TW201945545A - 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法 - Google Patents

用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法 Download PDF

Info

Publication number
TW201945545A
TW201945545A TW108114540A TW108114540A TW201945545A TW 201945545 A TW201945545 A TW 201945545A TW 108114540 A TW108114540 A TW 108114540A TW 108114540 A TW108114540 A TW 108114540A TW 201945545 A TW201945545 A TW 201945545A
Authority
TW
Taiwan
Prior art keywords
virus
dengue
mutation
den
denvax
Prior art date
Application number
TW108114540A
Other languages
English (en)
Other versions
TWI726312B (zh
Inventor
丹Ｔ 史汀奇康柏
克萊爾 金尼
理查Ｍ 肯尼
吉爾Ａ 利文葛德
Original Assignee
美商武田疫苗股份有限公司
美國政府 由衛生及公共服務部部長代表
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 美商武田疫苗股份有限公司, 美國政府 由衛生及公共服務部部長代表 filed Critical 美商武田疫苗股份有限公司
Publication of TW201945545A publication Critical patent/TW201945545A/zh
Application granted granted Critical
Publication of TWI726312B publication Critical patent/TWI726312B/zh

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/162—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7042—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings
    • A61K31/7048—Compounds having saccharide radicals and heterocyclic rings having oxygen as a ring hetero atom, e.g. leucoglucosan, hesperidin, erythromycin, nystatin, digitoxin or digoxin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/04—Immunostimulants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C07K14/08—RNA viruses
    • C07K14/18—Togaviridae; Flaviviridae
    • C07K14/1816—Flaviviridae, e.g. pestivirus, mucosal disease virus, bovine viral diarrhoea virus, classical swine fever virus (hog cholera virus), border disease virus
    • C07K14/1825—Flaviviruses or Group B arboviruses, e.g. yellow fever virus, japanese encephalitis, tick-borne encephalitis, dengue
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K19/00—Hybrid peptides, i.e. peptides covalently bound to nucleic acids, or non-covalently bound protein-protein complexes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C12N15/861—Adenoviral vectors
    • C12N15/8613—Chimaeric vector systems comprising heterologous sequences for production of another viral vector
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/525—Virus
    • A61K2039/5254—Virus avirulent or attenuated
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/70—Multivalent vaccine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24111—Flavivirus, e.g. yellow fever virus, dengue, JEV
    • C12N2770/24122—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24111—Flavivirus, e.g. yellow fever virus, dengue, JEV
    • C12N2770/24134—Use of virus or viral component as vaccine, e.g. live-attenuated or inactivated virus, VLP, viral protein
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24111—Flavivirus, e.g. yellow fever virus, dengue, JEV
    • C12N2770/24141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24111—Flavivirus, e.g. yellow fever virus, dengue, JEV
    • C12N2770/24141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2770/24143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24111—Flavivirus, e.g. yellow fever virus, dengue, JEV
    • C12N2770/24161—Methods of inactivation or attenuation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/24011—Flaviviridae
    • C12N2770/24111—Flavivirus, e.g. yellow fever virus, dengue, JEV
    • C12N2770/24161—Methods of inactivation or attenuation
    • C12N2770/24162—Methods of inactivation or attenuation by genetic engineering
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

此處實施例實證登革熱病毒建構物及活減毒登革熱病毒之組成物、用途及製造。若干實施例係有關於一種組成物包括但非限制性，四價登革熱病毒組成物。於某些實施例中，組成物可包括一或多個登革熱病毒血清型之建構物，諸如登革熱-1(DEN-1)病毒、登革熱-2(DEN-2)病毒、登革熱-3(DEN-3)病毒、及登革熱-4(DEN-4)病毒建構物。於其它實施例中，如此處揭示的建構物可組合於一組成物以產生對抗多於一種或多種登革熱病毒建構物之疫苗，該建構物可以或可不接續地於哺乳動物細胞內繼代培養。

Description

用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法 優先權
本PCT申請案請求美國臨時專利申請案第61/800,204號申請日2013年3月15日之優先權。本申請案全文爰引於此並融入本說明書之揭示用於全部目的。
聯邦贊助研究
此處揭示之若干實施例以贊助合約號碼R43 AI08429-01獲得美國國家衛生院的部分支援。美國政府對實施本發明擁有某些權利。
發明領域
此處實施例報告登革熱病毒建構物之組成物、方法、用途及製造程序及其疫苗組成物。若干實施例係有關於一種組成物其包括但非限制性，嵌合式黃病毒建構物其單獨或組合其它建構物可用於疫苗組成物。於某些實施例中，組成物可包括多於一個個登革熱病毒血清型之建構物，諸如登革熱-1(DEN-1)病毒、登革熱-2(DEN-2)病毒、登革熱-3(DEN-3)病毒及/或登革熱-4(DEN-4)病毒建構物。於其它實施例中，製造策略可改良重組活減毒嵌合式登革熱疫苗(DENVax)病毒之安全性及遺傳安定性。某些實施例 包括至少一個活減毒登革熱病毒組合登革熱病毒嵌合式建構物經識別用於疫苗組成物既安全又有效，於該處該等建構物已經於細胞培養中進行額外繼代培養
發明背景
感染登革熱病毒可能導致不等嚴重程度的疼痛發燒。至目前為止已經識別四個登革熱病毒血清型：登革熱-1(DEN-1)、登革熱-2(DEN-2)、登革熱-3(DEN-3)組合登革熱-4(DEN-4)。登革熱係因登革熱病毒之感染所引起。未來可能找到其它血清型(例如DEN-5)。登革熱病毒血清型1-4也可能引發出血性登革熱(DHF)及登革熱休克症候群(DSS)。感染的最嚴重後果亦即DHF及DSS可能引發致命威脅。登革熱病毒每年引發5千萬至1兆個病弱型登革熱病毒病例、500,000個DHF/DSS病例，及多於20,000個死亡病例。至目前為止並無有效疫苗可保護對抗登革熱，且無藥物可用以治療該病。蚊蟲防治努力未能有效地預防登革熱在地方病地區的爆發，或防止該病的進一步地理擴散。估計有35億人受登革熱病毒的感染威脅。此外，登革熱病毒乃於地方病地區，諸如亞洲、中南美洲、及加勒比海地區的旅行者發燒的最常見起因。
全部四種登革熱病毒血清型在全球熱帶地區皆為地方病，且構成全球熱帶地區對人類有最大威脅的蚊媒病毒。登革熱病毒主要係由埃及斑蚊(Aedes aegypti)蚊子傳播給人類。感染一型登革熱病毒血清型導致終生保護免於 再受該血清型的重複感染，但無法保護免於另外三型登革熱病毒血清型中之一者的二度感染。實際上，先前感染一型登革熱病毒血清型結果導致當二度感染不同血清型時重症(DHF/DSS)的風險增高。有效疫苗的發展代表此種全球性疾病的預防及控制上的重要辦法。多重免疫接種使得針對在登革熱病毒地方病國家的公共衛生努力以及旅行者兩者受完整疫苗覆蓋率的困難。
發明概要
此處實施例係有關於嵌合式登革熱病毒建構物之組成物、方法及用途。於若干實施例中，一種組成物可包括嵌合式登革熱病毒建構物具有減毒登革熱病毒骨架帶有來自至少另一個登革熱病毒血清型的結構基因。其它實施例係有關於至少一個活減毒病毒組合一或多個嵌合式登革熱病毒。其它實施例可包括一種嵌合式登革熱病毒之組成物具有改性DEN-2骨架(例如PDK-53作為P1(繼代培養-1)的起始骨架及繼代培養變異度(在一許可細胞系上試管內繼代培養及生長之後)如針對P2、P3、...、P8、...P10等指示)及一或多個DEN-1、DEN-2、DEN-3、或DEN-4之結構成分。於其它實施例中，生成免疫原性組成物，於該處當導入個體體內時，該組成物對個體體內的一或多個登革熱病毒產生免疫反應。因此，此處預期涵蓋之建構物可經生成及於試管內繼代培養，及該等繼代培養各自提供預期用在藥學上可接受之疫苗組成物的減毒登革熱病毒。於某些實 施例中，活減毒病毒可為單獨活減毒登革熱-2病毒或組合一或多個嵌合式登革熱病毒。
於某些實施例中，登革熱病毒血清型之嵌合式登革熱病毒建構物可包括繼代培養7(P7)活減毒病毒或嵌合式病毒，具有由SEQ ID NO：1、9、17及25識別的核酸序列或由SEQ ID NO：2、10、18及26指示的多肽序列。此處預期涵蓋針對此處描述的活減毒病毒中之任一者的繼代培養中之任一者可用於免疫原性組成物以對呈示的登革熱病毒(例如血清型1-4)誘生免疫反應。依據此等實施例，取決於所選用的建構物，包括P-8分離的活減毒病毒之免疫原性組成物可投予一個體以誘生對抗一或多個登革熱病毒血清型的免疫原性反應。此外，活減毒病毒可組合此等嵌合式病毒中之一或多者。此點預期涵蓋針對在各次接續細胞繼代培養(例如非洲綠猴腎Vero細胞製造，後文稱作÷Vero細胞)所分離/製造的活減毒病毒中之各者。此處預期涵蓋能夠製造登革熱病毒的任何細胞系(例如GMP製造的細胞存庫、經FDA或EMA核准)係以製造規模用於病毒建構物中之任一者的繼代培養，或若屬適宜此處預期涵蓋隨後用在對抗登革熱病毒的疫苗或免疫原性組成物。
於其它實施例中，此處預期涵蓋之組成物可組合對抗其它黃病毒諸如西尼羅病毒、日本腦炎病毒或任何其它黃病毒嵌合式建構物及/或活減毒病毒的其它免疫原性組成物。單於某些實施例中，單一組成物可用以對抗多種黃病毒。
於某些實施例中，本發明之免疫原性組成物可包括對抗DEN-1、DEN-2、DEN-3、及/或DEN-4中之一或多者的嵌合式登革熱病毒，單獨或組合活減毒登革熱病毒組成物。
於其它實施例中，一種建構物可包括在病毒的結構區或非結構區具有適應性突變的建構物，該突變增加生長或製造而不影響導入個體體內時病毒的減毒或安全性。於某些實施例中，預期的嵌合式登革熱病毒建構物中之任一者可包括具有特定突變的活減毒DEN-2病毒用作為骨架，於該處活減毒DEN-2 PDK病毒進一步包括其它登革熱病毒血清型的prM(前膜)及E(被膜)結構蛋白質中之一或多者的結構蛋白質。此外，DEN-2骨架可包括額外突變以對一預定組成物當投予一個體時增加製造或促進免疫反應(例如嵌合式登革熱病毒2/1、2/3或2/4)。
於若干實施例中，結構蛋白質基因可包括在DEN-2骨架上的DEN-1、DEN-2、DEN-3或DEN-4之prM及E基因具有一或二個突變構成活減毒登革熱病毒的一部分。舉例言之，於某些實施例中，登革熱建構物可包括定名為DENVax-1-A、DENVax-2-F、DENVax-3-F、及DENVax-4-F(參考實施例章節)的該等建構物，於該處DEN-2骨架具有來自DEN-2活減毒病毒的一或多個突變(例如未見於P1或其它先前繼代培養之病毒或PDK-53)，先前驗證為安全有效地誘生免疫反應。本案的DEN-2活減毒病毒乃原先使用的DEN-2活減毒病毒之改良版本。本發明之嵌合式建構物可包括改 性減毒DEN-2 PDK-53骨架，具有第二登革熱病毒血清型之一或多個結構蛋白質，其中該等結構蛋白質可包括額外突變以增加對嵌合式建構物的免疫原性反應。於若干實施例中，藉減毒DEN-2 PDK-53獲得的某些突變在與P1建構物不同的一建構物中可產生保守性胺基酸變化可能導致期望的製造特徵等。
於其它實施例中，活減毒DEN-2基因體可用以生成登革熱病毒血清型1(DEN-1)、登革熱病毒血清型3(DEN-3)、及登革熱病毒血清型4(DEN-4)之建構物，於該處DEN-2病毒基因體之一或多個結構蛋白質基因可分別地由DEN-1、DEN-3或DEN-4的一或多個結構蛋白質基因置換。於若干實施例中，結構蛋白質可為第二登革熱病毒之C、prM或E蛋白。於某些實施例中，結構蛋白質基因包括DEN-1、DEN-3或DEN-4之prM或E蛋白。混合型病毒表現DEN-1、DEN-3或DEN-4的表面抗原，同時保有親代減毒DEN-2之減毒表現型。
此處揭示的建構物可包括使用減毒DEN-2病毒作為骨架表示DEN-1、DEN-3或DEN-4之表面抗原的DEN-4、DEN-2、DEN-1、及DEN-3之嵌合式建構物。
於某些實施例中，本發明之組成物可包括包含單一此處揭示的嵌合式登革熱病毒建構物及藥學上可接受之載劑或賦形劑之一組成物。另外，本發明之組成物可包括包含二或多種、或三或多種此處揭示的嵌合式登革熱病毒建構物及藥學上可接受之載劑或賦形劑之一組成物。依據 此等實施例，此處預期涵蓋的一或多個登革熱病毒嵌合式建構物可組合一或多個活減毒登革熱病毒。於某些實施例中，活減毒病毒可為活減毒DEN-2病毒，其中在NCR、NS1區或其它區的額外突變可提高免疫反應，增加病毒生長，或針對活減毒登革熱病毒之其它改良。
於某些實施例中，DENV-2疫苗的減毒基因座亦即核苷酸5’NCR-57-T、NS1-53-Asp、及NS3-250-Val先前已經決定，而全部此等變化皆由四種DENVax病毒的共通PDK-53特定病毒遺傳背景所分享。三個減毒基因座之基因序列以及此等疫苗候選者先前建立的試管內及活體內減毒表現型係針對cGMP製造的DENVax種病毒小心監控。本報告描述用以生成主種病毒(MVS)以及其用於登革熱病毒疫苗組成物的製造上使用的基因型及表現型特徵。此等MVS可用以製造臨床材料及最終供應商業疫苗。
下列圖式形成本文說明書之一部分，且係含括於其中以進一步驗證某些實施例。若干實施例藉單獨參考此等圖式中之一或多者或組合所呈示之特定實施例之詳細說明部分將更明白瞭解。
圖1表示一圖表實施例，反映比較先前生成的建構物及野生型登革熱病毒，本發明之嵌合式建構物之實施例DEN-2/DEN-4。
圖2表示之直方圖實施例，比較使用活減毒DEN-2骨架(帶有額外突變)及第二登革熱病毒血清型作為 結構成分取代登革熱-2結構成分(例如DENVax-1 MVS)之各種反應。本圖例示DENVax MVS之溶菌斑大小。野生型登革熱病毒及先前公開的研究級疫苗候選者病毒係含括用於對照及比較。本圖例示比較對照組登革熱病毒嵌合式建構物，登革熱病毒建構物之製造改良。
圖3表示直方圖之實施例，表示DENVax MVS(主種病毒)之溫度敏感度。野生型登革熱病毒及先前公開的研究級疫苗候選者病毒係含括用於與MVS級比較。
圖4表示直方圖之實施例，表示比較對照組，於C6/36細胞中DENVax MVS之病毒生長。野生型登革熱病毒及先前公開的研究級疫苗候選者病毒係含括用於與DENVax MVS比較。
圖5A-5C表示於新生小鼠的神經毒力之作圖實施例。數個實驗之匯集結果摘述野生型(wt)DENV-2 16681病毒於CDC-ICR(n=72)及塔科尼克(Taconic)-ICR(n=32)新生小鼠ic使用104pfu病毒(A)挑釁的神經毒力。DENVax MVS的神經毒力以104pfu(B)或103pfu(C)劑量於塔科尼克(Taconic)-ICR小鼠測試。指出於一個實驗(n=16)或兩個匯集實驗(n=31或32)中每組測試的動物頭數。
圖6表示直方圖之實施例，例示DENVax MVS、WVS、及BVS的溶菌斑大小。於感染後第9日測量於瓊脂上覆層下方的Vero細胞或LLC-MK2細胞中的病毒溶菌斑之平均溶菌斑直徑±SD(誤差柱)。野生型登革熱病毒及先前公開的研究級疫苗候選者病毒係含括用於對照及比較。
圖7表示直方圖之實施例，例示於兩個培養溫度於C6/36細胞中DENVax MVS、WVS、及BVS之生長以證實在大規模製造之後保有此種試管內減毒標記。
圖8表示直方圖之實施例，例示於C6/36細胞中DENVax MVS、WVS、及BVS之生長受限制。感染後七日於C6/36細胞中病毒複製之平均力價±SD(誤差柱)。野生型登革熱病毒及先前公開的研究級疫苗候選者病毒係含括用於比較。
圖9A-9B表示DENVax MVS於新生ICR小鼠的神經毒力之資料之線圖實施例。(A)104pfu劑量之病毒的IC接種。(B)103pfu劑量之病毒的IC接種。
圖10表示一圖表實施例比較新活減毒病毒與先前生成的活減毒登革熱病毒。
定義
如此處使用，「一a」或「一an」可表示一項或多於一項。
如此處使用，「一個體」或「多個體」可包括但非限制性，哺乳動物諸如人類或哺乳動物，包括馴養的或野生的，例如犬、貓、其它居家寵物(例如倉鼠、天竺鼠、小鼠、大鼠)、雪貂、免、豬、馬、牛、土撥鼠、野生齧齒類、或動物園動物。
如此處使用，「病毒嵌合體」、「嵌合式病毒」、「黃病毒嵌合體」及「嵌合式黃病毒」等詞可表示一建構物包 含登革熱-2病毒之核苷酸序列之一部分及進一步包含非來自登革熱-2病毒之核苷酸序列或來自不同黃病毒之核苷酸序列。「登革熱嵌合體」包含至少兩個不同的登革熱病毒血清型，但非不同的黃病毒。因此，其它登革熱病毒或黃病毒之實施例包括但非限制性，得自登革熱-1病毒、登革熱-3病毒、登革熱-4病毒、西尼羅病毒、日本腦炎病毒、聖路易腦炎病毒、蜱媒腦炎病毒、黃熱病毒、及其任一種組合。
如此處使用，「核酸嵌合體」可表示本發明之一建構物包含登革熱-2病毒之核苷酸序列之一部分及進一步包含非與登革熱-2病毒之核苷酸序列相同來源的額外核苷酸序列。相對應地，此處揭示之任何嵌合式黃病毒或黃病毒嵌合體可辨識為核酸嵌合體之一實施例。
如此處使用，「活減毒病毒」可表示野生型病毒經突變或選擇用在疫苗或其它免疫原性組成物之特徵，其中有些特徵可包括毒力減低、安全性、功效、或改良生長等。
較佳實施例之詳細說明
於下列章節中，描述各種組成物及方法之實施例以詳細說明各種實施例。熟諳技藝人士顯然易知實施各種實施例並不要求採用此處摘述的全部或甚至部分特定細節，反而透過常規實驗可修正濃度、時間及其它特定細節。於某些情況下，眾所周知之方法或成分不含括於該描述中
依據本發明之實施例，可採用落入業界技巧範圍內之習知分子生物學、蛋白質化學、微生物學、及重組DNA 技術。此等技術完整解說於參考文獻(例如參考Sambrook,Fritsch & Maniatis，分子選殖：實驗室手冊，第二版1989年，冷泉港實驗室出版社，紐約冷泉港；動物細胞培養，R.I.Freshney編輯，1986)
此處實施例係有關於個別地或同時地於個體誘生對抗一或多個登革熱病毒血清型之免疫反應之組成物、方法及用途。依據此等實施例，生成減毒登革熱病毒及核酸嵌合體及用於此處揭示之疫苗組成物。若干實施例係有關於改性或突變登革熱建構物或嵌合體。其它實施例係有關於導入突變以改性登革熱病毒之結構蛋白質之胺基酸序列，其中該突變對病毒提高了免疫原性。
已經經由於細胞培養中繼代培養野生型病毒而發展出全部四個血清型之活減毒登革熱病毒。用於對抗黃病毒及特別登革熱病毒感染及/或疾病之用於免疫接種的最有展望的活減毒疫苗候選者有若干。此等疫苗候選者已經藉其登革熱血清型之組合、其繼代培養通過的細胞系及其繼代培養次數加以標示。因此，於PDK細胞中繼代培養13次的登革熱血清型1野生型病毒標示為DEN-1 PDK-13病毒。其它疫苗候選者為DEN-2 PDK-53、DEN-3 PGMK-30/FRhL-3(例如於一次綠猴腎細胞30次繼代培養，接著於致命性恆河猴肺細胞及DEN-4 PDK-48繼代培養三次)。此等四種候選者疫苗病毒分別係藉野生型親代DEN-1 16007、DEN-2 16681、DEN-3 16562及DEN-4 1036病毒的組織繼代培養衍生。
於某些實施例中，活減毒登革熱-2 PDK-53疫苗病毒含有病毒混合物，族群含有各種核苷酸差異。於減毒突變之基因決定特徵之後，某些減毒特性被摘取出且藉基因工程加工成為cDNA傳染性純株。RNA係從此種傳染性純株轉錄及導入Vero細胞作為新特徵化及衍生PDK-53-Vero-DEN-2-P 1病毒之繼代培養1(例如參考表1)。此種減毒病毒針對各個DEN血清型產生，但針對DEN-1、DEN-3及DEN-4，prM及E基因係經基因工程處理進入3個分開cDNA傳染性純株，如此生成四個分開PDK-53-Vero病毒(於此處分別定名為：PDK-53-Vero-DEN-2-P 1、PDK-53-Vero-DEN-1-P 1、PDK-53-Vero-DEN-3-P 1、及PDK-53-Vero-DEN-4-P 1)。此等減毒疫苗病毒種系繼代培養於Vero細胞10次(表1)，及各個分開世系群當其適應生長於Vero細胞時獲得突變(表3)。此處某些實施例係有關於衍生及用於其活減毒登革熱病毒。
先前使用此等減毒病毒之人類臨床試驗已經指出DEN-2 PDK-53於人類具有最低感染劑量(50%溶菌斑形成單位或PFU之50%最低感染劑量)，具有強力免疫原性，且未產生顯著安全性擔憂。DEN-1 PDK-13、DEN-3 PGMK-30/FRhL-3及DEN-4 PDK-48疫苗病毒候選者於人類分別具有10,000、3500、及150PFU之較高的50%最低感染劑量。雖然使用一價DEN-2 PDK-53病毒或DEN-4 PDK-48病毒只需要一次免疫接種即可於人體達成100%血清保留率，但針對DEN-1 PDK-13及DEN-3 PGMK-30/FRhL-3病毒 需要追加接種才能達成相同的血清保留率，該等病毒具有兩個用於人類之最高感染劑量。
DEN-2 PDK-53病毒疫苗候選者也縮寫為PDK-53具有與減毒相關的若干可量測生物標記，包括溫度敏感性、小型溶菌斑大小、於蚊C6136細胞培養中之複製減低，於完好蚊體內之複製減低，於乳小鼠之神經毒力喪失及於猴之病毒血症發生率降低。候選者PDK-53疫苗之臨床試驗已經證實其用於人類之安全性及免疫原性。此外，PDK-53疫苗於人類疫苗接種者誘生登革熱病毒專一性T細胞記憶反應。此處若干實施例描述DEN-2 PDK-53用於此處揭示的嵌合式建構物的改良。
具有登革熱-2病毒骨架及另一種登革熱病毒血清型至少一個結構蛋白質之免疫原性黃病毒嵌合體可用於製備登革熱病毒嵌合體及描述用於製造登革熱病毒嵌合體之方法。免疫原性登革熱病毒嵌合體單獨地或組合地提供於藥學上可接受之載劑作為免疫原性組成物以減少、抑制、或免疫接種個體對抗不受單獨或組合一或多個血清型諸如登革熱病毒血清型DEN-1、DEN-2、DEN-3及DEN-4的感染。當組合時，免疫原性登革熱病毒嵌合體可用作為多價疫苗(例如二價、三價及四價)而賦與同時對抗多於一個黃病毒種或種系感染的保護效果。於若干實施例中，登革熱病毒嵌合體組合於免疫原性組成物可用作為對抗已知登革熱病毒血清型之二價、三價或四價疫苗，或藉含括得自不同黃病毒之編碼一或多種蛋白質的核酸而賦予對其它病原 性黃病毒的免疫力。
於若干實施例中，此處提供無毒力免疫原性登革熱病毒嵌合體含有減毒登革熱-2病毒(例如PDK-53)之非結構蛋白質基因，或其相當物，及欲在個體內誘生免疫原性之黃病毒之結構蛋白質基因或其免疫原性部分中之一或多者。例如，若干實施例係有關於具有減低登革熱-2病毒PDK-53基因體作為病毒骨架，及編碼PDK-53基因體之衣殼、前膜/膜、或被膜之一或多個結構蛋白質基因或其組合以對欲保護對抗諸如不同黃病毒或不同登革熱病毒血清型之得自DEN-1、DEN-3或DEN-4或其它黃病毒之一或多個相對應結構蛋白質基因置換之嵌合體。依據此等實施例，此處揭示之核酸嵌合體可具有減毒登革熱-2病毒之功能性質且為無毒力，但除了其它黃病毒之外表現DEN-1、DEN-3或DEN-4之結構基因產物的抗原作用部位且為免疫原性(例如於個體誘生對基因產物的免疫反應)。然後，此等DNA建構物用以轉錄得自傳染性純株的DNA，此種DNA導入Vero細胞內再度於P1產生新子代病毒。此等新子代病毒可與PDK-53區別(例如參考P1-P10)。
於另一實施例中，核酸嵌合體可為具有但非限制性編碼得自減毒登革熱-2病毒之非結構蛋白質之第一核苷酸序列及編碼得自登革熱-4病毒之結構蛋白質之第二核苷酸序列單獨地或組合另一種黃病毒之核酸嵌合體。於其它實施例中，減毒登革熱-2病毒可為具有一或多個突變胺基酸之疫苗種系PDK-53(參考實施例)。此等額外突變賦予了 用作為活減毒登革熱-2或如此處描述用作為嵌合式建構物之期望的使用特徵。若干實施例包括第二登革熱病毒之C、prM或E蛋白中之一或多者的結構蛋白質。
其它面向包括嵌合式病毒可包括例如於對照PDK-53登革熱-2基因體中之核苷酸及胺基酸取代、刪除或插入以減少對標靶登革熱病毒基因型之免疫原性反應的干擾。此等改性可於結構蛋白質及非結構蛋白質單獨進行，或組合此處描述之改性實施例進行，且可經由減毒病毒之繼代培養，及獲得用以誘生對一或多種登革熱病毒血清型之免疫反應的改良組合生成。
此處揭示之某些實施例提出一種藉將要求的取代插入適當骨架基因體，使用重組技術製造本發明之嵌合式病毒之方法。此處其它實施例係有關於繼代培養經過確認(例如安全有效)活減毒嵌合式病毒用以獲得額外改良。於某些實施例中，此處使用之登革熱-2骨架可包括表3呈現的一或多個突變。於其它實施例中，本案之登革熱-登革熱嵌合體可包括如表3呈現的一或多個突變。於又其它實施例中，登革熱-登革熱嵌合體可包括針對Den-2/Den-1、Den-2/Den-3或Den-2/Den-4如於表3呈現針對各種嵌合體之全部突變。預期也含括包括表3之建構物表示的活減毒病毒之藥學組成物。例如，一-、二-、三-或四價組成物預期含括此處使用的如表3呈現的嵌合體及活減毒登革熱-2病毒。
於某些實施例中，此處含括之活減毒DEN-2變異體可調配成藥學組成物，其中該藥學組成物可單獨或組合 登革熱-登革熱嵌合體或登革熱-黃病毒嵌合體投予。於某些實施例中，二價、三價或四價組成物可以單次施用或多次施用投予個體。
黃病毒嵌合體
登革熱型1-4(DEN-1至DEN-4)為蚊媒黃病毒病原。黃病毒基因體含有5’-非編碼區(5’-NC)，接著為衣殼病毒(C)編碼區，接著為前膜/膜蛋白(prM)編碼區，接著為被膜蛋白(E)編碼區，接著為非結構蛋白(NS1-NS2A-NS2B-NS3-NS4A-NS4B-NS5)之編碼區及最後為3’非編碼區(3’NC)。病毒結構蛋白質為C、prM及E，及非結構蛋白質為NS1-NS5。結構蛋白質及非結構蛋白質轉譯為單一多蛋白及由細胞及病毒蛋白酶處理。
黃病毒嵌合體可為經由融合登革熱或黃病毒科病毒種的一型或血清型之非結構蛋白質基因與蛋白質基因例如得自登革熱病毒或黃病毒科病毒種之不同型或血清型之結構蛋白質基因所形成的建構物。另外，本發明之黃病毒嵌合體為藉如下方式形成的建構物，融合得自登革熱病毒或黃病毒科病毒種之一型或血清型之非結構蛋白質基因與指導選自其它登革熱病毒血清型或其它黃病毒科病毒的多肽或蛋白質之合成的額外核苷酸序列。
於其它實施例中，此處提供之無毒力免疫原性黃病毒嵌合體含有減毒登革熱-2病毒之非結構蛋白質基因或其相當物，及欲賦予對抗該病毒之免疫原性的黃病毒之結構蛋白質基因中之一或多者或其抗原部分。適當黃病毒包 括但非限於表1列舉者。
用以建構嵌合體之其它適當登革熱病毒可為野生型毒力DEN-1 16007、DEN-2 16681、DEN-3 16562及DEN-4 1036及減毒疫苗種系DEN-1 PDK-13、DEN-2 PDK-53、DEN-3 PMK-30/FRhL-3及DEN-4 PDK-48。涵蓋DEN-1、DEN-2、DEN-3及DEN-4野生型/減毒病毒對間之基因差異與由病毒基因體編碼的胺基酸序列之變化。
DEN-2 PDK-53之序列列表相對應於DEN-2 PDK-53-V變異體，其中基因體核苷酸位置5270從A突變為T，及多蛋白之胺基酸位置1725或NS3蛋白之胺基酸位置250含有纈胺酸殘基。不含此種核苷酸突變的DEN-2 PDK-53亦即DEN-2 PDK-53-E與PDK-53-V的差異只在於此一位置。DEN-2 PDK-53-E於核苷酸位置5270具有A及於多蛋白胺基酸位置1725亦即NS3蛋白胺基酸位置250具有麩胺酸。須瞭解此處實施例包括改性PDK 53其包括於分開宿主細胞(例如Vero細胞，參考表1)之一或多個繼代培養，於該處生成此處涵蓋疫苗組成物中期望的使用特徵。
於某些實施例中，嵌合體之標示可基於DEN-2病毒專一性傳染性純株改性骨架及其它登革熱病毒或其它黃病毒之結構基因(prM-E或C-prM-E)。登革熱-2骨架之DEN-2接著為插入該結構基因之種系。一個DEN-2骨架變異體反映在數字編號後的下個字母。嵌合體可從其中建構的一個特定DEN-2骨架係以下列字母置於短橫線親代16681(P)後方，PDK-53-E(E)或PDK-53-V(V)；最末字母指示得自親代 (P)種系或其疫苗衍生物(V)之C-prM-E或得自親代(P)或其疫苗衍生物(V1)之prM-E結構基因。例如，DEN-2/1-VP表示該嵌合體包含減毒DEN-2 PDK-53V骨架包含纈胺酸於NS3-250及得自野生型DEN-1 16007之C-prM-E基因；DEN-2/1-VV表示DEN-2 PDK-53V骨架具有登革熱-1、DEN-1 PDK-13之疫苗種系；DEN-2/1-VP1表示DEN-2 PDK-53V骨架及得自野生型DEN-1 16007之prM-E基因；DEN-2/3-VP1表示DEN-2 PDK-53V骨架及得自野生型DEN-3 16562之prM-E基因；DEN-2/4VP1表示DEN-2 PDK-53V骨架及得自野生型DEN-4 1036之prM-E基因。此處揭示之其它嵌合體係以相同方式指示。
於一個實施例中，此處揭示之嵌合體含有減毒登革熱-2病毒PDK-53基因體作為病毒骨架，其中編碼PDK-53基因體之C、prM及E蛋白之結構蛋白質基因或其組合可以得自登革熱-1、登革熱-3或登革熱-4病毒之相對應結構蛋白質置換，及選擇性地另一種黃病毒欲保護對抗諸如不同黃病毒或不同登革熱病毒種系。
於非結構蛋白質區域，於非結構蛋白質NS1-53(基因體核苷酸位置2579)，發現Gly-至-Asp(野生型至PDK-53)突變；於非結構蛋白質NS2A-181(基因體核苷酸位置4018)發現Leu-至-Phe(野生型-至-PDK-53)突變；於非結構蛋白質NS3-250(基因體核苷酸位置5270)發現Glu至-Val(野生型-至-PDK-53)突變；及於非結構蛋白質NS4A-75(基因體核苷酸位置6599)發現Gly至-Ala(野生型- 至-PDK-53)突變。本發明之活減毒DEN-2病毒進一步包括如表3之活減毒登革熱病毒之任何嵌合體中呈現的突變。
PDK-53病毒種系具有於基因體核苷酸5270之混合基因型。顯著部分(約29%)病毒族群編碼存在於野生型DEN-2 16681病毒之非突變NS3-250-Glu而非NS3-250-Val突變。因兩個基因變異體皆為無毒力，故此種突變於無毒力嵌合體中可能不需要。
先前發現減毒PDK-53病毒種系之無毒力可促成於編碼非結構蛋白質之核苷酸序列中及於5’-非編碼區中的突變。例如，於NS1-53之單一突變、於NS1-53及5’NC-57之雙突變，於NS1-53及NS3-250之雙突變、及於NS1-53、5’NC-57及NS3-250之三突變，結果導致DEN-2病毒的減毒。因此，於此等基因座含有此等非保留性胺基酸取代或核苷酸取代的任何登革熱-2病毒之基因體可用作為鹼基序列用以衍生此處揭示之改性PDK-53病毒。於5’非編碼區之莖/環結構的莖中之另一突變若有所需將提供額外無毒力表現型安定性。對此等區域的突變破壞用於病毒複製重要的潛在二次結構。於DEN及委內瑞拉馬腦炎病毒兩者的此種短(長度只有6核苷酸殘基)莖結構中的單一突變破壞髮夾結構的形成。於此莖結構的進一步突變減少於此基因座反轉的可能，同時維持病毒存活能力。
此處揭示之突變可藉技藝界已知之任一種方法達成包括但非限制性，一旦於關注細胞系(例如Vero細胞)繼代培養一次具有額外特徵之天然或選擇純株。熟諳技藝 人士須瞭解如此處描述且為技藝界已知之毒力篩檢檢定分析可用以區別毒力及無毒力骨架結構。
黃病毒嵌合體之建構
此處描述之黃病毒嵌合體可藉剪接期望有免疫力的黃病毒之結構蛋白質基因中之一或多者剪接入PDK-53登革熱病毒基因體骨架製造；或藉技藝界已知之其它方法製造，使用重組基因工程去除相對應PDK-53基因及以登革熱-1、登革熱-3或登革熱-4病毒基因或業界已知之其它基因置換PDK-3基因。
另外，使用序列表中提供的序列，使用已知核酸合成技術可合成編碼黃病毒蛋白質之核酸分子及插入適當載體。因此無毒力免疫原性病毒使用熟諳技藝人士已知之重組基因工程技術製造。
標靶基因可插入骨架，其編碼針對DEN-1、DEN-3、DEN-4或其它黃病毒的關注黃病毒結構蛋白質。欲插入的黃病毒基因可為編碼C蛋白、PrM蛋白及/或E蛋白之基因。插入登革熱-2骨架之序列可編碼PrM及E結構蛋白質。插入登革熱-2骨架之序列可編碼C、prM及E結構蛋白質中之全部或中之一者。
含有編碼其它黃病毒或登革熱病毒血清型之結構蛋白質的核苷酸序列之適當嵌合體病毒或核酸嵌合體可藉篩檢其用於前述減毒表現型標記指示無毒力，及藉篩檢其免疫原性而評估作為疫苗的有用性。抗原性及免疫原性可使用熟諳技藝人士已知的例行篩檢程序，利用與黃病毒 抗體或免疫反應性血清之試管內或活體內反應性進行評估。
登革熱病毒疫苗
於某些實施例中，嵌合體病毒及核酸嵌合體可提供可用作為免疫原或疫苗的活減毒病毒。若干實施例包括具有對登革熱-4病毒之免疫原性同時不會產生危險的致病或致命效應之嵌合體
為了減少個體發生DHF/DSS，需要四價疫苗來提供對全部四個病毒血清型同時的免疫力。四價疫苗係經由將本發明之活減毒登革熱-2病毒與前述登革熱-2/1、登革熱-2/3、及登革熱-2/4嵌合體於合宜藥學載劑內組合用以投予為多價疫苗。
本發明之嵌合式病毒或核酸嵌合體可包括野生型或活減毒病毒之結構基因於毒力或減毒DEN-2病毒骨架。例如，嵌合體可表現野生型DEN-4 1036病毒之結構蛋白質基因、其候選者疫苗衍生物於任一種DEN-2骨架。
此處描述之嵌合體中使用病毒可使用技藝界已知方式生長。然後進行病毒溶菌斑滴定及溶菌斑計數以便評估生長培養之存活力及表現型特性。野生型病毒可通過培養細胞系繼代培養來衍生減毒候選者起始物料。
嵌合式傳染性純株可從可用的各種登革熱血清型純株建構。若有所需也可完成病毒專一性cDNA片段之選殖。含有結構蛋白質及非結構蛋白質基因之cDNA片段藉使用各種引子從登革熱病毒RNA之反錄酶-聚合酶連鎖反應 (RT-PCR)擴增。擴增片段選殖入其它中間純株之裂解位置。然後中間嵌合式登革熱病毒純株經定序以證實所插入之登革熱病毒專一性cDNA的準確性。
藉將登革熱血清型病毒之結構蛋白質及/或非結構蛋白質基因區插入載體內建構全基因體長度嵌合式質體可使用熟諳技藝人士眾所周知的重組技術獲得。
核苷酸及胺基酸分析
於DEN-2 PDK-53疫苗病毒中的NS1-53突變對此種病毒的減毒表現型具有意義，原因在於DEN-2 16681病毒的NS1-53-Gly保留於幾乎全部至今為止已定序的黃病毒，包括蜱媒病毒。DEN-4疫苗病毒於NS1蛋白質於位置253也可含有胺基酸突變。於DEN-PDK-48疫苗病毒中之Gln至His突變的此一基因座在全部四個野生登革熱病毒基因型皆為Gln。此種Gln殘基為黃病毒屬內部登革熱病毒所獨有。NS1蛋白為從黃病毒感染細胞分泌的糖蛋白。其係存在於感染細胞表面，及NS1-專一性抗體係存在於病毒感染個體的血清中。曾經報告以NS1蛋白質免疫接種或以NS1專一性抗體被動保護動物。NS1蛋白顯然參與早期病毒RNA複製。
出現於DEN-1、-2、-3及-4減毒種系之NS2A、NS2B、NS4A及NS4B蛋白的突變本質上為保留性。DEN-2及DEN-4疫苗病毒的NS4A-75及NS4A95突變分別出現在登革熱病毒中胺基酸保留位置，但通常不出現在黃病毒
黃病毒NS3蛋白具有至少兩個已辨識功能：病毒 性蛋白酶及RNA螺旋酶/NTPase。698-aa長度(DEN-2病毒)NS3蛋白含有以胺基為端基之絲胺酸蛋白酶領域(NS3-51-His、-75-Asp、-135-Ser催化三聯體)接著為RNA螺旋酶/NTPase功能之序列部分(NS3-196-GAGKT、-284-DEAH、-459-GRIGR)。於DEN-1、DEN-2或DEN-3病毒的NS3蛋白中之突變並無任一者出現在已辨識部分。於DEN-1 PDK-13病毒的NS-510 Tyr-至-Phe突變為保留性。因野生型DEN-2、-3及-4病毒在此位置含有Phe，故Tyr-至-Phe突變在DEN-1病毒的減毒上不可能扮演某種角色。於DEN-1 PDK-13病毒的NS3-182 Glu-至-Lys突變出現在大部分蚊媒黃病毒保留為Asp或Glu的位置，及在減毒上可扮演某種角色。此種突變係位在GAGKT螺旋酶部分上游15胺基酸殘基。如先前報告所記，於DEN-2 16681病毒中之NS3-250-Glu保留於全部蚊媒黃病毒，但黃熱病病毒除外。
核酸探針選擇性地與編碼DEN-1、DEN-3及DEN-4病毒之核酸分子或其互補序列雜交。「選擇性的」或「選擇性地」表示一序列不與其它核酸雜交以防止登革熱病毒的適當檢測。因此，於雜交核酸之設計中，選擇性將取決於存在於樣本內的其它成分。雜交核酸須具有與其雜交核酸節段之至少70%互補性。如此處用來描述核酸，「選擇性地雜交」一詞排除偶爾隨機雜交的核酸，因而具有與「專一性雜交」的相同定義。本發明之選擇性雜交核酸可具有與其雜交之序列節段至少70%、80%、85%、90%、95%、97%、98%及99%互補性，較佳85%或以上。
預期涵蓋選擇性雜交至編碼核酸或核酸之互補股、或相反股之序列、探針或引子。與核酸之專一性雜交可發生而在核酸有微小修改或取代，只要維持功能種屬專一性雜交能力即可。「探針」一詞表示可用作為與互補核酸序列選擇性雜交用於其檢測或擴增的探針或引子之核酸序列，該等探針之長度可由約5變化至100核苷酸，或較佳約10至50核苷酸，或最佳約18至24核苷酸。
若用作為引子則該組成物較佳包括至少兩個核酸分子其雜交至標靶分子的不同區，因而擴增期望區。取決於探針或引子長度，標靶區可於70%互補鹼基至完全互補之範圍，而仍然於苛刻條件下雜交。例如，為了檢測登革熱病毒存在之目的，雜交核酸(探針或引子)與其雜交序列間的互補程度為至少足夠區別與來自其它有機體的核酸之雜交。
編碼DEN-4、DEN-3或DEN-1病毒之核酸序列(例如結構元體)可插入載體內，諸如質體，及於活有機體重組表現(例如表現成登革熱-2骨架)而製造重組登革熱病毒胜肽及/或多肽及/或病毒。
核酸檢測方法
本發明提供快速基因測試，可診斷此處描述之各種疫苗病毒。本發明之此一實施例加強從發展成病毒血症的疫苗接種人類血清分離的病毒之分析，以及促進於使用候選者疫苗病毒免疫接種之非人靈長類之病毒血症之特徵化。
此等序列包括診斷性TaqMan探針，用來報告藉使用反錄酶/聚合酶連鎖反應(RT/PCR)檢測從病毒基因體RNA樣板擴增的cDNA擴增子，以及正及反擴增元體，其設計來擴增cDNA擴增子，容後詳述。於某些情況下，已經設計擴增元體中之一者含有於擴增元體3’-端之疫苗病毒專一性突變，由於在標靶位置的引子延長，有效使得該測試對疫苗種系甚至更具有專一性，結果唯有病毒RNA樣板含有該專一性突變時才出現擴增。
可使用自動化以PCR為基礎之核酸序列檢測系統，或其它已知核酸檢測技術。TaqMan檢定分析為高度專一性敏感的檢定分析，許可來自樣本核酸樣板的PCR生成的擴增子之自動化即使觀察與定量。TaqMan可決定特定序列是否存在。於本檢定分析中，正及反引子經設計而煉合標靶突變位置之上游及下游。特定檢測器探針設計具有比擴增子更高約10℃之熔點，及含有疫苗病毒專一性核苷酸突變或其補體(取決於被檢測的RT/PCR擴增子之股)，組成本檢定分析之第三引子成分。
設計來專一性檢測於疫苗病毒基因體中之一者以突變基因座之探針將含有於探針中央的疫苗專一性核苷酸。若病毒RNA樣板為疫苗病毒專一性，則此探針將導致TaqMan檢定分析中可檢測的螢光。但得自野生型DEN病毒之基因體RNA樣板將具有減低的探針雜交效率，原因在於單一核苷酸不匹配(以親代病毒DEN病毒為例)，或可能多於一個不匹配(可能發生於其它野生型DEN病毒)，且將不會導 致顯著螢光。DNA聚合酶比較裂解不匹配的探針而釋放通報子染料較為可能從RT/PCR擴增子樣板置換不匹配探針(TaqMan對偶基因區別檢定分析，應用生物系統公司(Applied Biosystems))。
診斷性基因測試的一種策略使用分子信標。分子信標策略也利用用於RT/PCR擴增子擴增的引子，及藉含探針通報子及淬熄劑染料於探針終端檢測擴增子內部之特定序列。於本檢定分析中，探針形成莖-環結構。分子信標檢定分析採用與TaqMan檢定分析使用者不同的淬熄劑及通報子染料。
藥學組成物
此處實施例提供以適合於活體內藥學投藥之生物可相容形式將組成物投予個體。「適合於活體內投藥之生物可相容形式」表示欲投予之活性劑形式(本實施例之藥物化學品、蛋白質、基因)，其中任何毒性效應經權衡之後皆輸給活性劑之治療效果。投予治療上活性量之治療組成物定義為就劑量及達成期望結果所需時間而言之有效量。例如，治療上活性量之化合物可依據多項因素改變，諸如個體之疾病狀態、年齡、性別、及體重，及於個體體內提引出期望反應的抗體能力。用法用量可經調整而提供最佳治療反應。
於一個實施例中，化合物(例如實施例之藥物化學品、蛋白質、胜肽等)可以習知方式投予，例如皮下、靜脈、口服、吸入、皮內、經皮施用、陰道內施用、局部施 用、鼻內或直腸投予。取決於投藥途徑，活性化合物可含於保護緩衝劑(例如FTA、F127/海藻糖/白蛋白)。於一個實施例中，可經口投予組成物。於另一個實施例中，組成物可經靜脈投予。於一個實施例中，組成物可於鼻內諸如吸入投予。於又另一個實施例中，組成物可使用無針系統(例如藥物注射器(Pharmajet))或其它皮內投予系統投予。
組成物可於適當載劑或稀釋劑與酶抑制劑共同投予或於適當載劑諸如微脂粒投予個體。如此處使用「藥學上可接受之載劑」一詞意圖包括稀釋劑諸如鹽水及水性緩衝溶液。可能需要使用防止其交互作用的材料塗覆該化合物或共同投予該化合物。活性劑也可經腸道外或經腹內投予。分散液劑可經由於甘油、液體聚乙二醇及其混合物及於油製備。於尋常儲存及使用條件下，此等製劑可含有保藏劑以防止微生物的生長或其它安定配方(例如FTA)。
適合注射用之藥學組成物可利用技藝界已知手段投予。例如無菌水性溶液(當為水溶性時)或分散液或用於臨時製備無菌注射溶液劑或分散液的無菌粉末皆可使用。於全部情況下，該組成物可為無菌且可為流體至溶液注射的程度。於製造及儲存條件下可為安定且可保藏不受微生物諸如細菌及真菌的污染。藥學上可接受之載劑可為溶劑或分散介質含有例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇、及液體聚乙二醇等)及其適當混合物。適當流動性例如可藉使用包衣諸如卵磷脂，或於分散液之情況下藉維持所需的粒徑及藉使用界面活性劑加以維持。微生物之預防可藉加 熱、將藥劑暴露於清潔劑、照射或添加抗菌劑或抗真菌劑達成。
無菌注射用溶液劑之製備方法，係經由將需要量之活性化合物(例如對一或多個登革熱病毒血清型誘生免疫反應之化合物)與前文列舉的成分中之一者或組合以適量摻混於適當溶劑，視需要接著過濾滅菌。
當配方時，溶液劑將以與該劑量配方可相容之方式及治療有效量投藥。配方容易以多種劑型投予，諸如前述注射溶液劑類型。預期組成物特別適合用於肌肉、皮下、皮內、鼻內及腹內投予。可追求特定比例諸如1：1、1：2或其它比例(例如給定登革熱病毒血清型之PFU)。
活性治療劑可於混合物內以預定比例配方。單劑或多劑可針對給定情況(例如旅行前、登革熱爆發時)以適當時間表投予。
於另一實施例中，鼻用溶液劑或噴灑劑、噴霧劑或吸入劑可用於遞送關注的化合物。適合用於其它投藥模式之額外配方包括栓劑及托劑。
某些配方可包括賦形劑，例如藥學等級之甘露糖醇、乳糖、澱粉、硬脂酸鎂、沙卡林鈉、纖維素、碳酸鎂等。
藥學組成物可使用保護活性成分對抗從體內快速釋放之載劑製備，諸如定時釋放配方或包衣。此等載劑包括控制釋放配方，諸如但非僅限於微膠囊遞送系統、及可生物分解生物可相容性聚合物諸如乙烯乙酸乙烯酯、聚 酐、聚乙醇酸、聚原酸酯、聚乳酸及其它為已知。
藥學組成物係以可有效抑制或緩解植體之副作用及/或減少或預防排斥的用量及頻率投予。精確之治療劑量及治療時間可使用已知測試方案或於技藝界已知之模型系統測試該等組成物且外推加以決定。劑量也可隨情況之嚴重程度改變。藥學組成物通常係經配方及投藥以發揮治療有用的效果同時減低非期望的副作用。一般而言，約102至106PFU之劑量範圍可經初始及選擇性地投予，接著視需要可在30天內或至多180天後做第二次投予。於某些實施例中，個體可接受此處揭示之一價、二價、三價或四價組成物之雙重投予，其中該組成物為單一組成混合物或具有不同登革熱病毒血清型之預定組成物。於若干實施例中，DEN2/4嵌合體可以比其它登革熱血清型諸如活減毒登革熱-1更高濃度存在。
針對任何特定個體而言，顯然可視個別需要隨著時間調整特定用法用量。
於一個實施例中，此處揭示之組成物可經皮下或皮內投予個體。
含有活減毒登革熱病毒之藥學組成物可投予個體特別為人體，例如利用皮下、肌肉、鼻內、口服、局部、經皮、腸道外、經胃腸、經支氣管及經肺泡投藥。局部投予係透過含有有效量之絲胺酸蛋白酶抑制劑局部施用乳膏劑、膠漿劑、洗劑等達成。穿皮投藥係藉施用能夠允許絲胺酸蛋白酶抑制劑穿透皮膚及進入血流之乳膏劑、洗劑、 膠漿劑等達成。此外，滲透幫浦可用於投藥。所需劑量將隨接受治療的特定病況、投藥方法及該分子從體內之清除速率而改變。
於本發明方法之某些實施例中，個體可為哺乳動物諸如人類或獸醫動物及/或家畜或牲口或野生動物。
治療方法
於本發明之一個實施例中，此處預期涵蓋使用一價、二價、三價或四價活減毒及/或嵌合式病毒組成物配方誘生對登革熱病毒血清型之免疫反應。
進一步藉下列非限制性實施例例示本發明之實施例，該等實施例絕非視為對本發明之範圍加諸限制。相反地，顯然須瞭解可訴諸多種其它實施例、修改、及其相當物，於研讀此處描述之後，不背離本發明之精髓或隨附申請專利範圍之範圍而為熟諳技藝人士顯然易知。
實施例
含括下列實施例以驗證此處呈示之某些實施例。熟諳技藝人士須瞭解下列實施例中揭示之技術表示發現明確地落入於此處揭示之實務發揮良好功能，如此可視為組成其較佳實施模式。但熟諳技藝人士鑑於本文揭示將瞭解不背離此處之精髓及範圍可於所揭示之特定實施例中做出許多變化而仍然獲得類似的或相似的結果。
實施例1
於若干實施例方法中，揭示用以產生此處所稱之「主宰種病毒(MVS)」之組成物。此等組成物可衍生自一 或多個活減毒登革熱病毒諸如DEN-1、DEN-2、DEN-3、及DEN-4。於某些方法中組成物可衍生自一或多個活減毒登革熱病毒其包括但非限制性，此處揭示之特定建構物稱作DENVax-1、DENVax-2、DENVax-3、及DENVax-4。於其它實施例方法中，使用策略以生成及特徵化此等組成物。於又其它實施例中，提供四價登革熱病毒配方及此等配方之遺傳學及表現型特徵化。
前主宰DENVax病毒之製造及分析
進行某些程序以生成前主宰登革熱種病毒，諸如登革熱病毒(例如DENVax)之一系列擴增及純化。首先，DENVax病毒經再度衍生，其方式係將從全長重組DENVax cDNA轉錄的病毒RNA轉染入製造核准細胞(例如Vero細胞)，獲得P1(繼代培養1)種病毒。得自登革熱-1至登革熱-4各自之四種P1病毒隨後經擴增及溶菌斑純化獲得候選者前主宰疫苗P7種病毒(參考表1)。進行某些測試以分析登革熱病毒之繼代培養。例如，全長基因體定序證實全部四種P2(繼代培養2)種病毒之遺傳學上皆與其同源祖先經研究衍生的研究等級候選者疫苗病毒相同。原先溶菌斑表現型也保有於P2病毒。六種溶菌斑純化病毒(P3 A-F)係針對登革熱各個血清型(例如DENVax 1-4)分離自P2種病毒，各個經分離的溶菌斑直接再進行溶菌斑純化兩次。各個病毒之第三溶菌斑純化(P5)於Vero細胞中擴增兩次(P6 A-F及P7 A-F)而製造潛在前主宰P7 DENVax種病毒(表1)。
表1 DENVax病毒於WCB-Vero細胞中之cGMP再衍生實施例
進一步進行若干試驗以特徵化P7 DENVax種病毒，諸如分析P7種病毒之基因體序列及溶菌斑表現型且與P2種病毒比較(表2)。P7病毒之溶菌斑表現型大致類似P2種病毒。於若干實施例實驗中，監視病毒力價。大半P7種病毒之病毒力價達到超過6.0 log pfu/ml，但5病毒除外。於Vero細胞經10或以上連續繼代培養後，超過60候選者疫苗種病毒之基因體定序識別DEN-2 PDK-53基因載體之三個主要減毒決定子在NS1-53及NS3-250並無返祖事件，提示此2基因座於候選者疫苗種病毒相當穩定。此二位置從正定序及反定序生成的24候選者種系之全部序列層析圖皆為同源，但於NS1-53及NS3-250遺傳基因座並無任何微小核苷酸族群明顯。與NS1及NS3位置相反，從多個連續繼代培養研究等級疫苗病毒識別於5’NCR-57減毒基因座有不同的返祖程 度，提示此等基因座於細胞培養中經多次繼代培養後可能不如NS-1及NS3安定。因此，發展敏感性不匹配擴增檢定分析(TaqMAMA)以藉即時RT-PCR於5’NCR57基因座準確地測量返祖速率。若干研究中，全部24個P7種病毒之5’NCR57返祖位置係藉TaqMAMA測量。取決於該檢定分析中針對各個病毒之輸入病毒RNA濃度，TaqMAMA之敏感度範圍係於0.01%至0.07%返祖之範圍，比藉同位基因體序列分析可檢測的10-30%返祖敏感度極限遠更敏感。所得資料例示24個P7病毒中15個具有極少或無法檢測的返祖(<0.07%)，一個病毒(DENVax-3-D)具有幾乎100%返祖，及8個病毒(1個DENVax-1、1個DENVax-2、2個DENVax-3、及4個DENVax-4)具有於0.08%至12.85%範圍之部分返祖(表2)。針對24個P7病毒中之16個進行全長基因體定序，藉TaqMAMA測量具有低度5’NCR57返祖。全部此等已定序病毒維持另二個DENVax減毒決定子(NS1-53、NS3-250)，及全部獲得於原先基因改造重組cDNA純株所不存在的額外突變(表2)。於一個實施例標靶疫苗組成物中，選擇DENVax-1-A、DENVax-2-F、DENVax-3-F、及DENVax-4-F作為各個血清型之標靶前主宰種病毒，原因在於其基因型及溶菌斑表現型最類似原先設計的疫苗重組株。DENVax-1-A、DENVax-2-F、及DENVax-4-F具有兩個非同義突變，及DENVax-3-F有一個。證據提示於此等4個前主宰種病毒觀察得的此等額外突變不會造成該等病毒的安全性憂慮或免疫原性變更。此等前主宰種病毒進一步擴增而 生成MVS(主宰種病毒，標示為P7，表1)。
此處提供之實施例方法使用得自將選殖cDNA質體之已純化試管內轉錄病毒RNA作為純質來源以轉染疫苗核准Vero細胞而生成疫苗病毒。連續溶菌斑純化及全基因體序列分析合併入製造程序以確保所製造的疫苗種子具有最佳純度及遺傳安定性。針對DENVax之各個血清型製備六個選殖病毒作為潛在前主宰種病毒。透過基因體分析，包括TaqMAMA及完整基因體定序，以及病毒溶菌斑表現型之特徵化，前主宰種病毒經選擇進展至針對各個血清型(血清型1-4)製造主宰種病毒。選出的前主宰種病毒在5’NCR-57基因座具有無法檢測的返祖(<0.01%或<0.07%)，於其基因體帶有1或2個胺基酸取代，及保有先前觀察的小型溶菌斑表現型。
實施例2
於若干實施例方法中，描述主宰種病毒、工作種病毒及散裝種病毒之組成物及其基因及表現型特徵化。此等組成物提供用於臨床材料及最終商業疫苗供應之製造。連續溶菌斑純化及全基因體序列分析結合於製程來確保疫苗種病毒組成物用於臨床試驗材料之製造上具有最佳安全性及遺傳安定性。
MVS、WVS、及BVS之生產及製造品質管制
於若干研究中，4種DENVax之MVS係藉將前主宰P7種病毒於核准Vero細胞擴增製造。於其它研究中，MVS用於細胞工廠製造大量WVS。進一步，DENVax之BVS備料 係從WVS擴增，及配方成用於人類臨床試驗之四價藥品混合物。產物放行之品質管制係以某些實施例方法進行包括但非限制性，測試全部MVS、WVS及BVS之身份、感染力價、無菌性、黴漿體、及於試管內及活體內之伺機性病原因子。全部種病毒使用血清型專一性RT-PCR檢定分析皆通過病毒身份測試，顯示相對應其血清型之正型擴增及相對應於非同源血清型之負型擴增(資料未顯示)。於MVS、WVS、或BVS備料中未檢測得可檢測的黴漿體或伺機性病原因子。
MVS、WVS、及BVS之遺傳分析
於某些實施例方法中，於從如上選擇之前MVS(P7)種系生成MVS後，再度定序個別病毒性RNA。全長基因體定序顯示針對DENVax-1之MVS與其前主宰種病毒相同，而WVS及隨後BVS在E-483及NS4B-108獲得2個額外取代(參考表2及3)。於E-483之Ala取代表示於MVS之基因型部分，但變成BVS中之主控基因型。DENVax-2及DENVax-3就其個別前主宰種病毒為相同(表2及3)。DENVax-2 MVS與其前主宰種病毒為相同，及WVS及BVS在NS4A-36及NS4B-111具有兩個額外突變。兩個突變於WVS皆為部分基因型，及於BVS為主要基因型。DENVax-3之MVS再度與前主宰種病毒相同，但WVS及BVS在NS4A-23含有一個額外胺基酸取代。DENVax-4 MVS於MVS製造期間(表3)在基因座NS2A-99獲得一個額外胺基酸突變(Lys至Lys/Arg混合基因型)。其WVS及BVS保有NS2A-99 Lys/Arg混合基因型，及BVS具有一個額外NS4B-238 Ser/Phe混合基因型。同位序列結果也證實MVS、WVS及BV保有在5’NCR-57、NS1-53、及NS3-250基因座之三個減毒基因決定子。藉TaqMAMA分析最不穩定減毒基因座證實5’NCR-57返祖率於MVS為小於0.7%至0.13%，WVS為小於0.07%，及BVS為小於0.07%至0.21%。於5’NCR-57基因座之3%返祖率被視為一批疫苗所能接受的最大容許返祖率(表3)。
全基因體序列分析顯示於DENVax-4 MVS發展出額外胺基酸突變，而另外三批DENVax MVS保有其前主宰種病毒之同位基因體序列。總而言之，從P1種病毒衍生至前主宰(P7)種病毒，在一給定種病毒中只出現1或2個非同義突變。從P1至MVS(P8)種病毒，於任何給定DENVax種病毒識別2至7個核苷酸取代，此等取代中只有2至3者導致胺基酸改變。如此出現微小改變。RNA病毒於其基因體複製中容易發生錯誤，故於細胞繼代培養期間黃病毒基因體的基因取代並非出乎意外。於MSV之無聲突變並無任一者係在5’或3’NCR可能影響病毒突變。只有於DENVax-2之prM-52 Lys-Glu的改變及於DENVax-4之NS2A-66 Asp-Gly的取代非保留性改變。DENVax-4之NS2A-66突變係在DENV-2 PDK-53之非結構骨架部分。雖然NS2A-66基因座在DENV-2之各種種系中通常為Asp，但對DENV-4通常為Gly。可能於DENVax-4中Asp至Gly的改變係與DENVax-4匹配Vero細胞相關。DENVax-2 prM-52突變駐在prM之C端部分，從成熟病毒顆粒剪接。於某些實施例方法中，進行表現型特徵化證實於MVS種病毒中之突變皆未顯著改變疫苗的減毒表現型。
DENVax病毒驗證於製造過程之高基因安定性。位在5’NCR、NS1-53、及NS3-250之三個經界定的DENV-2 PDK-53減毒基因座於當DENVax從前主宰種系連續繼代培養至散裝疫苗製劑時於同位基因體序列維持安定。5’NCR-57基因座之高度敏感TaqMAMA驗證於登革熱病毒血清型之MVS、WVS(P9/工作)及BVS(疫苗之散裝種病毒)極少或無法檢測的返祖。DENVax BVS製劑(P10-相當)之5’NCR57返祖率顯著低於5’NCR57返祖率，出現在研究等級疫苗候選者於Vero細胞經10次連續繼代培養後(4-74%返祖)。此處提供之DENVax種病毒之大規模製造策略結果導致遺傳上安定的疫苗種病毒，於候選者疫苗病毒保有減毒標記。
DENVax MVS之溶菌斑表現型
於一個實施例方法中，DENVax MVS之溶菌斑表現型與野生型登革熱病毒及其同源研究級嵌合式病毒於Vero細胞比較(圖2)。全部DENVax-1、-2及-3之MVS產生的溶菌斑皆顯著小於其野生型同系物，而極為類似(於0.4毫米差以內)其於Vero細胞之同源研究及病毒。DENVax-4 MVS也顯著小於野生型DENV-4，但顯著大於(0.9毫米差)原先實驗室衍生D2/4-V嵌合體。
圖2表示實施例直方圖例示DENVax MVS比較對照組野生型病毒及研究級疫苗候選者病毒之溶菌斑大小。於Vero細胞於瓊脂糖上方覆蓋層下方的病毒溶菌斑於感染後後第9日測量平均溶菌斑直徑(毫米)±SD(誤差柱)。以黑柱 表示野生型DEN病毒及以白柱表示先前公開的研究及疫苗候選者病毒含括用作為對照組且與灰柱表示的DENVax主宰疫苗種病毒作比較。
DENVax MVS之溫度敏感度
於另一實施例方法中，於Vero細胞針對DENVax MVS測試溫度敏感度且與其同源野生型及原先研究級嵌合式疫苗病毒作比較。野生型(wt)DENV-3 16562並非溫度敏感。野生型登革熱病毒血清型1及登革熱血清型4於39℃為中等溫度敏感(於39℃之力價比37℃低約1.0 log10 pfu/ml，圖3)。野生型登革熱病毒血清型-2 16681為所測試的野生型登革熱病毒中最高溫度敏感性，導致於39℃之力價降100倍。DENVax-1、2、及3與其原先同源研究級嵌合式疫苗病毒同等溫度敏感(圖2)。針對此等DENVax種系於39℃之力價降低2.0至3.0 log10 pfu/ml。DENVax-4也為溫度敏感，驗證力價減低5倍。但原先研究級D2/4-V驗證力價減低約10倍。最終穩定化DENVax-4 MVS含有F127(及其它已知可穩定化此等配方的作用因子(FTA))，顯示可提升登革熱病毒之熱安定性。於DENVax-4 MVS存在有F127可能促成於Vero培養檢定分析中病毒較不明顯的溫度敏感。於分開實驗中，進一步評估於無F127存在下MVS衍生DENVax-4種系之溫度敏感度。為了從該種系去除F127，從DENVax-4散裝病毒製劑分離病毒RNA，及轉染Vero細胞。於無F127存在下於感染後(pi)第3日(圖3)此種DENVax-4病毒顯然與D2/4 V研究種系具有相等溫度敏感度(力價減低1.5 log10 pfu/ml)。
圖3例示實施例直方圖例示DENVax MVS之溫度敏感度。含括野生型登革熱病毒及先前公開之研究及疫苗候選者病毒進行比較。DENVax-4 MVS含有額外F-127，可遮蓋於本檢定分析中病毒之溫度敏感性結果。也含括分開實驗分析於無F127存在下之代理DENVax-4。於37℃或39℃於Vero細胞中病毒複製之平均力價±SD(誤差柱)。
於蚊C6/36細胞之DENVax MVS複製
於若干實施例方法中，DENVax MVS於C6/36細胞生長以證實其於試管內減毒表現型之保留性，知曉研究級嵌合式疫苗病毒保留於此等蚊細胞的骨架DENV-2 PDK53病毒之減毒表現型。與野生型登革熱病毒比較，於感染後後第6日DENVax-1、DENVax-2及DENVax-4 MVS於C6/36細胞(圖4)顯示顯著生長減低(至少3 log10 pfu/ml減低)。比較野生型DENVax-3 16562，DENVax-3 MSV也顯示生長減低，但減低較不顯著(1-2 log10 pfu/ml減低)。但DENVax-3種病毒批次之C6/36力價類似(於1 log10 pfu/ml差以內)原先研究級嵌合式D2/3-V疫苗病毒的C6/36力價。
圖4例示實施例直方圖作圖DENVax MVS(灰柱)於C6/36細胞之限制生長且與野生型登革熱(黑柱)及研究級疫苗病毒(白柱)作比較。感染後6日於C6/36細胞複製的病毒之平均力價±SD(誤差柱)。
於全蚊之病毒感染、散播、及傳播率
於若干實施例方法中，DENVax之感染率及散播率與其親代野生型登革熱病毒作比較。於某些實施例實驗 中，於埃及斑蚊(Ae.aegypti)進行經口感染實驗。感染血液餐經反向滴定測量病毒力價，只有親代登革熱病毒與DENVax針對各個血清型使用血液餐有類似病毒力價(小於1 log10 pfu/ml差)的實驗含括用於表4之比較。DENVax-1、DENVax-2及研究級D2 PDK-53-VV45R不會經口進食感染蚊，與其親代病毒有顯著差異(p<0.0001)，DENV-1 16007(44%感染)及DENV-2 16681(43.3%感染)。因並無任何蚊受DENVax-1及-2感染，故此二疫苗病毒極少有或無散播隱憂。而DENVax-4確實經口進食感染某些蚊(55之2)，感染率顯著比其親代野生型病毒更低(p<0.05)，DENV-4 1036(50之8)。兩個實驗中DENVax-3不感染任何蚊，血液餐病毒力價為6.0 log10 pfu/ml(表4)，及分開實驗具有血液餐病毒力價6.0 log10 pfu/ml，30隻蚊中只有一隻蚊變成感染(資料未顯示)。但野生型登革熱病毒-3 16562於5.2 log10 pfu/ml也具有極低感染率(8%)，於分開實驗感染率不增高，於6.2 log10 pfu/ml具有較高血液餐病毒力價(3%，30隻蚊中1隻為陽性反應，資料未顯示)。雖然野生型(wt)登革熱病毒-3及登革熱病毒-4具有比野生型登革熱病毒-1及登革熱病毒-2顯著更低的感染率，但於感染蚊之平均病毒力價相似(3.1至3.9 log10 pfu/蚊)。相反地，得自兩種感染蚊之DENVax-4力價皆為最低(0.7 log10 pfu/蚊)，比從野生型登革熱血清型-4 1036感染蚊的力價(3.9±1.5pfu/蚊)低1,000倍。
針對該等感染蚊，藉決定病毒是否存在於腳評估。病毒從中腸擴散出。四個親代DENV結果導致36.3%至 62.5%範圍之散播率，從腳之平均病毒力價(單位log10 pfu)為0.9±0.3至2.2±0.7(陰性樣本除外)。兩個DENVax-4感染蚊皆未導致病毒散播至腳(表4)。雖然於腳可檢測得散播病毒，但於經口感染蚊之唾液並未檢測得四個野生型登革熱病毒中之任一者，提示經口進食條件不夠敏感來測量此等DENV的傳播率。因此於其它實施例方法中，隨後進行藉直接胸內(IT)接種的高度嚴格的人工蚊感染(表4)。除了DENVax-4之外，全部病毒(野生型及DENVax)皆達成IT接種埃及斑蚊之100%感染。DENVax-4接種物具有比另外三種病毒接種物略低的病毒力價，但仍然成功的感染70%接種蚊。儘管藉IT接種達成高身體感染率，但全部四種DENVax病毒比野生型登革熱病毒(43-87%，表4)皆具有顯著較低(p<0.005)或無法檢測之傳播率(0-10%)。DENVax病毒於經口進食後驗證極少至無感染及散播，高度嚴格的IT結果證實此等DENVax病毒於埃及斑蚊的傳播能力極低。
載體勝任為活減毒黃病毒疫苗病毒之重要安全性成分。先前，研究級DENV-2 PDK-53-VV45R病毒及野生型衍生物於埃及斑蚊測試，及發現NS1-53-Asp減毒突變為受損蚊複製的主要決定子。DENV-2 PDK-53疫苗之另兩個主要減毒基因座，亦即核苷酸5’NCR-57-T及NS3-250-Val，也具有於蚊複製的其它抑制效應，如此對蚊載體勝任提供額外冗餘限制。此處描述之若干實施例方法用以測試全部四種DENVax種系之蚊經口及IT感染及複製。DENVax-1、-2及-3不會經口感染任何埃及斑蚊(表4)。DENVax-4只感染3.6%經口暴露蚊，該程度顯著低於野生型DENV-4，於蚊體 的複製平均力價低於wt DENV感染蚊。出乎意外地，於感染蚊腳檢測得DENVax-4，提示DENVax-4無法於經口感染後從蚊的中腸散佈。DENVax-1、-2及-4之感染率全部顯著低於其野生型對偶部分，但DENVax-3與wt DENV-3 16562間之差異不顯著，原因在於兩種病毒之感染率低之故。比較收集自泰國美索省的埃及斑蚊體內評估DENV的其它野生種系，用於基因改造DENVax之親代野生型登革熱病毒種系顯然具有藉經口進食較低的感染率及散播率。野生型DENV-1 PUO359、DENV-2 PUO218、DENV-3 PaH881/88、及DENV-4 1288用於基因改造以黃熱病(YF)17D疫苗為基礎的ChimeriVax-DEN疫苗具有47-77%範圍之感染率。相反地，YF 17D疫苗無法感染埃及斑蚊。雖然ChimeriVax種系含有得自此等高度傳染性wt DENV的prM-E，但ChimeriVax保有其YF 17D複製骨架的蚊減毒表現型。此處提供結果也指示DENV-2 PDK-53骨架之蚊減毒於DENVax種系中維持。此外使用野生型登革熱病毒種系具有於建構物中較低的蚊感染力者含括於此處描述之組成物提供額外安全性特徵。
經口感染結果例示DENVax具有極低蚊感染力及散播能力。此外，進行更敏感且更嚴格的IT感染實驗以進一步分析DENVax藉埃及斑蚊傳播的潛力。IT結果驗證全部四種DENVax病毒比較其野生型對偶部分皆具有無法檢測的或極低蚊傳播潛力。DENVax傳播理論上可能發生，若(1)在有足夠病毒血症力價以感染蚊的中腸的一疫苗接種人體病媒蚊進食，(2)病毒能夠於中腸上皮複製且隨後能夠散播 出中腸之外，及(3)散播病毒可於唾液腺中複製且吐出足量病毒於唾液中供傳播。需要感染蚊的人病毒血症之臨界值尚未適當建立，但人病毒血症於自然wt DENV感染後可為106-108蚊感染劑量50(MID50)/ml。此種MID50係基於使用稀釋人血漿直接IT接種蚊。於非人靈長類分析DENVax指出DENVax接種後病毒血症力價極低(低於2.4 log10 pfu/ml)及持續2-7日。給定DENVax之低病毒血症濃度及低蚊感染、散播、及傳播能力，此等疫苗病毒於自然界不可能藉蚊蟲傳播或造成病毒血症。
因此，提示任何血清型(P)之繼代培養中之任一者(P1-P10)可用於組成物生成對抗1、2、3或全部4個登革熱病毒血清型之有效疫苗。
於哺乳期小鼠之神經毒力
原先研究級疫苗病毒於維持於DVBD/CDC內部的新生ICR小鼠針對神經毒力高度減毒。全部此等小鼠使用104pfu各種疫苗病毒ic(腦內)挑釁皆存活。另一方面，野生型登革熱病毒血清型-2 16681病毒於各種實驗導致此等CDC-ICR小鼠之62.5%-100%死亡率。於若干實施例中，得自塔科尼克實驗室(Taconic Labs)的商用ICR小鼠(塔科尼克-ICR)用於研究於新生小鼠的神經毒力。觀察得新生塔科尼克-ICR小鼠以先前CDC-ICR小鼠對登革熱病毒血清型2感染顯著更敏感。圖5A摘述使用104pfu病毒ic挑釁，於CDC-ICR群落及塔科尼克-ICR新生小鼠之野生型登革熱病毒血清型-2 16681之神經毒力。塔科尼克-ICR小鼠(32頭小 鼠100%死亡率，平均存活時間8.3±0.5日)比先前CDC-ICR小鼠(72頭小鼠91%死亡率，平均存活時間14.6±2.3日)對腦內登革熱病毒血清型-2 11681挑釁更敏感。
於其它實驗方法中，為了評估DENVax MVS之神經毒力，塔科尼克-ICR小鼠最初於一項(n=16)或兩項(n=31-32)實驗中使用一劑量約104pfu野生型登革熱病毒血清型-2 16681、D2 PDK-53 VV45R、D2/3-V、或DENVax 1-4疫苗ic(腦內)挑釁(圖5B)。於此劑量，D2/3-V研究級病毒，以及DENVax-1、及DENVax-3 MVS具有全然減毒神經毒力表現型(未發病或致死)。如所預期，發現野生型登革熱病毒血清型-2為「致命」，平均小鼠存活時間(AST)為8.3±0.8日。於此等登革熱病毒血清型-2-敏感塔科尼克-ICR小鼠中，D2 PDK-53-VV45R研究級病毒導致81.3%死亡率。DENVax-2 MVS及DENVax-4 MVS於塔科尼克-ICR之致命程度不一致，分別顯示9.8±1.7、10.2±1.4、及11.3±0.4日之AST值。
於若干實施例方法中，於10倍低劑量(103pfu，圖5C)，野生型登革熱病毒血清型-2 16681病毒之神經毒力與D2 PDK-53 VV45R、DENVax-2 MVS及DENVax-4 MVS作比較。於此較低挑釁劑量，野生型登革熱病毒血清型-2保有不一致的致命神經毒力表現型，具有9.0±1.4日之AST。另外4種病毒具有中間神經毒力表現型，神經毒力程度為血清型專一性。D2 PDK-53-VV45R病毒及其DENVax-2 MVS同源株顯示顯著減毒(分別具有32.3%存活率帶有13.1±3.8日AST及31.2%存活率帶有10.5±3.4日AST)。 DENVax-4 MVS及研究級D2/4-V病毒針對神經毒力為高度減毒(分別為81.3%存活率帶有18.8±5.8日AST及100%存活率)。結果提示DENVax-1及-3之MVS具有神經毒力的完全減毒，而DENVax-2及-4 MVS批次保有減毒表現型，密切類似其同源研究級病毒疫苗候選者。
圖5A-5C表示實施例線圖例示使用包括野生型登革熱病毒血清型-2及不同減毒登革熱病毒之各種組成物於新生小鼠測試之神經毒力。各項實驗之匯集結果摘述於CDC-ICR(n=72)及塔科尼克-ICR(n=32)新生小鼠腦內使用104pfu病毒(A)挑釁野生型登革熱病毒血清型-2 16681之神經毒力。塔科尼克-ICR小鼠使用104pfu(B)或103pfu(C)劑量測試DENVax MVS之神經毒力。一項實驗(n=16)或兩項匯集實驗(n=31或32)中指出每組測試動物頭數。
WVS及BVS之溶菌斑表現型
進行某些研究來比較WVS及BVS與MVS、野生型登革熱病毒及其同源實驗室衍生研究級嵌合體於Vero細胞之溶菌斑表現型(圖6)。平均溶菌斑大小針對各個疫苗病毒從10個溶菌斑算出，但wt DENV-1、-3、及-4之數目減少。DENVax-1、-2及-3之MVS病毒皆產生溶菌斑，顯著小於其野生型同系物，而極為類似(於0.4毫米差以內)其同源研究級病毒於Vero細胞。DENVax-4 MVS也顯著小於wt DENV-4，但略微(0.9毫米)大於原先實驗室衍生D2/4-V嵌合體。DENVax-2為例外，DENVax-1、-3、-4之WVS及BVS比較從其野生型同系物製造者保有顯著更小的溶菌斑大 小。DENVax-2 WVS及BVS產生溶菌斑，類似wt DENV-2病毒於Vero細胞產生的溶菌斑，但當於LLC-MK2細胞測試時，全部DENVax-2製造種病毒產生溶菌斑略小於wt DENV-2(1.4±0.4)而類似實驗室衍生D2 PDK-53-VV45R(1.0±0.3)(圖6)。
病毒減毒之表現型標記包括小溶菌斑表現型、溫度敏感度、於蚊細胞複製減少、藉蚊感染/散播/傳播減少、及於新生ICR小鼠神經毒力減低之評估係針對MVS備料進行評比。結果指示全部DENVax保有類似原先研究級疫苗病毒預期的減毒表現型。給定負責減毒的突變皆保留於全部MVS、WVS及BV，可預期減毒表現型保留於針對人臨床試驗製造的材料。
圖6表示範例直方圖例示DENVax MVS、WVS、及BVS之溶菌斑大小。於感染後第9日測量於瓊脂糖上方覆蓋層下方之Vero細胞或LLC-MK2細胞中病毒溶菌斑的平均溶菌斑直徑±SD(誤差柱)。含括wt DENV及先前公開研究級疫苗候選者病毒用於對照及比較。
於蚊C6/36細胞之病毒複
先前研究證實研究級以PDK-53-為主的嵌合式疫苗病毒於C6/36細胞中保留骨架DENV-2 PDK53病毒之減毒表現型。於若干實驗方法中，DENVax MSV、WVS、及BVS於C6/36細胞生長來證實於大規模製造後保留此種試管內減毒標記。比較野生型登革熱病毒，DENVax-3除外，所製造的種病毒於感染後第6日(圖7)於C6/36細胞顯示顯著 生長減慢(至少3 log10 pfu/ml減慢)。DENV-3種病毒比較wt DENV-3 16562也顯示生長減慢，但減慢較不顯著(1-2 log10 PFU/ml減慢)。但DENVax-3種病毒批料之力價係類似(於1 log10 PFU/ml差以內)原先研究級嵌合式D2/3-V疫苗病毒。
圖8表示DENVax MVS、WVS、及BVS於C6/36細胞之限制生長的直方圖作圖實施例。病毒於感染後7日於C6/36細胞複製之平均力價±SD(誤差柱)。野生型登革熱病毒及先前公開研究級疫苗候選者病毒含括供比較。
於哺乳期小鼠之神經毒力
進行額外實驗分析於新生ICR小鼠之神經毒力。於104PFU之顱內劑量，於ICR小鼠wt DENV-2 16681及D2 PDK-53-VV45R之存活率分別為0%及18.8%(圖9A)，但於CDC ICR小鼠對wt DENV-2 16681為約20%及對D2 PDK-53-VV45R為100%。於本研究中，DENVax-1及DENVax-3 MVS用於小鼠於104PFU劑量為減毒(100%存活率)，但DENVax-2及DENVax-4之MVS於超過104PFU(圖5A)之劑量造成100%死亡率。但當於103PFU病毒劑量測試時，DENVax-2(31.3%存活率)及DENVax-4(81.3%存活率)顯示相對於野生型登革熱病毒血清型-2 16681(0%存活率)之神經毒力減低，其存活率分別係類似研究級疫苗病毒D2 PDK-53-VV45R(32.3%)及D2/4-V(100%)(圖9B)。雖然wt DENV-1、-3、或-4不含括於本研究用於比較，但先前研究工作證實藉ic途徑wt DENV-1 16007於CDC-ICR小鼠為減毒，而wt DENV-3 16562及DENV-4 1036對CDC-ICR小鼠有 高毒力(0%存活率)。可能此3種wt DENV於較為敏感的塔科尼克ICR小鼠也具有相似的或較高毒力。因此，含括此等野生型登革熱病毒用來與其同源DENVax MVS比較被視為資訊不足。本研究指出全部4種DENVax MVS及原先實驗室衍生候選者疫苗病毒相對於wt DENV-2 16681具有可相媲美的小鼠減毒表現型。
圖9A-9B表示DENVax MVS於新生ICR小鼠之神經毒力資料之線圖實施例。(A)病毒於104PFU之IC接種。(B)病毒於103PFU之IC接種。
全部DENVax種病毒批料測試其身份、無菌性及不含非期望的作用劑。全基因體序列分析顯示一個額外胺基酸突變出現在DENVax-4 MVS，而另外3個DENVax MVS保留其前主宰種病毒之同位基因體序列。於WVS批料中，相對於其前主宰種病毒，DENVax-3獲得額外胺基酸突變及另外三種血清型積聚兩個額外胺基酸取代。全部4批BVS之基因體序列皆與WVS批料相同。整體而言從P2種病毒至前主宰(P7)種病毒，於給定種病毒只出現1或2個非無聲突變。前主宰種病毒與BCS(P10)種病毒間，只觀察得1至2個核苷酸取代，全部皆出現於NS2A、4A、或4B，單一核苷酸改變例外導致保留甘胺酸及丙胺酸於殘基E-483。從P2至BVS(P10)種病毒，於任何給定DENVax種病毒識別共3至8個核苷酸取代，此等取代中只有2至4個導致胺基酸改變。於BVS之無聲突變中並無任一者係在5’-或3’-NCR區內部可能影響病毒複製。此等結果提示DENVax病毒於製造期間高度遺 傳上安定。位在5’NCR、NS1-53、及NS3-250之三個經界定的DENV-2 PDK-53減毒基因座在DENVax連續繼代培養而生成BVS批料時於同位基因體序列維持不變。高度敏感的5’-NCR-57位置之TaqMAMA顯示於DENVax之MVS、WVS、及BVS之極少或無法檢測的返祖。於DENVax-2 BVS識別0.21%之最高返祖率。P10-相當BVS之返祖率(<0.07%至0.21%)顯著低於於Vero細胞連續繼代培養後於其它疫苗候選者的返祖率(藉P10為4-74%返祖率)。如此提示DENVax種病毒之大規模製造策略就於候選者疫苗病毒維持基因穩定性及減毒標記的保留而言為成功。
因此處揭示之MVS備料將用於WVS及BVS批料之未來製造，故對全部MVS及其相當代理備料進行完整病毒減毒表現型評估，包括小溶菌斑表現型、溫度敏感度、於蚊細胞複製減少、於全蚊感染/散播/傳播減低、及於新生ICR小鼠之神經毒力減低。對WVS及BVS備料也進行溶菌斑大小、於蚊細胞之感染力以驗證其減毒。結果指出DENVax之4個血清型之全部MVS備料保有預期減毒表現型，諸如小溶菌斑、於C6/36細胞複製減少、及小鼠神經毒力減低，此點係與原先實驗室衍生疫苗病毒相似(圖6、8及9)。DENVax-4除外，如圖3及圖7顯示，DENVax之另3個MVS備料於39℃皆為TS。
針對WVS及BVS備料，分析及證實兩個減毒表現型，亦即小溶菌斑及於C6/36細胞之複製限制。由於MVS與BVS間極少有遺傳變化，預期將如同MVS保有減毒表現 型。除了本報告描述之實驗之外，已經測試所製造的DENVax於Ag129小鼠及非人靈長類之安全性及免疫原性。
此處提出範例方法驗證於cGMP下DENVax MVS、WVS、及BVS備料之製造。BVS備料用於配方目前用在人類臨床試驗評估的四價DENVax。若干實施例方法中，提供獨特的製造策略以最佳化所製造MVS之遺傳安定性及安全性。由於DENVax之主減毒基因座先前已經明確地特徵化，且為高度敏感且可量化的SNP檢定分析，故發展TaqMAMA以整合基因體序列及TaqMAMA以識別用於製造MVS之最佳前主宰種病毒。完整分析MVS之基因型及表現型特性而證實此等病毒保有期望的疫苗減毒安全性。此種可能只是活減毒病毒疫苗，從前主宰一路製造成BVS備料期間可有效分析全部主要減毒基因座。此處提供結果證實策略上設計活減毒疫苗之疫苗安全性優點。
圖10表示比較新穎活減毒疫苗與先前生成的活減毒登革熱病毒之表格實施例。指出突變，於該處與對照病毒(例如16681)或其它活減毒登革熱-2病毒不同。
材料及方法 病毒及細胞
DENV-1 16007、DENV-2 16681、DENV-3 16562、及DENV-4 1034作為野生型(wt)DENV對照組，其為四種重組DENVax疫苗候選者之親代基因型病毒。先前製備及特徵化DENVax祖先研究級病毒，標示為D2/1-V、D2 PDK-53-VV45R、D2/3-V、及D2/4-V。用於製造供疫苗製 造用的主宰細胞及工作細胞排組之Vero(非洲綠猴腎)細胞係源自於美國種型培養收集會(ATCC)CCL81細胞系，其已經藉世界衛生組織(WHO)特徵化用於疫苗製造(WCB-Vero細胞)。
從cDNA純株衍生活重組DENVax病毒
為了於cGMP製造條件下再度衍生候選者疫苗病毒，使用先前基因改造之DENV傳染性cDNA純株，亦即pD2 PDK-53-VV45R、pD2/1-V、pD2/4-V、及試管內接合含pD2/3-V的全基因體長度病毒cDNA藉如先前描述之試管內轉錄製造新鮮病毒RNA轉錄本。簡言之，經XbaI-線性化的DENV基因體cDNA使用蛋白酶K處理，使用酚/氯仿萃取，及於乙醇沈澱而去除任何殘餘蛋白質，然後於轉錄之前懸浮於不含RNAase的Tris-EDTA緩衝液。遵照製造商推薦的方案，使用安琵史萊(AmpliScribe)T7高產率轉錄套件(愛琵桑特技術公司(Epicentre Technologies))進行試管內轉錄。於2小時轉錄反應期間結合RNA A-cap類似物亦即m7G(5’)ppp(5’)A(新英格蘭生物實驗室(New England BioLabs))來添加5’-端A-cap至RNA轉錄本。然後樣本使用DNase I處理來消化樣板cDNA，接著低pH酚/氯仿萃取及乙醇沈澱而去除殘餘DNA及蛋白質。已純化之RNA轉錄本，懸浮於不含RNase之水中，分散於20微升液分內及於-80℃儲存至準備用於細胞轉染。RNA轉錄本之完整性及濃度係藉瓊脂糖凝膠電泳分析。各20微升液分估計含有足量基因體長度病毒RNA來允許藉電穿孔感染0.4-1 x 107製造核准 Vero細胞。
於山沙生物技術公司(Shantha Biotcchnics)於cGMP工廠進行各個RNA轉錄本轉染WCB-Vero細胞。DENVax RNA轉錄本經解凍，混合400微升Vero細胞懸浮液(1x107細胞/毫升)，及轉染預先冷凍無菌電穿孔光試管(4毫米間隙)用於藉基因帕色賽爾(Gene Pulser Xcell)整個系統(拜雷實驗室(BioRad Laboratories))進行電穿孔。各樣本以250V/∞ Ohms/500μF施加脈衝一次，於室溫培養10-15分鐘，轉移至含30毫升細胞生長培養基(含10% FBS之MEM)的75平方厘米燒瓶，及於36℃±1℃，5% CO2培養6至11日。收穫培養基，藉離心澄清、穩定化、及以小液分儲存於低於-60℃。從轉染所得之候選者疫苗備料(針對繼代培養層級1定名為P1)之病毒力價係於Vero細胞藉溶菌斑滴定檢定分析決定，及用於DENVax種病毒之進一步傳播
DENVax種病毒之製造
P1種病毒用於透過設計來確保製造批料之最佳遺傳安定性及安全性之策略而傳播DENVax前主宰、主宰、工作及散裝病毒批料。本策略包括三次連續溶菌斑純化，以及於各個繼代培養層級的遺傳分析而選擇用於連續種病毒製造之最佳純株病毒族群(表1)。簡言之，從轉染細胞收穫的P1種病毒以0.001之MOI感染Vero細胞擴增一次而生成P2種病毒。P2種病毒備料之液分藉溶菌斑型態學及完整病毒基因體定序評估。遺傳上證實的P2備料接種於如下溶菌斑滴定章節描述的具有疊置培養基之Vero細胞單層上而生 成明確分離的溶菌斑。使用中性紅變成可見而目測觀察後分離4個血清型疫苗病毒各自之6個個別溶菌斑(溶菌斑純株A至F)及混合入0.5毫升培養基內(繼代培養P3)。6個溶菌斑懸浮液各自接受另二回合溶菌斑純化，導致於繼代培養P4及P5之兩倍及三倍溶菌斑純化種病毒。P5病毒經由兩次連續Vero繼代培養擴增而製造P7種病毒備料。
進行使用如先前揭示的墨點定序及/或基於Taqman不匹配擴增突變檢定分析(TaqMAMA)之三個主要DENVax減毒基因座之遺傳分析，及進行溶菌斑表現型分析來篩檢全部24個P7種病毒。然後藉完整基因體定序進一步特徵化具有適當初始特性之種病毒。此等分析結果，各個DENVax血清型之6個(純株A-F)P7種病毒中之一者基於DENV-2 PDK-53減毒突變、最低基因體序列變化、及預期溶菌斑表現型之是否存在被選用為前主宰種病毒。各個選定的前主宰種病毒藉由於多個175平方厘米燒瓶之Vero細胞內以0.001 MOI進行一次病毒繼代培養擴大成為主宰種病毒(MVS或P8)。DENVax-4 MVS除外，主宰種病毒於感染後(pi)8至10日收穫。MVS備料於感染後(pi)6至10日收穫，藉離心澄清，藉添加蔗糖/磷酸鹽/麩胺酸鹽溶液(終濃度7.5%蔗糖，3.4mM磷酸二氫鉀，7.2mM磷酸氫二鉀，5.4mM麩胺酸一鈉)及0.95至1.90% FBS(終濃度)安定化。DENVax-4 MVS以不同方式製備來最佳化其產率。簡言之，多個燒瓶之細胞於0.1% F-127波洛薩莫(poloxamer)407存在下(其它EO-PO嵌段共聚物已經經過評估且可於此處取 代，參考核發專利案)其已經驗證可增加DENV病毒之熱安定性，以0.001之MOI感染DENVax-4前主宰種病毒。感染介質於感染後6至10日收穫，使用17% FBS(終濃度)穩定化，匯集及冷凍。全部四種DENVax MVS備料以1毫升液分儲存於低於-60℃。
於0.001之MOI，於MVS之Vero細胞培養中藉一次繼代培養製備DENVax工作種病毒(WVS)。程序係類似MVS之製造，但於多層細胞工廠(6360平方厘米)培養。WVS備料通過10μM及0.45μM過濾器過濾，使用用於MVS的相同安定劑安定化，分成多個液分置於30毫升PETG瓶或2.0毫升冷凍小瓶內，及儲存於低於-60℃。
於某些方法中，散裝種病毒(BVS)之製造係使用90毫升稀釋WVS感染融合Vero細胞之多個細胞工廠(各6360平方厘米)而達成0.001之MOI。用於稀釋MVS接種物之培養基含有0.1% F-127不含血清。經1.5小時吸附後，細胞以PBS洗3次，800毫升不含血清之DMEM培養基添加至各個細胞工廠，及細胞工廠於36(±1)℃於5(±0.5)% CO2接種。接種4日後，小量培養基液分收集進行無菌測試。病毒於感染後第5日至第10日間收穫，即刻通過0.45微米孔徑過濾器過濾，各個澄清病毒匯集物1升藉添加500毫升3x FTA緩衝液安定化(終濃度15%海藻糖，1.0%普隆尼克(Pluronic)F-127波洛薩莫407、0.1%人血清USP於PBS,pH 7.4)。穩定化之病毒分散於1升PETG瓶內，於低於-60℃冷凍儲存用於隨後匯集及品質管制測試。具有病毒力價高於105PFU/ml及可 接受含量之殘餘DNA的全部安定化病毒收穫物於32℃於水浴中快速解凍，然後以無菌方式匯集及混合。全部匯集單層BVS分散於加標籤之PETG容器內及於低於-60℃儲存供進一步使用。
製造產品品質管制
MVS、WVS、及BVS種病毒接受測試身份、無菌性、及可檢測偶發作用因子。各疫苗備料之身份係藉RT-PCR使用DENVax血清型專一性引子證實。已擴增cDNA片段含有E/NS1嵌合式接合位置來允許識別各個四種DENVax血清型。各個種病毒於全部4種血清型專一性RT-PCR反應中測試以證實病毒身份及不含異源DENVax血清型之交叉污染。根據USP 71(美國藥典章節71)進行無菌性測試。進行黴漿體測試。
下列針對病毒污染之試管內及活體內測試全部皆於種病毒製造期間使用收集未經澄清未經安定化之DENVax收穫物進行。收穫之感染性培養基首先於36±1℃使用DENV兔多株抗血清(英維拉貞(Inviragen))中和而失活化DENV。針對試管內試驗，已中和之種病毒接種於25平方厘米燒瓶內之三種指示劑細胞系，MRC5、VERO及MA104。伊柯病毒(CPE對照)或腮腺炎病毒(血球吸附對照)分別用作為陽性CPE或血球吸附對照組。全部細胞每日監視CPE共計14日。14日結束後，移出培養上清液，以10毫升天竺鼠紅血球(RBC)溶液(3毫升0.5%天竺鼠RBC於磷酸鹽緩衝食鹽水，使用細胞培養基調整至10毫升)置換。然後燒瓶於5±3℃ 接種30分鐘接著於室溫接種30分鐘。單層以PBS洗滌及於10倍放大下觀察血球吸附之任何星形RBC叢簇的存在。
偶發因子之活體內測試係於哺乳期小鼠、斷乳小鼠及天竺鼠進行。哺乳期小鼠經由腹內(ip)注射接種0.1毫升或0.01毫升(各劑量組含10頭小鼠)DENV-抗血清中和種病毒樣本。同理，10頭已斷奶小鼠腹內接種0.5毫升或0.03毫升樣本。天竺鼠(每組5頭)各自腹內接種5.0毫升。每日觀察哺乳期小鼠之發病率及死亡率總計經歷接種後14日。斷奶後小鼠於接種後共觀察28日，及天竺鼠共觀察42日。若
Figure TW201945545A_D0007
80%接種動物於整個觀察期維持健康，則該試驗組滿足可接受標準。
污染物之活體內測試也於雞受精卵進行。針對每種樣本，10顆母雞受精卵(9日齡)各自於35℃接種0.5毫升DENV抗血清中和樣本至尿囊液內及於35℃培養3日。從此等10顆卵收穫尿囊液，匯集，於35℃繼代培養入10顆新鮮受精卵(10-11日齡；0.5毫升/卵)之尿囊液內又經3日。同理，針對各樣本，10顆受精卵(6-7日齡)藉注射入卵囊內各自接種0.5毫升/卵(DENVax-2一價BVS)或0.25毫升/卵(DENVax-1、DENVax-3及DENVax-4 BVS)及於35℃培養9日。得自此等10顆卵之卵囊經收穫及匯集，10%懸浮液繼代培養入10顆新鮮受精卵(6-7日齡；0.5毫升/卵)之卵囊內及於35℃又接種9日。接種於尿囊液之卵(包括初接種及繼代接種)於觀察3日後之存活率。尿囊液之兩種匯集物於4℃及25℃使用雞、天竺鼠及人O型紅血球測試血液凝集活性。卵 接種入卵囊內之卵(初次接種及繼代接種二者)觀察接種9日後之存活率。
病毒溶菌斑檢定分析及免疫焦點檢定分析
病毒力價係使用Vero細胞藉溶菌斑檢定分析或免疫焦點檢定分析測量。如先前描述於融合Vero病毒之6孔孔板內於雙瓊脂糖覆蓋中進行溶菌斑檢定分析，也用於評估DENVax種病毒之溶菌斑表現型。為了正確比較，於同一個實驗中測量全部病毒之溶菌斑大小及比較。於感染後第9日使用中性紅目測觀察後，測量各病毒多達10個明確分離溶菌斑用於計算平均溶菌斑大小。對wt DENV-1、-3、及-4測量較少溶菌斑，其溶菌斑大小較大通常不允許測量10個明確分離的溶菌斑。
因四價DENVax含有全部四個血清型，故發展DENV血清型專一性免疫焦點分析來定量於四價配方中之各種DENVax成分。個別DENVax MVS之免疫焦點檢定分析與溶菌斑檢定分析作比較以確定病毒滴定結果在兩個檢定分析間可作比較。免疫焦點檢定分析係於感染連續稀釋病毒的融合Vero細胞之6孔孔板內進行。細胞上方覆蓋含0.7%高黏度羧甲基纖維素(希格瑪公司(Sigma))之平衡鹽培養基(BSS/YE-LAH培養基)及於37℃使用5% CO2培養7日。去除覆蓋層後，細胞薄片使用PBS洗三次，於-20℃使用冷80%丙酮固定30分鐘，使用PBS洗一次，及於37℃使用含2.5%(w/v)非脂乾乳，0.5%崔頓(Triton)X-100，0.05%吐溫(Tween)-20於PBS之封阻緩衝液封阻30分鐘。以被封阻細胞 接種以稀釋DENV血清型-專一性MAb、1F1(DENV-1)、3H5(DENV-2)、8A-1(DENV-3)、或1H10(DENV-4)於封阻緩衝液於37℃歷時1小時或於4℃隔夜，以洗滌緩衝液(0.05%吐溫-20於PBS)洗三次，及於37℃歷時45-60分鐘接種鹼性磷酸鎂或辣根過氧化酶(HRP)-軛合親和力純質山羊抗小鼠IgG(捷克森免疫研究實驗室(Jackson Immuno Research Laboratories))。孔板於添加適當酶基質、1-步驟式NBT/BCIP加鹼性磷酸酶遏止劑(皮爾斯(Pierce))或針對HRP之載體-VIP套組(載體實驗室(Vector Labs))用於彩色展開之前洗三次。當焦點完全展開後以水清洗中止彩色展開。在光箱直接觀察及計數染色免疫焦點。
基因序列
MVS及WVS之全長基因體經定序(參見下文)。簡言之，病毒RNA藉使用葵安普(QIAamp)病毒RNA套組(葵亞真(Qiagen))從DENVax種病毒萃取，重疊cDNA片段覆蓋整個基因體，使用泰騰(Titan)一試管RT-PCR套組(羅氏應用科學公司(Roche Applied Science,Inc.))擴增。擴增cDNA片段於使用正訊息引子及反訊息引子使用大染色終結者(BigDye Terminator)v3.1循環定序套組(應用生物系統公司)定序之前接受凝膠純化。定序反應使用大染色X終結者純化套組(應用生物系統公司)清潔於DVBD/CDC之3130x1基因分析儀(應用生物系統公司)上跑。使用Lasergene SeqMan軟體(DNA星公司(DNAStar Inc.))進行基因體分析及比較。
以Taqman為基礎之不匹配擴增突變檢定分析 (TaqMAMA)
TaqMAMA為敏感定量單一核苷酸多形性檢定分析，發展用來更精細評估於減毒5’NC-57基因座之返祖程度，針對本研究進一步最佳化。藉TaqMAMA分析得自MVS及WVS之經萃取的病毒RNA，引子/Taqman探針二集合對野生型或疫苗5’NC-57區各自具有專一性。正訊息引子用來檢測DENV-2 wt，疫苗序列分別為D2-41-GC及D2-40-TT。各正向引子之3’-端核苷酸匹配各病毒之專一性5’NCR-57核苷酸，而各個引子之3’-端核苷酸之相鄰核苷酸與DENV-2病毒基因體序列不同以增進不匹配效應。針對野生型集合及疫苗集合之反訊息病毒、CD-207、及Taqman探針、CD-169F為相同。先前描述引子及探針序列及循環條件。於含5微升病毒RNA樣板、0.4μM各種引子、及0.2μM探針之25微升反應中，使用拜雷(BioRad)埃斯里普(iScript)RT-PCR(用於探針)套組，以iQ5或CFX-95系統(拜雷)進行即時RT-PCR。針對各樣本進行各種野生型-疫苗專一性檢定分析之重複三次反應。基因體複本數目相對於針對各個病毒基因型決定的標準曲線決定，於該處RNA標準為衍生自含各種基因型專一性cDNA之nt 1-2670的質體衍生得的轉錄本。此外，檢定分析之專一性係藉使用異源基因型引子/探針集合測試各個RNA標準證實，確保於每個實驗之最低交叉反應性。結果也報告為病毒基因體顯示返祖的百分比。先前，由於較高交叉反應背景限制本檢定分析之輸入RNA濃度，原先檢測敏感度為約0.1%返祖(甄別能力)。此後， 檢定分析進一步使用即時PCR設備及反應套組最佳化，交叉反應性背景於遠更高的RNA樣板輸入程度(7-8 log10複本)顯著減低。此種最佳化導致檢測敏感度顯著改良，低抵0.01-0.07%返祖。
於蚊C6/36細胞之病毒複製及於哺乳動物Vero細胞之溫度敏感度
四個DENVax MVS備料及wt DENV-1、-2、-3、及-4病毒之複製野生型於C6/36蚊細胞(阿波比特氏斑蚊(Aedes albopictus))評估。生長於6孔孔板的C6/36細胞以0.001之MOI重複感染各個病毒，及於5% CO2培育器內於28℃與含2% FBS之4毫升/孔DMEM培養基培養。於感染後第6日收集各種病毒之培養上清液小液分，混合含40% FBS之等量體積培養基，及於-80℃儲存至準備用於病毒溶菌斑滴定。
於6孔孔板於Vero細胞感染後5日，比較於39℃之病毒生長及於37℃之病毒生長進行溫度敏感度評估。於37℃細胞以各種病毒於0.001之MOI重複感染四次。於病毒吸附後，感染培養與4毫升/孔含2% FBS之DMEM培養基於兩個分開5% CO2孵育器內培養，一個設定(重複孔板)於37℃及另一個設定於39℃。感染後第5日收集培養上清液液分(50微升)，混合等量體積含40% FBS之DMEM，儲存於-80℃直到準備用於病毒溶菌斑滴定。使用NIST-示蹤工廠校正溫度計(-1至51℃；爾特科(ERTCO))校準孵育器溫度。
蚊感染、散播及傳播
用於研究的埃及斑蚊係得自靠近泰國梅薩(16’N,33’E)一村莊於2002年所建立的群落。從幼蟲蛻變之後，成蚊自由提供10%蔗糖溶液，以16：8(亮：暗)光週期維持於28℃。5至7日齡之雌蚊用於感染血液餐進食或胸內(IT)接種。收穫(未經冷凍-解凍週期)即刻使用新鮮培養DENVax及wt DENV之液分來製造用於經口感染如下指示的血液餐。其餘病毒上清液補充FBS至終濃度20%，液分儲存於-80℃用於未來病毒溶菌斑滴定及IT接種物實驗。此等實驗用之新鮮製備的DENVax種病毒於Vero細胞中從前主宰種病毒擴增，被視為DENVax MVS相當物。
於口服感染當天以1：1比例混合新鮮血液與去纖維蛋白化的雞血(科羅拉多血清公司(Colorado Serum Company))製備感染血液餐。蚊子經過糖剝奪空腹隔夜，及然後使用黑莫泰(Hemotek)膜進食系統(探索工作坊(Discovery Workshops))提供病毒：血液混合物歷時1小時。50微升液分之血液餐維持於-80℃作為病毒劑量之回滴定。完全飽食之雌蚊在冷麻木下分類及置於紙箱內，自由提供10%蔗糖溶液。紙箱置於16：8小時(亮：暗)光週期於28℃。14日後，得自各個病毒組的25至30隻蚊經由暴露於三乙基胺(福來內普(Flynap)，卡羅萊納生物供應公司(Carolina Biological Supply Company))麻醉，取一隻後腳放置於含10% FBS及5%青黴素/鏈黴素(分別為100U/ml及100μg/ml)的0.5毫升DMEM中。將麻醉蚊的吻插入含2.5% FBS及25%蔗糖溶液之毛細管內收集唾液。允許蚊分泌唾液至 少15分鐘及然後毛細管及蚊體置於含DMEM之分開試管內。蚊體、腳及唾液儲存於-80℃直到被磨碎及評估傳染性病毒。供IT接種用，蚊藉由冷麻木及於0.34微升接種物內接種約50pfu病毒。接種蚊於前述相同條件下維持7日。然後蚊麻醉，如前述收集唾液及蚊體。樣本儲存於-80℃直到進一步處理。
為了處理樣本進行病毒滴定，蚊體及蚊腳樣本使用混合磨機以24週期/秒歷時4分鐘與銅包BB(克斯曼公司(Crossman Corporation)，紐約)均化，及然後於3,000 x g離心3分鐘。唾液樣本於3,000 x g離心3分鐘以從毛細管中排出流體。蚊體及蚊腳均化物及唾液樣本之10倍稀釋液藉溶菌斑檢定分析測試是否存在有傳染性病毒。從蚊體、蚊腳及唾液所得結果分別用於決定感染率、散播率及傳播率。
小鼠神經毒力
定時妊娠之雌ICR小鼠係得自塔科尼克實驗室，每日監測數次決定胎鼠的約略出生時間。於一給定實驗中，出生後約12-24小時，每種病毒使用兩窩八頭胎鼠(n=16)，使用30號針頭藉顱內(ic)接種103至104pfu病毒於20微升稀釋液挑釁。挑釁後動物每日至少監視3次，至少歷時32天。出現疾病的第一徵象(毛皮粗糙、駝背、體重減輕、活動異常、癱瘓、或嗜睡)時，動物使用異氟醚氣體藉致命性麻醉安樂死，接著斬首。安樂死的感染後日數表示動物的「至發病/生病時間」或「存活時間」。動物實驗係遵照DVBD/CDC IACUC-核准動物方案進行。
主宰種病毒之衍生 DENVax-1主宰種病毒(MVS)
此處提供嵌合式病毒基因體之核苷酸序列及轉譯蛋白質之推定胺基酸序列。大部分prM-E基因(nt 457至-2379，下方畫線)為野生型(wt)DEN-1 16007病毒專一性；其餘基因體為DEN-2 PDK-53病毒專一性。全部基因改造取代係與野生型病毒(D1 16007或D2 16681)不同，於MVS檢測得額外突變(與基因改造cDNA純株的改變)顯著。
含括於基因體及蛋白質之取代：
D1(prM-E)及D2骨架間之接合位置：
a. MluI(nt 451-456)：基因改造無聲突變，nt-453 A-to-G
b. NgoMIV(nt 2380-2385)：基因改造突變，nt-2381/2382 TG-to-CC(導致E-482 Val-to-Ala改變)
D2 PDK-53病毒骨架(與wt D2 16681改變)：全部為粗體
a. 5’-非編碼區(NCR)-57(nt-57 C-to-T)：主要減毒位置(紅色)
b. NS1-53 Gly-to-Asp(nt-2579 G-to-A)：主要減毒位置(紅色)
c. NS2A-181 Leu-to-Phe(nt-4018 C-to-T)
d. NS3-250 Glu-to-Val(nt-5270 A-to-T)：主要減毒位置(紅色)
e. nt-5547(NS3基因)T-to-C無聲突變
f. NS4A-75 Gly-to-Ala(nt-6599 G-to-C)
* PDK-53之nt-8571 C-to-T無聲突變未於疫苗病毒基因改造
DEN-1 prM-E(從wt D1 16007改變)
a.基因改造nt-1575 T-to-C無聲突變以去除天然XbaI位置
出現於疫苗種病毒之額外取代(與原先純株0.03% nt不同)
a. NS2A-116 Ile-to-Leu(nt-3823 A-to-C，粗體)
b. NS2B-92 Glu-to-Asp(nt-4407 A-to-T，粗體)
c. nt-7311 A-to-G無聲突變(粗體)
Figure TW201945545A_D0008
Figure TW201945545A_D0009
Figure TW201945545A_D0010
Figure TW201945545A_D0011
Figure TW201945545A_D0012
Figure TW201945545A_D0013
Figure TW201945545A_D0014
DENVax-2主宰種病毒(MVS)
此處提供重組病毒基因體之核苷酸序列及轉譯蛋白質之推定胺基酸序列。基因改造病毒係基於D2 PDK-53病毒。標示出與野生型DEN-2 16681病毒(也是PDK-53之親代病毒)不同的全部基因改造取代，以及於MVS檢測得的額外突變(從基因改造cDNA純株改變)。
含括於基因體及蛋白質之取代：
D2 PDK-53病毒骨架(從wt D2 16681改變)：全部皆粗體
a. 5’-非編碼區(NCR)-57(nt-57 C-to-T)：主要減毒基因座(紅色)
b. prM-29 Asp-to-Val(nt-524 A-to-T)
c. nt-2055 C-to-T(E基因)無聲突變
d. NS1-53 Gly-to-Asp(nt-2579 G-to-A)：主要減毒基因座(紅色)
e. NS2A-181 Leu-to-Phe(nt-4018 C-to-T)
f. NS3-250 Glu-to-Val(nt-5270 A-to-T)：主要減毒基因座(紅色)
g. nt-5547(NS3基因)T-to-C無聲突變
h. NS4A-75 Gly-to-Ala(nt-6599 G-to-C)
*於疫苗病毒中PDK-53之nt-8571 C-to-T無聲突變係未經基因改造。
基因改造純株標記(無聲突變)：
a. nt-900 T-to-C無聲突變：感染純株標記
出現於疫苗種病毒之額外取代(與原先純株差異0.02% nt)
a. prM-52 Lys-to-Glu(nt-592 A-to-G)，粗體
b. NS5-412 Ile-to-Val(nt-8803 A-to-G)，粗體
Figure TW201945545A_D0015
Figure TW201945545A_D0016
Figure TW201945545A_D0017
Figure TW201945545A_D0018
DENVax-3主宰種病毒(MVS)
此處提供嵌合式病毒基因體之核苷酸序列及轉譯蛋白質之推定胺基酸序列。大部分prM-E基因(nt-457至-2373，下方畫線)為野生型(wt)DEN-3 16562病毒專一性；其餘核苷酸序列為DEN-2 PDK-53病毒專一性。DEN-3病毒之E蛋白具有比DEN-2 E蛋白更少兩個胺基酸。因此，始於NgoMIV之nt位置係比原先DEN-2 PDK-53 nt位置少6 nt。標記出與野生型病毒(DEN-3 16562或DEN-2 16681)不同的全部基因改造取代以及額外突變(從基因改造cDNA純株改變)。
含括於基因體及蛋白質之取代：
接合位置：
a. MluI(nt 451-456)：基因改造無聲突變，nt-453 A-to-G
b. NgoMIV(nt 2374-2379)：基因改造突變，nt-2375/2376 TG-to-CC(導致E-480 Val-to-Ala改變)
D2 PDK-53病毒骨架(從wt D2 16681改變)：粗體
a. 5’-非編碼區(NCR)-57(nt-57 C-to-T)：主要減毒基因座(紅色)
b. NS1-53 Gly-to-Asp(nt-2573 G-to-A)：主要減毒基因座(紅色)
c. NS2A-181 Leu-to-Phe(nt-4012 C-to-T)
d. NS3-250 Glu-to-Val(nt-5264 A-to-T)：主要減毒基因座(紅色)
e. nt-5541(NS3基因)T-to-C無聲突變
f. NS4A-75 Gly-to-Ala(nt-6593 G-to-C)
*於疫苗病毒中PDK-53之nt-8565 C-to-T無聲突變係未經基因改造
於DEN-3 prM-E之基因改造突變(從wt D3 16562改變)
a.基因改造nt-552 C-to-T無聲突變：純株標記
b.基因改造E-345 His-to-Leu(nt-1970 A-to-T)用於培養中有效複製
出現於疫苗種病毒之額外取代(與原先純株差異0.02% nt)
a. E-223 Thr-to-Ser突變(nt1603 A-to-T，粗體)
b. nt-7620 A-to-G無聲突變(粗體)
Figure TW201945545A_D0019
Figure TW201945545A_D0020
Figure TW201945545A_D0021
Figure TW201945545A_D0022
Figure TW201945545A_D0023
Figure TW201945545A_D0024
DENVax-4主宰種病毒(MVS)
嵌合式病毒基因體之核苷酸序列及轉譯蛋白質之推定胺基酸序列。大部分prM-E基因(nt-457至-2379，下方畫線)為野生型(wt)DEN-4 1036病毒專一性；其餘核苷酸序列為DEN-2 PDK-53病毒專一性。標記出與野生型病毒(DEN-3 16562或DEN-2 16681)不同的全部基因改造取代，以及額外突變(從基因改造cDNA純株改變)。
含括於基因體及蛋白質之取代：
接合位置：
a. MluI(nt 451-456)：基因改造無聲突變，nt-453 A-to-G
b. NgoMIV(nt 2380-2385)：基因改造突變，nt-2381/2382 TG-to-CC(導致E-482 Val-to-Ala改變)
D2 PDK-53病毒骨架(從wt D2 16681)改變
a. 5’-非編碼區(NCR)-57(nt-57 C-to-T)：主要減毒基因座(紅色)
b. NS1-53 Gly-to-Asp(nt-2579 G-to-A)：主要減毒基因座(紅色)
c. NS2A-181 Leu-to-Phe(nt-4018 C-to-T，粗體)
d. NS3-250 Glu-to-Val(nt-5270 A-to-T)：主要減毒基因座(紅色)
e. nt-5547(NS3基因)T-to-C無聲突變(粗體)
f. NS4A-75 Gly-to-Ala(nt-6599 G-to-C，粗體)
*PDK-53之nt-8571 C-to-T無聲突變於疫苗病毒中係未 經基因改造
於cDNA純株之基因改造取代
a.基因改造C-100 Arg-to-Ser(nt-396 A-to-C)：可改善於培養中的病毒複製
b.基因改造nt-1401 A-to-G無聲突變
c.基因改造E-364 Ala-to-Val(nt-2027 C-to-T)：可改善於培養中的病毒複製
d.基因改造E-447 Met-to-Leu(nt-2275 A-to-C)：可改善於培養中的病毒複製
於疫苗種病毒出現的額外取代(與原先純株差異0.06% nt)
a. nt-225(C基因)A-to-T無聲突變(粗體)
b. NS2A-66 Asp-to-Gly(nt-3674 A-to-G)突變(粗體)
c. NS2A-99 Lys-to-Lys/Arg mix(nt-3773 A-to-A/G混合，粗體)
d. nt-5391 C-to-T(NS3基因)無聲突變(粗體)
e. NS4A-21 Ala-to-Val(nt-6437 C-to-T，粗體)
f. nt-7026 T-to-C/T混合無聲突變(粗體)
g. nt-9750 A-to-C無聲突變(粗體)
Figure TW201945545A_D0025
Figure TW201945545A_D0026
Figure TW201945545A_D0027
Figure TW201945545A_D0028
Figure TW201945545A_D0029
Figure TW201945545A_D0030
<110> 武田疫苗股份有限公司(TAKEDA VACCINES,INC.)
<110> 美國政府，由衛生及公共服務部部長代表(THE GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA AS REPRESENTED BY THE SECRETARY OF THE DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES)
<120> 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法
<140> TW 108114540
<141> 2014-03-14
<150> US 61/800,204
<151> 2013-03-15
<160> 16
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 10723
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型1,BVS
<400> 1
Figure TW201945545A_D0031
Figure TW201945545A_D0032
Figure TW201945545A_D0033
Figure TW201945545A_D0034
Figure TW201945545A_D0035
Figure TW201945545A_D0036
Figure TW201945545A_D0037
<210> 2
<211> 3464
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型1,BVS
<400> 2
Figure TW201945545A_D0038
Figure TW201945545A_D0039
Figure TW201945545A_D0040
Figure TW201945545A_D0041
Figure TW201945545A_D0042
Figure TW201945545A_D0043
Figure TW201945545A_D0044
Figure TW201945545A_D0045
Figure TW201945545A_D0046
Figure TW201945545A_D0047
Figure TW201945545A_D0048
Figure TW201945545A_D0049
Figure TW201945545A_D0050
Figure TW201945545A_D0051
Figure TW201945545A_D0052
Figure TW201945545A_D0053
<210> 3
<211> 3391
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型1,MVS
<400> 3
Figure TW201945545A_D0054
Figure TW201945545A_D0055
Figure TW201945545A_D0056
Figure TW201945545A_D0057
Figure TW201945545A_D0058
Figure TW201945545A_D0059
Figure TW201945545A_D0060
Figure TW201945545A_D0061
Figure TW201945545A_D0062
Figure TW201945545A_D0063
Figure TW201945545A_D0064
Figure TW201945545A_D0065
Figure TW201945545A_D0066
Figure TW201945545A_D0067
Figure TW201945545A_D0068
<210> 4
<211> 10723
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型2,BVS
<400> 4
Figure TW201945545A_D0069
Figure TW201945545A_D0070
Figure TW201945545A_D0071
Figure TW201945545A_D0072
Figure TW201945545A_D0073
Figure TW201945545A_D0074
Figure TW201945545A_D0075
<210> 5
<211> 3391
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型2,BVS
<400> 5
Figure TW201945545A_D0076
Figure TW201945545A_D0077
Figure TW201945545A_D0078
Figure TW201945545A_D0079
Figure TW201945545A_D0080
Figure TW201945545A_D0081
Figure TW201945545A_D0082
Figure TW201945545A_D0083
Figure TW201945545A_D0084
Figure TW201945545A_D0085
Figure TW201945545A_D0086
Figure TW201945545A_D0087
Figure TW201945545A_D0088
Figure TW201945545A_D0089
Figure TW201945545A_D0090
Figure TW201945545A_D0091
<210> 6
<211> 3391
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型2,MVS
<400> 6
Figure TW201945545A_D0092
Figure TW201945545A_D0093
Figure TW201945545A_D0094
Figure TW201945545A_D0095
Figure TW201945545A_D0096
Figure TW201945545A_D0097
Figure TW201945545A_D0098
Figure TW201945545A_D0099
Figure TW201945545A_D0100
Figure TW201945545A_D0101
Figure TW201945545A_D0102
Figure TW201945545A_D0103
Figure TW201945545A_D0104
Figure TW201945545A_D0105
Figure TW201945545A_D0106
Figure TW201945545A_D0107
<210> 7
<211> 10717
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型3,BVS
<400> 7
Figure TW201945545A_D0108
Figure TW201945545A_D0109
Figure TW201945545A_D0110
Figure TW201945545A_D0111
Figure TW201945545A_D0112
Figure TW201945545A_D0113
Figure TW201945545A_D0114
<210> 8
<211> 3389
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型3,BVS
<400> 8
Figure TW201945545A_D0115
Figure TW201945545A_D0116
Figure TW201945545A_D0117
Figure TW201945545A_D0118
Figure TW201945545A_D0119
Figure TW201945545A_D0120
Figure TW201945545A_D0121
Figure TW201945545A_D0122
Figure TW201945545A_D0123
Figure TW201945545A_D0124
Figure TW201945545A_D0125
Figure TW201945545A_D0126
Figure TW201945545A_D0127
Figure TW201945545A_D0128
Figure TW201945545A_D0129
Figure TW201945545A_D0130
<210> 9
<211> 3389
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型3,MVS
<400> 9
Figure TW201945545A_D0131
Figure TW201945545A_D0132
Figure TW201945545A_D0133
Figure TW201945545A_D0134
Figure TW201945545A_D0135
Figure TW201945545A_D0136
Figure TW201945545A_D0137
Figure TW201945545A_D0138
Figure TW201945545A_D0139
Figure TW201945545A_D0140
Figure TW201945545A_D0141
Figure TW201945545A_D0142
Figure TW201945545A_D0143
Figure TW201945545A_D0144
Figure TW201945545A_D0145
Figure TW201945545A_D0146
<210> 10
<211> 10723
<212> DNA
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型4,BVS
<400> 10
Figure TW201945545A_D0147
Figure TW201945545A_D0148
Figure TW201945545A_D0149
Figure TW201945545A_D0150
Figure TW201945545A_D0151
Figure TW201945545A_D0152
Figure TW201945545A_D0153
<210> 11
<211> 3391
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型4,BVS
<400> 11
Figure TW201945545A_D0154
Figure TW201945545A_D0155
Figure TW201945545A_D0156
Figure TW201945545A_D0157
Figure TW201945545A_D0158
Figure TW201945545A_D0159
Figure TW201945545A_D0160
Figure TW201945545A_D0161
Figure TW201945545A_D0162
Figure TW201945545A_D0163
Figure TW201945545A_D0164
Figure TW201945545A_D0165
Figure TW201945545A_D0166
Figure TW201945545A_D0167
Figure TW201945545A_D0168
Figure TW201945545A_D0169
<210> 12
<211> 3391
<212> PRT
<213> 人造序列
<220>
<223> 登革熱病毒血清型4,MVS
<400> 12
Figure TW201945545A_D0170
Figure TW201945545A_D0171
Figure TW201945545A_D0172
Figure TW201945545A_D0173
Figure TW201945545A_D0174
Figure TW201945545A_D0175
Figure TW201945545A_D0176
Figure TW201945545A_D0177
Figure TW201945545A_D0178
Figure TW201945545A_D0179
Figure TW201945545A_D0180
Figure TW201945545A_D0181
Figure TW201945545A_D0182
Figure TW201945545A_D0183
Figure TW201945545A_D0184
Figure TW201945545A_D0185
<210> 13
<211> 10723
<212> DNA
<213> 嵌合式登革熱血清型2/1(MVS)
<400> 13
Figure TW201945545A_D0186
Figure TW201945545A_D0187
Figure TW201945545A_D0188
Figure TW201945545A_D0189
Figure TW201945545A_D0190
Figure TW201945545A_D0191
Figure TW201945545A_D0192
<210> 14
<211> 10723
<212> DNA
<213> 登革熱血清型2(MVS)
<400> 14
Figure TW201945545A_D0193
Figure TW201945545A_D0194
Figure TW201945545A_D0195
Figure TW201945545A_D0196
Figure TW201945545A_D0197
Figure TW201945545A_D0198
Figure TW201945545A_D0199
<210> 15
<211> 10717
<212> DNA
<213> 嵌合式登革熱血清型2/3(MVS)
<400> 15
Figure TW201945545A_D0200
Figure TW201945545A_D0201
Figure TW201945545A_D0202
Figure TW201945545A_D0203
Figure TW201945545A_D0204
Figure TW201945545A_D0205
Figure TW201945545A_D0206
<210> 16
<211> 10723
<212> DNA
<213> 嵌合式登革熱血清型2/4(MVS)
<220>
<221> r
<222> (3773)..(3773)
<223> a或g
<220>
<221> y
<222> (7026)..(7026)
<223> t或c
<400> 16
Figure TW201945545A_D0207
Figure TW201945545A_D0208
Figure TW201945545A_D0209
Figure TW201945545A_D0210
Figure TW201945545A_D0211
Figure TW201945545A_D0212
Figure TW201945545A_D0213

Claims (49)

  1. 一種編碼登革熱-1/登革熱-2多肽嵌合體的聚核苷酸分子，該聚核苷酸包含一第一核苷酸序列及一第二核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼來自改性活減毒登革熱-2病毒株PDK 53的非結構蛋白質，且該第二核苷酸序列編碼來自登革熱-1的至少一結構蛋白質，其中該聚核苷酸包含至少一突變，其中該至少一突變包含下列一或多者：在位置3823之腺嘌呤至胞嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置1243之異白胺酸的白胺酸，其對應至NS2A 116；在位置4407之腺嘌呤至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置1437之麩胺酸的天冬胺酸，其對應至NS2B-92；以及在位置7311之腺嘌呤至鳥嘌呤的突變。
  2. 如請求項1之聚核苷酸分子，其進一步包含下列之至少一額外突變：在位置7148之胞嘧啶至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置2351之蘇胺酸的異白胺酸，其對應至NS4B-108；以及在位置2384之鳥嘌呤至胞嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置763之甘胺酸的丙胺酸，其對應至E-483。
  3. 如請求項2之聚核苷酸分子，其包含由SEQ ID NO：1所表示之聚核苷酸。
  4. 如請求項1之聚核苷酸分子，其編碼登革熱-1/登革熱-2多肽嵌合體，其中該多肽是由SEQ ID NO：3所表示。
  5. 一種由如請求項1至4中任一項之聚核苷酸分子所編碼的多肽分子。
  6. 一種登革熱-1/登革熱-2嵌合體，其包含一或多種如請求項5之多肽分子。
  7. 一種藥學組成物，其包含如請求項1至4中任一項之聚核苷酸分子、如請求項5之多肽分子或如請求項6之登革熱-1/登革熱-2嵌合體，及藥學上可接受之賦形劑。
  8. 一種藥學可接受量之如請求項7之組成物於製備藥物的用途，該藥物是用於在個體內誘發免疫反應，其中該組成物在個體內誘發對登革熱病毒的免疫反應。
  9. 一種載體，其編碼如請求項1-4中任一項之聚核苷酸分子。
  10. 一種細胞，其包含如請求項1-4中任一項的聚核苷酸分子或如請求項9之載體。
  11. 一種編碼改性活減毒登革熱-2病毒株PDK-53多肽分子的聚核苷酸分子，其中該聚核苷酸包含至少一突變，其中該至少一突變包含：在位置592之腺嘌呤至鳥嘌呤的突變，其編碼代替在該多肽分子之胺基酸位置166之離胺酸的麩胺酸，其對應至prM-52；以及 在位置8803之腺嘌呤至鳥嘌呤的突變，其編碼代替在該多肽分子之胺基酸位置2903之異白胺酸的纈胺酸，其對應至NS5-412。
  12. 如請求項11之聚核苷酸分子，其進一步包含下列之至少一額外突變：在位置6481之鳥嘌呤至胞嘧啶的突變，其編碼代替在該多肽分子之胺基酸位置2129之丙胺酸的脯胺酸，其對應至NS4A-36；以及在位置7156之胞嘧啶至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該多肽分子之胺基酸位置2354之白胺酸的苯丙胺酸，其對應至NS4B-111。
  13. 如請求項12之聚核苷酸分子，其包含由SEQ ID NO：4所表示之聚核苷酸。
  14. 如請求項11之聚核苷酸分子，其編碼改性活減毒登革熱-2病毒株PDK-53，其中該多肽是由SEQ ID NO：6所表示。
  15. 一種由如請求項11至14中任一項之聚核苷酸分子所編碼的多肽分子。
  16. 一種改性活減毒登革熱-2病毒株PDK-53，其包含一或多種如請求項15之多肽分子。
  17. 一種藥學組成物，其包含如請求項11至14中任一項之聚核苷酸分子、如請求項15之多肽分子或如請求項16之登革熱-2病毒，及藥學上可接受之賦形劑。
  18. 一種藥學可接受量之如請求項17之組成物於製備藥物的用途，該藥物是用於在個體內誘發免疫反應，其中該組成物在個體內誘發對登革熱病毒的免疫反應。
  19. 一種載體，其編碼如請求項11至14中任一項之聚核苷酸分子。
  20. 一種細胞，其包含如請求項11至14中任一項的聚核苷酸分子或如請求項19之載體。
  21. 一種編碼登革熱-3/登革熱-2多肽嵌合體的聚核苷酸分子，該聚核苷酸包含一第一核苷酸序列及一第二核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼來自改性活減毒登革熱-2病毒株PDK-53的非結構蛋白質，且該第二核苷酸序列編碼來自登革熱-3的至少一結構蛋白質，其中該聚核苷酸包含至少一突變，其中該至少一突變包含：在位置1603之腺嘌呤至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置503之蘇胺酸的絲胺酸，其對應至E-223；以及在位置7620之腺嘌呤至鳥嘌呤的突變。
  22. 如請求項21之聚核苷酸分子，其進一步包含在位置6436之腺嘌呤至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置1243之天冬胺酸的天冬醯胺酸，其對應至N42A-23。
  23. 如請求項22之聚核苷酸分子，其包含由SEQ ID NO：7所表示之聚核苷酸。
  24. 如請求項21之聚核苷酸分子，其編碼登革熱-3/登革熱-2多肽嵌合體，其中該多肽是由SEQ ID NO：9所表示。
  25. 一種由如請求項21至24中任一項之聚核苷酸所編碼的多肽分子。
  26. 一種登革熱-3/登革熱-2多肽嵌合體，其包含一或多種如請求項25之多肽分子。
  27. 一種藥學組成物，其包含如請求項21至24中任一項之聚核苷酸分子、如請求項25之多肽分子或如請求項26之登革熱-3/登革熱-2嵌合體，及藥學上可接受之賦形劑。
  28. 一種藥學可接受量之如請求項27之組成物於製備藥物的用途，該藥物是用於在個體內誘發免疫反應，其中該組成物在個體內誘發對登革熱病毒的免疫反應。
  29. 一種載體，其編碼如請求項21至24中任一項之聚核苷酸分子。
  30. 一種細胞，其包含如請求項21至24中任一項的聚核苷酸分子或如請求項29之載體。
  31. 一種編碼登革熱-4/登革熱-2多肽嵌合體的聚核苷酸分子，該聚核苷酸包含一第一核苷酸序列及一第二核苷酸序列，該第一核苷酸序列編碼來自改性活減毒登革熱-2病毒株PDK-53的非結構蛋白質，且該第二核苷酸序列編碼來自登革熱-4的至少一結構蛋白質，其中該聚核苷酸包含至少一突變，其中該至少一突變包含：在位置225之腺嘌呤至胸腺嘧啶的突變； 在位置3674之腺嘌呤至鳥嘌呤的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置1193之天冬胺酸的甘胺酸，其對應至NS2A-66；在位置5391之胞嘧啶至胸腺嘧啶的突變；在位置6437之胞嘧啶至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置2114之丙胺酸的纈胺酸，其對應至NS4A-21；在位置7026之胸腺嘧啶至胞嘧啶的突變；以及在位置9750之腺嘌呤至胞嘧啶的突變。
  32. 如請求項31之聚核苷酸分子，其進一步包含在位置3773之腺嘌呤至鳥嘌呤的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置1226之離胺酸的精胺酸，其對應至NS2A-99。
  33. 如請求項31或32之聚核苷酸分子，其進一步包含在位置7538之胞嘧啶至胸腺嘧啶的突變，其編碼代替在該嵌合體之胺基酸位置2481之絲胺酸的苯丙胺酸，其對應至NS4B-238。
  34. 如請求項33之聚核苷酸分子，其包含由SEQ ID NO：10所表示之聚核苷酸。
  35. 如請求項31或32之聚核苷酸分子，其編碼登革熱-4/登革熱-2多肽嵌合體，其中該多肽是由SEQ ID NO：12所表示。
  36. 一種由如請求項31至35中任一項之聚核苷酸所編碼的多肽分子。
  37. 一種登革熱-4/登革熱-2多肽嵌合體，其包含一或多種如請求項36之多肽分子。
  38. 一種藥學組成物，其包含如請求項31至35中任一項之聚核苷酸分子、如請求項36之多肽分子或如請求項37之登革熱-4/登革熱-2嵌合體，及藥學上可接受之賦形劑。
  39. 一種藥學可接受量之如請求項38之組成物於製備藥物的用途，該藥物是用於在個體內誘發免疫反應，其中該組成物在個體內誘發對登革熱病毒的免疫反應。
  40. 一種載體，其編碼如請求項31至35中任一項之聚核苷酸分子。
  41. 一種細胞，其包含如請求項31至35中任一項的聚核苷酸分子或如請求項40之載體。
  42. 一種免疫原性組成物，其包含至少一如請求項1至4、11至14、21至24或31至35中任一項之聚核苷酸分子以及藥學上可接受之載劑。
  43. 如請求項42之組成物，其中該組成物含有全部四種登革熱病毒血清型，為四價組成物。
  44. 如請求項43之組成物，其進一步包含用於黃病毒之免疫原性組成物，該黃病毒是選自由下列所構成之群組：黃熱病毒、蜱媒腦炎病毒、日本腦炎病毒、西尼羅病毒、C型肝炎病毒、及其中二或多者的組合。
  45. 一種套組，其包含至少一如請求項1至4、11至14、21至24或31至35中任一項之聚核苷酸分子；或至少一如請求項7、17、27、38或42至45中任一項之組成物及容器
  46. 一種組成物，其包含一或多種如請求項6、16、26及37之活減毒病毒，及藥學上可接受之載劑。
  47. 如請求項46之組成物，其中該組成物包含能夠在個體內誘發免疫反應對抗全部四種登革熱病毒血清型的四價登革熱病毒組成物。
  48. 如請求項9、19、29及40中任一項之載體，其中該載體為質體載體。
  49. 如請求項9、19、29及40中任一項之載體，其中該載體為cDNA傳染性純株。
TW108114540A 2013-03-15 2014-03-14 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法 TWI726312B (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361800204P 2013-03-15 2013-03-15
US61/800,204 2013-03-15

Publications (2)

Publication Number Publication Date
TW201945545A true TW201945545A (zh) 2019-12-01
TWI726312B TWI726312B (zh) 2021-05-01

Family

ID=50678274

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW110111747A TW202144573A (zh) 2013-03-15 2014-03-14 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法
TW108114540A TWI726312B (zh) 2013-03-15 2014-03-14 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法
TW103109624A TWI733646B (zh) 2013-03-15 2014-03-14 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW110111747A TW202144573A (zh) 2013-03-15 2014-03-14 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW103109624A TWI733646B (zh) 2013-03-15 2014-03-14 用於疫苗中之登革熱病毒嵌合式建構物的組成物及方法

Country Status (32)

Country Link
US (5) US9783579B2 (zh)
EP (5) EP2968516B1 (zh)
JP (2) JP6818548B2 (zh)
KR (3) KR102626270B1 (zh)
CN (5) CN111778263A (zh)
AR (2) AR095598A1 (zh)
AU (2) AU2014235476B2 (zh)
CA (4) CA3177574A1 (zh)
CR (1) CR20150569A (zh)
DK (1) DK4129330T3 (zh)
DO (1) DOP2015000232A (zh)
EC (1) ECSP23013715A (zh)
ES (2) ES2965652T3 (zh)
FI (2) FI3539565T3 (zh)
FR (1) FR22C1064I1 (zh)
HK (1) HK1220359A1 (zh)
HR (1) HRP20231581T1 (zh)
HU (2) HUE061507T2 (zh)
LT (1) LT4129330T (zh)
MX (5) MX2015012893A (zh)
MY (1) MY187796A (zh)
NL (1) NL301223I2 (zh)
NZ (1) NZ630869A (zh)
PE (2) PE20160027A1 (zh)
PH (1) PH12015502120A1 (zh)
PL (1) PL3539565T3 (zh)
PT (1) PT3539565T (zh)
SG (3) SG11201507460PA (zh)
SI (1) SI4129330T1 (zh)
TW (3) TW202144573A (zh)
UY (1) UY35489A (zh)
WO (1) WO2014150939A2 (zh)

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SG11201507460PA (en) * 2013-03-15 2015-10-29 Takeda Vaccines Inc Compositions and methods for dengue virus chimeric constructs in vaccines
US10004795B2 (en) * 2015-09-08 2018-06-26 Fundacao Butantan Process for preparing an attenuated tetravalent dengue vaccine
SG11201804317YA (en) * 2015-11-27 2018-06-28 The Chemo Sero Therapeutic Res Institute Live virus having a bank of dengue virus attenuated strains, and a dengue vaccine containing same as antigens
WO2017179017A1 (en) * 2016-04-13 2017-10-19 Takeda Vaccines, Inc. Compositions and methods of vaccination against dengue virus in children and young adults
US11464815B2 (en) 2018-09-05 2022-10-11 Takeda Vaccines, Inc. Dengue vaccine unit dose and administration thereof
BR112021003962A2 (pt) 2018-09-05 2021-05-25 Takeda Vaccines, Inc. dose unitária de vacina contra dengue e sua administração
US11426461B2 (en) 2018-09-05 2022-08-30 Takeda Vaccines, Inc. Methods for preventing dengue and hepatitis A
JP2023516009A (ja) 2020-02-27 2023-04-17 タケダ ワクチン，インコーポレイテッド ウイルス調製物から宿主細胞ｄｎａを取り除く方法
WO2021173597A1 (en) * 2020-02-28 2021-09-02 Merck Sharp & Dohme Corp. Dengue serotype specific rt-pcr multiplex assay
WO2023147342A2 (en) 2022-01-25 2023-08-03 Takeda Vaccines, Inc. Large-scale flaviviral vaccine production and manufacture
WO2023158989A1 (en) 2022-02-15 2023-08-24 Takeda Vaccines, Inc. Dengue vaccine batch mixing process
WO2023215383A1 (en) 2022-05-04 2023-11-09 Takeda Vaccines, Inc. Computer-based determination of flavivirus infectivity
WO2024108087A1 (en) 2022-11-18 2024-05-23 Takeda Vaccines, Inc. A method for determining the proportion of a live, attenuated flavivirus having a nucleotide sequence comprising at least one attenuation locus in a formulation

Family Cites Families (51)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5276941A (en) 1975-12-23 1977-06-28 Ito Masato Method of conversing infrared rays
US4810092A (en) 1986-02-21 1989-03-07 Midac Corporation Economical spectrometer unit having simplified structure
JPH0768267B2 (ja) 1986-06-05 1995-07-26 財団法人阪大微生物病研究会 フラビウイルス抗原
JPH084508B2 (ja) 1987-09-16 1996-01-24 国立予防衛生研究所長 組み換えワクチニアウイルス
JP2511494B2 (ja) 1988-05-12 1996-06-26 善治 松浦 日本脳炎ウイルス表面抗原蛋白質の製造法
US6184024B1 (en) 1988-07-14 2001-02-06 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Chimeric and/or growth-restricted flaviviruses
IL91304A0 (en) 1988-08-20 1990-03-19 Us Health Recombinant vaccinia virus for prevention of disease caused by flavivirus
US5514375A (en) 1990-08-15 1996-05-07 Virogenetics Corporation Flavivirus recombinant poxvirus vaccine
MY109299A (en) 1990-08-15 1996-12-31 Virogenetics Corp Recombinant pox virus encoding flaviviral structural proteins
US5494671A (en) 1990-08-27 1996-02-27 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services C-terminally truncated dengue and Japanese encephalitis virus envelope proteins
ATE197607T1 (de) 1991-09-19 2000-12-15 Us Health Chimäre und/oder wachstumgehemmte flaviviren
JPH05276941A (ja) 1992-02-28 1993-10-26 Nippon Zeon Co Ltd フラビウイルス科に属するウイルスの表面抗原タンパク質を含む非感染性の構造物粒子の製造方法
ATE227584T1 (de) 1995-05-24 2002-11-15 Hawaii Biotech Group Untereinheitsimpfstoff gegen flavivirus infektion
WO1996040933A1 (en) * 1995-06-07 1996-12-19 The Government Of The United States Of America, Represented By The Secretary Department Of Health And Human Services Infectious dengue 2 virus pdk-53 as quadravalent vaccine
HU228705B1 (en) 1997-02-28 2013-05-28 Univ St Louis Chimeric flavivirus vaccines
RU2208635C2 (ru) 1997-10-08 2003-07-20 ЗЕ ГАВЕРМЕНТ ОФ ЗЕ ЮНАЙТЕД СТАЙТС ОФ АМЕРИКА, репрезентед бай ЗЕ СЕКРЕТЕРИ, ДЕПАРТМЕНТ ОФ ХЕЛС ЭНД ХЬЮМЭН СЕРВАЙСЕЗ Днк-конструкт жизнеспособного химерного рекомбинантного флавивируса, вакцина против вируса клещевого энцефалита, способ предотвращения инфицирования млекопитающего вирусом клещевого энцефалита
JP4489943B2 (ja) 1998-06-04 2010-06-23 アメリカ合衆国 フラビウイルス感染の予防のための核酸ワクチン
AU1813901A (en) * 1999-12-01 2001-06-12 Oravax, Inc Chimeric flavivirus vaccines
AU3844101A (en) * 2000-02-16 2001-08-27 Us Health Avirulent, immunogenic flavivirus chimeras
DK1159968T3 (da) * 2000-05-30 2009-02-23 Univ Mahidol Attenuerede stammer af Dengue-virus og deres anvendelse i en vaccinesammensætning
CA2440593A1 (en) 2001-03-12 2002-09-19 Yale University Compositions and methods comprising west nile virus polypeptides
KR20080018271A (ko) 2005-06-17 2008-02-27 사노피 파스퇴르 약독화된 뎅기 혈청형 2 균주
WO2006134433A1 (en) * 2005-06-17 2006-12-21 Sanofi Pasteur Dengue serotype 1 attenuated strain
KR20070017759A (ko) 2005-08-08 2007-02-13 삼성전자주식회사 초해상 정보 저장 매체, 기록/재생 장치 및 기록/재생 방법
AU2006280144B2 (en) * 2005-08-10 2012-06-14 Sanofi Pasteur Biologics, Llc Vaccination against dengue virus infection
US7968102B2 (en) * 2006-01-13 2011-06-28 Sanofi Pasteur S.A. Dengue chimeric viruses
US8337860B2 (en) * 2006-08-15 2012-12-25 The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health & Human Services Development of dengue virus vaccine components
US8541377B2 (en) 2007-07-13 2013-09-24 Florida Gulf Coast University Optimized dengue virus entry inhibitory peptide (DN81)
WO2009134717A1 (en) * 2008-04-30 2009-11-05 The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, Centers For Disease Control And Prevention Chimeric west nile/dengue viruses
SG157244A1 (en) 2008-05-15 2009-12-29 Mp Biomedicals Asia Pacific Pte Ltd Point of care test for the detection of exposure or immunity to dengue virus
JP5276941B2 (ja) 2008-09-24 2013-08-28 株式会社村田製作所 大変位アクチュエータ
WO2010085358A2 (en) * 2009-01-23 2010-07-29 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Flaviviruses expressing the prm, e, and ns1 proteins of other flaviviruses and uses thereof
US8968996B2 (en) 2009-06-01 2015-03-03 Takeda Vaccines, Inc. Compositions and methods for rapid immunization against dengue virus
CN107913406A (zh) 2009-06-01 2018-04-17 武田疫苗公司 施用针对登革病毒的疫苗的组合物和方法
CN101560520A (zh) * 2009-06-04 2009-10-21 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 乙脑/登革嵌合病毒及其应用
BRPI0904020B8 (pt) * 2009-10-01 2021-05-25 Fundacao Oswaldo Cruz composição vacinal contra o vírus da dengue, e, kit
EP2353609A1 (en) 2010-02-04 2011-08-10 Sanofi Pasteur Immunization compositions and methods
CA2915027A1 (en) 2012-06-10 2013-12-19 Takeda Vaccines, Inc. Compositions and methods for administration of vaccines against dengue virus
CN104812408A (zh) 2012-07-24 2015-07-29 赛诺菲巴斯德有限公司 用于防止登革热病毒感染的疫苗组合物
MY197723A (en) 2012-07-24 2023-07-10 Sanofi Pasteur Vaccine compositions for the prevention of dengue virus infection
TW201428101A (zh) * 2012-11-08 2014-07-16 Inviragen Inc 登革熱病毒血清型４型之建構物的組成物、方法及用途
EP2931310A4 (en) * 2012-12-14 2016-05-25 Takeda Vaccines Inc COMPOSITIONS, METHODS OF ADMINISTRATION AND USES OF TRIVALENT FORMULATIONS AGAINST DENGUE VIRUS
SG11201507460PA (en) 2013-03-15 2015-10-29 Takeda Vaccines Inc Compositions and methods for dengue virus chimeric constructs in vaccines
TW201620546A (zh) 2014-09-02 2016-06-16 賽諾菲巴斯德公司 疫苗組合物
WO2017005654A1 (en) 2015-07-03 2017-01-12 Sanofi Pasteur Concomitant dengue, diphtheria, tetanus, whooping cough (pertussis), polio, and haemophilus influenzae type b vaccination.
US10857222B2 (en) 2015-07-03 2020-12-08 Sanofi Pasteur Concomitant dengue and yellow fever vaccination
US10004795B2 (en) 2015-09-08 2018-06-26 Fundacao Butantan Process for preparing an attenuated tetravalent dengue vaccine
WO2017179017A1 (en) * 2016-04-13 2017-10-19 Takeda Vaccines, Inc. Compositions and methods of vaccination against dengue virus in children and young adults
SG10201607778XA (en) 2016-09-16 2018-04-27 Chugai Pharmaceutical Co Ltd Anti-Dengue Virus Antibodies, Polypeptides Containing Variant Fc Regions, And Methods Of Use
JP7261239B2 (ja) 2017-10-16 2023-04-19 セラム インスティチュート オブ インディア プライベイト リミテッド 弱毒生組換えフラビウイルスなどから成る安定したワクチン組成物およびその調製方法
US11464815B2 (en) 2018-09-05 2022-10-11 Takeda Vaccines, Inc. Dengue vaccine unit dose and administration thereof

Also Published As

Publication number Publication date
AU2014235476B2 (en) 2019-05-16
KR20240014580A (ko) 2024-02-01
UY35489A (es) 2014-10-31
DK4129330T3 (da) 2023-12-11
MX2015012893A (es) 2016-04-04
WO2014150939A3 (en) 2014-12-31
BR122021015503A2 (pt) 2021-12-14
EP4183411A1 (en) 2023-05-24
US20170290884A1 (en) 2017-10-12
SG10201913435TA (en) 2020-03-30
HRP20231581T1 (hr) 2024-03-15
US10449231B2 (en) 2019-10-22
JP2016513970A (ja) 2016-05-19
LT4129330T (lt) 2023-12-27
PT3539565T (pt) 2023-04-12
BR122021015502A2 (pt) 2021-12-14
MY187796A (en) 2021-10-24
FIC20230021I1 (fi) 2023-06-27
TWI726312B (zh) 2021-05-01
US11931399B2 (en) 2024-03-19
FI3539565T3 (fi) 2023-04-19
AU2019216724A1 (en) 2019-09-05
PH12015502120A1 (en) 2016-01-25
TW202144573A (zh) 2021-12-01
CN111778263A (zh) 2020-10-16
NL301223I2 (nl) 2023-07-26
CN113637694A (zh) 2021-11-12
ES2965652T3 (es) 2024-04-16
FR22C1064I1 (fr) 2023-02-03
US20230181682A1 (en) 2023-06-15
US20220062375A1 (en) 2022-03-03
EP4129330A1 (en) 2023-02-08
CN113637086A (zh) 2021-11-12
AU2019216724C1 (en) 2021-08-26
KR102626270B1 (ko) 2024-01-19
PE20160027A1 (es) 2016-01-28
MX2023000349A (es) 2023-04-24
CA3166063A1 (en) 2014-09-25
ECSP23013715A (es) 2023-04-28
BR112015023635A8 (pt) 2021-12-14
US20200061151A1 (en) 2020-02-27
MX2019003602A (es) 2022-06-27
KR102389908B1 (ko) 2022-04-26
EP3539565A1 (en) 2019-09-18
EP3689374B1 (en) 2022-11-02
EP3689374A1 (en) 2020-08-05
CN105451763B (zh) 2021-06-18
HUE061507T2 (hu) 2023-07-28
TW201516147A (zh) 2015-05-01
JP7050031B2 (ja) 2022-04-07
JP6818548B2 (ja) 2021-01-20
PE20211814A1 (es) 2021-09-14
NZ630869A (en) 2017-11-24
AR095598A1 (es) 2015-10-28
AU2014235476A1 (en) 2015-09-24
HUS2300022I1 (hu) 2023-08-28
CR20150569A (es) 2016-04-01
US20140302088A1 (en) 2014-10-09
DOP2015000232A (es) 2016-02-29
EP4129330B1 (en) 2023-09-06
EP2968516A2 (en) 2016-01-20
JP2019146594A (ja) 2019-09-05
KR20160002780A (ko) 2016-01-08
AU2019216724B2 (en) 2021-03-04
MX2023000353A (es) 2023-02-13
SG11201507460PA (en) 2015-10-29
CA3177574A1 (en) 2014-09-25
NZ735336A (en) 2021-04-30
AR123702A2 (es) 2023-01-04
CN105451763A (zh) 2016-03-30
EP3539565B1 (en) 2023-01-11
CA2903231A1 (en) 2014-09-25
SG10201913387XA (en) 2020-02-27
HK1220359A1 (zh) 2017-05-05
PL3539565T3 (pl) 2023-09-25
TWI733646B (zh) 2021-07-21
WO2014150939A2 (en) 2014-09-25
CA3177572A1 (en) 2014-09-25
CN113637693A (zh) 2021-11-12
US9783579B2 (en) 2017-10-10
EP2968516B1 (en) 2022-01-12
KR20220054892A (ko) 2022-05-03
MX2023000354A (es) 2023-02-13
ES2933970T3 (es) 2023-02-15
SI4129330T1 (sl) 2024-02-29
BR112015023635A2 (pt) 2018-06-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11931399B2 (en) Compositions and methods for dengue virus chimeric constructions in vaccines
NZ735336B2 (en) Compositions and methods for dengue virus chimeric constructs in vaccines
BR112015023635B1 (pt) Moléculas de polinucleotídeo que codificam uma cepa pdk-53 modificada do vírus dengue-2 vivo atenuado, cepa pdk-53 do vírus vivo atenuado dengue 2 modificada, polipeptídeos, vetor, composição farmacêutica, uso da mesma, composição imunogênica e kit
BR122021015502B1 (pt) Molécula de polinucleotídeo que codifica uma quimera de ácido nucleico de dengue-1/dengue-2, molécula de polipeptídeo, quimera de dengue- 1/dengue-2, composição farmacêutica e seu uso, vetor, composição imunogênica, e kit