SA98180918A - تسلسلات حامض نووي وحامض أميني تتعلق ببكتيريا h.pylori " وتركيبات لقاحية منها " - Google Patents
تسلسلات حامض نووي وحامض أميني تتعلق ببكتيريا h.pylori " وتركيبات لقاحية منها " Download PDFInfo
- Publication number
- SA98180918A SA98180918A SA98180918A SA98180918A SA98180918A SA 98180918 A SA98180918 A SA 98180918A SA 98180918 A SA98180918 A SA 98180918A SA 98180918 A SA98180918 A SA 98180918A SA 98180918 A SA98180918 A SA 98180918A
- Authority
- SA
- Saudi Arabia
- Prior art keywords
- polypeptide
- bacteria
- sequence
- sequences
- nucleic acid
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 341
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 339
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 339
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 title claims abstract description 71
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 60
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 title abstract description 111
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 477
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 403
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims abstract description 400
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 350
- 238000009472 formulation Methods 0.000 claims abstract description 45
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 338
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 226
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 214
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 136
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 136
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 123
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 80
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims description 62
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 59
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 51
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 46
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 44
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 42
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 30
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 26
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 23
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 22
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 claims description 17
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 17
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 17
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims description 16
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N phenylalanine group Chemical group N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 claims description 13
- 241000589989 Helicobacter Species 0.000 claims description 11
- 230000004927 fusion Effects 0.000 claims description 11
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 claims description 11
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 claims description 11
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 claims description 7
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 7
- 230000004224 protection Effects 0.000 claims description 7
- 238000009826 distribution Methods 0.000 claims description 6
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 6
- 125000001493 tyrosinyl group Chemical group [H]OC1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims description 6
- 230000009467 reduction Effects 0.000 claims description 5
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 claims description 4
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims description 4
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims description 4
- 108010042854 bacteria histone-like protein HU Proteins 0.000 claims description 2
- 230000000721 bacterilogical effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 claims description 2
- VUDQSRFCCHQIIU-UHFFFAOYSA-N 1-(3,5-dichloro-2,6-dihydroxy-4-methoxyphenyl)hexan-1-one Chemical compound CCCCCC(=O)C1=C(O)C(Cl)=C(OC)C(Cl)=C1O VUDQSRFCCHQIIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- KYARBIJYVGJZLB-UHFFFAOYSA-N 7-amino-4-hydroxy-2-naphthalenesulfonic acid Chemical compound OC1=CC(S(O)(=O)=O)=CC2=CC(N)=CC=C21 KYARBIJYVGJZLB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 241001093575 Alma Species 0.000 claims 1
- 101100443238 Caenorhabditis elegans dif-1 gene Proteins 0.000 claims 1
- 241001547860 Gaya Species 0.000 claims 1
- 108010030465 Integrin alpha6beta1 Proteins 0.000 claims 1
- 241001175904 Labeo bata Species 0.000 claims 1
- 108091061763 Triple-stranded DNA Proteins 0.000 claims 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 claims 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 claims 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 claims 1
- OCNVVYBTRKWBCO-UHFFFAOYSA-N petrosine Chemical group C1CCCCC(C23)C(=O)C(C)CN2CCCC3CCCCCC2C(=O)C(C)CN3CCCC1C32 OCNVVYBTRKWBCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 235000008001 rakum palm Nutrition 0.000 claims 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 abstract description 23
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 223
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 211
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 136
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 83
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 79
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 79
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 68
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 66
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 60
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 56
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 55
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 47
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 44
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 44
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 41
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 40
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 39
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 36
- 239000000047 product Substances 0.000 description 35
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 34
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 33
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 29
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 28
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 28
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 28
- 238000009739 binding Methods 0.000 description 27
- -1 Id of choice I Chemical class 0.000 description 26
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 26
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 25
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 22
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 22
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 22
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 22
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 22
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 22
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 20
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 20
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 19
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 19
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 19
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 19
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 18
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 17
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 17
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 16
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 16
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 15
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 15
- 230000008859 change Effects 0.000 description 14
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 14
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 14
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 13
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 13
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 13
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 12
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 12
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 12
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 12
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 11
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 11
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 11
- 230000006870 function Effects 0.000 description 11
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 11
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 10
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 10
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 10
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 10
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 10
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 10
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 10
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 10
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 10
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 10
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 10
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 10
- 206010010356 Congenital anomaly Diseases 0.000 description 9
- FFEARJCKVFRZRR-SCSAIBSYSA-N D-methionine Chemical compound CSCC[C@@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 9
- 101710116435 Outer membrane protein Proteins 0.000 description 9
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 9
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 9
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 9
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 9
- 239000000463 material Substances 0.000 description 9
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 9
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 9
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 9
- 241000589562 Brucella Species 0.000 description 8
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 8
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 8
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 8
- 210000003000 inclusion body Anatomy 0.000 description 8
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 8
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 8
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 8
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 8
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 8
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 8
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 8
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 7
- WHUUTDBJXJRKMK-GSVOUGTGSA-N D-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 7
- 102100038132 Endogenous retrovirus group K member 6 Pro protein Human genes 0.000 description 7
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 7
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 7
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 7
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 7
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 7
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 7
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 7
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 7
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 7
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 7
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 7
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 7
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 7
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 7
- 108010077805 Bacterial Proteins Proteins 0.000 description 6
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 6
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 6
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 6
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 6
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 6
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 6
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 6
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 6
- 108010048032 cyclophilin B Proteins 0.000 description 6
- 238000011161 development Methods 0.000 description 6
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 238000007667 floating Methods 0.000 description 6
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 6
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 6
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 6
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 6
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 6
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 6
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 6
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 5
- 102000009016 Cholera Toxin Human genes 0.000 description 5
- 108010049048 Cholera Toxin Proteins 0.000 description 5
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 5
- ROHFNLRQFUQHCH-RXMQYKEDSA-N D-leucine Chemical compound CC(C)C[C@@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-RXMQYKEDSA-N 0.000 description 5
- KZSNJWFQEVHDMF-SCSAIBSYSA-N D-valine Chemical compound CC(C)[C@@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 5
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 5
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 5
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 5
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 5
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 5
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 5
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 5
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 5
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 5
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 5
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 5
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 5
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 5
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 5
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 5
- 238000013461 design Methods 0.000 description 5
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 5
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 5
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 5
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 5
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 5
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 5
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 5
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 5
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 5
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 5
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 5
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 5
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 5
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 5
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 5
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 5
- 108020000946 Bacterial DNA Proteins 0.000 description 4
- DCXYFEDJOCDNAF-UWTATZPHSA-N D-Asparagine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UWTATZPHSA-N 0.000 description 4
- CKLJMWTZIZZHCS-UHFFFAOYSA-N D-OH-Asp Natural products OC(=O)C(N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- CKLJMWTZIZZHCS-UWTATZPHSA-N D-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-UWTATZPHSA-N 0.000 description 4
- AYFVYJQAPQTCCC-STHAYSLISA-N D-threonine Chemical compound C[C@H](O)[C@@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-STHAYSLISA-N 0.000 description 4
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 4
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102000015696 Interleukins Human genes 0.000 description 4
- 108010063738 Interleukins Proteins 0.000 description 4
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- WXOMTJVVIMOXJL-BOBFKVMVSA-A O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)OS(=O)(=O)OC[C@H]1O[C@@H](O[C@]2(COS(=O)(=O)O[Al](O)O)O[C@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H]2OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H]1OS(=O)(=O)O[Al](O)O Chemical compound O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)O.O[Al](O)OS(=O)(=O)OC[C@H]1O[C@@H](O[C@]2(COS(=O)(=O)O[Al](O)O)O[C@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H]2OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H](OS(=O)(=O)O[Al](O)O)[C@@H]1OS(=O)(=O)O[Al](O)O WXOMTJVVIMOXJL-BOBFKVMVSA-A 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 4
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 4
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 4
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 4
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 4
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 4
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 4
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 4
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 4
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 4
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 4
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 4
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 4
- SFNALCNOMXIBKG-UHFFFAOYSA-N ethylene glycol monododecyl ether Chemical compound CCCCCCCCCCCCOCCO SFNALCNOMXIBKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 239000000945 filler Substances 0.000 description 4
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 4
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 4
- OOYGSFOGFJDDHP-KMCOLRRFSA-N kanamycin A sulfate Chemical compound OS(O)(=O)=O.O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N OOYGSFOGFJDDHP-KMCOLRRFSA-N 0.000 description 4
- 229960002064 kanamycin sulfate Drugs 0.000 description 4
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 4
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 4
- 210000004400 mucous membrane Anatomy 0.000 description 4
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 4
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 4
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 4
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 4
- 238000009877 rendering Methods 0.000 description 4
- 230000004044 response Effects 0.000 description 4
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 4
- 238000000844 transformation Methods 0.000 description 4
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 4
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 4
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 3
- 108010039627 Aprotinin Proteins 0.000 description 3
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 3
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 3
- 241000499489 Castor canadensis Species 0.000 description 3
- 102100035882 Catalase Human genes 0.000 description 3
- 108010053835 Catalase Proteins 0.000 description 3
- 108020004638 Circular DNA Proteins 0.000 description 3
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 3
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 3
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 3
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 241000724791 Filamentous phage Species 0.000 description 3
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 3
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 3
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 3
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 3
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- 235000019687 Lamb Nutrition 0.000 description 3
- 241001103596 Lelia Species 0.000 description 3
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 3
- 235000011779 Menyanthes trifoliata Nutrition 0.000 description 3
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 3
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 3
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 3
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 3
- 101000697856 Rattus norvegicus Bile acid-CoA:amino acid N-acyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 3
- 108010046334 Urease Proteins 0.000 description 3
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 3
- 108010047495 alanylglycine Proteins 0.000 description 3
- 235000015107 ale Nutrition 0.000 description 3
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 3
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 229960004405 aprotinin Drugs 0.000 description 3
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 3
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 3
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 3
- 239000012707 chemical precursor Substances 0.000 description 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 3
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 3
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 3
- DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N ethyl mercaptane Natural products CCS DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N ethylene glycol bis(2-aminoethyl)tetraacetic acid Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCOCCOCCN(CC(O)=O)CC(O)=O DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 3
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 3
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 3
- ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N iniprol Chemical compound C([C@H]1C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@H]2CSSC[C@H]3C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@H](C(N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC=4C=CC=CC=4)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC2=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N3)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H](C(=O)N1)C(C)C)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)=O)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N 0.000 description 3
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 3
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 3
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 3
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N iron Substances [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101150066555 lacZ gene Proteins 0.000 description 3
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 3
- 230000002934 lysing effect Effects 0.000 description 3
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 3
- 239000003094 microcapsule Substances 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 3
- 230000000242 pagocytic effect Effects 0.000 description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 3
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 3
- 108010073025 phenylalanylphenylalanine Proteins 0.000 description 3
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 3
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 3
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 3
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 3
- RYYKJJJTJZKILX-UHFFFAOYSA-M sodium octadecanoate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O RYYKJJJTJZKILX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 3
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 3
- 238000005382 thermal cycling Methods 0.000 description 3
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 description 3
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- SMWADGDVGCZIGK-AXDSSHIGSA-N (2s)-5-phenylpyrrolidine-2-carboxylic acid Chemical compound N1[C@H](C(=O)O)CCC1C1=CC=CC=C1 SMWADGDVGCZIGK-AXDSSHIGSA-N 0.000 description 2
- BZSALXKCVOJCJJ-IPEMHBBOSA-N (4s)-4-[[(2s)-2-acetamido-3-methylbutanoyl]amino]-5-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(2s,3r)-1-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[2-[[(2s)-1-amino-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]amino]-2-oxoethyl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-hydroxy Chemical compound CC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(N)=O)CC1=CC=CC=C1 BZSALXKCVOJCJJ-IPEMHBBOSA-N 0.000 description 2
- SUBDBMMJDZJVOS-UHFFFAOYSA-N 5-methoxy-2-{[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]sulfinyl}-1H-benzimidazole Chemical compound N=1C2=CC(OC)=CC=C2NC=1S(=O)CC1=NC=C(C)C(OC)=C1C SUBDBMMJDZJVOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OBFTYSPXDRROQO-SRVKXCTJSA-N Arg-Gln-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N OBFTYSPXDRROQO-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 2
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XUJNEKJLAYXESH-UWTATZPHSA-N D-Cysteine Chemical compound SC[C@@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UWTATZPHSA-N 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-RFZPGFLSSA-N D-Isoleucine Chemical compound CC[C@@H](C)[C@@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-RFZPGFLSSA-N 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N D-Serine Chemical compound OC[C@@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-SCSAIBSYSA-N D-arginine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-GSVOUGTGSA-N D-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-RXMQYKEDSA-N D-histidine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-RXMQYKEDSA-N 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-RXMQYKEDSA-N D-lysine Chemical compound NCCCC[C@@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-RXMQYKEDSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-MRVPVSSYSA-N D-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-MRVPVSSYSA-N 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 2
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010070675 Glutathione transferase Proteins 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 2
- 102100029100 Hematopoietic prostaglandin D synthase Human genes 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 108020005350 Initiator Codon Proteins 0.000 description 2
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 2
- WTDRDQBEARUVNC-LURJTMIESA-N L-DOPA Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C(O)=C1 WTDRDQBEARUVNC-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- WTDRDQBEARUVNC-UHFFFAOYSA-N L-Dopa Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C(O)=C1 WTDRDQBEARUVNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-N L-arginine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- 241000446313 Lamella Species 0.000 description 2
- BQSLGJHIAGOZCD-CIUDSAMLSA-N Leu-Ala-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BQSLGJHIAGOZCD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 2
- VKVDRTGWLVZJOM-DCAQKATOSA-N Leu-Val-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VKVDRTGWLVZJOM-DCAQKATOSA-N 0.000 description 2
- GDBQQVLCIARPGH-UHFFFAOYSA-N Leupeptin Natural products CC(C)CC(NC(C)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(C=O)CCCN=C(N)N GDBQQVLCIARPGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 2
- 108700010674 N-acetylVal-Nle(7,8)- allatotropin (5-13) Proteins 0.000 description 2
- MQUQNUAYKLCRME-INIZCTEOSA-N N-tosyl-L-phenylalanyl chloromethyl ketone Chemical compound C1=CC(C)=CC=C1S(=O)(=O)N[C@H](C(=O)CCl)CC1=CC=CC=C1 MQUQNUAYKLCRME-INIZCTEOSA-N 0.000 description 2
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004698 Polyethylene Substances 0.000 description 2
- 108010001267 Protein Subunits Proteins 0.000 description 2
- 102000002067 Protein Subunits Human genes 0.000 description 2
- 101710188306 Protein Y Proteins 0.000 description 2
- 108020004422 Riboswitch Proteins 0.000 description 2
- 101800001440 Rimorphin Proteins 0.000 description 2
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 description 2
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 2
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- IQHUITKNHOKGFC-MIMYLULJSA-N Thr-Phe Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 IQHUITKNHOKGFC-MIMYLULJSA-N 0.000 description 2
- COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N Thr-Thr-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O COYHRQWNJDJCNA-NUJDXYNKSA-N 0.000 description 2
- 102000004357 Transferases Human genes 0.000 description 2
- 108090000992 Transferases Proteins 0.000 description 2
- 101710162629 Trypsin inhibitor Proteins 0.000 description 2
- 229940122618 Trypsin inhibitor Drugs 0.000 description 2
- 208000025865 Ulcer Diseases 0.000 description 2
- 229910052770 Uranium Inorganic materials 0.000 description 2
- HVVWZTWDBSEWIH-UHFFFAOYSA-N [2-(hydroxymethyl)-3-prop-2-enoyloxy-2-(prop-2-enoyloxymethyl)propyl] prop-2-enoate Chemical compound C=CC(=O)OCC(CO)(COC(=O)C=C)COC(=O)C=C HVVWZTWDBSEWIH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 2
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 2
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 2
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 2
- 108010092854 aspartyllysine Proteins 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 2
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 2
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 2
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 2
- 150000005829 chemical entities Chemical class 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 2
- 210000004081 cilia Anatomy 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000021953 cytokinesis Effects 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 2
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 2
- 229940009976 deoxycholate Drugs 0.000 description 2
- KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N deoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 2
- 208000000718 duodenal ulcer Diseases 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 2
- 230000004992 fission Effects 0.000 description 2
- 210000003495 flagella Anatomy 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 2
- 108010089804 glycyl-threonine Proteins 0.000 description 2
- 108010050848 glycylleucine Proteins 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 230000008348 humoral response Effects 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 2
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 2
- AWJUIBRHMBBTKR-UHFFFAOYSA-N isoquinoline Chemical class C1=NC=CC2=CC=CC=C21 AWJUIBRHMBBTKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GDBQQVLCIARPGH-ULQDDVLXSA-N leupeptin Chemical compound CC(C)C[C@H](NC(C)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C=O)CCCN=C(N)N GDBQQVLCIARPGH-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 2
- 108010052968 leupeptin Proteins 0.000 description 2
- JCCNYMKQOSZNPW-UHFFFAOYSA-N loratadine Chemical compound C1CN(C(=O)OCC)CCC1=C1C2=NC=CC=C2CCC2=CC(Cl)=CC=C21 JCCNYMKQOSZNPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010054155 lysyllysine Proteins 0.000 description 2
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 2
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 2
- BSOQXXWZTUDTEL-ZUYCGGNHSA-N muramyl dipeptide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H](O)[C@@H]1NC(C)=O BSOQXXWZTUDTEL-ZUYCGGNHSA-N 0.000 description 2
- YFCUZWYIPBUQBD-ZOWNYOTGSA-N n-[(3s)-7-amino-1-chloro-2-oxoheptan-3-yl]-4-methylbenzenesulfonamide;hydron;chloride Chemical compound Cl.CC1=CC=C(S(=O)(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)CCl)C=C1 YFCUZWYIPBUQBD-ZOWNYOTGSA-N 0.000 description 2
- 239000005445 natural material Substances 0.000 description 2
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 2
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 2
- 229960000381 omeprazole Drugs 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 2
- 210000000680 phagosome Anatomy 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 2
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 2
- 235000015108 pies Nutrition 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 2
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 2
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 2
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 2
- 239000005871 repellent Substances 0.000 description 2
- 238000007363 ring formation reaction Methods 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 2
- QZAYGJVTTNCVMB-UHFFFAOYSA-N serotonin Chemical compound C1=C(O)C=C2C(CCN)=CNC2=C1 QZAYGJVTTNCVMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 2
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 2
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 2
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 2
- 238000010361 transduction Methods 0.000 description 2
- 230000026683 transduction Effects 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 2
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N triton Chemical class [3H+] GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N 0.000 description 2
- 239000002753 trypsin inhibitor Substances 0.000 description 2
- 239000012137 tryptone Substances 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 231100000397 ulcer Toxicity 0.000 description 2
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SGWFGVQCRDTUQN-UHFFFAOYSA-N (2-prop-2-ynoyloxy-3-prop-2-ynoylsulfanylpropyl) prop-2-ynoate Chemical compound C#CC(=O)OCC(OC(=O)C#C)CSC(=O)C#C SGWFGVQCRDTUQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DATPFTPVGIHCCM-BYPYZUCNSA-N (2s)-2-(ethylamino)propanoic acid Chemical group CCN[C@@H](C)C(O)=O DATPFTPVGIHCCM-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- AGTSSZRZBSNTGQ-ITZCFHCWSA-N (2s,3r)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-6-amino-2-[[(2s)-2-[[(2s)-5-amino-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[2-[[2-[[(2s)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]acetyl]amino]acetyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]-5-(diaminomet Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC(O)=CC=1)C1=CC=CC=C1 AGTSSZRZBSNTGQ-ITZCFHCWSA-N 0.000 description 1
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150016096 17 gene Proteins 0.000 description 1
- NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 2,3-bis(butanoylsulfanyl)propyl butanoate Chemical compound CCCC(=O)OCC(SC(=O)CCC)CSC(=O)CCC NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMYCCWYAFNPAQC-UHFFFAOYSA-N 2-[dodecyl(methyl)azaniumyl]acetate Chemical compound CCCCCCCCCCCCN(C)CC(O)=O BMYCCWYAFNPAQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SVTBMSDMJJWYQN-UHFFFAOYSA-N 2-methylpentane-2,4-diol Chemical compound CC(O)CC(C)(C)O SVTBMSDMJJWYQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCMKXHXKNIOBBC-UHFFFAOYSA-N 3-fluoroprop-1-ene Chemical compound FCC=C QCMKXHXKNIOBBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DPALALUXJQTTFC-LAQRGFTBSA-N 4-[[(2S)-1-[[(2S)-1-[(2S)-2-[[(1S)-1-carboxy-2-phenylethyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound C[C@H](NC(=O)CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O DPALALUXJQTTFC-LAQRGFTBSA-N 0.000 description 1
- LKDMKWNDBAVNQZ-WJNSRDFLSA-N 4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[(2s)-2-[[(2s)-1-(4-nitroanilino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC(=O)CCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(=O)NC=1C=CC(=CC=1)[N+]([O-])=O)CC1=CC=CC=C1 LKDMKWNDBAVNQZ-WJNSRDFLSA-N 0.000 description 1
- VDBJCDWTNCKRTF-UHFFFAOYSA-N 6'-hydroxyspiro[2-benzofuran-3,9'-9ah-xanthene]-1,3'-dione Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1C=CC(=O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 VDBJCDWTNCKRTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CNNSWSHYGANWBM-UHFFFAOYSA-N 6-chloro-2,3-dimethylquinoxaline Chemical compound C1=C(Cl)C=C2N=C(C)C(C)=NC2=C1 CNNSWSHYGANWBM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010042708 Acetylmuramyl-Alanyl-Isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 1
- TZDNWXDLYFIFPT-BJDJZHNGSA-N Ala-Ile-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O TZDNWXDLYFIFPT-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- YCRAFFCYWOUEOF-DLOVCJGASA-N Ala-Phe-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)C)CC1=CC=CC=C1 YCRAFFCYWOUEOF-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- IHMCQESUJVZTKW-UBHSHLNASA-N Ala-Phe-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](C)N)CC1=CC=CC=C1 IHMCQESUJVZTKW-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- WPWUFUBLGADILS-WDSKDSINSA-N Ala-Pro Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(O)=O WPWUFUBLGADILS-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- HOVPGJUNRLMIOZ-CIUDSAMLSA-N Ala-Ser-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](C)N HOVPGJUNRLMIOZ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- ARHJJAAWNWOACN-FXQIFTODSA-N Ala-Ser-Val Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O ARHJJAAWNWOACN-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- ZJLORAAXDAJLDC-CQDKDKBSSA-N Ala-Tyr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O ZJLORAAXDAJLDC-CQDKDKBSSA-N 0.000 description 1
- JNJHNBXBGNJESC-KKXDTOCCSA-N Ala-Tyr-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O JNJHNBXBGNJESC-KKXDTOCCSA-N 0.000 description 1
- MUGAESARFRGOTQ-IGNZVWTISA-N Ala-Tyr-Tyr Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(C=C1)O)C(=O)N[C@@H](CC2=CC=C(C=C2)O)C(=O)O)N MUGAESARFRGOTQ-IGNZVWTISA-N 0.000 description 1
- 244000144725 Amygdalus communis Species 0.000 description 1
- 235000011437 Amygdalus communis Nutrition 0.000 description 1
- 102100022704 Amyloid-beta precursor protein Human genes 0.000 description 1
- 241000272525 Anas platyrhynchos Species 0.000 description 1
- 240000005528 Arctium lappa Species 0.000 description 1
- MAISCYVJLBBRNU-DCAQKATOSA-N Arg-Asn-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N MAISCYVJLBBRNU-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PNQWAUXQDBIJDY-GUBZILKMSA-N Arg-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PNQWAUXQDBIJDY-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N Arg-Glu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O UFBURHXMKFQVLM-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- UBCPNBUIQNMDNH-NAKRPEOUSA-N Arg-Ile-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O UBCPNBUIQNMDNH-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- UZGFHWIJWPUPOH-IHRRRGAJSA-N Arg-Leu-Lys Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N UZGFHWIJWPUPOH-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- COXMUHNBYCVVRG-DCAQKATOSA-N Arg-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O COXMUHNBYCVVRG-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PAPSMOYMQDWIOR-AVGNSLFASA-N Arg-Lys-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O PAPSMOYMQDWIOR-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- OMKZPCPZEFMBIT-SRVKXCTJSA-N Arg-Met-Arg Chemical compound NC(=N)NCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O OMKZPCPZEFMBIT-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- VEAIMHJZTIDCIH-KKUMJFAQSA-N Arg-Phe-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O VEAIMHJZTIDCIH-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- AOHKLEBWKMKITA-IHRRRGAJSA-N Arg-Phe-Ser Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)N AOHKLEBWKMKITA-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 1
- VUGWHBXPMAHEGZ-SRVKXCTJSA-N Arg-Pro-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N VUGWHBXPMAHEGZ-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- KXOPYFNQLVUOAQ-FXQIFTODSA-N Arg-Ser-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KXOPYFNQLVUOAQ-FXQIFTODSA-N 0.000 description 1
- QQEWINYJRFBLNN-DLOVCJGASA-N Asn-Ala-Phe Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 QQEWINYJRFBLNN-DLOVCJGASA-N 0.000 description 1
- KXEGPPNPXOKKHK-ZLUOBGJFSA-N Asn-Asp-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O KXEGPPNPXOKKHK-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- UGXVKHRDGLYFKR-CIUDSAMLSA-N Asn-Asp-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O UGXVKHRDGLYFKR-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- OKZOABJQOMAYEC-NUMRIWBASA-N Asn-Gln-Thr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O OKZOABJQOMAYEC-NUMRIWBASA-N 0.000 description 1
- OPEPUCYIGFEGSW-WDSKDSINSA-N Asn-Gly-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O OPEPUCYIGFEGSW-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- GWNMUVANAWDZTI-YUMQZZPRSA-N Asn-Gly-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(=O)N)N GWNMUVANAWDZTI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- OOWSBIOUKIUWLO-RCOVLWMOSA-N Asn-Gly-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O OOWSBIOUKIUWLO-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- OLISTMZJGQUOGS-GMOBBJLQSA-N Asn-Ile-Arg Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N OLISTMZJGQUOGS-GMOBBJLQSA-N 0.000 description 1
- PTSDPWIHOYMRGR-UGYAYLCHSA-N Asn-Ile-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O PTSDPWIHOYMRGR-UGYAYLCHSA-N 0.000 description 1
- WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N Asn-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O WIDVAWAQBRAKTI-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- BZWRLDPIWKOVKB-ZPFDUUQYSA-N Asn-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O BZWRLDPIWKOVKB-ZPFDUUQYSA-N 0.000 description 1
- GLWFAWNYGWBMOC-SRVKXCTJSA-N Asn-Leu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O GLWFAWNYGWBMOC-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- TZFQICWZWFNIKU-KKUMJFAQSA-N Asn-Leu-Tyr Chemical compound NC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 TZFQICWZWFNIKU-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- KHCNTVRVAYCPQE-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Asn Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O KHCNTVRVAYCPQE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N Asn-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O COWITDLVHMZSIW-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- XFJKRRCWLTZIQA-XIRDDKMYSA-N Asn-Lys-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N XFJKRRCWLTZIQA-XIRDDKMYSA-N 0.000 description 1
- RVHGJNGNKGDCPX-KKUMJFAQSA-N Asn-Phe-Lys Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)N RVHGJNGNKGDCPX-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- REQUGIWGOGSOEZ-ZLUOBGJFSA-N Asn-Ser-Asn Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N)C(=O)N REQUGIWGOGSOEZ-ZLUOBGJFSA-N 0.000 description 1
- MYTHOBCLNIOFBL-SRVKXCTJSA-N Asn-Ser-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O MYTHOBCLNIOFBL-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- UGKZHCBLMLSANF-CIUDSAMLSA-N Asp-Asn-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UGKZHCBLMLSANF-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- CRNKLABLTICXDV-GUBZILKMSA-N Asp-His-Glu Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N CRNKLABLTICXDV-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- QNIACYURSSCLRP-GUBZILKMSA-N Asp-Lys-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O QNIACYURSSCLRP-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- FQHBAQLBIXLWAG-DCAQKATOSA-N Asp-Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N FQHBAQLBIXLWAG-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- GWIJZUVQVDJHDI-AVGNSLFASA-N Asp-Phe-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O GWIJZUVQVDJHDI-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- AHWRSSLYSGLBGD-CIUDSAMLSA-N Asp-Pro-Glu Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O AHWRSSLYSGLBGD-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- CXEFNHOVIIDHFU-IHPCNDPISA-N Asp-Trp-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC2=CNC3=CC=CC=C32)NC(=O)[C@H](CC(=O)O)N CXEFNHOVIIDHFU-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930182670 Astin Natural products 0.000 description 1
- 231100000699 Bacterial toxin Toxicity 0.000 description 1
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 description 1
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010017384 Blood Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004506 Blood Proteins Human genes 0.000 description 1
- 241000270299 Boa Species 0.000 description 1
- 238000009010 Bradford assay Methods 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M Bromide Chemical compound [Br-] CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 101100315624 Caenorhabditis elegans tyr-1 gene Proteins 0.000 description 1
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000004429 Calibre Substances 0.000 description 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L Carbonate Chemical compound [O-]C([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 102000003846 Carbonic anhydrases Human genes 0.000 description 1
- 108090000209 Carbonic anhydrases Proteins 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 244000201986 Cassia tora Species 0.000 description 1
- 102000005600 Cathepsins Human genes 0.000 description 1
- 108010084457 Cathepsins Proteins 0.000 description 1
- 241000905957 Channa melasoma Species 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010008631 Cholera Diseases 0.000 description 1
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 241001137251 Corvidae Species 0.000 description 1
- 241001274613 Corvus frugilegus Species 0.000 description 1
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- NOCCABSVTRONIN-CIUDSAMLSA-N Cys-Ala-Leu Chemical compound C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N NOCCABSVTRONIN-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- OXFOKRAFNYSREH-BJDJZHNGSA-N Cys-Ile-Leu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CS)N OXFOKRAFNYSREH-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- 102100028717 Cytosolic 5'-nucleotidase 3A Human genes 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-SCSAIBSYSA-N D-Proline Chemical compound OC(=O)[C@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 1
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-MRVPVSSYSA-N D-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-MRVPVSSYSA-N 0.000 description 1
- 101150074155 DHFR gene Proteins 0.000 description 1
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- 101100168832 Drosophila melanogaster Cals gene Proteins 0.000 description 1
- 101100289061 Drosophila melanogaster lili gene Proteins 0.000 description 1
- 101710146739 Enterotoxin Proteins 0.000 description 1
- 101100012780 Escherichia coli (strain K12) fecA gene Proteins 0.000 description 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 1
- JOYRKODLDBILNP-UHFFFAOYSA-N Ethyl urethane Chemical compound CCOC(N)=O JOYRKODLDBILNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010016654 Fibrosis Diseases 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 102000002464 Galactosidases Human genes 0.000 description 1
- 108010093031 Galactosidases Proteins 0.000 description 1
- 101000962067 Gallus gallus Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010061968 Gastric neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 208000007882 Gastritis Diseases 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- LKUWAWGNJYJODH-KBIXCLLPSA-N Gln-Ala-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O LKUWAWGNJYJODH-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- XEYMBRRKIFYQMF-GUBZILKMSA-N Gln-Asp-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O XEYMBRRKIFYQMF-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- HYPVLWGNBIYTNA-GUBZILKMSA-N Gln-Leu-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O HYPVLWGNBIYTNA-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- SHAUZYVSXAMYAZ-JYJNAYRXSA-N Gln-Leu-Phe Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N SHAUZYVSXAMYAZ-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- GURIQZQSTBBHRV-SRVKXCTJSA-N Gln-Lys-Arg Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O GURIQZQSTBBHRV-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- SXGMGNZEHFORAV-IUCAKERBSA-N Gln-Lys-Gly Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N SXGMGNZEHFORAV-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- LUGUNEGJNDEBLU-DCAQKATOSA-N Gln-Met-Arg Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)N LUGUNEGJNDEBLU-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- OJGLIOXAKGFFDW-SRVKXCTJSA-N Glu-Arg-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)N OJGLIOXAKGFFDW-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- ZHNHJYYFCGUZNQ-KBIXCLLPSA-N Glu-Ile-Ser Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)CC)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O ZHNHJYYFCGUZNQ-KBIXCLLPSA-N 0.000 description 1
- NWOUBJNMZDDGDT-AVGNSLFASA-N Glu-Leu-His Chemical compound OC(=O)CC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CN=CN1 NWOUBJNMZDDGDT-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- BXSZPACYCMNKLS-AVGNSLFASA-N Glu-Ser-Phe Chemical compound [H]N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O BXSZPACYCMNKLS-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- UZWUBBRJWFTHTD-LAEOZQHASA-N Glu-Val-Asn Chemical compound NC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O UZWUBBRJWFTHTD-LAEOZQHASA-N 0.000 description 1
- XUORRGAFUQIMLC-STQMWFEESA-N Gly-Arg-Tyr Chemical compound C1=CC(=CC=C1C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)CN)O XUORRGAFUQIMLC-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- FMNHBTKMRFVGRO-FOHZUACHSA-N Gly-Asn-Thr Chemical compound C[C@@H](O)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)CN FMNHBTKMRFVGRO-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- AQLHORCVPGXDJW-IUCAKERBSA-N Gly-Gln-Lys Chemical compound C(CCN)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)N)NC(=O)CN AQLHORCVPGXDJW-IUCAKERBSA-N 0.000 description 1
- LHRXAHLCRMQBGJ-RYUDHWBXSA-N Gly-Glu-Phe Chemical compound C1=CC=C(C=C1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCC(=O)O)NC(=O)CN LHRXAHLCRMQBGJ-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- UFPXDFOYHVEIPI-BYPYZUCNSA-N Gly-Gly-Asp Chemical compound NCC(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O UFPXDFOYHVEIPI-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- OLPPXYMMIARYAL-QMMMGPOBSA-N Gly-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)CN OLPPXYMMIARYAL-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- SWQALSGKVLYKDT-ZKWXMUAHSA-N Gly-Ile-Ala Chemical compound NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O SWQALSGKVLYKDT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 1
- SWQALSGKVLYKDT-UHFFFAOYSA-N Gly-Ile-Ala Natural products NCC(=O)NC(C(C)CC)C(=O)NC(C)C(O)=O SWQALSGKVLYKDT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LRQXRHGQEVWGPV-NHCYSSNCSA-N Gly-Leu-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)CN LRQXRHGQEVWGPV-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- NNCSJUBVFBDDLC-YUMQZZPRSA-N Gly-Leu-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O NNCSJUBVFBDDLC-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- JPAACTMBBBGAAR-HOTGVXAUSA-N Gly-Leu-Trp Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC(C)C)C(O)=O)=CNC2=C1 JPAACTMBBBGAAR-HOTGVXAUSA-N 0.000 description 1
- BXICSAQLIHFDDL-YUMQZZPRSA-N Gly-Lys-Asn Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(O)=O BXICSAQLIHFDDL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- JPVGHHQGKPQYIL-KBPBESRZSA-N Gly-Phe-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CN)CC1=CC=CC=C1 JPVGHHQGKPQYIL-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- FEUPVVCGQLNXNP-IRXDYDNUSA-N Gly-Phe-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)CN)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 FEUPVVCGQLNXNP-IRXDYDNUSA-N 0.000 description 1
- JNGHLWWFPGIJER-STQMWFEESA-N Gly-Pro-Tyr Chemical compound NCC(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 JNGHLWWFPGIJER-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N Gly-Ser-Glu Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCC(O)=O FGPLUIQCSKGLTI-WDSKDSINSA-N 0.000 description 1
- NVTPVQLIZCOJFK-FOHZUACHSA-N Gly-Thr-Asp Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O NVTPVQLIZCOJFK-FOHZUACHSA-N 0.000 description 1
- NWOSHVVPKDQKKT-RYUDHWBXSA-N Gly-Tyr-Gln Chemical compound [H]NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O NWOSHVVPKDQKKT-RYUDHWBXSA-N 0.000 description 1
- FNXSYBOHALPRHV-ONGXEEELSA-N Gly-Val-Lys Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN FNXSYBOHALPRHV-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- SBVMXEZQJVUARN-XPUUQOCRSA-N Gly-Val-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O SBVMXEZQJVUARN-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- 238000003794 Gram staining Methods 0.000 description 1
- JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N H-Gly-Phe-OH Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 JBCLFWXMTIKCCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100177265 Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) hbpA gene Proteins 0.000 description 1
- 108010093488 His-His-His-His-His-His Proteins 0.000 description 1
- DAKSMIWQZPHRIB-BZSNNMDCSA-N His-Tyr-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CNC=N1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DAKSMIWQZPHRIB-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- 101000823051 Homo sapiens Amyloid-beta precursor protein Proteins 0.000 description 1
- 101000611202 Homo sapiens Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B Proteins 0.000 description 1
- 101001126084 Homo sapiens Piwi-like protein 2 Proteins 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- TZCGZYWNIDZZMR-UHFFFAOYSA-N Ile-Arg-Ala Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(C(=O)NC(C)C(O)=O)CCCN=C(N)N TZCGZYWNIDZZMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DMHGKBGOUAJRHU-UHFFFAOYSA-N Ile-Arg-Pro Natural products CCC(C)C(N)C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)N1CCCC1C(O)=O DMHGKBGOUAJRHU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BGZIJZJBXRVBGJ-SXTJYALSSA-N Ile-Asp-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)O)N BGZIJZJBXRVBGJ-SXTJYALSSA-N 0.000 description 1
- MQFGXJNSUJTXDT-QSFUFRPTSA-N Ile-Gly-Ile Chemical compound N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)O MQFGXJNSUJTXDT-QSFUFRPTSA-N 0.000 description 1
- BBQABUDWDUKJMB-LZXPERKUSA-N Ile-Ile-Ile Chemical compound CC[C@H](C)[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C([O-])=O BBQABUDWDUKJMB-LZXPERKUSA-N 0.000 description 1
- KLBVGHCGHUNHEA-BJDJZHNGSA-N Ile-Leu-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N KLBVGHCGHUNHEA-BJDJZHNGSA-N 0.000 description 1
- YGDWPQCLFJNMOL-MNXVOIDGSA-N Ile-Leu-Gln Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N YGDWPQCLFJNMOL-MNXVOIDGSA-N 0.000 description 1
- KTNGVMMGIQWIDV-OSUNSFLBSA-N Ile-Pro-Thr Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O KTNGVMMGIQWIDV-OSUNSFLBSA-N 0.000 description 1
- WXLYNEHOGRYNFU-URLPEUOOSA-N Ile-Thr-Phe Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N WXLYNEHOGRYNFU-URLPEUOOSA-N 0.000 description 1
- YJRSIJZUIUANHO-NAKRPEOUSA-N Ile-Val-Ala Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)O)N YJRSIJZUIUANHO-NAKRPEOUSA-N 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- 108090000769 Isomerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004195 Isomerases Human genes 0.000 description 1
- PWWVAXIEGOYWEE-UHFFFAOYSA-N Isophenergan Chemical compound C1=CC=C2N(CC(C)N(C)C)C3=CC=CC=C3SC2=C1 PWWVAXIEGOYWEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 150000008575 L-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- FFFHZYDWPBMWHY-VKHMYHEASA-N L-homocysteine Chemical group OC(=O)[C@@H](N)CCS FFFHZYDWPBMWHY-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N L-leucyl-L-phenylalanine Natural products CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 KFKWRHQBZQICHA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- QEFRNWWLZKMPFJ-YGVKFDHGSA-N L-methionine S-oxide Chemical compound CS(=O)CC[C@H](N)C(O)=O QEFRNWWLZKMPFJ-YGVKFDHGSA-N 0.000 description 1
- 125000000393 L-methionino group Chemical group [H]OC(=O)[C@@]([H])(N([H])[*])C([H])([H])C(SC([H])([H])[H])([H])[H] 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 244000147568 Laurus nobilis Species 0.000 description 1
- 235000017858 Laurus nobilis Nutrition 0.000 description 1
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 1
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 1
- WNGVUZWBXZKQES-YUMQZZPRSA-N Leu-Ala-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(O)=O WNGVUZWBXZKQES-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N Leu-Gly-Asp Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(O)=O)CC(O)=O LAPSXOAUPNOINL-YUMQZZPRSA-N 0.000 description 1
- KEVYYIMVELOXCT-KBPBESRZSA-N Leu-Gly-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H]([NH3+])C(=O)NCC(=O)N[C@H](C([O-])=O)CC1=CC=CC=C1 KEVYYIMVELOXCT-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- KUIDCYNIEJBZBU-AJNGGQMLSA-N Leu-Ile-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KUIDCYNIEJBZBU-AJNGGQMLSA-N 0.000 description 1
- JKSIBWITFMQTOA-XUXIUFHCSA-N Leu-Ile-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O JKSIBWITFMQTOA-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- RXGLHDWAZQECBI-SRVKXCTJSA-N Leu-Leu-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O RXGLHDWAZQECBI-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- BGZCJDGBBUUBHA-KKUMJFAQSA-N Leu-Lys-Leu Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O BGZCJDGBBUUBHA-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- VCHVSKNMTXWIIP-SRVKXCTJSA-N Leu-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O VCHVSKNMTXWIIP-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- PKKMDPNFGULLNQ-AVGNSLFASA-N Leu-Met-Arg Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(O)=O PKKMDPNFGULLNQ-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- FLNPJLDPGMLWAU-UWVGGRQHSA-N Leu-Met-Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@@H](N)CC(C)C FLNPJLDPGMLWAU-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- PTRKPHUGYULXPU-KKUMJFAQSA-N Leu-Phe-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O PTRKPHUGYULXPU-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- FYPWFNKQVVEELI-ULQDDVLXSA-N Leu-Phe-Val Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 FYPWFNKQVVEELI-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- UCBPDSYUVAAHCD-UWVGGRQHSA-N Leu-Pro-Gly Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(O)=O UCBPDSYUVAAHCD-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 1
- AKVBOOKXVAMKSS-GUBZILKMSA-N Leu-Ser-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O AKVBOOKXVAMKSS-GUBZILKMSA-N 0.000 description 1
- VHTIZYYHIUHMCA-JYJNAYRXSA-N Leu-Tyr-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O VHTIZYYHIUHMCA-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- VUBIPAHVHMZHCM-KKUMJFAQSA-N Leu-Tyr-Ser Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 VUBIPAHVHMZHCM-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- XOEDPXDZJHBQIX-ULQDDVLXSA-N Leu-Val-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 XOEDPXDZJHBQIX-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 108091036060 Linker DNA Proteins 0.000 description 1
- 108090001030 Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004895 Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 241001134453 Lista Species 0.000 description 1
- 101500021084 Locusta migratoria 5 kDa peptide Proteins 0.000 description 1
- 241000219745 Lupinus Species 0.000 description 1
- 239000006137 Luria-Bertani broth Substances 0.000 description 1
- 102000004317 Lyases Human genes 0.000 description 1
- 108090000856 Lyases Proteins 0.000 description 1
- YIBOAHAOAWACDK-QEJZJMRPSA-N Lys-Ala-Phe Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 YIBOAHAOAWACDK-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- MKBIVWXCFINCLE-SRVKXCTJSA-N Lys-Asn-His Chemical compound C1=C(NC=N1)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC(=O)N)NC(=O)[C@H](CCCCN)N MKBIVWXCFINCLE-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- LMVOVCYVZBBWQB-SRVKXCTJSA-N Lys-Asp-Lys Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN LMVOVCYVZBBWQB-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- GRADYHMSAUIKPS-DCAQKATOSA-N Lys-Glu-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O GRADYHMSAUIKPS-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- PBIPLDMFHAICIP-DCAQKATOSA-N Lys-Glu-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O PBIPLDMFHAICIP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- UQRZFMQQXXJTTF-AVGNSLFASA-N Lys-Lys-Glu Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O UQRZFMQQXXJTTF-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- BXPHMHQHYHILBB-BZSNNMDCSA-N Lys-Lys-Tyr Chemical compound [H]N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(O)=O BXPHMHQHYHILBB-BZSNNMDCSA-N 0.000 description 1
- ALEVUGKHINJNIF-QEJZJMRPSA-N Lys-Phe-Ala Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 ALEVUGKHINJNIF-QEJZJMRPSA-N 0.000 description 1
- CUHGAUZONORRIC-HJGDQZAQSA-N Lys-Thr-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)N)O CUHGAUZONORRIC-HJGDQZAQSA-N 0.000 description 1
- 241000677589 Macrocephalus Species 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000004425 Makrolon Substances 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 101710085938 Matrix protein Proteins 0.000 description 1
- 241000252067 Megalops atlanticus Species 0.000 description 1
- 101710127721 Membrane protein Proteins 0.000 description 1
- 235000006679 Mentha X verticillata Nutrition 0.000 description 1
- 235000002899 Mentha suaveolens Nutrition 0.000 description 1
- 235000001636 Mentha x rotundifolia Nutrition 0.000 description 1
- IUYCGMNKIZDRQI-BQBZGAKWSA-N Met-Gly-Ala Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O IUYCGMNKIZDRQI-BQBZGAKWSA-N 0.000 description 1
- RRIHXWPHQSXHAQ-XUXIUFHCSA-N Met-Ile-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O RRIHXWPHQSXHAQ-XUXIUFHCSA-N 0.000 description 1
- IHRFZLQEQVHXFA-RHYQMDGZSA-N Met-Thr-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN IHRFZLQEQVHXFA-RHYQMDGZSA-N 0.000 description 1
- LPNWWHBFXPNHJG-AVGNSLFASA-N Met-Val-Lys Chemical compound CSCC[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@H](C(O)=O)CCCCN LPNWWHBFXPNHJG-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- RJQXTJLFIWVMTO-TYNCELHUSA-N Methicillin Chemical compound COC1=CC=CC(OC)=C1C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@@H](C(O)=O)C(C)(C)S[C@@H]21 RJQXTJLFIWVMTO-TYNCELHUSA-N 0.000 description 1
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 description 1
- 102000005431 Molecular Chaperones Human genes 0.000 description 1
- 108010006519 Molecular Chaperones Proteins 0.000 description 1
- 206010065764 Mucosal infection Diseases 0.000 description 1
- 108010085220 Multiprotein Complexes Proteins 0.000 description 1
- 102000007474 Multiprotein Complexes Human genes 0.000 description 1
- 101100005010 Mus musculus Ca8 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100128278 Mus musculus Lins1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 1
- YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N N-L-alpha-glutamyl-L-leucine Natural products CC(C)CC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CCC(O)=O YBAFDPFAUTYYRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AMQJEAYHLZJPGS-UHFFFAOYSA-N N-Pentanol Chemical compound CCCCCO AMQJEAYHLZJPGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108700020354 N-acetylmuramyl-threonyl-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 241001602876 Nata Species 0.000 description 1
- 108010079246 OMPA outer membrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- 206010034133 Pathogen resistance Diseases 0.000 description 1
- 208000031481 Pathologic Constriction Diseases 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 206010057249 Phagocytosis Diseases 0.000 description 1
- BJEYSVHMGIJORT-NHCYSSNCSA-N Phe-Ala-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 BJEYSVHMGIJORT-NHCYSSNCSA-N 0.000 description 1
- CDNPIRSCAFMMBE-SRVKXCTJSA-N Phe-Asn-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O CDNPIRSCAFMMBE-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- MGBRZXXGQBAULP-DRZSPHRISA-N Phe-Glu-Ala Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 MGBRZXXGQBAULP-DRZSPHRISA-N 0.000 description 1
- KJJROSNFBRWPHS-JYJNAYRXSA-N Phe-Glu-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KJJROSNFBRWPHS-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- JJHVFCUWLSKADD-ONGXEEELSA-N Phe-Gly-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O JJHVFCUWLSKADD-ONGXEEELSA-N 0.000 description 1
- DVOCGBNHAUHKHJ-DKIMLUQUSA-N Phe-Ile-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O DVOCGBNHAUHKHJ-DKIMLUQUSA-N 0.000 description 1
- KZRQONDKKJCAOL-DKIMLUQUSA-N Phe-Leu-Ile Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O KZRQONDKKJCAOL-DKIMLUQUSA-N 0.000 description 1
- HQPWNHXERZCIHP-PMVMPFDFSA-N Phe-Leu-Trp Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 HQPWNHXERZCIHP-PMVMPFDFSA-N 0.000 description 1
- PHJUFDQVVKVOPU-ULQDDVLXSA-N Phe-Lys-Met Chemical compound CSCC[C@@H](C(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC1=CC=CC=C1)N PHJUFDQVVKVOPU-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- SZYBZVANEAOIPE-UBHSHLNASA-N Phe-Met-Ala Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O SZYBZVANEAOIPE-UBHSHLNASA-N 0.000 description 1
- FENSZYFJQOFSQR-FIRPJDEBSA-N Phe-Phe-Ile Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FENSZYFJQOFSQR-FIRPJDEBSA-N 0.000 description 1
- WWPAHTZOWURIMR-ULQDDVLXSA-N Phe-Pro-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H]1CCCN1C(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 WWPAHTZOWURIMR-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- UNBFGVQVQGXXCK-KKUMJFAQSA-N Phe-Ser-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O UNBFGVQVQGXXCK-KKUMJFAQSA-N 0.000 description 1
- JTKGCYOOJLUETJ-ULQDDVLXSA-N Phe-Val-Leu Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 JTKGCYOOJLUETJ-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- 102100029365 Piwi-like protein 2 Human genes 0.000 description 1
- 229920002396 Polyurea Polymers 0.000 description 1
- KDIIENQUNVNWHR-JYJNAYRXSA-N Pro-Arg-Phe Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(O)=O KDIIENQUNVNWHR-JYJNAYRXSA-N 0.000 description 1
- CLJLVCYFABNTHP-DCAQKATOSA-N Pro-Leu-Asp Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O CLJLVCYFABNTHP-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- DRKAXLDECUGLFE-ULQDDVLXSA-N Pro-Leu-Phe Chemical compound CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H]1CCCN1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O DRKAXLDECUGLFE-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 1
- FKYKZHOKDOPHSA-DCAQKATOSA-N Pro-Leu-Ser Chemical compound [H]N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FKYKZHOKDOPHSA-DCAQKATOSA-N 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000208474 Protea Species 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 101710130181 Protochlorophyllide reductase A, chloroplastic Proteins 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102400000235 Rimorphin Human genes 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 240000005499 Sasa Species 0.000 description 1
- YUJLIIRMIAGMCQ-CIUDSAMLSA-N Ser-Leu-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O YUJLIIRMIAGMCQ-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FPCGZYMRFFIYIH-CIUDSAMLSA-N Ser-Lys-Ser Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O FPCGZYMRFFIYIH-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- FZEUTKVQGMVGHW-AVGNSLFASA-N Ser-Phe-Gln Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(O)=O FZEUTKVQGMVGHW-AVGNSLFASA-N 0.000 description 1
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 238000003723 Smelting Methods 0.000 description 1
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 description 1
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 1
- 208000007107 Stomach Ulcer Diseases 0.000 description 1
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 1
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 108700005078 Synthetic Genes Proteins 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000004809 Teflon Substances 0.000 description 1
- 229920006362 Teflon® Polymers 0.000 description 1
- 235000005212 Terminalia tomentosa Nutrition 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000953555 Theama Species 0.000 description 1
- HGZINTSBOUQIBU-UHFFFAOYSA-N Thr Tyr Gly Gly Chemical compound OC(=O)CNC(=O)CNC(=O)C(NC(=O)C(N)C(O)C)CC1=CC=C(O)C=C1 HGZINTSBOUQIBU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHBPFYOQQPFKQR-JHEQGTHGSA-N Thr-Gln-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)NCC(O)=O UHBPFYOQQPFKQR-JHEQGTHGSA-N 0.000 description 1
- CQNFRKAKGDSJFR-NUMRIWBASA-N Thr-Glu-Asn Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC(=O)N)C(=O)O)N)O CQNFRKAKGDSJFR-NUMRIWBASA-N 0.000 description 1
- WDFPMSHYMRBLKM-NKIYYHGXSA-N Thr-Glu-His Chemical compound C[C@H]([C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](CC1=CN=CN1)C(=O)O)N)O WDFPMSHYMRBLKM-NKIYYHGXSA-N 0.000 description 1
- UYTYTDMCDBPDSC-URLPEUOOSA-N Thr-Ile-Phe Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)NC(=O)[C@H]([C@@H](C)O)N UYTYTDMCDBPDSC-URLPEUOOSA-N 0.000 description 1
- JWQNAFHCXKVZKZ-UVOCVTCTSA-N Thr-Lys-Thr Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O JWQNAFHCXKVZKZ-UVOCVTCTSA-N 0.000 description 1
- SGAOHNPSEPVAFP-ZDLURKLDSA-N Thr-Ser-Gly Chemical compound [H]N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(O)=O SGAOHNPSEPVAFP-ZDLURKLDSA-N 0.000 description 1
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 description 1
- 208000031737 Tissue Adhesions Diseases 0.000 description 1
- 101100370119 Treponema pallidum (strain Nichols) tpf1 gene Proteins 0.000 description 1
- YZCKVEUIGOORGS-NJFSPNSNSA-N Tritium Chemical compound [3H] YZCKVEUIGOORGS-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- KZIQDVNORJKTMO-WDSOQIARSA-N Trp-Arg-His Chemical compound C1=CC=C2C(=C1)C(=CN2)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC3=CN=CN3)C(=O)O)N KZIQDVNORJKTMO-WDSOQIARSA-N 0.000 description 1
- WMBFONUKQXGLMU-WDSOQIARSA-N Trp-Leu-Val Chemical compound CC(C)C[C@@H](C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CNC2=CC=CC=C21)N WMBFONUKQXGLMU-WDSOQIARSA-N 0.000 description 1
- DDJHCLVUUBEIIA-BVSLBCMMSA-N Trp-Met-Phe Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@@H](N)CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)CCSC)C(O)=O)C1=CC=CC=C1 DDJHCLVUUBEIIA-BVSLBCMMSA-N 0.000 description 1
- ABRICLFKFRFDKS-IHPCNDPISA-N Trp-Ser-Tyr Chemical compound C([C@H](NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)N)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 ABRICLFKFRFDKS-IHPCNDPISA-N 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- XGEUYEOEZYFHRL-KKXDTOCCSA-N Tyr-Ala-Phe Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 XGEUYEOEZYFHRL-KKXDTOCCSA-N 0.000 description 1
- UABYBEBXFFNCIR-YDHLFZDLSA-N Tyr-Asp-Val Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O UABYBEBXFFNCIR-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- KCPFDGNYAMKZQP-KBPBESRZSA-N Tyr-Gly-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O KCPFDGNYAMKZQP-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- ILTXFANLDMJWPR-SIUGBPQLSA-N Tyr-Ile-Glu Chemical compound CC[C@H](C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O)NC(=O)[C@H](CC1=CC=C(C=C1)O)N ILTXFANLDMJWPR-SIUGBPQLSA-N 0.000 description 1
- DWAMXBFJNZIHMC-KBPBESRZSA-N Tyr-Leu-Gly Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)NCC(O)=O DWAMXBFJNZIHMC-KBPBESRZSA-N 0.000 description 1
- GQVZBMROTPEPIF-SRVKXCTJSA-N Tyr-Ser-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O GQVZBMROTPEPIF-SRVKXCTJSA-N 0.000 description 1
- LVILBTSHPTWDGE-PMVMPFDFSA-N Tyr-Trp-Lys Chemical compound C([C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(O)=O)C1=CC=C(O)C=C1 LVILBTSHPTWDGE-PMVMPFDFSA-N 0.000 description 1
- SQUMHUZLJDUROQ-YDHLFZDLSA-N Tyr-Val-Asp Chemical compound [H]N[C@@H](CC1=CC=C(O)C=C1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(O)=O SQUMHUZLJDUROQ-YDHLFZDLSA-N 0.000 description 1
- DJEVQCWNMQOABE-RCOVLWMOSA-N Val-Gly-Asp Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)O)N DJEVQCWNMQOABE-RCOVLWMOSA-N 0.000 description 1
- MDYSKHBSPXUOPV-JSGCOSHPSA-N Val-Gly-Phe Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O)N MDYSKHBSPXUOPV-JSGCOSHPSA-N 0.000 description 1
- BCBFMJYTNKDALA-UFYCRDLUSA-N Val-Phe-Phe Chemical compound N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O BCBFMJYTNKDALA-UFYCRDLUSA-N 0.000 description 1
- RYHUIHUOYRNNIE-NRPADANISA-N Val-Ser-Gln Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N)C(=O)O)N RYHUIHUOYRNNIE-NRPADANISA-N 0.000 description 1
- GBIUHAYJGWVNLN-UHFFFAOYSA-N Val-Ser-Pro Natural products CC(C)C(N)C(=O)NC(CO)C(=O)N1CCCC1C(O)=O GBIUHAYJGWVNLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUIYPEKUEMQBIK-JSGCOSHPSA-N Val-Tyr-Gly Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)NCC(O)=O GUIYPEKUEMQBIK-JSGCOSHPSA-N 0.000 description 1
- 241000607598 Vibrio Species 0.000 description 1
- GYMWQLRSSDFGEQ-ADRAWKNSSA-N [(3e,8r,9s,10r,13s,14s,17r)-13-ethyl-17-ethynyl-3-hydroxyimino-1,2,6,7,8,9,10,11,12,14,15,16-dodecahydrocyclopenta[a]phenanthren-17-yl] acetate;(8r,9s,13s,14s,17r)-17-ethynyl-13-methyl-7,8,9,11,12,14,15,16-octahydro-6h-cyclopenta[a]phenanthrene-3,17-diol Chemical compound OC1=CC=C2[C@H]3CC[C@](C)([C@](CC4)(O)C#C)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C1.O/N=C/1CC[C@@H]2[C@H]3CC[C@](CC)([C@](CC4)(OC(C)=O)C#C)[C@@H]4[C@@H]3CCC2=C\1 GYMWQLRSSDFGEQ-ADRAWKNSSA-N 0.000 description 1
- 210000001015 abdomen Anatomy 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 1
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 230000003044 adaptive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N adenyl group Chemical group N1=CN=C2N=CNC2=C1N GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 1
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 238000003314 affinity selection Methods 0.000 description 1
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 1
- 108010044940 alanylglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108010087924 alanylproline Proteins 0.000 description 1
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000007815 allergy Effects 0.000 description 1
- 235000020224 almond Nutrition 0.000 description 1
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 1
- KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N alpha-L-glutamyl-L-glutamic acid Natural products OC(=O)CCC(N)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(O)=O KOSRFJWDECSPRO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010027597 alpha-chymotrypsin Proteins 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 150000001414 amino alcohols Chemical class 0.000 description 1
- DZHSAHHDTRWUTF-SIQRNXPUSA-N amyloid-beta polypeptide 42 Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)[C@@H](C)CC)C(C)C)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CCC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1N=CNC=1)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC=CC=1)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O)C(C)C)C(C)C)C1=CC=CC=C1 DZHSAHHDTRWUTF-SIQRNXPUSA-N 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000002788 anti-peptide Effects 0.000 description 1
- 230000002421 anti-septic effect Effects 0.000 description 1
- 229940124350 antibacterial drug Drugs 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 1
- 239000002519 antifouling agent Substances 0.000 description 1
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 description 1
- 229940064004 antiseptic throat preparations Drugs 0.000 description 1
- 108010052670 arginyl-glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 108010068265 aspartyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000000688 bacterial toxin Substances 0.000 description 1
- 241000344266 bacterium 71 Species 0.000 description 1
- 239000012754 barrier agent Substances 0.000 description 1
- 238000007630 basic procedure Methods 0.000 description 1
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 150000001576 beta-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000003809 bile pigment Substances 0.000 description 1
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 229910052797 bismuth Inorganic materials 0.000 description 1
- JCXGWMGPZLAOME-UHFFFAOYSA-N bismuth atom Chemical compound [Bi] JCXGWMGPZLAOME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000006161 blood agar Substances 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 239000011449 brick Substances 0.000 description 1
- 244000144987 brood Species 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 1
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 150000007942 carboxylates Chemical class 0.000 description 1
- 230000021523 carboxylation Effects 0.000 description 1
- 238000006473 carboxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 235000012730 carminic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 230000006037 cell lysis Effects 0.000 description 1
- 230000009087 cell motility Effects 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 230000003196 chaotropic effect Effects 0.000 description 1
- 239000013522 chelant Substances 0.000 description 1
- 238000002144 chemical decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 239000005081 chemiluminescent agent Substances 0.000 description 1
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 208000023652 chronic gastritis Diseases 0.000 description 1
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid group Chemical class C(CC(O)(C(=O)O)CC(=O)O)(=O)O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004927 clay Substances 0.000 description 1
- 230000003021 clonogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000975 co-precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000003245 coal Substances 0.000 description 1
- ZPUCINDJVBIVPJ-LJISPDSOSA-N cocaine Chemical compound O([C@H]1C[C@@H]2CC[C@@H](N2C)[C@H]1C(=O)OC)C(=O)C1=CC=CC=C1 ZPUCINDJVBIVPJ-LJISPDSOSA-N 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 229920001577 copolymer Polymers 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 1
- 238000009402 cross-breeding Methods 0.000 description 1
- 239000000287 crude extract Substances 0.000 description 1
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 230000007123 defense Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003398 denaturant Substances 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- 125000002576 diazepinyl group Chemical class N1N=C(C=CC=C1)* 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- 230000037213 diet Effects 0.000 description 1
- 230000001079 digestive effect Effects 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- 108010054813 diprotin B Proteins 0.000 description 1
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 1
- 239000002270 dispersing agent Substances 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 101150029939 dppA gene Proteins 0.000 description 1
- 238000009513 drug distribution Methods 0.000 description 1
- 239000003596 drug target Substances 0.000 description 1
- 230000002183 duodenal effect Effects 0.000 description 1
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 1
- 201000006549 dyspepsia Diseases 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 235000014103 egg white Nutrition 0.000 description 1
- 210000000969 egg white Anatomy 0.000 description 1
- 235000013601 eggs Nutrition 0.000 description 1
- 230000005684 electric field Effects 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 238000005538 encapsulation Methods 0.000 description 1
- 230000002357 endometrial effect Effects 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 239000000147 enterotoxin Substances 0.000 description 1
- 231100000655 enterotoxin Toxicity 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002922 epistatic effect Effects 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008029 eradication Effects 0.000 description 1
- 239000003797 essential amino acid Substances 0.000 description 1
- 235000020776 essential amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 1
- 230000002964 excitative effect Effects 0.000 description 1
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 1
- 230000004761 fibrosis Effects 0.000 description 1
- 235000013312 flour Nutrition 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 1
- 125000001965 gamma-lactamyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004211 gastric acid Anatomy 0.000 description 1
- 201000005917 gastric ulcer Diseases 0.000 description 1
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000001641 gel filtration chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 1
- 238000012812 general test Methods 0.000 description 1
- 238000012248 genetic selection Methods 0.000 description 1
- 229930182478 glucoside Natural products 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010055341 glutamyl-glutamic acid Proteins 0.000 description 1
- XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N glycyl-L-tyrosine hemihydrate Natural products NCC(=O)NC(C(O)=O)CC1=CC=C(O)C=C1 XBGGUPMXALFZOT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010078326 glycyl-glycyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 108010081551 glycylphenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 description 1
- 108010036413 histidylglycine Proteins 0.000 description 1
- 108010025306 histidylleucine Proteins 0.000 description 1
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 1
- 210000000003 hoof Anatomy 0.000 description 1
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 1
- 230000004727 humoral immunity Effects 0.000 description 1
- WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N hydroxyacetaldehyde Natural products OCC=O WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008102 immune modulation Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 1
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 239000002198 insoluble material Substances 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 238000010253 intravenous injection Methods 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- 239000007951 isotonicity adjuster Substances 0.000 description 1
- 150000002576 ketones Chemical class 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 230000001418 larval effect Effects 0.000 description 1
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 1
- 108010044311 leucyl-glycyl-glycine Proteins 0.000 description 1
- 108010051673 leucyl-glycyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010034529 leucyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108010044056 leucyl-phenylalanine Proteins 0.000 description 1
- 108010030617 leucyl-phenylalanyl-valine Proteins 0.000 description 1
- 108010057821 leucylproline Proteins 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 239000010871 livestock manure Substances 0.000 description 1
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 1
- 239000000891 luminescent agent Substances 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 230000002132 lysosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000003712 lysosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001868 lysosomic effect Effects 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 229960005336 magnesium citrate Drugs 0.000 description 1
- 239000004337 magnesium citrate Substances 0.000 description 1
- 235000002538 magnesium citrate Nutrition 0.000 description 1
- 229940091250 magnesium supplement Drugs 0.000 description 1
- 108020004084 membrane receptors Proteins 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229960003085 meticillin Drugs 0.000 description 1
- 239000010445 mica Substances 0.000 description 1
- 229910052618 mica group Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000693 micelle Substances 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 108091005573 modified proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000035118 modified proteins Human genes 0.000 description 1
- 239000003607 modifier Substances 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N monoethyl amine Natural products CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000007886 mutagenicity Effects 0.000 description 1
- 231100000299 mutagenicity Toxicity 0.000 description 1
- SYSQUGFVNFXIIT-UHFFFAOYSA-N n-[4-(1,3-benzoxazol-2-yl)phenyl]-4-nitrobenzenesulfonamide Chemical class C1=CC([N+](=O)[O-])=CC=C1S(=O)(=O)NC1=CC=C(C=2OC3=CC=CC=C3N=2)C=C1 SYSQUGFVNFXIIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- SLCVBVWXLSEKPL-UHFFFAOYSA-N neopentyl glycol Chemical compound OCC(C)(C)CO SLCVBVWXLSEKPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000004498 neuroglial cell Anatomy 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006911 nucleation Effects 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 210000004248 oligodendroglia Anatomy 0.000 description 1
- 229940126578 oral vaccine Drugs 0.000 description 1
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000005022 packaging material Substances 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 210000003695 paranasal sinus Anatomy 0.000 description 1
- 238000007911 parenteral administration Methods 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- 229950000964 pepstatin Drugs 0.000 description 1
- 108010091212 pepstatin Proteins 0.000 description 1
- FAXGPCHRFPCXOO-LXTPJMTPSA-N pepstatin A Chemical compound OC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)CC(C)C FAXGPCHRFPCXOO-LXTPJMTPSA-N 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 239000000575 pesticide Substances 0.000 description 1
- 101150080402 pet gene Proteins 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 210000001539 phagocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000008782 phagocytosis Effects 0.000 description 1
- NCAIGTHBQTXTLR-UHFFFAOYSA-N phentermine hydrochloride Chemical compound [Cl-].CC(C)([NH3+])CC1=CC=CC=C1 NCAIGTHBQTXTLR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XEBWQGVWTUSTLN-UHFFFAOYSA-M phenylmercury acetate Chemical compound CC(=O)O[Hg]C1=CC=CC=C1 XEBWQGVWTUSTLN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000006187 pill Substances 0.000 description 1
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 1
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 108010054442 polyalanine Proteins 0.000 description 1
- 229920000515 polycarbonate Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 230000001323 posttranslational effect Effects 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 101150105899 ppiB gene Proteins 0.000 description 1
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 1
- 230000001376 precipitating effect Effects 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 238000011085 pressure filtration Methods 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 239000006041 probiotic Substances 0.000 description 1
- 235000018291 probiotics Nutrition 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 1
- 239000003223 protective agent Substances 0.000 description 1
- 108020001775 protein parts Proteins 0.000 description 1
- 230000003946 protein process Effects 0.000 description 1
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 1
- 238000001799 protein solubilization Methods 0.000 description 1
- 230000007925 protein solubilization Effects 0.000 description 1
- 229940126409 proton pump inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000000612 proton pump inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 229940126583 recombinant protein vaccine Drugs 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 description 1
- 238000004064 recycling Methods 0.000 description 1
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 230000002940 repellent Effects 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 125000006853 reporter group Chemical group 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N saccharin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NS(=O)(=O)C2=C1 CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 235000017709 saponins Nutrition 0.000 description 1
- 201000000980 schizophrenia Diseases 0.000 description 1
- 230000009863 secondary prevention Effects 0.000 description 1
- 230000001235 sensitizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000000405 serological effect Effects 0.000 description 1
- 229940076279 serotonin Drugs 0.000 description 1
- 108010015840 seryl-prolyl-lysyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 238000010008 shearing Methods 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 230000003584 silencer Effects 0.000 description 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 1
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 description 1
- 239000010454 slate Substances 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 235000014347 soups Nutrition 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000000891 standard diet Nutrition 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 230000036262 stenosis Effects 0.000 description 1
- 208000037804 stenosis Diseases 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 1
- 238000010408 sweeping Methods 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 1
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 1
- 108010072986 threonyl-seryl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 description 1
- 230000001256 tonic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011426 transformation method Methods 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- PLSARIKBYIPYPF-UHFFFAOYSA-H trimagnesium dicitrate Chemical compound [Mg+2].[Mg+2].[Mg+2].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O.[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O PLSARIKBYIPYPF-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- 229910052722 tritium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 230000001810 trypsinlike Effects 0.000 description 1
- 108010044292 tryptophyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 238000003160 two-hybrid assay Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 108010009962 valyltyrosine Proteins 0.000 description 1
- 210000005166 vasculature Anatomy 0.000 description 1
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 1
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 230000009278 visceral effect Effects 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 1
- 108020001612 μ-opioid receptors Proteins 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
- C12N15/86—Viral vectors
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/205—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Campylobacter (G)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
Abstract
« تسلسلات حامض نووي وحامض اميني تتعلق ببكتيريا H. Pylori« وتركيبات لقاحية منها»« الملخص »يتعلق الاختراع الحالي بوصف مستحضرات نقيه على نحو اساس أو معيدة اتحاد من بولي بيبتيد بكتيريا H.Pylori كما يتعلق ايضا بوصف احماض نووية تشفر البولي بيبتيدات . علما بأن بولي بيبتيدات بكتيريا H.Pylori مفيدة للتركيبات التشخيصية واللقاحية
Description
A
H. Pylori وحا مض أميني تتعلق بيكتيريا EIS «تسلسلات حا مض ١ «وتركييات لقاحية متها» الوصف الكامل ا : خلفية الاخترا ع هي عبارة عن بكتيريا سالبة الغرام دقيقة محبة "116112002016: Pylori " إن ال : للهواء على شكل حرف 5 اكتشفت وزرعت من عينة خزعة معديَّة بشرية كما ورد في ( Warren, J.R and B. Marshall (1983) Lancet 1 : 1273 - 1275 ; and Marshall et al. م (1984) Microbios Lett. 25 : 83 - 88). ° على نحو قوي بمرض التهاب المعدة المزمن وبمرض 'HPylori" وقد تم ربط بكتيريا : القرحة العفجية . (كما ورد فى (Rathbone et al, (1986) Gut 27 : 635 - 641) علاوة على ذلك ؛ يزداد الدليل على ثبوت دور مرضي لبكتيريا 11.7101 في عسر الهضم غير الناتج عن غير القرحة ؛ وفي مرض القرحة المعدية وفي الورم الفدي ٠ : المعدي كما ورد فى Ua ad (Blaser M. J, (1993) Trends Microbiol, 1 : 255-260) علماً بأن نقل البكتريا يحدث عن طريقة الفم ؛ ويزداد خطر العدوى بتقدم السن كما : ورد في (Taylor, D.N. and M.J. Blaser (1991) Epidemiol. Rev 13 : 42 - 50). \o القشاء أ لمعدي | لبشري وتنشئ فيه عدوي تدوم عادة "H.Pyori" تستعمر يكتيريا لعقود من الزمن . عماً بأن العدوى ببكتيريا "11.597011" منتشرة فى جميع أرجاء لدول المتقدمة ما نسيتة حوا لى f المعمورة . وتصل نسية المصابين بهذه | ليكتيريا فى من عدد السكان البالفين « بينما تبلغ نسبة المصابين بهذه البكتيريا في الدول 70.
v السكان الذين تتجاوز أعمارهم العشرين عاماً كما sue النامية ما نسبته .79 من : ورد في ( Hopkins R.J. and J.G Morris (1994) Am. J. Med. 97 : 265 - 277) . إن العوامل البكتيرية اللازمة لاستعمار البيئة المعدية , وللقدرة النسبية للجرثومة ' مفهومة على نحى ضعيف . ومن الامثلة على oa yall على التغلب على دفاع الجسم لهذا © عوامل تلك القدرة المفترضة ما يلي : أنزيم اليوراز ,وهو انزيم يمكن أن يلعب دوراً في : الحمض المعدي كا ورد في (PH) تعديل درجة الحموضة
Eaton et al., (1991) Infect. Immunol., 59 : 2470 - 2475; Ferrcoro R. L. and A. LEE (1991)
Microb ECol. Hlth Dis. 4: 121 - 134; Labigne et el., (1991) J. BacteriO 1. 173 : \. 1920 - 1931). والبروتوينات السوطية البكتيرية مسئولة عن الحركة عبر الطبقة المخاطبة . وكما : ا ورد في ( Hazell et al., (1986) l.Inf. dis. 153 : 658 - 663 Leying et al., (1992) Mo/,
Microbiol. 6 : 2863 - 2874 and Haas et al., (1993) Mol. Microbiol. 8 : 753 - 760); \e وهو ذيفان بكتيري يستحث تشكيل تجاويف داخلية في الخلايا الظهارية : VacA : كما ورد في ( Schmitt W. and R. Haas, (1994) Molecular Microbiol. 12 (2) : 307-319) ; : وا لتصاقات أنسجة نوعية معدية متعددة . وكما ورد في ( Boren et al., (1993) Science 262 1892 - 1895 ; Evans et al., (1993) J. Bacteriol. Y. 175: 674 - 683; and Falk etal., (1993) Proc. Nat/. Acad. SCi. 90 2035 - 203). متعددة متوفرة فى الوقت الحاضر تستأصل اصابات البكيتريا Ladle وهناك عوامل : "في المعمل” (في الاتبوب الزجاجي) كما ورد في "H.Pyori" ( Huesca et, al., (1993) > Zbl. Bakt. 280 : 244 - 252; Hopkins, R.J. and J. 6
Morris, supra) . Yo
¢ وعلى أية حال , فالكثير من هذه المعالجات فعالة بدرجة أقل من الدرجة المثلى في «جسم الكائن الحي » وذلك بسبب المقاومة البكتيرية , وبسبب توزيع العقار المتغير ؛ وبسبب عدم pled] المريض أو بسبب عدم توفرية العقار على نمو كاف ض (Hopkins R.J. and J.G.
Morrissura) كما أن المعالجة بالمضادات الحيوية المتحدة مع ٠ البزموث هي جزء من النظام القياسي للحمية المستخدم في معالجة بكتيرياً "H.Pyorn" كما ورد في : Malfertheiner, P. and J.
E.
DoMinguez - Munoz (1993) Clinical therapeutics 15 ) Supp.
B:37-48). وحديثاً ٠ أظهر اتحاد مانعات ضخ بروتون ومضاد حيوي واحد قعالية في تلليف ٠ مرض القرحة العفجية . كما ورد في : (Malfer theiner, P. and J.
E.
Dominguez, Munoz Swpra) وعلى Ja LT يمكن للطرق التي تستخدم عوامل مضاد حيوي أن تتضمن مشكلة نشوء سلاسلات بكتيرية تقاوم هذه العوامل كما ورد في : Hopkins, R.
J. and J. 6. Morris, supra). ( ١ وأوجه القصور هذه تؤكد على الحاجة الملحة لتوفير طرق LAST فعالية في مقاومة اصايات "H.Pylon" في جسم الكائن الحي وبشكل خاص ؛ الحاجة إلى توفير تصميم للقاحات حديثة تستطيع منع الاصابة بهذه البكتيريا . وصف عاح للاختراع : يتعلق الاختراع الحالي بجينات حديثة مثل جينات SAAS (ترمز) بولي بيبتيدات مثل بروتينات ذات أسطح بكتيرية من المتعضي (H.Plori) "Helico bacter Pylori" (بكتيريا حلزونية في البويب (فم المعدة السفلي) , وجينات أخرى لها علاقة ومنتجاتها , واستخداماتها . يتضمن الاحماض النووية وبيبتيدات الاختراع الحالي
0 فائدة تشخيص ومعالجة البكتيريا الحلزونية الواقعة في البويب (فم المعدة السفلي) ومعالجة انواع أخرى من اية بكتيريا حلزونية . ويمكن استخدام تلك الاحماض والبيبتيدات المذكورة لاكتشاف وجود بكتيريا حلزونية في بويب المعدة "H.Pylori" ١ ووجود اية انواع بكتيرية حلزونية أخرى في عينة , كما يمكن استخدامها ايضاً في
٠ المركبات الفاحصة لمعرفة القدرة على التدخل مع الدورة الحياتية لبكتيريا بويب المعدة الحلزونية "HPylori" أو لمنع حدوث العدوى هذه البكتيريا "H.Pylori" . وبشكل أكشر تحديداً « يصف هذا الاختراع تركيبات لأحماض نووية مطابقة للتسلسلات الترميزية (التشفيرية) لبروتينات بكتيريا "11.5710" محتوية على بروتيتات سطحية أو مفرزة أو على أجزاء منها Chuang أحماض نووية قادرة على
٠ ربط mRNA من بروتينات "117100" لمنع انتقال أو تحول البروتين .كما يصف طرقاً لانتاج بروتينات "1157103" أو أجزاء منها باستخدام Galas بيبتيدات وتقنيات اعادة توحيد DNA (الحامض النووي الريبي المنقوص الأكسجين). كما يصف هذا لاختراع أجسام مضادة وأحماض نووية مفيدة كمجسات لاكتشاف العدوى ببكتريا "11.7103" علاوة على ذلك , تندرج تركيبا اللقاح Goby حماية او
. معالجة عدوى ببكتيريا "11.5101" ضمن نطاق هذا الاختراع Vo : شرح مختصر للرسيومات رسم بياني عمودي يصف معيار الجسم المضاد في مصل جرذان بعد تطعيمها : ١ شكل . النوعية "HPYloA" بمولدات مضادات بكتيريا شكل ؟ : رسم بياني عمودي يصف معيار الجسم المضاد في الاغشية المخاطية للجرذان
. بعد تطعميها بمولدات مضادات بكتيريا "11.5710" النوعية Y.
شكل ؟ : رسم بيا ني عمودي يصف J لتطعيم ! © J لتحصين I لعلاجي للجرذ ا ny) الما ron ببكتيريا "11.3101" بمولدات مضادات نوعية مذابة فى مادة حاجزة من "1150158" . شكل 3 رسم Las ني عمودي يصف | لتحصين | لعلاجي O 13 yall الما ية بيكتيريا "H.Pylori" يمولدات مضادات نوعية مذابة فى مادة راصدة (حاجزة) محتوية على DOC 0 . شكل ٠0 : يصف ١ صطفاف تسلسل الحمض الا مينى فى جزء من تسلسل I لبروتيتا < الخمسة لبكتيريا "HPYlOM" (موصوفة في رمز الحمض الاميني ذي الحرف المفرد , إ: مبين على N-terminal إلى C- terminal ؛ من اليسار لليمين) شكل ١ : يصف اصطفا ف تسلسل ا لحمض الا ميني في جزء من تسلسل ١ لبروتينا تت ٠ الاربعة لبكتيريا "1152100" (موصوف في رمز الحمض الاميني ذي الحرف المفرد ؛ الميين C-terminal J) N-terminal « يسار إلى يمين) . شكل ١ : بكتيريا "1127108" (مصور في رمز حامض أميني ذي حرف مفرد - مبين في Ne C-terminal J) terminal ~~ Vo ؛ يسار إلى يمين) .
v : الوصف | لتفصيلي تحضير نقي على نحو أساسي أو معيد اتحاد من all يصف الاختراع aly بمظهر كما يتضمن الاختراع الحالي VE : بولي بيبتيد "11.5710" ذي تسلسل برقم مرجعي ذي تسلسل "HPylor" كذلك حمض نووي نقي على نحو أساسي ير مز بولي بيتيد 0 برقم مرجعي VE: ومثل هذا الحمض النووي يكون موجوداً في تسلسل ذي رقم مرجعي ١: . كما أن تسلسلات بيبتيد آل "11.0210" وفقا gl madd الموصوقة هنا محتواة في قائمة التسلسل , والأحماض النووية التي تشفر أو ترمز بولي بيبتيتدات الاختراع محتواه في قائمة التسلسل . بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حمض نووي نقي على نحو أساسي يرمز (يشفر) بولي
, 79 : بيبتيد بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني برقم مرجعي ٠ . مثل حامض نووي محتوي على نكليوتيد ذي تسلسل برقم مرجعي :؟ بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "11.7103" محتوي على تسلسل حامض أميني برقم مرجعي :71 , مثل . محتوي على نكليوتيد ذي تسلسل برقم رجعي : ؟ (sus حامض
VO بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي ثقي على نحو أساسي Sas بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوي على تسلسل حامض أميني برقم مرجعي Wi , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد برقم مرجعي :4 . بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض تنووي تقي على نحو أساسي ير مز بولي بيبتيد بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني برقم م VA: aa مثل
. ٠ : حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي ٠. بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد : بكتيريا "11.5108" محتوي على تسلسل حامض آميني من تسلسل ذي رقم مرجعي
A
. ٠: مثل حامض نووي متضمن تكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي . VA (يشفر) بولي Sash بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي بيبتيد بكتيريا "11.5710" محتوي على تسلسل حامض اميني من تسلسل ذي رقم : مرجعي : .4 , مثل حامض نووي متضمن تسلسل فكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي
Yo بولي بيبتيد SAD بمظهر آخر « يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي : بكتيريا "1171011" محتوى على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي . 8 : مثل حامض نووي متضمن تسلسل تكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي «AD بمظهر آخر ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي ير مز بولي بيبتيد
AY: بكتيريا "11517100" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي ٠ . 5: مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي يمظهر آخر , يصف الاختراع حامض تنووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد : بكتيريا "11.7101" ؛, محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي
Not مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي , AY يمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد NO : من تسلسل ذي رقم مرجعي ial بكتيريا "1115710" محتوي على تسلسل حامض .١١: مثل حامض نووي محتوي على تسلسل تكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي , AS بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد : بكتيريا "11108" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي
NY: مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي Ao YL بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد محتوي على تسلسل حامض أميني من التسلسل ذي الرقم "H.Pylon" يكتيريا
المرجعي AT: مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من التسلسل ذي الرقم المرجعي AY بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "1137100" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي :
NE : مثل حامض 5080( محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي VA ٠ يمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي ؛ يرمز بولي بيبتيد
AA: محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي "H Pylori" بكتيريا . ٠١ : مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي ير مز بولي يبتيد
AS: بكتيريا "11.5103" محتوي على تسلسل حامض أميني من التسلسل المرعي رقم ٠ . ١١: مثل حامض نووي محتوي على تسلسل تكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض تووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد
Aut من تسلسل مرجعي برقم Saal بكتيريا "11.2101" محتوي على تسلسل حامض . ١7 : مثل حامض نووي محتوي على تسلسل تكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم VO بمظهر GAT يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو آساسي يرم بولي بيبتيد "11.10" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم 4٠: , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل تكليوتيد من لتسلسل مرجعي رقم :8 . يمظهر آخر ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي على تحو أساسي يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم : . ١9 : مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتبد من تسلسل مرجعي رقم AY YL بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نوي نقي على نحو أساسي مرمزاً بولي بيبتيد
AF: بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم
.أ مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم : .؟ . بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم AL مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم :١؟ . ٠ بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي مرمزاً بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم : A0 مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتبد من تسلسل مرجعي رقم : ؟؟ . بمظهر SAT ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي ؛ مرمزاً بولي بيبتيد بكتيريا "11.0101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم AN ٠ مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم : ؟؟ . بمظهر «SAT يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي مرمزاً بولي بيتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم AV: مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم : ؛؟ . بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد ٠ بكتيريا :110710" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم AN مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوبتدي من تسلسل مرجعي رقم : YO بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي ببتيد بكتيريا :11710" محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي :1 . يمظهر HAT ؛ يصف الاختراع حامض sus نقي على نحو أساسي يرمز تسلسل حامض Ye أميني من تسلسل برقم مرجعي : 0١ , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم : 7؟ .
AR
آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد elias : بكتيريا "11.1103" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم ؛ مثل حامض نووي محتوي علي تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم ١ مرجعي : /؟. ً بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد 0 : بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : ؛ مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي ٠١ .Y4 يصف الاختراع حامض نووي تنقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد SAT بمظهر : بكتيريا "11.7100" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي ٠ : ؛ مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي ٠١" ٠٠ بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد : بكتيريا "11.5110" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي 9 04 , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل تكليوتبد من تسلسل مرجعي برقم :١؟ . بمظهر SAT يصف الاختراع حامض gust نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم : , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتبد من تسلسل مرجعي برقم : ؟؟ . بمظهر HAT يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يرمز بولي بيبتيد : محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي "HPylon" بكتيريا ٠٠ : مثل حامض نووي محتوي على تسلسل تكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي VY رد
\Y بمظهر AT يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : ٠4 ؛ مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي : YO بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو جوهري مشفراً بولي بيبتيد : بكتيريا "117100" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي ٠ . مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 16؟ , 4 بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو جوهري مرمزاً بولي بيبتيد
AV. بكتيريا "11.5100" محتوي على تسلسل حامض اميني من تسلسل برقم مرجعي . مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي : 7؟ ٠ بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو فعلي يشفر بولي بيتيد بكتيريا "11.3103" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : WD مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتبد من تسلسل مرجعي برقم : CYA بمظهر آخر « يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori” محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم MWY: مثل . حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم : 4؟ VO بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي بشكل فعلي يرمز بولي بيبتيد بكتيريا "1117103" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي : مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم ,١١7:مقر
LE. .؟ بمظهر AT يصف الاختراع حامض نووي نقي على تحى فعلي يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "11.7107" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقمه : VME مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقمه :41.
VY
بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً مشفراً بولي بيبتيد بكتيريا مثل , ١١9 : محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقمه "H.Pylor"
EY : حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقمه بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا مثل , 1١6: محتوي على تسلسل حامض أميني تسلسل مرجعي رقمه "HPylori" ٠ . حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقمه : ؟؛ بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو فعلي يشفر بولي بيبتيد : بكتيريا "11.7100" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي . 5 : ؛ مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي MWY بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي فعليا يشفر بولي بيبتيد بكتيريا ٠ حد مختوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم : 118 ؛ "H.Pylori" . 56 : مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم بمظهر آخر ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا مثل MA محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي "HPylori”
CEN حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي Vo يشفر بولي يبتيد las يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو « GAT بمظهر : بكتيريا "11.1030" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم . مثل حامض تووي متضمن تسلسل تكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 7؛ VY. يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا «SAT يمظهر , ٠١ محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي "11.5210" YX. . 88 : مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي
Ve بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيتيد بكتيريا ,؛ ١ : محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي "]]. . 5 : مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي ٍ "HLPylori" بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبيتد مثل حامض , WY : محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي °
نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي : ٠. . بمظهر آخر « يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : AYE مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي 0٠: .
٠ بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو فعلي يرمز بولي بيبتيد بكتيرياً "11.5710" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : 0 , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل برقم مرجعي LOY: بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي ثقي على نحو أساسي مرمزاً بولي بيتيد بكتيريا "11.7101" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي :
ATT 0 مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوبتد من تسلسل ذي رقم مرجعي LOY: بمظهر GAT يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "7 محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : 7 , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم : 4 . مظهر آخر « يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا
¥. "11.7100" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم :14 , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم : 99 .
\o بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا مثل WA: محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم "H.Pylori” . 96: حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي يصف الاختراع حامض نووي تقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا AT يمظهر , 7. : محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي "11.100" ٠ . مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقم : لاه بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا مثل , 17١ محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي برقم "H.Pylori”
OA: حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي ٠ بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "H Pylori” محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم : APY مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 94 . بمظهر GAT يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي ؛ يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "11.1103" محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي : . ٠ : مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم ATT NO يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو جوهري يشفر بولي بيبتيد GAT بمظهر ATE بكتيريا "11.7108"محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي .6٠:يعجرم مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفربولي بيبتيد بكتيريا , 35 : محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي "112100" YX. مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل رقمه المرجعي : 67 ؛
يا glia آخر ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي بشكل جوهري يشفر بولي بيبتيد بكيتريا "11.5108" محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : 1 ؛ مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم : 17 . بمظهر HAT يصف الاختراع حامض نووي تقي على نحو جوهري ؛ يشفر بولي بيبتيد
: محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقم "HPylori" بكتيريا ٠ . 14 : مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقمه , ١77 بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي فعليا يشفر بولي بيبتيد بكتيريا مثل WA: محتوي على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقمه "111" . 19 : حامض نووي محتوي عى تسلسل تكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي
٠ بمظهر آخر ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori® محتويا على تسلسل حامض أميني من تسلس ذي رقم مرجعي :79 , مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 6 . بمظهر آخر , يصف الاختراع حامض نووي نقي على نحو أساسي يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "117101" محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي:
VEL VO مثل حامض نووي محتوي على تسلسل ذي رقم مرجعي : ١4. , مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي رقمه : 17 . بمظهر «SAT يصف الاختراع حامض نووي نقي فعليا يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقمه 15٠: , مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل مرجعي برقم : 18 .
.* بمظهر آخر ؛ يصف الاختراع حامض نووي نقي فعليا يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "H.Pylori" محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقمه : 7 , مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 19 .
7ل مظهر HAT ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي فعليا يشفر بولي بيبيتيد بكتيريا "H.Pylori” محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل برقم مرجعي : ١57 , مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : ٠. .
ى| بمظهر HAT , يصف الاختراع حامض تووي نقي فعلياً يشفر بولي بيبتيد بكتيريا
"HoPylor" | ٠ محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : 46 ؛ مثل حامض نووي محتوي على تسلسل نكليوتيد من تسلسل رقمه المرجعي ١: . بمظهر «HAT يصف الاختراع حامض نووي ثقي فعليا يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "Ho Pylori” محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل ذي رقم مرجعي : 49 ؛ مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 7 .
٠ بمظهر آخر ؛, يصف الاختراع حامض نووي نقي فعليا يشفر بولي بيبيتيد بكتيريا "Ho Pylori” محتوياً على تسلسل حامض أميني من تسلسل مرجعي رقمه : 1476 , مثل حامض نووي متضمن تسلسل نكليوتيد من تسلسل ذي رقم مرجعي : 7 . لكن المفضل بشكل خاص هو حامض نووي معزول يتضمن تسلسل نكليوتيد يشفر بولي بيبتيد غلاف خليته بكتيرية من نوع "11.5710" أو جزء منها . ومثل هذا
٠ الحامض النووي يكون منتقى في المجموعة المكونة من التسلسل ذي الرقم المرجعي : 7 ؛ التسلسل ذي الرقم YO , ومن التسلسل ذي الرقم المرجعي EA: التسلسل ذي الرقم المرجعي : ١ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ٠١ ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : #8 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 7١7 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ١ ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 74 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 08 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجبعي :8 ؛
YL التسلسل ذي الرقم المرجعي VR التسلسل ذي الرقم المرجعي YA: التسلسل ذي الرقم المرجعي : .؟ PR التسلسل ذي الرقم المرجعي : IS التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؛* ٠ التسلسل ذي الرقم المرجعي :0 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 08 , التسلسل ذي الرقم
VA
؛ ١4 : التسلسل ذي الرقم المرجعي : 47 , التسلسل ذي الرقم المرجعي . ٠ المرجعي التسلسل ذي الرقم , ١١ : التسلسل ذي الرقم المرجعي EA : التسلسل ذي الرقم المرجعي التسلسل ذي الرقم المرجعي : لاه ؛ , ١7 : التسلسل ذي الرقم المرجعي , 0٠: المرجعي التسلسل ذي الرقم المرجعي : © , التسلسل ذي الرقم المرجعي :6 , التسلسل ذي الرقم ' . 49 : التسلسل ذي الرقم المرجعي Ph 1١: المرجعي :6 التسلسل ذي الرقم المرجعي ٠ يكون بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيرية من نوع "0م1171" أو جزء SAT تجسيد ؛ أو جزء منه "HPylori" منه عبارة عن بولي بيبتيد غشاء خلية داخلية لبكتيريا مشفر (مرمز) بواسطة الحامض النووي المنتقى من المجموعة المؤلفة من التسلسل ذي . 48 : الرقم المرجعي : 7 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 19 , التسلسل ذي الرقم المرجعي ؛ يكون بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيرية من نوع "11.5100" أو جزء SAT بتجسيد ٠ لجزء منه مشفر of "HPylor" منه عبارة عن بولي بيتيد غشاء خارجي لبكتيريا : بواسطة الحامض النووي المنتقى من المجموعة المؤلفة من التسلسل ذي الرقم المرجعي التسلسل ذي الرقم المرجعي : 40 , التسلسل ذي , ٠١ : التسلسل ذي الرقم المرجعي AY التسلسل ذي الرقم المرجعي :7 ؛ ١7 : الرقم المرجعي : 9؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي التسلسل ذي الرقم المرجعي : 4؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 09 , التسلسل ذي الرقم ٠ المرجعي :8 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :14 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :8 ؛ التسلسل ذي الرقم , 0X : التسلسل ذي الرقم المرجعي : .؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي المرجعي : 04 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :81 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :08 ؛ التسلسل ذي الرقم PIES : التسلسل ذي الرقم المرجعي , ٠: التسلسل ذي الرقم المرجعي ؛ ١٠: التسلسل ذي الرقم المرجعي PE : التسلسل ذي الرقم المرجعي FR ١4 : المرجعي . 7٠: التسلسل ذي الرقم المرجعي
بتجسيد آخر ؛ يكون بولي بيبتيد الغشاء الخارجي لبكتيريا "HPylori" أو لجزء ce عبارة عن بولي بيبتيد "11.9101" محتوي على بقية فينيل ألانين طرفي وعلى مجموعة تيروسين طرفية على شكل © أو على اجزاء متها مشفرة بواسطة الحامض ْ النووي المنتقى من المجموعة المؤلفة من التسلسل ذي الرقم المرجعي ٠: ؛ التسلسل ذي ٠ الرقم المرجعي : ؟4 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : PRT التسلسل ذي الرقم المرجعي : 47؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : ,١١ التسلسل ذي الرقم المرجعي ٠: . بتجسيد آخر بعد ؛, يكون بولي يبتيد الغشاء الخارجي لبكيتريا "11.5710" أو لجزء منه عبارة عن بولي بيبتيد بكتيريا "HPYlOM" محتوياً على بقية فيثيل ألانين طرفي أو على جزء منه مشفر بواسطة الحامض النووي المنتقي من المجموعة المؤلفة من ٠ التسلسل ذي الرقم المرجعي :16 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 49 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 9؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي :لا ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 74 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : PET التسلسل ذي الرقم الملرجعي :8 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 19 PR التسلسل ذي الرقم المرجعي :78 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : .7 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟ , التسلسل ذي الرقم ١ المرجعي : 04 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :01 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي :98 . لكن المفضل بشكل pals هو حامض نووي معزول محتوي على تسلسل نكليوتيد مشفراً بولي بيبتيد The من بكتيريا 11.9101 of جزء is . ومثل هذا الحامض النووي يكون منتقي من المجموعة المتكونة من التسلسل ذي الرقم المرجعي : VY التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي 0٠: , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟ ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 4 PR التسلسل ذي الرقم المرجعي :4 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : AY التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 4؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي :٠١؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟؟ . التسلسل ذي الرقم المرجعي : 4؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي :1 PR التسلسل ذي الرقم
Y.
المرجعي :78 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : .4 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :49 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : PET التسلسل ذي الرقم المرجعي :46 , التسلسل ذي الرقم
المرجعي : 59 , التسلسل ذي الرقم المرجعي OF: ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 54 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي PR ٠: التسلسل ذي الرقم المرجعي : 17 ؛ التسلسل ذي الرقم
٠ المرجعي : 67 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 68 , التسلسل ذي الرقم المرجعي :16 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 17 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 68 . والمفضل بشكل خاص هو حامض نووي معزول محتوي على تسلسل نكليوتيد يشفر بولي بيبتيد خلوي لبكتيريا 11.1031 أو جزء منه . ومثل هذا الحامض النووي يكون منتقى من المجموعة المكونة من التسلسل ذي الرقم المرجعي ١١ ؛ التسلسل ذي الرقم
٠ المرجعي ١9: ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : .؟ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ؟؟ ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : YE التسلسل ذي الرقم المرجعي :1 ؛ التسلسل ذي الرقم الملرجعي : ١ , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 27 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : .9 ؛ التسلسل ذي الرقم المرجعي : 60 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 64 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : 14 , التسلسل ذي الرقم المرجعي : ./, التسلسل ذي الرقم المرجعي : 77 .
V0 والمفضل بشكل خاص هو بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيريا 11.5103 معزول أو منقي أو جزء منه ؛ حيث يكون البولي بيبتيد منتقى من المجموعة المتكونة من : التسلسلات التي يتضمن كل منها رقماً مرجعياً من الارقام المرجعية التالية CAS AYN LAA VA اخ خلا اما لك كلا فاط لق اتح لك ل AYO لاط حلط لل عل مكنا لاخ تلط لخ لكا نك كا لاخلا GAY لح
YL بتجسيد آخر ؛, يكون بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيريا أل HoPlor أو جزء منه عبارة عن بولي بيبتيد غشاء als لبكتيريا 11.108 أو لجزء منه منتقى من المجموعة
المتكونة من التسلسلات التي يتضمن كل منها رقماً مرجعياً من الارقام التالية : 76
محلل
بتجسيد آخر ؛ يكون بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيريا 11.0107 of جزء is عبارة عن
يولى بيبتيد غشاء خا رجى ليكتيريا H.Plori أو جزء منه منتقى من المجموعة المؤلفة ٠ من التسلسلات التي يتضمن كل منها رقماً مرجعياً من الارقام المرجعية التالية : 849
اط كا طخل للخ ف كلا AYA لكف تخ شك VY مكل لالجل خلال إلى إل ملل WL AVL على عل AY. cA.
بتجسيد آخر , يكون بولي بيبتيد غشاء خارجي لبكتيريا 11.5910 أو جزء منه
عبارة عن بولي بيبتيد بكتيريا 11.5103 محتوي على بقية طرفية من فينيل ألانين A وعلى مجموعة يتروسين طرفية على شكل 0 أو أجزا 3 متها منتقى من I لمجموعة
المتكونة من التسلسلات التي يتضمن كل منها رقماً مرجعياً من الأرقام المرجعية
التالية :ل محل ل تخ عل أل
بتجسيد آخر , يكون بولي بيبتيد غشاء خارجي لبكتيريا 1157103 أو جزء منه
عبارة عن بولي بيبتيد بكثيريا 1157108 محتوياً على بقية طرفية من فيلتيل Vo ألاثين أو على جزء dia منتقى من المجموعةالمؤلفة من التسلسلات التي يتضمن كل
منها رقماً مرجعياً من الارقام المرجعية التالية :45 خلا بحا لل كلل حلا
لش ككخ خل كل عمال لجل حال كلل
والمفضل بشكل pad هو بولي بيبتيد مفرز من بكتيريا 1137105 معزول أو منقى
أو جزء Ls حيث يكون ا لبولي بيبتيد منتقى من | لمجموعة | لمتكونة من التسلسلات YS التي يتخذ كل منها رقماً مرجعياً من الارقام التالية المرجعية : فط16 .301 فلا
للف كط مت فك تطخ كل تا لط كا كلل كلل ككل الل AMA جك
تتا اكل كل مكل نا ATA ATA علطأ
YY
بولي بيبتيد خلوي لبكتيريا :11.3710 معزول أو متقى أو sa 0 والمفضل بشكل خاص حيث يكون البولي بيبتيد منتقى من المجموعة المتكونة من التسلسلات Ge جزء ECD VOU التي يتخذ كل تسلسل منها رقماً مرجعياً من الارقام المرجعية التالية : فح
VET NETL VEY. نسل كل ال أل لل 84, av, تخ ً ٠ بمظهر SAT يتعلق الاختراع الحالي بأي عضو او جزء فردي من بولي بيبتيد بكتيريا 3 أو بحامض نووي يشفر مثل هذا العضو او الجزء من المجموعات السابقة التعريف من بولي بيبتيدات بكتيريا :11.10 . بمظهر آخر « يصف الاختراع احماضاً نووية قادرة على ربط MRNA من بكتيريا 3 . ومثل هذا الحامض النووي قادر على أن يتصرف كحامض نووي مضاد ٠ للحس بفغرض التحكم بانتقال أو بتحول MRNA من بكتيريا :11710 . يصف مظهر آخر حامض نووي قادر على الارتباط على نحو نوعي بحامض نووي بكتيريا 3 . علماً بأنه يشار لهذه الاحماض النووية هنا على انها تتمات ولها فائدة كمجسات وككواشف احتجاز . بمظهر آخر ؛ يبرن الاختراع نظام تجسيد يحتوي على هيكل مفتوح القراءة يتطابق مع Vo حامض نووي بكتيريا 11579108 . ويحتوي الحامض النووي ايضاً على تسلسل تحكم يتوافق مع أي حاضن مقصود . علماً بان نظام التجسيد مفيد في جعل البولي بيبتيدات تتطابق مع حامض نووي بكتيريا HPylori . بمظهر آخر يبرز الاختراع خلية منقولة بنظام تجسيد لانتاج بولي بيبتيدات بكتيريا H.Pylori . ٠ بمظهر آخر ؛ يبرز الاختراع طريقة لتوليد أجسام مضادة ضد بولي بيبتيدات بكتيريا 1 تكون قادرة على الارتباط ؛ على نحو esd ببولي بيبتيدات بكتيريا
YY
. H.Pylorn ومثل هذه الاجسام المضادة لها فائدتها ككواشف لمعايرات مناعية لتقييم كشرة . H.Pylori وتوزيع مولدات مضادات نوعية لبكتيريا ى| بمظهر آخر « يبرز الاختراع طريقة توليد لقاحات لتحصين شخص ضد بكتيريا وطريقة التحصين تتضمن تحصين شخص ببولي بيبتيد بكتيريا . 11.1710 ٠ واحد على الاقل طبقاً للاختراع الحالي , مثل بولي بيبتيد سطحي او بولي . H.Pylori بيبتيد مفرز ؛ أو بروتين فعال منها , وناقل مقبول صيدلانياً . ومثل هذه اللقاحات . فوائد وقائية l/s لها فوائد علاجية بمظهر آخر ؛ يوفر الاختراع الحالي طريقة لتوليد لقاح يحتوي على بولي بيبتيد مولد متاعة معدل مثل بولي بيبتيد سطحي او بولي بيبتيد HPylo بكتيريا ٠ . مفرز ؛ أو بروتين فعال منها ؛ وناقل مقبول صيدلانياً يبرز الاختراع طريقة لتقييم مركب مثل بولي بيبتيد ؛, مثل جزء من SAT بمظهر بولي بيبتيد خلية حاضنة ؛ لمعرفة مقدرته على الارتباط ببولي بيبتيد بكتيريا وهذه الطريقة تتضمن : ملامسة المركب المرشح مع بولي بيبتيد بكتيريا 3 وتحديد مدى امكانية ارتباط المركب او تفاعله مع بولي بيبتيد بكتيريا 11.710: Ae وعليه تكون المركبات التي ترتبط ببكتيريا :11710 هي المرضحة . HPylor كعوامل حافزة او كموائع للدورة الحياتية البكتيرية . وهذه المعايرات يمكن تأديتها في المعمل (الانبوب الزجاجي) أو في جسم الكائن الحي. بمظهر آخر ؛ يُبِرزْ الاختراع طريقة لتقييم مركب ؛ مثل بولي بيبتيد , مثل جزء من بولي بيبتيد خلية حاضنة لمعرفة قدرته على الارتباط مع حامض نووي لبكتيريا Y. (حامض نووي ريبي منقوص الاكسجين ؛ أو RNA أو DNA مثل أحماض ,.
ve حامض نووي ريبي) . وهذه الطريقة تتضمن : ملامسة المركب المرشح مع حامض نووي لبكتيريا 11.7105 وتحديد مدى امكانية ارتباط المركب او تفاعله مع بولي بيبتيد بكتيريا 1157108 . وعليه تكون المركبات التي ترتبط مع بكتيريا 11359103 . هي للدورة الحياتية البكتيرية . ويمكن تأدية هذه Like المرشحة لتكون مركبات حافزة أو . الاختبارات خارج الجسم الحي أو بداخل الجسم الحي ٠ يُبرز الاختراع بولي بيبتيدات بكتيريا 1117108 , ويفضل مستحضر تنقي فعلياً من
HPylori بولي بيبتيد بكتيريا 11.9103 ؛ أو بولي بيبتيد معيد اتحاد من بكتيريا وفي تجسيدات مفضلة : يحتوي البولي بيبتيد على فعالية بيولوجية , كما يحتوي البولي بيبتيد على تسلسل حامض أميني يتطابق او يتجانس بنسبة .716 أن .لا ؛ 0٠ أو 7A. NEVA أو 8A أو 748 مع تسلسل حامض أميني للاختراع المحتوي في قائمة التسلسلات . ويفضل ان يتضمن تطابق تسلسلي بما نسبته 7710 مع تسلسل حامض أميني من الاختراع المحتوي في قائمة التسلسل ؛ والأكثر تفضيلاً على الاطلاق أن يتضمن تطابقاً تسلسلياً يتراوح ما بين 794-7497 مع تسلسل حامض أميني من الاختراع المحتوي في قائمة التسلسل . كما يفضل أن يتضمن البولي بيبتيد على ١ تسلسل حامض أميني يكون من التاحية الاساسية نفس تسلسل حامض أميني من الاختراع المحتوي في قائمة التسلسل . ويفضل ان يكون البولي بيبتيد على الاقل co 8.7.٠ ...٠ق من بقايا حامض أميني في الطول , كما يفضل احتواء البولي بيبتيد على الاقل Ve يفضل أكثر Yo يفضل أكثر وأكثر ٠0.00٠0 على الأقل أو Vou من بقايا حامض أميني متماس من الاختراع المحتوي في قائمة التسلسل . ٠٠ وفي تجسيد مفضل آخر ٠ يشمل الاختراع تسلسل حامض أميني يختلف في التطابقية التسلسلية بحوالي 77 - إلى حوالي 7/4 عن تسلسلات حامض اميني بكتيريا :11.5710 من الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية .
Yo في تجسيدات مفضلة : يكون بولي بيبتيد بكتيريا 11.5101 مشفر بواسطة حامض نووي الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية , أو بواسطة حامض نووي محتوي على 40ب , 44/ر , 78% تماثلية مع حامض نووي الاختراع المدرج » 78. ZA. 010. 7/1. الاقل ً . في القائمة التسلسلية في تسلسل حامض HPylon في تجسيد مفضل ؛ يختلف بولي بيبتيد بكثيريا © عن تسلسل الاختراع المدرج في ASTIN co YL YN أميني عند أجزاء متبقية تكون حيث يظهر بولي بيتيد Ja القائمة التسلسلية . لكن الاختلافات , على اية بكتيريا 11.9103 فعالية بيولوجية لبكتيريا :11.5710 مثل احتجاز بولي بيبتيد يحدث بشكل HPylor بكتيريا :11.5910 فعالية بيولوجية لبولي بيبتيد بكتيريا . طبيعي ٠ يحتوي البولي بيبتيد على كل او على جزء من تسلسل حامض Wade في تجسيدات اميتي الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية مصهور ؛ وفي اطار تفسيري ؛ لاجزاء 'O DNA متبقية من حامض اميني إضافي ؛ يفضل لاجزاء متبقية مشفرة بواسطة المتعلقة بالعوامل الوراثية التي تشفر DNA أو ؟ المتعلقة بالعوامل الوراثية ؛ ل . تسلسل الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية ١ وفي تجسيدات مفضلة أخرى يكون بولي بيبتيد بكتيريا 11.7108 عبارة عن بروتين مذاب معيد اتحاد محتوي على جزء بولي بيتبيد بكتيريا :11.5910 أول وعلى جزء بولي بيبتيد ثاني مثل جزء بولي بيبتيد ثاني محتوي على تسلسل حامض أميني غير مرتبط ببكتيريا 11.5710 ويمكن لجزء البولي بيبتيد الثاني أن يكون مثلاً أي الرابط ءأو مجال حافز DNA من مجال sf , "glutathione-S- transferase” من
للبوليميريز . وفي تجسيد مفضل يمكن استخدام البروتين المصهور في اختبار تشمل بولي بيبتدلات الاختراع تلك البولي بيبتيدات التي ans كنتيجة لأحداث ً نسخ متعاقبة . وكنتيجة لأحداث وصل أل RNA المتعاقبة ؛ وكنتيجة el Sl © التحولية وما بعد التحولية المتعاقية يشمل الاختراع كذلك مكون مولد مناعة يحتوي على بولي بيبتيد بكتيريا HPylon واحد على الاقل في مستحضر مولد متاعة مع كون المكون المولد للمناعة قادر على استخراج استجابة مناعية خاصة لبولي بيبتيد بكتيريا 11.7103 مثل استجابة خلطية , استجابة اجسام مضادة أو استجابة خلوية . في تجسيدات مفضلة يحتوي المكون المولد للمناعة على محدد مولد ٠ مناعي على الاقل من بولي بيبتيد الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية . بمظهر آخر ؛, يوفر الاختراع حامض نووي نقي بالفعل محتوي على تسلسل نكليو تيد يشفر بولي بيبتيد بكتيريا 11.7105 . وفي تجسيدات مفضلة : يتضمن البولي بيبتيد المشفر على فعالية بيولوجية , كما يحتوي البولي بيبتيد المشفر على تسلسل حامض أميني متطابق بما نسبتة .0716 70/6 745 745 07456 754 أو 745 مع تسلسل حامض أميني للاختراع المدرج في قائمة التسلسلات , كما يحتوي البولي بيبتيد المشفر على تسلسل حامض أميني يكون على نحو أساسي . نفس تسلسل حامض اميني من الاختراع المدرج في قائمة التسلسلات ويكون البولي بيبتيد المشفر حوالي 0.77.0069 ٠... ,أو ٠9. أحماض أمينية في الطول , كما يتضمن البولي بيبتيد المشفر على الاقل 0 , يفضل على الاقل Ve يفضل أكثر Yo على الاقل YL يفضل أكثر وأكثر .5 على الاقل ٠0. ١ , أو You أحماض امينية متماسة من الاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات . في تجسيدات مفضلة : يكون حامض نووي الاختراع هو المدرج في قائمة التسلسل .
Yv . مع تسلسل حامض أميني الاختراع المدرج في قائمة التسلسل في تجسيد مفضل « يختلف بولي بيبتيد :11.710 المشفر (مثل اختلافه باستبدال حامض أميني , اضافة أو حذف جزء متبقى واحد على الاقل من حامض أميني) في أو أكثر من الاجزاء المتبقية عن تسلسل ٠٠٠072701 تسلسل حامض أميني عند |ّ تكون حيث : يُظهر Ja الاختراع المدرج في قائمة التسلسل . لكن الاختلافات على اية ٠
Jia HPylor بولي بيبتيد بكتيريا 11.0710 المشفر فعالية بيولوجية لبكتريا
H.Pylori احتجاز انزيم بكتيريا 11.2710 مشفر فعالية بيولوجية من بكتيريا . تحدث بشكل طبيعي في تجسيدات مفضلة يحتوي البولي بيبتيد المشفر على كل او على جزء تسلسل حامض أميني الاختراع المدرج في قائمة التسلسل مصهور وفي اطار تفسيري لاجزاء ٠ أو DNA 5 متبقية من حامض أميني اضافي ؛ يفضل لأجزاء متبقية مشفرة بواسطة المتعلق بالعوامل الوراثية الذي يشفر تسلسل DNA ؟ المتعلق بالعوامل الوراثية إلى . الاختراع المدرج في قائمة التسلسل على تسلسل HPylori في تجسيدات مفضلة سوف يحتوي حامض نووي بكتيريا مثل واحد من محرضات نسخية على الاقل أو تسلسل معزز ناسخ ؛ pls تنظيمي ١ تصيير او جعل تسلسل جين Jiao 11.7710: مربوط تشغيليا بتسلسل جين بكتيريا . بكتيريا 11.7101 مناسب للتجسيد في خلية حاضنة معيد اتحاد وفي تجسيد آخر بعد ؛ يتهجن الحامض النووي الذي يشفر بولي بيبتيد بكتيريا الاختراع , تحت شروط صارمة إلى مجس حامض نووي مطابق على الاقل 3 لثمانية تكليوثيدات متعاقبة من الاختراع المدرج في قائمة التسلسل يفضل اكثر ان ٠
YA
. نكليوتيد متعاقب على الاقل من الاختراع المدرج في قائمة التسلسل ١١ يتطابق مع يفضل أكثر وأكثر ؛ أن يتطابق مع .؟ نكليوتيد متعاقب على الاقل من الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية ؛, ويفضل على نحى أكثر أن يتطابق مع .5 نكليوتيد . متعاقب من الاختراع المدرج في جدول التسلسلات 0 في تجسيد مفضل ؛ يشفر الحامض النووي بيبتيداً يختلف على الاقل ببقية حامض أميني واحد عن تسلسلات الاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات . وفي تجسد Judie يختلف الحامض التووي بتنكليوتيد واحد على الاقل , عن تسلسل نكليوتيد الاختراع المدرج في القائمة التسلسلية الذي يشفر أحماض أمينية من الاختراع المدرج في قائمة التسلسلات . ٠ بمظهر SAT يشمل الاختراع : ناقل يحتوي على حامض نووي يشفر بولي بيبتيد بكتيريا 11.2710 أو بولي بيبتيد بكتيريا 11.7101 مختلف كما هو موصوف هناء وخلية حاضنة مصابة بالناقل ؛ وطريقة لانتاج بولي بيبتيد بكتيريا HPylori معيد اتحاد أو بولي بيبتيد بكتيريا :11.9710 مختلف ؛, متضمنا زراعة الخلية Jie واسطة زراعة la , وعزل بكتيريا HPylor أو عزل بولي بيبتيد بكتيريا . عزله عن الخلية أو عن واسطة زراعة الخلية Jia المختلف HPylori ٠ الاختراع حامض نووي معيد اتحاد منقى محتوي على تطابق بما 5c بمظهر آخر با لد الور عد رف الس ان رض 4 مع تسلسل الاختراع المدرج في . قائمة التسلسلات يحتوي على قليل من نكليوتيد (أوليجى Tagan كما يوفر الاختراع أيضاً مجساً أو YL نكليوتيد) منقي . ويحتوي قليل النكليوتيد على منطقة تسلسل نكليوتيد تتهجن تحت شروط صارمة إلى A نكليوتيدات متعاقبة من الحس أو من تسلسل مضاد للحس للاختراع المدرج في قائمة التسلسلات ؛ أو طوافر (متحولات) منها تحدث طبيعاً . في
Ya تجسيدات مفضلة ؛ يتضمن المجس أو الممهد مجموعة تصنيف متصلة به . ويمكن ¢ ER Ie (0 بل للومضا Ls) هذه أن تكون نظير مشع ‘ مركب لاصف haan 1 لمجموعة وأقل من A و//أو عامل مساعد للانزيم . ويفضل أن يكون النكليوتيد القيل على الاقل تكليوتيدات في الطول . يوفر الاختراع ايضاً . بولى TPR PRINS SO IPR بيبتيد بكتيريا 11.0710 معزول مشفر بحامض أميني يتهجن تحت شروط تهجين 0 . صا )5 مة لحا مض نووي مدرج في قائمة التسلسلات بولى بييتيد add DNA أو RNA كذلك أحماض تووية مثل Id لاخترا I ويوفقفر الاختراع . وهذا يتضمن أحماض نووية بفتائل مزدوجة بالاضافة لاحتوائه على فتائل . تشفير ومضاد حس مفرد ؛ والتي تم منها ترتيب تسلسلات مجينية HPylor أ لقد تم وضع سلالة بكتيريا : (متعلقة بمجموعة العوامل الوراثية) يتسلسلات تعاقبية فى ) Americon Type Culture Collection (ATCC # 55679, deposited by Genome Ther a reutic, Cor Poration, 100 Beaver street, Waltham, M A 02154) as strain HP-J99. كما أن الاختراع يتضمن : تبدلات أليلية طوافر (متحولات) طبيعية , طوافر
O | صا 2 مة مرتفعة Lk تتهجن تحت شرو DNA محشثوثة 0 بروتينا ت مشفرة بحا مض Vo : (ولمعرقة تعاريف الصرامة المرتفعة والمنخفضة انظر ( Current Protocols in Molecular Biology, John wiley & Sons, New York , 1989, 6.3.1 - 6.3.6 and 6.4.1-6.4.10,) تت مصل la تت مقيد 3 يوا سطة مضا | dada لمد مجة هنا على سبيل ا لمرجعية ‘ وبولى | X. بواسطة مضادات مصل لموقع فعال أو Lala, H.Pylori بيبولى بييتيدات يكتيريا لمجال ربط بولي بيبتيدات بكتيريا :11.5910 . كما يتضمن الاختراع أجزاء يفضل ان تكون اجزاء فعالة بيولوجياً . وهذه الاجزاء ولبولي بيبتيدات اخرى يشار إليها
هنا على انه مماثلات او متغايرات بولي بيبتيد بكتيريا HPylori . لقد تم تحديد الوظائف المفترضة للعديد من بولي بيبتيدات بكتيريا :11210 وفقا للاختراع كما هو مبين في جدول ١ . وبناء عليه , تندرج استخدامات بولي بيبتيدات بكتيريا HPylor المبنية على © هذه الوظائف المعرفة , بالاضافة لوظائف أخرى كما هو موصوف هنا ؛, ضمن نطاق الاختراع . علاوة على ذلك . يشمل الاختراع الحالي بولي بيبتيدات بكتيريا HPylon متميزة بما هو مبين في جدول ١ اللاحق la في ذلك بروتيتات غلاف خلية بكتيريا H.Pylori والبروتينات المفرزة لبكتيريا 11.7910 « elas pally الخلوية لبكتيريا H.Pylori ٠ أيضاً . علماً بأن أعضاء من هذه المجموعات تم تعريضها بواسطة ابحاث 31.81 للتجانس وبواسطة أبحاث خاصة بالافراز الفردي أو بحوافر بروتين عبر الغشاء . كما أن البولي بيبتيدات المرتبطة بواسطة التطابق الهام ببولي بيبتيدات جدول ١ تُعتبر هي الاخرى مُصتّفة في اسلوب المتمثلات المبين في جدول ١ .
١ جدول ض 0 اا ان الم
AT Inner membrane تنا م5 Ta09s752.c3.96 | 25 - 78 82000020 | [
AZT Teminalphe residue
Bepiio0s_seesarsz 21 1# 7] 89 5:50 خقتنة»2 + 88
YY
١لودج تابع صصص terminal tyrosine cluster [ASVahomolgy |] 020806015083195 8-8 | 17] 0
Ad Other cel envelope proteins 04cpTi202 20415937 225 |B] 79] 04eeTTT08 3906963 17 | 5] Tg] [5 SECRETEDPROTENS | — — 052e30220_14570443 2 04 | ©] #7] 06cp30603 2772578 146 | 73] 8g] hp8p22217 23564012 5 | Be] 13]
C OTHER CELLULARPROTENS
os] 23 - أ hp2p10272_34042518_f1_2 hp5e15211_25411557_c1_22 hp5p15641_3907968_f1_3 | 26) 99] hp6e10967_657638_f3_9 06ep11202_4569693_c2_28 06ep30223_3930468_c1_110 hp2e10911_960952_c2_86 | 60] 133] hp6p10509_14642217_c2_17 ‘ hp6p80503_20964382_f2_11 | 69] 142] hp7e10192_5917593_f1_2 hp6p10509_14642217_c3_25 au 3 ل ١ : "01" تمخل 5 . - . - PO] wl Lale 3 في جدو : "01" تمثل تسلسل ذي رفم مرجعي لنكليوتيد .و "aa تمثل تسلسل ذي رقم مرجعي لحا مض أميني . تعريفات :
0 تستخدم المصطلحات « بولي بيبتيد متنقي « ‘ « بولى بييتيد معزول» و » مستحضر نقي L لفعل من بولي بييبتيد » على نحوى تباد لى «Lia وكما هى مستخدمة هنا » فانها Sas بولي بيبتيد تم فصله على نحو أسا سي . يفضل على نحو pls عن بروتينات أخرى وعن شحوم وعن أحماض أمينية من تلك التى يحدث فيها بشكل
َْ a 4 ٠ - . . PE طبيعي . ويفضل ان يكون البولي بيبتيد مفصولا عن مواد مثل : أجسام مضادة أو
٠ منشاأً من الهلام (الجل) » Joa بولي اكريلاميد , المستخدمة لتنقيته . ويفضل ؛ أن يشكل البولي بيبتيد ما نسبته على الاقل Veco Yeo 82 أو 039780 Bla من لمستحضر I لمنقى ويفضل كذ لك ¢ أن يحتوي | لمستحضر : يق لي بيبتيد كا فى للسما C aal وث سلسلة بيروتين c على أ لاقل نل ليل ميكروجر | ¢ من | ليو لى بييتيد ¢ على لأقل .ءءء أو م ميلي جرا م من ا لبولى L . Fa Ee لاضص_افة لذلك ٠ تشير
\o المصطلحات « بولي بيبتيد منقى » و « يولى بيبتيد معزول» وَ «مستحضر نقى عليه من الطبيعة أو تم انتاجه بواسطة تقنيات DNA معيدة alas) كما sa موصوف هنا .
Ye فمثلاً « يكون بروتين «معزول» أو «منقى» أو بروتين فعال بيولوجياً منه خال على نحو أساس من مادة خلوية أو من أية بروتينات ملوثة أخرى من خلية أو من مصدر من طلائع كيماوية أو من Sad نسيج يشتق منه بروتين بكتيريا :11.710 , أو خال كيماوية أو من كيماويات أخرى عندما يتم تخليقة كيماوياً . كما أن مصطلح «خال من مادة خلوية فعلاً» يتضمن مستحضرات من بروتين بكتيريا 1157103 , يكون © البروتين فيها مفصول عن مكوّنات خلوية للخلايا المعزول عنها أو المنتج منها بطريقة اعادة الاتحاد . يتجسيد واحد ؛ يتضمن المصطلح «خال من مادة خلوية بالفعل» مستحضرات من بزوتين بكتيريا :11.0710 , متضمنة اقل من .77 (وزن جاف) من بروتين بكتيريا غير :11.5710 , ( يشار إليه ههنا على أنه «بروتين ملوث » يفضل أقل من AST أقل من .77 من بروتين بكتيريا غير :11.5710 , ولازال مفضلاً LAST ٠ الاكثر تفضيلاً على الاطلاق , أقل <I 1159108 حوالي +73 من بروتين بكتيريا غير من حوالي 70 بروتين بكتيريا غير :11710 , وعندما يتم انتاج بروتين بكتيريا بواسطة اعادة اتحاد فانه من المفضل a ,؛ أو انتاج بروتين فعال بيولوجياً 1 ايضاً على نحو أساسي أن يكون خالياً من واسطة زراعة اي أن تمثل واسطة زراعته والأكثر تفضيلاً على الاطلاق حوالي , 71٠١ ؛ أقل من LAST يفضل , ٠. loa أقل من ١ . أقل من 7/9 من حجم مستحضر البروتين كما يتضمن مصطلح «خال فعلاً من طلائع كيماوية او من كيماويات اخرى» مستحضرات بروتين بكتيريا :11.0710 يكون البروتين فيها مفصولاً عن طلائع كيماوية او عن كيماويات اخرى من تلك التي تدخل في تخليق البروتين . بتجسيد واحد , يتضمن مصطلح «خال فعلياً من طلائع كيماوية او من كيماويات أخرى» Y. مستحضرات من بروتين بكتيريا :11.0710 , محتوية على اقل من 77 (وزنا جافاً)
¢ Yo من طلائع كيماوية أو من كيماويات بكتيريا غير HPylorl , يفضل أكثر , أقل من ٠. طلائع كيماوية أو كيماويات بكتيريا غير HPylon ويفضل اكثر ؛ أقل من /٠١ من طلائع كيماوية او من كيماويات بكتيريا غير :115710 , والاكثر تفضيلاً على الاطلاق ؛ أقل من حوالي 70 طلائع كيماوية او كيماويات بكتيريا غير -HPylori © يشير تحضير منقي للخلايا ؛ في حالة نباتية أو حيوائنية , إلى تحضير خلايا في جسم الكائن الحي وليس لنبتة او لحيوان كلي سليم . وفي حالة خلايا مزروعة أو في حالة خلايا ميكروبية alae يتكون من تحضير 7٠١ على JY يفضل .75 من الخلايا المعنية إن الحامض النووي المنقى او المعزول او النقي Sas مثل DNA نقي فعلياً (مصطلحات تستخدم هنا على نحو تبادلي) هو حامض نووي يكون أحد ما يلي او كلا ٠ .ما يلي : غير متماس مباشرة مع كلا التسلسلين التشفيريين اللذين يتماس معهما مباشرة مع كلد I لتسلسلين 1 لتشفيريين I للذين يتما س معهما مباشرة (أي Langa] بقع عن الطرف * والآخر يقع عند الطرف ؟) في مجموعة العوامل الوراثية التي تحدث بصورة طبيعية all GASH والتي يشتق منها الحامض النووي ؛ أو الخالية فعلاً من V0 المصطلح مثلاً . DNA معيد اتحاد مدمج في ناقل مثل كونه مدمج في بلازميد مكرر مستقل أو في فيروس ¢ أو في DNA مجيني في بدأ | لنوا 2 أو في سسؤي | K) 1 ‘ 3 | gn] لذي يوجد كجزيء Jada (مثل cDNA أو مثل جزء DNA مجيتي منج بواسطة PCR أو بواسطة قيود معالجة انزيم نيوكلاز داخلى) مستقل عن تسلسلات DNA الأخرى . كما يتضمن أل DNA النقى فعلياً DNA بكتيريا H.Pylori .
إن مصطلح Contig" «ماس » كما هومستخدم هنا هو حامض تووي Shas امتداد مستمر لتسلسل متعلق بمجموعة عوامل وراثية لكائن حي . ب كما مصطلح " Open reading frame "الذي يشار إلى إليه هناب ga: ORF منطقة حامض نووي تشفر بولي بيبتيد . ويمكن لهذه المنطقة أن تمثل جزء من تسلسل ٠ التشفير أو تسلسل كلي ويمكن تمديدها من رامزة (واحدة أساسية للرمز الوراشي) موقف لموقف أو من رامزة بداية إلى رامزة نهاية .
ض وكما هوي مستخدم هنا فان مصطلح " Coding sequenee " تسلسل تشفير هو حامض نووي منسوخ في هيئة RNA ساعي (مرسال) و//أو متحول إلى بولي بيبتيد عند وضعه تحت سيطرة انتظامية مناسبة للتسلسلات ويمكن لتسلسل تشفير أن يحتوي
٠ 0 دون حصر على RNA سا عي DNA ٠ تخليقي ٠ وعلى تسلسلات حامض نووي معيد اتحاد . ويشير مصطلح "00100160601" « تكملة أو تتمة» إلى حامض نووي كما هوق مستخدم هنا إلى تسلسل مضاد للتوازي أو إلى تسلسل مضادة للحس تشارك في Watson-Crick base-Pairing مع التسلسل ١ لأصلي .
VO ويعني مصطلح "gene product’ «منتج جيني » بروتين أو RNA تركيبي مشفر بواسطة جين . وكما sa مستخدم هنا , يشير مصطلح "Probe" «مجس» إلى حامض نووي ٠ أو إلى يبتيد أو إلى كينونة كيماوية أخرى ترتبط على نحو خاص بجزيء معني . وعادة ما تكون المجسات مرتبطة مع أوقادرة على الارتباط مع علامة مميزة . والعلامة المميزة
Y. هي شطر كيماوي قادر على الاستكشاف . والعلامات المميزة من الناحية النموذجية
تتضمن Gal نظائر مشعة ؛ أجزاء ذات اشعاع ضوئي وذات اشعاع ضوئي كيماوي , فلوروفورز ,اتزيمات , عوامل ترسيب ؛ تسلسلات تضخيم ؛ وماشابه ذلك . وعلى تحو مماثل يشار لحامض نووي ؛ أو لبيبتيد أو لاي كيان كيماوي يرتبط خاصة يجزيء أ معني ويثبت مثل هذا الجزيء على أنه "Capture ligand” «ربيطة احتجاز » . ومن
0 التاحية النموذجية ترتبط ربائط الاحتجاز مع او تكون قادرة على الارتباط مع اسناد مثل نيتروسيلولوز , glad أغشية نايلون خرزات (كريات) , جسيمات وما شابه ذلك . ومواصفة التهجين تعتمد على شروط مثل تركيبة زوج قاعدي للنكليوتيدات , وعلى درجة الحرارة وعلى تركيز الملح في التفاعل . وهذه الشروط يميزها شخص ذي مهارة عادية في المجال باستخدام اختبارات تجريبية روتينية .
٠ تشير كلمة متماثل إلى تشابهية التسلسل أو إلى هوية وتطابقية التسلسل بين بولي بيبتيدين أو بين جزئيات حامضين نووين . وعندما يكون الموقع في كلا التسلسلين المقارنين مشغولاً بنفس القاعدي او بوحدة فرعية من مركب حامض أميني , مثل : عندما يكون موقع في كل من جزئيات آل هط الاثنين مشغولاً بأدينين , فعندئذ تكون الجزئيات متماثلة في ذلك الموقع . وتعتبر النسبة المئوية للتجائس بين
dae تسلسلين دالة على عدد مواقع متجانسة مشتركة بين التسلسلين مقسمة على Vo من المواقع في تسلسلين متناسبة أو ٠١ فمثلاً إن كان + من Nx المواقع المقارنة متماثلة . فعندذ يكن التسلسلين متماثلين بنسبة .71 . وعلى سبيل المثال تشترك بتماثلية نسبتها .70 . عموماً « تجري TATGGC Jiy ATTGCC أل DNA تسلسلات . المقارنة عندما يصطف تسلسلين لكي يعطيا تماثلية قصوى
Y. إن الاحماض النووية قابلة للتهجين مع بعضها البعض وذلك عندما يستطيع خيط من حامض نووي أن يسخن ويبرد مع الحامض النووي الاخر تحت ظروف شدة محددة . علماً بأن شدة التهجين تتحدد بواسطة : )1( درجة الحرارة التي يتم تأدية التهجين
YA
و//أو الغسل عندها ؛ و(ب) المتانة الايونية وقطبية محاليل التهجين والغسل . يتطلب التهجين أن يتضمن الحامضين النووين تسلسلات تكميلية اعتماداً على شدة التهجين. لكن سوء التناسب يمكن تحمله . من الناحية التنموذجية يتطلب تهجين على درجة 19 مئوية ؛ أن (SSC X . 50 مثل مثلاً محلول من Tulle تسلسلين على شدة يكون التسلسلين متماثلين تماماً من الناحية الجوهرية كما تتطلب شروط الشدة © على درجة حرارة مئوية) وشروط شدة منخفضة (مثل SSC Xe المتوسطة (مثل مثلاً على 19 درجة حرارة منوية) © تكميلية كلية أقل تطابقية SSC Xe مثلاً محلول من . يين تسلسلات التهجين 19.ر. تركيز ye هو ١ار. تركيز جزيئي غرامي من كلوريد صوديوم SSC XY) . ) جزيئي غرامي من ستيرات صوديوم ٠ وهناك مثال مفضل غيرتحديدي لشروط تهجين صارمة هو تهجين في محلول كلوريد عند حوالي £0 درجة حرارة مئوية , متبوعاً (SSC) ستيرات صوديوم / X 6 صوديوم درجة حرارة 19 - ٠. على SDS 7. ر٠١ SSC X,Y بغسلة واحدة أو بأكثر في محلول . مئوية إن اللصطلحات بيبتيدات ؛ بروتينات , بولي بيبتيدات مستخدمة هنا على نحو Vo قابل للتبادل (أي يمكن استخدام الواحد منها بدلاً عن الآخر). وكما هو مستخدم هنا , يشير مصطلح « بروتين سطحي» لجميع الاسطح التي توصل للبروتينات مثل بروتينات غشاء داخلي وخارجي ؛ بروتينات ملتصقة بجدار الخلية ؛ . وبروتينات مفرزّة ويُعتبر بولي بيبتيد محتوياً على فعالية بيولوجية لبكتيريا :115710 إن احتوى Y.
Ya
على خاصية واحدة ؛ أو على خاصيتين ؛, يفضل على خواص HAST من الخصائص التالية :
. إن استطاع عندما يكون مجسداً في سياق عدوى او صابة ببكتيريا :10ر11 )١(
أن يرفع ؛ اويتوسط في ربط بكتيريا :11.710 بخلية « (7) ان تضمن فعالية انزيمية او خصائص وظيفية تنظيمية تركيبية لبروتين بكتيريا 11.57108 ٠ (*) ان
0 استطاع الجين الذي يشفره إنقاذ تحول مميت في جين بكتيريا HPylor « )8( ان كان
مولد مناعة في جسم . وكذلك يحتوي البولي بيبتيد على فعالية بيولوجية ان كان Tobias أو شادًا رفيعاً لبولي بيبتيد متضمن واحدة من الخصائص السابقة الذكر .
أما جزء فعال بيولوجياً ؛ أو متماثل فهو جزء محتوي على فعالية سواء في الاتبوب الزجاجي او في الجسم الحي وهي خاصيته بولي بيبتيدات بكتيريا HPylori الخاصة
٠ بالاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات , أو خاصية بولي بيبتيدات بكتيريا
HoPylori ؛ أخرى تحدث طبيعياً » مثل فعالية بيولوجية واحدة أو أكثر من الموصوفة
هنا . لكن المفضل بشكل خاص هي اجزاء توجد في الجسم الحي مثل اجزاء تنشاً من ما
بعد سير عمليات نسخية او التي تنشأً من تحول وصلات أل 1188 18 التعاقبية . وتتضمن الاجزاء تلك الاجزاء المجسدة في خلايا ذاتية أو في خلايا جنس داخلية
١ الاضافة لتلك الخلايا المنتجة في انظمة تجسيد مثل : المنتجة في خلايا CHO ولان
بيبتيدات مثل بولي بيبتيدات بكتيريا 119108 تبدي Yass لاجزاء مختلفة من
الجزيء . فعندئئذ يكون جزء من بكتيريا :11.5710 أو مماثل من بكتيريا :11.5910
هو جزء يظهر فعالية بيولوجية في اي اختبار بيولوجي لفعالية بكتيريا 11.7108 والأكثر تفضيلاً على الاطلاق هو جزء او مماثل يتضمن 7٠١ يفضل ان يتضمن .7
٠ يفضل أكشر من يتضمن .71 .77 ZAC 0 أو .79 أو أكثر من فعالية بكتيريا 3 في اي من الاختبارات سواء في المعمل (في الزجاج) ؛ أو في الجسم الحي .
t. يمكن للمماثلات ان تختلف عن بولي بيبتيدات تحدث طببيعياً من بكتيريا في تسلسل حامض أميني أو بطرق لا تتضمن تسلسل أو بكليهما تتضمن H.Pylori she تعديلات غير تسلسلية تغييرات في الأستلة , ( اي التحويل والمعالجة بالاسيتيل في الامثلة ( اي التحويل او المعالجة بالميثيل) , او في الفسفرة ( المعالجة او التحويل بالفوسفور) او في الكربكسلة ( التحويل او المعالجة بالكربوكسالات) , أو في التحويل ٠ أو المعالجة بجليكول . لكن المتماثلات المفضلة تتضمن بولي بيبتيدات بكتيريا (أو أجزاء فعالية بيولوجياً متها) . من تلك التي تختلف تسلسلاتها عن H.Pylor التسلسل ذي النوع الشاذ بواسطة بدائل حامض أميني محافظ واحد أو أكثر حذوفات او إدخالات لا تضعف الفعالية البيولوجية لبولي بيبتيدات بكتيريا استبدال حامض أميني alge تتضمن الاستبدالات الواقية , على نحو H.Pylori ٠ : واحد بآخر بخصائص مشابهة مثل استبدالات ضمن المجموعات التالية فالين , جليسين , جليسين ؛ آلاتين , فالين , ايسى ليوسين ؛, ليسين ؛, حامض الاسبرتيك ؛ حامض جلوماتيك , أسبراجين ؛ جلوتامين , سيرين ؛ ثريونين ؛ ليسين ؛ أرجنين : تيروسين . ويمكن اعداد الاستبدالات الواقية في ضوء الجدول التالي ٠» وفينيل ألانين
١ ١ جدول استبدالات أحماض أمينية محافظة
For Amino Acid Replace with any of
Arginine R D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, lle,
D-Met, D-Ile, Orn, D-Om
D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Glu, Gin, D-GIn
Aspartic Acid م D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gln, D-Gln
D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr
Guuamine [Q | D-Gln, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp 1 Glutamic Acid D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gln, D-GIn 1-116, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met -١ Lysine K D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, D-
Met, Ile, D-Ile, Orn, D-Om
D-Met, S-Me-Cys, Ile, D-Ile, Leu, D-Leu, Val, D-Val ١ Phenylalanine F D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, D-His, Trp, D-Trp,
Trans-3,4, or 5-phenylproline, cis-3,4, or 5-phenylproline
Proline D-Pro, L-I-thioazolidine-4-carboxylic acid, D-or L-1- oxazolidine-4-carboxylic acid
Serine S D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met, Met(O),
D-Met(O), L-Cys, D-Cys
Threonine T D-Thr, Ser, D-Ser, allo-Thr, Met, D-Met, Met(0),
D-Met(O), Val, D-Val
D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa, His, D-His
D-Val, Leu, D-Leu, lle, D-Ile, Met. D-Met
وفي المتماثلات الأخرى التي تقع ضمن Gls الاختراع تلك المتماثلات التي تتضمن تعديلات تزيد من ثبات بيبتيد , ومثل هذه المتماثلات يمكن ان تحتوي , مثلاً . على رابطة واحدة أو أكثر غير بيبتيدية (تحل محل الروابط البيبتيدية) في تسلسل ا البيبتيد . ومما يقع ضمن Glas الاختراع ايضاً : متماثلات تحتوي على أجزاء متبقية ١ بدلا من أحماض أمينية - L من تلك التي تقع طبيعياً مثل أحماض أمينية = ط أو أحماض أمينية لاتحدث طبيعياً أو أحماض أمينية تخليقية مثل بيتاً أحماض أمينية أو Lila أحماض أمينية ؛ ومتماثلات حلقية . وكما oa مستخدم هنا ؛, سوف يكون المصطلح "Fragment” «جزء» كما sa مطق الاستخدام على متماثل بكتيريا HPylor حوالي Ye جزء متبقي , والأاكشر من
٠ الناحية النموذجية أن يكون 4٠ جزء متبقي على الاقل , يفضل حوالي Ve جزء متبقي في الطول عادة . ويمكن توليد أجزا ء من بولي بيبتيدات بكتيريا HPylor بواسطة طرق معروفة لدى أصحاب المهارة في هذا المجال . ويمكن كذلك تقييم مقدرة الجزء المرشح لابداء فعالية بيولوجية لبولي بيبتيد بكتيريا HPylor بواسطةطرق معروفة لأصحاب المهارة في هذا المجال كما هو موصوف هنا .
٠ ومما يقع ضمن نطاق الاختراع أيضاً بولي بيبتيدات بكتيريا HPylor محتوي على أجزا متبقية غير مطلوبة للفعالية البيولوجية للبيبتيد أو التي تنتج عن توصيل mRNA البديل ؛ أو عن وقائع سير عملية بروتين بديل . إن مصطلح «مكون مولد مناعة» كما هي مستخدم هنا هو شطر ؛ مثل بولي بيبتيد بكتيريا 117100 او مماثل او جزء منه قادر على استخراج استجابة مناعية خلطية
. بالاتحاد مع مساعد of و/رأو خلوية في حيوان حاضن مفردة ٠ أما مصطلح «مكون مولد مضاد» كا هو مستخدم هنا فهو شطر مثل بولي بيبتيد
بكتيريا HPylori او مماثل أو جزء منه , قادر على الارتباط جسم مضاد نوعي Lally عالية المستوى بما يكفي لتشكيل مركب جسم مضاد لمولد مضاد قابل للاكتشاف .
م وكما ga مستخدم هنا , فان مصطلح "transgene" يعني حامض تووي (يشفر بولي بيبتيد واحد أو AST مثلاً) يكون كليا او جزئياً متخالف ؛ أي , يكون غريب للحيوان
العبرجيني أو للخلية التي يتم تقديمه PEPIN أو يكون متخالف مع جين نامي من الداخل من حيوان عبر جيني او من خلية من تلك التي يتم تقديمها فيها والمصمم ليتم إدخاله أو يكون داخلاً فعلاً في مجين (مجموعة العوامل الوراثية) الخلية بطريقة تغير المجين التابع للخلية التي يكون داخلاً فيها (مثل كونه داخلاً عند موقع يختلف عن موقع الجين الطبيعي أو أن يؤدي إدخاله إلى تعطيل) .
٠ يمكن أن يحتوي عبر الجين (محتوي على كروزومات تم دمج جين واحد أو أكثر متخالف فيها Slo على نحو طبيعي أو تركيبي) على تسلسلات انتظامية ناسخة واحدة أو أكثر وعلى اي حامض نووي آخر مثل انترونات , التي قد تكون ضرورية لتجسيد مثالي للحامض النووي المنتقي ؛, مع كون الجميع موصول بالحامض النووي المنتقي , ويمكن ان يتضمن تسلسل تعزيزي ٠.
Vo وكما هو مستخدم هنا ؛, فان مصطلح «خلية عبر جينية » يشير إلى خلية تحتوي على وكما هو مستخدم هنا ايضاً , فان مصطلح «حيوان عبر جيني» هو اي حيوان تكون فيه خلية واحدة أو أكثر يفضل من الناحية الجوهرية كل خلاياه محتوية على «عبرجين » اى ويمكن تقديم « العبر جين » إلى الخلية مباشرة أو بطريقة غير مباشرة
Y. وذلك بواسطة انتاجه في طليعة من طلاتع الخلية او بواسطة معالجة جينية (وراثية) مدروسة , مثل انتاجه بواسطة طريقة تحويل خلية مؤهلة لذلك ١ او واسطة الحقن القليل او بواسطة الاصابة بفيروس معيد اتحاد . ويمكن لهذا الجزيء ان يتندمج مع
كروموزوم ١ او يمكن له أن يكون مكرراً ل DNA بطريقة خارجة عن الكروموزومات . أما المصطلح «جسم مضاد» كما هو مستخدم هنا فان استخدامه يعني بأنه يحتوي de أجزاء منه تفاعلية نوعياً مع بولي بيبتيدات بكتيريا :11710 . وكما ga مستخدم Ls فان مصطلح «محرض نوعي للخلية» يعني تسلسل من DNA ° يقوم بمهمة محرض ٠ اي ينظم تجسيد تسلسل DNA المنتقي في LA نوعته من نسيج . كما يعظي المصطلح المذكور ايضاً ما يسمى بمحرضات « متنفذة » تنظم تجسيد DNA منتقى , على نحو رئيسي بنسيج واحد ؛ وتسبب تجسيده في أنسخة أخرى كذلك . أما مصطلح سوء التجسيد , كما هومستخدم هنا فهو يشير إلى baad من نوع غير شاذ ٠ من تجسيد جين . كما يحتوي : تجسيد مستويات من نوع غير شاذ ؛ اي فوق او تحت التجسيد ؛ ويحتوي تمط تجسيد يختلف عن التوع العنيف فيما يختص بالوقت او بالرحلة التي يتم عندها تجسيد الجين , كأن يكن تجسيداً متزايداً او منخفضاً مثلاً (مقارنة بتجسيد النوع العنيف) عند فترة زمنية تطورية مسبقة التحديد أو عند مرحلة ؛ أو يكن نمطاً من تجسيد يختلف عن تجسيد النوع العنيف ( أو الوحشيى) No بالنسبة لتجسيد منخفض (مقارنة بتجسيد النوع العنيف) في نوع خلية مسبقة التحديد أو في نوع نسيج ؛, أو يكون aad من تجسيد يختلف عن تمط تجسيد النوع العنيف فيما يتعلق بالحجم التوصيلي او بتسلسل حامض أميني او تعديل ما بعد التحويل ؛ أو فعالية بيولوجية للبولي بيبتيد المجسد ١ او يكون تمطاً من تجسيد يختلف عن نمط النوع العنيف فيما يتعلق بتأثير الحافز البيئي او الحافز الخلوي YL الخارجي علي تجسيد الجين كأن يكون bad Whe من تجسيد متزايد او منخفض (مقارنة بتجسيد النوع العتيف) في وجود زيادة او نقصان في قوة الحافز او المثير . وكما هو مستخدم هنا فان مصطلح «خلايا حاضنة» ومصطلحات أخرى مثلها تدل على
0 كائن حي دقيق أو على خطوط خلايا سوية النوي مزروعة ككيانات خلوية أحادية , يشير إلى خلايا يمكن ان تصبح او تم استخدامها كسواغات لناقل معيد اتحاد أول هلط ناقل آخر » وتحتوي على ذرية الخلية الاصلية التي نقلت الاصابة إليها (اي اصابة خلية بحامض نووي فيروس معزول يتبعه انتاج الفيروس الكامل في الجلية) . © ومن المفهوم لدى اصحاب المهارة في المجال ob ذرية خلية أبوية وحيدة قد لا تكون بالضرورة متطابقة الكامل في تتمة DNA الكلية أو في مجموعة العوامل الوراثية مع الاب الاصلي , نتيجة لحادث او نتيجة للتحول المدروس . وكما هو مستخدم هنا ؛ فان مصطلح «تسلسل تحكم» يشير إلى حامض نووي محتوي على تسلسل قاعدي تدركه العضوية الحاضنة لكي ينفذ تجسيد التسلسلات المشفرة ٠ المصطفة معها . Tle بان طبيعة مثل هذه التسلسلات التحكمية تختلف استناداً إلى العضوية الحاضثنة وتختلف في التنوي المبكر , ومثل هذه التسلسلات تحتوي عموماً le محرضات ؛ وعلى مواقع ربط جسيم ريباسي ؛ وعلى متهيات وتحتوي في بعض الحالات على مشغلات وتختلف كذلك في الكائنات سوية النواة وعادة ما تتضمن مثل هذه التسلسلات محرضات متهيات وتتضمن في بعض الحالات معززات اما استخدام ٠ المصطلح تسلسل تحكم فمعنى به أنه يحتوي على كل المكونات اللازم تواجدها للتجسيد ويمكن ان يحتوي ايضاً على مكونات اضافية من تلك التي يكون تواجدها للتجسيد؛ ويمكن ان يحتوي ايضاً على مكونات اضافية من تلك التي يكون تواجدها مفيداً مثل تسلسلات قائدة مثلاً . وكما هو مستخدم هنا فان مصطلح «موصول على تح تشغيلي او عملي» يشير .؟ لتسلسلات موصولة او مربوطة لتؤدي مهامها بالاسلوب اللخصص لها .
فمثلاً يتم ربط تسلسل متحكم بتسلسل تشفيري بواسطة ربيطة تتم بطريقة تجعل تجسيد التسلسل التشفيري يتحقق تحت ظروف متوافقة مع التسلسل المتحكم ومع الخلية الحاضنة . أما استقلاب مادة كما هومستخدم هنا يعني أي مظهر لتجسيد لفعالية لوظيفة
° لتنظيم المادة . كما يتضمن استقلاب مادة تعديلات , مثل تعديلات تساهمية وغير تساهمية للمادة كما يتضمن استقلاب مادة تعديلات تساهمية او غير تساهميته ,؛ من تلك التي تستحثها المادة في مواد أخرى « ويتضمن استقلاب المادة ايضاً حدوث تغيرات في توزيع تلك المادة .كما يتضمن استقلايها تغيرات Latins المادة في توزيع مواد أخرى .
٠ يشير مصطلح «عينة» كما هو مستخدم هنا إلى عينة بيولوجية مثل نسيج او مثل سائل معزول عن فرد (بما في ذلك دون تحديد بلازما Jean سائل a شوكي , سائل AL دموع , لعاب وأقسام نسيج) أو إلى عينة من مكونات مزرعة خلية في انبوب زجاجي بالاضافة إلى اشارة المصطلح المذكور لعينات مأخوذة من البيئة . سوف تستخدم ممارسة الاختراع اساليب فنية تقليدية من الكيماياء رد من
VO البيولوجيا الجزيئية الغرامية , ومن البيولوجيا الدقيقة ومن DNA معيد اتحاد ومن ple المناعيات من تلك الواقعة ضمن مهارة المجال , مالم يذكر خلاف تلك الاساليب ومثل هذه الاساليب مشروحة بالكامل في أدب المجال انظر مثلاً : سامبروك؛ فريتش ؛ ومانياتس في كتاب «الاستنساخ الجزيئي» كتيب معمل الطبعة An (15449) , وانظر «استنساخ او استنسال DNA المجلدات او (طبعة د.ن جلوفر ؛
1580م), انظر التخليق النكليوتيدي القليل» (طبعة م . ج . جبت (PVA و« تهجين حامض (gust ([طبعات ب . د . هيمس و س . ه . هيجنز 1544م) , وانظر سلسلة » طرق ale الانزيمات ( المطبعة الأكاديمية). خاصة ال"مجلد رقم ١94 ورقم 199 (طبعات وو
ا وجروسمان) , وانظر « مدخل PCR-A عملي » (طبعات ماكفيرسون ؛ كيرك وتيلور , اخخام) . -١ عزل أحماض نووية من بكتيريا :11.5710 واستخداماتها : تسلسل بكتيريا :11.710 المجيني (المتعلق بمجموعة العوامل الوراثية) : © يوفر هذا الاختراع تسلسلات نكليوتيد من مجموعة العوامل الوارثته من بكتيريا 83 , التي تتضمن سلسلة تسلسلات DNA من DNA اللجيني من بكتيريا 3 ؛ ويوفر الوصف التفصيلي التالي تسلسلات تكليوتيد من بكتيريا H.Pylon كما يصف كيفية الحصول على التسلسلات وكيفية تعريف ORFs وتسلسلات تشفر بروتين ,كما يوجد طرق موصوفة لكيفية استخدام تسلسلات ٠ بكتيريا HPylo المكشوف عنها بطرق تتضمن استخدامات علاجية ووقائية . بالاضافة لذلك (Sar استخدام السلسلة كقاعدة بيانات للتعريف ولمقارنة تسلسلات هامة طبياً في سلالات البكتيريا هذه وفي سلالات أخرى . ولتحديد التسلسل المجيني لبكتيريا :112910 , تمعزل DNA من سلالة بكتيريا H.Pylori (ATCC # 55679 depsited by Genome Therapeutics Cor Pobation, 100 Beaver stereet yo Waltham M.A. 02154) وتم قصة ميكانيكياً بواسطة الذري )313,91( إلى حجم متوسط قدره ؟ Kb وبعد التجزئة الحجمية بواسطة استشراد كهربائي للجل , كانت الأجزاء منتهية على نحو غير حاد , ومربوطة بمهايئ نكليوتيدات قليلة , ومستنسله إلى .؟ ناقل مختلف من
م نوع PmPX (رايس وآخرين ؛ في «خلاصات اجتماع التخطيط المجيني وعمل التسلسلات » كولد سبرينج هاربر ؛ تيويورك NAL 0/1٠ - 5/1١ صفحة ؟؟؟ . ٠ الانشاء سلسلة من مجموعات نسائل فرعية "Shotgun" (قرية) . il تم تحقيق تسلسل DNA باستخدام اجراءات تسلسلية مضاعفة على نحو جوهري las, ٠ لما هوي مكشوف عنه في كتاب تشيرتش وآخرين "العلم” , YAO : 4. - NAAR , وفي براءتي الاختراع الامريكتين رقمي 4؟١ر147ر) و 170ر145ر) . وتم استخلاص DNA مزارع متجمعة وإخضاعه إلي تسلسل كيماوي أو انزيمي كما تم حل تفاعلات السلسلة ( اي اجراء او عمل التسلسلات) واسطة الاستشراد الكهربائي , وتم نقل المنتجات وربطها تساهمياً أغشية نايلون ؛ واخيراً , تم تهجين الغشية تسلسل_ليا ٠ سلسلة من نكليوبتدات قليلة مميزة تكميلية لتسلسلات "188" (تمييزية) موجودة في نواقل الاستنسال القرية المختلفة . وبهذا الاسلوب (Saye الحصول على عدد ضخم من التسلسلات من مجموعة واحدة من تفاعلات السلسلة . علماً بان اجراءات الاستنسال والسلسلة موصوفة بتفصيل اكبر في الأمثلة كما تم تجميع مطالعات كل تسلسل فردي تم الحصول عليه بهذا الاسلوب باستخدام برنامج FALCON™ (تشيرتش وآخرين ؛ ٠ 1544م؛ «سلسلة DNA المؤتمتة وتحليلها » , طبعة جي . سي ؛ فينتر المطبعة الاكاديمية) ووفقاً ل: (PHRAP(P.Green, Abstracts of DOE Hnman Genome Program Contractor- Grantee Work shop V, Jan. 1996 P. 157) وكان معدل طول المماس حوالي £-Y 160 . جرى استخدام طرق متعددة لترتيب المماسات يغرض الحصول على تسلسل مستمر
£4 يمثل المجين الكلي لبكتيريا HPylori . وتم كذلك تصميم نكليوتيدات قليلة تخليقية تكون تكميلية للتسلسلات عند نهاية ٠ كل مماس . ويمكن تهجين هذه النكليوتيدات القليلة إلى سلاسل من DNA مجيني لبكتيريا :11.5710 , في نواقل ملتهمة لامدا أو في تواقل بلازميد لتحديد تسائل ٠ تحتوي على تسلسلات تتطابق مع مناطق وصل بين مماسات فردية . ومثل هذه التسائل تستخدم عندئذ لعزل DNA التنموذج - وتستخدم نفس النكليوتيدات القليلة كممهدات في تفاعل سلسلي بوليمير بزي (PCR) لتضخيم اجزاء الوصل ؛ التي يتم عندها تحديد تسلسل النكليوتيد . كما تم تحليل تسلسلات بكتيريا HPylori , لمعرفة وجود (ORFS) الحتوية على ١8. ٠ تكليوتيد على الأقل . وكنتيجة للتحلي الخاص ب (ORFs) استناداً إلى مطالعات راموز نقطة لتقطة « يجب فهم أن مثل هذه آل (ORFS) قد لا Gulbis مع أل ORF . لبولي بيبتيد بكتيريا 1177108 , التي تحدث بشكل طبيعي . ويمكن لهذه أل ORFs أن تتضمن راموزات بدء تبين بدء تخليق بروتين بولي بيبتد حادث بشكل طبيعي من بكتيريا :11.5710 , ومثل هذه الراموزات البدئية ضمن أل ORFs ألموفرة هنا V0 يمكن تعريفها بواسطة أصحاب المهارة العادية في المجال المعني « علماً بان أل ORF الناتجة وبولي بيبتدات HPYlO ,مشفرة تندرة ضمن نطاق هذا الاختراع . فمثلاً . وفي أل ORFs يمكن تعريف راموز مثل 8106 أو مثل GUG (يشضفر ميثيوئنين أو فالين) وهو جزء من اشارة بدء تخليق بروتين « ويمكن تعديل أل ORF
,0 لتتطا يق مع يولى بيبتيد حادث يشكل طبيعي من يكتيريا H.Pylori .كما تتحدد مثا طق أ لتشفير | لمتوقعة بواسطة تقييم جهد | لتشفير لمثل هذه | لتسلسلات مع eal ‘ : (Borodovsky and Mcl nineh 1993, Com.
Chem. 17: 123) GENEMARK™ 0 » أحماض نووية أخرى ليكتيريا "H.Pylori يمكن الحصول على أحماض نووية من هذا ١ لاخترا ع مباشرة من DNA سلالة بكتيريا 11.0 .السابقة المرجعية باستخدام تفاعل سلسلة بوليميريز (PCR) انظر : "PCR, A Practical APProach" (McPherson, Quirke and Taylor, eds.
IRL press, Oxford, UK, 1991) ٠ للمزيد من التفاصيل حول أل PCR ويمكن استخدام مصداقية PCR العالية لضمان نسخة موثوقة من DNA قبل ا لتجسيد . علاوة على ذلك يمكن فحص موثوقية منتجات مضخمة بواسطة طرق سلسلة تقليدية . كما يمكن الحصول على نسائل تحمل التسلسلات المرغوة فى هذا الاختراع واسطة فحص السلاسل ومضياً واسطة وسيلة أو بواسطة تهجين مجسات تكليديثدات قليلة تخليقية بمرافع ترشيحع من Vo نسائل السلسلة أو بلويحات كما هو معروف في المجال ؛ ل انظر مثلاً : (Sambrook et al., Molecular Cloning, Alaboratory Manual 2nd edition, 1989, Cold Spring Harbor Press Ny). ومن الممكن كذلك الحصول على أحماض نووية تشفر بولي بيبيتدات بكتيريا H Pylori .من سلسلة cDNA وفقاً للمحاضر الموصوفة هنا . ويمكن الحصول على cDNA YL يشفر بولى بيبتيد بكتيريا HPylor ؛ بواسطة عزل MRNA IS عن سلالة مناسبة وعندئذ يمكن تحضير فتائل مزدوجة من وخلانكن من MRNA الكلي. وبعد
)0 ذلك يمكن إدخال cDNAG في بلازميد مناسب أو في ناقل فيروسي مثل (ملتهم جراثيم) باستخدام أي من الاساليب الفنية المعروفة المتعددة . كما يمكن استنسال ' الجينات التي تشفر بولي بيبتيدات بكتيريا 1157100 , باستخدام اساليب فنية لتفاعل سلسلة بوليميريز وفقاً لمعلومات تسلسل النكليوتيد التي يوفرها الاختراع . © يمكن للأحماض النووية وفقاً للاشتراع أن تكون DNA أو RNA . علماً بأن أحماض الاختراع النووية المفضلة مدرجة في قائمة التسلسلات . كما يمكن تخليق أحماض الاختراع النووية أيضاً كيماوياً ٠ باستخدام اساليب فنية قياسية . وطرق مختلفة لتحليق بولي ريوكسي نكليدتيدات كيماوياً معروفة تماماً ومن lias تخليق طور - صلب ؛ والذي ؛ مثله مثل تخليق البيبتيد , تمت أتمتته ٠ (جعله اوتوماتيكياً) في مخلقات DNA المتوفرة تجارياً (انظر مثلاً إتاكورا وآخرين في براءة الاختراع الامريكية رقم £8 ,£500 وكاروثرز وآخرين في براءة الاختراع الامريكية رقم 77. 44ر2 « وإتاكورا في براءة الاختراع الامريكية رقم VAT .£58 ورقم الا.ر 17ر2 , المدمجة هنا على سبيل الذكر والمرجعية) . إن الأحماض النووية المعزولة أو التي تم تخليقها وفقاً لمزايا الاختراع الحالي نافعة V0 ومفيدة ؛, كمجسات ؛ كممهدات ؛ كروابط احتجاز كجينات مضادة لحس ولتطوير أنظمة تجسيد لتخليق بروتينات وبيبتيدات متطابقة مع مثل تلك التسلسلات ؛ sing الفوائد على سبيل المثال لا الحصر . وكمجسات . أو كممهدات او كروابط احتجازية او كعوامل مضادة puall يتكون الحامض Bale gus! من كل أومن من جزء(تقريباً ٠؟ أو أكثر من نكليدتيدات لمواصفة ولمقدرة تشكيل تهجين ثابتة) من Y. الاحماض النووية للاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات وهذه الاستخدامات موصوفة بتفاصيل AST لاحقاً .
oy : مجسات يمكن استخدام حامض نووي معزول او مخلّق وفقاً لتسلسل الاختراع المدرج في قائمة التسلسل كمجس لاكتشاف بكتيريا :11.5710 .ومع معلومات التسلسل ّ«
المبينة بعاليه في الاستخدام Jal يتم التعريف بتسلسلات عشرين تكليدتيد أو
٠ أكشر مما يوفر الشمولية المرغوبة والاقتصارية فيما يتعلق ببكتيريا HPylori ؛ ومع كون أحماض نووية عرضية من المحتمل مواجهتها أثناء ظروف التهجين . يفضل أكثر أن يحتوي التسلسل على .7 = .4 نكليوتيد على الأقل لنقل الثباتية لمنتج التهجين المشكل بين المجس والجزئيات الهدفية المعنية . من الصعب تخليق تسلسلات تزيد عن ٠٠٠١ نكليدتيد , لكن يمكن توليدها بأساليب
٠ فنية ل DNA معيد اتحاد . وسوف يدرك الافراد من أصحاب المهارة في هذا المجال بسهولة بأنه من الممكن تزويد الأحماض النووية لاستخدامها كمجسات بعلامة مميزة لتسهيل اكتشاف منتج تهجين . كما يمكن أن يكون حامض نووي معزول أو Slate وفقاً لتسلسل الاختراع مدرج ما في قائمة التسلسل مفيداً كمجسات لاكتشاف مناطق مماثلة تركيباً (خاصة جينات
(Walaa VO من سلالات أخرى من Helicobactor باستخدام شروط تهجين صارمة مناسبة وفقاً لما هو موصوف هنا . روابط احتجازية : للاستخدام كربيطة احتجاز ؛ يمكن ربط الحامض النووي المتتقى بالاسلوب الموصوف بعاليه بالنسبة للمجسات , مع اسناد وبسهولة علما بان الاسلوب الذي يتم به ربط
. الحامض التووي باستاد معروف على نحو جيد YL إذا ان الحامض النووي المحتوي على عشرين نكليوتيد او اكثر في تسلسل للاختراع
0 مدرج في قائمة التسلسل له فائدة في فصل حامض نووي بكتيريا HPYlor , عن حامض نووي كل منهما وعن حامض نووي عضويات أخرى . كما يمكن أن يتضمن حامض نووي محتوي على عشرين بيبتيد أو أكثر في تسلسل الاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات فائدة في فصل أجناس Helicobacter اخرى عن بعضها البعض وعن
٠ عضويات أخرى . لكنه يفضل ؛ ان يتضمن التسلسل عشرين بيبتيداً على الاقل لكي ينقل الثباتية لمنتج التهجين المتشكل بين المجس والجزئيات الهدفية المقصورة . ومن الصعب تخليق تسلسلات تزيد عن ٠٠٠١ نكليوتيد في الطول ؛ لكن توليدها ممكن بواسطة تقنيات DNA معيد الاتحاد . ممهدات :
٠ يحتوي حامض goss معزول او Glas وفقا للتسلسلات الموصوفة هنا على فائدة كممهد لتكبير حامض نودي بكتيريا :11.5210 , كما يمكن لمثل هذه الاحماض النووية أن تحتوي على Laine كممهدات لتكبير أحماض نووية في سلالات أخرى من أل Helicobacter . وبالنسبة لتفاعل سلسلة بوليميريز (PCR) و أساليبه الفنية , تتضمن تسلسلات
Vo أحماض نووية V0 = ٠١ wld تكليوتيد من تسلسلات الاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات منفعة في الوصل مع انزيمات مناسبة ومع كواشف غرض HA نسخ من حامض نووي بكتيريا 11.7105 , لكنه يفضل أكثر , أن يتضمن التسلسل عشرين تنكليوتيد أو HAST لنقل الثباتية لمنتج التهجين المتشكل بين الممهد والجزئيات الهدفية المقصورة . علماً ان ظروف ربط ممهدات تزيد عن ٠٠١ تكليوتيد أكثر صعوبة في
XY. التحكم بها للحصول على مواصفات . ويمكن استخدام PCR عالي الموتوقية لضمان of
نسخة DNA موثوقة قبل التجسيد . بالاضافة لذلك « يمكن فحص المنتجات المضخمة بواسطة طرق سلسلة تقليدية . ويمكن استخدام adil في اختبارات تشخيصية GLASSY تسلسلات نوعية بما في ذلك جينات من سلالات أخرى من بكتيريا 117108 ؛ و/أو من سلالات أخرى من
Helicobacter 0 ويمكن دمج النسخ كذلك في تواقل استنسال وتجسيد لتوليد بولي بيبتيدات متطابقة مع الحامض النووي الذي تم تخليقه بواسطة PCR .كما هو موصوف بتفصيل أكثر هنا . مضاد حس : يحتوي حامض نووي او مشتقات حامض نووي تهجينية معزولة او تم تخليقها وفقاً
٠ للتسلسلات الموصوفة هنا على فائدة كعوامل مضادة للحس لمنع تجسيد جينات بكتيريا :11.5710 , كما تتضمن هذه التسلسلات فوائد كعوامل مضادة للحس تمنع تجسد جينات أجناس أخرى من Helicobacter . بتجسيد واحد ؛ يتم تحميل حامض نووي او مشتقاته المطابقة مع الاحماض النووية لبكتيريا :11.5710 , في JS مناسب مثل جسم شحمي او ملتهم بكتيريا لتقديمه
Ve في خلايا بكتيرية . فمثلاً اي حامض نووي يحتوي على عشرين تكليوتيد أو أكثر يكون قادراً على الارتباط بحامض نووي بكتيريا RNA . ويفضل ان يتكون الحامض النووي المضاد للحس من ٠. تكليوتيد او من اكثر لتوفير الثبات اللازم لمننتج التهجين من حامض نووي غير حادث بشكل طبيعي ومن حامض نووي بكتيري و/أو من ساعي بكتيري RNA
Y. ومن الصعب تخليق حامض نووي محتوي على تسلسل يزيد عن ٠٠.٠١ تكليوتيد في
00 الطول لكن من الممكن توليده بواسطة تقنيات DNA المعيد الاتحاد . علماً بان طرق تحميل حامض نووي مضاد للحس في جسيمات شحمية معروفة في المجال كما هي موضحة بواسطة براءة الاختراع الامريكية رقم 87 5 £56 الصادرة في YY ديسمبر pVAAL للمخترع باباحاجوبولس وآخرين . ° 11 . تجسيد أحماض ندوية من H.Pylori يحتوي حامض تووي معزول او مخلق وفقاً للتسلسلات الموصوفة في هذا البحث على فائدة توليد بولي بيبتيدات . كما يمكن استنسال الحامض النووي من الاختراع الموارد في قائمة التسلسلات أو أجزاء من الحامض النووي المذكور التي تشفر بروتينات فعالة من بولي بيبتيدات 11.0710 , في نواقل مناسبة او في نواقل ٠ مُستخدمة لعزل حامض نووي . حيث يتحد الحامض النووي المعزول مع روابط DNA مناسبة ومستنسله في ناقل مناسب . كما أن مهمة جين نوعي أو مهمة مشفل وراثي يمكن التحقق منها بواسطة التجسيد في سلالة بكتيرية تحت ظروف يمكن فيها قياس فعالية منتج أو (منتجات) الجين المميزة بواسطة الجين أو بواسطة المشغل الوراثي الذي نكون بصدده. وعلى نحو نوعي. ٠ كبديل ٠ يمكن انتاج منتج جيني بكميات ضخمة في سلالة تجسيدية للاستخدام كمولد مضاد , ككاشف صناعي ؛ لدراسات تركيبية ؛ الخ . ويمكن انجاز هذا التجسيد في سلالة متغيرة تنقصها فعالية الجين المطلوب فحصه ؛ أو في سلالة لا تنتج نفس المنتج او المنتجات الجينية . وهذا Goby على سلالات أخرى من Helicobacter وعلى سلالات بكتيرية أخرى - مكل Campy ١ Corynebacterium . Norcardia « E.Coli labacter ٠ ,و أجنا س Streptomyces . وفي بعض الاحوال ؛, سوف يستخدم حاضن التجسيد المحرض الطبيعي ل Helicobacter بينما في الاحوال الأخرى سوف يكون من
01 الضروري قيادة الجين بتسلسل محرض من عضوية تجسيدية Jha) محرض E.
Coli beta-galactosidase للتعبير أو للتجسيد في (E.Coli ولتجسيد منتع جين يستخدم المحرض الطبيعي ل 0 , وعندئذ يمكن استخدام
طريقة كالتالية : يتم استنسال جزء تقييد محتوي على الجين موضوع الاهتمام , جنباً
0 إلى جنب مع محرضه ا لطبيعي المرتبط به ومع تسلسلات التنظيم (محددة باستخدام بيانات تسلسل (DNA في بلازميد معيد اتحاد ومناسب محتوي عى أصل تكرار يعمل في العضوية الحضانة ومؤشر مناسب قابل للانتقاء . ويمكن انجاز ذلك بعدد من الاجراءات المعروفة لاصحاب المهارة في المجال . ومن المفضل على الاطلاق انجاز ذلك بواسطة قص البلازميد والجزء المطلوب استنساله
. بنفس الانزيم التقييدي لانتاج اطراف متوافقة يمكن ربطها لكي تجمع القطعتين معاً ٠ ويجري تقديم أو إدخال البلازميد المعيد الاتحاد إلى العضوية الحاضنة بواسطة مثلاً ؛ ويتم تعريف الخلايا المحتوية على بلازميد معيد “electroporation” الحث الكهريائي اتحاد بواسطة انتقاء الوسم على البلازميد . كما يتم اكتشاف تجسيد نتاج جين . مرغوب فيه باستخدام اختبار خاص لانتاج ذلك الجين
VO وفي الحالة التي يتطلب فيها الجين محرض مختلف , يتم خفر جسم الجين (التسلسل التشفيري) علي نحو خاص واستنساله إلى بلازميد تجسيد مناسب . ويمكن انجاز هذا bles wy لفرعي بطرق متعددة Sais OSH بسهولة كبيرة بيواسطة تكبير PCR جزء معين وربطه في بلازميد تجسيد بعد معالجة نتاج PCR بانزيم تقييدي او باكسوتكليسي لخلق أطراف مناسبة للاستنسال .
XY. يمكن لخلية حاضنة مناسبة لتجسيد جين أن تكون LF خلية سوية التنداة أو بدائية النواة . فمثلاً يمكن تجسيد بولي بيبتيد بكتيريا 11.7103 , في LA بكتيرية مثل ov خميرة - أو خلايا ثديية مثل خلايا مبيض ٠ (baculovirus) . خلايا حشرات E.Coli علما يا ن خلايا حاضنته مناسية أخرى . (CHO) لصيتي ١ (جرذ أرنبي) us الها . Jl معروفة لاصحاب المهارة فى ‘ ويمكن أن يؤدي تجسيد في خلايا سوية النواة مثل خلايا ثديية « خمائر ,او خلايا إلى تشكيل روابط ثنائية الكبريتيد IR VAR TEU حشرات إلى غليكو سيلية جزئية ٠ لسلسلة داخلية من نتج بيبتيد معيداتحاد . ومن الامثلة على نواقل التجسيد فى
Baldari . et al., (1987) كما ورد فى PYepsecl تتضمن ٠. S.cervisisae : الخمائر : و 0183788 كما ورد فى Embo J. 6: 229 - 234) (Schultz et al., (1987) Gene 54 : 113 - 123). (Invitrogen Corporation, san Diego, CA) p XES2 و \. حشرات LMA متوفرة لتجسيد بروتيتات فى Baculovirus كما تتضمن نواقل : كما وردني pAC سلسلة أل (SFq cells) مزروعة (Smith et al., (1983) Mol. Cell Biol. 3: 2156 - 2165) : كما ورد في pVL وسلسلة (LUCKOW, ١1 رط. and Summers, M.D., (1989) Virology 170: 31-39) \o : كما ورد في COS وعلى ا لعموم تستخدم خلايا
Gluzmam, Y., (1981) Cell 23 : 175 - 182) : بالاقتران مع مثل هذه النواقل مثل 00018 كما ورد في (Araffo, A. and Seed, B., (1987) proc. Natl ACad. Sci. UsA 84: 8573 - 8577) (dhfr - chinese Hamster لتكبير/ تجسيد عا بر في خلايا ثديية ؛ بينما تستخدم خلايا ٠٠ : كما ورد في pMT2PC مع تؤاقل مثل OV ary) cHO (Kaufman et al. (1987), EMBo J. 6: 187 - 195)
oA إلى خلايا ثديية DNA لتكبير / تجسيد ثابت في الخلايا الثديية . ويمكن تقديم ناقل بواسطة أساليب فنية تقليدية مثل فوسفات كالسيوم أو مثل ترسيب مشارك من . "electroporation" Ji. sf ؛ DEAE- الاصاية بعدوى وكسنزان ٠ كلوريد كالسيوم ٠ : ويمكن وجود طرق مناسة لتحويل خلايا حاضنة في المرجع (Sambrook et al. (molecular cloning : A Labora’ tory Manu al, 2 nd Edition, Cold °
Spring Harbor Laboratory Press (1989), ). : وفي مراجع أخرى مثل كتب المختبرات البدائية النواة في 1ه . 15 بواسطة تواقل تجسيد قابلة Lyall ينفذ التجسيد في للحث مصهورة او غير مصهورة . وعادة ما تضيف نواقل صهر عدد من احماض للجين الهدف المجسد . وغالباً ما يشار لهذه الاحماض NH, امينية طرفية ذات ٠ على أنها مجموعة مراسلة . ومثل هذه المجموعة NH, الامينية الطرفية ذات أل تزيد من القابلية الذوبانية للبروتين الهدف )١٠: المراسلة او الإخبارية تخدم غرضين تساعد في تنقية البروتين المعيد الاتحاد , الهدف , بواسطة قيامها (Y معيد الاتحاد , و وغالباً ما يحدث , في نواقل تجسيد الصهر ؛ موقع . FY بمهمة ربيطة في تنقية انقسام حال أو مذيب للبروتين عند اتصال المجموعة الاخبارية والبروتين المعيد Yo الاتحاد المستهدف لفتح المجال امام انفصال البروتين المعيد الاتحاد الهدف عن المجموعة الاخبارية بعد تثنقية بروتين الصهر . ومثل هذه الانزيمات وتسلسلاتها التمييزية تثرومبين وانتروكينيس , وكما تتضمن نواقل تجسيد Xa المعرفية تتضمن عامل
PMAL وتتضمن , (Amrad Corp. Melbourne Anstralia ( pGEX الصهر النموذجية مسن PRITS وتتضمن (New England Biolabs, Beverly, MA) من : تصهر sf. (glutathione S-trans ferase) التي تصهر (Pharmacia, Piscataway, N J)
04 (maltose E binding protein) , أو تصهر بروتين © , على التوالى , للبروتين معيد الاتحاد المستهدف . ومن المجموعات الاخبارية المفضلة مجموعة «poly (His) التي يمكن صهرها في اطراف أمينو او في اطراف كربوكس من البروتين , والتي تجعل بروتين الصهر المعيد الاتحاد قابل للتنقية بسهولة بواسطة كرومو توغرافية كلاب معدني . 0 تتضمن نواقل تجسيد قابلة للحث غير اتصهارية pTrec كما وردفسي: (Amann et al., (1988) Gene 69:301 - 315) ؛ وتتضمن PETIA كما ورد فى : (Studier et al., Gene Expression Technology: Me thods in En2ymology 185, Academic Press, san Diego, California (1990) 60 - 89). بينما يعتمد تجسيد جيني هدفي على نسخ بوليميريز Ola RNA من محرض هجين ٠ صهر plac فى ©0117 » ويعتمد تجسيد جينات هدفية داخلة في PETIA على النسغخ من محرض صهر T7gnlo -lacO متوسط يوا سطة بوليميريز RNA قُبروسي مجسد مشارك (T7gnl) . ويتم all يهذا ا ليوليميريز ا لقفيروسي بواسطة سلالات حاضنة BL21(DE3) ¢ أو (DE3) 11145174 من طليعة العاثية لاميدا A الكامن suse 17801 تحت التحكم ٠ النسخي لمحرض ولأنآعما . فمثلاً ٠. يمكن زرع خلية Lala مصابة بناقل حامض نووي يوجه تجسيد تسلسل تنكليوتيد يشفر بولي بيبتيد بكتيريا 117101 , تحت ظروف مناسبة تسمح بحدوث تجسيد البولي بيبتيد . ويمكن أن يكون البولي بيبتيد مفرزاً ومعزولاً عن مخلوط الخلايا وعن واسطة محتوية على البيبتيد . على نحو بديل , يمكن أن يكون البولي § بيبتيد محتجزاً بلازميا خلوياً والخلايا تم جنيها INTC PRR , والبروتين معزول .
تحتوي زريعة خلايا على خلايا حاضنة , وعلى بيئات الزرع وعلى منتجات جانبية أخرى Tate بان أوساط الزرع المناسبة لزرع الخلايا معروفة جيداً في المجال . ويمكن عزل بولي بيبتيدات الاختراع عن واسطة زراعة الخلية , وعن الخلايا الحاضنة ١ او عن
١ كليهما باستخدام أساليب فنية معروفة في المجال لتنقية بروتينات محتوية على
0 كروموتوغرافية تبادلية الايون , كروموتوغرافية ترشيح جل ؛ ترشيع مستدق ٠ استشراد (هجرة جزئيات معلقة في مجال كهربائي) , تنقية ألفة متاعية بأجسام مضادة نوعية لمثل هذه البولي بيبتيدات ؛ بالاضافة لذلك , وفي كثير من المواقف ؛ يمكن انتاج بولي بيبتيدات بواسطة انشطار كيماوي لبروتين ذاتي Jia) هضم تربسيني) وعندئذ يمكن تنقية منتجات الانشطار بواسطة اساليب فنية قياسية .
٠ وفي Ula بروتينات مقيدة الغشاء , يمكن عزلها عن خلية حاضنة بواسطة ملامسة جزء بروتين مرتبط الغشاء مع متنظف يشكل مركب ذائب ؛ حيث لا يعود البروتين المرتبط الغشاء مغمور في جزء الغشاء ويصبح قابل للذوبان لحد يسمح بعزله كر وموتوغرافياً عن جزء الغشاء . كما تستخدم معايير مختلفة متعددة لاختيار منظف مناسب لجعل هذه المركبات قابلة للذوبان ,فمثلاً ,. هناك ميزة لها اهميتها وهي مقدرة المنظف على
Vo تذويب بروتين بكتيريا 11.7101 , ضمن جزء الغشاء على مسخ في حدود دنيا للبروتين المرتبط الغشاء لاعادته عند اعادة تكوين البروتين . وهناك خاصيته أخرى مهمة عند اختيار المنظف وهي تركيز المذيلة (جسم مكهرب في مادة شبه غروية) الحرج (CMO) للمنظف في كون المنظف المنتقى من المفضل له أن يتضمن قيمة CMC عالية تسمح بسهولة الازالة بعد اعادة التكوين , وهناك خاصية AIG يجب
Y. وضعها بعين الاعتبار عند انتقاء المنظف وهي رهابيته (اي عدم ألفته للسوائل) .ومن التاحية النموذجية ؛ فان البروتيثات المرفقة الغشاء رهابية Tua ولذلك ما تكون المنظفات الرهابية كذلك مثل سلسلة تريتون , مفيدة لتذويب البروتينات الصادة او
الرهابية للماء . وكذلك هناك خاصية أخرى Tals لمنظف وهي مقدرة المنظف على إزالة بروتين بكتيريا 11.5710 ؛, ضمن تفاعل بروتين - بروتين أدنى مما يسهل تنقية اضافية . أما الخاصية الخامسة لمنظف والتي يجب وضعها بعين الاعتبار فهي شحنة المنظف . ه Maas ان كان هناك رغبة لاستخدام راتنجات تبادلية الأيون في عملية التنقية dated يفضل ان يكون المنظف منظف غير مشحون . علماً بأن الاساليب الفنية الكروموتوغرافية التي يمكن استخدامها في خطوة التنقية النهائية معروفة في المجال وتتضمن تفاعلات صادة للماء ألفة ليكتين « تبادل ايون , ألفة صباغ ؛ وألفة مناعية . ٠ ومن إحدى استراتيجيات تكبير تجسيد بيبتيد بكتيريا 11.5710 , معيد اتحاد في E.Coli هي تجسيد البروتين في بكتيريا حاضنة بمقدرة استيعابية فاسدة لشق بروتين معيد اتحاد بطريقة حالة للبروتين وفقاً لما ورد في : (Gottesman, S., Gene Expression Technology - methods in Enzymology 185,
Academic Press, san Digo, California (1990) 119 - 128) 0 وهناك استراتيجية أخرى وهي تغيير الحامض النووي الذي يشفر بيبتيد بكتيريا 3 . لادخاله في ناقل تجسيد بحيث تكون الراموزات الفردية لكل حامض أميتي هي تلك المستخدمة تفضيليا في بروتينات مجسدة على نحو رفيع المستوى ل 2.00 وفقاً لما ورد في : (Wada et al., (1992) NUC. ACids Res. 20: 2111 - 2118) Ys ويمكن تنفيذ مثل هذا التغيير لاحماض نووية للاختراع بواسطة الأساليب الفنية القياسية لتخليق DNA .
ويمكن تخليق الاحماض متنوعة لتخليق بولي ديوكسي نكليوتيدات كيماوياً معروفة تماماً ومن ضمنها تخليق طور صلب ؛ مثله مثل تخليق بيبتيد ؛ تمت أتمتته بالكامل في مخلقات DNA متوفرة تجارياً (انظر مثلاً : ايتاكورا وآخرين في براءة الاختراع الامريكية رقم 99/.49ر2 وكابوثرز وآخرين في براءة الاختراع الامريكية رقم 0 ,£5604 وبراءتي إيتاكورا الامريكيتين رقمي 47/ار1.)ر2 ورقم VY 5 ؟لالارع المدمجة هنا على سبيل الذكر والمرجعية) . 1 بولي بيبتيدات بكتيريا HPylori : يشمل هذا الاختراع بولي بيبتيدات معزولة لبكتيريا 11.7101 , مشفرة بواسطة التسلسلات المجينية لبكتيريا HPylor المكشوف عنها by في ذلك بولي بيبتيدات ٠ الاختراع المدرجة في قائمة التسلسلات ويفضل أن تكون بولي بيبتيدات الاختراع على الاقل ٠ أجزاء متبقية من حامض اميني في الطول . وباستخدام معلومات تسلسل DNA الموفزة في هذا البحث ؛ يمكن الاستدلال على تسلسلات الحامض الأميني للبولي بيبتيدات التي يشملها الاختراع باستخدام طرق معروفة تماماً في هذا المجال . وسوف يُفهم بأنه من الممكن عزل حامض نووي كلي مشفر بولي بيبتيد ١ بكتيريا :11.5710 , وتعريفه استناداً على ORF أو أجزاء منه She يغرض شحن تفاعل سلسلي للبوليميريز ب DNA مجيني لبكتيريا 11.7101 , كمعير ؛ يتبعه سلسلة النتاج المضخم أو المكبر . ويمكن لبولي بيبتيدات الاختراع أن تكون معزولة عن خلايا بكتيريا :11.0710 , ذات النوع العنيف أو الوحشي أو المتغير أو عزلها عن عضويات مختلفة التكوين او عن XY. خلايا Lo) في ذلك على سبيل المثال لا الحصر : خلايا بكتيريا , خلايا ضمائر , خلايا
ol pda خلايا نبات وخلايا ثديية) تم فيها تقديم حامض نووي بكتيريا HPylor , وتم تجسيده علاوة على ذلك يمكن أن تكون البولي بيبتيدات جزء من بروتينات صهر 1 معيدة الاتحاد . وبالامكان كذلك Galas بولي بيبتيدات بكتيريا :11.0710 , وفقاً اللاختراع بطريقة ه كيميائية باستخدام اجراءات Gage تجارياً مثل تلك الاجراءات المشار إليها هنا . 17- تطابق أحماض نووية تشفر مكونات لقاح واهداف لعوامل فعالة ضد بكتيريا H.Pylori : يتضمن التسلسل المجيني المكشوف عنه من بكتيريا HPylon , على أجزاء توجه تخليق أحماض نووية ريبية وبولي بيبتيدات , بالاضافة إلى تخليق أصول تكرارية ٠ محرضات وانواع اخرى من تسلسلات انتظامية , ومن أحماض منشئة داخلية . كما يشمل الاختراع احماض ثتووية تشفر مكونات مولدات مناعة من لقاحات ومن أهداف لعوامل فعالة ضد بكتيريا HPylor , ويمكن تحقيق تطابق lise مولدات المناعة المذكورة المدرجة في تحديد وظائف التسلسلات المكشوف عنها باستخدام طرق متنوعة . وهناك امثلة غير تقييدية على مثل هذه الطرق موصوفة باختصار لاحقاً . Vo التشابه مع تسلسلات معروفة : إن المقارنة التي يساندها الكومبيوتر لتسلسلات بكتيريا 1159103 , المكشوف عنها مع التسلسلات المذكورة سابقاً والموجودة في قاعدة بيانات متوفرة على نحو شائع مفيدة في تعريف حامض أميني وظيفي لبكتيريا HPylon , ولتسلسلات Hom بيبتيد . كما سوف يكون مفهوماً أن التسلسلات التي تشفر بروتين , كمثل مثلاً مقارئتها lg JSS درجة عالية من تشايه تسلسل بين بروتينين (مثل اكثر من .8 - .£3( عند مستوى الحامض الاميني تدل على أن البروتينين يتضمنان أيضاً درجة ما
من Glas وظيفي ؛ مثل مثلاً بين انزيمات موجودة في pal تخليق DNA « أو تخليق جدار خلية . ومثل بروتينات موجودة في تقل , أوفي تقسيم الخلايا , الغ . ٠ بالاضاقة لذلك , تم تعريف مزايا تركيبية عديدة من فئات بروتين خاصة وترتيط مع تسلسلات اجماعته خاصة مثل مثلاً ؛ مجالات ربط لتكليوتيدات ؛ ول (DNA ٠ ولأيونات فلزية , وجزئيات أخرى صغيرة ؛ ومواقع لتعديلات تساهمية مثل الفسفرة ؛ والأسيلة وما شابه HI ومواقع لتفاعلات بروتين ؛ بروتين ؛ الغ . ويمكن لهذه التسلسلات المجمع عليها أن تكون قصيرة تماماً وبذلك يمكن أن تمثل جزء فقط من تسلسل يشفر بروتين كلي . ومطابقة مثل هذه الميزة في تسلسل بكتيريا 3 ., مفيدة في تحديد وظيفة البروتين المشفر ومفيدة في تحديد أهداف نافعة ٠ لعقاقير مضادة للبكتيريا . ومما هو ذي صلة وثيقة خاصة بالاختراع الحالي الخواص التركيبية الشائعة بالنسبة للافراز , ولعبر الغشاء , ولبروتينات سطحية ؛ بما في ذلك بيبتيدات اشارة افراز ٠ مجالات عبر أغشية صادة . وعلماً ob بروتينات بكتيريا :11.5710 ؛المعرفة على أنها تحتوي على تسلسلات Vo اشارة مفترضة و/أو مجالات عبر غشائية , مفيدة كمكونات مولدة للمتاعة من لقاحات . «تعريف جينات أساسية» إن الأحماض النووية التي تشفر بروتينات أساسية للنمو او للحيوية لبكتيريا :11710 ,لهي اهداف عقاقيرية مفضلة . ويمكن اختبار جينات 3 . لمعرفة مدى ارتباطها I لبيولوجي يالعضوية بواسطة اختبار تأثير حذف YL و/رآو تمزيق الجينات , اي يما يسمى «بتعطيل» الجينات , باستخدام تقنيات معروفة لاصحاب المهارة في المجال المعني . وهذا الاسلوب , يمكن تعريف الجنيات الاساسية .
qo : تسلسلات سلالة نوعية يعتقد بان HPylor وبسبب العلاقة التطورية بين السلالات المختلفة لبكتيريا تسلسلات بكتيريا :11.5710 , المكشوف عنها في الوقت الماضر مفيدة في تعريف ؛ ٠ وفي /أو في التمييز بين , السلالات المعروفة سابقاً والسلالات الحديثة لبكتيريا السلالات الاخري لبكتيريا :11.0710 , تبدي على الاقل GU كما يعتقد H.Pylori ° تشابه تسلسل نسبته .77 على الاقل مع التسلسل المكشوف عنه حديثاً . وتسمع مشتقة من عينات تحتوي على DNA التحليلات الجهازية والروتينية لتسلسلات سلالات من بكتيريا :11.5710 , ومقارئتها بالتسلسل الحالي الحديث , بتعريف التسلسلات التي يمكن استخدامها للتمييز بين السلالات بالاضافة لتلك المشتركة مع lS HPylori سلالات بكتيريا ٠ بتجسيد واحد ؛ يوفر الاختراع أحماض نووي تتضمن مجسات؛ وتسلسلات بيبتيد وبولي بيتيد تميزي بين السلالات المختلفة لبكتيريا 11.7105 , كما يمكن تعريف مكونات نوعية للسلالات وظيفياً بواسطة قدراتها على استنباط او التفاعل مع . 11.5710: اجسام مضادة تميز انتقائياً سلالة أو أكثر من سلالات بكتيريا ؛ يوفر الاختراع احماض نووية بما فيها مجسات ؛ وتسلسلات بيبتيد HAT بتجسيد Vo لكنها ليست HPylor وبولي بيبتيد شائعة او مشتركة لكافة سلالات بكتيريا . موجودة في أجناس بكتيرية أخرى : «مثال نوعي : تحديد مولدات مضادات بروتين مرشح لتطوير جسم مضاد ولقاح» ويمكن اشتقاق انتقاء مولدات المضاد البروتينية المرشحة لتطوير لقاح من الأحماض
ORF'S النووية التي تشفر بولي بيبتيدات بكتيريا :11.5710 ؛ فأو لا يمكن تحليل أل
نل ٍ لمعروفة تشابهها مع بروتينات غشائية او مع بروتينات اخرى مصدرة وتحليلها باستخدام التحليل التمييزي الموصوف بواسطة كلين وآخرين : (Klein, P., Kanehsia M., and DeLisi, C. 1985 Bioch mica et Biophysica Acta 815, . )476 - 468 ٠ للتنبوء ببروتينات غشائية أو ببروتينات مصدرة (خارجية) . ويمكن تأدية ابحاث التشابه باستخدام خوارزمية (حبة) BLAST الموجودة في : Wisconsin sequence Analysis Package (Genetic Computer Group, University Research park, 575 Science Drive, Madison, WI 53711) لمقارنة كل تسلسل حامض أميني ل ORF وتسلسلات بنك البيانات أظهرت علامة ٠ احتمالية Jus على احتمال ايجاد هذا التسلسل بالصدفة في قاعدة البيانات وتمثل بتشابهية هامة (مثل احتمالات أقل عن 1-1١7١ أن التشابه ناتج فقط عن صدفة عشوائية) مع بروتينات غشائية او مع بروتينات مصدرة مولدات مضادة بروتين لتطوير لقاح . ويمكن توفير فعاليات ممكنة لجينات بكتيريا 117100 , مبنية على أساس تشابه Vo تسلسل لجيثات مستنسخة او مستنسلة بعضويات أخرى . ويمكن استخدام ١ لتحليل التمييزي (Klein, etal, supra) لاختبار تسلسلات حامض أميتي أل ORF . وهذه النسبة تستخدم المعلومات الجوهرية المحتواة في تسلسل حامض أمين أل ORF ومقارنته بالمعلومات المشتقة من خصائص بروتين غشائي معروف وبروتين مصندر . وهذه المقارنة تتنباً gh بروتين سوف يتم تصديره » واي غشاء مرتيط أو بلازمي خلوي . وبذلك تكون تسسلات حامض أمين أل ORF المعرفة كبروتينات مصدرة أو غشائية مرتبطة بواسطة هذه الحسبة ؛, مولدات مضادات wv . بروتين لتطوير لقاح وتمثل بروتينات غشائية خارجية مكشوفة الأسطح أفضل مولدات مضادات لتوفير استجابة وقائية مناعية ضد بكتيريا :113710 , ومن بين طرق الحسبة التي يمكن , استخدامها للمساعدة في التنبؤ بوجود مثل هذه البروتينات الغشائية الخارجية ؛ تشمل وجود منطقة صفحية من بيتاً مستسلمة الجانبين عند أطرافها الكائنة على © شكل © . وهذه المنطقة التي تم اكتشافها في عدد كبير من بروتينات غشائية خارجية (Pheor Tyr) في بكتيريا سالبة الغرام غالباً ما تتميز بأجزاء متبقية صادّة رهابية
V متكومة عند مواقع متعاقبة من الاطراف © (مثل : انظر شكل 0 يلوك 7 .شكل من Cm نحو هام ؛ لم يتم اكتشاف هذه التسلسلات عند اللسطرف dey. (E بلوك بروتينات بلازمية محيطة سامحاً بذلك بحدوث تمييز تمهيدي بين هذه الفئات من ٠ البروتينات المبنية علي بيانات تسلسل تمهيدي . وهذه الظاهرة تم اثباتها في السابق بواسطة: (Struyve et al. (J. Mol. Biol . 218 : 141 - 145, 1991) كما أن هناك حوافز تسلسل حامض اميني اضافية موضحة في شكل 0 وُجدت في كثير من بروتينات غشائية خارجية لبكتيريا 11.7101 , ويوضح ارتصاف تسلسل 0
HPylori الحامض الاميني في شكل 0 أجزاء من تسلسل الخمسة بروتينات لبكتيريا موضحة برمز حامض أميتني ذي حرف واحد). ( , © موسومة بالارقام الرجعية لتسلسلاتها الحامضية الامينية وبالطرف آ للطرف من (F حتى 5 أو حتى A أن خمسة أو ستة بلوكات (مميزة من uals يسار ليمين . كما
Phe ( بقايا حامض أميني مشابه محتوية على الأجزاء المتبقية الرهابية التمييزية
TA
أو ¥ وفقا لرمز الحرف الواحد لأجزاء الحامض الاميني المتبقية) الموجودة F أو 17 دائماً عند مواقع تقع بالقرب من النهايات © لبروتينات غشائية خارجية . كما ان وجود حوافز مشتركة متعددة يؤسس بوضوح التشابهية بين أعضاء هذه الملجموعة من : . البروتينات وهناك ارتصافات حامض أميني اضافية لاربعة بروتينات غشائية خارجية معزولة 0 . ١ عن بكتيريا :11.510 , موضحة في شكل , HPylori متكرر تشارك بروتينات غشائية خارجية معزولة عن بكتيريا sad وعلى التي تشارك ايضاً الاجزاء V حوافز اضافية كما هو موضح لبروتينين اثنين في شكل لا يشاركا A المتبقية من الرهابية من طرف -0 0 وكما هو موضح لبروتيتين في شكل . في حافز الجزء الرهابي ( للطرف - © بل يشاركا حافز طرفي ل - © آخر ٠ وسوف يدرك المرء ذي المهارة في المجال بأن حوافز التسلسل المشتركة مهمة جداً وتقيم . تشابها بين مجموعة هذه البروتينات من غير الممكن التمييز بين نكليوتيدات ممكنة متعددة GL وعلى نحو غير متكرر عند موقع معين في تسلسل الحامض النووي . وفي هذه الحالات يشثار إلى هذه : الالتباسات بواسطة حرف هجائي مطول كما يلي ٠ : TUPAC - TUB وفيما يلي تجدون ر موز اساسية لحرف - مفرد رسمي وهي : الرمز الوصف الاساسي جوانين 0 أرينين A شيمين T X. سيتوسين 0
Sad] الوصف الاساسي : R بيورين (GorA) Y K بيريميدين (UorT or C) (Cor A) (al M K ° كيتون (TorG) Je lis 5 قوي (Gor CQ) Ww تفاعل ضعيف (TorA) H : ليس © (TorCorA) B ليس (TorGorA) A 7 ليس T (ليس لآ) (GorCorA) D ليس (TorGorA) C N اي (TorCorA) وتتسبب تحولات الحامض الاميني لهذا الاختراع في حدوث الالتباس في تسلسل الحامض بواسطة تحول الراموز الغامض (الالتباسي) على انه الحرف (XD) . وفي جميع ١ الحالات تكون الاجزاء المتبقية من الحامض الاميني المسموح به واضحة من اختبار تسلسل الحامض التووي المبني على أساس الرمز الجيني القياسي . V . انتاج أجزاء ومماثلات من أحماض نووية وبولي بيبتيدات بكتيريا HPylori : Tall إلى اكتشاف منتجات جينات بكتيريا :11.5210 ay للاختراع والموفرة في قائمة التسلسلات يستطيع أصحاب المهارة في المجال تغيير التركيب المكشوف عن أي (من بينات بكتيريا :11.5210 ) , مثل مثلاً بواسطة انتاج أجزاء أو مماثلات ؛ واختبار التراكيب المنتجة Boas لمعرفة فعاليتها . وهناك أمثلة على الاساليب
.ل الفنية المعروفة لاصحاب المهارة في المجال المقصود تسمع بانتاج واختبار الأجزاء والمماثلات يمكن استخدامها لعمل وفحص سلاسل البولي بيبتيدات مثل سلاسل بيبتيدات عشوائية أو سلاسل أجزاء او مماثلات من بروتينات خلوية لمعرفة قدرتها على ربط بولي بيبتيدات بكتيريا 11.7101 ومثل هذه الاختبارات الجماعية مفيدة © لتعريف مدافع بكتيريا HPylori . توليد الاجزاء : يمكن انتاج أجزاء من بروتين Gobo متعددة ؛, مثل طريقة اعادة التوحيد ؛ بواسطة الهضم الذي يحلل البروتين , أو بواسطة التخليق الكيمائي ويمكن توليد اجزاء داخلية أو طرفية من بولي بيبتيدات بواسطة نزع بولي بيبتيد واحد أو أكثر من ٠ طرف واحد (لجزء طرفي) او من كلا الطرقين (بالنسبة لجزء داخلي) من حامض نووي يشفر البولي بيبتيد . وتجسيد DNA مولد التحول الخلقي ينتج أجزاء بولي بيبتيدات . وهكذا يستطيع الهضم مع انزيمات Loe باطنية « بقضم طرفي » أن يولد 8 التي تشفر اجزاء بروتين بواسطة القص العشوائي , هضم تقييدي أو جمع من الطرق السابق بحثها . كما يمكن تخليق أجزاء البروتين كيمائياً باستخدام اساليب فنية معروفة في المجال مثل كيمياء تقليدية ل : Merrifield solid Phase - ] - Moc or t 06 " فعلى سبيل JUL تقسيم بيبتيدات الاختراع الحالي عشوائياً إلى أجزاء ذات طول مرغوب فيه بدون تشابك الاجزاء , أو يمكن تقسيمها إلى أجزاء متشابكة ذات اطوال مرغوب فيها . XY. « تقيير أحماض Luss وبولي بيبتيدات : طرق عشوائية » : يمكن تحضير تسلسلات أحماض أمينية مختلفة بواسطة تولد تحول خلقي عشوائي من DNA الذي يشفر
ألا بروتين أو مجال خاص أو منطقة بروتين تشمل الطرق المفيدة لذلك طريقة تولد التحول الخلقي أو الطفرة PCR واشباع هذا التولد الخلقي . كما يمكن توليد سلسلة من أنواع تسلسلات حامض أميني عشوائية ايضاً بواسطة
تخليق مجموعة من تسلسلات pad of تكليوتيدات مشحلة .
٠ علماً ان طرق فحص البروتين في سلسلة أنواع موجودة هنا في مكان آخر) )1( تولد التحول الخلقي PCR : في تولد التحول الخلقي PCR تستخدم Gag أداءً مخفضة البوليميريز Taq لتقديم تحولات عشوائية في أجزاء مستنسخة من DNA وفقاً لما ورد في :
(Leung et al., 1989 Technique 1: 11 - 15)
٠ ويتم تكبير منطقة DNA المطلوب توليد التحول الخلقي بها باستخدام تفاعل سلسلة بوليميريز PCR تحت ظروف تخفض دقة تخليق DNA واسطةبوليميريز Taq DNA مثل : واسطة استخدام نسبة dGTPLDATP لخمسة واضافة 107 لتفاعل PCR . وعندئذ يتم إدخال مجمموعة أجزاء DNA المكبرة في تواقل استتساخية مناسبة لتوفير سلاسل متحولة عشوائياً .
(ب) تولد تحول خلقي اشباعي : يسمح التولد التحولي الخلقي الاشباعي بالتقديم السريع لعدد ضخم من استبدلات Lata على أسا س فردي في أجزاء هلانا مستنسيةة (وفقا لما ورد في (Mayers: et al., 1985 Science 229: 242 وهذا الاسلوب الفني يتضمن توليد تحولات مثل بواسطة معالجة كيمائية او تعريض
. تكميلية DNA غلا أحادي القياس في انبوب زجاجي للاشعاع . وتخليق جديلة Y.
ويمكن تضمين ترددية التحول بواسطة تضمين شدة المعالجة , وجوهرياً , يمكن الحصسول علي كل الاستدالات . القاعدية . ونظراً لان هذا الاجراء لا يتضمن انتقاء جينى لأجزاء التحول , فانه من الممكن الحصول على كلا البدائل المتعادلة , بالاضافة إلى كل تلك البدائل التي تغير الوظيفة . علماً بان توزيع التحولات الدالة ليس متحيزاً نحو 0 عناصر تسلسل مصانة . (ج) أو ليجو نكليوتيدات مثحلة : يمكن ايضاً توليد سلسلة من مماثلات من مجموعة تسلسلات paul gf نكليوتيدات متحلة . ويمكن تنفيذ التخليق الكيمائي للتسلسلات المنحلة في مخلق غلا آلي حيث يتم عندكذ ربط الجينات التخليقية في ناقل تجسيد مناسب . وتخليق اوليجو ٠ تكليوتيدات مشحلة معروف فى المجال (انظر مثلاً : Narange, SA 1983 Tctrabdron 39 : 3 Itakurq et al., (1989) Recombinant DNA, Proc 3rd Clcave land sympos.
Macromolecules, ed.
AG Welton, Amesterdam : Elsevier P P 273 - 289; Itakura et al. (1984) Annu.
Rev.
Biochem. 55 : 323; Itakura et al. Science 198: 1056; IKe et al. (1983) Nucleic Acid Res. 11:477.). )1984( Vo ومثُل هذه الأساليب الفنية تم استخدامها في التطور الموجه لبروتينات أخرى ١ نظر مثلاً : Scott et al. (1990) Science 249 : 386 - 390 Robats et al. (1992) PNAS 89: 2429 - Devlin et al. (1990) Science 249 : 404 - 406; Cwirla et al. (1990) PNAS 87 : ;2433 ;6382 - 6378 Y 0 بالاضافة ليبرا ءات الاختراع | لامريكية I رقام 9 0 o,YYY,¢ قّْ ER رخ حر 0 IB واخرتحخرة) . «تغيير أحماض تووية وبولي بيبتيد ات : طرق لتوليد | لتحول ا لخلقي ا laa gl ! يمكن استخدام تقنيات تولد تحول خلقي غير عشوائية أو موجهة بغرض توقير تسلسلات نوعية أو تبدلات في مناطق نوعية . ويمكن استخدام هذه التقنيات
(أساليب فنية) لخلق أنواع مختلفة تتضمن مثل : حذف ؛ إدخال , استبدالات أجزاء متبقية من تسلسل حامض أميني معروف من بروتين . ويمكن تعديل المواقع الخاصة بالتحويل اما على نحو فردي أو بمتسلسلات © مثل مثلاً بواسطة : )١( الاستبدال أولا مع احماض امينية محفوظة ومن ثم بخيارات شفية أكثر استناداً إلى esl nl ٠ المتحققة , (7) حذف الفضلة الهدفية ؛ أو (©) إدخال الفضلة (اجزاء متبقية) من نفس الفئة او من فئة مختلفة بجوار الموقع المحدد , او جمع من الخيارات ١ - ؟ . )7( تولد التحول الخلقي الفاحص للألانين : إن استخدام تولد التحول الخلقي الفاحص للآلانين لهو طريقة مفيدة للتعريف بأجزاء متبقية معينية او بمناطق من بروتين مرغوب تعتبر كمواقع مفضلة او كمجالات ٠ لتكون التحول الخلقي ؛ وفقاً لما ذكره : Cunningham and Wells ( science 244 : 1081 - 1085, 1989) ( : وفي الفحص الألانيني ؛ يتم التعريف بجزء متبقي أو بمجموعة من اجزاء هدفية متبقية (مثل اجزاء متبقية مشحونة مثل : (Glu, Lys ,His , AsP, Arg واستبدالها بحامض أميني مشحون بتعادل او على نحو سالب ( والمفضل على ١ الاطلاق الانين أو بولي الانين) . ويمكن ان يؤثر استبدال حامض أميني على تفاعل الاحماض الامينية مع البيئة المائية المحيطة في او خارج الخلية . وهذه المجالات التي تظهر حساسية وظيفية للبدائل يتم Shute تنقيتها بواسطة تقديم اتواع اخري او مختلفة على او لمواقع الاستبدال . وبذلك وبينما تم تحديد موقع لتقديم نوع تسلسل حامض اميني مختلف , مسبقاً تحديده الا ان طبيعية التحول لاتحتاج لان يتم ٠ تحديدها مسبقاً . فمثلاً لرفع اداء التحول لحده الامثل في موقع معين ؛ يفكن وصل الالانين او وصل مولد تحول خلقي عشوائي عند الراموز (الوحدة الاساسية للرمز الوراثي) الهدفي أو في منطقته ويتم اجراء فحص جماعي للانواع المختلفة من
الوحدات الفرعية البروتينية المرغوبة المجسدة لمعرفة الجمع الامثل للفعالية المرغوبة . تولد التحول الخلقي الذي تتوسطة اوليجو (قليل) نكليوتيد : إن التولد التحولي I لخلقي ل لذي يتوسطة XK) I ليجو تكليونيد لهو طريقة مفيد 3 لتحضير Bada J I Karem I ¢ ادخال انواع مختلفة من DNA انظر مثلاً :
(Adelmanetal., (DNA : 183 , 1983) ° باختصار يتم تغيير ال DNA المرغوب بواسطة تهجين اوليجو نكليوتيد يشفر تحول معيرة DNA حيث تكون المعيرة شكل مجدول واحد من بلازميد أو من ملتهم بكتيريا محتوي على تسلسل DNA الاصلي او غير المتغير من البروتين المرغوب فيه وبعد التهجين يستخدم بوليميريز DNA لتخليق جديلة تكميلية ثانية كلية من المعيرة التي سوف تندمج مع ممهد الاوليجوى
. تكليونيد , وسوف تشفر التغيير المنتقى في 1118 البروتين المرغوب . عموماً ٠ . نكليوتيد في الطول على الاقل Yo تستخدم اوليجى نكليوتيدات ذات تكليوتيد تكون تكميلية ٠9 = VY وعليه فسوف يتضمن اوليجى نكليوتيد مثالي بالكامل للمعيرة على كل جانب من جوانب النكليوتيد (او النكليوتيدات) اتي تشفر التغيير أو التحول . وهذا الامر يضمن تهجين الاوليجبو تكليوتيد بدقة مع جزئٌ
١٠ معيرة DNA ذي الجديلة المفردة . وتخليق الاوليجو نكليوتيدات امر سهل باستخدام اساليب فنية معروفة فى المجال كتلك الاساليب التى وصفها :
(Crea et al. (Proc.
Natl.
Acad Sci.
USA, 75: 5765 [1978]). (ج) تولد التحول الخلقي الكاسيت (المغلف) أو الحامل : هناك طريقة أخرى تحضير المتخلفات ols تحول خلقي logo alas مل مبينة على Y. أسا od | لاسلوب I لفني | لذي وصفه : (Wells et al. (Gene, 34 : 315 [1985]) وتكون مادةالبدء بلازميد ( أو ناقل آخر) يحتوي على DNA الوحدة الفرعية
Yo الوحدة DNA البروتينية المطلوب تحويلها . علماً بان الراموز او الراموزات في . الفرعية للبروتين المطلوب تحويلها يتم التعريف بها . ويجب ان يكون هناك موقع انزيم تكليوز داخلي تقييدي فريد على كل جانب من جوانب الموقع (أو المواقع) التحويلية المعرفة . وإن لم يوجد مثل هذه المواقع التقييدية فيمكن توليبلدها باستخدام طريقة التولد التحولي الخلقي التي تتوسطها الاوليجى تكليوتيدات ٠ الوحدة الفرعية DNA السابقة الذكر لتقديمها على أو عند مواقع مناسبة في للبروتين لمرغوب . وبعد تقديم مواقع التقييد في البلازميد , يتم قص البلازميد عند هذه الواقع لجعله خطياً . ويتم تخليق اوليجو تكليوتيد ذي جديلة مزدوجة يشفر بين مواقع التقييد لكنها محتوية على التحول أو (التحولات) DNA تسلسل آل المرغوبة باستعمال اجراءات قياسية . ويتم تخليق الجديلتين على نحو منفصل ومن ٠ ثم تهجينها معاً باستخدام اساليب فنية قياسية . ويشار إلى هذا الاوليجو تنكليوتيد المزدوج الجديلة على أنه «الكاسيت» (المغلف أو الحامل) وهذا الحامل أو الكاسيت يصمم لكي يتضمن أطراف ؟ و * قابلة للمقارنة مع أطراف البلازميد الذي بحيث يمكن ربطه مباشرة بالبلازميد . وهكذا يُصبع هذا البلازميد ٠ تم جعله خطياً . الوحدة الفرعية البروتينية المرغوبة المتحولة DNA الان محيوي عى تسلسل ١٠ : تولد التحول الخلقي الاتحادي (4) يمكن كذلك استخدام التولد التحولي الخلقي الاتحادي لتوليد التحولات (حسب ما ورد في براءة الاختراع دبليو أوه رقم 44/. 117 للمخترع لاندر وآخرين) وفي هذه الطريقة . تصطف تسلسلات الحامض الاميتي لمجموعة او اللماثلات أو البروتينات معنية أخرى ؛ يفضل لرفع التماثلية إلى حدها الاقصى الممكن . ويمكن Y. انتقاء كل الاحماض الامينية التي تظهر على موقع معين من التسلساات المصطفة vi
لخلق مجموعة date من تسلسلات تجميعية . أما السلسلة الملونة أو المنوعة من
المتخالفات فيتم توليدها بواسطة تولد تحول خلقي اتحادي او تجميعي وتكون مشفرة
بواسطة سلسلة جين ملون .
فمثلاً . يمكن ربط مخلوط من اوليجى نكليوتيدات تخليقية انزيميا في تسلسلات 0 جين بحيث تكون المجموعة المنحلة من تسلسلات كامتة قابلة للتجسيد كبيبتيدات
فردية ؛, أو على نحو بديل , كمجموعة بروتين صهر أكبر محتوية على مجموعة
التسلسلات المنحلة .
« تعديلات أخرى لأحماض نووية ولبولي بيبتيدات بكتيريا HPylori :
من الممكن تعديل تركيب بولي بيبتيد 11.7107 لأغراض Jie زيادة الذوباتنية.؛ ٠ تعزيز الثباتية (مثل صلاحية الاستخدام خارج الجسم الحي أي في المستودع .
والمقاومة لتحلل البروتين الحال في الجسم (all ويمكن انتاج بروتين او بيبتيد
بكتيريا :117710 معدل يكون تسلسل الحامض الامينين فيه قد تغير , مثل بواسطة
استبدال حامض أميني ٠ وى حذف ,او اضافة وفقا لما سيق وصفه .
كما يمكن تعديل بيبتيد بكتيريا 1139103 أيضاً بواسطة تبديل الاجزاء المتبقية من NO السيستين يفضل بألانين او بسيرين او بثريونين ؛ أو بليوسين أو بأجزاء متبقية من
حامض غلوتاميك بغرض تقليل الديمرة (عملية اتحاد جزيئين متشابهين لتكوين جزيء
واحد كبير باضافة أحدهما للآخر) بواسطة روابط ثنائي الكبريتيد . بالاضافة لذلك
يمكن تعديل السلاسل الجانبية الحامضية الامينية من اجزاء بروتين الاختراع الحالي
Lalas . وهناك تعديل آخر هو تخليق البيبتيد . ولتعزيز الثباتية و/أو التفاعلية ٠ يمكن تعديل بولي بيبتيد بكتيريا 11.7101 لدمج واحدة أو أكثر من تعددية الاشكال
في تسلسل حامض أمين البروتين الناتج من أي اختلاف أليلي طبيعي . بالاضافة لذلك
يمكن استبدال احماض امينية D- احماض أمينية غير طبيعية ؛ أو مماثلات غير
للا حامضية أمينية ؛ أو اضافتها لانتاج بروتين معدل يقع ضمن نطاق الاختراع الحالي . علاوة على ذلك يمكن تعديل بولي بيبتيد بكتيريا 11.710 باستخدام غليكول بولي اثيلين (PEG) وفقاً لطريقة : A.
Sehon and coworkers (Wie et al., supra) ٠ الانتاج بروتين مقترن بغليكول بولي ايثلين . واضافة لذلك , يمكن اضافة غليكول بولي اثيلين أثناء التخليق الكيمائي للبروتين . تشمل تعديلات أخرى لبروتينات Ho Pylori اختزال / الكلة / وفقاً لما ورد في : Tarrm Methods of protein Microchar a cterization, J.E.
Silver ed., Humana Press, clifton N J 155-194 (1986) ٠ وتشمل آأسيلة (وفقا لما ورد في (Tarr, supra) كما تشمل قرن (وربط JBL مناسب كما ورد في : Mishell and Shiigi, eds, Selected Methods in Cellular Immunology, WH Freeman, San Francisco, Cn 1980, وكما ورد في براءة الاختراع الامريكية رقم 179ر374ر2 ؛ أو المعالجة بفور مالي No معتدل وفقا لما ذكر في : (Marsh (1971) Int.
Arch. of Allergy and Appli. 1 mmunol., 41 : 199 - 215) وبغرض تسهيل تنقية وزيادة ذوبانية بروتين بكتيريا 11.7101 أو بيبتيد فانه من الممكن اضافة شطر صهر من حامض أميني لأصل البيبتيد . فمثلاً , يمكن اضافة سداسي -هيستيدين للبروتين لتنقيته بواسطة الفه ايون فلرزي شثابت Y. كروموتوغرافياً كما ورد في : ' Hochuli E, et al., (1988) Bio / Technology, b: 1321 - 1325).
VA
, بالاضافة لذلك , ولتسهيل عزل بيبتدات خالية من تسلسلات ليست وثيقة الصلة خلي نوعية يي تسلسلات شطر | لصهر la ر يروتيز ads f يمكن تقديم موا قع . والبيبتيد وللمساعدة على نحو كا من فى تصنيع مولد المضاد لمحددات مولدات مضاد ضمن يولى بيبتيد بكتيريا 1171017 , فانه يمكن هندسة مواقع حساسة لبروتيز معترف بها بين © واحد على الاقل بواسطة "epitope" مضاد alge حيث تتضمن كل منها محدد GLU طرق معيدة اتحاد أو بواسطة طرق تركيبية صناعية . فمثلاً يمكن تقديم ازواج حامض لتركيب | Ey] e | 3a يين متناطق في بروتين أو RR أو KK Sia أمينى مشحون المعيد للاتحاد منها . ويمكن جعل البيبتيد الناتج حساساً للانشطار بواسطة انزيمات كاثيبسن و/ أو انزيمات أخرى مشابهة للتربسين تستطيع توليد أجزاء من البروتين ٠
L Ls, Jha المحتوي على محدد مولد مضاد وا حد أو أكثر . با لاضافة لذلك تستطيع . الحامض الاميني المشحونة هذه أن تؤدي إلى زيادة زوبانية البيبتيد : » طرق أو لية لفحص بولي بيبتيد ات ومما ثلات هناك اساليب فنية متنوعة معروفة في المجال لفحص جماعي او ومضاني لمنتجات جين متحولة متولدة . وغالباً ما تتضمن الاساليب الفنية الخاصة بالفحص الومضاني VO , لسلاسل جينات كبيرة استنساخ سلسلة الجين إلى ناقل تجسيد قابل للتكرار وتحويل خلايا مناسبة مع السلسلة الناتجة من الثواقل . وتجسيد الجينات تحت ظروف يسهل فيها اكتشاف فعالية مرغوبة , مثل : كما في هذه الحالة الربط ببولى بيبتيد بكتيريا 11.7101 أو بروتين متفاعل عزل سهل نسبياً للناقل المشفر للجين الذي تم اكتشاف ناتجه . وكل من الاساليب الفتية الموصوفة لاحقاً عرضة لتحليل بينى عالى XY. لفحص اعداد كبيرة من تسلسلات تم تخليقها مثل : بواسطة الاساليب الفنية الخاصة va
بتولد التحول الخلقي العشوائي . )0 انظمة هجين ثنائي : يمكن استخدام اختبارات هجين SUS مثل النظام الموصوف بعاليه (كما هو الحال مع طرق الفحص الجماعي أو الفحص الومضاني الموصوفة هنا) لتع ريف البولي
0 بييتيدات : مثل : أجزاء أو مماثلات من بولي بيبتيدات بكتيريا HPylori . (ويستخدم Glas بكتيريا HPylor كبروتين ards ويتم تجسيد سلسلة المتخالفات كبروتينات صهر سمك) . وفي تمط مماثل , يمكن استخدام اختبار هجين ثنائي ( كما هو الحال مع طرق الفحص الجماعي أو الومضاني الاخرى الموضوقة هنا) لايجاد البولي بيبتيدات التي تربط بولي بيبتيد بكتيريا :10(ط11 .
: (ب)سلاسل عرض ٠ يمدخل واحد لمعايرات او لاختبارات فحص جماعي او ومضاني ؛ يتم عرض البيبتدات على سطح خلية او جسيم جرثومي ؛ ويتم اكتشاف مقدرة خلايا خاصة او Tail جسيمات فيروسية في ربط بروتين مستقبل مناسب بواسطة المنتج المعروض من فمثلاً يمكن استنساخ سلسلة الجين إلى جين لبروتين (Pamning assay) خلال وعائي
Vo غشائي سطحي لخلية بكتيرية , ووبروتين الصهر الناتج المكتشف بالوعائية كما ورد في براءة الاختراع دبليواوه رقم 44/. 637 للمخترع لاندر وآخرين ؛ وكما ورد في : and Goward et al. (1992) TiBs , 1371 - 1370 : ع Fuchs etal (1991) Bio / Technology
18 : 136 - 140) .
وبنمط مشابه يمكن استخدام ربيطة مميزة بطريقة اكتشافية للفوز بتمساثلات
٠ بيبتيد وظيفية بشكل كامن أما الروابط المميزة على نحو لاصف مثل مستقبلات فيمكن استخدامها لاكتشاف متماثلات تحتجز فعالية رابطة للروابط . واستخدام الروابط الاصقة (المستشفه) المميزة يسمح للخلايا بأن يتم فحصها بصريا وفصلها
A. : رز خلية Ls تحت ميكروسكوب اشعا عي ‘ أو وحيث يتم فصلها بواسطة
Garrard et al, PCT Publication W092/09690, Marks etal. (1992) J. Biol. chen . 267 : 16007-16010; Griffiths et al. (1993) EmBoJ 12: 725 - 734, Clackson et al. (1991)
Naturs 352 : 624 - 628, and Barbaset al. (1992) PNAS 89 : 445-7-4461). (بروتين غشائي خا رجى ؛ E.Coli وهناك مدخل عام يستخدم مستقيل الما لتوز من 0 (Charbitet al. 1986 EMBO 5302p - كشريك صهر بيبتيد . كما ذكر فى ( LamB . 3037) لانتاج بيبتيدات LamB كما ثم ادخال | وليجوى بييتيدات في بلازميدا تت تشفرجين أل ريطها بأجسام مضادة ¢ وتستطيع استخرا 8 استجابة : Jha متوفرة للربط بروابيط : مناعية عندما تعطي الخلايا للحيوانات . وبروتينات سطحية لخلايا أخرى مثل ٠ (Schorret al. (1991) Vaccines 9/, PP387-392) OmpA" (Agterberg et al. 1990, gene 8837-45 (كما ورد فى PhoE ومثل (Fuchset al. 1991, Bio/Tech 9 1369-1372 (كما ورد في PAL ومخثل بالاضا قة لتركيبات سطحية بكتيرية ضخمة عملت كتواقل محفوز بالاشضعة وذلك حيثما تسمح مورفولوجية الخلية بذلك . ويمكن تجسيد سلسلة جين كبروتين صهر على VO . سطح جسيم فيروسي فمثلاً في نظام الملتهم الفتيلي , يمكن تجسيد تسلسلات بيبتيد غريبة على سطح : الملتهم المصاب . مما يؤدي إلى الاشتراك في فائدتين هامتين على (affinity matrices أولا : نظراً لان مثل هذه الملتهمات يمكن استخدامها ل من الممكن فحص عدد كبير Gl , لكل ميلمتر TY تركيزات جيدة تزيد عن ملتهم ٠ من ملتهمات في وقت واحد . ثانياً : نظراً لان كل ملتهم مصاب يعرض منتج جين على منخفض ¢ يمكن تكبير O Led 1 لفه في i سترجا ع ملتهم معي منشاً | = Oo | وق dale.
A
الملتهم بواسطة جولة اخرى من الاصابة او من العدوي , وتستخدم مجموعة غالباً ما لملتهمات ويمكن ١ فى سلاسل عرض ]1 , 1113 ,fd,E Coli تكون ملتهماً ت فتيلية لتوليد بروتيتات صهر بدون تمزيق gVIII استخدام بروتينات مغطاة يملتهم 11 أو . التغليف الكلي للجسيم الفيروسي ° ويمكن تجسيد محددات مولدات المضاد الغريبة عند نهاية الطرف NHy- من PII ومن ملتهم يحمل Shs هذا المحددا ت مستردة من فائض كبير من agile ينقصه هذه المحددات وفقاً لما ورد في :
Lander et al. PCT PuhLi Cation Wo0/90/02909 لعرض بيبتيد . ويمكن صهر البيبتيدات مع البيلين « بروتين يتيبلمر لكي يشكل : لتبادل بكتيري داخلي من معلومات جينية كما ورد فى (Pilus - a conduit) \.
Thiry et al. (1989) APPI . En viron. Microbiol . 55, 984 - 993) و بسيب دورها في ا لتفاعل مع خلايا أخرى 0 توفر | لشعرة استثاد مفيد لعرض يستخدم لعرض SAT بيبتيدات لبيئة الخلوية الخارجية . وهناك تركيب سطحي كبير بيبتيد هو العضى الحافز البكتيري الهدب المهتزة . ويقدم صهر بيبتيدات مع بروتين وحدة فرعية من هدب مهتز صف كثيف من نسخ بيبتيدات عديدة على الخلايا VO الحاضنة (Kuwajima et al., (1988) Bio / Tech 6, 1080 - 1083) . بروتينات سطحية لأجناس بكتيرية أخرى أدت مهمتها كشركاء صهر بيبتيد of كما كما Neisserig من IgA وبروتيز خارجى Staphylococcus A والامثلة تشمل بروتين : ورد في Y. (Hansson et al. (1992) J. Bacteriol. 174 4239-4245 and Klauser et al. (1990)
EMBO J.9,1991- 1999).
AY
الموصوفة بعاليه يحدث الارتباط LamB وفي انظمة الملتهم الفتيلي وانظمة ضمن جسم DNA الذي يشفره بواسطة تلوث آل DNA الفيزيائي بين البيبتيد وى (خلية او ملتهم) يحمل البيبتيد على سطحه . واحتجاز البيبتيد يحتجز معه الجسيم . DNA ى لتشكيل ربط بين بيبتيدين و Lack الرابط DNA وخطة بديلة تستخدم بروتين أل 0 : كما ورد في DNA
Cull et al (1992) PNAS USA 89: 1865 - 1869) . مع موقع استنساخ اوليجو Lac وهذا النظام يستخدم بلازميد يحتوي على جين نكليوتيد عند طرفه ؟ . وتحت الحث المنضبط بواسطة آرابيتوز , ينتج بروتين صهر .Lacl بييتيد " قصير DNA ليرتبط مع تسلسل Lack وهذا الصهر يحتجز القدرة الطبيعية ل . (LacO) LacO معروف على أنه عام
Lacl وبتركيب نسختين من 00مآ على بلازميد التجسيد ؛ يرتبط صهر بيبتيد باحكام مع بلازميد يشفره . ونظراً لان البلازميدات في كل خلية تحتوي على تسلسل فان البيبتيدات cals وحيد لاوليجقد كليوتيد وتجسد كل خلية تسلسل بيبتيد يوجه تخليقها وتتحل خلايا DNA تصبح مرتبطة نوعياً وبشكل ثابت مع تسلسل من مستقيل ثابت لاستعادة Wand البيبتيد DNA السلسلة بلطف وتتغعرض مركبات بلازميد DNA المركبات المحتوية على بيبتيدات فعالة وعندئذ يتم اعادة إدخال . لتحديد تطابقية روابط البيبتيد DNA مرتبط إلى خلايا للتكبير ولسلسلة
AY
وكاثبات على الفائدة العملية للطريقة جرى اعداد سلسلة عشوائية كبيرة من : بيبتيدات عفجية وانتقائها على جسم مضاد احادي الاستنساخ بارز بالنسبة ل (Opioid Peptide dynorphin B) كما تم استرجاع فصائل من البيبيتدات , تتعلق بتسلسل متفق عليه يطابق لجزء ذي 0 ستة اجزاء متبقية من ٠ dynorphin B كما ورد في : ( Cull et al. (1992) Proc. Natl Acad. sci. U.S.A 89 - 1869) . وهذه الطريقة التي يشار إليها أحياناً على انها بيتبيدات - على - بلازميدات ؛ تختلف طريقتين هامتين عن طرق عرض الملتهم . أولا : تكون البيبيتدات مرتبطة طرف C من البروتين الصاهر , ممايؤدي إلى عرض أعضاء السلسلة كبيبتيدات ٠ محتوية على طرف كربوكس حر طليق . وكلا البروتينات المفلفة بملتهم فتيلي PII 10111 , مثبتة بالملتهم من خلال نهاياتها الطرفية , والبيبتيدات النزيلة توضع في المجالات الطرفية - ]1 الممتدة خارجياً وفي بعض التصاميم , تظهر البيبتيدات المعروضة الملتهم مباشرة على الطرف الاميني من بروتين الصهر . كما ورد في : (wirla, et al. (1990) proc. Natl Acad. sei U.S.A 87, 6378-6382) Vo وهناك فرق ثان وهو مجموعة الانحيازات البيولوجية التي تؤثر عى جمهرة محصورة مع Lal البيبتيدات الموجودة فعلاً في السلاسل . وتكون جزئيات صهر سيتوبلازم الخلايا الحاضنة . وتكون انصهارات طبقة الملتهم مكشوفة للسيتوبلازم . أثناء التحول لكنها مخفية عبر الغشاء الداخلي في المقصورة البلازمية المحيطة : وتبقى راسية في اغشاء بواسطة المجالات الرهابية الطرفية © الخاصة بها مع كون Y. محتوية على البيبتيدات بارزة في البلازم اللحيطي بينما تنتظر N الاطراف
A$
التجمع في جسيمات ملتهم . ويمكن للبيبتيدات في Lael وفي سلاسل المتهم أن تختلف بشكل كبير كتتيجة لتعرضها لفعاليات حالة للبروتين مختلفة . وتتطلب البروتينات المغلفة بملتهم التحول عبر الغشاء الداخلي وتكون البيبتيديس الاشارية سائرة كمقدمة للاندماج مع الملتهم . وتمارس بيبتيدات معينة تأثيراً ضاراً على هذه
0 العمليات وتكون تحت التمثيل في السلاسل كما ذكر في :
( Gallop et el. (1994) J. chem. 37 (9) : 1233 - 1251)
وهذه الاتحيازات الخاصة ليست عامل في نظام العرض Ladd . إن sue البيبتيدات الصغيرة المتوفر في سلاسل عشوائية معيدة اتحاد لهو عدد ضخم . تحضر سلاسل من نسائل مستقلة 1٠١ - ٠١ بطريقة روتينية . والسلاسل الكبيرة ككبر ١٠١ معيدات
٠ اتحاد تم تخليقها , لكن هذا الحجم يتجاوز الحد العملي لسلاسل النسائل . ويحدث هذا الحد في حجم السلسلة عند خطوة gad آل DNA المحتوي على أجزاء جعلت عشوائية إلى خلايا بكتيرية حاضنة . وللتغلب على هذا الحد تم حديثاً تطوير نظام بداخل الجسم all مبني على أساس عرض بيبتيدات ناشئة حديثة التولد في مركبات عديدة الريياسات .
Vo وطريقة سلسلة العرض هذه تحتوي قدرة انتاج سلاسل تبلغ WY أضعاف مكبرة أكثر من سلاسل الملتهم / Phagemid المتوفرة حالياً أو من سلاسل بلازميد . علاوة على ذلك ٠ يتم تركيب السلاسل تجسيد البيبتيدات والفحص الجماعي او الومضاني في شكل خال من Lyall تماماً . وفي استخدام واحدة لهذه الطريقة كما ورد في : /
Gallop et al. (1994) J.
Med.
Chem. 37 )9( : 1233 - 1251) Y. وتم ربط السلسلة المجسدة "٠١ جزيئي تشفر عشرة بيبتيدات DNA تم انشاء سلسلة
مم
في Coli S34 .13 في الجسم الحي مع نظام نسخ/تحويل . وتم اختيار الظروف المناسبة لايقاف او لتأخير الريبوسومات على أل MRNA , مما سبب تراكم نسبة أساسية من RNA في الريباسيات المتعددة وسبب انتاج مركبات محتوية على بيبتيدات حديثة التولد لازالت مربوطة ب RNA التشفيري لها . وهذه الريباسات المتعددة قوية على
٠ التنقية على مستقبلات ثابتة ونفس الطريقة التي يتم فيها فحص سلاسل عرض بيبتيدات معيدة اتحاد تقليدية . ويتم كذلك استرجاع آل هالع من المركبات وتحويله إلى DNA , وتكبيره بواسطة PCR كلي ينتج نموذجاً للجولة القادمة للتخليق وللفحص الجماعي او الومضاني . ويمكن ربط طريقة عرض الريباسات المتعددة بنظام عرض الملتهم . وبعد اتباع جولات متعددة من الفحص الجماعي او
ب" I لومضاني ٠ تم استنساخ cDAN من التجمع ا لغني الرييباسات المتعددة إلى ناقل 40 . وهذا الناقل يؤدي مهمته كتاقل تجسيد ييبتيد ويعرض بيبتيدات مصهورة على البروتينات المغلقة . وكتاقل لسلسله DNA للتعريف بالبييتيد . وبتجسيد البيبتيدات المشتقة من متعدد الريباسات على الملتهم ٠. يستطيع المرء إكمال اجراء انتقاء الألفة في هذا الشكل او يستطيع اختبار البيبتيدات على نسائل
١ فردية لمعرفة الفعالية الرابطة في ملتهم ELISA ؛ أو لمعرفة المواصفة الرابطة في اكمال ملتهم 51158 كما ذكر :
ٍ (Barret et al., (1992) An al, Biochem, 204, 257 - 364) .
وللتعريف او ولتحديد تسلسلات البيبتيدات الفعالة « على المرء ان يسلسل أل DNA الناتج
عن الحاضن الملتهم (Phagemid) .
A
« فحص جماعي أو فحص ومضاني ثانوي لبوليبيبتيدات ولمماثلات » : يمكن إتباع الاختيارات الموضوعة بينياً بعاليه بواسطة اختبارات تصفية ثانوية لكي يتم تعريف فعاليات بيولوجية أخرى كالتي سوف تسمح مثلاً لصاحب المهارة في المجال ان يميز بين انقباضات ومضادات الانقباضات وسوف يعتمد نوع الغريلة ٠ الثانوية على الفعالية المرغوبة التي تحتاج إلى اختبار . فمثلاً , يمكن اجراء اختبار يستخدم فيه مقدرة منع حدوث تفاعل بين بروتين معني وبربيطته Un Spl والمعنية به لمعرفة وتحديد مضادات من مجموعة اجزاء بيبتيد معزولة عبر أحد الاختبارات الرئيسية الموصوفة بعاليه ولذلك فطرق توليد اجزاء ومماثلات واختبارها لمعرفة فعالياتها لهي طرق معروفة في المجال . وبمجرد التعرف على التسلسل المركزي يصبح A الحصول على مماثلات له وعلى اجزاء is مسألة روتينية لصاحب المهارة في هذا المجال «مقلدات بيبتيد لبولي بيبتيدات بكتيريا HPylor » يوفر الاختراع كذلك تخفيضاً لجالات او لنطاقات رابطة للبروتين لبولي بيبتيدات بكتيريا :1110 لتوليد مقلدات مثل بيبتيد او مثل عوامل غير بيبتيد . ومقلدات البيبتيد لها القدرة على تمزيق ربط البولي بيبتيدات بربيطتها المضادة مثل : في حالة كون بولي . بيبتيد بكتيريا :11910 لتوليد مقلدات مثل بيبتيد او مثل عوامل غير بيبتيد ٠ ومقلدات البيبتيد لها القدرة على تمزيق ربط البولي بيبتيدات بربيطتها المضادة مربوط بربيطة حادثة بشكل HPylo مثل : في حالة كون بولي بيبتيد بكتيريا
HPylori طبيعي . ويمكن تحديد الاجزاء المتبقية الحرجة من بولي بيبتيد بكتيريا من تلك الاجزاء المدرجة في تمييز جزيئي لبولي بيبتيد . واستخدامها لتوليد XY. مقلدات بيبتيديو مشتقة من بكتيريا HPYlo والتي تمنع ربط بولي بيبتيد
AY
بكتيريا :11.5910 والتي تمنع ربط بولي بيبتيد بكتيريا :1110 تنافسياً أو غير - EP تنافسياً مع بولي بيبتيد متفاعل (انظر مثلاً طلبات البراءة الاوروبية (YN, A. -B-EP 7ر1 أي استخدام تولد التحول الخلقي الماسح لمسح (معرفة) أجزاء متبقية من oar فمثلاً , حامض اميني من بولي بيبتيد 11.7105 متورط في ربط بولي بيبتيد متفاعل 0 ويمكن توليد مركبات مقلدة بيبتيد (مثل مشتقات ديازيبين أو ايسوكينولين) تستطيع تقليد هذه الأجزاء المتبقية في ربطها ببولي بيبتيد متفاعل ؛ والتي تستطيع منع حدوث ربط بولي بيبتيد بكتيريا 11.7101 يبولي بيبتيد متفاعل . 11.1017 على مما يؤدي إلى تدخلها مع وظيفة بولي بيبتيد بكتيريا فعلي سبيل المثال يمكن توليد مماثلات بيبتيد غير قابلة للتحلل بالماء من مثل هذه ٠ : الاجزاء المتبقية باستخدام بينزوديازييين (مثل انظر (Freidinger et al. , Pe Ptides: chemistry and Biology, G>R> Marshalled., ESCoM
Publisher: Leiden Netherlands 1988), : أو باستخدام أريبين ¢ انظر مثلاً (Huffman et al. in Peptides: chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Vo
Publisher: Leiden Netherlands, 1988), : أو باستخدام حلقات لاكتام جاماً متبدلة كما ورد في
Garvey et al. in Peptides: chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCom
Publisher : Leidan, Nether lands , 1988). ' : أو باستخدام بولي بيبتيدات غير حقيقية من ميثلين - كيتو كما ورد في
Ewenson et al., (1986) J. Med. chem 29:295 and Ewenson et al., in Peptides: structure and Function (proceedings of the 9th American Peptide symposium) Pierce chemical Co. Rockland IL, 1985))
هم أو استخدام أجزاء مركزية من بيبتيد ثنائي ذي دوربيتا كما ورد في : (Nagai et al (1985) Tectrahedron Lett 26:647 and Sato et al. (1986) J. chem soc Perkin Trans 1: 1231), أو استخدام كحوليات أمينية من بيتاً LS ذكر : 0 مله Gordon et al. (1985) Biochem Blophys Res Commun 126:419; and Dann et Biochem Biophys Res Commun 134: 71). )1986 VI صياغات لقاح لأحماض امينية ولبولي بيبتيدات بكتيريا H Pylori هذا الاختراع يصف كذلك تركيبات او صياغات (تستخدم هنا على نحو تبادلي) للوقاية من الاصابة ببكتيريا :11.710 ولمعالجة الاصابة ببكتيريا LS, HPylori ٠ هو مستخدم هنا ol مصطلح « معالجة الاصابة او العدوى ببكتيريا :11.5710 يشير إلى معالجة دوائية لاصابة او لعدوي موجودة او تأسست . اما مصطلح «الوقاية ضد عدوى بكتيريا :115710 » او مصطلح aller وقائية» فهو يشير إلي استخدام صياغة لقاحية من بكتيريا :11.710 لتقليل خطر الاصابة او لمنع اصابة في جسم معرض لخطر العدوى ببكتيريا 11.5710177. تجسد واحد ؛ تحتوي ٠ صياغات اللقاح على مكون واحد أو أكثر من مولد Lelia مثل بروتين سطحي , من بكتيريا 1177105 او من بروتين منها وناقل مقبول صيدلانياً . فمثلاً وبتجسيد واحد , تحتوي الصياغات اللقاحية وفقاً للاختراع علي بولي بيبتيد واحد على الاقل او على جمع بولي بيبتيدات من بكتيريا :1110 أو علي اجزاء منها من نفس مولدات مضادات بكتيريا H.Pylori التي سيتم استخدامها في XY. الصياغات اللقاحية وفقاً للاختراع الاحماض النووية والبولي بيبتيدات المبينة في
حم
قائمة التسلسلات ويفضل تلك الاحماض النووية لبكتيريا :11.5710 التي تشفر بروتينات سطحية أو أجزاء منها . فمثلاً ينتقى حامض نووي وبولي بيبتيد بكتيريا 3 مفضل للاإستخدام كصياغة لقاح وفقاً للاشتراع الحالي من مجموعة الأحماض النووية التى تشفر بروتينات غلاف خلية ؛ وبروتيثنات غلاف خلية بكتيريا
HPylor 0 وفقاً لما هو موضح فى جدول ١ . على اية حال يمكن في الاختراع المالي استخدام أية حامض نووي يشفر بروتين مولد celine لبكتيريا 11.101 واستخدام اي dala يكتيريا H.Pylori أو جزء منه. وهذه اللقاحات لها فوا كد علاجية و/رأو فوائد وقائية . يوفر مظهر واحد للاختراع تركيبة لقاح للوقاية من العدوى ببكتيريا 11.7101 حيث
H.Pylori مولد للمثتاعة من بروتين يكتيريا da تحتوي هذه ا لتركيية على جزء وأ ١ وعلى ناقل مقبول صيدلياً . أما الاجزاء المفضلة فتحتوي على بيبتيدات ذات طول مكون من عشرة أجزاء متبقية من حامض أميني يفضل أجزاء متبقية من حامض قدرها coal في الطول يفضل أكثر اجزاء متبقية من حامض 7. - ٠١ أميني قدرها . فى الطول 11-٠
VO وعلى سبيل JUL , يمكن الحصول على المكونات المولدة للمناعة وفقاً للاختراع الحالي بواسطة الكشف المسحي عن بولي بيبتيدات بطريقة معيدة للاتحاد ناتجة عن الاجزاء المطابقة من الحامض النووي الذي يشفر الطول الكلي لبروتين بكتيريا 11.5710 . علاوة على ذلك يمكن تخليق الاجزاء كيمائياً باستخدام اساليب فنية معروفة في المجال مثل :
(Conventional Merrifield solid Phase f - Moc or t - Boc chemistry.) Y.
q. بتجسيد واحد « تتحدد مكونات مولدات المناعة بواسطة قدرة البييتيد على حفز خلايا «تي» والبيبتيدات التي تحفز خلايا «تي» كما هو محدد بواسطة تكاشر خلية خلية (epitope) «تي» أو افراز حركة خلوية , معرفة هنا على انها تحتوي على محدد تي واحد على الاقل . ويعتقد بان محددات مولدات المضادات لخلية تي تدخل في بداية وفي تخليد الاستجابة المناعية لألرجن البروتين المسئوول عن الاعراض السريرية 0 اللالسرجية . ويعتقد بأن محددات مولدات المضادات لخلية تي هذه تقدح احداث مناسب على HLA مبكرة على مستوى مساعد خلية تي بواسطة الارتباط بجزيئ سطح الخلية التي تمثل مولد مضاد ؛ مما يؤّدي إلى حفز الجمهرة الفرعية للخلية تي بمستقبل خلية تي المقصود لمحدد مولد المضاد . وهذه الوقائع تؤدي إلى تكاثر خلية تي افراز ليمفوكين , تفاعلات التهابية موضوعية تطويع خلايا متاعية اضافية لموقع 0٠ تفاعل مولد المضاد. خلية تي , وحفز شلال خلية «بي» مما يؤدي إلى انتاج أجسام مضادة. أو أو هو أصغر وحدة تمييز lid كما أن محدد المولد المضاد خلية تي هو عنصر بواسطة مستقبل خلية تي ؛ حيث يتضمن محدد المولد المضاد أحماض امينية اساسية . أجزاء متبقية من حامض أميني) Ve 1 لتمييز المستقبل (مثل تقريباً Vo علماً بان تسلسلات حامض اميني من تلك التي تقلد تسلسلات حامض اميني لمحددات . مولدات مضادات للخلية تي تندرج ضمن نطاق الاختراع الحالي بتجسيد آخر ؛ يتم التعريف بمكونات مولدات المضاد وفقاً للاختراع من خلال تلقيح او تطعيم مجيني . والبروتوكول الأساسي مبني على أساس ان فكرة سلاسل مجين Jie , التجسيدات التي تتكون من جميع أو من بعض أجزاء مجين ممرض |» . الحماية عندما تستخدم في تحصين حاضن جينياً pie بكتيريا :11.5910 تستطيع a3 متماثل للاستنسال التجسيدي ويتضمن (BLD وهذا التحصين السلسلي التجسيدي إلى بلازميدات HPylor تقليل سلسلة تجسيد مجينية من ممرض = مثل بكتيريا تستطيع ان تقوم بمهمة لقاحات جينية . كما يمكن تصميم البلازميدات لكي تشفر . مساعدات جينية تستطيع بشكل مدهش حفز الاستجابة الخلطية ويمكن تقديم هذه المساعدات الجينية في مواقع بعيدة وجعلها تؤدي مهمتها بطريقة 0 . خلوية خارجية وخلوية داخلية مرفقه وبدون خطر [Tia وهذا مدخل حديث لانتاج لقاح له العديد من فوائد ممرضات ممرض لتطعيم حاضن مما يؤدي إلى DNA العدوي . وتستخدم سلسلة تجسيد من انتاج تأثيرات عرض مولد مضاد للقاح حي بدون الخطر . فمثلاً » في الاختراع الحالي ؛ أو من كوزميد أو HPylon يمكن استخدام اجزاء عشوائية من مجين بكتيريا ٠ من جينات مميزة بواسطة PCR نسالات بلازميد , بالاضافة لاستخدام مركبات من سلسلة مجينية يغرض تحصين حاضن . واحتمالية هذا المدخل تم اثباتها ب : وفقاً ما ورد في . Mycoplasam Pulmonis (Barry et al., Nature 377 : 632 - 635, 1995) ممرض طبيعي في My coplasma PUlmonis حيث وفرت حتى سلاسل تجسيد جزئّي من Vo . لتحدي القادم من الممرض Fas قوارض الحماية هو أسلوب فني يسمح بانتاج لقاح متعدد الاجزاء غير معدي . حتى ولو (ELD إن يستخدم نظام المناعة لفحص BLL كان القليل هوالمعروف عن بيولوجية الممرض « لان الجينات المرشحة . وبمجرد العزل , يمكن استخدام هذه الجينات كلقاحات جينية او . يمكن استخدامها لتطوير لقاحات بروتينية معيدة اتحاد ٠ ay
. بانتاج لقاحات بتمط جهازي ممكثن بشكل كبير BLT يسمح 13a يمكن انجاز فحص مكونات مولدة مناعة باستخدام اختبارات معايرة واحد أو أكثر يجري اختبار all من اختبارات المعايرة المختلفة المتعددة . فمثلاً في خارج الجسم فعالية حافزة لبيبتيد خلية تي بواسطة ملامسة بيبتيد معروف على انه مولد مناعة
© او مشكوك في ذلك عنه مع خلية تقدم مولد مضاد يقدم جزئيات MHC مناسبة في زريعة خلية تي . وتقديم بيبتيد مولد مناعة من بكتيريا 117108 بالارتباط مع جزئيات MAC مناسبة خلايا تي تحفز انتاج مستويات متزايدة من حركات خلوية ؛ خاصة من انتر لوكين Ym وانترلوكين - ؛ . ويمكن الحصول على عام الزريعة واختباره لمعرفة انترلوكين - ؟ أو اية حركات خلوية
٠ اخرى معروفة . فمثلاً يمكن استخدام أي من الاختبارات التقليدية المتعددة للانتر لوكين - ؟ , مثل الاختبار الموصوف في :
(Proc.
Natl.
Acad.
Sci USA 86 : 1333 - (1989) .
المدمجة أجزاؤها هنا على سبيل الذكر والمرجعية . كما أن طقم Bue لاية معايرة او لاي اختبار لانتاج انترفيرون - متوفر ايضاً من :
(Genzyme Corporation Cambridge, M A) \o على نحو يديل ؛ يستتبع اختبار عام لتكاثر خلية تي قياس دمج ثيميدين محتوي على تريتيوم . ويمكن قياس تكاثر خلايا تي في الجسم الحي بواسطة تحديد كمية مزروعة . لذلك يمكن LOA مكرر من DNA المدمجة في 3H تيميدين المميزة ب ّ . وبالمقابل قياس تقسيم الخلية , DNA قياس متوسط تخليق
Y. يفضل لتركيبات او لصياغات اللقاح وفقاً للاختراع المحتوية مكون واحد أو أكثر من مكونات مولدات Jie) Lelie بولي بيبتيد HPylor أو جزء منه أو حامض نووي ay مقبول J3U يحتوي على of يشفر بولي بيبتيد بكتيريا 1159107 أو جزء منه) صيدلانياً . ومصطلح «ناقل مقبول صيدلانياً» مقصود به أنه يشمل اي من المذيبات وكل المذيبات , واسطة تشتيت ؛ أغلفة , عوامل مضادة بكتيرية وعوامل مضاد . ما اضابه ذلك palatial للفطريات , عوامل متساوية التوتر وعوامل تأخير . متوافقة مع التعاطي الصيدلاني ٠ ls وعلي سبيل المثال تشمل نواقل مقبولة صيدلانياً » نوع أو أكثر من ماء. محلول , محلول ملحي مفصول بفوسفات , دكستروز ؛ غليسيرول , إثانول وماشاباه ذلك بالاضافة لجموع منها . كما يمكن للنواقل المقبولة صيدلانياً أن تحتوي ايضاً على كميات ضئيلة من مواد مساعدة مثل عوامل ترطيب او استحلاب , عوامل حافظة أو عوامل حاجزة , تعزز مدة صلاحية التخزين أو فعالة الحامض النووي لبكتيريا ٠ أو لبولي بيبتيد . أما بالنسبة لصياغات لقاح الاختراع المحتوية على بولي H.Pylori بيبتيدات 1109108 فيفضل اعطاء البولي بيبتيدات بالاشتراك مع مساعد مناسب . مع نظام ايصال موصوف هنا 41/5 أو DNA سوف يتضح لاصحاب المهارة في هذا المجال بأن الكمية الفعالة علاجياً من من بروتين الاختراع , سوف تعتمد ؛ من ضمن ما تعتمد عليه من اشياء اخرى , على ٠ ض 11.5710: برنامج التعاطي والجرعة من حامض نووي أو من بولي بيبتيد بكتيريا المعطاه , وتعتمد علي مدى إعطاء البروتين او الحامض النووي متحدة مع عوامل الفعالية العلاجية Le yo علاجية أخرى من عدمه ؛ وعلى الحالة المناعية وصحة المريض . للبروتين الخاص او للحامض النووي .؟* أما الصياغات اللقاحية تعطي تقليدياً عن طريق الحقن , مثل الحقن تحت الجلد أو : الحقن بداخل الوريد . وطرق التحصين عن الطريق الوريدي موصوفة في
At
Wolff et al. (1990) Science 247 1465 - 1468
Sedegah et al. (1994) I mmunology 91 9866 - 9870. وموصوفة في د وطرق أخرى للتعاطي تشمل صياغات عن طريق الفم وصياغات عن طريق الرئة ؛ وتحاميل , واستخدامات عبر الأدمة . لكن التحصين عن طريق الفم مفضل على طرق ٠٠ التعاطي بالحقن وذلك لحث وقاية ضد العدوى . بواسطة بكتيريا HPylor كما ورد في : . (642 : 637 11 al. (1993) Vaccine . أ (Czinn وتشمل الصياغات عن طريق الفم سواغات مستخدمة طبيعياً مثل مثلاً درجات صيدلانية ما نيتول ؛ لاكتوز ؛ LAS سيترات مفنيسيوم ؛ سكرين صوديوم ؛ سيلولوز.؛ كربونات مغفنسيوم وما شابه ذلك . ٠ بتجسيد daly تشمل صياغة اللقاح , على مساعد , كناقل مقبول صيدلانياً . ومن الامثلة على المساعدات المناسبة للاستخدام في الصياغات اللقاحية وفقاً للاختراع تشمل ما يلي دون حصر : هيدروكسيد الومينيوم ,آ1- أسيتيل - ميوراميل = .1 - ثريونيل - 17- ايسوجلوتامين (thr- MDP) : 17 - أسيتيل -:10- ميوراميل - .1 - الانيل - 7 - ايو ١ جلوتامين (CGP 11637, re ferred to as nor - MDP) : 11- أسيتيل ميورامي- بآ Jus - (1- ايسوجلوتامينيل - .آ - ألانين - ؟ - Y=) ثنائي بلميتويل - 88 - جليسيرو - ؟ - هيدروكسي فوز - فوريلوكسي) - إشثيل أمين (19835/8 (CGP يشار إليه ب (a MTP - PE) , 18131 « الذي يحتوي على ثلاثة مكونات من بكتبريا a Apa أحادي فوسفوريل ؛ نزيها لوز ثنائي ميكوليت , هيكل جدار خلية :
ه٠9 (MPL + TDM + CWS) في VY من سكوالين / مستحلب توين .8 ؛ وتكسين كوليرا . ومن المساعدات الأخرى التي يمكن استخدامها مشتقات غير سامة من تكسين كوليرا Loy في ذلك وحدتها الفرعية بي » و//أو . متقارنات أو صهارات مهندسة جينياً من بولي بيبتيد بكتيريا ° 71 مع تكسين كوليرا ووحدتها الفرعية بي « »٠ Procholeragenoid بولي سكريدات فطرية , يما في ذلك شيزوفيلان ؛ ثنائي بيبتيد ميوراميل , مشتقات ثنائي بيبتيد ميوراميل , استرات فوروبول , تكسين لابيل من 15.001 منحلات بكتيرية غير بكتيريا 117108 بوليمرات كتلية أو صابونين (مجموعة من السكريدات موجودة في عالم النبات) . ٠ بتجسيد آخر ؛ تشمل صياغة لقاح ؛ على نظام ايصال JUS. مقبول صيدلانياً . أما انظمة الايصال المناسبة للاستخدام في صياغات لقاحية وفقاً للاختراع فهي تشمل ميكروكبسولات قابلة للانحلال بيولوجياً او مركبات حافزة للمناعة (ISCOMs) . قوقعيات (حلزونيات) , أوجسيمات شحمية « نواقل نشطة مرفقة مهندسة جينياً مثل فيروسات او بكتيريا وجسيمات معيدة اتحاد شبيهة بالفيروس (خيمرية) مثل " les بتجسيد آخر للاختراع , تشتمل صياغة اللقاح على كلا نظام ايصال 510610086" ٠ . مساعد ويمكن لانظمة الايصال في البشر ان تتضمن كبسولات تتسيب معوياً مغلفة مولد
H.Pylori المضاد من البيئة الحامضية للمعدة ومحتوية على بولي بيبيدات بكتيريا في شكل غير قابل للذوبان كبروتينات صهر . ومن النواقل المنامسبة للقاحات Y. الاختراع كبسولات مغلفة معوياً وكريات دقيقة بولي لاكتيد - غليكوليد والمخففات
المناسبة هي 10811003 0.2N 41/5 محلول مالح . يمكن تعاطي لقاحات الاختراع الحالي كعامل وقائي رئيسي (Ao) لدى البالفين او لدى الاطفال , كمنع ثانوي ؛ بعد استئصال gals ل :11.5710 في حاضن lias أو كعامل علاجي بهدف حث استجابة مناعية في حاضن مشكوك فيه لمنع الاصابة بواسطة ٠ بكتيريا HPylori وتعطي لقاحات الاختراع بكميات سهل تحديدها من قبل أصحاب مهارة عادية في المجال . وهكذا تكون الجرعة المناسبة للبالغين ضمن معدل يتراوح ما بين ٠١ ميكروجرام إلى pla ٠١ يفضل ما بين ٠١ ميكروجرام - ٠٠١ ميلجرام , كأن تكون مثلاً ما بين .5 ميكروجرام - .5 ميليجرام . كما أن جرعة مناسبة للبالغين سوف تكون ايضاً ضمن معدل يتراوح ما بين © ميكروجرام - ..5 ميليجبرام - ٠ ومعدلات جرعات مماثلة سوف تكون قابلة للتطبيق علي الاطفال . أما كمية المادة المساعدة المستخدمة فسوف تعتمد على نوع المساعد المستخدم فمثلاً عندما يكون المساعد تكسين كوليراء فانه يستخدم على نحو مناسب بكمية تتراوح ما بين 5 ميكروجرام و .9 ميكروجرام كأن تكون Yo - ٠١ ميكروجرام مثلاً . وعندما يستخدم في شكل كبسولات دقيقة , فسوف تعتمد الكمية المستخدمة على ٠ الكمية المستعملة في Laie الكبسولات الدقيقة لتحقيق الجرعة المرغوبة . وتحديد هذه الكمية تقع ضمن مهارة شخص ذي مهارة عادية في المجال . وسوف يدرك أصحاب المهارة في هذا المجال بأن الجرعة المثلي قد تزيد وقد تنقص استناداً إلى وزن المريض » وإلي oa Al وإلى طريقة تعاطي اللقاح , واستناداً إلى عوامل أخرى . كما أن اصحاب المهارة في هذا المجال سوف يدركون ايا يانه من الممكن الحصول على مستويات جرعة مناسبة استناداً إلى النتائج الصادرة عن لقاحات عن طريق الفم معروفة مثل مثلاً لقاح مبني على أساس حصيلة انحلال خلايا av ومع مولد مضاد متقي ٠ ميلجرا م كجرعة يومية وحتى :9 ميليجرام) 1) E. Coli : ميليجرام) كما ورد في ١ جرعات من £) E. Coli من مولد تكسين معوي من ( Schulman et al. , J Urol. 150 : 917 - 921 (1993); Boedecker et al., american
Gastroen-terological Assoc, 999 A-222 (1993) ) لصيا غةء وعلى بيانات الكفاءة I وسوف يعتمد عدد الجرعات على المرض وعلى 0 ويدون أن تنقصد اي تحديد لمجموعة ٠ المستنيطة من | لتجارب ] لسريرية J وا لفعا من الممكن تعاطى المعالجة ؟ - 8 جرعات لجدول Gla جرعات تعطي لمعالجة مريض : شهر ؛ كما ذكر في ١ تحصين أولي لمدة (Boedeker, american Gastroenterlogical Assoc, 888 : A-222 (1993) ( .ل وفي تجسيد مفضل ‘ يمكن تأسيس تركيية لقا جح على مستحضر كلي مقتول من 2 للاخترا Ea, H.Pylori بكتيريا Asm مع جزء مولد مناعة من E.Coli بكتيريا مع جزء E. Coli تحلال خلايا I و يمكن تأسيسه على حصيلة |e مجسد من على سطحه . المقتولة يمهمة ناقل أو مساعد E.Coli مولد مناعة من بروتين يكتيريا سوف يكون واضحاً لاصحاب المهارة في هذا المجال « أن بعض تركيبات اللقاح وفقاً للاختراع مفيدة في منع الاصابة ب 11.5710 وبعضها مفيد فقط فى معالجة الاصابة No 11.10: وبعضها مفيد لكلا منع ومعالجة الاصابة ببكتيريا , HPylon ببكتيريا وفي تجسيد مفضل يوفر تركيبة اللقاح وفقاً للاختراع الحالي , الوقاية من الاصابة بواسطة حفز مناعة متوسطة خلية أو خلطية ضد بكتيريا HPylon بكتيريا ومما يجب فهمه ان التحسن في اي من أعراض الاصابة ببكتيريا . 3 لهو هدف سريري مرغوب ؛ بما في ذلك تقليل جرعة العقار المستخدم لمعالجة 11.7100 Y.
AA
أو زيادة في انتاج الاجسام المضادة في مصل أو HPylor امراض تسيبها بكتيريا . في الاغشية المخاطبة للمرضى : 11.10: أجسام مضادة تتفاعل مع بولي بيبتيدات بكتيريا . 1 يتضمن الاختراع كذلك اجسام مضادة خاصة اجسام مضادة تفاعلية مع بولي بيبتيد بكتيريا :11710 ويمكن تحمضير مضاد مصل مضاد بروتين / مضاد بيبتيد أو © : اجسام مضادة أحادية الاستنساخ بواسطة طرق قياسية انظر مثلاً ( Antibodies : A Laboratory man ual ed. by Harlow and Lane (cold Sping Harbor
Press: 1988) ) ويمكن تحصين ثدييات مثل الجرذان , الهامستر ؛ أو الارنب بشضكل مولد مناعة من البيبتيد . والاساليب الفنية لمنح توليد المناعة على بروتين او على بيبتيد تشمل ٠ . اقتران مع التواقل أو اساليب فنية أخرى معروفة قي المجال . من يوي بيبتيد بكتيريا 11.7101 بوجود مساعد Lelia ويمكن إعطاء بروتين مولد ويمكن مراقبة تقدم التحصين بواسطة تتبع معايير أجسام مضادة في البلازما أو في القياسية أو معايرات او اختبارات مناعية أخرى ELISA المصل . ويمكن استخدام أل . مع مولد المناعة كمولد مضاد لتقييم مستويات الاجسام المضادة VO لمحددات مولدات الضد لبولي olin في تجسيد مفضل تكون الاجسام المضادة علاج بيبتيد الاختراع المحتواة في قائمة التسلسلات أو مماثل بشرى مرتبط بها باحكام أو 780 يفضل أكثر عى الأقل ٠, يكون .79 مماثل تركيبياً 01S) مماثل ثدييى غير بشري مماثل تركيبياً) وفي تجسيد مفضل آخر للاختراع ؛ لا تتفاعل الاجسام المضادة ضد
TA. بكتيريا :11.210 بشكل تبادلي أساسياً (اي تتفاعل نوعياً) مع بروتين أقل Y. تماثل لتسلسل الاختراع المحتوي في قائمة التسلسلات نعني بمصطلح «لا يتفاعل
تبادلياً على نحو اساسي» أن الاجسام المضادة لها ألفة ربط لبروتين غير متماثل بأقل من 7/10 يفضل LAST « بأقل من 70 ويفضل LAST وأكثر بأقل من /١ من الألفة الرابطة لبروتين الاختراع المدرج في قائمة التسلسلات . وفى تجسيد أكثر تفضيلاً . لايوجد تفاعلية تبادلية بين مولدات مضادات Lous
° وبكتيرية . وكما هو مستخدم هنا فا O مصطلح جسم مضا د مقصود يبه أنه يشمل أجز اء Cia تفاعلية نوعياً هي الأخرى مع بولي بيبتيدات بكتيريا 1157101 . كما يمكن تجزيء الاجسام المضادة باستخدام أساليب فنية تقليدية والاجزاء هذه تفحص بنفس الطريقة الموصوفة لكل الاجسام المضادة . فمثلاً يمكن توليد أجزاء هذه تفحص بنفس
٠ الطريقة الموصوفة لكل الاجسام المضادة . فمثلاً يمكن توليد أجزاء من F(ab), بواسطة معالجة الاجسام المضادة ببسين . ويكن معالجة أجزاء أل (أطة) الناتجة لتخفيض الوصلات ثنائية الكبريتيد لانتاج أجزاء Fab! . كما أن الاجسام المضادة للاختراع مقصود بها أن تشمل جزئيات نوعية ثنائية ووهمية محتوية على بروتين مضاد ليكتيريا H.Pylon .
SS, Vo الاجسام المضادة احادية النسيلة ومتعددة النسائل (Ab) الموجهة ضد بولى dala ات يكتيريا (i sl.
H.Pylori له مختلفة من بولى بيبتيد بكتيريا H.Pylori وأجزاء أجسام مضادة (Fabl) Jie ومثل Fab'), يمكن استخدامها لمنع فعل بولى بيبتيد بكتيريا 11.7101 .وتسمح بدراسة دور بولي بيبتيد بكتيريا H.Pylori خاص من الاختراع في اشارة زائغة او غير مرغوب منها بداخل الخلية , بالاضافة إلى
٠ وظيفة خلوية عادية لبكتيريا :11.5710 وبواسطة حقن بسيط من اجسام مضادة . وفقا للاختراع HPylori لبولي بيبتيد بكتيريا كما يمكن كذلك استخدام أجسام مضادة تربط على نحو توعي محددات بكتيريا في صبغ كيماوي نسيجي مناعي من عينات نسيج لتقييم وفرتها ولتقيم . 1 نمط تجسيد جينات مضادة لبكتيريا 11.9108 « ويمكن كذلك استخدام الاجسام © تشخيصياً في ترسيب مناعي وفي , HPylor المضادة ضد بولي بيبتيدات بكتيريا صبغ مناعي لتتبع وتقييم مستويات بكتيريا 11391010 , في نسيخ او في سائل جسدي كجزء من إجراء فحص او كشف سريري وبالمثل تسمح مقدرة مراقبة في شخص بتحديد فعالية حمية , HPylon مستويات بولي بيبتيدات بكتيريا معالجة معينة لشخص مبتلى بمثل هذا الاضطراب . ويمكن قياس مستوى بولي ٠ بيبتيد بكتيريا 117101 , في خلايا موجودة في سائل جسدي ؛ مثل في عينات البول , أو يمكن قياسها بالانسجة ؛ مثل ما ينتج عن خزعة معدية . تستطيع
Wis. HPylor الاختبارات التشخيصية التي تستخدم اجسام مضادة ضد بكتيريا استخدام اختبارات مناعية مصممة للمساعدة في التشخيص المبكر للإصابات كما يمكن استخدام الاختراع الحالي ايضاً كطريقة لاكتشاف , HPylor ببكتيريا ١ اجسام مضادة محتواه في عينات مأخذوة من أفراد مصايين بهذه | لبكتيريا وذلك ً, . 11.5101 باستخدام جينات مضادة لبكتيريا نوعية وهناك استخدام آخر لاجسام مضادة لبولي بيبتيدات 1137108 , مضادة وفقاً
Jota المبينة في نواقل تجسيد DNA للاختراع وهو في الفحص المناعي لسلاسل
.ا Azap, 281018-23 01 ,و AORF8 . ويمكن للسلاسل الساعية من هذا التوع , محتوية على تسلسلات تشفير داخلة في اطار القراءة الصحيحة وفي اطار الاتجاه أو التوجيه الصحيح , ان تنتج بروتينات صهر . فمثلاً . سوف ينتج Ag بروتينات صهر تتكون اطرافها الامينية من تسلسل حامض اميني بيتا ج جلاكتوسيديس ,
0 وتتكون اطرافها الكربوكسي من بولي بيبتيد غريب . وعندئذ يمكن تتبع محددات جينات مضادة من بولي بيبتيد بكتيريا 1137103 , بأجسام مضادة Jha مثلاً ؛ مراشح نيتروسيلولوز تفاعلية مرفوعة من loli مصابة بأجسام مضادة Hod بيبتيدات بكتيريا 11091011 , مضادة , وعندئذ يمكن عزل الملتهم عن اللوحة المصابة . وهكذا يمكن اكتشاف وجود مماثلات جينية من بكتيريا 11.7101 , واستنساخها من
٠ أجناس أخرى ٠ كما يمكن اكتشاف اشكال أسوية تبادلية (بما في ذلك مخالفات وصل بالجدل او بالتراكب) واستنساخها .
VIII" : أطقم عدة محتوية على أحماض نووية , يولي بيبتيدان أو اجسام مضادة من الاختراع» : من الممكن تجميع الحامض النووي , وبولي بيبتيدات والاجسام المضادة للاختراع مع Vo كواشف أخرى ومع أدوات لتشكيل « أطقم عدة» للاستعمال الشخصي والأطقم هذه لأغراض تشخيصية تتضمن تموذجياً على الحامض النووي ؛ بولي بيبتيدات أو اجسام مضادة في قوارير او في أوعية أخرى مناسبة ؛ والأطقم تموذجياً تتضمن كواشضف أخرى Lala تفاعلات تهجين تفاعلات سلسلة بوليميريز (PCR) او لإعادة تركيب المكونات المجففة بالتجميد , مثل واسطة مائية أملاح , مواد فاصلة , وما شابه ذلك . كما يمكن أن تحتوي أطقم العدد على كواشف لمعالجة عينات مثل مطهرات ؛ أملاح
Chaotropic « أو ما شابه ذلك . كما يمكن لتلك الأطقم أن تحوي على وسيلة تصنيف مثل أصباغ كواشف تظهير نظائر شعاعية عوامل ومضانية , عوامل لمعانية أو عوامل لمعانية كيماوية , انزيمات عوامل إقحام وما Gla ذلك . ومع معلومات تسلسل الحامضي الأميني والحامض النووي التي تم توفيرها في هذا البحث ي_تطيع ° الاشخاص من ذوي المهارات في هذا المجال تجميع أطقم لخدمة أغراضهم الخاصة . علاوة على ذلك يمكن للأطقم المذكورة أن تتضمن تعليمات استخداماتها . IX اختبارات غربلة (تصفية) العقار باستخدام بولي بيبتيدات بكتيريا :11.5910 يجعل بولي بيبتيدات بكتيريا :11.7710 « منقاة ومعيدة اتحاد يوفر الاختراع all اختبارات يمكن استخدامها لغربلة العقاقير التي تكون إما شادات أو مضادات شد ٠ للوظيفة الخلوية العادية في هذه الحالة من بولي بيبتيدات :11710 ١ او من دورها في التأشير بداخل الخلية . ومثل هذه الماتعات او الفعاليات يمكن ان تكون مفيدة كعوامل علاجية Lua لمقاومة الاصابات ببكتيريا :11.5910 « بشكل عنيف وسوف تكون تشكيلة من الاختبارات كافية , وفي ضوء الاختراعات الحالية ,. سوف تكون مفهومة لدى أصحاب المهارة في هذا المجال . NO وفي برامج غربلة العقاقير العديدة التي تفحص سلاسل مركبات وخلاصات طبيعية تكون الاختبارات البينية مرغوبة كثيراً بغرض تكبير عدد المركبات التي تم مسحها في فترة زمنية محددة والاختبارات التي تؤدي في أنظمة خالية من الخلايا ٠ كمثل تلك التي يمكن اشتقاقها ببروتين متقاة أو شبه متقاة , هي المفضلة دائماً لانها تصفيات "أولية” من حيث انه يمكن توليدها لكي تسمح بتظهر سريع وباكتشاف سهل ٠ نسبياً لتغيير في الهدف الجزئي الذي يتم توسطه بواسطة مركب اختبار . علاوة على ذلك ؛ يمكن تجاهل تأثيرات سمية خلوية و//أو توفرية احيائية لمركب
ا الاختبار عموماً في نظام «الانبوب الزجاجي» وبدلاً من تركيز الاختبار بشكل رئيسي على تأثير العقار على الهدف الجزيئي كما يمكن توضيحه في تغيير ألفة رابطة مع بروتينات أخرى ؛ أو مع تغير في الخصائص الانزيمية للهدف الجزيئي . وبناء على ذلك , وفي اختبار غربلة او تصفية نموذجي وفقاً للاختراع الحالي فانه يتم 0 ملامسة المركب | لمعنى اي مركب ! لاختبا ر مع يولى dala يكتيريا H.Pylori ¢ معزول ومنقي . ويمكن اجراء اختبارات التصفية في «الانبوب الزجاجي » ببولي بيبتيد HPylon ¢ منقى أو بجزء منه مثل بولي بيبتيد بكتيريا HPylon , محتوي على فعالية انزيمية يحيث تنتج فعا لية | لبولى data مركب تفا عل قا بل للتتبع N] للكشقشف . وكفا 3c ٠ المركب يمكن اختبارها بواسطة توليد متحتيات استجابة جرعة من البيانات الت 5 xX بارها بو تولي 2 جابة جرعة من البد ي تم الحصول عليها باستخدام تركيزات متنوعة من مركب الاختبار علاوة على ذلك يمكن تأدية | ختبا ر ضيط لتوفير خط ر ئيسى للمقا J نهة. والمركبات المناسبة تشمل تلك المركبات بامتصاص تمييزي بتألق او بخصائص تنويرية كيماوية مثل مثلاً لأن الاكتشاف يمكن جعله آليا . ويمكن اختبار تشكيلة No واسعة من مركبات تركيبية او حادثةبشكل طبيعي في الاختبار الخاص بتحديد تلك المركبات التي تمتع او تقوي فعالية بولي بيبتيد بكتيريا HPylor « وبعض من هذه المركبات الفعالة يمكن مباشرة أو بتغييرات كيمائية ان تعزز منفذية غشائية او قابلية ذوبانية ان تمنع ايضاً او تقوي نفس الفعالية (مثل فعالية انزيمية) ككل , في خلايا بكتيريا H.Pylori ¢ وبعض من هذه 1 لمركيات ٍ لفعا 4 يمكن مباشرة او ’ Y, بتغييرات كيمائية ان تعزز منفذية غشائية او قابلية ذوبانية ان تمنع ايضاً او تقوي نفس الفعالية (مثل فعالية انزيمية) ككل فى خلايا بكتيريا :11.5710 ؛ الحية .
ا وهذا الاختراع موضح اكشر بواسطة الامثلة التالية والتي يجب عدم اعتبارها على انها مقيدة للاختراع ومحتويات كل المراجع واستخدامات البراءات المنشورة التى ذكرت على مدى هذا الطلب مدمجة هنا على سبيل المرجعية . I» لتوضيح بأمثلة « 0 1 استنساخ وسلسلة DNA بكتيريا HPylori : تم فصل أل DNA الكروموزدمي من بكتيريا :11710 وفقاً لاجراء أساسى ل DNA ورد في : Schleif R.
F. and Wensink P.
C., Practical Methods in Moleculary Biology, P.98, ( springer-Verlag Ny., 1981) ٠ وبتعديلات طفيفة . باختصار , جرى تكوير الخلايا , واعادة تعليقها فى ٠١( TE ميلى مول 5 ٠١ ميلى مول EDTA « درجة حموضة (Vv, تلا ذلك إضافة منظم Jala 8 (ثيوسبانيت جوانديام اره تركيز جزيئي غرامي , 5018 بتركيز ار . جزيئي غرمي , درجة حموضة4 .و N - لوريل - ساركوسين 50 ./) , وتبريد المعلق ثم اضافة أسيخا تت أموثيوم (NH4Ac) لتركيز AS ous Lg جزيئي غرا مي + وا ستخلاص DNA Vo مع [ يسو يرويانول ale ge مرثين < /V. من EtOH » وتجفيفه واعادة تعليقة في TE بعد الفصل او العزل , تم تحويل كل DNA اللجيني (المتعلق بمجموعة العوامل الوراشية) من بكتيريا :11.2010 إلى رذاذ وفقاً لما ذكر : : (Bodenteich ct al., automated DNA Sequencing and Analysis (J.C.
Venter, ed.), Academic Press 1994)
م لى حجم متوسط قدره bp Yoo. .يعد | لتحويل | لى رذاذ جرى تركيز أل DNA وفصله على VA جل أغاروز قياسي ‘ وإذا له أجزا ء متعددة تتطايق مع أحجام تقريبية bp \WW..— VY... bp VW..-14.. لاا - bp YV.. = XY... bp YY... من الجل وتنقيتها بواسطة طريقة (Biblol Inc.) Gene Clean . وعند ذلك كانت أجزاء ال DNA 0 المنتقاة متبلدة ياستخد ام يوليمريز T4DNA . وتم ربط ال DNA | لذي تم معالجته بمهايئات رابطة فريذة من نوع BSIXI-Linker فى حوالى ٠...- ٠٠١ عليه من فائض Sasa . وهذه الروابط تكميلية لنواقل pMPX مقطوعة ال BstX1 « بينما الاجزاء الناتئة ليست ذاتية التكميل of clay. تعود التواقل المقطوعة باعادة ربط نفسها بسهولة . كما تمفصل الحشوات التي تتبنى الروابط عن الروابط غير المدمجة على أل ZY ٠ جلا غاروز وتثتقيتها باستخدام Gene Clean . وعندئذ تم ربط الحشوات التي تتبني الروابط بكل من التواقل العشرين من نوع pMPX لانشاء متسلسلة « قذف » من سلاسل نسائل فرعية . تحتوي النواقل على جين lacZ خارج الاطار على موقع الاستتنساخ تصبح داخل الاطار في حالة استتنساخ مثنوي (مركب مزدوج الصيفة الجزيئية) مهايئ ؛, سامحا بتجتنب ١ التواقل بواسطة الوائها الزرقاء. وجميع الخطوات التالية كانت مينية على طرق سلسلة DNA المتعددة الواردة فى : (Church G.
M. and Kieffer - Higgins S. science 240: 185-188, 1988) وتم التركيز على التعديلات الاساسية للطرق فقط . وباختصار , تم عندكذ نقل أل Yo تاقل إلى خلايا مؤهلة DHg) ألفا ) (وفقا لطريقة تحويل (s —=5(Gibco/BRL DHSa
تقييم السلاسل بواسطة بسطها على صفائح مضادة محتوية على أمبيسيلين ؛ ميثيسيلين و على 1IPTG/Xgal . تم جرى احتضان الصفائح طوال الليل على TY درجة Lysis , تم عندئذ استخدام تحويلات ناجحة لبسط النسائل وتجميعها في المجمعات المتعددة « وتم التقاط التسائل وتجميعها في وسائط زرع تمو ذات .4 ميللتر ؛ وتنمية 0 الزرائع طوال الليل على VV درجة حرارة Laie وتنقية آل DNA باستخدام أحقم Qiagen-Midi-Prep وأعمدة 100 - Tip (© 10 018860) وبهذه الطريقة تم الحصول على ٠ ميكر وجرام من DNA لكل تجمع كما تم توليد صفائع عددها Vo ولها 451 تجويف للحصول على وفرة تسلسل ذي 0 - Ve طية تتولى متوسط اطوال اساسية .78 - Yee تلا ذلك سلسلة عينات آل DNA ألمتقاة هذه باستخدام سلسلة DNA متعددة مبنية ٠ على طرقه تحلل كيمائي : church G.M. and Kieffer - Higgins S., Science 240 : 185 - 188, 1988) ( أو بواسطة سلسلة ثنائي رايوكسي (Epicenter-Technologies) Sequitherm ¢ واستشراد تفاعلات السلسلة ونقلها إلى أغشية نايلون بواسطة استشراد تقل مباشر من جلات .5 سنتيمتر : (Richterich P. and church G.M, Methods in Enzymology 218 : 187 - 222, 1993) \o أو بواسطة التلطيخ الكهربائي كما ورد في (church, supra) واستخدمت YE عينة لكل جل . وتم انتاج £0 غشاء ناجح بواسطة السلسلة الكيمائية , وانتاج A أغشية بواسطة سلسلة ثنائي ديوكسي . وكان أل DNA مقيد تساهمياً بالاغشية بواسطة التعريض لضوء Gob بنفسجي ؛ وتهجينه مع pad yl تكليوتيدات مصنفة تكميلية .| لتسلسلات تمييزية على النواقل (Chweh, supra) وغسلت الاغشية لتنظيفها من
لاا مجسا ت مقيدة غير نوعية ؛ وتعريضها لفيلم أشعة X لرؤية سلالم التسلسل الفردية . وبعد ذلك أزيل المجس المهجن بالحضن على 659 درجة مئوية وأعيدت دورة التهجين مع i | PVR PPP خر go ثم جس ا ل Sd غشية YA مرة ل 8 5 غشية سلسلة كميا ١ ٠ | “ih مر | ب ل A: غشية سلسلة ثنائي ريوكسي . وهكذا أنتج كل جل عدداً ضخماً من الافلام , كل منها يحتوي ٠ على معلومات سلسلة Basa . وكلما كانت تعالج لطخة جديدة كان يتم جسها مبدئياً لتسلسل قياسى داخلى مضاف لكل من المجمعات . كما ثم توليد صور رقمية من | لاقلام EN | ¢ مقيا ue كفا {a مسح L لليزر (Moleculr Dynamics, Sunnyvale, CA) . عولجت الصور الرقمية على محطا ت كومبيوتر )40008 (VaxStation بامستخدام ٠ البرتامج (REPLICA™) كما ورد فى : (Church et al., Automated DNA sequencing and Analysis (J.
C. venter, ed. Academic Press, 1994) تضمنت معالجة الصور Jaa الممر ات مستقيمة , وتعديلات لتخفيف الفروق فى الكثا فة , وتعزيز انحلال بواسطة نزع التفافية وحدة الحث المغناطيسية على تحو V0 متكرر . وعندكذ التقطت التسلسلات أوتوماتيكيا فى (REPLICA™) . وعرضت لتصحيح تجا رب تفاعلية قبل تخزيتها في قاعدة بيانات . تم انجاز تصحيح التجارب يوا سطة تفتيش (مسح) مرئي سريع لصور I لفيلم تيعه طقطقات ged | 3 sa على الصور المعروضة لتعديل الاشارات وتصحيحها لان قراءات تسلسل متعددة تغطى نفس الجزء من أ ل DNA الجيني توفر وفرة تسلسلات كافية للنشر . وعندئذ تلقى كل .؟* تسلسل رقم تعريفي او مرجعي . وهذا الرقم يقوم بمهمة معرف دائم للتسلسل ليكون من الممكن دائماً تعريف أصل اي تسلسل خاص بدون الاستعانة بقاعدة بيانات
ا FALCON كما ورد فى : Church, Church et al., automated DNA Sepuencing and Analysis (J.C.
Vent er ( ed.), Academic press 1994). 0 أثبت هذا البرنامج أنه سريع وموثوق به لمعظم التسلسلات كما تم عرض المماسات اللجمعة ياستخد Laws pl معدلة من "Gel Assemble” طورها : Genetics Compeuter Group (GCG) (Devereux et al., Nucleic Acid Res. 12: 387 - )1984 ,95 والتي تتفاعل مع (REPLICA™) . وهذا فتح المجال امام نشر متكامل يسمح لصور Ve جل تسلسلات متعددة يأن تطلب في الحال من قاعدة بيانات (REPLICA™) وتعرض US | جرا ءِ تفتيش (مسح) سريع للمماسات وللقرا ءات | لتجرييبية By ر الجل حيث تحدث تناقضا ت بين قراءات تسلسلات مختلفة فى المجموعة . 11 . تعريف - استنسا خ وتجسيد تسلسلات DNA بكتيريا :11.010 معيدة اتحاد : لتسهيل الاستنساخ أو الاستنسال ؛ تم اختيار تجسيد وتنقية أغشية وبروتينات مفرزة من H.Pylori وهو نظام تجسيد جينات قوي ؛ ونظام أل (Novagen) p ET لاستنساخ وتجسيد بروتينات معيدة توحيد في بكتيريا BECO كذلك جرى صهر تسلسل DNA يشفر رمز بيبتيد وهى أل His-Tag , فى الطرف ؟ من تسلسلات DNA ذات الأهمية لتسهيل تنقية مركبات البروتين المعيدة الاتحاد . أما الطرف ؟ فقد تم اختياره للصهر لتجتب تغير أي تسلسل اشارة طرفية 0 والاستثناء لما سبق XY. كا ppiB O 0 جين مستنسغ للاستخد | 9 كضا بط في Ld od تت | لتجسيد ‘ فى هذ 3[
حا الدراسة يحتوي التسلسل ل ppiB بكتيريا HPylori على تسلسل DNA يشفر 48 - 1118 مصهور للطرف * من الطول الكلي للجين ؛ لان مركب البروتين من هذا الجين لا يحتوي على تسلسل اشارة هو مجسد كبروتين Cytosolic . تكبير PCR واستنساخ تسلسلات DNA المحتوية على ORFs لأغشية ولبروتينات 0 مفرزة من سلالة 199 من بكتيريا "Helicobacter Pylori" : جرى تحضير التسلسلات المنتقاة (من قائمة تسلسلات أل DNA وفقاً للاختراع) للاستنساخ من سلالة 199 من بكتيريا :11.5910 « لتكبير الاستنساخ بواسطة تفاعل سلسلة بوليميريز (PCR) كما كانت ممهدات أو ليجوتكليوتيدات تركيبية (جدول 3) خاصة للاطراف 0‘ و oY من (ORFS) مصممة ومشتراة من : GibcoBRL Life Technologies, Gaitherburg, MD, U.S.A). \. وكل الممهدات الأمامية (خاصة للطرف 0 من التسلسل) كانت مصممة لكي تحتوي على موقع استنساخ 1001/عند الطرف الاقصي 0 cc ماعدا .110960 071.87 حيث استخدم Ndel . وكانت هذه الممهدات مصممة لكي تسمح بمنع تحول يروتين عند فضلة متبقية من ميثيونين متعاً بفضلة متبقية من قالين وبالتسلسل التشفيري Vo لبقية تسلسلات DNA بكتيريا HPylori الاصلية . والاستثناء كان تسلسل LAY 2471 لبكتيريا :1152710 , حيث كان الميثيونين الباديء متبوعاً مباشرة ببقية تسلسلات DNA بكتيريا :11.5710 , الاصلية واحتوت كل الممهدات الاحتياطية (خاصة للطرف 7 ؛ من أي ORF لبكتيريا HPylori ) موقع
ل
01 عند الطرف الاقصى 0 للسماح باستتساخ كل تسلسل RF JI.
HPylori من pET-28b . يوفر الناقل PET-28b تسلسل يشفر Yo حامض أميني ذي طرف كربوكسي V1) حامض أميني فقط في Hp Seq رقم 714 11740 وفي Hp Seq رقم 177 .15 )٠
0 محتوية على ستة أجزاء متبقية من هيستيدين (عند الطرف الاقصى -0 ) الذي يحتوي على أل His - Tag والاستثناء لما سبق , كما لوحظ من قبل , هو تركيب الناقل لجين أل ppib وهناك ممهد لوليجو نكليوتيد تركيبي نوعي للطرف 0‘ من جين PPIB شفر موقع BamHI على طرفه الاقصى 0 والممهد الخاص الطرف ؟" من جين 0013 شفر موقع 30:01 على طرفه الاقصى "٠# .
ARN
جدول؟ © HPylori « لبكتريا DNA تسلسلات PCR ممهدات او ليجو تكليوتيد ات مستخدمة لتكبير ض Protein 16225006 5'“TATACCATGGTGGG 5-ATGAATTCGAGTAAG
CGCTAA-3' (SEQ ID GATTTTTG-3' (SEQ ID
TE سحت Protein 26054702 S-TTAACCATGGTGAAA 5“TAGAATTCGCATAAC
AGCGATA-3' (SEQID GATCAATC-3' (SEQ ID
I ells Se
Protein 7116626 5'-ATATCCATGGTGAGT 5'-ATGAATTCAATTTIT
TTGATGA-3' (SEQ ID TATTTTGCCA-3' (SEQ ID
ETE
Protein 29479681 5“AATTCCATGGTGGGG 5'-ATGAATTCTCGATAG
GCTATG-3' (SEQ ID CCAAAATC-3' (SEQ ID [eee
Protein 14640637 S-AATTCCATGGTGCAT 5'“AAGAATTCTCTAGCA
AACTTCCATT-3' (SEQID | TCCAAATGGA-3' (SEQ
Ee
Periplasmic/ Secreted mt I بسب Protein 30100332 5'-ATTTCCATGGTCATG 5-ATGAATTCCATCTTT
TCTCATATT-3'(SEQID | TATTCCAC-3' (SEQID [eRe
Protein 4721061 5'-AACCATGGTGATTT S'-AAGAATTCCACTCA
TAAGCATTGAAAG-3' AAATTTTTTAACAG-3' ةذ (SEQ ID NO:159) (SEQ ID NO:160)
Other Surface Proteins
Protein 4821082 5'“GATCATCCATATGTT | 5-TGAATTCAACCATTT
ATCTTCTAAT-3' (SEQ ID | TAACCCTG-3' (SEQ ID
TTT malian NO:162)
Protein 978477 5'“TATACCATGGTGAA | 5-AGAATTCAATTGCG
ATTTITITCTTTTA-3' TCTTGTAAAAG-3' (SEQ و ال ا ااا ااا الاي سس
Protein 26380318 S-TATACCATGGTGAT | 5-ATGAATTCCCACTT
GGACAAACTC-3' (SEQ GGGGCGATA-3' (SEQ ID — ١١ وا ا ا 5-1121 1 ٌومحمطمفل | 5-TATCTCGAGTTATA
CAATTAAAACT-3' (SEQ | GAGAAGGGC-3' (SEQ ID
RO
ا تم استخدام DNA مجينى محضر من سلالة Jqq من بكتيريا 11.5101 ATCC# 9 ,من :
Genome Therapeutics Corporation, 100 Beavor Street, Waltham, MA 02154) (Current Protocols in Molecular Biology John Wiley and sons 1ns. F.Ausubel et al. 0 eds 1994).
DNA J ثم إدخا . H. Pylori بكتيريا ORF محتوي على DNA لتكيير تسلسل 3 ‘ ميلي مول Y Mgcl2 لتفعل | لمحتوية على | 3 EXD) Ls نو جرا م في Loo. ) مجيتي وممهدات اوليجونكليوتيدات ذات Fada ١ غرمي دقيق (ممهدات امامية وخلفية) .أ تكميلية ل ومجا 3,5 ل ORF يكتيريا Y H.Pylori ر. ميلي مول من كل ثلاثي فوسفات ديوكسى تكليوتيد و dTTP, dCTP, dGTP, dATP و در؟ وحدة من بوليميريز DNA ثابت الحرارة : ) Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc. Branchbury, NJ, USA) لتدوير الحراري I ميكرو ليتر . كما استخدمت شروط \.. 8,43 sl في حجم Vo التالية للحصول على منتجات DNA مكبرة لكل ORF باستخدا م مدور حرأ ري من : نوع ( Perkin Elmer Cetus/ Gene Amp PcR System 9600)
YL NLL ١ OAS 9 Ya خلا AN OAs 9 PAAR Th A As 9 ١. VY {AS 9 » Lcd AYN LAY وبروتين Y. تغير الجوهر الطبيعى او مسخ الخواص الطبيعية على 54 درجة حرارة مئوية لمدة ؟ دقيقة .
كل ؟ دورة على 44 درجة حرارة مئوية لمدة 19 ثانية JOR درجة حرارة مئوية لمدة 18 ثانية و VY درجة حرارة مئوية لمدة 9ر١ دقيقة . XY دورة على 44 درجة حرارة مئوية لمدة 10 ثانية 00 درجة حرارة مئوية لمدة Vo ثانية و VY درجة حرارة مئوية لمدة در١ دقيقة . ° جرت التفاعلات على VY درجة حرارة Lita لمدة 6 دقائق . بروتين 7.. 11775 : مسخ الخواص الطبيعية او تغير الجوهر الطبيعي على 44 درجة حرارة مثوية لمدة ؟ دقيقة . YO دورة على 509 درجة حرارة مثوية لمدة Vo ثائنية , 59 درجة حرارة مئوية لمدة Vo ٠ ثانية ؛ VY درجة حرارة مئوية لمدة 0ر١ دقيقة . : جرى التفاعل على VY درجة حرارة مئوية Bal دقائق . بروتين 771.41 : تغيير الخواص الطبيعية على 44 درجة حرارة مئوية لمدة ؟ دقيقة Yo دورة على درجة حرارة مئوية قدرها 44 درجة ١ Bul ثانية , وعلى TT درجة حرارة مئوية لمدة 10 ثانية No وعلى VY درجة حرارة مئوية لمدة 9ر١ دقيقة . ؟؟ دورة على 94 درجة حرارة منوية لمدة Vo ثانية leg .1 درجة حرارة مئوية لمدة Vo ثانية وعلى VY درجة حرارة مئوية Bul 9ر١ دقيقة . جرت التفاعلات على VY درجة حرارة مئوية لمدة ١ دقائق . ,
AR}
YUVA. 718 بروتين Af تغيير الخواص الطبيعية على 94 درجة حرارة مئوية لمدة ؟ دقيقة . ؟ دورة على
VY Aes ثانية ٠9 درجة حرارة مئوية لمدة YA leg Lali Vo درجة حرارة مئوية لمدة . لمدة 9ر١ دقيقة Lge درجة حرارة
Vo Bul درجة حرارة مثوية VY eg ثانية ١9 دورة على 44 درجة حرارة مئوية لمدة YY 0 . درجة حرارة مئوية لمدة 09ر١ دقيقة VY leg ثانية . دقائق ١ درجة حرارة مئوية لمدة VY جرت التفاعلات على : 1152777 بروتين . لمدة ؟ دقيقة Liste تغيير الخواص الطبيعية على 54 درجة حرارة ٠٠ لمدة shad, lym ؟؟ درجة dey ثانية ٠9 ؟ دورة على 954 درجة حرارة مئوية لمدة ٠ . لمدة 9ر١ دقيقة Lista درجة حرارة VY leg ثانية ٠9 ثانية , 909 درجة حرارة مئوية لمدة Vo دورة على 92 درجة حرارة مئوية لمدة . دقيقة jo درجة حرارة مئوية لمدة VY ثانية و . دقائق Il درجة حرارة مئوية VY جرت التفاعلات على + 11.7101 بكتيريا ppiB «شروط تكبير Vo . تغيير الخواص الطبيعية على 44 درجة حرارة مئوية لمدة ؟ دقيقة ثانية ١١ درجة حرارة مئوية لمدة YY , ثانية ١9 ؟ دورة على 44 درجة حرارة مئوية لمدة ١ درجة حرارة مئوية لمدة 9ر١ دقيقة . ى| VY و ثانية ٠٠ ثانية 01 درجة حرارة مئوية لمدة Vo دورة على 954 درجة حرارة مئوية لمدة Y0 . لمدة 9ر١ دقيقة Lhe و؟لادرجة حرارة | ٠
ل جرت التفاعلات على VY درجة حرارة مئوية Bul دقائق . وباكتمال تفاعلات التدوير الحراري تم غسل كل عينة من DNA مكبر وتمت تنقيتها باستخدام طقم تنقية من نوع : (Qiaquick Spin PCR) « متوفر لدى : (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) 0 وجرت تعريض JS عينات أل DNA المكبرة للهضم مع قيود انزيمات تووية داخلية Neol و EcoRI متوفرة لدى : (NEW England BioLabs, Beverly, MA, USA) أو في AYN LAY HPSeq Ula € (تسلسل ذي الرقم المرجعي (WA ,ب Ndel و EcoRI .\ كما ورد فى : Current Protocols in Molecular Blology, John wiley and Sons Inc.
F.
Ausubel et ( al. eds 1994) ثم تلا ذلك تعريض DNA clive للاستضراد على (FMC Bioproducts, Rockland /١ ME USA) Nu Seive جلات أغاروز . وقد تم DNA slug) لعيان بواسطة تعريضها V0 لبروميد الاثيديوم ولموجة طويلة uv من الاشعاع . وتم تنقية DNA الموجود فى شرا تح مفصولة عن جل اغاروز باستخدام طريقة طقم (Bio lol Gene Clean) من (Bio lol Vista CA U.S.A) "استنساخ تسلسلات DNA بكتيريا HPylori فى ناقل تجسيد بدائى النواة pET-28b :
تل جري تحضير ناقل pET-28b للاستنساخ بواسطة الهضم مع Nol و EcoRI , أو فى Ula بروتين AYY LAY £ بكتيريا H.Pylori مع Ncol و EcoRI : وفقاً ل: Current protocols in Molecular Biology, John wiley and sons Inc., F.
Ausubel et al., eds., 1994). 0 وفي Ula استنساخ ppiB ؛ تم استخدام الناقل PET-28q , الذي يشفر His-Tag والذي ينصهر عند اطرف 0 من جين داخل ؛, وتم تحضير موقع الاستنساخ للاإستتنساخ بجين 0018 بواسطة الهضم مع BamHI و Xhol وهى قيود أنزيمات نووية باطنية . بعد الهضم ؛ جرى استنساخ مدخلات DNA وفقاً ل: Current Protocols in Molecular Biology John Wiley and Sons Inc.
F.
Ausbel et al., eds. 1994). ). فى نآ قل ا لتجسيد PET-28b | لذي سيق هضمة ؛ ياستثنا Ie لحشوة ا لمكيرة ppiB J التي تم استتساخها إلى ناقل تجسيد PET-28q . وعندئذ تم استخدام مركبات تقاعل الربط لتحويل سلالة 3121 من بكتيريا E.Coli وفقاً ل: Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc.
F.
Ausbel et al. eds 1994) Vo » تحويل يكتيريا مؤهلة ببلازميد ات معيدة اتحاد » تم تحويل بكتيرها مؤهلة من سلالة 13121 من بكتيريا E.Coli « أو من سلالة (DE3) 1 من بكتيريا Coli ما ببلازميدات تجبسيد PET معيدة اتحاد مع تنفيذ XY. التسلسلات المستنسخة من HPylor وفقاً للطرق القياسية الواردة فى :
لالحا (Current protocols in Molecular, doh Wiley and Sons Inc., F.
Ausubel et al., eds .)1994 باختصار , جرى ١ BIS ميكروليتر من تفاعل ربط مع .9 ميكروليتر من LIA مؤهلة كهربائياً وتعريضها لنبضات قولطية عالية , بعدها ؛ تم احتضان العينات في واسطة SOC 0 )480 . ميلي ليتر) (خلاصة خميرة 9ر .7 7 تريبتون ٠١ ١ ميلي مول Nacl , در؟ ميلي مول Ve KCL ميلي مول ٠ MgCl, ميلي مول ٠. ys Mg Sod ميلي مول غلوكوز) علي YY درجة حرارة مئوية مع التقليب لمدة ١ ساعة بعد ذلك تم نشر العينات على صفائح ١ غار LB محتوية على YO ميكروجرام /ميللتر من كبريتات كاناميسين للنمو طوال الليل . عندئذ جرى التقاط المستعمرات المتحولة من 3121 ٠ وتحليلها بغرض تقييم الحشوات المستنسخة كما هو موصوف لاحقاً . «تعريف بلازميدات تجسيد PET معيدة اتحاد تحمل تسلسلات بكتيريا 11.3102 : جرى تحليل نسائل 3121 الفردية المتحولة مع ORFs بكتيريا :10و11 ) pET-28b بواسطة تكبير PCR الحشوات او المدخلات المستنسخة باستخدام نفس الممهدات الامامية والخلفية خاصة لكل تسلسل بكتيريا :11.210 ؛ والتي تم استخدامها في ١ تفاعلات استتنساخ تكبير PCR الاصلي أثبت التكبير الناجح تكامل تسلسلات بكتيريا :11.7710 , في ناقل التجسيد وفقاً ل : Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons Inc., F.
Aususbel et ( al., eds 1994) «عزل وتحضير DNA بلازميد من محولات BL21 « Y. جرى تثناول تنسائل فردية من نواقل 021-286 معيدة اتحاد تحمل ORFS بكتيريا
WA
Yo زائد LB broth مل من ٠ مستنسخة بشكل صحيح واحتضاتها في* ٠. 1.0
Jie ميكروجرام/ ميللتر من كبريتات كاناميسين طوال الليل وفي اليوم التالي تم : البلازميد وتثقيته باستخدام طريقة تثقية بلازميد وفقاً ل DNA ( Qiagen Inc. chatsworth CA, U.S.A) "Qiagen" « E.Coli معيدة اتحاد في بكتيريا « HPylon «تجسد تسلسلات بكتيريا 0
Ji. E.Coli K-12 في اية سلالة من بكتيريا PET يمكن توالد الناقل . بغرض الاستنساخ او لتحضير بلازميد ٠ لخ ٠١ DHS, 11109, HB 101 HMS174 محتوية على نسخة كروموزومية من الجين E.Coli حاضنات التجسيد سلالات Jods « DE3 وهذه الحاضنات هي جنيات انحلال من ملتهم بكتيري . T7RNA لبوليميريز مشتق لامي (ملتقى الدرز السهمي بالدرز اللامي) ينل جين أل ]180 . ومحرض آل ٠
T7RNA والجين الخاص لبوليميريز هال17 . ويتم حث بوليمريز « Lac 5 بواسطة اضافة ايسوبروبيل - 1-13- ثيوجلاكتوسيد )© 1:4 ,وبوليميريز ال حاملاً محرض 17 وجين PET-28b هلال17 الذي ينسخ أي بلازميد هدفي « مثل : معني والسلالات المستخدمة تشمل ) 3121 (DE3) (Studier, 1.137 ROSENDBERG, A.H., Dunn, J. J. and Dubendorff Vo
J. W. (1990) Meth. Enzymol. 185, 60 - 89). نانوجرام من ٠9. معيدة اتحاد , تم استخدام , HPylon ولتجسيد تسلسلات بكتيريا بلازميد معزول كما سبق وصفه لتحويل بكتيريا مقتدرة او مؤهلة DNA كجزء من طقم نظام تجسيد Novagen كما سبق وصفه (مدفرة بواسطة BL21 (DE3) كما هو موصوف PET- (بيتا جلاكتوسيديس) في نظام LacZ وتم تجسيد جين . (PET
حار لانشاءات معيدات اتحاد بكتيريا :11710 , وتم زرع الخلايا المتحولة في واسطة SOC لمدة ١ ساعة وعندئذ تم نشر الزريعة على صفائح IB محتوية على Yo ميكروجرام / ميللتر سلفات كاناميسين . وفي اليوم JU تم تجميع مستعمرات بكتيرية وتنميتها في واسطة LB محتوية على سلفات كاناميسين YO) 0 ميكروجرام/ميللتر) لكثافة بصرية على وحدات من ٠٠١ نانومتر من در . ١- قطر خارجي (OD) حيث يضاف عند هذه النقطة ١ ميلي جزيئي غرامي من IPTG للزريعة لمدة ؟ ساعات لحث تجسيد جين من تركيبات DNA معيدة اتحاد من بكتيريا H.Pylori . وبعد الحث الخاص بتجسيد جين مع TPTG تم تكوير البكتيريا بواسطة الطرد المركزي ٠ في فرازة أو نابذة من نوع 60-33 Sorvall على .70.2 ع لمدة 9 دقيقة وعلى ؛ درجة حرارة مئوية . ثم أعيد تعليق الكريات في .5 ميلي ليتر من ٠١ ميلي مول من Tris-HCI + بدرجة حموضة 4 ,و NACL ذي ار . تركيز جزيئي غرامي و ١ار. ميلي مول (STEbuffer) EDTA وعندئذ تم طرد الخلايا مركزياً على ...8*7 لمدة Yo دقيقة على 4 درجات حرارة مئوية . تم وزن الكريات المبتلة وتجميدها على - .4 درجة حرارة Vo مئوية حتى اصبحت جاهزّة لتنقية بروتين . 1 - ” تنقية بروتينات معيدة اتحاد من بكتيريا "E.Coli طرق تحليلية : قيست كميات تركيزات مستحضرات بروتينات مثقاة بواسطة سبكتروفوتوميتر : (مقياس الشدة النسبية لأجزاء الطيف) باستخدام معاملات امتصاصية معدودة من
AR
: محتويات حامض أميني وفقاً لما ورد في ( Perkins S.J. 1986 Eur. J.Biochcm. 157 169-180) : تركيزات البروتين بواسطة طريقة JE كما (Bradford, M.M. (1976) Anal. Biochem. 72, 248-254 and Lowry, O.H.
Rosebrough N., Farr, A. ما and Randall, R.J. (1951) J. Biol. chem. 193 Pares 0 265-275( جلات منحدرة من اكريلاميد) /Y0 - 4 بولي اكريلاميد (17// أو - SDS وتم شراء جلات : من ( BioRad, Hercules, CA USA) Ye واحتوت مؤشرات الوزن الجزيئي الغرامي ميوسين . Coomassie وصيغها بأزرق ٠
E.Coli من بكتيريا ) kDa WN) -جلا كتوسيديس ( (kDa 7. .( عضل هيكلي لارنب
JY) (KDa LY) ا و زلال مصل بقري cl . (KDa رنب 3 رلاك | Jae B فوسفور يليس ما نع تربسين فقول الصويا (KDa YY) بيض )£0 10138 ) , انهيدريس كربونيك بقري 1,0) ؛ و أبروتينين بقري (KDA 14 خميرة حالة من بياض البيض (4ر (KDa ؟١ر0( ٠ ( kDa : تنقية البروتينات القابلة للذوبان . 1 جري تنفيذ كل الخطوات على 4 درجات حرارة مئوية وتم تذويب الخلايا المجمدة واعادة
Nacl . درجة حموضة حخرلا ‘ Tris ميلى مول Y. ) تعليقها فى 0 أحجام من منظم | تحلال من ؟ - ميركبتو Ze ر٠١ غفليسيرول VV ميلي مول مع 5٠ , ذي ؟ تركيز جزيئي جراي ٠ ميلي مول فلوريد فينيل ميثيل ٠١ إثانول , .. ميكر وجرام/ ميللتر خميرة حالة
٠١ , ميكروجرام/ ميللتر لكل من ليوبيبتين ؛ أبروتينين ٠١ ,و (PMSF) سلفونيل كلورو - ؟ - [4 - طوسيل أميدو] - 7 - أمينو - ؟ - هيبتانون - ١- 1. , بيبتاتين كلورو - 41-7 - طوسيل أميدو] - 4 - فينيل - ؟ = يوتانون - ١ - 1. + (TLCK) ومانع تريبسين فول صويا ؛ وتفتيتها بواسطة عدة ممرات عبر مسيل « (TPCK) صغير aan ميكرو ذي 0 ( Model - M - llos, Microfluidics International Corporation, Newton, MA) ساعة ١ لمدة 8 *٠٠١... وطرده مركزياً على » Brijgg 7/1 وناتج التجانس تم جعله . للحصول على مادة عائمة صافية (مستخلص خام) وبعد الترشيح من خلال مرشح من نوع "50007" ذي /ر. ميكروميتر متوفر من «تبتحميل الخلاصسة السام مباشرةء__سلى (Gelman Sciences, FRG) ٠ ليتر وفقا لما aeo بحجم قاعدي قدره (NTA) Ni 2+ - nitrilotriacetate- agarose : ورد في (Hochuli, E., Dbeli, H, and Schacheer, A. (1987) J.
Chromatography 411, 177- 184) . ١و Bij35 7. ر٠١ غفليسيرول 7٠١ مع موازنتها مسبقاً في منظم حال محتوي على ٠5 ميليلتر (.5 مقدار طبقي) من منظم You تم غسل العمود ب . PMSF ميلي مول من وتم شطفه بخطوات متعاقبة من Brij35 7. ر٠١ غليسيرول 7٠١ حال محتوي على و .7 ؛ PMSF ميلي مول ٠١ Brij35 7. 5000 غليسيرول /)٠١ منظم حال محتوي على ميلي مول اميدازول بالتعاقب , وتمت مراقبة الاجزاء بواسطة 9.2.2.2.
الامتصاص على ODpgonm , وتحليل الاجزاء العلوية بواسطة PAGE - 5138 وغسلت الاجزاء المحتوية على بروتين معيد اتحاد في ٠٠١ ميلي مول ١ ميدازول . "بروتين 177 .14 ١ معيد اتحاد وبروتيتات , بييتا جلاكتوسيديس (LacZ) وايسومريز بينيتديال - بروليل Cis-trans " 0 جرى تجميع الاجزاء المحتوية على بروتينات معيدة اتحاد من أعمدة أل - NiZ¥ - NTA agarose وتركيزها لوا لي © ميليلتر بواسطة الترشيح بالطرد المركزي - (Centriprep Amicon, MA) ,10 وتحميلها على عمود VAL - ميللتر )57 ANY سنتيمتر) واسطة ترشيح جل من (SePhacryl-S- 100 HR) . ثم موازنتها في ل ٠١( Buffer ميلي مول da yu Hepes حموضته ٠9٠١١ V0 ميلي . ميليتر/ساعة ١84 على BUffuA ار .ميلي مول 5018 ) وتسييرها في ١ Nacl مول ٠
YA. كما تم تحديد الاجزاء المحتوية على بروتين معيد اتحاد بواسطة الامتصاص على وتم تجميع الاجزاء وتركيزها بواسطة . SDS-PAGE تانوميتر والتحليل بواسطة . الترشيح بالطرد المركزي : «بروتين 1161771 7 معيد اتحاد» ٠ جرى تجميع الاجزاء الملحتوية على بروتين معيد اتحاد من عمود أل - NTA - *2زي ٠ 6 وديلزتها (إجراء فصل غشائي لها) طول الليل على ١ ليتر من منظم ديلزة (١٠ميلي مول MORs , درجة حموضة 9ر١ ؛ .9 ميلي مول من NaCl ١٠ر. ميلي مول من EGTA « ¥ .7.5 من Brij35 و ١ ميلي مول من PMSF ) وفي الصباح - أزيل مترسب أبيض دقيق بواسطة الطرد المركزي وتم تحميل المادة العائمة الناتجة على
عمود فصل كرو موتوغرافي سائل عالي الأداء من نوع 110008 ذي A ميليلتر VoxA) ميلمتر) متوفر لدى : (Pharmacia Biotechnology Inc.
Piscataway, NJ, USA)
وموازنته في منظم 8 (. ١ ميلي مول من MOPS , درجة حمضته Lo ار ٠. ميلي مول 0 من MEGA ( محتوي على .59 ميلي مول من 14861 تبع ذلك غسل العمود بعشرة
أحجام طبقية رقيقة من المنظم B المحتوي على .5 ميلي مول من NaCl وتظهيره مع
Hallas 0. من Nacl ).0 -..9 ميلي مول) . تم شطف بروتين ١ 1١61776 معيد اتحاد
كقمة حادة بحوالي Veo ميلي مول Nacl .
٠" تنقية بروتينات غير قابلة للذوبان من اجسام تضمين » نفذت الخطوات التالية ٠ على ؛ درجات حرارة مئوية أعيد تعليق كريات أو حبيبات الخلية في منظم حال مع
٠ غليسيرول , ..؟ ميكروجرام خميرة انحلال , 5 ميلي مول من ٠١5018 ميلي
مول من PMSF ١ر ./ ميركبتو اثانول .
وبعد تمريرها في مفتت خلايا , تم جعل المتجانس الناتج ؟ر ./ ديوكسي كوليت -
والتقليب لمدة ٠١ دقائق ؛ ثم الطرد المركزي على ٠..ر .7 * ق لمدة .؟ دقيقة . وغسل ٠ الكريات بمنظم حال محتوي على 71٠١ غفليسيرول ٠٠١ ميلي مول من JN EDTA
٠١ Triton X-100 ميلي مول من PMSF ١٠ر .7 - ميركبتو ايثانول , تبعه عدة غسلات
بمنظم حال محتوي علي يوريا بتركيز جزيئي غرامي ١ و ١ ميلي مول من PMSF 30
ار Ze من ؟ = ميركبتى ايثانول . كانت الكريات البيضاء الناتجة مؤلفة من
أجسام ضمنية ؛ خالية من خلايا غير مفتتة ومن مواد غشائية «البروتينات 7.7 OE LLY مان تل 177١ LUV YL NLL ١١ معيدة الاتحاد » : نفذت الخطوات التالية على درجة حرارة الغرفة . أذيبت الاجسام الضمنية المنقاة في ؟ ميللتر من يوريا ذات تركيز جزيئي غرامي 4 ؛ في منظم انحلال مع ١ ميلي مول 0 من PMSF و ار .7 من ؟ = ميركبتى ايثانول , واحتضانها على درجة حرارة الغرفة لمدة ١ ساعة . أزيلت المواد التي لم تذب بواسطة الطرد المركزي . تلا ذلك ترشيعح المادة العائمة الصافية وتحميلها على عمود من NiZ* NTA agafose متوازن مسبقاً في يوريا ذات تركيز جزيئي غرامي قدره / في منظم تحليل ؛, وغسل العمود بحوالي Vo ميللتر (من .5 حجم طبقي) من منظم الانحلال المحتوي على يوريا يتركيز جزيئي ٠ غرامي 4 ؛ وعلى ١ ميلي مول من PMSF , وعلى ١ر ./ من VY - ميركبتى ايثانول ؛ وتظهيرها بخطوات متتابعة من منظم انحلال محتوي على يوريا ذات تركيز جزيثي غرامي قدره 4 ؛ وعلى ١ ميلي مول من PMSF , وعلى )705 من ؟ = ميربتى ايثاتول وعلى .010007 You ...9 ميلي مول من ١ ميدازول بالتتابع . روقبت الاجزاء بواسطة الامتصاص علي 01280708 ؛ وتم تحليل الاجزاء العلوية بواسطة - SDS Jui gy PAGE ١ الاجزاء المحتوية على بروتين معيد اتحاد بحوالي بلا ميلي مول من ١ ميدازول . TIAL 14274141 lis yun .47 1 معيدة اتحاد » أذيبت الكريات المحتوية على أجسام ضمتية في المحلول المنظم B المحتوي علي يوريا بتركيز جزيئي غرامي قدره 4 و١ ميلي مول من 11457و ١ر ./ من ميركبتو ايثانول , واحتضانها لمدة ١ ساعة على Y. درجة حرارة الغرفة , تلا ذلك إزالة المواد غير القابلة للذوبان بواسطة الطرد المركزي
\Yo
Sp- على ...ر.؟* ع لمدة .؟ دقيقة , وتم تحميل المادة العائمة الصافية على عمود ميللتر (1ر١**رل/اسنتيمتر) متوازن مسبقاً في المحلول المنظم 3 ؛ Vo Sepharose ؛ و ١ر .77 - ميركبتو PMSF مول من load يوريا ذات تركيز جزيئي غرامي ايثانول . وبعد غسل العمود ما بعشرة أحجام طبقية رفيقة تم تظهيرة بمتحدر . Nacl مستقيم من صفر إلى .9 ميلى مول ° ديلزة وتركيز عينات البروتين» « أزيلت اليوريا ببطء من عينات البروتين بواسطة الديلزة على محلول مالع (Nacl ميلى مول ٠9. + ؛ درجة حموضة Tris ميلي مول ٠٠١ TBS) Tris-buffered مع خفض تتابعي في تركيز اليوريا كما (DOC) محتوي على 50 ./ ديوكسي كوليت يلي :1 تركيزات جزيئية غرامية , ؟ تركيزات جزيئية غرامية ؛ ؟ تركيزات جزيئية ٠
TBs تركيز ؛ 9ر . تركيز جزيئي غرامي وأخيراً ٠١ تركيز جزيئي غرامي Ve غرامية يدون أي يوريا . وكانت كل خطوة ديلزة .فصل غشائي) تجري مدة ؛ ساعات على الاقل وعلى درجة حرا رة الغرفة وبعد الديلزة , تم تركيز العينات بواسطة ترشيح الضغط : باستخدام خلايا مقلبة بالأميكون قيست تركيزات البروتين باستخدام طرق ( Perkins (1986 ur. J. biochem . 157, 169 - 180) Bradford ( (1976) Anal. Biochem . \o 72 248 - 254) and Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193 Paycs 265-275) والبروتينات معيدة الاتحاد المنقاة بواسطة الطرق الموصوفة بعالية ملخصسة فى ْ . FURR yy لودج
TT] se [Fe]
Homolog Gene fraction used to Relative MW concentration symbol
J99 Sequence | identified of purify recombinant Method of on SDS-PAGE of Composition : purified protein | of buffer
Outer Membrane Proteins | I I EE RR 16225006 | P28635 Inclusion bodies 18kDa | 5 mg/ml | B 26054702 P15929 figH Inclusion bodies His-Tag 37 kDa 1.18 mg/ml
TT | 68 7116626 P26093 e(P4) Soluble fraction His-Tag 29 kDa 0.8 A mg/ml 1.85 0 mg/ml 29479681 P13036 fecA Inclusions bodies SP-Sepharose 23 kDa 2.36 B mg/ml 0.5 mg B ml
TT ean pele 14640637 P16663 TPF1 Soluble fraction His-Tag 17 kDa 2.4 A mg/ml
TT eeimwanonsw00RR | [
Periplasmic/Secreted Protein | 1 3010032 P23847 dppA Inclusion bodies His-Tag 11 kDa 2.88 B mg/ml /
\YY تابع جدول ؛ 0 4721061 P36175 GCp Inclusion bodies His-Tag 38 kDa 2.8 mg/ml
Other Surface Proteins Ey | بل 4821082 P08089 M protein | Inclusion bodies His-Tag 20 kDa 1.16 B mg/ml 978477 L28919 FBP34 Inclusion bodies SP-Sepharose 44 kDa 2.56 B mg/ml 0.3 mg/ml
Inner Membrane Proteins I A EE مسد 26380318 P5933 Inclusion bodies | SP-Sepharose | _1TkDa 22 الع« 8
Control Proteins with His Tag I FE BA ل ل 1 poor lacZ Soluble fraction |__HisTag | 11603 | 10 mg/ml] A ال ١ 0 يس ان سكس ا إ ذه سه ا ا ِ ppiB Soluble fraction His-Tag 21 kDa 4.4 A mg/ml لذ | ال
Buffer compositions:
Som Hepes pH OmM NaC OI mM EGTA | | ——————
B=10 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCI 0.3 % DOC I FY ES I
C= 10 mM MOPS pH 6.5, 300 mM NaCl 0.] EGTA اا EE
ا 17 تحليل بروتينات بكتيريا HPylori مرشحة oY تكون لقاحات لتقصي التأثير الخاص بالتضمين المناعي لبروتينات ٠ H.Pylori تم استخدام فأر/ نموذج بكتيريا H.Pylori في كثير من المظاهر . والتركيز انصب على تأثير التطعم عن طريق الفم في حيوانات مصابة ببكتيريا H.Pylori بغرض اختبار فكرة المداداة المناعية للعلاج عن 0 طريق القم . الحيوانات : تم شرا ء فشران اناث من نوع SPF BALABIC من مركز Brombholt Breeding في الدنمرك , ووضعت في أقفاص Makrolon العادية مع إعطاءها فرصة تناول الطعام والماء كيفما تشاء . كان عمر الحيوانات هذه عند وصولها حوالي ستة أسابيع . ٠ الاصاية: بعد مضي اسبوع على الاقل علي تأقلمها ٠ تم اصابتها بسلالة نوع (VacA negative) Y من بكتيريا HPylor (سلالة YEE « معزولة أصلاً من مريض بالقرحة . وتحت أيدينا ؛ أثبتت هذه السلالة سابقاً على أنها مستعمر جيد لمعدة الفأر . تم تنمية البكتيريا طوال الليل في حساء من Brucella مضاف إليه 7/٠١ مصل Jae جنيني VV ley درجة \o حرارة مثوية في جو محب للهواء /٠١( ثاني أكسيد الكربون , 7/5 أكسجين) أعطيت الحيوانات جرعة من أميبرازول عن طريق الفم )£00 ميكروجرام/كيلوجرام) وأعطيت بعد ؟ - 5 ساعات من eld تلقيح او تطعيم عن طريق الفم من بكتيريا :11.5910 في حساء (حوالي fefu 9٠١ الحيوان) , وبعد التلقيح هذا بحوالي ؟ - ؟ أسابيع تم فحص مدى الاصابة الايجابي لبعض الحيوانات .
حا «مولدات المضادات » جرى انتقاد مولدات مضادات بكتيريا H.Pylori اللعيدة الاتحاد على أساس ارتباطاتها بالاغشية الخلوية من بكتيريا H.Pylori المعرضة للخارج . وتم انتقاء هذه المولدات من المجموعات التالية : )١( © : بروتينات أغشية خارجية )( بروتينات مفرزة / سيتوبلازمية )7( بروتينات سطحية خارجية ؛ )8( بروتينات أغشية داخلية . وقد تم انشاء كل البروتيثات المعيبدة الاتحاد مع tag 168-1115 لاسباب تتعلق ب لتنقية . وتم | نشاء بروتيتات | لضيط | لقير b) H.Pylori - جلاكتوسيديس من يكتيريا LacZ ¢ E.Coli ( بنفس الطريقة ظهرت مولدات المضادا ت جميعها فى شكل ب" قا بل O Lal اي أذيبت إما في محول منظم من 1-75 أو في محول منظم محتوي على s/o يوكسي كوليت 0000 . ومولدات المضادات مدرجة فى جدول ٠ . «جدول 0« بروتينات بكتيريا HElicobacter Pylori : Ve بروتينات أغشية خارجية : بروشين ARRAS بيروتين EVYNLY بروتين 16775.2.7 ّ بروتين YALVATAN XY. بروتين ٠216.177
٠ : بروتينات مفرزة / سيت بلازمية
YALL YYY بروتين : بروتينات غلافة خلية أخرى 071.7 بروتين : Flagella بروتيتنات مرتبطة ب ° 17/827148 بروتين : بروتيتات ضبط (LACT) ط - جلاتوسيديس : التحصينات (Ye YO 216501 يوم (اليوم TE تم تحصين الحيوانات في كل مجموعة ؛ مرات على مدى ٠
Ves أعطيت مولدات المضادات المنقاة سواء في محلول أو في معلق بجرعة قدرها ميكروجرام/ فار من سم ٠١ ميليجرام/فار . وكمساعد , أعطيت الحيوانات ايضاً مع كل تحصين . كما تم إعطاء الحيوانات أميبرازول )£02 ميلي مول/ CT الكوليرا ساعات كوسيلة لحماية 0 =F كيلوجرام) عن طريق الفم قبل التحصين بحوالي ٠ مولدات المضادات من تحلل حامضي . أما الحيوانات المصابة الخاصة بالضبط فقد تلقت محلول منظم من CT + HEPES أو محلول منظم من CT + DOC وتمت التضحية بالحيوانات في غضون ؟ - 4 أسابيع بعد التطعم . وجدول 6 مبين فيه نتيجة هذه الدراسة :
كا جدول + نتيجة Law! 5) afl « تحصين علاجى : كا - | LY و -“ s . - . نت جميع الفئران قد أصيبت ببكتريا 23 سلالة Ah244 في اليوم الثلاشين : Substance Mouse strain Dose/mouse Dates for n=10 dosing Controls, PBS Balb/c 0.3 ml 0, 14,24, 34 .1 Cholera toxin, 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24,34 .2 Protein 16225006, 100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34 .3 Protein 26054702, 100 pug + CT 10 ug Balb/c 0.3 ml 0, 14,24, 34 .4 Protein 26380318, 100 pug + CT 10 pug Balb/c 0.3 ml 0, 14,24, 34 .5 Protein 29479681, 100 pg + CT 10 pug Balb/c 0.3 ml 0,14,24,34 .6 Protein 30100332, 100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34 .7 Protein 4721061, 100 ng + CT 10 ug Balb/c 0.3 ml 0,14,24 34 .8 Protein 4821082, 100 ug + CT 10 ug Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34 .9 Protein 7116626, 100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3ml 0, 14, 24, 34 .10 11.Protein 14640637, 100 ng + CT 10 ug Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
يم : تحليل العدوي (الاصابة) : اصابة أو عدوى مخاطية : تمت التضحية بالفئران باس ستخدام ثاتي i كسيد الكربون وا لزع Sad لعنقي وفتح البطن وأزيلت المعدة . وبعد قطع المعدة على طول منحتاها تم شطفها بمحلول مالح . وتم كشط 0 الغشاء المخاطي من ا لتجويف وثم كشط جزء من ا ليدن قدره YO ميلمتر مربع على انفصال بمبضع جراحي ؛ وتم تعليق الغشاء blll في محلول Brucella ونشره على صفا = | نتقائية من Blood Skirrow . وتم حضن lial I تحت ظروف Lins للهوا ء لمدة ؟ = 0 آيام وعندئذ تم عد المستعمرات . وتم تأكيد Tosh بكتيريا 11.59108 بواسطة اختبار أنزيم اليوراز وأنزيم الكتالاز (انزيم مؤكسد) وبواسطة التنظير المجهري ٠ المباشر أو بواسطة الصبغ أو التلطيخ الجرامي . واختبار اتزيم اليوراز فقد تمت تأديته علي التحو التالي تم شراء الكاشضف مركز 0 ‘ وتم تخفيف المركز | لقاعدي من أغاريوريا PX) . UL \ . ١ خلط ١ ميليلتر من المركز المخفف مع Yo = ٠٠١ ميليلتر من خلايا نامية عى نحو نشيط من بكتيريا H.Pylori Vo . تغير | للون إلى | لأرجوا تي دل على أن الخلايا كانت 50 Lin أنزيم ا ليورا ر. أما Staal انزيم الكتالاز = Pugh اجراوؤّه من الناحية الجوهرية على النحو التالى ٠ تم شراء الكاشف NL NG NG N , - رباعي ميثيل - م - فينيلين ثنائى أمين من LIER WIT Sigma لويس (كاتا لوج رقم 134 13 . وجرى تحضير من الكاشف 7N) وزن في حجم في UI ( وجرى جرف خلايا بكتيريا H.Pylori على ورقة مرشح What man Yl وغطيت بأل 73 محلول . تغير اللون إلى الازرق الداكن دل على أن الخلايا كانت موجبة
PURE] الكتالاز . أجسام مضادة مصلية (من المصل) : كان ١ لمصل من yal I | نا لذي ثم تحضيره من ١ لدم مسحوب بواسطة ثقب [ لقلب . وتم أ لتعريف يأجسا ¢ مضادة من المصل SP اسا ليب فنية نظا مية من pa LINEN ELISA 0 نشر مولدات المضاد النوعية من بكتيريا Helicobactor Pylori . أجسام مضادة من أغشية مخاطية : تم تأدية الكشوطات الخفيفة لجزء محدد من الجسم ولاربعة سنتيمترات من الاثنا عشر في .70 من الفئران بغرض اكتشاف وجود أجسام مضادة في الغشاء المخاطي . وتم تحديد معايير الجسم المضاد بواسطة تقنيات نتضامية من ELISN كماهو المال ٠ النسبة للاجسام المضادة من الأمصال . : تحليل إحصائي : تم استخدا م اختبار نظام اشارة "Wilcoxon - Mann - Whitney" لتحديد التأثيرات الهامة لمولدات المضادات على استعمار بكتيريا :115910 واعتبر المعيار © أكثر من 9٠.ر . ey أنه هام . ولأن التجويف هوالموقع الرئيسى لاستعمار Helicobacter جرى ١ وضع معظم التأكيد على التغيرات في المستعمرة الجيبية (المتعلقة بالجيوب الانفية) . النتائج : أجسام مضادة فى مصل : كل مولدات المضادات التي تم اختبارها والمعالجة ب CT أعطت ارتفاعاً فى معيار نوعي قابل للقياس في المصل . وأعلى الاستجابات شوهدت مع بروتين 176 111 CV
يروين 1177١ LW ؛ بيروتين 718 .71740 يروتين 1216.177 بروتين آم EAYY (اتظر شكل١) . أجسام مضادة فى الفشاء المخاطى : فى كشوطات الفشاء المخاطى . شوهدت أجسام مضادة Tae ga ضد كل مولدات المضادات 0 ا لتى كم ا ختيارها . وإلى حد يعيد 3 شوهدت | لاستجابة ا لأقوى مع 9 ١7 AS .. 7 تيعه بروتين باتعا ويروتين YA منت Aas ١ شكل ¥( . تأثيرات التحصين العلاجى : استعمرت كل حيوانات الضيط )53 (BALB/C Oo I جيداً يكتيريا H.Pylori (سلالة (AH244 في كلا تجويف ويدن المعدة . ومن يين مولدات المضاد ا لتي تم اختيبارها .\ أعطت ثلاثة بروتينات (بروتين نت ا » بروتين Veg.
YY AS 9 « £ AYN LAY ( خفضاً جيداً وهاماً , و//أو أعطت إبادة لاصابة بكتيريا :11.710 . وكانت درجة اصابة او J Loan of | لتجويف أقل بعد | لتحصين بييروتين AS YAN avi اا Y1 YA. مقارثنة ببروتيثات ا لضيط . ولم يختلف تأكثير J ليروتينات أ" ...0 A IATA TAN ‘ \1 YY و 0.2777 ٠. عن بروتينات الضبط . ولم يكن لبروتين الضبط lacZ ؛ أي البروتين غير ال :11.0710 . وكل البيانات مبيثة فى شكل ؟ و ؛ للبروتيئنات المذابة فى HEPES وفى DOC على التوالى . والبيانات مبينة على انها قيم متوسطة هندسية . ٠١ — A=n اختبار نظام اشارة P=wilcoxon - Mann - Whitney أو أكبر من 540+ ¢ كر ٠١/ - عدد القئران التى أظهرت إبادة بكتيريا 11.1011 من بين العدد الكلى للفئران التى تم اختبارها .
\Yo
HPylori البروتينات المرتبطة ببكتيريا JS أما البيانات المقدمة فتدل على أن الدراسة تؤدي إلى حفز استجابة مناعية عندما تستخدم كمولدات sigs والمدرجة وفقاً لما تم قياسه CT بالاقتران مع المساعد الفمي pill تعطي عن طريق Lelia بواسطة مصل نوعي وأجسام مضادة غشائية مخاطية . وغالبية البروتينات أدت إلى وفي بعض الحالات أدت إلى ابادة تامة لاستعمار بكتيريا :11.5710 في هذا pada ٠ النموذج من الحيوانات . ومما تجدر ملاحظته بان خفض او إبادة ذلك كان ناتجاً عن لبولي ١ الحماية المختلفة الاصل أو المشتلفة التكوين بدلا عن الحماية المماثلة (كانت والمستخدمة HPylori بيبتيدات مبنية على أساس تسلسل سلالة 149 من بكتيريا موضحة (AH244) في الدراسات العلاجية التحصيتية ضد سلالة متحدية مختلفة . H.Pylori قدرة اللقاح ضد تشكيلة واسعة من سلالات بكتيريا ٠ وأعلى استعمار (اصابة) في تجويف المعدة شوهد في الحيوانات التي عولجت ببروتين مما يدل على أن التأثيرات التي شوهدت مع مولدات « Helicobacter Ji غير LacZ cae sy مضادات بكتيريا 11.1011 كانت وبالنظر إلى هذه البيانات معاً يدعم استخدام بروتينات بكتيريا 1157103 ؛ بشدة صيدلانية للاستخدام في البشر لعلاجهم و/أو لمنع اصابتهم ببكتيريا Lilia في ٠ . H.Pylori « H.Pylori «تحليل اختلاف تسلسل جينات في سلالات بكتيريا :7
H.Pylori جرى استتساخ أربعة جينات وسلسلتها من سلالات متنوعة من بكتيريا
لمقارنة تسلسلات أل DNA وتسلسلات حامض اميني التي تم الاستدلال عليها . وهذه المعلومات استخدمت لتحديد اختلاف التسلسل بين سلالة 149 من بكتيريا HPylori وسلالات أخرى من بكتيريا 11.0710 من تلك التي تم عزلها عن مرضى من البشر . تحضير DNA الكروموزو مي :
0 تمتنمية زرائع من سلالات بكتيريا :11.0710 (كما هو مدرج في (Assn في BLBB )7 تريبتون /)٠١ بيبتامين ZV جلوكوز ؛ آر VL خلاصة خميرة 50 7 كلوريد صوديوم « 70 مصل بقري جنيني ) ل Ogg ذي ؟ر . تلا ذلك طرد الخلايا مركزياً في نابذة Sorvall RC-3B على ..0* ع .على ) درجات حرارة متئويةلمدة Vo دقيقة؛ء وأعيد تعليق الكريات في 580 . مل من ٠١ ميلي مول من Tris-Hel ؛ ومن OV ميلي
٠ مول من EDTA (TE) وإضافة خميرة Ula لتركيز Ales من ١ ميليجرام/ميليلتر جنباً إلى جنب مع RNAse 1 , /١ل SDS ل oo ميليجرام/ ميليلتر و ه وحدات/ ميللتر على التوالي , والاحتضان على درجة حرارة ١ لتركيز نهائي مكون من ار . ميليجرام/ميليلتر , واحتضان العينة على 00 درجة حرارة Liston لمدة تزيد عن ١ ساعة واضافة Nacl للعينه لتركيز مكون من 1# ر. تركيز جزيتي جرامي ؛ مع
١ الخلط بدقة , واضافة كار . ميللتر من /٠١ من CTAB في Nacl ذي تركيز جزيثي جرامي لار . Is) لنهائي V. /CTAB 7A ميلي مول من (Nacl تبعه الاحتضان على 19 درجة حرارة مئوية لمدة .7 دقيقة . وعند هذا النقطة جرى استخلاص العينات بكلور وفورم : كحول ايسول أميل « واستخلاصها بفينول , ثم استخلاصها مرة أخرى
للا
بيكلوروفورم : كحول I يسو أميل ¢ وترسيب DNA إما بيواسطة ١ 2°) EtoH «أحجام) أو يواسطة ايسو Jabs gm (آر Xe. أحجام) وعلى - .ا درجة حرا رة مثوية لمدة ٠١ دقائق . والغسل Lay نسبته .70/7 BIOH وإعادة التعليق في 15 . «تكبير PCR وا ستنساخه»
fo} جرى | ستخد ! ¢ DNA مجيني محضر من أ سلالة من يكتيريا H.Pylori كمصد D ل DNA تموذجي لتفاعلات تكبير 50 وفقاً لما ورد فى : Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and sons, Inc.
F. ausubel et (
al., editors 1994) .
ولتكيير تسلسل DNA محتوي على ORF بكتيريا HPylori تم إدخال DNA
.\ مجيني ) yas Ly. م في قا رورة تفاعل محتوية على Y ميلي مول من Mgcl2 وعلى ممهدات اوليجو نكليوتيد تركيبية ذات ١ ميكروجزيئي غرامي (ممهدات امامية وخلفية انظر (Vd gon تكميلية ل ومحيطة ب ORF بكتيريا :11710 ١ وار . ميلى مول من كل من فوسفات ثلاثى ديوكسى نكليرتيد dTTP, dCTP, dGTP, dATP. ¢ و 9ر. وحدات من بوليميريز DNA ثابت للحرارة متوفر لدى :
( Amplitag, Roche Molecular Systems Inc.
Branchburg, NJ, USA). \o . ميكروليتر في تفاعلات مزدوجة Ye في حجم نهائي مكون من
AYA
«V «جدول Ls يكتير DNA تسلسلات PCR و ليجو تنكليوتيد ات مستخدمة لتكبيير ١ «ممهد ات . H.Pylori
Outer membrane Forward primer 5’ to 3’ Reverse Primer 5° to 3°
Proteins
Protein 26054702 (for |5'-TTAACCATGGTGAAAAGCG S-TAGAATTCGCCTCTAAAACTT strains AH4, AH13, ATA-3' (SEQ ID NO:169) TAG-3' (SEQ ID NO:170)
AHS61, 5294, 5640, ا AHI18, and AH244)
Protein 26054702 (for |5-TTAACCATGGTGAAAAGCG 5-TAGAATTCGCATAACGATCA strains AH5, 5155, ATA-3' (SEQ ID NO:171) ATC-3" (SEQ ID NO:172) 7958, AH24.and J99)
Protein 7116626 5-ATATCCATGGTGAGTTTGA S-ATGAATTCAATTITTTITATTIT
TGA-3' (SEQ ID NO:173) GCCA-3'(SEQID NO:174)
Protein 29479681 5-AATTCCATGGCTATCCAAAT |53-ATGAATTCGCCAAAATCGTA
CCG-3' (SEQ ID NO:175) GTATT-3' (SEQ ID NO:176)
Protein 346 5'-GATACCATGGAATTTATGAA |5-TGAATTCGAAAAAGTGTAGT
AAAG-3' (SEQ ID NO:177) TATAC-3' (SEQ ID NO:178) مكبر ة لكل DNA دي لحصول على منتجا ت I لحر I استخدا ¢ شروط التد وير a كما 0
I : باستخدام مدور حراري من ORF ( Perkin Elmer Cetus / gene Amp PCR System 9600). 7١ وبروتين yiyvianm AS 9
كرد تغيير الخواص الطبيعية على AE درجة مئوية لمدة ؟ دقيقة ؟ دورة على AE درجة حرارة مئوية لمدة Vo ثانية ؛, وعلى Ye درجة مثوية لمدة 8ر١ دقيقة . YY دورة على 42 درجة حرارة موية لمدة Vo ثانية ؛ وعلى 96 درجة حرارة Latin لمدة ٠١ ثانية VY Ley درجة حرارة Lupin لمدة ١ر١ دقيقة جرت التفاعلات على VY درجة حرارة ° مئوية لمدة أ دقائق . بروتين VY 06 ؟ للسلالات oVYo, AHS لفح JAA 5 AH24 : تغيير الخواص الطبيعية على 44 درجة حرارة Lia لمدة ؟ دقيقة ؟ دورة على 4 درجة حرارة مئوية لمدة ١١9 ثانية Ye eg درجة حرارة مئوية لمدة Vo ثانية وعلى VY درجة حرارة مثئوية لمدة 09ر١ دقيقة . ٠١ درجة حرارة مثوية لمدة 96 doy ثانية ١١ ©؟ دورة على 44 درجة حرارة مئوية لمدة 0٠ 1 منوية لمدة VY حرارة مئوية لمدة ١ر١ دقيقة جرى التفاعل على La ju VY ley ثانية . دقائق لحا ؛ ذت6ما , AHI5 , بروتين 1967.7؟ وبروتين 14417493117 للسلالات 114ل . HP244 , AH16 ؛
A دورة على Ye تفيير الخواص الطبيعية على 54 درجة حرارة مثوية لمدة ؟ دقيقة ٠
VY les ثانية ؛ على .7 درجة حرارة مئوية لمدة .7 ثانية Vo درجة حرارة مئوية لمدة . درجة حرارة مئوية لمدة ؟ دقيقة ٠. درجة حرارة مثوية لمدة ٠*9 ley ثانية ١١ درجة حرارة مئوية لمدة At ©؟ دورة على : . درجة حرارة مئوية لمدة ؟ دقيقة VY ثانية وعلى . جرت التفاعلات على VY درجة حرارة مئوية لمدة / دقائق . وبمجرد اكتمال تفاعلات التدوير الحراري ٠ تم توحيد JS زوج من العينات واستخدامه مباشرة للاستنساخ
Ve. : كما هو موصوف لاحقاً PCR إلى تاقل استنساخ . PCRTA إلى تواقل استنساخ HPylon بكتيريا DNA استتساخ تسلسلات : بواسطة الطريقة الموصوفة فى PCR ؟ر١ تم استنساخ كل المدخلات المكبرة إلى تواقل ( Original TA Cloning Kit (Invitrogan, San Diego, CA).
INVaF') TOPIOF' استخدام مركبات تفاعلات الربيط لتحويل سلالة date كما تم ° كما هو موصوف EColi من بكتيريا ) HPylor في حالة تسلسل .79 من بكتيريا . تحويل بكتيريا مؤهلة ببلازميدات معيدة اتحاد 1117 2 أو سلالة E.Coli من بكتيريا TOPIOF جرى تحويل بكتيريا مؤهلة سلالة معيدة اتحاد تحمل تسلسلات pCR ببلاز ميد ات تجسيد E.Coli من يكتيريا ٠. : مستنسخة من يكتيريا :11.710 وفقاً للطرق القياسية ( Current protocols in Molecular Biology, John Wily and Sons Inc., F. Ausubel et al. editors, 1994) ذي 50 . ميكرو جزيئي جرامي إلى كل BME وباختصار , أشيف ؟ ميكروليتر من قارورة ذات .5 ميكزوليتر من خلايا مؤهلة . وبعد ذلك , تم خلط ؟ ميلكروليتر من Vo تفاعل الربط مع الخلايا المؤهلة والاحتضان على الجليد لمدة .؟ دقيقة . تلا ذلك تعريض درجة حرارة مئوية لمدة .3 ثانية ,؛ bY الخلايا ومخلوط الربط إلى «صدمة حرارية» على « SOC ووضعت على الجليد لمدة ؟ دقيقة أخرى تم بعدها احتضان العينات في واسطة ؛ در؟ ميلي Nacl ميلي مول ٠٠١ در . ميليلتر )50 ./ خلاصة خميرة , 77 تريبتون ميلي مول جلوكوز) ٠١ و Mgso4 .أ ميلي مول Megcl2 ميلي مول ٠١١ KCI مول Y.
VEN
ساعة . تلاذلك نشر العينات على صفائح ١ مع التقليب لمدة she درجة حرارة VY على ٠٠١ ميكروجرام/ ميليلتر سلفات كاتاميسين أو Yo محتوية على LB sled ميكروجرام/ميليلتر أمبيسيلان للتمق وذلك طوال الليل , والتقاط المستعمرات وتحليلها لتصميم الحشوات أو المدخلات المنسوخة INVaF أو من TOPIOF' المحولة من . كماهو موصوف فيما بعد 0 : HPylon معيدة اتحاد تحمل تسلسلات بكتيريا PCR «تعريف أو تحديد بلازميدات
PCR , ORFs المحولة مع INVaF' أو من TOPIOF جرى تحليل التنسائل الفردية في بكتيريا 11.7101 معيد اتحاد بواسطة تكبير +701 الخاص بمدخلات مستنسلة أو مستتنسخة باستخدام نفس الممهرات الامامية والخلفية , الخاصة بكل تسلسل من
PCR, التي تم استخدامها في تفاعلات استنساخ H.Pylon تسلسلات بكتيريا ٠ في التاقل H.Pylori الاصلية . أثبت التكبير التاجح تكامل تسلسلات بكتيريا : الناسخ وفقاً لما ورد في ( Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons Inc. F. Ausubel et al editors 1994)
ORFs معيدة الاتحاد التي تحمل PCR كما تم تثاول النسائل الفردية من نواقل Vo بغرض تحليل تسلسلاتها . وتمت تأدية تحليل HPylon مستنسخة من بكتيريا التي (Perkin Elmer) باستخدام طرق قياسية ABI النسلسلات على مسلسلات : أو في PCRII تستخدم ممهدات نوعية النواقل (كما وجد في
PCR 2.1, Introgen, San diego CA). . كما هو مدون في جدول 8 اللاحق ORF وممهدات مسلسلة خاصة يأل VY.
VEY
«A «جدول : H. Pylori يكتير يا DNA لسلسلة تسلسلات La ممهد | ثبت | ىل ليجو نكليوتيد مستخد «
Outer membrane | Forward primers 5’ to 3’ Reverse Primers 3° to 3’
Proteins
Protein 26054702 | 5-CCCTTCATTITAGAAATCG-3' 5'-CTTTGGGTAAAAACGCATC-3' (SEQ ID NO:179) (SEQ ID NO:186) 5'-ATTTCAACCAATTCAATGCG-3' S-CGATCTTTGATCCTAATTCA-3' (SEQ ID NO:180) (SEQ ID NO:187) 53'-GCCCCTTTTGATTTGAAGCT-3' 5-ATCAAGTTGCCTATGCTGA-3' (SEQ ID NO:181) (SEQ ID NO:188)
S'-TCGCTCCAAGATACCAAGAAGT- 3'(SEQIDNO:182) 53'-CTTGAATTAGGGGCAAAGATCG- 3' (SEQ ID NO:183) 5'-ATGCGTTTTTACCCAAAGAAGT-3' (SEQ ID NO:184) 5'-ATAACGCCACTTCCTTATTGGT-3' (SEQ ID NO:183) 0]
Protein 7116626 | 5-TTGAACACTIITGATTATGCGG-3' 5-GTCTTTAGCAAAAATGGCGTC-3' (SEQ ID NO:189) (SEQ ID NO:19D) 5'-GGATTATGCGATTGTTTTACAAG- | 5-AATGAGCGTAAGAGAG CCTTC-3' 3 (SEQ ID NO:190) (SEQ ID NO:192)
Protein 5-CTTATGGGGGTATTGTCA-3' (SEQ 5'-AGGTTGTTGCCTAAAGACT-3' 29479681 ID NO:193) (SEQ ID NO:195) 5'-AGCATGTGGGTATCCAGC-3' (SEQ | 5-CTGCCTCCACCTTTGATC-3 (SEQ i ID NO:194) ID NO:196) .| Protein 346 5-ACCAATATCAATTGGCACT-3' 5-CTTGCTTGTCATATCTAGCS i (SEQID NO:197) (SEQ ID N0O:199) 5-ACTTGGAAAAGCTCTGCA-3' (SEQ 5-GTTGAAGTGTTGGTGCTA-3" (SEQ
ID NO:198) ID NO:200) : 5-CAAGCAAGTGGTTIGGTTTITAG-3' 5-00 CCATAATCAAAAAGCCCATS (SEQ ID NO:201) (SEQ ID NO:203) 5-TGGAAAGAGCAAATCATTGAAG- | 5 ~CTAAAACCAAACCACTTGCT 3 (SEQ ID NO:202) TGTC-3' (SEQ ID NO:204) ______ 1
Vector Primers 5-GTAAAACGACGGCCAG-3' (SEQ 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3' (SEQ
Vey : النتائج في هذه التجارب , تم سلسلة خمسة نسائل فردية من بروتين PCR tad لانشاء معدل من JAA منفصلة من سلالة PCR من خمسة أخلاط تفاعل daa oc 7 نكليوتيد ؛ الحوالي 2588 أساس AY بكتيريا :11.0710 على مدى طول إجمالي من للتنسائل DNA ثم جرت مقارنة تسلسلات . DNA اجمالي تراكمي من تسلسلات ٠٠ التي تم الحصول عليها سابقاً بواسطة طريقة مختلفة ؛ أي DNA الخمسة بتسلسلات . طريقة استنساخ عشوائية فجائية وسلسلة عشوائية فجائية أيضاً للتجارب الموصوفة هنا على انه ؟ تغير أساسي من أصل PCR tha تم تحديد معدل
Fest تقديري أقل من او يساوي ما نسبته tas أساس ؛ وهو ما يرادف معدل 0 معرفة ORF على أربعة اطارات قراءة مفتوحة مختلفة DNA تم تآدية تحليل تسلسل ٠ من درزن سلاسلات مختلفة من بكتيريا PCR على انها جتيات ومكبرة بواسطة طرق أظهرت تسلسلات الحامض الاميني الناتجة من ثلاثة اطارات قراء مفتوحة . 0 3 من بين الاطارات المفتوحة البالغ عدده )8( والتي تم انتقاءها لمثل هذه الدراسة ؛ هام احصائياً للبروتينات المحددة في أجناس بكتيرية أخرى . احتوت BLAST تماثل : على ما يلي ORFs هذه أل Vo في ABC التي تشفر ناقل ValAand B متماثل مع جينات , YU 0EV.Y بروتين ؛ بروتين 1711171 , متمائثل مع البروتين الشحمي (604 الموجود في 08 مستقبل غشاء fecA بروتين 9879741 « متماثل مع Hinfuenzee الغشاء الخارجي ل
خارجي في JES ثنائي ستيران (111) حديد في بكتيريا 15.0011 , تم تحديد بروتين VEN على أنه الاطار غير المعروف من القراءة المفتوحة ؛ لانه أظهر تماثل متنخفض مع تسلسلات في قواعد البيانات العامة . ولتقييم مدى الحفظ أو الاختلاف في أل ORF'S عبر سلالات متنوعة من بكتيريا HPylori ٠ ؛ جرت مقارنة تغيرات في تسلسلات DNA وتسلسلات البروتينات الناتجة مع تسلسلات DNA وتسلسلات البروتينات التاتجة التي وجدت في سلالة TAA من بكتيريا HPylori (انظر جدول 4 لاحقا) . جرى تقديم النتائج ككينونة نسبة Losin لسلالة 194 من بكتيريا 11.7103 تم سلسلتها بواسطة الاستنساخ المفاجئ العشوائي. ولضبط الاختلافات في تسلسلات أل 144 تم استنساخ كل من الأربعة ORFs ١ وسلسلتها مرة أخرى من سلالة بكتيريا 144 وجرت مقارنة معلومات هذه التسلسلات مع معلومات التسلسلات التي تم تجميعها من المدخلات المستنسخة بواسطة السلسلة العشوائية الفجائية لسلالة 144 . تثبت البيانات بأن هناك اختلافاً في تسلسل أل DNA يتراوح ما بين VY .// اختلاف (بروتين YEN سلالة 144 ) إلى حوالي // تغير (بردثين YL 0EV.LY - سلالة (AHS كما أظهرت تسلسلات ,+ البروتين ٠ التاتجة La) عدم اختلاف (بروتين YET سلالات 1118 و (AH24 أو ما نسبته 1ر7 تقيرات أحماض أمينية (بروتين (AHS dbase YA 0EVLY
م جدول + falas » 1 تسلسل DNA لسلالة مزدوجة من Lai ye ت لقا ح من بكتيريا Pylori .1 » J99 Protien #: 26054702 26054702 7116626 7116626 29479681 29479681 346 346 -Length of Region 248 a.a. 746081 232 a.a. 696 nt. 182aa. 548nt. 273 aa. 8196 Sequenced: Strain Tested AA Nuc.
AA Nuc.
AA Nuc.
AA identity Nuc. identity identity identity identity identity identity Identity 99.88% 99.63 100.006 100.006 100.00 100.006 100.006 100.00% 199 n.d. n.d. 99.09% 96.71% 98.90% 96.45% 95.04% 95.16% 4م AH4 95.97% 95.98% 97.84% 95.83% n.d. n.d. 97.80% 95.73% AHS 92.34% 93.03% 98280 96.12% 98.91% 96.90% 98.53% 95.73% 96.09% 99.63% 97.99% 99.82% 95.98% 97.41% 94.91% 95.16% 5م AH61 n.d. n.d. 97.84% 95.98% 99.27% 97.44% n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. 99.45% 97.08% 98.53% 95.60% 5155 95.48% 97.07% 97.26% 99.64% 95.40% 98.28% 94.37% 94.35% 5294 nd. n.d. 99.63% 96.46% 95.40% 97.84% 94.10% 94.35% 7958 95.48% 98.53% 97.63% 99.09% 95.69% 97.41% 94.37% 95.16% 5640 n.d. n.d. 98.71% 95.69% 99.64% 97.44% 100.00% 95.97% 8م AH24 94.75% 95.04% 97.84% 95.40% 99.27% 96.71% 100.00% 96.46% n.d. = not done 1 . طريقة التجريب الفجائية لتحديد الجينات الاساسية لبكتيريا H.Pylori 0 كاهداف علاجية فعالة « تنثتق ١ ف العلاصة م- PE Ce . TST تنتقي الاهداف العلاجية من الجينات التي تبدى مركباتها البروتينية تلعب أدورأ
VET
تنتقي الاهداف العلاجية من الجينات التي تبدى مركباتها البروتينية تلعب أدوراً ؛ تحويل DNA جوهرية في مسارات خلايا أساسية مثل تركيب غلاف خلية , تركيب الجرثومة) Ban او نسخ ؛ نقل ؛ تنظيم واستعمار/ حُبث (مقدار وتولد المطفر أو التبدل الخلقي ORFs / H.Pylori ض وطريقة حذف بروتينات جيتات الحشوي من مغلف مقاومة كانا ميسين بغرض تحديد الجينات الاساسية للخلية معدلة © : من الطرق المنشورة سابقاً
Labigne-Roussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, PP 1704 - 1708, Cover et al., 1994 J. Biological Chemistry 269 PP. 10566-10573 , Reyrat et al., 1994, Proc.
Nall. Acad. 501.92 PP 8768 - 8772). . «فجائي» أو غير مدروس “Knockout” والنتيجة جين ٠ «H.Pylori «تعريف واستنساخ تسلسلات جينات بكتيريا تتحدد تسلسلات الجينات أو أل 01878 المنتقاة كاأهداف فجائية من تسلسلات / وتستخدم لتصميم ممهدات بفرض تكبير الجيتات HPylor مجينية لبكتيريا وكل ممهدات الاوليجو تكليوتيدات التركيبية مصممة بمساعدة برنامج . 95 : من OLIGO yo ( National Biosciences Inc., Plymouth mN 55447 USA). : ويمكن شراءة من ( gibco/BrL Life Technologies Gaithersburg MD, USA) زوج قاعدي يتم انتقاء الممهدات خارج إطار ٠00١ - Av a أصغر ORF وان كان أل من بكتيريا HPJ 4 مجيني من سلالة DNA ويستخدم (ORF) القراءةالمفتوحة ٠
لاا Genome therapeutics Corporation 100 Beaver street, Waltham MA 02154 كمصدر DNA نموذجى لتكبير ORFs بواسطة (تفاعل سلسلة بوليميريز) PCR وفقا u ورد في : (Current protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons Inc.
F.
Ausubelet al., editois 1994) . 0 ولتحضير أل DNA المجينى من بكتيريا 11.9101 انظر مثال ١ . ينفذ تكبير PCR بادخال ٠١ نانىق جرام من HPI DNA مجينين إلى قارورة تفاعل محتوية على Vo ميلي مول 012 148 , ؟ ميكر و جزيتي غرامي من ممهدات اوليجونكليوتيد تركيبية (امام = Fl وخلف < ( RI 1ر. ميلي مول من كل فوسفات ثلاثي ديوكسي تكليوتيد (dTTP, dCTP, dGTP, dATP ٠ .4 70ر١ وحدة من بوليميريز DNA ثابت الحرارة متوقر لدى : Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc.
Branchburg, NJ, USA) . ( فى حجم نهائي قدره 2 ميكروليتر . ينفذ PCR Ji بواسطة نظام المدورات الحرا Ly المعروف ياسم : Perkin Elmer Cetus/Gene Amp PcR System 9600) . \o ( وبمجرد إكمال تفاعلات التدوير الحراري , تظهر كل عينة من DNA المكبر على بقعة جل اغاروز من ؟/ من TAE مع بروميد ايشيديوم وفقاً لما ذكر في : Current Protocols in Molecular Biology John Wiley and sons Inc.
F.Ausubel et al., editors, 1994)
ءا لتحدد ob ناتج اشا رة من الحجم لمتوقع نج عن I لتفاعل . وعندكئذ يجري غسل أل SU DNA وينقى باستخدام طقم تنقية PCR المعروف باسم Qiaquick Spin . والمتوقر لدى : QIAGEN GAITHERS BURG, MD, USA). ٠ تستنسخ مركبات PCR إلى Jibs - 1 من نوع 17178106 كاتالوج رقم ١-1487. من: Novagen, Inc., Madison, WI, USN) ( باستخدام استراتيجية الاستنساخ TA وفقاً لما ورد فى : CURRENT PROTOCOLS IN Molecular Biology, John Wiley and sons Inc.
F. Ausubel et al., editors 1994). ٠ ويتم انجاز ربط ناتج PCR الناقل بواسطة خلط فيض جزيئي جرامي ذي + طيات من ناتج ٠.١ PCR ناتوجرام من ناقل ٠١ (Novagen) PT7Blue-T ميكروليتر من محلول منظم من 118886 TADNA المتوفر لدى : New England Blolabs, Beverly, MA, USA ) ( 5 ..¥ وحدة من (New England Biolabs) TADNA Ligase فى مقدار التفاعل النهائى المكون من ٠١ ميكروليتر . وويسمح Ll لكى يحدث elu Vaud على ياه درجة حرا ,3 منئوية . أما نواتج الربط فيتم حثها كهربائياً وفقاً لما ورد في : Currnt Protocols in Molecular Biology, John wiley and Sons Inc.
F. , Ausubel et ( al editors, 1994) ٠ في تأهيل حث كهربائي XL -L BLue أو في خلايا 131158 مسن بكتيريا (Clontech Lab, Inc.
Palo Alto, CA, USA) E.Coli .
VEA
. (Clontech Lab, Inc. Palo Alto, CA, USA) E.Coli ميكروليتر من تفاعل ربط مع .6 ميكروليتر من خلايا مؤهلة ١ باختصار ؛ يتم خلط يتم ) 25 Micro Farads, 2.5 kv. 200 ohms) كهربائياً وتعريضه لنبضة فولطية عالية خميرة Lada 7. 50) SOC ض بعد ذلك احتضان العينات في 580 + ميللتر من واسطة ٠.١ 218012 ميلي مول ٠ KCl ر؟ ميلي مول + Nacl ميلي مول ٠٠١ ؟/7ترييتون oo درجة حرارة مئوية مع التقليب TV ميلي مول جلوكز) عى 7٠.١ و Mg 504 ميلي مول نوتبيرتدتكب١/ جرام ٠١( LB ساعة . بعد ذلك يجري نشر العينات على صفائح ١ لمدة ٠٠١ كلوريد صوديوم) محتوية على ١ جرام/ ٠١١ بكتوى خلاصة خميرة Vala ٠ ميكروجرام/ مللتر ٠٠١ ميكروجرام/ ميللتر من أمبيسيلين + آر ء// من 36-801 »و درجة حرارة مئوية . ثم ١ ويتم احتضان هذه الصفائح طوال الليل على ر IPTG من ٠ ٠ تنتقي المستعمرات المقاومة للامبيسيلين ذات اللون الأبيض ؛ ويتم تنميتها في ٠ . ميكرووجرام/ ميللتر من أمبيسيلين ٠٠١ محتوي على LB ميللتر من سائل بلازميد بامتخدام طريقة التحضير الصفيرة DNA ويعزل . (Qiagen, Gaithersburg MO, USA) Qiagen الصحيحة قد تم HPylori بكتيريا DNA ولإثبات أن حشوات أو مدخلات ١
PCR هذه كنماذج لتكبير PTTBLUE بلازميد DNAs استتساخها ؛ يتم استخدام لمدخلات مستنسخة باستخدام نفس الممهدات الامامية والخلفية المستخدمة للتكبير من PCR الأولى لتسلسل 144 بكتيريا [:11.0710 . ويعتبر ادراك الممهدات وناتج
\o. تأكيداً على أن المدخلات الصحيحة قد تم استنساخها . ويتم الحصول على ؟ - 1 من هذه درجة مئوية Ve - ويتم تجميدها على , Alas Gua التسائل (المستنسخات) لكل بلازميد من هذه DNA يتم تجميع PCR لتخزيثنها . ولخفض الاخطاء الناتجة عن التسائل , ويستخدم في خطوات استنساخ تالية . تستخدم تسلسلات جينات/:015
0 مرة أخرى لتصميم أزواج أخرى من ممهدات تحيط بمنطقة DNA بكتيريا H.Pylori لتتم مقاطعتها أو حذفها (حتى YO. زوج أساس) ضمن أل ORFs لكنها متجهة بعيداً عن بعضها البعض . وتستخدم تجمعات DNAS بلازميدات رائرية من النسائل المعزولة مسبقاً كتماذج لهذه الدورة من PCR .
٠ ونظر لان اتجاه تكبير هذا الزوج من ممهدات محذوية يعيد عن بعضه aad] فان جزء أل ORF الواقع بين الممهدات لا يتواجد في ناتج PCR . علماً ols ناتج أل PCR عبارة عن قطعة مستقيمة من DNA و DNA بكتيريا 11.7101 على كل طرف ومع أصل الناقل PT7BLue بينهم الذي في جوهره , يؤدي إلى حذف جزء من أل ORFs . ويشاهد ناتج أل PCR على جل أغاروز مصبوغ ب 1571 بروميد ايثيديوم ليؤكد
Vo بأن ناتج مفرر من الحجم الصحيح تم تكبيره فقط . ويربط حامل مقاومة LIS ميسين (وفقا لما ورد في :
Labigne- Rou ssel et al., 1988, J.
Bacteriology 170 1704 - 1708) . بناتج هذا أل PCR بواسطةطريقة 18 للاستتنساخ المستخدمة في السابق والوارد ذكرها في :
ادا Current Protocols in Mol Cular Biology, John wiley and Sons Ins.
F.
Ausubel et ( al., editors 1994) . ويتم الحصول على حمل الكاناميسين المحتوي على جين مقاومة كاناميسين Compyloba بواسطة تنفيذ هضم EcoRI من PCTB8 يد معيد اتحاد : Kan كما ورد ° في : ويكون اجزء الصحيح (kb VE) معزول على جل 71١15 ومعزول باستخدام طقم Lada جل QIAquick , Qiggen Gaithersburg, MD, USA). ( ويكون هذا الجزء مصحح عند طرفه باستخدام طريقة تعبئة Klenow الذي يتضمن ٠ خلط 4 ميكروجرام من جزء آل ١ «DNA ميلكروليتر من dTTP, dCTP , dGTP, dTATP على در . ميلي مول Yo ميلكروليتر من محلول منظم من Klenow (متوفر لدى (New England Bio labs .4 0 وحدات من بوليميريز Klenow DNA بجزء ١ كبير من (Klenow) متوفر لدي (New England biolabs) في Y. ميكرولير تفاعل ؛ مع الاحتضان على .؟ درجة مئوية لمدة VO دقيقة , ومع عدم تفعيل الانزيم بواسطة No التسخين إلى Vo درجة حرارة مئوية لمدة ٠١ دقائق . وعندئذ تم تنقية حامل الكاناميسين هذا ني الطرف المتبلد من خلال عمود (Qiagen Gaithersburg, Qiaquick MD, USA) للتخلص من النكليوتيدات . وعتدئذ يتم توليد المعلق "1" بواسطة خلط © ميكروغرامات من حامل BIS ميسين ذي الطرف المتبلد؛ ٠١ ميلي مول Tris ,.درجة حموضة ALY .9 ميلي مول KCI . ؟ ميلي مول 118012 , 5 وحدات بوليميريز DNA
Voy ( Ampiltaq, Roche Molecular Systems, Inc. Branchburg, NJ, USA). من ميكروليتر تفاعل مع احتضان ٠٠١ في dTTP و .7 ميكروليتر من 0 ميلي مول "Kan-T" درجة حرارة مئوية ثم تجري تتقية حامل TV التفاعل لمدة ¥ ساعة على . (Qiqgen Gqithersburg MD, USA) : (su) مترفر QiAquick ياستخدام عمود "Kan-T" بحامل أل (F2and R2) Gi all من ممهدات PCR ويتم ريط ناتج أل 0 تانو جرام من Vo - 9. ممهد الحذف , و PCR نانوجرام من ناتج Yo - ٠١ بواسطة خلط 14301. DNA Ligase و ميكرىلتير من مخلرط تفاع ل "Kan-T" حامل DNA (sb J) 553. T4DNALigase وقر . ميكروليترمسسن ميكروليتر من ٠١ في تفاعل ذي ( New England Blolabs Beverely MA, USA . درجة حرارة مئوية ١١ ساعة على ١١ الاحتضان لمدة ٠ أو إلى خلايا نا1118-215.00 بواسطة الحث XL-1BLue ويتم تحويل نواتج الربط إلى
LB يتم نشر الخلايا على صفائح , SOC الكهريائي كما سبق وصفه . وبعد الاستردادي 132 ميكروجرام/ ميللتر أمبيسيلين مع تنميتها طوال الليل على ٠٠١ محتوية على درجة حرارة مئوية . ثم تنشر هذه الصفائح ذات النسخة المطابقة على صفائح محتوية ميكروجرام/ ميللتر كاناميسين ويسمع لها بالتنامي طوال الليل . والجينات Yo على ٠ « pT7Blue ا الناتجة تتضمن جينات مقاومة الأمبيسيلين الموجودة في الناقل 13 وجينات مقاومة الكاناميسين الناتجة حديثاً . ويتم تناول الستعمرات في بلازميد عن الخلايا DNA ميكروجرام/ميللتر كاناميسين ويُعزل YO محتوي على المزروعة باستخدام طريقة
YoY ( Qiagen Gaithersburg, MD, USA ) "Qiagen Miniprep" على هذه البلازميدات لاثبات أن PCR جرت اختباراتت متعددة بواسطة تكبير ولتحديد اتجاه إدخال , HPylori على بكتيريا ORF فى جينات/ gods الكاناميسين . HPylori بكتيريا ORF / جينات مقاومة كانا ميسين النسبة لجينات
0 ولإثبات of حامل الكاناميسين داخل في تسلسل بكتيريا 1157103 , تستخدم DNAS ابلازميدات كتماذج لتكبير PCR مع استخدام مجموعة الممهدات أساسياً لاستنساخ جينات / ORFs بكتيريا H.Pylori . وناتج PCR الصحيح هو حجم الجين / ORFs المحذوف ؛ لكته يزداد في الحجم بواسطة اضافة ؛ر١ كيلوبيز (Kilobase) من
١ تجسيد جينات ٠+ H.Pylori يتحدد I تجا 8 جيثتات مقاومة الكانا ميسين L لنسية للجينات / ORF الفجائية ويستخدم كلا الاتجاهين فعلياً في تحويلات بكتيريا 11.13 (انظر لاحقاً) . ولتحديد اتجاه دخول lina مقاومة الكاناميسين تصمم الممهدات من أطراف جيثتات مقاومة الكاناميسين
("Kan-1"5'- ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3") ae (YoV (تسلسل برقم مرجعي No "Kan-1" 5'- AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3' وباستخدام كل ممهدات الاستنساخ بالارتباط مع كل . (YoA (تسلسل ذي رقم مرجعي كاناميسين Jala اتحادات من ممهدات) ؛ فانه يتحدد اتجاه £) Kan من ممهدات أل بالنتسبة لتسلسل بكتيريا :11.710 . أما النسائل الموجبة فتصنف إما فى الاتجاه
Vos
"A" (نفس اتجاه النسخ موجود لكلاجينات بكتيريا HPylor ولجينات مقاومة كاناميسين)؛ أو في اتجاه "8" (اتجاه النسخ لجينات بكتيريا 1157101 معاكس لاتجاه جينات مقاومة الكاناميسين) . وتتجمع النسائل التي تشترك بنفس الاتجاه A) أو8) استعدادًا لتجار تالية وتتحول بطريقة مستقلة إلى بكتيريا HPylori .
" HPylori لازميد إلى خلاي DNA "تحول ٠ : تستخدم سلاتين من 11.5101 للنسخ على Coa الذي يتم الحصول DNA ؛ المعزول السريري الذي وفر أل ATCC 55679 وهي معزول تمتمريره وله القدرة AH244 قاعدة بيانات تسلسلات :117710 وسلالة درجة حرارة WY تم تتمية الخليا المطلوب تحويلها , وعلى . all على استعمار معدة
Sheep-Blood إما على صفائح أغار Ligh, 7٠٠٠١١ ثاني أكسيد الكربون ARE مئوية ٠ وتتكاثر الخلايا لطور أسي ؛ وتفحص مجهرياً لتحديد Brucella Broth أو في سائل متحركة بنشاط وليست ملوثة . وإن نمت على LIA مدى كون الخلايا «سليمة» (أي ١ الصفائح يتم جنيها بواسطة خلايا كاشطة من الصفائح بعروة معقمة معلقة في دقيقة سرعة قصوي في طارد اونبذ ١ ( مجدولة Brucella Broth ميللتر من سائل
Vo دقيق) ويعاد تعليقها في ٠. ميكروليتر من سائل Brucella Broth . وإن تمت في سائل BrucellaBroth ؛ يتم طرد الخلايا مركزياً (١٠١دقيقة على ...؟ دورة/ دقيقة في تابذة 6 (Beckman TJ ويعد Galas كرية الخلية في ٠.٠. ميللتر من سائل Brucella 3250 قسم تام (بدون باقي) من خلايا لتحديد الكثافة البصرية على ٠١ نانوميتر ؛
\oo
بغرض احتساب تركيز الخلايا . يوضع قاسم تام )0-3 ونم وحدة/ 550 ليتر) من خلايا المعاد تعليقها على صفيحة الآغار Sheep- Blood الملسبقة لتسخين ؛ ويتم احتضان الصفائح ايضاً على ١ درجة حررة مئوية 71١ ثاني أكسيد الكربون 71٠١ طوبة لمدة ؛ ساعات . وبعد هذا الاحتضان يتم وضع بفخ من ٠١ ميلكروليتر من DNA
0 بلازميد Vo) ميلكروجرام لكل ميكروليتر) على هذا الخلايا . ويجري تنفيذ ضبط موجب DNA) بلازميد مع جينات H من ريبونيوكلاياز مفتتت بواسطة جينات مقومة كاناميسين) وضابط سالب) بدون DNA بلازميد) بالتوازي وتُعاد الصفائح إلى VV درجة حرارة مثوية؛ 71 ثاني أكسيد الكربون لمدة ؛ ساعات أخرى من الاحتضان . وعندئذ تنشر الخلايا على الصفائح باستخدام جرف مبتل في سائل
. أكسد الكربون SAB درجة حرارة مئوية TY ساعة على ٠. وتنمى لمدة ٠ Brucella ٠ ميكروغرام/ YO المحتوية على Sheep - Blood وعندها يتم تحويل الخلايا لصفائح آنمار درجة مئوية 71 ثاني TV ميللتر كاناميسين , ويسمح لها بالتنامي لمدة ؟ - 0 أيام على رطوبة . وإن ظهرت المستعمرات يتم تناولها واعادة تنميتها 7٠00١0 أكسيد الكربون ميكر وجرام/ YO محتوية على Sheep - Blood كدفعات على صفائح آنماد طازجة من
٠ ميللتر كاناميسين. تنفذ ثلاثة مجموعات اختبارات PCR لاثبات أن مستعمرات المحولات نشأت من اعادة اتحاد مماثلة على الموقع الكروموزومي الصحيح . ويتم الحصول على نموذج ل 018140 من المستعمرات) بواسطة طريق تحضير DNA يغلي بسرعة كما يلي . ويتم إدخال قاسم تام من المستعمرات في ٠٠١ ميكوليتر من Triton 26-100 7/١ , .أ
0 ميلي مول Tris , درجة حموضة Apo وغليها لمدة ادقائق . ويضاف مقدار مساوي من فينول : كلوروفورم (VY) ويتم تحريكه على نحو دوامي . عندئذ يجري نبذ أو طرد دقيق للمخلوط لمدة 0 دقائق ويستخدم المادة العائمة كنموذج او كمعيار DNA ل PCR مع اتحادات الممهدات التالية لاثبات اتحاد مماثل على الموقع الكروموزومي 0 الصحيح . اختبار ١ : يستخدم PCR بممهدات استتساخ المستخدمة أصلاً لتكبير جينات / ORFs . ويجب أن ous نتيجة ايجابية لاعادة اتحاد مماثل على الموقع الكروموزومي الصحيح إل ناتج متفرد من PCR المتوقع حجمه oY يكون حجم الجينات / ORFs المحذوفة لكنه متزايد بالحجم باضافة ؛ر١ كيلوبيز من ناقل كاناميسين . وناتج PCR ٠ من نفس حجم الجين / ORF هو برهان على أن الجينات لم يتم إخراجه وعلى أن المحولات ليست نتيجة لاعادة اتحاد مماثل عى موقع الكروموزومات الصحيح . اختبار؟ PCR: و F3 (ممهد مصمم من تسلسلات عليا من الجين / ORF وغير موجود على البلازميد) والممهد 1580-1 أو 1580-2 (ممهدات مصممة من أطراف elisa مقاومة كاناميسين) اعتماداً على مدى كون DNA البلازميد المستخدم "A" أو "8" . VO من حيث الاتجاه . سوف يؤدي اعادة اتحاد مماثل على الموقع الكروموزومي الصحيح إلى انتاج منفرد من PCR من الحجم المتوقع (أي من موقع 13 إلى موقع الإدخال الخاص بادخال جينات مقاومة الكاناميسين) . of يثبت ناتج PCR ذات حجم أو أحجام غير صحيحة بأن البلازميد لم يتكامل على الموقع الصحيح وان الجينات لم يتم إخراجها أو قذفها فجأة .
لاما PCR :Y J Las | مع R3 (ممهد مصمم من تسلسلات سفلية من ORF/ xa وغير موجود على البلازميد) وممهد Kan-1 أو Kan-2 استناداً على مدى كون DNA ] لبلازميد المستخدم ذي اتجاه "A أو "3" . وسوف يؤدي اعادة اتحاد مماثلة على أ لموقع ا لكروموزمي | لصحيح إلى ناتج PCR مفرد من الحجم ا لمتوقع (أي من موقع © دخول جينات مقاومة كناميسين إلى الموقع السفلي من (RB ومرة أخرى ‘ لن CI ناتج PCR أو نواتج PCR ذات الحجم أو | لاحجام غيرا لصحيحة بأن البلازميد لم يندمج على الموقع الصحيح وأن الجينات لم يتم إخراجها (أو تعطيلها). تدل المحولات التى تبين نتائج ايجابية للثلاثة اختبارات السابقة على أن الجين ليس ٠ أساسياً للحياة فى الانبوب الزجاجي . وتدل النتيجة السلبية في أي من الاختبارات الثلاث بعاليه جرت لكل محول بأن الجين لم يتفتت , وأن الجين أساس للحياة في الاتبوب الزجاجي (في المختبر). وفي Ula عدم ظهور مستعمرات من تحمويلين مستقلين بينما ينتج الضبط الايجابي مع DNA يلاز ميد H رييوتكليوز مفتت محولات فانه يتم تحليل DNA من جمهرة oY gall Vo قبل يسط أو نشر معلومات | لمستعمرة . وهذا | لامر سوف ييرهن على أن البلازميد يستطيع دخول LOAN ويتحمل اعادة اتحاد مماثل على الموقع الصحيح . باختصار ؛ يتم احتضان DNA بلازميد وفقاً لطريقة التحويل الموصوفة سابق . ويستخلص DNA من خلايا بكتيريا :11.5710 فوراً بعد الاحتضان DNAsgs بلازميدات ومع آل DNA المستخدم كنموذج لاختبار ؟ ولاختبار V سوف تثبت
VoA البلازميد يستطيع دخول الخلايا DNA نتائج اختبار ؟ واختبار ؟ الايجابية بأن وتحمل اعادة اتحاد مماثل على الموقع الكروموزمي الصحيح . وان كانت الاختبارات ؟ يدل الفشل في الحصول على تحولات قابلة للنمو على أن الجين Bates و ؟ ايجابية أن الخلايا التي تعاني التفتت في ذلك الجين غير قادرة على توفير ley , أساسي . معلومات مستعمرة 0 " اختبار غربلة أو تصفية عقر شامل " 1 " "استنساخ , تجسيد وتنقية بروتين يجري تنفيذ استنساخ , تحويل ؛, تجسيد وتنقية الجين المستهدف من بكتيريا ومنتجة من البروتين مثل انزيم بكتيريا :11.5710 للاستخدام في اختبار 3 بعاليه على 11] I تصفية عقاقير عالي الشمولية كما هو هوموصوف في المثالين ٠ نحو جوهري . وتطور واستخدام اختبار تصفية لمنتج جين بكتيريا 11.7101 معين ؛ . موصوف لاحقاً كمثال خاص , Cis trans أو لآيسومريز بيبيتدي بيوليل : اختبار إنزيمي : الاختبار أساساً كما وصفه فيشر في
Fisher (Fisher, 6. et al., (1984) Bioned. Biochim. ماعط 43 : 1101 - 1111). \o : في بيبتد لاختبار Ala-Pro لرابطة Cis-trans وهذا الاختبار يقيس ايسومرة ) N - succinyl - Ala - Ala - Pro - Phe - ع - nitroaorilide (Sigma # 5-7388, lot # 84HS5805)) ويجري ربط الاختبار بألفا - شايموتريبسين ؛ حيث تحدث مقدرة البروتيز على وتحويل "trans" 18م " في - 3:0 " deal, اختراق بييتيد الاختيار عندا تكون YL
Vod بيبتيد الاختبار إلى ايسومور " 0308 " يحدث على .4؟ نانوميتر على : سبكتوفوتوميتر من نوع ( Beckman Model D u - 650.) ويتم تجميع البيانت كل ثانية مع معدل مسح زمتي قدره ور . ثانية . وتنفة درجة حموضية 4 , في مقدار نهائي مكون من Hepes الاختبارات في ¥ ميلي مول 0 من بنكرياس , 9 - ١ شايموتريبسين (نوع LT ميكرومول ٠١ ميكروليتر , مع £ ولبدء . PPlase نانومولمن ١ مجموعة 23117020 ) و C-7762 بقري قطعة رقم : ميكروليتر من مادة خميرة (؟ ميلي مول من ٠١ التفاعل , يضاف
N - Succinyl - Ala - Ala - Pro - Phe - P - nitroanilide in DMSO). . إلى .4؟ ميكروليتر من مخلوط التفاعل وعلى درجة حرارة الفرفة ٠ " اختبار أنزيمي في خلاصة بكتيرية خام ”
Brucella يجري جني .9 ميللتر زريعة من بكتيريا 11.7101 (سلامة 109 ) في سائل ويعاد التعليق في محلول منظم حال مع موانع (mid-log Phase (OD600Nm ~L) على : ض البروتيز التالية ميكروجرام/ ميللتر من كل من : ابروتينين ليوبيبتين؛ ٠٠١ PMSF ميلي مول من ١ Vo ومائنع تريبسين فول صويا . يلي ذلك تعريض المعلق TPCK, TLCK , بيبستاتين درجة حرارة مئوية ؛ ثم .3 دقيقة على Ve - دقيقة على V0) لثلاثة دورات تجميد - إذابة درجة حرارة الغرفة) , ولاشعة صوتية (ثلاثة مرات .؟ ثانية كل مرة منها) , وطرد ناتج *.؟ دقيقة) واختبر المادة العائمة لمعرفة الفعالية gx VY.) الانحلال مركزياً . الانزيمية كما سبق وصفه YL
٠
ويمكن تجسيد الكثير من انزيمات بكتيريا HPYION على مستويات عالية في شكل فعال فى بكتيريا E.Coli ومثل هذا التوفير العالي من بروتينات مثنقاة يفسح المجال أمام اختبارات غريلة عقاقير متنوعة عالية الشمولية . "مرادقات" :
٠ سوف يدرك أصحاب المهارة فى هذا المجال Gl بامكانهم استخدام تجارب روتينية للحصول على Laas | ya تت التجسيد ات الخاصة وللطرق | لموصوفة هنا . لكن مخثل هذه المرادفات تندرج ضمن Glad الاختراع المحدد jualin الحماية التالية .
احا SEQUENCE LISTING GENERAL INFORMATION: )1 (i) APPLICANT: 5 (A) NAME: Astra Aktiebolag (B) STREET: S-151 85 (C) CITY: Sodertalje (D) STATE: (E) COUNTRY: Sweden 10 (F) POSTAL CODE (ZIP) (ii) TITLE OF INVENTION: NUCLEIC ACID AND AMINO ACID SEQUENCES RELATING TO HELICOBACTER PYLORI AND ) VACCINE COMPOSITIONS THEREOF 15 (iii) NUMBER OF SEQUENCES: 208 , (iv) COMPUTER READABLE FORM: 20 (A) MEDIUM TYPE: ({B) COMPUTER: (C) OPERATING SYSTEM: (D) SOFTWARE: ١
(v) CURRENT APPLICATION DATA: (A) APPLICATION NUMBER (B) FILING DATE: (vi) PRIOR APPLICATION DATA: 30 (A) APPLICATION NUMBER:US 08/739,150 (B) FILING DATE: 28-OCT-1996 (vii) PRIOR APPLICATION DATA: (A) APPLICATION NUMBER: US 08/759,739 35 (B) FILING DATE: 06-DEC-1996 (viii) PRIOR APPLICATION DATA: (A) APPLICATION NUMBER: US 08/891, 928 (B) FILING DATE: 14-JULY-1997 40 (ix) CORRESPONDENCE ADDRESS: (A) ADDRESSEE: LAHIVE & COCKFIELD (BY) STREET: 28 State Street (C) CITY: Boston 45 (D) STATE: Massachusetts (E} COUNTRY: USA (F) ZIP: 02109-1875 : (x) ATTORNEY/AGENT INFORMATION: : 50 (A) NAME: Mandragouras, Amy E. (B) REGISTRATION NUMBER: 36,207 (C) REFERENCE/DOCKET NUMBER: GTN-001CP10SA (xi) TELECOMMUNICATION INFORMATION: 55 (A) TELEPHONE: (617)227-7400 (B) TELEFAX: (617)227-5941
)2( INFORMATION FOR SEQ ID 7 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 561 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double ١ (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...561 {x1) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:1:
ATGATTAAAA GAATTGCTTG TATTTTAAGC TTGAGCGCGA GTTTAGCGTT AGCTGGCGAA 60
GTGRATGGGT TTTTCATGGG TGCGGGTTAT CAACAAGGTC GTTATGGCCC TTATAACAGC 120
AATTACTCTG ATTGGCGTCA TGGCAATGAC CTTTATGGTT TGAATTTCAA ATTAGETTTT 180
GTAGGCTTTG CCAATAAATG GTTTGGGGCT AGGGTGTATG GCTTTTTAGA TTGGTTTAAC 240
ACTTCAGGGA CTGAACACAC CAAAACCAAT TTGCTCACCT ATGGCGGCGGE TGGCGATTTG 300
ATTGTCAATC TCATTCCTTT GGATAAATTC GCTCTAGGTC TCATTGGTGG CGTTCAATTA 360
GCCGGAAACA CTTGGATGTT CCCTTATGAT GTCAATCAAA CCAGATTCCA GTTCTTATGS 420
AATTTAGGCG GAAGAATGCG TGTTGGGGAT CGCAGTGCGT TTGAAGCGGG CGTGAAATTC 480
CCTATGGTTA ATCAGGGTAG CAAAGATGTA GGGCTTATCC GCTACTATTC TTGGTATGTGE 540
GATTATGTCT TCACTTTCTA G 561 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:2: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 351 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) {iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...351 (x21) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:2:
TTGATGCGCA TTATCATAAG GTTACTTTCA TTTAAAATGA ACGCTTTTTT AAAACTCGCG 60
CTCGCTTCTT TGATGGGGGG GCTTTGGTAT GCTTTCAATG GCGAAGGCTC TGAGATTGTC 120
GCTATAGGGA TTTTTGTGTT GATCTTGTTT GTTTTTTTTA TCCGCCCTGT GAGTTTCCAR 180
GACCCAGAARA AACGAGAAGA ATACATAGAA CGGCTTAAAA AAAACCATGA GAGGAAAATG 240
ATCTTACAAG ACAAGCAAAA AGAAGAGCAA ATGCGCCTCT ATCAAGCCAA AARAGAGCGA 300
GAGAGCAGGC AAAAACAAGA CCTTAAAGAA CAAATGAAAA AATACTCATA A 351 {2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:3: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1038 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO {vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature {B) LOCATION 1...1038 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:3:
ATGGTTARAC ACTATCTTTT CATGGCGGTT TCGCAGGTCT TTTTCTCCTT CTTTTTAGTG 60
CTGITTTTTA TCTCTTCCAT TGTGTTATTA ATCAGTATTG CAAGCGTAAC GCTCGTGATT 120
AAAGTGAGCT TTTTGGATCT GGTGCARACTC TTTTTGTATT CCTTGCCAGG AACCATTTTT 180
TTTATTTTGC CGATCACTTT TTTTGCGGCT TGCGCTTTGG GGCTTTCAAG GCTTAGCTAT 240
GACCATGAAT TGTTAGTGTT TTTCTCTTTA GGGGTTTCGC CTAAAAAAAT GACTAAAGCG 300
TTTGTGCCTT TAAGTTTGTT AGTGAGCGCG ATTTTATTAG CGTTTTCGCT CATCTTAATC 260
CCCACTTCTA AGAGCGCTTA TTACGGGTTT TTGCGTCAAA AAAAAGACAA GATTGACATT 420
ARCATCAGAG CGGGTGAATT CGGGCAAAAA TTAGGCGATT GGCTCGTGTA TGTGGATAAG 480
ACTGAAAACA ATTCCTATGA TAATTTGGTG CTTTTTTCTA ATAAAAGTCT CTCTCAAGAA 540
AGCTTTATTT TGGCTCARAA AGGCAATATC AACAATCAARA ACGGCGTGTT TGAATTGAAT 600
TTGTATAACG GGCATGCGTA TTTCACTCAA GGCGATAAAA TGCGTAAGGT TGATTTTGAA 660
GAATTGCATT TGCGCAACAA GCTCAAGTCT TTCAATTCTA ATGATGCGGC TTATTTGCAA 720
GGCACGGATT ATTTGGGTTA TTGGAAAAAA GCCTTTGGTA AAAACGCTAA TAAAMATCAA 780
ARACGCCGTT TTTCTCAAGC GATCTTAGTT TCCTTGTTCC CTTTAGCGAG CGTGTTTTTA 840
ATCCCCTTAT TTGGCATCGC CAACCCGCGA TTCAAAACGA ATTGGAGTTA TTTCTATGTC 900
CTTGGAGCGG TTGGGGTTTA TTTTTTAATG GTGCATGTGA TTTCTACGGA TTTGTTTTTG 960
ATGACCTTTIT TCTTCCCCTT TATTTGGGCG TTTATTTCTT ATTTATTGTT TAGAARATTC 1020
ATTTTAAAGC GTTATTAA 1038 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:4: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 831 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
عل (iv) ANTI-SENSE: NO {vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...831 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:4:
ATGAAGAAAA AAGCAAAAGT CTTTTGGTGT TGTTTTAAAA TGATTCGTTG GTTGTATTTG 60
GCGGTCTTTT TTTTGTTGAG CGTATCAGAC GCTAAAGAAA TCGCTATGCA ACGATTTCAC 120
AAACAAANCC ATAAGATTTT TGAAATCCTT GCGGATAAAG TGAGCGCCAA AGACAATGTG 180
ATAACCGCCT CAGGGAATGC GATCCTATTG AATTATGACG TGTATATTCT AGCGGATALG 240
GTGCGTTATG ACACCAAGAC TAAAGAAGCG TTATTAGAAG GCAATATTAA GGTTTATAGG 300
GGCGAGGGCT TGCTCGTTAA AACCGATTAT GTGAAATTGA GTTTGAACGA AAAATATGAG 360
ATCATTTTCC CCTTTTATGT CCAAGACAGC GTGAGCGGGA TTTGGGTGAG CGCGGATATT 420
GCTAGCGGGA AGGATCAAAA ATATAAGATT AAAAACATGA GCGCTTCAGE GTGCAGCATT 480
GACAACCCCA TTTGGCATGT CAATGCGACT TCAGGCTCAT TTAACATGCA AAAATCGCAT 540
TTGTCAATGT GGAATCCTAA GATTTATGTC GGCGATATTC CTGTATTGTA TTTGCCCTAT 600
ATTTTCATGT CCACGAGCARA TAAAAGAACT ACCGGGTTTT TATACCCTGA GTTTGGCACT 660
TCCAACTTAG ACGGCTTTAT TTATTTGCAA CCCTTTTATT TAGCCCCCAA AAACTCATGGE 720
GATATGACCT TTACCCCACA AATCCGTTAC AAAAGGGGTT TTGGCTTGAA TTTTGAAGCG 780
CGCTACATCA ACTCTAAGAC GCAGGTTTTT ATTCAATGCG CGCTATTTTA G 831 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:5: (i) SEQUENCE CEARACTERISTICS: (A) LENGTH: 675 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature , (B) LOCATION 1...675 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:5: !
ATGATTAGAT TAAAAGGTTT GAATAAAACT TTAAAAACAA GCTTATTAGC TGGGGTTTTA 60
CTAGGTGCTA CTGCTCCCTT AATGGCAAAG CCTTTATTAA GCGATGAAGA CTTATTGARA 120
CGAGTAAARC TACACAATAT CAAAGAAGAT ACGCTGACTA GCTGTAATGC TAAGGTGGAC 180
GGCTCTCAAT ACTTGAATAG TGGTTGGAAT TTATCTAAAG AATTTCCGCA AGAATATAGA 240
GAAAAGATTT TTGAATGCGT AGAAGAAGAA AAACATAAAC AAGCCCTTAA TTTAATCAAT 300
AAAGRAGACA CTAAAGATAA AGAAGAACTT GCAAAAAAAA TCAAAGAAAT TAAAGAAARA 360
GCTARAGTTT TAAGGCAARA ATTTATGGCT TTTGAAATGA AAGAACACTC TARAGAATTC 420
CCAAATAAAR AGCAACTTCA AACCATGCTT GAGAACGCTT TTGATAATGG AGCTGAAAGT 480
TTTATTGATG ATTGGCACGA ACGCTTTGGG GGTATAAGTA GAGAGAATAC TTATAAAGCA 540
CTTGGCATTA AAGAARTATAG TGATGAAGGA AAGATATTGC CTTTGGCGAA AGAAGTTATA 600
ف TTAGACRATA TARAAAAGAT TTTGAAGAAA GCACTTATGA TACTAGACAA CCCTTATCTG 660 CTATGGCTAG TATGA 675 INFORMATION FOR SEQ ID NO:6: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1290 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 10 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1290 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:6: 25 ATGCCATACG CCTTAAGRAA AAGATTTTTC AAACGCCTTT TATTGTTTTT TTTAATTGTT 60 TGTATGATAA ATTTGCATGC CAAAAGCTAT CTGTTTTCTC CTTTGCCCCC AGCGCACCAG 120 CARATCATTA AGACAGAGCC TTGCTCTTTG GAGTGCTTGA AAGACTTGAT GCTGCAAAAT 180 CAAATCTTTT CTTTTGTATC CCAATACGAT GATAACAACC AAGATGAGAG CCTTAAAACT 240 30 TATTACAAGG ACATCTTAAA CAAACTCAAC CCCGTATTCA TCGCTTCTCA AACTCCAGCT 300 ARAGARAAGCT ATGAGCCTAA GATTGAATTA GCGATTTTAC TGCCTAAARA GGTGGTGGGC 360 CGTTATGCGA TTTTAGTGAT GAACACCCTT TTAGCGTATT TGAACACCAG AAACAACGAT 420 TTCAATATCC AAGTCTTTGA CAGCGATGAA GAAAGCCCTG AAAAATTAGA AGAAACCTAT 480 AARGAAATTG AAAAAGAAAA ATTCCCTTTT ATCATCGCTT TATTGACTAA AGAGGGCGTE 540 35 GAARATTTGC TCCAAAATAC GACTATCAAT ACCCCTACTT ATGTGCCTAC GGTGAATAAA 600 ACGCAATTAG AAAATCATAC CGAGCTTTCT TTAAGCGAGC GCTTGTATTT TGGGGGGATT 660 GATTATAAAG AGCAATTAGG CATGCTCGCA ACTTTCATTA GCCCTAATTC GCCCGTGATT 720 GRATACGATG ATGATGGCCT GATAGGTGAA CGCTTGAGGC AAATCACGGA GTCTTTARAC 780 GTTGAAGTCA AACACCAAGA ARACATTTCT TACAAACAAG CGACCAGTTT TTCTAAAAAT 840 40 TTTAGAARAC ATGATGCGTT TTTTARAAAT TCTACCTTAA TTTTGAACAC CCCTACCACT 200 TGATCCTTTC TCAAATAGGG CTTTTAGAGT ATAAGCCTCT TAARAATCCTT 960 222260606170 TCCACACAAA TCAATTTCAA CCCCTCTTTA CTCTTGCTCA CCCAGCCTAA AGACAGGAAA 1020 AATTTATTCA TTGTCAATGC CTTGCAAAAC AGCGATGAAA CGCTGATAGA ATACGCTTCC 1080 TTATTAGAGA GCGATTTAAG GCATGATTGG GTGAATTATT CCAGCGCGAT AGGGCTAGAG 1140 45 ATGTTTTTAA ACACGCTAGA TCCGCATTTT AAAAAGTCTT TTCAAGAGAG TTTGGAAGAC 1200 AATCAAGTCC GTTACCACAA TCAAATTTAT CAGGCTTTAG GGTATTCTTT TGAGCCGATA 1260 ARADACGAAA GCGAAACAAA AARAGAATAR 1290 INFORMATION FOR SEQ ID NO:7: )2( 50 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1368 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double 55 (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
تنا (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 5 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1368 10 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:7: GTGTTAAAAT TTCAAARATT ACCCTTATTG TTTGTTTCCA TTCTTITATAA TCAAAGCCCT 60 TTATTGGCTT TTGATTATAA GTTTAGTGGG GTAGCGGAAT CTGTTTCTAA AGTGGGGTTT 120 15 AACCATTCCA AACTCAATTC CAAAGAAGGG ATTTTCCCTA CAGCCACCTT TGTAACCGCC 180 ACGATCAAGC TTCAAGTGGA TTCCAATCTG CTCCCTAAAA ACATTGAAAA ACACAGCTTA 240 TTGGGGGGAT TTTAGGAGCG CTCGCTTACG ATTCCACCAA AACGCTCATA 300 2202126006 GACCAAGCCA CGCATCAAAT CTATGGCTCA GAACTTTTTT ACCTCATAGG GCOGTTGGTGS 360 GGGTTTTTAG GCAACGCTCC TTGGAAAGAC TCCCTCATAG AATCTGACGC TCACACCCGT 420 20 AATTATGTGC TGTATAATTC CTATCTGTTT TATTCTTATG GCGATAAATT CCACCTAARA 480 TTAGGGCGTT ATCTCTCTAA CATGGATTTT ATGAGTTCCT ACACACAGGE TTTTGAACTG 540 GATTATAAAA TCAATTCTAA AATAGCGTTA AAATGGTTTA GCTCTTTTGG GAGGGCGTTG 600 GCTTTTGGGC AATGGATACG GGATTGGTAT GCCCCTATTG TAACTGAAGA TGGCAGARAR 660 GAAGTTTATG ATGGCATCCA TGCCGCGCAA CTCTATTTTT CTAGCAAGCA TGTTCAAGTC 720 25 ATGCCTTTTG CTTATTTTTC GCCTAAGATT TACGGAGCGC CCGGTGTTAA AATCCATATT 780 GATAGCAACC CGAAATTCAA AGGCTTAGGG TTAAGGGCTC AAACCACTAT TAATGTGATT 840 ATGCTAAAGA TTTATACGAT GTGTATTGGC GTAACTCTAA GATTGGCGAG 900 11000161117 TGGGGCGCAT CGCTTTTGAT CCACCAACGC TTTGACTACA ACGAATTTAA CTTTGGCTTT 960 GGTTATTACC AAAATTTTGG CAACGCTAAC GCAAGGATTG GCTGGTATGG TAACCCCATC 1020 30 CCTTTTAATT ATAGAAATAA CAGCGTTTAT GGTGGGGTCT TCAGTAACGC TATTACCGCA 1080 GACGCCGTTT CTGGGTATGT CTTTGGTGGG GGGGTGTATA GAGGGTTTTT ATGGGGTATT 1140 TTAGGCAGAT ACACTTATGC CACTAGAGCG AGCGAAAGAT CCATCAACTT GAACTTGGGC 1200 TATAAATGGG GTTCTTTTGC TAGAGTTGAT GTGAATTTAG AATACTATGT GGTCAGCATS 1260 CACAACGGCT ATAGATTAGA CTATCTCACC GGCCCTTTCA ACAAAGCCTT TAAGGCTGAC 1320 35 GCACAAGATA GGAGTAACCT TATGGTTAGC ATGAAATTCT TTTTTTARA 1368 INFORMATION FOR SEQ ID NO:8: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: 40 (A) LENGTH: 849 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 45 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) , (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 50 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 55 (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...849 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:8:
N و > ATGGGGTGTT CGTTTATCTT TAARAAAGTT AGGGTTTATT CTAAAATGTT 1160-17 60 GGGCTTTCAA GCGTGTTGAT CGGTTGCGCG ATGAATCCAA GCGCTGAGAC AAAAAAACCA 120 AATGACGCCA AMAACCAACA ACCAGTTCAA ACTCATGAAA GAATGACAAC AAGTTCTGAA . 180 CATGTTACGC CACTAGATTT TAATTACCCG GTGCATATTG TTCAAGCCCC ACAAAACCAT 240 5 CATGTTGTAG GTATTTTAAT GCCACGCATT CAAGTGAGCG ATAATCTAAA ACCCTATATT 300 GATAAGTTTC AAGACGCTTT AATTAATCAA ATCCAAACTA TTTTTGAAAA AAGAGGCTAT 360 CAAGTGTTGC GTTTTCAAGA TGAAARAGCT TTGAATGTGC AAGATAAGAA AAAGATTTTT 420 TCCGTTTTGG ATTTGAAAGG GTGGGTAGGA ATCTTAGAAG ATTTGAAAAT GAATTTAAAR 480 GATCCCAATA GTCCCAATTT AGACACGCTA GTGGATCAAA GCTCAGGCTC TGTATGGTTT 540 10 AATTTTTATG AACCAGAAAG CAATCGTGTC GTCCATGATT TTGCTGTAGA AGTAGGAACT 600 TTTCAGGCAA TAACATACAC ATACACCTCT ACTAATAACG CTTCAGGAGG GTTTAATTCT 660 TCAARAAGCG TTATCCATGA AAATTTGGAT AAGAATAGAG AAGACGCGAT ACACAAGATT 720 TTAAACAGAA TGTATGCGGT TGTCATGAAA AAAGCTGTAA CAGAACTTAC AAAAGAAAAT 780 ATCGCCAAAT ACAGAGACGC TATTGATAGA ATGAAAGGCT TTAAAAGTTC TATGCCTCAA 840 15 AARARGTAG 849 INFORMATION FOR SEQ ID NO:9: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: 20 (A) LENGTH: 843 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular
(ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 30 {vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 35 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...843 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:9:
ATGAAACTGA GAGCAAGTGT TTTAATCGGT GTGGCAATTC TGTGCTTAAT TTTAAGTGCG 60 TGCAGTAACT ATGCGAAAAA AGTGGTGAAA CAAAAGAACC ATGTTTATAC GCCTGTGTAT 120 AATGAACTGA TAGAGAAGTA TAGTGAGATC CCCTTAAATG ACAAACTCAA AGACACACCA 180 TTCATGGTGC AAGTGAAGTT GCCAAATTAC AAGGACTATT TGTTGGATAA TAAACAAGTT 240 GTACTAACTT TCAAACTTGT TCACCATTCT AAAAAGATTA CGCTCATAGG CGATGCCAAT 300 45 AAGATCCTCC AATACAAGAA TTACTTCCAA GCTAACGGGG CAAGATCTGA CATTGATTTT 360 TACTTGCAAC CCACTTTGAA TCAAAAGGGT GTGGTGATGA TAGCGAGTAA CTACAATGAT 420 AATCCCAACA ACAAAGAARA ACCACAGACC TTTGATGTGT TGCAAGGAAG TCAGCCAATG 480 CTAGGAGCTA ACACAARAAA CTTGCATGGC TATGATGTGA GTGGAGCAAA CAACAAGCAA 540 GTGATCAATG AAGTGGCAAG AGAAABAGCT CAGCTAGAAA AAATCAATCA GTATTACAAG 600 50 ACTCTCTTGC AAGACAAGGA ACAAGAATAT ACCACTAGGA AAAATAACCA ACGAGAAATT 660 TTAGAAACAT TGAGTAATCG TGCAGGTTAT CAAATGAGGC AGAATGTGAT TAGTTCTGAG 720 ATTTTTAAGA ATGGCAACTT GRACATGCAA GCCAAAGAAG AAGAAGTTAG GGAGARAGCTA 780 CAAGAAGAAA GAGAGAATGA ATACTTGCGC AATCAAATCA GAAGTTTGCT CAGTGGTAAG 840 Tea 843 55 INFORMATION FOR SEQ ID NO:10: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS:
مح (A) LENGTH: 1179 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular
(ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 10 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 15 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1179 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:10:
ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC 60 GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120 ARRAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180 ATTTTAAARA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240 TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC 300 25 TTCTTGCCTT ATAATTTARA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGCCAATGTG 360 ATCGATCTAG GCGTGATAGA GACTATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT GCCCGGAGAG 420 GCATTTGATA GTCTAAAAAT TGACCCCTAT ACTTTATTTC TTCCAAAAAT TGAAGCCACT 480 AGCACTTCTA TTTCTGACGC TAACACGCAG AGGGTGTTTG AAACGCTCAA TAAGATTAAG 540 ACARATTTGG TCGTAAATTA TAGGAATGAA AACAAATTTA AAGATCACGA AAATCATTGG 600 30 GAAGCCTTTA CCCCACAAAC CGCAGAAGAA TTCACTAATT TAATGTTGAA CATGATCGCT 660 GTTTTAGACT CCCAATCTTG GGGCGATGCG ATCTTAAACG CTCCTTTTGA GTTCACTAAC 720 AGCCCAACAG ATTGCGATAA TGATCCTTCA AAATGCGTAA ATCCTGGGAC AAACGGGCTT 780 GTCAATTCTA AAGTCGATCA AAAATATGTG TTAAACAAAC AAGACATTGT CAATAAATTT 840 AAAAACAAAG CGGATCTTGA TGTAATTGTT TTAAAGGATT CAGGGGTTGT AGGGCTTGGG 900 35 AGTGATATTA CCCCTAGCAA CAATGATGAT GGCAAGCATT ATGGCCAGTT AGGGGTAGTA 960 GCTTCTGCTT TAGATCCTAA AAAACTCTTT GGCGATAACC TTAAGACTAT CAATTTAGAG 1020 GATTTAAGAA CCATCTTGCA TGAATTCAGC CACACTAAAG GCTATGGGCA TAACGGGAAT 1080 ATGACCTATC AAAGAGTGCC GGTAACGARA GATGGTCAAG TGGAAAAGGA TAGTAATGGC 1140 AAGCCAARAG ATTCTGATGG CCTCCCCTAT AATGTGTGT 1179 40 INFORMATION FOR SEQ ID NO:11: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 813 base pairs 45 (B) TYPE: nucleic acid : (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 50 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
(vi) ORIGINAL SOURCE: (AR) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE:
ححا (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...813 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:11:
ATGAARAAGT TTGTAGCTTT AGGGCTTCTA TCCGCEGTTT TAAGCTCTTC GTTGTTAGCC 60 GAAGGTGATG GTGTTTATAT AGGGACTAAT TATCAGCTTG GACAAGCCCG TTTGAATAGC 120 AATATTTATA ATACAGGGGA TTGCACAGGG AGTGTTGTAG GTTGCCCCCC AGGTCTTACC 180 GCTAATAAGC ATAATCCAGG AGGCACCAAT ATCAATTGGC ACTCCAAATA CGCTAATGGGE 240 GCTTTGAATG GTTTTGGGTT GAATGTGGGT TATAAGAAAT TCTTCCAATT CAAGTCGCTA 300 10 GATATGACAA GCAAGTGGTT TGGTTTTAGA GTGTATGGGC TTTTTGATTA CGGGCATGCC 360 GATTTAGGTA AACAAGTTTA TGCACCTAAT AAAATCCAGT TGGATATGGT CTCTTGGGGT 420 GTGGGGAGCG ATTTGTTAGC TGATATTATT GATAAAGACA ACGCTTCTTT TGGTATTTTT 480 GGTGGGGTCG CTATCGGCGG TAACACTTCG AAAAGCTCTG CAGCAAACTA TTGGAAAGAG 540 CARATCATTG AAGCCAAAGG TCCTGATGTT TGTACCCCTA CTTATTGTAA CCCTAATGCC 600 15 CCTTATAGCA CCAACACTTC AACCGTCGCT TTTCAAGTGT GGTTGAATTT TGGGGTGAGA 660 GCCAATATCT ACAAGCATAA TGGCGTGGAA TTTGGCGTGA GAGTGCCGCT ACTCATCAAT 720 ARATTTTTGA GCGCGGGTCC TAACGCTACT AACCTTTATT ACCATTTGAA ACGGGATTAT 780 TCGCTTTATT TGGGGTATAA CTACACTTTT TAA 813
INFORMATION FOR SEQ ID NO:12: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 423 base pairs {B) TYPE: nucleic acid 25 (C) STRANDEDNESS: double (D} TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 35 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...423 40 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:12: ا ATGCATCCTA TAATGTTTGC CTATATCGCT AACGCGCTCG CTCAAGCTAG AAAGATCAAC 60 GGAACACTTT GCATGGCGTT TCAAAAAATA TCTCAAGTCA AAGAATTAGG CATTGATARAR 120 45 GCAAAGAGTT TGATAGGCAA CCTTTCTCAA GTGATTATCT ACCCCACAAA AGATACTGAT 180 GAATTAATAG AATGTGGCGT CCCATTAAGC GATAGTGAAA TCAATTTCTT ACACAACACG 240 GACATGAGAG CCAGACAAGT GCTAGTAARA AATATCGTTA CAAACGCTTC AGCTTTTATT 300 GAAATTGATT TAAAAAAGAT TTGCAAGAAC TACTTTATAT TCTTGATAGC ARTGCTGGTA 360 ATAGAAAAAT CCTCAATGAT CTTAAAAAAG CAAACCAAGA AACTTATAAG GAAGAGTATT 420 50 TAA 423 INFORMATION FOR SEQ ID NO:13: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: 55 (A) LENGTH: 771 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular
\WV. (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...771 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:13:
ATGTTGGGGA GCGTCAAAAA AGCGGTTTIT 26600771707 GTTTGGGGGC GTTGTGTTTA 60
TGCGGGGGGT TAATGGCAGA GCAAGATCCT AAAGAGCTTA TATTTTCAGGE TATAACTATT 120
TACACGGATA AAAATTTCAC TAGAGCTAAG AAATATTTTG AARAAGCTTG CAAATCAARC 180
GATGCTGATG GCTGTGCAAT CTTAAGAGAG GTTTATTCTA GTGGTAAAGC CATAGCGAGA 240
GARARCGCAA GAGAGAGCAT TGAAAAAGCT CTTGAACACA CCGCTACTGC TAAAGTTTGT 300
AAATTAAACG ATGCTGAAAR ATGCAAGGAC TTAGCAGAGT TTTATTTTAA TGTAAACGAT 360
CTTAAAAATG CTTTAGAATA TTACTCTAAA TCTTGTAAGT TAAATAATGT TGAAGGGTGT 420
ATGCTGTCAG CAACTTTTTA TAACGATATG ATAAAGGGTT TGAAAAAAGA TAAAAAAGAT 480
CTAGAATATT ATTCTAAAGC TTGCGAGTTA AATAACGGTG GAGGGTGTTC TAAATTAGGA 540
GGGGATTATT TTTTTGGTGA AGGCGTAACA AAAGATTTCA AAAAAGCTTT TGAATATTCT 600
GCCAAAGCTT GTGAGTTGAA CGATGCTAAA GGGTGTTACG CTCTAGCAGC GTTTTATAAT 660
GAGGGTAAAG GCGTGGCAAA GGATGAAAAG CAAACGACAG AAAACCTTGA AAAGAGTTGC 720
AAGCTAGGAT TAAAAGAAGC ATGCGATATT CTCAAAGAAC AAAAACAATA A 771 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:14: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 729 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: , (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature {B) LOCATION 1...729 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:14:
ATGAAARAAT TTTTTTCTCA ATCTTTGTTA GCTCTTATTA TCTCTATGAA TGCGGTATCT 60
GGCATGGATG GTAATGGCGT TTTTTTAGGS GCGGGTTATT TGCAAGGACA GGCGCAAATG 120
CATGCGGATA TTAATTCTCA AAAACAAGCC ACCAACGCTA CGATCAAAGG CTTTGACGCG 180
CTCTTGGGGT ATCAATTTTT CTTTGAAAAA CACTTTGGCT TACGCCTTTA TGGGTTTTTT 240
GACTACGCTC ATGCCAATTC TATTAAGCTT AAAAACCCTA ACTATAATAG CGABGCGGCG 300
CAAGTGGCTA GTCAAATTCT TGGGAAACAA GAAATCAATC GTTTAACARA CATTGCCGAT 360
AWA
CCCAGAACTT TTGAGCCGAA CATGCTCACT TATGGGGGGGE CTATGGACGT GATGGTTAAT 420
GTCATCAATA ACGGCATCAT GAGTTTGGGG GCTTTTGGCG GGATACAATT GGCCGGCAAT 480
TCATGGCTTA TGGCGACACC GAGCTTTGAG GGCATTTTAG TGGAACAAGC CCTTGTGAGC 540
AAGAAAGCCA CTTCTTTCCA ATTTTTATTC AATGTGGGGG CTCGCTTAAG GATCTTAAAA 600
CATTCTAGCA TTGAAGCGGG CGTGAAATTC CCCATGCTAA AGAAAAACCC CTACATCACT 660
GCAAAARATT TGGATATAGG GTTTAGGCGC GTGTATTCGT GGTATGTGAA TTACGTGTTC 720
ACTTTCTAG 729 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NC:15: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 804 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...804 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:15:
ATGAACTACC CTAATCTACC TAACAGCGCT TTAGAGATAR GCGAACAGCC AGAAGTGARA 60
GAAATCACTA ACGAGCTTTT AAAGCAATTA CAAAACGCTT TAAGGAGCAA CGCGCATTTIT 120
AGCGAGCAAG TGGAATTAAG CCTTAAATGC ATCGTTAGGA TTTTAGAAGT GCTTTTGAGT 180
TTGGATTTTT TTAAGAATGC GAATGAGATT GATAGCAGTT TAAGAAATTC CATTGAGTGG 240
CTGACTAACG CCGGCGAGAG CTTGAAATTA AARAATGAAAG AATACGAGCG CTTTTTTAGC 300
GAGTTTAATA CGAGCATGCA TGCCAACGAG CAGGAAGTAA CCAATACCTT AAACGCTAAC 360
GCCGAGAACA TTAAAAGCGA AATTAAAAAG CTAGAAAATC AATTGATAGA AACCACGACA 420
AGACTTTTAA CGAGCTATCA AATCTTTTTA AACCAAGCCA GAGATAACGC TAACAACCAA 480
ATCACAAAAR ACAAAACCCA AAGCCTTGAR GCGATTACAC AAGCTAAAAA CAACGCTAAT 540
AATGAAATAA GCAACAATCA AACGCAAGCG ATAACTAATA TCACCGAAGC GAAAACGAAC 600
GCTAATAATG AAATAAGCAA CAATCAAACG CAAGCGATAA CTAACATTAA CGAAGCCAAA 660
GAAAGCGCTA CAACGCAAAT AAACGCCAAT AAGCAAGAAG CAATAAATAA CATCACGCAA 720
GAAAAAACCC AAGCCACAAG CGAGATCACC GAAGCGAAAA AGACCGATCA TTATCAAAAC 780
ATTGATTTTT TTGAGTTTGA ATAA 804 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:16: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1632 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular {ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
\VY (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1632 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:16:
GTGATAGAGA CCATCCCCAA ACACTCTAAG ATTGTTTTAC CCGGGGAGGC GTTTGATAGT 60
TTAAAAGAGG CGTTTGATAA AATTGACCCC TATACTTTCT TTTTTCCARA ATTTGAAGCC 120
ACTAGCACTT CTATTTCTGA TACTAACACG CAGAGGGTGT TTGAAACGCT CAATAACATT 180
AAAACAAATC TTATAATGAA ATATAGTAAT GAAAATCCAA ACAATTTCAA CACTTGTCCT 240
TACAATAATA ATGGTAATAC AARAAATGAT TGTTGGCARA ATTTCACCCC ACAAACCGCA 300
GAAGAATTCA CCAATTTAAT GTTGAACATG ATCGCTGTCT TAGACTCCCA ATCTTGGGGC 360
GATGCGATCT TAAACGCTCC TTTTGAATTC ACTAACAGCT CAACAGATTG CGATAGCGAT 420
CCTTCAAAAT GCGTABRATCC CGGAGTAMDAT GGGCGTGTTG ATACTAAAGT CGATCAACARA 480
TATATACTCA ACAAACAAGG TATTATTAAT AATTTTAGAA AAAAAATAGA AATTGATGCG 540
GTTGTTTTAA AAAATTCAGG GGTTGTAGGG TTAGCCAATG GATATGGCAA TGATGGTGAR 600
TATGGCACAT TAGGGGTAGA AGCCTATGCT TTAGATCCTA AAAAACTCTT TGGCAACGAC 660
CTTAAGACTA TCAATTTAGA AGATTTAAGA ACCATCTTGC ATGAATTCAG CCACACTARZR 720
GGCTATGGGC ATAACGGGAA TATGACCTAT CAAAGAGTGC CGGTAACGAA AGATGGTCARA 780
GTGGAAAAGG ATAGTAATGG CAAGCCAARA GATTCTGATG GCCTCCCCTA TAATGTGTGT 840
TCGCTTTATG GGGGATCCAA TCAGCCCGCT TTCCCTAGCA ACTACCCTAA TTCCATCTAT 900
CACAATTGTG CGGATGTCCC GGCTGGCTTT TTAGGGGTAA CAGCAGCGGT TTGGCAGCAG 960
CTCATCAATC AAAACGCCTT GCCGATCAAC TACGCTAACT TGGGGAGTCA AACARAACTAC 1020
AACCTAAACG CTAGTTTAAA CACGCAAGAT TTAGCCAATT CCATGCTCAG CACCATCCAA 1080 مفقدة 01110 TAACTTCTAG CGTTACCAAC CACCATTTTT CAAACGCATC GCAAAGTTTT 1140
AGAAGCCCTA TTTTAGGGGT TAACGCTAAA ATAGGCTATC AAAACTACTT TAATGATTTC 1200
ATAGGGTTGG CTTATTATGG CATCATCAAA TACAATTACG CTABRAGCTGT TAATCAAARAA 1260
GTCCAGCAAT TGAGCTATGG TGGGGGGATA GATTTGTTAT TGGATTTCAT CACCACTTAC 1320
TCCAATAARA ATAGCCCTAC AGGCATTCRAA ACCAAAAGGA ATTTTTCTTC ATCTTTTGGT 1380
ATCTTTGGGG GGTTAAGGGG CTTGTATAAC AGCTATTATG TGTTGAACAA AGTCAAAGGA 1440
AGCGGCAATT TAGATGTGGC TACCGGGTTG AACTACCGCT ATAAGCATTC TAAATATTCT 1500
GTAGGGATTA GCATCCCTTT AATCCAAAGA 2226012606 TCGTTTCTAG CGGTGGCGAT 1560
TATACGAACT CTTTTGTTTT CAATGAAGGGE GCTAGCCACT TTAAGGTGTT TTTCAATTAC 1620 616561611 TT 1632 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:17: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1071 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double . (D) TOPOLOGY: circular :(ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1071
> يؤل »> (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:17: TTGATGARAA GCATTTTGCT CTTTATGATT TTTGTAGTTT GTCAGTTAGA AGGCAAAARA 60 TTTTCACAAG ATAATTTTAA GGTGGATTAT AACTACTATT TGCGCAAACA GGATTTGCAC 120 5 ATCATTAAAA CGCAAAACGA TTTGTCCAAT GCCTGGTATC TCCCTCCACA AAANGCCCCC 180 AAAGAACATT CTTGGGTGGA TTTTGCTAAA AAATATTTAA ACATGATGGA TTATCTAGGC 240 ACTTATTTTT TGCCTTTTTA TCATAGTTTC ACCCCCATTT TTCAATGGTA CCACCCTAAT 300 ATCAACCCCT ACCAACGCAA TGAGTTTAAG TTCCAAATCA GTTTTAGAGT GCCTGTATTT 360 AGGCATATTC TTTGGACTAA AGGCACGCTT TATCTGGCTT ATACCCAAAC TAACTGGTTT 420 10 CAAATTTATA ATGACCCTCA ATCCGCCCCC ATGCGAATGA TCAATTTCAT GCCTGAACTC 480 TTTTTCTGAA 540 قدو ةو دح أمظ ATCTATGTTT ATCCTATTAA TTTTAAACCT TTTGGEGGTA GTGCGCAATG TTACCAGCCT 600 2 ا ATTTGGATAG GTTGGCAGCA CATTTCTAAT TTTAATAAAG AAGGTAATCC TGAAAACCAG TTTCCAGGAC AACCTGTAAT CGTTAAAGAT 660 TATAACGGGC AAAAAGATGT GCGCTGGGGG GGGTGTCKTT CGGTGARCSC GGGCAACSCC 720 15 CTGTGTTTCG TTTTGGTGTG GGAAAAGGGA GGCCTAAAAA TCATGGTCGC TTATTGGCCC 780 TATGTCCCTT ATGATCAATC CAACCCTCAA TTGATTGATT ACATGGGGTA TGGTAACGCT 840 AARATTGATT ACAGGAGAGG GCGCCACCAT TTTGAATTGC AACTTTATGA TATTTTCACG 900 CAATACTGGC GTTATGATCG CTGGCATGGA GCTTTCCGCT TAGGCTATAC CTACCGCATT 360 AACCCTTTTG TGGGGATTTA TGCGCAGTGGE TTTAACGGCT ATGGCGATGG CTTGTATGAA 1020 20 TACGATGTTT TTTCCAATCG TATAGGGGTA GGAATACGCT TGAACCCTTA A 1071 INFORMATION FOR SEQ ID NO:18: )2( SEQUENCE CHARACTERISTICS: )1( 25 (A) LENGTH: 2028 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular
(ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 35 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 40 (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...2028 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:18: 1
TTGTCTAARG GTTTGAGTAT CGGTAATARA ATCATATTGT 0010080677 GATTGTGATC 60 GTGTGCGTGA GCATTTTAGG GGTGTCCTTA AACAGCAGGG TGAAAGAGAT TTTAARAGAA 120 AGCGCTCTGC ATTCAATGCA AGATAGTTTG CATTTCAAGG TTAAGGAAGT GCAAAGTGTT 180 TTGGAAAACA CTTATACGAG CATGGGCATT GTCAAAGAAA TGCTCCCTGA AGACACCAAA 240 AGAGAAATCA AAATCCAGTT GTTAAAAAAC TTCATTTTAG CCAATTCGCA TGTCGCTGGG 300 50 GTGAGCATGT TTTTTARAAGA CAGAGAGGAT TTGAGATTGA CGCTTTTACG AGATAACGAT 360 ACGATCAAGT TGATGGAAAA CCCGTCATTA GGGAGTAACC CTTTAGCGCA AAAAGCGATG 420 AAADATARAAG AAATTTCTAA AAGCTTGCCT TATTACAGGA AAATGCCTAA CGGGGCGGAA 480 GTTTATGGCG TGGATATTCT TTTACCACTA TTCAAGGAAA ACACGCAAGA AGTGGTGGGG 540 GTTCTGATGA TTTTCTTTTC CATTGACAGC TTCAGTAATG AAATCACTAA AAACAGGAGC 600 55 GATTTATTTT TAATTGGCGT TAAAGGTAAA GTGCTTTTGA GCGCGAATAA AAGCTTGCAA 660 GACAAATCCA TCACCGAAAT TTATAARAAGC GTGCCTAAAG CCACTAATGA AGTGATGGCT 720 ATTTTAGARA ATGGCTCTRA AGCGACTTTA GAATACTTGG ATCCCTTTAG CCATAAGGAG 780 AATTTTTTAG CCGTTGAAAC CTTTAAAATG CTAGGCAAAA CAGAAAGTAA AGACAATCTT 840
د AATTGGATGA TCGCTTTGAT CATTGAAAAA GACAAGGTCT ATGAGCAAGT GGGATCGGTG 900 CGTTTTGTGG TGGTTGCAGC GAGTGCTATC ATGGTGTTAG CCTTAATCAT AGCGATCACT 960 CTTTTAATGC GAGCGATCGT GAGCAATCGT TTGGAAGTCG TTTCTAGCAC CTTGTCTCAT 1020 TTCTTTAAAT TATTGAACAA TCAAGCCCAT TCTAGCGACA TTAAATTGGT TGAAGCGCGA 1080 TCTAATGACG AATTAGGGCG CATGCAAACA GCGATCAATA AAAATATCTT GCARACCCAA 1140 5 AAGAAGACAG GCAAGCCGTC CAAGACACCA TTAAAGTGGT TTCAGACGTG 1200 22422002760 ATTTTGCGGT GCGCATCACG GCTGAACCCG CAAGCCCTGA TTTGAARGARA 1260 22200060062 CGCTAAATGG GATCATGGAT TATTTGCAAG AAAGCGTAGG GACTCACATG 1320 1162626206 CCRAGCATTT TCAARATCTT TGAAAGCTAT TCTGGCTTGG ATTTTAGAGG GCGGATCCARA 1380 AACGCTTCGG GTAGGGTGGA ATTGGTTACT AACGCTTTAG GGCAAGARAT CCAAAAMATG 1440 10 CGTCTAATTT TGCCAAAGAT CTAGCGAACG ATAGCGCGAA TTTAAAAGAA 1500 1202220117 TGCGTGCARA ATTTAGAAAA GGCTTCAAAC TCCCAACACA AAAGCCTGAT GGAAACTTCC 1560 ARARCGATAG AAAATATCAC CACTTCCATT CAAGGCGTGA GCTCTCAAAG TGAAGCCATG 1620 ATTGARCAAG GGAAAGACAT TAAAAGCATT GTAGAAATCA TTAGAGATAT TGCCGATCAA 1680 ACGAATCTAT TAGCCCTARA CGCTGCTATT GAAGCCGCAC GAGCCGGCGA GCATGGCAGA 1740 15 GGCTTTGCGG TGGTGGCTGA TGAGGTGAGG AAGCTCGCTG AAAGGACGCA AAAATCCCTC 1800 AGTGAGATTG AAGCCAATAT TAATATTCTC GTTCAAAGCA TTTCAGACAC GAGCGAAAGC 1860 ATTAAAAACC AGGTTAAAGA AGTAGAAGAG ATCAACGCTT CTATTGAAGC CTTAAGATCG 1920 GTTACTGAGG GCAATCTAAA AATCGCTAGC GATTCTTTAG AAATCAGTCA AGAAATTGAC 1980 ARAGTCTCTA ACGATATTTT AGAAGATGTG AATAARAAGC AGTTTTAA 2028 20 INFORMATION FOR SEQ ID NO:19: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 816 base pairs 25 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular {ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 30 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 40 (B) LOCATION 1...816 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:19:
ATGAACATAT TCAAGCGTAT TATTTGCGTA ACCGCTATTG TTTTAGGTTT TTTTAACCTT 60
TTAGACGCCA ARCACCACAA AGAAAAAAAA GAAGACCACA AAATCACTCG TGAGCTTAAR 120
GTGGGCGCTA ACCCTGTGCC GCATGCGCAA ATCTTGCAAT CAGTTGTGGA TGATTTGAAA 180
GAGAAAGGGA TCARATTAGT GATCGTGTCT TTTACGGATT ATGTGTTGCC TAATTTAGCG 240
CTCAATGACG GCTCTTTAGA CGCGAATTAC TTCCAGCACC GCCOTTATTT GGATCGGTTT 300
AATTTGGACA GARAAATGCA CCTTGTTGGT TTGGCCAATA TCCATGTGGA GCCTTTAAGA 360
TTTTATTCTC AAAAAATCAC AGACATTARA AACCTTAAAA AAGGCTCAGT GATTGCTGTG 420
CCAAATGATC CGGCCAATCA AGGCAGGGCG TTGATTTTAC TCCATAAACA AGGCCTTATC 480
GCTCTCAAAG ACCCAAGCAA TCTATACGCT ACGGAGTTTG ATATTGTCAA AAATCCTTAC 540
ARCATCAAAA TCAAACCCCT AGAAGCTGCG TTATTGCCTA AGGTTTTAGG GGATGTGGAT 600
GGGGCTATCA TAACAGGGAA TTATGCCTTG CAAGCAAAAC TCACCGGAGC CTTATTTTCA 660
GAAGATAAGG ACTCGCCTTA TGCTAATCTT GTAGCCTCTC GTGAGGATAA TGCGCAAGAT 720
GAAGCGATAA AAGCGTTGAT TGAAGCCTTA CAGAGCGAAA AGACCAGGAA ATTCATTTTG 780
GATACCTATA AGGGGGCGAT TATCCCGGCT TTTTRAA 816
\Ve {2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:20: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 486 base pairs )5( TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...486 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:20:
ATGTTTTTTA AAACTTATCA AARATTACTG GGCGCGAGCT GTTTGGCGCT GTATTTAGTG 60
GGCTGTGGGA ATGGTGGTGG CGGTGRATCG CCGGTTGAGA TGATTGCAAA TAGCGAGGGT 120
ACGTTTCAAA TCGACTCCAA AGCAGATAGC ATTACTATTC AAGGCGTGAA GCTTAATAGA 180
GGTAATTGTG CTGTCAATTT TGTTCCAGTA AGTGAGACGT TTCAAATGGG TGTTTTAAGT 240
CAAGTTACTC CAATCTCTAT ACAGGATTTT AAAGATATGG CAAGCACTTA TAAGATATTT 300
GATCARAAGA AAGGGTTGGC AAACATAGCA AATAAAATTT CTCAATTAGA GCAAAAGGGT 360
GTGATGATGG AACCTCRAAC CCTTAATTTT GGAGAAAGTT TAAAAGGCAT ممم 420
TGCAATATTA TAGAGGCAGA AATACAAACC GACAAAGGCG CTTGGACTTT TAACTTTGAT 480
AAATAA 486 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:21: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1014 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO , (iv) ANTI-SENSE: NO {vi) ORIGINAL SOURCE: 7 0 a (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1014 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:21:
ATGATTAGAT TAAAAGGTTT GAATAAAACT TTAAAAACAA GCTTATTAGC TGGGGTTTTA 60
CTAGGTGCTA CTGCTCCCTT AATGGCAAAG CCTTTATTAA GCGATGAAGA CTTATTGAAA 120
CGAGTAARAC TACACAATAT CAAAGAAGAT ACGCTGACTA GCTGTAATGC TAAGGTGGAC 180
حأ GGCTCTCAAT ACTTGAATAG TGGTTGGAAT TTATCTAAAG AATTTCCGCA AGAATATAGA 240 GAAAAGATTT TTGAATGCGT AGAAGAAGAA AAACATAARAC AAGCCCTTAA TTTARATCAAT 300 AAAGAAGACA CTGAAGATAA AGAAGAACTT GCAAAAAAAA TCAAAGAAAT TAAAGAARRA 360 GCTAAAGTTT TAAGGCAAAA ATTTATGGCT TTTGAAATGA AAGAACACTC TAAAGAATTC 420 CCAAATAAAA AGCAACTTCA AACCATGCTT GAGAACGCTT TTGATAATGG AGCTGAAAGT 480 5 TTTATTGATG ATTGGCACGA ACGCTTTGGG GGTATAAGTA GAGAGAATAC TTATAAAGCA 540 CTTGGCATTA ARGAATATAG TGATGAAGGA AAGATATTAG CCTTTGGCGA AAGAAGTTAT 600 ATTAGACAAT ATAAAAAAGA TTTTGAAGAA AGCACTTATG ATACTAGACA AACCTTATCT 660 GCTATGGCTA ATATGAGTGG CGAAAACGAT TATAAAATTA CTTGGTTAAA ACCCARATAT 720 CAGCTCCATA GTTCAAATAA TATTAAACCC TTAATGTCAA ACACAGAGTT GTTAAATATG 780 10 ATAGAGCTAA CCAATATCAA AAAAGAATAT GTTATGGGCT GTAATATGGA AATAGATGGT 840 TCTARATATC CCATTCATAA AGATTGGGGA TTTTTTGGTA AGGCAAAAGT CCCAGAAACT 900 TGGAGAAATA AGATTTGGGA ATGTATTAAG AATAAAGTAA AGTCCTATGA CAACACTACC 960 1014 همه GCTGAARATAG GAATAGTTTG GAAAAAAAAT ACTTATTCTA TCTCTCATCA
INFORMATION FOR SEQ ID NO:22: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1251 base pairs {B) TYPE: nucleic acid 20 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 30 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature {B) LOCATION 1...1251 35 {xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:22: ATGAMAAAAT TAGTTTTTAG CATGCTTTTA TGTTGTAAAA GCGTGTTTGC AGAGGGGGAA 60 ACTCCTTTGA TTGTCAATGA CCCAGAAACC CATGTAAGTC AAGCCACTAT CATAGGCAAR 120 40 ATGGTAGATA GTATCAAAAG ATACGAAGAG ATTATTTCTA AGGCTCAAGC TCAAGTCAAT 180 CAGTTACAAA AAGTCAATAA CATGATAAAT ACGACTAATT CTTTGATTAG TAGTAGTGCT 240 ATCACTTTAG CCAATCCTAT GCAAGTTTTA CARAACGCTC AGTATCAAAT AGAGAGCATT 300 AGATACAACT ATGAGAATTT AAAGCAAAGC ATAGAAAATT GGAACGCACA AAATTTGTTA 360 AGAAACAAAT ACTTACAGCA ACAATGCCCT TGGCTTAATG TCAATGCTCT TACTAACAAT 420 45 AAGATTGTCA ATCTTAAAGA TCTCAATAAC CTAATCACCA AAAATGGCGA ACAAACCCAA 480 ACCGCAAGAG ATGTGCAAAA TCTCATTCAG TCCATTAGTG GCAGTGGCTA TGGAAACATG 540 CAATCACTTG CTGGGGAATT GAGTGGTAGA GCGTGGGGGG AAATGTTGTG TAARATGGTA 600 AACGATAGTA ATTATGAAAG CGAGCAAGCT CTTTTAGCAA CAGGCAATAA CCCAGAAGAG 660 CARARACGAA GATTTTTGCT TAGAGTAAAG AAAAAGGTTA ATGATAATAA GCAGTTAARA 720 50 GATARACTTG ACCCATTTCT AAAAAGACTT GATGTCCTAC AAACTGAGTT TGGTGTAACT 780 GACCCTACAG CTAACCATAA TAAGCAAGGG ATACATTATT GCACAGAAAA TAAAGAGACA 840 GGTAAATGCG ACCCTATTAA AAATGTATTT AGGACAACTC GCTTAGATAA CGAATTAGAA 900 CAAGARATCC AAACGCTCAC ACTTGATTTA ATCAAAGCCT CCAATARAAGA CGCTCAAAGC 960 CAAGCCTACG CAAATTTCAA TCAAAGGATT AAATTACTTA CTCTAAAATA TTTAAAAGAA 1020 55 ATTACCAATC AAATGCTCTT TTTAAATCAA ACAATGGCAA TGCAAAGCGA GATTATGACA 1080 GATGATTATT TTAGGCARAA TAATGATGGC TTTGGGGAAA AAGAAAACCA TATAGACARA 1140 CAATTAACGC AAAAAAGAAT RAACGAAAGA GAAAGAGCTA GAATATACTT TCAAAACCCT 1200 AATGTTAAAT TTGACCAATT TGGCTTTCCC ATTTTTAGTA TATGGGATTA A 1251
اا INFORMATION FOR SEQ ID NO:23: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1131 base pairs 5 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 10 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
{vi} ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 20 (B) LOCATION 1...1131 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:23: GTGAATAAGT GGATTAAAGG GGCGGTTGTT TTTGTAGGGG GTTTTGCAAC GATTACAACC 60 25 TTTTCTTTAA TCTACCACCA AAAGCCAAAA GCCCCCCTAA ATAACCAGCC TAGCCTTTTG 120 AATGACGATG AGGTGAAATA CCCCTTACAA GACTACACTT TCACTCAAAA CCCACAGCCA 180 0 ACTAACACGG AAAGCTCCAA AGACGCTACC ATCAAAGCCT TACAAGAACA GCTCAAAGCC 240 GCTTTAAAAG CCCTAAACTC CARAGARATG AATTATTCCA AAGAAGAGAC TTTTACTAGC 300 CCTCCCATGG ATCCARAAAC AACCCCCCCT AAAAAAGACT TTTCTCCAAA ACAATTAGAT 360 30 TTACTGGCCT CTCGCATCAC CCCTTTCAAG CARAGCCCTA AAAATTACGA AGARAACCTG 420 ATTTTCCCTG TGGATAACCC TAATGGCATT GATAGTTTCA CTAACCTTAA AGAAAAAGAC 480 ATCGCCACTA ATGAAAACAA GCTTTTACGC ACCATTACAG CTGACAARAT GATACCCGCT 540 TTTTTGATTA CGCCCATTTC TAGCCAGATC GCTGGTAAAG TGATTGCGCA AGTGGAGAGC 600 GATATTTTTG CAAGCATGGG CAARAGCCGTC TTAATCCCCA AAGGCTCTAA AGTCATAGGC 660 35 TATTACAGCA ACAATAACAA AATGGGCGAA TACCGCTTGG ATATTGTATG GAGTCGAATC 720 ATCACTCCCC ATGGCATTAA TATCATGCTC ACTAACGCTA AAGGGGCGGA CATTARAGGE 780 TATAACGGCT TAGTGGGGGA ATTGATTGARA AGGAATTTCC AACGCTATGG CGTGCCGTTA 840 CTGCTTTCTA CGCTCACTAA CGGCCTATTG ATTGGGATCA CTTCGGCTTT AAACAACAGA 300 GGCAATAAAG AAGAGGTGAC TAATTTCTTT GGGGATTATC TTTTATTGCA ATTGATGAGG 960 40 CARAAGCGGCA TGGGGATCAA TCAAGTGGTC AATCAAATTT TAAGAGACAA GAGCAAGATC 1020 GCCCCCATTG TGGTGATTAG AGAGGGGAGT AGGGTCTTCA TTTCGCCCAA TACTGACATC 1080 TTCTTCCCTA TACCCAGAGA GAATGAAGTC ATCGCTGAGT TTTTGAAGTG A 1131 INFORMATION FOR SEQ ID NO:24: )2( 45 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 2751 base pairs 0 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double 50 (D) TOPOLOGY: circular {ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) . (iii) HYPOTHETICAL: NO 55 (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE:
\VA (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: )2( NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...2751 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:24:
GTGGATTTGA GGATCCAATC TAAAGAAGTC AGTCATAATT TAAAGGAATT 21 ممححق 60
CTAATCAGCT ATCCTTTTGA AAAACATGTA GAAGCTTTAG GGGAACAATG CAGTAACTTC 120
GTTTCTATTC CCATTAACAA TGACGACTAT TCAAATATTT GCACTTTTGT GAGTGATTTT 180
ATAAATCTTA TAGCTTCTTA CAATTTATTA GAATCATTTT TAGATTTTTA TAAAGATARA 240
TTAARATTGA GCGAGCTTGT AACTGAATAT GCCAACGTAA CCAATAATCT GCTTTTCAAA 300
AAATTAATCA AACATTTAAG CGGCAACAAT CAATTGGTTA AAAATTTTTA TCAGTGTATA 360
AGAGARATTA TAAAATACAA CGCCCCTAAT AAAGAATACA AACCCAATCA ATTTTTTATA 420
ATAGGGAAAG GCAAACAAAA ACAATTAGCA AAAATTTATT CTCATTTAARA AGAACTTAGT 480
GCAAGTGARA TTAAACCACA AGATATGGAA GACATCTTAA AAAAGCTAGA GGAATTAGAT 540
AAAATTTTTA AAACTACCGA CTTTACAAAA TTCACACCAA AAACTGAAAT TAAGGATATT 600
ATTARAGAAA TAGACGAAAA ATACCCTATC AATGAAAATT TTARACGGCA ATTTAATGAG 660
TTTGAATCAA ATATTGAAAA ACATGATGAA ATAAAAAAGG ATTTTGAGCG AAACAAAGAG 720
TCGCTGATCC GAGAAATTGA AAATCACTGC AAAAATGAAT GCAATAGCGA AGARGAGCCG 780
GAGTATAAGA TTAATGATCT GCTCAAAAAT ATCCAACAAA TATGCAAAAA TTATATAGAA 840
AGTCATGCCG TTAATGATGT GTCTAAAGAT ATTARAATCCA TGATGTGTCA GTTTTATTTG 500
AAACAGATAG ATTTATTAGT CAATTCAGAA ATTGTGCGAT ACAGATACAG CAATCTTTTT 960
GAACCAATAC AAAGATCTTT ATGGGAGAGT ATAAAAATTT TAGATAATGA AAGTGGCATT 1020
TATTTGTTCC CTAARAATAT TGGTGAAATC AAGGATAAAT TTGAAGCAAA CAAGGADAAR 1080
TTCAAACARA GCAAAAATGT TTCTGAGTTC GCAGAATATT GCCGAGAGTG TAACCCCTAT 1140
ACAGCGTTTA ACTTTCATCT AAATATAAAT AATGGTTTAT CTCATCAATT TGAAAAATTC 1200
GTGCCAATCA TGAAAGAATA CAAAGAGCCA AAAATCACAG ATAATGACCT TGAAGCCATA 1260
TCAACCAAAG AGACTGGTCT TGCTAGCCAA TTATCTGGGC ACTGGTTTTT TCAGCTTTCG 1320
TTATTTAATA AAACAAACTT TAATCCTAAT AAAATTTGGA TTCCTTTAGA GTTCAATAARZ 1380
AGATCAAAAA TAAAGTTTGA TAAAGATTTA GAAATCTATT TTGATAGTCA TGAATCGTTC 1440
ARTATCTCTA AAAAATACTT GCAAGAAATA GATCAAGAAT CACTAAARAD GATCAAACARA 1500
TCAAAAGATT TTTTTTCAAT TCAAAAAATA GAGAGTAAGC ATGATAATARA CGATATACTG 1560
CAACTTGAAT TTTTTGAGAA TGATACAAGT TTTCTTTTTG CTAAAGGAAG TTTTGCAGRAA 1620
ATTTTAGAAT ACAACATGCA ATTAAAAATA GATTCTTTAA TTACAAAAGA ATTTAATAAG 1680
CTTTTAGCGA TCGTTCAAGA TAGTCCCCAA GATAGTTACC AATTAAAAAT TCGTGTCCGA 1740
CATAACAATA AGCTTCCTAG AGAGAAATAT ACGGAACATG AAATAAAACT TGAAGTTTAT 1800
GATTGCAGAA AATCCCACGA TCACAATGAG CCAATCATCT TAAGCCAGCA AAGCACCGGC 1860
TTCCAATGGG CGTTTAATTT CATGTTTGGC TTTCTTTATA ATGTGGGATC ACATTTTAGT 1920
TTTAACCATA ATATTATCTA TGTCATGGAC GAGCCAGCCA CTCATTTGAG CGTGCCAGCC 1980
AGAAAGGAGT TTAGGAAATT TTTAAAAGAA TACGCTCATA AAAATCATGT TACTTTTGTT 2040
TTAGCCACCC ATGACCCCTT TTTAGTGGAT ACGGATCATT TAGATGAAAT AAGGATTGTG 2100
GAARAGGAAA CAGAAGGCTC TGTAATTAAG AATCACTTTA ACTATCCCCT AAATAATGCA 2160
AGCAAAGACT CCGACGCTTT GGACAAAATC AAACGCTCTT TAGGAGTGGG CCAGCATGTT 2220
TTTCATAACC CCCAAAAACA CCGAATCATT TTTGTAGAAG GCATCACGGA TTATTGTTAT 2280
TTGAGCGCTT TTAAATTGTA TTTGCGTTAC AAAGAATACA AGGACAACCC CATTCCTTTC 2340
ACTTTCTTAC CCATTTCAGG GCTTAAAAAC GATTCAAACG ATATGAAAGA AACCATTGAA 2400
AAACTTTGCG AGTTAGACAA TCACCCTATT GTTTTGACAG ACGATGACAG ARAATGCGTT 2460
TTTAARCCAAC AAGCAACGAG CGAACGATTT AAAAGAGCTA ATGAAGAAAT GCATGATCCC 2520
ATCACCATCC TACAACTCTC AGACTGCGAT AGGCATTTCA AACAAATTGA AGATTGTTTC 2580
AGCGCAARCG ATAGAAACAA ATACGCTAAA AATAAGCAARA TGGAATTGAG CATGGCTTTT 2640
AARACAAGGC TTTTGTATGG CGGAGAAGAT GCGATAGAAA AACAAACAAA AAGAAATTTT 2700
TTAARATTAT TCARATGGAT TGCATGGGCT ACAAACTTGA TCAAAAACTA A 2751 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:25: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 531 base pairs
. خأ > (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 5 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 15 (B) LOCATION 1...531 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:25:
ATGACTGCAA TGATGCGTTA TTTTCACATC TATGCGACCA CTTTTTTCTT CCCTTTGGCG 60
CTTCTTTTTG CGGTTAGTGG GCTTTCATTG CTCTTTAAAG CGCGCCAAGA CACTGGCGCT 120
AAGATCARAG AATGGGTTTT AGAAAAATCC TTAAAAAAAG AAGAACGATT GGACTTTTTA 180
AAAGGCTTTA TAAAAGAAAAR CCATATCGCT ATGCCTAAAA AGATAGAGCC TAGAGAGTAT 240
AGGGGAGCGT TAGTCATTGG CACGCCTTTG TATGAAATCA ACCTTGAAAC TAAAGGCACT 300
CADACGAAAA TCAAGACCAT TGAAAGGGGC TTTITAGGCG CGCTCATCAT GCTGCATAAG 360
GCTAAGGTGG GCATCGTGTT TCAGGCGCTT TTAGGGATTT TTTGCGTGTT TTTATTGTTG 420
TTTTACTTGA GCGCGTTTTT AATGGTGGCT TTTAAAGACA CTAAACGCAT GTTTATAAGC 480
GTTTTAATAG GGAGCGTGGT GTTCTTTGGA GCGATCTATT GGTCTTTGTA G 531 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:26: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 669 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: : (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...669 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:26:
ATGTTTAAAA ACGCTTTAAA TATACAAGAT TTTTCATTTA AAAATCATAC TAGTACAGCC 60
ATTATTGGCA CAAATGGTGC TGGAAAATCA ACGCTTATCA ACACTATTCT AGGCATTAGA 120
TCAGACTATA ATTTTAAAGC ACAABACAAT AATATTCCAT ACCACGACAA TGTTATACCA 180
CAACGCAAGC AATTGGGAGT TGTCTCTAAC CTATTCAACT ACCCACCTGG ATTAAACGCA 240
AACGACCTTT TTAAATTCTA TCAATTTTTT CACAAAAACT GCACTCTAGA TTTGTTTGAA 300
AAAAATCTTT TAAATAARAC CTACGAACAC CTAAGCGACG GACAAARACA GCGCTTAAAA 360
ATTGACTTAG CTCTTAGCCA TCACCCACAA TTAGTTATTA TGGATGAACC AGAAACCAGT 420
بلا TTAGAGCARA ACGCTCTTAT AAGACTATCA AATCTCATAA GCTTGCGCAA CACCCAACAA 480 CTTACAAGTA TCATCGCCAC TCATGATCCT ATTGTCTTAG ATAGTTGCGA ATGGGTATTG 540 CTCCTTAAGA ATGGCAACAT TGCTCAATAC AAACCTTTAA ATTCTATATT AAAATCTGTA 600 GCTAARACTT TTAACTTTAA AGAAAAACCA ACCACAAAAG ACTTATTAGC GTTACTAAAG 660 GaraTTTAA 669 5 INFORMATION FOR SEQ ID NO:27: ; )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1221 base pairs 10 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 15 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 25 (B) LOCATION 1...1221 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:27:
ATGTATGCGG CTCATCCTAT TAAACCCATA AAAGCCCCOTA AACTCAAATC TCAATTTTTA 60
AGGCGTGTGT TTGTGGGCGC GTCCATTAGG CGCTGGAATG ACCAAGCATG CCCTTTGGAA 120
TTTGTGGAAT TAGACAAGCA AGCCCATARA GCGATGATTG CGTATCTGCT CGCTARAGAT 180
TTAARAGATA GGGGTAAAGA TTTAGATTTA GATCTTTTAA TCAAATATTT TTGCTTTGAG 240
TTTTTGGAGC GCTTGGTTTT AACCGATATT AAACCCCCTA TTTTTTACGC CCTCCAACAA 300
ACGCATAGTA AAGAGTTAGC TTCCTATGTT GCGCAAAGTT TGCAAGATGA AATCAGTGCG 360
TATTTTTCTT TAGAGGAACT CAAAGAGTAT TTAAGCCACA GGCCTCAAAT TTTAGAAACT 420
CAAATTTTAG AGAGCGCGCA TTTTTATGCG TCTAAGTGGG AGTTTGATAT TATCTATCAT 480
TTTAACCCCA ACATGTATGG CGTGAAAGAG ATTAAAGATA AARATTGACAA GCAACTCCAC 540
AATAACGATC ATTTGTTTGA AGGGCTTTTT GGGGAAAAAG AAGATTTGAA AAAATTGGTG 600
AGCATGTTTG GGCAGTTGCG TTTCCAAAAG CGCTGGAGEE ARACCCCAAG AGTGCCACAR 660
ACCAGTGTTC TAGGGCATAC TTTATGCGTG GCGATTATGG GGTATTTATT GAGTTTTGAC 720
TTGAAAGCTT GTAAAAGCAT GCGGATCAAT CATTTTTTGG GCGGGCTTTT CCATGATTTA 780
CCCGAAATTT TAACCCGAGA CATTATCACG CCCATCAAAC AAAGCGTTGC AGGGCTTGAT 840
CATTGCATTA AAGAGATTGA AAAAAAGGAA ATGCAAAACA AAGTCTATTC CTTTGTGTCT 900
TTGGGCGTTC AAGAAGATTT GAAATATTTC ACCGAAMACG AGTTTARAAAA CCGCTACAZA 960
GACARGTCTC ATCAAATCGT TTTCACTAAA GACGCTGAAG AATTATTCAC GCTTTATAAT 1020
AGCGATGAAT ATCTTGGGGT TTGCGGGGAG CTTTTGAAGG TGTGCGATCA TTTGAGCGCE 1080
TTTTTAGAAG CCCAAATCTC TCTTTCTCAT GGCATTTCTA GCTACGATTT AATCCAAGGA 1140
GCTAARARCC TTTTAGAATT GCGATCCCAA ACGGAACTGC TTGATTTGGA TTTAGGGAAA 1200
TTGTTTAGAG ATTTTAAGTA A 1221 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:28: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1008 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular
اا (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 5 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 10 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1008 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:28:
GTGTTGTGGG TGCTATATTIT TTTAACCAGT TTATTTATTT GCTCTTTGAT TGTTTTCTGG 60 TCTAAAAAAT CCATGCTCTT TGTGGATAAC GCTAATAAAA TCCAAGGCTT CCATCATGCA 120 AGAACCCCAC GAGCCGGGGG GCTTGGGATC TTTCTTTCTT TTGCGTTGGC TTGTTATCTT 180 GAACCTTTTG AGATGCCTTT TAAGGGGCCT TTTGTTTTCT TAGGGCTATC GCTAGTGTTT 240 TTGAGCGGTT TTTTAGAAGA CATTAACCTT TCATTAAGCC CCAARATACG CCTTATTITG 300 20 CAAGCTGTAG GGGTCGTTIG CATCATTTCA TCAACGCCTT TAGTGGTGAG CGATTTTTCG 360 CCCCTTTTTA GCTTGCCTTA TTTCATCGCT TTTTTATTCG CTATTTTTAT GCTGGTGRGT 420 ATCAGTAACG CTATTAATAT CATTGACGGG TTTAACGGGC TTGCATCTGG GATTTGCGCG 480 ATCGCGCTTT TAGTCATTCA TTATATAGAC CCTAGCAGTT TGTCTTGTTT GCTCGCTTAC 540 ATGGTGCTTG GGTTTATGGT GTTAAATTTC CCTTCAGGAA AGATTTTTTT AGGCGATGGE 600 25 GGGGCGTATT TTTTGGGTTT GGTGTGCGGG ATTTCTCTCT TGCATTTGAG TTTGGAGCAA 660 ARRATCAGCG TGTTTTTTGG GCTCAATTTA ATGCTTTATC CGGTCATAGA GGTGCTTTTT 720 AGTATCCTTA GGCGCAAAAT AAAACGCCAG AAAGCCACCA TGCCGGATAA TTTGCATTTG 780 CACACCCTTT TATTTAAATT CTTGCAACAA CGCTCTTTCA ATTACCCTAA CCCTTTATGC 840 GCGTTTATCC TTATTCTATG CAACCTGCCT TTTATTTTAA TAAGCGTTTT GTTTCGCTIG 900 30 GACGCTTATG CGCTCATTGT GATTAGCCTA GTCTTTATCG CATGCTATTT AATAGGCTAT 960 GCTTATTTGA ATAGGCAAGT TTGCGCTTTA GAAAAGCGGG CGTTTTAA 1008 INFORMATION FOR SEQ ID NO:29: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 291 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 40 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) . (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori : 50 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...291 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:29: 55 ATGAARAAGG TTATTGTGGC TTTAGGCGTT TTGGCGTTCG CAAATGTTTT AATGGCALCC 60 GATGTTAAGG CTCTTGTAAA AGGTTGTGCC GCTTGCCATG GGGTTARGTT TGAAARAGRAR 120 GCTTTAGGTA AAAGCAAAAT CGTTAACATG ATGAGCGAAA AAGAGATTGA AGAGGATCTT 180
اا ATGGCTTTTA ARAGCGGTGC CAACAAGAAT CCTGTCATGA CCGCGCAAGC TAAAAAATTA 240 AGCGATGAAG ACATCAAAGC TTTAGCCAAA TACATCCCCA CTCTCAAATA A 291 INFORMATION FOR SEQ ID NO:30: )2( 3 SEQUENCE CHARACTERISTICS: ; )1( (A) LENGTH: 471 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 10 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...471 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:30: 25 ATGCGAGATT TCAATAACAT TCAAATCACA CGCTTAAAAG TGCGTCAAAA TGCCGTTTTT 60 GAAAAACTGG ATCTGGAGTT TAAAGATGGC TTGAGCGCGA TTAGTGGGGC TAGTGGGGTG 120 GGGAAARGCG TCCTTATTGC GAGCCTTTTA GGGGCGTTTG GGCTTARAGA GAGCAACGCT 180 TCAAACATTG AAGTGGAATT GATCGCGCCT TTTTTAGACA CGGAAGARATA CGGCATTTTT 240 30 AGAGAAGATG AGCATGAACC CTTAGTTATT AGCGTGATTA AAAAAGAAAA AACACGCTAT 300 TTTTTARACC AAACAAGCCT ATCTAAARAC ACGCTCAAAG CGTTATTAAA GGGGCTTATT 360 AAACGCTTAT CTAACGACAG ATTCAGCCAG AATGAACTCA ACGATATTTT AATGCTCTCC 420 TTATTAGATG GCTATATCCA AAATAAAAAT AGGCGTTTAG CCCCCTTTTA G 471
INFORMATION FOR SEQ ID NO:31: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 357 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 40 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular - (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO , (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 50 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...357 55 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:31: GTGATGCTAA TGGCAATTTT TACCCCTTAT ATTCTTATTT TGAARATGAT GAAAAAGTCT 60
VAY
ATGAGTTTAT TCGCCAATAT GGGGTTGGAG CAAATTTTTT GCAACAGAGA CATTAAAGAT 120
TTAAATGATT TTGTTTTTGG TATAGAAGTG GGGCTTGATA GCAATGCGAG AAAAAATCGT 180
AGCAGAAAGG CTATGGAAAA TCATCTTATC GGTCTTTTTG TCCAAGCTCA ATTAAATTTT 240
ARAGAACAAG TAGATATTAG AGAATTTGAG GATTTACGCC AGGCTTTTGG AAATGATACT 300 ١
AAAAAATTTG ATTTTGTTAT TTTTAGCARA GAGAAAACTT ATTTTCATAG AAGCTAA 357 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:32: d (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1068 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...1068 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:32:
ATGAATATCA AAATTTTAAA AATATTAGTT GGAGGGTTAT TTTTTTTGAG CTTGAACGCC 60
CATTTATGGG GGAAACAAGA CAATAGCTTT TTAGGGATTG GTGAAAGAGC CTATAAAAGC 120
GGGAATTATT CTAAAGCGGC GTCTTATTTT AARAAAGCAT GCAACGATGG GGTGAGTGAA 180
GGCTGCACGC AATTAGGAAT CATTTATGAA AACGGGCAAG GCACTAGAAT AGATTATARA 240
ARAGCCCTAG AATATTATAA AACCGCATGC CAGGCTGATG ATAGGGAAGG GTGTTTTGGC 300 11200606006 1112162162 GGGTTTAGGC ACGGCTCAAA ATTATCAAGA AGCCATTGAC 360
GCTTACGCTA AGGCATGCGT TTTAAAACAC CCTGAGAGTT GCTACAATTT AGGCATCATT 420
TATGATAGAR AAATCARAGG CAATGCCGCT CAAGCGGTTA CTTACTATCA AAAAAGCTGT 480
AATTTTGATA TGGCTAAGGG GTGTTATATT TTAGGCACTG CCTATGAAAA AGGCTTTTTA 540
GARGTCAAAC AGAGCAACCA TAAAGCCGTT ATCTATTATT TGAAAGCGTG CCGATTGAAT 600 caceeecace CTTGCCGAGC GTTAGGGAGT TTGTTTGAAA ATGGCGATGC AGGGCTTGAT 660
GAAGATTTTG AAGTGGCGTT TGATTATTTG CAAAAAGCTT GCGCTTTAAA CAATTCTGGT 720
GGTTGCGCGA GTTTAGGCTC TATGTATATG TTGGGCAGGT ATGTTAAAAA AGACCCCCAR 780
AAGGCTTTTA ACTATTTCAA GCAAGCATGC GATATGGGGA GCGCGGTGAG TTGCTCTAGG 840
ATGGGCTTTA TGTATTCGCA AGGGGACACT GTTTCAAAAG ACTTGAGGAA AGCCCTTGAT 900
AATTATGAAA GAGGTTGCGA TATGGGCGAT GAAGTGGGTT GCTTCGCTCT AGCGGGCATG S60
TATTACAACA TGAAAGATAA AGALAACGCC ATAATGATTT ATGACAAGGG CTGTAAATTG 1020
GGCATGAAAC AGGCATGCGA AAATCTCACC AAACTCAGGG GGTATTAG 1068 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:33: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 582 base pairs (B) TYPE: nucleic acid {C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
VAS .
ATGCCTCCCT TAAAAGAAAC TTCGCAAACC TTTTTATATT ATTTTAAAAG CACTAATATT 840
TATTATATTA GTTACAACTA TTTATTGTAA 870 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:35: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 2007 base pairs ‘ (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...2007 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:35:
ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAARRAC 60
GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120
AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180
ATTTTAAAAA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240
TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC 300
TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAACACG 360
ATTGATCTAG GCGTGATAGA GACCATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT ACCCGGGGAG 420
GCGTTTGATA GTTTAAAAGA GGCGTTTGAT AAAATTGACC CCTATACTTT ATTTCTTCCA 480
AAATTTGAAG CCACTAGCAC TTCTATTTCT GATACTAACA CGCAGAGGGT GTTTGAAACG 540
CTCAATAACA TTAAAACAAA TCTTATAATG AAATATAGTA ATGAAAATCC AAACAATTTC 600
AACACTTGTC CTTACAATAA TAATGGTAAT ACAAAAAATG ATTGTTGGCA AAATTTCACC 660
CCACARACCG CAGAAGAATT CACCAATTTA ATGTTGAACA TGATCGCTGT CTTAGACTCC 720
CAATCTTGGG GCGATGCGAT CTTAAACGCT CCTTTTGAAT TCACTAACAG CTCAACAGAT 780
TGCGATAGCG ATCCTTCAAA ATGCGTAAAT CCCGGAGTAA ATGGGCGTGT TGATACTAAA 840
GTCGATCAAC AATATATACT CAACAAACAA GGTATTATTA ATAATTTTAG AAAAAAAATA 900
GAAATTGATG CGGTTGTTTT AAAAAATTCA GGGGTTGTAG GGTTAGCCAA TGGATATGGC 960
AATGATGGTG AATATGGCAC ATTAGGGGTA GAAGCCTATG CTTTAGATCC TAAAAAACTC 1020
TTTGGCAACG ACCTTAAGAC TATCAATTTA GAAGATTTAA GAACCATCTT GCATGAATTC 1080
AGCCACACTA AAGGCTATGG GCATAACGGG AATATGACCT ATCAAAGAGT GCCGGTAACG 1140
AAAGATGGTC AAGTGGAAAA GGATAGTAAT GGCAAGCCAA AAGATTCTGA TGGCCTCCCC 1200
TATAATGTGT GTTCGCTTTA TGGGGGATCC AATCAGCCCG CTTTCCCTAG CAACTACCCT 1260
AATTCCATCT ATCACAATTG TGCGGATGTC CCGGCTGGCT TTTTAGGGGT AACAGCAGCG 1320
GTTTGGCAGC AGCTCATCAA TCAARACGCC TTGCCGATCA ACTACGCTAA CTTGGGGAGT 1380
CAAACAAACT ACAACCTAAA CGCTAGTTTA AACACGCAAG ATTTAGCCAA TTCCATGCTC 1440
AGCACCATCC AAAAAACCTT TGTAACTTCT AGCGTTACCA ACCACCATTT TTCAAACGCA 1500
TCGCARAGTT TTAGARAGCCC TATTTTAGGG GTTAACGCTA AAATAGGCTA TCABAACTAC 1560
TTTAATGATT TCATAGGGTT GGCTTATTAT GGCATCATCA AATACAATTA CGCTAARAGCT 1620
GTTAATCAAA AAGTCCAGCA ATTGAGCTAT GGTGGGGGGA TAGATTTGTT ATTGGATTTC 1680
ATCACCACTT ACTCCAATAA AAATAGCCCT ACAGGCATTC AAACCAAAAG GAATTTTTCT 1740
TCATCTTTTG GTATCTTTGG GGGGTTAAGG GGCTTGTATA ACAGCTATTA TGTGTTGAAC 1800
ARAGTCAAAG GAAGCGGCAA TTTAGATGTG GCTACCGGGT TGAACTACCG CTATAAGCAT 1860
TCTAAATATT CTGTAGGGAT TAGCATCCCT TTAATCCAAA GAAAAGCTAG CGTCGTTICT 1920
AGCGGTGGCG ATTATACGAA CTCTTTTGTT TTCAATGAAG GGGCTAGCCA CTTTAAGGTG 1980
١ م7 (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: ‘ (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...582 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:33:
ATGARAGAAA AAAACTTTTG GCCTTTAGGA ATCATGAGCG TGCTTATTTT TGGGCTTGGG 60
ATCGTGGTGT TTTTAGTGGT GTTTGCCCTA AARAATTCGC CTAAAAATGA TTTAGTGTAT 120
TTCAAGGGTC ATAACGAAGT GGATTTARAC TTTAACGCCA TGCTTAAAAC TTATGAAAAC 180
TTTAAATCCA ATTATCGTTT TTCAGTGGGT TTAAAGCCTC TTACCGAAAG CCCTAAAACC 240
CCCATTTTGC CCTATTTTTC TAAAGGCACG CATGGGGATA AAAAAATCCA AGAAAACCTT 300
TTAAACAACG CTTTGATTTT AGAAAAGTCC AACACGCTTT ATGCACAATT GCAACCGCTC 360
AAACCCGCTT TAGATTCGCC AAATATTCAA GTGTATTTAG CGTTCTATCC CAGCCAATCC 420
CAGCCCAGAT TATTAGGAAC GCTTGATTGT AAAAACGCAT GCGAACCTTT AAAATTTGAT 480
TTGTTAGAGG GCGATAAAGT GGGGCGCTAT AAGATCCTTT TTAAATTTGT TTTTAAAAAT 540
AAAGAAGAAT TGATTTTGGA GCAACTGGCT TTTTTTAAGT AG 582 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:34: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 870 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO ١ (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: ١ (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...870 ’ (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:34:
TTGGGTATCA ATATGTGTTC TAAAAAAATA AGAAATCTCA TTTTATGCTT TGGTTTTATT 60
TTAAGCTTGT GCGCTGAAGA AAATATCACC AAAGAAARCA TGACTGARAC GAACACGACT 120
GAAGAAAACA CCCCTARAGA CGCTCCCATT CTTTTGGAAG AAAMAACGCGC CCAAACTCTA 180
GAGCTTAAAG AAGAARATGA AGTGGCAAAA AAGATTGATG ARARAAGCCT GCTTGAAGAA 240
ATCCATAAGA AARAAACGCCA GCTTTACATG CTCRAAAGGGEG AATTGCATGA AARAGAATGAA 300
TCCATCTTAT TCCAACAAAT GGCTAAAAAT AAGAGCGGCT TTTTTATAGG CGTGATCCTT 360
GGCGATATAG GGATTAACGC TAATCCTTAT GAGRAAGTTTE AACTTTTAAG CAATATTCAA 420
GCTTCTCCCT TGCTGTATGG TTTAAGGAGC GGGTATCAAA AGTATTTCGC TAACGGGATT 480
AGCGCCTTAC GCTTTTATGG GGAATATTTA GGGGGGGCGA TGAAAGGGTT TAAAAGCGAT 540
TCTTTAGCTT CTTATCAAAC CGCAAGCTTG AATATTGATC TGTTGATGGA TAAGCCTATT 600
GACAAAGAAA AAAGGTTTGC GTTAGGGATA TTTGGAGGCG TTGGAGTGGG GTGGAATGGG 660
ATGTATCAAA ATTTAAAAGA GATTAGAGGGE TATTCACAGC CTAACGCCTT TGGGTTGGTG 720
TTAAATTTAG GGGTGAGCAT GACGCTCAAC CTCAAACACC GCTTTGAATT AGCCCTAAAAN 780
VAT
TTTTTCAATT 206067170007 GTTTTAG 2007 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:36: )1( SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 192 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 17 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...192 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:36:
ATGAATACAG AAATTTTAAC CATCATGTTA GTTGTCTCCG TGCTTATGGGE ATTGGTAGGC 60
TTAATAGCGT TTTTATGGGG GGTTAAAAGC GGTCAGTTTG ACGATGAAAA ACGCATGCTT 120 5222606167 TGTATGACAG CGCGAGCGAC TTGAACGAAG CGATTTTACA AGAAAAACGC 180
CAAAAGAATT AA 192 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:37: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1221 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D} TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO - (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1221 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:37:
ATGGTATTTT TTCATAAGRA AATTATTTTA AATTTTATCT ATTCTTTAAT GGTTGCTTTT 60
TTATTCCATT TATCCTATGG GGTTCTTTTA ARAGCCGATG GAATGGCTAA AAAGCARACT 120
CTTTTAGTGG GTGAAAGGCT TGTGTGGGAT AAGCTCACGC TGTTAGGGTT TTTAGAARDA 180
AACCATATCC CCCAAAAACT CTACTACAAT TTGAGCTCTC ARGATAAAGA ATTGAGTGCT 240
GAAATCCAAA GCAATGTTAC CTACTACACT TTAAGAGATG CAAATAACAC GCTCATTCAA 300
GCCCTTATCC CTATTAGCCA GGATTTGCAA ATCCATATTT ACRAAARAAGG AGAGGATTAT 360
ارا TTTTTAGACT TTATCCCCAT TGTTTTCACT CGTAAAGAAA GAACCCTCCT TCTTTCCTTA 420 CAAACTTCGC CCTATCAAGA TATTGTCAAA GCCACCAATG ACCCCCTTTT AGCCAACCARA 480 TTGATGAACG CGTATAAAAA AAGCGTGCCT TTTAAACGCC TAGTGAAAAA CGATAAAATC 540 GCTATCGTTT ATACAAGGGA TTATCGTGTG GGGCAAGCGT TTGGCCAGCC GACCATCAAA 600 ATGGCGATGG TTAGCTCTCG TTTGCACCAA TACTATCTTT TTTCCCATTC AAACGGGCGT 660 5 TATTACGATT CAAAAGCGCA AGAAGTGGCA GGGTTTTTAC TAGAAACCCC GGTGAAATAC 720 ACCCGCATTT CTTCGCCTTT TTCGTATGGG AGGTTCCATC CTGTTTTAAA AGTTAAACGG 780° CCTCATTACG GCGTGGATTA TGCGGCTAAA CATGGCAGTT TGATCCATTC TGCTTCAGAC 840 GGCCGTGTGG GTTTTATAGG GGTTAAGGCG GGTTATGGGA AGGTGGTTGA AATCCATTTG 900
AATGAATTGC GCTTGGTGTA TGCTCACATG AGCGCGTTCG CTAACGGATT AAAAAAAGGC 960
TCGTTCGTTA AAAAAGGGCA AATCATAGGA AGAGTGGGAA GCACGGGTTT AAGCACCGGGE 1020
CCGCATTTGC ATTTTGGCGT GTATAAAAAC TCCCGCCCCA TTAATCCTTT AGGCTATATC 1080
CGCACCGCTA AAAGCAAGCT GCATGGCAAA CAAAGAGAGG TTTTTTTAGA AAAAGCTCAG 1140
TATTCTAAGC AAAAATTAGA AGAACTTTTT AAAACCCATT CTTTTGAAAA AAATTCATTT 1200
TATCTTTTAG AGGGTTTTTA A 1221 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:38: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 891 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double {(D) TOPOLOGY: circular {ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...891 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:38:
TTGTTTTTAG TCAARAAAAAT AGGCGTGGTA ATAATGATTT TAGTCTGCTT TTTAGCTTGE 60
TCGCAAGAGA GCTTTATCAA AATGCAAAAA AAAGCCCAAG AGCAAGARAA TGACGGCTCT 120
AARCGCCCCA GCTATGTGGA TTCGGATTAT GAAGTCTTTA GCGAAACGAT TTTTTTACAA 180
AACATGGTGT ATCAGCCTAT AGAGGARAGA AACGCTTTTT TCCAACTGAC TAAAGATGAA 240
GACAATTCTT TTAACCCTGA AAATTCCGTG ATTTTACTGA ATGAGCCAAG CGATAATAGT 300
GAARARAACC TACTCTCATA CCCAAACGAT CCCAATAACA ATGAAGACAA CGCTAATAAT 360
AGTCAAAAAA ATCCGTTCCT TTACAAGCCC AAAAGAAAAA CAAAAAACCC AAAACTCATT 420
GAATATTCCC AACAAGATTT CTACCCCCTA AAAAATGGGG ATATTATCAT GAGTAAAGAA 480
GGGGATCAAT GGTTGATAGA AATCCAATCC AAAGCCTTGA AGCGTTTTTT AAAAGATCAA 540
AACGATAAAG ATCGCCAGAT CCAAACTTTC ACTTTTAATG ACACTAAAAC GCAAATCGCG 600
CARATTAAGG GCAAAATTTC TTCGTATGTT TATACCACCA ATAACGGTAG CTTGAGTTTA 660
AGGCCTTTTT ATGAATCGTT TTTGTTAGAA ARAAAGAGCG ATAATGTTTA TACGATAGAG 720
AATAAGGCTT TAGATACTAT GGAGATTTCA AAGTGTCAAA TCGGTGTTAAA AAAGCATTCA 780
ACCGATAAAT TAGACAGCCA GCATAAAGCC ATCAGTATTG ATTTGGATTT TAAAAAAGAG 840
CGCTTTAAGA GCGATACGGA ACTCTTTTTA GAATGTCTTA AGGAAAGTTA GC 891 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:39: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS : (A) LENGTH: 747 base pairs
غهغا (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 5 (iii) HYPOTHETICAL: NO i (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature 15 (B) LOCATION 1...747 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:39:
GTGAGCTATG ACAACACCGA TGATTATTAT TTCCCTAGAA ATGGGGTTAT CTTTAGTTCC 60
TATGCGACAA TGTCTGGTTT GCCAAGCTCT GGCACGCTCA ATTCTTGGARA CGGGTTAGGC 120
GGGRATGTCC GTAACACCAA AGTTTATGGT AAATTCGCCG CTTACCACCA TTTGCAAAAA 180
TATTTATTGA TAGATTTGAT CGCTCGTTTT AAAACGCAAG GGGGCTATAT CTTTAGGTAT 240
AACACCGATG ATTACTTGCC CTTAAACTCC ACTTTCTACA TGGGGGGCGT AACCACGGTG 300
AGAGGCTTTA GGAACGGCTC AATCACACCT 2272621706207 TTGGCTTGTG GCTTGGAGGC 360
GATGGGATTT TTACCGCTTC TACTGAATTG AGCTATGGGG TGTTARAAGC GGCTAAAATG 420
CGTTTAGCGT GGTTTTTTGA CTTTGGTTTC TTAACCTTTA AAACCCCAAC TAGGGGGAGT 480
TTCTTCTATA ACGCTCCCAC CACGACGGCG AATTTTARAG ATTATGGCGT TGTAGGGGCT 540
GGGTTTGAAA GGGCGACTTG GAGGGCTTCT ACAGGCTTAC AGATTGAATG GATTTCGCCC 600
ATGGGGCCTT TGGTGTTGAT TTTCCCTATA GCGTTTTTCA ACCAATGGGG CGATGGCAAT 660
GGCAAAANAT GTAAAGGGCT GTGCTTTAAC CCTAACATGA ACGATTACAC GCAACATTTT 720
GAATTTITCTA TGGGAACAAG GTTTTAA 747 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:40: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1008 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) : (iii) HYPOTHETICAL: NO » (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1008 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:40:
GTGCAACACT TCAATTTCCT CTATAARGAT TCTTTATTTT CTATCGCTTT ATTCACTTTC 60
ATTATCGCTC TTGTGATTTT ATTAGAACAG GCTAGAGCGT ATTTCACCCG AAAGAGRAAC 120
ARAARATTTT TGCAAAAATT CGCCCAAAAT CAAAACGCCT ATGCGAGCAG CGAGAATTTA 180
VAA
GACGAGCTTT TAAAGCATGC TAARATTTCC AGTTTGATGT TTTTAGCTAG GGCGTATTCT 240
AAAGCGGATG TGGAAATGAG CATTGARATC TTAAAAGGGC TTTTGAATCG CCCCTTAAAA 300
GATGAAGAAA AAATCGCTGT TTTAGATTTA TTGGCTAAAA ATTATTTTAG CGTGGGGTAT 360
TTGCAGAAAA CAAAAGACAC CGTGAAAGAA ATTTTGCGCT TTTCCCCAAG GAATGTGGAA 420
GCGTTGTTGA AGCTTTTGCA TGCGTATGAA TTAGAAAAAG ATTATTCAAA GGCTTTAGAA 480
ACTTTGGAAT GTTTGGAAGA ATTAGAGGTG CCTAAAATTG AAACGATTAA AAATTACCTC 540
TATTTAATGC ATTTAATAGA GAATAAGGAA GATGCGGCTA AAATCTTGCA TGTTTCAAAA 600 ;
GCGTCGTTAG ATTTGAARAAA AATCGCTCTG AATCACTTAA AATCGCATGA TGAAAATCTT 660
TTTTGGCAAG AAATTGATAC AACCGAACGG CTAGAAAATG TGATCGATCT TTTATGGGAT 720
ATGAATATCC CTGCTTTTAT TTTAGAAAAA CATGCCCTTT TGCAGGACAT CGCGCGATCT 780
CAAGGGTTGC TTTTGGATCA CAAACCTTGC CAAATTTTTG AATTAGAGGT TTTACGCGCT 840
CTATTGCATA GCCCTATAAA AGCGAGTCTG ACTTTTGAAT ACCGCTGCAA GCATTGCAAA 900
CAAATCTTTC CTTTTGAAAG CCATAGGTGT CCTGTGTGTT ACCAGTTAGC GTTTATGGAT 960
ATGGTGCTTA AAATCTCTAA AAAAACGCAT GCTATGGGAG TGGATTAA 1008 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:41: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1242 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1242 (x1) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:41:
ATGAGGAAAA TTTTTTCTTA TATTTCTAAG GTTCTATTAT TTATTGGGGT GGTTTATGCA 60
GAGCCTGATT CTAAAGTGGA AGCCTTAGAA GGGAGGAAGC AAGAGTCTTC TTTGGATAAA 120
ARRATCCGCC AAGAATTGAA GAGTAAGGAA TTGAAGAATA AGGAATTAAA GAATAAGGAT 180
TTGAARAATA AAGAAGAAAA GAAAGAAACA AAAGCCAAGA GAAAACCCAG AGCAGAAGTC 240
CATCATGGGG ACGCCAAAAA TCCCACTCCA AAGATCACGC CTCCTAAAAT CAAAGGGAGT 300
AGTAAGGGCG TTCAAAATCA AGGCGTTCAA AACAACGCGC CAAAACCTGA AGAAAAAGAT 360
ACAACCCCTC AAGCTACTGA AAARMATAMG GAAACAAGCC CTAGCTCTCA ATTCAATTCC 420
ATTTTTGGTA ATCCTAATAA CGCTACCAAC AACACCCTTG AAGATAAGGT CGTAGGGGGC 480
ATTTCATTGC TTGTTAATGG TTCGCCTATC ACGCTGTATC AAATCCAAGA AGAGCAAGAA 540
AAATCTRAAAG TGAGTAAGGC TCAAGCTAGG GATCGTTTGA TCGCTGAACG CATTAAAAAC 600
CARGAAATTG AGCGCTTAAA AATCCATGTA GATGATGACA AGCTAGACCA AGAAATGGCG 660
ATGATGGCGC AACAACAAGG CATGGATTTA GACCATTTCA AACAGATGCT TATGGCTGAG 720
GGGCATTATA AACTCTATAG AGATCAACTT AAAGAGCATT TAGAAATGCA AGAATTGTTG 780
CGTAATATTT TGCTCACGAA TGTGGATACC AGCTCTGAAA CCAAAATGCG CGAATATTAC 840
ARCAAACACA AGGAGCAATT CAGTATCCCC ACAGAAATAG AAACCGTGCG CTACACTTCC 900
ACCAATCAAG AGGATTTAGA AAGGGCTATG GCAGACCCTA ATTTGGAAGT CCCAGGGGTG 960
AGTAAGGCCA ATGAAAAAAT AGAGATGAAA ACCCTAAACC CTCAAATCGC CCAAGTCTTT 1020
ATTTCGCATG AGCAAGGCTC TTTCACGCCC GTTATGAATG 0000700000 GCAGTTCATC 1080
ACCTTTTATA TCAAGGAAAA AAGGGGTAAA AATGAAGTGA GCTTCAGTCA GGCCAAGCAA 1140
TTCATCGCCC AARAATTAGT GGAAGAATCT AAGGATAAGA TTTTAGAAGA GCATTTTGAA 1200
ARATTGCGCG TTAAGTCTAG GATTGTGATG ATCAGAGAGT GA 1242
بخا INFORMATION FOR SEQ ID NO:42: )2{ (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 561 base pairs 5 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double J (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 10 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 20 (B) LOCATION 1...561 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:42:
ATGATTAAAR GAATTGCTTG TATTTTAAGC TTGAGCGCGA GTTTAGCGTT AGCTGGCGAA 60 67162276007 TTTTCATGGG TGCGGGTTAT CAACAAGGTC GTTATGGCCC TTATAACAGC 120
AATTACTCTG ATTGGCGTCA TGGCAATGAC CTTTATGGTT TGAATTTCAA ATTAGGTTTT 180
GTAGGCTTTG CCAATAAATG GTTTGGGGCT AGGGTGTATG GCTTTTTAGA TTGGTTTAAC 240
ACTTCAGGGA CTGAACACAC CAARACCAAT TTGCTCACCT ATGGCGGCGGE TCGCGATTTG 300
ATTGTCAATC TCATTCCTTT GGATAAATTC GCTCTAGGTC TCATTGGTGG CGTTCAATTA 360
GCCGGAAACA CTTGGATGTT CCCTTATGAT GTCAATCAAA CCAGATTCCA GTTCTTATGG 420
AATTTAGGCG GAAGAATGCG TGTTGGGGAT CGCAGTGCGT TTGAAGCGGGE CGTGAAATTC 480
CCTATGGTTA ATCAGGGTAG CAAAGATGTA GGGCTTATCC GCTACTATTC TTGGTATGTG 540
GATTATGTCT TCACTTTCTA G 561 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:43: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 729 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A} NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...729 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:43:
ATGARAARAT TTTTTTCTCA ATCTTTGTTA GCTCTTATTA TCTCTATGAA TGCGGTATCT 60
. احا ~N GGCATGGATG GTAATGGCGT TTTTTTAGGG GCGGGTTATT TGCAAGGACA GGCGCAAATG 120 CATGCGGATA TTAATTCTCA AAAACAAGCC ACCAACGCTA CGATCAAAGG CTTTGACGCG 180 CTCTTGGGGT ATCAATTTTT CTTTGAAAAA CACTTTGGCT TACGCCTTTA TGGGTTTTTT 240 GACTACGCTC ATGCCAATTC TATTAAGCTT AAAAACCCTA ACTATAATAG CGAAGCGGCG 300 CAAGTGGCTA GTCAAATTCT TGGGAAACAA GAAATCAATC GTTTAACAAA CATTGCCGAT 360 5 CCCAGAACTT TTGAGCCGAA CATGCTCACT TATGGGGGGE CTATGGACGT GATGGTTAAT 420 GTCATCAATA ACGGCATCAT GAGTTTGGGG GCTTTTEGCG GGATACAATT GGCCGGCAAT 480, TCATGGCTTA TGGCGACACC GAGCTTTGAG GGCATTTTAG TGGAACAAGC CCTTGTGAGC 540 CTCGCTTAAG GATCTTAARAA 600 و22 AAGAAAGCCA CTTCTTTCCA ATTTTTATTC CATTCTAGCA TTGAAGCGGG CGTGAAATTC CCCATGCTARA AGARAAACCC CTACATCACT 660 10 GCAAAAAATT TGGATATAGG GTTTAGGCGC GTGTATTCGT GGTATGTGAA TTACGTGTTC 720 ACTTTCTAG 729 INFORMATION FOR SEQ ID NO:44: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 771 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 20 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_ feature (B) LOCATION 1...771 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:44: 35 ATGGGATACG CAAGCAAATT AGCTTTAAAG ATTTGTTTGG TAGGTTTATG TTTATTTAGC 60 ACCCTTGGTG CAGAACACCT TGAGCAAAAR GGGAATTATA TTTATAAGGG AGAGGAGGECT 120 TATAATAATA 2062272702 GCGAGCGECT TCTTTTTATA AGAGCGCTAT TABAAATGGT 180 GAGTCGCTTG CTTATATTCT TTTAGGGATC ATGTATGAAA ATGGTAGGGG TGTACCTAAA 240 40 300 ود GATTACAAGA AAGCGGTTGA ATATTTCCAA AAAGCTGTTG ATAACGATAT TATAACAATT TGGGCGTGAT GTATAAAGAG GGTAAGGGAG TTCCTAAAGA TGAAAAGAAA 360 GCGGTGGAAT ATTTTAGAAT AGCTACAGAG ADAGGTTATA CTAACGCTTA TATCAACTTA 420 GGCATCATGT ATATGGAGGG CAGGGGAGTT CCAAGTAACT ATGCGAAAGC GACAGAATGT 480 TTTAGAAAAG CGATGCATAA GGGCAATGTG GAAGCTTATA TTCTCCTAGG GGATATTTAT 540 45 TATAGCGGGA ATGATCAATT GGGTATTGAG CCGGACAAAG ATRAAGGCTGT TGTCTATTAT 600 ARAATGGCGG CTGATGTGAG TTCTTCTAGA GCTTATGAAG GGTTGTCAGA GTCTTATCGG 660 TATGGGTTAG GCGTGGAAAA AGATAAAADA AAGGCTGAAG AATACATGCA AAAAGCATGC 720 TTGTAAGAAA AAGAACACTT CAAGCCGATA A 771 ممممدجد0 GATTTTGACA 50 INFORMATION FOR SEQ ID NO:45: )2( / (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1974 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 55 (C} STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
Vay (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori 4 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1974 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID 110:45:
ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT 12622000272 CGAGAAARAC 60
GGCTTTTTCA TAGAAGCCGGE CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120
AAAAGACACA CCACCACARA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180
ATTTTAAARAR GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240
TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAARAC 300
TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAATGTG 360
ATCGATCTAG GCGTGATAGA GACTATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT GCCCGGAGAG 420
GCATTTGATA GTCTAAAAAT TGACCCCTAT ACTTTATTTC TTCCAAABMAT TGAAGCCACT 480
AGCACTTCTA TTTCTGACGC TAACACGCAG AGGGTGTTTG AAACGCTCAA TAAGATTAAG 540
ACAAATTTGG TCGTAAATTA TAGGAATGAA AACAAATTTA AAGATCACGA AAATCATTGS 600
GAAGCCTTTA CCCCACABAC CGCAGAAGAA TTCACTAATT TAATGTTGAA CATGATCGCT €60
GTTTTAGACT CCCAATCTTG GGGCGATGCG ATCTTAAACG CTCCTTTTGA GTTCACTAAC 720
AGCCCAACAG ATTGCGATAA TGATCCTTCA AAATGCGTAA ATCCTGGGAC AAACGGGCTT 780
GTCAATTCTA AAGTCGATCA AADATATGTG TTAAACAAAC AAGACATTGT CAATAAATTT 840
AAAAACAAAG CGGATCTTGA TGTAATTGTT TTAAAGGATT CAGGGGTTGT AGGGCTTGGS 300
AGTGATATTA CCCCTAGCAA CAATGATGAT GGCAAGCATT ATGGCCAGTT AGGGGTAGTA S60
GCTTCTGCTT TAGATCCTAA ARAAMACTCTTT GGCGATAACC TTAAGACTAT CAATTTAGAG 1020
GATTTAAGAA CCATCTTGCA TGAATTCAGC CACACTAAAG GCTATGGGCA TAACGGGAAT 1080
ATGACCTATC AAAGAGTGCC GGTAACGAAA GATGGTCAAG TGGAAAAGGA TAGTAATGGEC 1140
AAGCCAAAAG ATTCTGATGE CCTCCCCTAT AATGTGTGTT CGCTTTATGG GGGATCCAAT 1200
CAGCCCGCTT TCCCTAGCAA CTACCCTAAT TCCATCTATC ACAATTGTGC GGATGTCCCE 1260
GCTGGCTTTT TAGGGGTAAC AGCAGCGGTT TGGCAGCAGC TCATCAATCA AAACGCCTTG 1320
CCGATCAACT ACGCTAACTT GGGGAGTCAA ACAAACTACA ACCTAAACGC TAGTTTARAC 1380
ACGCAAGATT TAGCCAATTC CATGCTCAGC ACCATCCAAA AAACCTTTGT AACTTCTAGC 1440
GTTACCAACC ACCATTTTTC AAACGCATCG CAAAGTTTTA GAAGCCCTAT TTTAGGGGTT 1500
AACGCTAAAA TAGGCTATCA AAACTACTTIT AATGATTTCA TAGGGTTGGC TTATTATGGC 1560
ATCATCAAAT ACAATTACGC TAAAGCTGTT AATCAAAAAG TCCAGCAATT GAGCTATGGT 1620
GGGGGGATAG ATTTGTTATT GGATTTCATC ACCACTTACT CCAATAAARAA TAGCCCTACA 1680
GGCATTCARAA CCAAAAGGAA TTTTTCTTCA TCTTTTGGTA TCTTTGGGGEG GTTAAGGGGC 1740
TTGTATAACA GCTATTATGT GTTGAACAARA GTCARAGGAA GCGGCAATTT AGATGTGGCT 1800
ACCGGGTTGA ACTACCGCTA TAAGCATTCT AAATATTCTG TAGGGATTAG CATCCCTTTA 1860
ATCCAAAGAA AAGCTAGCGT CGTTTCTAGC GGTGGCGATT ATACGAACTC TTTTGTTTTC 1520
AATGAAGGGG CTAGCCACTT TAAGGTGTTT TTCAATTACG GGTGGCTGTT TTAG 1974 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:46: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 504 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D} TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
VAY
(iv) ANTI-SENSE: NO {vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: , (A) NAME/KEY: misc_feature ‘ (B) LOCATION 1...504 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:46:
ATGAAATTGG TGAGTCTTAT TGTAGCGTTA GTTTTTTIGTT GTTTTTTAGG GGCTGTAGAG 60
TTGCCTGGAG TTTATCAAAC TCAAGAATTT TTATACATGA AAAGCTCTTT TGTGGAGTTT 120
TTTGAGCATA ACGGGAAGTT CTATGCCTAT GGTATTTCTG ATGTGGATGGE CTCTAAAGCC 180
AAADAAGACA AACTCAATCC TAACCCAAAG CTAAGGAATC GCAGCGATAA AGGCGTGGTG 240
TTTTTAAGCG ATTTGATTAA GGTTGGGGAA CAATCTTATA AAGGCGGTAA GGCGTATAAT 300
TTTTATGACG GCAAGACCTA CCATGTGAGA GTCACTCARAA ATTCAAACGG GGATTTGGAZ 360
TTCACTTCAA GCTATGACAA ATGGGGGTAT GTGGGCAAAA CCTTCACCTG GAARACGCCTG 420
AGCGATGAAG AAATCAADAA TCTAAAGCTC AAGCGTTTTA ACTTGGACGA AGTCCTTAAA 480
ACCCTCAAAG ATAGCCCTAT TTAA 504 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:47: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 885 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...885 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:47:
ATGAGTAATC AAGCGAGCCA TTTGGATAAT TTTATGAACG CTAAAAATCC حمق 60
TTTGATAATA AGGGGAATAC CAAATTCATC GCTATCACAA GCGGTAAGGG 9ك 120
AAATCCAACA TTAGCGCTZA TTTAGCTTAC TCTTTATACA AGAAAGGTTA TAAGGTAGGG 180
GTATTTGATG CGGATATTGG TTTAGCGAAT TTAGATGTCA TTTTTGCGGT GAAARCCCAT 240
AAAAATATCT TGCATGCCTT AAAAGGCGAA GCCAAATTGC AAGAAATCAT TTGCGAGATT 300
GAACCCGGGC TTTGCTTAAT CCCTGGGGAT AGCGGCGAAG ARATTTTAAA ATACATCAGC 360
GGCGCGGAAG CTTTGGATCG ATTCGTAGAT GAAGAGGGGG TTTTAAGCTC TTTAGATTAT 420
ATTGTGATTG ATACGGGTGC TGGGATTGGG GCCACTACGC AAGCGTTTTT GAATGCGAGC 480
GATTGCGTGG TGATTGTTAC CACACCCGAT CCTTCAGCGA TTACCGATGC GTATGCATGC 540
ATTAAAATCA ACTCCAAGAA TAAAGATGAA TTGTTCCTTA TCGCTAACAT GGTAGCCCAA 600
CCTAAAGAAG GCAGGGCGAC TTATGARAGG CTATTCAAGG TGGCTAAAAA CAATATCGCT 660
TCATTAGAAT TGCACTATTT AGGGGCGATT GAAAACAGCT CCTTATTGAA ACGCTATGTG 720
AGGGAGCGAA AGATTTTGAG GARAAATAGCC CCTAACGATT TGTTTTCGCA ATCCATTGAC 780
CAGATAGCGA GCCTTTTAGT TTCTAAACTA GAAACCGGCA CTTTAGAAAT ACCAAAAGARA 840
ع GGTTTAAARA GCTTTTTTARA 2266011116 AAGTATTTGG GGTAG 885 INFORMATION FOR SEQ ID NO:48: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: 5 (A) LENGTH: 1119 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double : (D) TOPOLOGY: circular
(ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) BEYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 15 (vi) ORIGINAL.
SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 20 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1119 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:48:
TTGGAACCTT CAAGAAMATCG CCTAAAACAT GCCGCCTTTT TTGTGGGGCT TTTTATCGTT 60 TTGTTTTTAA TTATAATGAA GCACCAAACC TCCCCCTATG CTTTCACGCA TAATCAAGCC 120 CTTGTCACTC AAACCCCCCC CTATTTCACG CAACTCACTA TCCCTAAACC AAATGACGCT 180 TTAAGCGCGC ATGCGAGCTC TTTAATCAGC TTGCCTAACG ACAATCTTTT GAGCGCTTAT 240 TTTAGCGGCA CTAAAGAAGG GGCAAGGGAT GTGAAAATCA GCGCGAATCT TTTTGACAGC 300 30 AAGACTAATC GCTGGAGCGA AGCCTTCATT CTTTTAACCA AAGAAGAGCT TTCTCATCAT 360 TCGCATGAAT ACATCAARDAA ATTAGGTAAC CCCTTGCTTT TTTTGCATGA TAATAAAATT 420 TTGTTGTTTG TCGTAGGGGET GAGCATGGGC GGGTGGGCCA CTTCTAAAAT CTATCAATTT 480 GAAAGCGCTT TAGAGCCGAT TCATTTTAAG TTTGCGCGAA AACTCTCTTT AAGCCCTTTT 540 TTAAATTTGA GCCATTTAGT AAGGAATAAG CCTTTAAACA CCACTGATGG CGGGTTTATG 600 35 CTACCACTCT ATCACGAATT AGCCACCCAA TACCCCTTGT TGTTGAAATT TGACCAACAA 660 AATAACCCAA GAGAGCTTTT AAGGCCTAAT ACCTTAAACC ACCAGCTCCA ACCAAGCTTA 720 ACCCCCTTTA AAGACTGCGC TGTCATGGCG TTTAGAAACC ATTCTTTTAA AGATAGCCTC 780 ATGCTAGAAA CCTGTAAAAC CCCCACTGAT TGGCARAAAC CCATTTCTAC AAATCTTAAA 840 AACTTAGATG ATTCTTTARA TTTACTCAAT TTAAATGGAA TATTGTATTT GATCCACAAC S00 40 CCTAGCGATT TATCACTGCG TCGTAAAGAA CTTTGGCTTT CTAAATTAGA AAACTCCAAC S60 TCGTTTAAAA CCTTAAAAGT TTTGGATAAA GCGAATGAAG TGAGTTACCC AAGCTATAGC 1020 CTTAATCCGC ATTTTATAGA TATTGTCTAT ACTTACAACC GCTCTCATAT CAAACACATC 1080 CGTTTCAATA TGGCTTATTT AAATTCCCTT CTCAAGTGA 1119
INFORMATION FOR SEQ ID 10:49: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 2937 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 50 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
مكحا (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 5 (B) LOCATION 1...2937 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:49: 4 ATGAAGAAAR GAAAACATGT ATCCAAGAAA GTGTTTAATG TCATTATCTT GTTTGTGGCA 60 10 GTATTCACTC TTTTAGTCGT CATTCACAAA ACCCTTTCAA ACGGCATTCA CATACAAAAT 120 TTAAARATTG GAAAACTTGG CATTTCTGAA TTATACTTAA AACTCAATAA CAAGCTTTCT 180 TTGGAAGTTG AGCGGGTTGA TCTCTCTTCT TTCTTCCATC ARAAACCCAC TAAAAAGCGT 240 TTAGAAGTTT CTGATTTGAT TAAAAATATC CGTTATGGCA TTTGGGCGGT GTCTTATTTT 300 GAAAAACTTA AAGTCAAAGA AATCATTTTA GACGATAAAA ATAAAGCCAA TATCTTTTTT 360 15 GATGGGAATA AATACGAGTT AGAATTTCCA GGAATCAAAG GGGAATTTTC CCTAGAAGAC 420 GATAAARATA TCAAGCTTAA AATCATCAAT TTGCTTTTTA AAGATGTTAA AGTCCAAGTG 480 GATGGCAACG CCCACTATTC ACCCAAAGCC AGGAAAATGG CGTTCAATTT GATTGTCAAG 540 CCCTTAGTTG AACCCAGCGC TGCAATTTAT TTGCAAGGGC TAACCGATTT AAAAACCATA 600 GAATTARAAA TTAACACTTC TCCAATGAAA AGCCTAGCGT TTTTAAAGCC TCTTTTCCAR 660 20 CGCCAATCGC AAAAAAATTT AAAAACGTGG ATTTTTGACA AGATCCAATT TGCCAGCTTT 720 AAGATTGATA ACGCTTTAAT CAAGGCTAAT TTCACTCCTA GCGAGTTTAT CCCATCGCTT 780 TTGGAARATT CTGTAGTTAA AGCCACTTTG ATTAAGCCTT CAGTCGTTTT TAATGATCEC 840 ' TTATCGCCCA TTAAAATGGA TAAAACCGAA TTGATTTTCA AAAACAAACA GCTCCTCATA 900 CAGCCCCAAA AAATCACTTA TGAAACCATG GAATTAACCG GCTCTTACGC CACTTTTTCC 960 25 AATTTGTTAG AAGCCCCTAA GTTGGAGGTT TTTTTAAAAA CGACCCCTAA TTATTATGGC 1020 GATAGCATTA AGGATTTATT GAGCGCTTAT AAAGTCGTTT TACCTTTGGA TAAAATCAGC 1080 ATGCCATCTA GCGCGGATTT GAAGCTCACT TTGCAATTCT TAAAAAACAC CGCCCCCTTA 1140 TTTAGCGTTC 2260020007 TAATTTGCAA GAAGGCACTT TCTCGCTCTA TAATATCCCC 1200 CTTTACACGC AAAGCGCTCA AATCAATTTG GACATCGCCC AAGAATACCA ATACATCTAC 1260 30 ATAGACACGA TCCACACGCG CTATGCAAAC ATGCTGGATT TAGACGCTAA AATCGCTTTA 1320 GATTTAGGTC AAAARAAACCT TTCTTTGGAT TCTTTAGTCC ATAAAATCCA AGTCAATACC 1380 AATAACAATA TCAACATGCG CTCTTATGAT CCCAATAACA CTCAAGAAGA TCCGCAAACT 1440 AACTTTACTT TGGATCTAAA AAGCTTGCAT TCTATCATTC AAGAGGGTGA AAATTCAGAA 1500 GTTTTTAGAA GAARAATCAT AGACACCATT AAAGCCCAAA GCGAAGATAA ATTCACTAAR 1560 35 GATGTTTTTT ACGCCACAGG AGACACTCTC AAAAGCCTGT CGTTGAGTTT TGATTTTTCC 1620 ACATACAATG GAGCGTGCCA CAACTCTTAT TAGAAGGCGA ATTTAAAGAT 1680 2200003210 AACGCCTATA CTTTTAAGAT CAAAGATTTG AAAAAGATCA AGCCCTATTC CCCCATTATG 1740 GACTATATTG CCCTAAAAGA CGGCTCTTTA GAGGTTTCTA CGAGCGATTT TGTCAATATT 1800 GATTTTTTTG CTAAAGATTT GAAAATCAAC CTCCCCATTT ATAGGAGCGA TGGATCGCAT 1860 40 TTTGATTCTT TTTCTTTATT TGGCTCTATC AATAAAGATG AAATTTCTGT CTATACTCCA 1920 AGCAAAAGCA TATCCATAAA AGTTAAGGGG GATCAAAAGG ATATTACCCT TAATAACATT 1980 GATTTGAGTA TTGATGATTT CTTGGATAGT AAAATGCCAG CTATTGCGGG ATTATTCTCA 2040 AARGAACGAA AAGAAAAGCC TAGCTCTAAA GAAATCCAAG ATGAAGATGT TTTCATTAGC 2100 GCCAAACAAC GCTATGAARA AGCCCACAAA ATTATCCCCA TCTCTACACG CATCCATGCT 2160 45 TGCTGATCTA TAAAAAAATG CCTTTTCCTT TAGAAAATCT TGATATTGTC 2220 22206216106 GCTCAAGACG ATAGGGTGAA AATTGATGGC AATTATAARA ACGCCATGAT CATGGCGGAT 2280 TTAGTGCATG GGGCTTTGTA TCTTAAGGCT CATAATTTTA GCGGGGATTA TATCAACACC 2340 ATTCTTCAAA AAGATTTCGT AGAAGGAGGC TTATTCACGC TTATTGGGGC TCTTGAAGAT 2400 CAGGTTTTCA ATGGCGAATT GAAATTCCAA AACACAAGCT TAAAGAATTT CGCCCTCATG 2460 50 CAAAACATGG TCAATCTCAT CAACACCATT CCCTCCCTCA TTGTCTTTAG AAACCCTCAT 2520 TTAGGGGCTA ATGGCTATCA AATCAAAACC GGCTCCGTTG TGTTTGGGAT CACTAAAGRA 2580 TATTTAGGGT TAGAAAAAAT TGATCTTGTC GGCAAAACGC TTGATATTGC TGGCAATGGA 2640 ATCATTGAAT TAGACAAAAA CAAATTAGAT TTAAACTTAG AAGTTTCCAC TATCAAGGCT 2700 TTGAGTAATG TCTTAAATAA AATCCCTATC GTGGGCTATC TCGTTTTAGG AAAAGGAGGT 2760 55 AAAATCACCA CTAACGTGAA TGTCAAAGGC ACGTTGGATA AGCCTAAAAC CCAAGTAACT 2820 TTAGCGTCAG ATATTATCCA AGCGCCTTTT AAAATCTTAC GCCGTATTTT CACGCCTATT 2880 GACATCATCG TGGATGAAGT CAAGAAAAAC ATTGATTCAZA AAAGGAAATT AAAATGA 2937
(2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:50: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1434 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular ‘ (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (pn) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1434 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:50:
ATGAATACTA TTATAAGATA TGCGAGTTTA TGGGGCTTGT GTATTACTCT AACTCTAGCG 60
CAAACCCCCT CTAAAACCCC TGATGAAATC AAGCAAATCC TTAACAATTA TAGCCATAAG 120
AATTTAAAGC TCATTGATCC GCCGACRAAGT TCTTTAGAAG CGACACCGGGE TTTTTTACCC 180
TCGCCTAAAG AAACAGCGAC CACGATCAAT CAAGAGATCG CTAAATACCA TGAAAAAAGC 240
GATAAAGCCG CTTTGGGGCT TTATGAATTG CTAAAGGGGG CTACCACCAA TCTCAGTTTG 300
CAAGCGCAAG AACTCAGTGT CAAGCAAGCG ATGAAGAACC ACACCATCGC CAAAGCGATE 360
TTTTTGCCTA CTTTGAACGC GAGTTATAAT TTTAAAAATG AAGCTAGGGA TACTCCAGAA 420
TATAAGCATT ATAACACCCA ACAACTCCAA GCTCAAGTCA CATTGAATGT GTTTAATGGC 480
TTTAGCAATG TGAATAATGT CAAAGAAAAG TCTGCGACTT ACCGATCCAC TGTGGCTAAT 540
TTAGAATATA GCCGCCAAAG CGTGTATTTG CAAGTGGTGC AACAATACTA CGAGTATTTT 600
AACAATCTCG CTCGCATGAT CGCTTTGCRAA AAGAAATTAG AGCAAATCCA AACGGACATT 660
AAAAGGGTTA CTAAGCTCTA TGACAAAGGG CTGACCACGA TTGATGATTT ACAAAGCTTA 720
AARGCGCAAG GGAATTTGAG CGAATACGAT ATTTTGGACA TGCAATTTGC TTTGGAGCAA 780
AACCGCTTGA CTTTAGAATA CCTCACTAAC CTCAGTGTGA AAAATTTGAA AAAGACCACG 840
ATTGATGCGC CTAATTTGCA ATTAAGAGAA AGGCAGGATT TGGTTTCTTT AAGGGAGCAG 300
ATTTCTGCAC TCAGATACCA AAACAAGCAA CTCAATTATT ACCCCAAGAT AGATGTGTTT 960
GACTCATGGC TTTTTTGGAT CCAAAAACCC GCTTATGCCA CAGGGCGTTT TGGGAATTTC 1020
TACCCAGGTC AGCAAAATAC GGCTGGGGTT ACTGCGACTT TGAATATTTT TGATGATATA 1080
GGGTTGAGCT TGCAAAAACA ATCCATCATG CTAGGCCAAT TAGCGRAATGA AAAGAATTTA 1140
GCGTATAAAA AATTGGAGCA AGAAAAAGAC GAACAGCTTT ACAGAAAGTC GCTTGATATT 1200
GCCAGAGCTA AGATTGAATC TTCAAAGGCT AGTTTGGATG CGGCCAATCT TTCTTTTGCC 1260
AATATTAAAA GGAAATACGA CGCTAATTTA GTGGATTTCA CTACCTATTT AAGGGGCTTA 1320
ACCACGCGCT TTGATGCAGA AGTGGCTTAC AATTTAGCGC TCAACAATTA CGAAGTGCAA 1380
AAAGCCAATT ACATTTTTAA CAGCGGGCAT AAAATAGACG ACTATGTGCA TTAA 1434 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:51: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1239 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
N لاخا » (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori 5 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature ’ (B) LOCATION 1...1239
(xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:51: ATGCTATCTT TTATAAGCGC GTTTGATAAA AGGGGCGTTT CAATACGCCT TCTAACAGCC 60 TTGTTACTGC TTTTTAGTTT GGGTTTGGCT AAAGATTTAG AAATCCAAAC TTTTGTGGCT 120 AAATACCTTT CTAAAAATCA AAAAATACAA GCCCTACAGG AGCAAATTGA CGCTTTAGAT 180 15 TCTCAAGAAA AAGTCGTTAG CAAATGGGAT AACCCTATTT TGTATTTAGG CTATAACAAC 240 GCTAACGTGA GCGATTTTTT CAGGCTGGAT AGCACCTTARA TGCARAACAT GAGCTTGGGT 300 TTGTCTCAAA AAGTGGATTT AAATGGTAAA AAACTCACGC AGTCTAAAAT GATCAATTTA 360 GARARACAAA AAADRATATT AGAGCTTAAA AAAACCAAGC AGCAATTGGT GATTAATTTA 420 ATGATAAACG GCATTGAAAA CTATARAAAC CAACAAGAAA TAGAGCTTTT AAACACAGCG 480 20 ATTAAAAATT TAGAAAACAC CCTCTATCAA GCCAACCATT CCAGTTCGCC CGATTTAATA 540 GCGATCGCCA AGTTAGAAAT TTTAAAATCG CTATTAGAAA TCCAAAAAAA CGATTTAGAA 600 GTAGCGCTCT CTAGCAGCCA TTATTCCATG GGCGAATTGA CTTTTAAAGA AAACGAGATT 660 TTAAGCATTG CCCCTAAAAA TTTTGAATTC AATAACGAGC AAGAGCTGCA TAACATTAGC 720 GCCACTAATT ACGATATTGC GATCGCCAGGE CTTGATGAAG AAADRAGCACA AAAAGACATC 780 25 ACTCTGGCTA AAARAAGCTT TTTAGAAGAC ATAAACGTTA CCGGGGTGTA TTATTTCCGC 840 TCCAAACAAT ACTATAACTA CGACATGTTT AGCGTCGCTT TGTCTATCCC TTTACCTCTT 900 TATGGCAAGC AGGCTAAATT AGTGGAGCAA AAGAAAAAAG AAAGCTTGGC GTTTAAAAGE 960 GAAGTGGAAA ACGCCAAAAA CAAAACGCGC CACCTGGCCC TAAAACTCCT TAAAAAATTA 1020 GAAACCTTGC AAAAAAACCT GGAATCGATC AATAAAATCA TCAARACAGAA TGAAAARATC 1080 30 GCGCARATTT ATGCGCTTGA TTTGAAAACT AATGGCGATT ACAACGCTTA TTACAACGCE 1140 TTGAATGACA AAATCACTAT TCAAATCACC CAGCTTGAAA CCTTAAGCGC TCTAAATAGT 1200 GCTTATTTGT CCTTACAAAA TCTCAAAGGA TTAGAATGA 1239 INFORMATION FOR SEQ ID NO:52: )2( 35 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: : (A) LENGTH: 414 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double 40 (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) . (iii) HYPOTHETICAL: NO 45 (iv) ANTI-SENSE: NO © (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori 50 (ix) FEATURE: p (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...414
(xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:52: ATGCGTATAG TTAGAAATTT ATTTCTTGTA TCGTTTGTGG CGTATAGTAG TGCGTTCGCA 60 GCGGATTTAG AAACCGGAAC CAAAAACGAC AAAAAGAGCG GTAAAAAATT TTACAAACTC 120
فخا CATAAAAACC ATGGCTCAGA AACCGAGACT AAAAACGATA AAAAGCTTTA TGATTTCACT 180 AAAAATAGCG GATTAGAAGG CGTGGATTTA GAAAAAAGCC CTAACCTTAA AAGCCATAAA 240 AARAGCGATA AAAAGTTTTA TAAACAACTC GCTAAARAACA ATATCGCTGA AGGGGTGAGC 300 ATGCCGATTG TGAATTTCAA TAAAGCCCTA TCTTTTGGGC CTTATTTTGA AAGGACTAAA 360 AGCARRAAAA CCCAATACAT GGACGGCGGG TTGATGATGC ACATCCGTTT TTAA 414 5 INFORMATION FOR SEQ ID NO:53: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 930 base pairs 10 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 15 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 25 (B) LOCATION 1...930 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:53:
TTGATGCCAC ARAACCAGCT TGTGATCACC ATCATTGATG AATCAGGCTC TAAGCAACTC 60
AAATTTTCTA AAAATTTAAA ACGCAACCTC ATCATTTCTG TTGTCATTCT TTTATTGATC 120
GTGGGGCTTG GCGTGGGGTT TTTAAAATTT TTAATCGCTA AAATGGATAC GATGACAAGC 180
GAGAGGARATG CGGITTTAAG GGATTTTAGG GGTTTGTATC AAAAAAATTA CGCCCTAGCG 240 220202772 AAAACAAGCG AGAAGAGCTT TTTATTGTGG GGCAAAAGAT CCGTGGGCTA 300
GRATCCTTGA TTGAAATCAA AAAGGGGGCT AATGGGGGAG GGCATCTCTA TGATGAAGTG 360
GATTTAGAAA ATTTGAGCTT AAATCAAAAA CATTTAGCAC TCATGCTCAT TCCTAATGGC 420
ATGCCCCTAA AAACTTATAG CGCTATCAAA CCCACTAAAG AAAGGAACCA CCCCATTAAA 480
AAGATTAAGG GCGTTGAATC CGGGATCGAT TTTATCGCGC CATTGAACAC GCCTGTGTAT 540
GCGAGCGCTG ATGGGATTGT GGATTTTGTG AAGACTCGTT CTAATGCGGG GTATGGGAAC 600
TTGGTGCGCA TTGAACATGC GTTTGGTTTC AGCTCCATTT ATACGCACTT AGATCATGTC 660
AATGTGCAGC CTAAAAGCTT CATCCAAAAA GGGCAGTTGA TTGGCTATAG CGGGAAGAGC 720
GGTAATAGCG GCGGCGAAAA ATTGCATTAT GAAGTGCGGT TTTTGGGTAA AATTTTAGAC 780
GCAGAAARAT TCCTAGCATG GGATTTGGAT CATTTTCARRA GCGCTTTAGA AGAAAATAAA 840
TTTATTGAART GGAAGAATCT GTTTTGGGTT TTAGAAGACA TCGTCCAGCT CCAAGAGCAT 900
GTGGATARAG ACACCTTAAA AGGTCAGTAG 930 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:54: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 999 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
كخا (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 5 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...999 5 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:54:
GTGCTATATT TTTTAACCAG TTTATTTATT TGCTCTTTGA TTGTTTTGTG GTCTAAAAAA 60 TCCATGCTCT TTGTGGATAA CGCTAATARA ATCCAAGGCT TCCATCATGC AAGAACCCCA 120 CGAGCCGGGG GGCTTGGGAT CTTTCTTTCT TTTGCGTTGG CTTGTTATCT TGAACCTTTT 180 GAGATGCCTT TTAAGGGGCC TTTTGTTTTC TTAGGGCTAT CGCTAGTGTT TTTGAGCGGT 240 TTTTTAGAAG ACATTAACCT TTCATTAAGC CCCAAAATAC GCCTTATTTT GCAAGCTGTA 300 15 GGGGTCGTTT GCATCATTTC ATCAACGCCT TTAGTGGTGA GCGATTTTTC GCCCCTTTTT 360 AGCTTGCCTT ATTTCATCGC TTTTTTATTC GCTATTTTTA TGCTGGTGGG TATCAGTAAC 420 GCTATTAATA TCATTGACGG GTTTAACGGG CTTGCATCTG GGATTTGCGC GATCGCGCTT 480 TTAGTCATTC ATTATATAGA CCCTAGCAGT TTGTCTTGTT TGCTCGCTTA CATGGTGCTT 540 GGGTTTATGG TGTTAAATTT CCCTTCAGGA AAGATTTTTT TAGGCGATGG GGGGGCGTAT 600 20 TTTTTGGGTT TGGTGTGCGG GATTTCTCTC TTGCATTTGA GTTTGGAGCA AAAAATCAGC 660 GTGTTTTTTG GGCTCAATTT AATGCTTTAT CCGGTCATAG AGGTGCTTTT TAGTATCOTT 720 AGGCGCAAAA TAAAACGCCA GAAAGCCACC ATGCCGGATA ATTTGCATTT GCACACCCTT 780 TTATTTAAAT TCTTGCAACA ACGCTCTTTC AATTACCCTA ACCCTTTATG CGCGTTTATC 840 CTTATTCTAT GCAACCTGCC TTTTATTTTA ATAAGCGTTT TGTTTCGCTT GGACGCTTAT 900 25 GCGCTCATTG TGATTAGCCT AGTCTTTATC GCATGCTATT TAATAGGCTA TGCTTATTTG 960 AATAGGCAAG TTTGCGCTTT AGAAAAGCGG GCGTTTTAA 999 INFORMATION FOR SEQ ID NO:55: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 816 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 35 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: . (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: , (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...816 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:55: 50 ATGAACATAT TCAAGCGTAT TATTTGCGTA ACCGCTATTG TTTTAGGTTT TTTTAACCTT 60 : TTAGACGCCA AACACCACAA AGAAAAAAAA GAAGACCACA AAATCACTCG TGAGCTTAAA 120 GTGGGCGCTA ACCCTGTGCC GCATGCGCAA ATCTTGCAAT CAGTTGTGGA TGATTTGARA 180 GAGAAAGGGA TCAAATTAGT GATCGTGTCT TTTACGGATT ATGTGTTGCC TAATTTAGCG 240 55 CTCAATGACG GCTCTTTAGA CGCGAATTAC TTCCAGCACC GCCCTTATTT GGATCGGTTT 300 AATTTGGACA GAAAAATGCA CCTTGTTGGT TTGGCCAATA TCCATGTGGA GCCTTTAAGA 360 TTTTATTCTC AARAAATCAC AGACATTAAA AACCTTAAAA AAGGCTCAGT GATTGOTGTG 420 CCARATGATC CGGCCAATCA AGGCAGGGCG TTGATTTTAC TCCATAAACA AGGCCTTATC 480
Y..
GCTCTCAAAG ACCCAAGCAA TCTATACGCT ACGGAGTTTG ATATTGTCAA AAATCCTTAC 540
AACATCAAAA TCAAACCCCT AGAAGCTGCG TTATTGCCTA AGGTTTTAGG GGATGTGGAT 600
GGGGCTATCA TAACAGGGAA TTATGCCTTG CAAGCAAAAC TCACCGGAGC CTTATTTTCA £60
GAAGATAAGG ACTCGCCTTA TGCTAATCTT GTAGCCTCTC GTGAGGATAA TGCGCAAGAT 720
GAAGCGATAA AAGCGTTGAT TGAAGCCTTA CAGAGCGAAA AGACCAGGAA ATTCATTTTG 780
GATACCTATA AGGGGGCGAT TATCCCGGCT TTTTAA 816 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:56: ! (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 951 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...951 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:56:
ATGCAAGAAT TCAGTTTGTG GTGCGATTTT ATAGAAAGGG ATTTTTTAGA AAACGATTTT 60
TTAAAGCTCA TCAATAAGGG GGCTATTTGC GGGGCGACGA GTAACCCTAG TTTGTTTTGC 120
GAAGCGATCA CAAAAAGCGC GTTTTATCAA GATGAAATCG CTAAACTCAA AGGCAALAAA 180
GCTAAAGAAA TTTATGAAAC TCTGGCACTA AAGGATATTT TACAAGCCTC TAGCGCGTTA 240
ATGCCTTTGT ATGAAAAAGA CCCTAACAAC GGCTACATCA GCCTAGAAAT TGACCCCTTT 300
TTAGAAGACG ATGCGATTAA AAGCATTGAT GAAGCCAAGC GGTTATTCAA AACATTARAC 360
CGCCCCAATG TGATGATTAA AGTCCCGGCG AGTGAAAGCG CTTTTGAAGT CATTAGCGCT 420
CTGGCTCAAG CCTCTATCCC CATTAATGTA ACTTTAGTCT TTTCGCCTAA AATTGCCGET 480
GAAATCGCTC AAATCTTAGC CAAAGAAGCA CGAAAAAGAG CGGTCATTAG CGTGTTTGTC 540
TCACGATTTG ACAARAGAAAT AGACCCACTA GTGCCACAAA ATTTGCAAGC TCAAAGTGGG 600
ATCATGAACG CTACCGAGTG TTATTATCAA ATCAACCAGC ATGCTAATAA GCTAATAAGC 660
ACCCTTTTTG CATCCACCGG CGTTAAATCT AATTCTTTAG CTAAAGATTA CTACATTAAA 720
GCGCTIGTGTT TTAAAAACTC TATCAACACA GCCCCCCTAG ACGCCCTAAR CGCTTATTTG 780
CTTGACCCAA ACACCGAGTG TCAAACCCCT TTAAAAATCA CAGAAATTGA AGCGTTCAAA 840
AAAGAATTAA AAACGCACAA TATTGATTTA GAAAACACCG CCCAAAAACT CCTTAAAGAA 900
GGCTTGATAG CGTTCAARACA ATCCTTTGAA AAGCTTTTAA GCAGTTTTTG A 951 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:57: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 783 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
Y.\ {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature ; (B) LOCATION 1...783 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:57:
ATGAAAACAA ATGGTCATTT TAAGGATTTT GCATGGAAAA AATGCTTTTT AGGCGCGAGC 60
GTGGTGGCTT TATTAGTGGG GTGTAGCCCG CATATTATTG AAACCAATGA AGTTGCTTTG 120
AAATTGAATT ACCATCCAGC TAGCGAGAAA GTTCAAGCGT TAGATGAAAA GATTTTACTT 180
TTAAGGCCAG CTTTCCAATA CAGCGATAAT ATTGCTAAAG AGTATGAAAA CAAATTCAAG 240
AATCAAACCA CGCTTAAAGT TGAAGAGATC TTGCAAAATC AGGGCTATAA GGTTATTAAT 300
GTGGATAGCA GCGATAAAGA CGATTTTTCT TTTGCGCAAA AAAAAGAAGG GTATTTGGCT 360
GTCGCTATGA ATGGCGAAAT TGTTTTACGC CCCGATCCTA AAAGGACCAT ACAGAAARAA 420
TCAGAACCCG GGTTATTATT CTCCACTGGT TTGGATARAA TGGAAAGGGT TTTAATCCCG 480
GCTGGGTTTG TCAAGGTTAC CATACTAGAG CCTATGAGTG GGGAATCTTT GGATTCTTTT 540
ACGATGGATT TGAGCGAGTT GGACATCCAA GAAAAATTCT TAAAAACCAC CCATTCAAGC 600
CATAGCGGAG GGTTAGTTAG CACTATGGTT AAGGGGACGG ATAATTCTAA TGACGCAATT 660
AAGAGCGCTT TGAATAAGAT TTTTGCAAGT ATCATGCAAG AAATGGATAA GAAACTCACT 720
CAAAGGAATT TAGAATCTTA TCAMAAAAGAC GCCAAGGAAT TAAAAAACAA GAGAAACCGA 780
Tan 783 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:58: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 4149 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature ; (B) LOCATION 1...4149 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:58:
TTGRAATTTTA ATAACCTTAC GGCTAATGGG GCGTTAAATT TTAATGGTTA TGCGCCCTCT 60
TTAACTAAGG CTTTAATGAA TGTCAGCGGG CAGTTTGTTT TAGGGAATAA TGGGGATATT 120
AARTTTATCTG ACATCAATAT CTTTGACAAC ATCACAAAAT CTGTAACTTA CAACATCTTA 180
AACGCTCAAA AAGGGATTAC TGGCATTAGT GGGGCTAATG GCTATGAAAA AATCCTTTTT 240
TATGGCATGA AAATCCAAAA CGCTACCTAT AGCGATAATA ACAACATCCA AACTTGGTCG 300
TTTATARACC CTCTCAATTC TTCTCAARATC ATTCAAGAGA GCATTAAAAA TGGGGATCTA 360
ACCATAGAAG TTTTAAATAA CCCTAACTCG GCTTCCAACA CTATTTTTAA TATCGCTCCT 420
GAGCTTTATA ATTACCAAGA TTCTAAGCAA AATCCTACCG GCTATAGCTA TGATTATAGC 480
GACAATCAAG CAGGCACTTA TTACTTGACA AGCAACATTA AAGGTCTTTT CACCCCTARA 540
GGCTCTCAAA CGCCTCAAAC CCCAGGCACT TATAGCCCAT TTAACCAGCC TTTGAATAGT 600
١
TTGAATATCT ACAATAAGGG TTTTTCTAGC GAGAATTTAA AAACGCTTTT AGGGATCCTT 660
TCTCAAAATT CCGCCACCTT AAAAGARATG ATTGAATCCA ACCAACTAGA CAATATCACT 720
ARCATTAATG AAGTGTTGCA ACTCTTAGAT AAGATTAAAA TCACCCAAGC GCAAAAGCAL 780
GCGCTCCTAG AAACGATCAA CCATTTGACT GACAACATCA ATCAAACCTT TAATAACGGG 840
AATCTCGTTA TAGGCGCTAC CCAAGATAAT GTTACAAACT CTACTAGCTC TATATGGTTT 900
GGGGGCAATG GCTATAGCAG CCCTTGCGCG CTAGATAGCG CCACTTGTTC TTCTTTTAGA 960
AACACTTACT TGGGGCAATT ATTAGGCTCA ACTTCCCCTT ATTTAGGCTA CATTAACGCT 1020 ,
GATTTTAAAG CTAAAAGCAT TTATATTACC GGGACAATTG GAAGTAGTAA CGCTTTTGAA 1080
AGCGGAGGGA GCGCGGATGT AACCTTTCAA AGCGCTAATA ACTTAGTGTT GAATAAAGCT 1140
AACATAGAAG CTCAAGCCAC AGACAATATC TTTAATCTTT TGGGTCAAGA AGGGATTGAT 1200
AAAATCTTTA ATCAGGGGAA TTTAGCGAAT GTTCTTAGTC AAATGGCTAT GGAAARAATC 1260 2260226006 GCGGTTTAGG GAACTTTATA GAAAACGCTC TAAGCCCTTT GAGTAAGGAA 1320
TTACCCGCTA GCTTGCAAGA TGAAACCTTA GGCCAACTTA TAGGTCAAAA TAACTTAGAT 1380
GATTTATTGA ATAATAGTGG AGTCATGAAT GAAATCCAAA ACATTATCAG TCAAAAACTA 1440
AGCATTTTTG GCAATTTTGT TACCCCATCC ATCATAGAAA ACTACCTTGC TAAGCAGTCT 1500
TTAAAAAGCA TGCTAGACGA TAAAGGGCTT TTGAATTTTA TCGGTGGGTA TATAGACGCT 1560
TCTGAATTAR GCTCTATTTT AGGCGTGATT TTAAAGGATA TTACTAACCC CCCTACAAGC 1620
CTGCAAAAAG ACATTGGTGT GGTAGCGAAC GACTTGTTGA ACGAGTTTTT AGGACAAGAT 1680
GTTGTCRAAA AGCTAGAAAG TCAAGGCTTG GTGAGTAATA TCATCAATAA TGTTATTTCT 1740
CAAGGCGGGT TGAGCGGCGT TTATAATCAA GGTTTAGGGA GCGTGTTGCC GCCCTCTTTA 1800
CAAAACGCGC TCAAAGAAAA CGATTTAGGC ACTCTTTTAT CGCCTAGAGG CTTGCATGAT 1860
TTTTGGCAAA AAGGGTATTT TAACTTTTTA AGCAATGGCT ATGTTTTTGT CAATAACAGC 1820
TCTTTTAGTA ACGCTACTGG 60601201116 AATTTTGTCG CCAACAAGTC TATTATCTTT 1880
AATGGCGATA ATACGATTGA CTTTAGCAAG TATCAAGGCG CATTGATTTT TGCTTCTAAT 2040
GGTGTTTCTA ATATCAATAT CACCACCCTA AACGCCACTA ATGGCTTAAG CCTTAATGCG 2100
GGTTTGAATA ATGTGAGCGT TCAAAAAGGA GAAATTTGTA TCAATTTAGC CAATTGCCCT 2160
ACAACCAAAA ACAGCTCTCC TGCAAACTCT AGCGTAACCC CCACTAATGA GTCTTTAAGC 2220
GTGCACGCTA ATAATTTCAC TTTCTTAGGC ACAATCATCT CTAATGGGGC عمد 2280
TCTCAAGTAA CAAATAATAG CGTTATAGGC ACGCTCAATC TCAATGAAAR TGCGACCTTG 2340
CAAGCTAATA ATTTAACGAT CACCARACGCT TTTAACAACG CCTCTAACTC TACGGCTAAT 2400
ATTGATGGTA ATTTCACCTT AAACCAACAA GCGACTTTAA GCACTAACGC TAGTGGTITG 2460 2216102166 GGAATTTTAA TAGCTATGGC GATTTGGTGT TTAACCTCAG TCATTCAGTT 2520
AGTCATGCTA TTATCAATAC TCAAGGCACA GCGACGATCA TGGCCAATAA TAACCCTTTG 2580
ATCCRATTCA ACGCTTCTTC AAAAGAAGTG GGTACTTACA CGCTGATTGA TAGCGCTAAA 2640
GCCATTTATT ACGGGTATAA CAACCAAATC ACAGGAGGCA GTAGCCTGGA TAATTACCTT 2700 2260111216 CGCTCATTGA TATTAATGGC AAGCACATGG TGATGACTGA CAACGGCTTA 2760
ACCTATAACG GGCAAGCCGT GAGCGTTAAA GATGGCGGTT TAGTTGTAGG CTTTAAGGAC 2820
TCTCAAAATC AATACATTTA CACTTCCATT CTTTATAATA AAGTGAAAAT CGCTGTTTCT 2880
AATGATCCTA TCAATAACCC ACAAGCCCCC ACTTTAAAAC AATATATCGC TCAAATTCAG 2940
GGCGTTCAAA GCGTGGATAG CATCGATCAA GCTGGGGGAA ATCAAGCGAT TAATTGGCTC 3000
AATAAAATCT TTGAAACTAA AGGAAGCCCT TTATTCGCTC CCTATTATCT AGAGAGCCAC 3060
TCCACRAAAAG ATTTAACCAC GATCGCTGGA GATATTGCTA ACACTTTAGA AGTCATCGCT 3120
ARCCCTAATT TTAAAAATGA CGCCACTAAT ATTTTACAGA TCAAGACCTA CACGCAGCAA 3180
ATGAGTCGTT TAGCCAAGCT CTCTGACACT TCAACTTTCG CCCGTTCTGA TTTCTTAGAA 3240
CGCTTAGAAG CCCTTAAARAA CAAGCGATTC GCTGATGCGA TCCCTAACGC TATGGATGTG 3300
ATTTTAAAAT ACTCTCAAAG GAATAGAGTT ARAAATAATG TGTGGGCGAC AGGAGTTGGA 3360
GGGGCTAGTT TCATTAGTGG AGGTACTGGA ACTTTATATG GTATCAATGT AGGGTATGAT 3420
AGGTTTATTA AGGGCGTGAT TGTGGGAGGT TATGCCGCTT ATGGGTATAG CGGGTTCCAT 3480
GCAAACATCA CTCAATCAGG CTCTAGCAAT GTCAATGTGG GCGTTTATAG CCGAGCGTTT 3540
ATCAAAAGAA GCGAGCTAAC CATGAGCTTG AATGAGACTT GGGGATACAA TAAAACTTTC 3600
ATCAACTCCT ATGACCCCCT ACTCTCAATC ATCAATCAGT CTTACAGATA CGACACTTGG 3660
ACGACTGACG CTAAARATCAA TTATGGCTAT GATTTCATGT TTAAAGATAA AAGCGTTATT 3720
TTTAAACCCC AAGTAGGCTT AARGCTATTAT TACATTGGTT TGTCTGGTTT AAGGGGCATT 3780
ATGGATGATC CTATTTACAA CCAATTCAGA GCCAATGCTG ACCCTAATAA AAAATCCGTT 3840
CTAACGATCA ATTTTGCCCT AGAAAGTCGG CATTATTTCA ATAAAAACTC TTATTATTTT 3900
GTGATTGCGG ATGTGGGCAG AGACTTATTC ATTAATTCTA TGGGGGATAA AATGGTGCGT 3960
TTCATCGGTA ATAACACCCT AAGCTATAGA GATGGTGGCA GATACAACAC TTTTGCTAGC 4020
ATTATCACAG GCGGGGAGAT AAGATTGTTC AARAACCTTTT ATGTGAATGC GGGCATAGGG 4080
GCTAGGTTTG GGCTTGATTA TARAGATATT AATATTACCG GARATATTGG TATGCGCTAT 4140
9 : ا حا 501111 م1 4149 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:59: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 789 base pairs (B) TYPE: nucleic acid ; (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...789 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:59:
ATGAAAAAARN TTGGTTTGAG 0116161116 GTTTTGAGTT TGGGTTTTTT AAAAGCCCAT 60
GAAGTGAGCG CTGAAGAGAT TGCGGATATT TTCTACAAAC TCAACGCCAA AGAGCCTAAA 120
ATGAAAATCA ACCACACGAA GGGGTTTTGC GCTAAAGGCG TGTTCCTCCC TAACCCGCAA 180
GCAAGAGAGG ATTTAGAGGT GCCACTACTC AATGAAAAAG AAATCCCTGC GTCTCTAAGG 240
TATTCTTTAG GGGGCGTGGC GATGGACGAT AAAAGCAAGG TTAGGGGAAT GGCGTTAAAA 300
CTAGAAAATC AARAACGCTAG TTGGACAATG GTGATGCTCA ATACAGAAAT CAATTTTGCC 360
AAAAACCCTG AAGAATTCGC CCAATTTTTT GAAATGAGAC TTCCTAAAAA TGGCAAGGTA 420
GATGAAGCAA GAATCAAAAA GCTTTACGAA GAAGTCCCCT CTTATAGGARA TTTTGCCGCC 480
TATATGAAAA CGATAGGGAT TAGCTCAAGC GTGGCTAATA CGCCTTATTA TAGCGTGCAT 540
GCGTTCAAGT TTAAAGATAA GAAAGAAAAA TTATTGCCTG CGAGGTGGAA ATTTGTGCCT 600
AAAGAGGGCG TTAAATACTT AAATCCTCAA GAATTAAAGC AAAAAGATTC AAATTATCTG 660
CTCTCTTCAT TCCAACAACA CCTTAAAAAT AAACCCATAG AATACCAAAT GTATTTGGTG 720
TTTGCGAATC AAAATGATGC CACCAACGAC ACGACCGCGC TTTGGAAAGG CAGCATAAGG 780
AATTATTAG 789 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:60: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: E (A) LENGTH: 741 base pairs (B) TYPE: nucleic acid , (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO 7 (iv) ANTI-SENSE: NO / (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature
(B) LOCATION 1...741 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:60:
ATGAAACAAT TTAAAAAGAA ACCAAAAAAG ATAAAACGAT CGCATCAAAR TCAAAAARACA 60
ATCTTAAARGC GTCCTTTATG GCTTATGCCT TTACTGATTG GCGGGTTTGC TAGTGGGGTG 120
TATGCGGATG GAACAGACAT TTTGGGGCTT AGTTGGGGGG AARAAAGCCA AAAGGTATGC 180 ,
GTGCATCGTC CATGGTATGC TATATGGAGT TGCGATRAAT GGGAGGAAAA AACACAACAA 240
TTTACAGGAA ACCAACTCAT CACAAAAACT TGGGCAGGGG GTAATGCGGC TAACTACTAC 300
CACTCTCAAA ACAACCAAGA CATCACAGCC AATTTAAAAA ATGATAACGG CACTTATTTT 360
TTAAGCGGTC TGTATAACTA CACCGGAGGG GAATATAATG GGGGGAATTT AGACATTGAA 420
TTAGGCAGTA ACGCTACTTT TAATCTAGGT GCGAGTAGTG GGAATAGCTT CACTTCTTGG 480
TATCCTAATG GGCATACTGA TGTTACTTTT AGCGCTGGGA CTATCAATGT GAATAACAGC 540
GTAGAAGTGG GCAATCGTGT GGGATCGGGA GCTGGCACGC ACACCGGCAC AGCCACTTTA 600
AACTTGAACG CTAATAAGGT TACTATCAAT TCCAATATCA GCGCGTATAA AACTTCGCAA 660
GTGAATGTAG GCAATGCTAA CAGCGTTATT ACCATTAATT CGGTTTCTTT AAATGGGGAA 720
TACTTGCAGT TCTTTAGCTA G 741 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:61: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 738 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...738 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:61:
ATGATAARAA AGACCCTTGC ATCGGTTTTA TTAGGATTGA GTTTGATGAG TGTGTTAAAT 60
GCCAAAGAAT GCGTTTCGCC CATAACAAGA AGCGTTAAGT ATCATCAGCA AAGTGCTGAG 120
ATCAGAGCCT TGCAATTACA AAGTTACAAA ATGGCGAAAA TGGCGCTAGA CAATAACCTT 180
AAGCTCGTTA AAGACAAAAR GCCAGCCGTC ATCTTGGATT TAGATGAAAC CGTTTTGAAC 240
ACTTTTGATT ATGCGGGCTA TTTAGTCAARA AACTGCATTA AATACACCCC AGAAACTTGG 300
GATAAATTTG AAAAAGAAGG CTCTCTTACG CTCATTCCTG GAGCGCTAGA CTTTTTAGAA 360
TACGCTAATT CTAAGGGCGT TAAGATTTTT TACATTTCTA ACCGCACCCA AAAARAATAAG 420
GCATTCACTT TAAAAACGCT CAAAAGCTTT AAGCTCCCCC AAGTGAGTGA AGAATCCGTT 480
TTGTTAAAGG AAAAAGGCAA GCCTAARAGCC GTTAGGCGGG AGTTAGTCGC TAAGGATTAT 540
GCGATTGTTT TACAAGTGGG CGACACTTTG CATGATTTTG ACGCCATTTT TGCTARAGAC 600
GCTAAAAACA GCCAAGAACA ACAAGCCAAA GTCTTGCAAA ACGCTCAAAA ATTCGGCACA 660
GAATGGATCA TTTTACCCAA CTCTCTTTAT GGCACATGGG AAGATGGGCC TATAAAAGCA 720
TGGCAAAATA AAAAATAA 738 {2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:62: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 867 base pairs
Y.0 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO ‘ (iv) ANTI-SENSE: NO . (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...867 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:62:
TTGTGGTGTT TAAAAACCCC TATCATAGGG CATGGCATGA AGAAAAAAGC AAAAGTCTTT 60
TGGTGTTGTT TTAAAATGAT TCGTTGGTTG TATTTGGCGG TCTTTTTTTT GTTGAGCGTA 120
TCAGACGCTA AAGAAATCGC TATGCAACGA TTTGACARAC AAAACCATAA GATTTTTGAA 180
ATCCTTGCGG ATAAAGTGAG CGCCAAAGAC AATGTGATAA CCGCCTCAGGE GAATGCGATC 240
CTATTGAATT ATGACGTGTA TATTCTAGCG GATAAGGTGC GTTATGACAC CAAGACTAAA 300
GAAGCGTTAT TAGAAGGCAA TATTAAGGTT TATAGGGGCG AGGGCTTGCT CGTTAAAACC 360
GATTATGTGA AATTGAGTTT GAACGAAAAA TATGAGATCA TTTTCCCCTT TTATGTCCARA 420
GACAGCGTGA GCGGGATTTG GGTGAGCGCG GATATTGCTA GCGGGAAGGA TCAAAAATAT 480
AAGATTARAAA ACATGAGCGC TTCAGGGTGC AGCATTGACA ACCCCATTTG GCATGTCAAT 540
GCGACTTCAG GCTCATTTAA CATGCAARAAA TCGCATTTGT CAATGTGGAA TCCTAAGATT 600
TATGTCGGCG ATATTCCTGT ATTGTATTTG CCCTATATTT TCATGTCCAC GAGCAATAAA 660
AGAACTACCG GGTTTTTATA CCCTGAGTTT GGCACTTCCA ACTTAGACGGE CTTTATTTAT 720
TTGCAACCCT TTTATTTAGC CCCCAAARAC TCATGGGATA TGACCTTTAC CCCACAAATC 780
CGTTACAARA GGGGTTTTGG CTTGAATTTT GAAGCGCGCT ACATCAACTC TAAGACGCAG 840
GTTTTTATTC AATGCGCGCT ATTTTAG 867 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:63: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 387 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) ,{1ii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...387 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:63: 1162161112 AAAAAATGTG TTTGAGCCTG CTAATGATAA GCGRTGTTTG TGTGGGGGCA 60
AAGGATTTGG ATTTCAAGCT GGATTATCGC 300201735936 GGAAATTCAT GGGGARAATG 120
ACGGACTCTA GTCTTTTAAG TATCACTTCT ATGAACGATG AACCGGTGGT GATTAAAAAC 180
CTTATTGTCA ATAGGGGAAA TTCATGCGAA GCGACTAAAA AAGTAGAACC CAAATTTGGC 240
GATAAGTTTA AARAAGAAAA ACTCTTTGAT CATGAATTAA AATACTCGCA ACAGATATTT 300
TACCGCCTGG ATTGCAAGCC TAACCAATTG TTAGAAGTTA AAATCATCAC GGACAAGGGC 360
GAATATTACC ATAAATTTTC CAAATAG 387 $ (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:64: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 510 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double {D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...510 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:64:
ATGCAAGCGT TAAAATCATT GCTTGAAGTG ATTACAAAAC TCCAGAATCT AGGCGECTAT 60
TTGATGCATA TAGCTATTTT CATCATTTIT ATTTGGATTG GAGGGCTTAA GTTTGTGCCT 120
TACGAAGCTG AAGGGATCGC CCCTTTTGTG GCCAACTCCC CTTTCTTTTC TTTCATGTAT 180
ARATTTGAAA AACCTGCATA CAAACAACAC AAAATGTCTG AATCCCAATC CATGCAAGAA 240
GAAATGCAAG ATAACCCTAA AATCGTTGAA AACAAAGAAT GGCATAAAGA AAACCGCACT 300
TATTTAGTGG CTGAAGGTTT AGGGATTACG ATCATGATCC TAGGCATTTT GGTGCTTTTG 360
GGGCTTTGGA TGCCTTTAAT GGGCGTAGTT GGGGGCTTGC TTGTCGCTGG AATGACGATC 420
ACCACCCTAT TCTTTTTTAT TCACARACGCC AGAAGTGTTT GTCAATCAGC ATTTCCCATG 480
GCTTTCTGGG GCTGGAAGGC TAGTGGTTAA 510 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:65: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: : (A) LENGTH: 1464 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 1 ) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular . (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature
Y.v (B) LOCATION 1...1464 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:65: 35 ATGATTGAAT GGATGCAAAA TCATAGAAAG TATTTAGTGG TTACGATATG GATAAGCACG 60
ATCGCTTTTA TTGCCGCCGG AATGATAGGT TGGGGGCAAT ACAGCTTTTC TTTAGATAGC 120
GATAGCGCTG CCAAAGTGGG ACAGATTAAG ATTTCTCAAG AAGAATTAGC CCAAGAATAC 180
CGCCGCCTTA AAGACGCCTA TGCTGAGTCT ATCCCTGATT TTAAAGAACT CACCGAAGAT 240°
CAAATCAAAG CCATGCATTT AGAAAAAAGC GCGCTAGATT CGCTCATCAA TCAAGCTTTA 300
TTGAGGAATT TCGCTTTAGA TTTAGGGCTT GGTGCTACCA AGCAAGAAGT GGCCAAAGAG 360
ATCAGAAAAA CGAACGTTTT TCAAAAAGAT GGCGTTTTTG ATGAAGAATT GTATAAAAAT 420
ATCTTAAAAC ARAGCCATTA CCGCCCCAAG CATTTTGAAG ARAGCGTTGA AAGGCTTTTA 480
ATCCTTCAAA AAATCAGCGC TCTATTCCCC AARACCACCA CCCCTTTGGA GCAATCCAGT 540
CTATCGCTTT GGGCAAAATT GCAAGACAAA TTAGACATTC TTATCCTAAA TCCTAATGAT 600
GTTAARATCT CTCTCAATGA AGAAGAGATG AAAAAATATT ATGAAAACCA TAGAAAGGAT 660
TTTAAARAGC CCACARGCTT TAAAACACGC TCTTTATATT TTGACGCTAG TTTAGAAAARA 720
ACTGATTTGA AAGAGTTGGA GGAATACTAC CATAAARACA AGGTGTCTTA TTTGGACAAA 780
GAGGGGAAAT TACAGGATTT TAAAAGCGTT CAAGAGCAAG TCAAGCATGA TTTAAACATG 840
CAAMAGGCGA ATGAAAAAGC CTTAAGGAGC TATATCGCTC TAAAAAAGGG GARCGCACAA 900
AACTACACCA CGCAAGATTT TGAAAAAAAC AACTCCCCCT ATACTGCTGA AATCACGCAR 960
AAACTCACCG CTCTCAAGCC CCTTGAAGTC CTAAAACCAG AGCCTTTTAA AGATGGTTTT 1020
ATCGTGGTGC AGCTTGTCTC TCAAATTARA GACGAATTGC AAAATTTTGA TGAAGCCAAA 1080
AGCGCTCTTA AAACCCGTCT GACTCAAGAA AAAACCCTTA TGGCGTTGCA AACTTTAGCT 1140
AAAGAAAAGC TTAAGGATTT TAAAGGGAAA AGCGTGGGTT ATGTAAGCCC TAATTTTGGA 1200
GGCACTATCA GTGAACTTAA CCAAGAAGAG AGCGCGAAGT TTATCAACAC CCTTTTTRAC 1260
CGCCAGGAAA AAAAAGGGTT TGTAACCATA GGTAATAAAG TGGTGCTTTA TCAAATCACA 1320
GAGCAARATT TCAATCACCC CTTTAGTGCA GAAGAAAACC AATACATGCA GCGTTTAGTC 1380
AATAACACTA AAACGGATTT TTTTGATAAA GCGTTGATAG AAGAATTGAA AAAACGCTAT 1440
AAGATAGTCA AATACATTCA ATAA 1464 : (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:66: {i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 429 base pairs (B) TYPE: nucleic acid {C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO . {vi) ORIGINAL SOURCE: ; (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...429 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:66:
ATGAAAACGA ACTTTTATAA AATTAAATTA CTATTTGCTT GGTGTCTTAT CATTGGCATG 60
TTTAACGCTC CGCTTAACGC TGACCAAAAC ACGGATATAA AAGATATTAG TCCTGAAGAT 120
ATGGCGCTAA ATAGCGTGGG GCTTGTTTCT AGAGATCAGC TAAAAATAGA GATCCCTAAA 180
GAAACCCTAG AGCAAAAAGT GGCCATACTC AATGACTATA ATGATAAGAA TGTTAATATC 240
AAGTTTGACG ACATAAGTTT AGGGAGTTTC CAACCTAATG ATAATCTAGG TATCAATGCG 300
ATGTGGGGCA TTCAAAATCT TCTCATGAGC CAAATGATGA GCAATTACGG TCCAAACAAT 360
Y.A
TCTTTCATGT ATGGCTATGC GCCAACATAC TCAGATTCAT CGTTTTTACC ACCGATCTTA 420
GGGTATTAA 429 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:67: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 627 base pairs ; (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...627 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:67:
TTGATCAACA ATAATAATAA CAATAAAAAA CTGAGAGGCT TTTTTTTGAA AGTTCTCTTA 60
AGTCTCGTTG TTTTCAGTTC GTATGGGTCA GCAAATGACG ATAAAGAAGC CAAAAAAGRA 120
GCGCTAGAAA AAGAAAAAAA CACTCCCAAT GGGCTTGTTT ATACGAATTT AGATTTTGAT 180
AGTTTTARAG CGACTATCAA ARATTTGAAAR GACAAGAAAG TAACTTTCAA AGAAGTCAAT 240
CCCGATATTA TCAAAGATGA AGTTTTTGAC TTCGTGATTG TCAATAGAGT CCTTAAAARA 300
ATARAGGATT TGAAGCATTA CGATCCAGTT ATTGAAAAAA TCTTTGATGA AAAGGGTAAA 360
GAAATGGGAT TGAATGTAGA ATTACAGATC AATCCTGAAG TGAAAGACTT TTTTACTTTC 420
AARAGCATCA GCACGACCAA CAAACAACGC TGCTTTCTAT CATTGCACGG AGAAACBAAGA 480
GABATTTTAT GCGATGATAA GCTATATAAT GTTTTATTGG CCGTATTCAA TTCTTATGAT 540
CCTAATGATC TTTTGAAACA CATTAGCACC ATAGAGTCTC TCAAARAAAAT CTTTTATACG 600
ATTACATGTG AAGCGGTATA TCTATAA 627 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:68: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 738 base pairs ١ (B) TYPE: nucleic acid - (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...738
Y.A + ~N (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:68:
ATGGCAGGCA CACAAGCTAT ATATGAATCA TCTTCTGCAG GATTCTTATC GCAAGTCTCC 60
TCAATCATCT CAAGCACAAG TGGTGTCGCA GGGCCATTTG CAGGAATAGT AGCGGGCGCT 120
ATGACAGCAG CGATTATTCC TATTGTTGTG GGATTTACTA ATCCGCAAAT GACCGCTATC 180
ATGACCCAAT ACAATCAAAG CATCGCTGAA GCTGTAAGCG TGCCTATGAA AGCCGCTAAC 240
CAACAATACA ACCAATTGTA TCAAGGTTTT AACGATCAAA GCATGGCTGT GGGGAACAAT 300 ,
ATCTTAAATA TCAGCAAATT AACAGGGGAA TTTAACGCGC AAGGCAACAC GCAAAGCGCE 360
CAAATTAGTG CTGTCAATAG TCAGATTGCA AGCATTTTAG CGAGTAACAC TACCCCTAAA 420
AATCCTAGCG CTATTGAAGC TTATGCGACG AATCARATCG CTGTTCCTAG CGTGCCAACA 480
ACGGTTGAAA TGATGAGCGG TATATTAGGC AATATTACAA GCGCAGCACC AAAATACGCC 540
CTAGCTCTAC AAGAGCAACT GCGTTCTCAA GCAAGCAACA GCTCAATGAA TGATACAGCC 600
GATTCCCTTG ATAGCTGTAC CGCTTTAGGC GCACTTGTTG GCTCATCAAA AGTGTTTTTC 660
AGTTGCATGC AAATTTCTAT GACTCCTATG AGTGTTTCTA TGCCCACTGT TATGCCAAAT 720
ACCAGCGGTT GCCACTAR 738 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:69: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1104 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1104 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:69:
ATGATTAARA GCGTAGAGAT TGAAAATTAC AAAAATTTTG AGCACCTTAA AATGGAAAAT 60
TTTAAACTCA TCAACTTTTT TACCGGTCAA AACGATGCGG GTAAAACCAA TCTTTTAGAA 120
GCTCTTTATA CCAACACAGG CCTTTGTGAT CCTACTGCCA ATCAAGTCAG TCTTCCTCCT 180
GAACATGCCG TGAATATTAG TGAATTCAGA AAAATCAAAC TCGATGCCGA CAACCTAAAA 240 } ACCTTTTTTT ATCAAGGAAA CACCGCTAAT CCCATTAGTA TCCGCACTGA ATTTGAACAT 300
GCTACTATCC CTCTTACTAT CCAATACCCC ACACAAACCA GTTACAGCAA AGACATCAAT 360
TTGAATAGCG ATGATGCTCA TATGACAAAC CTTATAAACA CAACAATAAC GAAGCCACAG 420
CTCCAATTTT CCTACAATCC ATCCCTTTCC CCCATGACAA TGACTTATGA ATTTGAAAGG 480
CAAAACCTAG GTTTAATCCA TTCTARATTTA GATAAAATCG CTCAAACCTA TAAAGARAAT 540
GCGATGTTTA TTCCTATAGA ATTATCTATT GTTAATTCTC TTAAAGCATT GGAAAATTTA 600
CAATTAGCAA GCAAAGAAAA AGAATTGATT GAAATCCTAC AATGTTTCAA CCCTAATATT 660
TTARATGCTA ATACAATAAG AAAGTCTGTC TATATCCAAA TCAAAGATGA AAACACACCG 720
CTAGAAGAAA GTCCCAAAAG GCTTTTAAAT TTGTTTGGTT GGGGTTTTAT CAAATTCTTT 780
ATTATGGTGA GCATTCTTAT AGACAATCGT GTCAAGTATC TTTTTATTGA TGAAATAGAA 840
AGCGGTTTGC ACCATACAAA AATGCAAGAG TTTTTAAAAG CTCTGTTTAA GTTAGCTCAA 900
AAATTACAGA TTCAAATTTT TGCCACCACG CACAATAAGG AATTTTTATT AAACGCCATC 960
AACACGATAT CCGATAATGA AACGGGAGTT TTTAAAGACA TAGCCTTGTT TGAGCTTGAA 1020
ARAGAAAGCG CTTCTGGCTT TATCAGACAC AGCTATTCTA TGCTAGAAAA AGCGCTTTAT 1080
AGGGGTATGG AGGTTAGAGG CTGA 1104
(2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:70: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1230 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1230 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:70:
ATGTCCTTGA TTAGAGTGAA TGGGGAAGCT TTTAAACTCT CTTTGGAAAG TTTAGAAGAA 60
GATCCTTTTG AAACTAAAGA AACGCTAGAA ACGCTAGAAA CGCTTATCAA ACAAACGAGC 120
GTTGTTTTAT TGGCCGCTGG GGAGTCTAAG CGTTTTTCTC GTGCGATTAA AAAGCAGTGG i80
CTACGCTCTC ACCACACCCC CTTATGGCTC AGCGTGTATG AAAGCTTTAA AGAAGCCCTA 240
GACTTTAAGG AAGTCATTCT AGTTGTAAGC GAATTGGATT ATGTTTATAT CCAACGCCAT 300
TACCCCAAAA TCAAGCTTGT AAAAGGCGGG GCATCAAGGC AAGAATCCGT GCGTAACGCT 360
TTGAAAGTAA TTGATAGCAC TTACACGATC ACCAGCGATG TGGCTAGGGE TTTAGCGAAT 420
ATGGAAGCGC TTAAAAGCTT GTTTTTAACC CTCCAACAAA CGAGCCATTA TTGCATCGCC 480
CCTTACTTGC CTTGCTATGA CACAGCGATC TATTATAACG AGGCTTTAGA TAGAGAAGCG 540
ATCAAACTCA TTCAAACCCC GCAATTAAGC CACACCAAAA CGCTCCAATC AGCCCTRAAAC 600
CAAGGGGGTT TTAAAGATGA AARGCAGCGCG ATTTTACAAG CTTTCCCTAA CTCTGTGAGC 660
TATATTGAAG GCAGTAAGGA TTTGCACAAA CTCACCACARA 0000022777 AAAGTTTTTT 720
ACGCCTTTTT TTAACCCAGC AAAGGACACT TTTATAGGCA TGGGTTTTGA TACGCATGCG 780
TTCATTAAAG ATAAGCCTAT GGTTTTAGGG GGGGTTGTTT TGGATTGCGA GTTTGGGTTA 840
ARGGCTCATA GCGATGGCGA TGCTTTATTG CATGCGGTTA TTGATGCGAT TTTAGGAGCG 900
ATTARAGGGG GGGATATTGG CGAATGGTTC CCTGATAATG ACCCCAAATA CAAAMACGCC 960
TCTTCTAAAG AGCTTTTAAA AATCGTGTTG GATTTTTCTC AAAGCATTGG GTTTGAATTG 1020
CTTGAAATGG GAGCGACCAT CTTTAGCGAA ATCCCTAAAA TCACTCCTTA CAAACCGGCG 1080
ATTTTAGAGA ATTTGAGCCA ACTTTTGGGT TTAGAAAAAT CTCAAATCAG CTTGAAAGCC 1140
ACTACAATGG AAAAAATGGG GTTCATTGGC AAACAAGAAG GGCTGTTAGT CCARAGCGCAT 1200
GTGAGCATGC GTTATAAACA AAAACTTTARZA 1230 (2). INFORMATION FOR SEQ ID NO:71: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 813 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (ط) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
١١ (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...813 ‘ (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:71: :
ATGAAAAAGT TTGTAGCTTT AGGGCTTCTA TCCGCGGTTT TAAGCTCTTC GTTGTTAGCC 60
GAAGGTGATG GTGTTTATAT AGGGACTAAT TATCAGCTTG GACAAGCCCG TTTGAATAGC 120
AATATTTATA ATACAGGGGA TTGCACAGGG AGTGTTGTAG GTTGCCCCCC AGGTCTTACC 180
GCTAATAAGC ATAATCCAGG AGGCACCAAT ATCAATTGGC ACTCCAAATA CGCTAATGGG 240
GCTTTGAATG GTTTTGGGTT GAATGTGGGT TATAAGAAAT TCTTCCAATT CAAGTCGCTA 300
GATATGACAA GCAAGTGGTT TGGTTTTAGA GTGTATGGGC TTTTTGATTA CGGGCATGCC 360
GATTTAGGTA AACAAGTTTA TGCACCTAAT AAAATCCAGT TGGATATGGT CTCTTGGGGT 420
GTGGGGAGCG ATTTGTTAGC TGATATTATT GATAAAGACA ACGCTTCTTT TGGTATTTTT 480
GGTGGEGTCG CTATCGGCGG TAACACTTGG AAMAGCTCTG CAGCAAACTA TTGGAAAGAG 540
CAAATCATTG AAGCCAAAGG TCCTGATGTT TGTACCCCTA CTTATTGTAA CCCTAATGCC 600
CCTTATAGCA CCAACACTTC AACCGTCGCT TTTCAAGTGT GGTTGAATTT TGGGGTGAGA 660
GCCAATATCT ACAAGCATAA TGGCGTGGAA TTTGGCGTGA GAGTGCCGCT ACTCATCAAT 720
AAATTTTTGA GCGCGGGTCC TAACGCTACT AACCTTTATT ACCATTTGAA ACGGGATTAT 780
TCGCTTTATT TGGGGTATAA CTACACTTTT TAA 813 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:72: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1317 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature . (B) LOCATION 1...1317 . (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:72:
ATGGCTTACA AACCTAACAA AAAGAAGTTA AAAGAATTAA GAGAGCAACC GAATTTATTIT 60
AGCATCTTAG ATAAGGGCGA TGTTGCAACA AACAATCCTG TTGAAGAGTC AGACAAGGCC 120
AATAARATAC AAGAGCCACT CCCTTATGTC GTGAAAACGC AAATCAATAA AGCARGCATG 180
ATTTCTAGAG ATCCTATTGA ATGGGCAAAG TATTTAAGCT TTGAAAAACG AGTCTATAAG 240
GATAATAGTA AAGAAGATGT CAATTTCTTT GCCAATGGTG AGATAAAAGA AAGTTCTCGT 300
GTTTATGAAG CGAATAAAGA AGGGTTTGAA AGGCGCATCA CTAAAAGATA CGATCTGATT 360
GATAGAAATA TTGATAGAAA TAGAGAATTT TTTATAARAG AAATTGAAAT TCTAACCCAC 420
ACARACAGCT TAARAGAATT GARAGAGCAA GGGTTAGAAA TCCAATTGAC CCACCATAAT 480
GAAACGCATA AGAAAGCCTT AGAAARATGGC AATGAAATCG TTAAAGAATA CGACCATCTT 540
AAAGATATTT ACCAAGAAGT AGAAAGAACA AAAGATGGTG GATTGGTAAG AGAAATAATC 600
CCCAGTATTT CTAGCGCTGA GTATTTCAAG CTTTACAACA AACTGCCTTT TGAATCARATA 660
AACAATGAAA ATACCAAACT GAATACTAAC GACAATGAAG AAGTTAAAAA ACTAGAATTT 720
GAATTAGCTA AAGAAGTGCA TATTTTAATC CTAGAGCAAC AATTGCTTTC AGCAACAAAT 780
TATTATTCTT GGATAGATAA AGATGATAAT GCGAATTTTG CTTGGAAAAT GCATAGGCTT 840
ATCAATGAAA ATAAACTCAA AGAAAACCAT CTCAGCGCCA ATAACGCTAA TBAGATTAAG 900
CAATTTTTCT TTAATAATGG TTCTATTTTA GGCTGGACTA AAGAAGAACA AAGCGCTATA 960
CAAGAAAACA GAGATTATTC TTTAAGARGC GCTCTTTTAA GTTTAGAAGA AATCGCTCAA 1020
GCAAAAATTG AATTGCAAAA ATACTATGAA AGCGTTTATG TTAATGGTGA TGGGAATAAA 1080
AGAGAAATCA AGCCTTTTAA AGAAATTTTA AGAGACACCA ACAATTTTGA AAAAGCTTAT 1140 +
AAGGAGCGTT ATGACAAATT GGTAAGCTTG AGTGCAGCAA TCATTCAAGC TAAAGAGGGT 1200
GGTAATGAGC GACCAAATTC TAGTGCAAAT AACAATAACC CTATTAAAAA TACAATAGAG 1260
ACTAATACTT CTAACAATAT TATTCAAAAT AATGATAATA TAATCATCCA AATTTAA 1317 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:73: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 648 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO 25 . (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...648 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:73:
ATGCAAGCGT TAAAATCATT GCTTGAAGTG ATTACAAAAC TCCAGAATCT AGGCGGCTAT 60
TTGATGCATA TAGCTATTTT CATCATTTTT ATTTGGATTG GAGGGCTTAA GTTTGTGCCT 120
TACGAAGCTG AAGGGATCGC CCCTTTTGTG GCCARCTCCC CTTTCTTTTC TTTCATGTAT 180
ABATTTGARA AACCTGCATA CAAACAACAC AAAATGTCTG AATCCCAATC CATGCAAGAA 240
GRAATGCAAG ATAACCCTAA AATCGTTGAA AACAAAGAAT GGCATAAAGA AAACCGCACT 300
TATTTAGTGG CTGAAGGTTT AGGGATTACG ATCATGATCC TAGGCATTTT GGTGCTTTTG 360
GGGCTTTGGA TGCCTTTAAT GGGCETAGTT GGGGGCTTGC TTGTCGCTGG AATGACGATC 420
ACCACCCTAT CTTTTTTATT CACAACGCCA GAAGTGTTTG TCAATCAGCA TTTCCCATGG 480
CTTTCTGGGG CTGGAAGGCT AGTGGTTARA GACTTGGCGT TATTTGCTGG AGGCTTGTTT 540
GTGGCCGGAT TTGATGCGAA ACGCTATTTG GAGGGTAAAG GGTTTTGCTT GATGGACCGC 600
TCATCGGTAG GGATTAAAAC TAAATGCTCT AGCGGGTGTT GCTCTTAA 648 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:74: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 186 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
YAY
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...186 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:74: ل Met Ile Lys Arg Ile Ala Cys Ile Leu Ser Leu Ser Ala Ser Leu Ala 1 5 10 15
Leu Ala Gly Glu Val Asn Gly Phe Phe Met Gly Ala Gly Tyr Gln Gln 20 25 30
Gly Arg Tyr Gly Pro Tyr Asn Ser Asn Tyr Ser Asp Trp Arg His Gly 35 40 45
Asn Asp Leu Tyr Gly Leu Asn Phe Lys Leu Gly Phe Val Gly Phe Ala 50 55 60
Asn Lys Trp Phe Gly Ala Arg Val Tyr Gly Phe Ley Asp Trp Phe Asn 65 70 75 80
Thr Ser Gly Thr Glu His Thr Lys Thr Asn Leu Leu Thr Tyr Gly Gly 85 90 95
Gly Gly Asp Leu Ile Val Asn Leu Ile Pro Leu Asp Lys Phe Ala Leu 100 105 110
Gly Leu Ile Gly Gly Val Gln Leu Ala Gly Asn Thr Trp Met Phe Pro 115 120 125
Tyr Asp Val Asn Gln Thr Arg Phe Gln Phe Leu Trp Asn Leu Gly Gly 130 135 140
Arg Met Arg Val Gly Asp Arg Ser Ala Phe Glu Ala Gly Val Lys Phe 145 150 155 160
Pro Met Val Asn Gln Gly Ser Lys Asp Val Gly Leu Ile Arg Tyr Tyr 165 170 175 ser Trp Tyr Val Asp Tyr Val Phe Thr Phe 180 185 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:75: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 116 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...116 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:75:
Leu Met Arg Ile Ile Ile Arg Leu Leu Ser Phe Lys Met Asn Ala Phe 1 5 10 15
Leu Lys Leu Ala Leu Ala Ser Leu Met Gly Gly Leu Trp Tyr Ala Phe 20 25 30
Asn Gly Glu Gly Ser Glu Ile Val Ala Ile Gly Ile Phe Val Leu Ile 35 40 45
Leu Phe Val Phe Phe Ile Arg Pro Val Ser Phe Gln Asp Pro Glu Lys
50 55 60
Arg Glu Glu Tyr Ile Glu Arg Leu Lys Lys Asn His Glu Arg Lys Met 65 70 75 80
Ile Leu Gln Asp Lys Gln Lys Glu Glu Gln Met Arg Leu Tyr Gln Ala 85 90 95
Lys Lys Glu Arg Glu Ser Arg Gln Lys Gln Asp Leu Lys Glu Gln Met 100 105 110 ;
Lys Lys Tyr Ser 115 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:76: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 345 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...345 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:76:
Met Val Lys His Tyr Leu Phe Met Ala Val Ser Gln Val Phe Phe Ser 1 5 10 15
Phe Phe Leu Val Leu Phe Phe Ile Ser Ser Ile Val Leu Leu Ile Ser 20 25 30
Ile Ala Ser Val Thr Leu Val Ile Lys Val Ser Phe Leu Asp Leu Val 35 40 45
Gln Leu Phe Leu Tyr Ser Leu Pro Gly Thr Ile Phe Phe Ile Leu Pro 50 55 60
Ile Thr Phe Phe Ala Ala Cys Ala Leu Gly Leu Ser Arg Leu Ser Tyr ss 70 75 80
Asp His Glu Leu Leu Val Phe Phe Ser Leu Gly Val Ser Pro Lys Lys 85 90 95
Met Thr Lys Ala Phe Val Pro Leu Ser Leu Leu Val Ser Ala Ile Leu 100 105 110
Leu Ala Phe Ser Leu Ile Leu Ile Pro Thr Ser Lys Ser Ala Tyr Tyr 1 115 120 125
Gly Phe Leu Arg Gln Lys Lys Asp Lys Ile Asp Ile Asn Ile Arg Ala 130 135 140
Gly Glu Phe Gly Gln Lys Leu Gly Asp Trp Leu Val Tyr Val Asp Lys 5 150 155 160
Thr Glu Asn Asn Ser Tyr Asp Asn Leu Val Leu Phe Ser Asn Lys Ser 165 170 175
Leu Ser Gln Glu Ser Phe Ile Leu Ala Gln Lys Gly Asn Ile Asn Asn 180 185 130 مده Asn Gly val Phe Glu Leu Asn Leu Tyr Asn Gly His Ala Tyr Phe 195 200 205
Thr Gln Gly Asp Lys Met Arg Lys Val Asp Phe Glu Glu Leu His Leu 210 215 220
Arg Asn Lys Leu Lys Ser Phe Asn Ser Asn Asp Ala Ala Tyr Leu Gln
Yio . ~ 225 230 235 240
Gly Thr Asp Tyr Leu Gly Tyr Trp Lys Lys Ala Phe Gly Lys Asn Ala 245 250 255
Asn Lys Asn Gln Lys Arg Arg Phe Ser Gln Ala Ile Leu Val Ser Leu 260 265 270
Phe Pro Leu Ala Ser Val Phe Leu Ile Pro Leu Phe Gly Ile Ala Asn 275 280 285 f
Pro Arg Phe Lys Thr Asn Trp Ser Tyr Phe Tyr Val Leu Gly Ala Val 290 285 300
Gly Val Tyr Phe Leu Met Val His Val Ile Ser Thr Asp Leu Phe Leu 305 310 315 320
Met Thr Phe Phe Phe Pro Phe Ile Trp Ala Phe Ile Ser Tyr Leu Leu 325 330 335
Phe Arg Lys Phe Ile Leu Lys Arg Tyr 340 345 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:77: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 276 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...276 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:77:
Met Lys Lys Lys Ala Lys Val Phe Trp Cys Cys Phe Lys Met Ile Arg 1 5 10 15
Trp Leu Tyr Leu Ala Val Phe Phe Leu Leu Ser Val Ser Asp Ala Lys 20 25 30
Glu Ile Ala Met Gln Arg Phe Asp Lys Gln Asn His Lys Ile Phe Glu 35 40 45
Ile Leu Ala Asp Lys Val Ser Ala Lys Asp Asn Val Ile Thr Ala Ser 50 55 60
Gly Asn Ala Ile Leu Leu Asn Tyr Asp Val Tyr Ile Leu Ala Asp Lys 65 70 75 80
Val Arg Tyr Asp Thr Lys Thr Lys Glu Ala Leu Leu Glu Gly Asn Ile 85 90 95
Lys Val Tyr Arg Gly Glu Gly Leu Leu Val Lys Thr Asp Tyr Val Lys 100 105 110
Leu Ser Leu Asn Glu Lys Tyr Glu Ile Ile Phe Pro Phe Tyr Val Gln 115 120 125
Asp Sex Val Ser Gly Ile Trp Val Ser Ala Asp Ile Ala Ser Gly Lys 130 135 140 asp Gln Lys Tyr Lys Ile Lys Asn Met Ser Ala Ser Gly Cys Ser Ile 145 150 155 160
Asp Asn Pro Ile Trp His Val Asn Ala Thr Ser Gly Ser Phe Asn Met 165 170 175
Gln Lys Ser His Leu Ser Met Trp Asn Pro Lys Ile Tyr Val Gly Asp
تن 190 185 180 Ile Pro Val Leu Tyr Leu Pro Tyr Ile Phe Met Ser Thr Ser Asn Lys 205 200 195 Arg Thr Thr Gly Phe Leu Tyr Pro Glu Phe Gly Thr Ser Asn Leu Asp 21s 220 210 5 Gly Phe Ile Tyr Leu Gln Pro Phe Tyr Leu Ala Pro Lys Asn Ser Trp 4 240 235 230 225 Asp Met Thr Phe Thr Pro Gln Ile Arg Tyr Lys Arg Gly Phe Gly Leu 255 250 245 phe Glu Ala Arg Tyr Ile Asn Ser Lys Thr Gln Val Phe Ile Gln دمح 10 270 265 260 Cys Ala Leu Phe 275 INFORMATION FOR SEQ ID NO:78: )2( 15 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 224 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 20 (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 25 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: ١ (AR) NAME/KEY: misc_feature 30 (B) LOCATION 1...224 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:78: Met Ile Arg Leu Lys Gly Leu Asn Lys Thr Leu Lys Thr Ser Leu Leu 35 10 5 1 Ala Gly Val Leu Leu Gly Ala Thr Ala Pro Leu Met Ala Lys Pro Leu 25 20 Leu Ser Asp Glu Asp Leu Leu Lys Arg Val Lys Leu His Asn Ile Lys 40 35 40 Glu Asp Thr Leu Thr Ser Cys Asn Ala Lys Val Asp Gly Ser Gln Tyr 60 55 50 Leu Asn Ser Gly Trp Asn Leu Ser Lys Glu Phe Pro Gln Glu Tyr Arg 80 75 70 65 Glu Lys Ile Phe Glu Cys Val Glu Glu Glu Lys His Lys Gln Ala Leu 45 95 90 85 , Asn Leu Ile Asn Lys Glu Asp Thr Lys Asp Lys Glu Glu Leu Ala Lys 110 108 100 Lys Ile Lys Glu Ile Lys Glu Lys Ala Lys Val Leu Arg Gln Lys Phe 125 120 115 50 Met Ala Phe Glu Met Lys Glu His Ser Lys Glu Phe Pro Asn Lys Lys 140 135 130 Gln Leu Gln Thr Met Leu Glu Asn Ala Phe Asp Asn Gly Ala Glu Ser 160 155 150 145 Phe Ile Asp Asp Trp His Glu Arg Phe Gly Gly Ile Ser Arg Glu Asn 55 175 170 165 Thr Tyr Lys Ala Leu Gly Ile Lys Glu Tyr Ser Asp Glu Gly Lys Ile 190 185 180 Leu Pro Leu Ala Lys Glu Val Ile Leu Asp Asn Ile Lys Lys Ile Leu
با 205 200 195 Lys Lys Ala Leu Met Ile Leu Asp Asn Pro Tyr Leu Leu Trp Leu Val 220 215 210 INFORMATION FOR SEQ ID NO:79: )2( 5 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: : (A) LENGTH: 429 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 10 (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 20 (B) LOCATION 1...429 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:79: Met Pro Tyr Ala Leu Arg Lys Arg Phe Phe Lys Arg Leu Leu Leu Phe 25 15 10 5 1 Phe Leu Ile Val Cys Met Ile Asn Leu His Ala Lys Ser Tyr Leu Phe 25 20 Ser Pro Leu Pro Pro Ala His Gln Gln Ile Ile Lys Thr Glu Pro Cys ٠ 35 40 45 30 Ser Leu Glu Cys Leu Lys Asp Leu Met Leu Gln Asn Gln Ile Phe Ser 60 55 50 Phe Val Ser Gln Tyr Asp Asp Asn Asn Gln Asp Glu Ser Leu Lys Thr 80 75 70 65 Tyr Tyr Lys Asp Ile Leu Asn Lys Leu Asn Pro Val Phe Ile Ala Ser 35 95 90 85 Gln Thr Pro Ala Lys Glu Ser Tyr Glu Pro Lys Ile Glu Leu Ala Ile 110 105 100 Leu Leu Pro Lys Lys Val Val Gly Arg Tyr Ala Ile Leu Val Met Asn 11s 120 125 40 Thr Leu Leu Ala Tyr Leu Asn Thr Arg Asn Asn Asp Phe Asn Ile Gln 140 135 130 Val Phe Asp Ser Asp Glu Glu Ser Pro Glu Lys Leu Glu Glu Thr Tyr 160 155 150 145 Lys Glu Ile Glu Lys Glu Lys Phe Pro Phe Ile Ile Ala Leu Leu Thr 45 175 170 165 : Lys Glu Gly Val Glu Asn Leu Leu Gln Asn Thr Thr Ile Asn Thr Pro 130 185 180 Thr Tyr Val Pro Thr Val Asn Lys Thr Gln Leu Glu Asn His Thr Glu 205 200 195 50 Leu Ser Leu Ser Glu Arg Leu Tyr Phe Gly Gly Ile Asp Tyr Lys Glu 220 215 210 Gln Leu Gly Met Leu Ala Thr Phe Ile Ser Pro Asn Ser Pro Val Ile 240 235 230 225 Glu Tyr Asp Asp Asp Gly Leu Ile Gly Glu Arg Leu Arg Gln Ile Thr 55 255 250 245 Glu Ser Leu Asn Val Glu Val Lys His Gln Glu Asn Ile Ser Tyr Lys 270 265 260 Gln Ala Thr Ser Phe Ser Lys Asn Phe Arg Lys His Asp Ala Phe Phe
غم 285 280 275 Lys Asn Ser Thr Leu Ile Leu Asn Thr Pro Thr Thr Lys Ser Gly Leu 300 295 290 Ile Leu Ser Gln Ile Gly Leu Leu Glu Tyr Lys Pro Leu Lys Ile Leu 320 315 310 35 5 Ser Thr Gln Ile Asn Phe Asn Pro Ser Leu Leu Leu Leu Thr Gln Pro ¢ 335 330 325 Lys Asp Arg Lys Asn Leu Phe Ile Val Asn Ala Leu Gln Asn Ser Asp 350 345 340 Glu Thr Leu Ile Glu Tyr Ala Ser Leu Leu Glu Ser Asp Leu Arg His 10 365 360 355 Asp Trp Val Asn Tyr Ser Ser Ala Ile Gly Leu Glu Met Phe Leu Asn 380 375 370 Thr Leu Asp Pro His Phe Lys Lys Ser Phe Gln Glu Ser Leu Glu Asp 400 395 390 5 15 Asn Gln Val Arg Tyr His Asn Gln Ile Tyr Gln Ala Leu Gly Tyr Ser 415 410 405 Phe Glu Pro Ile Lys Asn Glu Ser Glu Thr Lys Lys Glu 425 420 20 INFORMATION FOR SEQ ID NO:80: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 455 amino acids (B) TYPE: aminc acid 25 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 30 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 35 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...455 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:80: 40 Val Leu Lys Phe Gln Lys Leu Pro Leu Leu Phe Val Ser Ile Leu Tyr 10 5 1 Asn Gln Ser Pro Leu Leu Ala Phe Asp Tyr Lys Phe Ser Gly Val Ala 25 20 Glu Ser Val Ser Lys Val Gly Phe Asn His Ser Lys Leu Asn Ser Lys 45 s 35 40 45 Glu Gly Ile Phe Pro Thr Ala Thr Phe val Thr Ala Thr Ile Lys Leu 60 55 50 Gln Val Asp Ser Asn Leu Leu Pro Lys Asn Ile Glu Lys His Ser Leu 80 75 70 5 50 Lys Ile Gly Val Gly Gly Ile Leu Gly Ala Leu Ala Tyr Asp Ser Thr 95 90 85 Lys Thr Leu Ile Asp Gln Ala Thr His Gln Ile Tyr Gly Ser Glu Leu 110 105 100 Phe Tyr Leu Ile Gly Arg Trp Trp Gly Phe Leu Gly Asn Ala Pro Trp 55 125 120 115 Lys Asp Ser Leu Ile Glu Ser Asp Ala His Thr Arg Asn Tyr Val Leu 140 135 130 Tyr Asn Ser Tyr Leu Phe Tyr Ser Tyr Gly Asp Lys Phe His Leu Lys
Yi4 145 150 155 160
Leu Gly Arg Tyr Leu Ser Asn Met Asp Phe Met Ser Ser Tyr Thr Gln 165 170 175
Gly Phe Glu Leu Asp Tyr Lys Ile Asn Ser Lys Ile Ala Leu Lys Trp 180 185 190
Phe Ser Ser Phe Gly Arg Ala Leu Ala Phe Gly Gln Trp Ile Arg Asp 195 200 205 ‘
Trp Tyr Ala Pro Ile Val Thr Glu Asp Gly Arg Lys Glu Val Tyr Asp 210 215 220
Gly Ile His Ala Ala Gln Leu Tyr Phe Ser Ser Lys His val Gln 1 225 230 235 240
Met Pro Phe Ala Tyr Phe Ser Pro Lys Ile Tyr Gly Ala Pro Gly Val 245 250 255
Lys Ile His Ile Asp Ser Asn Pro Lys Phe Lys Gly Leu Gly Leu Arg 260 265 270
Ala Gln Thr Thr Ile Asn Val Ile Phe Pro Val Tyr Ala Lys Asp Leu 275 280 285
Tyr Asp Val Tyr Trp Arg Asn Ser Lys Ile Gly Glu Trp Gly Ala Ser 290 295 300
Leu Leu Ile His Gln Arg Phe Asp Tyr Asn Glu Phe Asn Phe Gly Phe 305 310 315 320
Gly Tyr Tyr Gln Asn Phe Gly Asn Ala Asn Ala Arg Ile Gly Trp Tyr 325 330 335
Gly Asn Pro Ile Pro Phe Asn Tyr Arg Asn Asn Ser Val Tyr Gly Gly 340 345 350
Val Phe Ser Asn Ala Ile Thr Ala Asp Ala Val Ser Gly Tyr Val Phe 355 360 365
Gly Gly Gly Val Tyr Arg Gly Phe Leu Trp Gly Ile Leu Gly Arg Tyr 370 375 380
Thr Tyr Ala Thr Arg Ala Ser Glu Arg Ser Ile Asn Leu Asn Leu Gly 385 390 385 400
Tyr Lys Trp Gly Ser Phe Ala Arg Val Asp Val Asn Leu Glu Tyr Tyr 405 410 415
Val Val Ser Met His Asn Gly Tyr Arg Leu Asp Tyr Leu Thr Gly Pro 420 425 430
Phe Asn Lys Ala Phe Lys Ala Asp Ala Gln Asp Arg Ser Asn Leu Met 435 440 445
Val Ser Met Lys Phe Phe Phe 450 455 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:81: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: ١ (A) LENGTH: 282 amino acids (B) TYPE: amino acid : (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...282 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:81:
YY.
Met Gly Cys Ser Phe Ile Phe Lys Lys Val Arg Val Tyr Ser Lys Met 1 5 ا 10 15
Leu Val Ala Leu Gly Leu Ser Ser Val Leu Ile Gly Cys Ala Met Asn 20 25 30
Pro Ser Ala Glu Thr Lys Lys Pro Asn Asp Ala Lys Asn Gln Gln Pro 35 40 45 ‘
Val Gln Thr His Glu Arg Met Thr Thr Ser Ser Glu His Val Thr Pro 50 55 60
Leu Asp Phe Asn Tyr Pro Val His Ile Val Gln Ala Pro Gln Asn His 65 70 75 80
His Val Val Gly Ile Leu Met Pro Arg Ile Gln Val Ser Asp Asn Leu 85 20 95
Lys Pro Tyr Ile Asp Lys Phe Gln Asp Ala Leu Ile Asn Gln Ile Gln 100 105 110
Thr Ile Phe Glu Lys Arg Gly Tyr Gln Val Leu Arg Phe Gln Asp Glu 115 120 125
Lys Ala Leu Asn Val Gln Asp Lys Lys Lys Ile Phe Ser Val Leu Asp 130 135 140
Leu Lys Gly Trp Val Gly Ile Leu Glu Asp Leu Lys Met Asn Leu Lys 145 150 155 160
Asp Pro Asn Ser Pro Asn Leu Asp Thr Leu Val Asp Gln Ser Ser Gly 165 170 : 175
Ser Val Trp Phe Asn Phe Tyr Glu Pro Glu Ser Asn Arg Val Val His 180 185 190
Asp Phe Ala Val Glu Val Gly Thr Phe Gln Ala Ile Thr Tyr Thr Tyr 195 200 205
Thy Ser Thr Asn Asn Ala Ser Gly Gly Phe Asn Ser Ser Lys Ser Val 210 215 220
Ile His Glu Asn Leu Asp Lys Asn Arg Glu Asp Ala Ile His Lys Ile 225 230 235 240
Leu Asn Arg Met Tyr Ala Val Val Met Lys Lys Ala Val Thr Glu Leu 245 250 255
Thr Lys Glu Asn Ile Ala Lys Tyr Arg Asp Ala Ile Asp Arg Met Lys 260 265 270
Gly Phe Lys Ser Ser Met Pro Gln Lys Lys 275 280 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:82: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 280 amino acids (B) TYPE: amino acid 7 (D) TOPOLOGY: linear » (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...280 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:82:
Met Lys Leu Arg Ala Ser Val Leu Ile Gly Val Ala Ile Leu Cys Leu
: اف > 1 5 10 15
Ile Leu Ser Ala Cys Ser Asn Tyr Ala Lys Lys Val Val Lys Gln Lys 20 25 30
Asn His Val Tyr Thr Pro Val Tyr Asn Glu Leu Ile Glu Lys Tyr Ser 35 40 45
Glu Ile Pro Leu Asn Asp Lys Leu Lys Asp Thr Pro Phe Met Val Gln , 50 55 60 ١
Val Lys Leu Pro Asn Tyr Lys Asp Tyr Leu Leu Asp Asn Lys Gln Val 65 70 75 80 val Leu Thr Phe Lys Leu Val His His Ser Lys Lys Ile Thr Leu Ile 85 20 95
Gly Asp Ala Asn Lys Ile Leu Gln Tyr Lys Asn Tyr Phe Gln Ala Asn 100 105 110
Gly Ala Arg Ser Asp Ile Asp Phe Tyr Leu Gln Pro Thr Leu Asn Gin 115 120 125
Lys Gly Val val Met Ile Ala Ser Asn Tyr Asn Asp Asn Pro Asn Asn 130 135 140
Lys Glu Lys Pro Gln Thr Phe Asp Val Leu Gln Gly Ser Gln Pro Met 145 150 155 160
Leu Gly Ala Asn Thr Lys Asn Leu His Gly Tyr Asp Val Ser Gly Ala 165 170 175
Asn Asn Lys Gln Val Ile Asn Glu Val Ala Arg Glu Lys Ala Gln Leu 180 185 190
Glu Lys Ile Asn Gln Tyr Tyr Lys Thr Leu Leu Gln Asp Lys Glu Gln 195 200 205
Glu Tyr Thr Thr Arg Lys Asn Asn Gln Arg Glu Ile Leu Glu Thr Leu 210 215 220
Ser Asn Arg Ala Gly Tyr Gln Met Arg Gln Asn Val Ile Ser Ser Glu 225 230 235 240
Ile Phe Lys Asn Gly Asn Leu Asn Met Gln Ala Lys Glu Glu Glu Val 245 250 255
Arg Glu Lys Leu Gln Glu Glu Arg Glu Asn Glu Tyr Leu Arg Asn Gln 260 265 270
Ile Arg Ser Leu Leu Ser Gly Lys 275 280 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:83: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (RB) LENGTH: 393 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear ِ (ii) MOLECULE TYPE: protein - (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...393 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:83:
Met Arg Lys Leu Phe Ile Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala 1 5 10 15
Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe Ile Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu
YYY
20 25 30
Leu Glu Gly Thr Gln Thr Gln Glu Lys Arg His Thr Thr Thr Lys Asn 35 40 45
Thr Tyr Ala Thr Tyr Asn Tyr Leu Pro Thr Asp Thr Ile Leu Lys Arg 50 55 60
Ala Ala Asn Leu Phe Thr Asn Ala Glu Ala Ile Ser Lys Leu Lys Phe 0 65 70 75 80
Ser Ser Leu Ser Pro Val Arg Val Leu Tyr Met Tyr Asn Gly Gln Leu 85 90 95
Thr Ile Glu Asn Phe Leu Pro Tyr Asn Leu Asn Asn Val Lys Leu Ser 100 105 110
Phe Thr Asp Ala Gln Gly Asn Val Ile Asp Leu Gly Val Ile Glu Thr 115 120 125
Ile Pro Lys His Ser Lys Ile Val Leu Pro Gly Glu Ala Phe Asp Ser 130 135 140
Leu Lys Ile Asp Pro Tyr Thr Leu Phe Leu Pro Lys Ile Glu Ala Thr 145 150 155 160
Ser Thr Ser Ile Ser Asp Ala Asn Thr Gln Arg Val Phe Glu Thr Leu 165 170 175
Asn Lys Ile Lys Thr Asn Leu Val Val Asn Tyr Arg Asn Glu Asn Lys 180 185 190
Phe Lys Asp His Glu Asn His Trp Glu Ala Phe Thr Pro Gln Thr Ala 195 200 205
Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met Ile Ala Val Leu Asp Ser 210 215 220
Gln Ser Trp Gly Asp Ala Ile Leu Asn Ala Pro Phe Glu Phe Thr Asn 225 230 235 240
Ser Pro Thr Asp Cys Asp Asn Asp Pro Ser Lys Cys Val Asn Pro Gly 245 250 255
Thr Asn Gly Leu Val Asn Ser Lys Val Asp Gln Lys Tyr Val Leu Asn 260 265 270
Lys Gln Asp Ile Val Asn Lys Phe Lys Asn Lys Ala Asp Leu Asp Val 275 280 285
Ile Val Leu Lys Asp Ser Gly Val Val Gly Leu Gly Ser Asp Ile Thr 290 295 300
Pro Ser Asn Asn Asp Asp Gly Lys His Tyr Gly Gln Leu Gly Val val 305 310 315 320
Ala Ser Ala Leu Asp Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asp Asn Leu Lys Thr 325 330 335
Ile Asn Leu Glu Asp Leu Arg Thr Ile Leu His Glu Phe Ser His Thr 340 345 350
Lys Gly Tyr Gly His Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gln Arg Val Pro Val 355 360 365
Thr Lys Asp Gly Gln Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp 370 375 380
Sex Asp Gly Leu Pro Tyr Asn Val Cys 385 350 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:84: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 270 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (3) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...270 ) (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:84:
Met Lys Lys Phe Val Ala Leu Gly Leu Leu Ser Ala Val Leu Ser Ser 1 5 10 15
Ser Leu Leu Ala Glu Gly Asp Gly Val Tyr Ile Gly Thr Asn Tyr Gln 20 25 30
Leu Gly Gln Ala Arg Leu Asn Ser Asn Ile Tyr Asn Thr Gly Asp Cys 35 40 45
Thr Gly Ser Val Val Gly Cys Pro Pro Gly Leu Thr Ala Asn Lys His 50 55 60
Asn Pro Gly Gly Thr Asn Ile Asn Trp His Ser Lys Tyr Ala Asn Gly 65 70 75 80
Ala Leu Asn Gly Phe Gly Leu Asn Val Gly Tyr Lys Lys Phe Phe Gln " 85 90 95
Phe Lys Ser Leu Asp Met Thr Ser Lys Trp Phe Gly Phe Arg Val Tyr 100 105 110
Gly Leu Phe Asp Tyr Gly His Ala Asp Leu Gly Lys Gln Val Tyr Ala 115 120 125
Pro Asn Lys Ile Gln Leu Asp Met Val Ser Trp Gly Val Gly Ser Asp 130 135 140
Leu Leu Ala Asp Ile Ile Asp Lys Asp Asn Ala Ser Phe Gly Ile Phe 145 150 155 160
Gly Gly val Ala Ile Gly Gly Asn Thr Trp Lys Ser Ser Ala Ala Asn 165 170 175
Tyr Trp Lys Glu Gln Ile Ile Glu Ala Lys Gly Pro Asp Val Cys Thr 180 185 150
Pro Thr Tyr Cys Asn Pro Asn Ala Pro Tyr Ser Thr Asn Thr Ser Thr 195 200 205
Val Ala Phe Gln Val Trp Leu Asn Phe Gly Val Arg Ala Asn Ile Tyr 210 215 220
Lys His Asn Gly Val Glu Phe Gly val Arg Val Pro Leu Leu Ile Asn 225 230 235 240
Lys Phe Leu Ser Ala Gly Pro Asn Ala Thr Asn Leu Tyr Tyr His Leu 245 250 255
Lys Arg Asp Tyr Ser Leu Tyr Leu Gly Tyr Asn Tyr Thr Phe 260 265 270 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:85: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 140 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE:
YY¢ (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...140 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:85:
Met His Pro Ile Met Phe Ala Tyr Ile Ala Asn Ala Leu Ala Gln Ala 1 5 10 15 !
Arg Lys Ile Asn Gly Thr Leu Cys Met Ala Phe Gln Lys Ile Ser Gln 20 25 30 val Lys Glu Leu Gly Ile Asp Lys Ala Lys Ser Leu Ile Gly Asn Leu 35 40 45
Ser Gln Val Ile Ile Tyr Pro Thr Lys Asp Thr Asp Glu Leu Ile Glu 50 55 60
Cys Gly Val Pro Leu Ser Asp Ser Glu Ile Asn Phe Leu His Asn Thr 65 70 75 80
Asp Met Arg Ala Arg Gln Val Leu Val Lys Asn Ile Val Thr Asn Ala 85 90 95
Ser Ala Phe Ile Glu Ile Asp Leu Lys Lys Ile Cys Lys Asn Tyr Phe 100 105 110
Ile Phe Leu Ile Ala Met Leu Val Ile Glu Lys Ser Ser Met Ile Leu 115 120 125
Lys Lys Gln Thr Lys Lys Leu Ile Arg Lys Ser Ile 130 135 140 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:86: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 256 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...256 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:86: ’
Met Leu Gly Ser Val Lys Lys Ala Val Phe Arg Val Leu Cys Leu Gly 1 5 10 15
Ala Leu Cys Leu Cys Gly Gly Leu Met Ala Glu Gln Asp Pro Lys Glu 20 25 30
Leu Ile Phe Ser Gly Ile Thr Ile Tyr Thr Asp Lys Asn Phe Thr Arg 35 40 45
Ala Lys Lys Tyr Phe Glu Lys Ala Cys Lys Ser Asn Asp Ala Asp Gly 50 55 60
Cys Ala Ile Leu Arg Glu Val Tyr Ser Ser Gly Lys Ala Ile Ala Arg 65 70 75 80
Glu Asn Ala Arg Glu Ser Ile Glu Lys Ala Leu Glu His Thr Ala Thr 85 30 95
Ala Lys Val Cys Lys Leu Asn Asp Ala Glu Lys Cys Lys Asp Leu Ala 100 105 110
Glu Phe Tyr Phe Asn Val Asn Asp Leu Lys Asn Ala Leu Glu Tyr Tyr
115 120 125
Ser Lys Ser Cys Lys Leu Asn Asn Val Glu Gly Cys Met Leu Ser Ala 130 135 140
Thr Phe Tyr Asn Asp Met Ile Lys Gly Leu Lys Lys Asp Lys Lys Asp 5 150 155 160
Leu Glu Tyr Tyr Ser Lys Ala Cys Glu Leu Asn Asn Gly Gly Gly Cys , 165 170 175
Ser Lys Leu Gly Gly Asp Tyr Phe Phe Gly Glu Gly Val Thr Lys Asp 180 185 190 ‘
Phe Lys Lys Ala Phe Glu Tyr Ser Ala Lys Ala Cys Glu Leu Asn Asp 200 205
Ala Lys Gly Cys Tyr Ala Leu Ala Ala Phe Tyr Asn Glu Gly Lys Gly 210 215 220
Val Ala Lys Asp Glu Lys Gln Thr Thr Glu Asn Leu Glu Lys Ser Cys 15 225 230 235 240
Lys Leu Gly Leu Lys Glu Ala Cys Asp Ile Leu Lys Glu Gln Lys Gln 245 250 255 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:87: : (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 242 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...242 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:87:
Met Lys Lys Phe Phe Ser Gln Ser Leu Leu Ala Leu Ile Ile Ser Met 1 5 10 15
Asn Ala Val Ser Gly Met Asp Gly Asn Gly Val Phe Leu Gly Ala Gly 20 25 - 30
Tyr Leu Gln Gly Gln Ala Gln Met His Ala Asp Ile Asn Ser Gln Lys 35 40 45
Gln Ala Thr Asn Ala Thr Ile Lys Gly Phe Asp Ala Leu Leu Gly Tyr 60
Gln Phe Phe Phe Glu Lys His Phe Gly Leu Arg Leu Tyr Gly Phe Phe 65 70 75 80
Asp Tyr Ala His Ala Asn Ser Ile Lys Leu Lys Asn Pro Asn Tyr Asn 50 85 90 95
Ser Glu Ala Ala Gln Val Ala Ser Gln Ile Leu Gly Lys Gln Glu Ile 100 105 110
Asn Arg Leu Thr Asn Ile Ala Asp Pro Arg Thr Phe Glu Pro Asn Met 115 120 125 55 Leu Thr Tyr Gly Gly Ala Met Asp Val Met Val Asn Val Ile Asn Asn 130 135 140
Gly Ile Met Ser Leu Gly Ala Phe Gly Gly Ile Gln Leu Ala Gly Asn 145 150 155 160
Ser Trp Leu Met Ala Thr Pro Ser Phe Glu Gly Ile Leu Val Glu Gln
165 170 175
Ala Leu Val Ser Lys Lys Ala Thr Ser Phe Gln Phe Leu Phe Asn Val 180 185 130
Gly Ala Arg Leu Arg Ile Leu Lys His Ser Ser Ile Glu Ala Gly Val 195 200 205
Lys Phe Pro Met Leu Lys Lys Asn Pro Tyr Ile Thr Ala Lys Asn Leu 210 215 220
Asp Ile Gly Phe Arg Arg Val Tyr Ser Trp Tyr Val Asn Tyr Val Phe 225 230 235 240 ١
Thr Phe (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:88: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 267 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...267 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:88:
Met Asn Tyr Pro Asn Leu Pro Asn Ser Ala Leu Glu Ile Ser Glu Gln 1 5 10 15
Pro Glu Val Lys Glu Ile Thr Asn Glu Leu Leu Lys Gln Leu Gln Asn 20 25 30
Ala Leu Arg Ser Asn Ala His Phe Ser Glu Gln Val Glu Leu Ser Leu 35 40 45
Lys Cys Ile Val Arg Ile Leu Glu Val Leu Leu Ser Leu Asp Phe Phe 50 55 60
Lys Asn Ala Asn Glu Ile Asp Ser Ser Leu Arg Asn Ser Ile Glu Trp 65 70 75 80
Leu Thr Asn Ala Gly Glu Ser Leu Lys Leu Lys Met Lys Glu Tyr Glu 85 90 95
Arg Phe Phe Ser Glu Phe Asn Thr Ser Met His Ala Asn Glu Gln Glu 100 105 110
Val Thr Asn Thr Leu Asn Ala Asn Ala Glu Asn Ile Lys Ser Glu Ile 115 120 125
Lys Lys Leu Glu Asn Gln Leu Ile Glu Thr Thr Thr Arg Leu Leu Thr 130 135 140
Ser Tyr Gln Ile Phe Leu Asn Gln Ala Arg Asp Asn Ala Asn Asn Gln 145 150 155 160
Ile Thr Lys Asn Lys Thr Gln Ser Leu Glu Ala Ile Thr Gln Ala Lys 165 170 175
Asn Asn Ala Asn Asn Glu Ile Ser Asn Asn Gln Thr Gln Ala Ile Thr 180 185 190
Asn Ile Thr Glu Ala Lys Thr Asn Ala Asn Asn Glu Ile Ser Asn Asn 195 200 205
Gln Thr Gln Ala Ile Thr Asn Ile Asn Glu Ala Lys Glu Ser Ala Thr
YYV
> 210 215 220
Thr Gln Ile Asn Ala Asn Lys Gln Glu Ala Ile Asn Asn Ile Thr Gln 225 230 235 240
Glu Lys Thr Gln Ala Thr Ser Glu Ile Thr Glu Ala Lys Lys Thr Asp 245 250 255
His Tyr Gln Asn Ile Asp Phe Phe Glu Phe Glu 260 265 d (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:89: ‘ (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 544 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...544 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:89:
Val Tle Glu Thr Ile Pro Lys His Ser Lys Ile Val Leu Pro Gly Glu 1 5 10 15
Ala Phe Asp Ser Leu Lys Glu Ala Phe Asp Lys Ile Asp Pro Tyr Thr 20 25 30
Phe Phe Phe Pro Lys Phe Glu Ala Thr Ser Thr Ser Ile Ser Asp Thr 35 Asn Thr Gln Arg Val Phe Glu Thr Leu Asn Asn Ile Lys Thr Asn Leu 60
Ile Met Lys Tyr Ser Asn Glu Asn Pro Asn Asn Phe Asn Thr Cys Pro 65 70 75 80
Tyr Asn Asn Asn Gly Asn Thr Lys Asn Asp Cys Trp Gln Asn Phe Thr 40 85 90 95
Pro Gln Thr Ala Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met Ile Ala 100 105 110
Val Leu Asp Ser Gln Ser Trp Gly Asp Ala Tle Leu Asn Ala Pro Phe 115 120 125 45 Glu Phe Thr Asn Ser Ser Thr Asp Cys Asp Ser Asp Pro Ser Lys Cys 130 135 140
Val Asn Pro Gly Val Asn Gly Arg Val Asp Thr Lys Val Asp Gln Gln : 145 150 155 160
Tyr Ile Leu Asn Lys Gln Gly Ile Ile Asn Asn Phe Arg Lys Lys Ile 50 165 170 175
Glu Ile Asp Ala Val Val Leu Lys Asn Ser Gly Val val Gly Leu Ala 180 , 185 190
Asn Gly Tyr Gly Asn Asp Gly Glu Tyr Gly Thr Leu Gly Val Glu Ala 15 200 205 55 Tyr Ala Leu Asp Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asn Asp Leu Lys Thr Ile 210 215 220
Asn Leu Glu Asp Leu Arg Thr Ile Leu His Glu Phe Ser His Thr Lys 225 230 * 235 240
Gly Tyr Gly His Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gln Arg Val Pro Val Thr
YYA
245 250 255
Lys Asp Gly Gln Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp Ser 260 265 270
Asp Gly Leu Pro Tyr Asn Val Cys Ser Leu Tyr Gly Gly Ser Asn Gln 275 280 285
Pro Ala Phe Pro Ser Asn Tyr Pro Asn Ser Ile Tyr His Asn Cys Ala 290 295 300 ¢
Asp Val Pro Ala Gly Phe Leu Gly Val Thr Ala Ala 721 Trp Gln Gln 305 310 315 320 ,
Leu Ile Asn Gln Asn Ala Leu Pro Ile Asn Tyr Ala Asn Leu Gly Ser 325 330 335
Gln Thr Asn Tyr Asn Leu Asn Ala Ser Leu Asn Thr Gln Asp Leu Ala 340 345 350
Asn Ser Met Leu Ser Thr Ile Gln Lys Thr Phe Val Thr Ser Ser Val 355 360 365
Thr Asn His His Phe Ser Asn Ala Ser Gln Ser Phe Arg Ser Pro Ile 370 375 380
Leu Gly Val Asn Ala Lys Ile Gly Tyr Gln Asn Tyr Phe Asn Asp Phe 385 390 395 400
Ile Gly Leu Ala Tyr Tyr Gly Ile Ile Lys Tyr Asn Tyr Ala Lys Ala . 405 410 415
Val Asn Gln Lys Val Gln Gln Leu Ser Tyr Gly Gly Gly Ile Asp Leu 420 425 430
Leu Leu Asp Phe Ile Thr Thr Tyr Ser Asn Lys Asn Ser Pro Thr Gly 435 440 445 ْ Ile Gln Thr Lys Arg Asn Phe Ser Ser Ser Phe Gly Ile Phe Gly Gly 450 455 460
Leu Arg Gly Leu Tyr Asn Ser Tyr Tyr Val Leu Asn Lys Val Lys Gly 465 470 475 480
Ser Gly Asn Leu Asp Val Ala Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Tyr Lys His 485 490 495
Ser Lys Tyr Ser Val Gly Ile Ser Ile Pro Leu Ile Gln Arg Lys Ala 500 505 510
Ser Val val Ser Ser Gly Gly Asp Tyr Thr Asn Ser Phe Val Phe Asn 515 520 525
Glu Gly Ala Ser His Phe Lys Val Phe Phe Asn Tyr Gly Gly Cys Phe 530 535 540 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:90: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 356 amino acids (B) TYPE: amino acid 1 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_ feature (B) LOCATION 1...356 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:90:
Leu Met Lys Ser Ile Leu Leu Phe Met Ile Phe Val Val Cys Gln Leu
YYA
1 5 10 15
Glu Gly Lys Lys Phe Ser Gln Asp Asn Phe Lys Val Asp Tyr Asn Tyr 20 25 30
Tyr Leu Arg Lys Gln Asp Leu His Ile Ile Lys Thr Gln Asn Asp Leu 35 40 45
Ser Asn Ala Trp Tyr Leu Pro Pro Gln Lys Ala Pro Lys Glu His Ser 50 55 60 ١
Trp Val Asp Phe Ala Lys Lys Tyr Leu Asn Met Met Asp Tyr Leu Gly 65 70 75 80 ‘
Thr Tyr Phe Leu Pro Phe Tyr His Ser Phe Thr Pro Ile Phe Gln Trp 85 90 95
Tyr His Pro Asn Ile Asn Pro Tyr Gln Arg Asn Glu Phe Lys Phe Gln 100 105 110
Ile Ser Phe Arg Val Pro Val Phe Arg His Ile Leu Trp Thr Lys Gly 115 120 125
Thr Leu Tyr Leu Ala Tyr Thr Gln Thr Asn Trp Phe Gln Ile Tyr Asn 130 135 140
Asp Pro Gln Ser Ala Pro Met Arg Met Ile Asn Phe Met Pro Glu Leu 145 150 155 160
Ile Tyr Val Tyr Pro Ile Asn Phe Lys Pro Phe Gly Gly Lys Ile Gly 165 170 175
Asn Phe Ser Glu Ile Trp Ile Gly Trp Gln His Ile Ser Asn Gly val 180 185 130
Gly Gly Ala Gln Cys Tyr Gln Pro Phe Asn Lys Glu Gly Asn Pro Glu 195 200 205
Asn Gln Phe Pro Gly Gln Pro Val Ile val Lys Asp Tyr Asn Gly Gln 210 215 220
Lys Asp Val Arg Trp Gly Gly Cys Xaa Ser Val Xaa Xaa Gly Asn Xaa 225 230 235 240
Leu Cys Phe Val Leu Val Trp Glu Lys Gly Gly Leu Lys Ile Met Val 245 250 255
Ala Tyr Trp Pro Tyr Val Pro Tyr Asp Gln Ser Asn Pro Gln Leu Ile 260 265 270
Asp Tyr Met Gly Tyr Gly Asn Ala Lys Ile Asp Tyr Arg Arg Gly Arg 275 280 285
His His Phe Glu Leu Gln Leu Tyr Asp Ile Phe Thr Gln Tyr Trp Arg 290 295 300
Tyr Asp Arg Trp His Gly Ala Phe Arg Leu Gly Tyr Thr Tyr Arg Ile 305 310 315 320
Asn Pro Phe Val Gly Ile Tyr Ala Gln Trp Phe Asn Gly Tyr Gly Asp 325 330 335
Gly Leu Tyr Glu Tyr Asp Val Phe Ser Asn Arg Ile Gly val Gly Ile 340 345 i 350
Arg Leu Asn Pro 355 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:91: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 675 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
YY. (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...675 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:91: )
Leu Ser Lys Gly Leu Ser Ile Gly Asn Lys Ile Ile Leu Cys Val Ala 1 5 10 15 ‘
Leu Ile Val Ile Val Cys Val Ser Ile Leu Gly Val Ser Leu Asn Ser 20 25 30
Arg Val Lys Glu Ile Leu Lys Glu Ser Ala Leu His Ser Met Gln Asp 35 40 45
Ser Leu His Phe Lys Val Lys Glu Val Gln Ser val Leu Glu Asn Thr 50 55 60
Tyr Thr Ser Met Gly Ile Val Lys Glu Met Leu Pro Glu Asp Thr Lys 65 70 75 80
Arg Glu Ile Lys Ile Gln Leu Leu Lys Asn Phe Ile Leu Ala Asn Ser 85 90 95
His val Ala Gly Val Ser Met Phe Phe Lys Asp Arg Glu Asp Leu Arg 100 105 110
Leu Thr Leu Leu Arg Asp Asn Asp Thr Ile Lys Leu Met Glu Asn Pro 115 120 125
Ser Leu Gly Ser Asn Pro Leu Ala Gln Lys Ala Met Lys Asn Lys Glu 130 135 140
Ile Ser Lys Ser Leu Pro Tyr Tyr Arg Lys Met Pro Asn Gly Ala Glu 145 150 155 160
Val Tyr Gly Val Asp Ile Leu Leu Pro Leu Phe Lys Glu Asn Thr Gln 165 170 175
Glu Val Val Gly Val Leu Met Ile Phe Phe Ser Ile Asp Ser Phe Ser 180 185 1380
Asn Glu Ile Thr Lys Asn Arg Ser Asp Leu Phe Leu Ile Gly Val Lys 15 200 205
Gly Lys Val Leu Leu Ser Ala Asn Lys Ser Leu Gln Asp Lys Sex Ile 210 215 220
Thr Glu Ile Tyr Lys Ser Val Pro Lys Ala Thr Asn Glu Val Met Ala 225 230 235 240
Ile Leu Glu Asn Gly Ser Lys Ala Thr Leu Glu Tyr Leu Asp Pro Phe 245 250 255
Ser His Lys Glu Asn Phe Leu Ala Val Glu Thr Phe Lys Met Leu Gly 260 265 270
Lys Thr Glu Ser Lys Asp Asn Leu Asn Trp Met Ile Ala Leu Ile Ile 275 280 285
Glu Lys Asp Lys Val Tyr Glu Gln val Gly Ser Val Arg Phe Val val 290 295 300
Val Ala Ala Ser Ala Ile Met Val Leu Ala Leu Ile Ile Ala Ile Thr 305 310 315 320
Leu Leu Met Arg Ala Ile Val Ser Asn Arg Leu Glu Val Val Ser Ser 325 330 335
Thr Leu Ser His Phe Phe Lys Leu Leu Asn Asn Gln Ala His Ser Ser 340 345 350
Asp Ile Lys Leu Val Glu Ala Arg Ser Asn Asp Glu Leu Gly Arg Met 355 360 365
Gln Thr Ala Ile Asn Lys Asn Ile Leu Gln Thr Gln Lys Thr Met Gln 370 375 380
Glu Asp Arg Gln Ala Val Gln Asp Thr Ile Lys Val val Ser Asp Val 385 390 35 400
Lys Ala Gly Asn Phe Ala Val Arg Ile Thr Ala Glu Pro Ala Ser Pro 405 410 415
Asp Leu Lys Glu Leu Arg Asp Ala Leu Asn Gly Ile Met Asp Tyr Leu 420 425 430
Gln Glu Ser Val Gly Thr His Met Pro Ser Ile Phe Lys Ile Phe Glu 435 440 445 ser Tyr Ser Gly Leu Asp Phe Arg Gly Arg Ile Gln Asn Ala Ser Gly 450 455 460
Arg Val Glu Leu Val Thr Asn Ala Leu Gly Gln Glu Ile Gln Lys Met 465 470 475 480
Leu Glu Thr Ser Ser Asn Phe Ala Lys Asp Leu Ala Asn Asp Ser Ala 485 490 495 ‘
Asn Leu Lys Glu Cys Val Gln Asn Leu Glu Lys Ala Ser Asn Ser Gln 500 505 510
His Lys Ser Leu Met Glu Thr Ser Lys Thr Ile Glu Asn Ile Thr Thr 515 520 525 ser Ile Gln Gly Val Ser Ser Gln Ser Glu Ala Met Ile Glu Gln Gly 530 535 540
Lys Asp Ile Lys Ser Ile Val Glu Ile Ile Arg Asp Ile Ala Asp Gln 545 550 555 560
Thr Asn Leu Leu Ala Leu Asn Ala Ala Ile Glu Ala Ala Arg Ala Gly 565 570 575
Glu His Gly Arg Gly Phe Ala Val Val Ala Asp Glu Val Arg Lys Leu 580 585 590
Ala Glu Arg Thr Gln Lys Ser Leu Ser Glu Ile Glu Ala Asn Ile Asn 595 600 605
Ile Leu Val Gln Ser Ile Ser Asp Thr Ser Glu Ser Ile Lys Asn Gln 610 615 620
Val Lys Glu Val Glu Glu Ile Asn Ala Ser Ile Glu Ala Leu Arg Ser 625 630 635 640
Val Thr Glu Gly Asn Leu Lys Ile Ala Ser Asp Ser Leu Glu Ile Ser 645 650 655
Gln Glu Ile Asp Lys Val Ser Asn Asp Ile Leu Glu Asp Val Asn Lys 660 665 670
Lys Gln Phe 675 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:92: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 271 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein . (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...271 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:92:
Met Asn Ile Phe Lys Arg Ile Ile Cys Val Thr Ala Ile Val Leu Gly 1 5 10 15
Phe Phe Asn Leu Leu Asp Ala Lys His His Lys Glu Lys Lys Glu Asp 20 25 30
His Lys Ile Thr Arg Glu Leu Lys Val Gly Ala Asn Pro Val Pro His 35 40 45
Ala Gln Ile Leu Gln Ser Val Val Asp Asp Leu Lys Glu Lys Gly Ile 50 55 60
Lys Leu Val Ile Val Ser Phe Thr Asp Tyr Val Leu Pro Asn Leu Ala 65 70 75 80 :
Leu Asn Asp Gly Ser Leu Asp Ala Asn Tyr Phe Gln His Arg Pro Tyr 85 90 95
Leu Asp Arg Phe Asn Leu Asp Arg Lys Met His Leu Val Gly Leu Ala 100 105 110
Asn Ile His Val Glu Pro Leu Arg Phe Tyr Ser Gln Lys Ile Thr Asp 115 120 125
Ile Lys Asn Leu Lys Lys Gly Ser Val Ile Ala Val Pro Asn Asp Pro 130 135 140 ala asn Gln Gly Arg Ala Leu Ile Leu Leu His Lys Gln Gly Leu Ile 145 150 155 160
Ala Leu Lys Asp Pro Ser Asm Leu Tyr Ala Thr Glu Phe Asp Ile 1 165 170 175
Lys Asn Pro Tyr Asn Ile Lys Ile Lys Pro Leu Glu Ala Ala Leu Leu 180 185 190
Pro Lys Val Leu Gly Asp Val Asp Gly Ala Ile Ile Thr Gly Asn Tyr 185 200 205
Ala Leu Gln Ala Lys Leu Thr Gly Ala Leu Phe Ser Glu Asp Lys Asp 210 215 220
Ser Pro Tyr Ala Asn Leu Val Ala Ser Arg Glu Asp Asn Ala Gln Asp 225 230 235 240
Glu Ala Ile Lys Ala Leu Ile Glu Ala Leu Gln Ser Glu Lys Thr Arg 245 250 255
Lys Phe Ile Leu Asp Thr Tyr Lys Gly Ala Ile Ile Pro Ala Phe 260 265 270 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:93: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 161 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein : (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...161 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:93:
Met Phe Phe Lys Thr Tyr Gln Lys Leu Leu Gly Ala Ser Cys Leu Ala 1 5 10 15
Leu Tyr Leu val Gly Cys Gly Asn Gly Gly Gly Gly Glu Ser Pro Val 20 25 30
Glu Met Ile Ala Asn Ser Glu Gly Thr Phe Gln Ile Asp Ser Lys Ala : 35 40 45
Asp Ser Ile Thr Ile Gln Gly Val Lys Leu Asn Arg Gly Asn Cys Ala 50 55 60
الف Val Asn Phe Val Pro Val Ser Glu Thr Phe Gln Met Gly Val Leu Ser 80 75 70 65 Gln Val Thr Pro Ile Ser Ile Gln Asp Phe Lys Asp Met Ala Ser Thr 95 90 85 Tyr Lys Ile Phe Asp Gln Lys Lys Gly Leu Ala Asn Ile Ala Asn Lys 5 110 105 100 Ile Ser Gln Leu Glu Gln Lys Gly Val Met Met Glu Pro Gln Thr Leu 125 120 115 Asn Phe Gly Glu Ser Leu Lys Gly Ile Ser Gln Gly Cys Asn Ile Ile 140 135 130 10 Glu Ala Glu Ile Gln Thr Asp Lys Gly Ala Trp Thr Phe Asn Phe Asp 160 155 150 145 Lys : 15 INFORMATION FOR SEQ ID NO:94: )2( SEQUENCE CHARACTERISTICS: )1( (A) LENGTH: 337 amino acids (B) TYPE: amino acid 20 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 25 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 30 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...337 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:94: 35 Met Ile Arg Leu Lys Gly Leu Asn Lys Thr Leu Lys Thr Ser Leu Leu 10 5 1 Ala Gly Val Leu Leu Gly Ala Thr Ala Pro Leu Met Ala Lys Pro Leu 25 20 Leu Ser Asp Glu Asp Leu Leu Lys Arg Val Lys Leu His Asn Ile Lys 40 40 35 Glu Asp Thr Leu Thr Ser Cys Asn Ala Lys Val Asp Gly Ser Gln Tyr 60 - 55 50 Leu Asn Ser Gly Trp Asn Leu Ser Lys Glu Phe Pro Gln Glu Tyr Arg 80 75 70 65 45 Glu Lys Ile Phe Glu Cys Val Glu Glu Glu Lys His Lys Gln Ala Leu 95 90 85 Asn Leu Ile Asn Lys Glu Asp Thr Glu Asp Lys Glu Glu Leu Ala Lys 110 105 100 Lys Ile Lys Glu Ile Lys Glu Lys Ala Lys Val Leu Arg Gln Lys Phe 50 125 120 115 Met Ala Phe Glu Met Lys Glu His Ser Lys Glu Phe Pro Asn Lys Lys 140 135 130 Gln Leu Gln Thr Met Leu Glu Asn Ala Phe Asp Asn Gly Ala Glu Ser 160 155 150 5 55 Phe Ile Asp Asp Trp His Glu Arg Phe Gly Gly Ile Ser Arg Glu Asn 175 170 165 Thr Tyr Lys Ala Leu Gly Ile Lys Glu Tyr Ser Asp Glu Gly Lys Ile 190 188 180
Leu Ala Phe Gly Glu Arg Ser Tyr Ile Arg Gln Tyr Lys Lys Asp Phe 195 200 205
Glu Glu Ser Thr Tyr Asp Thr Arg Gln Thr Leu Ser Ala Met Ala Asn 210 215 220 3 Met Ser Gly Glu Asn Asp Tyr Lys Ile Thr Trp Leu Lys Pro Lys Tyr 225 230 235 240
Gln Leu His Ser Ser Asn Asn Ile Lys Pro Leu Met Ser Asn Thr Glu + 245 250 255
Leu Leu Asn Met Ile Glu Leu Thr Asn Ile Lys Lys Glu Tyr Val Met , 260 265 270
Gly Cys Asn Met Glu Ile Asp Gly Ser Lys Tyr Pro Ile His Lys Asp 275 280 285
Trp Gly Phe Phe Gly Lys Ala Lys Val Pro Glu Thr Trp Arg Asn Lys 230 295 300
Ile Trp Glu Cys Ile Lys Asn Lys Val Lys Ser Tyr Asp Asn Thr Thr 305 310 315 320
Ala Glu Ile Gly Ile Val Trp Lys Lys Asn Thr Tyr Ser Ile Ser His 325 330 335
His (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:95: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 416 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...416 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:95:
Met Lys Lys Leu Val Phe Ser Met Leu Leu Cys Cys Lys Ser Val Phe 1 5 10 - 15
Ala Glu Gly Glu Thr Pro Leu Ile Val Asn Asp Pro Glu Thr His Val 20 25 30
Ser Gln Ala Thr Ile Ile Gly Lys Met Val Asp Ser Ile Lys Arg Tyr 35 40 45
Glu Glu Ile Ile Ser Lys Ala Gln Ala Gln Val Asn Gln Leu Gln Lys 60 50 val asn asn Met Ile Asn Thr Thr Asn Ser Leu Ile Ser Ser Ser Ala 65 70 - 75 80
Ile Thr Leu Ala Asn Pro Met Gln Val Leu Gln Asn Ala Gln Tyr Gln 85 90 95
Ile Glu Ser Ile Arg Tyr Asn Tyr Glu Asn Leu Lys Gln Ser Ile Glu 35 100 105 110
Asn Trp Asn Ala Gln Asn Leu Leu Arg Asn Lys Tyr Leu Gln Gln Gln 115 120 125
Cys Pro Trp Leu Asn Val Asn Ala Leu Thr Asn Asn Lys Ile val Asn 130 135 140
"9ص Leu Lys Asp Leu Asn Asn Leu Ile Thr Lys Asn Gly Glu Gln Thr Gln 160 155 150 145 Thr Ala Arg Asp Val Gln Asn Leu Ile Gln Ser Ile Ser Gly Ser Gly 175 170 165 Tyr Gly Asn Met Gln Ser Leu Ala Gly Glu Leu Ser Gly Arg Ala Trp 5 190 185 180 Gly Glu Met Leu Cys Lys Met Val Asn Asp Ser Asn Tyr Glu Ser Glu ° 205 200 195 Gln Ala Leu Leu Ala Thr Gly Asn Asn Pro Glu Glu Gln Lys Arg Arg | 220 215 210 10 : Phe Leu Leu Arg Val Lys Lys Lys Val Asn Asp Asn Lys Gln Leu Lys 240 235 230 225 Asp Lys Leu Asp Pro Phe Leu Lys Arg Leu Asp Val Leu Gln Thr Glu 255 250 245 phe Gly Val Thr Asp Pro Thr Ala Asn His Asn Lys Gln Gly Ile His 15 270 265 260 Tyr Cys Thr Glu Asn Lys Glu Thr Gly Lys Cys Asp Pro Ile Lys Asn 285 280 275 Val Phe Arg Thr Thr Arg Leu Asp Asn Glu Leu Glu Gln Glu Ile Gln 300 295 290 20 Thr Leu Thr Leu Asp Leu Ile Lys Ala Ser Asn Lys Asp Ala Gln Ser 320 315 310 305 Gln Ala Tyr Ala Asn Phe Asn Gln Arg Ile Lys Leu Leu Thr Leu Lys 335 330 325 Tyr Leu Lys Glu Ile Thr Asn Gln Met Leu Phe Leu Asn Gln Thr Met 25 350 345 340 Ala Met Gln Ser Glu Ile Met Thr Asp Asp Tyr Phe Arg Gln Asn Asn 365 360 355 Asp Gly Phe Gly Glu Lys Glu Asn His Ile Asp Lys Gln Leu Thr Gln 380 375 370 30 Lys Arg Ile Asn Glu Arg Glu Arg Ala Arg Ile Tyr Phe Gln Asn Pro 400 395 390 385 Asn Val Lys Phe Asp Gln Phe Gly Phe Pro Ile Phe Ser Ile Trp Asp 415 410 405 35 INFORMATION FOR SEQ ID NO:96: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 376 amino acids (B) TYPE: aminc acid 40 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein ’ (iii) HYPOTHETICAL: YES 45 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 50 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...376 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:96: 55 Val Asn Lys Trp Ile Lys Gly Ala val Val Phe Val Gly Gly Phe Ala 10 5 1 Thr Ile Thr Thr Phe Ser Leu Ile Tyr His Gln Lys Pro Lys Ala Pro 25 20
Leu Asn Asn Gln Pro Ser Leu Leu Asn Asp Asp Glu Val Lys Tyr Pro 35 40 45
Leu Gln Asp Tyr Thr Phe Thr Gln Asn Pro Gln Pro Thr Asn Thr Glu 50 55 60
Ser Ser Lys Asp Ala Thr Ile Lys Ala Leu Gln Glu Gln Leu Lys Ala 65 70 75 go +؛ 2la Leu Lys Ala Leu Asn Ser Lys Glu Met Asn Tyr Ser Lys Glu Glu 85 90 95
Thr Phe Thr Ser Pro Pro Met Asp Pro Lys Thr Thr Pro Pro Lys Lys ‘ 100 105 110
Asp Phe Ser Pro Lys Gln Leu Asp Leu Leu Ala Ser Arg Ile Thr Pro 115 120 125
Phe Lys Gln Ser Pro Lys Asn Tyr Glu Glu Asn Leu Ile Phe Pro Val 130 135 140
Asp Asn Pro Asn Gly Ile Asp Ser Phe Thr Asn Leu Lys Glu Lys Asp 145 150 155 160
Ile Ala Thr Asn Glu Asn Lys Leu Leu Arg Thr Ile Thr Ala Asp Lys 165 170 175
Met Ile Pro Ala Phe Leu Ile Thr Pro Ile Ser Ser Gln Ile Ala Gly 180 185 190
Lys Val Ile Ala Gln Val Glu Ser Asp Ile Phe Ala Ser Met Gly Lys 195 200 205
Ala Val Leu Ile Pro Lys Gly Ser Lys Val Ile Gly Tyr Tyr Ser Asn 210 215 220
Asn Asn Lys Met Gly Glu Tyr Arg Leu Asp Ile Val Trp Ser Arg Ile 225 230 235 240
Ile Thr Pro His Gly Ile Asn Ile Met Leu Thr Asn Ala Lys Gly Ala 245 250 255
Asp Ile Lys Gly Tyr Asn Gly Leu Val Gly Glu Leu Ile Glu Arg Asn 260 265 270
Phe Gln Arg Tyr Gly Val Pro Leu Leu Leu Ser Thr Leu Thr Asn Gly 275 280 285
Leu Leu Ile Gly Ile Thr Ser Ala Leu Asn Asn Arg Gly Asn Lys Glu 20 255 300
Glu Val Thr Asn Phe Phe Gly Asp Tyr Leu Leu Leu Gln Leu Met Arg 305 310 315 320
Gln Ser Gly Met Gly Ile Asn Gln Val Val Asn Gln Ile Leu Arg Asp 325 330 335
Lys Ser Lys Ile Ala Pro Ile Val val Ile Arg Glu Gly Ser Arg Val 340 345 350
Phe Ile Ser Pro Asn Thr Asp Ile Phe Phe Pro Ile Pro Arg Glu Asn 355 360 : 365
Glu Val Ile Ala Glu Phe Leu Lys 370 375 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:97: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 916 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
- (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1. . .6 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:97:
Val Asp Leu Arg Ile Gln Ser Lys Glu Val Ser His Asn Leu Lys Glu 1 5 10 : 15
Leu Ser Lys Thr Leu Ile Ser Tyr Pro Phe Glu Lys His Val Glu Ala ‘ 20 25 30
Leu Gly Glu Gln Cys Ser Asn Phe Val Ser Ile Pro Ile Asn Asn Asp 35 40 45
Asp Tyr Ser Asn Ile Cys Thr Phe Val Ser Asp Phe Ile Asn Leu Ile 50 55 60
Ala Ser Tyr Asn Leu Leu Glu Ser Phe Leu Asp Phe Tyr Lys Asp Lys 65 70 75 80
Leu Lys Leu Ser Glu Leu Val Thr Glu Tyr Ala Asn Val Thr Asn Asn 85 90 95
Leu Leu Phe Lys Lys Leu Ile Lys His Leu Ser Gly Asn Asn Gln Leu 100 105 110
Val Lys Asn Phe Tyr Gln Cys Ile Arg Glu Ile Ile Lys Tyr Asn Ala 115 120 125
Pro Asn Lys Glu Tyr Lys Pro Asn Gln Phe Phe Ile Ile Gly Lys Gly 130 13S 140
Lys Gln Lys Gln Leu Ala Lys Ile Tyr Ser His Leu Lys Glu Leu Ser 145 150 155 160
Ala Ser Glu Ile Lys Pro Gln Asp Met Glu Asp Ile Leu Lys Lys Leu 165 170 175
Glu Glu Leu Asp Lys Ile Phe Lys Thr Thr Asp Phe Thr Lys Phe Thr 180 185 190
Pro Lys Thr Glu Ile Lys Asp Ile Ile Lys Glu Ile Asp Glu Lys Tyr 195 200 205
Pro Ile Asn Glu Asn Phe Lys Arg Gln Phe Asn Glu Phe Glu Ser Asn 210 215 220
Ile Glu Lys His Asp Glu Ile Lys Lys Asp Phe Glu Arg Asn Lys Glu 225 230 235 240 : Ser Leu Ile Arg Glu Ile Glu Asn His Cys Lys Asn Glu Cys Asn Ser 245 250 255
Glu Glu Glu Pro Glu Tyr Lys Ile Asn Asp Leu Leu Lys Asn Ile Gln 260 265 270
Gin Ile Cys Lys Asn Tyr Ile Glu Ser His Ala Val Asn Asp val Ser 275 280 - 285
Lys Asp Ile Lys Ser Met Met Cys Gln Phe Tyr Leu Lys Gln Ile Asp 290 285 300
Leu Leu Val Asn Ser Glu Ile val Arg Tyr Arg Tyr Ser Asn Leu Phe 305 310 315 320
Glu Pro Ile Gln Arg Ser Leu Trp Glu Ser Ile Lys Ile Leu Asp Asn 325 330 335
Glu Ser Gly Ile Tyr Leu Phe Pro Lys Asn Ile Gly Glu Ile Lys Asp 340 345 350
Lys Phe Glu Ala Asn Lys Glu Lys Phe Lys Gln Ser Lys Asn Val Ser 355 360 365
Glu Phe Ala Glu Tyr Cys Arg Glu Cys Asn Pro Tyr Thr Ala Phe Asn 370 375 380
Phe His Leu Asn Ile Asn Asn Gly Leu Ser His Gln Phe Glu Lys Phe 385 390 395 400
Val Pro Ile Met Lys Glu Tyr Lys Glu Pro Lys Ile Thr Asp Asn Asp 405 410 415
Leu Glu Ala Ile Ser Thr Lys Glu Thr Gly Leu Ala Ser Gln Leu Ser
YYA
420 425 430
Gly His Trp Phe Phe Gln Leu Ser Leu Phe Asn Lys Thr Asn Phe Asn 435 440 445
Pro Asn Lys Ile Trp Ile Pro Leu Glu Phe Asn Lys Arg Ser Lys Ile 450 455 460
Lys Phe Asp Lys Asp Leu Glu Ile Tyr Phe Asp Ser His Glu Ser Phe + 465 470 475 480
Asn Ile Ser Lys Lys Tyr Leu Gln Glu Ile Asp Gln Glu Ser Leu Lys 485 4380 495 ,
Lys Ile Lys Gln Ser Lys Asp Phe Phe Ser Ile Gln Lys Ile Glu Ser 500 505 510
Lys His Asp Asn Asn Asp Ile Leu Gln Leu Glu Phe Phe Glu Asn Asp 515 520 525
Thr Ser Phe Leu Phe Ala Lys Gly Ser Phe Ala Glu Ile Leu Glu Tyr 530 535 540
Asn Met Gln Leu Lys Ile Asp Ser Leu Ile Thr Lys Glu Phe Asn Lys 545 550 555 560
Leu Leu Ala Ile Val Gln Asp Ser Pro Gln Asp Ser Tyr Gln Leu Lys 565 570 575
Ile Arg Val Arg His Asn Asn Lys Leu Pro Arg Glu Lys Tyr Thr Glu 580 585 590
His Glu Ile Lys Leu Glu Val Tyr Asp Cys Arg Lys Ser His Asp His 555 600 605
Asn Glu Pro Ile Ile Leu Ser Gln Gln Ser Thr Gly Phe Gln Trp Ala 610 615 620
Phe Asn Phe Met Phe Gly Phe Leu Tyr Asn Val Gly Ser His Phe Ser 625 630 635 60
Phe Asn His Asn Ile Ile Tyr Val Met Asp Glu Pro Ala Thr His Leu 645 650 655
Ser Val Pro Ala Arg Lys Glu Phe Arg Lys Phe Leu Lys Glu Tyr Ala 660 665 670
His Lys Asn His Val Thr Phe Val Leu Ala Thr His Asp Pro Phe Leu 675 680 685
Val Asp Thr Asp His Leu Asp Glu Ile Arg Ile val Glu Lys Glu Thr 690 695 700
Glu Gly Ser val Ile Lys Asn His Phe Asn Tyr Pro Leu Asn Asn Ala 705 710 718 720
Ser Lys Asp Ser Asp Ala Leu Asp Lys Ile Lys Arg Ser Leu Gly Val 725 730 735
Gly Gln His val Phe His Asn Pro Gln Lys His Arg Ile Ile Phe Val 740 745 750
Glu Gly Ile Thr Asp Tyr Cys Tyr Leu Ser Ala Phe Lys Leu Tyr Leu 755 760 765
Arg Tyr Lys Glu Tyr Lys Asp Asn Pro Ile Pro Phe Thr Phe Leu Pro 770 775 780
Ile Ser Gly Leu Lys Asn Asp Ser Asn Asp Met Lys Glu Thr Ile Glu 785 7380 785 800
Lys Leu Cys Glu Leu Asp Asn His Pro Ile Val Leu Thr Asp Asp Asp 805 810 815
Arg Lys Cys Val Phe Asn Gln Gln Ala Thr Ser Glu Arg Phe Lys Arg 820 825 830
Ala Asn Glu Glu Met His Asp Pro Ile Thr Ile Leu Gln Leu Ser Asp 835 840 845
Cys Asp Arg His Phe Lys Gln Ile Glu Asp Cys Phe Ser Ala Asn Asp 850 855 860
Arg Asn Lys Tyr Ala Lys Asn Lys Gln Met Glu Leu Ser Met Ala Phe 865 870 875 880
Lys Thr Arg Leu Leu Tyr Gly Gly Glu Asp Ala Ile Glu Lys Gln Thr 885 890 895
فا Lys Arg Asn Phe Leu Lys Leu Phe Lys Trp Ile Ala Trp Ala Thr Asn S00 905 910 Leu Ile Lys Asn 915
ل INFORMATION FOR SEQ ID NO:98: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 176 amino acids . (B) TYPE: amino acid 10 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 15 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 20 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...176 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:98: 25 Met Thr Ala Met Met Arg Tyr Phe His Ile Tyr Ala Thr Thr Phe Phe 10 5 1 Phe Pro Leu Ala Leu Leu Phe Ala Val Ser Gly Leu Ser Leu Leu Phe 25 20 Lys Ala Arg Gln Asp Thr Gly Ala Lys Ile Lys Glu Trp Val Leu Glu 30 40 35 Lys Ser Leu Lys Lys Glu Glu Arg Leu Asp Phe Leu Lys Gly Phe Ile 60 55 50 Lys Glu Asn His Ile Ala Met Pro Lys Lys Ile Glu Pro Arg Glu Tyr es 70 75 80 35 Arg Gly Ala Leu Val Ile Gly Thr Pro Leu Tyr Glu Ile Asn Leu Glu 95 90 85 Thr Lys Gly Thr Gln Thr Lys Ile Lys Thr Ile Glu Arg Gly Phe Leu 110 105 100 Gly Ala Leu Ile Met Leu His Lys Ala Lys Val Gly Ile Val Phe Gln 40 125 120 115 Ala Leu Leu Gly Ile Phe Cys Val Phe Leu Leu Leu Phe Tyr Leu Ser 140 135 130 Ala Phe Leu Met Val Ala Phe Lys Asp Thr Lys Arg Met Phe Ile Ser 14s 150 155 160 45 Val Leu Ile Gly Ser Val Val Phe Phe Gly Ala Ile Tyr Trp Ser Leu 175 170 165 .NFORMATION FOR SEQ ID NO:99: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 222 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear
(ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES
9 ~ (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...222 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:99:
Met Phe Lys Asn Ala Leu Asn Ile Gln Asp Phe Ser Phe Lys Asn His 1 5 10 15
Thr Ser Thr Ala Ile Ile Gly Thr Asn Gly Ala Gly Lys Ser Thr Leu 20 25 30
Ile Asn Thr Ile Leu Gly Ile Arg Ser Asp Tyr Asn Phe Lys Ala Gln 35 40 45
Asn Asn Asn Ile Pro Tyr His Asp Asn Val Ile Pro Gln Arg Lys Gln 50 55 60
Leu Gly Val Val Ser Asn Leu Phe Asn Tyr Pro Pro Gly Leu Asn Ala 65 70 75 80
Asn Asp Leu Phe Lys Phe Tyr Gln Phe Phe His Lys Asn Cys Thr Leu 85 30 95
Asp Leu Phe Glu Lys Asn Leu Leu Asn Lys Thr Tyr Glu His Leu Ser 100 105 110
Asp Gly Gln Lys Gln Arg Leu Lys Ile Asp Leu Ala Leu Ser His His 115 120 125
Pro Gln Leu Val Ile Met Asp Glu Pro Glu Thr Ser Leu Glu Gln Asn 130 135 140
Ala Leu Ile Arg Leu Ser Asn Leu Ile Ser Leu Arg Asn Thr Gln Gln 145 150 155 160
Leu Thr Ser Ile Ile Ala Thr His Asp Pro Ile Val Leu Asp Ser Cys 165 170 175
Glu Trp Val Leu Leu Leu Lys Asn Gly Asn Ile Ala Gln Tyr Lys Pro 180 185 190
Leu Asn Ser Ile Leu Lys Ser Val Ala Lys Thr Phe Asn Phe Lys Glu 195 200 205
Lys Pro Thr Thr Lys Asp Leu Leu Ala Leu Leu Lys Asp Ile 210 215 220 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:100: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 406 amino acids (B) TYPE: amino acid : (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...406 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:100:
Met Tyr Ala Ala His Pro Ile Lys Pro Ile Lys Ala Pro Lys Leu Lys
YEN
1 5 10 15
Ser Gln Phe Leu Arg Arg Val Phe Val Gly Ala Ser Ile Arg Arg Trp 20 25 30
Asn Asp Gln Ala Cys Pro Leu Glu Phe Val Glu Leu Asp Lys Gln Ala 35 40 45
His Lys Ala Met Ile Ala Tyr Leu Leu Ala Lys Asp Leu Lys Asp Arg 50 55 60 ٠
Gly Lys Asp Leu Asp Leu Asp Leu Leu Ile Lys Tyr Phe Cys Phe Glu 65 70 75 80
Phe Leu Glu Arg Leu Val Leu Thr Asp Ile Lys Pro Pro Ile Phe Tyr 85 90 95
Ala Leu Gln Gln Thr His Ser Lys Glu Leu Ala Ser Tyr Val Ala Gin 100 105 110
Ser Leu Gln Asp Glu Ile Ser Ala Tyr Phe Ser Leu Glu Glu Leu Lys 115 120 125
Glu Tyr Leu Ser His Arg Pro Gln Ile Leu Glu Thr Gln Ile Leu Glu 130 135 140
Ser Ala His Phe Tyr Ala Ser Lys Trp Glu Phe Asp Ile Ile Tyr His 145 150 155 160
Phe Asn Pro Asn Met Tyr Gly Val Lys Glu Ile Lys Asp Lys Ile Asp 165 170 175
Lys Gln Leu His Asn Asn Asp His Leu Phe Glu Gly Leu Phe Gly Glu 180 185 190
Lys Glu Asp Leu Lys Lys Leu Val Ser Met Phe Gly Gln Leu Arg Phe 195 200 205
Gln Lys Arg Trp Ser Gln Thr Pro Arg Val Pro Gln Thr Ser Val Leu 210 215 220
Gly His Thr Leu Cys Val Ala Ile Met Gly Tyr Leu Leu Ser Phe Asp 225 230 235 240
Leu Lys Ala Cys Lys Ser Met Arg Ile Asn His Phe Leu Gly Gly Leu 245 250 255
Phe His Asp Leu Pro Glu Ile Leu Thr Arg Asp Ile Ile Thr Pro Ile 260 265 270
Lys Gln Ser Val Ala Gly Leu Asp His Cys Ile Lys Glu Ile Glu Lys 275 280 285
Lys Glu Met Gln Asn Lys Val Tyr Ser Phe Val Ser Leu Gly Val Gln 290 295 300
Glu Asp Leu Lys Tyr Phe Thr Glu Asn Glu Phe Lys Asn Arg Tyr Lys 305 310 315 320
Asp Lys Ser His Gln Ile Val Phe Thr Lys Asp Ala Glu Glu Leu Phe 325 330 335
Thr Leu Tyr Asn Ser Asp Glu Tyr Leu Gly Val Cys Gly Glu Leu Leu 340 345 ’ 350
Lys Val Cys Asp His Leu Ser Ala Phe Leu Glu Ala Gln Ile Ser Leu 355 360 365
Ser His Gly Ile Ser Ser Tyr Asp Leu Ile Gln Gly Ala Lys Asn Leu 370 375 380
Leu Glu Leu Arg Ser Gln Thr Glu Leu Leu Asp Leu Asp Leu Gly Lys 385 390 395 400
Leu Phe Arg Asp Phe Lys 405 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:101: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 335 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear
رد (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: 5 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori , (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature ‘ (B) LOCATION 1...335 10 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:101: Val Leu Trp Val Leu Tyr Phe Leu Thr Ser Leu Phe Ile Cys Ser Leu 10 5 1 15 Ile Val Leu Trp Ser Lys Lys Ser Met Leu Phe Val Asp Asn Ala Asn 25 20 Lys Ile Gln Gly Phe His His Ala Arg Thr Pro Arg Ala Gly Gly Leu 40 35 Gly Ile Phe Leu Ser Phe Ala Leu Ala Cys Tyr Leu Glu Pro Phe Glu 20 60 55 50 Met Pro Phe Lys Gly Pro Phe Val Phe Leu Gly Leu Ser Leu Val Phe 80 75 70 65 Leu Ser Gly Phe Leu Glu Asp Ile Asn Leu Ser Leu Ser Pro Lys Ile 95 90 85 25 Arg Leu Ile Leu Gln Ala Val Gly Val val Cys Ile Ile Ser Ser Thr 110 105 100 Pro Leu Val Val Ser Asp Phe Ser Pro Leu Phe Ser Leu Pro Tyr Phe 125 120 115 Ile Ala Phe Leu Phe Ala Ile Phe Met Leu Val Gly Ile Ser Asn Ala 30 140 135 130 Ile Asn Ile Ile Asp Gly Phe Asn Gly Leu Ala Ser Gly Ile Cys Ala 160 155 150 145 Ile Ala Leu Leu Val Ile His Tyr Ile Asp Pro Ser Ser Leu Ser Cys 175 170 165 35 Leu Leu Ala Tyr Met Val Leu Gly Phe Met Val Leu Asn Phe Pro Ser 190 185 180 Gly Lys Ile Phe Leu Gly Asp Gly Gly Ala Tyr Phe Leu Gly Leu Val 205 200 195 Cys Gly Ile Ser Leu Leu His Leu Ser Leu Glu Gln Lys Ile Ser 1 40 220 215 210 Phe Phe Gly Leu Asn Leu Met Leu Tyr Pro Val Ile Glu Val Leu Phe 240 235 230 225 Ser Ile Leu Arg Arg Lys Ile Lys Arg Gln Lys Ala Thr Met Pro Asp 255 250 245 45 Asn Leu His Leu His Thr Leu Leu Phe Lys Phe Leu Gln Gln Arg Ser 270 265 260 Phe Asn Tyr Pro Asn Pro Leu Cys Ala Phe Ile Leu Ile Leu Cys Asn 285 280 275 Leu Pro Phe Ile Leu Ile Ser Val Leu Phe Arg Leu Asp Ala Tyr Ala 50 300 285 290 Leu Ile Val Ile Ser Leu Val Phe Ile Ala Cys Tyr Leu Ile Gly Tyr 320 315 310 305 Ala Tyr Leu Asn Arg Gln Val Cys Ala Leu Glu Lys Arg Ala Phe 335 330 325 55 INFORMATION FOR SEQ ID NO:102: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: yey
N
(A) LENGTH: 96 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES i (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori ١ (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...96 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:102:
Met Lys Lys Val Ile Val Ala Leu Gly Val Leu Ala Phe Ala Asn Val 1 5 10 15
Leu Met Ala Thr Asp Val Lys Ala Leu Val Lys Gly Cys Ala Ala Cys 20 25 30
His Gly Val Lys Phe Glu Lys Lys Ala Leu Gly Lys Ser Lys Ile Val 35 40 45
Asn Met Met Ser Glu Lys Glu Ile Glu Glu Asp Leu Met Ala Phe Lys 50 55 60
Ser Gly Ala Asn Lys Asn Pro Val Met Thr Ala Gln Ala Lys Lys Leu 65 70 75 80
Ser Asp Glu Asp Ile Lys Ala Leu Ala Lys Tyr Ile Pro Thr Leu Lys 85 90 95 )2( INFORMATION FOR SEQ ID NO:103: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 156 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...156 (x1) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:103:
Met Arg Asp Phe Asn Asn Ile Gln Ile Thr Arg Leu Lys Val Arg Gln 1 5 10 15
Asn Ala Val Phe Glu Lys Leu Asp Leu Glu Phe Lys Asp Gly Leu Ser : 20 25 30
Ala Ile ser Gly Ala Ser Gly val Gly Lys Ser Val Leu Ile Ala Ser 35 40 45
Leu Leu Gly Ala Phe Gly Leu Lys Glu Ser Asn Ala Ser Asn Ile Glu 50 55 60
Val Glu Leu Ile Ala Pro Phe Leu Asp Thr Glu Glu Tyr Gly Ile Phe
ىم 80 75 70 65 Arg Glu Asp Glu His Glu Pro Leu Val Ile Ser Val Ile Lys Lys Glu 95 90 85 Lys Thr Arg Tyr Phe Leu Asn Gln Thr Ser Leu Ser Lys Asn Thr Leu 110 105 100 5 Lys Ala Leu Leu Lys Gly Leu Ile Lys Arg Leu Ser Asn Asp Arg Phe 125 120 115 Ser Gln Asn Glu Leu Asn Asp Ile Leu Met Leu Ser Leu Leu Asp Gly ‘ 140 135 130 Tyr Ile Gln Asn Lys Asn Arg Arg Leu Ala Pro Phe 10 ١ 150 155 145 INFORMATION FOR SEQ ID NO:104: (2) (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: 15 (A) LENGTH: 118 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein 20 (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori 25 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...118 30 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:104: Val Met Leu Met Ala Ile Phe Thr Pro Tyr Ile Leu Ile Leu Lys Met 10 5 1 Met Lys Lys Ser Met Ser Leu Phe Ala Asn Met Gly Leu Glu Gln Ile 35 25 20 Phe Cys Asn Arg Asp Ile Lys Asp Leu Asn Asp Phe Val Phe Gly Ile 40 35 Glu Val Gly Leu Asp Ser Asn Ala Arg Lys Asn Arg Ser Arg Lys Ala 60 55 50 40 Met Glu Asn His Leu Ile Gly Leu Phe Val Gln Ala Gln Leu Asn Phe 80 75 70 65 Lys Glu Gln Val Asp Ile Arg Glu Phe Glu Asp Leu Arg Gln Ala Phe 95 90 85 Gly Asn Asp Thr Lys Lys Phe Asp Phe Val Ile Phe Ser Lys Glu Lys 45 110 105 100 Thr Tyr Phe His Arg Ser 115 INFORMATION FOR SEQ ID NO:105: )2( 50 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 355 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 55 (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature : (B) LOCATION 1...355 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:105: .
Met Asn Ile Lys Ile Leu Lys Ile Leu Val Gly Gly Leu Phe Phe Leu 1 5 10 15
Ser Leu Asn Ala His Leu Trp Gly Lys Gln Asp Asn Ser Phe Leu Gly 20 25 30
Ile Gly Glu Arg Ala Tyr Lys Ser Gly Asn Tyr Ser Lys Ala Ala Ser 35 40 45
Tyr Phe Lys Lys Ala Cys Asn Asp Gly Val Ser Glu Gly Cys Thr Gln 50 55 60
Leu Gly Ile Ile Tyr Glu Asn Gly Gln Gly Thr Arg Ile Asp Tyr Lys 5 70 75 80
Lys Ala Leu Glu Tyr Tyr Lys Thr Ala Cys Gln Ala Asp Asp Arg Glu 85 90 95
Gly Cys Phe Gly Leu Gly Gly Leu Tyr Asp Glu Gly Leu Gly Thr Ala 100 105 110 ©ln Asn Tyr Gln Glu Ala Ile Asp Ala Tyr Ala Lys Ala Cys Val Leu 115 120 125
Lys His Pro Glu Ser Cys Tyr Asn Leu Gly Ile Ile Tyr Asp Arg Lys 130 135 140
Ile Lys Gly Asn Ala Ala Gln Ala val Thr Tyr Tyr Gln Lys Ser Cys 5 150 155 160
Asn Phe Asp Met Ala Lys Gly Cys Tyr Ile Leu Gly Thr Ala Tyr Glu 165 170 175
Lys Gly Phe Leu Glu Val Lys Gln Ser Asn His Lys Ala Val Ile Tyr 180 185 190
Tyr Leu Lys Ala Cys Arg Leu Asn Glu Gly Gln Ala Cys Arg Ala Leu 195 200 205
Gly Ser Leu Phe Glu Asn Gly Asp Ala Gly Leu Asp Glu Asp Phe Glu 210 215 220
Val Ala Phe Asp Tyr Leu Gln Lys Ala Cys Ala Leu Asn Asn Ser Gly 22s 230 235 240
Gly Cys Ala Ser Leu Gly Ser Met Tyr Met Leu Gly Arg Tyr Val Lys . 245 250 - 255
Lys Asp Pro Gln Lys Ala Phe Asn Tyr Phe Lys Gln Ala Cys Asp Met 260 265 270
Gly Ser Ala Val Ser Cys Ser Arg Met Gly Phe Met Tyr Ser Gln Gly 275 280 285
Asp Thr Val Ser Lys Asp Leu Arg Lys Ala Leu Asp Asn Tyr Glu Arg 250 295 300
Gly Cys Asp Met Gly Asp Glu Val Gly Cys Phe Ala Leu Ala Gly Met 5 310 315 320
Tyr Tyr Asn Met Lys Asp Lys Glu Asn Ala Ile Met Ile Tyr Asp Lys 325 330 335
Gly Cys Lys Leu Gly Met Lys Gln Ala Cys Glu Asn Leu Thr Lys Leu 340 345 350 arg Gly Tyr 355 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:106:
Yen : (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 193 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: ‘ (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature {B) LOCATION 1...193 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:106:
Met Lys Glu Lys Asn Phe Trp Pro Leu Gly Ile Met Ser Val Leu Ile 1 5 10 15
Phe Gly Leu Gly Ile Val Val Phe Leu Val Val Phe Ala Leu Lys Asn 20 25 30
Ser Pro Lys Asn Asp Leu Val Tyr Phe Lys Gly His Asn Glu Val Asp 35 40 45
Leu Asn Phe Asn Ala Met Leu Lys Thr Tyr Glu Asn Phe Lys Ser Asn 50 55 60 -
Tyr Arg Phe Ser Val Gly Leu Lys Pro Leu Thr Glu Ser Pro Lys Thr 65 70 75 80
Pro Ile Leu Pro Tyr Phe Ser Lys Gly Thr His Gly Asp Lys Lys Ile 85 90 95
Gln Glu Asn Leu Leu Asn Asn Ala Leu Ile Leu Glu Lys Ser Asn Thr 100 105 110
Leu Tyr Ala Gln Leu Gln Pro Leu Lys Pro Ala Leu Asp Ser Pro Asn 115 120 125
Ile Gln Val Tyr Leu Ala Phe Tyr Pro Ser Gln Ser Gln Pro Arg Leu 130 135 140
Leu Gly Thr Leu Asp Cys Lys Asn Ala Cys Glu Pro Leu Lys Phe Asp 145 150 155 160
Leu Leu Glu Gly Asp Lys Val Gly Arg Tyr Lys Ile Leu Phe Lys Phe 165 170 15
Val Phe Lys Asn Lys Glu Glu Leu Ile Leu Glu Gln Leu Ala Phe Phe 180 185 130
Lys (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:107: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 289 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
يد (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (BR) LOCATION 1...289 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:107: 5 Leu Gly Ile Asn Met Cys Ser Lys Lys Ile Arg Asn Leu Ile Leu Cys ’ 15 10 5 1 Phe Gly Phe Ile Leu Ser Leu Cys Ala Glu Glu Asn Ile Thr Lys Glu ' 30 25 20 10 Asn Met Thr Glu Thr Asn Thr Thr Glu Glu Asn Thr Pro Lys Asp Ala 40 35 pro Ile Leu Leu Glu Glu Lys Arg Ala Gln Thr Leu Glu Leu Lys Glu 60 55 50 Glu Asn Glu val Ala Lys Lys Ile Asp Glu Lys Ser Leu Leu Glu Glu 15 80 175 70 65 Ile His Lys Lys Lys Arg Gln Leu Tyr Met Leu Lys Gly Glu Leu His 95 90 85 Glu Lys Asn Glu Ser Ile Leu Phe Gln Gln Met Ala Lys Asn Lys Ser 110 105 100 20 Gly Phe Phe Ile Gly Val Ile Leu Gly Asp Ile Gly Ile Asn Ala Asn 125 120 115 Pro Tyr Glu Lys Phe Glu Leu Leu Ser Asn Ile Gln Ala Ser Pro Leu 140 135 130 Leu Tyr Gly Leu Arg Ser Gly Tyr Gln Lys Tyr Phe Ala Asn Gly Ile 25 160 155 150 145 Ser Ala Leu Arg Phe Tyr Gly Glu Tyr Leu Gly Gly Ala Met Lys Gly 175 170 165 Phe Lys Ser Asp Ser Leu Ala Ser Tyr Gln Thr Ala Ser Leu Asn Ile 190 185 180 30 Asp Leu Leu Met Asp Lys Pro Ile Asp Lys Glu Lys Arg Phe Ala Leu 205 200 185 Gly Ile Phe Gly Gly Val Gly Val Gly Trp Asn Gly Met Tyr Gln Asn 220 215 210 Leu Lys Glu Ile Arg Gly Tyr Ser Gln Pro Asn Ala Phe Gly Leu Val 35 240 235 230 - 225 Leu Asn Leu Gly Val Ser Met Thr Leu Asn Leu Lys His Arg Phe Glu 255 250 245 Leu Ala Leu Lys Met Pro Pro Leu Lys Glu Thr Ser Gln Thr Phe Leu 270 265 260 40 Tyr Tyr Phe Lys Ser Thr Asn Ile Tyr Tyr Ile Ser Tyr Asn Tyr Leu 285 280 275 Leu - 45 INFORMATION FOR SEQ ID NO:108: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 668 amino acids (B) TYPE: amino acid 50 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 35 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
YEA
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...668 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:108:
Met Arg Lys Leu Phe Ile Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala 1 5 10 15 ل Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe Ile Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu 20 25 30
Leu Glu Gly Thr Gln Thr Gln Glu Lys Arg His Thr Thr Thr Lys Asn 35 40 45
Thr Tyr Ala Thr Tyr Asn Tyr Leu Pro Thr Asp Thr Ile Leu Lys Arg 50 55 60
Ala Ala Asn Leu Phe Thr Asn Ala Glu Ala Tle Ser Lys Leu Lys Phe 65 70 75 80
Ser Ser Leu Ser Pro Val Arg Val Leu Tyr Met Tyr Asn Gly Gln Leu 85 90 95
Thr Ile Glu Asn Phe Leu Pro Tyr Asn Leu Asn Asn Val Lys Leu Ser 100 105 110
Phe Thr Asp Ala Gln Gly Asn Thr Ile Asp Leu Gly Val Ile Glu Thr 115 120 125
Ile Pro Lys His Ser Lys Ile Val Leu Pro Gly Glu Ala Phe Asp Ser 130 135 140
Leu Lys Glu Ala Phe Asp Lys Ile Asp Pro Tyr Thr Leu Phe Leu Pro 145 150 155 160
Lys Phe Glu Ala Thr Ser Thr Ser Ile Ser Asp Thr Asn Thr Gln Arg 165 170 175
Val Phe Glu Thr Leu Asn Asn Ile Lys Thr Asn Leu Ile Met Lys Tyr 180 185 190
Ser Asn Glu Asn Pro Asn Asn Phe Asn Thr Cys Pro Tyr Asn Asn Asn 195 200 205
Gly Asn Thr Lys Asn Asp Cys Trp Gln Asn Phe Thr Pre Gln Thr Ala 210 215 220
Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met Ile Ala Val Leu Asp Ser 225 230 235 240
Gln Ser Trp Gly Asp Ala Ile Leu Asn Ala Pro Phe Glu Phe Thr Asn 245 250 255
Ser Ser Thr Asp Cys Asp Ser Asp Pro Ser Lys Cys Val Asn Pro Gly 260 265 270
Val Asn Gly Arg Val Asp Thr Lys Val Asp Gln Gln Tyr Ile Leu Asn ) 275 280 285
Lys Gln Gly Ile Ile Asn Asn Phe Arg Lys Lys Ile Glu Ile Asp Ala 290 285 7 300 val 1 Leu Lys Asn Ser Gly Val Val Gly Leu Ala Asn Gly Tyr Gly 305 310 315 320
Asn Asp Gly Glu Tyr Gly Thr Leu Gly Val Glu Ala Tyr Ala Leu Asp 325 330 335
Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asn Asp Leu Lys Thr Ile Asn Leu Glu Asp 340 345 350
Leu Arg Thr Ile Leu His Glu Phe Ser His Thr Lys Gly Tyr Gly His 355 360 365
Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gln Arg Val Pro Val Thr Lys Asp Gly Gln 370 375 380 val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp Ser Asp Gly Leu Pro 385 350 3395 400
Tyr Asn Val Cys Ser Leu Tyr Gly Gly Ser Asn Gln Pro Ala Phe Pro 405 410 415
Ser Asn Tyr Pro Asn Ser Ile Tyr His Asn Cys Ala Asp Val Pro Ala
YEA
420 425 430
Gly Phe Leu Gly Val Thr Ala Ala Val Trp Gln Gln Leu Ile Asn Gln 435 440 445
Asn Ala Leu Pro Ile Asn Tyr Ala Asn Leu Gly Ser Gln Thr Asn Tyr 450 455 460
Asn Leu Asn Ala Ser Leu Asn Thr Gln Asp Leu Ala Asn Ser Met Leu 465 470 475 480
Ser Thr Ile Gln Lys Thr Phe Val Thr Ser Ser Val Thr Asn His His 485 4390 495 ١
Phe Ser Asn Ala Ser Gln Ser Phe Arg Ser Pro Ile Leu Gly Val Asn 500 505 510
Ala Lys Ile Gly Tyr Gln Asn Tyr Phe Asn Asp Phe Ile Gly Leu Ala 515 520 525
Tyr Tyr Gly Ile Ile Lys Tyr Asn Tyr Ala Lys Ala Val Asn Gln Lys 530 535 540
Val Gln Gln Leu Ser Tyr Gly Gly Gly Ile Asp Leu Leu Leu Asp Phe 545 550 555 560
Ile Thr Thr Tyr Ser Asn Lys Asn Ser Pro Thr Gly Ile Gln Thr Lys 565 570 575
Arg Asn Phe Ser Ser Ser Phe Gly Ile Phe Gly Gly Leu Arg Gly Leu 580 585 590
Tyr Asn Ser Tyr Tyr Val Leu Asn Lys Val Lys Gly Ser Gly Asn Leu 5395 600 605
Asp Val Ala Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Tyr Lys His Ser Lys Tyr Ser 610 615 620
Val Gly Ile Ser Ile Pro Leu Ile Gln Arg Lys Ala Ser Val Val Ser 625 630 635 640
Ser Gly Gly Asp Tyr Thr Asn Ser Phe Val Phe Asn Glu Gly Ala Ser 645 650 655
His Phe Lys Val Phe Phe Asn Tyr Gly Trp Val Phe 660 665 . (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:109: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 63 amino acids (B) TYPE: amino acid * (ط) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES A (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...63 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:109:
Met Asn Thr Glu Ile Leu Thr Ile Met Leu Val Val Ser Val Leu Met 1 5 10 15
Gly Leu Val Gly Leu Ile Ala Phe Leu Trp Gly Val Lys Ser Gly Gln 20 25 30
Phe Asp Asp Glu Lys Arg Met Leu Glu Ser Val Leu Tyr Asp Ser Ala 35 40 45
Ser Asp Leu Asn Glu Ala Ile Leu Gln Glu Lys Arg Gln Lys Asn
Yo. .
N
50 55 60 )2( INFORMATION FOR SEQ ID NO:110: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 406 amino acids ل (B) TYPE: amino acid ¢ (D) TOPOLOGY: linear {ii) MOLECULE TYPE: protein ١ (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...406 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:110:
Met Val Phe Phe His Lys Lys Ile Ile Leu Asn Phe Ile Tyr Ser Leu 1 5 10 15
Met Val Ala Phe Leu Phe His Leu Ser Tyr Gly val Leu Leu Lys Ala 20 25 30
Asp Gly Met Ala Lys Lys Gln Thr Leu Leu Val Gly Glu Arg Leu Val 35 40 45 ١ Trp Asp Lys Leu Thr Leu Leu Gly Phe Leu Glu Lys Asn His Ile Pro 50 55 60
Gln Lys Leu Tyr Tyr Asn Leu Ser Ser Gln Asp Lys Glu Leu Ser Ala 65 70 75 80
Glu Ile Gln Ser Asn Val Thr Tyr Tyr Thr Leu Arg Asp Ala Asn Asn 85 90 95
Thr Leu Ile Gln Ala Leu Ile Pro Ile Ser Gln Asp Leu Gln Ile His 100 105 110
Ile Tyr Lys Lys Gly Glu Asp Tyr Phe Leu Asp Phe Ile Pro Ile Val 115 120 125
Phe Thr Arg Lys Glu Arg Thr Leu Leu Leu Ser Leu Gln Thr Ser Pro 130 135 140
Tyr Gln Asp Ile Val Lys Ala Thr Asn Asp Pro Leu Leu Ala Asn Gln 145 150 155 ’ 160
Leu Met Asn Ala Tyr Lys Lys Ser Val Pro ‘Phe Lys Arg Leu Val Lys 165 170 175 2sn Asp Lys Ile Ala Ile Val Tyr Thr Arg Asp Tyr Arg Val Gly Gln 180 185 190
Ala Phe Gly Gln Pro Thr Ile Lys Met Ala Met Val Ser Ser Arg Leu 195 200 205
His Gln Tyr Tyr Leu Phe Ser His Ser Asn Gly Arg Tyr Tyr Asp Ser 210 215 220
Lys Ala Gln Glu Val Ala Gly Phe Leu Leu Glu Thr Pro Val Lys Tyr 225 230 235 240
Thr Arg Ile Ser Ser Pro Phe Ser Tyr Gly Arg Phe His Pro Val Leu 245 250 255
Lys val Lys Arg Pro His Tyr Gly Val Asp Tyr Ala Ala Lys His Gly 260 265 270
Ser Leu Ile His Ser Ala Ser Asp Gly Arg Val Gly Phe Ile Gly Val 275 280 285
Lys Ala Gly Tyr Gly Lys Val val Glu Ile His Leu Asn Glu Leu Arg
١١ 290 295 300
Len Val Tyr Ala His Met Ser Ala Phe Ala Asn Gly Leu Lys Lys Gly 305 310 315 320
Ser Phe Val Lys Lys Gly Gln Ile Ile Gly Arg Val Gly Ser Thr Gly 325 330 335
Leu Ser Thr Gly Pro His Leu His Phe Gly Val Tyr Lys Asn Ser Arg 340 345 350
Pro Ile Asn Pro Leu Gly Tyr Ile Arg Thr Ala Lys Ser Lys Leu His 355 360 365
Gly Lys Gln Arg Glu Val Phe Leu Glu Lys Ala Gln Tyr Ser Lys Gln 370 375 380
Lys Leu Glu Glu Leu Phe Lys Thr His Ser Phe Glu Lys Asn Ser Phe 385 390 395 400
Tyr Leu Leu Glu Gly Phe 405 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:111: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 296 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES {vi} ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...296 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:111:
Leu Phe Leu Val Lys Lys Ile Gly Val val Ile Met Ile Leu Val Cys 1 5 10 15
Phe Leu Ala Cys Ser Gln Glu Ser Phe Ile Lys Met Gln Lys Lys Ala 20 25 30
Gln Glu Gln Glu Asn Asp Gly Ser Lys Arg Pro Ser Tyr Val Asp Ser 35 40 45
Asp Tyr Glu Val Phe Ser Glu Thr Ile Phe Leu Gln Asn Met Val Tyr 50 55 60
Gla Pro Ile Glu Glu Arg Asn Ala Phe Phe Gln Leu Thr Lys Asp Glu 65 70 75 80
Asp Asn Ser Phe Asn Pro Glu Asn Ser Val Ile Leu Leu Asn Glu Pro 85 90 95
Ser Asp Asn Ser Glu Lys Asn Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Asp Pro Asn 100 105 110
Asn Asn Glu Asp Asn Ala Asn Asn Ser Gln Lys Asn Pro Phe Leu Tyr 115 120 125
Lys Pro Lys Arg Lys Thr Lys Asn Pro Lys Leu Ile Glu Tyr Ser Gln 130 135 140
Gln Asp Phe Tyr Pro Leu Lys Asn Gly Asp Ile Ile Met Ser Lys Glu 145 150 155 160
Gly Asp Gln Trp Leu Ile Glu Ile Gln Ser Lys Ala Leu Lys Arg Phe 165 170 175
Leu Lys Asp Gln Asn Asp Lys Asp Arg Gln Ile Gln Thr Phe Thr Phe
YoY 180 185 1380
Asn Asp Thr Lys Thr Gln Ile Ala Gln Ile Lys Gly Lys Ile Ser Ser 195 200 ١ 205
Tyr Val Tyr Thr Thr Asn Asn Gly Ser Leu Ser Leu Arg Pro Phe Tyr 210 215 220
Glu Ser Phe Leu Leu Glu Lys Lys Ser Asp Asn Val Tyr Thr Ile Glu , 225 230 235 240
Asn Lys Ala Leu Asp Thr Met Glu Ile Ser Lys Cys Gln Met Val Leu 245 250 255 ١
Lys Lys His Ser Thr Asp Lys Leu Asp Ser Gln His Lys Ala Ile Ser 260 265 270
Ile Asp Leu Asp Phe Lys Lys Glu Arg Phe Lys Ser Asp Thr Glu Leu 275 280 285
Phe Leu Glu Cys Leu Lys Glu Ser 290 295 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:112: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 248 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES {vi) ORIGINAL SOURCE: : (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...248 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:112:
Val Ser Tyr Asp Asn Thr Asp Asp Tyr Tyr Phe Pro Arg Asn Gly Val 1 5 10 15
Ile Phe Ser Ser Tyr Ala Thr Met Ser Gly Leu Pro Ser Ser Gly Thr 20 25 30
Leu Asn Ser Trp Asn Gly Leu Gly Gly Asn Val Arg Asn Thr Lys val 35 40 - 45
Tyr Gly Lys Phe Ala Ala Tyr His His Leu Gln Lys Tyr Leu Leu Ile 50 55 60
Asp Leu Ile Ala Arg Phe Lys Thr Gln Gly Gly Tyr Ile Phe Arg Tyr 65 70 75 80
Asn Thr Asp Asp Tyr Leu Pro Leu Asn Ser Thr Phe Tyr Met Gly Gly 85 90 95
Val Thr Thr Val Arg Gly Phe Arg Asn Gly Ser Ile Thr Pro Lys Asp 100 105 110
Glu Phe Gly Leu Trp Leu Gly Gly Asp Gly Ile Phe Thr Ala Ser Thr 115 120 125
Glu Leu Ser Tyr Gly Val Leu Lys Ala Ala Lys Met Arg Leu Ala Trp 130 135 140
Phe Phe Asp Phe Gly Phe Leu Thr Phe Lys Thr Pro Thr Arg Gly Ser 145 . 150 155 160
Phe Phe Tyr Asn Ala Pro Thr Thr Thr Ala Asn Phe Lys Asp Tyr Gly 165 170 175
Val Val Gly Ala Gly Phe Glu Arg Ala Thr Trp Arg Ala Ser Thr Gly
YoY 0: 180 185 190
Leu Gln Ile Glu Trp Ile Ser Pro Met Gly Pro Leu Val Leu Ile Phe 185 200 205
Pro Ile Ala Phe Phe Asn Gln Trp Gly Asp Gly Asn Gly Lys Lys Cys 210 215 220
Lys Gly Leu Cys Phe Asn Pro Asn Met Asn Asp Tyr Thr Gln His Phe 225 230 235 240
Glu Phe Ser Met Gly Thr Arg Phe 245 ١ (2) INFORMATION FOR SEQ ID ” 8: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 335 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: i (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...335 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:113:
Val Gln His Phe Asn Phe Leu Tyr Lys Asp Ser Leu Phe Ser Ile Ala 1 5 10 15
Leu Phe Thr Phe Ile Ile Ala Leu Val Ile Leu Leu Glu Gln Ala Arg 20 25 30
Ala Tyr Phe Thr Arg Lys Arg Asn Lys Lys Phe Leu Gln Lys Phe Ala 35 40 45
Gln Asn Gln Asn Ala Tyr Ala Ser Ser Glu Asn Leu Asp Glu Leu Leu 50 55 60
Lys His Ala Lys Ile Ser Ser Leu Met Phe Leu Ala Arg Ala Tyr Ser 65 70 75 80
Lys Ala Asp Val Glu Met Ser Ile Glu Ile Leu Lys Gly Leu Leu Asn 85 90 - 95 ’
Arg Pro Leu Lys Asp Glu Glu Lys Ile Ala Val Leu Asp Leu Leu Ala 100 105 110
Lys Asn Tyr Phe Ser Val Gly Tyr Leu Gln Lys Thr Lys Asp Thr Val 115 120 125
Lys Glu Ile Leu Arg Phe Ser Pro Arg Asn Val Glu Ala Leu Leu Lys 130 135 140
Leu Leu His Ala Tyr Glu Leu Glu Lys Asp Tyr Ser Lys Ala Leu Glu 5 150 155 160
Thr Leu Glu Cys Leu Glu Glu Leu Glu Val Pro Lys Ile Glu Thr Ile 165 , 170 175
Lys Asn Tyr Leu Tyr Leu Met His Leu Ile Glu Asn Lys Glu Asp Ala 180 185 190
Ala Lys Ile Leu His Val Ser Lys Ala Ser Leu Asp Leu Lys Lys Ile 195 200 205
Ala Leu Asn His Leu Lys Ser His Asp Glu Asn Leu Phe Trp Gln Glu 210 215 220
Ile Asp Thr Thr Glu Arg Leu Glu Asn Val Ile Asp Leu Leu Trp Asp
ص 240 235 230 225 Met Asn Ile Pro Ala Phe Ile Leu Glu Lys His Ala Leu Leu Gln Asp 255 250 245 Ile Ala Arg Ser Gln Gly Leu Leu Leu Asp His Lys Pro Cys Gln Ile 270 265 260 5 Phe Glu Leu Glu Val Leu Arg Ala Leu Leu His Ser Pro Ile Lys Ala 1 285 280 275 Ser Leu Thr Phe Glu Tyr Arg Cys Lys His Cys Lys Gln Ile Phe Pro , 300 295 290 Phe Glu Ser His Arg Cys Pro Val Cys Tyr Gln Leu Ala Phe Met Asp 10 320 315 310 305 Met Val Leu Lys Ile Ser Lys Lys Thr His Ala Met Gly Val Asp 335 330 325 INFORMATION FOR SEQ ID NO:114: )2( 15 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 413 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 20 (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 25 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 30 (B) LOCATION 1...413 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:114: Met Arg Lys Ile Phe Ser Tyr Ile Ser Lys Val Leu Leu Phe Ile Gly 35 10 5 1 Val Val Tyr Ala Glu Pro Asp Ser Lys Val Glu Ala Leu Glu Gly Arg 25 20 Lys Gln Glu Ser Ser Leu Asp Lys Lys Ile Arg Gln Glu Leu Lys Ser 40 35 40 Lys Glu Leu Lys Asn Lys Glu Leu Lys Asn Lys Asp Leu Lys Asn Lys 60 - 55 50 Glu Glu Lys Lys Glu Thr Lys Ala Lys Arg Lys Pro Arg Ala Glu Val 80 75 70 65 His His Gly Asp Ala Lys Asn Pro Thr Pro Lys Ile Thr Pro Pro Lys 45 95 90 85 Ile Lys Gly Ser Ser Lys Gly 731 Gln Asn Gln Gly Val Gln Asn Asn 110 105 100 Ala Pro Lys Pro Glu Glu Lys Asp Thr Thr Pro Gln Ala Thr Glu Lys 125 120 115 50 Asn Lys Glu Thr Ser Pro Sex Ser Gln Phe Asn Ser Ile Phe Gly Asn 140 135 130 Pro Asn Asn Ala Thr Asn Asn Thr Leu Glu Asp Lys Val val Gly Gly 160 155 150 145 Ile Ser Leu Leu Val Asn Gly Ser Pro Ile Thr Leu Tyr Gln Ile Gln 55 175 170 165 Glu Glu Gln Glu Lys Ser Lys Val Ser Lys Ala Gln Ala Arg Asp Arg 150 185 180 Leu Ile Ala Glu Arg Ile Lys Asn Gln Glu Ile Glu Arg Leu Lys Ile
Yoo 195 200 205
His Val Asp Asp Asp Lys Leu Asp Gln Glu Met Ala Met Met Ala Gln 210 215 220
Gln Gln Gly Met Asp Leu Asp His Phe Lys Gln Met Leu Met Ala Glu 225 230 235 240
Gly His Tyr Lys Leu Tyr Arg Asp Gln Leu Lys Glu His Leu Glu Met 245 250 255
Gln Glu Leu Leu Arg Asn Ile Leu Leu Thr Asn Val Asp Thr Ser Ser 3 260 265 270
Glu Thr Lys Met Arg Glu Tyr Tyr Asn Lys His Lys Glu Gln Phe Ser 275 280 285
Ile Pro Thr Glu Ile Glu Thr Val Arg Tyr Thr Ser Thr Asn Gln Glu 290 295 300
Asp Leu Glu Arg Ala Met Ala Asp Pro Asn Leu Glu Val Pro Gly 1 5 310 315 320
Ser Lys Ala Asn Glu Lys Ile Glu Met Lys Thr Leu Asn Pro Gln Ile 325 330 335
Ala Gln Val Phe Ile Ser His Glu Gln Gly Ser Phe Thr Pro Val Met 340 345 350
Asn Gly Gly Gly Gly Gln Phe Ile Thr Phe Tyr Ile Lys Glu Lys Arg 355 360 365
Gly Lys Asn Glu Val Ser Phe Ser Gln Ala Lys Gln Phe Ile Ala Gln 370 375 380
Lys Leu Val Glu Glu Ser Lys Asp Lys Ile Leu Glu Glu His Phe Glu 5 390 395 400
Lys Leu Arg Val Lys Ser Arg Ile Val Met Ile Arg Glu 405 410 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:115: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: . (A) LENGTH: 186 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: i (A) NAME/KEY: misc_feature : (B) LOCATION 1...186 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:115:
Met Ile Lys Arg Ile Ala Cys Ile Leu Ser Leu Ser Ala Ser Leu Ala 1 5 10 15
Leu Ala Gly Glu Val Asn Gly Phe Phe Met Gly Ala Gly Tyr Gln Gln 20 25 30
Gly Arg Tyr Gly Pro Tyr Asn Ser Asn Tyr Ser Asp Trp Arg His Gly 35 40 45
Asn Asp Leu Tyr Gly Leu Asn Phe Lys Leu Gly Phe Val Gly Phe Ala 50 55 60
Asn Lys Trp Phe Gly Ala Arg 1 Tyr Gly Phe Leu Asp Trp Phe Asn 65 70 75 80
Thr Ser Gly Thr Glu His Thr Lys Thr Asn Leu Leu Thr Tyr Gly Gly
. You 85 90 95
Gly Gly Asp Leu Ile Val Asn Leu Ile Pro Leu Asp Lys Phe Ala Leu 100 105 110
Gly Leu Ile Gly Gly Val Gln Leu Ala Gly Asn Thr Trp Met Phe Pro 115 120 125
Tyr Asp Val Asn Gln Thr Arg Phe Gln Phe Leu Trp Asn Leu Gly Gly 130 135 140 $
Arg Met Arg Val Gly Asp Arg Ser Ala Phe Glu Ala Gly Val Lys Phe 145 150 155 160 .
Pro Met Val Asn Gln Gly Ser Lys Asp Val Gly Leu Ile Arg Tyr Tyr 165 170 175
Ser Trp Tyr Val Asp Tyr Val Phe Thr Phe 180 185 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:116: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 242 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...242 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:116:
Met Lys Lys Phe Phe Ser Gln Ser Leu Leu Ala Leu Ile Ile Ser Met 1 5 10 15
Asn Ala Val Ser Gly Met Asp Gly Asn Gly Val Phe Leu Gly Ala Gly 20 25 30
Tyr Leu Gln Gly Gln Ala Gln Met His Ala Asp Ile Asn Ser Gln Lys 35 40 45
Gln Ala Thr Asn Ala Thr Ile Lys Gly Phe Asp Ala Leu Leu Gly Tyr 50 55 60
Gln Phe Phe Phe Glu Lys His Phe Gly Leu Arg Leu Tyr Gly Phe Phe 65 70 75 80
Asp Tyr Ala His Ala Asn Ser Ile Lys Leu Lys Asn Pro Asn Tyr Asn 85 90 95
Ser Glu Ala Ala Gln Val Ala Ser Gln Ile Leu Gly Lys Gln Glu Ile 100 105 110
Asn Arg Leu Thr Asn Ile Ala Asp Pro Arg Thr Phe Glu Pro Asn Met 11s 120 125
Leu Thr Tyr Gly Gly Ala Met Asp Val Met Val Asn Val Ile Asn Asn 130 135 140
Gly Ile Met Ser Leu Gly Ala Phe Gly Gly Ile Gln Leu Ala Gly Asn 145 150 155 160
Ser Trp Leu Met Ala Thr Pro Ser Phe Glu Gly Ile Leu val Glu Gln 165 170 175
Ala Leu Val Ser Lys Lys Ala Thr Ser Phe Gln Phe Leu Phe Asn Val 180 185 130
Gly Ala Arg Leu Arg Ile Leu Lys His Ser Ser Ile Glu Ala Gly Val
YoVv 195 200 205
Lys Phe Pro Met Leu Lys Lys Asn Pro Tyr Ile Thr Ala Lys Asn Leu 210 215 220
Asp Ile Gly Phe Arg Arg Val Tyr Ser Trp Tyr Val Asn Tyr Val Phe 225 230 235 240
Thr Phe (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:117: . (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 256 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear : (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature {B) LOCATION 1...256 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:117:
Met Gly Tyr Ala Ser Lys Leu Ala Leu Lys Ile Cys Leu Val Gly Leu 1 5 10 15
Cys Leu Phe Ser Thr Leu Gly Ala Glu His Leu Glu Gln Lys Gly Asn 20 25 30
Tyr Ile Tyr Lys Gly Glu Glu Ala Tyr Asn Asn Lys Glu Tyr Glu Arg 35 Ala Ala Ser Phe Tyr Lys Ser Ala Ile Lys Asn Gly Glu Ser Leu Ala 60
Tyr Ile Leu Leu Gly Ile Met Tyr Glu Asn Gly Arg Gly Val Pro Lys 65 70 75 80
Asp Tyr Lys Lys Ala Val Glu Tyr Phe Gln Lys Ala Val Asp Asn Asp 40 85 90 95
Ile Pro Arg Gly Tyr Asn Asn Leu Gly Val Met Tyr Lys Glu Gly Lys 100 105 110
Gly Val Pro Lys Asp Glu Lys Lys Ala Val Glu Tyr Phe Arg Ile Ala 115 120 ) 125 45 Thr Glu Lys Gly Tyr Thr Asn Ala Tyr Ile Asn Leu Gly Ile Met Tyr 130 135 140
Met Glu Gly Arg Gly Val Pro Ser Asn Tyr Ala Lys Ala Thr Glu Cys 145 150 155 160
Phe Arg Lys Ala Met His Lys Gly Asn Val Glu Ala Tyr Ile Leu Leu 50 165 170 17s
Gly Asp Ile Tyr Tyr Ser Gly Asn Asp Gln Leu Gly Ile Glu Pro Asp 180 185 190
Lys Asp Lys Ala Val Val Tyr Tyr Lys Met Ala Ala Asp Val Ser Ser 195 200 205 55 Ser Arg Ala Tyr Glu Gly Leu Ser Glu Ser Tyr Arg Tyr Gly Leu Gly 210 215 220
Val Glu Lys Asp Lys Lys Lys Ala Glu Glu Tyr Met Gln Lys Ala Cys 225 230 235 240
Asp Phe Asp Ile Asp Lys Asn Cys Lys Lys Lys Asn Thr Ser Ser Arg
YoA 245 250 255 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:118: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 657 amino acids (B) TYPE: amino acid ! (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein ١ (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...657 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:118:
Met Arg Lys Leu Phe Ile Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala 1 5 10 15
Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe Ile Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu 20 25 30
Leu Glu Gly Thr Gln Thr Gln Glu Lys Arg His Thr Thr Thr Lys Asn 35 40 45
Thr Tyr Ala Thr Tyr Asn Tyr Leu Pro Thr Asp Thr Ile Leu Lys Arg 50 55 60
Ala Ala Asn Leu Phe Thr Asn Ala Glu Ala Ile Ser Lys Leu Lys Phe 65 70 75 80
Ser Ser Leu Ser Pro Val Arg Val Leu Tyr Met Tyr Asn Gly Gln Leu 85 90 95
Thr Ile Glu Asn Phe Leu Pro Tyr Asn Leu Asn Asn Val Lys Leu Ser 100 105 110
Phe Thr Asp Ala Gln Gly Asn Val Ile Asp Leu Gly Val Ile Glu Thr 115 120 125
Ile Pro Lys His Ser Lys Ile Val Leu Pro Gly Glu Ala Phe Asp Ser 130 135 140
Leu Lys Ile Asp Pro Tyr Thr Leu Phe Leu Pro Lys Ile Glu Ala Thr 145 150 155 160
Ser Thr Ser Ile Ser Asp Ala Asn Thr Gln ‘Arg Val Phe Glu Thr Leu 165 170 175
Asn Lys Ile Lys Thr Asn Leu Val Val Asn Tyr Arg Asn Glu Asn Lys 180 185 190
Phe Lys Asp His Glu Asn His Trp Glu Ala Phe Thr Pro Gln Thr Ala 15 200 205
Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met Ile Ala Val Leu Asp Ser 210 215 220
Gln Ser Trp Gly Asp Ala Ile Leu Asn Ala Pro Phe Glu Phe Thr Asn 225 230 235 240
Ser Pro Thr Asp Cys Asp Asn Asp Pro Ser Lys Cys Val Asn Pro Gly 245 250 255
Thr Asn Gly Leu Val Asn Ser Lys Val Asp Gln Lys Tyr Val Leu Asn 260 265 270
Lys Gln Asp Ile Val Asn Lys Phe Lys Asn Lys Ala Asp Leu Asp Val 275 280 285
Ile Val Leu Lys Asp Ser Gly val Val Gly Leu Gly Ser Asp Ile Thr
اكه 300 295 290 Pro Ser Asn Asn Asp Asp Gly Lys His Tyr Gly Gln Leu Gly Val val 320 315 310 305 Ala Ser Ala Leu Asp Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asp Asn Leu Lys Thr 335 330 325 5 Ile Asn Leu Glu Asp Leu Arg Thr Ile Leu His Glu Phe Ser His Thr : 350 } 345 340 Lys Gly Tyr Gly His Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gln Arg Val Pro Val ‘ 365 360 355 Thr Lys Asp Gly Gln Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp 10 380 375 370 Ser Asp Gly Leu Pro Tyr Asn Val Cys Ser Leu Tyr Gly Gly Ser Asn 400 395 390 385 Gln Pro Ala Phe Pro Ser Asn Tyr Pro Asn Ser Ile Tyr His Asn Cys 415 410 405 15 Ala Asp Val Pro Ala Gly Phe Leu Gly Val Thr Ala Ala Val Trp Gln 430 425 420 Gln Leu Ile Asn Gln Asn Ala Leu Pro Ile Asn Tyr Ala Asn Leu Gly 445 440 435 Ser Gln Thr Asn Tyr Asn Leu Asn Ala Ser Leu Asn Thr Gln Asp Leu 20 460 455 450 Ala Asn Ser Met Leu Ser Thr Ile Gln Lys Thr Phe Val Thr Ser Ser 480 475 470 465 Val Thr Asn His His Phe Ser Asn Ala Ser Gln Ser Phe Arg Ser Pro 495 490 485 25 Ile Leu Gly Val Asn Ala Lys Ile Gly Tyr Gln Asn Tyr Phe Asn Asp 510 5085 500 Phe Ile Gly Leu Ala Tyr Tyr Gly Ile Ile Lys Tyr Asn Tyr Ala Lys 525 520 515 Ala Val Asn Gln Lys Val Gln Gln Leu Ser Tyr Gly Gly Gly Ile Asp 30 540 535 530 Leu Leu Leu Asp Phe Ile Thr Thr Tyr Ser Asn Lys Asn Ser Pro Thr 560 555 550 545 Gly Ile Gln Thr Lys Arg Asn Phe Ser Ser Ser Phe Gly Ile Phe Gly 575 570 565 35 Gly Leu Arg Gly Leu Tyr Asn Ser Tyr Tyr Val Leu Asn Lys Val Lys 590 585 580 Gly Ser Gly Asn Leu Asp Val Ala Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Tyr Lys 605 600 595 His Ser Lys Tyr Ser Val Gly Ile Ser Ile Pro Leu Ile Gln Arg Lys 40 620 615 610 Ala Ser Val Val Ser Ser Gly Gly Asp Tyr Thr Asn Ser Phe Val Phe 640 635 630 625 Asn Glu Gly Ala Ser His Phe Lys Val Phe Phe Asn Tyr Gly Trp Val 655 650 645 45 Phe INFORMATION FOR SEQ ID NO:119: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 167 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear
(ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES
Yi. (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...167 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:119:
Met Lys Leu Val Ser Leu Ile Val Ala Leu Val Phe Cys Cys Phe Leu 1 5 10 15
Gly Ala Val Glu Leu Pro Gly Val Tyr Gln Thr Gln Glu Phe Leu Tyr 20 25 30
Met Lys Ser Ser Phe Val Glu Phe Phe Glu His Asn Gly Lys Phe Tyr 35 40 45
Ala Tyr Gly Ile Ser Asp Val Asp Gly Ser Lys Ala Lys Lys Asp Lys 50 55 60
Leu Asn Pro Asn Pro Lys Leu Arg Asn Arg Ser Asp Lys Gly val val 65 70 75 80
Phe Leu Ser Asp Leu Ile Lys Val Gly Glu Gln Ser Tyr Lys Gly Gly 85 90 95 1ys Ala Tyr Asn Phe Tyr Asp Gly Lys Thr Tyr His Val Arg Val Thr 100 105 110
Gln Asn Ser Asn Gly Asp Leu Glu Phe Thr Ser Ser Tyr Asp Lys Trp 115 120 125
Gly Tyr Val Gly Lys Thr Phe Thr Trp Lys Arg Leu Ser Asp Glu Glu 130 135 140
Ile Lys Asn Leu Lys Leu Lys Arg Phe Asn Leu Asp Glu Val Leu Lys 145 150 155 160
Thr Leu Lys Asp Ser Pro Ile 165 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:120: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 294 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (2) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...294 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:120:
Met Ser Asn Gln Ala Ser His Leu Asp Asn Phe Met Asn Ala Lys Asn 1 5 10 15 33 Pro Lys Ser Phe Phe Asp Asn Lys Gly Asn Thr Lvs Phe Ile Ala Ile 20 25 30
Thr Ser Gly Lys Gly Gly Val Gly Lys Ser Asn Ile Ser Ala Asn Leu 35 40 45
Ala Tyr Ser Leu Tyr Lys Lys Gly Tyr Lys Val Gly Val Phe Asp Ala
50 55 60
Asp Ile Gly Leu Ala Asn Leu Asp Val Ile Phe Gly Val Lys Thr His 65 70 75 80 . Lys Asn Ile Leu His Ala Leu Lys Gly Glu Ala Lys Leu Gln Glu Ile 85 90 95
Ile Cys Glu Ile Glu Pro Gly Leu Cys Leu Ile Pro Gly Asp Ser Gly 100 105 110
Glu Glu Ile Leu Lys Tyr Ile Ser Gly Ala Glu Ala Leu Asp Arg Phe 115 120 125 . val asp Glu Glu Gly Val Leu Ser Ser Leu Asp Tyr Ile Val Ile Asp 130 135 140
Thr Gly Ala Gly Ile Gly Ala Thr Thr Gln Ala Phe Leu Asn Ala Ser 145 150 155 160
Asp Cys Val Val Ile Val Thr Thr Pro Asp Pro Ser Ala Ile Thr Asp 165 170 175
Ala Tyr Ala Cys Ile Lys Ile Asn Ser Lys Asn Lys Asp Glu Leu Phe 180 185 130
Leu Ile Ala Asn Met Val Ala Gln Pro Lys Glu Gly Arg Ala Thr Tyr 15 200 205
Glu Arg Leu Phe Lys Val Ala Lys Asn Asn Ile Ala Ser Leu Glu Leu 210 215 220
His Tyr Leu Gly Ala Ile Glu Asn Ser Ser Leu Leu Lys Arg Tyr Val 225 230 235 240
Arg Glu Arg Lys Ile Leu Arg Lys Ile Ala Pro Asn Asp Leu Phe Ser 245 250 255
Gln Ser Ile Asp Gln Ile Ala Ser Leu Leu Val Ser Lys Leu Glu Thr 260 265 270
Gly Thr Leu Glu Ile Pro Lys Glu Gly Leu Lys Ser Phe Phe Lys Arg 275 280 285
Leu Leu Lys Tyr Leu Gly 290 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:121: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 372 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES . (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...372 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:121:
Leu Glu Pro Ser Arg Asn Arg Leu Lys His Ala Ala Phe Phe Val Gly 1 5 10 15
Leu Phe Ile Val Leu Phe Leu Ile Ile Met Lys His Gln Thr Ser Pro 20 25 30
Tyr Ala Phe Thr His Asn Gln Ala Leu Val Thr Gln Thr Pro Pro Tyr 35 40 45
Phe Thr Gln Leu Thr Ile Pro Lys Pro Asn Asp Ala Leu Ser Ala His iy . >» 50 55 60
Ala Ser Ser Leu Ile Ser Leu Pro Asn Asp Asn Leu Leu Ser Ala Tyr 65 70 75 80
Phe Ser Gly Thr Lys Glu Gly Ala Arg Asp Val Lys Ile Ser Ala Asn 85 90 95
Leu Phe Asp Ser Lys Thr Asn Arg Trp Ser Glu Ala Phe Ile Leu Leu 100 105 110 :
Thr Lys Glu Glu Leu Ser His His Ser His Glu Tyr Ile Lys Lys Leu 115 120 125
Gly Asn Pro Leu Leu Phe Leu His Asp Asn Lys Ile Leu Leu Phe Val 130 135 140
Val Gly Val Ser Met Gly Gly Trp Ala Thr Ser Lys Ile Tyr Gln Phe 145 150 155 160
Glu Ser Ala Leu Glu Pro Ile His Phe Lys Phe Ala Arg Lys Leu Ser 165 170 175
Leu Ser Pro Phe Leu Asn Leu Ser His Leu Val Arg Asn Lys Pro Leu 180 185 190
Asn Thr Thr Asp Gly Gly Phe Met Leu Pro Leu Tyr His Glu Leu Ala 15 200 205
Thr Gln Tyr Pro Leu Leu Leu Lys Phe Asp Gln Gln Asn Asn Pro Arg 210 215 220
Glu Leu Leu Arg Pro Asn Thr Leu Asn His Gln Leu Gln Pro Ser Leu 225 230 235 240
Thr Pro Phe Lys Asp Cys Ala Val Met Ala Phe Arg Asn His Ser Phe 245 250 255
Lys Asp Ser Leu Met Leu Glu Thr Cys Lys Thr Pro Thr Asp Trp Gln 260 265 270
Lys Pro Ile Ser Thr Asn Leu Lys Asn Leu Asp Asp Ser Leu Asn Leu 275 280 285
Leu Asn Leu Asn Gly Ile Leu Tyr Leu Ile His Asn Pro Ser Asp Leu 290 2385 300
Ser Leu Arg Arg Lys Glu Leu Trp Leu Ser Lys Leu Glu Asn Ser Asn 305 310 315 320
Ser Phe Lys Thr Leu Lys Val Leu Asp Lys Ala Asn Glu Val Ser Tyr 32s 330 335
Pro Ser Tyr Ser Leu Asn Pro His Phe Ile Asp Ile Val Tyr Thr Tyr 340 345 350
Asn Arg Ser His Ile Lys His Ile Arg Phe Asn Met Ala Tyr Leu Asn 355 360 365 ser Leu Leu Lys 370 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:122: 7 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 978 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear {ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES / (vi) ORIGINAL SOURCE: 53 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...978
Yay (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:122:
Met Lys Lys Arg Lys His Val Ser Lys Lys Val Phe Asn Val Ile Ile 1 5 10 15
Leu Phe Val Ala Val Phe Thr Leu Leu Val Val Ile His Lys Thr Leu 20 25 30 ‘
Ser Asn Gly Ile His Ile Gln Asn Leu Lys Ile Gly Lys Leu Gly Ile 35 40 45
Ser Glu Leu Tyr Leu Lys Leu Asn Asn Lys Leu Ser Leu Glu Val Glu 50 55 60
Arg Val Asp Leu Ser Ser Phe Phe His Gln Lys Pro Thr Lys Lys Arg 65 70 75 80
Leu Glu Val Ser Asp Leu Ile Lys Asn Ile Arg Tyr Gly Ile Trp Ala 85 90 95
Val Ser Tyr Phe Glu Lys Leu Lys Val Lys Glu Ile Ile Leu Asp Asp 100 105 110
Lys Asn Lys Ala Asn Ile Phe Phe Asp Gly Asn Lys Tyr Glu Leu Glu 115 120 125
Phe Pro Gly Ile Lys Gly Glu Phe Ser Leu Glu Asp Asp Lys Asn Ile 130 135 140
Lys Leu Lys Ile Ile Asn Leu Leu Phe Lys Asp Val Lys Val Gln Val 145 150 155 160
Asp Gly Asn Ala His Tyr Ser Pro Lys Ala Arg Lys Met Ala Phe Asn 165 170 175
Leu Ile Val Lys Pro Leu Val Glu Pro Ser Ala Ala Ile Tyr Leu Gln 180 185 190
Gly Leu Thr Asp Leu Lys Thr Ile Glu Leu Lys Ile Asn Thr Ser Pro 195 200 205
Met Lys Ser Leu Ala Phe Leu Lys Pro Leu Phe Gln Arg Gln Ser Gln 210 215 220
Lys Asn Leu Lys Thr Trp Ile Phe Asp Lys Ile Gln Phe Ala Ser Phe 225 230 235 240
Lys Ile Asp Asn Ala Leu Ile Lys Ala Asn Phe Thr Pro Ser Glu Phe 245 250 255
Ile Pro Ser Leu Leu Glu Asn Ser Val Val Lys Ala Thr Leu Ile Lys 260 265 270
Pro Ser Val Val Phe Asn Asp Gly Leu Ser Pro Ile Lys Met Asp Lys } 275 280 285
Thr Glu Leu Ile Phe Lys Asn Lys Gln Leu Leu Ile Gln Pro Gln Lys 290 295 300
Ile Thr Tyr Glu Thr Met Glu Leu Thr Gly Ser Tyr Ala Thr Phe Sex 305 310 315 320
Asn Leu Leu Glu Ala Pro Lys Leu Glu Val Phe Leu Lys Thr Thr Pro 325 330 335
Asn Tyr Tyr Gly Asp Ser Ile Lys Asp Leu Leu Ser Ala Tyr Lys Val 340 345 350
Val Leu Pro Leu Asp Lys Ile Ser Met Pro Ser Ser Ala Asp Leu Lys 355 360 365
Leu Thr Leu Gln Phe Leu Lys Asn Thr Ala Pro Leu Phe Ser Val Gln © 370 375 380
Gly Ser 731 Asn Leu Gln Glu Gly Thr Phe Ser Leu Tyr Asn Ile Pro 385 390 395 400
Leu Tyr Thr Gln Ser Ala Gln Ile Asn Leu Asp Ile Ala Gln Glu Tyr 405 410 415
Gln Tyr Ile Tyr Ile Asp Thr Ile His Thr Arg Tyr Ala Asn Met Leu 420 425 430
Asp Leu Asp Ala Lys Ile Ala Leu Asp Leu Gly Gln Lys Asn Leu Ser 435 440 445
Leu Asp Ser Leu Val His Lys Ile Gln Val Asn Thr Asn Asn Asn Ile 450 455 460
Asn Met Arg Ser Tyr Asp Pro Asn Asn Thr Gln Glu Asp Pro Gln Thr 465 470 475 480
Asn Phe Thr Leu Asp Leu Lys Ser Leu His Ser Ile Ile Gln Glu Gly 485 4350 495
Glu Asn Ser Glu Val Phe Arg Arg Lys Ile Ile Asp Thr Ile Lys Ala + 500 505 S510
Gln Ser Glu Asp Lys Phe Thr Lys Asp Val Phe Tyr Ala Thr Gly Asp , 515 520 525
Thr Leu Lys Ser Leu Ser Leu Ser Phe Asp Phe Ser Asn Pro Asp His 530 535 540
Ile Gln Trp Ser Val Pro Gln Leu Leu Leu Glu Gly Glu Phe Lys Asp 545 550 555 560
Asn Ala Tyr Thr Phe Lys Ile Lys Asp Leu Lys Lys Ile Lys Pro Tyr 565 570 575
Ser Pro Ile Met Asp Tyr Ile Ala Leu Lys Asp Gly Ser Leu Glu Val 580 585 ‘590
Ser Thr Ser Asp Phe Val Asn Ile Asp Phe Phe Ala Lys Asp Leu Lys 595 600 605
Ile Asn Leu Pro Ile Tyr Arg Ser Asp Gly Ser His Phe Asp Ser Phe 610 615 620
Ser Leu Phe Gly Ser Ile Asn Lys Asp Glu Ile Ser val Tyr Thr Pro 625 630 635 640
Ser Lys Ser Ile Ser Ile Lys Val Lys Gly Asp Gln Lys Asp Ile Thr 645 650 655
Leu Asn Asn Ile Asp Leu Ser Ile Asp Asp Phe Leu Asp Ser Lys Met 660 665 670
Pro Ala Ile Ala Gly Leu Phe Ser Lys Glu Arg Lys Glu Lys Pro Ser 675 680 685
Ser Lys Glu Ile Gln Asp Glu Asp Val Phe Ile Ser Ala Lys Gln Arg 6590 695 700
Tyr Glu Lys Ala His Lys Ile Ile Pro Ile Ser Thr Arg Ile His Ala 705 710 715 720
Lys Asp Val Val Leu Ile Tyr Lys Lys Met Pro Phe Pro Leu Glu Asn 725 730 735
Leu Asp Ile Val Ala Gln Asp Asp Arg Val Lys Ile Asp Gly Asn Tyr 740 745 750
Lys Asn Ala Met Ile Met Ala Asp Leu Val His Gly Ala Leu Tyr Leu 755 760 765
Lys Ala His Asn Phe Ser Gly Asp Tyr Ile Asn Thr Ile Leu Gln Lys 770 775 780
Asp Phe Val Glu Gly Gly Leu Phe Thr Leu Tle Gly Ala Leu Glu Asp 785 730 795 800
Gln Val Phe Asn Gly Glu Leu Lys Phe Gln Asn Thr Ser Leu Lys Asn 805 810 815
Phe Ala Leu Met Gln Asn Met Val Asn Leu Ile Asn Thr Ile Pro Ser 820 825 830
Leu Ile Val Phe Arg Asn Pro His Leu Gly Ala Asn Gly Tyr Gln Ile 835 840 845
Lys Thr Gly Ser val Val Phe Gly Ile Thr Lys Glu Tyr Leu Gly Leu 850 855 860
Glu Lys Ile Asp Leu Val Gly Lys Thr Leu Asp Ile Ala Gly Asn Gly 85 870 875 880
Ile Ile Glu Leu Asp Lys Asn Lys Leu Asp Leu Asn Leu Glu Val Ser 885 890 895
Thr Ile Lys Ala Leu Ser Asn Val Leu Asn Lys Ile Pro Ile Val Gly
S00 905 910
Tyr Leu Val Leu Gly Lys Gly Gly Lys Ile Thr Thr Asn Val Asn 1
Yo 915 920 925
Lys Gly Thr Leu Asp Lys Pro Lys Thr Gln Val Thr Leu Ala Ser Asp 930 935 940
Ile Ile Gln Ala Pro Phe Lys Ile Leu Arg Arg Ile Phe Thr Pro Ile 5 950 955 960
Asp Ile Ile Val Asp Glu Val Lys Lys Asn Ile Asp Ser Lys Arg Lys 965 970 75 ‘
Leu Lys (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:123: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 477 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...477 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:123:
Met Asn Thr Ile Ile Arg Tyr Ala Ser Leu Trp Gly Leu Cys Ile Thr 1 5 10 15
Leu Thr Leu Ala Gln Thr Pro Ser Lys Thr Pro Asp Glu Ile Lys Gln 20 25 30
Ile Leu Asn Asn Tyr Ser His Lys Asn Leu Lys Leu Ile Asp Pro Pro 35 40 45
Thr Ser Ser Leu Glu Ala Thr Pro Gly Phe Leu Pro Ser Pro Lys Glu 50 55 60
Thr Ala Thr Thr Ile Asn Gln Glu Ile Ala Lys Tyr His Glu Lys Ser 5 70 75 80
Asp Lys Ala Ala Leu Gly Leu Tyr Glu Leu Leu Lys Gly Ala Thr Thr 85 90 95
Asn Leu Ser Leu Gln Ala Gln Glu Leu Ser Val Lys Gln Ala Met Lys 100 105 110
Asn His Thr Ile Ala Lys Ala Met Phe Leu Pro Thr Leu Asn Ala Ser 115 120 125
Tyr Asn Phe Lys Asn Glu Ala Arg Asp Thr Pro Glu Tyr Lys His Tyr 130 135 140
Asn Thr Gln Gln Leu Gln Ala Gln Val Thr Leu Asn Val Phe Asn Gly 5 150 155 160
Phe Ser Asn Val Asn Asn Val Lys Glu Lys Ser Ala Thr Tyr Arg Ser 165 170 175
Thr Val Ala Asn Leu Glu Tyr Ser Arg Gln Ser val Tyr Leu Gln 1 180 185 190 val Gln Gln Tyr Tyr Glu Tyr Phe Asn Asn Leu Ala Arg Met Ile Ala 1385 200 205
Leu Gln Lys Lys Leu Glu Gln Ile Gln Thr Asp Ile Lys Arg Val Thr 210 215 220
Lys Leu Tyr Asp Lys Gly Leu Thr Thr Ile Asp Asp Leu Gln Ser Leu ya 225 230 235 240
Lys Ala Gln Gly Asn Leu Ser Glu Tyr Asp Ile Leu Asp Met Gln Phe 245 250 255
Ala Leu Glu Gln Asn Arg Leu Thr Leu Glu Tyr Leu Thr Asn Leu Ser 260 265 270
Val Lys Asn Leu Lys Lys Thr Thr Ile Asp Ala Pro Asn Leu Gln Leu 275 280 285 ;
Arg Glu Arg Gln Asp Leu Val Ser Leu Arg Glu Gln Ile Ser Ala Leu 290 295 300
Arg Tyr Gln Asn Lys Gln Leu Asn Tyr Tyr Pro Lys Ile Asp Val Phe ١ 305 310 315 320
Asp Ser Trp Leu Phe Trp Ile Gln Lys Pro Ala Tyr Ala Thr Gly Arg 325 330 335
Phe Gly Asn Phe Tyr Pro Gly Gln Gln Asn Thr Ala Gly Val Thr Ala 340 345 350
Thr Leu Asn Ile Phe Asp Asp Ile Gly Leu Ser Leu Gln Lys Gln Ser 355 360 365
Ile Met Leu Gly Gln Leu Ala Asn Glu Lys Asn Leu Ala Tyr Lys Lys 370 375 380
Leu Glu Gln Glu Lys Asp Glu Gln Leu Tyr Arg Lys Ser Leu Asp Ile 385 380 395 400
Ala Arg Ala Lys Ile Glu Ser Ser Lys Ala Ser Leu Asp Ala Ala Asn 405 410 415
Leu Ser Phe Ala Asn Ile Lys Arg Lys Tyr Asp Ala Asn Leu Val Asp 420 425 430
Phe Thr Thr Tyr Leu Arg Gly Leu Thr Thr Arg Phe Asp Ala Glu Val 435 440 445
Ala Tyr Asn Leu Ala Leu Asn Asn Tyr Glu Val Gln Lys Ala Asn Tyr 450 455 460
Ile Phe Asn Ser Gly His Lys Ile Asp Asp Tyr Val His 465 470 475 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:124: ١ (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 412 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES {vi) ORIGINAL SOURCE: : (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...412 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:124:
Met Leu Ser Phe Ile Ser Ala Phe Asp Lys Arg Gly Val Ser Ile Arg 1 5 10 15
Leu Leu Thr Ala Leu Leu Leu Leu Phe Ser Leu Gly Leu Ala Lys Asp 20 25 30
Leu Glu Ile Gln Thr Phe Val Ala Lys Tyr Leu Ser Lys Asn Gln Lys 35 40 45
Ile Gln Ala Leu Gln Glu Gln Ile Asp Ala Leu Asp Ser Gln Glu Lys yy 50 55 60
Val Val Ser Lys Trp Asp Asn Pro Ile Leu Tyr Leu Gly Tyr Asn Asn 65 70 75 80
Ala Asn Val Ser Asp Phe Phe Arg Leu Asp Ser Thr Leu Met Gln Asn 85 90 95 : Met Ser Leu Gly Leu Ser Gln Lys Val Asp Leu Asn Gly Lys Lys Leu 100 105 110
Thr Gln Ser Lys Met Ile Asn Leu Glu Lys Gln Lys Lys Ile Leu Glu 115 : 120 125
Leu Lys Lys Thr Lys Gln Gln Leu Val Ile Asn Leu Met Ile Asn Gly 000 130 135 140
Ile Glu Asn Tyr Lys Asn Gln Gln Glu Ile Glu Leu Leu Asn Thr Ala 145 150 155 160
Ile Lys Asn Leu Glu Asn Thr Leu Tyr Gln Ala Asn His Ser Ser Ser 165 170 175
Pro Asp Leu Ile Ala Ile Ala Lys Leu Glu Ile Leu Lys Ser Leu Leu 180 185 190
Glu Ile Gln Lys Asn Asp Leu Glu Val Ala Leu Ser Ser Ser His Tyr 195 200 205
Ser Met Gly Glu Leu Thr Phe Lys Glu Asn Glu Ile Leu Ser Ile Ala 210 215 220
Pro Lys Asn Phe Glu Phe Asn Asn Glu Gln Glu Leu His Asn Ile Ser 225 230 235 240
Ala Thr Asn Tyr Asp Ile Ala Ile Ala Arg Leu Asp Glu Glu Lys Ala 245 250 255
Gln Lys Asp Ile Thr Leu Ala Lys Lys Ser Phe Leu Glu Asp Ile Asn 260 265 270
Val Thr Gly val Tyr Tyr Phe Arg Ser Lys Gln Tyr Tyr Asn Tyr Asp 275 280 285
Met Phe Ser Val Ala Leu Ser Ile Pro Leu Pro Leu Tyr Gly Lys Gln 290 285 300
Ala Lys Leu Val Glu Gln Lys Lys Lys Glu Ser Leu Ala Phe Lys Ser 305 310 315 320
Glu Val Glu Asn Ala Lys Asn Lys Thr Arg His Leu Ala Leu Lys Leu 325 330 335
Leu Lys Lys Leu Glu Thr Leu Gln Lys Asn Leu Glu Ser Ile Asn Lys 340 345 350
Ile Ile Lys Gln Asn Glu Lys Ile Ala Gln Ile Tyr Ala Leu Asp Leu 355 360 365
Lys Thr Asn Gly Asp Tyr Asn Ala Tyr Tyr Asn Ala Leu Asn Asp Lys 370 375 380
Ile Thr Ile Gln Ile Thr Gln Leu Glu Thr Leu Ser Ala Leu Asn Ser 385 390 395 400
Ala Tyr Leu Ser Leu Gln Asn Leu Lys Gly Leu Glu 405 410 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:125: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 137 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
YA
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...137 ا (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:125: ,
Met Arg Ile Val Arg Asn Leu Phe Leu Val Ser Phe Val Ala Tyr Ser 1 5 10 15 ,
Ser Ala Phe Ala Ala Asp Leu Glu Thr Gly Thr Lys Asn Asp Lys Lys 20 25 30
Ser Gly Lys Lys Phe Tyr Lys Leu His Lys Asn His Gly Ser Glu Thr 35 40 45
Glu Thr Lys Asn Asp Lys Lys Leu Tyr Asp Phe Thr Lys Asn Ser Gly 50 55 60
Leu Glu Gly Val Asp Leu Glu Lys Ser Pro Asn Leu Lys Ser His Lys 65 70 75 80
Lys Ser Asp Lys Lys Phe Tyr Lys Gln Leu Ala Lys Asn Asn Ile Ala 85 90 95
Glu Gly Val Ser Met Pro Ile Val Asn Phe Asn Lys Ala Leu Ser Phe 100 105 110
Gly Pro Tyr Phe Glu Arg Thr Lys Ser Lys Lys Thr Gln Tyr Met Asp 115 120 125
Gly Gly Leu Met Met His Ile Arg Phe 130 135 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:126: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 309 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature ِ (B) LOCATION 1...309 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:126:
Leu Met Pro Gln Asn Gln Leu Val Ile Thr Ile Ile Asp Glu Ser Gly 1 5 10 15
Ser Lys Gln Leu Lys Phe Ser Lys Asn Leu Lys Arg Asn Leu Ile Ile 20 25 30
Ser Val Val Ile Leu Leu Leu Ile Val Gly Leu Gly Val Gly Phe Leu 35 40 45
Lys Phe Leu Ile Ala Lys Met Asp Thr Met Thr Ser Glu Arg Asn Ala 50 55 60 val Leu Arg Asp Phe Arg Gly Leu Tyr Gln Lys Asn Tyr Ala Leu Ala 65 70 75 80
Lys Glu Ile Lys Asn Lys Arg Glu Glu Leu Phe Ile Val Gly Gln Lys 85 90 95
Ile Arg Gly Leu Glu Ser Leu Ile Glu Ile Lys Lys Gly Ala Asn Gly
100 105 110
Gly Gly His Leu Tyr Asp Glu Val Asp Leu Glu Asn Leu Ser Leu Asn 115 120 125
Gln Lys His Leu Ala Leu Met Leu Ile Pro Asn Gly Met Pro Leu Lys 130 135 140
Thr Tyr Ser Ala Ile Lys Pro Thr Lys Glu Arg Asn His Pro Ile Lys 145 150 155 } 160 ؛ Lys Ile Lys Gly Val Glu Ser Gly Ile Asp Phe Ile Ala Pro Leu Asn 165 170 175
Thr Pro Val Tyr Ala Ser Ala Asp Gly Ile Val Asp Phe Val Lys Thr 180 185 190
Arg Ser Asn Ala Gly Tyr Gly Asn Leu Val Arg Ile Glu His Ala Phe 195 200 205
Gly Phe Ser Ser Ile Tyr Thr His Leu Asp His Val Asn Val Gln Pro 210 215 220
Lys Ser Phe Ile Gln Lys Gly Gln Leu Ile Gly Tyr Ser Gly Lys Ser 225 230 235 240
Gly Asn Ser Gly Gly Glu Lys Leu His Tyr Glu Val Arg Phe Leu Gly 245 250 255
Lys Ile Leu Asp Ala Glu Lys Phe Leu Ala Trp Asp Leu Asp His Phe 260 265 270
Gln Ser Ala Leu Glu Glu Asn Lys Phe Ile Glu Trp Lys Asn Leu Phe 275 280 285
Trp Val Leu Glu Asp Ile Val Gln Leu Gln Glu His Val Asp Lys Asp 290 295 300
Thr Leu Lys Gly Gln 305 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:127: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 332 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 7 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...332 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:127:
Val Leu Tyr Phe Leu Thr Ser Leu Phe Ile Cys Ser Leu Ile Val Leu 1 5 10 15
Trp Ser Lys Lys Ser Met Leu Phe Val Asp Asn Ala Asn Lys Ile Gln 20 25 30
Gly Phe His His Ala Arg Thr Pro Arg Ala Gly Gly Leu Gly Ile Phe 35 40 45
Leu Ser Phe Ala Leu Ala Cys Tyr Leu Glu Pro Phe Glu Met Pro Phe 50 55 60
Lys Gly Pro Phe Val Phe Leu Gly Leu Ser Leu Val Phe Leu Ser Gly 65 70 75 80
Phe Leu Glu Asp Ile Asn Leu Ser Leu Ser Pro Lys Ile Arg Leu Ile
YV. 85 90 95
Leu Gln Ala val Gly Val Val Cys Ile Ile Ser Ser Thr Pro Leu Val 100 105 110
Val Ser Asp Phe Ser Pro Leu Phe Ser Leu Pro Tyr Phe Ile Ala Phe 115 120 125
Leu Phe Ala Ile Phe Met Leu Val Gly Ile Ser Asn Ala Ile Asn Ile 130 135 140
Ile Asp Gly Phe Asn Gly Leu Ala Ser Gly Ile Cys Ala Ile Ala Leu i 145 150 155 160
Leu Val Ile His Tyr Ile Asp Pro Ser Ser Leu Ser Cys Leu Leu Ala 165 170 175
Tyr Met Val Leu Gly Phe Met Val Leu Asn Phe Pro Ser Gly Lys Ile 180 185 180
Phe Leu Gly Asp Gly Gly Ala Tyr Phe Leu Gly Leu Val Cys Gly Ile 195 200 205
Ser Leu Leu His Leu Ser Leu Glu Gln Lys Ile Ser Val Phe Phe Gly 210 215 220
Leu Asn Leu Met Leu Tyr Pro Val Ile Glu Val Leu Phe Ser Ile Leu 225 230 235 240
Arg Arg Lys Ile Lys Arg Gln Lys Ala Thr Met Pro Asp Asn Leu His 245 250 255
Leu His Thr Leu Leu Phe Lys Phe Leu Gln Gln Arg Ser Phe Asn Tyr 260 265 270
Pro Asn Pro Leu Cys Ala Phe Ile Leu Ile Leu Cys Asn Leu Pro Phe 275 280 285
Ile Leu Ile Ser Val Leu Phe Arg Leu Asp Ala Tyr Ala Leu Ile 1 290 295 300
Ile Ser Leu Val Phe Ile Ala Cys Tyr Leu Ile Gly Tyr Ala Tyr Leu 305 310 315 320
Asn Arg Gln Val Cys Ala Leu Glu Lys Arg Ala Phe 325 330 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:128: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 271 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: i (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: ١ (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...271 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:128:
Met Asn Ile Phe Lys Arg Ile Ile Cys Val Thr Ala Ile Val Leu Gly 1 5 10 15 phe Phe Asn Leu Leu Asp Ala Lys His His Lys Glu Lys Lys Glu Asp 20 25 30
His Lys Ile Thr Arg Glu Leu Lys Val Gly Ala Asn Pro Val Pro His 35 40 45
Ala Gln Ile Leu Gln Ser val Val Asp Asp Leu Lys Glu Lys Gly Ile
فلح 60 55 50 Lys Leu Val Ile Val Ser Phe Thr Asp Tyr Val Leu Pro Asn Leu Ala 80 75 70 65 Leu Asn Asp Gly Ser Leu Asp Ala Asn Tyr Phe Gln His Arg Pro Tyr 95 90 85 5 Leu Asp Arg Phe Asn Leu Asp Arg Lys Met His Leu Val Gly Leu Ala . 110 105 100 Asn Ile His Val Glu Pro Leu Arg Phe Tyr Ser Gln Lys Ile Thr Asp : 125 120 115 Ile Lys Asn Leu Lys Lys Gly Ser Val Ile Ala Val Pro Asn Asp Pro 10 140 135 130 Ala Asn Gln Gly Arg Ala Leu Ile Leu Leu His Lys Gln Gly Leu Ile 160 155 150 145 Ala Leu Lys Asp Pro Ser Asn Leu Tyr Ala Thr Glu Phe Asp Ile val 175 170 165 15 Lys Asn Pro Tyr Asn Ile Lys Ile Lys Pro Leu Glu Ala Ala Leu Leu 150 185 180 Pro Lys Val Leu Gly Asp Val Asp Gly Ala Ile Ile Thr Gly Asn Tyr 205 200 135 Ala Leu Gln Ala Lys Leu Thr Gly Ala Leu Phe Ser Glu Asp Lys Asp 20 220 215 210 Ser Pro Tyr Ala Asn Leu Val Ala Ser Arg Glu Asp Asn Ala Gln Asp 240 235 230 225 Glu Ala Ile Lys Ala Leu Ile Glu Ala Leu Gln Ser Glu Lys Thr Arg 255 250 245 25 Lys Phe Ile Leu Asp Thr Tyr Lys Gly Ala Ile Ile Pro Ala Phe 270 265 260 INFORMATION FOR SEQ ID NO:129: )2( 30 (i} SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 316 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 35 (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: 40 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 1 (B) LOCATION 1...316 45 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:129: Met Gln Glu Phe Ser Leu Trp Cys Asp Phe Ile Glu Arg Asp Phe Leu 10 5 1 50 Glu Asn Asp Phe Leu Lys Leu Ile Asn Lys Gly Ala Ile Cys Gly Ala 25 20 Thr Ser Asn Pro Ser Leu Phe Cys Glu Ala Ile Thr Lys Ser Ala Phe 40 35 Tyr Gln Asp Glu Ile Ala Lys Leu Lys Gly Lys Lys Ala Lys Glu Ile 55 60 55 50 Tyr Glu Thr Leu Ala Leu Lys Asp Ile Leu Gln Ala Ser Ser Ala Leu 80 75 70 65 Met Pro Leu Tyr Glu Lys Asp Pro Asn Asn Gly Tyr Ile Ser Leu Glu
85 90 95
Ile Asp Pro Phe Leu Glu Asp Asp Ala Ile Lys Ser Ile Asp Glu Ala 100 105 110
Lys Arg Leu Phe Lys Thr Leu Asn Arg Pro Asn Val Met Ile Lys Val 115 120 125
Pro Ala Ser Glu Ser Ala Phe Glu Val Ile Ser Ala Leu Ala Gln Ala 130 135 140
Ser Ile Pro Ile Asn Val Thr Leu Val Phe Ser Pro Lys Ile Ala Gly : 145 150 155 160
Glu Ile Ala Gln Ile Leu Ala Lys Glu Ala Arg Lys Arg Ala Val Ile 165 170 175
Ser Val Phe Val Ser Arg Phe Asp Lys Glu Ile Asp Pro Leu Val Pro 180 185 190
Gln Asn Leu Gln Ala Gln Ser Gly Ile Met Asn Ala Thr Glu Cys Tyr 195 200 205
Tyr Gln Ile Asn Gln His Ala Asn Lys Leu Ile Ser Thr Leu Phe Ala 210 215 220
Ser Thr Gly Val Lys Ser Asn Ser Leu Ala Lys Asp Tyr Tyr Ile Lys 225 230 235 240 ala Leu Cys Phe Lys Asn Ser Ile Asn Thr Ala Pro Leu Asp Ala Leu 245 250 255
Asn Ala Tyr Leu Leu Asp Pro Asn Thr Glu Cys Gln Thr Pro Leu Lys 260 265 270
Ile Thr Glu Ile Glu Ala Phe Lys Lys Glu Leu Lys Thr His Asn Ile 275 280 285
Asp Leu Glu Asn Thr Ala Gln Lys Leu Leu Lys Glu Gly Leu Ile Ala 290 295 300
Phe Lys Gln Ser Phe Glu Lys Leu Leu Ser Ser Phe 305 310 315 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:130: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 260 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori ١ (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B} LOCATION 1...260 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:130:
Met Lys Thr Asn Gly His Phe Lys Asp Phe Ala Trp Lys Lys Cys Phe 1 5 10 15
Leu Gly Ala Ser Val Val Ala Leu Leu Val Gly Cys Ser Pro His Ile 20 25 30
Ile Glu Thr Asn Glu Val Ala Leu Lys Leu Asn Tyr His Pro Ala Ser 35 40 45
Glu Lys Val Gln Ala Leu Asp Glu Lys Ile Leu Leu Leu Arg Pro Ala 50 55 60
Phe Gln Tyr Ser Asp Asn Ile Ala Lys Glu Tyr Glu Asn Lys Phe Lys
YVY
65 70 75 80
Asn Gln Thr Thr Leu Lys Val Glu Glu Ile Leu Gln Asn Gln Gly Tyr 85 90 95
Lys Val Ile Asn Val Asp Ser Ser Asp Lys Asp Asp Phe Ser Phe Ala 100 105 110
Gln Lys Lys Glu Gly Tyr Leu Ala Val Ala Met Asn Gly Glu Ile 1 115 120 125
Leu Arg Pro Asp Pro Lys Arg Thr Ile Gln Lys Lys Ser Glu Pro Gly 130 135 140
Leu Leu Phe Ser Thr Gly Leu Asp Lys Met Glu Arg Val Leu Ile Pro 145 150 155 160
Ala Gly Phe Val Lys Val Thr Ile Leu Glu Pro Met Ser Gly Glu Ser 165 170 175
Leu Asp Ser Phe Thr Met Asp Leu Ser Glu Leu Asp Ile Gln Glu Lys 180 185 150
Phe Leu Lys Thr Thr His Ser Ser His Ser Gly Gly Leu Val Ser Thr 195 200 205
Met Val Lys Gly Thr Asp Asn Ser Asn Asp Ala Ile Lys Ser Ala Leu 210 215 220
Asn Lys Ile Phe Ala Ser Ile Met Gln Glu Met Asp Lys Lys Leu Thr 225 230 235 240
Gln Arg Asn Leu Glu Ser Tyr Gln Lys Asp Ala Lys Glu Leu Lys Asn 245 250 255
Lys Arg Asn Arg 260 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:131: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 1382 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SQURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...1382 Ll (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:131:
Leu Asn Phe Asn Asn Leu Thr Ala Asn Gly Ala Leu Asn Phe Asn Gly 1 5 10 15
Tyr Ala Pro Ser Leu Thr Lys Ala Leu Met Asn Val Ser Gly Gln Phe 20 25 30
Val Leu Gly Asn Asn Gly Asp Ile Asn Leu Ser Asp Ile Asn Ile Phe 35 40 45
Asp Asn Ile Thr Lys Ser Val Thr Tyr Asn Ile Leu Asn Ala Gln Lys 50 55 60
Gly Ile Thr Gly Ile Ser Gly Ala Asn Gly Tyr Glu Lvs Ile Leu Phe 65 70 75 80
Tyr Gly Met Lys Ile Gln Asn Ala Thr Tyr Ser Asp Asn Asn Asn Ile 85 90 95
Gln Thr Trp Ser Phe Ile Asn Pro Leu Asn Ser Ser Gln Ile Ile Gln
17ص 110 105 100 Glu Ser Ile Lys Asn Gly Asp Leu Thr Ile Glu Val Leu Asn Asn Pro 125 120 115 Asn Ser Ala Ser Asn Thr Ile Phe Asn Ile Ala Pro Glu Leu Tyr Asn 140 135 130 5 Tyr Gln Asp Ser Lys Gln Asn Pro Thr Gly Tyr Ser Tyr Asp Tyr Ser ؛ 160 155 150 145 Asp Asn Gln Ala Gly Thr Tyr Tyr Leu Thr Ser Asn Ile Lys Gly Leu ) 175 170 165 phe Thr Pro Lys Gly Ser Gln Thr Pro Gln Thr Pro Gly Thr Tyr Ser 10 150 185 180 Pro Phe Asn Gln Pro Leu Asn Ser Leu Asn Ile Tyr Asn Lys Gly Phe 205 200 195 Ser Ser Glu Asn Leu Lys Thr Leu Leu Gly Ile Leu Ser Gln Asn Ser 220 215 210 15 Ala Thr Leu Lys Glu Met Ile Glu Ser Asn Gln Leu Asp Asn Ile Thr 240 235 230 225 Asn Ile Asn Glu Val Leu Gln Leu Leu Asp Lys Ile Lys Ile Thr Gln 255 250 245 Ala Gln Lys Gln Ala Leu Leu Glu Thr Ile Asn His Leu Thr Asp Asn 20 270 265 260 Ile Asn Gln Thr Phe Asn Asn Gly Asn Leu Val Ile Gly Ala Thr Gln 285 280 275 Asp Asn Val Thr Asn Ser Thr Ser Ser Ile Trp Phe Gly Gly Asn Gly 300 295 290 25 Tyr Ser Ser Pro Cys Ala Leu Asp Ser Ala Thr Cys Ser Ser Phe Arg 320 315 310 305 Asn Thr Tyr Leu Gly Gln Leu Leu Gly Ser Thr Ser Pro Tyr Leu Gly 335 330 325 Tyr Ile Asn Ala Asp Phe Lys Ala Lys Ser Ile Tyr Ile Thr Gly Thr 30 350 345 340 Ile Gly Ser Ser Asn Ala Phe Glu Ser Gly Gly Ser Ala Asp Val Thr 365 360 355 Phe Gln Ser Ala Asn Asn Leu Val Leu Asn Lys Ala Asn Ile Glu Ala 380 375 370 35 Gln Ala Thr Asp Asn Ile Phe Asn Leu Leu Gly Gln Glu Gly Ile Asp 400 385 390 385 Lys Ile Phe Asn Gln Gly Asn Leu Ala Asn Val Leu Ser Gln Met Ala 415 410 405 Met Glu Lys Ile Lys Gln Ala Gly Gly Leu Gly Asn Phe Ile Glu Asn 40 430 425 420 Ala Leu Ser Pro Leu Ser Lys Glu Leu Pro Ala Ser Leu Gln Asp Glu 445 1 440 435 Thr Leu Gly Gln Leu Ile Gly Gln Asn Asn Leu Asp Asp Leu Leu Asn 460 455 450 45 Asn Ser Gly Val Met Asn Glu Ile Gln Asn Ile Ile Ser Gln Lys Leu 480 475 470 465 Ser Ile Phe Gly Asn Phe Val Thr Pro Ser Ile Ile Glu Asn Tyr Leu 495 490 485 Ala Lys Gln Ser Leu Lys Ser Met Leu Asp Asp Lys Gly Leu Leu Asn 50 510 505 500 Phe Ile Gly Gly Tyr Ile Asp Ala Ser Glu Leu Ser Ser Ile Leu Gly 525 520 515 Val Ile Leu Lys Asp Ile Thr Asn Pro Pro Thr Ser Leu Gln Lys Asp 540 535 530 55 Ile Gly Val Val Ala Asn Asp Leu Leu Asn Glu Phe Leu Gly Gln Asp 560 555 550 545 Val val Lys Lys Leu Glu Ser Gln Gly Leu Val Ser Asn Ile Ile Asn 575 570 565
م7 Asn Val Ile Ser Gln Gly Gly Leu Ser Gly Val Tyr Asn Gln Gly Leu 590 585 580 Gly Ser Val Leu Pro Pro Ser Leu Gln Asn Ala Leu Lys Glu Asn Asp 605 600 595 Leu Gly Thr Leu Leu Ser Pro Arg Gly Leu His Asp Phe Trp Gln Lys 5 620 615 610 Gly Tyr Phe Asn Phe Leu Ser Asn Gly Tyr Val Phe Val Asn Asn Ser + 640 635 630 625 Ser Phe Ser Asn Ala Thr Gly Gly Ser Leu Asn Phe Val Ala Asn Lys 655 650 645 10 Ser Ile Ile Phe Asn Gly Asp Asn Thr Ile Asp Phe Ser Lys Tyr Gln 670 665 660 Gly Ala Leu Ile Phe Ala Ser Asn Gly Val Ser Asn Ile Asn Ile Thr 685 680 675 Thr Leu Asn Ala Thr Asn Gly Leu Ser Leu Asn Ala Gly Leu Asn Asn 15 700 695 690 Val Ser Val Gln Lys Gly Glu Ile Cys Ile Asn Leu Ala Asn Cys Pro 720 715 710 705 Thr Thr Lys Asn Ser Ser Pro Ala Asn Ser Ser Val Thr Pro Thr Asn 735 730 725 20 Glu Ser Leu Ser Val His Ala Asn Asn Phe Thr Phe Leu Gly Thr Ile 750 745 740 Ile Ser Asn Gly Ala Ile Asp Leu Ser Gln Val Thr Asn Asn Ser Val 765 760 755 Ile Gly Thr Leu Asn Leu Asn Glu Asn Ala Thr Leu Gln Ala Asn Asn 25 780 775 770 Leu Thr Ile Thr Asn Ala Phe Asn Asn Ala Ser Asn Ser Thr Ala Asn 800 795 790 785 Ile Asp Gly Asn Phe Thr Leu Asn Gln Gln Ala Thr Leu Ser Thr Asn 815 810 805 30 Ala Ser Gly Leu Asn Val Met Gly Asn Phe Asn Ser Tyr Gly Asp Leu 830 825 820 Val Phe Asn Leu Ser His Ser Val Ser His Ala Ile Ile Asn Thr Gln 845 840 835 Gly Thr Ala Thr Ile Met Ala Asn Asn Asn Pro Leu Ile Gln Phe Asn 35 860 855 850 Ala Ser Ser Lys Glu Val Gly Thr Tyr Thr Leu Ile Asp Ser Ala Lys 880 875 870 865 Ala Ile Tyr Tyr Gly Tyr Asn Asn Gln Ile Thr Gly Gly Ser Ser Leu 895 890 885 40 Asp Asn Tyr Leu Lys Leu Tyr Ala Leu Ile Asp Ile Asn Gly Lys His 910 905 800 Met Val Met Thr Asp Asn Gly Leu Thr Tyr Asn Gly Gln Ala Val Ser 925 920 915 val Lys Asp Gly Gly Leu Val val Gly Phe Lys Asp Ser Gln Asn Gln 45 940 935 930 Tyr Ile Tyr Thr Ser Ile Leu Tyr Asn Lys Val Lys Ile Ala Val Ser 960 855 950 945 Asn Asp Pro Ile Asn Asn Pro Gln Ala Pro Thr Leu Lys Gln Tyr Ile 975 970 965 50 Ala Gln Ile Gln Gly Val Gln Ser Val Asp Ser Ile Asp Gln Ala Gly 990 985 980 Gly Asn Gln Ala Ile Asn Trp Leu Asn Lys Ile Phe Glu Thr Lys Gly 1008 1000 995 Ser Pro Leu Phe Ala Pro Tyr Tyr Leu Glu Ser His Ser Thr Lys Asp 55 1020 1015 1010 Leu Thr Thr Ile Ala Gly Asp Ile Ala Asn Thr Leu Glu val Ile Ala 1040 1035 1030 1025 Asn Pro Asn Phe Lys Asn Asp Ala Thr Asn Ile Leu Gln Ile Asn Thr va 1045 1050 1055
Tyr Thr Gln Gln Met Ser Arg Leu Ala Lys Leu Ser Asp Thr Ser Thr 1060 1065 1070
Phe Ala Arg Ser Asp Phe Leu Glu Arg Leu Glu Ala Leu Lys Asn Lys 1075 1080 1085
Arg Phe Ala Asp Ala Ile Pro Asn Ala Met Asp Val Ile Leu Lys Tyr 10920 1095 1100 !
Ser Gln Arg Asn Arg Val Lys Asn Asn Val Trp Ala Thr Gly Val Gly 1105 1110 1115 1120
Gly Ala Ser Phe Ile Ser Gly Gly Thr Gly Thr Leu Tyr Gly Ile Asn أ 1125 1130 1135
Val Gly Tyr Asp Arg Phe Ile Lys Gly Val Ile Val Gly Gly Tyr Ala 1140 1145 1150
Ala Tyr Gly Tyr Ser Gly Phe His Ala Asn Ile Thr Gln Ser Gly Ser 1155 1160 1165
Ser Asn Val Asn Val Gly Val Tyr Ser Arg Ala Phe Ile Lys Arg Ser 1170 1175 1180
Glu Leu Thr Met Ser Leu Asn Glu Thr Trp Gly Tyr Asn Lys Thr Phe 1185 1190 1185 1200
Ile Asn Ser Tyr Asp Pro Leu Leu Ser Ile Ile Asn Gln Ser Tyr Arg 1205 1210 1215
Tyr Asp Thr Trp Thr Thr Asp Ala Lys Ile Asn Tyr Gly Tyr Asp Phe 1220 1225 1230
Met Phe Lys Asp Lys Ser Val Ile Phe Lys Pro Gln Val Gly Leu Ser 1235 1240 1245
Tyr Tyr Tyr Ile Gly Leu Ser Gly Leu Arg Gly Ile Met Asp Asp Pro 1250 1255 1260
Ile Tyr Asn Gln Phe Arg Ala Asn Ala Asp Pro Asn Lys Lys Ser Val 1265 1270 1275 1280
Leu Thr Ile Asn Phe Ala Leu Glu Ser Arg His Tyr Phe Asn Lys Asn 1285 1290 12395
Ser Tyr Tyr Phe Val Ile Ala Asp Val Gly Arg Asp Leu Phe Ile Asn 1300 1305 1310
Ser Met Gly Asp Lys Met Val Arg Phe Ile Gly Asn Asn Thr Leu Ser 1315 1320 1325
Tyr Arg Asp Gly Gly Arg Tyr Asn Thr Phe Ala Ser Ile Ile Thr Gly 1330 1335 1340
Gly Glu Ile Arg Leu Phe Lys Thr Phe Tyr Val Asn Ala Gly Ile Gly 1345 1350 1355 1360 .
Ala Arg Phe Gly Leu Asp Tyr Lys Asp Ile Asn Ile Thr Gly Asn Ile 1365 1370 1375
Gly Met Arg Tyr Ala Phe 1380 1 )2( INFORMATION FOR SEQ ID NO:132: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 262 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE:
بال (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...262 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:132:
Met Lys Lys Ile Gly Leu Ser Leu Cys Leu Val Leu Ser Leu Gly Phe ! 15 10 5 1 Leu Lys Ala His Glu Val Ser Ala Glu Glu Ile Ala Asp Ile Phe Tyr 25 20 Lys Leu Asn Ala Lys Glu Pro Lys Met Lys Ile Asn His Thr Lys Gly 10 45 40 35 Phe Cys Ala Lys Gly Val Phe Leu Pro Asn Pro Gln Ala Arg Glu Asp 60 55 50 Leu Glu Val Pro Leu Leu Asn Glu Lys Glu Ile Pro Ala Ser Val Arg 80 75 70 65 15 Tyr Ser Leu Gly Gly Val Ala Met Asp Asp Lys Ser Lys Val Arg Gly 95 90 85 Met Ala Leu Lys Leu Glu Asn Gln Asn Ala Ser Trp Thr Met Val Met 110 105 100 Leu Asn Thr Glu Ile Asn Phe Ala Lys Asn Pro Glu Glu Phe Ala Gln 20 125 120 115 Phe Phe Glu Met Arg Leu Pro Lys Asn Gly Lys Val Asp Glu Ala Arg 140 135 130 Ile Lys Lys Leu Tyr Glu Glu Val Pro Ser Tyr Arg Asn Phe Ala Ala 160 155 150 5 25 Tyr Met Lys Thr Ile Gly Ile Ser Ser Ser Val Ala Asn Thr Pro Tyr 175 170 165 Tyr Ser Val His Ala Phe Lys Phe Lys Asp Lys Lys Glu Lys Leu Leu 130 185 180 Pro Ala Arg Trp Lys Phe Val Pro Lys Glu Gly Val Lys Tyr Leu Asn 30 205 200 195 Pro Gln Glu Leu Lys Gln Lys Asp Ser Asn Tyr Leu Leu Ser Ser Phe 220 215 210 Gln Gln His Leu Lys Asn Lys Pro Ile Glu Tyr Gln Met Tyr Leu Val 22s 230 235 240 35 Phe Ala Asn Gln Asn Asp Ala Thr Asn Asp Thr Thr Ala Leu Trp Lys 255 250 245 Gly Ser Ile Arg Asn Tyr 260
INFORMATION FOR SEQ ID NO:133: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: ’ (A) LENGTH: 246 amino acids (B) TYPE: amino acid 45 (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES 50 (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: 55 (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...246 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:133:
YVA
Met Lys Gln Phe Lys Lys Lys Pro Lys Lys Ile Lys Arg Ser His Gln 1 5 10 15
Asn Gln Lys Thr Ile Leu Lys Arg Pro Leu Trp Leu Met Pro Leu Leu 20 25 30
Ile Gly Gly Phe Ala Ser Gly Val Tyr Ala Asp Gly Thr Asp Ile Leu 35 40 45
Gly Leu Ser Trp Gly Glu Lys Ser Gln Lys Val Cys Val His Arg Pro 50 55 60
Trp Tyr Ala Ile Trp Ser Cys Asp Lys Trp Glu Glu Lys Thr Gln Gln 65 70 75 80
Phe Thr Gly Asn Gln Leu Ile Thr Lys Thr Trp Ala Gly Gly Asn Ala 85 90 95
Ala Asn Tyr Tyr His Ser Gln Asn Asn Gln Asp Ile Thr Ala Asn Leu 100 105 110
Lys Asn Asp Asn Gly Thr Tyr Phe Leu Ser Gly Leu Tyr Asn Tyr Thr 115 120 125
Gly Gly Glu Tyr Asn Gly Gly Asn Leu Asp Ile Glu Leu Gly Ser Asn 130 135 140
Ala Thr Phe Asn Leu Gly Ala Ser Ser Gly Asn Ser Phe Thr Ser Trp 145 150 155 160
Tyr Pro Asn Gly His Thr Asp Val Thr Phe Ser Ala Gly Thr Ile Asn 165 170 175
Val Asn Asn Ser Val Glu Val Gly Asn Arg Val Gly Ser Gly Ala Gly 180 185 190
Thr His Thr Gly Thr Ala Thr Leu Asn Leu Asn Ala Asn Lys Val Thr 195 200 205
Ile Asn Ser Asn Ile Ser Ala Tyr Lys Thr Ser Gln Val Asn Val Gly 210 215 220
Asn Ala Asn Ser Val Ile Thr Ile &Asn Ser Val Ser Leu Asn Gly Glu 225 230 235 240
Tyr Leu Gln Phe Phe Ser 245 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:134: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 245 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES ١ (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...245 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:134:
Met Ile Lys Lys Thr Leu Ala Ser Val Leu Leu Gly Leu Ser Leu Met 1 5 10 15
Ser Val Leu Asn Ala Lys Glu Cys Val Ser Pro Ile Thr Arg Ser Val 20 25 30
Lys Tyr His Gln Gln Ser Ala Glu Ile Arg Ala Leu Gln Leu Gln Ser
35 40 45
Tyr Lys Met Ala Lys Met Ala Leu Asp Asn Asn Leu Lys Leu Val Lys 50 55 60
Asp Lys Lys Pro Ala Val Ile Leu Asp Leu Asp Glu Thr Val Leu Asn 65 70 75 80
Thr Phe Asp Tyr Ala Gly Tyr Leu Val Lys Asn Cys Ile Lys Tyr Thr 85 90 ٍ 95
Pro Glu Thr Trp Asp Lys Phe Glu Lys Glu Gly Ser Leu Thr Leu Ile 100 105 110
Pro Gly Ala Leu Asp Phe Leu Glu Tyr Ala Asn Ser Lys Gly Val Lys 115 120 125
Ile Phe Tyr Ile Ser Asn Arg Thr Gln Lys Asn Lys Ala Phe Thr Leu 130 135 7 140
Lys Thr Leu Lys Ser Phe Lys Leu Pro Gln Val Ser Glu Glu Ser Val 5 150 155 160
Leu Leu Lys Glu Lys Gly Lys Pro Lys Ala val Arg Arg Glu Leu Val 165 170 175 . Ala Lys Asp Tyr Ala Ile Val Leu Gln Val Gly Asp Thr Leu His Asp 180 185 190
Phe Asp Ala Ile Phe Ala Lys Asp Ala Lys Asn Ser Gln Glu Gln Gln 195 200 205
Ala Lys Val Leu Gln Asn Ala Gln Lys Phe Gly Thr Glu Trp Ile Ile 210 215 220
Leu Pro Asn Ser Leu Tyr Gly Thr Trp Glu Asp Gly Pro Ile Lys Ala 5 230 235 240
Trp Gln Asn Lys Lys 245 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:135: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 288 amino acids (B} TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES {vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...288 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:135:
Leu Trp Cys Leu Lys Thr Pro Ile Ile Gly His Gly Met Lys Lys Lys 1 5 10 15
Ala Lys Val Phe Trp Cys Cys Phe Lys Met Ile Arg Trp Leu Tyr Leu 20 25 30
Ala Val Phe Phe Leu Leu Ser Val Ser Asp Ala Lys Glu Ile Ala Met 35 40 45
Gln Arg Phe Asp Lys Gln Asn His Lys Ile Phe Glu Ile Leu Ala Asp 50 55 60
Lys Val Ser Ala Lys Asp Asn Val Ile Thr Ala Ser Gly Asn Ala Ile 65 70 75 80
Leu Leu Asn Tyr Asp Val Tyr Ile Leu Ala Asp Lys Val Arg Tyr Asp
YA. 85 90 95
Thr Lys Thr Lys Glu Ala Leu Leu Glu Gly 2sn Ile Lys Val Tyr Arg 100 105 110
Gly Glu Gly Leu Leu Val Lys Thr Asp Tyr Val Lys Leu Ser Leu Asn 115 120 125
Glu Lys Tyr Glu Ile Ile Phe Pro Phe Tyr Val Gln Asp Ser Val Ser 130 135 140
Gly Ile Trp Val Ser Ala Asp Ile Ala Ser Gly Lys Asp Gln Lys Tyr 145 150 155 160
Lys Ile Lys Asn Met Ser Ala Ser Gly Cys Ser Ile Asp Asn Pro Ile 165 170 175
Trp His Val Asn Ala Thr Ser Gly Ser Phe Asn Met Gln Lys Ser His 180 - 185 190
Leu Ser Met Trp Asn Pro Lys Ile Tyr Val Gly Asp Ile Pro Val Leu 195 200 205
Tyr Leu Pro Tyr Ile Phe Met Ser Thr Ser Asn Lys Arg Thr Thr Gly 210 215 220
Phe Leu Tyr Pro Glu Phe Gly Thr Ser Asn Leu Asp Gly Phe Ile Tyr 225 230 235 240
Leu Gln Pro Phe Tyr Leu Ala Pro Lys Asn Ser Trp Asp Met Thr Phe 245 250 255
Thr Pro Gln Ile Arg Tyr Lys Arg Gly Phe Gly Leu Asn Phe Glu Ala 260 265 270
Arg Tyr Ile Asn Ser Lys Thr Gln Val Phe Ile Gln Cys Ala Leu Phe 275 280 285 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:136: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 128 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE 1722: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...128 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:136:
Leu 'Met Phe Lys Lys Met Cys Leu Ser Leu Leu Met Ile Ser Gly 1 1 5 10 15
Cys Val Gly علج Lys Zsp Leu Asp Phe Lys Leu Asp Tyr Arg Ala Thr 20 25 30
Gly Gly Lys Phe Met Gly Lys Met Thr Asp Ser Ser Leu Leu Ser Ile 35 40 45
Thr Ser Met Asn Asp Glu Pro Val Val Ile Lys Asn Leu Ile Val Asn 50 55 60 53 Arg Gly Asn Ser Cys Glu Zla Thr Lys Lys Val Glu Pro Lys Phe Gly 65 70 75 80
Asp Lys Phe Lys Lys Glu Lys Leu Phe Asp His Glu Leu Lys Tyr Ser 85 20 95
Gln Gln Ile Phe Tyr Erg Leu Asp Cys Lys Pro Asn Gln Leu Leu Glu
YAN
100 10S 110
Val Lys Ile Ile Thr Asp Lys Gly Glu Tyr Tyr His Lys Phe Ser Lys 115 120 125 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:137: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 169 amino acids (B) TYPE: amino acid ) (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: ٠ (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...169 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:137:
Met Gln Ala Leu Lys Ser Leu Leu Glu Val Ile Thr Lys Leu Gln Asn 1 5 10 15
Leu Gly Gly Tyr Leu Met His Ile Ala Ile Phe Ile Ile Phe Ile Trp
R 20 25 30
Ile Gly Gly Leu Lys Phe Val Pro Tyr Glu Ala Glu Gly Ile Ala Pro
Phe Val Ala Asn Ser Pro Phe Phe Ser Phe Met Tyr Lys Phe Glu Lys 60
Pro Ala Tyr Lys Gln His Lys Met Ser Glu Ser Gln Ser Met Gln Glu 65 70 75 80 35 Glu Met Gln Asp Asn Pro Lys Ile Val Glu Asn Lys Glu Trp His Lys 85 90 95
Glu Asn Arg Thr Tyr Leu Val Ala Glu Gly Leu Gly Ile Thr Ile Met 100 105 110
Ile Leu Gly Ile Leu Val Leu Leu Gly Leu Trp Met Pro Leu Met Gly 40 115 120 125
Val Val Gly Gly Leu Leu Val Ala Gly Met Thr Ile Thr Thr Leu Phe 130 135 140
Phe Phe Ile His Asn Ala Arg Ser Val Cys Gln Ser Ala Phe Pro Met 145 150 155 160 45 Ala Phe Trp Gly Trp Lys Ala Ser Gly 165 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:138: 50 {i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 487 amino acids (B) TYPE: amino acid )0( TOPOLOGY: linear 55 (ii) MOLECULE TYPE: protein
B (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE:
YAY
(A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...487 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:138:
Met Ile Glu Trp Met Gln Asn His Arg Lys Tyr Leu Val Val Thr Ile 31 5 10 15 ١
Trp Ile Ser Thr Ile Ala Phe Ile Ala Ala Gly Met Ile Gly Trp Gly 20 25 30
Gln Tyr Ser Phe Ser Leu Asp Ser Asp Ser Ala Ala Lys Val Gly Gln 35 40 45 1le Lys Ile Ser Gln Glu Glu Leu Ala Gln Glu Tyr Arg Arg Leu Lys 50 55 60
Asp Ala Tyr Ala Glu Ser Ile Pro Asp Phe Lys Glu Leu Thr Glu Asp 65 70 75 80
Gln Ile Lys Ala Met His Leu Glu Lys Ser Ala Leu Asp Ser Leu Ile 85 90 95
Asn Gln Ala Leu Leu Arg Asn Phe Ala Leu Asp Leu Gly Leu Gly Ala 100 105 110
Thr Lys Gln Glu Val Ala Lys Glu Ile Arg Lys Thr Asn Val Phe Gln 115 120 125
Lys Asp Gly Val Phe Asp Glu Glu Leu Tyr Lys Asn Ile Leu Lys Gln 130 135 140
Ser His Tyr Arg Pro Lys His Phe Glu Glu Ser Val Glu Arg Leu Leu 145 150 155 160
Ile Leu Gln Lys Ile Ser Ala Leu Phe Pro Lys Thr Thr Thr Pro Leu 165 170 175
Glu Gln Ser Ser Leu Ser Leu Trp Ala Lys Leu Gln Asp Lys Leu Asp 180 185 190
Ile Leu Ile Leu Asn Pro Asn Asp Val Lys Ile Ser Leu Asn Glu Glu 195 200 205
Glu Met Lys Lys Tyr Tyr Glu Asn His Arg Lys Asp Phe Lys Lys Pro 210 215 220
Thr Ser Phe Lys Thr Arg Ser Leu Tyr Phe Asp Ala Ser Leu Glu Lys 225 230 235 240
Thr Asp Leu Lys Glu Leu Glu Glu Tyr Tyr His Lys Asn Lys Val Ser 245 250 255
Tyr Leu Asp Lys Glu Gly Lys Leu Gln Asp Phe Lys Ser Val Gln Glu 260 265 270
Gln Val Lys His Asp Leu Asn Met Gln Lys Ala Asn Glu Lys Ala Leu 275 280 285
Arg Ser Tyr Ile Ala Leu Lys Lys Gly Asn Ala Gln Asn Tyr Thr Thr 250 295 300
Gln Asp Phe Glu Lys Asn Asn Ser Pro Tyr Thr Ala Glu Ile Thr Gln 305 310 315 320 : Lys Leu Thr Ala Leu Lys Pro Leu Glu Val Leu Lys Pro Glu Pro Phe 325 330 335
Lys Asp Gly Phe Ile Val Val Gln Leu Val Ser Gln Ile Lys Asp Glu 340 345 350
Leu Gln Asn Phe Asp Glu Ala Lys Ser Ala Leu Lys Thr Arg Leu Thr 355 360 365
Gln Glu Lys Thr Leu Met Ala Leu Gln Thr Leu Ala Lys Glu Lys Leu 370 375 380
Lys Asp Phe Lys Gly Lys Ser Val Gly Tyr Val Ser Pro Asn Phe Gly 385 390 385 400
Gly Thr Ile Ser Glu Leu Asn Gln Glu Glu Ser Ala Lys Phe Ile Asn
YAY
405 410 415
Thr Leu Phe Asn Arg Gln Glu Lys Lys Gly Phe Val Thr Tle Gly Asn 420 425 430
Lys Val val Leu Tyr Gln Ile Thr Glu Gln Asn Phe Asn His Pro Phe 435 440 445
Ser Ala Glu Glu Asn Gln Tyr Met Gln Arg Leu Val Asn Asn Thr Lys 450 455 460
Thr Asp Phe Phe Asp Lys Ala Leu Ile Glu Glu Leu Lys Lys Arg Tyr 465 470 475 480 ,
Lys Ile val Lys Tyr Ile Gln 485 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:139: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 142 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...142 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:139:
Met Lys Thr Asn Phe Tyr Lys Ile Lys Leu Leu Phe Ala Trp Cys Leu 1 5 10 15
Ile Ile Gly Met Phe Asn Ala Pro Leu Asn Ala Asp Gln Asn Thr Asp 20 25 30
Ile Lys Asp Ile Ser Pro Glu Asp Met Ala Leu Asn Ser Val Gly Leu 35 40 45
Val Ser Arg Asp Gln Leu Lys Ile Glu Ile Pro Lys Glu Thr Leu Glu 50 55 60
Gln Lys Val Ala Ile Leu Asn Asp Tyr Asn Asp Lys Asn Val Asn Ile 65 70 75 80
Lys Phe Asp Asp Ile Ser Leu Gly Ser Phe Gln Pro Asn Asp Asn Leu 85 90 95
Gly Ile Asn Ala Met Trp Gly Ile Gln Asn Leu Leu Met Ser Gln Met 100 105 110
Met Ser Asn Tyr Gly Pro Asn Asn Ser Phe Met Tyr Gly Tyr Ala Pro 115 120 125 : Thr Tyr Ser Asp Ser Ser Phe Leu Pro Pro Ile Leu Gly Tyr 130 135 140 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:140: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 208 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein
7ص (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori 5 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...208 ,
(x1) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:140: Leu Ile Asn Asn Asn Asn Asn Asn Lys Lys Leu Arg Gly Phe Phe Leu 10 5 1 Lys Val Leu Leu Ser Leu Val Val Phe Ser Ser Tyr Gly Ser Ala Asn 15 25 20 Asp Asp Lys Glu Ala Lys Lys Glu Ala Leu Glu Lys Glu Lys Asn Thr 40 35 Pro Asn Gly Leu Val Tyr Thr Asn Leu Asp Phe Asp Ser Phe Lys Ala 60 55 50 20 Thr Ile Lys Asn Leu Lys Asp Lys Lys Val Thr Phe Lys Glu Val Asn 80 75 70 65 Pro Asp Ile Ile Lys Asp Glu Val Phe Asp Phe Val Ile Val Asn Arg 95 90 85 val Leu Lys Lys Ile Lys Asp Leu Lys His Tyr Asp Pro Val Ile Glu 25 110 105 100 Lys Ile Phe Asp Glu Lys Gly Lys Glu Met Gly Leu Asn Val Glu Leu 125 120 115 Gln Ile Asn Pro Glu Val Lys Asp Phe Phe Thr Phe Lys Ser Ile Ser 140 135 130 30 Thr Thr Asn Lys Gln Arg Cys Phe Leu Ser Leu His Gly Glu Thr Arg 160 . 155 150 145 Glu Ile Leu Cys Asp Asp Lys Leu Tyr Asn Val Leu Leu Ala Val Phe 175 170 165 Asn Ser Tyr Asp Pro Asn Asp Leu Leu Lys His Ile Ser Thr Ile Glu 35 190 185 180 Ser Leu Lys Lys Ile Phe Tyr Thr Ile Thr Cys Glu Ala Val Tyr Leu 205 200 1395 INFORMATION FOR SEQ ID NO:141: )2( 40 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 245 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear 45 (ii) MOLECULE TYPE: protein ١ (iii) HYPOTHETICAL: YES
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_ feature 55 (B) LOCATION 1...245 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:141:
YAo
Met Ala Gly Thr Gln Ala Ile Tyr Glu Ser Ser Ser Ala Gly Phe Leu 1 5 10 15
Ser Gln Val Ser Ser Ile Ile Ser Ser Thr Ser Gly Val Ala Gly Pro 20 25 30
Phe Ala Gly Ile Val Ala Gly Ala Met Thr Ala Ala Ile Ile Pro Ile 35 40 45
Val val Gly Phe Thr Asn Pro Gln Met Thr Ala Ile Met Thr Gln Tyr 50 55 60
Asn Gln Ser Ile Ala Glu Ala Val Ser Val Pro Met Lys Ala Ala Asn 65 70 75 80 ‘
Gln Gln Tyr Asn Gln Leu Tyr Gln Gly Phe Asn Asp Gln Ser Met Ala 85 . 90 95
Val Gly Asn Asn Ile Leu Asn Ile Ser Lys Leu Thr Gly Glu Phe Asn 100 105 110 12la Gln Gly Asn Thr Gln Ser Ala Gln Ile Ser Ala Val Asn Ser Gln 115 120 125
Ile Ala Ser Ile Leu Ala Ser Asn Thr Thr Pro Lys Asn Pro Ser Ala 130 135 140
Ile Glu Ala Tyr Ala Thr Asn Gln Ile Ala Val Pro Ser Val Pro Thr 5 150 155 160
Thr Val Glu Met Met Ser Gly Ile Leu Gly Asn Ile Thr Ser Ala Ala 165 170 175
Pro Lys Tyr Ala Leu Ala Leu Gln Glu Gln Leu Arg Ser Gln Ala Ser 180 185 190
Asn Ser Ser Met Asn Asp Thr Ala Asp Ser Leu Asp Ser Cys Thr Ala 15 200 205
Leu Gly Ala Leu Val Gly Ser Ser Lys Val Phe Phe Ser Cys Met Gln 210 215 220
Ile Ser Met Thr Pro Met Ser Val Ser Met Pro Thr Val Met Pro Asn 5 230 235 240
Thr Ser Gly Cys His 245 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:142: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 367 amino acids (BY TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: : (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...367 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:142:
Met Ile Lys Ser Val Glu Ile Glu Asn Tyr Lys Asn Phe Glu His Leu 1 5 10 15
Lys Met Glu Asn Phe Lys Leu Ile Asn Phe Phe Thr Gly Gln Asn Asp 20 25 30
Ala Gly Lys Thr Asn Leu Leu Glu Ala Leu Tyr Thr Asn Thr Gly Leu 35 40 45
YA
>
Cys Asp Pro Thr Ala Asn Gln Val Ser Leu Pro Pro Glu His Ala Val 50 55 60
Asn Ile Ser Glu Phe Arg Lys Ile Lys Leu Asp Ala Asp Asn Leu Lys 65 70 75 80
Thr Phe Phe Tyr Gln Gly Asn Thr Ala Asn Pro Ile Ser Ile Arg Thr 85 90 95
Glu Phe Glu His Ala Thr Ile Pro Leu Thr Ile Gln Tyr Pro Thr Gln 100 105 110 ا Thr Ser Tyr Ser Lys Asp Ile Asn Leu Asn Ser Asp Asp Ala His Met 11s 120 125 '
Thr Asn Leu Ile Asn Thr Thr Ile Thr Lys Pro Gln Leu Gln Phe Ser 130 135 140
Tyr Asn Pro Ser Leu Ser Pro Met Thr Met Thr Tyr Glu Phe Glu Arg : 145 150 155 160
Gln Asn Leu Gly Leu Ile His Ser Asn Leu Asp Lys Ile Ala Gln Thr 165 170 175
Tyr Lys Glu Asn Ala Met Phe Ile Pro Ile Glu Leu Ser Ile Val Asn 180 185 130
Ser Leu Lys Ala Leu Glu Asn Leu Gln Leu Ala Ser Lys Glu Lys Glu 195 200 205
Leu Ile Glu Ile Leu Gln Cys Phe Asn Pro Asn Ile Leu Asn Ala Asn 210 215 220
Thr Ile Arg Lys Ser Val Tyr Ile Gln Ile Lys Asp Glu Asn Thr Pro 225 230 235 240
Leu Glu Glu Ser Pro Lys Arg Leu Leu Asn Leu Phe Gly Trp Gly Phe 245 250 255
Ile Lys Phe Phe Ile Met Val Ser Ile Leu Ile Asp Asn Arg Val Lys 260 265 270
Tyr Leu Phe Ile Asp Glu Ile Glu Ser Gly Leu His His Thr Lys Met 275 280 285
Gln Glu Phe Leu Lys Ala Leu Phe Lys Leu Ala Gln Lys Leu Gln Ile 290 295 300
Gln Ile Phe Ala Thr Thr His Asn Lys Glu Phe Leu Leu Asn Ala Ile 305 310 315 320
Asn Thr Ile Ser Asp Asn Glu Thr Gly Val Phe Lys Asp Ile Ala Leu 325 330 335
Phe Glu Leu Glu Lys Glu Ser Ala Ser Gly Phe Ile Arg His Ser Tyr 340 345 350
Ser Met Leu Glu Lys Ala Leu Tyr Arg Gly Met Glu Val Arg Gly 355 360 365 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:143: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 409 amino acids (B} TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear ; (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: / (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...409 ا
YAV
(xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:143:
Met Ser Leu Ile Arg Val Asn Gly Glu Ala Phe Lys Leu Ser Leu Glu 1 5 10 15 ser Leu Glu Glu Asp Pro Phe Glu Thr Lys Glu Thr Leu Glu Thr Leu 20 25 30
Glu Thr Leu Ile Lys Gln Thr Ser val Val Leu Leu Ala Ala Gly Glu 35 40 45
Ser Lys Arg Phe Ser Arg Ala Ile Lys Lys Gln Trp Leu Arg Ser His , 50 55 60
His Thr Pro Leu Trp Leu Ser Val Tyr Glu Ser Phe Lys Glu Ala Leu 65 70 75 80
Asp Phe Lys Glu Val Ile Leu Val Val Ser Glu Leu Asp Tyr Val Tyr 85 90 95
Ile Gln Arg His Tyr Pro Lys Ile Lys Leu Val Lys Gly Gly Ala Ser 100 105 110
Arg Gln Glu Ser Val Arg Asn Ala Leu Lys Val Ile Asp Ser Thr Tyr 115 120 125
Thr Ile Thr Ser Asp Val Ala Arg Gly Leu Ala Asn Met Glu Ala Leu 130 135 140
Lys Ser Leu Phe Leu Thr Leu Gln Gln Thr Ser His Tyr Cys Ile Ala 145 150 155 160
Pro Tyr Leu Pro Cys Tyr Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Asn Glu Ala Leu 165 170 175
Asp Arg Glu Ala Ile Lys Leu Ile Gln Thr Pro Gln Leu Ser His Thr 180 185 190
Lys Thr Leu Gln Ser Ala Leu Asn Gln Gly Gly Phe Lys Asp Glu Ser 195 200 205
Ser Ala Ile Leu Gln Ala Phe Pro Asn Ser Val Ser Tyr Ile Glu Gly 210 215 220
Ser Lys Asp Leu His Lys Leu Thr Thr Ser Gly Asp Leu Lys Phe Phe 225 230 235 240
Thr Pro Phe Phe Asn Pro Ala Lys Asp Thr Phe Ile Gly Met Gly Phe 245 250 255
Asp Thr His Ala Phe Ile Lys Asp Lys Pro Met Val Leu Gly Gly val 260 265 270
Val Leu Asp Cys Glu Phe Gly Leu Lys Ala His Ser Asp Gly Asp Ala 275 280 285
Leu Leu His Ala Val Ile Asp Ala Ile Leu Gly Ala Ile Lys Gly Gly 290 295 300
Asp Ile Gly Glu Trp Phe Pro Asp Asn Asp Pro Lys Tyr Lys Asn Ala 305 310 315 320
Ser Ser Lys Glu Leu Leu Lys Ile Val Leu Asp Phe Ser Gln Ser Ile 325 330 335
Gly Phe Glu Leu Leu Glu Met Gly Ala Thr Ile Phe Ser Glu Ile Pro 340 345 350
Lys Ile Thr Pro Tyr Lys Pro Ala Ile Leu Glu Asn Leu Ser Gln Leu : 355 360 365
Leu Gly Leu Glu Lys Ser Gln Ile Ser Leu Lys Ala Thr Thr Met Glu 370 375 380
Lys Met Gly Phe Ile Gly Lys Gln Glu Gly Leu Leu Val Gln Ala His 385 390 395 400
Val Ser Met Arg Tyr Lys Gln Lys Leu 405 : (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:144: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 270 amino acids
YAA
(B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori ) (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...270 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:144:
Met Lys Lys Phe Val Ala Leu Gly Leu Leu Ser Ala Val Leu Ser Ser 1 5 10 15
Ser Leu Leu Ala Glu Gly Asp Gly 1 Tyr Ile Gly Thr Asn Tyr Gln 20 25 30
Leu Gly Gln Ala Arg Leu Asn Ser Asn Ile Tyr Asn Thr Gly Asp Cys 35 40 45
Thr Gly Ser Val Val Gly Cys Pro Pro Gly Leu Thr Ala Asn Lys His 50 55 60
Asn Pro Gly Gly Thr Asn Ile Asn Trp His Ser Lys Tyr Ala Asn Gly 65 70 75 80
Ala Leu Asn Gly Phe Gly Leu Asn Val Gly Tyr Lys Lys Phe Phe Gln 85 90 95
Phe Lys Ser Leu Asp Met Thr Ser Lys Trp Phe Gly Phe Arg Val Tyr 100 105 110
Gly Leu Phe Asp Tyr Gly His Ala Asp Leu Gly Lys Gln Val Tyr Ala 115 120 125
Pro Asn Lys Ile Gln Leu Asp Met Val Ser Trp Gly Val Gly Ser Asp 130 135 140
Leu Leu Ala Asp Ile Ile Asp Lys Asp Asn Ala Ser Phe Gly Ile Phe 145 150 155 160
Gly Gly Val Ala Ile Gly Gly Asn Thr Trp Lys Ser Ser Ala Ala Asn 165 170 175
Tyr Trp Lys Glu Gln Ile Ile Glu Ala Lys Gly Pro Asp Val Cys Thr 180 185 190
Pro Thr Tyr Cys Asn Pro Asn Ala Pro Tyr Ser Thr Asn Thr Ser Thr 135 200 205
Val Ala Phe Gln Val Trp Leu Asn Phe Gly 731 Arg Ala Asn Ile Tyr 210 215 220
Lys His Asn Gly Val Glu Phe Gly Val Arg Val Pro Leu Leu Ile Asn 225 230 235 240
Lys Phe Leu Ser Ala Gly Pro Asn Ala Thr Asn Leu Tyr Tyr His Leu 245 250 255 , Lys Arg Asp Tyr Ser Leu Tyr Leu Gly Tyr Asn Tyr Thr Phe 260 265 270 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:145: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 438 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein
YAA
(iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...438 , (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:145:
Met Ala Tyr Lys Pro Asn Lys Lys Lys Leu Lys Glu Leu Arg Glu Gln 1 5 10 15
Pro Asn Leu Phe Ser Ile Leu Asp Lys Gly Asp Val Ala Thr Asn Asn
Pro Val Glu Glu Ser Asp Lys Ala Asn Lys Ile Gln Glu Pro Leu Pro
Tyr Val Val Lys Thr Gln Ile Asn Lys Ala Ser Met Ile Ser Arg Asp 20 50 55 60
Pro Ile Glu Trp Ala Lys Tyr Leu Ser Phe Glu Lys Arg Val Tyr Lys 65 70 75 80
Asp Asn Ser Lys Glu Asp Val Asn Phe Phe Ala Asn Gly Glu Ile Lys 85 90 95 25 Glu Ser Ser Arg Val Tyr Glu Ala Asn Lys Glu Gly Phe Glu Arg Arg 100 105 110
Ile Thr Lys Arg Tyr Asp Leu Ile Asp Arg Asn Ile Asp Arg Asn Arg 115 120 125
Glu Phe Phe Ile Lys Glu Ile Glu Ile Leu Thr His Thr Asn Ser Leu 30 130 135 140
Lys Glu Leu Lys Glu Gln Gly Leu Glu Ile Gln Leu Thr His His Asn 145 150 155 160
Glu Thr His Lys Lys Ala Leu Glu Asn Gly Asn Glu Ile 1 Lys Glu : 165 170 175 35 Tyr Asp His Leu Lys Asp Ile Tyr Gln Glu Val Glu Arg Thr Lys Asp 180 185 190
Gly Gly Leu Val Arg Glu Ile Ile Pro Ser Ile Ser Ser Ala Glu Tyr 195 200 205
Phe Lys Leu Tyr Asn Lys Leu Pro Phe Glu Ser Ile Asn Asn Glu Asn 40 210 215 220
Thr Lys Leu Asn Thr Asn Asp Asn Glu Glu Val Lys Lys Leu Glu Phe 225 230 235 240
Glu Leu Ala Lys Glu Val His Ile Leu Ile Leu Glu Gln Gln Leu Leu 245 250 255 45 Ser Ala Thr Asn Tyr Tyr Ser Trp Ile Asp Lys Asp Asp Asn Ala Asn 260 265 270
Phe Ala Trp Lys Met His Arg Leu Ile Asn Glu Asn Lys Leu Lys Glu 225 280 285
Asn His Leu Ser Ala Asn Asn Ala Asn Lys Ile Lys Gln Phe Phe Phe 290 295 300
Asn Asn Gly Ser Ile Leu Gly Trp Thr Lys Glu Glu Gln Ser Ala Ile 305 310 315 320
Gln Glu Asn Arg Asp Tyr Ser Leu Arg Ser Ala Leu Leu Ser Leu Glu 325 330 335
Glu Ile ala Gln Ala Lys Ile Glu Leu Gla Lys Tyr Tyr Glu Ser Val 340 345 350
Tyr Val Asn Gly Asp Gly Asn Lys Arg Glu Ile Lys Pro Phe Lys Glu 355 360 365
Ile Leu Arg Asp Thr Asn Asn Phe Glu Lys Ala Tyr Lys Glu Arg Tyr
YA. 370 375 380
Asp Lys Leu Val Ser Leu Ser Ala Ala Ile Ile Gln Ala Lys Glu Gly 385 390 395 400
Gly Asn Glu Arg Pro Asn Ser Ser Ala Asn Asn Asn Asn Pro Ile Lys 405 410 415
Asn Thr Ile Glu Thr Asn Thr Ser Asn Asn Ile Ile Gln Asn Asn Asp 420 425 430
Asn Ile Ile Ile Gln Ile 435 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:146: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 215 amino acids (B) TYPE: amino acid (D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein (iii) HYPOTHETICAL: YES (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...215 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:146:
Met Gln Ala Leu Lys Ser Leu Leu Glu Val Ile Thr Lys Leu Gln Asn 1 5 10 15
Leu Gly Gly Tyr Leu Met His Ile Ala Ile Phe Ile Ile Phe Ile Trp 20 25 30
Ile Gly Gly Leu Lys Phe Val Pro Tyr Glu Ala Glu Gly Ile Ala Pro 35 40 45
Phe Val Ala Asn Ser Pro Phe Phe Ser Phe Met Tyr Lys Phe Glu Lys 50 55 60
Pro Ala Tyr Lys Gln His Lys Met Ser Glu Ser Gln Ser Met Gln Glu es 70 75 80
Glu Met Gln Asp Asn Pro Lys Ile Val Glu Asn Lys Glu Trp His Lys 85 90 95
Glu Asn Arg Thr Tyr Leu Val Ala Glu Gly Leu Gly Ile Thr Ile Met 100 105 110
Ile Leu Gly Ile Leu Val Leu Leu Gly Leu Trp Met Pro Leu Met Gly 115 120 125
Val Val Gly Gly Leu Leu Val Ala Gly Met Thr Ile Thr Thr Leu Ser 130 135 140 : Phe Leu Phe Thr Thr Pro Glu Val Phe Val Asn Gln His Phe Pro Trp 5 150 155 160
Leu Ser Gly Ala Gly Arg Leu Val Val Lys Asp Leu Ala Leu Phe 218 165 170 175
Gly Gly Leu Phe Val Ala Gly Phe Asp Ala Lys Arg Tyr Leu Glu Gly 180 185 190 ’
Lys Gly Phe Cys Leu Met Asp Arg Ser Ser Val Gly Ile Lys Thr Lys 195 200 205
Cys Ser Ser Gly Cys Cys Ser 210 215
Ya\ {2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:147: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 20 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) : ‘ (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE:- NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...20 (x1) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:147:
TATACCATGG TGGGCGCTAA 20 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:148: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:148: ! ATGAATTCGA GTAAGGATTT TTG 23 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:149: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
Yay : (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SQURCE: : (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature ‘ (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:149: ١
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:150: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:150:
TAGRAATTCGC ATAACGATCA ATC 23 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:151: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: )2( LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double . (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO / (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE:
YAY
(A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:151:
ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:152: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: ١ (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO {vi} ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...25 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:152:
ATGAATTCAA TTITTTATTT TGCCA 25 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:153: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 21 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular {ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) {iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: , (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...21 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:153:
AATTCCATGG TGGGGGCTAT G 21 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:154:
56ص (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid {C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 5 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO ‘ 10 (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:154: 20 ATGAATTCTC GATAGCCARA ATC 23 INFORMATION FOR SEQ ID NO:155: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 30 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...25 ’ (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:155: 45 AATTCCATGG TGCATAACTT CCATT 25 ١ (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:156:
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 55 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
Yao (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (BR) LOCATION 1...25 ١ (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:156:
AAGAATTCTC TAGCATCCAA ATGGA 25 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:157: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 24 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO {vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...24 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:157:
ATTTCCATGG TCATGTCTCA TATT 24 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:158: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular ; (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori {ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...23
Yau (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:158:
ATGAATTCCA TCTTTTATTC CAC 23 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:159: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 27 base pairs (B) TYPE: nucleic acid ‘ (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...27 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:159:
ARCCATGGTG ATTTTAAGCA TTGAAAG 27 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:160: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 28 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori , (ix) FEATURE: : (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...28 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:160:
AAGAATTCCA CTCAAAATTT TTTAACAG 28 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:161: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs
يا (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 5 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 15 (B) LOCATION 1...25 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:161: GATCATCCAT ATGTTATCTT CTAAT 25 20 INFORMATION FOR SEQ ID NO:162: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs 25 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (1i) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 30 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature 40 (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:162: 23 وى TGRBATTCAAC CATTTTAACC 45 INFORMATION FOR SEQ ID NO:163: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS : ! (A) LENGTH: 27 base pairs 50 (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) 55 (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
ِ Y4A (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEZY: misc_feature : (B) LOCATION 1...27 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:163:
TATACCATGG TGAAATTTTT TCTTTTA 27 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:164: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double . (ط) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...25 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:164:
AGAATTCAAT TGCGTCTTGT AAAAG 25 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:165: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 24 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (11) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...24 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:16S:
Yad
TATACCATGG TGATGGACAA ACTC 24 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:166: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular ١ (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori ٠ (ix) FEATURE: {A) NAME/KZY: misc_feature (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:166:
ATGAATTCCC ACTTGGGGCG ATA 23 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:167: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO } (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: : (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 5 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:167:
TTATGGATCC AAACCAATTA دممح 25 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:168: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double
.ل (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO 5 (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori . 10 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...23
(xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:168: TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC 23 INFORMATION FOR SEQ ID NO:169: )2( 20 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double 25 (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO 30 (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori 35 (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22
(xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:169: TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22 INFORMATION FOR SEQ ID NO:170: )2( 45 (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 24 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double 50‘ (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO 55 (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE:
.أ (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...24 5 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:170: TAGAATTCGC CTCTAAAACT TTAG 24 . 10 INFORMATION FOR SEQ ID NO:171: , )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: : (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 15 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 25 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22 30 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:171: TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22
INFORMATION FOR SEQ ID NO:172: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 40 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO {iv} ANTI-SENSE: NO , (vi) ORIGINAL SOURCE: 50 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...23 55 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:172: TAGRATTCGC ATAACGATCA ATC 23
9٠9.١ (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:173: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:173:
ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:174: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...25 : (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:174:
ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:175: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular
(ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: , (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:175:
AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG 23 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:176: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...25 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:176:
ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT 25 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:177: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 24 base pairs (B}) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double ' (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
9ص (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...24 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:177: 5 GATACCATGG AATTTATGAA AAAG 24 INFORMATION FOR SEQ ID NO:178: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 25 base pairs : (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 15 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...25 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:178: 30 TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAC 25 INFORMATION FOR SEQ ID NO:179: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 40 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: : (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...19~ (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:179: 55 CCCTTCATTT TAGARAATCG 19 INFORMATION FOR SEQ ID NO:180: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 20 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE:.NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...20 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:180:
ATTTCAACCA ATTCRAATGCG 20 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:181: : (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 20 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...20 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:181: li GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT 20 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:182: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
ص (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO {vi} ORIGINAL SOURCE: 5 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature ‘ (B) LOCATION 1...22 10 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:182: TCGCTCCAAG ATACCARAGAA GT 22
INFORMATION FOR SEQ ID NO:183: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 20 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
(iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 30 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22 35 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:183: CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG 22
INFORMATION FOR SEQ ID NO:184: )2( (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid 45 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) ١
(iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: 55 (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature
Y.v (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:184: 2700077777 ACCCAAAGAA GT 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:185: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:185:
ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:186: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...19 {xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:186:
CTTTGGGTAA AAACGCATC 19 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:187: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS:
Y.A (A) LENGTH: 20 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...20 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:187:
CGATCTTTGA TCCTAATTCA 20 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:188: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...19 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:188:
ATCAAGTTGC CTATGCTGA 19 0 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:189: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
حأ (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:189: 10 TTGAACACTT TTGATTATGC GG 22 INFORMATION FOR SEQ ID NO:190: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 23 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 20 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...23 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:190: 35 GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG 23 INFORMATION FOR SEQ ID NO:191: )2(
(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 21 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular 45 (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) } 7 (iii) HYPOTHETICAL: NO
(iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
(ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...21
AA
(xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:191:
GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C 21 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:192: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 21 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...21 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:192:
AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C 21 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:193: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 18 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: : (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...18 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:193:
CTTATGGGGG TATTGTCA / 18 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:194: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 18 base pairs (B) TYPE: nucleic acid
١١ (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...18 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:194:
AGCATGTGGG TATCCAGC 18 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:195: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...19 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:195:
AGGTTGTTGC CTAAAGACT 19 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:196: ! (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 18 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
A
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...18 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:196:
CTGCCTCCAC CTTTGATC ١ 18 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:197: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO R (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 9 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:197:
ACCAATATCA ATTGGCACT 19 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:198: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 18 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO ? ١ (iv) ANTI-SENSE: NO : (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...18 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO0O:198:
YAY
ACTTGGAAAL GCTCTGCA 18 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:199: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 19 base pairs (B} TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular ١ (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_ feature (B) LOCATION 1...19 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:199:
CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:200: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 18 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (1ii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...18 } (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:200:
GTTGAAGTGT TGGTGCTA 18 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:201: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS : double (D) TOPOLOGY: circular
AR} (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori } (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:201:
CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:202: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 22 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...22 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:202:
TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG 22 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:203: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 21 base pairs ! (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO {iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori
Yio (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...21 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:203:
GCCCATAATC AAAAAGCCCA T 21 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:204: ‘ (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 24 base pairs (B) TYPE: nucleic acid ا 15 (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...24 5 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:204:
CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC 24 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:205: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 16 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (11) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO ? (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...16 (x1) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:205:
GTAAAACGAC GGCCAG 16 vi (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:206: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 17 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc feature (B) LOCATION 1...17 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:206:
CAGGARAACAG CTATGAC 17 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:207: (i) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 21 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic) (1ii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO (vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...21 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:207:
ATCTTACCTA TCACCTCAAA T 21 (2) INFORMATION FOR SEQ ID NO:208: (1) SEQUENCE CHARACTERISTICS: (A) LENGTH: 21 base pairs (B) TYPE: nucleic acid (C) STRANDEDNESS: double (D) TOPOLOGY: circular (ii) MOLECULE TYPE: DNA (genomic)
ايحأ (iii) HYPOTHETICAL: NO (iv) ANTI-SENSE: NO
(vi) ORIGINAL SOURCE: (A) ORGANISM: Helicobacter pylori (ix) FEATURE: (A) NAME/KEY: misc_feature ‘ 10 (B) LOCATION 1...21 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:208: acacacecaac aTerTTGTGA A 21 15
Claims (1)
- Y\A عناصر الحماية-١ ١ حامض نووي معزول يتضمن تسلسل نكليوتيد يشفر بولي بيبتيد بكتيريا "117102 متماثل تركيباً bo نسبته 7/10 على الأقل لتسلسل حامض أميني منتقى١ ؟- حامض نووي معزول متضمنا تسلسل تكليوتيد يشفر بولي بيبتيد بكتيريا7 لارقام | لمرجعية من I منتقى من المجموعة ا لمتكونة من التسلسلات ذوا ت H.Pylori Y Av dy١ - حامض نووي معزول يشفر بولي بيبتيد بكتيريا H.Pylori متضمنا تسلسل" تكليوتيد مماثل تركيبياً لما نسبته .71 على الاقل من تسلسل تكليوتيد منتقى من المجموعة | لمتكونة من التسلسلات 93 I & | لارقام ا لمرجعية من \ إلى ألا أو تكملة من 3 هذه التسلسلات .١ ؟ - الحامض النووي المعزول وفقاً للعنصر ١ ؛ محتوياً على تسلسل نكليوتيد منتقى Y من المجموعة | لمكونة من f لتسلسلات [St lsd إلا رقا ¢ J لمرجعية من أ I لى VY: أو تكملة منها.90١ - جزيء حامض gos معزول يشفر بولي بيبتيد بكتيريا 11.7107 , محتويا على " تسلسل تكليوتيد يتهجن تحت ظروف تهجين صارمة إلى جزي حامض تووي محتوي * على تسلسل النكليوتيد المنتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام ia . أو تكملة منها AY لرجعية بدء من \ وحتى | 3 تكليوتيد | تت في | لطول A معزول محتوي على تسلسل تكليوتيد ذي (SI حا مض -1 ١ على الأقل ؛, حيث يتهجن التسلسل تحت شوط تهجين صارمة إلى حمض نووي محتوي Y تسلسل تكليوتيد منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام le YF . أو تكملة منها VY إلى ١ المرجعية 3 غلاف خلية Sala متضمنا تسلسل نكليوتيد يشفر بوي لي J حا مض نووي معزوى -١ \ لمذكور منتقى من I يكون | لحامض ا لنووي Ea ia أو جزء H.Pylori يكتيريا 7 3 Yo < ¢ 0 \ . < 1 ‘ ب ¢ Yo I1 Y لتسلسلات ذوات الارقام المرعية J المجموعة المكونة من Ve شر كر AN لف NEC EY (VN نك الات فك د oY YL لك يذ عر لكر YA, فد YY ¢ . أو تكملة منها 1٠ 1 0 حيث يكون يو لى بييتيد غلاف خلية ٠ 7 و فقا للعنصر Jd الحا مض | لنووي | لمعزو - A \H.Pylori غشاء داخلى ليكتيريا data He Lia المذكور أو جزء H.Pylori بكتيريا Y لمكونة من | لتسلسلا تٍ {de من | لمجمو rir rly مت مشفر بواسطة حا مض " نووي ia أو جزء Y . أو تكملة منها , EAL YO 7 ؛ ذوات الرقام المرجعية حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية V الحامض النووي المعزول وفقاً للعنصر - ١١ أو HPylor أو جزء منه بولى بيبتيد غشاء خارجى من بكتيريا H.Pylori بكتيريا Y جزد منه مشفر بواسطة حامض نووي منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ¥ ف OY YL YAN ANA فاخت مه 1. VL ذوات الارقام المرجعية ¢YY. . أو تكملة منها VY 1١٠ NEL EYL ا 0A, ته 0 الحامض النووي المعزول وفقاً للعتصر 4 ؛, حيث يكون بولي بيبتيد الفشاء - ٠١١H.Pylori يكتيريا dha, بولى ia المذكور أو جزء H.Pylori الخارجى ليكتيريا محتوي على فضلة متقية من فينيل ألانين طرفي ؛ وعلى مجموعة تيروسين طرفية F حامض نووي منتقى من المجموعة المكوفة من EN جزء منه ؛ مشفر sl C- 3 . تكملة متها PRL PELE 146 2 ه التسلسلات ذوات الاقام المرجعية حيث يكون بولي بيبتيد الغشضاء , A للعنصر lay الحامض النووي المعزول - ١١ ١ HPYlori المذكور أو جزء منه بولي بيبتيد بكتيريا HPylori الخارجي لبكتيريا " محتوي على فضلة متبقية من فينيل الانين طرفي أو جزء منه مشفر بواسطة حامض YF«Yo. fo. MN لمرجعية I لارقام ١ لمكونة من التسلسلات ذوا ت I نووى منتقى من المجموعة 2 . ؛ أو تكملة منها 00 030 04007 YL ممما خا م YALL VL YY 0 حامض تووي معزول متضمنا تسلسل نكليوتيد يشفر بولي بيبتيد غلاف خلية - ٠ \ أو جزء منه منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات HPylori بكتيريا Y كحلا CAV اح خلا ا لل فكلا خكا CAA AAV الارقام المرجعية اخ .كا اا خط الى CAE انكل ان ملا اام تلاط AYA AYV الى فمكل ¢ 6 0؛ حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية ١١ لحامض النووي المعزول وفقاً للعنصر - ١1“ ١H.Pylori لبكتيريا das بيبتيد غشاء dou المذكور أو جزء منه H Pylori يكتيريا Y aA « 74 رت ا لأرقام | لمرجعية lod مثه منتقى من | لملجموعة لمؤلفة من } لتسلسلات IRE ا أوAYN. حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية VY الحامض النووي المعزول وفقاً للعنصر - ١6 ١ أو جزء H.Pylori يولى بييتيد غشاء خا رجى لبكتيريا ia أو جزء H.Pylori يكتيريا تأ لأرقا 3 | لمرجعية تاف الخغط غلا Id منتقى من المجموعة ا لمكونة من التسلسلات Cia y CAV ألا مل AY AYA ATV تكح لا تل مكل AN AYA الا AL MYL VLA 6 ATL AL كف NT م حيث يكون بولي بيبتيد غشاء VE الحامض النووى المعزول وفقاً للعنصر - ١٠١ A محتوى H.Pylori يكتيريا dae يولى LIP أو جزء H.Pylori خا رجى ليكتيريا Y ؛ أو جزء C فضلة متبقية من فينيل الانين طرفي ومن مجموعة تيروسين طرفية Y لم ١١١ VE منها ء منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية ؛ NEELAM. م حيث يكون بولي بيبتيد غشاء VE الحامض النووي المعزول ؛ فقاً للعنصر - 1١١ أو جزء منه بولي بيبتيد بكتيريا 11.1011 محتوي على HPylor خارجي لبكتيريا " فضلة متبقية من فينيل ألانين طرفي أو جزء منه منتقى من المجموعة المكونة من |" : لتسلسلا تب ذوات ا لارقام المرجعية J 2 yyyVAAL AS ° اخلط لح فى كلا NN AY AN AYA تقال متا AYA ATV لكا la — VV \ مض تووي معزول محتوي على تسلسل نكليوتيد يشفر بولي بيبتيد مفرزY من بكتيريا :11.0710 أوى جزء منه حيث يكون الحامض النووي المذكور منتقى منYY 0 \Y ¢ q I'1 2 I Y ¢ 0 \ 0 YY « 77 لتسلسلات ذوات الارقام المرجعية I المجموعة المكوتة من Y ASE ZR ATRL حا اص كعم لكت كت اك A DIF 1 كع اتا 79 3 . أو تكملة منها 08١ - حامض نووي معزول متضمن تسلسل تكليوتيد يشفر بولي بيبتيد مفرز منY يكتيريا H.Pylori أو جزء منه , متتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات: الارقام المرجعية التالية YVE 3 صمل ا CAT AY VL VO مث NY لا تا الا MVE CMY OMY VA ه لاخلخ مكلخ NYY ككل الى كال ماتخ تتا باتكل كا VEN١ 14 - حامض نووي معزول متضمن تسلسل تكليوتيد يشفر بولي بيبتيد خلويY لبكتيريا :11.2710 أو جزء مته ؛ حيث يكون الحامض النووي المذكور منتقى منYv « 7 < Ye < YY 3 Y ٠ \ 0; المجموعة المتكونة من التسلسلات ذوات الارقام الرجعية أ Y . أو تكملة منها PR 1. 14 15 1. 0.2 1+ 3١ . - حامض نووي معزول متضمنا على تسلسل نكليوتيد يشفر بولي بيبتيد خلوي١ بكتيريا H.Pylori أو جزء منه منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات yyy NEY NEY CATV ATTY نل كل ككل 48 AVL AT AY AAC الارقام المرجعية مض Y BATA 2 quae - 7١ ١ يتضمن تسلسل نكليوتيد يتكون من A نكليوتيدات على الاقل من| . تكملة متها ST VF -١نم YY ١ - ثناقل تجسيد معيد اتحا د يتضمن الحامض تووى وفقاً لاى عنصر من العناصر ف EL YY Y ص كتاف كتف لاا لكا أو ٠١ مربوط على نحو تشغيلى بعنصر تنظيم Y نسخ .. خلية تتضمن ناقل تجسيد معيد اتحاد وفقاً للعنصر ؟؟ — YF ١ Ye ١ - طريقة لانتاج بولى بيبتيد :11.3710 متضمنة زرع خلية من العنصر YY تحت ظروف تسمح بتجسيد البولي بيبتيد .. *؟- طريقة العنصر ؛؟ , متضمنة أيضاً تنقية البولي بيبتيد من الخلية ١ : في عينة تتضمن Helicobacter طريقة لاكتشاف وجود حامض نووي - 1 ١ nv ملامسة عينة مع حامض نووي اي من العناصر من YY - ١ حتي يتشكل هجين بين lay wall Y مض 893( Helicobacter فى ا لعينة .؛ (ب) اكتشاف الهجين المتشكل في خطوة )1( حيث يدل اكتشاف الهجين على وجود° حامض نووى Helicobacter فى العينة .YV \ - بولى بيبتيد بكتيريا H.Pylori معزول متضمن تسلسل حامض أمينى متماثل Y يما نسبته .71 على الاقل مع بولي بيبتيد بكتيريا 11.7101 منتقى من المجموعةw= - YA \ بييتيد يكتيريا H.Pylori مشفر بوا سطة حا مض نووى متضمن تسلسل تكليوتيد متماثل بما نسبته .7/1 على الاقل مع تسلسل نكليوتيد منتقى من المجموعة Y المكونة من التسلسل ذي الرقم أ لمرجعي ١ إلى التسلسل ذي Jad I لمرجعي ١YA ١ - بولى بيبتيد بكتيريا HPylori المعزول وفقاً للعنصر YA حيث يكون البولي Y بيبتيد المذكور مشفر بواسطة تسلسل نكليوتيد منتقى من المجموعة المكونة من"| التسلسل ذي الرقم المرجعي ١ إلى التسلسل ذي الرقم المرجعي VY١ . - يولي بييتيد بيكتيريا Ho Pylori معزول مشفر بواسطة حامض نووي يتهجن تحت ظروف تهجين صارمة إلى حامض تووي متتقى من المجموعة المكونة من التسلسل ذي Y | لرقم | لمرجعى ١ | لى التسلسل ذي i لرقم J لمرجعي VY أو تكملة lia .YYodaa - TN \ بيبتيد بكتيريا :11.5710 معزول يتضمن تسلسل حامض أميني منتقي من المجموعة المكونة من التسلسل ذي الرقم المرجعي إلى التسلسل ذوي الرقم NE aa lly١ ؟7- بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيريا 11.5710 معزول أو جزء منه , حيث يكون" البولى بيبتيد المذكور منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية 816 اتا تف فخلا خالل لخ كلكا لحكل لخ كح ااا AY AYA LV YY.Vo, ¢ اال ملل لاخ تلاط CAE عل مخ كا املخلفل CALAN١ ؟؟- البولى بيتيد المعزول وفقاً للعنصر FY حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية«>a أو جزء منه بولى بيبتيد غشاء داخلى لبكتيريا 11.7101 أو H Pylori يكتيريا Y منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوا تا لارقام المرجعية هفخ لكا ia Y حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية FY 4؟- البولى بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر ١Y بكتيريا 31 أو جزء منه بولى بييتيد غشاء خارجى لبكتيريا HPylori أو جزء منه منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية ¢c MYA CAY CAA ¢ هخ الى كلا كط CAN اخ صا على مكل CVE AYN GAYA CATV مل CAV 0 تخا CAE طعا مث كاARN ١ 7*9 - البولى بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر YE حيث يكون بولي بيبتيد الفشاء Y الخارجى لبكتيريا Ho Pylori المذكور أو جزء منه بوى بيبتيد بكتيريا HPylori ¥ محتوى على فضلة متبقية من فينيل ألانين طرفي وعلى مجموعة بتروسين طرفي C- 3 أو جزء منها منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات [ لارقام ا لمرجعية 7 م فلا لمتكا عا ١ ١ - البولى بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر «VE حيث يكون بولي بيبتيد الفشاءH.Pylori المذكور أو جزء منه بولى بيبتيد بكتيريا Ho Pylori الخارجى لبكتيريا Y 1 محتوي على فضلة متبقية من فينيل الانين طرفي أو جزء منها منتقاة من المجموعة ؛ المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجمية AS ما خا فى تنا كا 0 اخ كحت لال SAMAR CPR PEL CIR TE ١ 77- بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيريا HPylor معزول أو جزء منه حيث يكون : لارقام المرجعية i Red) | 93 لتسلسلات | Y ¢ ع م (NT SAL ل م YO اك YA عه OY YL YAN NAL 08 ته غم ا ٠ AR IPI + VE 1A 0 ايأ YN A, 0. ov, 0 ١ 8 - البولى بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر ١7 , حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية11.5710: يكتيريا 43 المذكور أو جزء منه بولى بيبتيد غشاء داخلي لبكتيريا Yين أو جزء منه Sia مشفر بواسطة la مض نووي ب منتقى من da goal J | لمكونة من التسلسلات ؛ ذوات الارقام المرجعية 4007607 . ١ 4؟- البولى بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر ١7 , حيث يكون بولي بيبتيد غلاف خلية بكتيريا :11.0710 المذكور أو جزء منه بولي بيبتيد غشاء داخلي لبكتيريا H.Pylori 0 جزء منه مشفر بواسطة حا مض تووي ف منْتقى من | geal ع ا لمكونة من التسلسلات ol gd 3 الارقام المرجعية “أ ل م مك اط YA VL مه فا خا لأ .أ OY 1ق 0A 0 0 ال عد دار ارد كد هفنا ١ 4.2 - البولى بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر YA حيث يكون بولي بيبتيد الفشاءH.Pylori يولى بييتيد بكتيريا Lig المذكور 0 جزء H.Pylori الخارجى ليكتيريا A gins ¥ على فضلة متبقية من فينيل الانين طرفي وعلى مجموعة تيروسين طرفي © 2 أو جزء منها ‘ مشفرة fo سطة حا مض نووي منتقى من المجموعة ا لمكونة من. لكا الا PRE التسلسلات ذوات الارقام المرجعية ٠ ١ ؟ - البولي بيبتيد المعزول وفقاً للعنصر 4؟ , حيث يكون بولي بيبتيد الغشاءH.Pylori بييتّيد يكتيريا He المذكور أو جزء مثه H.Pylori Ln الخا رجى Y "0 محتوي على فضلة متبقية من فينيل الانين طرفي أو جزء منه مشفر بواسطة حامض 2 تووى منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات J ANY لارقام | Laan 1\ م Yo, ل YAY, YY مه ها كا خخ OY YL بق أ مYYA ؟؟؛ - بولي بيبتيد خلوي لبكتيريا 11.0101 معزول , أو جزء منه ؛ حيث يكون البولي ١ : بيبتيد المذكور منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية " CNEL VEY VEY سل كل على ل الى 44 AV AT AY (AA AD ٠ ؟؟ - بولي بيبتيد خلوي معزول لبكتيريا 11.7101 ؛ أو جزء منه حيث يكون البولي ١ بيبتيد المذكور مشفر بواسطة حامض نووي منتقى من المجموعة المكونة من " : التسلسلات ذوات الارقام المرجعية |" IY PEAR CUR VR WR د (28 a افد تكد SURI SR حيث يكون ia بولي بيبتيد مفرز معزول من بكتيريا 11.0710 أو جزء — 68 0 البولي بيبتيد المذكور منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام " المرجعية: OY تلا كلا OA مت تا لكا تا ناكا AT AY الل Vo ال Vo — Vo +6 SVEN انتج الى أل ما نضا خلال حل كا ANAL NY م بولي بيبتيد مفرز معزول من بكتيريا 11.7101 أو جزء منه حيث يكون البولي -9 ١ بيبتيد المذكور مشفر بواسطة حامض نووي منتقى من المجموعة المكونة من " : التسلسلات ذوات الارقام المرجعية ¥ CO ان لف عد كذ اف ند هد كد د د لد اذ لط ALE YL oN لفالف )( STACI Te م حملت اخ ات١ 1 - بروتين صهر متضمن بولي alan بكتيريا H.Pylori محتوى على تسلسل ¥ حامض أميني منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية من "0 64ا-1 . مربوطة عملياً ببولي بيبتيد ليس من بكتيريا :11.910 . ١ 7 - صياغة لقاح للوقاية من الاصابة ببكتيريا 11.2710:1 أو لمعالجتها محتوية على "7 كمية فعالة من بولي بيبتيد واحد على الاقل من بكتيريا :11.0710 أو على جزء منه لز وفقاً لاى عنصر من العناصر : YL YALU YALYV.YL ل ا اا ل اا EE ف 490١ - صياغة لقاح وفقاً للعنصر cov محتوية ايضاً على ناقل مقبول صيدلانياً . ١ 8.20 - صياغة لقاح وفقا للعتصر 48 - محتوية ايضا على ناقل مقبول صيدلانياً . ١١١ - صياغة لقاح وفقاً للعنصر 44 , حيث يتضمن الناقل المقبول صيدلانياً على oY ١ - صياغة لقاح وفقاً للعنصر .9 , حيث يتضمن الناقل المقبول صيدلاتيا علىYY. صياغة لقاح وفقاً للعنصر 68 - حيث يتضمن الناقل المقبول صيدلانيا على نظام — oF ١ توصيل (توزيع). Y حيث يتضمن الناقل المقبول صيدلانيا على نظام , ٠. صياغة لقاح وفقاً للعنصر - ١6١ . توصيل Y . ؛ حيث يتضمن نظام التوزيع على ناقل حي OF -صياغة لقاح وفقاً للعنصر ٠٠5 ١ . -صياغة لقاح وفقاً للعتصر؛؟ ؛, حيث يتضمن نظام التوصيل ناقل حي 5+ ١ #ه - صياغة لقاح وفقاً للعنصره» , حيث يكون الناقل الحي بكتيريا (جرثومة) أو ١ فيروس.. بكتيريا أو فيروس all صياغة لقاح وفقاً للعنصر 06 , حيث يكون الناقل - #8 ١ حيث يتضمن الناقل المقبول صيدلاتيا على OF صياغة لقاح وفقاً للعنصر - ه١ ١ يحث يتضمن الناقل المقبول صيدلانياً على - of صياغة لقاح وفقاً للعنصر - 1. ١YT طريقة لمعالجة أو لتقليل خطر الاصابة ببكتيريا 11.7101 فى شخص « تتضمن - 1١ ١ اعطاء الشخص صياغة لقاح وفقاً للعنصر ؛ , بحيث تحدث معالجة او تقليل خطر Y . H.Pylori الاصاية ببكتيريا 7 فى شخص , تتضمن HPylori طريقة لمعالجة او التقليل خطر الاصابة ببكتيريا - 17 ١ بحيث تحدث معالجة او تقليل خطر EA اعطاء الشخص صياغة لقاح وفقا للعنصر " . H.Pylori بيكتيريا Lila! 7 تتضمن : دمج يولى بيبتيد واحد معزول على الاقل ٠ طريقة لانتاج صياغة لقاح =v ١ منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات Lia من بكتيريا 11.071011 أو جزء Y مع ناقل مقبول صيدلانياً ليتم بذلك تشكيل صياغة , VEU JIVE الارقام المرجعية من YF ؛ لقاح. : طريقة لانتاج صياغة لقاح تتضمن - 16 ١ أو جزء منه؛ H.Pylori واحد على الاقل معزول ؛ من بكتيريا dass توفير بولي 0) . ١56-176 منتقى من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية من |" (ب) دمج البولي بيبتيد الواحد المذكور من بكتيريا 11.271011 أو جزء منه مع ناقل 6 . صيدلانياً ليتم بذلك تشكيل صياغة لقاح Josie 0\ نلا طريقة لانتاج صياغة لقاح تتضمن : Y () زرع خلية تحت ظرف يسمح بتجسيد بولي بيبتيد بكتيريا HPylor أو جزء مته Y منتقاة من المجموعة المكونة من التسلسلات ذوات الارقام المرجعية من ١56-176 . ؛ (ب) die بولي بيبتيد بكتيريا 11.091011 المذكور عن الخلية المذكورة . © (ج) مزج بولي بيبتيد واحد معزول على الاقل من بكتيريا 11.59710:1 المذكور أو جزء 7 منه مع ناقل مقبول صيدلانياً ليتم بذلك تشكيل صياغة لقاح .
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US73915096A | 1996-10-28 | 1996-10-28 | |
| US75973996A | 1996-12-06 | 1996-12-06 | |
| US89192897A | 1997-07-14 | 1997-07-14 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| SA98180918A true SA98180918A (ar) | 2005-12-03 |
Family
ID=27419246
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| SA98180918A SA98180918A (ar) | 1996-10-28 | 1998-02-28 | تسلسلات حامض نووي وحامض أميني تتعلق ببكتيريا h.pylori " وتركيبات لقاحية منها " |
Country Status (19)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP0973394A4 (ar) |
| JP (1) | JP2001504329A (ar) |
| KR (1) | KR20000052831A (ar) |
| CN (1) | CN1235513A (ar) |
| AR (1) | AR009600A1 (ar) |
| AU (1) | AU734052B2 (ar) |
| BR (1) | BR9712587A (ar) |
| CA (1) | CA2265523A1 (ar) |
| EE (1) | EE9900176A (ar) |
| ID (1) | ID22065A (ar) |
| IL (1) | IL129397A0 (ar) |
| IS (1) | IS5005A (ar) |
| NO (1) | NO991995L (ar) |
| NZ (1) | NZ334568A (ar) |
| PL (1) | PL333169A1 (ar) |
| SA (1) | SA98180918A (ar) |
| SK (1) | SK34699A3 (ar) |
| TR (1) | TR199900940T2 (ar) |
| WO (1) | WO1998018323A1 (ar) |
Families Citing this family (14)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| ATE244578T1 (de) * | 1993-07-27 | 2003-07-15 | Csl Ltd | Behandlung eines durch helicobakter verursachten gastroduodenalen krankheit |
| US6406703B1 (en) | 1993-07-27 | 2002-06-18 | Csl Limited | Treatment of H. pylori associated gastroduodenal disease |
| DE19730425A1 (de) | 1997-07-16 | 1999-01-21 | Henkel Teroson Gmbh | Heißhärtende wäschefeste Rohbau-Versiegelung |
| EP1108033A2 (en) * | 1998-07-27 | 2001-06-20 | Aventis Pasteur Limited | $i(CHLAMYDIA) ANTIGENS AND CORRESPONDING DNA FRAGMENTS AND USES THEREOF |
| SE9901548D0 (sv) * | 1999-04-29 | 1999-04-29 | Astra Ab | Helicobacter pylori antigens |
| GB9914945D0 (en) * | 1999-06-25 | 1999-08-25 | Smithkline Beecham Biolog | Novel compounds |
| AUPQ347199A0 (en) * | 1999-10-15 | 1999-11-11 | Csl Limited | Novel polypeptide fragments |
| CN101532001A (zh) | 2000-03-08 | 2009-09-16 | 诺维信公司 | 具有改变的特性的变体 |
| GB0010370D0 (en) * | 2000-04-29 | 2000-06-14 | Astrazeneca Ab | Helicobacter pylori antigens |
| GB0010371D0 (en) * | 2000-04-29 | 2000-06-14 | Astrazeneca Ab | Helicobacter pylori antigens |
| WO2012124764A1 (ja) * | 2011-03-17 | 2012-09-20 | 国立大学法人三重大学 | 抗体の製造方法 |
| BR112018012033A2 (pt) * | 2015-12-14 | 2018-12-04 | Max Planck Gesellschaft | composição imunogênica e método para detectar infecção por h. pylori em um sujeito |
| CN115724922B (zh) * | 2022-07-19 | 2023-08-22 | 四川大学华西医院 | 一种幽门螺杆菌疫苗重组蛋白抗原TonB及其制备方法与应用 |
| CN115581201A (zh) * | 2022-08-26 | 2023-01-10 | 云南省农业科学院花卉研究所 | 以茎段为外植体诱导的二倍体月季f1-61的植株再生方法 |
Family Cites Families (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| SE9300139L (sv) * | 1993-01-19 | 1994-07-20 | Medicarb Ab | Framställning av ett nytt läkemedel |
-
1997
- 1997-10-28 TR TR1999/00940T patent/TR199900940T2/xx unknown
- 1997-10-28 EP EP97913847A patent/EP0973394A4/en not_active Withdrawn
- 1997-10-28 PL PL97333169A patent/PL333169A1/xx unknown
- 1997-10-28 KR KR1019990703660A patent/KR20000052831A/ko not_active Application Discontinuation
- 1997-10-28 JP JP52071098A patent/JP2001504329A/ja active Pending
- 1997-10-28 AU AU50933/98A patent/AU734052B2/en not_active Ceased
- 1997-10-28 NZ NZ334568A patent/NZ334568A/xx unknown
- 1997-10-28 ID IDW990160A patent/ID22065A/id unknown
- 1997-10-28 SK SK346-99A patent/SK34699A3/sk unknown
- 1997-10-28 EE EEP199900176A patent/EE9900176A/xx unknown
- 1997-10-28 WO PCT/US1997/019575 patent/WO1998018323A1/en not_active Application Discontinuation
- 1997-10-28 CN CN97199233A patent/CN1235513A/zh active Pending
- 1997-10-28 CA CA002265523A patent/CA2265523A1/en not_active Abandoned
- 1997-10-28 AR ARP970105002A patent/AR009600A1/es not_active Application Discontinuation
- 1997-10-28 BR BR9712587-3A patent/BR9712587A/pt not_active IP Right Cessation
- 1997-10-28 IL IL12939797A patent/IL129397A0/xx unknown
-
1998
- 1998-02-28 SA SA98180918A patent/SA98180918A/ar unknown
-
1999
- 1999-03-18 IS IS5005A patent/IS5005A/is unknown
- 1999-04-27 NO NO991995A patent/NO991995L/no not_active Application Discontinuation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| KR20000052831A (ko) | 2000-08-25 |
| SK34699A3 (en) | 2000-04-10 |
| JP2001504329A (ja) | 2001-04-03 |
| PL333169A1 (en) | 1999-11-22 |
| BR9712587A (pt) | 1999-10-26 |
| NO991995D0 (no) | 1999-04-27 |
| WO1998018323A1 (en) | 1998-05-07 |
| AU734052B2 (en) | 2001-05-31 |
| EP0973394A4 (en) | 2005-03-30 |
| AU5093398A (en) | 1998-05-22 |
| AR009600A1 (es) | 2000-04-26 |
| NZ334568A (en) | 2000-04-28 |
| CA2265523A1 (en) | 1998-05-07 |
| NO991995L (no) | 1999-06-28 |
| IL129397A0 (en) | 2000-02-17 |
| EP0973394A1 (en) | 2000-01-26 |
| ID22065A (id) | 1999-08-26 |
| IS5005A (is) | 1999-03-18 |
| EE9900176A (et) | 1999-12-15 |
| TR199900940T2 (xx) | 1999-09-21 |
| CN1235513A (zh) | 1999-11-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6728257B2 (ja) | バイオフィルムの除去のための組成物および方法 | |
| US6607728B2 (en) | Compounds and methods for the diagnosis and treatment of ehrlichia infection | |
| JP2002516571A (ja) | Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓポリヌクレオチドおよびポリペプチド | |
| EA006232B1 (ru) | Стрептококковые антигены | |
| JP2009538116A (ja) | 細菌抗原の精製 | |
| JPH11513371A (ja) | 肺炎球菌遺伝子、その一部、それ由来の発現産物、ならびに該遺伝子、該遺伝子の一部分、および該遺伝子産物の使用 | |
| JP2001505415A (ja) | Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの抗原およびワクチン | |
| EA015561B1 (ru) | НОВЫЙ ПОВЕРХНОСТНЫЙ БЕЛОК HAEMOPHILUS INFLUENZAE (БЕЛОК E; pE) | |
| US20220204594A1 (en) | Compositions and methods for the removal of biofilms | |
| US8795690B2 (en) | Protective proteins of S. agalactiae, combinations thereof and methods of using the same | |
| PT1320542E (pt) | Ácidos nucleicos de estreptococo de grupo b, polipéptidos, composições terapêuticas e vacinas correspondentes | |
| SA98180918A (ar) | تسلسلات حامض نووي وحامض أميني تتعلق ببكتيريا h.pylori " وتركيبات لقاحية منها " | |
| US6277381B1 (en) | Compounds and methods for the diagnosis and treatment of Ehrlichia infection | |
| JP4358909B2 (ja) | 歯周炎の診断および治療用のポルフィロモナス・ジンジバリス抗原 | |
| JPH09502604A (ja) | Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒｊｅｊｕｎｉ抗原、並びにそれらの製造及び利用 | |
| US20130243779A1 (en) | Peptides protective against e. faecalis, methods and uses relating thereto | |
| WO2004020609A9 (en) | Streptococcus pneumoniae antigens for diagnosis, treatment and prevention of active infection | |
| JP2004528826A (ja) | ストレプトコッカス・スイスの環境的に調節された遺伝子 | |
| JP2001501463A (ja) | 新規ｔｒｐＳ | |
| JP2001504335A (ja) | ストレプトコッカス・ユベリスのラクトフェリン結合タンパク質 | |
| US6673356B1 (en) | Compounds and methods for the diagnosis and treatment of ehrlichia infection | |
| CZ148399A3 (cs) | Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin Helicobacter pylori a vakcinační prostředky | |
| AU2004201404B2 (en) | Genes and proteins, and their use | |
| CN101883782A (zh) | 衣原体抗原 | |
| JP2002541766A (ja) | クラミジア抗原および対応するｄｎａ断片ならびにその使用 |