TW202216663A - 半胱胺酸蛋白酶抑制劑及其使用方法 - Google Patents

半胱胺酸蛋白酶抑制劑及其使用方法

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TW202216663A
TW202216663A TW110121072A TW110121072A TW202216663A TW 202216663 A TW202216663 A TW 202216663A TW 110121072 A TW110121072 A TW 110121072A TW 110121072 A TW110121072 A TW 110121072A TW 202216663 A TW202216663 A TW 202216663A
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TW
Taiwan
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alkyl
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cycloalkyl
aryl
membered
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TW110121072A
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李 Ｄ 阿諾德
安迪 珍妮絲
瓦特 姜
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美商帕迪斯生物科學公司
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Abstract

本發明提供具有彈頭(warhead)之化合物及其在治療醫學疾病或病症，諸如病毒感染中之用途。提供醫藥組合物及用於製備各種具有彈頭之化合物之方法。預期該等化合物可抑制蛋白酶，諸如3C、CL樣或3CL樣蛋白酶。

Description

半胱胺酸蛋白酶抑制劑及其使用方法
病毒中之冠狀病毒科(Coronaviridae family)為包膜、單股、正義RNA病毒且包括141個種類，其根據其系統關係而分類為四個屬：α-、β-、γ-及δ-冠狀病毒。冠狀病毒(CoV)為人畜共通病毒，其感染自鯨類至鳥類、蝙蝠、貓及人類之各種動物。通常，CoV感染引起輕度至中度呼吸道感染；然而，一些CoV種類之毒性極高且可引起廣泛死亡。嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus；SARS-CoV)為人類CoV，其引起21世紀之第一次大流行，感染超過8,000人且具有10%死亡率。在2012年11月發現中東呼吸道症候群冠狀病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus；MERS-CoV)且自此在26個國家感染超過1,600人且具有36%死亡率。最近，COVID-19 (SARS CoV2)冠狀病毒自其在2019年末於中國首先被發現後引起全球性大流行。因此，重要的是，鑑別可用於研發用以對抗現有及新出現的冠狀病毒之感染的廣譜抗冠狀病毒治療劑之冠狀病毒藥物目標。
所有CoV皆表現＞800 kDa複製酶聚合蛋白質，該聚合蛋白質含有兩個或三個半胱胺酸蛋白酶、木瓜蛋白酶樣蛋白酶(PLPpro，或PLP1及PLP2)及3C樣蛋白酶(3CLpro、nsp5或Mpro)。此等蛋白酶藉由使CoV複製酶聚合蛋白質裂解成16種非結構蛋白質來處理該聚合蛋白質，該16種非結構蛋白質負責CoV複製之各種態樣。CoV 3CLpro負責處理複製酶聚合蛋白質內之11個裂解位點且對於CoV複製係至關重要的，使得其成為極有價值的治療劑研發目標。在所有CoV 3CLpro中，整體活性位點架構及受質識別袋在結構上具有保守性，從而增加其作為用於研發廣譜抗CoV治療劑之目標之吸引力。此外，來自不同冠狀病毒子類別之CoV 3CLpro中的活性位點附近之高序列保守性使得其成為用於研發針對冠狀病毒感染之廣譜治療劑之極佳目標。因此，研發CoV 3CLpro抑制劑為有前景的用於治療呼吸道感染及相關疾病之途徑。
藉由用小分子抑制劑靶向冠狀病毒之直接動物疫源性宿主(zoonotic reservoirs)而進行之大量研究有助於獲悉基於結構之設計策略，該等策略旨在產生可幫助研發針對冠狀病毒感染之治療劑之分子骨架；然而，尚未發現小分子抗病毒劑或可商購的有效廣譜治療劑。急需研發廣譜CoV治療劑以克服傳統抗CoV治療性研發之挑戰，因為廣譜治療劑可在人畜共通疾病爆發時快速施用。
本發明係部分關於病毒性蛋白酶抑制劑。本文中亦揭示醫藥組合物，其包含至少一種所揭示之化合物及醫藥學上可接受之載劑。
在一個實施例中，本文中揭示抗病毒化合物，其包含共價結合於3C或3CL蛋白酶抑制劑之彈頭，其中抗病毒化合物共價結合於蛋白酶之Cys殘基，且其中抗病毒化合物具有針對一或多種病毒之活性。
本文中亦揭示由式II表示之化合物：
Figure 02_image004
式II， 或其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯或前驅藥，其中： R 3a係選自
Figure 02_image006
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基(oxo)及彈頭A組成之群之取代基取代；R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代；R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基；R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基；或R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員雜環、NR G或C 3-C 10環烷基；R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；R A在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、-CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-C(O)-OC(CH 3) 3、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環基，其中R B、烷基、雜環基、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基及側氧基；R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R B或R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代；或R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單環或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 16環烷基、茀基甲氧基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基；R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-O-(R xx)-OCH 3、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、-O-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中兩個偕位C 1-C 8烷基可接合在一起以與其所連接之碳共同形成視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵素、羥基及側氧基之取代基取代之C 3-C 6環烷基；且其中烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自獨立地選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代；R G係選自由以下組成之群：氫、視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1-6烷基、視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1-6烷基、-C(=O)-C 3-6環烷基、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環基)及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代；R gg在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m；R hh在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環基及C 1-C 6烷氧基；R jj在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、側氧基、羥基、氰基、C 1-C 6烷基、C 1-6鹵烷基、C 1-6鹵烷氧基、C 1-C 6烷氧基、C 3-6環烷基、SF 5及NH 2；R m在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-3烷基、苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基；其中C 1-3烷基、苯基及C 3-6環烷基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代；R xx為-(OCH 2CH 2) nn-，其中nn係選自1、2、3、4、5及6；R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CF 3、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH；A為彈頭；且X係選自由C(R xy)及N組成之群，其中R xy係選自由以下組成之群：H、D、-OH、-NH 2、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基及C 1-C 8烷氧基。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-A表示之化合物：
Figure 02_image008
式II-A。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-B表示之化合物：
Figure 02_image010
式II-B。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-C表示之化合物：
Figure 02_image012
式II-C。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-D-A或式II-D-B表示之化合物：
Figure 02_image014
(式II-D-A)或
Figure 02_image016
(式II-D-B)。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-E-A或式II-E-B表示之化合物：
Figure 02_image018
(式II-E-A)或
Figure 02_image020
(式II-E-B)。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-F表示之化合物：
Figure 02_image022
式II-F。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-G表示之化合物：
Figure 02_image024
式II-G。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-H-A或式II-H-B表示之化合物：
Figure 02_image026
(式II-D-I)，或
Figure 02_image028
(式II-D-II)， 其中pp係選自0、1、2及3。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-E表示之化合物：
Figure 02_image030
(式II-E)， 其中ss係選自0、1、2及3，且mm係選自1、2及3。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-I表示之化合物：
Figure 02_image032
式II-I， 或其醫藥學上可接受之鹽，其中： R 3為
Figure 02_image034
；R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基；R B係選自由以下組成之群：具有一個環氮之9-10員雙環雜芳基、C 1-C 6烷基及C 2-C 3烯基；其中R B視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 3烷氧基、NHR m及苯基(視情況經一個或兩個鹵素取代)；且R m為C 1-C 3烷基或-C(O)-C 1-3烷基，其中各C 1-C 3烷基獨立地視情況經一個、兩個或三個鹵素取代。
在某些實施例中，本文中揭示由式III表示之結合物：
Figure 02_image036
式III， 其中Cys 145為位置145處之半胱胺酸或CL或3CL蛋白酶上之等效活性位點半胱胺酸；IR為病毒性蛋白酶抑制劑；且其中形成結合物之化合物包含-CN彈頭。
相關申請案之交叉參考
本申請案主張2020年6月9日提交之U.S.S.N. 63/036,866；2020年6月15日提交之U.S.S.N. 63/039,297；2020年8月19日提交之U.S.S.N. 63/067,669；2020年10月14日提交之U.S.S.N. 63/091,630；2020年12月22日提交之U.S.S.N. 63/129,018；2021年4月7日提交之U.S.S.N. 63/171,675；2021年4月8日提交之U.S.S.N. 63/172,478；2021年4月9日提交之U.S.S.N. 63/173,146；2021年4月23日提交之U.S.S.N. 63/179,128；及2021年6月1日提交之U.S.S.N. 63/195,460之權利及優先權，其各自之內容以全文引用之方式併入本文中。
現將更特定地描述本發明之特徵及其他細節。在進一步描述本發明之前，在此處收集說明書、實例及隨附申請專利範圍中所使用之某些術語。此等定義應依據本發明之其餘部分且如熟習此項技術者所理解來閱讀。除非另外定義，否則本文中所使用之所有技術及科學術語皆具有與如一般熟習此項技術者通常所理解相同之含義。 定義
術語「治療」包括與症狀無關的任何引起病狀、疾病、病症及其類似物之改良(例如減輕、減少、調節或消除)的作用，包括無症狀個體中之排毒之減少及經暴露之個體之防治。
如本文中所使用之術語「烷基」係指飽和直鏈或分支鏈烴。例示性烷基包括(但不限於)具有1-6、1-4或1-3個碳原子之直鏈或分支鏈烴，在本文中分別稱為C 1-6烷基、C 1-4烷基及C 1-3烷基。例示性烷基包括(但不限於)甲基、乙基、丙基、異丙基、2-甲基-1-丁基、3-甲基-2-丁基、2-甲基-1-戊基、3-甲基-1-戊基、4-甲基-1-戊基、2-甲基-2-戊基、3-甲基-2-戊基、4-甲基-2-戊基、2,2-二甲基-1-丁基、3,3-二甲基-1-丁基、2-乙基-1-丁基、丁基、異丁基、三級丁基、戊基、異戊基、新戊基、己基等。
如本文中所使用，術語「炔基」係指具有至少一個碳-碳參鍵之不飽和直鏈或分支鏈烴。例示性炔基包括(但不限於)具有2-6或3-6個碳原子之直鏈或分支鏈基團，在本文中分別稱為C 2-6炔基及C 3-6炔基。例示性炔基包括(但不限於)乙炔基、丙炔基、丁炔基、戊炔基、己炔基、甲基丙炔基等。
如本文中所使用，術語「烯基」係指具有至少一個碳-碳雙鍵之不飽和直鏈或分支鏈烴。例示性烯基包括(但不限於)具有2-6或3-4個碳原子之直鏈或分支鏈基團，在本文中分別稱為C 1-C 5烯基、C 2-C 6烯基及C 3-C 4烯基。例示性烯基包括(但不限於)乙烯基、烯丙基、丁烯基、戊烯基等。
如本文中所使用，術語「烷氧基」係指連接至氧之直鏈或分支鏈烷基(烷基-O-)。例示性烷氧基包括(但不限於)具有1-6或2-6個碳原子之烷氧基，在本文中分別稱為C 1-C 5烷氧基、C 1-C 6烷氧基及C 2-C 6烷氧基。例示性烷氧基包括(但不限於)甲氧基、乙氧基、異丙氧基等。
術語「芳基」係指單環或多環(例如，雙環或三環) 4n+2芳族環系統(例如，在環陣列中共用6、10或14個π電子)之基團，該芳族環系統中提供有6-14個環碳原子及零個雜原子(「C 6-14芳基」)。在一些實施例中，芳基具有六個環碳原子(「C 6芳基」；例如苯基)。在一些實施例中，芳基具有十個環碳原子(「C 10芳基」；例如萘基，諸如1-萘基及2-萘基)。在一些實施例中，芳基具有十四個環碳原子(「C 14芳基」；例如蒽基)。「芳基」亦包括其中如上文所定義之芳基環與一或多個碳環基或雜環基稠合之環系統，其中連接基團或連接點在芳基環上，且在此等情況下，碳原子數目繼續指示芳基環系統中之碳原子數目。典型芳基包括(但不限於)來源於以下之基團：乙烯合蒽、乙烯合萘、乙烯合菲、蒽、薁、苯、
Figure 110121072-1
、六苯并苯、丙二烯合茀、茀、稠六苯(hexacene)、六苯(hexaphene)、己二烯(hexalene)、as-二環戊二烯并苯、s-二環戊二烯并苯、茚烷、茚、萘、稠八苯(octacene)、八苯(octaphene)、辛搭烯(octalene)、卵苯(ovalene)、戊-2,4-二烯、稠五苯(pentacene)、戊搭烯(pentalene)、五苯(pentaphene)、苝、萉(phenalene)、菲、苉、七曜烯、芘、吡蒽、茹(rubicene)、聯伸三苯及三萘。特定言之，芳基包括苯基、萘基、茚基及四氫萘基。
代表性經取代之芳基之實例包括以下：
Figure 02_image038
， 其中R 56及R 57中之一者可為氫且R 56及R 57中之至少一者係各自獨立地選自鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基、4-10員雜環基、烷醯基、C 1-C 8烷氧基、雜芳氧基、烷基胺基、芳基胺基、雜芳基胺基、NR 58COR 59、NR 58SOR 59、NR 58SO 2R 59、COO-烷基、COO-芳基、CONR 58R 59、CONR 58OR 59、NR 58R 59、SO 2NR 58R 59、S-烷基、SO-烷基、SO 2-烷基、S-芳基、SO-芳基及SO 2-芳基；或R 56及R 57可接合以形成具有5至8個原子且視情況含有一或多個選自由N、O及S組成之群之雜原子的環狀環(飽和或不飽和)；R 60及R 61獨立地為氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 4鹵烷基、C 3-C 10環烷基、4-10員雜環基、C 6-C 10芳基、經取代之C 6-C 10芳基、5-10員雜芳基或經取代之5-10員雜芳基。
如本文中所使用，術語「羰基」係指基團-C(O)-。
如本文中所使用，術語「氰基」係指基團-CN。
如本文中所使用，術語「環烷氧基」係指連接至氧之環烷基(環烷基-O-)。例示性環烷氧基包括(但不限於)具有3-6個碳原子之環烷氧基，在本文中稱為C 3-6環烷氧基。例示性環烷氧基包括(但不限於)環丙氧基、環丁氧基、環己氧基等。
如本文中所使用，術語「環烷基」或「碳環基」係指具有例如3-6或4-6個碳之飽和或部分不飽和烴基，在本文中分別稱為C 3-C 10環烷基、C 3-6環烷基或C 4-6環烷基。例示性環烷基包括(但不限於)環己基、環戊基、環戊烯基、環丁基或環丙基。
如本文中所使用，術語「鹵基」或「鹵素」係指F、Cl、Br或I。
如本文中所使用，術語「鹵烷基」係指其中烷基經一或多個鹵素取代之烷基。典型鹵烷基包括(但不限於)三氟甲基(亦即，CF 3)、二氟甲基、氟甲基、氯甲基、二氯甲基、二溴乙基、三溴甲基、四氟乙基及其類似物。例示性鹵烷基包括(但不限於)經鹵素(亦即，Cl、F、Br及I)取代之具有1-6、1-4或1-3個碳原子之直鏈或分支鏈烴，在本文中分別稱為C 1-6鹵烷基、C 1-4鹵烷基及C 1-3鹵烷基。
當用於描述化合物或化合物上之基團時，術語「雜」意謂化合物或基團中之一或多個碳原子已由氮、氧或硫雜原子置換。雜可應用於上文所描述之任何烴基，諸如具有1至5個且特定言之，1至3個雜原子的烷基(例如，雜烷基)、環烷基(例如，雜環基)、芳基(例如，雜芳基)、環烯基(例如，環雜烯基)及其類似物。
如本文中所使用，術語「雜芳基」或「雜芳族基團」係指含有一或多個雜原子(例如，一至三個雜原子，諸如氮、氧及硫)之芳族5-10員環系統。該術語亦可用於指5-7員單環雜芳基或8-10員雙環雜芳基。在可能的情況下，該雜芳基環可經由碳或氮連接至相鄰基團。雜芳基環之實例包括(但不限於)呋喃、噻吩、吡咯、吡咯并吡啶、吲哚、噻唑、㗁唑、異噻唑、異㗁唑、咪唑、苯并咪唑、咪唑吡啶、吡唑、三唑、吡啶或嘧啶等。
代表性雜芳基之實例包括以下：
Figure 02_image040
其中各Z係選自羰基、N、NR 65、O及S；且R 65各自獨立地為氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 10環烷基、4-10員雜環基、C 6-C 10芳基及5-10員雜芳基。
術語「雜環基」、「雜環」或「雜環基團」為此項技術中公認的且係指飽和或部分不飽和4-10員環結構，其環結構包括一至三個雜原子，諸如氮、氧及硫。在可能的情況下，雜環基環可經由碳或氮連接至相鄰基團。該術語亦可用於指4-10員飽和或部分不飽和環結構，其為橋聯、稠合或螺環狀環結構，其環結構包括一至三個雜原子，諸如氮、氧及硫。雜環基之實例包括(但不限於)吡咯啶、哌啶、𠰌啉、硫代𠰌啉、哌𠯤、氧雜環丁烷、氮雜環丁烷、四氫呋喃、二氫呋喃、二氫哌喃、四氫哌喃等。在一些實施例中，雜環為螺雜環(例如，2,8-二氮雜螺[4.5]癸烷)。在一些實施例中，雜環為橋聯雜環(例如，八氫-1H-4,7-甲橋異吲哚)。「螺雜環基」或「螺雜環」係指具有經由一個共有原子(稱為螺原子)連接之環之多環雜環基，其中環具有一或多個選自由以下組成之群之雜原子作為環原子：N、O及S(O) m(其中m為0至2之整數)。雜環基之代表性實例包括例如：
Figure 02_image042
。
如本文中所使用，術語「雜環基氧基」係指連接至氧之雜環基(雜環基-O-)。
如本文中所使用，術語「雜芳氧基」係指連接至氧之雜芳基(雜芳基-O-)。
如本文中所使用，術語「羥基(hydroxy/hydroxyl)」係指基團-OH。
如本文中所使用，術語「側氧基」係指基團=O。
「醫藥學上或藥理學上可接受」包括在視需要向動物或人類投與時不會產生不良、過敏性或其他不當反應之分子實體及組合物。對於人類投藥，製劑應滿足如由FDA生物製劑標準辦公室(FDA Office of Biologics standards)所要求之無菌性、發熱性及通用安全性及純度標準。
如本文中所使用，術語「醫藥學上可接受之載劑」或「醫藥學上可接受之賦形劑」係指與醫藥投藥相容之任何及所有溶劑、分散介質、包衣、等張劑及吸收延遲劑以及其類似物。此類介質及試劑用於醫藥學活性物質之用途係此項技術中熟知的。組合物亦可含有提供補充、額外或增強的治療功能之其他活性化合物。
如本文中所使用，術語「醫藥組合物」係指包含與一或多種醫藥學上可接受之載劑一起調配之如本文中所揭示之至少一種化合物的組合物。
「個體」、「患者」或「受試者」可互換地使用且包括任何動物，包括哺乳動物，較佳為小鼠、大鼠、其他嚙齒動物、兔、犬、貓、豬、牛、羊、馬或靈長類動物，且最佳為人類。本發明之化合物可投與哺乳動物，諸如人類，但亦可投與其他哺乳動物，諸如需要獸醫治療之動物，例如家畜(例如，犬、貓及其類似物)、農畜(例如，牛、羊、豬、馬及其類似物)及實驗動物(例如，大鼠、小鼠、天竺鼠及其類似物)。「調節」包括拮抗作用(例如，抑制)、促效作用、部分拮抗作用及/或部分促效作用。
在本說明書中，術語「治療有效量」意謂將引發研究人員、獸醫、醫生或其他臨床醫師所尋求之組織、系統或動物(例如，哺乳動物或人類)之生物學或醫學反應之本發明之化合物之量。本發明之化合物係以治療有效量投與以治療疾病。或者，化合物之治療有效量為實現所需治療及/或防治作用所需之量。
如本文中所使用，術語「醫藥學上可接受之鹽」係指可存在於組合物中所使用之化合物中之酸性或鹼性基團之鹽。本發明之組合物中所包括的本質上呈鹼性之化合物能夠與各種無機及有機酸形成多種鹽。可用於製備此類鹼性化合物之醫藥學上可接受之酸加成鹽的酸為形成無毒性酸加成鹽(例如，含有藥理學上可接受之陰離子之鹽)之酸，該等無毒性酸加成鹽包括(但不限於)蘋果酸鹽、草酸鹽、氯化物、溴化物、碘化物、硝酸鹽、硫酸鹽、硫酸氫鹽、磷酸鹽、酸式磷酸鹽、異菸鹼酸鹽、乙酸鹽、乳酸鹽、水楊酸鹽、檸檬酸鹽、酒石酸鹽、油酸鹽、丹寧酸鹽(tannate)、泛酸鹽、酒石酸氫鹽、抗壞血酸鹽、丁二酸鹽、順丁烯二酸鹽、龍膽酸鹽、反丁烯二酸鹽、葡萄糖酸鹽、葡糖醛酸鹽、葡糖二酸鹽、甲酸鹽、苯甲酸鹽、麩胺酸鹽、甲烷磺酸鹽、乙烷磺酸鹽、苯磺酸鹽、對甲苯磺酸鹽及雙羥萘酸鹽(亦即，1,1'-亞甲基-雙-(2-羥基-3-萘甲酸鹽))。本發明之組合物中所包括的本質上呈酸性之化合物能夠與各種藥理學上可接受之陽離子形成鹼鹽。此類鹽之實例包括鹼金屬鹽或鹼土金屬鹽，特定言之，鈣鹽、鎂鹽、鈉鹽、鋰鹽、鋅鹽、鉀鹽及鐵鹽。本發明之組合物中所包括的包括鹼性或酸性部分之化合物亦可與各種胺基酸形成醫藥學上可接受之鹽。本發明之化合物可含有酸性及鹼性基團兩者；例如，一個胺基及一個羧酸基團。在此類情況下，該化合物可以酸加成鹽、兩性離子或鹼鹽之形式存在。
本發明之化合物可含有一或多個對掌性中心，且因此以立體異構體形式存在。當在本文中使用時，術語「立體異構體」由所有鏡像異構體或非鏡像異構體組成。視立體源碳原子周圍之取代基之組態而定，此等化合物可由符號「(+)」、「(-)」、「R」或「S」指定，但熟習此項技術者將認識到，結構可隱含地表示對掌性中心。本發明涵蓋此等化合物之各種立體異構體及其混合物。在命名法中，鏡像異構體或非鏡像異構體之混合物可指定為「(±)」，但熟習此項技術者將認識到，結構可隱含地表示對掌性中心。
本發明之化合物可含有一或多個雙鍵，且因此以由碳-碳雙鍵周圍之取代基之排列所產生的幾何異構體形式存在。符號
Figure 02_image044
表示一鍵，其可為如本文中所描述之單鍵、雙鍵或參鍵。碳-碳雙鍵周圍之取代基指定為呈「 Z」或「 E」組態，其中術語「 Z」及「 E」係根據IUPAC標準使用。除非另外規定，否則描繪雙鍵之結構涵蓋「 E」及「 Z」異構體。碳-碳雙鍵周圍之取代基可替代地稱為「順式」或「反式」，其中「順式」表示雙鍵之相同側上之取代基，且「反式」表示雙鍵之相對側上之取代基。
本發明之化合物可含有碳環或雜環，且因此以由環周圍之取代基之排列所產生的幾何異構體形式存在。碳環或雜環周圍之取代基之排列指定為呈「 Z」或「 E」組態，其中術語「 Z」及「 E」係根據IUPAC標準使用。除非另外規定，否則描繪碳環或雜環之結構涵蓋「 Z」及「 E」異構體兩者。碳環或雜環周圍之取代基亦可稱為「順式」或「反式」，其中術語「順式」表示環平面之相同側上之取代基，且術語「反式」表示環平面之相對側上之取代基。取代基位於環平面之相同及相對側上的化合物之混合物指定為「順式/反式」。
本發明之化合物之個別鏡像異構體及非鏡像異構體可由含有不對稱或立體源中心之市售起始物質以合成方式製備，或藉由製備外消旋混合物，接著藉由一般熟習此項技術者熟知之解析方法來製備。此等解析方法由以下例示：(1)將鏡像異構體之混合物連接至對掌性助劑，藉由再結晶或層析來分離所得非鏡像異構體之混合物，及自助劑釋放光學純產物，(2)使用光學活性解析劑進行鹽形成，(3)在對掌性液體層析管柱上直接分離光學鏡像異構體之混合物，或(4)使用立體選擇性化學或酶試劑進行動力學解析。外消旋混合物亦可藉由熟知方法解析為其組分鏡像異構體，該等熟知方法諸如對掌性相液相層析或使化合物在對掌性溶劑中結晶。立體選擇性合成，一種在產生新的立體異構中心期間或在轉化預先存在之一者期間單一反應物形成立體異構體之不相同混合物的化學或酶反應，係此項技術中熟知的。立體選擇性合成涵蓋對映及非對映立體選擇性轉化兩者，且可涉及對掌性助劑之使用。關於實例，參見Carreira及Kvaerno, Classics in Stereoselective Synthesis, Wiley-VCH: Weinheim, 2009。
本文中所揭示之化合物可與醫藥學上可接受之溶劑(諸如水、乙醇及其類似物)以溶合以及非溶合形式存在，且本發明意欲涵蓋溶合及非溶合形式。在一個實施例中，化合物為非晶形的。在一個實施例中，化合物為單多晶型物。在另一實施例中，化合物為多晶型物之混合物。在另一實施例中，化合物呈結晶形式。
本發明亦涵蓋經同位素標記之本發明之化合物，除一或多個原子由原子質量或質量數與自然界中通常發現的原子質量或質量數不同之原子置換以外，該等經同位素標記之本發明之化合物與本文中所列舉之化合物相同。可併入本發明之化合物中之同位素之實例包括氫、碳、氮、氧、磷、硫、氟及氯之同位素，分別諸如 2H、 3H、 13C、 14C、 15N、 18O、 17O、 31P、 32P、 35S、 18F及 36Cl。舉例而言，本發明之化合物中之一或多個H原子可由氘置換。
本發明之某些經同位素標記之化合物(例如，經 3H或 14C標記之化合物)適用於化合物及/或受質組織分佈分析法。氚化(亦即， 3H)及碳-14(亦即， 14C)同位素因其易於製備及可偵測性而尤其較佳。此外，用較重之同位素(諸如氘(亦即， 2H))進行之取代可提供由較大代謝穩定性產生之某些治療優點(例如，延長之活體內半衰期或降低之劑量需求)，且因此在一些情況下可為較佳的。本發明之經同位素標記之化合物通常可藉由根據與本文中之實例中揭示之程序類似的程序，藉由用經同位素標記之試劑取代未經同位素標記之試劑來製備。
術語「前驅藥」係指在活體內轉化以得到所揭示之化合物或化合物之醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物的化合物。轉化可藉由各種機制(諸如藉由酯酶、醯胺酶、磷酸酯酶、氧化及/或還原代謝)在各種位置(諸如在腸腔中或在通過腸、血液或肝臟時)發生。前驅藥為此項技術中熟知的(例如，參見Rautio, Kumpulainen等人, Nature Reviews Drug Discovery 2008, 7, 255)。舉例而言，若本發明之化合物或化合物之醫藥學上可接受之鹽、水合物或溶劑合物含有羧酸官能基，則前驅藥可包含藉由用諸如以下之基團置換酸基之氫原子而形成之酯：(C 1-8)烷基、(C 2-12)烷基羰氧基甲基、具有4至9個碳原子之1-(烷基羰氧基)乙基、具有5至10個碳原子之1-甲基-1-(烷基羰氧基)-乙基、具有3至6個碳原子之烷氧基羰氧基甲基、具有4至7個碳原子之1-(烷氧基羰氧基)乙基、具有5至8個碳原子之1-甲基-1-(烷氧基羰氧基)乙基、具有3至9個碳原子之N-(烷氧基羰基)胺基甲基、具有4至10個碳原子之1-(N-(烷氧基羰基)胺基)乙基、3-酞基、4-巴豆酸內酯基、γ-丁內酯-4-基、二-N,N-(C 1-2)烷基胺基(C 2-3)烷基(諸如β-二甲基胺基乙基)、胺甲醯基-(C 1-2)烷基、N,N-二(C 1-2)烷基胺甲醯基-(C 1-2)烷基及哌啶基-(C 2-3)烷基、吡咯啶基-(C 2-3)烷基或(N-𠰌啉基)(C 2-3)烷基。
類似地，若本發明之化合物含有醇官能基，則前驅藥可藉由用諸如以下之基團置換醇基團之氫原子來形成：(C 1-6)烷基羰氧基甲基、1-((C 1-6)烷基羰氧基)乙基、1-甲基-1-((C 1-6)烷基羰氧基)乙基(C 1-6)烷氧基羰氧基甲基、N-(C 1-6)烷氧基羰基胺基甲基、丁二醯基、(C 1-6)烷基羰基、α-胺基(C 1-4)烷基羰基、芳基烷基羰基及α-胺基烷基羰基或α-胺基烷基羰基-α-胺基烷基羰基，其中各α-胺基烷基羰基係獨立地選自天然存在之L-胺基酸、P(O)(OH) 2、-P(O)(O(C 1-6)烷基) 2或醣苷基(由移除碳水化合物之半縮醛形式之羥基而產生的基團)。
若本發明之化合物合併有胺官能基，則前驅藥可例如藉由產生醯胺或胺基甲酸酯、N-烷基羰氧基烷基衍生物、(側氧基間二氧雜環戊烯基)甲基衍生物、N-曼尼希鹼(N-Mannich base)、亞胺或烯胺來形成。此外，二級胺可經代謝裂解以產生生物活性一級胺，或三級胺可經代謝裂解以產生生物活性一級或二級胺。舉例而言，參見Simplício等人, Molecules2008, 13, 519及其中之參考文獻。
如本文中所使用，術語「彈頭」或「彈頭基團」係指化合物上之官能基，其中該官能基能夠以可逆或不可逆方式參與具有蛋白質(例如，3C或3CL蛋白酶(例如蛋白酶上之半胱胺酸，諸如Cys 145))之反應。舉例而言，彈頭可與蛋白質形成共價鍵，或可產生穩定的過渡狀態，或為可逆或不可逆的烷基化劑。舉例而言，彈頭部分可為抑制劑上之官能基，其可參與鍵形成反應，其中在彈頭之一部分與供體(例如，蛋白質之胺基酸殘基)之間形成新的共價鍵。在實施例中，彈頭為親電子試劑且「供體」為親核試劑，諸如半胱胺酸殘基之側鏈。如本文中所提供，彈頭可包括腈或鹵基。如本文中亦提供，彈頭可包括醛、酮醯胺、羥基亞硫酸氫鹽、雜環部分、氮丙啶、環氧乙烷、環氧基酮、鹵甲基酮、羥基甲基酮、親電子酮(例如，三氟甲基酮)、醯氧基甲基酮、苯并噻唑基酮及邁克爾受體(Michael acceptor)。舉例而言，腈可為用於半胱胺酸蛋白酶抑制之可逆的共價彈頭，例如，其中作用機制可涉及用於形成硫代亞胺酸酯加合物之腈及活性半胱胺酸之間的可逆共價鍵之形成。麩胱甘肽或其他蛋白質之半胱胺酸之反應通常為可逆的，而與半胱胺酸或胺基乙基硫醇之反應通常不可逆地形成四氫噻唑加合物。應瞭解，本文中涵蓋之化合物可為可逆或不可逆的抑制劑。
例示性彈頭之實例包括(但不限於)具有氰基、鹵甲基、醛、酮醯胺、羥基亞硫酸氫鹽、雜環、環氧基酮、鹵甲基酮、羥基甲基酮、親電子酮、醯氧基甲基酮、苯并噻唑基酮或邁克爾受體之部分，例如：
Figure 02_image046
Figure 02_image048
Figure 02_image050
及-CN。
在一些實施例中，彈頭為具有氰醇或氰基丙烯酸酯部分之部分。例示性氰醇及氰基丙烯酸酯彈頭之實例包括(但不限於)：
Figure 02_image052
Figure 02_image054
Figure 02_image056
Figure 02_image058
，其中R 13bb係選自由以下組成之群：鹵素、C 1-C 6烷基、C 1-C 6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 3-C 10環烷基、-N(R eR f)及-C(O)-N(R eR f)；R e及R f係各自選自由氫及C 1-C 6烷基組成之群；或R e及R f可與其所連接之氮共同形成4-6員雜環；且在原子價允許之情況下，p為0、1、2、3或4。
在一些實施例中，彈頭為具有氰基胺或氰基醯胺部分之部分。例示性氰基胺彈頭之實例包括(但不限於)：
Figure 02_image060
Figure 02_image062
Figure 02_image064
，其中R 13bb係選自由以下組成之群：鹵素、C 1-C 6烷基、C 1-C 6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 3-C 10環烷基、-N(R eR f)及-C(O)-N(R eR f)；R e及R f係各自選自由氫及C 1-C 6烷基組成之群；或R e及R f可與其所連接之氮共同形成4-6員雜環；且在原子價允許之情況下，p為0、1、2、3或4。
在一些實施例中，彈頭為具有亞胺基-㗁唑啶酮部分之部分。例示性亞胺基-㗁唑啶酮彈頭之實例包括(但不限於)：
Figure 02_image066
。
在一些實施例中，彈頭為具有亞胺基咪唑啶酮之部分。例示性亞胺基咪唑啶酮彈頭之實例包括(但不限於)：
Figure 02_image068
，其中各R ccc及R ccc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)及C 6-C 14芳基。在一些實施例中，彈頭係選自由以下組成之群：
Figure 02_image070
Figure 02_image072
。
例示性彈頭之其他實例包括(但不限於)：
Figure 02_image074
，其中R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環。
例示性彈頭之一些其他實例包括(但不限於)：
Figure 02_image076
，其中R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基。
例示性彈頭之其他實例包括(但不限於)：
Figure 02_image078
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基；
Figure 02_image080
，其中X 2係選自由NH、O及S組成之群；X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH；R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、
Figure 02_image082
；R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基；p係選自0、1及2；且q係選自0、1及2；
Figure 02_image084
，其中X 2係選自由NH、NR P、O及S組成之群，其中R P為C 1-C 8烷基；
Figure 02_image086
， 其中R D係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 1-C 8烷基及
Figure 02_image088
；X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N；R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CH 3、-OCH 3、-OCH 2CH 3、-OCH(CH 3) 2、-CN、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；且p係選自0、1及2；-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR'及-CH xF y，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3，其中R'係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基；及-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。
熟習此項技術者應瞭解，本文中所揭示之包括以上彈頭之化合物亦涵蓋此等化合物之前驅體，舉例而言，彈頭中涉及之氰基部分可由例如鹵基部分置換。
熟習此項技術者應瞭解，本文中所揭示之化合物亦可不可逆地結合，或可經由任何其他作用機制以其他方式抑制例如病毒蛋白質。
如本文中所使用，術語「抑制劑」係指以可量測之親和力結合於及/或抑制目標蛋白酶之化合物。
如本文中所使用，術語「可逆」或「可逆抑制劑」係指與蛋白酶以在蛋白酶與抑制劑結合時抑制蛋白酶之活性之方式締合，但不與蛋白酶以在蛋白酶不再與抑制劑結合時抑制蛋白酶之活性之方式締合之蛋白酶抑制劑。可逆抑制劑可藉由以下方式來實現抑制：與受質競爭結合於蛋白酶之活性位點(競爭性可逆抑制劑)，或以使得複合物成為非活性之方式與結合於受質之蛋白酶締合(非競爭性可逆抑制劑)，或以抑制蛋白酶及/或蛋白酶-受質複合物中之任一者及/或兩者之活性的方式與蛋白酶及/或蛋白酶-受質複合物締合。
如本文中所使用，術語「不可逆」或「不可逆抑制劑」係指能夠以實質上非可逆方式共價鍵結至目標蛋白酶之抑制劑(亦即，化合物)。在發生共價鍵形成後，不可逆抑制劑將保持實質上結合於目標蛋白酶。不可逆抑制劑通常顯示時間依賴性，藉此抑制程度隨著抑制劑與酶接觸的時間而增加。在某些實施例中，在發生共價鍵形成後，不可逆抑制劑將保持實質上結合於目標蛋白酶且將在比蛋白質之壽命長的時段內保持結合。 I. 可逆或不可逆病毒性蛋白酶抑制劑化合物
本發明係部分關於抑制病毒性蛋白酶之化合物。病毒性蛋白酶之實例包括(但不限於)組織蛋白酶K、冠狀病毒主要蛋白酶(Mpro)、凋亡蛋白酶3、鈣蛋白酶1及組織蛋白酶S。因此，在各種實施例中，本發明之化合物(例如，式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A或IV-B化合物)為病毒性蛋白酶抑制劑，其中病毒性蛋白酶係選自由以下組成之群：組織蛋白酶K、冠狀病毒主要蛋白酶(Mpro)、凋亡蛋白酶3、鈣蛋白酶1及組織蛋白酶S。在某些實施例中，病毒性蛋白酶為冠狀病毒主要蛋白酶(Mpro)。在一些實施例中，病毒性蛋白酶為組織蛋白酶K。在一些實施例中，病毒性蛋白酶為凋亡蛋白酶3。在一些實施例中，病毒性蛋白酶為鈣蛋白酶1。在一些實施例中，病毒性蛋白酶為組織蛋白酶S。
本文中亦提供由以下表示之化合物：
Figure 02_image090
式II， 或其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯或前驅藥，其中： R 3a係選自
Figure 02_image092
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A；R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代；R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基；R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基；或R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員雜環、NR G或C 3-C 10環烷基；R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；R A在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、-CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-C(O)-OC(CH 3) 3、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環基，其中R B、烷基、雜環基、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基及側氧基；R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R B或R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代；或R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單環或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 6環烷基、茀基甲氧基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基；R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-O-(R xx)-OCH 3、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、-O-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中兩個偕位C 1-C 8烷基可接合在一起以與其所連接之碳共同形成視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵素、羥基及側氧基之取代基取代之C 3-C 6環烷基；且其中烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代；R G係選自由以下組成之群：氫、視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1-6烷基、視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1-6烷基、-C(=O)-C 3-6環烷基、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環基)及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代；R gg在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m；R hh在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環基及C 1-C 6烷氧基；R jj在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、側氧基、羥基、氰基、C 1-C 6烷基、C 1-6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 1-6鹵烷氧基、C 3-6環烷基、SF 5及NH 2；R m在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-3烷基、苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基；其中C 1-3烷基、苯基及C 3-6環烷基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代；R xx為-(OCH 2CH 2) nn-，其中nn係選自1、2、3、4、5及6；R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CF 3、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH；A為彈頭；且X係選自由C(R xy)及N組成之群，其中R xy係選自由以下組成之群：H、D、-OH、-NH 2、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基及C 1-C 8烷氧基。
在一些實施例中，R 3b為氫。
在某些實施例中，本文中揭示由式II-A表示之化合物：
Figure 02_image094
式II-A。
在某些實施例中，本文中揭示由式II-B表示之化合物：
Figure 02_image096
式II-B。
在各種實施例中，本文中揭示由式II-C表示之化合物：
Figure 02_image098
式II-C。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-D-A或式II-D-B表示之化合物：
Figure 02_image100
(式II-D-A)或
Figure 02_image102
(式II-D-B)。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-E-A或式II-E-B表示之化合物：
Figure 02_image104
(式II-E-A)或
Figure 02_image106
(式II-E-B)。
在一些實施例中，本文中提供由式II-F表示之化合物：
Figure 02_image108
式II-F。
在一些實施例中，本文中提供由式II-G表示之化合物：
Figure 02_image110
式II-G。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-H-A或式II-H-B表示之化合物：
Figure 02_image112
(式II-H-A)，或
Figure 02_image114
(式II-H-B)， 其中pp係選自0、1、2及3。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-E表示之化合物：
Figure 02_image116
(式II-E)， 其中ss係選自0、1、2及3，且mm係選自1、2及3。
在其他實施例中，本文中揭示由式II-E-II表示之化合物：
Figure 02_image118
(式II-E-II)， 其中ss係選自0、1、2及3，且mm係選自1、2及3。
在一些實施例中，本文中揭示由式II-I表示之化合物：
Figure 02_image120
式II-I， 或其醫藥學上可接受之鹽，其中： R 3為
Figure 02_image122
；R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基；R B係選自由以下組成之群：具有一個環氮之9-10員雙環雜芳基、C 1-C 6烷基及C 2-C 3烯基；其中R B視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 3烷氧基、NHR m及苯基(視情況經一個或兩個鹵素取代)；且R m為C 1-C 3烷基或-C(O)-C 1-3烷基，其中C 1-C 3烷基獨立地視情況經一個、兩個或三個鹵素取代。
在某些實施例中，R 3a為
Figure 02_image124
，其中R xy係選自由以下組成之群：H、D、OH、NH 2、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基及C 1-C 8烷氧基。在實施例中，R xy係選自由以下組成之群：H、D、CH 3、CH 2CH 3、F及CF 3。在一些實施例中，R xy為F。在一些實施例中，R xy為CF 3。在一些實施例中，R xy為CH 3。在一些實施例中，R xy為H。
在各種實施例中，X係選自由以下組成之群：CH、CD、C(CH 3)、C(CH 2CH 3)、N、CF、CCl、CBr、C(CHF 2)、C(CH 2F)及C(CF 3)。在一些實施例中，X為CH。在一些實施例中，X為CD。在一些實施例中，X為C(CH 3)。在一些實施例中，X為C(CF 3)。在一些實施例中，X為CF。在一些實施例中，X為N。
在一些實施例中，A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image126
Figure 02_image128
， 其中R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代；R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基；R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自獨立地選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環；R cd係選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群；且R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。
在實施例中，A係選自由以下組成之群：-CN,
Figure 02_image130
Figure 02_image132
Figure 02_image134
。
在實施例中，R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image136
Figure 02_image138
。
在實施例中，R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。
在實施例中，R 1b為氫。
在某些實施例中，R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image140
。
在某些實施例中，R 3a為4-10員雜環。
在一些實施例中，R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image142
Figure 02_image144
。
在一些實施例中，R 3為4-10員雜環。
在一些實施例中，R 3係選自
Figure 02_image146
。在一些實施例中，R 3為
Figure 02_image148
(例如，
Figure 02_image150
)，其中R x3在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基、C 3-C 6環烷基及C 1-C 8烷氧基；且pp係選自0、1、2及3。在一些實施例中，R 3為
Figure 02_image152
。在一些實施例中，R 3為
Figure 02_image154
。在一些實施例中，R 3為
Figure 02_image156
。在一些實施例中，R 3為
Figure 02_image158
。在一些實施例中，R 3為
Figure 02_image160
，且R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基。
在一些實施例中，R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image162
Figure 02_image164
Figure 02_image166
Figure 02_image168
。
在一些實施例中，R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image170
Figure 02_image172
Figure 02_image174
Figure 02_image176
。
在一些實施例中，R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image178
Figure 02_image180
Figure 02_image182
Figure 02_image184
。
在各種實施例中，R 2為-NHC(O)R B。在各種實施例中，R B為5-10員雜芳基。在各種實施例中，R B為雙環雜芳基(例如，9員雜芳基)。在各種實施例中，R B係經取代的。在各種實施例中，R B係未經取代的。在各種實施例中，R B經鹵素取代。在各種實施例中，R B經-OCH 3取代。在各種實施例中，R B經-OH取代。在各種實施例中，R B經C 1-C 8烷基取代。在各種實施例中，R B經C 1-C 8烷氧基取代。在各種實施例中，R 2係經取代的。在各種實施例中，R 2係未經取代的。在各種實施例中，R 2經鹵素取代。在各種實施例中，R 2經-OCH 3取代。在各種實施例中，R 2經-OH取代。在各種實施例中，R 2經C 1-C 8烷基取代。在各種實施例中，R 2經C 1-C 8烷氧基取代。
在一些實施例中，R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image186
Figure 02_image188
Figure 02_image190
Figure 02_image192
Figure 02_image194
Figure 02_image196
Figure 02_image198
。
在一些實施例中，R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image200
Figure 02_image202
Figure 02_image204
；其中R 1b為H。
在一些實施例中，R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image206
Figure 02_image208
Figure 02_image210
Figure 02_image212
Figure 02_image214
；其中R 1b為H。
在一些實施例中，R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image216
Figure 02_image218
Figure 02_image220
Figure 02_image222
；其中R 1b為H。
在一些實施例中，R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image224
Figure 02_image226
Figure 02_image228
Figure 02_image230
；其中R 1b為H。
在一些實施例中，R G係選自由以下組成之群：氫；視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1-6烷基；視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1-6烷基；-C(=O)-C 3-6環烷基；-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(5-10員雜芳基)；-C(O)-(4-10員雜環基)及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代。
在一些實施例中，R G係選自由以下組成之群：氫；視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1-6烷基；視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1-6烷基；及-C(=O)-C 3-6環烷基。
在其他實施例中，R G係選自由以下組成之群：-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環基)及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代。
在一些實施例中，R gg在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m。在其他實施例中，R hh在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環基及C 1-C 6烷氧基。在其他實施例中，R jj在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、側氧基、羥基、氰基、C 1-C 6烷基、C 1-6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 1-C 6鹵烷氧基、C 3-6環烷基、SF 5及NH 2。
在某些實施例中，R m在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個F取代)、苯基(視情況經鹵基取代)、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基(視情況經一個、兩個或三個F取代)及5-6員雜芳基。
在一些實施例中，R G係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m)及C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基及雜環，其中R m在每次出現時係選自H及C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵素(例如，F)取代)，或C 3-C 6環烷基(視情況經一個、兩個或三個F取代)。
在一些實施例中，R G係選自由以下組成之群：5-6員單環-C(O)-雜芳基或8-10員雙環-C(O)-雜芳基，其各自具有至少一個環氮且視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵基、甲氧基、氰基及羥基之取代基取代；及-C(O)-C(R 55R 56)-NH-C(O)-R 57，其中R 55為H且R 56為直鏈或分支鏈C 1-5烷基(視情況經鹵基取代)，或R 55及R 56與其所連接之碳共同形成C 3-5環烷基(視情況經鹵基取代)且其中R 57為C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代)。
在一些實施例中，R G係選自由以下組成之群：
Figure 02_image232
Figure 02_image234
Figure 02_image236
Figure 02_image238
。
在一些實施例中，R G為
Figure 02_image240
。
在一些實施例中，所揭示之化合物由下式表示：
Figure 02_image242
，例如
Figure 02_image244
， 其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基(例如，三級丁基、丙基、環丙基)、苯基及雜環基；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時選自H、甲基及CF 3。
在一些實施例中，所揭示之化合物由下式表示：
Figure 02_image246
，其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環基；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基及CF 3。
在一些實施例中，所揭示之化合物由下式表示：
Figure 02_image248
，其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環基；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基及CF 3。
在一些實施例中，所揭示之化合物由下式表示：
Figure 02_image250
，其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個C 1-C 6烷氧基取代)、C 3-6環烷基、苯基及雜環基；且R G2係選自由以下組成之群：-NH(C 1-3烷基)(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)及-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代)、CHF 2、CF 3及5-6員雜芳基(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基、CHF 2或CF 3取代)。
在一些實施例中，所揭示之化合物由下式表示：
Figure 02_image252
， 其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個C 1-C 6烷氧基取代)、C 3-6環烷基、苯基及雜環基；且R G2係選自由以下組成之群：-NH(C 1-3烷基)(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)及-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代)、CHF 2、CF 3及5-6員雜芳基(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基、CHF 2或CF 3取代)。
在一些實施例中，R G3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image254
Figure 02_image256
。
在一些實施例中，R G2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image258
Figure 02_image260
Figure 02_image262
Figure 02_image264
；其中R F係選自由以下組成之群：C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及5-6員雜芳基，其中R F可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵基、氰基、羥基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代；且X F係選自由以下組成之群：H、鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基及C 1-6鹵烷基。
在一些實施例中，R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image266
Figure 02_image268
Figure 02_image270
Figure 02_image272
Figure 02_image274
Figure 02_image276
Figure 02_image278
。
本文中亦揭示由式IV-A或式IV-B表示之化合物：
Figure 02_image280
或其醫藥學上可接受之鹽或立體異構體，其中： R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； 或R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員雜環、NR G或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、-CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-C(O)-OC(CH 3) 3、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環基，其中R B、烷基、雜環基、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基及側氧基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R B或R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； 或R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單環或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 6環烷基、茀基甲氧基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-O-(R xx)-OCH 3、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、-O-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； 其中兩個偕位C 1-C 8烷基可接合在一起以與其所連接之碳共同形成視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵素、羥基及側氧基之取代基取代之C 3-C 6環烷基；及 其中烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自獨立地選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代； R G係選自由以下組成之群：氫；視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1-6烷基；視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1-6烷基；-C(=O)-C 3-6環烷基；-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(5-10員雜芳基)；-C(O)-(4-10員雜環基)；及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代； R gg在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m； R hh在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環基及C 1-C 6烷氧基； R jj在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、側氧基、羥基、氰基、C 1-C 6烷基、C 1-6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 3-6環烷基、SF 5及NH 2； R m在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-3烷基、苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基；其中C 1-3烷基、苯基及C 3-6環烷基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代； R xx為-(OCH 2CH 2) nn-，其中nn係選自1、2、3、4、5及6；及 R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CF 3、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、5-10員雜芳基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH。
在一些實施例中，所揭示之化合物係選自由以下表1及表2中鑑別之化合物組成之群： 表 1.例示性化合物.
Figure 02_image282
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表 2.例示性化合物.
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II. 方法
本發明之另一態樣提供用於治療罹患病毒感染，例如冠狀病毒感染之患者之方法。特定言之，在某些實施例中，本發明提供用於治療所涵蓋之醫學適應症之方法，其包含向有需要之受試者投與治療有效量之本文中所描述之化合物，諸如式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A或IV-B之化合物。
在某些實施例中，本發明提供用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物中之任一者。在一些實施例中，病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒(ebola virus)、麻疹病毒、腸病毒(例如腸病毒71 (EV71))、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。在某些實施例中，病毒感染為冠狀病毒感染。在一些實施例中，病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。在實施例中，病毒感染為SARS-CoV-2。
在一些實施例中，病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：杯狀病毒(calicivims)、MD145、鼠類諾羅病毒(murine norovirus)、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、豬鐵士古病毒(porcine teschovirus)、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒、EV-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、諾羅病毒、人類鼻病毒(HRV)、A型肝炎病毒(HAV)及口蹄疫病毒(FMDV)。
在實施例中，病毒感染為沙狀病毒感染。在一些實施例中，沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒(Junin virus)、拉沙病毒(Lassa virus)、盧約病毒(Lujo virus)、馬丘波病毒(Machupo virus)及薩比亞病毒(Sabia virus)。在一些實施例中，病毒感染為流感感染。在一些實施例中，流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。
本發明之另一態樣提供用於治療罹患病毒感染，例如諾羅病毒感染之患者之方法。在一些實施例中，本發明提供用於治療有需要之患者中之由諾羅病毒引起之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物中之任一者。
在某些實施例中，本文中亦提供用於抑制病毒傳播之方法、抑制病毒複製之方法、最小化病毒蛋白質之表現之方法或抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶病毒之患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物及/或使有效量的本文中所描述之化合物與病毒感染之細胞接觸。在一些實施例中，該方法進一步包含投與另一種治療劑。在一些實施例中，該方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。在實施例中，抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林(ribavirin)、法匹拉韋(favipiravir)、ST-193、奧司他韋(oseltamivir)、紮那米韋(zanamivir)、帕拉米韋(peramivir)、丹諾普韋(danoprevir)、利托那韋(ritonavir)、瑞德西韋(remdesivir)、考比西他(cobicistat)、埃替格韋(elvitegravir)、安卓西他賓(emtricitabine)、替諾福韋(tenofovir)、替諾福韋雙索酯(tenofovir disoproxil)、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺(tenofovir alafenamide hemifumarate)、阿巴卡韋(abacavir)、都魯拉韋(dolutegravir)、依法韋侖(efavirenz)、艾巴司韋(elbasvir)、利帕斯韋(ledipasvir)、格卡匹韋(glecaprevir)、索非布韋(sofosbuvir)、比特雷韋(bictegravir)、達薩布韋(dasabuvir)、拉美芙錠(lamivudine)、阿紮那韋(atazanavir)、奧比他韋(ombitasvir)、拉美芙錠、司他夫定(stavudine)、奈韋拉平(nevirapine)、利匹韋林(rilpivirine)、帕利瑞韋(paritaprevir)、西咪匹韋(simeprevir)、達卡他韋(daclatasvir)、革佐匹韋(grazoprevir)、匹布他韋(pibrentasvir)、阿德福韋(adefovir)、安普那韋(amprenavir)、阿普林津(ampligen)、阿普納維(aplaviroc)、抗山羊抗體、巴拉福韋(balavir)、卡伯格韋(cabotegravir)、阿糖胞苷(cytarabine)、依可立維(ecoliever)、表沒食子兒茶素沒食子酸酯(epigallocatechin gallate)、依曲韋林(etravirine)、福斯薩維(fostemsavir)、吉西他濱(gemcitabine)、格里菲斯辛(griffithsin)、異丙肌苷(imunovir)、茚地那韋(indinavir)、馬拉維若(maraviroc)、美替沙腙(methisazone)、MK-2048、奈非馬韋(nelfmavir)、奈韋拉平(nevirapine)、硝唑尼特(nitazoxanide)、諾爾韋(norvir)、普樂沙福(plerixafor)、PRO 140、雷特格韋(raltegravir)、普拉咪定(pyramidine)、沙奎那韋(saquinavir)、替比夫定(telbivudine)、TNX-355、發昔洛韋(valacyclovir)、VIR-576及紮西他濱(zalcitabine)。在一些實施例中，另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋(aciclovir)、阿克洛韋(acyclovir)、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾(arbidol)、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣(atripla)、波普瑞韋(boceprevir)、西多福韋(cidofovir)、可比韋(combivir)、達盧那韋(darunavir)、多可沙諾(docosanol)、依度尿苷(edoxudine)、進入抑制劑、因提弗(entecavir)、泛昔洛韋(famciclovir)、福米韋生(fomivirsen)、夫沙那韋(fosamprenavir)、膦甲酸(foscarnet)、膦乙醇(fosfonet)、更昔洛韋(ganciclovir)、伊巴他濱(ibacitabine)、英木洛韋(immunovir)、碘苷(idoxuridine)、咪喹莫特(imiquimod)、肌苷(inosine)、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋(lopinavir)、洛韋胺(loviride)、嗎啉脒胍(moroxydine)、多吉美(nexavir)、核苷類似物、噴昔洛韋(penciclovir)、普可那利(pleconaril)、鬼臼毒素(podophyllotoxin)、利巴韋林、替拉那韋(tipranavir)、曲氟尿苷(trifluridine)、曲利志韋(trizivir)、曲金剛胺(tromantadine)、特魯瓦達(truvada)、伐昔洛韋(valaciclovir)、纈更昔洛韋(valganciclovir)、維克維若(vicriviroc)、阿糖腺苷(vidarabine)、偉拉咪定(viramidine)及佐多夫定(zodovudine)。在實施例中，其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地(enfuvirtide)、金剛胺(amantadine)、金剛烷乙胺(rimantadine)、普可那利(pleconaril)、阿昔洛韋、齊多夫定(zidovudine)、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素(rifampicin)、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。
所涵蓋之患者不僅包括人類，且亦包括其他動物，諸如伴侶動物(例如，犬、貓)、家畜(例如牛、豬)及野生動物(例如，猴、蝙蝠、蛇)。
因此，在一個實施例中，本文中描述用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物(例如，如本文中所描述之式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A或IV-B之化合物)或其醫藥學上可接受之鹽。
所涵蓋之其他治療方法包括藉由向有需要之受試者投與有效量的本文中所揭示之化合物來治療或改善病毒感染病狀或共生病之方法。
例示性共生病包括肺病、心臟病症、內分泌病症、呼吸病症、肝病症、骨骼病症、精神病症、代謝病症及生殖病症。
在一些實施例中，病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。在一些實施例中，病毒感染為冠狀病毒感染。在一些實施例中，病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。在一些實施例中，病毒感染為SARS-CoV-2。在一些實施例中，病毒感染為沙狀病毒感染。在一些實施例中，沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。在一些實施例中，病毒感染為流感感染。在一些實施例中，流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。在一些實施例中，病毒感染為呼吸道病毒感染。在一些實施例中，病毒感染為上呼吸道病毒感染或下呼吸道病毒感染。在一些實施例中，該方法進一步包含投與另一種治療劑。
在某些實施例中，病毒係選自由以下組成之群：反轉錄病毒(例如，人類免疫缺乏病毒(HIV)、猿猴免疫缺乏病毒(SIV)、人類T細胞嗜淋巴細胞性病毒(HTLV)-1、HTLV-2、HTLV-3、HTLV-4)、埃博拉病毒、A型肝炎病毒、B型肝炎病毒、C型肝炎病毒、單純疱疹病毒(HSV)(例如，HSV-1、HSV-2、水痘帶狀疱疹病毒、細胞巨大病毒)、腺病毒、正黏病毒(例如，A型流感病毒、B型流感病毒、C型流感病毒、D型流感病毒、披衣病毒(togavirus))、黃病毒(例如，登革熱病毒(dengue virus)、茲卡病毒(Zika virus))、西尼羅河病毒(West Nile virus)、東非瑞夫特河谷羊熱病病毒(Rift Valley fever virus)、沙狀病毒、克里米亞-岡果出血熱病毒(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus)、埃可病毒(echovirus)、鼻病毒、科沙奇病毒(coxsackie virus)、冠狀病毒(例如，嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2 (SARS-CoV-2)、冠狀病毒2019 (COVID-19)、呼吸道融合性病毒、腮腺炎病毒、輪狀病毒、麻疹病毒、風疹病毒、細小病毒(例如，腺相關病毒)、痘瘡病毒、天花病毒、軟疣病毒、牛白血病病毒、牛腹瀉病毒、脊髓灰白質炎病毒、聖路易腦炎病毒(St. Louis encephalitis virus)、日本腦炎病毒(Japanese encephalitis virus)、蜱傳腦炎病毒、莫雷谷病毒(Murray Valley virus)、波瓦生病毒(Powassan virus)、羅西奧病毒(Rocio virus)、跳躍病病毒(louping-ill virus)、斑齊病毒(Banzi virus)、伊利烏斯病毒(Ilheus virus)、科科貝拉病毒(Kokobera virus)、庫京病毒(Kunjin virus)、阿爾弗病毒(Alfuy virus)、狂犬病病毒(rabies virus)、多瘤病毒(例如，JC病毒、BK病毒)、α病毒及風疹病毒屬(rubivirus)(例如，風疹病毒(rubella virus))。
在某些實施例中，疾病或病症為病毒感染，例如選自由以下組成之群之疾病或病症：後天性免疫缺乏症候群(AIDS)、HTLV-1相關脊髓病/熱帶痙攣性截癱、埃博拉病毒疾病、A型肝炎、B型肝炎、C型肝炎、疱疹、帶狀疱疹、急性水痘、單核白血球增多症、呼吸道感染、肺炎、流感、登革熱、腦炎(例如，日本腦炎、聖路易腦炎或蜱傳腦炎，諸如波瓦生腦炎(Powassan encephalitis))、西尼羅河熱(West Nile fever)、里夫特谷熱(Rift Valley fever)、克里米亞-岡果出血熱、凱薩努森林疾病(Kyasanur Forest disease)、黃熱病、茲卡熱(Zika fever)、無菌性腦膜炎、心肌炎、感冒、肺部感染、傳染性軟疣(molloscum contagiosum)、地方性牛白血病、冠狀病毒疾病2019 (COVID-19)、流行性腮腺炎、胃腸炎、麻疹、風疹、拍打臉頰病、天花、疣(例如，生殖器疣)、傳染性軟疣、脊髓灰質炎、狂犬病及玫瑰糠疹(pityriasis rosea)。
在一些實施例中，病毒為RNA病毒(具有由RNA構成之基因體)。RNA病毒可為單股RNA (ssRNA)或雙股RNA (dsRNA)。與DNA病毒相比，RNA病毒具有高突變率，因為RNA聚合酶不具有校讀能力(參見Steinhauer DA, Holland JJ (1987). 「Rapid evolution of RNA viruses」. Annu. Rev. Microbiol. 41: 409-33)。在一些實施例中，RNA病毒為正股RNA病毒(例如，SARS-CoV病毒、脊髓灰質炎病毒、科沙奇病毒、腸病毒、人類鼻病毒、腳/口病病毒、腦心肌炎病毒、登革熱病毒、茲卡病毒、C型肝炎病毒或新城疫病毒(New Castle Disease virus))。
藉由基因體之類型將RNA病毒分類(雙股、陰性(-)或陽性(+)單股)。雙股RNA病毒含有許多不同RNA分子，各自編碼一或多種病毒蛋白質。正義ssRNA病毒直接將其基因體用作mRNA；宿主細胞內之核糖體將mRNA轉譯成單一蛋白質，該單一蛋白質接著經修飾以形成病毒複製所需之各種蛋白質。一種此類蛋白質為RNA依賴性RNA聚合酶(RNA複製酶)，其複製病毒性RNA以形成雙股、複製形式。反義ssRNA病毒具有由RNA複製酶複製之基因體，以產生用於複製之正義RNA。因此，病毒包含RNA複製酶。接著，所得正義RNA充當病毒性mRNA且由宿主核糖體轉譯。在一些實施例中，病毒為dsRNA病毒。在一些實施例中，病毒為陰性ssRNA病毒。在一些實施例中，病毒為陽性ssRNA病毒。在一些實施例中，陽性ssRNA病毒為冠狀病毒。
SARS-CoV2，有時亦稱為2019新穎冠狀病毒或2019-nCoV，為正義單股RNA病毒。SARS-CoV-2具有四種結構蛋白質，稱為S (刺突)、E (包膜)、M (膜)及N (核蛋白殼)蛋白質。N蛋白質將RNA基因體保持在一起；S、E及M蛋白質形成病毒包膜。刺突蛋白使病毒連接至宿主細胞(諸如人類細胞中之ACE2受體)之膜(Kruse R.L. (2020), Therapeutic strategies in an outbreak scenario to treat the novel coronavirus originating in Wuhan, China (第2版). F1000Research, 9:72)。SARS-CoV2為全球流行的冠狀病毒疾病2019 (COVID19)之高傳染性、致病性病毒劑。
在一些實施例中，病毒為DNA病毒(具有由DNA構成之基因體)。例示性DNA病毒包括(但不限於)細小病毒(例如，腺相關病毒)、腺病毒、非洲豬瘟病毒(asfarviruses)、疱疹病毒(例如，單純疱疹病毒1及2 (HSV-1及HSV-2)、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus；EBV)、細胞巨大病毒(CMV))、乳頭狀瘤病毒(例如，HPV)、多瘤病毒(例如，猴空泡病毒40 (SV40))及痘病毒(例如，痘瘡病毒、牛痘病毒、天花病毒、禽痘病毒、羊痘病毒、黏液瘤病毒)。例示性RNA病毒包括(但不限於)布尼亞病毒(bunyaviruses)(例如，漢坦病毒(hantavirus))、冠狀病毒、黃病毒(例如，黃熱病病毒、西尼羅河病毒、登革熱病毒)、肝炎病毒(例如，A型肝炎病毒、C型肝炎病毒、E型肝炎病毒)、流感病毒(例如，A型流感病毒、B型流感病毒、C型流感病毒)、麻疹病毒、腮腺炎病毒、杯狀病毒、諾羅病毒(例如，諾沃克病毒(Norwalk virus))、脊髓灰白質炎病毒、呼吸道融合性病毒(RSV)、反轉錄病毒(例如，人類免疫缺乏病毒-1 (HIV-1))及環曲病毒(toroviruses)。
本文中所描述之方法可抑制病毒複製傳播、複製、組裝或釋放，或最小化病毒蛋白質之表現。在一個實施例中，本文中描述用於抑制病毒傳播之方法、抑制病毒複製之方法、最小化病毒蛋白質之表現之方法或抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶病毒之患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物或其醫藥學上可接受之鹽，及/或使有效量的本文中所描述之化合物或其醫藥學上可接受之鹽與病毒感染之細胞接觸。
本文中亦描述用於治療有需要之受試者中之呼吸道病症之方法，其包含向患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物(例如，本文中所描述之式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A或IV-B之化合物等)或其醫藥學上可接受之鹽。在某些實施例中，呼吸道病症係選自由以下組成之群：慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、纖維化、慢性哮喘、急性哮喘、因環境暴露繼發之肺病、急性肺部感染、慢性肺部感染、a1抗胰蛋白酶疾病、囊腫性纖維化及自體免疫疾病。在一些實施例中，呼吸道病症與心臟病發作相關聯。
本文中亦描述用於治療有需要之受試者中之與組織蛋白酶(例如，組織蛋白酶K)相關聯之病症之方法，其包含向患者投與治療有效量之本文中所描述之化合物(例如，本文中所描述之式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A或IV-B之化合物等)或其醫藥學上可接受之鹽。在一些實施例中，病症為組織蛋白酶依賴性病狀或疾病。在實施例中，病症係選自由以下組成之群：乳癌、緻密成骨不全症、神經膠母細胞瘤、骨硬化、骨質疏鬆、糖皮質激素誘導之骨質疏鬆、佩吉特氏病(Paget's disease)、異常增加之骨骼轉換、牙周病、牙缺失、骨骼破裂、類風濕性關節炎、骨關節炎、假體周圍骨質溶解、成骨不全、動脈粥樣硬化、肥胖症、青光眼、慢性阻塞性肺病、轉移性骨骼疾病、惡性血鈣過多及多發性骨髓瘤。
本文中所描述之化合物，例如本文中所定義之式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A、IV-B之化合物等，可與一或多種其他治療劑組合投與以治療本文中所描述之病症，諸如由本文中所描述之病原體(例如，病毒、真菌或原蟲)引起之感染。為了清楚起見，本文中涵蓋包含所揭示之化合物及諸如本文中所揭示之另一種治療劑之固定組合物，及單獨投與所揭示之化合物及所揭示之治療劑之方法。舉例而言，本發明提供包含本文中所描述之化合物(例如，本文中所定義之式I化合物)、一或多種其他治療劑及醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。在一些實施例中，投與如本文中所定義之式I化合物及一種其他治療劑。在一些實施例中，投與如本文中所定義之所揭示之化合物及兩種其他治療劑。在一些實施例中，投與如本文中所定義之所揭示之化合物及三種其他治療劑。可藉由投與兩種或更多種治療劑來實現組合療法，該兩種或更多種治療劑中之每一者係單獨調配及投與。舉例而言，可單獨調配及投與如本文中所定義之式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A、IV-B之化合物等及其他治療劑。亦可藉由在單一調配物中投與兩種或更多種治療劑來實現組合療法，該單一調配物例如為包含作為一種治療劑之式I化合物及一或多種其他治療劑(諸如抗生素、病毒性蛋白酶抑制劑或抗病毒核苷抗代謝物)之醫藥組合物。舉例而言，如本文中所定義之式I化合物及其他治療劑可在單一調配物中投與。組合療法亦涵蓋其他組合。儘管組合療法中之兩種或更多種藥劑可同時投與，但其無需如此。舉例而言，第一藥劑(或藥劑組合)之投與可比第二藥劑(或藥劑組合)之投與提前數分鐘、數小時、數天或數週。因此，兩種或更多種藥劑的投與可彼此在數分鐘內，或彼此在1、2、3、6、9、12、15、18或24小時內，或彼此在1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14天內，或彼此在2、3、4、5、6、7、8、9週或數週內。在一些情況下，甚至更長的間隔亦為可能的。儘管在許多情況下，期望組合療法中使用之兩種或更多種藥劑同時存在於患者身體內，但其無需如此。
組合療法亦可包括使用組分藥劑之不同順序進行的組合中所使用之藥劑中之一或多者的兩次或更多次投與。舉例而言，若組合使用藥劑X及藥劑Y，則可將其以任何組合形式依序投與一或多次，例如，按X-Y-X、X-X-Y、Y-X-Y、Y-Y-X、X-X-Y-Y等之順序。
在一些實施例中，可與本文中所提供之化合物組合投與之一或多種其他治療劑可為抗生素、病毒性蛋白酶抑制劑、抗病毒抗代謝物、趨溶酶體劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑(例如，EIDD-2801，其亦稱為MOLNUPIRAVIR)、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、病毒進入抑制劑、整合酶抑制劑、干擾素(例如，I、II及III型)或核苷類似物。在一些實施例中，可與本文中所提供之化合物組合投與之一或多種其他治療劑可為類固醇(例如，皮質類固醇，諸如貝塞米松(bethamethasone)、潑尼松(prednisone)、潑尼松龍(prednisolone)、曲安西龍(triamcinolone)、甲基潑尼松龍(methylprednisolone)、地塞米松(dexamethasone)；鹽皮質激素，諸如氟可體松(fludrocortisone)；糖皮質激素，諸如氫化可的松(hydrocortisone)、可的松(cortisone)、伊塞米松(ethamethasoneb)、潑尼松(prednisone)、潑尼松龍、曲安西龍、地塞米松；維生素D，諸如二氫速留醇(dihydrotachysterol)；雄激素，諸如艾泊同(apoptone)、氧雄龍(oxandrolone)、羥勃龍(oxabolone)、睪固酮、諾龍(nandrolone)(亦稱為同化類固醇)；雌激素，諸如己烯雌酚(diethylstilbestrol)；孕激素，諸如達那唑(danazol)、炔諾酮(norethindrone)、乙酸甲羥孕酮(medroxyprogesterone acetate)、己酸17-羥助孕酮；及孕激素，諸如米非司酮(mifepristone)及孕三烯酮(gestrinone))或免疫調節劑(例如，6-巰基嘌呤、6MP、阿氟隆N (Alferon N)、阿那白滯素(anakinra)、阿卡麗斯(Arcalyst)、阿溫耐克斯(Avonex)、AVOSTARTGRIP、巴非塔姆(Bafiertam)、貝瑞諾特(Berinert)、倍泰龍(Betaseron)、BG-12、重組C1酯酶抑制劑、人類C1抑制劑、西瑞茨(Cinryze)、克帕松(Copaxone)、反丁烯二酸二甲酯、反丁烯二酸地羅西美(diroximel fumarate)、艾卡拉肽(ecallantide)、伊魯單抗(emapalumab)、伊魯單抗-lzsg、伊塔維(Extavia)、芬戈莫德(fingolimod)、菲拉茲爾(Firazyr)、加米凡特(Gamifant)、吉倫亞(Gilenya)、格拉默(glatiramer)、格拉托帕(Glatopa)、海加瑞達(Haegarda)、艾替班特(icatibant)、幹複津(Infergen)、干擾素α n3、干擾素alfacon 1、干擾素β 1a、干擾素β 1b、卡爾比特(Kalbitor)、基尼瑞特(Kineret)、巰基嘌呤、反丁烯二酸單甲酯、聚乙二醇化干擾素β-1a、普勒瑞迪(Plegridy)、普瑞爾(Purinethol)、普利坦(Purixan)、立比扶(Rebif)、立比扶立比多西(Rebif Rebidose)、瑞米西爾-L (remestemcel-L)、利納西普(rilonacept)、羅派干擾素α 2b(ropeginterfer alfa 2b)、魯克斯特(Ruconest)、瑞尼西爾(Ryoncil)、司妥昔單抗(siltuximab)、蘇替莫單抗(sutimlimab)、塞文特(Sylvant)、泰非德拉(Tecfidera)及烏米瑞特(Vumerity))。在一些實施例中，該一或多種其他治療劑為組織蛋白酶L。在一些實施例中，該一或多種其他治療劑為去氫膜海鞘素B (亦稱為普替德新(Plitidepsin)或APLIDIN)或佐他替芬(Zotatifin)(eFT226)。
在一些實施例中，本文中所描述之方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。在一些實施例中，抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。在一些實施例中，另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑(例如，萘莫司他(nafamostat)、卡莫司他(camostat)、加貝酯(gabexate)、伊普西隆(epsilon)-胺基己酸及抑肽酶)、融合抑制劑(例如，BMY-27709、CL 61917及CL 62554)、M2質子通道阻斷劑(例如，金剛胺及金剛烷乙胺)、聚合酶抑制劑(例如，2-去氧-2'氟鳥糞素苷(2'-fluoroGuo)、6-核酸內切酶抑制劑(例如，L-735,822及氟他胺(flutamide))、神經胺酸酶抑制劑(例如，紮那米韋(瑞樂砂(Relenza))、奧司他韋、帕拉米韋及ABT-675 (A-315675))、反轉錄酶抑制劑(例如，阿巴卡韋、阿德福韋、迪拉韋啶(delavirdine)、地達諾新(didanosine)、依法韋侖、安卓西他賓、拉美芙錠、奈韋拉平、司他夫定、替諾福韋、替諾福韋雙索酯及紮西他濱)、阿克洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑(例如，安普那韋、茚地那韋、奈非那韋(nelfinavir)、利托那韋及沙奎那韋)、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑(例如，恩夫韋地及馬拉維若)、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑(例如，雷特格韋)、干擾素(例如，I、II及III型)、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物(例如，阿昔洛韋)、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。在一些實施例中，其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。在一些實施例中，另一種治療劑係選自由以下組成之群：奎寧(quinine)(視情況與克林達黴素(clindamycin)組合)、氯奎寧(chloroquine)、阿莫地喹(amodiaquine)、青蒿素(artemisinin)及其衍生物(例如，蒿甲醚(artemether)、青蒿琥酯(artesunate)、二氫青蒿素(dihydroartemisinin)、蒿乙醚(arteether))、多西環素(doxycycline)、乙胺嘧啶(pyrimethamine)、甲氟喹(mefloquine)、鹵泛曲林(halofantrine)、羥基氯奎寧(hydroxychloroquine)、依氟鳥胺酸(eflornithine)、硝唑尼特(nitazoxanide)、奧硝唑(ornidazole)、巴龍黴素(paromomycin)、潘他米丁(pentamidine)、伯胺喹(primaquine)、乙胺嘧啶(pyrimethamine)、氯胍(proguanil)(視情況與阿托喹酮(atovaquone)組合)、磺醯胺(例如，磺胺多辛(sulfadoxine)、磺胺甲氧噠𠯤)、非諾喹(tafenoquine)、磺甲硝咪唑(tinidazole)及PPT1抑制劑(包括Lys05及DC661)。在一些實施例中，另一種治療劑為抗生素。在一些實施例中，抗生素為青黴素(penicillin)抗生素、喹啉酮抗生素、四環素抗生素、巨環內酯抗生素、林可醯胺抗生素(lincosamide antibiotic)、頭孢菌素抗生素或RNA合成酶抑制劑。在一些實施例中，抗生素係選自由以下組成之群：阿奇黴素(azithromycin)、萬古黴素(vancomycin)、甲硝噠唑(metronidazole)、慶大黴素(gentamicin)、可利斯汀(colistin)、非達黴素(fidaxomicin)、特拉萬星(telavancin)、奧利萬星(oritavancin)、達巴黴素(dalbavancin)、達托黴素(daptomycin)、頭孢力新(cephalexin)、頭孢呋辛(cefuroxime)、頭孢羥胺苄(cefadroxil)、頭孢唑林(cefazolin)、先鋒黴素(cephalothin)、頭孢克洛(cefaclor)、頭孢孟多(cefamandole)、頭孢西丁(cefoxitin)、頭孢丙烯(cefprozil)、頭孢吡普(ceftobiprole)、西普樂(cipro)、左氟沙星(Levaquin)、弗洛辛(floxin)、特奎因(tequin)、莫西沙星(avelox)、洛弗克斯(norflox)、四環素、米諾環素(minocycline)、土黴素(oxytetracycline)、多西環素、阿莫西林(amoxicillin)、安比西林(ampicillin)、青黴素V、雙氯西林(dicloxacillin)、卡本西林(carbenicillin)、二甲氧苯青黴素(methicillin)、厄他培南(ertapenem)、多尼培南(doripenem)、亞胺培南(imipenem)/西司他汀(cilastatin)、美羅培南(meropenem)、阿米卡星(amikacin)、卡那黴素(kanamycin)、新黴素(neomycin)、奈替黴素(netilmicin)、托普黴素(tobramycin)、巴龍黴素、頭孢克肟(cefixime)、頭孢地尼(cefdinir)、頭孢托侖(cefditoren)、頭孢哌酮(cefoperazone)、頭孢噻肟(cefotaxime)、頭孢他啶(ceftazidime)、頭孢布坦(ceftibuten)、頭孢唑肟(ceftizoxime)、頭孢曲松(ceftriaxone)、頭孢西丁(cefoxotin)及鏈黴素(streptomycin)。在一些實施例中，抗生素為阿奇黴素。
在一些實施例中，可與本文中所提供之化合物組合投與之一或多種其他治療劑可選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。
在一些實施例中，本文中所描述之化合物(例如，式II, II-A, II-B, II-C, II-D-A, II-D-B, II-E-A, II-E-B, II-F, II-G, II-H-A, II-H-B, II-E, II-I, IV-A, IV-B之化合物等)及其醫藥學上可接受之鹽可與以下組合使用：例如一或多種其他可適用於預防或治療呼吸道疾病、發炎性疾病、自體免疫疾病之藥劑；抗組胺、皮質類固醇(例如，丙酸氟替卡松(fluticasone propionate)、糠酸氟替卡松、二丙酸倍氯米松(beclomethasone dipropionate)、布地奈德(budesonide)、環索奈德(ciclesonide)、糠酸莫米松(mometasone furoate)、曲安西龍、氟尼縮松(flunisolide))、NSAID、白三烯調節劑(例如，孟魯司特(montelukast)、紮魯司特(zafirlukast)、普魯司特(pranlukast))、類胰蛋白酶抑制劑、IKK2抑制劑、p38抑制劑、Syk抑制劑、蛋白酶抑制劑(諸如彈性蛋白酶抑制劑)、整合素拮抗劑(例如，β-2整合素拮抗劑)、腺苷A2a促效劑、介體釋放抑制劑(諸如色甘酸鈉)、5-脂肪加氧酶抑制劑(齊弗洛(zyflo))、DP1拮抗劑、DP2拮抗劑、PI3Kδ抑制劑、ITK抑制劑、LP (溶血磷脂酸抑制劑)或FLAP (5-脂肪加氧酶活化蛋白)抑制劑(例如，3-(3-(三級丁硫基)-1-(4-(6-乙氧基吡啶-3-基)苯甲基)-5-((5-乙基吡啶-2-基)甲氧基)-1H-吲哚-2-基)-2,2-二甲基丙酸鈉)、支氣管擴張劑(例如，蕈毒拮抗劑、β-2促效劑)、甲胺喋呤及類似藥劑；單株抗體療法，諸如抗lgE、抗TNF、抗IL-5、抗IL-6、抗IL-12、抗IL-1及類似藥劑；細胞介素受體療法，例如依那西普(etanercept)及類似藥劑；抗原非特異性免疫療法(例如，干擾素或其他細胞介素/趨化介素、趨化介素受體調節劑(諸如CCR3、CCR4或CXCR2拮抗劑)、其他細胞介素/趨化介素促效劑或拮抗劑，TLR促效劑及類似藥劑)、適合的抗感染劑，包括抗生素藥劑、抗真菌劑、驅蟲劑、抗瘧疾劑、抗原蟲劑及抗結核劑。
在一些實施例中，其他治療劑可為激酶抑制劑，包括(但不限於)埃羅替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、來那替尼(neratinib)、阿法替尼(afatinib)、奧希替尼(osimertinib)、拉帕替尼(lapatanib)、克卓替尼(crizotinib)、布加替尼(brigatinib)、塞利替尼(ceritinib)、阿來替尼(alectinib)、勞拉替尼(lorlatinib)、依維莫司(everolimus)、坦羅莫司(temsirolimus)、阿貝西利(abemaciclib)、LEE011、帕柏西利(palbociclib)、卡博替尼(cabozantinib)、舒尼替尼(sunitinib)、帕唑帕尼(pazopanib)、索拉非尼(sorafenib)、瑞戈非尼(regorafenib)、阿西替尼(axitinib)、達沙替尼(dasatinib)、伊馬替尼(imatinib)、尼羅替尼(nilotinib)、普納替尼(ponatinib)、艾德斯布(idelalisib)、依魯替尼(ibrutinib)、Loxo 292、拉羅替尼(larotrectinib)及奎紮替尼(quizartinib)。
在一些實施例中，其他治療劑可為治療性抗病毒疫苗。
在一些實施例中，其他治療劑可為免疫調節劑，包括(但不限於)抗PD-1或抗PDL-1治療劑，包括派立珠單抗(pembrolizumab)、尼沃單抗(nivolumab)、阿特珠單抗(atezolizumab)、德瓦魯單抗(durvalumab)、BMS-936559或艾維路單抗(avelumab)；抗TIM3 (抗HAVcr2)治療劑，包括(但不限於)TSR-022或MBG453；抗LAG3治療劑，包括(但不限於)瑞拉單抗(relatlimab)、LAG525或TSR-033；抗4-1BB (抗CD37、抗TNFRSF9)；CD40促效劑治療劑，包括(但不限於)SGN-40、CP-870、CP-893或RO7009789；抗CD47治療劑，包括(但不限於)Hu5F9-G4；抗CD20治療劑；抗CD38治療劑；STING促效劑，包括(但不限於)ADU-S100、MK-1454、ASA404或醯胺基苯并咪唑；蒽環黴素，包括(但不限於)小紅莓(doxorubicin)或米托蒽醌(mitoxanthrone)；低甲基化劑，包括(但不限於)氮雜胞苷(azacytidine)或地西他濱(decitabine)；其他免疫調節治療劑，包括(但不限於)表皮生長因子抑制劑、士他汀(statin)、二甲雙胍(metformin)、血管收縮素受體阻斷劑、沙力度胺(thalidomide)、來那度胺(lenalidomide)、泊利度胺(pomalidomide)、潑尼松或地塞米松。在一些實施例中，其他治療劑為p2-腎上腺素受體促效劑，包括(但不限於)威蘭特羅(vilanterol)、沙美特羅(salmeterol)、沙丁胺醇(salbutamol)、福莫特羅(formoterol)、沙甲胺醇(salmefamol)、非諾特羅卡莫特羅(fenoterol carmoterol)、依坦特羅(etanterol)、那明特羅(naminterol)、克侖特羅(clenbuterol)、吡布特羅(pirbuterol)、氟丁特羅(flerbuterol)、茶丙特羅(reproterol)、班布特羅(bambuterol)、茚達特羅(indacaterol)、特布他林(terbutaline)及其鹽，例如沙美特羅之羥萘甲酸鹽(1-羥基-2-萘甲酸鹽)、沙丁胺醇之硫酸鹽或福莫特羅之反丁烯二酸鹽。在一些實施例中，其他治療劑為抗膽鹼激導性劑，包括(但不限於)蕪地溴銨(umeclidinium)(例如，呈溴化物形式)、異丙托銨(ipratropium)(例如，呈溴化物形式)、氧托銨(oxitropium)(例如，呈溴化物形式)及噻托銨(tiotropium)(例如，呈溴化物形式)。
特定言之，在某些實施例中，本發明提供用於治療以上醫學適應症之方法，其包含向有需要之受試者投與治療有效量之本文中所描述之化合物，諸如所揭示之化合物。
術語「加強量」或「加強劑量」為改良第二化合物之藥物動力學(或增加可用性或暴露)所需之化合物之量。加強量或加強劑量可改良第二化合物之藥物動力學(或增加可用性或暴露)使其達到受試者中之治療含量之程度。
在一個實施例中，本發明提供與諸如本文中所揭示之抗病毒治療劑共同投與且例如藉此加強一或多種抗病毒治療劑之劑量的所揭示之化合物。此類加強組合可用作例如有需要之受試者中之病毒感染之防治性或治療性治療。在一個實施例中，蛋白酶抑制劑為本文中所描述之化合物(例如，式II、II-A、II-B、II-C、II-D-A、II-D-B、II-E-A、II-E-B、II-F、II-G、II-H-A、II-H-B、II-E、II-I、IV-A、IV-B之化合物等)。 III. 可逆或不可逆結合物
在某些實施例中，本文中揭示由式III表示之結合物：
Figure 02_image516
式III，
其中Cys 145為位置145處之半胱胺酸或CL或3CL蛋白酶上之等效活性位點半胱胺酸；IR為病毒性蛋白酶抑制劑；且其中形成結合物之化合物包含-CN彈頭。
舉例而言，本文中揭示經工程改造之CL或3CL病毒性蛋白酶，其中： CL或3CL蛋白酶之位置145處之半胱胺酸具有由具有腈官能基之外源性腈修飾劑與CL或3CL蛋白酶之位置145處的半胱胺酸之間的反應產生的非天然存在之共價修飾，及 其中半胱胺酸殘基處之硫原子及外源性腈修飾劑之腈經歷反應以形成硫代亞胺酸酯加合物，且其中經工程改造之SARS-蛋白酶不保留未經修飾之CL或2CL蛋白酶之蛋白酶活性。
在一些實施例中，經工程改造之病毒性蛋白酶實質上阻止SARS-COV2之病毒複製。在一些實施例中，CL或3CL蛋白酶係由SEQ ID NO:1表示。在其他實施例中，SEQ ID NO:1之外源性腈修飾劑之酶促抑制IC 50小於20微莫耳。
在一些實施例中，由外源性腈修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的半胱胺酸之間的活體內反應產生之硫代亞胺酸酯加合物由以下表示：
Figure 02_image518
，其中 IR為經歷反應之後的外源性腈修飾劑。
舉例而言，本文中揭示經工程改造之3CL或3C蛋白酶，例如由SEQ ID NO:1表示之SARS-COV2-3CL病毒性蛋白酶，其中SEQ ID NO:1之位置145處之半胱胺酸具有由具有腈官能基之外源性腈修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的半胱胺酸之間的反應(例如，活體內反應)產生之非天然存在之共價修飾，且其中半胱胺酸殘基處之硫原子及外源性腈修飾劑之腈經歷反應以形成硫代亞胺酸酯加合物，且其中經工程改造之-3CL蛋白酶不保留未經修飾之-3CL或3C蛋白酶之蛋白酶活性。
在一些實施例中，經工程改造之SARS-COV2-3CL病毒性蛋白酶實質上阻止SARS-COV2之病毒複製。在其他實施例中，SEQ ID NO:1之外源性腈修飾劑之酶促抑制IC 50小於例如20微莫耳。
在其他實施例中，由外源性腈修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的半胱胺酸之間的反應產生之硫代亞胺酸酯加合物可例如由以下表示：
Figure 02_image520
；其中IR為經歷反應之後的外源性腈修飾劑。
本文中亦揭示由SEQ ID NO:1表示之經工程改造之SARS-COV2-3CL病毒性蛋白酶，其中SEQ ID NO:1之位置145處之半胱胺酸具有由外源性腈修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的半胱胺酸之間的反應產生之非天然存在之共價修飾，其中外源性腈修飾劑由以下表示：
Figure 02_image522
其中，半胱胺酸殘基處之硫原子及外源性腈修飾劑之-C
Figure 02_image524
N經歷反應以形成硫代亞胺酸酯加合物，且其中 R 1為C 1-C 6烷基或-CH 2-C 3-10環烷基； R G為-C(O)R B； R B為C 1-C 6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、-NR mR m及-NR m(C=O)R m組成之群之取代基取代，其中R m在每次出現時係選自H或C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代))；或8-10員雙環雜芳基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵基或甲氧基之取代基取代)； R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基； R 1a為H；或 R 1及R 1a與其所連接之氮及碳共同形成視情況在游離碳上經一個或兩個各自選自甲基、鹵基或CF 3之取代基取代之4-10員單環、雙環或螺環雜環。
本文中亦揭示由以下表示之化合物：
Figure 02_image526
或其醫藥學上可接受之鹽或立體異構體，其中 R 1為C 1-C 6烷基或-CH 2-C 3-10環烷基； R G為-C(O)R B； R B為C 1-C 6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、-NR mR m及-NR m(C=O)R m組成之群之取代基取代，其中R m在每次出現時係選自H或C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代))；或8-10員雙環雜芳基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵基或甲氧基之取代基取代)； R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基； R 1a為H；或 R 1及R 1a與其所連接之氮及碳共同形成視情況在游離碳上經一個或兩個各自選自甲基、鹵基或CF 3之取代基取代之4-10員單環、雙環或螺環雜環。
本文中亦揭示由SEQ ID NO:1表示之經工程改造之SARS-COV2-3CL病毒性蛋白酶，其中SEQ ID NO:1之位置145處之半胱胺酸具有由外源性-C
Figure 02_image524
N修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的半胱胺酸之間的活體內反應產生之非天然存在之共價修飾，其中外源性-C
Figure 02_image524
N修飾劑由以下表示：
Figure 02_image529
其中，半胱胺酸殘基處之硫原子及外源性腈修飾劑之-C
Figure 02_image524
N經歷反應以形成硫代亞胺酸酯加合物，且其中 R 1為C 1-C 6烷基或-CH 2-C 3-10環烷基； R G為-C(O)R B； R B為C 1-C 6烷基或8-10員雙環雜芳基；其中C 1-C 6烷基可視情況經一個、兩個或三個R B1取代；且其中雜芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代； R B1在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、-NR mR m及-NR m(C=O)R m； R m在每次出現時係獨立地選自氫或C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代)； n為1或2； R 1a為氫；或 R 1及R 1a與其所連接之氮及碳共同形成視情況在游離碳上經一個或兩個各自獨立地選自由CH 3、鹵基及CF 3組成之群之取代基取代之4-10員單環或雙環雜環。
在另一實施例中，本文中揭示由以下表示之化合物：
Figure 02_image532
或其醫藥學上可接受之鹽或立體異構體，其中 R 1為C 1-C 6烷基或-CH 2-C 3-10環烷基； R G為-C(O)R B； R B為C 1-C 6烷基或8-10員雙環雜芳基；其中C 1-C 6烷基可視情況經一個、兩個或三個R B1取代；且其中雜芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代； R B1在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、-NR mR m及-NR m(C=O)R m； R m在每次出現時係獨立地選自氫或C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代)； n為1或2； R 1a為氫；或 R 1及R 1a與其所連接之氮及碳共同形成視情況在游離碳上經一個或兩個各自獨立地選自由CH 3、鹵基及CF 3組成之群之取代基取代之4-10員單環或雙環雜環。
SEQ ID NO:1之序列之詳細說明係如下所示。
SEQ ID NO: 來源 序列
1 SARS-CoV-2 (COVID-19) SGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDTVYCPRHVICTAEDMLNPNYEDLLIRKSNHSFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCLLRLKVDTSNPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNHTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGKFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITLNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCAALKELLQNGMNGRTILGSTILEDEFTPFDVVRQCSGVTFQ
IV. 醫藥組合物及套組
本發明之另一態樣提供醫藥組合物，其包含與醫藥學上可接受之載劑一起調配之如本文中所揭示之化合物。特定言之，本發明提供醫藥組合物，其包含與一或多種醫藥學上可接受之載劑一起調配之如本文所揭示之化合物。此等調配物包括適用於經口、經直腸、局部、頰內、腸胃外(例如，皮下、肌肉內、皮內或靜脈內)、經直腸、經陰道或氣溶膠投藥之調配物，但在任何既定情況下，最適合的投藥形式將視所治療之病狀之程度及嚴重性以及所使用之特定化合物之性質而定。舉例而言，所揭示之組合物可以單位劑量形式調配，及/或可經調配以用於經口或皮下投藥。
本發明之例示性醫藥組合物可以醫藥製劑形式，例如以固體、半固體或液體形式使用，其含有作為活性成分之一或多種本發明之化合物與適用於外部、經腸或腸胃外施用之有機或無機載劑或賦形劑之混雜物。活性成分可與例如常用無毒、醫藥學上可接受之載劑混配，該等載劑用於錠劑、丸劑、膠囊、栓劑、溶液、乳液、懸浮液及任何其他適合使用之形式。活性目標化合物以足以對疾病之過程或病狀產生所需作用之量包括於醫藥組合物中。
對於製備諸如錠劑之固體組合物，可將主要活性成分與例如習知製錠成分(諸如玉米澱粉、乳糖、蔗糖、山梨糖醇、滑石、硬脂酸、硬脂酸鎂、磷酸二鈣或膠)之醫藥載劑及例如水之其他醫藥稀釋劑混合，以形成含有本發明之化合物或其無毒、醫藥學上可接受之鹽之均勻混合物的固體預調配組合物。當提及此等預調配組合物為均勻組合物時，其意謂活性成分係均勻地分散在整個組合物中，使得組合物可容易地再分成同等有效的單位劑型，諸如錠劑、丸劑及膠囊。
在用於經口投藥之固體劑型(膠囊、錠劑、丸劑、糖衣藥丸、散劑、顆粒及其類似物)中，將本發明之組合物與一或多種醫藥學上可接受之載劑(諸如檸檬酸鈉或磷酸二鈣)及/或以下中之任一者混合：(1)填充劑或增量劑，諸如澱粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露糖醇及/或矽酸；(2)黏合劑，諸如羧甲基纖維素、褐藻酸鹽、明膠、聚乙烯吡咯啶酮、蔗糖及/或阿拉伯膠(acacia)；(3)保濕劑，諸如甘油；(4)崩解劑，諸如瓊脂、碳酸鈣、馬鈴薯或木薯澱粉、褐藻酸、某些矽酸鹽及碳酸鈉；(5)溶液阻滯劑，諸如石蠟；(6)吸收加速劑，諸如四級銨化合物；(7)濕潤劑，諸如乙醯基醇及丙三醇單硬脂酸酯；(8)吸附劑，諸如高嶺土及膨潤土；(9)潤滑劑，諸如滑石、硬脂酸鈣、硬脂酸鎂、固體聚乙二醇、月桂基硫酸鈉及其混合物；及(10)著色劑。在膠囊、錠劑及丸劑之情況下，組合物亦可包含緩衝劑。類似類型之固體組合物亦可用作使用諸如乳糖(lactose/milk sugar)以及高分子量聚乙二醇及其類似物之賦形劑之軟及硬填充明膠膠囊中的填充劑。
錠劑可藉由視情況與一或多種附屬成分一起壓縮或模製來製造。可使用黏合劑(例如，明膠或羥丙基甲基纖維素)、潤滑劑、惰性稀釋劑、防腐劑、崩解劑(例如，羥基乙酸澱粉鈉或交聯羧甲基纖維素鈉)、界面活性劑或分散劑來製備壓縮錠劑。可藉由在適合的機器中模製經惰性液體稀釋劑濕潤之本發明之組合物之混合物來製備模製錠劑。錠劑及諸如糖衣藥丸、膠囊、丸劑及顆粒之其他固體劑型可視情況進行刻痕或製備成具有包衣及外殼，諸如醫藥調配技術中熟知之腸溶包衣及其他包衣。
用於吸入或吹入之組合物包括醫藥學上可接受之水性或有機溶劑中之溶液及懸浮液或其混合物，以及散劑。用於經口投與之液體劑型包括醫藥學上可接受之乳液、微乳液、溶液、懸浮液、糖漿及酏劑。除本發明之組合物以外，液體劑型可含有此項技術中常用之惰性稀釋劑，諸如水或其他溶劑；增溶劑及乳化劑，諸如乙醇、異丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲酸苯甲酯、丙二醇、1,3-丁二醇、油(特定言之，棉籽油、花生油、玉米油、胚芽油、橄欖油、蓖麻油及芝麻油)、甘油、四氫糠醇、聚乙二醇及脫水山梨糖醇之脂肪酸酯、環糊精及其混合物。
除本發明之組合物以外，懸浮液亦可含有懸浮劑，例如乙氧基化異硬脂醇、聚氧化乙烯山梨糖醇及脫水山梨糖醇酯、微晶纖維素、偏氫氧化鋁、膨潤土、瓊脂及黃蓍，及其混合物。
用於經直腸或經陰道投藥之調配物可以栓劑形式呈現，其可藉由將本發明之組合物與一或多種適合的無刺激性賦形劑或載劑混合來製備，該等賦形劑或載劑包含例如可可脂、聚乙二醇、栓劑蠟或水楊酸鹽，且其在室溫下為固體，但在體溫下為液體，且因此，將在體腔中熔融且釋放活性劑。
本發明之組合物之用於經皮投藥之劑型包括散劑、噴霧劑、軟膏、糊劑、乳膏、洗劑、凝膠、溶液、貼劑及吸入劑。活性組分可在無菌條件下與醫藥學上可接受之載劑且與可能需要之任何防腐劑、緩衝劑或推進劑混合。
除本發明之組合物以外，軟膏、糊劑、乳膏及凝膠亦可含有賦形劑，諸如動物及植物脂肪、油、蠟、石蠟、澱粉、黃蓍、纖維素衍生物、聚乙二醇、聚矽氧、膨潤土、矽酸、滑石及氧化鋅或其混合物。
除本發明之組合物以外，散劑及噴霧劑亦可含有賦形劑，諸如乳糖、滑石、矽酸、氫氧化鋁、矽酸鈣及聚醯胺粉末，或此等物質之混合物。噴霧劑可額外含有習用推進劑，諸如氯氟烴及未經取代之揮發性烴，諸如丁烷及丙烷。
本發明之組合物及化合物可替代地藉由氣溶膠投與。此係藉由製備含有化合物之水性氣溶膠、脂質體製劑或固體顆粒來實現。可使用非水性(例如，碳氟化合物推進劑)懸浮液。可使用音波噴霧器，因為其最小化藥劑對可引起本發明之組合物中所含的化合物之降解的剪力之暴露。通常，水性氣溶膠係藉由將本發明之組合物之水性溶液或懸浮液與習知醫藥學上可接受之載劑及穩定劑一起調配來製得。載劑及穩定劑隨特定的本發明之組合物之需求而變化，但通常包括非離子性界面活性劑(Tween、Pluronic或聚乙二醇)；無害蛋白質，如血清白蛋白；脫水山梨糖醇酯；油酸；卵磷脂；胺基酸，諸如甘胺酸；緩衝劑；鹽；糖或糖醇。通常由等張溶液來製備氣溶膠。
適用於腸胃外投藥之本發明之醫藥組合物包含本發明之組合物以及一或多種醫藥學上可接受之無菌等張水性或非水性溶液、分散液、懸浮液或乳液，或可在即將使用之前復原成無菌可注射溶液或分散液之無菌粉末，其可含有抗氧化劑、緩衝劑、抑菌劑、使調配物與所欲受體之血液等張之溶質或懸浮劑或增稠劑。
可用於本發明之醫藥組合物之適合的水性及非水性載劑之實例包括水、乙醇、多元醇(諸如甘油、丙二醇、聚乙二醇及其類似物)及其適合的混合物、植物油(諸如橄欖油)及可注射有機酯(諸如油酸乙酯及環糊精)。可例如藉由使用諸如卵磷脂之包衣材料、在分散液之情況下藉由維持所需粒度及藉由使用界面活性劑來維持適當流動性。
在另一態樣中，本發明提供經腸醫藥調配物，其包括所揭示之化合物及腸溶性材料；及其醫藥學上可接受之載劑或賦形劑。腸溶性材料係指實質上在胃酸性環境中不可溶且在特定pH值下主要可溶於腸道流體中之聚合物。小腸為胃與大腸之間的胃腸道(腸)之一部分，且包括十二指腸、空腸及迴腸。十二指腸之pH值為約5.5，空腸之pH值為約6.5且遠端迴腸之pH值為約7.5。因此，腸溶性材料為不可溶的，例如直至約5.0、約5.2、約5.4、約5.6、約5.8、約6.0、約6.2、約6.4、約6.6、約6.8、約7.0、約7.2、約7.4、約7.6、約7.8、約8.0、約8.2、約8.4、約8.6、約8.8、約9.0、約9.2、約9.4、約9.6、約9.8或約10.0之pH值。例示性腸溶性材料包括乙酸纖維素鄰苯二甲酸酯(CAP)；羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯(HPMCP)；聚乙酸乙烯酯鄰苯二甲酸酯(PVAP)；乙酸羥丙基甲基纖維素丁二酸酯(HPMCAS)；乙酸纖維素偏苯三甲酸酯；羥丙基甲基纖維素丁二酸酯；乙酸纖維素丁二酸酯；乙酸纖維素六氫鄰苯二甲酸酯；丙酸纖維素鄰苯二甲酸酯；乙酸纖維素順丁烯二酸酯；乙酸纖維素丁酸酯；乙酸纖維素丙酸酯；甲基甲基丙烯酸與甲基丙烯酸甲酯之共聚物；丙烯酸甲酯、甲基丙烯酸甲酯與甲基丙烯酸之共聚物；甲基乙烯基醚與順丁烯二酸酐之共聚物(Gantrez ES系列)；甲基丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸甲酯-氯三甲基銨丙烯酸乙酯共聚物；天然樹脂，諸如玉米蛋白、蟲膠及柯巴脂松香(copal colophorium)；及若干可商購的腸溶性分散液系統(例如，Eudragit L30D55、Eudragit FS30D、Eudragit L100、Eudragit S100、Kollicoat EMM30D、Estacryl 30D、Coateric及Aquateric)。以上材料中之每一者之溶解性為已知的或可容易地活體外測定。前述為可能的材料之清單，但受益於本發明之熟習此項技術者將認識到其為不全面的且存在符合本發明之目標之其他腸溶性材料。
有利地，本發明亦提供由例如需要3CL抑制劑之消費者使用之套組。此類套組包括適合的劑型，諸如上文所描述之劑型，及描述使用此類劑型以介導、降低或預防發炎之方法之說明。說明將指導消費者或醫學人員根據熟習此項技術者已知的投藥模式投與劑型。此類套組可有利地以單或多套組單元形式封裝及出售。此類套組之實例為所謂的泡殼封裝。泡殼封裝係封裝行業中熟知的，且廣泛地用於封裝醫藥單位劑型(錠劑、膠囊及其類似物)。泡殼封裝通常由用較佳透明的塑膠材料之箔片覆蓋的相對剛性材料之薄片組成。在封裝過程期間，在塑膠箔片中形成凹槽。凹槽具有待封裝之錠劑或膠囊的大小及形狀。接著，將錠劑或膠囊置放在凹槽中，且相對於塑膠箔，在箔片上與形成凹槽之方向相反之一面密封相對剛性材料之薄片。因此，將錠劑或膠囊密封於塑膠箔與薄片之間的凹槽中。較佳地，薄片之強度使得可藉由在凹槽上手動施加壓力，藉此在凹槽置放處的薄片中形成開口來自泡殼封裝移出錠劑或膠囊。接著，可經由該開口移出錠劑或膠囊。
套組上可能需要提供記憶輔助，例如以緊鄰錠劑或膠囊之編號形式，其中編號對應於療程中應攝入如此指定之錠劑或膠囊的天數。此類記憶輔助之另一實例為列印於卡上之日曆，例如如下「第一週，星期一、星期二……等……第二週，星期一、星期二……等」。記憶輔助之其他變型為顯而易見的。「日劑量」可為待於既定的一天服用之單一錠劑或膠囊，或若干丸劑或膠囊。又，第一化合物之日劑量可由一種錠劑或膠囊組成，而第二化合物之日劑量可由若干錠劑或膠囊組成，且反之亦然。記憶輔助應反映此情況。
本文中亦涵蓋包括第二活性劑或投與第二活性劑之方法及組合物。舉例而言，除罹患病毒感染以外，受試者或患者可能亦患有病毒感染或病毒相關共生病，亦即，與病毒感染相關、由病毒感染加劇或由病毒感染促進之疾病及其他不良健康病狀。本文中涵蓋所揭示之化合物與先前已證實可治療此等病毒相關病狀之至少一種其他藥劑之組合。 V. 本發明之其他實施例 1. 所涵蓋之實施例
在一個態樣中，可如下在一個實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.   一種病毒性蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image534
式I， 其中： R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為可逆或不可逆彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； m為1或2；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.   A為選自由以下組成之群之可逆或不可逆彈頭：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D及-(CH=CH)C(O)OR D，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基組成之群取代基取代。 3.   A為可逆彈頭
Figure 02_image536
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基。 4.   R c為
Figure 02_image538
，其中X 1在每次出現時係獨立地選自N及CH。 5.   A為選自由以下組成之群之可逆彈頭：
Figure 02_image540
Figure 02_image542
Figure 02_image544
。 6.   A為可逆彈頭
Figure 02_image546
，其中 X 2係選自由以下組成之群：NH、O及S； X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH； R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群： C 1-C 8烷基、
Figure 02_image548
； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； p係選自0、1及2；及 q係選自0、1及2。 7.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image550
Figure 02_image552
Figure 02_image554
。 8.   A為可逆彈頭
Figure 02_image556
， 其中X 2係選自由以下組成之群：NH、NR P、O及S，其中R P為C 1-C 8烷基。 9.   A為可逆彈頭
Figure 02_image558
。 10.  A為不可逆彈頭-C(O)CH 2OC(O)R D，其中 R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image560
、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基； X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CN、-CH 3、-CH 2CH 3、-CH(CH 3) 2、-OCH 3、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；及 p係選自0、1及2。 11.  R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image562
Figure 02_image564
。 12.  A為選自由以下組成之群之不可逆彈頭：
Figure 02_image566
Figure 02_image568
Figure 02_image570
Figure 02_image572
。 13.  A為選自由以下組成之群之不可逆彈頭：
Figure 02_image574
Figure 02_image576
。 14.  A為可逆或不可逆彈頭-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR '及-CH xF y，其中R '係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3。 15.  A為選自由以下組成之群之可逆或不可逆彈頭：
Figure 02_image578
Figure 02_image580
Figure 02_image582
。 16.  A為可逆或不可逆彈頭-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。 17.  A為選自以下之不可逆彈頭：
Figure 02_image584
。 18.  A為可逆或不可逆彈頭-C(O)CH 2N(R bR c)。 19.  A為選自以下之可逆或不可逆彈頭：
Figure 02_image586
。 20.  A為可逆或不可逆彈頭
Figure 02_image588
，其中M係選自Na及K。 21.  A為氰基。 22.  R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image590
。 23.  R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image592
Figure 02_image594
Figure 02_image596
，其中
Figure 02_image598
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R 6為C 1-C 8烷基； R 7在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； R 8係選自由以下組成之群：5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； W 1係選自CH及N； W 2係選自由以下組成之群：CH 2、O、NH及S； W係選自W 1及W 2； s係選自1及2；及 t係選自0、1、2及3。 24.  R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image600
Figure 02_image602
Figure 02_image604
Figure 02_image606
。 25.  R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image608
Figure 02_image610
， 其中
Figure 02_image612
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； Y 1係選自由以下組成之群：CH、CH 2、N、NH、O及S； R 9係選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-NH 2、-N(CH 3) 2、-N(CH 2CH 3) 2、-CH 3、-CH 2CH 3、-OCH 3及-OCH 2CH 3。 26.  R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image614
Figure 02_image616
。 27.  病毒性蛋白酶抑制劑化合物係由以下表示：
Figure 02_image618
式I-A， 其中： R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基；及 m係選自1及2。 28.  R y係選自由以下組成之群：氫、
Figure 02_image620
。 29.  病毒性蛋白酶抑制劑化合物係由以下表示：
Figure 02_image622
式I-B， 其中 R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； W為CH或N； m係選自1及2；及 r係選自0、1、2及3。 30.  R x為-OCH 3。 31.  一種病毒性蛋白酶抑制劑化合物，其係選自由以下組成之群：
Figure 02_image624
Figure 02_image626
。 32.  一種病毒性蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image628
式II， 其中 R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為可逆或不可逆彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 33.  A為選自由以下組成之群之可逆或不可逆彈頭：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D及-(CH=CH)C(O)OR D，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基組成之群取代基取代。 34.  R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image630
。 35.  R 3為5-10員雜環。 36.  R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image632
Figure 02_image634
。 37.  R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image636
Figure 02_image638
Figure 02_image640
Figure 02_image642
。 38.  一種可逆結合物，其由以下表示：
Figure 02_image644
式IV， 其中 Cys 145為位置145處之半胱胺酸或CL或3CL蛋白酶上之等效活性位點半胱胺酸； IR為病毒性蛋白酶抑制劑； B係選自由以下組成之群：-R D、-C(O)R D及-CH 2OR D，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基組成之群取代基取代。 39.  一種不可逆結合物，其由以下表示：
Figure 02_image646
(式V-A)、
Figure 02_image648
(式V-B)或
Figure 02_image650
(式V-C)， 其中 Cys 145為位置145處之半胱胺酸或CL或3CL蛋白酶上之等效活性位點半胱胺酸； IR為病毒性蛋白酶抑制劑； R D係選自由以下組成之群：氫、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基組成之群取代基取代。 40.  一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之任何實施例之化合物。 41.  病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 42.  病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒(feline calicivirus)、MD145、鼠類諾羅病毒(murine norovirus)、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒(coxsackievirus)、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 43.  病毒感染為冠狀病毒感染。 44.  病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 45.  病毒感染為SARS-CoV-2。 46.  病毒感染為沙狀病毒感染。 48.  沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 48.  病毒感染為流感感染。 49.  流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 50.  一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之如實施例之化合物，及/或使有效量的如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 51.  如實施例之方法進一步包含投與另一種治療劑。 52.  如實施例之方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 53.  抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 54.  另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 55.  其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化之凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 56.  一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 57.  化合物係在暴露到病毒之前投與。 58.  化合物係在暴露到病毒之後投與。 2. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.   一種病毒性蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image652
式I， 其中： R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NH 2、-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為可逆或不可逆彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； m為1或2；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.   A為選自由以下組成之群之可逆或不可逆彈頭：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D及-(CH=CH)C(O)OR D，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基組成之群取代基取代。 3.   A為可逆彈頭
Figure 02_image654
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基。 4.   R c為
Figure 02_image656
，其中X 1在每次出現時係獨立地選自N及CH。 5.   A為選自由以下組成之群之可逆彈頭：
Figure 02_image658
Figure 02_image660
Figure 02_image662
Figure 02_image664
。 6.   A為可逆彈頭
Figure 02_image666
，其中 X 2係選自由以下組成之群：NH、O及S； X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH； R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群： C 1-C 8烷基、
Figure 02_image668
； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； p係選自0、1及2；及 q係選自0、1及2。 7.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image670
Figure 02_image672
Figure 02_image674
Figure 02_image676
。 8.   A為可逆彈頭
Figure 02_image678
，其中X 2係選自由以下組成之群：NH、NR P、O及S，其中R P為C 1-C 8烷基。 9.   A為可逆彈頭
Figure 02_image680
。 10.  A為不可逆彈頭-C(O)CH 2OC(O)R D，其中 R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image682
、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基； X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CN、-CH 3、-CH 2CH 3、-CH(CH 3) 2、-OCH 3、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；及 p係選自0、1及2。 11.  R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image684
Figure 02_image686
。 12. A為選自由以下組成之群之不可逆彈頭：
Figure 02_image688
Figure 02_image690
Figure 02_image692
。 13.  A為選自由以下組成之群之不可逆彈頭：
Figure 02_image694
Figure 02_image696
。 14.  A為可逆或不可逆彈頭-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR '及-CH xF y，其中R '係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3。 15.  A為選自由以下組成之群之可逆或不可逆彈頭：
Figure 02_image698
Figure 02_image700
Figure 02_image702
。 16. A為可逆或不可逆彈頭-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。 17.  A為選自以下之不可逆彈頭：
Figure 02_image704
。 18.  A為可逆或不可逆彈頭-C(O)CH 2N(R bR c)。 19.  A為選自以下之可逆或不可逆彈頭：
Figure 02_image706
。 20.  A為可逆或不可逆彈頭
Figure 02_image708
，其中M係選自Na及K。 21.  A為氰基。 22.  R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image710
。 23.  R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image712
Figure 02_image714
Figure 02_image716
，其中
Figure 02_image718
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R 6為C 1-C 8烷基； R 7在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； R 8係選自由以下組成之群：5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； W 1係選自CH及N； W 2係選自由以下組成之群：CH 2、O、NH及S； W係選自W 1及W 2； s係選自1及2；及 t係選自0、1、2及3。 24.  R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image720
Figure 02_image722
Figure 02_image724
Figure 02_image726
。 25.  R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image728
Figure 02_image730
， 其中
Figure 02_image732
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； Y 1係選自由以下組成之群：CH、CH 2、N、NH、O及S； R 9係選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-NH 2、-N(CH 3) 2、-N(CH 2CH 3) 2、-CH 3、-CH 2CH 3、-OCH 3及-OCH 2CH 3。 26.  R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image734
Figure 02_image736
Figure 02_image738
。 27.  化合物由以下表示：
Figure 02_image740
式I-A， 其中： R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基；及 m係選自1及2。 28.  R y係選自由以下組成之群：氫、
Figure 02_image742
。 29.  化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image744
Figure 02_image746
。 30.  化合物由以下表示：
Figure 02_image748
式I-B， 其中 R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； W為CH或N； m係選自1及2；及 r係選自0、1、2及3。 31.  R x為-OCH 3。 32.  一種病毒性蛋白酶抑制劑化合物，其係選自由以下組成之群：
Figure 02_image750
Figure 02_image752
。 33.  一種病毒性蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image754
式II， 其中 R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為可逆或不可逆彈頭； X係選自CH及N； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 33.  化合物由以下表示：
Figure 02_image756
式II-A， 其中 R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為可逆或不可逆彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 34.  A為選自由以下組成之群之可逆或不可逆彈頭：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D及-(CH=CH)C(O)OR D，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基組成之群取代基取代。 35.  R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image758
。 36.  R 3為5-10員雜環。 37.  R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image760
Figure 02_image762
Figure 02_image764
Figure 02_image766
。 38.  R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image768
Figure 02_image770
Figure 02_image772
Figure 02_image774
。 39.  化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image776
Figure 02_image778
。 40.  一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 41.  病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 42.  病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 43.  病毒感染為冠狀病毒感染。 44.  病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 45.  病毒感染為SARS-CoV-2。 46.  病毒感染為沙狀病毒感染。 47.  沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 48.  病毒感染為流感感染。 49.  流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 50.  一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 51.  方法進一步包含投與另一種治療劑。 52.  方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 53.  抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 54.  另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 55.  其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化之凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 56.  一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 57.  化合物係在暴露到病毒之前投與。 58.  化合物係在暴露到病毒之後投與。 3. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image780
式I， 其中： R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NH 2、-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； m為1或2；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image782
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 3.      A為由以下表示之彈頭：
Figure 02_image784
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基。 4.      R c為
Figure 02_image786
，其中X 1在每次出現時係獨立地選自N及CH。 5.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image788
Figure 02_image790
Figure 02_image792
。 6.      A為
Figure 02_image794
，其中 X 2係選自由以下組成之群：NH、O及S； X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH； R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群： C 1-C 8烷基、
Figure 02_image796
； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； p係選自0、1及2；及 q係選自0、1及2。 7.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image798
Figure 02_image800
Figure 02_image802
。 8.      A為
Figure 02_image804
，其中X 2係選自由以下組成之群：NH、NR P、O及S，其中R P為C 1-C 8烷基。 9.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image806
Figure 02_image808
。 10.   A為-C(O)CH 2OC(O)R D，其中 R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image810
、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基； X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CN、-CH 3、-CH 2CH 3、-CH(CH 3) 2、-OCH 3、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；及 p係選自0、1及2。 11.   R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image812
Figure 02_image814
。 12.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image816
Figure 02_image818
Figure 02_image820
。 13.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image822
。 14.   A為-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR '及-CH xF y，其中R '係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3。 15.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image824
Figure 02_image826
。 16.   A為-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。 17.   A係選自
Figure 02_image828
。 18.   A為-C(O)CH 2N(R bR c)。 19.   A為選自以下之彈頭：
Figure 02_image830
。 20.   A為
Figure 02_image832
，其中M係選自Na及K。 21.   A為氰基。 22.   R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image834
。 23.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image836
Figure 02_image838
Figure 02_image840
，其中
Figure 02_image842
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R 6為C 1-C 8烷基； R 7在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； R 8係選自由以下組成之群：5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； W 1係選自CH及N； W 2係選自由以下組成之群：CH 2、O、NH及S； W係選自W 1及W 2； s係選自1及2；及 t係選自0、1、2及3。 24.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image844
Figure 02_image846
Figure 02_image848
Figure 02_image850
。 25.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image852
Figure 02_image854
， 其中
Figure 02_image856
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； Y 1係選自由以下組成之群：CH、CH 2、N、NH、O及S； R 9係選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-NH 2、-N(CH 3) 2、-N(CH 2CH 3) 2、-CH 3、-CH 2CH 3、-OCH 3及-OCH 2CH 3。 26.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image858
Figure 02_image860
。 27.   化合物由以下表示：
Figure 02_image862
式I-A， 其中： R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基；及 m係選自1及2。 28.   R y係選自由以下組成之群：氫、
Figure 02_image864
Figure 02_image866
。 29.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image868
Figure 02_image870
Figure 02_image872
。 30.   化合物由以下表示：
Figure 02_image874
式I-B， 其中 R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； W為CH或N； m係選自1及2；及 r係選自0、1、2及3。 31.   R x為-OCH 3。 32.   一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image876
式II， 其中 R 3a係選自
Figure 02_image878
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、SF 5、氰基、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； X係選自CH、C(CH 3)及N；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 33.   化合物由以下表示：
Figure 02_image880
式II-A。 34.   化合物由以下表示：
Figure 02_image882
式II-B。 35.   A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image884
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 36.   A係選自由以下組成之群：-CN、
Figure 02_image886
Figure 02_image888
。 37.   R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image890
Figure 02_image892
Figure 02_image894
。 38.   R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 39.   R 1b為氫。 40.   R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image896
。 41.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 42.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image898
Figure 02_image900
。 43.   R 3為4-10員雜環。 44.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image902
Figure 02_image904
Figure 02_image906
Figure 02_image908
。 45.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image910
Figure 02_image912
Figure 02_image914
Figure 02_image916
。 46.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image918
Figure 02_image920
。 47.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image922
Figure 02_image924
Figure 02_image926
Figure 02_image928
Figure 02_image930
Figure 02_image932
Figure 02_image934
Figure 02_image936
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Figure 02_image942
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Figure 02_image946
Figure 02_image948
Figure 02_image950
Figure 02_image952
Figure 02_image954
Figure 02_image956
Figure 02_image958
48.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 49.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 50.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 51.   病毒感染為冠狀病毒感染。 52.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 53.   病毒感染為SARS-CoV-2。 54.   病毒感染為沙狀病毒感染。 55.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 56.   病毒感染為流感感染。 57.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 58.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 59.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 60.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 61.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 62.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 63.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化之凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 64.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 65.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 66.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 4. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image960
式II， 其中： R 3a係選自
Figure 02_image962
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-NHC(O)O(C 1-C 8烷基)R B、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R B、烷基、雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH； A為彈頭； X係選自由以下組成之群：CH、C(CH 3)及N；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      化合物由以下表示：
Figure 02_image964
式II-A。 3.      化合物由以下表示：
Figure 02_image966
式II-B。 4.      A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image968
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 5.      A係選自由以下組成之群：-CN、
Figure 02_image970
Figure 02_image972
Figure 02_image974
。 6.      R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image976
Figure 02_image978
Figure 02_image980
。 7.      R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 8.      R 1b為氫。 9.      R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image982
。 10.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 11.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image984
Figure 02_image986
。 12.   R 3為4-10員雜環。 13.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image988
Figure 02_image990
Figure 02_image992
Figure 02_image994
。 14.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image996
Figure 02_image998
Figure 02_image1000
Figure 02_image1002
Figure 02_image1004
。 15.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image1006
Figure 02_image1008
Figure 02_image1010
Figure 02_image1012
Figure 02_image1014
。 16.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1016
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。 17.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 18.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 19.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 20.   病毒感染為冠狀病毒感染。 21.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 22.   病毒感染為SARS-CoV-2。 23.   病毒感染為沙狀病毒感染。 24.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 25.   病毒感染為流感感染。 26.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 27.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 28.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 29.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 30.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。 31.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 32.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。 33.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 34.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 35.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 5. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
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式II， 其中： R 3a係選自
Figure 02_image1186
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-NHC(O)O(C 1-C 8烷基)R B、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R B、烷基、雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH； A為彈頭； X係選自由C(R xy)及N組成之群，其中R xy係選自由以下組成之群：H、D、-OH、-NH 2、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基及C 1-C 8烷氧基；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1188
式II-A。 3.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1190
式II-B。 4.      A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1192
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 5.      A係選自由以下組成之群：-CN、
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。 6.      R 1a係選自由以下組成之群：
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Figure 02_image1202
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。 7.      R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 8.      R 1b為氫。 9.      R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image1208
。 10.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 11.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1210
Figure 02_image1212
。 12.   R 3為4-10員雜環。 13.   R 3係選自由以下組成之群：
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。 14.   R 2係選自由以下組成之群：
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。 15.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
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。 16.   一種化合物，其選自由以下組成之群：
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17.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 18.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 19.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 20.   病毒感染為冠狀病毒感染。 21.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 22.   病毒感染為SARS-CoV-2。 23.   病毒感染為沙狀病毒感染。 24.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 25.   病毒感染為流感感染。 26.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 27.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 28.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 29.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 30.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。 31.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 32.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。 33.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 34.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 35.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 6. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1350
式I， 其中： R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NH 2、-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； m為1或2；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1352
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 3.      A為由以下表示之彈頭：
Figure 02_image1354
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基。 4.      R c為
Figure 02_image1356
，其中X 1在每次出現時係獨立地選自N及CH。 5.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1358
Figure 02_image1360
Figure 02_image1362
。 6.      A為
Figure 02_image1364
，其中 X 2係選自由以下組成之群：NH、O及S； X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH； R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群： C 1-C 8烷基、
Figure 02_image1366
； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； p係選自0、1及2；及 q係選自0、1及2。 7.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1368
Figure 02_image1370
Figure 02_image1372
Figure 02_image1374
。 8.      A為
Figure 02_image1376
， 其中X 2係選自由以下組成之群：NH、NR P、O及S，其中R P為C 1-C 8烷基。 9.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1378
Figure 02_image1380
。 10.   A為-C(O)CH 2OC(O)R D，其中 R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1382
、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基； X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CN、-CH 3、-CH 2CH 3、-CH(CH 3) 2、-OCH 3、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；及 p係選自0、1及2。 11.   R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1384
Figure 02_image1386
。 12.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1388
Figure 02_image1390
Figure 02_image1392
。 13.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1394
Figure 02_image1396
。 14.   A為-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR '及-CH xF y，其中R '係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3。 15.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1398
Figure 02_image1400
。 16.   A為-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。 17.   A係選自
Figure 02_image1402
。 18.   A為-C(O)CH 2N(R bR c)。 19.   A為選自以下之彈頭：
Figure 02_image1404
。 20.   A為
Figure 02_image1406
，其中M係選自Na及K。 21.   A為氰基。 22.   R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1408
。 23.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1410
Figure 02_image1412
Figure 02_image1414
，其中
Figure 02_image1416
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R 6為C 1-C 8烷基； R 7在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； R 8係選自由以下組成之群：5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； W 1係選自CH及N； W 2係選自由以下組成之群：CH 2、O、NH及S； W係選自W 1及W 2； s係選自1及2；及 t係選自0、1、2及3。 24.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1418
Figure 02_image1420
Figure 02_image1422
Figure 02_image1424
。 25.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1426
Figure 02_image1428
， 其中
Figure 02_image1430
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； Y 1係選自由以下組成之群：CH、CH 2、N、NH、O及S； R 9係選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-NH 2、-N(CH 3) 2、-N(CH 2CH 3) 2、-CH 3、-CH 2CH 3、-OCH 3及-OCH 2CH 3。 26.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1432
Figure 02_image1434
。 27.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1436
式I-A， 其中： R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基；及 m係選自1及2。 28.   R y係選自由以下組成之群：氫、
Figure 02_image1438
。 29.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1440
Figure 02_image1442
。 30.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1444
式I-B， 其中 R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； W為CH或N； m係選自1及2；及 r係選自0、1、2及3。 31.   R x為-OCH 3。 32.   一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1446
式II， 其中 R 3a係選自
Figure 02_image1448
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基；或 R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中烷基、環烷基、雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 6烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代；或 R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R G係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m)及C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基及雜環，其中R m在每次出現時係選自H及C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個氟取代)，或C 3-C 6環烷基(視情況經一個、兩個或三個氟取代)； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、SF 5、氰基、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； X係選自CH、C(CH 3)及N；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 33.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1450
式II-A。 34.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1452
式II-B。 35.   A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1454
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 36.   A係選自由以下組成之群：-CN、
Figure 02_image1456
Figure 02_image1458
。 37.   R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1460
Figure 02_image1462
Figure 02_image1464
。 38.   R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 39.   R 1b為氫。 40.   R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image1466
。 41.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 42.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1468
Figure 02_image1470
。 43.   R 3為4-10員雜環。 44.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1472
Figure 02_image1474
Figure 02_image1476
。 45.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1478
Figure 02_image1480
Figure 02_image1482
Figure 02_image1484
Figure 02_image1486
。 46.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image1488
Figure 02_image1490
Figure 02_image1492
；且R 1b為H。 48. 化合物由以下表示：
Figure 02_image1494
其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基或CF 3。 49. 化合物由以下表示：
Figure 02_image1496
其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基或CF 3。 50.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1498
Figure 02_image1500
Figure 02_image1502
Figure 02_image1504
Figure 02_image1506
Figure 02_image1508
Figure 02_image1510
Figure 02_image1512
Figure 02_image1514
Figure 02_image1516
Figure 02_image1518
Figure 02_image1520
Figure 02_image1522
Figure 02_image1524
Figure 02_image1526
Figure 02_image1528
Figure 02_image1530
Figure 02_image1532
Figure 02_image1534
Figure 02_image1536
Figure 02_image1538
Figure 02_image1540
51.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 52.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 53.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 54.   病毒感染為冠狀病毒感染。 55.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 56.   病毒感染為SARS-CoV-2。 57.   病毒感染為沙狀病毒感染。 58.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 59.   病毒感染為流感感染。 60.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 61.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 62.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 63.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 64.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 65.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 66.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化之凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 67.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 68.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 69.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 7. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1542
式I， 其中： R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NH 2、-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； m為1或2；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1544
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 3.      A為由以下表示之彈頭：
Figure 02_image1546
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基。 4.      R c為
Figure 02_image1548
，其中X 1在每次出現時係獨立地選自N及CH。 5.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1550
Figure 02_image1552
Figure 02_image1554
。 6.      A為
Figure 02_image1556
，其中 X 2係選自由以下組成之群：NH、O及S； X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH； R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群： C 1-C 8烷基、
Figure 02_image1558
； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； p係選自0、1及2；及 q係選自0、1及2。 7.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1560
Figure 02_image1562
Figure 02_image1564
。 8.      A為
Figure 02_image1566
，其中X 2係選自由以下組成之群：NH、NR P、O及S，其中R P為C 1-C 8烷基。 9.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1568
Figure 02_image1570
。 10.   A為-C(O)CH 2OC(O)R D，其中 R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1572
、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基； X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CN、-CH 3、-CH 2CH 3、-CH(CH 3) 2、-OCH 3、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；及 p係選自0、1及2。 11.   R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1574
Figure 02_image1576
。 12.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1578
Figure 02_image1580
Figure 02_image1582
。 13.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1584
Figure 02_image1586
。 14.   A為-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR '及-CH xF y，其中R '係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3。 15.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1588
Figure 02_image1590
。 16.   A為-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。 17.   A係選自
Figure 02_image1592
。 18.   A為-C(O)CH 2N(R bR c)。 19.   A為選自以下之彈頭：
Figure 02_image1594
。 20.   A為
Figure 02_image1596
，其中M係選自Na及K。 21.   A為氰基。 22.   R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1598
。 23.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1600
Figure 02_image1602
Figure 02_image1604
，其中
Figure 02_image1606
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R 6為C 1-C 8烷基； R 7在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； R 8係選自由以下組成之群：5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； W 1係選自CH及N； W 2係選自由以下組成之群：CH 2、O、NH及S； W係選自W 1及W 2； s係選自1及2；及 t係選自0、1、2及3。 24.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1608
Figure 02_image1610
Figure 02_image1612
Figure 02_image1614
。 25.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1616
Figure 02_image1618
， 其中
Figure 02_image1620
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； Y 1係選自由以下組成之群：CH、CH 2、N、NH、O及S； R 9係選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-NH 2、-N(CH 3) 2、-N(CH 2CH 3) 2、-CH 3、-CH 2CH 3、-OCH 3及-OCH 2CH 3。 26.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1622
Figure 02_image1624
Figure 02_image1626
。 27.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1628
式I-A， 其中： R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基；及 m係選自1及2。 28.   R y係選自由以下組成之群：氫、
Figure 02_image1630
。 29.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1632
Figure 02_image1634
。 30.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1636
式I-B， 其中 R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； W為CH或N； m係選自1及2；及 r係選自0、1、2及3。 31.   R x為-OCH 3。 32.   一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1638
式II， 其中 R 3a係選自
Figure 02_image1640
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基；或 R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中烷基、環烷基、雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 6烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代；或 R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R G係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m)及C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環、C 1-C 6烷氧基，其中R m在每次出現時係選自H、C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)、C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基)、C(=O)-C 3-6環烷基或C(=O)-(5-6員雜芳基)(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基及C 1-6鹵烷基取代))； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、SF 5、氰基、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； X係選自CH、C(CH 3)及N；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 33.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1642
式II-A。 34.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1644
式II-B。 35.   A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1646
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 36.   A係選自由以下組成之群：-CN、
Figure 02_image1648
Figure 02_image1650
。 37.   R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1652
Figure 02_image1654
Figure 02_image1656
。 38.   R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 39.   R 1b為氫。 40.   R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image1658
。 41.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 42.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1660
Figure 02_image1662
。 43.   R 3為4-10員雜環。 44.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1664
Figure 02_image1666
Figure 02_image1668
。 45.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1670
Figure 02_image1672
Figure 02_image1674
Figure 02_image1676
。 46.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image1678
Figure 02_image1680
Figure 02_image1682
；且R 1b為H。 48. 化合物由以下表示：
Figure 02_image1684
，其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基或CF 3。 49. 化合物由以下表示：
Figure 02_image1686
，其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基或CF 3。 50.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1688
， 其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個C 1-C 6烷氧基取代)、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2係選自由以下組成之群：-NH(C 1-3烷基)(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)及-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代)、CHF 2、CF 3及5-6員雜芳基(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基、CHF 2或CF 3取代)。 51.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1690
，其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個C 1-C 6烷氧基取代)、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2係選自由以下組成之群：-NH(C 1-3烷基)(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)及-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代)、CHF 2、CF 3及5-6員雜芳基(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基、CHF 2或CF 3取代)。 52.   R G3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1692
。 53.   R G2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1694
Figure 02_image1696
Figure 02_image1698
；其中R F係選自由以下組成之群：C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及5-6員雜芳基，其中R F可視情況經一個、兩個或三個選自由鹵基、氰基、羥基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代；且X F係選自由以下組成之群：H、鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基及C 1-6鹵烷基。 54.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1700
Figure 02_image1702
Figure 02_image1704
Figure 02_image1706
Figure 02_image1708
Figure 02_image1710
Figure 02_image1712
Figure 02_image1714
Figure 02_image1716
Figure 02_image1718
Figure 02_image1720
Figure 02_image1722
Figure 02_image1724
Figure 02_image1726
Figure 02_image1728
Figure 02_image1730
Figure 02_image1732
Figure 02_image1734
Figure 02_image1736
Figure 02_image1738
Figure 02_image1740
Figure 02_image1742
55.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 56.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 57.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 58.   病毒感染為冠狀病毒感染。 59.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 60.   病毒感染為SARS-CoV-2。 61.   病毒感染為沙狀病毒感染。 62.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 63.   病毒感染為流感感染。 64.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 65.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 66.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 67.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 68.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 69.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 70.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化之凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 71.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 72.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 73.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 8. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1744
式I， 其中： R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NH 2、-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、5-10員雜環、5-10員芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、氰基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； R 3係選自5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； m為1或2；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1746
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 3.      A為由以下表示之彈頭：
Figure 02_image1748
，其中R c係選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基及5-10員雜芳基。 4.      R c為
Figure 02_image1750
， 其中X 1在每次出現時係獨立地選自N及CH。 5.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1752
Figure 02_image1754
Figure 02_image1756
。 6.      A為
Figure 02_image1758
，其中 X 2係選自由以下組成之群：NH、O及S； X 3在每次出現時係獨立地選自N及CH； R D在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群： C 1-C 8烷基、
Figure 02_image1760
； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； p係選自0、1及2；及 q係選自0、1及2。 7.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1762
Figure 02_image1764
Figure 02_image1766
。 8.      A為
Figure 02_image1768
，其中X 2係選自由以下組成之群：NH、NR P、O及S，其中R P為C 1-C 8烷基。 9.      A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1770
Figure 02_image1772
。 10.   A為-C(O)CH 2OC(O)R D，其中 R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1774
、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基； X 4在每次出現時係獨立地選自CH及N； R E在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、-CN、-CH 3、-CH 2CH 3、-CH(CH 3) 2、-OCH 3、-CF 3、-OCF 3及-SCF 3；及 p係選自0、1及2。 11.   R D係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1776
Figure 02_image1778
。 12.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1780
Figure 02_image1782
Figure 02_image1784
。 13.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1786
Figure 02_image1788
。 14.   A為-C(O)R D，其中R D係選自由以下組成之群：氫、-CH 2OH、-CH 2OR '及-CH xF y，其中R '係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員芳基)、C 1-C 8雜烷基、C 3-C 6環烷基及5-10員芳基，其中x為0、1或2；y為1、2或3；且x及y之和為3。 15.   A係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1790
Figure 02_image1792
。 16.   A為-(CH=CH)C(O)OR D，其中R D為C 1-C 8烷基。 17.   A係選自
Figure 02_image1794
。 18.   A為-C(O)CH 2N(R bR c)。 19.   A為選自以下之彈頭：
Figure 02_image1796
。 20.   A為
Figure 02_image1798
，其中M係選自Na及K。 21.   A為氰基。 22.   R 1係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1800
。 23.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1802
Figure 02_image1804
Figure 02_image1806
，其中
Figure 02_image1808
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R 6為C 1-C 8烷基； R 7在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； R 8係選自由以下組成之群：5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環； W 1係選自CH及N； W 2係選自由以下組成之群：CH 2、O、NH及S； W係選自W 1及W 2； s係選自1及2；及 t係選自0、1、2及3。 24.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1810
Figure 02_image1812
Figure 02_image1814
Figure 02_image1816
。 25.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1818
Figure 02_image1820
， 其中
Figure 02_image1822
表示一鍵，其可為單鍵或雙鍵； Y 1係選自由以下組成之群：CH、CH 2、N、NH、O及S； R 9係選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-NH 2、-N(CH 3) 2、-N(CH 2CH 3) 2、-CH 3、-CH 2CH 3、-OCH 3及-OCH 2CH 3。 26.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1824
Figure 02_image1826
。 27.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1828
式I-A， 其中： R 5在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基；及 m係選自1及2。 28.   R y係選自由以下組成之群：氫、
Figure 02_image1830
。 29.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1832
Figure 02_image1834
。 30.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1836
式I-B， 其中 R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、-N(R y) 2、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、5-10員芳基、5-10員雜芳基及5-10員雜環，其中雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 3-C 6環烷基； W為CH或N； m係選自1及2；及 r係選自0、1、2及3。 31.   R x為-OCH 3。 32.   一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1838
式II， 其中 R 3a係選自
Figure 02_image1840
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基；或 R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中烷基、環烷基、雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 6烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代；或 R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫及C 1-C 8烷基； R G係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m)及C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環、C 1-C 6烷氧基，其中R m在每次出現時係選自H、C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)、C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基)、C(=O)-C 3-6環烷基或C(=O)-(5-6員雜芳基)(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基及C 1-6鹵烷基取代))； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、SF 5、氰基、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基及C 1-C 8烷基之取代基取代； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)及C 3-C 6環烷基； A為彈頭； X係選自CH、C(CH 3)及N；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 33.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1842
式II-A。 34.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1844
式II-B。 35.   A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1846
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基及C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 36.   A係選自由以下組成之群：-CN、
Figure 02_image1848
Figure 02_image1850
。 37.   R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1852
Figure 02_image1854
Figure 02_image1856
。 38.   R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 39.   R 1b為氫。 40.   R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image1858
。 41.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 42.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1860
Figure 02_image1862
Figure 02_image1864
。 43.   R 3為4-10員雜環。 44.   R 3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1866
Figure 02_image1868
Figure 02_image1870
Figure 02_image1872
。 45.   R 2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1874
Figure 02_image1876
Figure 02_image1878
Figure 02_image1880
。 46.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image1882
Figure 02_image1884
Figure 02_image1886
Figure 02_image1888
；且R 1b為H。 48. 化合物由以下表示：
Figure 02_image1890
， 其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基或CF 3。 49. 化合物由以下表示：
Figure 02_image1892
； 其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2為-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自H、甲基或CF 3，例如R G2為
Figure 02_image1894
。 50.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1896
， 其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個C 1-C 6烷氧基取代)、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2係選自由以下組成之群：-NH(C 1-3烷基)(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)及-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代)、CHF 2、CF 3及5-6員雜芳基(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基、CHF 2或CF 3取代)。 51.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1898
其中R G3係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個C 1-C 6烷氧基取代)、C 3-6環烷基、苯基及雜環；且R G2係選自由以下組成之群：-NH(C 1-3烷基)(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、視情況經取代之苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)及-NH(C=O)R m，其中R m在每次出現時係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代)、CHF 2、CF 3及5-6員雜芳基(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基、CHF 2或CF 3取代)。 52.   R G3係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1900
。 53.   R G2係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1902
Figure 02_image1904
Figure 02_image1906
；其中R F係選自由以下組成之群：C 1-6烷基、C 3-6環烷基、苯基及5-6員雜芳基，其中R F可視情況經一個、兩個或三個選自由鹵基、氰基、羥基及C 1-C 6烷氧基組成之群之取代基取代；且X F係選自由以下組成之群：H、鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基及C 1-6鹵烷基。 54.   化合物係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1908
Figure 02_image1910
Figure 02_image1912
Figure 02_image1914
Figure 02_image1916
Figure 02_image1918
Figure 02_image1920
Figure 02_image1922
Figure 02_image1924
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Figure 02_image1930
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Figure 02_image1934
Figure 02_image1936
Figure 02_image1938
Figure 02_image1940
Figure 02_image1942
Figure 02_image1944
Figure 02_image1946
Figure 02_image1948
Figure 02_image1950
Figure 02_image1952
55.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 56.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 57.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 58.   病毒感染為冠狀病毒感染。 59.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 60.   病毒感染為SARS-CoV-2。 61.   病毒感染為沙狀病毒感染。 62.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 63.   病毒感染為流感感染。 64.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 65.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 66.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 67.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 68.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 69.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 70.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化之凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋及瑞德西韋。 71.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的任何如實施例之化合物。 72.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 73.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 9. 所涵蓋之實施例
在另一態樣中，可如下在另一實施例中描述本發明之組合物、化合物及方法： 1.      一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
Figure 02_image1954
式II， 其中： R 3a係選自
Figure 02_image1956
及4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中雜環可視情況經一個、兩個或三個各自選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； 或R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員雜環、NR G或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-NHC(O)O(C 1-C 8烷基)R B、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環)、-C(O)-O-(4-10員雜環)、-C(O)-(4-10員雜環氧基)、-C(O)-OC(CH 3) 3、-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R B、烷基、雜環、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基或側氧基之取代基取代； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R B或R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； 或R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-O-(R xx)-OCH 3、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代； R G係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m)及C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環、C 1-C 6烷氧基，其中R m在每次出現時係選自H、C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基組成之群之取代基取代)、苯基(視情況經鹵基取代)、-S(O) 2-CH 3、C 3-6環烷基及5-6員雜芳基)、-C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基及C 1-C 6烷氧基)、C(=O)-C 3-6環烷基及C(=O)-(5-6員雜芳基)(視情況經鹵基、氰基、羥基、NH 2、C 1-6烷基、C 3-6環烷基、C 1-C 6烷氧基及C 1-6鹵烷基取代)； R xx為-(OCH 2CH 2) nn-，其中nn係選自1、2、3、4、5及6； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH； A為彈頭； X係選自由C(R xy)及N組成之群，其中R xy係選自由以下組成之群：H、D、-OH、-NH 2、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基及C 1-C 8烷氧基；及 其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯及前驅藥。 2.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1958
式II-A。 3.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1960
式II-B。 4.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1962
式II-C。 5.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1964
(式II-D-A)或
Figure 02_image1966
(式II-D-B)。 6.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1968
(式II-E-A)或
Figure 02_image1970
(式II-E-B)。 7.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1972
式II-F。 8.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1974
式II-G。 9.      化合物由以下表示：
Figure 02_image1976
(式II-D-I)，或
Figure 02_image1978
(式II-D-II)， 其中pp係選自0、1、2及3。 10.   化合物由以下表示：
Figure 02_image1980
(式II-E)， 其中ss係選自0、1、2及3，且mm係選自1、2及3。 11.   A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
Figure 02_image1982
，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基之取代基取代； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自選自由氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基組成之群，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。 12.   A係選自由以下組成之群：-CN、
Figure 02_image1984
Figure 02_image1986
Figure 02_image1988
。 13.   R 1a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image1990
Figure 02_image1992
Figure 02_image1994
Figure 02_image1996
。 14.   R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。 15.   R 1b為氫。 16.   R 1a及R 1b接合在一起以形成
Figure 02_image1998
。 17.   R 3a為經A取代之4-10員雜環。 18.   R 3a係選自由以下組成之群：
Figure 02_image2000
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。 19.   R 3為4-10員雜環。 20.   R 3係選自由以下組成之群：
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。 21.   R 2係選自由以下組成之群：
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。 22.   R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
Figure 02_image2028
Figure 02_image2030
Figure 02_image2032
；且R 1b為H。 23.   R G係選自由以下組成之群：H、C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m)及C(=O)-C 1-6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基及雜環，其中R m在每次出現時係選自H及C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵素(例如，F)取代)，或C 3-C 6環烷基(視情況經一個、兩個或三個F取代)。 24.   R G係選自由以下組成之群：-C(O)-單環5-6員或-C(O)-雙環雜芳基，其各自具有至少一個環氮且視情況經一個、兩個或三個各自選自鹵基、甲氧基、氰基及羥基之取代基取代；及-C(O)-C(R 55R 56)-NH-C(O)-R 57，其中R 55為H且R 56為直鏈或分支鏈C 1-5烷基(視情況經鹵基取代)，或R 55及R 56與其所連接之碳共同形成C 3-C 5環烷基(視情況經鹵基取代)且其中R 57為C 1-3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代)。 25.   R G係選自由以下組成之群：
Figure 02_image2034
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Figure 02_image2040
。 26.   一種化合物，其選自由以下組成之群：
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27.   一種用於改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向患者投與治療有效量之如實施例之化合物中之任一者。 28.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。 29.   病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒、貓杯狀病毒、MD145、鼠類諾羅病毒、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。 30.   病毒感染為冠狀病毒感染。 31.   病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。 32.   病毒感染為SARS-CoV-2。 33.   病毒感染為沙狀病毒感染。 34.   沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒、拉沙病毒、盧約病毒、馬丘波病毒及薩比亞病毒。 35.   病毒感染為流感感染。 36.   流感病毒為流感病毒H1N1、H3N2或H5N1。 37.   一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之任何如實施例之化合物，及/或使有效量的任何如實施例之化合物與病毒感染之細胞接觸。 38.   方法進一步包含投與另一種治療劑。 39.   方法進一步包含投與其他抗病毒治療劑。 40.   抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林、法匹拉韋、ST-193、奧司他韋、紮那米韋、帕拉米韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。 41.   另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋、阿克洛韋、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣、波普瑞韋、西多福韋、可比韋、達盧那韋、多可沙諾、依度尿苷、進入抑制劑、因提弗、泛昔洛韋、福米韋生、夫沙那韋、膦甲酸、膦乙醇、更昔洛韋、伊巴他濱、英木洛韋、碘苷、咪喹莫特、肌苷、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋、洛韋胺、嗎啉脒胍、多吉美、核苷類似物、噴昔洛韋、普可那利、鬼臼毒素、利巴韋林、替拉那韋、曲氟尿苷、曲利志韋、曲金剛胺、特魯瓦達、伐昔洛韋、纈更昔洛韋、維克維若、阿糖腺苷、偉拉咪定及佐多夫定。 42.   其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地、金剛胺、金剛烷乙胺、普可那利、阿昔洛韋、齊多夫定、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。 43.   一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的如實施例之化合物。 44.   化合物係在暴露到病毒之前投與。 45.   化合物係在暴露到病毒之後投與。 實例
本文中所描述之化合物可基於本文中所含之教示內容及此項技術中已知的合成程序以多種方式製備。在下文所描述之合成方法之說明中，應理解，除非另有指示，否則可選擇所提出之所有反應條件(包括溶劑、反應氛圍、反應溫度、實驗持續時間及處理程序之選擇)作為該反應之標準條件。熟習有機合成之技術者應理解，分子之各種部分上所存在之官能基應與所提出之試劑及反應物相容。熟習此項技術者將顯而易見不與反應條件相容之取代基，且因此指示替代性方法。實例中的起始物質可商購或易於藉由標準方法自已知材料製備。
涵蓋至少一些本文中鑑別為「中間物」之化合物作為本發明之化合物。
在環境溫度下，使用例如具有三重共振5 mm探針之Varian Unity Inova (400 MHz)光譜儀(用於實例化合物)及Bruker Avance DRX (400 MHz)光譜儀或Bruker Avance DPX (300 MHz)光譜儀(用於中間化合物)記錄 1H NMR譜圖。化學位移以相對於四甲基矽烷之ppm表示。使用以下縮寫：br=寬信號，s=單峰，d=二重峰，dd=雙二重峰，dt=雙三重峰，ddd=雙重雙二重峰，t=三重峰，td=三重二重峰，tdd=三重雙二重峰，q=四重峰，m=多重峰。
縮寫： AcOH                        乙酸 Boc                           三級丁氧基羰基保護基 CbzCl                        氯甲酸苯甲酯 DCE                          二氯乙烷 DCM                          二氯甲烷 DDQ                          2,3-二氯-5,6-二氰基-1,4-苯醌 DIEA                         N,N-二異丙基乙胺 DIPEA                       N,N-二異丙基乙胺 DMA                         二甲基乙醯胺 DMAP                       4-二甲基胺基吡啶 DMF                          二甲基甲醯胺 EA                            乙酸乙酯 EtOAc                        乙酸乙酯 EDCI                         1-乙基-3-(3-二甲基胺基丙基)碳化二亞胺 EDTA                        乙二胺四乙酸 EtOH                         乙醇 FA                             甲酸 HATU                        3-氧化六氟磷酸(1-[雙(二甲基胺基)亞甲基]-1H-1,2,3-三唑并[4,5-b]吡錠 HOBt                         羥基苯并三唑 LiHMDS                    雙(三甲基矽烷基)醯胺鋰 MTBA                        1-4-(3-甲基三氮烯基)苯甲酸 MTBE                        甲基三級丁基醚 MeOH                        甲醇 MeCN                        乙腈 MS                            質譜 NMR                          核磁共振 PE                             石油醚 PMA                          磷鉬酸 PMBCl                       對甲氧基苯甲基氯 Pht                            酞醯基 PyBOP                       (六氟磷酸苯并三唑-1-基氧基三(N-吡咯啶基)鏻) t-BuLi                        三級丁基鋰 T 3P                            丙烷磷酸酐 TEA                          三乙胺 TFA                           三氟乙酸 TFAA                        三氟乙酸酐 THF                           四氫呋喃 TMSCN                      氰化三甲基矽烷 通用化學方法
可藉由流程1中說明之通用合成方法來獲得本文中所描述之例示性化合物，包括中間物之製備及隨附實例之製備。 合成流程 流程 1
Figure 02_image2176
流程1說明 C-1之例示性製備方法。使胺 A-1之溶液及酸 B-1與偶合劑(諸如T 3P、EDCI/HOBt)在存在鹼(諸如TEA、DMAP及DIEA)及溶劑(諸如DMF及DCM)之情況下反應，得到 C-1。
在流程1中，A之實例包括經取代或未經取代之烷基及經取代或未經取代之環烷基，B之實例包括彈頭部分，諸如氰基、醛、羥基甲基酮、酮醯胺、雜芳基酮、烯酮及邁克爾受體(Michael acceptor)彈頭，C之實例包括經烷基取代之4、5或6員內醯胺，且D之實例包括經取代或未經取代之雙環雜芳基部分。在流程1中，B處之氰基部分之例示性製備方法包括使用脫水劑(諸如伯格斯試劑(Burgess reagent))將醯胺脫水以產生腈。
已根據遵循下文所描述之實例(諸如實例19、25、27、32、39及41)的通用流程1製備表1及表2中之化合物。 實例 1. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 103
Figure 02_image2178
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(1H- 苯并咪唑 -2- 羰基胺基 )-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，483.81 μmol，1當量，TFA)及1H-苯并咪唑-2-甲酸(94.14 mg，580.57 μmol，1.2當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加EDCI (185.49 mg，967.61 μmol，2當量)及DMAP (118.21 mg，967.61 μmol，2當量)。向混合物中添加DMF (1 mL)且在25℃下攪拌4小時。所得混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM/MeOH=5/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(1H-苯并咪唑-2-羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，338.22 μmol)。 步驟 2 ： N-[(1S)-3- 甲基 -1-[[(1S)-1-( 亞硝基甲基 )-2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ] 丁基 ]-1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-(1H-苯并咪唑-2-羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，338.22 μmol，1當量)中添加NH 3/MeOH (7 M，5 mL，103.48當量)。在密封管中，在80℃下攪拌混合物16小時。在真空中濃縮反應物至乾燥，得到呈固體狀之化合物N-[(1S)-3-甲基-1-[[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]丁基]-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(140 mg，粗物質)。粗產物直接用於下一步驟中。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
向含N-[(1S)-3-甲基-1-[[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]丁基]-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(120.00 mg，280.06 μmol，1當量)之DCM (5 mL)中添加伯格斯試劑(150 mg，629.45 μmol，2.25當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在N 2下吹乾反應物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-40%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(40 mg，97.45 μmol)。MS (ESI) m/z411.1 [M+H] +, 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 13.11 (br s, 1H), 8.97 - 8.81 (m, 2H), 7.90 - 7.64 (m, 2H), 7.54 (br s, 1H), 7.31 (br s, 2H), 5.08 - 4.93 (m, 1H), 4.62 - 4.43 (m, 1H), 3.19 - 3.05 (m, 2H), 2.44 - 2.29 (m, 1H), 2.23 - 2.05 (m, 2H), 1.91 - 1.50 (m, 5H), 0.91 (dd, J=6.3, 8.9 Hz, 6H)。 實例 2. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 105
Figure 02_image2180
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-4- 甲基 -2-(2- 萘基磺醯基胺基 ) 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，501.06 μmol，1當量)於DMF (5 mL)中之混合物中添加萘-2-磺醯基氯(227.16 mg，1.00 mmol，2當量)及DMAP (155.35 mg，1.27 mmol，2.54當量)且在25℃下攪拌。接著在80℃下攪拌反應物16小時。反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM/MeOH=10/1)純化殘餘物。得到呈油狀之(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-(2-萘基磺醯基胺基)戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，142.98 μmol)。 步驟 2 ： (2S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-4- 甲基 -2-(2- 萘基磺醯基胺基 ) 戊醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-(2-萘基磺醯基胺基)戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(50 mg，102.13 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M，10 mL，685.42當量)且在80℃下攪拌16小時。反應物在真空中濃縮至乾燥，得到粗產物呈油狀之(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基-2-(2-萘基磺醯基胺基)戊醯胺(50 mg，粗物質)。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4- 甲基 -2-(2- 萘基磺醯基胺基 ) 戊醯胺
向含(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基-2-(2-萘基磺醯基胺基)戊醯胺(70 mg，147.50 μmol，1當量)之DCM (0.5 mL)中添加伯格斯試劑(79.00 mg，331.52 μmol，2.25當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在N 2下吹乾反應物。藉由製備型HPLC純化殘餘物：管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min，得到呈固體狀之化合物(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-2-(2-萘基磺醯基胺基)戊醯胺(30 mg，65.71 μmol)。MS (ESI) m/z457.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 8.81 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 8.38 (s, 1H), 8.21 (br s, 1H), 8.12 - 8.03 (m, 2H), 8.00 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.82 - 7.72 (m, 1H), 7.71 - 7.56 (m, 3H), 4.64 (q, J=7.6 Hz, 1H), 3.78 - 3.67 (m, 1H), 3.09 - 3.01 (m, 1H), 3.00 - 2.89 (m, 1H), 2.08 - 1.96 (m, 1H), 1.90 - 1.78 (m, 1H), 1.71 - 1.60 (m, 1H), 1.58 - 1.33 (m, 4H), 1.31 - 1.19 (m, 1H), 0.78 (d, J=6.6 Hz, 3H), 0.63 (d, J=6.6 Hz, 3H)。 實例 3. 合成 N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ] 胺基甲酸苯甲酯
Figure 02_image2182
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.05 mmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加TFA (4.62 g，40.52 mmol，3 mL，38.67當量)，接著在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且用於下一步驟中。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，918.33 μmol)。MS (ESI) m/z 187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(189.47 mg，966.66 μmol)及(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-4-甲基-戊酸(256.46 mg，966.66 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加DMAP (236.19 mg，1.93 mmol，2當量)及EDCI (370.62 mg，1.93 mmol，2當量)。向混合物中添加DMF (1 mL)且在25℃下攪拌14小時。在反應完成後，反應混合物用H 2O (50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析純化殘餘物(SiO 2，石油醚/EtOAc=3/1至0/1)，得到呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，461.36 μmol)。MS (ESI) m/z434.3 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ] 胺基甲酸苯甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，369.09 μmol，1當量)中添加NH 3/MeOH (7 M，58.14 mL，1102.58當量)。在80℃下攪拌混合物16小時。在反應完成後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟。獲得呈無色油狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸苯甲酯(150 mg，322.59 μmol)。 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ] 胺基甲酸苯甲酯
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸苯甲酯(150 mg，179.22 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(42.71 mg，179.22 μmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在反應完成後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸苯甲酯(28 mg，69.92 μmol)。MS (ESI) m/z401.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ ppm 8.84 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.70 (s, 1H), 7.54 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 7.41 - 7.24 (m, 5H), 5.02 (s, 2H), 4.97 - 4.88 (m, 1H), 4.07 - 3.91 (m, 1H), 3.20 - 2.94 (m, 2H), 2.38 - 2.22 (m, 1H), 2.22 - 1.98 (m, 2H), 1.85 - 1.26 (m, 5H), 0.87 (br dd, J=6.5, 11.2 Hz, 6H) 實例 4. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 131
Figure 02_image2184
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(1H- 咪唑并 [4,5-b] 吡啶 -2- 羰基胺基 )-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，604.76 μmol，1當量，TFA)及1H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-甲酸(118.39 mg，725.71 μmol，1.2當量)於DCM (4 mL)中之混合物中添加EDCI (231.86 mg，1.21 mmol，2當量)及DMAP (147.77 mg，1.21 mmol，2當量)。向混合物中添加DMF (2 mL)且在25℃下攪拌4小時。反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用DCM (30 mL)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM/MeOH=5/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(1H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(100 mg，224.98 μmol)。 步驟 2 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-1H- 咪唑并 [4,5-b] 吡啶 -2- 甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-(1H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(100 mg，224.98 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M，27.54 mL，856.77當量)且在80℃下攪拌16小時。反應物在真空中濃縮至乾燥，得到呈油狀之粗產物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-1H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-甲醯胺(90 mg，粗物質)。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-1H- 咪唑并 [4,5-b] 吡啶 -2- 甲醯胺
向含N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-1H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-甲醯胺(80 mg，186.28 μmol，1當量)之DCM (3 mL)中添加伯格斯試劑(100.00 mg，419.62 μmol，2.25當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在N 2下吹乾反應物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：10%-35%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-1H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-甲醯胺(25 mg，60.76 μmol)。MS (ESI) m/z412.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 13.58 (br s, 1H), 9.29 - 8.96 (m, 1H), 8.89 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.49 (br s, 1H), 8.28 - 7.84 (m, 1H), 7.71 (s, 1H), 7.36 (dd, J=4.6, 8.2 Hz, 1H), 5.06 - 4.93 (m, 1H), 4.61 - 4.44 (m, 1H), 3.20 - 3.06 (m, 2H), 2.43 - 2.31 (m, 1H), 2.20 - 2.07 (m, 2H), 1.90 - 1.53 (m, 5H), 0.92 (dd, J=6.4, 9.5 Hz, 6H)。 實例 5. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 121
Figure 02_image2186
步驟 1 ： (2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.2 g，3.77 mmol)於THF (3 mL)、ACN (3 mL)及H 2O (3 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (158.29 mg，3.77 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，濃縮溶液得到殘餘物，且接著用HCl將殘餘物調節至約pH 4。用EtOAc (20 mL×3)及鹽水(20 mL)萃取所得殘餘物，且接著濃縮，得到呈油狀之殘餘化合物(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸(1 g，3.31 mmol)。MS (ESI) m/z217.1 [M+H-56] +。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[ 甲氧基 ( 甲基 ) 胺基 ]-2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基甲酸三級丁酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸(1.0 g，3.31 mmol)於DCM (20 mL)中之混合物中添加CDI (535.94 mg，3.31 mmol，1當量)。在0℃下攪拌混合物30分鐘，接著添加DIEA (512.61 mg，3.97 mmol，690.85 μL，1.2當量)及N,O-二甲基羥胺鹽酸鹽(322.40 mg，3.31 mmol，1當量)。在25℃下攪拌所得混合物3小時。在反應完成後，反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈油狀之化合物N-[(1S)-2-[甲氧基(甲基)胺基]-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(0.9 g，2.57 mmol)。MS (ESI) m/z316.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2-(1,3- 苯并噻唑 -2- 基 )-2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基甲酸三級丁酯
在-78℃下，在N 2下向2-溴-1,3-苯并噻唑(458.22 mg，2.14 mmol，1.5當量)於THF (20 mL)中之混合物中一次性添加n-BuLi (2.5 M，684.92 μL，1.2當量)。在-78℃下攪拌混合物30分鐘，且接著在-78℃下添加N-[(1S)-2-[甲氧基(甲基)胺基]-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(500 mg，1.43 mmol)。將所得混合物攪拌1小時，且接著在0℃下藉由添加NH 4Cl (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著在0℃下攪拌10分鐘。所得混合物用水(100 mL)稀釋且用EtOAc (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由MPLC (SiO 2，石油醚/EtOAc-MeOH=10/1至0/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之化合物N-[(1S)-2-(1,3-苯并噻唑-2-基)-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(150 mg，346.63 μmol)。MS (ESI) m/z390.1 [M+H] + 步驟 4 ： (3S)-3-[(2S)-2- 胺基 -3-(1,3- 苯并噻唑 -2- 基 )-3- 側氧基 - 丙基 ] 吡咯啶 -2- 酮
向N-[(1S)-2-(1,3-苯并噻唑-2-基)-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(150 mg，346.63 μmol)之混合物中添加HCl/EtOAc (4 M，86.66 μL，1當量)。在20℃下攪拌所得混合物2小時，且接著在減壓下濃縮，得到呈油狀之殘餘物(3S)-3-[(2S)-2-胺基-3-(1,3-苯并噻唑-2-基)-3-側氧基-丙基]吡咯啶-2-酮(100 mg，粗物質)，其直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z290.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2-(1,3- 苯并噻唑 -2- 基 )-2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(18.93 mg，62.21 μmol，1當量)於DMF (1 mL)中之混合物中添加1-甲基咪唑(25.54 mg，311.04 μmol，24.79 μL，5當量)及六氟磷酸[氯(二甲基胺基)亞甲基]-二甲基-銨(20.95 mg，74.65 μmol，1.2當量)。在0℃下攪拌所得混合物30分鐘，且接著添加(3S)-3-[(2S)-2-胺基-3-(1,3-苯并噻唑-2-基)-3-側氧基-丙基]吡咯啶-2-酮(18 mg，62.21 μmol，1當量)。在25℃下攪拌所得混合物2小時。在反應完成後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10m MNH4HCO3) - ACN]；B%：35%-65%，10 min)及SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OX (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：50%-50%，12 min)分離純化粗物質，得到呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-(1,3-苯并噻唑-2-基)-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(8 mg，13.48 μmol)。MS (ESI) m/z576.3 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 (s, 1H), 8.75 - 8.51 (m, 2H), 8.08 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.95 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.68 (s, 1H), 7.50 (t, J=7.4 Hz, 1H), 7.44 - 7.37 (m, 1H), 7.19 - 7.07 (m, 4H), 6.93 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.49 (d, J=7.7 Hz, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.15 - 2.99 (m, 2H), 2.46 - 2.30 (m, 1H), 2.21 - 1.94 (m, 4H), 1.93 - 1.74 (m, 1H), 1.57 - 1.40 (m, 2H), 0.83 - 0.71 (m, 6H)。 實例 6. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 185
Figure 02_image2188
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環己基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(170 mg，763.47 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環己基-丙酸(207.17 mg，763.47 μmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DMAP (186.55 mg，1.53 mmol，2當量)及EDCI (292.71 mg，1.53 mmol，2當量)。向混合物中添加DCM (3 mL)且在25℃下攪拌2小時。LCMS證實反應完成且觀測到所需MS。藉由在0℃下添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，568.77 μmol，74.50%產率)。MS (ESI) m/z440.3 [M+H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環己基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，455.02 μmol，1當量)於EtOAc (0.5 mL)中之溶液中逐滴添加HCl/EtOAc (4 M，2.00 mL，17.58當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z340.1 [M+H] + 步驟 3 ： ((S)-2-((S)-3- 環己基 -2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(99.18 mg，518.77 μmol，1.3當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，399.05 μmol，1當量，HCl)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DMAP (97.50 mg，798.11 μmol，2.0當量)及EDCI (153.00 mg，798.11 μmol，2當量)。向混合物中添加DCM (4 mL)且在25℃下攪拌2小時。藉由在0℃下添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-3-環己基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，292.63 μmol，73.33%產率)。 1H NMR (甲醇- d 4, 400 MHz)：δ ppm 7.26 (s, 1H), 7.09-7.20 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.66 (br dd, J=9.0, 6.3 Hz, 1H), 4.52-4.58 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.72 (s, 3H), 3.22-3.29 (m, 2H), 2.54-2.62 (m, 1H), 2.26-2.33 (m, 1H), 2.15-2.23 (m, 1H), 1.66-1.87 (m, 9H), 1.47-1.54 (m, 1H), 1.25-1.40 (m, 3H), 0.96-1.06 (m, 2H) 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環己基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S)-3-環己基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，292.63 μmol，1當量)於氨(15.30 g，898.39 mmol，15.00 mL，3070.07當量)中之溶液在80℃下加熱12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環己基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z498.2 [M+H] + 1H NMR (甲醇- d 4, 400 MHz)：δ ppm 7.27-7.34 (m, 1H), 7.13-7.20 (m, 1H), 7.05 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.53 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.62 (t, J=7.6 Hz, 1H), 4.42-4.51 (m, 1H), 3.95 (s, 3H), 3.22-3.30 (m, 2H), 2.53 (td, J=9.2, 4.5 Hz, 1H), 2.33 (ddd, J=9.2, 6.4, 3.4 Hz, 1H), 2.17 (ddd, J=14.1, 11.4, 4.6 Hz, 1H), 1.71-1.88 (m, 9H), 1.46-1.53 (m, 1H), 1.21-1.32 (m, 3H), 0.97-1.09 (m, 2H) 步驟 5 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環己基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環己基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(80 mg，160.78 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(114.94 mg，482.33 μmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌所得混合物3小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環己基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20.02 mg，41.75 μmol)。MS (ESI) m/z480.1 [M+H] +。 製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min 1H NMR (甲醇- d 4, 400 MHz)：δ ppm 7.28 (s, 1H), 7.11-7.18 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.05 (dd, J=10.1, 5.9 Hz, 1H), 4.56-4.61 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.22-3.30 (m, 2H), 2.55-2.66 (m, 1H), 2.23-2.40 (m, 2H), 1.65-1.94 (m, 9H), 1.41-1.52 (m, 1H), 1.17-1.36 (m, 3H), 0.94-1.10 (m, 2H)。 實例 7. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 101
Figure 02_image2190
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯 ; 鹽酸鹽
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，10 mL，22.91當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。在減壓下濃縮所得混合物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(300 mg，1.28 mmol，73.29%產率，95%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(157.89 mg，673.65 μmol，95%純度，1當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊酸(155.81 mg，673.65 μmol，1當量)於DMF (2 mL)中之混合物中添加EDCI (258.28 mg，1.35 mmol，2當量)及DMAP (164.60 mg，1.35 mmol，2當量)。向混合物中添加DCM (3 mL)且在25℃下攪拌14小時。所得混合物用H 2O (50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=3/1至1/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，500.65 μmol，74.32%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z400.3 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4- 甲基 - 戊醯胺
在25℃下，向含N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(200 mg，491.19 μmol，90%純度，1當量)之DCM (5 mL)中添加TFA (770.00 mg，6.75 mmol，0.5 mL，13.75當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮所得混合物，得到呈油狀之產物(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-戊醯胺(120 mg，405.50 μmol，82.55%產率，90%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z300.2 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(120 mg，627.67 μmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(208.78 mg，627.67 μmol，90%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中添加EDCI (240.65 mg，1.26 mmol，2當量)及DMAP (153.36 mg，1.26 mmol，2當量)。向混合物中添加DMF (0.5 mL)且在25℃下攪拌14小時。所得混合物用H 2O (50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(160 mg，304.74 μmol，48.55%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z473.3 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，342.83 μmol，90%純度，1當量)中添加NH 3/MeOH (7 M，54.00 mL，1102.58當量)，在80℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮所得混合物，得到呈油狀之殘餘物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，255.73 μmol，74.59%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z458.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d4) δ ppm 0.97- 1.02 (dd, J=14.55, 6.11 Hz, 6 H) 1.74 - 1.82 (m, 5 H) 2.15 (ddd, J=14.03, 11.34, 4.58 Hz, 1 H) 2.25 - 2.37 (m, 1 H) 2.52 (ddt, J=13.82, 9.41, 4.71, 4.71 Hz, 1 H) 3.17 - 3.29 (m, 2 H) 3.90 (s, 3 H) 4.46 (dd, J=11.25, 4.16 Hz, 1 H) 4.60 (dd, J=9.66, 5.01 Hz, 1 H) 6.50 - 6.52 (d, J=7.70 Hz, 1 H) 7.02 - 7.04 (d, J=8.31 Hz, 1 H) 7.15 - 7.17 (m, 1 H) 7.28 - 7.29 (d, J=0.73 Hz, 1 H) 步驟 6 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 -3- 甲基 - 丁基 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，196.71 μmol，90%純度，1當量)於DCM (4 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(93.75 mg，393.42 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮所得混合物，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23 mg，49.50 μmol，25.16%產率，94.59%純度)。MS (ESI) m/z440.1 [M+H] +。 製備型HPLC條件： 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：27%-57%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 0.88 - 0.94 (m, 6 H) 1.67 - 1.74 (m, 5 H) 2.11 - 2.13 (m, 2 H) 2.14 - 2.34 (m, 1 H) 3.09 - 3.14 (m, 2 H) 3.88 (s, 3 H) 4.36 - 4.57 (m, 1 H) 4.90 - 5.00 (m, 1 H) 6.49 - 6.51 (d, J=7.58 Hz, 1 H) 6.99 - 7.01 (m, 2 H) 7.38 (s, 1 H) 7.70 (s, 1 H) 8.45 - 8.47 (br d, J=7.70 Hz, 1 H) 8.89 - 8.91 (br d, J=7.95 Hz, 1 H) 11.57 (br s, 1 H) 實例 8. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 593
Figure 02_image2192
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-(1H- 咪唑 -5- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸(0.5 g，1.96 mmol，1當量)於MeOH (0.6 mL)中之溶液中添加HCl/MeOH (4 M，4.90 mL，10當量)。在25℃下攪拌反應混合物12小時。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-胺基-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸甲酯(400 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z170.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-3-(1H- 咪唑 -5- 基 )-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(741.86 mg，1.77 mmol，1當量，TFA)及(2S)-2-胺基-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸甲酯(0.3 g，1.77 mmol，1當量，HCl)、DIPEA (1.15 g，8.87 mmol，1.54 mL，5當量)於THF (0.3 mL)及DCM (0.3 mL)中之混合物中添加T3P (1.69 g，2.66 mmol，1.58 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。有機相用鹽水(3 mL×3)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，且濃縮，得到粗產物。獲得呈固體狀之(2S)-3-(1H-咪唑-5-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.48 (s, 1 H), 7.27 (s, 1 H), 7.11 - 7.18 (m, 1 H), 7.02 (d, J=8.16 Hz, 1 H), 6.85 (s, 1 H), 6.51 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 4.60 - 4.71 (m, 2 H), 3.93 (s, 3 H), 3.68 (s, 3 H), 3.00 - 3.17 (m, 3 H), 1.62 - 1.78 (m, 3 H), 0.97 (dd, J=13.78, 6.06 Hz, 6 H) 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -1-(1H- 咪唑 -5- 基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-3-(1H-咪唑-5-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(200 mg，439.07 μmol，1當量)中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，11.76 mL，187.56當量)。在80℃下攪拌混合物且攪拌12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到粗產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-(1H-咪唑-5-基甲基)-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(170 mg，378.83 μmol，86.28%產率，98.16%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z441.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-(1H- 咪唑 -5- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-(1H-咪唑-5-基甲基)-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，317.82 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加TFAA (133.51 mg，635.65 μmol，88.41 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。在儲存36小時之後，粗產物變成化合物593。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(1H-咪唑-5-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23.89 mg，56.31 μmol，17.72%產率，99.581%純度)。MS (ESI) m/z423.2 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.58 (s, 1 H), 7.30 (s, 1 H), 7.12 - 7.21 (m, 1 H), 6.99 - 7.09 (m, 2 H), 6.52 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 5.05 (t, J=7.06 Hz, 1 H), 4.61 (br dd, J=9.70, 4.85 Hz, 1 H), 3.94 (s, 3 H), 3.06 - 3.21 (m, 2 H), 1.60 - 1.83 (m, 3 H), 0.99 (dd, J=13.89, 6.17 Hz, 6 H) 步驟 5 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(5 g，26.15 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.88 g，31.38 mmol，1.2當量，HCl)、EDCI (6.52 g，34.00 mmol，1.3當量)、HOBt (4.59 g，34.00 mmol，1.3當量)於DMF (30 mL)中之混合物中一次性添加TEA (7.94 g，78.46 mmol，10.92 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(90 mL)且用EtOAc (25 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(25 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(25 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.93 g，16.45 mmol，62.91%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.25 (br s, 1 H), 7.10 - 7.16 (m, 1 H), 6.93 - 7.00 (m, 2 H), 6.56 (br d, J=8.31 Hz, 1 H), 6.44 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 4.66 (td, J=8.50, 5.14 Hz, 1 H), 3.88 (s, 3 H), 1.62 - 1.75 (m, 2 H), 1.57 - 1.62 (m, 1 H), 1.42 (s, 9 H), 0.92 (dd, J=6.17, 3.85 Hz, 6 H)。 步驟 6 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(2.00 g，5.55 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加TFA (10.27 g，90.04 mmol，6.67 mL，16.23當量)及H 2O (666.67 mg，37.01 mmol，666.67 μL，6.67當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌4小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(2.24 g，5.35 mmol，96.50%產率，TFA)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 9. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 135 、 595 及 136
Figure 02_image2194
Figure 02_image2196
步驟 1 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1-( 羥基甲基 )-2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.5 g，2.86 mmol，90%純度，1當量)於THF (20 mL)中之混合物中添加LiBH 4(124.45 mg，5.71 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，藉由在0℃下添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物且用EtOAc (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈固體狀之殘餘化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-(羥基甲基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.0 g，2.25 mmol，78.74%產率)。MS (ESI) m/z 445.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.65 - 4.53 (m, 1H), 4.05 - 3.97 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.60 - 3.43 (m, 2H), 3.27 - 3.10 (m, 2H), 2.59 - 2.43 (m, 1H), 2.39 - 2.19 (m, 1H), 2.08 - 1.89 (m, 1H), 1.85 - 1.63 (m, 4H), 1.60 - 1.46 (m, 1H), 1.00 (dd, J=6.1, 12.5 Hz, 6H)。 步驟 2 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 甲醯基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-(羥基甲基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(674 mg，1.52 mmol，1當量)於DMSO (25 mL)中之混合物中添加IBX (849.14 mg，3.03 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物15小時。在反應完成後，反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用EtOAc (30 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。向殘餘物中添加乙酸乙酯(10 mL)且過濾，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(420 mg，759.31 μmol，50.08%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z443.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.20 - 7.09 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.60 (dt, J=5.5, 9.9 Hz, 1.5H), 4.47 (dd, J=1.4, 4.1 Hz, 0.5H), 4.02 - 3.94 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.28 - 3.15 (m, 2H), 2.54 - 2.39 (m, 1H), 2.37 - 2.21 (m, 1H), 2.10 - 1.93 (m, 1H), 1.89 - 1.49 (m, 5H), 1.17 - 0.91 (m, 6H)。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 氰基 -2- 羥基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(400 mg，723.15 μmol，80%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加飽和NaHSO 3(301.01 mg，2.89 mmol，203.38 μL，4當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加KCN (42 mg，644.96 μmol，27.63 μL，8.92e-1當量)於H 2O (0.8 mL)中之溶液。在25℃下攪拌混合物3小時。在反應完成後，收集有機相且用DCM (30 mL×3)萃取水層。合併之有機相用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水且濃縮，得到粗產物。向液體中添加NaOH達到pH=9，接著藉由添加NaCl水溶液淬滅，接著添加NaOH達到pH ＞ 14。藉由HCl製備型HPLC純化粗物質，得到120 mg混合物，且進行SFC分離，得到呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-羥基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(34 mg，70.96 μmol，9.81%產率，97.99%純度)及化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-羥基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(64 mg，131.75 μmol，18.22%產率，96.66%純度)。MS (ESI) m/z470.2[M+H] +。 製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl) - ACN]；B%：26%-50%，7 min SFC條件：管柱：REGIS (R,R)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-IPA]；B%：35%-35%，11 min
化合物134異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.57 (d, J=1.8 Hz, 1H), 8.40 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.13 (d, J=9.3 Hz, 1H), 7.57 (s, 1H), 7.36 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.13 - 7.06 (m, 1H), 7.03 - 6.97 (m, 1H), 6.69 (d, J=7.3 Hz, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.50 - 4.40 (m, 1H), 4.33 (t, J=7.8 Hz, 1H), 4.10 - 3.97 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.16 - 2.98 (m, 2H), 2.39 - 2.26 (m, 1H), 2.15 - 2.01 (m, 1H), 1.92 - 1.80 (m, 1H), 1.80 - 1.63 (m, 2H), 1.62 - 1.40 (m, 3H), 0.90 (dd, J=6.3, 15.5 Hz, 6H)。
化合物134異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (br d, J=1.5 Hz, 1H), 8.35 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.21 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.60 (s, 1H), 7.34 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.12 - 7.06 (m, 1H), 7.03 - 6.97 (m, 1H), 6.64 (d, J=6.0 Hz, 1H), 6.50 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.60 - 4.49 (m, 2H), 4.12 - 3.96 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.19 - 2.98 (m, 2H), 2.41 - 2.26 (m, 1H), 2.16 - 1.95 (m, 2H), 1.92 - 1.35 (m, 5H), 0.98 - 0.82 (m, 6H)。 步驟 4 ： [(2S)-1- 羥基 -2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙基 ] 磺醯基氧基鈉
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，112.99 μmol，1當量)於EtOH (0.4 mL)、EtOAc (0.2 mL)及H 2O (0.1 mL)中之混合物中添加NaHSO 3(11.76 mg，112.99 μmol，7.94 μL，1當量)。在80℃下攪拌混合物16小時。在反應完成後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。向殘餘物中添加DCM (3 mL)及ACN (3 mL)，過濾，得到呈固體狀之化合物[(2S)-1-羥基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]磺醯基氧基鈉(5 mg，5.26 μmol，4.66%產率，57.5%純度)。(ESI) m/z525.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.67 - 11.44 (m, 1H), 9.42 (s, 0.02H), 8.52 - 8.27 (m, 1H), 7.74 - 7.59 (m, 1H), 7.43 (s, 1H), 7.32 (dd, J=1.8, 4.9 Hz, 1H), 7.15 - 6.93 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.40 - 5.24 (m, 1H), 4.61 - 4.33 (m, 1H), 4.31 - 4.15 (m, 0.5H), 4.11 - 3.96 (m, 0.5H), 3.94 (dd, J=2.4, 5.7 Hz, 0.5H), 3.88 (s, 3H), 3.85 - 3.81 (m, 0.5H), 3.19 - 2.94 (m, 2H), 2.27 - 1.87 (m, 3H), 1.85 - 1.42 (m, 5H), 0.99 - 0.79 (m, 6H) 步驟 5 ： 4- 甲氧基 -N-[(1S)-3- 甲基 -1-[[(E,1S)-3- 甲基磺醯基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 烯丙基 ] 胺甲醯基 ] 丁基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，在N 2下向1-[乙氧基(甲基磺醯基甲基)磷醯基]氧基乙烷(130.06 mg，564.96 μmol，5當量)於THF (2 mL)中之混合物中添加n-BuLi (2.5 M，180.79 μL，4當量)。在-75℃下攪拌混合物30分鐘，接著添加N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，112.99 μmol，1當量)。在-75℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，藉由在0℃下添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物4-甲氧基-N-[(1S)-3-甲基-1-[[(E,1S)-3-甲基磺醯基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]烯丙基]胺甲醯基]丁基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(15 mg，28.82 μmol，25.50%產率，99.638%純度)。(ESI) m/z519.1 [M+H] +。管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：26%-52%，7 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.33 - 7.26 (m, 1H), 7.20 - 7.10 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.85 (dd, J=4.8, 15.3 Hz, 1H), 6.68 (dd, J=1.6, 15.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.77 - 4.67 (m, 1H), 4.61 - 4.50 (m, 1H), 3.99 - 3.83 (m, 3H), 3.28 - 3.18 (m, 2H), 3.01 - 2.88 (m, 3H), 2.65 - 2.50 (m, 1H), 2.39 - 2.22 (m, 1H), 2.15 - 1.97 (m, 1H), 1.91 - 1.62 (m, 5H), 1.09 - 0.92 (m, 6H) 實例 10. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 740 及 741
Figure 02_image2198
步驟 1 ： ((S)-4- 氯 -3- 側氧基 -1-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丁 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.6 g，2.10 mmol，1當量)於THF (24 mL)中之溶液中添加氯(碘基)甲烷(1.48 g，8.38 mmol，608.42 μL，4當量)，接著將溶液冷卻至-70℃且逐滴添加LDA (2 M，6.29 mL，6當量)。在-70℃下攪拌反應物1小時。在完成之後，藉由在-70℃下添加AcOH (4.5 mL)及THF (22 mL)之混合物來淬滅反應混合物，且接著用乙酸乙酯(50 mL)稀釋且用水(30 mL×2)、飽和NaHCO 3(30 mL)萃取。將有機層洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=2:1至0:1)純化殘餘物且接著用甲基三級丁基醚:石油醚=4:1(3 mL)濕磨，得到呈固體狀之N-[(1S)-3-氯-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]丙基]胺基甲酸三級丁酯(0.35 g，1.03 mmol，49.32%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z308.0 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=7.66 (br s, 1H), 7.53 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 4.61 (d, J=2.2 Hz, 2H), 4.22 - 4.10 (m, 1H), 3.21 - 3.11 (m, 2H), 2.34 - 2.06 (m, 2H), 1.93 - 1.80 (m, 1H), 1.73 - 1.54 (m, 2H), 1.39 (s, 9H)。 步驟 2 ： (S)-3-((S)-2- 胺基 -4- 氯 -3- 側氧基丁基 ) 吡咯啶 -2- 酮
將N-[(1S)-3-氯-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]丙基]胺基甲酸三級丁酯(0.33 g，1.08 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，5 mL，18.47當量)中之溶液在0℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之(3S)-3-[(2S)-2-胺基-4-氯-3-側氧基-丁基]吡咯啶-2-酮(0.3 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z205.0 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=8.75 (br s, 3H), 7.97 (br s, 1H), 4.96 - 4.91 (m, 1H), 4.77 (s, 1H), 4.37 - 4.23 (m, 1H), 3.26 - 3.07 (m, 2H), 2.60 (br d, J=8.6 Hz, 1H), 2.37 - 2.27 (m, 1H), 1.96 - 1.90 (m, 1H), 1.79 - 1.66 (m, 1H)。 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-4- 氯 -3- 側氧基 -1-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丁 -2- 基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(416.53 mg，1.37 mmol，1.1當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加HATU (946.18 mg，2.49 mmol，2當量)及NMM (251.71 mg，2.49 mmol，273.59 μL，2當量)，在0℃下攪拌溶液0.5小時。接著，在0℃下逐滴添加(3S)-3-[(2S)-2-胺基-4-氯-3-側氧基-丁基]吡咯啶-2-酮(0.3 g，1.24 mmol，1當量，HCl)於DMF (5 mL)中之溶液。在25℃下攪拌反應物0.5小時。在完成之後，反應混合物在0℃下逐滴用水(50 mL)稀釋且用EtOAc (20 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=2:1至0:1)純化殘餘物。得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-3-氯-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]丙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.3 g，549.92 μmol，44.20%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z491.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.58 (br s, 1H), 8.74 - 8.57 (m, 1H), 8.44 (br d, J=5.0 Hz, 1H), 7.65 (br d, J=4.5 Hz, 1H), 7.37 (br s, 1H), 7.15 - 7.06 (m, 1H), 7.01 (br d, J=8.1 Hz, 1H), 6.50 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 4.75 - 4.60 (m, 1H), 4.59 - 4.55 (m, 1H), 4.44 (br d, J=9.2 Hz, 2H), 3.88 (s, 3H), 3.13 - 3.01 (m, 2H), 2.34 - 2.18 (m, 1H), 2.09 (br dd, J=2.5, 3.9 Hz, 1H), 1.99 - 1.90 (m, 1H), 1.78 - 1.49 (m, 5H), 0.97 - 0.81 (m, 6H)。 步驟 4 ： 2- 側氧基 -2- 苯基乙酸 (S)-3-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-2- 側氧基 -4-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丁酯
向N-[(1S)-1-[[(1S)-3-氯-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]丙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.25 g，509.19 μmol，1當量)於DMF (6 mL)中之溶液中添加苯甲醯基甲酸(99.38 mg，661.94 μmol，1.3當量)及CsF (177.89 mg，1.17 mmol，43.18 μL，2.3當量)。在N 2氛圍下，在65℃下攪拌反應物4小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈油狀之[(3S)-3-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-2-側氧基-4-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丁基] 2-側氧基-2-苯基-乙酸酯(0.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z605.2 [M+H] +。 步驟 5 及 6 ： N-[(1R)-1-[[(1S)-3- 羥基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 丙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺、 N-[(1S)-1-[[(1S)-3- 羥基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 丙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向[(3S)-3-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-2-側氧基-4-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丁基] 2-側氧基-2-苯基-乙酸酯(0.3 g，496.16 μmol，1當量)於MeOH (10 mL)中之溶液中添加K 2CO 3(3.43 mg，24.81 μmol，0.05當量)。在25℃下攪拌反應物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到產物。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.58 (s, 1H), 8.50 (d, J=7.8 Hz, 1H), 8.41 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.63 (s, 1H), 7.35 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.14 - 7.05 (m, 1H), 7.04 - 6.94 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.05 - 4.98 (m, 1H), 4.57 - 4.46 (m, 1H), 4.41 (ddd, J=4.0, 7.7, 11.2 Hz, 1H), 4.34 - 4.25 (m, 1H), 4.22 - 4.13 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.18 - 3.01 (m, 2H), 2.25 - 2.14 (m, 1H), 2.13 - 2.04 (m, 1H), 1.99 - 1.84 (m, 1H), 1.77 - 1.48 (m, 5H), 0.93 (br d, J=6.2 Hz, 3H), 0.89 (br d, J=6.4 Hz, 3H)。
得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-3-羥基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]丙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23.86 mg，49.08 μmol，9.89%產率，97.2%純度)。MS (ESI) m/z473.2 [M+H] +。藉由對掌性SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OJ (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-MeOH]；B%：20%-20%，15 min)分離產物，得到呈固體狀之N-[(1R)-1-[[(1S)-3-羥基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]丙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(15.43 mg，31.22 μmol，6.29%產率，95.6%純度)。MS (ESI) m/z473.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.57 (s, 1H), 8.45 (br d, J=8.1 Hz, 1H), 8.41 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 7.62 (s, 1H), 7.36 (d, J=1.3 Hz, 1H), 7.14 - 7.05 (m, 1H), 7.04 - 6.97 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.06 (br s, 1H), 4.62 - 4.38 (m, 2H), 4.30 - 4.19 (m, 1H), 4.19 - 4.09 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.19 - 3.01 (m, 2H), 2.37 - 2.22 (m, 1H), 2.09 (br dd, J=3.2, 6.2 Hz, 1H), 1.99 - 1.86 (m, 1H), 1.80 - 1.43 (m, 5H), 0.94 (d, J=6.2 Hz, 3H), 0.89 (d, J=6.2 Hz, 3H)。 實例 11. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 143
Figure 02_image2200
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，625.81 μmol，1當量)之混合物中添加HCl/EtOAc (8 mL)歷時1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物，得到呈油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(230 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z300.0 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-4- 甲基 -2-[[(E)-3- 苯基丙 -2- 烯醯基 ] 胺基 ] 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(230 mg，684.88 μmol，1當量，HCl)及(E)-3-苯基丙-2-烯酸(202.94 mg，1.37 mmol，162.35 μL，2當量)於DMF (2 mL)及DCM (4 mL)中之混合物中添加EDCI (262.59 mg，1.37 mmol，2當量)及DMAP (167.34 mg，1.37 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由矽膠層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=1:1)純化殘餘物，得到呈油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[[(E)-3-苯基丙-2-烯醯基]胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，465.65 μmol，67.99%產率)。MS (ESI) m/z430.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-4- 甲基 -2-[[(E)-3- 苯基丙 -2- 烯醯基 ] 胺基 ] 戊醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[[(E)-3-苯基丙-2-烯醯基]胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，465.65 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，7 mL，97%純度，105.23當量)中之混合物加熱至80℃保持16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物，得到呈油狀之產物(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基-2-[[(E)-3-苯基丙-2-烯醯基]胺基]戊醯胺(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z415.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4- 甲基 -2-[[(E)-3- 苯基丙 -2- 烯醯基 ] 胺基 ] 戊醯胺
向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基-2-[[(E)-3-苯基丙-2-烯醯基]胺基]戊醯胺(200 mg，482.51 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(574.93 mg，2.41 mmol，5當量)，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25% - 55%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-2-[[(E)-3-苯基丙-2-烯醯基]胺基]戊醯胺(23.1 mg，58.26 μmol，12.07%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z397.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3)=8.70 (br d, J=6.6 Hz, 1H), 7.66 - 7.55 (m, 1H), 7.54 - 7.44 (m, 2H), 7.35 (br s, 3H), 6.72 - 6.52 (m, 2H), 6.47 (d, J=15.7 Hz, 1H), 5.02 - 4.67 (m, 2H), 3.49 - 3.22 (m, 2H), 2.56 - 2.27 (m, 3H), 2.02 - 1.88 (m, 1H), 1.88 - 1.80 (m, 1H), 1.75 - 1.61 (m, 3H), 1.07 - 0.87 (m, 6H) 實例 12. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 598
Figure 02_image2202
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，750.98 μmol，1當量)之混合物中添加HCl/EtOAc (4 M，6 mL，31.96當量)歷時1小時。在完成之後，用N 2直接吹乾產物，得到呈油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(260 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z300.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[[(E)-3-(4- 氯 -2- 氟 - 苯基 ) 丙 -2- 烯醯基 ] 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，744.43 μmol，1當量，HCl)及(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸(298.66 mg，1.49 mmol，81.96 μL，2當量)於DMF (2 mL)及DCM (4 mL)中之混合物中添加EDCI (285.42 mg，1.49 mmol，2當量)及DMAP (181.89 mg，1.49 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由矽膠層析純化殘餘物(SiO 2，石油醚:EtOAc=0:1)，得到呈油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(80 mg，165.99 μmol，22.30%產率)。MS (ESI) m/z482.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-2-[[(E)-3-(4- 氯 -2- 氟 - 苯基 ) 丙 -2- 烯醯基 ] 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯胺
在80℃下攪拌(2S)-2-[[(2S)-2-[[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，145.25 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，6 mL，97%純度，289.17當量)中之混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之產物(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]胺基]-4-甲基-戊醯胺(70 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z467.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(E)-3-(4- 氯 -2- 氟 - 苯基 ) 丙 -2- 烯醯基 ] 胺基 ]-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4- 甲基 - 戊醯胺
向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]胺基]-4-甲基-戊醯胺(70 mg，149.91 μmol，1當量)於DCM (1.5 mL)中之混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(160.77 mg，674.62 μmol，4.5當量)，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-2-[[(E)-3-苯基丙-2-烯醯基]胺基]戊醯胺(13.4 mg，58.26 μmol，12.07%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z449.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ=8.67 (br d, J=5.7 Hz, 1H), 7.63 (d, J=15.7 Hz, 1H), 7.42 (t, J=8.3 Hz, 1H), 7.19 - 7.06 (m, 2H), 6.55 (d, J=15.7 Hz, 1H), 6.34 (br s, 1H), 6.19 (br s, 1H), 4.83 - 4.67 (m, 2H), 3.47 - 3.33 (m, 2H), 2.58 - 2.28 (m, 3H), 2.04 (br s, 1H), 1.95 - 1.82 (m, 1H), 1.81 - 1.62 (m, 3H), 0.99 (d, J=6.0 Hz, 6H) 實例 13. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 149
Figure 02_image2204
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，20 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物且攪拌1小時。在反應完成後，濃縮反應物，得到粗(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，粗物質) (油)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-2- 茚 -2- 基 - 乙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(190 mg，1.02 mmol，1當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-2-茚-2-基-乙酸(297.27 mg，1.02 mmol，1當量)於DCM (9 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中添加DMAP (249.31 mg，2.04 mmol，2當量)及EDCI (391.21 mg，2.04 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，將反應物倒入冰水(30 mL)中且用EtOAc (20 mL×3)萃取。合併之有機相經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由矽膠層析(管柱高度：250 mm，直徑：100 mm，100-200篩網矽膠，石油醚/EtOAc=1/1，0/1)純化殘餘物，得到(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-2-茚-2-基-乙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，522.27 μmol，51.18%產率，80%純度) (固體)。MS (ESI) m/z460.3 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-2- 茚 -2- 基 - 乙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(400 mg，870.4 μmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，20 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，濃縮反應混合物，得到呈油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-2-茚-2-基-乙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(330 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z360.2 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -2- 茚 -2- 基 - 乙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-2-茚-2-基-乙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，652.84 μmol，1當量)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(149.77 mg，783.40 μmol，1.2當量)於DCM (6 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中添加DMAP (159.51 mg，1.31 mmol，2當量)及EDCI (250.30 mg，1.31 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。在反應完成後，將反應物倒入冰水(30 mL)中且用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。合併之有機相經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由矽膠層析(管柱高度：250 mm，直徑：100 mm，100-200篩網矽膠，石油醚/乙酸乙酯=1/1，0/1)純化殘餘物，得到(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-2-茚-2-基-乙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，506.96 μmol，77.66%產率，90%純度) (固體)。MS (ESI) m/z533.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -1-[(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 甲基 ]-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(S)-2-((S)-2-(2,3-二氫-1H-茚-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(100 mg，187.76 μmol，1當量)之混合物中添加氨(3.20 mg，187.76 μmol，3.13 μL，1當量)。在80℃下攪拌混合物且攪拌16小時。在反應完成後，濃縮反應物，得到呈固體狀之粗N-((S)-2-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-1-(2,3-二氫-1H-茚-2-基)-2-側氧基乙基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(70 mg，108.20 μmol，57.62%產率，80%純度)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1- 茚 -2- 基 -2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-茚-2-基-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，115.93 μmol，1當量)及甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(55.25 mg，231.85 μmol，2當量)於DCM (0.5 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。在反應完成後，將反應物倒入冰水(30 mL)中且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機相經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化殘餘物，得到N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-茚-2-基-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23.83 mg，47.70 μmol，41.15%產率，100%純度) (固體)。MS (ESI) m/z500.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.26 (s, 1 H), 7.13- 7.17 (m, 2 H), 7.11- 7.12 (m, 3 H), 7.03 (s, 1 H), 6.55- 6.52 (d, J=12.4 Hz, 1 H), 5.05- 5.01 (m, 1 H), 4.85- 5.00 (m, 1 H), 3.92 (s, 3 H), 3.25- 3.26 (m, 3 H), 3.21- 3.24 (m, 2 H), 2.90- 3.01 (m, 2 H), 2.88- 2.89 (m, 1 H), 2.31- 3.33 (m, 2 H), 1.81- 1.92 (m, 2 H) 實例 14. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 165
Figure 02_image2206
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯 ; 鹽酸鹽
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，873.14 μmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，30 mL)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(200 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟 2 ： (2S,4R)-(9H- 茀 -9- 基 ) 甲基 -4-( 三級丁氧基 )-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸酯
將(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(190 mg，853.29 μmol，1當量，HCl)、(2S,4R)-4-三級丁氧基-1-(9H-茀-9-基甲氧基羰基)吡咯啶-2-甲酸(349.40 mg，853.29 μmol，1當量)、EDCI (327.15 mg，1.71 mmol，2當量)、DMAP (208.49 mg，1.71 mmol，2當量)、DMF (3 mL)及DCM (6 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈油狀之產物(2S,4R)-(9H-茀-9-基)甲基-4-(三級丁氧基)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)吡咯啶-1-甲酸酯(230 mg，319.96 μmol，37.50%產率，80.36%純度)。MS (ESI) m/z578.2 [M+H] + 步驟 3 ： (S)- 甲基 -2-((2S,4R)-4-( 三級丁氧基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將(2S,4R)-(9H-茀-9-基)甲基-4-(三級丁氧基)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)吡咯啶-1-甲酸酯(170 mg，294.29 μmol，1當量)、哌啶(3.76 g，8.83 mmol，4.36 mL，20%純度，30當量)、DMF (1 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (DCM/MeOH=10/1)純化殘餘物，得到呈油狀之產物(S)-甲基-2-((2S,4R)-4-(三級丁氧基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(40 mg，112.54 μmol，38.24%產率)。 步驟 4 ： (S)- 甲基 -2-((2S,4R)-4-( 三級丁氧基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將(S)-甲基-2-((2S,4R)-4-(三級丁氧基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(40 mg，112.54 μmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(21.52 mg，112.54 μmol，1當量)、EDCI (43.15 mg，225.08 μmol，2當量)、DMAP (27.50 mg，225.08 μmol，2當量)、DMF (0.5 mL)及DCM (1 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈油狀之化合物(S)-甲基-2-((2S,4R)-4-(三級丁氧基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(30 mg，22.33 μmol，19.84%產率)。 步驟 5 ： (2S,4R)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4-( 三級丁氧基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(S)-甲基-2-((2S,4R)-4-(三級丁氧基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(27 mg，20.10 μmol，39.35%純度，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，3 mL)之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(2S,4R)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-(三級丁氧基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(22 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z514.2 [M+H] + 步驟 6 ： (2S,4R)-4-( 三級丁氧基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(2S,4R)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-(三級丁氧基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(20 mg，38.94 μmol，1當量)、伯格斯試劑(27.84 mg，116.83 μmol，3當量)及DCM (1 mL)之混合物在25℃下攪拌4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-40%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S,4R)-4-(三級丁氧基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(5 mg，10.09 μmol，25.91%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z496.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.73 - 11.43 (m, 1H), 9.26 - 8.84 (m, 1H), 7.84 - 7.49 (m, 1H), 7.19 - 7.07 (m, 1H), 7.05 - 6.96 (m, 1H), 6.94 - 6.65 (m, 1H), 6.57 - 6.41 (m, 1H), 5.08 - 4.92 (m, 1H), 4.85 - 4.40 (m, 2H), 4.34 - 4.08 (m, 1H), 3.98 - 3.75 (m, 3H), 3.74 - 3.50 (m, 1H), 3.22 - 2.80 (m, 2H), 2.47 - 2.37 (m, 1H), 2.27 - 2.04 (m, 3H), 2.03 - 1.87 (m, 1H), 1.86 - 1.36 (m, 2H), 1.15 (s, 9H) 實例 15. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 167
Figure 02_image2208
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將含(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.05 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，5 mL，19.09當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(鹽酸鹽，210 mg，粗物質)。 步驟 2 ： 4- 環己基 -2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸 (2S,4S)-(9H- 茀 -9- 基 ) 甲酯
向含(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，1.07 mmol，1當量)及(2 S,4 S)-4-環己基-1-(9 H-茀-9-基甲氧基羰基)吡咯啶-2-甲酸(450.58 mg，1.07 mmol，1當量)之DMF (1 mL)及DCM (2 mL)中添加DMAP (262.43 mg，2.15 mmol，2當量)及EDCI (411.80 mg，2.15 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=5:1至1:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2 S,4 S)-4-環己基-2-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]吡咯啶-1-甲酸9 H-茀-9-基甲酯(500 mg，850.77 μmol，79.21%產率)。MS (ESI) m/z588.3 [M+H] + 步驟 3 ： 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸 (S)- 甲酯 2-((2S,4S)-4- 環己酯
將含(2 S,4 S)-4-環己基-2-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]吡咯啶-1-甲酸9 H-茀-9-基甲酯(480 mg，816.74 μmol，1當量)之DMF (4 mL)及PIPERIDINE (862.20 mg，10.13 mmol，1 mL，12.40當量)在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，混合物用N 2脫水且接著用DCM (10 mL)稀釋，在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S,4S)-4-環己基吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(210 mg，574.61 μmol，70.35%產率)。 步驟 4 ： (S)-2-((2S,4S)-4- 環己基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向含(2 S)-2-[[(2 S,4 S)-4-環己基吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，547.25 μmol，1當量)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(104.62 mg，547.25 μmol，1當量)之DMF (2 mL)及DCM (3 mL)中添加DMAP (133.71 mg，1.09 mmol，2當量)及EDCI (209.82 mg，1.09 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:EtOAc=0:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2 S)-2-[[(2 S,4 S)-4-環己基-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2 -羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(210 mg，389.88 μmol，71.24%產率)。MS (ESI) m/z539.2 [M+H] + 步驟 5 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4- 環己基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2 S,4 S)-4-環己基-1-(4-甲氧基- 1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，371.31 μmol，1當量)置放於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，188.52當量)中。在80℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈固體狀之產物(2 S,4 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-環己基-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(110 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] + 步驟 6 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-4- 環己基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向含(2 S,4 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-環己基-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(100 mg，190.98 μmol，1當量)之DCM (1 mL)中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(227.55 mg，954.89 μmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2 S,4 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-環己基-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(30.7 mg，60.17 μmol，31.51%產率，99.1%純度)。MS (ESI) m/z506.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.23 - 6.82 (m, 3H), 6.60 - 6.36 (m, 1H), 5.21 - 4.96 (m, 1H), 4.72 - 4.56 (m, 1H), 4.34 - 4.07 (m, 1H), 4.00 - 3.80 (m, 3H), 3.57 (br t, J=9.4 Hz, 1H), 3.02 - 2.54 (m, 1H), 2.46 - 0.92 (m, 20H) 實例 16. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 209
Figure 02_image2210
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.55 g，1.92 mmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，10 mL，20.82當量)之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.35 g，粗物質)。 步驟 2 ： (2S,4S)-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
將(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.15 g，805.55 μmol，1當量)、(2S,4S)-1-三級丁氧基羰基-4-苯基-吡咯啶-2-甲酸(234.69 mg，805.55 μmol，1當量)、DMAP (196.83 mg，1.61 mmol，2當量)、EDCI (308.85 mg，1.61 mmol，2當量)於DMF (1 mL)及DCM (2 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=2:1至0:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(2S,4S)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-苯基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.25 g，500.51 μmol，62.13%產率，92%純度)。MS (ESI) m/z460.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-((2S,4S)-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將(2S,4S)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-苯基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.25 g，544.03 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，10 mL，73.53當量)之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4S)-4-苯基吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(0.2 g，粗物質)。MS (ESI) m/z360.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (S)-2-((2S,4S)-1-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，將(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4S)-4-苯基吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(0.17 g，472.99 μmol，1當量)、(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸(94.88 mg，472.99 μmol，1當量)、T3P (451.48 mg，709.48 μmol，421.95 μL，50%純度，1.5當量)、TEA (143.58 mg，1.42 mmol，197.50 μL，3當量)於DMF (4 mL)中之混合物中脫氣攪拌0.5小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=2:1至0:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之(2S)-2-[[(2S,4S)-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.11 g，162.36 μmol，34.33%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z542.1 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-1-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S,4S)-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.1 g，184.50 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 3 mL)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(0.09 g，粗物質)。MS (ESI) m/z527.0 [M+H] +。 步驟 6 ： (2S,4S)-1-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(0.09 g，170.78 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(203.50 mg，853.91 μmol，5當量)，在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之(2S,4S)-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(29.73 mg，56.89 μmol，33.31%產率，97.4%純度)。MS (ESI) m/z509.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.17 - 8.86 (m, 1H), 8.07 - 7.75 (m, 1H), 7.75 - 7.65 (m, 1H), 7.62 - 7.49 (m, 2H), 7.48 - 7.30 (m, 5H), 7.26 (tt, J=3.0, 5.6 Hz, 1H), 7.22 - 6.73 (m, 1H), 5.09 - 4.83 (m, 1H), 4.69 - 4.47 (m, 1H), 4.40 - 4.01 (m, 1H), 3.77 - 3.50 (m, 3H), 3.19 - 3.04 (m, 2H), 2.44 - 2.31 (m, 2H), 2.22 - 2.09 (m, 2H), 1.88 - 1.59 (m, 2H)。 實例 17. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 183
Figure 02_image2212
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯 ; 鹽酸鹽
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.05 mmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，30 mL)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯:HCl (230 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟 2 ： (S)-5-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-6- 氮雜螺 [2.5] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
將(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(230 mg，1.03 mmol，1當量，HCl)、(7S)-6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[2.5]辛烷-7-甲酸(263.72 mg，1.03 mmol，1當量)、T3P (657.31 mg，2.07 mmol，614.31 μL，2當量)、Et 3N (522.60 mg，5.16 mmol，718.85 μL，5當量)及DMF (5 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(S)-5-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-6-甲酸三級丁酯(300 mg，708.38 μmol，68.58%產率)。MS (ESI) m/z424.1 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-((S)-6- 氮雜螺 [2.5] 辛烷 -5- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將(S)-5-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-6-甲酸三級丁酯(290 mg，684.77 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，30 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之產物(S)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺基)丙酸甲酯(240 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [2.5] 辛烷 -5- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(S)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺基)丙酸甲酯(240 mg，666.95 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(127.51 mg，666.95 μmol，1當量)、DMAP (162.96 mg，1.33 mmol，2當量)、EDCI (255.71 mg，1.33 mmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈油狀之化合物(S)-2-((S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，275.74 μmol，41.34%產率，91.28%純度)。MS (ESI) m/z495.2 [M-H] - 步驟 5 ： (S)-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [2.5] 辛烷 -5- 甲酸
將(S)-2-((S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯、LiOH (24.12 mg，1.01 mmol，5當量)、H 2O (1 mL)及THF (4 mL)之混合物在25℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲酸(65 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z327.1 [M-H] - 步驟 6 ： ((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，1.40 mmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，10 mL)之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯(380 mg，粗物質)。 步驟 7 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙醯胺
將((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯(300 mg，1.11 mmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，15 mL，54.26當量)之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙醯胺(190 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟 8 ： (S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [2.5] 辛烷 -5- 甲醯胺
將(S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲酸(65 mg，197.95 μmol，1當量)、(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙醯胺(33.89 mg，197.95 μmol，1當量)、DMAP (48.37 mg，395.91 μmol，2當量)、EDCI (75.90 mg，395.91 μmol，2當量)、DMF (1 mL)及DCM (3 mL)之溶液在25℃下攪拌16小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：10%-40%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺(45 mg，79.43 μmol，40.13%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M-H] - 步驟 9 ： (S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [2.5] 辛烷 -5- 甲醯胺
將(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺(40 mg，83.07 μmol，1當量)、伯格斯試劑(237.55 mg，996.80 μmol，12當量)及DCM (20 mL)之混合物在25℃下攪拌8小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH4HCO 3)-ACN]；B%：20%-40%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[2.5]辛烷-5-甲醯胺(17 mg，34.79 μmol，41.89%產率，94.87%純度)。MS (ESI) m/z462.2 [M-H] -。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.64 (s, 1H), 9.26 - 8.52 (m, 1H), 7.87 - 7.61 (m, 1H), 7.18 - 7.07 (m, 1H), 7.06 - 6.96 (m, 1H), 6.85 - 6.60 (m, 1H), 6.51 (d, 1H), 5.30 - 4.93 (m, 2H), 4.61 - 4.41 (m, 1H), 3.85 (s, 3H), 3.21 - 2.96 (m, 2H), 2.39 - 2.03 (m, 5H), 1.96 - 1.56 (m, 4H), 0.99 (d, 1H), 0.45 - 0.15 (m, 4H) 實例 18. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 185
Figure 02_image2214
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環己基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(170 mg，763.47 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環己基-丙酸(207.17 mg，763.47 μmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DMAP (186.55 mg，1.53 mmol，2當量)及EDCI (292.71 mg，1.53 mmol，2當量)。向混合物中添加DCM (3 mL)且在25℃下攪拌2小時。藉由在0℃下添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，568.77 μmol，74.50%產率)。MS (ESI) m/z440.3 [M+H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環己基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，455.02 μmol，1當量)於EtOAc (0.5 mL)中之溶液中逐滴添加HCl/EtOAc (4 M，2.00 mL，17.58當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z340.1 [M+H] + 步驟 3 ： ((S)-2-((S)-3- 環己基 -2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(99.18 mg，518.77 μmol，1.3當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環己基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，399.05 μmol，1當量，HCl)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DMAP (97.50 mg，798.11 μmol，2.0當量)及EDCI (153.00 mg，798.11 μmol，2當量)。向混合物中添加DCM (4 mL)且在25℃下攪拌2小時。藉由在0℃下添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-3-環己基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，292.63 μmol，73.33%產率)。
1H NMR (甲醇- d 4, 400 MHz)：δ ppm 7.26 (s, 1H), 7.09-7.20 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.66 (br dd, J=9.0, 6.3 Hz, 1H), 4.52-4.58 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.72 (s, 3H), 3.22-3.29 (m, 2H), 2.54-2.62 (m, 1H), 2.26-2.33 (m, 1H), 2.15-2.23 (m, 1H), 1.66-1.87 (m, 9H), 1.47-1.54 (m, 1H), 1.25-1.40 (m, 3H), 0.96-1.06 (m, 2H) 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環己基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S)-3-環己基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，292.63 μmol，1當量)於氨(15.30 g，898.39 mmol，15.00 mL，3070.07當量)中之溶液加熱至80℃保持12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環己基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z498.2 [M+H] +
1H NMR (甲醇- d 4, 400 MHz)：δ ppm 7.27-7.34 (m, 1H), 7.13-7.20 (m, 1H), 7.05 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.53 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.62 (t, J=7.6 Hz, 1H), 4.42-4.51 (m, 1H), 3.95 (s, 3H), 3.22-3.30 (m, 2H), 2.53 (td, J=9.2, 4.5 Hz, 1H), 2.33 (ddd, J=9.2, 6.4, 3.4 Hz, 1H), 2.17 (ddd, J=14.1, 11.4, 4.6 Hz, 1H), 1.71-1.88 (m, 9H), 1.46-1.53 (m, 1H), 1.21-1.32 (m, 3H), 0.97-1.09 (m, 2H) 步驟 5 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環己基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環己基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(80 mg，160.78 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(114.94 mg，482.33 μmol，3當量)，接著在25℃下攪拌混合物3小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環己基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20.02 mg，41.75 μmol，25.97%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z480.1 [M+H] +。 製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min
1H NMR (甲醇- d 4, 400 MHz)：δ ppm 7.28 (s, 1H), 7.11-7.18 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.05 (dd, J=10.1, 5.9 Hz, 1H), 4.56-4.61 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.22-3.30 (m, 2H), 2.55-2.66 (m, 1H), 2.23-2.40 (m, 2H), 1.65-1.94 (m, 9H), 1.41-1.52 (m, 1H), 1.17-1.36 (m, 3H), 0.94-1.10 (m, 2H)。 實例 19. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 197
Figure 02_image2216
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，20 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物且攪拌1小時。在反應完成後，濃縮反應物，得到粗(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，粗物質，油)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S,5S)-2-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-6,6- 二甲基 -3- 氮雜雙環 [3.1.0] 己烷 -3- 甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(230 mg，1.24 mmol，1當量)及(2S,5S)-3-三級丁氧基羰基-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲酸(315.35 mg，1.24 mmol，1當量)於DCM (4.5 mL)及DMF (1.5 mL)中之混合物中添加EDCI (473.57 mg，2.47 mmol，2當量)及DMAP (301.80 mg，2.47 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化，得到(2S,5S)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-甲酸三級丁酯(200 mg，425.03 μmol，34.41%產率，90%純度) (固體)。MS (ESI) m/z424.1 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-2-((1S,2S,5S)-6,6- 二甲基 -3- 氮雜雙環 [3.1.0] 己烷 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
(1S,2S,5S)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-甲酸三級丁酯(200 mg，236.13 μmol，50%純度，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，20 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。在反應完成後，濃縮反應物，得到粗(S)-2-((1S,2S,5S)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，粗物質，油)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z324.1 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S,5S)-3-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6,6- 二甲基 -3- 氮雜雙環 [3.1.0] 己烷 -2- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(S)-2-((1S,2S,5S)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，463.84 μmol，1當量)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(88.68 mg，463.84 μmol，1當量)於DCM (3 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中添加EDCI (177.84 mg，927.68 μmol，2當量)及DMAP (113.33 mg，927.68 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌14小時。在反應完成後，將混合物倒入水(50 mL)中且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(60 mL×3)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由矽膠層析(管柱高度：250 mm，直徑：100 mm，100-200篩網矽膠，石油醚/乙酸乙酯=1/1，0/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之(2S)-2-[[(2S,5S)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(50 mg，80.56 μmol，17.37%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z497.2 [M+H] + 步驟 5 ： (2S,5S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6,6- 二甲基 -3- 氮雜雙環 [3.1.0] 己烷 -2- 甲醯胺
(2S)-2-[[(2S,5S)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(100 mg，201.39 μmol，1當量)於氨(5.10 g，299.46 mmol，5 mL，1486.99當量)中之混合物。在80℃下攪拌混合物且攪拌16小時。在反應完成後，濃縮反應物，得到粗(2S,5S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(100 mg，粗物質) (固體)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z482.3[M+H] + 步驟 6 ： (2S,5S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6,6- 二甲基 -3- 氮雜雙環 [3.1.0] 己烷 -2- 甲醯胺
向(2S,5S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(50 mg，103.83 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(49.49 mg，207.67 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-40%，8 min)純化，得到呈固體狀之(2S,5S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(14.44 mg，31.15 μmol，30.00%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 464.2[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d4)：δ ppm 7.16 - 7.18 (m, 1 H), 7.11- 7.14 (m, 2 H), 6.4 - 6.88 (m, 1 H), 5.05- 5.08 (m, 0.5 H), 4.06 (s, 2 H), 3.94- 3.98 (m, 0.5 H), 3.77 - 3.86 (m, 4 H), 3.28 (s, 2 H), 2.61- 3.69 (m, 1 H), 2.27- 2.32 (m, 1 H), 2.25- 2.26 (m, 1 H), 1.78 - 2.00 (m, 1 H), 1.74- 1.75 (m, 1 H) 1.35- 1.64 (m, 2 H), 0.97- 1.15 (m, 6 H) 實例 20. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 213
Figure 02_image2218
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將含(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(501 mg，1.75 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，10.02 mL，22.91當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質)。 步驟 2 ： (S)-3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 四氫嗒 𠯤 -1(2H)- 甲酸苯甲酯
將含(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(295.93 mg，1.59 mmol，1.4當量)及(3S)-1-苯甲氧基羰基六氫嗒𠯤-3-甲酸(300 mg，1.14 mmol，1當量)之DCM (2 mL)/THF (2 mL)冷卻至0℃，接著添加T3P (1.08 g，1.70 mmol，1.01 mL，50%純度，1.5當量)及DIEA (440.14 mg，3.41 mmol，593.18 μL，3當量)且將溶液在25℃下攪拌13小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之(3S)-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(455 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z433.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-2-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 四氫嗒 𠯤 -1(2H)- 甲酸苯甲酯
向含(3S)-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(200 mg，462.46 μmol，1當量)之DCM (2 mL)中添加DIEA (119.54 mg，924.92 μmol，161.10 μL，2當量)，添加(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基氯(121.56 mg，554.95 μmol，1.2當量)且在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，溶液用H 2O (10 mL)稀釋，用DCM (20 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈黃色油狀之(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(160 mg，248.88 μmol，53.82%產率，95.67%純度)。MS (ESI) m/z433.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 ) 六氫嗒 𠯤 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將含(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(160 mg，260.14 μmol，1當量)之TFA (5 mL)在75℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液以移除TFA，用NaHCO 3溶液稀釋，用EtOAc (20 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈固體狀之(2S)-2-[[(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(80 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z481.0 [M+H] +。 步驟 5 ： (S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 ) 六氫嗒 𠯤 -3- 甲醯胺
將含(2S)-2-[[(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(80 mg，166.35 μmol，1當量)之NH 3/MeOH (7 M，4.00 mL，168.32當量)在80℃下攪拌17小時。在完成之後，濃縮溶液以移除MeOH。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之(3S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-甲醯胺(75 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z481.0 [M+H] +。 步驟 6 ： (S)-2-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 六氫嗒 𠯤 -3- 甲醯胺
向含(3S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-甲醯胺(75 mg，160.98 μmol，1當量)之DCM (0.5 mL)中添加伯格斯試劑(76.72 mg，321.95 μmol，2當量)且在25℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，濃縮溶液以移除DCM。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物。管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min。獲得呈固體狀之(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]六氫嗒𠯤-3-甲醯胺(20 mg，44.65 μmol，27.74%產率，100%純度)。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.79 - 7.60 (m, 3H), 7.32 - 7.22 (m, 2H), 5.17 (dd, J=2.2, 6.0 Hz, 1H), 5.07 (dd, J=6.4, 9.7 Hz, 1H), 3.38 - 3.32 (m, 2H), 3.12 (br d, J=13.7 Hz, 1H), 2.90 - 2.74 (m, 1H), 2.56 (dq, J=5.8, 9.0 Hz, 1H), 2.44 - 2.14 (m, 3H), 2.08 - 1.79 (m, 3H), 1.75 - 1.53 (m, 2H)。MS (ESI) m/z448.2 [M+H] +。 步驟 7 ： (E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基氯
向含(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸(120 mg，598.22 μmol，1當量)之DCM (0.5 mL)中添加DMF (437.26 μg，5.98 μmol，0.46 μL，0.01當量)且冷卻至0℃，接著添加(COCl) 2(151.86 mg，1.20 mmol，104.73 μL，2當量)且在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，濃縮溶液以移除DCM且得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈固體狀之(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基氯(125 mg，粗物質)。 實例 21. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 201
Figure 02_image2220
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯 ; 鹽酸鹽
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，873.14 μmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，30 mL)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(200 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟 2 ： (S)- 甲基 -2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 ) 戊 -4- 炔醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(180 mg，808.38 μmol，1當量)、(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)戊-4-炔酸(172.37 mg，808.38 μmol，1當量)、TEA (572.59 mg，5.66 mmol，787.61 μL，7當量)、T3P (1.03 g，1.62 mmol，961.53 μL，50%純度，2當量)及DMF (3 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈油狀之產物(S)-甲基-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)戊-4-炔醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(150 mg，393.26 μmol，48.65%產率)。MS (ESI) m/z382.1 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2- 胺基戊 -4- 炔醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(S)-甲基-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)戊-4-炔醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(140 mg，367.05 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，30 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈油狀之產物(S)-2-((S)-2-胺基戊-4-炔醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(120 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 步驟 4 ： (S)- 甲基 -2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 戊 -4- 炔醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將(S)-2-((S)-2-胺基戊-4-炔醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(120 mg，377.63 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(72.20 mg，377.63 μmol，1當量)、EDCI (144.78 mg，755.27 μmol，2當量)、DMAP (92.27 mg，755.27 μmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈油狀之化合物(S)-甲基-2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)戊-4-炔醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(90 mg，160.56 μmol，42.52%產率，81.08%純度)。MS (ESI) m/z455.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-1- 側氧基戊 -4- 炔 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(S)-甲基-2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)戊-4-炔醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(85 mg，187.03 μmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，10 mL)之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-1-側氧基戊-4-炔-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(85 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z440.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-1- 側氧基戊 -4- 炔 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-1-側氧基戊-4-炔-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(80 mg，182.04 μmol，1當量)、伯格斯試劑(216.91 mg，910.20 μmol，5當量)及DCM (5 mL)之混合物在25℃下攪拌4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(0.04% NH 3H 2O+10 Mm NH4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-1-側氧基戊-4-炔-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20 mg，47.46 μmol，26.07%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z422.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.61 (d, J=1.8 Hz, 1H), 9.18 - 8.93 (m, 1H), 8.74 - 8.58 (m, 1H), 7.78 - 7.62 (m, 1H), 7.37 - 7.29 (m, 1H), 7.15 - 7.07 (m, 1H), 7.05 - 6.97 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.03 - 4.91 (m, 1H), 4.65 - 4.50 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.20 - 3.05 (m, 2H), 2.91-2.85 (m, 1H), 2.78 - 2.59 (m, 2H), 2.43 - 2.29 (m, 1H), 2.21 - 2.06 (m, 2H), 1.88 - 1.59 (m, 2H) 實例 22. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 205
Figure 02_image2222
步驟 1 ： (S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環丙基丙酸
向(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸(1 g，7.74 mmol，1當量)於THF (5 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加K 2CO 3(3.75 g，27.10 mmol，3.5當量)及(Boc) 2O (2.20 g，10.07 mmol，2.31 mL，1.3當量)。向混合物中添加額外的水，且接著在25℃下攪拌混合物16小時。接著蒸發有機溶劑且水性溶液用石油醚(10 mL)洗滌且用1 N檸檬酸水溶液(30 mL)酸化至約pH 3。溶液用DCM (30 mL×3)萃取且在真空中濃縮，得到呈油狀之( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙酸(1.8 g，粗物質)。 步驟 2 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，向( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，5 mL)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色膠狀之產物( S)-2-胺基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(350 mg，HCl，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下向( S)-2-胺基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(250 mg，1.12 mmol，1當量，HCl)及( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙酸(386.12 mg，1.68 mmol，1.5當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加TEA (568.05 mg，5.61 mmol，781.36 μL，5當量)，在0℃下向混合物中添加T3P (2.14 g，3.37 mmol，2.00 mL，50%純度，3當量)，接著在25℃下攪拌混合物2小時。反應混合物用水(10 mL)淬滅且用DCM (5 mL×3)萃取。所得溶液用Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈膠狀之產物( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(400 mg，905.74 μmol，80.67%產率，90%純度)。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ ppm 7.60 (d, J=5.6 Hz, 1H), 5.96 (s, 1H), 5.24 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.65 - 4.47 (m, 1H), 4.24 (d, J=6.6 Hz, 1H), 3.73 (s, 3H), 3.44 - 3.27 (m, 2H), 2.51 - 2.36 (m, 2H), 2.25 - 2.13 (m, 1H), 1.98 - 1.82 (m, 1H), 1.66 - 1.58 (m, 1H), 1.44 (s, 9H), 1.30 - 1.21 (m, 1H), 0.86 - 0.71 (m, 1H), 0.49 (d, J=7.9 Hz, 2H), 0.13 (d, J=4.4 Hz, 2H)。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯於HCl/EtOAc (4 M，4 mL)中之溶液，在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色膠狀之產物( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(330 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 4.57 (dd, J=4.1, 11.0 Hz, 1H), 3.94 (t, J=6.7 Hz, 1H), 3.73 (s, 3H), 3.40 - 3.33 (m, 2H), 2.55 - 2.33 (m, 2H), 2.19 - 2.07 (m, 1H), 2.03 - 2.00 (m, 1H), 1.93 - 1.84 (m, 2H), 1.24 (t, J=7.1 Hz, 1H), 0.89 - 0.79 (m, 1H), 0.59 (dd, J=4.5, 7.9 Hz, 2H), 0.26 - 0.17 (m, 2H)。 步驟 5 ： (S)-2-((S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(257.73 mg，1.35 mmol，1.5當量)及( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(300 mg，898.71 μmol，1當量，HCl)於DCM (8 mL)中之混合物中添加EDCI (861.43 mg，4.49 mmol，5當量)及DMAP (329.38 mg，2.70 mmol，3當量)，接著在25℃下攪拌混合物2小時。合併之有機層用水(10 mL)淬滅且用DCM (4 mL×3)萃取。所得溶液經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，EtOAc)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之化合物( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(250 mg，425.06 μmol，47.30%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z471.1 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(250 mg，531.33 μmol，1當量)中添加NH 3/MeOH (7 M，6.00 mL)。在80℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮所得混合物，得到呈固體狀之殘餘物 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z456.1 [M+H] + 步驟 7 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，粗物質)於DCM (4 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(104.63 mg，439.07 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。反應混合物用水淬滅(0.5 mL)且藉由吹送N 2來脫水。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之產物 N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(15 mg，34.29 μmol，15.62%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z438.2 [M+H] +。 製備型HPLC條件： 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.57 (d, J=1.8 Hz, 1H), 8.90 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.50 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.78 - 7.65 (m, 1H), 7.36 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.13 - 7.04 (m, 1H), 7.03 - 6.96 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.8 Hz, 1H), 5.04 - 4.94 (m, 1H), 4.54 - 4.38 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.19 - 3.06 (m, 2H), 2.44 - 2.33 (m, 1H), 2.22 - 2.07 (m, 2H), 1.90 - 1.75 (m, 2H), 1.74 - 1.63 (m, 1H), 1.54 - 1.41 (m, 1H), 0.87 - 0.73 (m, 1H), 0.47 - 0.34 (m, 2H), 0.25 - 0.15 (m, 1H), 0.14 - 0.04 (m, 1H)。 實例 23. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 401
Figure 02_image2224
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將含(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，1.40 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，10 mL，28.63當量)在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (S)-3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -2- 甲酸三級丁酯
向含(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.35 mmol，1當量，HCl)及(3 S)-2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲酸(362.87 mg，1.35 mmol，1當量)之DMF (2 mL)及DCM (5 mL)中添加DMAP (329.19 mg，2.69 mmol，2當量)及EDCI (516.56 mg，2.69 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈油狀之產物(3 S)-3-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯(340 mg，777.09 μmol，57.68%產率)。 步驟 3 ： (S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-((S)-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將含(3 S)-3-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯(340 mg，777.09 μmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，10 mL，51.47當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈油狀之產物(2 S)-2-[[(3 S)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，粗物質，HCl)。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向含(2 S)-2-[[(3 S)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，668.67 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(127.84 mg，668.67 μmol，1當量)之DMF (2 mL)及DCM (6 mL)中添加DMAP (163.38 mg，1.34 mmol，2當量)及EDCI (256.37 mg，1.34 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:EtOAc=0:1)純化殘餘物，得到呈油狀之產物(2 S)-2-[[(3 S)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，352.54 μmol，52.72%產率)。MS (ESI) m/z511.2 [M+H] + 步驟 5 ： (S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺
將含(2 S)-2-[[(3 S)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，352.54 μmol，1當量)之氨(7 M，20 mL，397.12當量)在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈油狀之產物(3 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(170 mg，粗物質)。 步驟 6 ： (S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺
向含(3 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(170 mg，343.04 μmol，1當量)之DCM (3 mL)中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(408.74 mg，1.72 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(3 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2 -羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(25 mg，51.09 μmol，14.89%產率，97.6%純度)。MS (ESI) m/z478.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MMeOD- d 4) δ=7.22 - 7.12 (m, 1H), 7.11 - 6.98 (m, 2H), 6.58 - 6.45 (m, 1H), 5.11 - 4.95 (m, 1H), 4.65 - 4.52 (m, 1H), 3.94 (s, 3H), 3.93 - 3.80 (m, 2H), 3.28 - 3.18 (m, 1H), 2.54 - 2.02 (m, 4H), 2.01 - 1.48 (m, 12 H)。 實例 24. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 225
Figure 02_image2226
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸(300 mg，1.11 mmol，1當量)於EtOAc (1.2 mL)中之溶液中添加HCl/EtOAc (4 M，2.79 mL，10當量)。在25℃下攪拌反應混合物1.5小時。濃縮所得混合物，得到產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-胺基-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(250 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z183.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 8.94 (s, 1 H), 7.56 (s, 1 H), 4.51 (t, J=7.17 Hz, 1 H), 3.93 (s, 3 H), 3.87 (s, 3 H), 3.46 - 3.55 (m, 1 H), 3.32 - 3.42 (m, 1 H)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(250 mg，1.14 mmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊酸(263.22 mg，1.14 mmol，1當量)於THF (1 mL)及DCM (1 mL)及DIPEA (441.26 mg，3.41 mmol，594.69 μL，3當量)中之混合物中添加T3P (1.09 g，1.71 mmol，1.02 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物10小時。LCMS證實反應混合物完成。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。有機相用鹽水(3 mL×3)洗滌，經無水硫酸鈉脫水且濃縮，得到粗產物。獲得呈油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(360 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z397.3 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(360 mg，907.99 μmol，1當量)於DCM (3.3 mL)中之混合物中添加TFA (1.04 g，9.08 mmol，672.27 μL，10當量)。在25℃下攪拌混合物1.5小時。LCMS證實反應混合物完成。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(370 mg，粗物質，TFA)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z297.2 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(370 mg，1.25 mmol，1當量，TFA)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(238.69 mg，1.25 mmol，1當量)於DMF (1.5 mL)及DCM (1.5 mL)中之混合物中一次性添加EDCI (478.66 mg，2.50 mmol，2當量)及DMAP (305.05 mg，2.50 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向所得混合物中添加水(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。有機相用鹽水(3 mL×3)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，且濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=2/1至EtOAc/甲醇=10/1)純化殘餘物。獲得呈油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(270 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z469.5 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -1-[(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 甲基 ]-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(235.00 mg，500.50 μmol，1當量)中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，1.94 mL，27.14當量)。在80℃下攪拌混合物且攪拌12小時。LCMS證實反應混合物完成。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到粗產物。藉由製備型TLC純化殘餘物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[(3-甲基咪唑-4-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(170 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z455.3 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-(3- 甲基咪唑 -4- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[(3-甲基咪唑-4-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，308.02 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(293.61 mg，1.23 mmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物12小時且接著濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(3-甲基咪唑-4-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(10.59 mg，23.82 μmol，7.73%產率，98.2%純度)。MS (ESI) m/z437.2 [M+H] +。 製備型HPLC條件： 管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25%-50%，6 min 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：20%-45%，8 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.52 - 7.57 (m, 1 H), 7.28 (s, 1 H), 7.12 - 7.18 (m, 1 H), 7.03 (d, J=8.38 Hz, 1 H), 6.85 - 6.96 (m, 1 H), 6.52 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 5.05 - 5.13 (m, 1 H), 4.55 - 4.62 (m, 1 H), 3.86 - 3.99 (m, 3 H), 3.68 (s, 3 H), 3.21 (tt, J=15.24, 7.80 Hz, 2 H), 1.55 - 1.81 (m, 3 H), 0.86 - 1.07 (m, 6 H) 實例 25. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 227
Figure 02_image2228
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-(1- 甲基咪唑 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(1-甲基咪唑-4-基)丙酸(0.5 g，2.96 mmol，1當量)之混合物中一次性添加HCl/MeOH (4 M，7.39 mL，10當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-胺基-3-(1-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(0.6 g，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z184.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(1- 甲基咪唑 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(498.76 mg，1.64 mmol，1.2當量)及(2S)-2-胺基-3-(1-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(0.3 g，1.37 mmol，1當量，HCl)、DIPEA (882.53 mg，6.83 mmol，1.19 mL，5當量)於THF (0.9 mL)及DCM (0.9 mL)中之混合物中添加T3P (1.30 g，2.05 mmol，1.22 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物添加至飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)中且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。有機相用鹽水(3 mL×3)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，且濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(100 mg，202.97 μmol，14.86%產率，95.3%純度)。MS (ESI) m/z470.2 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25% - 50%，10 min 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -1-[(1- 甲基咪唑 -4- 基 ) 甲基 ]-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1-甲基咪唑-4-基)丙酸甲酯(100 mg，212.98 μmol，1當量)中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，10.00 mL，328.67當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[(1-甲基咪唑-4-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(95.5 mg，190.57 μmol，89.48%產率，90.7%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z455.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-(1- 甲基咪唑 -4- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[(1-甲基咪唑-4-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(80.00 mg，176.01 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(83.89 mg，352.02 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加水(0.3 mL)且攪拌10分鐘。接著，濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(1-甲基咪唑-4-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(26.39 mg，60.27 μmol，34.24%產率，99.684%純度)。MS (ESI) m/z437.2 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25%-55%，10 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.35 (s, 1 H), 7.28 (s, 1 H), 7.12 - 7.20 (m, 1 H), 7.05 (d, J=8.38 Hz, 1 H), 6.91 - 6.98 (m, 1 H), 6.53 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 5.01 (t, J=7.06 Hz, 1 H), 4.63 (br dd, J=9.59, 4.96 Hz, 1 H), 3.94 (s, 3 H), 3.46 - 3.59 (m, 3 H), 3.00 - 3.13 (m, 2 H), 1.61 - 1.81 (m, 3 H), 0.89 - 1.07 (m, 6 H) 步驟 5 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(5 g，26.15 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.88 g，31.38 mmol，1.2當量，HCl)、EDCI (6.52 g，34.00 mmol，1.3當量)、HOBt (4.59 g，34.00 mmol，1.3當量)於DMF (30 mL)中之混合物中一次性添加TEA (7.94 g，78.46 mmol，10.92 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(90 mL)且用EtOAc (25 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(25 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(25 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.93 g，16.45 mmol，62.91%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.25 (br s, 1 H), 7.10 - 7.16 (m, 1 H), 6.93 - 7.00 (m, 2 H), 6.56 (br d, J=8.31 Hz, 1 H), 6.44 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 4.66 (td, J=8.50, 5.14 Hz, 1 H), 3.88 (s, 3 H), 1.62 - 1.75 (m, 2 H), 1.57 - 1.62 (m, 1 H), 1.42 (s, 9 H), 0.92 (dd, J=6.17, 3.85 Hz, 6 H)。 步驟 6 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(2.00 g，5.55 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加TFA (10.27 g，90.04 mmol，6.67 mL，16.23當量)及H 2O (666.67 mg，37.01 mmol，666.67 μL，6.67當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌4小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(2.24 g，5.35 mmol，96.50%產率，TFA)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 26. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 231
Figure 02_image2230
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-( 吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(3-吡啶基)丙酸(500 mg，1.88 mmol，1當量)之混合物中一次性添加HCl/MeOH (4 M，20.80 mL，44.31當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌12小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈油狀之(2S)-2-胺基-3-(3-吡啶基)丙酸甲酯(400 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z181.1 [M+H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-( 吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(3-吡啶基)丙酸甲酯(0.3 g，1.66 mmol，1當量，HCl)及(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(506.66 mg，1.66 mmol，1當量)、DIPEA (1.08 g，8.32 mmol，1.45 mL，5當量)於THF (0.6 mL)及DCM (0.6 mL)中之混合物中添加T 3P (1.59 g，2.50 mmol，1.49 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由與石油醚(20 mL)一起製漿來純化殘餘物且過濾，得到濾餅作為產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-吡啶基)丙酸甲酯(0.4 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z467.1 [M+H] + 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-( 吡啶 - 3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(3-吡啶基)丙酸甲酯(200.00 mg，428.70 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，5 mL，81.64當量)。在80℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-(3-吡啶基甲基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.18 g，339.65 μmol，79.23%產率，85.2%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z452.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-( 吡啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-(3-吡啶基甲基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.1 g，221.48 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(105.56 mg，442.95 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在25℃下向上述溶液中再添加伯格斯試劑(105.56 mg，442.95 μmol，2當量)且在25℃下攪拌反應混合物1小時。在完成之後，向反應混合物中添加水(0.5 mL)且攪拌10分鐘。接著，濃縮混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物，得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(3-吡啶基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23.18 mg，52.94 μmol，23.90%產率，99.009%純度)。MS (ESI) m/z434.2 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 8.47 - 8.52 (m, 1 H), 8.34 - 8.45 (m, 1 H), 7.77 - 7.84 (m, 1 H), 7.28 - 7.38 (m, 1 H), 7.23 - 7.28 (m, 1 H), 7.12 - 7.19 (m, 1 H), 6.99 - 7.07 (m, 1 H), 6.52 (d, J=7.63 Hz, 1 H), 5.08 - 5.18 (m, 1 H), 4.48 - 4.61 (m, 1 H), 3.94 (s, 3 H), 3.12 - 3.29 (m, 2 H), 1.41 - 1.76 (m, 3 H), 0.87 - 1.03 (m, 6 H)。 步驟 5 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(5 g，26.15 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.88 g，31.38 mmol，1.2當量，HCl)、EDCI (6.52 g，34.00 mmol，1.3當量)、HOBt (4.59 g，34.00 mmol，1.3當量)於DMF (30 mL)中之混合物中一次性添加TEA (7.94 g，78.46 mmol，10.92 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。在完成之後，向反應混合物中添加水(90 mL)且用乙酸乙酯(25 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(25 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(25 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析純化殘餘物(SiO 2，石油醚:EtOAc=30:1至10:1)，得到呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.93 g，16.45 mmol，62.91%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.25 (br s, 1 H), 7.10 - 7.16 (m, 1 H), 6.93 - 7.00 (m, 2 H), 6.56 (br d, J=8.31 Hz, 1 H), 6.44 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 4.66 (td, J=8.50, 5.14 Hz, 1 H), 3.88 (s, 3 H), 1.62 - 1.75 (m, 2 H), 1.57 - 1.62 (m, 1 H), 1.42 (s, 9 H), 0.92 (dd, J=6.17, 3.85 Hz, 6 H)。 步驟 6 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(0.5 g，1.39 mmol，1當量)於DCM (0.33 mL)中之混合物中一次性添加TFA (2.57 g，22.51 mmol，1.67 mL，16.23當量)及H 2O (166.71 mg，9.25 mmol，166.71 μL，6.67當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈固體狀之(S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊酸(400 mg，粗物質，TFA)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 27. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 599
Figure 02_image2232
步驟 1 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(5 g，26.15 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.88 g，31.38 mmol，1.2當量，HCl)、EDCI (6.52 g，34.00 mmol，1.3當量)、HOBt (4.59 g，34.00 mmol，1.3當量)於DMF (30 mL)中之混合物中一次性添加TEA (7.94 g，78.46 mmol，10.92 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(90 mL)且用EtOAc (25 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(25 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(25 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.93 g，16.45 mmol，62.91%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.25 (br s, 1 H), 7.10 - 7.16 (m, 1 H), 6.93 - 7.00 (m, 2 H), 6.56 (br d, J=8.31 Hz, 1 H), 6.44 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 4.66 (td, J=8.50, 5.14 Hz, 1 H), 3.88 (s, 3 H), 1.62 - 1.75 (m, 2 H), 1.57 - 1.62 (m, 1 H), 1.42 (s, 9 H), 0.92 (dd, J=6.17, 3.85 Hz, 6 H)。 步驟 2 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(2.00 g，5.55 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加TFA (10.27 g，90.04 mmol，6.67 mL，16.23當量)及H 2O (666.67 mg，37.01 mmol，666.67 μL，6.67當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌4小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(2.24 g，5.35 mmol，96.50%產率，TFA)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 步驟 3 ： 2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(568.23 mg，1.36 mmol，1.2當量，TFA)及2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(320 mg，1.13 mmol，1當量，HCl)、DIPEA (731.40 mg，5.66 mmol，985.72 μL，5當量)於THF (1 mL)及DCM (1 mL)中之混合物中添加T3P (1.08 g，1.70 mmol，1.01 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈固體狀之2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(0.2 g，375.53 μmol，33.18%產率)。MS (ESI) m/z533.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(200.00 mg，375.53 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，10.00 mL，186.41當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，326.21 μmol，86.87%產率，93.8%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[1- 氰基 -2-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，173.89 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(207.19 mg，869.44 μmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時，且接著濃縮，得到粗產物。
藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[1-氰基-2-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20.74 mg，41.13 μmol，23.66%產率，99.079%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，10 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.93 (br d, J=8.16 Hz, 1 H), 7.50 - 7.58 (m, 1 H), 7.28 - 7.40 (m, 2 H), 7.26 (dd, J=11.47, 0.66 Hz, 1 H), 7.11 - 7.19 (m, 1 H), 7.04 (dd, J=8.27, 4.08 Hz, 1 H), 6.59 - 6.70 (m, 1 H), 6.46 - 6.56 (m, 1 H), 5.24 - 5.34 (m, 1 H), 4.53 (td, J=10.31, 5.18 Hz, 1 H), 3.93 (d, J=4.41 Hz, 3 H), 3.40 - 3.59 (m, 3 H), 1.72 (ddd, J=15.16, 9.87, 5.18 Hz, 1 H), 1.53 - 1.66 (m, 2 H), 1.40 - 1.50 (m, 1 H), 0.87 - 1.01 (m, 5 H) 步驟 6 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸(400 mg，1.72 mmol，1當量)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，4.31 mL，10當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌1小時。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈固體狀之2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(370 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 實例 28. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 249
Figure 02_image2234
步驟 1 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基 -3,4- 二氫 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸
在25℃下，在N 2下向2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸(200 mg，861.20 μmol，1當量)於H 2O (1 mL)中之溶液中添加Pd/C (20 mg，861.20 μmol，10%純度)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(861.20 μmol) (15psi)下，在70℃下攪拌5小時。將反應混合物冷卻至25℃且過濾，得到濾液。濃縮濾液，得到產物。獲得呈固體狀之2-胺基-3-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)丙酸(200 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z235.0 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 1.92 - 2.03 (m, 1 H) 2.06 - 2.21 (m, 1 H) 2.45 - 2.62 (m, 1 H) 2.86 (dd, J=16.43, 6.06 Hz, 1 H) 3.32 - 3.40 (m, 1 H) 3.83 (br dd, J=8.49, 5.84 Hz, 1 H) 3.93 (br t, J=6.95 Hz, 1 H) 6.93 (d, J=7.72 Hz, 1 H) 7.01 - 7.10 (m, 1 H) 7.24 (br t, J=7.72 Hz, 1 H) 7.36 (d, J=7.06 Hz, 1 H) 步驟 2 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基 -3,4- 二氫 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-胺基-3-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)丙酸(200 mg，853.79 μmol，1當量)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，9.91 mL，46.45當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈黃色油狀之2-胺基-3-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(260 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z249.1 [M+H] + 步驟 3 ： 2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(2- 側氧基 -3,4- 二氫 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向2-胺基-3-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(260 mg，913.12 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(277.90 mg，913.12 μmol，1當量)、DIPEA (590.07 mg，4.57 mmol，795.24 μL，5當量)於THF (0.6 mL)及DCM (0.6 mL)中之混合物中添加T 3P (871.61 mg，1.37 mmol，814.59 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈固體狀之2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(85 mg，151.05 μmol，16.54%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z535.2 [M+H] +
\製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3) - ACN]；B%：27%-47%，8 min 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基 -3,4- 二氫 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(55 mg，102.88 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，1.83 mL，124.74當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(55 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[1- 氰基 -2-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(75 mg，144.34 μmol，1當量)於DCM (0.1 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(103.19 mg，433.03 μmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌16小時。向反應混合物中添加水(0.5 mL)且攪拌10分鐘。接著，濃縮混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。獲得呈固體狀之N-[(1S)-1-[[1-氰基-2-(2-側氧基-3,4-二氫-1H-喹啉-4-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(26.51 mg，52.85 μmol，36.62%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.51 - 11.61 (m, 1 H), 10.14 - 10.20 (m, 1 H), 8.84 - 9.01 (m, 1 H), 8.42 - 8.59 (m, 1 H), 7.32 - 7.42 (m, 1 H), 7.05 - 7.22 (m, 3 H), 6.81 - 7.04 (m, 3 H), 6.50 (dd, J=7.64, 3.85 Hz, 1 H), 4.37 - 4.66 (m, 2 H), 3.83 - 3.95 (m, 3 H), 2.95 - 3.12 (m, 1 H), 2.63 - 2.82 (m, 1 H), 2.26 - 2.42 (m, 1 H), 1.88 - 2.08 (m, 2 H), 1.45 - 1.82 (m, 3 H), 0.81 - 1.02 (m, 6 H) 步驟 6 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(15 g，78.46 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(21.07 g，94.15 mmol，1.2當量，HCl)於DMF (150 mL)中之混合物中添加EDCI (19.55 g，102.00 mmol，1.3當量)、HOBt (13.78 g，102.00 mmol，1.3當量)、TEA (23.82 g，235.38 mmol，32.76 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(450 mL)且用EtOAc (250 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(300 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(300 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:EtOAc=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(24 g，66.58 mmol，84.87%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] + 步驟 7 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(10 g，27.74 mmol，1當量)於DCM (30 mL)中之混合物中一次性添加TFA (61.60 g，540.26 mmol，40 mL，19.47當量)及H 2O (4.00 g，221.98 mmol，4.00 mL，8.00當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。粗產物用石油醚:乙酸乙酯=10:1(20 mL)純化且過濾，得到產物。獲得呈固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(6 g，19.22 mmol，69.27%產率，97.48%純度)。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 29. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 600
Figure 02_image2236
步驟 1 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將2-胺基-3-(2-側氧基-1H-吡啶-3-基)丙酸(500 mg，2.74 mmol，1當量)及HCl/MeOH (4 M，30 mL，43.72當量)之混合物在25℃下攪拌2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之產物2-胺基-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z197.0 [M+H] + 步驟 2 ： 甲基 -2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將2-胺基-3-(2-側氧基-1H-吡啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，2.79 mmol，1當量，HCl)、(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊酸(646.16 mg，2.79 mmol，1當量)、EDCI (1.07 g，5.59 mmol，2當量)、DMAP (682.62 mg，5.59 mmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物甲基-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸酯(900 mg，1.89 mmol，67.68%產率，86.02%純度)。MS (ESI) m/z410.1 [M+H] + 步驟 3 ： 2-((S)-2- 胺基 -4- 甲基戊醯胺基 )-3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將甲基-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸酯(200 mg，488.43 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，30 mL)之混合物在27℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物2-((S)-2-胺基-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(170 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 步驟 4 ： 2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將2-((S)-2-胺基-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(170 mg，491.58 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(93.98 mg，491.58 μmol，1當量)、EDCI (188.47 mg，983.17 μmol，2當量)、DMAP (120.11 mg，983.17 μmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/EtOAc=0/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(130 mg，269.41 μmol，54.81%產率)。MS (ESI) m/z483.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-((2S)-1-((1- 胺基 -1- 側氧基 -3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(190 mg，393.76 μmol，1當量)、NH 3/MeOH (7 M，10 mL)之混合物在80℃下攪拌15小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之N-((2S)-1-((1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(190 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z468.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-((2S)-1-((1- 氰基 -2-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-((2S)-1-((1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，385.01 μmol，1當量)、伯格斯試劑(917.53 mg，3.85 mmol，10當量)及DCM (30 mL)之混合物在25℃下攪拌8小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物N-((2S)-1-((1-氰基-2-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)乙基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(24 mg，52.18 μmol，13.55%產率，97.73%純度)。MS (ESI) m/z450.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.90-11.40 (m, 2H), 9.08 - 8.85 (m, 1H), 8.55 - 8.35 (m, 1H), 7.51 - 7.26 (m, 3H), 7.16 - 7.05 (m, 1H), 7.04 - 6.94 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 6.15 (t, J=6.6 Hz, 1H), 5.19 - 5.01 (m, 1H), 4.55 - 4.33 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.02 - 2.78 (m, 2H), 1.75 - 1.33 (m, 3H), 0.98 - 0.72 (m, 6H) 實例 30. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 344C 、 344D 、 507 及 511
Figure 02_image2238
化合物 344C 之步驟： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 氰基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，180.79 μmol，80%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加NH 3.H 2O (46.93 mg，361.58 μmol，51.57 μL，27%純度，2當量)及NH 4Cl (19.34 mg，361.58 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，接著添加含KCN (94.18 mg，1.45 mmol，61.96 μL)之H 2O (0.2 mL)，在30℃下攪拌混合物16小時。在反應完成後，接著藉由在0℃下添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用H 2O (10 mL)稀釋且用EtOAc (30 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。向液態水中添加NaOH以調節至pH=9，用NaCl水溶液淬滅，且接著添加NaOH以調節至pH ＞ 14。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，103.83 μmol，57.43%產率，97.3%純度)。MS (ESI) m/z469.2 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：15% - 40%，7 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.59 (dd, J=1.9, 5.0 Hz, 1H), 9.16 - 8.58 (m, 2H), 8.54 - 8.26 (m, 2H), 7.66 (d, J=9.0 Hz, 1H), 7.37 (dd, J=2.0, 4.2 Hz, 1H), 7.14 - 7.06 (m, 1H), 7.04 - 6.97 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.61 - 4.42 (m, 2H), 4.39 - 4.21 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.20 - 2.98 (m, 2H), 2.48 - 2.34 (m, 1H), 2.14 - 1.88 (m, 2H), 1.82 - 1.47 (m, 5H), 0.92 (dd, J=6.0, 14.8 Hz, 6H) 化合物 511 之步驟： N-[(1S)-1-[[(1S) -2- 氰基 -2-( 乙基胺基 )-1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(80 mg，108.47 μmol，60%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加PdCl 2(3.85 mg，21.69 μmol，0.2當量)、Na 2SO 4(53.93 mg，379.66 μmol，38.52 μL，3.5當量)及乙胺(9.78 mg，216.95 μmol，14.19 μL，2當量)。在25℃下攪拌所得混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (21.52 mg，216.95 μmol，27.14 μL，2當量)。在25℃下攪拌所得混合物1小時。在反應完成後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到70 mg混合物。藉由SFC純化混合物，得到呈油狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-(乙基胺基)-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(16 mg，28.20 μmol，26.00%產率，87.525%純度)及呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S) -2-氰基-2-(乙基胺基)-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(16 mg，31.44 μmol，28.98%產率，97.569%純度)。MS (ESI) m/z497.3 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：25%-40%，7 min SFC條件： 管柱：DAICEL CHIRALCEL OX (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：38% - 38%，9 min
化合物511異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (br s, 1H), 8.37 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 8.29 - 8.20 (m, 1H), 7.80 - 7.48 (m, 3H), 7.35 (br d, J=2.0 Hz, 1H), 7.17 - 6.96 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.53 - 4.40 (m, 1H), 4.05 (td, J=3.9, 7.7 Hz, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.77 (br dd, J=4.9, 10.1 Hz, 1H), 3.18 - 2.97 (m, 2H), 2.88 - 2.63 (m, 2H), 2.40 - 2.24 (m, 1H), 2.14 - 2.06 (m, 2H), 1.82 - 1.31 (m, 5H), 1.09 - 0.98 (m, 3H), 0.91 (br dd, J=6.2, 16.1 Hz, 6H)
化合物511異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.58 (d, J=1.5 Hz, 1H), 8.41 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 8.17 (br s, 1H), 7.63 - 7.50 (m, 1H), 7.37 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.14 - 7.05 (m, 1H), 7.00 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.50 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.58 - 4.37 (m, 1H), 4.25 - 3.99 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.81 - 3.51 (m, 1H), 3.16 - 2.96 (m, 2H), 2.89 - 2.54 (m, 2H), 2.43 - 2.23 (m, 1H), 2.20 - 1.99 (m, 1H), 1.95 - 1.43 (m, 6H), 1.10 - 0.98 (m, 3H), 0.91 (dd, J=6.4, 15.2 Hz, 6H) 化合物 507 之步驟： N-[(1S)-1-[[(1S)-2-( 苯甲基胺基 )-2- 氰基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(150 mg，271.18 μmol，80%純度，1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中添加PdCl 2(9.62 mg，54.24 μmol，0.2當量)、Na 2SO 4(134.82 mg，949.14 μmol，96.30 μL，3.5當量)及BnNH 2(58.11 mg，542.36 μmol，59.12 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，接著添加TMSCN (53.81 mg，542.36 μmol，67.85 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-(苯甲基胺基)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(30 mg，51.71 μmol，19.07%產率，96.291%純度)及N-[(1S)-1-[[(1S)-2-(苯甲基胺基)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(18 mg，31.04 μmol，11.44%產率，96.329%純度)。MS (ESI) m/z559.3 [M+H] +製備型HPLC條件： 管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：38%-62%，7 min
化合物507異構體1： 1H NMR：(400 MHz, DMSO- d6) δ=11.58 (d, J=1.8 Hz, 1H), 8.48 - 8.34 (m, 1H), 8.23 (br d, J=9.5 Hz, 1H), 7.69 - 7.53 (m, 1H), 7.51 - 7.23 (m, 5H), 7.14 - 7.05 (m, 1H), 7.02 - 6.97 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.56 - 4.37 (m, 1H), 4.23 (br d, J=9.3 Hz, 1H), 4.13 - 3.91 (m, 2H), 3.88 (s, 3H), 3.84 (br d, J=13.2 Hz, 1H), 3.17 - 2.95 (m, 2H), 2.42 - 2.24 (m, 1H), 2.16 - 1.98 (m, 1H), 1.93 - 1.44 (m, 6H), 0.90 (dd, J=6.3, 16.2 Hz, 6H)
化合物507異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (br d, J=1.5 Hz, 1H), 8.52 - 8.14 (m, 2H), 7.69 - 7.55 (m, 1H), 7.49 - 7.22 (m, 6H), 7.13 - 7.05 (m, 1H), 7.00 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.50 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.56 - 4.41 (m, 1H), 4.21 (br s, 1H), 4.06 - 3.94 (m, 2H), 3.88 (s, 3H), 3.83 (br d, J=12.8 Hz, 1H), 3.17 - 2.97 (m, 2H), 2.42 - 2.29 (m, 1H), 2.17 - 2.00 (m, 2H), 1.83 - 1.44 (m, 5H), 0.90 (dd, J=6.3, 17.8 Hz, 6H) 實例 31. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 129
Figure 02_image2240
步驟 1. 2-( 三氯甲基 )-3H- 咪唑并 [4,5-c] 吡啶
向吡啶-3,4-二胺(2 g，18.33 mmol，1當量)於AcOH (25 mL)中之溶液中添加2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(3.88 g，21.99 mmol，2.71 mL，1.2當量)。在100℃下攪拌溶液5小時。向反應物中添加H 2O (90 mL)且用乙酸乙酯(70 mL×3)萃取且用NaHCO 3(90 mL×2)洗滌。小心地濃縮有機層，得到呈黃色固體狀之粗2-(三氯甲基)-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶(800 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z235.9 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-甲醯胺
向2-(三氯甲基)-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶(150 mg，634.29 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(167.66 mg，634.29 μmol，1當量)於THF (5 mL)及H 2O (2.5 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(201.68 mg，1.90 mmol，3當量)。在20℃下攪拌溶液1小時。向溶液中添加H 2O (20 mL)，用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：1%-23%，8 min)純化粗物質，得到70%純度產物且接著繼續藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：1%-30%，8 min)純化，得到呈固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-甲醯胺(3 mg，6.96 μmol，1.10%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z410.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=8.89 - 8.81 (m, 2H), 8.77 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.21 (d, J=5.4 Hz, 2H), 7.54 (s, 1H), 7.43 (br d, J=5.4 Hz, 1H), 4.91 - 4.76 (m, 1H), 4.44 - 4.32 (m, 1H), 3.02 - 2.92 (m, 2H), 2.25 - 2.16 (m, 1H), 2.03 - 1.91 (m, 2H), 1.78 - 1.38 (m, 4H), 0.59 (br s, 1H), 0.25 (br d, J=7.9 Hz, 2H), 0.05 - 0.11 (m, 2H)。 實例 32. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 389A 及 389B
Figure 02_image2242
步驟1：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙醯胺
將含 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(2 g，7.37 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，50 mL，27.13當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(1.2 g，粗物質)。 步驟2：2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯
將2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(3 g，10.59 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，50 mL，18.89當量)中之溶液在80℃下攪拌2小時。在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之產物2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(2 g，粗物質)。 步驟3：2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯
向2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(2 g，10.14 mmol，1當量)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(2.33 g，12.17 mmol，1.2當量)於DCM (30 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加T3P (12.90 g，20.28 mmol，12.06 mL，50%純度，2當量)及DIEA (3.93 g，30.41 mmol，5.30 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL來淬滅反應混合物)且用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(3 g，8.10 mmol，79.88%產率)。MS (ESI) m/z371.1 [M+H] +步驟4：2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸
向2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(3 g，8.10 mmol，1當量)於THF (45 mL)及H 2O (15 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (1.70 g，40.49 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅混合物，且接著添加HCl水溶液(1 M)以調節至pH=3-4，且接著用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(2.6 g，粗物質)。MS (ESI) m/z357.1 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
在0℃下，向2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(1 g，2.81 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(720.49 mg，4.21 mmol，1.5當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加T3P (3.57 g，5.61 mmol，3.34 mL，50%純度，2當量)及DIEA (1.09 g，8.42 mmol，1.47 mL，3當量)。在30℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(700 mg，1.37 mmol，48.96%產率)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] +步驟6：N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(700 mg，1.37 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(982.03 mg，4.12 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol，74.05%產率)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +步驟7：N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：55% - 55%，9 min)分離 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol)，得到呈固體狀之產物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺，異構體1 (264 mg，537.04 μmol，52.80%產率)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +； 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.28 - 6.76 (m, 3H), 6.60 - 6.38 (m, 1H), 5.05 (br dd, J=5.2, 10.2 Hz, 1H), 4.63 - 4.60 (m, 1H), 4.03 - 3.85 (m, 5H), 3.74 - 3.28 (m, 1H), 2.73 (br dd, J=5.0, 8.6 Hz, 1H), 2.51 - 2.28 (m, 2H), 2.27 - 2.08 (m, 1H), 1.96 - 1.72 (m, 2H), 1.69 - 1.38 (m, 11H), 1.37 - 1.09 (m, 1H)；及
呈固體狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺，異構體2 (140 mg，284.51 μmol，27.97%產率)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +； 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.30 - 6.81 (m, 3H), 6.53 (br d, J=2.0 Hz, 1H), 5.12 - 4.95 (m, 2H), 4.70 - 4.55 (m, 2H), 4.08 - 3.86 (m, 4H), 3.84 - 3.72 (m, 1H), 2.62 - 2.40 (m, 1H), 2.36 - 2.18 (m, 2H), 1.94 - 1.69 (m, 3H), 1.68 - 1.34 (m, 11H)。 實例 33. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 399
Figure 02_image2244
步驟1：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(130 mg，454.03 μmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，2.27 mL，20當量)中之溶液中在25℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色液體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(173.4 mg，451.67 μmol，99.48%產率，HCl)。 步驟2：(S)-7-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯
向(7S)-6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(105.34 mg，412.59 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(158.4 mg，412.59 μmol，1當量，HCl)於DCM (1.2 mL)及DMF (0.4 mL)中之溶液中添加DMAP (100.81 mg，825.19 μmol，2當量)及EDCI (158.19 mg，825.19 μmol，2當量)。在25℃下攪拌反應混合物1小時。殘餘物用H 2O (6 mL)稀釋且用乙酸乙酯(3 mL)萃取。合併之有機層用乙酸乙酯(3 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈液體狀之產物(7S)-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(66.3 mg，156.55 μmol，37.94%產率)。MS (ESI) m/z424.0 [M+H] +步驟3：(S)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯
將(7S)-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(66.3 mg，156.55 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，782.76 μL，20當量)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色液體狀之產物(2S)-2-[[(7S)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(71.1 mg，156.09 μmol，99.71%產率，79%純度，HCl)。 步驟4：(S)-2-((S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(7S)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(62.8 mg，137.87 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(26.36 mg，137.87 μmol，1當量)於DCM (1.2 mL)及DMF (0.4 mL)中之溶液中添加DMAP (33.69 mg，275.74 μmol，2當量)及EDCI (52.86 mg，275.74 μmol，2當量)，在25℃下保持1小時。殘餘物用鹽水(6 mL)稀釋且用乙酸乙酯(3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(7S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(33.2 mg，66.86 μmol，48.50%產率)。MS (ESI) m/z497.1 [M+H] +步驟5：(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
將(2S)-2-[[(7S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(23.0 mg，46.32 μmol，1當量)及氨(7 M，4 mL，604.50當量)之混合物在25℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(15 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +步驟6：(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
將(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(15 mg，28.66 μmol，1當量)及伯格斯試劑(13.66 mg，57.32 μmol，2當量)之溶液在25℃下攪拌24小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20% - 45%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(7S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(3.01 mg，6.49 μmol，22.66%產率)。MS (ESI) m/z464.3 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 6.95 - 7.24 (m, 3 H) 6.47 - 6.58 (m, 1 H) 5.01 (br dd, J=10.67, 5.19 Hz, 1 H) 4.58 (t, J=7.09 Hz, 1 H) 3.82 - 4.19 (m, 5 H) 3.19 (br t, J=8.52 Hz, 1 H) 2.93 - 3.07 (m, 1 H) 2.28 - 2.56 (m, 3 H) 2.16 - 2.27 (m, 2 H) 1.94 - 2.14 (m, 6 H) 1.47 - 1.86 (m, 2 H)。 實例 34. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 405
Figure 02_image2246
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(225 mg，1.21 mmol，1當量)於DMF (2 mL)及DCM (4 mL)中之溶液中添加TEA (733.62 mg，7.25 mmol，1.01 mL，6當量)及T 3P (1.15 g，3.62 mmol，1.08 mL，3當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(296.42 mg，1.21 mmol，1當量)。在25℃下攪拌溶液1小時。向反應物中添加H 2O (40 mL)且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取且小心地濃縮有機層，得到呈固體狀之粗化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(440 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z414.1 [M+H] +步驟2：(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(440 mg，1.06 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液中在25℃下攪拌1小時。TLC (DCM:MeOH=10:1)。小心地濃縮反應物，得到粗物質。呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(310 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z314.3 [M+H] +步驟3：(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(310 mg，989.18 μmol，1當量)於DMF (4 mL)及DCM (4 mL)中之溶液中添加EDCI (379.25 mg，1.98 mmol，2當量)及DMAP (241.70 mg，1.98 mmol，2當量)且添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(189.11 mg，989.18 μmol，1當量)。在25℃下攪拌溶液3小時。向反應物中添加H 2O (40 mL)且用乙酸乙酯(80 mL×3)萃取且小心地濃縮有機層，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，乙酸乙酯:MeOH=10:1)純化粗物質，得到(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，411.05 μmol，41.55%產率)。MS (ESI) m/z487.2 [M-H] +步驟4：N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(135 mg，277.46 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，8 mL，201.83當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。小心地濃縮反應物，得到粗物質。呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z472.3 [M+H] +；製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-55%，8 min 步驟5：N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，275.69 μmol，1當量)於DCM (7 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(197.09 mg，827.06 μmol，3當量)。在25℃下攪拌溶液1小時。小心地濃縮反應物，得到粗物質。藉由製備型HPLC (TFA)純化粗物質，得到呈固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(36 mg，75.41 μmol，27.35%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z454.1 [M+H] +。製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：30%-55%，7 min； 1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ ppm 1.02 (s, 9 H) 1.74 - 1.94 (m, 4 H) 2.21 - 2.37 (m, 2 H) 2.52 - 2.63 (m, 1 H) 3.16 - 3.26 (m, 2 H) 3.92 (s, 3 H) 4.63 (dd, J=8.49, 4.30 Hz, 1 H) 4.98 - 5.06 (m, 1 H) 6.50 (d, J=7.72 Hz, 1 H) 7.02 (d, J=8.38 Hz, 1 H) 7.10 - 7.16 (m, 1 H) 7.23 (d, J=0.88 Hz, 1 H)。 實例 35. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 491 及 491A
Figure 02_image2248
步驟1：(2S)-2-[[3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)、3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(1.5 g，5.06 mmol，1.2當量，HCl)及TEA (1.7 g，16.88 mmol，2.35 mL，4當量)於DMF (5 mL)中之混合物中添加T 3P (5.3 g，8.44 mmol，5.02 mL，50%純度，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH =10:1/UV 254 nm)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析純化殘餘物(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：100-25%乙酸乙酯/MeOH，在30 mL/min下 )。獲得呈固體狀之化合物(2S)-2-[[3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.9 g，3.84 mmol，91.0%產率)。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，9.5 min)純化(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(50 mg，0.10 mmol，1當量)。獲得呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(50 mg，0.10 mmol，1當量)。 步驟2：N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.00 g，1.73 mmol，84%純度，1當量)於NH 3(7 M，24.77 mL，100當量) (7M於MeOH中)中之混合物在80℃下攪拌36小時。接著，在真空中濃縮反應混合物。獲得呈黃色固體狀之化合物N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(813 mg，粗物質)。
藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，7.8 min)純化N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，0.10 mmol，1當量)。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20.3 mg，42.5 μmol，39.9%產率，98.4%純度)。 步驟3：N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(663.0 mg，1.41 mmol，1當量)及甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(673.0 mg，2.82 mmol，2當量)於DCM (8 mL)中之混合物在25℃下攪拌16小時。接著，向混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(336.5 mg，1.41 mmol，1當量)且在25℃下攪拌混合物16小時。LC-MS證實偵測到所需化合物。TLC (石油醚:乙酸乙酯=0:1/I 2)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(450 mg，0.98 mmol，69.9%產率)。 步驟4：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：55%-55%)純化N-[2-[[1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(550.0 mg，1.22 mmol，1當量)。獲得呈固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺，異構體1 (147.1 mg，0.25 mmol，22.1%產率)。LCMS：Rt=0.756 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 11.56 (br s, 1H), 8.90 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.49 (br d, J=7.4 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.36 (s, 1H), 7.12 - 7.06 (m, 1H), 7.03 - 6.98 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.17 - 4.96 (m, 1H), 4.56 - 4.33 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.09 (br s, 2H), 2.33 - 2.19 (m, 2H), 1.88 - 1.76 (m, 3H), 1.70 (br dd, J=3.8, 8.3 Hz, 1H), 1.57 (br s, 1H), 1.50 - 1.35 (m, 2H), 0.80 (br s, 1H), 0.41 (br d, J=6.6 Hz, 2H), 0.25 - 0.03 (m, 2H)；及
獲得呈固體狀之 N-[(1 R)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺，異構體2 (113.1 mg，0.32 mmol，28.8%產率，100%純度)。LCMS：Rt=0.761 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.0 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 11.57 (s, 1H), 8.89 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.49 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 7.51 (br s, 1H), 7.36 (d, J=1.6 Hz, 1H), 7.13 - 7.06 (m, 1H), 7.03 - 6.97 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 - 4.99 (m, 1H), 4.52 - 4.42 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.08 (br s, 2H), 2.23 - 2.13 (m, 2H), 1.90 - 1.68 (m, 4H), 1.64 - 1.36 (m, 3H), 0.85 - 0.70 (m, 1H), 0.45 - 0.33 (m, 2H), 0.24 - 0.11 (m, 1H), 0.13 - 0.03 (m, 1H)。 實例 36. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 531
Figure 02_image2250
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.68 mmol，1當量)於DCM (10 mL)及DMF (2.5 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (616.30 mg，5.04 mmol，3當量)。向混合物中添加7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(394.69 mg，2.02 mmol，1.2當量)及EDCI (967.04 mg，5.04 mmol，3當量)。在25℃下攪拌所得混合物2小時。接著，在減壓下濃縮混合物，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1 )純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(550 mg，1.16 mmol，68.87%產率)。MS (ESI) m/z475.1 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.05 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，66.49當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，956.68 μmol，90.87%產率)。MS (ESI) m/z460.3 [M+H] +步驟3：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(430 mg，934.94 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(445.61 mg，1.87 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，407.32 μmol，43.57%產率)。MS (ESI) m/z442.2 [M+H] +； 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.71 (br s, 1H), 9.01 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.72 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.71 (s, 1H), 7.63 (dd, J=0.7, 7.9 Hz, 1H), 7.34 - 7.25 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.00 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.58 - 4.49 (m, 1H), 3.13 (quin, J=9.2 Hz, 2H), 2.42 - 2.31 (m, 1H), 2.22 - 2.05 (m, 2H), 1.89 - 1.64 (m, 3H), 1.57 - 1.46 (m, 1H), 0.89 - 0.75 (m, 1H), 0.50 - 0.37 (m, 2H), 0.25 - 0.07 (m, 2H)。 實例 37. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 635
Figure 02_image2252
步驟1：(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(400 mg，0.92 mmol，1當量)於MeOH (5 mL)中之溶液中添加Pd (200 mg，10%純度)及H 2(0.92 mmol)。在15 psi下，在25℃下攪拌混合物1小時。過濾混合物，得到濾液。在減壓下濃縮混合物，得到呈固體狀之化合物(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(274 mg，0.92 mmol，99.5%產率)。 步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(137 mg，0.46 mmol，1當量)及6-氯-1 H-吲哚-2-甲酸(90.4 mg，0.46 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DIPEA (119.4 mg，0.92 mmol，0.16 mL，2當量)及HATU (210.9 mg，0.55 mmol，1.2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。在減壓下濃縮混合物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下純化殘餘物)，得到呈固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，89.0%產率)。LCMS：Rt=0.780 min；C 23H 28ClN 5O 4MS計算值：473.18；MS實驗值：474.1 [M+H +]。 步驟3：6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
在0℃下，向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(47.5 mg，0.1 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(71.6 mg，0.3 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在減壓下濃縮混合物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：31%-61%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之化合物6-氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1 H-吲哚-2-甲醯胺(64.33 mg，34.7%產率)。LCMS：Rt=0.832 min；C 23H 26ClN 5O 3；MS計算值：455.17；MS實驗值：456.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ 11.73 (br s, 1H), 8.95 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.66 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.66 (d, J=8.5 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.44 (s, 1H), 7.31 (s, 1H), 7.05 (dd, J=1.8, 8.5 Hz, 1H), 5.11 - 4.96 (m, 1H), 4.52 - 4.42 (m, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.34 - 2.21 (m, 2H), 1.89 - 1.75 (m, 3H), 1.74 - 1.65 (m, 1H), 1.56 (br s, 1H), 1.51 - 1.29 (m, 2H), 0.79 (br s, 1H), 0.42 (br d, J=7.0 Hz, 2H), 0.23 - 0.01 (m, 2H) 實例 38. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 637
Figure 02_image2254
步驟1：4,7-二氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并咪唑
在0℃下，向3,6-二氯苯-1,2-二胺(0.3 g，1.69 mmol，1當量)於AcOH (12.57 g，209.2 mmol，11.97 mL，123.8當量)中之溶液中添加2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(313.0 mg，1.77 mmol，0.21 mL，1.05當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。所得混合物用H 2O (40 mL)稀釋且過濾，得到呈固體狀之4,7-二氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并[d]咪唑(300 mg，粗物質)。 步驟2：4,7-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸
在0℃下，向NaOH (0.8 g，20.0 mmol，20.2當量)於H 2O (10 mL)中之溶液中添加4,7-二氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并[d]咪唑(0.3 g，985.58 μmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。用HCl (2 M)將混合物之pH值調節至pH=2-3且接著過濾混合物，得到呈固體狀之4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸(0.2 g，粗物質)。 步驟3：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺
向(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-環丙基丙醯胺(130 mg，0.43 mmol，1當量)及4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸(101.3 mg，0.43 mmol，1.0當量)於DMF (3 mL)中之溶液中添加HATU (250.1 mg，0.65 mmol，1.5當量)及DIPEA (113.3 mg，0.87 mmol，0.15 mL，2.0當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。TLC (二氯甲烷:甲醇=10/1)指示4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸完全耗盡且形成一個新的斑點。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=100/1至10/1)純化殘餘物，得到呈固體狀之 N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺(0.2 g，0.39 mmol，89%產率)。 步驟4：4,7-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺
向 N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺(100.00 mg，0.19 mmol，1當量)於DCM (3.0 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(140.3 mg，0.58 mmol，3.0當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH3H2O+10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-50%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物(22.11 mg，22%產率)。LCMS：Rt=0.824 min；C 22H 24Cl 2N 6O 3MS計算值：490.13；MS實驗值：491.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.30 (s, 2H), 5.22 - 5.09 (m, 1H), 4.60 (t, J=7.1 Hz, 1H), 3.27 - 3.19 (m, 2H), 2.56 - 2.37 (m, 2H), 2.06 - 1.88 (m, 3H), 1.87 - 1.79 (m, 1H), 1.73 (td, J=7.2, 14.0 Hz, 2H), 1.60 - 1.44 (m, 1H), 0.96 - 0.75 (m, 1H), 0.54 (d, J=6.9 Hz, 2H), 0.21 (dd, J=4.8, 10.4 Hz, 2H)。 實例 39. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 639 及 639A
Figure 02_image2256
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(1.07 g，4.65 mmol，1.1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (1.55 g，12.67 mmol，3當量)及EDCI (1.62 g，8.45 mmol，2當量)。在25℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，向溶液中添加H 2O (30 mL)，且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，DCM/MeOH=30/1至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.92 mmol，68.97%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z412.3 [M+H] +。 步驟2：(2R)-N-(4-(三級丁基)苯基)-N-(2-側氧基-1-(吡啶-3-基)-2-((吡啶-4-基甲基)胺基)乙基)吡咯啶-2-甲醯胺
將含(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(600 mg，1.46 mmol，1當量)之氨(7 M，7.2 mL，8.30當量)在50℃下攪拌14小時。在完成之後，濃縮溶液，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(580 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z397.3 [M+H] +。 步驟3：(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺
將含N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(580 mg，1.46 mmol，1當量)之HCl/MeOH (4 M，10.00 mL，7.93當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液，得到呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(380 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z297.2 [M+H] +。 步驟4：(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺
向(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(380 mg，1.28 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(275.88 mg，1.41 mmol，1.1當量)、T3P (1.22 g，1.93 mmol，1.14 mL，50%純度，1.5當量)及DIEA (331.44 mg，2.56 mmol，446.68 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用DCM (30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，738.47 μmol，57.59%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z474.3 [M+H] +。 步驟5：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，738.47 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(527.94 mg，2.22 mmol，3當量)且在25℃下攪拌溶液6小時。在完成之後，使用吹乾來移除DCM。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之產物，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：33%-33%，8 min)進一步分離，得到：
呈固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，530.89 μmol，74.25%產率，96.82%純度)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.58 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.35 - 7.20 (m, 2H), 7.06 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.22 - 5.05 (m, 1H), 4.57 (t, J=7.5 Hz, 1H), 3.27 - 3.14 (m, 2H), 2.61 - 2.34 (m, 2H), 2.09 - 1.61 (m, 6H), 1.59 - 1.43 (m, 1H), 0.98 - 0.76 (m, 1H), 0.55 (dd, J=1.3, 8.2 Hz, 2H), 0.31 - 0.09 (m, 2H)；及
呈固體狀之7-氯-N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(45 mg，98.70 μmol，13.37%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.59 (dd, J=0.9, 7.9 Hz, 1H), 7.32 - 7.21 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.12 - 5.02 (m, 1H), 4.59 (dd, J=6.4, 7.9 Hz, 1H), 3.21 (dd, J=4.6, 7.7 Hz, 2H), 2.44 - 2.23 (m, 2H), 2.09 - 1.62 (m, 6H), 1.60 - 1.47 (m, 1H), 0.94 - 0.78 (m, 1H), 0.62 - 0.43 (m, 2H), 0.27 - 0.11 (m, 2H)。 實例 40. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 643
Figure 02_image2258
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，2.11 mmol，1當量，HCl), (2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(570.0 mg，2.32 mmol，1.1當量)及TEA (855.0 mg，8.45 mmol，1.18 mL，4當量於DMF (5 mL)中之混合物中添加T 3P (2.69 g，4.22 mmol，2.51 mL，50%純度，2當量)。在70℃下攪拌所得混合物16小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=0:1/PMA)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析 (ISCO®；20 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下 )純化殘餘物。獲得呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(436 mg，0.99 mmol，47.2%產率，97.9%純度)。 步驟2：(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
將含(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(300 mg，0.70 mmol，1當量)之HCl/二㗁烷(4 M，175.42 μL，1當量)在25℃下攪拌2小時。獲得呈固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(250 mg，粗物質，HCl)且未經進一步純化即用於下一步驟中。 步驟3：(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(310 mg，0.85 mmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(179.1 mg，0.93 mmol，1.1當量)、HATU (647.8 mg，1.70 mmol，2當量)及DIPEA (440.4 mg，3.41 mmol，0.60 mL，4當量)於DCM (4 mL)中之混合物在25℃下攪拌2小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=0:1/UV 254 nm)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下 )純化殘餘物。獲得呈油狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(451 mg，0.68 mmol，80.1%產率)且藉由LC-MS確認。 步驟4：N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(400 mg，0.79 mmol，1當量)於MeOH中之混合物中添加NH 3(7 M，11.42 mL，100當量)。接著，在80℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH=10:1/UV 254 nm)證實偵測到新的斑點。在真空中濃縮反應混合物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%乙酸乙酯/MeOH，在30 mL/min下 )純化殘餘物。獲得呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(295 mg，0.60 mmol，75.1%產率，98.9%純度)。 步驟5：N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(290 mg，0.59 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(284.6 mg，1.19 mmol，2當量)。接著，在25℃下攪拌混合物16小時。接著，向混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(142.3 mg，0.59 mmol，1當量)且在25℃下再攪拌混合物16小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 150×25 mm×5 μm；移動相：[水(0.05%氫氧化氨，v/v)-MeOH]；B%：55%-85%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(28.1 mg，59.3 μmol，9.9%產率，98.7%純度)。Rt=0.832 min；C 25H 33N 5O 4MS計算值：467.25，MS實驗值：468.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.26 - 7.22 (m, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.05 - 7.00 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=6.3, 9.8 Hz, 1H), 4.67 - 4.63 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.21 - 3.15 (m, 2H), 2.47 - 2.38 (m, 2H), 1.98 - 1.72 (m, 6H), 1.70 - 1.58 (m, 1H), 1.54 - 1.43 (m, 1H), 1.02 (s, 8H), 1.04 - 1.01 (m, 2H)。 實例 41. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 681
Figure 02_image2260
步驟1：(2S)-2-(2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，2.11 mmol，1.1當量，HCl)及2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(684.45 mg，1.92 mmol，1當量)於DMF (15 mL)中之溶液中添加 N,N-二異丙基乙基胺(DIEA) (744.57 mg，5.76 mmol，1.00 mL，3當量)及六氟磷酸3-氧化(1-[雙(二甲基胺基)亞甲基]-1H-1,2,3-三唑并[4,5-b]吡錠(HATU) (730.19 mg，1.92 mmol，1當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (80 mL)來淬滅兩批反應混合物且用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取。合併之有機層用40 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.35 g，粗物質)。MS (ESI) m/z539.3 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(650 mg，1.21 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，3.45 mL，20當量)中之溶液在65℃下攪拌17小時。在完成之後，在減壓下濃縮兩批反應混合物，得到呈無色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.22 g，粗物質)。MS (ESI) m/z524.3 [M+H] +。 步驟3：N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.22 g，2.33 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.39 g，5.82 mmol，2.5當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (3 mL)來淬滅反應混合物且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Agela DuraShell C18 250×70 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：43%-63%，20 min)純化殘餘物，得到呈固體狀之所需化合物(490 mg)，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：58%-58%，10 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺，異構體1 (201.77 mg，394.36 μmol，16.93%產率)。MS (ESI) m/z506.3[M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.26 (br s, 1 H) 8.50 - 8.85 (m, 1 H) 7.23 (br s, 1 H) 7.00 - 7.16 (m, 2 H) 6.89 (br s, 1 H) 6.52 (br d, J=7.46 Hz, 1 H) 4.86 - 5.06 (m, 1 H) 4.48 - 4.79 (m, 1 H) 3.80 - 3.98 (m, 4 H) 3.59 (br d, J=4.65 Hz, 1 H) 3.09 (br s, 2 H) 2.15 - 2.31 (m, 3 H) 1.73 - 2.01 (m, 2 H) 1.67 (br dd, J=12.17, 8.62 Hz, 2 H) 1.33 - 1.61 (m, 12 H)；及
獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺，異構體2 (200.95 mg，394.35 μmol，16.93%產率)。MS (ESI) m/z506.3[M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.27 (br s, 1 H) 8.61 (br d, J=1.22 Hz, 1 H) 7.02 - 7.26 (m, 3 H) 6.91 (br s, 1 H) 6.53 (d, J=7.46 Hz, 1 H) 4.91 - 5.06 (m, 1 H) 4.62 (br s, 1 H) 3.82 - 3.98 (m, 4 H) 3.52 - 3.75 (m, 1 H) 3.09 (br s, 2 H) 2.09 - 2.28 (m, 3 H) 1.63 - 1.92 (m, 4 H) 1.33 - 1.62 (m, 12 H)。 實例 42. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 721
Figure 02_image2262
步驟1：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(2.49 g，10.14 mmol，1.2當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(2 g，8.45 mmol，1當量，HCl)於DCM (60 mL)中之溶液中添加DMAP (3.10 g，25.35 mmol，3當量)。接著，添加EDCI (3.24 g，16.90 mmol，2當量)且在25℃下攪拌所得混合物1小時。在反應完成之後，混合物用水(400 mL)淬滅，用DCM (150 mL×3)萃取且接著用飽和NaCl (50 mL)脫水。在真空中濃縮所得溶液且藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1)純化。所得殘餘物用HCl (1 M，150 mL)洗滌，用DCM (50 mL×3)萃取，且接著用飽和NaHCO 3(30 mL)將溶液之pH值調節至約pH=8。所得混合物用DCM (100 mL)萃取，且接著在真空中濃縮，得到呈固體狀之( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(3 g，6.32 mmol，74.74%產率)。 1H NMR (400 MHz, CDCl 3- d) δ ppm 7.61 (d, J=7.0 Hz, 1H), 6.85 - 6.51 (m, 1H), 6.22 (s, 1H), 5.06 - 4.85 (m, 1H), 4.63 - 4.47 (m, 1H), 4.30 - 4.02 (m, 1H), 3.79 - 3.66 (m, 3H), 3.35 - 3.25 (m, 2H), 2.42 - 2.24 (m, 1H), 2.14 - 2.05 (m, 1H), 1.96 - 1.66 (m, 4H), 1.63 - 1.52 (m, 1H), 1.43 (s, 9H), 1.03 - 0.90 (m, 9H)。 步驟2：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.5 g，3.51 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈固體狀之( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.1 g，粗物質，HCl)。 1H NMR (400 MHz, D 2O) δ ppm 4.57 (dd, J=4.8, 10.3 Hz, 1H), 3.98 (dd, J=5.2, 7.8 Hz, 1H), 3.78 - 3.65 (m, 3H), 3.29 - 3.14 (m, 2H), 2.75 - 2.33 (m, 1H), 2.24 - 1.47 (m, 8H), 1.04 - 0.86 (m, 9H)。 步驟3：(S)-2-((S)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg×2，鹽酸鹽，1.68 mmol，1當量)及7-氯-1 H-吲哚-2-甲酸(394.29 mg，2.02 mmol，1.2當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加DMAP (615.66 mg，5.04 mmol，3當量)。在25℃下向混合物中添加EDCI (644.05 mg，3.36 mmol，2當量)，且在25℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，混合物用水(200 mL)淬滅，用DCM (70 mL×3)萃取，且接著在真空中濃縮。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:1至0:1)純化所得殘餘物，在真空中濃縮，且接著用1 M HCl (100 mL)洗滌且用DCM (30 mL×3)萃取。用飽和NaHCO 3(30 mL)將有機相調節至約pH=7，且接著在真空中濃縮，得到呈固體狀之( S)-2-(( S)-2-(7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，1.16 mmol，40 %產率)。MS (ESI) m/z505.2 [M+H] +； 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 7.58 (d, J=7.8 Hz, 1H), 7.32 - 7.17 (m, 2H), 7.06 (t, J=7.8 Hz, 1H), 4.73 (dd, J=3.8, 8.6 Hz, 1H), 4.55 (dd, J=4.0, 11.7 Hz, 1H), 3.71 (s, 3H), 3.35 (s, 1H), 3.24 - 3.01 (m, 2H), 2.49 - 2.22 (m, 2H), 2.02 - 1.40 (m, 8H), 1.08 - 0.96 (m, 9H)。 步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，1.29 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 10 mL)中之溶液在50℃下攪拌16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(450 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.3 [M+H] +步驟5：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(430 mg，877.56 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(627.38 mg，2.63 mmol，3當量)。在25℃下攪拌反應混合物4小時。在反應完成之後，混合物用水(10 mL)淬滅，用N 2流脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之7-氯- N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-1 H-吲哚-2-甲醯胺(205 mg，424.79 μmol，48.41%產率)。MS (ESI) m/z472.2 [M+H] +； 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.70 (s, 1H), 9.02 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.71 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.63 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.34 - 7.23 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.05 (q, J=8.2 Hz, 1H), 4.63 - 4.54 (m, 1H), 3.07 (s, 2H), 2.30 - 2.18 (m, 2H), 1.88 - 1.32 (m, 7H), 0.95 (s, 9H)。 實例 43. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 133
Figure 02_image2264
步驟1：7-氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸
向3-氯苯-1,2-二胺(500 mg，3.51 mmol，1當量)於AcOH (9 mL)中之溶液中逐滴添加2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(619.29 mg，3.51 mmol，433.07 μL，1當量)且在25℃下攪拌混合物2小時。在0℃下用10 mL H 2O淬滅反應混合物，且收集所得沈澱物。固體用H 2O (2×10 mL)洗滌且在真空中脫水，得到呈固體狀之產物7-氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸(500 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z195.1 [M-H] +步驟2：(S)-2-((S)-2-胺基-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯鹽酸鹽
向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，750.98 μmol，1當量)於EtOAc (2 mL)中之溶液中逐滴添加HCl/EtOAc (4 M，20 mL，106.53當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，粗物質，HCl)。 步驟3：(S)-2-((S)-2-(7-氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，744.43 μmol，1.0當量，HCl)及7-氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸(243.91 mg，744.43 μmol，60%純度，1當量)於DMF (3 mL)中之溶液中添加EDCI (285.42 mg，1.49 mmol，2.0當量)、DMAP (181.89 mg，1.49 mmol，2.0當量)。在添加DCM (9 mL)之後，在25℃下攪拌反應物12小時。藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-苯并咪唑-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(220 mg，327.28 μmol，43.96%產率，71.1%純度)。MS (ESI) m/z478.0 [M+H] +步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-苯并咪唑-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，418.46 μmol，1當量)於氨(7 M，20 mL，334.56當量)中之溶液在80℃下攪拌12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-7-氯-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(160 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z463.2 [M+H] +步驟5：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-7-氯-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(80 mg，108.87 μmol，63%純度，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(129.73 mg，544.36 μmol，5.0當量)，且接著在25℃下攪拌混合物12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20% - 50%，10 min)及製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA) - ACN]；B%：10% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(13.28 mg，29.85 μmol，27.42%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z445.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 13.64 (br s, 1H), 8.76 - 9.00 (m, 2H), 7.70 (s, 1H), 7.51 (br d, J=6.2 Hz, 1H), 7.25 - 7.42 (m, 2H), 4.90 - 5.06 (m, 1H), 4.55 (br t, J=7.4 Hz, 1H), 3.05 - 3.18 (m, 2H), 2.33 - 2.42 (m, 1H), 2.05 - 2.23 (m, 2H), 1.54 - 1.90 (m, 5H), 0.92 (br dd, J=8.5, 6.3 Hz, 6H)。 實例 44. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 145
Figure 02_image2266
步驟1：3-甲氧基苯-1,2-二胺：
在25℃下，向2-甲氧基-6-硝基-苯胺(1 g，5.95 mmol，1.00 mL，1當量)於EtOH (12 mL)及H 2O (4 mL)中之混合物中一次性添加NH 4Cl (1.59 g，29.74 mmol，5當量)，且接著將反應物加熱至80℃。添加Fe (1.66 g，29.74 mmol，5當量)且在80℃下攪拌2小時。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物，且接著用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯30 mL (10 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，且過濾且在減壓下濃縮，得到呈黑色油狀之3-甲氧基苯-1,2-二胺(770 mg，5.02 mmol，84.34%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z139.1 [M+H] +步驟2：7-甲氧基-1H-苯并咪唑-2-甲酸：
在25℃下，一次性添加3-甲氧基苯-1,2-二胺(750 mg，5.43 mmol，1當量)及2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(1.15 g，6.51 mmol，803.66 μL，1.2當量)於AcOH (8 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物2小時。用Na 2CO 3溶液將反應混合物調節至中性，且接著用H 2O (5 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水洗滌(10 mL×1)且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC (TFA條件)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之7-甲氧基-1H-苯并咪唑-2-甲酸(300 mg，1.56 mmol，28.76%產率)。MS (ESI) m/z193.1 [M+H] +。管柱：Phenomenex luna C18 100×40 mm×5 μm；移動相：[水(0.1% TFA)-ACN]；B%：20%-55%，8 min 步驟3：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-甲氧基-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺
在0℃下，向7-甲氧基-1H-苯并咪唑-2-甲酸(150 mg，780.55 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(711.44 mg，780.55 μmol，29%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中一次性添加DIEA (302.64 mg，2.34 mmol，407.88 μL，3當量)及T 3P (745.07 mg，1.17 mmol，696.33 μL，50%純度，1.5當量)。在0℃下攪拌混合物2小時。反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且接著用DCM (5 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(8 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件)純化粗物質，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-甲氧基-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(48 mg，109.47 μmol，14.02%產率)。MS (ESI) m/z439.2 [M+H] +。管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-40%，8 min。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=13.29 (br s, 1H), 9.09 - 8.90 (m, 1H), 8.80 - 8.66 (m, 1H), 7.79 - 7.67 (m, 1H), 7.27 - 7.17 (m, 1H), 7.09 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.76 (d, J=7.9 Hz, 1H), 5.06 - 4.83 (m, 1H), 4.61 - 4.48 (m, 1H), 3.98 - 3.88 (m, 3H), 3.20 - 3.05 (m, 2H), 2.44 - 2.30 (m, 1H), 2.27 - 2.06 (m, 2H), 1.96 - 1.84 (m, 1H), 1.83 - 1.66 (m, 2H), 1.65 - 1.55 (m, 1H), 0.74 (br s, 1H), 0.40 (br d, J=8.2 Hz, 2H), 0.23 - -0.01 (m, 2H) 實例 45. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 163
Figure 02_image2268
步驟1：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (3 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色膠狀之( S)-2-胺基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(350 mg，粗物質，HCl)。 步驟2：(2S,3R)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-3-苯基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯
向2-胺基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯( S)-甲酯(320 mg，1.44 mmol，1當量，HCl)及(2 S,3 R)-1-三級丁氧基羰基-3-苯基-吡咯啶-2-甲酸(502.43 mg，1.72 mmol，1.2當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加DMAP (526.70 mg，4.31 mmol，3當量)及EDCI (1.38 g，7.19 mmol，5當量)，且接著在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將混合物倒入水(45 mL)中且用DCM (20 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，PE:EA=1:1至0:1且接著DCM:MeOH=10:1至5:1)純化，得到呈白色固體狀之(2 S,3 R)-2-((( S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-3-苯基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(500 mg，544.03 μmol，37.86%產率，50%純度)。MS (ESI) m/z460.3 [M+H] +步驟3：(S)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((2S,3R)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺基)丙酸甲酯
將(2 S,3 R)-2-((( S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-3-苯基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(500 mg，1.09 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，5 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之( S)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((2 S,3 R)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺基)丙酸甲酯(340 mg，粗物質，HCl)。 步驟4：(S)-2-((2S,3R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((2 S,3 R)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺基)丙酸甲酯(200 mg，278.23 μmol，50%純度，1當量)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(63.83 mg，333.87 μmol，1.2當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (101.97 mg，834.68 μmol，3當量)及EDCI (106.67 mg，556.45 μmol，2當量)，且接著在25℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，混合物用水(30 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。在真空中濃縮所得物且藉由製備型TLC (SiO 2，乙酸乙酯=1)純化，得到呈白色固體狀之( S)-2-((2 S,3 R)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(130 mg，216.51 μmol，77.82%產率，88.7%純度)。MS (ESI) m/z533.3 [M+H] +步驟5：(2S,3R)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺
將( S)-2-((2 S,3 R)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(180 mg，337.97 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 7.00 mL)中之溶液在25℃下攪拌24小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2 S,3 R)- N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(160 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z518.3 [M+H] +步驟6：(2S,3R)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺
向(2 S,3 R)- N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(160 mg，309.13 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(294.67 mg，1.24 mmol，4當量)，且接著在45℃下攪拌混合物4小時。在反應完成之後，混合物用水(3 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之(2 S,3 R)- N-(( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(45 mg，89.18 μmol，28.85%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.69 - 11.50 (m, 1H), 9.21 - 8.79 (m, 1H), 7.76 - 7.49 (m, 1H), 7.42 - 7.20 (m, 5H), 7.17 - 6.72 (m, 3H), 6.57 - 6.39 (m, 1H), 5.00 - 4.76 (m, 1H), 4.47 (d, J=6.8 Hz, 1H), 4.17 - 3.72 (m, 5H), 3.55 - 3.38 (m, 1H), 3.17 - 2.77 (m, 2H), 2.46 - 2.34 (m, 2H), 2.30 - 2.01 (m, 3H), 1.79 - 1.31 (m, 2H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ ppm 11.33 (s, 1H), 8.75 (br s, 1H), 7.43 - 7.22 (m, 6H), 7.17 - 7.03 (m, 2H), 6.96 (s, 1H), 6.52 (d, J=7.3 Hz, 1H), 4.99 - 4.87 (m, 1H), 4.63 (s, 1H), 4.08 (s, 2H), 3.90 (s, 3H), 3.50 (q, J=6.8 Hz, 1H), 3.17 - 3.06 (m, 2H), 2.42 (s, 2H), 2.25 - 2.03 (m, 3H), 1.84 - 1.57 (m, 2H)。 實例 46. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 191
Figure 02_image2270
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，7 mL，16.03當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，且接著用DCM (10 mL×3)溶解殘餘物。在減壓下濃縮所得物，得到呈白色油狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(320 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z187.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3-(3- 吡啶基 ) 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(320 mg，1.44 mmol，1.2當量，HCl)於DCM (4 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中添加(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(3-吡啶基)丙酸(318.91 mg，1.20 mmol，1當量)、TEA (727.10 mg，7.19 mmol，1.00 mL，6當量)及T3P (1.14 g，1.80 mmol，1.07 mL，50%純度，1.5當量)，在25℃下攪拌1小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由矽膠層析(SiO 2，DCM:MeOH=9:1)及TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(3-吡啶基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(490 mg，1.13 mmol，94.17%產率)。MS (ESI) m/z435.3 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3-(3- 吡啶基 ) 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(3-吡啶基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(450 mg，1.04 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，6 mL，23.17當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-(3-吡啶基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(340 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z335.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3-(3- 吡啶基 ) 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
接著，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-(3-吡啶基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(340 mg，916.86 μmol，1當量，HCl)於DCM (2 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(210.35 mg，1.10 mmol，1.2當量)、TEA (556.66 mg，5.50 mmol，765.70 μL，6當量)及T3P (875.18 mg，1.38 mmol，817.93 μL，50%純度，1.5當量)，在25℃下攪拌1.5小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)及TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-(3-吡啶基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，354.65 μmol，38.68%產率)。MS (ESI) m/z508.2 [M+H] +。 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-2- 側氧基 -1-(3- 吡啶基甲基 ) 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-(3-吡啶基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(165 mg，325.10 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，107.66當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(3-吡啶基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(150 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z493.2 [M+H] +。 步驟 6 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-2- 側氧基 -1-(3- 吡啶基甲基 ) 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(3-吡啶基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(126 mg，255.82 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(243.86 mg，1.02 mmol，4當量)，且在40℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：15% - 45%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(3-吡啶基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(30.52 mg，64.32 μmol，25.14%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z475.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=8.50 (d, J=1.5 Hz, 1H), 8.41 - 8.34 (m, 1H), 7.80 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.37 (dd, J=4.9, 7.8 Hz, 1H), 7.21 (s, 1H), 7.13 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.00 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.03 (dd, J=6.0, 10.0 Hz, 1H), 4.76 (s, 1H), 3.92 (s, 3H), 3.30 - 3.21 (m, 3H), 3.17 (dd, J=8.8, 13.9 Hz, 1H), 2.56 (dq, J=5.5, 9.3 Hz, 1H), 2.36 - 2.21 (m, 2H), 1.96 - 1.73 (m, 2H)。 實例 47. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 213
Figure 02_image2272
步驟1：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將含(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(501 mg，1.75 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，10.02 mL，22.91當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液以移除HCl/EA。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質)。 步驟2：(S)-3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)四氫嗒𠯤-1(2H)-甲酸苯甲酯
將(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(295.93 mg，1.59 mmol，1.4當量)及(3S)-1-苯甲氧基羰基六氫嗒𠯤-3-甲酸(300 mg，1.14 mmol，1當量)於DCM (2 mL)/THF (2 mL)中之溶液中冷卻至0℃，且接著添加T3P (1.08 g，1.70 mmol，1.01 mL，50%純度，1.5當量)及DIEA (440.14 mg，3.41 mmol，593.18 μL，3當量)。在25℃下攪拌13小時之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之(3S)-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(455 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z433.1 [M+H] +。 步驟3：(S)-2-((E)-3-(4-氯-2-氟苯基)丙烯醯基)-3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)四氫嗒𠯤-1(2H)-甲酸苯甲酯
向(3S)-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(200 mg，462.46 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加DIEA (119.54 mg，924.92 μmol，161.10 μL，2當量)、(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基氯(121.56 mg，554.95 μmol，1.2當量)，且接著在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，溶液用H 2O (10 mL)稀釋，用DCM (20 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈黃色油狀之(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(160 mg，248.88 μmol，53.82%產率，95.67%純度)。MS (ESI) m/z433.1 [M+H] +。 步驟4：(S)-2-((S)-2-((E)-3-(4-氯-2-氟苯基)丙烯醯基)六氫嗒𠯤-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將含(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]六氫嗒𠯤-1-甲酸苯甲酯(160 mg，260.14 μmol，1當量)之TFA (5 mL)在75℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液以移除TFA，用NaHCO 3溶液稀釋且用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(80 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z481.0 [M+H] +。 步驟5：(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-2-((E)-3-(4-氯-2-氟苯基)丙烯醯基)六氫嗒𠯤-3-甲醯胺
將含(2S)-2-[[(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(80 mg，166.35 μmol，1當量)之氨(7 M，4.00 mL，168.32當量)在80℃下攪拌17小時。在完成之後，濃縮溶液以移除MeOH。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之(3S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-甲醯胺(75 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z481.0 [M+H] +。 步驟6：(S)-2-((E)-3-(4-氯-2-氟苯基)丙烯醯基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)六氫嗒𠯤-3-甲醯胺
向(3S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]六氫嗒𠯤-3-甲醯胺(75 mg，160.98 μmol，1當量)於DCM (0.5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(76.72 mg，321.95 μmol，2當量)且在25℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，濃縮溶液以移除DCM。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物。管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min。獲得呈白色固體狀之(3S)-2-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]六氫嗒𠯤-3-甲醯胺(20 mg，44.65 μmol，27.74%產率，100%純度)。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.79 - 7.60 (m, 3H), 7.32 - 7.22 (m, 2H), 5.17 (dd, J=2.2, 6.0 Hz, 1H), 5.07 (dd, J=6.4, 9.7 Hz, 1H), 3.38 - 3.32 (m, 2H), 3.12 (br d, J=13.7 Hz, 1H), 2.90 - 2.74 (m, 1H), 2.56 (dq, J=5.8, 9.0 Hz, 1H), 2.44 - 2.14 (m, 3H), 2.08 - 1.79 (m, 3H), 1.75 - 1.53 (m, 2H)。MS (ESI) m/z448.2 [M+H] +。 步驟7：(E)-3-(4-氯-2-氟苯基)丙烯醯基氯
向(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸(120 mg，598.22 μmol，1當量)於DCM (0.5 mL)中之溶液中添加DMF (437.26 μg，5.98 μmol，0.46 μL，0.01當量)，且將反應物冷卻至0℃。添加(COCl) 2(151.86 mg，1.20 mmol，104.73 μL，2當量)且在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，濃縮溶液以移除DCM且得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基氯(125 mg，粗物質)。 實例 48. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 203
Figure 02_image2274
步驟1：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(600 mg，2.10 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (20 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之粗產物( S)-2-胺基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(530 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] +步驟2：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向2-胺基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯( S)-甲酯(530 mg，2.85 mmol，1當量)於DMF (1 mL)及DCM (10 mL)中之溶液中添加( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊酸(710.44 mg，2.85 mmol，1當量)、T3P (2.36 g，3.71 mmol，2.20 mL，50%純度，1.3當量)及TEA (865.17 mg，8.55 mmol，1.19 mL，3當量)，且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅混合物且接著用EtOAc (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化，得到呈黃色油狀之粗產物( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(730 mg，1.57 mmol，55.19%產率，89.95%純度)。MS (ESI) m/z418.2 [M+H] +步驟3：(S)-2-((S)-2-胺基-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(530.00 mg，1.27 mmol，1當量)於HCl/MeOH (20 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物( S)-2-(( S)-2-胺基-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(500 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z318.2 [M+H] +步驟4：(S)-2-((S)-4-氟-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(500.00 mg，1.58 mmol，1當量)於ACN (20 mL)中之溶液中添加4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(301.21 mg，1.58 mmol，1當量)、DMAP (384.96 mg，3.15 mmol，2當量)、EDCI (604.06 mg，3.15 mmol，2當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將殘餘物倒入H 2O (50 mL)中且用EtOAc (20 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1 )純化，得到產物( S)-2-(( S)-4-氟-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(340 mg，652.80 μmol，41.43%產率，94.18%純度)。MS (ESI) m/z491.2 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-4-氟-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(330 mg，672.75 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，104.05當量)中之溶液在25℃下攪拌10小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之粗產物N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(280 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z476.2 [M+H] +步驟6：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(220 mg，462.66 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.10 g，4.63 mmol，10當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化，得到產物N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(10 mg，21.86 μmol，4.72%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z458.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.22 (s, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.03 - 7.02 (m, 1H), 6.52 - 6.50 (m, 1H), 5.06 - 5.03 (m, 1H), 4.74 - 4.72 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.29 - 3.19 (m, 2H), 2.32 - 2.31 (m, 1H), 2.36 - 2.25 (m, 3H), 2.24 - 2.14 (m, 1H), 1.93 - 1.76 (m, 2H), 1.48 - 1.46 (m, 3H), 1.43 - 1.41 (m, 3H) 實例 49. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 223
Figure 02_image2276
步驟1：(2S)-2-胺基-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸(0.5 g，1.96 mmol，1當量)於MeOH (0.6 mL)中之溶液中添加HCl/MeOH (4 M，4.90 mL，10當量)。在25℃下攪拌反應混合物12小時。濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸甲酯(400 mg，粗物質，HCl)，其直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z170.1 [M+H] +步驟2：(2S)-3-(1H-咪唑-5-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(741.86 mg，1.77 mmol，1當量，TFA)及(2S)-2-胺基-3-(1H-咪唑-5-基)丙酸甲酯(0.3 g，1.77 mmol，1當量，HCl)、DIPEA (1.15 g，8.87 mmol，1.54 mL，5當量)於THF (0.3 mL)及DCM (0.3 mL)中之混合物中添加T3P (1.69 g，2.66 mmol，1.58 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。有機相用鹽水(3 mL×3)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，且濃縮，得到粗產物。獲得呈白色固體狀之(2S)-3-(1H-咪唑-5-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.48 (s, 1 H), 7.27 (s, 1 H), 7.11 - 7.18 (m, 1 H), 7.02 (d, J=8.16 Hz, 1 H), 6.85 (s, 1 H), 6.51 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 4.60 - 4.71 (m, 2 H), 3.93 (s, 3 H), 3.68 (s, 3 H), 3.00 - 3.17 (m, 3 H), 1.62 - 1.78 (m, 3 H), 0.97 (dd, J=13.78, 6.06 Hz, 6 H) 步驟3：N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-(1H-咪唑-5-基甲基)-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-3-(1H-咪唑-5-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸酯(200 mg，439.07 μmol，1當量)中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，11.76 mL，187.56當量)。在80℃下攪拌混合物且攪拌12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到粗產物。獲得呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-(1H-咪唑-5-基甲基)-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(170 mg，378.83 μmol，86.28%產率，98.16%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z441.2 [M+H] +步驟4：N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(1H-咪唑-5-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-(1H-咪唑-5-基甲基)-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，317.82 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加TFAA (133.51 mg，635.65 μmol，88.41 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。濃縮反應混合物，得到粗產物，在儲存36小時後將其置放於N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(1H-咪唑-5-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺中。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-(1H-咪唑-5-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23.89 mg，56.31 μmol，17.72%產率，99.581%純度)。MS (ESI) m/z423.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min; 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.58 (s, 1 H), 7.30 (s, 1 H), 7.12 - 7.21 (m, 1 H), 6.99 - 7.09 (m, 2 H), 6.52 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 5.05 (t, J=7.06 Hz, 1 H), 4.61 (br dd, J=9.70, 4.85 Hz, 1 H), 3.94 (s, 3 H), 3.06 - 3.21 (m, 2 H), 1.60 - 1.83 (m, 3 H), 0.99 (dd, J=13.89, 6.17 Hz, 6 H) 步驟5：(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(5 g，26.15 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.88 g，31.38 mmol，1.2當量，HCl)、EDCI (6.52 g，34.00 mmol，1.3當量)、HOBt (4.59 g，34.00 mmol，1.3當量)於DMF (30 mL)中之混合物中一次性添加TEA (7.94 g，78.46 mmol，10.92 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(90 mL)且用乙酸乙酯(25 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(25 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(25 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.93 g，16.45 mmol，62.91%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.25 (br s, 1 H), 7.10 - 7.16 (m, 1 H), 6.93 - 7.00 (m, 2 H), 6.56 (br d, J=8.31 Hz, 1 H), 6.44 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 4.66 (td, J=8.50, 5.14 Hz, 1 H), 3.88 (s, 3 H), 1.62 - 1.75 (m, 2 H), 1.57 - 1.62 (m, 1 H), 1.42 (s, 9 H), 0.92 (dd, J=6.17, 3.85 Hz, 6 H)。 步驟6：(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(2.00 g，5.55 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加TFA (10.27 g，90.04 mmol，6.67 mL，16.23當量)及H 2O (666.67 mg，37.01 mmol，666.67 μL，6.67當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌4小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(2.24 g，5.35 mmol，96.50%產率，TFA)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 50. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 237
Figure 02_image2278
步驟 1 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(5 g，26.15 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.88 g，31.38 mmol，1.2當量，HCl)、EDCI (6.52 g，34.00 mmol，1.3當量)、HOBt (4.59 g，34.00 mmol，1.3當量)於DMF (30 mL)中之混合物中一次性添加TEA (7.94 g，78.46 mmol，10.92 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(90 mL)且用乙酸乙酯(25 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(25 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(25 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(5.93 g，16.45 mmol，62.91%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.25 (br s, 1 H), 7.10 - 7.16 (m, 1 H), 6.93 - 7.00 (m, 2 H), 6.56 (br d, J=8.31 Hz, 1 H), 6.44 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 4.66 (td, J=8.50, 5.14 Hz, 1 H), 3.88 (s, 3 H), 1.62 - 1.75 (m, 2 H), 1.57 - 1.62 (m, 1 H), 1.42 (s, 9 H), 0.92 (dd, J=6.17, 3.85 Hz, 6 H)。 步驟 2 ： (2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(2.00 g，5.55 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加TFA (10.27 g，90.04 mmol，6.67 mL，16.23當量)及H 2O (666.67 mg，37.01 mmol，666.67 μL，6.67當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌4小時。濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(2.24 g，5.35 mmol，96.50%產率，TFA)，其直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 步驟 3 ： 2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(568.23 mg，1.36 mmol，1.2當量，TFA)及2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(320 mg，1.13 mmol，1當量，HCl)、DIPEA (731.40 mg，5.66 mmol，985.72 μL，5當量)於THF (1 mL)及DCM (1 mL)中之混合物中添加T3P (1.08 g，1.70 mmol，1.01 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(0.2 g，375.53 μmol，33.18%產率)。MS (ESI) m/z533.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(200.00 mg，375.53 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，10.00 mL，186.41當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，326.21 μmol，86.87%產率，93.8%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[1- 氰基 -2-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，173.89 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(207.19 mg，869.44 μmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物且藉由製備型HPLC純化。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[1-氰基-2-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20.74 mg，41.13 μmol，23.66%產率，99.079%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，10 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.93 (br d, J=8.16 Hz, 1 H), 7.50 - 7.58 (m, 1 H), 7.28 - 7.40 (m, 2 H), 7.26 (dd, J=11.47, 0.66 Hz, 1 H), 7.11 - 7.19 (m, 1 H), 7.04 (dd, J=8.27, 4.08 Hz, 1 H), 6.59 - 6.70 (m, 1 H), 6.46 - 6.56 (m, 1 H), 5.24 - 5.34 (m, 1 H), 4.53 (td, J=10.31, 5.18 Hz, 1 H), 3.93 (d, J=4.41 Hz, 3 H), 3.40 - 3.59 (m, 3 H), 1.72 (ddd, J=15.16, 9.87, 5.18 Hz, 1 H), 1.53 - 1.66 (m, 2 H), 1.40 - 1.50 (m, 1 H), 0.87 - 1.01 (m, 5 H) 步驟 6 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基 -1H- 喹啉 -4- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸(400 mg，1.72 mmol，1當量)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，4.31 mL，10當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌1小時。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈白色固體狀之2-胺基-3-(2-側氧基-1H-喹啉-4-基)丙酸甲酯(370 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 實例 51. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 241
Figure 02_image2280
步驟 1 ： 2- 胺基 -3-(1H- 吡唑 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-胺基-3-(1H-吡唑-3-基)丙酸(0.5 g，2.19 mmol，1當量，2HCl)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，17.01 mL，31.03當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈黃色固體狀之2-胺基-3-(1H-吡唑-3-基)丙酸甲酯(530 mg，粗物質，2HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z170.1 [M+H] + 步驟 2 ： 2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(1H- 吡唑 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(377.12 mg，1.24 mmol，1當量)及2-胺基-3-(1H-吡唑-3-基)丙酸甲酯(300 mg，1.24 mmol，1當量，2HCl)、DIPEA (800.75 mg，6.20 mmol，1.08 mL，5當量)於THF (0.9 mL)及DCM (0.9 mL)中之混合物中添加T3P (1.18 g，1.86 mmol，1.11 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1H-吡唑-3-基)丙酸甲酯(130 mg，285.40 μmol，23.03%產率)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-(1H- 吡唑 -3- 基甲基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1H-吡唑-3-基)丙酸甲酯(100 mg，219.54 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，3.33 mL，106.28當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到產物。獲得呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-(1H-吡唑-3-基甲基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(95 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z441.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[1- 氰基 -2-(1H- 吡唑 -3- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-(1H-吡唑-3-基甲基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(95 mg，215.67 μmol，1當量)、TEA (43.65 mg，431.33 μmol，60.04 μL，2當量)於DCM (0.1 mL)中之混合物中添加TFAA (90.59 mg，431.33 μmol，60.00 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[1-氰基-2-(1H-吡唑-3-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(23.35 mg，54.93 μmol，25.47%產率，99.384%純度)。MS (ESI) m/z423.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.55 (br d, J=11.25 Hz, 1 H), 7.30 (s, 1 H), 7.13 - 7.22 (m, 1 H), 7.05 (d, J=7.95 Hz, 1 H), 6.54 (d, J=7.70 Hz, 1 H), 6.31 (dd, J=10.58, 2.14 Hz, 1 H), 5.04 - 5.17 (m, 1 H), 4.56 - 4.64 (m, 1 H), 3.95 (s, 3 H), 3.13 - 3.30 (m, 2 H), 1.52 - 1.83 (m, 3 H), 0.90 - 1.08 (m, 6 H) 步驟 6 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(15 g，78.46 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(21.07 g，94.15 mmol，1.2當量，HCl)於DMF (150 mL)中之混合物中添加EDCI (19.55 g，102.00 mmol，1.3當量)、HOBt (13.78 g，102.00 mmol，1.3當量)、TEA (23.82 g，235.38 mmol，32.76 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(450 mL)且用乙酸乙酯(250 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(300 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(300 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=30:1至10:1)純化殘餘物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(24 g，66.58 mmol，84.87%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] + 步驟 7 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(10 g，27.74 mmol，1當量)於DCM (30 mL)中之混合物中一次性添加TFA (61.60 g，540.26 mmol，40 mL，19.47當量)及H 2O (4.00 g，221.98 mmol，4.00 mL，8.00當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。粗產物藉由石油醚:乙酸乙酯=10:1 (20 mL)純化且過濾，得到產物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(6 g，19.22 mmol，69.27%產率，97.48%純度)。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 52. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 245
Figure 02_image2282
步驟 1 ： 2- 胺基 -3-(1H- 吲唑 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-胺基-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸(200 mg，827.56 μmol，1當量，HCl)之混合物中添加HCl/MeOH (4 M，2 mL，9.67當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。獲得呈淺黃色固體狀之2-胺基-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸甲酯(200 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z220.1 [M+H] + 步驟 2 ： 2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(1H- 吲唑 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向2-胺基-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸甲酯(150 mg，586.62 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊酸(203.52 mg，879.94 μmol，1.5當量)、DIPEA (379.09 mg，2.93 mmol，510.90 μL，5當量)於DCM (1.5 mL)及THF (1.5 mL)中之混合物中添加T3P (559.96 mg，879.94 μmol，523.33 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取。濃縮有機相，得到呈淺黃色固體狀之2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸甲酯(180 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z433.2 [M+H] + 步驟 3 ： 2-[[(2S)-2- 胺基 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-(1H- 吲唑 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸甲酯(180 mg，416.17 μmol，1當量)之混合物中一次性添加HCl/MeOH (4 M，5.14 mL，49.43當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸甲酯(160 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z333.2 [M+H] + 步驟 4 ： 3-(1H- 吲唑 -3- 基 )-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-(1H-吲唑-3-基)丙酸甲酯(160 mg，433.77 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(99.52 mg，520.53 μmol，1.2當量)、DIPEA (280.31 mg，2.17 mmol，377.78 μL，5當量)於DCM (1 mL)及THF (1 mL)中之混合物中一次性添加T3P (414.05 mg，650.66 μmol，386.97 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取。濃縮有機相，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈淺黃色固體狀之3-(1H-吲唑-3-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(80 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，8 min 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[1-(1H- 吲唑 -3- 基甲基 )-2- 亞硝基 - 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向3-(1H-吲唑-3-基)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(80 mg，158.24 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，1 mL，44.24當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮。獲得呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[1-(1H-吲唑-3-基甲基)-2-亞硝基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(75 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z491.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-1-[[1- 氰基 -2-(1H- 吲唑 -3- 基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[1-(1H-吲唑-3-基甲基)-2-亞硝基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(75 mg，152.89 μmol，1當量)於DCM (0.5 mL)中之混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(75.00 mg，314.72 μmol，2.06當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物，且藉由製備型HPLC純化。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[1-氰基-2-(1H-吲唑-3-基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(12.0 mg，25.39 μmol，16.61%產率)。MS (ESI) m/z473.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：28%-58%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 12.95 (br d, J=8.82 Hz, 1 H), 11.59 (br dd, J=6.50, 1.87 Hz, 1 H), 9.02 (br dd, J=14.11, 7.94 Hz, 1 H), 8.39 - 8.51 (m, 1 H), 7.82 (dd, J=11.14, 8.27 Hz, 1 H), 7.48 - 7.55 (m, 1 H), 7.31 - 7.41 (m, 1 H), 7.07 - 7.16 (m, 2 H), 6.99 - 7.05 (m, 1 H), 6.49 - 6.56 (m, 1 H), 5.24 (quin, J=7.77 Hz, 1 H), 4.39 - 4.57 (m, 1 H), 3.90 (d, J=3.97 Hz, 3 H), 3.37 - 3.62 (m, 2 H), 1.60 - 1.73 (m, 1 H), 1.43 - 1.53 (m, 1 H), 1.15 - 1.28 (m, 1 H), 0.84 - 0.98 (m, 3 H), 0.80 (d, J=6.39 Hz, 2 H) 實例 53. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1045
Figure 02_image2284
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.3 g，3.27 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之粗(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，3.03 mmol，92.54%產率)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4- 丙氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(448 mg，1.51 mmol，1當量)及4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲酸(396.37 mg，1.81 mmol，1.2當量)於DMF (2 mL)中之混合物中一次性添加DCM (8 mL)及EDCI (866.48 mg，4.52 mmol，3當量)。向混合物中添加DMAP (552.19 mg，4.52 mmol，3當量)且在25℃下攪拌2小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。粗產物藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-丙氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(480 mg，962.75 μmol，63.90%產率)。MS (ESI) m/z499.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 丙氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-丙氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(480 mg，962.75 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M) (3 mL)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(380 mg，785.84 μmol，81.62%產率)。MS (ESI) m/z484.3 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 丙氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(380 mg，785.84 μmol，1當量)於DCM (7 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(1.12 g，4.72 mmol，6當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。粗產物藉由製備型HPLC (中性條件)純化，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，257.76 μmol，32.80%產率)。MS (ESI) m/z466.3 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (br d, J=1.7 Hz, 1H), 9.07 - 8.85 (m, 1H), 8.57 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.83 - 7.61 (m, 1H), 7.39 (d, J=1.6 Hz, 1H), 7.14 - 6.90 (m, 2H), 6.48 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.09 - 4.86 (m, 1H), 4.60 - 4.28 (m, 1H), 4.04 (t, J=6.4 Hz, 2H), 3.22 - 3.01 (m, 2H), 2.45 - 2.03 (m, 3H), 1.94 - 1.59 (m, 5H), 1.58 - 1.34 (m, 1H), 1.06 (t, J=7.4 Hz, 3H), 0.95 - 0.69 (m, 1H), 0.55 - 0.30 (m, 2H), 0.28 - -0.02 (m, 2H) 實例 54. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 147
Figure 02_image2286
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(100 mg，349.26 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，2 mL，22.91當量)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗產物(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(65 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-2-((S)-2,3- 二氫苯并呋喃 -2- 基 ) 乙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)乙酸(100 mg，340.93 μmol，1當量)及(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(65 mg，349.07 μmol，1.02當量)於DMF (3 mL)中之混合物中添加TEA (206.99 mg，2.05 mmol，284.72 μL，6當量)及T 3P (325.43 mg，511.40 μmol，304.14 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌反應物1小時，且接著用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(110 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z462.2 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -2-((S)-2,3- 二氫苯并呋喃 -2- 基 ) 乙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(110 mg，238.35 μmol，1當量)於HCl/二㗁烷(2 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在真空中濃縮殘餘物，得到呈白色固體狀之(S)-2-((S)-2-胺基-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(95 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z362.2 [M+H] + 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2-((S)-2,3- 二氫苯并呋喃 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 乙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(95 mg，238.78 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(45.65 mg，238.78 μmol，1當量)於DMF (3 mL)中之溶液中添加EDCI (91.55 mg，477.56 μmol，2當量)及DMAP (58.34 mg，477.56 μmol，2當量)，接著在25℃下攪拌1小時。將殘餘物倒入水(20 mL)中。水相用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(21 mg，39.28 μmol，16.45%產率)。MS (ESI) m/z535.2 [M+H] + 步驟 5 ： -((S)-2-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-1-((S)-2,3- 二氫苯并呋喃 -2- 基 )-2- 側氧基乙基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)乙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(19 mg，35.54 μmol，1當量)於NH 3.MeOH (7 M，5 mL，984.71當量)中之溶液在25℃下攪拌12小時。濃縮反應物，得到呈白色固體狀之N-((S)-2-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-1-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)-2-側氧基乙基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(19 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z520.1 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-2-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-1-((S)-2,3- 二氫苯并呋喃 -2- 基 )-2- 側氧基乙基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-((S)-2-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-1-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)-2-側氧基乙基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(19 mg，36.57 μmol，1當量)、甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(26.14 mg，109.71 μmol，3當量)於DCM (2 mL)中之混合物在25℃下攪拌3小時。濃縮反應混合物，且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之N-((S)-2-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-1-((S)-2,3-二氫苯并呋喃-2-基)-2-側氧基乙基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(2.13 mg，3.74 μmol，10.22%產率，88%純度)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.29 - 7.32 (m, 1 H) 7.19 - 7.25 (m, 1 H) 7.17 (d, J=8.07 Hz, 1 H) 7.08 - 7.14 (m, 1 H) 7.05 (d, J=8.31 Hz, 1 H) 6.87 (t, J=7.40 Hz, 1 H) 6.74 (d, J=7.95 Hz, 1 H) 6.54 (d, J=7.70 Hz, 1 H) 5.04 - 5.24 (m, 2 H) 4.71 - 4.78 (m, 1 H) 4.63 (s, 1 H) 3.96 (s, 3 H) 3.35 - 3.51 (m, 2 H) 3.06 - 3.30 (m, 2 H) 2.68 (ddt, J=14.09, 9.63, 4.83, 4.83 Hz, 0.4 H) 2.24 - 2.45 (m, 2 H) 2.13 - 2.22 (m, 0.6 H) 1.70 - 1.94 (m, 2 H) 實例 55. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 491
Figure 02_image2288
步驟 1 ： (2S)-2-[[3- 環丙基 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(240 mg，1.01 mmol，1當量，HCl)、(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(412.2 mg，1.22 mmol，1.2當量，HCl)及TEA (410.4 mg，4.06 mmol，0.56 mL，4當量)於DMF (3 mL)中之混合物中添加T 3P (1.2 g，2.03 mmol，1.21 mL，50%純度，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH =10:1/UV 254 nm)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析 (ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：100-25%乙酸乙酯/MeOH，在30 mL/min下 )純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(256 mg，0.48 mmol，48.2%產率，92.5%純度)。 步驟 2 ： N-[2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(246.3 mg，0.47 mmol，92.5%純度，1當量)於NH 3(7 M，6.72 mL，100當量) (7 M於MeOH中)中之混合物在80℃下攪拌36小時。LC-MS證實偵測到所需化合物。在真空中濃縮反應混合物。獲得呈黃色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(220 mg，粗物質)，其未經進一步純化即用於下一步驟中。 步驟 3 ： N-[2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，0.53 mmol，1當量)及甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(444.0 mg，1.86 mmol，3.5當量)於DCM (3 mL)中之混合物在25℃下攪拌16小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(83 mg，0.18 mmol，34.2%產率，99.0%純度)。
異構體1： N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
異構體2： N-[(1 S)-2-[[(1 R)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
異構體3： N-[(1 R)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
異構體4： N-[(1 R)-2-[[(1 R)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：55%-55%，min)純化N-[2-[[1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，0.11 mmol，1當量)，得到三個片段。
異構體1： N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(28.1 mg，62.2 μmol，56.2%產率，100%純度)。LCMS：Rt=0.755min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 11.57 (s, 1H), 8.91 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.50 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.37 (d, J=1.4 Hz, 1H), 7.15 - 7.06 (m, 1H), 7.04 - 6.97 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.07 (q, J=8.2 Hz, 1H), 4.49 - 4.40 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.15 - 3.01 (m, 2H), 2.34 - 2.20 (m, 2H), 1.91 - 1.76 (m, 3H), 1.70 (br dd, J=4.4, 8.7 Hz, 1H), 1.64 - 1.53 (m, 1H), 1.35 (br s, 1H), 0.86 - 0.76 (m, 1H), 0.48 - 0.35 (m, 2H), 0.25 - 0.04 (m, 2H)。
異構體4： N-[(1 R)-2-[[(1 R)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1R)-2-[[(1R)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(6.1 mg，13.5 μmol，12.2%產率，100%純度)。LCMS：Rt=0.752min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.27 (s, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.12 (dd, J=6.4, 7.7 Hz, 1H), 4.85 (br s, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.24 - 3.16 (m, 2H), 2.50 - 2.32 (m, 2H), 2.06 - 1.92 (m, 2H), 1.92 - 1.82 (m, 2H), 1.70 (dt, J=7.0, 14.2 Hz, 2H), 1.63 - 1.54 (m, 1H), 1.31 - 1.31 (m, 1H), 1.41 - 1.27 (m, 1H), 0.91 - 0.80 (m, 1H), 0.53 (br d, J=8.0 Hz, 2H), 0.25 - 0.14 (m, 2H)。
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OD-H (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：45%-45%，min)純化異構體2與異構體3之混合物(20.0 mg，44.3 μmol，1當量)，得到兩個片段。
異構體3：N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(5.1 mg，11.3 μmol，25.6%產率，100%純度)。LCMS：Rt=0.754 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.28 (s, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.06 (dd, J=6.5, 9.8 Hz, 1H), 4.81 (br s, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.18 (br s, 2H), 2.43 - 2.35 (m, 1H), 2.45 - 2.27 (m, 1H), 2.31 (br s, 1H), 2.06 - 1.95 (m, 1H), 1.94 - 1.78 (m, 3H), 1.76 - 1.59 (m, 2H), 1.58 - 1.45 (m, 1H), 1.40 (s, 1H), 1.29 (s, 1H), 0.92 - 0.79 (m, 1H), 0.58 - 0.44 (m, 2H), 0.26 - 0.12 (m, 2H)。
異構體2： N-[(1 S)-2-[[(1 R)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1R)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(6.3 mg，14.0 μmol，31.6%產率，100%純度)。LCMS：Rt=0.754 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.12 (s, 1H), 7.01 - 6.96 (m, 1H), 6.87 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.35 (d, J=7.8 Hz, 1H), 4.89 (t, J=7.2 Hz, 1H), 4.43 (dd, J=6.3, 8.3 Hz, 2H), 3.77 (s, 3H), 3.08 - 3.00 (m, 2H), 2.32 - 2.22 (m, 1H), 2.20 - 2.10 (m, 1H), 2.27 - 2.07 (m, 1H), 1.84 - 1.73 (m, 2H), 1.72 - 1.62 (m, 2H), 1.60 - 1.50 (m, 2H), 1.43 - 1.34 (m, 1H), 0.75 - 0.62 (m, 1H), 0.40 - 0.27 (m, 2H), 0.08 -0.04 (m, 2H)。 實例 56. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 247
Figure 02_image2290
步驟 1 ： (2S)-2-( 苯甲氧基羰基胺基 )-3-(1H- 吲哚 -3- 基 ) 丙酸
將(2S)-2-胺基-3-(1H-吲哚-3-基)丙酸(3 g，14.69 mmol，1當量)溶解於NaOH (1 M，14.65 mL)中且在0℃下攪拌。接著同時逐滴添加CbzCl (2.51 g，14.73 mmol，2.09 mL，1當量)及NaOH (1 M，14.65 mL)。在20℃下攪拌混合物17小時。在完成之後，溶液用6 M HCl酸化至pH=1，接著用EtOAc (80 mL×3)萃取產物。將有機層合併，經Na 2SO 4脫水且蒸發。粗產物藉由矽膠層析(SiO 2，DCM:MeOH=7:1)純化且藉由製備型HPLC (HPLC:ET40319-84-P1D；管柱：Xtimate C18 10μ 250 mm×80 mm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：5%-35%，25 min)再純化，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(1H-吲哚-3-基)丙酸(1.6 g，4.63 mmol，31.55%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z 339.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=10.79 (br s, 1H), 7.57 - 7.44 (m, 1H), 7.35 - 7.23 (m, 5H), 7.21 - 7.13 (m, 1H), 7.10 (d, J=2.1 Hz, 1H), 7.07 - 7.01 (m, 1H), 6.98 - 6.88 (m, 2H), 6.98 - 6.88 (m, 1H), 4.97 (s, 2H), 4.09 (dt, J=4.6, 7.7 Hz, 1H), 3.22 (dd, J=4.3, 14.4 Hz, 1H), 3.00 (dd, J=8.0, 14.5 Hz, 1H)。 步驟 2 ： (2S)-2-( 苯甲氧基羰基胺基 )-3-(2- 側氧基吲哚啉 -3- 基 ) 丙酸
在25℃下，向(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(1H-吲哚-3-基)丙酸(1.5 g，4.00 mmol，1當量，HCl)於AcOH (60 mL)中之混合物中添加DMSO (469.01 mg，6.00 mmol，469.01 μL，1.5當量)及HCl (12 M，1.33 mL，4當量)且在N 2下，在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，混合物用水(100 mL)淬滅，用乙酸乙酯(60 mL×3)萃取，合併之有機層用鹽水(200 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在40℃下在減壓下濃縮。混合物藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 250×70 mm#10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：7%-37%，20 min)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙酸(800 mg，2.03 mmol，50.77%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 337.0 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基吲哚啉 -3- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺基甲酸苯甲酯
在20℃下，向(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙酸(600 mg，1.54 mmol，1當量，HCl)於DMF (20 mL)中之混合物中添加1-羥基苯并三唑(207.45 mg，1.54 mmol，1當量)及EDCI (323.74 mg，1.69 mmol，1.1當量)。在N 2下，在20℃下攪拌混合物2小時之後，逐滴添加NH 3.H 2O (1.01 g，7.22 mmol，1.11 mL，25%純度，4.7當量)。在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，混合物用水(30 mL)淬滅且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在40℃下在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基吲哚啉-3-基)甲基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(500 mg，粗物質)，其未經進一步純化即用於下一步驟中。MS (ESI) m/z 354.1 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2- 胺基 -3-(2- 側氧基吲哚啉 -3- 基 ) 丙醯胺
在N 2下，向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基吲哚啉-3-基)甲基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(500 mg，1.41 mmol，1當量)於i-PrOH (100 mL)中之溶液中添加Pd/C (339.59 mg，282.99 μmol，10%純度，0.2當量)及HCl (12 M，1.30 mL，11當量)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(15 psi)下，在50℃下攪拌16小時。在完成之後，過濾反應混合物且濃縮過濾物。粗產物藉由製備型HPLC (HPLC：ET40319-96-P1C；管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：1%-20%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙醯胺(130 mg，549.67 μmol，38.85%產率，92.7%純度)。MS (ESI) m/z 220.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基吲哚啉 -3- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向(2S)-2-胺基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙醯胺(60 mg，273.67 μmol，1當量)、(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(99.29 mg，328.41 μmol，1.2當量)及Et 3N (166.16 mg，1.64 mmol，228.55 μL，6當量)於DCM (10 mL)中之混合物中逐滴添加T3P (522.46 mg，821.02 μmol，488.28 μL，50%純度，3當量)。在N 2下，在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，混合物用水(20 mL)淬滅且用DCM:MeOH=7:1 (15 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在40℃下在減壓下濃縮。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基吲哚啉-3-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(40 mg，55.61 μmol，20.32%產率，70%純度)。MS (ESI) m/z 504.3 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-(2- 側氧基吲哚啉 -3- 基 ) 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在20℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基吲哚啉-3-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，69.51 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中一次性添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(49.69 mg，208.52 μmol，3當量)且在20℃下攪拌2小時。在20℃下添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(82.82 mg，347.53 μmol，5當量)且在20℃下攪拌4小時。在完成之後，粗物質用N 2脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：30%-70%，8 min)再純化，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(2-側氧基吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(5 mg，10.23 μmol，14.72%產率，99.36%純度，99.36%純度)。MS (ESI) m/z 486.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ=7.39 - 7.09 (m, 4H), 7.07 - 6.95 (m, 2H), 6.92 - 6.80 (m, 1H), 6.51 (dd, J=3.1, 7.5 Hz, 1H), 5.37 - 5.14 (m, 1H), 4.65 - 4.47 (m, 1H), 3.93 (dd, J=1.4, 3.4 Hz, 3H), 3.70 - 3.52 (m, 1H), 2.63 - 2.27 (m, 2H), 1.92 - 1.60 (m, 2H), 0.84 (br s, 1H), 0.59 - 0.43 (m, 2H), 0.27 - 0.10 (m, 2H) 實例 57. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 331
Figure 02_image2292
異構體 1 及 2 之步驟： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 氰基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ]-2- 吡咯啶 -1- 基 - 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(700 mg，1.27 mmol，80%純度，1當量)於EtOH (10 mL)中之混合物中添加吡咯啶(180.01 mg，2.53 mmol，211.28 μL，2當量)及ZnCl2 (1 M，12.66 μL，0.01當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (251.10 mg，2.53 mmol，316.65 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-吡咯啶-1-基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，199.95 μmol，15.80%產率，95%純度)及N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-吡咯啶-1-基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，199.95 μmol，15.80%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 523.4 [M+H] +
管柱：Phenomenex luna CN 5μ 100×30 mm；移動相：[己烷-IPA]；B%：5%-40%，20 min
異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.58 (s, 1H), 8.43 (d, J=7.7 Hz, 1H), 8.20 (d, J=9.4 Hz, 1H), 7.68 - 7.49 (m, 1H), 7.38 (d, J=1.2 Hz, 1H), 7.18 - 6.93 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.57 - 3.99 (m, 3H), 3.88 (s, 3H), 3.19 - 2.95 (m, 2H), 2.64 - 2.53 (m, 4H), 2.38 - 2.27 (m, 1H), 2.15 - 2.01 (m, 1H), 1.85 - 1.44 (m, 10H), 0.91 (dd, J=6.4, 16.3 Hz, 6H)
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.59 (br s, 1H), 8.39 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 8.01 (br d, J=9.1 Hz, 1H), 7.69 - 7.49 (m, 1H), 7.43 - 7.28 (m, 1H), 7.16 - 6.86 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.59 - 4.24 (m, 3H), 3.88 (s, 3H), 3.19 - 2.94 (m, 2H), 2.71 - 2.57 (m, 2H), 2.49 - 2.32 (m, 3H), 2.18 - 2.08 (m, 1H), 2.06 - 1.93 (m, 1H), 1.83 - 1.37 (m, 9H), 0.90 (dd, J=6.5, 15.2 Hz, 6H) 實例 58. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 389
Figure 02_image2294
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙醯胺
將含 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(2 g，7.37 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，50 mL，27.13當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(1.2 g，粗物質)。 步驟 2 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸甲酯
將2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(3 g，10.59 mmol，1當量)添加至HCl/MeOH (4 M，50 mL，18.89當量)中。在80℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之產物2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(2 g，粗物質)。 步驟 3 ： 2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸甲酯
向2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(2 g，10.14 mmol，1當量)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(2.33 g，12.17 mmol，1.2當量)於DCM (30 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加T3P (12.90 g，20.28 mmol，12.06 mL，50%純度，2當量)及DIEA (3.93 g，30.41 mmol，5.30 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(3 g，8.10 mmol，79.88%產率)。MS (ESI) m/z371.1 [M+H] + 步驟 4 ： 2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
向2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(3 g，8.10 mmol，1當量)於THF (45 mL)及H 2O (15 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (1.70 g，40.49 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅混合物，且接著添加HCl水溶液(1 M)以調節至pH=3 – 4，且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(2.6 g，粗物質)。MS (ESI) m/z357.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
在0℃下，向2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(1 g，2.81 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(720.49 mg，4.21 mmol，1.5當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加T3P (3.57 g，5.61 mmol，3.34 mL，50%純度，2當量)及DIEA (1.09 g，8.42 mmol，1.47 mL，3當量)。在30℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(700 mg，1.37 mmol，48.96%產率)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(700 mg，1.37 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(982.03 mg，4.12 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol，74.05%產率)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] + 步驟 7 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：55% - 55%，9 min)分離 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol)，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (264 mg，537.04 μmol，52.80%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.28 - 6.76 (m, 3H), 6.60 - 6.38 (m, 1H), 5.05 (br dd, J=5.2, 10.2 Hz, 1H), 4.63 - 4.60 (m, 1H), 4.03 - 3.85 (m, 5H), 3.74 - 3.28 (m, 1H), 2.73 (br dd, J=5.0, 8.6 Hz, 1H), 2.51 - 2.28 (m, 2H), 2.27 - 2.08 (m, 1H), 1.96 - 1.72 (m, 2H), 1.69 - 1.38 (m, 11H), 1.37 - 1.09 (m, 1H)。
呈白色固體狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (140 mg，284.51 μmol，27.97%產率，99.9%純度)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.30 - 6.81 (m, 3H), 6.53 (br d, J=2.0 Hz, 1H), 5.12 - 4.95 (m, 2H), 4.70 - 4.55 (m, 2H), 4.08 - 3.86 (m, 4H), 3.84 - 3.72 (m, 1H), 2.62 - 2.40 (m, 1H), 2.36 - 2.18 (m, 2H), 1.94 - 1.69 (m, 3H), 1.68 - 1.34 (m, 11H)。 實例 59. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 513
Figure 02_image2296
步驟 1 ： 4- 甲氧基吲哚啉 -1,2- 二甲酸 O1- 三級丁酯 O2- 甲酯
向1-三級丁氧基羰基-4-羥基-吲哚啉-2-甲酸(300 mg，1.07 mmol，1當量)於DMF (4 mL)中之混合物中添加K 2CO 3(445.37 mg，3.22 mmol，3當量)且在0℃下，向混合物中添加MeI (381.16 mg，2.69 mmol，167.18 μL，2.5當量)。在25℃下攪拌16小時之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至5/1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之4-甲氧基吲哚啉-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(220 mg，715.82 μmol，66.64%產率)。MS (ESI) m/z208.0 [M+H-Boc] + 步驟 2 ： 1-三級丁氧基羰基 -4- 甲氧基 - 吲哚啉 -2- 甲酸
在25℃下，向4-甲氧基吲哚啉-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(200 mg，650.74 μmol，1當量)於THF (1 mL)及H 2O (1 mL)中之混合物中一次性添加LiOH (46.75 mg，1.95 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。用HCl溶液將反應混合物調節至酸性且用乙酸乙酯(2 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(5 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之1-三級丁氧基羰基-4-甲氧基-吲哚啉-2-甲酸(175 mg，596.63 μmol，45.84%產率)。MS (ESI) m/z237.9 [M+H-56] + 步驟 3 ： 4- 甲氧基吲哚啉 -2- 甲酸
向1-三級丁氧基羰基-4-甲氧基-吲哚啉-2-甲酸(150 mg，511.40 μmol，1當量)之混合物中添加HCl/二㗁烷(4 M，7.50 mL，58.66當量)。在25℃下攪拌反應物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中，得到呈黃色油狀之化合物4-甲氧基吲哚啉-2-甲酸(110 mg，431.07 μmol，84.29%產率，90%純度，HCl)。MS (ESI) m/z194.1 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2 - 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 - 吲哚啉 -2- 甲醯胺
在0℃下，向4-甲氧基吲哚啉-2-甲酸(110 mg，478.97 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(316.51 mg，478.97 μmol，40%純度，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中添加DIEA (123.81 mg，957.94 μmol，166.86 μL，2當量)及T 3P (457.20 mg，718.45 μmol，427.29 μL，50%純度，1.5當量)。在0℃下攪拌混合物1小時。在25℃下將混合物與EDTA (10 mL)一起攪拌，反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×2)萃取。合併之有機層在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-吲哚啉-2-甲醯胺(29 mg，63.81 μmol，13.32%產率，96.7%純度)及N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-吲哚啉-2-甲醯胺(26 mg，55.61 μmol，11.61%產率，94%純度)。MS (ESI) m/z440.2 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=8.99 - 8.83 (m, 1H), 8.08 - 7.89 (m, 1H), 7.71 (s, 1H), 6.92 (t, J=8.0 Hz, 1H), 6.25 (dd, J=4.4, 7.9 Hz, 2H), 5.91 (d, J=3.5 Hz, 1H), 5.05 - 4.85 (m, 1H), 4.42 - 4.14 (m, 2H), 3.70 (s, 3H), 3.28 - 2.97 (m, 3H), 2.90 - 2.76 (m, 1H), 2.43 - 2.26 (m, 1H), 2.19 - 1.98 (m, 2H), 1.87 - 1.54 (m, 3H), 1.50 - 1.31 (m, 1H), 0.79 - 0.54 (m, 1H), 0.47 - 0.26 (m, 2H), 0.20 -0.10 (m, 2H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=8.88 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.95 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.70 (s, 1H), 6.93 (t, J=8.0 Hz, 1H), 6.26 (dd, J=4.5, 7.9 Hz, 2H), 5.92 (d, J=3.6 Hz, 1H), 5.08 - 4.84 (m, 1H), 4.50 - 4.17 (m, 2H), 3.70 (s, 3H), 3.27 - 2.99 (m, 3H), 2.88 - 2.72 (m, 1H), 2.40 - 2.25 (m, 1H), 2.17 - 2.02 (m, 2H), 1.87 - 1.57 (m, 3H), 1.51 - 1.39 (m, 1H), 0.70 (br s, 1H), 0.49 - 0.26 (m, 2H), 0.21 -0.14 (m, 2H) 實例 60. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 515
Figure 02_image2298
步驟 1 ： 4- 羥基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
在0℃下，向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，2.62 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加BBr 3(1.31 g，5.23 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈紅色固體狀之4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z176.1 [M-H] + 步驟 2 ： 4- 羥基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
將4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸(200 mg，1.13 mmol，1當量)添加至HCl/MeOH (4 M，10 mL，35.43當量)中且在70℃下攪拌混合物5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=9/1至8/1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(170 mg，800.28 μmol，70.89%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z190.1 [M-H] + 步驟 3 ： 4-(2-(N- 嗎啉基 ) 乙氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
向4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(300 mg，1.57 mmol，1當量)及2-(N-嗎啉基)乙醇(205.83 mg，1.57 mmol，192.37 μL，1當量)於THF (4 mL)中之混合物中添加PPh 3(452.73 mg，1.73 mmol，1.1當量)，在0℃下，在N 2下添加DIAD (317.30 mg，1.57 mmol，305.10 μL，1當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (PE:EA=0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(200 mg，591.44 μmol，37.69%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z304.9 [M+H] + 步驟 4 ： 4-(2-(N- 嗎啉基 ) 乙氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲酸
在25℃下，向4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(200 mg，657.16 μmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (1 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (41.37 mg，985.74 μmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由HCl製備型HPLC純化粗物質，得到呈白色固體狀之4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(80 mg，261.79 μmol，39.84%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z289.2 [M-H] +
管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：1%-32%，6.5 min 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4-(2-(N- 嗎啉基 ) 乙氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(70 mg，241.12 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(159.33 mg，241.12 μmol，40%純度，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中一次性添加DIEA (93.49 mg，723.36 μmol，125.99 μL，3當量)及T 3P (230.16 mg，361.68 μmol，215.10 μL，50%純度，1.5當量)，且在0℃下攪拌混合物2小時。向反應混合物中添加EDTA溶液(2 mL)且在25℃下攪拌10分鐘，且接著用DCM (2 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(5 mL×1)洗滌且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(13 mg，24.23 μmol，10.05%產率)。MS (ESI) m/z537.3 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.57 (s, 1H), 8.92 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.60 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.79 - 7.68 (m, 1H), 7.35 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.14 - 6.93 (m, 2H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.98 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.54 - 4.38 (m, 1H), 4.21 (br d, J=3.5 Hz, 2H), 3.59 (t, J=4.5 Hz, 4H), 3.20 - 3.05 (m, 2H), 2.78 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.60 - 2.52 (m, 4H), 2.43 - 2.28 (m, 1H), 2.23 - 2.04 (m, 2H), 1.92 - 1.60 (m, 3H), 1.56 - 1.38 (m, 1H), 0.80 (br d, J=5.3 Hz, 1H), 0.51 - 0.30 (m, 2H), 0.25 - 0.05 (m, 2H)
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.34 - 7.28 (m, 1H), 7.18 - 7.11 (m, 1H), 7.04 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.53 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=5.8, 10.3 Hz, 1H), 4.54 (t, J=7.4 Hz, 1H), 4.30 (t, J=5.3 Hz, 2H), 3.77 - 3.72 (m, 4H), 3.30 - 3.27 (m, 2H), 2.92 (t, J=5.3 Hz, 2H), 2.75 - 2.59 (m, 5H), 2.40 - 2.26 (m, 2H), 1.99 - 1.79 (m, 3H), 1.78 - 1.60 (m, 1H), 0.93 - 0.76 (m, 1H), 0.58 - 0.52 (m, 2H), 0.20 (br dd, J=5.0, 11.6 Hz, 2H) 實例 61. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 525
Figure 02_image2300
步驟 1 ： 4,6- 二氯 -2-( 三氯甲基 )-1H- 苯并咪唑
將3,5-二氯苯-1,2-二胺(640.64 mg，3.62 mmol，1當量)及2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(766.16 mg，4.34 mmol，535.78 μL，1.2當量)於AcOH (5 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且過濾，得到呈棕色固體狀之4,6-二氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并咪唑(860 mg，2.83 mmol，78.07%產率)。MS (ESI) m/z304.5 [M+2H] + 步驟 2 ： 4,6- 二氯 -1H- 苯并咪唑 -2- 甲酸甲酯
在25℃下，向4,6-二氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并咪唑(420 mg，1.38 mmol，1當量)於MeOH (5 mL)中之混合物中一次性添加Na 2CO 3(146.25 mg，1.38 mmol，1當量)。將混合物加熱至70℃且攪拌14小時。在完成之後，反應混合物用HCl (10 mL)稀釋且在25℃下攪拌1小時且用乙酸乙酯(8 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈棕色固體狀之4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸甲酯(330 mg，1.35 mmol，97.59%產率)。MS (ESI) m/z245.0 [M+H] + 步驟 3 ： 4,6- 二氯 -1H- 苯并咪唑 -2- 甲酸
在25℃下，向4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸甲酯(330 mg，1.35 mmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (2 mL)中之混合物中一次性添加NaOH (161.58 mg，4.04 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，用1 M HCl溶液(5 mL)將反應混合物調節至酸性，且接著用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈棕色固體狀之4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸(200 mg，865.67 μmol，64.29%產率)。MS (ESI) m/z229.0 [M-H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4,6- 二氯 -1H- 苯并咪唑 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(140 mg，470.83 μmol，1當量)及4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲酸(197.78 mg，470.83 μmol，55%純度，1當量)於DCM (3 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (172.56 mg，1.41 mmol，3當量)。向混合物中添加EDCI (270.78 mg，1.41 mmol，3當量)且在25℃下攪拌2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (4 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(8 mL×1)洗滌、經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC (鹼性條件，管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，137.16 μmol，29.13%產率)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,6- 二氯 -1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(60 mg，117.56 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，8 mL，476.34當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(58 mg，117.09 μmol，99.60%產率)。MS (ESI) m/z495.2 [M+H] + 步驟 6 ： 4,6- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,6-二氯-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(50 mg，100.94 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(48.11 mg，201.87 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (鹼性條件，管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之4,6-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(13 mg，27.23 μmol，26.98%產率)。MS (ESI) m/z477.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=13.77 (br s, 1H), 8.97 - 8.81 (m, 2H), 7.71 (s, 1H), 7.66 - 7.40 (m, 2H), 5.05 - 4.91 (m, 1H), 4.60 - 4.48 (m, 1H), 3.21 - 3.03 (m, 2H), 2.43 - 2.28 (m, 1H), 2.22 - 2.06 (m, 2H), 2.02 - 1.85 (m, 1H), 1.84 - 1.54 (m, 3H), 0.81 - 0.69 (m, 1H), 0.48 - 0.34 (m, 2H), 0.20 - 0.04 (m, 2H) 實例 62. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 529
Figure 02_image2302
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向6-氯-1H-吲哚-2-甲酸(800 mg，4.08 mmol，1當量)於DCM (6 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (1.50 g，12.24 mmol，3當量)。在25℃下，向混合物中一次性添加(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.36 g，4.08 mmol，1當量，HCl)及EDCI (2.34 g，12.24 mmol，3當量)且攪拌2.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，1.89 mmol，46.45%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z475.1 [M+H] +。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下製備(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，1.89 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，94.99當量)中之混合物。在80℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(750 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z460.1 [M+H] +。 步驟 3 ： 6- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(700 mg，1.52 mmol，1當量)於DCM (7 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(725.41 mg，3.04 mmol，2.5當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，133.90 μmol，30.79%產率，98.622%純度)。MS (ESI) m/z442.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO -d 6) δ ppm 11.74 (br s, 1H), 8.95 (br d, J=7.72 Hz, 1H), 8.66 (br d, J=7.28 Hz, 1H), 7.65 - 7.74 (m, 2H), 7.43 (s, 1H), 7.32 (s, 1H), 7.05 (dd, J=8.49, 1.87 Hz, 1H), 4.95 - 5.03 (m, 1H), 4.47 (br dd, J=13.67, 7.94 Hz, 1H), 3.07 - 3.18 (m, 2H), 2.31 - 2.41 (m, 1H), 2.07 - 2.18 (m, 2H), 1.65 - 1.89 (m, 3H), 1.42 - 1.54 (m, 1H), 0.80 (br s, 1H), 0.36 - 0.49 (m, 2H), 0.07 - 0.24 (m, 2H), -0.69 - -0.69 (m, 1H) 實例 63. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 539
Figure 02_image2304
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，45.81當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時，且在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (2S,4R)-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4- 甲基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向(2S,4R)-1-三級丁氧基羰基-4-甲基-吡咯啶-2-甲酸(250 mg，1.09 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(304.45 mg，1.64 mmol，1.5當量)於DCM (10 mL)中之溶液中逐滴添加T3P (1.04 g，1.64 mmol，972.75 μL，50%純度，1.5當量)及Et 3N (662.02 mg，6.54 mmol，910.62 μL，6當量)，在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-甲基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(320 mg，805.10 μmol，73.86%產率)。MS (ESI) m/z398.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-2-((2S,4R)-4- 甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-甲基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(260 mg，654.15 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，8 mL，48.92當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之(2S)-2-[[(2S,4R)-4-甲基吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z298.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (S)-2-((2S,4R)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S,4R)-4-甲基吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，599.14 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(229.09 mg，1.20 mmol，2.0當量)於DMF (2.0 mL)中之溶液中添加DMAP (219.59 mg，1.80 mmol，3.0當量)及EDCI (229.71 mg，1.20 mmol，2當量)及DCM (8.0 mL)，在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (50 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(60 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，494.14 μmol，82.47%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z471.3 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4R)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(220 mg，434.84 μmol，93%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，321.96當量)中之溶液在60℃下攪拌12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-甲醯胺(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。 步驟 6 ： (2S,4R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-甲醯胺(100 mg，219.54 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(313.90 mg，1.32 mmol，6當量)，在20℃下攪拌3小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA) - ACN]；B%：25% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-甲醯胺(33 mg，75.43 μmol，34.36%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z438.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.73 - 11.47 (m, 1H), 8.85 (br d, J=8.3 Hz, 1H), 7.84 - 7.54 (m, 1H), 7.24 - 6.84 (m, 3H), 6.74 - 6.48 (m, 1H), 5.10 - 4.47 (m, 2H), 4.20- 3.75 (m, 4H), 3.47 (t, J=9.0 Hz, 1H), 3.16 (d, J=7.9 Hz, 1H), 2.61 (s, 1H), 2.43 - 2.36 (m, 1H), 2.27 - 1.43 (m, 7H), 1.07 (d, J=6.4 Hz, 3H)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.25 - 6.75 (m, 3H), 6.59 - 6.40 (m, 1H), 5.15 - 5.00 (m, 1H), 4.84 - 4.61 (m, 1H), 4.30 - 4.06 (m, 1H), 3.98 - 3.84 (m, 3H), 3.55 (t, J=8.9 Hz, 1H), 3.30 - 3.24 (m, 1H), 3.01 - 2.54 (m, 2H), 2.46 - 2.09 (m, 4H), 2.01 - 1.38 (m, 3H), 1.15 (br d, J=6.6 Hz, 3H)。 實例 64. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 547
Figure 02_image2306
步驟 1 ： (1S,2S,5R)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 氮雜雙環 [3.2.0] 庚烷 -3- 甲酸 9H- 茀 -9- 基甲酯
向含(1S,2S,5R)-3-(9H-茀-9-基甲氧基羰基)-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲酸(150 mg，412.76 μmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(75.87 mg，495.31 μmol，1.2當量)之DCM (2 mL)中添加T3P (394.00 mg，619.14 μmol，368.22 μL，50%純度，1.5當量)及DIEA (160.04 mg，1.24 mmol，215.69 μL，3當量)，且在25℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-3-甲酸9H-茀-9-基甲酯(130 mg，260.74 μmol，63.17%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z499.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (1S,2S,5R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 氮雜雙環 [3.2.0] 庚烷 -2- 甲醯胺
向(1S,2S,5R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-3-甲酸9H-茀-9-基甲酯(250 mg，401.15 μmol，80%純度，1當量)於DCM (2.5 mL)中之溶液中添加哌啶(68.31 mg，802.29 μmol，79.23 μL，2當量)，且在25℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，藉由吹乾來移除DCM，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(80 mg，289.51 μmol，72.17%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z277.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (1S,2S,5R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-3- 氮雜雙環 [3.2.0] 庚烷 -2- 甲醯胺
向(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(80 mg，289.51 μmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(83.02 mg，434.26 μmol，1.5當量)於DCM (1.5 mL)中之溶液中添加T3P (276.35 mg，434.26 μmol，258.27 μL，50%純度，1.5當量)及DIEA (112.25 mg，868.52 μmol，151.28 μL，3當量)。在25℃下攪拌所得溶液1小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取，且合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(50 mg，111.23 μmol，38.42%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z449.9 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.57 (br s, 1H), 9.23 - 8.65 (m, 1H), 7.69 (br s, 1H), 7.23 - 6.82 (m, 3H), 6.52 (br d, J=7.4 Hz, 1H), 5.08 - 4.84 (m, 1H), 4.63 (br d, J=8.2 Hz, 1H), 4.25 (br s, 1H), 4.06 (br s, 1H), 3.89 (br s, 3H), 3.27 - 2.79 (m, 4H), 2.28 - 1.53 (m, 9H)。 實例 65. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 549
Figure 02_image2308
步驟 1 ： (2S,4R)-2-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(283.01 mg，1.27 mmol，1.2當量，HCl)及(2S,4R)-1-三級丁氧基羰基-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲酸(300 mg，1.06 mmol，1當量)、DIEA (684.44 mg，5.30 mmol，922.43 μL，5當量)於THF (3 mL)中之混合物中添加T3P (1.01 g，1.59 mmol，944.87 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將殘餘物倒入飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)中且攪拌1分鐘。水相用乙酸乙酯(10 mL×2)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈黃色油狀之(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.5 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z452.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ]-2-[[(2S,4R)-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下將(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.5 g，1.11 mmol，1當量)添加至HCl/MeOH (4 M，3 mL，10.83當量)中。在25℃下攪拌混合物15分鐘。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈淺黃色油狀之粗產物(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4R)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(450 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z352.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4R)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(395.52 mg，1.02 mmol，1.3當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(150 mg，784.59 μmol，1當量)及DIPEA (507.01 mg，3.92 mmol，683.31 μL，5當量)於THF (3 mL)及DCM (3 mL)中之混合物中添加T3P (748.92 mg，1.18 mmol，699.93 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將反應混合物倒入飽和碳酸氫鈉溶液(5 mL)中且攪拌2小時。水相用乙酸乙酯(5 mL×2)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物藉由製備型TLC (二氯甲烷:甲醇=10:1，R f=0.43)純化，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z525.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S,4R)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1-( 亞硝基甲基 )-2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4- (三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，476.65 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，3 mL，44.06當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到粗產物。粗產物藉由製備型TLC (二氯甲烷:甲醇=10:1，R f=0.3)純化，得到呈淺黃色固體狀之(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(130 mg，247.51 μmol，51.93%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-[(3S) -2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(120 mg，235.54 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(112.26 mg，471.07 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4.5小時。在完成之後，將殘餘物倒入水(0.5 mL)中且攪拌10分鐘。接著，濃縮反應混合物，得到粗產物。粗產物藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(22.56 mg，45.90 μmol，19.49%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.12 - 7.21 (m, 1 H), 6.84 - 7.10 (m, 2 H), 6.50 (br s, 1 H), 4.94 - 5.26 (m, 1 H), 4.75 (br s, 1 H), 4.07 - 4.47 (m, 2 H), 3.79 - 4.01 (m, 3 H), 3.45 (br s, 1 H), 2.16 - 2.98 (m, 6 H), 1.62 - 2.02 (m, 2 H), 1.39 (br s, 1 H)。 實例 66. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 557
Figure 02_image2310
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，8.73 mL，20當量)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(630 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z223.2 [M+H] +。 步驟 2 ： 1-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 異吲哚啉 -2- 甲酸三級丁酯
向2-三級丁氧基羰基異吲哚啉-1-甲酸(436.93 mg，1.66 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(630 mg，1.74 mmol，61.58%純度，1.05當量，HCl)魚DCM (5 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加T3P (1.58 g，2.49 mmol，1.48 mL，50%純度，1.5當量)及TEA (1.01 g，9.96 mmol，1.39 mL，6當量) 。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用15 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]異吲哚啉-2-甲酸三級丁酯(720 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z432.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-( 異吲哚啉 -1- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]異吲哚啉-2-甲酸三級丁酯(720 mg，1.67 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，8.34 mL，20當量)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈棕色油狀之產物(2S)-2-(異吲哚啉-1-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(770 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z332.3[M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-(2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(287.43 mg，1.50 mmol，1當量)、(2S)-2-(異吲哚啉-1-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(770 mg，1.65 mmol，79%純度，1.1當量，HCl)、DMAP (367.34 mg，3.01 mmol，2當量)、EDCI (576.42 mg，3.01 mmol，2當量)於DCM (8 mL)及DMF (2.7 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (25 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(異構體1：150 mg，297.30 μmol，19.78%產率)。MS (ESI) m/z505.3[M+H] +；且得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(異構體2：140 mg，277.48 μmol，18.46%產率)。MS (ESI) m/z 505.3[M+H] +。 步驟 5 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，297.30 μmol，1當量)於MeOH/NH 3(7 M，849.44 μL，20當量)中之溶液中在45℃下攪拌48小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(130 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.3[M+H] +。 步驟 5 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(140 mg，277.48 μmol，1當量)於MeOH/NH 3(7 M，792.81 μL，20當量)中之溶液在45℃下攪拌24小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(110 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.3[M+H] +。 步驟 6 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(125 mg，255.35 μmol，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(273.84 mg，1.15 mmol，4.5當量)，且在30℃下攪拌所得混合物20小時。在完成之後，藉由添加H 2O (0.5 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(31.50 mg，66.81 μmol，26.16%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z472.3[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.53 - 11.83 (m, 1 H) 9.11 - 9.78 (m, 1 H) 7.31 - 7.78 (m, 5 H) 6.95 - 7.29 (m, 3 H) 6.42 - 6.63 (m, 1 H) 5.73 (s, 1 H) 5.27 - 5.41 (m, 1 H) 4.91 - 5.05 (m, 1 H) 3.76 - 3.99 (m, 3 H) 2.71 - 3.19 (m, 2 H) 2.00 - 2.30 (m, 3 H) 1.20 - 1.87 (m, 2 H)。 步驟 6 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(105 mg，214.49 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(204.47 mg，857.98 μmol，4當量)。在30℃下攪拌混合物7小時。在完成之後，藉由添加H 2O (0.5 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(34.83 mg，73.72 μmol，34.37%產率，99.791%純度)。MS (ESI) m/z472.3[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.72 (s, 1 H) 9.19 (d, J=8.11 Hz, 1 H) 7.31 - 7.76 (m, 5 H) 6.92 - 7.29 (m, 3 H) 6.56 (d, J=7.75 Hz, 1 H) 5.74 (s, 1 H) 5.34 (br d, J=10.13 Hz, 1 H) 4.96 (q, J=8.23 Hz, 1 H) 3.86 - 3.89 (m, 1 H) 3.86 - 4.55 (m, 1 H) 3.84 - 4.01 (m, 3 H) 2.96 - 3.22 (m, 2 H) 2.25 - 2.41 (m, 1 H) 2.02 - 2.20 (m, 2 H) 1.47 - 1.87 (m, 2 H)。 實例 67. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 647
Figure 02_image2312
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.3 g，3.27 mmol，1當量)於HCl/MeOH (15 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.3 g，粗物質)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.68 mmol，1當量)於DCM (6 mL)及DMF (2 mL)中之混合物，在25℃下向混合物中一次性添加DMAP (616.30 mg，5.04 mmol，3當量)。向混合物中添加4-氯-1H-吲哚-2-甲酸(394.69 mg，2.02 mmol，1.2當量)及EDCI (967.04 mg，5.04 mmol，3當量)且在25℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至乙酸乙酯/甲醇=10/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(760 mg，1.60 mmol，95.16%產率)。MS (ESI) m/z 475.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(700 mg，1.47 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，71.24當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(660 mg，1.44 mmol，97.36%產率)。MS (ESI) m/z 460.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 4- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(630 mg，1.37 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(652.87 mg，2.74 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件，管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-50%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，248.92 μmol，18.17%產率)。MS (ESI) m/z 442.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.96 (br s, 1H), 8.93 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.76 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.78 - 7.67 (m, 1H), 7.46 - 7.36 (m, 2H), 7.21 - 7.09 (m, 2H), 5.04 - 4.89 (m, 1H), 4.55 - 4.43 (m, 1H), 3.12 (quin, J=9.3 Hz, 2H), 2.43 - 2.29 (m, 1H), 2.19 - 2.07 (m, 2H), 1.91 - 1.63 (m, 3H), 1.54 - 1.41 (m, 1H), 0.82 (br dd, J=5.6, 7.4 Hz, 1H), 0.50 - 0.34 (m, 2H), 0.26 - 0.04 (m, 2H)。 實例 68. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 649
Figure 02_image2314
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，968.64 μmol，77%純度，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[3-(3,5- 二氟苯基 ) 丙醯基胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(288 mg，968.56 μmol，1當量)於DCM (5 mL)及DMF (2.5 mL)中之混合物中添加DMAP (354.98 mg，2.91 mmol，3當量)且在25℃下，向混合物中一次性添加3-(3,5-二氟苯基)丙酸(180.30 mg，968.56 μmol，1當量)及EDCI (928.37 mg，4.84 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用乙酸乙酯(8 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物，藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至乙酸乙酯/甲醇=5:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[3-(3,5-二氟苯基)丙醯基胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，547.81 μmol，56.56%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-[3-(3,5- 二氟苯基 ) 丙醯基胺基 ] 丙醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[3-(3,5-二氟苯基)丙醯基胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，644.48 μmol，1當量)於NH 3/甲醇(7 M，5.45 mL，59.24當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-3-環丙基-2-[3-(3,5-二氟苯基)丙醯基胺基]丙醯胺(260 mg，577.16 μmol，89.55%產率)。MS (ESI) m/z451.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-[3-(3,5- 二氟苯基 ) 丙醯基胺基 ] 丙醯胺
在25℃下，向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-3-環丙基-2-[3-(3,5-二氟苯基)丙醯基胺基]丙醯胺(70 mg，155.39 μmol，1當量)於ACN (1 mL)中之混合物中一次性添加POCl 3(47.65 mg，310.78 μmol，28.88 μL，2當量)。在80℃下攪拌混合物0.5小時。在完成之後，藉由在25℃下添加NaHCO 3(1 mL)來淬滅反應混合物，且接著用乙酸乙酯(1 mL×3)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件，管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[3-(3,5-二氟苯基)丙醯基胺基]丙醯胺(7 mg，16.19 μmol，10.42%產率)。MS (ESI) m/z433.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.09 - 8.81 (m, 1H), 8.15 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.83 - 7.70 (m, 1H), 7.10 - 6.89 (m, 3H), 4.99 - 4.83 (m, 1H), 4.33 - 4.19 (m, 1H), 3.19 - 3.04 (m, 2H), 2.89 - 2.78 (m, 2H), 2.46 (br s, 2H), 2.39 - 2.03 (m, 3H), 1.84 - 1.46 (m, 3H), 1.40 - 1.19 (m, 1H), 0.59 (br s, 1H), 0.34 (br s, 2H), 0.14 -0.05 (m, 2H)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=6.84 (br t, J=5.7 Hz, 2H), 6.74 (tt, J=2.2, 9.3 Hz, 1H), 5.06 - 4.92 (m, 1H), 4.37 - 4.22 (m, 1H), 3.38 - 3.32 (m, 2H), 2.97 - 2.88 (m, 2H), 2.71 - 2.57 (m, 2H), 2.54 - 2.10 (m, 3H), 2.01 - 1.77 (m, 2H), 1.76 - 1.58 (m, 1H), 1.55 - 1.36 (m, 1H), 0.72 - 0.59 (m, 1H), 0.53 - 0.36 (m, 2H), 0.18 - 0.02 (m, 2H)。 實例 69. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 653
Figure 02_image2316
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，1.81 mmol，80%純度，1當量)於EtOH (20 mL)中之混合物中添加2-胺基乙酸(271.74 mg，3.62 mmol，20.52 μL，2當量)、ZnCl 2(1 M，18.10 μL，0.01當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (359.14 mg，3.62 mmol，452.89 μL，2當量)且在40℃下攪拌所得混合物6小時。在反應完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：25%-45%，7 min)純化殘餘物，得到400 mg混合物產物。混合物藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：50%-50%，10 min)分離，得到呈白色固體狀之化合物2-[[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]胺基]乙酸(125 mg，235.87 μmol，13.03%產率，99.363%純度)及2-[[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]胺基]乙酸(205 mg，373.82 μmol，20.65%產率，96.023%純度)。MS (ESI) m/z527.3 [M+H] +。
異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (d, J=2.0 Hz, 1H), 8.52 - 8.21 (m, 2H), 7.58 (s, 1H), 7.35 (d, J=1.7 Hz, 1H), 7.14 - 7.05 (m, 1H), 7.03 - 6.97 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.57 - 4.41 (m, 1H), 4.14 (tdd, J=4.2, 8.2, 12.2 Hz, 1H), 3.97 - 3.82 (m, 4H), 3.52 - 3.36 (m, 2H), 3.18 - 2.98 (m, 2H), 2.41 - 2.27 (m, 1H), 2.12 - 2.04 (m, 2H), 1.82 - 1.36 (m, 5H), 0.91 (dd, J=6.4, 15.8 Hz, 6H)
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.57 (d, J=2.0 Hz, 1H), 8.39 (d, J=7.8 Hz, 1H), 8.20 (d, J=9.5 Hz, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.37 (d, J=1.6 Hz, 1H), 7.16 - 6.94 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.53 - 4.36 (m, 1H), 4.18 - 4.01 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.77 (d, J=8.8 Hz, 1H), 3.43 - 3.33 (m, 2H), 3.15 - 2.96 (m, 2H), 2.38 - 2.25 (m, 1H), 2.08 - 2.01 (m, 1H), 1.91 - 1.47 (m, 6H), 0.91 (dd, J=6.4, 14.8 Hz, 6H)
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(700 mg，1.27 mmol，80%純度，1當量)於EtOH (10 mL)中之混合物中添加吡咯啶(180.01 mg，2.53 mmol，211.28 μL，2當量)、ZnCl2 (1 M，12.66 μL，0.01當量)，且在25℃下攪拌所得混合物30分鐘。在添加TMSCN (251.10 mg，2.53 mmol，316.65 μL，2當量)之後，在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-吡咯啶-1-基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，199.95 μmol，15.80%產率，95%純度)及N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-吡咯啶-1-基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，199.95 μmol，15.80%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z523.4 [M+H] +
管柱：Phenomenex luna CN 5μ 100×30 mm；移動相：[己烷-IPA]；B%：5%-40%，20 min
異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.58 (s, 1H), 8.43 (d, J=7.7 Hz, 1H), 8.20 (d, J=9.4 Hz, 1H), 7.68 - 7.49 (m, 1H), 7.38 (d, J=1.2 Hz, 1H), 7.18 - 6.93 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.57 - 3.99 (m, 3H), 3.88 (s, 3H), 3.19 - 2.95 (m, 2H), 2.64 - 2.53 (m, 4H), 2.38 - 2.27 (m, 1H), 2.15 - 2.01 (m, 1H), 1.85 - 1.44 (m, 10H), 0.91 (dd, J=6.4, 16.3 Hz, 6H)
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.59 (br s, 1H), 8.39 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 8.01 (br d, J=9.1 Hz, 1H), 7.69 - 7.49 (m, 1H), 7.43 - 7.28 (m, 1H), 7.16 - 6.86 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.59 - 4.24 (m, 3H), 3.88 (s, 3H), 3.19 - 2.94 (m, 2H), 2.71 - 2.57 (m, 2H), 2.49 - 2.32 (m, 3H), 2.18 - 2.08 (m, 1H), 2.06 - 1.93 (m, 1H), 1.83 - 1.37 (m, 9H), 0.90 (dd, J=6.5, 15.2 Hz, 6H) 實例 70. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 655
Figure 02_image2318
步驟 1 ： (2S,4R)-4- 羥基吡咯啶 -1,2- 二甲酸二 - 三級丁酯
在25℃下，向(2S,4R)-1-三級丁氧基羰基-4-羥基-吡咯啶-2-甲酸(5 g，21.62 mmol，1當量)於THF (75 mL)中之溶液中添加2-三級丁基-1,3-二異丙基-異脲(6.50 g，32.43 mmol，1.5當量)，且接著在60℃下攪拌所得溶液2.5小時。向混合物中添加2-三級丁基-1,3-二異丙基-異脲(6.50 g，32.43 mmol，1.5當量)且接著在60℃下攪拌14小時。在完成之後，經由矽藻土過濾反應混合物且在減壓下濃縮濾液，得到呈無色油狀之(2S,4R)-4-羥基吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(4.3 g，14.22 mmol，65.75%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z288.2 [M+H] + 步驟 2 ： (2S,4S)-4- 溴吡咯啶 -1,2- 二甲酸二 - 三級丁酯
在25℃下，向(2S,4R)-4-羥基吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(4 g，13.92 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加CBr 4(14.08 g，42.46 mmol，3.05當量)。將混合物冷卻至0℃，且小心地添加PPh 3(11.32 g，43.15 mmol，3.1當量)。在25℃下攪拌反應物15小時。在完成之後，添加乙醇(4 mL)且將溶液攪拌2小時。逐滴添加MTBE (40 mL)以使氧化膦沈澱，將其濾出，用DCM (30 mL×2)洗滌濾餅且在減壓下濃縮濾液，得到棕色油。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=100:0至10:1)純化殘餘物，得到呈淺黃色油狀之(2S,4S)-4-溴吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(1.5 g，4.07 mmol，29.23%產率，95%純度)。 步驟 3 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -1,2- 二甲酸二 - 三級丁酯
將苯基硫基銅(1.58 g，9.14 mmol，6.4當量)於無水THF (30 mL)中之混合物冷卻至-70℃，且接著藉由小心地添加t-BuLi (1.3 M，7.03 mL，6.4當量)來處理。將所得混合物攪拌30分鐘，且添加預先冷卻(-20℃)之(2S,4S)-4-溴吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(500 mg，1.43 mmol，1當量)於無水THF (5 mL)中之溶液。在-70℃下攪拌溶液5小時，且接著在N 2下升溫至25℃保持15小時。在完成之後，藉由倒入飽和NH 4Cl (30 mL)水溶液中來淬滅反應物。將混合物水溶液劇烈攪拌30分鐘。濾出固體，且分離各相。水相用MTBE (10 mL×3)萃取且合併之有機相用飽和NaHCO 3水溶液(10 mL)及鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，在減壓下濃縮，得到粗物質。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=100:0至10:1)純化殘餘物，得到呈灰白色固體狀之(2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(290 mg，797.05 μmol，55.83%產率，90%純度)。 步驟 4 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -2- 甲酸
將(2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(250 mg，763.46 μmol，1當量)於HCl (6 M，2.5 mL，19.65當量)中之混合物在100℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4S)-4-三級丁基吡咯啶-2-甲酸(158 mg，粗物質，HCl)。 步驟 5 ： (2S,4S)-1-(三級丁氧基羰基 )-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -2- 甲酸
向(2S,4S)-4-三級丁基吡咯啶-2-甲酸(158 mg，760.72 μmol，1當量，HCl)於THF (1 mL)及H 2O (1 mL)中之混合物中添加K 2CO 3(315.41 mg，2.28 mmol，3當量)及Boc 2O (199.23 mg，912.87 μmol，209.72 μL，1.2當量)。在N 2下，在25℃下攪拌反應物14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4S)-1-(三級丁氧基羰基)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲酸(650 mg，粗物質)。 步驟 6 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 )-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向(2S,4S)-1-(三級丁氧基羰基)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲酸(630 mg，696.51 μmol，30%純度，1當量)於DCM (6 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加TEA (422.88 mg，4.18 mmol，581.68 μL，6當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(186.11 mg，835.82 μmol，1.2當量，HCl)。在0℃下添加T3P (1.33 g，2.09 mmol，1.24 mL，50%純度，3當量)之後，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(10.0 mL)淬滅且用DCM (10.0 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之 4-( 三級丁基 )-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁基 (2S,4S)- 三級丁酯 (240 mg，546.02 μmol，78.39%產率)。MS (ESI) m/z440.3 [M+H] +。 步驟 7 ： (S)-2-((2S,4S)-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將4-(三級丁基)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)吡咯啶-1-甲酸三級丁基(2S,4S)-三級丁酯(230 mg，523.27 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，2.3 mL，17.58當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈淺黃色固體狀之(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(196 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 340.2 [M+H] +。 步驟 8 ： (S)-2-((2S,4S)-4-( 三級丁基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(196 mg，521.43 μmol，1當量，HCl)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之溶液中添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(99.69 mg，521.43 μmol，1當量)、DMAP (127.41 mg，1.04 mmol，2當量)，且接著在0℃下添加EDCI (199.92 mg，1.04 mmol，2當量)。接著在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(10.0 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，二氯甲烷:甲醇=10:1至4:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(250 mg，414.56 μmol，79.50%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z513.3 [M+H] +。 步驟 9 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4-( 三級丁基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(235 mg，389.68 μmol，85%純度，1當量)於NH 3/甲醇(7 M，5 mL)中之溶液在40℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(193 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z498.3 [M+H] +。 步驟 10 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2S,4S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(193 mg，329.69 μmol，85%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(235.71 mg，989.08 μmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S,4S)-4-(三級丁基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(59.58 mg，124.24 μmol，37.68%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 - 11.55 (m, 1H), 9.17 - 8.75 (m, 1H), 7.81 - 7.44 (m, 1H), 7.16 - 7.07 (m, 1H), 7.06 - 6.98 (m, 2H), 6.55 - 6.46 (m, 1H), 5.03 - 4.53 (m, 2H), 4.04 - 3.74 (m, 4H), 3.69 - 3.36 (m, 1H), 3.22 - 2.55 (m, 2H), 2.35 - 1.95 (m, 5H), 1.83 - 1.51 (m, 3H), 1.00 - 0.82 (m, 9H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6, 273+80K) δ=11.31 (s, 1H), 8.68 (s, 1H), 7.38 (s, 1H), 7.18 - 7.02 (m, 2H), 6.90 (s, 1H), 6.60 - 6.47 (m, 1H), 4.96 (q, J=7.6 Hz, 1H), 4.72 (s, 1H), 4.07 - 3.80 (m, 4H), 3.66 - 3.50 (m, 1H), 3.28 - 3.05 (m, 2H), 2.32 - 1.97 (m, 5H), 1.95 - 1.64 (m, 3H), 0.95 (s, 9H)。 實例 71. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 659
Figure 02_image2320
步驟 1 ： (S)-(1- 羥基 -4,4- 二甲基戊 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
在0℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(5 g，20.38 mmol，1當量)於THF (100 mL)中之溶液中緩慢地逐滴添加BH 3-Me 2S (10 M，4.08 mL，2.0當量)，接著在20℃下攪拌混合物15小時。將反應混合物添加至MeOH (40 mL)中且攪拌20分鐘，接著濃縮混合物。殘餘物用NaHCO 3水溶液(150 mL)稀釋且用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至1:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之N-[(1S)-1-(羥基甲基)-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(2.5 g，10.81 mmol，53.02%產率)。 步驟 2 ： (S)-(4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
在0℃下，經由戴斯-馬丁反應(Dess-martin)向N-[(1S)-1-(羥基甲基)-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(2.4 g，10.37 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加高碘烷(5.72 g，13.49 mmol，4.18 mL，1.3當量)，且攪拌反應物1小時。將混合物升溫至20℃且攪拌1小時。藉由在0℃下添加H 2O (60 mL)來淬滅反應混合物，且接著在0℃下逐滴添加NaHCO 3水溶液達到pH=8，且用EtOAc (40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1至1:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之N-[(1S)-1-甲醯基-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(1.6 g，6.98 mmol，67.25%產率)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 9.40 (s, 1 H) 7.30 (br d, J=8.00 Hz, 1 H) 3.91 - 3.82 (m, 1 H) 1.66 (dd, J=14.38, 2.75 Hz, 1 H) 1.39 (s, 9 H) 1.32 (br d, J=9.26 Hz, 1 H) 0.90 (s, 9 H)。 步驟 3 ： (S)-2-(((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向N-[(1S)-1-甲醯基-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(0.8 g，3.49 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.17 g，5.23 mmol，1.5當量，HCl)於DCE (20 mL)中之溶液中添加Et 3N (529.52 mg，5.23 mmol，728.36 μL，1.5當量)及NaBH(OAc) 3(2.22 g，10.47 mmol，3當量)，且在20℃下攪拌反應物2小時。
藉由在0℃下添加NaHCO 3水溶液(100 mL)且攪拌0.5小時，接著用DCM (60 mL×3)萃取來淬滅反應混合物。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1至1:3)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(450 mg，1.13 mmol，32.29%產率)。MS (ESI) m/z400.3 [M+H] +。 步驟 4 ： (S)-2-(((S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基戊基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，500.60 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，4.00 mL，31.96當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(168 mg，粗物質，HCl)。 步驟 5 ： (S)-2-(((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4,4- 二甲基戊基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(168 mg，500.20 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(95.63 mg，500.20 μmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加DMAP (183.32 mg，1.50 mmol，3.0當量)及EDCI (191.78 mg，1.00 mmol，2當量)及DCM (3 mL)，在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加40 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，301.54 μmol，60.28%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z473.2 [M+H] +。 步驟 6 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(130 mg，275.09 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，381.70當量)中之溶液在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，乙酸乙酯:甲醇=50:3)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]甲基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，131.13 μmol，47.67%產率)。MS (ESI) m/z458.3 [M+H] +。 步驟 7 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]甲基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，109.27 μmol，1當量)於EtOAc (2 mL)中之溶液中逐滴添加T 3P (2.14 g，3.36 mmol，2 mL，50%純度，30.77當量)，且接著在65℃下攪拌混合物12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA) - ACN]；B%：15% - 45%，8 min)純化殘餘物且藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：25% - 25%，20 min)分離，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]甲基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(4.4 mg，9.92 μmol，29.07%產率，99.1%純度)。MS (ESI) m/z440.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.22 - 6.99 (m, 3 H) 6.52 (br d, J=7.72 Hz, 1 H) 4.74 - 4.65 (m, 1 H) 4.61 - 4.48 (m, 1 H) 4.03 - 3.91 (m, 4 H) 3.62 - 3.51 (m, 1 H) 3.47 - 3.36 (m, 1 H) 3.27 - 3.19 (m, 1 H) 2.50 - 2.41 (m, 1 H) 2.29 - 2.18 (m, 1 H) 1.81 (br s, 1 H) 1.74 - 1.64 (m, 2 H) 1.60 (br d, J=10.14 Hz, 1 H) 1.34 - 1.28 (m, 1 H) 0.98 (s, 9 H)。 實例 72. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 671
Figure 02_image2322
步驟 1 ： 氯甲酸 2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙酯
將三光氣(4.93 g，16.61 mmol，4.99e-1當量)、Na 2CO 3(3.53 g，33.29 mmol，1當量)及DMF (95.00 mg，1.30 mmol，0.1 mL，3.90e-2當量)於甲苯(50 mL)中之混合物冷卻至0℃且在N 2氛圍下攪拌0.5小時。接著，逐滴添加2-(2-甲氧基乙氧基)乙醇(4 g，33.29 mmol，3.92 mL，1當量)之溶液。在0℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，過濾混合物且在減壓下濃縮濾液，得到呈黃色油狀之氯甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(6 g)。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(600 mg，1.51 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，12.00 mL，31.80當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(450 mg)。 步驟 3 ： (11S,14S)-11-( 環丙基甲基 )-9,12- 二側氧基 -14-(((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 甲基 )-2,5,8- 三氧 -10,13- 二氮雜十五 -15- 烷酸甲酯
向(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(450 mg，1.51 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (1 mL)中之溶液中添加DIEA (391.19 mg，3.03 mmol，527.20 μL，2當量)，且接著在0℃下添加氯甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(414.52 mg，2.27 mmol，1.5當量)。在30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅反應混合物，且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：1% - 25%，10 min)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2 S)-2-[[(2 S)-3-環丙基-2-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基羰基胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，901.94 μmol，59.60%產率)。MS (ESI) m/z444.2 [M+H] +。 步驟 4 ： ((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 ) 胺基甲酸 2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-3-環丙基-2-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基羰基胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，901.94 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，77.61當量)中之混合物在70℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(400 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z429.2 [M+H] + 步驟 5 ： ((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 ) 胺基甲酸 2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙酯
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(380 mg，886.86 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(422.69 mg，1.77 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅反應混合物且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：10% - 40%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(150 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z411.2 [M+H] + 步驟 6 ： ((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 ) 胺基甲酸 2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙酯
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-EtOH]；B%：44% - 44%，8 min)分離 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(150 mg，粗物質)，得到呈無色膠狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸2-(2-甲氧基乙氧基)乙酯(110 mg，262.36 μmol，71.79%產率，97.9%純度)。MS (ESI) m/z411.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=8.81 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 7.72 (s, 1H), 7.54 (br d, J=7.4 Hz, 1H), 4.95 (q, J=8.2 Hz, 1H), 4.08 - 3.86 (m, 3H), 3.53 (td, J=4.6, 15.2 Hz, 4H), 3.47 - 3.39 (m, 2H), 3.33 (s, 3H), 3.19 - 3.05 (m, 2H), 2.41 - 2.28 (m, 1H), 2.19 - 2.03 (m, 2H), 1.81 - 1.59 (m, 3H), 1.28 (td, J=6.8, 13.6 Hz, 1H), 0.74 (br d, J=5.6 Hz, 1H), 0.46 - 0.33 (m, 2H), 0.18 - 0.01 (m, 2H)。 實例 73. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 691
Figure 02_image2324
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(13.00 g，45.40 mmol，1當量)及HCl/MeOH (4 M，35 mL，3.08當量)之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(10 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z223.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(9.71 g，43.62 mmol，1當量，HCl)、(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(10 g，43.62 mmol，1當量)及TEA (22.07 g，218.08 mmol，30.35 mL，5當量)於DCM (100 mL)中之溶液冷卻至0℃，且接著向溶液中添加T3P (83.27 g，130.85 mmol，77.82 mL，50%純度，3當量)。將混合物攪拌1小時且逐漸升溫至20℃。在完成之後，向混合物中添加H 2O (100 mL)且接著用乙酸乙酯(100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。接著，藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(12 g，23.41 mmol，53.67%產率，77.53%純度)。MS (ESI) m/z398.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.5 g，3.77 mmol，1當量)於HCl/甲醇(4 M，100 mL，105.99當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.1 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z298.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將4,7-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(650 mg，2.83 mmol，1當量)、(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(943.18 mg，2.83 mmol，1當量，HCl)、EDCI (1.08 g，5.65 mmol，2當量)及DMAP (1.04 g，8.48 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，向混合物中添加H 2O (50 mL)且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-3-環丙基-2-[(4,7-二氯-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(550 mg，1.01 mmol，35.92%產率，93.99%純度)。MS (ESI) m/z509.1 [M+H] +。 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2 S)-2-[[(2 S)-3-環丙基-2-[(4,7-二氯-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(550 mg，1.08 mmol，1當量)於NH 3/甲醇(7 M，154.25 μL，1當量)中之混合物在60℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z494.1 [M+H] +。 步驟 6 ： 4,7- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(450 mg，910.25 μmol，1當量)及伯格斯試劑(1.30 g，5.46 mmol，6當量)於DCM (10 mL)中之混合物在20℃下攪拌9小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。接著，殘餘物藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25% - 55%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物4,7-二氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1 H-吲哚-2-甲醯胺(300 mg，629.78 μmol，69.19%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z476.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.66 - 7.56 (m, 1H), 7.52 - 7.45 (m, 1H), 7.22 - 7.14 (m, 1H), 5.16 - 5.05 (m, 1H), 4.68 - 4.61 (m, 1H), 3.36 - 3.32 (m, 2H), 2.70 - 2.57 (m, 1H), 2.40 - 2.27 (m, 2H), 1.99 - 1.69 (m, 4H), 0.91 - 0.79 (m, 1H), 0.62 - 0.52 (m, 2H), 0.27 - 0.15 (m, 2H)。 實例 74. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 695
Figure 02_image2326
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2 g，6.99 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，40.00 mL，22.91當量)中之溶液，在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.5 g，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.4 g，6.29 mmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(1.44 g，6.29 mmol，1.00當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加DIEA (3.25 g，25.15 mmol，4.38 mL，4當量)且逐滴添加T 3P (12.00 g，18.86 mmol，11.22 mL，50%純度，3當量)，且接著在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (60 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.9 g，4.73 mmol，75.27%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z398.4 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.8 g，2.01 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，15 mL，29.81當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(670 mg，粗物質，HCl)。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2-(7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(670 mg，2.01 mmol，1.51當量，HCl)及7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(300 mg，1.33 mmol，1當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加DMAP (487.32 mg，3.99 mmol，3當量)、EDCI (509.78 mg，2.66 mmol，2當量)及DCM (15 mL)，且在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，658.47 μmol，49.52%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z505.2 [M+H] +。 步驟 5 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(320 mg，633.71 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，40 mL，441.84當量)中之溶液在50℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(290 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.2 [M+H] +。 步驟 6 ： 7- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(270 mg，551.08 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(393.97 mg，1.65 mmol，3當量)。在20℃下攪拌7小時之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(139.27 mg，295.10 μmol，53.55%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z472.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.17 (s, 1H), 7.07 (d, J=2.0 Hz, 1H), 6.96 (d, J=2.1 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=6.0, 10.3 Hz, 1H), 4.55 (t, J=7.4 Hz, 1H), 3.82 (s, 3H), 3.30 - 3.27 (m, 2H), 2.70 - 2.60 (m, 1H), 2.40 - 2.28 (m, 2H), 1.97 - 1.77 (m, 3H), 1.72 - 1.60 (m, 1H), 0.86 (br s, 1H), 0.55 (d, J=8.0 Hz, 2H), 0.20 (dd, J=4.8, 9.4 Hz, 2H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.59 (br s, 1H), 9.00 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.66 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.72 (s, 1H), 7.17 (s, 1H), 7.13 (d, J=2.2 Hz, 1H), 7.00 (d, J=2.2 Hz, 1H), 5.00 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.60 - 4.45 (m, 1H), 3.78 (s, 3H), 3.18 - 3.05 (m, 2H), 2.40 - 2.34 (m, 1H), 2.21 - 2.06 (m, 2H), 1.86 - 1.64 (m, 3H), 1.50 (ddd, J=6.1, 7.6, 13.9 Hz, 1H), 0.90 - 0.75 (m, 1H), 0.50 - 0.37 (m, 2H), 0.25 - 0.15 (m, 1H), 0.13 - 0.04 (m, 1H) 實例 75. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 711
Figure 02_image2328
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，1.81 mmol，80%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，12.00 mL，26.50當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(600 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z298.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-(4,5,6,7- 四氫 -1H- 吲哚 -2- 羰基胺基 ) 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(600 mg，1.80 mmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)及DMF (0.5 mL)中之混合物中添加4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲酸(415.68 mg，2.52 mmol，1.4當量)、TEA (1.09 g，10.78 mmol，1.50 mL，6當量)及T3P (1.72 g，2.70 mmol，1.60 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌3小時之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)及TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-(4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-羰基胺基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，787.36 μmol，43.80%產率)。MS (ESI) m/z445.3 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,5,6,7- 四氫 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-(4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-羰基胺基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，787.36 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，88.90當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲醯胺(300 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z430.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,5,6,7- 四氫 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲醯胺(290 mg，675.19 μmol，1當量)於T3P (3 mL，50%純度)及乙酸乙酯(3 mL)中之混合物在40℃下攪拌16小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25% - 55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲醯胺(61.92 mg，150.48 μmol，22.29%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z412.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=10.96 (br s, 1H), 9.00 - 8.77 (m, 1H), 7.89 - 7.66 (m, 2H), 6.60 (br s, 1H), 5.04 - 4.81 (m, 1H), 4.48 - 4.28 (m, 1H), 3.24 - 3.04 (m, 2H), 2.47 - 1.96 (m, 7H), 1.81 - 1.61 (m, 7H), 1.40 (br dd, J=6.6, 13.1 Hz, 1H), 0.74 (br s, 1H), 0.38 (br s, 2H), 0.22 - 0.03 (m, 2H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=10.67 (br s, 1H), 8.74 - 8.49 (m, 1H), 7.53 - 7.28 (m, 2H), 6.54 (d, J=2.2 Hz, 1H), 5.05 - 4.84 (m, 1H), 4.54 - 4.38 (m, 1H), 3.17 (br d, J=7.2 Hz, 2H), 2.54 (br t, J=6.1 Hz, 2H), 2.43 (br t, J=5.6 Hz, 3H), 2.28 - 2.08 (m, 2H), 1.90 - 1.79 (m, 1H), 1.77 - 1.65 (m, 6H), 1.56 (qd, J=6.7, 13.7 Hz, 1H), 0.83 - 0.70 (m, 1H), 0.42 (br d, J=7.8 Hz, 2H), 0.20 - 0.04 (m, 2H)。 實例 76. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 719
Figure 02_image2330
步驟 1 ： 7-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.08 g，4.57 mmol，1當量，HCl)及6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(1.4 g，5.48 mmol，1.2當量)於DCM (15 mL)及DMF (1 mL)中之溶液中添加EDCI (1.75 g，9.14 mmol，2當量)及DMAP (1.67 g，13.71 mmol，3當量)，且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=2/1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(1.4 g，2.56 mmol，56.02%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z438.3 [M+H] +。 步驟 2 ： 7-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
將7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(0.7 g，1.60 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，50.00當量)中之混合物在25℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.6 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z338.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.6 g，1.60 mmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(368.18 mg，1.93 mmol，1.2當量)於DCM (10 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中添加EDCI (461.47 mg，2.41 mmol，1.5當量)及DMAP (588.18 mg，4.81 mmol，3當量)。在25℃下攪拌1小時之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (20 mL×2)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=2:1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.65 g，1.15 mmol，71.39%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z511.3 [M+H] +。 步驟 4 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-[[6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.65 g，1.15 mmol，90%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，61.10當量)中之混合物在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(0.6 g，粗物質)。MS (ESI) m/z496.3 [M+H] +。 步驟 5 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(0.58 g，1.17 mmol，1當量)於DCM (7 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.39 g，5.85 mmol，5當量)，且在25℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，反應混合物用水(30 mL)稀釋且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，乙酸乙酯:MeOH=20:1)分離殘餘物，得到N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體1及N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體2。
藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體1，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體1 (92.10 mg，192.86 μmol，16.48%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z478.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=7.17 - 7.07 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.01 - 6.96 (m, 1H), 6.55 - 6.44 (m, 1H), 5.05 - 4.89 (m, 1H), 4.43 (t, J=7.2 Hz, 1H), 4.01 - 3.79 (m, 5H), 3.13 - 2.76 (m, 2H), 2.31 - 2.05 (m, 4H), 2.03 - 1.73 (m, 8H), 1.60 - 0.97 (m, 3H)；
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.49 - 11.19 (m, 1H), 8.81 - 8.41 (m, 1H), 7.31 - 7.20 (m, 1H), 7.11 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 7.09 - 7.02 (m, 1H), 7.02 - 6.81 (m, 1H), 6.53 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 5.06 - 4.89 (m, 1H), 4.53 (br s, 1H), 4.07 - 3.79 (m, 5H), 3.10 - 3.02 (m, 2H), 2.19 (br s, 4H), 2.06 - 1.31 (m, 11H)。
藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體2，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體2 (30.29 mg，63.43 μmol，5.42%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z478.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ=10.26 - 9.64 (m, 1H), 8.99 - 8.34 (m, 1H), 7.26 - 7.16 (m, 1H), 7.15 - 6.74 (m, 2H), 6.62 - 6.32 (m, 1H), 6.27 - 5.80 (m, 1H), 5.06 - 4.83 (m, 1H), 4.81 - 4.54 (m, 1H), 4.14 - 3.82 (m, 5H), 3.31 - 3.03 (m, 2H), 2.56 - 2.35 (m, 2H), 2.35 - 2.16 (m, 2H), 2.11 - 1.73 (m, 9H), 1.52 - 1.23 (m, 2H)。 實例 77. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 721
Figure 02_image2332
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(2.49 g，10.14 mmol，1.2當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(2 g，8.45 mmol，1當量，HCl)於DCM (60 mL)中之溶液中添加DMAP (3.10 g，25.35 mmol，3當量)。在添加EDCI (3.24 g，16.90 mmol，2當量)之後，在25℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，混合物用水(400 mL)淬滅且用DCM (150 mL×3)萃取。有機層用飽和NaCl (50 mL)脫水，在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1)純化，用HCl (1 M，150 mL)洗滌，用DCM (50 mL×3)萃取，且接著用飽和NaHCO 3(30 mL)將pH值調節至約8。在用DCM (100 mL)萃取之後，在真空中濃縮殘餘物，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(3 g，6.32 mmol，74.74%產率，90%純度)。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3- d) δ ppm 7.61 (d, J=7.0 Hz, 1H), 6.85 - 6.51 (m, 1H), 6.22 (s, 1H), 5.06 - 4.85 (m, 1H), 4.63 - 4.47 (m, 1H), 4.30 - 4.02 (m, 1H), 3.79 - 3.66 (m, 3H), 3.35 - 3.25 (m, 2H), 2.42 - 2.24 (m, 1H), 2.14 - 2.05 (m, 1H), 1.96 - 1.66 (m, 4H), 1.63 - 1.52 (m, 1H), 1.43 (s, 9H), 1.03 - 0.90 (m, 9H)。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.5 g，3.51 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.1 g，粗物質，HCl)。
1H NMR (400 MHz, D 2O) δ ppm 4.57 (dd, J=4.8, 10.3 Hz, 1H), 3.98 (dd, J=5.2, 7.8 Hz, 1H), 3.78 - 3.65 (m, 3H), 3.29 - 3.14 (m, 2H), 2.75 - 2.33 (m, 1H), 2.24 - 1.47 (m, 8H), 1.04 - 0.86 (m, 9H)。 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg×2，鹽酸鹽，1.68 mmol，1當量)及7-氯-1 H-吲哚-2-甲酸(394.29 mg，2.02 mmol，1.2當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加DMAP (615.66 mg，5.04 mmol，3當量)，且接著在25℃下向混合物中添加EDCI (644.05 mg，3.36 mmol，2當量)。在25℃下攪拌1小時之後，混合物用水(200 mL)淬滅且用DCM (70 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:1至0:1)純化且在真空中濃縮，接著用1 M HCl (100 mL)洗滌且用DCM (30 mL×3)萃取，且用飽和NaHCO 3(30 mL)將有機相之pH值調節至約pH 7。在真空中濃縮殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之( S)-2-(( S)-2-(7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，1.16 mmol，40 %產率，90%純度)。MS (ESI) m/z505.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 7.58 (d, J=7.8 Hz, 1H), 7.32 - 7.17 (m, 2H), 7.06 (t, J=7.8 Hz, 1H), 4.73 (dd, J=3.8, 8.6 Hz, 1H), 4.55 (dd, J=4.0, 11.7 Hz, 1H), 3.71 (s, 3H), 3.35 (s, 1H), 3.24 - 3.01 (m, 2H), 2.49 - 2.22 (m, 2H), 2.02 - 1.40 (m, 8H), 1.08 - 0.96 (m, 9H)。 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，1.29 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 10 mL)中之溶液在50℃下攪拌16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(450 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.3 [M+H] +。 步驟 5 ： 7- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(430 mg，877.56 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(627.38 mg，2.63 mmol，3當量)，且在25℃下攪拌反應物4小時。在反應完成之後，混合物用水(10 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之7-氯- N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-1 H-吲哚-2-甲醯胺(205 mg，424.79 μmol，48.41%產率，97.8%純度)。MS (ESI) m/z472.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.70 (s, 1H), 9.02 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.71 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.63 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.34 - 7.23 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.05 (q, J=8.2 Hz, 1H), 4.63 - 4.54 (m, 1H), 3.07 (s, 2H), 2.30 - 2.18 (m, 2H), 1.88 - 1.32 (m, 7H), 0.95 (s, 9H)。 實例 78. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 723
Figure 02_image2334
步驟 1 ： 2,2- 二氟 -7-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
將(7S)-6-三級丁氧基羰基-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(500 mg，1.72 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(406.29 mg，1.72 mmol，1當量，HCl)、EDCI (987.17 mg，5.15 mmol，3當量)、DMAP (629.10 mg，5.15 mmol，3當量)於DCM (5 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (25 mL)中，且接著用DCM (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(25 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至1/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(7S)-2,2-二氟-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z474.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-(2,2- 二氟 -6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(7S)-2,2-二氟-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(710 mg，1.50 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，8 mL，21.34當量)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(7S)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(614 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z374.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-(2,2- 二氟 -6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(7S)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(614 mg，1.50 mmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(286.41 mg，1.50 mmol，1當量)、DMAP (549.06 mg，4.49 mmol，3當量)於DCM (7 mL)中之溶液中添加EDCI (861.56 mg，4.49 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (25 mL)中，且接著用DCM (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至1/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(7S)-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(550 mg，1.01 mmol，67.17%產率)。MS (ESI) m/z547.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2,2- 二氟 -6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(7S)-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(535 mg，978.85 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10.70 mL，76.52當量)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(520 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z532.2 [M+H] +。 步驟 5 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2,2- 二氟 -6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
向(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(515 mg，968.86 μmol，1當量)於EtOAc (2.5 mL)中之溶液中添加T3P (2.68 g，4.20 mmol，2.5 mL，50%純度，4.34當量)，在20℃下攪拌16小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (25 mL)中，且接著用EtOAc (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(25 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：45%-75%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(7S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(188 mg，364.99 μmol，37.67%產率，99.7%純度)。MS (ESI) m/z514.3 [M+H] +。 步驟 6 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2,2- 二氟 -6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
異構體1：藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：60%-60%，10 min)分離(7S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(170 mg)，得到呈白色固體狀之(7S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(42.5 mg，82.76 μmol，25.00%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z514.3 [M+H] +。
異構體1： 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.26 - 6.72 (m, 3H), 6.53 (d, J=7.6Hz, 1H), 5.03 (d, J=5.7, 10.5Hz, 1H), 4.64 (d, J=1.7Hz, 1H), 4.25 (d, J=10.1Hz, 1H), 4.15 - 4.01 (m, 1H), 3.98 - 3.87 (m, 2H), 4.16 - 3.86 (m, 1H), 3.13 (s, 2H), 2.87 - 2.15 (m, 8H), 1.99 - 1.28 (m, 5H)；且得到呈白色固體狀之(7S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(89.8 mg，173.47 μmol，52.40%產率，99.2%純度)。MS (ESI) m/z514.3 [M+H] +。
異構體2： 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.17 - 6.82 (m, 3H), 6.56 - 6.44 (m, 1H), 5.17 - 5.03 (m, 1H), 4.61 (t, J=7.5Hz, 1H), 4.15 (s, 1H), 4.01 - 3.78 (m, 4H), 3.26 - 2.86 (m, 2H), 2.75 - 2.14 (m, 8H), 2.06 - 1.30 (m, 5H)。 實例 79. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 725
Figure 02_image2336
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(1.24 g，5.07 mmol，1.2當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)於DCM (30 mL)中之溶液中添加DMAP (1.55 g，12.67 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (1.62 g，8.45 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(400 mL)淬滅且用DCM (150 mL×3)萃取。在用飽和NaCl (50 mL)脫水之後，在真空中濃縮反應物。粗產物藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1)純化且用1 M HCl (100 mL)洗滌，用DCM (50 mL×3)萃取，用飽和NaHCO 3(50 mL)將pH值調節至約pH 8，用DCM (50 mL)萃取且濃縮，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.4 g，2.95 mmol，69.76%產率，90%純度)。 步驟 2 ： ((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4, 4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.4 g，3.27 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (18 mL，7M)中之溶液在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基甲酸三級丁酯(1.1 g，粗物質)。 步驟 3 ： (S)-2- 胺基 -N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4,4- 二甲基戊醯胺
將(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基甲酸三級丁酯(1.5 g，3.64 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之( S)-2-胺基- N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺(1.2 g，粗物質)。 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-4,4-二甲基-戊醯胺(900 mg，2.58 mmol，1當量，HCl)於DCM (8 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (945.50 mg，7.74 mmol，3當量)。向混合物中添加6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(593.47 mg，2.58 mmol，1當量)及EDCI (1.48 g，7.74 mmol，3當量)，且在25℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析純化粗物質(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1 ) ，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(450 mg，858.06 μmol，33.26%產率)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 6,7- 二氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(400 mg，762.72 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(363.53 mg，1.53 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，藉由添加H 2O (3 mL)來淬滅反應混合物，且接著將合併之有機層在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH3H2O+10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之6,7-二氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(165 mg，325.81 μmol，42.72%產率)。MS (ESI) m/z506.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.54 (d, J=8.4 Hz, 1H), 7.25 - 7.16 (m, 2H), 5.13 - 5.05 (m, 1H), 4.66 (dd, J=4.3, 8.3 Hz, 1H), 3.25 - 3.13 (m, 2H), 2.50 - 2.35 (m, 2H), 1.99 - 1.88 (m, 2H), 1.87 (d, J=4.4 Hz, 1H), 1.79 (br dd, J=8.4, 14.6 Hz, 2H), 1.71 - 1.56 (m, 1H), 1.55 - 1.43 (m, 1H), 1.03 (s, 9H)。 實例 80. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 727
Figure 02_image2338
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，5.49 mmol，1當量，HCl)於DCM (12 mL)中之混合物中添加(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(1.51 g，6.59 mmol，1.2當量)、TEA (3.33 g，32.95 mmol，4.59 mL，6當量)及T3P (5.24 g，8.24 mmol，4.90 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，DCM:MeOH=10:1)及TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.99 g，4.11 mmol，74.84%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z412.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.20 g，2.48 mmol，85%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，15 mL，24.21當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z312.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，2.44 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)及DMF (0.5 mL)中之混合物中添加6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(674.59 mg，2.93 mmol，1.2當量，1.2)、DMAP (746.35 mg，6.11 mmol，2.5當量)及EDCI (936.91 mg，4.89 mmol，2當量)，且接著在25℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，DCM:MeOH=10:1)及TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.24 g，1.50 mmol，61.27%產率，63%純度)。MS (ESI) m/z523.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.38 g，平行的3批，726.01 μmol，1當量)於NH 3/MEOH (7 M，12.06 mL，116.31當量)中之混合物在50℃下攪拌48小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，且接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z508.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 6,7- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，1.97 mmol，1當量)於T3P (5 mL，50%純度)及乙酸乙酯(5 mL)中之混合物在40℃下攪拌18小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物6,7-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(288.22 mg，587.75 μmol，29.88%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z490.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.94 (br s, 1H), 9.01 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.76 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.66 (d, J=8.4 Hz, 1H), 7.55 (br s, 1H), 7.33 - 7.21 (m, 2H), 5.21 - 4.90 (m, 1H), 4.60 - 4.38 (m, 1H), 3.16 - 3.01 (m, 2H), 2.35 - 2.18 (m, 2H), 1.90 - 1.65 (m, 4H), 1.63 - 1.33 (m, 3H), 0.80 (br d, J=5.5 Hz, 1H), 0.49 - 0.35 (m, 2H), 0.26 - 0.05 (m, 2H)。 實例 81. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 729
Figure 02_image2340
步驟 1 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 )-2-(6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將7-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(1 g，2.29 mmol，1當量)於HCl/MeOH (40 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除HCl/MeOH，且接著添加DCM (50 mL) (三次)。在減壓下濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯(800 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 338.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-(6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯(580 mg，1.72 mmol，1當量)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(504.35 mg，2.58 mmol，1.5當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (420.00 mg，3.44 mmol，2當量)及EDCI (494.29 mg，2.58 mmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應物用H 2O (100 mL)淬滅且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(50 mL×2)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(680 mg，1.19 mmol，69.13%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z515.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
(2S)-2-[[6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(675 mg，1.31 mmol，1當量)於NH 3(7 M，於MeOH中，29.53 mL，157.72當量)中之溶液。在65℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。向混合物中添加DCM (50 mL) (三次)，且接著在減壓下濃縮反應物，得到殘餘物。將粗產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(700 mg，粗物質)用於下一步驟中且係以黃色固體形式獲得。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
在N 2下，向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(695 mg，1.39 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.66 g，6.95 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在30℃下，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，乙酸乙酯:MeOH=20:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之所需化合物(450 mg，96%純度)，將其藉由SFC (條件：管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：50%-50%，min)進一步分離，得到呈白色固體狀之6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(145 mg，300.85 μmol，21.64%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z482.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.67 - 7.49 (m, 1H), 7.31 - 7.23 (m, 1H), 7.19 - 6.99 (m, 2H), 5.14 - 4.95 (m, 1H), 4.60 - 4.52 (m, 1H), 4.07 - 3.77 (m, 2H), 3.27 - 3.16 (m, 2H), 2.56 - 1.50 (m, 15H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.27 - 11.09 (m, 1H), 8.82 - 8.62 (m, 1H), 7.72 - 7.53 (m, 1H), 7.36 - 7.24 (m, 2H), 7.19 - 7.02 (m, 2H), 5.11 - 4.85 (m, 1H), 4.67 - 4.42 (m, 1H), 4.05 - 3.73 (m, 2H), 3.10 - 3.06 (m, 2H), 2.30 - 1.38 (m, 15H)。
呈白色固體狀之6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(170 mg，348.13 μmol，25.04%產率，98.7%純度)。MS (ESI) m/z482.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.67 - 7.55 (m, 1H), 7.31 - 7.25 (m, 1H), 7.18 - 7.11 (m, 1H), 7.10 - 7.04 (m, 1H), 4.93 (br s, 1H), 4.60 - 4.54 (m, 1H), 4.13 - 3.79 (m, 2H), 2.98 (br s, 2H), 2.42 - 1.54 (m, 15H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.27 - 10.98 (m, 1H), 8.88 - 8.54 (m, 1H), 7.82 - 7.49 (m, 1H), 7.34 - 6.98 (m, 4H), 5.10 - 4.95 (m, 1H), 4.69 - 4.39 (m, 1H), 4.03 - 3.72 (m, 2H), 3.10 - 3.05 (m, 2H), 2.32 - 1.39 (m, 15H)。 實例 82. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 731
Figure 02_image2342
步驟 1 ： 3-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2- 甲酸三級丁酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)及2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(1.26 g，4.44 mmol，1.05當量)、DIPEA (2.73 g，21.12 mmol，3.68 mL，5當量)於THF (10 mL)中之混合物中添加T3P (4.03 g，6.34 mmol，3.77 mL，50%純度，1.5當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，將殘餘物倒入飽和碳酸氫鈉溶液(30 mL)中且攪拌2小時。水相用乙酸乙酯(20 mL×2)萃取。合併之有機相用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈淺黃色油狀之3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.6 g，粗物質)。MS (ESI) m/z466.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基胺基 )-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.6 g，3.44 mmol，1當量)之混合物中添加HCl/MeOH (4 M，16.00 mL，18.62當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈淺黃色油狀之(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.5 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z366.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.5 g，3.73 mmol，1當量，HCl)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(729.99 mg，3.73 mmol，1當量)、DIPEA (1.45 g，11.20 mmol，1.95 mL，3當量)於DMF (10 mL)中之混合物中添加HATU (1.70 g，4.48 mmol，1.2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，將殘餘物倒入冰水(10 mL)中且攪拌2小時。水相用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=2/1至0/1)純化殘餘物，得到呈淺黃色油狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.60 g，粗物質)。MS (ESI) m/z543.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.6 g，2.95 mmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M，22.86 mL，54.31當量)。在65℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，將混合物冷卻至25℃且在減壓下濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.2 g，粗物質)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
在20℃下，在N 2下向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.2 g，2.27 mmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(1.2 g，5.04 mmol，2.22當量)。在20℃下攪拌混合物2.5小時。在完成之後，向混合物中添加水(3 mL)且攪拌20分鐘，接著濃縮，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，EtOAc:MeOH=25:1)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.75 g，1.45 mmol，64.00%產率，98.9%純度)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +。 步驟 6 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由對掌性分離(管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：60%-60%，6.7 min)來分離2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.9 g，1.76 mmol，1當量)，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (298.31 mg，578.46 μmol，32.78%產率，98.9%純度)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.62 (br d, J=7.94 Hz, 1 H), 7.56 - 7.56 (m, 1 H), 7.22 - 7.30 (m, 1 H), 7.01 - 7.13 (m, 2 H), 5.11 (br dd, J=10.58, 5.73 Hz, 1 H), 4.62 (br dd, J=9.81, 7.83 Hz, 1 H), 3.83 - 3.96 (m, 1 H), 3.71 (br d, J=10.36 Hz, 1 H), 3.16 - 3.27 (m, 2 H), 2.40 - 2.62 (m, 2 H), 1.70 - 2.08 (m, 4 H), 1.29 - 1.65 (m, 12 H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.15 (br s, 1 H), 8.71 (br s, 1 H), 7.62 (br s, 1 H), 7.18 - 7.35 (m, 2 H), 6.94 - 7.13 (m, 2 H), 4.96 (br s, 1 H), 4.62 (br s, 1 H), 3.51 - 3.87 (m, 2 H), 3.09 - 3.20 (m, 2 H), 2.09 - 2.36 (m, 3 H), 1.60 - 1.89 (m, 4 H), 1.19 - 1.55 (m, 12 H)。
得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (252.99 mg，487.10 μmol，27.60%產率，98.20%純度)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] +；
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.64 (d, J=7.72 Hz, 1 H), 7.21 - 7.33 (m, 1 H), 7.12 (s, 1 H), 7.04 - 7.10 (m, 1 H), 7.07 (t, J=7.83 Hz, 1 H), 5.02 (dd, J=10.25, 6.06 Hz, 1 H), 4.62 (dd, J=9.70, 7.72 Hz, 1 H), 3.95 (br d, J=10.14 Hz, 1 H), 3.77 (br d, J=10.58 Hz, 1 H), 3.01 - 3.22 (m, 2 H), 2.22 - 2.40 (m, 3 H), 1.86 - 2.04 (m, 2 H), 1.77 - 1.86 (m, 1 H), 1.72 (br dd, J=12.46, 10.03 Hz, 1 H), 1.39 - 1.68 (m, 12 H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.10 (br s, 1 H), 8.65 (br d, J=6.24 Hz, 1 H), 7.63 (br d, J=6.85 Hz, 1 H), 7.17 - 7.34 (m, 2 H), 7.08 (br t, J=7.70 Hz, 2 H), 4.99 (br d, J=7.46 Hz, 1 H), 4.61 (br s, 1 H), 3.56 - 3.89 (m, 2 H), 3.10 (br s, 2 H), 2.09 - 2.31 (m, 3 H), 1.64 - 1.95 (m, 4 H), 1.38 - 1.62 (m, 12 H)。 實例 83. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 733
Figure 02_image2344
步驟 1 ： 3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2- 甲酸三級丁酯
向2-胺基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(S)-甲酯(500 mg，2.11 mmol，1當量，HCl)於DCM (4 mL)及DMF (2 mL)中之溶液中添加2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(718.30 mg，2.53 mmol，1.2當量)、DMAP (774.22 mg，6.34 mmol，3當量)，且接著在0℃下添加EDCI (809.90 mg，4.22 mmol，2當量)。接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(775 mg，1.50 mmol，70.92%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z466.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 )-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(775 mg，1.50 mmol，90%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，8 mL，21.36當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(800 mg，粗物質，HCl)。 步驟 3 ： (2S)-2-(2-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(740 mg，1.38 mmol，75%純度，1當量，HCl)於DCM (6 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加6-氯-1H-吲哚-2-甲酸(297.11 mg，1.52 mmol，1.1當量)、DMAP (506.09 mg，4.14 mmol，3當量)，接著在0℃下添加EDCI (529.42 mg，2.76 mmol，2當量)，且接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(980 mg，1.35 mmol，98.02%產率，75%純度)。MS (ESI) m/z543.3 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-(2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(980 mg，1.35 mmol，75%純度，1當量)於NH 3.MeOH (7 M，15 mL，77.58當量)中之混合物在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(960 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 2-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(960 mg，1.36 mmol，75%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.95 g，8.18 mmol，6當量)且接著在25℃下攪拌4小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(280 mg，39.66%產率，98.5%純度)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] +。 步驟 6 ： 2-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S, S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：60% - 60%，8 min)純化2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(280 mg，98.5%純度)，得到呈白色固體狀之2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (90.34 mg，175.89 μmol，12.90%產率，99.3%純度)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.68 (s, 1H), 9.10 - 8.79 (m, 1H), 7.69 (d, J=8.4 Hz, 1H), 7.58 - 7.47 (m, 1H), 7.46 - 7.36 (m, 1H), 7.14 - 6.62 (m, 2H), 5.10 - 4.73 (m, 1H), 4.51 (t, J=8.4 Hz, 1H), 3.95 - 3.73 (m, 1H), 3.65 (d, J=10.4 Hz, 1H), 3.17 - 2.83 (m, 2H), 2.35 - 2.07 (m, 3H), 1.93 - 1.19 (m, 16H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6)(T=273+80K) δ=11.48 (br s, 1H), 8.74 (br s, 1H), 7.65 (br s, 1H), 7.47 (br s, 1H), 7.31 (br s, 1H), 7.06 (br d, J=9.0 Hz, 2H), 4.98 (br s, 1H), 4.57 (br s, 1H), 3.87 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 3.64 (br s, 1H), 3.10 - 3.04 (m, 2H), 2.39 - 2.11 (m, 3H), 1.90 - 1.36 (m, 16H)。
得到呈白色固體狀之2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (143.12 mg，280.61 μmol，20.58%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 (s, 1H), 9.12 - 8.72 (m, 1H), 7.69 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.57 - 7.40 (m, 2H), 7.14 - 6.60 (m, 2H), 5.08 - 4.78 (m, 1H), 4.51 (t, J=8.4 Hz, 1H), 3.92 - 3.78 (m, 1H), 3.69 (d, J=10.4 Hz, 1H), 3.13 - 2.92 (m, 2H), 2.28 - 2.06 (m, 3H), 1.87 - 1.29 (m, 16H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) (T=273+80K) δ=11.49 (br s, 1H), 8.69 (br s, 1H), 7.79 - 7.57 (m, 1H), 7.48 (s, 1H), 7.27 (br s, 1H), 7.06 (br d, J=8.4 Hz, 2H), 4.97 (br s, 1H), 4.57 (br s, 1H), 3.88 (d, J=10.4 Hz, 1H), 3.68 (br s, 1H), 3.10 - 3.04 (m, 2H), 2.20 (br s, 3H), 1.91 - 1.31 (m, 16H)。 實例 83a. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 743
Figure 02_image2346
步驟 1 ： 2,2- 二氟 -7-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
將(7S)-6-三級丁氧基羰基-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(500 mg，1.72 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(406.29 mg，1.72 mmol，1當量，HCl)、EDCI (987.17 mg，5.15 mmol，3當量)、DMAP (629.10 mg，5.15 mmol，3當量)於DCM (5 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (50 mL)中，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至1/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(7S)-2,2-二氟-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z474.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-(2,2- 二氟 -6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(7S)-2,2-二氟-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(800 mg，1.69 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，8 mL，18.94當量)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(7S)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(690 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z374.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-(6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2,2- 二氟 -6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(7S)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(690 mg，1.68 mmol，1當量，HCl)、7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(329.30 mg，1.68 mmol，1當量)、DMAP (617.03 mg，5.05 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加EDCI (968.19 mg，5.05 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (35 mL)中，且接著萃取。合併之有機層用鹽水(35 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至1/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(7S)-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(640 mg，1.16 mmol，69.00%產率)。MS (ESI) m/z551.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2,2- 二氟 -6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
(2S)-2-[[(7S)-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(625 mg，1.13 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，12 mL，74.05當量)中之溶液。在30℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(605 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2,2- 二氟 -6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
向(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(585 mg，1.09 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.17 g，4.91 mmol，4.5當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (30 mL)中，且接著用DCM (35 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(7S)-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(135 mg，260.64 μmol，23.88%產率)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +。 步驟 6 ： 6-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2,2- 二氟 -6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
異構體1：藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：60%-60%，15 min)分離6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(133 mg)，得到呈白色固體狀之(7S)-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(48.2 mg，93.06 μmol，36.24%產率)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +。
異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.34 - 11.12 (m, 1H), 8.83 - 8.63 (m, 1H), 7.71 - 7.55 (m, 1H), 7.30 (d, J=7.1Hz, 2H), 7.13 - 7.04 (m, 1H), 5.09 - 4.92 (m, 1H), 4.71 - 4.52 (m, 1H), 4.20 - 3.87 (m, 2H), 3.09 - 3.05 (m, 1H), 3.10 - 3.03 (m, 2H), 2.91 - 2.52 (m, 4H), 2.48 - 2.35 (m, 2H), 2.29 - 2.08 (m, 2H), 1.96 - 1.31 (m, 5H)。
異構體2：得到呈白色固體狀之(7S)-6-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2,2-二氟-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(83.2 mg，160.63 μmol，62.56%產率)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +。
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.32 - 11.13 (m, 1H), 8.90 - 8.67 (m, 1H), 7.69 - 7.48 (m, 1H), 7.33 - 7.26 (m, 1H), 7.19 - 6.89 (m, 2H), 5.07 - 4.88 (m, 1H), 4.74 - 4.51 (m, 1H), 4.15 - 3.84 (m, 2H), 3.11 - 3.06 (m, 2H), 3.10 - 3.06 (m, 1H), 2.82 - 2.55 (m, 4H), 2.43 (d, J=3.2, 5.2Hz, 2H), 2.32 - 2.07 (m, 2H), 2.02 - 1.01 (m, 5H)。 實例 84. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 745
Figure 02_image2348
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，2.34 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M) (10 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(900 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z328.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向6-氯-1H-吲哚-2-甲酸(400 mg，2.04 mmol，1當量)於DCM (10 mL)及DMF (5 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (749.49 mg，6.13 mmol，3當量)。在25℃下，向混合物中一次性添加(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(892.94 mg，2.45 mmol，1.20當量，HCl)及EDCI (784.05 mg，4.09 mmol，2當量)且攪拌反應物2.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，1.58 mmol，77.47%產率)。MS (ESI) m/z505.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下製備(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(605 mg，1.20 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M) (30.60 mg，1.80 mmol，30.00 μL，1.5當量)中之混合物。在80℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(600 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z490.1 [M+H] +。 步驟 4 ： 6- 氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(607.94 mg，2.55 mmol，2.5當量)，且在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC {管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-60%，8 min}純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物6-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(202 mg，405.64 μmol，39.75%產率，94.78%純度)。MS (ESI) m/z472.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.41 - 7.65 (m, 2 H), 7.01 - 7.22 (m, 2 H), 5.08 (br s, 1 H), 4.65 (br s, 1 H), 3.15 - 3.25 (m, 2 H), 2.43 (br s, 1 H), 1.46 - 2.05 (m, 8 H), 1.02 (br s, 9 H) 實例 85. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 791
Figure 02_image2350
步驟 1 ： 7-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
在25℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(2.32 g，9.79 mmol，1當量，HCl)於DCM (30 mL)及DMF (10 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (3.59 g，29.38 mmol，3當量)。向混合物中添加6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(3 g，11.75 mmol，1.2當量)及EDCI (3.75 g，19.58 mmol，2當量)，在25℃下攪拌1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (40 mL)稀釋且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(80 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色油狀之7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(5 g，粗物質)。MS (ESI) m/z438.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-(6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 羰基胺基 )-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(1.6 g，3.66 mmol，1當量)於HCl/MeOH (20 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，粗物質)。 步驟 3 ： (2S)-2-[[6-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，3.85 mmol，1當量)及6-氯-1H-吲哚-2-甲酸(904.35 mg，4.62 mmol，1.2當量)於DCM (9 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (1.41 g，11.56 mmol，3當量)及EDCI (1.48 g，7.71 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.21 mmol，57.45%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z515.3 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-6-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-[[6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.33 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，45.06當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(980 mg，1.96 mmol，84.12%產率)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 6-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(980 mg，1.96 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(1.87 g，7.84 mmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-50%，10 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(600 mg，1.24 mmol，63.51%產率)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] + 步驟 6 ： 6-(6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：60%-60%，min)分離白色固體，得到呈白色固體狀之6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(140 mg，290.47 μmol，23.33%產率)及6-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(110 mg，228.23 μmol，18.33%產率)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.41 (br s, 1H), 8.60 (br s, 1H), 7.65 (br d, J=8.3 Hz, 1H), 7.49 (s, 1H), 7.24 - 6.88 (m, 3H), 5.10 - 4.82 (m, 1H), 4.56 (br s, 1H), 4.02 - 3.86 (m, 2H), 3.09 (br s, 2H), 2.36 - 2.26 (m, 1H), 2.25 - 2.07 (m, 3H), 2.07 - 1.77 (m, 8H), 1.73 - 1.32 (m, 3H)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.70 - 7.53 (m, 1H), 7.46 (s, 1H), 7.15 - 6.63 (m, 2H), 5.02 (dd, J=6.0, 10.6 Hz, 1H), 4.65 - 4.52 (m, 1H), 4.17 - 3.74 (m, 2H), 3.25 - 2.90 (m, 2H), 2.56 - 2.13 (m, 4H), 2.11 - 1.74 (m, 8H), 1.72 - 0.99 (m, 3H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.42 (br s, 1H), 8.66 (br s, 1H), 7.64 (br s, 1H), 7.49 (br s, 1H), 7.32 - 6.79 (m, 3H), 4.97 (br s, 1H), 4.57 (br s, 1H), 3.93 (br s, 2H), 3.11 (br s, 2H), 2.38 - 2.11 (m, 4H), 2.05 - 1.77 (m, 8H), 1.73 - 1.34 (m, 3H)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.64 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.55 - 7.42 (m, 1H), 7.13 - 6.99 (m, 2H), 5.09 (dd, J=6.3, 10.7 Hz, 1H), 4.55 (t, J=7.5 Hz, 1H), 4.12 - 3.95 (m, 2H), 3.27 - 3.17 (m, 2H), 2.63 - 2.36 (m, 3H), 2.13 - 1.90 (m, 9H), 1.80 (br s, 2H), 1.51 (br d, J=9.3 Hz, 1H)。 實例 86. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 793
Figure 02_image2352
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(4.97 g，20.28 mmol，1.2當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(4 g，16.90 mmol，1當量，HCl)於DCM (60 mL)中之溶液中添加DMAP (6.19 g，50.70 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (6.48 g，33.80 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用H 2O (50 mL)淬滅，用DCM (40 mL×3)萃取，接著用1 M HCl (40 mL)洗滌且用DCM (80 mL×3)萃取，且接著用NaCl (100 mL)脫水，接著在真空中濃縮。粗產物藉由管柱(Plate1，SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1，I 2，R f=0.22)純化，接著在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(5.75 g，11.43 mmol，67.65%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z428.3 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，1.17 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(425 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z328.2 [M+H] + 步驟 3： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(409.27 mg，1.12 mmol，1當量，HCl)及4-氯-1H-吲哚-2-甲酸(220 mg，1.12 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加EDCI (646.84 mg，3.37 mmol，3當量)，且接著添加DMAP (412.22 mg，3.37 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (50 mL)中，且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用1 M HCl (20 mL×2)洗滌，且接著用NaCl (10 mL×2)脫水，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(321 mg，572.07 μmol，50.86%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z505.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(306 mg，605.93 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，3 mL，34.66當量)中之溶液在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 4- 氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(230 mg，469.39 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(335.58 mg，1.41 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之4-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(114 mg，241.54 μmol，51.46%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z472.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4 ) δ=7.39 (d, J=8.4Hz, 1H), 7.28 (s, 1H), 7.18 (t, J=7.8Hz, 1H), 7.12 - 7.04 (m, 1H), 7.09 (d, J=7.4Hz, 1H), 5.16 - 5.02 (m, 1H), 4.65 (d, J=4.4, 8.4Hz, 1H), 3.24 - 3.16 (m, 2H), 2.49 - 2.38 (m, 2H), 2.00 - 1.73 (m, 5H), 1.66 (d, J=8.4Hz, 1H), 1.55 - 1.45 (m, 1H), 1.03 (s, 8H) 實例 87. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 795
Figure 02_image2354
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(4.97 g，20.28 mmol，1.2當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(4 g，16.90 mmol，1當量，HCl)於DCM (120 mL)中之溶液中添加DMAP (6.19 g，50.70 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (6.48 g，33.80 mmol，2當量)。在20℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，混合物用H 2O (500 mL)淬滅且用DCM (200 mL×3)萃取，接著用1 M HCl (200 mL)洗滌且用DCM (80 mL×3)萃取，且接著用NaCl (100 mL)脫水，接著在真空中濃縮。粗產物藉由管柱(Plate1，SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1，I 2，R f=0.22)純化，接著在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(5.75 g，11.43 mmol，67.65%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z428.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(700 mg，1.64 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(630 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z328.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2-(4,6- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(630 mg，1.73 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之溶液中添加4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(438.12 mg，1.90 mmol，1.1當量)、DMAP (634.54 mg，5.19 mmol，3當量)及EDCI (431.47 mg，2.25 mmol，1.3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅反應物且接著用EtOAc (100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=7/3至0/1)純化，得到呈黃色固體狀之產物( S)-2-(( S)-2-(4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(400 mg，595.42 μmol，34.39%產率，80.3%純度)。MS (ESI) m/z539.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4,6- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(370 mg，685.88 μmol，1當量)於NH 3(7 M，20 mL，204.12當量)中之溶液在30℃下攪拌8小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之產物N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(340 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 4,6- 二氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(320 mg，610.18 μmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.02 g，4.27 mmol，7當量)，在40℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-60%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之4,6-二氯-N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，217.21 μmol，35.60%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.00 (br s, 1H), 8.94 - 8.92 (m, 1H), 8.81 - 8.80 (m, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.42 (s, 2H), 7.24 (s, 1H), 5.11 - 4.98 (m, 1H), 4.54 - 4.49 (m, 1H), 3.12 - 3.01 (m, 2H), 2.34 - 2.19 (m, 2H), 1.85 - 1.63 (m, 5H), 1.58 - 1.45 (m, 1H), 1.43 - 1.32 (m, 1H), 0.94 (s, 9H) 實例 88. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 797
Figure 02_image2356
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，1.87 mmol，1當量)及HCl/MeOH (4 M，25 mL，53.44當量)之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(650 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z328.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(650 mg，1.79 mmol，1.2當量，HCl)、4,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲酸(342.45 mg，1.49 mmol，1當量)、EDCI (856.10 mg，4.47 mmol，3當量)及DMAP (545.57 mg，4.47 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，向混合物中添加H 2O (50 mL)且接著用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(4,7-二氯-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(650 mg，1.17 mmol，78.79%產率，97.34%純度)。MS (ESI) m/z539.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4,7-二氯-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(620 mg，1.15 mmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，20 mL，121.81當量)之混合物在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(550 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 4,7- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(530 mg，1.01 mmol，1當量)及伯格斯試劑(722.50 mg，3.03 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之混合物在20℃下攪拌3.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。接著，殘餘物藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：45% - 75%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之4,7-二氯- N-[(1 S)-1-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-1 H-吲哚-2-甲醯胺(170 mg，334.61 μmol，33.11%產率，99.68%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.62 - 7.56 (m, 1H), 7.52 - 7.46 (m, 1H), 7.21 - 7.14 (m, 1H), 5.14 - 5.07 (m, 1H), 4.70 - 4.64 (m, 1H), 3.25 - 3.17 (m, 2H), 2.51 - 2.38 (m, 2H), 2.02 - 1.85 (m, 3H), 1.85 - 1.61 (m, 3H), 1.58 - 1.44 (m, 1H), 1.08 - 1.02 (m, 9H) 實例 89. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 799
Figure 02_image2358
步驟 1 ： 7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
接著將7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(500 mg，2.09 mmol，1當量)於NaOH (2 M，10.43 mL，10當量)中之混合物在100℃下攪拌0.5小時。在完成之後，混合物用HCl (3M)酸化以調節至約pH 3，且接著反應物用EtOAc (10 mL×3)萃取。有機層用水洗滌(10 mL)，經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮，得到黃色固體狀之7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(400 mg，粗物質)呈黃色固體。 步驟 2 ： (S)-2- 胺基 -N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4,4- 二甲基戊醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，1.87 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，8 mL，17.10當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺(810 mg，粗物質，HCl)。 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4,4- 二甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(440 mg，1.95 mmol，1當量)於DCM (8 mL)及DMF (4 mL)中之溶液中添加(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺(851.53 mg，2.34 mmol，1.2當量，HCl)、DMAP (714.74 mg，5.85 mmol，3當量)，且接著在0℃下添加EDCI (747.67 mg，3.90 mmol，2當量)。接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，混合物用水(20 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.3 g，1.82 mmol，93.45%產率，75%純度)。MS (ESI) m/z535.1 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.3 g，1.82 mmol，75%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，57.62當量)中之溶液在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.25 g，粗物質)。MS (ESI) m/z520.3 [M+H] +。 步驟 5 ： 7- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.21 g，1.75 mmol，75%純度，1當量)於EtOAc (6 mL)中之混合物中添加T3P (6.42 g，10.09 mmol，6 mL，50%純度，5.78當量)，且接著在40℃下攪拌反應物14小時。在完成之後，混合物用水(20 mL)淬滅且用EtOAc (10 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(496.09 mg，988.22 μmol，56.63%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.64 (br s, 1H), 9.12 - 8.90 (m, 1H), 8.72 - 8.54 (m, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.28 (s, 1H), 7.20 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.56 (d, J=8.3 Hz, 1H), 5.05 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.62 - 4.50 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.07 (br s, 2H), 2.31 - 2.15 (m, 2H), 1.88 - 1.63 (m, 5H), 1.60 - 1.33 (m, 2H), 1.06 - 0.85 (m, 9H)。 實例 90. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 801
Figure 02_image2360
步驟 1 ： 4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基氯
向4-氯-1H-吲哚-2-甲酸(600 mg，3.07 mmol，1當量)於DCM (9 mL)中之溶液中添加DMF (6.73 mg，92.02 μmol，7.08 μL，0.03當量)及(COCl) 2(778.70 mg，6.13 mmol，537.04 μL，2當量)，在40℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之4-氯-1H-吲哚-2-羰基氯(655 mg，粗物質)。 步驟 2 ： 2-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
將4-氯-1H-吲哚-2-羰基氯(655 mg，3.06 mmol，1.1當量)於THF (6 mL)及DCM (6 mL)中之混合物倒入2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(611.20 mg，2.78 mmol，1當量，HCl)、Na 2CO 3(884.85 mg，2.78 mmol，3當量)於DCM (6 mL)及H 2O (6 mL)中之混合物中。在N 2氛圍下，在15℃下攪拌混合物0.5小時。在完成之後，藉由添加HCl (1M) (15 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (10 mL×4)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮，得到殘餘物。在20℃下，粗產物用EtOAc (3 mL)濕磨15分鐘，得到呈白色固體狀之2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(710 mg，1.97 mmol，70.73%產率)。MS (ESI) m/z 361.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-(2-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(512.31 mg，2.16 mmol，1.1當量，HCl)、2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(710 mg，1.97 mmol，1當量)於DMF (15 mL)中之溶液中添加DIPEA (762.90 mg，5.90 mmol，1.03 mL，3當量)及HATU (748.17 mg，1.97 mmol，1當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用乙酸乙酯(20 mL×4)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙甲酸酯(850 mg，1.57 mmol，79.55%產率)。 步驟 4 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，1.57 mmol，1當量)於MeOH/NH 3(7 M，11.05 mL，49.42當量)中之溶液在65℃下攪拌17小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(820 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 528.3 [M+H] +。 步驟 5 ： 2-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(820 mg，1.55 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(999.20 mg，4.19 mmol，2.7當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (3 mL)來淬滅反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：45%-75%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之所需化合物(450 mg)，將其藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：60%-60%，min)進一步分離，得到呈白色固體狀之2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(168.83 mg，331.02 μmol，21.32%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 510.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ ppm 11.72 (br s, 1 H) 8.52 - 9.07 (m, 1 H) 6.72 - 7.49 (m, 5 H) 4.81 - 5.16 (m, 1 H) 4.43 - 4.78 (m, 1 H) 3.51 - 3.92 (m, 2 H) 2.10 - 2.39 (m, 3 H) 1.25 - 1.98 (m, 16 H)。
得到呈白色固體狀之2-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(180.55 mg，354.00 μmol，22.80%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 510.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ ppm 11.56 - 11.85 (m, 1 H) 8.45 - 8.94 (m, 1 H) 7.43 (br d, J=8.16 Hz, 1 H) 7.04 - 7.35 (m, 3 H) 6.75 - 7.03 (m, 1 H) 4.42 - 5.12 (m, 2 H) 3.58 - 3.91 (m, 2 H) 2.06 - 2.30 (m, 3 H) 1.21 - 1.94 (m, 16 H)。 實例 91. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 803
Figure 02_image2362
步驟 1 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 )-2-(6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將7-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(1.2 g，2.47 mmol，90%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，12 mL，19.45當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.3 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z338.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-(6-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.25 g，2.34 mmol，70%純度，1當量，HCl)於DCM (8 mL)及DMF (4 mL)中之溶液中添加4-氯-1H-吲哚-2-甲酸(457.78 mg，2.34 mmol，1當量)、DMAP (857.77 mg，7.02 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (897.29 mg，4.68 mmol，2當量)。接著在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，二氯甲烷:甲醇=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.51 g，2.20 mmol，93.96%產率，75%純度)。MS (ESI) m/z515.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-6-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-(6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.51 g，2.20 mmol，75%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，47.75當量)中之溶液在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(1.5 g，粗物質)。MS (ESI) m/z500.3 [M+H] +。 步驟 4 ： 6-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
向N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(1.5 g，2.10 mmol，70%純度，1當量)於EtOAc (8 mL)中之溶液中添加T3P (8.56 g，13.45 mmol，8 mL，50%純度，6.41當量)，且接著在40℃下攪拌反應物14小時。在完成之後，混合物用水(25 mL)淬滅且用EtOAc (15 mL×3)萃取。有機層用鹽水(15 mL)洗滌、經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(420 mg，865.32 μmol，41.20%產率，99.3%純度)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 6-(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O EtOH]；B%：60%-60%，min)分離6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(420 mg，99.3%純度)，得到呈白色固體狀之6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體1 (8.72 mg，18.09 μmol，2.09%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.49 - 7.34 (m, 1H), 7.20 (br t, J=7.5 Hz, 1H), 7.15 - 6.67 (m, 2H), 5.15 - 5.00 (m, 1H), 4.65 - 4.54 (m, 1H), 4.15 - 3.78 (m, 2H), 3.25 - 2.99 (m, 2H), 2.58 - 1.25 (m, 15H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.96 (br s, 1H), 9.06 - 8.67 (m, 1H), 7.53 (br d, J=11.2 Hz, 1H), 7.43 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 7.27 - 7.05 (m, 2H), 7.04 - 6.54 (m, 1H), 5.06 - 4.86 (m, 1H), 4.57 - 4.36 (m, 1H), 4.18 - 3.66 (m, 2H), 3.08 (br s, 2H), 2.37 - 2.11 (m, 4H), 2.07 - 1.17 (m, 11H)。
得到呈白色固體狀之6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體2 (197.12 mg，408.99 μmol，47.26%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.46 - 7.34 (m, 1H), 7.25 - 7.18 (m, 1H), 7.17 - 6.65 (m, 2H), 5.08 - 4.97 (m, 1H), 4.58 (t, J=7.5 Hz, 1H), 4.22 - 3.72 (m, 2H), 3.24 - 2.87 (m, 2H), 2.53 - 2.18 (m, 4H), 2.13 - 1.75 (m, 8H), 1.70 - 1.22 (m, 3H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.95 (s, 1H), 9.30 - 8.55 (m, 1H), 7.58 - 7.32 (m, 2H), 7.31 - 7.07 (m, 2H), 7.05 - 6.55 (m, 1H), 5.16 - 4.85 (m, 1H), 4.47 (t, J=7.2 Hz, 1H), 4.13 - 3.68 (m, 2H), 3.17 - 2.82 (m, 2H), 2.34 - 2.10 (m, 4H), 2.10 - 1.67 (m, 9H), 1.63 - 1.01 (m, 2H)。
得到呈白色固體狀之6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體3 (111.90 mg，232.17 μmol，26.83%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.43 - 7.34 (m, 1H), 7.22 - 7.16 (m, 1H), 7.13 - 6.73 (m, 2H), 5.10 (dd, J=5.7, 10.3 Hz, 1H), 4.57 (t, J=7.9 Hz, 1H), 4.16 - 3.97 (m, 2H), 3.27 - 3.19 (m, 2H), 2.63 - 2.33 (m, 3H), 2.30 - 2.19 (m, 1H), 2.11 - 1.92 (m, 8H), 1.85 - 1.68 (m, 2H), 1.55 - 1.47 (m, 1H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.95 (br s, 1H), 9.43 - 8.64 (m, 1H), 7.63 - 7.33 (m, 2H), 7.27 - 7.05 (m, 2H), 7.04 - 6.56 (m, 1H), 5.10 - 4.86 (m, 1H), 4.46 (br t, J=7.4 Hz, 1H), 4.08 - 3.60 (m, 2H), 3.18 - 2.88 (m, 2H), 2.36 - 2.09 (m, 4H), 2.04 - 1.17 (m, 11H)。
得到呈白色固體狀之6-(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體4 (2.11 mg，4.24 μmol，0.49%產率，96.8%純度)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.44 - 7.36 (m, 1H), 7.24 - 7.17 (m, 1H), 7.16 - 6.69 (mz, 2H), 5.21 - 5.01 (m, 1H), 4.68 - 4.51 (m, 1H), 4.12 - 3.81 (m, 2H), 3.25 - 3.19 (m, 2H), 2.56 - 2.15 (m, 3H), 2.12 - 1.69 (m, 8H), 1.64 - 1.26 (m, 4H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.96 (br s, 1H), 9.02 - 8.65 (m, 1H), 7.62 - 7.46 (m, 1H), 7.45 - 7.34 (m, 1H), 7.27 - 7.06 (m, 2H), 7.04 - 6.57 (m, 1H), 5.04 - 4.86 (m, 1H), 4.57 - 4.37 (m, 1H), 4.10 - 3.63 (m, 2H), 3.17 - 2.83 (m, 2H), 2.34 - 2.26 (m, 2H), 2.23 - 2.10 (m, 2H), 2.04 - 1.82 (m, 7H), 1.80 - 1.37 (m, 2H), 1.37 - 1.13 (m, 2H)。 實例 92. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 805
Figure 02_image2364
步驟 1 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8,8- 二氟 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸乙酯
向8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(1.5 g，6.07 mmol，1當量)及7-氯-1 H-吲哚-2-甲酸(1.42 g，7.28 mmol，1.2當量)於DCM (25 mL)中之溶液中添加DMAP (1.48 g，12.13 mmol，2當量)及EDCI (2.33 g，12.13 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，混合物用水(20 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=20:1至2.5:1)純化，得到呈粉紅色油狀之2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(1.6 g，3.58 mmol，58.98%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z425.2 [M+H] +。 步驟 2 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8,8- 二氟 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
向2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(1.6 g，3.77 mmol，1當量)於THF (12 mL)及H 2O (6 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (474.09 mg，11.30 mmol，3當量)，且接著在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物且用1 M HCl (30 mL)將pH值調節至約pH=1。反應物用DCM (30 mL)濕磨，且接著過濾且濾餅在真空中脫水，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(1.4 g，3.53 mmol，93.69%產率)。 步驟 3 ： (2S)-2-(2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8,8- 二氟 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(1.7 g，4.28 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.01 g，4.28 mmol，1當量，HCl)於DMF (30 mL)中之溶液中添加PyBOP (2.23 g，4.28 mmol，1當量)，且接著在-40℃下添加含TEA (1.30 g，12.85 mmol，1.79 mL，3當量)之DMF (5 mL)。在-40℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，將混合物倒入水(100 mL)中且用DCM (40 mL×3)萃取，接著經Na 2SO 4脫水且在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:1至DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈無色固體狀之(2 S)-2-(2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(2.2 g，3.04 mmol，70.95%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z579.3 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8,8- 二氟 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2 S)-2-(2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(400 mg，518.10 μmol，75%純度，1當量)於NH 3/MeOH (6 mL，7M)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之 N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2 -基)-2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.4 g，第5批，粗物質)。MS (ESI) m/z564.2 [M+H] + 步驟 5 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-8,8- 二氟 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向 N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.4 g，2.48 mmol，1當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.77 g，7.45 mmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，用水(2 mL)淬滅反應混合物且藉由吹送N 2來脫水。濃縮物藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 250×70 mm#10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，20 min)純化，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)- N-(( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(740 mg，1.33 mmol，53.51%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z546.2 [M+H] + 步驟 6 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-8,8- 二氟 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺 )
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：60%-60%，7 min)分離2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)- N-(( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(740 mg，1.33 mmol，53.51%產率，98%純度)，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)- N-(( S) -1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(異構體1：340 mg，622.70 μmol，45.95%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z546.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 7.67 - 7.47 (m, 1H), 7.28 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.18 - 6.82 (m, 2H), 5.15 - 4.97 (m, 1H), 4.82 - 4.58 (m, 1H), 4.05 - 3.73 (m, 2H), 3.27 - 2.92 (m, 2H), 2.63 - 2.44 (m, 2H), 2.39 (dd, J=7.7, 12.5 Hz, 1H), 2.07 - 1.72 (m, 11H), 1.68 - 1.40 (m, 3H)。
呈白色固體狀之2-(7-氯-1 H-吲哚-2-羰基)- N-(( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-8,8-二氟-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(異構體2：325 mg，595.23 μmol，43.92%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z546.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 7.64 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.28 (d, J=7.4 Hz, 1H), 7.20 - 6.81 (m, 2H), 5.02 (dd, J=6.2, 10.1 Hz, 1H), 4.66 (dd, J=7.9, 9.4 Hz, 1H), 4.08 - 3.81 (m, 2H), 3.23 - 3.00 (m, 2H), 2.55 - 2.23 (m, 3H), 2.02 - 1.72 (m, 10H), 1.71 - 1.59 (m, 3H), 1.58 - 1.44 (m, 1H)。 實例 93. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 806a
Figure 02_image2366
步驟 1 ： (Z)-2- 疊氮基 -3-(3- 氯 -2- 甲氧基 - 苯基 ) 丙 -2- 烯酸甲酯
將NaOMe (1.90 g，35.17 mmol，2當量)於MeOH (20 mL)中之溶液冷卻至-10℃，且逐滴添加3-氯-2-甲氧基-苯甲醛(3 g，17.59 mmol，1當量)及乙酸疊氮甲烷(4.12 g，35.17 mmol，2當量)於MeOH (10 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O 5(0 mL)來淬滅反應混合物，且接著用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(100 mL，以50 mL×2之形式萃取)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=20/1至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(3-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸酯(2.1 g，7.45 mmol，42.38%產率，95%純度)。 步驟 2 ： 5- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
含(Z)-2-疊氮基-3-(3-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.1 g，7.85 mmol，1當量)之二甲苯(20 mL)，在170℃下攪拌混合物1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至5/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.7 g，6.38 mmol，81.37%產率，90%純度)。 步驟 3 ： 5- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.2 g，5.01 mmol，1當量)於THF (20 mL)及H 2O (10 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (420.24 mg，10.01 mmol，2當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加HCl將反應混合物之pH值調節至pH=3，且接著用H 2O (30 mL)稀釋。反應物用乙酸乙酯(50 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之殘餘物5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(0.95 g，4.00 mmol，79.88%產率，95%純度)。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(5- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(468 mg，1.29 mmol，1當量，HCl)及5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(290.19 mg，1.29 mmol，1當量)於DMF (10 mL)及DCM (20 mL)中之混合物中添加EDCI (493.11 mg，2.57 mmol，2當量)及DMAP (314.25 mg，2.57 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (100 mL)稀釋且用乙酸乙酯(200 mL，以100 mL×2之形式萃取)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，100 mL)及鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(600 mg，1.02 mmol，79.35%產率，91%純度)。MS (ESI) m/z 535.2/537.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 ) -2- 側氧基 - 乙基 ]-7- 甲氧基 -1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(450 mg，841.07 μmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，15 mL，124.84當量)之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，719.20 μmol，85.51%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z 520.3 [M+H] + 步驟 6 ： 5- 氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，846.12 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(604.92 mg，2.54 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且接著用DCM (20 mL×2)萃取。將合併之有機層濃縮且用N 2吹乾，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之5-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(220 mg，430.07 μmol，50.83%產率，98.134%純度)。MS (ESI) m/z 502.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.85 (br s, 1H), 8.96 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.63 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.67 - 7.38 (m, 2H), 7.24 - 7.05 (m, 2H), 5.16 - 4.92 (m, 1H), 4.63 - 4.42 (m, 1H), 4.11 - 4.02 (m, 3H), 3.14 - 3.00 (m, 2H), 2.36 - 2.17 (m, 2H), 1.88 - 1.62 (m, 5H), 1.59 - 1.29 (m, 2H), 0.94 (s, 9H) 實例 94. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 808
Figure 02_image2368
步驟 1 ： (Z)-2- 疊氮基 -3-(2- 氯 -3- 甲氧基 - 苯基 ) 丙 -2- 烯酸甲酯
將2-氯-3-甲氧基-苯甲醛(4 g，23.45 mmol，1當量)及NaOMe (2.53 g，46.90 mmol，2當量)及MeOH (20 mL)之混合物冷卻至-10℃，且接著向溶液中逐滴添加乙酸疊氮甲烷(5.49 g，46.90 mmol，2當量)於MeOH (50 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物16小時，且觀測到白色固體。在完成之後，過濾反應混合物，得到呈白色固體狀之殘餘化合物(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-3-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(3 g，10.09 mmol，43.02%產率，90%純度)。 步驟 2 ： 4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-3-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(1 g，3.74 mmol，1當量)於二甲苯(20 mL)中之溶液升溫至170℃，且在170℃下攪拌1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物在25℃下用石油醚:乙酸乙酯=5:1濕磨，得到呈黃色固體狀之4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(450 mg，1.13 mmol，30.16%產率，60%純度)。 步驟 3 ： 4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(450.00 mg，1.88 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (5 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (157.59 mg，3.76 mmol，2當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加HCl將反應混合物之pH值調節至pH=3，且接著用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(50 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之殘餘化合物4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(320 mg，992.78 μmol，52.87%產率，70%純度)。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，1.17 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，50.00 mL，171.01當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之殘餘化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(420 mg，1.15 mmol，98.69%產率，HCl)。 步驟 5 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(420 mg，1.15 mmol，1當量，HCl)及4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(260.43 mg，1.15 mmol，1當量)於DMF (10 mL)及DCM (20 mL)中之混合物中添加EDCI (442.53 mg，2.31 mmol，2當量)及DMAP (282.02 mg，2.31 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，過濾反應混合物且接著用H 2O (100 mL)稀釋且用300 mL (150 mL×2)乙酸乙酯萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(350 mg，588.75 μmol，51.01%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z535.3 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(300.00 mg，560.72 μmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，10 mL，124當量)之混合物在60℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之殘餘化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(290 mg，501.90 μmol，89.51%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z520.3 [M+H] + 步驟 7 ： 4- 氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(330 mg，634.59 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(453.69 mg，1.90 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用DCM (40 mL，以20 mL×2之形式萃取)萃取。合併之有機層藉由用N 2吹乾來濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物4-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，276.09 μmol，43.51%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.74 (s, 1H), 8.89 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.68 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.51 (br s, 1H), 7.41 - 7.25 (m, 2H), 7.13 (d, J=8.9 Hz, 1H), 5.12 - 4.96 (m, 1H), 4.52 (dt, J=3.8, 8.4 Hz, 1H), 3.91 - 3.76 (m, 3H), 3.14 - 2.95 (m, 2H), 2.37 - 2.13 (m, 2H), 1.90 - 1.29 (m, 7H), 1.01 - 0.81 (m, 9H) 實例 95. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 810
Figure 02_image2370
步驟 1 ： 7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚
在-40℃下，向2-氯-4-甲氧基-1-硝基-苯(4300 mg，22.92 mmol，1當量)於THF (70 mL)中之溶液中添加溴(乙烯基)鎂(1 M，80.23 mL，3.5當量)。在-40℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，將溶液倒入NH 4Cl (200 mL)中且濃縮，且用乙酸乙酯(80 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=30:1至10:1)純化粗物質，得到呈棕色油狀之產物7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚(2100 mg，11.56 mmol，50.44%產率)。MS (ESI) m/z182.1 [M+H] +。 步驟 2 ： 7- 氯 -5- 甲氧基 -1-( 對甲苯基磺醯基 ) 吲哚
在0℃下，向7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚(2100 mg，11.56 mmol，1當量)於DMF (25 mL)中之溶液中添加NaH (739.94 mg，18.50 mmol，60%純度，1.6當量)。在20℃下攪拌溶液0.5小時。添加4-甲基苯磺醯基氯(2.09 g，10.98 mmol，0.95當量)且在20℃下攪拌溶液1.5小時。在完成之後，溶液用H 2O (60 mL)稀釋且用乙酸乙酯(60 mL×3)萃取且接著用鹽水(60 mL×2)洗滌且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=30:1至2:1)純化粗物質，得到呈棕色固體狀之7-氯-5-甲氧基-1-(對甲苯基磺醯基)吲哚(2800 mg，8.34 mmol，72.11%產率)。MS (ESI) m/z336.3 [M+H] + 步驟 3 ： 7- 氯 -5- 甲氧基 -1-( 對甲苯基磺醯基 ) 吲哚 -2- 甲酸
在-70℃下，向7-氯-5-甲氧基-1-(對甲苯基磺醯基)吲哚(2800 mg，8.34 mmol，1當量)於THF (40 mL)中之溶液中添加LDA (1 M，16.68 mL，2當量)且在-70℃下攪拌溶液2.5小時。在完成之後，將溶液快速倒入乾冰中且用H 2O (80 mL)稀釋，且濃縮溶液且用乙酸乙酯(80 mL)萃取以再循環反應物3。用HCl (濃)將水層酸化至pH=5-6且用乙酸乙酯(90 mL×2)萃取且經Na 2SO 4脫水且濃縮，得到呈棕色固體狀之粗7-氯-5-甲氧基-1-(對甲苯基磺醯基)吲哚-2-甲酸(2300 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z380.2 [M+H] + 步驟 4 ： 7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
將7-氯-5-甲氧基-1-(對甲苯基磺醯基)吲哚-2-甲酸(2100 mg，5.53 mmol，1當量)及KOH (682.51 mg，12.16 mmol，14.41 μL，2.2當量)於MeOH (30 mL)中之溶液在70℃下攪拌8小時。在完成之後，濃縮溶液且用H 2O (40 mL)稀釋且用HCl (1 M)酸化至pH=5-6，且過濾且收集濾餅，得到呈棕色固體狀之7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(570 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z226.3 [M+H] + 步驟 5 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯 ; 鹽酸鹽
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，1.17 mmol，1當量)於HCl/MeOH (20 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液，得到呈灰白色固體狀之粗產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(420 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z364.3 [M+H] + 步驟 6 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(420 mg，1.15 mmol，1當量)及DMAP (282.02 mg，2.31 mmol，2當量)於DCM (20 mL)及DMF (10 mL)中之溶液中添加7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(299.49 mg，1.33 mmol，1.15當量)及EDCI (442.54 mg，2.31 mmol，2當量)。在25℃下攪拌反應物1小時。在完成之後，溶液用H 2O (40 mL)稀釋，用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取且用鹽水(80 mL×2)洗滌且濃縮，得到粗產物。藉由管柱(SiO 2，乙酸乙酯:MeOH=1:0至10:1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(370 mg，691.55 μmol，59.91%產率)。MS (ESI) m/z535.3 [M+H] + 步驟 7 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(370 mg，691.55 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，16.44 mL，166.45當量)中之溶液在60℃下攪拌25小時。在完成之後，濃縮溶液，得到呈灰白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z520.3 [M+H] + 步驟 8 ： 7- 氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，673.05 μmol，1當量)及伯格斯試劑(641.57 mg，2.69 mmol，4當量)於DCM (20 mL)中之溶液在25℃下攪拌2小時。在完成之後，溶液用鹽水(30 mL×2)洗滌且用N 2吹乾，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，199.20 μmol，29.60%產率)。MS (ESI) m/z502.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (br s, 1H), 9.11 - 8.94 (m, 1H), 8.64 (br d, J=8.4 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.17 - 7.08 (m, 2H), 6.98 (d, J=2.0 Hz, 1H), 5.27 - 4.92 (m, 1H), 4.69 - 4.37 (m, 1H), 3.76 (s, 3H), 3.05 (br s, 2H), 2.30 - 2.16 (m, 2H), 2.06 (s, 1H), 1.83 - 1.66 (m, 4H), 1.57 - 1.32 (m, 2H) 實例 96. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 812
Figure 02_image2372
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(968.64 mg，4.22 mmol，1當量)、TEA (1.28 g，12.67 mmol，1.76 mL，3當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加T3P (8.07 g，12.67 mmol，7.54 mL，50%純度，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物，合併之有機層用DCM (10 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=2/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.08 g，2.05 mmol，48.46%產率，78%純度)。MS (ESI) m/z413.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.04 g，2.53 mmol，1當量)於HCl/MeOH (15 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(879 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z313.2 [M+H] + 步驟 3： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(879 mg，2.82 mmol，1當量)及4-氯-1H-吲哚-2-甲酸(552.18 mg，2.82 mmol，1當量)、TEA (856.96 mg，8.47 mmol，1.18 mL，3當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加T3P (5.39 g，8.47 mmol，5.04 mL，50%純度，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物，合併之有機層用DCM (10 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=2/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(636 mg，1.04 mmol，36.86%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z489.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(621 mg，1.27 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，27.56當量)中之溶液在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(460 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z474.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 4- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，928.37 μmol，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(663.70 mg，2.79 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(105.2 mg，229.35 μmol，24.70%產率，99.4%純度)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.95 (s, 1H), 8.92 (d, J=8.4 Hz, 1H), 8.81 - 8.70 (m, 1H), 7.55 - 7.49 (m, 1H), 7.44 - 7.37 (m, 2H), 7.24 - 7.07 (m, 2H), 5.14 - 5.00 (m, 1H), 4.54 - 4.40 (m, 1H), 3.18 - 2.99 (m, 2H), 2.31 - 2.21 (m, 2H), 1.93 - 1.66 (m, 4H), 1.61 - 1.34 (m, 3H), 0.89 - 0.76 (m, 1H), 0.52 - 0.33 (m, 2H), 0.24 - 0.04 (m, 2H) 實例 97. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 814
Figure 02_image2374
步驟 1 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-(6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將7-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(1.4 g，3.31 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，14 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.29 g，粗物質)。 步驟 2 ： (2S)-2-(6-(6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.14 g，2.22 mmol，70%純度，1當量，HCl)於DCM (25 mL)中之溶液中添加6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(612.19 mg，2.66 mmol，1.2當量)及DMAP (541.85 mg，4.44 mmol，2當量)及EDCI (850.23 mg，4.44 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，將殘餘物倒入水(60 mL)中且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1，R f=0.35)純化，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-2-(6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(800 mg，1.48 mmol，66.70%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z 535.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-6-(6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-(6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(270 mg，504.28 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (6 mL，7 M)中之溶液在30℃下攪拌20小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 520.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-6-(6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
向N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(800 mg，1.54 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.10 g，4.61 mmol，3當量)，且在30℃下攪拌混合物4小時。在反應完成之後，混合物用H 2O (2 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(380 mg，756.38 μmol，49.20%產率)。MS (ESI) m/z 502.2 [M+H] +。 步驟 5 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-6-(6,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：45%-45%，15 min)分離N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(異構體1：110 mg，218.95 μmol，28.95%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 502.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ ppm 7.62 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.23 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.17 (s, 1H), 5.01 (dd, J=5.8, 10.3 Hz, 1H), 4.58 (t, J=7.6 Hz, 1H), 4.08 - 3.80 (m, 2H), 3.15 - 2.58 (m, 1H), 2.55 - 2.15 (m, 5H), 2.11 - 1.74 (m, 9H)。
在藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，10 min)再純化之後，獲得呈白色固體狀之N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-6-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(異構體2：85 mg，169.19 μmol，22.37%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 502.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ ppm 7.61 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.24 - 7.15 (m, 1H), 7.13 (s, 1H), 5.09 - 4.90 (m, 1H), 4.78 - 4.51 (m, 1H), 4.06 - 3.72 (m, 2H), 2.83 - 2.63 (m, 1H), 2.61 - 2.28 (m, 3H), 2.22 - 1.76 (m, 10 H), 1.72 - 1.40 (m, 1H)。 實例 98. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 171
Figure 02_image2376
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.55 g，1.92 mmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，10 mL，20.82當量)之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.35 g，粗物質)。 步驟 2 ： (2S,4S)-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
將(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.15 g，805.55 μmol，1當量)、(2S,4S)-1-三級丁氧基羰基-4-苯基-吡咯啶-2-甲酸(234.69 mg，805.55 μmol，1當量)、DMAP (196.83 mg，1.61 mmol，2當量)、EDCI (308.85 mg，1.61 mmol，2當量)於DMF (1 mL)及DCM (2 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(2S,4S)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-苯基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.25 g，500.51 μmol，62.13%產率，92%純度)。MS (ESI) m/z460.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-((2S,4S)-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將(2S,4S)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-苯基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.25 g，544.03 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，10 mL，73.53當量)之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4S)-4-苯基吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(0.2 g，粗物質)。MS (ESI) m/z360.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (S)-2-((2S,4S)-1-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4S)-4-苯基吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(0.17 g，472.99 μmol，1當量)、(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸(94.88 mg，472.99 μmol，1當量)、T3P (451.48 mg，709.48 μmol，421.95 μL，50%純度，1.5當量)、TEA (143.58 mg，1.42 mmol，197.50 μL，3當量)於DMF (4 mL)中之混合物脫氣且在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S,4S)-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.11 g，162.36 μmol，34.33%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z542.1 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-1-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S,4S)-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.1 g，184.50 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (3 mL，7 M)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(0.09 g，粗物質)。MS (ESI) m/z527.0 [M+H] +。 步驟 6 ： (2S,4S)-1-((E)-3-(4- 氯 -2- 氟苯基 ) 丙烯醯基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(0.09 g，170.78 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(203.50 mg，853.91 μmol，5當量)，且接著在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S,4S)-1-[(E)-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯醯基]-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(29.73 mg，56.89 μmol，33.31%產率，97.4%純度)。MS (ESI) m/z509.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.17 - 8.86 (m, 1H), 8.07 - 7.75 (m, 1H), 7.75 - 7.65 (m, 1H), 7.62 - 7.49 (m, 2H), 7.48 - 7.30 (m, 5H), 7.26 (tt, J=3.0, 5.6 Hz, 1H), 7.22 - 6.73 (m, 1H), 5.09 - 4.83 (m, 1H), 4.69 - 4.47 (m, 1H), 4.40 - 4.01 (m, 1H), 3.77 - 3.50 (m, 3H), 3.19 - 3.04 (m, 2H), 2.44 - 2.31 (m, 2H), 2.22 - 2.09 (m, 2H), 1.88 - 1.59 (m, 2H)。 實例 99. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 253
Figure 02_image2378
步驟 1 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將2-胺基-3-(2-側氧基-1H-吡啶-3-基)丙酸(500 mg，2.74 mmol，1當量)及HCl/MeOH (4 M，30 mL，43.72當量)之混合物在25℃下攪拌2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之產物2-胺基-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z197.0 [M+H] + 步驟 2 ： 甲基 -2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將2-胺基-3-(2-側氧基-1H-吡啶-3-基)丙酸甲酯(650 mg，2.79 mmol，1當量，HCl)、(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊酸(646.16 mg，2.79 mmol，1當量)、EDCI (1.07 g，5.59 mmol，2當量)、DMAP (682.62 mg，5.59 mmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物甲基-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸酯(900 mg，1.89 mmol，67.68%產率，86.02%純度)。MS (ESI) m/z410.1 [M+H] + 步驟 3 ： 2-((S)-2- 胺基 -4- 甲基戊醯胺基 )-3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將甲基-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸酯(200 mg，488.43 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，30 mL)之混合物在27℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之2-((S)-2-胺基-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(170 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 步驟 4 ： 2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將2-((S)-2-胺基-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(170 mg，491.58 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(93.98 mg，491.58 μmol，1當量)、EDCI (188.47 mg，983.17 μmol，2當量)、DMAP (120.11 mg，983.17 μmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(130 mg，269.41 μmol，54.81%產率)。MS (ESI) m/z483.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-((2S)-1-((1- 胺基 -1- 側氧基 -3-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙酸甲酯(190 mg，393.76 μmol，1當量)、NH 3/MeOH (7 M，10 mL)之混合物在80℃下攪拌15小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之殘餘物N-((2S)-1-((1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(190 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z468.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-((2S)-1-((1- 氰基 -2-(2- 側氧基 -1,2- 二氫吡啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-((2S)-1-((1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，385.01 μmol，1當量)、伯格斯試劑(917.53 mg，3.85 mmol，10當量)及DCM (30 mL)之混合物在25℃下攪拌8小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物N-((2S)-1-((1-氰基-2-(2-側氧基-1,2-二氫吡啶-3-基)乙基)胺基)-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(24 mg，52.18 μmol，13.55%產率，97.73%純度)。MS (ESI) m/z450.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.90-11.40 (m, 2H), 9.08 - 8.85 (m, 1H), 8.55 - 8.35 (m, 1H), 7.51 - 7.26 (m, 3H), 7.16 - 7.05 (m, 1H), 7.04 - 6.94 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 6.15 (t, J=6.6 Hz, 1H), 5.19 - 5.01 (m, 1H), 4.55 - 4.33 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.02 - 2.78 (m, 2H), 1.75 - 1.33 (m, 3H), 0.98 - 0.72 (m, 6H)。 實例 100. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 267 及 267A
Figure 02_image2380
步驟 1 ： 3-[2-[ 三級丁基 ( 二甲基 ) 矽烷基 ] 氧基乙基 ]-1H- 吡咯 -2- 甲酸三級丁酯
向三級丁基-丁-3-炔氧基-二甲基-矽烷(5.00 g，27.10 mmol，1.5當量)及Ag 2CO 3(498 mg，1.81 mmol，0.1當量)於二㗁烷(8 mL)中之溶液中添加2-異氰基乙酸三級丁酯(2.55 g，18.06 mmol，2.63 mL，1當量)。接著，在80℃下攪拌混合物1小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=10/1，UV)證實起始物質完全耗盡且形成新的斑點。將反應混合物過濾且在真空中濃縮濾液。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之3-[2-[三級丁基(二甲基)矽烷基]氧基乙基]-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(2.5 g，42.5%產率)。 步驟 2 ： 3-(2- 羥基乙基 )-1H- 吡咯 -2- 甲酸三級丁酯
在0℃下，向3-[2-[三級丁基(二甲基)矽烷基]氧基乙基]-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(2.5 g，7.68 mmol，1當量)於THF (20 mL)中之溶液中添加TBAF (1 M，15.3 mL，2當量)，且接著在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=5/1，UV)證實起始物質完全耗盡且形成新的斑點。在真空中濃縮反應混合物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；40 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之3-(2-羥基乙基)-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(1.3 g，80.1%產率)。 步驟 3 ： 3-(2- 側氧基乙基 )-1H- 吡咯 -2- 甲酸三級丁酯
向3-(2-羥基乙基)-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(1.15 g，5.44 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMP (3.23 g，7.62 mmol，1.4當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實起始物質殘留且偵測到約60%在所需產物。TLC (石油醚/乙酸乙酯=5/1，UV)證實起始物質完全耗盡且形成新的斑點。將反應混合物過濾且在真空中濃縮濾液。殘餘物用乙酸乙酯(50 mL)稀釋，用H 2O (10 mL)、鹽水(10 mL)洗滌且經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-20%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之3-(2-側氧基乙基)-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(1.5 g，65.8%產率)。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ 9.80 - 9.60 (m, 1H), 9.48 (br s, 1H), 6.91 (t, J=2.76 Hz, 1H), 6.16 (t, J=2.51 Hz, 1H), 3.82 (d, J=1.76 Hz, 2H,), 1.56 (s, 9H)。 步驟 4 ： 3-[2-[[(1S)-1-( 環丙基甲基 )-2- 甲氧基 -2- 側氧基 - 乙基 ] 胺基 ] 乙基 ]-1H- 吡咯 -2- 甲酸三級丁酯
將3-(2-側氧基乙基)-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(1.5 g，7.17 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸甲酯(1.29 g，7.17 mmol，1當量，HCl)於MeOH (20 mL)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。接著，向混合物中添加NaBH 3CN (900.9 mg，14.34 mmol，2當量)且在25℃下攪拌所得溶液16小時。LCMS證實起始物質完全耗盡且偵測到40%之所需產物。TLC (石油醚/乙酸乙酯=5/1，UV)證實起始物質完全耗盡且形成新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)淬滅，用乙酸乙酯(15 mL×3)萃取。合併之有機相用H 2O (10 ml)及鹽水(10 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-20%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之3-[2-[[(1 S)-1-(環丙基甲基)-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺基]乙基]-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(0.6 g，24.8%產率)。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ 8.98 (br s, 1H), 6.91 - 6.65 (m, 1H), 6.15 (t, J=2.56 Hz, 1H), 3.71 (s, 3H), 3.40 (t, J=6.69 Hz, 1H), 2.99 - 2.92 (m, 2H), 2.82 - 2.90 (m, 1H), 2.78 - 2.69 (m, 1H), 1.68 - 1.63 (m, 1H), 1.57 (s, 9H), 1.50 - 1.42 (m, 1H), 0.76 - 0.66 (m, 1H), 0.48 - 0.36 (m, 2H), 0.11 - 0.01 (m, 2H)。 步驟 5 ： 3-[2-[[(1S)-1-( 環丙基甲基 )-2- 甲氧基 -2- 側氧基 - 乙基 ] 胺基 ] 乙基 ]-1H- 吡咯 -2- 甲酸
向3-[2-[[(1 S)-1-(環丙基甲基)-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺基]乙基]-1 H-吡咯-2-甲酸三級丁酯(0.2 g，0.59 mmol，1當量)於二㗁烷(1 mL)中之溶液中添加HCl/二㗁烷(4 M，1.49 mL，10當量)且在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實起始物質完全耗盡且偵測到88%之所需產物。在真空中濃縮反應混合物。粗產物直接用於下一步驟中。獲得呈深棕色油狀之3-[2-[[(1 S)-1-(環丙基甲基)-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺基]乙基]-1 H-吡咯-2-甲酸(0.15 g，90%產率)。 步驟 6 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(7- 側氧基 -4,5- 二氫 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -6- 基 ) 丙酸甲酯
向3-[2-[[(1 S)-1-(環丙基甲基)-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺基]乙基]-1 H-吡咯-2-甲酸(150 mg，0.53 mmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加HOBt (108.4 mg，0.802 mmol，1.5當量)、DIEA (207.4 mg，1.61 mmol，0.28 mL，3當量)及EDCI (153.8 mg，0.80 mmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實起始物質完全耗盡且偵測到45%之所需產物。TLC (石油醚/乙酸乙酯=2/1，UV)證實起始物質完全耗盡且形成新的斑點。反應混合物用H 2O (20 mL)淬滅，用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。合併之有機相用H 2O (10 mL)、鹽水(10 mL)洗滌且經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸甲酯(85 mg，58.1%產率)。
LCMS：Rt=0.773 min；C 14H 18N 2O 3MS計算值：262.13；MS實驗值：263.0 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 6.97 - 6.85 (m, 1H), 6.04 (d, J=2.26 Hz, 1H,), 5.09 (dd, J=10.26, 5.27 Hz, 1H), 3.71 (s, 3H), 3.67 - 3.58 (m, 2 H), 2.93 - 2.74 (m, 2H), 2.02 - 1.87 (m, 1H), 1.81 - 1.70 (m, 1H), 0.83 - 0.68 (m, 1H), 0.56 - 0.39 (m, 2H), 0.22 - 0.07 (m, 2H)。 步驟 7 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(7- 側氧基 -4,5- 二氫 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -6- 基 ) 丙酸
向(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸甲酯(60 mg，0.228 mmol，1當量)於MeOH (2 mL)中之溶液中添加含K 2CO 3(94.8 mg，0.686 mmol，3當量)之H 2O (1 mL)且在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實起始物質完全耗盡且偵測到100%之所需產物。反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋，用0.5 M HCl水溶液調節至pH=3且用乙酸乙酯(15 mL×3)萃取。合併之有機相用H 2O (5 mL)、鹽水(5 mL)洗滌且經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸。
LCMS：Rt=0.706 min；C 13H 16N 2O 3MS計算值：248.12；MS實驗值：248.9 [M+H +]。
267A：(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙醯胺
267：(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙醯胺
在25℃下，向(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸(40 mg，0.16 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(30.5 mg，0.16 mmol，1當量，HCl)於DMF (1 mL)中之溶液中添加TEA (32.6 mg，0.32 mmol，44 μL，2當量)及T 3P (153.7 mg，0.241 mmol，0.14 mL，50%純度，1.5當量)，且在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實起始物質完全耗盡且偵測到86%之所需產物。在真空中濃縮反應混合物。藉由HPLC檢驗殘餘物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，7.8 min)純化。獲得呈白色固體狀之(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙醯胺(22 mg，35.6%產率)。
藉由對掌性SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：30%-30%，min)純化粗產物。獲得呈白色固體狀之(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙醯胺(2.0 mg，8.7%產率)且獲得呈白色固體狀之(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙醯胺(15.1 mg，68.2%產率)。 267A：
LCMS：Rt=0.746 min；C 20H 25N 5O 3MS計算值：383.20；MS實驗值：384.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 6.91 (d, J=2.50 Hz, 1H)。6.04 (d, J=2.38 Hz, 1H), 5.15 (dd, J=8.44, 6.94 Hz, 1H),5.04 (br d, J=6.75 Hz, 1H), 3.66 - 3.55 (m, 2H), 3.33 (br s, 2H), 2.88 - 2.76 (m, 2H), 2.55 - 2.42 (m, 1H), 2.39 - 2.23 (m, 2H), 1.96 - 1.83 (m, 2H), 1.82 - 1.74 (m, 2H), 0.70 (br s, 1H), 0.46 (t, J=7.88 Hz, 2H), 0.15 (d, J=4.38 Hz, 2H)。 267：
LCMS：Rt=0.751 min；C 20H 25N 5O 3MS計算值：383.20；MS實驗值：384.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 6.90 (d, J=2.38 Hz, 1H), 6.03 (d, J=2.25 Hz, 1H), 5.02 (dd, J=10.13, 6.63 Hz, 2H), 3.66 (tq, J=13.12, 6.34 Hz, 2H), 3.30 - 3.18 (m, 2H), 2.80 (br t, J=6.19 Hz, 2H), 2.59 - 2.44 (m, 1H), 2.37 - 2.21 (m, 2H), 1.97 - 1.69 (m, 4H), 0.78 - 0.67 (m, 1H), 0.60 - 0.42 (m, 2H), 0.17 (d, J=4.50 Hz, 2H)。 實例 101. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 481 及 269A
Figure 02_image2382
步驟 1 ： 4- 氯 -1H- 咪唑并 [4,5-c] 吡啶
將2-氯吡啶-3,4-二胺(3 g，20.90 mmol，1當量)及HCl (2.06 g，20.90 mmol，2.0 mL，37%純度，1當量)於二乙氧基甲氧基乙烷(30.9 g，208.95 mmol，34.7 mL，10當量)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物12小時。過濾所形成之沈澱物，用PE洗滌。不進行純化。獲得呈白色固體狀之化合物4-氯-1H-咪唑并[4,5-c]吡啶(3 g，93.4%產率)。 步驟 2 ： 1,5- 二氫咪唑并 [4,5-c] 吡啶 -4- 酮
4-氯-1H-咪唑并[4,5-c]吡啶(3 g，19.54 mmol，1當量)及HCl (1.9 g，19.54 mmol，1.8 mL，37%純度，1當量)於MeOH (10 mL)中之溶液。在50℃下攪拌混合物30小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除HCl/MeOH。粗產物在25℃下用PE濕磨150分鐘。獲得呈黃色固體狀之化合物1,5-二氫咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(2.5 g，粗物質)。 步驟 3 ： 3-(2- 三甲基矽烷基乙氧基甲基 )-5H- 咪唑并 [4,5-c] 吡啶 -4- 酮
向1,5-二氫咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(2.5 g，18.50 mmol，1當量)及SEM-Cl (3.0 g，18.50 mmol，3.2 mL，1當量)於THF (1 mL)中之溶液中添加NaH (2.2 g，55.50 mmol，60%純度，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=0:1，UV 254)指示起始物質殘留且形成新的斑點。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%石油醚/乙酸乙酯，在35 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)-5H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(1.8 g，32.2%產率，88%純度)。 步驟 4 ： 3- 環丙基 -2-[4- 側氧基 -3-(2- 三甲基矽烷基乙氧基甲基 ) 咪唑并 [4,5-c] 吡啶 -5- 基 ] 丙酸甲酯
向3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)-5H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(1.5 g，5.65 mmol，1當量)及(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(1.1 g，5.65 mmol，1當量)於DMF (4 mL)中之溶液中添加K 2CO 3(1.5 g，11.30 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=3:1，UV 254)指示起始物質殘留且形成新的斑點。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-40%石油醚/乙酸乙酯，在35 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙酸甲酯(865 mg，36.7%產率，94%純度)。 步驟 5 ： 3- 環丙基 -2-[4- 側氧基 -3-(2- 三甲基矽烷基乙氧基甲基 ) 咪唑并 [4,5-c] 吡啶 -5- 基 ] 丙酸
向3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙酸甲酯(865 mg，2.21 mmol，1當量)於H 2O (1 mL)及THF (1 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (185.4 mg，4.42 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除THF。殘餘物用H 2O (2 mL)稀釋且添加HCl (2 mL，2 N)。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。粗產物在25℃下用PE濕磨60分鐘。獲得呈白色固體狀之化合物3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙酸(746 mg，86.7%產率，97%純度)。
481 (N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙烯醯胺)：將(2 S)-3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙酸(600 mg，1.59 mmol，1當量)、(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(301.4 mg，1.59 mmol，1當量，HCl)、HATU (604.3 mg，1.59 mmol，1當量)、DIPEA (410.8 mg，3.18 mmol，0.55 mL，2當量)於DCM (1 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物1小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=3:1，UV 254)指示起始物質殘留且形成新的斑點。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-45%石油醚/乙酸乙酯，在35 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙醯胺(645 mg，66.4%產率，84%純度)。
269A：向 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-側氧基-3-(2-三甲基矽烷基乙氧基甲基)咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基]丙醯胺(600 mg，1.17 mmol，1當量)於THF (1 mL)中之溶液中添加TBAF (1 M，2.3 mL，2當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除THF。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：5%-35%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物C 19H 22N 6O 3(34 mg，7.6%產率，100%純度)。
藉由SFC純化(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-側氧基-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基)丙醯胺(34 mg，88.9 μmol，1當量)。藉由製備型HPLC (管柱：(s,s) WHELK-O1 (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O EtOH]；B%：40%-40%，min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-側氧基-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基)丙醯胺(18.56 mg，54.5%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.627 min；C 19H 22N 6O 3MS計算值：382.42；MS實驗值：383.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 9.28 (br s, 1H), 7.94 - 7.79 (m, 1H), 6.86 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 5.74 - 5.50 (m, 2H), 4.62 - 4.18 (m, 2H), 3.50 - 3.32 (m, 1H), 3.14 (br s, 1H), 2.66 - 2.37 (m, 1H), 2.28 (br s, 1H), 2.16 - 1.95 (m, 3H), 1.92 - 1.72 (m, 2H), 0.62 (br s, 1H), 0.41 (br d, J=3.8 Hz, 2H), 0.18 (br s, 1H), 0.03 (br d, J=4.5 Hz, 1H)。 實例 102. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 269
藉由SFC純化(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-側氧基-3 H-咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基)丙醯胺(28 mg，73.2 μmol，1當量)。藉由製備型HPLC (管柱：(s,s) WHELK-O1 (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：40%-40%，min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-側氧基-3 H-咪唑并[4,5-c]吡啶-5-基)丙醯胺(15.52 mg，55.4%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.647 min；C 19H 22N 6O 3MS計算值：382.42；MS實驗值：383.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 9.29 (br s, 1H), 7.88 (br d, J=6.3 Hz, 1H), 6.87 (br d, J=6.5 Hz, 1H), 5.89 - 5.41 (m, 1H), 4.74 - 4.29 (m, 1H), 3.48 (br s, 1H), 3.30 - 3.09 (m, 1H), 2.67 - 2.42 (m, 1H), 2.39 - 2.21 (m, 1H), 2.21 - 1.99 (m, 3H), 1.94 - 1.55 (m, 1H), 0.63 (br s, 1H), 0.42 (br s, 2H), 0.27 - 0.08 (m, 2H)。 實例 103. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 271 及 271A
Figure 02_image2384
271A異構體1：(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 R)-1-甲基-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基]丙醯胺
271A異構體2：(2 R)-N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 S)-1-甲基-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基]丙醯胺
271異構體3：(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 R)-1-甲基-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基]丙醯胺
271異構體4：(2 S)-N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 S)-1-甲基-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基]丙醯胺
藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH3H2O ETOH]；B%：20%-20%，min)純化270，得到271A (30 mg)及271 (20 mg)。藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：25%-25%，min)純化271A異構體1及2，得到呈兩個白色固體狀之271A異構體1 (2.65 mg，2%產率)及271A異構體2 (2.76 mg，2%產率)。藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IG (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：40%-40%，min)純化271異構體1及271異構體2，得到呈兩個白色固體狀之271異構體1 (15.96 mg，15%產率)及271異構體2 (13.71 mg，13%產率)。
271A異構體1：LCMS：Rt=1.208 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.2 [M+H +]； 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 4.96 (dd, J=6.8, 9.3 Hz, 1H), 4.66 - 4.61 (m, 1H), 3.50 (dd, J=5.6, 8.1 Hz, 2H), 3.37 - 3.31 (m, 2H), 3.11 - 3.02 (m, 1H), 2.91 - 2.81 (m, 1H), 2.53 - 2.42 (m, 1H), 2.40 - 2.31 (m, 4H), 2.30 - 2.09 (m, 3H), 2.02 - 1.81 (m, 7H), 1.61 (td, J=7.2, 14.1 Hz, 1H), 0.69 - 0.60 (m, 1H), 0.55 - 0.40 (m, 2H), 0.20 - 0.13 (m, 2H)。
271A異構體2：LCMS：Rt=1.180 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.2 [M+H +]； 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.01 (dd, J=6.3, 9.9 Hz, 1H), 4.57 (t, J=7.8 Hz, 1H), 3.55 - 3.47 (m, 2H), 3.37 - 3.31 (m, 2H), 3.11 - 2.99 (m, 1H), 2.90 - 2.80 (m, 1H), 2.60 - 2.46 (m, 1H), 2.37 - 2.14 (m, 6H), 2.09 - 1.72 (m, 8H), 1.63 - 1.50 (m, 1H), 0.74 - 0.63 (m, 1H), 0.58 - 0.44 (m, 2H), 0.24 - 0.15 (m, 2H)。
271異構體1：LCMS：Rt=1.217 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.2 [M+H +]； 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.04 - 4.92 (m, 1H), 4.67 - 4.60 (m, 1H), 3.73 - 3.39 (m, 2H), 3.37 - 3.32 (m, 2H), 3.15 - 3.00 (m, 1H), 2.88 (d, J=6.5 Hz, 1H), 2.62 - 2.42 (m, 1H), 2.40 - 2.15 (m, 6H), 2.11 - 1.76 (m, 8H), 1.68 - 1.51 (m, 1H), 0.75 - 0.57 (m, 1H), 0.57 - 0.39 (m, 2H), 0.23 - 0.11 (m, 2H)。
271異構體2：LCMS：Rt=1.222 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.2 [M+H +]； 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.01 (dd, J=6.1, 9.9 Hz, 1H), 4.56 (t, J=7.8 Hz, 1H), 3.70 - 3.61 (m, 1H), 3.49 - 3.40 (m, 1H), 3.37 - 3.32 (m, 1H), 3.30 - 3.23 (m, 1H), 3.06 - 2.98 (m, 1H), 2.87 - 2.77 (m, 1H), 2.53 (dq, J=5.5, 9.3 Hz, 1H), 2.37 - 2.16 (m, 6H), 2.10 - 1.75 (m, 8H), 1.65 - 1.54 (m, 1H), 0.72 - 0.61 (m, 1H), 0.57 - 0.46 (m, 2H), 0.21 - 0.11 (m, 2H)。 實例 104. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 273A 、 273B 及 273C
Figure 02_image2386
步驟 1 ： 3- 環丙基 -2-(1- 側氧基 -2,6- 二氮雜螺 [4.5] 癸 -2- 基 ) 丙酸
將1 (0.7 g，1.91 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，10 mL，20.9當量)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。LC-MS證實1完全耗盡且偵測到45%之所需化合物。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。粗產物未經進一步純化即用於下一步驟中。獲得呈無色油狀之3-環丙基-2-(1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)丙酸(500 mg，粗物質)。 步驟 2 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(6- 甲基 -1- 側氧基 -2,6- 二氮雜螺 [4.5] 癸 -2- 基 ) 丙酸
向3-環丙基-2-(1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)丙酸(0.5 g，1.88 mmol，1當量)於MeOH (4 mL)中之溶液中添加Pd/C (50 mg，0.37 mmol，10%純度)及甲醛(1.52 g，18.7 mmol，1.4 mL，37%純度，10當量)，在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌0.5小時。藉由TLC (二氯甲烷:甲醇=5/1，KMnO 4)偵測到一個斑點。LC-MS證實2完全耗盡且偵測到71%之所需化合物。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，二氯甲烷:甲醇=100/1至5/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-3-環丙基-2-(6-甲基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)丙酸(0.4 g，76%產率)。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-(6- 甲基 -1- 側氧基 -2,6- 二氮雜螺 [4.5] 癸 -2- 基 ) 丙醯胺
向(2S)-3-環丙基-2-(6-甲基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)丙酸(0.3 g，1.0 mmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加HATU (610.3 mg，1.61 mmol，1.5當量)、DIPEA (276.5 mg，2.14 mmol，0.37 mL，2.0當量)及3a (243.51 mg，1.28 mmol，1.2當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物1小時。LC-MS證實3完全耗盡且偵測到15%之所需化合物。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：17%-47%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(6-甲基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)丙醯胺(60 mg，13%產率)。
273A：(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 R)-6-甲基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基]丙醯胺
273B：(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 S)-6-甲基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基]丙醯胺
273C：(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 R)-6-甲基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基]丙醯胺
藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：20%-20%，min)純化4，得到273A及273B (20 mg)以及273C (2.79 mg，6.5 μmol，4%產率，97%純度)。藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：40%-40%，min)純化273A及273B (20 mg)，得到273A (2.50 mg，4.1%產率)及273B (2.59 mg，4%產率).
273A：LCMS：Rt=1.362 min；C 22H 33N 5O 3MS計算值：415.26；MS實驗值：416.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 4.79 (s, 1H), 4.52 - 4.47 (m, 1H), 3.34 - 3.24 (m, 2H), 3.20 - 3.15 (m, 2H), 2.60 - 2.44 (m, 1H), 2.35 - 2.24 (m, 1H), 2.22 - 2.00 (m, 4H), 1.94 (s, 3H), 1.83 - 1.64 (m, 4H), 1.60 - 1.31 (m, 7H), 0.55 - 0.38 (m, 1H), 0.37 - 0.20 (m, 2H), 0.06 - 0.12 (m, 2H)。
273B：LCMS：Rt=1.353 min；C 22H 33N 5O 3MS計算值：415.26；MS實驗值：416.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 4.83 (dd, J=6.8, 9.3 Hz, 1H), 4.52 - 4.49 (m, 1H), 3.47 - 3.38 (m, 1H), 3.34 - 3.25 (m, 1H), 3.23 - 3.17 (m, 2H), 2.60 - 2.50 (m, 1H), 2.41 - 2.27 (m, 1H), 2.25 - 2.03 (m, 4H), 1.97 (s, 3H), 1.82 - 1.31 (m, 11H), 0.50 - 0.40 (m, 1H), 0.37 - 0.23 (m, 2H), 0.05 -0.06 (m, 2H)。
273C：LCMS：Rt=1.363 min；C 22H 33N 5O 3MS計算值：415.26；MS實驗值：416.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 4.82 (dd, J=6.0, 10.0 Hz, 1H), 4.42 - 4.38 (m, 1H), 3.41 - 3.23 (m, 2H), 3.18 - 3.14 (m, 1H), 3.12 - 3.06 (m, 1H), 2.57 - 2.46 (m, 1H), 2.45 - 2.29 (m, 1H), 2.17 - 1.95 (m, 4H), 1.93 (s, 3H), 1.80 - 1.58 (m, 4H), 1.57 - 1.26 (m, 7H), 0.57 - 0.41 (m, 1H), 0.40 - 0.23 (m, 2H), 0.06 - 0.07 (m, 2H)。 實例 105. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 278
Figure 02_image2388
7- 胺基 -5,6,7,8- 四氫喹啉 -7- 甲腈
向6,8-二氫-5 H-喹啉-7-酮(350 mg，1.91 mmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)中之溶液中添加NH 3(7 M，2.72 mL，10當量)及Ti(i-PrO) 4(650.0 mg，2.29 mmol，0.67 mL，1.2當量)，在25℃下攪拌2小時。添加TMSCN (283.6 mg，2.86 mmol，0.35 mL，1.5當量)且在25℃下攪拌溶液16小時。LC-MS證實起始物質完全耗盡且偵測到一個具有所需MS之主峰。添加乙酸乙酯(50 mL)及H 2O (2.0 mL)，過濾反應混合物，濃縮濾液至減壓。獲得呈黃色固體狀之化合物7-胺基-6,8-二氫-5 H-喹啉-7-甲腈(260 mg，粗物質)。
278： N-(1-((7-氰基-5,6,7,8-四氫喹啉-7-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
將7-胺基-6,8-二氫-5 H-喹啉-7-甲腈(80 mg，0.46 mmol，1當量)、(2 S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(153.5 mg，0.50 mmol，1.1當量)及吡啶(365.3 mg，4.62 mmol，0.37 mL，10當量)於THF (2 mL)中之溶液在25℃下攪拌15分鐘。在0℃下逐滴添加POCl 3(177.0 mg，1.15 mmol，0.10 mL，2.5當量)之後，在25℃下攪拌反應混合物16小時。LC-MS證實起始物質殘留且偵測到一個具有所需MS之峰。反應混合物用飽和NaHCO 3鹼化至pH=8且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23% - 53%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之標題化合物。獲得呈淺黃色固體狀之化合物 N-[2-[(7-氰基-6,8-二氫-5 H-喹啉-7-基)胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(2.32 mg，1.08%產率，98.6%純度)。
LCMS：Rt=0.754 min；C 26H 27N 5O 3MS計算值：457.21；MS實驗值：458.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.37 - 8.24 (m, 1H), 7.65 - 7.56 (m, 1H), 7.29 - 7.12 (m, 3H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.8 Hz, 1H), 4.64 - 4.60 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.76 - 3.57 (m, 1H), 3.45 - 3.33 (m, 1H), 3.17 - 2.94 (m, 2H), 2.60 - 2.36 (m, 2H), 1.88 - 1.78 (m, 1H), 1.75 - 1.60 (m, 1H), 0.89 - 0.72 (m, 1H), 0.56 - 0.41 (m, 2H), 0.24 - 0.12 (m, 2H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ 11.56 (s, 1H), 8.79 (d, J=15.8 Hz, 1H), 8.53 - 8.43 (m, 1H), 8.36 (dd, J=4.6, 11.4 Hz, 1H), 7.56 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.35 (d, J=14.3 Hz, 1H), 7.25 - 7.15 (m, 1H), 7.14 - 7.06 (m, 1H), 7.05 - 6.98 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.61 - 4.45 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.59 (d, J=16.8 Hz, 1H), 3.23 (d, J=16.8 Hz, 1H), 2.98 - 2.83 (m, 2H), 2.42 (dd, J=6.1, 12.9 Hz, 1H), 2.36 - 2.18 (m, 1H), 1.87 - 1.68 (m, 1H), 1.57 - 1.34 (m, 1H), 0.88 - 0.64 (m, 1H), 0.46 - 0.25 (m, 2H), 0.23 - 0.01 (m, 2H) 實例 106. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 323
Figure 02_image2390
323 異構體 1 及 2 之步驟： N-[(1S)-1-[[(1S)-2-( 三級丁基胺基 )-2- 氰基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，180.79 μmol，80%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加PdCl 2(6.41 mg，36.16 μmol，0.2當量)、Na 2SO 4(89.88 mg，632.76 μmol，64.20 μL，3.5當量)及2-甲基丙-2-胺(26.44 mg，361.58 μmol，37.99 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，接著添加TMSCN (35.87 mg，361.58 μmol，45.23 μL，2當量)，在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由己烷-IPA製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-(三級丁基胺基)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(16.10 mg，25.59 μmol，14.16%產率，83.4%純度)及N-[(1S)-1-[[(1S)-2-(三級丁基胺基)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(7.92 mg，12.27 μmol，6.79%產率，81.3%純度)。MS (ESI) m/z524.8 [M+H] +
管柱：Phenomenex luna CN 5μ 100×30 mm；移動相：[己烷-IPA]；B%：5%-60%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.57 (s, 1H), 8.45 - 8.35 (m, 1H), 7.98 (d, J=9.3 Hz, 1H), 7.56 (s, 1H), 7.42 - 7.30 (m, 1H), 7.15 - 7.05 (m, 1H), 7.03 - 6.96 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.51 - 4.41 (m, 1H), 3.99 - 3.91 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.63 (dd, J=7.7, 10.2 Hz, 1H), 3.16 - 2.99 (m, 2H), 2.37 - 2.21 (m, 1H), 2.16 - 2.03 (m, 1H), 1.90 - 1.45 (m, 6H), 1.05 - 1.00 (m, 9H), 0.97 - 0.84 (m, 6H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.81 - 11.42 (m, 1H), 8.62 - 7.84 (m, 2H), 7.69 - 7.47 (m, 1H), 7.42 - 7.28 (m, 1H), 7.20 - 6.94 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.61 - 4.40 (m, 1H), 4.13 - 3.58 (m, 5H), 3.23 - 2.91 (m, 2H), 2.38 - 1.98 (m, 3H), 1.91 - 1.37 (m, 5H), 1.12 - 1.00 (m, 9H), 0.97 - 0.79 (m, 6H) 實例 107. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 325
Figure 02_image2392
N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 氰基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ]-2-(2,2,2- 三氟乙基胺基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，325.42 μmol，80%純度，1當量)於EtOH (2 mL)中之混合物中添加2,2,2-三氟乙胺(64.47 mg，650.84 μmol，51.17 μL，2當量)及ZnCl 2(8.87 mg，65.08 μmol，3.05 μL，0.2當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (64.57 mg，650.84 μmol，81.42 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-(2,2,2- 三氟乙基胺基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，215.78 μmol，66.31%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z551.2 [M+H] +
管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：38%-62%，7 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (dd, J=2.0, 5.5 Hz, 1H), 8.39 (br t, J=8.6 Hz, 1H), 8.32 - 8.16 (m, 1H), 7.59 (br d, J=17.6 Hz, 1H), 7.37 (dd, J=1.5, 5.7 Hz, 1H), 7.15 - 6.92 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.57 - 4.36 (m, 1H), 4.25 - 4.02 (m, 1H), 4.00 - 3.81 (m, 4H), 3.78 - 3.40 (m, 2H), 3.19 - 2.94 (m, 2H), 2.42 - 1.94 (m, 3H), 1.88 - 1.36 (m, 5H), 0.91 (dd, J=6.3, 15.1 Hz, 6H)。 實例 108. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 327
Figure 02_image2394
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，325.42 μmol，80%純度，1當量)於EtOH (4 mL)中之混合物中添加ZnCl 2(8.87 mg，65.08 μmol，3.05 μL，0.2當量)及苯胺(60.61 mg，650.84 μmol，59.42 μL，2當量)，且在25℃下攪拌混合物30分鐘。在添加TMSCN (64.57 mg，650.84 μmol，81.42 μL，2當量)之後，在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後。將反應混合物過濾，得到產物。反應混合物藉由製備型HPLC純化，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-苯胺基-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(70 mg，122.10 μmol，37.52%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z545.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.59 (br d, J=2.0 Hz, 1H), 8.44 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 8.26 (d, J=9.5 Hz, 1H), 7.63 - 7.51 (m, 1H), 7.38 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.26 - 6.94 (m, 4H), 6.80 - 6.65 (m, 3H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 6.34 (d, J=9.9 Hz, 1H), 4.59 - 4.20 (m, 3H), 3.89 (s, 3H), 3.18 - 2.95 (m, 2H), 2.44 - 2.30 (m, 1H), 2.24 - 2.00 (m, 1H), 1.97 - 1.43 (m, 6H), 0.99 - 0.82 (m, 6H) 實例 109. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 329
Figure 02_image2396
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，180.79 μmol，80%純度，1當量)於EtOH (4 mL)中之混合物中添加(1S)-1-苯基乙胺(43.82 mg，361.58 μmol，46.02 μL，2當量)、ZnCl 2(4.93 mg，36.16 μmol，1.69 μL，0.2當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (35.87 mg，361.58 μmol，45.24 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-[[(1S)-1-苯基乙基]胺基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，154.01 μmol，85.19%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z 573.2 [M+H] +
管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：40%-70%，7 min
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.39 (br s, 1H), 8.46 - 7.80 (m, 2H), 7.52 - 6.89 (m, 9H), 6.51 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 4.64 - 4.35 (m, 1H), 4.26 - 4.03 (m, 1H), 3.96 - 3.83 (m, 4H), 3.36 - 3.03 (m, 3H), 2.37 - 1.51 (m, 8H), 1.39 - 1.21 (m, 3H), 0.90 (br dd, J=5.7, 14.6 Hz, 6H) 實例 110. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 331
Figure 02_image2398
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，180.79 μmol，80%純度，1當量)於EtOH (4 mL)中之混合物中添加吡咯啶(25.72 mg，361.58 μmol，30.18 μL，2當量)、ZnCl 2(1 M，1.81 μL，0.01當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (35.87 mg，361.58 μmol，45.24 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時，且接著過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由己烷-IPA製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-吡咯啶-1-基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(19.34 mg，33.19 μmol，18.36%產率，89.7%純度)及N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]-2-吡咯啶-1-基-乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(10.41 mg，13.70 μmol，7.58%產率，68.8%純度)。MS (ESI) m/z523.4 [M+H] +
管柱：Phenomenex luna CN 5μ 100×30 mm；移動相：[己烷-IPA]；B%：5%-60%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.58 (s, 1H), 8.43 (d, J=7.7 Hz, 1H), 8.19 (d, J=9.4 Hz, 1H), 7.61 - 7.50 (m, 1H), 7.38 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.14 - 6.95 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.54 - 4.35 (m, 1H), 4.17 - 4.00 (m, 1H), 3.99 - 3.92 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.14 - 2.94 (m, 2H), 2.64 - 2.53 (m, 4H), 2.39 - 2.27 (m, 1H), 2.17 - 2.02 (m, 1H), 1.88 - 1.66 (m, 7H), 1.63 - 1.44 (m, 3H), 0.91 (dd, J=6.3, 16.2 Hz, 6H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (br d, J=1.8 Hz, 1H), 8.43 - 8.30 (m, 1H), 8.00 (d, J=9.2 Hz, 1H), 7.60 (s, 1H), 7.35 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.16 - 6.94 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.55 - 4.35 (m, 1H), 4.13 - 4.03 (m, 1H), 4.02 - 3.94 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.13 - 3.01 (m, 2H), 2.70 - 2.57 (m, 2H), 2.43 - 2.29 (m, 1H), 2.17 - 1.94 (m, 2H), 1.88 - 1.34 (m, 9H), 0.90 (dd, J=6.5, 15.2 Hz, 6H) 實例 111. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 345
Figure 02_image2400
步驟 1 ： ((S)-1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2.00 g，6.99 mmol，1當量)於THF (20 mL)中之溶液中添加LiBH4 (2 M，6.99 mL，2當量)。接著在25℃下攪拌混合物1小時。混合物用NH 4Cl水溶液(20.0 mL)淬滅且用EtOAc (20.0 mL×5)萃取。有機層用鹽水(20.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾，且在減壓下濃縮，得到殘餘物。殘餘物在25℃下用乙酸乙酯:石油醚=1:2濕磨1小時，得到呈白色固體狀之(( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯(1.57 g，粗物質)。MS (ESI) m/z259.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (S)-3-((S)-2- 胺基 -3- 羥基丙基 ) 吡咯啶 -2- 酮
將(( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯(2.39 g，9.25 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，23.9 mL，10.33當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之( S)-3-(( S)-2-胺基-3-羥基丙基)吡咯啶-2-酮(1.8 g，粗物質，HCl)。 步驟 3 ： (2S,4S)-2-(((S)-1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4- 苯基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向( S)-3-(( S)-2-胺基-3-羥基丙基)吡咯啶-2-酮(1.8 g，9.25 mmol，1當量，HCl)於DMF (12 mL)及DCM (6 mL)中之溶液中添加TEA (5.61 g，55.48 mmol，7.72 mL，6當量)、(2S,4S)-1-三級丁氧基羰基-4-苯基-吡咯啶-2-甲酸(2.69 g，9.25 mmol，1當量)，接著在0℃下添加T3P (17.65 g，27.74 mmol，16.5 mL，50%純度，3當量)。在0℃下攪拌混合物1小時之後，混合物用水(40 mL)淬滅且用EtOAc (20 mL×5)萃取。有機層用鹽水(20.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮,，且藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=10:1至1:1 )純化，得到呈黃色固體狀之(2 S,4 S)-2-((( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-4-苯基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(3.04 g，6.69 mmol，72.38%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z432.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(2 S,4 S)-2-((( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-4-苯基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(3.04 g，7.04 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，30 mL，17.03當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2 S,4 S)-N-(( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(2.59 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z332.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2 S,4 S)-N-(( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(2.58 g，7.01 mmol，1當量，HCl)於DMF (16 mL)及DCM (8 mL)中之溶液中添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(1.34 g，7.01 mmol，1當量)、DMAP (1.71 g，14.03 mmol，2當量)及EDCI (2.69 g，14.03 mmol，2當量)。在0℃下攪拌混合物1小時。混合物用水(50.0 mL)淬滅且用EtOAc (20.0 mL×4)萃取。有機層用鹽水(20.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=10:1至3:1)純化，得到呈淺黃色固體狀之(2 S,4 S)-N-(( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(2.1 g，3.79 mmol，54.00%產率，91%純度)。MS (ESI) m/z505.1 [M+H] +。 步驟 6 ： (2S,4S)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2 S,4 S)-N-(( S)-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(200 mg，376.55 μmol，95%純度，1當量)於DMSO (2 mL)中之混合物中添加TFA (64.40 mg，564.83 μmol，41.82 μL，1.5當量)及IBX (332.97 mg，1.13 mmol，95%純度，3當量)，在25℃下攪拌混合物14小時。混合物用NaHCO 3水溶液(15.0 mL)淬滅且用EtOAc (10.0 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮且藉由製備型HPLC純化，得到呈白色固體狀之(2 S,4 S)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(( S)-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(58 mg，111.95 μmol，29.73%產率，97.0%純度)。MS (ESI) m/z503.2 [M+H] +。
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.66 - 11.41 (m, 1H), 9.51 - 7.92 (m, 1H), 7.82 - 7.47 (m, 1H), 7.43 - 7.20 (m, 5H), 7.17 - 6.98 (m, 2H), 6.98 - 6.78 (m, 1H), 6.55 - 6.39 (m, 1H), 5.83 - 5.67 (m, 1H), 4.84 - 4.59 (m, 1H), 4.48 - 4.35 (m, 1H), 4.32 - 4.12 (m, 1H), 3.94 - 3.66 (m, 4H), 3.64 - 3.39 (m, 1H), 3.20 - 3.03 (m, 1H), 2.98 - 2.54 (m, 1H), 2.47 - 2.12 (m, 3H), 2.03 - 1.78 (m, 1H), 1.72 - 1.22 (m, 2H) 步驟 7 ： (2S,4S)-N-((2S)-1- 氰基 -1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2 S,4 S)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(( S)-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(90 mg，179.08 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中添加NaHSO 3(74.54 mg，716.33 μmol，50.37 μL，4當量)於H2O (0.5 mL)中之溶液，且接著在0℃下添加KCN (46.64 mg，716.33 μmol，30.69 μL，4當量)。在25℃下攪拌混合物14小時。混合物用水(15.0 mL)淬滅且用EtOAc (10.0 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮且藉由製備型HPLC純化，得到呈白色固體狀之(2 S,4 S)-N-((2 S)-1-氰基-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(29 mg，54.76 μmol，30.58%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z530.2 [M+H] +。
製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：32%-48%，7 min。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.66 - 11.42 (m, 1H), 8.63 - 8.22 (m, 1H), 7.62 (d, J=5.6 Hz, 0.5H), 7.44 (s, 0.5H), 7.41 - 7.29 (m, 4H), 7.29 - 7.21 (m, 1H), 7.15 - 7.07 (m, 1H), 7.06 - 6.99 (m, 1H), 6.98 - 6.92 (m, 0.5H), 6.86 - 6.78 (m, 0.5H), 6.70 (s, 1H), 6.53 - 6.41 (m, 1H), 5.32 - 5.18 (m, 0.5H), 4.86 - 4.66 (m, 0.5H), 4.66 - 4.54 (m, 0.5H), 4.45 - 4.34 (m, 1H), 4.24 - 4.15 (m, 0.5H), 4.12 - 3.96 (m, 1H), 3.95 - 3.87 (m, 0.5H), 3.87 - 3.76 (m, 3H), 3.76 - 3.66 (m, 0.5H), 3.64 - 3.56 (m, 0.5H), 3.52 - 3.42 (m, 1H), 3.20 - 3.09 (m, 1H), 2.85 - 2.74 (0.5, 1H), 2.62 - 2.54 (m, 0.5H), 2.46 - 2.35 (m, 1.5H), 2.30 - 1.98 (m, 2H), 1.92 - 1.80 (m, 0.5H), 1.68 - 1.19 (m, 2.5H)。 步驟 8 ： (2S,4S)-N-((2S)-1- 氰基 -1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺
藉由SFC分離來純化(2 S,4 S)-N-((2 S)-1-氰基-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(27 mg，50.98 μmol，1當量)，得到呈白色固體狀之(2 S,4 S)-N-((2 S)-1-氰基-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(13.03 mg，22.71 μmol，44.54%產率，92.3%純度)。MS (ESI) m/z530.2 [M+H] +，呈白色固體狀之(2 S,4 S)-N-((2 S)-1-氰基-1-羥基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基吡咯啶-2-甲醯胺(12.12 mg，19.86 μmol，38.96%產率，86.8%純度)。MS (ESI) m/z530.2 [M+H] +。
異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.64 - 11.47 (m, 1H), 8.62 - 8.30 (m, 1H), 7.64 (s, 0.5H), 7.45 (s, 0.5H), 7.42 - 7.30 (m, 4H), 7.30 - 7.21 (m, 1H), 7.16 - 7.06 (m, 1H), 7.05 - 6.99 (m, 1H), 6.97 - 6.92 (m, 0.5H), 6.86 - 6.80 (m, 0.5H), 6.75 - 6.65 (m, 1H), 6.53 - 6.41 (m, 1H), 5.32 - 5.23 (m, 0.5H), 4.85 - 4.78 (m, 0.5H), 4.66 - 4.54 (m, 1H), 4.45 - 4.35 (m, 0.5H), 4.24 - 4.14 (m, 0.5H), 4.13 - 3.98 (m, 1H), 3.95 - 3.87 (m, 0.5H), 3.87 - 3.75 (m, 3H), 3.75 - 3.66 (m, 0.5H), 3.64 - 3.56 (m, 0.5H), 3.53 - 3.41 (m, 0.5H), 3.22 - 3.11 (m, 1H), 2.80 (t, J=8.8 Hz, 0.5H), 2.62 - 2.53 (m, 0.5H), 2.46 - 2.36 (m, 2H), 2.29 - 2.15 (m, 1.5 H), 2.14 - 1.97 (m, 1H), 1.69 - 1.54 (m, 0.5H), 1.51 - 1.12 (m, 2.5H)
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.64 - 11.506 (m, 1H), 8.48 (d, J=9.6 Hz, 0.5H), 8.29 (d, J=9.6 Hz, 0.5H), 7.62 (s, 0.5H), 7.44 (s, 0.5H), 7.40 - 7.31 (m, 4H), 7.29 - 7.23 (m, 1H), 7.11 (q, J=8.4 Hz, 1H), 7.05 - 6.99 (m, 1H), 6.98 - 6.94 (s, 0.5H), 6.84 - 6.78 (m, 0.5H), 6.77 - 6.69 (m, 1H), 6.52 - 6.42 (m, 1H), 5.23 (d, J=7.2 Hz, 0.5H), 4.70 (d, J=6.8 Hz, 0.5H), 4.48 - 4.32 (m, 1H), 4.26 - 4.15 (m, 0.5H), 4.13 - 3.95 (m, 1H), 3.94 - 3.88 (m, 0.5H), 3.86 - 3.76 (m, 3H), 3.76 - 3.69 (m, 0.5H), 3.66 - 3.53 (m, 0.5H), 3.51 - 3.40 (m, 0.5H), 3.20 - 3.09 (m, 1H), 2.84 - 2.74 (m, 1H), 2.45 - 2.35 (m, 2H), 2.31 - 2.11 (m, 2H), 1.92 - 1.80 (m, 1H), 1.60 - 1.21 (m, 3H) 實例 112. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 355
Figure 02_image2402
步驟 1 ： N-((2S)-1-(((2S)-1- 氰基 -1- 羥基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 - 3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(150 mg，338.98 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加飽和NaHSO 3(35.27 mg，338.98 μmol，23.83 μL，1當量)，且在25℃下攪拌混合物30分鐘。添加KCN (100 mg，1.54 mmol，65.79 μL，4.53當量)於H 2O (0.5 mL)中之溶液，且在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，收集有機相且用DCM (30 mL×3)萃取水層。合併之有機相用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水且濃縮，得到粗物質。向液態水中添加NaOH達到pH=9，接著用NaClO水溶液淬滅，接著添加NaOH達到pH ＞ 14。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-羥基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z470.1 [M+H] +。 步驟 2 ： 丙基胺基甲酸 (2S)-1- 氰基 -2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酯
在0℃下，向1-異氰氧基丙烷(27.19 mg，319.47 μmol，30.21 μL，5當量)於無水甲苯(0.1 mL)中之溶液中逐滴添加N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-羥基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(30 mg，63.89 μmol，1當量)於無水甲苯(0.5 mL)中之溶液，接著添加TEA (64.65 μg，6.39e-1 μmol，8.89e-2 μL，0.01當量)且在N 2下，在25℃下攪拌溶液17小時。在完成之後，濃縮溶液，得到粗物質。藉由製備型HPLC (FA條件)純化殘餘物，管柱：Phenomenex Luna C18 200×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：30%-80%，8 min。獲得呈白色固體狀之N-丙基胺基甲酸[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]酯(8 mg，14.15 μmol，22.15%產率，98.124%純度)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.48 - 5.40 (m, 1H), 4.64 - 4.53 (m, 1H), 4.46 - 4.34 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.29 - 3.19 (m, 2H), 3.15 - 3.03 (m, 2H), 2.72 - 2.57 (m, 1H), 2.34 - 2.11 (m, 2H), 1.89 - 1.44 (m, 7H), 1.07 - 0.88 (m, 9H)。MS (ESI) m/z555.3 [M+H] +。 步驟 3 ： N-((2S)-1-(((1S)-1-(4- 亞胺基 -2- 側氧基 -3- 丙基㗁唑啶 -5- 基 )-2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-丙基胺基甲酸[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]酯(50 mg，90.15 μmol，1當量)於NH 4HCO 3(0.01 M，45.07 mL，5當量)及ACN (5 mL)中之混合物在25℃下攪拌17小時。在完成之後，溶液用EA(40 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型HPLC純化殘餘物，管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-(4-亞胺基-2-側氧基-3-丙基-㗁唑啶-5-基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20 mg，34.21 μmol，16.06%產率，94.871%純度)。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.31 - 7.21 (m, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.06 - 6.98 (m, 1H), 6.56 - 6.46 (m, 1H), 5.16 - 5.03 (m, 1H), 4.79 - 4.37 (m, 2H), 3.96 - 3.88 (m, 3H), 3.58 - 3.40 (m, 2H), 3.28 - 3.13 (m, 2H), 2.65 - 2.51 (m, 1H), 2.41 - 2.05 (m, 2H), 1.90 - 1.40 (m, 7H), 1.07 - 0.87 (m, 9H)。 實例 113. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 357
Figure 02_image2404
步驟 1 ： 異丙基胺基甲酸 (2S)-1- 氰基 -2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 - 3- 基 ) 丙酯
在0℃下，向2-異氰氧基丙烷(10.88 mg，127.79 μmol，12.53 μL，3當量)於無水甲苯(0.1 mL)中之溶液中逐滴添加N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-羥基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20 mg，42.60 μmol，1當量)於無水甲苯(0.5 mL)中之溶液。在添加TEA (4.31 mg，42.60 μmol，5.93 μL，1當量)之後，在乾燥氬氣氛圍下，在25℃下攪拌溶液16小時。在完成之後，濃縮溶液以移除甲苯。藉由製備型HPLC (FA條件)純化殘餘物，管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA)-ACN]；B%：30%-70%，8 min。獲得呈白色固體狀之N-異丙基胺基甲酸[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]酯(8 mg，14.30 μmol，33.57%產率，99.129%純度)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.48 - 5.39 (m, 1H), 4.64 - 4.53 (m, 1H), 4.44 - 4.33 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.80 - 3.64 (m, 1H), 3.28 - 3.17 (m, 2H), 2.72 - 2.58 (m, 1H), 2.34 - 2.10 (m, 2H), 1.88 - 1.58 (m, 5H), 1.23 - 1.09 (m, 6H), 1.01 (td, J=5.7, 11.5 Hz, 6H)。MS (ESI) m/z555.3 [M+H] +。 步驟 2 ： N-((2S)-1-(((1S)-1-(4- 亞胺基 -3- 異丙基 -2- 側氧基㗁唑啶 -5- 基 )-2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將含N-異丙基胺基甲酸[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]酯(110 mg，198.33 μmol，1當量)之NH 4HCO 3(0.01 M，30 mL，1.51當量)/ACN (5 mL)在25℃下攪拌17小時。在完成之後，溶液用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物，管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-(4-亞胺基-3-異丙基-2-側氧基-㗁唑啶-5-基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(27 mg，48.55 μmol，24.48%產率，99.738%純度)。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.33 - 7.21 (m, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.07 - 6.97 (m, 1H), 6.57 - 6.46 (m, 1H), 5.06 - 4.96 (m, 1H), 4.73 (br d, J=11.2 Hz, 1H), 4.64 - 4.53 (m, 1H), 4.44 - 4.28 (m, 1H), 3.96 - 3.89 (m, 3H), 3.27 - 3.15 (m, 2H), 2.66 - 2.49 (m, 1H), 2.43 - 2.15 (m, 2H), 1.85 - 1.24 (m, 4H), 1.07 - 0.91 (m, 6H) 實例 114. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 359
Figure 02_image2406
步驟 1 ： 苯基胺基甲酸 (2S)-1- 氰基 -2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酯
在0℃下，向異氰氧基苯(127 mg，1.07 mmol，115.32 μL，5當量)於無水甲苯(0.2 mL)中之溶液中逐滴添加N-[(1S)-1-[[(1S)-2-氰基-2-羥基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，212.98 μmol，1當量)於無水甲苯(1 mL)中之溶液，且接著添加TEA (215.51 μg，2.13 μmol，2.96e-1 μL，0.01當量)。在乾燥氬氣氛圍下，在25℃下攪拌溶液16小時之後，溶液用H 2O (10 mL)淬滅，用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。粗物質未經進一步純化即直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之苯基胺基甲酸(2S)-1-氰基-2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酯(50 mg，84.94 μmol，1當量)。MS (ESI) m/z589.2 [M+H] +。 步驟 2 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1-(4- 亞胺基 -2- 側氧基 -3- 苯基 - 㗁唑啶 -5- 基 )-2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將含N-苯基胺基甲酸[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]酯(50 mg，84.94 μmol，1當量)之NH 4HCO 3(0.01 M，42.47 mL，5當量)及ACN (3 mL)之溶液在25℃下攪拌17小時。在完成之後，溶液用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取且合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質，殘餘物藉由製備型HPLC (中性條件)純化，管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-50%，8 min。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-(4-亞胺基-2-側氧基-3-苯基-㗁唑啶-5-基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(6 mg，9.70 μmol，11.42%產率，95.16%純度)。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.60 - 7.38 (m, 4H), 7.38 - 7.20 (m, 2H), 7.18 - 7.10 (m, 1H), 7.07 - 6.98 (m, 1H), 6.55 - 6.46 (m, 1H), 5.29 - 5.15 (m, 1H), 4.85 - 4.74 (m, 1H), 4.61 - 4.47 (m, 1H), 3.98 - 3.87 (m, 3H), 3.29 - 3.18 (m, 2H), 2.72 - 2.56 (m, 1H), 2.48 - 2.20 (m, 2H), 1.91 - 1.42 (m, 5H), 1.08 - 0.85 (m, 6H) MS (ESI) m/z589.3 [M+H] +。 實例 115. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 361
Figure 02_image2408
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.25 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (20 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。TLC證實反應完成。濃縮反應物，得到呈無色油狀之粗(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(360 mg，粗物質)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z299.2 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-4- 甲基 -2-[[4-( 三氟甲氧基 )-1H- 吲哚 -2- 羰基 ] 胺基 ] 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，901.91 μmol，90%純度，1當量)及4-(三氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(221.11 mg，901.91 μmol，1當量)於DCM (12 mL)及DMF (4 mL)中之混合物中添加EDCI (691.58 mg，3.61 mmol，4當量)及DMAP (440.74 mg，3.61 mmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌3小時。
LCMS證實反應完成。在真空中濃縮殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-70%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[[4-(三氟甲氧基)-1H-吲哚-2-羰基]胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，427.35 μmol，47.38%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4-( 三氟甲氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[[4-(三氟甲氧基)-1H-吲哚-2-羰基]胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，474.83 μmol，1當量)於氨(29.14 g，1.71 mol, 28.57 mL，3603.85當量)中之混合物在80℃下攪拌且攪拌16小時。LCMS證實反應完成。濃縮反應物，得到粗N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-(三氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，粗物質) (白色固體)。粗產物未經進一步純化即直接使用。MS (ESI) m/z511.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4-( 三氟甲氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-(三氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，68.43 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(65.23 mg，273.71 μmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌3小時。LCMS及HPLC證實反應完成。濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35 %-55 %，8 min)純化，得到N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-(三氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(10.02 mg，20.30 μmol，29.67%產率，100%純度) (白色固體)。MS (ESI) m/z493.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 12.04 (s, 1 H), 8.94- 9.08 (m, 1 H), 8.72- 8.74 (d, J=7.60 Hz, 1 H), 7.71- 7.76 (m, 1 H), 7.44 - 7.46 (d, J=7.60 Hz, 2 H), 7.21 -7.23 (m, 1 H), 7.02 - 7.05 (d, J=7.60 Hz, 1 H), 4.97 - 5.01 (m, 1 H), 4.47 - 4.50 (m, 1 H), 3.10- 3.14 (m, 2 H), 2.14- 2.15 (m, 1 H), 2.01 - 2.10 (m, 2 H), 1.67 - 1.70 (m, 1 H) 1.67 - 1.70 (m, 1 H), 1.69 - 1.72 (m, 4 H)，0.92 - 0.95 (m, 3 H)，1.69 - 1.72 (m, 3 H) 實例 116. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 363
Figure 02_image2410
步驟 1 ： 2-( 三氯甲基 )-7-( 三氟甲氧基 )-1H- 苯并 [d] 咪唑
向3-(三氟甲氧基)苯-1,2-二胺(500 mg，2.60 mmol，1當量)於AcOH (15 mL)中之溶液中逐滴添加2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(459.12 mg，2.60 mmol，321.06 μL，1.00當量)，且接著在25℃下攪拌反應物12小時。藉由在0℃下添加H 2O (50 mL)來淬滅反應混合物，且接著用EtOAc (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物2-(三氯甲基)-7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑(720 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z320.8 [M+H] + 步驟 2 ： 7-( 三氟甲氧基 )-1H- 苯并 [d] 咪唑 -2- 甲酸甲酯
向2-(三氯甲基)-7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑(720 mg，2.25 mmol，1當量)於MeOH (10 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(238.85 mg，2.25 mmol，1當量)，且在70℃下攪拌混合物14小時。向溶液中添加1N HCl且攪拌反應物0.5小時。混合物用EtOAc (30 mL×3)萃取且合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮濾液，得到呈黃色固體狀之產物7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲酸甲酯(520 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z260.8 [M+H] + 步驟 3 ： 7-( 三氟甲氧基 )-1H- 苯并 [d] 咪唑 -2- 甲酸
向7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲酸甲酯(300 mg，1.15 mmol，1當量)於THF (6 mL)及H 2O (2 mL)中之溶液中添加LiOH (165.69 mg，6.92 mmol，6當量)，且在25℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：2%-40%，9 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲酸(150 mg，591.12 μmol，51.26%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z245.1 [M-H] +
1H NMR (DMSO- d 6, 400 MHz)：δ ppm 7.46 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.22 (t, J=7.9 Hz, 1H), 7.10 - 7.14 (m, 1H) 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -4- 甲基戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，625.81 μmol，1當量)於EtOAc (0.5 mL)中之溶液中逐滴添加HCl/EtOAc (4 M，10 mL，63.92當量)，且在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，粗物質，HCl)。 步驟 5 ： (S)-2-((S)-4- 甲基 -2-(4-( 三氟甲氧基 )-1H- 苯并 [d] 咪唑 -2- 甲醯胺基 ) 戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，595.55 μmol，1.22當量，HCl)及7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲酸(120 mg，487.52 μmol，1當量)於DMF (1 mL)及DCM (6 mL)中之溶液中逐滴添加Et 3N (295.99 mg，2.93 mmol，407.14 μL，6.0當量)及T 3P (930.72 mg，1.46 mmol，869.83 μL，50%純度，3.0當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至0/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[[7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-羰基]胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，307.11 μmol，62.99%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4)：δ ppm 7.58 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.40 (br t, J=8.0 Hz, 1H), 7.21 - 7.33 (m, 1H), 4.64 (br t, J=6.9 Hz, 1H), 4.55 - 4.59 (m, 1H), 3.72 (s, 3H), 3.22 - 3.30 (m, 2H), 2.60 (br d, J=9.0 Hz, 1H), 2.27 - 2.37 (m, 1H), 2.15 - 2.24 (m, 1H), 1.72 - 1.92 (m, 5H), 1.02 (br dd, J=12.8, 6.1 Hz, 6H) 步驟 6 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4-( 三氟甲氧基 )-1H- 苯并 [d] 咪唑 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[[7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-羰基]胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(170 mg，322.28 μmol，1當量)於氨(7 M，17 mL，369.24當量)中之溶液在80℃下攪拌12小時。
在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(150 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z513.2 [M+H] +。 步驟 7 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4- 甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 )-4-( 三氟甲氧基 )-1H- 苯并 [d] 咪唑 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(100 mg，195.13 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(232.51 mg，975.65 μmol，5.0當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA)-ACN]；B%：30%-70%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-7-(三氟甲氧基)-1H-苯并咪唑-2-甲醯胺(35.5 mg，70.86 μmol，36.32%產率，98.7%純度)。MS (ESI) m/z495.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 13.73 (s, 1H), 8.86 - 9.04 (m, 2H), 7.71 (s, 1H), 7.56 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.37 - 7.44 (m, 1H), 7.26 - 7.37 (m, 1H), 4.98 (dd, J=6.9, 1.2 Hz, 1H), 4.54 (br s, 1H), 3.07-3.19 (m, 2H), 2.33 - 2.43 (m, 1H), 2.14 (br dd, J=8.8, 4.9 Hz, 2H), 1.55 - 1.90 (m, 5H), 0.92 (dd, J=8.8, 6.2 Hz, 6H) 實例 117. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 365
Figure 02_image2412
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[[3-(4- 氯苯基 )-3- 羥基 - 丁醯基 ] 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(315.00 mg，937.99 μmol，1當量)及3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁酸(201.33 mg，937.99 μmol，1當量)於DCM (3 mL)及DMF (6 mL)中之混合物中添加EDCI (359.62 mg，1.88 mmol，2當量)及DMAP (229.19 mg，1.88 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[[3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁醯基]胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(90 mg，172.38 μmol，18.38%產率，95%純度)及(2S)-2-[[(2S)-2-[[3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁醯基]胺基]-4-甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(120 mg，229.84 μmol，24.50%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z496.3 [M+H] +
管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min。 步驟 2 ： 3-(4- 氯苯基 )-3- 羥基 - 丁酸
向3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁酸乙酯(500 mg，2.06 mmol，1當量)於H 2O (3 mL)及THF (6 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (172.90 mg，4.12 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後。反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用60 mL乙酸乙酯(30 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(930 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之殘餘化合物3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁酸(400 mg，1.68 mmol，81.41%產率，90%純度)。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-2-[[3-(4- 氯苯基 )-3- 羥基 - 丁醯基 ] 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-[[3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁醯基]胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(80 mg，153.23 μmol，95%純度，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH(7 M) (7 M，9.50 mL，434.00當量)。在80℃下攪拌混合物16小時，且接著在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之殘餘化合物(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[[3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁醯基]胺基]-4-甲基-戊醯胺(70 mg，130.98 μmol，85.48%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z481.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[3-(4- 氯苯基 )-3- 羥基 - 丁醯基 ] 胺基 ]-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4- 甲基 - 戊醯胺
向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-[[3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁醯基]胺基]-4-甲基-戊醯胺(70 mg，145.54 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(69.36 mg，291.07 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×2)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[3-(4-氯苯基)-3-羥基-丁醯基]胺基]-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-戊醯胺(11 mg，23.76 μmol，16.33%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z463.2 [M+H] +
異構體1：1H NMR (400 MHz, 甲醇- d4) δ=7.51 - 7.42 (m, 2H), 7.36 - 7.26 (m, 2H), 4.96 (dd, J=6.0, 10.1 Hz, 1H), 4.27 - 4.17 (m, 1H), 3.30 - 3.23 (m, 2H), 2.83 - 2.63 (m, 2H), 2.51 (dq, J=5.3, 9.3 Hz, 1H), 2.34 - 2.17 (m, 2H), 1.94 - 1.72 (m, 2H), 1.57 (s, 3H), 1.54 - 1.26 (m, 3H), 0.93 - 0.77 (m, 6H)
異構體2：1H NMR (400 MHz, 甲醇- d4) δ=7.44 (d, J=8.6 Hz, 2H), 7.34 - 7.24 (m, 2H), 5.06 - 4.93 (m, 1H), 4.26 - 4.13 (m, 1H), 3.38 - 3.32 (m, 1H), 3.29 - 3.24 (m, 1H), 2.85 - 2.62 (m, 2H), 2.53 (dq, J=5.5, 9.3 Hz, 1H), 2.42 - 2.17 (m, 2H), 1.98 - 1.74 (m, 2H), 1.52 (s, 3H), 1.49 - 1.36 (m, 2H), 1.31 - 1.18 (m, 1H), 0.90 - 0.79 (m, 3H), 0.72 (d, J=6.5 Hz, 3H) 實例 118. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 265
Figure 02_image2414
步驟 1 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(7- 側氧基 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -6- 基 ) 丙酸甲酯
向(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-4,5-二氫-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸甲酯(20 mg，76.2 μmol，1當量)於二㗁烷(2 mL)中之溶液中添加DDQ (51.9 mg，0.22 mmol，3當量)且在微波下，在100℃下攪拌混合物1小時。在真空中濃縮反應混合物。殘餘物用乙酸乙酯(30 mL)稀釋，用10% NaOH水溶液(10 mL)、鹽水(10 mL)洗滌且經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物藉由製備型TLC (石油醚/乙酸乙酯=1/1)純化。獲得呈黃色油狀之(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸甲酯(10 mg，38 μmol，50%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.746 min；C 14H 16N 2O 3MS計算值：260.12；MS實驗值：260.9 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ 11.17 (br s, 1H), 7.29 (t, J=2.76 Hz, 1H), 6.98 (d, J=7.03 Hz,1H), 6.64 (d, J=7.03 Hz, 1H), 6.39 (t, J=2.38 Hz, 1H), 5.61 (dd, J=9.79, 5.52 Hz, 1H), 3.74 (s, 3H), 2.17 - 2.07 (m, 1H), 2.06 -1.99 (m, 1H), 0.71 - 0.55 (m, 1H), 0.49 - 0.32 (m, 2H), 0.18 - 0.10 (m, 1H), 0.05 - 0.00 (m, 1H)。 步驟 2 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(7- 側氧基 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -6- 基 ) 丙酸
向(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸甲酯(10 mg，38.4 μmol，1當量)於MeOH (0.5 mL)中之溶液中添加含K 2CO 3(15.9 mg，0.115 mmol，3當量)之H 2O (0.2 mL)且在25℃下攪拌混合物16小時。在真空中濃縮反應混合物之後，殘餘物用H 2O (5 mL)稀釋，用1 M HCl水溶液調節至約pH 4且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL)洗滌且經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-1 H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-基)丙酸(8 mg，32.1 μmol，83.7%產率，99%純度)。
LCMS：Rt=0.701 min；C 13H 14N 2O 3MS計算值：246.10；MS實驗值：246.9 [M+H +]。 265 ： N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-(7- 側氧基 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -6- 基 ) 丙醯胺
向(2 S)-3-環丙基-2-(7-側氧基-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙酸(8 mg，32.4 μmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(4.9 mg，26.2 μmol，HCl)於DMF (1 mL)中之溶液中添加TEA (3.2 mg，32.4 μmol，4 μL，1當量)及T 3P (31.0 mg，48.7 μmol，28 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在真空中濃縮反應混合物。藉由HPLC檢驗粗產物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：14%-44%，9.5 min)純化。獲得呈白色固體狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(7-側氧基-1 H-吡咯并[2,3- c]吡啶-6-基)丙醯胺(2.9 mg，23.5%產率)。
LCMS：Rt=0.702 min；C 20H 23N 5O 3MS計算值：381.18；MS實驗值：382.0 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.21 - 7.15 (m, 1H), 7.11 - 7.02 (m, 1H), 6.60 - 6.49 (m,1H), 6.28 - 6.19 (m, 1H), 5.55 - 5.35 (m, 1H), 4.95 - 4.78 (m, 1H), 3.12 - 2.94 (m, 2H), 2.39 - 2.27 (m, 1H), 2.16 -1.99 (m, 2H), 1.90 - 1.82 (m, 2H), 1.76 - 1.61 (m, 2H), 0.56 - 0.43 (m, 1H), 0.31 - 0.17 (m, 2H), 0.04 - 0.02 (m, 1H), 0.02 - 0.00 (m, 1H)。 實例 118a. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 369
Figure 02_image2416
步驟 1 ： (2S)-2-((2S)-4- 甲基 -2-(4,4,4- 三氟 -3- 羥基 -3- 苯基丁醯胺基 ) 戊醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(140 mg，467.66 μmol，1當量)、4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁酸(164.27 mg，701.48 μmol，1.5當量)於DCM (1.5 mL)及THF (1.5 mL)中之溶液中添加T 3P (446.40 mg，701.48 μmol，417.19 μL，50%純度，1.5當量)及DIEA (181.32 mg，1.40 mmol，244.37 μL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。LCMS證實反應完成，且觀測到所需MS。在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[(4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁醯基)胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(120 mg，232.77 μmol，49.77%產率)。MS (ESI) m/z516.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4- 甲基 -2-(4,4,4- 三氟 -3- 羥基 -3- 苯基丁醯胺基 ) 戊醯胺
(2S)-2-[[(2S)-4-甲基-2-[(4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁醯基)胺基]戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(120 mg，232.77 μmol，1當量)於MeOH/NH 3(7 M，5 mL，150.36當量)中之溶液。在80℃下攪拌混合物15小時。LCMS證實反應完成，且觀測到所需MS。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物，得到呈無色油狀之產物(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3R)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基-2-[(4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁醯基)胺基]戊醯胺(120 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z501.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-4- 甲基 -2-(4,4,4- 三氟 -3- 羥基 -3- 苯基丁醯胺基 ) 戊醯胺
向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基-2-[(4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁醯基)胺基]戊醯胺(120 mg，239.76 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(114.27 mg，479.51 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實反應完成，且觀測到所需MS。藉由添加5 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (2.5 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-2-[(4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁醯基)胺基]戊醯胺(20.18 mg，38.77 μmol，16.17%產率，92.698%純度)。MS (ESI) m/z483.3[M+H] +。 製備型 HPLC 條件：
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min
管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：40%-65%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 8.83 (d, J=7.72 Hz, 1 H) 8.37 (d, J=8.16 Hz, 1 H) 7.72 (s, 1 H) 7.53 (br d, J=7.06 Hz, 2 H) 7.29 - 7.42 (m, 3 H) 7.16 (s, 1 H) 4.77 - 4.99 (m, 1 H) 4.15 - 4.28 (m, 1 H) 3.03 - 3.20 (m, 4 H) 2.16 - 2.27 (m, 1 H) 1.95 - 2.09 (m, 2 H) 1.57 - 1.78 (m, 2 H) 1.29 - 1.44 (m, 3 H) 0.69 - 0.88 (m, 6 H)。
獲得呈白色固體狀之(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-甲基-2-[(4,4,4-三氟-3-羥基-3-苯基-丁醯基)胺基]戊醯胺(13.28 mg，27.20 μmol，11.34%產率，98.809%純度)。MS (ESI) m/z 483.3[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 8.86 (d, J=7.94 Hz, 1 H) 8.58 (d, J=8.16 Hz, 1 H) 7.73 (s, 1 H) 7.51 - 7.62 (m, 2 H) 7.31 - 7.42 (m, 3 H) 6.92 (s, 1 H) 4.86 - 4.96 (m, 1 H) 4.11 (ddd, J=9.65, 8.32, 5.18 Hz, 1 H) 3.29 (br d, J=14.55 Hz, 1 H) 3.06 - 3.20 (m, 2 H) 2.89 (d, J=14.55 Hz, 1 H) 2.21 - 2.36 (m, 1 H) 2.02 - 2.17 (m, 2 H) 1.62 - 1.82 (m, 2 H) 1.20 - 1.38 (m, 2 H) 1.02 - 1.14 (m, 1 H) 0.73 (d, J=6.62 Hz, 3 H) 0.49 (d, J=6.39 Hz, 3 H)。 實例 119. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 375
Figure 02_image2418
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.2 g，4.19 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之粗(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(770 mg，4.14 mmol，98.67%產率)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(750 mg，4.03 mmol，1當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(923.45 mg，4.03 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中一次性添加TEA (2.04 g，20.14 mmol，2.80 mL，5當量)。在0℃下向混合物中添加T 3P (3.84 g，12.08 mmol，3.59 mL，3當量)且在25℃下攪拌2小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用10 mL鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之粗(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.5 g，3.77 mmol，93.70%產率)。MS (ESI) m/z398.3 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.3 g，3.27 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之粗(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，3.03 mmol，92.54%產率)。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4- 環丙基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(448 mg，1.51 mmol，1當量)及4-環丙基-1H-吲哚-2-甲酸(364.61 mg，1.81 mmol，1.2當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加DMF (2 mL)及EDCI (868.40 mg，4.53 mmol，3當量)。向混合物中添加DMAP (553.43 mg，4.53 mmol，3當量)且在25℃下攪拌反應物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。粗產物藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-環丙基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.04 mmol，68.90%產率)。MS (ESI) m/z481.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 環丙基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-環丙基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.04 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M) (7 mL)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-環丙基-1H-吲哚-2-甲醯胺(390 mg，837.73 μmol，80.52%產率)。MS (ESI) m/z466.3 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2 - 側氧基 - 乙基 ]-4- 環丙基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-環丙基-1H-吲哚-2-甲醯胺(390 mg，837.73 μmol，1當量)於DCM (7 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(1.20 g，5.03 mmol，6當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-環丙基-1H-吲哚-2-甲醯胺(68 mg，151.95 μmol，18.14%產率)。MS (ESI) m/z448.3 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (s, 1H), 9.12 - 8.84 (m, 1H), 8.59 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.84 - 7.65 (m, 1H), 7.48 (d, J=1.3 Hz, 1H), 7.21 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.06 (t, J=7.7 Hz, 1H), 6.64 (d, J=7.2 Hz, 1H), 5.09 - 4.87 (m, 1H), 4.69 - 4.36 (m, 1H), 3.20 - 3.06 (m, 2H), 2.46 - 2.07 (m, 4H), 1.95 - 1.39 (m, 4H), 1.01 (br dd, J=2.2, 8.3 Hz, 2H), 0.92 - 0.74 (m, 3H), 0.55 - 0.34 (m, 2H), 0.28 - 0.00 (m, 2H) 實例 120. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 377
Figure 02_image2420
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 乙氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(250.00 mg，671.53 μmol，1當量，HCl)及4-乙氧基-1H-吲哚-2-甲酸(165.36 mg，805.83 μmol，1.2當量)於DCM (10 mL)及DMF (5 mL)中之混合物中添加EDCI (257.46 mg，1.34 mmol，2當量)及DMAP (164.08 mg，1.34 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(60 mL，以30 mL×2之形式萃取)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-乙氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，369.94 μmol，55.09%產率，90%純度)。 步驟 2 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 乙氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-乙氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(120 mg，246.63 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M) (4.20 mg，246.63 μmol，20 mL，1當量)，在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-乙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(112 mg，213.76 μmol，86.67%產率，90%純度)。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 乙氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-乙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(111.11 mg，212.07 μmol，90%純度，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(151.61 mg，636.20 μmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物3小時之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-乙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(38 mg，81.87 μmol，38.61%產率，97.716%純度)。MS (ESI) m/z454.2 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min
H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (br s, 1H), 8.90 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.52 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 7.72 (s, 1H), 7.39 (s, 1H), 7.11 - 7.03 (m, 1H), 7.01 - 6.96 (m, 1H), 6.48 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.04 - 4.92 (m, 1H), 4.57 - 4.37 (m, 1H), 4.14 (q, J=7.0 Hz, 2H), 3.21 - 3.03 (m, 2H), 2.43 - 2.28 (m, 1H), 2.21 - 2.04 (m, 2H), 1.82 - 1.46 (m, 5H), 1.41 (t, J=7.0 Hz, 3H), 0.91 (dd, J=6.4, 19.5 Hz, 6H) 實例 121. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 379
Figure 02_image2422
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.3 g，3.27 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，3.03 mmol，92.54%產率)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4- 丙氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(448 mg，1.51 mmol，1當量)及4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲酸(396.37 mg，1.81 mmol，1.2當量)於DMF (2 mL)中之混合物中一次性添加DCM (8 mL)及EDCI (866.48 mg，4.52 mmol，3當量)。向混合物中添加DMAP (552.19 mg，4.52 mmol，3當量)且在25℃下攪拌反應物2小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL，以10 mL×3之形式添加萃取)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。粗產物藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-丙氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(480 mg，962.75 μmol，63.90%產率)。MS (ESI) m/z499.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 丙氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-丙氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(480 mg，962.75 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M) (3 mL)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(380 mg，785.84 μmol，81.62%產率)。MS (ESI) m/z484.3 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 丙氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(380 mg，785.84 μmol，1當量)於DCM (7 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(1.12 g，4.72 mmol，6當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。粗產物藉由製備型HPLC (中性條件)純化，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-丙氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，257.76 μmol，32.80%產率)。MS (ESI) m/z466.3 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (br d, J=1.7 Hz, 1H), 9.07 - 8.85 (m, 1H), 8.57 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.83 - 7.61 (m, 1H), 7.39 (d, J=1.6 Hz, 1H), 7.14 - 6.90 (m, 2H), 6.48 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.09 - 4.86 (m, 1H), 4.60 - 4.28 (m, 1H), 4.04 (t, J=6.4 Hz, 2H), 3.22 - 3.01 (m, 2H), 2.45 - 2.03 (m, 3H), 1.94 - 1.59 (m, 5H), 1.58 - 1.34 (m, 1H), 1.06 (t, J=7.4 Hz, 3H), 0.95 - 0.69 (m, 1H), 0.55 - 0.30 (m, 2H), 0.28 - -0.02 (m, 2H) 實例 122. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 383
Figure 02_image2424
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4,4- 二氟環己基 ) 甲氧基羰基胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向雙(三氯甲基)碳酸酯(940 mg，3.17 mmol，1.36當量)於THF (2 mL)中之混合物中添加DIEA (602.47 mg，4.66 mmol，811.95 μL，2當量)，且接著在0℃下添加含(4,4-二氟環己基)甲醇(350 mg，2.33 mmol，1當量)之THF (2 mL)。在0℃下攪拌混合物15分鐘之後，將反應物加熱至25℃且攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之殘餘物氯甲酸(4,4-二氟環己基)甲酯(400 mg，1.51 mmol，64.57%產率，80%純度)。
在0℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(300 mg，893.32 μmol，1當量)於THF (3 mL)中之混合物中添加含DIEA (346.37 mg，2.68 mmol，466.80 μL，3當量)及氯甲酸(4,4-二氟環己基)甲酯(356.14 mg，1.34 mmol，80%純度，1.5當量)之THF (2 mL)。在0℃下攪拌混合物10分鐘且在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=8/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4,4-二氟環己基)甲氧基羰基胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(320 mg，605.65 μmol，67.80%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z476 [M+H] + 步驟 2 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ] 胺基甲酸 (4,4- 二氟環己基 ) 甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4,4-二氟環己基)甲氧基羰基胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，630.88 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M) (10.74 mg，630.89 μmol，1當量)。在80℃下攪拌混合物16小時之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸(4,4-二氟環己基)甲酯(280 mg，364.81 μmol，57.83%產率，60%純度)。MS (ESI) m/z461.3 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ] 胺基甲酸 (4,4- 二氟環己基 ) 甲 酯
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸(4,4-二氟環己基)甲酯(230 mg，299.67 μmol，60%純度，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(142.83 mg，599.33 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用DCM (20 mL)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]胺基甲酸(4,4-二氟環己基)甲酯(48 mg，100.77 μmol，33.63%產率，92.9%純度)。MS (ESI) m/z 443.3 [M+H]+ 管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=8.81 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.81 - 7.66 (m, 1H), 7.40 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 5.01 - 4.81 (m, 1H), 4.03 - 3.88 (m, 1H), 3.83 (br d, J=6.1 Hz, 2H), 3.21 - 3.03 (m, 2H), 2.40 - 2.22 (m, 1H), 2.18 - 1.94 (m, 4H), 1.90 - 1.54 (m, 8H), 1.53 - 1.30 (m, 2H), 1.29 - 1.10 (m, 2H), 0.87 (dd, J=6.5, 12.8 Hz, 6H) 實例 123. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 385
Figure 02_image2426
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，1.22 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，5 mL，16.36當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(272 mg，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (2S)-4-( 雙環 [1.1.1] 戊 -1- 基 )-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(272 mg，1.22 mmol，1當量，HCl)於DCM (6 mL)中之溶液中添加DMAP (298.47 mg，2.44 mmol，2當量)及EDCI (468.34 mg，2.44 mmol，2當量)，且接著添加(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-三級丁氧基羰基-吡咯啶-2-甲酸(343.68 mg，1.22 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在25℃下將反應混合物倒入H 2O (20 mL)中，且接著用DCM (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(25 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-2-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(450 mg，1.00 mmol，81.95%產率)。MS (ESI) m/z 450.1[M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-((2S)-4-( 雙環 [1.1.1] 戊 -1- 基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-2-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(350 mg，778.58 μmol，1當量)於HCl/MeOH (5 mL)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質，HCl)。 步驟 4 ： (2S)-2-((2S)-4-( 雙環 [1.1.1] 戊 -1- 基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(222.95 mg，1.17 mmol，1.5當量)、(2 S)-2-[[(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，777.43 μmol，1當量，HCl)於DCM (6 mL)中之溶液中添加DMAP (284.94 mg，2.33 mmol，3當量)及CDI (378.18 mg，2.33 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在25℃下將反應混合物倒入H 2O (20 mL)中，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(25 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM HCOONH 4)-ACN]；B%：35%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，373.91 μmol，48.09%產率，97.70%純度)及(2 S)-2-[[(2 S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，127.20 μmol，16.36%產率，94.96%純度)。MS (ESI) m/z 523.2[M+H] + 步驟 5 ： (2S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4-( 雙環 [1.1.1] 戊 -1- 基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
異構體1：將(2S)-2-[[(2S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，382.71 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，8 mL，146.33當量)中之溶液在80℃下攪拌24小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(150 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 508.2[M+H] +
異構體2：將(2S)-2-[[(2S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，133.95 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，4 mL，209.04當量)中之溶液在80℃下攪拌24小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(50 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 508.2[M+H] + 步驟 6 ： (2S)-4-( 雙環 [1.1.1] 戊 -1- 基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
異構體1：向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(145 mg，285.67 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(680.76 mg，2.86 mmol，10當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在25℃下將反應混合物倒入H 2O (20 mL)中，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(46 mg，93.11 μmol，32.59%產率，99.09%純度)。MS (ESI) m/z 490.2[M+H] +； 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.24 - 6.79 (m, 3H), 6.56 - 6.41 (m, 1H), 5.05 (s, 1H), 4.63 (d, J=4.4 Hz, 1H), 4.34 - 3.36 (m, 6H), 3.03 - 1.50 (m, 15H), 1.37 (d, J=8.4 Hz, 1H)。
異構體2：向(2S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(50 mg，98.51 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(70.42 mg，295.52 μmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在25℃下將反應混合物倒入H 2O (20 mL)中，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-4-(1-雙環[1.1.1]戊烷基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(10 mg，20.14 μmol，20.45%產率，98.61%純度)。MS (ESI) m/z 490.2 [M+H] +； 1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.16 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.10 - 7.00 (m, 2H), 6.53 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.01 (s, 1H), 4.66 (d, J=5.4, 8.3 Hz, 1H), 4.18 - 4.05 (m, 1H), 3.95 (s, 3H), 3.89 (s, 1H), 3.79 (d, J=6.4, 9.9 Hz, 1H), 2.70 - 2.60 (m, 1H), 2.51 (d, J=17.0 Hz, 2H), 2.43 (d, J=4.3, 8.5, 12.5 Hz, 1H), 2.30 (d, J=6.6, 13.7 Hz, 1H), 2.20 - 2.11 (m, 1H), 2.04 - 1.83 (m, 3H), 1.81 - 1.69 (m, 7H)。 實例 124. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 387
Figure 02_image2428
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.3 g，1.05 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，5 mL，19.09當量)中之混合物在25℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色膠狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.2 g，粗物質)。 步驟 2 ： 3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-8- 氧 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2- 甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.18 g，808.38 μmol，1當量，HCl)於DMF (1 mL)及DCM (2 mL)中之溶液中添加DMAP (197.52 mg，1.62 mmol，2當量)、2-三級丁氧基羰基-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(230.66 mg，808.38 μmol，1當量)及EDCI (309.93 mg，1.62 mmol，2當量)，且接著在25℃下攪拌所得溶液2小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:1至0:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(0.3 g，562.26 μmol，69.55%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z454.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-(8- 氧 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(0.25 g，551.23 μmol，1當量)於HCl/EtOAc (5 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-(8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.2 g，粗物質，HCl)。 步驟 4 ： (2S)-2-(2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8- 氧 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.2 g，512.99 μmol，1當量，HCl)於DMF (1 mL)及DCM (2 mL)中之溶液中添加DMAP (125.34 mg，1.03 mmol，2當量)，且接著添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(107.88 mg，564.29 μmol，1.1當量)及EDCI (196.68 mg，1.03 mmol，2當量)。在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (5 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1至DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.13 g，232.06 μmol，45.24%產率，94%純度)。MS (ESI) m/z527.2 [M+H] +。 步驟 5 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8- 氧 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.13 g，246.88 μmol，1當量)於NH 3.MeOH (7 M，3 mL，85.06當量)中之混合物在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.12 g，粗物質)。MS (ESI) m/z512.2 [M+H] +。 步驟 6 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-8- 氧 -2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.12 g，234.57 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(167.70 mg，703.72 μmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(44.25 mg，88.76 μmol，37.84%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z494.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.23 - 7.08 (m, 2H), 7.08 - 6.98 (m, 1H), 6.53 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 5.02 (br dd, J=5.7, 10.1 Hz, 1H), 4.72 - 4.62 (m, 2H), 4.19 - 4.03 (m, 1H), 3.98 - 3.81 (m, 4H), 3.77 - 3.62 (m, 4H), 3.29 - 3.17 (m, 1H), 2.52 - 2.20 (m, 3H), 2.02 - 1.42 (m, 8H)。 實例 125. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 389
Figure 02_image2430
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙醯胺
將 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(2 g，7.37 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，50 mL，27.13當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(1.2 g，粗物質)。 步驟 2 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸甲酯
將2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(3 g，10.59 mmol，1當量)之溶液添加至HCl/MeOH (4 M，50 mL，18.89當量)中，在80℃下攪拌2小時。在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之產物2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(2 g，粗物質)。 步驟 3 ： 2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸甲酯
向2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(2 g，10.14 mmol，1當量)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(2.33 g，12.17 mmol，1.2當量)於DCM (30 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加T3P (12.90 g，20.28 mmol，12.06 mL，50%純度，2當量)及DIEA (3.93 g，30.41 mmol，5.30 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(3 g，8.10 mmol，79.88%產率)。MS (ESI) m/z371.1 [M+H] + 步驟 4 ： 2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
向2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(3 g，8.10 mmol，1當量)於THF (45 mL)及H 2O (15 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (1.70 g，40.49 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅混合物，且接著添加HCl水溶液(1 M)以調節至約pH 3 - 4，且接著用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(2.6 g，粗物質)。MS (ESI) m/z357.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
在0℃下，向2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(1 g，2.81 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(720.49 mg，4.21 mmol，1.5當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加T 3P (3.57 g，5.61 mmol，3.34 mL，50%純度，2當量)及DIEA (1.09 g，8.42 mmol，1.47 mL，3當量)。在30℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(700 mg，1.37 mmol，48.96%產率)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(700 mg，1.37 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(982.03 mg，4.12 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol，74.05%產率)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] + 步驟 7 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：55% - 55%，9 min)分離 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol)，得到呈白色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (264 mg，537.04 μmol，52.80%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.28 - 6.76 (m, 3H), 6.60 - 6.38 (m, 1H), 5.05 (br dd, J=5.2, 10.2 Hz, 1H), 4.63 - 4.60 (m, 1H), 4.03 - 3.85 (m, 5H), 3.74 - 3.28 (m, 1H), 2.73 (br dd, J=5.0, 8.6 Hz, 1H), 2.51 - 2.28 (m, 2H), 2.27 - 2.08 (m, 1H), 1.96 - 1.72 (m, 2H), 1.69 - 1.38 (m, 11H), 1.37 - 1.09 (m, 1H)。
呈白色固體狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (140 mg，284.51 μmol，27.97%產率，99.9%純度)。MS (ESI) m/z492.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.30 - 6.81 (m, 3H), 6.53 (br d, J=2.0 Hz, 1H), 5.12 - 4.95 (m, 2H), 4.70 - 4.55 (m, 2H), 4.08 - 3.86 (m, 4H), 3.84 - 3.72 (m, 1H), 2.62 - 2.40 (m, 1H), 2.36 - 2.18 (m, 2H), 1.94 - 1.69 (m, 3H), 1.68 - 1.34 (m, 11H)。 實例 126. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 391
Figure 02_image2432
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(S)-甲酯(350 mg，1.22 mmol，1當量)之溶液中添加HCl/EtOAc (12 mL)且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色油狀之粗產物(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(330 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S,3S)-3- 乙基 -2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 氮雜環丁烷 -1- 甲酸三級丁酯
向(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(330 mg，1.77 mmol，1當量)、(2S,3S)-1-(三級丁氧基羰基)-3-乙基氮雜環丁烷-2-甲酸(406.32 mg，1.77 mmol，1當量)於DMF (2 mL)及DCM (10 mL)中之溶液中添加EDCI (679.47 mg，3.54 mmol，2當量)及DMAP (433.02 mg，3.54 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅混合物且接著用EtOAc (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物且藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化，得到呈黃色油狀之粗產物(2S,3S)-3-乙基-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)氮雜環丁烷-1-甲酸三級丁酯(270 mg，679.31 μmol，38.33%產率)。MS (ESI) m/z 398.2 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-2-((2S,3S)-3- 乙基氮雜環丁烷 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S,3S)-3-乙基-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)氮雜環丁烷-1-甲酸三級丁酯(240 mg，603.83 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加TFA (4.13 g，36.23 mmol，2.68 mL，60當量)，且在25℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，將殘餘物倒入NaHCO 3(10 mL)中且用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之粗產物(S)-2-((2S,3S)-3-乙基氮雜環丁烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 298.2 [M+H] + 步驟 4 ： (S)-2-((2S,3S)-3- 乙基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 氮雜環丁烷 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(S)-2-((2S,3S)-3-乙基氮雜環丁烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(200 mg，672.61 μmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(128.59 mg，672.61 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加EDCI (257.88 mg，1.35 mmol，2當量)及DMAP (164.34 mg，1.35 mmol，2當量)，且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將殘餘物倒入H 2O (10 mL)中且用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化，得到呈白色固體狀之產物(S)-2-((2S,3S)-3-乙基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)氮雜環丁烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(90 mg，191.28 μmol，28.44%產率)。MS (ESI) m/z 471.2 [M+H] + 步驟 5 ： (2S,3S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-3- 乙基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 氮雜環丁烷 -2- 甲醯胺
將(S)-2-((2S,3S)-3-乙基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)氮雜環丁烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(80 mg，170.03 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，16.00 mL，658.72當量)中之溶液在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S,3S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-3-乙基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)氮雜環丁烷-2-甲醯胺(66 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 456.2 [M+H] + 步驟 6 ： (2S,3S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-3- 乙基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 氮雜環丁烷 -2- 甲醯胺
向(2S,3S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-3-乙基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)氮雜環丁烷-2-甲醯胺(66 mg，144.89 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(414.35 mg，1.74 mmol，12當量)，且接著在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，8 min)純化，得到(2S,3S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-3-乙基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)氮雜環丁烷-2-甲醯胺(5 mg，11.43 μmol，7.89%產率)。MS (ESI) m/z 438.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.24 - 7.11 (m, 1H), 7.09 - 6.61 (m, 2H), 6.52 - 6.51 (m, 1H), 5.08 - 4.87 (m, 0.5H), 4.75-4.73 (m, 1.5H), 4.56 - 4.43 (m, 1H), 4.42 - 4.00 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.22 - 2.90 (m, 1H), 2.65 - 2.63 (m, 2H), 2.42 - 2.07 (m, 2H), 2.04 - 1.49 (m, 5H), 1.01 - 0.99 (m, 3H) 實例 127. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 395
Figure 02_image2434
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯 ; 鹽酸鹽
在25℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.05 mmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，30 mL)，且在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯;鹽酸鹽(230 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟 2 ： (S)-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4,4- 二甲基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
將(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(230 mg，1.03 mmol，1當量，HCl)、(2S)-1-三級丁氧基羰基-4,4-二甲基-吡咯啶-2-甲酸(251.31 mg，1.03 mmol，1當量)、DMAP (252.38 mg，2.07 mmol，2當量)、EDCI (396.02 mg，2.07 mmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(S)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-4,4-二甲基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(200 mg，486.04 μmol，47.05%產率)。MS (ESI) m/z412.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)- 甲基 -2-((S)-4,4- 二甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸酯
將(S)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-4,4-二甲基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(200 mg，486.04 μmol，1當量)及HCl/EtOAc (4 M，20 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之產物(S)-甲基-2-((S)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(170 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4,4- 二甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(S)-甲基-2-((S)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(170 mg，488.74 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(93.44 mg，488.74 μmol，1當量)、DMAP (119.42 mg，977.47 μmol，2當量)、EDCI (187.38 mg，977.47 μmol，2當量)、DMF (2 mL)及DCM (4 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之化合物(S)-甲基-2-((S)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(180 mg，371.48 μmol，76.01%產率)。MS (ESI) m/z485.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4,4- 二甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(S)-甲基-2-((S)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸酯(180 mg，371.48 μmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，7 mL)之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺(170 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z470.2 [M+H] +。 步驟 6 ： (S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4,4- 二甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺(160 mg，340.76 μmol，1當量)、伯格斯試劑(649.66 mg，2.73 mmol，8當量)及DCM (25 mL)之混合物在25℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-40%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺異構體1 (27 mg，58.95 μmol，17.30%產率，98.58%純度)。MS (ESI) m/z452.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.76 - 11.39 (m, 1H), 9.18 - 8.79 (m, 1H), 7.85 - 7.46 (m, 1H), 7.21 - 6.67 (m, 3H), 6.58 - 6.35 (m, 1H), 5.13 - 4.81 (m, 1H), 4.74 - 4.31 (m, 1H), 3.97 - 3.55 (m, 5H), 3.31 - 3.05 (m, 2H), 2.47 - 1.96 (m, 4H), 1.85 - 1.27 (m, 3H), 1.25 - 0.80 (m, 6H)。
呈白色固體狀之(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4,4-二甲基吡咯啶-2-甲醯胺異構體2 (3 mg，6.41 μmol，1.88%產率，96.44%純度)。MS (ESI) m/z452.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.78 - 11.34 (m, 1H), 9.33 - 8.76 (m, 1H), 7.91 - 7.53 (m, 1H), 7.23 - 6.67 (m, 3H), 6.61 - 6.31 (m, 1H), 5.09 - 4.80 (m, 1H), 4.61 - 4.43 (m, 1H), 4.01 - 3.67 (m, 5H), 3.20 - 2.99 (m, 2H), 2.43 - 1.91 (m, 4H), 1.86 - 1.55 (m, 3H), 1.33 - 0.83 (m, 6H)。 實例 128. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 397
Figure 02_image2436
步驟 1 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基甲酸三級丁酯
將(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1 g，3.49 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL)中之溶液在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物。獲得呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(900 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z272.2 [M+H] +。 步驟2： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙醯胺
將 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(900 mg，3.32 mmol，1當量)於HCl/EA (4 M，15 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(650 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z172.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (6S)-6-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-5- 氮雜螺 [2.4] 庚烷 -5- 甲酸三級丁酯
將(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(400 mg，1.93 mmol，1當量，HCl)、(6 S)-5-三級丁氧基羰基-5-氮雜螺[2.4]庚烷-6-甲酸(464.77 mg，1.93 mmol，1當量)及TEA (974.58 mg，9.63 mmol，1.34 mL，5當量)之溶液溶解於DCM (8 mL)及DMF (3 mL)中，且接著將溶液冷卻至0℃。在向溶液中添加T 3P (3.68 g，5.78 mmol，3.44 mL，50%純度，3當量)之後，將混合物攪拌1小時且逐漸升溫至25℃。在完成之後，向混合物中添加H 2O (50 mL)且接著用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物(6 S)-6-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-5-氮雜螺[2.4]庚烷-5-甲酸三級丁酯(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z395.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (6S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-5- 氮雜螺 [2.4] 庚烷 -6- 甲醯胺
將(6 S)-6-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-5-氮雜螺[2.4]庚烷-5-甲酸三級丁酯(200 mg，464.12 μmol，1當量，HCl)於HCl/EtOAc (4 M，15 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(6 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-5-氮雜螺[2.4]庚烷-6-甲醯胺(140 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z295.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (6S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-5-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-5- 氮雜螺 [2.4] 庚烷 -6- 甲醯胺
向(6 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-5-氮雜螺[2.4]庚烷-6-甲醯胺(140 mg，423.20 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(80.91 mg，423.20 μmol，1當量)、EDCI (202.82 mg，1.06 mmol，2.5當量)之溶液中添加含DMAP (155.11 mg，1.27 mmol，3當量)之DCM (3 mL)，且接著在25℃下攪拌反應物1小時。在完成之後，向混合物中添加H 2O (30 mL)且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(6S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-5-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-5-氮雜螺[2.4]庚烷-6-甲醯胺(80 mg，117.37 μmol，27.73%產率，68.59%純度)。MS (ESI) m/z468.2 [M+H] +。 步驟 6 ： (6S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-5-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-5- 氮雜螺 [2.4] 庚烷 -6- 甲醯胺
將(6 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-5-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-5-氮雜螺[2.4]庚烷-6-甲醯胺(80 mg，171.12 μmol，1當量)及甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(163.11 mg，684.47 μmol，4當量)於DCM (5 mL)中之溶液在25℃下攪拌16小時。在完成之後，濃縮反應混合物且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(6 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-5-氮雜螺[2.4]庚烷-6-甲醯胺(15.5 mg，34.44 μmol，20.13%產率，99.88%純度)。MS (ESI) m/z450.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.23 - 7.12 (m, 1H), 6.87 - 7.10(m, 2H), 6.59 - 6.39 (m, 1H), 5.35 - 5.07 (m, 2H), 4.85 - 4.69 (m, 1H), 4.10 - 3.61 (m, 5H), 3.03 - 2.17 (m, 4H), 2.13 - 1.62 (m, 3H), 1.62 - 1.22 (m, 1H), 0.87 - 0.57 (m, 4H)。 實例 129. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 399
Figure 02_image2438
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(130 mg，454.03 μmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，2.27 mL，20當量)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色液體狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(173.4 mg，451.67 μmol，99.48%產率，58%純度，HCl)。 步驟 2 ： (S)-7-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -6- 甲酸三級丁酯
向(7S)-6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(105.34 mg，412.59 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(158.4 mg，412.59 μmol，58%純度，1當量，HCl)於DCM (1.2 mL)及DMF (0.4 mL)中之溶液中添加DMAP (100.81 mg，825.19 μmol，2當量)及EDCI (158.19 mg，825.19 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時之後，殘餘物用H 2O (6 mL)稀釋且用乙酸乙酯(3 mL)萃取。合併之有機層用乙酸乙酯(3 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈黃色液體狀之(7S)-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(66.3 mg，156.55 μmol，37.94%產率)。MS (ESI) m/z424.0 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-((S)-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將(7S)-7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(66.3 mg，156.55 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，782.76 μL，20當量)中之溶液在25℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色液體狀之(2S)-2-[[(7S)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(71.1 mg，156.09 μmol，99.71%產率，79%純度，HCl)。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(7S)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(62.8 mg，137.87 μmol，79%純度，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(26.36 mg，137.87 μmol，1當量)於DCM (1.2 mL)及DMF (0.4 mL)中之溶液中添加DMAP (33.69 mg，275.74 μmol，2當量)及EDCI (52.86 mg，275.74 μmol，2當量)，在25℃下保持1小時。殘餘物用鹽水(6 mL)稀釋且用EtOAc (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(7S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(33.2 mg，66.86 μmol，48.50%產率)。MS (ESI) m/z497.1 [M+H] + 步驟 5 ： (S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(7S)-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(23.0 mg，46.32 μmol，1當量)及氨(7 M，4 mL，604.50當量)之混合物在25℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(15 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] + 步驟 6 ： (S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-6-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(7S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(15 mg，28.66 μmol，92%純度，1當量)及伯格斯試劑(13.66 mg，57.32 μmol，2當量)之溶液在25℃下攪拌24小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20% - 45%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(7S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(3.01 mg，6.49 μmol，22.66%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z464.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 6.95 - 7.24 (m, 3 H) 6.47 - 6.58 (m, 1 H) 5.01 (br dd, J=10.67, 5.19 Hz, 1 H) 4.58 (t, J=7.09 Hz, 1 H) 3.82 - 4.19 (m, 5 H) 3.19 (br t, J=8.52 Hz, 1 H) 2.93 - 3.07 (m, 1 H) 2.28 - 2.56 (m, 3 H) 2.16 - 2.27 (m, 2 H) 1.94 - 2.14 (m, 6 H) 1.47 - 1.86 (m, 2 H)。 實例 130. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 401
Figure 02_image2440
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將含(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，1.40 mmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，10 mL，28.63當量)在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (S)-3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -2- 甲酸三級丁酯
向含(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.35 mmol，1當量，HCl)及(3 S)-2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲酸(362.87 mg，1.35 mmol，1當量)之DMF (2 mL)及DCM (5 mL)中添加DMAP (329.19 mg，2.69 mmol，2當量)及EDCI (516.56 mg，2.69 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(3 S)-3-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯(340 mg，777.09 μmol，57.68%產率)。 步驟 3 ： (S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-((S)-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將含(3 S)-3-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯(340 mg，777.09 μmol，1當量)之HCl/EtOAc (4 M，10 mL，51.47當量)在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之產物(2 S)-2-[[(3 S)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，粗物質，HCl)。 步驟 4 ： (S)-2-((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向含(2 S)-2-[[(3 S)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，668.67 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(127.84 mg，668.67 μmol，1當量)之DMF (2 mL)及DCM (6 mL)中添加DMAP (163.38 mg，1.34 mmol，2當量)及EDCI (256.37 mg，1.34 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，PE:EA=0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(2 S)-2-[[(3 S)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，352.54 μmol，52.72%產率)。MS (ESI) m/z511.2 [M+H] + 步驟 5 ： (S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺
將含(2 S)-2-[[(3 S)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，352.54 μmol，1當量)之氨(7 M，20 mL，397.12當量)在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之產物(3 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(170 mg，粗物質)。 步驟 6 ： (S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺
向含(3 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(170 mg，343.04 μmol，1當量)之DCM (3 mL)中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(408.74 mg，1.72 mmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(3 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2 -羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(25 mg，51.09 μmol，14.89%產率，97.6%純度)。MS (ESI) m/z478.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.22 - 7.12 (m, 1H), 7.11 - 6.98 (m, 2H), 6.58 - 6.45 (m, 1H), 5.11 - 4.95 (m, 1H), 4.65 - 4.52 (m, 1H), 3.94 (s, 3H), 3.93 - 3.80 (m, 2H), 3.28 - 3.18 (m, 1H), 2.54 - 2.02 (m, 4H), 2.01 - 1.48 (m, 12H)。 步驟 7 ： (S)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.4] 壬烷 -3- 甲醯胺
異構體1：藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IC (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：40% - 40%，15 min)分離(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(30 mg，62.82 μmol)，得到呈白色固體狀之產物(3S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(12.11 mg，24.62 μmol，39.20%產率，97.1%純度)。MS (ESI) m/z 478.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.20 - 7.11 (m, 1H), 7.08 - 6.85 (m, 2H), 6.59 - 6.42 (m, 1H), 5.05 (br dd, J=5.6, 10.4 Hz, 1H), 4.58 (br dd, J=7.4, 9.6 Hz, 1H), 3.97 - 3.92 (m, 3H), 3.88 - 3.52 (m, 2H), 3.28 (br s, 1H), 2.87 - 2.65 (m, 1H), 2.47 - 2.29 (m, 2H), 2.25 - 2.16 (m, 1H), 2.03 - 1.53 (m, 11H), 1.34 - 1.20 (m, 1H)。
異構體2：藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IC (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：40% - 40%，15 min)分離( S)- N-(( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(30 mg，62.82 μmol)，得到呈白色固體狀之產物(3 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(16.81 mg，34.46 μmol，54.86%產率，97.9%純度)。MS (ESI) m/z478.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.23 - 7.13 (m, 1H), 7.10 - 6.84 (m, 2H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.03 (br dd, J=5.7, 10.4 Hz, 1H), 4.67 - 4.54 (m, 1H), 4.00 - 3.57 (m, 5H), 3.27 - 3.16 (m, 1H), 2.55 - 2.39 (m, 1H), 2.37 - 2.04 (m, 3H), 2.02 - 1.44 (m, 11H), 1.43 - 1.16 (m, 1H)。 實例 131. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 405
Figure 02_image2442
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(225 mg，1.21 mmol，1當量)於DMF (2 mL)及DCM (4 mL)中之溶液中添加TEA (733.62 mg，7.25 mmol，1.01 mL，6當量)及T 3P (1.15 g，3.62 mmol，1.08 mL，3當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(296.42 mg，1.21 mmol，1當量)。在25℃下攪拌溶液1小時。反應物用H 2O (40 mL)稀釋且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取且小心地濃縮有機層，得到呈黃色固體狀之粗化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(440 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z414.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(440 mg，1.06 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。TLC (DCM:MeOH=10:1)證實所需產物，且小心地濃縮反應物，得到粗物質。呈黃色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(310 mg，粗物質)直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z314.3 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(310 mg，989.18 μmol，1當量)於DMF (4 mL)及DCM (4 mL)中之溶液中添加EDCI (379.25 mg，1.98 mmol，2當量)，添加DMAP (241.70 mg，1.98 mmol，2當量)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(189.11 mg，989.18 μmol，1當量)。在25℃下攪拌溶液3小時，且接著反應物用H 2O (40 mL)稀釋且用乙酸乙酯(80 mL×3)萃取且小心地濃縮有機層，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，EA:MeOH=10:1)純化粗物質，得到產物。獲得化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，411.05 μmol，41.55%產率)。MS (ESI) m/z487.2 [M-H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(135 mg，277.46 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，8 mL，201.83當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。HPLC證實所需產物。小心地濃縮反應物，得到粗物質。獲得呈黃色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z472.3 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-55%，8 min 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，275.69 μmol，1當量)於DCM (7 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(197.09 mg，827.06 μmol，3當量)。在25℃下攪拌溶液1小時。小心地濃縮反應物，得到粗物質，且藉由製備型HPLC (TFA)純化粗物質，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(36 mg，75.41 μmol，27.35%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z454.1 [M+H] +。
製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：30%-55%，7 min
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ ppm 1.02 (s, 9 H) 1.74 - 1.94 (m, 4 H) 2.21 - 2.37 (m, 2 H) 2.52 - 2.63 (m, 1 H) 3.16 - 3.26 (m, 2 H) 3.92 (s, 3 H) 4.63 (dd, J=8.49, 4.30 Hz, 1 H) 4.98 - 5.06 (m, 1 H) 6.50 (d, J=7.72 Hz, 1 H) 7.02 (d, J=8.38 Hz, 1 H) 7.10 - 7.16 (m, 1 H) 7.23 (d, J=0.88 Hz, 1 H)。 實例 132. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 409
Figure 02_image2444
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙醯胺
將 N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(300 mg，1.11 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，10 mL，36.17當量)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(200 mg，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (2S,4R)-2-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4- 乙氧基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
在0℃下，向含(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(200 mg，963.12 μmol，1當量，HCl)及(2 S,4 R)-1-三級丁氧基羰基-4-乙氧基-吡咯啶-2-甲酸(249.74 mg，963.12 μmol，1當量)之DMF (4 mL)及DCM (8 mL)中添加TEA (487.29 mg，4.82 mmol，670.27 μL，5當量)及T3P (1.84 g，2.89 mmol，1.72 mL，50%純度，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅混合物且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2 S,4 R)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-乙氧基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(140 mg，339.41 μmol，35.24%產率)。MS (ESI) m/z413.1 [M+H] + 步驟 3 ： (2S,4R)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4- 乙氧基吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(2 S,4 R)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-乙氧基吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(100 mg，242.44 μmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，10 mL，164.99當量)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之產物(2 S,4 R)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-乙氧基-吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，粗物質，HCl)。 步驟 4 ： (2S,4R)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4- 乙氧基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2 S,4 R)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-乙氧基-吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，229.34 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(65.77 mg，344.01 μmol，1.5當量)於DCM (3 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中添加DMAP (56.04 mg，458.68 μmol，2當量)及EDCI (87.93 mg，458.68 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅混合物且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(2 S,4 R)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-乙氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(100 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z486.2 [M+H] + 步驟 5 ： (2S,4R)-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-4- 乙氧基 -1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2 S,4 R)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-乙氧基-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，164.77 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(196.33 mg，823.84 μmol，5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：20% - 45%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2 S,4 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-乙氧基-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(28 mg，58.81 μmol，35.69%產率，98.2%純度)。MS (ESI) m/z468.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.19 - 7.13 (m, 1H), 7.09 - 6.86 (m, 2H), 6.57 - 6.42 (m, 1H), 5.17 - 5.01 (m, 1H), 4.69 - 4.58 (m, 1H), 4.36 - 4.18 (m, 1H), 4.16 - 3.97 (m, 2H), 3.96 - 3.85 (m, 3H), 3.68 - 3.44 (m, 2H), 3.00 - 2.54 (m, 2H), 2.50 - 2.31 (m, 2H), 2.25 - 2.02 (m, 2H), 2.01 - 1.72 (m, 2H), 1.69 - 1.26 (m, 1H), 1.25 - 1.13 (m, 3H)。 實例 133. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 433
Figure 02_image2446
步驟 1 ： 2- 胺基 -2-(3- 吡啶基 ) 乙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向2-(三級丁氧基羰基胺基)-2-(3-吡啶基)乙酸(0.5 g，1.98 mmol，1當量)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，20 mL，40.36當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。粗產物未經純化即用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之2-胺基-2-(3-吡啶基)乙酸甲酯(400 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z167.1 [M+H] + 步驟 2 ： 2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-2-(3- 吡啶基 ) 乙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(600.76 mg，1.97 mmol，1當量)及2-胺基-2-(3-吡啶基)乙酸甲酯(400 mg，1.97 mmol，1當量，HCl)、DIPEA (1.28 g，9.87 mmol，1.72 mL，5當量)於THF (1.2 mL)及DCM (1.2 mL)中之混合物中添加T 3P (1.88 g，2.96 mmol，1.76 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-2-(3-吡啶基)乙酸甲酯(0.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z453.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-50%，10 min。 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-(3- 吡啶基 ) 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-2-(3-吡啶基)乙酸甲酯(0.2 g，441.99 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，6 mL，95.03當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到產物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1，R f=0.22)純化殘餘物。獲得呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-(3-吡啶基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(70 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z438.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[ 氰基 (3- 吡啶基 ) 甲基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-[[2-胺基-2-側氧基-1-(3-吡啶基)乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，137.15 μmol，1當量)於DCM (0.2 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(65.37 mg，274.29 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物兩次。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[氰基(3-吡啶基)甲基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(12.78 mg，29.52 μmol，21.52%產率，96.878%純度)。MS (ESI) m/z423.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min。
管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，8 min。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.61 (dd, J=7.03, 1.77 Hz, 1 H), 9.49 (dd, J=17.24, 7.83 Hz, 1 H), 8.59 - 8.71 (m, 2 H), 8.53 (d, J=7.82 Hz, 1 H), 7.85 - 7.93 (m, 1 H), 7.47 - 7.55 (m, 1 H), 7.38 (t, J=2.51 Hz, 1 H), 7.06 - 7.14 (m, 1 H), 7.01 - 7.01 (m, 1 H), 7.01 (dd, J=8.25, 3.24 Hz, 1 H), 6.51 (dd, J=7.70, 1.34 Hz, 1 H), 6.32 (dd, J=12.41, 7.76 Hz, 1 H), 4.44 - 4.61 (m, 1 H), 3.89 (d, J=1.10 Hz, 3 H), 1.62 - 1.81 (m, 2 H), 1.46 - 1.60 (m, 1 H), 0.81 - 1.03 (m, 7 H)。 步驟 6 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸三級丁酯
在25℃下，在N 2下向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(15 g，78.46 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-4-甲基-戊酸三級丁酯(21.07 g，94.15 mmol，1.2當量，HCl)於DMF (150 mL)中之混合物中添加EDCI (19.55 g，102.00 mmol，1.3當量)、HOBt (13.78 g，102.00 mmol，1.3當量)、TEA (23.82 g，235.38 mmol，32.76 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。向反應混合物中添加水(450 mL)且用乙酸乙酯(250 mL×3)萃取，得到有機相。有機相用5%檸檬酸(300 mL)及5%碳酸氫鈉水溶液(300 mL)洗滌且經無水硫酸鈉脫水，過濾且濃縮，得到產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=30:1至10:1)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(24 g，66.58 mmol，84.87%產率)。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] + 步驟 7 ： (S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4- 甲基戊酸
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸三級丁酯(10 g，27.74 mmol，1當量)於DCM (30 mL)中之混合物中一次性添加TFA (61.60 g，540.26 mmol，40 mL，19.47當量)及H 2O (4.00 g，221.98 mmol，4.00 mL，8.00當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌2小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。粗產物藉由與石油醚:乙酸乙酯=10:1 (20 mL)一起製漿來純化且過濾，得到產物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊酸(6 g，19.22 mmol，69.27%產率，97.48%純度)。MS (ESI) m/z305.1 [M+H] + 實例 134. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 439
Figure 02_image2448
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-(2- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(2-吡啶基)丙酸(1 g，3.76 mmol，1當量)之混合物中一次性添加HCl/MeOH (4 M，10 mL，10.65當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(900 mg，3.48 mmol，92.79%產率，98%純度，2HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z181.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-(2- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(0.9 g，3.56 mmol，1當量，2HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(978.23 mg，4.27 mmol，1.2當量)及DIPEA (2.30 g，17.78 mmol，3.10 mL，5當量)於DCM (6 mL)及THF (6 mL)中之混合物中添加T 3P (3.39 g，5.33 mmol，3.17 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(1.1 g，2.81 mmol，79.03%產率)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z 392.2 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-(2- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(1.1 g，2.81 mmol，1當量)之混合物中一次性添加HCl/MeOH (4 M，11 mL，15.66當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈棕色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(1 g，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z292.2 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-(2- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(0.8 g，2.20 mmol，1當量，2HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(461.86 mg，2.42 mmol，1.1當量)及DIPEA (1.42 g，10.98 mmol，1.91 mL，5當量)於DCM (0.5 mL)及THF (0.5 mL)中之混合物中添加T 3P (2.10 g，3.29 mmol，1.96 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)且用DCM (10 mL×2)萃取，得到有機相。濃縮有機相，得到粗產物。藉由急驟矽膠層析來純化殘餘物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(0.8 g，1.50 mmol，68.38%產率，87.2%純度)。MS (ESI) m/z465.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-1-( 環丙基甲基 )-2-[[(1S)-1-( 亞硝基甲基 )-2-(2- 吡啶基 ) 乙基 ] 胺基 ]-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-(2-吡啶基)丙酸甲酯(0.2 g，430.56 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，4 mL，65.03當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到粗產物。獲得呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-(環丙基甲基)-2-[[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-(2-吡啶基)乙基]胺基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z450.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-(2- 吡啶基 ) 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-1-(環丙基甲基)-2-[[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-(2-吡啶基)乙基]胺基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.1 g，222.47 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(212.06 mg，889.88 μmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC純化粗產物。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(2-吡啶基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(25.44 mg，58.27 μmol，26.19%產率，98.833%純度)。MS (ESI) m/z432.2 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-50%，8 min
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 8.27 - 8.39 (m, 1 H), 7.64 - 7.73 (m, 1 H), 7.31 - 7.39 (m, 1 H), 7.23 - 7.30 (m, 1 H), 7.12 - 7.23 (m, 2 H), 7.00 - 7.07 (m, 1 H), 6.52 (d, J=7.50 Hz, 1 H), 5.28 (t, J=7.17 Hz, 1 H), 4.51 - 4.63 (m, 1 H), 3.87 - 3.98 (m, 3 H), 3.30 - 3.31 (m, 2 H), 1.57 - 1.83 (m, 2 H), 0.62 - 0.85 (m, 1 H), 0.34 - 0.54 (m, 2 H), 0.05 - 0.22 (m, 2 H)。
1H NMR (400 MHz, 氯仿- d) δ ppm 9.35 (br s, 1 H), 8.50 - 8.68 (m, 1 H), 8.04 - 8.26 (m, 1 H), 7.51 (td, J=7.69, 1.75 Hz, 1 H), 6.93 - 7.11 (m, 4 H), 6.77 - 6.90 (m, 2 H), 6.34 - 6.42 (m, 1 H), 5.11 - 5.23 (m, 1 H), 4.61 - 4.71 (m, 1 H), 3.76 - 3.87 (m, 3 H), 3.07 - 3.25 (m, 2 H), 1.55 - 1.69 (m, 2 H), 0.48 - 0.67 (m, 1 H), 0.28 - 0.40 (m, 2 H), -0.09 - 0.08 (m, 2 H)。 實例 135. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 448
Figure 02_image2450
步驟 1 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向4-甲基-3-硝基-1 H-吡啶-2-酮(500 mg，3.24 mmol，1當量)於DMF (10 mL)中之溶液中添加NaH (181.6 mg，4.54 mmol，60%純度，1.4當量)，且在25℃下攪拌反應混合物0.5小時。接著，在0℃下添加(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(671.7 mg，3.24 mmol，1當量)。在N 2下，在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (50 mL)淬滅且用乙酸乙酯(150 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%乙酸乙酯/石油醚梯度，在35 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(453 mg，45.1%產率)。
LCMS：Rt=0.780 min；C 13H 16N 2O 5MS計算值：280.11；MS實驗值：281.0 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ 7.93 (d, J=7.03 Hz, 1H), 6.43 (d, J=7.03 Hz, 1H), 5.30 (t, J=7.65 Hz, 1H), 3.65 (s, 3H), 2.23 (s, 3H), 1.99 (t, J=7.40 Hz, 2H), 0.56 - 0.45 (m, 1H), 0.38 - 0.25 (m, 2H), 0.15 - 0.13 (m, 2H)。 步驟 2 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸
將(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(253 mg，0.90 mmol，1當量)、LiOH.H 2O (151.5 mg，3.61 mmol，4當量)於THF (2.1 mL)、MeOH (0.7 mL)、H 2O (0.7 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。向混合物中添加H 2O (5 mL)，接著向混合物中添加2 M HCl (2 mL)以調節至約pH 6-7。向混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(207 mg，77.9%產率)。
LCMS：Rt=0.732 min；C 12H 14N 2O 5MS計算值：266.09；MS實驗值：267.0 [M+H +]。 步驟 3 ： (2S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙醯胺
向(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(207 mg，0.77 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加T 3P (989.5 mg，1.55 mmol，0.92 mL，50%純度，2當量)、TEA (314.6 mg，3.11 mmol，0.43 mL，4當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(147.4 mg，0.77 mmol，1當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物4小時。LCMS證實偵測到具有所需MS之峰。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之化合物(2S)- N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(60 mg，17.8%產率)。
LCMS：Rt=1.336 min；C 19H 23N 5O 5MS計算值：401.17；MS實驗值：402.1 [M+H +]。 (2S)-2-(3- 胺基 -4- 甲基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
向(2 S)- N-[(1S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(60 mg，0.14 mmol，1當量)於THF (2 mL)中之溶液中添加Pd/C (70 mg，65.7 μmol，10%純度，0.44當量)。在H 2下，在25℃下攪拌混合物15分鐘。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。將反應混合物過濾且濃縮濾液。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：13%-43%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈棕色固體狀之(2 S)-2-(3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(7.45 mg，19.7 μmol，13.2%產率，98.4%純度)。
LCMS：Rt=0.698 min；C 19H 25N 5O 3MS計算值：371.20；MS實驗值：372.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 6.94 - 6.82 (m, 1H), 6.11 - 6.01 (m, 1H), 5.40 - 5.23 (m, 1H), 4.86 (br dd, J=6.0, 9.8 Hz, 1H), 3.14 - 3.08 (m, 2H), 2.47 - 2.27 (m, 1H), 2.23 - 2.03 (m, 2H), 1.99 - 1.91 (m, 3H), 1.83 - 1.57 (m, 4H), 0.48 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 0.34 - 0.19 (m, 2H), 0.02 - 0.16 (m, 2H)。 實例 136. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 449
Figure 02_image2452
向(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(345.0 mg，0.85 mmol，1當量)於THF (5 mL)中之溶液中添加Pd/C (233.1 mg，0.21 mmol，10%純度)。在H 2下，在25℃下攪拌混合物25分鐘。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。將反應混合物過濾且濾液用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到產物(203 mg)。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：45%-45%，min)分離70 mg產物，得到呈白色固體狀之2-[(1S)-3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基]- N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(20.08 mg，6.2%產率)及2-[(1 R)-3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基]- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(23.04 mg，7.0%產率)。
異構體1：LCMS：Rt=0.659 min；C 19H 25N 5O 3MS計算值：371.20；MS實驗值：394.1 [M+Na +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.02 (d, J=7.0 Hz, 1H), 6.22 (d, J=7.1 Hz, 1H), 5.50 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.04 - 4.98 (m, 1H), 3.37 - 3.32 (m, 2H), 2.52 - 2.46 (m, 1H), 2.38 - 2.24 (m, 2H), 2.11 (s, 3H), 1.94 - 1.81 (m, 4H), 0.61 - 0.56 (m, 1H), 0.42 - 0.38 (m, 2H), 0.13 - 0.02 (m, 2H)。
異構體2：LCMS：Rt=0.704 min；C 19H 25N 5O 3MS計算值：371.20；MS實驗值：372.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.03 (d, J=7.1 Hz, 1H), 6.20 (d, J=7.0 Hz, 1H), 5.41 (dd, J=7.1, 8.4 Hz, 1H), 5.00 (br dd, J=6.1, 10.0 Hz, 1H), 3.29 - 3.24 (m, 2H), 2.49 (dq, J=5.4, 9.3 Hz, 1H), 2.31 - 2.21 (m, 2H), 2.09 (s, 3H), 1.98 - 1.76 (m, 4H), 0.69 - 0.57 (m, 1H), 0.50 - 0.41 (m, 2H), 0.17 - 0.04 (m, 2H)。 實例 137. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 450
Figure 02_image2454
步驟 1 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向4-甲基-3-硝基-1 H-吡啶-2-酮(1 g，6.49 mmol，1當量)於DMF (15 mL)中之溶液中添加NaH (363.3 mg，9.08 mmol，60%純度，1.4當量)，且在25℃下攪拌反應混合物0.5小時。接著，在0℃下添加(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(1.34 g，6.49 mmol，1當量)。在N 2下，在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%乙酸乙酯/石油醚梯度，在35 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(867 mg，47.4%產率)。
LCMS：Rt=0.785 min；C 13H 16N 2O 5MS計算值：280.11；MS實驗值：281.1 [M+H +]。 步驟 2 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸
將(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(867 mg，3.09 mmol，1當量)、LiOH.H 2O (519.2 mg，12.37 mmol，4當量)於THF (6 mL)、MeOH (2 mL)、H 2O (2 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。向混合物中添加H 2O (5 mL)，接著向混合物中添加2 M HCl (4 mL)以調節至約pH 6-7。混合物用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到產物。獲得呈黃色固體狀之化合物(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(791 mg，94.8%產率)。
LCMS：Rt=0.735 min；C 12H 14N 2O 5MS計算值：266.09；MS實驗值：267.0 [M+H +]。 步驟 3 ： N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙醯胺
向(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(791 mg，2.97 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加HATU (1.36 g，3.57 mmol，1.2當量)、DIPEA (1.15 g，8.91 mmol，1.55 mL，3當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(676.0 mg，3.57 mmol，1.2當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物2小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH醚梯度，在35 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(838 mg，64.5%產率)。LCMS：Rt=0.741 min；C 19H 23N 5O 5MS計算值：401.17；MS實驗值：402.1 [M+H +]。 步驟 4 ： 2-(3- 胺基 -4- 甲基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
向 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(838 mg，2.09 mmol，1當量)於THF (10 mL)中之溶液中添加Pd/C (566.5 mg，0.53 mmol，10%純度)。在H 2下，在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。過濾混合物且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之2-(3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(616 mg，68.7%產率)。
LCMS：Rt=0.703 min；C 19H 25N 5O 3MS計算值：371.20；MS實驗值：372.1 [M+H +]。 N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-甲基-2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺
向2-(3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(100 mg，0.26 mmol，1當量)於DMA (5 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(730.5 mg，6.89 mmol，25.60當量)及三氟甲烷磺酸2,2,2-三氟乙酯(1.6 g，6.89 mmol，25.6當量)。在40℃下攪拌混合物16小時。過濾混合物，且接著濾液用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-甲基-2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺(71.7 mg，57.9%產率)。LCMS：Rt=0.794 min；C 21H 26F 3N 5O 3MS計算值：453.20；MS實驗值：454.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.24 (dd, J=3.9, 7.2 Hz, 1H), 6.22 (dd, J=5.5, 7.0 Hz, 1H), 5.52 - 5.32 (m, 1H), 5.01 (dd, J=6.1, 9.9 Hz, 1H), 4.03 - 3.73 (m, 2H), 3.36 - 3.32 (m, 1H), 3.29 - 3.21 (m, 1H), 2.56 - 2.45 (m, 1H), 2.41 - 2.22 (m, 2H), 2.21 (d, J=5.3 Hz, 3H), 2.04 - 1.91 (m, 2H), 1.91 - 1.71 (m, 2H), 0.67 - 0.55 (m, 1H), 0.48 - 0.35 (m, 2H), 0.18 -0.02 (m, 2H)。 實例 138. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 451
Figure 02_image2456
藉由SFC (條件：管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH3H2O ETOH]；B%：45%-45%，min)分離 N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-甲基-2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺(69 mg，0.15 mmol，1當量)，得到呈白色固體狀之(2R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[4-甲基-2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺(17.12 mg，24.8%產率)。
異構體1：LCMS：Rt=0.799 min；C 21H 26F 3N 5O 3MS計算值：453.20；MS實驗值：454.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.24 (d, J=7.0 Hz, 1H), 6.23 (d, J=7.3 Hz, 1H), 5.45 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=6.7, 9.4 Hz, 1H), 4.03 - 3.70 (m, 2H), 3.36 - 3.32 (m, 2H), 2.56 - 2.46 (m, 1H), 2.41 - 2.24 (m, 2H), 2.21 (s, 3H), 1.98 - 1.93 (m, 2H), 1.93 - 1.76 (m, 2H), 0.64 - 0.50 (m, 1H), 0.44 - 0.33 (m, 2H), 0.17 - 0.04 (m, 2H)。
異構體2：LCMS：Rt=0.800 min；C 21H 26F 3N 5O 3MS計算值：453.20；MS實驗值：454.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.25 (d, J=7.3 Hz, 1H), 6.22 (d, J=7.0 Hz, 1H), 5.38 (dd, J=7.0, 8.5 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=6.0, 10.0 Hz, 1H), 3.89 (q, J=9.5 Hz, 2H), 3.30 - 3.21 (m, 2H), 2.50 (dq, J=5.3, 9.3 Hz, 1H), 2.32 - 2.22 (m, 2H), 2.20 (s, 3H), 2.06 - 1.90 (m, 2H), 1.89 - 1.68 (m, 2H), 0.69 - 0.57 (m, 1H), 0.50 - 0.36 (m, 2H), 0.22 - 0.04 (m, 2H)。 實例 139. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 455
Figure 02_image2458
向(3R,6S)-6-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲醯胺(40.0 mg，0.11 mmol，1當量)於DMF (0.5 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(24.1 mg，0.22 mmol，2當量)及三氟甲烷磺酸2,2,2-三氟乙酯(26.4 mg，0.11 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：8%-38%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之(3R,6S,8aS)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-側氧基-6-(2,2,2-三氟乙基胺基)-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲醯胺(8.02 mg，18.5 μmol，16.2%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.686 min；C 17H 22F 3N 5O 3S MS計算值：433.45；MS實驗值：434.0 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.02 (dd, J=10.79, 5.27 Hz, 1 H), 4.90 - 4.98 (m, 2 H), 4.77 - 4.83 (m, 1 H), 3.33 - 3.49 (m, 4 H), 3.20 - 3.29 (m, 1 H), 3.11 - 3.20 (m, 1 H), 2.67 (qd, J=9.29, 5.27 Hz, 1 H), 2.17 - 2.45 (m, 4 H), 1.72 - 1.99 (m, 4 H)。 實例140. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物457
Figure 02_image2460
(3R,6S,8aS)-6- 胺基 -N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-5- 側氧基六氫 -2H- 噻唑并 [3,2-a] 吡啶 -3- 甲醯胺
向N-[(3R,6S)-3-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]胺基甲酸9H-茀-9-基甲酯(50 mg，87.1 μmol，1當量)於DCM (0.2 mL)中之溶液中添加哌啶(14.8 mg，0.17 mmol，17 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。獲得呈黃色油狀之化合物(3R,6S)-6-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲醯胺(30 mg，粗物質)。 ((3R,6S,8aS)-3-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺甲醯基 )-5- 側氧基六氫 -2H- 噻唑并 [3,2-a] 吡啶 -6- 基 ) 胺基甲酸苯甲酯
向(3R,6S)-6-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲醯胺(30 mg，85.3 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加氯甲酸苯甲酯(29.1 mg，0.17 mmol，24 μL，2當量)及TEA (25.9 mg，0.25 mmol，35 μL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。LCMS偵測到所需化合物。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini 150×25 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：15%-45%，9.5 min)純化殘餘物。接著，殘餘物藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge 150×25 mm×5 μm；移動相：[水(0.04% NH 3H 2O+10 mM NH4HCO3)-MeOH]；B%：40%-80%，9.5 min)純化。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(3R,6S)-3-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]胺基甲酸苯甲酯(1.41 mg，2.8 μmol，3.3%產率，99%純度)。LCMS：Rt=0.751 min；C 23H 27N 5O 5S MS計算值：485.56；MS實驗值：486.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ8.32 (br s, 1 H), 7.37 (br s, 5 H), 6.07 (br s, 1 H), 5.67 (br s, 1 H), 5.38 (br s, 1 H), 5.17 (br d, J=10.26 Hz, 2 H), 4.90 (br s, 1 H), 4.80 (br s, 1 H), 3.97 (br s, 1 H), 3.52 (br s, 1 H), 3.25 (br s, 1 H), 3.33 (br s, 3 H), 2.44 (br s, 1 H), 2.33 (br d, J=15.38 Hz, 1 H), 1.97 - 2.13 (m, 2 H), 1.85 (br s, 3 H)。 實例 141. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 459
Figure 02_image2462
N-((3R,6S,8aS)-3-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺甲醯基 )-5- 側氧基六氫 -2H- 噻唑并 [3,2-a] 吡啶 -6- 基 )-5- 甲基異㗁唑 -3- 甲醯胺
將5-甲基異㗁唑-3-甲酸(36.1 mg，0.28 mmol，2當量)、HATU (108.2 mg，0.28 mmol，2當量)及DIEA (73.5 mg，0.56 mmol，99 μL，4當量)於DMF (1 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時，且接著向反應物中添加(3R,6S)-6-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲醯胺(50.0 mg，0.14 mmol，1當量)。在25℃下攪拌所得混合物2小時。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：7%-37%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(3R,6S,8aS)-3-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]-5-甲基-異㗁唑-3-甲醯胺(15.28 mg，33.0 μmol，23.2%產率，99.7%純度)。LCMS：Rt=0.698 min；C 20H 24N 6O 5S MS計算值：460.51；MS實驗值：461.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ ppm 6.52 (d, J=0.75 Hz, 1 H), 4.98 - 5.07 (m, 3 H), 4.44 (dd, J=11.17, 6.90 Hz, 1 H), 3.41 (dd, J=11.67, 7.65 Hz, 1 H), 3.23 - 3.29 (m, 3 H), 2.58 - 2.69 (m, 1 H), 2.48 (s, 3 H), 2.27 - 2.44 (m, 4 H), 2.08 - 2.21 (m, 1 H), 1.79 - 2.01 (m, 3 H)。 實例 142. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 465
Figure 02_image2464
(2S)-3- 環丙基 -2-(3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向3-硝基-1 H-吡啶-2-酮(1 g，7.14 mmol，1當量)於DMF (10 mL)中之溶液中添加NaH (428.2 mg，10.71 mmol，60%純度，1.5當量)歷時15分鐘。接著，向混合物中添加(2R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(1.6 g，7.85 mmol，1.1當量)且在25℃下攪拌混合物2小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=1:1)證實偵測到新的斑點。藉由在0℃下添加H2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%石油醚/乙酸乙酯醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(552 mg，28.7%產率，98.9%純度)。 (2S)-3- 環丙基 -2-(3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸
向(2 S)-3-環丙基-2-(3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(230 mg，0.86 mmol，1當量)於THF (1 mL)及MeOH (0.2 mL)中之溶液中添加含LiOH.H 2O (108.7 mg，2.59 mmol，3當量)之H 2O (0.2 mL)。在0℃下攪拌混合物10分鐘。LC-MS證實偵測到所需化合物。用4 M HCl將反應物調節至pH=4。反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物未經進一步純化即用於下一步驟中。獲得呈黃色固體狀之化合物(2 S)-3-環丙基-2-(3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(210 mg，96.3%產率)。 (2S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-(3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙醯胺
向(2 S)-3-環丙基-2-(3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(260 mg，1.03 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加HATU (470.3 mg，1.24 mmol，1.2當量)、DIPEA (266.4 mg，2.06 mmol，0.35 mL，2當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(234.5 mg，1.24 mmol，1.2當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM /MeOH=10:1)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH醚梯度，在20 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(225 mg，54.0%產率，96%純度)。 (2S)-2-(3- 胺基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
在N 2下，向(2S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(200 mg，0.51 mmol，1當量)於THF (0.5 mL)中之溶液中添加Pd/C (200 mg，0.18 mmol，10%純度，3.64e-1當量)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌10分鐘。LC-MS證實偵測到所需化合物。TLC (DCM/MeOH=10:1)證實偵測到新的斑點。將所得產物溶解於MeOH (5 mL)中且過濾，以移除不溶物。在真空中濃縮濾液。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-5%石油醚/乙酸乙酯醚梯度，在20 mL/min下)純化殘餘物，得到呈棕色固體狀之(2 S)-2-(3-胺基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(119 mg，64.3%產率，99.7%純度)。
LCMS：Rt=0.669 min；C 18H 23N 5O 3MS計算值：357.18；MS實驗值：358.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.06 - 7.01 (m, 1H), 6.70 - 6.64 (m, 1H), 6.24 (s, 1H), 5.56 - 5.41 (m, 1H), 5.06 - 4.97 (m, 1H), 3.30 - 3.24 (m, 2H), 2.57 - 2.43 (m, 1H), 2.38 - 2.18 (m, 2H), 2.04 - 1.85 (m, 3H), 1.85 - 1.69 (m, 1H), 0.70 - 0.54 (m, 1H), 0.50 - 0.36 (m, 2H), 0.21 - 0.12 (m, 1H), 0.10 - 0.02 (m, 1H)。 實例 143. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 465
Figure 02_image2466
藉由SFC純化殘餘物。LC-MS證實偵測到所需化合物。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O EtOH]；B%：30%-30%，min)純化殘餘物。
異構體1：呈棕色固體狀之2-[(1 S)-3-胺基-2-側氧基-1-吡啶基]- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(2.84 mg，6.3%產率，98.9%純度)。LCMS：Rt=0.660 min；C 18H 23N 5O 3MS計算值：357.41；MS實驗值：358.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.03 (dd, J=1.4, 7.0 Hz, 1H), 6.68 (dd, J=1.4, 7.2 Hz, 1H), 6.26 (t, J=7.1 Hz, 1H), 5.53 (t, J=7.7 Hz, 1H), 5.02 (dd, J=6.8, 9.3 Hz, 1H), 3.38 - 3.32 (m, 2H), 2.56 - 2.46 (m, 1H), 2.36 (m, 1H), 2.32 - 2.23 (m, 1H), 1.97 - 1.87 (m, 3H), 1.87 - 1.79 (m, 1H), 0.67 - 0.54 (m, 1H), 0.45 - 0.34 (m, 2H), 0.19 - 0.10 (m, 1H), 0.07 - 0.02 (m, 1H)。
異構體2：獲得呈棕色固體狀之化合物2-[(1 R)-3-胺基-2-側氧基-1-吡啶基]- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(21.3 mg，46.5%產率)。LCMS：Rt=0.671 min；C 18H 23N 5O 3MS計算值：357.41；MS實驗值：358.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.04 (dd, J=1.5, 7.0 Hz, 1H), 6.67 (dd, J=1.5, 7.3 Hz, 1H), 6.24 (t, J=7.1 Hz, 1H), 5.44 (t, J=7.7 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=6.1, 10.1 Hz, 1H), 3.30 - 3.24 (m, 2H), 2.49 (dq, J=5.4, 9.3 Hz, 1H), 2.32 - 2.20 (m, 2H), 2.01 - 1.83 (m, 3H), 1.83 - 1.70 (m, 1H), 0.70 - 0.59 (m, 1H), 0.51 - 0.38 (m, 2H), 0.20 - 0.12 (m, 1H), 0.10 - 0.00 (m, 1H)。 實例 144. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 466
Figure 02_image2468
N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺
向2-(3-胺基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(110 mg，0.30 mmol，1當量)於DMA (1 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(326.2 mg，3.08 mmol，10當量)及三氟甲烷磺酸2,2,2-三氟乙酯(2.1 g，9.23 mmol，30當量)。在40℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH=10:1)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺(23 mg，16.8%產率，98.8%純度)。
LCMS：Rt=0.797 min；C 20H 24F 3N 5O 3MS計算值：439.18；MS實驗值：440.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.06 (dt, J=1.5, 6.8 Hz, 1H), 6.65 - 6.55 (m, 1H), 6.37 - 6.27 (m, 1H), 5.56 - 5.40 (m, 1H), 5.05 - 4.98 (m, 1H), 3.88 (dq, J=6.0, 9.2 Hz, 2H), 3.34 (br d, J=3.0 Hz, 1H), 3.30 - 3.24 (m, 1H), 2.57 - 2.42 (m, 1H), 2.39 - 2.20 (m, 2H), 2.08 - 1.88 (m, 3H), 1.86 - 1.74 (m, 1H), 0.71 - 0.52 (m, 1H), 0.50 - 0.36 (m, 2H), 0.22 - 0.11 (m, 1H), 0.10 - 0.03 (m, 1H)。 實例 145. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 467
Figure 02_image2470
藉由SFC進一步分離殘餘物。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OD-H (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：20%-20%，min)進一步分離殘餘物。
異構體1：呈白色固體狀之(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺(2.56 mg，12.3%產率)。LCMS：Rt=0.837 min；C 23H 31N 5O 5MS計算值：457.23；MS實驗值：458.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.06 (dt, J=1.5, 6.8 Hz, 1H), 6.65 - 6.55 (m, 1H), 6.37 - 6.27 (m, 1H), 5.56 - 5.40 (m, 1H), 5.05 - 4.98 (m, 1H), 3.88 (dq, J=6.0, 9.2 Hz, 2H), 3.34 (br d, J=3.0 Hz, 1H), 3.30 - 3.24 (m, 1H), 2.57 - 2.42 (m, 1H), 2.39 - 2.20 (m, 2H), 2.08 - 1.88 (m, 3H), 1.86 - 1.74 (m, 1H), 0.71 - 0.52 (m, 1H), 0.50 - 0.36 (m, 2H), 0.22 - 0.11 (m, 1H), 0.10 - 0.03 (m, 1H)。 異構體2：呈白色固體狀之化合物(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[2-側氧基-3-(2,2,2-三氟乙基胺基)-1-吡啶基]丙醯胺(2.56 mg，12.3%產率，96.3%純度)。LCMS：Rt=0.794 min；C 20H 24F 3N 5O 3MS計算值：439.18；MS實驗值：440.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.04 (dd, J=1.5, 7.0 Hz, 1H), 6.61 (d, J=7.0 Hz, 1H), 6.32 (t, J=7.2 Hz, 1H), 5.52 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=6.5, 9.3 Hz, 1H), 3.89 (q, J=9.3 Hz, 2H), 3.37 - 3.32 (m, 2H), 2.55 - 2.46 (m, 1H), 2.36 (m, 1H), 2.32 - 2.24 (m, 1H), 1.99 - 1.93 (m, 2H), 1.93 - 1.87 (m, 1H), 1.87 - 1.78 (m, 1H), 0.64 - 0.54 (m, 1H), 0.46 - 0.34 (m, 2H), 0.18 - 0.09 (m, 1H), 0.07 -0.02 (m, 1H)。 實例 146. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 468
Figure 02_image2472
步驟 1 ： 7-[(1S)-1-( 環丙基甲基 )-2- 甲氧基 -2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 側氧基 -1,7- 二氮雜螺 [4.4] 壬烷 -1- 甲酸三級丁酯
在0℃下，向6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬烷-1-甲酸三級丁酯(0.5 g，2.08 mmol，1當量)於甲苯(7 mL)中之溶液中添加NaH (124.8 mg，3.12 mmol，60%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌1小時之後，在0℃下添加(R)-2-溴-3-環丙基丙酸甲酯(517.0 mg，2.50 mmol，1.2當量)，且在80℃下攪拌混合物8小時。藉由添加H 2O (15 mL)來淬滅反應混合物且用EtOAc (15 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈無色油狀之7-(3-環丙基-1-甲氧基-1-側氧基丙-2-基)-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬烷-1-甲酸三級丁酯(600 mg，粗物質)。 步驟 2 ： 2-(1-三級丁氧基羰基 -6- 側氧基 -1,7- 二氮雜螺 [4.4] 壬 -7- 基 )-3- 環丙基 - 丙酸
向2 (450.0 mg，1.23 mmol，1當量)於H 2O (1 mL)及MeOH (3 mL)中之溶液中添加NaOH (196.4 mg，4.91 mmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。LC-MS證實2完全耗盡且偵測到66%之所需化合物。藉由添加H 2O (15 mL)來淬滅反應混合物。用HCl (2 M)將混合物之pH值調節至5-6。且接著用EtOAc (20 mL×3)萃取混合物。合併之有機層用鹽水(20 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物，且獲得呈無色油狀之2-(1-三級丁氧基羰基-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基)-3-環丙基-丙酸(0.4 g，粗物質)。 468 ： 7-[2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 側氧基 -1,7- 二氮雜螺 [4.4] 壬烷 -1- 甲酸三級丁酯
在0℃下，向2-(1-三級丁氧基羰基-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基)-3-環丙基-丙酸(50.0 mg，0.14 mmol，1當量)於THF (1 mL)中之溶液中添加Et 3N (14.3 mg，0.14 mmol，19.7 μL，1.0當量)及氯甲酸異丁酯(21.3 mg，0.15 mmol，20.4 μL，1.1當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。添加(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(32.2 mg，0.17 mmol，1.2當量，HCl)及Et 3N (15.7 mg，0.15 mmol，21.7 μL，1.1當量)於DMF (1 mL)中之溶液且在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini 150×25 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：23%-53%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之468 (9.02 mg，13%產率)。
LCMS：Rt=0.821 min；C 25H 37N 5O 5MS計算值：487.28；MS實驗值：388.1 [M-Boc+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.34 - 8.15 (m, 1H), 5.72 (d, J=10.0 Hz, 1H), 5.29 - 4.98 (m, 1H), 4.95 - 4.81 (m, 1H), 3.59 - 3.47 (m, 2H), 3.46 - 3.19 (m, 4H), 2.64 - 2.29 (m, 4H), 2.28 - 2.16 (m, 1H), 2.10 - 2.00 (m, 2H), 1.97 - 1.84 (m, 4H), 1.73 - 1.60 (m, 2H), 1.53 - 1.38 (m, 9H), 0.71 - 0.52 (m, 1H), 0.51 - 0.38 (m, 2H), 0.17 - 0.07 (m, 2H)。 實例 147. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 469
Figure 02_image2474
異構體1及異構體2：7-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬烷-1-甲酸三級丁酯；異構體3：(5 R)-7-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬烷-1-甲酸三級丁酯；異構體3：(5 S)-7-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬烷-1-甲酸三級丁酯
向2-(1-(三級丁氧基羰基)-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基)-3-環丙基丙酸(200 mg，0.56 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加HATU (431.5 mg，1.13 mmol，2.0當量)、(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙腈(129.1 mg，0.68 mmol，1.2當量，HCl)及DIPEA (146.6 mg，1.13 mmol，197.7 μL，2.0當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。TLC (二氯甲烷:甲醇=10/1, PMA)指示反應物1完全耗盡且形成一個新的斑點。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，二氯甲烷:甲醇=100/1至10/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物469 (150 mg)。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，9.5 min)純化化合物469 (150 mg)，得到呈白色固體狀之化合物469 (60 mg)。藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IC (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：55%-55%)純化化合物469 (60 mg)，得到呈三個白色固體狀之異構體1及異構體2 (15 mg，30.7 μmol，5.42%產率)、異構體3 (8.46 mg，16.3 μmol，2%產率，94%純度)、異構體4 (9.97 mg，18.2 μmol，3%產率，89%純度)。
異構體1及2：LCMS：Rt=1.610，C 25H 37N 5O 5MS計算值：487.28；MS實驗值：488.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.20 - 4.98 (m, 1H), 4.81 - 4.71 (m, 1H), 3.61 - 3.41 (m, 3H), 3.38 - 3.32 (m, 3H), 2.61 - 2.41 (m, 2H), 2.40 - 2.19 (m, 2H), 2.18 - 1.66 (m, 9H), 1.52 - 1.33 (m, 9H), 0.78 - 0.57 (m, 1H), 0.56 - 0.38 (m, 2H), 0.25 - 0.04 (m, 2H)。
異構體3：LCMS：Rt=1.631，C 25H 37N 5O 5MS計算值：487.28；MS實驗值：488.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.20 - 4.97 (m, 1H), 4.53 - 4.32 (m, 1H), 3.64 - 3.41 (m, 3H), 3.31 (s, 3H), 2.63 - 2.35 (m, 2H), 2.35 - 2.12 (m, 2H), 2.12 - 1.74 (m, 8H), 1.73 - 1.52 (m, 1H), 1.73 - 1.52 (m, 1H), 1.50 - 1.35 (m, 9H), 0.75 (s, 1H), 0.62 - 0.36 (m, 2H), 0.24 - 0.07 (m, 2H)。
異構體4：LCMS：Rt=1.630，C 25H 37N 5O 5MS計算值：487.28；MS實驗值：488.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.23 - 5.01 (m, 1H), 4.81 - 4.74 (m, 1H), 3.64 - 3.37 (m, 3H), 3.35 (s, 3H), 2.67 - 2.42 (m, 2H), 2.42 - 2.10 (m, 3H), 2.10 - 1.68 (m, 8H), 1.54 - 1.39 (m, 9H), 0.68 - 0.57 (m, 1H), 0.55 - 0.39 (m, 2H), 0.24 - 0.05 (m, 2H)。 實例 148. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 471
Figure 02_image2476
將7-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬烷-1-甲酸三級丁酯(90 mg，0.18 mmol，1當量)於H2O (4 mL)中之溶液中在100℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：11%-41%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(6-側氧基-1,7-二氮雜螺[4.4]壬-7-基)丙醯胺(2.41 mg，6.10 μmol，3%產率，98%純度)。
LCMS：Rt=0.603 min；C 20H 29N 5O 3MS計算值：387.23；MS實驗值：388.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.01 (dd, J=6.3, 9.8 Hz, 1H), 4.55 (s, 1H), 3.57 - 3.47 (m, 2H), 3.37 - 3.32 (m, 2H), 3.18 - 3.08 (m, 1H), 2.99 - 2.87 (m, 1H), 2.61 - 2.48 (m, 1H), 2.34 - 2.24 (m, 2H), 2.13 - 2.00 (m, 2H), 1.93 - 1.80 (m, 7H), 1.65 - 1.56 (m, 1H), 0.75 - 0.63 (m, 1H), 0.56 - 0.45 (m, 2H), 0.17 (d, J=3.5 Hz, 2H)。 實例 149. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 473
Figure 02_image2478
步驟 1 ： (2R)-2- 溴 -3- 環丙基 - 丙酸
在0℃下，向(2 R)-2-胺基-3-環丙基-丙酸(3.5 g，27.10 mmol，1當量)及NaBr (9.76 g，94.85 mmol，3.05 mL，3.5當量)於2.5 M H 2SO 4(35 mL)溶液中之溶液中逐滴添加含NaNO 2(2.43 g，35.23 mmol，1.3當量)之H 2O (7 mL)。在0℃下攪拌反應混合物1小時且在25℃下攪拌6小時。混合物用水(60 mL)稀釋且所得混合物用DCM (80 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥，得到呈無色油狀之(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸(7.4 g，粗物質)。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ 4.33 (t, J=7.4 Hz, 1H), 1.99 (dt, J=2.1, 7.1 Hz, 2H), 0.91 - 0.79 (m, 1H), 0.58 - 0.51 (m, 2H), 0.22 - 0.15 (m, 2H)。 步驟 2 ： (2R)-2- 溴 -3- 環丙基 - 丙酸甲酯
向(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸(7.4 g，38.33 mmol，1當量)於MeOH (70 mL)中之溶液中添加HCl (12 M，7.40 mL，2.32當量)，且接著在50℃下攪拌反應混合物16小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=10:1，PMA)證實起始物質被消耗。在減壓下濃縮反應混合物。混合物用水(10 mL)稀釋及所得混合物用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥。藉由矽膠管柱層析(石油醚:乙酸乙酯=1:0至10:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(4.9 g，59.2%產率)。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ 4.31 (t, J=7.4 Hz, 1H), 3.80 (s, 3H), 2.00 - 1.94 (m, 2H), 0.86 - 0.75 (m, 1H), 0.57 - 0.44 (m, 2H), 0.22 - 0.09 (m, 2H)。 步驟 3 ： 2-(6-三級丁氧基羰基 -1- 側氧基 -2,6- 二氮雜螺 [4.5] 癸 -2- 基 )-3- 環丙基 - 丙酸
在0℃下，向1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸烷-6-甲酸三級丁酯(500 mg，1.97 mmol，1當量)於甲苯(10 mL)中之溶液中添加NaH (94.37 mg，2.36 mmol，60%純度，1.2當量)，且接著在25℃下攪拌混合物0.5小時。將反應混合物冷卻至0℃。添加(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(488.5 mg，2.36 mmol，1.2當量)，且將反應混合物升溫至80℃且在80℃下攪拌16小時。LC-MS證實起始物質完全耗盡且偵測到一個具有所需MS之主峰。TLC (石油醚:乙酸乙酯=1:1, PMA)證實起始物質被消耗。在減壓下濃縮反應混合物。混合物用水(10 mL)稀釋且所得混合物用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥，得到呈淺黃色油狀之2-[1-(環丙基甲基)-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸烷-6-甲酸三級丁酯(480 mg，粗物質)。用HCl (0.5 N)將水性物質酸化至pH=5，且所得混合物用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥，得到呈淺黃色油狀之2-(6-三級丁氧基羰基-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)-3-環丙基-丙酸(120 mg，粗物質)。
異構體1：2-[2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸烷-6-甲酸三級丁酯；異構體2：2-[2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸烷-6-甲酸三級丁酯
向2-(6-(三級丁氧基羰基)-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)-3-環丙基丙酸(0.1 g，0.27 mmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加HATU (207.5 mg，0.54 mmol，2.0當量)、(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙腈鹽酸鹽(62.1 mg，0.32 mmol，1.2當量，HCl)及DIPEA (52.9 mg，0.40 mmol，71.3 μL，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：27%-57%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈兩個白色固體狀之異構體1 (18.9 mg，13%產率)及異構體2 (2.54 mg，1.8%產率)。
異構體1：LCMS：Rt=0.831 min；C 26H 39N 5O 5MS計算值：501.30；MS實驗值：502.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.20 - 5.01 (m, 1H), 4.81 - 4.68 (m, 1H), 3.90 (td, J=4.6, 8.6 Hz, 1H), 3.59 - 3.40 (m, 1H), 3.34 (d, J=3.3 Hz, 3H), 3.07 - 2.85 (m, 1H), 2.64 - 2.45 (m, 1H), 2.45 - 2.22 (m, 3H), 2.21 - 2.07 (m, 1H), 2.05 - 1.92 (m, 1H), 1.90 - 1.62 (m, 7H), 1.57 (d, J=10.5 Hz, 2H), 1.51 - 1.39 (m, 9H), 0.81 - 0.57 (m, 1H), 0.55 - 0.33 (m, 2H), 0.22 - 0.04 (m, 2H)。
異構體2：LCMS：Rt=0.845 min；C 26H 39N 5O 5MS計算值：501.30；MS實驗值：502.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.28 - 5.14 (m, 1H), 5.28 - 5.14 (m, 1H), 4.77 (t, J=7.7 Hz, 1H), 3.93 (br d, J=13.1 Hz, 1H), 3.51 - 3.38 (m, 1H), 3.35 - 3.31 (m, 1H), 3.35 - 3.31 (m, 2H), 3.06 - 2.92 (m, 1H), 2.61 - 2.48 (m, 1H), 2.45 - 2.22 (m, 3H), 2.19 - 2.08 (m, 1H), 1.97 (td, J=8.2, 13.7 Hz, 1H), 1.89 - 1.65 (m, 7H), 1.64 - 1.52 (m, 2H), 1.49 (s, 9H), 0.64 - 0.54 (m, 1H), 0.53 - 0.30 (m, 2H), 0.22 - 0.00 (m, 2H)。 實例 150. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 475
Figure 02_image2480
異構體1及異構體2：(2 R)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基)丙烯醯胺；異構體3：(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 R)-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基]丙烯醯胺；異構體4：(2 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-[(5 S)-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸-2-基]丙醯胺
將2-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1-側氧基-2,6-二氮雜螺[4.5]癸烷-6-甲酸三級丁酯(0.15 g，0.29 mmol，1當量)於H 2O (5 mL)中之溶液在100℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：1%-31%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈兩個白色固體狀之475異構體1及異構體2 (6.00 mg，5%產率)以及475異構體3及異構體4 (24.65 mg)。藉由製備型SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：40%-40%，min)純化475異構體3及異構體4，得到呈兩個白色固體狀之475異構體3 (5.53 mg，4%產率)及475異構體4 (4.84 mg，3%產率)。
475異構體1及異構體2：LCMS：Rt=1.232 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 5.04 - 4.92 (m, 1H), 4.67 - 4.60 (m, 1H), 3.73 - 3.39 (m, 2H), 3.37 - 3.32 (m, 2H), 3.15 - 3.00 (m, 1H), 2.88 (d, J=6.5 Hz, 1H), 2.62 - 2.42 (m, 1H), 2.40 - 2.15 (m, 6H), 2.11 - 1.76 (m, 8H), 1.68 - 1.51 (m, 1H), 0.75 - 0.57 (m, 1H), 0.57 - 0.39 (m, 2H), 0.23 - 0.11 (m, 2H)。
異構體3：LCMS：Rt=1.332 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 4.90 - 4.82 (m, 1H), 4.47 (dd, J=6.5, 9.0 Hz, 1H), 3.46 - 3.34 (m, 1H), 3.31 - 3.23 (m, 1H), 3.20 - 3.15 (m, 3H), 3.02 - 2.89 (m, 1H), 2.64 - 2.48 (m, 1H), 2.43 - 2.32 (m, 1H), 2.27 - 2.01 (m, 3H), 1.92 - 1.65 (m, 5H), 1.55 - 1.39 (m, 5H), 0.53 - 0.41 (m, 1H), 0.39 - 0.23 (m, 2H), 0.07 - -0.08 (m, 2H)。
異構體4：LCMS：Rt=1.329 min；C 21H 31N 5O 3MS計算值：401.24；MS實驗值：402.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 4.96 (d, J=3.0 Hz, 1H), 4.66 (dd, J=6.0, 9.5 Hz, 1H), 3.65 - 3.56 (m, 1H), 3.49 - 3.40 (m, 1H), 3.37 - 3.32 (m, 3H), 3.20 - 3.09 (m, 1H), 2.82 - 2.69 (m, 1H), 2.50 (td, J=8.1, 16.3 Hz, 1H), 2.41 - 2.31 (m, 2H), 2.25 (ddd, J=6.3, 9.5, 13.9 Hz, 1H), 2.10 (td, J=9.0, 12.6 Hz, 1H), 2.01 - 1.79 (m, 4H), 1.71 - 1.57 (m, 5H), 0.65 - 0.55 (m, 1H), 0.54 - 0.37 (m, 2H), 0.21 - 0.08 (m, 2H)。 實例 151. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 477
Figure 02_image2482
步驟 1 ： ((3S,6S,8aS)-3-( 氯羰基 )-5- 側氧基六氫 -2H- 噻唑并 [3,2-a] 吡啶 -6- 基 ) 胺基甲酸 (9H- 茀 -9- 基 ) 甲酯
在0℃下，在N 2下向(3R,6S)-6-(9H-茀-9-基甲氧基羰基胺基)-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲酸(200 mg，0.45 mmol，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加(COCl) 2(86.8 mg，0.68 mmol，59 μL，1.5當量)及DMF (3.3 mg，45.6 μmol，3 μL，0.1當量)。在0℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。其未經純化即用於下一步驟中。獲得呈黃色固體狀之化合物N-[(3S,6S)-3-氯羰基-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]胺基甲酸9H-茀-9-基甲酯(200 mg，粗物質)。 ((3R,6S,8aS)-3-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺甲醯基 )-5- 側氧基六氫 -2H- 噻唑并 [3,2-a] 吡啶 -6- 基 ) 胺基甲酸 (9H- 茀 -9- 基 ) 甲酯
向N-[(3S,6S)-3-氯羰基-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]胺基甲酸9H-茀-9-基甲酯(200 mg，0.43 mmol，1當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加TEA (132.8 mg，1.31 mmol，0.18 mL，3當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(99.6 mg，0.52 mmol，1.2當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物1小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=0:1，UV 254)。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到黃色固體。藉由製備型HPLC (管柱：3_Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% HCl)-ACN]；B%：30%-60%，8.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(3R,6S)-3-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]胺基甲酸9H-茀-9-基甲酯(10.63 mg，18.4 μmol，4.2%產率，99.7%純度)。LCMS：Rt=0.834 min；C 30H 31N 5O 5S MS計算值：573.66；MS實驗值：574.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.82 (d, J=7.53 Hz, 2 H), 7.65 - 7.72 (m, 2 H), 7.37 - 7.45 (m, 2 H), 7.29 - 7.36 (m, 2 H), 5.02 - 5.11 (m, 3 H), 4.43 (d, J=6.78 Hz, 2 H), 4.23 - 4.30 (m, 1 H), 4.01 (br dd, J=11.29, 6.78 Hz, 1 H), 3.42 (dd, J=11.54, 7.78 Hz, 1 H), 3.19 - 3.30 (m, 3 H), 2.52 - 2.65 (m, 1 H), 2.17 - 2.43 (m, 4 H), 2.03 - 2.13 (m, 1 H), 1.84 - 1.97 (m, 2 H), 1.73 - 1.83 (m, 1 H)。 實例 152. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 479
Figure 02_image2484
向N-[(3R,6S)-3-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-6-基]胺基甲酸9H-茀-9-基甲酯(100 mg，0.17 mmol，1當量)於MeOH (0.1 mL)中之溶液中添加NH 3(7 M，2.00 mL，80.31當量)。在25℃下攪拌混合物1.5小時。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。在減壓下濃縮水相，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：0%-23%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(3R,6S)-6-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-5-側氧基-2,3,6,7,8,8a-六氫噻唑并[3,2-a]吡啶-3-甲醯胺(16.59 mg，47.2 μmol，27.0%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=1.495 min；C 15H 21N 5O 3S MS計算值：351.42；MS實驗值：352.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ ppm 4.99 (br dd, J=10.63, 5.63 Hz, 3 H), 3.33 - 3.45 (m, 4 H), 3.14 - 3.25 (m, 1 H), 2.58 - 2.71 (m, 1 H), 2.19 - 2.44 (m, 4 H), 1.75 - 2.00 (m, 4 H)。 實例 153. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 483
Figure 02_image2486
向(3S)-5-側氧基-6-[(2-側氧基-2-苯氧基-乙基)胺基]-2,3-二氫-1 H-吲哚𠯤-3-甲酸(100 mg，0.30 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加HATU (138.9 mg，0.36 mmol，1.2當量)及DIPEA (118.0 mg，0.91 mmol，0.15 mL，3當量)歷時1小時。接著，向混合物中添加(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(55.9 mg，0.29 mmol，9.69e-1當量，HCl)，且在25℃下攪拌所得混合物15小時。TLC (DCM/MeOH=10:1)。反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH醚梯度，在20 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之2-[[(3 S)-3-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3-二氫-1 H-吲哚𠯤-6-基]胺基]乙酸苯酯(35 mg，75.3 μmol，24.7%產率，99.8%純度)。
LCMS：Rt=0.770 min；C 24H 25N 5O 5MS計算值：463.19；MS實驗值：464.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.03 (br s, 1H), 7.46 - 7.24 (m, 5H), 6.32 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 5.19 (s, 2H), 5.10 - 4.99 (m, 3H), 3.34 (br d, J=3.3 Hz, 1H), 3.24 - 3.06 (m, 2H), 2.74 - 2.63 (m, 1H), 2.62 - 2.45 (m, 2H), 2.40 - 2.23 (m, 3H), 1.97 - 1.80 (m, 2H)。 實例 154. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 489
Figure 02_image2488
步驟 1 ： (1R,2S,6R,7R)-8- 三甲基矽烷基氧基 -4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一 -8- 烯 -3,5- 二酮
將環己-1,5-二烯-1-基氧基(三甲基)矽烷(5.0 g，29.71 mmol，5.50 mL，1當量)及吡咯-2,5-二酮(2.88 g，29.71 mmol，1當量)於MTBE (50 mL)中之溶液在25℃下攪拌16小時。進行TLC (石油醚:乙酸乙酯=2:1，I 2)。在減壓下濃縮反應混合物。添加MTBA (15 mL)及PE (15 mL)，且接著過濾懸浮液，得到呈白色固體狀之標題化合物。獲得呈白色固體狀之化合物(1R,2S,6R,7R)-8-三甲基矽烷基氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一-8-烯-3,5-二酮(5.2 g，65.9%產率) 步驟 2 ： (1R,2S,6R,7R)-4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一烷 -3,5,8- 三酮
將(1R,2S,6R,7R)-8-三甲基矽烷基氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一-8-烯-3,5-二酮(2.9 g，10.93 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(25 mL)中之溶液在25℃下攪拌16小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=5:1)。在真空中濃縮反應混合物。不進行純化。粗產物未經進一步純化即用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物(1R,2S,6R,7R)-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-3,5,8-三酮(2.16 g，粗物質)。 步驟 3 ： (1R,2S,6R,7R)-4-[(4- 甲氧基苯基 ) 甲基 ]-4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一烷 -3,5,8- 三酮
向(1 R,2 S,6 R,7 R)-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-3,5,8-三酮(2.1 g，11.18 mmol，1當量)於DMF (20 mL)中之溶液中添加PMBCl (2.1 g，13.42 mmol，1.83 mL，1.2當量)及K 2CO 3(2.3 g，16.77 mmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實偵測到所需化合物。TLC (石油醚:乙酸乙酯=1:1)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-40%石油醚/乙酸乙酯醚梯度，在25 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(1 R,2 S,6 R,7 R)-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-3,5,8-三酮(3.03 g，86.4%產率)。 步驟 4 ： (1R,2S,6R,7R)-8- 胺基 -4-[(4- 甲氧基苯基 ) 甲基 ]-3,5- 二側氧基 -4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一烷 -8- 甲腈
向(1 R,2 S,6 R,7 R)-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-3,5,8-三酮(1.7 g，5.43 mmol，1當量)於DCM (25 mL)中之溶液中添加NH 3(7 M，7.75 mL，10當量)及Ti(i-PrO) 4(1.85 g，6.51 mmol，1.92 mL，1.2當量)。在25℃下攪拌反應混合物2小時。添加TMSCN (807.3 mg，8.14 mmol，1.02 mL，1.5當量)且在25℃下攪拌溶液16小時。添加乙酸乙酯(100 mL)及H 2O (10 mL)，過濾反應混合物, 濃縮濾液至減壓。獲得呈白色固體狀之化合物(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-胺基-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-甲腈(1.75 g，粗物質)。 步驟 5 ： (2S)-2-( 苯甲氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙酸
在0℃下，向(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸(3.0 g，23.23 mmol，1當量)於THF (45 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(2 M，13.94 mL，1.2當量)。添加CbzCl (5.15 g，30.20 mmol，4.29 mL，1.3當量)，且在25℃下攪拌反應混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物。混合物用水(30 mL)稀釋且所得混合物用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥。藉由矽膠管柱層析(石油醚:乙酸乙酯=1:0至3:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(2 S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸。獲得呈無色油狀之化合物(2 S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(3.2 g，10.21 mmol，43.9%產率，84%純度)。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.43 - 7.20 (m, 5H), 5.09 (s, 2H), 4.23 (dd, J=5.5, 8.0 Hz, 1H), 1.73 - 1.58 (m, 2H), 0.86 - 0.72 (m, 1H), 0.53 - 0.39 (m, 2H), 0.20 - 0.02 (m, 2H)。 步驟 6 ： N-[(1S)-2-[[(1R,2S,6R,7R)-8- 氰基 -4-[(4- 甲氧基苯基 ) 甲基 ]-3,5- 二側氧基 -4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一烷 -8- 基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺基甲酸苯甲酯
將(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-胺基-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-甲腈(1.7 g，5.01 mmol，1當量)、(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(1.45 g，5.51 mmol，1.1當量)及吡啶(3.96 g，50.09 mmol，4.04 mL，10當量)於THF (35 mL)中之溶液在25℃下攪拌15分鐘。在0℃下逐滴添加POCl 3(1.92 g，12.52 mmol，1.16 mL，2.5當量)之後，在25℃下攪拌反應混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物。混合物用水(30 mL)稀釋且所得混合物用乙酸乙酯(80 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥。藉由矽膠管柱層析(DCM:MeOH=1:0至20:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸酯(2.4 g，72.9%產率，89%純度)。 步驟 7 ： N-[(1S)-2-[[(1R,2S,6R,7R)-8- 氰基 -3,5- 二側氧基 -4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一烷 -8- 基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺基甲酸苯甲酯
向 N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(500 mg，0.85 mmol，1當量)於ACN (15 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加CAN (1.41 g，2.57 mmol，1.28 mL，3當量)，且接著在25℃下攪拌反應混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物。混合物用水(30 mL)稀釋及所得混合物用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥。藉由矽膠管柱層析(石油醚:乙酸乙酯=1:0至1:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(260 mg，62.8%產率，96%純度)。 步驟 8 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1R,2S,6R,7R)-8- 氰基 -3,5- 二側氧基 -4- 氮雜三環 [5.2.2.0 2,6] 十一烷 -8- 基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
在N 2下，向 N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(200 mg，0.43 mmol，1當量)於THF (2 mL)中之溶液中添加Pd/C (100 mg，10%純度)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌16小時。將反應混合物過濾且在減壓下濃縮濾液。獲得呈無色油狀之化合物(2 S)-2-胺基- N-[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]-3-環丙基-丙醯胺(140 mg，粗物質)。
異構體1： N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R,8 S)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.02,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺；異構體2： N-[(1 S)-2-[[(1 S,2 R,6 S,7 S,8 S)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.02,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]-3-環丙基-丙醯胺(140 mg，0.42 mmol，1當量)、4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(81.01 mg，0.42 mmol，1當量)及DIPEA (109.5 mg，0.84 mmol，147.62 μL，2當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加HATU (193.3 mg，0.50 mmol，1.2當量)。在25℃下攪拌反應混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物。混合物用水(10 mL)稀釋且所得混合物用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮至乾燥。藉由製備型TLC (DCM:MeOH =10:1)純化殘餘物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈兩個白色固體狀之異構體1 (13.30 mg，6.0%產率，97.4%純度)及異構體2 (31.40 mg，14.6%產率，99.5%純度)。
異構體1：LCMS：Rt=0.808 min；C 27H 29N 5O 5MS計算值：503.22；MS實驗值：504.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.28 (s, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.56 (dd, J=4.4, 9.9 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.17 (d, J=2.5 Hz, 1H), 3.02 - 2.97 (m, 1H), 2.96 - 2.90 (m, 1H), 2.41 (d, J=15.3 Hz, 1H), 2.33 (d, J=2.3 Hz, 1H), 2.22 - 2.10 (m, 1H), 1.94 (d, J=15.3 Hz, 1H), 1.88 - 1.63 (m, 5H), 0.90 - 0.75 (m, 1H), 0.56 - 0.40 (m, 2H), 0.31 - 0.13 (m, 2H)。
異構體2：LCMS：Rt=0.806 min；C 27H 29N 5O 5MS計算值：503.22；MS實驗值：504.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.25 (s, 1H), 7.18 - 7.11 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.8 Hz, 1H), 4.64 - 4.60 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.17 (d, J=2.0 Hz, 1H), 3.00 - 2.93 (m, 1H), 2.92 - 2.86 (m, 1H), 2.43 (d, J=15.6 Hz, 1H), 2.31 (s, 1H), 2.23 - 2.11 (m, 1H), 1.94 (d, J=15.6 Hz, 1H), 1.84 - 1.61 (m, 5H), 0.85 - 0.70 (m, 1H), 0.55 - 0.40 (m, 2H), 0.23 - 0.09 (m, 2H)。 實例 155. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 491
Figure 02_image2490
步驟 1 ： (2S)-2-[[3- 環丙基 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(240 mg，1.01 mmol，1當量，HCl)、(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(412.2 mg，1.22 mmol，1.2當量，HCl)及TEA (410.4 mg，4.06 mmol，0.56 mL，4當量)於DMF (3 mL)中之混合物中添加T 3P (1.2 g，2.03 mmol，1.21 mL，50%純度，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH =10:1/UV 254 nm)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：100-25%乙酸乙酯/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(256 mg，0.48 mmol，48.2%產率，92.5%純度)。 步驟 2 ： N-[2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在密封管中，將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(246.3 mg，0.47 mmol，92.5%純度，1當量)於NH 3(7 M，6.72 mL，100當量) (7 M於MeOH中)中之混合物在80℃下攪拌36小時。在真空中濃縮反應混合物。獲得呈黃色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(220 mg，粗物質)，其未經進一步純化即用於下一步驟中。 步驟 3 ： N-[2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，0.53 mmol，1當量)及甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(444.0 mg，1.86 mmol，3.5當量)於DCM (3 mL)中之混合物在25℃下攪拌16小時。LC-MS證實偵測到所需化合物。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(83 mg，0.18 mmol，34.2%產率，99.0%純度)。
異構體1： N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺；異構體2： N-[(1 S)-2-[[(1 R)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺；異構體3： N-[(1 R)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺；異構體3： N-[(1 R)-2-[[(1 R)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：55%-55%)純化N-[2-[[1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，0.11 mmol，1當量)，得到三個片段：異構體1、異構體2及3之混合物以及異構體4。
異構體1：獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(28.1 mg，62.2 μmol，56.2%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.755 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ 11.57 (s, 1H), 8.91 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.50 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.37 (d, J=1.4 Hz, 1H), 7.15 - 7.06 (m, 1H), 7.04 - 6.97 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.07 (q, J=8.2 Hz, 1H), 4.49 - 4.40 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.15 - 3.01 (m, 2H), 2.34 - 2.20 (m, 2H), 1.91 - 1.76 (m, 3H), 1.70 (br dd, J=4.4, 8.7 Hz, 1H), 1.64 - 1.53 (m, 1H), 1.35 (br s, 1H), 0.86 - 0.76 (m, 1H), 0.48 - 0.35 (m, 2H), 0.25 - 0.04 (m, 2H)。
異構體4：獲得呈白色固體狀之N-[(1R)-2-[[(1R)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(6.1 mg，13.5 μmol，12.2%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.752 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.27 (s, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.12 (dd, J=6.4, 7.7 Hz, 1H), 4.85 (br s, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.24 - 3.16 (m, 2H), 2.50 - 2.32 (m, 2H), 2.06 - 1.92 (m, 2H), 1.92 - 1.82 (m, 2H), 1.70 (dt, J=7.0, 14.2 Hz, 2H), 1.63 - 1.54 (m, 1H), 1.31 - 1.31 (m, 1H), 1.41 - 1.27 (m, 1H), 0.91 - 0.80 (m, 1H), 0.53 (br d, J=8.0 Hz, 2H), 0.25 - 0.14 (m, 2H)。
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OD-H (250 mm×30 mm, 5um)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：45%-45%，min)純化異構體2及異構體3之混合物(20.0 mg，44.3 μmol，1當量)，得到兩個片段。
異構體3：獲得呈白色固體狀之N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(5.1 mg，11.3 μmol，25.6%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.754 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.28 (s, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.06 (dd, J=6.5, 9.8 Hz, 1H), 4.81 (br s, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.18 (br s, 2H), 2.43 - 2.35 (m, 1H), 2.45 - 2.27 (m, 1H), 2.31 (br s, 1H), 2.06 - 1.95 (m, 1H), 1.94 - 1.78 (m, 3H), 1.76 - 1.59 (m, 2H), 1.58 - 1.45 (m, 1H), 1.40 (s, 1H), 1.29 (s, 1H), 0.92 - 0.79 (m, 1H), 0.58 - 0.44 (m, 2H), 0.26 - 0.12 (m, 2H)。
異構體2：獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1R)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(6.3 mg，14.0 μmol，31.6%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.754 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.22，MS實驗值：452.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.12 (s, 1H), 7.01 - 6.96 (m, 1H), 6.87 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.35 (d, J=7.8 Hz, 1H), 4.89 (t, J=7.2 Hz, 1H), 4.43 (dd, J=6.3, 8.3 Hz, 2H), 3.77 (s, 3H), 3.08 - 3.00 (m, 2H), 2.32 - 2.22 (m, 1H), 2.20 - 2.10 (m, 1H), 2.27 - 2.07 (m, 1H), 1.84 - 1.73 (m, 2H), 1.72 - 1.62 (m, 2H), 1.60 - 1.50 (m, 2H), 1.43 - 1.34 (m, 1H), 0.75 - 0.62 (m, 1H), 0.40 - 0.27 (m, 2H), 0.08 - -0.04 (m, 2H)。 實例 156. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 493
Figure 02_image2492
步驟 1 ： (2R)-2-( 苯甲氧基羰基胺基 )-3- 溴 - 丙酸甲酯
在0℃下，向(2 S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-羥基-丙酸甲酯(10 g，39.49 mmol，1當量)及CBr 4(15.7 g，47.38 mmol，1.2當量)於THF (120 mL)中之溶液中添加含PPh 3(12.4 g，47.38 mmol，1.2當量)之THF (20 mL)。接著，在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=5/1，I 2)。將反應混合物過濾且在真空中濃縮濾液。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-20%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 R)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-溴-丙酸甲酯(8.2 g，65.6%產率)。 步驟 2 ： (2S)-3-(3- 乙醯基 -2- 側氧基 - 咪唑啶 -1- 基 )-2-( 苯甲氧基羰基胺基 ) 丙酸甲酯
在25℃下，向1-乙醯基咪唑啶-2-酮(1.3 g，10.31 mmol，1當量)於DMA (10 mL)中之溶液中添加NaH (618.6 mg，15.47 mmol，60%純度，1.5當量)且在45℃下攪拌混合物15分鐘。接著，在45℃下向混合物中添加含(2 R)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-溴-丙酸甲酯(3.2 g，10.31 mmol，1當量)之DMA (30 mL)，且在45℃下攪拌所得混合物15分鐘。LC-MS證實偵測到所需化合物。TLC (石油醚:乙酸乙酯=0:1)證實偵測到新的斑點。反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；20 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0~80%石油醚/乙酸乙酯醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈黃色油狀之化合物(2 S)-3-(3-乙醯基-2-側氧基-咪唑啶-1-基)-2-(苯甲氧基羰基胺基)丙酸甲酯(1.5 g，40.0%產率)。 步驟 3 ： N-[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基咪唑啶 -1- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺基甲酸苯甲酯
將3-(3-乙醯基-2-側氧基-咪唑啶-1-基)-2-(苯甲氧基羰基胺基)丙酸甲酯(2.0 g，5.50 mmol，1當量)於氨(7 M，14.94 mL，19當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。TLC (DCM:MeOH=10:1)。將反應混合物過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；25 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-30% DCM/MeOH醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[2-胺基-2-側氧基-1-[(2-側氧基咪唑啶-1-基)甲基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(462 mg，27.4%產率)。 步驟 4 ： 2- 胺基 -3-(2- 側氧基咪唑啶 -1- 基 ) 丙醯胺
在N 2下，向4 (450 mg，1.47 mmol，1當量)於MeOH (3 mL)中之溶液中添加Pd/C (0.2 g，10%純度)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌1小時。TLC (二氯甲烷:甲醇=10/1，茚三酮(Ninhydrin))。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。粗產物未經進一步純化即用於下一步驟中，且獲得呈白色固體狀之2-胺基-3-(2-側氧基咪唑啶-1-基)丙醯胺(250 mg，粗物質)。 步驟 5 ： (2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙酸三級丁酯
在0℃下，向2-胺基-3-(2-側氧基咪唑啶-1-基)丙醯胺(0.3 g，2.3 mmol，1當量)於乙酸三級丁酯(4.33 g，37.2 mmol，5 mL，16.0當量)中之溶液中緩慢添加HClO 4(533.3 mg，3.7 mmol，0.32 mL，70%純度，1.6當量)。在25℃下攪拌混合物15小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=2/1，茚三酮)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋，接著添加1 N HCl (8 mL)。用10% Na 2CO 3水溶液將混合物之pH值調節至約9且接著用DCM (3×15 mL)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，得到呈無色油狀之(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸三級丁酯(0.4 g，粗物質)。 步驟 6 ： (2S)-3- 環丙基 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙酸三級丁酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(206.3 mg，1.08 mmol，1當量)及HOBt (153.1 mg，1.1 mmol，1.0當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加EDCI (223.5 mg，1.17 mmol，1.0當量)及(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸三級丁酯(200 mg，1.08 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=2/1，UV)。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=100/1至2/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸三級丁酯(150 mg，38%產率)。 步驟 7 ： (2S)-3- 環丙基 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙酸
向(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸三級丁酯(100 mg，0.27 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加TFA (7.7 g，67.5 mmol，5.0 mL，242.05當量)且在25℃下攪拌所得混合物1小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=2/1，UV)。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=100/1至2/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(50 mg，59.2%產率)。 步驟 8 ： N-[(1S)-2-[[2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[(2- 側氧基咪唑啶 -1- 基 ) 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(50 mg，0.16 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加HATU (94.3 mg，0.24 mmol，1.5當量)、2-胺基-3-(2-側氧基咪唑啶-1-基)丙醯胺(42.7 mg，0.24 mmol，1.5當量)及DIPEA (53.4 mg，0.41 mmol，72.0 μL，2.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。TLC (二氯甲烷:甲醇=10/1，UV)。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=100/1至10/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之10 (60 mg，79%產率)。 步驟 9 ： N-[(1S)-2-[[1- 氰基 -2-(2- 側氧基咪唑啶 -1- 基 ) 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向10 (60 mg，0.13 mmol，1當量)於DCM (3.0 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(93.9 mg，0.39 mmol，3.0當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：21%-51%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[1-氰基-2-(2-側氧基咪唑啶-1-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(9.72 mg，16%產率)。
LCMS：Rt=0.772 min；C 22H 26N 6O 4MS計算值：438.20；MS實驗值：439.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.28 (s, 1H), 7.19 - 7.12 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.22 - 5.01 (m, 1H), 4.59 (s, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.62 - 3.52 (m, 4H), 3.44 - 3.34 (m, 2H), 1.92 - 1.78 (m, 1H), 1.70 (tt, J=6.8, 13.2 Hz, 1H), 0.83 (d, J=6.0 Hz, 1H), 0.61 - 0.40 (m, 2H), 0.27 - 0.08 (m, 2H)。 實例 157. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 495
Figure 02_image2494
異構體1： N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R,8 S)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯；異構體2： N-[(1S)-2-[[(1 S,2 R,6 S,7 S,8 R)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯
將 N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R)-8-氰基-4-[(4-甲氧基苯基)甲基]-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(200 mg，0.34 mmol，1當量)、氨;鈰(4+);硝酸;四硝酸鹽(1.13 g，2.05 mmol，1.02 mL，6當量)於H 2O (1 mL)及MeCN (3 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物16小時。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：3_Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% HCl)-ACN]；B%：25%-55%，8.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 R,2 S,6 R,7 R,8 S)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(17.25 mg，35.6 μmol，10.4%產率，96.1%純度)及呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S,2 R,6 S,7 S,8 R)-8-氰基-3,5-二側氧基-4-氮雜三環[5.2.2.0 2,6]十一烷-8-基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(17.56 mg，36.37 μmol，10.63%產率，96.2%純度)。
異構體1：LCMS：Rt=0.798 min；C 25H 28N 4O 5MS計算值：464.21；MS實驗值：465.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.47 - 7.21 (m, 5H), 5.17 - 5.08 (m, 2H), 4.10 (dd, J=4.3, 9.8 Hz, 1H), 3.12 (br d, J=2.5 Hz, 1H), 3.01 - 2.88 (m, 2H), 2.42 - 2.28 (m, 2H), 2.20 - 2.09 (m, 1H), 1.89 (br d, J=15.3 Hz, 1H), 1.80 - 1.73 (m, 2H), 1.72 - 1.61 (m, 2H), 1.56 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 0.82 - 0.67 (m, 1H), 0.42 - 0.42 (m, 1H), 0.48 - 0.38 (m, 1H), 0.23 - 0.09 (m, 2H)。
異構體2：LCMS：Rt=0.818 min；C 25H 28N 4O 5MS計算值：464.21；MS實驗值：465.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.45 - 7.25 (m, 5H), 5.18 - 5.09 (m, 2H), 4.17 (br dd, J=6.0, 7.6 Hz, 1H), 3.35 (s, 1H), 3.11 - 2.93 (m, 2H), 2.42 (br d, J=15.6 Hz, 1H), 2.31 (br s, 1H), 2.23 - 2.12 (m, 1H), 1.91 (br d, J=15.3 Hz, 1H), 1.76 (br d, J=6.8 Hz, 2H), 1.68 (br d, J=11.4 Hz, 1H), 1.65 - 1.58 (m, 1H), 1.56 - 1.45 (m, 1H), 0.78 - 0.67 (m, 1H), 0.44 (d, J=5.1 Hz, 2H), 0.12 (br s, 2H)。 實例 158. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 496
Figure 02_image2496
步驟 1 ： 4,4- 二氟 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 戊酸甲酯
向4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(281.6 mg，1.47 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加HATU (672.2 mg，1.77 mmol，1.2當量)、DIPEA (571.2 mg，4.42 mmol，0.76 mL，3當量)及2-胺基-4,4-二氟-戊酸甲酯(300 mg，1.47 mmol，1當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物2小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=0:1)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-30%石油醚/乙酸乙酯醚梯度，在20 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之4,4-二氟-2-[(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]戊酸甲酯(357 mg，1.04 mmol，70.7%產率，99.4%純度)。 步驟 2 ： 4,4- 二氟 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 戊酸
在0℃下，向4,4-二氟-2-[(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]戊酸甲酯(357 mg，1.05 mmol，1當量)於THF (3 mL)及MeOH (1 mL)中之溶液中添加含LiOH.H 2O (132.0 mg，3.15 mmol，3當量)之H 2O (2 mL)。在0℃下攪拌混合物20分鐘。用4 M HCl將反應物之pH值調節至約4。反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物未經進一步純化即用於下一步驟中。獲得呈淺黃色固體狀之化合物4,4-二氟-2-[(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]戊酸(321 mg，93.7%產率)。 步驟 3 ： N-[1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二氟 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向4,4-二氟-2-[(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]戊酸(20 mg，61.2 μmol，1當量)於DCM (0.5 mL)中之溶液中添加含(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(13.9 mg，73.5 μmol，1.2當量，HCl)、TEA (18.6 mg，0.18 mmol，25.5 μL，3當量)及T 3P (50.7 mg，79.6 μmol，50%純度，1.3當量)之DMF (0.2 mL)。在0℃下攪拌混合物2小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：17%-47%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[1-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二氟-丁基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(2.54 mg，8.7%產率，97.7%純度)。
LCMS：Rt=0.772 min；C 22H 25F 2N 5O 4MS計算值：461.19；MS實驗值：462.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.24 (d, J=3.8 Hz, 1H), 7.15 (dt, J=2.3, 8.0 Hz, 1H), 7.03 (dd, J=2.5, 8.3 Hz, 1H), 6.52 (dd, J=1.5, 7.5 Hz, 1H), 5.07 - 5.00 (m, 1H), 4.84 (br s, 1H), 3.93 (d, J=1.8 Hz, 3H), 3.30 - 3.18 (m, 2H), 2.67 - 2.57 (m, 1H), 2.56 - 2.40 (m, 2H), 2.37 - 2.25 (m, 2H), 1.95 - 1.85 (m, 1H), 1.85 - 1.76 (m, 1H), 1.69 (dt, J=2.6, 18.8 Hz, 3H)。 實例 159. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 501
Figure 02_image2498
向2-[[(3 S)-3-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3-二氫-1H-吲哚𠯤-6-基]胺基]乙酸苯酯(100 mg，0.21 mmol，1當量)於THF (1 mL)及MeOH (0.3 mL)中之溶液中添加含LiOH.H 2O (27.1 mg，0.64 mmol，3當量)之H 2O (0.5 mL)。在25℃下攪拌混合物4小時。LC-MS及HPLC證實偵測到所需化合物。用4 M HCl將反應物之pH值調節至約1。反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：3_Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% HCl)-ACN]；B%：0%-30%，8.5 min)純化殘餘物。藉由LCMS及HPLC檢驗殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：3_Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% HCl)-ACN]；B%：0%-30%，8.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物2-[[(3 S)-3-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-5-側氧基-2,3-二氫-1H-吲哚𠯤-6-基]胺基]乙酸(1.2 mg，1.27%產率，98.9%純度，CHOOH)。
LCMS：Rt=0.643 min；C 18H 21N 5O 5MS計算值：387.15；MS實驗值：388.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.49 (br s, 1H), 8.03 (s, 1H), 6.32 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.09 - 5.03 (m, 2H), 3.74 (s, 2H), 3.34 (br s, 1H), 3.26 - 3.18 (m, 2H), 3.17 - 3.07 (m, 1H), 2.74 - 2.64 (m, 1H), 2.62 - 2.51 (m, 1H), 2.40 - 2.26 (m, 3H), 2.24 - 2.15 (m, 1H), 1.97 - 1.88 (m, 1H), 1.87 - 1.77 (m, 1H)。 實例 160. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 505
Figure 02_image2500
向2-(3-胺基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(100 mg，0.27 mmol，1當量)於THF (1 mL)中之溶液中添加Boc2O (610.6 mg，2.80 mmol，0.64 mL，10當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH=10:1)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=20:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[1-[2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-2-側氧基-3-吡啶基]胺基甲酸三級丁酯(12.62 mg，9.0 %產率，91.4 %純度)。
LCMS：Rt=0.832 min；C 23H 31N 5O 5MS計算值：457.23；MS實驗值：458.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.98 (d, J=6.3 Hz, 1H), 7.39 - 7.31 (m, 1H), 6.45 - 6.34 (m, 1H), 5.56 - 5.39 (m, 1H), 5.03 (d, J=6.8 Hz, 1H), 3.34 (s, 1H), 3.29 - 3.22 (m, 1H), 2.57 - 2.43 (m, 1H), 2.41 - 2.30 (m, 1H), 2.29 - 2.20 (m, 1H), 2.01 - 1.94 (m, 2H), 1.92 - 1.72 (m, 2H), 1.52 (d, J=2.5 Hz, 9H), 0.62 (dd, J=7.4, 12.3 Hz, 1H), 0.50 - 0.36 (m, 2H), 0.21 - 0.12 (m, 1H), 0.09 - 0.02 (m, 1H)。 實例 161. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 504
Figure 02_image2502
藉由SFC進一步分離殘餘物。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：30%-30%，min)進一步分離殘餘物。
異構體1：獲得呈白色固體狀之化合物 N-[1-[(1 R)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-2-側氧基-3-吡啶基]胺基甲酸三級丁酯(2.47 mg，23.1%產率)。LCMS：Rt=0.837 min；C 23H 31N 5O 5MS計算值：457.23；MS實驗值：458.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.98 (d, J=7.1 Hz, 1H), 7.34 (dd, J=1.7, 7.1 Hz, 1H), 6.39 (t, J=7.2 Hz, 1H), 5.56 - 5.31 (m, 1H), 5.01 (dd, J=6.8, 9.3 Hz, 1H), 3.34 (d, J=2.8 Hz, 2H), 2.56 - 2.44 (m, 1H), 2.41 - 2.32 (m, 1H), 2.32 - 2.24 (m, 1H), 2.00 - 1.91 (m, 3H), 1.89 - 1.82 (m, 1H), 1.52 (s, 9H), 0.59 (s, 1H), 0.46 - 0.37 (m, 2H), 0.15 (d, J=8.4 Hz, 1H), 0.03 (d, J=11.3 Hz, 1H)。
異構體2：獲得呈白色固體狀之化合物 N-[1-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-2-側氧基-3-吡啶基]胺基甲酸三級丁酯(2.71 mg，25.5%產率)。LCMS：Rt=0.837 min；C 23H 31N 5O 5MS計算值：457.23；MS實驗值：458.1 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.97 (d, J=7.3 Hz, 1H), 7.35 (dd, J=1.8, 7.0 Hz, 1H), 6.38 (t, J=7.3 Hz, 1H), 5.42 (dd, J=7.0, 8.5 Hz, 1H), 5.44 - 5.40 (m, 1H), 5.03 - 4.99 (m, 1H), 3.30 - 3.25 (m, 2H), 2.48 (dq, J=5.3, 9.2 Hz, 1H), 2.29 - 2.22 (m, 1H), 2.32 - 2.22 (m, 1H), 2.02 - 1.94 (m, 2H), 1.91 - 1.85 (m, 1H), 1.84 - 1.73 (m, 1H), 1.51 (s, 9H), 0.63 (br d, J=6.8 Hz, 1H), 0.49 - 0.42 (m, 2H), 0.18 - 0.13 (m, 1H), 0.06 (dd, J=4.3, 8.8 Hz, 1H)。 實例 162. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 509
Figure 02_image2504
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[[4-( 二氟甲氧基 )-1H- 吲哚 -2- 羰基 ] 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(160 mg，476.44 μmol，1當量，HCl)及4-(二氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(108.23 mg，476.44 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之混合物中添加DMAP (174.62 mg，1.43 mmol，3當量)及EDCI (274.00 mg，1.43 mmol，3當量)，向混合物中添加DMF (1 mL)且在25℃下攪拌14小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件，管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[[4-(二氟甲氧基)-1H-吲哚-2-羰基]胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，294.98 μmol，61.91%產率)。MS (ESI) m/z494.3 [M+H] + 步驟 2 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4-( 二氟甲氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[[4-(二氟甲氧基)-1H-吲哚-2-羰基]胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，294.98 μmol，1當量)於氨(7.65 g，449.19 mmol，7.50 mL，1522.81當量)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-(二氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，202.63 μmol，68.69%產率)且用於下一步驟中。MS (ESI) m/z494.3 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 甲基 - 丁基 ]-4-( 二氟甲氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-(二氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，202.63 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(193.16 mg，810.53 μmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件，管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-(二氟甲氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(30 mg，63.09 μmol，31.14%產率)。MS (ESI) m/z476.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.88 (d, J=1.8 Hz, 1H), 8.93 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.65 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.78 - 7.67 (m, 1H), 7.43 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.35 - 7.27 (m, 1H), 7.21 - 7.12 (m, 1H), 6.82 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.04 - 4.85 (m, 1H), 4.56 - 4.40 (m, 1H), 3.20 - 3.03 (m, 2H), 2.42 - 2.04 (m, 3H), 1.85 - 1.47 (m, 5H), 1.00 - 0.84 (m, 6H) 實例 163. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 515
Figure 02_image2506
步驟 1 ： 4- 羥基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
在0℃下，向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，2.62 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加BBr 3(1.31 g，5.23 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (60 mL，以30 mL×2之形式萃取)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈紅色固體狀之4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 176.1 [M-H]+ 步驟 2 ： 4- 羥基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
將4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸(200 mg，1.13 mmol，1當量)添加至HCl/MeOH (4 M，10 mL，35.43當量)中。在70℃下攪拌混合物5小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由管柱層析純化粗物質(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=9/1至8/1)，得到呈黃色固體狀之4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(170 mg，800.28 μmol，70.89%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z190.1 [M-H] + 步驟 3 ： 4-(2-(N- 嗎啉基 ) 乙氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
向4-羥基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(300 mg，1.57 mmol，1當量)及2-(N-嗎啉基)乙醇(205.83 mg，1.57 mmol，192.37 μL，1當量)於THF (4 mL)中之混合物中添加PPh 3(452.73 mg，1.73 mmol，1.1當量)，在N 2下，在0℃下添加DIAD (317.30 mg，1.57 mmol，305.10 μL，1當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水洗滌，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(200 mg，591.44 μmol，37.69%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z304.9 [M+H] + 步驟 4 ： 4-(2-(N- 嗎啉基 ) 乙氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲酸
在25℃下，向4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(200 mg，657.16 μmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (1 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (41.37 mg，985.74 μmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由HCl製備型HPLC純化粗物質，得到呈白色固體狀之4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(80 mg，261.79 μmol，39.84%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z289.2 [M-H] +
管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：1%-32%，6.5 min 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4-(2-(N- 嗎啉基 ) 乙氧基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲酸(70 mg，241.12 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(159.33 mg，241.12 μmol，40%純度，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中一次性添加DIEA (93.49 mg，723.36 μmol，125.99 μL，3當量)及T 3P (230.16 mg，361.68 μmol，215.10 μL，50%純度，1.5當量)。在0℃下攪拌混合物2小時。向反應混合物中添加EDTA溶液(2 mL)且在25℃下攪拌10分鐘，且接著用DCM (6 mL，以2 mL×3之形式萃取)萃取。合併之有機層用鹽水(5 mL，以5 mL×3之形式洗滌)洗滌且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-(2-(N-嗎啉基)乙氧基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(13 mg，24.23 μmol，10.05%產率)。MS (ESI) m/z537.3 [M+H] +管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.57 (s, 1H), 8.92 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.60 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.79 - 7.68 (m, 1H), 7.35 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.14 - 6.93 (m, 2H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.98 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.54 - 4.38 (m, 1H), 4.21 (br d, J=3.5 Hz, 2H), 3.59 (t, J=4.5 Hz, 4H), 3.20 - 3.05 (m, 2H), 2.78 (t, J=5.6 Hz, 2H), 2.60 - 2.52 (m, 4H), 2.43 - 2.28 (m, 1H), 2.23 - 2.04 (m, 2H), 1.92 - 1.60 (m, 3H), 1.56 - 1.38 (m, 1H), 0.80 (br d, J=5.3 Hz, 1H), 0.51 - 0.30 (m, 2H), 0.25 - 0.05 (m, 2H)
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.34 - 7.28 (m, 1H), 7.18 - 7.11 (m, 1H), 7.04 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.53 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=5.8, 10.3 Hz, 1H), 4.54 (t, J=7.4 Hz, 1H), 4.30 (t, J=5.3 Hz, 2H), 3.77 - 3.72 (m, 4H), 3.30 - 3.27 (m, 2H), 2.92 (t, J=5.3 Hz, 2H), 2.75 - 2.59 (m, 5H), 2.40 - 2.26 (m, 2H), 1.99 - 1.79 (m, 3H), 1.78 - 1.60 (m, 1H), 0.93 - 0.76 (m, 1H), 0.58 - 0.52 (m, 2H), 0.20 (br dd, J=5.0, 11.6 Hz, 2H) 實例 164. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 519
Figure 02_image2508
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(230 mg，578.67 μmol，1當量)於HCl/MeOH (3 mL)中之混合物在25℃下攪拌30分鐘。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(170 mg，571.72 μmol，98.80%產率)。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(5- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(170 mg，571.72 μmol，1當量)於DCM (2 mL)及DMF (0.5 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (209.54 mg，1.72 mmol，3當量)。向混合物中添加5-氯-1H-吲哚-2-甲酸(134.20 mg，686.06 μmol，1.2當量)及EDCI (328.80 mg，1.72 mmol，3當量)且在25℃下攪拌2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。粗產物藉由製備型TLC (SiO 2，EA:MeOH=10:1)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(5-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(140 mg，294.78 μmol，51.56%產率)。MS (ESI) m/z475.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
(2S)-2-[[(2S)-2-[(5-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(130 mg，273.72 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M) (5 mL)中之混合物，在80℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，217.43 μmol，79.43%產率)。MS (ESI) m/z460.2 [M+H] + 步驟 4 ： 5- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，217.43 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(103.63 mg，434.85 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之5-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(33 mg，74.68 μmol，34.35%產率)。MS (ESI) m/z442.1 [M+H] +
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.71 (s, 1H), 8.85 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.59 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.71 - 7.56 (m, 2H), 7.34 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.19 (s, 1H), 7.10 (dd, J=1.5, 8.8 Hz, 1H), 4.97 - 4.80 (m, 1H), 4.48 - 4.30 (m, 1H), 3.12 - 2.94 (m, 2H), 2.36 - 2.21 (m, 1H), 2.13 - 1.96 (m, 2H), 1.83 - 1.54 (m, 3H), 1.47 - 1.34 (m, 1H), 0.82 - 0.65 (m, 1H), 0.39 - 0.26 (m, 2H), 0.19 - 0.04 (m, 2H) 實例 165. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 531
Figure 02_image2510
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.68 mmol，1當量)於DCM (10 mL)及DMF (2.5 mL)中之混合物，在25℃下向混合物中一次性添加DMAP (616.30 mg，5.04 mmol，3當量)。向混合物中添加7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(394.69 mg，2.02 mmol，1.2當量)及EDCI (967.04 mg，5.04 mmol，3當量)且在25℃下攪拌反應物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(550 mg，1.16 mmol，68.87%產率)。MS (ESI) m/z475.1 [M+H] + 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.05 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，66.49當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，956.68 μmol，90.87%產率)。MS (ESI) m/z460.3 [M+H] + 步驟 3 ： 7- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(430 mg，934.94 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(445.61 mg，1.87 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+ 10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(180 mg，407.32 μmol，43.57%產率)。MS (ESI) m/z442.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.71 (br s, 1H), 9.01 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.72 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.71 (s, 1H), 7.63 (dd, J=0.7, 7.9 Hz, 1H), 7.34 - 7.25 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.00 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.58 - 4.49 (m, 1H), 3.13 (quin, J=9.2 Hz, 2H), 2.42 - 2.31 (m, 1H), 2.22 - 2.05 (m, 2H), 1.89 - 1.64 (m, 3H), 1.57 - 1.46 (m, 1H), 0.89 - 0.75 (m, 1H), 0.50 - 0.37 (m, 2H), 0.25 - 0.07 (m, 2H) 實例 166. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 539
Figure 02_image2512
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，45.81當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (2S,4R)-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-4- 甲基吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向(2S,4R)-1-三級丁氧基羰基-4-甲基-吡咯啶-2-甲酸(250 mg，1.09 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(304.45 mg，1.64 mmol，1.5當量)於DCM (10 mL)中之溶液中逐滴添加T3P (1.04 g，1.64 mmol，972.75 μL，50%純度，1.5當量)及Et 3N (662.02 mg，6.54 mmol，910.62 μL，6當量)，且在20℃下攪拌反應物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用40 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之產物(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-甲基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(320 mg，805.10 μmol，73.86%產率)。MS (ESI) m/z398.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-2-((2S,4R)-4- 甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-甲基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(260 mg，654.15 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，8 mL，48.92當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之產物(2S)-2-[[(2S,4R)-4-甲基吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z298.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (S)-2-((2S,4R)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S,4R)-4-甲基吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，599.14 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(229.09 mg，1.20 mmol，2.0當量)於DMF (2.0 mL)中之溶液中添加DMAP (219.59 mg，1.80 mmol，3.0當量)及EDCI (229.71 mg，1.20 mmol，2當量)及DCM (8.0 mL)，在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (50 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用60 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，494.14 μmol，82.47%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z471.3 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4R)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(220 mg，434.84 μmol，93%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，321.96當量)中之溶液在60℃下攪拌12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-甲醯胺(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。 步驟 6 ： (2S,4R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-甲醯胺(100 mg，219.54 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(313.90 mg，1.32 mmol，6當量)，且在20℃下攪拌混合物3小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA) - ACN]；B%：25% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S,4R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基-吡咯啶-2-甲醯胺(33 mg，75.43 μmol，34.36%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z438.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.73 - 11.47 (m, 1H), 8.85 (br d, J=8.3 Hz, 1H), 7.84 - 7.54 (m, 1H), 7.24 - 6.84 (m, 3H), 6.74 - 6.48 (m, 1H), 5.10 - 4.47 (m, 2H), 4.20- 3.75 (m, 4H), 3.47 (t, J=9.0 Hz, 1H), 3.16 (d, J=7.9 Hz, 1H), 2.61 (s, 1H), 2.43 - 2.36 (m, 1H), 2.27 - 1.43 (m, 7H), 1.07 (d, J=6.4 Hz, 3H)。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.25 - 6.75 (m, 3H), 6.59 - 6.40 (m, 1H), 5.15 - 5.00 (m, 1H), 4.84 - 4.61 (m, 1H), 4.30 - 4.06 (m, 1H), 3.98 - 3.84 (m, 3H), 3.55 (t, J=8.9 Hz, 1H), 3.30 - 3.24 (m, 1H), 3.01 - 2.54 (m, 2H), 2.46 - 2.09 (m, 4H), 2.01 - 1.38 (m, 3H), 1.15 (br d, J=6.6 Hz, 3H)。 實例 167. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 547
Figure 02_image2514
步驟 1 ： (1S,2S,5R)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 氮雜雙環 [3.2.0] 庚烷 -3- 甲酸 9H- 茀 -9 基甲酯
將含(1S,2S,5R)-3-(9H-茀-9-基甲氧基羰基)-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲酸(250 mg，687.94 μmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(486.36 mg，825.52 μmol，26%純度，1.2當量)之DCM (3 mL)添加至T 3P (656.67 mg，1.03 mmol，613.71 μL，50%純度，1.5當量)及DIEA (266.73 mg，2.06 mmol，359.48 μL，3當量)中，在25℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之(1S,2S,5R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-3-甲酸9H-茀-9-基甲酯(185 mg，371.06 μmol，53.94%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z499.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (1S,2S,5R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 氮雜雙環 [3.2.0] 庚烷 -2- 甲醯胺
向(1S,2S,5R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-3-甲酸9H-茀-9-基甲酯(440 mg，706.02 μmol，80%純度，1當量)於DCM (4.5 mL)中之溶液中添加哌啶(60.11 mg，706.02 μmol，69.72 μL，1當量)且在25℃下攪拌溶液1小時。將溶液吹乾以移除DCM且得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(165 mg，597.10 μmol，84.57%產率，100%純度)。 步驟 3 ： (1S,2S,5R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-3- 氮雜雙環 [3.2.0] 庚烷 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(165.00 mg，597.10 μmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(171.23 mg，895.66 μmol，1.5當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加T 3P (284.98 mg，895.66 μmol，266.34 μL，1.5當量)、DIEA (154.34 mg，1.19 mmol，208.01 μL，2當量)，在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型HPLC (中性條件)純化殘餘物。
管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min。
獲得呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(98 mg，218.02 μmol，36.51%產率，100%純度)。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.57 (br s, 1H), 8.79 (br d, J=7.4 Hz, 1H), 7.69 (br s, 1H), 7.17 - 6.95 (m, 3H), 6.52 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 4.97 (br d, J=6.8 Hz, 1H), 4.63 (br d, J=8.2 Hz, 1H), 4.33 - 3.97 (m, 2H), 3.89 (br s, 3H), 3.28 - 2.79 (m, 4H), 2.30 - 1.55 (m, 9H)。MS (ESI) m/z 450.3 [M+H] +。
獲得呈白色固體狀之(1R,2R,5S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.2.0]庚烷-2-甲醯胺(23 mg，51.17 μmol，8.57%產率，100%純度)。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.56 (br s, 1H), 9.13 - 8.71 (m, 1H), 7.83 - 7.44 (m, 1H), 7.23 - 6.89 (m, 3H), 6.77 - 6.36 (m, 1H), 5.18 - 4.57 (m, 2H), 4.32 - 3.94 (m, 2H), 3.92 - 3.74 (m, 3H), 3.71 - 3.40 (m, 1H), 3.23 - 2.76 (m, 3H), 2.32 - 1.47 (m, 9H)。MS (ESI) m/z450.3 [M+H] +。 實例 168. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 549
Figure 02_image2516
步驟 1 ： (2S,4R)-2-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(283.01 mg，1.27 mmol，1.2當量，HCl)及(2S,4R)-1-三級丁氧基羰基-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲酸(300 mg，1.06 mmol，1當量)、DIEA (684.44 mg，5.30 mmol，922.43 μL，5當量)於THF (3 mL)中之混合物中添加T 3P (1.01 g，1.59 mmol，944.87 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將殘餘物倒入飽和碳酸氫鈉溶液(10 mL)中且攪拌1分鐘。水相用乙酸乙酯(10 mL×2)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈黃色油狀之(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.5 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z452.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ]-2-[[(2S,4R)-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S,4R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.5 g，1.11 mmol，1當量)之混合物中添加HCl/MeOH (4 M，3 mL，10.83當量)。在25℃下攪拌混合物15分鐘。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈淺黃色油狀之粗產物(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4R)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(450 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z352.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，在N 2下向(2S)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(2S,4R)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(395.52 mg，1.02 mmol，1.3當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(150 mg，784.59 μmol，1當量)及DIPEA (507.01 mg，3.92 mmol，683.31 μL，5當量)於THF (3 mL)及DCM (3 mL)中之混合物中添加T 3P (748.92 mg，1.18 mmol，699.93 μL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將反應混合物倒入飽和碳酸氫鈉溶液(5 mL)中且攪拌2小時。水相用乙酸乙酯(5 mL×2)萃取。合併之有機相用鹽水(5 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。粗產物藉由製備型TLC (二氯甲烷:甲醇=10:1，R f=0.43)純化，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z525.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S,4R)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1-( 亞硝基甲基 )-2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-[[(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4- (三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，476.65 μmol，1當量)之混合物中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，3 mL，44.06當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到粗產物。粗產物藉由製備型TLC (二氯甲烷:甲醇=10:1，R f=0.3)純化，得到呈淺黃色固體狀之(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(130 mg，247.51 μmol，51.93%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S,4R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4-( 三氟甲基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在25℃下，在N 2下向(2S,4R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-(亞硝基甲基)-2-[(3S) -2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(120 mg，235.54 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(112.26 mg，471.07 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4.5小時。在完成之後，將殘餘物倒入水(0.5 mL)中且攪拌10分鐘。接著，濃縮反應混合物，得到粗產物。粗產物藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(22.56 mg，45.90 μmol，19.49%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.12 - 7.21 (m, 1 H), 6.84 - 7.10 (m, 2 H), 6.50 (br s, 1 H), 4.94 - 5.26 (m, 1 H), 4.75 (br s, 1 H), 4.07 - 4.47 (m, 2 H), 3.79 - 4.01 (m, 3 H), 3.45 (br s, 1 H), 2.16 - 2.98 (m, 6 H), 1.62 - 2.02 (m, 2 H), 1.39 (br s, 1 H) 實例 169. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 551
Figure 02_image2518
步驟 1 ： (2S,4R)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-4- 甲基硫基 - 吡咯啶 -1- 甲酸 9H- 茀 -9- 基甲酯
在25℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙醯胺(200.57 mg，782.35 μmol，81%純度，1當量，HCl)及(2S,4R)-1-(9H-茀-9-基甲氧基羰基)-4-甲基硫基-吡咯啶-2-甲酸(300 mg，782.35 μmol，1當量)於DCM (4 mL)及DMF (2 mL)之混合物中一次性添加EDCI (299.96 mg，1.56 mmol，2當量)及DMAP (191.16 mg，1.56 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物且攪拌1小時。在完成之後。水相用乙酸乙酯(30 mL×3)及H 2O (40 mL)萃取。合併之有機相用鹽水(30 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-甲基硫基-吡咯啶-1-甲酸9H-茀-9-基甲酯(180 mg，322.00 μmol，41.16%產率，96%純度)。MS (ESI) m/z537.3 [M+H] + 步驟 2 ： (2S,4R)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-4- 甲基硫基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在20℃下，向(2S,4R)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-甲基硫基-吡咯啶-1-甲酸9H-茀-9-基甲酯(180 mg，335.42 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中一次性添加哌啶(344.88 mg，4.05 mmol，0.4 mL，12.08當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM/MEOH=5/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基硫基-吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，127.23 μmol，37.93%產率，50%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=8.15 (br d, J=9.6 Hz, 1H), 7.63 (s, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.12 (br s, 1H), 4.28 (br s, 1H), 3.73 (br t, J=7.2 Hz, 1H), 3.22 - 3.03 (m, 4H), 2.99 (br s, 2H), 2.78 (br d, J=7.2 Hz, 1H), 2.28 - 1.86 (m, 8H), 1.74 - 1.43 (m, 6H)。 步驟 3 ： (2S,4R)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基硫基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在20℃下，向(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-4-甲基硫基-吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，254.45 μmol，1當量)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(48.65 mg，254.45 μmol，1當量)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中一次性添加EDCI (97.56 mg，508.90 μmol，2當量)及DMAP (62.17 mg，508.90 μmol，2當量)且攪拌1小時。在完成之後，混合物用N 2脫水。藉由製備型HPLC純化粗物質，管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，8 min，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基硫基-吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，164.08 μmol，64.48%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z488.3 [M+H] + 步驟 4 ： (2S,4R)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 甲基硫基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在20℃下，向(2S,4R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基硫基-吡咯啶-2-甲醯胺(80 mg，164.08 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之混合物中一次性添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(312.81 mg，1.31 mmol，8當量)且攪拌3小時。在完成之後。粗物質用N 2脫水。藉由製備型HPLC純化粗物質，管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，10 min，得到呈白色固體狀之(2S,4R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-甲基硫基-吡咯啶-2-甲醯胺(31.9 mg，67.94 μmol，41.40%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z470.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.38 (br s, 1H), 8.85 (br s, 1H), 7.46 (br s, 1H), 7.17 - 7.09 (m, 1H), 7.09 - 7.02 (m, 1H), 6.91 (br s, 1H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.95 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 4.86 - 4.60 (m, 1H), 4.27 (br s, 1H), 3.90 (s, 4H), 3.54 (br s, 1H), 3.18 - 3.12 (m, 2H), 2.50-2.39 (br s, 8H), 1.89 - 1.61 (m, 2H)。 實例 170. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 555
Figure 02_image2520
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，1.05 mmol，1當量)及HCl/EA (3 mL)之溶液在25℃下攪拌0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (1S)-1-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,4- 二氫 -1H- 異喹啉 -2- 甲酸三級丁酯
將(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，898.19 μmol，1當量，HCl)、(1S)-2-三級丁氧基羰基-3,4-二氫-1H-異喹啉-1-甲酸(249.08 mg，898.19 μmol，1當量)及TEA (454.44 mg，4.49 mmol，625.09 μL，5當量)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之溶液冷卻至0℃。在0℃下添加T 3P (1.71 g，2.69 mmol，1.60 mL，50%純度，3當量)之後，將混合物攪拌1小時且逐漸升溫至25℃。在完成之後，向混合物中添加H 2O (30 mL)且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物(1 S)-1-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,4-二氫-1 H-異喹啉-2-甲酸三級丁酯(300 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z446.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ]-2-[[(1S)-1,2,3,4- 四氫異喹啉 -1- 羰基 ] 胺基 ] 丙酸甲酯
將(1 S)-1-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,4-二氫-1 H-異喹啉-2-甲酸三級丁酯(300 mg，673.39 μmol，1當量)於HCl/EA (4 M)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(1 S)-1,2,3,4-四氫異喹啉-1-羰基]胺基]丙酸甲酯(210 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z346.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(1S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-3,4- 二氫 -1H- 異喹啉 -1- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2 S)-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]-2-[[(1 S)-1,2,3,4-四氫異喹啉-1-羰基]胺基]丙酸甲酯(190 mg，497.57 μmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(95.13 mg，497.57 μmol，1當量)、EDCI (286.16 mg，1.49 mmol，3當量)及DMAP (182.36 mg，1.49 mmol，3當量)於DCM (4 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，向混合物中添加H 2O (30 mL)且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-[[(1 S)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3,4-二氫-1 H-異喹啉-1-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(40.1 mg，73.46 μmol，14.76%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z519.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (1S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-3,4- 二氫 -1H- 異喹啉 -1- 甲醯胺
將(2 S)-2-[[(1 S)-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3,4-二氫-1 H-異喹啉-1-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(40 mg，77.14 μmol，1當量)及NH 3/MeOH (7 M，10 mL，907.48當量)之溶液在25℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(1 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3,4-二氫-1 H-異喹啉-1-甲醯胺(35 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z504.2 [M+H] +。 步驟 6 ： (1S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-3,4- 二氫 -1H- 異喹啉 -1- 甲醯胺
將(1 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3,4-二氫-1H-異喹啉-1-甲醯胺(35 mg，69.51 μmol，1當量)及甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(82.82 mg，347.53 μmol，5當量)於DCM (5 mL)中之溶液在25℃下攪拌5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：20% - 50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(1 S)-N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-3,4-二氫-1 H-異喹啉-1-甲醯胺(6 mg，12.08 μmol，17.38%產率，97.74%純度)。MS (ESI) m/z486.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.57 - 7.47 (m, 1H), 7.40 - 7.25 (m, 1H), 7.12 - 7.11 (m, 1H), 7.10 - 6.99 (m, 2H), 6.59 - 6.50 (m, 1H), 6.82 - 6.61 (m, 1H), 5.67 (s, 1H), 5.03 - 4.96 (m, 1H), 4.46 (s, 1H), 4.05 - 3.95 (m, 1H), 3.94 - 3.86 (m, 3H), 3.37 - 3.32 (m , 1H), 3.28 - 3.16 (m, 2H), 3.05 - 2.90 (m, 2H), 2.62 (s, 1H), 2.44 - 2.20 (m, 2H), 1.98 - 1.67 (m, 2H) 實例 171. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 557
Figure 02_image2522
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(500 mg，1.75 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，8.73 mL，20當量)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(630 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z223.2 [M+H] +。 步驟 2 ： 1-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 異吲哚啉 -2- 甲酸三級丁酯
向2-三級丁氧基羰基異吲哚啉-1-甲酸(436.93 mg，1.66 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(630 mg，1.74 mmol，61.58%純度，1.05當量，HCl)於DCM (5 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加T 3P (1.58 g，2.49 mmol，1.48 mL，50%純度，1.5當量)及TEA (1.01 g，9.96 mmol，1.39 mL，6當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]異吲哚啉-2-甲酸三級丁酯(720 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z432.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-( 異吲哚啉 -1- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]異吲哚啉-2-甲酸三級丁酯(720 mg，1.67 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，8.34 mL，20當量)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物0.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈棕色油狀之產物(2S)-2-(異吲哚啉-1-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(770 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z332.3[M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-(2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(287.43 mg，1.50 mmol，1當量)、(2S)-2-(異吲哚啉-1-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(770 mg，1.65 mmol，79%純度，1.1當量，HCl)、DMAP (367.34 mg，3.01 mmol，2當量) 、EDCI (576.42 mg，3.01 mmol，2當量)於DCM (8 mL)及DMF (2.7 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (25 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-45%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(異構體1：150 mg，297.30 μmol，19.78%產率)。MS (ESI) m/z505.3[M+H] +。
得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(異構體2：140 mg，277.48 μmol，18.46%產率)。MS (ESI) m/z 505.3[M+H] +。 步驟 5.1 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，297.30 μmol，1當量)於MeOH/NH 3(7 M，849.44 μL，20當量)中之溶液在45℃下攪拌48小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(130 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.3[M+H] +。 步驟 5.2 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(140 mg，277.48 μmol，1當量)於MeOH/NH 3(7 M，792.81 μL，20當量)中之溶液在45℃下攪拌24小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(110 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z490.3[M+H] +。 步驟 6.1 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(125 mg，255.35 μmol，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(273.84 mg，1.15 mmol，4.5當量)。在30℃下攪拌混合物20小時。在完成之後，藉由添加H 2O (0.5 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(31.50 mg，66.81 μmol，26.16%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z472.3[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.53 - 11.83 (m, 1 H) 9.11 - 9.78 (m, 1 H) 7.31 - 7.78 (m, 5 H) 6.95 - 7.29 (m, 3 H) 6.42 - 6.63 (m, 1 H) 5.73 (s, 1 H) 5.27 - 5.41 (m, 1 H) 4.91 - 5.05 (m, 1 H) 3.76 - 3.99 (m, 3 H) 2.71 - 3.19 (m, 2 H) 2.00 - 2.30 (m, 3 H) 1.20 - 1.87 (m, 2 H)。 步驟 6.2 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 異吲哚啉 -1- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(105 mg，214.49 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(204.47 mg，857.98 μmol，4當量)。在30℃下攪拌混合物7小時。在完成之後，藉由添加H 2O (0.5 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)異吲哚啉-1-甲醯胺(34.83 mg，73.72 μmol，34.37%產率，99.791%純度)。MS (ESI) m/z472.3[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.72 (s, 1 H) 9.19 (d, J=8.11 Hz, 1 H) 7.31 - 7.76 (m, 5 H) 6.92 - 7.29 (m, 3 H) 6.56 (d, J=7.75 Hz, 1 H) 5.74 (s, 1 H) 5.34 (br d, J=10.13 Hz, 1 H) 4.96 (q, J=8.23 Hz, 1 H) 3.86 - 3.89 (m, 1 H) 3.86 - 4.55 (m, 1 H) 3.84 - 4.01 (m, 3 H) 2.96 - 3.22 (m, 2 H) 2.25 - 2.41 (m, 1 H) 2.02 - 2.20 (m, 2 H) 1.47 - 1.87 (m, 2 H)。 實例 172. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 577
Figure 02_image2524
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，1.22 mmol，1當量)於MeOH (1 mL)中之溶液中逐滴添加HCl/MeOH (4 M，10 mL，32.72當量)，且在25℃下攪拌所得混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(240 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環丁基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，898.19 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丁基-丙酸(218.53 mg，898.19 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液，且添加Et 3N (545.33 mg，5.39 mmol，750.11 μL，6.0當量)及T 3P (1.71 g，2.69 mmol，1.60 mL，50%純度，3.0當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丁基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，486.04 μmol，54.11%產率)。MS (ESI) m/z412.1 [M+H] + 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丁基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丁基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，437.43 μmol，1當量)於MeOH (1 mL)中之溶液中逐滴添加HCl/MeOH (4 M，12.00 mL，109.73當量)，且在25℃下攪拌所得混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丁基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，HCl)。MS (ESI) m/z312.2 [M+H] + 步驟 4 ： (S)-2-((S)-3- 環丁基 -2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丁基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，431.24 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(82.45 mg，431.24 μmol，1當量)於DMF (1.5 mL)中之溶液中添加DMAP (105.37 mg，862.47 μmol，2.0當量)、EDCI (165.34 mg，862.47 μmol，2.0當量)及DCM (6 mL)。在25℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=0/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丁基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(120 mg，247.66 μmol，57.43%產率)。MS (ESI) m/z485.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丁基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丁基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(100 mg，206.38 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，339.18當量)中之溶液在80℃下攪拌6小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丁基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z470.1 [M+H] + 步驟 7 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丁基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丁基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，191.68 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(228.40 mg，958.40 μmol，5.0當量)，且在25℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丁基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(18.04 mg，39.95 μmol，20.84%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z452.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ ppm 7.26 (d, J=0.7 Hz, 1H), 7.11 - 7.18 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.05 (dd, J=10.1, 5.9 Hz, 1H), 4.41 (dd, J=8.6, 6.2 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.25 - 3.30 (m, 2H), 2.61 (dd, J=8.7, 5.3 Hz, 1H), 2.42 - 2.53 (m, 1H), 2.25 - 2.39 (m, 2H), 2.06 - 2.18 (m, 2H), 1.73 - 2.01 (m, 8H)。 實例 173. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 589
Figure 02_image2526
步驟 1 ： (1-( 雙環 [3.1.0] 己 -3- 基 )-2-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-2- 側氧基乙基 ) 胺基甲酸三級丁酯
將(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(89.1 mg，0.47 mmol，1.2當量，HCl)、HATU (223.3 mg，0.58 mmol，1.5當量)及DIEA (151.8 mg，1.18 mmol，0.20 mL，3當量)於DCM (2 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時，且接著向反應物中添加2-(3-雙環[3.1.0]己基)-2-(三級丁氧基羰基胺基)乙酸(100 mg，0.39 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。LCMS偵測到所需化合物。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在20 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物N-[1-(3-雙環[3.1.0]己基)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(150 mg，0.23 mmol，58.8%產率，60%純度)。 步驟 2 ： 2- 胺基 -2-( 雙環 [3.1.0] 己 -3- 基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 乙醯胺
向N-[1-(3-雙環[3.1.0]己基)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(140 mg，0.21 mmol，60%純度，1當量)於EtOAc (0.1 mL)中之溶液中添加HCl/EtOAc (4 M，0.84 mL，15.62當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。其未經純化即用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物2-胺基-2-(3-雙環[3.1.0]己基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]乙醯胺(110 mg，粗物質，HCl)。 步驟 3 ： N-(1-( 雙環 [3.1.0] 己 -3- 基 )-2-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-2- 側氧基乙基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(52.1 mg，0.27 mmol，1.2當量)、HATU (129.6 mg，0.34 mmol，1.5當量)及DIEA (88.1 mg，0.68 mol, 0.11 mL，3當量)於DCM (2 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時，且接著向反應物中添加2-胺基-2-(3-雙環[3.1.0]己基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]乙醯胺(110 mg，0.22 mmol，60%純度，1當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=0:1，UV 254)指示起始物質完全耗盡且形成新的斑點。LCMS偵測到所需化合物。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到50 mg 46%之所需化合物。接著，藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，9.5 min)純化。獲得呈白色固體狀之化合物N-[1-(3-雙環[3.1.0]己基)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(7 mg，15.1 μmol，6.6%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=0.813 min；C 25H 29N 5O 4MS計算值：463.53；MS實驗值：464.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.22 - 7.31 (m, 1 H), 7.11 - 7.18 (m, 1 H), 7.00 - 7.06 (m, 1 H), 6.51 (d, J=7.63 Hz, 1 H), 4.93 - 5.01 (m, 2 H), 4.16 - 4.34 (m, 1 H), 3.93 (s, 3 H), 3.24 - 3.29 (m, 1 H), 2.45 - 2.67 (m, 1 H), 2.25 - 2.38 (m, 2 H), 2.00 - 2.17 (m, 2 H), 1.76 - 1.95 (m, 3 H), 1.60 - 1.71 (m, 1 H), 1.27 - 1.45 (m, 3 H), 0.74 (br d, J=5.00 Hz, 1 H), 0.13 - 0.38 (m, 2 H)。 實例 174. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 590
Figure 02_image2528
步驟 2 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向4-甲基-3-硝基-1 H-吡啶-2-酮(1 g，6.49 mmol，1當量)於DMF (15 mL)中之溶液中添加NaH (363.3 mg，9.08 mmol，60%純度，1.4當量)，且在25℃下攪拌反應混合物0.5小時。接著，在0℃下向反應物中添加(2 R)-2-溴-3-環丙基-丙酸甲酯(1.34 g，6.49 mmol，1當量)。在N 2下，在25℃下攪拌混合物16小時。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%乙酸乙酯/石油醚梯度，在35 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(867 mg，47.4%產率)。
LCMS：Rt=0.785 min；C 13H 16N 2O 5MS計算值：280.11；MS實驗值：281.1 [M+H +]。 步驟 3 ： (2S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙酸
將(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸甲酯(867 mg，3.09 mmol，1當量)、LiOH.H 2O (519.2 mg，12.37 mmol，4當量)於THF (6 mL)、MeOH (2 mL)、H 2O (2 mL)中之混合物脫氣且用N 2吹掃3次，且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。向混合物中添加H 2O (5 mL)，且接著向混合物中添加2 M HCl (4 mL)以將混合物之pH值調節至約6-7。混合物用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(791 mg，94.8%產率)。
LCMS：Rt=0.735 min；C 12H 14N 2O 5MS計算值：266.09；MS實驗值：267.0 [M+H +]。 步驟 4 ： N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 -2-(4- 甲基 -3- 硝基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 ) 丙醯胺
向(2 S)-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙酸(791 mg，2.97 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加HATU (1.36 g，3.57 mmol，1.2當量)、DIPEA (1.15 g，8.91 mmol，1.55 mL，3當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(676.0 mg，3.57 mmol，1.2當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物2小時。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH醚梯度，在35 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(838 mg，64.5%產率)。
LCMS：Rt=0.741 min；C 19H 23N 5O 5MS計算值：401.17；MS實驗值：402.1 [M+H +]。 步驟 5 ： 2-(3- 胺基 -4- 甲基 -2- 側氧基 -1- 吡啶基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
向 N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-2-(4-甲基-3-硝基-2-側氧基-1-吡啶基)丙醯胺(838 mg，2.09 mmol，1當量)於THF (10 mL)中之溶液中添加Pd/C (566.5 mg，0.53 mmol，10%純度)。在H 2下，在25℃下攪拌混合物1小時。過濾混合物且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之2-(3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(616 mg，1.43 mmol，68.7%產率，86.5%純度)。
LCMS：Rt=0.703 min；C 19H 25N 5O 3MS計算值：371.20；MS實驗值：372.1 [M+H +]。 步驟 6 ： N-[1-[2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲基 -2- 側氧基 -3- 吡啶基 ] 胺基甲酸三級丁酯
2-(3-胺基-4-甲基-2-側氧基-1-吡啶基)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(100 mg，0.26 mmol，1當量)於Boc 2O (1 mL)及THF (1 mL)中之混合物且接著在N 2氛圍下，在66℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮混合物。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：26%-56%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[1-[2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲基-2-側氧基-3-吡啶基]胺基甲酸三級丁酯(44.33 mg，33.5%產率)。
LCMS：Rt=0.798 min；C 34H 51N 5O 10MS計算值：471.55；MS實驗值：472.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.53 (dd, J=1.5, 7.3 Hz, 1H), 6.36 - 6.27 (m, 1H), 5.56 - 5.35 (m, 1H), 5.18 - 4.97 (m, 1H), 3.35 - 3.32 (m, 1H), 3.29 - 3.25 (m, 1H), 2.52 (tq, J=4.8, 9.3 Hz, 1H), 2.45 - 2.22 (m, 2H), 2.18 (d, J=5.0 Hz, 3H), 2.06 - 1.92 (m, 2H), 1.91 - 1.71 (m, 2H), 1.48 (d, J=2.5 Hz, 9H), 0.69 - 0.56 (m, 1H), 0.50 - 0.37 (m, 2H), 0.19 - 0.01 (m, 2H)。 實例 175. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 591
Figure 02_image2530
藉由SFC (條件：管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：45%-45%，min)進一步分離 N-[1-[2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲基-2-側氧基-3-吡啶基]胺基甲酸三級丁酯(42 mg，89.0 μmol，1當量)，得到呈白色固體狀之 N-[1-[(1 R)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲基-2-側氧基-3-吡啶基]胺基甲酸三級丁酯(8.32 mg，19.8%產率)。
異構體1：LCMS：Rt=0.803 min；C 34H 51N 5O 10MS計算值：471.55；MS實驗值：472.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.53 (d, J=7.3 Hz, 1H), 6.32 (d, J=7.3 Hz, 1H), 5.50 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.01 (dd, J=7.0, 9.0 Hz, 1H), 3.35 - 3.32 (m, 1H), 2.56 - 2.45 (m, 1H), 2.42 - 2.23 (m, 2H), 2.19 (s, 3H), 2.00 - 1.92 (m, 2H), 1.92 - 1.78 (m, 2H), 1.49 (s, 9H), 0.65 - 0.55 (m, 1H), 0.46 - 0.36 (m, 2H), 0.20 - 0.01 (m, 2H)。
異構體2：LCMS：Rt=0.794 min；C 34H 51N 5O 10MS計算值：471.55；MS實驗值：472.2 [M+H +]。 1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.53 (d, J=7.0 Hz, 1H), 6.31 (d, J=7.3 Hz, 1H), 5.41 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.10 - 4.97 (m, 1H), 3.30 - 3.25 (m, 2H), 2.52 (dq, J=5.5, 9.2 Hz, 1H), 2.33 - 2.19 (m, 2H), 2.18 (s, 3H), 2.05 - 1.90 (m, 2H), 1.89 - 1.71 (m, 2H), 1.48 (s, 9H), 0.70 - 0.58 (m, 1H), 0.52 - 0.35 (m, 2H), 0.20 - 0.04 (m, 2H)。 實例 176. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 611
Figure 02_image2532
步驟 1 ： (2S,4S)-2-[[(1S)-2- 甲氧基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-4- 苯基 - 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向(2 S,4 S)-1-三級丁氧基羰基-4-苯基-吡咯啶-2-甲酸(100 mg，0.34 mmol，1當量)及DMAP (125.8 mg，1.03 mmol，3當量)於DCM (0.7 mL)中之溶液中添加EDCI (78.9 mg，0.41 mmol，1.2當量)，且接著添加(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(81.2 mg，0.34 mmol，1當量，HCl)於DMF (0.7 mL)中之溶液。在25℃下攪拌反應混合物2小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (10 mL)淬滅且用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 S,4 S)-2-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-苯基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(100 mg，60.4%產率)。
LCMS：Rt=0.826 min；C 25H 35N 3O 6MS計算值：473.25；MS實驗值：474.1 [M+H +]。 步驟 2 ： (2S)-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ]-2-[[(2S,4S)-4- 苯基吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ] 丙酸甲酯
(2 S,4 S)-2-[[(1 S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-苯基-吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(90 mg，0.17 mmol，1當量，HCl)於2 M HCl/EtOAc (6 mL)中之混合物且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物3小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]-2-[[(2 S,4 S)-4-苯基吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(70 mg，83.3%產率，HCl)。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S,4S)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基 - 吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(40.5 mg，0.21 mmol，1.5當量)及DMAP (51.8 mg，0.42 mmol，3當量)於DCM (0.5 mL)中之溶液中添加EDCI (32.5 mg，0.16 mmol，1.2當量)，且接著添加(2 S)-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]-2-[[(2 S,4 S)-4-苯基吡咯啶-2-羰基]胺基]丙酸甲酯(58 mg，0.14 mmol，1當量，HCl)於DMF (0.5 mL)中之溶液。在0℃下攪拌反應混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (20 mL)淬滅且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S,4 S)-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(30 mg，36.6%產率)。
LCMS：Rt=1.730 min；C 30H 34N 4O 6MS計算值：546.25；MS實驗值：547.1 [M+H +]。 步驟 4 ： (2S,4S)-N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在密封管中，(2S)-2-[[(2S,4S)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(30 mg，54.8 μmol，1當量)及NH3 (7 M，6 mL，765.2當量)及MeOH (6 mL)之溶液。在60℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之化合物(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(29 mg，99.40%產率)。 步驟 5 ： (2S,4S)-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基 - 吡咯啶 -2- 甲醯胺
在0℃下，向(2 S,4 S)- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(29 mg，54.5 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(39.0 mg，0.16 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (5 mL)淬滅且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 150×25 mm×5 μm；移動相：[水(0.225% FA)-ACN]；B%：37%-67%，9.5 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2 S,4 S)- N-[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-1-(4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(1.9 mg，6.6%產率)。
LCMS：Rt=1.730 min；C 30H 34N 4O 6MS計算值：546.25；MS實驗值：547.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.38 - 7.31 (m, 1H), 7.30 - 7.23 (m, 4H), 7.19 - 7.13 (m, 1H), 7.10 - 7.04 (m, 1H), 6.95 (d, J=8.5 Hz, 1H), 6.41 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 5.17 - 5.02 (m, 1H), 4.43 - 4.20 (m, 1H), 3.96 - 3.76 (m, 4H), 3.74 - 3.41 (m, 1H), 3.18 - 3.11 (m, 1H), 3.01 - 2.55 (m, 2H), 2.51 - 2.20 (m, 3H), 2.15 - 1.62 (m, 4H), 1.55 - 1.27 (m, 2H)。 實例 177. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 619
Figure 02_image2534
步驟 1 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(120.0 mg，0.40 mmol，1當量)及5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(77.4 mg，0.40 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加HATU (184.7 mg，0.48 mmol，1.2當量)及DIEA (104.6 mg，0.8 mmol，0.14 mL，2當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時，且接著在減壓下濃縮反應混合物以移除DMF。殘餘物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10%甲醇/二氯甲烷，在20 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(180.0 mg，94.6%產率)。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(180.0 mg，0.38 mmol，1當量)於DCM (0.5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(274.0 mg，1.15 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除DCM。殘餘物用H 2O (5 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(5 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：24%-54%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(37.3 mg，82.6 μmol，5.4產率)。
LCMS：Rt=0.785 min；C 24H 29N 5O 4MS計算值：451.52；MS實驗值：452.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.32 (d, J=8.8 Hz, 1H), 7.13 - 7.06 (m, 2H), 6.89 (dd, J=2.4, 8.9 Hz, 1H), 5.16 - 5.10 (m, 1H), 4.55 (t, J=7.4 Hz, 1H), 3.81 (s, 3H), 3.26 - 3.20 (m, 2H), 2.54 - 2.41 (m, 2H), 2.04 - 1.85 (m, 3H), 1.84 - 1.77 (m, 1H), 1.74 - 1.62 (m, 2H), 1.56 - 1.47 (m, 1H), 0.95 - 0.79 (m, 1H), 0.60 - 0.47 (m, 2H), 0.19 (br dd, J=4.8, 10.0 Hz, 2H)。 實例 178. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 621
Figure 02_image2536
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(400 mg，0.92 mmol，1當量)於MeOH (5 mL)中之溶液中添加Pd (200 mg，10%純度)及H 2(0.92 mmol)。在15 psi下，在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。過濾混合物，得到濾液。在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(274 mg，99.5%產率)。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 甲氧基 -1H- 吡咯并 [3,2-b] 吡啶 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(137 mg，0.46 mmol，1當量)及5-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2- b]吡啶-2-甲酸(88.8 mg，0.46 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DIPEA (119.4 mg，0.92 mmol，0.16 mL，2當量)及HATU (210.9 mg，0.55 mmol，1.2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。在減壓下濃縮混合物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2- b]吡啶-2-甲醯胺(144 mg，63.1%產率)。
LCMS：Rt=0.675 min；C 23H 30N 6O 5MS計算值：470.23；MS實驗值：471.1 [M+H +]。 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 甲氧基 -1H- 吡咯并 [3,2-b] 吡啶 -2- 甲醯胺
在0℃下，向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2- b]吡啶-2-甲醯胺(44 mg，93.5 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(66.86 mg，0.28 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。LCMS證實偵測到一個具有所需MS之峰。混合物用H 2O (10 mL)淬滅且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：23%-53%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2- b]吡啶-2-甲醯胺(12.08 mg，9.3%產率)。
LCMS：Rt=0.727 min；C 23H 28N 6O 4MS計算值：452.22；MS實驗值：453.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ7.79 - 7.74 (m, 1H), 7.17 (s, 1H), 6.72 (d, J=9.0 Hz, 1H), 5.17 - 5.04 (m, 1H), 4.56 (t, J=7.4 Hz, 1H), 3.97 - 3.96 (m, 1H), 3.95 (s, 2H), 3.26 - 3.19 (m, 2H), 2.56 - 2.40 (m, 2H), 2.02 - 1.87 (m, 3H), 1.85 - 1.78 (m, 1H), 1.76 - 1.63 (m, 2H), 1.59 - 1.46 (m, 1H), 0.90 - 0.77 (m, 1H), 0.59 - 0.46 (m, 2H), 0.27 - 0.07 (m, 2H)。 實例 179. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 623
Figure 02_image2538
步驟 1 ：甲氧基 -1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲酸
向4-甲氧基-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲酸甲酯(150 mg，0.72 mmol，1當量)於THF (1 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (30.5 mg，0.72 mmol，1當量)及MeOH (0.5 mL)。在25℃下攪拌混合物16小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。水層用濃HCl酸化且用DCM萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。粗產物在25℃下用石油醚濕磨60分鐘。獲得呈白色固體狀之化合物4-甲氧基-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲酸(120 mg，84.9%產率，99%純度)。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(150 mg，0.50 mmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加HATU (192.4 mg，0.50 mmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲酸(106.9 mg，0.55 mmol，1.1當量)及DIEA (130.8 mg，1.01 mmol，0.17 mL，2當量)，在25℃下攪拌16小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲醯胺(110 mg，粗物質)。 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲醯胺(110 mg，0.23 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(167.1 mg，0.70 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物24小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1 H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲醯胺(40.69 mg，38.4%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=1.387 min；C 23H 28N 6O 4MS計算值：452.51；MS實驗值：453.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.77 (d, J=6.0 Hz, 1H), 7.34 (s, 1H), 7.05 (d, J=6.3 Hz, 1H), 4.47 (dd, J=4.0, 11.8 Hz, 1H), 4.57 (dd, J=6.0, 8.3 Hz, 1H), 4.05 (s, 3H), 3.28 - 3.17 (m, 2H), 2.47 - 2.35 (m, 1H), 2.28 (ddd, J=4.4, 12.0, 14.0 Hz, 1H), 2.08 - 1.95 (m, 1H), 1.90 - 1.77 (m, 3H), 1.77 - 1.63 (m, 2H), 1.62 - 1.48 (m, 1H), 0.96 - 0.78 (m, 1H), 0.59 - 0.42 (m, 2H), 0.26 - 0.11 (m, 2H)。 實例 180. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 625
Figure 02_image2540
步驟 1 ： (2S)-2-( 苯甲氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙酸
向(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸(5 g，38.71 mmol，1當量)之溶液中添加NaOH (1 M，135.4 mL，3.5當量)及氯甲酸苯甲酯(8.5 g，50.33 mmol，7.1 mL，1.3當量)，在25℃下攪拌2小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=1:1, PMA)。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。水層用濃HCl酸化且用DCM萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2 S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(7.7 g，68.1%產率，90%純度)。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-((( 苯甲氧基 ) 羰基 ) 胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(3.5 g，13.29 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(3.15 g，13.29 mmol，1當量，HCl)於DMF (60 mL)中之溶液中添加TEA (4.04 g，39.88 mmol，5.55 mL，3當量)及T 3P (8.46 g，13.29 mmol，7.91 mL，50%純度，1當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=0:1，I 2)。LCMS偵測到所需化合物。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在40 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(4.5 g，9.49 mmol，71.4%產率，94%純度)。 步驟 3 ： ((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 ) 胺基甲酸苯甲酯
向經攪拌之(2S)-2-[[(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(4.5 g，10.10 mmol，1當量)於MeOH (10 mL)中之溶液中添加NH 3(7 M，50 mL，34.65當量)之溶液。在密封管中，在80℃下攪拌混合物24小時。TLC (DCM/MeOH=10:1，I 2)。LCMS偵測到所需化合物。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；24 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-5% DCM/MeOH，在40 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(3.6 g，7.69 mmol，76.17%產率，92%純度)。 步驟 4 ： (S)-2- 胺基 -N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-3- 環丙基丙醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(800 mg，1.86 mmol，1當量)於MeOH (3 mL)中之溶液中添加Pd/C (100 mg，1.86 mmol，10%純度，1當量)。在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌混合物2小時。LCMS指示起始物質完全耗盡且偵測到所需化合物。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(550 mg，1.86 mmol，99.87%產率)。 步驟 5 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
將1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲酸(90.2 mg，0.55 mmol，1.1當量)、HATU (288.6 mg，0.75 mmol，1.5當量)及DIPEA (196.2 mg，1.52 mmol，0.26 mL，3當量)於DMF (2 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時，且接著向反應物中添加(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(150 mg，0.50 mmol，1當量)。在25℃下攪拌所得混合物2小時。TLC (DCM/MeOH=5:1，UV 254)指示起始物質完全耗盡且形成新的斑點。LCMS偵測到所需化合物。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-20% MeOH/DCM，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲醯胺(200 mg，0.43 mmol，86.1%產率，96%純度)。 步驟 6 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲醯胺(120 mg，0.27 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(194.7 mg，0.81 mmol，3當量)。在N 2下，在25℃下攪拌混合物16小時。LCMS偵測到所需化合物。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：7%-37%，9.5 min)純化殘餘物，得到約20 mg粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 150×25 mm×5 μm；移動相：[水(0.05%氫氧化氨，v/v)-MeOH]；B%：0%-60%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吡咯并[3,2-c]吡啶-2-甲醯胺(2.37 mg，5.4 μmol，1.9%產率，96.8%純度)。
LCMS：Rt=1.321 min；C 22H 26N 6O 3MS計算值：422.48；MS實驗值：423.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 9.03 (s, 1 H), 8.43 (br d, J=6.27 Hz, 1 H), 8.25 (d, J=6.27 Hz, 1 H), 7.14 - 7.26 (m, 1 H), 5.16 (t, J=8.16 Hz, 1 H), 4.64 (br d, J=2.01 Hz, 1 H), 3.25 - 3.29 (m, 2 H), 2.41 - 2.60 (m, 2 H), 1.93 - 2.09 (m, 2 H), 1.71 - 1.91 (m, 4 H), 1.49 - 1.63 (m, 1 H), 0.88 (br s, 1 H), 0.46 - 0.53 (m, 2 H), 0.12 - 0.26 (m, 2 H)。 實例 181. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 669
Figure 02_image2542
步驟 1 ： 4- 氯 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -2- 甲酸
向4-氯-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲酸乙酯(300 mg，1.34 mmol，1當量)於THF (5 mL)及MeOH (2 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (280.2 mg，6.68 mmol，5當量)及H 2O (2 mL)。在25℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH及THF。接著，用2 M HCl將殘餘物之pH值調節(中和)至約6-7，過濾且接著在減壓下濃縮濾餅，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之4-氯-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲酸(190 mg，0.96 mmol，72.3%產率)。 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 氯 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向4-氯-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲酸(70 mg，0.35 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(105.5 mg，0.35 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加T 3P (226.5 mg，0.35 mmol，0.21 mL，50%純度，1當量)及TEA (108.0 mg，1.07 mmol，0.14 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。TLC (DCM/MeOH=5:1，UV 254)。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-15% MeOH/DCM，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲醯胺(80 mg，0.16 mmol，46.8%產率，99%純度)。 步驟 3 ： 4- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲醯胺(60 mg，0.12 mmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(Burgess)(60.2 mg，0.25 mmol，2當量)。在N 2下，在25℃下攪拌混合物16小時。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 150×25 mm×5 μm；移動相：[水(0.05%氫氧化氨，v/v)-MeOH]；B%：53%-83%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲醯胺(9.41 mg，19.8 μmol，15.7%產率，96.6%純度)。
LCMS：Rt=1.895 min；C 22H 25ClN 6O 3MS計算值：456.93；MS實驗值：457.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.72 (s, 1 H), 8.13 (s, 1 H), 7.35 - 7.39 (m, 1 H), 5.14 (dd, J=10.04, 6.02 Hz, 1 H), 4.56 (t, J=7.53 Hz, 1 H), 3.22 - 3.28 (m, 2 H), 2.40 - 2.57 (m, 2 H), 1.88 - 2.05 (m, 3 H), 1.82 (td, J=9.16, 4.27 Hz, 1 H), 1.68 (dd, J=14.43, 7.15 Hz, 1 H), 1.47 - 1.58 (m, 1 H), 1.31 (t, J=7.28 Hz, 1 H), 0.80 - 0.91 (m, 1 H), 0.48 - 0.57 (m, 2 H), 0.15 - 0.26 (m, 2 H)。 實例 182. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 633
Figure 02_image2544
步驟 1 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(100.0 mg，0.33 mmol，1當量)及5-氯-1 H-吲哚-2-甲酸(66.0 mg，0.33 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加HATU (153.9 mg，0.40 mmol，1.2當量)及DIEA (87.2 mg，0.67 mmol，0.11 mL，2當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除DMF。殘餘物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10%甲醇/二氯甲烷，在20 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(150.0 mg，90.9%產率)。 步驟 2 ： 5- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(129.0 mg，0.27 mmol，1當量)於DCM (2.5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(259.4 mg，1.09 mmol，4當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除DCM。殘餘物用H 2O (15 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：31%-61%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物5-氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1 H-吲哚-2-甲醯胺(40.2 mg，30.2%產率)。
LCMS：Rt=0.832 min；C 23H 26ClN 5O 3MS計算值：455.94；MS實驗值：456.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.61 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.41 (d, J=8.8 Hz, 1H), 7.19 (dd, J=2.0, 8.8 Hz, 1H), 7.14 (s, 1H), 5.13 (br dd, J=6.1, 10.2 Hz, 1H), 4.57 - 4.52 (m, 1H), 3.24 - 3.20 (m, 1H), 2.56 - 2.40 (m, 2H), 2.05 - 1.84 (m, 4H), 1.80 - 1.59 (m, 3H), 1.57 - 1.42 (m, 1H), 0.85 (br s, 1H), 0.54 (br d, J=8.3 Hz, 2H), 0.19 (br dd, J=5.1, 9.9 Hz, 2H)。 實例 183. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 635
Figure 02_image2546
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(400 mg，0.92 mmol，1當量)於MeOH (5 mL)中之溶液中添加Pd (200 mg，10%純度)及H 2(0.92 mmol)。在15 psi下，在25℃下攪拌混合物1小時。過濾混合物，得到濾液且在減壓下濃縮反應物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(274 mg，0.92 mmol，99.5%產率)。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(137 mg，0.46 mmol，1當量)及6-氯-1 H-吲哚-2-甲酸(90.4 mg，0.46 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加DIPEA (119.4 mg，0.92 mmol，0.16 mL，2當量)及HATU (210.9 mg，0.55 mmol，1.2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮混合物，且藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10% DCM/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，89.0%產率)。
LCMS：Rt=0.780 min；C 23H 28ClN 5O 4MS計算值：473.18；MS實驗值：474.1 [M+H +]。 步驟 3 ： 6- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在0℃下，向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(47.5 mg，0.1 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(71.6 mg，0.3 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物12小時。在減壓下濃縮混合物，且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：31%-61%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1 H-吲哚-2-甲醯胺(64.33 mg，34.7%產率)。
LCMS：Rt=0.832 min；C 23H 26ClN 5O 3；MS計算值：455.17；MS實驗值：456.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ 11.73 (br s, 1H), 8.95 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.66 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.66 (d, J=8.5 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.44 (s, 1H), 7.31 (s, 1H), 7.05 (dd, J=1.8, 8.5 Hz, 1H), 5.11 - 4.96 (m, 1H), 4.52 - 4.42 (m, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.34 - 2.21 (m, 2H), 1.89 - 1.75 (m, 3H), 1.74 - 1.65 (m, 1H), 1.56 (br s, 1H), 1.51 - 1.29 (m, 2H), 0.79 (br s, 1H), 0.42 (br d, J=7.0 Hz, 2H), 0.23 - 0.01 (m, 2H)。 實例 184. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 637
Figure 02_image2548
步驟 1 ： 4,7- 二氯 -2-( 三氯甲基 )-1H- 苯并咪唑
在0℃下，向3,6-二氯苯-1,2-二胺(0.3 g，1.69 mmol，1當量)於AcOH (12.57 g，209.2 mmol，11.97 mL，123.8當量)中之溶液中添加2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(313.0 mg，1.77 mmol，0.21 mL，1.05當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。LC-MS證實48%的1殘留且偵測到43%之所需化合物。反應混合物用H 2O (40 mL)稀釋且過濾，得到呈白色固體狀之2 (300 mg，粗物質)。 步驟 2 ： 4,7- 二氯 -1H- 苯并咪唑 -2- 甲酸
在0℃下，向NaOH (0.8 g，20.0 mmol，20.2當量)於H 2O (10 mL)中之溶液中添加4,7-二氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并[d]咪唑(0.3 g，985.58 μmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。用HCl (2 M)將混合物之pH值調節至2-3且接著過濾混合物，得到呈白色固體狀之4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸(0.2 g，粗物質)。 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,6- 二氯 -1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
向(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-環丙基丙醯胺(130 mg，0.43 mmol，1當量)及4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸(101.3 mg，0.43 mmol，1.0當量)於DMF (3 mL)中之溶液中添加HATU (250.1 mg，0.65 mmol，1.5當量)及DIPEA (113.3 mg，0.87 mmol，0.15 mL，2.0當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。TLC (二氯甲烷:甲醇=10/1，UV)。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=100/1至10/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺(0.2 g，0.39 mmol，89%產率)。 步驟 4 ： 4,7- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 苯并咪唑 -2- 甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,7-二氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺(100.00 mg，0.19 mmol，1當量)於DCM (3.0 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(140.3 mg，0.58 mmol，3.0當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-50%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物637 (22.11 mg，22%產率)。
LCMS：Rt=0.824 min；C 22H 24Cl 2N 6O 3MS計算值：490.13；MS實驗值：491.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.30 (s, 2H), 5.22 - 5.09 (m, 1H), 4.60 (t, J=7.1 Hz, 1H), 3.27 - 3.19 (m, 2H), 2.56 - 2.37 (m, 2H), 2.06 - 1.88 (m, 3H), 1.87 - 1.79 (m, 1H), 1.73 (td, J=7.2, 14.0 Hz, 2H), 1.60 - 1.44 (m, 1H), 0.96 - 0.75 (m, 1H), 0.54 (d, J=6.9 Hz, 2H), 0.21 (dd, J=4.8, 10.4 Hz, 2H)。 實例 185. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 639
Figure 02_image2550
步驟 1 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(70 mg，0.23 mmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加HATU (89.8 mg，0.23 mmol，1當量)、7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(50.8 mg，0.25 mmol，1.1當量)及DIEA (61.0 mg，0.47 mmol，82.2 μL，2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：16%-46%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(67 mg，0.12 mmol，53.8%產率，90%純度)。 步驟 2 ： 7- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，0.12 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(90.5 mg，0.37 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物6小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：26%-56%，7.8 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(12.34 mg，21.3%產率，100%純度)。
LCMS：Rt=2.130 min；C 23H 26ClN 5O 3MS計算值：455.94；MS實驗值：456.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.58 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.32 - 7.21 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.14 (dd, J=6.0, 10.0 Hz, 1H), 4.57 (t, J=7.4 Hz, 1H), 3.28 - 3.16 (m, 2H), 2.56 - 2.28 (m, 2H), 2.05 - 1.88 (m, 3H), 1.87 - 1.78 (m, 1H), 1.77 - 1.61 (m, 2H), 1.59 - 1.44 (m, 1H), 0.92 - 0.80 (m, 1H), 0.60 - 0.49 (m, 2H), 0.26 - 0.14 (m, 2H)。 實例 185a. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 639 及 639A
Figure 02_image2552
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(1.07 g，4.65 mmol，1.1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (1.55 g，12.67 mmol，3當量)、EDCI (1.62 g，8.45 mmol，2當量)，且在25℃下攪拌所得溶液1小時。在完成之後，溶液用H 2O (30 mL)稀釋，用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由管柱層析(SiO 2，DCM/MeOH=30/1至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.92 mmol，68.97%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z412.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (2R)-N-(4-( 三級丁基 ) 苯基 )-N-(2- 側氧基 -1-( 吡啶 -3- 基 )-2-(( 吡啶 -4- 基甲基 ) 胺基 ) 乙基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將含(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(600 mg，1.46 mmol，1當量)之氨(7 M，7.2 mL，8.30當量)在50℃下攪拌14小時。在完成之後，濃縮溶液，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(580 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z397.3 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(580 mg，1.46 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，10.00 mL，7.93當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，濃縮溶液，得到呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(380 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z297.2 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
向(2S)-2-胺基-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(380 mg，1.28 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(275.88 mg，1.41 mmol，1.1當量)、T3P (1.22 g，1.93 mmol，1.14 mL，50%純度，1.5當量)及DIEA (331.44 mg，2.56 mmol，446.68 μL，2當量)，在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，溶液用H 2O (20 mL)稀釋，用DCM (30 mL×3)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，738.47 μmol，57.59%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z474.3 [M+H] +。 步驟 5 ： 7- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，738.47 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(527.94 mg，2.22 mmol，3當量)，且在25℃下攪拌溶液6小時。在完成之後，使用吹風乾燥器來移除DCM，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之所需化合物，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：33%-33%，8 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，530.89 μmol，74.25%產率，96.82%純度)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.58 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.35 - 7.20 (m, 2H), 7.06 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.22 - 5.05 (m, 1H), 4.57 (t, J=7.5 Hz, 1H), 3.27 - 3.14 (m, 2H), 2.61 - 2.34 (m, 2H), 2.09 - 1.61 (m, 6H), 1.59 - 1.43 (m, 1H), 0.98 - 0.76 (m, 1H), 0.55 (dd, J=1.3, 8.2 Hz, 2H), 0.31 - 0.09 (m, 2H)。
獲得呈白色固體狀之7-氯-N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(45 mg，98.70 μmol，13.37%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.59 (dd, J=0.9, 7.9 Hz, 1H), 7.32 - 7.21 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.12 - 5.02 (m, 1H), 4.59 (dd, J=6.4, 7.9 Hz, 1H), 3.21 (dd, J=4.6, 7.7 Hz, 2H), 2.44 - 2.23 (m, 2H), 2.09 - 1.62 (m, 6H), 1.60 - 1.47 (m, 1H), 0.94 - 0.78 (m, 1H), 0.62 - 0.43 (m, 2H), 0.27 - 0.11 (m, 2H)。 實例 186. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 643
Figure 02_image2554
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將T 3P (2.69 g，4.22 mmol，2.51 mL，50%純度，2當量)添加至(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，2.11 mmol，1當量，HCl)、(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(570.0 mg，2.32 mmol，1.1當量)及TEA (855.0 mg，8.45 mmol，1.18 mL，4當量)於DMF (5 mL)中之混合物中。接著，在70℃下攪拌混合物16小時。TLC (石油醚:乙酸乙酯=0:1/PMA)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；20 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(436 mg，0.99 mmol，47.2%產率，97.9%純度)且藉由LC-MS、SFC及HNMR證實。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(300 mg，0.70 mmol，1當量)於HCl/二㗁烷(4 M，175.42 μL，1當量)中之溶液在25℃下攪拌2小時。將反應混合物過濾，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸乙酯(250 mg，粗物質，HCl)。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(310 mg，0.85 mmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(179.1 mg，0.93 mmol，1.1當量)、HATU (647.8 mg，1.70 mmol，2當量)及DIPEA (440.4 mg，3.41 mmol，0.60 mL，4當量)於DCM (4 mL)中之混合物在25℃下攪拌2小時。TLC (PE:EA=0:1/UV 254 nm)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(451 mg，0.68 mmol，80.1%產率，75.8%純度)。 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(400 mg，0.79 mmol，1當量)之混合物中添加NH 3(7 M，11.42 mL，100當量)，且接著在80℃下攪拌所得混合物16小時。TLC (DCM:MeOH=10:1/UV 254 nm)。在真空中濃縮反應混合物，且藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-50%乙酸乙酯/MeOH，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(295 mg，0.60 mmol，75.1%產率，98.9%純度)。 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，將甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(284.6 mg，1.19 mmol，2當量)添加至N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(290 mg，0.59 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中。接著，在25℃下攪拌混合物16小時。接著，向混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(142.3 mg，0.59 mmol，1當量)且在25℃下再攪拌混合物16小時。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且混合物用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 150×25 mm×5 μm；移動相：[水(0.05%氫氧化氨，v/v)-MeOH]；B%：55%-85%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(28.1 mg，59.3 μmol，9.9%產率，98.7%純度)。
LCMS：Rt=0.832 min；C 25H 33N 5O 4MS計算值：467.25，MS實驗值：468.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.26 - 7.22 (m, 1H), 7.18 - 7.12 (m, 1H), 7.05 - 7.00 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=6.3, 9.8 Hz, 1H), 4.67 - 4.63 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.21 - 3.15 (m, 2H), 2.47 - 2.38 (m, 2H), 1.98 - 1.72 (m, 6H), 1.70 - 1.58 (m, 1H), 1.54 - 1.43 (m, 1H), 1.02 (s, 8H), 1.04 - 1.01 (m, 2H)。 實例 187. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 653
Figure 02_image2556
向N-[(1S)-1-[[(1S)-1-甲醯基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，1.81 mmol，80%純度，1當量)於EtOH (20 mL)中之混合物中添加2-胺基乙酸(271.74 mg，3.62 mmol，20.52 μL，2當量)、ZnCl 2(1 M，18.10 μL，0.01當量)。在25℃下攪拌混合物30分鐘，且接著添加TMSCN (359.14 mg，3.62 mmol，452.89 μL，2當量)。在40℃下攪拌混合物6小時。在反應完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：25%-45%，7 min)純化殘餘物，得到混合物。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：50%-50%，10 min)分離混合物，得到呈白色固體狀之化合物2-[[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]胺基]乙酸(125 mg，235.87 μmol，13.03%產率，99.363%純度)及2-[[(2S)-1-氰基-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4-甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]胺基]乙酸(205 mg，373.82 μmol，20.65%產率，96.023%純度)。MS (ESI) m/z527.3 [M+H] +。
異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.56 (d, J=2.0 Hz, 1H), 8.52 - 8.21 (m, 2H), 7.58 (s, 1H), 7.35 (d, J=1.7 Hz, 1H), 7.14 - 7.05 (m, 1H), 7.03 - 6.97 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.57 - 4.41 (m, 1H), 4.14 (tdd, J=4.2, 8.2, 12.2 Hz, 1H), 3.97 - 3.82 (m, 4H), 3.52 - 3.36 (m, 2H), 3.18 - 2.98 (m, 2H), 2.41 - 2.27 (m, 1H), 2.12 - 2.04 (m, 2H), 1.82 - 1.36 (m, 5H), 0.91 (dd, J=6.4, 15.8 Hz, 6H)
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.57 (d, J=2.0 Hz, 1H), 8.39 (d, J=7.8 Hz, 1H), 8.20 (d, J=9.5 Hz, 1H), 7.54 (s, 1H), 7.37 (d, J=1.6 Hz, 1H), 7.16 - 6.94 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.53 - 4.36 (m, 1H), 4.18 - 4.01 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.77 (d, J=8.8 Hz, 1H), 3.43 - 3.33 (m, 2H), 3.15 - 2.96 (m, 2H), 2.38 - 2.25 (m, 1H), 2.08 - 2.01 (m, 1H), 1.91 - 1.47 (m, 6H), 0.91 (dd, J=6.4, 14.8 Hz, 6H)。 實例 188. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 655
Figure 02_image2558
步驟 1 ： (2S,4R)-4- 羥基吡咯啶 -1,2- 二甲酸二 - 三級丁酯
在25℃下，向(2S,4R)-1-三級丁氧基羰基-4-羥基-吡咯啶-2-甲酸(5 g，21.62 mmol，1當量)於THF (75 mL)中之溶液中添加2-三級丁基-1,3-二異丙基-異脲(6.50 g，32.43 mmol，1.5當量)，且接著在60℃下攪拌溶液2.5小時。再向混合物中添加2-三級丁基-1,3-二異丙基-異脲(6.50 g，32.43 mmol，1.5當量)且接著在60℃下攪拌14小時。在完成之後，經由矽藻土過濾反應混合物且在減壓下濃縮濾液，得到呈無色油狀之(2S,4R)-4-羥基吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(4.3 g，14.22 mmol，65.75%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z288.2 [M+H] + 步驟 2 ： (2S,4S)-4- 溴吡咯啶 -1,2- 二甲酸二 - 三級丁酯
在25℃下，向(2S,4R)-4-羥基吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(4 g，13.92 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加CBr 4(14.08 g，42.46 mmol，3.05當量)。將混合物冷卻至0℃，且小心地添加PPh 3(11.32 g，43.15 mmol，3.1當量)。在25℃下攪拌反應物15小時。在完成之後，添加乙醇(4 mL)，將溶液攪拌2小時。逐滴添加MTBE (40 mL)以使膦氧化物沈澱，將其濾出且用DCM (30 mL×2)洗滌濾餅。在減壓下濃縮濾液，得到棕色油。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=100:0至10:1)純化殘餘物，得到呈淺黃色油狀之(2S,4S)-4-溴吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(1.5 g，4.07 mmol，29.23%產率，95%純度)。 步驟 3 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -1,2- 二甲酸二 - 三級丁酯
將苯基硫基銅(1.58 g，9.14 mmol，6.4當量)於無水THF (30 mL)中之混合物冷卻至-70℃且藉由小心地添加t-BuLi (1.3 M，7.03 mL，6.4當量)來處理。將此黃色混合物攪拌30分鐘，且添加預先冷卻(-20℃)之(2S,4S)-4-溴吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(500 mg，1.43 mmol，1當量)於無水THF (5 mL)中之溶液。在-70℃下攪拌溶液5小時，且接著在N 2下升溫至25℃保持15小時。在完成之後，藉由倒入飽和NH 4Cl水溶液(30 mL)中來淬滅反應物。將水性混合物劇烈攪拌30分鐘。濾出固體，且分離各相。水相用MTBE (10 mL×3)萃取且合併之有機相用飽和NaHCO 3水溶液(10 mL)及鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，在減壓下濃縮，得到粗物質。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=100:0至10:1)純化殘餘物，得到呈灰白色固體狀之(2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(290 mg，797.05 μmol，55.83%產率，90%純度)。 步驟 4 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -2- 甲酸
將(2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-1,2-二甲酸二-三級丁酯(250 mg，763.46 μmol，1當量)於HCl (6 M，2.5 mL，19.65當量)中之混合物在100℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4S)-4-三級丁基吡咯啶-2-甲酸(158 mg，粗物質，HCl)。 步驟 5 ： (2S,4S)-1-(三級丁氧基羰基 )-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -2- 甲酸
向(2S,4S)-4-三級丁基吡咯啶-2-甲酸(158 mg，760.72 μmol，1當量，HCl)於THF (1 mL)及H 2O (1 mL)中之混合物中添加K 2CO 3(315.41 mg，2.28 mmol，3當量)及Boc 2O (199.23 mg，912.87 μmol，209.72 μL，1.2當量)。在N 2下，在25℃下攪拌反應物14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4S)-1-(三級丁氧基羰基)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲酸(650 mg，粗物質)。 步驟 6 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 )-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁酯
向(2S,4S)-1-(三級丁氧基羰基)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲酸(630 mg，696.51 μmol，30%純度，1當量)於DCM (6 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加TEA (422.88 mg，4.18 mmol，581.68 μL，6當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(186.11 mg，835.82 μmol，1.2當量，HCl)。在0℃下添加T3P (1.33 g，2.09 mmol，1.24 mL，50%純度，3當量)之後，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(10.0 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之 4-( 三級丁基 )-2-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 ) 吡咯啶 -1- 甲酸三級丁基 (2S,4S)- 三級丁酯 (240 mg，546.02 μmol，78.39%產率)。MS (ESI) m/z440.3 [M+H] +。 步驟 7 ： (S)-2-((2S,4S)-4-( 三級丁基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將4-(三級丁基)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)吡咯啶-1-甲酸三級丁基(2S,4S)-三級丁酯(230 mg，523.27 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，2.3 mL，17.58當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈淺黃色固體狀之(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(196 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 340.2 [M+H] +。 步驟 8 ： (S)-2-((2S,4S)-4-( 三級丁基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(196 mg，521.43 μmol，1當量，HCl)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之溶液中添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(99.69 mg，521.43 μmol，1當量)、DMAP (127.41 mg，1.04 mmol，2當量)，且接著在0℃下添加EDCI (199.92 mg，1.04 mmol，2當量)。接著在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(10.0 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。有機層用鹽水(10.0 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，二氯甲烷:甲醇=10:1至4:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(250 mg，414.56 μmol，79.50%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z513.3 [M+H] +。 步驟 9 ： (2S,4S)-N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-4-( 三級丁基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
將(S)-2-((2S,4S)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(235 mg，389.68 μmol，85%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL)中之溶液在40℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S,4S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(193 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z498.3 [M+H] +。 步驟 10 ： (2S,4S)-4-( 三級丁基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 吡咯啶 -2- 甲醯胺
向(2S,4S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-4-(三級丁基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(193 mg，329.69 μmol，85%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液添加伯格斯試劑(235.71 mg，989.08 μmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌反應物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S,4S)-4-(三級丁基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(59.58 mg，124.24 μmol，37.68%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 - 11.55 (m, 1H), 9.17 - 8.75 (m, 1H), 7.81 - 7.44 (m, 1H), 7.16 - 7.07 (m, 1H), 7.06 - 6.98 (m, 2H), 6.55 - 6.46 (m, 1H), 5.03 - 4.53 (m, 2H), 4.04 - 3.74 (m, 4H), 3.69 - 3.36 (m, 1H), 3.22 - 2.55 (m, 2H), 2.35 - 1.95 (m, 5H), 1.83 - 1.51 (m, 3H), 1.00 - 0.82 (m, 9H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6, 273+80K) δ=11.31 (s, 1H), 8.68 (s, 1H), 7.38 (s, 1H), 7.18 - 7.02 (m, 2H), 6.90 (s, 1H), 6.60 - 6.47 (m, 1H), 4.96 (q, J=7.6 Hz, 1H), 4.72 (s, 1H), 4.07 - 3.80 (m, 4H), 3.66 - 3.50 (m, 1H), 3.28 - 3.05 (m, 2H), 2.32 - 1.97 (m, 5H), 1.95 - 1.64 (m, 3H), 0.95 (s, 9H)。 實例 189. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 659
Figure 02_image2560
步驟 1 ： (S)-(1- 羥基 -4,4- 二甲基戊 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
在0℃下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(5 g，20.38 mmol，1當量)於THF (100 mL)中之溶液中緩慢地逐滴添加BH 3-Me 2S (10 M，4.08 mL，2.0當量)，且接著在20℃下攪拌混合物15小時。將反應混合物添加至MeOH (40 mL)中且攪拌20分鐘。在將混合物濃縮之後，殘餘物用NaHCO 3水溶液(150 mL)稀釋且用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至1:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之N-[(1S)-1-(羥基甲基)-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(2.5 g，10.81 mmol，53.02%產率)。 步驟 2 ： (S)-(4,4- 二甲基 -1- 側氧基戊 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
向N-[(1S)-1-(羥基甲基)-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(2.4 g，10.37 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加戴斯-馬丁高碘烷(Dess-Martin periodinane)(5.72 g，13.49 mmol，4.18 mL，1.3當量)，在0℃下攪拌1小時，且接著將混合物升溫至20℃且攪拌1小時。藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著在0℃下逐滴添加NaHCO 3水溶液以將混合物之pH值調節至約8且用EtOAc (40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1至1:1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之N-[(1S)-1-甲醯基-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(1.6 g，6.98 mmol，67.25%產率)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 9.40 (s, 1 H) 7.30 (br d, J=8.00 Hz, 1 H) 3.91 - 3.82 (m, 1 H) 1.66 (dd, J=14.38, 2.75 Hz, 1 H) 1.39 (s, 9 H) 1.32 (br d, J=9.26 Hz, 1 H) 0.90 (s, 9 H)。 步驟 3 ： (S)-2-(((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向N-[(1S)-1-甲醯基-3,3-二甲基-丁基]胺基甲酸三級丁酯(0.8 g，3.49 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.17 g，5.23 mmol，1.5當量，HCl)於DCE (20 mL)中之溶液中添加Et 3N (529.52 mg，5.23 mmol，728.36 μL，1.5當量)及NaBH(OAc) 3(2.22 g，10.47 mmol，3當量)。在20℃下攪拌反應物2小時。藉由在0℃下添加NaHCO 3水溶液(100 mL)來淬滅反應混合物且攪拌0.5小時，且接著用DCM (60 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1至1:3)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(450 mg，1.13 mmol，32.29%產率)。MS (ESI) m/z400.3 [M+H] + 步驟 4 ： (S)-2-(((S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基戊基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，500.60 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，4.00 mL，31.96當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(168 mg，粗物質，HCl)。 步驟 5 ： (S)-2-(((S)-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-4,4- 二甲基戊基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(168 mg，500.20 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(95.63 mg，500.20 μmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加DMAP (183.32 mg，1.50 mmol，3.0當量)、EDCI (191.78 mg，1.00 mmol，2當量)及DCM (3 mL)。在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加40 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，301.54 μmol，60.28%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z473.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(130 mg，275.09 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，381.70當量)中之溶液在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，乙酸乙酯:MeOH=50:3)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]甲基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，131.13 μmol，47.67%產率)。MS (ESI) m/z458.3 [M+H] + 步驟 7 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-4,4- 二甲基戊 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]甲基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50 mg，109.27 μmol，1當量)於EtOAc (2 mL)中之溶液中逐滴添加T 3P (2.14 g，3.36 mmol，2 mL，50%純度，30.77當量)，且接著在65℃下攪拌所得混合物12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA) - ACN]；B%：15% - 45%，8 min)純化殘餘物且藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：25% - 25%，20 min)分離，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]甲基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(4.4 mg，9.92 μmol，29.07%產率，99.1%純度)。MS (ESI) m/z440.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.22 - 6.99 (m, 3 H) 6.52 (br d, J=7.72 Hz, 1 H) 4.74 - 4.65 (m, 1 H) 4.61 - 4.48 (m, 1 H) 4.03 - 3.91 (m, 4 H) 3.62 - 3.51 (m, 1 H) 3.47 - 3.36 (m, 1 H) 3.27 - 3.19 (m, 1 H) 2.50 - 2.41 (m, 1 H) 2.29 - 2.18 (m, 1 H) 1.81 (br s, 1 H) 1.74 - 1.64 (m, 2 H) 1.60 (br d, J=10.14 Hz, 1 H) 1.34 - 1.28 (m, 1 H) 0.98 (s, 9 H)。 實例 190. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 667
Figure 02_image2562
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4- 氟 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向化合物(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊酸(300.0 mg，1.20 mmol，1.0當量)及化合物(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(313.3 mg，1.32 mmol，1.1當量，HCl)於DMF (3 mL)中之溶液中添加T 3P (1.53 g，2.41 mmol，1.43 mL，50%純度，2.0當量)及TEA (487.1 mg，4.81 mmol，0.67 mL，4.0當量)。在80℃下攪拌混合物16小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=0/1，PMA)。在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-1% MeOH/DCM，在25 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(620 mg，1.15 mmol，95.5%產率，80%純度)。
LCMS：Rt=0.773 min；C 20H 34FN 3O 6MS計算值：431.24；MS實驗值：432.2 [M+H +]。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4- 氟 -4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將化合物(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(520 mg，1.21 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 mL)中之混合物在25℃下攪拌0.5小時。在減壓下濃縮混合物，得到化合物(S)-2-((S)-2-胺基-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg，粗物質，HCl，黃色油)且用於下一步驟中。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-4- 氟 -2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4- 甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向化合物4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(200 mg，1.05 mmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加HATU (477.3 mg，1.26 mmol，1.2當量)及DIEA (540.8 mg，4.18 mmol，0.73 mL，4當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。向混合物中添加化合物(S)-2-((S)-2-胺基-4-氟-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(461.8 mg，1.26 mmol，1.2當量，HCl)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM/MeOH=10/1，UV)。反應混合物用H 2O (15 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-100%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-4-氟-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(480 mg，83.9%產率)。
LCMS：Rt=0.794 min；C 25H 33FN 4O 6MS計算值：504.24；MS實驗值：505.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CDCl 3) δ 9.56 - 9.81 (m, 1H), 8.24 (br s, 1H), 7.23 - 7.06 (m, 3H), 7.01 (d, J=8.28 Hz, 1H), 6.49 (d, J=7.78 Hz, 1H), 6.17 (br s, 1H), 4.95 - 4.82 (m, 1H), 4.60 - 4.51 (m, 1H), 3.94 (s, 3H), 3.80 - 3.60 (m, 5H), 3.16 (br d, J=7.28 Hz, 2H), 3.00 - 2.77 (m, 1H), 1.98 (br d, J=6.02 Hz, 2H), 1.92 - 1.83 (m, 2H), 1.77 (br s, 2H), 1.51 - 1.44 (m, 6H)。 步驟 4 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3- 氟 -3- 甲基 - 丁基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在30 mL密封管中，將化合物(S)-2-((S)-4-氟-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4-甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，1.98 mmol，1當量)於NH 3(7 M於MeOH中, 14.16 mL，50當量)中之溶液在80℃下攪拌16小時。TLC (DCM/MeOH=10/1，UV)。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；20 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-15% MeOH/乙酸乙酯，在30 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之化合物N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(370 mg，0.74 mmol，37.2%產率，97.6%純度)。
LCMS：Rt=0.743 min；C 24H 32FN 5O 5MS計算值：489.24；MS實驗值：490.2 [M+H +]。 步驟5：N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3-氟-3-甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在0℃下，向化合物N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(350 mg，0.71 mmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(170.4 mg，0.71 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。在0℃下，向混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(170.4 mg，0.71 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物0.5小時。在0℃下，向混合物中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(170.4 mg，0.71 mmol，1當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由LCMS檢驗殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：28%-58%，7.8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4-氟-4-甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(95 mg，28.1%產率)。
LCMS：Rt=0.780 min；C 24H 30FN 5O 4MS計算值：471.23；MS實驗值：472.2 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 7.24 - 7.20 (m, 1H), 7.18 - 7.11 (m, 1H), 7.07 - 7.01 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.78 Hz, 1H), 5.13 - 5.01 (m, 1H), 4.81 - 4.71 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.18 (dd, J=7.40, 5.14 Hz, 2H), 2.49 - 2.34 (m, 2H), 2.32 - 2.11 (m, 2H), 2.00 - 1.87 (m, 2H), 1.83 - 1.73 (m, 1H), 1.72 - 1.60 (m, 1H), 1.54 - 1.37 (m, 7H)。 實例 191. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 681
Figure 02_image2564
步驟 1 ： (2S)-2-(2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，2.11 mmol，1.1當量，HCl)、2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(684.45 mg，1.92 mmol，1當量)於DMF (15 mL)中之溶液中添加DIPEA (744.57 mg，5.76 mmol，1.00 mL，3當量)及HATU (730.19 mg，1.92 mmol，1當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (80 mL)來淬滅兩批反應混合物且用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.35 g，粗物質)。MS (ESI) m/z539.3 [M+H] +。 步驟 2 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(650 mg，1.21 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，3.45 mL，20當量)中之溶液在65℃下攪拌17小時。在完成之後，在減壓下濃縮兩批反應混合物，得到呈無色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.22 g，粗物質)。MS (ESI) m/z524.3 [M+H] +。 步驟 3 ： N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.22 g，2.33 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.39 g，5.82 mmol，2.5當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (3 mL)來淬滅反應混合物且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Agela DuraShell C18 250×70 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：43%-63%，20 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之所需化合物(490 mg)，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：58%-58%，10 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (201.77 mg，394.36 μmol，16.93%產率，98.820%純度)。MS (ESI) m/z506.3[M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.26 (br s, 1 H) 8.50 - 8.85 (m, 1 H) 7.23 (br s, 1 H) 7.00 - 7.16 (m, 2 H) 6.89 (br s, 1 H) 6.52 (br d, J=7.46 Hz, 1 H) 4.86 - 5.06 (m, 1 H) 4.48 - 4.79 (m, 1 H) 3.80 - 3.98 (m, 4 H) 3.59 (br d, J=4.65 Hz, 1 H) 3.09 (br s, 2 H) 2.15 - 2.31 (m, 3 H) 1.73 - 2.01 (m, 2 H) 1.67 (br dd, J=12.17, 8.62 Hz, 2 H) 1.33 - 1.61 (m, 12 H)。
獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (200.95 mg，394.35 μmol，16.93%產率，99.222%純度)。MS (ESI) m/z506.3[M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ ppm 11.27 (br s, 1 H) 8.61 (br d, J=1.22 Hz, 1 H) 7.02 - 7.26 (m, 3 H) 6.91 (br s, 1 H) 6.53 (d, J=7.46 Hz, 1 H) 4.91 - 5.06 (m, 1 H) 4.62 (br s, 1 H) 3.82 - 3.98 (m, 4 H) 3.52 - 3.75 (m, 1 H) 3.09 (br s, 2 H) 2.09 - 2.28 (m, 3 H) 1.63 - 1.92 (m, 4 H) 1.33 - 1.62 (m, 12 H)。 實例 192. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 711
Figure 02_image2566
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，1.81 mmol，80%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，12.00 mL，26.50當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(600 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z298.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-(4,5,6,7- 四氫 -1H- 吲哚 -2- 羰基胺基 ) 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(600 mg，1.80 mmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)及DMF (0.5 mL)中之混合物中添加4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲酸(415.68 mg，2.52 mmol，1.4當量)、TEA (1.09 g，10.78 mmol，1.50 mL，6當量)及T3P (1.72 g，2.70 mmol，1.60 mL，50%純度，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)及TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-(4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-羰基胺基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，787.36 μmol，43.80%產率)。MS (ESI) m/z445.3 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,5,6,7- 四氫 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-(4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-羰基胺基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，787.36 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，88.90當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲醯胺(300 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z430.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,5,6,7- 四氫 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲醯胺(290 mg，675.19 μmol，1當量)於T3P (3 mL，50%純度)及乙酸乙酯(3 mL)中之混合物在40℃下攪拌16小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25% - 55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5,6,7-四氫-1H-吲哚-2-甲醯胺(61.92 mg，150.48 μmol，22.29%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z412.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=10.96 (br s, 1H), 9.00 - 8.77 (m, 1H), 7.89 - 7.66 (m, 2H), 6.60 (br s, 1H), 5.04 - 4.81 (m, 1H), 4.48 - 4.28 (m, 1H), 3.24 - 3.04 (m, 2H), 2.47 - 1.96 (m, 7H), 1.81 - 1.61 (m, 7H), 1.40 (br dd, J=6.6, 13.1 Hz, 1H), 0.74 (br s, 1H), 0.38 (br s, 2H), 0.22 - -0.03 (m, 2H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=10.67 (br s, 1H), 8.74 - 8.49 (m, 1H), 7.53 - 7.28 (m, 2H), 6.54 (d, J=2.2 Hz, 1H), 5.05 - 4.84 (m, 1H), 4.54 - 4.38 (m, 1H), 3.17 (br d, J=7.2 Hz, 2H), 2.54 (br t, J=6.1 Hz, 2H), 2.43 (br t, J=5.6 Hz, 3H), 2.28 - 2.08 (m, 2H), 1.90 - 1.79 (m, 1H), 1.77 - 1.65 (m, 6H), 1.56 (qd, J=6.7, 13.7 Hz, 1H), 0.83 - 0.70 (m, 1H), 0.42 (br d, J=7.8 Hz, 2H), 0.20 - 0.04 (m, 2H)。 實例 193. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 715
Figure 02_image2568
步驟 1 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 氯 -1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向4-氯-1 H-吡咯并[3,2- c]吡啶-2-甲酸(110.5 mg，0.56 mmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加HATU (256.6 mg，0.67 mmol，1.2當量)、DIEA (218.0 mg，1.69 mmol，0.29 mL，3當量)及(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(200 mg，0.67 mmol，1.2當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。LC-MS證實偵測到所需化合物。TLC (DCM/MeOH=10:1)。反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(10 mL×3)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；4 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-20% DCM/MeOH醚梯度，在20 mL/min下)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1 H-吡咯并[3,2- c]吡啶-2-甲醯胺(214 mg，76.2%產率)。 步驟 2 ： 4- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吡咯并 [3,2-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
在0℃下，向N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-1 H-吡咯并[3,2- c]吡啶-2-甲醯胺(214 mg，0.45 mmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(322.1 mg，1.35 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。TLC (DCM:MeOH=10:1)。將反應混合物過濾且在真空中濃縮。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-10%石油醚/乙酸乙酯醚梯度，在25 mL/min下)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之4-氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1 H-吡咯并[3,2- c]吡啶-2-甲醯胺(80 mg，36.5%產率)。
LCMS：Rt=1.356 min；C 22H 25ClN 6O 3MS計算值：456.17；MS實驗值：457.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.75 - 8.65 (m, 1H), 7.53 - 7.43 (m, 1H), 7.41 - 7.31 (m, 1H), 5.14 (br d, J=9.5 Hz, 1H), 4.54 (br t, J=7.2 Hz, 1H), 3.24 (br s, 2H), 2.56 - 2.41 (m, 2H), 2.02 - 1.87 (m, 2H), 1.86 - 1.61 (m, 4H), 1.59 - 1.45 (m, 1H), 0.85 (br s, 1H), 0.54 (br d, J=8.0 Hz, 2H), 0.23 - 0.15 (m, 2H)。 實例 194. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 6397-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
Figure 02_image2570
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(1.45 g，6.34 mmol，1.5當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，4.22 mmol，1當量，HCl)、DMAP (1.55 g，12.67 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加EDCI (2.43 g，12.67 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入50 mL H 2O中，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水洗滌(50 mL×2)，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至1/2)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.5 g，3.10 mmol，73.34%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z412.2 [M+H] +。
(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(29.06 g，126.75 mmol，1.5當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(20 g，84.50 mmol，1當量，HCl)及DMAP (25.81 g，211.24 mmol，2.5當量)於DCM (200 mL)中之溶液，接著添加EDCI (32.40 g，168.99 mmol，2.0當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在0℃下添加300 mL H2O來淬滅反應混合物，且用300 mL DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機層用100 mL 0.5 N HCl及鹽水(100 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至1/2)純化殘餘物。得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(23 g，54.83 mmol，64.89%產率，98.1%純度)。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.5 g，3.65 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，15.00 mL，16.46當量)中之溶液。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.27 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z312.2 [M+H] +。 步驟 3 ： (S)-2-((S)-2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.27 g，3.65 mmol，1當量，HCl)、7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(714.17 mg，3.65 mmol，1當量)、DMAP (1.34 g，10.95 mmol，3當量)於DCM (13 mL)中之溶液中添加EDCI (1.75 g，9.13 mmol，2.5當量)，在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入H 2O (20 mL)中，且接著用DCM (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至1/0)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，2.53 mmol，69.18%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z489.2 [M+H] +。 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，2.66 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，26 mL，68.45當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.26 g，粗物質)。MS (ESI) m/z474.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 7- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.26 g，2.66 mmol，1當量)於DCM (13 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.58 g，6.65 mmol，2.5當量)。在25℃下攪拌混合物7小時。在完成之後，用N2濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由管柱層(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至0/1)析純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(950 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。 實例 195. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 717
Figure 02_image2572
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-3- 環丙基 - 丙醯胺
在N 2氛圍下，向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(600 mg，1.39 mmol，1當量)於THF (1 mL)中之溶液中添加Pd/C。將懸浮液脫氣且用H 2吹掃3次。將混合物在H 2(15 Psi或大氣壓)下，在25℃下攪拌2小時。過濾Pd/C且在減壓下濃縮反應物，得到殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(400 mg，粗物質)。 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 氯 -1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向(2 S)-2-胺基- N-[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(250 mg，0.84 mmol，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加HATU (320.7 mg，0.84 mmol，1當量)、5-氯-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲酸(182.4 mg，0.92 mmol，1.1當量)及DIEA (218.0 mg，1.69 mmol，0.29 mL，2當量)，在25℃下攪拌16小時。TLC (DCM/MeOH=10:1，I 2)。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-7% DCM/MeOH，在35 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1 H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲醯胺(260 mg，64.3%產率，99.2%純度)。 步驟 3 ： 5- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吡咯并 [2,3-c] 吡啶 -2- 甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1 H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲醯胺(100 mg，0.21 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(150.5 mg，0.63 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物24小時。反應混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O + 10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，9.5 min)純化殘餘物。獲得呈黃色固體狀之5-氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1 H-吡咯并[2,3-c]吡啶-2-甲醯胺(94 mg，96.7%產率，99%純度)。
LCMS：Rt=0.754 min；C 22H 25ClN 6O 3MS計算值：456.93；MS實驗值：457.1 [M+H +]。
1H NMR (400 MHz, CD 3OD) δ 8.58 (s, 1H), 7.72 - 7.65 (m, 1H), 7.20 (s, 1H), 5.13 (dd, J=6.1, 10.2 Hz, 1H), 4.58 - 4.52 (m, 1H), 3.28 - 3.16 (m, 2H), 2.59 - 2.39 (m, 2H), 2.07 - 1.87 (m, 3H), 1.87 - 1.79 (m, 1H), 1.78 - 1.62 (m, 2H), 1.60 - 1.44 (m, 1H), 0.91 - 0.78 (m, 1H), 0.58 - 0.47 (m, 2H), 0.26 - 0.13 (m, 2H)。 實例 196. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 (2S)-1- 羥基 -2-((2S,4S)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基吡咯啶 -2- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙烷 -1- 磺酸鉀
Figure 02_image2574
步驟 1 ： [(2S)-1- 羥基 -2-[[(2S,4S)-1-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-4- 苯基 - 吡咯啶 -2- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙基 ] 磺醯基氧基鉀
在45℃下，在N 2下向(2 S,4 S)-N-[(1 S)-1-甲醯基-2-[(3 S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-甲醯胺(40 mg，79.59 μmol，1當量)於THF (0.5 mL)中之混合物中添加含K 2S 2O 5(8.67 mg，39.00 μmol，0.49當量)之H 2O (0.1 mL)。在45℃下攪拌混合物3小時，且接著在N 2下，在25℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，且接著在25℃下用THF (1 mL)濕磨1小時，得到呈灰白色固體狀之[(2 S)-1-羥基-2-[[(2 S,4 S)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-苯基-吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙基]磺醯基氧基鉀(14.09 mg，20.36 μmol，25.58%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z585.3 [M-36.8] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.68 - 11.40 (m, 1H), 8.08 - 7.64 (m, 0.5H), 7.52 - 7.43 (m, 0.5H), 7.41 - 7.29 (m, 4H), 7.28 - 7.19 (m, 1H), 7.15 - 6.97 (m, 2H), 6.96 - 6.76 (m, 1H), 6.55 - 6.37 (m, 1H), 5.48 - 5.27 (m, 1H), 5.25 - 4.92 (m, 0.5H), 4.80 - 4.60 (m, 0.5H), 4.46 - 4.07 (m, 2H), 4.02 - 3.93 (m, 0.5H), 3.93 - 3.63 (m, 5H), 3.62 - 3.36 (m, 1H), 3.18 - 3.02 (m, 1H), 2.94 - 2.69 (m, 0.5H), 2.35 - 2.17 (m, 3H), 2.10 - 1.87 (m, 1H), 1.82 - 1.27 (m, 3H)。 實例 197. 合成 (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙腈鹽酸鹽
Figure 02_image2576
步驟 1 ： (2S,4R)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-4-( 氰基甲基 ) 戊二酸二甲酯
在-78℃下，在N 2下向2-(三級丁氧基羰基胺基)戊二酸二甲酯(10 g，36.32 mmol，1當量)於THF (150 mL)中之溶液中添加LiHMDS (1 M，83.55 mL，2.3當量)。在-78℃下攪拌混合物1.5小時。接著，在-78℃下向反應物中逐滴添加2-溴乙腈(6.54 g，54.49 mmol，3.63 mL，1.5當量)。在-78℃下攪拌混合物2.5小時。TLC (PE:EA=3:1，I 2)。反應完成，相繼添加預先冷卻之甲醇(15 mL)及冰醋酸(12 mL)以淬滅反應物。將反應物升溫至25℃，且在減壓下餾出溶劑。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；120 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0-20%乙酸乙酯/石油醚梯度，在80 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈黃色油狀之(4R)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-(氰基甲基)戊二酸二甲酯(15 g，47.72 mmol，43.79%產率)。 步驟 2 ： (S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(4R)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-(氰基甲基)戊二酸二甲酯(15 g，47.72 mmol，1當量)溶解於MeOH (250 mL)中，且在0℃下添加CoCl 2.6H 2O (6.81 g，28.63 mmol，0.6當量)。在緩慢地分批添加NaBH4 (10.83 g，286.32 mmol，6當量)之後，反應在25℃下進行12小時。TLC (石油醚/乙酸乙酯=1:2，I 2)。在反應完成之後，添加100 mL飽和氯化銨溶液以淬滅反應物。藉由過濾來收集有機相，在減壓下餾出溶劑且用EtOAc (150 mL×3)萃取，且收集有機相。有機相用飽和鹽水(100 mL)洗滌。有機相經無水Na 2SO 4脫水，藉由過濾來收集濾液且在減壓下蒸發溶劑。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；40 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0~80%乙酸乙酯/石油醚梯度，在40 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(7 g，24.45 mmol，51.2%產率，100%純度)。 步驟 3 ： ((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基甲酸三級丁酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2 g，6.99 mmol，1當量)於MeOH (10 mL)中之溶液中添加NH 3之溶液(7 M，24.00 mL，24.05當量)。在密封管中，在60℃下攪拌混合物16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯(1.8 g，6.63 mmol，94.9%產率)。 步驟 4 ： ((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基甲酸三級丁酯
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(1 g，3.69 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(3.51 g，14.74 mmol，4當量)。在N 2下，在25℃下攪拌混合物1小時。向反應混合物中添加H 2O (10 mL)且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由急驟矽膠層析(ISCO®；12 g SepaFlash®二氧化矽急驟管柱，溶離劑：0~70%乙酸乙酯/石油醚梯度，在30 mL/min下)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(900 mg，3.23 mmol，87.7%產率，91%純度)。 步驟 5 ： (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙腈鹽酸鹽
向N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(600 mg，2.37 mmol，1當量)於EtOAc (20 mL)中之溶液中添加HCl/EtOAc (4 M，4.00 mL，6.75當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。LCMS證實起始物質耗盡且偵測到所需化合物。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙腈(440 mg，2.32 mmol，97.9%產率，HCl)。 實例 198. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 842
Figure 02_image2578
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(5,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向5,7-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(1 g，4.35 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.35 g，3.89 mmol，8.95e-1當量，HCl)於DCM (24 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (1.59 g，13.04 mmol，3當量)及EDCI (1.67 g，8.69 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(20 mL×4)萃取。合併之有機層用鹽水(40 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(5,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.29 mmol，52.74%產率)。MS (ESI) m/z521.0 [M-H] + 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5,7- 二氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(5,7-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.29 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 30 mL)中之混合物在55℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，1.97 mmol，85.79%產率)。MS (ESI) m/z508.2 [M+H] + 步驟 3 ： 5,7- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(260 mg，475.61 μmol，93%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(226.68 mg，951.23 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之5,7-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，203.92 μmol，42.88%產率)。MS (ESI) m/z490.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.98 (br s, 1H), 9.00 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.77 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.75 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.54 (br s, 1H), 7.41 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.26 (s, 1H), 5.07 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.55 - 4.47 (m, 1H), 3.16 - 3.02 (m, 2H), 2.30 - 2.20 (m, 2H), 1.90 - 1.65 (m, 4H), 1.63 - 1.33 (m, 3H), 0.87 - 0.75 (m, 1H), 0.50 - 0.36 (m, 2H), 0.24 - 0.07 (m, 2H)。 實例 199. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 852
Figure 02_image2580
步驟 1 ： 7- 溴 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
在40℃下，向7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲酸乙酯(800 mg，2.80 mmol，1當量)於THF (8 mL)及H 2O (4 mL)中之溶液中添加LiOH·H 2O (117.34 mg，2.80 mmol，1當量)。在40℃下攪拌混合物16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且接著用1 M HCl (10 mL)將pH值調節至約1，且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取，得到呈黃色固體狀之7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲酸(700 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z256.0 [M-H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-(7- 溴 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，2.30 mmol，1當量，HCl)及7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲酸(700 mg，2.76 mmol，1.2當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (561.96 mg，4.60 mmol，2當量)，且接著向混合物中添加EDCI (881.79 mg，4.60 mmol，2當量)。在20℃下攪拌2小時之後，將混合物倒入水(30 mL)中且用DCM (10 mL×3)萃取且用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，PE/EA=1:0至0:1)純化，得到呈淺黃色固體狀之( S)-2-(( S)-2-(7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，1.75 mmol，76.09%產率，96.5%純度)。MS (ESI) m/z551.1 [M+H] + 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 溴 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，1.81 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (30 mL，7 M)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在真空中濃縮混合物。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲醯胺(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.2 [M+H] + 步驟 4 ： 7- 溴 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-溴-5-氟-1 H-吲哚-2-甲醯胺(800 mg，1.81 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.30 g，5.44 mmol，3當量)，且在30℃下攪拌混合物4小時。在反應完成之後，反應混合物用水(1 mL)淬滅且使用N 2脫水，且藉由製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 250×70 mm#10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，20 min)純化，得到呈白色固體狀之7-溴- N-((S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氟-1 H-吲哚-2-甲醯胺(740 mg，1.33 mmol，53.51%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z518.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 9.01 (d, J=7.7 Hz, 1H), 8.81 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.59 - 7.48 (m, 2H), 7.45 (dd, J=2.4, 9.0 Hz, 1H), 7.26 (s, 1H), 5.07 (q, J=7.8 Hz, 1H), 4.57 - 4.46 (m, 1H), 3.14 - 3.01 (m, 2H), 2.31 - 2.19 (m, 2H), 1.90 - 1.64 (m, 4H), 1.63 - 1.34 (m, 3H), 0.85 - 0.75 (m, 1H), 0.49 - 0.37 (m, 2H), 0.24 - 0.06 (m, 2H)。 實例 200. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 876
Figure 02_image2582
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，5.49 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之混合物中添加(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(1.62 g，6.59 mmol，1.2當量)、DMAP (1.68 g，13.73 mmol，2.5當量)及EDCI (2.11 g，10.98 mmol，2當量)。在20℃下攪拌1小時之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=6/1-4/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.9 g，4.00 mmol，72.82%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z428.3 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.71 g，5.69 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20.00 mL，14.05當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.35 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z328.3 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[[4-[2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙氧基 ]-1H- 吲哚 -2- 羰基 ] 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.35 g，3.71 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之混合物，接著添加4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲酸(1.24 g，4.45 mmol，1.2當量)、DMAP (1.13 g，9.28 mmol，2.5當量)及EDCI (1.42 g，7.42 mmol，2當量)，在20℃下攪拌1.5小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=8/1-4/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[[4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-羰基]胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(2.1 g，2.85 mmol，76.92%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z589.4 [M+H] +。 步驟 4 ： 2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[[4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-羰基]胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.52 g，平行的4批，706.65 μmol，80%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，8 mL，79.25當量)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，且接著用DCM (30 mL×3)溶解。在減壓下濃縮反應物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z574.4 [M+H] +。 步驟 5 ： N-[1-[[1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-4-[2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙氧基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.1 g，1.92 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.37 g，5.76 mmol，3當量)。在30℃下攪拌所得混合物3小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且使用N 2脫水。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：53% - 53%，10 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之N-[1-[[1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體1 (250.32 mg，450.49 μmol，23.46%產率)。MS (ESI) m/z556.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.29 (s, 1H), 7.17 - 7.10 (m, 1H), 7.07 - 7.01 (m, 1H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=6.2, 9.9 Hz, 1H), 4.64 (dd, J=4.2, 8.6 Hz, 1H), 4.29 - 4.23 (m, 2H), 3.93 (dd, J=4.0, 5.3 Hz, 2H), 3.79 - 3.74 (m, 2H), 3.62 - 3.54 (m, 2H), 3.37 (s, 3H), 3.23 - 3.14 (m, 2H), 2.49 - 2.37 (m, 2H), 2.00 - 1.41 (m, 7H), 1.03 (s, 9H)。
獲得呈白色固體狀之N-[1-[[1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體2 (27.92 mg，50.25 μmol，2.62%產率)。MS (ESI) m/z556.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.29 (d, J=0.9 Hz, 1H), 7.17 - 7.11 (m, 1H), 7.04 (d, J=8.4 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.08 (dd, J=5.8, 8.0 Hz, 1H), 4.68 (dd, J=4.0, 8.8 Hz, 1H), 4.30 - 4.23 (m, 2H), 3.93 (dd, J=3.9, 5.2 Hz, 2H), 3.80 - 3.73 (m, 2H), 3.62 - 3.56 (m, 2H), 3.37 (s, 3H), 3.22 - 3.13 (m, 2H), 2.45 - 2.28 (m, 2H), 2.01 - 1.76 (m, 5H), 1.71 - 1.49 (m, 2H), 1.02 (s, 9H)。
獲得呈白色固體狀之N-[1-[[1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體3 (31.42 mg，56.54 μmol，2.95%產率)。MS (ESI) m/z556.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.30 (d, J=0.9 Hz, 1H), 7.13 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.08 - 7.01 (m, 1H), 6.53 (d, J=7.3 Hz, 1H), 5.01 (s, 1H), 4.65 (s, 1H), 4.30 - 4.23 (m, 2H), 3.93 (dd, J=4.0, 5.3 Hz, 2H), 3.81 - 3.73 (m, 2H), 3.63 - 3.55 (m, 2H), 3.37 (s, 3H), 3.21 (br d, J=4.6 Hz, 2H), 2.49 - 2.37 (m, 1H), 2.34 - 2.23 (m, 1H), 1.97 - 1.88 (m, 2H), 1.87 - 1.63 (m, 4H), 1.58 - 1.45 (m, 1H), 1.02 (s, 9H)。 實例 201. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 880
Figure 02_image2584
步驟 1 ： (Z)-2- 疊氮基 -3-(2- 氯 -3- 甲氧基 - 苯基 ) 丙 -2- 烯酸甲酯
將2-氯-3-甲氧基-苯甲醛(4 g，23.45 mmol，1當量)及NaOMe (2.53 g，46.90 mmol，2當量)與MeOH (20 mL)之混合物冷卻至-10℃，且接著逐滴添加乙酸疊氮甲烷(5.49 g，46.90 mmol，2當量)於MeOH (50 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物16小時且觀測到白色固體。在完成之後，過濾反應混合物，得到呈白色固體狀之化合物(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-3-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(3 g，10.09 mmol，43.02%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z267.0 [M+H] + 步驟 2 ： 4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
向( Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-3-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(1 g，3.74 mmol，1當量)於THF (30 mL)中之溶液中添加雙(三氟甲基磺醯基氧基)鐵(2.64 g，7.47 mmol，2當量)且在80℃下攪拌混合物48小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物且藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅，且接著用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至5/1)純化，得到呈棕色固體狀之4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(140 mg，584.17 μmol，15.64%產率)。MS (ESI) m/z240.0 [M+H] + 步驟 3 ： 4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(0.55 g，2.29 mmol，1當量)於THF (5 mL)、H 2O (2.5 mL)中之溶液中添加LiOH·H 2O (96.31 mg，2.29 mmol，1當量)，且在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，用HCl將反應混合物之pH值調節至約3。混合物用乙酸乙酯(100 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾，濃縮，得到呈棕色固體狀之4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(340 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z226.0 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將3-((( S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.3 g，2.88 mmol，1當量)於HCl/MeOH (15 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，藉由添加NaHCO 3(200 mL)來淬滅混合物且接著用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之粗產物(2 S)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z352.2 [M+H] + 步驟 5 ： (2S)-2-(2-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2 S)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(934.56 mg，2.66 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(600 mg，2.66 mmol，1當量)、EDCI (1.02 g，5.32 mmol，2當量)及DMAP (974.62 mg，7.98 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物1小時之後，藉由添加H 2O (200 mL)來淬滅反應物且接著用乙酸乙酯(100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色固體狀之(2 S)-2-(2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(1.2 g，1.93 mmol，72.57%產率，89.9%純度)。MS (ESI) m/z559.2 [M+H] + 步驟 6 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2 S)-2-(2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(1.2 g，2.15 mmol，1當量)於NH 3(於MeOH中，7 M，30 mL，97.83當量)中之溶液在40℃下攪拌8小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.15 g，粗物質)。MS (ESI) m/z544.2 [M+H] + 步驟 7 ： (2S)-2-(2-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)-2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.15 g，2.11 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.51 g，6.34 mmol，3當量)，且在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化反應物，得到呈白色固體狀之2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(400 mg，760.42 μmol，35.97%產率)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] + 步驟 8 ： (2S)-2-(2-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：43%-43%，8 min)分離2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺，得到呈白色固體狀之2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(170 mg，323.18 μmol，42.50%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.80 - 11.70 (m, 1H), 9.07 - 8.78 (m, 1H), 7.72 - 7.50 (m, 1H), 7.41 - 7.33 (m, 1H), 7.21 - 7.12 (m, 1H), 6.92 - 6.57 (m, 1H), 5.00 - 4.89 (m, 1H), 4.82 - 4.46 (m, 1H), 3.88 - 3.81 (m, 4H), 3.73 - 3.38 (m, 1H), 3.17 - 2.90 (m, 2H), 2.40 - 2.20 (m, 2H) 2.17 - 2.05 (m, 2H), 1.82 - 1.64 (m, 2H), 1.61 - 1.51 (m, 2H), 1.49 - 1.27 (m, 9H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.52 (br s, 1H), 8.65 (br s, 1H), 7.40 - 7.39 (m, 2H), 7.16 - 7.13(m, 1H), 6.86 (br s, 1H), 4.94 (br s, 1H), 4.59 (br s, 1H), 3.90 - 3.68 (m, 5H), 3.15 - 3.06(m, 2H), 2.26 - 2.05 (m, 4H), 1.80 (br s, 1H), 1.68 (br s, 1H), 1.56 - 1.52(m, 3H), 1.45 - 1.40(m, 8H)
獲得呈白色固體狀之2-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(170 mg，323.18 μmol，42.50%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.79 - 11.65 (m, 1H), 9.10 - 8.87 (m, 1H), 7.75 - 7.55 (m, 1H), 7.43 - 7.27 (m, 1H), 7.21 - 7.08 (m, 1H), 6.93 - 6.58 (m, 1H), 4.99 - 4.94(m, 1H), 4.69 - 4.44 (m, 1H), 3.92 - 3.79 (m, 4H), 3.77 - 3.67 (m, 1H), 3.31 - 3.06 (m, 2H), 2.48 - 2.34 (m, 1H), 2.46 - 2.34 (m, 1H), 2.20 - 2.05 (m, 2H), 1.97 - 1.64 (m, 2H), 1.63 - 1.52 (m, 2H), 1.50 - 1.29 (m, 9H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.52 (br s, 1H), 8.75 (br s, 1H), 7.57 - 7.34 (m, 2H), 7.15 - 7.13 (m, 1H), 6.84 (br s, 1H), 4.91 (br s, 1H), 4.61 (br s, 1H), 3.86 - 3.68 (m, 5H), 3.17 - 3.09 (m, 2H), 2.43 - 2.02 (m, 4H), 1.81 (br s, 1H), 1.67 (br s, 1H), 1.53 (br s, 3H), 1.45 - 1.41 (m, 8H) 實例 202. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 882
Figure 02_image2586
步驟 1 ： (2S)-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基胺基 )-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.5 g，3.32 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，24.08當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之產物(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.29 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z352.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (2S)-2-[[2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.24 g，3.20 mmol，1當量，HCl)於DCM (15 mL)中之混合物中添加7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(865.52 mg，3.84 mmol，1.2當量)、DMAP (976.35 mg，7.99 mmol，2.5當量)及EDCI (1.23 g，6.39 mmol，2當量)。在20℃下攪拌所得混合物1小時，且接著反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=8/1-5/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.6 g，2.46 mmol，77.00%產率，86%純度)。MS (ESI) m/z559.3 [M+H] +。 步驟 3 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ]-2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(400 mg，平行的4批，615.33 μmol，86%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，227.52當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z544.3 [M+H] +。 步驟 4 ： 2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.2 g，2.21 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.58 g，6.62 mmol，3當量)。在30℃下攪拌1小時之後，混合物用水(1 mL)淬滅且使用N 2脫水。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，10 min)純化殘餘物，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IC (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu - IPA]；B%：60% - 60%，9 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (378.42 mg，719.39 μmol，32.62%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.20 - 7.13 (m, 1H), 7.11 (s, 1H), 6.59 - 6.42 (m, 1H), 5.11 - 5.02 (m, 1H), 4.80 - 4.58 (m, 1H), 3.99 - 3.89 (m, 3H), 3.89 - 3.82 (m, 1H), 3.77 - 3.38 (m, 1H), 3.28 (br s, 1H), 2.99 - 2.66 (m, 1H), 2.52 - 2.25 (m, 3H), 2.17 - 1.69 (m, 3H), 1.65 - 1.26 (m, 11H)。
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (367.22 mg，698.10 μmol，31.65%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.18 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.14 (s, 1H), 6.54 (d, J=8.3 Hz, 1H), 5.03 (dd, J=6.0, 10.1 Hz, 1H), 4.63 (dd, J=7.8, 9.7 Hz, 1H), 3.99 - 3.88 (m, 4H), 3.76 (d, J=10.3 Hz, 1H), 3.30 - 3.23 (m, 1H), 2.53 - 2.40 (m, 1H), 2.39 - 1.96 (m, 3H), 1.95 - 1.70 (m, 3H), 1.68 - 1.38 (m, 11H)。 實例 203. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 886
Figure 02_image2588
步驟 1 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 )-2-(6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將7-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(1.5 g，3.54 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，37.50 mL，42.35當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.2 g，粗物質，HCl)。 步驟 2 ： (2S)-2-(6-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.1 g，3.06 mmol，1當量，HCl)及4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(700 mg，3.10 mmol，1.01當量)於DMF (7 mL)及DCM (30 mL)中之溶液中添加DMAP (1.12 g，9.17 mmol，3當量)及EDCI (1.17 g，6.11 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加100 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[6-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.2 g，2.19 mmol，71.71%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z531.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-6-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
將(2S)-2-[[6-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.2 g，2.26 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，50 mL，154.87當量)中之溶液在25℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-6-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(1.1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z516.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 6-(4- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 )-6- 氮雜螺 [3.4] 辛烷 -7- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-6-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(1.1 g，2.13 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.27 g，5.33 mmol，2.5當量)，且接著在40℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Titank C18 Bulk 250×70 mm 10 μ；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：6% - 36%，20 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之所需化合物(500 mg，47%產率，99%純度)，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-MeOH]；B%：55% - 55%，7 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之6-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體1 (232.45 mg，466.79 μmol，21.90%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z498.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.85 - 11.68 (m, 1H), 9.09 - 8.67 (m, 1H), 7.74 - 7.42 (m, 1H), 7.42 - 7.32 (m, 1H), 7.21 - 7.10 (m, 1H), 7.01 - 6.46 (m, 1H), 5.02 - 4.40 (m, 2H), 4.11 - 3.65 (m, 5H), 3.20 - 2.90 (m, 2H), 2.36 - 1.63 (m, 13H)
獲得呈白色固體狀之6-(4-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體2 (232.89 mg，467.68 μmol，21.94%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z498.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.79 - 11.70 (m, 1H), 9.19 - 8.76 (m, 1H), 7.76 - 7.60 (m, 1H), 7.42 - 7.29 (m, 1H), 7.20 - 7.08 (m, 1H), 6.96 - 6.48 (m, 1H), 5.04 - 4.37 (m, 2H), 4.05 - 3.78 (m, 5H), 3.18 - 2.92 (m, 2H), 2.43 - 1.79 (m, 13H) 實例 204. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 888
Figure 02_image2590
步驟 1 ： (2S)-2- 胺基 -3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(20 g，69.85 mmol，1當量)於HCl/MeOH (200 mL)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(13 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(13 g，58.38 mmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(14.32 g，58.38 mmol，1當量)於DCM (200 mL)中之溶液中添加DMAP (21.40 g，175.15 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (33.58 g，175.15 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加100 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用100 mL DCM (50 mL×2)萃取。合併之有機層用100 mL HCl (1 M) (50 mL×2)洗滌，接著用100 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(23 g，50.62 mmol，86.70%產率，91%純度)。MS (ESI) m/z414.3 [M+H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(23 g，55.62 mmol，1當量)於HCl/MeOH (200 mL)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(19 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z314.2 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-4,4- 二甲基 - 戊醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1 g，2.86 mmol，1當量，HCl)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(559.10 mg，2.86 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加DMAP (1.05 g，8.58 mmol，3當量)。在添加EDCI (1.64 g，8.58 mmol，3當量)之後，在20℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用40 mL DCM (20 mL×2)萃取。合併之有機層用30 mL HCl (1 M) (15 mL×2)洗滌，合併之有機層用鹽水(40 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(930 mg，1.84 mmol，64.28%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z491.2 [M+H] +。 步驟 5 ： N-[(1S)-1-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(900 mg，1.83 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，30 mL，114.56當量)中之溶液在20℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(770 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z476.2[M+H] +。 步驟 6 ： 7- 氯 -N-[(1S)-1-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ] 乙基 ] 胺甲醯基 ]-3,3- 二甲基 - 丁基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(760 mg，1.60 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(761.03 mg，3.19 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時，且接著在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(421 mg，919.31 μmol，57.57%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z458.2[M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.70 (s, 1H), 9.01 (d, J=7.8Hz, 1H), 8.72 (d, J=8.1Hz, 1H), 7.74 - 7.58 (m, 2H), 7.37 - 7.22 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8Hz, 1H), 4.98 (q, J=7.8Hz, 1H), 4.65 - 4.52 (m, 1H), 3.19 - 3.03 (m, 2H), 2.42 - 2.27 (m, 1H), 2.20 - 2.06 (m, 2H), 1.82 (d, J=7.4Hz, 1H), 1.75 - 1.64 (m, 3H), 0.95 (s, 9H)。 實例 205. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 898
Figure 02_image2592
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯鹽酸鹽
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(23 g，55.89 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，230 mL，16.46當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(20 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z312.1 [M+H] +。 步驟 2 ： (S)-2-((S)-2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，2.30 mmol，1當量，HCl)及7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(622.71 mg，2.76 mmol，1.2當量)於DMF (5 mL)及DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (842.95 mg，6.90 mmol，3當量)及EDCI (881.79 mg，4.60 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (100 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.83 mmol，79.59%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z519.2 [M+H] +。 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.9 g，1.73 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，36.00 mL，145.32當量)中之溶液在25℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.8 g，粗物質)。MS (ESI) m/z504.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 7- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.8 g，1.59 mmol，1當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(945.70 mg，3.97 mmol，2.5當量)，且接著在40℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：28% - 48%，20 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.21 g，432.13 μmol，27.22%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z486.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.70 (br d, J=1.6 Hz, 1H), 8.97 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.65 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.28 (s, 1H), 7.21 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.56 (d, J=8.3 Hz, 1H), 5.07 (q, J=7.8 Hz, 1H), 4.56 - 4.43 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.15 - 3.02 (m, 2H), 2.30 - 2.22 (m, 2H), 1.87 - 1.68 (m, 4H), 1.59 - 1.39 (br s, 3H), 0.86 - 0.77 (m, 1H), 0.48 - 0.38 (m, 2H), 0.23 - 0.08 (m, 2H) 實例 206. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 902
Figure 02_image2594
Figure 02_image2596
步驟 1 ： (Z)-3- 溴 -2-( 羥基亞胺基 ) 丙酸乙酯
在N 2下，向3-溴-2-側氧基-丙酸乙酯(60 g，307.67 mmol，38.46 mL，1當量)於CHCl 3(250 mL)中之溶液中添加含NH 2OH.HCl (23.52 g，338.44 mmol，1.1當量)之H 2O (250 mL)。在25℃下攪拌混合物16小時。反應物用H 2O (500 mL)淬滅且接著用DCM (300 mL×4)萃取。合併之有機相用鹽水(400 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈黃色固體狀之(Z)-3-溴-2-(羥基亞胺基)丙酸乙酯(51 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 210.3 [M+H] +。 步驟 2 ： 1-( 環亞己基甲基 ) 吡咯啶
將環己烷甲醛(15 g，133.73 mmol，16.09 mL，1當量)、吡啶(11.41 g，160.47 mmol，13.40 mL，1.2當量)於甲苯(300 mL)中之混合物在130℃下加熱14小時且藉由迪恩-斯達克分離器(Dean-Stark trap)來移除水。在50℃下，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物，得到呈黃色油狀之1-(環亞己基甲基)吡咯啶(20 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 166.2 [M+H] +。 步驟 3 ： 1- 羥基 -2- 氧 -3- 氮雜螺 [5.5] 十一 -3- 烯 -4- 甲酸乙酯
在-10℃下，在N 2下向1-(環亞己基甲基)吡咯啶(20 g，121.01 mmol，1當量)於THF (200 mL)中之溶液中逐滴添加(2Z)-3-溴-2-羥基亞胺基-丙酸乙酯(25.42 g，121.01 mmol，1當量)於THF (200 mL)中之溶液。在1小時之後，在-10℃下，在N 2下逐滴添加TEA (12.24 g，121.01 mmol，16.84 mL，1當量)。在N 2下，在25℃下攪拌反應混合物12小時。在25℃下向反應物中逐滴添加HCl (36%，2.2當量，26 mL於3.5倍體積之H 2O中)，且在25℃下攪拌1小時。藉由在25℃下添加H 2O (350 mL)來淬滅反應混合物，且用乙酸乙酯(200 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(300 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至1/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之1-羥基-2-氧-3-氮雜螺[5.5]十一-3-烯-4-甲酸乙酯(15 g，58.44 mmol，48.29%產率，94%純度)。MS (ESI) m/z 242.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸乙酯
在Ar 2下，向1-羥基-2-氧-3-氮雜螺[5.5]十一-3-烯-4-甲酸乙酯(15 g，62.17 mmol，1當量)於EtOH (150 mL)中之溶液中添加雷氏鎳(Raney Nickel) (10.65 g，124.34 mmol，2當量)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2(125.58 mg，62.17 mmol，1當量)吹掃若干次。將混合物在H 2(125.58 mg，62.17 mmol，1當量) (50 psi)下，在50℃下攪拌18小時。過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=4/1至乙酸乙酯/甲醇=10/1)純化殘餘物，得到呈黃色物質狀之2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(6 g，22.72 mmol，36.54%產率，80%純度)且獲得呈黃色油狀之2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(3 g，5.11 mmol，8.22%產率，36%純度)。MS (ESI) m/z 212.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2,3- 二甲酸 2- 三級丁酯 3- 乙酯
在0℃下，向2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(6 g，28.40 mmol，1當量)於DCM (60 mL)中之溶液中添加TEA (5.75 g，56.79 mmol，7.90 mL，2當量)及Boc 2O (7.44 g，34.07 mmol，7.83 mL，1.2當量)。在20℃下攪拌混合物12小時。藉由添加H 2O (300 mL)來淬滅反應混合物且用乙酸乙酯(150 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(200 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至9/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之2-氮雜螺[4.5]癸烷-2,3-二甲酸2-三級丁酯3-乙酯(6 g，19.27 mmol，67.85%產率，N/A純度)。MS (ESI) m/z 312.2 [M+H] +。 步驟 6 ： 2-(三級丁氧基羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
向2-氮雜螺[4.5]癸烷-2,3-二甲酸2-三級丁酯3-乙酯(7 g，22.48 mmol，1當量)於H 2O (14 mL)及MeOH (56 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (1.89 g，44.96 mmol，2當量)。在40℃下攪拌混合物12小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH。殘餘物用H 2O (80 mL)稀釋且用乙酸乙酯萃取。 步驟 7 ： 3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2- 甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(6.25 g，26.40 mmol，1.1當量，HCl)及2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(6.8 g，24.00 mmol，1當量)於DCM (90 mL)中之溶液中添加DMAP (5.86 g，48.00 mmol，2當量)及EDCI (6.90 g，36.00 mmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。反應物用0.5 M HCl (200 mL)淬滅且接著用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(150 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(9 g，18.36 mmol，76.53%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 466.2 [M+H] + 步驟 8 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 )-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
將3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.5 g，2.90 mmol，90%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，27.59當量)中之混合物冷卻至0℃，且接著在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.5 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 366.1 [M+H] +。 步驟 9 ： (2S)-2-(2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(1.5 g，3.55 mmol，1當量，HCl)於DCM (30 mL)及DMF (10 mL)中之混合物中添加7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(959.94 mg，4.25 mmol，1.2當量)，接著在0℃下添加DMAP (1.30 g，10.64 mmol，3當量)及EDCI (1.36 g，7.09 mmol，2當量)。在25℃下攪拌所得混合物2小時，且接著在0℃下用水(10 mL)淬滅反應混合物。在用DCM (10 mL×3)萃取之後，合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.91 g，3.00 mmol，84.60%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 573.3 [M+H] +。 步驟 10 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.91 g，3.00 mmol，90%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，17.79 mL，41.52當量)中之混合物在80℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 558.3 [M+H] +。 步驟 11 ： 2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-(1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.3 g，1.98 mmol，1當量)於DCM (25 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.42 g，5.94 mmol，3當量)。在25℃下攪拌3小時之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Titank C18 Bulk (250×100 mm×10 μm)；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-75%，20 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(350 mg，648.09 μmol，32.73%產率)。MS (ESI) m/z 540.1 [M+H] +。 步驟 12 ： 2-(7- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-(1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 (100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35% - 60%，8 min)純化2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(350.00 mg，550.87 μmol，95%純度，1當量)，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (62.40 mg，112.77 μmol，20.47%產率，97.6%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ=7.23 - 6.79 (m, 2H), 6.58 - 6.39 (m, 1H), 5.11 (dd, J=5.7, 10.6 Hz, 1H), 4.77 - 4.52 (m, 1H), 4.03 - 3.76 (m, 4H), 3.74 - 3.37 (m, 1H), 3.47 - 2.89 (m, 2H), 2.65 - 2.10 (m, 3H), 2.09 - 1.27 (m, 16H)。
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (131.81 mg，244.07 μmol，44.31%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ=7.22 - 6.84 (m, 2H), 6.59 - 6.44 (m, 1H), 5.07 - 4.95 (m, 1H), 4.69 - 4.50 (m, 1H), 4.02 - 3.81 (m, 4H), 3.80 - 3.43 (m, 1H), 3.23 - 3.02 (m, 2H), 2.54 - 2.13 (m, 3H), 2.11 - 1.36 (m, 16H)。
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體3 (34.64 mg，64.14 μmol，11.64%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ=7.31 - 6.74 (m, 2H), 6.63 - 6.43 (m, 1H), 5.29 - 4.96 (m, 1H), 4.87 - 4.58 (m, 1H), 3.91 (br d, J=9.0 Hz, 4H), 3.80 - 3.38 (m, 1H), 3.29 - 3.02 (m, 2H), 2.64 - 2.13 (m, 3H), 2.10 - 1.35 (m, 16H)。
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-(1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體4 (5.66 mg，10.45 μmol，1.90%產率，99.7%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ=7.31 - 6.77 (m, 2H), 6.62 - 6.46 (m, 1H), 5.17 - 4.91 (m, 1H), 4.75 - 4.56 (m, 1H), 4.04 - 3.80 (m, 4H), 3.73 (d, J=10.4 Hz, 1H), 3.28 - 3.01 (m, 2H), 2.55 - 2.44 (m, 1H), 2.44 - 2.25 (m, 2H), 2.08 - 1.40 (m, 16H)。
(50 mL×2)。向水相中添加HCl水溶液以調節至pH=2且用EA (90 mL×3)萃取，合併之有機層用鹽水(90 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(6.1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 284.2 [M+H] + 實例 207. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 906
Figure 02_image2598
步驟 1 ： (Z)-2- 疊氮基 -3-(4- 氯 -2- 甲氧基 - 苯基 ) 丙 -2- 烯酸甲酯
在-10℃下，向CH 3ONa (2.53 g，46.90 mmol，2當量)於MeOH (40 mL)中之溶液中添加4-氯-2-甲氧基-苯甲醛(4 g，23.45 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸甲酯(5.40 g，46.90 mmol，2當量)於MeOH (15 mL)中之混合物。在20℃下攪拌16小時之後，溶液用H 2O (60 mL)稀釋且濃縮，且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=20:1至3:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(3.3 g，12.33 mmol，52.58%產率)。MS (ESI) m/z268.1 [M+H] + 步驟 2 ： 6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(3000 mg，11.21 mmol，1當量)於二甲苯(30 mL)中之溶液在170℃下攪拌4小時。在完成之後，濃縮溶液，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至1:10)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1500 mg，6.26 mmol，55.84%產率)。MS (ESI) m/z240.1 [M+H] + 步驟 3 ： 6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1500 mg，6.26 mmol，1當量)於THF (15 mL)及H 2O (15 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (787.95 mg，18.78 mmol，3當量)。在65℃下攪拌2小時之後，濃縮溶液且用乙酸乙酯(50 mL×2)萃取，且用HCl (濃)將水層調節至pH=4-5，且用乙酸乙酯(80 mL×3)萃取且經Na 2SO 4脫水且濃縮，得到粗物質。粗物質直接用於下一步驟中。呈棕色固體狀之6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(1070 mg，4.74 mmol，75.77%產率)。MS (ESI) m/z226.2 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，1.44 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)及DMF (10 mL)中之溶液中添加DMAP (351.22 mg，2.87 mmol，2當量)、6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(372.98 mg，1.65 mmol，1.15當量)及EDCI (551.13 mg，2.87 mmol，2當量)。在20℃下攪拌2小時之後，混合物用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(50mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至EA:MeOH=10:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，963.41 μmol，67.02%產率)。MS (ESI) m/z519.3 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，963.41 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，145.32當量)中之溶液在60℃下攪拌17小時。濃縮溶液，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(485 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z504.3 [M+H] + 步驟 6 ： 6- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(470 mg，932.58 μmol，1當量)於DCM (25 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(666.72 mg，2.80 mmol，3當量)。在20℃下攪拌3小時之後，溶液用鹽水(50 mL)洗滌且使用N 2脫水，得到粗物質。藉由製備型HPLC (中性)純化粗物質，得到呈白色固體狀之6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(210 mg，432.13 μmol，46.34%產率)。MS (ESI) m/z486.3 [M+H] +
製備型HPLC條件：管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.72 (s, 1H), 8.91 (br d, J=8.2 Hz, 1H), 8.58 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.38 (s, 1H), 7.03 (s, 1H), 6.56 (s, 1H), 5.17 - 4.93 (m, 1H), 4.53 - 4.31 (m, 1H), 3.91 (s, 3H), 3.09 (br s, 2H), 2.37 - 2.15 (m, 2H), 1.89 - 1.27 (m, 7H), 0.80 (br s, 1H), 0.40 (br s, 1H), 0.23 - 0.10 (m, 2H)。 實例 208. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1511
Figure 02_image2600
步驟 1 ： (S)-2- 胺基 -2- 甲基戊二酸二甲酯
將(2S)-2-胺基-2-甲基-戊二酸(1 g，6.21 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，10 mL，6.45當量)中之混合物在80℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之(S)-2-胺基-2-甲基戊二酸二甲酯(1.4 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 190.2 [M+H] +。 步驟 2 ： (S)-2-((( 苯甲氧基 ) 羰基 ) 胺基 )-2- 甲基戊二酸二甲酯
在0℃下，向(S)-2-胺基-2-甲基戊二酸二甲酯(1.1 g，4.87 mmol，1當量，HCl)於DCM (11 mL)中之混合物中添加K 2CO 3(2.02 g，14.62 mmol，3當量)及CBzCl (914.69 mg，5.36 mmol，762.24 μL，1.1當量)。在20℃下攪拌14小時之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至2:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-2-甲基戊二酸二甲酯(920 mg，2.85 mmol，58.37%產率)。MS (ESI) m/z 324.1 [M+H] +。 步驟 3 ： (2S)-2-((( 苯甲氧基 ) 羰基 ) 胺基 )-4-( 氰基甲基 )-2- 甲基戊二酸二甲酯
在N 2氛圍下，在-65至-55℃下向(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-2-甲基戊二酸二甲酯(920 mg，2.42 mmol，85%純度，1當量)於無水THF (18.4 mL)中之混合物中逐滴添加LiHMDS (1 M，5.32 mL，2.2當量)歷時0.5小時。在-65至-55℃下再攪拌1小時之後，向混合物溶液中逐滴添加2-溴乙腈(435.14 mg，3.63 mmol，241.75 μL，1.5當量)歷時0.5小時，同時保持溫度低於-65至-55℃。在N 2下，在-65至-55℃下攪拌反應混合物1小時。在完成之後，用含預先冷卻(含乾冰之EtOH)之MeOH (2.8 mL)及預先冷卻(含乾冰之EtOH)乙酸之THF溶液(0.46mL HOAc/3.7 mL THF)淬滅反應混合物以處於-60℃。在-60℃下再攪拌30分鐘之後，移除冷卻浴且用水浴置換。將反應混合物升溫至0±5℃且接著在30℃下，在減壓下濃縮，得到深棕色固體。將所得殘餘物溶解於乙酸乙酯(37 mL)中，用鹽水(18 mL×2)洗滌。有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至2:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-4-(氰基甲基)-2-甲基戊二酸二甲酯(740 mg，1.84 mmol，75.99%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 363.1 [M+H] +。 步驟 4 ： (2S)-2-((( 苯甲氧基 ) 羰基 ) 胺基 )-2- 甲基 -3-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向經攪拌之(2S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-4-(氰基甲基)-2-甲基戊二酸二甲酯(740 mg，1.84 mmol，90%純度，1當量)於MeOH (34 mL)中之溶液中添加CoCl 2.6H 2O (262.37 mg，1.10 mmol，0.6當量)，且接著在0℃下分4批向混合物中添加NaBH 4(419 mg，11.08 mmol，6.03當量)歷時1小時，且接著在25℃下攪拌黑色混合物2小時。在完成之後，在0℃下用NH 4Cl水溶液(41 mL)淬滅混合物，混合物經矽藻土過濾，接著用DCM (41 mL×3)萃取，有機層經Na 2SO 4脫水，過濾，且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至1:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(320 mg，957.03 μmol，52.07%產率)。MS (ESI) m/z 335.2 [M+H] +。 步驟 5 ： (2S)-2- 胺基 -2- 甲基 -3-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在N 2下，向(2S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(320 mg，957.03 μmol，1當量)於H 2O (1.5 mL)及T-BuOH (6 mL)中之混合物中添加Pd/C (160 mg，10%純度)。將所得混合物脫氣且用H 2吹掃3次，且接著將混合物在H 2(15 Psi)下，在25℃下攪拌2小時。在完成之後，混合物經矽藻土過濾且在減壓下濃縮濾液，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 201.1 [M+H] +。 步驟 6 ： (2S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基 ) 胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-2- 甲基 -3-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，699.18 μmol，1當量)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之溶液中添加(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(192.36 mg，839.02 μmol，1.2當量)、TEA (212.25 mg，2.10 mmol，291.95 μL，3當量)。在0℃下添加T 3P (667.40 mg，1.05 mmol，623.74 μL，50%純度，1.5當量)之後，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(280 mg，612.41 μmol，87.59%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 412.3 [M+H] +。 步驟 7 ： (2S)-2-((S)-2- 胺基 -3- 環丙基丙醯胺基 )-2- 甲基 -3-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
將(2S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(260 mg，568.66 μmol，90%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，2.6 mL，18.29當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(200 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 312.2 [M+H] +。 步驟 8 ： (2S)-2-((S)-3- 環丙基 -2-(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-2- 甲基 -3-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(200 mg，546.23 μmol，95%純度，1當量，HCl)於DCM (4 mL)及DMF (2 mL)中之溶液中添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(125.32 mg，655.48 μmol，1.2當量)、DMAP (200.20 mg，1.64 mmol，3當量)及EDCI (209.43 mg，1.09 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時，且接著反應混合物用水(20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(300 mg，451.97 μmol，82.74%產率，73%純度)。MS (ESI) m/z 485.3 [M+H] +。 步驟 9 ： N-((2S)-1-(((2S)-1- 胺基 -2- 甲基 -1- 側氧基 -3-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-2-甲基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(280.00 mg，421.84 μmol，73%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，6 mL，99.56當量)中之溶液在80℃下攪拌86小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之N-((2S)-1-(((2S)-1-胺基-2-甲基-1-側氧基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，70.82 μmol，16.79%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 470.3 [M+H] +。 步驟 10 ： N-((2S)-1-(((2S)-2- 氰基 -1-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-((2S)-1-(((2S)-1-胺基-2-甲基-1-側氧基-3-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(30 mg，60.70 μmol，95%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(43.40 mg，182.10 μmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌6小時。在完成之後，藉由在20℃下添加H 2O (0.1 mL)來淬滅反應混合物且接著在減壓(＜20℃)下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5um；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-((2S)-1-(((2S)-2-氰基-1-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(25 mg，52.60 μmol，86.66%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 452.2 [M+H] +。 步驟 11 ： N-((2S)-1-(((2S)-2- 氰基 -1-(2- 側氧基吡咯啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：50%-50%，7 min)純化N-((2S)-1-(((2S)-2-氰基-1-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(25 mg，52.60 μmol，95%純度，1當量)，得到呈白色固體狀之N-((2S)-1-(((2S)-2-氰基-1-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體1 (2.35 mg，5.10 μmol，9.69%產率，97.9%純度)。MS (ESI) m/z 452.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.26 (d, J=0.7 Hz, 1H), 7.19 - 7.11 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.59 (t, J=7.3 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.38 - 3.32 (m, 2H), 2.77 - 2.66 (m, 1H), 2.54 - 2.45 (m, 1H), 2.40 (dd, J=5.1, 14.3 Hz, 1H), 2.07 (dd, J=7.3, 14.3 Hz, 1H), 2.02 - 1.91 (m, 1H), 1.86 (td, J=7.1, 14.0 Hz, 1H), 1.74 (s, 3H), 1.68 (td, J=7.1, 14.1 Hz, 1H), 0.93 - 0.79 (m, 1H), 0.59 - 0.44 (m, 2H), 0.26 - 0.14 (m, 2H)。
獲得呈白色固體狀之N-((2S)-1-(((2S)-2-氰基-1-(2-側氧基吡咯啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體2 (2.08 mg，4.53 μmol，8.62%產率，98.4%純度)。MS (ESI) m/z 452.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.26 (s, 1H), 7.20 - 7.13 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.62 (dd, J=6.4, 7.9 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.28 - 3.16 (m, 2H), 2.73 - 2.61 (m, 1H), 2.39 (td, J=6.6, 12.8 Hz, 1H), 2.27 (dd, J=7.4, 14.9 Hz, 1H), 2.01 - 1.92 (m, 1H), 1.92 - 1.78 (m, 2H), 1.76 - 1.66 (m, 4H), 0.89 - 0.78 (m, 1H), 0.55 - 0.44 (m, 2H), 0.24 - 0.14 (m, 2H) 實例 209. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 749
Figure 02_image2602
Figure 02_image2604
步驟 1 ： N-(3- 羥基 -1,1- 二甲基 - 丙基 ) 胺基甲酸苯甲酯
向3-胺基-3-甲基-丁-1-醇(3.5 g，33.93 mmol，1當量)於IPA (60 mL)中之溶液中添加60 mL飽和NaHCO 3(64.80 g，771.37 mmol，30 mL，22.74當量)，其為pH=11緩衝液，用4 M NaOH (4 M，30 mL，3.54當量)調節。將反應混合物冷卻至0℃，且接著添加2,5-二側氧基吡咯啶-1-甲酸苯甲酯(7.91 g，33.93 mmol，1當量)。在20℃下攪拌反應混合物16小時。在完成之後，過濾反應混合物且接著在減壓下濃縮以移除IPA。殘餘物用H 2O (50 mL)稀釋且用乙酸乙酯(50 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析純化殘餘物(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至5/1)，得到呈無色油狀之N-(3-羥基-1,1-二甲基-丙基)胺基甲酸苯甲酯(5 g，20.02 mmol，59.00%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z238.1 [M+H] + 步驟 2 ： N-(1,1- 二甲基 -3- 側氧基 - 丙基 ) 胺基甲酸苯甲酯
向N-(3-羥基-1,1-二甲基-丙基)胺基甲酸苯甲酯(2.2 g，9.27 mmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加DMP (4.72 g，11.13 mmol，3.44 mL，1.2當量)。在25℃下攪拌反應混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (100 mL)稀釋且用乙酸乙酯(100 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=20/1至10/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之N-(1,1-二甲基-3-側氧基-丙基)胺基甲酸酯(1.2 g，4.59 mmol，49.51%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z236.1 [M+H] + 步驟 3 ： (Z)-5-( 苯甲氧基羰基胺基 )-2-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 甲氧基 -3- 側氧基 - 丙基 ]-5- 甲基 - 己 -2- 烯酸
在-60℃下，在N 2下向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)戊二酸二甲酯(1.4 g，5.09 mmol，1當量)於THF (15 mL)中之溶液中逐滴添加LiHMDS (1 M，10.68 mL，2.1當量)之溶液。在-60℃下攪拌0.5小時之後，在低於-60℃下添加含N-(1,1-二甲基-3-側氧基-丙基)胺基甲酸苯甲酯(1.20 g，5.09 mmol，1當量)之THF (10 mL)，且在-60℃下攪拌反應混合物3小時。在完成之後，藉由在0℃下添加含5 mL AcOH之THF (20 mL)來淬滅反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 250×70 mm#10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，20 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(Z)-5-(苯甲氧基羰基胺基)-2-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-甲氧基-3-側氧基-丙基]-5-甲基-己-2-烯酸(230 mg，456.60 μmol，8.98%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z379.1 [M+H-100] + 步驟 4 ： (2Z,4S)-2-[3-( 苯甲氧基羰基胺基 )-3- 甲基 - 亞丁基 ]-4-( 三級丁氧基羰基胺基 ) 戊二酸二甲酯
向(Z)-5-(苯甲氧基羰基胺基)-2-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-甲氧基-3-側氧基-丙基]-5-甲基-己-2-烯酸(250 mg，522.43 μmol，1當量)於DMF (2.5 mL)中之混合物中添加K 2CO 3(144.41 mg，1.04 mmol，2當量)及CH 3I (222.46 mg，1.57 mmol，97.57 μL，3當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈無色油狀之殘餘化合物(2Z,4S)-2-[3-(苯甲氧基羰基胺基)-3-甲基-亞丁基]-4-(三級丁氧基羰基胺基)戊二酸二甲酯(230 mg，420.25 μmol，80.44%產率，90%純度)。殘餘物直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z393.2 [M+H-100] + 步驟 5 ： (4S)-2-(3- 胺基 -3- 甲基 - 丁基 )-4-( 三級丁氧基羰基胺基 ) 戊二酸二甲酯
向(2Z,4S)-2-[3-(苯甲氧基羰基胺基)-3-甲基-亞丁基]-4-(三級丁氧基羰基胺基)戊二酸二甲酯(230 mg，466.95 μmol，1當量)於i-PrOH (10 mL)中之混合物中添加Pd/C (300 mg，466.95 μmol，10%純度，1當量)。在H 2(50 Psi)下，在50℃下攪拌混合物5小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到呈無色油狀之殘餘化合物(4S)-2-(3-胺基-3-甲基-丁基)-4-(三級丁氧基羰基胺基)戊二酸二甲酯(120 mg，299.63 μmol，64.17%產率，90%純度)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z361.2 [M+H] + 步驟 6 ： (2S)-2-( 三級丁氧基羰基胺基 )-3-(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 丙酸甲酯
向(4S)-2-(3-胺基-3-甲基-丁基)-4-(三級丁氧基羰基胺基)戊二酸二甲酯(120 mg，332.92 μmol，1當量)於MeOH (0.5 mL)及CHCl 3(0.05 mL)中之混合物中添加KOAc (65.35 mg，665.84 μmol，2當量)。在80℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，殘餘物用5 mL H 2O稀釋且用乙酸乙酯(5 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈無色油狀之殘餘化合物(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(100 mg，274.05 μmol，82.32%產率，90%純度)且直接使用。MS (ESI) m/z329.2 [M+H] + 步驟 7 ： (2S)-2- 胺基 -3-(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(100 mg，304.50 μmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，76.13 μL，1當量)。在25℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之殘餘化合物(2S)-2-胺基-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(80 mg，287.07 μmol，94.27%產率，95%純度，HCl)。 步驟 8 ： (2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基 )-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(80 mg，302.17 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(69.28 mg，302.17 μmol，1當量)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中添加DMAP (73.83 mg，604.35 μmol，2當量)及EDCI (115.85 mg，604.35 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(20 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至3/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(110 mg，225.23 μmol，74.54%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z440.3 [M+H] + 步驟 9 ： (2S)-2-[[(2S)-2- 胺基 -3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(110 mg，250.26 μmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，7.33 mL，117.21當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈無色油狀之殘餘化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(90 mg，239.43 μmol，95.67%產率，HCl)。 步驟 10 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 丙酸甲酯
向7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(46.83 mg，239.43 μmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(90 mg，239.43 μmol，1當量，HCl)於DCM (4 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中添加EDCI (91.80 mg，478.86 μmol，2當量)及DMAP (58.50 mg，478.86 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用40 mL EA (20 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(100 mg，183.75 μmol，76.74%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z517.3 [M+H] + 步驟 11 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -1-[(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 甲基 ]-2- 側氧基 - 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(100 mg，193.42 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10.00 mL，361.91當量)中之溶液在55℃下再攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，185.26 μmol，95.78%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] + 步驟 12 ： 7- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-(6,6- 二甲基 -2- 側氧基 -3- 哌啶基 ) 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(80 mg，159.36 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(75.95 mg，318.72 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用DCM (5 mL×2)萃取。將合併之有機層使用吹風乾燥器濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之混合產物(65 mg)。藉由SFC (管柱：REGIS (s,s) WHELK-O1 (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：55%-55%，8 min)分離白色固體(65 mg)，得到呈白色固體狀之化合物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，72.32 μmol，45.38%產率，100%純度)及7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(25 mg，51.65 μmol，32.41%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z484.2 [M+H] + 異構體 1 ：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.86 - 11.59 (m, 1H), 9.00 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.72 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.63 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.49 (s, 1H), 7.31 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.28 - 7.23 (m, 1H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.09 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.61 - 4.46 (m, 1H), 2.30 - 2.08 (m, 2H), 1.88 - 1.67 (m, 3H), 1.64 - 1.38 (m, 4H), 1.17 - 1.03 (m, 6H), 0.89 - 0.70 (m, 1H), 0.51 - 0.36 (m, 2H), 0.28 - 0.01 (m, 2H)。 異構體 2 ：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.73 (s, 1H), 9.04 (d, J=7.4 Hz, 1H), 8.74 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.63 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.51 (s, 1H), 7.31 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.26 (s, 1H), 7.07 (t, J=7.7 Hz, 1H), 5.02 (q, J=7.4 Hz, 1H), 4.61 - 4.52 (m, 1H), 2.32 (td, J=6.8, 13.7 Hz, 1H), 2.20 - 2.06 (m, 1H), 1.88 - 1.49 (m, 7H), 1.12 (d, J=8.0 Hz, 6H), 0.88 - 0.70 (m, 1H), 0.52 - 0.34 (m, 2H), 0.26 - 0.05 (m, 2H)。 實例 210. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 928
Figure 02_image2606
步驟1：(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯
向2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(354.36 mg，982.06 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(260 mg，982.06 μmol，1當量，HCl)於DMF (10 mL)中之混合物中添加HATU (448.09 mg，1.18 mmol，1.2當量)，在0℃下添加含DIEA (380.78 mg，2.95 mmol，513.17 μL，3當量)之DMF (5 mL)。在0℃下攪拌混合物30分鐘。在完成之後，反應混合物用50 mL H 2O稀釋且用100 mL EA (50 mL×2)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(550 mg，866.74 μmol，88.26%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 571.3 [M+H] +
步驟2：N-[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
在25℃下，向(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(550 mg，963.04 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M，137.58 μL，1當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之殘餘化合物N-[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(520 mg，841.58 μmol，87.39%產率，90%純度)且將殘餘物直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z 556.3 [M+H] +
步驟3：2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，899.13 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(428.53 mg，1.80 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用10 mL H 2O稀釋且用20 mL DCM (10 mL×2)萃取。合併之有機層用10 mL鹽水(10 mL×1)洗滌且用N2吹乾，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：40%-60%，10 min)純化殘餘物。MS (ESI) m/z 538.2 [M+H] +
異構體1及2：
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(100 mg，185.10 μmol，20.59%產率，99.6%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.10 (br s, 1H), 8.70 (br d, J=16.5 Hz, 1H), 7.62 (br s, 1H), 7.38 - 6.82 (m, 4H), 4.98 (br s, 1H), 4.60 (br s, 1H), 3.83 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 3.62 (br s, 1H), 2.31 - 1.96 (m, 3H), 1.94 - 1.26 (m, 16H), 1.22 - 1.01 (m, 6H)
異構體3：
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(50 mg，92.92 μmol，10.33%產率，100%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.12 (br s, 1H), 9.01 - 8.62 (m, 1H), 7.83 - 7.52 (m, 1H), 7.49 - 6.65 (m, 4H), 4.94 (br d, J=5.7 Hz, 1H), 4.61 (br s, 1H), 4.00 - 3.33 (m, 2H), 2.35 - 1.99 (m, 3H), 1.91 - 1.28 (m, 16H), 1.20 - 1.07 (m, 6H)
異構體4：
獲得呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(50 mg，90.69 μmol，10.09%產率，97.6%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=11.54 - 10.62 (m, 1H), 8.96 - 8.58 (m, 1H), 7.63 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 7.39 - 6.91 (m, 4H), 4.94 (q, J=6.8 Hz, 1H), 4.60 (br s, 1H), 3.92 - 3.46 (m, 2H), 2.31 - 2.01 (m, 3H), 1.76 - 1.29 (m, 16H), 1.14 (d, J=18.3 Hz, 6H) 實例 211. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 930
Figure 02_image2608
步驟 1 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸甲酯
將2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(400 mg，1.82 mmol，1當量，HCl)於HCl/MeOH (4 M，6 mL，13.18當量)中之混合物在70℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(400 mg，1.71 mmol，94.00%產率，HCl)。MS (ESI) m/z198.2 [M+H] +。 步驟 2 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸甲酯
在0℃下，向2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(400 mg，1.71 mmol，1當量，HCl)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(334.74 mg，1.71 mmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中一次性添加DIEA (663.54 mg，5.13 mmol，894.26 μL，3當量)及T 3P (816.78 mg，2.57 mmol，763.34 μL，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型TLC (SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=0:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(350 mg，933.68 μmol，54.56%產率)。MS (ESI) m/z375.1 [M+H] + 步驟 3 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
在25℃下，向2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸甲酯(350 mg，933.68 μmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (2 mL)中之混合物中一次性添加LiOH.H 2O (78.36 mg，1.87 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，用1 M HCl將反應混合物調節至酸性且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水且過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(280 mg，775.98 μmol，83.11%產率)。MS (ESI) m/z361.0 [M+H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3R)-5,5- 二甲基 -2- 側氧基 - 吡咯啶 -3- 基 ] 丙酸甲酯
在0℃下，向2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(250 mg，692.84 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(225.82 mg，900.69 μmol，1.3當量，HCl)於DCM (4 mL)中之混合物中一次性添加T 3P (661.35 mg，1.04 mmol，618.08 μL，50%純度，1.5當量)及TEA (210.32 mg，2.08 mmol，289.30 μL，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型TLC (SiO 2，PE:乙酸乙酯=0:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(270 mg，484.67 μmol，69.95%產率)。MS (ESI) m/z557.1 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2- 胺基 -1-[(5,5- 二甲基 -2- 側氧基 - 吡咯啶 -3- 基 ) 甲基 ]-2- 側氧基 - 乙基 ]-2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(250 mg，448.77 μmol，1當量)於NH 3/MeOH(7 M，5 mL，77.99當量)中之混合物在25℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(240 mg，442.75 μmol，98.66%產率)。MS (ESI) m/z542.2 [M+H] + 步驟 6 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-(5,5- 二甲基 -2- 側氧基 - 吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(250 mg，392.02 μmol，85%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(186.84 mg，784.03 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(100 mg，190.82 μmol，48.68%產率)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] + 步驟 7 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-(5,5- 二甲基 -2- 側氧基 - 吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：55%-55%，10 min)分離白色固體，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(2 mg，3.82 μmol，2.00%產率)、2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(2 mg，3.82 μmol，2.00%產率)、2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(30 mg，57.25 μmol，30.00%產率)、2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(5 mg，9.54 μmol，5.00%產率)、2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(20 mg，38.16 μmol，20.00%產率)及2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(15 mg)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] +異構體1：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 - 11.44 (m, 1H), 8.95 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.87 - 7.75 (m, 1H), 7.68 - 7.43 (m, 1H), 7.33 - 7.20 (m, 1H), 7.14 (s, 1H), 7.11 - 6.97 (m, 1H), 4.99 - 4.75 (m, 1H), 4.50 (t, J=8.6 Hz, 1H), 3.83 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.66 (d, J=10.6 Hz, 1H), 2.75 - 2.63 (m, 1H), 2.36 - 2.12 (m, 2H), 1.99 (dd, J=8.5, 12.2 Hz, 1H), 1.83 - 1.69 (m, 1H), 1.60 (br dd, J=9.9, 11.9 Hz, 1H), 1.55 - 1.28 (m, 11H), 1.17 - 1.06 (m, 3H), 1.05 - 0.91 (m, 3H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.07 (br s, 1H), 8.73 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.75 - 7.47 (m, 2H), 7.28 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.07 (br t, J=7.7 Hz, 2H), 4.91 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 4.59 (br s, 1H), 3.84 (d, J=10.1 Hz, 1H), 3.63 (br s, 1H), 2.30 - 1.92 (m, 3H), 1.78 (br s, 1H), 1.72 - 1.63 (m, 1H), 1.60 - 1.33 (m, 12H), 1.18 (s, 3H), 1.09 (s, 3H) 異構體2：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.56 (br s, 1H), 9.00 - 8.79 (m, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.68 - 7.48 (m, 1H), 7.32 - 7.22 (m, 1H), 7.15 (s, 1H), 7.12 - 6.99 (m, 1H), 4.98 - 4.71 (m, 1H), 4.50 (t, J=8.7 Hz, 1H), 3.90 - 3.77 (m, 1H), 3.73 - 3.60 (m, 1H), 2.47 - 2.39 (m, 1H), 2.24 (br dd, J=7.9, 12.3 Hz, 1H), 2.17 - 2.08 (m, 1H), 1.98 (br dd, J=8.4, 11.9 Hz, 1H), 1.83 - 1.68 (m, 1H), 1.61 - 1.51 (m, 2H), 1.50 - 1.36 (m, 7H), 1.35 - 1.21 (m, 3H), 1.15 (s, 3H), 1.08 - 0.97 (m, 3H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.09 (br s, 1H), 8.66 (br s, 1H), 7.65 - 7.53 (m, 2H), 7.26 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.12 - 6.97 (m, 2H), 4.89 (br d, J=5.7 Hz, 1H), 4.57 (br s, 1H), 3.88 - 3.56 (m, 2H), 2.28 - 1.96 (m, 3H), 1.85 - 1.60 (m, 2H), 1.58 - 1.22 (m, 12H), 1.16 (s, 3H), 1.07 (s, 2H), 1.09 - 0.99 (m, 1H) 異構體3：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.66 - 11.45 (m, 1H), 8.94 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.92 - 7.75 (m, 1H), 7.64 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.29 (d, J=7.3 Hz, 1H), 7.17 - 7.12 (m, 1H), 7.11 - 6.98 (m, 1H), 5.00 - 4.73 (m, 1H), 4.50 (br t, J=8.6 Hz, 1H), 3.83 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.72 - 3.62 (m, 1H), 2.75 - 2.63 (m, 1H), 2.31 - 2.12 (m, 2H), 2.08 - 1.94 (m, 1H), 1.80 - 1.57 (m, 2H), 1.54 - 1.36 (m, 8H), 1.35 - 1.18 (m, 3H), 1.17 - 1.07 (m, 3H), 1.07 - 0.92 (m, 3H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.07 (br s, 1H), 8.86 - 8.69 (m, 1H), 7.70 - 7.55 (m, 2H), 7.28 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.07 (br t, J=7.6 Hz, 2H), 4.98 - 4.85 (m, 1H), 4.60 (br s, 1H), 3.84 (d, J=10.6 Hz, 1H), 3.64 (s, 1H), 2.29 - 1.96 (m, 3H), 1.77 (br s, 1H), 1.73 - 1.63 (m, 1H), 1.61 - 1.32 (m, 12H), 1.20 - 1.14 (m, 3H), 1.13 - 1.06 (m, 3H) 異構體4：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 - 11.53 (m, 1H), 9.11 - 8.97 (m, 1H), 7.98 - 7.85 (m, 1H), 7.68 - 7.45 (m, 1H), 7.33 - 7.20 (m, 1H), 7.15 (s, 1H), 7.12 - 6.96 (m, 1H), 4.97 - 4.72 (m, 1H), 4.70 - 4.48 (m, 1H), 3.83 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.72 - 3.59 (m, 1H), 2.70 - 2.54 (m, 1H), 2.35 - 2.12 (m, 3H), 2.01 - 1.53 (m, 3H), 1.53 - 1.39 (m, 6H), 1.39 - 1.27 (m, 4H), 1.20 - 1.01 (m, 6H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.13 (br s, 1H), 8.85 (br s, 1H), 7.74 - 7.57 (m, 2H), 7.28 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 7.18 - 6.96 (m, 2H), 4.90 (br s, 1H), 4.62 (br s, 1H), 3.85 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.64 (s, 1H), 2.31 - 2.22 (m, 1H), 2.14 (br s, 2H), 1.89 - 1.75 (m, 1H), 1.73 - 1.64 (m, 1H), 1.60 - 1.28 (m, 12H), 1.20 (s, 3H), 1.14 (s, 3H) 異構體5：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (br s, 1H), 9.02 - 8.77 (m, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.69 - 7.47 (m, 1H), 7.32 - 7.22 (m, 1H), 7.15 (s, 1H), 7.11 - 6.98 (m, 1H), 4.98 - 4.71 (m, 1H), 4.50 (t, J=8.5 Hz, 1H), 3.87 - 3.77 (m, 1H), 3.74 - 3.59 (m, 1H), 2.47 - 2.40 (m, 1H), 2.35 - 2.20 (m, 1H), 2.19 - 2.08 (m, 1H), 1.98 (dd, J=8.5, 12.5 Hz, 1H), 1.89 - 1.70 (m, 1H), 1.69 - 1.52 (m, 2H), 1.51 - 1.39 (m, 6H), 1.38 - 1.28 (m, 4H), 1.15 (s, 3H), 1.07 - 0.97 (m, 3H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.12 (br s, 1H), 8.65 (br s, 1H), 7.67 - 7.52 (m, 2H), 7.28 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.14 - 6.92 (m, 2H), 4.91 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 4.59 (br s, 1H), 3.83 (br d, J=11.0 Hz, 1H), 3.63 (s, 1H), 2.31 - 2.20 (m, 1H), 2.19 - 1.96 (m, 2H), 1.81 (br s, 1H), 1.68 (br d, J=10.6 Hz, 1H), 1.61 - 1.34 (m, 12H), 1.18 (s, 3H), 1.09 (s, 3H) 異構體6：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 - 11.50 (m, 1H), 9.10 - 8.98 (m, 1H), 7.97 - 7.88 (m, 1H), 7.68 - 7.45 (m, 1H), 7.33 - 7.19 (m, 1H), 7.15 (s, 1H), 7.11 - 6.97 (m, 1H), 4.96 - 4.71 (m, 1H), 4.69 - 4.47 (m, 1H), 3.83 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 3.66 (d, J=10.4 Hz, 1H), 2.69 - 2.54 (m, 1H), 2.39 - 2.12 (m, 3H), 1.97 - 1.56 (m, 2H), 1.55 - 1.47 (m, 3H), 1.42 (br s, 4H), 1.38 - 1.28 (m, 4H), 1.21 - 1.01 (m, 6H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.12 (br s, 1H), 8.84 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 7.74 - 7.56 (m, 2H), 7.28 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.07 (br t, J=7.6 Hz, 2H), 4.89 (br s, 1H), 4.61 (br s, 1H), 3.84 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.62 (br s, 1H), 2.29 - 2.06 (m, 3H), 1.85 - 1.61 (m, 2H), 1.59 - 1.33 (m, 12H), 1.20 (s, 3H), 1.14 (s, 3H) 步驟 8 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-(5,5- 二甲基 -2- 側氧基 - 吡咯啶 -3- 基 ) 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：55%-55%，10 min)分離白色固體，得到
呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(18 mg，34.35 μmol，60.00%產率)及2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(4 mg，7.63 μmol，13.33%產率)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] +
異構體1：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.68 - 11.45 (m, 1H), 8.95 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.86 - 7.76 (m, 1H), 7.68 - 7.44 (m, 1H), 7.33 - 7.20 (m, 1H), 7.14 (s, 1H), 7.11 - 6.97 (m, 1H), 4.98 - 4.77 (m, 1H), 4.50 (br t, J=8.5 Hz, 1H), 3.83 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 3.66 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 2.76 - 2.63 (m, 1H), 2.36 - 2.10 (m, 2H), 2.05 - 1.94 (m, 1H), 1.82 - 1.56 (m, 2H), 1.54 - 1.18 (m, 11H), 1.17 - 1.06 (m, 3H), 1.05 - 0.92 (m, 3H)。
異構體2：
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.58 (br s, 1H), 9.10 - 8.90 (m, 1H), 7.89 (s, 1H), 7.70 - 7.44 (m, 1H), 7.30 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.16 (s, 1H), 7.12 - 6.99 (m, 1H), 4.94 - 4.82 (m, 1H), 4.51 (t, J=8.6 Hz, 1H), 3.81 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.70 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 2.30 - 2.10 (m, 2H), 2.03 (dd, J=8.5, 12.0 Hz, 1H), 1.81 - 1.65 (m, 1H), 1.62 - 1.18 (m, 13H), 1.16 - 1.01 (m, 6H)。 實例 212. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 820
Figure 02_image2610
步驟 1 ： 7- 氟 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(800 mg，3.37 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH·H 2O (283.03 mg，6.74 mmol，2當量)，且接著在30℃下攪拌混合物10小時。在完成之後，用HCl水溶液(1 M)將反應混合物之pH值調節至約3。混合物用EtOAc (100 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾，濃縮，得到呈白色固體狀之產物7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(680 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z210.0 [M+H] + 步驟 2 ： (S)-2-((S)-3- 環丙基 -2-(7- 氟 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(0.68 g，3.25 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.24 g，3.58 mmol，1.1當量，HCl)、EDCI (1.25 g，6.50 mmol，2當量)、DMAP (1.19 g，9.75 mmol，3當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (200 mL)來淬滅反應物且接著用EtOAc (100 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，EtOAc:MEOH=10:1)純化，得到呈白色固體狀之產物( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.15 g，2.11 mmol，65.01%產率，92.35%純度)。MS (ESI) m/z503.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 氟 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.08 g，2.15 mmol，1當量)於NH 3(7 M於MeOH中，60 mL，195.43當量)中之溶液在50℃下攪拌48小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈白色固體狀之粗產物N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.06 g，粗物質)。MS (ESI) m/z488.2 [M+H] + 步驟 4 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 氟 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.03 g，2.11 mmol，1當量)於DCM (60 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.51 g，6.34 mmol，3當量)，且在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(400 mg，845.40 μmol，40.01%產率，99.23%純度)。MS (ESI) m/z470.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=8.95 - 8.94 (m, 1H), 8.57 - 8.55 (m, 1H), 7.54 (br s, 1H), 7.36 - 7.33 (m, 1H), 6.95 - 6.90 (m, 1H), 6.43 - 6.40 (m, 1H), 5.09 - 5.04 (m, 1H), 4.52 - 4.41 (m, 1H), 3.87 (s, 3H), 3.15 - 3.03 (m, 2H), 2.33 - 2.19 (m, 2H), 1.89 - 1.75 (m, 3H), 1.72 - 1.69 (m, 1H), 1.64 - 1.52 (m, 1H), 1.51 - 1.34 (m, 2H), 0.86 - 0.76 (m, 1H), 0.47 - 0.37 (m, 2H), 0.24 - 0.15 (m, 1H), 0.14 - 0.06 (m, 1H)。 實例 213. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 838
Figure 02_image2612
步驟 1 ： (Z)-2- 疊氮基 -3-(4- 氯 -2- 氟 - 苯基 ) 丙 -2- 烯酸甲酯
將NaOMe (3.41 g，63.07 mmol，2當量)於MeOH (40 mL)中之混合物冷卻至-10℃，且接著逐滴添加4-氯-2-氟-苯甲醛(5 g，31.53 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸甲酯(7.26 g，63.07 mmol，2當量)與MeOH (10 mL)之混合物。在20℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，藉由在25℃下添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物，用100 mL H 2O稀釋且用乙酸乙酯(100 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(4 g，14.87 mmol，47.14%產率，95%純度)。 步驟 2 ： 6- 氯 -4- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(4 g，15.65 mmol，1當量)於二甲苯(20 mL)中之混合物在170℃下攪拌5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。粗產物用石油醚:乙酸乙酯=10:1濕磨，得到呈白色固體狀之6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(2 g，8.35 mmol，53.35%產率，95%純度)。 步驟 3 ： 6- 氯 -4- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.4 g，6.15 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (5 mL)中之混合物中添加LiOH·H 2O (516.20 mg，12.30 mmol，2當量)。在60℃下攪拌2小時之後，用HCl (1 M)將反應混合物之pH值調節至3，且接著用H 2O (30 mL)稀釋且用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(1.3 g，5.78 mmol，94.01%產率，95%純度)。 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(6- 氯 -4- 氟 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(600 mg，2.81 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(977.10 mg，2.81 mmol，1當量，HCl)於DCM (2 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中添加EDCI (1.08 g，5.62 mmol，2當量)及DMAP (686.36 mg，5.62 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (100 mL)稀釋且用乙酸乙酯(100 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=8/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.1 g，1.95 mmol，69.52%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z507.2 [M+H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 氯 -4- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.97 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，70.97當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(950 mg，1.74 mmol，88.11%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] + 步驟 6 ： 6- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，1.02 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(484.42 mg，2.03 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (5 mL)稀釋且用DCM (20 mL×2)萃取。合併之有機層使用吹風乾燥器濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-70%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，253.20 μmol，24.91%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z474.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.08 (br s, 1H), 8.94 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.73 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.61 - 7.23 (m, 3H), 6.99 (d, J=10.1 Hz, 1H), 5.06 (q, J=8.1 Hz, 1H), 4.57 - 4.37 (m, 1H), 3.18 - 2.98 (m, 2H), 2.37 - 2.17 (m, 2H), 1.89 - 1.26 (m, 7H), 0.89 - 0.65 (m, 1H), 0.51 - 0.32 (m, 2H), 0.27 - 0.01 (m, 2H)。 實例 214. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 848
Figure 02_image2614
步驟 1 ： 6- 溴 -3- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
在25℃下，向6-溴-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(2 g，7.87 mmol，1當量)於ACN (84 mL)中之混合物中一次性添加NaHCO 3(36.42 g，433.52 mmol，16.86 mL，55.07當量)。添加Select F (3.07 g，8.66 mmol，1當量)且在80℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件，管柱：Agela DuraShell C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：50%-55%，20 min)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(500 mg，1.84 mmol，23.35%產率)。 步驟 2 ： 6- 溴 -3- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
在25℃下，向6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(500 mg，1.84 mmol，1當量)於THF (5 mL)及H 2O (5 mL)中之混合物中一次性添加LiOH.H 2O (154.22 mg，3.68 mmol，2當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，用1 M HCl將反應混合物調節至酸性且用乙酸乙酯(6 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(9 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-甲酸(440 mg，1.71 mmol，92.78%產率)。(ESI) m/z256.0 [M-H] + 步驟 3 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(6- 溴 -3- 氟 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-甲酸(440 mg，1.71 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(654.28 mg，1.88 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (8 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (626.73 mg，5.13 mmol，3當量)及EDCI (655.61 mg，3.42 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(15 mL×4)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(510 mg，924.91 μmol，54.09%產率)。(ESI) m/z551.1 [M+H] + 步驟 4 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 溴 -3- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(510 mg，924.91 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，75.68當量)中之混合物在55℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.2 [M+H] + 步驟 5 ： 6- 溴 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-3- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-溴-3-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，745.72 μmol，80%純度，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(533.14 mg，2.24 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：40%-65%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之6-溴-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-3-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(170 mg，327.95 μmol，43.98%產率)。MS (ESI) m/z518.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.70 (s, 1H), 8.98 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.84 (dd, J=3.1, 7.3 Hz, 1H), 7.65 - 7.58 (m, 2H), 7.55 (br s, 1H), 7.26 (dd, J=1.5, 8.6 Hz, 1H), 5.09 (q, J=8.1 Hz, 1H), 4.57 - 4.49 (m, 1H), 3.13 - 3.05 (m, 2H), 2.30 - 2.20 (m, 2H), 1.82 (dt, J=6.6, 14.0 Hz, 3H), 1.77 - 1.67 (m, 1H), 1.64 - 1.51 (m, 2H), 1.47 - 1.35 (m, 1H), 0.81 - 0.70 (m, 1H), 0.48 - 0.37 (m, 2H), 0.21 - 0.07 (m, 2H) 實例 215. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 862
Figure 02_image2616
步驟 1 ： 6- 氰基 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
向6-氰基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1 g，5.00 mmol，1當量)於H 2O (4 mL)及THF (8 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (358.88 mg，14.99 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之6-氰基-1H-吲哚-2-甲酸(805 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z187.0 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(6- 氰基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向6-氰基-1H-吲哚-2-甲酸(776.06 mg，4.17 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.45 g，4.17 mmol，1當量，HCl)於DCM (50 mL)中之溶液中添加DMAP (1.53 g，12.51 mmol，3當量)及EDCI (2.40 g，12.51 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL HCl (1 M) (10 mL×2)洗滌，接著用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1，二氯甲烷:甲醇=10:1，(UV 254 nm))純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氰基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，2.56 mmol，61.46%產率，94.5%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-6- 氰基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氰基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.50 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，55.94當量)中之溶液在50℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z465.2 [M+H] + 步驟 4 ： 6- 氰基 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，2.15 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.03 g，4.31 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物6小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-氰基-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(414.8 mg，929.00 μmol，43.15%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z447.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=12.08 (s, 1H), 8.96 (d, J=8.4Hz, 1H), 8.82 (d, J=7.8Hz, 1H), 7.89 - 7.81 (m, 2H), 7.53 (s, 1H), 7.45 - 7.33 (m, 2H), 5.07 (q, J=8.2Hz, 1H), 4.54 - 4.46 (m, 1H), 3.17 - 3.01 (m, 2H), 2.35 - 2.20 (m, 2H), 1.91 - 1.65 (m, 4H), 1.63 - 1.32 (m, 3H), 0.88 - 0.73 (m, 1H), 0.50 - 0.35 (m, 2H), 0.25 - 0.07 (m, 2H) 實例 216. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 866
Figure 02_image2618
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[(4,5- 二氯 -1H- 吡咯 -2- 羰基 ) 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下向4,5-二氯-1H-吡咯-2-甲酸(300 mg，1.67 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(637.74 mg，1.83 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (8 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中一次性添加DIEA (430.84 mg，3.33 mmol，580.64 μL，2當量)、HOBt (450.44 mg，3.33 mmol，2當量)及EDCI (639.05 mg，3.33 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用乙酸乙酯(15 mL×4)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,5-二氯-1H-吡咯-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(550 mg，1.16 mmol，69.71%產率)。MS (ESI) m/z 473.1 [M+H] + 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4,5- 二氯 -1H- 吡咯 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,5-二氯-1H-吡咯-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，1.06 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，132.54當量)中之混合物在40℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5-二氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(480 mg，1.05 mmol，99.14%產率)。MS (ESI) m/z 458.1 [M+H] + 步驟 3 ： 4,5- 二氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-1H- 吡咯 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,5-二氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(480 mg，555.05 μmol，53%純度，1當量)於DCM (8 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(396.82 mg，1.67 mmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件; column：管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-50%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之4,5-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吡咯-2-甲醯胺(108 mg，245.27 μmol，44.19%產率)。MS (ESI) m/z 440.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=12.74 (br s, 1H), 8.88 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.22 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.05 (s, 1H), 5.10 - 5.00 (m, 1H), 4.44 - 4.33 (m, 1H), 3.15 - 3.02 (m, 2H), 2.30 - 2.17 (m, 2H), 1.91 - 1.65 (m, 4H), 1.55 (br dd, J=3.5, 9.9 Hz, 1H), 1.47 - 1.32 (m, 2H), 0.82 - 0.70 (m, 1H), 0.45 - 0.34 (m, 2H), 0.21 - 0.02 (m, 2H) 實例 217. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 872
Figure 02_image2620
步驟 1 ： (S)-2-((S)-3- 環丙基 -2-(1H- 吡唑 -5- 甲醯胺基 ) 丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向1 H-吡唑-5-甲酸(500 mg，4.46 mmol，1當量)及(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.24 g，3.57 mmol，0.8當量，HCl)於DCM (40 mL)中之溶液中添加DMAP (1.09 g，8.92 mmol，2當量)及EDCI (1.71 g，8.92 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，將混合物倒入水(40 mL)中且用DCM (15 mL×3)萃取且用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：1%-40%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(1 H-吡唑-5-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg，1.26 mmol，28.25%產率，92.9%純度)。MS (ESI) m/z406.2 [M+H] + 步驟 2 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-1H- 吡唑 -5- 甲醯胺
將( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(1 H-吡唑-5-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(500 mg，1.23 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (20 mL，7M)中之溶液在50℃下攪拌24小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈淺黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1 H-吡唑-5-甲醯胺(500 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z391.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-1H- 吡唑 -5- 甲醯胺及 (5-(((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-1H- 吡唑 -1- 基 ) 磺醯基胺基甲酸甲酯
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1 H-吡唑-5-甲醯胺(500 mg，1.28 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(915.53 mg，3.84 mmol，3當量)，且接著在30℃下攪拌混合物4小時。在反應完成之後，用水(1 mL)淬滅反應混合物且使用N 2脫水，且接著藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：15%-45%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1 H-吡唑-5-甲醯胺(化合物872，160 mg，425.76 μmol，33.25%產率，99.1%純度)。MS (ESI) m/z373.1[M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 13.57 - 13.18 (m, 1H), 8.91 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.92 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.02 - 6.59 (m, 1H), 5.05 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.48 (q, J=7.4 Hz, 1H), 3.16 - 3.02 (m, 2H), 2.31 - 2.17 (m, 2H), 1.89 - 1.65 (m, 4H), 1.63 - 1.32 (m, 3H), 0.71 (d, J=6.4 Hz, 1H), 0.40 (d, J=8.0 Hz, 2H), 0.09 (dd, J=4.6, 14.9 Hz, 2H)。
獲得呈白色固體狀之(5-((( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)胺甲醯基)-1 H-吡唑-1-基)磺醯基胺基甲酸甲酯(20 mg，425.76 μmol，33.25%產率，99.1%純度)。MS (ESI) m/z510.1[M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 9.06 (s, 1H), 8.91 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.03 (s, 1H), 7.77 (s, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.21 (s, 1H), 7.08 (s, 1H), 7.01 - 6.92 (m, 1H), 6.77 - 6.32 (m, 2H), 5.05 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.56 - 4.40 (m, 1H), 3.47 (s, 3H), 3.16 - 3.01 (m, 2H), 2.30 - 2.15 (m, 2H), 1.89 - 1.65 (m, 4H), 1.63 - 1.31 (m, 3H), 0.77 - 0.65 (m, 1H), 0.45 - 0.32 (m, 2H), 0.21 - 0.00 (m, 2H)。 實例 218. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 731
Figure 02_image2622
步驟 1 ： (Z)-3- 溴 -2-( 羥基亞胺基 ) 丙酸乙酯
在N 2下，向3-溴-2-側氧基-丙酸乙酯(167 g，428.18 mmol，107.05 mL，50%純度，1當量)於CHCl 3(800 mL)中之溶液中添加含NH 2OH.HCl (32.73 g，471.00 mmol，1.1當量)之H 2O (800 mL)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，反應物用DCM (1000 mL×4)萃取。合併之有機相用鹽水(2000 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之(Z)-3-溴-2-(羥基亞胺基)丙酸乙酯(440 g，粗物質)。MS (ESI) m/z210.3 [M+H] +。 步驟 2 ： 1-( 環亞己基甲基 ) 吡咯啶
將環己烷甲醛(100 g，891.51 mmol，107.30 mL，1當量)、吡咯啶(82.43 g，1.16 mol，96.74 mL，1.3當量)於甲苯(1.6 L)中之混合物加熱至130℃保持14小時，且接著藉由迪恩-斯達克分離器移除水。在完成之後，在55℃下在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之1-(環亞己基甲基)吡咯啶(420 g，粗物質)。MS (ESI) m/z166.2 [M+H] +。 步驟 3 ： 1- 羥基 -2- 氧 -3- 氮雜螺 [5.5] 十一 -3- 烯 -4- 甲酸乙酯
在-20℃下，在N 2下向1-(環亞己基甲基)吡咯啶(140 g，847.08 mmol，1當量)於THF (1000 mL)中之溶液中逐滴添加(2Z)-3-溴-2-羥基亞胺基-丙酸乙酯(177.91 g，847.08 mmol，1當量)於THF (1000 mL)中之溶液。在1小時之後，在-20℃下，在N 2下逐滴添加TEA (85.72 g，847.08 mmol，117.90 mL，1當量)。在N 2下，在25℃下攪拌反應混合物12小時。在完成之後，將殘餘物倒入HCl (2 M，2500 mL)中且攪拌30分鐘，且用乙酸乙酯(1500 mL×4)萃取。合併之有機層用鹽水(2000 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至1/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之1-羥基-2-氧-3-氮雜螺[5.5]十一-3-烯-4-甲酸乙酯(200 g，497.34 mmol，19.57%產率，60%純度)。MS (ESI) m/z242.2 [M+H] +。 步驟 4 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸乙酯
在Ar 2下，向1-羥基-2-氧-3-氮雜螺[5.5]十一-3-烯-4-甲酸乙酯(20 g，49.73 mmol，60%純度，1當量)於EtOH (150 mL)中之溶液中添加雷氏鎳(12.00 g，140.07 mmol，2.82當量)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2(100.46 mg，49.73 mmol，1當量)吹掃若干次。將混合物在H 2(100.46 mg，49.73 mmol，1當量) (50 psi)下，在50℃下攪拌18小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=20/1至乙酸乙酯:MeOH=10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(35 g，165.64 mmol，33.31%產率)。MS (ESI) m/z212.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2,3- 二甲酸 2- 三級丁酯 3- 乙酯
在0℃下，向2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸乙酯(35 g，132.51 mmol，80%純度，1當量)於DCM (350 mL)中之溶液中添加Boc 2O (34.70 g，159.02 mmol，36.53 mL，1.2當量)及TEA (26.82 g，265.03 mmol，36.89 mL，2當量)。在25℃下攪拌混合物14小時。在完成之後，藉由添加H 2O (400 mL)來淬滅反應混合物且用乙酸乙酯(200 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(300 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之2-氮雜螺[4.5]癸烷-2,3-二甲酸2-三級丁酯3-乙酯(40 g，95.05 mmol，71.73%產率，74%純度)。MS (ESI) m/z312.2 [M+H] +。 步驟 6 ： 2-( 三級丁氧基羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲酸
向2-氮雜螺[4.5]癸烷-2,3-二甲酸2-三級丁酯3-乙酯(40 g，128.45 mmol，1當量)於H 2O (120 mL)及MeOH (480 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (16.17 g，385.34 mmol，3當量)。在40℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH。殘餘物用H 2O (800 mL)稀釋且用乙酸乙酯(500 mL×2)萃取。向水相中添加HCl (水溶液)以調節至pH 2且用乙酸乙酯(900 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(900 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(35 g，粗物質)。MS (ESI) m/z284.2 [M+H] + 步驟 7 ： 3-(((S)-1- 甲氧基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺甲醯基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -2- 甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(22.97 g，97.05 mmol，1.1當量，HCl)及2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(25 g，88.23 mmol，1當量)於DCM (400 mL)中之溶液中添加DMAP (21.56 g，176.45 mmol，2當量)及EDCI (25.37 g，132.34 mmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應物用0.5 M HCl (400 mL)淬滅且接著用DCM (150 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(150 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(27 g，47.84 mmol，54.23%產率，82.5%純度)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] + 步驟 8 ： (2S)-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 )-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 ) 丙酸甲酯
3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(27 g，47.84 mmol，82.5%純度，1當量)於HCl/MeOH (300 mL)中之溶液。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除HCl/MeOH，且添加DCM (150 mL) (三次)，在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(25 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z366.3 [M+H] + 步驟 9 ： (2S)-2-(2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(25 g，62.20 mmol，1當量，HCl)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(13.38 g，68.42 mmol，1.1當量)於DCM (400 mL)中之溶液中添加EDCI (17.89 g，93.30 mmol，1.5當量)及DMAP (15.20 g，124.40 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應物用0.5 M HCl (400 mL)淬滅且接著用DCM (300 mL×2)萃取。合併之有機相用鹽水(400 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(25 g，44.19 mmol，71.05%產率，96%純度)。MS (ESI) m/z543.3 [M+H] + 步驟 10 ： N-((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 )-2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
在100 mL高壓釜中，將(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(5 g，8.84 mmol，96%純度，1當量)於NH 3(7 M於MeOH中，57.60 mL，45.62當量) (15 Psi)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除NH 3/MeOH，且添加DCM (300 mL) (三次)，在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(24 g，粗物質)。MS (ESI) m/z528.3 [M+H] + 步驟 11 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(12 g，22.73 mmol，1當量)於DCM (200 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(11.91 g，50.00 mmol，2.2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。藉由在20℃下添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用N 2移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Titank C18 Bulk 250×100 mm 10u；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 65%，20 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(17 g，99.29%純度)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] + 步驟 12 ： 2-(7- 氯 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺 異構體 1 ：
藉由SFC (條件：管柱：REGIS (s,s) WHELK-O1 (250 mm×50 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：60%-60%，9.5 min)進一步分離所需化合物，得到呈黃色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(6.1 g，11.96 mmol，26.31%產率)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.64 - 11.51 (m, 1H), 8.98 - 8.86 (m, 1H), 7.70 - 7.38 (m, 2H), 7.32 - 7.21 (m, 1H), 7.16 - 6.69 (m, 2H), 5.08 - 4.47 (m, 2H), 3.88 - 3.76 (m, 1H), 3.70 - 3.60 (m, 1H), 3.27 - 2.93 (m, 2H), 2.35 (br s, 3H), 1.88 - 1.31 (m, 16H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.28 - 11.09 (m, 1H), 8.82 - 8.62 (m, 1H), 7.73 - 7.52 (m, 1H), 7.37 - 7.22 (m, 2H), 7.20 - 6.96 (m, 2H), 5.08 - 4.86 (m, 1H), 4.70 - 4.46 (m, 1H), 3.88 - 3.78 (m, 1H), 3.70 - 3.51 (m, 1H), 3.14 - 3.09 (m, 2H), 2.40 - 2.13 (m, 3H), 1.87 - 1.37 (m, 16H)。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.67 - 7.46 (m, 1H), 7.32 - 7.22 (m, 1H), 7.14 - 6.81 (m, 2H), 5.16 - 4.97 (m, 1H), 4.83 - 4.58 (m, 1H), 3.98 - 3.81 (m, 1H), 3.76 - 3.38 (m, 1H), 3.27 - 2.98 (m, 2H), 2.67 - 2.20 (m, 3H), 2.05 - 1.43 (m, 16H)。 異構體 2 ：
獲得呈黃色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(7 g，13.72 mmol，30.20%產率)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.59 - 11.47 (m, 1H), 8.98 - 8.77 (m, 1H), 7.69 - 7.63 (m, 1H), 7.54 - 7.46 (m, 1H), 7.32 - 7.23 (m, 1H), 7.18 - 6.68 (m, 2H), 5.06 - 4.84 (m, 1H), 4.80 - 4.47 (m, 1H), 3.90 - 3.78 (m, 1H), 3.74 - 3.61 (m, 1H), 3.28 - 3.00 (m, 2H), 2.33 - 2.09 (m, 1H), 2.08 - 2.06 (m, 1H), 1.88 - 1.32 (m, 16H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.26 - 11.02 (m, 1H), 8.74 - 8.57 (m, 1H), 7.76 - 7.51 (m, 1H), 7.32 - 7.21 (m, 2H), 7.17 - 6.93 (m, 2H), 5.07 - 4.87 (m, 1H), 4.73 - 4.51 (m, 1H), 3.87 - 3.79 (m, 1H), 3.73 - 3.52 (m, 1H), 3.08 (s, 2H), 2.29 - 2.12 (m, 3H), 1.86 - 1.38 (m, 16H)。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.72 - 7.52 (m, 1H), 7.33 - 7.19 (m, 1H), 7.14 - 6.79 (m, 2H), 5.09 - 4.92 (m, 1H), 4.70 - 4.54 (m, 1H), 3.99 - 3.89 (m, 1H), 3.83 - 3.40 (m, 1H), 3.22 - 3.00 (m, 2H), 2.57 - 2.12 (m, 3H), 2.01 - 1.40 (m, 16H)。 實例 219. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 900
Figure 02_image2624
步驟 1 ： (S)-2-((S)-2-(7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺基 )-3- 環丙基丙醯胺基 )-3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙酸甲酯
向7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(1 g，3.24 mmol，85%純度，1.1當量，HCl)及(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(918.04 mg，2.95 mmol，1當量)於DMF (15 mL)中之溶液中添加PyBOP (1.53 g，2.95 mmol，1當量)。添加含TEA (895.02 mg，8.85 mmol，1.23 mL，3當量)之DMF (5 mL)，且接著在-40℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，混合物用水(60 mL)淬滅且用DCM (20 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化，得到呈棕色膠狀之( S)-2-(( S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.5 g，2.02 mmol，68.62%產率，70%純度)。MS (ESI) m/z519.2 [M+H] + 步驟 2 ： N-((S)-1-(((S)-1- 胺基 -1- 側氧基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙 -2- 基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-7- 氯 -5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3- 環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(350 mg，674.39 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，4 mL)中之溶液在50℃下攪拌20小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈棕色膠狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(1.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z502.1 [M-H] + 步驟 3 ： 7- 氯 -N-((S)-1-(((S)-1- 氰基 -2-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 乙基 ) 胺基 )-3- 環丙基 -1- 側氧基丙 -2- 基 )-5- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在30℃下，向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(1.3 g，2.58 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.84 g，7.74 mmol，3當量)。在30℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，混合物用水(2 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水。混合物藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之7-氯- N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(260 mg，535.02 μmol，20.74%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z486.1[M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.57 (s, 1H), 8.99 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.65 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.15 (dd, J=2.2, 11.3 Hz, 2H), 7.00 (d, J=2.2 Hz, 1H), 5.07 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.58 - 4.44 (m, 1H), 3.84 - 3.72 (m, 3H), 3.17 - 3.00 (m, 2H), 2.30 - 2.20 (m, 2H), 1.91 - 1.65 (m, 4H), 1.64 - 1.33 (m, 3H), 0.87 - 0.73 (m, 1H), 0.50 - 0.35 (m, 2H), 0.26 - 0.05 (m, 2H)。 實例 220. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 908
Figure 02_image2626
步驟 1 ： (2S)-2-(2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基胺基 )-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.5 g，3.22 mmol，1當量)於HCl/MeOH (15 mL)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.25 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 366.2 [M+H] + 步驟 2 ： (2S)-2-[[2-(6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 羰基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.25 g，3.10 mmol，1當量，HCl)及6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(700 mg，3.10 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液中添加DMAP (1.14 g，9.31 mmol，3當量)。在添加EDCI (1.78 g，9.31 mmol，3當量)之後，在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (15 mL×2)萃取。合併之有機層用HCl (1 M) (10 mL×2)洗滌，且接著合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1，二氯甲烷:甲醇=10:1，(UV 254 nm))純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，1.96 mmol，63.24%產率，93.7%純度)。MS (ESI) m/z 573.2 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ]-2-(6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.1 g，1.92 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，60 mL，218.81當量)中之溶液在20℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.05 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 558.2 [M+H] + 步驟 4 ： 2-(6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.04 g，1.86 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(888.20 mg，3.73 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：50%-70%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg，886.03 μmol，47.54%產率，95.7%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。 步驟 5 ： 2-(6- 氯 -4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 )-N-[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ]-2- 氮雜螺 [4.5] 癸烷 -3- 甲醯胺 異構體 1 ：
藉由SFC (管柱：REGIS (s,s) WHELK-O1 (250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：50%-50%，6 min)分離2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(500 mg)，得到呈白色固體狀之2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(66.7 mg，123.01 μmol，13.29%產率，99.6%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.76 - 11.61 (m, 1H), 8.88 (d, J=8.4Hz, 1H), 7.67 - 7.33 (m, 1H), 7.14 - 6.86 (m, 2H), 6.67 - 6.48 (m, 1H), 5.06 - 4.87 (m, 1H), 4.49 (t, J=8.8Hz, 1H), 3.92 (s, 2H), 3.88 - 3.80 (m, 1H), 3.66 (d, J=10.3Hz, 1H), 3.33 (s, 6H), 2.38 - 2.17 (m, 2H), 2.03 - 0.83 (m, 14H)
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6, 273+80K) δ=11.46 (s, 1H), 8.71 (s, 1H), 7.27 (s, 1H), 7.09 (s, 2H), 6.55 (s, 1H), 4.97 (s, 1H), 4.61 (s, 1H), 3.92 (s, 2H), 3.85 (d, J=10.4Hz, 1H), 3.61 (s, 1H), 3.08 (s, 6H), 2.38 - 2.12 (m, 2H), 2.01 - 1.02 (m, 14H) 異構體 2 ：
獲得呈白色固體狀之2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(111.6 mg，206.65 μmol，22.32%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.76 - 11.64 (m, 1H), 8.81 (d, J=8.4Hz, 1H), 7.53 - 7.41 (m, 1H), 7.06 (s, 1H), 6.97 (s, 1H), 6.65 - 6.51 (m, 1H), 5.04 - 4.86 (m, 1H), 4.58 - 4.38 (m, 1H), 3.92 (s, 2H), 3.84 (d, J=9.8Hz, 1H), 3.76 - 3.57 (m, 1H), 3.33 (s, 6H), 2.24 - 2.11 (m, 2H), 1.88 - 1.10 (m, 14H)
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6, 273+80K) δ=11.48 (s, 1H), 8.64 (s, 1H), 7.23 (s, 1H), 7.09 (s, 1H), 6.93 (s, 1H), 6.56 (s, 1H), 4.97 (s, 1H), 4.59 (s, 1H), 3.93 (s, 2H), 3.85 (d, J=10.8Hz, 1H), 3.65 (s, 1H), 3.08 (s, 6H), 2.20 (s, 2H), 2.01 - 1.23 (m, 14H) 實例 221. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1057
Figure 02_image2628
步驟 1 ： (2S)-2-[[(2S)-3- 環丙基 -2-[[4-[2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙氧基 ]-1H- 吲哚 -2- 羰基 ] 胺基 ] 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，1.79 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(684.99 mg，1.97 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (9 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (656.15 mg，5.37 mmol，3當量)及EDCI (686.39 mg，3.58 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (10 mL)稀釋且用乙酸乙酯(10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[[4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-羰基]胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，1.48 mmol，82.91%產率)。MS (ESI) m/z573.3 [M+H] + 步驟 2 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4-[2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙氧基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[[4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-羰基]胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，1.41 mmol，95%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，25 mL，124.10當量)中之混合物在55℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(781 mg，1.22 mmol，86.41%產率，87%純度)。MS (ESI) m/z558.3 [M+H] + 步驟 3 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4-[2-(2- 甲氧基乙氧基 ) 乙氧基 ]-1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(730 mg，1.14 mmol，87%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(542.82 mg，2.28 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH4HCO3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(230 mg，426.22 μmol，37.42%產率)。MS (ESI) m/z540.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.56 (s, 1H), 8.89 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.58 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.39 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.11 - 6.99 (m, 2H), 6.50 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.10 - 5.01 (m, 1H), 4.49 - 4.41 (m, 1H), 4.21 (t, J=4.4 Hz, 2H), 3.86 - 3.79 (m, 2H), 3.63 (dd, J=3.7, 5.7 Hz, 2H), 3.49 (dd, J=3.7, 5.5 Hz, 2H), 3.26 (s, 3H), 3.13 - 3.03 (m, 2H), 2.36 - 2.20 (m, 2H), 1.90 - 1.76 (m, 3H), 1.75 - 1.65 (m, 1H), 1.62 - 1.50 (m, 1H), 1.49 - 1.34 (m, 2H), 0.88 - 0.75 (m, 1H), 0.48 - 0.33 (m, 2H), 0.24 - 0.07 (m, 2H) 實例 221a. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 822
Figure 02_image2630
步驟 1 ： (Z)-2- 疊氮基 -3-(2- 氯 -3- 氟 - 苯基 ) 丙 -2- 烯酸甲酯
將NaOMe (3.41 g，63.07 mmol，2當量)於MeOH (30 mL)中之混合物冷卻至-10℃，向前述溶液中逐滴添加2-氯-3-氟-苯甲醛(5 g，31.53 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(8.14 g，63.07 mmol，7.21 mL，2當量)於MeOH (100 mL)中之混合物，在25℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物，殘餘物用60 mL H2O稀釋且用90 mL EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用45 mL鹽水(45 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-3-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.5 g，9.78 mmol，31.01%產率)。 步驟 2 ： 4- 氯 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-3-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.3 g，9.00 mmol，1當量)於二甲苯(25 mL)中之混合物在170℃下攪拌1小時。在完成之後，過濾反應混合物，得到呈白色固體狀之4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.4 g，6.15 mmol，68.36%產率)。 步驟 3 ： 4- 氯 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲酸
在25℃下，向4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.4 g，6.15 mmol，1當量)於THF (7 mL)及H 2O (7 mL)中之混合物中一次性添加LiOH.H 2O (516.20 mg，12.30 mmol，2當量)。在60℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，用1 M HCl溶液將反應混合物調節至酸性且用45 mL EA (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(1 g，4.68 mmol，76.12%產率)。(ESI) m/z211.9 [M-H] + 步驟 4 ： (2S)-2-[[(2S)-2-[(4- 氯 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 環丙基 - 丙醯基 ] 胺基 ]-3-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 丙酸甲酯
在25℃下，向4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，2.34 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(895.68 mg，2.57 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (10 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (857.96 mg，7.02 mmol，3當量)及EDCI (897.50 mg，4.68 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用30 mL H2O稀釋且用60 mL EA (20 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，1.58 mmol，67.41%產率)。MS (ESI) m/z505.0 [M-H] + 步驟 5 ： N-[(1S)-2-[[(1S)-2- 胺基 -2- 側氧基 -1-[[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 甲基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-4- 氯 -5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，1.58 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，88.72當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(730 mg，1.35 mmol，85.57%產率，91%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] + 步驟 6 ： 4- 氯 -N-[(1S)-2-[[(1S)-1- 氰基 -2-[(3S)-2- 側氧基 -3- 哌啶基 ] 乙基 ] 胺基 ]-1-( 環丙基甲基 )-2- 側氧基 - 乙基 ]-5- 氟 -1H- 吲哚 -2- 甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(730 mg，1.26 mmol，85%純度，1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(1.05 g，4.41 mmol，3.5當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗物質。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(300 mg，633.01 μmol，50.19%產率)。MS (ESI) m/z474.1 [M+H]
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.06 (br s, 1H), 8.94 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.81 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.54 (br s, 1H), 7.47 (s, 1H), 7.40 (dd, J=4.0, 9.0 Hz, 1H), 7.23 (t, J=9.4 Hz, 1H), 5.11 - 5.03 (m, 1H), 4.51 - 4.42 (m, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.31 - 2.20 (m, 2H), 1.92 - 1.76 (m, 3H), 1.76 - 1.64 (m, 1H), 1.56 (br d, J=3.3 Hz, 1H), 1.51 - 1.33 (m, 2H), 0.88 - 0.76 (m, 1H), 0.49 - 0.35 (m, 2H), 0.26 - 0.05 (m, 2H) 實例 222. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 824
Figure 02_image2632
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-4-氟苯基)丙烯酸甲酯
NaOMe (13.63 g，252.27 mmol，4當量)於MeOH (50 mL)中之溶液，接著在-10℃下添加含2-氯-4-氟-苯甲醛(10 g，63.07 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸甲酯(30.49 g，264.89 mmol，4.2當量)之MeOH (50 mL)。在20℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-4-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(7 g，粗物質)。
步驟2：4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-4-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(6 g，23.47 mmol，1當量)於二甲苯(70 mL)中之溶液。在170℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至8/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(2 g，8.79 mmol，37.44%產率)。MS (ESI) m/z 228.1 [M+H] +。
步驟3：4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸
向4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(2 g，8.79 mmol，1當量)於THF (20 mL)及H 2O (10 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (1.11 g，26.36 mmol，3當量)。在50℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。接著，添加1 M HCl，調節至pH=3，接著過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(1.6 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 214.0 [M+H] +。
步驟4：(S)-2-((S)-2-(4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(1 g，4.68 mmol，1當量)、(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.63 g，4.68 mmol，1當量，HCl)、DMAP (1.72 g，14.05 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之溶液，接著添加EDCI (1.80 g，9.36 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入35 mL H 2O中，且接著用DCM (35 mL×3)萃取。合併之有機層用1 M HCl (40 mL×2)洗滌，接著合併之有機層用鹽水(40 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.1 g，2.17 mmol，46.35%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 507.2 [M+H] +。
步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.06 g，2.09 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，66.96當量)中之溶液。在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 492.2 [M+H] +。
步驟6：4-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(980 mg，1.99 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(949.46 mg，3.98 mmol，2當量)。在30℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：35%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(375 mg，791.26 μmol，39.72%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 474.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=12.04 (s, 1H), 8.94 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.77 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.53 ( s, 1H), 7.45 (s, 1H), 7.15 (d, J=9.4 Hz, 2H), 5.07 (d, J=7.9 Hz, 1H), 4.46 (d, J=5.7 Hz, 1H), 3.16 - 2.98 (m, 2H), 2.26 (d, J=9.0 Hz, 2H), 1.97 - 1.63 (m, 4H), 1.46 (s, 3H), 0.81 (dd, J=5.7, 7.7 Hz, 1H), 0.41 (dd, J=3.5, 7.5 Hz, 2H), 0.26 - 0.03 (m, 2H)。 實例 223. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 828
Figure 02_image2634
步驟1：7-氯-6-氟-1H-吲哚
在-40℃下，在N 2下向2-氯-1-氟-3-硝基-苯(10 g，56.97 mmol，1當量)於THF (100 mL)中之混合物中逐滴添加溴(乙烯基)鎂(1 M，199.38 mL，3.5當量)。在N 2下，在-40℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加NH 4Cl (500 mL)來淬滅反應物且接著用EtOAc (300 mL×2)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，EtOAc:MEOH=10:1)純化，得到呈黃色油狀之產物7-氯-6-氟-1H-吲哚(4.8 g，25.47 mmol，44.72%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 170.0 [M+H] +
步驟2：7-氯-6-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯
在20℃下，在N 2下向7-氯-6-氟-1H-吲哚(4.8 g，28.30 mmol，1當量)於DCM (50 mL)中之混合物中添加Boc 2O (6.80 g，31.14 mmol，7.15 mL，1.1當量)、TEA (3.44 g，33.97 mmol，4.73 mL，1.2當量)及DMAP (691.60 mg，5.66 mmol，0.2當量)。在20℃下攪拌混合物1.5小時。在完成之後，將反應混合物倒入水(50 mL)中且用DCM (40 mL×2)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=50/1至20/1)純化，得到呈白色固體狀之產物7-氯-6-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯(6 g，22.25 mmol，78.60%產率)。MS (ESI) m/z 270.0 [M+H] +
步驟3：1-三級丁氧基羰基-7-氯-6-氟-吲哚-2-甲酸
在-60℃下，在N 2下向7-氯-6-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯(2.3 g，8.53 mmol，1當量)於THF (25 mL)中之混合物中添加LDA (2M, 7.25 mL，1.7當量)。在-60℃下攪拌混合物2小時，接著將上述溶液添加至固態二氧化碳(18.77 g，426.50 mmol，50當量)中且在20℃下靜置1小時。在完成之後，在N 2下將反應混合物倒入水(100 mL)中且攪拌10分鐘。在0℃下向水相中添加1 M HCl達到約pH 3-4且用乙酸乙酯(50 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(80 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。用石油醚:乙酸乙酯=50:1 (100 mL)濕磨，得到呈白色粉末狀之產物1-三級丁氧基羰基-7-氯-6-氟-吲哚-2-甲酸(1.5 g，4.78 mmol，56.06%產率)。MS (ESI) m/z 314.0 [M+H] +
步驟4：7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸
將1-三級丁氧基羰基-7-氯-6-氟-吲哚-2-甲酸(4.3 g，13.71 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，50 mL，14.59當量)中之溶液中在30℃下攪拌40小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗產物7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(2.9 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 212.0 [M+H] +
步驟5：(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
向7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(0.7 g，3.28 mmol，1.5當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(759.97 mg，2.18 mmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)中之溶液中添加EDCI (837.67 mg，4.37 mmol，2當量)、DMAP (800.77 mg，6.55 mmol，3當量)。在20℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (40 mL)來淬滅混合物且用DCM (10 mL×4)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1且接著DCM:MeOH=5:1)純化，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，1.50 mmol，68.62%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 505.1 [M+H] +
步驟6：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將含(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.78 g，1.54 mmol，1當量)之NH 3/MEOH (15 mL)在50℃下攪拌24小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.75 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 492.2 [M+H] +
步驟7：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向含N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.7 g，1.31 mmol，92%純度，1當量)之DCM (10 mL)中添加伯格斯試劑(935.91 mg，3.93 mmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，用水(2 mL)淬滅反應物且用N 2吹乾且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.23 g，480.45 μmol，36.70%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z 474.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=8.99 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.68 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.66 (dd, J=4.9, 8.7 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.29 (s, 1H), 7.18 - 7.07 (m, 1H), 5.07 (q, J=7.9 Hz, 1H), 4.59 - 4.42 (m, 1H), 3.18 - 3.04 (m, 2H), 2.32 - 2.18 (m, 2H), 2.07 (s, 1H), 1.93 - 1.76 (m, 3H), 1.71 (dt, J=4.0, 8.9 Hz, 1H), 1.63 - 1.34 (m, 3H), 0.89 - 0.74 (m, 1H), 0.53 - 0.36 (m, 2H), 0.24 - 0.16 (m, 1H), 0.15 - 0.06 (m, 1H)。 實例 224. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 830
Figure 02_image2636
步驟1：7-氯-5-氟-1H-吲哚-1-甲酸三級丁酯
在N 2下，向7-氯-5-氟-1H-吲哚(4.5 g，26.54 mmol，1當量)及TEA (3.22 g，31.84 mmol，4.43 mL，1.2當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (648.36 mg，5.31 mmol，0.2當量)及Boc 2O (6.37 g，29.19 mmol，6.71 mL，1.1當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加100 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用150 ml DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至15:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之產物7-氯-5-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯(6 g，21.13 mmol，79.65%產率，95%純度)。
步驟2：1-(三級丁氧基羰基)-7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸
在-60℃下，在N 2下向7-氯-5-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯(3 g，11.12 mmol，1當量)於THF (40 mL)中之混合物中添加LDA (2 M，7.23 mL，1.3當量)。在-60℃下攪拌混合物1.5小時，接著將上述溶液添加至固態二氧化碳(24.48 g，556.18 mmol，50當量)中且在20℃下靜置0.5小時。在完成之後，在N 2下將反應混合物倒入冰水(100 mL)中且攪拌10分鐘。在0℃下向水相中添加1 M HCl達到pH-3-4且用乙酸乙酯(60 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(100 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物1-三級丁氧基羰基-7-氯-5-氟-吲哚-2-甲酸(1.8 g，5.74 mmol，51.58%產率，N/A純度)。
步驟3：7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸
1-三級丁氧基羰基-7-氯-5-氟-吲哚-2-甲酸(1 g，3.19 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，40.00 mL，50.19當量)中之溶液，且接著在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(660 mg，粗物質，HCl)。
步驟4：(S)-2-((S)-2-(7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(660 mg，2.64 mmol，1當量，HCl)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.07 g，3.43 mmol，1.3當量)於DMF (5 mL)及DCM (20 mL)中之溶液，且接著添加DMAP (967.38 mg，7.92 mmol，3當量)及EDCI (1.01 g，5.28 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用150 mL DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(770 mg，1.41 mmol，53.52%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z 507.2 [M+H] +。
步驟5：(S)-2-((S)-2-(7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(770 mg，1.52 mmol，1當量)於NH3/MeOH (7 M，40.00 mL，184.35當量)中之溶液，且接著在40℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(720 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 492.2 [M+H] +。
步驟6：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
添加N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(660 mg，1.34 mmol，1當量)於DCM (15 mL)及伯格斯試劑(639.44 mg，2.68 mmol，2當量)中之溶液，且接著在30℃下攪拌混合物4.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(232.57 mg，490.73 μmol，36.58%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 474.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.87 (s, 1H), 9.00 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.74 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.47 (dd, J=2.2, 9.3 Hz, 1H), 7.33 (dd, J=2.2, 9.3 Hz, 1H), 7.26 (s, 1H), 5.07 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 4.51 (s, 1H), 3.15 - 3.04 (m, 2H), 2.25 (br t, J=8.7 Hz, 2H), 1.88 - 1.75 (m, 3H), 1.74 - 1.67 (m, 1H), 1.39 - 1.57 (s, 3H), 0.86 - 0.76 (m, 1H), 0.48 - 0.37 (m, 2H), 0.23 - 0.07 (m, 2H) 實例 225. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 832
Figure 02_image2638
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(5-氯-2-氟苯基)丙烯酸甲酯
NaOMe (3.41 g，63.06 mmol，2當量)於MeOH (50 mL)中之溶液，接著在-10℃下添加含5-氯-2-氟-苯甲醛(5 g，31.53 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(8.14 g，63.06 mmol，7.21 mL，2當量)之MeOH (50 mL)。在20℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用150 mL DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至5:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(Z)-2-疊氮基-3-(5-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(3.7 g，13.75 mmol，43.61%產率，95%純度)。
步驟2：7-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
(Z)-2-疊氮基-3-(5-氯-2-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(3.7 g，14.47 mmol，1當量)於二甲苯(40 mL)中之溶液且在170℃下攪拌混合物1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物在20℃下用PE:EA=20:1 (100 mL)濕磨10分鐘，得到呈白色固體狀之產物7-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.6 g，6.68 mmol，46.14%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 228.1 [M+H] +。
步驟3：7-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸
7-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.5 g，6.59 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液，接著添加LiOH (315.64 mg，13.18 mmol，2當量)且在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加100 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著逐滴添加HCl (1 M)達到pH 3-4且用EA (50 mL×3)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物7-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(1.4 g，粗物質)。
步驟4：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
7-氯-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(100 mg，468.18 μmol，1.30當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(200 mg，359.26 μmol，50%純度，1當量)於DMF (2 mL)及DCM (5 mL)中之溶液，且接著添加DMAP (131.67 mg，1.08 mmol，3當量)及EDCI (137.74 mg，718.52 μmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用150 mL DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(112.98 mg，238.39 μmol，66.36%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 474.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=12.12 (br s, 1H), 9.10 - 8.97 (m, 1H), 8.79 (d, J=7.2 Hz, 1H), 7.55 (br s, 1H), 7.36 - 7.33 (m, 1H), 7.33 - 7.26 (m, 1H), 6.90 (dd, J=8.6, 9.6 Hz, 1H), 5.13 - 4.98 (m, 1H), 4.58 - 4.47 (m, 1H), 3.14 - 3.03 (m, 2H), 2.30 - 2.17 (m, 2H), 1.88 - 1.67 (m, 4H), 1.61 - 1.38 (m, 3H), 0.86 - 0.77 (m, 1H), 0.48 - 0.38 (m, 2H), 0.24 - 0.18 (m, 1H), 0.14 - 0.08 (m, 1H) 實例 226. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 840
Figure 02_image2640
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,6-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，2.87 mmol，1當量，HCl)及4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(661.37 mg，2.87 mmol，1當量)於DCM (40 mL)中之溶液，接著添加DMAP (1.05 g，8.62 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (1.65 g，8.62 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加30 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用40 mL DCM (20 mL×2)萃取。合併之有機層用30 mL HCl (1 M) (15 mL×2)洗滌，合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,6-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.85 mmol，64.46%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z 523.1 [M+H] +
步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,6-二氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(960 mg，1.83 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，76.33當量)中之溶液。在50℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(820 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 508.1 [M+H] +
步驟3：4,6-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(800 mg，1.57 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液，接著添加伯格斯試劑(749.98 mg，3.15 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之4,6-二氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(213.1 mg，434.56 μmol，27.62%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 490.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=12.11 (s, 1H), 8.95 (d, J=8.4Hz, 1H), 8.84 (d, J=7.4Hz, 1H), 7.53 (s, 1H), 7.44 (d, J=17.4Hz, 2H), 7.24 (d, J=1.8Hz, 1H), 5.13 - 5.01 (m, 1H), 4.52 - 4.41 (m, 1H), 3.19 - 3.00 (m, 2H), 2.35 - 2.18 (m, 2H), 1.97 - 1.63 (m, 4H), 1.61 - 1.33 (m, 3H), 0.88 - 0.75 (m, 1H), 0.51 - 0.32 (m, 2H), 0.25 - 0.05 (m, 2H) 實例 227. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 856
Figure 02_image2642
步驟1：4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲酸
向4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(800 mg，3.11 mmol，1當量)於THF (10 mL)、H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (261.02 mg，6.22 mmol，2當量)且在25℃下攪拌混合物8小時。用HCl (1 M，水溶液)將反應混合物調節至約pH 3。混合物用EtOAc (100×3 mL)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾，濃縮，得到呈白色固體狀之產物4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲酸(700 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 230.0 [M+H] +
步驟2：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲酸(650 mg，2.84 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(986.64 mg，2.84 mmol，1當量，HCl)、DMAP (1.04 g，8.51 mmol，3當量)、EDCI (1.09 g，5.67 mmol，2當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (200 mL)來淬滅反應物且接著用EtOAc (100 mL×3)萃取。合併之有機層用(100 mL鹽水)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，EtOAc/MeOH=1/0至10/1)純化，得到呈黃色固體狀之產物(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(800 mg，1.50 mmol，52.83%產率，97.87%純度)。MS (ESI) m/z 523.2 [M+H] +
步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(700 mg，1.34 mmol，1當量)於氨(7 M，40 mL，209.01當量)中之溶液在50℃下攪拌10小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈白色固體狀之粗產物N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(690 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 508.2 [M+H] +
步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(670 mg，1.32 mmol，1當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(943.82 mg，3.96 mmol，3當量)且在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之產物N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，408.59 μmol，30.95%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 490.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=12.14 (br s, 1H), 8.97 - 8.95 (m, 1H), 8.88 - 8.86 (m, 1H), 7.75  7.71 (m, 1H), 7.54 (s, 2H), 7.45 - 7.43 (m, 1H), 7.37 - 7.31 (m, 1H), 5.11 - 5.03 (m, 1H), 4.52 - 4.45 (m, 1H), 3.15 - 3.04 (m, 2H), 2.35 - 2.21 (m, 2H), 1.93 - 1.76 (m, 3H), 1.76 - 1.64 (m, 1H), 1.62 - 1.51 (m, 1H), 1.49 - 1.34 (m, 2H), 0.84 - 0.81 (m, 1H), 0.48 - 0.36 (m, 2H), 0.26 - 0.07 (m, 2H)。 實例 228. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 896
Figure 02_image2644
步驟1：(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2.6 g，9.08 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，30 mL，13.21當量)中之混合物在20℃下攪拌1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 187.1 [M+H] +。
步驟2：3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯
(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2 g，8.98 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)及DMF (2 mL)中之混合物，接著添加2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(2.80 g，9.88 mmol，1.1當量)、T3P (11.43 g，17.96 mmol，10.68 mL，50%純度，2當量)及TEA (5.45 g，53.89 mmol，7.50 mL，6當量)，在20℃下攪拌3小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=4/1-0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(2.5 g，4.43 mmol，49.31%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z 452.3 [M+H] +。
步驟3：(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(2.1 g，3.72 mmol，80%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，25 mL，26.88當量)中之混合物在20℃下攪拌3小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之產物(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.4 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 352.2 [M+H] +。
步驟4：(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.4 g，3.61 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之混合物，接著添加7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(1.06 g，4.69 mmol，1.3當量)、DMAP (1.10 g，9.02 mmol，2.5當量)及EDCI (1.38 g，7.22 mmol，2當量)，在20℃下攪拌1小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=2/1-0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.5 g，2.68 mmol，74.34%產率)。MS (ESI) m/z 559.2 [M+H] +。
步驟5：N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.46 g，2.61 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，53.61當量)中之混合物在30℃下攪拌20小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.35 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 544.2 [M+H] +。
步驟6：2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.35 g，2.11 mmol，85%純度，1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.51 g，6.33 mmol，3當量)，在30℃下攪拌1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，8 min)純化殘餘物，將其藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：60% - 60%，12 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之產物2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(322.82 mg，613.70 μmol，29.10%產率)。MS (ESI) m/z 526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.12 (d, J=1.7 Hz, 1H), 7.02 (s, 1H), 6.97 (br d, J=1.8 Hz, 1H), 5.12 - 5.00 (m, 1H), 4.62 (dd, J=7.9, 9.7 Hz, 1H), 3.92 (br d, J=10.3 Hz, 1H), 3.86 - 3.33 (m, 5H), 3.30 - 3.26 (m, 1H), 2.77 - 2.55 (m, 1H), 2.52 - 2.23 (m, 3H), 1.98 - 1.67 (m, 3H), 1.62 - 1.41 (m, 10H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.07 (br d, J=1.1 Hz, 1H), 8.72 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.44 (br d, J=0.7 Hz, 1H), 7.12 (br s, 1H), 6.97 (s, 2H), 4.92 (br s, 1H), 4.60 (br s, 1H), 3.85 - 3.77 (m, 4H), 3.61 (br s, 1H), 3.14 (br s, 2H), 2.43 - 2.21 (m, 2H), 2.20 - 1.89 (m, 2H), 1.80 (br s, 1H), 1.72 - 1.58 (m, 2H), 1.57 - 1.35 (m, 10H)。
得到呈白色固體狀之產物2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(289.32 mg，550.01 μmol，26.08%產率)。MS (ESI) m/z 526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.12 (d, J=2.0 Hz, 1H), 7.04 (s, 1H), 6.99 - 6.93 (m, 1H), 5.06 - 4.97 (m, 1H), 4.63 (dd, J=7.9, 9.5 Hz, 1H), 3.94 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.88 - 3.68 (m, 4H), 3.30 - 2.73 (m, 2H), 2.68 - 2.10 (m, 4H), 1.94 - 1.69 (m, 3H), 1.62 - 1.40 (m, 10H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.46 - 10.49 (m, 1H), 8.67 (br d, J=6.6 Hz, 1H), 7.44 (br s, 1H), 7.21 - 7.07 (m, 1H), 6.98 (s, 2H), 5.06 - 4.83 (m, 1H), 4.59 (br dd, J=2.1, 4.1 Hz, 1H), 3.80 (s, 4H), 3.70 - 3.44 (m, 1H), 3.22 - 3.10 (m, 2H), 2.25 (s, 4H), 1.82 (br s, 1H), 1.68 (br d, J=10.4 Hz, 2H), 1.59 - 1.33 (m, 10H)。 實例 229. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1059
Figure 02_image2646
步驟1：(2S)-2-胺基-3-(2,2-二氟環丙基)丙酸
將(2S)-2-胺基-3-(2,2-二氟環丙基)丙酸(630 mg，3.13 mmol，1當量，HCl)於HCl/MeOH (4 M，6 mL，7.68當量)中之混合物在80℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-胺基-3-(2,2-二氟環丙基)丙酸甲酯(700 mg，粗物質，HCl)。
步驟2：(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-(2,2-二氟環丙基)丙酸甲酯(700 mg，3.25 mmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(930.98 mg，4.87 mmol，1.5當量)於DCM (15 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加DMAP (793.21 mg，6.49 mmol，2當量)及EDCI (1.24 g，6.49 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸甲酯(1 g，2.84 mmol，87.43%產率)。MS (ESI) m/z 353.1 [M+H] +
步驟3：(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙酸
向(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸甲酯(1 g，2.84 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (3 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (357.31 mg，8.51 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅混合物，且接著添加HCl水溶液(1 M)以調節至pH 3-4且用EA (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 339.1 [M+H] +
步驟4：(2S)-2-((2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(1 g，2.96 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(887.81 mg，3.75 mmol，1.27當量，HCl)於DCM (15 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加DMAP (722.23 mg，5.91 mmol，2當量)及EDCI (1.13 g，5.91 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.92 mmol，64.99%產率)。MS (ESI) m/z 521.2 [M+H] +
步驟5：N-((2S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將含(2S)-2-[[(2S)-3-(2,2-二氟環丙基)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.92 mmol，1當量)之NH 3/MeOH (7 M，15 mL，54.66當量)在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈棕色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 506.2 [M+H] +
步驟6：N-((2S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，1.98 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(1.41 g，5.93 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25%-50%，10 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.6 g，1.23 mmol，62.22%產率)。MS (ESI) m/z 488.2 [M+H] +
步驟7：N-((2S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：46% - 46%，7 min)分離N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.6 g，1.23 mmol)，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體1 (210 mg，429.91 μmol，34.93%產率，99.8%純度)。MS (ESI) m/z 488.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.27 - 7.26 (m, 1H), 7.17 - 7.15 (m, 1H), 7.13 - 7.04 (m, 1H), 6.52 - 6.50 (m, 1H), 5.14 - 5.09 (m, 1H), 4.61 - 4.56 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.23 - 3.21 (m, 2H), 2.46 - 2.42 (m, 2H), 1.96 - 1.95 (m, 1H), 1.93 - 1.92 (m, 3H), 1.85 - 1.70 (m, 3H), 1.56 - 1.44 (m, 2H), 1.22 - 1.12 (m, 1H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體2 (210 mg，429.05 μmol，34.86%產率，99.6%純度)。MS (ESI) m/z 488.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.32 - 7.24 (m, 1H), 7.20 - 7.11 (m, 1H), 7.13 - 7.05 (m, 1H), 6.53 - 6.51 (m, 1H), 5.14 - 5.00 (m, 1H), 4.66 - 4.61 (m, 1H), 3.94 (s, 3H), 3.20 - 3.19 (m, 2H), 2.43 - 2.25 (m, 2H), 1.95 - 1.90 (m, 4H), 1.85 - 1.63 (m, 3H), 1.56 - 1.44 (m, 2H), 1.22 - 1.03 (m, 1H) 實例 230. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1155
Figure 02_image2648
步驟1：(2S,4S)-4-甲氧基-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯
向(2S,4S)-1-三級丁氧基羰基-4-甲氧基-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲酸(0.5 g，1.60 mmol，1.2當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(314.82 mg，1.33 mmol，1當量，HCl)、EDCI (509.94 mg，2.66 mmol，2當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (487.48 mg，3.99 mmol，3當量)且在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (15 mL×4)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1且接著DCM:MeOH=5:1)純化，得到呈黃色油狀之產物(2S,4S)-4-甲氧基-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.9 g，1.27 mmol，95.60%產率，70%純度)。MS (ESI) m/z 496.2 [M+H] +
步驟2：(2S)-2-[[(2S,4S)-4-甲氧基-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
將(2S,4S)-4-甲氧基-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-4-(三氟甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(0.8 g，1.61 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，9 mL，22.30當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應物，得到呈黃色油狀之粗產物(2S)-2-[[(2S,4S)-4-甲氧基-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.65 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 396.1 [M+H] +
步驟3：(2S)-2-[[(2S,4S)-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S,4S)-4-甲氧基-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.65 g，1.51 mmol，1當量，HCl)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(345.32 mg，1.81 mmol，1.2當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (551.67 mg，4.52 mmol，3當量)及EDCI (577.10 mg，3.01 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (80 mL)來淬滅反應物且用DCM (10 mL×4)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1)純化，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-[[(2S,4S)-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.65 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 569.2 [M+H] +
步驟4：(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S,4S)-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.53 g，932.21 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (3 mL)中之溶液在50℃下攪拌28小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(0.5 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 554.2 [M+H] +
步驟5：(2S,4S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺
向(2S,4S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(0.5 g，812.96 μmol，90%純度，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(581.21 mg，2.44 mmol，3當量)且在30℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，用水(1.5 mL)淬滅混合物且用N 2吹乾且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-50%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物(2S,4S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-甲氧基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-4-(三氟甲基)吡咯啶-2-甲醯胺(0.21 g，392.15 μmol，48.24%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 536.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=7.25 - 7.13 (m, 1H), 7.05 (br d, J=8.2 Hz, 2H), 6.63 - 6.40 (m, 1H), 5.36 - 4.89 (m, 2H), 4.47 - 4.04 (m, 2H), 4.02 - 3.79 (m, 3H), 3.45 (br s, 3H), 3.26 - 2.90 (m, 2H), 2.86 - 2.50 (m, 2H), 2.49 - 2.14 (m, 2H), 2.04 - 1.04 (m, 5H)。 實例 231. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1053
Figure 02_image2650
步驟1：(2S,4E)-4-(二甲基胺基亞甲基)-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
將(2S)-5-側氧基吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(282 g，1.16 mol，1當量)、1-三級丁氧基-N,N,N',N'-四甲基-甲二胺(303.06 g，1.74 mol，359.08 mL，1.5當量)於DME (282 mL)中之混合物在75℃下攪拌3小時。在完成之後，將混合物冷卻至0℃且接著過濾，在減壓下濃縮濾餅，得到呈白色固體狀之產物(2S,4E)-4-(二甲基胺基亞甲基)-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(272 g，粗物質)。
步驟2：(2S)-4-亞甲基-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
在-78℃下，向(2S,4E)-4-(二甲基胺基亞甲基)-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(70 g，234.64 mmol，1當量)於THF (700 mL)中之溶液中添加DIBAL-H (1 M，703.91 mL，3當量)。在-78℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加至飽和NH 4Cl (2500 mL)中來淬滅反應混合物且接著用EA (1000 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(2000 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至1/1)純化殘餘物，得到產物。獲得呈白色固體狀之產物(2S)-4-亞甲基-5-側氧基-吡咯啶- 1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(35 g，137.11 mmol，58.44%產率)。
步驟3：(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-亞甲基-戊二酸二甲酯
在-40℃下，向(2S)-4-亞甲基-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(25 g，97.94 mmol，1當量)於THF (250 mL)中之溶液中添加甲醇鋰(1 M，117.52 mL，1.2當量)。在-40℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，溶液用NH 4Cl (70 mL)淬滅且濃縮，且用EA (80 mL×2)萃取且濃縮，得到呈黃色油狀之粗(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-亞甲基-戊二酸二甲酯(24 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z 188.1 [M+H-100] +
步驟4：(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-(2-甲基-2-硝基-丙基)戊二酸二甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-亞甲基-戊二酸二甲酯(34 g，118.34 mmol，1當量)及2-硝基丙烷(11.60 g，130.17 mmol，11.69 mL，1.1當量)於ACN (350 mL)中之溶液中添加DBU (21.62 g，142.01 mmol，21.40 mL，1.2當量)。在20℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，濃縮溶液，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=20:1至1:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物化合物(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-(2-甲基-2-硝基-丙基)戊二酸二甲酯(30 g，79.70 mmol，67.35%產率)。MS (ESI) m/z 277.1 [M+H-100] +
步驟5：(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
在N 2下，向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4-(2-甲基-2-硝基-丙基)戊二酸二甲酯(26 g，69.08 mmol，1當量)於IPA (250 mL)中之溶液中添加Pd/C (24.54 g，20.72 mmol，10%純度，0.3當量)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃若干次。將混合物在H 2(15 psi)下，在40℃下攪拌15小時。在完成之後，過濾混合物且濃縮，得到粗化合物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=20:1至0:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(14.6 g，46.44mmol，67.23%)且藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IC (250 mm×50 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：30%-30%，11.5 min)繼續純化，得到呈白色固體狀之BB7 (2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(4.8 g，15.27 mmol，32.65%產率)。MS (ESI) m/z 315.2 [M+H] +
步驟6：(2S)-2-胺基-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(500 mg，1.59 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，將溶液濃縮至乾燥，得到呈白色固體狀之粗化合物(2S)-2-胺基-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(398 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。
步驟7：(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(370 mg，1.48 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加DMAP (360.58 mg，2.95 mmol，2當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(372.18 mg，1.62 mmol，1.1當量)及EDCI (565.80 mg，2.95 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用H 2O (60 mL)稀釋且用EA (60 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=10:1至0:1)純化粗物質，得到呈黃色油狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg，1.29 mmol，87.59%產率)。MS (ESI) m/z 426.2 [M+H] +
步驟8：(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(540 mg，1.27 mmol，1當量)於HCl/MeOH (15 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，將溶液濃縮至乾燥，得到呈白色固體狀之粗化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(456 mg，粗物質，HCl)。
步驟9：(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(450 mg，1.24 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加DMAP (303.85 mg，2.49 mmol，2當量)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(243.24 mg，1.24 mmol，1當量)及EDCI (476.79 mg，2.49 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，溶液用H 2O (60 mL)稀釋且用EA (70 mL×3)萃取，且用鹽水(100 mL×2)洗滌且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=3:1至0:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg，1.09 mmol，87.93%產率)。MS (ESI) m/z 503.2 [M+H] +
步驟10：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(550 mg，1.09 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，7.81 mL，50當量)中之溶液在60℃下攪拌17小時。在完成之後，將溶液濃縮至乾燥，得到粗物質。粗物質直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(530 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 488.2 [M+H] +
步驟11：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(530 mg，1.09 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(517.65 mg，2.17 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2.5小時。在反應完成之後，溶液用H 2O (30 mL)洗滌且用N 2將有機相吹乾，得到粗物質。藉由中性製備型HPLC (Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-70%，10 min)純化粗物質，得到產物。MS (ESI) m/z 470.2 [M+H] +
獲得呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(330 mg，702.18 μmol，64.65%產率)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) 偏移=11.56 (br s, 1H), 8.89 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.60 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.70 (s, 1H), 7.50 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.19 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.12 (s, 1H), 6.95 (t, J=7.8 Hz, 1H), 4.95 - 4.76 (m, 1H), 4.46 - 4.20 (m, 1H), 2.52 - 2.44 (m, 1H), 2.12 - 1.99 (m, 1H), 1.88 (dd, J=8.6, 12.2 Hz, 1H), 1.76 - 1.60 (m, 2H), 1.45 - 1.33 (m, 2H), 1.03 (s, 3H), 0.95 (s, 3H), 0.76 - 0.62 (m, 1H), 0.38 - 0.25 (m, 2H), 0.14 - -0.06 (m, 2H)。 實例 232. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1111
Figure 02_image2652
步驟1：(2S)-2-胺基-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(20 mg，60.90 μmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，5 mL，328.40當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-胺基-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(16 mg，57.41 μmol，94.27%產率，95%純度，HCl)。
步驟2：3-[[(1S)-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯
向2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(171.25 mg，604.35 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(160 mg，604.35 μmol，1當量，HCl)於DMF (3 mL)及DCM (6 mL)中之混合物中添加EDCI (231.71 mg，1.21 mmol，2當量)及DMAP (147.67 mg，1.21 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用50 mL DCM (25 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=7/1至1/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之化合物3-[[(1S)-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(195 mg，395.03 μmol，65.36%產率，N/A純度)。
步驟3：(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯
向3-[[(1S)-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(170 mg，344.38 μmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，17.00 mL，197.45當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(145 mg，320.36 μmol，93.03%產率，95%純度，HCl)。
步驟4：(2S)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(64.47 mg，337.23 μmol，1當量)及(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)丙酸甲酯(145 mg，337.23 μmol，1當量，HCl)於DCM (6 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中添加DMAP (82.40 mg，674.45 μmol，2當量)及EDCI (129.29 mg，674.45 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用30 mL H 2O稀釋且用100 mL EA (50 mL×2)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之化合物(2S)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯(200 mg，335.28 μmol，99.42%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z 567.3 [M+H] +
步驟5：N-[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2 -羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向(2S)-3-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯(200 mg，352.93 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M，50.42 μL，1當量)。在30℃下攪拌混合物48小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(190 mg，309.96 μmol，87.83%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z 552.3 [M+H] +
步驟6：N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-1-[(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(190 mg，344.41 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(164.15 mg，688.81 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用5 mL H 2O稀釋且用10 mL DCM (5 mL×2)萃取。藉由吹乾來濃縮合併之有機層，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (中性條件) (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之所需化合物(80 mg)。藉由SFC (管柱：REGIS(S, S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：60%-60%，7 min)分離白色固體，得到P1、P2及P3、P4。藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-MeOH]；B%：50%-50%，15 min)分離混合物(P2及P3)。MS (ESI) m/z 534.2 [M+H] +
異構體1：獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(13 mg，24.36 μmol，7.07%產率，100%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.29 (br s, 1H), 8.69 (br s, 1H), 7.28 - 6.72 (m, 4H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.99 (br s, 1H), 4.78 - 4.46 (m, 1H), 3.95 - 3.82 (m, 4H), 3.73 - 3.40 (m, 1H), 2.34 - 2.04 (m, 3H), 1.89 - 1.31 (m, 16H), 1.13 (br d, J=10.6 Hz, 6H)
異構體2：獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(17 mg，31.86 μmol，9.25%產率，100%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.31 (br s, 1H), 8.64 (br s, 1H), 7.25 - 6.75 (m, 4H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.99 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.61 (br s, 1H), 4.01 - 3.80 (m, 4H), 3.66 (br s, 1H), 2.30 - 1.94 (m, 3H), 1.92 - 1.31 (m, 16H), 1.12 (d, J=6.4 Hz, 6H)
異構體3：獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(14 mg，26.23 μmol，7.62%產率，100%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.30 (br s, 1H), 8.92 - 8.52 (m, 1H), 7.41 - 6.74 (m, 4H), 6.52 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 4.94 (br s, 1H), 4.63 (br s, 1H), 4.03 - 3.78 (m, 4H), 3.73 - 3.44 (m, 1H), 2.35 - 2.04 (m, 3H), 1.93 - 1.32 (m, 16H), 1.14 (s, 6H)
異構體4：獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-氰基-2-(6,6-二甲基-2-側氧基-3-哌啶基)乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(28 mg，52.23 μmol，15.16%產率，99.538%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ=11.31 (br s, 1H), 8.69 (br s, 1H), 7.27 - 6.77 (m, 4H), 6.53 (d, J=7.5 Hz, 1H), 4.94 (br s, 1H), 4.61 (br s, 1H), 4.06 - 3.83 (m, 4H), 3.66 (br s, 1H), 2.32 - 1.98 (m, 3H), 1.83 - 1.32 (m, 16H), 1.13 (d, J=18.1 Hz, 6H) 實例 233. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3069
Figure 02_image2654
步驟1：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(400 mg，905.88 μmol，1當量)於HCl/MeOH (5 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(S)-甲酯(330 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 342.2 [M+H] +。
步驟2：(6S,9S,12S)-6-(三級丁基)-12-(((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)甲基)-2,2-二甲基-9-新戊基-4,7,10-三側氧基-3-氧-5,8,11-三氮雜十三-13-烷酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(330 mg，873.23 μmol，1當量，HCl)及(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3,3-二甲基丁酸(201.97 mg，873.23 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (320.05 mg，2.62 mmol，3當量)及EDCI (502.20 mg，2.62 mmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (5 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(6S,9S, 12S)-6-(三級丁基)-12-(((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)甲基)-2,2-二甲基-9-新戊基-4,7,10-三側氧基-3-氧-5,8,11-三氮雜十三-13-烷酸甲酯(450 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 555.4 [M+H] +。
步驟3：((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯
將(6S,9S,12S)-6-(三級丁基)-12-(((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)甲基)-2,2-二甲基-9-新戊基-4,7,10-三側氧基-3-氧-5,8,11-三氮雜十三-13-烷酸甲酯(400 mg，721.09 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，8.00 mL，77.66當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯(430 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 540.4 [M+H] +。
步驟4：(S)-2-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯胺基)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺
將((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯(410 mg，759.67 μmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，189.92 μL，1當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在真空(40℃)中濃縮所得溶液，得到呈白色固體狀之(S)-2-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯胺基)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5, 5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-4, 4-二甲基戊醯胺(340 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 440.3 [M+H] +
步驟5：(S)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺
向(S)-2-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯胺基)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺(300 mg，682.45 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加TFAA (86.00 mg，409.47 μmol，56.95 μL，0.6當量)及DIPEA (264.61 mg，2.05 mmol，356.61 μL，3當量)，在0℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實大部分起始物質殘留，且接著添加TFAA (28.67 mg，136.49 μmol，18.98 μL，0.2當量)且再攪拌混合物1小時。LCMS證實極少的起始物質殘留，且接著添加TFAA (43.00 mg，204.74 μmol，28.48 μL，0.3當量)且再攪拌30分鐘。在完成之後，將所得溶液倒入H 2O (10 mL)中，用NaHCO 3調節至約pH 8且接著用EtOAc (10 mL×2)萃取。合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到呈白色固體狀之粗產物(S)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(290 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 536.3 [M+H] +
步驟6：(S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺
向(S)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(290 mg，541.45 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(258.06 mg，1.08 mmol，2當量)，接著在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，所得溶液用H 2O (0.3 mL)淬滅，接著在真空(25℃)中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(75.94 mg，146.72 μmol，27.10%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 518.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=4.96 - 4.91 (m, 1H), 4.46 - 4.37 (m, 2H), 2.78 - 2.64 (m, 1H), 2.37 - 2.27 (m, 1H), 2.22 - 2.14 (m, 1H), 1.95 - 1.84 (m, 1H), 1.74 - 1.59 (m, 3H), 1.29 (s, 3H), 1.23 (s, 3H), 1.00 - 0.96 (m, 18H) 實例 234. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3129
Figure 02_image2656
步驟1：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，3.80 mmol，90%純度，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(1.03 g，4.18 mmol，1.1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加DMAP (1.16 g，9.51 mmol，2.5當量)、EDCI (1.46 g，7.60 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (5 mL)來淬滅反應混合物，且接著用H 2O (10 mL)稀釋且用60 mL DCM (30 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=0:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.14 g，2.32 mmol，61.01%產率，87%純度)。MS (ESI) m/z428.2 [M+H] +。
步驟2：((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基甲酸三級丁酯
將(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，2.03 mmol，87%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15 mL，51.60當量)中之溶液在60℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基甲酸三級丁酯(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z413.2 [M+H] +。
步驟3：(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺
將((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基甲酸三級丁酯(1 g，2.01 mmol，83%純度，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，8.30 mL，16.50當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z313.2 [M+H] +。
步驟4：((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯
在0℃下，向(S)-2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4,4-二甲基戊醯胺(700 mg，1.57 mmol，78%純度，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁酸(433.33 mg，1.87 mmol，1.2當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加DMAP (478.01 mg，3.91 mmol，2.5當量)、EDCI (600.05 mg，3.13 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用1 N HCl (10 mL)洗滌，接著用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=0:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯(400 mg，684.83 μmol，43.76%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z526.4 [M+H] +。
步驟5：(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺
將((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯(300 mg，513.62 μmol，90%純度，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，2.70 mL，21.03當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(240 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z426.4 [M+H] +。
步驟6：(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺
在0℃下，向(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(280 mg，484.82 μmol，80%純度，1當量，HCl)於DCM (3 mL)中之混合物中添加DIEA (187.98 mg，1.45 mmol，253.34 μL，3當量)及TFAA (152.74 mg，727.23 μmol，101.15 μL，1.5當量)，接著在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(3 mL)稀釋且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(280 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z522.3 [M+H] +。
步驟7：(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺
向(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(270 mg，414.13 μmol，80%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(197.38 mg，828.27 μmol，2當量)且在25℃下攪拌2小時。在完成之後，藉由在20℃下添加H 2O (0.4 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓(＜30℃)下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺(104.51 mg，207.54 μmol，50.12%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z504.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.09 (br s, 1H), 8.95 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.37 (d, J=7.8 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 5.02 - 4.87 (m, 1H), 4.39 (br s, 1H), 4.33 (br d, J=6.5 Hz, 1H), 3.15 - 3.00 (m, 2H), 2.37 - 2.29 (m, 1H), 2.22 - 2.12 (m, 1H), 1.85 - 1.66 (m, 3H), 1.64 - 1.44 (m, 3H), 1.42 - 1.30 (m, 1H), 0.96 - 0.78 (m, 18H) 實例 235. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3065
Figure 02_image2658
步驟1：(6S,9S,12S)-6-(三級丁基)-9-(環丙基甲基)-12-(((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)甲基)-2,2-二甲基-4,7,10-三側氧基-3-氧-5,8,11-三氮雜十三-13-烷酸甲酯
向2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(S)-甲酯(404.97 mg，1.75 mmol，1.2當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加(600 mg，1.46 mmol，88%純度，1當量，HCl)、DMAP (534.77 mg，4.38 mmol，3當量)及EDCI (559.43 mg，2.92 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加至水(1 mL)中來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由管柱(SiO 2，DCM:MeOH=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(6S,9S,12S)-6-(三級丁基)-9-(環丙基甲基)-12-(((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)甲基)-2,2-二甲基-4,7,10-三側氧基-3-氧-5,8,11-三氮雜十三-13-烷酸甲酯(550 mg，969.97 μmol，66.48%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z539.3 [M+H] +。
步驟2：((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯
將(6S,9S,12S)-6-(三級丁基)-9-(環丙基甲基)-12-(((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)甲基)-2,2-二甲基-4,7,10-三側氧基-3-氧-5,8,11-三氮雜十三-13-烷酸甲酯(550 mg，969.97 μmol，95%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，39.70當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯(520 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z524.3 [M+H] +。
步驟3：(S)-2-胺基-N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-3,3-二甲基丁醯胺
將((S)-1-(((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯(500 mg，954.81 μmol，1當量)於HCl/EA (4 M，10 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之(S)-2-胺基-N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-3,3-二甲基丁醯胺(350 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z424.2 [M+H] +。
步驟4：(S)-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺
在0℃下，向(S)-2-胺基-N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-3,3-二甲基丁醯胺(300 mg，586.94 μmol，90%純度，1當量，HCl)於DCM (1 mL)中之混合物中添加TFAA (160.26 mg，763.03 μmol，106.13 μL，1.3當量)及DIEA (227.57 mg，1.76 mmol，306.70 μL，3當量)，接著在20℃下攪拌1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水( NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，12 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(S)-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯胺(40.23 mg，77.08 μmol，13.13%產率，96.1%純度)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.16 - 9.03 (m, 1H), 8.98 - 8.85 (m, 1H), 8.41 - 8.30 (m, 1H), 7.94 - 7.80 (m, 1H), 5.00 - 4.82 (m, 1H), 4.47 - 4.37 (m, 1H), 4.28 - 4.20 (m, 1H), 2.22 - 2.11 (m, 1H), 2.02 - 1.93 (m, 1H), 1.80 - 1.62 (m, 2H), 1.54 (dd, J=10.1, 12.3 Hz, 1H), 1.39 - 1.28 (m, 1H), 1.25 - 1.20 (m, 1H), 1.20 - 1.16 (m, 3H), 1.10 (s, 3H), 0.93 (s, 9H), 0.76 - 0.62 (m, 1H), 0.46 - 0.29 (m, 2H), 0.17 - 0.01 (m, 2H) 實例 236. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3071a
Figure 02_image2660
步驟1：(2S)-2-[[6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁酸(206.60 mg，893.27 μmol，1.1當量)及(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，812.06 μmol，90%純度，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (297.63 mg，2.44 mmol，3當量)及EDCI (311.35 mg，1.62 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用45 mL DCM (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，494.06 μmol，60.84%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z 565.3 [M+H] +
步驟2：N-[(1S)-1-[7-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯
將(2S)-2-[[6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(300 mg，531.24 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15.00 mL，197.65當量)中之溶液在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[7-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(290 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 550.3 [M+H] +
步驟3：6-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
將N-[(1S)-1-[7-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(200 mg，338.37 μmol，93%純度，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，4.65 mL，54.97當量)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之6-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(176 mg，粗物質，HCl)。
步驟4：N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
在0℃下，向6-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(120 mg，246.89 μmol，1當量，HCl)於DCM (2 mL)中之混合物中添加DIPEA (95.73 mg，740.67 μmol，129.01 μL，3當量)及TFAA (103.71 mg，493.78 μmol，68.68 μL，2當量)，在0℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由在25℃下添加4 mL NaHCO 3來淬滅反應混合物，且用6 mL DCM (2 mL×3)萃取。合併之有機層用6 mL鹽水(3 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(130 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 546.3 [M+H] +
步驟5：N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
向N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(180 mg，170.59 μmol，50%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(121.96 mg，511.77 μmol，3當量)，在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之所需產物(50 mg)，將其藉由SFC (條件：管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：35%-35%，15 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(異構體1, 20 mg，37.53 μmol，22.00%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z 528.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=9.36 - 9.14 (m, 1H), 8.83 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.82 (s, 1H), 4.98 - 4.84 (m, 1H), 4.51 (s, 1H), 4.18 (t, J=8.0 Hz, 1H), 3.87 (d, J=9.9 Hz, 1H), 3.49 (d, J=10.1 Hz, 1H), 2.62 - 2.56 (m, 1H), 2.29 - 2.09 (m, 2H), 2.06 - 1.80 (m, 7H), 1.77 - 1.67 (m, 2H), 1.58 - 1.50 (m, 1H), 1.20 - 1.06 (m, 6H), 1.05 - 0.87 (m, 9H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(異構體2, 20 mg，37.30 μmol，21.87%產率，98.4%純度)。MS (ESI) m/z 528.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=9.54 - 9.35 (m, 1H), 8.56 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.88 (s, 1H), 5.04 - 4.87 (m, 1H), 4.67 (br d, J=8.2 Hz, 1H), 4.19 (t, J=7.4 Hz, 1H), 3.83 (d, J=10.4 Hz, 1H), 3.60 (d, J=10.1 Hz, 1H), 2.52 (br s, 1H), 2.25 (dd, J=8.3, 12.5 Hz, 1H), 2.10 - 1.68 (m, 10H), 1.58 - 1.44 (m, 1H), 1.23 - 1.08 (m, 6H), 0.97 (s, 9H)。 實例 237. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3039a
Figure 02_image2662
步驟1：6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸甲酯
6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(0.3 g，1.18 mmol，1當量)於4 M HCl/MeOH (5 mL)中之溶液。接著，在80℃下攪拌反應物4小時。在完成之後，反應物在真空中濃縮至乾燥，得到呈棕色固體狀之6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸甲酯(240 mg，粗物質，HCl)。粗產物直接用於下一步驟中。
步驟2：6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸甲酯
向6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸甲酯(240 mg，1.17 mmol，1當量，HCl)於DCM (5 mL)中之溶液中添加(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁酸(323.85 mg，1.40 mmol，1.2當量)、DMAP (285.11 mg，2.33 mmol，2當量)。接著，在20℃下向反應物中添加EDCI (447.37 mg，2.33 mmol，2當量)。接著，在20℃下攪拌反應物3小時。在完成之後，藉由在20℃下添加30 mL 1 N HCl來淬滅反應混合物，且接著用20 mL EtOAc稀釋且用60 mL EtOAc (20 mL×3)萃取。合併之有機層用40 mL飽和NaHCO 3(20 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=20/1至15/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸甲酯(300 mg，784.33 μmol，67.22%產率，假設100%純度)。
步驟3：6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸
向6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸甲酯(300 mg，784.33 μmol，1當量)於THF (1.5 mL)及H 2O (0.5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (98.74 mg，2.35 mmol，3當量)。接著，在20℃下攪拌反應物16小時。在完成之後，在20℃下用額外的5 mL EtOAc淬滅反應混合物，且接著用20 mL H 2O稀釋。接著，分離所需相，用1 M HCl調節至pH=1且用15 mL EtOAc (5 mL×3)萃取。合併之有機層用5 mL飽和NaHCO 3洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈無色膠狀之6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸之殘餘物(270 mg，粗物質)。粗產物直接用於下一步驟中。
步驟4：N-[(1S)-1-[7-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯
在-20℃下，向6-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(210 mg，569.93 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙醯胺(112.41 mg，569.93 μmol，1當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加含PyBOP (296.59 mg，569.93 μmol，1當量)及TEA (115.34 mg，1.14 mmol，158.66 μL，2當量)之DMF (1 mL)。接著，在20℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用30 mL EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=50/1至0/1，10% MeOH)純化殘餘物，得到呈白色油狀之化合物N-[(1S)-1-[7-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(175 mg，319.53 μmol，56.06%產率，假設100%純度)。
步驟5：6-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
N-[(1S)-1-[7-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(140 mg，255.62 μmol，1當量)於4 M HCl/EtOAc (5 mL)中之溶液。接著，在20℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，反應物在真空中濃縮至乾燥，得到呈白色固體狀之化合物6-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(133 mg，粗物質，2HCl)。粗產物直接用於下一步驟中。
步驟6：N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
向6-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(133 mg，255.53 μmol，1當量，2HCl)於DCM (3 mL)中之溶液中添加DIEA (132.10 mg，1.02 mmol，178.03 μL，4當量)，接著添加含TFAA (134.17 mg，638.82 μmol，88.86 μL，2.5當量)之DCM (0.5 mL)。接著，在20℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，藉由在20℃下添加10 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用10 mL EtOAc稀釋且用20 mL EtOAc (10 mL×2)萃取。合併之有機層用10 mL飽和NaCl (10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈棕色固體狀之化合物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(110 mg，粗物質)。粗產物直接用於下一步驟中。
步驟7：N-[(1S)-1-氰基-2-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(110 mg，202.36 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(106.09 mg，445.20 μmol，2.2當量)。接著，在25℃下攪拌反應物16小時。在完成之後，用N 2將反應物吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水( NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-55%，8 min)及製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(FA)-ACN]；B%：45%-75%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(異構體1, 10 mg，18.63 μmol，9.21%產率，97.9%純度)。MS (ESI) m/z 526.1 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=9.41 (br d, J=9.0 Hz, 1H), 8.56 (d, J=8.3 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 5.03 - 4.80 (m, 1H), 4.67 (d, J=8.8 Hz, 1H), 4.19 (t, J=7.3 Hz, 1H), 3.83 (d, J=10.3 Hz, 1H), 3.61 (d, J=10.3 Hz, 1H), 2.58 - 2.52 (m, 1H), 2.25 (dd, J=8.3, 12.5 Hz, 1H), 2.11 - 1.92 (m, 5H), 1.91 - 1.75 (m, 6H), 0.97 (s, 9H), 0.79 - 0.69 (m, 1H), 0.63 - 0.48 (m, 3H)。
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]乙基]-6-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(異構體2, 20 mg，34.40 μmol，17.00%產率，90.4%純度)。MS (ESI) m/z 526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=9.35 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 8.89 (d, J=8.7 Hz, 1H), 7.73 (s, 1H), 5.04 - 4.82 (m, 1H), 4.52 (br d, J=5.9 Hz, 1H), 4.18 (t, J=8.1 Hz, 1H), 3.88 (d, J=9.9 Hz, 1H), 3.49 (d, J=10.0 Hz, 1H), 2.76 - 2.68 (m, 1H), 2.28 - 2.15 (m, 2H), 2.05 - 1.92 (m, 4H), 1.86 (br d, J=2.8 Hz, 4H), 1.80 - 1.65 (m, 2H), 1.00 (s, 9H), 0.79 - 0.67 (m, 1H), 0.63 - 0.47 (m, 3H)。 實例 238. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3133
Figure 02_image2664
步驟1：((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(5 g，16.65 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，50 mL，21.02當量)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。接著，將混合物溶解於DCM (10 mL)中且在減壓下濃縮兩次，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(10.1 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z286.1 [M+H] +
步驟2：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙醯胺
將N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基甲酸三級丁酯(10.1 g，35.40 mmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，151.50 mL，17.12當量)中之混合物在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。接著，將混合物溶解於甲苯(10 mL)中且在減壓下濃縮兩次，得到呈淺黃色固體狀之甲基(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙醯胺(10.1 g，粗物質)，其直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z186.2 [M+H] +
步驟3：((4-(三級丁基)苯基)(2-((4,4-二氟環己基)胺基)-1-(5-氟吡啶-3-基)-2-側氧基乙基)胺甲醯基)-L-脯胺酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙醯胺(0.5 g，2.26 mmol，1當量，HCl)及(1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲酸(831.06 mg，2.26 mmol，1當量)於DMF (10 mL)中之溶液中添加PyBOP (1.29 g，2.48 mmol，1.1當量)且接著添加Et 3N (456.46 mg，4.51 mmol，627.86 μL，2當量)。在-30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，將合併之反應混合物倒入水(100 mL)中且用乙酸乙酯(40 mL×2)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯/MeOH=20/1/0至0/0/1)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-1-[(1R,2S,5S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(290 mg，541.37 μmol，24.00%產率)。MS (ESI) m/z436.2 [M-100+H] +
步驟4：(1R,2S,5S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
將N-[(1S)-1-[(1R,2S,5S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(290 mg，541.37 μmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，50 mL，369.43當量)中之混合物在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。接著，將混合物溶解於甲苯(10 mL)中且在減壓下濃縮兩次，得到呈黃色固體狀之(1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(300 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。
步驟5：(1R,2S,5S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
在0℃下，向(1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(0.2 g，423.71 μmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DIEA (164.29 mg，1.27 mmol，221.41 μL，3當量)及TFAA (102.34 mg，487.27 μmol，67.78 μL，1.15當量)。在0℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將合併之反應混合物倒入NaHCO 3水溶液(20 mL)中且用DCM (10 mL×2)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(1R,2S,5S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(294 mg，粗物質)，其直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z532.2 [M+H] +
步驟6：(1R,2S,5S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
向(1R,2S,5S)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(194 mg，364.96 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加甲氧基羰基-(三乙基銨基)磺醯基-醯亞胺(260.91 mg，1.09 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在20℃下用水(0.5 mL)淬滅反應混合物，且用N 2將系統吹乾，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 50%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(1R,2S,5S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(60.22 mg，117.26 μmol，32.13%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z514.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.41 (br d, J=7.2 Hz, 1H), 8.99 (d, J=8.3 Hz, 1H), 7.51 (s, 1H), 5.01 (ddd, J=5.9, 8.4, 10.2 Hz, 1H), 4.44 - 4.38 (m, 1H), 4.16 (s, 1H), 3.90 (dd, J=5.5, 10.3 Hz, 1H), 3.68 (d, J=10.5 Hz, 1H), 3.12 - 3.05 (m, 2H), 2.37 - 2.19 (m, 2H), 1.85 (br dd, J=3.7, 12.7 Hz, 1H), 1.79 - 1.66 (m, 2H), 1.60 - 1.52 (m, 2H), 1.43 - 1.33 (m, 1H), 1.29 (d, J=7.7 Hz, 1H), 1.02 (s, 3H), 0.99 (s, 9H), 0.84 (s, 3H)。 實例 239. 合成 (S)-2- 胺基 -3-((S)-2- 側氧基哌啶 -3- 基 ) 丙腈
Figure 02_image2666
步驟1：(S)-2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(10 g，38.02 mmol，90%純度，1當量，HCl)於IPA (100 mL)中之溶液中添加NaOH (4 M，10.00 mL，1.05當量)及NaHCO 3(194.40 g，2.31 mol, 90.00 mL，60.86當量)之溶液(pH=11)。接著，添加(2,5-二側氧基吡咯啶-1-基)碳酸苯甲酯(10.42 g，41.83 mmol，1.1當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入100 mL H 2O中，且接著用EtOAc (100mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至30/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(10.5 g，31.40 mmol，82.59%產率)。 步驟2：((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基甲酸苯甲酯
將(2S)-2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(10 g，14.95 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，50 mL，23.41當量)中之溶液在65℃下攪拌48小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(9.55 g，粗物質)。 步驟3：((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基甲酸苯甲酯
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(9.55 g，29.90 mmol，1當量)於DCM (100 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(14.25 g，59.81 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入120 mL H 2O中，且接著用DCM (120 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(7.4 g，24.56 mmol，82.12%產率)。 步驟4：(S)-2-胺基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙腈
向N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基甲酸苯甲酯(300 mg，995.55 μmol，1當量)於IPA (6 mL)中之溶液中添加Pd(OH)2 (699.05 mg，995.55 μmol，20%純度，1當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM/MeOH=1/0至80/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙腈(147 mg，820.24 μmol，82.39%產率，93.3%純度)。MS (ESI) m/z 168.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇-d 4) δ=4.11 (t, J=7.9 Hz, 1H), 3.30 - 3.23 (m, 2H), 2.56 - 2.45 (m, 1H), 2.27 - 2.15 (m, 1H), 2.03 (d, J=3.0, 6.3, 12.9 Hz, 1H), 1.92 - 1.84 (m, 1H), 1.81 - 1.70 (m, 2H), 1.64 - 1.51 (m, 1H)。 實例 240. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 247
Figure 02_image2668
步驟1：(S)-2-胺基-3-(1H-吲哚-3-基)丙醯胺
將(2S)-2-胺基-3-(1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(20 g，78.52 mmol，1當量，HCl)於NH 3/MeOH (7 M，200.00 mL，17.83當量)中之溶液在80℃下攪拌38小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-胺基-3-(1H-吲哚-3-基)丙醯胺(17 g，粗物質)。MS (ESI) m/z204.1 [M+H] +。 步驟2：(2S)-2-胺基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙醯胺
向(2S)-2-胺基-3-(1H-吲哚-3-基)丙醯胺(17 g，83.64 mmol，1當量)於AcOH (170 mL)中之混合物中緩慢添加HCl (12 M，27.88 mL，4當量)及DMSO (9.80 g，125.47 mmol，9.80 mL，1.5當量)之混合物，且接著在20℃下攪拌混合物14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除HCl及AcOH，接著藉由在20℃下添加NH 3.H 2O來淬滅直至調節至pH＞8。藉由製備型HPLC (管柱：Xtimate C18 10u 250 mm×80 mm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：0%-20%，30 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙醯胺(3.0 g，10.95 mmol，13.09%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z220.2 [M+H] +。 步驟3：4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基氯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(10 g，52.31 mmol，1當量)於DCM (100 mL)中之混合物中添加(COCl) 2(26.56 g，209.22 mmol，18.31 mL，4當量)及DMF (191.16 mg，2.62 mmol，201.22 μL，0.05當量)，接著在40℃下攪拌5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈棕色固體狀之4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基氯(11 g，粗物質)。 步驟4：(S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙酸
在25℃下，向(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙酸(9.49 g，73.46 mmol，1.4當量)於DCM (100 mL)及飽和Na 2CO 3(50 mL)中之混合物中逐滴添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基氯(11 g，52.47 mmol，1當量)於DCM (100 mL)中之溶液。接著，在25℃下攪拌混合物0.5小時。反應混合物用1 N HCl調節至pH=1，接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾，在減壓下濃縮且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 (250×70 mm，15 μm)；移動相：[水(0.05% HCl)-ACN]；B%：23%-53%，27 min)純化，得到呈黃色固體狀之(S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙酸(8.0 g，23.82 mmol，45.39%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z303.1 [M+H] +。 步驟5：N-(1-(((2S)-1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-胺基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙醯胺(2 g，7.30 mmol，80%純度，1當量)於DCM (20 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(2.75 g，7.30 mmol，90%純度，1當量，HCl)、DIEA (1.89 g，14.60 mmol，2.54 mL，2當量)、HOBt (1.97 g，14.60 mmol，2當量)，且接著在0℃下添加EDCI (2.80 g，14.60 mmol，2當量)。接著在20℃下攪拌混合物2小時。藉由在20℃下添加H 2O (1 mL)來淬滅反應混合物，接著在減壓下濃縮且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 (250×70 mm,15 μm)；移動相：[水(0.05% HCl)-ACN]；B%：22%-52%，27 min)純化，得到呈黃色固體狀之N-(1-(((2S)-1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(2.5 g，4.87 mmol，66.67%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z504.2 [M+H] +。 步驟6：N-(1-(((1S)-1-氰基-2-(2-側氧基吲哚啉-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-(1-(((2S)-1-胺基-1-側氧基-3-(2-側氧基吲哚啉-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(2.5 g，4.87 mmol，98%純度，1當量)於DCM (25 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(3.48 g，14.60 mmol，3當量)且在20℃下攪拌2小時。接著添加伯格斯試劑(3.48 g，14.60 mmol，3當量)且在20℃下攪拌2小時。藉由在20℃下添加H 2O (2.5 mL)來淬滅反應混合物，接著在減壓(＜30℃)下濃縮且藉由製備型HPLC (管柱：Agela DuraShell C18 250×70 mm×10 μm；移動相：[水(0.225% FA)-ACN]；B%：30%-60%，20 min)純化，得到呈白色固體狀之N-(1-(((1S)-1-氰基-2-(2-側氧基吲哚啉-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(800 mg，1.59 mmol，32.65%產率，96.4%純度)。MS (ESI) m/z486.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (br d, J=11.0 Hz, 1H), 10.52 (br d, J=18.5 Hz, 1H), 9.13 - 8.94 (m, 1H), 8.51 (br d, J=6.9 Hz, 1H), 7.36 (br s, 1H), 7.33 - 7.24 (m, 1H), 7.22 - 7.15 (m, 1H), 7.13 - 7.05 (m, 1H), 7.02 - 6.91 (m, 2H), 6.84 (br t, J=6.1 Hz, 1H), 6.50 (br d, J=7.0 Hz, 1H), 5.32 - 5.02 (m, 1H), 4.59 - 4.40 (m, 1H), 3.88 (br s, 3H), 3.52 - 3.46 (m, 1H), 2.41 - 2.15 (m, 2H), 1.90 - 1.67 (m, 1H), 1.64 - 1.35 (m, 1H), 0.91 - 0.70 (m, 1H), 0.53 - 0.31 (m, 2H), 0.27 - 0.00 (m, 2H) 實例 241. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 689
Figure 02_image2670
步驟1：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，460.97 μmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(105.76 mg，553.16 μmol，1.2當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (112.63 mg，921.94 μmol，2當量)及EDCI (132.55 mg，691.45 μmol，1.5當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加10 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用15 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(125 mg，248.21 μmol，53.85%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z 499.2 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5, 5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(110 mg，220.63 μmol，1當量)於NH 3MeOH (220.63 μmol，10 mL，1當量)中之溶液在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物以移除NH 3MeOH。添加DCM (10 mL) (三次)且在減壓下濃縮所得溶液，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(105 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z 484.2 [M+H] +。 步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(105 mg，217.14 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(113.84 mg，477.71 μmol，2.2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在N 2下移除DCM。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；35%-65%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(26 mg，55.85 μmol，25.72%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z 466.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.55 (s, 1H), 8.91 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.51 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.36 (d, J=1.3 Hz, 1H), 7.13 - 7.06 (m, 1H), 7.03 - 6.98 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.00 - 4.92 (m, 1H), 4.49 - 4.41 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 2.64 - 2.55 (m, 1H), 2.22 - 2.13 (m, 1H), 1.99 (dd, J=8.5, 12.3 Hz, 1H), 1.89 - 1.70 (m, 2H), 1.57 - 1.42 (m, 2H), 1.19 - 1.03 (m, 6H), 0.80 (br dd, J=6.0, 7.3 Hz, 1H), 0.47 - 0.33 (m, 2H), 0.25 - 0.03 (m, 2H) 實例 242. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 731
Figure 02_image2672
步驟1：3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯
在0℃下，向2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(200 mg，564.65 μmol，80%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(133.65 mg，564.65 μmol，1當量，HCl)、DMAP (206.95 mg，1.69 mmol，3當量)及EDCI (216.49 mg，1.13 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌1小時。在完成之後，藉由添加水(3 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(200 mg，429.57 μmol，76.08%產率)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] +。 步驟2：(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯
將在0℃下之3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(200 mg，386.61 μmol，90%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，2.67 mL，27.59當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(2S)-甲酯(170 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z366.1 [M+H] +。 步驟3：(2S)-2-(2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
在0℃下，向3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(2S)-甲酯(172 mg，427.94 μmol，1當量，HCl)於DCM (3 mL)中之混合物中添加7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(83.71 mg，427.94 μmol，1當量)、DMAP (156.84 mg，1.28 mmol，3當量)及EDCI (164.07 mg，855.88 μmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，藉由添加水(3 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(100 mg，178.80 μmol，41.78%產率，97.1%純度)。MS (ESI) m/z543.2 [M+H] +。 步驟4：N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(100 mg，184.14 μmol，1當量)之混合物中添加NH 3/MeOH (7 M，3 mL，114.04當量)，且接著在65℃下攪拌所得混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(90 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +步驟5：2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(80 mg，151.50 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(72.21 mg，303.01 μmol，2當量)且在25℃下攪拌2小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(4 mg，7.47 μmol，4.93%產率，95.2%純度)。MS (ESI) m/z510.1 [M+H] +。1H NMR (400 MHz, 甲醇- d4) δ=7.63 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.33 - 7.21 (m, 1H), 7.20 - 6.75 (m, 2H), 5.16 - 5.05 (m, 1H), 4.73 - 4.55 (m, 1H), 3.99 - 3.83 (m, 1H), 3.72 (br d, J=10.5 Hz, 1H), 3.28 - 2.93 (m, 2H), 2.73 - 2.39 (m, 2H), 2.39 - 2.23 (m, 1H), 2.03 (br s, 1H), 1.98 - 1.89 (m, 1H), 1.85 - 1.37 (m, 14H)。 實例 243. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 818
Figure 02_image2674
步驟1：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，3.80 mmol，90%純度，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(932.77 mg，3.80 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (1.16 g，9.51 mmol，2.5當量)及EDCI (1.46 g，7.60 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用50 mL H 2O稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用40 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.81 mmol，73.82%產率)。MS (ESI) m/z428.3 [M+H] +。 步驟2：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.2 g，2.81 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，28.50當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，粗物質，HCl)。 步驟3：7-氟-1H-吲哚-2-甲酸
向7-氟-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(900 mg，4.34 mmol，1當量)於THF (10 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (546.77 mg，13.03 mmol，3當量)，且接著在60℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物且逐滴添加1 M HCl達到pH=5，且接著用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(700 mg，粗物質)。 步驟4：(S)-2-((S)-2-(7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(443.09 mg，2.47 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.9 g，2.47 mmol，1當量，HCl)於DCM (30 mL)中之溶液中添加DMAP (755.41 mg，6.18 mmol，2.5當量)及EDCI (948.29 mg，4.95 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用60 mL H 2O稀釋且用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，1.64 mmol，66.21%產率)。MS (ESI) m/z489.3 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，1.64 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，85.50當量)中之混合物，在30℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.7 g，粗物質)。MS (ESI) m/z474.3 [M+H] +步驟6：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.6 g，1.27 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(452.92 mg，1.90 mmol，1.5當量)，且接著在40℃下攪拌混合物1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(230 mg，495.32 μmol，39.09%產率，98.1%純度)。MS (ESI) m/z456.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.03 (s, 1H), 8.97 (d, J=7.7 Hz, 1H), 8.59 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.54 (br s, 1H), 7.48 - 7.44 (m, 1H), 7.29 (d, J=3.1 Hz, 1H), 7.07 - 6.97 (m, 2H), 5.09 - 5.01 (m, 1H), 4.59 - 4.51 (m, 1H), 3.11 - 3.02 (m, 2H), 2.30 - 2.18 (m, 2H), 1.87 - 1.77 (m, 2H), 1.76 - 1.64 (m, 3H), 1.59 - 1.48 (m, 1H), 1.44 - 1.34 (m, 1H), 0.94 (s, 9H)。 實例 244. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 826
Figure 02_image2676
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-5-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯
將NaOMe (3.41 g，63.07 mmol，2當量)於MeOH (30 mL)中之混合物冷卻至-10℃，逐滴添加2-氯-5-氟-苯甲醛(5 g，31.53 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(8.14 g，63.07 mmol，7.21 mL，2當量)於MeOH (100 mL)中之混合物，且接著在25℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物，殘餘物用60 mL H 2O稀釋且用90 mL EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用45 mL鹽水(45 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-5-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.6 g，10.17 mmol，32.25%產率)。 步驟2：4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(2-氯-5-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.4 g，9.39 mmol，1當量)於二甲苯(25 mL)中之混合物在170℃下攪拌1小時。在完成之後，過濾反應混合物，得到呈白色固體狀之4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(700 mg，3.08 mmol，32.76%產率)。 步驟3：4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸
在25℃下，向4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(700 mg，3.08 mmol，1當量)於THF (4 mL)及H 2O (4 mL)中之混合物中一次性添加LiOH.H 2O (258.08 mg，6.15 mmol，2當量)。在60℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，用1 M HCl將反應混合物調節至酸性，用90 mL EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用45 mL鹽水(45 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(600 mg，2.81 mmol，91.34%產率)。(ESI) m/z211.9 [M-H] +步驟4：(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
在25℃下，向4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，2.34 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(895.68 mg，2.57 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (10 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (857.96 mg，7.02 mmol，3當量)及EDCI (897.50 mg，4.68 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用30 mL H 2O稀釋且用60 mL EA (20 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.97 mmol，84.27%產率)。MS (ESI) m/z505.0 [M-H] +步驟5：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.21 g，2.17 mmol，91%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，64.52當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(850 mg，1.38 mmol，63.70%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] +步驟6：4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
在25℃下向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(780 mg，1.27 mmol，80%純度，1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(604.57 mg，2.54 mmol，2當量)。在40℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之4-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，527.51 μmol，41.59%產率)。MS (ESI) m/z474.1 [M+H]. 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.48 (br s, 1H), 8.96 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.79 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.54 (br s, 1H), 7.44 (d, J=2.6 Hz, 1H), 7.14 - 7.02 (m, 2H), 5.07 (q, J=7.8 Hz, 1H), 4.55 - 4.44 (m, 1H), 3.17 - 3.00 (m, 2H), 2.31 - 2.20 (m, 2H), 1.91 - 1.65 (m, 4H), 1.57 (br d, J=3.7 Hz, 1H), 1.52 - 1.34 (m, 2H), 0.89 - 0.75 (m, 1H), 0.49 - 0.35 (m, 2H), 0.26 - 0.05 (m, 2H) 實例 245. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 834 及 836
Figure 02_image2678
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-3-氟-苯基)丙-2-烯酸乙酯
在-10℃下，向NaOMe (6.81 g，126.14 mmol，2當量)於MeOH (70 mL)中之溶液中添加含4-氯-3-氟-苯甲醛(10 g，63.07 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(17.10 g，132.44 mmol，15.13 mL，2.1當量)之MeOH (100 mL)。在完成之後，在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH。藉由添加100 mL H 2O來淬滅反應混合物，且用100 mL乙酸乙酯(50 mL×2)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至10/1，石油醚:乙酸乙酯=5:1，(I2))純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-3-氟-苯基)丙-2-烯酸乙酯(8.9 g，29.70 mmol，47.10%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z256.02 [M+H] +步驟2：6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-3-氟-苯基)丙-2-烯酸乙酯(4 g，14.83 mmol，1當量)於二甲苯(40 mL)中之溶液。在170℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至5/1，石油醚:乙酸乙酯=5:1，(UV 254 nm))純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(2.85 g，5.61 mmol，37.82%產率，44.8%純度)及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(2.85 g，6.41 mmol，43.22%產率，51.2%純度)之混合物。MS (ESI) m/z228.01 [M+H] +步驟3：6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸
向6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1 g，1.97 mmol，44.8%純度，1當量)及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(1 g，2.25 mmol，51.2%純度，1.14當量)於THF (10 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (247.76 mg，5.90 mmol，3當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除THF，接著向反應混合物中添加HCl (1 M)直至pH=3，且接著用10 mL EA萃取。合併之有機層用10 mL鹽水洗滌，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(680 mg，粗物質)及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(680 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z214.00 [M+H] +步驟4：(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯及(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.1 g，3.16 mmol，1當量，HCl)及6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(405.28 mg，758.98 μmol，63.67 μL，40%純度，0.24當量)及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(270.19 mg，758.98 μmol，60%純度，0.24當量)於DCM (45 mL)中之溶液，接著添加DMAP (1.16 g，9.49 mmol，3當量)，且接著添加EDCI (1.82 g，9.49 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加30 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用40 mL DCM (20 mL×2)萃取。合併之有機層用30 mL HCl (1 M) (15 mL×2)洗滌，合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1，二氯甲烷:甲醇=10:1，(UV 254 nm))純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，685.76 μmol，21.68%產率，40.9%純度)及(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(850 mg，989.24 μmol，31.28%產率，59%純度)。MS (ESI) m/z507.17 [M+H] +。 步驟5：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺及N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(830 mg，669.63 μmol，40.9%純度，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(830.00 mg，965.97 μmol，59%純度，1.44當量)於NH 3/MeOH (7 M，4.08 mL，42.68當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑且得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(800 mg，粗物質)及N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z492.17 [M+H] +。 步驟6：6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺及6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(780 mg，635.81 μmol，40.1%純度，1當量)及N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(780.00 mg，948.16 μmol，59.8%純度，1.49當量)於DCM (18 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(303.04 mg，1.27 mmol，2當量)。在30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-65%，10 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，422.01 μmol，66.37%產率，40%純度)及6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg，633.01 μmol，99.56%產率，60%純度)。MS (ESI) m/z474.16 [M+H] +。 步驟7：6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺及6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH3H2O MEOH]；B%：38%-38%，6 min)分離6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(500 mg)，得到呈白色固體狀之6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(109.43 mg，230.21 μmol，54.55%產率，99.7%純度)。MS (ESI) m/z474.16 [M+H] +。1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=0.04 - 0.29 (m, 2H), 0.30 - 0.52 (m, 2H), 0.71 - 0.90 (m, 1H), 1.32 - 1.63 (m, 3H), 1.65 - 1.90 (m, 4H), 2.16 - 2.37 (m, 2H), 2.97 - 3.18 (m, 2H), 4.41 - 4.55 (m, 1H), 4.97 - 5.13 (m, 1H), 7.13 (d, J=8.56Hz, 1H), 7.34 (d, J=3.06Hz, 1H), 7.43 - 7.58 (m, 2H), 8.65 (d, J=7.46Hz, 1H), 8.97 (d, J=7.95Hz, 1H), 12.31 (s, 1H) 實例 246. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 844
Figure 02_image2680
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(4-溴-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
在0℃下，向NaOMe (1.00 g，18.60 mmol，2當量)於MeOH (10 mL)中之溶液中添加含4-溴-2-甲氧基-苯甲醛(2 g，9.30 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(2.40 g，18.60 mmol，2.13 mL，2當量)之MeOH (50 mL)。在20℃下攪拌混合物18小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，添加水(150 mL)且接著用EtOAc (50 mL×3)萃取。在真空中濃縮所得混合物且藉由管柱(SiO 2，PE:EA=1:0至10:1)純化，得到呈黃色固體狀之( Z)-2-疊氮基-3-(4-溴-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯(1.6 g，5.13 mmol，55.12%產率)。 步驟2：6-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
( Z)-2-疊氮基-3-(4-溴-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯(1.6 g，5.13 mmol，1當量)於二甲苯(10 mL)中之溶液，在170℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且用石油醚(10 mL)濕磨且過濾，得到呈白色固體狀之6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.2 g，4.22 mmol，82.40%產率)。MS (ESI) m/z283.8 [M+H] +步驟3：6-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸甲酯(1.2 g，4.22 mmol，1當量)於THF (12 mL)及H 2O (6 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (531.69 mg，12.67 mmol，3當量)，且接著在50℃下攪拌混合物5小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，用1 M HCl (15 mL)調節至約pH 1且接著用EtOAc (5 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z268.0 [M-H] +步驟4：(S)-2-((S)-2-(6-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(480 mg，1.78 mmol，1.2當量)及(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(461.16 mg，1.48 mmol，1當量)於DMF (20 mL)中之溶液中添加含TEA (449.60 mg，4.44 mmol，618.43 μL，3當量)及PyBop (770.73 mg，1.48 mmol，1當量)之DMF (1 mL)，且接著在-40℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，混合物用水(30 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，PE:EA=1:1至0:1至DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色膠狀之( S)-2-(( S)-2-(6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(800 mg，993.90 μmol，67.11%產率，70%純度)。MS (ESI) m/z563.2 [M-H] +步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(200 mg，354.96 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 20 mL)中之溶液在50℃下攪拌8小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(600 mg，粗物質)。 步驟6：6-溴-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-溴-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(580 mg，1.06 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(756.07 mg，3.17 mmol，3當量)，且接著在30℃下攪拌所得混合物1小時。在反應完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之6-溴- N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，227.94 μmol，21.55%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z530.0 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.72 (d, J=1.9 Hz, 1H), 8.90 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.57 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.38 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.19 (s, 1H), 6.66 (d, J=1.3 Hz, 1H), 5.06 (q, J=8.1 Hz, 1H), 4.49 - 4.39 (m, 1H), 3.91 (s, 3H), 3.14 - 3.02 (m, 2H), 2.30 - 2.21 (m, 2H), 1.88 - 1.75 (m, 3H), 1.74 - 1.66 (m, 1H), 1.62 - 1.51 (m, 1H), 1.49 - 1.32 (m, 2H), 0.86 - 0.74 (m, 1H), 0.46 - 0.35 (m, 2H), 0.24 - 0.05 (m, 2H)。 實例 247. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 846
Figure 02_image2682
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
在-10℃下，向NaOMe (2.51 g，46.50 mmol，2當量)於MeOH (25 mL)中之溶液中添加含5-溴-2-甲氧基-苯甲醛(5 g，23.25 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(6.30 g，48.83 mmol，5.58 mL，2.1當量)之MeOH (25 mL)。在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。殘餘物用100 mL H 2O稀釋且用EtOAc (100 mL×3)萃取。合併之有機層用溶劑鹽水(100 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.1 g，粗物質)。 步驟2：7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(2.1 g，6.73 mmol，1當量)於二甲苯(43 mL)中之溶液在170℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(100 mg，粗物質)。 步驟3：7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(100 mg，351.98 μmol，1當量)於THF (7 mL)及H 2O (3.5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (44.31 mg，1.06 mmol，3當量)。在50℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。添加1 M HCl，調節至pH 3，接著過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(50 mg，粗物質)。 步驟4：(S)-2-((S)-2-(7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，1.85 mmol，1當量)、(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(772.74 mg，2.22 mmol，1.2當量，HCl)、DMAP (678.51 mg，5.55 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加EDCI (709.80 mg，3.70 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入30 mL H 2O中，且接著用DCM (35 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(35 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=50/1至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(460 mg，816.41 μmol，44.10%產率)。 步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(450 mg，798.67 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，18 mL，157.76當量)中之溶液。在65℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(430 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z548.1 [M+H] +。 步驟6：7-溴-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-溴-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(420 mg，765.82 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(365.00 mg，1.53 mmol，2當量)。在30℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入20 mL H 2O中，且接著用DCM (25 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 200×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：30%-70%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-溴-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(95.7 mg，180.43 μmol，23.56%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z530.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.46 (d, J=1.5Hz, 1H), 8.98 (d, J=7.9Hz, 1H), 8.72 (d, J=7.6Hz, 1H), 7.52 (s, 1H), 7.35 (d, J=8.2Hz, 1H), 7.28 (d, J=2.1Hz, 1H), 6.54 (d, J=8.3Hz, 1H), 5.07 (d, J=7.9Hz, 1H), 4.51 (d, J=6.2Hz, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.17 - 3.00 (m, 2H), 2.26 (t, J=8.7Hz, 2H), 1.81 (dd, J=8.5, 14.2Hz, 4H), 1.49 (s, 3H), 0.89 - 0.73 (m, 1H), 0.52 - 0.36 (m, 2H), 0.25 - 0.04 (m, 2H)。 實例 248. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 850
Figure 02_image2684
步驟1：7-溴-6-氟-1H-吲哚
在-40℃下，在N 2下向2-溴-1-氟-3-硝基-苯(8 g，36.36 mmol，1當量)於THF (110 mL)中之溶液中逐滴添加溴(乙烯基)鎂(1 M，127.28 mL，3.5當量)。在-40℃下再攪拌反應混合物1.5小時。在完成之後，在N 2下將殘餘物倒入NH 4Cl水溶液(200 mL)中且攪拌10分鐘。水相用乙酸乙酯(200 mL×4)萃取。合併之有機相用鹽水(300 mL×2)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之7-溴-6-氟-1H-吲哚(2.4 g，11.21 mmol，30.84%產率，N/A純度)。MS (ESI) m/z213.0 [M+H] +。 步驟2：7-溴-6-氟-1H-吲哚-1-甲酸三級丁酯
向7-溴-6-氟-1H-吲哚(2.4 g，11.21 mmol，1當量)及TEA (1.36 g，13.46 mmol，1.87 mL，1.2當量)於DCM (25 mL)中之溶液中添加Boc 2O (2.69 g，12.33 mmol，2.83 mL，1.1當量)及DMAP (273.98 mg，2.24 mmol，0.2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加40 mL H 2O來淬滅反應混合物，且用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之7-溴-6-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯(3 g，8.88 mmol，79.20%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z313.0 [M+H] +。 步驟3：7-溴-1-(三級丁氧基羰基)-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸
在-60℃下，在N 2下向7-溴-6-氟-吲哚-1-甲酸三級丁酯(3 g，9.55 mmol，1當量)於THF (30 mL)中之溶液中逐滴添加LDA (2 M，5.25 mL，1.1當量)。在-60℃下攪拌反應混合物0.5小時，接著將上述溶液添加至固態二氧化碳(21.01 g，1.00當量)中。在25℃下再攪拌反應混合物1小時。在完成之後，在N 2下將反應混合物倒入H 2O (80 mL)中且攪拌10分鐘。在0℃下向水相中添加1 M HCl以調節至約pH 2且用乙酸乙酯(40 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(50 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 (250×70 mm, 15 μm)；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：40%-70%，20 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-溴-1-三級丁氧基羰基-6-氟-吲哚-2-甲酸(900 mg，2.51 mmol，26.31%產率，N/A純度)。MS (ESI) m/z357.0 [M+H] +。 步驟4：7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸
向7-溴-1-三級丁氧基羰基-6-氟-吲哚-2-甲酸(900 mg，2.51 mmol，1當量)於THF (10 mL)中之溶液中添加HBr (14.90 g，73.66 mmol，10 mL，40%純度，29.31當量)。在25℃下攪拌混合物8小時。在完成之後，藉由添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物且用EtOAc (25 mL×4)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。獲得呈黃色固體狀之化合物7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(650 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z256.9 [M+H] +。 步驟5：(S)-2-((S)-2-(7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(650 mg，2.52 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(876.18 mg，2.52 mmol，1當量，HCl)於DCM (25 mL)中之溶液中添加DMAP (615.47 mg，5.04 mmol，2當量)及EDCI (724.33 mg，3.78 mmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應物緩慢地用60 mL H 2O淬滅且接著用DCM (30mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(45 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.75 g，1.29 mmol，51.30%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z550.1 [M+H] +。 步驟6：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，1.45 mmol，1當量)於NH 3MeOH (7 M，40 mL，192.99當量)中之溶液在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除DCM，得到呈棕色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(730 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z535.1 [M+H] +。 步驟7：7-溴-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-溴-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(730 mg，1.36 mmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(648.64 mg，2.72 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在N 2下在25℃下濃縮反應混合物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.05% NH 3H 2O+10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-55%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-溴-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(235 mg，453.34 μmol，33.31%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z517.1 [M+H] +。1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.72 - 11.49 (m, 1H), 9.11 - 8.90 (m, 1H), 8.55 - 8.37 (m, 1H), 7.67 - 7.49 (m, 2H), 7.06 - 6.93 (m, 1H), 6.68 - 6.60 (m, 1H), 5.17 - 5.04 (m, 1H), 4.65 - 4.55 (m, 1H), 3.17 - 3.00 (m, 2H), 2.37 - 2.19 (m, 2H), 1.94 - 1.66 (m, 4H), 1.62 - 1.32 (m, 3H), 0.84 - 0.72 (m, 1H), 0.52 - 0.37 (m, 2H), 0.21 - 0.05 (m, 2H)。 實例 249. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 854
Figure 02_image2686
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-氟苯基)丙烯酸乙酯及(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-氟苯基)丙烯酸甲酯
將NaOMe (2.66 g，49.26 mmol，2當量)於MeOH (30 mL)中之混合物冷卻至-10℃，且接著向前述溶液中逐滴添加5-溴-2-氟-苯甲醛(5 g，24.63 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(6.36 g，49.26 mmol，5.63 mL，2當量)於MeOH (70 mL)中之混合物。在20℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除60 mL MeOH。殘餘物用100 mL H 2O稀釋且用EtOAc (100 mL×3)萃取。合併之有機層用100 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至100:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-氟-苯基)丙-2-烯酸乙酯(1.6 g，5.09 mmol，20.68%產率)及呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(1.6 g，5.33 mmol，21.65%產率)。 步驟2：7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸乙酯及7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-氟-苯基)丙-2-烯酸乙酯(1.6 g，5.09 mmol，1當量)及(Z)-2-疊氮基-3-(5-溴-2-氟-苯基)丙-2-烯酸甲酯(1.6 g，5.33 mmol，1.05當量)於二甲苯(30 mL)中之混合物在170℃下攪拌1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至100:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(0.35 g，1.22 mmol，24.02%產率)及呈白色固體狀之7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(0.35 g，1.29 mmol，25.26%產率)。 步驟3：7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸
向7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸乙酯(250 mg，873.83 μmol，1當量)於THF (6 mL)及H 2O (3 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (110.00 mg，2.62 mmol，3當量)，且接著在60℃下攪拌混合物3.5小時。在完成之後，藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物，逐滴添加1 M HCl以調節至約pH 5，且接著用EtOAc (40 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z255.9 [M-H] +.
7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(350 mg，1.29 mmol，1當量)於THF (6 mL)及H 2O (3 mL)中之溶液，接著添加LiOH.H 2O (161.94 mg，3.86 mmol，3當量)，在60℃下攪拌混合物3.5小時。在完成之後，藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物且逐滴添加1 M HCl達到pH=5，且接著用EtOAc (40 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(300 mg，粗物質)。 步驟4：(S)-2-((S)-2-(7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，1.94 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(876.18 mg，2.52 mmol，1.30當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液，接著添加DMAP (710.16 mg，5.81 mmol，3當量)及EDCI (742.91 mg，3.88 mmol，2當量)，在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用60 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(600 mg，1.09 mmol，56.16%產率)。MS (ESI) m/z551.1 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.6 g，1.09 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，30.00 mL，192.99當量)中之溶液在60℃下攪拌12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(550 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.1 [M+H] +。 步驟6：7-溴-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-溴-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(550 mg，1.03 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(488.70 mg，2.05 mmol，2當量)，且接著在40℃下攪拌混合物12小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-溴-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(230 mg，443.69 μmol，43.27%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z518.0 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6 ) δ=11.76 (br s, 1H), 9.01 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.84 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.48 - 7.40 (m, 1H), 7.34 (s, 1H), 6.94 - 6.79 (m, 1H), 5.15 - 5.02 (m, 1H), 4.60 - 4.46 (m, 1H), 3.17 - 3.00 (m, 2H), 2.31 - 2.17 (m, 2H), 1.90 - 1.66 (m, 4H), 1.63 - 1.35 (m, 3H), 0.91 - 0.75 (m, 1H), 0.53 - 0.38 (m, 2H), 0.24 - 0.17 (m, 1H), 0.15 - 0.07 (m, 1H)。 實例 250. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 858
Figure 02_image2688
步驟1：(S)-2-((S)-2-(4-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.05 g，2.40 mmol，80%純度，1.1當量，HCl)於DCM (4 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中添加4-氰基-1H-吲哚-2-甲酸(500 mg，2.69 mmol，1當量)。在0℃下添加EDCI (1.03 g，5.37 mmol，2當量)及DMAP (984.36 mg，8.06 mmol，3當量)之後，在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加水(3 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×2)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，DCM:MeOH=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-(4-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(750 mg，1.49 mmol，55.32%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z480.1 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(4-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(700 mg，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，745.93當量)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺(670 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z465.2 [M+H] +。 步驟3：4-氰基-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-氰基-1H-吲哚-2-甲醯胺(670 mg，1.37 mmol，95%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(979.63 mg，4.11 mmol，3當量)且在20℃下攪拌14小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈灰白色固體狀之4-氰基-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺(40.4 mg，90.48 μmol，6.60%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z447.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.84 - 7.68 (m, 1H), 7.60 - 7.46 (m, 1H), 7.46 - 7.39 (m, 1H), 7.39 - 7.29 (m, 1H), 5.18 - 5.01 (m, 1H), 4.66 - 4.48 (m, 1H), 3.29 - 3.15 (m, 2H), 2.57 - 2.27 (m, 2H), 2.05 - 1.46 (m, 7H), 1.01 - 0.73 (m, 1H), 0.61 - 0.45 (m, 2H), 0.28 - 0.11 (m, 2H) 實例 245. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 864
Figure 02_image2690
步驟1：5-氯-1H-吡咯-2-甲酸
向5-氯-1H-吡咯-2-甲酸甲酯(500 mg，3.13 mmol，1當量)於MeOH (2 mL)中之混合物中添加NaOH (250.66 mg，6.27 mmol，2當量)於H 2O (2 mL)中之溶液，且接著在80℃下攪拌所得混合物14小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色油狀之5-氯-1H-吡咯-2-甲酸(500 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z146.0 [M+H] +。 步驟2：(S)-2-((S)-2-(5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.49 g，3.44 mmol，80%純度，1當量，HCl)於DMF (1 mL)及DCM (4 mL)中之混合物中添加5-氯-1H-吡咯-2-甲酸(500 mg，3.44 mmol，1當量)，且接著在0℃下添加DMAP (1.26 g，10.31 mmol，3當量)及EDCI (1.32 g，6.87 mmol，2當量)，接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加水(10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，10 mL)洗滌，接著用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=100:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-(5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(300 mg，683.52 μmol，19.90%產率)。MS (ESI) m/z439.1 [M+H] +。 步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(5-氯-1H-吡咯-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(300 mg，683.52 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，102.41當量)中之混合物在80℃下攪拌30小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(280 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z424.1 [M+H] +。 步驟4：5-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吡咯-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(220 mg，467.10 μmol，90%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(333.94 mg，1.40 mmol，3當量)且接著在25℃下攪拌所得混合物4小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之5-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吡咯-2-甲醯胺(30.49 mg，75.12 μmol，16.08%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z406.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.36 (s, 1H), 9.10 - 8.81 (m, 1H), 8.13 - 8.03 (m, 1H), 7.52 (br s, 1H), 6.96 - 6.50 (m, 1H), 6.45 - 6.02 (m, 1H), 5.17 - 4.88 (m, 1H), 4.49 - 4.31 (m, 1H), 3.15 - 3.01 (m, 2H), 2.29 - 2.14 (m, 2H), 1.88 - 1.66 (m, 4H), 1.61 - 1.48 (m, 1H), 1.47 - 1.25 (m, 2H), 0.84 - 0.63 (m, 1H), 0.53 - 0.24 (m, 2H), 0.20 - 0.01 (m, 2H) 實例 251. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 868
Figure 02_image2692
步驟1：5-氯-1H-咪唑-2-甲酸乙酯
向1H-咪唑-2-甲酸乙酯(5 g，35.68 mmol，1當量)於DMF (150 mL)中之溶液中逐滴添加乙酸(1 mL)，且接著在0℃下添加含NCS (3.00 g，22.47 mmol，0.63當量)之DMF (30 mL)，在20℃下攪拌混合物20小時，且接著在45℃下攪拌24小時，且接著在80℃下攪拌2小時。在完成之後，反應混合物用水(100 mL)稀釋且用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=1:0至65:35)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之產物5-氯-1H-咪唑-2-甲酸乙酯(2 g，8.02 mmol，22.48%產率，70%純度)。MS (ESI) m/z 175.1 [M+H] +。 步驟2：5-氯-1H-咪唑-2-甲酸
向5-氯-1H-咪唑-2-甲酸乙酯(2.5 g，10.02 mmol，70%純度，1當量)於THF (30 mL)及H 2O (10 mL)及MeOH (3 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (1.05 g，25.06 mmol，2.5當量)。在40℃下攪拌混合物24小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (TFA 管柱：Waters X bridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：1% - 15%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物5-氯-1H-咪唑-2-甲酸(1.0 g，6.82 mmol，68.08%產率)。MS (ESI) m/z 145.1 [M+H] +。 步驟3：(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(2.1 g，5.55 mmol，1當量)於EA (12 mL)中之混合物中添加HCl/EA (4 M，12 mL，8.65當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用乙酸乙酯(20 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(1.7 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z 279.1 [M+H] +。 步驟4：5-氯-N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺
向5-氯-1H-咪唑-2-甲酸(800 mg，5.46 mmol，2.02當量)於DMF (20 mL)中之溶液中添加HOBt (729.67 mg，5.40 mmol，2當量)、EDCI (1.04 g，5.40 mmol，2當量)及(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(1.7 g，2.70 mmol，50%純度，1當量，HCl)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：15% - 45%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物5-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(500 mg，1.23 mmol，45.51%產率)。MS (ESI) m/z 407.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.59 (br s, 1H), 8.96 - 8.79 (m, 1H), 8.42 - 8.28 (m, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.40 (s, 1H), 5.11 - 4.88 (m, 1H), 4.53 - 4.35 (m, 1H), 3.07 (br s, 2H), 2.32 - 2.10 (m, 2H), 1.81 (br s, 4H), 1.62 - 1.34 (m, 3H), 0.78 - 0.63 (m, 1H), 0.39 (br d, J=7.8 Hz, 2H), 0.21 - 0.05 (m, 2H)。
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IF (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：27% - 27%，9 min)分離5-氯-N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(300 mg，737.34 μmol，1當量)，得到呈白色固體狀之5-氯-N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺異構體1 (197.02 mg，484.24 μmol，65.67%產率)。MS (ESI) m/z 407.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=13.47 (br s, 1H), 8.85 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 8.40 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.43 (s, 1H), 5.17 - 4.92 (m, 1H), 4.54 - 4.25 (m, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.34 - 2.18 (m, 2H), 1.88 - 1.65 (m, 4H), 1.62 - 1.31 (m, 3H), 0.70 (br s, 1H), 0.39 (br d, J=7.6 Hz, 2H), 0.19 - 0.00 (m, 2H)。
得到呈白色固體狀之5-氯-N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(10.42 mg，25.61 μmol，3.47%產率)。MS (ESI) m/z 407.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=13.44 (br s, 1H), 8.86 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 8.35 (br d, J=8.0 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.42 (s, 1H), 5.11 - 4.95 (m, 1H), 4.51 - 4.38 (m, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.26 - 2.08 (m, 2H), 1.89 - 1.66 (m, 4H), 1.63 - 1.34 (m, 3H), 0.69 (br s, 1H), 0.38 (br s, 2H), 0.09 (br d, J=13.7 Hz, 2H)。
得到呈白色固體狀之5-氯-N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(39.82 mg，97.87 μmol，13.27%產率)。MS (ESI) m/z 407.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=13.45 (br s, 1H), 8.92 (br d, J=7.2 Hz, 1H), 8.41 - 8.32 (m, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.43 (s, 1H), 5.07 - 4.83 (m, 1H), 4.45 (br d, J=5.4 Hz, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.35 - 2.12 (m, 2H), 1.92 - 1.67 (m, 4H), 1.65 - 1.35 (m, 3H), 0.70 (br s, 1H), 0.38 (br s, 2H), 0.09 (br d, J=16.8 Hz, 2H)。 實例 252. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 870
Figure 02_image2694
步驟1：((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(5 g，12.15 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，50 mL，28.80當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(4.8 g，粗物質)。MS (ESI) m/z397.2 [M+H] +。 步驟2：((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(4.8 g，12.11 mmol，1當量)於DCM (50 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(5.77 g，24.21 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入60 mL H 2O中，且接著用DCM (60 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(60 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(4.3 g，11.36 mmol，93.85%產率)。MS (ESI) m/z379.2 [M+H] +。 步驟3：(S)-2-胺基-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-3-環丙基丙醯胺
將N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(2.5 g，6.61 mmol，1當量)於EA (10 mL)及HCl/EtOAc (4 M，10 mL，6.06當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(2 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z279.1 [M+H] +。 步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-咪唑-2-甲醯胺
向1H-咪唑-2-甲酸(267.03 mg，2.38 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(1.5 g，2.38 mmol，50%純度，1當量，HCl)、DMAP (873.15 mg，7.15 mmol，3當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加EDCI (913.42 mg，4.76 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：10%-40%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(130 mg，293.22 μmol，12.31%產率，84%純度)。MS (ESI) m/z373.1 [M+H] +。 步驟5：N-(1-(((1S)-1-氰基-2-(2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-咪唑-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IG (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-MeOH]；B%：45%-45%，12 min)分離N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(130 mg，293.22 μmol，12.31%產率，84%純度)，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(14.9 mg，40.01 μmol，11.46%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z373.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.40 - 7.00 (m, 2H), 5.23 - 5.05 (m, 1H), 4.51 (t, J=7.0Hz, 1H), 3.27 - 3.17 (m, 2H), 2.55 - 2.35 (m, 2H), 2.06 - 1.62 (m, 6H), 1.60 - 1.44 (m, 1H), 0.90 - 0.76 (m, 1H), 0.60 - 0.44 (m, 2H), 0.26 - 0.07 (m, 2H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(27.3 mg，72.20 μmol，20.69%產率，98.5%純度)。MS (ESI) m/z373.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.43 - 7.01 (m, 2H), 5.06 (t, J=7.3Hz, 1H), 4.56 (dd, J=6.2, 7.4Hz, 1H), 3.29 - 3.19 (m, 2H), 2.48 - 2.39 (m, 1H), 2.34 (td, J=6.7, 13.8Hz, 1H), 2.01 - 1.66 (m, 6H), 1.62 - 1.50 (m, 1H), 0.89 - 0.75 (m, 1H), 0.56 - 0.42 (m, 2H), 0.24 - 0.10 (m, 2H)。
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(12.5 mg，32.59 μmol，9.34%產率，97.1%純度)。MS (ESI) m/z373.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.33 - 7.09 (m, 2H), 5.15 - 5.03 (m, 1H), 4.53 (d, J=6.0, 7.3Hz, 1H), 3.26 - 3.21 (m, 2H), 2.44 - 2.27 (m, 2H), 2.04 - 1.96 (m, 1H), 1.93 - 1.77 (m, 3H), 1.76 - 1.68 (m, 2H), 1.59 - 1.51 (m, 1H), 0.89 - 0.76 (m, 1H), 0.56 - 0.45 (m, 2H), 0.23 - 0.12 (m, 2H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-咪唑-2-甲醯胺(5.5 mg，13.32 μmol，3.82%產率，90.2%純度)。MS (ESI) m/z373.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, 甲醇- d 4) δ=7.35 - 7.05 (m, 2H), 5.11 (t, J=7.2Hz, 1H), 4.55 (t, J=6.9Hz, 1H), 3.27 - 3.21 (m, 2H), 2.50 - 2.32 (m, 2H), 2.06 - 1.98 (m, 1H), 1.97 - 1.81 (m, 3H), 1.79 - 1.68 (m, 2H), 1.63 - 1.56 (m, 1H), 1.65 - 1.53 (m, 1H), 0.88 - 0.77 (m, 1H), 0.52 (d, J=7.8Hz, 2H), 0.23 - 0.09 (m, 2H)。 實例 253. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 896
Figure 02_image2696
步驟1：(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2.6 g，9.08 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，30 mL，13.21當量)中之混合物在20℃下攪拌1.5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z187.1 [M+H] +。 步驟2：3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(2 g，8.98 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中添加2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(2.80 g，9.88 mmol，1.1當量)、T3P (11.43 g，17.96 mmol，10.68 mL，50%純度，2當量)及TEA (5.45 g，53.89 mmol，7.50 mL，6當量)，在20℃下攪拌3小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=4/1-0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(2.5 g，4.43 mmol，49.31%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z452.3 [M+H] +。 步驟3：(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(2.1 g，3.72 mmol，80%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，25 mL，26.88當量)中之混合物在20℃下攪拌3小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色油狀之產物(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.4 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z352.2 [M+H] +。 步驟4：(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.4 g，3.61 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之混合物中添加7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(1.06 g，4.69 mmol，1.3當量)、DMAP (1.10 g，9.02 mmol，2.5當量)及EDCI (1.38 g，7.22 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=2/1-0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.5 g，2.68 mmol，74.34%產率)。MS (ESI) m/z559.2 [M+H] +。 步驟5：N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(1.46 g，2.61 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，53.61當量)中之混合物在30℃下攪拌20小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.35 g，粗物質)。MS (ESI) m/z544.2 [M+H] +。 步驟6：2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
在30℃下，向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.35 g，2.11 mmol，85%純度，1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.51 g，6.33 mmol，3當量)歷時1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，8 min)純化殘餘物，將其藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：60% - 60%，12 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之產物2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(322.82 mg，613.70 μmol，29.10%產率)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.12 (d, J=1.7 Hz, 1H), 7.02 (s, 1H), 6.97 (br d, J=1.8 Hz, 1H), 5.12 - 5.00 (m, 1H), 4.62 (dd, J=7.9, 9.7 Hz, 1H), 3.92 (br d, J=10.3 Hz, 1H), 3.86 - 3.33 (m, 5H), 3.30 - 3.26 (m, 1H), 2.77 - 2.55 (m, 1H), 2.52 - 2.23 (m, 3H), 1.98 - 1.67 (m, 3H), 1.62 - 1.41 (m, 10H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.07 (br d, J=1.1 Hz, 1H), 8.72 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.44 (br d, J=0.7 Hz, 1H), 7.12 (br s, 1H), 6.97 (s, 2H), 4.92 (br s, 1H), 4.60 (br s, 1H), 3.85 - 3.77 (m, 4H), 3.61 (br s, 1H), 3.14 (br s, 2H), 2.43 - 2.21 (m, 2H), 2.20 - 1.89 (m, 2H), 1.80 (br s, 1H), 1.72 - 1.58 (m, 2H), 1.57 - 1.35 (m, 10H)。
得到呈白色固體狀之產物2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(289.32 mg，550.01 μmol，26.08%產率)。MS (ESI) m/z526.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.12 (d, J=2.0 Hz, 1H), 7.04 (s, 1H), 6.99 - 6.93 (m, 1H), 5.06 - 4.97 (m, 1H), 4.63 (dd, J=7.9, 9.5 Hz, 1H), 3.94 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.88 - 3.68 (m, 4H), 3.30 - 2.73 (m, 2H), 2.68 - 2.10 (m, 4H), 1.94 - 1.69 (m, 3H), 1.62 - 1.40 (m, 10H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.46 - 10.49 (m, 1H), 8.67 (br d, J=6.6 Hz, 1H), 7.44 (br s, 1H), 7.21 - 7.07 (m, 1H), 6.98 (s, 2H), 5.06 - 4.83 (m, 1H), 4.59 (br dd, J=2.1, 4.1 Hz, 1H), 3.80 (s, 4H), 3.70 - 3.44 (m, 1H), 3.22 - 3.10 (m, 2H), 2.25 (s, 4H), 1.82 (br s, 1H), 1.68 (br d, J=10.4 Hz, 2H), 1.59 - 1.33 (m, 10H)。 實例 254. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 910
Figure 02_image2698
步驟1：2-((二苯基亞甲基)胺基)-4-甲基戊-4-烯酸乙酯
在-78℃下，在N 2下向2-(二苯亞甲基胺基)乙酸乙酯(10 g，37.41 mmol，1當量)於THF (40 mL)中之溶液中逐滴添加LiHMDS (1 M，41.15 mL，1.1當量) (約0.5小時)，且接著在-78℃下攪拌混合物0.5小時。在向混合物中逐滴添加3-溴-2-甲基-丙-1-烯(5.05 g，37.41 mmol，3.77 mL，1當量)之後，在0℃下攪拌混合物0.5小時，且接著將混合物升溫至20℃且在20℃下攪拌1小時。在完成之後，混合物用水(200 mL)淬滅且在真空中濃縮。接著，混合物用EA (70 mL×3)萃取，用鹽水(20 mL)洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，PE:EA=1:0至40:1)純化，得到呈黃色固體狀之2-((二苯基亞甲基)胺基)-4-甲基戊-4-烯酸乙酯(9.5 g，26.60 mmol，71.11%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z322.2 [M+H] +步驟2：2-胺基-4-甲基戊-4-烯酸乙酯
將2-((二苯基亞甲基)胺基)-4-甲基戊-4-烯酸乙酯(9 g，28.00 mmol，1當量)於HCl水溶液(2 M，140.01 mL，10當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色膠狀之2-胺基-4-甲基戊-4-烯酸乙酯(9 g，粗物質)。MS (ESI) m/z158.2 [M+H] +步驟3：2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-4-甲基戊-4-烯酸乙酯
向2-胺基-4-甲基戊-4-烯酸乙酯(9 g，28.62 mmol，1當量)於THF (100 mL)中之溶液中添加飽和Na 2CO 3(7.21 g，68.06 mmol，14.84 μL，2.38當量) (調節至pH=8)，且接著添加氯甲酸苯甲酯(9.77 g，57.25 mmol，8.14 mL，2當量)。在20℃下攪拌所得混合物1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，接著添加H 2O (500 mL)且用EA (150 mL×3)萃取。有機層用鹽水洗滌，經無水Na 2SO 4脫水，藉由管柱(SiO 2，PE:EA=60:1至40:1)純化且藉由製備型HPLC (管柱：Xtimate C18 10u 250 mm×80 mm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，30 min)再純化，得到呈黃色油狀之2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-4-甲基戊-4-烯酸乙酯(3.4 g，10.50 mmol，36.69%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z292.1 [M+H] +步驟4：2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙酸乙酯
在0℃下，在N 2下向ZnEt 2(1 M，14.27 mL，4.16當量)於DCM (50 mL)中之溶液中逐滴添加含二碘基甲烷(3.79 g，14.17 mmol，1.14 mL，4.13當量)之DCM (25 mL)，接著在0℃下，在N 2下攪拌混合物0.5小時，接著在0℃下添加含2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-4-甲基戊-4-烯酸乙酯(1 g，3.43 mmol，1當量)之DCM (25 mL)。在20℃下攪拌混合物48小時。在反應完成之後，在0℃下將混合物倒入HCl水溶液(30 mL，1 M)中，接著用DCM (10 mL×3)萃取，有機相經Na 2SO 4脫水，在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，PE:EA=60:1至30:1)純化，得到呈黃色油狀之2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙酸乙酯(800 mg，2.36 mmol，68.69%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z306.1 [M+H] +步驟5：2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙酸
向2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙酸乙酯(800 mg，2.62 mmol，1當量)於THF (5 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (329.81 mg，7.86 mmol，3當量)，在30℃下攪拌混合物16小時。在反應完成之後，用HCl水溶液(1 M，10 mL)將混合物調節至pH=1且用乙酸乙酯(5 mL×2)萃取。在真空中濃縮所得混合物，得到呈淺黃色油狀之2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙酸(700 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z276.1 [M-H] +步驟6：(2S)-2-(2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙酸(600 mg，2.16 mmol，1當量)於ACN (1 mL)中之溶液中添加(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(614.54 mg，2.60 mmol，1.2當量，HCl)、六氟磷酸[氯(二甲基胺基)亞甲基]-二甲基-銨(910.59 mg，3.25 mmol，1.5當量)，接著添加1-甲基咪唑(532.90 mg，6.49 mmol，517.37 μL，3當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用水(20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用1 N HCl (10 mL)洗滌，接著用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=0:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.1 g，1.80 mmol，82.98%產率，75%純度)。MS (ESI) m/z460.2 [M+H] +。 步驟7：(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸苯甲酯
將(2S)-2-(2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，1.63 mmol，75%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10.71 mL，45.95當量)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸苯甲酯(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z445.2 [M+H] +。 步驟8：2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-(1-甲基環丙基)丙醯胺
在N 2下，向(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸苯甲酯(1 g，2.25 mmol，1當量)於IPA (20 mL)中之溶液中添加HCl (12 M，243.71 μL，1.3當量)、Pd/C (1 g，833.33 μmol，10%純度，0.37當量)。將懸浮液在真空中脫氣且用H 2吹掃3次。將混合物在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌1小時。在完成之後，反應混合物經矽藻土過濾，接著在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-(1-甲基環丙基)丙醯胺(680 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z311.2 [M+H] +。 步驟9：N-(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-(1-甲基環丙基)丙醯胺(680 mg，1.96 mmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)中之溶液中添加4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(449.78 mg，2.35 mmol，1.2當量)、DMAP (718.54 mg，5.88 mmol，3當量)，接著在0℃下添加EDCI (751.65 mg，3.92 mmol，2當量)，接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，混合物用水(10 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。有機層相繼用1 N HCl (10 mL)及鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=0:1至10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之N-(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(550 mg，1.02 mmol，52.21%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z484.2 [M+H] +。 步驟10：N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(550 mg，1.02 mmol，90%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(731.85 mg，3.07 mmol，3當量)且在25℃下攪拌3小時。在完成之後，藉由在20℃下添加H 2O (0.5 mL)來淬滅反應混合物，且接著在減壓(＜30℃)下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，531.64 μmol，51.93%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] +。 步驟11：N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：50% - 50%，15 min)純化N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(250 mg，531.64 μmol，99%純度，1當量)，得到呈白色固體狀之N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(63.08 mg，135.50 μmol，25.49%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.58 (br s, 1H), 8.96 (br d, J=8.1 Hz, 1H), 8.43 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.33 (s, 1H), 7.09 (t, J=7.9 Hz, 1H), 7.01 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.10 - 5.01 (m, 1H), 4.66 - 4.57 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.13 - 3.02 (m, 2H), 2.32 - 2.20 (m, 2H), 1.86 - 1.72 (m, 3H), 1.72 - 1.51 (m, 3H), 1.39 (br d, J=11.0 Hz, 1H), 1.07 (s, 3H), 0.56 - 0.49 (m, 1H), 0.29 - 0.23 (m, 1H), 0.23 - 0.12 (m, 2H)
得到呈白色固體狀之N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(1-甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(85.13 mg，182.86 μmol，34.40%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.60 (br s, 1H), 8.95 (br d, J=8.1 Hz, 1H), 8.45 (br d, J=8.4 Hz, 1H), 7.53 (br s, 1H), 7.34 (s, 1H), 7.10 (t, J=7.9 Hz, 1H), 7.01 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.09 - 5.00 (m, 1H), 4.70 - 4.62 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.13 - 3.03 (m, 2H), 2.25 - 2.14 (m, 2H), 1.89 - 1.69 (m, 4H), 1.65 - 1.50 (m, 2H), 1.48 - 1.36 (m, 1H), 1.05 (s, 3H), 0.59 - 0.50 (m, 1H), 0.27 - 0.20 (m, 1H), 0.19 - 0.11 (m, 2H) 實例 255. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 912
Figure 02_image2700
步驟1：2-((二苯基亞甲基)胺基)-5-甲基己-4-烯酸乙酯
在-78℃下，向2-(二苯亞甲基胺基)乙酸乙酯(5 g，18.70 mmol，1當量)於THF (50 mL)中之溶液中添加LiHMDS (1M, 20.57 mL，1.1當量)，攪拌30分鐘且接著添加1-溴-3-甲基-丁-2-烯(2.79 g，18.70 mmol，2.16 mL，1當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入50 mL H 2O中，且接著用EtOAc (60 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至30/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之2-(二苯亞甲基胺基)-5-甲基-己-4-烯酸乙酯(3 g，8.94 mmol，47.82%產率)。MS (ESI) m/z336.2 [M+H] +。 步驟2：2-胺基-5-甲基己-4-烯酸乙酯
將2-(二苯亞甲基胺基)-5-甲基-己-4-烯酸乙酯(2.7 g，8.05 mmol，1當量)於HCl (2 M，27 mL，6.71當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除H 2O，得到呈白色固體狀之2-胺基-5-甲基-己-4-烯酸乙酯(1.3 g，粗物質，HCl)。 步驟3：2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-5-甲基己-4-烯酸乙酯
在0℃下，向2-胺基-5-甲基-己-4-烯酸乙酯(900 mg，5.26 mmol，1當量)於IPA (10 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(1.39 g，13.14 mmol，9 mL，2.5當量)及NaOH (210.22 mg，5.26 mmol，1 mL，1當量)以調節至pH 11，且接著添加(2,5-二側氧基吡咯啶-1-基)碳酸苯甲酯(1.44 g，5.78 mmol，1.1當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入30 mL H 2O中，且接著用EtOAc (35 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之2-(苯甲氧基羰基胺基)-5-甲基-己-4-烯酸乙酯(1.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z306.1 [M+H] +。 步驟4：2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙酸乙酯
將2-(苯甲氧基羰基胺基)-5-甲基-己-4-烯酸乙酯(1.2 g，2.75 mmol，70%純度，1當量)於DCM (20 mL)及ZnEt 2(1 M，6.88 mL，2.5當量)中之溶液中在-40℃下攪拌10分鐘，接著添加CH 2I 2(1.47 g，5.50 mmol，443.83 μL，2當量)。在20℃下攪拌混合物15小時50分鐘。在完成之後，藉由在20℃下添加30 mL NH 4Cl來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至40/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙酸乙酯(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z320.2 [M+H] +。 步驟5：2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙酸
向2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙酸乙酯(1 g，3.13 mmol，1當量)於THF (9 mL)及H 2O (3 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (394.15 mg，9.39 mmol，3當量)。在50℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。添加1 M HCl以調節至pH 3，接著用DCM (35 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙酸(1.1 g，粗物質)。 步驟6：(2S)-2-(2-(((苯甲氧基)羰基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙酸(1.08 g，3.71 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.75 g，7.41 mmol，2當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (1.13 g，9.27 mmol，2.5當量)，接著添加EDCI (1.42 g，7.41 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入50 mL H 2O中，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=1/0至80/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.5 g，3.17 mmol，85.45%產率)。MS (ESI) m/z474.2 [M+H] +。 步驟7：(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸苯甲酯
將(2S)-2-[[2-(苯甲氧基羰基胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.5 g，3.17 mmol，1當量)於NH 3/MEOH (7 M，15.00 mL，33.15當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH，得到呈黃色固體狀之N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(1.45 g，粗物質)。MS (ESI) m/z459.2 [M+H] +。 步驟8：2-胺基-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-(2,2-二甲基環丙基)丙醯胺
向N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基甲酸苯甲酯(1.45 g，3.16 mmol，1當量)於i-PrOH (15 mL)中之溶液中添加HCl (12 M，263.51 μL，1當量)，接著添加Pd/C (1.45 g，3.16 mmol，20%純度，1當量)。在H 2下，在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[2-胺基-3-(2,2-二甲基環丙基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙醯胺(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z325.2 [M+H] +。 步驟9：N-(1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-[[2-胺基-3-(2,2-二甲基環丙基)丙醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙醯胺(990 mg，3.05 mmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(700.10 mg，3.66 mmol，1.2當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (932.03 mg，7.63 mmol，2.5當量)，接著添加EDCI (1.17 g，6.10 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入25 mL H 2O中，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(25 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，DCM:MeOH=100/0至95/5)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1.01 g，2.03 mmol，66.52%產率)。MS (ESI) m/z498.2 [M+H] +。 步驟10：N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(1 g，2.01 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(957.85 mg，4.02 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入30 mL H 2O中，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(280 mg，583.86 μmol，29.05%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M+H] +。 步驟11：N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二甲基環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-IPA]；B%：30%-50%，18 min)分離N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(280 mg，583.86 μmol，29.05%產率，100%純度)，得到呈白色固體狀之N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(55 mg，113.31 μmol，19.41%產率，98.8%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.26 (s, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.07 - 6.98 (m, 1H), 6.51 (d, J=7.2 Hz, 1H), 5.17 - 5.08 (m, 1H), 4.58 - 4.46 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.27 - 3.15 (m, 2H), 2.55 - 2.39 (m, 2H), 2.08 - 1.89 (m, 3H), 1.86 - 1.66 (m, 3H), 1.56 - 1.45 (m, 1H), 1.26 - 0.96 (m, 6H), 0.71 - 0.58 (m, 1H), 0.50 (d, J=2.5, 4.5 Hz, 1H), 0.14 - 0.01 (m, 1H)。
得到呈白色固體狀之N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二甲基環丙基)甲基]-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(155 mg，322.56 μmol，55.25%產率，99.8%純度)。MS (ESI) m/z480.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.19 - 7.11 (m, 1H), 7.04 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.06 (d, J=6.2, 10.0 Hz, 1H), 4.59 (d, J=5.8, 8.4 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.22 - 3.11 (m, 2H), 2.40 (d, J=6.2, 10.2, 13.8 Hz, 1H), 2.33 - 2.22 (m, 1H), 2.12 - 2.02 (m, 1H), 2.00 - 1.85 (m, 2H), 1.84 - 1.73 (m, 2H), 1.61 (d, J=2.4 Hz, 1H), 1.49 (d, J=11.0 Hz, 1H), 1.14 - 1.07 (m, 3H), 1.07 - 0.99 (m, 3H), 0.69 - 0.58 (m, 1H), 0.48 (d, J=4.3, 8.7 Hz, 1H), 0.14 - 0.03 (m, 1H)。 實例 256. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 918
Figure 02_image2702
步驟1：(1S,3aR,7aS)-1-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)六氫-1H-異吲哚-2(3H)-甲酸三級丁酯
向(1S,3aR,7aS)-2-三級丁氧基羰基-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲酸(450 mg，1.67 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(571.23 mg，2.17 mmol，90%純度，1.3當量，HCl)於DCM (5 mL)及DMF (1.5 mL)中之溶液中添加DMAP (612.36 mg，5.01 mmol，3當量)及EDCI (640.58 mg，3.34 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(1S,3aR,7aS)-1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-2-甲酸三級丁酯(680 mg，1.36 mmol，81.12%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z452.2 [M+H] +。
步驟2：(S)-2-((1S,3aR,7aS)-八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯鹽酸鹽
(1S,3aR,7aS)-1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-2-甲酸三級丁酯(680 mg，1.51 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，10 mL，26.56當量)中之溶液，且在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫-1H-異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(580 mg，粗物質，HCl)。
步驟3：(S)-2-((1S,3aR,7aS)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(371.62 mg，1.94 mmol，1.3當量)及(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫-1H-異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(580 mg，1.50 mmol，1當量，HCl)於DCM (15 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加DMAP (548.02 mg，4.49 mmol，3當量)及EDCI (573.27 mg，2.99 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (50 mL×3萃取)。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(710 mg，1.26 mmol，84.18%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z525.2 [M+H] +。
步驟4：(1S,3aR,7aS)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺
(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(710 mg，1.35 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，51.72當量)中之溶液且接著在40℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(1S,3aR,7aS)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(640 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z510.2 [M+H] +。
步驟5：(1S,3aR,7aS)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺
(1S,3aR,7aS)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(640 mg，1.26 mmol，1當量)及伯格斯試劑(598.57 mg，2.51 mmol，2當量)於DCM (10 mL)中之溶液，且在30℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25% - 55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(1S,3aR,7aS)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(450 mg，906.26 μmol，72.16%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] +。
步驟6：2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S) WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：50% - 50%，4 min)純化2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺，得到呈白色固體狀之產物(3aR,7aS)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺異構體1 (136.17 mg，277.00 μmol，30.26%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.56 (s, 1H), 9.30 - 8.85 (m, 1H), 7.54 (br s, 1H), 7.15 - 7.07 (m, 1H), 7.07 - 6.95 (m, 2H), 6.52 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.06 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 4.58 - 4.20 (m, 1H), 4.06 - 3.94 (m, 1H), 3.91 - 3.81 (m, 3H), 3.78 (br dd, J=5.8, 9.8 Hz, 1H), 3.15 - 2.89 (m, 2H), 2.45 - 2.37 (m, 1H), 2.31 - 2.11 (m, 3H), 1.46 (br d, J=3.5 Hz, 13H)。
得到呈白色固體狀之產物(3aR,7aS)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺異構體2 (161.76 mg，329.06 μmol，35.95%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.62 - 11.55 (m, 1H), 9.15 - 8.84 (m, 1H), 7.55 - 7.39 (m, 1H), 7.15 - 7.09 (m, 1H), 7.06 - 6.97 (m, 2H), 6.61 - 6.50 (m, 1H), 5.05 (br d, J=8.1 Hz, 1H), 4.47 - 4.24 (m, 1H), 4.00 (dd, J=7.1, 9.7 Hz, 1H), 3.90 - 3.83 (m, 3H), 3.82 - 3.75 (m, 1H), 3.08 (br s, 2H), 2.44 - 2.37 (m, 1H), 2.24 (br d, J=7.1 Hz, 3H), 1.83 - 1.32 (m, 13H)。 實例 257. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 930
Figure 02_image2704
步驟1：3-[[(1S)-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯
在25℃下，向(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(750.00 mg，2.99 mmol，1當量，HCl)及2-三級丁氧基羰基-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(932.40 mg，3.29 mmol，1.1當量)於DCM (10 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (1.10 g，8.97 mmol，3當量)及EDCI (1.15 g，5.98 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用30 mL H 2O稀釋且用60 mL EA (20 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色油狀之3-[[(1S)-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.2 g，2.50 mmol，83.64%產率)。MS (ESI) m/z480.3 [M+H] +步驟2：(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將3-[[(1S)-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(1.2 g，2.50 mmol，1當量)於HCl/MeOH (20 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，2.40 mmol，96.09%產率，HCl)。 步驟3：(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(427.50 mg，2.19 mmol，1當量)及(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，2.40 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (12 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中添加DMAP (801.02 mg，6.56 mmol，3當量)及EDCI (837.95 mg，4.37 mmol，2當量)，在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用30 mL H 2O稀釋且用60 mL EA (20 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(700 mg，1.26 mmol，57.49%產率)。MS (ESI) m/z557.3[M+H] +步驟4：N-[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(700 mg，1.26 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，105.00 mL，334.25當量)中之混合物在25℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(660 mg，1.22 mmol，96.90%產率)。MS (ESI) m/z542.3 [M+H] +步驟5：2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
在25℃下，向N-[(1S)-2-胺基-1-[(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(660 mg，1.03 mmol，85%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(863.22 mg，3.62 mmol，3.5當量)。在25℃下攪拌混合物8小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之所需化合物(270 mg，49%產率，100%純度)，將其藉由SFC (條件：管柱：DAICEL CHIRALPAK IC (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：43%-43%，7 min )進一步分離，得到呈白色固體狀之2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(100 mg，190.82 μmol，18.44%產率)。MS (ESI) m/z524.2[M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.66 - 11.45 (m, 1H), 8.95 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.81 (s, 1H), 7.64 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.29 (d, J=7.3 Hz, 1H), 7.14 (s, 1H), 7.11 - 6.97 (m, 1H), 4.99 - 4.75 (m, 1H), 4.50 (t, J=8.6 Hz, 1H), 3.83 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 3.66 (d, J=10.4 Hz, 1H), 2.76 - 2.64 (m, 1H), 2.29 - 2.13 (m, 2H), 1.99 (dd, J=8.6, 11.9 Hz, 1H), 1.82 - 1.66 (m, 1H), 1.65 - 1.28 (m, 12H), 1.18 - 1.07 (m, 3H), 1.02 (s, 3H) 實例 258. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 934
Figure 02_image2706
步驟1：N-[1-(羥基甲基)環丙基]胺基甲酸苯甲酯
將350 mL緩衝液(pH=11) (用4 M NaOH調節至pH=11之飽和NaHCO 3)添加至(1-胺基環丙基)甲醇(20 g，229.57 mmol，1當量)於IPA (350 mL)中之溶液中。將反應混合物冷卻至0℃且添加2,5-二側氧基吡咯啶-1-甲酸苯甲酯(53.54 g，229.57 mmol，1當量)。在20℃下攪拌反應混合物16小時。在完成之後，過濾反應混合物且接著在減壓下濃縮以移除IPA。殘餘物用100 mL H 2O稀釋且用200 mL EA (100 mL×2)萃取。合併之有機層用100 mL鹽水(100 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。粗產物在20℃下用DCM濕磨20分鐘。獲得呈白色固體狀之化合物N-[1-(羥基甲基)環丙基]胺基甲酸苯甲酯(35 g，142.37 mmol，62.02%產率，90%純度)。 步驟2：N-(1-甲醯基環丙基)胺基甲酸苯甲酯
向N-[1-(羥基甲基)環丙基]胺基甲酸苯甲酯(13 g，58.76 mmol，1當量)於甲苯(130 mL)及DMSO (130.00 g，1.66 mol，130.00 mL，28.32當量)中之混合物中添加TFA (3.35 g，29.38 mmol，2.18 mL，0.5當量)及吡啶(4.65 g，58.76 mmol，4.74 mL，1當量)及DCC (36.37 g，176.27 mmol，35.66 mL，3當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，過濾反應混合物且用100 mL EA稀釋且用300 mL H 2O (100 mL×3)洗滌。合併之有機層用100 mL鹽水(100 mL×1)洗滌且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=8/1至5/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-(1-甲醯基環丙基)胺基甲酸苯甲酯(9 g，39.00 mmol，66.37%產率，95%純度)。 步驟3：N-[1-[(E)-2-甲氧基乙烯基]環丙基]胺基甲酸苯甲酯
在-10℃下，向氯化甲氧基甲基(三苯基)鏻(25.02 g，72.98 mmol，4當量)於THF (80 mL)中之溶液中逐滴添加t-BuOK (1 M，72.80 mL，3.99當量)之溶液。將反應混合物升溫至20℃且在20℃下攪拌1小時。在0℃下添加含N-(1-甲醯基環丙基)胺基甲酸苯甲酯(4 g，18.25 mmol，1當量)之THF (40 mL)，在N 2下，在20℃下再攪拌溶液1小時。在完成之後，反應混合物用100 mL H 2O稀釋且用200 mL乙酸乙酯(100 mL×2)萃取。合併之有機層用100 mL鹽水(100 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=30/1至10/1)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之N-[1-[(E)-2-甲氧基乙烯基]環丙基]胺基甲酸苯甲酯(2.1 g，7.64 mmol，41.89%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z246.1 [M-H] +步驟4：N-[1-(2-側氧基乙基)環丙基]胺基甲酸苯甲酯
向N-[1-[(E)-2-甲氧基乙烯基] 環丙基]胺基甲酸苯甲酯(1.9 g，7.68 mmol，1當量)於THF (20 mL)中之混合物中添加HCl (19.38 g，53.15 mmol，19.00 mL，10%純度，6.92當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用100 mL H 2O稀釋且用300 mL EA (150 mL×2)萃取。合併之有機層用300 mL鹽水(300 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=20/1至5/1)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物N-[1-(2-側氧基乙基)環丙基]胺基甲酸苯甲酯(1.3 g，5.02 mmol，65.28%產率，90%純度)。 步驟5：(2S)-4-[2-[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]-1-羥基-乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
在-60℃下，在N 2下向(2S)-5-側氧基吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(450 mg，1.85 mmol，1當量)於THF (8 mL)中之混合物中一次性添加LiHMDS (1 M，2.40 mL，1.3當量)。在-60℃下攪拌混合物30分鐘，且接著在-60℃下添加含N-[1-(2-側氧基乙基)環丙基]胺基甲酸苯甲酯(431.51 mg，1.85 mmol，1當量)之THF (4 mL)且在-60℃下攪拌2小時。在完成之後，藉由在-60℃下添加含4 mL AcOH之8 mL THF來淬滅反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈黃色油狀之化合物(2S)-4-[2-[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]-1-羥基-乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1, 2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(900 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z377.1 [M+H-100] +步驟6：(2S,4E)-4-[2-[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]亞乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
在25℃下，向(2S)-4-[2-[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]-1-羥基-乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(900 mg，1.89 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.35 g，5.67 mmol，3當量)。在40℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至3/1)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S,4E)-4-[2-[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]亞乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(420 mg，824.42 μmol，43.65%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z459.2 [M+H] +步驟7：(2S)-4-[2-(1-胺基環丙基)乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
向(2S,4E)-4-[2-[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]亞乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(700 mg，1.53 mmol，1當量)於i-PrOH (10 mL)中之混合物中添加Pd/C (300 mg，1.53 mmol，10%純度，1.00當量)。在25℃下，在H 2(3.08 mg，1.53 mmol，1當量)下在15 Psi下攪拌混合物1小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-4-[2-(1-胺基環丙基)乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(400 mg，粗物質)。 步驟8：(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯
在80℃下，向(2S)-4-[2-(1-胺基環丙基)乙基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(350 mg，1.07 mmol，1當量)於MeOH (5 mL)及CHCl 3(0.5 mL)中之混合物中添加KOAc (210.48 mg，2.14 mmol，2當量)。在80℃下攪拌混合物48小時。在完成之後，殘餘物用5 mL H 2O稀釋且用10 mL EA (5 mL×2)萃取。合併之有機層用10 mL鹽水(10 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5:1至1:1)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(200 mg，586.42 μmol，54.69%產率，95.7%純度)。 步驟9：(2S)-2-胺基-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(170 mg，520.85 μmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，42.50 mL，326.39當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-胺基-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(136 mg，粗物質，HCl)。 步驟10：(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(136 mg，517.64 μmol，1當量，HCl)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(118.68 mg，517.64 μmol，1當量)於DCM (9 mL)中之混合物中添加DMAP (126.48 mg，1.04 mmol，2當量)及EDCI (198.46 mg，1.04 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用40 mL EA (20 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5:1/1至1/1)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(186 mg，403.86 μmol，78.02%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z438.3 [M+H] +步驟11：(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4 -氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(162 mg，370.26 μmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，12.21 mL，131.86當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(138 mg，粗物質，HCl)。
步驟12：(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯
向7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(72.20 mg，369.11 μmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(138 mg，369.11 μmol，1當量，HCl)於DCM (5 mL)中之混合物中添加EDCI (141.52 mg，738.22 μmol，2當量)及DMAP (90.19 mg，738.22 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用40 mL EA (20 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=3/1至1/1)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(150 mg，282.52 μmol，76.54%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z515.2 [M+H] +步驟13：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)丙酸甲酯(130 mg，254.61 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，13.16 mL，361.91當量)中之溶液在60℃下攪拌48小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，217.93 μmol，85.59%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +步驟14：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，240.01 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(114.39 mg，480.01 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用5 mL H 2O稀釋且用10 mL DCM (5 mL×2)萃取。藉由吹乾來濃縮合併之有機層，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-55%，10 min)純化殘餘物，得到50 mg混合物。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IF (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O ETOH]；B%：40%-40%，12 min)純化50 mg混合物。獲得呈白色固體狀之化合物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(12 mg，24.65 μmol，10.27%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z482.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.73 (br s, 1H), 9.02 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.72 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.67 - 7.57 (m, 2H), 7.35 - 7.29 (m, 1H), 7.26 (s, 1H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.09 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.59 - 4.47 (m, 1H), 2.40 - 2.21 (m, 2H), 1.98 - 1.71 (m, 4H), 1.63 - 1.33 (m, 3H), 0.88 - 0.65 (m, 2H), 0.61 - 0.37 (m, 5H), 0.26 - 0.03 (m, 2H)。
獲得呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.5]辛-6-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(4 mg，8.30 μmol，3.46%產率)。MS (ESI) m/z482.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.73 (br d, J=1.8 Hz, 1H), 9.04 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 8.75 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 7.71 - 7.54 (m, 2H), 7.35 - 7.23 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.02 (q, J=7.2 Hz, 1H), 4.61 - 4.51 (m, 1H), 2.35 - 2.26 (m, 2H), 2.01 - 1.91 (m, 1H), 1.87 - 1.71 (m, 3H), 1.67 - 1.40 (m, 3H), 0.88 - 0.65 (m, 2H), 0.62 - 0.37 (m, 5H), 0.26 - 0.06 (m, 2H)。 實例 259. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 936
Figure 02_image2708
Figure 02_image2710
步驟1：(2S)-4-[[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]-羥基-甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
在-60℃下，向N-(1-甲醯基環丙基)胺基甲酸苯甲酯(1.80 g，8.22 mmol，1當量)於THF (30 mL)中之溶液中添加LiHMDS (1 M，10.69 mL，1.3當量)。在-60℃下攪拌溶液1小時。添加(2S)-5-側氧基吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(2000 mg，8.22 mmol，1當量)。在-60℃下攪拌溶液2.5小時。在完成之後，溶液用H 2O (60 mL)淬滅且用EA (50 mL×3)萃取且濃縮，得到呈黃色油狀之粗(2S)-4-[[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]-羥基-甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(3.3 g，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z463.2 [M+H] +步驟2：(2S,4E)-4-[[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]亞甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
在20℃下，向(2S)-4-[[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]-羥基-甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(3300 mg，7.14 mmol，1當量)於DCM (50 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(5.10 g，21.41 mmol，3當量)。在40℃下攪拌溶液10小時。在完成之後，濃縮溶液，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=10:1至0:1)純化粗物質，得到呈黃色物質狀之產物(2S,4E)-4-[[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]亞甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(1.9 g，4.27 mmol，59.91%產率)。MS (ESI) m/z445.1 [M+H] +步驟3：(2S)-4-[(1-胺基環丙基)甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯
在N 2氛圍下，向(2S,4E)-4-[[1-(苯甲氧基羰基胺基)環丙基]亞甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(1400 mg，3.15 mmol，1當量)於IPA (25 mL)中之溶液中添加Pd/C (261.12 mg，220.48 μmol，10%純度，0.07當量) (10%)。將懸浮液脫氣且用H 2吹掃3次。將混合物在H 2(15 psi)下，在25℃下攪拌2小時。在完成之後，過濾混合物且濃縮，得到呈黃色油狀之粗(2S)-4-[(1-胺基環丙基)甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(950 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z313.1 [M+H] +步驟4：(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
向(2S)-4-[(1-胺基環丙基)甲基]-5-側氧基-吡咯啶-1,2-二甲酸O1-三級丁酯O2-甲酯(950 mg，3.04 mmol，1當量)於MeOH (15 mL)及CHCl 3(1.5 mL)中之溶液中添加KOAc (895.46 mg，9.12 mmol，3當量)。在60℃下攪拌溶液3小時。在完成之後，濃縮溶液且用H 2O (50 mL)稀釋且用EA (50 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=10:1至0:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(430 mg，1.38 mmol，45.26%產率)。MS (ESI) m/z313.1 [M+H] +步驟5：(2S)-2-胺基-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(260 mg，832.37 μmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，將溶液濃縮至乾燥，得到呈白色固體狀之粗(2S)-2-胺基-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(207 mg，粗物質，HCl)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z213.2 [M+H] +步驟6：(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(207 mg，832.31 μmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)中之溶液中添加DMAP (203.37 mg，1.66 mmol，2當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(200.37 mg，873.92 μmol，1.05當量)及EDCI (319.11 mg，1.66 mmol，2當量)。在20℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，溶液用H 2O (40 mL)稀釋且用EA (50 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=10:1至0:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(290 mg，684.77 μmol，82.27%產率)。MS (ESI) m/z424.2 [M+H] +步驟7：(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(285 mg，672.96 μmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，將溶液濃縮至乾燥，得到呈白色固體狀之粗(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(245 mg，粗物質，HCl)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z324.2 [M+H] +步驟8：(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(240 mg，666.95 μmol，1當量，HCl)於DCM (6 mL)中之溶液中添加DMAP(162.96 mg，1.33 mmol，2當量)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(130.46 mg，666.95 μmol，1當量)及EDCI (255.71 mg，1.33 mmol，2當量)。在25℃下攪拌溶液1小時。在完成之後，溶液用H 2O (60 mL)稀釋且用EA (50 mL×3)萃取且濃縮，得到粗物質。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=10:1至0:1)純化粗物質，得到呈灰黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(185 mg，369.28 μmol，55.37%產率)。MS (ESI) m/z 501.2 [M+H]+ 步驟9：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(185 mg，369.28 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10.55 mL，200當量)中之溶液在60℃下攪拌20小時。在完成之後，將溶液濃縮至乾燥，得到呈白色固體狀之粗N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(184 mg，粗物質)。粗物質直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z 486.2 [M+H]+ 步驟10：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺
在20℃下，向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(155 mg，318.95 μmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(228.03 mg，956.86 μmol，3當量)。在20℃下攪拌溶液4小時。在完成之後，濃縮溶液，得到粗物質。藉由製備型TLC (SiO 2，PE:EA=0:1)純化粗物質，得到產物(70 mg)藉由SFC繼續純化，得到產物
呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(27 mg，57.70 μmol，18.09%產率，100%純度)及呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-1H-吲哚-2-甲醯胺(5 mg，10.36 μmol，3.25%產率，97%純度)。SFC方法(中性)，管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-IPA]；B%：45%-45%，6 min。MS (ESI) m/z468.2 [M+H] +異構體1： 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.72 (br s, 1H), 9.02 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.72 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.80 (s, 1H), 7.63 (dd, J=0.8, 8.0 Hz, 1H), 7.33 - 7.24 (m, 2H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 5.01 - 4.93 (m, 1H), 4.55 - 4.47 (m, 1H), 3.50 - 3.37 (m, 1H), 3.33 - 3.27 (m, 1H), 2.68 - 2.59 (m, 1H), 2.56 - 2.51 (m, 1H), 2.20 (ddd, J=5.7, 9.1, 13.7 Hz, 1H), 2.01 - 1.76 (m, 4H), 1.50 (ddd, J=6.2, 7.6, 14.0 Hz, 1H), 1.03 (d, J=6.1 Hz, 1H), 0.86 - 0.76 (m, 1H), 0.76 - 0.67 (m, 1H), 0.58 - 0.48 (m, 3H), 0.48 - 0.38 (m, 2H), 0.23 - 0.15 (m, 1H), 0.15 - 0.07 (m, 1H)
異構體2： 1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.74 (br s, 1H), 9.09 (d, J=7.7 Hz, 1H), 8.76 (d, J=7.7 Hz, 1H), 7.85 (s, 1H), 7.63 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.32 (d, J=7.4 Hz, 1H), 7.26 (s, 1H), 7.07 (t, J=7.8 Hz, 1H), 4.96 (d, J=7.2 Hz, 1H), 4.58 (br d, J=6.1 Hz, 1H), 3.56 - 3.38 (m, 2H), 2.58 (br s, 1H), 2.55 - 2.52 (m, 1H), 2.32 - 2.23 (m, 1H), 2.12 - 2.05 (m, 1H), 2.03 - 1.93 (m, 1H), 1.88 - 1.73 (m, 2H), 1.54 (s, 1H), 1.23 (br s, 1H), 1.03 (d, J=6.1 Hz, 1H), 0.80 (br s, 1H), 0.77 - 0.71 (m, 1H), 0.61 - 0.48 (m, 3H), 0.48 - 0.39 (m, 2H), 0.19 (br d, J=2.4 Hz, 1H), 0.12 (br d, J=2.4 Hz, 1H) 實例 260. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1059
Figure 02_image2712
步驟1：N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IE (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[庚烷-EtOH]；B%：40%-80%，19 min)分離 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(210 mg)，得到呈白色固體狀之 N-(1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺異構體1 (50 mg，102.56 μmol，100%純度)。MS (ESI) m/z488.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.20 - 7.10 (m, 1H), 7.04 - 7.02 (m, 1H), 6.52 - 6.50 (m, 1H), 5.17 - 5.08 (m, 1H), 4.60 - 4.56 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.26 - 3.18 (m, 2H), 2.53 - 2.37 (m, 2H), 2.49 - 2.40 (m, 1H), 2.04 - 1.88 (m, 3H), 1.87 - 1.64 (m, 3H), 1.58 - 1.43 (m, 2H), 1.18 - 1.05 (m, 1H)。
藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：15%-55%，8 min)進行另一次純化，得到呈白色固體狀之 N-(1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺異構體2 (25 mg，47.03 μmol，91.7%純度)。MS (ESI) m/z488.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.20 - 7.11 (m, 1H), 7.04 - 7.02 (m, 1H), 6.52 - 6.50 (m, 1H), 5.18 - 5.06 (m, 1H), 4.62 - 4.59 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.26 - 3.17 (m, 2H), 2.52 - 2.37 (m, 2H), 2.23 - 2.10 (m, 1H), 2.02 - 1.88 (m, 3H), 1.86 - 1.76 (m, 1H), 1.75 - 1.62 (m, 2H), 1.59 - 1.44 (m, 2H), 1.21 - 1.09 (m, 1H)。 實例 261. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1059
Figure 02_image2714
步驟1：N-(1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK IE (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[庚烷-EtOH]；B%：40%-70%，20 min)分離 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-[(2,2-二氟環丙基)甲基]-2-側氧基乙基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(210 mg)，得到呈白色固體狀之 N-(1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺異構體2_2 (50 mg，102.15 μmol，99.6%純度)。MS (ESI) m/z488.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.18 - 7.16 (m, 1H), 7.04 - 7.02 (m, 1H), 6.53 - 6.51 (m, 1H), 5.08 - 5.04 (m, 1H), 4.64 - 4.60 (m, 1H), 3.98 (s, 3H), 3.20 - 3.19 (m, 2H), 2.39 - 2.33 (m, 2H), 2.31 - 2.05 (m, 5H), 2.01 - 1.96 (m, 2H), 1.72 - 1.43 (m, 2H), 1.18 - 1.09 (m, 1H)。
藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：15%-55%，8 min)進行另一次純化，得到呈白色固體狀之 N-(1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-(2,2-二氟環丙基)-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺異構體2_1 (50 mg，102.56 μmol，100%純度)。MS (ESI) m/z488.1 [M+H] +   1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.27 (s, 1H), 7.20 - 7.11 (m, 1H), 7.04 - 7.02 (m, 1H), 6.52 - 6.50 (m, 1H), 5.18 - 5.06 (m, 1H), 4.62 - 4.59 (m, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.26 - 3.17 (m, 2H), 2.52 - 2.37 (m, 2H), 2.23 - 2.10 (m, 1H), 2.02 - 1.88 (m, 3H), 1.86 - 1.76 (m, 1H), 1.75 - 1.62 (m, 2H), 1.59 - 1.44 (m, 2H), 1.16 - 1.12 (m, 1H)。 實例 262. 合成 (2R)-2-[(4- 甲氧基 -1H- 吲哚 -2- 羰基 ) 胺基 ]-3- 三甲基矽烷基 - 丙酸
Figure 02_image2716
步驟1：(R)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-(三甲基矽烷基)丙酸
將(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(30 mg，76.82 μmol，1當量)於DCM (1.2 mL)中之溶液冷卻至0℃，且接著在0℃下逐滴添加TFA/H 2O (10:1，0.8 mL)。接著，在25℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，在低於30℃下，在真空中將反應物濃縮至乾燥。將殘餘物倒入水(20 mL)中。水相用乙酸乙酯(12 mL×2)萃取。合併之有機相經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：32%-58%，7 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸(2.74 mg，8.19 μmol，10.67%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z335.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, CDCl 3- d) δ=9.81 - 9.58 (s, 1H), 7.21 (t, J=8.0 Hz, 1H), 7.09 - 7.02 (m, 2H), 6.60 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.8 Hz, 1H), 4.94 - 4.74 (m, 1H), 3.96 (s, 3H), 1.37 (dd, J=5.6, 14.7 Hz, 1H), 1.16 (br dd, J=9.7, 14.7 Hz, 1H), 0.11 (s, 9H) 實例 263. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1083
Figure 02_image2718
步驟1：(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸(500 mg，2.29 mmol，1當量)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，25.00 mL，43.65當量)。在20℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到產物。獲得呈紫色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(550 mg，2.05 mmol，89.33%產率，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z233.1 [M+H] +1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.03 (br s, 1 H), 8.49 (br s, 4 H), 7.09 - 7.22 (m, 2 H), 6.92 (t, J=7.61 Hz, 1 H), 6.71 (d, J=7.06 Hz, 1 H), 4.11 (br t, J=7.28 Hz, 1 H), 3.65 (s, 3 H), 3.39 - 3.48 (m, 1 H), 3.27 (br d, J=8.16 Hz, 1 H), 2.59 (s, 3 H) 步驟2：(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(550 mg，2.05 mmol，1當量，HCl)中一次性添加NH 3/MeOH (7 M，20.00 mL，68.41當量)。在80℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至25℃且濃縮，得到產物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(520 mg，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z218.1 [M+H] +步驟3：(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(490 mg，2.26 mmol，1當量)於AcOH (10 mL)中之混合物中一次性添加DMSO (264.32 mg，3.38 mmol，264.32 μL，1.5當量)及HCl (12 M，751.77 μL，4當量)之溶液。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，向反應混合物中添加水(10 mL)且濃縮至10 mL。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：1% - 30%，10 min)純化粗產物。獲得呈淺綠色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(124 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z234.1 [M+H] +步驟4：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在-30℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(120 mg，514.43 μmol，1當量)及(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(194.41 mg，514.43 μmol，80%純度，1當量)於DMF (1.2 mL)中之混合物中添加PyBop (267.71 mg，514.43 μmol，1當量)及TEA (156.17 mg，1.54 mmol，214.81 μL，3當量)。在-30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在20℃下添加水(10 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL)稀釋且用DCM (5 mL×2)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC純化粗產物。獲得呈淺黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +步驟5：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在20℃下，在N 2下向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，251.17 μmol，1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯反應物(Burgess reaction) (179.57 mg，753.51 μmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，向反應混合物中添加水(5 mL)且攪拌20分鐘。接著，濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30% - 60%，10 min)純化粗產物。獲得呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(55 mg，110.10 μmol，43.83%產率)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +步驟6：N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3.H 2O EtOH]；B%：55%-55%，20 min)分離產物。異構體1：獲得呈白色固體狀之N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(10.8 mg，21.34 μmol，19.38%產率，98.7%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.57 (s, 1 H) 10.41 - 10.59 (m, 1 H) 8.95 (m, 1 H) 8.42 - 8.59 (m, 1 H) 7.36 (m, 1 H) 7.05 - 7.14 (m, 2 H) 6.99 (br d, J=8.33 Hz, 1 H) 6.73 - 6.82 (m, 1 H) 6.66 (m, 1 H) 6.50 (d, J=7.89 Hz, 1 H) 4.99 - 5.14 (m, 1 H) 4.38 - 4.54 (m, 1 H) 3.88 (s, 3 H) 3.50 - 3.65 (m, 1 H) 3.50 - 3.65 (m, 1 H) 2.62 - 2.72 (m, 1 H) 2.28 (d, J=12.93 Hz, 2 H) 2.17 (m, 1 H) 1.92 - 2.04 (m, 1 H) 1.71 - 1.87 (m, 1 H) 1.43 - 1.61 (m, 2 H) 0.73 - 0.88 (m, 1 H) 0.33 - 0.49 (m, 2 H) 0.02 - 0.25 (m, 2 H)
異構體2：獲得呈白色固體狀之N-[2-[[(1S)-1-氰基-2-(4-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(17.2 mg，34.29 μmol，31.15%產率，99.6%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.55 (br d, J=1.53 Hz, 1 H) 10.40 - 10.54 (m, 1 H) 8.93 (m, 1 H) 8.48 (m, 1 H) 7.34 (m, 1 H) 7.03 - 7.14 (m, 2 H) 6.98 (br d, J=8.11 Hz, 1 H) 6.71 - 6.79 (m, 1 H) 6.64 (m, 1 H) 6.45 - 6.52 (m, 1 H) 4.97 - 5.10 (m, 1 H) 4.36 - 4.53 (m, 1 H) 3.86 (s, 3 H) 3.49 - 3.64 (m, 1 H) 2.57 - 2.64 (m, 1 H) 2.26 (d, J=12.94 Hz, 3 H) 2.16 (m, 1 H) 1.96 (m, 1 H) 1.70 - 1.84 (m, 1 H) 1.44 - 1.57 (m, 1 H) 0.77 (m, 1 H) 0.34 - 0.44 (m, 2 H) 0.04 - 0.22 (m, 2 H) 實例 264. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1085
Figure 02_image2720
步驟1：(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸(1 g，4.58 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL)中之混合物在25℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(1.1 g，4.09 mmol，89.33%產率，HCl)。 步驟2：(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺
將(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(1.1 g，4.74 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，34.71 mL，51.30當量)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(1 g，4.60 mmol，97.19%產率)。MS (ESI) m/z218.1 [M+H] +步驟3：(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺
將DMSO (539.43 mg，6.90 mmol，539.43 μL，1.5當量)及HCl (12 M，1.53 mL，4當量)之混合物添加至(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(1 g，4.60 mmol，1當量)於AcOH (10 mL)中之混合物中，在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，藉由製備型HPLC (HCl條件；管柱：Welch Xtimate C18 100×25 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl)-ACN]；B%：1%-10%，8 min)純化反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(370 mg，682.05 μmol，14.82%產率，43%純度)。MS (ESI) m/z234.0 [M+H] +步驟4：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-胺基-3-(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(370 mg，682.05 μmol，43%純度，1當量)及(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(226.82 mg，750.26 μmol，1.1當量)於DCM (5 mL)及DMF (2 mL)中之溶液中添加DMAP (249.98 mg，2.05 mmol，3當量)及EDCI (261.50 mg，1.36 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用10 mL H 2O稀釋且用18 mL EA (6 mL×3)萃取。合併之有機層用9 mL鹽水(9 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由製備型TLC (SiO 2，EA:MeOH=10:1)純化粗物質，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(150 mg，289.81 μmol，42.49%產率)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +步驟5：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，185.48 μmol，80%純度，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(88.40 mg，370.96 μmol，2當量)。在40℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化粗物質，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(5-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(30 mg，60.05 μmol，32.38%產率)。MS (ESI) m/z500.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.62 - 11.48 (m, 1H), 10.47 - 10.30 (m, 1H), 9.12 - 8.89 (m, 1H), 8.58 - 8.45 (m, 1H), 7.37 (br d, J=6.7 Hz, 1H), 7.19 - 7.04 (m, 2H), 7.02 - 6.95 (m, 2H), 6.77 - 6.63 (m, 1H), 6.55 - 6.15 (m, 1H), 5.25 - 5.02 (m, 1H), 4.58 - 4.40 (m, 1H), 3.89 (d, J=3.3 Hz, 3H), 3.51 - 3.38 (m, 1H), 2.32 - 2.13 (m, 5H), 1.87 - 1.70 (m, 1H), 1.59 - 1.39 (m, 1H), 0.80 (br s, 1H), 0.50 - 0.28 (m, 2H), 0.27 - -0.03 (m, 2H) 實例 265. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1087
Figure 02_image2722
步驟1：(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸(1.00 g，4.58 mmol，1當量)中一次性添加HCl/MeOH (4 M，50.00 mL，43.65當量)。在20℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，濃縮反應混合物，得到呈淺黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(1.15 g，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z233.1 [M+H] +步驟2：(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺
在20℃下，將(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(1.15 g，4.28 mmol，1當量，HCl)溶解於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，32.72當量)中。在80℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至20℃且濃縮，得到產物。獲得呈淺黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(1.1 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z218.1 [M+H] +步驟3：(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺
在20℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(1.08 g，4.97 mmol，1當量)於AcOH (10 mL)中之溶液中逐滴添加DMSO (582.58 mg，7.46 mmol，582.58 μL，1.5當量)及HCl (12 M，1.66 mL，4當量)之溶液。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，向反應混合物中添加飽和碳酸氫鈉水溶液達到約pH 6。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(0.04% HCl) - ACN]；B%：1%-30%，10 min)純化產物，得到呈綠色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(0.22 g，754.50 μmol，15.18%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z234.1 [M+H] +步驟4：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在-30℃下，在N 2下向(2S)-2-胺基-3-(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(200.00 mg，857.39 μmol，1當量)及(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(324.01 mg，857.39 μmol，80%純度，1當量)於DMF (0.5 mL)中之混合物中一次性添加PyBop (446.18 mg，857.39 μmol，1當量)及TEA (260.28 mg，2.57 mmol，358.01 μL，3當量)。在-30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在20℃下添加水(20 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL)稀釋且用DCM (10 mL×2)萃取。將合併之有機層在減壓下濃縮，得到呈淺黃色油狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(200 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +步驟5：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在25℃下，在N 2下向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，193.21 μmol，1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(138.13 mg，579.63 μmol，3當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，向反應混合物中添加水(5 mL)且攪拌20分鐘。接著，濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化粗產物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-(6-甲基-2-側氧基-吲哚啉-3-基)乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(2.11 mg，4.20 μmol，2.17%產率，99.4%純度)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.67 - 11.47 (m, 1H), 10.52 - 10.34 (m, 1H), 9.11 - 8.93 (m, 1H), 8.59 - 8.44 (m, 1H), 7.40 - 7.31 (m, 1H), 7.18 - 7.03 (m, 2H), 7.01 - 6.94 (m, 1H), 6.82 - 6.70 (m, 1H), 6.64 (d, J=7.2 Hz, 1H), 6.54 - 6.45 (m, 1H), 5.19 - 5.01 (m, 1H), 4.53 - 4.41 (m, 1H), 3.91 - 3.83 (m, 3H), 3.49 - 3.36 (m, 1H), 2.31 (br d, J=2.0 Hz, 5H), 1.85 - 1.68 (m, 1H), 1.59 - 1.38 (m, 1H), 0.86 - 0.70 (m, 1H), 0.44 - 0.28 (m, 2H), 0.24 - -0.01 (m, 2H)。 實例 266. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1091
Figure 02_image2724
步驟1：(S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙酸(1 g，4.19 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，19.09當量)中之混合物在25℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z251.1 [M-H] +. 步驟2：(S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙醯胺
將(2S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙酸甲酯(1 g，3.96 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20.00 mL，35.38當量)中之溶液在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(0.9 g，粗物質)。MS (ESI) m/z238.1 [M+H] +。 步驟3：(2S)-2-胺基-3-(4-氯-2-側氧基吲哚啉-3-基)丙醯胺
(2S)-2-胺基-3-(4-氯-1H-吲哚-3-基)丙醯胺(500 mg，2.10 mmol，1當量)於t-BuOH (6 mL)、EtOH (4 mL)及AcOH (2 mL)中之溶液，接著添加BLAH;吡啶-1-鎓(672.78 mg，2.10 mmol，1當量)，在20℃下攪拌混合物3小時，接著添加AcOH (2 mL)及Zn (1.05 g，15.99 mmol，7.6當量)，在20℃下攪拌混合物15小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex luna C18 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(0.04% HCl) - ACN]；B%：1% - 25%，7 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-(4-氯-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(35 mg，137.97 μmol，6.56%產率)。MS (ESI) m/z254.1 [M+H] +。 步驟4：N-((2S)-1-(((2S)-1-胺基-3-(4-氯-2-側氧基吲哚啉-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-胺基-3-(4-氯-2-側氧基-吲哚啉-3-基)丙醯胺(30 mg，103.40 μmol，1當量，HCl)及(2S)-3-環丙基-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙酸(40.64 mg，134.42 μmol，1.3當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加Py-Bop (53.81 mg，103.40 μmol，1當量)，冷卻至-30℃，接著逐滴添加含Et 3N (31.39 mg，310.19 μmol，43.17 μL，3當量)之DMF (0.5 mL)，在-30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加20 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機層用15 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，EtOAc:MeOH=20:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(4-氯-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，65.06 μmol，62.92%產率)。MS (ESI) m/z538.2 [M+H] +。 步驟5：N-((2S)-1-(((1S)-2-(4-氯-2-側氧基吲哚啉-3-基)-1-氰基乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[(4-氯-2-側氧基-吲哚啉-3-基)甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，65.06 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(31.01 mg，130.11 μmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，藉由添加0.5 mL H 2O來淬滅反應混合物，在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2% FA) - ACN]；B%：30% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-2-(4-氯-2-側氧基-吲哚啉-3-基)-1-氰基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(4 mg，7.69 μmol，11.82%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z520.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.29 - 7.23 (m, 1H), 7.21 - 7.10 (m, 2H), 7.07 - 6.95 (m, 2H), 6.88 - 6.65 (m, 1H), 6.55 - 6.49 (m, 1H), 5.28 - 4.53 (m, 1H), 3.93 (d, J=2.6 Hz, 3H), 3.85 - 3.72 (m, 1H), 3.01 - 2.85 (m, 1H), 2.62 - 2.28 (m, 1H), 1.88 - 1.78 (m, 1H), 1.70 - 1.55 (m, 1H), 1.41 - 1.26 (m, 1H), 0.95 - 0.76 (m, 1H), 0.58 - 0.39 (m, 2H), 0.27 - 0.09 (m, 2H)。 實例 267. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1101
Figure 02_image2726
步驟1：(S)-2-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-(5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(500.00 mg，1.59 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，10.00 mL，25.15當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(390 mg，粗物質，HCl)。 步驟2：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(390 mg，1.82 mmol，1當量)及(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(580.48 mg，2.37 mmol，1.3當量)於DCM (10 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加DMAP (667.11 mg，5.46 mmol，3當量)及EDCI (697.88 mg，3.64 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加30 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(510 mg，924.00 μmol，50.76%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z442.2 [M+H] +。 步驟3：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，566.17 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，5 mL，35.32當量)中之溶液，且在25℃下攪拌混合物1小時。在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(190 mg，粗物質，HCl)。 步驟4：(S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(190 mg，502.77 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(124.96 mg，653.60 μmol，1.3當量)於DCM (4 mL)及DMF (1 mL)中之溶液，且接著添加DMAP (184.27 mg，1.51 mmol，3當量)及EDCI (192.76 mg，1.01 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(200 mg，349.78 μmol，69.57%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z515.2 [M+H] +。 步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[(2S)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]丙酸甲酯(200 mg，388.64 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，90.06當量)中之溶液在40℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(190 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +。 步驟6：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
添加N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(160 mg，320.26 μmol，1當量)於DCM (3 mL)及伯格斯試劑(91.58 mg，384.31 μmol，1.2當量)中之溶液，且接著在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Xtimate C18 10 u 250 mm×80 mm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25% - 55%，35 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(67.35 mg，139.85 μmol，43.67%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z482.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.54 (d, J=1.6 Hz, 1H), 8.87 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.46 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.81 (s, 1H), 7.33 (d, J=1.5 Hz, 1H), 7.12 - 7.06 (m, 1H), 7.03 - 6.98 (m, 1H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 4.98 - 4.89 (m, 1H), 4.51 (dt, J=3.6, 8.5 Hz, 1H), 3.88 (s, 3H), 2.60 - 2.54 (m, 1H), 2.17 (dt, J=4.8, 9.0 Hz, 1H), 1.95 (dd, J=8.6, 12.2 Hz, 1H), 1.83 - 1.72 (m, 2H), 1.71 - 1.63 (m, 1H), 1.49 (t, J=11.6 Hz, 1H), 1.14 (s, 3H), 1.02 (s, 3H), 0.93 (s, 9H) 實例 268. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1103
Figure 02_image2728
步驟1：(S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯鹽酸鹽
將(3S)-3-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(400 mg，834.01 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，5 mL，23.98當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(3S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(340 mg，粗物質，HCl)。 步驟2：(S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(170.98 mg，894.33 μmol，1.2當量)及(2S)-2-[[(3S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(310 mg，745.28 μmol，1當量，HCl)於DCM (15 mL)及DMF (3 mL)中之溶液中添加DMAP (273.15 mg，2.24 mmol，3當量)及EDCI (285.74 mg，1.49 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加H 2O (50 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[(3S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯(320 mg，561.65 μmol，75.36%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z553.2 [M+H] +。 步驟3：(S)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[(3S)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯(320 mg，579.02 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5.00 mL，60.45當量)中之溶液在60℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(310 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z538.3 [M+H] +。 步驟4：(S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(310 mg，501.63 μmol，87%純度，1當量)及伯格斯試劑(239.09 mg，1.00 mmol，2當量)於DCM (5 mL)中之溶液在30℃下攪拌3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(3S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(115.37 mg，222.02 μmol，44.26%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z520.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.53 (s, 1H), 8.89 (d, J=8.1 Hz, 1H), 7.81 (s, 1H), 7.15 - 7.08 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.94 (d, J=1.2 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.96 - 4.89 (m, 1H), 4.50 (t, J=8.5 Hz, 1H), 3.89 (s, 3H), 3.87 - 3.79 (m, 1H), 3.67 (d, J=10.4 Hz, 1H), 2.26 - 2.11 (m, 2H), 2.00 (dd, J=8.4, 12.0 Hz, 1H), 1.78 - 1.70 (m, 1H), 1.63 - 1.31 (m, 13H), 1.14 (s, 3H), 1.08 - 1.00 (m, 3H)。 實例 269. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1105
Figure 02_image2730
步驟1：7-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯
向(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(450 mg，2.10 mmol，1當量)及6-三級丁氧基羰基-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲酸(589.83 mg，2.31 mmol，1.1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加DMAP (769.75 mg，6.30 mmol，3當量)及EDCI (805.24 mg，4.20 mmol，2當量)，在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用25 mL H 2O稀釋且用45 mL DCM (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之7-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(0.9 g，1.79 mmol，85.41%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z452.3 [M+H] +步驟2：(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
將7-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6-氮雜螺[3.4]辛烷-6-甲酸三級丁酯(0.9 g，1.79 mmol，90%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，15 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(800 mg，粗物質，HCl)。 步驟3：(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(386.00 mg，995.10 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(199.76 mg，1.04 mmol，1.05當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加DMAP (364.71 mg，2.99 mmol，3當量)及EDCI (381.53 mg，1.99 mmol，2當量)且接著在N 2氛圍下，在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用45 mL EA (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]丙酸甲酯(390 mg，691.37 μmol，69.48%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z525.3 [M+H] +步驟4：N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
將(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-羰基]胺基]丙酸甲酯(370 mg，705.29 μmol，1當量)於NH 3/MeOH(7 M，15 mL，148.88當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(320 mg，571.43 μmol，81.02%產率，91%純度)。MS (ESI) m/z510.3 [M+H] +步驟5：N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺(320 mg，571.43 μmol，91%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(272.36 mg，1.14 mmol，2當量)，且在20℃下攪拌所得混合物5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (中性條件；管柱：Phenomenex Gemini-NX C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化粗物質，得到200 mg呈白色固體狀之所需化合物，將其藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：52%-52%，12 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體1 (90 mg，181.62 μmol，31.78%產率，99.2%純度)。MS (ESI) m/z492.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (s, 1H), 8.83 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.16 - 7.07 (m, 1H), 7.05 - 6.94 (m, 2H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.93 (q, J=8.1 Hz, 1H), 4.45 (t, J=7.4 Hz, 1H), 4.04 - 3.69 (m, 5H), 2.70 - 2.56 (m, 1H), 2.35 - 2.25 (m, 1H), 2.21 - 1.69 (m, 10H), 1.50 (br t, J=11.5 Hz, 1H), 1.20 - 0.85 (m, 6H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.39 - 11.15 (m, 1H), 8.83 - 8.51 (m, 1H), 7.66 - 7.53 (m, 1H), 7.17 - 7.02 (m, 2H), 7.01 - 6.88 (m, 1H), 6.53 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.99 - 4.86 (m, 1H), 4.64 - 4.44 (m, 1H), 4.05 - 3.82 (m, 5H), 2.54 (br s, 1H), 2.39 - 2.25 (m, 1H), 2.20 - 1.73 (m, 10H), 1.61 - 1.42 (m, 1H), 1.23 - 1.03 (m, 6H)。
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-6-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-6-氮雜螺[3.4]辛烷-7-甲醯胺異構體2 (100 mg，203.43 μmol，35.60%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z492.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 - 11.46 (s, 1H), 8.74 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.87 - 7.66 (m, 1H), 7.17 - 7.09 (m, 1H), 7.06 - 6.95 (m, 2H), 6.60 - 6.40 (m, 1H), 5.00 - 4.74 (m, 1H), 4.45 (t, J=7.2 Hz, 1H), 3.98 (q, J=10.1 Hz, 2H), 3.93 - 3.77 (m, 3H), 2.49 - 2.41 (m, 1H), 2.28 (br dd, J=8.0, 12.2 Hz, 1H), 2.14 (br dd, J=4.0, 9.3 Hz, 2H), 2.05 - 1.80 (m, 7H), 1.80 - 1.67 (m, 1H), 1.50 (br t, J=11.5 Hz, 1H), 1.20 - 1.02 (m, 6H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.35 - 11.25 (m, 1H), 8.59 (br d, J=5.5 Hz, 1H), 7.56 (br s, 1H), 7.18 - 7.03 (m, 2H), 7.02 - 6.89 (m, 1H), 6.53 (d, J=7.7 Hz, 1H), 4.98 - 4.88 (m, 1H), 4.63 - 4.49 (m, 1H), 4.02 - 3.88 (m, 5H), 2.49 - 2.42 (m, 1H), 2.36 - 2.26 (m, 1H), 2.21 - 2.10 (m, 2H), 2.08 - 1.85 (m, 8H), 1.58 - 1.46 (m, 1H), 1.25 - 1.01 (m, 6H)。 實例 270. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1115
Figure 02_image2732
步驟1：(S)-2-((S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3 環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，414.52 μmol，1當量，HCl)及7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(140.29 mg，621.78 μmol，1.5當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加DMAP (101.28 mg，829.04 μmol，2當量)及EDCI (119.20 mg，621.78 μmol，1.5當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加40 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5, 5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(198 mg，360.33 μmol，86.93%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z532.2 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5, 5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(160 mg，300.18 μmol，1當量)於NH 3MeOH (7 M，10 mL，233.19當量)中之溶液在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之粗產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1 (環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(166.1 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z517.2 [M+H] +。 步驟3：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，270.27 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(141.69 mg，594.59 μmol，2.2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在N 2下移除混合物中之DCM。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(45 mg，90.00 μmol，33.30%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z499.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.67 - 11.34 (m, 1H), 9.06 - 8.96 (m, 1H), 8.69 - 8.62 (m, 1H), 7.90 - 7.79 (m, 1H), 7.19 - 7.11 (m, 2H), 7.02 - 6.96 (m, 1H), 5.02 - 4.92 (m, 1H), 4.57 - 4.45 (m, 1H), 3.82 - 3.73 (m, 3H), 2.63 - 2.54 (m, 1H), 2.26 - 2.12 (m, 1H), 2.03 - 1.95 (m, 1H), 1.86 - 1.73 (m, 2H), 1.58 - 1.44 (m, 2H), 1.16 - 1.12 (m, 3H), 1.09 - 1.05 (m, 3H), 0.85 - 0.77 (m, 1H), 0.51 - 0.38 (m, 2H), 0.26 - 0.16 (m, 1H), 0.14 - 0.06 (m, 1H)。 實例 271. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1119
Figure 02_image2734
步驟1：(S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯鹽酸鹽
(3S)-3-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(400 mg，834.01 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，5.00 mL，23.98當量)中之溶液，且在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(3S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(340 mg，粗物質，HCl)。 步驟2：(S)-2-((S)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
(2S)-2-[[(3S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(310 mg，745.28 μmol，1當量，HCl)及6-氯-1H-吲哚-2-甲酸(174.93 mg，894.33 μmol，1.2當量)於DCM (10 mL)及DMF (3 mL)中之溶液，且接著添加DMAP (273.15 mg，2.24 mmol，3當量)及EDCI (285.74 mg，1.49 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加30 mL H2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(3S)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸酯(420 mg，467.44 μmol，62.72%產率，62%純度)。MS (ESI) m/z557.2 [M+H] +。 步驟3：(S)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
(2S)-2-[[(3S)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(420 mg，753.93 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，46.42當量)中之溶液，且在60℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(400 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z542.2 [M+H] +。 步驟4：(S)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(400 mg，553.44 μmol，75%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(791.32 mg，3.32 mmol，6當量)，且接著在30℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：45%-75%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(3S)-2-(6-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(80.38 mg，153.38 μmol，27.71%產率，99.7%純度)。MS (ESI) m/z524.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.62 (d, J=8.5 Hz, 1H), 7.45 (s, 1H), 7.09 - 6.99 (m, 2H), 5.06 - 4.94 (m, 1H), 4.61 (dd, J=7.7, 9.8 Hz, 1H), 3.99 (br d, J=10.2 Hz, 1H), 3.72 (d, J=10.3 Hz, 1H), 2.97 (br dd, J=5.0, 8.7 Hz, 1H), 2.51 - 2.34 (m, 1H), 2.30 (br dd, J=7.7, 12.3 Hz, 1H), 2.16 (dd, J=8.5, 12.3 Hz, 1H), 1.91 - 1.81 (m, 1H), 1.74 (dd, J=10.2, 12.4 Hz, 1H), 1.67 - 1.37 (m, 11H), 1.22 (s, 3H), 1.13 - 0.80 (m, 3H)。 實例 272. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1121
Figure 02_image2736
步驟1：(S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯
將( S)-3-((( S)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-甲氧基-1-側氧基丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(350 mg，729.76 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M,4 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之( S)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-(( S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(280 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z380.2 [M+H] +步驟2：(S)-2-((S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-(( S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(280 mg，673.15 μmol，1當量，HCl)於DCM (2 mL)中之溶液中添加7-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(182.26 mg，807.78 μmol，1.2當量)、DMAP (205.60 mg，1.68 mmol，2.5當量)及EDCI (258.09 mg，1.35 mmol，2當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，藉由添加水(5 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (2 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用飽和NaHCO 3(2 mL)調節至約pH 7，經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色固體狀之( S)-2-(( S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(300 mg，510.98 μmol，75.91%產率)。MS (ESI) m/z587.3 [M+H] +步驟3：(S)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(300 mg，510.98 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL)中之溶液在50℃下攪拌20小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之( S)- N-(( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-(7-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(260 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z572.3 [M+H] +
步驟4：(S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向( S)- N-(( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-(7-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(260 mg，461.46 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(329.91 mg，1.38 mmol，3當量)且在30℃下攪拌1.5小時。在反應完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之( S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)- N-(( S)-1-氰基-2-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(61.15 mg，110.36 μmol，23.92%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z554.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.12 - 10.96 (m, 1H), 8.79 - 8.63 (m, 1H), 7.63 - 7.51 (m, 1H), 7.22 (s, 1H), 7.05 - 6.91 (m, 1H), 6.61 - 6.53 (m, 1H), 4.96 - 4.86 (m, 1H), 4.67 - 4.51 (m, 1H), 3.95 - 3.88 (m, 3H), 3.87 - 3.78 (m, 1H), 3.70 - 3.54 (m, 1H), 2.65 - 2.55 (m, 1H), 2.30 - 2.09 (m, 2H), 1.85 - 1.74 (m, 1H), 1.71 - 1.62 (m, 1H), 1.60 - 1.33 (m, 12H), 1.21 - 1.14 (m, 3H), 1.12 - 1.03 (m, 3H)。 實例 273. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1123
Figure 02_image2738
步驟1：(S)-2-((S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯鹽酸鹽(130 mg，359.25 μmol，1.1當量，HCl)於DCM (5 mL)中之溶液中添加7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(73.69 mg，326.59 μmol，1當量)、DMAP (119.70 mg，979.78 μmol，3當量)及EDCI (125.22 mg，653.19 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應物用H 2O (20 mL)淬滅且用DCM (10 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(20 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾，在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色固體狀之產物( S)-2-(( S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，281.42 μmol，86.17%產率)。MS (ESI) m/z533.2 [M+H] +步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，281.42 μmol，1當量)於氨(於MeOH溶液中，7 M，20 mL，497.48當量)中之溶液在30℃下攪拌10小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之產物N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +步驟3：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，250.96 μmol，1當量)與DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(179.42 mg，752.89 μmol，3當量)且在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在真空中濃縮混合物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(40 mg，80.00 μmol，31.88%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z500.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=8.99 - 8.97 (m, 1H), 8.67 - 8.65 (m, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.29 - 7.16 (m, 2H), 6.57 - 6.55(m, 1H), 4.99 - 4.93 (m, 1H), 4.56 - 4.37 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 2.61 (br s, 1H), 2.23 - 2.12 (m, 1H), 2.01 - 1.97 (m, 1H), 1.87 - 1.72 (m, 2H), 1.55 - 1.43 (m, 2H), 1.15 (s, 3H), 1.07 (s, 3H), 0.83 - 0.81 (m, 1H), 0.44 - 0.42 (m, 2H), 0.25 - 0.05 (m, 2H) 實例 274. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1131
Figure 02_image2740
步驟1：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(2S)-2-[[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(260 mg，588.82 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，5 mL，33.97當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(210 mg，粗物質，HCl)。 步驟2：(S)-2-((S)-2-(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(210 mg，555.69 μmol，1當量，HCl)及7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(162.99 mg，722.40 μmol，1.3當量)於DCM (5 mL)及DMF (1.5 mL)中之溶液中添加DMAP (203.67 mg，1.67 mmol，3當量)及EDCI (213.05 mg，1.11 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用150 mL DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(270 mg，393.40 μmol，70.79%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z549.2 [M+H] +。 步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(270.00 mg，491.75 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，71.17當量)中之溶液在40℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(240 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z534.2 [M+H] +。 步驟4：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-1-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-7-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(240 mg，373.00 μmol，83%純度，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(222.22 mg，932.50 μmol，2.5當量)，且接著在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Xtimate C18 10μ 250 mm×80 mm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，35 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-1-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(107.95 mg，207.10 μmol，55.52%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z516.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ =11.67 (br s, 1H), 8.99 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.64 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.27 (s, 1H), 7.20 (d, J=8.1 Hz, 1H), 6.55 (d, J=8.3 Hz, 1H), 4.94 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 4.54 (br d, J=6.8 Hz, 1H), 3.88 (s, 3H), 2.58 - 2.53 (m, 1H), 2.21 - 2.14 (m, 1H), 1.94 (dd, J=8.4, 12.2 Hz, 1H), 1.77 (td, J=3.3, 6.4 Hz, 1H), 1.72 (br d, J=6.4 Hz, 2H), 1.49 (t, J=11.4 Hz, 1H), 1.13 (s, 3H), 1.01 (s, 3H), 0.94 (s, 9H) 實例 275. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1133
Figure 02_image2742
步驟1：2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]乙酸酯
在20℃下，向2-胺基乙酸三級丁酯(5.75 g，43.84 mmol，1.47當量)及(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-酮(5 g，29.72 mmol，1當量)於甲苯(135 mL)中之溶液中添加BF 3.Et 2O (513.39 mg，3.62 mmol，446.43 μL，1.22e -1當量)。接著，在存在迪恩-斯達克分離器之情況下將反應物在120℃下攪拌12小時。在完成之後，在真空中濃縮反應混合物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=50/1至5/1，1% TEA)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]乙酸三級丁酯(6 g，21.32 mmol，71.74%產率)。 步驟2：(2R)-2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯
在-10℃下，向N-異丙基丙-2-胺(4.67 g，46.20 mmol，6.53 mL，2.5當量)於無水THF (100 mL)中之溶液中極緩慢地添加n-BuLi (2.5 M，18.48 mL，2.5當量)之溶液。在30分鐘之後，將混合物冷卻至-60℃且添加溶解於THF (10 mL)中之2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]乙酸三級丁酯(5.2 g，18.48 mmol，1當量)。在30分鐘之後，添加碘基甲基(三甲基)矽烷(7.12 g，33.26 mmol，4.95 mL，1.8當量)。在-60℃下攪拌混合物1小時。接著，將混合物冷卻至0℃保持12小時。在完成之後，用飽和氯化銨溶液(40 mL)淬滅反應物。接著，水相用乙酸乙酯(20 mL×3)萃取。有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮至乾燥。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=50/1至10/1，1% TEA)純化殘餘物，得到呈黃色油狀之(2R)-2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(3.4 g，8.32 mmol，45.05%產率，90%純度)。 步驟3：(2R)-2-胺基-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯
向(2R)-2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(0.65 g，1.77 mmol，1當量)於THF (3.5 mL)中之溶液中添加檸檬酸之溶液(10 mL，15%純度)。在50℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在真空中移除THF之後，水層用EtOAc (15 mL)萃取以移除對掌性誘導物。接著，藉由添加碳酸鉀使pH值升高至8-9。接著用EtOAc (30 mL×3)萃取游離胺。合併有機層，經Na 2SO 4脫水，由於胺揮發性而在室溫下濃縮，得到呈黃色油狀之(2R)-2-胺基-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(380 mg，粗物質)。 步驟4：(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯
向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(380 mg，1.99 mmol，1當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加(2R)-2-胺基-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(380 mg，1.75 mmol，8.79e-1當量)、EDCI (495.34 mg，2.58 mmol，1.3當量)、TEA (603.38 mg，5.96 mmol，829.96 μL，3當量)。接著，在-10-0℃下向反應物中添加HOBt (349.14 mg，2.58 mmol，1.3當量)歷時10分鐘。接著，在20℃下攪拌反應物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (100 mL)稀釋且用150 mL EA (50 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE/EA=10/1至1/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(600 mg，1.54 mmol，77.29%產率，假設100%純度)。 步驟5：(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸
在0℃下，向(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(300 mg，768.15 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加TFA/H 2O (2 mL，10/1)。接著，在20℃下攪拌反應物3小時。在完成之後，反應物在低於30℃下，在真空中濃縮至乾燥。藉由在20℃下添加EA (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用H 2O (20 mL)稀釋且用20 mL EA (10 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL飽和NaCl (20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色油狀之殘餘物(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸(300 mg，粗物質)。 步驟6：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(三甲基矽烷基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體1及N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(三甲基矽烷基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體2
在-20℃下，向(2R)-2-[(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸(230 mg，687.71 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙腈(114.99 mg，687.71 μmol，1當量)於DMF (3 mL)中之溶液中添加含PyBop (357.88 mg，687.71 μmol，1當量)及TEA (139.18 mg，1.38 mmol，191.44 μL，2當量)之DMF (1 mL)。接著，在-20℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，反應物用MeCN (2 mL)稀釋，過濾。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：40%-70%，8 min)純化殘餘物，得到約70 mg差向異構體。接著，藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OD(250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：30%-30%，15 min)分離殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(三甲基矽烷基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體1 (20 mg，40.53 μmol，5.89%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z484.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.23 (s, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.03 (d, J=8.2 Hz, 1H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.04 (dd, J=6.3, 9.9 Hz, 1H), 4.60 (t, J=8.0 Hz, 1H), 3.94 (s, 3H), 3.21 - 3.11 (m, 2H), 2.45 - 2.23 (m, 2H), 2.05 - 1.95 (m, 1H), 1.90 (td, J=6.8, 13.6 Hz, 1H), 1.82 (dt, J=3.9, 9.0 Hz, 1H), 1.73 - 1.60 (m, 1H), 1.57 - 1.43 (m, 1H), 1.25 - 1.15 (m, 2H), 0.10 (s, 9H)。
得到呈白色固體狀之N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(三甲基矽烷基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺異構體2 (70 mg，144.74 μmol，21.05%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z484.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.23 (s, 1H), 7.19 - 7.10 (m, 1H), 7.02 (d, J=8.3 Hz, 1H), 6.51 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.09 (dd, J=6.1, 9.8 Hz, 1H), 4.61 (t, J=7.9 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.22 - 3.17 (m, 2H), 2.52 - 2.37 (m, 2H), 2.02 - 1.88 (m, 2H), 1.83 - 1.74 (m, 1H), 1.72 - 1.60 (m, 1H), 1.57 - 1.42 (m, 1H), 1.21 (d, J=8.0 Hz, 2H), 0.16 - 0.05 (m, 9H)。 實例 276. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1135
Figure 02_image2744
步驟1：(S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙酸
將(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-環丙基-丙酸(6 g，26.17 mmol，1當量)與THF (60 mL)中之溶液在0℃下冷卻且添加NaH (2.30 g，57.57 mmol，60%純度，2.2當量)且將混合物在25℃下升溫且攪拌1.5小時，接著添加CH 3I (8.17 g，57.57 mmol，3.58 mL，2.2當量)且攪拌2.5小時。在完成之後，混合物用H 2O (200 mL)淬滅且用HCl (1 M)調節至pH=1且用乙酸乙酯(150 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(100 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈黃色油狀之粗產物( S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙酸(6.17 g，粗物質)。MS (ESI) m/z244.1 [M+H] +步驟2：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙酸(6.17 g，25.36 mmol，1當量)於DCM (100 mL)中之溶液中添加( S)-2-胺基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(6.60 g，27.90 mmol，1.1當量，HCl)，添加DMAP (9.29 g，76.08 mmol，3當量)及EDCI (9.72 g，50.72 mmol，2當量)且接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，混合物用H 2O (200 mL)淬滅且用DCM (200 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(200 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/10至0/1)純化，得到呈黃色油狀之產物( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(7 g，16.45 mmol，64.87%產率)。MS (ESI) m/z426.3 [M+H] +步驟3：((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)(甲基)胺基甲酸三級丁酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.02 g，2.40 mmol，1當量)於氨(7 M，40 mL，116.81當量)中之溶液在30℃下攪拌10小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)(甲基)胺基甲酸三級丁酯(990 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z411.3 [M+H] +步驟4：(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺；(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)(甲基)胺基甲酸三級丁酯(990 mg，2.41 mmol，1當量)於HCl/MeOH (30 mL)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後。在真空中濃縮反應物，得到粗產物呈黃色固體狀之( S)-N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺(1.1 g，粗物質，30%純度)及呈黃色固體狀之( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1.1 g，粗物質，60%純度)。MS (ESI) m/z311.2 [M+H] +, MS (ESI) m/z326.2 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向( S)-N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺(1 g，966.52 μmol，30%純度，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(184.78 mg，966.52 μmol，1當量)於DCM (30 mL)中之溶液中添加DMAP (354.24 mg，2.90 mmol，3當量)、EDCI (370.56 mg，1.93 mmol，2當量)且在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應物用H 2O (200 mL)淬滅且用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(200 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色固體狀之產物N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，186.12 μmol，19.26%產率)。MS (ESI) m/z484.2 [M+H] +步驟6：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺(86 mg，177.85 μmol，1當量)與DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(127.15 mg，533.54 μmol，3當量)且在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-甲氧基-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺(35 mg，75.18 μmol，42.27%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z466.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.60 (br s, 1H), 8.87 (br s, 1H), 7.56 (br s, 1H), 7.15 - 7.07 (m, 1H), 7.05 - 6.99 (m, 1H), 6.91 (br s, 1H), 6.52 - 6.50 (m, 1H), 5.13 - 4.96 (m, 2H), 3.87 (s, 3H), 3.09 (br s, 2H), 2.23 (br s, 2H), 1.96 - 1.77 (m, 3H), 1.74 - 1.71 (m, 1H), 1.66 - 1.34 (m, 3H), 0.80 - 0.02 (m, 5H) 實例 277. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1137
Figure 02_image2746
步驟1：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)(甲基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(2 g，4.70 mmol，1當量)於HCl/MeOH (50 mL)中之溶液在25℃下攪拌3小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(2 g，粗物質)。MS (ESI) m/z326.2 [M+H] +步驟2：(S)-2-((S)-2-(7-氯-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(1 g，2.76 mmol，1當量，HCl)於DCM (30 mL)中之溶液中添加7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(540.54 mg，2.76 mmol，1當量)、DMAP (1.01 g，8.29 mmol，3當量)、EDCI (1.06 g，5.53 mmol，2當量)且在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應物用H 2O (200 mL)淬滅且用DCM (100 mL×3)萃取。合併之有機相用鹽水(200 mL)洗滌，用無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/9至0/1)純化，得到呈黃色固體狀之產物( S)-2-(( S)-2-(7-氯-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(530 mg，1.05 mmol，38.13%產率)。MS (ESI) m/z503.2 [M+H] +步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(7-氯-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(530 mg，1.05 mmol，1當量)於氨(7 M，30 mL，199.30當量)中之溶液在30℃下攪拌10小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z488.2 [M+H] +步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-(三氟甲基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺(440 mg，901.68 μmol，1當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(644.62 mg，2.71 mmol，3當量)且在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-N-甲基-1H-吲哚-2-甲醯胺(220 mg，468.12 μmol，51.92%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z470.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.93 - 11.60 (m, 1H), 8.90 (br s, 1H), 7.57 (br s, 2H), 7.28 - 7.26 (m, 1H), 7.08 - 7.04 (m, 1H), 7.02 - 6.57 (m, 1H), 5.12 - 5.02 (m, 1H), 5.00 - 4.71 (m, 1H), 3.30 - 3.16 (m, 2H), 3.13 - 2.93 (m, 3H), 2.30 - 2.16 (m, 2H), 1.95 - 1.39 (m, 7H), 0.84 - 0.18 (m, 5H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.34 (br s, 1H), 8.73 - 8.71 (m, 1H), 7.61 - 7.59 (m, 1H), 7.35 - 7.23 (m, 2H), 7.10 - 7.02 (m, 1H), 6.87 (br s, 1H), 5.07 - 5.01 (m, 1H), 4.93 (br s, 1H), 3.14 (br s, 5H), 2.34 - 2.19 (m, 2H), 1.98 - 1.81 (m, 3H), 1.80 - 1.56 (m, 3H), 1.51 - 1.44 (m, 1H), 0.71 (br s, 1H), 0.53 - 0.37 (m, 1H), 0.53 - 0.37 (m, 1H), 0.19 - 0.04 (m, 2H) 實例 278. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1141
Figure 02_image2748
步驟1：7-氯-2-(三氯甲基)-1H-苯并[d]咪唑
向3-氯苯-1,2-二胺(2 g，14.03 mmol，1當量)於AcOH (20 mL)中之溶液中添加2,2,2-三氯乙亞胺酸甲酯(2.97 g，16.83 mmol，2.08 mL，1.2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加飽和NaHCO 3(50 mL)以調節至pH=7-8來淬滅反應混合物，且接著用乙酸乙酯(30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物7-氯-2-(三氯甲基)-1 H-苯并咪唑(3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z270.9 [M+H] +步驟2：7-氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸甲酯
向7-氯-2-(三氯甲基)-1 H-苯并咪唑(3 g，11.11 mmol，1當量)於MeOH (40 mL)中之溶液中添加Na 2CO 3(1.18 g，11.11 mmol，1當量)。在70℃下攪拌混合物14小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之產物7-氯-1 H-苯并咪唑-2-甲酸甲酯(3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z210.9 [M+H] +步驟3：7-氯-1H-苯并[d]咪唑-2-甲酸
向7-氯-1 H-苯并咪唑-2-甲酸甲酯(3 g，14.24 mmol，1當量)於THF (20 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (1.79 g，42.73 mmol，3當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加1 N HCl (20 mL)以調節至pH=3-5來淬滅反應混合物，且接著用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物7-氯-1 H-苯并咪唑-2-甲酸(2 g，粗物質)。MS (ESI) m/z197.0 [M+H] +步驟4：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-[三級丁氧基羰基(甲基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，2.35 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，59.57當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之產物(2 S)-2-[[(2 S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z326.2 [M+H] +步驟5：(S)-2-((S)-2-(7-氯-N-甲基-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2 S)-2-[[(2 S)-3-環丙基-2-(甲基胺基)丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(700 mg，1.93 mmol，1當量，HCl)及7-氯-1 H-苯并咪唑-2-甲酸(456.35 mg，2.32 mmol，1.2當量)於DMF (20 mL)中之溶液中添加DMAP (472.65 mg，3.87 mmol，2當量)及EDCI (741.67 mg，3.87 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(7-氯-1 H-苯并咪唑-2-羰基)-甲基-胺基]-3-環丙基丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.5 g，992.11 μmol，51.29%產率)。MS (ESI) m/z504.2 [M+H] +步驟6：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氯-N-甲基-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(7-氯-1 H-苯并咪唑-2-羰基)-甲基-胺基]-3-環丙基丙醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(450 mg，892.90 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，78.40當量)中之混合物在30℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之產物 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯- N-甲基-1 H-苯并咪唑-2-甲醯胺(400 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z489.2 [M+H] +步驟7：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-N-甲基-1H-苯并[d]咪唑-2-甲醯胺
向 N-[(1 S)-2-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯- N-甲基-1 H-苯并咪唑-2-甲醯胺(200 mg，409.03 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(194.95 mg，818.05 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：30% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物7-氯- N-[(1 S)-2-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基乙基]- N-甲基-1 H-苯并咪唑-2-甲醯胺(50 mg，106.17 μmol，12.98%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z471.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.72 - 7.48 (s, 1H), 7.45 - 7.25 (m, 3H), 5.92 (dd, J=5.8, 9.2 Hz, 1H), 5.32 - 5.17 (m, 1H), 5.14 - 4.94 (m, 1H), 3.62 - 3.55 (m, 1H), 3.20 (dd, J=4.6, 8.8 Hz, 3H), 3.07 (s, 3H), 2.57 - 2.33 (m, 3H), 2.12 - 1.92 (m, 4H), 1.88 - 1.77 (m, 2H), 1.74 - 1.46 (m, 4H), 0.62 - 0.39 (m, 3H), 0.35 - 0.10 (m, 3H), 0.009 - 0.037 (m, 1H)。 實例 279. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1143
Figure 02_image2750
步驟1：(S)-3-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯
向( S)-2-(三級丁氧基羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲酸(300 mg，846.97 μmol，80%純度，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加( S)-2-胺基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(169.59 mg，846.97 μmol，1當量)，且接著在0℃下添加DMAP (310.42 mg，2.54 mmol，3當量)及EDCI (324.73 mg，1.69 mmol，2當量)，接著在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，藉由添加水(10 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，4 mL)洗滌，接著用飽和NaHCO 3(4 mL)調節至約pH 7，經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色固體狀之( S)-3-((( S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(268 mg，575.62 μmol，67.96%產率)。MS (ESI) m/z466.3 [M+H] +步驟2：(S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-((S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯
在0℃下( S)-3-((( S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(240 mg，515.48 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，4 mL)中之溶液，在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之( S)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(( S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(180 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z366.2 [M+H] +步驟3：(S)-2-((S)-2-(5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(( S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯(180 mg，447.84 μmol，1當量，HCl)於DCM (4 mL)中之混合物中添加5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(85.62 mg，447.84 μmol，1當量)，且接著在20℃下添加DMAP (109.43 mg，895.69 μmol，2當量)及EDCI (128.78 mg，671.76 μmol，1.5當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，藉由水(10 mL)添加來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，4 mL)洗滌，接著用飽和NaHCO 3(4 mL)調節至約pH 7，經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色固體狀之( S)-2-(( S)-2-(5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(220 mg，408.44 μmol，91.20%產率)。MS (ESI) m/z539.3 [M+H] +步驟4：(S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向( S)-2-(( S)-2-(5-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(200 mg，371.31 μmol，1當量)之溶液中添加NH 3/MeOH (7 M，5 mL)，且接著在30℃下攪拌混合物18小時。在反應完成之後，在真空中濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之( S)- N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(5-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(150 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z524.3 [M+H] +步驟5：(S)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-(5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向( S)- N-(( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(5-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(150 mg，286.47 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(204.80 mg，859.40 μmol，3當量)且在30℃下攪拌1.5小時。在反應完成之後，用水(1 mL)淬滅反應混合物且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之( S)- N-(( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-(5-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(10.54 mg，20.85 μmol，7.28%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.44 - 11.33 (m, 1H), 9.11 - 8.84 (m, 1H), 7.58 - 7.41 (m, 1H), 7.36 - 7.24 (m, 1H), 7.15 (d, J=1.5 Hz, 1H), 6.98 - 6.92 (m, 1H), 6.89 - 6.76 (m, 1H), 4.89 (s, 1H), 4.54 - 4.45 (m, 1H), 3.94 - 3.84 (m, 1H), 3.75 (s, 3H), 3.72 (s, 1H), 2.88 (s, 2H), 2.30 - 2.23 (m, 1H), 2.22 - 2.14 (m, 1H), 2.03 - 1.82 (m, 1H), 1.81 - 1.63 (m, 2H), 1.59 - 1.12 (m, 14H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ ppm 11.14 (s, 1H), 8.72 (s, 1H), 7.35 (d, J=9.0 Hz, 1H), 7.27 (s, 1H), 7.09 (s, 1H), 6.86 (dd, J=1.9, 8.9 Hz, 2H), 5.03 - 4.91 (m, 1H), 4.69 - 4.54 (m, 1H), 3.89 (d, J=11.0 Hz, 1H), 3.78 (s, 3H), 3.66 - 3.51 (m, 1H), 2.30 - 2.10 (m, 3H), 1.86 - 1.62 (m, 4H), 1.59 - 1.36 (m, 14H)。 實例 280. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1145
Figure 02_image2752
步驟1：(2S)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)丙酸甲酯鹽酸鹽
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-甲酸三級丁酯(3.5 g，7.52 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，50 mL，26.60當量)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(3 g，粗物質，HCl)。 步驟2：(2S)-2-(2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
在0℃下，向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.59 g，3.96 mmol，9.92 e-1當量，HCl)及5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(900 mg，3.99 mmol，1當量)於DCM (15 mL)及DMF (5 mL)中之溶液中添加DMAP (1.46 g，11.97 mmol，3當量)及EDCI (1.53 g，7.98 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用150 mL DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(2 g，3.35 mmol，83.99%產率，96%純度)。MS (ESI) m/z573.2 [M+H] +。 步驟3：N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.95 g，3.40 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，50 mL，102.86當量)中之溶液在40℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.8 g，粗物質)。MS (ESI) m/z558.2 [M+H] +。 步驟4：2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.80 g，3.23 mmol，1當量)於DCM (25 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(2.31 g，9.68 mmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌所得混合物3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Xtimate  C18 10u 250 mm×80 mm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3) - ACN]；B%：25%-55%，35 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.5 g，2.75 mmol，85.25%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z540.2 [M+H] +。 步驟5：2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O MEOH]；B%：50%-50%，4 min)分離2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.5 g)，得到呈白色固體狀之產物2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (308.55 mg，569.62 μmol，20.51%產率，99.7%純度)。MS (ESI) m/z540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.23 - 6.86 (m, 3H), 5.09 - 5.00 (m, 1H), 4.63 (dd, J=8.0, 9.5 Hz, 1H), 4.10 - 4.02 (m, 3H), 3.94 (br s, 1H), 3.80 (d, J=10.3 Hz, 1H), 3.23 - 3.01 (m, 2H), 2.42 - 2.05 (m, 3H), 2.01 - 1.38 (m, 16H)
得到呈白色固體狀之產物2-(5-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (269.63 mg，499.27 μmol，17.98%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z540.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.25 - 6.82 (m, 3H), 5.11 (dd, J=5.7, 10.5 Hz, 1H), 4.62 (dd, J=7.9, 9.6 Hz, 1H), 4.01 (s, 3H), 4.00 - 3.82 (m, 1H), 3.75 (d, J=10.1 Hz, 1H), 3.28 - 3.05 (m, 2H), 2.62 - 1.69 (m, 7H), 1.68 - 1.33 (m, 12H) 實例 281. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1147
Figure 02_image2754
步驟1：(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.4 g，3.48 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之混合物，接著添加7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(1.2 g，5.32 mmol，1.53當量)、DMAP (1.06 g，8.71 mmol，2.5當量)及EDCI (1.34 g，6.97 mmol，2當量)，在20℃下攪拌1小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，PE:EA=2:1至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.3 g，2.27 mmol，65.13%產率)。MS (ESI) m/z 573.2 [M+H] +。
步驟2：N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.26 g，2.20 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，20 mL，63.68當量)中之混合物在30℃下攪拌20小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (30 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.2 g，粗物質)。MS (ESI) m/z 558.3 [M+H] +。
步驟3：2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(1.20 g，2.15 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(1.49 g，6.24 mmol，2.9當量)，在30℃下攪拌1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，10 min)純化殘餘物，將其藉由SFC (管柱：REGIS (S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu - MeOH]；B%：60% - 60%，7 min)進一步分離，得到呈白色油狀之產物2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體1 (251.52 mg，465.73 μmol，21.66%產率)。MS (ESI) m/z 540.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.12 (d, J=1.8 Hz, 1H), 7.02 (s, 1H), 6.98 - 6.91 (m, 1H), 5.17 - 4.94 (m, 1H), 4.61 (s, 1H), 3.95 - 3.85 (m, 1H), 3.85 - 3.76 (m, 3H), 3.70 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.29 - 3.13 (m, 2H), 2.64 - 2.23 (m, 3H), 2.09 - 1.87 (m, 2H), 1.82 - 1.68 (m, 2H), 1.64 - 1.39 (m, 12H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.05 (br s, 1H), 8.72 (br d, J=7.5 Hz, 1H), 7.28 (br s, 1H), 7.12 (br s, 1H), 6.97 (s, 2H), 4.97 (br s, 1H), 4.60 (br s, 1H), 3.80 (s, 4H), 3.61 (br s, 1H), 3.08 - 3.03 (m, 1H), 2.49 - 2.47 (m, 1H), 2.45 - 2.08 (m, 3H), 2.00 - 1.62 (m, 4H), 1.59 - 1.32 (m, 12H)。
得到呈白色固體狀之產物2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺異構體2 (366.62 mg，678.86 μmol，31.57%產率)。MS (ESI) m/z 540.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=11.01 (br s, 1H), 8.67 (br s, 1H), 7.25 (br s, 1H), 7.20 - 7.09 (m, 1H), 6.98 (s, 2H), 4.98 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 4.59 (br s, 1H), 3.80 (s, 4H), 3.62 (br s, 1H), 3.12 - 3.10 (m, 1H), 3.08 - 3.06 (m, 1H), 2.50 - 2.47 (m, 2H), 2.20 (br s, 3H), 1.83 (br s, 2H), 1.67 (br d, J=11.5 Hz, 2H), 1.57 - 1.33 (m, 12H)。
1H NMR (400 MHz, MeOD-d 4) δ=7.13 (d, J=2.1 Hz, 1H), 7.04 (s, 1H), 7.00 - 6.93 (m, 1H), 5.01 (dd, J=6.2, 10.2 Hz, 1H), 4.62 (dd, J=7.8, 9.8 Hz, 1H), 3.94 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 3.84 - 3.72 (m, 4H), 3.23 - 3.02 (m, 2H), 2.45 - 2.22 (m, 3H), 2.04 - 1.85 (m, 2H), 1.84 - 1.68 (m, 2H), 1.65 - 1.50 (m, 7H), 1.44 (br d, J=10.1 Hz, 5H)。 實例 282. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1149
Figure 02_image2756
Figure 02_image2758
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
將NaOMe (6.33 g，117.24 mmol，2當量)於MeOH (150 mL)中之混合物冷卻至-10℃，且接著向前述溶液中逐滴添加4-氯-2-甲氧基-苯甲醛(10 g，58.62 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(15.14 g，117.24 mmol，13.40 mL，2當量)於MeOH (150 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且接著藉由添加H 2O (100 mL)來淬滅，且接著用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(100 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，PE:EA=1:0至5:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之( Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(8 g，29.89 mmol，50.99%產率)。 步驟2：6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將含( Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(7.60 g，28.40 mmol，1當量)之二甲苯(80 mL)在170℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。粗產物在0℃下用PE (10 mL)濕磨20分鐘，得到呈白色固體狀之6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸甲酯(4 g，16.69 mmol，58.77%產率)。MS (ESI) m/z240.1 [M+H] +步驟3：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(1 g，4.08 mmol，1當量)及(2 S)-2-胺基-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1.16 g，4.89 mmol，1.2當量，HCl)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (996.01 mg，8.15 mmol，2當量)及EDCI (1.56 g，8.15 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z428.3 [M+H] +步驟4：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，2.34 mmol，1當量)中添加HCl/MeOH (4 M，10 mL，17.10當量)，且接著在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z328.2 [M+H] +步驟5：6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸甲酯(4 g，16.69 mmol，1當量)於THF (30 mL)及H 2O (10 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (2.10 g，50.07 mmol，3當量)。在60℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (50 mL)來淬滅混合物，且接著添加HCl水溶液(1 M)以調節至pH=3-4且用EA (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(4 g，粗物質)。MS (ESI) m/z226.0 [M+H] +步驟6：(S)-2-((S)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，2.20 mmol，1當量，HCl)及6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(744.08 mg，3.30 mmol，1.5當量)於DCM (20 mL)中之混合物中添加DMAP (537.18 mg，4.40 mmol，2當量)及EDCI (842.93 mg，4.40 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，PE:EA=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.87 mmol，85.01%產率)。MS (ESI) m/z535.2 [M+H] +步驟7：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將含(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(1 g，1.87 mmol，1當量)之NH 3/MeOH (7 M，15 mL，56.18當量)在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈白色固體狀之 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(0.8 g，粗物質)。MS (ESI) m/z520.2 [M+H] +步驟8：6-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(700 mg，1.35 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(962.35 mg，4.04 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物8小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-氯- N-[(1 S)-1-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(230 mg，458.16 μmol，34.04%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z502.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.72 (br s, 1H), 8.88 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.53 (br d, J=7.8 Hz, 1H), 7.51 (br s, 1H), 7.35 (s, 1H), 7.04 (s, 1H), 6.55 (d, J=1.6 Hz, 1H), 5.14 - 4.93 (m, 1H), 4.51 - 4.48 (m, 1H), 3.91 (s, 3H), 3.16 - 2.99 (m, 2H), 2.32 - 2.17 (m, 2H), 1.88 - 1.73 (m, 3H), 1.71 - 1.62 (m, 2H), 1.59 - 1.46 (m, 1H), 1.44 - 1.31 (m, 1H), 0.93 (s, 9H) 實例 283. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1151
Figure 02_image2760
步驟1：(5R)-5-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-1-甲酸三級丁酯
在25℃下，向(5R)-1-三級丁氧基羰基-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-甲酸(300 mg，1.16 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(301.15 mg，1.27 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (6 mL)及DMF (2 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (423.91 mg，3.47 mmol，3當量)及EDCI (443.46 mg，2.31 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用22 mL H 2O稀釋且用45 mL EA (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色油狀之(5R)-5-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-1-甲酸三級丁酯(500 mg，1.13 mmol，97.89%產率)。(ESI) m/z442.3 [M+H] +步驟2：(2S)-2-[[(5R)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
將(5R)-5-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-1-甲酸三級丁酯(500 mg，1.13 mmol，1當量)於HCl/MeOH (5 mL)中之混合物在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(5R)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(420 mg，1.11 mmol，98.15%產率，HCl)。 步驟3：(2S)-2-[[(5R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
在25℃下，向4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(193.15 mg，1.01 mmol，1當量)及(2S)-2-[[(5R)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.42 g，1.11 mmol，1.1當量，HCl)於DCM (4 mL)及DMF (1 mL)中之混合物中一次性添加DMAP (370.27 mg，3.03 mmol，3當量)及EDCI (387.34 mg，2.02 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用25 mL H 2O稀釋且用45 mL EA (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=5/1至0/1)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(5R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(450 mg，874.39 μmol，86.55%產率)。(ESI) m/z515.2 [M+H] +步驟4：(5R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-甲醯胺
將(2S)-2-[[(5R)-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(750 mg，1.46 mmol，1當量)於NH 3/MeOH(7 M，40 mL，192.13當量)中之混合物在25℃下攪拌48小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(5R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-甲醯胺(720 mg，1.44 mmol，98.88%產率)。MS (ESI) m/z500.2 [M+H] +步驟5：(5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-甲醯胺
在25℃下，向(5R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-甲醯胺(640 mg，922.28 μmol，72%純度，1當量)於DCM (10 mL)中之混合物中一次性添加伯格斯試劑(549.47 mg，2.31 mmol，2.5當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到粗產物。藉由製備型HPLC (FA條件；管柱：Phenomenex Luna C18 200×40 mm×10 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：35%-75%，8 min)純化粗物質，得到呈黃色固體狀之(5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3-二甲基-1,3-氮雜矽環戊烷-5-甲醯胺(190 mg，394.50 μmol，42.77%產率)。MS (ESI) m/z482.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.47 (br s, 1H), 8.78 (br d, J=6.7 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.19 - 6.97 (m, 3H), 6.50 (d, J=7.6 Hz, 1H), 5.01 (q, J=7.9 Hz, 2H), 3.88 (br s, 3H), 3.35 (br s, 1H), 3.28 - 3.17 (m, 1H), 3.08 (br s, 2H), 2.31 - 2.10 (m, 2H), 1.99 - 1.47 (m, 4H), 1.44 - 1.16 (m, 2H), 0.98 (br d, J=14.8 Hz, 1H), 0.33 - 0.15 (m, 6H) 實例 284. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1153
Figure 02_image2762
步驟1：3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯
向2-三級丁氧基羰基-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲酸(0.7 g，2.45 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(580.52 mg，2.45 mmol，1當量，HCl)於DCM (8 mL)中之溶液中添加DMAP (898.90 mg，7.36 mmol，3當量)及EDCI (940.33 mg，4.91 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (10 mL×4)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=2:1至1:1至0:1)純化，得到呈黃色油狀之產物3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯(0.8 g，1.37 mmol，55.80%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z468.3 [M+H] +步驟2：(2S)-2-(2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
將3-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-2-甲酸三級丁酯(0.75 g，1.28 mmol，80%純度，1當量)於HCl/MeOH (4 M，24.00 mL，74.82當量)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應物，得到呈黃色油狀之粗產物(2S)-2-(2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.5 g，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z368.1 [M+H] +步驟3：(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-羰基胺基)-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.5 g，1237.71 μmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(236.63 mg，1237.71 μmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (453.63 mg，1.49 mmol，3當量)及EDCI (474.53 mg，1.49 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (80 mL)來淬滅反應物且用DCM (15 mL×6)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=9/1至4/1至1/1至0/1，且接著二氯甲烷/甲醇=10/1)純化，得到呈黃色油狀之產物(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.527 g，274.89 μmol，89.59%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z541.3 [M+H] +步驟4：N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.47 g，869.27 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (1 mL，7M)中之溶液在20℃下攪拌42小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應物，得到呈黃色固體狀之粗產物N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(0.45 g，粗物質)。MS (ESI) m/z526.3 [M+H] +步驟5：N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺(0.46 g，875.07 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(625.62 mg，2.63 mmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物6小時。在完成之後，混合物用水(3 mL)淬滅且用N 2吹乾且藉由製備型HPLC (管柱：Kromasil C18 (250×50 mm×10 μm)；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-55%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺異構體1 (57 mg，111.16 μmol，12.70%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z508.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.52 (s, 1H), 8.86 (br d, J=7.2 Hz, 1H), 7.51 (br s, 1H), 7.17 - 7.00 (m, 3H), 6.51 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.00 - 4.99 (m, 1H), 5.09 - 4.94 (m, 1H), 3.88 (s, 3H), 3.51 - 3.42 (m, 1H), 3.08 (br s, 2H), 2.31 - 2.10 (m, 2H), 1.89 - 1.70 (m, 3H), 1.70 - 1.46 (m, 6H), 1.46 - 1.33 (m, 2H), 1.01 (br d, J=15.2 Hz, 1H), 0.92 - 0.64 (m, 4H)。
得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜-5-矽螺[4.4]壬烷-3-甲醯胺異構體2 (47 mg，91.66 μmol，10.47%產率，99%純度)。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6 ) δ=11.48 (br s, 1H), 8.84 (br d, J=7.3 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.19 - 7.00 (m, 3H), 6.50 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.16 - 4.91 (m, 2H), 3.88 (s, 3H), 3.52 - 3.41 (m, 1H), 3.07 (br s, 2H), 2.31 - 2.19 (m, 2H), 1.88 - 1.73 (m, 2H), 1.72 - 1.46 (m, 7H), 1.45 - 1.32 (m, 2H), 1.11 - 0.99 (m, 1H), 0.91 - 0.70 (m, 4H)。 實例 285. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1163
Figure 02_image2764
步驟1：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(180.00 mg，717.93 μmol，1當量，HCl)於DMF (1 mL)及DCM (3 mL)中之溶液中添加DMAP (263.12 mg，2.15 mmol，3當量)，且接著添加(S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊酸(211.34 mg，865.51 μmol，1.2當量)及EDCI (275.26 mg，1.44 mmol，2當量)。在15℃下攪拌所得溶液2小時，且接著用水(10 mL)稀釋且用DCM (5 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(5 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈黃色固體狀之化合物(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.3 g，粗物質)。MS (ESI) m/z441.2 [M+H] +。 步驟2：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.28 g，634.12 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 mL)中之混合物在15℃下攪拌3小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.18 g，粗物質，HCl)。 步驟3：(2S)-2-(2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.13 g，380.74 μmol，1當量，HCl)於DMF (0.7 mL)及DCM (1.3 mL)中之溶液中添加PyBop (198.13 mg，380.71 μmol，1當量)，且接著添加7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(85.90 mg，380.71 μmol，1當量)及NEt 3(115.58 mg，1.14 mmol，3當量)，在15℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，用水(10 mL)淬滅反應混合物且用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=10:1至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[2-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-8-氧-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.16 g，291.41 μmol，76.54%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z549.2 [M+H] +。 步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(0.13 g，246.88 μmol，1當量)於NH 3.MeOH (7 M，3 mL，85.06當量)中之混合物在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色油狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.12 g，粗物質)。MS (ESI) m/z534.2 [M+H] +。 步驟5：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.11 g，205.97 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(147.26 mg，617.92 μmol，3當量)，且在25℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，用水(1 mL)淬滅反應混合物且風乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN])純化殘餘物，得到呈白色固體狀之7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(30.00 mg，58.14 μmol，28.22%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z516.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=7.23 - 7.08 (m, 2H), 7.08 - 6.98 (m, 1H), 6.53 (br d, J=7.6 Hz, 1H), 5.02 (br dd, J=5.7, 10.1 Hz, 1H), 4.72 - 4.62 (m, 2H), 4.19 - 4.03 (m, 1H), 3.98 - 3.81 (m, 4H), 3.77 - 3.62 (m, 4H), 3.29 - 3.17 (m, 1H), 2.52 - 2.20 (m, 3H), 2.02 - 1.42 (m, 8H)。 實例 286. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1167
Figure 02_image2766
步驟1：7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸乙酯(200 mg，843.08 μmol，1當量)於THF (4 mL)及H 2O (2 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (106.14 mg，2.53 mmol，3當量)，在60℃下攪拌混合物3小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且用1 M HCl (3 mL)調節至約pH 1且用EA (10 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮，得到呈白色固體狀之7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(170 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z208.1 [M-H] +步驟2：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，414.52 μmol，1當量，HCl)及7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(104.05 mg，497.43 μmol，1.2當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加DMAP (101.28 mg，829.04 μmol，2當量)，接著向混合物中添加EDCI (158.93 mg，829.04 μmol，2當量)，在20℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，過濾混合物且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，EA=1)純化，得到呈黃色固體狀之( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，252.05 μmol，60.81%產率，93%純度)。MS (ESI) m/z517.1 [M+H] +步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( R)-5, 5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，271.02 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (4 mL，7 M)中之溶液，在30℃下攪拌混合物16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-3 -(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z502.2 [M+H] +步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在30℃下，向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(120 mg，239.26 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(285.09 mg，1.20 mmol，5當量)，且接著在30℃下攪拌所得混合物1小時。在反應完成之後，反應混合物用水(1 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge C18 150×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(25 mg，51.70 μmol，21.61%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z484.2[M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 12.14 - 11.90 (m, 1H), 9.03 - 8.85 (m, 1H), 8.54 (d, J=7.4 Hz, 1H), 7.88 - 7.73 (m, 1H), 7.38 - 7.29 (m, 1H), 6.97 - 6.86 (m, 1H), 6.46 - 6.37 (m, 1H), 5.01 - 4.90 (m, 1H), 4.51 - 4.40 (m, 1H), 3.87 (s, 3H), 2.63 - 2.54 (m, 1H), 2.22 - 2.11 (m, 1H), 2.07 (s, 1H), 1.87 - 1.72 (m, 2H), 1.56 - 1.44 (m, 2H), 1.16 (s, 3H), 1.07 (s, 3H), 0.81 (s, 1H), 0.42 (d, J=6.4 Hz, 2H), 0.24 - 0.16 (m, 1H), 0.10 (s, 1H)。 實例 287. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1173
Figure 02_image2768
步驟1：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，340.46 μmol，88%純度，1當量，HCl)於DCM (3 mL)中之混合物中添加4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲酸(56.85 mg，408.55 μmol，1.2當量)，且接著在0℃下添加DMAP (124.78 mg，1.02 mmol，3當量)及EDCI (130.53 mg，680.92 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加至水(3 mL)中來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(105 mg，216.33 μmol，63.54%產率，92%純度)。MS (ESI) m/z447.1 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(100 mg，206.03 μmol，92%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 5.48 mL，186.06當量)中之混合物在20℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺(100 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z430.1 [M-H] +. 步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺(90 mg，177.28 μmol，85%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(92.94 mg，390.01 μmol，2.2當量)且在20℃下攪拌14小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Phenomenex Luna C18 75×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.2%FA)-ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,5-二甲基-1H-吡咯-2-甲醯胺(4.27 mg，10.12 μmol，5.71%產率，98.0%純度)。MS (ESI) m/z414.0 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=10.94 (br d, J=1.5 Hz, 1H), 8.80 (d, J=8.2 Hz, 1H), 7.81 (s, 1H), 7.77 - 7.71 (m, 1H), 6.61 (d, J=2.6 Hz, 1H), 4.98 - 4.87 (m, 1H), 4.40 - 4.32 (m, 1H), 2.60 - 2.53 (m, 1H), 2.18 - 2.10 (m, 1H), 2.10 - 2.04 (m, 3H), 1.97 (dd, J=8.6, 12.3 Hz, 1H), 1.90 (s, 3H), 1.80 - 1.69 (m, 2H), 1.53 - 1.44 (m, 1H), 1.43 - 1.35 (m, 1H), 1.19 - 1.12 (m, 3H), 1.06 (s, 3H), 0.80 - 0.67 (m, 1H), 0.45 - 0.31 (m, 2H), 0.18 - 0.00 (m, 2H)。 實例 288. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1175
Figure 02_image2770
步驟1：(S)-2-((S)-2-(4-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150 mg，364.78 μmol，88%純度，1當量，HCl)於DCM (3 mL)中之混合物中添加4-氯-1H-吡咯-2-甲酸(63.71 mg，437.73 μmol，1.2當量)。接著，在0℃下添加HOBT (98.58 mg，729.56 μmol，2當量)、DIEA (94.29 mg，729.56 μmol，127.08 μL，2當量)及EDCI (139.86 mg，729.56 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加水(3 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-(4-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(110 mg，242.86 μmol，66.58%產率)。MS (ESI) m/z451.0 [M-H] +. 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(4-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(100 mg，220.78 μmol，100%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7M, 3 mL，95.12當量)中之混合物在50℃下攪拌20小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(95 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z438.2 [M+H] +。 步驟3：4-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吡咯-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(95 mg，190.90 μmol，88%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(136.48 mg，572.71 μmol，3當量)且在20℃下攪拌1.5小時。在完成之後，用水(1 mL)淬滅反應混合物且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之4-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吡咯-2-甲醯胺(28.63 mg，68.18 μmol，35.72%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z420.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.84 - 11.68 (m, 1H), 8.88 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.18 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 6.95 (br d, J=7.3 Hz, 2H), 5.01 - 4.86 (m, 1H), 4.46 - 4.29 (m, 1H), 2.62 - 2.53 (m, 1H), 2.19 - 2.09 (m, 1H), 2.03 - 1.92 (m, 1H), 1.81 - 1.71 (m, 2H), 1.54 - 1.36 (m, 2H), 1.16 (s, 3H), 1.10 - 0.99 (m, 3H), 0.83 - 0.69 (m, 1H), 0.47 - 0.33 (m, 2H), 0.21 - 0.02 (m, 2H)。 實例 289. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1177
Figure 02_image2772
步驟1：(S)-2-((S)-2-(5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(150.00 mg，460.97 μmol，1當量，HCl)於ACN (5 mL)中之溶液中添加NMI (113.54 mg，1.38 mmol，3當量)，且接著添加5-氯-1H-吡咯-2-甲普酸(carboxpuriylic acid) (67.09 mg，460.97 μmol，1.0當量)及TCFH (129.34 mg，460.97 μmol，1當量)，在20℃下攪拌溶液2小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)稀釋，用EtOAc (5 mL×3)萃取且經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (Phenomenex Luna 80×30 mm×3 μm；移動相：[水(0.1% TFA)-ACN])純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(S)-2-((S)-2-(5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(60.0 mg，132.37 μmol，28.74%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z453.2 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5, 5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(60.00 mg，132.47 μmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，4 mL)中之混合物在60℃下攪拌18小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(50.00 mg，粗物質)。 步驟3：5-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吡咯-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-1H-吡咯-2-甲醯胺(50.00 mg，114.18 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(81.63 mg，342.53 μmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌溶液4小時。在完成之後，用水(1 mL)淬滅反應混合物且風乾。藉由製備型HPLC (Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN])純化殘餘物，得到呈白色固體狀之5-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吡咯-2-甲醯胺(5.00 mg，11.91 μmol，10.43%產率)。MS (ESI) m/z420.1 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ ppm 6.82 (d, J=3.81 Hz, 1 H) 6.03 (d, J=3.93 Hz, 1 H) 5.01 (dd, J=10.37, 5.72 Hz, 1 H) 4.45 (t, J=7.39 Hz, 1 H) 2.87 - 2.71 (m, 1 H) 2.34 (ddd, J=13.77, 10.43, 5.13 Hz, 1 H) 2.14 (dd, J=12.40, 8.46 Hz, 1 H) 1.94 - 1.76 (m, 2 H) 1.65 - 1.53 (m, 2 H) 1.25 (s, 3 H) 1.16 (s, 3 H) 0.87 - 0.72 (m, 1 H) 0.51 (d, J=8.11 Hz, 2 H) 0.22 - 0.10 (m, 2 H) 實例 290. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1181
Figure 02_image2774
步驟1：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，386.89 μmol，1當量，HCl)於DCM (3 mL)中之混合物中添加4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(89.00 mg，386.89 μmol，1當量)、DMAP (141.80 mg，1.16 mmol，3當量)及EDCI (148.33 mg，773.77 μmol，2當量)，接著在20℃下攪拌2小時。在完成之後，藉由添加水(3 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (5 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，5 mL)洗滌，接著用鹽水(5 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(130 mg，241.89 μmol，62.52%產率)。MS (ESI) m/z537.2 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(110 mg，204.68 μmol，1當量)於HN 3/MeOH (7 M，2 mL，68.40當量)中之混合物在80℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(110 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z522.2 [M+H] +。 步驟3：4,6-二氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-4,6-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺(105 mg，180.89 μmol，90%純度，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(258.64 mg，1.09 mmol，6當量)，接著在20℃下攪拌2小時。在完成之後，混合物用水(0.1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之4,6-二氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺。MS (ESI) m/z504.0 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.99 - 11.77 (m, 1H), 8.84 - 8.66 (m, 1H), 8.60 - 8.49 (m, 1H), 7.55 - 7.35 (m, 2H), 7.40 - 7.32 (m, 1H), 7.19 (d, J=1.5 Hz, 1H), 5.03 - 4.88 (m, 1H), 4.64 - 4.45 (m, 1H), 2.60 - 2.54 (m, 1H), 2.28 - 2.14 (m, 1H), 2.12 - 1.99 (m, 1H), 1.90 - 1.75 (m, 2H), 1.66 - 1.51 (m, 2H), 1.22 - 1.09 (m, 6H), 0.91 - 0.73 (m, 1H), 0.48 - 0.39 (m, 2H), 0.28 - 0.03 (m, 2H) 實例 291. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1191
Figure 02_image2776
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲酸(0.1 g，374.54 μmol，80%純度，1.2當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(112.94 mg，312.12 μmol，1當量，HCl)於DCM (3 mL)中之混合物中添加EDCI (119.67 mg，624.24 μmol，2當量)及DMAP (114.40 mg，936.36 μmol，3當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (20 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (6 mL×5)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.14 g，241.85 μmol，77.49%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z521.2 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.12 g，230.34 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (3 mL)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.11 g，粗物質)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +步驟3：7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-7-氯-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.11 g，173.92 μmol，80%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(82.90 mg，347.85 μmol，2當量)，在30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物7-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.058 g，118.86 μmol，68.34%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z488.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.89 (br s, 1H), 9.01 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.69 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 7.66 (dd, J=4.8, 8.7 Hz, 1H), 7.27 (s, 1H), 7.13 (dd, J=8.9, 10.0 Hz, 1H), 4.97 (br d, J=7.9 Hz, 1H), 4.50 (br d, J=6.6 Hz, 1H), 2.63 - 2.55 (m, 1H), 2.26 - 2.09 (m, 1H), 2.00 (dd, J=8.4, 12.2 Hz, 1H), 1.90 - 1.72 (m, 2H), 1.59 - 1.44 (m, 2H), 1.15 (s, 3H), 1.07 (s, 3H), 0.90 - 0.75 (m, 1H), 0.55 - 0.35 (m, 2H), 0.25 - 0.16 (m, 1H), 0.15 - 0.07 (m, 1H)。 實例 292. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1193
Figure 02_image2778
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.1 g，276.35 μmol，1當量，HCl)及6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲酸(70.83 mg，331.62 μmol，1.2當量)於DCM (3 mL)、DMF (0.5 mL)中之溶液中添加EDCI (105.95 mg，552.70 μmol，2當量)、DMAP (101.28 mg，829.04 μmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (8 mL×5)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.08 g，141.27 μmol，51.12%產率，92%純度)。MS (ESI) m/z521.2 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將含(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.07 g，134.36 μmol，1當量)之NH 3/MeOH (1 mL)在50℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.05 g，粗物質)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +步驟3：6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.03 g，56.33 μmol，95%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(53.69 mg，225.31 μmol，4當量)。在30℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾，且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(0.017 g，34.84 μmol，61.85%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z488.1 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=7.52 (d, J=6.4 Hz, 1H), 7.46 - 7.42 (m, 1H), 7.17 (d, J=0.7 Hz, 1H), 5.04 (dd, J=5.7, 10.5 Hz, 1H), 4.54 (t, J=7.5 Hz, 1H), 2.92 - 2.77 (m, 1H), 2.40 - 2.31 (m, 1H), 2.21 - 2.11 (m, 1H), 1.88 (br s, 2H), 1.71 - 1.55 (m, 2H), 1.26 - 1.23 (m, 3H), 1.14 (s, 3H), 0.91 - 0.77 (m, 1H), 0.59 - 0.46 (m, 2H), 0.19 (dd, J=5.0, 10.6 Hz, 2H) 實例293. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物1195
Figure 02_image2780
步驟1：(S)-2-((S)-2-(6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，344.19 μmol，80%純度，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲酸(88.22 mg，413.03 μmol，1.2當量)、DMAP (126.15 mg，1.03 mmol，3當量)及EDCI (131.96 mg，688.38 μmol，2當量)，接著在20℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，藉由添加水(1 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (3 mL×3)萃取。合併之有機層用HCl (1 M，3 mL)洗滌，接著用鹽水(3 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(S)-2-((S)-2-(6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，241.85 μmol，70.27%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z519.0 [M-H] +. 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(140 mg，241.85 μmol，90%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，3 mL，86.83當量)中之混合物在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(140 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z504.0 [M-H] +. 步驟3：6-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氯-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(130 mg，205.55 μmol，80%純度，1當量)於DCM (2 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(146.95 mg，616.64 μmol，3當量)，接著在20℃下攪拌2小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且在減壓下濃縮，得到殘餘物(＜30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(29.53 mg，60.09 μmol，29.24%產率，99.3%純度)。MS (ESI) m/z488.0 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.35 - 12.19 (m, 1H), 8.99 (d, J=7.9 Hz, 1H), 8.66 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 7.50 (d, J=8.6 Hz, 1H), 7.32 (d, J=3.1 Hz, 1H), 7.13 (dd, J=6.4, 8.6 Hz, 1H), 5.02 - 4.90 (m, 1H), 4.53 - 4.42 (m, 1H), 2.61 - 2.54 (m, 1H), 2.22 - 2.11 (m, 1H), 1.99 (dd, J=8.4, 12.1 Hz, 1H), 1.89 - 1.72 (m, 2H), 1.57 - 1.42 (m, 2H), 1.18 - 1.03 (m, 6H), 0.88 - 0.73 (m, 1H), 0.50 - 0.34 (m, 2H), 0.26 - 0.03 (m, 2H) 實例 294. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1201
Figure 02_image2782
步驟1：3-氯-5-氟-2-羥基苯甲醛
向2-氯-4-氟-苯酚(5 g，34.12 mmol，1當量)及MgCl 2(9.80 g，102.93 mmol，4.22 mL，3.02當量)於ACN (300 mL)中之溶液中添加TEA (9.45 g，93.40 mmol，13.00 mL，2.74當量)、(HCHO)n (3.5 g，34.12 mmol，1.00當量)，在80℃下攪拌混合物60小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且用HCl水溶液(100 mL，3 M)酸化至約pH 1且用EtOAc (50 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮有機相且藉由管柱(SiO 2，PE=1)純化，得到呈黃色固體狀之3-氯-5-氟-2-羥基苯甲醛(5 g，25.21 mmol，73.88%產率，88%純度)。MS (ESI) m/z173.1 [M-H] +步驟2：3-氯-5-氟-2-甲氧基苯甲醛
向3-氯-5-氟-2-羥基苯甲醛(1 g，5.73 mmol，1當量)於ACN (20 mL)中之溶液中添加K 2CO 3(2.38 g，17.19 mmol，3當量)及CH 3I (1.30 g，9.17 mmol，570.62 μL，1.6當量)，在80℃下攪拌混合物3小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且添加水(60 mL)且用DCM (20 mL×3)萃取，接著經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈黃色油狀之3-氯-5-氟-2-甲氧基苯甲醛(1 g，粗物質)。MS (ESI) m/z189.1 [M+H] +步驟3：(Z)-2-疊氮基-3-(3-氯-5-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
在0℃下，向NaOMe (572.94 mg，10.61 mmol，2當量)於MeOH (20 mL)中之溶液中添加3-氯-5-氟-2-甲氧基苯甲醛(1 g，5.30 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(1.37 g，10.61 mmol，1.21 mL，2當量)於MeOH (10 mL)中之溶液。在20℃下攪拌混合物16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且添加水(60 mL)且用EtOAc (30 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮且藉由管柱(SiO 2，PE:EA=1:0至50:1)純化，得到呈黃色固體狀之( Z)-2-疊氮基-3-(3-氯-5-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯(0.35 g，1.05 mmol，19.81%產率)。 步驟4：5-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將( Z)-2-疊氮基-3-(3-氯-5-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯(350.00 mg，1.23 mmol，1當量)於二甲苯(5 mL)中之溶液在170℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸甲酯(300 mg，粗物質)。 步驟5：5-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸甲酯(300 mg，1.16 mmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (2 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (146.59 mg，3.49 mmol，3當量)，在30℃下攪拌混合物16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物且用HCl水溶液(15 mL，1 M)調節至約pH 1，接著用EtOAc (5 mL×3)萃取，接著在真空中濃縮，得到呈黃色固體狀之5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(250 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z189.1 [M+H] +步驟6：(S)-2-((S)-2-(5-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(250 mg，690.87 μmol，1當量，HCl)及5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(168.31 mg，690.87 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (253.21 mg，2.07 mmol，3當量)及EDCI (264.88 mg，1.38 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物1小時。在反應完成之後，用1 M HCl (3 mL)將混合物調節至約pH 1且添加水(6 mL)，接著用DCM (3 mL×3)萃取，接著有機相經Na 2SO 4脫水，在真空中濃縮混合物且藉由製備型TLC (SiO 2，EtOAc=1)純化，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-(5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(180 mg，294.01 μmol，42.56%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z551.2 [M+H] +步驟7：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-(5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(160 mg，290.38 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (8 mL，7M)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.1 [M+H] +步驟8：5-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在30℃下，向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-3-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-氯-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，167.91 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(120.05 mg，503.74 μmol，3當量)，且接著在30℃下攪拌所得混合物3小時。在反應完成之後，混合物用水(0.5 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-70%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之5-氯- N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(15 mg，28.88 μmol，17.20%產率，99.74%純度)。MS (ESI) m/z518.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 12.36 (s, 1H), 9.07 - 8.91 (m, 1H), 8.76 - 8.63 (m, 1H), 7.84 - 7.79 (m, 1H), 7.70 - 7.32 (m, 1H), 7.17 (d, J=10.4 Hz, 1H), 4.97 (q, J=8.2 Hz, 1H), 4.53 - 4.43 (m, 1H), 4.03 - 3.77 (m, 3H), 2.61 - 2.54 (m, 1H), 2.21 - 2.12 (m, 1H), 2.05 - 1.96 (m, 1H), 1.89 - 1.73 (m, 2H), 1.57 - 1.43 (m, 2H), 1.19 - 1.13 (m, 3H), 1.10 - 1.04 (m, 3H), 0.87 - 0.76 (m, 1H), 0.48 - 0.38 (m, 2H), 0.24 - 0.07 (m, 2H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ ppm 12.05 (s, 1H), 8.71 (d, J=7.8 Hz, 1H), 8.44 - 8.33 (m, 1H), 7.56 - 7.49 (m, 1H), 7.44 - 7.35 (m, 1H), 7.09 (d, J=10.4 Hz, 1H), 5.00 - 4.93 (m, 1H), 4.60 - 4.53 (m, 1H), 4.04 - 3.81 (m, 3H), 2.63 - 2.55 (m, 1H), 2.25 - 2.16 (m, 1H), 2.14 - 2.06 (m, 1H), 1.90 - 1.75 (m, 2H), 1.69 - 1.52 (m, 2H), 1.23 - 1.17 (m, 3H), 1.16 - 1.11 (m, 3H), 0.88 - 0.79 (m, 1H), 0.50 - 0.42 (m, 2H), 0.24 - 0.09 (m, 2H)。 實例 295. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1203
Figure 02_image2784
步驟1：4-氯-3-氟-2-甲氧基-苯甲醛
在-70℃下，在N 2下向1-氯-2-氟-3-甲氧基-苯(5 g，31.14 mmol，1當量)於THF (100 mL)中之混合物中一次性添加n-BuLi (2.5 M，13.70 mL，1.1當量)。在-70℃下攪拌混合物1小時，接著在-70℃下添加含DMF (18.66 g，255.35 mmol，19.65 mL，8.2當量)之THF (35 mL)，且接著在-70℃下攪拌所得混合物1小時，接著添加HCl (1 M，75 mL，2.41當量)且加熱至25℃且攪拌16小時。殘留約20%反應物，反應混合物用100 mL H 2O稀釋且用200 mL EA (100 mL×2)萃取。合併之有機層用100 mL鹽水(100 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。
藉由中性製備型HPLC (管柱：Welch Xtimate C18 250×70 mm#10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-65%，20 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物4-氯-3-氟-2-甲氧基-苯甲醛(1 g，4.77 mmol，15.33%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z189.0 [M+H] +步驟2：(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-3-氟-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯
將NaOMe (229.18 mg，4.24 mmol，2當量)於MeOH (8 mL)中之混合物冷卻至-10℃，向此溶液中逐滴添加4-氯-3-氟-2-甲氧基-苯甲醛(400 mg，2.12 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(547.73 mg，4.24 mmol，484.72 μL，2當量)於MeOH (4 mL)中之混合物。在25℃下攪拌混合物16小時且觀測到黃色固體。在完成之後，過濾反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (石油醚:乙酸乙酯=20:1)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-3-氟-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(200 mg，630.12 μmol，29.71%產率，90%純度)。 步驟3：6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-3-氟-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(140 mg，490.10 μmol，1當量)於二甲苯(10 mL)中之溶液在170℃下攪拌4小時。殘留約10%反應物。在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型TLC (石油醚:乙酸乙酯=2:1)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(96 mg，353.98 μmol，72.23%產率，95%純度)。 步驟4：6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(96 mg，372.61 μmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (1 mL)中之混合物中添加LiOH.H 2O (31.27 mg，745.21 μmol，2當量)。在60℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加HCl將反應混合物調節至pH=3，且接著用30 mL H 2O稀釋且用100 mL EA (50 mL×2)萃取。合併之有機層用50 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈黃色固體狀之化合物6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(70 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z241.9 [M-H] +步驟5：(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(70 mg，287.33 μmol，1當量)及(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(103.98 mg，287.33 μmol，1當量，HCl)於DCM (6 mL)及DMF (3 mL)中之混合物中添加DMAP (70.21 mg，574.67 μmol，2當量)及EDCI (110.17 mg，574.67 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用40 mL EA (20 mL×2)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水(20 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物。獲得呈無色油狀之化合物(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(120 mg，206.89 μmol，72.00%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z551.1 [M+H] +步驟6：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(2S)-2-[(6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(100 mg，181.49 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，15.00 mL，578.56當量)中之溶液在60℃下再攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.2 [M+H] +步驟7：6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氯-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，167.91 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(80.03 mg，335.82 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用5 mL H 2O稀釋且用10 mL DCM (5 mL×2)萃取。藉由吹乾將合併之有機層濃縮，得到殘餘物。藉由中性製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-70%，10 min)純化殘餘物。獲得呈白色固體狀之化合物6-氯-N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-5-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(52 mg，97.18 μmol，57.87%產率，96.8%純度)。MS (ESI) m/z518.1 [M+H] + 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.81 (br d, J=1.1 Hz, 1H), 8.96 (d, J=8.1 Hz, 1H), 8.69 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.57 (d, J=0.9 Hz, 1H), 7.26 - 7.16 (m, 1H), 5.05 - 4.88 (m, 1H), 4.54 - 4.40 (m, 1H), 4.12 (d, J=1.3 Hz, 3H), 2.55 (br s, 1H), 2.23 - 2.11 (m, 1H), 1.98 (dd, J=8.6, 12.3 Hz, 1H), 1.89 - 1.71 (m, 2H), 1.57 - 1.40 (m, 2H), 1.15 (s, 3H), 1.05 (s, 3H), 0.86 - 0.74 (m, 1H), 0.49 - 0.34 (m, 2H), 0.25 - 0.16 (m, 1H), 0.14 - 0.04 (m, 1H)。 實例 296. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1205
Figure 02_image2786
步驟1：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
將HMTA (5.00 g，35.67 mmol，1.05當量)少量地分批添加至TFA (80 mL)中且在78℃下將所得混合物加熱至回流。接著逐滴添加3-氯-4-氟苯酚(5 g，34.12 mmol，1當量)於TFA (30 mL)中之溶液且再攪拌混合物1小時。在完成之後，將混合物冷卻至室溫且在真空中濃縮。將殘餘物倒入冰水(50 mL)中且攪拌隔夜。過濾混合物且將濾餅溶解於EA (50 mL)中，經Na 2SO 4脫水且在真空中濃縮，得到呈黃色油狀之4-氯-5-氟-2-羥基苯甲醛(5.5 g，粗物質)。MS (ESI) m/z175.0 [M+H] +。 步驟2：4-氯-5-氟-2-甲氧基苯甲醛
向4-氯-5-氟-2-羥基苯甲醛(5.35 g，15.32 mmol，50%純度，1當量)於DMF (1 mL)中之溶液中添加K 2CO 3(4.24 g，30.65 mmol，2當量)，接著在0℃下逐滴添加MeI (4.35 g，30.65 mmol，1.91 mL，2當量)，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物且藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅殘餘物，且接著用DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至5:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之4-氯-5-氟-2-甲氧基苯甲醛(920 mg，4.63 mmol，30.24%產率，95 %純度)。MS (ESI) m/z189.0 [M+H] +。 步驟3：(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-5-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
在-10℃下，向NaOMe (515.61 mg，9.54 mmol，2當量)於MeOH (10 mL)中之溶液中逐滴添加含2-疊氮基乙酸乙酯(1.23 g，9.54 mmol，1.09 mL，2當量)及4-氯-5-氟-2-甲氧基苯甲醛(900 mg，4.77 mmol，1當量)之MeOH (10 mL)。在25℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物且藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅殘餘物，且接著用150 mL DCM (50 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析純化殘餘物(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至20:1)，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-5-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯(390 mg，1.30 mmol，27.18%產率，95 %純度)。MS (ESI) m/z286.0 [M+H] +。 步驟4：6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將2-疊氮基-3-(4-氯-5-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯(Z)-甲酯(390 mg，1.37 mmol，1當量)於二甲苯(10 mL)中之溶液在170℃下攪拌1.5小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至25℃，固體沈澱，接著過濾，用100 mL PE洗滌粗產物，得到呈白色固體狀之6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(220 mg，811.19 μmol，59.42%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z258.0 [M+H] +。 步驟5：6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(200 mg，776.26 μmol，1當量)於THF (2 mL)及H 2O (0.5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (97.72 mg，2.33 mmol，3當量)，且接著在60℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，用1 M HCl將所得溶液調節至約pH 5且接著用EtOAc (5 mL×2)萃取。合併之有機相經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到呈白色固體狀之6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(190 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z244.0 [M+H] +。 步驟6：(S)-2-((S)-2-(6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(190 mg，779.91 μmol，1當量)於DCM (2 mL)及DMF (2 mL)中之溶液中添加(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(416.92 mg，1.01 mmol，88%純度，1.3當量，HCl)、DMAP (285.84 mg，2.34 mmol，3當量)及EDCI (299.02 mg，1.56 mmol，2當量)，在添加之後，在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將所得溶液倒入鹽水(10 mL)中，且接著用EtOAc (10 mL×2)萃取，合併之有機層用檸檬酸(20 mL×2)洗滌，接著用NaHCO 3(10 mL)、鹽水(10 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且濃縮，得到粗產物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(S)-2-((S)-2-(6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(210 mg，381.12 μmol，48.87%產率)。MS (ESI) m/z551.2 [M+H] +。 步驟7：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(S)-2-((S)-2-(6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯(190 mg，344.82 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，3.83 mL，77.66當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑，得到呈白色固體狀之N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(186 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z536.2 [M+H] +。 步驟8：6-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氯-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(186 mg，347.02 μmol，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(165.40 mg，694.04 μmol，2當量)，且接著在25℃下攪拌混合物3小時。LCMS證實大部分起始物質殘留，接著添加伯格斯試劑(82.70 mg，347.02 μmol，1當量)，再攪拌12小時。LCMS證實極少的起始物質殘留，接著添加伯格斯試劑(82.70 mg，347.02 μmol，1當量)且再攪拌6小時。在完成之後，所得溶液用H 2O (0.5 mL)淬滅，接著在真空(25℃)中濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之6-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(50.52 mg，97.53 μmol，28.11%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z518.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) 8.94 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.60 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.37 (d, J=2.8 Hz, 1H), 6.59 (d, J=4.6 Hz, 1H), 5.04 - 4.88 (m, 1H), 4.54 - 4.35 (m, 1H), 3.89 (s, 3H), 2.61 - 2.53 (m, 1H), 2.21 - 2.12 (m, 1H), 1.99 (dd, J=8.4, 12.3 Hz, 1H), 1.84 - 1.73 (m, 2H), 1.53 - 1.44 (m, 2H), 1.16 (s, 3H), 1.06 (s, 3H), 0.87 - 0.74 (m, 1H), 0.44 - 0.34 (m, 2H), 0.21 - 0.05 (m, 2H) 實例 297. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1215
Figure 02_image2788
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
在-10℃下，向NaOMe (9.50 g，175.86 mmol，2當量)於MeOH (100 mL)中之溶液中添加含4-氯-2-甲氧基-苯甲醛(15 g，87.93 mmol，1當量)及2-疊氮基乙酸乙酯(23.84 g，184.65 mmol，21.10 mL，2.1當量)之MeOH (100 mL)。在20℃下攪拌混合物18小時。在完成之後，藉由在20℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至80/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(15.5 g，57.91 mmol，65.86%產率)。 步驟2：6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(4-氯-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(10 g，37.36 mmol，1當量)於二甲苯(100 mL)中之溶液在170℃下攪拌2小時。在完成之後，過濾反應混合物且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(4 g，粗物質)。 步驟3：6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(4 g，16.69 mmol，1當量)於THF (30 mL)及H 2O (10 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (2.10 g，50.07 mmol，3當量)。在50℃下攪拌混合物5小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。添加1 M HCl，調節至pH 3，接著過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(3.5 g，粗物質)。 步驟4：六氫環戊[c]吡咯-1,2(1H)-二甲酸(1S,3aR,6aS)-2-三級丁酯1-乙酯
向(3S,3aS,6aR)-1,2,3,3a,4,5,6,6a-八氫環戊[c]吡咯-3-甲酸乙酯(1.5 g，8.19 mmol，1當量)、TEA (993.96 mg，9.82 mmol，1.37 mL，1.2當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加(Boc) 2O (2.14 g，9.82 mmol，2.26 mL，1.2當量)，且接著添加DMAP (200.01 mg，1.64 mmol，0.2當量)。在20℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入30 mL H 2O中，且接著用DCM (35 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=1/0至80/1)純化殘餘物，得到呈無色油狀之(3S,3aS,6aR)-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-2,3-二甲酸O2-三級丁酯O3-乙酯(2 g，7.06 mmol，86.22%產率)。 步驟5：(1S,3aR,6aS)-2-(三級丁氧基羰基)八氫環戊[c]吡咯-1-甲酸
向(3S,3aS,6aR)-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-2,3-二甲酸O2-三級丁酯O3-乙酯(2 g，7.06 mmol，1當量)於THF (15 mL)及H 2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (888.55 mg，21.17 mmol，3當量)。在50℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除溶劑。添加1 M HCl，調節至pH 3，且接著過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(3S,3aS,6aR)-2-三級丁氧基羰基-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-甲酸(1.7 g，粗物質)。 步驟6：(1S,3aR,6aS)-1-(((S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-甲氧基-1-側氧基丙-2-基)胺甲醯基)六氫環戊[c]吡咯-2(1H)-甲酸三級丁酯
向(3S,3aS,6aR)-2-三級丁氧基羰基-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-甲酸(534.61 mg，2.09 mmol，1.5當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(350 mg，1.40 mmol，1當量，HCl)於DCM (7 mL)中之溶液中添加DMAP (426.36 mg，3.49 mmol，2.5當量)，且接著添加EDCI (535.22 mg，2.79 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入15 mL H 2O中，且接著用DCM (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(15 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=60/1至40/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(3S,3aS,6aR)-3-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-2-甲酸三級丁酯(600 mg，1.20 mmol，85.67%產率，90%純度)。 步驟7：(S)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-2-((1S,3aR,6aS)-八氫環戊[c]吡咯-1-甲醯胺基)丙酸甲酯
將(3S,3aS,6aR)-3-[[(1S)-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-甲氧基-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-2-甲酸三級丁酯(550 mg，1.22 mmol，1當量)於HCl/MeOH (10 mL)中之溶液在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除MeOH，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(3S,3aS,6aR)-1,2,3,3a,4,5,6,6a-八氫環戊[c]吡咯-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(472 mg，粗物質，HCl)。 步驟8：(S)-2-((1S,3aR,6aS)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)八氫環戊[c]吡咯-1-甲醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(363.64 mg，1.61 mmol，1.2當量)、(2S)-2-[[(3S,3aS,6aR)-1,2,3,3a,4,5,6,6a-八氫環戊[c]吡咯-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(472 mg，1.34 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (410.19 mg，3.36 mmol，2.5當量)，且接著添加EDCI (514.93 mg，2.69 mmol，2當量)。在20℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入30 mL H 2O中，且接著用DCM (35 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=80/1至30/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[(3S,3aS,6aR)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(650 mg，1.16 mmol，86.57%產率)。 步驟9：(1S,3aR,6aS)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)八氫環戊[c]吡咯-1-甲醯胺
將(2S)-2-[[(3S,3aS,6aR)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(650 mg，1.16 mmol，1當量)於NH 3/MEOH (7 M，13.00 mL，78.27當量)中之溶液在65℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之(3S,3aS,6aR)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-甲醯胺(630 mg，粗物質)。 步驟10：(1S,3aR,6aS)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)八氫環戊[c]吡咯-1-甲醯胺
向(3S,3aS,6aR)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-甲醯胺(630 mg，1.16 mmol，1當量)於DCM (12 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(551.91 mg，2.32 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，在20℃下將反應混合物倒入30 mL H 2O中，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL×2)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：45%-75%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(3S,3aS,6aR)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-3,3a,4,5,6,6a-六氫-1H-環戊[c]吡咯-3-甲醯胺(215 mg，408.73 μmol，35.30%產率，100%純度)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.69 (s, 1H), 8.92 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 7.18 - 6.85 (m, 2H), 6.57 (s, 1H), 4.95 (d, J=7.1 Hz, 1H), 4.74 - 4.30 (m, 1H), 4.16 (d, J=8.9 Hz, 1H), 3.97 - 3.62 (m, 4H), 3.33 - 3.26 (m, 1H), 2.95 - 2.75 (m, 1H), 2.69 - 2.57 (m, 1H), 2.23 - 1.32 (m, 10H), 1.24 - 0.68 (m, 6H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80k) δ=11.37 (s, 1H), 8.85 - 8.58 (m, 1H), 7.51 (s, 1H), 7.10 (s, 1H), 6.88 (s, 1H), 6.55 (s, 1H), 5.01 - 4.88 (m, 1H), 4.49 (s, 1H), 4.08 (s, 1H), 3.92 (s, 3H), 3.74 (d, J=4.5, 10.8 Hz, 1H), 3.00 (s, 4H), 2.88 - 2.75 (m, 1H), 2.65 - 2.54 (m, 2H), 2.22 - 2.10 (m, 1H), 2.08 - 1.92 (m, 2H), 1.90 - 1.71 (m, 3H), 1.68 - 1.58 (m, 2H), 1.57 - 1.47 (m, 2H), 1.19 (s, 3H), 1.08 (s, 3H)。 實例 298. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1219
Figure 02_image2790
步驟1：(1S,2S,5R)-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-甲酸三級丁酯
向(1S,2S,5R)-3-三級丁氧基羰基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲酸(500 mg，2.20 mmol，1當量)、(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(755.22 mg，2.64 mmol，70%純度，1.2當量)於DCM (15 mL)中之溶液中添加DMAP (537.58 mg，4.40 mmol，2當量)及EDCI (632.66 mg，3.30 mmol，1.5當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，藉由添加H 2O (40 mL)來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (SiO 2，甲醇:二氯甲烷=10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-甲酸三級丁酯(811 mg，1.47 mmol，66.61%產率，74%純度)。MS (ESI) m/z410.2 [M+H] +。 步驟2：(S)-2-((1S,2S,5R)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將(1S, 2S, 5R)-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-甲酸三級丁酯(750 mg，1.83 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，14 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除HCl/MeOH，且添加DCM (20 mL)且在減壓下濃縮(重複三次)，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(1S,2S,5R)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(500 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z310.2 [M+H] +。 步驟3：(S)-2-((1S,2S,5R)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(1S,2S,5R)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(800 mg，2.59 mmol，1當量)、4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(494.40 mg，2.59 mmol，1當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (631.86 mg，5.17 mmol，2當量)及EDCI (743.60 mg，3.88 mmol，1.5當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，乙酸乙酯/MeOH=5/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(1S, 2S, 5R)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(810 mg，1.59 mmol，61.67%產率，95%純度)。MS (ESI) m/z483.2 [M+H] +。 步驟4：(1S,2S,5R)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
將(2S)-2-[[(1S,2S,5R)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(810 mg，1.76 mmol，1當量)於NH 3MeOH (7 M，10 mL，39.74當量)中之溶液在65℃下攪拌14小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物以移除HN 3/MeOH，且添加DCM (30 mL)且在減壓下濃縮(重複三次)，得到呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(800 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z468.2 [M+H] +。 步驟5：(1S,2S,5R)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
向(1S,2S,5R)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(810 mg，1.73 mmol，1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(908.33 mg，3.81 mmol，2.2當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，在N 2下移除DCM。藉由製備型TLC (SiO 2，EA:MeOH=20:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之所需化合物(460 mg，98%純度)，將其藉由SFC (管柱：REGIS(S,S)WHELK-O1 (250 mm×25 mm，10 μm)；移動相：[Neu-ETOH]；B%：50%-50%，7 min)進一步分離，得到呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺異構體1 (120 mg，266.96 μmol，15.41%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z450.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.55 (s, 1H), 9.43 - 8.98 (m, 1H), 7.60 - 7.46 (m, 1H), 7.11 (q, J=8.3 Hz, 1H), 7.06 - 6.97 (m, 1H), 6.96 - 6.59 (m, 1H), 6.55 - 6.43 (m, 1H), 5.07 (q, J=7.7 Hz, 1H), 4.92 - 4.63 (m, 1H), 4.18 - 3.95 (m, 2H), 3.93 - 3.78 (m, 3H), 3.14 - 2.86 (m, 2H), 2.32 - 2.14 (m, 2H), 1.83 - 1.36 (m, 6H), 1.30 - 1.01 (m, 1H), 0.89 - 0.75 (m, 1H), 0.21 (br d, J=3.8 Hz, 1H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.29 (br s, 1H), 9.10 - 8.56 (m, 1H), 7.27 (br d, J=1.3 Hz, 1H), 7.16 - 6.74 (m, 3H), 6.52 (d, J=7.5 Hz, 1H), 5.11 - 5.00 (m, 1H), 4.83 - 4.72 (m, 1H), 4.06 (br d, J=9.9 Hz, 2H), 3.90 (s, 3H), 3.18 - 3.08 (m, 2H), 2.31 - 2.21 (m, 2H), 1.92 - 1.40 (m, 7H), 0.88 - 0.78 (m, 1H), 0.21 (q, J=4.1 Hz, 1H)。
得到呈白色固體狀之(1S,2S,5R)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺異構體2 (182 mg，392.75 μmol，22.67%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z450.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.61 - 11.48 (m, 1H), 9.26 - 8.95 (m, 1H), 7.58 - 7.43 (m, 1H), 7.17 - 6.97 (m, 2H), 6.96 - 6.56 (m, 1H), 6.55 - 6.46 (m, 1H), 5.12 - 5.03 (m, 1H), 4.82 - 4.66 (m, 1H), 4.16 - 4.00 (m, 2H), 3.92 - 3.82 (m, 3H), 3.13 - 2.96 (m, 2H), 2.33 (br s, 2H), 1.88 - 1.38 (m, 7H), 0.86 - 0.74 (m, 1H), 0.25 - 0.11 (m, 1H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.37 - 11.24 (m, 1H), 8.99 - 8.67 (m, 1H), 7.30 - 7.22 (m, 1H), 7.15 - 7.09 (m, 1H), 7.07 - 7.02 (m, 1H), 6.96 - 6.80 (m, 1H), 6.52 (d, J=7.7 Hz, 1H), 5.13 - 5.00 (m, 1H), 4.79 - 4.71 (m, 1H), 4.13 - 3.94 (m, 2H), 3.90 (s, 3H), 3.18 - 3.09 (m, 2H), 2.31 - 2.08 (m, 2H), 1.94 - 1.57 (m, 6H), 1.50 - 1.38 (m, 1H), 0.87 - 0.77 (m, 1H), 0.24 - 0.15 (m, 1H)。 實例 299. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1221
Figure 02_image2792
步驟1：(R)-2-胺基-3-(三甲基矽烷基)丙酸三級丁酯
向(2R)-2-[(Z)-[(2R)-2-羥基-2,6,6-三甲基-降蒎-3-亞基]胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(1.2 g，3.26 mmol，1當量)於THF (6 mL)中之溶液中添加檸檬酸之溶液(18 mL，15%純度)。在50℃下攪拌混合物3小時。LCMS證實反應未完成，接著再攪拌12小時。在完成之後，在真空中移除THF，用EtOAc (15 mL×2)萃取水層以移除對掌性誘導物。接著，用碳酸鉀使pH值升高至8 – 9。接著用EtOAc (3×30 mL)萃取游離胺。合併有機層，經Na 2SO 4脫水，由於胺揮發性而在室溫下濃縮，得到呈淺黃色油狀之(2R)-2-胺基-3-三甲基矽烷基-丙酸三級酯(510 mg，2.35 mmol，71.87%產率)。MS (ESI) m/z218.1[M+H] +步驟2：(R)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-(三甲基矽烷基)丙酸三級丁酯
向6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(477.45 mg，2.12 mmol，1當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加(2R)-2-胺基-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(460 mg，2.12 mmol，1當量)、EDCI (527.36 mg，2.75 mmol，1.3當量)、TEA (642.38 mg，6.35 mmol，883.61 μL，3當量)，且在0℃下添加HOBt (371.72 mg，2.75 mmol，1.3當量)。在25℃下攪拌所得反應物1小時。LCMS證實反應未完成，接著添加EDCI (527.36 mg，2.75 mmol，1.3當量)、HOBt (371.72 mg，2.75 mmol，1.3當量)及TEA (363.50 mg，3.59 mmol，0.5 mL，1.70當量)且再攪拌14小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (20 mL)稀釋且用EA (20 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×5)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由矽膠管柱(SiO 2PE/EA=10:1)純化殘餘物，得到呈淺黃色固體狀之(2R)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(770 mg，1.79 mmol，84.76%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z369.1[M+H-56] +步驟3：(R)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-3-(三甲基矽烷基)丙酸
在0℃下，向(2R)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸三級丁酯(750 mg，1.76 mmol，1當量)於DCM (9 mL)中之溶液中添加TFA/H 2O 10:1 (6 mL)。接著，在25℃下攪拌反應物2小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物至乾燥(低於30℃)。將殘餘物倒入水(20 mL)中。水相用乙酸乙酯(12 mL×2)萃取。合併之有機相經無水Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮，得到呈淺黃色固體狀之(2R)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸(740 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z369.1[M+H] +步驟4：6-氯-N-((R)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-1-側氧基-3-(三甲基矽烷基)丙-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
在-30℃下，向(2R)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)胺基]-3-三甲基矽烷基-丙酸(100 mg，271.09 μmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙腈(67.99 mg，406.63 μmol，1.5當量)於DMF (2 mL)中之溶液中添加PyBOP (211.61 mg，406.63 μmol，1.5當量)及TEA (82.29 mg，813.26 μmol，113.20 μL，3當量)於DMF (2 mL)中之溶液。接著，在-30℃下攪拌反應物1小時。在完成之後，在-30℃下用水(10 mL)淬滅反應混合物，接著用EA (10 mL×2)萃取，合併之有機相經Na 2SO 4脫水且濃縮。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-70%，8 min)純化殘餘物，得到產物。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[0.1% NH 3H 2O IPA]；B%：40% - 40%，12 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之異構體1 (Rt=1.344 min) 6-氯-N-[(1R)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-2-側氧基-1-(三甲基矽烷基甲基)乙基]-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(4.39 mg，8.40 μmol，3.10%產率，99.1%純度)。MS (ESI) m/z518.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.21 (s, 1H), 7.05 (s, 1H), 6.52 (d, J=1.4 Hz, 1H), 5.08 (br dd, J=6.1, 9.8 Hz, 1H), 4.59 (t, J=7.9 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 3.23 - 3.16 (m, 2H), 2.53 - 2.36 (m, 2H), 2.03 - 1.84 (m, 2H), 1.78 (dt, J=4.6, 9.0 Hz, 1H), 1.72 - 1.60 (m, 1H), 1.55 - 1.43 (m, 1H), 1.20 (d, J=7.9 Hz, 2H), 0.10 (s, 9H) 實例 300. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1227
Figure 02_image2794
步驟1：(2S)-2-[[2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.1 g，240.41 μmol，1當量，HCl)及6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(81.37 mg，360.62 μmol，1.5當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加DMAP (88.11 mg，721.23 μmol，3當量)、EDCI (92.17 mg，480.82 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加H 2O (10 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (5 mL×4)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈黃色油狀之(2S)-2-[[2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.089 g，128.85 μmol，53.60%產率，85%純度)。MS (ESI) m/z587.2 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將含(2S)-2-[[2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(0.079 g，134.56 μmol，1當量)之NH 3/MeOH (3 mL)在60℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之粗產物N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(75 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z572.2 [M+H] +步驟3：(3S)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.075 g，131.10 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(93.73 mg，393.29 μmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，混合物用水(0.5 mL)淬滅且用N 2吹乾且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：40%-70%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之產物(3S)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(19 mg，34.29 μmol，26.16%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z554.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.76 - 11.58 (m, 1H), 8.90 (d, J=7.9 Hz, 1H), 7.81 (s, 1H), 7.15 - 6.85 (m, 2H), 6.57 (s, 1H), 4.92 (br d, J=6.6 Hz, 1H), 4.49 (t, J=8.4 Hz, 1H), 3.92 (s, 3H), 3.84 (br s, 1H), 3.67 (br d, J=10.4 Hz, 1H), 2.66 - 2.58 (m, 1H), 2.28 - 2.04 (m, 2H), 1.99 (dd, J=8.3, 11.8 Hz, 1H), 1.82 - 1.68 (m, 1H), 1.61 - 1.31 (m, 12H), 1.19 - 1.06 (m, 3H), 1.06 - 0.80 (m, 3H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.51 - 11.34 (m, 1H), 8.85 - 8.58 (m, 1H), 7.62 - 7.53 (m, 1H), 7.13 - 6.82 (m, 2H), 6.60 - 6.50 (m, 1H), 5.04 - 4.81 (m, 1H), 4.73 - 4.42 (m, 1H), 3.96 - 3.90 (m, 3H), 3.88 - 3.83 (m, 1H), 3.76 - 3.51 (m, 1H), 2.65 - 2.55 (m, 1H), 2.27 - 2.01 (m, 2H), 1.82 - 1.36 (m, 14H), 1.20 - 1.14 (m, 3H), 1.12 - 1.00 (m, 3H)。 實例 301. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1229
Figure 02_image2796
步驟1：(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯
向(2S)-2-(2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(82.86 mg，199.20 μmol，1當量，HCl)、7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(0.05 g，239.04 μmol，1.2當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加DMAP (73.01 mg，597.59 μmol，3當量)及EDCI (76.37 mg，398.39 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (15 mL)來淬滅反應混合物且用DCM (5 mL×5)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化，得到呈白色固體狀之產物(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯(0.08 g，141.27 μmol，57.11%產率，97%純度)。MS (ESI) m/z571.3 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]-2-[[2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]丙酸甲酯(0.07 g，122.67 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7M，3 mL)中之溶液在50℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之粗產物N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.065 g，粗物質)。MS (ESI) m/z556.3 [M+H] +步驟3：N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.06 g，102.58 μmol，95%純度，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(97.79 mg，410.34 μmol，4當量)，且在30℃下攪拌所得混合物1小時。在完成之後，混合物用水(0.5 mL)淬滅且用N 2吹乾且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 Mm NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-65%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-(7-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(0.015 g，26.67 μmol，26.00%產率，95.6%純度)。MS (ESI) m/z538.3 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.13 - 11.88 (m, 1H), 9.12 - 8.84 (m, 1H), 7.88 - 7.69 (m, 1H), 7.07 - 6.63 (m, 2H), 6.48 - 6.31 (m, 1H), 4.99 - 4.83 (m, 1H), 4.50 (t, J=8.7 Hz, 1H), 3.90 - 3.77 (m, 4H), 3.68 (d, J=10.3 Hz, 1H), 2.73 - 2.59 (m, 1H), 2.27 - 2.12 (m, 2H), 2.06 - 1.96 (m, 1H), 1.82 - 1.69 (m, 1H), 1.62 - 1.29 (m, 12H), 1.19 - 1.06 (m, 3H), 1.05 - 0.87 (m, 3H)。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6, 273+80K) δ=11.73 - 11.58 (m, 1H), 8.80 - 8.61 (m, 1H), 7.66 - 7.51 (m, 1H), 7.05 - 6.80 (m, 2H), 6.52 - 6.28 (m, 1H), 5.00 - 4.84 (m, 1H), 4.73 - 4.48 (m, 1H), 3.92 - 3.80 (m, 4H), 3.75 - 3.50 (m, 1H), 2.65 - 2.54 (m, 1H), 2.29 - 2.18 (m, 1H), 2.11 - 1.93 (m, 1H), 1.87 - 1.61 (m, 2H), 1.58 - 1.28 (m, 12H), 1.20 - 1.14 (m, 3H), 1.10 - 1.00 (m, 3H)。 實例 302. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1231
Figure 02_image2798
步驟1：(2S)-2-[[(3S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(3S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(600 mg，1.44 mmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之混合物中添加7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(650.92 mg，2.88 mmol，2當量)、DMAP (440.56 mg，3.61 mmol，2.5當量)及EDCI (553.05 mg，2.88 mmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用水(50 mL)稀釋且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5/1至0/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2S)-2-[[(3S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(620 mg，844.82 μmol，58.57%產率，80%純度)。MS (ESI) m/z587.3 [M+H] +。 步驟2：(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
將(2S)-2-[[(3S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(620 mg，844.82 μmol，80%純度，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，10 mL，82.86當量)中之混合物在50℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之產物(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(480 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z572.3 [M+H] +。 步驟3：(3S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(480 mg，839.02 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(599.83 mg，2.52 mmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 70%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(3S)-2-(7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(215.9 mg，386.54 μmol，46.07%產率，99.2%純度)。MS (ESI) m/z554.3 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.51 - 11.25 (m, 1H), 9.03 - 8.86 (m, 1H), 7.87 - 7.73 (m, 1H), 7.17 - 7.10 (m, 1H), 7.03 (s, 1H), 7.00 - 6.96 (m, 1H), 4.97 - 4.76 (m, 1H), 4.49 (t, J=8.6 Hz, 1H), 3.70 - 3.86 (m, 4H), 3.63 (d, J=10.4 Hz, 1H), 2.78 - 2.63 (m, 1H), 2.30 - 2.11 (m, 2H), 2.04 - 1.95 (m, 1H), 1.85 - 1.68 (m, 1H), 1.64 - 1.28 (m, 12H), 1.18 - 1.08 (m, 3H), 1.05 - 0.86 (m, 3H)。 實例 303. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1237
Figure 02_image2800
步驟1：(S)-2-((S)-2-(6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲酸(91.31 mg，396.92 μmol，1當量)及(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(150 mg，396.92 μmol，1當量，HCl)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (96.98 mg，793.85 μmol，2當量)及EDCI (152.18 mg，793.85 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由添加H 2O (30 mL)來淬滅反應混合物，且接著用EA (20 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(30 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，PE:EA=0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之產物(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(6,7-二氯-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(110 mg，198.74 μmol，50.07%產率)。MS (ESI) m/z553.2 [M+H] +步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-6,7-二氯-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(6,7-二氯-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(110 mg，198.74 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，7.86 mL，276.74當量)中之混合物在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-1-[[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(100 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z538.2 [M+H] +步驟3：6,7-二氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-1H-吲哚-2-甲醯胺
向 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-1-[[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6,7-二氯-1 H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，167.14 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(79.66 mg，334.28 μmol，2當量)。在20℃下攪拌混合物5小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：40% - 70%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物6,7-二氯- N-[(1 S)-1-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-1 H-吲哚-2-甲醯胺(20 mg，38.24 μmol，22.88%產率，99.5%純度)。MS (ESI) m/z520.2 [M+H] +  1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.56 (d, J=8.4 Hz, 1H), 7.27 - 7.15 (m, 2H), 5.00 (dd, J=5.6, 10.4 Hz, 1H), 4.65 (dd, J=4.6, 8.2 Hz, 1H), 2.78 (dd, J=5.6, 8.2 Hz, 1H), 2.36 - 2.07 (m, 1H), 2.10 (dd, J=8.6, 12.4 Hz, 1H), 1.95 - 1.84 (m, 2H), 1.83 - 1.74 (m, 1H), 1.65 - 1.52 (m, 1H), 1.21 (s, 3H), 1.08 (s, 3H), 1.05 - 1.01 (m, 9H)。 實例 304. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1239
Figure 02_image2802
步驟1：(S)-2-((S)-2-(6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙酸甲酯
向(2 S)-2-[[(2 S)-2-胺基-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，529.23 μmol，1當量，HCl)及6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(143.29 mg，635.08umol, 1.2當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加EDCI (202.91 mg，1.06 mmol，2當量)及DMAP (193.97 mg，1.59 mmol，3當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，反應混合物用H 2O (60 mL)稀釋且用DCM (40 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(50 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型TLC (SiO 2，DCM:MeOH=10:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180 mg，327.83 μmol，61.95%產率)。MS (ESI) m/z549.3 [M+H] +。 步驟2：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-6-氯-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-[(6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-羰基)胺基]-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(180.00 mg，327.83 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (7 M，5 mL，106.76當量)中之溶液在60℃下攪拌12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈黃色固體狀之產物 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-1-[[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(150 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z534.3 [M+H] +。 步驟3：6-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向 N-[(1 S)-1-[[(1 S)-2-胺基-1-[[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-6-氯-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(130.00 mg，243.42 μmol，1當量)於DCM (6 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(232.04 mg，973.70 μmol，4當量)，在25℃下攪拌混合物4小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 65%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物6-氯- N-[(1 S)-1-[[(1 S)-1-氰基-2-[(3 R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]胺甲醯基]-3,3-二甲基-丁基]-4-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(30 mg，58.14 μmol，23.88%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z516.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, MeOD- d 4) δ=7.23 (s, 1H), 7.04 (s, 1H), 6.52 (d, J=1.4 Hz, 1H), 4.99 (dd, J=5.8, 10.4 Hz, 1H), 4.63 (dd, J=4.6, 8.3 Hz, 1H), 3.93 (s, 3H), 2.78 - 2.68 (m, 1H), 2.41 - 2.29 (m, 1H), 2.09 (dd, J=8.6, 12.4 Hz, 1H), 1.92 - 1.75 (m, 3H), 1.62 - 1.54 (m, 1H), 1.21 (s, 3H), 1.13 - 0.96 (m, 12H)。 實例 305. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1249
Figure 02_image2804
步驟1：(S)-2-((S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將( S)-2-(( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(5 g，12.15 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，60 mL)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(4 g，粗物質)。MS (ESI) m/z312.2 [M+H] +步驟2：(S)-2-((S)-3-環丙基-2-(5-(三氟甲基)-1H-吡咯-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-3-環丙基丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(680 mg，1.95 mmol，1當量，HCl)及5-(三氟甲基)-1 H-吡咯-2-甲酸(350.12 mg，1.95 mmol，1當量)於CH 3CN (8 mL)中之溶液中添加NMI (481.50 mg，5.86 mmol，467.48 μL，3當量)及TCFH (548.52 mg，1.95 mmol，1當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，混合物用水(20 mL)稀釋，且接著用EtOAc (10 mL×3)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由管柱層析(SiO 2，PE/EA=1/0至0/1)純化，接著藉由製備型TLC (SiO 2，EA:MeOH=10:1)再純化，得到呈黃色固體狀之( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(5-(三氟甲基)-1 H-吡咯-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(350 mg，740.81 μmol，37.89%產率)。MS (ESI) m/z473.2 [M+H] +步驟3：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-(三氟甲基)-1H-吡咯-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-3-環丙基-2-(5-(三氟甲基)-1 H-吡咯-2-甲醯胺基)丙醯胺基)-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯(300 mg，634.98 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (10 mL，7M)中之溶液在25℃下攪拌12小時，接著在30℃下攪拌24小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-(三氟甲基)-1 H-吡咯-2-甲醯胺(330 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z458.2 [M+H] +步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-(三氟甲基)-1H-吡咯-2-甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-(三氟甲基)-1 H-吡咯-2-甲醯胺(300 mg，459.07 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(328.20 mg，1.38 mmol，3當量)，且在30℃下攪拌混合物4小時。在反應完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge Prep OBD C18 150×40 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：20%-50%，8 min)純化，得到呈白色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-5-(三氟甲基)-1 H-吡咯-2-甲醯胺(4.36 mg，9.92 μmol，2.16%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z440.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 12.73 (s, 1H), 8.96 - 8.85 (m, 1H), 8.45 - 8.32 (m, 1H), 7.52 (s, 1H), 6.95 (d, J=3.2 Hz, 1H), 6.66 - 6.57 (m, 1H), 5.05 (q, J=8.0 Hz, 1H), 4.48 - 4.39 (m, 1H), 3.13 - 3.03 (m, 2H), 2.29 - 2.18 (m, 2H), 1.88 - 1.65 (m, 4H), 1.62 - 1.50 (m, 1H), 1.49 - 1.34 (m, 2H), 0.83 - 0.71 (m, 1H), 0.47 - 0.35 (m, 2H), 0.22 - 0.04 (m, 2H)。 實例 306. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1251
Figure 02_image2806
步驟1：(Z)-2-疊氮基-3-(4-氟-2-甲氧基苯基)丙烯酸甲酯
在-10℃下，向NaOMe (700.98 mg，12.98 mmol，2當量)之溶液中添加含4-氟-2-甲氧基-苯甲醛(1 g，6.49 mmol，1當量)、2-疊氮基乙酸乙酯(1.68 g，12.98 mmol，1.48 mL，2當量)之MeOH (30mL)，在25℃下攪拌16小時。在完成之後，藉由添加30 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用EA (30 mL×3)萃取。合併之有機層用30 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=100/1至50/1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(Z)-2-疊氮基-3-(4-氟-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(685 mg，2.45 mmol，37.83%產率，90%純度)。 步驟2：6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯
將(Z)-2-疊氮基-3-(4-氟-2-甲氧基-苯基)丙-2-烯酸甲酯(685 mg，2.73 mmol，1當量)於二甲苯(10 mL)中之溶液在170℃下攪拌2小時。在完成之後，將反應混合物冷卻至25℃，且接著經由過濾來獲得固體且用10 mL PE洗滌，得到呈白色固體狀之6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(400 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z224.1 [M+H] +。 步驟3：6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸
向6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸甲酯(400 mg，1.79 mmol，1當量)於THF (8 mL)及H 2O (2 mL)中之溶液中添加LiOH.H 2O (150.41 mg，3.58 mmol，2當量)。在40℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，藉由添加20 mL H 2O來淬滅反應混合物，向水相中添加HCl (1 M)達到pH=3且用DCM (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(460 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z210.0 [M+H] +。 步驟4：N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)胺基)-3-環丙基-1-側氧基丙-2-基)-6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(81.01 mg，387.28 μmol，1.1當量) 、(2S)-2-胺基-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-3-環丙基-丙醯胺(140 mg，352.08 μmol，70%純度，1當量)於DCM (4 mL)中之溶液中添加DMAP (86.02 mg，704.15 μmol，2當量)及EDCI (101.24 mg，528.11 μmol，1.5當量)。在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，藉由添加15 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用EA (15 mL×3)萃取。合併之有機層用20 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-6-氟-4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(20 mg，41.75 μmol，11.86%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z470.2 [M+H] +。 1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.64 (s, 1H), 8.89 (d, J=8.2 Hz, 1H), 8.49 (d, J=7.5 Hz, 1H), 7.52 (br s, 1H), 7.36 (d, J=1.5 Hz, 1H), 6.73 (dd, J=1.3, 9.5 Hz, 1H), 6.46 (dd, J=2.0, 12.1 Hz, 1H), 5.10 - 5.01 (m, 1H), 4.48 - 4.40 (m, 1H), 3.90 (s, 3H), 3.15 - 3.03 (m, 2H), 2.29 - 2.22 (m, 2H), 1.87 - 1.68 (m, 4H), 1.61 - 1.35 (m, 3H), 0.85 - 0.73 (m, 1H), 0.48 - 0.34 (m, 2H), 0.25 - 0.04 (m, 2H) 實例 307. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1253
Figure 02_image2808
步驟1：1-(三級丁氧基羰基)-4-環戊基吡咯啶-2-甲酸
向4-環戊基吡咯啶-2-甲酸(900 mg，4.10 mmol，1當量，HCl)於DCM (20 mL)中之溶液中添加TEA (497.41 mg，4.92 mmol，684.19 μL，1.2當量)、DMAP (100.09 mg，819.27 μmol，0.2當量)及(Boc) 2O (983.42 mg，4.51 mmol，1.04 mL，1.1當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物12小時。在完成之後，藉由在0℃下添加50 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用30 mL DCM萃取。向水層中添加1 M HCl達到pH=4，接著用DCM (30 mL×3)萃取，用40 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈黃色固體狀之1-三級丁氧基羰基-4-環戊基-吡咯啶-2-甲酸(750 mg，粗物質)。 步驟2：4-環戊基-2-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯
向1-三級丁氧基羰基-4-環戊基-吡咯啶-2-甲酸(750 mg，2.65 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(904.92 mg，3.44 mmol，90%純度，1.3當量，HCl)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (808.38 mg，6.62 mmol，2.5當量)及EDCI (1.01 g，5.29 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用40 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:0至0:1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之4-環戊基-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(1.0 g，2.15 mmol，81.15%產率)。MS (ESI) m/z466.2 [M+H] +步驟3：(2S)-2-(4-環戊基吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
將4-環戊基-2-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(1 g，2.15 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，20 mL，37.25當量)中之混合物在20℃下攪拌1小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[(4-環戊基吡咯啶-2-羰基)胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，粗物質，HCl)。 步驟4：(2S)-2-(4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[(4-環戊基吡咯啶-2-羰基)胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.8 g，1.99 mmol，1當量，HCl)及4-甲氧基-1H-吲哚-2-甲酸(456.64 mg，2.39 mmol，1.2當量)於DCM (20 mL)中之溶液中添加DMAP (607.91 mg，4.98 mmol，2.5當量)及EDCI (763.13 mg，3.98 mmol，2當量)，且接著在20℃下攪拌所得混合物2小時。在完成之後，藉由在0℃下添加60 mL H 2O來淬滅反應混合物，且接著用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層用40 mL鹽水洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=1:4至0:1)純化殘餘物，得到呈黃色固體狀之(2S)-2-[[4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.9 g，1.60 mmol，80.59%產率，96%純度)。MS (ESI) m/z539.3 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺
(2S)-2-[[4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(0.9 g，1.67 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (4 M，20 mL，47.88當量)中之混合物，在50℃下攪拌混合物12小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(0.9 g，粗物質)。MS (ESI) m/z524.3 [M+H] +步驟6：N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺(850 mg，1.62 mmol，1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(773.68 mg，3.25 mmol，2當量)，接著在25℃下攪拌混合物1小時。LCMS證實約50%反應物1殘留，接著添加伯格斯試劑(386.84 mg，1.62 mmol，1.00當量)且再攪拌2小時。在完成之後，用水(0.8 mL)淬滅反應物，攪拌10分鐘且在真空中濃縮(低於30℃)。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 250×50 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：35%-75%，10 min)純化殘餘物，接著藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALCEL OD (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-MeOH]；B%：45%-45%，15 min)純化，得到呈白色固體狀之異構體1 (Rt=1.409 min)，N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺異構體1 (75.72 mg，149.76 μmol，9.23%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.21 (br s, 1H), 8.64 (br s, 1H), 7.23 - 7.04 (m, 3H), 6.89 (br s, 1H), 6.53 (d, J=7.3 Hz, 1H), 4.98 (br d, J=7.2 Hz, 1H), 4.58 (br s, 1H), 4.12 (dd, J=7.8, 10.0 Hz, 1H), 3.91 (s, 3H), 3.50 (br s, 1H), 3.10 (br s, 2H), 2.47 - 2.06 (m, 5H), 1.90 - 1.74 (m, 4H), 1.71 - 1.46 (m, 7H), 1.45 - 1.13 (m, 3H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺異構體2 (98.03 mg，193.89 μmol，11.94%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.20 (br s, 1H), 8.53 (br s, 1H), 7.09 (br dd, J=7.8, 16.0 Hz, 3H), 6.91 (br s, 1H), 6.61 - 6.43 (m, 1H), 4.97 (br s, 1H), 4.57 (br s, 1H), 4.12 (br d, J=8.8 Hz, 1H), 3.91 (br d, J=7.7 Hz, 3H), 3.53 (br s, 1H), 3.09 (br s, 2H), 2.28 - 2.02 (m, 4H), 1.90 - 1.54 (m, 12H), 1.45 - 1.11 (m, 3H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺異構體3 (250 mg，494.46 μmol，23.04%產率，100%純度)。藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AS (250 mm×30 mm，10 μm)；移動相：[Neu-EtOH]；B%：50%-50%，15 min)再純化產物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺異構體3_1 (90.63 mg，179.25 μmol，11.04%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.25 (br s, 1H), 8.62 (br s, 1H), 7.19 - 7.04 (m, 3H), 6.88 (br s, 1H), 6.52 (d, J=7.3 Hz, 1H), 5.00 (br d, J=6.4 Hz, 1H), 4.68 (br s, 1H), 4.07 (br s, 1H), 3.91 (s, 3H), 3.52 (br s, 1H), 3.10 (br s, 2H), 2.36 - 2.13 (m, 3H), 2.05 - 1.68 (m, 8H), 1.67 - 1.37 (m, 6H), 1.20 (br d, J=10.6 Hz, 2H)
得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-4-環戊基-1-(4-甲氧基-1H-吲哚-2-羰基)吡咯啶-2-甲醯胺異構體3_2 (89.82 mg，177.65 μmol，10.94%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z506.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.24 (br s, 1H), 8.66 (br s, 1H), 7.37 - 7.01 (m, 3H), 6.89 (br s, 1H), 6.53 (br d, J=6.7 Hz, 1H), 5.00 (br s, 1H), 4.69 (br s, 1H), 4.05 (br s, 1H), 3.90 (br d, J=4.5 Hz, 3H), 3.51 (br s, 1H), 3.11 (br s, 2H), 2.31 - 2.19 (m, 3H), 2.07 - 1.68 (m, 8H), 1.65 - 1.38 (m, 6H), 1.20 (br s, 2H)。 實例 308. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1268
Figure 02_image2810
步驟1：(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,7-二氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(2S)-2-胺基-3-環丙基-丙醯基]胺基]-3-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙酸甲酯(200 mg，555.79 μmol，1當量，HCl)於DCM (5 mL)中之溶液中添加4,7-二氟-1H-吲哚-2-甲酸(164.35 mg，833.69 μmol，1.5當量)、DMAP (169.75 mg，1.39 mmol，2.5當量)及EDCI (213.09 mg，1.11 mmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，用1 M HCl (50 mL)將反應混合物調節至酸性(約pH 4-5)且用DCM (30 mL×3)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱純化殘餘物(SiO 2，石油醚:乙酸乙酯=5/1-0/1)，得到呈白色固體狀之產物(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,7-二氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙酸甲酯(100 mg，199.00 μmol，35.81%產率)。MS (ESI) m/z503.2 [M+H] +。 步驟2：N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向(2S)-2-[[(2S)-3-環丙基-2-[(4,7-二氟-1H-吲哚-2-羰基)胺基]丙醯基]胺基]-3-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙酸甲酯(100 mg，199.00 μmol，1當量)之溶液中添加NH 3/MeOH (7 M，2 mL，70.35當量)。在65℃下攪拌混合物20小時。在完成之後，在減壓下濃縮混合物，得到殘餘物，接著用DCM (10 mL×3)溶解且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z488.2 [M+H] +。 步驟3：N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氟-1H-吲哚-2-甲醯胺
向N-[(1S)-2-[[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]甲基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(90 mg，184.62 μmol，1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(131.98 mg，553.85 μmol，3當量)。在30℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，混合物用水(1 mL)淬滅且用N 2吹乾。藉由製備型HPLC (管柱：Waters X bridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(NH 4HCO 3) - ACN]；B%：20% - 55%，10 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之產物N-[(1S)-2-[[(1S)-1-氰基-2-[(6R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]乙基]胺基]-1-(環丙基甲基)-2-側氧基-乙基]-4,7-二氟-1H-吲哚-2-甲醯胺(10.52 mg，21.96 μmol，11.89%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z470.2 [M+H] +。
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=12.45 (s, 1H), 8.98 (d, 1H), 8.70 (d, 1H), 7.80 (s, 1H), 7.40 (d, J=2.4 Hz, 1H), 7.06 - 6.96 (m, 1H), 6.85 - 6.76 (m, 1H), 5.04 - 4.89 (m, 1H), 4.58 - 4.43 (m, 1H), 2.70 - 2.57 (m, 1H), 2.29 - 2.15 (m, 1H), 2.01 - 1.75 (m, 4H), 1.55 - 1.38 (m, 1H), 0.90 - 0.77 (m, 1H), 0.73 - 0.68 (m, 1H),0.62 - 0.48 (s, 3H), 0.47 - 0.38 (m, 2H), 0.26 - 0.01 (m, 2H)。 實例 309. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1282
Figure 02_image2812
步驟1：(1S,3aR,7aS)-1-(((S)-1-甲氧基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)胺甲醯基)六氫-1H-異吲哚-2(3H)-甲酸三級丁酯
向(1S,3aR,7aS)-2-三級丁氧基羰基-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲酸(450 mg，1.67 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(571.23 mg，2.17 mmol，90%純度，1.3當量，HCl)於DMF (5 mL)及DCM (1.5 mL)中之溶液中添加EDCI (640.58 mg，3.34 mmol，2當量)及DMAP (612.34 mg，5.01 mmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物在0℃下用20 mL H 2O稀釋且接著用EA (10 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×5)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由矽膠管柱(SiO 2，PE/EA=1:1至EA)純化殘餘物。接著，用EA (20 mL)稀釋且用15%檸檬酸(10 mL×2)洗滌，合併之有機層用NaHCO 3(10 mL)、鹽水(10 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(1S,3aR,7aS)-1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-2-甲酸三級丁酯(600 mg，1.33 mmol，79.53%產率)。MS (ESI) m/z452.3[M+H] +步驟2：(S)-2-((1S,3aR,7aS)-八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯鹽酸鹽
將(1S,3aR,7aS)-1-[[(1S)-2-甲氧基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]胺甲醯基]-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-2-甲酸三級丁酯(500 mg，1.11 mmol，1當量)於HCl/MeOH (4 M，10 mL，36.12當量)中之溶液在25℃下攪拌1小時。在完成之後，在真空中濃縮反應物，得到呈白色固體狀之(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫-1H-異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(430 mg，粗物質，HCl)。 步驟3：(S)-2-((1S,3aR,7aS)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺基)-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙酸甲酯
向(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫-1H-異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(430 mg，1.11 mmol，1當量，HCl)及7-氯-1H-吲哚-2-甲酸(281.88 mg，1.44 mmol，1.3當量)於DMF (6 mL)及DCM (2 mL)中之溶液中添加EDCI (425.01 mg，2.22 mmol，2當量)及DMAP (406.29 mg，3.33 mmol，3當量)，接著在25℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物在0℃下用H 2O (20 mL)稀釋且接著用EA (20 mL×2)萃取。合併之有機層用15%檸檬酸(20 mL×2)洗滌，合併之有機層用NaHCO 3(20 mL)、鹽水(20 mL)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由矽膠層析(SiO 2，PE/EA=0:1)純化殘餘物，得到呈灰白色固體狀之(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(440 mg，798.45 μmol，72.03%產率，96%純度)。MS (ESI) m/z529.2[M+H] +步驟4：(1S,3aR,7aS)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺
(2S)-2-[[(1S,3aR,7aS)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-羰基]胺基]-3-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]丙酸甲酯(440 mg，831.72 μmol，1當量)於NH 3.MeOH (7 M，12 mL，101.00當量)中之溶液且在40℃下攪拌混合物24小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到呈灰白色固體狀之(1S,3aR,7aS)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(430 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z514.2 [M+H] +步驟5：(1S,3aR,7aS)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-((S)-1-氰基-2-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)乙基)八氫-1H-異吲哚-1-甲醯胺
向(1S,3aR,7aS)-N-[(1S)-2-胺基-2-側氧基-1-[[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]甲基]乙基]-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(430 mg，836.55 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(598.08 mg，2.51 mmol，3當量)，且接著在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，用水(0.5 mL)淬滅殘餘物且攪拌10分鐘，接著在低於30℃下濃縮。藉由製備型HPLC (HPLC 管柱：Phenomenex Gemini-NX 80×40 mm×3 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：25%-55%，8 min)純化殘餘物。接著，藉由SFC純化，得到呈白色固體狀之異構體1 (Rt=0.878 min) (1S,3aR,7aS)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(103.07 mg，207.80 μmol，24.84%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z496.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) (273+80K) δ=11.13 (br s, 1H), 8.74 (br s, 1H), 7.62 (br s, 1H), 7.31 - 7.23 (m, 2H), 7.08 (br t, J=7.8 Hz, 2H), 5.00 (br s, 1H), 4.31 (br d, J=4.4 Hz, 1H), 4.08 - 3.88 (m, 1H), 3.73 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 3.10 (br s, 2H), 2.41 (br s, 1H), 2.23 (br s, 3H), 1.84 (br s, 2H), 1.71 (br s, 2H), 1.59 - 1.33 (m, 9H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.66 - 11.52 (m, 1H), 9.12 - 8.85 (m, 1H), 7.64 (d, J=7.8 Hz, 1H), 7.56 - 7.49 (m, 1H), 7.32 - 7.25 (m, 1H), 7.16 (s, 1H), 7.11 - 7.01 (m, 1H), 5.11 - 4.94 (m, 1H), 4.42 - 4.19 (m, 1H), 3.98 (dd, J=6.7, 10.0 Hz, 1H), 3.80 - 3.69 (m, 1H), 3.12 - 2.97 (m, 2H), 2.38 (br d, J=4.5 Hz, 1H), 2.27 - 2.13 (m, 3H), 1.88 - 1.61 (m, 4H), 1.54 (br d, J=4.8 Hz, 5H), 1.44 - 1.23 (m, 4H)
及呈白色固體狀之異構體2 (Rt=1.583 min) (1S,3aR,7aS)-2-(7-氯-1H-吲哚-2-羰基)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3S)-2-側氧基-3-哌啶基]乙基]-1,3,3a,4,5,6,7,7a-八氫異吲哚-1-甲醯胺(99.03 mg，199.66 μmol，23.87%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z496.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) (273+80K)δ=11.11 (br s, 1H), 8.77 (br s, 1H), 7.60 (br s, 1H), 7.26 (br d, J=7.3 Hz, 2H), 7.17 - 6.98 (m, 2H), 5.00 (br s, 1H), 4.32 (br s, 1H), 3.93 (s, 1H), 3.69 (br s, 1H), 3.10 (br s, 2H), 2.44 - 2.18 (m, 4H), 1.80 (br s, 2H), 1.68 (br s, 2H), 1.54 (br s, 5H), 1.36 (br s, 4H)
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=11.59 (br s, 1H), 9.22 - 8.93 (m, 1H), 7.64 (d, J=7.8 Hz, 1H), 7.58 - 7.46 (m, 1H), 7.34 - 7.24 (m, 1H), 7.16 (s, 1H), 7.11 - 6.99 (m, 1H), 5.13 - 4.90 (m, 1H), 4.46 - 4.24 (m, 1H), 3.98 (dd, J=6.7, 10.0 Hz, 1H), 3.78 - 3.53 (m, 1H), 3.15 - 2.91 (m, 2H), 2.43 - 2.15 (m, 4H), 1.96 - 1.75 (m, 2H), 1.70 - 1.48 (m, 7H), 1.46 - 1.24 (m, 4H) 實例 310. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 1286
Figure 02_image2814
步驟1：(S)-2-胺基-3-((R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯鹽酸鹽
將( S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(250 mg，800.36 μmol，1當量)於HCl/MeOH (5 mL，4 M)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈黃色固體狀之( S)-2-胺基-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯鹽酸鹽(200 mg，粗物質，HCl)。 步驟2：(S)-2-((S)-2-((三級丁氧基羰基)胺基)-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
在20℃下，向2-胺基-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲基( S)-甲酯鹽酸鹽(200 mg，804.16 μmol，1當量，HCl)及(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊酸(217.00 mg，884.58 μmol，1.1當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DMAP (196.49 mg，1.61 mmol，2當量)及EDCI (308.32 mg，1.61 mmol，2當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，用HCl水溶液(15 mL，1 M)將混合物調節至約pH 1，接著添加水(10 mL)且用DCM (9 mL×3)萃取，接著用飽和NaHCO 3(15 mL)將有機相調節至約pH 7，接著在真空中濃縮有機相且藉由管柱(SiO 2，茚三酮，PE:EA=1:0至0:1)純化，得到呈白色固體狀之(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(6 R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙酸酯(350 mg，732.58 μmol，91.10%產率，92%純度)。MS (ESI) m/z440.2 [M+H] +步驟3：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
將(2 S)-2-[[(2 S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-4,4-二甲基-戊醯基]胺基]-3-[(6 R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基]丙酸酯(160 mg，364.01 μmol，1當量)於HCl/MeOH (3 mL，4 M)中之溶液在20℃下攪拌1小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(100 mg，粗物質，HCl)。MS (ESI) m/z340.2 [M+H] +步驟4：(S)-2-((S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-((R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯
向( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(90 mg，239.43 μmol，1當量，HCl)及7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲酸(75.63 mg，335.20 μmol，1.4當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加DMAP (58.50 mg，478.86 μmol，2當量)及EDCI (91.80 mg，478.86 μmol，2當量)，在20℃下攪拌混合物1小時。在反應完成之後，向混合物中添加水(15 mL)且用DCM (5 mL×3)萃取，接著經Na 2SO 4脫水，過濾且在真空中濃縮且藉由製備型TLC (SiO 2，EA=1)純化，得到呈白色固體狀之( S)-2-(( S)-2-胺基-4,4-二甲基戊醯胺基)-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(80 mg，131.62 μmol，54.97%產率，90%純度)。MS (ESI) m/z547.2 [M+H] +步驟5：N-((S)-1-(((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
將( S)-2-(( S)-2-胺基-4, 4-二甲基戊醯胺基)-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙酸甲酯(70 mg，127.96 μmol，1當量)於NH 3/MeOH (4 mL，7 M)中之溶液在30℃下攪拌16小時。在反應完成之後，在真空中濃縮混合物，得到呈白色固體狀之 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(70 mg，粗物質)。MS (ESI) m/z532.2 [M+H] +步驟6：7-氯-N-((S)-1-(((S)-1-氰基-2-((R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺
向 N-(( S)-1-((( S)-1-胺基-1-側氧基-3-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)丙-2-基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-7-氯-5-甲氧基-1 H-吲哚-2-甲醯胺(60 mg，112.78 μmol，1當量)於DCM (2 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(80.62 mg，338.33 μmol，3當量)，在30℃下攪拌混合物2小時。在反應完成之後，混合物用水(0.5 mL)淬滅且藉由吹送N 2來脫水且藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×25 mm×5 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3)-ACN]；B%：30%-60%，10 min)純化，得到呈白色固體狀之7-氯- N-(( S)-1-((( S)-1-氰基-2-(( R)-5-側氧基-4-氮雜螺[2.4]庚-6-基)乙基)胺基)-4,4-二甲基-1-側氧基戊-2-基)-5-甲氧基-1H-吲哚-2-甲醯胺(15 mg，28.89 μmol，25.62%產率，99%純度)。MS (ESI) m/z514.1 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ ppm 11.55 (s, 1H), 9.02 (d, J=8.0 Hz, 1H), 8.66 (d, J=8.0 Hz, 1H), 7.82 - 7.73 (m, 1H), 7.18 - 7.11 (m, 2H), 7.00 (d, J=2.2 Hz, 1H), 4.95 (q, J=7.8 Hz, 1H), 4.61 - 4.53 (m, 1H), 3.78 (s, 3H), 2.64 - 2.58 (m, 1H), 2.24 - 2.15 (m, 1H), 1.99 - 1.91 (m, 2H), 1.90 - 1.81 (m, 1H), 1.77 - 1.65 (m, 2H), 0.94 (s, 9H), 0.75 - 0.67 (m, 1H), 0.57 - 0.43 (m, 3H)。 實例 311. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3075
Figure 02_image2816
步驟1：((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺基甲酸三級丁酯
將(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(10 g，31.81 mmol，1當量)於NH 3/MeOH (80 mL)中之溶液在80℃下攪拌16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。接著，將混合物溶解於DCM (10 mL)中且在減壓下濃縮兩次，得到呈淺黃色膠狀之N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(8.9 g，粗物質)且直接用於下一步驟中。 步驟2：(S)-2-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)丙醯胺
將N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺基甲酸三級丁酯(8.9 g，29.73 mmol，1當量)於4 M HCl/EtOAc (40 mL)中之溶液在25℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。接著，將混合物溶解於甲苯(10 mL)中且在減壓下濃縮兩次，得到呈白色固體狀之(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙醯胺(5.13 g，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。 步驟3：((S)-1-((1R,2S,5S)-2-(((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)胺甲醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己-3-基)-3,3-二甲基-1-側氧基丁-2-基)胺基甲酸三級丁酯
向(1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲酸(0.5 g，1.36 mmol，1當量)及(2S)-2-胺基-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙醯胺(405.57 mg，2.04 mmol，1.5當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加PyBOP (776.78 mg，1.49 mmol，1.1當量)且冷卻至-30℃，在-30℃下向混合物中添加Et 3N (274.62 mg，2.71 mmol，377.75 μL，2當量)。在-30℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物用水(10 mL)淬滅，且接著用乙酸乙酯(6 mL×2)萃取。合併之有機層用鹽水(10 mL×3)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=20/1至0/1)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之N-[(1S)-1-[(1R,2S,5S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(0.5 g，909.59 μmol，67.03%產率)。MS (ESI) m/z436.2 [M+H] +步驟4：(1R,2S,5S)-3-((S)-2-胺基-3,3-二甲基丁醯基)-N-((S)-1-胺基-3-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)-1-側氧基丙-2-基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
將N-[(1S)-1-[(1R,2S,5S)-2-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-3-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(0.5 g，909.59 μmol，1當量)於HCl/EtOAc (4 M，200 mL，879.52當量)中之混合物在20℃下攪拌2小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。接著，將混合物溶解於甲苯(10 mL)中且在減壓下濃縮兩次，得到呈白色固體狀之(1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(540 mg，粗物質，HCl)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z450.3 [M+H] +步驟5：(1R,2S,5S)-N-((S)-1-胺基-1-側氧基-3-((S)-2-側氧基哌啶-3-基)丙-2-基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
向(1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(0.44 g，905.26 μmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之溶液中添加DIEA (351.00 mg，2.72 mmol，473.04 μL，3當量)且冷卻至0℃，接著添加TFAA (152.11 mg，724.21 μmol，100.73 μL，0.8當量)。在0℃下攪拌混合物1小時。在完成之後，將合併之反應混合物倒入NaHCO 3水溶液(20 mL)中且用DCM (10 mL×2)萃取。合併之有機層經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到呈白色固體狀之(1R,2S,5S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(350 mg，粗物質，70.86%產率)且直接用於下一步驟中。MS (ESI) m/z546.1 [M+H] +步驟6：(1R,2S,5S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
向(1R,2S,5S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(0.3 g，549.86 μmol，1當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加伯格斯試劑(393.10 mg，1.65 mmol，3當量)。在20℃下攪拌混合物2小時。在完成之後，反應混合物在20℃下用水(0.5 mL)淬滅，且用N 2將系統吹乾，得到殘餘物。藉由製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 mM NH 4HCO 3) - ACN]；B%：35% - 60%，8 min)純化殘餘物，得到呈白色固體狀之(1R,2S,5S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-3-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺(91.51 mg，173.45 μmol，31.54%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.41 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 8.99 (d, J=8.4 Hz, 1H), 7.83 (s, 1H), 4.97 - 4.88 (m, 1H), 4.40 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 4.20 - 4.14 (m, 1H), 3.90 (br dd, J=5.5, 10.4 Hz, 1H), 3.68 (br d, J=10.6 Hz, 1H), 2.21 - 2.08 (m, 2H), 1.99 (br dd, J=8.8, 12.3 Hz, 1H), 1.75 (ddd, J=5.7, 10.3, 13.5 Hz, 1H), 1.59 - 1.51 (m, 2H), 1.29 (d, J=7.7 Hz, 1H), 1.20 - 1.16 (m, 3H), 1.10 (s, 3H), 1.05 - 1.01 (m, 3H), 1.01 - 0.95 (m, 9H), 0.86 - 0.83 (m, 3H)
步驟7：(1R,2S,5S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺
藉由SFC (管柱：DAICEL CHIRALPAK AD-H(250 mm×30 mm，5 μm)；移動相：[Neu-IPA]；B%：5%-15%，15 min)進一步分離(1R,2S,5S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺，得到呈白色固體狀之(1R,2S,5S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺異構體1 (5.1 mg，9.67 μmol，5.74%產率)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d 6) δ=9.50 - 9.36 (m, 1H), 9.09 - 8.96 (m, 1H), 7.98 - 7.82 (m, 1H), 4.98 - 4.87 (m, 1H), 4.40 (br d, J=5.5 Hz, 1H), 4.21 - 4.15 (m, 1H), 3.97 - 3.85 (m, 1H), 3.73 - 3.60 (m, 1H), 2.53 - 2.52 (m, 1H), 2.15 - 2.08 (m, 1H), 2.07 - 1.93 (m, 1H), 1.84 - 1.70 (m, 1H), 1.58 - 1.47 (m, 2H), 1.35 - 1.27 (m, 1H), 1.22 - 1.17 (m, 3H), 1.16 - 1.08 (m, 3H), 1.05 - 1.00 (m, 3H), 1.00 - 0.94 (m, 9H), 0.86 - 0.81 (m, 3H)。
得到呈白色固體狀之(1R,2S,5S)-N-((S)-1-氰基-2-((R)-5,5-二甲基-2-側氧基吡咯啶-3-基)乙基)-3-((S)-3,3-二甲基-2-(2,2,2-三氟乙醯胺基)丁醯基)-6,6-二甲基-3-氮雜雙環[3.1.0]己烷-2-甲醯胺異構體2 (61.8 mg，117.14 μmol，69.59%產率)。MS (ESI) m/z528.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO-d 6) δ=9.41 (br d, J=7.7 Hz, 1H), 8.99 (br d, J=8.2 Hz, 1H), 7.84 (s, 1H), 4.96 - 4.89 (m, 1H), 4.40 (br d, J=7.1 Hz, 1H), 4.17 (s, 1H), 3.90 (br dd, J=5.4, 10.5 Hz, 1H), 3.68 (br d, J=10.6 Hz, 1H), 2.52 (d, J=2.0 Hz, 1H), 2.19 - 2.10 (m, 1H), 1.99 (br dd, J=8.7, 12.5 Hz, 1H), 1.75 (ddd, J=5.6, 10.1, 13.3 Hz, 1H), 1.59 - 1.51 (m, 2H), 1.29 (d, J=7.7 Hz, 1H), 1.19 - 1.16 (m, 3H), 1.10 (s, 3H), 1.02 (s, 3H), 0.98 (s, 9H), 0.86 - 0.84 (m, 3H) 實例 312. 合成病毒性蛋白酶抑制劑化合物 3073
Figure 02_image2818
步驟1：(2S)-2-[[(3S)-2-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯
在25℃下，向(2S)-2-[[(3S)-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(200 mg，480.82 μmol，1當量，HCl)於DCM (10 mL)中之混合物中添加DMAP (117.48 mg，961.65 μmol，2當量)、(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁酸(111.21 mg，480.82 μmol，1當量)及EDCI (184.35 mg，961.65 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。在完成之後，反應混合物用20 mL H 2O稀釋且用50 mL EA (25 mL×2)萃取。合併之有機層用25 mL鹽水(25 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物。藉由管柱層析(SiO 2，石油醚/乙酸乙酯=10/1至1/1)純化殘餘物，得到180 mg粗物質。藉由中性條件製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：50%-80%，10 min)純化粗物質。獲得呈白色固體狀之化合物(2S)-2-[[(3S)-2-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，118.09 μmol，24.56%產率，100%純度)。MS (ESI) m/z593.4 [M+H] +步驟2：N-[(1S)-1-[(3S)-3-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯
向(2S)-2-[[(3S)-2-[(2S)-2-(三級丁氧基羰基胺基)-3,3-二甲基-丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-羰基]胺基]-3-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]丙酸甲酯(70 mg，118.09 μmol，1當量)中添加NH 3/MeOH (7 M，14.00 mL，829.87當量)。在25℃下攪拌混合物16小時。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物N-[(1S)-1-[(3S)-3-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(68 mg，115.34 μmol，97.67%產率，98%純度)。MS (ESI) m/z578.4 [M+H] +步驟3：(3S)-2-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向N-[(1S)-1-[(3S)-3-[[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]胺甲醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-2-羰基]-2,2-二甲基-丙基]胺基甲酸三級丁酯(68 mg，117.70 μmol，1當量)中添加HCl/EtOAc (4 M，3.78 mL，128.39當量)。在25℃下攪拌混合物60分鐘。在完成之後，在減壓下濃縮反應混合物，得到殘餘物。殘餘物直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物(3S)-2-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(60 mg，114.37 μmol，97.18%產率，98%純度，HCl)。 步驟4：(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-[(2S) -3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
在0℃下，向含(3S)-2-[(2S)-2-胺基-3,3-二甲基-丁醯基]-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(40 mg，77.81 μmol，1當量，HCl)之DCM (4 mL)中添加DIEA (30.17 mg，233.42 μmol，40.66 μL，3當量)及TFAA (19.61 mg，93.37 μmol，12.99 μL，1.2當量)，在0℃下攪拌混合物30分鐘。在完成之後，藉由在0℃下添加2 mL H 2O來淬滅反應混合物，且用10 mL EA (5 mL×2)萃取。合併之有機層用5 mL鹽水(5 mL×1)洗滌，經Na 2SO 4脫水，過濾且在減壓下濃縮，得到殘餘物且直接用於下一步驟中。獲得呈白色固體狀之化合物(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(60 mg，73.22 μmol，94.10%產率，70%純度)。MS (ESI) m/z574.2 [M+H] +步驟5：(3S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺
向(3S)-N-[(1S)-2-胺基-1-[[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]甲基]-2-側氧基-乙基]-2-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(30 mg，52.30 μmol，1當量)於DCM (3 mL)中之混合物中添加伯格斯試劑(24.93 mg，104.59 μmol，2當量)。在25℃下攪拌混合物3小時。在完成之後，反應混合物用5 mL H 2O稀釋且用10 mL DCM (5 mL×2)萃取。藉由吹乾將合併之有機層濃縮，得到殘餘物。藉由中性條件製備型HPLC (管柱：Waters Xbridge BEH C18 100×30 mm×10 μm；移動相：[水(10 Mm NH4HCO3)-ACN]；B%：40%-70%，10 min)純化粗物質。獲得呈白色固體狀之化合物(3S)-N-[(1S)-1-氰基-2-[(3R)-5,5-二甲基-2-側氧基-吡咯啶-3-基]乙基]-2-[(2S)-3,3-二甲基-2-[(2,2,2-三氟乙醯基)胺基]丁醯基]-2-氮雜螺[4.5]癸烷-3-甲醯胺(10 mg，17.40 μmol，33.28%產率，96.7%純度)。MS (ESI) m/z556.2 [M+H] +
1H NMR (400 MHz, DMSO- d6) δ=8.98 - 8.29 (m, 2H), 7.50 (br s, 1H), 5.01 - 4.78 (m, 1H), 4.56 (s, 1H), 4.31 (br t, J=8.6 Hz, 1H), 3.79 (br d, J=10.1 Hz, 1H), 3.29 (br d, J=10.0 Hz, 1H), 2.60 (br dd, J=5.4, 8.9 Hz, 1H), 2.26 - 2.03 (m, 3H), 1.87 - 1.71 (m, 1H), 1.64 - 1.26 (m, 12H), 1.25 - 1.13 (m, 6H), 1.03 (s, 9H) 實例 313. 在酶分析法中評估化合物針對 COVID-19 (nCoV-2019 、 SARS-CoV2)Mpro 之 抗病毒活性
使用標準方法分析化合物以評估化合物活性及IC50。作為SARS-CoV2 Mpro之評估之實例，將經C-His6標記之Mpro (NC_045512)選殖，在大腸桿菌(E. coli)中表現且純化。分析緩衝液含有20 mM Tris-HCl (pH 7.3)、100 mM NaCl、1 mM EDTA、5 mM TCEP及0.1% BSA。在Mpro酶分析法中，Mpro蛋白質及受質之最終濃度分別為25 nM及25 μM。蛋白酶之Mpro受質之Km為13.5 μM。
將化合物添加至分析盤中。對於100%抑制作用對照(HPE，百分之百作用)，添加1 μM GC376。對於無抑制作用對照(ZPE，百分之零作用)，不添加化合物。各活性測試點具有相關背景對照以將化合物之螢光干擾標準化。
使用對數(抑制劑)與反應之非線性回歸模型--可變斜率(四種參數)，藉由GraphPad Prism軟體來計算化合物之IC50值。使用下式計算抑制活性，使用抑制百分比資料計算IC50值。 抑制 %=[( 樣品 - 平均 ZPE)/( 平均 HPE- 平均 ZPE)]×100% # # HEP ： 百分之百作用對照。含有受質 + 酶 +1 μM GC376 。 ZPE ： 百分之零有效性對照。含有酶 + 受質，不含化合物。 樣品 ： 化合物活性測試孔。含有化合物 + 酶 + 受質。 BG ：化合物背景對照孔。含有化合物 + 受質，不含酶。 實例 314. 在細胞病變作用 (CPE) 分析法中評估化合物針對人類冠狀病毒 (HCov) 229E 及 OC43 之抗病毒活性
針對多種冠狀病毒品系(包括HCoV 229E及OC43品系)使用標準方法分析化合物。在藉由病毒對照標準化之各濃度下，基於對病毒誘導之CPE之保護來計算化合物之抗病毒活性。
此分析法中使用之試劑及儀器包括發光細胞活力分析法套組CellTiter Glo (Promega)及微盤讀取器Synergy2 (BioTek)。 病毒 - HCoV 229E
藉由CellTiter Glo根據製造商手冊量測細胞病變作用(CPE)。在藉由病毒對照標準化之各濃度下，基於對病毒誘導之CPE之保護來計算化合物之抗病毒活性。 病毒 - Hcov OC43
所使用之參考化合物為瑞德西韋；偵測試劑：CellTiter Glo。藉由CellTiter Glo根據製造商手冊量測CPE。在藉由病毒對照標準化之各濃度下，基於對病毒誘導之CPE之保護來計算化合物之抗病毒活性。
在相同條件下，但在不存在病毒感染之情況下平行地評估化合物之細胞毒性。藉由CellTiter Glo量測細胞活力。化合物之抗病毒活性及細胞毒性分別表示為抑制百分比及存活百分比，且藉由各式計算。
表3、表4及表5展示活性資料。 表 3.化合物之活性資料
化合物編號 229E Mpro EC 50 SARS-CoV2 Mpro IC 50
101 D D
103 D D
127 B C
129 C D
131 D D
133 D D
134 D D
134 (異構體1) D D
134 (異構體2) D D
135 D D
135 (異構體1) C C
135 (異構體2) D D
136 D D
143 C C
145 D D
147 A D
149 C D
153 B D
163 B C
165 A B
167 C D
171 D D
183 C D
185 D D
191 A C
197 D D
199 A B
201 C C
205 D D
209 C C
213 A B
223 (異構體1) B B
223 (異構體2) A A
225 A A
227 A C
231 A A
237 A A
241 A A
245 A C
249 A A
253 C C
265 C C
267 D D
267A A A
269 A A
269 A A
271 A A
271A (異構體1) A A
271A (異構體2) A A
271A (異構體3) A A
271A (異構體4) A A
273A A A
273B A A
273C C A
279 A A
305 D D
323 (異構體1) D D
323 (異構體2) D D
325 B B
327 D D
329 D D
331 (異構體1) D D
331 (異構體2) D D
344D D D
344C D D
344A D D
345 D D
345 (異構體1) D D
345 (異構體2) D D
355 C D
357 A B
359 B C
361 D D
363 D D
365 (異構體1) C D
365 (異構體2) C B
369 (異構體1) B C
369 (異構體2) C C
375A D D
377 D D
379 D D
383 C C
385 (異構體1) D D
385 (異構體2) D C
387 A B
389A (異構體1) D D
391 A A
393 D D
395 (異構體1) D D
395 (異構體2) D D
397 D D
399 (異構體1) D C
399A (異構體1) D D
399A (異構體2) B A
401 D D
401 (異構體1) D D
401 (異構體2) C C
405 D D
407 D C
409 A C
413 D C
429A (異構體1) A B
429A (異構體2) A A
431 B B
433 D D
439 A B
449 B B
449 (異構體1) A A
449 (異構體2) B C
451 (異構體1) A A
451 (異構體2) B C
455 A A
457 A A
459 A A
465 B B
465 (異構體1) A A
465 (異構體2) B C
467 (異構體1) C C
467 (異構體2) A A
469 A B
469 (異構體1& 異構體2) A A
469 (異構體3) A A
469 (異構體4) A A
471 B A
473 (異構體1) A A
473 (異構體2) A A
475 (異構體1 & 異構體2) C B
475 (異構體3) B A
475 (異構體4) A A
477 A B
479 B A
481 (異構體1) A A
481 (異構體2) A A
483 A A
483 (異構體1) A A
483 (異構體2) A A
489 (異構體1) A A
489 (異構體2) A A
491 D D
491 (異構體1) D D
491 (異構體2) A B
491 (異構體4) D D
491A (異構體1) A A
491A (異構體2) D D
491B B B
493 A A
495 (異構體1) A A
495 (異構體2) A A
497 (異構體2) D D
499 D D
501 A A
505 (異構體1) A A
505 (異構體2) A C
507 (異構體1.1) D D
507 (異構體1.2) D D
507 (異構體2.1) D D
507 (異構體2.2) D D
509 D D
511 D D
511 (異構體1) D D
511 (異構體2) D D
513 (異構體1) C C
513 (異構體2) C D
515 D D
519 D D
525 D D
529 D D
531 D D
535 A C
547 (異構體2) D C
549 D D
551 D D
555 B B
577 D D
581 A B
583 A B
591 (異構體1) A A
591 (異構體2) A C
595 D D
598 C D
603a (異構體1) D D
603a (異構體2) A B
611 D D
619 D D
621 D D
623 A A
625 D D
633 D D
635 D D
637 D D
639 D D
639A D D
643 D D
647 D D
649 C C
653 (異構體1) D D
653 (異構體2) D D
655 B A
659 A A
667 D D
669 D D
671 B C
681 (異構體1) D D
691 D D
695 D D
711 D D
715 D D
717 D D
719 (異構體2) D D
719A (異構體1) B B
721 D D
723 (異構體1) B B
723 (異構體2) D D
725 D D
727 D D
729 (異構體1) D D
729 (異構體2) D C
731 (異構體1) D D
731 (異構體2) B C
733 (異構體1) D D
733 (異構體2) C C
735 D D
737 D D
739 D D
740 B C
741 D D
743 (異構體1) A A
743 (異構體2) D D
745 D D
747 D D
749A (異構體1) C D
749A (異構體2) C D
787A (異構體1) C D
787A (異構體2) C D
791 (異構體1) A A
791 (異構體2) D D
793 D D
795 D D
799 D D
801 (異構體1) D D
801 (異構體2) B B
803 (異構體1) A A
803 (異構體2) A A
803 (異構體3) D D
803 (異構體4) D C
805 (異構體1) A B
805 (異構體2) D D
808 D D
810 D D
812 D D
814 (異構體1) A A
814 (異構體2) D D
816 A A
820 D D
822 D D
824 D D
826 D D
828 D D
830 D D
832 D D
838 D D
840 D D
842 D D
846 D D
848 D D
850 B D
852 D D
854 D D
856 D D
858 D D
860 D D
862 D D
864 D D
866 D D
868 D D
872 C C
875 (異構體1) D D
875 (異構體2) D D
875 (異構體3) B B
876 D D
878 (異構體1) D D
878 (異構體2) B A
880 (異構體1) B A
880 (異構體2) D D
882 (異構體1) D D
882 (異構體2) B B
886 (異構體1) A A
886 (異構體2) D D
888 D D
892 D D
894 D D
896 (異構體1) D D
896 (異構體2) A A
898 D D
900 D D
902 (異構體1) D D
902 (異構體2) B C
902 (異構體3) D D
902 (異構體4) A A
906 D D
908 (異構體1) D D
908 (異構體2) C C
928 (異構體3) C D
928 (異構體4) A C
930 (異構體1) A B
930 (異構體2) A B
930 (異構體3) D D
930 (異構體3.1) D D
930 (異構體3.2) B C
930 (異構體4) B C
930 (異構體5) A B
930 (異構體6) D D
932 D D
982 (異構體1) D D
982 (異構體2) A A
984 (異構體1) D D
984 (異構體2) A B
986 (異構體1) D D
986 (異構體2) A A
988 (異構體1) A A
988 (異構體2) D D
990 (異構體1) A A
990 (異構體2) D D
992 (異構體1) D D
992 (異構體2) A A
1057 D D
1137 C D
1149 D D
1258 C C
1053 (異構體1) A C
1053 (異構體2) B C
1053 (異構體3) C D
1053 (異構體4) D D
1055 (異構體1) A A
1055 (異構體2) A A
1059 (異構體1) D D
1059 (異構體2) B B
1111 (異構體1) C D
1111 (異構體2) A A
1111 (異構體3) C D
1111 (異構體4) A A
1147A (異構體1) D D
1147A (異構體2) B C
3069 A D
3133 D D
3129 D D
3065 A D
3071a (異構體1) C D
3071a (異構體2) A A
3075 B D
3073 C D
3041 D D
3045 D D
3075 (異構體1) A D
3075 (異構體2) B D
3037 D D
3039a (異構體1) C D
3039b D D
3043 D D
3135 D D
3131 B D
A ≥ 30 μM，B ＞ 10 μM且＜ 30 μM，C ≥ 2 μM且≤ 10 μM，D ＜ 2 μM。 表 4.化合物之活性資料
化合物編號 229E CPE EC 50(μM)
101 D
103 D
127 C
131 C
133 D
134 D
134 (異構體1) D
134 (異構體2) D
135 D
135 (異構體2) D
136 A
149 C
171 D
185 D
197 D
205 D
323 (異構體1) D
323 (異構體2) D
327 C
329 D
331 (異構體1) D
331 (異構體2) D
344D D
344C D
344A D
345 D
345 (異構體1) D
345 (異構體2) D
355 A
361 D
363 D
375A D
377 D
379 D
385 (異構體1) D
385 (異構體2) D
389A (異構體1) D
393 D
397 D
399 (異構體1) D
401 D
401 (異構體1) D
405 D
407 D
433 C
491 D
497 (異構體2) D
507 (異構體1.1) D
507 (異構體1.2) D
507 (異構體2.1) D
507 (異構體2.2) D
509 D
511 D
511 (異構體1) D
511 (異構體2) D
513 (異構體2) C
519 D
531 D
551 C
577 D
598 D
635 D
637 D
639 (異構體1) D
643 D
653 D
681 (異構體1) D
711 D
715 D
717 D
719 (異構體2) D
721 D
723 (異構體2) D
725 D
729 (異構體1) D
731 (異構體1) D
733 (異構體1) D
735 D
737 D
739 D
743 (異構體2) D
745 D
747 D
A ＞ 30 μM，B ＞ 10 μM且≤ 30 μM，C ≥ 2 μM且≤ 10 μM，D ＜ 2 μM。 表 5.化合物之活性資料
化合物編號 229E CC 50
130 (異構體1) A
135 A
170 A
A ＞ 30 μM，B ＞ 10 μM且≤ 30 μM，C ≥ 2 μM且≤ 10 μM，D ＜ 2 μM。 以引用之方式併入
本文提及之所有公開案及專利，包括下列各項，皆以全文引用的方式併入本文中以用於所有目的，其併入程度如同各個別公開案或專利以引用的方式特定地且個別地併入一般。在有衝突的情況下，以本申請案(包括本文中之任何定義)為準。 等效物
儘管已論述本發明之特定實施例，但以上說明為說明性而非限制性。熟習此項技術者在審閱本說明書時將顯而易見本發明之許多變化形式。本發明之完整範疇以及其等效物之完整範疇，及說明書，以及此類變化形式，應參考申請專利範圍確定。
除非另外指示，否則本說明書及申請專利範圍中所使用之表示成分之量、反應條件等之所有數字皆應在所有情況下理解為由術語「約」修飾。因此，除非有相反指示，否則本說明書及隨附申請專利範圍中所闡述之數值參數為近似值，其可視本發明設法獲得之所需特性而變化。
 
  
          <![CDATA[<110> 美商帕迪斯生物科學公司(PARDES BIOSCIENCES, INC.)]]>
          <![CDATA[<120> 半胱胺酸蛋白酶抑制劑及其使用方法   ]]>
          <![CDATA[<130> PARB-004WO]]>
          <![CDATA[<140>]]>
          <![CDATA[<141>]]>
          <![CDATA[<150> 63/195,460]]>
          <![CDATA[<151> 2021-06-01]]>
          <![CDATA[<150> 63/179,128]]>
          <![CDATA[<151> 2021-04-23]]>
          <![CDATA[<150> 63/173,146]]>
          <![CDATA[<151> 2021-04-09]]>
          <![CDATA[<150> 63/172,478]]>
          <![CDATA[<151> 2021-04-08]]>
          <![CDATA[<150> 63/171,675]]>
          <![CDATA[<151> 2021-04-07]]>
          <![CDATA[<150> 63/129,018]]>
          <![CDATA[<151> 2020-12-22]]>
          <![CDATA[<150> 63/091,630]]>
          <![CDATA[<151> 2020-10-14]]>
          <![CDATA[<150> 63/067,669]]>
          <![CDATA[<151> 2020-08-19]]>
          <![CDATA[<150> 63/039,297]]>
          <![CDATA[<151> 2020-06-15]]>
          <![CDATA[<150> 63/036,866]]>
          <![CDATA[<151> 2020-06-09]]>
          <![CDATA[<160> 1     ]]>
          <![CDATA[<170> PatentIn version 3.5]]>
          <![CDATA[<210> 1]]>
          <![CDATA[<211> 302]]>
          <![CDATA[<212> PRT]]>
          <![CDATA[<213> 若干種急性呼吸道症候群冠狀病毒2]]>
          <![CDATA[<400> 1]]>
          Ala Gly Leu Arg Lys Met Ala Gln Pro Ser Gly Phe Val Glu Lys Cys 
          1               5                   10                  15      
          Val Val Arg Val Cys Tyr Gly Asn Thr Val Leu Asn Gly Leu Trp Leu 
                      20                  25                  30          
          Gly Asp Ile Val Tyr Cys Pro Arg His Val Ile Ala Ser Asn Thr Thr 
                  35                  40                  45              
          Ser Ala Ile Asp Tyr Asp His Glu Tyr Ser Ile Met Arg Leu His Asn 
              50                  55                  60                  
          Phe Ser Ile Ile Ser Gly Thr Ala Phe Leu Gly Val Val Gly Ala Thr 
          65                  70                  75                  80  
          Met His Gly Val Thr Leu Lys Ile Lys Val Ser Gln Thr Asn Met His 
                          85                  90                  95      
          Thr Pro Arg His Ser Phe Arg Thr Leu Lys Ser Gly Glu Gly Phe Asn 
                      100                 105                 110         
          Ile Leu Ala Cys Tyr Asp Gly Cys Ala Gln Gly Val Phe Gly Val Asn 
                  115                 120                 125             
          Met Arg Thr Asn Trp Thr Ile Arg Gly Ser Phe Ile Asn Gly Ala Cys 
              130                 135                 140                 
          Gly Ser Pro Gly Tyr Asn Leu Lys Asn Gly Glu Val Glu Phe Val Tyr 
          145                 150                 155                 160 
          Met His Gln Ile Glu Leu Gly Ser Gly Ser His Val Gly Ser Ser Phe 
                          165                 170                 175     
          Asp Gly Val Met Tyr Gly Gly Phe Glu Asp Gln Pro Asn Leu Gln Val 
                      180                 185                 190         
          Glu Ser Ala Asn Gln Met Leu Thr Val Asn Val Val Ala Phe Leu Tyr 
                  195                 200                 205             
          Ala Ala Ile Leu Asn Gly Cys Thr Trp Trp Leu Lys Gly Glu Lys Leu 
              210                 215                 220                 
          Phe Val Glu His Tyr Asn Glu Trp Ala Gln Ala Asn Gly Phe Thr Ala 
          225                 230                 235                 240 
          Met Asn Gly Glu Asp Ala Phe Ser Ile Leu Ala Ala Lys Thr Gly Val 
                          245                 250                 255     
          Cys Val Glu Arg Leu Leu His Ala Ile Gln Val Leu Asn Asn Gly Phe 
                      260                 265                 270         
          Gly Gly Lys Gln Ile Leu Gly Tyr Ser Ser Leu Asn Asp Glu Phe Ser 
                  275                 280                 285             
          Ile Asn Glu Val Val Lys Gln Met Phe Gly Val Asn Leu Gln 
              290                 295                 300
Figure 12_A0101_SEQ_0001
Figure 12_A0101_SEQ_0002
Figure 12_A0101_SEQ_0003
Figure 110121072-A0101-11-0002-1

Claims (55)

  1. 一種蛋白酶抑制劑化合物，其由以下表示：
    Figure 03_image002
    式II， 或其醫藥學上可接受之鹽、立體異構體、酯或前驅藥，其中： R 3a係選自
    Figure 03_image2821
    及4-10員雜環，其中該雜環可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：羥基、C 1-C 8烷氧基、側氧基及彈頭A； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基；其中R 3a及R 3b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成4-10員雜環，其中該雜環可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自C 6-C 14芳基及彈頭A之取代基取代； R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； 或R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員雜環、NR G或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、-CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-C(O)-OC(CH 3) 3、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環基，其中該R B、烷基、雜環基、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基及側氧基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R B或R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； 或R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單環或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中該環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3係選自5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 3可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 6環烷基、茀基甲氧基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-O-(R xx)-OCH 3、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、-O-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； 其中兩個偕位C 1-C 8烷基可接合在一起以與其所連接之碳共同形成視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵素、羥基及側氧基之取代基取代之C 3-C 6環烷基；及 其中該烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自獨立地選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代； R G係選自由以下組成之群：氫；視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1 - 6烷基；視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1 - 6烷基；-C(=O)-C 3 - 6環烷基；-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(5-10員雜芳基)；-C(O)-(4-10員雜環基)；及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中該芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代； R gg在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m； R hh在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環基及C 1-C 6烷氧基； R jj在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、側氧基、羥基、氰基、C 1-C 6烷基、C 1 - 6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 1-C 6鹵烷氧基、C 3 - 6環烷基、SF 5及NH 2； R m在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1 - 3烷基、苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3 - 6環烷基及5-6員雜芳基；其中C 1 - 3烷基、苯基及C 3 - 6環烷基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代； R xx為-(OCH 2CH 2) nn-，其中nn係選自1、2、3、4、5及6； R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CF 3、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH； A為彈頭；及 X係選自由C(R xy)及N組成之群，其中R xy係選自由以下組成之群：H、D、-OH、-NH 2、鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8鹵烷基及C 1-C 8烷氧基。
  2. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2823
    式II-A。
  3. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2825
    式II-B。
  4. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2827
    式II-C。
  5. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2829
    (式II-D-A)或
    Figure 03_image2831
    (式II-D-B)。
  6. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2833
    (式II-E-A)或
    Figure 03_image2835
    (式II-E-B)。
  7. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2837
    式II-F。
  8. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2839
    式II-G。
  9. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2841
    (式II-D-I)，或
    Figure 03_image2843
    (式II-D-II)， 其中pp係選自0、1、2及3。
  10. 如請求項1之化合物，其中該化合物由以下表示：
    Figure 03_image2845
    (式II-E-II)， 其中ss係選自0、1、2及3，且mm係選自1、2及3。
  11. 如請求項1至6、9及10中任一項之化合物，其中A係選自由以下組成之群：氰基、-C(O)R D、-C(O)CH 2N(R bR c)、-C(O)CH 2OC(O)R D、-C(O)C(O)R D、-(CH=CH)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)OR D、-(CH=CCN)C(O)(NH)R D、-CH(CN)(OH)、-CH(CN)(NR bR c)、
    Figure 03_image2847
    ，其中 R D係選自由以下組成之群：氫、羥基、-OR bb、-N(R bR c)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環；其中R D可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵素、羥基及R E組成之群之取代基取代； R E在每次出現時係獨立地由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基，其中R E可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、氰基、C 1-C 8烷基及C 1-C 8烷氧基； R bb係選自由以下組成之群：C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R cc係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、5-10員雜環及-N(R bR c)，其中R b及R c係各自獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基，或R b及R c可接合在一起以與其所連接之氮共同形成5-10員雜環； R cd係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基及C 3-C 6環烷基；及 R b及R c係各自選自由以下組成之群：氫、-CH 2C(O)O(C 1-C 8烷基)、-C(O)-(C 1-C 8烷基)、-S(O) 2-(C 1-C 8烷基)、C 1-C 8烷基、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)-C 6-C 14芳基，其中該C 1-C 8烷基可視情況經一或多個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 3-C 6環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基。
  12. 如請求項11之化合物，其中A係選自由以下組成之群：-CN、
    Figure 03_image2849
    Figure 03_image2851
    Figure 03_image2853
    。
  13. 如請求項1、4及9中任一項之化合物，其中R 1a係選自由以下組成之群：
    Figure 03_image2855
    Figure 03_image2857
    Figure 03_image2859
    。
  14. 如請求項1、4及9中任一項之化合物，其中R 1a為-(C 1-C 8烷基)-R 1。
  15. 如請求項1、4及9中任一項之化合物，其中R 1b為氫。
  16. 如請求項1之化合物，其中R 1a及R 1b接合在一起以形成
    Figure 03_image2861
    。
  17. 如請求項1之化合物，其中R 3a為經A取代之4-10員雜環。
  18. 如請求項1之化合物，其中R 3a係選自由以下組成之群：
    Figure 03_image2863
    Figure 03_image2865
    。
  19. 如請求項1至8中任一項之化合物，其中R 3為4-10員雜環。
  20. 如請求項1至8及10中任一項之化合物，其中R 3係選自由以下組成之群：
    Figure 03_image2867
    Figure 03_image2869
    Figure 03_image2871
    Figure 03_image2873
    。
  21. 如請求項1至8中任一項之化合物，其中R 2係選自由以下組成之群：
    Figure 03_image2875
    Figure 03_image2877
    Figure 03_image2879
    Figure 03_image2881
    Figure 03_image2883
    Figure 03_image2885
    Figure 03_image2887
    Figure 03_image2889
    。
  22. 如請求項1之化合物，其中R 1a及R 2接合在一起以形成選自由以下組成之群之雜環：
    Figure 03_image2891
    Figure 03_image2893
    Figure 03_image2895
    Figure 03_image2897
    ；其中R 1b為H。
  23. 如請求項1、10及22中任一項之化合物，其中R G係選自由以下組成之群：氫；視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1 - 6烷基；視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1 - 6烷基；及-C(=O)-C 3 - 6環烷基。
  24. 如請求項1、10及22中任一項之化合物，其中R G係選自由以下組成之群：-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)、-C(O)-(5-10員雜芳基)、-C(O)-(4-10員雜環基)及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中該芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代。
  25. 如請求項1、10及22中任一項之化合物，其中R G係選自由以下組成之群：
    Figure 03_image2899
    Figure 03_image2901
    Figure 03_image2903
    Figure 03_image2905
    。
  26. 一種化合物，其係選自由以下組成之群：
    Figure 03_image2907
    Figure 03_image2909
    Figure 03_image2911
    Figure 03_image2913
    Figure 03_image2915
    Figure 03_image2917
    Figure 03_image2919
    Figure 03_image2921
    Figure 03_image2923
    Figure 03_image2925
    Figure 03_image2927
    Figure 03_image2929
    Figure 03_image2931
    Figure 03_image2933
    Figure 03_image2935
    Figure 03_image2937
    Figure 03_image2939
    Figure 03_image2941
    Figure 03_image2943
    Figure 03_image2945
    Figure 03_image2947
    Figure 03_image2949
    Figure 03_image2951
    Figure 03_image2953
    Figure 03_image2955
    Figure 03_image2957
    Figure 03_image2959
    Figure 03_image2961
    Figure 03_image2963
    Figure 03_image2965
    Figure 03_image2967
    Figure 03_image2969
    Figure 03_image2971
    Figure 03_image2973
    Figure 03_image2975
    Figure 03_image2977
    Figure 03_image2979
    Figure 03_image2981
    Figure 03_image2983
    Figure 03_image2985
    Figure 03_image2987
    Figure 03_image2989
    Figure 03_image2991
    Figure 03_image2993
    Figure 03_image2995
    Figure 03_image2997
    Figure 03_image2999
    Figure 03_image3001
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    Figure 03_image3009
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    Figure 03_image3013
    Figure 03_image3015
    Figure 03_image3017
    Figure 03_image3019
    Figure 03_image3021
    Figure 03_image3023
    Figure 03_image3025
    Figure 03_image3027
    Figure 03_image3029
    Figure 03_image3031
    Figure 03_image3033
    Figure 03_image3035
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    Figure 03_image3039
    Figure 03_image3041
    Figure 03_image3043
    Figure 03_image3045
    Figure 03_image3047
    Figure 03_image3049
    Figure 03_image3051
    Figure 03_image3053
    Figure 03_image3055
    Figure 03_image3057
    Figure 03_image3059
    Figure 03_image3061
    Figure 03_image3063
    Figure 03_image3065
    ， 及其醫藥學上可接受之鹽或立體異構體。
  27. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至26中任一項之化合物及醫藥學上可接受之賦形劑。
  28. 一種實質上可逆的結合物，其由以下表示：
    Figure 03_image3067
    式III， 其中Cys 145為位置145處之半胱胺酸或CL或3CL蛋白酶上之等效活性位點半胱胺酸；IR為病毒性蛋白酶抑制劑；且其中形成該結合物之化合物包含-CN彈頭。
  29. 一種改善或治療有需要之患者中之病毒感染之方法，其包含向該患者投與治療有效量之如請求項1至26中任一項之化合物。
  30. 如請求項29之方法，其中該病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：RNA病毒、DNA病毒、冠狀病毒、乳頭瘤病毒、肺病毒、小核糖核酸病毒、流感病毒、腺病毒、細胞巨大病毒、多瘤病毒、痘病毒、黃病毒、α病毒、埃博拉病毒(ebola virus)、麻疹病毒、腸病毒、正肺病毒、慢病毒、沙狀病毒、疱疹病毒及肝病毒。
  31. 如請求項29之方法，其中該病毒感染係由選自由以下組成之群之病毒引起：諾沃克病毒(Norwalk virus)、貓杯狀病毒(feline calicivirus)、MD145、鼠類諾羅病毒(murine norovirus)、豬水疱疹病毒、兔出血症病毒、腸病毒(EV)-68病毒、EV-71病毒、脊髓灰白質炎病毒、柯薩奇病毒(coxsackievirus)、口蹄疫病毒、A型肝炎、豬鐵士古病毒(porcine teschovirus)、鼻病毒、人類冠狀病毒、傳染性胃腸炎病毒、鼠類肝炎病毒、牛冠狀病毒、貓感染性腹膜炎病毒及嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒。
  32. 如請求項29至31中任一項之方法，其中該病毒感染為冠狀病毒感染。
  33. 如請求項29至32中任一項之方法，其中該病毒感染為選自由以下組成之群之冠狀病毒：229E α冠狀病毒、NL63 α冠狀病毒、OC43 β冠狀病毒、HKU1 β冠狀病毒、中東呼吸道症候群(Middle East Respiratory Syndrome；MERS)冠狀病毒(MERS-CoV)、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)冠狀病毒(SARS-CoV)及SARS-CoV-2 (COVID-19)。
  34. 如請求項29至34中任一項之方法，其中該病毒感染為SARS-CoV-2。
  35. 如請求項29或30之方法，其中該病毒感染為沙狀病毒感染。
  36. 如請求項35之方法，其中該沙狀病毒係選自由以下組成之群：胡寧病毒(Junin virus)、拉沙病毒(Lassa virus)、盧約病毒(Lujo virus)、馬丘波病毒(Machupo virus)及薩比亞病毒(Sabia virus)。
  37. 如請求項29或30之方法，其中該病毒感染為流感感染。
  38. 如請求項37之方法，其中該流感為流感H1N1、H3N2或H5N1。
  39. 一種用於抑制病毒傳播之方法、一種用於抑制病毒複製之方法、一種用於最小化病毒蛋白質表現之方法或一種用於抑制病毒釋放之方法，其包含向攜帶該病毒之患者投與治療有效量之如請求項1至26中任一項之化合物，及/或使有效量的如1至26中任一項之化合物與病毒感染之細胞接觸。
  40. 如請求項29至39中任一項之方法，其進一步包含投與另一種治療劑。
  41. 如請求項29至39中任一項之方法，其進一步包含投與其他抗病毒治療劑。
  42. 如請求項41之方法，其中該抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：利巴韋林(ribavirin)、法匹拉韋(favipiravir)、ST-193、奧司他韋(oseltamivir)、紮那米韋(zanamivir)、帕拉米韋(peramivir)、丹諾普韋(danoprevir)、利托那韋(ritonavir)、瑞德西韋(remdesivir)、考比西他(cobicistat)、埃替格韋(elvitegravir)、安卓西他賓(emtricitabine)、替諾福韋(tenofovir)、替諾福韋雙索酯(tenofovir disoproxil)、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺(tenofovir alafenamide hemifumarate)、阿巴卡韋(abacavir)、都魯拉韋(dolutegravir)、依法韋侖(efavirenz)、艾巴司韋(elbasvir)、利帕斯韋(ledipasvir)、格卡匹韋(glecaprevir)、索非布韋(sofosbuvir)、比特雷韋(bictegravir)、達薩布韋(dasabuvir)、拉美芙錠(lamivudine)、阿紮那韋(atazanavir)、奧比他韋(ombitasvir)、拉美芙錠(lamivudine)、司他夫定(stavudine)、奈韋拉平(nevirapine)、利匹韋林(rilpivirine)、帕利瑞韋(paritaprevir)、西咪匹韋(simeprevir)、達卡他韋(daclatasvir)、革佐匹韋(grazoprevir)、匹布他韋(pibrentasvir)、阿德福韋(adefovir)、安普那韋(amprenavir)、阿普林津(ampligen)、阿普納維(aplaviroc)、抗山羊抗體、巴拉福韋(balavir)、卡伯格韋(cabotegravir)、阿糖胞苷(cytarabine)、依可立維(ecoliever)、表沒食子兒茶素沒食子酸酯(epigallocatechin gallate)、依曲韋林(etravirine)、福斯薩維(fostemsavir)、吉西他濱(gemcitabine)、格里菲斯辛(griffithsin)、異丙肌苷(imunovir)、茚地那韋(indinavir)、馬拉維若(maraviroc)、美替沙腙(methisazone)、MK-2048、奈非馬韋(nelfmavir)、奈韋拉平(nevirapine)、硝唑尼特(nitazoxanide)、諾爾韋(norvir)、普樂沙福(plerixafor)、PRO 140、雷特格韋(raltegravir)、普拉咪定(pyramidine)、沙奎那韋(saquinavir)、替比夫定(telbivudine)、TNX-355、發昔洛韋(valacyclovir)、VIR-576及紮西他濱(zalcitabine)。
  43. 如請求項40之方法，其中該另一種治療劑係選自由以下組成之群：蛋白酶抑制劑、融合抑制劑、M2質子通道阻斷劑、聚合酶抑制劑、6-核酸內切酶抑制劑、神經胺酸酶抑制劑、反轉錄酶抑制劑、阿昔洛韋(aciclovir)、阿克洛韋(acyclovir)、蛋白酶抑制劑、阿比朵爾(arbidol)、阿紮那韋、阿托伐他汀鈣(atripla)、波普瑞韋(boceprevir)、西多福韋(cidofovir)、可比韋(combivir)、達盧那韋(darunavir)、多可沙諾(docosanol)、依度尿苷(edoxudine)、進入抑制劑、因提弗(entecavir)、泛昔洛韋(famciclovir)、福米韋生(fomivirsen)、夫沙那韋(fosamprenavir)、膦甲酸(foscarnet)、膦乙醇(fosfonet)、更昔洛韋(ganciclovir)、伊巴他濱(ibacitabine)、英木洛韋(immunovir)、碘苷(idoxuridine)、咪喹莫特(imiquimod)、肌苷(inosine)、整合酶抑制劑、干擾素、洛匹那韋(lopinavir)、洛韋胺(loviride)、嗎啉脒胍(moroxydine)、多吉美(nexavir)、核苷類似物、噴昔洛韋(penciclovir)、普可那利(pleconaril)、鬼臼毒素(podophyllotoxin)、利巴韋林、替拉那韋(tipranavir)、曲氟尿苷(trifluridine)、曲利志韋(trizivir)、曲金剛胺(tromantadine)、特魯瓦達(truvada)、伐昔洛韋(valaciclovir)、纈更昔洛韋(valganciclovir)、維克維若(vicriviroc)、阿糖腺苷(vidarabine)、偉拉咪定(viramidine)及佐多夫定(zodovudine)。
  44. 如請求項41之方法，其中該其他抗病毒治療劑係選自由以下組成之群：拉美芙錠、干擾素α、VAP抗特應抗體、恩夫韋地(enfuvirtide)、金剛胺(amantadine)、金剛烷乙胺(rimantadine)、普可那利(pleconaril)、阿昔洛韋、齊多夫定(zidovudine)、福米韋生、N-𠰌啉基、蛋白酶抑制劑、雙股RNA活化凋亡蛋白酶寡聚物(DRACO)、立複黴素(rifampicin)、紮那米韋、奧司他韋、丹諾普韋、利托那韋、瑞德西韋、考比西他、埃替格韋、安卓西他賓、替諾福韋、替諾福韋雙索酯、半反丁烯二酸替諾福韋艾拉酚胺、阿巴卡韋、都魯拉韋、依法韋侖、艾巴司韋、利帕斯韋、格卡匹韋、索非布韋、比特雷韋、達薩布韋、拉美芙錠、阿紮那韋、奧比他韋、拉美芙錠、司他夫定、奈韋拉平、利匹韋林、帕利瑞韋、西咪匹韋、達卡他韋、革佐匹韋、匹布他韋、阿德福韋、安普那韋、阿普林津、阿普納維、抗山羊抗體、巴拉福韋、卡伯格韋、阿糖胞苷、依可立維、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、依曲韋林、福斯薩維、吉西他濱、格里菲斯辛、異丙肌苷、茚地那韋、馬拉維若、美替沙腙、MK-2048、奈非馬韋、奈韋拉平、硝唑尼特、諾爾韋、普樂沙福、PRO 140、雷特格韋、普拉咪定、沙奎那韋、替比夫定、TNX-355、發昔洛韋、VIR-576及紮西他濱。
  45. 一種用於防治性治療具有病毒感染之風險的患者之方法，其包含向該患者投與有效量的如請求項1至26中任一項之化合物。
  46. 如請求項45之方法，其中該化合物係在暴露到病毒之前投與。
  47. 如請求項45之方法，其中該化合物係在暴露到病毒之後投與。
  48. 一種經工程改造之CL或3CL病毒性蛋白酶，其中： 該CL或3CL蛋白酶之位置145處之半胱胺酸具有由具有腈官能基之外源性腈修飾劑與該CL或3CL蛋白酶之位置145處的半胱胺酸之間的反應產生的非天然存在之共價修飾，及 其中該半胱胺酸殘基處之硫原子及該外源性腈修飾劑之腈經歷反應以形成硫代亞胺酸酯加合物，且其中該經工程改造之SARS-蛋白酶不保留未經修飾之CL或2CL蛋白酶之蛋白酶活性。
  49. 如請求項48之經工程改造之病毒性蛋白酶，其中該經工程改造之病毒性蛋白酶實質上阻止SARS-CoV2之病毒複製。
  50. 如請求項48之經工程改造之病毒性蛋白酶，其中該CL或3CL蛋白酶由SEQ ID NO:1表示。
  51. 如請求項48之經工程改造之病毒性蛋白酶，其中SEQ ID NO:1之該外源性腈修飾劑之酶抑制IC 50小於20微莫耳。
  52. 如請求項48之經工程改造之病毒性蛋白酶，其中由該外源性腈修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的該半胱胺酸之間的活體內反應產生之該硫代亞胺酸酯加合物由以下表示：
    Figure 03_image3069
    ，其中 IR為經歷該反應之後的該外源性腈修飾劑。
  53. 一種由SEQ ID NO:1表示之經工程改造之SARS-COV2-3CL病毒性蛋白酶，其中SEQ ID NO:1之位置145處之半胱胺酸具有由外源性腈修飾劑與SEQ ID NO:1之位置145處的該半胱胺酸之間的反應產生之非天然存在之共價修飾，其中該外源性腈修飾劑由以下表示：
    Figure 03_image3071
    其中，該半胱胺酸殘基處之硫原子及該外源性腈修飾劑之-C
    Figure 03_image524
    N經歷反應以形成硫代亞胺酸酯加合物，且其中 R 1為C 1-C 6烷基或-CH 2-C 3-10環烷基； R G為-C(O)R B； R B為C 1-C 6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、-NR mR m及-NR m(C=O)R m組成之群之取代基取代，其中R m在每次出現時係選自H或C 1 - 3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代))；或8-10員雙環雜芳基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵基或甲氧基之取代基取代)； R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基； R 1a為H；或 R 1及R 1a與其所連接之氮及碳共同形成視情況在游離碳上經一個或兩個各自選自甲基、鹵基或CF 3之取代基取代之4-10員單環、雙環或螺環雜環。
  54. 一種化合物，其由以下表示：
    Figure 03_image3074
    或其醫藥學上可接受之鹽或立體異構體，其中 R 1為C 1-C 6烷基或-CH 2-C 3-10環烷基； R G為-C(O)R B； R B為C 1-C 6烷基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由鹵基、-NR mR m及-NR m(C=O)R m組成之群之取代基取代，其中R m在每次出現時係選自H或C 1 - 3烷基(視情況經一個、兩個或三個鹵基取代))；或8-10員雙環雜芳基(視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵基或甲氧基之取代基取代)； R t在每次出現時獨立地為H或甲基；或各R t可與其所連接之碳共同形成環丙基； R 1a為H；或 R 1及R 1a與其所連接之氮及碳共同形成視情況在游離碳上經一個或兩個各自選自甲基、鹵基或CF 3之取代基取代之4-10員單環、雙環或螺環雜環。
  55. 一種化合物，其由式IV-A或式IV-B表示：
    Figure 03_image3076
    或其醫藥學上可接受之鹽或立體異構體，其中： R 1a係選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-(C 1-C 8烷基)-R 1、-(C 1-C 8烷基)-CN、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、4-10員雜環及5-10員雜芳基； R 1b係選自氫及C 1-C 8烷基； 或R 1a及R 1b可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員雜環、NR G或C 3-C 10環烷基； R 1係選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環，其中R 1可視情況經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R A在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、氰基、羥基、側氧基、SF 5、-CH 2CF 3、-CF 3、-O-CF 3、-O-CHF 2、-S-CH 3、-S(O) 2-CH 3、-NH 2、-O-苯基、-O-(C 1-C 8烷基)-苯基、-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)O-(C 1-C 8烷基)-R B、-N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)O-苯基、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-C(O)-OC(CH 3) 3、C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 1-C 8雜烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、-(C 1-C 8烷基)-(C 6-C 14芳基)、-(C 1-C 8烷基)-(5-10員雜芳基)、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環基，其中該R B、烷基、雜環基、雜芳基或芳基可視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自由以下組成之群之取代基取代：鹵素、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、SF 5、-NH 2、羥基及側氧基； R 2係選自由以下組成之群：經由碳或氮原子結合之-NHC(O)R B、-NHC(O)OR B、-NHC(O)N(R B) 2、-NHC(O)C(R C) 2R B、-NHS(O) 2R B、-O-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、4-10員雜環、C 6-C 14芳基及5-10員雜芳基，其中R B或R 2可視情況經一個、兩個或三個各自選自R x之取代基取代； 或R 1a及R 2可接合在一起以與其所連接之碳共同形成具有環氮之4-10員單或雙環雜環、NR G或C 3-C 10環烷基，其中該環烷基或雜環可視情況在游離碳上經一個、兩個或三個各自選自R A之取代基取代； R 3b係選自氫及C 1-C 8烷基； R B在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：C 1-C 8烷基、C 2-C 10烯基、C 2-C 10炔基、C 3-C 6環烷基、茀基甲氧基、C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； R C在每次出現時係獨立地選自氫、鹵素及C 1-C 8烷基； R x在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵素、羥基、側氧基、CF 3、SF 5、氰基、-O-(R xx)-OCH 3、-OCHF 2、-OCF 3、-O-(C 1-C 8烷基)、-C(O)O(CH 3)、-N(R y) 2、-N(R y)C(O)R y、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)N(R y) 2、-N(R y)(C 1-C 8烷基)C(O)OH、-(C 1-C 8烷基)-(C 3-C 10環烷基)、C 1-C 8烷基、C 1-C 8烷氧基、C 3-C 10環烷基、C 6-C 14芳基、-O-C 6-C 14芳基、5-10員雜芳基及4-10員雜環； 其中兩個偕位C 1-C 8烷基可接合在一起以與其所連接之碳共同形成視情況經一個、兩個或三個各自獨立地選自鹵素、羥基及側氧基之取代基取代之C 3-C 6環烷基；及 其中該烷基、芳基、雜環或雜芳基可視情況經一或多個各自獨立地選自側氧基、鹵素及C 1-C 8烷基之取代基取代； R G係選自由以下組成之群：氫；視情況經一個、兩個或三個R gg取代之C 1 - 6烷基；視情況經一個、兩個或三個R hh取代之-C(=O)-C 1 - 6烷基；-C(=O)-C 3 - 6環烷基；-C(O)-(C 2-C 10烯基)-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(5-10員雜芳基)；-C(O)-(C 1-C 6烷基)-O-(C 6-C 14芳基)；-C(O)-(4-10員雜環基)；及-C(O)-(4-10員雜環基氧基)；其中該芳基、雜環基或雜芳基可視情況經一個、兩個或三個R jj取代； R gg在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：-C(=O)、鹵基、氰基、-NR mR m及-NH(C=O)R m； R hh在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、氰基、-NR mR m、-NR m(C=O)R m、苯基、環烷基、雜環基及C 1-C 6烷氧基； R jj在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：鹵基、側氧基、羥基、氰基、C 1-C 6烷基、C 1 - 6鹵烷基、C 1-C 6烷氧基、C 1-C 6鹵烷氧基、C 3 - 6環烷基、SF 5及NH 2； R m在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1 - 3烷基、苯基、-S(O) 2-CH 3、C 3 - 6環烷基及5-6員雜芳基；其中C 1 - 3烷基、苯基及C 3 - 6環烷基可視情況經一個、兩個或三個鹵基取代； R xx為-(OCH 2CH 2) nn-，其中nn係選自1、2、3、4、5及6；及 R y在每次出現時係獨立地選自由以下組成之群：氫、C 1-C 8烷基、C 1-C 8雜烷基、-CF 3、-CH 2CF 3、C 1-C 8烷氧基、-(C 1-C 8烷氧基)-(5-10員芳基)、C 3-C 6環烷基及-(C 1-C 8烷基)COOH。
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