRECTION OF TROPISM OF AAV CAPSIDS <130> 2057.1119PCT <140> <141> <150> 63/122,300 <151> 2020-12-07 <150> 63/023,927 <151> 2020-05-13 <160> 3701 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 743 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide" <400> 1 Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Asn Leu Ser 1 5 10 15 Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Gln Pro 20 25 30 Lys Ala Asn Gln Gln His Gln Asp Asn Ala Arg Gly Leu Val Leu Pro 35 40 45 Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Gly Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 50 55 60 Val Asn Ala Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 65 70 75 80 Gln Gln Leu Lys Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 85 90 95 Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 100 105 110 Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Leu Leu Glu Pro 115 120 125 Leu Gly Leu Val Glu Glu Ala 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DNA <213> Adeno-associated virus 12 <400> 20 ggtaattcct ccggaaattg gcattgcgat tccacatggc tgggcgaccg agtcattacc 60 accagcaccc ggacttgggc cctgcccacc tacaacaacc acctctacaa gcaaatctcc 120 agccaatcgg gtgccaccaa cgacaaccac tacttcggct acagcacccc ttgggggtat 180 tttgatttca acagattcca ctgccatttc tcaccacgtg actggcagcg actcatcaac 240 aacaactggg gattc 255 <210> 21 <211> 2208 <212> DNA <213> Adeno-associated virus 2 <400> 21 atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca ctctctctga aggaataaga 60 cagtggtgga agctcaaacc tggcccacca ccaccaaagc ccgcagagcg gcataaggac 120 gacagcaggg gtcttgtgct tcctgggtac aagtacctcg gacccttcaa cggactcgac 180 aagggagagc cggtcaacga ggcagacgcc gcggccctcg agcacgacaa agcctacgac 240 cggcagctcg acagcggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccga cgcggagttt 300 caggagcgcc ttaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcggacgagc agtcttccag 360 gcgaaaaaga gggttcttga acctctgggc ctggttgagg aacctgttaa gacggctccg 420 ggaaaaaaga ggccggtaga gcactctcct gtggagccag actcctcctc gggaaccgga 480 aaggcgggcc agcagcctgc 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ccaagtggaa ccaccacgca gtcaaggctt 1380 cagttttctc aggccggagc gagtgacatt cgggaccagt ctaggaactg gcttcctgga 1440 ccctgttacc gccagcagcg agtatcaaag acatctgcgg ataacaacaa cagtgaatac 1500 tcgtggactg gagctaccaa gtaccacctc aatggcagag actctctggt gaatccgggc 1560 ccggccatgg caagccacaa ggacgatgaa gaaaagtttt ttcctcagag cggggttctc 1620 atctttggga agcaaggctc agagaaaaca aatgtggaca ttgaaaaggt catgattaca 1680 gacgaagagg aaatcaggac aaccaatccc gtggctacgg agcagtatgg ttctgtatct 1740 accaacctcc agagaggcaa cagacaagca gctaccgcag atgtcaacac acaaggcgtt 1800 cttccaggca tggtctggca ggacagagat gtgtaccttc aggggcccat ctgggcaaag 1860 attccacaca cggacggaca ttttcacccc tctcccctca tgggtggatt cggacttaaa 1920 caccctcctc cacagattct catcaagaac accccggtac ctgcgaatcc ttcgaccacc 1980 ttcagtgcgg caaagtttgc ttccttcatc acacagtact ccacgggaca ggtcagcgtg 2040 gagatcgagt gggagctgca gaaggaaaac agcaaacgct ggaatcccga aattcagtac 2100 acttccaact acaacaagtc tgttaatgtg gactttactg tggacactaa tggcgtgtat 2160 tcagagcctc gccccattgg caccagatac ctgactcgta atctgtaa 2208 <210> 22 <211> 735 <212> PRT <213> Adeno-associated virus 2 <400> 22 Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Thr Leu Ser 1 5 10 15 Glu Gly Ile Arg Gln Trp Trp Lys Leu Lys Pro Gly Pro Pro Pro Pro 20 25 30 Lys Pro Ala Glu Arg His Lys Asp Asp Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro 35 40 45 Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Phe Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 50 55 60 Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 65 70 75 80 Arg Gln Leu Asp Ser Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala 85 90 95 Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 100 105 110 Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Val Leu Glu Pro 115 120 125 Leu Gly Leu Val Glu Glu Pro Val Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 130 135 140 Pro Val Glu His Ser Pro Val Glu Pro Asp Ser Ser Ser Gly Thr Gly 145 150 155 160 Lys Ala Gly Gln Gln Pro Ala Arg Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 165 170 175 Gly Asp Ala Asp Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Leu Gly Gln Pro Pro 180 185 190 Ala 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tcccaaatca aggctgcctt ggacaatgcg ggaaagatta 1140 tgagcctgac taaaaccgcc cccgactacc tggtgggcca gcagcccgtg gaggacattt 1200 ccagcaatcg gatttataaa attttggaac taaacgggta cgatccccaa tatgcggctt 1260 ccgtctttct gggatgggcc acgaaaaagt tcggcaagag gaacaccatc tggctgtttg 1320 ggcctgcaac taccgggaag accaacatcg cggaggccat agcccacact gtgcccttct 1380 acgggtgcgt aaactggacc aatgagaact ttcccttcaa cgactgtgtc gacaagatgg 1440 tgatctggtg ggaggagggg aagatgaccg ccaaggtcgt ggagtcggcc aaagccattc 1500 tcggaggaag caaggtgcgc gtggaccaga aatgcaagtc ctcggcccag atagacccga 1560 ctcccgtgat cgtcacctcc aacaccaaca tgtgcgccgt gattgacggg aactcaacga 1620 ccttcgaaca ccagcagccg ttgcaagacc ggatgttcaa atttgaactc acccgccgtc 1680 tggatcatga ctttgggaag gtcaccaagc aggaagtcaa agactttttc cggtgggcaa 1740 aggatcacgt ggttgaggtg gagcatgaat tctacgtcaa aaagggtgga gccaagaaaa 1800 gacccgcccc cagtgacgca gatataagtg agcccaaacg ggtgcgcgag tcagttgcgc 1860 agccatcgac gtcagacgcg gaagcttcga tcaactacgc agacaggtac caaaacaaat 1920 gttctcgtca cgtgggcatg 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aaggtgcctt tccactcgat gtacgcgcac 1260 agccagagcc tggaccggct gatgaaccct ctcatcgacc agtacctgtg gggactgcaa 1320 tcgaccacca ccggaaccac cctgaatgcc gggactgcca ccaccaactt taccaagctg 1380 cggcctacca acttttccaa ctttaaaaag aactggctgc ccgggccttc aatcaagcag 1440 cagggcttct caaagactgc caatcaaaac tacaagatcc ctgccaccgg gtcagacagt 1500 ctcatcaaat acgagacgca cagcactctg gacggaagat ggagtgccct gacccccgga 1560 cctccaatgg ccacggctgg acctgcggac agcaagttca gcaacagcca gctcatcttt 1620 gcggggccta aacagaacgg caacacggcc accgtacccg ggactctgat cttcacctct 1680 gaggaggagc tggcagccac caacgccacc gatacggaca tgtggggcaa cctacctggc 1740 ggtgaccaga gcaacagcaa cctgccgacc gtggacagac tgacagcctt gggagccgtg 1800 cctggaatgg tctggcaaaa cagagacatt tactaccagg gtcccatttg ggccaagatt 1860 cctcataccg atggacactt tcacccctca ccgctgattg gtgggtttgg gctgaaacac 1920 ccgcctcctc aaatttttat caagaacacc ccggtacctg cgaatcctgc aacgaccttc 1980 agctctactc cggtaaactc cttcattact cagtacagca ctggccaggt gtcggtgcag 2040 attgactggg agatccagaa ggagcggtcc 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aacaccaaca tgtgcgcggt catcgacgga aactcgacca ccttcgagca ccaacaacca 1320 ctccaggacc ggatgttcaa gttcgagctc accaagcgcc tggagcacga ctttggcaag 1380 gtcaccaagc aggaagtcaa agactttttc cggtgggcgt cagatcacgt gaccgaggtg 1440 actcacgagt tttacgtcag aaagggtgga gctagaaaga ggcccgcccc caatgacgca 1500 gatataagtg agcccaagcg ggcctgtccg tcagttgcgc agccatcgac gtcagacgcg 1560 gaagctccgg tggactacgc ggacagattg gctagaggac aacctctctg a 1611 <210> 57 <211> 1872 <212> DNA <213> Adeno-associated virus 4 <400> 57 atgccggggt tctacgagat cgtgctgaag gtgcccagcg acctggacga gcacctgccc 60 ggcatttctg actcttttgt gagctgggtg gccgagaagg aatgggagct gccgccggat 120 tctgacatgg acttgaatct gattgagcag gcacccctga ccgtggccga aaagctgcaa 180 cgcgagttcc tggtcgagtg gcgccgcgtg agtaaggccc cggaggccct cttctttgtc 240 cagttcgaga agggggacag ctacttccac ctgcacatcc tggtggagac cgtgggcgtc 300 aaatccatgg tggtgggccg ctacgtgagc cagattaaag agaagctggt gacccgcatc 360 taccgcgggg tcgagccgca gcttccgaac tggttcgcgg tgaccaagac gcgtaatggc 420 gccggaggcg ggaacaaggt 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gtccctgtat tagcagtcac gtgagtgtcg tatttcgcgg agcgtagcgg agcgcatacc 240 aagctgccac gtcacagcca cgtggtccgt ttgcgacagt ttgcgacacc atgtggtcag 300 gagggtatat aaccgcgagt gagccagcga ggagctccat tttgcccgcg aattttgaac 360 gagcagcagc catgccgggg ttctacgaga tcgtgctgaa ggtgcccagc gacctggacg 420 agcacctgcc cggcatttct gactcttttg tgagctgggt ggccgagaag gaatgggagc 480 tgccgccgga ttctgacatg gacttgaatc tgattgagca ggcacccctg accgtggccg 540 aaaagctgca acgcgagttc ctggtcgagt ggcgccgcgt gagtaaggcc ccggaggccc 600 tcttctttgt ccagttcgag aagggggaca gctacttcca cctgcacatc ctggtggaga 660 ccgtgggcgt caaatccatg gtggtgggcc gctacgtgag ccagattaaa gagaagctgg 720 tgacccgcat ctaccgcggg gtcgagccgc agcttccgaa ctggttcgcg gtgaccaaga 780 cgcgtaatgg cgccggaggc gggaacaagg tggtggacga ctgctacatc cccaactacc 840 tgctccccaa gacccagccc gagctccagt gggcgtggac taacatggac cagtatataa 900 gcgcctgttt gaatctcgcg gagcgtaaac ggctggtggc gcagcatctg acgcacgtgt 960 cgcagacgca ggagcagaac aaggaaaacc agaaccccaa ttctgacgcg ccggtcatca 1020 ggtcaaaaac ctccgccagg tacatggagc tggtcgggtg gctggtggac cgcgggatca 1080 cgtcagaaaa gcaatggatc caggaggacc aggcgtccta catctccttc aacgccgcct 1140 ccaactcgcg gtcacaaatc aaggccgcgc tggacaatgc ctccaaaatc atgagcctga 1200 caaagacggc tccggactac ctggtgggcc agaacccgcc ggaggacatt tccagcaacc 1260 gcatctaccg aatcctcgag atgaacgggt acgatccgca gtacgcggcc tccgtcttcc 1320 tgggctgggc gcaaaagaag ttcgggaaga ggaacaccat ctggctcttt gggccggcca 1380 cgacgggtaa aaccaacatc gcggaagcca tcgcccacgc cgtgcccttc tacggctgcg 1440 tgaactggac caatgagaac tttccgttca acgattgcgt cgacaagatg gtgatctggt 1500 gggaggaggg caagatgacg gccaaggtcg tagagagcgc caaggccatc ctgggcggaa 1560 gcaaggtgcg cgtggaccaa aagtgcaagt catcggccca gatcgaccca actcccgtga 1620 tcgtcacctc caacaccaac atgtgcgcgg tcatcgacgg aaactcgacc accttcgagc 1680 accaacaacc actccaggac cggatgttca agttcgagct caccaagcgc ctggagcacg 1740 actttggcaa ggtcaccaag caggaagtca aagacttttt ccggtgggcg tcagatcacg 1800 tgaccgaggt gactcacgag ttttacgtca gaaagggtgg agctagaaag aggcccgccc 1860 ccaatgacgc 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DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide" <400> 173 aaaacgacgg gccagtgatt gtaatacgac tcactatagg gcgaaattga aattagcggc 60 cgcgaattcg cctttcgcag agaccaaagt tcaactgaaa cgaattaaac ggtttattga 120 ttaacaagca attacagatt acgagtcagg tatctggtgc caatggggcg aggctctgaa 180 tacacaccat tagtgtccac agtaaagtcc acattaacag acttgttgta gttggaagtg 240 tactgaattt cgggattcca gcgtttgctg ttctccttct gcagctccca ctcgatctcc 300 acgctgacct gtcccgtgga atactgtgtg atgaaagaag caaacttggc agaactgaag 360 tttgtgggag gattggctgg aacgggagtg tttttgatca tgatctgagg aggcgggtgt 420 ttgagtccaa aacctcccat cagtggagaa ggatgaaagt gtccatcggt gtgaggaatc 480 ttggcccaaa tgggtccctg caggtacacg tctcgatcct gccacaccat accaggtaac 540 gctccttggt gattgacagt tccagtagtt ggaccagtgt ttgagttttg caaattattt 600 gacacagtcc cgtactgctc cgtagccacg ggattggtgg ccctgatttc ttcttcatct 660 gtaatcatga cattttccaa atccgcgtcg ttggcatttg ttccttgttt accaaatatc 720 agggttccat gcatggggaa 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virus 2 <400> 183 Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Thr Leu Ser 1 5 10 15 Glu Gly Ile Arg Glu Trp Trp Ala Leu Lys Pro Gly Ala Pro Lys Pro 20 25 30 Lys Ala Asn Gln Gln Lys Gln Asp Asp Gly Arg Gly Leu Val Leu Pro 35 40 45 Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Phe Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro 50 55 60 Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp 65 70 75 80 Gln Gln Leu Gln Ala Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Arg Tyr Asn His Ala 85 90 95 Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Gln Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly 100 105 110 Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Val Leu Glu Pro 115 120 125 Leu Gly Leu Val Glu Glu Pro Val Lys Thr Ala Pro Gly Lys Lys Arg 130 135 140 Pro Val Glu His Ser Pro Val Glu Pro Asp Ser Ser Ser Gly Thr Gly 145 150 155 160 Lys Ser Gly Gln Gln Pro Ala Arg Lys Arg Leu Asn Phe Gly Gln Thr 165 170 175 Gly Asp Ala Asp Ser Val Pro Asp Pro Gln Pro Leu Gly Gln Pro Pro 180 185 190 Ala Ala Pro Ser Gly Leu Gly Thr Asn Thr Met Ala Thr Gly Ser Gly 195 200 205 Ala 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of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide" <400> 208 atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca ctctctctga aggaataaga 60 cagtggtgga agctcaaacc tggcccacca ccgccaaagc ccgcagagcg gcataaggac 120 gacagcaggg gtcttgtgct tcctgggtac aagtacctcg gacccttcaa cggactctac 180 aagggagagc cggtcaacga ggcagacgcc gcggccctcg agcacgacaa ggcctacgac 240 cggcagctcg acagcggaga caacccgtac ctcaagtaca accacgccgg cgcggagttt 300 caggagcgcc ttaaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcggacgagc agtcttccag 360 gccaaaaaga gggttcttga acctctgggc ttggttgagg agcctgttaa aacggctccg 420 ggaaaaaaga ggccggtaga gcactctcct gtggagccag actcctcctc gggaaccgga 480 aaagcgggca accagcctgc aagaaaaaga ttgaattttg gtcagactgg agacgcagac 540 tccgtacctg acccccagcc tctcggacag ccaccagcag ccccctctgg tctgggatct 600 actacaatgg ctacaggcag tggcgcacca gtggcagaca ataacgaggg tgccgatgga 660 gtgggtaatt cctcaggaaa ttggcattgc gattcccaat ggctgggcga cagagtcatc 720 accaccagca cccgaacctg ggctctgccc acctacaaca accacctcta caagcaaatc 780 tccagccaat caggagcctc 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of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide" <400> 909 atggctgccg atggttatct tccagattgg ctcgaggaca acctctctga gggcattcgc 60 gagtggtggg acctgaaacc tggagccccg aaacccaaag ccaaccagca aaggcaggac 120 aacggccggg gtctggtgct tcctggctac aggtacctcg gacccttcaa cggactcgac 180 aagggggagc ccgtcaacgc ggcggacgca gcggccctcg agcacgacag ggcctacgac 240 cagcagctcc aagcgggtga caatccgtac ctgcggtata atcacgccga cgccgagttt 300 caggagcgtc tgcaagaaga tacgtctttt gggggcaacc tcgggcgcgc agtcttccag 360 gccaaaaagc gggttctcga acctctgggc ctggttgaat cgccggttag gacggctcct 420 ggaaagaaga gaccggtaga gccatcaccc cagcgctctc cagactcctc tacgggcatc 480 ggcaagaaag gccagcagcc cgcaaaaaag agactcaatt ttgggcagac tggcgactca 540 gagtcagtcc ccgaccctca accaatcgga gaaccaccag cagccccctc tggtgtggga 600 cctaatacaa tggctgcagg cggtggcgct ccaatggcag acaataacga aggcgccgac 660 ggagtgggta gttcctcagg aaattggcat tgcgattcca catggctggg cgacagagtc 720 atcaccacca gcacccgcac ctgggccctg cccacctaca acaaccacct ctacaggcaa 780 atctccaacg ggacctcggg 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Ser Ser Trp Ala Leu Asn 500 505 510 Gly Arg Asn Ser Leu Met Asn Pro Gly Pro Ala Met Ala Ser His Lys 515 520 525 Glu Gly Glu Asp Arg Phe Phe Pro Leu Ser Gly Ser Leu Ile Phe Gly 530 535 540 Lys Gln Gly Thr Gly Arg Asp Asn Val Asp Ala Asp Lys Val Met Ile 545 550 555 560 Thr Asn Glu Glu Glu Ile Lys Thr Thr Asn Pro Val Ala Thr Glu Ser 565 570 575 Tyr Gly Gln Val Ala Thr Asn His Gln Ser Ala Gln Ala Tyr Val Ser 580 585 590 Ser Val Lys Met Gln Ala Gln Thr Gly Trp Val Gln Asn Gln Gly Ile 595 600 605 Leu Pro Gly Met Val Trp Gln Asp Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro 610 615 620 Ile Trp Ala Lys Ile Pro His Thr Asp Gly Asn Phe His Pro Ser Pro 625 630 635 640 Leu Met Gly Gly Phe Gly Met Lys His Pro Pro Pro Gln Ile Leu Ile 645 650 655 Lys Asn Thr Pro Val Pro Ala Asp Pro Pro Thr Ala Phe Asn Lys Asp 660 665 670 Lys Leu Asn Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Ser Val 675 680 685 Glu Ile Glu Trp Glu Leu Gln Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro 690 695 700 Glu Ile Gln Tyr Thr Ser Asn Tyr Tyr Lys Ser 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Synthetic miR binding site" <400> 3673 acaaacacca ttgtcacact ccacacaaac accattgtca cactccacac aaacaccatt 60 gtcacactcc a 71 <210> 3674 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic miR binding site" <400> 3674 tccataaagt aggaaacact aca 23 <210> 3675 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic miR binding site" <400> 3675 agtgaattct accagtgcca ta 22 <210> 3676 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic miR binding site" <400> 3676 agtgtgagtt ctaccattgc caaa 24 <210> 3677 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic miR binding site" <400> 3677 agcaaaaatg tgctagtgcc aaa 23 <210> 3678 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <221> source <223> /note="Description of 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Claims (51)

1. AAV 캡시드 변이체로서,
   (a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 또는
   (b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하고,
   임의로, 상기 캡시드 변이체가
   (i) 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열; 및/또는
   (ii) 서열번호 138의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
2. 청구항 1에 있어서, 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586, 588, 또는 589에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 변이체.
3. 청구항 1 또는 2에 있어서,
   (i) 상기 5개의 연속 아미노산이 PLNGA(서열번호 3679)를 포함하고/하거나;
   (ii) 상기 6개의 연속 아미노산이 PLNGAV(서열번호 3680)을 포함하고/하거나;
   (iii) 상기 7개의 연속 아미노산이 PLNGAVH(서열번호 3681)를 포함하고/하거나;
   (iv) 상기 8개의 연속 아미노산이 PLNGAVHL(서열번호 3682)를 포함하고/하거나;
   (v) 상기 9개의 연속 아미노산이 PLNGAVHLY(서열번호 3648)를 포함하며;
   임의로, (i), (ii), (iii), (iv) 또는 (v)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 변이체.
4. 청구항 1 또는 2에 있어서,
   (i) 상기 5개 연속 아미노산이 YSTDE(서열번호 3691) 또는 YSTDV(서열번호 3700)를 포함하고/하거나;
   (ii) 상기 6개 연속 아미노산이 YSTDER(서열번호 3692) 또는 YSTDVR(서열번호 3701)을 포함하고/하거나;
   (iii) 상기 7개 연속 아미노산이 YSTDVRM(서열번호 3650), YSTDERM(서열번호 3657), 또는 YSTDERK(서열번호 3658)을 포함하며;
   임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 변이체.
5. 청구항 1 또는 2에 있어서,
   (i) 상기 5개의 연속 아미노산이 IVMNS(서열번호 3694)를 포함하고/하거나;
   (ii) 상기 6개의 연속 아미노산이 IVMNSL(서열번호 3695)를 포함하고/하거나;
   (iii) 상기 7개의 연속 아미노산이 IVMNSLK (서열번호 3651)를 포함하며,
   임의로, (i), (ii), 및/또는 (iii)의 상기 아미노산 서열은 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해 위치 588에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 변이체.
6. 청구항 1 내지 5 중 어느 한 항에 있어서,
   (i) PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열로서, 여기서, PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, 아미노산 서열;
   (ii) GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열로서, 여기서, GGTLAVVSL (서열번호 3654)의 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 586에 바로 후속하여 존재하는, 아미노산 서열;
   (iii) IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열로서, 여기서, IVMNSLK (서열번호 3651)의 상기 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 588에 바로 후속하여 존재하는, 아미노산 서열; 또는
   (iv) 서열번호 3649, 3650, 3652, 3653 또는 3655-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로서, 상기 언급된 서열 중 어느 하나의 아미노산 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 따라 넘버링된 참조 서열에 비해, 위치 589에 바로 후속하여 존재하는, AAV 캡시드 변이체.
7. 청구항 1 내지 6 중 어느 한 항에 있어서,
   (i) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
   (ii) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
   (iii) 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고/하거나;
   (iv) 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 3660-3671 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
8. 청구항 1 내지 7 중 어느 한 항에 있어서,
   (i) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 138에 따라 넘버링된, 위치 K449에서의 치환, 예를 들어, K449R 치환을 추가로 포함하고/하거나;
   (ii) 상기 캡시드 변이체가 루프 I, II, IV 및/또는 VI에서 변형, 예를 들어, 삽입, 치환 및/또는 결실을 추가로 포함하고/하거나;
   (iii) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 138에 따라 넘버링된 위치 587에서 "A" 이외에 다른 아미노산 잔기 및/또는 위치 588에서 "Q" 이외에 다른 아미노산 잔기를 포함하고/하거나;
   (iv) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 138의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
   (v) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
   (vi) 상기 캡시드 변이체가 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
   (vii) 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
9. 청구항 1 내지 8 중 어느 한 항에 있어서,
   (i) VP1 단백질, VP2 단백질, VP3 단백질, 또는 이의 조합;
   (ii) 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 위치 138-743에 상응하는 아미노산 서열, 예를 들어, VP2, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열;
   (iii) 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 위치 203-743에 상응하는 아미노산 서열, 예를 들어, VP3, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 서열;
   (iv) 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열;
   (v) 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열;
   (vi) 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
10. 청구항 1 내지 9 중 어느 한 항에 있어서, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 임의로, 상기 캡시드 변이체를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 코돈 최적화된, AAV 캡시드 변이체.
11. AAV 캡시드 변이체로서,
    (i) 청구항 1 내지 3 또는 6 내지 10 중 어느 한 항의 아미노산 서열, 및 추가로 서열번호 3636과 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 동일한 아미노산 서열; 또는
    (ii) 서열번호 3636의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
12. AAV 캡시드 변이체로서,
    (i) 청구항 1, 2, 4 또는 6 내지 10 중 어느 한 항의 아미노산 서열, 및 추가로 서열번호 3638 또는 3645-3646과 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 동일한 아미노산 서열; 또는
    (ii) 서열번호 3638 또는 3645-3646의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
13. AAV 캡시드 변이체로서,
    (i) 청구항 1, 2, 5 내지 10 중 어느 한 항의 아미노산 서열, 및 추가로 서열번호 3639와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 동일한 아미노산 서열; 또는
    (ii) 서열번호 3639의 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
14. 청구항 1 내지 13 중 어느 한 항에 있어서, 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
15. 삽입체, 예를 들어, 표적화 펩타이드를 갖는 모체 아미노산 서열을 포함하는 AAV 캡시드 변이체로서, 상기 삽입체가
    (a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 또는
    (b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
16. 청구항 15에 있어서,
    (i) 상기 모체 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 90%, 92%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
    (ii) 상기 모체 서열이 서열번호 138의 아미노산 서열에 대해 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 포함하는 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
    (iii) 상기 모체 서열이 위치 K449에서의 치환, 예를 들어, K449R 치환을 포함하고/하거나;
    (iv) 상기 모체 서열이 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90%, 92%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화된 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
    (v) 상기 모체 서열을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열이 서열번호 137의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90%, 92%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
17. 청구항 15 또는 16에 있어서, 상기 삽입체가 PLNGAVHLY (서열번호 3648), GGTLAVVSL (서열번호 3654), IVMNSLK (서열번호 3651), RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655), 또는 STGTLRL (서열번호 3656)로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하고, 임의로, 상기 삽입체가 모체 아미노산 서열에서 위치 586, 588 또는 589에 바로 후속하여 삽입되는, AAV 캡시드 변이체.
18. 청구항 15 내지 17 중 어느 한 항에 있어서,
    (i) 모체 서열의 위치 587에서 "A" 이외에 다른 아미노산 및/또는 위치 588에서 "Q" 이외에 다른 아미노산; 또는
    (ii) 모체 아미노산 서열의 위치 587에서 결실 및/또는 위치 588에서 결실을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
19. 청구항 15 내지 18 중 어느 한 항에 있어서,
    (i) 상기 모체 아미노산 서열의 위치 586에 바로 후속하여 삽입되는 PLNGAVHLY(서열번호 3648)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체 및 상기 모체 아미노산 서열의 위치 587-588에서 아미노산 "AQ"의 결실;
    (ii) 상기 모체 아미노산 서열의 위치 588에 바로 후속하여 삽입되는, IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열을 포함하는 삽입체;
    (iii) RDSPKGW (서열번호 3649), YSTDVRM (서열번호 3650), RESPRGL (서열번호 3652), SFNDTRA (서열번호 3653), YGLPKGP (서열번호 3655) 또는 STGTLRL (서열번호 3656)로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하며, 상기 모체 아미노산 서열의 위치 589에 바로 후속하여 삽입되는 변이체를 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
20. 청구항 1 내지 19 중 어느 한 항에 있어서, 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는 참조 서열의 향성에 비해 CNS 세포 또는 조직(예를 들어, 뇌 세포, 뇌 조직, 척수 세포 또는 척수 조직), 및/또는 근육 세포 또는 조직에 대해 증가된 향성을 가지며,
    (i) 상기 뇌 세포 또는 조직이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비핵, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마의 세포 또는 조직이고/이거나;
    (ii) 상기 척수 세포 또는 조직이 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역의 세포 또는 조직이고/이거나;
    (iii) 상기 근육 세포 또는 조직이 심장 근육 (예를 들어, 심방 근육 영역 또는 심실 근육 영역), 대퇴사두근 근육 및/또는 횡경막 근육의 세포 또는 조직인, AAV 캡시드 변이체.
21. 청구항 1 내지 20 중 어느 한 항에 있어서, 상기 캡시드 변이체가
    (i) 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 30, 40, 50, 100, 200, 300 또는 400-배 풍부하고/하거나;
    (ii) 예를 들어, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비핵으로부터 선택되는 뇌 영역에 형질도입되고, 상기 형질도입 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이 면역조직화학 검정, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 50, 100, 200, 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000배 더 크고/크거나;
    (iii) 증가된 수준의 페이로드를 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비핵, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하고/하거나;
    (iv) 증가된 수준의 페이로드를 척수 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 10, 20, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800 또는 900-배까지 증가되고, 임의로, 상기 척수 영역이 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함하고/하거나;
    (v) 증가된 수준의 바이러스 게놈을 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 바이러스 게놈 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 20, 30, 40 또는 50-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비핵, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
22. 청구항 1, 2, 5, 6 내지 10, 13 내지 17, 또는 19 내지 21 중 어느 한 항에 있어서, 상기 후근 신경절(DRG)에서의 형질도입과 비교하여 뇌 영역에서 우선적 형질도입을 보여주는, AAV 캡시드 변이체.
23. 청구항 1 내지 3, 6 내지 11 및 14 내지 21 중 어느 한 항에 있어서, 상기 캡시드 변이체가
    (i) 예를 들어, 실시예 4에 기재된 검정에 의한 측정시, 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 뇌에서 적어도 약 300 또는 400-배 풍부하고/하거나;
    (ii) 예를 들어, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상 및 조가비핵으로부터 선택되는 뇌 영역에 형질도입되고, 상기 형질도입 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이 면역조직화학 검정, qRT-PCR, 또는 RT-ddPCR 검정에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000배 더 크고/크거나;
    (iii) 증가된 수준의 페이로드를 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 500, 1,000, 2,000, 5,000, 또는 10,000-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비핵, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하고/하거나;
    (iv) 증가된 수준의 페이로드를 척수 영역으로 전달하고, 임의로 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 검정(예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800 또는 900-배까지 증가되고, 임의로, 척수 영역이 자궁경부, 흉부 및/또는 요추 영역을 포함하고/하거나;
    (v) 증가된 수준의 바이러스 게놈을 뇌 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 바이러스 게놈 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, qRT-PCR 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 5, 10, 20, 30, 40 또는 50-배까지 증가되고, 임의로, 상기 뇌 영역이 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 조가비핵, 시상, 소뇌 피질, 치상핵, 미상 및/또는 해마를 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
24. 청구항 1, 2, 5, 6 내지 10, 13 내지 17, 또는 19 내지 22 중 어느 한 항에 있어서,
    (i) 상기 AAV 캡시드 변이체가 서열번호 138의 아미노산 서열을 포함하는 참조 서열의 향성에 비해 근육 세포 또는 조직, 예를 들어, 심장 조직에 대해 증가된 향성을 갖고/갖거나;
    (ii) 증가된 수준의 페이로드를 근육 영역으로 전달하고, 임의로, 여기서, 상기 페이로드 수준이 예를 들어, 검정, 예를 들어, IHC 검정 또는 RT-ddPCR 검정 (예를 들어, 실시예 5에 기재된 바와 같이)에 의한 측정시 서열번호 138의 참조 서열과 비교하여 적어도 10, 15, 20, 30, 또는 40-배까지 증가되고, 임의로, 상기 근육 영역이 심장 근육 (예를 들어, 심방 근육 영역 또는 심실 근육 영역), 대퇴사두근 근육 및/또는 횡격막 근육 영역을 포함하는, AAV 캡시드 변이체.
25. 청구항 1 내지 24 중 어느 한 항의 폴리펩타이드, 예를 들어, AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드.
26. 청구항 25에 있어서, 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.
27. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:
    (i) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 또는
    (ii) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.
28. 다음을 포함하는 펩타이드, 예를 들어, 표적화 펩타이드:
    (i) PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열, 또는 PLNGAVHLY (서열번호 3648)의 아미노산 서열로부터 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산;
    (ii) IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열, 또는 IVMNSLK (서열번호 3651)의 아미노산 서열로부터 적어도 5, 6, 7, 8 또는 9개 연속 아미노산;
    (iii) YSTDVRM (서열번호 3650), YSTDERM (서열번호 3657), 또는 YSTDERK (서열번호 3658)의 아미노산 서열, 또는 YSTDVRM (서열번호 3650), YSTDERM (서열번호 3657), 또는 YSTDERK (서열번호 3658)의 아미노산 서열로부터의 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산; 또는
    (iv) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터의 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.
29. 하기를 포함하는 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드:
    (a) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열; 또는
    (b) 서열번호 1725-3622 또는 3648-3659 중 어느 하나의 아미노산 서열로부터 적어도 5, 6, 7, 8, 또는 9개 연속 아미노산.
30. 청구항 29에 있어서,
    (i) 상기 AAV 캡시드 변이체가 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
    (ii) 상기 AAV 캡시드 변이체가 서열번호 3636-3647 중 어느 하나의 아미노산 서열의 적어도 1, 2 또는 3개 변형 그러나 30, 20 또는 10개 이하의 변형을 갖는 아미노산 서열을 포함하고/하거나;
    (iii) 상기 폴리뉴클레오타이드가 서열번호 3623-3635 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 적어도 90% (예를 들어, 적어도 약 95, 96, 97, 98, 또는 99%) 서열 동일성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.
31. 청구항 1 내지 24 중 어느 한 항의 AAV 캡시드 변이체, 청구항 25-26, 또는 29-30 중 어느 한 항의 폴리뉴클레오타이드에 의해 암호화된 AAV 캡시드 변이체, 또는 펩타이드, 청구항 27 또는 28의 표적화 펩타이드를 포함하는 AAV 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자.
32. 청구항 31에 있어서, 페이로드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 암호화된 페이로드가 치료학적 단백질 또는 이의 기능적 변이체; 항체 또는 항체 단편; 효소; 유전자 편집 시스템의 구성 요소; RNAi 제제(예를 들어, dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA 또는 snoRNA); 또는 이들의 조합을 포함하는, AAV 입자.
33. 청구항 32에 있어서,
    (i) 상기 치료학적 단백질 또는 이의 기능적 변이체, 예를 들어, 재조합 단백질이 (예를 들어, 비정상적으로 발현된) 신경학적 또는 신경변성 장애, 근육 또는 신경근육 장애 또는 신경-종양학적 장애와 관련되고, 임의로, 상기 치료학적 단백질 또는 이의 기능적 변이체가 아포지질단백질 E (APOE) (예를 들어, ApoE2, ApoE3 및/또는 ApoE4); 사람 운동 뉴런 생존 (SMN) 1 또는 SMN2; 글루코세레브로시다제 (GBA1); 방향족 L-아미노산 데카복실라제 (AADC); 아스파토아실라제 (ASPA); 트리펩티딜 펩티다제 I (CLN2); 베타-갈락토시다제 (GLB1); N-설포글루코사민 설포하이드롤라제 (SGSH); N-아세틸-알파-글루코사미니다제 (NAGLU); 이두로네이트 2-설파타제 (IDS); 세포내 콜레스테롤 수송체 (NPC1); 기각소닌 (GAN); 또는 이의 조합물로부터 선택되고;
    (ii) 상기 항체 또는 항체 결합 단편이
    (a) CNS 관련 표적, 예를 들어, 신경학적 또는 신경변성 장애와 연관된 항원, 예를 들어, β-아밀로이드, APOE, tau, SOD1, TDP-43, 헌팅틴 (HTT), 및/또는 시누클레인;
    (b) 근육 또는 신경근육 관련 표적, 예를 들어, 근육 또는 신경근육 장애와 연관된 항원; 또는
    (c) 신경-종양학적 관련 표적, 예를 들어, 신경-종양학적 장애와 연관된 항원, 예를 들어, HER2, 또는 EGFR (예를 들어, EGFRvIII)에 결합하고;
    (iii) 상기 효소가 메가뉴클레아제, 아연 핑거 뉴클레아제, TALEN, 리컴비나제, 인터그라제, 염기 편집기, Cas9, 또는 이의 단편을 포함하고;
    (iv) 유전자 편집 시스템의 구성 요소가 CRISPR-Cas 시스템의 하나 이상의 구성 요소를 포함하고, 임의로, 상기 CRISPR-Cas 시스템의 하나 이상의 구성 요소가 Cas9, 예를 들어, Cas9 동원체 또는 Cpf1, 및 단일 가이드 RNA (sgRNA)를 포함하고, 여기서
    (a) 상기 sgRNA가 cas9 효소의 업스트림 (5')에 위치하고/하거나;
    (b) 상기 sgRNA가 cas9 효소의 다운스트림 (3')에 위치하고/하거나;
    (v) 상기 RNAi 제제 (예를 들어, dsRNA, siRNA, shRNA, pre-miRNA, pri-miRNA, miRNA, stRNA, lncRNA, piRNA, 또는 snoRNA)가 CNS 관련 유전자, mRNA, 및/또는 단백질의 발현을 조절, 예를 들어, 억제하고, 임의로, 상기 CNS 관련 유전자가 SOD1, MAPT, APOE, HTT, C9ORF72, TDP-43, APP, BACE, SNCA, ATXN1, ATXN3, ATXN7, SCN1A-SCN5A, SCN8A-SCN11A, 또는 이의 조합으로부터 선택되는, AAV 입자.
34. 청구항 31 내지 33 중 어느 한 항에 있어서, 상기 페이로드를 암호화하는 핵산 서열에 작동적으로 연결된 프로모터를 포함하는 바이러스 게놈을 포함하고, 임의로, 상기 프로모터가 사람 연장 인자 1α-서브유닛(EF1α), 사이토메갈로바이러스(CMV) 이메디에이트-어얼리 인핸서 및/또는 프로모터, 닭 β-액틴(CBA) 및 이의 유도체 CAG, β 글루쿠로니다제(GUSB), 또는 유비퀴틴 C(UBC), 뉴런 특이적 에놀라제(NSE), 혈소판 유래 성장 인자(PDGF), 혈소판 유래 성장 인자 B-쇄 (PDGF-β), 세포간 접착 분자 2(ICAM-2), 시냅신(Syn), 메틸-CpG 결합 단백질 2(MeCP2), Ca2+/칼모듈린 의존성 단백질 키나제 II(CaMKII), 대사자극성 글루타메이트 수용체 2 (mGluR2), 신경필라멘트 경쇄(NFL) 또는 중쇄(NFH), β-글로빈 미니유전자 nβ2, 프레프로엔케팔린(PPE), 엔케팔린(Enk) 및 흥분성 아미노산 수송체 2(EAAT2), 신경교 원섬유 산성 단백질(GFAP), 미엘린 염기성 단백질(MBP), 심혈관 프로모터(예를 들어, αMHC, cTnT 및 CMV-MLC2k), 간 프로모터(예를 들어, hAAT, TBG), 골격근 프로모터(예를 들어, 데스민, MCK, C512) 또는 단편, 예를 들어, 절단, 또는 이의 기능적 변이체로부터 선택되는, AAV 입자.
35. 청구항 34에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 하기를 추가로 포함하는 AAV 입자:
    (i) 폴리A 신호 서열;
    (ii) 역위 말단 반복체 (ITR) 서열로서, 임의로, 상기 ITR 서열이 암호화된 페이로드에 대해 5'에 위치하고/하거나 상기 ITR 서열이 암호화된 페이로드에 대해 3'에 위치하는, 서열;
    (iii) 인핸서, Kozak 서열, 인트론 영역, 및/또는 엑손 영역;
    (iv) miR 결합 부위, 예를 들어, 상응하는 miRNA가 발현되는 세포 또는 조직에서 바이러스 게놈에 의해 암호화된 페이로드의 발현을 조절, 예를 들어, 감소시키는 miR 결합 부위; 및/또는
    (v) Rep 단백질, 예를 들어, 비-구조적 단백질을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열로서, 여기서, 상기 Rep 단백질이 Rep78 단백질, Rep68, Rep52 단백질, 및/또는 Rep40 단백질을 포함하고, 임의로 상기 Rep78 단백질, 상기 Rep68 단백질, 상기 Rep52 단백질 및/또는 상기 Rep40 단백질이 적어도 하나의 Rep 유전자에 의해 암호화된, 서열.
36. 청구항 34 또는 35에 있어서, 상기 바이러스 게놈이 하기를 포함하는 AAV 입자:
    (i) miR 결합 부위의 적어도 1-5개의 카피물, 예를 들어, 적어도 1, 2, 3, 4, 또는 5개의 카피물;
    (ii) miR 결합 부위의 적어도 3개의 카피물로서, 임의로, 여기서 모든 3개의 카피물이 동일한 miR 결합 부위를 포함하거나, 적어도 1개, 2개 또는 모든 카피물이 상이한 miR 결합 부위를 포함하는 카피물; 및/또는
    (iii) miR 결합 부위의 적어도 4개의 카피물로서, 임의로, 여기서 모든 4개의 카피물이 동일한 miR 결합 부위를 포함하거나, 적어도 1개, 2개, 3개 또는 모든 카피물이 상이한 miR 결합 부위를 포함하는, 카피물.
37. 청구항 36에 있어서, 상기 miR 결합 부위가 miR122 결합 부위, miR183 결합 부위, miR-142-3p, 또는 이의 조합을 포함하고, 임의로, 여기서,
    (i) 상기 miR122 결합 부위가 서열번호 3672의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는 서열번호 3672의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고/하거나;
    (ii) 상기 miR183 결합 부위가 서열번호 3675의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는 서열번호 3675의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고/하거나;
    (iii) 상기 miR-142-3p 결합 부위가 서열번호 3674의 뉴클레오타이드 서열, 또는 이와 실질적으로 동일한 (예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 92%, 95%, 97%, 98%, 또는 99% 서열 동일성을 갖는) 뉴클레오타이드 서열; 또는 서열번호 3674의 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개 변형 그러나 10개 이하의 변형을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, AAV 입자.
38. 청구항 34 내지 37 중 어느 한 항에 있어서, 상기 바이러스 게놈이
    (i) 단일 가닥이고/이거나;
    (ii) 청구항 1 내지 24 중 어느 하나의 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 핵산 서열을 추가로 포함하는, AAV 입자.
39. 청구항 1 내지 38 중 어느 한 항에 있어서, 단리되고, 예를 들어, 재조합체인, AAV 캡시드 변이체, 폴리뉴클레오타이드, 펩타이드 또는 AAV 입자.
40. 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 AAV 캡시드 변이체를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드, 청구항 25, 26, 29, 30 또는 39 중 어느 한 항의 폴리뉴클레오타이드, 또는 펩타이드, 예를 들어, 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 표적화 펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 벡터.
41. 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 AAV 캡시드 변이체, 청구항 25, 26, 29, 30 또는 39 중 어느 한 항의 폴리뉴클레오타이드, 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 펩타이드, 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 또는 청구항 40의 벡터를 포함하는 세포, 예를 들어, 숙주 세포로서, 임의로, 여기서,
    (i) 상기 세포가 포유동물 세포 또는 곤충 세포이고/이거나;
    (ii) 상기 세포가 뇌 영역 또는 척수 영역의 세포, 임의로 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 미상, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상, 조가비, 자궁경부 척수 영역, 흉추 척수 영역 및/또는 요추 척수 영역의 세포이고/이거나;
    (iii) 뉴런, 감각 뉴런, 운동 뉴런, 성상세포 또는 근육 세포(예를 들어, 심장, 횡경막 또는 대퇴사두근의 세포)인, 세포.
42. AAV 입자를 제조하는 방법으로서, 상기 방법이
    (i) 바이러스 게놈을 포함하는 숙주 세포를 제공하는 단계; 및
    (ii) 상기 숙주 세포를 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 AAV 캡시드 변이체, 청구항 25, 26, 29, 30, 또는 39 중 어느 한 항의 폴리뉴클레오타이드에 의해 암호화된 AAV 캡시드 변이체, 또는 펩타이드, 예를 들어, 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 표적화 펩타이드를 포함하는 AAV 캡시드 변이체에서 바이러스 게놈을 봉입하기에 적합한 조건하에서 항온처리하여 상기 AAV 입자를 제조하 단계를 포함하는, 방법.
43. 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 또는 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 하나의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자 및 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물.
44. 유효량의 청구항 43의 약제학적 조성물, 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 또는 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 투여함을 포함하는, 세포 또는 조직 (예를 들어, CNS 세포, CNS 조직, 근육 세포 또는 근육 조직)에 페이로드를 전달하는 방법.
45. 청구항 44에 있어서,
    (i) 상기 세포 또는 조직이 뇌 영역 또는 척수 영역의 세포 또는 조직이고, 임의로, 전두엽 피질, 감각 피질, 운동 피질, 미상, 치상핵, 소뇌 피질, 대뇌 피질, 뇌간, 해마, 시상, 조가비핵, 자궁경부 척수 영역, 흉부 척수 영역 및/또는 요추 척수 영역의 세포 또는 조직이고/이거나;
    (ii) 상기 세포가 뉴런, 감각 뉴런, 운동 뉴런, 성상세포 또는 근육 세포(예를 들어, 심장, 횡경막 또는 대퇴사두근의 세포)이고/이거나;
    (iii) 상기 세포 또는 조직이 대상체 내에 있고, 임의로, 상기 대상체가 신경학적 장애, 신경변성 장애, 근육 장애, 신경근육 장애 또는 신경-종양학적 장애를 갖거나, 갖는 것으로 진단되었거나 가질 위험에 처해 있는, 방법.
46. 유효량의 청구항 43의 약제학적 조성물, 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 또는 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 펩타이드를 포함하는 AAV 입자를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 신경학적 장애, 신경변성 장애, 근육 장애, 신경근육 장애 또는 신경-종양학적 장애를 갖거나 갖는 것으로 진단된 대상체를 치료하는, 방법.
47. 청구항 46에 있어서, 치료가 상기 대상체에서 질환 또는 장애의 진행의 예방을 포함하고, 임의로, 상기 대상체가 사람인, 방법.
48. 청구항 45 내지 47 중 어느 한 항에 있어서, 상기 AAV 입자가 대상체에게 하기와 같이 투여되는, 방법:
    (i) 근육내, 정맥내, 소뇌내, 척추강내, 뇌실내, 뇌실질내 투여를 통해 또는 수조 마그나 내 주사(ICM)를 통해;
    (ii) 예를 들어, 미세기포의 정맥내 투여에 커플링된 집중 초음파(FUS)(FUS-MB)를 통해, 또는 정맥내 투여와 커플링된 MRI 가이드 FUS를 통해; 및/또는
    (iii) 정맥내.
49. 페이로드를 세포 또는 조직에 전달하는 방법에 사용하기 위한, 청구항 43의 약제학적 조성물, 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 또는 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자.
50. 신경학적 장애, 신경변성 장애, 근육 장애, 신경근육 장애 또는 신경-종양학적 장애를 치료하는 방법에 사용하기 위한 청구항 43의 약제학적 조성물, 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 또는 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자.
51. 약물의 제조에 사용하기 위한, 청구항 43의 약제학적 조성물, 청구항 31 내지 39 중 어느 한 항의 AAV 입자, 청구항 1 내지 24 또는 39 중 어느 한 항의 캡시드 변이체를 포함하는 AAV 입자, 또는 청구항 27, 28 또는 39 중 어느 한 항의 폴리펩타이드를 포함하는 AAV 입자.

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