SK34699A3 - Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof - Google Patents

Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof Download PDF

Info

Publication number
SK34699A3
SK34699A3 SK346-99A SK34699A SK34699A3 SK 34699 A3 SK34699 A3 SK 34699A3 SK 34699 A SK34699 A SK 34699A SK 34699 A3 SK34699 A3 SK 34699A3
Authority
SK
Slovakia
Prior art keywords
seq
pylori
polypeptide
nucleic acid
fragment
Prior art date
Application number
SK346-99A
Other languages
English (en)
Inventor
Douglas Smith
Richard Alm
Original Assignee
Astra Ab
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Astra Ab filed Critical Astra Ab
Publication of SK34699A3 publication Critical patent/SK34699A3/sk

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
    • C07K14/205—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Campylobacter (G)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Description

Nukleotiduve a aminokyselinové sekvencie týkajúce sa Helicobacter pylón a vakcínové kompozície s ich obsahom
Doterajší stav techniky
Helicobacter pylori je gram-negatívna, mikroaerofilná baktéria esovitého tvaru, ktorá bola objavená a kultivovaná z biopsickej vzorky ľudského žalúdka. (Warren, J.R. a B. Marshall, (1983) Lancet 1: 1273-1275; a Marshall et al., (1984) Microbios Lett. 25:83-88). H. pylori bol pevne spojený s chronickou gastritídou a chorobou dvanástnikových vredov. (Rathbone et. al., (1986) Gut 27: 635-641). Navyše sú zhromažďované dôkazy o etiologickej úlohe H. pylori pri nevredovej dyspepsii, chorobe žalúdočných vredov a gastrickom adenokarcinóme. (Blaser M.J., (1993) Trends Microbiol. 1: 255-260). Prenos baktérie nastáva orálnou cestou a riziko infekcie sa zvyšuje s vekom. (Taylor, D.N. a M.J. Blaser, (1991) Epidemiol. Rev 13: 42-50). H. pylori kolonizuje sliznicu ľudského žalúdka a vytvorí infekciu, ktorá zvyčajne pretrváva desaťročia. H. pylori infekcia je rozšírená po celom svete. Infekcia v rozvinutých krajinách dosahuje viac ako 50 % dospelej populácie, zatiaľ čo infekcia v rozvojových krajinách zasahuje 90 % dospelých vo veku nad 20 rokov. (Hopkins R.J. a J.G. Morris (1994) Am. J. Mes. 97:265-277).
Bakteriálne faktory, ktoré sú nevyhnutné pre kolonizáciu žalúdočného prostredia a pre virulenciu patogéna, sú slabo objasnené. Príklady údajných virulentných faktorov zahŕňajú nasledujúce: ureáza, enzým, ktorý môže hrať úlohu pri neutralizovaní žalúdočného kyslého pH (Eaton et al., (1991) Infect. Immunol. 59: 2470-2475; Ferrero, R.L. a A. Lee (1991) Microb. Ecol. Hlth. Dis. 4: 121-134; Labigne et al., (1991) J. Bacteriol. 173: 1920-1931); bakteriálne bičíkové proteíny zodpovedné za pohybovanie sa cez vrstvu sliznice. (Hazell et al., (1986) J. Inf. Dis. 153: 658-663; Leying et al., (1992) Mol. Microbiol. 6: 2863-2874; a Haas et al., (1993( Mol. Microbiol. 8: 753-760); Vac A, bakteriálny toxín, ktorý indukuje vytváranie vnútrobunkových vakuol v epiteliárnych bunkách (Schmitt, W a R. Haas, (1994) Molecular Microbiol. 12(2): 307-319); a niekoľko žalúdočných, tkanivovo špecifických adhezínov. (Boren et al., (1993) Science 262: 1892-1895; Evans et al., (1993) J. Bacteriol. 175:674-683; a Falk et al., (1993) Proc. Natl. Acad. Sci USA 90: 2035-203).
V súčasnosti je prístupných množstvo terapeutických činidiel, ktoré ničia H. pylori infekcie in vitro. (Huesca et.ai., (1993) Zbi. Bakt. 280: 244-252; Hopkins, R.J. a J.G. Morris, vyššie). Avšak mnohé z týchto liečiv sú menej ako optimálne účinné in vivo, v dôsledku bakteriálnej rezistencie, zmenenej distribúcie liečiva, kvôli nesúladu s pacientom alebo slabej prístupnosti liečiva. (Hopkins, R. J. a J.G.Morris, vyššie). Časťou štandardného režimu použitého na liečbu H. pylori infekcie je liečba antibiotikami v kombinácii s bizmutom. (Malfertheiner, P. a J.E. Dominguez-Munoz (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B: 37-48). V súčasnosti sa ukázalo, že kombinácie inhibítorov protónovej pumpy a jedného antibiotika zlepšujú chorobu dvanástnikových vredov. (Malfertheiner, P. a J.E. Dominguez-Munoz, vyššie). Avšak spôsoby používajúce antibiotikové činidlá môžu spôsobiť problém objavenia sa bakteriálnych kmeňov, ktoré sú rezistentné na tieto činidlá. (Hopkins, R. J. a J.G.Morris, vyššie). Tieto obmedzenia demonštrujú, že sú potrebné nové účinnejšie spôsoby na ničenie H. pylori infekcií in vivo. Vefmi žiaducim je hlavne navrhnutie nových vakcín, ktoré môžu zabrániť infekcii baktériou.
Podstata vynálezu
Tento vynález sa týka nových génov, napr. génov kódujúcich polypeptidy ako napríklad bakteriálne povrchové proteíny, z organizmu Helicobacter pylori (H. pylori), a iných príbuzných génov, ich produktov a ich použitia. Nukleové kyseliny a peptidy podľa predloženého vynálezu sú použiteľné na diagnostiku a terapiu H. pylori a iných Helicobacter druhov. Môžu byť tiež použité na detekciu prítomnosti H. pylori a iných Helicobacter druhov vo vzorke; a na vyhľadávanie zlúčenín so schopnosťou interferovať s H. pylori životným cyklom alebo inhibovať H. pylori infekciu. Konkrétnejšie, predmetom tohto vynálezu sú kompozície nukleových kyselín zodpovedajúce celej kódujúcej sekvencii H. pylori proteínov, vrátane povrchových alebo vylučovaných proteínov alebo ich častí, nukleové kyseliny schopné viazať mRNA z H. pylori proteínov, na blokovanie proteínovej translácie, a spôsoby výroby H. pylori proteínov alebo ich častí využívajúce techniky peptidových syntéz a techniky rekombinantnej DNA. Tento vynález sa tiež týka protilátok a nukleových kyselín, ktoré sa dajú použiť ako próby na detekciu H. pylori infekcie. Do rozsahu tohto vynálezu navyše spadajú vakcínové kompozícii a spôsoby ochrany alebo liečby H. pylori infekcie.
Podrobný popis vynálezu
V jednom aspekte sa vynález týka rekombinantného alebo v podstate čistého prípravku H. pylori polypeptidu so sekv. č. 74. Vynález tiež zahŕňa v podstate čistú nukleovú kyselinu kódujúcu H. pylori polypeptid so sekv. č. 74, pričom takáto nukleová kyselina je obsiahnutá v sekv. č. 1. Tu popísané polypeptidové sekvencie H. pylori sú obsiahnuté v Zozname sekvencií a tiež nukleové kyseliny kódujúce H. pylori polypeptidy podľa vynálezu sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 75, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 2.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 76, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 3.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 77, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 4.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 78, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 5.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 79, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 6.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 80, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 7.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 81, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 8.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 82, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 9.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 83, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 10.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 84, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 11.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 85, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 12.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 86, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 13.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 87, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 14.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 88, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 15.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 89, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 16.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 90, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 17.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 91, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 18.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 92, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 19.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 93, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 20.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 94, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 21.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 95, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 22.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 96, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 23.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 97, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 24.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptíd majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 98, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 25.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 99, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 26.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 100, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 27.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. py/orí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 101, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 28.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 102, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 29.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 103, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 30.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 104, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 31.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 105, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 32.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 106, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 33.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 107, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 34.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylón polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 108, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 35.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. py/ori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 109, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 36.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 110, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 37.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylón polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 111, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 38.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 112, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 39.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 113, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 40.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 114, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 41.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 115, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 42.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 116, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 43.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 117, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 44.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. py/orí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 118, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 45.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 119, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 46.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 120, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 47.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 121, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 48.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 122, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 49.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 123, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 50.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 124, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 51.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylorí polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 125, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 52.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 126, ako napriklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 53.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 127, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 54.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 128, ako napriklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 55.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 129, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 56.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 130, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 57.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. py/ori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 131, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 58.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 132, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 59.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 133, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 60.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. py/ori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 134, ako napriklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 61.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylón polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 135, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 62.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 136, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 63.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 137, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 64.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 138, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 65.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 139, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 66.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 140, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 67.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 141, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 68.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 142, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 69.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 143, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 70.
II
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylón polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 144, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 71.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. pylón polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 145, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 72.
V inom aspekte sa vynález týka v podstate čistej nukleovej kyseliny, ktorá kóduje H. py/ori polypeptid majúci aminokyselinovú sekvenciu č. 146, ako napríklad nukleová kyselina zahŕňajúca nukleotidovú sekvenciu č. 73.
Výhodnou je hlavne izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylón bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment. Takáto nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 3, sekv. č. 25, sekv. č. 48, sekv. č. 16, sekv. č. 10, sekv. č. 45, sekv. č. 35, sekv. č. 37, sekv. č. 7, sekv. č. 39, sekv. č. 55, sekv. č. 18, sekv. č. 19, sekv. č. 28, sekv. č. 30, sekv. č. 52, sekv. č. 54, sekv. č. 56, sekv. č. 58, sekv. č. 1, sekv. č. 42, sekv. č. 14, sekv. č. 43, sekv. č. 11, sekv. č. 71, sekv. č. 17, sekv. č. 57, sekv. č. 5, sekv. č. ž, sekv. č. 8 a sekv. č. 21.
V inom uskutočnení je H. pylori bunkovým obalovým polypeptidom alebo jeho fragmentom H. pylón polypeptid vnútornej membrány alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 3, sekv. č. 25 a sekv. č. 48.
V inom uskutočnení je H. pylori bunkovým obalovým polypeptidom alebo jeho fragmentom H. pylori polypeptid vonkajšej membrány alebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 16, sekv. č. 10, sekv. č. 45, sekv. č. 35, sekv. č. 37, sekv. č. 7, sekv. č. 39, sekv. č. 55, sekv. č. 18, sekv. č. 19, sekv. č. 28, sekv. č. 30, sekv. č. 52, sekv. č. 54, sekv. č. 56, sekv. č. 58, sekv. č. 1, sekv. č. 42, sekv. 14, č. sekv. 43, č. sekv. 11 a č. sekv. č. 71.
V inom uskutočnení je H. pylori polypeptidom vonkajšej membrány alebo jeho fragmentom H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok a
C-terminálny tyrozinový klaster, alebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej z sekv. č. 1, sekv. č. 42, sekv. č. 14, sekv. č. 43, sekv. č. 11 a sekv. č. 71.
V ešte inom uskutočnení je H. pylori polypeptidom vonkajšej membrány alebo jeho fragmentom H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok alebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej z sekv. č. 16, sekv. č. 45, sekv. č. 35, sekv. č. 37, sekv. č. 7, sekv. č. 39, sekv. č. 55, sekv. č. 18, sekv. č. 19, sekv. č. 28, sekv. č. 30, sekv. č. 52, sekv. č. 54, sekv. č. 56 a sekv. č. 58.
Výhodnou je hlavne izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu, ktorá kóduje H. pylori sekrečný polypeptid alebo jeho fragment. Takáto nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 72, sekv. č. 32, sekv. č. 51, sekv. č. 2, sekv. č. 4, sekv. č. 9, sekv. č. 13, sekv. č. 22, sekv. č. 29, sekv. č. 31, sekv. č. 33, sekv. č. 34, sekv. č. 36, sekv. č. 38, sekv. č. 40, sekv. č. 41, sekv. č. 44, sekv. č. 46, sekv. č. 49, sekv. č. 53, sekv. č. 59, sekv. č. 61, sekv. č. 62, sekv. č. 63, sekv. č. 65, sekv. č. 66, sekv. č. 67 a sekv. č. 68.
Výhodnou je hlavne izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu, ktorá kóduje H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment. Takáto nukleová kyselina je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 12, sekv. č. 15, sekv. č. 20, sekv. č. 23, sekv. č. 24, sekv. č. 26, sekv. č. 27, sekv. č. 47, sekv. č. 50, sekv. č. 60, sekv. č. 64, sekv. č. 69, sekv. č. 70 a sekv. č. 73.
Výhodným je hlavne purifikovaný alebo izolovaný H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment pričom polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 76, sekv. č. 98, sekv. č. 121, sekv. č. 89, sekv. č. 83, sekv. č. 118, sekv. č. 108, sekv. č. 110, sekv. č. 80, sekv. č. 112, sekv. č. 128, sekv. č. 91, sekv. č. 92, sekv. č. 101, sekv. č. 103, sekv. č. 125, sekv. č. 127, sekv. č. 129, sekv. č. 131, sekv. č. 74, sekv. č. 115, sekv. č. 87, sekv. č. 116, sekv. č. sekv. č. 84, sekv. č. 144, sekv. č. 90, sekv. č. 130, sekv. č. 78, sekv. č. 79, sekv. č. 81 a sekv. č. 94.
V inom uskutočnení je H. pylón bunkovým obalovým polypeptidom alebo jeho fragmentom, H. pylori polypeptid vnútornej membrány alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 76, sekv. č. 98 a sekv. č. 121.
V inom uskutočnení je H. pylori bunkovým obalovým polypeptidom alebo jeho fragmentom, H. pylorí polypeptid vonkajšej membrány alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 89, sekv. č. 83, sekv. č. 118, sekv. č. 108, sekv. č. 110, sekv. č. 80, sekv. č. 112, sekv. č. 128, sekv. č. 91, sekv. č. 92, sekv. č. 101, sekv. č. 103, sekv. č. 125, sekv. č. 127, sekv. č. 129, sekv. č. 131, sekv. č. 74, sekv. č. 115, sekv. č. 87, sekv. č. 116, sekv. č. 84, sekv. č. 144, sekv. č. 90 a sekv. č. 130.
V inom uskutočnení je H. pylori polypeptidom vonkajšej membrány alebo jeho fragmentom, H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok a C-terminálny tyrozínový klaster, alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 74, sekv. č. 115, sekv. č. 87, sekv. č. 116, sekv. č. 84 a sekv. č. 144.
V inom uskutočnení je H. pylori polypeptidom vonkajšej membrány alebo jeho fragmentom, H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok, alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 89, sekv. č. 118, sekv. č. 108, sekv. č. 110, sekv. č. 80, sekv. č. 112, sekv. č. 128, sekv. č. 91, sekv. č. 92, sekv. č. 101, sekv. č. 103, sekv. č. 125, sekv. č. 127, sekv. č. 129 a sekv. č. 131.
Výhodný je hlavne puriflkovaný alebo izolovaný H. pylori sekrečný polypeptid alebo jeho fragment, pričom polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 145, sekv. č. 105, sekv. č. 124, sekv. č. 75, sekv. č. 77, sekv. č. 82, sekv. č. 86, sekv. č. 95, sekv. č. 102, sekv. č. 104, sekv. č. 106, sekv. č. 107, sekv. č. 109, sekv. č. 111, sekv. č. 113, sekv. č. 114, sekv. č. 117, sekv. č. 119, sekv. č. 122, sekv. č. 126, sekv. č. 132, sekv. č. 134, sekv. č. 135, sekv. č. 136, sekv. č. 138, sekv. č. 139, sekv. č. 140 a sekv. č. 141.
Výhodný je hlavne purífikovaný alebo izolovaný H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment, pričom polypeptid je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo sekv. č. 85, sekv. č. 88, sekv. č. 93, sekv. č. 96, sekv. č. 97, sekv. č. 99, sekv. č. 100, sekv. č. 120, sekv. č. 123, sekv. č. 133, sekv. č. 137, sekv. č. 142, sekv. č. 143 a sekv. č. 146.
V inom aspekte sa vynález týka akéhokoľvek individuálneho H. pylori polypeptidového člena alebo nukleovej kyseliny kódujúcej takýto člen z vyššie uvedených skupín H. pylori polypeptidov.
V inom aspekte vynález popisuje nukleové kyseliny schopné viazať sa na H. pylori mRNA. Takáto nukleová kyselina je schopná účinkovať ako antisense nukleová kyselina na kontrolu translácie H. pylori mRNA. Ďalší aspekt sa týka nukleovej kyseliny, ktorá je schopná viazať sa špecificky na H. pylori nukleovú kyselinu. Tieto nukleové kyseliny sú tu tiež nazývané ako komplementy a sú použiteľné ako próby na zachytenie reagentov.
V inom aspekte sa vynález týka expresného systému, ktorý obsahuje otvorený čítaci rámec korešpondujúci s H. pylori nukleovou kyselinou. Nukleová kyselina ďalej obsahuje riadiacu sekvenciu kompatibilnú so zamýšľaným hostiteľom. Expresný systém je použiteľný na výrobu polypeptidov korešpondujúcich s H. pylori nukleovou kyselinou.
V inom aspekte sa vynález týka bunky transformovanej expresným systémom na produkciu H. pylori polypeptidov.
V inom aspekte sa vynález týka spôsobu generovania protilátok proti H. pylori polypeptidov, ktoré sú schopné viazať sa špecificky na H. pylori polypeptidy. Takéto protilátky sa používajú ako reakčné činidlá v imunotestoch na zhodnotenie množstva a distribúcie H. py/on-špecifických antigénov.
V ďalšom aspekte sa vynález týka spôsobu vytvárania vakcín na imunizáciu jedincov proti H. pylori. Spôsob vakcinácie zahŕňa: imunizáciu subjektu aspoň jedným H. pylori polypeptidom podľa predloženého vynálezu, napr. povrchovým alebo sekrečným polypeptidom, alebo jeho aktívnou časťou, a farmaceutický prijateľným nosičom. Takáto vakcína má terapeutický a/alebo profylaktický úžitok.
V inom aspekte vynález poskytuje spôsob tvorby vakcíny, ktorá obsahuje modifikovaný imunogénny H. pylori polypeptid, napr. povrchový alebo sekrečný polypeptid, alebo jeho aktívnu časť a farmakologicky prijateľný nosič.
V inom aspekte sa vynález týka spôsobu zhodnotenia schopnosti zlúčeniny napr. polypeptidu, napr. fragmentu polypeptidu hostiteľskej bunky, viazať H. pylori polypeptid. Spôsob zahŕňa: uvedenie testovanej zlúčeniny do kontaktu s H. pylori polypeptidom a určenie, či zlúčenina viaže alebo iným spôsobom interaguje s H. pylori polypeptidom. Zlúčeniny, ktoré viažu H. pylori sú kandidátmi ako aktivátory alebo inhibítory bakteriálneho životného cyklu. Tieto testy môžu byť uskutočňované in vitro alebo in vivo.
\J inom aspekte sa vynález týka spôsobu zhodnotenia schopnosti zlúčeniny napr. polypeptidu, napr. fragmentu polypeptidu hostiteľskej bunky, viazať H. pylori nukleovú kyselinu, napr. DNA alebo RNA.. Spôsob zahŕňa: uvedenie testovanej zlúčeniny do kontaktu s H. pylori nukleovou kyselinou a určenie, či zlúčenina viaže alebo iným spôsobom interaguje s H. pylori polypeptidom. Zlúčeniny, ktoré viažu H. pylori sú kandidátmi ako aktivátory alebo inhibítory bakteriálneho životného cyklu. Tieto testy môžu byť uskutočňované in vitro alebo in vivo.
Vynález sa týka H. pylori polypeptidov, výhodne v podstate čistého prípravku H. pylori polypeptidu alebo rekombinantného H. pylori polypeptidu. Vo výhodných uskutočneniach: polypeptid má biologickú aktivitu; polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu aspoň na 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % zhodnú alebo homologickú s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií, výhodne má približne 65 % sekvenčnú zhodnosť s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií, a najvýhodnejšia má približne 92 % až 99 % sekvenčnú zhodnosť s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií; polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu v podstate rovnakú ako aminokyselinová sekvencia podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií; polypeptid je dlhý aspoň
5, 10, 20, 50, 100 alebo 150 aminokyselinových zvyškov; polypeptíd obsahuje aspoň 5, výhodne aspoň 10, výhodnejšie aspoň 20, výhodnejšie aspoň 50, 100 alebo 150 po sebe nasledujúcich aminokyselinových zvyškov podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií. V ešte ďalšom výhodnom uskutočnení vynález zahŕňa aminokyselinovú sekvenciu, ktorá sa líši v sekvenčnej identite približne 7 % až približne 8 % od H. pylorí aminokyselinových sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.
Vo výhodných uskutočneniach: H. pylorí polypeptíd je kódovaný nukleovou kyselinou obsiahnutou v Zozname sekvencií alebo nukleovou kyselinou, ktorá má aspoň 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homológiu s nukleovou kyselinou podľa vynálezu obsiahnutou v zozname sekvencií.
Vo výhodnom uskutočnení sa predmetný H. pylorí polypeptíd líši aminokyselinovou sekvenciou v 1, 2, 3, 5, 10 alebo viacerých zvyškoch od sekvencie podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií. Avšak rozdiely sú iba také, že H. pylorí polypeptíd vykazuje H. pylorí biologickú aktivitu, napr. H. pylorí polypeptíd zachováva biologickú aktivitu prirodzene sa vyskytujúceho H. pylorí polypeptidu.
Vo výhodných uskutočneniach polypeptíd zahŕňa všetky alebo fragmenty aminokyselinových sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; fúzované v čítacom rámci k ďalšiemu aminokyselinovému zvyšku, výhodne ku zvyšku kódovanému genomickou DNA 5'alebo 3'genomickou DNA, ktorá kóduje sekvenciu podľa vynálezu obsiahnutú v Zozname sekvencií.
V ešte iných výhodných uskutočneniach je H. pylorí polypeptíd rekombinantný fúzny proteín, ktorý obsahuje prvú H. pylorí polypeptidovú časť a druhú polypeptidovú časť, pričom napr. druhá polypeptidová časť má aminokyselinovú sekvenciu, ktorá sa nevzťahuje k H. pylorí. Druhou polypeptidovou časťou môže byť napr. glutatión-S-transferáza, DNA viažuca doména alebo polymerázu aktivujúca doména. Vo výhodnom uskutočnení môže byť fúzny proteín použitý v dvojhybridom teste.
Polypeptidy podľa vynálezu zahŕňajú tie, ktoré vznikajú ako výsledok alternatívnej transkripcie, alternatívneho RNA zostrihu a alternatívnych translačných a posttranslačných udalostí.
Vynález tiež zahŕňa imunogénny komponent, ktorý obsahuje aspoň jeden H. pylori polypeptid v imunogénnom prípravku, imunogénny komponent je schopný vyvolať imunitnú odpoveď, ktorá je špecifická pre H. pylori polypeptid, napr. hormonálnu odpoveď, protilátkovú odpoveď alebo bunkovú odpoveď. Vo výhodných uskutočneniach obsahuje imunogénny komponent aspoň jeden antigénny determinant z polypeptidu podľa vynálezu, ktorý je obsiahnutý v Zozname sekvencii.
V inom aspekte vynález poskytuje v podstate čistú nukleovú kyselinu majúcu nukleotidovú sekvenciu, ktorá kóduje H. pylori polypeptid. Vo výhodných uskutočneniach: kódovaný polypeptid má biologickú aktivitu; kódovaný polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu aspoň na 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homologickú s aminokyselinovou sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencii; kódovaný polypeptid má aminokyselinovú sekvenciu v podstate rovnakú ako aminokyselinová sekvencia podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencii; kódovaný polypeptid je dlhý aspoň 5, 10, 20, 50, 100 alebo 150 aminokyselinových zvyškov; kódovaný polypeptid obsahuje aspoň 5, výhodne aspoň 10, výhodnejšie aspoň 20, výhodnejšie aspoň 50, 100 alebo 150 po sebe nasledujúcich aminokyselinových zvyškov podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencii. .
Vo výhodných uskutočneniach: nukleová kyselina podľa vynálezu je obsiahnutá v Zozname sekvencii; nukleová kyselina má aspoň 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homológiu s nukleovou kyselinou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencii.
Vo výhodnom uskutočnení sa kódovaný H. pylori polypeptid liši (napr. substitúciou aminokyseliny, adíciou alebo deléciou aspoň jedného aminokyselinového zvyšku) v aminokyselinovej sekvencii v 1, 2, 3, 5, 10 alebo viacerých zvyškoch, od sekvencie podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií. Avšak rozdiely sú iba také, že: H. pylori kódovaný polypeptid vykazuje H. pylori biologickú aktivitu, napr. kódovaný H. pylori enzým zachováva biologickú aktivitu prirodzene sa vyskytujúceho H. pylori.
Vo výhodných uskutočneniach kódovaný polypeptid zahŕňa všetky alebo fragmenty aminokyselinových sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; fúzované v čítacom rámci k ďalším aminokyselinovým zvyškom, výhodne ku zvyškom kódovaným genomickou DNA 5'alebo 3'genomickou DNA, ktorá kóduje sekvenciu podľa vynálezu obsiahnutú v Zozname sekvencií.
Vo výhodných uskutočneniach bude predmetná H. pylori nukleová kyselina obsahovať transkripčnú regulačnú sekvenciu, napr. aspoň jeden transkripčný promótor alebo transkripčný zosilňovač, operatívne spojený s H. pylori génovou sekvenciu, napr. na uspôsobenie H. pylori génovej sekvenciu tak, aby bola vhodná na expresiu v rekombinantnej hostiteľskej bunke.
V ešte ďalšom výhodnom uskutočnení nukleová kyselina, ktorá kóduje H. pylori polypeptid podľa vynálezu, hybridizuje v prísnych podmienkach s próbou z nukleovej kyseliny, ktorá zodpovedá aspoň 8 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; výhodnejšie aspoň 12 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; výhodnejšie aspoň 20 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií; výhodnejšie aspoň 40 po sebe nasledujúcim nukleotidom podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.
Vo výhodnom uskutočnení nukleová kyselina kóduje peptid, ktorý sa líši aspoň jedným aminokyselinovým zvyškom od sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.
Vo výhodnom uskutočnení sa nukleová kyselina líši aspoň jedným nukleotidom od nukleotidových sekvencií podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií.
V inom aspekte vynález zahŕňa: vektor obsahujúci nukleovú kyselinu, ktorá kóduje H. pylori polypeptid alebo H. pylori polypeptidový variant ako je tu popísané; hostiteľskú bunku transfekovanú vektorom; a spôsob tvorby rekombinantného H. pylori polypeptidu alebo H. pylori polypeptidového variantu; vrátane kultivácie buky, napr. v bunkovom kultivačnom médiu a izolovania H. pylori alebo H. pylori polypeptidového variantu napr. z bunky alebo z bunkového kultivačného média.
V inom aspekte sa vynález týka purifikovanej rekombinantnej nukleovej kyseliny, ktorá má aspoň 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 95 %, 98 % alebo 99 % homológiu so sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií.
Vynález tiež poskytuje sondu alebo primer, ktorý zahŕňa v podstate purifikovaný oligonukleotid. Oligonukleotid zahŕňa oblasť nukleotidovej sekvencie, ktorá hybridizuje v prísnych podmienkach s aspoň 8 po sebe nasledujúcimi nukieotidmi sense alebo antisense sekvencie podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencií, alebo ich prirodzene sa vyskytujúcimi mutantami. Vo výhodných uskutočneniach sonda alebo primer ďalej obsahuje pripojenú označovaciu skupinu. Označovacou skupinou môže byť napr. rádioizotop, fluorescenčná zlúčenina, enzým a/alebo enzýmový kofaktor. Výhodne je oligonukleotid dlhý aspoň 8 a menej ako 10, 20, 30, 50, 100 alebo 150 nukleotidov.
Vynález tiež poskytuje izolovaný H. pylori polypeptid, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou, ktorá hybridizuje v prísnych podmienkach s nukleovou kyselinou obsiahnutou v Zozname sekvencií.
Vynález ďalej poskytuje nukleové kyseliny, napr. RNA alebo DNA, kódujúce polypeptid podľa vynálezu. Tieto zahŕňajú dvojvláknové nukleové kyseliny ako aj kódujúce a antisense jednotlivé vlákna.
H. pylori kmeň, z ktorého bola sekvenovaná genomická sekvencia, bol uložený v American Type Culture Collection (ATCC č. 55679; uložený prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) ako kmeň HP-J99.
Vo vynáleze sú zahrnuté: alelické variácie; prirodzené mutanty; indukované mutanty; proteíny kódované DNA, ktorá hybridizuje vo veľmi alebo málo prísnych podmienkach s nukleovou kyselinou, ktorá kóduje polypeptid podľa vynálezu obsiahnutý v Zozname sekvencií (definícia veľmi a málo prísnych podmienok je uvedená v Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1989, 6.3.1-6.3.6 a 6.4.1-6.4.10, tu uvedená ako citácia); a polypeptidy, ktoré sú špecificky viazané antisérami k H. pylón polypeptidom, hlavne antisérami k aktívnymi miestam alebo väzobným doménam H. pylori polypeptidu. Vynález tiež zahŕňa fragmenty, výhodne biologicky aktívne fragmenty. Tieto a ďalšie polypeptidy sú tu tiež označované ako H. pylori polypeptidové analógy alebo varianty.
V tabuľke 1 sú uvedené možné funkcie, ktoré boli determinované pre niekoľko H. pylori polypeptidov podľa vynálezu.
Ďalej predložený vynález zahŕňa H. pylori polypeptidy charakterizované ako je uvedené v tabuľke 1, nižšie, vrátane: H. py/ori bunkových obalových proteínov, H. pylori sekrečných proteínov a H. pylori bunkových proteínov. Členovia týchto skupín boli identifikovaný BLAST homologickými vyhľadávaniami a prostredníctvom vyhľadávania sekrečného signálu alebo transmembránových proteínových motívov. Polypeptidy príbuzné významnou homoiógiou polypeptidom v tabuľke 1 sú tiež považované za klasifikované rovnakým spôsobom ako homológy uvedené v tabuľke 1.
Tabuľka 1
|ORF Meno a Skupina nt sekv.č. ak sekv. č. |
A. BUNKOVÝ OBAL
A.1 Vnútorné membránové proteíny
02ge11622 23494043 f1 6 3 76
hp5p15212 13095752 c3 36 25 98
|06ep30223 20173437 f1 37 48 121
| A.2 Vonkajšie membránové proteíny
05ee10816 14495437 f2 13 10 83
| A.2.1 Terminálny phe zvyšok
|06ep11509 35954752 f2 1 16 89
06ep10615 14495437 f3 47 45 118
03ae10804 14495437 c2 38 35 108
05ae30220 917200 c3 172 37 110
04cp11202 23646885J2 26 7 80
05ep10815 16131925 c2 97 39 112
09cp61003 5860877 f2 23 55 128
09ae10512 48768 c3 67 18 91
09cp11003 5860877 f3 7 19 92
J hp6e12267 30478562 f3 33 28 101
|06cp30603 34174212 c3 71 30 103
09cp10224 1962590 f3 31 52 125
l09cp61003 30478562 c3 106 54 127
111 ae80818 10553192 f2 16 56 129
11ee11408 10584582 c3 51 58 131
A.2.2 Terminálny phe zvyšok a Cterminálny tyrozlnový klaster
01ae12001 116018 c2 40 1 74
06ap10609 116018 c3 50 42 115
06cp30603 4687507 f1 9 14 87
06cp30603 4687507 f1 7 43 116
05ee10816 36126938 f3 16 11 84
01cp20708 4960952 c1 43 71 144
A.3 Prostredníctvom homológie
07ap80601 5083193 f3 8 17 90
11ap20714 4797137 f3 45 57 130
A.4 Iné bunkové obalové proteíny
04ap12016 25501501 f1 1 5 78
|04cp11202 20415937J2 25 6 79
I04ee11108 3906963 fÍ 7 8 81
|29ep10720 25501501 c2 33 21 94
f B. SEKRECNÉ PROTEÍNY
hp3e10342 22448587 c2 15 72 145
hp5p15212J24276587J1 2 32 105
09ce10413 35336707 f2 9 51 124
01ae12001 32462543 c2 43 2 75
03ee11215 1416312 c3 35 4 77
05ae30220 14570443 c2 94 9 82
06cp30603 2772578 c1 46 13 86
29ep10720 289077 f2 12 22 95
03ee11215 22542803J1 7 29 102
09ae10512 3166040 c1 40 31 104
01 ce11104 10742963 c2 12 33 106
02ge10116 36335436J3 66 34 107
04ep41903 11876461 f1 4 36 109
05ce10208 23631292 f1 6 38 111
05ep10815 22447252 c3 110 40 113
05ep10815 30283516 c3 109 41 114
06ee30709 33851038 c3 30 44 117
06ep11202 21687842 c3 35 46 119
06ep30223 2774062 f1 33 49 122
09cp10713 23912707 c1 26 53 126
11ee11408 4882318 f3 24 59 132
hp4e13394 5908553 f1 1 61 134
hp4e53394 1416312 c3 119 62 135
hp5e15211 24328910 c3 38 63 136
|hp6p10606 23493756 c1 21 65 138
hp6p22217 23564012 f1 5 66 139
hp6p22217 272058 f1 2 67 140
hp6p22217 2922143 f2 9 68 141
C. INÉ BUNKOVÉ PROTElNY
06ap11119 14726542 f3 21 12 85
06ee10709 6136430 c1 11 15 88
12ap10605 14094816 c1 5 20 93
hp2p10272 34042518J 1 2 23 96
hp5e15211 25411557 c1 22 24 97
hp5p15641 3907968 f1 3 26 99
hp6e10967 657638 f3 9 27 100
06ep11202 4569693 c2 28 47 120
06ep30223 3930468 c1 110 50 123
hp2e10911 960952 c2 86 60 133
hp6p10509 14642217 c2 17 64 137
hp6p80503 20964382 f2 11 69 142
hp7e10192 5917593 f1 2 70 143
hp6p10509 14642217 c3 25 73 14β|
V tabuľke 1, nt znamená nukleotidové sekvenčné identifikačné číslo a ak znamená aminokyselinové sekvenčné identifikačné číslo.
Definície
Výrazy purifikovaný polypeptid a izolovaný polypeptid a v podstate čistý prípravok polypeptidu sú tu používané zameniteľné, a znamenajú bez iných proteínov, lipidov a nukleových kyselín, s ktorými sa prirodzene vyskytujú. Výhodne sú tiež polypeptidy oddelené od látok, napr. protilátok alebo gélovej matrix, napr. polyakrylamidu, ktoré sú použité na ich purifikáciu. Výhodne polypeptidy predstavuje aspoň 10, 20, 50, 70, 80 alebo 95 % suchej hmotnosti purifikovaného prípravku. Výhodne prípravok obsahuje: dostatočný polypeptid na umožnenie sekvenovania proteínu; aspoň 1, 10, alebo 100 pg polypeptidu; aspoň 1, 10 alebo 100 mg polypeptidu. Navyše termíny purifikovaný polypeptid a izolovaný polypeptid a v podstate čistý prípravok polypeptidu tak ako sú použité tu sa vzťahujú tak k polypeptidu získanému z prirodzene ako aj k polypeptidu produkovanému rekombinantnými DNA technikami ako je tu popísané.
Napríklad izolovaný alebo purifikovaný proteín alebo jeho biologicky aktívna časť je v podstate bez bunkového materiálu alebo iných kontaminujúcich proteínov z bunkového alebo tkanivového zdroja, z ktorého je H. pylorí proteín odvodený, alebo v podstate bez chemických prekurzorov alebo iných chemikálií, ak je chemicky syntetizovaný. Výraz v podstate bez bunkového materiálu zahŕňa prípravky H. pylori proteínu, v ktorých je proteín oddelený od bunkových komponentov z buniek, z ktorých je izolovaný alebo rekombinantne produkovaný. V jednom uskutočnení výraz v podstate bez bunkového materiálu zahŕňa prípravky H. pylori proteínu, ktoré majú menej ako približne 30 % (suchej hmotnosti) iného ako H. pylori proteínu (tu tiež označovaný ako kontaminujúci proteín), výhodnejšie menej ako približne 20 % iného ako H. pylori proteínu, ešte výhodnejšie menej ako približne 10 % iného ako H. pylori proteínu a najvýhodnejšie menej ako približne 5 % iného ako H. pylori proteínu. Ak je H. pylori proteín alebo jeho biologicky aktívna časť produkovaný rekombinantne, je tiež výhodne v podstate bez kultivačného média, to znamená, že kultivačné médium predstavuje menej ako približne 20 %, výhodnejšie menej ako približne 10 % a najvýhodnejšie menej ako približne 5 % objemu proteínového prípravku.
Výraz v podstate bez chemických prekurzorov alebo iných chemikálií zahŕňa prípravky H. pylori proteínu, v ktorých je proteín oddelený od chemických prekurzorov alebo iných chemikálii, ktoré sú zahrnuté v syntéze proteínu. V tomto uskutočnení výraz v podstate bez chemických prekurzorov alebo iných chemikálií zahŕňajú prípravky H. pylori proteínu, ktorý má menej ako približne 30 % (suchej hmotnosti) chemických prekurzorov alebo iných ako H. pylori chemikálií, výhodnejšie menej ako približne 20 % chemických prekurzorov alebo iných ako H. pylori chemikálií, ešte výhodnejšie menej ako približne 10 % chemických prekurzorov alebo iných ako H. pylori chemikálií, a najvýhodnejšie menej ako približne 5 % chemických prekurzorov alebo iných ako H. pylori chemikálií.
Purifikovaný bunkový prípravok znamená, v prípade rastlinných alebo živočíšnych buniek, in vitro bunkový prípravok, a nie celú rastlinu alebo živočícha. V prípade kultivovaných buniek alebo mikrobiálnych buniek, pozostáva z prípravku s aspoň 10 % a výhodnejšie 50 % predmetných buniek.
Purifikovaná alebo izolovaná alebo v podstate čistá nukleová kyselina, to znamená v podstate čistá DNA (termíny sú tu používané zameniteľné), je nukleová kyselina s jednou alebo oboma nasledujúcimi vlastnosťami: nie je priamo napojená na obe kódujúce sekvencie, na ktoré je priamo napojená (to znamená na jednu na 5'konci a na jednu na 3'konci) v prirodzene sa vyskytujúcom genóme organizmu, z ktorého je nukleová kyselina odvodená; alebo ktorá je v podstate bez nukleovej kyseliny, s ktorou sa vyskytuje v organizme, z ktorého bola nukleová kyselina odvodená. Termín zahŕňa, napríklad, rekombinantnú DNA, ktorá je začlenená do vektora, napr. do autonómne sa replikujúceho plazmidu alebo vírusu, alebo do genomickej DNA prokaryota alebo eukaryota, alebo ktorá existuje ako oddelená molekula (napr. cDNA alebo fragment genomickej DNA vyrobený prostredníctvom PCR alebo ošetrením reštrikčnou endonukleázou) nezávisle od iných DNA sekvencii. V podstate čistá DNA tiež zahŕňa rekombinantnú DNA, ktorá je časťou hybridného génu kódujúceho ďalšiu H. pylorí DNA sekvenciu.
Kontig ako je tu použitý, je nukleová kyselina, ktorá predstavuje kontinuálny rozsah genomickej sekvencie organizmu.
Otvorený čítací rámec, tu označovaný tiež ako ORF, je oblasť nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid. Táto oblasť môže predstavovať časť kódujúcej sekvencie alebo celú sekvenciu a môže byť určená od stop do stop kodónu alebo od štartovacieho do stop kodónu.
Kódujúca sekvencia, tak ako je použitá tu, predstavuje nukleovú kyselinu, ktorá je transkribovaná do mediátorovej RNA a/alebo translatovaná do polypeptidu, keď sa umiestni pod kontrolu vhodných regulačných sekvencii. Hranice kódujúcej sekvencie sú určené translačným štartovacím kodónom na 5'konci a translačným stop kodónom na 3'konci. Kódujúca sekvencia môže zahŕňať, ale nie je obmedzená na mediátorovú RNA, syntetickú DNA a rekombinantné sekvencie nukleových kyselín.
Komplement nukleovej kyseliny, tak ako je použitý tu, znamená antiparalelnú alebo antisense sekvenciu, ktorá zodpovedá Watson-Crick bázovým párovaním originálnej sekvencii.
Génový produkt je proteín alebo štruktúrna RNA, ktoré sú špecificky kódované génom.
Výraz sonda, tak ako je použitý tu, znamená nukleovú kyselinu, peptid alebo inú chemickú entitu, ktorá sa špecificky viaže k cieľovej molekule. Sondy sú často spojené alebo schopné spojiť sa so značkou. Značka je chemická časť, ktorú je možné detegovať. Typické značky zahŕňajú farbičky, rádioizotopy, luminiscenčné a chemiluminiscenčné časti, fluorofóry, enzýmy, precipitačné činidlá, amplifikačné sekvencie a podobne. Podobne, nukleové kyseliny, peptidy alebo iné chemické entity, ktoré sa špecificky viažu cieľovú molekulu a imobilizujú takúto molekulu, sú tu označované ako zachytávači ligand. Zachytávacie ligandy sú typicky spojené alebo sú schopné spojiť sa s podkladom ako napríklad s nitrocelulózou, sklom, nylonovými membránami, guličkami, časticami a podobne. Špecifita hybridizácie je závislá na podmienkach, ako napríklad na zložení bázových párov nukleotidov, a teplote a koncentrácii solí v reakčnej zmesi. Tieto podmienky odborník v oblasti bežne určí rutinnými experimentmi.
Homológia znamená sekvenčnú podobnosť alebo sekvenčnú zhodnosť medzi dvoma polypeptidmi alebo medzi dvoma molekulami nukleových kyselín. Ak je v určitej polohe v oboch z dvoch porovnávaných sekvencií umiestnená rovnaká bázová alebo aminokyselinová monoméma podjednotka, napr. ak je v určitej polohe každej z dvoch DNA molekúl umiestnený adenín, potom je molekula v tejto polohe homologická. Percento homológie medzi dvoma sekvenciami je funkciou počtu zhodných alebo homologických polôh zdieľaných dvoma sekvenciami vydelené počtom porovnávaných polôh x 100. Napríklad ak 6 z 10 polôh v dvoch sekvenciách je zhodných alebo homologických, potom dve sekvencie sú na 60 % homologické. Napríklad DNA sekvencie ATTGCC a TATGGC zdieľajú 50 % homológiu. Vo všeobecnosti sa porovnávanie uskutočňuje, keď sú dve sekvencie zoradené tak, aby vykazovali maximálnu homológiu.
Nukleové kyseliny sú schopné vzájomnej hybridizácie, keď aspoň jedno vlákno nukleovej kyseliny môže anelovať na inú nukleovú kyselinu v definovaných prísnych podmienkach. Prísnosť hybridizácie je určovaná: (a) teplotou, pri ktorej sa uskutočňuje hybridizácia a/aiebo premývanie; a b) iónovou silou a polaritou hybridizačných a premývacých roztokov. Hybridizácia vyžaduje, aby dve nukleového kyseliny obsahovali komplementárne sekvencie; avšak v závislosti na prísnosti hybridizácie, môžu byť niektoré nezhody tolerované. Typicky, hybridizácia dvoch sekvencii pri vysokej prísnosti (napríklad v roztoku 0,5 x SSC, pri 65 °C) vyžaduje, aby sekvencie boli v podstate úplne homologické. V podmienkach strednej prísnosti (ako napríklad 2 x SSC pri 65 °C) a nízkej prísnosti (ako napríklad 2 x SSC pri 55 °C) je požadovaná zodpovedajúco nižšia celková komplementarita medzi hybridizujúcimi sekvenciami. (1 x SSC je 0,15 M NaCI, 0,015 M Na citrát). Výhodným, neobmedzujúcim príkladom prísnych hybridizačných podmienok je hybridizácia v 6 x chlorid sodný/citrát sodný (SSC) pri približne 45 °C, s následným jedným alebo viacerými premývaniami v 0,2 x SSC, 0,1 % SDS pri 50 až 65 °C.
Výraz peptidy, proteíny a polypeptidy sú tu používané zameniteľné.
Výraz povrchový protein, tak ako je tu použitý, znamená všetky povrchovo prístupné proteíny, napr. proteíny vnútornej a vonkajšej membrány, proteíny adherujúce na bunkovú stenu, a sekrečné proteíny.
Pofypeptid má H. pylori biologickú aktivitu, ak má jednu, dve alebo výhodne viacero z nasledujúcich vlastností: (1) ak keď je exprimovaný v prípade H. pylori infekcie, môže zabezpečovať alebo sprostredkovať pripojenie H. pylori na bunku; (2) má enzymatickú aktivitu, štruktúrnu alebo regulačnú funkciu charakteristickú pre H. pylori protein; (3) gén, ktorý ho kóduje môže vyliečiť letálnu mutáciu v H. pylori géne; (4) alebo je imunogénny v subjekte. Polypeptid má biologickú aktivitu, ak je antagonistom, agonistom alebo super agonistom polypeptidu majúceho jednu z vyššie uvedených vlastností.
Biologicky aktívny fragment alebo analóg má in vivo alebo in vitro aktivitu, ktorá je charakteristická pre H. pylori polypeptidy podľa vynálezu obsiahnuté v Zozname sekvencii alebo iné prirodzene sa vyskytujúce H. pylori polypeptidy, napr. jednu alebo viacero tu popísaných biologických aktivít. Výhodné sú najmä fragmenty, ktoré existujú in vivo, napr. fragmenty, ktoré vznikajú z posttranskripčného spracovania alebo, ktoré vznikajú transláciou alternatívne zostrihanej RNA. Fragmenty zahŕňajú tie, ktoré sú exprimované v prirodzených alebo endogénnych bunkách, ako aj tie, ktoré sú vyrobené v expresných systémoch, napr. CHO bunkách. Pretože proteíny ako napríklad H. pylori polypeptidy často vykazujú rôzne fyziologické vlastnosti, a pretože takéto vlastnosti môžu byť prisúdené rôznym častiam molekuly, užitočným H. pylori fragmentom alebo H. pylori anafógom je ten, ktorý vykazuje biologickú aktivitu v akomkoľvek biologickom teste na H. pylori aktivitu. Najvýhodnejšie má fragment alebo analóg 10 %, výhodne 40 %, výhodnejšie 60 %, 70 %, 80 % alebo 90 % alebo vyššiu aktivitu H. pylori, v in vivo alebo in vitro testoch.
Analógy sa môžu líšiť od prirodzene sa vyskytujúcich H. pylori polypeptidov v aminokyselinovej sekvencii alebo spôsobom, ktorý nezahŕňa sekvenciu alebo oboma spôsobmi. Nesekvenčné modifikácie zahŕňajú zmeny v acetylácii, metylácii, fosforylácii, karboxylácii alebo glykozylácii. Výhodné analógy zahŕňajú H. pylori polypeptidy (alebo ich aktívne fragmenty), ktorých sekvencia sa líšia od prirodzene sa vyskytujúcich sekvencii jednou alebo viacerými konzervatívnymi aminokyselinovými substitúciami alebo jednou alebo viacerými nekonzervatívnymi aminokyselinovými substitúciami, deléciami, alebo inzerciami, ktoré v podstate nezmenšujú biologickú aktivitu H. pylori polypeptidu. Konzervatívne substitúcie typicky zahŕňajú substitúciu jednej aminokyseliny druhou s podobnými vlastnosťami, napr. substitúcie v rámci nasledujúcich skupín: valín, glycín; glycín, alanín; valín, izoleucín, leucín; kyselina asparágová, kyselina glutámová; asparagín, glutamín; serín, treonín; lyzín, arginín; a fenylalanín, tyrozín. Iné konzervatívne substitúcie môžu byť uskutočnené podľa tabuľky uvedenej nižšie.
Tabuľka 2
Konzervatívne aminokyselinové substitúcie
Za aminokyselinu Kód Zámena za ktorúkoľvek z
Alanín A D-Ala, Gly, beta-Ala, L-Cys, D-Cys
Arginín R D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, lle, D-Met, D-lle, Orn, D-Orn
Asparagín N D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Glu, Gin, D-GIn
Kyselina asparágová D D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gin, D-GIn
I Cysteín C D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr
Giutamín Q D-GIn, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp
Kyselina glutámová E D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gin, D-GIn
Glycín G Ala, D-Ala, Pro, D-Pro, β-Ala, Acp
Izoleucín 1 D-lle, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Leucín L D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Za aminokyselinu Kód Zámena za ktorúkoľvek z
Lyzín K D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, D-Met, lle, D-lle, Orn, D-Orn
Metionín M D-Met, S-Me-Cys, ile, D-lle, Leu, D-Leu, Val, DVal
Fenylalanín F D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, D-His, Trp, DTrp, Trans-3,4, or 5-fenylprolín, cis-3,4, alebo 5-fenylprolín
Prolín P D-Pro, L-l-tioazolidín-4-karboxylová kyselina, Dalebo L-1-oxazolidín-4-carboxylová kyselina
Serín S D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D-Met(O), L-Cys, D-Cys
Treonín T D-Thr, Ser, D-Ser, allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D-Met(O), Val, D-Val
Tyrozín Y D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa, His, D-His
Valín v D-Val, Leu, D-Leu, lle, D-lle, Met, D-Met
Inými analógmi podľa vynálezu sú tie, ktoré obsahujú modifikácie, ktoré zvyšujú stabilitu peptidu; takéto analógy môžu obsahovať, napríklad, jednu alebo viacero nepeptidových väzieb (ktoré nahrádzajú peptidové väzby) v peptidovej sekvencií. Zahrnuté sú tiež: analógy, ktoré obsahujú iné zvyšky ako prirodzene sa vyskytujúce L-aminokyseliny, napr., D-aminokyseliny alebo nie prirodzene sa vyskytujúce alebo syntetické aminokyseliny, napr. β alebo γ aminokyseliny; a cyklické analógy.
Výraz fragment, tak ako je použitý tu pre H. pylori analóg, bude zvyčajne dlhý aspoň približne 20 zvyškov, typickejšie aspoň približne 40 zvyškov, výhodne aspoň približne 60 zvyškov. Fragmenty H. pylori polypeptidov môžu byť generované spôsobmi známymi odborníkovi v oblasti. Zahrnuté sú tiež H. pylori polypeptidy obsahujúce zvyšky, ktoré nie sú nevyhnutné pre biologickú aktivitu peptidu, alebo ktoré sú výsledkom alternatívneho zostrihu mRNA alebo výsledkom postupov alternatívneho spracovania proteinu.
Imunogénny komponent, tak ako je použitý tu, je entita, ako napríklad H. pylori polypeptid, analóg alebo fragment, ktorý je schopný vyvolať humorálnu a/alebo bunkovú imunitnú odpoveď hostiteľského živočícha, buď samostatne, alebo s adjuvans.
Antigénny komponent, tak ako je použitý tu, je entita, ako napríklad H. pylori polypeptid, analóg alebo fragment, ktorý je schopný viazať sa k špecifickej protilátke s dostatočne vysokou afinitou, a vytvoriť detegovateľný komplex antigénprotilátka.
Výraz transgén, tak ako je použitý tu, znamená nukleovú kyselinu (kódujúcu napr. jeden alebo viacero polypeptidov), ktorá je sčasti alebo celá heterológna, to znamená cudzia, pre transgénneho živočícha alebo bunku, do ktorej je začlenená, ale ktorá je navrhnutá na to, aby bola včlenená, alebo je včlenená do bunkového genómu takým spôsobom, že mení genóm bunky, do ktorej bola včlenená (napr. je včlenená do polohy, ktorá sa odlišuje od polohy prirodzeného génu alebo výsledkom jej včlenenia je zrušenie génu). Transgén môže zahŕňať jednu alebo viacero transkripčných regulačných sekvencii a akúkoľvek inú nukleovú kyselinu, ako napríklad intróny, ktoré môžu byť nevyhnutné pre optimálnu expresiu vybranej nukleovej kyseliny, pričom sú všetky operačne spojené s vybranou nukleovou kyselinou, a môžu zahŕňať zosilňovaciu sekvenciu.
Výraz transgénna bunka, tak ako je použitý tu, znamená bunku obsahujúcu transgén.
Transgénny živočích, tak ako je použitý tu, je akýkoľvek živočích, v ktorom jedna alebo viacero a výhodne v podstate všetky bunky obsahujú transgén. Transgén môže byť do bunky začlenený priamo alebo nepriamo začlenením do bunkového prekurzora, spôsobom uvolnenej genetickej manipulácie, ako napríklad transformáciou kompetentných buniek alebo mikroinjekciou alebo infekciou rekombinantným vírusom. Táto molekula môže byť integrovaná do vnútra chromozómu alebo môže byť extrachromozomálne sa replikujúcou DNA.
Výraz protilátka, tak ako je použitý tu, je mienený tak, že zahŕňa jej fragmenty, ktoré špecificky reagujú s H. pylori polypeptidmi.
Výraz bunkovo špecifický promótor, tak ako je použitý tu, znamená DNA sekvenciu, ktorá slúži ako promótor, to znamená, že reguluje expresiu vybranej DNA sekvencie, ktorá je operačne spojená s promótorom, a ktorá ovplyvňuje expresiu vybranej DNA sekvencie v špecifických bunkách alebo tkanive. Výraz tiež pokrýva takzvané prepúšťajúce promótory, ktoré primárne regulujú expresiu vybranej DNA v jednom tkanive, ale spúšťajú aj expresiu v iných tkanivách.
Misexpresia, tak ako je použitá tu, znamená neprirodzený typ spôsobu génovej expresie. Zahŕňa: expresiu v hladinách neprirodzeného typu, tzn. nadalebo podexpresiu; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska času alebo štádia, v ktorom sa gén exprimuje, napr. zvýšenie alebo zníženie expresie (v porovnaní s prirodzeným typom) vo vopred určenej vývojovej perióde alebo štádiu; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska zníženej expresie (v porovnaní s prirodzeným typom) vo vopred určenom type bunky alebo tkaniva; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska zostrihnutej veľkosti, aminokyselinovej sekvencie, posttranzičných modifikácií, alebo biologickej aktivity exprimovaného proteínu; spôsob expresie, ktorý sa líši od prirodzeného typu z hľadiska účinku podnetov prostredia alebo mimobunkových podnetov na expresiu génu, napr. spôsob zvýšenia alebo zníženia expresie (v porovnaní s prirodzeným typom) pri zvýšení alebo znížení sily podnetov.
Výraz hostiteľské bunky, tak ako je použitý tu, a iné takéto výrazy, označujú mikroorganizmy alebo línie vyšších eukaryotických buniek kultivovaných ako jednobunkové entity, a znamená bunky, ktoré sa môžu stať, alebo ktoré možno použiť ako recipienty rekombinantného vektora alebo inej prenášanej DNA, a zahŕňajú potomka pôvodnej bunky, ktorá bola transfekovaná. Pre odborníka v oblasti je zrejmé, že potomok jedinej rodičovskej bunky nemusí byť nevyhnutne úplne identický v genóme alebo v obsahu celkovej DNA s pôvodným rodičom, v dôsledku náhodnej alebo cielenej mutácie.
Výraz riadiaca sekvencia, tak ako je použitý tu, znamená nukleovú sekvenciu so sekvenciou báz, ktorá je rozoznávaná hostiteľským organizmom, tak, že ovplyvňuje expresiu kódujúcej sekvencie, s ktorou je ligovaná. Povaha takejto riadiacej sekvencie sa líši v závislosti na hostiteľskom organizme; v prokaryotoch takáto riadiaca sekvencia vo všeobecnosti zahŕňa promótor, ribozóm viažuce miesto, terminátory, a v niektorých prípadoch zosilňovače. Výraz riadiaca sekvencia je mienený tak, že zahŕňa minimálne všetky komponenty, ktorých prítomnosť je nevyhnutná pre expresiu, a môže tiež zahŕňať ďalšie komponenty, ktorých prítomnosť je výhodná, napr. vedúce sekvencie.
Výraz operačne spojený, tak ako je použitý tu, znamená spojenie alebo zligovanie sekvencií tak, aby fungovali zamýšľaným spôsobom. Napríklad riadiaca sekvencia je operačne spojená s kódujúcou sekvenciou takým spôsobom, aby sa dosiahla expresia kódujúcej sekvencie v podmienkach kompatibilných s riadiacou sekvenciou a hostiteľskou bunkou.
Metabolizmus látky, tak ako je použitý tu, znamená akýkoľvek aspekt expresie, funkcie, činnosti alebo regulácie látky. Metabolizmus látky zahŕňa modifikácie, napr. kovalentné alebo nekovalentné modifikácie látky. Metabolizmus látky zahŕňa modifikácie, napr. kovalentné alebo nekovalentné modifikácie, ktoré látka indukuje v iných látkach. Metabolizmus látky tiež zahŕňa zmeny v distribúcii látky. Metabolizmus látky tiež zahŕňa zmeny, ktoré látka indukuje v distribúcii iných látok.
Výraz vzorka, tak ako je použitý tu, znamená biologickú vzorku, ako napríklad tkanivo alebo tekutinu izolovanú z jedinca (vrátane, bez obmedzenia, plazmy, séra, cerebrospinálnej tekutiny, lymfy, sĺz, slín a tkanivových sekcií) alebo z in vitro bunkových kultúr, ako aj zo vzoriek z prostredia.
Uskutočňovanie podľa vynálezu bude používať, ak nebude uvedené inak, bežné techniky chémie, molekulárnej biológie, mikrobiológie, rekombinantných DNA, a imunológie, ktoré sú známe z doterajšieho stavu technľ y. Takéto techniky sú úplne vysvetlené v literatúre. Pozri napr. Sambrook, Fritsch, a Maniatis, Molecular Cloning; Laboratory Manual 2. vyd. (1989); DNA Cloning, Zväzok I a II (D.N Glover vyd. 1985); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait vy d, 1984); Nucleic Acid Hybridization (B.D. Hames & S.J. Higgins vyd. 1984); série, Methods in Enzymoloqy (Academic Press, Inc.), hlavne Zv. 154 a Zv. 155 (Wu a Grossman, vyd.) a PCR-A Practical Approach (McPherson, Quirke, a Taylor, vyd., 1991).
I. Izolácia nukleovej kyseliny z H. pylori a jej použitie
H. pylori genomická sekvencia
Tento vynález poskytuje nukleotidové sekvencie genómu H. pylori, a tak zahŕňa DNA sekvenčnú knižnicu H. pylori genomickej DNA. Podrobný popis, ktorý nasleduje, poskytuje nukleotidovú sekvenciu H. pylori a tiež popisuje, ako bola táto sekvencia získaná a ako boli identifikované ORF a proteín kódujúce sekvencie. Tiež sú popísané spôsoby použitia nárokovaných H. pylori sekvencií, pričom sú v nich zahrnuté diagnostické a terapeutické aplikácie. Navyše, knižnica môže byť použitá ako databáza na identifikáciu a porovnávanie medicínsky dôležitých sekvencií v tomto a iných kmeňoch H. pylori.
Na určenie genomickej sekvencie H. pylori bola izolovaná DNA z kmeňa H. pylori (ATCC # 55679; uložený prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) a mechanicky postrihaná nebulizáciou na strednú veľkosť 2 kb. Po rozdelení do veľkostných frakcií gélovou elektroforézou, boli fragmenty zatupené, boli naiigované adaptorové nukleotidy a fragmenty boli kionované do každého z 20 rôznych pMPX vektorov (Rice et al., abstracts of Meeting of Genome Mapping and Sequencing, Cold Spring Harbor, NY, 5/11-5/15, 1994, str. 225), čím sa skonštruovala séria shotgun subklonových knižníc.
DNA sekvenovanie bolo dosiahnuté použitím muitiplexných sekvenčných postupov, v podstate tak, ako je popísané v Church et al., 1988, Science 240:185: U.S. Patent č. 4 942 124 a 5 149 625). DNA bola extrahovaná zo zozbieraných kultúr a bola chemicky alebo enzymatický sekvenovaná. Sekvenačné reakčné zmesi boli znovu rozpustené elektroforézou a produkty boli prenesené a kovalentne naviazané na nylonové membrány. Nakoniec sa membrány postupne hybridizovali so sériami značených oligonukleotidov komplementárnych k príveskovým sekvenciám, ktoré boli v rôznych shotgun klonovacých vektoroch. Týmto spôsobom, sa mohlo získať veľké množstvo sekvencií z jednej sady sekvenčných reakčných zmesí. Klonovacie a sekvenčné postupy sú popísané podrobnejšie v príkladoch.
Jednotlivé sekvenčné záznamy získané týmto spôsobom boli zostavené použitím FAĽCON™ programu (Church et al., 1994, Automated DNA Sequencing and Analysis, J.C. Venter, vyd., Academic Press) a PHRAP (P. Green, Abstracts of DOE Human Genome Program Contractor-Grantee Workshop V, Jan. 1996, str.157). Priemerná dĺžka kontigu bola približne 3 až 4 kb.
Na získanie kontigov obsahujúcich kontinuálnu sekvenciu reprezentujúcu celý H. pylori genóm boli použité rôzne prístupy. Syntetické oligonukleotidy sú navrhnuté tak, aby boli komplementárne k sekvenciám na konci každého kontigu. Na identifikáciu klonov, ktoré obsahujú spojovacie oblasti medzi jednotlivými kontigmi, môžu byť tieto oligonuklotidy hybridizované s knižnicou H. pylorí genomickej DNA, napríklad v lambda fágových vektoroch alebo v plazmidových vektoroch. Takéto klony sú potom použité na izoláciu templátovej DNA a rovnaké oligonukleotidy sú potom použité ako primery v polymerázovej reťazovej reakcii (PCR) na amplifikáciu spojovacích fragmentov, a potom je určovaná nukleotidová sekvencia týchto fragmentov.
H. pylori sekvencie boli analyzované na prítomnosť otvorených čítacích rámcov (ORF) obsahujúcich aspoň 180 nukleotidov. Treba tomu rozumieť tak, že výsledok analýzy ORF, založenej na stop-stop kodónových čítaniach, nemusí zodpovedať ORF prirodzene sa vyskytujúceho H. pylori polypeptidu. Tieto ORF môžu obsahovať štartovacie kodóny, ktoré označujú iniciáciu proteínovej syntézy prirodzene sa vyskytujúceho H. pylori polypeptidu. Takýto štartovací kodón vo vnútri tu poskytnutého ORF môže byť identifikovaný priemerným odborníkom v relevantnej oblasti, a výsledný ORF a kódovaný H. pylori polypeptíd spadá do rozsahu tohto vynálezu. Napríklad, vo vnútri ORF môžu byť identifikované kodóny AUG alebo GUG (kódujúce metionín alebo valín), ktoré sú časťou iniciačného signálu pre syntézu proteínu, a ORF môže byť modifikovaný na zodpovedajúci prirodzene sa vyskytujúci H. pylori polypeptíd. Predpokladané kódujúce oblasti boli definované zhodnotením kódujúceho potenciálu takýchto sekvencii programom GENEMARK™ (Borodovsky a Mclninch, 1993, Comp. Chem. 17:123).
Iné H. pylori nukleové kyseliny
Nukleové kyseliny podľa tohto vynálezu môžu byť získané priamo z DNA vyššie uvedeného H. pylori kmeňa použitím polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Pozri PCR, A Practical Approach (McPherson, Quirke, a Taylor, vyd., IRL Press, Oxford, UK, 1991), kde je podrobnejšie popísaná PCR. PCR s vysokou presnosťou môže byť použitá na zaistenie totožnosti kópie DNA pred expresiou. Navyše, autenticita amplifikovaných produktov môže byť kontrolovaná bežnými sekvenčnými metódami. Klony nesúce želateľné sekvencie popísané v tomto vynáleze môžu byť tiež získané prehľadávaním knižníc prostredníctvom PCR alebo hybridizáciou syntetických oligonukleotidových sond na filtrové lifty knižnicových kolónií alebo plakov, ako je známe z doterajšieho stavu techniky (viď. napr. Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual 2. vydanie, 1989, Cold Spring Harbor Press, NY).
Podľa tu popísaných protokolov je možné tiež získať nukleové kyseliny kódujúce H. pylori polypeptidy z cDNA knižnice. cDNA kódujúcu H. pylori polypeptid možno získať izoláciou celkovej mRNA z príslušného kmeňa. Z celkovej mRNA môžu byť potom pripravené dvojvláknové cDNA. Následne môžu byť cDNA začlenené do vhodného plazmidového alebo vírusového (napr. bakteriofágového) vektora použitím akejkoľvek z množstva známych techník. Gény kódujúce H. pylori polypeptidy môžu byť tiež klonované použitím zavedených techník polymerázovej reťazovej reakcie v súlade s nukleotidovou sekvenčnou informáciou podľa vynálezu. Nukleové kyseliny podľa vynálezu môžu byť DNA alebo RNA. Výhodné nukleové kyseliny podľa vynálezu sú uvedené v Zozname sekvencii.
Nukleové kyseliny podľa vynálezu môžu byť tiež chemicky syntetizované použitím štandardných techník. Sú známe rôzne spôsoby chemickej syntézy polydeoxynukleotidov, vrátane syntézy s pevnou fázou, ktorá podobne ako peptidová syntéza, je plne automatizovaná v komerčne dostupných DNA syntetizéroch (Pozri napr. Itakura et aj. U.S. Patent č. 4 598 049; Caruthers et al·
U.S. Patent č. 4 458 066; a Itakura U.S. Patenty č. 4 401 796 a 4 373 071, tu zahrnuté ako citácia).
Nukleové kyseliny izolované alebo syntetizované podľa znakov predloženého vynálezu sú užitočné napríklad, bez obmedzenia, ako sondy, primery, zachytávacie ligandy, antisense gény a na vývoj expresných systémov na syntézy proteínov a peptidov zodpovedajúcich týmto sekvenciám. Ako sondy, primery, zachytávacie ligandy a antisense činidlá, nukleové kyseliny normálne pozostávajú zo všetkých alebo z časti (približne dvadsiatich alebo viacerých nukleotidov na zabezpečenie špecificity ako aj pre schopnosti vytvárať stabilné hybridizačné produkty) nukleových kyselín podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií. Tieto použitia sú popísané podrobnejšie nižšie.
Sondy
Nukleová kyselina izolovaná alebo syntetizovaná v súlade so sekvenciou podľa vynálezu, ktorá je uvedená v Zozname sekvencií, môže byť použitá ako sonda na špecifickú detekciu H. pylori. Je zistené, že sekvencie dvadsiatich a viac nukleotidov so sekvenčnou informáciou uvedenou v predloženej prihláške, poskytuje požadovanú inkluzivitu a exkluzivitu vzhľadom na H. pylori, a pravdepodobnosť stretu s externými nukleovými kyselina počas hybridizačných podmienok. Výhodnejšie sekvencia bude obsahovať aspoň dvadsať až tridsať nukleotidov na zaistenie stability hybridizačného produktu vytvoreného medzi sondou a zamýšľanými cieľovými molekulami.
Je ťažké syntetizovať sekvencie dlhšie ako 1000 nukleotidov, ale tieto môžu byť generované technikami rekombinantných DNA. Odborníci v oblasti sa ľahko dovtípia, že nukleové kyseliny na použitie ako sondy, môžu byť vybavené značkou na uľahčenie detekcie hybridizačného produktu.
Nukleová kyselina izolovaná alebo syntetizovaná v súlade so sekvenciou podľa vynálezu, ktorá je uvedená v Zozname sekvencií, môže byť tiež použitá ako sonda na detegciu homologických oblastí (hlavne homologických génov) iných
Helicobacter kmeňov použitím vhodných prísnych hybridizačných podmienok, ako je tu popísané.
Zachytávači ligand
Na použitie ako zachytávači ligand, môže byť nukleová kyselina vybraná spôsobom popísaným vyššie pre sondy, bežne spojená s podkladom. Spôsob, ktorým je nukleová kyselina spojená s podkladmi je dobre známy. Nukleová kyselina obsahujúca dvadsať a viac nukleotidov v sekvencii podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencii, môže byť použitá na oddelenie H. pylori nukleovej kyseliny od inej nukleovej kyseliny toho istého a iných organizmov. Nukleová kyselina obsahujúca dvadsať a viac nukleotidov v sekvencii podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencii, môže byť tiež použitá na vzájomné oddelenie Helicobacter druhov a na ich oddelenie od iných organizmov. Výhodne sekvencia bude obsahovať aspoň dvadsať nukleotidov na zaistenie stability hybridizačného produktu vytvoreného medzi sondou a zamýšľanými cieľovými molekulami. Je ťažké syntetizovať sekvencie dlhšie ako 1000 nukleotidov, ale tieto môžu byť generované technikami rekombinantných DNA.
Primery
Nukleová kyselina izolovaná alebo syntetizovaná v súlade so sekvenciou podľa vynálezu, ktorá je uvedená v Zozname sekvencii, môže byť použitá ako primery na amplifikáciu H. pylori nukleovej kyseliny. Tieto nukleové kyseliny môžu byť tiež použité ako primery na amplifikáciu nukleových kyselín v iných Helicobacter druhoch. Vzhľadom na techniky polymerázovej reťazovej reakcie (PCR), môže byť nukleová sekvencia obsahujúca 10 až 15 nukleotidov podľa vynálezu, ktorá je obsiahnutá v Zozname sekvencii, použitá spolu s vhodnými enzýmami a reakčnými činidlami na vytváranie kópií H. pylori nukleovej kyseliny. Výhodnejšie sekvencia bude obsahovať aspoň dvadsať a viac nukleotidov na zaistenie stability hybridizačného produktu vytvoreného medzi primerom a zamýšľanými cieľovými molekulami. Je ťažké kontrolovať väzobné podmienky primerov dlhších ako 100 nukleotidov a dosiahnuť ich použitím špecificitu. Na zaistenie totožnosti DNA kópie pred expresiou môže byť použitá vysoko presná PCR. Navyše amplifikované produkty môžu byť skontrolované bežnými sekvenačnými metódami.
Kópie môžu byť použité v diagnostických testoch na detekciu špecifických sekvencii, vrátane génov z H. pylorí a/alebo iných Helicobacter druhov. Kópie môžu byť tiež začlenené do klonovacých a expresných vektorov na vytváranie polypeptidov zodpovedajúcich nukleovej kyseline syntetizovanej PCR, ako je tu popísané podrobnejšie.
Antisense
Nukleová kyselina alebo hybridizačné deriváty nukleovej kyseliny izolované alebo syntetizované v súlade s tu popísanou sekvenciou, môžu byť použité ako antisense činidlá na zabránenie expresii H. pylorí génov. Tieto sekvencie môžu byť tiež použité ako antisense činidlá na zabránenie expresie génov iných Helicobacter druhov.
V jednom uskutočnení vynálezu sú nukleové kyseliny alebo deriváty zodpovedajúce H. pylorí nukleovým kyselinám, naložené do vhodného nosiča, ako napríklad liozómu alebo bakteriofága na začlenenie do bakteriálnych buniek. Napríklad nukleová kyselina s dvadsiatimi alebo viacerými nukleotidmi je schopná viazať sa na bakteriálnu nukleovú kyselinu alebo mediátorovú RNA. Výhodne antisense nukleová kyselina obsahuje 20 alebo viac nukleotidov na poskytnutie nevyhnutnej stability hybridizačného produktu neprirodzene sa vyskytujúcej nukleovej kyseliny a bakteriálnej nukleovej kyseliny a/alebo mediátorovej RNA. Je ťažké syntetizovať sekvencie dlhšie ako 1000 nukleotidov, ale tieto môžu byť generované technikami rekombinantných DNA. Spôsoby nakladania nukleovej kyseliny do lipozómov sú známe z doterajšieho stavu techniky, a príkladom je U.S. Patent 4 241 046 vydaný 23.12.1980 v mene Papahadjopoulos et al.
II. Expresia H. pylorí nukleových kyselín
Nukleová kyselina, ktorá je izolovaná alebo syntetizovaná v súlade s tu popísanými sekvenciami, môže byť použitá na generovanie polypeptidov. Nukleová kyselina podfa vynálezu, ktorej príklady sú uvedené v Zozname sekvencii, alebo fragmenty tejto nukleovej kyseliny, ktoré kódujú aktívne časti H. pylori polypeptidov, môžu byť klonované do vhodných vektorov alebo použité na izoláciu nukleovej kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina je kombinovaná s vhodnými DNA linkermi a klonovaná do vhodného vektora.
Expresiou v bakteriálnom kmeni, v podmienkach, v ktorých môže byť špecificky meraná aktivita génového/ých produktu/ov určovaných testovaným génom alebo operenom, môže byť upresnená funkcia konkrétneho génu alebo operónu. Alternatívne môže byť v expresnom kmeni vytvárané veľké množstvo génového produktu na použitie ako antigén, ako priemyselný reaktant, na štrukturálne štúdie a pod. Táto expresia sa môže uskutočňovať v mutantnom kmeni, v ktorom gén, ktorý má byť testovaný, nie je aktívny, alebo v kmeni, ktorý nevytvára rovnaký génový produkt. To zahŕňa, ale nie je obmedzené na iné Helicobacter kmene, alebo iné bakteriálne kmene, ako napríklad E. coli, Norcardia, Corynebacterium, Campylobacter, a Streptomyces kmene. V niektorých prípadoch hostiteľ expresie bude využívať prirodzený Helicobacter promótor, zatiaľ čo v iných, bude nevyhnutné riadiť gén promótorovou sekvenciou odvodenou od exprimujúceho organizmu (napr. E. coli β-galaktozidázový promótor pre expresiu v E. coli).
Na expresiu génového produktu využívajúceho prirodzený H. pylori promótor môže byť použitý napríklad nasledujúci postup. Reštrikčný fragment, ktorý obsahuje študovaný gén, spolu s jeho asociovaným prirodzeným promótorovým elementom a regulačnými sekvenciami (identifikované prostredníctvom údajov o DNA sekvencií), je klonovaný do vhodné rekombinantného plazmidu, ktorý obsahuje počiatok replikácie, ktorý funguje v hostiteľskom organizme a príslušný selekčný marker. Toto môže byť uskutočnené prostredníctvom množstva spôsobov, ktoré sú známe odborníkovi v oblasti. Najvýhodnejšie je uskutočňovanie štiepením plazmidu a fragmentu, ktorý má byť klonovaný, rovnakou reštrikčnou endonukleázou na vytváranie kompatibilných koncov, ktoré môžu byť ligované, čím sa spoja dva kusy spolu. Rekombinantný plazmid je začlenený do hostiteľského organizmu napríklad prostredníctvom elektroporácie a bunky obsahujúce rekombinantný plazmid sú identifikované selekciou na marker v plazmide. Expresia požadovaného génového produktu sa deteguje použitím testov špecifických pre génový produkt.
V prípade, že vyžaduje odlišný promótor, je telo génu (kódujúca sekvencia) špecificky vystrihnuté a klonované do príslušného expresného plazmidu. Toto subklonovanie sa môže uskutočniť niekoľkými spôsobmi, ale najjednoduchší je prostredníctvom PCT amplifikácie špecifického fragmentu, ktorý sa po ošetrení PCR produktu s restričným enzýmom alebo exonukleázou, čím sa vytvoria vhodné konce na klonovanie, liguje do expresného plazmidu.
Vhodnou hostiteľskou bunkou na expresiu génu môže byť akákoľvek prokaryotická alebo eukaryotická bunka. Napríklad H. pylori polypeptid môže byť exprimovaný v bakteriálnych bunkách ako napríklad v E. coli, hmyzích bunkách (baculovírus), kvasinkách alebo cicavčích bunkách, napríklad v ovariálnych bunkách čínskeho škrečka (CHO). Iné vhodné hostiteľské bunky sú známe odborníkom v oblasti.
Expresia v eukaryotických bunkách, ako napríklad v cicavčích, kvasinkových alebo hmyzích bunkách, môže viesť k čiastočnej alebo kompletnej glykozylácii a/alebo k vytváraniu relevantných inter- alebo intra- reťazcových disulfidických väzieb v rekombinantnom peptidovom produkte. Príklady vektorov na expresiu v kvasinke S. cerivisae zahŕňajú pYepSed (Baldari. et al., (1987) Embo J. 6:229234), pMFa (Kurjan a Herskowitz, (1982) Celí 30: 933-943), pJEY88 (Schultz et al., (1987) Gene 54: 113-123) a pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, CA). Baculovírusové vektory prístupné na expresiu proteínov v kultivovaných hmyzích bunkách (SF 9 bunkách) zahŕňajú pAc sériu (Smith et al., (1983) Mol. Celí Biol. 3:2156-2165) a pVL sériu (Lucklow, V.A., a Summers, M.D., (1989) Vimlogy 170:3139). Vo všeobecnosti sú COS bunky (Gluzman, Y., (1981) Celí 23:175-182) použité v spojení s takými vektormi ako pCDM 8 (Aruffo, A a Seed, B., (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:8573-8577) na krátkodobú amplifikáciu/expresiu v cicavčích bunkách, zatiaľ čo CHO (dhfr Chinese Hamster Ovary) bunky sú použité s vektormi, ako napríklad pMT2PC (Kaufman et al. (1987), EMBO J. 6:187-195), na stabilnú amplifikáciu/expresiu v cicavčích bunkách. DNA vektor môže byť začlenený do cicavčích buniek prostredníctvom bežných techník, ako napríklad koprecipitáciou s fosforečnanom vápenatým alebo chloridom vápenatým, DEAE-dextrán sprostredkovanou transfekciou alebo elektroporáciou. Vhodné spôsoby transformácie hostiteľských buniek možno nájsť vSambrook et. al. (Molecular Cloninq: A Laboratorý Manual, druhé vydanie, Cold Spring Harbor Laboratorý press (1989)), a iných laboratórnych učebniciach.
Expresia v prokaryotoch je najčastejšie uskutočňovaná v E. coli buď s fúzovanými alebo s nefúzovanými inducibilnými expresnými vektormi. Fúzované vektory zvyčajne pridávajú množstvo NH2 terminálnych aminokyselín na exprimovaný cieľový gén. Tieto NH2 terminálne aminokyseliny sa často označujú ako reportérova skupina. Takéto reportérove skupiny zvyčajne slúžia na dva účely: 1) zvýšenie rozpustnosti cieľového rekombinantného proteínu; a 2) pomáhajú purifikovať cieľový rekombinantný proteín tým, že účinkujú ako ligand v afinitnej purifikácii. Často je do fúzovaných expresných vektorov začlenené proteolytické štiepne miesto do spojenia reportérovej skupiny a cieľového rekombinantného proteínu, čo umožňuje oddelenie cieľového rekombinantného proteínu od reportérovej skupiny následne po purifikácii fúzovaného proteínu. Takéto enzýmy a ich príbuzné rozoznávacie sekvencie zahŕňajú Faktor Xa, trombín a enterokinázu. Typické fúzne expresné vektory zahŕňajú pGEX (Amrad Corp., Melbourne, Austrália), pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA) a pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ), ktoré fúzujú glutatión-S-transferázu, maltózu E viažuci proteín, respektíve proteín A, na cieľový rekombinantný proteín. Výhodnou reportérovou skupinou je poly(His), ktorý môže byť fúzovaný na karboxy koniec proteínu, a ktorý činí rekombinantný fúzny proteín ľahko purifikovateľným kovovou chelátovou chromatografiou.
inducibilné nefúzované expresné vektory zahŕňajú pTrc (Amann et al., (1988) Gene 69:301-315) a pET11d (Studier et al., Ene Expression Technology: Methods in Enzvmology 185. Academic Press, San Diego, California (1990) 60-89). Zatiaľ čo v pTrc expresia cieľového génu závisí na transkripcii hostiteľskou RNA polymerázou z hybridného trp-iac fúzovaného promótora, expresia cieľových génov začlenených do pET11d závisí od transkripcie zT7 gn10-lac 0 fúzovaného promótora, ktorá je sprostredkovaná koexprimovanou vírusovou RNA polymerázou (T7 gnl). Táto vírusová polymeráza je dodávaná hostiteľskými kmeňmi BL21(DE3) alebo
HMS174(DE3) z v nich žijúceho λ profága, ktorý nesie Ί7 gnl pod transkripčnou kontrolou lacUV 5 promótora.
Napríklad hostiteľská bunka transfekovaná vektorom nukleovej kyseliny, ktorý je určený na expresu nukleovej sekvencie kódujúcej H. pylori polypeptid, môže byť kultivovaná v príslušných podmienkach, ktoré umožňujú, aby sa mohla uskutočniť expresia polypeptidu. Polypeptid môže byť vylučovaný a izolovaný zo zmesi buniek a média obsahujúceho peptid. Alternatívne môže byť polypeptid držaný v cytoplazme a potom sa bunky zozbierajú, lyžujú a izoluje sa polypeptid. Bunková kultúra zahŕňa hostiteľské bunky, médium a iné vedľajšie produkty. Vhodné médiá pre bunkovú kultúru sú známe zo stavu techniky. Polypeptidy podľa vynálezu môžu byť izolované z bunkového kultivačného média, z hostiteľských buniek, alebo z oboch, použitím techník na purifikáciu proteínov známych zo stavu techniky, vrátane iónovej výmennej chromatografie, gólovej filtračnej chromatografie, ultrafiltrácie, elektroforézy, a imunoafinitnej purifikácie s protilátkami špecifickými pre takéto polypeptidy. Navyše, v mnohých situáciách môžu byť polypeptidy vyrábané chemickými štiepením prirodzeného proteinu (napr. triptickým štiepením) a produkty štiepenia môžu byť potom purifikované štandardnými technikami.
V prípade proteínov viazaných na membrány, môžu byť tieto izolované z hostiteľskej bunky tak, že sa uvedie do kontaktu frakcia proteinu asociovaného s membránou a detergent, pričom sa vytvára solubilizovaný komplex, kde proteín asociovaný s membránou už nie je dlhšie začlenený do membránovej frakcie a je rozpustený aspoň v rozsahu, ktorý umožňuje chromatograficky ho izolovať z membránovej frakcie. Niekoľko rôznych kritérií je použitých na výber detergentu, ktorý je vhodný na solubilizáciu týchto komplexov. Napríklad jedna vlastnosť, ktorá je braná do úvahy, je schopnosť detergentu rozpustiť H. pylori proteín vo vnútri membránovej frakcie pri minimálnej denaturácii proteinu asociovaného s membránou, tak, aby bol umožnený návrat k aktivite alebo funkčnosti proteinu asociovaného s membránou pri rekonštitúcii proteinu. inou vlastnosťou, ktorá je braná do úvahy pri výbere detergentu, je kritická miceláma koncentrácia (CMC) detergentu, pričom vybraný detergent má výhodne vyššiu CMC hodnotu, ktorá umožňuje ľahké odstránenie po rekonštitúcii. Treťou vlastnosťou branou do úvahy pri výbere detergentu je hydrofóbnosť detergentu. Typicky sú proteíny asociované s membránou veľmi hydrofóbne, takže detergenty, ktoré sú tiež hydrofóbne, napr. tiftonová séria, by boli použiteľné na rozpustenie hydrofóbnych proteínov. Inou vlastnosťou dôležitou pre detergent môže byť schopnosť detergentu odstrániť H. pylori protein s minimálnou proteín-proteín interakciou, čo uľahčuje ďalšiu purifikáciu. Ďalšou vlastnosťou detergentu, ktorá by mala byť braná do úvahy je náboj detergentu. Napríklad ak je žiaduce v purifikačnom procese použiť iónové výmenné živice, potom by výhodný detergent nemal mať náboj. Chromatografické techniky, ktoré môžu byť použité v konečnom purifikačnom kroku sú známe zo stavu techniky a zahŕňajú hydrofóbnu interakciu, lektínovú afinitu, iónovú výmenu, farbičkovú afinitu a imunoafinitu.
Jednou stratégiou na maximalizáciiu expresie rekombinatného H. pylori peptidu v E. coli je exprimovať protein v hostiteľskej baktérii s oslabenou schopnosťou proteolyticky štiepiť rekombinantný protein (Gottesman, S., Gene Expression Technology: Methods in Enzvmoloqy 185. Academic Press, San Diego, California (1990) 119-128). Inou stratégiou by mohlo byť zmeniť nukleovú kyselinu kódujúcu H. pylori peptid, ktorý má byť začlenený do expresného vektora, tak, že jednotlivé kodóny každej aminokyseliny by boli tie, ktoré sú výhodne používané vo vysoko exprimovaných E. coli proteínoch (Wada et al., (1992) Nuc. Acids Res.20:2111-2118). Takáto zmena nukleových kyselín podľa vynálezu sa môže uskutočniť štandardnými technikami syntézy DNA.
Nukleové kyseliny podľa vynálezu môžu byť tiež chemicky syntetizované použitím štandardných techník. Sú známe rôzne spôsoby chemickej syntézy polydeoxynukleotidov, vrátane syntézy na pevnej fáze, ktorá, podobne ako peptidová syntéza, môže byť plne automatizovaná v komerčne dostupných DNA syntetizéroch (Pozri, napr. Itakura et al., U.S. patent č. 4 598 049; Caruthers et al. US patent č. 4 458 066; a Itakura U.S. patent č. 4 401 796 a 4 373 071, ktoré sú tu uvedené ako citácia).
III. H. pylori polypeptidy
Tento vynález zahŕňa izolované H. pylori polypeptidy kódované nárokovanými H. pylori genomickými sekvenciami, vrátane polypeptidov podľa vynálezu, ktoré sú obsiahnuté v Zozname sekvencií. Polypeptidy podľa vynálezu majú výhodne dĺžku aspoň 5 aminokyselín. Použitie tu poskytnutej DNA sekvenčnej informácie o aminokyselinových sekvenciách polypeptidov podľa vynálezu môže byť odvodené prostredníctvom spôsobov známych zo stavu techniky. Treba tomu rozumieť tak, že sekvencia celej nukleovej kyseliny kódujúcej H. pylori polypeptidy môže byť izolovaná a identifikovaná na základe ORF, ktorý kóduje len fragment príbuznej, proteín kódujúcej oblasti. To možno dosiahnuť napríklad použitím izolovanej nukleovej kyseliny kódujúcej ORF alebo jej fragmentov, na iniciovanie polymerázovej reťazovej reakcie s genomickou H. pylori nukleovou kyselinou ako tempiátom; a potom nasleduje sekvenovanie amplifikovaného produktu.
Polypeptidy podľa vynálezu môžu byť izolované z divého typu alebo zmutantných H. pylori buniek alebo z heterológnych organizmov alebo buniek (vrátane, ale bez obmedzenia, bakteriálnych, kvasinkových, hmyzích, rastlinných a cicavčích buniek), do ktorých bola začlenená, a v ktorých bola exprimovaná H. pylori nukleová kyselina. Navyše polypeptidy môžu byť časťou rekombinantných fúzovaných proteínov.
H. pylori polypeptidy podľa vynálezu môžu byť chemicky syntetizované použitím komerčne automatizovaných postupov, napríklad tých, ktoré boli uvedené vyššie.
IV. identifikovanie nukleových kyselín, ktoré kódujú vakcínové komponenty a ciele pre činidlá účinné proti H. pylori
Nárokovaná H. pylori genomická sekvencia zahŕňa segmenty, ktoré riadia syntézu ribonukleových kyselín a polypeptidov, ako aj počiatky replikácie, promótory, iné typy regulačných sekvencií a medzigénových nukleových kyselín. Vynález zahŕňa nukleové kyseliny kódujúce imunogénne komponenty vakcín a ciele pre činidlá účinné proti H. pylori. Identifikácia uvedených imunogénnych komponentov zahrnutá v určení funkcie nárokovaných sekvencií, môže byť dosiahnutá použitím rôznych prístupov. Nižšie sú stručne popísané neobmedzujúce príklady týchto prístupov.
Homológia ku známym sekvenciám: Na identifikáciu funkčných H. pylori nukleovokyselinových a polypeptidových sekvencií je užitočné porovnávanie, pomocou počítača, nárokovaných H. pylori sekvencií s predtým publikovanými sekvenciami, ktoré sú vo verejne dostupných databázach. Je zrejmé, že proteín kódujúce sekvencie môžu byť porovnávané napríklad ako celok, a že vysoký stupeň sekvenčnej homológie medzi dvoma proteínmi (ako napríklad viac ako 80 až 90 %) na aminokyselinovej úrovni indikuje, že dva proteíny tiež vykazujú určitý stupeň funkčnej homológie, ako napríklad medzi enzýmami zúčastňujúcimi sa metabolizmu, DNA syntézy, alebo syntézy bunkovej steny, a medzi proteínmi zúčastňujúcimi sa transportu, bunkového delenia, atď. Navyše možno identifikovať mnoho štruktúrnych znakov konkrétnych proteínových tried, a uvádzať ich do súladu so špecifickými konsenzus sekvenciami, ako napríklad väzobné domény nukleotidov, DNA, kovových iónov, a iných malých molekúl; miesta kovalentných modifikácií, ako napríklad fosforylácie, acylácie a podobne; miesta proteín-proteín interakcií atď. Tieto konsenzus sekvencie môžu byť dosť krátke, a teda môžu predstavovať len frakciu celej proteín kódujúcej sekvencie. identifikácia takýchto znakov v H. pylori sekvencií je preto užitočná pri určovaní funkcie kódovaného proteínu a pri identifikácii užitočných cieľov antibakteriálnych liekov.
Veľmi významné pre predložený vynález sú štrukturálne znaky, ktoré sú spoločné pre sekrečné, transmembránové a povrchové proteíny, vrátane sekrečných signálnych peptidov a hydrofóbnych transmembránových domén. H. pylori proteíny, pri ktorých sa určilo, že obsahujú pravdepodobné signálne sekvencie a/alebo transmembránové domény, sú veľmi užitočné ako imunogénne komponenty vakcín.
Identifikácia esenciálnych génov: Ako ciele liečiv sú výhodné nukleové kyseliny, ktoré kódujú proteíny, ktoré sú nevyhnutné pre rast alebo životaschopnosť H. pylori. H. pylori gény môžu byť testované z hľadiska ich biologického významu pre organizmus, prostredníctvom skúmania účinku deletovania a/alebo prerušenia génu, to znamená, takzvaného génového „knock-outu“, použitím techník, známych odborníkovi v príslušnej oblasti. Týmto spôsobom môžu byť identifikované esenciálne gény.
Kmeňovo špecifické sekvencie: Verí sa, že kvôli evolučnej príbuznosti medzi rôznymi H. pylori kmeňmi, môžu byť v súčasnosti popísané H. pylori sekvencie užitočné pri identifikácii a/alebo odlišovaní medzi predtým známymi a novými H. pylori kmeňmi. Verí sa, že iné H. pylori kmene budú vykazovať aspoň 70 % sekvenčnú homológiu s tu popísanou sekvenciou. Systematická a rutinná analýza DNA sekvencií odvodených od vzoriek obsahujúcich H. pylori kmene, a porovnanie s predloženou sekvenciou, umožňuje identifikáciu sekvencií, ktoré môžu byť použité na odlíšenie medzi kmeňmi, ako aj tých, ktoré sú spoločné pre všetky H. pylori kmene. V jednom uskutočnení vynález poskytuje nukleové kyseliny vrátane sond, a peptidových a polypeptidových sekvencií, ktoré odlišujú rôzne kmene H. pylori. Kmeňovo špecifické elementy môžu byť tiež identifikované funkčne, prostredníctvom ich schopnosti vyvolať alebo reagovať z protilátkami, ktoré selektívne rozoznávajú jeden alebo viacero H. pylori kmeňov.
V inom uskutočnení vynález poskytuje nukleové kyseliny, vrátane sond, a peptidových a polypeptidových sekvencií, ktoré sú spoločné pre všetky H. pylori kmene, ale nenachádzajú sa v iných bakteriálnych druhoch.
Konkrétny príklad: Určenie kandidátov na proteínové antigény pre protilátky a vývoj vakcíny
Výber kandidátov na proteínové antigény pre vývoj vakcíny môže byť odvodený od nukleových kyselín kódujúcich H. pylori pofypeptidy. Najprv môžu byť ORF analyzované z hľadiska homofógie k iným známym exportovaným alebo membránovým proteinom a analyzované použitím diskriminačnej analýzy popísanej Kleinom, et al. (Klein, P., Kanehsia, M., a D e Lis i, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815,468-476) na predpovedanie exportovaných a membránových proteínov.
Prieskum na homológiu sa môže uskutočňovať použitím BLAST algoritmu obsiahnutého vo Wisconsin Sequence Analysis Package (Genetics Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, Wl 53711), pričom sa porovnáva každá predpokladaná ORF aminokyselinová sekvencia so všetkými sekvenciami nachádzajúcimi sa v aktuálnej GenBank, SWISS-PROT a PIR databáze. BLAST uskutočňuje prieskum na lokálne zhody medzi ORF a databázovými sekvenciami a oznamuje pravdepodobné skóre, ktoré označuje pravdepodobnosť náhodného nájdenia tejto sekvencie v databáze. ORF s významnou homológiou (napr. s pravdepodobnosť, že homológia je len náhodná nižšou ako 1x10'6) k membránovým alebo exportovaným proteínom, predstavuje proteínové antigény na vývoj vakcíny. Na základe sekvenčnej homológie ku génom klonovaným v iných organizmoch, môžu byť H. pylori génom priradené možné funkcie.
Diskriminačná analýza (Klein, et al. vyššie) môže byť použitá na prieskum ORF aminokyselinových sekvencií. Tento algoritmus používa vlastnú informáciu obsiahnutú v ORF aminokyselinovej sekvencií a porovnáva ju s informáciou odvodenou od vlastností známych membránových a exportovaných proteínov. Toto porovnanie predpovedá, ktoré proteíny budú exportované, asociované s membránou alebo cytoplazmatické. ORF aminokyselinové sekvencie identifikované týmto algoritmom ako exportované alebo asociované s membránou, sú pravdepodobne proteínové antigény na vývoj vakcíny.
Proteíny vonkajšej membrány exponované na povrchu predstavujú pravdepodobne najlepšie antigény na poskytnutie ochrannej imunitnej odpovede proti H. pylori. Medzi algoritmami, ktoré môžu pomôcť pri predpovedaní týchto vonkajších membránových proteínov, je zahrnutá prítomnosť amfipatickej oblasti beta skladaného listu na ich C-konci. Táto oblasť, ktorá bola detegovaná vo veľkom množstve vonkajších membránových proteínov v Gram negatívnych baktériách sa často vyznačuje hydrofóbnymi rezíduami (Phe alebo Tyr), ktoré sú v klastroch, v striedajúcich sa polohách na C-konci (napr. pozri obrázok 5, blok F; obrázok 7, blok E). Dôležité je, že tieto sekvencie neboli detegované na C-konci periplazmatických proteínov, takže, umožňujú predbežne rozlíšiť tieto triedy proteínov na základe primárnych sekvenčných údajov. Tento fenomén bol popísaný Struyveom et al. (J. Mol. Biol. 218:141-148.1991).
Na obrázku 5 sú tiež znázornené ďalšie motívy aminokyselinových sekvencii, ktoré boli nájdené v mnohých vonkajších membránových proteínoch H. pylori. Zoradenie aminokyselinových sekvencii na obrázku 5 zobrazuje časti sekvencii piatich H. pylori proteínov (vyznačených v jednopismenovom aminokyselinovom kóde), ktoré sú označené ich identifikačnými číslami sekvencie, a sú znázornené od N-konca ku C-koncu, zľava doprava. Bolo nájdených päť alebo šesť oddelených blokov (označených A až E alebo F) s podobnými aminokyselinovými zvyškami, ktoré obsahujú príznačné hydrofóbne zvyšky (Phe alebo Tyr; F alebo Y v jednopismenovom kóde aminokyselinových zvyškov), ktoré sa často vyskytujú v polohách neďaleko C-koncov vonkajších membránových proteínov. Prítomnosť niekoľkých spoločných motívov jasne dokazuje podobnosť medzi členmi tejto skupiny proteínov.
Ďalšie zoskupenia aminokyselín štyroch vonkajších membránových proteínov izolovaných z H. pylori sú znázornené na obrázku 6.
Vonkajšie membránové proteíny izolované z H. pylori často zdieľajú ďalšie motívy ako je znázornené pre dva proteíny na obrázku 7, ktoré tiež majú spoločné C-koncové motívy hydrofóbnych zvyškov, a ako je znázornené pre dva proteíny na obrázku 8, ktoré nezdieľajú C-koncové motívy hydrofóbnych zvyškov, ale zdieľajú iný C-koncový motív.
Odborník v oblasti by vedel, že tieto zdieľané sekvenčné motívy sú veľmi významné na stanovenie podobnosti medzi touto skupinou proteínov.
Zriedkavo nie je možné rozlíšiť medzi rôznymi možnými nukleotidmi v danej polohe v nukleotidovej sekvencii. V takých prípadoch sa dvojvýznamnosť označuje rozšírenou abecedou, ktorá je uvedená nižšie:
Sú uvedené oficiálne IUPAC-IUB jednopísmenové kódy báz.
Kód_ Popis bázy_
G Guanín
A Adenín
T Tymín
C Cytozín
R Purín (A alebo G)
Y Pyrimidín (C alebo T alebo U)
M Amino (A alebo C)
K Ketón (G alebo T)
S silná interakcia (C alebo G)
W slabá interakcia (A alebo T)
H Nie-G (A alebo C alebo T)
B Nie-A (C alebo G alebo T)
V Nie-T (nie-U) (A alebo C alebo G)
D Nie-C (A alebo G alebo T)
N akýkoľvek (A alebo C alebo G alebo T)
Translatovaný dvojvýznamový kodón je v aminokyselinových transláciách podľa vynálezu, ktoré zahŕňajú dvojvýznamové nukleové kyseliny, označovaný ako písmeno „X. Vo všetkých prípadoch sú možné aminokyselinové zvyšky v určitej polohe zrejmé z prieskumu sekvencie nukleovej kyseliny, na základe štandardného genetického kódu.
V. Produkcia fragmentov a analógov H. pylori nukleových kyselín a polypeptidov
Na základe objavu H. pylori génových produktov podľa vynálezu, ktoré sú poskytnuté v Zozname sekvencií, môže odborník v oblasti meniť nárokované štruktúry (H. pylori gény), napr. vytváraním ich fragmentov alebo analógov, a môže tieto novo vytvorené štruktúry testovať z hľadiska aktivity. Príklady techník, ktoré sú známe odborníkom v príslušnej oblasti, a ktoré umožňujú vytváranie a testovanie fragmentov a analógov, sú diskutované nižšie. Tieto alebo analogické metódy môžu byť použité na vytváranie a prehľadávanie knižníc polypeptidov, napr. knižníc náhodných peptidov alebo knižníc fragmentov alebo analógov bunkových proteínov, z hľadiska schopnosti viazať H. pylori polypeptidy. Takéto prehľadávania sú užitočné na identifikáciu inhibítorov H. pylori.
Generovanie fragmentov:
Fragmenty proteínov môžu byť vytvárané niekoľkými spôsobmi, napr. rekombinantné, proteolytickým štiepením, alebo chemickou syntézou. Vnútorné alebo koncové fragmenty polypeptidu môžu byť generované odstránením jedného alebo viacerých nukleotidov z jedného (pre terminálny fragment) alebo z oboch koncov (pre vnútorný fragment) nukleovej kyseliny, ktorá kóduje polypeptid. Expresia mutovanej DNA vytvára polypeptidové fragmenty. Štiepenie „end-nibbling - z konca ukrajujúcimi endonukleázami tak môže generovať DNA, ktoré kódujú rad fragmentov. DNA, ktoré kódujú fragmenty proteínu, môžu byť tiež generované náhodným strihaním, reštrikčným štiepením alebo kombináciou vyššie uvedených metód.
Fragmenty tiež môžu byť chemicky syntetizované použitím techník známych zo stavu techniky, ako napríklad bežnou Merrifield f-Moc alebo t-Boc chémiou spevnou fázou. Napríklad peptidy podľa predloženého vynálezu môžu byť ľubovolne rozdelené na fragmenty požadovanej dĺžky bez toho, aby sa fragmenty prekrývali, alebo môžu byť rozdelené na prekrývajúce sa fragmenty požadovanej dĺžky.
Zmena nukleových kyselín a polypeptidov: náhodné metódy
Varianty aminokyselinovej sekvencie proteínu môžu byť pripravené náhodnou mutagenézou DNA, ktorá kóduje proteín alebo určitú doménu alebo oblasť proteínu. Užitočné spôsoby zahŕňajú PCR mutagenézu a saturačnú mutagenézu. Knižnica náhodných aminokyselinových sekvenčných variantov môže byť tiež vytvorená syntézou súboru degenerovaných oligonukleotidových sekvencii. (Spôsob vyhľadávania proteínov v knižnici variantov je tu tiež uvedený).
(A) PCR mutagenéza
Pri PCR mutagenéze je na zavedenie náhodných mutácií do klonovaného fragmentu DNA znížená presnosť Taq polymerázy (Leung et al., 1989, Technique 1:11-15). Oblasť DNA, ktorá má byť mutovaná, je amplifikovaná použitím polymerázovej reťazovej reakcie (PCR) v podmienkach, ktoré znižujú presnosť DNA syntézy Taq DNA polymerázou, napr. použitím pomeru dGTP/dATP 5 a pridaním Mn2* to PCR reakčnej zmesi. Zásoba amplifikovaných DNA fragmentov je potom začlenená do príslušných klonovacých vektorov, čím vzniknú knižnice náhodných mutantov.
(B) Saturačná mutagenéza
Saturačná mutagenéza umožňuje rýchle začlenenie veľkého množstva jednobázových substitúcií do kionovaných DNA fragmentov (Mayers et al., 1985, Science 229:242). Táto technika zahŕňa vytváranie mutácií napr. chemickým pôsobením alebo ožarovaním jednovláknovej DNA in vitro, a syntézu komplementárneho DNA vlákna. Frekvencia mutácií môže byť modulovaná modulovaním tvrdosti ošetrenia, a v podstate sa dajú získať všetky možné bázové substitúcie. Pretože tento proces nezahŕňa genetickú selekciu na mutantné fragmenty, získajú sa tak neutrálne substitúcie, ako aj tie, ktoré menia funkciu. Distribúcia bodových mutácií nie je zameraná na konzervatívne sekvenčné elementy.
(C) Degenerované oligonukieotidy
Knižnica homológov môže byť vytvorená tiež zo súboru degenerovaných oligonukleotidových sekvencii. Chemická syntéza degenerovaných sekvencii sa môže uskutočňovať v automatickom DNA syntetizéri, a syntetické gény môžu byť ligované do príslušného expresného vektora. Syntéza degenerovaných oligonukleotidov je známa zo stavu techniky (pozri napríklad, Narang, SA (1983) Tetrahedron 39:3; Itakura et al. (1981) Recombinant DNA, Proc 3rd Cleveland Sympos. Macromolecules, ed. AG Walton, Amsterdam: Elsevier pp273-289; Itakura et al. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53:323; Itakura et al. (1984) Science 198:1056; Ike et al. (1983) Nucleic Acid Res. 11:477. Tieto techniky môžu byť použité v riadenej evolúcii iných proteínov (pozri napríklad, Scott et al. (1990) Science 249:386-390; Roberts et al. (1992) PNAS 89:2429-2433; Devlin et al. (1990) Science 249: 404-406; Cwirla et al. (1990) PNAS 87: 6378-6382; ako aj U.S. Patenty č. 5 223 409, 5 198 346 a 5 096 815).
Zmena nukleových kyselín a polypeptidov: Spôsoby riadenej mutagenézy
Techniky nie náhodnej alebo riadenej mutagenézy môžu byť použité na poskytnutie špecifických sekvencii alebo mutácií v špecifických oblastiach. Tieto techniky môžu byť použité na vytváranie variantov, ktoré zahŕňajú napr. delécie, inzercie alebo substitúcie zvyškov známej aminokyselinovej sekvencie proteínu. Miesta mutácie môžu byť modifikované jednotlivo alebo v sériách, napr. (1) substitúcia konzervatívnymi aminokyselinami, a potom radikálnejšie možnosti závislé na dosiahnutých výsledkoch (2) delécia cieľového zvyšku, alebo (3) inzercia zvyškov rovnakej alebo rôznej triedy na určené miesto, alebo kombinácie možností 1 až 3.
(A) Alanínová skenovacia mutagenéza
Alanínová skenovacia mutagenéza je užitočný spôsob na identifikáciu určitých zvyškov alebo oblasti požadovaného proteínu, ktoré sú výhodnými miestami alebo doménami na mutagenézu, Cunningham a Wells (Science 244:1081-1085, 1989). Pri alanínovom skenovani sa identifikuje zvyšok alebo skupina cieľových zvyškov (napr. zvyšky s nábojom, ako napríklad Arg, Asp, His, Lys a Glu) a zamenia sa neutrálnou alebo negatívne nabitou aminokyselinou (najvýhodnejšie alenínom alebo polyalanínom). Zámena aminokyseliny môže ovplyvniť interakciu aminokyselín s vodným prostredím, ktoré ich obklopuje alebo s vonkajškom bunky. Tie domény, ktoré vykazujú funkčnú citlivosť k substitúciám sú potom vylepšované zavedením ďalších alebo iných variantov do miest substitúcie. Takže, zatiaľ čo je vopred určené miesto zavedenia aminokyselinovej sekvenčnej variácie, povaha mutácie per se nemusí byť vopred určená. Napríklad, na optimalizáciu priebehu mutácie na danom mieste, sa môže uskutočňovať alanínové skenovanie alebo náhodná mutagenéza v cieľovom kodóne alebo oblasti, a exprimované želané proteínové podjednotkové varianty sa prešetrujú z hľadiska optimálnej kombinácie požadovanej aktivity.
(B) Oligonukleotidom sprostredkovaná mutagenéza
Oligonukleotidom sprostredkovaná mutagenéza je užitočný spôsob na prípravu substitučných, delečných a inzerčných variantov DNA, pozri napr. Adelman et al., (DNA 2:183, 1983). V stručnosti, požadovaná DNA je menená hybridizáciou oligonukleotidu kódujúceho mutáciu k DNA templátu, pričom templátom je jednovláknová forma plazmidu alebo bakteriofágu, ktorý obsahuje nezmenenú alebo prirodzenú DNA sekvenciu požadovaného proteínu. Po hybridizácii je použitá DNA polymeráza na syntetizovanie celého druhého komplementárneho vlákna templátu, ktorá tak obsahuje oligonukleotidový primer, a bude tak kódovať vybranú zmenu v DNA požadovaného proteínu. Vo všeobecnosti sa používajú oligonukleotidy s dĺžkou aspoň 25 nukleotidov. Optimálny oligonukleotid bude mať od 12 do 15 nukleotidov, ktoré sú úplne komplementárne stemplátom na každej strane nukleotidu(dov), ktoré kódujú mutáciu. To zaisťuje, že oligonukleotid bude správne hybridizovať k jednovláknovej DNA templátovej molekule. Oligonukleotidy sú bežne syntetizované použitím technik známych zo stavu techniky, ako napríklad popisuje Crea et al. (Prac. Natl. Acad. Sci. USA, 75: 5765(1978]).
(C) Kazetová mutagenéza
Iný spôsob prípravy variantov, kazetová mutagenéza, je založený na technike popísanej Wellsom et al. (Gene, 34:315(1985]). Východzím materiálom je plazmid (alebo iný vektor), ktorý obsahuje DNA proteínovej podjednotky, ktorá má byť mutovaná. Identifikuje sa kodón(y) DNA proteínovej podjednotky, ktorý má byť mutovaný. Na každej strane určeného mutačného miesta (alebo miest) musí byť unikátne miesto pre reštrikčnú endonukleázu. Ak také miesta neexistujú, môžu byť vytvorené použitím vyššie popísaného spôsobu oligonukleotidom riadenej mutagenézy na ich zavedenie do príslušných miest DNA požadovanej proteínovej podjednotky. Po zavedení reštrikčných miest do plazmidu, je plazmid linearizovaný štiepením v týchto miestach. Dvojvláknový oligonukleotid, ktorý kóduje sekvenciu DNA medzi reštrikčnými miestami, ale obsahujúci požadovanú mutáciu(cie), je syntetizovaný použitím štandardných postupov. Dve vlákna sú syntetizované oddelene a potom sú spolu hybridizované použitím štandardných techník. Tento dvojvláknový oligonukleotid je označovaný ako kazeta. Táto kazeta je vytvorená tak, aby jej 3'a 5' konce boli kompatibilné s koncami linearizovaného plazmidu, aby mohla byť priamo ligovaná do plazmidu. Tento plazmid teraz obsahuje mutovanú DNA sekvenciu požadovanej proteínovej podjednotky.
(D) Kombinačná mutagenéza
Na vytváranie mutantov môže byť tiež použitá kombinačná mutagenéza (Ladner et al., WO 88/06630). Pri tomto spôsobe sú aminokyselinové sekvencie skupiny homológov alebo iných príbuzných proteínov zoradené výhodne tak, aby bola dosiahnutá najvyššia možná homológia. Všetky aminokyseliny, ktoré sa nachádzajú v danej polohe zoradených sekvencii, môžu byť vybrané na vytvorenie degenerovaného súboru kombinačných sekvencii. Kombinačnou mutagenézou je vytvorená pestrá knižnica variantov na úrovni nukleovej kyseliny a je kódovaná pestrou génovou knižnicou. Napríklad zmes syntetických oligonukleotidov môže byť enzymaticky ligovaná do génových sekvencii tak, že degenerovaný súbor potencionáinych sekvencii je exprimovateľný vo forme jednotlivých peptidov alebo alternatívne, vo forme súboru väčších fúzovaných proteínov, ktoré obsahujú súbor degenerovaných sekvencii.
Iné modifikácie H. pylori nukleových kyselín a polypeptidov
Je možné modifikovať štruktúry H. pylori polypeptidu za účelom ako je zvýšenie rozpustnosti, zosilnenie stability (napr. skladovacieho času ex vivo a odolnosti voči proteolytickej degradácii in vivo). Ako je tu popísané, môže byť vytvorený modifikovaný H. pylori protein alebo peptid, v ktorom bola zmenená aminokyselinová sekvencia, napríklad aminokyselinovou substitúciou, deléciou alebo adíciou.
H. pylori peptid môže byť tiež modifikovaný substitúciou cysteínových zvyškov, výhodne alanínovými, serínovými, treonínovými, leucínovými alebo zvyškami kyseliny glutámovej, čím sa minimalizuje dimerizácia prostredníctvom disulfidických väzieb. Navyše aminokyselinové bočné reťazce fragmentov proteínu podľa vynálezu môžu byť chemicky modifikované. Inou modifikáciou je cyklizácia peptidu.
Za účelom zvýšenia stability a/alebo reaktivity H. pylori polypeptidu, môže byť tento modifikovaný začlenením jedného alebo viacerých polymorfizmov do aminokyselinovej sekvencie proteínu, ktoré sú výsledkom akejkoľvek prirodzenej alelickej variácie. Navyše, v rámci rozsahu tohto vynálezu, môžu byť na vytvorenie modifikovaného proteínu substituované alebo pridané D-aminokyseliny, neprirodzené aminokyseliny alebo neaminokyselinové analógy. Ďalej môže byť H. pylori polypeptid modifikovaný použitím polyetyiénglykolu (PEG) podľa spôsobu A.
Sehon a spolupracovníci (Wie et al., vyššie) na vytvorenie proteínu konjugovaného s PEG. Navyše PEG môže byť pridaný počas chemickej syntézy proteínu. Iné modifikácie H. pylori proteínov zahŕňajú redukciu/alkyláciu (Tarr, Methods ofProtein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); acyláciu (Tarr, vyššie); chemické spájanie s príslušným nosičom (Mishell a Shiigi, vyd, Selected Methods in Cellular Immunology, WH Freeman, San Francisco, CA (1980), U.S. Patent 4 939 239; alebo jemné ošetrenie formalínom (Marsh, (1971) Int. Árch. ofAllergy a Appl. Immunol., 41:199 - 215).
Na uľahčenie purifikácie a na potenciálne zvýšenie rozpustnosti H. pylori proteínu alebo peptidu, je možné pridať aminokyselinovú fúzovanú časť do peptidovej kostry. Napríklad, hexa-histidín môže byť pridaný do proteínu pre purifikáciu imobilizovanou kovovou iónovou afinitnou chromatografiou (Hochuli, E. et al., (1988) Bio/Technology, 6: 1321 - 1325). Navyše na uľahčenie izolácie peptidov bez irelevantných sekvencií, môžu byť medzi sekvenciu fúzovanej časti a peptid umiestnené špecifické štiepne miesta pre endoproteázu.
Na to, aby sa potencionálne pomohlo správnemu antigénovému spracovaniu epitopov vo vnútri H. pylori polypeptidu, môžu byť medzi oblasti, z ktorých každá obsahuje aspoň jeden epitop, zaprojektované kanonické na proteázu citlivé miesta prostredníctvom rekombinantných alebo syntetických metód. Napríklad medzi oblasti vo vnútri proteínu alebo fragmentu môžu byť začlenené nabité páry aminokyselín, ako napríklad KK alebo RR, počas ich rekombinantnej konštrukcie. Výsledný peptid môže byť citlivý na štiepenie katepsínom a/alebo inými trypsínu podobnými enzýmami, ktoré môžu vytvárať časti proteínu obsahujúce jeden alebo viacero epitopov. Navyše takéto nabité aminokyselinové zvyšky môžu spôsobiť zvýšenie rozpustnosti peptidu.
Primárne spôsoby na prehľadávanie polypeptidov a analógov
Zo stavu techniky sú známe rôzne techniky na prehľadávanie vytvorených mutantných génových produktov. Techniky na prehľadávanie veľkých génových knižníc často zahŕňajú klonovanie génovej knižnice do expresných vektorov, ktoré sú schopné sa replikovať, transformovanie príslušných buniek výslednou knižnicou vo vektoroch, a exprimovanie génov v podmienkach, v ktorých detekcia požadovanej aktivity, napr. v tomto prípade viazanie H. pylori polypeptidu alebo interagujúceho proteínu, uľahčuje relatívne jednoduchú izoláciu vektora kódujúceho gén, ktorého produkt bol detekovaný. Každá z techník popísaných nižšie je adaptovateľná na vysoko výkonnú analýzu na prehľadávanie veľkého množstva sekvencii vytvorených napr. technikami náhodnej mutagenézy.
(A) Dvojhybridný systém
Dvojhybridný test ako napríklad systém popísaný vyššie (aj s inými tu popísanými prehľadávacimi metódami) môže byť použitý na identifikáciu peptidov, napr. fragmentov alebo analógov prirodzene sa vyskytujúceho H. pylori polypeptidu, napr. bunkových proteínov alebo náhodne generovaných polypeptidov, ktoré viažu H. pylori protein. (H. pylori doména je použitá ako návnadový protein a knižnica variantov je exprimovaná vo forme zachytávaných fúzovaných proteínov). Analogickým spôsobom môže byť dvojhybridný test (aj s inými tu popísanými prehľadávacimi metódami) použitý na nájdenie polypeptidov, ktoré viažu H. pylori polypeptid.
(B) Displejové knižnice
V jednom z prehľadávacích postupov, sú kandidátske peptidy vystavené na povrchu bunkovej alebo vírusovej častice, a schopnosť určitých bunkových alebo vírusových častíc viazať príslušný receptorový protein prostredníctvom vystaveného produktu je detegovaná „platovaním. Napríklad génová knižnica môže byť klonovaná do génu pre povrchový membránový protein bakteriálnej bunky, a výsledný fúzovaný protein môže byť detekovaný platovaním (Ladner et al., WO 88/06630; Fuchs et al. (1991) Bio/Technology 9:1370-1371; a Goward et al. (1992) TIBS 18:136-140). V podobnom spôsobe môže byť na zachytenie potencionálne funkčných peptidových homológov použitý detekovateľne značený ligand. Fluorescenčné značené ligandy, napr. receptory, môžu byť použité na detekciu homológov, ktoré si zachovávajú ligand-viažucu aktivitu. Použitie fluorescenčné značených ligandov, umožňuje, aby boli bunky preskúmané vizuálne a oddelené pod fluorescenčným mikroskopom, alebo ak to dovoľuje morfológia bunky, oddelené fluorescenčné aktivovaným bunkovým triedičom.
Génová knižnica môže byť exprimovaná ako fúzovaný proteín na povrchu vírusovej častice. Napríklad, v systéme vláknitého fága, môžu byť cudzie peptidové sekvencie exprimované na povrchu infekčného fága, z čoho plynú dve významné výhody. Po prvé, keďže tieto fágy môžu byť použité ako afinitné matrice v koncentrácii dobre nad 10’3 fágov na mililiter, môže byť naraz prehľadávané veľké množstvo fágov. Po druhé, keďže každý infekčný fág nesie na svojom povrchu génový produkt, ak je určitý fág získaný z afinitnej matrix s nízkym výťažkom, môže byť ampiifikovaný v inom infekčnom cykle. Vo fágových displejových knižniciach je najčastejšie používaná skupina skoro identických E. coli vláknitých fágov M13, fd a f1. Aj glll aj gVIII obalový fágový proteín môže byť použitý na vytváranie fúzovaných proteínov bez toho, aby sa narušilo nevyhnutné zbaľovanie vírusovej častice. Cudzie epitopy môžu byť exprimované na NHz-konci pili a fág nesúci takéto epitopy sa dá získať z veľkého nadbytku fágov bez tohto epitopu (Ladner et al. PCT zverejnenie WO 90/02909; Garrard et al., PCT zverejnenie WO 92/09690; Marks et al. (1992) J. Biol. Chem. 267:16007-16010; Griffiths et al. (1993) EMBO J 12:725734; Clackson et al. (1991) Náture 352:624-628; a Barbas et al. (1992) PNAS 89:4457-4461).
Bežné prístupy používajú ako partnera na peptidovú fúziu maltózový receptor
E. co//(vonkajší membránový proteín, LamB) (Charbit et al. (1986) EMBO 5, 30293037). Oligonukleotidy boli začlenené do plazmidov kódujúcich LamB gén na vytvorenie peptidov fúzovaných do jednej z extracelulárnych slučiek proteínu. Tieto peptidy sú dostupné pre viazanie s ligandami, napr. protilátkami, a môžu vyvolať imunitnú odpoveď, keď sú bunky podávané zvieratám. Iné bunkové povrchové proteíny, napr. OmpA (Schorr et al. (1991) Vaccines 9í, str. 387-392), PhoE (Agterberg, et al. (1990) Gene 88, 37-45), a PAL (Fuchs et al. (1991) Bio/Tech 9, 1369-1372), ako aj veľké bakteriálne povrchové štruktúry, slúžili ako vehikulá na vystavenie peptidu. Peptidy môžu byť fúzované s pilínom, proteínom, ktorý polymerízuje za účelom vytvorenia pilusu, čo je trubica na medzibakteriálnu výmenu genetického materiálu (Thiry et al. (1989) Appl. Environ. Microbiol. 55, 984-993).
Keďže hrá úlohu pri interakcii s inými bunkami, poskytuje piius užitočný nosič na prezentáciu peptidov do extracelulárneho prostredia. Inou veľkou povrchovou štruktúrou použitou na peptidový displej, je bakteriálny pohybový orgán, bičík. Fúzia peptidov na podjednotku flagelínového proteinu poskytuje hustý rad mnohých peptidových kópií na hostiteľských bunkách (Kuwajima et al. (1988) Bio/Tech. 6, 1080-1083). Povrchové proteíny iných bakteriálnych druhov tiež slúžili ako partneri pre peptidovú fúziu. Príklady zahŕňajú Staphylococcus proteín A a vonkajšiu membránovú IgA Neisseria proteázu (Hansson et al. (1992) J. Bacteriol. 174, 42394245 a Klauser et al. (1990) EMBO J. 9,1991-1999).
V systémoch vláknitých fágov a v LamB systéme, ktoré sú popísané vyššie, dochádza k fyzickému spojeniu medzi peptidom a jeho kódujúcou DNA prostredníctvom obsahu DNA vo vnútri častice (bunky alebo fága), ktorá nesie peptid na svojom povrchu. Zachytením peptidu dochádza ku zachyteniu častíc, s DNA v jej vnútri. Alternatívny spôsob používa na vytvorenie spojenia medzi peptidom a DNA, DNA-viažuci proteín Lacl (Cull eŕ al. (1992) PNAS USA 89:18651869). Tento systém používa plazmid, ktorý obsahuje Lacl gén s oligonukleotidovým klonovacím miestom na 3'konci. Lacl-peptid fúzovaný proteín je produkovaný riadenou indukciou arabinózou. Táto fúzia si zachováva prirodzenú schopnosť Lacl viazať sa na krátku DNA sekvenciu známu ako LacO operátor (LacO). Tým, že sa zavedú dve kópie LacO do expresného plazmidu, sa dosiahne, že Lacl-peptid fúzia sa viaže pevne na plazmid, ktorý ho kóduje. Keďže plazmidy v každej bunke obsahujú len jednu oligonukleotidovú sekvenciu, a každá bunka exprimuje len jednu peptidovú sekvenciu, peptidy sú špecificky a stabilne asociované s DNA sekvenciou, ktorá riadi ich syntézu. Bunky knižnice sú jemne lyzované a peptid-DNA komplexy sú vystavené matrixu imobilizovaných receptorov, aby sa získali komplexy obsahujúce aktívne peptidy. Asociovaná DNA je potom znova zavedená do buniek na amplifikáciu a kvôli určeniu identity peptidových ligandov je DNA sekvenovaná. Ako demonštrácia praktickej využiteľnosti tohto spôsobu bola vyrobená veľká knižnica náhodných dodekapeptidov a bola seiektovaná na monoklonálnej protilátke proti opioidnému peptidu dynorfínu B. Bola získaná skupina peptidov, ktoré boli všetky príbuzné tým, že obsahovali konsenzus sekvenciu zodpovedajúcu šesť zvyškovej časti dynorfínu B (Čuli et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89-1869).
Tento systém, niekedy označovaný ako peptidy na plazmidoch, sa líši od metód fágového displeja v dvoch smeroch. Po prvé, peptidy sú pripojené na Ckoniec fúzovaného proteínu, čoho výsledkom je, že členy knižnice sú vystavené ako peptidy s voľným karboxylovým koncom. Oba obalové proteíny vláknitého fágu, tak pili ako aj pVIII sú zakotvené do fágu ich C-koncom a hostiteľské proteíny sú umiestnené tak, že ich N-koncové domény smerujú von. V niektorých návrhoch sú na fágu vystavené proteíny prítomné priamo na amino konci fúzovaného proteínu (Cwirla, et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87, 6378-6382). Druhým rozdielom je súbor biologických sklonov, ktoré ovplyvňujú populáciu peptidov v skutočnosti prítomných v knižniciach. Lacl fúzované molekuly sú uväznené v cytoplazme hostiteľských buniek. Fágové obalové fúzie sú v rýchlosti vystavené cytoplazme počas translácie, ale rýchlo sú vylučované cez vnútornú membránu do periplazmatického kompartmentu, pričom zostávajú ukotvené v membráne ich Ckoncovými hydrofóbnymi doménami, s N-koncami, ktoré obsahujú peptidy vyčnievajúce do periplazmy počas čakania na zostavenie do fágových častíc. Peptidy v Lacl a fágových knižniciach sa môžu významne líšiť v dôsledku ich vystavenia rôznym proteolytickým aktivitám. Fágové obalové proteíny vyžadujú transport cez vnútornú membránu a spracovanie signálnou peptidázou ako úvod pred zakomponovaním do fága. Určité peptidy majú na tieto procesy škodlivý účinok a menej sa vyskytujú v knižniciach (Galiop et al. (1994) J. Med. Chem. 37(9):12331251). Tieto konkrétne sklony nehrajú rolu v Lacl displejovom systéme.
Počet malých peptidov dostupných v rekombinantných náhodných knižniciach je enormný. Rutinne sa pripravujú knižnice s 107 až 109 nezávislých klonov. Boli vytvorené knižnice s veľkosťou 1011 rekombinantov, ale táto veľkosť sa blíži k praktickému limitu klonových knižníc. Toto obmedzenie veľkosti knižnice nastáva v kroku transformácie DNA, ktorá obsahuje náhodné segmenty, do hostiteľských bakteriálnych buniek. Aby sa obišlo toto obmedzenie, bol v súčasnosti vyvinutý in vitro systém založený na vystavení vznikajúcich peptidov v poiyzómových komplexoch. Táto metóda dispiejovej knižnice má potenciál vytvárať knižnice, ktoré sú o 3 až 6 rádov väčšie ako v súčasnosti dostupné fágové/fagemidové alebo plazmidové knižnice. Navyše konštrukcia knižníc, expresia peptidov a prehľadávenie sa uskutočňujú v úplne bezbunkovom formáte.
Pri inom použití tohto spôsobu (Gailop et al. (1994) J. Med. Chem. 37(9):1233-1251) bola skonštruovaná molekulárna DNA knižnica kódujúca 1012 dekapeptidov a knižnica bola exprimovaná v E. coli S30 in vitro spojenom transkripčnom/translačnom systéme. Podmienky boli vybrané tak, aby ribozómy boli zadržiavané na mRNA, čím sa akumulovala podstatná časť RNA v polyzómoch a výťažkom boli komplexy obsahujúce vznikajúce peptidy ešte spojené s ich kódujúcou RNA. Polyzómy boli dostatočne robustné na to, aby boli afinitne purifikované na imobilizovaných receptoroch, poväčšine rovnakým spôsobom ako sú prehľadávané bežné rekombinantné peptidové displejové knižnice. RNA zo zviazaných komplexov sa vyberie, konvertuje na cDNA, a amplifikuje prostredníctvom PCR, čím vzniká templát pre ďalšie kolo syntézy a prehľadávania. Polyzómová displejová metóda môže byť spojená s fágovým displejovým systémom. Po niekoľkých kolách prehľadávania bola cDNA z obohatenej zásoby poiyzómov klonovaná do fagemidového vektora. Tento vektor slúži aj ako peptidový expresný vektor, ktorý vystavuje peptidy fúzované k obalovým proteínom, aj ako DNA sekvenačný vektor na identifikáciu peptidu. Exprimovaním od polyzómu odvodených peptidov na fägu, môže buď pokračovať afinitná selekčná procedúra týmto spôsobom, alebo sa môžu testovať peptidy v jednotlivých klonoch z hľadiska väzobnej aktivity vo fágovej ELISA, alebo z hľadiska väzobnej špecificity v kompletnej fágovej ELISA (Barret, et al. (1992) Anál. Biochem 204, 357-364). DNA vytvorené fagemidovým hostiteľom sú sekvenované, aby sa určili sekvencie aktívnych peptidov.
Sekundárne prehľadávanie polypeptidov a analógov
Po vysoko účinných postupoch popísaných vyššie môžu nasledovať sekundárne prehľadávania na identifikáciu ďalších biologických aktivít, ktoré napr. umožňujú odborníkovi v oblasti odlíšiť agonistov od antagonistov. Typ použitého sekundárneho prehľadávania bude závisieť od požadovanej aktivity, ktorú je potrebné testovať. Napríklad môže byť vyvinutý postup, v ktorom schopnosť inhibovať interakciu medzi cieľovým proteínom a jeho korešpondujúcim ligandom môže byť použitá na určenie antagonistov v skupine peptidových fragmentov, ktoré boli izolované v jednom z primárnych prehľadávaní popísaných vyššie.
Takže spôsoby generovania fragmentov a analógov a ich testovania z hľadiska ich aktivity, sú známe zo stavu techniky. Keď je identifikované jadro cieľovej sekvencie, získanie analógov a fragmentov je pre odborníka v oblasti rutinou.
Peptidové mimetiky H. pylori polypeptidov
Vynález tiež poskytuje zmenšenie protein viažucich domén predmetných H. pylori polypetidov, a tým generovanie mimetík, napr. peptidových alebo nepeptidových činidiel. Peptidové mimetiky sú schopné narušiť viazanie polypeptidu na jeho náprotivný ligand, napr. v prípade H. pylori polypeptidu viažuceho prirodzene sa vyskytujúci ligand. Je možné určiť rozhodujúce zvyšky v predmetnom H. pylori polypeptide, ktoré sa podieľajú na molekulárnom rozoznávaní polypeptidu a môžu byť použité na vytvorenie od H. pylori odvodených peptidomimetík, ktoré kompetitívne alebo nekompetetívne inhibujú viazanie H. pylori polypeptidu s interagujúcim polypeptidom (pozri, napríklad európske prihlášky vynálezu EP-412 762AaEP-B31 080A).
Napríklad, na mapovanie aminokyselinových zvyškov určitého H. pylori polypeptidu, ktoré sa podieľajú na viazaní interagujúceho polypeptidu, môže byť použitá skenovacia mutagenéza. Môžu byť vytvorené peptidomimetické zlúčeniny (napr. diazepínové alebo izochinolínové deriváty), ktoré imitujú tieto zvyšky pri viazaní sa na interagujúci polypeptid, a ktoré tak môžu inhibovať väzbu H. pylori polypeptidu na interagujúci polypeptid, a tak ovplyvniť funkciu H. pylori polypeptidu. Napríklad peptidové analógy takýchto zvyškov, ktoré nemožno hydrolyzovať, môžu byť vytvorené použitím benzodiazepínu (napr. pozri Freidinger et al. v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), azepínu (napr. pozri Huffman et al. v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), substituovaných gama laktámových kruhov (Garvey et al. v Peptides: Chemistry and Biology, G.R.
Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), keto-metylénových pseudopeptidov (Ewenson et al. (1986) J Med Chem 29:295; a Ewenson et al. v Peptides: Structure and Function (Proceedings of the 9th American Peptide Symposium) Pierce Chemical Co. Rockland, IL, 1985), β-závitnicových dipeptidových jadier (Nagai et al. (1985) Tetrahedron Letí 26:647; a Sato et al. (1986) J Chem Soc Perkin Trans 1:1231), a β-aminoalkoholov (Gordon et al. (1985) Biochem Biophys Res Commun126:419; a Dann et al. (1986) Biochem Biophys Res Commun 134:71).
VI. Vakcínové prípravky H. pylori nukleových kyselín a polypeptidov
Tento vynález sa tiež týka vakcínových kompozícií alebo prípravkov (tu používané zameniteľnej na ochranu proti infekcii H. pylori alebo na liečbu H. pylori infekcie. Výraz „liečba H. pylori infekcie, tak ako je použitý tu, znamená terapeutické ošetrenie existujúcej alebo zavedenej H. pylori infekcie. Výrazy „ochrana proti H. pylori infekcii“ alebo „preventívne ošetrenie“ znamenajú použitie H. pylori vakcínového prípravku na zníženie rizika alebo na predchádzanie infekcii, v prípade rizika H. pylori infekcie. V jednom uskutočnení, vakcínové kompozície obsahujú jeden alebo viacero imunogénnych komponentov, ako napríklad povrchový proteín z H. pylori, alebo jeho časť, a farmaceutický prijateľný nosič. Napríklad, v jednom uskutočnení vakcínové prípravky podľa vynálezu obsahujú aspoň jeden alebo kombináciu H. pylori polypeptidov alebo ich fragmentov z rovnakých alebo rôznych H. pylori antigénov. Nukleové kyseliny a H. pylori polypeptidy na použitie vo vakcínových prípravkoch podľa vynálezu zahŕňajú nukleové kyseliny a polypeptidy uvedené v Zozname sekvencii, výhodne tie H. pylori nukleové kyseliny, ktoré kódujú povrchové proteíny alebo ich fragmenty. Napríklad, výhodná nukleová kyselina a H. pylori polypeptid na použitie vo vakcínovej kompozícii podľa vynálezu je vybraná zo skupiny nukleových kyselín, ktoré kódujú bunkové obalové proteíny a H. pylori bunkové obalové proteíny uvedené v tabuľke 1. Avšak v predloženom vynáleze môže byť použitá akákoľvek nukleová kyselina kódujúca imunogénny H. pylori proteín a H. pylori polypeptid, alebo ich časť. Tieto vakcíny majú terapeutické a/alebo profylaktické využitie.
Jeden aspekt vynálezu poskytuje vakcínovú kompozíciu na ochranu proti H. pylori, ktorá obsahuje aspoň jeden imunogénny fragment H. pylori proteínu a farmaceutický prijateľný nosič. Výhodné fragmenty zahŕňajú peptidy s dĺžkou aspoň približne 10 aminokyselinových zvyškov, výhodne približne 10 až 12 aminokyselinových zvyškov, a výhodnejšie približne 12 až 16 aminokyselinových zvyškov.
Imunogénne komponenty podľa vynálezu sa môžu získať, napríklad prostredníctvom prehľadávania polypeptidov, ktoré boli rekombinantné vytvorené z príslušných fragmentov nukleovej kyseliny, ktorá kóduje celý H. pylori proteín. Navyše fragmenty môžu byť chemicky syntetizované použitím techník známych zo stavu techniky, ako napríklad bežnou Merrifield f-Moc alebo t-Boc chémiou na pevnej fáze.
V inom uskutočnení sú imunogénne komponenty identifikované prostredníctvom schopnosti peptidu stimulovať T bunky. Peptidy, ktoré stimulujú T bunky, čo sa zistí prostredníctvom determinácie napríklad proliferácie T buniek alebo vylučovania cytokínu, sú tu definované ako peptidy obsahujúce aspoň jeden T bunkový epitop. Verí sa, že T bunkové epitopy sa zúčastňujú na iniciácii a udržiavaní imunitnej odpovede na proteínový alergén, ktorý je zodpovedný za klinické symptómy alergie. Tieto T bunkové epitopy sú považované za také, ktoré spúšťajú skoré deje na úrovni T pomocných buniek, viazaním príslušnej HLA molekuly na povrch antigén prezentujúcej bunky, a tým stimulujú T bunkovú subpopuláciu s príslušným T bunkovým receptorom pre epitop. Tieto deje vedú k proliferácii T buniek, sekrécii lymfokínov, lokálnym zápalovým reakciám, zhromažďovaniu ďalších imunitných buniek na mieste interakcie antigénu s T bunkou a aktivácii B bunkovej kaskády, ktorá vedie k tvorbe protilátok. T bunkový epitop je základným elementom, alebo najmenšou jednotkou, ktorá je rozoznávaná T bunkovým receptorom, pričom epitop zahŕňa aminokyseliny nevyhnutné na rozoznanie receptorom (napr. približne 6 alebo 7 aminokyselinových zvyškov). Aminokyselinové sekvencie, ktoré imitujú tieto T bunkové epitopy, spadajú do rozsahu tohto vynálezu.
V inom uskutočnení sú imunogénne komponenty podľa vynálezu identifikované cez genomickú vakcináciu. Základný protokol je založený na myšlienke, že expresia knižníc pozostávajúcich zo všetkých častí genómu patogéna, napr. H. pylorí genómu, môže sprostredkovať ochranu, keď je použitá na genetickú imunizáciu hostiteľa. Táto imunizácia expresnou knižnicou (ELI) je analogická s expresným klonovaním, a zahŕňa začlenenie genomickej expresnej knižnice patogéna, napr. H. pylorí, do plazmidov, ktoré účinkujú ako genetické vakcíny. Plazmidy môžu byť tiež navrhnuté tak, že kódujú genetický adjuvans, ktorý môže výrazne stimulovať humorálnu odpoveď. Tieto genetické adjuvans môžu byť začlenené na oddelených miestach, a môžu účinkovať tak extracelulárne ako aj intracelulárne.
Je to nový prístup vo výrobe vakcín, ktorý má mnohé výhody živých/oslabených patogénov, ale nenesie žiadne riziko infekcie. Expresná knižnica patogénovej DNA je použitá na imunizáciu hostiteľa a tým spôsobuje bezrizikovú prezentáciu antigénu živej vakcíny. Napríklad v predloženom vynáleze môžu byť na imunizáciu hostiteľa použité náhodné fragmenty H. pylorí genómu alebo kozmidových alebo plazmidových klonov, ako aj PCR produkty s génov identifikovaných sekvenovaním genómu. Uskutočniteľnosť tohto spôsobu bola demonštrovaná s Mycoplasma pulmonis (Barry et al., Náture 377:632-635, 1995), kde aj keď len čiastočná expresia knižníc Mycoplasma pulmonis, prirodzeného patogéna hlodavcov, poskytla ochranu proti patogénovi.
ELI je technika, ktorá umožňuje vytváranie neinfekčných multipartitných vakcín, aj keď je málo známe o biológii patogéna, pretože ELI používa imunitný systém na prehľadávanie génových kandidátov. Keď sú tieto gény izolované, môžu byť použité ako genetické vakcíny alebo na vývoj rekombinantných proteínových vakcín. Takže ELI umožňuje produkciu vakcín systematicky, poväčšine mechanizovaným spôsobom.
Prehľadávanie imunogénnych komponentov sa môže uskutočňovať použitím jedného alebo viacerých rôznych spôsobov. Napríklad, in vitm peptidová T bunková stimulačná aktivita je testovaná tak, že sa uvedie do kontaktu peptid, o ktorom je známe, alebo sa predpokladá, že je imunogénny, s antigén prezentujúcou bunkou, ktorá prezentuje príslušné MHC molekuly, v kultúre T buniek. Prezentácia imunogénneho H. pylori peptidu, spojeného s príslušnými MHC molekulami, T bunkám, spolu s nevyhnutnou stimuláciou, spôsobuje prenos signálu do T bunky, ktorý indukuje zvýšenú tvorbu cytokínov, hlavne interleukínu-2 a interleukínu-4. Môže sa odobrať supernatant kultúry a môže byť testovaný na interleukín-2 alebo na iné známe cytokíny. Napríklad môže byť použitá akákoľvek z niekoľkých bežných metód pre interleukín-2, ako napríklad test popísaný v Proc. Natl. Acad. Sci USA, 86: 1333 (1989), ktorého dôležité časti sú tu uvedené ako citácia. Kit na testovanie produkcie interferónu je tiež dostupný od Genzyme Corporation (Cambridge, MA).
Alternatívne bežný test na T bunkovú proliferáciu vyžaduje meranie začleňovania triciovaného tymidínu. Proliferácia T buniek môže byť meraná in vitro určením množstva 3H-značeného tymidínu, ktorý je začlenený do replikujúcej sa DNA kultivovaných buniek. Takže je možné kvantifikovať rýchlosť DNA syntézy a teda aj rýchlosť bunkového delenia.
Vakcínové kompozície alebo prípravky podľa vynálezu obsahujúce jeden alebo viacero imunogénnych komponentov (napr. H. pylori polypeptid alebo jeho fragment alebo nukleovú kyselinu kódujúcu H. pylori polypeptid alebo jeho fragment), výhodne zahŕňajú farmaceutický prijateľný nosič. Výraz „farmaceutický prijateľný nosič je mienený tak, že zahŕňa ktorékoľvek a všetky rozpúšťadlá, dispergčné médiá, obaľovacie činidlá, antibakteriálne a antihubové činidlá, izotonické a absorbciu odďaľujúce činidlá, a podobne, ktoré sú kompatibilné s farmaceutickým podávaním. Vhodné farmaceutický prijateľné nosiče zahŕňajú napríklad jeden alebo viacero z: vodu, fyziologický roztok, fyziologický roztok tlmený fosfátom, dextrózu, glycerol, etanol a podobne, ako aj ich kombinácie. Farmaceutický prijateľné nosiče môžu ďalej obsahovať minoritné množstvá prídavných látok, ako napríklad zmáčacích alebo emulzifikačných činidiel, konzervačných činidiel a timivých roztokov, ktoré zvyšujú skladovaciu dobu a účinnosť H. pylori nukleovej kyseliny alebo polypeptidu. Pre vakcínové prípravky podľa vynálezu obsahujúce H. pylori polypeptidy, sú polypeptidy výhodne podávané spolu s vhodným adjuvans a/alebo tu popísaným dodávacím systémom.
Odborníkovi v oblasti bude zrejmé, že terapeuticky účinné množstvo DNA alebo proteínu podľa tohto vynálezu bude závisieť inter alia na režime podávania, dávkovej jednotke podávanej H. pylori nukleovej kyseliny alebo polypeptidu, na tom, či je protein alebo nukleová kyselina podávaná v kombinácii s inými terapeutickými činidlami, na imunitnom stave a zdraví pacienta a na terapeutickej aktivite konkrétneho proteínu alebo nukleovej kyseliny.
Vakcínové prípravky sú bežne podávané parenterálne, napr. injekciou buď subkutánne alebo intramuskulárne. Spôsoby intramuskulárnej imunizácie sú popísané v Wolff et al. (1990) Science 247: 1465-1468 a Sedegah et al. (1994) Immunology 91/ 9866-9870. Iné spôsoby podávania zahŕňajú orálne a pulmonálne prípravky, čipky, a transdermálne aplikácie. Na indukciu ochrany proti infekcii H. pylori je výhodnejšia orálna imunizácia ako parenterálne metódy Czinn et. al. (1993) Vaccine H: 637-642. Orálne prípravky obsahujú normálne používané excipienty, ako napríklad farmaceutické stupne manitolu, laktózy, škrobu, stearánu horečnatého, sodného sacharínu, celulózy, uhličitanu horečnatého a podobne.
V jednom uskutočnení vakcínový prípravok obsahuje ako farmaceutický prijateľný nosič adjuvans. Príklady vhodných adjuvans na použitie vo vakcínových prípravkoch podľa vynálezu zahŕňajú, ale nie sú obmedzené na, hydroxid hlinitý; Nacetyl-muramyl-L-treonyl-D-izoglutamín (thr-MDP); N-acetyl-nor-muramy l-L-alany ID-izoglutamín (CGP 11637, označovaný ako nor-MDP); N-acetylmuramyl-L-alanylD-izoglutaminyl-L-alanín^-O'^'-dipalmitoyl-sn-glycero-S-hydroxyfosforyl-oxy)etylamín (CGP 19835A, označovaný ako MTP-PE); RIBI, ktorý obsahuje tri komponenty z baktérie; monofosforyl lipid A; trehalóza dimykoloát; skelet bunkovej steny (MPL + TDM + CWS) v 2% squalén/Tween 80 emulzii; a cholera toxín. Iné, ktoré môžu byť použité sú netoxické deriváty cholera toxínu, vrátane jeho B podjednotky, a/alebo konjugáty alebo geneticky konštruované fúzie H. pylori polypeptidu s cholera toxínom alebo s jeho B podjednotkou, procholeragenoid, hubové polysacharidy, vrátane schizofylánu, muramylový dipeptid, deriváty muramylového dipeptidu, forbolové estery, labilné toxíny E. coli, ri\e-H. pylori bakteriálne lyzáty, blokové polyméry alebo saponíny.
V inom uskutočnení vakcínový prípravok obsahuje, ako farmaceutický prijateľný nosič, dodávací systém. Vhodné dodávacie systémy na použitie vo vakcínových prípravkoch podľa vynálezu zahŕňajú biodegradovateľné mikrokapsule alebo imunostimulačné komplexy (ISCOMs), kochleáty alebo lipozómy, geneticky konštruované oslabené živé vektory ako napríklad vírusy alebo baktérie a rekombinantné (chimerické) vírusu podobné častice, napr. „bluetongue“. V inom uskutočnení vynálezu, vakcínový prípravok obsahuje tak dodávací systém ako aj adjuvans.
Dodávací systém u ľudí môže zahŕňať entericky uvoľňujúce kapsule, ktoré chránia antigén pred kyslým prostredím žalúdka, a obsahujú H. pylori polypeptid v nerozpustnej forme ako fúzovaný proteín. Vhodné nosiče pre vakcíny podľa vynálezu sú kapsule s enterosolvatačným obalom a polyaktín-glykolidové mikrosféry. Vhodnými riedidlami sú 0,2 N NaHCO3 a/alebo fyziologický roztok.
Vakcíny podľa vynálezu môžu byť podávané ako primárne profylaktické činidlo dospelým alebo deťom, ako sekundárna prevencia po úspešnej eradikácii H. pylori y infikovanom hostiteľovi, alebo ako terapeutické činidlo na indukciu imunitnej odpovede vo vnímavom hostiteľovi na zabránenie H. pylori infekcie. Vakcíny podľa vynálezu sú podávané v množstvách, ktoré odborník v oblasti ľahko určí. Takže vhodná dávka pre dospelých bude v rozmedzí od 10 pg do 10 g, výhodne od 10 pg do 100 mg, napríklad od 50 pg do 50 mg. Vhodná dávka pre dospelých bude tiež v rozmedzí od 5 pg do 500 mg. Podobné rozmedzia dávok sa budú dať použiť pre deti.
Množstvo použitého adjuvans bude závisieť od typu použitého adjuvans. Napríklad, keď je slizničným adjuvans cholera toxín, je vhodne použitý v množstve od 5 pg do 50 pg, napríklad v množstve 10 pg až 35 pg. Keď je použitý vo forme mikrokapsúl, bude množstvo použité za účelom dosiahnutia požadovanej dávky, závisieť na množstve nachádzajúcom sa vmatrixe mikrokapsuly. Určenie tohto množstva spadá do rozsahu schopností priemerného odborníka v oblasti.
Odborníci v oblasti si budú vedomí toho, že optimálna dávka bude viac či menej závisieť na pacientovej telesnej hmotnosti, chorobe, spôsobe podávania a iných faktoroch. Odborníci v oblasti si tiež budú vedomí toho, že príslušné hladiny dávok môžu byť získané na základe výsledkov týkajúcich sa známych orálnych vakcín, ako napríklad vakcín založených na E. coli lyzáte (6 mg dávka denne až do celkového množstva 540 mg) a na enterotoxínovom purifikovanom E. coli antigéne (4 dávky po 1 mg) (Schulman et al., J. Urol. 150:917-921 (1993)); Boedecker et al., American Gastroenterological Assoc. 999:A-222 (1993)). Počet dávok bude závisieť na chorobe, prípravku, a údajoch o účinnosti z klinických prípadov. Bez úmyslu akokoľvek obmedzovať spôsob liečby, liečenie môže byť poskytované viac ako 3 až 8 dávkami v režime primárnej imunizácie dlhšie ako 1 mesiac (Boedeker, American Gastroenterological Assoc. 888:A-222 (1993)).
Vo výhodnom uskutočnení môže byť vakcínová kompozícia podľa vynálezu založená na prípravku obsahujúcom celé zabité E. coli s imunogénnym fragmentom H. pylori proteínu podľa vynálezu, ktorý je exprimovaný na jeho povrchu, alebo môže byť založená na E. coli lyzáte, v ktorom zabité E. coli slúžia ako nosič alebo adjuvans.
Pre odborníkov v oblasti bude zrejmé, že niektoré vakcínové kompozície podľa vynálezu sú užitočné len na prevenciu H. pylori infekcie, niektoré sú užitočné len na liečbu H. pylori infekcie, a niektoré sú užitočné tak na prevenciu, ako aj na liečbu H. pylori infekcie. Vo výhodnom uskutočnení poskytuje vakcínová kompozícia podľa vynálezu ochranu proti H. pylori infekcii, stimuláciou humorálnej a/alebo bunkami sprostredkovanej imunity proti H. pylori. Je samozrejmé, že požadovaným klinickým cieľom je zlepšovanie akýchkoľvek symptómov H. pylori infekcie, zahŕňajúc zmenšovanie dávok liečiv použitých na liečbu H. pylori spôsobenej choroby, alebo zvyšovanie produkcie protilátok v sére alebo v sliznici pacientov.
VII. Protilátky reagujúce s H. pylori polypeptidmi
Vynález tiež zahŕňa protilátky špecificky reagujúce s predmetným H. pylori polypeptidom. Anti-proteínové/anti-peptidové antiséra alebo monoklonálne protilátky môžu byť vyrobené štandardnými postupmi (Pozri napríklad, Antibodies: A Laboratory Manual ed. by Harlow a Lane (Cold Spring Harbor Press: 1988)). Cicavce, ako napríklad myši, škrečky a králiky, môžu byť imunizované imunogénnou formou peptidu. Techniky zabezpečujúce imunogenitu proteínu alebo peptidu, ktoré zahŕňajú konjugáciu s nosičmi, alebo iné techniky, sú známe zo stavu techniky. Imunogénna časť predmetného H. pylori polypeptidu môže byť podávaná v prítomnosti adjuvans. Postup imunizácie môže byť monitorovaný prostredníctvom detekcie titrov protilátok vplazme alebo sére. Štandardná ELISA alebo iné imunotesty s imunogénom ako antigénom, môžu byť použité na zistenie úrovní protilátok.
Vo výhodnom uskutočnení sú predmetné protilátky imunošpecifické pre antigénové determinanty H. pylori polypeptidov podľa vynálezu, napr. antigénové determinanty polypeptidu podľa vynálezu, ktorý je obsiahnutý v Zozname sekvencií alebo pre blízko príbuzný ľudský alebo nie ľudský cicavčí homológ (napr. s 90 % homológiou, výhodnejšie aspoň s 95 % homológiou). Veste ďalšom výhodnom uskutočnení vynálezu, anti-H. pylori protilátky v podstate nereagujú krížovo (to znamená reagujú špecificky) s proteínom, ktorý je napríklad menej ako na 80 % homologický so sekvenciou podľa vynálezu obsiahnutou v Zozname sekvencií. Výrazom „v podstate nereagujú krížovo sa mieni, že väzobná afinita protilátky k nehomologickému proteínu predstavuje menej ako 10 %, výhodnejšie menej ako 5 % a ešte výhodnejšie menej ako 1 %, väzobnej afinity k proteínu podľa vynálezu, ktorý je obsiahnutý v zozname sekvencií. V najvýhodnejšom uskutočnení neexistuje žiadna krížová reakcia medzi bakteriálnymi a cicavčími antigénmi.
Tu použitý výraz protilátka je mienený tak, že zahŕňa jej fragmenty, ktoré tiež špecificky reagujú s H. pylori poiypeptidmi. Protilátky môžu byť fragmentované použitím bežných techník a fragmenty môžu byť prehľadávané z hľadiska použiteľnosti rovnakým spôsobom, aký je popísaný vyššie pre celé protilátky. Napríklad F(ab')2 môžu byť vytvárané ošetrením protilátky pepsínom. Výsledný F(ab')2 fragment môže byť ošetrený tak, aby sa redukovali disulfidové mostíky, a tak vznikli Fab' fragmenty. Protilátky podľa vynálezu sú navyše mienené tak, že zahŕňajú bišpecifické a chimerické molekuly, ktoré majú anti-H. pylori časť.
Tak monoklonálne ako aj polyklonálne protilátky (Ab) nasmerované proti H. pylori polypetidom alebo H. pylori polypeptidovým variantom, a fragmenty protilátok ako napríklad Fab'a F(ab')2, môžu byť použité na blokovanie účinku H. pylori
ΊΟ polypeptidu a umožňujú, prostredníctvom mikroinjekcie anti-/7. pylori polypeptidových protilátok podľa predloženého vynálezu, štúdium úlohy určitého H. pylori polypeptidu podľa vynálezu v aberantnej alebo nechcenej vnútrobunkovej signalizácii, ako aj pri normálnej bunkovej funkcii H. pylori.
Protilátky, ktoré špecificky viažu H. pylori epitopy, môžu byť tiež použité na imunohistochemické farbenie tkanivových vzoriek, na zhodnotenie množstva a typu expresie H. pylori antigénov. Anti H. pylori polypeptidové protilátky môžu byť použité na diagnostiku, v imunoprecipitáciách a v imunoblotingoch na detekciu a zhodnotenie H. pylori hladín v tkanive alebo v telovej tekutine, ako časť klinickej testovacej procedúry. Podobným spôsobom, schopnosť monitorovať hladiny H. pylori polypeptidu v jedincovi môže umožniť určenie účinnosť daného liečebného režimu na jedinca, ktorý je postihnutý takouto poruchou. Hladina H. pylori polypeptidu môže byť meraná v bunkách nachádzajúcich sa v telovej tekutine, napríklad vo vzorkách moču, alebo môže byť meraná v tkanivách, získaných napríklad gastrickou biopsiou. Diagnostické testy používajúce anti-H. pylori protilátky môžu zahŕňať napríklad imunotesty navrhnuté na včasné diagnostikovanie H. pylori infekcií. Predložený vynález môže byť tiež použitý ako spôsob na detekciu protilátok, ktoré sú obsiahnuté vo vzorkách z jedincov, ktorí sú infikovaný touto baktériou, použitím špecifických H. pylori antigénov.
Anti-Η pylori polypeptidové protilátky podľa vynálezu sa môžu použiť aj na imunologické prehľadávania cDNA knižníc, ktoré sú začlenené v expresných vektoroch, ako napríklad v Xgt11, λ18-23, λΖΑΡ a XORF8. Mediátorové knižnice tohto typu, ktorých kódujúca sekvencia je začlenená do správneho čítacieho rámca a v správnej orientácii, môžu vytvárať fúzované proteiny. Napríklad Xgt11 bude vytvárať fúzované proteiny, ktorých aminokonce budú pozostávať z βgalaktozidázových aminokyselinových sekvencii, a ktorých karboxy konce budú pozostávať z cudzieho polypeptidu. Antigénne epitopy predmetného H. pylori polypeptidu môžu byť potom detegované protilátkami, ako napríklad, reakciou s nitroceluiózovými filtrami odobranými z infikovaných platní s anti-H. pylori polypeptidovými protilátkami. Fágy zachytené týmto spôsobom, môžu byť potom izolované z infikovaných platní. Takže je možné detegovať prítomnosť H. pylori génových homológov a klonovať ich z iných druhov, a je možné detegovať a klonovať alternatívne izoformy (vrátane zostrihových variantov).
Vili. Kity obsahujúce nukleové kyseliny, polypeptidy alebo protilátky podľa vynálezu
Nukleová kyselina, polypeptidy a protilátky podľa vynálezu môžu byť kombinované s inými reakčnými činidlami a tovarom na vytváranie kitov. Kity na diagnostické účely typicky obsahujú nukleovú kyselinu, polypeptidy alebo protilátky v liekovkách alebo v iných vhodných nádobách. Kity typicky obsahujú iné reakčné činidlá na uskutočňovanie hybridizačných reakcií, na polymerázovú reťazovú reakciu (PCR), alebo na rekonštitúciu lyofilizovaných komponentov, ako napriklad, vodné médiá, soli, tlmivé roztoky a podobne. Kity môžu tiež obsahovať činidlá na spracovanie vzorky, ako napríklad detergenty, chaotropické soli a podobne. Kity môžu tiež obsahovať imobilizačné prostriedky ako napríklad častice, nosiče, jamky, odmerky a podobne. Kity môžu tiež obsahovať značkovacie prostriedky, ako napríklad farbičky, vývojové činidlá, rádioizotopy, fluorescenčné činidlá, luminiscenčné alebo chemiluminiscenčné činidlá, enzýmy, interkalačné činidlá a podobne. Využitím tu poskytnutých informácií o nukleovokyselinovej sekvencii, môže odborník v oblasti ľahko zostaviť kity, ktoré budú slúžiť na určitý účel. Kity ďalej môžu obsahovať inštrukcie na použitie.
IX. Spôsoby vyhľadávania liekov použitím H. pylori polypeptidov
Sprístupnením purifikovaných a rekombinantných H. pylori polypeptidov, predložený vynález poskytuje spôsoby, ktoré môžu byť použité na vyhľadávanie liečiv, ktoré sú buď agonistami alebo antagonistami normálnej bunkovej funkcie, v tomto prípade predmetných H. pylori polypeptidov, alebo na určovanie ich úlohy vo vnútrobunkovej signalizácii. Takéto inhibítory alebo aktivátory môžu byť užitočné ako nové terapeutické činidlá na potlačenie na potlačenie H. pylori infekcií u ľudí. Budú vhodné rôzne druhy testov, a v súlade súlade s predloženým vynálezom sú známe odborníkovi v oblasti.
V mnohých programoch na vyhľadávanie liečiv, ktoré testujú knižnice zlúčenín a prirodzených extraktov, sú popísané vysoko účinné spôsoby, na získanie maximálneho počtu zlúčenín v danom časovom rozsahu. Spôsoby, ktoré sa uskutočňujú v bezbunkových systémoch, ktoré môžu byť odvodené napríklad od purifíkovaných alebo semi-purifikovaných proteínov, sú často označované ako primárne prehľadávanie, pretože môžu byť vytvorené tak, že umožňujú vývoj a relatívne ľahkú detekciu zmeny v molekulárnom cieli, ktorá je sprostredkovaná testovanou zlúčeninou. Navyše, v in vitm systéme v podstate môžu byť ignorované účinky bunkovej toxicity a/alebo biodostupnosti testovanej zlúčeniny. Spôsob je namiesto toho primáme zameraný na účinok liečiva na molekulárny cieľ, ktorý sa môže prejaviť zmenou väzobnej afinity k iným proteínom alebo zmenou enzymatických vlastností molekulárneho cieľa. V súlade s tým, v príkladnom spôsobe prehľadávania podľa predloženého vynálezu sa cieľová zlúčenina uvedie do kontaktu s izolovaným a purifikovaným H. pylori polypeptidom.
Prehľadávacie testy môžu byť konštruované in vitm s purifikovaným H. pylori polypeptidom alebo jeho fragmentom, ako napríklad H. pylori polypeptidom, ktorý má enzymatickú aktivitu, napríklad schopnosť vytvárať detegovateľný reakčný produkt. Účinnosť zlúčeniny je možné zhodnotiť tak, že sa vytvoria dávkové odpoveďové krivky z údajov získaných použitím rôznych koncentrácií testovanej zlúčeniny. Navyše sa môže uskutočniť aj kontrolný test, ktorý poskytne základ na porovnávanie. Vhodné produkty zahŕňajú tie, ktoré majú odlišné napríklad absorbčné, fluorescenčné alebo chemiluminiscenčné vlastnosti, pretože detekcia môže byť jednoducho automatizovaná. Rôzne syntetické alebo prirodzene sa vyskytujúce zlúčeniny môžu byť testované postupom na identifikáciu takých, ktoré inhibujú alebo zlepšujú aktivitu H. pylori polypeptidu. Niektoré z týchto aktívnych zlúčenín môžu priamo, alebo po chemických zmenách napomáhať membránovej permeabilite alebo rozpustnosti, môžu tiež inhibovať alebo zlepšovať určitú aktivitu (napr. enzymatickú činnosť) v celých, živých H. pylori bunkách.
Stručný prehľad obrázkov na výkresoch
Obrázok 1 je stĺpcový graf, ktorý znázorňuje titer protilátky v sére myši po imunizácii so špecifickými H. pylori antigénmi.
Obrázok 2 je stĺpcový graf, ktorý znázorňuje titer protilátky v sliznici myši po imunizácii so špecifickými H. pylori antigénmi.
Obrázok 3 je stĺpcový graf, ktorý znázorňuje terapeutickú imunizáciu H. pylori infikovanej myši špecifickými antigénmi rozpustenými v HEPES tlmivom roztoku.
Obrázok 4 je stĺpcový graf, ktorý znázorňuje terapeutickú imunizáciu H. pylori infikovanej myši špecifickými antigénmi rozpustenými v tlmivom roztoku obsahujúcom DOC.
Obrázok 5 znázorňuje zoskupenie aminokyselinovej sekvencie v časti sekvencie piatich H. pylori proteínov (je vyznačené jednopísmenovým aminokyselinovým kódom; znázornená od N-konca po C-koniec, zľava doprava).
Obrázok 6 znázorňuje zoskupenie aminokyselinovej sekvencie v časti sekvencie štyroch H. pylori proteínov (je vyznačené jednopísmenovým aminokyselinovým kódom; znázornená od N-konca po C-koniec, zľava doprava).
Obrázok 7 znázorňuje zoskupenie aminokyselinovej sekvencie v časti sekvencie dvoch H. pylori proteínov (je vyznačená jednopísmenovým aminokyselinovým kódom; znázornená od N-konca po C-koniec, zľava doprava).
Obrázok 8 znázorňuje zoskupenie aminokyselinovej sekvencie v časti sekvencie dvoch H. pylori proteínov tfe vyznačená jednopísmenovým aminokyselinovým kódom; znázornená od N-konca po C-koniec, zľava doprava).
Príklady uskutočnenia vynálezu
Tento vynález bude ďalej ilustrovaný nasledujúcimi príkladmi, ktoré by nemali byť považované za obmedzujúce. Obsahy všetkých citácií a publikovaných prihlášok vynálezu, ktoré sú v tejto prihláške uvedené, sú tu začlenené ako citácie.
I. Kionovanie a sekvenovanie H. pylori DNA
H. pylori chromozomálna DNA bola izolovaná podľa základného DNA protokolu uvedeného v Schleif R.F. a Wensink P.C., Practical Methods in Molecular Biology, str.98, Springer-Verlag, NY., 1981, s minimálnymi modifikáciami. V stručnosti, bunky boli peletované, resuspendované v TE (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 7.6) a bol pridaný GES (yzačný tlmivý roztok (5.1 M guanidium tiokyanát, 0.1 M EDTA, pH 8.0, 0.5% N-laurylsarkozín). Suspenzia sa schladila a bol pridaný acetát amónny (NH4Ac) do finálnej koncentrácie 2.0 M. DNA bola extrahovaná, najprv chloroformom, potom fenol-chloroformom, a reextrahovaná chloroformom. DNA sa precipitovala izopropanolom, dva krát sa premyla 70% EtOH, vysušila sa a resuspendovala sa v TE.
Po izolácii bola celková genomická H. pylori DNA rozptýlená (Bodenteich et al., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter, ed.), Academic Press, 1994) na strednú veľkosť 2000 bp. Po rozptýlení sa DNA koncentrovala a rozdelila na štandardnom 1% agarózovom géli. Niekoľko frakcií, zodpovedajúcich približným veľkostiam 900-1300 bp, 1300-1700 bp, 1700-2200 bp, 2200-2700 bp, sa vyrezalo z gélu a purifikovalo GeneClean postupom (Bio101, Inc.).
Purifikovaným DNA fragmentom sa potom zatupili konce použitím T4 DNA polymerázy. Ošetrená DNA sa potom ligovala s unikátnymi BstXI-linker adaptormi v 100 až 1000 násobnom molárnom nadbytku. Tieto vektory sú komplementárne ku BstXI-cut pMPX vektorom, zatiaľ čo pretŕčajúce konce nie sú navzájom komplementárne. Takže linkery nebudú vytvárať konkataméry, ani poštiepený vektor nebude ľahko spätne ligovať sám so sebou. Linkermi upravené inzerty boli v 1 % agarózovom géli oddelené od nezačlenených linkerov a boli purifikované použitím GeneCleanu. Linkerom upravené inzerty boli potom ligované do každého z 20 pMPX vektorov, čím sa skonštruovala séria „shotgun“ subklonových knižníc. Vektory obsahujú lacZ gén mimo čítacieho rámca v klonovacom mieste, ktorý sa dostáva do čítacieho rámca, v prípade, že je klonovaný adaptér-dimér, čo umožňuje získať modré sfarbenie.
Všetky ďalšie kroky sú založené na multiplex DNA sekvenačných protokoloch uvedených v Church G.M. and Kieffer-Higgins S., Science 240:185-188, 1988. Zvýraznené sú len hlavné modifikácie protokolov. V stručnosti, každý z 20 vektorov bol potom transformovaný do DH5a kompetentných buniek (Gibco/BRL, DH5a transformačný protokol). Knižnice boli zhodnotené prostredníctvom platovania na antibiotikové platne obsahujúce ampicilín, meticilín a IPTG/Xgal. Platne sa inkubovali cez noc pri 37°C. Úspešné transformatny boli potom umiestnené na platne a na zhromažďovanie do viacnásobných zásob. Klony boli odpichnuté do 40 ml kultúr rastového média. Kultúry rástli cez noc pri 37°C. DNA bola purifikovaná použitím Qiagen Midi-prep kitov a Tip-100 kolón (Qiagen, Inc.). Týmto spôsobom sa získalo 100 mg DNA na zásobu. Pätnásť 96-well platní DNA bolo vytvorených na získanie 5 až 10 násobného riedenia sekvencie predpokladajúc 250-300 bázovú priemernú dĺžku.
Tieto purifíkované DNA vzorky boli potom sekvenované použitím multiplex DNA sekvenovania založeného na chemických degradačných metódach (Church G.M. a Kieffer-Higgins S., Science 240:185-188,1988) alebo Sequithrem (Epicenter Technologies) dideoxy sekvenačnými postupmi. Sekvenačné reakčné zmesi sa podrobili elektroforéze a boli prenesené na nylonové membrány priamym transferom elektroforézy z 40 cm gélov (Richterich P. a Church G.M., Methods in Enzymology 218:187-222,1993) alebo elektroblotingom (Church, vyššie). Na jednom géli bežalo 24 vzoriek. 45 pozitívnych membrán bolo vytvorených chemickým sekvenovaním a 8 dideoxy sekvenovaním. DNA bola kovalentne naviazaná na membrány tým, že boli vystavené ultrafialovému žiareniu, a DNA hybrídizovala so značenými oligonukleotidmi komplementárnymi ku príveskovým sekvenciám vektorov (Church, vyššie). Membrány sa premyli, aby sa odmyly nešpecifický naviazané sondy, a boli exponované na rôntgenový film, aby sa vizualizovali jednotlivé sekvenčné rebríky. Po autorádiografii sa odstránila hybridizovaná sonda inkubovaním pri 65°C°, a hybridizačný cyklus sa opakoval s inou príveskovou sekvenciou, až kým membrána nebola preverená sondami 38 krát pre chemické sekvenačné membrány a 10 krát pre dideoxy sekvenačné membrány. Takže z každého gélu sa vytvorilo veľké množstvo filmov, z ktorých každý obsahoval novú sekvenčnú informáciu. Kedykoľvek bol spracovávaný nový blot, vždy bol najprv sondovaný na vnútornú štandardnú sekvenciu, ktorá bola pridaná do každej zásoby.
Boli vytvárané digitálne obrazy filmov použitím laserového skenovacieho denzitometra (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA). Digitaiizované obrazy boli spracovávané na počítačových pracovných staniciach (VaxStation 4000's) použitím programu REPLICA™ (Church et al., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter, ed.), Academic Press, 1994). Spracovanie obrazu zahŕňalo vyrovnávanie línií, nastavenie kontrastu tak, aby sa vyrovnali rozdiely intenzity, a zosilnenie rozlišovania prostredníctvom mnohonásobnej gausovej dekonvolúcie. Sekvencie boli potom automaticky vybrané v REPLICA™ a podrobené interaktívnemu preverovaciemu čítaniu, pred tým, ako boli uskladnené v projektovej databáze. Preverovacie čítanie sa uskutočňovalo rýchlym vizuálnym skenovaním filmového obrazu, a potom nasledovalo klikanie myšou na pásy na zobrazenom obraze, aby sa modifikovali záznamy báz. Bolo možné detegovať a opraviť mnohé sekvenčné chyby, pretože mnohonásobné sekvenčné čítania pokrývajúce rovnakú časť genomickej DNA poskytujú adekvátny sekvenčný nadbytok pre editovanie. Každá sekvencia automaticky obdržala identifikačné číslo (zodpovedajúce mikrotitračnej platni, sondovej informácii, a číslu súpravy). Toto číslo slúži ako trvalý identifikátor sekvencie, takže je vždy možné identifikovať pôvod akejkoľvek konkrétnej sekvencie bez návratu do špecializovanej databázy.
Rutinné zostavovanie H. pylori sekvencií sa uskutočňovalo použitím programu FALCON (Church, Church et al., Automated DNA Sequenlcng and Analysis (J.C. Venter, ed.), Academic Press, 1994). Bolo overené, že tento program je rýchly a spoľahlivý pre väčšinu sekvencií. Zostavené kontigy boli zobrazené použitím modifikovanej verzie GelAssemble, vyvinutej Genetics Computer Group (GCG) (Devereux et al., NudeicAcid Res. 12:387-95, 1984), ktorá interaguje s REPLICA™. To poskytlo integrovaný editor, ktorý umožňuje, aby obrazy mnohonásobných sekvenčných gélov boli okamžite vyvolané z REPLICA™ databázy a zobrazené, čo umožňuje rýchle skenovanie kontigov a preverovacie čítanie gélových stôp, keď nastane nezrovnalosť medzi rôznymi sekvenčnými záznamami v zostave.
II. Identifikácia, klonovanie a expresia rekombinantných H. pylori DNA sekvencií
Aby sa uľahčilo klonovanie, expresia a purifikácia membránových a vylučovaných proteínov z H. pylori, bol vybraný silný génový expresný systém pET Systém (Novagen) na klonovanie a expresiu rekombinantných proteínov v E. coli. Aby sa uľahčilo čistenie rekombinantných proteínových produktov, bola tiež na
3'koniec DNA cieľovej sekvencie fúzovaná DNA sekvencia kódujúca peptidový prívesok, His-prívesok. 3'koniec bol vybraný na fúziu preto, aby sa zabránilo zmene akejkoľvek 5'terminálnej signálnej sekvencie. Výnimkou z vyššie uvedeného bol ppiB, gén klonovaný na použitie ako kontrola v testoch expresie. V tomto teste, sekvencia H. pylori ppiB obsahuje DNA sekvenciu kódujúcu His-prívesok fúzovaný na 5'koniec celého génu, pretože proteínový produkt tohto génu neobsahuje signálnu sekvenciu a je exprimovaný ako cytoplazmický protein.
PCR amplifikácia a klonovanie DNA sekvencií obsahujúcich ORF membránových a vylučovaných proteínov z J99 kmeňa Helicobacter pylori
Vybrané sekvencie (zo zoznamu DNA sekvencií podľa vynálezu) na klonovanie z J99 kmeňa H. pylori boli pripravené amplifikačným klonovaním prostredníctvom polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Boli navrhnuté a kúpené syntetické oligonukleotidové primery (tabuľka 3) špecifické pre 5’ a 3' konce otvorených čítacích rámcov (ORF) (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA). Všetky priame primery (špecifické pre 5’ koniec sekvencie) boli navrhnuté tak, aby zahŕňali Ncol klonovacie miesto na úplnom 5' konci, s výnimkou HpSeq. 4821082 kde bolo použité Ndel. Tieto primery boli navrhnuté tak, aby umožňovali iniciáciu proteínovej translácie na metionínovom zvyšku, za ktorým nasleduje valinový zvyšok a kódujúca sekvencia zvyšnej prirodzenej H. pylori DNA sekvencie. Výnimkou je H. py/orí sekvencia 4821082, kde po iniciátorovom metioníne okamžite nasleduje zvyšok prirodzenej H. pylori DNA sekvencie. Všetky reverzné primery (špecifické pre 3’ koniec akéhokoľvek H. pylori ORF) obsahovali EcoRI miesto na úplnom 5' konci, čo umožnilo klonovanie každej H. pylori sekvencie do čítacieho rámca pET-28b. pET-28b vektor poskytuje sekvenciu kódujúcu ďalších 20 karboxyterminálnych aminokyselín (len 19 aminokyselín pri HpSeq. 26380318 a HpSeq. 14640637) vrátane 6 histidinových zvyškov (na úplnom C-konci), ktoré tvoria His-prívesok. Výnimkou s vyššie uvedeného, ako už bolo poznamenané, je vektor konštruovaný pre ppiB gén. Syntetický oligonukleotidový primer špecifický pre 5' koniec ppiB génu kódoval BamHI miesto na svojom úplnom 5' konci, a primer pre 3’ koniec ppiB génu kódoval Xhol miesto na svojom úplnom 5' konci.
Tabuľka 3
Oligonukleotidové primery použité na PCR amplifikáciu H. pylorí DNA sekvencii
Vonkajšie membránové proteíny Priamy primer 5' až 3' Reverzný Primer 5' až 3'
Proteín 16225006 5'-TATACCATGGTGGG CGCTAA-3' (Sekv. £.:147) 5'-ATGAATTCGAGTAAG GATTTTTG-3' (Sekv. £.:148)
Proteín 26054702 5'-TTAACCATGGTGAAA AGCGATA-3' (Sekv. £.:149) 5-TAGAATTCGCATAAC GATCAATC-3' (Sekv. £.:150)
Proteín 7116626 S'-ATATCCATGGTGAGT TTGATGA-3' (Sekv. £.:151) 5'-ATGAATTCAATTTT I TATTTTGCCA-3' (Sekv. £.:152)
Proteín 29479681 5'-AATTCCATGGTGGGG GCTATG-3' (Sekv. fi.:153) 5'-ATGAATTCTCGATAG CCAAAÄTC-3' (Sekv. £.:154)
Proteín 14640637 S'-AATTCCATGGTGCAT AACTTCCATT-3' (Sekv. £.:155) 5'-AAGAATTCTCTAGCA TCCAAATGGA-3' (Sekv. £.:156)
Periplazmatické/Sekretovan é Proteíny
Proteín 30100332 5'-ATTTCCATGGTCATG TCTCATATT-3' (Sekv. £.:157) 5'-ÄTGAATTCCÄTCTTT TATTCCAC-3' (Sekv. £.:158)
| Proteín 4721061 5'-AACCATGGTGATTT TAAGCATTGAAAG-3' (Sekv. £.:159) 5'-AAGAATTCCACTCA AAATTTTTTAACAG-3' (Sekv. £.:160)
Iné povrchové proteíny
Proteín 4821082 5'-GATCATCCATATGTT ATCTTCTAAT-3' (Sekv. £.:161) 5'-TGAATTCAACCATTT TAACCCTG-3' (Sekv. £.:162)
Proteín 978477 5-TATACCATGGTGAA Al 1111 ICTTTTA-3' (Sekv. £.:163) 5'-AGAATTCAATTGCG TCTTGTAAAAG-3' (Sekv. £.:164)
Vnútorný membránový proteín
Proteín 26380318 5-TATACCATGGTGAT GGACAAACTC-3' (Sekv. £.:165) 5'-ATGAATTCCCACTT GGGGCGATA-3' (Sekv. £.:166)
Cytoplazmatický proteín
PPi 5'-TTATGGATCCAAAC CAATTAAAACT-3' (Sekv. £.:167) 5-TATCTCGAGTTATA GAGAAGGGC-3' (Sekv. £.:168)
Genomická DNA pripravená z J99 kmeňa H. pylorí (ATCC #55679; uloženého prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) bola použitá ako zdroj templátovej DNA pre PCR amplifikačné reakcie (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Na amplifikáciu DNA sekvencie obsahujúcej H. pylori ORF, bola genomická DNA (50 nanogramov) umiestnená do reakčnej nádobu obsahujúcej 2 mM MgCl2> 1 mikromolárne syntetické oligonukleotidové primery (priame a reverzné primery) komplementárne k, a ohraničujúce H. pylori ORF, 0.2 mM z každého deoxynukleotid trifosfátu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 2.5 jednotky termostabilnej DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) do konečného objemu 100 mikrolitrov. Na získanie amplifikovaných DNA produktov boli použité nasledujúce podmienky termálneho cyklovania, pre každý ORF bol použitý Perkin Elmer Cetus/ GeneAmp PCR System 9600 termálneho cyklovania:
Proteín 26054702, Proteín 7116626, Proteín 29479681, Proteín 30100332, a Proteín 4821082;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C-15 sek, 30°C -15 sek a 72°C -1.5 min 23 cyklov pri 94°C -15 sek, 55°C -15 sek a 72°C -1.5 min Reakcie bolí ukončené pri 72°C - 6 minút.
Proteín 16225006;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cyklov pri 95°C -15 sek, 55°C -15 sek a 72°C -1.5 min
Reakcia bola ukončená pri 72°C - 6 minút.
Proteín 4721061;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 36°C -15 sek a 72°C -1.5 min cyklov pri 94°C -15 sek, 60°C -15 sek a 72°C -1.5 min
Reakcie boli ukončené pri 72°C - 6 minút.
Proteín 26380318;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 38°C -15 sek a 72°C -1.5 min cyklov pri 94°C -15 sek, 62°C -15 sek a 72°C -1.5 min
Reakcie boli ukončené pri 72°C - 6 minút.
Proteín 14640637;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 33°C -15 sek a 72°C -1.5 min cyklov pri 94°C -15 sek, 55°C -15 sek a 72°C -1.5 min
Reakcie boli ukončené pri 72°C - 6 minút.
Podmienky amplifikácie H. pylori ppiB;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 32°C -15 sek a 72°C -1.5 min cyklov pri 94°C -15 sek, 56°C -15 sek a 72°C -1.5 min
Reakcie boli ukončené pri 72°C - 6 minút
Po ukončení termálnych cyklovacích reakcií, bola každá vzorka amplifikovanej DNA premytá a purifikovaná použitím Qiaquick Spin PCR purífikačného kitu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Všetky amplifikované DNA vzorky sa štiepili reštrikčnými endonukleázami, Ncol a EcoRI (New England BioLabs, Beverly, MA, USA), alebo v prípade HpSeq. 4821082 (Sekv. č.: 1309), s Ndel a EcoRI (Current Protocols in Moiecular Biology, John Wiley and Sons, Inc.,
F. Ausubel et al., vyd., 1994). DNA vzorky boli podrobené elektroforéze na 1.0 % NuSeive (FMC BioProducts, Rockland, ME USA) agarózovom géli. DNA bola vizualizovaná vystavením etídium bromidu a uv žiareniu s veľkou vlnovou dĺžkou. DNA obsiahnutá v pásikoch izolovaných zagarózového gélu bola purifikovaná použitím Bio 101 GeneClean Kit protokolu (Bio 101 Vista, CA, USA).
Kionovanie H. pylori DNA sekvencií do pET-28b prokaryotického expresného vektora pET-28b vektor bol pripravený na klonovanie tak, že sa poštiepil s Ncol a EcoRI. alebo v prípade H. pylori proteínu 4821082 s Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiíey and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). V prípade klonovania ppiB, bol použitý pET-28a vektor, ktorý kóduje Hisprívesok tak, že môže byť fúzovaný na 5* koniec začleneného génu, a klonovacie miesto pre klonovanie ppiB génu, bolo pripravené štiepením s BamHI a Xhol reštrikčnými endonukleázami.
Po poštiepení boli DNA inzerty klonované (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994) do predtým poštiepeného pET-28b expresného vektora, s výnimkou amplifikovaného inzert u ppiB, ktorý bol klonovaný do pET-28a expresného vektora. Produkty ligačnej reakcie boli potom použité na transformáciu BL21 kmeňa E. coli (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994) ako je popísané nižšie.
Transformácia kompetentných baktérií rekombinantnými plazmidmi
Kompetentné baktérie, E coli kmeň BL21 alebo E. coli kmeň BL21(DE3), boli štandardnými spôsobmi transformované rekombinantnými pET expresnými plazmidmi nesúcimi klonované H. pylori sekvencie (Current Protocols in Molecular, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). V stručnosti, 1 mikroliter ligačnej reakcie sa zmiešal s 50 mikrolitrami elektrokompetentných buniek a boli podrobené impulzu vysokého napätia, po ktorom sa vzorky inkubovali v 0.45 mililitroch SOC média (0,5% kvasnicový extrakt, 2,0 % tryptón, 10 mM NaCI, 2.5 mM KCI, 10 mM MgCI2, 10 mM MgSO4 a 20 mM glukóza) pri 37°C s miešaním počas 1 hodiny. Vzorky boli potom vysiate na LB agarové platne obsahujúce 25 mikrogramov/m( kanamycín sulfátu, kde rástli cez noc. Transformované kolónie BL21 boli odpichnuté a analyzované na zhodnotenie klonovaných inzertov, ako je popísané nižšie.
Identifikácia rekombinantných pET expresných plazmidov nesúcich H. pylori sekvencie
Individuálne BL21 transformované rekombinantnými pET-28b-H.pylori ORF boli analyzované prostredníctvom PCR amplifikácie klonovaných inzertov použitím rovnakých priamych a reverzných primerov, špecifických pre každú H. pylori sekvenciu, ktoré boli použité v pôvodných PCR amplifikačných klonovacých reakciách. Úspešná amplifikácia potvrdila integráciu H. pylori sekvencií do expresného vektora (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994).
Izolácia a príprava plazmidovej DNA z BL21 transformantov
Individuálne klony rekombinantných pET-28b vektorov nesúcich správne klonované H. pylori ORF sa odobrali a inkubovali v 5 ml LB média s 25 mikrogramami/ml kanamycín suifátu cez noc. Na nasledujúci deň bola izolovaná plazmidová DNA a purifikovala sa použitím Qiagen plazmidového purifikačného protokolu (Qiagen inc., Chatsworth, CA, USA).
Expresia rekombinantných H. pytorí sekvencií v E. coli pET vektor sa môže rozmnožovať v akomkoľvek E. coli K-12 kmeni napr. HMS174, HB101, JM109, DH5, a pod., za účelom klonovania alebo prípravy plazmidu. Hostitelia pre expresiu zahŕňajú E. coli kmene obsahujúce chromozomáinu kópiu génu pre T7 RNA polymerázu. Títo hostitelia sú lyzogénmi bakteríofága DE3, lambda derivátu, ktorý nesie lacl gén, lacUV5 promótor a gén pre T7 RNA polymerázu. T7 RNA polymeráza sa indukuje pridaním izopropyl-B-Dtiogalaktozidu (IPTG), a T7 RNA polymeráza transkribuje akýkoľvek cieľový plazmid, ako napríklad pET-28b, nesúci T7 promótor a cieľový gén. Použité kmene zahŕňajú: BL21(DE3) (Studier, F.W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J., and Dubendorff, J.W. (1990) Meth. Enzymol. 185, 60-89).
Za účelom expresie rekombinantných H. pylori sekvencií, bolo 50 nanogramov plazmidovej DNA, izolovanej ako je popísané vyššie, použitých na transformáciu kompetentných BL21(DE3) baktérií, ako je popísané vyššie (poskytnuté Novagenom ako časť kitu pre pET expresný systém). LacZ gén (βgalaktozidáza) bol exprimovaný v pET-Systéme ako je popísané pre H. pylori rekombinantné konštrukty. Transformované bunky boli kultivované v SOC médiu 1 hodinu, a kultúra sa potom platovala na LB platne obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamicín sulfátu. Na nasledujúci deň sa bakteriálne kolónie zozbierali a rástli v LB médiu obsahujúcom kanamicín sulfát (25 mikrogramov/ml) do optickej hustoty pri 600 nM rovnej 0.5 až 1.0 O.D. jednotiek. V tomto bode sa dodalo 1 milimolárne IPTG do kultúry na 3 hodiny na indukciu génovej expresie H. pylori rekombinantných DNA konštruktov.
Po indukcii génovej expresie s IPTG, sa baktérie usadili centrifúgáciou v
Sorvall RC-3B centrifúge pri 3500 x g počas 15 minút pri 4°C. Pelety sa rozsuspendovali v 50 mililitroch chladeného 10 mM Tris-HCI, pH 8.0, 0.1 M NaCI a 0.1 mM EDTA (STE tlmivý roztok). Bunky sa potom centrifugovali pri 2000 x g počas 20 min pri 4°C. Mokré pelety sa odvážili a zmrazili pri -80°C pokiaľ neboli pripravené na proteínovú purifikáciu.
III. Purifikácia rekombinantných proteínov z E. coli
Analytické metódy
Koncentrácie purifikovaných proteínových prípravkov sa kvantifikovali spektrofotometricky použitím absorbačného koeficientu vypočítaného z obsahu aminokyselín (Perkins, S.J. 1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180). Proteínové koncentrácie boli tiež merané spôsobom podľa Bradford, M.M. (1976) Anál. Biochem. 72, 248-254, a Lowry, O.H., Rosebrough, N., Farr, A.L. & Randall, R.J. (1951) J. Biol. Chem. 193, strany 265-275, s použitím hovädzieho sérového albumínu ako štandardu.
SDS-polyakrylamidové gély (12% alebo gély s 4.0 až 25 % akrylamidovým gradientom) sa kúpili od BioRad (Hercules, CA, USA), a boli farbené Coomassie modrou. Markery molekulovej hmotnosti zahŕňali králičí skeletálny svalový myozín (200 kDa), E. coli β-galaktozidázu (116 kDa), králičiu svalovú fosforylázu B (97.4 kDa), hovädzí sérový albumín (66.2 kDa), ovalbumín (45 kDa), hovädziu karbonickú anhydrázu (31 kDa), sójový trypsínový inhibítor (21.5 kDa), lyzozým vaječného bielka (14.4 kDa) a hovädzí aprotinín (6.5 kDa).
1. Purifikácia rozpustných proteínov
Všetky kroky sa uskutočňovali pri 4°C. Zmrazené bunky sa roztopili, resuspendovaii v 5 objemoch lyzačného tlmivého roztoku (20 mM Tris, pH 7.9, 0.5 M NaCl, 5 mM imidazol s 10% giycerolom, 0.1 % 2-merkaptoetanol, 200 mg/ml lyzozým, 1 mM fenylmetylsulfonyl fluorid (PMSF), a 10 pg/ml každého z leupeptínu, aprotinínu, pepstatínu, L-1-chloro-3-[4-tozylamido]-7-amino-2-heptanónu (TLCK), L1-chloro-3-[4-tozylamido]-4-fenyl-2-butanónu (TPCK), a sójového trypsínového inhibítora), a boli rozdrtené niekoľkými prechodmi cez maloobjemový mikrofludizer (Model M-110S, Microfluidics International Corporation, Newton, MA). Bol vyrobený výsledný 0.1 % Brij 35 homogenát, ktorý sa centrifugoval pri 100,000 x g 1 hodinu, aby sa získal čistý supernatant (surový extrakt).
Po filtrácii cez 0.8 mm Supor filter (Gelman Sciences, FRG) sa surový extrakt naniesol priamo na Ni^+'nitrilotriacetát-agarózu (NTA) s 5 mililitrovým nanášacím objemom (Hochuli, E., Dbeli, H., a Schacheer, A. (1987) J. Chromatography 411, 177-184), ktorá bola pre-equilibrovaná v lyzačnom tlmivom roztoku obsahujúcom 10 % glycerol, 0.1 % Brij 35 a 1 mM PMSF. Kolóna sa premyla 250 ml (50 nanášacích objemov) lyzačného tlmivého roztoku obsahujúceho 10 % glycerol, 0.1 % Brij 35, a bola eluovaná následnými krokmi, lyzačným tlmivým roztokom obsahujúcim 10 % glycerol, 0.05 % Brij 35, 1 mM PMSF, a postupne 20, 100, 200, a 500 mM imidazol. Frakcie boli monitorované prostredníctvom absorbancie pri OD280 nm, θ vrcholové frakcie sa analyzovali prostredníctvom SDS-PAGE. Frakcie obsahujúce rekombinantný proteín sa eluovali pri 100 mM imidazole.
Rekombinantný proteín 14640637 a proteíny β-galaktozidáza (lacZ) a peptidyl-prolyl cis-trans izomeráza (ppiB)
Frakcie obsahujúce rekombinantné proteíny z Ni2+-NTA-agarózových kolón sa zozbierali a boli koncentrované do približne 5 ml centrifugačnou filtráciou (Centriprep-10, Amicon, MA), a priamo sa naniesli na 180-ml kolónu (1.6 X 91 cm) so Sephacryl S-100 HR gélovým filtračným médiom equilibrovaným v tlmivom roztoku A (10 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.1 mM EGTA) a bežali v tlmivom roztoku A pri 18 ml/h. Frakcie obsahujúce rekombinantný protein sa identifikovali prostredníctvom absorbancie pri 280 nm a analyzovali sa na SDS-PAGE. Frakcie sa zozbierali a boli koncentrované centrifugačnou filtráciou.
Rekombinantný protein 7116626
Frakcie obsahujúce rekombinantný protein z Ni2+-NTA-agarózovej kolóny sa zozbierali a cez noc sa dialyzovali oproti 1 litru diaiyzačného tlmivého roztoku (10 mM MOPS, pH 6,5, 50 mM NaCI, 0,1 mM EGTA, 0,02% Brij 35 a 1 mM PMSF). Ráno sa biely precipitát odstránil centrifugáciou a výsledný supernatant bol nanesený na 8 ml (8 x 75 mm) MonoS vysoko účinnú kvapalnú chromatografickú kolónu (Pharmacia Biotechnoiogy, In c., Piscataway, NJ, USA) equilibrovanú vtlmivom roztoku B (10 mM MOPS, pH 6,5, 0,1 mM EGTA) obsahujúcom 50 mM NaCI. Kolóna sa premyla 10 nanášacími objemami tlmivého roztoku B obsahujúceho 50 mM NaCI, a vyvíjala sa 50-ml lineárnym gradientom zvyšujúceho sa NaCI (50 až 500 mM). Rekombinantný protein 7116626 sa eluoval ako ostrý vrchol pri 300 mM NaCI.
2. Purifikácia nerozpustných proteínov z inklúznych teliesok
Nasledujúce kroky sa uskutočňovali pri 4°C. Bunkové pelety boli rozsuspendované vlyzačnom tlmivom roztoku s 10% glycerolom, 200 mg/ml lysozýmom, 5 mM EDTA, 1mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanolom. Po prechode cez rozrušovač buniek bol vytvorený výsledný homogenát miešaný s 0,2 % deoxycholátom 10 minút, potom sa centrifugovai pri 20,000 x g, počas 30 min. Pelety sa premyli lyzačným tlmivým roztokom obsahujúcim 10 % glycerol, 10 mM EDTA, 1% Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1% merkaptoetanol, a potom nasledovalo niekoľko premývaní lyzačným tlmivým roztokom obsahujúcim 1 M močovinu, 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanoi. Výsledný biely pelet sa skladal primárne s inklúznych teliesok bez nerozbitých buniek a membránového materiálu.
Rekombinantné proteíny 26054702,16225006, 30100332,4721061
Nasledujúce kroky sa uskutočňovali pri laboratórnej teplote. Purifikované inklúzne telieska boli rozpustené v 20 ml 8,0 M močoviny vlyzačnom tlmivom roztoku s 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanolom, a inkubovali sa pri laboratórnej teplote 1 hodinu. Materiály, ktoré sa nerozpustili, boli odstránené centrifugáciou.
Čistý supernatant sa prefiltroval, a potom sa naniesol na Np+-NTA agarózovú kolónu pre-equilibrovanú v 8,0 M močovine v lyzačnom tlmivom roztoku. Kolóna sa premyla 250 ml (50 nanášacích objemov) lyzačného tlmivého roztoku obsahujúceho 8 M močovinu, 1.0 mM PMSF a 0.1 % 2-merkaptoetanol, a vyvíjala sa následnými krokmi lyzačného tlmivého roztoku obsahujúceho 8 M močovinu, 1 mM PMSF, 0,1 % 2-merkaptoetanol a postupne 20, 100, 200, a 500 mM imidazol. Frakcie sa monitorovali absorbanciou pri OD28O nm, a vrcholové frakcie sa analyzovali na
SDS-PAGE. Frakcie obsahujúce rekombinantný protein sa eluovali pri 100 mM imidazole.
Rekombinantné proteíny 29479681, 26380318
Pelet obsahujúci inklúzne telieska bol rozpustený v tlmivom roztoku B, ktorý obsahuje 8 M močovinu, 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoetanol, a bol inkubovaný 1 hodinu pri laboratórnej teplote. Nerozpustné materiály sa odstránil centrifugáciou pri 20,000 x g počas 30 min, a vyčistený supernatant sa naniesol na 15 ml ( 1.6 x 7.5 cm ) SP-Sepharose kolónu pre-equilibrovanú v tlmivom roztoku B, 6 M močovina, 1 mM PMSF, 0,1 % 2-merkaptoetanol. Po premytí s 10 nanášacími objemami bola kolóna vyvinutá lineárnym gradientom od 0 do 500 mM NaCl.
Dialýza a koncentrácia proteínových vzoriek
Močovina bola pomaly odstránená z proteínových vzoriek dialýzou oproti Tris-tlmenému fyziologickému roztoku (TBS; 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCl) obsahujúcemu 0,5 % deoxycholát (DOC) s postupne sa znižujúcou koncentráciou močoviny, nasledovne; 6M, 4M, 3M, 2M, 1M, 0,5 M a nakoniec TBS bez močoviny. Každý dialyzačný krok sa uskutočňoval minimálne 4 hodiny pri laboratórnej teplote.
Po dialýze sa vzorky koncentrovali tlakovou filtráciou použitím Amicon miešaných buniek. Koncentrácie proteínov boli merané použitím spôsobov podľa Perkins (1986 Eur. J. Biochem. 157,169-180), Bradfo.d ((1976) Anál. Biochem. 72, 248-254) a Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193, strany 265-275).
Rekombinantné proteíny purifikované spôsobmi popísanými vyššie sú zhrnuté v tabuľke 4 nižšie.
Tabuľka 4
J99 Identifik. sekvencie Homológ identif. protred. BLAST génový symbol homológa Bakt. bunk. frakcia použitá na purifikáciu rekombinant. proteínu Spôsob purifikácie Relatívna Mol. hmotn na SDSPAGE géli Konečná kone. purif. proteínu Zloženie tlmivého roztoku
Vonkajšie membránové proteíny
16225006 P28635 YEAC Inklúzne telieska His-Tag 18 kDa 5 mg/ml B
26054702 P15929 flgH Inklúzne telieska His-Tag 37 kDa 1.18 mg/ml B
suchý pelet
7116626 P26093 e(P4) Rozpustná frakcia His-Tag 29 kDa 0.8 mg/ml A
1.85 mg/ml C
29479681 P13036 fecA Inklúzne telieska SP- Sepharose 23 kDa 2.36 mg/ml B
0.5 mg ml B
—- as dry peliet
14640637 P16665 TPF1 Rozpustná frakcia His-Tag 17 kDa 2.4 mg/ml A
gélová filtrácia S100 HR
I
Periplazmatické/vylučované proteíny
3010032 P23847 dppA Inklúzne telieska His-Tag 11 kDa 2.88 mg/ml B
4721061 P36175 GCP Inklúzne telieska His-Tag 38 kDa 2.8 mg/ml B
I
Iné povrchové proteíny
|
W821082 P08089 M proteín Inklúzne telieska His-Tag 20 kDa 1.16 mg/ml B
978477 L28919 FBP54 Inklúzne telieska SP- Sepharose 44 kDa 2.56 mg/ml B
I 0.3 mg/ml B
Vnútorné membránové proteíny
26380318 P15933 fliG Inklúzne telieska SP- Sepharose 11 kDa 22 mg/ml B
IJ99 jldentifik. isekvencie Homológ identif. protred. BLAST génový symbol homológa Bakt. bunk. frakcia použitá na purífikáciu rekombinant. proteínu Spôsob purifikácie Relatívna Mol. hmotn na SDSPAGE géli Konečná kone. puríf. proteínu Zloženie tlmivého roztoku
Kontrolné prateíny s His- príveskom
P00722 lacZ Rozpustná frakcia His-Tag 116 kDa 10 mg/ml A
gélová filtrácia S200 HR |
ppiB Rozpustná frakcia His-Tag 21 kDa 4.4 mg/ml A
gélová filtrácia S100 HR
Zloženie tlmivých roztokov:
A=10 mM Hepes pH 7,5,150 mM NaCl, 0,1 mM EGTA
B= 10 mM Tris pH 8,0,150 mM NaCl, 0,5 % DOC
C= 10 mM MOPS pH 6,5, 300 mM NaCl. 0,1 EGTA
I
IV. Analýza H. pylori proteínov ako vakcínových kandidátov
Na preskúmanie imunomodulačného účinku H. pylori proteínov bol použitý myš//-/. pylori model. Tento model v mnohých ohľadoch imituje ľudskú H. pylori infekciu. Dôraz je kladený na účinok orálnej imunizácie v H. pylori infikovaných zvieratách, aby sa otestoval koncept terapeutickej orálnej imunoterapie.
Zvieratá
Samičky SPF BALB/c myší boli kúpené od Bomholt Breeding centra (Dánsko). Boli držané v bežných makrokolónových klietkach s voľným prístupom k vode a potrave. Pri príchode mali zvieratá 4 až 6 týždňov.
Infekcia
Po minimálne jednotýždňovej aklimatizácii boli zvieratá infikované kmeňom typu 2 (VacA negatívny) H. pylori (kmeň 244, pôvodne izolovaný z pacienta s vredmi). Predtým sme vlastnoručne overili, že tento kmeň je dobrým kolonizátorom myšacieho žalúdka. Baktérie rástli cez noc v Brucella médiu obohatenom s 10 % fetálnym hovädzím sérom pri 37°C v mikroaerofilnej atmosfére (10% CO2, 5%O2).
Zvieratám bola podaná orálna dávka omeprazolu (400 pmol/kg) a 3 až 5 hodín o potom, sa orálne inokulovali H. pylori v médiu (približne 10 cfu/zviera). U niektorých zvierat bolo zachytené pozitívne prijatie infekcie 2 až 3 týždne po inokulácii.
Antigény
Rekombinantné H. pylori antigény boli vybrané na základe ich spojenia s externe exponovanou H. pylori bunkovou membránou. Tieto antigény boli vybrané z nasledujúcich skupín: (1.) vonkajšie membránové proteiny; (2.) Periplastické/Sekrečné proteiny; (3.) vonkajšie povrchové proteiny; a (4.) vnútorné membránové proteiny. Všetky rekombinantné proteiny boli z purifikačných dôvodov konštruované s hexa-HIS príveskom a rovnakým spôsobom bol konštruovaný nieHelicobacterpylori kontrolný protein (β-galaktozidáza z E. co//; LacZ),.
Všetky antigény boli podávané v rozpustnej forme, to znamená rozpustené buď v HEPES tlmivom roztoku, alebo v tlmivom roztoku obsahujúcom 0,5% Deoxycholát (DOC).
Antigény sú uvedené v tabuľke 5 nižšie.
Tabuľka 5
Helicobacter pylori proteiny
Vonkajšie membránové proteiny
Protein 7116626
Protein 4721061
Protein 16225006
Protein 29479681
Protein 14640637
Peripfazmatické/Sekrečné proteiny
Protein 30100332
Iné bunkové obalové proteíny
Protein 4821082
Proteíny spojené s bičíkom
Protein 26380318
Kontrolné proteíny β-galaktozidáza (LacZ)
Imunizácie
Z každej skupiny bolo imunizovaných 10 zvierat 4 krát počas 34 dňovej periódy (deň 1, 15, 25 a 35). Boli podané purifikované antigény v roztoku alebo v suspenzii v dávke 100 mg/myš. Ako adjuvans, bolo zvieratám podaných 10 pg/myš cholera toxínu (CT) s každou imunizáciou. Zvieratám bol podaný orálne, 3 až 5 hodín pred imunizáciou, omeprazol (400 mmol/kg), ako ochrana antigénu pred kyslou degradáciou. Infikované kontrolné zvieratá dostali HEPES tlmivý roztok + CT alebo DOC tlmivý roztok + CT. Zvieratá boli usmrtené 2 až 4 týždne po konečnej imunizácii. Všeobecný prehľad testu je uvedený v tabuľke 6, nižšie.
Tabuľka 6
Prehľad testu terapeutickej imunizácie:
Všetky myši boli infikované s H. pylori kmeňom Ah244 na 30. deň.
Látka Kmeň myši n=10 Dávka/myš Dátumy dávky
1. Kontroly, PBS Balb/c 0.3 ml 0,14, 24, 34
2. Cholera toxín, 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
3. Protein 16225006,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
4. Protein 26054702,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
5. Protein 26380318,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
6. Protein 29479681,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
7. Proteín 30100332,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0,14, 24, 34
8. Protein 4721061,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
9. Proteín 4821082,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24, 34
10. Protefn 7116626,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24. 34
11.Proteín 14640637,100 pg + CT 10 pg Balb/c 0.3 ml 0, 14, 24. 34
Analýza infekcie
Infekcia sliznice: Myši boli usmrtené použitím CO2 a cervikálnej dislokácie. Otvorilo sa brucho a bol vybraný žalúdok. Po rozrezaní žalúdka pozdĺž väčšieho zakrivenia bol tento vymytý fyziologickým roztokom. Chirurgický skalpelom bola 2 zoškriabaná oddelene sliznica zantra a z tela žalúdka s plochou 25mm . Zoškrabaná sliznica bola rozsuspendovaná v Brucella médiu a platovaná na Blood Skirrow selekčné platne. Platne sa inkubovali v mikroaerofilných podmienkach 3 až 5 dní a spočítal sa počet kolónií. Totožnosť H. pylori bola overená ureázovým a katalázovým testom a priamou mikroskopiou alebo Gram farbením.
Ureázový test sa uskutočnil v podstate nasledovne. Reakčné činidlo, močovinový agarový bázový koncentrát bol kúpený od DIFCO Laboratories, Detroit, Ml (Katalóg # 0284-61-3). Močovinový agarový bázový koncentrát sa nariedil 1:10 vodou. 1 ml neriedeného koncentrátu sa zmiešal so 100 až 200 ml aktívne rastúcich H. pylori buniek. Zmena farby na fuksínovú indikovala, že bunky sú ureáza pozitívne.
Katalázový test sa uskutočňoval v podstate nasledovne. Reakčné činidlo N.N.N'.N'-tetrametyl-p-Fenyléndiamín bolo kúpený od Sigma, St. Louis, MO (Katalóg # T3134). Pripravil sa roztok reakčného činidla (1% w/v vo vode). H. pylori bunky sa nasali na Whatman filtračný papier a preliali sa 1% roztokom. Zmena farby na tmavo modrú indikovala, že bunky sú kataláza pozitívne.
Sérové protilátky: Boli pripravené zo séra všetkých myší, z krvi odoberanej punkciou srdca. Sérové protilátky sa identifikovali bežnými ELISA technikami, v ktorý boli platované špecifické Helicobacter pylori antigény.
Slizničné protilátky: Pri 50 % myši sa jemne zoškrabali ohraničené časti tela žalúdka a 4 cm dvanástnika na detekciu prítomnosti protilátok v sliznici. Titer protilátok bol určený bežnou ELISA technikou ako pre sérové protilátky.
Štatistická analýza: Wilcoxon-Mann-Whitney sign rank test bol použitý na určenie signifikantných účinkov antigénov na Helicobacter pylori kolonizáciu. P<0.05 bolo považované ako signifikantné. Keďže antrum je hlavné kolonizačné miesto pre Helicobacter, najväčší dôraz bol kladený na zmeny v kolonizácii antra.
Výsledky
Protilátky v sére: Všetky testované antigény podávané spolu s CT vyvolali vznik merateľného špecifického titra v sére. Najvyššie odpovede boli pozorované pri proteíne 7116626, proteíne 4721061, proteíne 26380318, proteíne 14640637 a proteíne 4821082 (pozri obrázok 1).
Protilátky v slize: V zoškrabaných slizoch boli pozorované špecifické protilátky proti všetkým testovaným antigénom. Ďaleko najsilnejšia odpoveď bola pozorovaná pri proteíne 30100332, nasledoval proteín 14640637, a proteín 26380318 (pozri obrázok 2).
Účinky terapeutickej imunizácie
Všetky kontrolné zvieratá (BALB/c myši) boli kolonizované H. pylori (kmeňom AH244) tak vantre, ako aj v tele žalúdka. Z testovaných antigénov vykazovali dobrú a signifikantnú redukciu a/alebo eradikáciu H. pylori infekcie 3 proteíny (proteín 4721061, proteín 4821082, a proteín 14640637). Stupeň kolonizácie antra bol nižší, v porovnaní s kontrolou, po imunizácii sproteínom 7116626 a proteínom 26380318. Účinok proteínov 16225006, 29479681, a 30100332 sa nelíšil od kontroly. Kontrolný proteín lacZ, to znamená nie-H. pylori proteín, nevykazoval žiadny eradikačný účinok, a v skutočnosti mal vyššiu Helicobacter kolonizáciu v porovnaní s HEPES + CT kontrolou. Všetky údaje sú znázornené na obrázku 3, pre proteíny rozpustené v HEPES, a na obrázku 4, pre proteíny rozpustené v DOC. Údaje sú znázornené ako hodnoty geometrického priemeru. n=8-10 Wilcoxon93
Mann-Whitney sign rank test * = p<0.05; x/10 = počet myší vykazujúcich eradikáciu H. pylori lomene celkový počet skúmaných myší.
Prezentované údaje naznačujú, že všetky s H. pylori spojené proteíny zahrnuté v tejto štúdii, keď sú použité ako orálne imunogény v spojení s orálnym adjuvans CT, vedú k stimulácii imunitnej odpovede, čo bolo merané prostredníctvom špecifických sérových a slizničných protilátok. Väčšina proteínov viedla k zníženiu, a v niektorých prípadoch ku kompletnému vymiznutiu H. pylori kolonizácie v tomto živočíšnom modeli. Treba poznamenať, že zníženie alebo vymiznutie bolo skôr dôsledkom heterologickej ochrany ako homologickej ochrany (polypeptidy boli založené na sekvencii H. pylori J99 kmeňa a boli použité na terapeutické imunizačné štúdie voči odlišnému (AH244) vyvolávaciemu kmeňu, čo indikuje potenciál vakcíny proti širokému rozsahu H. pylori kmeňov).
Najväčšia kolonizácia antra bola pozorovaná u zvierat ošetrených nieHelicobacter proteínom LacZ, čo naznačuje, že účinky pozorované pri Helicobacter pylori antigénoch boli špecifické.
Súhrn týchto údajov silne podporuje použitie týchto H. pylori proteínov vo farmaceutických prípravkoch na použitie u ľudí, na liečbu a/alebo predchádzanie H. pylori infekcií.
V. Analýza sekvenčnej odchýlky génov Helicobacter pylori kmeňov
Aby sa porovnala DNA a odvodená aminokyselinová sekvencia, boli klonované a sekvenované štyri gény z niekoľkých kmeňov H. pylori. Táto informácia bola použitá na určenie sekvenčnej odchýlky medzi H. pylori kmeňom J99, a inými H. pylori kmeňmi izolovanými z ľudských pacientov.
Príprava chromozomálnej DNA
Kultúry H. pylori kmeňov (uvedené v tabuľke 9) rástli v BLBB (1% Tryptón, 1% peptamín 0,1% glukóza, 0,2% kvasničný extrakt 0,5% chlorid sodný, 5% fetálne hovädzie sérum) do 0,2 pri ΟϋθοΟ· Bunky sa centrifugovali v Sorvall RC-3B pri 3500 x g pri 4°C počas 15 minút a pelet sa rozsuspendoval v 0,95 ml 10 mM Tris94
HCI, 0,1 mM EDTA (TE). Pridal sa lyzozým do konečnej koncentrácie 1mg/ml spolu s SDS do 1% a RNAáza A + T1 do 0,5mg/ml a 5 jednotiek/ml a reakčná zmes sa inkubovala pri 37°C jednu hodinu. Potom sa pridala proteináza K do konečnej koncentrácie 0,4 mg/ml a vzorka sa inkubovala pri 55 °C viac ako jednu hodinu. Do vzorky sa pridal NaCi do koncentrácie 0,65 M, opatrne sa premiešala, a pridalo sa 0,15 ml 10% CTAB v 0.7M NaCI (finálne 1% CTAB/70mM NaCI), nasledovala inkubácia pri 65°C 20 minút. V tomto bode sa vzorky extrahovali s chloroform:izoamyialkoholom, extrahovali sa s fenolom, a extrahovali sa znova s chloroformJzoamylalkoholom. DNA sa precipitovala buď EtOH (1.5 x objemu) alebo izopropanolom (0.6 x objemu) pri -70°C počas 10 minút, premyla sa v 70% EtOH a rozsuspendovala sa v TE.
PCR amplifikácia a klonovanie.
Ako zdroj templátovej DNA na PCR amplifikačné reakcie bola použitá genomická DNA pripravená z dvanástich kmeňov Helicobacter pylori (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd, 1994). Na amplifikáciu DNA sekvencie obsahujúcej H. pylori ORF, sa genomická DNA (10 nanogramov) umiestnila do reakčnej nádoby obsahujúcej 2 mM MgCl2, 1 mikromoláme syntetické oligonukleotidové primery (priame a reverzné primery, pozri tabuľku 7) komplementárne s okrajmi H. pylori ORF, 0,2 mM každého z deoxynukleotid trifosfátov; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 0,5 jednotky termostabilnej DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) do konečného objemu 20 mikrolitrov v duplikátnych reakciách.
Tabuľka 7
Oligonukleotidové primery použité na PCR amplifikáciu H. pylori DNA sekvencií
J Vonkajšie membránové I proteíny priamy primer 5’ až 3' reverzný primer 5' až 3 ’ 1
Proteín 26054702 (pre kmene AH4, AH 15, AH6I, 5294,5640, AH 18, a AH244) 5- TTAACCATGGTGAAAAGC GATA-3' (SEKV. Č.: 169) 5'- TAGAATTCGCCTCTAAAA CTTTAG-3' (SEKV. Č.: 170)
Proteín 26054702 (pre kmene AH5,5155,7958, AH24,aJ99) 5'- TTAACCATGGTGAAAAGC GATA-3' (SEKV. Č.: 171) 5'- TAGAATTCGCATAACGAT CAATC-3' (SEKV. Č.: 172)
Vonkajšie membránové proteíny priamy primer 5* až 3* reverzný primer 5' až 3’
Protein 7116626 5'- ATATCCATGGTGAGTTTG ATGA-3' (SEKV. Č.: 173) 5’- ATGAATTCAATTTTTTATT TTGCCA-3' (SEKV. Č.: 174)
Protein 29479681 5'- AATTCCATGGCTATCCAA ATCCG-3' (SEKV. Č.: 175) 5'- ATGAATTCGCCAAAATCG TAGTATT-3' (SEKV. Č.: 176)
Protein 346 5'- GATACCATGGAATTTATG AAAAAG-3' (SEKV. Č.: 177) 5'- TGAATTCGAAAAAGTGTA GTTATAC-3' (SEKV. Č.: 178)
Nasledujúce podmienky termálneho cyklovania boli použité na získanie amplifikovaných DNA produktov pre každý ORF použitím Perkin Elmer Cetus/ GeneAmp PCR System 9600 termálneho cyklera:
Protein 7116626 a Protein 346;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 30°C -15 sek a 72°C -1.5 min cyklov pri 94°C -15 sek, 55°C pri 15 sek a 72°C -1.5 min
Reakcie boli ukončené pri 72°C - 6 minút.
Protein 26054702 pre kmene AH5, 5155, 7958, AH24 a J99; Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 30°C -15 sek a 72°C -1.5 min 25 cyklov pri 94°C -15 sek, 55°C -15 sek a 72°C -1.5 min Reakcia bola ukončená pri 72°C - 6 minút.
Protein 26054702 a protein 294796813 - kmene AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18, a Hp244 ;
Denaturácia pri 94°C - 2 min, cykly pri 94°C -15 sek, 30°C - 20 sek a 72°C - 2 min cyklov pri 94°C -15 sek, 55°C - 20 sek a 72°C - 2 min
Reakcie boli ukončené pri 72°C - 8 minút.
Po ukončení termálnych cyklických reakcií sa každý pár vzoriek zlúčil, a bol použitý priamo na klonovanie do pCR klonovacieho vektora, ako je popísané nižšie.
Klonovanie H. pylori DNA sekvencií do pCR TA klonovacieho vektora
Všetky amplifikované inzerty boli klonované do pCR 2.1 vektora spôsobom popísaným v originálnom TA klonovacom kite (Invitrogen, San Diego, CA). Produkty ligačnej reakcie boli potom použité na transformáciu TOP10F’ (INVaF' v prípade H. pylori sekvencie 350) kmeňa E. coli ako je popísané nižšie.
Transformácia kompetentných buniek rekombinantnými plazmidmi
Kompetentné baktérie, E coli kmeňa TOP10F’ alebo E. coli kmeňa INVaF' boli transformované rekombinantnými pCR expresnými plazmidmi nesúcimi klonované H. pylori sekvencie, podľa štandardných metód (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiiey and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editors, 1994). V stručnosti, 2 mikrolitre 0,5 mikromolárneho BME sa pridalo do každej skúmavky s 50 mikrolitrami kompetentných buniek. Následne sa 2 mikrolitre ligačnej reakcie primiešali ku kompetentným bunkám a inkubovali sa na ľade 30 minút. Bunky a ligačná zmes boli potom vystavené tepelnému šoku pri 42°C počas 30 sekúnd, a následne boli umiestnené na ľad na ďalšie 2 minúty, po ktorých sa vzorky inkubovali v 0,45 mililitra SOC média (0,5% kvasničný extrakt, 2,0 % tryptón, 10 mM NaCI, 2,5 mM KCI, 10 mM MgCI2, 10 mM MgSO4 a 20, mM glukóza) pri 37°C s premiešavaním počas jednej hodiny. Vzorky sa potom vysiali na LB agarové platne obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycín sulfátu alebo 100 mikrogramov/ml ampicilínu a rástli cez noc. Transformované kolónie TOP10F* alebo INVaF* sa potom odobrali a analyzovali na zhodnotenie klonovaných inzertov ako je popísané nižšie.
Identifikácia rekombinantných PCR piazmidov nesúcich H. pylori sekvencie
Jednotlivé TOP10F’ alebo INVaF’ klony transformované rekombinantnými pCR-Η.pylori ORF sa analyzovali PCR amplifikáciou klonovaných inzertov, použitím rovnakých priamych a reverzných primerov špecifických pre každú H. pylori sekvenciu, ktoré boli použité v pôvodných PCR amplifikačných reakciách. Úspešná amplifikácia potvrdila začlenenie H. pylori sekvencií do kionovacieho vektora (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994).
Jednotlivé klony rekombinantných pCR vektorov nesúcich správne klonované H. pylori ORF boli odobraté na sekvenčnú analýzu. Sekvenčná analýza sa uskutočňovala na ABI Sekvenátore použitím štandardných protokolov (Perkin Elmer), použitím vektor špecifických primerov (nachádzajúcich sa v PCRII alebo pCR2.1, Invitrogen, San Diego, CA), a sekvenačných primerov špecifických pre ORF, ktoré sú uvedené v tabuľke 8, nižšie.
Tabuľka 8
Oligonukleotidové primery použité na sekvenovanie H. pylori DNA sekvencií
Vonkajšie membránové proteíny Priame primery 5' až 3’ Reverzné primery 5’ až 3’
Protein 26054702 5’- CCCTTCATTTTAGAAATCG3’(SEKV. Č.: 179) 5’- ATTTCAACCAATTCAATGC G-3’ (SEKV. Č.: 180) 5’- GCCCCTTTTGATTTGAAGC T-3’(SEKV. Č.: 181) 5’- TCGCTCCAAGATACCAAGA AGT-3’(SEKV. Č.: 182) 5’- CTTGAATTAGGGGCAAAGA TCG-3’(SEKV. Č.: 183) 5’- ATGCGTTTTTACCCAAAGA AGT-3’ (SEKV. Č.: 184) 5’- ATAACGCCACTTCCTTATT GGT-3’(SEKV. Č.: 185) 5’- CTTTGGGTAAAAACGCATC3’(SEKV. Č.: 186) 5’- CGATCTTTGATCCTAATTC A-3’(SEKV. Č.: 187) 5’- ATCAAGTTGCCTATGCTGA3’(SEKV. Č.: 188)
| Vonkajšie 1 membránové proteíny Priame primery 5* až 3' Reverzné primery 5’ až 3'
Proteín 7116626 5'- TTGAACACTTTTGATTATG CGG-3'(SEKV. Č.: 189) 5'- GGATTATGCGATTGTTTTA CAAG-3' (SEKV. Č.: 190) 5'- GTCTTTAGCAAAAATGGCG TC-3' (SEKV. ¢.:191) 5'- AATGAGCGTAAGAGAGCCT TC-3· (SEKV. ¢.:192)
Proteín 29479681 5'- CTTATGGGGGTATTGTCA-3' (SEKV. Č.: 193) 5'- AGCATGTGGGTATCCAGC3'(SEKV. Č.: 194) 5'- AGGTTGTTGCCTAAAGACT3' (SEKV. Č.:195) 5'-CTGCCTCCACCTTTGATC3' (SEKV. ¢.:196)
Proteín 346 5'- ACCAATATCAATTGGCACT3'(SEKV. Č.:197) 5'- ACTTGGAAAAGCTCTGCA3'(SEKV. ¢.:198) 5'- (TľGCTTGTC ATATCTAGC3'(SEKV. ¢.:199) 5'- G T ľGAAGTGTTGGTGCTA-3' (SEKV. ¢.:200)
5'- CAAGCAAGTGGTTTGGTTT TAG-3' (SEKV. ¢.:201) 5'- TGGAAAGAGCAAATCATTG AAG-3' (SEKV. ¢.:202) 5'- GCCCATAATCAAAAAGCCC AT-3'(SEKV. ¢.:203) 5'- CTAAAACCAAACCACTTGC T TGTC-3* (SEKV. ¢.:204)
Vektorové primery 5'-GTAAAACGACGGCCAG-3' (SEKV. ¢.:205) 5'-CAGGAAACAGCTATGAC3'(SEKV. ¢.:206)
Výsledky
Na stanovenie množstva PCR chýb v týchto experimentoch bolo sekvenovaných päť individuálnych klonov proteínu 26054702, pripraveného z piatich oddelených PCR reakčných zmesí z H. pylori kmeňa J99, v celkovej dĺžke 897 nukleotidov, po sčítaní celkovo 4485 báz DNA sekvencie. DNA sekvencia piatich klonov bola porovnaná s DNA sekvenciou získanou predtým odlišným spôsobom, to znamená náhodným shotgun klonovaním a sekvenovaním. Bolo určené, že množstvo chýb PCR v tu popísaných experimentoch je 2 bázové zmeny na 4485 báz, čo zodpovedá odhadovanému množstvu chýb PCR, ktoré je menšie alebo rovné 0,04%.
DNA sekvenčná analýza sa uskutočňovala v štyroch rôznych otvorených čítacích rámcoch, ktoré boli identifikovné ako gény, a boli amplifikované PCR spôsobmi z dvanástich odlišných kmeňov baktérie Helicobacter pylori. Odvodené aminokyselinové sekvencie troch zo štyroch otvorených čítacích rámcov, ktoré boli vybrané na preskúmanie, vykazovali štatisticky významnú BLAST homológiu s definovanými proteínmi prítomnými v iných bakteriálnych kmeňoch. Tieto ORF zahŕňali: proteín 26054702, homologický s val A & B génmi kódujúcimi ABC transportér v F. novicida; proteín 7116626, homologický s lipoproteínom e (P4) prítomným vo vonkajšej membráne H. influenzae; proteín 29479681, homologický s fecA, vonkajším membránovým receptorom v železo (III) dicitrátovom transporte v E. coli. Proteín 346 bol označený ako neznámy otvorený čítací rámec, pretože vykazoval nízku homológiu so sekvenciami vo verejných databázach.
Na zhodnotenie rozsahu konzervatívnosti alebo výchyliek v ORF medzi rôznymi kmeňmi H. pylori, boli zmeny v DNA sekvencii a v odvodenej proteínovej sekvencii porovnávané s DNA a odvodenými proteínovými sekvenciami nájdenými v J99 kmeni H. pylori (pozri tabuľku 9 nižšie). Výsledky sú uvedené ako percento zhodnosti s J99 kmeňom H. pylori sekvenovaným náhodným shotgun klonovaním. Kvôli kontrole akýchkoľvek odchýlok v J99 sekvencii, každý zo štyroch otvorených čítacích rámcov bol klonovaný a sekvenovaný znova z J99 bakteriálneho kmeňa a táto sekvenčná informácia bola porovnaná so sekvenčnou informáciou, ktorá bola získaná zinzertov kionovaných náhodným shotgun sekvenovaním J99 kmeňa. Údaje demonštrujú, že výchylka DNA sekvencie je v malom rozsahu, ktorý predstavuje 0,12 % rozdiel (proteín 346, J99 kmeň) až približne 7% zmenu (proteín 26054702, kmeň AH5). Odvodené proteínové sekvencie buď nevykazovali žiadnu odchýlku (proteín 346, kmene AH 18 a AH24) alebo vykazovali odchýlku s veľkosťou 7,66% aminokyselinových zmien (proteín 26054702, kmeň AH5).
100
Tabuľka 9
Mnohonásobná kmeňová DNA sekvenčná analýza H. pylori vakcínových kandidátov
J99 Protein#: 26054702 2054702 7116626 7116626 29479681 29479681 346 346
Dĺžka sekvenovanej
oblasti: 248 ak. 746 nt. 232 ak. 96 nt. 182 ak. 548 nt. 273 ak. 819 nt.
Testovaný kmeň AK identita Nuk. identita AK identita Nuk. identita AK identita Nuk. identita AK identita Nuk. identita
J99 100.00% 100.00% 100.00% 100.00% 100.00% 100.00% 99.63% 99.88%
AH244 95.16% 95.04% n.d. n.d. 99.09% 96.71% 98.90% 96.45%
AH4 95.97% 95.98% 97.84% 95.83% n .d. n.d. 97.80% 95.73%
AH5 92.34% 93.03% 98.28% 96.12% 98.91% 96.90% 98.53% 95.73%
AH15 95.16% 94.91% 97.41% 95.98% 99.82% 97.99% 99.63% 96.09%
AH61 n.d. n.d. 97.84% 95.98% 99.27% 97.44% n.d. n.d.
5155 n.d. n.d. n.d. n.d. 99.45% 97.08% 98.53% 95.60%
5294 94.35% 94.37% 98.28% 95.40% 99.64% 97.26% 97.07% 95.48%
7958 94.35% 94.10% 97.84% 95.40% n.d. n.d. 99.63% 96.46%
5640 95.16% 94.37% 97.41% 95.69% 99.09% 97.63% 98.53% 95.48%
AHI8 n.d. n.d. 98.71% 95.69% 99.64% 97.44% 100.00% 95.97%
AH24 94.75% 95.04% 97.84% 95.40% 99.27% 96.71% 100.00% 96.46%
n.d.= neuskutočnil sa
VI. Experimentálny knock-out protokol na určenie esenciálnych H. pylori génov ako potencionálnych terapeutických cieľov
Terapeutické ciele boli vybrané z génov, v prípade ktorých sa zdalo, že ich proteínové produkty hrajú kľúčovú rolu v esenciálnych bunkových dráhach, ako napríklad v syntéze bunkového obalu, DNA syntéze, transkripcii, translácii, regulácii a kolonizácii/virulencii.
101
Postup na deléciu častí H. pylori génov/ORF a na inzerčnú mutagenézu kazety kanamycínovej rezistencie bol za účelom identifikácie génov, ktoré sú esenciálne pre bunku, modifikovaný oproti predtým publikovaným metódam (Labigne-Roussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, str. 1704-1708; Cover et al.,1994, J. Biologicai Chemistry 269, str. 10566-10573; Reyrat et al., 1995, Proc. Natl. Acad. Sci. 92, str. 8768-8772). Výsledkom je génový knock-out.
Identifikácia a klonovanie H. pylori génových sekvencií
Sekvencie génov alebo ORF (otvorených čítacích rámcov) vybraných ako knock-out ciele, boli identifikované z H. pylori genomickej sekvencie a boli použité na navrhnutie primerov na špecifickú amplifikáciu génov/ORF. Všetky syntetické oligonukleotidové primery boli navrhnuté pomocou OLIGO programu (National Biosciences, Inc., Plymouth, MN 55447, USA), a mohli byť kúpené od Gibco/BRL Life Technologies (Gaithersburg, MD, USA). Ak ORF je menší ako 800 až 1000 bázových párov, sú ohraničujúce primery vybrané zvonku otvoreného čítacieho rámca.
Genomická DNA pripravená z Helicobacter pylori HpJ99 kmeňa (ATCC 55679; uloženého prostredníctvom Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) je použitá ako zdroj templátovej DNA na amplifikáciu ORF prostredníctvom PCR (polymerázovej reťazovej reakcie) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editors, 1994). Pre prípravu genomickej DNA z H. pylori, pozri príklad I. PCR amplifikácia je uskutočňovaná umiestnením 10 nanogramov genomickej HpJ99 DNA do reakčnej skúmavky obsahujúcej 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KCI, 2 mM MgCl2, 2 mikromolárne syntetické oligonukleotidové primery (priamy=F1 a reverzný=R1), 0,2 mM každého z deoxynukleotid trifosfátov (dATP, dGTP, dCTP, dTTP), a 1,25 jednotky termostabilnej DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) do konečného objemu 40 mikrolitrov. PCR sa uskutočňuje v Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 termálnom cykleri.
Po ukončení termálnych cyklických reakcií sa každá vzorka amplifikovanej DNA vizualizuje na 2% TAE agarózovom géli farbenom etídium bromidom (Current
102
Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editore, 1994), čím sa overí, že výsledkom reakcie je jeden produkt očakávanej veľkosti. Amplifikovaná DNA sa potom premyje a purifikuje použitím Qiaquick Spin PCR purifikačného kitu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).
PCR produkty sa klonujú do pT7Blue T-vektorá (Katalóg #69820-1, Novagen, Inc., Madison, Wl, USA) použitím TA klonovacej stratégie (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Ligácia PCR produktu do vektora sa uskutočňuje zmiešaním 6 násobného molárneho nadbytku PCR produktu, 10 ng pT7Blue-T vektora (Novagen), 1 mikrolitra T4 DNA ligázového tlmivého roztoku (New England Biolabs, Beverly, MA, USA), a 200 jednotiek T4 DNA ligázy (New England Biolabs) do konečného reakčného objemu 10 mikrolitrov. Ligácia prebiehala 16 hodín pri 16°C.
Ligačné produkty sa elektroporovali (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., editore, 1994) do elektroporačne kompetentných XL-1 Blue alebo DH5-a E.coli buniek (Clontech Lab., Inc. Palo Alto, CA, USA). V stručnosti, 1 mikroliter ligačnej reakcie sa zmieša so 40 mikrolitrami elektrokompetentných buniek a sú vystavené impulzu s vysokým napätím (25 gF, 2.5 kV, 200 Ω), a potom sa vzorky inkubujú v 0,45 ml SOC média (0,5% kvasnicový extrakt, 2,0 % tryptón, 10 mM NaCl, 2,5 mM KCi, 10 mM MgCI2,10 mM MgSO4 a 20 mM glukóza) pri 37°C s miešaním počas 1 hodiny. Vzorky sa potom vysejú na LB (10 g/l bakto tryptón, 5 g/l bakto kvasničný extrakt, 10 g/l chlorid sodný) platne obsahujúce 100 mikrogramov/ml ampicilínu, 0,3% X-gal, a 100 mikrogramov/ml
IPTG. Tieto platne sa inkubujú cez noc pri 37°C. Vyberú sa ampicilín-rezistentné kolónie s bielou farbou, nechajú sa rásť v 5 ml kvapalného LB obsahujúceho 100 mikrogramov/ml ampicilínu, a izoluje sa plazmidová DNA použitím Qiagen miniprep protokolu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).
Na overenie toho, že boli klonované správne H. pylori DNA inzerty, sú tieto pT7Blue plazmidové DNA použité ako templáty pre PCR amplifikáciu klonovaných inzertov, použitím rovnakých priamych a reverzných primerov, ktoré boli použité na začiatočnú amplifikáciu J99 H. pylori sekvencie. Potvrdením, že boli klonované
103 správne inzerty, je objavenie sa primerov a PCR produktu so správnou veľkosťou po vizualizácii na 2% TAE, etídium bromidom značenom agarózovom géli. Dva zo šiestich takto overených klonov sú odobraté pre každý cieľ a zmrazené pri -70°C a uskladnené. Na minimalizáciu chýb v dôsledku PCR, sa zozbiera piazmidová DNA z týchto overených klonov a je použitá v nasledujúcich klonovacích krokoch.
Tieto sekvencie génov/ORF sú znova použité na navrhnutie druhého páru primerov, ktoré ohraničujú oblasť H. pylori DNA, ktorá má byť buď prerušená alebo deletovaná (do 250 bázových párov), vo vnútri ORF, ale sú orientované smerom od seba. Zásoby kruhových plazmidových DNA, z predtým izolovaných klonov, sú použité ako templáty pre toto kolo PCR. Keďže orientácia amplifikácie z tohto páru delečných primerov je od seba, časť ORF medzi primermi nie je zahrnutá vo výslednom PCR produkte. PCR produkt je lineárny kus DNA s H. pylori DNA na každom konci a pT7Blue vektorovou spojnicou medzi nimi, čo v podstate vyúsťuje do delécie časti ORF. PCR produkt sa vizuaiizuje na 1% TAE, etídium bromidom značenom géli, aby sa potvrdilo, že bol amplifikovaný len jeden produkt so správnou veľkosťou.
Do PCR produktu sa liguje kazeta kanamycínovej rezistencie (LabigneRoussel et al., 1988 J. Bacteriology 170, 1704-1708) predtým použitým TA klonovacim spôsobom (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., vyd., 1994). Kanamycínová kazeta obsahujúca Campylobacter gén kanamycínovej rezistencie sa získa EcoRI štiepením rekombinantného plazmidu pCTB8:kan (Cover et al.,1994, J. Biological Chemistry 269, str. 10566-10573). Správny fragment (1.4 kb) sa oddelí na 1% TAE géli, a izoluje sa použitím QIAquick gélového extrakčného kitu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Na fragmente sa opravia konce použitím Klenowovho vyplňovacieho protokolu, ktorý zahŕňa zmiešanie 4 pg DNA fragmentu, 1 mikrolitra dATP, dGTP, dCTP, dTTP v koncentrácii 0,5 mM, 2 mikrolitrov Klenowovho tlmivého roztoku (New England Biolabs) a 5 jednotiek veľkého fragmentu Klenow DNA Polymerázy I (Klenow) (New England Biolabs) do 20 mikrolitrovej reakčnej zmesi, inkubovanie pri
30°C počas 15 min, a inaktiváciu enzýmu zahriatím na 75°C počas 10 minút. Táto kanamycínová kazeta so zatupenými koncami sa potom purifikuje cez Qiaquick
104 kolónu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA), aby sa eliminovali nukieotidy. Potom sa vytvoria T presahujúce konce zmiešaním 5 mikrogramov kanamycínovej kazety so zatupenými koncami, 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KCI, 2 mM MgCl2, 5 jednotiek DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA), 20 mikrolitrov 5 mM dTTP, v 100 mikrolitroch reakčnej zmesi a inkubovaním reakčnej zmesi počas 2 hodín pri 37°C. Kan-T kazeta sa purifikuje použitím QIAquick kolóny (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). PCR produkt delečných primerov (F2 a R2) sa liguje do Kan-T kazety zmiešaním 10 až 25 ng PCR produktu delečných primerov, 50 až 75 ng Kan-T kazetovej DNA, 1 mikrolitra 10x T4 DNA ligázovej reakčnej zmesi, 0,5 mikrolitra T4 DNA ligázy (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) v 10 mikrolitrovej reakčnej zmesi a inkubovaním počas 16 hodín pri 16°C.
Ligačné produkty sa transformujú do XL-1 Blue alebo DH5-a E. coli buniek elektroporáciou ako je popisané vyššie. Po obnovení sa v SOC sa bunky platujú na
LB platne obsahujúce 100 mikrogramov/ml ampicilínu a rastú cez noc pri 37°C. Z týchto platní sú potom urobené repliky na platne obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycínu a rastú cez noc. Výsledné kolónie obsahujú tak gén ampicilínovej rezistencie, ktorý je prítomný v pT7Bfue vektore, ako aj novo zavedený gén kanamycínovej rezistencie. Kolónie sa odoberú do LB obsahujúceho 25 mikrogramov/ml kanamycínu a z kultivovaných buniek sa izoluje plazmidová DNA použitím Qiagen miniprep protokolu (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).
Na overenie toho, že kanamycín je začlenený do H. pylori génov/ORF a na určenie orientácie inzercie génu kanamycínovej rezistencie vzhľadom k H. pylori génom/ORF, sa uskutočňuje niekoľko testov PCR amplifikáciou na týchto plazmidoch. Aby sa overilo, že kanamycínová kazeta bola začlenená do H. pylori sekvencie, sú plazmidové DNA použité ako tempiáty pre PCR amplifikáciu so sadou primerov, ktoré boli pôvodne použité na klonovanie H. pylori génov/ORF. Správny PCR produkt má veľkosť deletovaného génu/ORF, ale zväčšenú o veľkosť pridanej 1,4 kilobázovej kanamycínovej kazety. Aby sa zabránilo potencionálnym polárnym účinkom kazety kanamycínovej rezistencie na H. pylori génovú expresiu, určí sa
105 orientácia génu kanamycínovej rezistencie vzhľadom ku knock-out génu/ORF a obe orientácie sú eventuálne použité v H. pylori transformáciách (pozri nižšie). Na určenie orientácie inzercie génu kanamycínovej rezistencie, sú navrhnuté primery z koncov génu kanamycínovej rezistencie (Kan-1 5'ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3' (SEKV. Č.: 207)), a Kan-2 5'AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3' (SEKV. Č.: 208)). Orientácia kanamycínovej kazety vzhľadom k H.pylori sekvencií sa určí použitím každého z klonovacích primerov v spojení s každým z Kan primerov (4 kombinácie primerov). Pozitívne klony sú označované buď ako A orientované (rovnaký smer transkripcie tak H. pylori ako aj génu kanamycínovej rezistencie), alebo B orientované (smer transkripcie H.pylori génu je opačný ku smeru transkripcie kanamycínového génu). Klony s rovnakou orientáciou (A alebo B) sa zhromaždia pre nasledujúce experimenty a nezávisle sa transformujú do H. pylori.
Transformácia plazmidovej DNA do H. pylori buniek
Dva kmene H. pylori sú použité na transformáciu: ATCC 55679, klinický izolát, ktorý poskytol DNA na získanie H. pylori sekvenčnej databázy, a AH244, izolát, ktorý bol pasážovaný a má schopnosť kolonizovať myšací žalúdok. Bunky pre transformáciu rástli pri 37°C, 10% CO2, 100% vlhkosti, buď na agarových platniach s ovčou krvou alebo v kvapalnom Brucella médiu. Bunky rastú do exponenciálnej fázy a sú preskúmané mikroskopom, či sú „zdravé (aktívne sa pohybujú) a či nie sú kontaminované. Ak bunky rastú na platniach, sú pozbierané zoškrabaním z platne pomocou sterilnej slučky, rozsuspendujú sa v 1 ml Brucella média, usadia sa (1 minúta, najvyššia rýchlosť v eppendorfovej mikrocentrifúge) a rozsuspendujú sa v 200 mikrolitroch Brucella média. Ak rastú v kvapalnom Brucella médiu, scentrifugujú sa (15 minút pri 3000 rpm v Beckman TJ6 centrifúge) a bunkový pelet sa rozsuspenduje v 200 mikrolitroch Brucella média. Alikvota buniek sa odoberie na určenie optickej hustoty pri 600 nm, aby sa vypočítala koncentrácia buniek. Alikvota (1 až 5 OD@00 jednotiek/25 mikroliter) rozsuspendovaných buniek sa umiestni na predhriaté agarové platne s ovčou krvou, a platne sa ďalej inkubujú pri 37°C, 6% CO2, 100% vlhkosti 4 hodiny. Po tejto inkubácii sa na tieto bunky
106 nanesie 10 mikrolitrov plazmidovej DNA (100 mikrogramov na mikroliter). Paralelne sa urobí pozitívna kontrola (plazmidová DNA s génom ribonukleázy H prerušeným génom kanamycínovej rezistencie) a negatívna kontrola (bez plazmidovej DNA).
Tieto platne sú vrátené do 37°C, 6% CO2 na ďalšie 4 hodiny na inkubáciu. Bunky sa potom vysejú na platne použitím špongie namočenej v Brucella médiu, a rastú 20 hodín pri 37°C, 6% CO2. Bunky sa potom prenesú na agarové platne s ovčou krvou obsahujúce 25 mikrogramov/ml kanamycínu a rastú 3 až 5 dní pri 37°C, 6% CO2,100% vlhkosti. Ak sa objavia kolónie, sú odobraté a znova rastú ako fľaky na čerstvých agarových platniach s ovčou krvou, ktoré obsahujú 25 mikrogramov/ml kanamycínu.
Urobia sa tri súbory PCR testov na overenie, že kolónie transformantov vznikli homologickou rekombináciou správnych chromozomálnych miest. Templát pre PCR (DNA z kolónie) sa získa metódou rýchleho povarenia DNA nasledovne. Alikvota kolónie (napichnutie kolónie špáradlom) sa dá do 100 mikrolitrov 1% Triton X-100, 20 mM Tris, pH 8,5, a povarí sa 6 minút. Pridá sa rovnaký objem fenol:chloroformu (1:1) a vortexuje sa. Zmes sa centrifuguje na mikrocentrifúge 5 minút a supernatant sa použije ako DNA templát pre PCR spolu s nasledujúcimi primermi, aby sa overila homologická rekombinácia na správnom mieste chromozómu.
TEST 1. PCR s klonovacými primermi pôvodne použitými na amplifikáciu génu/ORF. Pozitívny výsledok homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme by mal byť vidieť ako jeden PCR produkt, ktorého veľkosť sa rovná veľkosti deletovaného génu/ORF, ktorá je ale zväčšená o veľkosť pridanej 1,4 kilobázovej kanamycínovej kazety. PCR produkt, ktorý má presnú veľkosť génu/ORF dokazuje, že gén nebol knocked outovaný, a že transformant nie je výsledkom homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme.
TEST 2. PCR s F3 (primer navrhnutý pre sekvencie smerom hore od génu/ORF a nie je prítomný v piazmide), a buď primerom Kan-1 alebo Kan-2 ( primery navrhnuté od koncov génu kanamycínovej rezistencie), v závislosti na tom,
107 či je použitá plazmidová DNA s A alebo B orientáciou. Výsledkom homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme bude jeden PCR produkt s očakávanou veľkosťou (to znamená od miesta F3 po inzerčné miesto génu kanamycínovej rezistencie). Žiadny PCR produkt alebo PCR produkt(y) s nesprávnou veľkosťou budú dôkazom toho, že plazmid sa neintegroval na správnom mieste, a že gén nebol knocked outovaný.
TEST 3. PCR s R3 (primer navrhnutý od sekvencií smerom dolu od génu/ORF a nie je prítomný v plazmide) a buď s primerom Kan-1 alebo Kan-2, v závislosti na tom, či je použitá plazmidová DNA s A alebo B orientáciou. Výsledkom homologickej rekombinácie v správnom mieste na chromozóme bude jeden PCR produkt s očakávanou veľkosťou (to znamená., od miesta inzercie génu kanamycínovej rezistencie po umiestnenie R3 smerom dolu). Znova, žiadny PCR produkt alebo PCR produkt(y) s nesprávnou veľkosťou budú dôkazom toho, že plazmid sa neintegroval na správnom mieste, a že gén nebol knocked outovaný.
Transformanty vykazujúce pozitívne výsledky vo všetkých troch testoch indikovali, že gén nie je nevyhnutný pre prežívanie in vitro.
Negatívny výsledok v ktoromkoľvek z troch vyššie uvedených testov pre každý transformant indikoval, že gén nebol prerušený, a že gén je nevyhnutný pre prežívanie in vitro.
V prípade, že z dvoch nezávislých transformácií nevznikne žiadna kolónia, zatiaľ čo pozitívna kontrola s prerušenou ribonukleázovou H plazmidovou DNA vytvára transformanty, plazmidová DNA sa ďalej analyzuje prostredníctvom PCR na DNA z transformovanej populácie pred platovaním na vytvorenie kolónií. Tým sa overí, že plazmid môže vstúpiť do bunky a podrobiť sa homologickej rekombinácii v správnom mieste. V stručnosti, plazmidová DNA sa inkubuje v súlade s transformačným protokolom popísaným vyššie. DNA sa extrahuje z H. pylori buniek okamžite po inkubovaní sa s plazmidovými DNA a DNA je použitá ako templát pre vyššie uvedený test 2 a test 3. Pozitívne výsledky v teste 2 a teste 3 by overili, že plazmidová DNA by mohla vstúpiť do bunky a podrobiť sa homologickej rekombinácii v správnom mieste chromozómu. Ak je test 2 a test 3 pozitívny, potom
108 neschopnosť získať životaschopné transformanty indikuje, že gén je esenciálny, a bunka, v ktorej je tento gén porušený nie je schopná vytvoriť kolóniu.
Vil. Vysoko účinný test na prehľadávanie liečiv
Klonovanie, expresia a purifikácia proteínu
Klonovanie, transformácia, expresia a purifikácia H. pylori cieľového génu a jeho proteínového produktu, napr. H. pylori enzýmu, ktorý má byť použitý vo vysoko účinnom teste na prehľadávanie liečiv, sa uskutočňuje v podstate rovnako ako je popísané v príkladoch II a III vyššie. Ako špecifický príklad, je nižšie popísaný vývoj a použitie prehľadávacieho testu pre konkrétny H. pylori génový produkt - peptidylpropyl cis-trans izomerázu.
Enzymatický test
Test je v podstate popísaný Fisherom (Fischer, G., et. al. (1984) Biomed. Biochim. Acta 43:1101-1111). Test meria cis-trans izomeráciu Ala-Pro väzby v testovacom peptide N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilide (Sigma # S-7388, lot # 84H5805). Test je spojený s α-chymotrypsínom, pričom proteáza je schopná štiepiť testovací peptid len vtedy, ak Ala-Pro väzba je trans. Konverzia testovacieho peptidu na trans izomér je v teste sledovaná pri 390 nm na Beckman Model DU-650 spektrofotometri. Údaje sú zhromažďované každú sekundu s priemerným skenovacím časom 0,5 sekundy. Testy sa uskutočňujú v 35 mM Hepes, pH 8,0, v konečnom objeme 400 μΙ, s 10 μΜ α-chymotrypsínom (typ 1-5 z hovädzieho pankreasu, Sigma # C-7762, lot 23H7020) a 10 nM PPIázou. Na iniciáciu reakcie sa pridáva 10 μΙ substrátu (2 mM N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilid v DMSO) do 390 μΙ reakčnej zmesi pri laboratórnej teplote.
Enzymatický test v surovom bakteriálnom extrakte ml kultúra Helicobacter pylori (kmeň J99) v Brucella médiu sa odoberie v strednej logaritmickej fáze (OD 600 nm ~ 1) a rozsuspenduje sa vlyzačnom tlmivom roztoku s nasledujúcimi inhibítormi proteáz: 1 mM PMSF, a 10 pg/ml každého z aprotinín, leupeptín, pepstatín, TLCK, TPCK, a sójový trypsínový
109 inhibítor. Suspenzia sa v 3 cykloch zmrazí a rozmrazí (15 minút pri -70 0 C, potom 30 minút pri laboratórnej teplote), nasleduje sonifikácia (tri krát po 20 sekúnd). Lyzát sa scentrifuguje (12,000 g x 30 minút) a supernatant sa analyzuje z hľadiska enzymatickej aktivity ako je popísané vyššie.
Mnohé H. pylori môžu byť vo vysokých hladinách a v aktívnej forme exprimované v E. coli. Takéto vysoké výťažky purifikovaných proteínov sa používajú v rôznych vysoko účinných testoch na vyhľadávanie liečiv.
Ekvivalenty
Pre odborníkov v oblasti budú zrejmé, alebo budú schopný určiť použitím iba rutinných experimentov, mnohé ekvivalenty tu popísaných špecifických uskutočnení a spôsobov. Tieto ekvivalenty spadajú do rozsahu nasledujúcich nárokov.
110
ZOZNAM SEKVENCIÍ
D všeobecná informácia:
(i) PRIHLASOVATEĽ:
(A) MENO: Astra Aktiebolag (B) ULICA: S-151 85 (C) MESTO: Sôdertälje (D) ŠTÁT:
(E) KRAJINA: Švédsko (F) POŠTOVÉ SMEROVACIE ČÍSLO (ZIP, (ii) NÁZOV VYNÁLEZU: Nukleovokysel·i nove a aminokyselinové sekvencie týkajúce sa Helicobacter pylori a vakcínové kompozície s ich obsahom (iii) POČET SEKVENCIÍ: 208 (iv) POČÍTAČOM ČÍTATEĽNÁ FORMA:
(A) TYP MÉDIA:
(B) POČÍTAČ:
(C) OPERAČNÝ SYSTÉM:
(D) SOFTWARE:
(v) ÚDAJE 0 PREDLOŽENEJ PRIHLÁŠKE:
(A) ČÍSLO PRIHLÁŠKY (B) DÁTUM PODANIA:
(vi) ÚDAJE O PREDCHÁDZAJÚCEJ PRIHLÁŠKE:
(A) ČÍSLO PRIHLÁŠKY:US 08/739,150 (B) DÁTUM PODANIA: 28-OCT-1996 (vii, ÚDAJE O PREDCHÁDZAJÚCEJ PRIHLÁŠKE:
(A, ČÍSLO PRIHLÁŠKY: US 08/759,739 (B, DÁTUM PODANIA: 06-DEC-1996 (viii, ÚDAJE O PREDCHÁDZAJÚCEJ PRIHLÁŠKE:
(Á) ČÍSLO PRIHLÁŠKY: US 08/891,928 (B, DÁTUM PODANIA: 14-JULY-1997 (ix) KOREŠPONDENČNÁ ADRESA:
(A, ADRESÁT: Astra Aktiebolag, Patents Department (B, ULICA: S-151 85 (C) MESTO: Sôdertälje (D, ŠTÁT:
(E, KRAJINA: Švédsko (F, POŠTOVÉ SMEROVACIE ČÍSLO:
(X, INFOMÁCIE O ZÁSTUPCOVI:
(A) MENO: Clube, Jasper (B) REGISTRAČNÉ ČÍSLO:
(C) ZNAČKA: H 1818 (xi) TELEKOMUNIKAČNÉ INFORMÁCIE:
(A) TELEFÓN: +46 8 553 260 20 (B) TELEFAX: +46 8 553 288 20 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:l:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 561 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová
111 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...561 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:l:
ATGATTAAAA GAATTGCTTG TATTTTAAGC TTGAGCGCGA GTTTAGCGTT AGCTGGCGAA 60 GTGAATGGGT TTTTCATGGG TGCGGGTTAT CAACAAGGTC GTTATGGCCC TTATAACAGC 120 AATTACTCTG ATTGGCGTCA TGGCAATGAC CTTTATGGTT TGAATTTCAA ATTAGGTTTT 180 GTAGGCTTTG CCAATAAATG GTTTGGGGCT AGGGTGTATG GCTTTTTAGA TTGGTTTAAC 240 ACTTCAGGGA CTGAACACAC CAAAACCAAT TTGCTCACCT ATGGCGGCGG TGGCGATTTG 300 ATTGTCAATC TCATTCCTTT GGATAAATTC GCTCTAGGTC TCATTGGTGG CGTTCAATTA 360 GCCGGAAACA CTTGGATGTT CCCTTATGAT GTCAATCAAA CCAGATTCCA GTTCTTATGG 420 AATTTAGGCG GAAGAATGCG TGTTGGGGAT CGCAGTGCGT TTGAAGCGGG CGTGAAATTC 480 CCTATGGTTA ATCAGGGTAG CAAAGATGTA GGGCTTATCC GCTACTATTC TTGGTATGTG 540 GATTATGTCT TCACTTTCTA G 561 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:2:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 351 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽĎČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...351
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:2:
TTGATGCGCA TTATCATAAG GTTACTTTCA TTTAAAATGA ACGCTTTTTT AAAACTCGCG 60 CTCGCTTCTT TGATGGGGGG GCTTTGGTAT GCTTTCAATG GCGAAGGCTC TGAGATTGTC 120 GCTATAGGGA TTTTTGTGTT GATCTTGTTT GTTTTTTTTA TCCGCCCTGT GAGTTTCCAA 180 GACCCAGAAA AACGAGAAGA ATACATAGAA CGGCTTAAAA AAAACCATGA GAGGAAAATG 240 ATCTTACAAG ACAAGCAAAA AGAAGAGCAA ATGCGCCTCT ATCAAGCCAA AAAAGAGCGA 300 GAGAGCAGGC AAAAACAAGA CCTTAAAGAA CAAATGAAAA AATACTCATA A 351 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č..-3:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1038 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
112 (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...1038
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:3:
ATGGTTAAAC ACTATCTTTT CATGGCGGTT TCGCAGGTCT TTTTCTCCTT CTTTTTAGTG CTGTTTTTTA TCTCTTCCAT TGTGTTATTA ATCAGTATTG CAAGCGTAAC GCTCGTGATT AAAGTGAGCT TTTTGGATCT GGTGCAACTC TTTTTGTATT CCTTGCCAGG AACCATTTTT TTTATTTTGC CGATCACTTT TTTTGCGGCT TGCGCTTTGG GGCTTTCAAG GCTTAGCTAT GACCATGAAT TGTTAGTGTT TTTCTCTTTA GGGGTTTCGC CTAAAAAAAT GACTAAAGCG TTTGTGCCTT TAAGTTTGTT AGTGAGCGCG ATTTTATTAG CGTTTTCGCT CATCTTAATC CCCACTTCTA AGAGCGCTTA TTACGGGTTT TTGCGTC'AAA AAAAAGACAA GATTGACATT AACATCAGAG CGGGTGAATT CGGGCAAAAA TTAGGCGATT GGCTCGTGTA TGTGGATAAG ACTGAAAACA ATTCCTATGA TAATTTGGTG CTTTTTTCTA ATAAAAGTCT CTCTCAAGAA AGCTTTATTT TGGCTCAAAA AGGCAATATC AACAATCAAA ACGGCGTGTT TGAATTGAAT TTGTATAACG GGCATGCGTA TTTCACTCAA GGCGATAAAA TGCGTAAGGT TGATTTTGAA GAATTGCATT TGCGCAACAA GCTCAAGTCT TTCAATTCTA ATGATGCGGC TTATTTGCAA GGCACGGATT ATTTGGGTTA TTGGAAAAAA GCCTTTGGTA AAAACGCTAA TAAAAATCAA AAACGCCGTT TTTCTCAAGC GATCTTAGTT TCCTTGTTCC CTTTAGCGAG CGTGTTTTTA ATCCCCTTAT TTGGCATCGC CAACCCGCGA TTCAAAACGA ATTGGAGTTA TTTCTATGTC CTTGGAGCGG TTGGGGTTTA TTTTTTAATG GTGCATGTGA TTTCTACGGA TTTGTTTTTG ATGACCTTTT TCTTCCCCTT TATTTGGGCG TTTATTTCTT ATTTATTGTT TAGAAAATTC ATTTTAAAGC GTTATTAA (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:4:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 831 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...831
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:4:
ATGAAGAAAA AAGCAAAAGT CTTTTGGTGT TGTTTTAAAA TGATTCGTTG GTTGTATTTG GCGGTCTTTT TTTTGTTGAG CGTATCAGAC GCTAAAGAAA TCGCTATGCA ACGATTTGAC AAACAAAACC ATAAGATTTT TGAAATCCTT GCGGATAAAG TGAGCGCCAA AGACAATGTG ATAACCGCCT CAGGGAATGC GATCCTATTG AATTATGACG TGTATATTCT AGCGGATAAG GTGCGTTATG ACACCAAGAC TAAAGAAGCG TTATTAGAAG GCAATATTAA GGTTTATAGG GGCGAGGGCT TGCTCGTTAA AACCGATTAT GTGAAATTGA GTTTGAACGA AAAATATGAG ATCATTTTCC CCTTTTATGT CCAAGACAGC GTGAGCGGGA TTTGGGTGAG CGCGGATATT GCTAGCGGGA AGGATCAAAA ATATAAGATT AAAAACATGA GCGCTTCAGG GTGCAGCATT GACAACCCCA TTTGGCATGT CAATGCGACT TCAGGCTCAT TTAACATGCA AAAATCGCAT TTGTCAATGT GGAATCCTAA GATTTATGTC GGCGATATTC CTGTATTGTA TTTGCCCTAT ATTTTCATGT CCACGAGCAA TAAAAGAACT ACCGGGT'l'TT TATACCCTGA GTTTGGCACT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1038
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
113
TCCAACTTAG ACGGCTTTAT TTATTTGCAA CCCTTTTATT TAGCCCCCAA AAACTCATGG 720
GATATGACCT TTACCCCACA AATCCGTTAC AAAAGGGGTT TTGGCTTGAA TTTTGAAGCG 780
CGCTACATCA ACTCTAAGAC GCAGGTTTTT ATTCAATGCG CGCTATTTTA G 831 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:5:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 675 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLĎGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...675 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:5:
ATGATTAGAT TAAAAGGTTT GAATAAAACT TTAAAAACAA GCTTATTAGC TGGGGTTTTA 60 CTAGGTGCTA CTGCTCCCTT AATGGCAAAG CCTTTATTAA GCGATGAAGA CTTATTGAAA 120 CGAGTAAAAC TACACAATAT CAAAGAAGAT ACGCTGACTA GCTGTAATGC TAAGGTGGAC 180 GGCTCTCAAT ACTTGAATAG TGGTTGGAAT TTATCTAAAG AATTTCCGCA AGAATATAGA 240 GAAAAGATTT TTGAATGCGT AGAAGAAGAA AAACATAAAC AAGCCCTTAA TTTAATCAAT 300 AAAGAAGACA CTAAAGATAA AGAAGAACTT GCAAAAAAAA TCAAAGAAAT TAAAGAAAAA 360 GCTAAAGTTT TAAGGCAAAA ATTTATGGCT TTTGAAATGA AAGAACACTC TAAAGAATTC 420 CCAAATAAAA AGCAACTTCA AACCATGCTT GAGAACGCTT TTGATAATGG AGCTGAAAGT 480 TTTATTGATG ATTGGCACGA ACGCTTTGGG GGTATAAGTA GAGAGAATAC TTATAAAGCA 540 CTTGGCATTA ÄAGAATATAG TGATGAAGGA AAGATATTGC CTTTGGCGAA AGAAGTTATA 600 TTAGACAATA TAAAÄAAGAT TTTGAAGAAA GCACTTATGA TACTAGACAA CCCTTATCTG 660 CTATGGCTAG TATGA 675 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:6:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1290 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1290 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:6:
ATGCCATACG CCTTAAGAAA AAGATTTTTC AAACGCCTTT TATTGTTTTT TTTAATTGTT 60
TGTATGATAA ATTTGCATGC CAAAAGCTAT CTGTTTTCTC CTTTGCCCCC AGCGCACCAG 120
CAAATCATTA AGACAGAGCC TTGCTCTTTG GAGTGCTTGA AAGACTTGAT GCTGCAAAAT 180
114
CAAATCTTTT CTTTTGTATC CCAATACGAT GATAACAACC AAGATGAGAG CCTTAAAACT 240 TATTACAAGG ACATCTTAAA CAAACTCAAC CCCGTATTCA TCGCTTCTCA AACTCCAGCT 300 AAAGAAAGCT ATGAGCCTAA GATTGAATTA GCGATTTTAC TGCCTAAAAA GGTGGTGGGC 360 CGTTATGCGA TTTTAGTGAT GAACACCCTT TTAGCGTATT TGAACACCAG AAACAACGAT 420 TTCAATATCC AAGTCTTTGA CAGCGATGAA GAAAGCCCTG AAAAATTAGA AGAAACC7AT 480 AAAGAAATTG AAAAAGAAAA ATTCCCTTTT ATCATCGCTT TATTGACTAA AGAGGGCGTG 540 GAAAATTTGC TCCAAAATAC GACTATCAAT ACCCCTACTT ATGTGCCTAC GGTGAATAAA 600 ACGCAATTAG AAAATCATAC CGAGCTTTCT TTAAGCGAGC GCTTGTATTT TGGGGGGATT 660 GATTATAAAG AGCAATTAGG CATGCTCGCA ACTTTCATTA GCCCTAATTC GCCCGTGATT 720 GAATACGATG ATGATGGCCT GATAGGTGAA CGCTTGAGGC AAATCACGGA GTCTTTAAAC 780 GTTGAAGTCA AACACCÄAGA AAACATTTCT TACAAACAAG CGACCAGTTT TTCTAAAAAT 840 TTTAGAAAAC ATGATGCGTT TTTTAAAAAT TCTACCTTAA TTTTGAACAC CCCTACCACT 900 AAAAGCGGTC TGATCCTTTC TCAAATAGGG CTTTTAGAGT ATAAGCCTCT TAAAATCCTT 960
TCCACACAAA TCAATTTCAA CCCCTCTTTA CTCTTGCTCA CCCAGCCTAA AGACAGGAAA 1020 AATTTATTCA TTGTCAATGC CTTGCAAAAC AGCGATGAAA CGCTGATAGA ATACGCTTCC 1080 TTATTAGAGA GCGATTTAAG GCATGATTGG GTGAA'ľTATT CCAGCGCGAT AGGGCTAGAG 1140 ATGTTTTTAA ACACGCTAGA TCCGCATTTT AAAAAGTCTT TTCAAGAGAG TTTGGAAGAC 1200 AATCAAGTCC GTTACCACAA TCAAATTTAT CAGGCTTTAG GGTATTCTTT TGAGCCGATA 1260 AAAAACGAAA GCGAAACAAA AAAAGAATAA 1290 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:7:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1368 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1368 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:7:
GTGTTAAAAT TTCAAAAATT ACCCTTATTG TTTGTTTCCA TTCTTTATAA TCAAAGCCCT 60 TTATTGGCTT TTGATTATAA GTTTAGTGGG GTAGCGGAAT CTGTTTCTAA AGTGGGGTTT 120 AACCATTCCA AACTCAATTC CAAAGAAGGG ATTTTCCCTA CAGCCACCTT TGTAACCGCC 180 ACGATCAAGC TTCAAGTGGA TTCCAATCTG CTCCCTAAAA ACATTGAAAA ACACAGCTTA 240 AAAATAGGCG TTGGGGGGAT TTTAGGAGCG CTCGCTTACG ATTCCACCAA AACGCTCATA 300 GACCAAGCCA CGCATCAAAT CTATGGCTCA GAACTTTTTT ACCTCATAGG GCGTTGGTGG 360 GGGTTTTTAG GCAACGCTCC TTGGAAAGAC TCCCTCATAG AATCTGACGC TCACACCCGT 420 AATTATGTGC TGTATAATTC CTATCTGTTT TATTCTTATG GCGATAAATT CCACCTAAAA 480 TTAGGGCGTT ATCTCTCTAA CATGGATTTT ATGAGTTCCT ACACACAGGG TTTTGAACTG 540 GATTATAAAA TCAATTCTAA AATAGCGTTA AAATGGTTTA GCTCTTTTGG GAGGGCGTTG 600 GCTTTTGGGC AATGGATACG GGATTGGTAT GCCCCTATTG TAACTGAAGA TGGCAGAAAA 660 GAAGTTTATG ATGGCATCCA TGCCGCGCAA CTCTATTTTT CTAGCAAGCA TGTTCÄAGTC 720 ATGCCTTTTG CTTATTTTTC GCCTAAGATT TACGGAGCGC CCGGTGTTAA AATCCATATT 780 GATAGCAACC CGAAATTCAA AGGCTTAGGG TTAAGGGCTC AAACCACTAT TAATGTGATT 840 TTCCCTGTTT ATGCTAAAGA TTTATACGAT GTGTATTGGC GTAACTCTAA GATTGGCGAG 900 TGGGGCGCAT CGCTTTTGAT CCACCAACGC TTTGACTACA ACGAATTTAA CTTTGGCTTT 960
GGTTATTACC AAAATTTTGG CAACGCTAAC GCAAGGATTG GCTGGTATGG TAACCCCATC 1020 CCTTTTAATT ATAGAAATAA CAGCGTTTAT GGTGGGGTCT TCAGTAACGC TATTACCGCA 1080 GACGCCGTTT CTGGGTATGT CTTTGGTGGG GGGGTGTATA GAGGGTTTTT ATGGGGTATT 1140 TTAGGCAGAT ACACTTATGC CACTAGAGCG AGCGAAAGAT CCATCAACTT GAACTTGGGC 1200 TATAAATGGG GTTCTTTTGC TAGAGTTGAT GTGAATTTAG AATACTATGT GGTCAGCATG 1260 CACAACGGCT ATAGATTAGA CTATCTCACC GGCCCTTTCA ACAAAGCCTT TAAGGCTGAC 1320 GCACAAGATA GGAGTAACCT TATGGTTAGC ATGAAATTCT TTTTTTAA 1368
115 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:8:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 849 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...849 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:8:
ATGGGGTGTT CGTTTATCTT TAAAAAAGTT AGGGTTTATT CTAAAATGTT GGTTGCTTTG 60
GGGCTTTCAA GCGTGTTGAT CGGTTGCGCG ATGAATCCAA GCGCTGAGÄC AAAAAAACCA 120
AATGACGCCA AAAACCAACA ACCAGTTCAA ACTCATGAAA GAATGACAAC AAGTTCTGAA 180
CATGTTACGC CACTAGATTT TAATTACCCG GTGCATATTG TTCAAGCCCC ACAAAACCAT 240
CATGTTGTAG GTATTTTAAT GCCACGCATT CAAGTGAGCG ATAATCTAAA ACCCTATATT 300
GATAAGTTTC AAGACGCTTT AATTAATCAA ATCCAAACTA TTTTTGAAAA AAGAGGCTAT 360
CAAGTGTTGC GTTTTCAAGA TGAAAAAGCT TTGAATGTGC AAGATAAGAA AAAGATTTTT 420
TCCGTTTTGG ATTTGAAAGG GTGGGTAGGA ATCTTAGAAG ATTTGAAAAT GAATTTAAAA 480
GATCCCAATA GTCCCAATTT AGACACGCTA GTGGATCAAA GCTCAGGCTC TGTATGGTTT 540
AATTTTTATG AACCAGAAAG CAATCGTGTC GTCCATGATT TTGCTGTAGA AGTAGGAACT 600
TTTCAGGCAA TAACATACAC ATACACCTCT ACTAATAACG CTTCAGGAGG GTTTAATTCT 660
TCAAAAAGCG TTATCCATGA AAATTTGGAT AAGAATAGAG AAGACGCGAT ACACAAGATT 720
TTAAACAGAA TGTATGCGGT TGTCATGAAA AAAGCTGTAA CAGAACTTAC AAAAGAAAAT 780
ATCGCCAAAT ACAGAGACGC TATTGATAGA ATGAAAGGCT TTAAAAGTTC TATGCCTCAA 840
AAAAAGTAG 849 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:9:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 843 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...843 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:9:
ATGAAACTGA GAGCAAGTGT TTTAATCGGT GTGGCAATTC TGTGCTTAAT TTTAAGTGCG 60 TGCAGTAACT ATGCGAAAAA AGTGGTGAAA CAAAAGAACC ATGTTTATAC GCCTGTGTAT 120 AATGAACTGA TAGAGAAGTA TAGTGAGATC CCCTTAAATG ACAAACTCAA AGACACACCA 180
116
TTCATGGTGC AAGTGAAGTT GCCAAATTAC AAGGACTATT TGTTGGATAA TAAACAAGTT 240 GTACTAACTT TCAAACTTGT TCACCATTCT AAAAAGATTA CGCTCATAGG CGATGCCAAT 300 AAGATCCTCC AATACAAGAA TTACTTCCAA GCTAACCGGG CAAGATCTGA CATTGATTTT 360 TACTTGCAAC CCACTTTGAA TCAAAAGGGT GTGGTGATGA TAGCGAGTAA CTACAATGAT 420 AATCCCAACA ACAAAGAAAA ACCACAGACC TTTGATGTGT TGCAAGGAAG TCAGCCAATG 480 CTAGGAGCTA ACACAAAAAA CTTGCATGGC TATGATGTGA GTGGAGCAAA CAACAAGCAA 540 GTGATCAATG AAGTGGCAAG AGAAAAAGCT CAGCTAGAAA AAATCAATCA GTATTACAAG 600 ACTCTCTTGC AAGACAAGGA ACAAGAATAT ACCACTAGGA AAAATAACCA ACGAGAAATT 660 TTAGAAACAT TGAGTAATCG TGCAGGTTAT CAAATGAGGC AGAATGTGAT TAGTTCTGAG 720 ATTTTTAAGA ATGGCAACTT GAACATGCAA GCCAAAGAAG AAGAAGTTAG GGAGAAGCTA 780 CAAGAAGAAA GAGAGAATGA ATACTTGCGC AATCAAATCA GAAGTTTGCT CAGTGGTAAG 840 TGA 843 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:10:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1179 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1179 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:10:
ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC 60 GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA 120 AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG 180 ATTTTAAAAA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC 240 TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC 300 TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAATGTG 360 ATCGATCTAG GCGTGATAGA GACTATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT GCCCGGAGAG 420 GCATTTGATA GTCTAAAAAT TGACCCCTAT ACTTTATTTC TTCCAAAAAT TGAAGCCACT 480 AGCACTTCTA TTTCTGACGC TAACACGCAG AGGGTGTTTG AÄACGCTCAA TAAGATTAAG 540 ACAAATTTGG TCGTAAATTA TAGGAATGAA AACAAATTTA AAGATCACGA AAATCATTGG 600 GAAGCCTTTA CCCCACAAAC CGCAGAAGAA TTCACTAATT TAATGTTGAA CATGATCGCT 660 GTTTTAGACT CCCAATCTTG GGGCGATGCG ATCTTAAACG CTCCTTTTGA GTTCACTAAC 720 AGCCCAACAG ATTGCGATAA TGATCCTTCA AAATGCGTAA ATCCTGGGAC AAACGGGCTT 780 GTCAATTCTA AAGTCGATCA AAAATATGTG TTAAACAAAC AAGACATTGT CAATAAATTT 840 AAAAACAAAG CGGATCTTGA TGTAATTGTT TTAAAGGATT CAGGGGTTGT AGGGCTTGGG 900 AGTGATATTA CCCCTAGCAA CAATGATGAT GGCAAGCATT ATGGCCAGTT AGGGGTAGTA 960 GCTTCTGCTT TAGATCCTAA AAAACTCTTT GGCGATAACC TTAAGACTAT CAATTTAGAG 1020 GATTTAAGAA CCATCTTGCA TGAATTCAGC CACACTAAAG GCTATGGGCA TAACGGGAAT 1080 ATGACCTATC AAAGAGTGCC GGTAACGAAA GATGGTCAAG TGGAAAAGGA TAGTAATGGC 1140 AAGCCAAAAG ATTCTGATGG CCTCCCCTAT AATGTGTGT 1179 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:11:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 813 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
117 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...813
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:11:
ATGAAAAAGT TTGTAGCTTT AGGGCTTCTA TCCGCGGTTT TAAGCTCTTC GTTGTTAGCC 60 GAAGGTGATG GTGTTTATAT AGGGACTAAT TATCAGCTTG GACAAGCCCG TTTGAATAGC 120 AATATTTATA ATACAGGGGA TTGCACAGGG AGTGTTGTAG GTTGCCCCCC AGGTCTTACC 180 GCTAATAAGC ATAATCCAGG AGGCACCAAT ATCAATTGGC ACTCCAAATA CGCTAATGGG 240 GCTTTGAATG GTTTTGGGTT GAATGTGGGT TATAAGAAAT TCTTCCAATT CAAGTCGCTA 300 GATATGACAA GCAAGTGGTT TGGTTTTAGA GTGTATGGGC TTTTTGATTA CGGGCATGCC 360 GATTTAGGTA AACAAGTTTA TGCACCTAAT AAAATCCAGT TGGATATGGT CTCTTGGGGT 420 GTGGGGAGCG ATTTGTTAGC TGATATTATT GATAAAGACA ACGCTTCTTT TGGTATTTTT 480 GGTGGGGTCG CTATCGGCGG TAACACTTGG AAAAGCTCTG CAGCAAACTA TTGGAAAGAG 540 CAAATCATTG AAGCCAAAGG TCCTGATGTT TGTACCCCTA CTTATTGTAA CCCTAATGCC 600 CCTTATAGCA CCAACACTTC AACCGTCGCT TTTCAAGTGT GGTTGAATTT TGGGGTGAGA 660 GCCAATATCT ACAAGCATAA TGGCGTGGAA TTTGGCGTGA GAGTGCCGCT ACTCATCAAT 720 AAATTTTTGA GCGCGGGTCC TAACGCTACT AACCTTTATT ACCATTTGAA ACGGGATTAT 780 TCGCTTTATT TGGGGTATAA CTACACTTTT TAA 813 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:12:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 423 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...423 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:12:
ATGCATCCTA TAATGTTTGC CTATATCGCT AACGCGCTCG CTCAAGCTAG AAAGATCAAC 60 GGAACACTTT GCATGGCGTT TCAAAAAATA TCTCAAGTCA AAGAATTAGG CATTGATAAA 120 GCAAAGAGTT TGATAGGCAA CCTTTCTCAA GTGATTATCT ACCCCACAAA AGATACTGAT 180 GAATTAATAG AATGTGGCGT CCCATTAAGC GATAGTGAAA TCAATTTCTT ACACAACACG 240 GACATGAGAG CCAGACAAGT GCTAGTAAAA AATATCGTTA CAAACGCTTC AGCTTTTATT 300 GAAATTGATT TAAAAAAGAT TTGCAAGAAC TACTTTATAT TCTTGATAGC AATGCTGGTA 360 ATAGAAAAAT CCTCAATGAT CTTAAAAAAG CAAACCAAGA AACTTATAAG GAAGAGTATT 420 TAA 423 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:13:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 771 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina
118 (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...771 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:13:
ATGTTGGGGA GCGTCAAAAA AGCGGTTTTT AGGGTTTTGT GTTTGGGGGC GTTGTGTTTA TGCGGGGGGT TAATGGCAGA GCAAGATCCT AAAGAGCTTA TATTTTCAGG TATAACTATT TACACGGATA AAAATTTCAC TAGAGCTAAG AAATATTTTG AAAAAGCTTG CAAATCAAAC GATGCTGATG GCTGTGCAAT CTTAAGAGAG GTTTATTCTA GTGGTAAAGC CATAGCGAGA GAAAACGCAA GAGAGAGCAT TGAAAAAGCT CTTGAACACA CCGCTACTGC TAAAGTTTGT AAATTAAACG ATGCTGAAAA ATGCAAGGAC TTAGCAGAGT TTTATTTTAA TGTAAACGAT CTTAAAAATG CTTTAGAATA TTACTCTAAA TCTTGTAAGT TAAATAATGT TGAAGGGTGT ATGCTGTCAG CAACTTTTTA TAACGATATG ATAAAGGGTT TGAAAAAAGA TAAAAAAGAT CTAGAATATT ATTCTAAAGC TTGCGAGTTA AATAACGGTG GAGGGTGTTC TAAATTAGGA GGGGATTATT TTTTTGGTGA AGGCGTAACA AAAGATTTCA AAAAAGCTTT TGAATATTCT GCCAAAGCTT GTGAGTTGAA CGATGCTAAA GGGTGTTACG CTCTAGCAGC GTTTTATAAT GAGGGTAAAG GCGTGGCAAA GGATGAAAAG CAAACGACAG AAAACCTTGA AAAGAGTTGC AAGCTAGGAT TAAAAGAAGC ATGCGATATT CTCAAAGAAC AAAAACAATA A (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:14:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 729 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...729 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:14:
ATGAAAAAAT TTTTTTCTCA ATCTTTGTTA GCTCTTATTA TCTCTATGAA TGCGGTATCT GGCATGGATG GTAATGGCGT TTTTTTAGGG GCGGGTTATT TGCAAGGACA GGCGCAAATG CATGCGGATA TTAATTCTCA AAAACAAGCC ACCAACGCTA CGATCAAAGG CTTTGACGCG CTCTTGGGGT ATCAATTTTT CTTTGAAAAA CACTTTGGCT TACGCCTTTA TGGGTTTTTT GACTACGCTC ATGCCAATTC TATTAAGCTT AAAAACCCTA ACTATAATAG CGAAGCGGCG CAAGTGGCTA GTCAAATTCT TGGGAAACAA GAAATCAATC GTTTAACAAA CATTGCCGAT CCCAGAACTT TTGAGCCGAA CATGCTCACT TATGGGGGGG CTATGGACGT GATGGTTAAT GTCATCAATA ACGGCATCAT GAGTTTGGGG GCTTTTGGCG GGATACAATT GGCCGGCAAT TCATGGCTTA TGGCGACACC GAGCTTTGAG GGCATTTTAG TGGAACAAGC CCTTGTGAGC AAGAAAGCCA CTTCTTTCCA ATTTTTATTC AATGTGGGGG CTCGCTTAAG GATCTTAAAA CATTCTAGCA TTGAAGCGGG CGTGAAATTC CCCATGCTAA AGAAAAACCC CTACATCACT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
771
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
119
GCAAAAAATT TGGATATAGG GTTTAGGCGC GTGTATTCGT GGTATGTGAA TTACGTGTTC 720 ACTTTCTAG 729 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:15:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 804 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...804 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:15:
ATGAACTACC CTAATCTACC TAACAGCGCT TTAGAGATAA GCGAACAGCC AGAAGTGAAA 60 GAAATCACTA ACGAGCTTTT AAAGCAATTA CAAAACGCTT TAAGGAGCAA CGCGCATTTT 120 AGCGAGCAAG TGGAATTAAG CCTTAAATGC ATCGTTAGGA TTTTAGAAGT GCTTTTGAGT 180 TTGGATTTTT TTAAGAATGC GAATGAGATT GATAGCAGTT TAAGAAATTC CATTGAGTGG 240 CTGACTAACG CCGGCGAGAG CTTGAAATTA AAAATGAAAG AATACGAGCG CTTTTTTAGC 300 GAGTTTAATA CGAGCATGCA TGCCAACGAG CAGGAAGTAA CCAATACCTT AAACGCTAAC 360 GCCGAGAACA TTAAAAGCGA AATTAAAAAG CTAGAAAATC AATTGATAGA AACCACGACA 420 AGACTTTTAA CGAGCTATCA AATCTTTTTA AACCAAGCCA GAGATAACGC TAACAACCAA 480 ATCACAAAAA ACAAAACCCA AAGCCTTGAA GCGATTACAC AAGCTAAAAA CAACGCTAAT 540 AATGAAATAA GCAACAATCA AACGCAAGCG ATAACTAATA TCACCGAAGC GAAAACGAAC 600 GCTAATAATG AAATAAGCAA CAATCAAACG CAAGCGATAA CTAACATTAA CGAAGCCAAA 660 GAAAGCGCTA CAACGCAAAT AAACGCCAAT AAGCAAGAAG CAATAAATAA CATCACGCAA 720 GAAAAAACCC AAGCCACAAG CGAGATCACC GAAGCGAAAA AGACCGATCA TTATCAAAAC 780 ATTGATTTTT TTGAGTTTGA ATAA 804 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:16:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1632 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1632 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:16:
GTGATAGAGA CCATCCCCAA ACACTCTAAG ATTGTTTTAC CCGGGGAGGC GTTTGATAGT 60 TTAAAAGAGG CGTTTGATAA AATTGACCCC TATACTTTCT TTTTTCCAAA ATTTGAAGCC 120
120
ACTAGCACTT CTATTTCTGA TACTAACACG CAGAGGGTGT TTGAAACGCT CAATAACATT AAAACAAATC TTATAATGAA ATATAGTAAT GAAAATCCAA ACAATTTCAA CACTTGTCCT TACAATAATA ATGGTAATAC AAAAAATGAT TGTTGGCAAA ATTTCACCCC ACAAACCGCA GÄAGAATTCA CCAATTTAAT GTTGAACATG ATCGCTGTCT TAGACTCCCA ATCTTGGGGC GATGCGATCT TAAACGCTCC TTTTGAATTC ACTAAGAGCT CAACAGATTG CGATAGCGAT CCTTCAAAAT GCGTAAATCC CGGAGTAAAT GGGCGTGTTG ATACTAAAGT CGATCAACAA TATATACTCA ACAAACAAGG TATTATTAAT AATTTTAGAA AAAAAATAGA AATTGATGCG GTTGTTTTAA AAAATTCAGG GGTTGTAGGG TTAGCCAATG GATATGGCAA TGATGGTGAA TATGGCACAT TAGGGGTAGA AGCCTATGCT TTAGATCCTA AAAAACTCTT TGGCAACGAC CTTAAGACTA TCAATTTAGA AGATTTÄAGA ACCATCTTGC ATGAATTCAG CCACACTAAA GGCTATGGGC ATAACGGGAA TATGACCTAT CAAAGAGTGC CGGTAACGAA AGATGGTCAA GTGGAAAAGG ATAGTAATGG CAAGCCAAAA GATTCTGATG GCCTCCCCTA TAATGTGTGT TCGCTTTATG GGGGATCCAA TCAGCCCGCT TTCCCTAGCA ACTACCCTAA TTCCATCTAT CACAATTGTG CGGATGTCCC GGCTGGCTTT TTAGGGGTAA CAGCAGCGGT TTGGCAGCAG CTCATCAATC AAAACGCCTT GCCGATCAAC TACGCTAAGT TGGGGAGTCA AACAAACTAC AACCTAAACG CTAGTTTAAA CACGCAAGAT TTAGCCAATT CCATGCTCAG CACCATCCAA AAAACCTTTG TAACTTCTAG CGTTACCAAC CACCATTTTT CAAACGCATC GCAAAGTTTT AGAAGCCCTA TTTTAGGGGT TAACGCTAAA ATAGGCTATC AAAACTACTT TAATGATTTC ATAGGGTTGG CTTATTATGG CATCATCAAA TACAATTACG CTAAAGCTGT TAATCAAAAA GTCCAGCAAT TGAGCTATGG TGGGGGGATA GATTTGTTAT TGGATTTCAT CACCACTTAC TCCAATAAAA ATAGCCCTAC AGGCATTCAA ACCAAAAGGA ATTTTTCTTC ATCTTTTGGT ATCTTTGGGG GGTTAAGGGG CTTGTATAAC AGCTATTATG TGTTGAACAA AGTCAAAGGA AGCGGCAATT TAGATGTGGC TACCGGGTTG AACTACCGCT ATAAGCATTC TAAATATTCT GTAGGGATTA GCATCCCTTT AATCCAAAGA AAAGCTAGCG TCGTTTCTAG CGGTGGCGAT TATACGAACT CTTTTGTTTT CAATGAAGGG GCTAGCCACT TTAAGGTGTT TTTCAATTAC GGTGGGTGTT TT (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:17:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA; 1071 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1071 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:17:
TTGATGAAAA GCATTTTGCT CTTTATGATT TTTGTAGTTT GTCAGTTAGA AGGCAAAAAA TTTTCACAAG ATAATTTTAA GGTGGATTAT AACTACTATT TGCGCAAACA GGATTTGCAC ATCATTAAÄA CGCAAAACGA TTTGTCCAAT GCCTGGTATC TCCCTCCACA AAAAGCCCCC AAAGAACATT CTTGGGTGGA TTTTGCTAAA AAATATTTAA ACATGATGGA TTATCTAGGC ACTTATTTTT TGCCTTTTTA TCATAGTTTC ACCCCCATTT TTCAATGGTA CCACCCTAAT ATCAACCCCT ACCAACGCAA TGAGTTTAAG TTCCAAATCA GTTTTAGAGT GCCTGTATTT AGGCATATTC TTTGGACTAA AGGCACGCTT TATCTGGCTT ATACCCAAAC TAACTGGTTT CAAATTTATA ATGACCCTCA ATCCGCCCCC ATGCGAATGA TCAATTTCAT GCCTGAACTC ATCTATGTTT ATCCTATTAA TTTTAAACCT TTTGGGGGTA AAATAGGGAA TTTTTCTGAA ATTTGGATAG GTTGGCAGCA CATTTCTAAT GGTGTGGGGG GTGCGCAATG TTACCAGCCT TTTAATAAAG AAGGTAATCC TGAAAACCAG TTTCCAGGAC AACCTGTAAT CGTTAAAGAT TATAACGGGC AAAAAGATGT GCGCTGGGGG GGGTGTCKTT CGGTGARCSC GGGCAACSCC CTGTGTTTCG TTTTGGTGTG GGAAAAGGGA GGCCTAAAAA TCATGGTCGC TTATTGGCCC TATGTCCCTT ATGATCAATC CAACCCTCAA TTGATTGATT ACATGGGGTA TGGTAACGCT AAAATTGATT ACAGGAGAGG GCGCCACCAT TTTGAATTGC AACTTTATGA TATTTTCACG CAATACTGGC GTTATGATCG CTGGCATGGA GCTTTCCGCT TAGGCTATAC CTACCGCATT
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1632
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
121
AACCCTTTTG TGGGGATTTA TGCGCAGTGG TTTAACGGCT ATGGCGATGG CTTGTATGAA 1020 TACGATGTTT TTTCCAATCG TATAGGGGTA GGAATACGCT TGAACCCTTA A 1071 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:18:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 2028 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...2028
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:18:
TTGTCTAAAG GTTTGAGTAT CGGTAATAAA ATCATATTGT GCGTGGCGTT GATTGTGATC 60 GTGTGCGTGA GCATTTTAGG GGTGTCCTTA AACAGCAGGG TGAAAGAGAT TTTAAAAGAA 120 AGCGCTCTGC ATTCAATGCA AGATAGTTTG CATTTCAAGG TTAAGGAAGT GCAAAGTGTT 180 TTGGAAAACA CTTATACGAG CATGGGCATT GTCAAAGAAA TGCTCCCTGA AGACACCAAA 240 AGAGAAATCA AAATCCAGTT GTTAAAAAAC TTCATTTTAG CCAATTCGCA TGTCGCTGGG 300 GTGAGCATGT TTTTTAAAGA CAGAGAGGAT TTGAGATTGA CGCTTTTACG AGATAACGAT 360 ACGATCAAGT TGATGGAAAA CCCGTCATTA GGGAGTAACC CTTTAGCGCA AAAAGCGATG 420 AAAAATAAAG AAATTTCTAA AAGCTTGCCT TATTACAGGA AAATGCCTAA CGGGGCGGAA 480 GTTTATGGCG TGGATATTCT TTTACCACTA TTCAAGGAAA ACACGCAAGA AGTGGTGGGG 540 GTTCTGATGA TTTTCTTTTC CATTGACAGC TTCAGTAATG AAATCACTAA AAACAGGAGC 600 GATTTATTTT TAATTGGCGT TAAAGGTAAA GTGCTTTTGA GCGCGAATAA AAGCTTGCAA 660 GACAAATCCA TCACCGAAAT TTATAAAAGC GTGCCTAAAG CCACTAATGA AGTGATGGCT 720 ATTTTAGAAA ATGGCTCTAA AGCGACTTTA GAATACTTGG ATCCCTTTAG CCATAAGGAG 780 AATTTTTTAG CCGTTGAAAC CTTTAAAATG CTAGGCAAAA CAGAAAGTAA AGACAATCTT 840 AATTGGATGA TCGCTTTGAT CATTGAAAAA GACAAGGTCT ATGAGCAAGT GGGATCGGTG 900 CGTTTTGTGG TGGTTGCAGC GAGTGCTATC ATGGTGTTAG CCTTAATCAT AGCGATCACT 960
CTTTTAATGC GAGCGATCGT GAGCAATCGT TTGGAAGTCG TTTCTAGCAC CTTGTCTCAT 1020
TTCTTTAAAT TATTGAACAA TCAAGCCCAT TCTAGCGACA TTAAATTGGT TGAAGCGCGA 1080
TCTAATGACG AATTAGGGCG CATGCAAACA GCGATCAATA AAAATATCTT GCAAACCCAA 1140
AAAACCATGC AAGAAGACAG GCAAGCCGTC CAAGACACCA TTAAAGTGGT TTCAGACGTG 1200
AAAGCGGGGA ATTTTGCGGT GCGCATCACG GCTGAACCCG CAAGCCCTGA TTTGAAAGAA 1260
TTGAGAGACG CGCTAAATGG GATCATGGAT TATTTGCAAG AAAGCGTAGG GACTCACATG 1320
CCAAGCATTT TCAAAATCTT TGAAAGCTAT TCTGGCTTGG ATTTTAGAGG GCGGATCCAA 1380
AACGCTTCGG GTAGGGTGGA ATTGGTTACT AACGCTTTAG GGCAAGAAAT CCAAAAAATG 1440
CTAGAAACTT CGTCTAATTT TGCCAAAGAT CTAGCGAACG ATAGCGCGAA TTTAAAAGAA 1500
TGCGTGCAAA ATTTAGAAAA GGCTTCAAAC TCCCAACACA AAAGCCTGAT GGAAACTTCC 1560
AAAACGATAG AAAATATCAC CACTTCCATT CAAGGCGTGA GCTCTCAAAG TGAAGCCATG 1620
ATTGAACAAG GGAAAGACAT TAAAAGCATT GTAGAAATCA TTAGAGATAT TGCCGATCAA 1680
ACGAATCTAT TAGCCCTAAA CGCTGCTATT GAAGCCGCAC GAGCCGGCGA GCATGGCAGA 1740
GGCTTTGCGG TGGTGGCTGA TGAGGTGAGG AAGCTCGCTG AAAGGACGCA AAAATCCCTC 1800
AGTGAGATTG AAGCCAATAT TAATATTCTC GTTCAAAGCA TTTCAGACAC GAGCGAAAGC 1860
ATTAAAAACC AGGTTAAAGA AGTAGAAGAG ATCAACGCTT CTATTGAAGC CTTAAGATCG 1920
GTTACTGAGG GCAATCTAAA AATCGCTAGC GATTCTTTAG AAATCAGTCA AGAAATTGAC 1980
AAAGTCTCTA ACGATATTTT AGAAGATGTG AATAAAAAGC AGTTTTAA 2028 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:19:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 816 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina
122 (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...816 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:19:
ATGAACATAT TCAAGCGTAT TATTTGCGTA ACCGCTATTG TTTTAGGTTT TTTTAACCTT 60 TTAGACGCCA AACACCACAA AGAAAAAAAA GAAGAC.’CACA AAATCACTCG TGAGCTTAAA 120 GTGGGCGCTA ACCCTGTGCC GCATGCGCAA ATCTTGCAAT CAGTTGTGGA TGATTTGAAA 180 GAGAAAGGGA TCAAATTAGT GATCGTGTCT TTTACGCATT ATGTGTTGCC TAATTTAGCG 240 CTCAATGACG GCTCTTTAGA CGCGAATTAC TTCCAGCACC GCCCTTATTT GGATCGGTTT 300 AATTTGGACA GAAAAATGCA CCTTGTTGGT TTGGCCAATA TCCATGTGGA GCCTTTAAGA 360 TTTTATTCTC AAAAAATCAC AGACATTAAA AACCTTAAAA AAGGCTCAGT GATTGCTGTG 420 CCAÄATGATC CGGCCAATCA AGGCAGGGCG TTGATTTTAC TCCATAAACA AGGCCTTATC 480 GCTCTCAAAG ACCCAAGCAA TCTATACGCT ACGGAGTTTG ATATTGTCAA AAATCCTTAC 540 AACATCAAAA TCAAACCCCT AGAAGCTGCG TTATTGCCTA AGGTTTTAGG GGATGTGGAT 600 GGGGCTATCA TAACAGGGAA TTATGCCTTG CAAGCAAAAC TCACCGGAGC CTTATTTTCA 660 GAAGATAAGG ACTCGCCTTA TGCTAATCTT GTAGCCTCTC GTGAGGATAA TGCGCAAGAT 720 GAAGCGATAA AAGCGTTGAT TGAAGCCTTA CAGAGCGAAA AGACCAGGAA ATTCATTTTG 780 GATACCTATA AGGGGGCGAT TATCCCGGCT TTTTAA 816 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:20:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 486 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...486 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:20:
ATGTTTTTTA AAACTTATCA AAAATTACTG GGCGCGAGCT GTTTGGCGCT GTATTTAGTG 60 GGCTGTGGGA ATGGTGGTGG CGGTGAATCG CCGGTTGAGA TGATTGCAAA TAGCGAGGGT 120 ACGTTTCAAA TCGACTCCAA AGCAGATAGC ATTACTATTC AAGGCGTGAA GCTTAATAGA 180 GGTAATTGTG CTGTCAATTT TGTTCCAGTA AGTGAGACGT TTCAAATGGG TGTTTTAAGT 240 CAAGTTACTC CAATCTCTAT ACAGGATTTT AAAGATATGG CAAGCACTTA TAAGATATTT 300 GATCAAAAGA AAGGGTTGGC AAACATAGCA AATAAAATTT CTCAATTAGA GCAAAAGGGT 360 GTGATGATGG AACCTCAAAC CCTTAATTTT GGAGAAAGTT TAAAAGGCAT TTCTCAAGGG 420 TGCAATATTA TAGAGGCAGA AATACAAACC GACAAAGGCG CTTGGACTTT TAACTTTGAT 480 AAATAA 486
123 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:21:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1014 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KLÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1014 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:21:
ATGATTAGAT TAÄAAGGTTT GAATAAAACT TTAAAÄACAA GCTTATTAGC TGGGGTTTTA 60
CTAGGTGCTA CTGCTCCCTT AATGGCAAAG CCTTTATTAA GCGATGAAGA CTTATTGAAA 120
CGAGTAAAAC TACACAATAT CÄAAGAAGAT ACGCTGACTA GCTGTAATGC TAAGGTGGAC 180
GGCTCTCAAT ACTTGAATAG TGGTTGGAAT TTATCTAAAG AATTTCCGCA AGAATATAGA 240
GAAAAGATTT TTGAATGCGT AGAAGAAGAA AAACATAAAC AAGCCCTTAA TTTAATCAAT 300
AAAGAAGACA CTGAAGATAA AGAAGAACTT GCAAAAAAAA TCAAAGAAAT TAAAGAAAAA 360
GCTAAAGTTT TAAGGCAAAA ATTTATGGCT TTTGAAATGA AAGAACACTC TAAAGAATTC 420
CCAAATAAAA AGCAACTTCA AACCATGCTT GAGAACGCTT TTGATAATGG AGCTGAAAGT 480
TTTATTGATG ATTGGCACGA ACGCTTTGGG GGTATAAGTA GAGAGAATAC TTATAAAGCA 540
CTTGGCATTA AAGAATATAG TGATGAAGGA AAGATATTAG CCTTTGGCGA AAGAAGTTAT 600
ATTAGACAAT ATAAAAAAGA TTTTGAAGAA AGCACTTATG ATACTAGACA AACCTTATCT 660
GCTATGGCTA ATATGAGTGG CGAAAACGAT TATAAAATTA CTTGGTTAAA ACCCAAATAT 720
CAGCTCCATA GTTCAAATAA TATTAAACCC TTAATGTCAA ACACAGAGTT GTTAAATATG 780
ATAGAGCTAA CCAATATCAA AAAAGAATAT GTTATGGGCT GTAATATGGA AATAGATGGT 840
TCTAAATATC CCATTCATAA AGATTGGGGA TTTTTTGGTA AGGCAAAAGT CCCAGAAACT 900
TGGAGAAATA AGATTTGGGA ATGTATTAAG AATAAAGTAA AGTCCTATGA CAACACTACC 960
GCTGAAATAG GAATAGTTTG GAAAAAAAAT ACTTATTCTA TCTCTCATCA CTAA 1014 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:22:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1251 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KLÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1251 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:22:
ATGAAAAAAT TAGTTTTTAG CATGCTTTTA TGTTGTAAAA GCGTGTTTGC AGAGGGGGAA 60
ACTCCTTTGA TTGTCAATGA CCCAGAAACC CATGTAAGTC AAGCCACTAT CATAGGCAAA 120
124
ATGGTAGATA GTATCAAAAG ATACGAAGAG ATTATTTCTA AGGCTCAAGC TCAAGTCAAT 180 CAGTTACAAA AAGTCAATAA CATGATAAAT ACGACTAATT CTTTGATTAG TAGTAGTGCT 240 ATCACTTTAG CCAATCCTAT GCAAGTTTTA CAAAACGCTC AGTATCAAAT AGAGAGCATT 300 AGATACAACT ATGAGAATTT AAAGCAAAGC ATAGAAAATT GGAACGCACA AAATTTGTTA 360 AGAAACAAAT ACTTACAGCA ACAATGCCCT TGGCTTAATG TCAATGCTCT TACTAACAAT 420 AAGATTGTCA ATCTTAAAGA TCTCAATAAC CTAATCACCA AAAATCGCGA ACAAACCCAA 480 ACCGCAAGAG ATGTGCAAAA TCTCATTCAG TCCATTAGTG GCAGTGGCTA TGGAAACATG 540 CAATCACTTG CTGGGGAATT GAGTGGTAGA GCGTGGGGGG AAATGTTGTG TAAAATGGTA 600 AACGATAGTA ATTATGAAAG CGAGCAAGCT CTTTTAGCAA CAGGCAATAA CCCAGAAGAG 660 CÄAAAACGAA GATTTTTGCT TAGAGTAAAG AAAAAGGTTA ATGATAATAA GCAGTTAAAA 720 GATAAACTTG ACCCATTTCT AAAAAGACTT GATGTCCTAC ÄAACTGAGTT TGGTGTAACT 780 GACCCTACAG CTAACCATAA TAAGCAAGGG ATACATTATT GCACAGAAAA TAAAGAGACA 840 GGTAAATGCG ACCCTATTAA AAATGTATTT AGGACAACTC GCTTAGATAA CGAATTAGAA 900 CAAGAAATCC AAACGCTCAC ACTTGATTTA ATCAAAGCCT CCAATAAAGA CGCTCAAAGC 960 CAAGCCTACG CAAATTTCAA TCAAAGGATT AAATTACTTA CTCTAAAATA TTTAAAAGAA 1020 ATTACCAATC AAATGCTCTT TTTAAATCAA ACAATGGCAA TGCAAAGCGA GATTATGACA 1080 GATGATTATT TTAGGCAAAA TAATGATGGC TTTGGGGAAA AAGAAAACCA TATAGACAAA 1140 CAATTAACGC AAAAAAGAAT AAACGAAAGA GAAAGAGCTA GAATATAC'TT TCAAAACCCT 1200
AATGTTAAAT TTGACCAATT TGGCTTTCCC ATTTTTAGTA TATGGGATTA A 1251 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:23:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1131 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1131 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:23:
GTGAATAAGT GGATTAAAGG GGCGGTTGTT TTTGTAGGGG GTTTTGCAAC GATTACAACC 60 TTTTCTTTAA TCTACCACCA AAAGCCAAAA GCCCCCCTAA ATAACCAGCC TAGCCTTTTG 120 AATGACGATG AGGTGAAATA CCCCTTACAA GACTACACTT TCACTCAAAA CCCACAGCCA 180 ACTAACACGG AAAGCTCCAA AGACGCTACC ATCAAAGCCT TACAAGAACA GCTCAAAGCC 240 GCTTTAAAAG CCCTAAACTC CAAAGAAATG AATTATTCCA AAGAAGAGAC TTTTACTAGC 300 CCTCCCATGG ATCCAAAAAC AACCCCCCCT AAAAAAGACT TTTCTCCAAA ACAATTAGAT 360 TTACTGGCCT CTCGCATCAC CCCTTTCAAG CAAAGCCCTA AAAATTACGA AGAAAACCTG 420 ATTTTCCCTG TGGATAACCC TAATGGCATT GATAGTTTCA CTAACCTTAA ÄGAAAAAGAC 480 ATCGCCACTA ATGAAAACAA GCTTTTACGC ACCATTACAG CTGACAAAAT GATACCCGCT 540 TTTTTGATTA CGCCCATTTC TAGCCAGATC GCTGGTAAAG TGATTGCGCA AGTGGAGAGC 600 GATATTTTTG CAAGCATGGG CAAAGCCGTC TTAATCCCCA AAGGCTCTAA AGTCATAGGC 660 TATTACAGCA ACAATAACAA AATGGGCGAA TACCGCTTGG ATATTGTATG GAGTCGAATC 720 ATCACTCCCC ATGGCATTAA TATCATGCTC ACTAACGCTA AAGGGGCGGA CATTAAAGGC 780 TATAACGGCT TAGTGGGGGA ATTGATTGAA AGGAATTTCC AACGCTATGG CGTGCCGTTA 840 CTGCTTTCTA CGCTCACTAA CGGCCTATTG ATTGGGATCA CTTCGGCTTT AAACAACAGA 900 GGCAATAAAG AAGAGGTGAC TAATTTCTTT GGGGATTATC TTTTATTGCA ATTGATGAGG 960 CAAAGCGGCA TGGGGATCAA TCAAGTGGTC AATCAAATTT TAAGAGACAA GAGCAAGATC 1020 GCCCCCATTG TGGTGATTAG AGAGGGGAGT AGGGTCTTCA TTTCGCCCAA TACTGACATC 1080 TTCTTCCCTA TACCCAGAGA GAATGAAGTC ATCGCTGAGT TTTTGAAGTG A 1131 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:24:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
125 (A) DĹŽKA: 2751 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...2751 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:24:
GTGGATTTGA GGATCCAATC TAAAGAAGTC AGTCATAATT TAAAGGAATT ATCAAAAACG 60
CTAATCAGCT ATCCTTTTGA AAAACATGTA GAAGCTTTAG GGGAACAATG CAGTAACTTC 120
GTTTCTATTC CCATTAACAA TGACGACTAT TCAAATATTT GCACTTTTGT GAGTGATTTT 180
ATAAATCTTA TAGCTTCTTA CÄATTTATTA GAATCATTTT TAGATTTTTA TAAAGATAAA 240
TTAAAATTGA GCGAGCTTGT AACTGAATAT GCCAACGTAA CCAATAATCT GCTTTTCAAA 300
AAATTAATCA AACATTTAAG CGGCAACAAT CAÄTTGGTTA AAAATTTTTA TCAGTGTATA 360
AGAGAAATTA TAAAATACAA CGCCCCTAAT AAAGAATACA AACCCAATCA ATTTTTTATA 420
ATAGGGAAAG GCAAACAAAA ACAATTAGCA AAAATTTATT CTCATTTAAA AGAACTTAGT 480
GCAAGTGAAA TTAAACCACA AGATATGGAA GACATCTTAA AAAAGCTAGA GGAATTAGAT 540
AAAATTTTTA AAACTACCGA CTTTACAAAA TTCACACCAA AAACTGAAAT TAAGGATATT 600
ATTAAAGAAA TAGACGAAAA ATACCCTATC AATGAAAATT TTAAACGGCA ATTTAATGAG 660
TTTGAATCAA ATATTGAAAA ACATGATGAA ATAAAAAAGG ATTTTGAGCG AAACAAAGAG 720
TCGCTGATCC GAGAAATTGA AAATCACTGC AAAAATGAAT GCAATAGCGA AGAAGAGCCG 780
GAGTATAAGA TTAATGATCT GCTCAAAAAT ATCCAACAAA TATGCAAAAA TTATATAGAA 840
AGTCATGCCG TTAATGATGT GTCTAAAGAT ATTAAATCCA TGATGTGTCA GTTTTATTTG 900
AAACAGATAG ATTTATTAGT CAATTCAGAA ATTGTGCGAT ACAGATACAG CAATCTTTTT 960
GAÄCCAATAC AAAGATCTTT ATGGGAGAGT ATAAAAATTT TAGATAATGA AAGTGGCATT 1020
TATTTGTTCC CTAAAAATAT TGGTGAAATC AAGGATAAAT TTGAAGCAAA CAAGGAAAAA 1080
TTCAAACAAA GCAAAAATGT TTCTGAGTTC GCAGAATATT GCCGAGAGTG TAACCCCTAT 1140
ACAGCGTTTA ACTTTCATCT AAATATAAAT AATGGTTTAT CTCATCAATT TGAAAAATTC 1200
GTGCCAATCA TGAAAGAATA CAAAGAGCCA AAAATCACAG ATAATGACCT TGAAGCCATA 1260
TCAACCAAAG AGACTGGTCT TGCTAGCCAA TTATCTGGGC ACTGGTTTTT TCAGCTTTCG 1320
TTATTTAATA AAACAAACTT TAATCCTAAT AAAATTTGGA TTCCTTTAGA GTTCAATAAA 1380
AGATCAAAAA TAAAGTTTGA TAAAGATTTA GAAATCTATT TTGATAGTCA TGAATCGTTC 1440
AATATCTCTA AAAAATACTT GCAAGAAATA GATCAAGAAT CACTAAAAAA GATCAAACAA 1500
TCAAAAGATT TTTTTTCAAT TCAAAAAATA GAGAGTAAGC ATGATAATAA CGATATACTG 1560
CAACTTGAAT TTTTTGAGAA TGATACAAGT TTTCTTTTTG CTAAAGGAAG TTTTGCAGAA 1620
ATTTTAGAAT ACAACATGCA ATTAAAAATA GATTCTTTAA TTACAAAAGA ATTTAATAAG 1680
CTTTTAGCGA TCGTTCAAGA TAGTCCCCAA GATAGTTACC AATTAAAAAT TCGTGTCCGA 1740
CATAACAATA AGCTTCCTAG AGAGAAATAT ACGGAACATG AAATAAAACT TGAAGTTTAT 1800
GATTGČAGAA AATCCCACGA TCACAATGAG CCAATCATCT TAAGCCAGCA AAGCACCGGC 1860
TTCCAATGGG CGTTTAATTT CATGTTTGGC TTTCTTTATA ATGTGGGATC ACATTTTAGT 1920
TTTAACCATA ATATTATCTA TGTCATGGAC GAGCCAGCCA CTCATTTGAG CGTGCCAGCC 1980
AGAÄAGGAGT TTAGGAAATT TTTAAAAGAA TACGCTCATA AAAATCATGT TACTTTTGTT 2040
TTAGCCACCC ATGACCCCTT TTTAGTGGAT ACGGATCATT TAGATGAAAT AAGGATTGTG 2100
GAÄAAGGAAA CAGAAGGCTC TGTAATTAAG AATCACTTTA ACTATCCCCT AAATAATGCA 2160
AGCAAAGACT CCGACGCTTT GGACAAAATC AAACGCTCTT TAGGAGTGGG CCAGCATGTT 2220
TTTCATAACC CCCAAAAACA CCGAATCATT TTTGTAGAAG GCATCACGGA TTATTGTTAT 2280
TTGAGCGCTT TTAAATTGTA TTTGCGTTAC AAAGAATACA AGGACAACCC CATTCCTTTC 2340
ACTTTCTTAC CCATTTCAGG GCTTAAAAAC GATTCAAACG ATATGAAAGA AACCATTGAA 2400
AAACTTTGCG AGTTAGACAA TCACCCTATT GTTTTGACAG ACGATGACAG AAAATGCGTT 2460
TTTAACCAAC AAGCAACGAG CGAACGATTT AAAAGAGCTA ATGAAGAAAT GCATGATCCC 2520
ATCACCATCC TACAACTCTC AGACTGCGAT AGGCATTTCA AACAAATTGA AGATTGTTTC 2580
AGCGCAAACG ATAGAAACAA ATACGCTAAA AATAAGCAAA TGGAATTGAG CATGGCTTTT 2640
AAAACAAGGC TTTTGTATGG CGGAGAAGAT GCGATAGAAA AACAAACAAA AAGAAATTTT 2700
TTAAAATTAT TCAAATGGAT TGCATGGGCT ACAAACTTGA TCAAAAACTA A 2751
126 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:25:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 531 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÄKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...531
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:25:
ATGACTGCAA TGATGCGTTA CTTCTTTTTG CGGTTAGTGG AAGATCAAAG AATGGGTTTT AAAGGCTTTA TAAAAGAAAA AGGGGAGCGT TAGTCATTGG CAAACGAAAA TCAAGACCAT GCTAAGGTGG GCATCGTGTT TTTTACTTGA GCGCGTTTTT GTTTTAATAG GGAGCGTGGT
TTTTCACATC TATGCGACCA GCTTTCATTG CTCTTTAAAG AGAAAAATCC TTAAAAAAAG CCATATCGCT ATGCCTAAAA CACGCCTTTG TATGAAATCA TGAAAGGGGC TTTTTAGGCG TCAGGCGCTT TTAGGGATTT AATGGTGGCT TTTAAAGACA GTTCTTTGGA GCGATCTATT
CTTTTTTCTT
CGCGCCAAGA
AAGAACGATT
AGATAGAGCC
ACCTTGAAAC
CGCTCATCAT
TTTGCGTGTT
CTAAACGCAT
GGTCTTTGTA
CCCTTTGGCG
CACTGGCGCT
GGACTTTTTA
TAGAGAGTAT
TAAAGGCACT
GCTGCATAAG
TTTATTGTTG
GTTTATAAGC
G
120
180
240
300
360
420
480
531 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:26:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 669 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...669 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:26:
ATGTTTAAAA ACGCTTTAAA TATACAAGAT TTTTCATTTA AAAATCATAC TAGTACAGCC 60 ATTATTGGCA CAAATGGTGC TGGAAAATCA ACGCTTATCA ACACTATTCT AGGCATTAGA 120 TCAGACTATA ATTTTAAAGC ACAAAACAAT AATATTCCAT ACCACGACAA TGTTATACCA 180 CÄACGCAAGC AATTGGGAGT TGTCTCTAAC CTATTCAACT ACCCACCTGG ATTAAACGCA 240 AACGACCTTT TTAAATTCTA TCAATTTTTT CACAAAAACT GCACTCTAGA TTTGTTTGAA 300 AAAAATCTTT TAAATAAAAC CTACGAACAC CTAAGCGACG GACAAAAACA GCGCTTAAAA 360 ATTGACTTAG CTCTTAGCCA TCACCCACAA TTAGTTATTA TGGATGAACC AGAAACCAGT 420 TTAGAGCAAA ACGCTCTTAT AAGACTATCA AATCTCATAA GCTTGCGCAA CACCCAACAA 480 CTTACAAGTA TCATCGCCAC TCATGATCCT ATTGTCTTAG ATAGTTGCGA ATGGGTATTG 540
127
CTCCTTAAGA ATGGCAACAT TGCTCAATAC AAACCTTTAA ATTCTATATT AAAATCTGTA 600 GCTAAAACTT TTAACTTTAA AGAAAAACCA ACCACAAAAG ACTTATTAGC GTTACTAAAG 660 GATATTTAA 669 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:27:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1221 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1221 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:27:
ATGTATGCGG CTCATCCTAT TAAACCCATA AAAGCCCCTA AACTCAAATC TCAATTTTTA 60 AGGCGTGTGT TTGTGGGCGC GTCCATTAGG CGCTGGAATG ACCAAGCATG CCCTTTGGAA 120 TTTGTGGAAT TAGACAAGCA AGCCCATAAA GCGATGATTG CGTATCTGCT CGCTAAAGAT 180 TTAAAAGATA GGGGTAAAGA TTTAGATTTA GATCTTTTAA TCAAATATTT TTGCTTTGAG 240 TTTTTGGAGC GCTTGGTTTT AACCGATATT AAACCCCCTA.TTTTTTACGC CCTCCAACAA 300 ACGCATAGTA AAGAGTTAGC TTCCTATGTT GCQPAAAGTT TGCAAGATGA AATCAGTGCG 360 TATTTTTCTT TAGAGGAACT CAAAGAGTAT TTAAGCCACA GGCCTCAAAT TTTAGAAACT 420 CAAATTTTAG AGAGCGCGCA TTTTTATGCG TCTAAGTGGG .AGTTTGATAT TATCTATCAT 4 80 TTTAACCCCA ACATGTATGG CGTGAAAGAG ATTAAAGATA AAATTGACAA GCAACTCCAC 540 AATAACGATC ATTTGTTTGA AGGGCTTTTT GGGGAAAAAG AAGATTTGAA AAAATTGGTG 600 AGCATGTTTG GGCAGTTGCG TTTCCAAAAG CGCTGGAGCC AAACCCCAAG AGTGCCACAA 660 ACCAGTGTTC TAGGGCATAC TTTATGCGTG GCGATTATGG GGTATTTATT GAGTTTTGAC 720 TTGAAAGCTT GTAAAAGCAT GCGGATCAAT CATTTTTTGG GCGGGCTTTT CCATGATTTA 780 CCCGAAATTT TAACCCGAGA CATTATCACG CCCATCAAAC AAAGCGTTGC AGGGCTTGAT 840 CATTGCATTA AAGAGATTGA AAAAAAGGAA ATGCAAAACA AAGTCTATTC CTTTGTGTCT 900 TTGGGCGTTC AAGAAGATTT GAAATATTTC ACCGAAAACG AGTTTAAAAA CCGCTACAAA 960 GACAAGTCTC ATCAAATCGT TTTCACTAAA GACGCTGAAG AATTATTCAC GCTTTATAAT 1020 AGCGATGAAT ATCTTGGGGT TTGCGGGGAG CTTTTGAAGG TGTGCGATCA TTTGAGCGCG 1080 TTTTTAGAAG CCCAAATCTC TCTTTCTCAT GGCATTTCTA GCTACGATTT AATCCAAGGA 1140 GCTAAAAACC TTTTAGAATT GCGATCCCAA ACGGAACTGC TTGATTTGGA TTTAGGGAAA 1200 TTGTTTAGAG ATTTTAAGTA A 1221 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:28:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1008 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
128 (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1008 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:28:
GTGTTGTGGG TGCTATATTT TTTAACCAGT ΤΤΑΤΤΤΛΤΤΤ GCTCTTTGAT TGTTTTGTGG 60 TCTAAAAAAT CCATGCTCTT TGTGGATAAC GCTAATAAAA TCCAAGGCTT CCATCATGCA 120 AGAACCCCAC GAGCCGGGGG GCTTGGGATC TTTCTTTCTT TTGCGTTGGC TTGTTATCTT 180 GAACCTTTTG AGATGCCTTT TAAGGGGCCT TTTGTTTTCT TAGGGCTATC GCTAGTGTTT 240 TTGAGCGGTT TTTTAGAAGA CATTAACCTT TCATTAAGCC CCAAAATACG CCTTATTTTG 300 CAAGCTGTAG GGGTCGTTTG CATCATTTCA TCAACGCCTT TAGTGGTGAG CGATTTTTCG 360 CCCCTTTTTA GCTTGCCTTA TTTCATCGCT TTTTTATTCG CTATTTTTAT GCTGGTGGGT 420 ATCAGTAACG CTATTAATAT CATTGACGGG TTTÄACGGGC TTGCATCTGG GATTTGCGCG 480 ATCGCGCTTT TAGTCATTCA TTATATAGAC CCTAGCAGTT TGTCTTGTTT GCTCGCTTAC 540 ATGGTGCTTG GGTTTATGGT GTTAAATTTC CCTTCAGGAA AGATTTTTTT AGGCGATGGG 600 GGGGCGTATT TTTTGGGTTT GGTGTGCGGG ATTTCTCTCT TGCATTTGAG TTTGGAGCAA 660 AAAATCAGCG TGTTTTTTGG GCTCAATTTA ATGCTTTATC CGGTCATAGA GGTGCTTTTT 720 AGTATCCTTA GGCGCAAAAT AAAACGCCAG AAAGCCAl'CA TGCCGGATAA TTTGCATTTG 780 CACACCCTTT TATTTAAATT CTTGCAACAA CGCTCTTTCA ATTACCCTAA CCCTTTATGC 840 GCGTTTATCC TTATTCTATG CAACCTGCCT ΤΤΤΑΤΤΤΤΛΑ TAAGCGTTTT GTTTCGCTTG 900 GACGCTTATG CGCTCATTGT GATTAGCCTA GTCTTTATCG CATGCTATTT AATAGGCTAT 960 GCTTATTTGA ATAGGCAAGT TTGCGCTTTA GAAAAGCGGG CGTTTTAA 1008 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:29:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 291 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...291
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:29:
ATGAAAAAGG TTATTGTGGC TTTAGGCGTT TTGGCGTTCG CAAATGTTTT AATGGCAACC 60 GATGTTAAGG CTCTTGTAAA AGGTTGTGCC GCTTGCCATG GGGTTAAGTT TGAAAAGAAA 120 GCTTTAGGTA AAAGCAAAAT CGTTAACATG ATGAGCGAAA AAGAGATTGA AGAGGATCTT 180 ATGGCTTTTA AAAGCGGTGC CAACAAGAAT CCTGTCATGA CCGCGCAAGC TAAAAAATTA 240 AGCGATGAAG ACATCAAAGC TTTAGCCAAA TACATCCCCA CTCTCAAATA A 291 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:30:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 471 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE
129
(vi, PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...471
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:30:
ATGCGAGATT TCAATAACAT TCAAATCACA CGCTTAAAAG TGCGTCAAAA TGCCGTTTTT 60 GAAAAACTGG ATCTGGAGTT TAAAGATGGC TTGAGCGCGA TTAGTGGGGC TAGTGGGGTG 120 GGGAAAAGCG TCCTTATTGC GAGCCTTTTA GGGGCGTTTG GGCTTAAAGA GAGCAACGCT 180 TCAAACATTG AAGTGGAATT GATCGCGCCT TTTTTAGACA CGGAAGAATA CGGCATTTTT 240 AGAGAAGATG AGCATGAACC CTTAGTTATT AGCGTGATTA AAAAAGAAAA AACACGCTAT 300 TTTTTAAACC AAACAAGCCT ATCTAAAAAC ACGCTCAAAG CGTTATTAAA GGGGCTTATT 360 AAACGCTTAT CTAACGACAG ATTCAGCCAG AATGAACTCA ACGATATTTT AATGCTCTCC 420 TTATTAGATG GCTATATCCA AAATAAAAAT AGGCGTTTAG CCCCCTTTTA G 471 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:31:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 357 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...357 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:31:
GTGATGCTAA TGGCAATTTT TACCCCTTAT ATTCTTATTT TGAAAATGAT GAAAAAGTCT 60 ATGAGTTTAT TCGCCAATAT GGGGTTGGAG CAAATTTTTT GCAACAGAGA CATTAAAGAT 120 TTAAATGATT TTGTTTTTGG TATAGAAGTG GGGCTTGATA GCAATGCGAG AAAAAATCGT 180 AGCAGAAAGG CTATGGAAAA TCATCTTATC GGTCTTTTTG TCCAAGCTCA ATTAAATTTT 240 AAAGAACAAG TAGATATTAG AGAATTTGAG GATTTACGCC AGGCTTTTGG AAATGATACT 300 AAAAAATTTG ATTTTGTTAT TTTTAGCAAA GAGAAAACTT ATTTTCATAG AAGCTAA 357 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:32:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1068 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
130 (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1068 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:32:
ATGAATATCA AAATTTTAAA AATATTAGTT GGAGGGTTAT TTTTTTTGAG CTTGAACGCC 60 CATTTATGGG GGAAACAAGA CAATAGCTTT TTAGGGATTG GTGAAAGAGC CTATAAAAGC 120 GGGAATTATT CTAAAGCGGC GTCTTATTTT AAAAAAGCAT GCAACGATGG GGTGAGTGAA 180 GGCTGCACGC AATTAGGAAT CATTTATGAA AACGGGCAAG GCACTAGAAT AGATTATAAA 240 AAAGCCCTAG AATATTATAA AACCGCATGC CAGGCTGATG ATAGGGAAGG GTGTTTTGGC 300 TTAGGGGGGC TTTATGATGA GGGTTTAGGC ACGGCTCAAA ATTATCAAGA AGCCATTGAC 360 GCTTACGCTA AGGCATGCGT TTTAAAACAC CCTGAGAGTT GCTACAATTT AGGCATCATT 420 TATGATAGAA AAATCAAAGG CAATGCCGCT CAAGCGGTTA CTTACTATCA AAAAAGCTGT 480 AATTTTGATA TGGCTAAGGG GTGTTATATT TTAGGCACTG CCTATGAAAA AGGCTTTTTA 540 GAAGTCAAAC AGAGCAACCA TAAAGCCGTT ATCTATTATT TGAAAGCGTG CCGATTGAAT 600 GAGGGGCAGG CTTGCCGAGC GTTAGGGAGT TTGTTTGAAA ATGGCGATGC AGGGCTTGAT 660 GAAGATTTTG AAGTGGCGTT TGATTATTTG CAAAAAGCTT GCGCTTTAAA CAATTCTGGT 720 GGTTGCGCGA GTTTAGGCTC TATGTATATG TTGGGCAGGT ATGTTAAAAA AGACCCCCÄA 780 AAGGCTTTTA ACTATTTCAA GCAAGCATGC GATATGGGGA GCGCGGTGAG TTGCTCTAGG 840 ATGGGCTTTA TGTATTCGCA AGGGGACACT GTTTCAAAAG ACTTGAGGAA AGCCCTTGAT 900 AATTATGAAA GAGGTTGCGA TATGGGCGAT GAAGTGGGTT GCTTCGCTCT AGCGGGCATG 960 TATTACAACA TGAAAGATAA AGAAAACGCC ATAATGATTT ATGACAAGGG CTGTAAATTG 1020 GGCATGAAAC AGGCATGCGA AAATCTCACC AAACTCAGGG GGTATTAG 1068 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:33:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 582 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...582 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:33:
ATGAAAGAAA AAAACTTTTG GCCTTTAGGA ATCATGAGCG TGCTTATTTT TGGGCTTGGG 60 ATCGTGGTGT TTTTAGTGGT GTTTGCCCTA AAAAATTCGC CTAAAAATGA TTTAGTGTAT 120 TTCAAGGGTC ATAACGAAGT GGATTTAAAC TTTAACGCCA TGCTTAAAAC TTATGAAAAC 180 TTTAAATCCA ATTATCGTTT TTCAGTGGGT TTAAAGCCTC TTACCGAAAG CCCTAAAACC 240 CCCATTTTGC CCTATTTTTC TAAAGGCACG CATGGGGATA AAAAAATCCA AGAAAACCTT 300 TTAAACAACG CTTTGATTTT AGAAAAGTCC AACACGCTTT ATGCACAATT GCAACCGCTC 360 AAACCCGCTT TAGATTCGCC AAATATTCAA GTGTATTTAG CGTTCTATCC CAGCCAATCC 420 CAGCCCAGAT TATTAGGAAC GCTTGATTGT AAAAACGCAT GCGAACCTTT AAAATTTGAT 480 TTGTTAGAGG GCGATAAAGT GGGGCGCTAT AAGATCCTTT TTAAATTTGT TTTTAAAAAT 540 AAAGAAGAAT TGATTTTGGA GCAACTGGCT TTTTTTAAGT AG 582 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:34:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 870 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová
131 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...870 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:34:
TTGGGTATCA ATATGTGTTC TAAAAAAATA AGAAATCTCA TTTTATGCTT TGGTTTTATT TTAAGCTTGT GCGCTGAAGA AAATATCACC AAAGAAAACA TGACTGAAAC GAACACGACT GAAGAAAACA CCCCTAAAGA CGCTCCCATT CTTTTGGAAG AAAAACGCGC CCAAACTCTA GAGCTTAAAG AAGAAAATGA AGTGGCAAAA AAGATTGATG AAAAAAGCCT GCTTGAAGAA ATCCATAAGA AAAAACGCCA GCTTTACATG CTCAAAGGGG AATTGCATGA AAAGAATGAA TCCATCTTAT TCCAACAAAT GGCTAAAAAT AAGAGCGGCT TTTTTATAGG CGTGATCCTT GGCGATATAG GGATTAACGC TAATCCTTAT GAGAAGTTTG AACTTTTAAG CAATATTCAA GCTTCTCCCT TGCTGTATGG TTTAAGGAGC GGGTATCAAA AGTATTTCGC TAACGGGATT AGCGCCTTAC GCTTTTATGG GGAATATTTA GGGGGGGCGA TGAAAGGGTT TAAAAGCGAT TCTTTAGCTT CTTATCAAAC CGCAAGCTTG AATATTGATC TGTTGATGGA TAAGCCTATT GACAAAGAAA AAAGGTTTGC GTTAGGGATA TTTGGAGGCG TTGGAGTGGG GTGGAATGGG ATGTATCAAA ATTTAAAAGA GATTAGAGGG TATTCACAGC CTAACGCCTT TGGGTTGGTG TTAAATTTAG GGGTGAGCAT GACGCTCAAC CTCAAACACC GCTTTGAATT AGCCCTAAAA ATGCCTCCCT TAAAAGAAAC TTCGCAAACC TTTTTATATT ATTTTAAAAG CACTAATATT TATTATATTA GTTACAACTA TTTATTGTAA (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:35:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 2007 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...2007 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:35:
ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG ATTTTAAAAA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAACACG ATTGATCTAG GCGTGATAGA GACCATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT ACCCGGGGAG GCGTTTGATA GTTTAAAAGA GGCGTTTGAT AAAATTGACC CCTATACTTT ATTTCTTCCA AAATTTGAAG CCACTAGCAC TTCTATTTCT GATACTAACA CGCAGAGGGT GTTTGAAACG CTCAATAACA TTAAAACAAA TCTTATAATG AAATATAGTA ATGAAAATCC AAACAATTTC AACACTTGTC CTTACAATAA TAATGGTAAT ACAAAAAATG ATTGTTGGCA AAATTTCACC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
870
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
132
CCACÄAACCG CAGAAGAATT CACCAATTTA ATGTTGAACA TGATCGCTGT CTTAGACTCC 720
CAATCTTGGG GCGATGCGAT CTTAAACGCT CCTTTTGAAT TCACTAACAG CTCAACAGAT 780
TGCGATAGCG ATCCTTCAAA ATGCGTAAAT CCCGGAGTAA ATGGGCGTGT TGATACTAAA 840
GTCGATCAAC AATATATACT CAACAÄACAA GGTATTATTA ATAATTTTAG AAAAAAAATA 900
GAAATTGATG CGGTTGTTTT AAAAAATTCA GGGGTTGTAG GGTTAGCCAA TGGATATGGC 960
AATGATGGTG AATATGGCAC ATTAGGGGTA GAAGCCTATG CTTTAGATCC TAAAAAACTC 1020
TTTGGCAACG ACCTTAAGAC TATCAATTTA GAAGATTTAA GAACCATCTT GCATGAATTC 1080
AGCCACACTA AAGGCTATGG GCATAACGGG AATATGACCT ATCAAAGAGT GCCGGTAACG 1140
AAAGATGGTC AAGTGGAAAA GGATAGTAAT GGCAAGCCAA AAGATTCTGA TGGCCTCCCC 1200
TATAATGTGT GTTCGCTTTA TGGGGGATCC AATCAGCCCG CTTTCCCTAG CAACTACCCT 1260
AATTCCATCT ATCACAATTG TGCGGATGTC CCGGCTGC.CT TTTTAGGGGT AACAGCAGCG 1320
GTTTGGCAGC AGCTCATCAA TCAAAACGCC TTGCCGATCA ACTACGCTAA CTTGGGGAGT 1380
CAAACAAACT ACAACCTAAA CGCTAGTTTA AACACGl'AAG ATTTAGCCAA TTCCATGCTC 1440
AGCACCATCC AAAAAACCTT TGTAACTTCT AGCGTTACCA ACCACCATTT TTCAAACGCA 1500
TCGCAAAGTT TTÄGAAGCCC TATTTTAGGG GTTAACfJCTA AAATAGGCTA TCAAAACTAC 1560
TTTAATGATT TCATAGGGTT GGCTTATTAT GGCATCATCA AATACAATTA CGCTAAAGCT 1620
GTTAATCAAA AAGTCCAGCA ATTGAGCTAT GGTGGGGC.GA TAGATTTGTT ATTGGATTTC 1680
ATCACCACTT ACTCCAATAA AAATAGCCCT ACAGGCAT'IC AAACCAAAAG GAATTTTTCT 1740
TCATCTTTTG GTATCTTTGG GGGGTTAAGG GGCTTGTATA ACAGCTATTA TGTGTTGAAC 1600
AAAGTCAAAG GAAGCGGCAA TTTAGATGTG GCTACCGGGT TGAACTACCG CTATAAGCAT 1860
TCTAAATATT CTGTAGGGAT TAGCATCCCT TTAATCCAAA GAAAAGCTAG CGTCGTTTCT 1920
AGCGGTGGCG ATTATACGAA CTCTTTTGTT TTCAATGAAG GGGCTAGCCA CTTTAAGGTG 1980
TTTTTCAATT ACGGGTGGGT GTTTTAG 2007 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:36:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 192 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...192 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:36:
ATGAATACAG AAATTTTAAC CATCATGTTA GTTGTCTCCG TGCTTATGGG ATTGGTAGGC 60 TTAATAGCGT TTTTATGGGG GGTTAAAAGC GGTCAGTTTG ACGATGAAAA ACGCATGCTT 120 GAAAGCGTGT TGTATGACAG CGCGAGCGAC TTGAACGAAG CGATTTTACA AGAAAAACGC 180 CAAAAGAATT AA 192 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:37:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1221 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE
133 (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1221 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:37:
ATGGTATTTT TTCATAAGAA AATTATTTTA AATTTTATCT ATTCTTTAAT GGTTGCTTTT TTATTCCATT TATCCTATGG GGTTCTTTTA AAAGCCGATG GAATGGCTAA AAAGCAAACT CTTTTAGTGG GTGAAAGGCT TGTGTGGGAT AAGCTCACGC TGTTAGGGTT TTTAGAAAAA AACCATATCC CCCAAAAACT CTACTACAAT TTGAGCTCTC AAGATAAAGA ATTGAGTGCT GAAATCCAAA GCAATGTTAC CTACTACACT TTAAGAGATG CAAATAACAC GCTCATTCAA GCCCTTATCC CTATTAGCCA GGATTTGCAA ATCCATATTT ACAAAAAAGG AGAGGATTAT TTTTTAGACT TTATCCCCAT TGTTTTCACT CGTAAAGAAA GAACCCTCCT TCTTTCCTTA CAAACTTCGC CCTATCAAGA TATTGTCAAA GCCACCAATG ACCCCCTTTT AC-CCAACCAA TTGATGAACG CGTATAAAAA AAGCGTGCCT TTTAAACGCC TAGTGAAAAA CGATAAAATC GCTATCGTTT ATACAAGGGA TTATCGTGTG GGGCAAGCGT TTGGCCAGCC GACCATCAAA ATGGCGATGG TTAGCTCTCG TTTGCACCAA TACTATCTTT TTTCCCATTC AAACGGGCGT TATTACGATT CAAAAGCGCA AGAAGTGGCA GGGTTTTTAC TAGAAACCCC GGTGAAATAC ACCCGCATTT CTTCGCCTTT TTCGTATGGG AGGTTCCATC CTGTTTTAAA AGTTAAACGG CCTCATTACG GCGTGGATTA TGCGGCTAAA CATGGCAGTT TGATCCATTC TGCTTCAGAC GGCCGTGTGG GTTTTATAGG GGTTAAGGCG GGTTATGGGA AGGTGGTTGA AATCCATTTG AATGAATTGC GCTTGGTGTA TGCTCACATG AGCGCGTTCG CTAACGGATT AAAAAAAGGC TCGTTCGTTA AAAAAGGGCA AATCATAGGA AGAGTGGGAA GCACGGGTTT AAGCACCGGG CCGCATTTGC ATTTTGGCGT GTATAAAAAC TCCCGCCCCA TTAATCCTTT AGGCTATATC CGCACCGCTA AAAGCAAGCT GCATGGCAAA CAAAGAGAGG TTTTTTTAGA AAAAGCTCAG TATTCTAAGC AAAAATTAGA AGAACTTTTT AAAACCCATT CTTTTGAAAA AAATTCATTT TATCTTTTAG AGGGTTTTTA A (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:38:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 891 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...891 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:38:
TTGTTTTTAG TCAAAAAAAT AGGCGTGGTA ATAATGATTT TAGTCTGCTT TTTAGCTTGC TCGCAAGAGA GCTTTATCAA AATGCAAAAA AAAGCCCAAG AGCAAGAAAA TGACGGCTCT AAACGCCCCA GCTATGTGGA TTCGGATTAT GAAGTCTTTA GCGAAACGAT TTTTTTACAA AACATGGTGT ATCAGCCTAT AGAGGAAAGA AACGCTTTTT TCCAACTGAC TAAAGATGAA GACAATTCTT TTAACCCTGA AAATTCCGTG ATTTTACTGA ATGAGCCAAG CGATAATAGT GAAAAAAACC TACTCTCATA CCCAAACGAT CCCAATAACA ATGAAGACAA CGCTAATAAT AGTCAAAAAA ATCCGTTCCT TTACAAGCCC AAAAGAAAAA CAAAAAACCC AAAACTCATT GAATATTCCC AACAAGATTT CTACCCCCTA AAAAATGGGG ATATTATCAT GAGTAAAGAA GGGGATCAAT GGTTGATAGA AATCCAATCC AAAGCCTTGA AGCGTTTTTT AAAAGATCAA ÄACGATAAAG ATCGCCAGAT CCAAACTTTC ACTTTTAATG ACACTAAAAC GCAAATCGCG CAAATTAAGG GCAAAATTTC TTCGTATGTT TATACCACCA ATAACGGTAG CTTGAGTTTA AGGCCTTTTT ATGAATCGTT TTTGTTAGAA AAAAAGAGCG ATAATGTTTA TACGATAGAG
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1221
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
134
AATÄAGGCTT TAGATACTAT GGAGATTTCA AAGTGTCAAA TGGTGTTAAA AAAGCATTCA 780
ACCGATAAAT TAGACAGCCA GCATAAAGCC ATCAGTATTG ATTTGGATTT TAAAAAAGAG 840
CGCTTTAAGA GCGATACGGA ACTCTTTTTA GAATGTCTTA AGGAAAGTTA G 891 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:39:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(Ά) DĹŽKA: 747 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KLÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...747 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:39:
GTGAGCTATG ACAACACCGA TGATTATTAT TTCCCTAGAA ATGGGGTTAT CTTTAGTTCC 60 TATGCGACAA TGTCTGGTTT GCCAAGCTCT GGCACGCTCA ATTCTTGGAA CGGGTTAGGC 120 GGGAATGTCC GTAACACCAA AGTTTATGGT AAATTCGCCG CTTACCACCA TTTGCAAAAA 180 TATTTATTGA TAGATTTGAT CGCTCGTTTT ÄÄAACGCAAG GGGGCTATAT CTTTAGGTAT 240 AACACCGATG ATTACTTGCC CTTAAACTCC ACTTTCTACA TGGGGGGCGT AACCACGGTG 300 AGAGGCTTTA GGAACGGCTC AATCACACCT AAAGATGAGT TTGGCTTGTG GCTTGGAGGC 360 GATGGGATTT TTACCGCTTC TACTGAATTG AGCTATGGGG TGTTAAAAGC GGCTAAAATG 420 CGTTTAGCGT GGTTTTTTGA CTTTGGTTTC TTAACCTTTA AAACCCCAAC TAGGGGGAGT 480 TTCTTCTATA ACGCTCCCAC CACGACGGCG AÄTTTTAAAG ATTATGGCGT TGTAGGGGCT 540 GGGTTTGAAA GGGCGACTTG GAGGGCTTCT ACAGGCTTAC AGATTGAATG GATTTCGCCC 600 ATGGGGCCTT TGGTGTTGAT TTTCCCTATA GCGTTTTTCA ACCAATGGGG CGATGGCAAT 660 GGCAAAAAAT GTAAAGGGCT GTGCTTTAAC CCTAACATGA ACGATTACAC GCAACATTTT 720 GAATTTTCTA TGGGAACAAG GTTTTAA 747 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:40:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1008 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KLÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1008 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:40:
GTGCAACACT TCAATTTCCT CTATAAAGAT TCTTTATTTT CTATCGCTTT ATTCACTTTC 60 ATTATCGCTC TTGTGATTTT ATTAGAACAG GCTAGAGCGT ATTTCACCCG AAAGAGAAAC 120
135
AAAAAATTTT TGCAAAAATT CGCCCAAAAT CAAAACGCCT ATGCGAGCAG CGAGAATTTA 180 GACGAGCTTT TAAAGCATGC TAAAATTTCC AGTTTGATGT TTTTAGCTAG GGCGTATTCT 240 AAAGCGGATG TGGAAATGAG CATTGAAATC TTAAAAGGGC TTTTGAATCG CCCCTTAAAA 300 GATGAAGAAA AAATCGCTGT TTTAGATTTA TTGGCTAAAA ATTATTTTAG CGTGGGGTAT 360 TTGCAGAAAA CAAAAGACAC CGTGAAAGAA ATTTTGCGCT TTTCCCCAAG GAATGTGGAA 420 GCGTTGTTGA AGCTTTTGCA TGCGTATGAA TTAGAAAAAG ATTATTCAAA GGCTTTAGAA 480 ACTTTGGAAT GTTTGGAAGA ATTAGAGGTG CCTAAAATTG AAACGATTAA AAATTACCTC 540 TATTTAATGC ATTTAATAGA GAATAAGGAA GATGCGGCTA AAATCTTGCA TGTTTCAAAA 600 GCGTCGTTAG ATTTGAAAAA AATCGCTCTG AATCACTTAA AATCGCATGA TGAAAATCTT 660 TTTTGGCAAG AAATTGATAC AACCGAACGG CTAGAAAATG TGATCGATCT TTTATGGGAT 720 ATGAATATCC CTGCTTTTAT TTTAGAAAAA CATGCCCTTT TGCAGGACAT CGCGCGATCT 780 CAAGGGTTGC TTTTGGATCA CAAACCTTGC CAAATTTTTG AATTAGAGGT TTTACGCGCT 840 CTATTGCATA GCCCTATAAA AGCGAGTCTG ACTTTTGAAT ACCGCTGCAA GCATTGCAAA 900 CAAATCTTTC CTTTTGAAAG CCATAGGTGT CCTGTGTGTT ACCAGTTAGC GTTTATGGAT 960 ATGGTGCTTA AAATCTCTAA AAAAACGCAT GCTATGGGAG TGGATTAA 1008 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:41:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1242 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1242 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:41:
ATGAGGAAAA TTTTTTCTTA TATTTCTAAG GTTCTATTAT TTATTGGGGT GGTTTATGCA 60 GAGCCTGATT CTAAAGTGGA AGCCTTAGAA GGGAGGAAGC AAGAGTCTTC TTTGGATAAA 120 AAAATCCGCC AAGAATTGAA GAGTAAGGAA TTGAAGAATA AGGAATTAAA GAATAAGGAT 180 TTGAAAAATA AAGAAGAAAA GAAAGAAACA AAAGCCAAGA GAAAACCCAG AGCAGAAGTC 240 CATCATGGGG ACGCCAAAAA TCCCACTCCA AAGATCACGC CTCCTAAAAT CAAAGGGAGT 300 AGTAAGGGCG TTCAAAATCA AGGCGTTCAA AACAACGCGC CAAAACCTGA AGAAAAAGAT 360 ACAACCCCTC AAGCTACTGA AAAAAATAAG GAAACAAGCC CTAGCTCTCA ATTCAATTCC 420 ATTTTTGGTA ATCCTAATAA CGCTACCAAC AACACCCTTG AAGATAAGGT CGTAGGGGGC 480 ATTTCATTGC TTGTTAATGG TTCGCCTATC ACGCTGTATC AAATCCAAGA AGAGCAAGAA 540 AAATCTAAAG TGAGTAAGGC TCAAGCTAGG GATCGTTTGA TCGCTGAACG CATTAAAAAC 600 CAAGAAATTG AGCGCTTAAA AATCCATGTA GATGATGACA AGCTAGACCA AGAAATGGCG 660 ATGATGGCGC AACAACAAGG CATGGATTTA GACCATTTCA AACAGATGCT TATGGCTGAG 720 GGGCATTATA AACTCTATÄG AGATCAACTT AAAGAGCATT TAGAAATGCA AGAATTGTTG 780 CGTAATATTT TGCTCACGAA TGTGGATACC AGCTCTGAAA CCAAAATGCG CGAATATTAC 840 AACAAACACA AGGAGCAATT CAGTATCCCC ACAGAAATAG AAACCGTGCG CTACACTTCC 900 ACCAATCAAG AGGATTTAGA AAGGGCTATG GCAGACCCTA ATTTGGAAGT CCCAGGGGTG 960 AGTAAGGCCA ATGAAAAAAT AGAGATGAAA ACCCTAAACC CTCAAATCGC CCAAGTCTTT 1020 ATTTCGCATG AGCAAGGCTC TTTCACGCCC GTTATGAATG GGGGTGGGGG GCAGTTCATC 1080 ACCTTTTATA TCAAGGAAAA AAGGGGTAAA AATGAAGTGA GCTTCAGTCA GGCCAAGCAA 1140 TTCATCGCCC AAAAATTAGT GGAAGAATCT AAGGATAAGA TTTTAGAAGA GCATTTTGAA 1200 AAATTGCGCG TTAAGTCTAG GATTGTGATG ATCAGAGAGT GA 1242 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:42:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 561 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina
136
(C) POČET VLÁKIEN: dve
(D) TOPOLÓGIA: kruhová
(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii) HYPOTETICKÁ: NIE
(iv) ANTI-SENSE: NIE
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...561
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:42:
ATGATTAAAA GAATTGCTTG TATTTTAAGC TTGAGCGCGA GTTTAGCGTT AGCTGGCGAA 60 GTGAATGGGT TTTTCATGGG TGCGGGTTAT CAACAAGGTC GTTATGGCCC TTATAACAGC 120 AATTACTCTG ATTGGCGTCA TGGCAATGAC CTTTATGGTT TGAATTTCAA ATTAGGTTTT 180 GTAGGCTTTG CCAATAAATG GTTTGGGGCT AGGGTGTATG GCTTTTTAGA TTGGTTTAAC 240 ACTTCAGGGA CTGAACACAC CAAAACCAAT TTGCTCACCT ATGGCGGCGG TGGCGATTTG 300 ATTGTCAATC TCATTCCTTT GGATAAATTC GCTCTAGGTC TCATTGGTGG CGTTCAATTA 360 GCCGGAAACA CTTGGATGTT CCCTTATGAT GTCAATCAAA CCAGATTCCA GTTCTTATGG 420 AATTTAGGCG GAAGAATGCG TGTTGGGGAT CGCAGTGCUT TTGAAGCGGG CGTGAAATTC 480 CCTATGGTTA ATCAGGGTAG CAAAGATGTA GGGCTTATCC GCTACTATTC TTGGTATGTG 540 GATTATGTCT TCACTTTCTA G 561 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:43:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 729 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...729
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:43:
ATGAAAAAAT TTTTTTCTCA ATCTTTGTTA GCTCTTATTA TCTCTATGAA TGCGGTATCT 60 GGCATGGATG GTAATGGCGT TTTTTTAGGG GCGGGTTATT TGCAAGGACA GGCGCAAATG 120 CATGCGGATA TTAATTCTCA AAAACAAGCC ACCAACGCTA CGATCAAAGG CTTTGACGCG 180 CTCTTGGGGT ATCAATTTTT CTTTGAAAAA CACTTTGGCT TACGCCTTTA TGGGTTTTTT 240 GACTACGCTC ATGCCAATTC TATTAAGCTT AAAAACCCTA ACTATAATAG CGAAGCGGCG 300 CÄAGTGGCTA GTCAAATTCT TGGGAAACAA GAAATCAATC GTTTAACAAA CATTGCCGAT 360 CCCAGAACTT TTGAGCCGAA CATGCTCACT TATGGGGGGG CTATGGACGT GATGGTTAAT 420 GTCATCAATA ACGGCATCAT GAGTTTGGGG GCTTTTGGCG GGATACAATT GGCCGGCAAT 480 TCATGGCTTA TGGCGACACC GAGCTTTGAG GGCATTTTAG TGGAACAAGC CCTTGTGAGC 540 AAGAAAGCCA CTTCTTTCCA ATTTTTATTC AATGTGGGGG CTCGCTTAAG GATCTTAAAA 600 CATTCTAGCA TTGAAGCGGG CGTGAAATTC CCCATGCTAA AGAAAAACCC CTACATCACT 660 GCAAAAAATT TGGATATAGG GTTTAGGCGC GTGTATTCGT GGTATGTGAA TTACGTGTTC 720 ACTTTCTAG 729
137 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:44:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 771 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...771
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:44:
ATGGGATACG CAAGCAAATT AGCTTTAAAG ATTTGTTTGG TAGGTTTATG TTTATTTAGC ACCCTTGGTG CAGAACACCT TGAGCAAAAA GGGAATTATA TTTATAAGGG AGAGGAGGCT TATAATAATA AGGAATATGA GCGAGCGGCT TCTTTTTATA AGAGCGCTAT TAAAAATGGT GAGTCGCTTG CTTATATTCT TTTAGGGATC ATGTATGAAA ATGGTAGGGG TGTACCTAAA GATTACAAGA AAGCGGTTGA ATATTTCCAA AAAGCTGTTG ATAACGATAT ACCTAGAGGG TATAACAATT TGGGCGTGAT GTATAAAGAG GGTAAGGGAG TTCCTAAAGA TGAAAAGAAA GCGGTGGAAT ATTTTAGAAT AGCTACAGAG AAAGGTTATA CTAACGCTTA TATCAACTTA GGCATCATGT ATATGGAGGG CAGGGGAGTT CCAAGTAACT ATGCGAAAGC GACAGAATGT TTTAGAAAAG CGATGCATAA GGGCAATGTG GAAGCTTATA TTCTCCTAGG GGATATTTAT TATAGCGGGA ATGATCAATT GGGTATTGAG CCGGACAAAG ATAAGGCTGT TGTCTATTAT AAAATGGCGG CTGATGTGAG TTCTTCTAGA GCTTATGAAG GGTTGTCAGA GTCTTATCGG TATGGGTTAG GCGTGGAAAA AGATAAAAAA AAGGCTGAAG AATACATGCA AAAAGCATGC GATTTTGACA TTGATAAAAA TTGTAAGAAA AAGAACACTT CAAGCCGATA A (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:45:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1974 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1974 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:45:
ATGAGAAAAC TATTCATCCC ACTTTTATTA TTCAGCGCTT TAGAAGCGAA CGAGAAAAAC GGCTTTTTCA TAGAAGCCGG CTTTGAAACT GGGCTATTAG AAGGCACACA AACGCAAGAA AAAAGACACA CCACCACAAA AAACACTTAC GCAACTTACA ATTATTTACC CACAGACACG ATTTTAAAAA GAGCGGCTAA TTTATTCACC AATGCCGAAG CGATTTCAAA ATTAAAATTC TCATCTTTAT CCCCTGTTAG AGTGTTGTAT ATGTATAATG GTCAATTAAC TATAGAAAAC TTCTTGCCTT ATAATTTAAA TAATGTTAAG CTTAGTTTTA CAGACGCTCA AGGCAATGTG
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
771
120
180
240
300
360
138
ATCGATCTAG GCGTGATAGA GACTATCCCC AAACACTCTA AGATTGTTTT GCCCGGAGAG 420 GCATTTGATA GTCTAAAAAT TGACCCCTAT ACTTTATTTC TTCCAAAAAT TGAAGCCACT 480 AGCACTTCTA TTTCTGACGC TAACACGCAG AGGGTGTTTG AAACGCTCAA TAAGATTAAG 540 ACAAATTTGG TCGTAAATTA TAGGAATGAA AACAAATTTA AAGATCACGA AAATCATTGG 600 GAAGCCTTTA CCCCACAAAC CGCAGAAGAA TTCACTAATT TAATGTTGAA CATGATCGCT 660 GTTTTAGACT CCCAATCTTG GGGCGATGCG ATCTTAAACG CTCCTTTTGA GTTCACTAAC 720 AGCCCAACAG ATTGCGATAA TGATCCTTCA AAATGCGTAA ATCCTGGGAC AAACGGGCTT 780 GTCAATTCTA AAGTCGATCA AAAATATGTG TTAAACAAAC AAGACATTGT CAATAAATTT 840 AAAAACAAAG CGGATCTTGA TGTAATTGTT TTAAAGGATT CAGGGGTTGT AGGGCTTGGG 900 AGTGATATTA CCCCTAGCAA CAATGATGAT GGCAAGCATT ATGGCCAGTT AGGGGTAGTA 960
GCTTCTGCTT TAGATCCTAA AAAACTCTTT GGCGATAACC TTAAGACTAT CAATTTAGAG 1020
GATTTAAGAA CCATCTTGCA TGAATTCAGC CACACTAAAG GCTATGGGCA TAACGGGAAT 1080
ATGACCTATC AAAGAGTGCC GGTAACGAAA GATGGTCAAG TGGAAAAGGA TAGTAATGGC 1140
AAGCCAAAAG ATTCTGATGG CCTCCCCTAT AATGTGTCITT CGCTTTATGG GGGATCCAAT 1200
CAGCCCGCTT TCCCTAGCAA CTACCCTAAT TCCATCTATC ACAATTGTGC GGATGTCCCG 1260
GCTGGCTTTT TAGGGGTAAC AGCAGCGGTT TGGCAGCAGC TCATCAATCÄ AAACGCCTTG 1320
CCGATCAACT ACGCTAACTT GGGGAGTCAA ACAAACTACA ACCTAAACGC TAGTTTAAAC 1380
ACGCAAGATT TAGCCAATTC CATGCTCAGC ACCATCCAAA AAACCTTTGT AACTTCTAGC 1440
GTTACCAACC ACCATTTTTC AAACGCATCG CAAAGTTTTA GAAGCCCTAT TTTAGGGGTT 1500
AACGCTAAAA TAGGCTATCA AAACTACTTT AATGATTTCA TAGGGTTGGC TTATTATGGC 1560
ATCATCAAAT ACAATTACGC TAAAGCTGTT AATCAAAAAG TCCAGCAATT GAGCTATGGT 1620
GGGGGGATAG ATTTGTTATT GGATTTCATC ACCACTTACT CCAATAAAAA TAGCCCTACA 1680
GGCATTCAAA CCAAAAGGAA TTTTTCTTCA TCTTTTGGTA TCTTTGGGGG GTTAAGGGGC 1740
TTGTATAACA GCTATTATGT GTTGAACAAA GTCAAAGGAA GCGGCAATTT AGATGTGGCT 1800
ACCGGGTTGA ACTACCGCTA TAAGCATTCT AAATATTCTG TAGGGATTAG CATCCCTTTA 1860
ATCCAAAGAA AAGCTAGCGT CGTTTCTAGC GGTGGCGATT ATACGAACTC TTTTGTTTTC 1920
AATGAAGGGG CTAGCCACTT TAAGGTGTTT TTCAATTACG GGTGGGTGTT TTAG 1974 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:46:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 504 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová {ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...504 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:46:
ATGAAATTGG TGAGTCTTAT TGTAGCGTTA GTTTTTTGTT GTTTTTTAGG GGCTGTAGAG 60 TTGCCTGGAG TTTATCAAAC TCAAGAATTT TTATACATGA AAAGCTCTTT TGTGGAGTTT 120 TTTGAGCATA ACGGGAAGTT CTATGCCTAT GGTATTTCTG ATGTGGATGG CTCTAAAGCC 180 AAAAAAGACA ÄACTCAATCC TAACCCAAAG CTAAGGAATC GCAGCGATAA AGGCGTGGTG 240 TTTTTAAGCG ATTTGATTAA GGTTGGGGAA CAATCTTATA AAGGCGGTAA GGCGTATAAT 300 TTTTATGACG GCAAGACCTA CCATGTGAGA GTCACTCAAA ATTCAAACGG GGATTTGGAA 360 TTCACTTCAA GCTATGACAA ATGGGGGTAT GTGGGCAAAA CCTTCACCTG GAAACGCCTG 420 AGCGATGAAG AAATCAAAAA TCTAAAGCTC AAGCGTTTTA ACTTGGACGA AGTCCTTAAA 480 ACCCTCAAAG ATAGCCCTAT TTAA 504 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:47:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 885 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina
139 (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1. . .885
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:47:
ATGAGTAATC AAGCGAGCCA TTTGGATAAT TTTATGAACG CTAAAAATCC CAAAAGTTTT TTTGATAATA AGGGGAATAC CAAATTCATC GCTATCACAA GCGGTAAGGG GGGCGTGGGG AAATCCAACA TTAGCGCTAA TTTAGCTTAC TCTTTATACA AGAAAGGTTA TAAGGTAGGG GTATTTGATG CGGATATTGG TTTAGCGAAT TTAGATGTCA TTTTTGGGGT GAAAACCCAT AAAAATATCT TGCATGCCTT AAAAGGCGAA GCCAAATTGC AAGAAATCAT TTGCGAGATT GAACCCGGGC TTTGCTTAAT CCCTGGGGAT AGCGGCGAAG AAATTTTAAA ATACATCAGC GGCGCGGAAG CTTTGGATCG ATTCGTAGAT GAAGAGGGGG TTTTAAGCTC TTTAGATTAT ATTGTGATTG ATACGGGTGC TGGGATTGGG GCCACTACGC AAGCGTTTTT GAATGCGAGC GATTGCGTGG TGATTGTTAC CACACCCGAT CCTTCAGCGA TTACCGATGC GTATGCATGC ATTAAAATCA ACTCCAAGAA TAAAGATGAA TTGTTCCTTA TCGCTAACAT GGTAGCCCAA CCTAAAGAAG GCAGGGCGAC TTATGAAAGG CTATTCAAGG TGGCTAAAAA CAATATCGCT TCATTAGAAT TGCACTATTT AGGGGCGATT GAAAACAGCT CCTTATTGAA ACGCTATGTG AGGGAGCGAA AGATTTTGAG GAAAATAGCC CCTAACGATT TGTTTTCGCA ATCCATTGAC CAGATAGCGA GCCTTTTAGT TTCTAAACTA GAAACCGGCA CTTTAGAAAT ACCAAAAGAA GGTTTAAAAA GCTTTTTTAA AAGGCTTTTG AAGTATTTGG GGTAG (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:48:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1119 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1119 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:48:
TTGGAACCTT CAAGAAATCG CCTAAAACAT GCCGCCTTTT TTGTGGGGCT TTTTATCGTT TTGTTTTTAA TTATAATGAA GCACCAAACC TCCCCCTATG CTTTCACGCA TAATCAAGCC CTTGTCACTC AAACCCCCCC CTATTTCACG CAACTCACTA TCCCTAAACC AAATGACGCT TTAAGCGCGC ATGCGAGCTC TTTAATCAGC TTGCCTAACG ACAATCTTTT GAGCGCTTAT TTTAGCGGCA CTAAAGAAGG GGCAAGGGAT GTGAAAATCA GCGCGAATCT TTTTGACAGC AAGACTAATC GCTGGAGCGA AGCCTTCATT CTTTTAACCA AAGAAGAGCT TTCTCATCAT TCGCATGAAT ACATCAAAAA ATTAGGTAAC CCCTTGCTTT TTTTGCATGA TAATAAAATT TTGTTGTTTG TCGTAGGGGT GAGCATGGGC GGGTGGGCCA CTTCTAAAAT CTATCAATTT GAAAGCGCTT TAGAGCCGAT TCATTTTAAG TTTGCGCGAA AACTCTCTTT AAGCCCTTTT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
885
120
180
240
300
360
420
480
540
140
TTAAATTTGA GCCATTTAGT AAGGAATAAG CCTTTAAACA CCACTGATGG CGGGTTTATG 600
CTACCACTCT ATCACGAATT AGCCACCCAA TACCCCTTGT TGTTGAAATT TGACCAACAA 660
AATAACCCAA GAGAGCTTTT AAGGCCTAAT ACCTTAAACC ACCAGCTCCA ACCAAGCTTA 720
ACCCCCTTTA AAGACTGCGC TGTCATGGCG TTTAGAAACC ATTCTTTTAA AGATAGCCTC 780
ATGCTAGAAA CCTGTAAAAC CCCCACTGAT TGGCAAAAAC CCATTTCTAC AAATCTTAAA 840
AACTTAGATG ATTCTTTAAA TTTACTCAAT TTAAATCCAA TATTGTATTT GATCCACAAC 900
CCTAGCGATT TATCACTGCG TCGTAAAGAA CTTTGGCTTT CTAAATTAGA AAACTCCAAC 960
TCGTTTAAAA CCTTAAAAGT TTTGGATAAA GCGAATGAAG TGAGTTACCC AAGCTATAGC 1020
CTTAATCCGC ATTTTATAGA TATTGTCTAT ACTTACAACC GCTCTCATAT CAAACACATC 1080
CGTTTCAATA TGGCTTATTT AAATTCCCTT CTCAAGTGA 1119 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:49:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 2937 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...2937
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:49:
ATGAAGAAAA GAAAACATGT ATCCAAGAAA GTGTTTAATG TCATTATCTT GTTTGTGGCA 60 GTATTCACTC TTTTAGTCGT CATTCACAAA ACCCTTTCAA ACGGCATTCA CATACAAAAT 120 TTAAAAATTG GAAAACTTGG CATTTCTGAA TTATACTTAA AACTCAATAA CAAGCTTTCT 180 TTGGAAGTTG AGCGGGTTGA TCTCTCTTCT TTCTTCCATC AAAAACCCAC TAAAAAGCGT 240 TTAGAAGTTT CTGATTTGAT TAAAAATATC CGTTATGGCA TTTGGGCGGT GTCTTATTTT 300 GAAAAACTTA AAGTCAAAGA AATCATTTTA GACGATAAAA ATAAAGCCAA TATCTTTTTT 360 GATGGGAATA AATACGAGTT AGAATTTCCA GGAATCAAAG GGGAATTTTC CCTAGAAGAC 420 GATÄAAAATA TCAAGCTTAA AATCATCAAT TTGCTTTTTA AAGATGTTAA AGTCCAAGTG 480 GATGGCAACG CCCACTATTC ACCCAAAGCC AGGAAAATGG CGTTCAATTT GATTGTCAAG 540 CCCTTAGTTG AACCCAGCGC TGCAATTTAT TTGCAAGGGC TAACCGATTT AAAAACCATA 600 GAATTAAAAA TTAACACTTC TCCAATGAAA AGCCTAGCGT TTTTAAAGCC TCTTTTCCAA 660 CGCCAATCGC AAAAAAATTT AAAAACGTGG ATTTTTGACA AGATCCAATT TGCCAGCTTT 720 AAGATTGATA ACGCTTTAAT CAAGGCTAAT TTCACTCCTA GCGAGTTTAT CCCATCGCTT 780 TTGGAAAATT CTGTAGTTAA AGCCACTTTG ATTAAGCCTT CAGTCGTTTT TAATGATGGC 840 TTATCGCCCA TTAAAATGGA TAAAACCGAA TTGATTTTCA AAAACAAACA GCTCCTCATA 900 CAGCCCCAAA AAATCACTTA TGAAACCATG GAATTAACCG GCTCTTACGC CACTTTTTCC 960 AATTTGTTAG AAGCCCCTAA GTTGGAGGTT ΤΤΤΤΤΑΑΛΑΑ CGACCCCTAA TTATTATGGC 1020 GATAGCATTA AGGATTTATT GAGCGCTTAT AAAGTCGTTT TACCTTTGGA TAAAATCAGC 1080 ATGCCATCTA GCGCGGATTT GAAGCTCACT TTGCAATTCT TAAAAAACAC CGCCCCCTTA 1140 TTTAGCGTTC AAGGCAGCGT TAATTTGCAA GAAGGCACTT TCTCGCTCTA TAATATCCCC 1200 CTTTACACGC AAAGCGCTCA AATCAATTTG GACATCGCCC AAGAATACCA ATACATCTAC 1260 ATAGACACGA TCCACACGCG CTATGCAAAC ATGCTGGATT TAGACGCTAA AATCGCTTTA 1320 GATTTAGGTC AAAAAAACCT TTCTTTGGAT TCTTTAGTCC ATAAAATCCA AGTCAATACC 1380 AATAACÄATA TCAACATGCG CTCTTATGAT CCCAATAACA CTCAAGAAGA TCCGCAAACT 1440 AACTTTACTT TGGATCTAAA AAGCTTGCAT TCTATCATTC AAGAGGGTGA AAATTCAGAA 1500 GTTTTTAGAA GAAAAATCAT AGACACCATT AAAGCCCAAA GCGAAGATAA ATTCACTAAA 1560 GATGTTTTTT ACGCCACAGG AGACACTCTC AAAAGCCTGT CGTTGAGTTT TGATTTTTCC 1620 AACCCCGATC ACATACAATG GAGCGTGCCA CAACTCTTAT TAGAAGGCGA ATTTAAAGAT 1680 AACGCCTATA CTTTTÄAGAT CAAAGATTTG AAAAAGATCA AGCCCTATTC CCCCATTATG 1740 GACTATATTG CCCTAAAAGA CGGCTCTTTA GAGGTTTCTA CGAGCGATTT TGTCAATATT 1800 GATTTTTTTG CTAAAGATTT GAAAATCAAC CTCCCCATTT ATAGGAGCGA TGGATCGCAT 1860 TTTGATTCTT TTTCTTTATT TGGCTCTATC AATAAAGATG AAATTTCTGT CTATACTCCA 1920
141
AGCAAAAGCA TATCCATAAA AGTTAAGGGG GATCAAAAGG ATATTACCCT TAATAACATT GATTTGAGTA TTGATGATTT CTTGGATAGT AAAATGCCAG CTATTGCGGG ATTATTCTCA AAAGAACGAA AAGAAAAGCC TAGCTCTAAA GAAATCCAAG ATGAAGATGT TTTCATTAGC GCCAAACAAC GCTATGAAAA AGCCCACAAA ATTATCCCCA TCTCTACACG CATCCATGCT AAAGATGTCG TGCTGATCTA TAAAAAAATG CCTTTTCCTT TAGAAAATCT TGATATTGTC GCTCAAGACG ATAGGGTGAA AATTGATGGC AATTATAAAA ACGCCATGAT CATGGCGGAT TTAGTGCATG GGGCTTTGTA TCTTAAGGCT CATAATTTTA GCGGGGATTA TATCAACACC ATTCTTCAAA AAGATTTCGT AGAAGGAGGC TTATTCACGC TTATTGGGGC TCTTGAAGAT CAGGTTTTCA ATGGCGAATT GAAATTCCAA AACACAAGCT TAAAGAATTT CGCCCTCATG CAAAACATGG TCAATCTCAT CAACACCATT CCCTCCCTCA TTGTCTTTAG AAACCCTCAT TTAGGGGCTA ATGGCTATCA AATCAAAACC GGCTCCGTTG TGTTTGGGAT CACTAAAGAA TATTTAGGGT TAGAAAAAAT TGATCTTGTC GGCAAAACGC TTGATATTGC TGGCAATGGA ATCATTGAAT TAGACAAAAA CAAATTAGAT TTAAACTTAG AAGTTTCCAC TATCAAGGCT TTGAGTAATG TCTTAAATAA AATCCCTATC GTGGGCTATC TCGTTTTAGG AAAAGGAGGT AAAATCACCA CTAACGTGAA TGTCAAAGGC ACGTTGGATA AGCCTAAAAC CCAAGTAACT TTAGCGTCAG ATATTATCCA AGCGCCTTTT AAÄATCTTAC GCCGTATTTT CACGCCTATT GACATCATCG TGGATGAAGT CAAGAAAAAC ATTGATTCAA AAAGGAAATT AAAATGA (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:50:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1434 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...1434
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:50:
ATGAATACTA TTATAAGATA TGCGAGTTTA TGGGGCTTGT GTATTACTCT AACTCTAGCG CAAACCCCCT CTAAAACCCC TGATGAAATC AAGCAAATCC TTAACAATTA TAGCCATAAG AATTTAAAGC TCATTGATCC GCCGACAAGT TCTTTAGAAG CGACACCGGG TTTTTTACCC TCGCCTAAAG AAACAGCGAC CACGATCAAT CAAGAGATCG CTAAATACCA TGAAAAAAGC GATAAAGCCG CTTTGGGGCT TTATGAATTG CTAAAGGGGG CTACCACCAA TCTCAGTTTG CAAGCGCAAG AACTCAGTGT CAAGCAAGCG ATGÄAGAACC ACACCATCGC CAAAGCGATG TTTTTGCCTA CTTTGAACGC GAGTTATAAT TTTAAAAATG AAGCTAGGGA TACTCCAGAA TATAAGCATT ATAACACCCA ACAACTCCAA GCTCAAGTCA CATTGAATGT GTTTAATGGC TTTAGCAATG TGAATAATGT CAAAGAAAAG TCTGCGACTT ACCGATCCAC TGTGGCTAAT TTAGAATATA GCCGCCAAAG CGTGTATTTG CAAGTGGTGC AACAATACTA CGAGTATTTT AACAATCTCG CTCGCATGAT CGCTTTGCAA AAGAAATTAG AGCAAATCCA AACGGACATT AAAAGGGTTA CTAAGCTCTA TGACAAAGGG CTGACCACGA TTGATGATTT ACAAAGCTTA AAAGCGCAAG GGAATTTGAG CGAATACGAT ATTTTGGACA TGCAATTTGC TTTGGAGCAA AACCGCTTGA CTTTAGAATA CCTCACTAAC CTCAGTGTGA AAAATTTGAA AAAGACCACG ATTGATGCGC CTAATTTGCA ATTAAGAGAA AGGCAGGATT TGGTTTCTTT AAGGGAGCAG ATTTCTGCAC TCAGATACCA AAACAAGCAA CTCAATTATT ACCCCAAGAT AGATGTGTTT GACTCATGGC TTTTTTGGAT CCAÄAAACCC GCTTATGCCA CAGGGCGTTT TGGGAATTTC TACCCAGGTC AGCAAAATAC GGCTGGGGTT ACTGCGACTT TGAATATTTT TGATGATATA GGGTTGAGCT TGCAAAAACA ATCCATCATG CTAGGCCAAT TAGCGAATGA AAAGAATTTA GCGTATAAAA AATTGGAGCA AGAAAAAGAC GAACAGCTTT ACAGAAAGTC GCTTGATATT GCCAGAGCTA AGATTGAATC TTCAAAGGCT AGTTTGGATG CGGCCAATCT TTCTTTTGCC AATATTAAAA GGAAATACGA CGCTAATTTA GTGGATTTCA CTACCTATTT AAGGGGCTTA ACCACGCGCT TTGATGCAGA AGTGGCTTAC AATTTAGCGC TCAACAATTA CGAAGTGCAA AAAGCCAATT ACATTTTTAA CAGCGGGCAT AAAATAGACG ACTATGTGCA TTAA
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2937
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1434
142 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:51:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1239 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1239 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:51:
ATGCTATCTT TTATAAGCGC GTTTGATAAA AGGGGCGTTT CAATACGCCT TCTAACAGCC 60
TTGTTACTGC TTTTTAGTTT GGGTTTGGCT AAAGATTTAG AAATCCAAAC TTTTGTGGCT 120
AAATACCTTT CTAAAAATCA AAAAATACAA GCCCTACAGG AGCAAATTGA CGCTTTAGAT 180
TCTCAAGAAA AAGTCGTTAG CAAATGGGAT AACCCTATTT TGTATTTAGG CTATAACAAC 240
GCTAACGTGA GCGATTTTTT CAGGCTGGAT AGCACCTTAA TGCAAAACAT GAGCTTGGGT 300
TTGTCTCAAA AAGTGGATTT AAATGGTAAA AAACTCACGC AGTCTAAAAT GATCAATTTA 360
GAAAAACAAA AAAAAATATT AGAGCTTAAA AAAACCAAGC AGCAATTGGT GATTAATTTA 420
ATGATAAACG GCATTGAAAA CTATAAAAAC CAACAÄGAAA TAGAGCTTTT AAACACAGCG 480
ATTAAAAATT TAGAAAACAC CCTCTATCAA GCCAACCATT CCAGTTCGCC CGATTTAATA 540
GCGATCGCCA AGTTAGAAAT TTTAAAATCG CTATTAGAAA TCCAAAAAAA CGATTTAGAA 600
GTAGCGCTCT CTAGCAGCCA TTATTCCATG GGCGAATTGA CTTTTAAAGA AAACGAGATT 660
TTAAGCATTG CCCCTAAAAA TTTTGAATTC AATAACGAGC AAGAGCTGCA TAACATTAGC 720
GCCACTAATT ACGATATTGC GATCGCCAGG CTTGATGAAG AAAAAGCACA AAAAGACATC 780
ACTCTGGCTA AAAAAAGCTT TTTAGAAGAC ATAAACGTTA CCGGGGTGTA TTATTTCCGC 840
TCCAAACAAT ACTATAACTA CGACATGTTT AGCGTCGCTT TGTCTATCCC TTTACCTCTT 900
TATGGCAAGC AGGCTAAATT AGTGGAGCAA AAGAAAAAAG AAAGCTTGGC GTTTAAAAGC 960
GAAGTGGAAÄ ACGCCAAAAA CAAAACGCGC CACCTGGCCC TAAAACTCCT TAAAAAATTA 1020
GAAACCTTGC AAAAAAACCT GGAATCGATC AATAAAATCA TCAAACAGAA TGAAAAAATC 1080
GCGCAAATTT ATGCGCTTGA TTTGAAAACT AATGGCGATT ACAACGCTTA TTACAACGCC 1140
TTGAATGACA AAATCACTAT TCAAATCACC CAGCTTGAAA CCTTAAGCGC TCTAAATAGT 1200
GCTTATTTGT CCTTACAAAA TCTCAAAGGA TTAGAATGA 1239 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:52:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 414 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...414
143 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:52:
ATGCGTATAG TTAGAAATTT ATTTCTTGTA TCGTTTGTGG CGTATAGTAG TGCGTTCGCA 60 GCGGATTTAG AAACCGGAAC CAAAAACGAC AAAAAGAGCG GTAAAAAATT TTACAAACTC 120 CATAAAAACC ATGGCTCAGA AACCGAGACT AAAAACGATA AAAAGCTTTA TGATTTCACT 180 AAAÄATAGCG GATTAGAAGG CGTGGATTTA GAAAAAAGCC CTAACCTTAA AAGCCATAAA 240 AAAAGCGATA AAAAGTTTTA TAAACAACTC GCTAAAAACA ATATCGCTGA AGGGGTGAGC 300 ATGCCGATTG TGAATTTCAA TAAAGCCCTA TCTTTTGGGC CTTATTTTGA AAGGACTAAA 360 AGCAAAAAAA CCCAATACAT GGACGGCGGG TTGATGATGC ACATCCGTTT TTAA 414 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:53:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 930 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...930 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:53:
TTGATGCCAC AAAACCAGCT TGTGATCACC ATCATTGATG AATCAGGCTC TAAGCAACTC 60 AAATTTTCTA AAAATTTAAA ACGCAACCTC ATCATTTCTG TTGTCATTCT TTTATTGATC 120 GTGGGGCTTG GCGTGGGGTT TTTAAAATTT TTAATCGCTA AAATGGATAC GATGACAAGC 180 GAGAGGAATG CGGTTTTAAG GGATTTTAGG GGTTTGTATC AAAAAAATTA CGCCCTAGCG 240 AAAGAGATTA AAAACAAGCG AGAAGAGCTT TTTATTGTGG GGCAAAAGAT CCGTGGGCTA 300 GAATCCTTGA TTGAAATCAA AAAGGGGGCT AATGGGGGAG GGCATCTCTA TGATGAAGTG 360 GATTTAGAAA ATTTGAGCTT AAATCAAAAA CATTTAGCAC TCATGCTCAT TCCTAATGGC 420 ATGCCCCTAA AAACTTATAG CGCTATCAAA CCCACTAAAG AAAGGAACCA CCCCATTAAA 480 AAGATTAAGG GCGTTGÄATC CGGGATCGAT TTTATCGCGC CATTGAACAC GCCTGTGTAT 540 GCGAGCGCTG ATGGGATTGT GGATTTTGTG AAGACTCGTT CTAATGCGGG GTATGGGAAC 600 TTGGTGCGCA TTGAACATGC GTTTGGTTTC AGCTCCATTT ATACGCACTT AGATCATGTC 660 AATGTGCAGC CTAAAAGCTT CATCCAAAAA GGGCAGTTGA TTGGCTATAG CGGGAAGAGC 720 GGTAATAGCG GCGGCGAAAA ATTGCATTAT GAAGTGCGGT TTTTGGGTAA AATTTTAGAC 780 GCAGAAAAAT TCCTAGCATG GGATTTGGAT CATTTTCAAA GCGCTTTAGA AGAAAATAAA 840 TTTATTGAAT GGAAGAATCT GTTTTGGGTT TTAGAAGACA TCGTCCAGCT CCAAGAGCAT 900 GTGGATAAAG ACACCTTAAA AGGTCAGTAG 930 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:54:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 999 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
144 (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...999 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:54:
GTGCTATATT TTTTAACCAG TTTATTTATT TGCTCTTTGA TTGTTTTGTG GTCTAAAAAA 60 TCCATGCTCT TTGTGGATAA CGCTAATAAA ATCCAAGGGT TCCATCATGC AAGAACCCCA 120 CGAGCCGGGG GGCTTGGGAT CTTTCTTTCT TTTGCGTTCG CTTGTTATCT TGAACCTTTT 180 GAGATGCCTT TTAAGGGGCC TTTTGTTTTC TTAGGGCTAT CGCTAGTGTT TTTGAGCGGT 240 TTTTTAGAAG ACATTAACCT TTCATTAAGC CCCAAAATAC GCCTTATTTT GCAAGCTGTA 300 GGGGTCGTTT GCATCATTTC ATCAACGCCT TTAGTGG'ľCA GCGATTTTTC GCCCCTTTTT 360 AGCTTGCCTT ATTTCATCGC TTTTTTATTC GCTATTTTTA TGCTGGTGGG TATCAGTAAC 420 GCTATTAATA TCATTGACGG GTTTAACGGG CTTGCATCTG GGATTTGCGC GATCGCGCTT 480 TTAGTCATTC ATTATATAGA CCCTAGCAGT TTGTCTTCTT TGCTCGCTTA CATGGTGCTT 540 GGGTTTATGG TGTTAAATTT CCCTTCAGGA AAGATTTTTT TAGGCGATGG GGGGGCGTAT 600 TTTTTGGGTT TGGTGTGCGG GATTTCTCTC TTGCATTTGA GTTTGGAGCA AAAAATCAGC 660 GTGTTTTTTG GGCTCAATTT AATGCTTTAT CCGGTCATAG AGGTGCTTTT TAGTATCCTT 720 AGGCGCAAAA TAAAACGCCA GAAAGCCACC ATGCCGGATA ATTTGCATTT GCACACCCTT 780 TTATTTAAAT TCTTGCAACA ACGCTCTTTC AATTACCCTA ACCCTTTATG CGCGTTTATC 840 CTTATTCTAT GCAACCTGCC TTTTATTTTA ATAAGCGTTT TGTTTCGCTT GGACGCTTAT 900 GCGCTCATTG TGATTAGCCT AGTCTTTATC GCATGCTATT TAATAGGCTA TGCTTATTTG 960 AATAGGCAAG TTTGCGCTTT AGAAAAGCGG GCGTTTTAA 999 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:55:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 816 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...816 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č..-55:
ATGAACATAT TCAAGCGTAT TATTTGCGTA ACCGCTATTG TTTTAGGTTT TTTTAACCTT 60 TTAGACGCCA AACACCACAA AGAAAAAAAA GAAGACCACA AAATCACTCG TGAGCTTAAA 120 GTGGGCGCTA ACCCTGTGCC GCATGCGCAA ATCTTGCAAT CAGTTGTGGA TGATTTGAAA 180 GAGAAAGGGA TCAAATTAGT GATCGTGTCT TTTACGGATT ATGTGTTGCC TAATTTAGCG 240 CTCAATGACG GCTCTTTAGA CGCGAATTAC TTCCAGCACC GCCCTTATTT GGATCGGTTT 300 AATTTGGACA GAAAAATGCA CCTTGTTGGT TTGGCCAATA TCCATGTGGA GCCTTTAAGA 360 TTTTATTCTC AAAAAATCAC AGACATTAAA AACCTTAAAA AAGGCTCAGT GATTGCTGTG 420 CCAAATGATC CGGCCAATCA AGGCAGGGCG TTGATTTTAC TCCATAAACA AGGCCTTATC 480 GCTCTCAAAG ACCCAAGCAA TCTATACGCT ACGGAGTTTG ATATTGTCAA AAATCCTTAC 540 AACATCAAAA TCAAACCCCT AGAAGCTGCG TTATTGCCTA AGGTTTTAGG GGATGTGGAT 600 GGGGCTATCA TAACAGGGAA TTATGCCTTG CAAGCAAAAC TCACCGGAGC CTTATTTTCA 660 GAAGATAAGG ACTCGCCTTA TGCTAATCTT GTAGCCTCTC GTGAGGATAA TGCGCAAGAT 720 GAAGCGATAA AAGCGTTGAT TGAAGCCTTA CAGAGCGAAA AGACCAGGAA ATTCATTTTG 780 GATACCTATA AGGGGGCGAT TATCCCGGCT TTTTAA 816 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:56:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
145 (A) DĹŽKA: 951 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...951 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.-.56:
ATGCAAGAAT TCAGTTTGTG GTGCGATTTT ATAGAAAGGG ATTTTTTAGA AAACGATTTT TTAAAGCTCA TCAATAAGGG GGCTATTTGC GGGGCGACGA GTAACCCTAG TTTGTTTTGC GAAGCGATCA CAAAAAGCGC GTTTTATCAA GATGAAATCG CTAAACTCAA AGGCAAAAAA GCTAAAGAAA TTTATGAAAC TCTGGCACTA AAGGATATTT TACAAGCCTC TAGCGCGTTA ATGCCTTTGT ATGAAAAAGA CCCTAACAAC GGCTACATCA GCCTAGAAAT TGACCCCTTT TTAGAAGACG ATGCGATTAA AAGCATTGAT GAAGCCAAGC GGTTATTCAA AACATTAAAC CGCCCCAATG TGATGATTAA AGTCCCGGCG AGTGAAAGCG CTTTTGAAGT CATTAGCGCT CTGGCTCAAG CCTCTATCCC CATTAATGTA ACTTTAGTCT TTTCGCCTAA AATTGCCGGT GAAATCGCTC AAATCTTAGC CAAAGAAGCA CGAAAAAGAG CGGTCATTAG CGTGTTTGTC TCACGATTTG ACAAAGAAAT AGACCCACTA GTGCCACAAA ATTTGCAAGC TCAAAGTGGG ATCATGAACG CTACCGAGTG TTATTATCAA ATCAACCAGC ATGCTAATAA GCTAATAAGC ACCCTTTTTG CATCCACCGG CGTTAAATCT AATTCTTTAG CTAAAGATTA CTACATTAAA GCGCTGTGTT TTAAAAACTC TATCAACACA GCCCCCCTAG ACGCCCTAAA CGCTTATTTG CTTGACCCAA ACACCGAGTG TCAAACCCCT TTAAAAATCA CAGAAATTGA AGCGTTCAAA AAAGAATTAA AAACGCACAA TATTGATTTA GAAAACACCG CCCAAAAACT CCTTAAAGAA GGCTTGATAG CGTTCAAACA ATCCTTTGAA AAGCTTTTAA GCAGTTTTTG A (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:57:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 783 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...783 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:57:
ATGAAAACAA ATGGTCATTT TAAGGATTTT GCATGGAAAA AATGCTTTTT AGGCGCGAGC GTGGTGGCTT TATTAGTGGG GTGTAGCCCG CATATTATTG AAACCAATGA AGTTGCTTTG AAATTGAATT ACCATCCAGC TAGCGAGAAA GTTCAAGCGT TAGATGAAAA GATTTTACTT TTAAGGCCAG CTTTCCAATA CAGCGATAAT ATTGCTAAAG AGTATGAAAA CAAATTCAAG AATCAAACCA CGCTTAAAGT TGAAGAGATC TTGCAAAATC AGGGCTATAA GGTTATTAAT GTGGATAGCA GCGATAAAGA CGATTTTTCT TTTGCGCAAA AAAAAGAAGG GTATTTGGCT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
951
120
180
240
300
360
146
GTCGCTATGA ATGGCGAAAT TGTTTTACGC CCCGATCCTA AAAGGACCAT ACAGAAAAAA 420
TCAGAACCCG GGTTATTATT CTCCACTGGT TTGGATAAAA TGGAAAGGGT TTTAATCCCG 480
GCTGGGTTTG TCAAGGTTAC CATACTAGAG CCTATGAGTG GGGAATCTTT GGATTCTTTT 540
ACGATGGATT TGAGCGAGTT GGACATCCAA GAAAAATTCT TAAAAACCAC CCATTCAAGC 600
CATAGCGGAG GGTTAGTTAG CACTATGGTT AAGGGGACCC. ATAATTCTAA TGACGCAATT 660
AAGAGCGCTT TGAATAAGAT TTTTGCAAGT ATCATGCAAG AAATGGATAA GAAACTCACT 720
CAAAGGAATT TAGAATCTTA TCAAAAAGAC GCCAAGCiAAT TAAAAAACAA GAGAAACCGA 780
TAA 783 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:58:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 4149 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...4149
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:58:
TTGAATTTTA ATAACCTTAC GGCTAATGGG GCGTTAAATT TTAATGGTTA TGCGCCCTCT 60 TTAACTAAGG CTTTAATGAA TGTCAGCGGG CAGTTTGTTT TAGGGAATAA TGGGGATATT 120 AATTTATCTG ACATCAATAT CTTTGACAAC ATCACAAAAT CTGTAACTTA CAACATCTTA 180 AACGCTCAAA AAGGGATTAC TGGCATTAGT GGGGCTAATG GCTATGAAAA AATCCTTTTT 240 TATGGCATGA AAATCCAAAA CGCTACCTAT AGCGATAATA ACAACATCCA AACTTGGTCG 300 TTTATAAACC CTCTCAATTC TTCTCAAATC ATTCAAGAGA GCATTAAAAA TGGGGATCTA 360 ACCATAGAAG TTTTAAATAA CCCTAACTCG GCTTCCAACA CTATTTTTAA TATCGCTCCT 420 GAGCTTTATA ATTACCAAGA TTCTAAGCAA AATCCTACCG GCTATAGCTA TGATTATAGC 480 GACAATCAAG CAGGCACTTA TTACTTGACA AGCAACATTA AAGGTCTTTT CACCCCTAAA 540 GGCTCTCÄAA CGCCTCAAAC CCCAGGCACT TATAGCCCAT TTAACCAGCC TTTGAATAGT 600 TTGAATATCT ACÄATAAGGG TTTTTCTAGC GAGAATTTAA AAACGCTTTT AGGGATCCTT 660 TCTCAAAATT CCGCCACCTT AAAAGAAATG ATTGAATCCA ACCAACTAGA CAATATCACT 720 AACATTAATG AAGTGTTGCA ACTCTTAGAT AAGATTAAAA TCACCCAAGC GCAAAAGCAA 780 GCGCTCCTAG AAACGATCAA CCATTTGACT GACAACATCA ATCAAACCTT TAATAACGGG 840 AATCTCGTTA TAGGCGCTAC CCAAGATAAT GTTACAAACT CTACTAGCTC TATATGGTTT 900 GGGGGCAATG GCTATAGCAG CCCTTGCGCG CTAGATAGCG CCACTTGTTC TTCTTTTAGA 960 AACACTTACT TGGGGCAATT ATTAGGCTCA ACTTCCCCTT ATTTAGGCTA CATTAACGCT 1020 GATTTTAAAG CTAAAAGCAT TTATATTACC GGGACAATTG GAAGTAGTAA CGCTTTTGAA 1080 AGCGGAGGGA GCGCGGATGT AACCTTTCAA AGCGCTAATA ACTTAGTGTT GAATAAAGCT 1140 AACATAGAAG CTCAAGCCAC AGACAATATC TTTAATCTTT TGGGTCAAGA AGGGATTGAT 1200 AAAATCTTTA ATCAGGGGAA TTTAGCGAAT GTTCTTAGTC AAATGGCTAT GGAAAAAATC 1260 AAGCAAGCCG GCGGTTTAGG GAACTTTATA GAAAACGCTC TAAGCCCTTT GAGTAAGGAA 1320 TTACCCGCTA GCTTGCAAGA TGAAACCTTA GGCCAACTTA TAGGTCAAAA TAACTTAGAT 1380 GATTTATTGA ATAATAGTGG AGTCATGAAT GAAATCCAAA ACATTATCAG TCAAAAACTA 1440 AGCATTTTTG GCAATTTTGT TACCCCATCC ATCATAGAAA ACTACCTTGC TAAGCAGTCT 1500 TTAAAAAGCA TGCTAGACGA TAAAGGGCTT TTGAATTTTA TCGGTGGGTA TATAGACGCT 1560 TCTGAATTAA GCTCTATTTT AGGCGTGATT TTAAAGGATA TTACTAACCC CCCTACAAGC 1620 CTGCAÄAAAG ACATTGGTGT GGTAGCGAAC GACTTGTTGA ACGAGTTTTT AGGACAAGAT 1680 GTTGTCAAAA AGCTAGAAAG TCAAGGCTTG GTGAGTAATA TCATCAATAA TGTTATTTCT 1740 CAAGGCGGGT TGAGCGGCGT TTATAATCAA GGTTTAGGGA GCGTGTTGCC GCCCTCTTTA 1800 CAAAACGCGC TCAAAGAAAA CGATTTAGGC ACTCTTTTAT CGCCTAGAGG CTTGCATGAT 1860 TTTTGGCAAA AAGGGTATTT TAACTTTTTA AGCAATGliCT ATGTTTTTGT CAATAACAGC 1920 TCTTTTAGTA ACGCTACTGG GGGTAGTTTG AATTTTGTCG CCAACAAGTC TATTATCTTT 1980 AATGGCGATA ATACGATTGA CTTTAGCAAG TATCAAGGCG CATTGATTTT TGCTTCTAAT 2040
147
GGTGTTTCTA
GGTTTGAATA
ACAACCAAAA
GTGCACGCTA
TCTCAAGTAA
CAAGCTAATA
ATTGATGGTA
AATGTCATGG
AGTCATGCTA
ATCCAATTCA
GCCATTTATT
AAGCTTTATG
ACCTATAACG
TCTCAAAATC
AATGATCCTA
GGCGTTCAAA
AATAAAATCT
TCCACAAAAG
AACCCTAATT
ATGAGTCGTT
CGCTTAGAAG
ATTTTAAAAT
GGGGCTAGTT
AGGTTTATTA
GCAAACATCA
ATCAAAAGAA
ATCAACTCCT
ACGACTGACG
TTTAAACCCC
ATGGATGATC
CTÄACGATCA
GTGATTGCGG
TTCATCGGTA
ATTATCACAG
GCTAGGTTTG
GCTTTTTAA
ATATCAATAT
ATGTGAGCGT
ACAGCTCTCC
ATAATTTCAC
CAAATAATAG
ATTTAACGAT
ATTTCACCTT
GGAATTTTAA
TTATCAATAC
ACGCTTCTTC
ACGGGTATAA
CGCTCATTGA
GGCAAGCCGT
AATACATTTA
TCAATAACCC
GCGTGGATAG
TTGAAACTAA
ATTTAACCAC
TTAAAAATGA
TAGCCAAGCT
CCCTTAAAAA
ACTCTCAAAG
TCATTAGTGG
AGGGCGTGAT
CTCAATCAGG
GCGAGCTAAC
ATGACCCCCT
CTAAAATCAA
AAGTAGGCTT
CTATTTACAA
ATTTTGCCCT
ATGTGGGCAG
ATAACACCCT
GCGGGGAGAT
GGCTTGATTA
CACCACCCTA
TCAAAAAGGA
TGCAAACTCT
TTTCTTAGGC
CGTTATAGGC
CACCAACGCT
AAACCAACAA
TAGCTATGGC
TCAAGGCACA
AAAAGAAGTG
CAACCAAATC
TATTAATGGC
GAGCGTTAAA
CACTTCCATT
ACAAGCCCCC
CATCGATCAA
AGGAAGCCCT
GATCGCTGGA
CGCCACTAAT
CTCTGACACT
CAAGCGATTC
GAATAGAGTT
AGGTACTGGA
TGTGGGAGGT
CTCTAGCAAT
CATGAGCTTG
ACTCTCAATC
TTATGGCTAT
AAGCTATTAT
CCAATTCAGA
AGAAAGTCGG
AGACTTATTC
AAGCTATAGA
AAGATTGTTC
TAAAGATATT
AACGCCACTA
GAAATTTGTA
AGCGTAACCC
ACAATCATCT
ACGCTCAATC
TTTAACAACG
GCGACTTTAA
GATTTGGTGT
GCGACGATCA
GGTACTTACA
ACAGGAGGCA
AAGCACATGG
GATGGCGGTT
CTTTATAATA
ACTTTAAAAC
GCTGGGGGAA
TTATTCGCTC
GATATTGCTA
ATTTTACAGA
TCAACTTTCG
GCTGATGCGA
AAAAATAATG
ACTTTATATG
TATGCCGCTT
GTCAATGTGG
AATGAGACTT
ATCAATCAGT
GATTTCATGT
TACATTGGTT
GCCAATGCTG
CATTATTTCA
ATTAATTCTA
GATGGTGGCA
AAAACCTTTT
AATATTACCG
ATGGCTTAAG
TCAATTTAGC
CCACTAATGA
CTAATGGGGC
TCAATGAAAA
CCTCTAACTC
GCACTAACGC
TTAACCTCAG
TGGCCAATAA
CGCTGATTGA
GTAGCCTGGA
TGATGACTGA
TAGTTGTAGG
AAGTGAAAAT
AATATATCGC
ATCAAGCGAT
CCTATTATCT
ACACTTTAGA
TCAACACCTA
CCCGTTCTGA
TCCCTAACGC
TGTGGGCGAC
GTATCAATGT
ATGGGTATAG
GCGTTTATAG
GGGGATACAA
CTTACAGATA
TTAAAGATAA
TGTCTGGTTT
ACCCTAATAA
ATAAAAACTC
TGGGGGATAA
GATACAACAC
ATGTGAATGC
GAAATATTGG
CCTTAATGCG
CAATTGCCCT
GTCTTTAAGC
TATTGATTTG
TGCGACCTTG
TACGGCTAAT
TAGTGGTTTG
TCATTCAGTT
TAACCCTTTG
TAGCGCTAAA
TAATTACCTT
CAACGGCTTA
CTTTAAGGAC
CGCTGTTTCT
TCAAATTCAG
TAATTGGCTC
AGAGAGCCAC
AGTCATCGCT
CACGCAGCAA
TTTCTTAGAA
TATGGATGTG
AGGAGTTGGA
AGGGTATGAT
CGGGTTCCAT
CCGAGCGTTT
TAAAACTTTC
CGACACTTGG
AAGCGTTATT
AAGGGGCATT
AAAATCCGTT
TTATTATTTT
AATGGTGCGT
TTTTGCTAGC
GGGCATAGGG
TATGCGCTAT
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060
3120
3180
3240
3300
3360
3420
3480
3540
3600
3660
3720
3780
3840
3900
3960
4020
4080
4140
4149 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:59:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 789 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...789 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:59:
ATGAAAAAAA TTGGTTTGAG GAAGTGAGCG CTGAAGAGAT ATGAAAATCA ACCACACGAA GCAAGAGAGG ATTTAGAGGT TATTCTTTAG GGGGCGTGGC CTAGAAAATC AAAACGCTAG
CTTGTGTTTG GTTTTGAGTT TGCGGATATT TTCTACAAAC GGGGTTTTGC GCTAAAGGCG GCCACTACTC AATGAAAAAG GATGGACGAT AAAAGCAAGG TTGGACAATG GTGATGCTCA
TGGGTTTTTT AAAAGCCCAT TCAACGCCAA AGAGCCTAAA TGTTCCTCCC TAACCCGCAA AAATCCCTGC GTCTGTAAGG TTAGGGGAAT GGCGTTAAAA ATACAGAAAT CAATTTTGCC
120
180
240
300
360
148
AAAAACCCTG AAGAATTCGC CCAATTTTTT GAAATGAGAC TTCCTAAAAA TGGCAAGGTA 420 GATGAAGCAA GAATCAAAAA GCTTTACGAA GAAGTCCCCT CTTATAGGAA TTTTGCCGCC 480 TATATGAAAA CGATAGGGAT TAGCTCAAGC GTGGCTAATA CGCCTTATTA TAGCGTGCAT 540 GCGTTCAAGT TTAAAGATAA GAAAGAAAAA TTATTCÍCCTG CGAGGTGGAA ATTTGTGCCT 600 AAAGAGGGCG TTAAATACTT AAATCCTCAA GAATTAAAGC AAAAAGATTC AAATTATCTG 660 CTCTCTTCAT TCCAACAACA CCTTAAAAAT AAACCCATAG AATACCAAAT GTATTTGGTG 720 TTTGCGAATC AAAATGATGC CACCAACGAC ACGACCGCGC TTTGGAAAGG CAGCATAAGG 780 AATTATTAG 789 (2) INFORMÁCIE O SEKV. ¢.:60:
{i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 741 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KLÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...741
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:60:
ATGAAACAAT TTAAAAAGAA ACCAAAAAAG ATAAAACGAT CGCATCAAAA TCAAAAAACA 60 ATCTTAAAGC GTCCTTTATG GCTTATGCCT TTACTGATTG GCGGGTTTGC TAGTGGGGTG 120 TATGCGGATG GAACAGACAT TTTGGGGCTT AGTTGGGGGG AAAAAAGCCA AAAGGTATGC 180 GTGCATCGTC CATGGTATGC TATATGGAGT TGCGATAAAT GGGAGGAAAA AACACAACAA 240 TTTACAGGAA ACCAACTCAT CACAAAAACT TGGGCAGGGG GTAATGCGGC TAACTACTAC 300 CACTCTCAAA ACAACCAAGA CATCACAGCC ΑΑΤΤΤΑΑΛΛΑ ATGATAACGG CACTTATTTT 360 TTAAGCGGTC TGTATAACTA CACCGGAGGG GAATATAATG GGGGGAATTT AGACATTGAA 420 TTAGGCAGTA ACGCTACTTT TAATCTAGGT GCGAGTAGTG GGAATAGCTT CACTTCTTGG 480 TATCCTAATG GGCATACTGA TGTTACTTTT AGCGCTGGGA CTATCAATGT GAATAACAGC 540 GTAGAAGTGG GCAATCGTGT GGGATCGGGA GCTGGCACGC ACACCGGCAC AGCCACTTTA 600 AACTTGAACG CTAATAAGGT TACTATCAAT TCCAATATCA GCGCGTATAA AACTTCGCAA 660 GTGAATGTAG GCAATGCTAA CAGCGTTATT ACCATTAATT CGGTTTCTTT AAATGGGGAA 720 TACTTGCAGT TCTTTAGCTA G 741 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:61:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 738 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KLÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...738
149 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:61:
ATGATAAAAA AGACCCTTGC ATCGGTTTTA TTAGGATTGA GTTTGATGAG TGTGTTAAAT 60 GCCAAAGAAT GCGTTTCGCC CATAACAAGA AGCGTTAAGT ATCATCAGCA AAGTGCTGAG 120 ATCAGAGCCT TGCAATTACA AAGTTACAAA ATGGCGAAAA TGGCGCTAGA CAATAACCTT 180 AAGCTCGTTA AAGACAAAAA GCCAGCCGTC ATCTTGGATT TAGATGAAAC CGTTTTGAAC 240 ACTTTTGATT ATGCGGGCTA TTTAGTCAAA AACTGCATTA AATACACCCC AGAAACTTGG 300 GATAAATTTG AAAAAGAAGG CTCTCTTACG CTCATTCCTG GAGCGCTAGA CTTTTTAGAA 360 TACGCTÄATT CTAAGGGCGT TAAGATTTTT TACATTTCTA ACCGCACCCA AAAAAATAAG 420 GCATTCACTT TAAAAACGCT CAAAAGCTTT AAGCTCCCCC AAGTGAGTGA AGAATCCGTT 480 TTGTTAAAGG AAAAAGGCAA GCCTAAAGCC GTTAGGCGGG AGTTAGTCGC TAAGGATTAT 540 GCGATTGTTT TACAAGTGGG CGACACTTTG CATGATTTTG ACGCCATTTT TGCTAAAGAC 600 GCTAAAAACA GCCAAGAACA ACAAGCCAAA GTCTTGCAAA ACGCTCAAAA AľTCGGCACA 660 GAATGGATCA TTTTACCCAA CTCTCTTTAT GGCACATGGG AAGATGGGCC TATAAAAGCA 720 TGGCAAAATA AAAAATAA 738 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:62:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 867 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...867
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:62:
TTGTGGTGTT TAAAAACCCC TATCATAGGG CATGGCATGA AGAAAAAAGC AAAAGTCTTT 60 TGGTGTTGTT TTAAAATGAT TCGTTGGTTG TATTTGGCGG TCTTTTTTTT GTTGAGCGTA 120 TCAGACGCTA AAGAAATCGC TATGCAACGA TTTGACAAAC AAAACCATAA GATTTTTGAA 180 ATCCTTGCGG ATAAAGTGAG CGCCAAAGAC AATGTGATAA CCGCCTCAGG GAATGCGATC 240 CTATTGAATT ATGACGTGTA TATTCTAGCG GATAAGGTGC GTTATGACAC CAAGACTAAA 300 GAAGCGTTAT TAGAAGGCAA TATTAAGGTT TATAGGGGCG AGGGCTTGCT CGTTAAAACC 360 GATTATGTGA AATTGAGTTT GAACGAAAAA TATGAGATCA TTTTCCCCTT TTATGTCCAA 420 GACAGCGTGA GCGGGATTTG GGTGAGCGCG GATATTGCTA GCGGGAAGGA TCAAAAATAT 480 AAGATTAAAA ACATGAGCGC TTCAGGGTGC AGCATTGACA ACCCCATTTG GCATGTCAAT 540 GCGACTTCAG GCTCATTTAA CATGCAAAAA TCGCATTTGT CAATGTGGAA TCCTAAGATT 600 TATGTCGGCG ATATTCCTGT ATTGTATTTG CCCTATATTT TCATGTCCAC GAGCAATAAA 660 AGAACTACCG GGTTTTTATA CCCTGAGTTT GGCACTTCCA ACTTAGACGG CTTTATTTAT 720 TTGCAACCCT TTTATTTAGC CCCCAAAAAC TCATGGGATA TGACCTTTAC CCCACAAATC 780 CGTTACAAAA GGGGTTTTGG CTTGAATTTT GAAGCGCGCT ACATCAACTC TAAGACGCAG 840 GTTTTTATTC AATGCGCGCT ATTTTAG 867 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:63:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 387 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická,
150 (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...387 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:63:
TTGATGTTTA AAAAAATGTG TTTGAGCCTG CTAATGATAA GCGGTGTTTG TGTGGGGGCA 60 AAGGATTTGG ATTTCAAGCT GGATTATCGC GCGACTGGGG GGAAATTCAT GGGGAAAATG 120 ACGGACTCTA GTCTTTTAAG TATCACTTCT ATGAACfiATf; AACCGGTGGT GATTAAAAAC 180 CTTATTGTCA ATAGGGGAAA TTCATGCGAA GCGACTAAAA AAGTAGAACC CAAATTTGGC 240 GATAAGTTTA AAAAAGAAAA ACTCTTTGAT CATGAATTAA AATACTCGCA ACAGATATTT 300 TACCGCCTGG ATTGCAAGCC TAACCAATTG TTAGAAGTTA AAATCATCAC GGACAAGGGC 360 GAATATTACC ATAAATTTTC CAAATAG 387 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:64:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 510 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...510 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:64:
ATGCAAGCGT TAAAATCATT GCTTGAAGTG ATTACAAAAC TCCAGAATCT AGGCGGCTAT 60 TTGATGCATA TAGCTATTTT CATCATTTTT ATTTGGATTG GAGGGCTTAA GTTTGTGCCT 120 TACGAAGCTG AAGGGATCGC CCCTTTTGTG GCCAACTCCC CTTTCTTTTC TTTCATGTAT 180 AAATTTGAAA AACCTGCATA CAAACAACAC AAAATGTCTG AATCCCAATC CATGCAAGAA 240 GAAATGCAAG ATAACCCTAA AATCGTTGAA AACAAAGAAT GGCATAAAGA AAACCGCACT 300 TATTTAGTGG CTGAAGGTTT AGGGATTACG ATCATGATCC TAGGCATTTT GGTGCTTTTG 360 GGGCTTTGGA TGCCTTTAAT GGGCGTAGTT GGGGGCTTGC TTGTCGCTGG AATGACGATC 420 ACCACCCTAT TCTTTTTTAT TCACAACGCC AGAAGTGTTT GTCAATCAGC ATTTCCCATG 480 GCTTTCTGGG GCTGGAAGGC TAGTGGTTAA 510 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:65:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1464 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE
151
(iv) ANTI-SENSE: NIE
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE rôzne znaky 1...1464
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:65:
ATGATTGAAT
ATCGCTTTTA
GATAGCGCTG
CGCCGCCTTA
CAAATCAAAG
TTGAGGAATT
ATCAGAAAAA
ATCTTAAAAC
ATCCTTCAAA
CTATCGCTTT
GTTAAAATCT
TTTAAAAAGC
ACTGATTTGA
GAGGGGAAAT
CAAAAGGCGA
AACTACACCA
AAACTCACCG
ATCGTGGTGC
AGCGCTCTTA
AAAGAAAAGC
GGCACTATCA
CGCCAGGAAA
GAGCAAAATT
AATAACACTA
AAGATAGTCA
GGATGCAAAA
TTGCCGCCGG
CCAAAGTGGG
AAGACGCCTA
CCATGCATTT
TCGCTTTAGA
CGAACGTTTT
AAAGCCATTA
AAATCAGCGC
GGGCAAAATT
CTCTCAATGA
CCACAAGCTT
AAGAGTTGGA
TACAGGATTT
ATGAAAAAGC
CGCAAGATTT
CTCTCÄAGCC
AGCTTGTCTC
AAACCCGTCT
TTAAGGATTT
GTGAACTTAA
AAAAAGGGTT
TCAATCACCC
AAACGGATTT
AATACATTCA
TCATAGAAAG
AATGATAGGT
ACAGATTAAG
TGCTGAGTCT
AGAAAAAAGC
TTTAGGGCTT
TCAAAAAGAT
CCGCCCCAAG
TCTATTCCCC
GCAAGACAAA
AGAAGAGATG
TAAAACACGC
GGAATACTAC
TAAAAGCGTT
CTTAAGGAGC
TGAAAAAAAC
CCTTGAAGTC
TCAAATTAAA
GACTCAAGAA
TAAAGGGAAA
CCAAGAAGAG
TGTAACCATA
CTTTAGTGCA
TTTTGATAAA
ATAA
TATTTAGTGG
TGGGGGCAAT
ATTTCTCAAG
ATCCCTGATT
GCGCTAGATT
GGTGCTACCA
GGCGTTTTTG
CATTTTGAAG
AAAACCACCA
TTAGACATTC
AAAAAATATT
TCTTTATATT
CATAAAAACA
CAAGAGCAAG
TATATCGCTC
AACTCCCCCT
CTAAAACCAG
GACGAATTGC
ÄAAACCCTTA
AGCGTGGGTT
AGCGCGAAGT
GGTAATAAAG
GAAGAAAACC
GCGTTGATAG
TTACGATATG
ACAGCTTTTC
AAGAATTAGC
TTAAAGÄACT
CGCTCATCAA
AGCAAGAAGT
ATGAAGAATT
AAAGCGTTGA
CCCCTTTGGA
TTATCCTAAA
ATGAAAACCA
TTGACGCTAG
AGGTGTCTTA
TCAAGCATGA
TAAAAAAGGG
ATACTGCTGA
AGCCTTTTAA
AAAATTTTGA
TGGCGTTGCA
ATGTAAGCCC
TTATCAACAC
TGGTGCTTTA
AATACATGCA
AAGAATTGAA
GATAAGCACG
TTTAGATAGC
CCAAGAATAC
CACCGAAGAT
TCAAGCTTTA
GGCCAAAGAG
GTATAAAAAT
AAGGCTTTTA
GCAATCCAGT
TCCTAATGAT
TAGAAAGGAT
TTTAGAAAAA
TTTGGACAAA
TTTAAACATG
GAACGCACAA
AATCACGCAA
AGATGGTTTT
TGAAGCCAAA
AACTTTAGCT
TAATTTTGGA
CCTTTTTAAC
TCAAATCACA
GCGTTTAGTC
AAAACGCTAT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1464 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:66:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 429 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...429 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:66:
ATGAAAACGA
TTTAACGCTC
ATGGCGCTAA
GAAACCCTAG
AAGTTTGACG
ATGTGGGGCA
ACTTTTATAA
CGCTTAACGC
ATAGCGTGGG
AGCAAAAAGT
ACATAAGTTT
TTCAAAATCT
AATTAAATTA
TGACCAAAAC
GCTTGTTTCT
GGCCATACTC
AGGGAGTTTC
TCTCATGAGC
CTATTTGCTT
ACGGATATAA
AGAGATCAGC
AATGACTATA
CAACCTAATG
CAAATGATGA
GGTGTCTTAT
AAGATATTAG
TAAAAATAGA
ATGATAAGAA
ATAATCTAGG
GCAATTACGG
CATTGGCATG
TCCTGAAGAT
GATCCCTAAA
TGTTAATATC
TATCAATGCG
TCCAAACAAT
120
180
240
300
360
152
TCTTTCATGT ATGGCTATGC GCCAACATAC TCAGATTCAT CGTTTTTACC ACCGATCTTA 420 GGGTATTAA 429 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:67:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 627 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pyluii
ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...627
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:67:
TTGATCAACA ATAATAATAA CAATAAAAAA CTGAGACGCT TTTTTTTGAA AGTTCTCTTA 60 AGTCTCGTTG TTTTCAGTTC GTATGGGTCA GCAAATGACG ATAAAGAAGC CAAAAAAGAA 120 GCGCTAGAAA AAGAAAAAAA CACTCCCAAT GGGCTTGTTT ATACGAATTT AGATTTTGAT 180 AGTTTTAAAG CGACTATCAA AAATTTGAAA GACAAGAAAG TAACTTTCAA AGAAGTCAAT 240 CCCGATATTA TCAAAGATGA AGTTTTTGAC TTCGTGATTG TCAATAGAGT CCTTAAAAAA 300 ATAAAGGATT TGAAGCATTA CGATCCAGTT ATTGAAAAAA TCTTTGATGA AAAGGGTAAA 360 GAAATGGGAT TGAATGTAGA ATTACAGATC AATCCTGAAG TGAAAGACTT TTTTACTTTC 420 AAAAGCATCA GCACGACCAA CAÄACAACGC TGCTTTCTAT CATTGCACGG AGAAACAAGA 480 GAAATTTTAT GCGATGATAA GCTATATAAT GTTTTATTGG CCGTATTCAA TTCTTATGAT 540 CCTAATGATC TTTTGAAACA CATTAGCACC ATAGAGTCTC TCAAAAAAAT CTTTTATACG 600 ATTACATGTG AAGCGGTATA TCTATAA 627 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:68:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 738 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...738 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:68:
ATGGCAGGCA CACAAGCTAT ATATGAATCA TCTTCTGCAG GATTCTTATC GCÄAGTCTCC 60 TCAATCATCT CAAGCACAAG TGGTGTCGCA GGGCCATTTG CAGGAATAGT AGCGGGCGCT 120 ATGACAGCAG CGATTATTCC TATTGTTGTG GGATTTACTA ATCCGCAAAT GACCGCTATC 180 ATGACCCAAT ACAATCAAAG CATCGCTGAA GCTGTAAGCG TGCCTATGAA AGCCGCTAAC 240 CAACAATACA ACCAATTGTA TCAAGGTTTT AACGATCAAA GCATGGCTGT GGGGAACAAT 300
153 atcttaaata tcagcaaatt AACAGGGGAA TTTAACGCGC AAGGCAACAC GCAAAGCGCG 360
CAAATTAGTG CTGTCAATAG TCAGATTGCA AGCATTTTAG CGAGTAACAC TACCCCTAAA 420
AATCCTAGCG CTATTGAAGC TTATGCGACG AATCAAATCG CTGTTCCTAG CGTGCCAACA 480
ACGGTTGAAA TGATGAGCGG TATATTAGGC AATATTACAA GCGCAGCACC AAAATACGCC 540
CTAGCTCTAC AAGAGCAACT GCGTTCTCAA GCAAGCAACA GCTCAATGAA TGATACAGCC 600
GATTCCCTTG ATAGCTGTAC CGCTTTAGGC GCACTTGTTG GCTCATCAAA AGTGTTTTTC 660
AGTTGCATGC AAATTTCTAT GACTCCTATG AGTGTTTCTA TGCCCACTGT TATGCCAAAT 720 ACCAGCGGTT GCCACTAA 738 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:69:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1104 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1104 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:69:
ATGATTAAAA GCGTAGAGAT TGAAAATTAC AAAAATTTTG AGCACCTTAA AATGGAAAAT 60 TTTAAACTCA TCAACTTTTT TACCGGTCAA AACGATGCGG GTAAAACCAA TCTTTTAGAA 120 GCTCTTTATA CCAACACAGG CCTTTGTGAT CCTACTGCCA ATCAAGTCAG TCTTCCTCCT 180 GAACATGCCG TGAATATTAG TGAATTCAGA AAAATCAAAC TCGATGCCGA CAACCTAAAA 240 ACCTTTTTTT ATCAAGGAAA CACCGCTAAT CCCATTAGTA TCCGCACTGA ATTTGAACAT 300 GCTACTATCC CTCTTACTAT CCAATACCCC ACACAAACCA GTTACAGCAA AGACATCAAT 360 TTGAATAGCG ATGATGCTCA TATGACAAAC CTTATAAACA CAACAATAAC GAAGCCACAG 420 CTCCAATTTT CCTACAATCC ATCCCTTTCC CCCATGACAA TGACTTATGA ATTTGAAAGG 480 CAAAACCTAG GTTTAATCCA TTCTAATTTA GATAAAATCG CTCAAACCTA TAAAGAAAAT 540 GCGATGTTTA TTCCTATAGA ATTATCTATT GTTAATTCTC TTAAAGCATT GGAAAATTTA 600 CAATTAGCAA GCÄAAGAAAA AGAATTGATT GAAATCCTAC AATGTTTCAA CCCTAATATT 660 TTAAATGCTA ATACAATAAG AAAGTCTGTC TATATCCAAA TCAAAGATGA AAACACACCG 720 CTAGAAGAAA GTCCCAÄAAG GCTTTTAAAT TTGTTTGGTT GGGGTTTTAT CAAATTCTTT 780 ATTATGGTGA GCATTCTTAT AGACAATCGT GTCAAGTATC TTTTTATTGA TGAAATAGAA 840 AGCGGTTTGC ACCATACAAA AATGCAAGAG TTTTTAAAAG CTCTGTTTAA GTTAGCTCAA 900 AAATTACAGA TTCAAATTTT TGCCACCACG CACAATAAGG AATTTTTATT AAACGCCATC 960 AACACGATAT CCGATAATGA AACGGGAGTT TTTAAAGACA TAGCCTTGTT TGAGCTTGAA 1020 AAAGAAAGCG CTTCTGGCTT TATCAGACAC AGCTATTCTA TGCTAGAAAA AGCGCTTTAT 1080 AGGGGTATGG AGGTTAGAGG CTGA 1104 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:70:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1230 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE
154
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ: Helicobacter pylori
(A) ORGANIZMUS:
(ix, ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE rôzne znaky 1.. .1230
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č..-70:
ATGTCCTTGA TTAGAGTGAA TGGGGAAGCT TTTAAACTCT CTTTGGAAAG TTTAGAAGAA GATCCTTTTG AAACTAAAGA AACGCTAGAA ACGCTAGAAA CGCTTATCAA ACAAACGAGC GTTGTTTTAT TGGCCGCTGG GGAGTCTAAG CGTTTTTCTC GTGCGATTAA AAAGCAGTGG CTACGCTCTC ACCACACCCC CTTATGGCTC AGCGTGTATG AAAGCTTTAA AGAAGCCCTA GACTTTAAGG AAGTCATTCT AGTTGTAAGC GAATTGGATT ATGTTTATAT CCAACGCCAT TACCCCAAAA TCAAGCTTGT AAAAGGCGGG GCATCAAGGC AAGAATCCGT GCGTAACGCT TTGAAAGTAA TTGATAGCAC TTACACGATC ACCAGCGATG TGGCTAGGGG TTTAGCGAAT ATGGAAGCGC TTAAAAGCTT GTTTTTAACC CTCCAACAAA CGAGCCATTA TTGCATCGCC CCTTACTTGC CTTGCTATGA CACAGCGATC TATTATAACG AGGCTTTAGA TAGAGAAGCG ATCAAACTCA TTCAAACCCC GCAATTAAGC CACACCAAAA CGCTCCAATC AGCCCTAAAC CAAGGGGGTT TTAAAGATGA AAGCAGCGCG ATTTTACAAG CTTTCCCTAA CTCTGTGAGC TATATTGAAG GCAGTAAGGA TTTGCACAAA CTCACCACAA GCGGCGATTT AAAGTTTTTT ACGCCTTTTT TTAACCCAGC AAAGGACACT TTTATAGGCA TGGGTTTTGA TACGCATGCG TTCATTAAAG ATAAGCCTAT GGTTTTAGGG GGGGTTGTTT TGGATTGCGA GTTTGGGTTA AAGGCTCATA GCGATGGCGA TGCTTTATTG CATGCGGTTA TTGATGCGAT TTTAGGAGCG ATTAAAGGGG GGGATATTGG CGAATGGTTC CCTGATAATG ACCCCAAATA CAAAAACGCC TCTTCTAAAG AGCTTTTAAA AATCGTGTTG GATTTTTCTC AAAGCATTGG GTTTGAATTG CTTGAAATGG GAGCGACCAT CTTTAGCGAA ATCCCTAAAA TCACTCCTTA CAAACCGGCG ATTTTAGAGA ATTTGAGCCA ACTTTTGGGT TTAGAAAAAT CTCAAATCAG CTTGAAAGCC ACTACAATGG AAAAAATGGG GTTCATTGGC AAACAAGAAG GGCTGTTAGT CCAAGCGCAT GTGAGCATGC GTTATAAACA AAAACTTTAA (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:71:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 813 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...813 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:71:
ATGAAAAAGT TTGTAGCTTT AGGGCTTCTA TCCGCGGTTT TAAGCTCTTC GTTGTTAGCC GAAGGTGATG GTGTTTATAT AGGGACTAAT TATCAGCTTG GACAAGCCCG TTTGAATAGC AATATTTATA ATACAGGGGA TTGCACAGGG AGTGTTGTAG GTTGCCCCCC AGGTCTTACC GCTAATAAGC ATAATCCAGG AGGCACCAAT ATCAATTGGC ACTCCAAATA CGCTAATGGG GCTTTGAATG GTTTTGGGTT GAATGTGGGT TATAAGAAAT TCTTCCAATT CAAGTCGCTA GATATGACAA GCAAGTGGTT TGGTTTTAGA GTGTATGGGC TTTTTGATTA CGGGCATGCC GATTTAGGTA AACAAGTTTA TGCACCTAAT AAAATCCAGT TGGATATGGT CTCTTGGGGT GTGGGGAGCG ATTTGTTAGC TGATATTATT GATAÄAGACA ACGCTTCTTT TGGTATTTTT GGTGGGGTCG CTATCGGCGG TAACACTTGG AAAAGCTCTG CAGCAAACTA TTGGAAAGAG CAAATCATTG AAGCCAAAGG TCCTGATGTT TGTACCCCTA CTTATTGTAA CCCTAATGCC CCTTATAGCA CCAACACTTC AACCGTCGCT TTTCAAGTGT GGTTGAATTT TGGGGTGAGA GCCAATATCT ACAAGCATAA TGGCGTGGAA TTTGGCGTGA GAGTGCCGCT ACTCATCAAT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1230
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
155
AAATTTTTGA GCGCGGGTCC TAACGCTACT AACCTTTATT ACCATTTGAA ACGGGATTAT 780 TCGCTTTATT TGGGGTATAA CTACACTTTT TAA 813 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:72:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1317 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...1317 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:72:
ATGGCTTACA AACCTAACAA AAAGAAGTTA AAAGAATTAA GAGAGCAACC GAATTTATTT 60
AGCATCTTAG ATAAGGGCGA TGTTGCAACA AACAATCCTG TTGAAGAGTC AGACAAGGCC 120
AATAAAATAC AAGAGCCACT CCCTTATGTC GTGAAAACGC AAATCAATAA AGCAAGCATG 180
ATTTCTAGAG ATCCTATTGA ATGGGCAAAG TATTTAAGCT TTGAAAAACG AGTCTATAAG 240
GATAATAGTA AÄGAAGATGT CAATTTCTTT GCCAATGGTG AGATAAAAGA AAGTTCTCGT 300
GTTTATGAAG CGAATAAAGA AGGGTTTGAA AGGCGCATCA CTAAAAGATA CGATCTGATT 360
GATAGAAATA TTGATAGAAA TAGAGAATTT TTTATAAAAG AAATTGAAAT TCTAACCCAC 420
ACAAACAGCT TAAAAGAATT· GAAAGAGCAA GGGTTAGAAA TCCAATTGAC CCACCATAAT 4 80
GAAACGCATA AGAAAGCCTT AGAAAATGGC AATGAAATCG TTAAAGAATA CGACCATCTT 540
AAAGATATTT ACCAAGAAGT AGAAAGAACA AAAGATGGTG GATTGGTAAG AGAAATAATC 600
CCCAGTATTT CTAGCGCTGA GTATTTCAAG CTTTACAACA AACTGCCTTT TGAATCAATA 660
AACAATGAAA ATACCAAACT GAATACTAAC GACAATGAAG AAGTTAAAAA ACTAGAATTT 720
GAATTAGCTA AAGAAGTGCA TATTTTAATC CTAGAGCAAC AATTGCTTTC AGCAACAAAT 780
TATTATTCTT GGATAGATAA AGATGATAAT GCGAATTTTG CTTGGAAAAT GCATAGGCTT 840
ATCAATGAAA ATAAACTCAA AGAAAACCAT CTCAGCGCCA ATAACGCTAA TAAGATTAAG 900
CAATTTTTCT TTAATAATGG TTCTATTTTA GGCTGGACTA AAGAAGAACA AAGCGCTATA 960
CAAGAAAACA GAGATTATTC TTTAAGAAGC GCTCTTTTAA GTTTAGAAGA AATCGCTCAA 1020
GCAAAAATTG AATTGCAAAA ATACTATGAA AGCGTTTATG TTAATGGTGA TGGGAATAAA 1080
AGAGAAATCA AGCCTTTTAA AGAAATTTTA AGAGACACCA ACAATTTTGA AAAAGCTTAT 1140
AAGGAGCGTT ATGACAAATT GGTAAGCTTG AGTGCAGCAA TCATTCAAGC TAAAGAGGGT 1200
GGTAATGAGC GACCAAATTC TAGTGCAAAT AACAATAACC CTATTAAAAA TACAATAGAG 1260
ACTAATACTT CTAACAATAT TATTCAAAAT AATGATAATA TAATCATCCA AATTTAA 1317 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:73:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 648 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
156 (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...648 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:73:
ATGCAAGCGT TAAAATCATT GCTTGAAGTG ATTACAAAAC TCCAGAATCT AGGCGGCTAT TTGATGCATA TAGCTATTTT CATCATTTTT ATTTGGATTG GAGGGCTTAA GTTTGTGCCT TACGAAGCTG AAGGGATCGC CCCTTTTGTG GCCAACTCCC CTTTCTTTTC TTTCATGTAT AAATTTGAAA AACCTGCATA CAAACAACAC AAAATGTCTG AATCCCAATC CATGCAAGAA GAAATGCAAG ATAACCCTAA AATCGTTGAA AACAAAGAAT GGCATAAAGA AAACCGCACT TATTTAGTGG CTGAAGGTTT AGGGATTACG ATCÄTGATC'C TAGGCATTTT GGTGCTTTTG GGGCTTTGGA TGCCTTTAAT GGGCGTAGTT GGGGGCTTCC TTGTCGCTGG AATGACGATC ACCACCCTAT CTTTTTTATT CACAACGCCA GAAGTGTTTG TCAATCAGCA TTTCCCATGG CTTTCTGGGG CTGGAAGGCT AGTGGTTAAA GACTTGCCGT TATTTGCTGG AGGCTTGTTT GTGGCCGGAT TTGATGCGAA ACGCTATTTG GAGGGTAAAG GGTTTTGCTT GATGGACCGC TCATCGGTAG GGATTAAAAC TAAATGCTCT AGCGGGTCTT GCTCTTAA (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:74:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 186 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...186 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:74:
120
180
240
300
360
420
480
540
600
648
Met íle Lys Arg íle Ala Cys íle Leu Ser Leu Ser Ala Ser Leu Ala
1 5 10 15
Leu Ala Gly Glu Val Asn Gly Phe Phe Met Gly Ala Gly Tyr Gin Gin
20 25 30
Gly Arg Tyr Gly Pro Tyr Asn Ser Asn Tyr Ser Asp Trp Arg His Gly
35 40 45
Asn Asp Leu Tyr Gly Leu Asn Phe Lys Leu Gly Phe Val Gly Phe Ala
50 55 60
Asn Lys Trp Phe Gly Ala Arg Val Tyr Gly Phe Leu Asp Trp Phe Asn
65 70 75 80
Thr Ser Gly Thr Glu His Thr Lys Thr Asn Leu Leu Thr Tyr Gly Gly
85 90 95
Gly Gly Asp Leu íle Val Asn Leu íle Pro Leu Asp Lys Phe Ala Leu
100 105 110
Gly Leu íle Gly Gly Val Gin Leu Ala Gly Asn Thr Trp Met Phe Pro
115 120 125
Tyr Asp Val Asn Gin Thr Arg Phe Gin Phe Leu Trp Asn Leu Gly Gly
130 135 140
Arg Met Arg Val Gly Asp Arg Ser Ala Phe Glu Ala Gly Val Lys Phe
145 150 155 160
Pro Met Val Asn Gin Gly Ser Lys Asp Val Gly Leu íle Arg Tyr Tyr
165 170 175
Ser Trp Tyr Val Asp Tyr Val Phe Thr Phe
180 185
(2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:75:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
157 (A) DĹŽKA: 116 aminokyselín (B, TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...116 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:75:
Leu Met Arg íle íle íle Arg Leu Leu Ser Phe Lys Met Asn Ala Phe
1 5 10 15
Leu Lys Leu Ala Leu Ala Ser Leu Met Gly Gly Leu Trp Tyr Ala Phe
20 25 30
Asn Gly Glu Gly Ser Glu íle Val Ala íle Gly íle Phe Val Leu íle
35 40 45
Leu Phe Val Phe Phe íle Arg Pro Val Ser Phe Gin Asp Pro Glu Lys
50 55 60
Arg Glu Glu Tyr íle Glu Arg Leu Lys Lys Asn His Glu Arg Lys Met
65 70 75 80
íle Leu Gin Asp Lys Gin Lys Glu Glu Gin Met Arg Leu Tyr Gin Ala
85 90 95
Lys Lys Glu Arg Glu Ser Arg Gin Lys Gin Asp Leu Lys Glu Gin Met
100 105 110
Lys Lys Tyr Ser
115
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:76:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 345 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...345
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:76:
Met Val Lys His Tyr Leu Phe Met Ala Val Ser Gin Val Phe Phe Ser
1 5 10 15
Phe Phe Leu Val Leu Phe Phe íle Ser Ser íle Val Leu Leu íle Ser
20 25 30
íle Ala Ser Val Thr Leu Val íle Lys Val Ser Phe Leu Asp Leu Val
35 40 45
Gin Leu Phe Leu Tyr Ser Leu Pro Gly Thr íle Phe Phe íle Leu Pro
50 55 60
íle Thr Phe Phe Ala Ala Cys Ala Leu Gly Leu Ser Arg Leu Ser Tyr
65 70 75 80
Asp His Glu Leu Leu Val Phe Phe Ser Leu Gly Val Ser Pro Lys Lys
85 90 95
158
Met Thr Lys Ala 100 Phe Val Pro Leu Ser Leu I.nu Val Ser Ala íle Leu
105 110
Leu Ala Phe Ser Leu íle Leu íle Pro Thr :;«-r Lys Ser Ala Tyr Tyr
115 120 125
Gly Phe Leu Arg Gin Lys Lys Asp Lys íle Λ::ρ íle Asn íle Arg Ala
130 135 140
Gly Glu Phe Gly Gin Lys Leu Gly Asp Trp Iil'U Val Tyr Val Asp Lys
145 150 1 !»5 160
Thr Glu Asn Asn Ser Tyr Asp Asn Leu Val I.cu Phe Ser Asn Lys Ser
165 170 175
Leu Ser Gin Glu Ser Phe íle Leu Ala Gin I.ys Gly Asn íle Asn Asn
180 185 190
Gin Asn Gly Val Phe Glu Leu Asn Leu Tyr A:·, n Gly His Ala Tyr Phe
195 200 205
Thr Gin Gly Asp Lys Met Arg Lys Val Asp ľli«; Glu Glu Leu His Leu
210 215 220
Arg Asn Lys Leu Lys Ser Phe Asn Ser Asn A::p Ala Ala Tyr Leu Gin
225 230 ? <r, 240
Gly Thr Asp Tyr Leu Gly Tyr Trp Lys Lys A l.i Phe Gly Lys Asn Ala
245 250 255
Asn Lys Asn Gin Lys Arg Arg Phe Ser Gin Al.i íle Leu Val Ser Leu
260 265 270
Phe Pro Leu Ala Ser Val Phe Leu íle Pro Leu Phe Gly íle Ala Asn
275 280 285
Pro Arg Phe Lys Thr Asn Trp Ser Tyr Phe Tyr Val Leu Gly Ala Val
290 295 300
Gly Val Tyr Phe Leu Met Val His Val íle Ser Thr Asp Leu Phe Leu
305 310 315 320
Met Thr Phe Phe Phe Pro Phe íle Trp Ala Pho íle Ser Tyr Leu Leu
325 330 335
Phe Arg Lys Phe íle Leu Lys Arg Tyr
340 345 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:77:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 276 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: protein
(iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne : znaky
(B) UMIESTNENIE 1 ...276
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:77:
Met Lys Lys Lys Ala Lys Val Phe Trp Cys Cys Phe Lys Met íle Arg
1 5 10 15
Trp Leu Tyr Leu Ala Val Phe Phe Leu Leu Ser Val Ser Asp Ala Lys
20 25 30
Glu íle Ala Met Gin Arg Phe Asp Lys Gin Asn His Lys íle Phe Glu
35 40 45
íle Leu Ala Asp Lys Val Ser Ala Lys Asp Asn Val íle Thr Ala Ser
50 55 60
Gly Asn Ala íle Leu Leu Asn Tyr Asp Val Tyr íle Leu Ala Asp Lys
65 70 75 80
Val Arg Tyr Asp Thr Lys Thr Lys Glu Ala Leu Leu Glu Gly Asn íle
85 90 95
Lys Val Tyr Arg Gly Glu Gly Leu Leu Val I.ys Thr Asp Tyr Val Lys
159
100 105 110
Leu Ser Leu Asn Glu Lys Tyr Glu íle íle Phe Pro Phe Tyr Val Gin
115 120 125
Asp Ser Val Ser Gly íle Trp Val Ser Ala Asp íle Ala Ser Gly Lys
130 135 140
Asp Gin Lys Tyr Lys íle Lys Asn Met Ser Ala Ser Gly Cys Ser íle
145 150 155 160
Asp Asn Pro íle Trp His Val Asn Ala Thr Ser Gly Ser Phe Asn Met
165 170 175
Gin Lys Ser His Leu Ser Met Trp Asn Pro Lys íle Tyr Val Gly Asp
180 185 190
íle Pro Val Leu Tyr Leu Pro Tyr íle Phe Met Ser Thr Ser Asn Lys
195 200 205
Arg Thr Thr Gly Phe Leu Tyr Pro Glu Phe Gly Thr Ser Asn Leu Asp
210 215 220
Gly Phe íle Tyr Leu Gin Pro Phe Tyr Leu Ala Pro Lys Asn Ser Trp
225 230 235 240
Asp Met Thr Phe Thr Pro Gin íle Arg Tyr Lys Arg Gly Phe Gly Leu
245 250 255
Asn Phe Glu Ala Arg Tyr íle Asn Ser Lys Thr Gin Val Phe íle Gin
260 265 270
Cys Ala Leu Phe
275
(2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:78:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 224 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...224
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:78:
Met íle Arg Leu Lys Gly Leu Asn Lys Thr Leu Lys Thr Ser Leu Leu
1 5 10 15
Ala Gly Val Leu Leu Gly Ala Thr Ala Pro Leu Met Ala Lys Pro Leu
20 25 30
Leu Ser Asp Glu Asp Leu Leu Lys Arg Val Lys Leu His Asn íle Lys
35 40 45
Glu Asp Thr Leu Thr Ser Cys Asn Ala Lys Val Asp Gly Ser Gin Tyr
50 55 60
Leu Asn Ser Gly Trp Asn Leu Ser Lys Glu Phe Pro Gin Glu Tyr Arg
65 70 75 80
Glu Lys íle Phe Glu Cys Val Glu Glu Glu Lys His Lys Gin Ala Leu
85 90 95
Asn Leu íle Asn Lys Glu Asp Thr Lys Asp Lys Glu Glu Leu Ala Lys
100 105 110
Lys íle Lys Glu íle Lys Glu Lys Ala Lys Val Leu Arg Gin Lys Phe
115 120 125
Met Ala Phe Glu Met Lys Glu His Ser Lys Glu Phe Pro Asn Lys Lys
130 135 140
Gin Leu Gin Thr Met Leu Glu Asn Ala Phe Asp Asn Gly Ala Glu Ser
145 150 155 160
Phe íle Asp Asp Trp His Glu Arg Phe Gly Gly íle Ser Arg Glu Asn
165 170 175
160
Thr Tyr Lys Ala Leu Gly íle Lys Glu Tyr Ser Asp Glu Gly Lys íle
180 185 190
Leu Pro Leu Ala Lys Glu Val íle Leu Asp Λ:;η íle Lys Lys íle Leu
195 200 205
Lys Lys Ala Leu Met íle Leu Asp Asn Pro Tyr Leu Leu Trp Leu Val
210 215 220
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:79:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 429 aminokyselín (B, TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: protein (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...429
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:79:
Met Pro Tyr Ala Leu Arg Lys Arg Phe Phe Lys Arg Leu Leu Leu Phe
1 5 10 15
Phe Leu íle Val Cys Met íle Asn Leu His Ala Lys Ser Tyr Leu Phe
20 25 30
Ser Pro Leu Pro Pro Ala His Gin Gin íle íle Lys Thr Glu Pro Cys
35 40 45
Ser Leu Glu Cys Leu Lys Asp Leu Met Leu Gin Asn Gin íle Phe Ser
50 55 60
Phe Val Ser Gin Tyr Asp Asp Asn Asn Gin Asp Glu Ser Leu Lys Thr
65 70 75 80
Tyr Tyr Lys Asp íle Leu Asn Lys Leu Asn Pro Val Phe íle Ala Ser
85 90 95
Gin Thr Pro Ala Lys Glu Ser Tyr Glu Pro Lys íle Glu Leu Ala íle
100 105 110
Leu Leu Pro Lys Lys Val Val Gly Arg Tyr Ala íle Leu Val Met Asn
115 120 125
Thr Leu Leu Ala Tyr Leu Asn Thr Arg Asn Asn Asp Phe Asn íle Gin
130 135 140
Val Phe Asp Ser Asp Glu Glu Ser Pro Glu Lys Leu Glu Glu Thr Tyr
145 150 155 160
Lys Glu íle Glu Lys Glu Lys Phe Pro Phe íle íle Ala Leu Leu Thr
165 170 175
Lys Glu Gly Val Glu Asn Leu Leu Gin Asn Thr Thr íle Asn Thr Pro
180 185 190
Thr Tyr Val Pro Thr Val Asn Lys Thr Gin Leu Glu Asn His Thr Glu
195 200 205
Leu Ser Leu Ser Glu Arg Leu Tyr Phe Gly Gly íle Asp Tyr Lys Glu
210 215 220
Gin Leu Gly Met Leu Ala Thr Phe íle Ser Pro Asn Ser Pro Val íle
225 230 235 240
Glu Tyr Asp Asp Asp Gly Leu íle Gly Glu Arg Leu Arg Gin íle Thr
245 250 255
Glu Ser Leu Asn Val Glu Val Lys His Gin Glu Asn íle Ser Tyr Lys
260 265 270
Gin Ala Thr Ser Phe Ser Lys Asn Phe Arg Lys His Asp Ala Phe Phe
275 280 285
Lys Asn Ser Thr Leu íle Leu Asn Thr Pro Thr Thr Lys Ser Gly Leu
290 295 300
íle Leu Ser Gin íle Gly Leu Leu Glu Tyr Lys Pro Leu Lys íle Leu
161
305 310 315 320
Ser Thr Gin íle Asn Phe Asn Pro Ser Leu Leu Leu Leu Thr Gin Pro
325 330 335
Lys Asp Arg Lys Asn Leu Phe íle Val Asn Ala Leu Gin Asn Ser Asp
340 345 350
Glu Thr Leu íle Glu Tyr Ala Ser Leu Leu Glu Ser Asp Leu Arg His
355 360 365
Asp Trp Val Asn Tyr Ser Ser Ala íle Gly Leu Glu Met Phe Leu Asn
370 375 380
Thr Leu Asp Pro His Phe Lys Lys Ser Phe Gin Glu Ser Leu Glu Asp
385 390 395 400
Asn Gin Val Arg Tyr His Asn Gin íle Tyr Gin Ala Leu Gly Tyr Ser
405 410 415
Phe Glu Pro íle Lys Asn Glu Ser Glu Thr Lys Lys Glu
420 425
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:80:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 455 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOIÄGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...455 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:80:
Val Leu Lys Phe Gin Lys Leu Pro Leu Leu Phe Val Ser íle Leu Tyr
1 5 10 15
Asn Gin Ser Pro Leu Leu Ala Phe Asp Tyr Lys Phe Ser Gly Val Ala
20 25 30
Glu Ser Val Ser Lys Val Gly Phe Asn His Ser Lys Leu Asn Ser Lys
35 40 45
Glu Gly íle Phe Pro Thr Ala Thr Phe Val Thr Ala Thr íle Lys Leu
50 55 60
Gin Val Asp Ser Asn Leu Leu Pro Lys Asn íle Glu Lys His Ser Leu
65 70 75 80
Lys íle Gly Val Gly Gly íle Leu Gly Ala Leu Ala Tyr Asp Ser Thr
85 90 95
Lys Thr Leu Íle Asp Gin Ala Thr His Gin íle Tyr Gly Ser Glu Leu
100 105 110
Phe Tyr Leu íle Gly Arg Trp Trp Gly Phe Leu Gly Asn Ala Pro Trp
115 120 125
Lys Asp Ser Leu íle Glu Ser Asp Ala His Thr Arg Asn Tyr Val Leu
130 135 140
Tyr Asn Ser Tyr Leu Phe Tyr Ser Tyr Gly Asp Lys Phe His Leu Lys
145 150 155 160
Leu Gly Arg Tyr Leu Ser Asn Met Asp Phe Met Ser Ser Tyr Thr Gin
165 170 175
Gly Phe Glu Leu Asp Tyr Lys íle Asn Ser Lys íle Ala Leu Lys Trp
180 185 190
Phe Ser Ser Phe Gly Arg Ala Leu Ala Phe Gly Gin Trp íle Arg Asp
195 200 205
Trp Tyr Ala Pro íle Val Thr Glu Asp Gly Arg Lys Glu Val Tyr Asp
210 215 220
Gly íle His Ala Ala Gin Leu Tyr Phe Ser Ser Lys His Val Gin Val
225 230 235 240
162
Met Pro Phe Ala Tyr Phe Ser Pro Lys íle Tyr Gly Ala Pro Gly Val
245 250 255
Lys íle His íle Asp Ser Asn Pro Lys Phe by.·? Gly Leu Gly Leu Arg
260 265 270
Ala Gin Thr Thr íle Asn Val íle Phe Pro V.il Tyr Ala Lys Asp Leu
275 280 285
Tyr Asp Val Tyr Trp Arg Asn Ser Lys Íle C.ly Glu Trp Gly Ala Ser
290 295 300
Leu Leu íle His Gin Arg Phe Asp Tyr Asn Glu Phe Asn Phe Gly Phe
305 310 315 320
Gly Tyr Tyr Gin Asn Phe Gly Asn Ala Asn ΛΙ.ι Arg íle Gly Trp Tyr
325 330 335
Gly Asn Pro íle Pro Phe Asn Tyr Arg Asn Λ;:η Ser Val Tyr Gly Gly
340 345 350
Val Phe Ser Asn Ala íle Thr Ala Asp Ala V.l i Ser Gly Tyr Val Phe
355 360 365
Gly Gly Gly Val Tyr Arg Gly Phe Leu Trp Gly íle Leu Gly Arg Tyr
370 375 380
Thr Tyr Ala Thr Arg Ala Ser Glu Arg Ser 1 li< Asn Leu Asn Leu Gly
385 390 3‘b‘) 400
Tyr Lys Trp Gly Ser Phe Ala Arg Val Asp V.il Asn Leu Glu Tyr Tyr
405 410 415
Val Val Ser Met His Asn Gly Tyr Arg Leu Asp Tyr Leu Thr Gly Pro
420 425 430
Phe Asn Lys Ala Phe Lys Ala Asp Ala Gin Asp Arg Ser Asn Leu Met
435 440 445
Val Ser Met Lys Phe Phe Phe
450 455 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:81:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 282 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: | proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ : rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1 ...282
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:l 31:
Met Gly Cys Ser Phe íle Phe Lys Lys Val Arg Val Tyr Ser Lys Met
1 5 10 15
Leu Val Ala Leu Gly Leu Ser Ser Val Leu íle Gly Cys Ala Met Asn
20 25 30
Pro Ser Ala Glu Thr Lys Lys Pro Asn Asp Ala Lys Asn Gin Gin Pro
35 40 45
Val Gin Thr His Glu Arg Met Thr Thr Ser Ser Glu His Val Thr Pro
50 55 60
Leu Asp Phe Asn Tyr Pro Val His íle Val Gin Ala Pro Gin Asn His
65 70 75 80
His Val Val Gly íle Leu Met Pro Arg íle Gin Val Ser Asp Asn Leu
85 90 95
Lys Pro Tyr íle Asp Lys Phe Gin Asp Ala Leu íle Asn Gin íle Gin
100 105 110
Thr íle Phe Glu Lys Arg Gly Tyr Gin Val Leu Arg Phe Gin Asp Glu
115 120 125
Lys Ala Leu Asn Val Gin Asp Lys Lys Lys íle Phe Ser Val Leu Asp
163
130 135 140
Leu Lys Gly Trp Val Gly íle Leu Glu Asp Leu Lys Met Asn Leu Lys
145 150 155 160
Asp Pro Asn Ser Pro Asn Leu Asp Thr Leu Val Asp Gin Ser Ser Gly
165 170 175
Ser Val Trp Phe Asn Phe Tyr Glu Pro Glu Ser Asn Arg Val Val His
180 185 190
Asp Phe Ala Val Glu Val Gly Thr Phe Gin Ala íle Thr Tyr Thr Tyr
195 200 205
Thr Ser Thr Asn Asn Ala Ser Gly Gly Phe Asn Ser Ser Lys Ser Val
210 215 220
íle His Glu Asn Leu Asp Lys Asn Arg Glu Asp Ala íle His Lys íle
225 230 235 240
Leu Asn Arg Met Tyr Ala Val Val Met Lys Lys Ala Val Thr Glu Leu
245 250 255
Thr Lys Glu Asn íle Ala Lys Tyr Arg Asp Ala íle Asp Arg Met Lys
260 265 270
Gly Phe Lys Ser Ser Met Pro Gin Lys Lys
275 280
(2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:82:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 280 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...280
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:82:
Met Lys Leu Arg Ala Ser Val Leu íle Gly Val Ala íle Leu Cys Leu
1 5 10 15
íle Leu Ser Ala Cys Ser Asn Tyr Ala Lys Lys Val Val Lys Gin Lys
20 25 30
Asn His Val Tyr Thr Pro Val Tyr Asn Glu Leu íle Glu Lys Tyr Ser
35 40 45
Glu Íle Pro Leu Asn Asp Lys Leu Lys Asp Thr Pro Phe Met Val Gin
50 55 60
Val Lys Leu Pro Asn Tyr Lys Asp Tyr Leu Leu Asp Asn Lys Gin Val
65 70 75 80
Val Leu Thr Phe Lys Leu Val His His Ser Lys Lys íle Thr Leu íle
85 90 95
Gly Asp Ala Asn Lys íle Leu Gin Tyr Lys Asn Tyr Phe Gin Ala Asn
100 105 110
Gly Ala Arg Ser Asp íle Asp Phe Tyr Leu Gin Pro Thr Leu Asn Gin
115 120 125
Lys Gly Val Val Met íle Ala Ser Asn Tyr Asn Asp Asn Pro Asn Asn
130 135 140
Lys Glu Lys Pro Gin Thr Phe Asp Val Leu Gin Gly Ser Gin Pro Met
145 150 155 160
Leu Gly Ala Asn Thr Lys Asn Leu His Gly Tyr Asp Val Ser Gly Ala
165 170 175
Asn Asn Lys Gin Val íle Asn Glu Val Ala Arg Glu Lys Ala Gin Leu
180 185 190
Glu Lys Íle Asn Gin Tyr Tyr Lys Thr Leu Leu Gin Asp Lys Glu Gin
195 200 205
164
Glu Tyr Thr Thr Arg Lys Asn Asn Gin Arg Glu íle Leu Glu Thr Leu
210 215 220
Ser Asn Arg Ala Gly Tyr Gin Met Arg Gin Λ.-.η Val íle Ser Ser Glu
225 230 2 15 240
íle Phe Lys Asn Gly Asn Leu Asn Met Gin A1 ,ι Lys Glu Glu Glu Val
245 250 255
Arg Glu Lys Leu Gin Glu Glu Arg Glu Asn (ϊ 1 u Tyr Leu Arg Asn Gin
260 265 270
íle Arg Ser Leu Leu Ser Gly Lys
275 280
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:83:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 393 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...393 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:83:
Met Arg Lys Leu Phe íle Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala
1 5 10 15
Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe íle Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu
20 25 30
Leu Glu Gly Thr Gin Thr Gin Glu Lys Arg His Thr Thr Thr Lys Asn
35 40 45
Thr Tyr Ala Thr Tyr Asn Tyr Leu Pro Thr Asp Thr íle Leu Lys Arg
50 55 60
Ala Ala Asn Leu Phe Thr Asn Ala Glu Ala íle Ser Lys Leu Lys Phe
65 70 75 80
Ser Ser Leu Ser Pro Val Arg Val Leu Tyr Met Tyr Asn Gly Gin Leu
85 90 95
Thr íle Glu Asn Phe Leu Pro Tyr Asn Leu Asn Asn Val Lys Leu Ser
100 105 110
Phe Thr Asp Ala Gin Gly Asn Val íle Asp Leu Gly Val íle Glu Thr
115 120 125
íle Pro Lys His Ser Lys íle Val Leu Pro Gly Glu Ala Phe Asp Ser
130 135 140
Leu Lys íle Asp Pro Tyr Thr Leu Phe Leu Pro Lys íle Glu Ala Thr
145 150 155 160
Ser Thr Ser íle Ser Asp Ala Asn Thr Gin Arg Val Phe Glu Thr Leu
165 170 175
Asn Lys íle Lys Thr Asn Leu Val Val Asn Tyr Arg Asn Glu Asn Lys
180 185 190
Phe Lys Asp His Glu Asn His Trp Glu Ala Phe Thr Pro Gin Thr Ala
195 200 205
Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met íle Ala Val Leu Asp Ser
210 215 220
Gin Ser Trp Gly Asp Ala íle Leu Asn Ala Pro Phe Glu Phe Thr Asn
225 230 235 240
Ser Pro Thr Asp Cys Asp Asn Asp Pro Ser Lys Cys Val Asn Pro Gly
245 250 255
Thr Asn Gly Leu Val Asn Ser Lys Val Asp Gin Lys Tyr Val Leu Asn
260 265 270
Lys Gin Asp íle Val Asn Lys Phe Lys Asn Lys Ala Asp Leu Asp val
165
275 280 285
íle Val Leu Lys Asp Ser Gly Val Val Gly Leu Gly Ser Asp íle Thr
290 295 300
Pro Ser Asn Asn Asp Asp Gly Lys His Tyr Gly Gin Leu Gly Val Val
305 310 315 320
Ala Ser Ala Leu Asp Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asp Asn Leu Lys Thr
325 330 335
íle Asn Leu Glu Asp Leu Arg Thr íle Leu His Glu Phe Ser His Thr
340 345 350
Lys Gly Tyr Gly His Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gin Arg Val Pro Val
355 360 365
Thr Lys Asp Gly Gin Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp
370 375 380
Ser Asp Gly Leu Pro Tyr Asn Val Cys
385 390
(2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:8< 1:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 270 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) > TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B7 'UMIESTNENIE 1...270
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:84:
Met Lys Lys Phe Val Ala Leu Gly Leu Leu Ser Ala Val Leu Ser Ser
1 5 10 15
Ser Leu Leu Ala Glu Gly Asp Gly Val Tyr íle Gly Thr Asn Tyr Gin
20 25 30
Leu Gly Gin Ala Arg Leu Asn Ser Asn íle Tyr Asn Thr Gly Asp Cys
35 40 45
Thr Gly Ser Val Val Gly Cys Pro Pro Gly Leu Thr Ala Asn Lys His
50 55 60
Asn Pro Gly Gly Thr Asn íle Asn Trp His Ser Lys Tyr Ala Asn Gly
65 70 75 80
Ala Leu Asn Gly Phe Gly Leu Asn Val Gly Tyr Lys Lys Phe Phe Gin
85 90 95
Phe Lys Ser Leu Asp Met Thr Ser Lys Trp Phe Gly Phe Arg Val Tyr
100 105 110
Gly Leu Phe Asp Tyr Gly His Ala Asp Leu Gly Lys Gin Val Tyr Ala
115 120 125
Pro Asn Lys íle Gin Leu Asp Met Val Ser Trp Gly Val Gly Ser Asp
130 135 140
Leu Leu Ala Asp íle íle Asp Lys Asp Asn Ala Ser Phe Gly íle Phe
145 150 155 160
Gly Gly Val Ala íle Gly Gly Asn Thr Trp Lys Ser Ser Ala Ala Asn
165 170 175
Tyr Trp Lys Glu Gin íle íle Glu Ala Lys Gly Pro Asp Val Cys Thr
180 185 190
Pro Thr Tyr Cys Asn Pro Asn Ala Pro Tyr Ser Thr Asn Thr Ser Thr
195 200 205
Val Ala Phe Gin Val Trp Leu Asn Phe Gly Val Arg Ala Asn íle Tyr
210 215 220
Lys His Asn Gly Val Glu Phe Gly Val Arg Val Pro Leu Leu íle Asn
225 230 235 240
166
Lys Phe Leu Ser Ala Gly Pro Asn Ala Thr Asn Leu Tyr Tyr His Leu 245 250 255
Lys Arg Asp Tyr Ser Leu Tyr Leu Gly Tyr Asn Tyr Thr Phe 260 265 270 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:85:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 140 aminokyselín (B, TYP: aminokyselina (D, TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...140 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:85:
Met His Pro íle Met Phe Ala Tyr íle Ala Asn Ala I.cu Ala Gin Ala
1 5 10 15
Arg Lys íle Asn Gly Thr Leu Cys Met Ala Phe Gin Lys íle Ser Gin
20 25 30
Val Lys Glu Leu Gly Íle Asp Lys Ala Lys Ser Leu íle Gly Asn Leu
35 40 45
Ser Gin Val íle íle Tyr Pro Thr Lys Asp Thr Asp Glu Leu íle Glu
50 55 60
Cys Gly Val Pro Leu Ser Asp Ser Glu íle Asn Phe Leu His Asn Thr
65 70 75 80
Asp Met Arg Ala Arg Gin Val Leu Val Lys Asn íle Val Thr Asn Ala
85 90 95
Ser Ala Phe íle Glu íle Asp Leu Lys Lys íle Cys I.ys Asn Tyr Phe
100 105 110
íle Phe Leu íle Ala Met Leu Val íle Glu Lys Ser Ser Met íle Leu
115 120 125
Lys Lys Gin Thr Lys Lys Leu íle Arg Lys Ser íle
130 135 140
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:86:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 256 aminokyselín (B, TYP: aminokyselina (D, TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...256 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:86:
Met Leu Gly Ser Val Lys Lys Ala Val Phe Arg Val Lou Cys Leu Gly 15 10 15
167
Ala Leu Cys Leu Cys Gly Gly Leu Met Ala Glu Gin Asp Pro Lys Glu
20 25 30
Leu íle Phe Ser Gly íle Thr íle Tyr Thr Asp Lys Asn Phe Thr Arg
35 40 45
Ala Lys Lys Tyr Phe Glu Lys Ala Cys Lys Ser Asn Asp Ala Asp Gly
50 55 60
Cys Ala íle Leu Arg Glu Val Tyr Ser Ser Gly Lys Ala íle Ala Arg
65 70 75 80
Glu Asn Ala Arg Glu Ser íle Glu Lys Ala Leu Glu His Thr Ala Thr
85 90 95
Ala Lys Val Cys Lys Leu Asn Asp Ala Glu Lys Cys Lys Asp Leu Ala
100 105 110
Glu Phe Tyr Phe Asn Val Asn Asp Leu Lys Asn Ala Leu Glu Tyr Tyr
115 120 125
Ser Lys Ser Cys Lys Leu Asn Asn Val Glu Gly Cys Met Leu Ser Ala
130 135 140
Thr Phe Tyr Asn Asp Met íle Lys Gly Leu Lys Lys Asp Lys Lys Asp
145 150 155 160
Leu Glu Tyr Tyr Ser Lys Ala Cys Glu Leu Asn Asn Gly Gly Gly Cys
165 170 175
Ser Lys Leu Gly Gly Asp Tyr Phe Phe Gly Glu Gly Val Thr Lys Asp
180 185 190
Phe Lys Lys Ala Phe Glu Tyr Ser Ala Lys Ala Cys Glu Leu Asn Asp
195 200 205
Ala Lys Gly Cys Tyr Ala Leu Ala Ala Phe Tyr Asn Glu Gly Lys Gly
210 215 220
Val Ala Lys Asp Glu Lys Gin Thr Thr Glu Asn Leu Glu Lys Ser Cys
225 230 235 240
Lys Leu Gly Leu Lys Glu Ala Cys Asp íle Leu Lys Glu Gin Lys Gin
245 250 255 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:87:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 242 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii, TYP MOLEKULY: proteín
Met (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...242 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:87: Lys Lys Phe Phe Ser Gin Ser Leu Leu Ala Leu íle íle Ser Met
1 Asn 5 10 15 Ala Val Ser Gly Met Asp Gly Asn Gly Val Phe Leu Gly Ala Gly
Tyr 20 25 30 Leu Gin Gly Gin Ala Gin Met His Ala Asp íle Asn Ser Gin Lys
Gin 35 40 45 Ala Thr Asn Ala Thr íle Lys Gly Phe Asp Ala Leu Leu Gly Tyr
Gin 50 55 60 Phe Phe Phe Glu Lys His Phe Gly Leu Arg Leu Tyr Gly Phe Phe
65 Asp 70 75 80 Tyr Ala His Ala Asn Ser íle Lys Leu Lys Asn Pro Asn Tyr Asn
Ser 85 90 95 Glu Ala Ala Gin Val Ala Ser Gin íle Leu Gly Lys Gin Glu íle
Asn 100 105 110 Arg Leu Thr Asn íle Ala Asp Pro Arg Thr Phe Glu Pro Asn Met
168
115 120 125
Leu Thr Tyr Gly Gly Ala Met Asp Val Met V.il Asn Val íle Asn Asn
130 135 140
Gly íle Met Ser Leu Gly Ala Phe Gly Gly 1 lo Gin Leu Ala Gly Asn
145 150 1 !.5 160
Ser Trp Leu Met Ala Thr Pro Ser Phe Glu G1 y íle Leu Val Glu Gin
165 170 175
Ala Leu Val Ser Lys Lys Ala Thr Ser Phe r;i n Phe Leu Phe Asn Val
180 185 190
Gly Ala Arg Leu Arg íle Leu Lys His Ser Ser íle Glu Ala Gly Val
195 200 205
Lys Phe Pro Met Leu Lys Lys Asn Pro Tyr 1 Ie Thr Ala Lys Asn Leu
210 215 220
Asp íle Gly Phe Arg Arg Val Tyr Ser Trp Tyr Val Asn Tyr Val Phe
225 230 2 15 240
Thr Phe (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:88:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 26*7 aminokyselín (B, TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÓČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...267
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. C.:88:
Met Asn Tyr Pro Asn Leu Pro Asn Ser Ala Leu Glu íle Ser Glu Gin
1 5 10 15
Pro Glu Val Lys Glu íle Thr Asn Glu Leu Leu Lys Gin Leu Gin Asn
20 25 30
Ala Leu Arg Ser Asn Ala His Phe Ser Glu Gin Val Glu Leu Ser Leu
35 40 45
Lys Cys íle Val Arg íle Leu Glu Val Leu Leu Ser Leu Asp Phe Phe
50 55 60
Lys Asn Ala Asn Glu íle Asp Ser Ser Leu Arg Asn Ser íle Glu Trp
65 70 75 80
Leu Thr Asn Ala Gly Glu Ser Leu Lys Leu Lys Met Lys Glu Tyr Glu
85 90 95
Arg Phe Phe Ser Glu Phe Asn Thr Ser Met His Ala Asn Glu Gin Glu
100 105 110
val Thr Asn Thr Leu Asn Ala Asn Ala Glu Asn íle Lys Ser Glu íle
115 120 125
Lys Lys Leu Glu Asn Gin Leu íle Glu Thr Thr Thr Arg Leu Leu Thr
130 135 140
Ser Tyr Gin íle Phe Leu Asn Gin Ala Arg Asp Asn Ala Asn Asn Gin
145 150 155 160
íle Thr Lys Asn Lys Thr Gin Ser Leu Glu Ala íle Thr Gin Ala Lys
165 170 175
Asn Asn Ala Asn Asn Glu íle Ser Asn Asn Gin Thr Gin Ala íle Thr
180 185 190
Asn íle Thr Glu Ala Lys Thr Asn Ala Asn Asn Glu íle Ser Asn Asn
195 200 205
Gin Thr Gin Ala íle Thr Asn íle Asn Glu Ala Lys Glu Ser Ala Thr
210 215 220
169
Thr Gin íle Asn Ala Asn Lys Gin Glu Ala íle Asn Asn íle Thr Gin
225 230 235 240
Glu Lys Thr Gin Ala Thr Ser Glu íle Thr Glu Ala Lys Lys Thr Asp
245 250 255
His Tyr Gin Asn íle Asp Phe Phe Glu Phe Glu
260 265 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:89:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 544 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...544 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:89:
Val íle Glu Thr íle Pro Lys His Ser Lys íle Val Leu Pro Gly Glu
1 5 10 15
Ala Phe Asp Ser Leu Lys Glu Ala Phe Asp Lys íle Asp Pro Tyr Thr
20 25 30
Phe Phe Phe Pro Lys Phe Glu Ala Thr Ser Thr Ser íle Ser Asp Thr
35 40 45
Asn Thr Gin Arg Val Phe Glu Thr Leu Asn Asn íle Lys Thr Asn Leu
50 55 60
íle Met Lys Tyr Ser Asn Glu Asn Pro Asn Asn Phe Asn Thr Cys Pro
65 70 75 80
Tyr Asn Asn Asn Gly Asn Thr Lys Asn Asp Cys Trp Gin Asn Phe Thr
85 90 95
Pro Gin Thr Ala Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met íle Ala
100 105 110
Val Leu Asp Ser Gin Ser Trp Gly Asp Ala íle Leu Asn Ala Pro Phe
115 120 125
Glu Phe Thr Asn Ser Ser Thr Asp Cys Asp Ser Asp Pro Ser Lys Cys
130 135 140
Val Asn Pro Gly Val Asn Gly Arg Val Asp Thr Lys Val Asp Gin Gin
145 150 155 160
Tyr íle Leu Asn Lys Gin Gly íle íle Asn Asn Phe Arg Lys Lys íle
165 170 175
Glu íle Asp Ala Val Val Leu Lys Asn Ser Gly Val Val Gly Leu Ala
180 185 190
Asn Gly Tyr Gly Asn Asp Gly Glu Tyr Gly Thr Leu Gly Val Glu Ala
195 200 205
Tyr Ala Leu Asp Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asn Asp Leu Lys Thr íle
210 215 220
Asn Leu Glu Asp Leu Arg Thr íle Leu His Glu Phe Ser His Thr Lys
225 230 235 240
Gly Tyr Gly His Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gin Arg Val Pro Val Thr
245 250 255
Lys Asp Gly Gin Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp Ser
260 265 270
Asp Gly Leu Pro Tyr Asn Val Cys Ser Leu Tyr Gly Gly Ser Asn Gin
275 280 285
Pro Ala Phe Pro Ser Asn Tyr Pro Asn Ser íle Tyr His Asn Cys Ala
290 295 300
Asp Val Pro Ala Gly Phe Leu Gly Val Thr Ala Ala Val Trp Gin Gin
170
305 310 315 320
Leu íle Asn Gin Asn Ala Leu Pro Íle Asn Tyr Ala Asn Leu Gly Ser
325 330 335
Gin Thr Asn Tyr Asn Leu Asn Ala Ser Leu A:;n Thr Gin Asp Leu Ala
340 345 350
Asn Ser Met Leu Ser Thr íle Gin Lys Thr 1 lll! Val Thr Ser Ser Val
355 360 365
Thr Asn His His Phe Ser Asn Ala Ser Gin Si r Phe Arg Ser Pro íle
370 375 380
Leu Gly Val Asn Ala Lys íle Gly Tyr Gin Asn Tyr Phe Asn Asp Phe
385 390 1Ί5 400
íle Gly Leu Ala Tyr Tyr Gly íle íle Lys Tyr Asn Tyr Ala Lys Ala
405 410 415
Val Asn Gin Lys Val Gin Gin Leu Ser Tyr Gly Gly Gly íle Asp Leu
420 425 430
Leu Leu Asp Phe íle Thr Thr Tyr Ser Asn I.y.·: Asn Ser Pro Thr Gly
435 440 445
íle Gin Thr Lys Arg Asn Phe Ser Ser Ser I’liľ Gly íle Phe Gly Gly
450 455 4 60
Leu Arg Gly Leu Tyr Asn Ser Tyr Tyr Val Leu Asn Lys Val Lys Gly
4 65 470 175 480
Ser Gly Asn Leu Asp Val Ala Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Tyr Lys His
485 4 90 495
Ser Lys Tyr Ser Val Gly íle Ser íle Pro I.ľii íle Gin Arg Lys Ala
500 505 510
Ser Val Val Ser Ser Gly Gly Asp Tyr Thr Asn Ser Phe Val Phe Asn
515 520 525
Glu Gly Ala Ser His Phe Lys Val Phe Phe Asn Tyr Gly Gly Cys Phe
530 535 540 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:90:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 356 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
(D, TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter | pylori
(ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne : znaky
(B) UMIESTNENIE 1, ...356
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č. :! 90:
Leu Met Lys Ser íle Leu Leu Phe Met íle Phe Val Val Cys Gin Leu
1 5 10 15
Glu Gly Lys Lys Phe Ser Gin Asp Asn Phe Lys Val Asp Tyr Asn Tyr
20 25 30
Tyr Leu Arg Lys Gin Asp Leu His íle íle Lys Thr Gin Asn Asp Leu
35 40 45
Ser Asn Ala Trp Tyr Leu Pro Pro Gin Lys Ala Pro Lys Glu His Ser
50 55 60
Trp Val Asp Phe Ala Lys Lys Tyr Leu Asn Met Met Asp Tyr Leu Gly
65 70 75 80
Thr Tyr Phe Leu Pro Phe Tyr His Ser Phe Thr Pro íle Phe Gin Trp
85 90 95
Tyr His Pro Asn íle Asn Pro Tyr Gin Arg Asn Glu Phe Lys Phe Gin
100 105 110
íle Ser Phe Arg Val Pro Val Phe Arg His Tie Leu Trp Thr Lys Gly
115 120 125
171
Thr Leu Tyr 130 Leu Ala Tyr Thr Gin Thr Asn Trp Phe Gin íle Tyr Asn
135 140
Asp Pro Gin Ser Ala Pro Met Arg Met íle Asn Phe Met Pro Glu Leu
145 150 155 160
íle Tyr Val Tyr Pro íle Asn Phe Lys Pro Phe Gly Gly Lys íle Gly
165 170 175
Asn Phe Ser Glu íle Trp íle Gly Trp Gin His íle Ser Asn Gly Val
180 185 190
Gly Gly Ala Gin Cys Tyr Gin Pro Phe Asn Lys Glu Gly Asn Pro Glu
195 200 205
Asn Gin Phe Pro Gly Gin Pro Val íle Val Lys Asp Tyr Asn Gly Gin
210 215 220
Lys Asp Val Arg Trp Gly Gly Cys Xaa Ser Val Xaa Xaa Gly Asn Xaa
225 230 235 240
Leu Cys Phe Val Leu Val Trp Glu Lys Gly Gly Leu Lys íle Met Val
245 250 255
Ala Tyr Trp Pro Tyr Val Pro Tyr Asp Gin Ser Asn Pro Gin Leu íle
260 265 270
Asp Tyr Met Gly Tyr Gly Asn Ala Lys íle Asp Tyr Arg Arg Gly Arg
275 280 285
His His Phe Glu Leu Gin Leu Tyr Asp íle Phe Thr Gin Tyr Trp Arg
290 295 300
Tyr Asp Arg Trp His Gly Ala Phe Arg Leu Gly Tyr Thr Tyr Arg íle
305 310 315 320
Asn Pro Phe Val Gly íle Tyr Ala Gin Trp Phe Asn Gly Tyr Gly Asp
325 330 335
Gly Leu Tyr Glu Tyr Asp Val Phe Ser Asn Arg íle Gly Val Gly íle
340 345 350
Arg Leu Asn Pro
355
(2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:91
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 675 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...675
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:! 91:
Leu Ser Lys Gly Leu Ser íle Gly Asn Lys íle íle Leu Cys Val Ala
1 5 10 15
Leu íle Val íle Val Cys Val Ser íle Leu Gly Val Ser Leu Asn Ser
20 25 30
Arg Val Lys Glu íle Leu Lys Glu Ser Ala Leu His Ser Met Gin Asp
35 40 45
Ser Leu His Phe Lys Val Lys Glu Val Gin Ser Val Leu Glu Asn Thr
50 55 60
Tyr Thr Ser Met Gly íle Val Lys Glu Met Leu Pro Glu Asp Thr Lys
65 70 75 80
Arg Glu íle Lys íle Gin Leu Leu Lys Asn Phe íle Leu Ala Asn Ser
85 90 95
His Val Ala Gly Val Ser Met Phe Phe Lys Asp Arg Glu Asp Leu Arg
100 105 110
Leu Thr Leu Leu Arg Asp Asn Asp Thr íle Lys Leu Met Glu Asn Pro
172
115 120 125
Ser Leu Gly Ser Asn Pro Leu Ala Gin Lys Ala Met Lys Asn Lys Glu
130 135 140
íle Ser Lys Ser Leu Pro Tyr Tyr Arg Lys Mit Pro Asn Gly Ala Glu
145 150 1 !>5 160
Val Tyr Gly Val Asp íle Leu Leu Pro Leu Plio Lys Glu Asn Thr Gin
165 170 175
Glu Val Val Gly Val Leu Met íle Phe Phe Sít íle Asp Ser Phe Ser
180 185 190
Asn Glu íle Thr Lys Asn Arg Ser Asp Leu Phe Leu íle Gly Val Lys
195 200 205
Gly Lys Val Leu Leu Ser Ala Asn Lys Ser Iifii Gin Asp Lys Ser íle
210 215 220
Thr Glu íle Tyr Lys Ser Val Pro Lys Ala Thr Asn Glu Val Met Ala
225 230 240
íle Leu Glu Asn Gly Ser Lys Ala Thr Leu Clu Tyr Leu Asp Pro Phe
245 250 255
Ser His Lys Glu Asn Phe Leu Ala Val Glu Thr Phe Lys Met Leu Gly
260 265 270
Lys Thr Glu Ser Lys Asp Asn Leu Asn Trp Met íle Ala Leu íle íle
275 280 285
Glu Lys Asp Lys Val Tyr Glu Gin Val Gly Ser Val Arg Phe Val Val
290 295 300
Val Ala Ala Ser Ala íle Met Val Leu Ala Leu íle íle Ala íle Thr
305 310 315 320
Leu Leu Met Arg Ala íle Val Ser Asn Arg Leu Glu Val Val Ser Ser
325 330 335
Thr Leu Ser His Phe Phe Lys Leu Leu Asn Asn Gin Ala His Ser Ser
340 345 350
Asp íle Lys Leu Val Glu Ala Arg Ser Asn Asp Glu Leu Gly Arg Met
355 360 365
Gin Thr Ala íle Asn Lys Asn íle Leu Gin Thr Gin Lys Thr Met Gin
370 375 380
Glu Asp Arg Gin Ala Val Gin Asp Thr íle Lys Val Val Ser Asp Val
385 390 395 400
Lys Ala Gly Asn Phe Ala Val Arg íle Thr Ala Glu Pro Ala Ser Pro
405 410 415
Asp Leu Lys Glu Leu Arg Asp Ala Leu Asn Gly íle Met Asp Tyr Leu
420 425 430
Gin Glu Ser Val Gly Thr His Met Pro Ser íle Phe Lys íle Phe Glu
435 440 445
Ser Tyr Ser Gly Leu Asp Phe Arg Gly Arg íle Gin Asn Ala Ser Gly
450 455 460
Arg Val Glu Leu Val Thr Asn Ala Leu Gly Gin Glu íle Gin Lys Met
465 470 475 480
Leu Glu Thr Ser Ser Asn Phe Ala Lys Asp Leu Ala Asn Asp Ser Ala
485 490 495
Asn Leu Lys Glu Cys Val Gin Asn Leu Glu I.ys Ala Ser Asn Ser Gin
500 505 510
His Lys Ser Leu Met Glu Thr Ser Lys Thr íle Glu Asn íle Thr Thr
515 520 525
Ser íle Gin Gly Val Ser Ser Gin Ser Glu Ala Met íle Glu Gin Gly
530 535 540
Lys Asp íle Lys Ser íle Val Glu íle íle Arg Asp íle Ala Asp Gin
545 550 555 560
Thr Asn Leu Leu Ala Leu Asn Ala Ala íle Glu Ala Ala Arg Ala Gly
565 570 575
Glu His Gly Arg Gly Phe Ala Val Val Ala Asp Glu Val Arg Lys Leu
580 585 590
Ala Glu Arg Thr Gin Lys Ser Leu Ser Glu íle Glu Ala Asn íle Asn
595 600 605
íle Leu Val Gin Ser íle Ser Asp Thr Ser Glu Ser íle Lys Asn Gin
610 615 620
Val Lys Glu Val Glu Glu íle Asn Ala Ser lle Glu Ala Leu Arg Ser
625 630 635 640
Val Thr Glu Gly Asn Leu Lys íle Ala Ser Asp Ser Leu Glu íle Ser
173
645 650 655
Gin Glu íle Asp Lys Val Ser Asn Asp íle Leu Glu Asp Val Asn Lys
660 665 670
Lys Gin Phe 675 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:92:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 271 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...271 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:92:
Met Asn íle Phe Lys Arg íle íle Cys Val Thr Ala íle Val Leu Gly
1 5 10 15
Phe Phe Asn Leu Leu Asp Ala Lys His His Lys Glu Lys Lys Glu Asp
20 25 30
His Lys íle Thr Arg Glu Leu Lys Val Gly Ala Asn Pro Val Pro His
35 40 45
Ala Gin íle Leu Gin Ser Val Val Asp Asp Leu Lys Glu Lys Gly íle
50 55 60
Lys Leu Val íle Val Ser Phe Thr Asp Tyr Val Leu Pro Asn Leu Ala
65 70 75 80
Leu Asn Asp Gly Ser Leu Asp Ala Asn Tyr Phe Gin His Arg Pro Tyr
85 90 95
Leu Asp Arg Phe Asn Leu Asp Arg Lys Met His Leu Val Gly Leu Ala
100 105 110
Asn íle His Val Glu Pro Leu Arg Phe Tyr Ser Gin Lys íle Thr Asp
115 120 125
íle Lys Asn Leu Lys Lys Gly Ser Val íle Ala Val Pro Asn Asp Pro
130 135 140
Ala Asn Gin Gly Arg Ala Leu íle Leu Leu His Lys Gin Gly Leu íle
145 150 155 160
Ala Leu Lys Asp Pro Ser Asn Leu Tyr Ala Thr Glu Phe Asp íle Val
165 170 175
Lys Asn Pro Tyr Asn íle Lys íle Lys Pro Leu Glu Ala Ala Leu Leu
160 185 190
Pro Lys Val Leu Gly Asp Val Asp Gly Ala íle íle Thr Gly Asn Tyr
195 200 205
Ala Leu Gin Ala Lys Leu Thr Gly Ala Leu Phe Ser Glu Asp Lys Asp
210 215 220
Ser Pro Tyr Ala Asn Leu Val Ala Ser Arg Glu Asp Asn Ala Gin Asp
225 230 235 240
Glu Ala íle Lys Ala Leu íle Glu Ala Leu Gin Ser Glu Lys Thr Arg
245 250 255
Lys Phe íle Leu Asp Thr Tyr Lys Gly Ala íle íle Pro Ala Phe
260 265 270
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:93:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 161 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
174 (D, TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: protein (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pyJori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...161 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:93:
Met Phe Phe Lys Thr Tyr Gin Lys Leu Leu Cl y Ala Ser Cys Leu Ala
1 5 10 15
Leu Tyr Leu Val Gly Cys Gly Asn Gly Gly C!y Gly Glu Ser Pro Val
20 25 30
Glu Met íle Ala Asn Ser Glu Gly Thr Phe C1 n íle Asp Ser Lys Ala
35 40 45
Asp Ser íle Thr íle Gin Gly Val Lys Leu A::n Arg Gly Asn Cys Ala
50 55 60
Val Asn Phe Val Pro Val Ser Glu Thr Phe Gin Met Gly Val Leu Ser
65 70 75 80
Gin Val Thr Pro íle Ser íle Gin Asp Phe Lys Asp Met Ala Ser Thr
85 90 95
Tyr Lys íle Phe Asp Gin Lys Lys Gly Leu Ala Asn íle Ala Asn Lys
100 105 110
íle Ser Gin Leu Glu Gin Lys Gly Val Met Met Glu Pro Gin Thr Leu
115 120 125
Asn Phe Gly Glu Ser Leu Lys Gly íle Ser Gin Gly Cys Asn íle íle
130 135 140
Glu Ala Glu íle Gin Thr Asp Lys Gly Ala Trp Thr Phe Asn Phe Asp
145 150 155 160
Lys (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:94:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 337 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...337 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:94:
Met íle Arg Leu Lys Gly Leu Asn Lys Thr Leu Lys Thr Ser Leu Leu
1 5 10 15
Ala Gly Val Leu Leu Gly Ala Thr Ala Pro Leu Met Ala Lys Pro Leu
20 25 30
Leu Ser Asp Glu Asp Leu Leu Lys Arg Val Lys Leu His Asn íle Lys
35 40 45
Glu Asp Thr Leu Thr Ser Cys Asn Ala Lys Val Asp Gly Ser Gin Tyr
50 55 60
175
Leu Asn Ser Gly Trp Asn Leu Ser Lys Glu Phe Pro Gin Glu Tyr Arg
65 70 75 80
Glu Lys íle Phe Glu Cys Val Glu Glu Glu Lys His Lys Gin Ala Leu
85 90 95
Asn Leu íle Asn Lys Glu Asp Thr Glu Asp Lys Glu Glu Leu Ala Lys
100 105 110
Lys íle Lys Glu íle Lys Glu Lys Ala Lys Val Leu Arg Gin Lys Phe
115 120 125
Met Ala Phe Glu Met Lys Glu His Ser Lys Glu Phe Pro Asn Lys Lys
130 135 140
Gin Leu Gin Thr Met Leu Glu Asn Ala Phe Asp Asn Gly Ala Glu Ser
145 150 155 160
Phe íle Asp Asp Trp His Glu Arg Phe Gly Gly íle Ser Arg Glu Asn
165 170 175
Thr Tyr Lys Ala Leu Gly íle Lys Glu Tyr Ser Asp Glu Gly Lys íle
180 185 190
Leu Ala Phe Gly Glu Arg Ser Tyr íle Arg Gin Tyr Lys Lys Asp Phe
195 200 205
Glu Glu Ser Thr Tyr Asp Thr Arg Gin Thr Leu Ser Ala Met Ala Asn
210 215 220
Met Ser Gly Glu Asn Asp Tyr Lys íle Thr Trp Leu Lys Pro Lys Tyr
225 230 235 240
Gin Leu His Ser Ser Asn Asn íle Lys Pro Leu Met Ser Asn Thr Glu
245 250 255
Leu Leu Asn Met íle Glu Leu Thr Asn íle Lys Lys Glu Tyr Val Met
260 265 270
Gly Cys Asn Met Glu íle Asp Gly Ser Lys Tyr Pro íle His Lys Asp
275 280 285
Trp Gly Phe Phe Gly Lys Ala Lys Val Pro Glu Thr Trp Arg Asn Lys
290 295 300
íle Trp Glu Cys íle Lys Asn Lys Val Lys Ser Tyr Asp Asn Thr Thr
305 310 315 320
Ala Glu íle Gly íle Val Trp Lys Lys Asn Thr Tyr Ser íle Ser His
325 330 335
His (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:95:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 416 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...416
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:95:
Met Lys Lys Leu Val Phe Ser Met Leu Leu Cys Cys Lys Ser Val Phe
1 5 10 15
Ala Glu Gly Glu Thr Pro Leu íle Val Asn Asp Pro Glu Thr His Val
20 25 30
Ser Gin Ala Thr íle íle Gly Lys Met Val Asp Ser íle Lys Arg Tyr
35 40 45
Glu Glu íle íle Ser Lys Ala Gin Ala Gin Val Asn Gin Leu Gin Lys
50 55 60
Val Asn Asn Met íle Asn Thr Thr Asn Ser Leu íle Ser Ser Ser Ala
176
65 70 75 80
íle Thr Leu Ala Asn Pro Met Gin Val Leu Gin Asn Ala Gin Tyr Gin
85 90 95
íle Glu Ser íle Arg Tyr Asn Tyr Glu Asn Leu Lys Gin Ser íle Glu
100 105 110
Asn Trp Asn Ala Gin Asn Leu Leu Arg Asn Lys Tyr Leu Gin Gin Gin
115 120 125
Cys Pro Trp Leu Asn Val Asn Ala Leu Thr Asn Asn Lys íle Val Asn
130 135 140
Leu Lys Asp Leu Asn Asn Leu íle Thr Lys Asn Gly Glu Gin Thr Gin
145 150 155 160
Thr Ala Arg Asp Val Gin Asn Leu íle Gin Ser íle Ser Gly Ser Gly
165 170 175
Tyr Gly Asn Met Gin Ser Leu Ala Gly Glu Leu Ser Gly Arg Ala Trp
180 185 190
Gly Glu Met Leu Cys Lys Met Val Asn Asp Ser Asn Tyr Glu Ser Glu
195 200 205
Gin Ala Leu Leu Ala Thr Gly Asn Asn Pro Glu Glu Gin Lys Arg Arg
210 215 220
Phe Leu Leu Arg Val Lys Lys Lys Val Asn Asp Asri I.ys Gin Leu Lys
225 230 235 240
Asp Lys Leu Asp Pro Phe Leu Lys Arg Leu Asp Val Leu Gin Thr Glu
245 250 255
Phe Gly Val Thr Asp Pro Thr Ala Asn His Asn Lys Gin Gly íle His
260 265 270
Tyr Cys Thr Glu Asn Lys Glu Thr Gly Lys Cys Asp Pro íle Lys Asn
275 280 285
Val Phe Arg Thr Thr Arg Leu Asp Asn Glu Leu Glu Gin Glu íle Gin
290 295 300
Thr Leu Thr Leu Asp Leu íle Lys Ala Ser Asn Lys Asp Ala Gin Ser
305 310 315 320
Gin Ala Tyr Ala Asn Phe Asn Gin Arg íle Lys Leu Leu Thr Leu Lys
325 330 335
Tyr Leu Lys Glu íle Thr Asn Gin Met Leu Phe Leu Asn Gin Thr Met
340 345 350
Ala Met Gin Ser Glu íle Met Thr Asp Asp Tyr Phe Arg Gin Asn Asn
355 360 .165
Asp Gly Phe Gly Glu Lys Glu Asn His íle Asp Lys Gin Leu Thr Gin
370 375 380
Lys Arg íle Asn Glu Arg Glu Arg Ala Arg íle Tyr Phe Gin Asn Pro
385 390 395 400
Asn Val Lys Phe Asp Gin Phe Gly Phe Pro íle Phe Ser íle Trp Asp
405 410 415
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:96:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 376 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...376 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:96:
Val Asn Lys Trp íle Lys Gly Ala Val Val Phe Val Gly Gly Phe Ala 15 10 15
177
Thr íle Thr Thr Phe 20 Ser Leu íle Tyr His Gin 25 Lys Pro Lys Ala 30 Pro
Leu Asn Asn Gin Pro Ser Leu Leu Asn Asp Asp Glu Val Lys Tyr Pro
35 40 45
Leu Gin Asp Tyr Thr Phe Thr Gin Asn Pro Gin Pro Thr Asn Thr Glu
50 55 60
Ser Ser Lys Asp Ala Thr íle Lys Ala Leu Gin Glu Gin Leu Lys Ala
65 70 75 80
Ala Leu Lys Ala Leu Asn Ser Lys Glu Met Asn Tyr Ser Lys Glu Glu
85 90 95
Thr Phe Thr Ser Pro Pro Met Asp Pro Lys Thr Thr Pro Pro Lys Lys
100 105 110
Asp Phe Ser Pro Lys Gin Leu Asp Leu Leu Ala Ser Arg íle Thr Pro
115 120 125
Phe Lys Gin Ser Pro Lys Asn Tyr Glu Glu Asn Leu íle Phe Pro Val
130 135 140
Asp Asn Pro Asn Gly íle Asp Ser Phe Thr Asn Leu Lys Glu Lys Asp
145 150 155 160
íle Ala Thr Asn Glu Asn Lys Leu Leu Arg Thr íle Thr Ala Asp Lys
165 170 175
Met íle Pro Ala Phe Leu íle Thr Pro íle Ser Ser Gin íle Ala Gly
180 185 190
Lys Val íle Ala Gin Val Glu Ser Asp íle Phe Ala Ser Met Gly Lys
195 200 205
Ala Val Leu íle Pro Lys Gly Ser Lys Val íle Gly Tyr Tyr Ser Asn
210 215 220
Asn Asn Lys Met Gly Glu Tyr Arg Leu Asp íle Val Trp Ser Arg íle
225 230 235 240
íle Thr Pro His Gly íle Asn íle Met Leu Thr Asn Ala Lys Gly Ala
245 250 255
Asp íle Lys Gly Tyr Asn Gly Leu Val Gly Glu Leu íle Glu Arg Asn
260 265 270
Phe Gin Arg Tyr Gly Val Pro Leu Leu Leu Ser Thr Leu Thr Asn Gly
275 280 285
Leu Leu íle Gly íle Thr Ser Ala Leu Asn Asn Arg Gly Asn Lys Glu
290 295 300
Glu Val Thr Asn Phe Phe Gly Asp Tyr Leu Leu Leu Gin Leu Met Arg
305 310 315 320
Gin Ser Gly Met Gly íle Asn Gin Val Val Asn Gin íle Leu Arg Asp
325 330 335
Lys Ser Lys íle Ala Pro íle Val Val íle Arg Glu Gly Ser Arg Val
340 345 350
Phe íle Ser Pro Asn Thr Asp íle Phe Phe Pro íle Pro Arg Glu Asn
355 360 365
Glu Val íle Ala Glu Phe Leu Lys
370 375
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:97:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 916 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...916 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:97:
178
Val Asp Leu Arg íle Gin Ser Lys Glu Val Ser His Asn Leu Lys Glu
1 5 10 15
Leu Ser Lys Thr Leu íle Ser Tyr Pro Phe G1 u Lys His Val Glu Ala
20 25 30
Leu Gly Glu Gin Cys Ser Asn Phe Val Ser J le Pro íle Asn Asn Asp
35 40 45
Asp Tyr Ser Asn íle Cys Thr Phe Val Ser A::p Phe íle Asn Leu íle
50 55 60
Ala Ser Tyr Asn Leu Leu Glu Ser Phe Leu Λί-.ρ Phe Tyr Lys Asp Lys
65 70 7!i 80
Leu Lys Leu Ser Glu Leu Val Thr Glu Tyr Ala Asn Val Thr Asn Asn
85 90 95
Leu Leu Phe Lys Lys Leu íle Lys His Leu Ser Gly Asn Asn Gin Leu
100 105 110
Val Lys Asn Phe Tyr Gin Cys íle Arg Glu 11»! íle Lys Tyr Asn Ala
115 120 125
Pro Asn Lys Glu Tyr Lys Pro Asn Gin Phe I'lic íle íle Gly Lys Gly
130 135 140
Lys Gin Lys Gin Leu Ala Lys íle Tyr Ser H i .‘i Leu Lys Glu Leu Ser
145 150 1!>!> 160
Ala Ser Glu íle Lys Pro Gin Asp Met Glu Asp íle Leu Lys Lys Leu
165 170 175
Glu Glu Leu Asp Lys íle Phe Lys Thr Thr Asp Phe Thr Lys Phe Thr
180 185 190
Pro Lys Thr Glu íle Lys Asp íle íle Lys Glu íle Asp Glu Lys Tyr 195 200 205
Pro íle Asn Glu Asn Phe Lys Arg Gin Phe Asn Glu Phe Glu Ser Asn 210 215 220 íle Glu Lys His Asp Glu íle Lys Lys Asp Phe Glu Arg Asn Lys Glu 225 230 235 240
Ser Leu íle Arg Glu íle Glu Asn His Cys Lys Asn Glu Cys Asn Ser
245 250 255
Glu Glu Glu Pro Glu Tyr Lys íle Asn Asp Leu Leu Lys Asn íle Gin
260 265 270
Gin íle Cys Lys Asn Tyr íle Glu Ser His Ala Val Asn Asp Val Ser
275 280 285
Lys Asp íle Lys Ser Met Met Cys Gin Phe Tyr Leu Lys Gin íle Asp
290 295 300
Leu Leu Val Asn Ser Glu íle Val Arg Tyr Arg Tyr Ser Asn Leu Phe
305 310 315 320
Glu Pro íle Gin Arg Ser Leu Trp Glu Ser íle Lys íle Leu Asp Asn
325 330 335
Glu Ser Gly íle Tyr Leu Phe Pro Lys Asn íle Gly Glu íle Lys Asp
340 345 350
Lys Phe Glu Ala Asn Lys Glu Lys Phe Lys Gin Ser Lys Asn Val Ser
355 360 365
Glu Phe Ala Glu Tyr Cys Arg Glu Cys Asn Pro Tyr Thr Ala Phe Asn
370 375 380
Phe His Leu Asn Íle Asn Asn Gly Leu Ser His Gin Phe Glu Lys Phe
385 390 395 400
Val Pro íle Met Lys Glu Tyr Lys Glu Pro Lys íle Thr Asp Asn Asp
405 410 415
Leu Glu Ala íle Ser Thr Lys Glu Thr Gly Leu Ala Ser Gin Leu Ser
420 425 430
Gly His Trp Phe Phe Gin Leu Ser Leu Phe Asn Lys Thr Asn Phe Asn
435 440 445
Pro Asn Lys íle Trp íle Pro Leu Glu Phe Asn Lys Arg Ser Lys íle
450 455 460
Lys Phe Asp Lys Asp Leu Glu íle Tyr Phe Asp Ser His Glu Ser Phe
465 470 475 480
Asn íle Ser Lys Lys Tyr Leu Gin Glu íle Asp Gin Glu Ser Leu Lys
485 490 495
Lys íle Lys Gin Ser Lys Asp Phe Phe Ser íle Gin Lys íle Glu Ser
500 505 510
Lys His Asp Asn Asn Asp íle Leu Gin Leu Glu Phe Phe Glu Asn Asp
179
Thr Ser 515 Phe Leu
Asn 530 Met Gin Leu
545 Leu Leu Ala íle
íle Arg Val Arg
His Glu íle 580 Lys
Asn Glu 595 Pro íle
Phe 610 Asn Phe Met
625 Phe Asn His Asn
Ser Val Pro Ala
His Lys Asn 660 His
Val Asp 675 Thr Asp
Glu 690 Gly Ser Val
705 Ser Lys Asp Ser
Gly Gin His Val
Glu Gly íle 740 Thr
Arg Tyr 755 Lys Glu
íle 770 Ser Gly Leu
785 Lys Leu Cys Glu
Arg Lys Cys Val
Ala Asn Glu 820 Glu
Cys Asp 835 Arg His
Arg 850 Asn Lys Tyr
865 Lys Thr Arg Leu
Lys Arg Asn Phe
Leu íle Lys 900 Asn
915
Phe Ala Lys 520 Gly
Lys íle 535 Asp Ser
Val 550 Gin Asp Ser
565 His Asn Asn Lys
Leu Glu Val Tyr
íle Leu Ser 600 Gin
Phe Gly 615 Phe Leu
íle 630 íle Tyr Val
645 Arg Lys Glu Phe
Val Thr Phe Val
His Leu Asp 680 Glu
íle Lys 695 Asn His
Asp 710 Ala Leu Asp
725 Phe His Asn Pro
Asp Tyr Cys Tyr
Tyr Lys Asp 760 Asn
Lys Asn 775 Asp Ser
Leu 790 Asp Asn His
805 Phe Asn Gin Gin
Met His Asp Pro
Phe Lys Gin 840 íle
Ala Lys 855 Asn Lys
Leu 870 Tyr Gly Gly
885 Leu Lys Leu Phe
Ser Phe Ala Glu
Leu íle Thr 540 Lys
Pro Gin 555 Asp Ser
Leu 570 Pro Arg Glu
585 Asp Cys Arg Lys
Gin Ser Thr Gly
Tyr Asn Val 620 Gly
Met Asp 635 Glu Pro
Arg 650 Lys Phe Leu
665 Leu Ala Thr His
íle Arg íle Val
Phe Asn Tyr 700 Pro
Lys íle 715 Lys Arg
Gin 730 Lys His Arg
745 Leu Ser Ala Phe
Pro íle Pro Phe
Asn Asp Met 780 Lys
Pro íle 795 Val Leu
Ala 810 Thr Ser Glu
825 íle Thr íle Leu
Glu Asp Cys Phe
Gin Met Glu 860 Leu
Glu Asp 875 Ala íle
Lys 890 Trp íle Ala
905
525 íle Leu Glu Tyr
Glu Phe Asn Lys 560
Tyr Gin Leu Lys 575
Lys Tyr Thr Glu 590
Ser His Asp His 605
Phe Gin Trp Ala
Ser His Phe Ser 640
Ala Thr His Leu 655
Lys Glu Tyr Ala 670
Asp Pro Phe Leu 685
Glu Lys Glu Thr
Leu Asn Asn Ala 720
Ser Leu Gly Val 735 íle íle Phe Val 750
Lys Leu Tyr Leu 765
Thr Phe Leu Pro
Glu Thr íle Glu 800
Thr Asp Asp Asp 815
Arg Phe Lys Arg 830
Gin Leu Ser Asp 845
Ser Ala Asn Asp
Ser Met Ala Phe 880
Glu Lys Gin Thr 895
Trp Ala Thr Asn 910 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:98:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 176 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
180 (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...176 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:98:
Met Thr Ala Met Met Arg Tyr Phe His íle Tyr Ala Thr Thr Phe Phe
1 5 10 15
Phe Pro Leu Ala Leu Leu Phe Ala Val Ser Gly Leu Ser Leu Leu Phe
20 25 30
Lys Ala Arg Gin Asp Thr Gly Ala Lys íle Lys Glu Trp Val Leu Glu
35 40 15
Lys Ser Leu Lys Lys Glu Glu Arg Leu Asp Phe Leu l.ys Gly Phe íle
50 55 60
Lys Glu Asn His íle Ala Met Pro Lys Lys íle Glu ľro Arg Glu Tyr
65 70 75 80
Arg Gly Ala Leu Val íle Gly Thr Pro Leu Tyr Glu íle Asn Leu Glu
85 90 95
Thr Lys Gly Thr Gin Thr Lys íle Lys Thr íle Glu Arg Gly Phe Leu
100 105 110
Gly Ala Leu íle Met Leu His Lys Ala Lys Val Gly íle Val Phe Gin
115 120 125
Ala Leu Leu Gly Íle Phe Cys Val Phe Leu Leu Leu Phe Tyr Leu Ser
130 135 140
Ala Phe Leu Met Val Ala Phe Lys Asp Thr Lys Arg Met Phe íle Ser
145 150 155 160
Val Leu íle Gly Ser Val Val Phe Phe Gly Ala íle Tyr Trp Ser Leu
165 170 175 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:99:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 222 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: protein
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ : rôzne : znaky
(B) UMIESTNENIE 1. ...222
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č. :! 99:
Met Phe Lys Asn Ala Leu Asn íle Gin Asp Phe Ser Phe Lys Asn His
1 5 10 15
Thr Ser Thr Ala íle íle Gly Thr Asn Gly Ala Gly Lys Ser Thr Leu
20 25 30
íle Asn Thr íle Leu Gly íle Arg Ser Asp Tyr Asn Phe Lys Ala Gin
35 40 45
Asn Asn Asn íle Pro Tyr His Asp Asn Val íle Pro Gin Arg Lys Gin
50 55 60
Leu Gly Val Val Ser Asn Leu Phe Asn Tyr Pro Pro Gly Leu Asn Ala
65 70 75 80
Asn Asp Leu Phe Lys Phe Tyr Gin Phe Phe His Lys Asn Cys Thr Leu
85 90 95
Asp Leu Phe Glu Lys Asn Leu Leu Asn Lys Thr Tyr Glu His Leu Ser
100 105 110
Asp Gly Gin Lys Gin Arg Leu Lys íle Asp Leu Ala Leu Ser His His
115 120 125
Pro Gin Leu Val íle Met Asp Glu Pro Glu Thr Ser l.eu Glu Gin Asn
181
130 135 140
Ala Leu íle Arg Leu Ser Asn Leu íle Ser Leu Arg Asn Thr Gin
145 150 155
Leu Thr Ser íle íle Ala Thr His Asp Pro íle Val Leu Asp Ser
165 170 175
Glu Trp Val Leu Leu Leu Lys Asn Gly Asn íle Ala Gin Tyr Lys
180 185 190
Leu Asn Ser íle Leu Lys Ser Val Ala Lys Thr Phe Asn Phe Lys
195 200 205
Lys Pro Thr Thr Lys Asp Leu Leu Ala Leu Leu Lys Asp íle
210 215 220
Gin
160
Cys
Pro
Glu (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:100:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 406 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÓČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...406
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:100:
Met Tyr Ala Ala His Pro íle Lys Pro íle Lys Ala Pro Lys Leu Lys
1 5 10 15
Ser Gin Phe Leu Arg Arg Val Phe Val Gly Ala Ser íle Arg Arg Trp
20 25 30
Asn Asp Gin Ala cys Pro Leu Glu Phe Val Glu Leu Asp Lys Gin Ala
35 40 45
His Lys Ala Met íle Ala Tyr Leu Leu Ala Lys Asp Leu Lys Asp Arg
50 55 60
Gly Lys Asp Leu Asp Leu Asp Leu Leu íle Lys Tyr Phe Cys Phe Glu
65 70 75 80
Phe Leu Glu Arg Leu Val Leu Thr Asp íle Lys Pro Pro íle Phe Tyr
85 90 95
Ala Leu Gin Gin Thr His Ser Lys Glu Leu Ala Ser Tyr Val Ala Gin
100 105 110
Ser Leu Gin Asp Glu íle Ser Ala Tyr Phe Ser Leu Glu Glu Leu Lys
115 120 125
Glu Tyr Leu Ser His Arg Pro Gin íle Leu Glu Thr Gin íle Leu Glu
130 135 140
Ser Ala His Phe Tyr Ala Ser Lys Trp Glu Phe Asp íle íle Tyr His
145 150 155 160
Phe Asn Pro Asn Met Tyr Gly Val Lys Glu íle Lys Asp Lys íle Asp
165 170 175
Lys Gin Leu His Asn Asn Asp His Leu Phe Glu Gly Leu Phe Gly Glu
180 185 190
Lys Glu Asp Leu Lys Lys Leu Val Ser Met Phe Gly Gin Leu Arg Phe
195 200 205
Gin Lys Arg Trp Ser Gin Thr Pro Arg Val Pro Gin Thr Ser Val Leu
210 215 220
Gly His Thr Leu Cys Val Ala íle Met Gly Tyr Leu Leu Ser Phe Asp
225 230 235 240
Leu Lys Ala Cys Lys Ser Met Arg íle Asn His Phe Leu Gly Gly Leu
245 250 255
Phe His Asp Leu Pro Glu íle Leu Thr Arg Asp íle Íle Thr Pro íle
260 265 270
182
Lys Gin Ser Val Ala Gly Leu Asp His Cys íle Lys Glu íle Glu Lys
275 280 285
Lys Glu Met Gin Asn Lys Val Tyr Ser Phe Val Ser lil’U Gly Val Gin
290 295 300
Glu Asp Leu Lys Tyr Phe Thr Glu Asn Glu Phe Lys Asn Arg Tyr Lys
305 310 315 320
Asp Lys Ser His Gin íle Val Phe Thr Lys Asp Ala Clu Glu Leu Phe
325 330 335
Thr Leu Tyr Asn Ser Asp Glu Tyr Leu Gly Val Cys Gly Glu Leu Leu
340 345 350
Lys Val Cys Asp His Leu Ser Ala Phe Leu Glu Ala Gin íle Ser Leu
355 360 165
Ser His Gly íle Ser Ser Tyr Asp Leu íle Gin Gly Ala Lys Asn Leu
370 375 380
Leu Glu Leu Arg Ser Gin Thr Glu Leu Leu Asd Leu A::p Leu Gly Lys
385 390 39*5 400
Leu Phe Arg Asp Phe Lys
405
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:101:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 335 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: protein (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...335
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. 0.:101:
Val Leu Trp Val Leu Tyr Phe Leu Thr Ser Leu Phe íle Cys Ser Leu
1 5 10 15
íle Val Leu Trp Ser Lys Lys Ser Met Leu Phe Val Asp Asn Ala Asn
20 25 30
Lys íle Gin Gly Phe His His Ala Arg Thr Pro Arg Ala Gly Gly Leu
35 40 45
Gly íle Phe Leu Ser Phe Ala Leu Ala Cys Tyr Leu Glu Pro Phe Glu
50 55 60
Met Pro Phe Lys Gly Pro Phe Val Phe Leu Gly Leu Ser Leu Val Phe
65 70 75 80
Leu Ser Gly Phe Leu Glu Asp íle Asn Leu Ser Leu Ser Pro Lys íle
85 90 95
Arg Leu íle Leu Gin Ala Val Gly Val Val Cys íle íle Ser Ser Thr
100 105 110
Pro Leu Val Val Ser Asp Phe Ser Pro Leu Phe Ser Leu Pro Tyr Phe
115 120 125
íle Ala Phe Leu Phe Ala íle Phe Met Leu Val Gly íle Ser Asn Ala
130 135 140
íle Asn íle íle Asp Gly Phe Asn Gly Leu Ala Ser Gly íle Cys Ala
145 150 155 160
íle Ala Leu Leu Val íle His Tyr íle Asp Pro Ser Ser Leu Ser Cys
165 170 175
Leu Leu Ala Tyr Met Val Leu Gly Phe Met Val Leu Asn Phe Pro Ser
180 185 190
Gly Lys íle Phe Leu Gly Asp Gly Gly Ala Tyr Phe Leu Gly Leu Val
195 200 205
Cys Gly íle Ser Leu Leu His Leu Ser Leu Glu Gin Lys íle Ser Val
183
210 215 220
Phe Phe Gly Leu Asn Leu 'Met Leu Tyr Pro Val íle Glu Val Leu Phe
225 230 235 240
Ser íle Leu Arg Arg Lys íle Lys Arg Gin Lys Ala Thr Met Pro Asp
245 250 255
Asn Leu His Leu His Thr Leu Leu Phe Lys Phe Leu Gin Gin Arg Ser
260 265 270
Phe Asn Tyr Pro Asn Pro Leu Cys Ala Phe íle Leu íle Leu Cys Asn
275 280 285
Leu Pro Phe íle Leu íle Ser Val Leu Phe Arg Leu Asp Ala Tyr Ala
290 295 300
Leu íle Val íle Ser Leu Val Phe íle Ala Cys Tyr Leu íle Gly Tyr
305 310 315 320
Ala Tyr Leu Asn Arg Gin Val Cys Ala Leu Glu Lys Arg Ala Phe
325 330 335
(2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:102:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 96 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...96 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:102:
Met Lys Lys Val íle Val Ala Leu Gly Val Leu Ala Phe Ala Asn Val
1 5 10 15
Leu Met Ala Thr Asp Val Lys Ala Leu Val Lys Gly Cys Ala Ala Cys
20 25 30
His Gly Val Lys Phe Glu Lys Lys Ala Leu Gly Lys Ser Lys íle Val
35 40 45
Asn Met Met Ser Glu Lys Glu íle Glu Glu Asp Leu Met Ala Phe Lys
50 55 60
Ser Gly Ala Asn Lys Asn Pro Val Met Thr Ala Gin Ala Lys Lys Leu
65 70 75 80
Ser Asp Glu Asp íle Lys Ala Leu Ala Lys Tyr íle Pro Thr Leu Lys
85 90 95
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:103:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 156 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...156
184 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:103:
Met Arg Asp Phe
1
Asn Ala Val Phe 20
Ala íle Ser 35 Gly
Leu Leu 50 Gly Ala
Val 65 Glu Leu íle
Arg Glu Asp Glu
Lys Thr Arg Tyr 100
Lys Ala Leu 115 Leu
Ser Gin 130 Asn Glu
Tyr 145 íle Gin Asn
Asn Asn íle Gin
5 Glu Lys Leu Asp
Ala Ser Gly Val 40
Phe Gly Leu 55 Lys
Ala Pro 70 Phe Leu
His 85 Glu Pro Leu
Phe Leu Asn Gin
Lys Gly Leu íle 120
Leu Asn Asp 135 íle
Lys Asn 150 Arg Arg
íle Thr Arg 10 Leu Glu Phe Leu Lys Val
25 Gly Lys Ser
Glu Ser Asn Ala 60
Asp Thr Glu 75 Glu
Val íle 90 Ser Val
Thr 105 Ser Leu Ser
Lys Arg Leu Ser
Leu Met Leu Ser 140
Leu Ala Pro 155 Phe
l.ys Val Arg Gin 15
Λ:;ρ Glv Leu Ser 30'
Leu íle Ala Ser 15
Ser Asn íle Glu
Tyr Gly íle Phe 80 !I e Lvs Lys Glu 95
l.ys Asn Thr Leu 110
Λ::η Asp Arg Phe l.!5
l.eu Leu Asp Gly (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:104:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 118 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...118 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:104:
Val Met Leu Met Ala íle Phe Thr Pro Tyr íle Leu íle Leu Lys Met
1 5 10 15
Met Lys Lys Ser Met Ser Leu Phe Ala Asn Met Gly Leu Glu Gin íle
20 25 30
Phe Cys Asn Arg Asp íle Lys Asp Leu Asn Asp Phe Val Phe Gly íle
35 40 45
Glu Val Gly Leu Asp Ser Asn Ala Arg Lys Asn Arg Ser Arg Lys Ala
50 55 60
Met Glu Asn His Leu íle Gly Leu Phe Val Gin Ala Gin Leu Asn Phe
65 70 75 80
Lys Glu Gin Val Asp íle Arg Glu Phe Glu Asp Leu Arg Gin Ala Phe
85 90 95
Gly Asn Asp Thr Lys Lys Phe Asp Phe Val íle Phe Ser Lys Glu Lys
100 105 110
Thr Tyr Phe His Arg Ser
115
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:105:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 355 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
185 (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...355
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:105:
Met Asn íle Lys íle Leu Lys íle Leu Val Gly Gly Leu Phe Phe Leu
1 5 10 15
Ser Leu Asn Ala His Leu Trp Gly Lys Gin Asp Asn Ser Phe Leu Gly
20 25 30
íle Gly Glu Arg Ala Tyr Lys Ser Gly Asn Tyr Ser Lys Ala Ala Ser
35 40 45
Tyr Phe Lys Lys Ala Cys Asn Asp Gly Val Ser Glu Gly Cys Thr Gin
50 55 60
Leu Gly íle íle Tyr Glu Asn Gly Gin Gly Thr Arg íle Asp Tyr Lys
65 70 75 80
Lys Ala Leu Glu Tyr Tyr Lys Thr Ala Cys Gin Ala Asp Asp Arg Glu
85 90 95
Gly Cys Phe Gly Leu Gly Gly Leu Tyr Asp Glu Gly Leu Gly Thr Ala
100 105 110
Gin Asn Tyr Gin Glu Ala íle Asp Ala Tyr Ala Lys Ala Cys Val Leu
115 120 125
Lys His Pro Glu Ser Cys Tyr Asn Leu Gly íle íle Tyr Asp Arg Lys
130 135 140
íle Lys Gly Asn Ala Ala Gin Ala Val Thr Tyr Tyr Gin Lys Ser Cys
145 150 155 160
Asn Phe Asp Met Ala Lys Gly Cys Tyr íle Leu Gly Thr Ala Tyr Glu
165 170 175
Lys Gly Phe Leu Glu Val Lys Gin Ser Asn His Lys Ala Val íle Tyr
180 185 190
Tyr Leu Lys Ala Cys Arg Leu Asn Glu Gly Gin Ala Cys Arg Ala Leu
195 200 205
Gly Ser Leu Phe Glu Asn Gly Asp Ala Gly Leu Asp Glu Asp Phe Glu
210 215 220
Val Ala Phe Asp Tyr Leu Gin Lys Ala Cys Ala Leu Asn Asn Ser Gly
225 230 235 240
Gly Cys Ala Ser Leu Gly Ser Met Tyr Met Leu Gly Arg Tyr Val Lys
245 250 255
Lys Asp Pro Gin Lys Ala Phe Asn Tyr Phe Lys Gin Ala Cys Asp Met
260 265 270
Gly Ser Ala Val Ser Cys Ser Arg Met Gly Phe Met Tyr Ser Gin Gly
275 280 285
Asp Thr Val Ser Lys Asp Leu Arg Lys Ala Leu Asp Asn Tyr Glu Arg
290 295 300
Gly Cys Asp Met Gly Asp Glu Val Gly Cys Phe Ala Leu Ala Gly Met
305 310 315 320
Tyr Tyr Asn Met Lys Asp Lys Glu Asn Ala íle Met íle Tyr Asp Lys
325 330 335
Gly Cys Lys Leu Gly Met Lys Gin Ala Cys Glu Asn Leu Thr Lys Leu
340 345 350
Arg Gly Tyr 355 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:106:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 193 aminokyselin
186 (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...193 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:106:
Met Lys Glu Lys Asn Phe Trp Pro Leu Gly íle Met- :;<*r Val Leu íle
1 5 10 15
Phe Gly Leu Gly íle Val Val Phe Leu Val Val Phf.· Ala Leu Lys Asn
20 25 30
Ser Pro Lys Asn Asp Leu Val Tyr Phe Lys Gly His A:$n Glu Val Asp
35 40 45
Leu Asn Phe Asn Ala Met Leu Lys Thr Tyr Glu Asn The Lys Ser Asn
50 55 60
Tyr Arg Phe Ser Val Gly Leu Lys Pro Leu Thr Glu Ser Pro Lys Thr
65 70 75 80
Pro íle Leu Pro Tyr Phe Ser Lys Gly Thr His Gly Asp Lys Lys íle
85 90 95
Gin Glu Asn Leu Leu Asn Asn Ala Leu íle Leu Glu Lys Ser Asn Thr
100 105 110
Leu Tyr Ala Gin Leu Gin Pro Leu Lys Pro Ala Leu Asp Ser Pro Asn
115 120 125
íle Gin Val Tyr Leu Ala Phe Tyr Pro Ser Gin Ser Gin Pro Arg Leu
130 135 140
Leu Gly Thr Leu Asp Cys Lys Asn Ala Cys Glu Pro Leu Lys Phe Asp
145 150 155 160
Leu Leu Glu Gly Asp Lys Val Gly Arg Tyr Lys íle Leu Phe Lys Phe
165 170 175
Val Phe Lys Asn Lys Glu Glu Leu íle Leu Glu Gin Leu Ala Phe Phe
180 185 190
Lys (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:107:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 289 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...289
(xi) POPIS ; SEKVENCIE: SEKV. Č.: 107:
Leu Gly íle Asn Met Cys Ser Lys Lys íle Arg Asn Leu íle Leu Cys
1 5 10 15
Phe Gly Phe íle Leu Ser Leu Cys Ala Glu Glu Asn íle Thr Lys Glu
187
20 25 30
Asn Met Thr Glu Thr Asn Thr Thr Glu Glu Asn Thr Pro Lys Asp Ala
35 40 45
Pro íle Leu Leu Glu Glu Lys Arg Ala Gin Thr Leu Glu Leu Lys Glu
50 55 60
Glu Asn Glu Val Ala Lys Lys íle Asp Glu Lys Ser Leu Leu Glu Glu
65 70 75 80
íle His Lys Lys Lys Arg Gin Leu Tyr Met Leu Lys Gly Glu Leu His
85 90 95
Glu Lys Asn Glu Ser íle Leu Phe Gin Gin Met Ala Lys Asn Lys Ser
100 105 110
Gly Phe Phe íle Gly Val íle Leu Gly Asp íle Gly íle Asn Ala Asn
115 120 125
Pro Tyr Glu Lys Phe Glu Leu Leu Ser Asn íle Gin Ala Ser Pro Leu
130 135 140
Leu Tyr Gly Leu Arg Ser Gly Tyr Gin Lys Tyr Phe Ala Asn Gly íle
145 150 155 160
Ser Ala Leu Arg Phe Tyr Gly Glu Tyr Leu Gly Gly Ala Xet Lys Gly
165 170 15
Phe Lys Ser Asp Ser Leu Ala Ser Tyr Gin Thr Ala Ser Leu Asn íle
180 185 190
Asp Leu Leu Met Asp Lys Pro íle Asp Lys Glu Lys Arg Phe Ala Leu
195 200 205
Gly íle Phe Gly Gly Val Gly Val Gly Trp Asn Gly Met Tyr Gin Asn
210 215 220
Leu Lys Glu íle Arg Gly Tyr Ser Gin Pro Asn Ala Phe Gly Leu Val
225 230 235 240
Leu Asn Leu Gly Val Ser Met Thr Leu Asn Leu Lys His Arg Phe Glu
245 250 255
Leu Ala Leu Lys Met Pro Pro Leu Lys Glu Thr Ser Gin Thr Phe Leu
260 265 270
Tyr Tyr Phe Lys Ser Thr Asn íle Tyr Tyr íle Ser Tyr Asn Tyr Leu
275 280 285
Leu
(2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:108:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 668 aminokyselín
(B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii, TYP MOLEKULY: protein
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...668
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:: L08:
Met Arg Lys Leu Phe íle Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala
1 5 10 15
Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe íle Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu
20 25 30
Leu Glu Gly Thr Gin Thr Gin Glu Lys Arg His Thr Thr Thr Lys Asn
35 40 45
Thr Tyr Ala Thr Tyr Asn Tyr Leu Pro Thr Asp Thr íle Leu Lys Arg
50 55 60
Ala Ala Asn Leu Phe Thr Asn Ala Glu Ala íle Ser Lys Leu Lys Phe
65 70 75 80
188
Ser Ser Leu Ser Pro Val Arg Val Leu Tyr Met Tyr Asn Gly Gin Leu
85 90 95
Thr íle Glu Asn Phe Leu Pro Tyr Asn Leu Asn Asn Val Lys Leu Ser
100 105 110
Phe Thr Asp Ala Gin Gly Asn Thr íle Asp Leu Gly V.il íle Glu Thr
115 120 125
íle Pro Lys His Ser Lys íle Val Leu Pro Gly Glu Ala Phe Asp Ser
130 135 140
Leu Lys Glu Ala Phe Asp Lys íle Asp Pro Tyr Thr Leu Phe Leu Pro
145 150 155 160
Lys Phe Glu Ala Thr Ser Thr Ser íle Ser Asp Thr Asn Thr Gin Arg
165 170 175
Val Phe Glu Thr Leu Asn Asn íle Lys Thr Asn Leu Ilo Met Lys Tyr
180 185 190
Ser Asn Glu Asn Pro Asn Asn Phe Asn Thr Cys Pro Tyr Asn Asn Asn
195 200 20 f.
Gly Asn Thr Lys Asn Asp Cys Trp Gin Asn Phe Thr Pi o Gin Thr Ala
210 215 220
Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met íle Ala Val Leu Asp Ser
225 230 235 240
Gin Ser Trp Gly Asp Ala íle Leu Asn Ala Pro Phe Glu Phe Thr Asn
245 250 255
Ser Ser Thr Asp Cys Asp Ser Asp Pro Ser Lys Cys Val Asn Pro Gly
260 265 270
Val Asn Gly Arg Val Asp Thr Lys Val Asp Gin Gin Tyr íle Leu Asn
275 280 285
Lys Gin Gly íle íle Asn Asn Phe Arg Lys Lys íle Glu íle Asp Ala
290 295 300
Val Val Leu Lys Asn Ser Gly Val Val Gly Leu Ala Asn Gly Tyr Gly
305 310 315 320
Asn Asp Gly Glu Tyr Gly Thr Leu Gly Val Glu Ala Tyr Ala Leu Asp
325 330 335
Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asn Asp Leu Lys Thr íle Asn Leu Glu Asp
340 345 350
Leu Arg Thr íle Leu His Glu Phe Ser His Thr Lys Gly Tyr Gly His
355 360 365
Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gin Arg Val Pro Val Thr Lys Asp Gly Gin
370 375 380
Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp Ser Asp Gly Leu Pro
385 390 395 400
Tyr Asn Val Cys Ser Leu Tyr Gly Gly Ser Asn Gin Pro Ala Phe Pro
405 410 415
Ser Asn Tyr Pro Asn Ser íle Tyr His Asn Cys Ala Asp Val Pro Ala
420 425 430
Gly Phe Leu Gly Val Thr Ala Ala Val Trp Gin Gin Leu íle Asn Gin
435 440 445
Asn Ala Leu Pro íle Asn Tyr Ala Asn Leu Gly Ser Gin Thr Asn Tyr
450 455 460
Asn Leu Asn Ala Ser Leu Asn Thr Gin Asp Leu Ala Asn Ser Met Leu
4 65 470 475 480
Ser Thr íle Gin Lys Thr Phe Val Thr Ser Ser Val Thr Asn His His
485 490 495
Phe Ser Asn Ala Ser Gin Ser Phe Arg Ser Pro íle Leu Gly Val Asn
500 505 510
Ala Lys íle Gly Tyr Gin Asn Tyr Phe Asn Asp Phe íle Gly Leu Ala
515 520 525
Tyr Tyr Gly íle íle Lys Tyr Asn Tyr Ala Lys Ala Val Asn Gin Lys
530 535 540
Val Gin Gin Leu Ser Tyr Gly Gly Gly íle Asp Leu Leu Leu Asp Phe
545 550 555 560
íle Thr Thr Tyr Ser Asn Lys Asn Ser Pro Thr Gly íle Gin Thr Lys
565 570 575
Arg Asn Phe Ser Ser Ser Phe Gly íle Phe Gly Gly Leu Arg Gly Leu
580 585 590
Tyr Asn Ser Tyr Tyr Val Leu Asn Lys Val Lys Gly Ser Gly Asn Leu
595
600
605
189
Asp Val Ala Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Tyr Lys His Ser Lys Tyr Ser
610 615 620
Val Gly íle Ser Íle Pro Leu íle Gin Arg Lys Ala Ser Val Val Ser
625 630 635 640
Ser Gly Gly Asp Tyr Thr Asn Ser Phe Val Phe Asn Glu Gly Ala Ser
645 650 655
His Phe Lys Val Phe Phe Asn Tyr Gly Trp Val Phe
660 665
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:109:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 63 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...63 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:109:
Met Asn Thr Glu íle Leu Thr Íle Met Leu Val Val Ser Val Leu Met
1 5 10 15
Gly Leu Val Gly Leu íle Ala Phe Leu Trp Gly Val Lys Ser Gly Gin
20 25 30
Phe Asp Asp Glu Lys Arg Met Leu Glu Ser Val Leu Tyr Asp Ser Ala
35 40 45
Ser Asp Leu Asn Glu Ala íle Leu Gin Glu Lys Arg Gin Lys Asn
50 55 60
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:110:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 406 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...406 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:110:
Met Val Phe Phe His Lys Lys íle íle Leu Asn Phe íle Tyr Ser Leu
1 5 10 15
Met Val Ala Phe Leu Phe His Leu Ser Tyr Gly Val Leu Leu Lys Ala
20 25 30
Asp Gly Met Ala Lys Lys Gin Thr Leu Leu Val Gly Glu Arg Leu Val
35 40 45
Trp Asp Lys Leu Thr Leu Leu Gly Phe Leu Glu Lys Asn His Íle Pro
50 55 60
190
Gin Lys Leu Tyr Tyr Asn Leu Ser Ser Gin Asp Lys Glu Leu Ser Ala
65 70 75 80
Glu íle Gin Ser Asn Val Thr Tyr Tyr Thr Leu Arq Asp Ala Asn Asn
85 90 95
Thr Leu íle Gin Ala Leu íle Pro íle Ser Gin Asp l.eu Gin íle His
100 105 110
íle Tyr Lys Lys Gly Glu Asp Tyr Phe Leu Asp Phu 1 le Pro íle Val
115 120 125
Phe Thr Arg Lys Glu Arg Thr Leu Leu Leu Ser Leu Gin Thr Ser Pro
130 135 140
Tyr Gin Asp íle Val Lys Ala Thr Asn Asp Pro Leu Leu Ala Asn Gin
145 150 155 160
Leu Met Asn Ala Tyr Lys Lys Ser Val Pro Phe Ly:: Arq Leu Val Lys
165 170 175
Asn Asp Lys íle Ala íle Val Tyr Thr Arg Asp Tyr Ai g Val Gly Gin
180 185 190
Ala Phe Gly Gin Pro Thr íle Lys Met Ala Met Val Í'.IT Ser Arg Leu
195 200 :ί:!ι
His Gin Tyr Tyr Leu Phe Ser His Ser Asn Gly Arg Ty: Tyr Asp Ser
210 215 220
Lys Ala Gin Glu Val Ala Gly Phe Leu Leu Glu Thr ľro Val Lys Tyr
225 230 235 240
Thr Arg íle Ser Ser Pro Phe Ser Tyr Gly Arg Phe His Pro Val Leu
245 250 255
Lys Val Lys Arg Pro His Tyr Gly Val Asp Tyr Ala Aid Lys His Gly
260 265 270
Ser Leu íle His Ser Ala Ser Asp Gly Arg Val Gly Phe íle Gly Val
275 280 285
Lys Ala Gly Tyr Gly. Lys Val Val Glu íle His Leu Asn Glu Leu Arg
290 295 300
Leu Val Tyr Ala His Met Ser' Ala Phe Ala Asn Gly Leu Lys Lys Gly
305 310 315 320
Ser Phe Val Lys Lys Gly Gin íle íle Gly Arg Val Gly Ser Thr Gly
325 330 335
Leu Ser Thr Gly Pro His Leu His Phe Gly Val Tyr Lys Asn Ser Arg
340 345 350
Pro íle Asn Pro Leu Gly Tyr íle Arg Thr Ala Lys Ser Lys Leu His
355 360 365
Gly Lys Gin Arg Glu Val Phe Leu Glu Lys Ala Gin Tyr Ser Lys Gin
370 375 380
Lys Leu Glu Glu Leu Phe Lys Thr His Ser Phe Glu Lys Asn Ser Phe
385 390 395 400
Tyr Leu Leu Glu Gly Phe
405
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č 5.:111:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 296 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...296 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:111:
Leu Phe Leu Val Lys Lys íle Gly Val Val íle Met. íle Leu Val Cys
191
10 15
Phe Leu Ala Cys Ser Gin Glu Ser Phe íle Lys Met Gin Lys Lys Ala
25 30
Gin Glu Gin Glu Asn Asp Gly Ser Lys Arg Pro Ser Tyr Val Asp Ser
40 45
Asp Tyr Glu Val Phe Ser Glu Thr íle Phe Leu Gin Asn Met Val Tyr
55 60
Gin Pro íle Glu Glu Arg Asn Ala Phe Phe Gin Leu Thr Lys Asp Glu
70 75 80
Asp Asn Ser Phe Asn Pro Glu Asn Ser Val íle Leu Leu Asn Glu Pro
90 95
Ser Asp Asn Ser Glu Lys Asn Leu Leu Ser Tyr Pro Asn Asp Pro Asn
100 105 110
Asn Asn Glu Asp Asn Ala Asn Asn Ser Gin Lys Asn Pro Phe Leu Tyr
115 120 125
Lys Pro Lys Arg Lys Thr Lys Asn Pro Lys Leu íle Glu Tyr Ser Gin
130 135 140
Gin Asp Phe Tyr Pro Leu Lys Asn Gly Asp íle íle Met Ser Lys Glu
145 150 155 160
Gly Asp Gin Trp Leu íle Glu íle Gin Ser Lys Ala Leu Lys Arg Phe
165 170 175
Leu Lys Asp Gin Asn Asp Lys Asp Arg Gin íle Gin Thr Phe Thr Phe
180 185 190
Asn Asp Thr Lys Thr Gin íle Ala Gin íle Lys Gly Lys íle Ser Ser
195 200 205
Tyr Val Tyr Thr Thr Asn Asn Gly Ser Leu Ser Leu Arg Pro Phe Tyr
210 215 220
Glu Ser Phe Leu Leu Glu Lys Lys Ser Asp Asn Val Tyr Thr íle Glu
225 230 235 240
Asn Lys Ala Leu Asp Thr Met Glu íle Ser Lys Cys Gin Met Val Leu
245 250 255
Lys Lys His Ser Thr Asp Lys Leu Asp Ser Gin His Lys Ala íle Ser
260 265 270 íle Asp Leu Asp Phe Lys Lys Glu Arg Phe Lys Ser Asp Thr Glu Leu
275 280 285
Phe Leu Glu Cys Leu Lys Glu Ser
290 295 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.: 112:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 248 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...248 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:112:
Val Ser Tyr Asp Asn Thr Asp Asp Tyr Tyr Phe Pro Arg Asn Gly Val
1 5 10 15
íle Phe Ser Ser Tyr Ala Thr Met Ser Gly Leu Pro Ser Ser Gly Thr
20 25 30
Leu Asn Ser Trp Asn Gly Leu Gly Gly Asn Val Arg Asn Thr Lys Val
35 40 45
Tyr Gly Lys Phe Ala Ala Tyr His His Leu Gin Lys Tyr Leu Leu íle
50 55 60
192
Asp Leu íle Ala Arg Phe Lys Thr Gin Gly Gly Tyr íle Phe Arg Tyr
65 70 75 80
Asn Thr Asp Asp Tyr Leu Pro Leu Asn Ser Thr Phe Tyr Met Gly Gly
85 90 95
Val Thr Thr Val Arg Gly Phe Arg Asn Gly Ser íle Thr Pro Lys Asp
100 105 110
Glu Phe Gly Leu Trp Leu Gly Gly Asp Gly íle Phe Thr Ala Ser Thr
115 120 125
Glu Leu Ser Tyr Gly Val Leu Lys Ala Ala Lys Met Arg Leu Ala Trp
130 135 140
Phe Phe Asp Phe Gly Phe Leu Thr Phe Lys Thr Pro Thr Arg Gly Ser
145 150 155 160
Phe Phe Tyr Asn Ala Pro Thr Thr Thr Ala Asn Phe I.ys Asp Tyr Gly
165 170 175
Val Val Gly Ala Gly Phe Glu Arg Ala Thr Trp Arq A!a Ser Thr Gly
180 185 190
Leu Gin íle Glu Trp íle Ser Pro Met Gly Pro Len V.il Leu íle Phe
195 200 /05
Pro íle Ala Phe Phe Asn Gin Trp Gly Asp Gly Asn G'.y Lys Lys Cys
210 215 220
Lys Gly Leu Cys Phe Asn Pro Asn Met Asn Asp Tyr ''n r Gin His Phe
225 230 235 240
Glu Phe Ser Met Gly Thr Arg Phe
245
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:113:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 335 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...335
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:113:
Val 1 Gin His Phe Asn Phe 5 Leu Tyr Lys Asp Ser Leu Phe Ser íle Ala
10 15
Leu Phe Thr Phe íle íle Ala Leu Val íle Leu Leu Glu Gin Ala Arg
20. 25 30
Ala Tyr Phe Thr Arg Lys Arg Asn Lys Lys Phe Leu Gin Lys Phe Ala
35 40 45
Gin Asn Gin Asn Ala Tyr Ala Ser Ser Glu Asn Leu Asp Glu Leu Leu
50 55 60
Lys His Ala Lys íle Ser Ser Leu Met Phe Leu Ala Arg Ala Tyr Ser
65 70 75 80
Lys Ala Asp Val Glu Met Ser íle Glu íle Leu Lys Gly Leu Leu Asn
85 90 95
Arg Pro Leu Lys Asp Glu Glu Lys íle Ala Val Leu Asp Leu Leu Ala
100 105 110
Lys Asn Tyr Phe Ser Val Gly Tyr Leu Gin Lys Thr Lys Asp Thr Val
115 120 125
Lys Glu íle Leu Arg Phe Ser Pro Arg Asn Val Glu Ala Leu Leu Lys
130 135 140
Leu Leu His Ala Tyr Glu Leu Glu Lys Asp Tyr Ser Lys Ala Leu Glu
145 150 155 160
Thr Leu Glu Cys Leu Glu Glu Leu Glu Val Pro Lys 1 le Glu Thr íle
193
165 170 175
Lys Asn Tyr Leu Tyr Leu Met His Leu íle Glu Asn Lys Glu Asp Ala
180 185 190
Ala Lys íle Leu His Val Ser Lys Ala Ser Leu Asp Leu Lys Lys íle
195 200 205
Ala Leu Asn His Leu Lys Ser His Asp Glu Asn Leu Phe Trp Gin Glu
210 215 220 íle Asp Thr Thr Glu Arg Leu Glu Asn Val íle Asp Leu Leu Trp Asp
225 230 235 240
Met Asn íle Pro Ala Phe íle Leu Glu Lys His Ala Leu Leu Gin Asp
245 250 255 íle Ala Arg Ser Gin Gly Leu Leu Leu Asp His Lys Pro Cys Gin íle
260 265 270
Phe Glu Leu Glu Val Leu Arg Ala Leu Leu His Ser Pro íle Lys Ala
275 280 285
Ser Leu Thr Phe Glu Tyr Arg Cys Lys His Cys Lys Gin íle Phe Pro
290 295 300
Phe Glu Ser His Arg Cys Pro Val Cys Tyr Gin Leu Ala Phe Met Asp 305 310 315 320
Met Val Leu Lys íle Ser Lys Lys Thr His Ala Met Gly Val Asp
325 330 335 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:114:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 413 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...413 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:114:
Met Arg Lys íle Phe Ser Tyr íle Ser Lys Val Leu Leu Phe íle Gly
1 5 10 15
Val Val Tyr Ala Glu Pro Asp Ser Lys Val Glu Ala Leu Glu Gly Arg
20 25 30
Lys Gin Glu Ser Ser Leu Asp Lys Lys íle Arg Gin Glu Leu Lys Ser
35 40 45
Lys Glu Leu Lys Asn Lys Glu Leu Lys Asn Lys Asp Leu Lys Asn Lys
50 55 60
Glu Glu Lys Lys Glu Thr Lys Ala Lys Arg Lys Pro Arg Ala Glu Val
65 70 75 80
His His Gly Asp Ala Lys Asn Pro Thr Pro Lys íle Thr Pro Pro Lys
85 90 95
íle Lys Gly Ser Ser Lys Gly Val Gin Asn Gin Gly Val Gin Asn Asn
100 105 110
Ala Pro Lys Pro Glu Glu Lys Asp Thr Thr Pro Gin Ala Thr Glu Lys
115 120 125
Asn Lys Glu Thr Ser Pro Ser Ser Gin Phe Asn Ser íle Phe Gly Asn
130 135 140
Pro Asn Asn Ala Thr Asn Asn Thr Leu Glu Asp Lys Val Val Gly Gly
145 150 155 160
íle Ser Leu Leu Val Asn Gly Ser Pro íle Thr Leu Tyr Gin íle Gin
165 170 175
Glu Glu Gin Glu Lys Ser Lys Val Ser Lys Ala Gin Ala Arg Asp Arg
180 185 190
194
Leu íle Ala Glu Arg íle Lys Asn 200 Gin Glu íle Glu Arg 205 Leu Lys íle
195
His Val Asp Asp Asp Lys Leu Asp Gin Glu Met Ala Mnt Met Ala Gin
210 215 220
Gin Gin Gly Met Asp Leu Asp His Phe Lys Gin Met Leu Met Ala Glu
225 230 235 240
Gly His Tyr Lys Leu Tyr Arg Asp Gin Leu Lys Glu His Leu Glu Met
245 250 255
Gin Glu Leu Leu Arg Asn íle Leu Leu Thr Asn Val Asp Thr Ser Ser
260 265 270
Glu Thr Lys Met Arg Glu Tyr Tyr Asn Lys His Lys Clu Gin Phe Ser
275 280 ?H5
íle Pro Thr Glu íle Glu Thr Val Arg Tyr Thr Ser Thr Asn Gin Glu
290 295 300
Asp Leu Glu Arg Ala Met Ala Asp Pro Asn Leu Glu Vul Pro Gly Val
305 310 315 320
Ser Lys Ala Asn Glu Lys íle Glu Met Lys Thr Leu Ann Pro Gin íle
325 330 335
Ala Gin Val Phe íle Ser His Glu Gin Gly Ser Phe Thr Pro Val Met
340 345 350
Asn Gly Gly Gly Gly Gin Phe íle Thr Phe Tyr íle Lys Glu Lys Arg
355 360 365
Gly Lys Asn Glu Val Ser Phe Ser Gin Ala Lys Gin Phe íle Ala Gin
370 375 380
Lys Leu Val Glu Glu Ser Lys Asp Lys íle Leu Glu GLu His Phe Glu
385 390 395 400
Lys Leu Arg Val Lys Ser Arg íle Val Met íle Arg Glu
405 410 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:115:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 186 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii, TYP MOLEKULY: proteín
(iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...186
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:115:
Met íle Lys Arg íle Ala Cys íle Leu Ser Leu Ser Ala Ser Leu Ala
15 10 15
Leu Ala Gly Glu Val Asn Gly Phe Phe Met Gly Ala Gly Tyr Gin Gin
20 25 30
Gly Arg Tyr Gly Pro Tyr Asn Ser Asn Tyr Ser Asp Trp Arg His Gly
35 40 45
Asn Asp Leu Tyr Gly Leu Asn Phe Lys Leu Gly Phe Val Gly Phe Ala
50 55 60
Asn Lys Trp Phe Gly Ala Arg Val Tyr Gly Phe Leu Asp Trp Phe Asn
65 70 75 80
Thr Ser Gly Thr Glu His Thr Lys Thr Asn Leu Leu Thr Tyr Gly Gly
85 90 95
Gly Gly Asp Leu íle Val Asn Leu íle Pro Leu Asp Lys Phe Ala Leu
100 105 110
Gly Leu íle Gly Gly Val Gin Leu Ala Gly Asn Thr Trp Met Phe Pro
115 120 125
Tyr Asp Val Asn Gin Thr Arg Phe Gin Phe Leu Trp Asn Leu Gly Gly
195
130 135 140
Arg Met Arg Val Gly Asp Arg Ser Ala Phe Glu Ala Gly Val Lys Phe
145 150 155 160
Pro Met Val Asn Gin Gly Ser Lys Asp Val Gly Leu íle Arg Tyr Tyr
165 170 175
Ser Trp Tyr Val Asp Tyr Val Phe Thr Phe
180 185
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:116:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 242 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1.. .242
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:116:
Met Lys 1 Lys Phe Phe 5 Ser Gin Ser Leu Leu Ala Leu Íle 10 Íle Ser 15 Met
Asn Ala Val Ser Gly Met Asp Gly Asn Gly Val Phe Leu Gly Ala Gly
20 25 30
Tyr Leu Gin Gly Gin Ala Gin Met His Ala Asp íle Asn Ser Gin Lys
35 40 45
Gin Ala Thr Asn Ala Thr íle Lys Gly Phe Asp Ala Leu Leu Gly Tyr
50 55 60
Gin Phe Phe Phe Glu Lys His Phe Gly Leu Arg Leu Tyr Gly Phe Phe
65 70 75 80
Asp Tyr Ala His Ala Asn Ser íle Lys Leu Lys Asn Pro Asn Tyr Asn
85 90 95
Ser Glu Ala Ala Gin Val Ala Ser Gin íle Leu Gly Lys Gin Glu íle
100 105 110
Asn Arg Leu Thr Asn íle Ala Asp Pro Arg Thr Phe Glu Pro Asn Met
115 120 125
Leu Thr Tyr Gly Gly Ala Met Asp Val Met Val Asn Val íle Asn Asn
130 135 140
Gly íle Met Ser Leu Gly Ala Phe Gly Gly íle Gin Leu Ala Gly Asn
145 150 155 160
Ser Trp Leu Met Ala Thr Pro Ser Phe Glu Gly íle Leu Val Glu Gin
165 170 175
Ala Leu Val Ser Lys Lys Ala Thr Ser Phe Gin Phe Leu Phe Asn Val
180 185 190
Gly Ala Arg Leu Arg íle Leu Lys His Ser Ser íle Glu Ala Gly Val
195 200 205
Lys Phe Pro Met Leu Lys Lys Asn Pro Tyr íle Thr Ala Lys Asn Leu
210 215 220
Asp íle Gly Phe Arg Arg Val Tyr Ser Trp Tyr Val Asn Tyr Val Phe
225 230 235 240
Thr Phe (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:117:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 256 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
196 (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1. . .256
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:117:
Met Gly Tyr Ala Ser Lys Leu Ala Leu Lys íle Cys L> '11 Val Gly Leu
1 5 10 15
Cys Leu Phe Ser Thr Leu Gly Ala Glu His Leu Glu g i u Lys Gly Asn
20 25 30
Tyr íle Tyr Lys Gly Glu Glu Ala Tyr Asn Asn Lys g: u Tyr Glu Arg
35 40 4!)
Ala Ala Ser Phe Tyr Lys Ser Ala íle Lys Asn Gly Glu Ser Leu Ala
50 55 60
Tyr íle Leu Leu Gly íle Met Tyr Glu Asn Gly Arg f'.'.y Val Pro Lys
65 70 75 80
Asp Tyr Lys Lys Ala Val Glu Tyr Phe Gin Lys Ala V.iL Asp Asn Asp
85 90 95
íle Pro Arg Gly Tyr Asn Asn Leu Gly Val Met Tyr Lys Glu Gly Lys
100 105 110
Gly Val Pro Lys Asp Glu Lys Lys Ala Val Glu Tyr Phe Arg íle Ala
115 120 125
Thr Glu Lys Gly Tyr Thr Asn Ala Tyr íle Asn Leu Gly íle Met Tyr
130 135 140
Met Glu Gly Arg Gly Val Pro Ser Asn Tyr Ala Lys Ala Thr Glu Cys
145 150 155 160
Phe Arg Lys Ala Met His Lys Gly Asn Val Glu Ala Tyr íle Leu Leu
165 170 175
Gly Asp íle Tyr Tyr Ser Gly Asn Asp Gin Leu Gly íle Glu Pro Asp
180 185 190
Lys Asp Lys Ala Val Val Tyr Tyr Lys Met Ala Ala Asp Val Ser Ser
195 200 205
Ser Arg Ala Tyr Glu Gly Leu Ser Glu Ser Tyr Arg Tyr Gly Leu Gly
210 215 220
Val Glu Lys Asp Lys Lys Lys Ala Glu Glu Tyr Met Gin Lys Ala Cys
225 230 235 240
Asp Phe Asp íle Asp Lys Asn Cys Lys Lys Lys Asn Tlir Ser Ser Arg
245 250 255
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:118:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 657 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...657
197 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:118:
Met Arg Lys Leu Phe íle Pro Leu Leu Leu Phe Ser Ala Leu Glu Ala
1 5 10 15
Asn Glu Lys Asn Gly Phe Phe íle Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly Leu
20 25 30
Leu Glu Gly Thr Gin Thr Gin Glu Lys Arg His Thr Thr Thr Lys Asn
35 40 45
Thr Tyr Ala Thr Tyr Asn Tyr Leu Pro Thr Asp Thr íle Leu Lys Arg
50 55 60
Ala Ala Asn Leu Phe Thr Asn Ala Glu Ala íle Ser Lys Leu Lys Phe
65 70 75 80
Ser Ser Leu Ser Pro Val Arg Val Leu Tyr Met Tyr Asn Gly Gin Leu 85 90 95
Thr íle Glu Asn Phe Leu Pro Tyr Asn Leu Asn Asn Val Lys Leu Ser 100 105 110
Phe Thr Asp Ala Gin Gly Asn Val íle Asp Leu Gly Val íle Glu Thr 115 120 125 íle Pro Lys His Ser Lys íle Val Leu Pro Gly Glu Ala Phe Asp Ser 130 135 140
Leu Lys íle Asp Pro Tyr Thr Leu Phe Leu Pro Lys íle Glu Ala Thr
145 150 155 160
Ser Thr Ser íle Ser Asp Ala Asn Thr Gin Arg Val Phe Glu Thr Leu
165 170 175
Asn Lys íle Lys Thr Asn Leu Val Val Asn Tyr Arg Asn Glu Asn Lys
180 185 190
Phe Lys Asp His Glu Asn His Trp Glu Ala Phe Thr Pro Gin Thr Ala
195 200 205
Glu Glu Phe Thr Asn Leu Met Leu Asn Met íle Ala Val Leu Asp Ser
210 215 220
Gin Ser Trp Gly Asp Ala íle Leu Asn Ala Pro Phe Glu Phe Thr Asn
225 230 235 240
Ser Pro Thr Asp Cys Asp Asn Asp Pro Ser Lys Cys Val Asn Pro Gly
245 250 255
Thr Asn Gly Leu Val Asn Ser Lys Val Asp Gin Lys Tyr Val Leu Asn
260 265 270
Lys Gin Asp íle Val Asn Lys Phe Lys Asn Lys Ala Asp Leu Asp Val
275 280 285
íle Val Leu Lys Asp Ser Gly Val Val Gly Leu Gly Ser Asp íle Thr
290 295 300
Pro Ser Asn Asn Asp Asp Gly Lys His Tyr Gly Gin Leu Gly Val Val
305 310 315 320
Ala Ser Ala Leu Asp Pro Lys Lys Leu Phe Gly Asp Asn Leu Lys Thr
325 330 335
íle Asn Leu Glu Asp Leu Arg Thr íle Leu His Glu Phe Ser His Thr
340 345 350
Lys Gly Tyr Gly His Asn Gly Asn Met Thr Tyr Gin Arg Val Pro Val
355 360 365
Thr Lys Asp Gly Gin Val Glu Lys Asp Ser Asn Gly Lys Pro Lys Asp
370 375 380
Ser Asp Gly Leu Pro Tyr Asn Val Cys Ser Leu Tyr Gly Gly Ser Asn
385 390 395 400
Gin Pro Ala Phe Pro Ser Asn Tyr Pro Asn Ser íle Tyr His Asn Cys
405 410 415
Ala Asp Val Pro Ala Gly Phe Leu Gly Val Thr Ala Ala Val Trp Gin
420 425 430
Gin Leu íle Asn Gin Asn Ala Leu Pro íle Asn Tyr Ala Asn Leu Gly
435 440 445
Ser Gin Thr Asn Tyr Asn Leu Asn Ala Ser Leu Asn Thr Gin Asp Leu
450 455 460
Ala Asn Ser Met Leu Ser Thr íle Gin Lys Thr Phe Val Thr Ser Ser
4 65 470 475 480
Val Thr Asn His His Phe Ser Asn Ala Ser Gin Ser Phe Arg Ser Pro
485 490 495
íle Leu Gly Val Asn Ala Lys íle Gly Tyr Gin Asn Tyr Phe Asn Asp
500 505 510
198
Phe íle Gly Leu Ala Tyr Tyr Gly íle íle Lys Tyr Asn Tyr Ala Lys
515 520 525
Ala Val Asn Gin Lys Val Gin Gin Leu Ser Tyr Gly G1 y Gly íle Asp
530 535 540
Leu Leu Leu Asp Phe íle Thr Thr Tyr Ser Asn Lys A:: n Ser Pro Thr
545 550 555 560
Gly íle Gin Thr Lys Arg Asn Phe Ser Ser Ser Phe Gly íle Phe Gly
565 570 575
Gly Leu Arg Gly Leu Tyr Asn Ser Tyr Tyr Val Leu Λ.·:η Lys Val Lys
580 585 590
Gly Ser Gly Asn Leu Asp Val Ala Thr Gly Leu Asn Tyr Arg Tyr Lys
595 600 UJ'l
His Ser Lys Tyr Ser Val Gly íle Ser íle Pro Leu Tie Gin Arg Lys
610 615 620
Ala Ser Val Val Ser Ser Gly Gly Asp Tyr Thr Asn .'i.-r Phe Val Phe
625 630 635 640
Asn Glu Gly Ala Ser His Phe Lys Val Phe Phe Asn Tyr Gly Trp Val
645 650 655
Phe
(2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:119:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 167 aminokyselín
(B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne : znaky
(B) UMIESTNENIE 1...167
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:119:
Met Lys Leu Val Ser Leu íle Val Ala Leu Val Phe Cys Cys Phe Leu
1 5 10 15
Gly Ala Val Glu Leu Pro Gly Val Tyr Gin Thr Gin Glu Phe Leu Tyr
20 25 30
Met Lys Ser Ser Phe Val Glu Phe Phe Glu His Asn Gly Lys Phe Tyr
35 40 45
Ala Tyr Gly íle Ser Asp Val Asp Gly Ser Lys Ala Lys Lys Asp Lys
50 55 60
Leu Asn Pro Asn Pro Lys Leu Arg Asn Arg Ser Asp Lys Gly Val Val
65 70 75 80
Phe Leu Ser Asp Leu íle Lys Val Gly Glu Gin Ser Tyr Lys Gly Gly
85 90 95
Lys Ala Tyr Asn Phe Tyr Asp Gly Lys Thr Tyr His Val Arg Val Thr
100 105 110
Gin Asn Ser Asn Gly Asp Leu Glu Phe Thr Ser Ser Tyr Asp Lys Trp
115 120 125
Gly Tyr Val Gly Lys Thr Phe Thr Trp Lys Arg Leu Ser Asp Glu Glu
130 135 140
íle Lys Asn Leu Lys Leu Lys Arg Phe Asn Leu Asp Glu Val Leu Lys
145 150 155 160
Thr Leu Lys Asp Ser Pro íle 165 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. ¢.:120:
199 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 294 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...294 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:120:
Met Ser Asn Gin Ala Ser His Leu Asp Asn Phe Met Asn Ala Lys Asn
1 5 10 15
Pro Lys Ser Phe Phe Asp Asn Lys Gly Asn Thr Lys Phe íle Ala íle
20 25 30
Thr Ser Gly Lys Gly Gly Val Gly Lys Ser Asn íle Ser Ala Asn Leu
35 40 45
Ala Tyr Ser Leu Tyr Lys Lys Gly Tyr Lys Val Gly Val Phe Asp Ala
50 55 60
Asp íle Gly Leu Ala Asn Leu Asp Val íle Phe Gly Val Lys Thr His
65 70 75 80
Lys Asn íle Leu His Ala Leu Lys Gly Glu Ala Lys Leu Gin Glu íle
85 90 95
íle Cys Glu íle Glu Pro Gly Leu Cys Leu íle Pro Gly Asp Ser Gly
100 105 110
Glu Glu íle Leu Lys Tyr íle Ser Gly Ala Glu Ala Leu Asp Arg Phe
115 120 125
Val Asp Glu Glu Gly Val Leu Ser Ser Leu Asp Tyr íle Val íle Asp
130 135 140
Thr Gly Ala Gly íle Gly Ala Thr Thr Gin Ala Phe Leu Asn Ala Ser
145 150 155 160
Asp Cys Val Val íle Val Thr Thr Pro Asp Pro Ser Ala íle Thr Asp
165 170 175
Ala Tyr Ala Cys íle Lys íle Asn Ser Lys Asn Lys Asp Glu Leu Phe
180 185 190
Leu íle Ala Asn Met Val Ala Gin Pro Lys Glu Gly Arg Ala Thr Tyr
• 195 200 205
Glu Arg Leu Phe Lys Val Ala Lys Asn Asn íle Ala Ser Leu Glu Leu
210 215 220
His Tyr Leu Gly Ala íle Glu Asn Ser Ser Leu Leu Lys Arg Tyr Val
225 230 235 240
Arg Glu Arg Lys íle Leu Arg Lys íle Ala Pro Asn Asp Leu Phe Ser
245 250 255
Gin Ser íle Asp Gin íle Ala Ser Leu Leu Val Ser Lys Leu Glu Thr
260 265 270
Gly Thr Leu Glu íle Pro Lys Glu Gly Leu Lys Ser Phe Phe Lys Arg
275 280 285
Leu Leu Lys Tyr Leu Gly
290 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:121:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 372 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín
200 (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...372 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:121:
Leu Glu Pro Ser Arg Asn Arg Leu Lys His Ala Ala I’Iip Phe Val Gly
1 5 10 15
Leu Phe íle Val Leu Phe Leu íle íle Met Lys His Gin Thr Ser Pro
20 25 30
Tyr Ala Phe Thr His Asn Gin Ala Leu Val Thr Gin Thr Pro Pro Tyr
35 40 ľ,
Phe Thr Gin Leu Thr íle Pro Lys Pro Asn Asp Ala Leu Ser Ala His
50 55 60
Ala Ser Ser Leu íle Ser Leu Pro Asn Asp Asn Leu Leu Ser Ala Tyr
65 70 75 80
Phe Ser Gly Thr Lys Glu Gly Ala Arg Asp Val Lys Ilfi Ser Ala Asn
85 90 95
Leu Phe Asp Ser Lys Thr Asn Arg Trp Ser Glu Ala Phe íle Leu Leu
100 105 110
Thr Lys Glu Glu Leu Ser His His Ser His Glu Tyr íle Lys Lys Leu
115 120 125
Gly Asn Pro Leu Leu Phe Leu His Asp Asn Lys Íle Leu Leu Phe Val
130 135 140
Val Gly Val Ser Met Gly Gly Trp Ala Thr Ser Lys íle Tyr Gin Phe
145 150 155 160
Glu Ser Ala Leu Glu Pro íle His Phe Lys Phe Ala Arg Lys Leu Ser
165 170 175
Leu Ser Pro Phe Leu Asn Leu Ser His Leu Val Arg Asn Lys Pro Leu
180 185 190
Asn Thr Thr Asp Gly Gly Phe Met Leu Pro Leu Tyr His Glu Leu Ala
195 200 205
Thr Gin Tyr Pro Leu Leu Leu Lys Phe Asp Gin Gin Asn Asn Pro Arg
210 215 220
Glu Leu Leu Arg Pro Asn Thr Leu Asn His Gin Leu Gin Pro Ser Leu
225 230 235 240
Thr Pro Phe Lys Asp Cys Ala Val Met Ala Phe Arg Asn His Ser Phe
245 250 255
Lys Asp Ser Leu Met Leu Glu Thr Cys Lys Thr Pro Thr Asp Trp Gin
260 265 270
Lys Pro íle Ser Thr Asn Leu Lys Asn Leu Asp Asp Ser Leu Asn Leu
275 280 285
Leu Asn Leu Asn Gly íle Leu Tyr Leu íle His Asn Pro Ser Asp Leu
290 295 300
Ser Leu Arg Arg Lys Glu Leu Trp Leu Ser Lys Leu Glu Asn Ser Asn
305 310 315 320
Ser Phe Lys Thr Leu Lys Val Leu Asp Lys Ala Asn Glu Val Ser Tyr
325 330 335
Pro Ser Tyr Ser Leu Asn Pro His Phe Íle Asp íle Val Tyr Thr Tyr
340 345 350
Asn Arg Ser His íle Lys His íle Arg Phe Asn Met Ala Tyr Leu Asn
355 360 365
Ser Leu Leu Lys 370 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:122:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 978 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
201 (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...978
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:122:
Met Lys Lys Arg Lys His Val Ser Lys Lys Val Phe Asn Val íle íle
1 5 10 15
Leu Phe Val Ala Val Phe Thr Leu Leu Val Val íle His Lys Thr Leu
20 25 30
Ser Asn Gly íle His Íle Gin Asn Leu Lys íle Gly Lys Leu Gly íle
35 40 45
Ser Glu Leu Tyr Leu Lys Leu Asn Asn Lys Leu Ser Leu Glu Val Glu
50 55 60
Arg Val Asp Leu Ser Ser Phe Phe His Gin Lys Pro Thr Lys Lys Arg
65 70 75 80
Leu Glu Val Ser Asp Leu íle Lys Asn íle Arg Tyr Gly íle Trp Ala
85 90 95
Val Ser Tyr Phe Glu Lys Leu Lys Val Lys Glu íle íle Leu Asp Asp
100 105 110
Lys Asn Lys Ala Asn íle Phe Phe Asp Gly Asn Lys Tyr Glu Leu Glu
115 120 125
Phe Pro Gly Íle Lys Gly Glu Phe Ser Leu Glu Asp Asp Lys Asn íle
130 135 140
Lys Leu Lys íle íle Asn Leu Leu Phe Lys Asp Val Lys Val Gin Val
145 150 155 160
Asp Gly Asn Ala His Tyr Ser Pro Lys Ala Arg Lys Met Ala Phe Asn
165 170 175
Leu íle Val Lys Pro Leu Val Glu Pro Ser Ala Ala íle Tyr Leu Gin
180 185 190
Gly Leu Thr Asp Leu Lys Thr íle Glu Leu Lys íle Asn Thr Ser Pro
195 200 205
Met Lys Ser Leu Ala Phe Leu Lys Pro Leu Phe Gin Arg Gin Ser Gin
210 215 220
Lys Asn Leu Lys Thr Trp íle Phe Asp Lys íle Gin Phe Ala Ser Phe
225 230 235 240
Lys íle Asp Asn Ala Leu íle Lys Ala Asn Phe Thr Pro Ser Glu Phe
245 250 255
íle Pro Ser Leu Leu Glu Asn Ser Val Val Lys Ala Thr Leu íle Lys
260 265 270
Pro Ser Val Val Phe Asn Asp Gly Leu Ser Pro íle Lys Met Asp Lys
275 280 285
Thr Glu Leu íle Phe Lys Asn Lys Gin Leu Leu íle Gin Pro Gin Lys
290 295 300
íle Thr Tyr Glu Thr Met Glu Leu Thr Gly Ser Tyr Ala Thr Phe Ser
305 310 315 320
Asn Leu Leu Glu Ala Pro Lys Leu Glu Val Phe Leu Lys Thr Thr Pro
325 330 335
Asn Tyr Tyr Gly Asp Ser íle Lys Asp Leu Leu Ser Ala Tyr Lys Val
340 345 350
Val Leu Pro Leu Asp Lys íle Ser Met Pro Ser Ser Ala Asp Leu Lys
355 360 365
Leu Thr Leu Gin Phe Leu Lys Asn Thr Ala Pro Leu Phe Ser Val Gin
370 375 380
Gly Ser Val Asn Leu Gin Glu Gly Thr Phe Ser Leu Tyr Asn íle Pro
385 390 395 400
Leu Tyr Thr Gin Ser Ala Gin íle Asn Leu Asp íle Ala Gin Glu Tyr
405 410 415
202
Gin Tyr Íle Tyr íle Asp Thr íle His Thr Arg Tyr Ala Asn Met Leu
420 425 430
Asp Leu Asp Ala Lys íle Ala Leu Asp Leu Gly Gin Lys Asn Leu Ser
435 440 445
Leu Asp Ser Leu Val His Lys íle Gin Val A:: n Thr Asn Asn Asn íle
450 455 4 60
Asn Met Arg Ser Tyr Asp Pro Asn Asn Thr Gin Glu Asp Pro Gin Thr
4 65 470 475 480
Asn Phe Thr Leu Asp Leu Lys Ser Leu His Ser íle íle Gin Glu Gly
485 490 495
Glu Asn Ser Glu Val Phe Arg Arg Lys íle íle Asp Thr íle Lys Ala
500 505 510
Gin Ser Glu Asp Lys Phe Thr Lys Asp Val ľln; Tyr Ala Thr Gly Asp
515 520 525
Thr Leu Lys Ser Leu Ser Leu Ser Phe Asp Plii· Ser Asn Pro Asp His
530 535 540
íle Gin Trp Ser Val Pro Gin Leu Leu Leu Glu Gly Glu Phe Lys Asp
545 550 555 560
Asn Ala Tyr Thr Phe Lys íle Lys Asp Leu Lys Lys íle Lys Pro Tyr
565 570 575
Ser Pro íle Met Asp Tyr íle Ala Leu Lys Asp Gly Ser Leu Glu Val
580 585 590
Ser Thr Ser Asp Phe Val Asn íle Asp Phe Phe Ala Lys Asp Leu Lys
595 600 605
íle Asn Leu Pro íle Tyr Arg Ser Asp Gly UlT His Phe Asp Ser Phe
610 615 620
Ser Leu Phe Gly Ser íle Asn Lys Asp Glu Ilt: Ser Val Tyr Thr Pro
625 630 635 640
Ser Lys Ser íle Ser íle Lys Val Lys Gly Asp Gin Lys Asp íle Thr
645 650 655
Leu Asn Asn íle Asp Leu Ser íle Asp Asp Phe Leu Asp Ser Lys Met
660 665 670
Pro Ala íle Ala Gly Leu Phe Ser Lys Glu Arg Lys Glu Lys Pro Ser
675 680 685
Ser Lys Glu íle Gin Asp Glu Asp Val Phe Íle Ser Ala Lys Gin Arg
690 695 700
Tyr Glu Lys Ala His Lys íle íle Pro íle Ser Thr Arg íle His Ala
705 710 715 720
Lys Asp Val Val Leu íle Tyr Lys Lys Met Pro Phe Pro Leu Glu Asn
725 730 735
Leu Asp íle Val Ala Gin Asp Asp Arg Val Lys íle Asp Gly Asn Tyr
740 745 750
Lys Asn Ala Met íle Met Ala Asp Leu Val H j s Gly Ala Leu Tyr Leu
755 760 765
Lys Ala His Asn Phe Ser Gly Asp Tyr íle Asn Thr íle Leu Gin Lys
770 775 780
Asp Phe Val Glu Gly Gly Leu Phe Thr Leu íle Gly Ala Leu Glu Asp
785 790 7‘15 800
Gin Val Phe Asn Gly Glu Leu Lys Phe Gin Asn Thr Ser Leu Lys Asn
805 810 815
Phe Ala Leu Met Gin Asn Met Val Asn Leu Íle Asn Thr Íle Pro Ser
820 825 830
Leu íle Val Phe Arg Asn Pro His Leu Gly Ala Asn Gly Tyr Gin íle
835 840 845
Lys Thr Gly Ser Val Val Phe Gly íle Thr Lys Glu Tyr Leu Gly Leu
850 855 860
Glu Lys íle Asp Leu Val Gly Lys Thr Leu Asp íle Ala Gly Asn Gly
865 870 875 880
íle íle Glu Leu Asp Lys Asn Lys Leu Asp Leu Asn Leu Glu Val Ser
885 890 895
Thr íle Lys Ala Leu Ser Asn Val Leu Asn Lys íle Pro íle Val Gly
900 905 910
Tyr Leu Val Leu Gly Lys Gly Gly Lys íle Thr Thr Asn Val Asn Val
915 920 925
Lys Gly Thr Leu Asp Lys Pro Lys Thr Gin V.il Thr Leu Ala Ser Asp
930 935 940
203
íle íle Gin Ala Pro Phe Lys íle Leu Arg Arg íle Phe Thr Pro íle
945 950 955 960
Asp íle íle Val Asp Glu Val Lys Lys Asn íle Asp Ser Lys Arg Lys
965 970 975
Leu Lys (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:123:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 477 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: protein (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...477
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:123:
Met Asn Thr íle íle Arg Tyr Ala Ser Leu Trp Gly Leu Cys íle Thr
1 5 10 15
Leu Thr Leu Ala Gin Thr Pro Ser Lys Thr Pro Asp Glu íle Lys Gin
20 25 30
íle Leu Asn Asn Tyr Ser His Lys Asn Leu Lys Leu íle Asp Pro Pro
35 40 45
Thr Ser Ser Leu Glu Ala Thr Pro Gly Phe Leu Pro Ser Pro Lys Glu
50 55 60
Thr Ala Thr Thr íle Asn Gin Glu íle Ala Lys Tyr His Glu Lys Ser
65 70 75 80
Asp Lys Ala Ala Leu Gly Leu Tyr Glu Leu Leu Lys Gly Ala Thr Thr
85 90 95
Asn Leu Ser Leu Gin Ala Gin Glu Leu Ser Val Lys Gin Ala Met Lys
100 105 110
Asn His Thr íle Ala Lys Ala Met Phe Leu Pro Thr Leu Asn Ala Ser
115 120 125
Tyr Asn Phe Lys Asn Glu Ala Arg Asp Thr Pro Glu Tyr Lys His Tyr
130 135 140
Asn Thr Gin Gin Leu Gin Ala Gin Val Thr Leu Asn Val Phe Asn Gly
145 150 155 160
Phe Ser Asn Val Asn Asn Val Lys Glu Lys Ser Ala Thr Tyr Arg Ser
165 170 175
Thr Val Ala Asn Leu Glu Tyr Ser Arg Gin Ser Val Tyr Leu Gin Val
180 185 190
Val Gin Gin Tyr Tyr Glu Tyr Phe Asn Asn Leu Ala Arg Met íle Ala
195 200 205
Leu Gin Lys Lys Leu Glu Gin íle Gin Thr Asp íle Lys Arg Val Thr
210 215 220
Lys Leu Tyr Asp Lys Gly Leu Thr Thr íle Asp Asp Leu Gin Ser Leu
225 230 235 240
Lys Ala Gin Gly Asn Leu Ser Glu Tyr Asp íle Leu Asp Met Gin Phe
245 250 255
Ala Leu Glu Gin Asn Arg Leu Thr Leu Glu Tyr Leu Thr Asn Leu Ser
260 265 270
Val Lys Asn Leu Lys Lys Thr Thr íle Asp Ala Pro Asn Leu Gin Leu
275 280 285
Arg Glu Arg Gin Asp Leu Val Ser Leu Arg Glu Gin íle Ser Ala Leu
290 295 300
Arg Tyr Gin Asn Lys Gin Leu Asn Tyr Tyr Pro Lys íle Asp Val Phe
204
305 310 315 320
Asp Ser Trp Leu Phe Trp íle Gin Lys Pro Ala Tyr Ala Thr Gly Arg
325 330 335
Phe Gly Asn Phe Tyr Pro Gly Gin Gin Asn Thr Ala Gly Val Thr Ala
340 345 350
Thr Leu Asn íle Phe Asp Asp íle Gly Leu S. i Leu Gin Lys Gin Ser
355 360 365
íle Met Leu Gly Gin Leu Ala Asn Glu Lys A::n Leu Ala Tyr Lys Lys
370 375 380
Leu Glu Gin Glu Lys Asp Glu Gin Leu Tyr Λι f| Lys Ser Leu Asp Íle
385 390 p, r. 400
Ala Arg Ala Lys íle Glu Ser Ser Lys Ala íit r Leu Asp Ala Ala Asn
405 410 415
Leu Ser Phe Ala Asn íle Lys Arg Lys Tyr Ala Asn Leu Val Asp
420 425 430
Phe Thr Thr Tyr Leu Arg Gly Leu Thr Thr Λι q Phe Asp Ala Glu Val
435 440 445
Ala Tyr Asn Leu Ala Leu Asn Asn Tyr Glu V.l Gin Lys Ala Asn Tyr
450 455 4 60
íle Phe Asn Ser Gly His Lys Zle Asp Asp Tyi Vai His
465 470 -175 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:124:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 412 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) organ: [ZMUS: Helici □bac Ľer pyloj ri
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ : rôzne : znaky
(B) umiestnen: ΓΕ 1, .. .4: 12
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. č.:: L24:
Met Leu Ser Phe íle Ser Ala Phe Asp Lys Arq Gly Val Ser íle Arg
1 5 10 15
Leu Leu Thr Ala Leu Leu Leu Leu Phe Ser Leu Gly Leu Ala Lys Asp
20 25 30
Leu Glu íle Gin Thr Phe Val Ala Lys Tyr Leu Ser Lys Asn Gin Lys
35 40 45
íle Gin Ala Leu Gin Glu Gin íle Asp Ala Leu Asp Ser Gin Glu Lys
50 55 60
Val Val Ser Lys Trp Asp Asn Pro Íle Leu Tyr Leu Gly Tyr Asn Asn
65 70 75 80
Ala Asn Val Ser Asp Phe Phe Arg Leu Asp Ser Thr Leu Met Gin Asn
85 90 95
Met Ser Leu Gly Leu Ser Gin Lys Val Asp Leu Asn Gly Lys Lys Leu
100 105 110
Thr Gin Ser Lys Met íle Asn Leu Glu Lys Gin Lys Lys íle Leu Glu
115 120 125
Leu Lys Lys Thr Lys Gin Gin Leu Val íle Asn Leu Met íle Asn Gly
130 135 140
íle Glu Asn Tyr Lys Asn Gin Gin Glu íle Glu Leu Leu Asn Thr Ala
145 150 155 160
íle Lys Asn Leu Glu Asn Thr Leu Tyr Gin Ala Asn His Ser Ser Ser
165 170 175
Pro Asp Leu íle Ala íle Ala Lys Leu Glu 1 le Leu Lys Ser Leu Leu
180 185 190
205
Glu íle Gin Lys Asn Asp Leu Glu Val Ala Leu Ser Ser Ser His Tyr
195 200 205
Ser Met Gly Glu Leu Thr Phe Lys Glu Asn Glu íle Leu Ser íle Ala
210 215 220
Pro Lys Asn Phe Glu Phe Asn Asn Glu Gin Glu Leu His Asn íle Ser
225 230 235 240
Ala Thr Asn Tyr Asp íle Ala íle Ala Arg Leu Asp Glu Glu Lys Ala
245 250 255
Gin Lys Asp íle Thr Leu Ala Lys Lys Ser Phe Leu Glu Asp íle Asn
260 265 270
Val Thr Gly Val Tyr Tyr Phe Arg Ser Lys Gin Tyr Tyr Asn Tyr Asp
275 280 285
Met Phe Ser Val Ala Leu Ser íle Pro Leu Pro Leu Tyr Gly Lys Gin
290 295 300
Ala Lys Leu Val Glu Gin Lys Lys Lys Glu Ser Leu Ala Phe Lys Ser
305 310 315 320
Glu Val Glu Asn Ala Lys Asn Lys Thr Arg His Leu Ala Leu Lys Leu
325 330 335
Leu Lys Lys Leu Glu Thr Leu Gin Lys Asn Leu Glu Ser íle Asn Lys
340 345 350
íle íle Lys Gin Asn Glu Lys íle Ala Gin íle Tyr Ala Leu Asp Leu
355 360 365
Lys Thr Asn Gly Asp Tyr Asn Ala Tyr Tyr Asn Ala Leu Asn Asp Lys
370 375 380
íle Thr íle Gin íle Thr Gin Leu Glu Thr Leu Ser Ala Leu Asn Ser
385 390 395 400
Ala Tyr Leu Ser Leu Gin Asn Leu Lys Gly Leu Glu
405 410 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:125:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 137 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...137 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:125:
Met 1 Arg íle Val Arg Asn Leu Phe Leu Val Ser Phe Val Ala Tyr Ser 5 10 15
Ser Ala Phe Ala Ala Asp Leu Glu Thr Gly Thr Lys Asn Asp Lys Lys 20 25 30
Ser Gly Lys Lys Phe Tyr Lys Leu His Lys Asn His Gly Ser Glu Thr 35 40 45
Glu Thr Lys Asn Asp Lys Lys Leu Tyr Asp Phe Thr Lys Asn Ser Gly 50 55 60
Leu 65 Glu Gly Val Asp Leu Glu Lys Ser Pro Asn Leu Lys Ser His Lys 70 75 80
Lys Ser Asp Lys Lys Phe Tyr Lys Gin Leu Ala Lys Asn Asn íle Ala 85 90 95
Glu Gly Val Ser Met Pro íle Val Asn Phe Asn Lys Ala Leu Ser Phe 100 105 110
Gly Gly Pro Tyr Phe Glu Arg Thr Lys Ser Lys Lys Thr Gin Tyr Met Asp 115 120 125 Gly Leu Met Met His íle Arg Phe
206
130 135 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:126:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 309 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...309 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:126:
Leu Met Pro Gin Asn Gin Leu Val íle Thr íle íle Asp Glu Ser Gly
1 5 10 15
Ser Lys Gin Leu Lys Phe Ser Lys Asn Leu Lys Arg Asn Leu íle íle
20 25 30
Ser Val Val íle Leu Leu Leu íle Val Gly Leu Gly Val Gly Phe Leu
35 40 45
Lys Phe Leu íle Ala Lys Met Asp Thr Met Thr Ser Glu Arg Asn Ala
50 55 60
Val Leu Arg Asp Phe Arg Gly Leu Tyr Gin Lys Asn Tyr Ala Leu Ala
65 70 75 80
Lys Glu íle Lys Asn Lys Arg Glu Glu Leu Phe íle Val Gly Gin Lys
85 90 95
íle Arg Gly Leu Glu Ser Leu íle Glu íle Lys Lys Gly Ala Asn Gly
100 105 110
Gly dy His Leu Tyr Asp Glu Val Asp Leu Glu Asn Leu Ser Leu Asn
115 120 125
Gin Lys His Leu Ala Leu Met Leu íle Pro Asn Gly Met Pro Leu Lys
130 135 140
Thr Tyr Ser Ala íle Lys Pro Thr Lys Glu Arg Asn His Pro íle Lys
145 150 155 160
Lys íle Lys Gly Val Glu Ser Gly íle Asp Phe íle Ala Pro Leu Asn
165 170 175
Thr Pro Val Tyr Ala Ser Ala Asp Gly íle Val Asp Phe Val Lys Thr
180 185 190
Arg Ser Asn Ala Gly Tyr Gly Asn Leu Val Arg íle Glu His Ala Phe
195 200 205
Gly Phe Ser Ser íle Tyr Thr His Leu Asp His Val Asn Val Gin Pro
210 215 220
Lys Ser Phe íle Gin Lys Gly Gin Leu íle Gly Tyr Ser Gly Lys Ser
225 230 235 240
Gly Asn Ser Gly Gly Glu Lys Leu His Tyr Glu Val Arg Phe Leu Gly
245 250 255
Lys íle Leu Asp Ala Glu Lys Phe Leu Ala Trp Asp Leu Asp His Phe
260 265 270
Gin Ser Ala Leu Glu Glu Asn Lys Phe íle Glu Trp Lys Asn Leu Phe
275 280 285
Trp Val Leu Glu Asp íle Val Gin Leu Gin Glu His Val Asp Lys Asp
290 295 300
Thr Leu Lys Gly Gin
305
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č í. :127:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
207 (A) DĹŽKA: 332 aminokyselín (B, TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...332
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:127:
Val Leu Tyr Phe Leu Thr Ser Leu Phe íle Cys Ser Leu íle Val Leu
1 5 10 15
Trp Ser Lys Lys Ser Met Leu Phe Val Asp Asn Ala Asn Lys íle Gin
20 25 30
Gly Phe His His Ala Arg Thr Pro Arg Ala Gly Gly Leu Gly íle Phe
35 40 45
Leu Ser Phe Ala Leu Ala Cys Tyr Leu Glu Pro Phe Glu Met Pro Phe
50 55 60
Lys Gly Pro Phe Val Phe Leu Gly Leu Ser Leu Val Phe Leu Ser Gly
65 70 75 80
Phe Leu Glu Asp íle Asn Leu Ser Leu Ser Pro Lys íle Arg Leu íle
85 90 95
Leu Gin Ala Val Gly Val Val Cys íle íle Ser Ser Thr Pro Leu Val
100 105 110
Val Ser Asp Phe Ser Pro Leu Phe Ser Leu Pro Tyr Phe íle Ala Phe
115 120 125
Leu Phe Ala íle Phe Met Leu Val Gly íle Ser Asn Ala íle Asn íle
130 135 140
íle Asp Gly Phe Asn Gly Leu Ala Ser Gly íle Cys Ala íle Ala Leu
145 150 155 160
Leu Val íle His Tyr íle Asp Pro Ser Ser Leu Ser Cys Leu Leu Ala
165 170 175
Tyr Met Val Leu Gly Phe Met Val Leu Asn Phe Pro Ser Gly Lys íle
180 185 190
Phe Leu Gly Asp Gly Gly Ala Tyr Phe Leu Gly Leu Val Cys Gly íle
195 200 205
Ser Leu Leu His Leu Ser Leu Glu Gin Lys íle Ser Val Phe Phe Gly
210 215 220
Leu Asn Leu Met Leu Tyr Pro Val íle Glu Val Leu Phe Ser íle Leu
225 230 235 240
Arg Arg Lys íle Lys Arg Gin Lys Ala Thr Met Pro Asp Asn Leu His
245 250 255
Leu His Thr Leu Leu Phe Lys Phe Leu Gin Gin Arg Ser Phe Asn Tyr
260 265 270
Pro Asn Pro Leu Cys Ala Phe Íle Leu íle Leu Cys Asn Leu Pro Phe
275 280 285
íle Leu íle Ser Val Leu Phe Arg Leu Asp Ala Tyr Ala Leu íle Val
290 295 300
íle Ser Leu Val Phe íle Ala Cys Tyr Leu íle Gly Tyr Ala Tyr Leu
305 310 315 320
Asn Arg Gin Val Cys Ala Leu Glu Lys Arg Ala Phe
325 330
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:128:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 271 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
208 (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...271 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:128:
Met Asn íle Phe Lys Arg íle íle Cys Val Thr Ala I le Val Leu Gly
1 5 10 15
Phe Phe Asn Leu Leu Asp Ala Lys His His Lys Glu I.ys Lys Glu Asp
20 25 30
His Lys íle Thr Arg Glu Leu Lys Val Gly Ala Asn ľro Val Pro His
35 40 4*.
Ala Gin íle Leu Gin Ser Val Val Asp Asp Leu Lys G1 u Lys Gly íle
50 55 60
Lys Leu Val íle Val Ser Phe Thr Asp Tyr Val Leu Γιο Asn Leu Ala
65 70 75 80
Leu Asn Asp Gly Ser Leu Asp Ala Asn Tyr Phe Gin His Arg Pro Tyr
85 90 95
Leu Asp Arg Phe Asn Leu Asp Arg Lys Met His Leu Val Gly Leu Ala
100 105 110
Asn íle His Val Glu Pro Leu Arg Phe Tyr Ser Gin I.ys íle Thr Asp
115 120 125
íle Lys Asn Leu Lys Lys Gly Ser Val íle Ala Val Pro Asn Asp Pro
130 135 140
Ala Asn Gin Gly Arg Ala Leu íle Leu Leu His Lys Gin Gly Leu íle
145 150 155 160
Ala Leu Lys Asp Pro Ser Asn Leu Tyr Ala Thr Glu Phe Asp íle Val
165 170 175
Lys Asn Pro Tyr Asn íle Lys íle Lys Pro Leu Glu Ala Ala Leu Leu
180 185 190
Pro Lys Val Leu Gly Asp Val Asp Gly Ala íle íle Thr Gly Asn Tyr
195 200 205
Ala Leu Gin Ala Lys Leu Thr Gly Ala Leu Phe Ser Glu Asp Lys Asp
210 215 220
Ser Pro Tyr Ala Asn Leu Val Ala Ser Arg Glu Asp Asn Ala Gin Asp
225 230 235 240
Glu Ala íle Lys Ala Leu íle Glu Ala Leu Gin Ser 6lu Lys Thr Arg
245 250 255
Lys Phe íle Leu Asp Thr Tyr Lys Gly Ala Íle íle Pro Ala Phe
260 265 270
(2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:129:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 316 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...316
209 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:129:
Met Gin Glu Phe Ser Leu Trp Cys Asp Phe íle Glu Arg Asp Phe Leu
1 5 10 15
Glu Asn Asp Phe Leu Lys Leu íle Asn Lys Gly Ala íle Cys Gly Ala
20 25 30
Thr Ser Asn Pro Ser Leu Phe Cys Glu Ala íle Thr Lys Ser Ala Phe
35 40 45
Tyr Gin Asp Glu íle Ala Lys Leu Lys Gly Lys Lys Ala Lys Glu íle
50 55 60
Tyr Glu Thr Leu Ala Leu Lys Asp íle Leu Gin Ala Ser Ser Ala Leu
65 70 75 80
Met Pro Leu Tyr Glu Lys Asp Pro Asn Asn Gly Tyr íle Ser Leu Glu
85 90 95
íle Asp Pro Phe Leu Glu Asp Asp Ala íle Lys Ser íle Asp Glu Ala
100 105 110
Lys Arg Leu Phe Lys Thr Leu Asn Arg Pro Asn Val Met íle Lys Val
115 120 125
Pro Ala Ser Glu Ser Ala Phe Glu Val íle Ser Ala Leu Ala Gin Ala
130 135 140
Ser íle Pro íle Asn Val Thr Leu Val Phe Ser Pro Lys íle Ala Gly
145 150 155 160
Glu íle Ala Gin íle Leu Ala Lys Glu Ala Arg Lys Arg Ala Val íle
165 170 175
Ser Val Phe Val Ser Arg Phe Asp Lys Glu íle Asp Pro Leu Val Pro
180 185 190
Gin Asn Leu Gin Ala Gin Ser Gly íle Met Asn Ala Thr Glu Cys Tyr
195 200 205
Tyr Gin íle Asn Gin His Ala Asn Lys Leu íle Ser Thr Leu Phe Ala
210 215 220
Ser Thr Gly Val Lys Ser Asn Ser Leu Ala Lys Asp Tyr Tyr íle Lys
225 230 235 240
Ala Leu Cys Phe Lys Asn Ser íle Asn Thr Ala Pro Leu Asp Ala Leu
245 250 255
Asn Ala Tyr Leu Leu Asp Pro Asn Thr Glu Cys Gin Thr Pro Leu Lys
260 265 270
íle Thr Glu íle Glu Ala Phe Lys Lys Glu Leu Lys Thr His Asn íle
275 280 285
Asp Leu Glu Asn Thr Ala Gin Lys Leu Leu Lys Glu Gly Leu íle Ala
290 295 300
Phe Lys Gin Ser Phe Glu Lys Leu Leu Ser Ser Phe
305 310 315 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:130:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 260 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(Ä) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...260 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:130:
Met Lys Thr Asn Gly His Phe Lys Asp Phe Ala Trp Lys Lys Cys Phe 15 10 15
210
Leu Gly Ala Ser Val Val Ala Leu Leu Val Gly Cys Ser Pro His íle
20 25 30
íle Glu Thr Asn Glu Val Ala Leu Lys Leu Λ::ιι Tyr His Pro Ala Ser
35 40 45
Glu Lys Val Gin Ala Leu Asp Glu Lys íle I.i-ii Leu Leu Arg Pro Ala
50 55 60
Phe Gin Tyr Ser Asp Asn íle Ala Lys Glu Ty. Glu Asn Lys Phe Lys
65 70 /!> 80
Asn Gin Thr Thr Leu Lys Val Glu Glu íle Leu Gin Asn Gin Gly Tyr
85 90 95
Lys Val íle Asn Val Asp Ser Ser Asp Lys Λ::ρ Asp Phe Ser Phe Ala
100 105 110
Gin Lys Lys Glu Gly Tyr Leu Ala Val Ala Mol Asn Gly Glu íle Val
115 120 125
Leu Arg Pro Asp Pro Lys Arg Thr íle Gin I.y:: Lys Ser Glu Pro Gly
130 135 140
Leu Leu Phe Ser Thr Gly Leu Asp Lys Met G 1 n Arg Val Leu íle Pro
145 150 ľ.'. 160
Ala Gly Phe Val Lys Val Thr íle Leu Glu ľ. n Met Ser Gly Glu Ser
165 170 175
Leu Asp Ser Phe Thr Met Asp Leu Ser Glu lii-u Asp íle Gin Glu Lys
180 185 190
Phe Leu Lys Thr Thr His Ser Ser His Ser G1 y Gly Leu Val Ser Thr
195 200 205
Met Val Lys Gly Thr Asp Asn Ser Asn Asp ΛΙ.ι íle Lys Ser Ala Leu
210 215 220
Asn Lys íle Phe Ala Ser íle Met Gin Glu Mol Asp Lys Lys Leu Thr
225 230 235 240
Gin Arg Asn Leu Glu Ser Tyr Gin Lys Asp Alu Lys Glu Leu Lys Asn
245 250 255
Lys Arg Asn Arg
260
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:131:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 1382 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...1382
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:131:
Leu Asn Phe Asn Asn Leu Thr Ala Asn Gly Ala Leu Asn Phe Asn Gly
1 5 10 15
Tyr Ala Pro Ser Leu Thr Lys Ala Leu Met Asn Val Ser Gly Gin Phe
20 25 30
Val Leu Gly Asn Asn Gly Asp íle Asn Leu Ser Asp íle Asn íle Phe
35 40 45
Asp Asn íle Thr Lys Ser Val Thr Tyr Asn íle Leu Asn Ala Gin Lys
50 55 60
Gly íle Thr Gly íle Ser Gly Ala Asn Gly Tyr Glu Lys íle Leu Phe
65 70 75 80
Tyr Gly Met Lys íle Gin Asn Ala Thr Tyr Ser Asp Asn Asn Asn íle
85 90 95
Gin Thr Trp Ser Phe íle Asn Pro Leu Asn So r Ser Gin íle íle Gin
211
100 105 110
Glu Ser íle Lys Asn Gly Asp Leu Thr íle Glu Val Leu Asn Asn Pro
115 120 125
Asn Ser Ala Ser Asn Thr íle Phe Asn Íle Ala Pro Glu Leu Tyr Asn
130 135 140
Tyr Gin Asp Ser Lys Gin Asn Pro Thr Gly Tyr Ser Tyr Asp Tyr Ser
145 150 155 160
Asp Asn Gin Ala Gly Thr Tyr Tyr Leu Thr Ser Asn íle Lys Gly Leu
165 170 175
Phe Thr Pro Lys Gly Ser Gin Thr Pro Gin Thr Pro Gly Thr Tyr Ser
180 185 190
Pro Phe Asn Gin Pro Leu Asn Ser Leu Asn íle Tyr Asn Lys Gly Phe
195 200 205
Ser Ser Glu Asn Leu Lys Thr Leu Leu Gly íle Leu Ser Gin Asn Ser
210 215 220
Ala Thr Leu Lys Glu Met íle Glu Ser Asn Gin Leu Asp Asn íle Thr
225 230 235 240
Asn íle Asn Glu Val Leu Gin Leu Leu Asp Lys íle Lys íle Thr Gin
245 250 255
Ala Gin Lys Gin Ala Leu Leu Glu Thr íle Asn His Leu Thr Asp Asn
260 265 270
íle Asn Gin Thr Phe Asn Asn Gly Asn Leu Val íle Gly Ala Thr Gin
275 280 285
Asp Asn Val Thr Asn Ser Thr Ser Ser Íle Trp Phe Gly Gly Asn Gly
290 295 300
Tyr Ser Ser Pro Cys Ala Leu Asp Ser Ala Thr Cys Ser Ser Phe Arg
305 310 315 320
Asn Thr Tyr Leu Gly Gin Leu Leu Gly Ser Thr Ser Pro Tyr Leu Gly
325 330 335
Tyr íle Asn Ala Asp Phe Lys Ala Lys Ser íle Tyr íle Thr Gly Thr
340 345 350
íle Gly Ser Ser Asn Ala Phe Glu Ser Gly Gly Ser Ala Asp Val Thr
355 360 365
Phe Gin Ser Ala Asn Asn Leu Val Leu Asn Lys Ala Asn íle Glu Ala
370 375 380
Gin Ala Thr Asp Asn íle Phe Asn Leu Leu Gly Gin Glu Gly íle Asp
385 390 395 400
Lys íle Phe Asn Gin Gly Asn Leu Ala Asn Val Leu Ser Gin Met Ala
405 410 415
Met Glu Lys íle Lys Gin Ala Gly Gly Leu Gly Asn Phe íle Glu Asn
420 425 430
Ala Leu Ser Pro Leu Ser Lys Glu Leu Pro Ala Ser Leu Gin Asp Glu
435 440 445
Thr Leu Gly Gin Leu íle Gly Gin Asn Asn Leu Asp Asp Leu Leu Asn
450 455 4 60
Asn Ser Gly Val Met Asn Glu íle Gin Asn íle íle Ser Gin Lys Leu
465 470 475 480
Ser íle Phe Gly Asn Phe Val Thr Pro Ser íle íle Glu Asn Tyr Leu
485 4 90 495
Ala Lys Gin Ser Leu Lys Ser Met Leu Asp Asp Lys Gly Leu Leu Asn
500 505 510
Phe íle Gly Gly Tyr íle Asp Ala Ser Glu Leu Ser Ser íle Leu Gly
515 520 525
Val íle Leu Lys Asp íle Thr Asn Pro Pro Thr Ser Leu Gin Lys Asp
530 535 540
íle Gly Val Val Ala Asn Asp Leu Leu Asn Glu Phe Leu Gly Gin Asp
545 550 555 560
Val Val Lys Lys Leu Glu Ser Gin Gly Leu Val Ser Asn íle íle Asn
565 570 575
Asn Val íle Ser Gin Gly Gly Leu Ser Gly Val Tyr Asn Gin Gly Leu
580 585 590
Gly Ser Val Leu Pro Pro Ser Leu Gin Asn Ala Leu Lys Glu Asn Asp
595 600 605
Leu Gly Thr Leu Leu Ser Pro Arg Gly Leu His Asp Phe Trp Gin Lys
610 615 620
Gly Tyr Phe Asn Phe Leu Ser Asn Gly Tyr Val Phe Val Asn Asn Ser
212
625 630 635 640
Ser Phe Ser Asn Ala Thr Gly Gly Ser 645 Leu Asn Phe V.il Ala Asn 650 655 Lys
Ser íle íle Phe Asn Gly Asp Asn Thr 660 665 íle Asp Phe Gi-r Lys Tyr 670 Gin
Gly Ala Leu íle Phe Ala Ser Asn Gly 675 680 Val Ser Asn 11«.· Asn íle Ι.Η5 Thr
Thr Leu Asn Ala Thr Asn Gly Leu Ser 690 695 Leu Asn Ala Gly Leu Asn 700 Asn
Val 705 Ser Val Gin Lys Gly Glu íle Cys 710 íle Asn Leu Al.i Asn Cys 715 Pro 720
Thr Thr Lys Asn Ser Ser Pro Ala Asn 725 Ser Ser Val Thr Pro Thr 730 735 Asn
Glu Ser Leu Ser Val His Ala Asn Asn 740 745 Phe Thr Phe I,·-ii Gly Thr 750 íle
íle Ser Asn Gly Ala íle Asp Leu Ser 755 760 Gin Val Thr Asn Asn Ser Val
íle Gly Thr Leu Asn Leu Asn Glu Asn 770 775 Ala Thr Leu <:in Ala Asn 780 Asn
Leu 785 Thr íle Thr Asn Ala Phe Asn Asn 790 Ala Ser Asn Ser Thr Ala 795 Asn 800
íle Asp Gly Asn Phe Thr Leu Asn Gin 805 Gin Ala Thr I,ru Ser Thr 810 815 Asn
Ala Ser Gly Leu Asn Val Met Gly Asn 820 825 Phe Asn Ser Tyr Gly Asp 830 Leu
Val Phe Asn Leu Ser His Ser Val Ser 835 840 His Ala Íle Iln Asn Thr 845 Gin
Gly Thr Ala Thr íle Met Ala Asn Asn 850 855 Asn Pro Leu IJe Gin Phe 860 Asn
Ala 865 Ser Ser Lys Glu Val Gly Thr Tyr 870 Thr Leu íle Asp Ser Ala 875 Lys 880
Ala íle Tyr Tyr Gly Tyr Asn Asn Gin 885 íle Thr Gly Gly Ser Ser 890 895 Leu
Asp Asn Tyr Leu Lys Leu Tyr Ala Leu 900 905 íle Asp íle Asn Gly Lys 910 His
Met Val Met Thr Asp Asn Gly Leu Thr 915 920 Tyr Asn Gly Gin Ala Val 925 Ser
Val Lys Asp Gly Gly Leu Val Val Gly 930 935 Phe Lys Asp Ser Gin Asn 940 Gin
Tyr 945 íle Tyr Thr Ser íle Leu Tyr Asn 950 Lys Val Lys Íle Ala Val 955 Ser 960
Asn Asp Pro íle Asn Asn Pro Gin Ala 965 Pro Thr Leu Lys Gin Tyr 970 975 íle
Ala Gin íle Gin Gly Val Gin Ser Val 980 985 Asp Ser íle Asp Gin Ala 990 Gly
Gly Asn Gin Ala íle Asn Trp Leu Asn 995 1000 Lys íle Phe Glu Thr Lys 1005 Gly
Ser Pro Leu Phe Ala Pro Tyr Tyr Leu 1010 1015 Glu Ser His Ser Thr Lys 1020 Asp
Leu Thr Thr íle Ala Gly Asp íle Ala 1025 1030 Asn Thr Leu Glu Val íle 1035 Ala 1040
Asn Pro Asn Phe Lys Asn Asp Ala Thr 1045 Asn íle Leu Gin íle Asn Thr 1050 1055
Tyr Thr Gin Gin Met Ser Arg Leu Ala Lys Leu Ser Asp Thr Ser 1060 1065 1070 Thr
Phe Ala Arg Ser Asp Phe Leu Glu Arg 1075 1080 Leu Glu Ala Leu Lys Asn 1085 Lys
Arg Phe Ala Asp Ala íle Pro Asn Ala 1090 1095 Met Asp Val íle Leu Lys 1100 Tyr
Ser Gin Arg Asn Arg Val Lys Asn Asn 1105 1110 Val Trp Ala Thr Gly Val 1115 Gly 1120
Gly Ala Ser Phe íle Ser Gly Gly Thr 1125 Gly Thr Leu Tyr Gly íle Asn 1130 1135
Val Gly Tyr Asp Arg Phe íle Lys Gly Val íle Val Gly Gly Tyr Ala 1140 1145 1150
Ala Tyr Gly Tyr Ser Gly Phe His Ala Asn íle Thr Gin Ser Gly Ser
213
1155 1160 1165
Ser Asn Val Asn Val Gly Val Tyr Ser Arg Ala Phe íle Lys Arg Ser
1170 1175 1180
Glu Leu Thr Met Ser Leu Asn Glu Thr Trp Gly Tyr Asn Lys Thr Phe
1185 1190 1195 1200
íle Asn Ser Tyr Asp Pro Leu Leu Ser íle íle Asn Gin Ser Tyr Arg
1205 1210 1215
Tyr Asp Thr Trp Thr Thr Asp Ala Lys íle Asn Tyr Gly Tyr Asp Phe
1220 1225 1230
Met Phe Lys Asp Lys Ser Val íle Phe Lys Pro Gin Val Gly Leu Ser
1235 1240 1245
Tyr Tyr Tyr íle Gly Leu Ser Gly Leu Arg Gly íle Met Asp Asp Pro
1250 1255 1260
íle Tyr Asn Gin Phe Arg Ala Asn Ala Asp Pro Asn Lys Lys Ser Val
1265 1270 1275 1280
Leu Thr íle Asn Phe Ala Leu Glu Ser Arg His Tyr Phe Asn Lys Asn
1285 1290 1295
Ser Tyr Tyr Phe Val íle Ala Asp Val Gly Arg Asp Leu Phe íle Asn
1300 1305 1310
Ser Met Gly Asp Lys Met Val Arg Phe íle Gly Asn Asn Thr Leu Ser
1315 1320 1325
Tyr Arg Asp Gly Gly Arg Tyr Asn Thr Phe Ala Ser íle íle Thr Gly
1330 1335 1340
Gly Glu íle Arg Leu Phe Lys Thr Phe Tyr Val Asn Ala Gly íle Gly
1345 1350 1355 1360
Ala Arg Phe Gly Leu Asp Tyr Lys Asp íle Asn íle Thr Gly Asn íle
1365 1370 1375
Gly Met Arg Tyr Ala Phe 1380 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:132:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 262 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...262
(xi) POPIS' SEKVENCIE: SEKV. 0.:132:
Met Lys Lys íle Gly Leu Ser Leu Cys Leu Val Leu Ser Leu Gly Phe
1 5 10 15
Leu Lys Ala His Glu Val Ser Ala Glu Glu íle Ala Asp íle Phe Tyr
20 25 30
Lys Leu Asn Ala Lys Glu Pro Lys Met Lys íle Asn His Thr Lys Gly
35 40 45
Phe Cys Ala Lys Gly Val Phe Leu Pro Asn Pro Gin Ala Arg Glu Asp
50 55 60
Leu Glu Val Pro Leu Leu Asn Glu Lys Glu íle Pro Ala Ser Val Arg
65 70 75 80
Tyr Ser Leu Gly Gly Val Ala Met Asp Asp Lys Ser Lys Val Arg Gly
85 90 95
Met Ala Leu Lys Leu Glu Asn Gin Asn Ala Ser Trp Thr Met Val Met
100 105 110
Leu Asn Thr Glu íle Asn Phe Ala Lys Asn Pro Glu Glu Phe Ala Gin
115 120 125
214
Phe Phe Glu Met Arg Leu Pro Lys Asn Gly Lys Val Asp 140 Glu Ala Arg
130 135
íle Lys Lys Leu Tyr Glu Glu Val Pro Ser Tyr Arg Asn Phe Ala Ala
145 150 155 160
Tyr Met Lys Thr íle Gly íle Ser Ser Ser Val Ala /\::n Thr Pro Tyr
165 170 175
Tyr Ser Val His Ala Phe Lys Phe Lys Asp Lys Lys C 1 u Lys Leu Leu
180 185 190
Pro Ala Arg Trp Lys Phe Val Pro Lys Glu Gly Val Lys Tyr Leu Asn
195 200 205
Pro Gin Glu Leu Lys Gin Lys Asp Ser Asn Tyr Leu I.i·ιι Ser Ser Phe
210 215 220
Gin Gin His Leu Lys Asn Lys Pro íle Glu Tyr Gin M.-l Tyr Leu Val
225 230 235 240
Phe Ala Asn Gin Asn Asp Ala Thr Asn Asp Thr Thr Al.i Leu Trp Lys
245 250 255
Gly Ser íle Arg Asn Tyr
260 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.-.133:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 246 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: protein
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...246
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:133:
Met Lys Gin Phe Lys Lys Lys Pro Lys Lys íle Lys Arg Ser His Gin
1 5 10 15
Asn Gin Lys Thr íle Leu Lys Arg Pro Leu Trp Leu Met Pro Leu Leu
20 25 30
íle Gly Gly Phe Ala Ser Gly Val Tyr Ala Asp Gly Thr Asp íle Leu
35 40 45
Gly Leu Ser Trp Gly Glu Lys Ser Gin Lys Val Cys Val His Arg Pro
50 55 60
Trp Tyr Ala íle Trp Ser Cys Asp Lys Trp Glu Glu Lys Thr Gin Gin
65 70 75 80
Phe Thr Gly Asn Gin Leu íle Thr Lys Thr Trp Ala Gly Gly Asn Ala
85 90 95
Ala Asn Tyr Tyr His Ser Gin Asn Asn Gin Asp íle Thr Ala Asn Leu
100 105 110
Lys Asn Asp Asn Gly Thr Tyr Phe Leu Ser Gly Leu Tyr Asn Tyr Thr
115 120 125
Gly Gly Glu Tyr Asn Gly Gly Asn Leu Asp íle Glu Leu Gly Ser Asn
130 135 140
Ala Thr Phe Asn Leu Gly Ala Ser Ser Gly Asn Ser Phe Thr Ser Trp
145 150 155 160
Tyr Pro Asn Gly His Thr Asp Val Thr Phe Ser Ala Gly Thr íle Asn
165 170 175
Val Asn Asn Ser Val Glu Val Gly Asn Arg Val Gly Ser Gly Ala Gly
180 185 190
Thr His Thr Gly Thr Ala Thr Leu Asn Leu Asn Ala Asn Lys Val Thr
195 200 205
íle Asn Ser Asn íle Ser Ala Tyr Lys Thr Ser Gin V.il Asn Val Gly
215
210 215 220
Asn Ala Asn Ser Val íle Thr íle Asn Ser Val Ser Leu Asn Gly Glu 225 230 235 240
Tyr Leu Gin Phe Phe Ser
245 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:134:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 245 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii, TYP MOLEKULY: proteín (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...245
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:134:
Met íle Lys Lys Thr Leu Ala Ser Val Leu Leu Gly Leu Ser Leu Met
1 5 10 15
Ser Val Leu Asn Ala Lys Glu Cys Val Ser Pro íle Thr Arg Ser Val
20 25 30
Lys Tyr His Gin Gin Ser Ala Glu íle Arg Ala Leu Gin Leu Gin Ser
35 40 45
Tyr Lys Met Ala Lys Met Ala Leu Asp Asn Asn Leu Lys Leu Val Lys
50 55 60
Asp Lys Lys Pro Ala Val íle Leu Asp Leu Asp Glu Thr Val Leu Asn
65 70 75 80
Thr Phe Asp Tyr Ala Gly Tyr Leu Val· Lys Asn Cys íle Lys Tyr Thr
85 90 95
Pro Glu Thr Trp Asp Lys Phe Glu Lys Glu Gly Ser Leu Thr Leu íle
100 105 110
Pro Gly Ala Leu Asp Phe Leu Glu Tyr Ala Asn Ser Lys Gly Val Lys
115 120 125
íle Phe Tyr íle Ser Asn Arg Thr Gin Lys Asn Lys Ala Phe Thr Leu
130 135 140
Lys Thr Leu Lys Ser Phe Lys Leu Pro Gin Val Ser Glu Glu Ser Val
145 150 155 160
Leu Leu Lys Glu Lys Gly Lys Pro Lys Ala Val Arg Arg Glu Leu Val
165 170 175
Ala Lys Asp Tyr Ala íle Val Leu Gin Val Gly Asp Thr Leu His Asp
180 185 190
Phe Asp Ala íle Phe Ala Lys Asp Ala Lys Asn Ser Gin Glu Gin Gin
195 200 205
Ala Lys Val Leu Gin Asn Ala Gin Lys Phe Gly Thr Glu Trp íle íle
210 215 220
Leu Pro Asn Ser Leu Tyr Gly Thr Trp Glu Asp Gly Pro íle Lys Ala
225 230 235 240
Trp Gin Asn Lys Lys
245
(2, INFORMÁCIE C > SEKV. Č 5.:135:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 288 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
216 (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...288 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:135:
Leu Trp Cys Leu Lys Thr Pro íle íle Gly His Gly Met Lys Lys Lys
1 5 10 15
Ala Lys Val Phe Trp Cys Cys Phe Lys Met íle Arg Trp Leu Tyr Leu
20 25 30
Ala Val Phe Phe Leu Leu Ser Val Ser Asp Ala Lys Glu Íle Ala Met
35 40 4'»
Gin Arg Phe Asp Lys Gin Asn His Lys íle Phe Glu 111: Leu Ala Asp
50 55 60
Lys Val Ser Ala Lys Asp Asn Val íle Thr Ala Ser Gly Asn Ala Íle
65 70 75 80
Leu Leu Asn Tyr Asp Val Tyr íle Leu Ala Asp Lys Val Arg Tyr Asp
85 90 95
Thr Lys Thr Lys Glu Ala Leu Leu Glu Gly Asn íle Lys Val Tyr Arg
100 105 110
Gly Glu Gly Leu Leu Val Lys Thr Asp Tyr Val Lys Leu Ser Leu Asn
115 120 125
Glu Lys Tyr Glu íle íle Phe Pro Phe Tyr Val Gin Asp Ser Val Ser
130 135 140
Gly íle Trp Val Ser Ala Asp íle Ala Ser Gly Lys Asp Gin Lys Tyr
145 150 155 160
Lys íle Lys Asn Met Ser Ala Ser Gly Cys Ser íle Asp Asn Pro íle
165 170 175
Trp His Val Asn Ala Thr Ser Gly Ser Phe Asn Met Gin Lys Ser His
180 185 190
Leu Ser Met Trp Asn Pro Lys íle Tyr Val Gly Asp íle Pro Val Leu
195 200 205
Tyr Leu Pro Tyr íle Phe Met Ser Thr Ser Asn Lys Arg Thr Thr Gly
210 215 220
Phe Leu Tyr Pro Glu Phe Gly Thr Ser Asn Leu Asp Gly Phe íle Tyr
225 230 235 240
Leu Gin Pro Phe Tyr Leu Ala Pro Lys Asn Ser Trp Asp Met Thr Phe
245 250 255
Thr Pro Gin íle Arg Tyr Lys Arg Gly Phe Gly Leu Asn Phe Glu Ala
260 265 270
Arg Tyr íle Asn Ser Lys Thr Gin Val Phe íle Gin Cys Ala Leu Phe
275 280 285
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:136:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 128 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
217 (B) UMIESTNENIE 1...128
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.: 136:
Leu Met Phe Lys Lys Met Cys Leu Ser Leu Leu Met íle Ser Gly Val
1 5 10 15
Cys Val Gly Ala Lys Asp Leu Asp Phe Lys Leu Asp Tyr Arg Ala Thr
20 25 30
Gly Gly Lys Phe Met Gly Lys Met Thr Asp Ser Ser Leu Leu Ser íle
35 40 45
Thr Ser Met Asn Asp Glu Pro Val Val íle Lys Asn Leu íle Val Asn
50 55 60
Arg Gly Asn Ser Cys Glu Ala Thr Lys Lys Val Glu Pro Lys Phe Gly
65 70 75 80
Asp Lys Phe Lys Lys Glu Lys Leu Phe Asp His Glu Leu Lys Tyr Ser
85 90 95
Gin Gin íle Phe Tyr Arg Leu Asp Cys Lys Pro Asn Gin Leu Leu Glu
100 105 110
Val Lys íle íle Thr Asp Lys Gly Glu Tyr Tyr His Lys Phe Ser Lys
115 120 125 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:137:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 169 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...169
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:137:
Met Gin Ala Leu Lys Ser Leu Leu Glu Val íle Thr Lys Leu Gin Asn
15 10 15
Leu Gly Gly Tyr Leu Met His íle Ala íle Phe íle íle Phe íle Trp
20 25 30
íle Gly Gly Leu Lys Phe Val Pro Tyr Glu Ala Glu Gly íle Ala Pro
35 40 45
Phe Val Ala Asn Ser Pro Phe Phe Ser Phe Met Tyr Lys Phe Glu Lys
50 55 60
Pro Ala Tyr Lys Gin His Lys Met Ser Glu Ser Gin Ser Met Gin Glu
65 70 75 80
Glu Met Gin Asp Asn Pro Lys íle Val Glu Asn Lys Glu Trp His Lys
85 90 95
Glu Asn Arg Thr Tyr Leu Val Ala Glu Gly Leu Gly íle Thr íle Met
100 105 110
íle Leu Gly íle Leu Val Leu Leu Gly Leu Trp Met Pro Leu Met Gly
115 120 125
Val Val Gly Gly Leu Leu Val Ala Gly Met Thr íle Thr Thr Leu Phe
130 135 140
Phe Phe íle His Asn Ala Arg Ser Val Cys Gin Ser Ala Phe Pro Met
145 150 155 160
Ala Phe Trp Gly Trp Lys Ala Ser Gly 165 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:138:
218 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 487 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...487 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:138:
Met Íle Glu Trp Met Gin Asn His Arg Lys Tyr Leu V..1 Val Thr íle
1 5 10 15
Trp íle Ser Thr íle Ala Phe íle Ala Ala Gly Met ] li> Gly Trp Gly
20 25 30
Gin Tyr Ser Phe Ser Leu Asp Ser Asp Ser Ala Ala I.ys Val Gly Gin
35 40 ir.
íle Lys íle Ser Gin Glu Glu Leu Ala Gin Glu Tyr Arcj Arg Leu Lys
50 55 60
Asp Ala Tyr Ala Glu Ser íle Pro Asp Phe Lys Glu Leu Thr Glu Asp
65 70 75 80
Gin íle Lys Ala Met His Leu Glu Lys Ser Ala Leu Asp Ser Leu íle
85 90 95
Asn Gin Ala Leu Leu Arg Asn Phe Ala Leu Asp Leu Gly Leu Gly Ala
100 105 110
Thr Lys Gin Glu Val Ala Lys Glu íle Arg Lys Thr Asn Val Phe Gin
115 120 125
Lys Asp Gly Val Phe Asp Glu Glu Leu Tyr Lys Asn íle Leu Lys Gin
130 135 140
Ser His Tyr Arg Pro Lys His Phe Glu Glu Ser Val Glu Arg Leu Leu
145 150 155 160
íle Leu Gin Lys íle Ser Ala Leu Phe Pro Lys Thr Thr Thr Pro Leu
165 170 175
Glu Gin Ser Ser Leu Ser Leu Tr.p Ala Lys Leu Gin A::p Lys Leu Asp
180 185 190
íle Leu íle Leu Asn Pro Asn Asp Val Lys íle Ser Leu Asn Glu Glu
195 200 205
Glu Met Lys Lys Tyr Tyr Glu Asn His Arg Lys Asp The Lys Lys Pro
210 215 220
Thr Ser Phe Lys Thr Arg Ser Leu Tyr Phe Asp Ala Ser Leu Glu Lys
225 230 235 240
Thr Asp Leu Lys Glu Leu Glu Glu Tyr Tyr His Lys Asn Lys Val Ser
245 250 255
Tyr Leu Asp Lys Glu Gly Lys Leu Gin Asp Phe Lys Ser Val Gin Glu
260 265 270
Gin Val Lys His Asp Leu Asn Met Gin Lys Aia Asn Glu Lys Ala Leu
275 280 285
Arg Ser Tyr íle Ala Leu Lys Lys Gly Asn Ala Gin Asn Tyr Thr Thr
290 295 300
Gin Asp Phe Glu Lys Asn Asn Ser Pro Tyr Thr Ala Glu íle Thr Gin
305 310 315 320
Lys Leu Thr Ala Leu Lys Pro Leu Glu Val Leu Lys Pro Glu Pro Phe
325 330 335
Lys Asp Gly Phe íle Val Val Gin Leu Val Ser Gin íle Lys Asp Glu
340 345 350
Leu Gin Asn Phe Asp Glu Ala Lys Ser Ala Leu Lys Thr Arg Leu Thr
355 360 365
Gin Glu Lys Thr Leu Met Ala Leu Gin Thr Leu Ala l.ys Glu Lys Leu
370 375 380
219
Lys Asp Phe Lys Gly Lys Ser Val Gly Tyr Val Ser Pro Asn Phe Gly
385 390 395 400
Gly Thr íle Ser Glu Leu Asn Gin Glu Glu Ser Ala Lys Phe íle Asn
405 410 415
Thr Leu Phe Asn Arg Gin Glu Lys Lys Gly Phe Val Thr íle Gly Asn
420 425 430
Lys Val Val Leu Tyr Gin íle Thr Glu Gin Asn Phe Asn His Pro Phe
435 440 445
Ser Ala Glu Glu Asn Gin Tyr Met Gin Arg Leu Val Asn Asn Thr Lys
450 455 4 60
Thr Asp Phe Phe Asp Lys Ala Leu íle Glu Glu Leu Lys Lys Arg Tyr
465 470 475 480
Lys íle Val Lys Tyr íle Gin
485 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:139:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 142 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: : rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1. .. .142
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. č.:: L39:
Met Lys Thr Asn Phe Tyr Lys íle Lys Leu Leu Phe Ala Trp Cys Leu
1 5 10 15
íle íle Gly Met Phe Asn Ala Pro Leu Asn Ala Asp Gin Asn Thr Asp
20 25 30
íle Lys Asp íle Ser Pro Glu Asp Met Ala Leu Asn Ser Val Gly Leu
35 40 45
Val Ser Arg Asp Gin Leu Lys íle Glu íle Pro Lys Glu Thr Leu Glu
50 55 60
Gin Lys Val Ala íle Leu Asn Asp Tyr Asn Asp Lys Asn Val Asn íle
65 70 75 80
Lys Phe Asp Asp íle Ser Leu Gly Ser Phe Gin Pro Asn Asp Asn Leu
85 90 95
Gly íle Asn Ala Met Trp Gly íle Gin Asn Leu Leu Met Ser Gin Met
100 105 110
Met Ser Asn Tyr Gly Pro Asn Asn Ser Phe Met Tyr Gly Tyr Ala Pro
115 120 125
Thr Tyr Ser Asp Ser Ser Phe Leu Pro Pro íle Leu Gly Tyr
130 135 140
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:140:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 208 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
220 (A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...208 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:140:
Leu íle Asn Asn Asn Asn Asn Asn Lys Lys Leu Arg Gly Phe Phe Leu
1 5 10 15
Lys Val Leu Leu Ser Leu Val Val Phe Ser Ser Tyr Gly Ser Ala Asn
20 25 30
Asp Asp Lys Glu Ala Lys Lys Glu Ala Leu Glu Lys Glu I.ys Asn Thr
35 40 45
Pro Asn Gly Leu Val Tyr Thr Asn Leu Asp Phe Asp Ser Phe Lys Ala
50 55 60
Thr íle Lys Asn Leu Lys Asp Lys Lys Val Thr Phe Lys Glu Val Asn
65 70 75 80
Pro Asp íle íle Lys Asp Glu Val Phe Asd Phe Val íle Val Asn Arg
85 90 95
Val Leu Lys Lys íle Lys Asp Leu Lys His Tyr Asp Pro Val Íle Glu
100 105 110
Lys íle Phe Asp Glu Lys Gly Lys Glu Met Gly Leu Asn Val Glu Leu
115 120 12.5
Gin íle Asn Pro Glu Val Lys Asp Phe Phe Thr Phe Lys Ser íle Ser
130 135 140
Thr Thr Asn Lys Gin Arg Cys Phe Leu Ser Leu His Gly Glu Thr Arg
145 150 155 160
Glu íle Leu Cys Asp Asp Lys Leu Tyr Asn Val Leu Leu Ala Val Phe
165 170 175
Asn Ser Tyr Asp Pro Asn Asp Leu Leu Lys His íle Ser Thr íle Glu
180 185 190
Ser Leu Lys Lys íle Phe Tyr Thr íle Thr Cys Glu Ala Val Tyr Leu
195 200 205 (2) INFORMÁCIE O SEKV. ¢.:141:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 245 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii, TYP MOLEKULY: protein
(iii, HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylo: ri
(ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne ; znaky
(B, UMIESTNENIE 1. . . .245
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:: L41:
Met Ala Gly Thr Gin Ala íle Tyr Glu Ser Ser Ser Ala Gly Phe Leu
1 5 10 15
Ser Gin Val Ser Ser íle íle Ser Ser Thr Ser Gly Val Ala Gly Pro
20 25 30
Phe Ala Gly íle Val Ala Gly Ala Met Thr Ala Ala íle íle Pro íle
35 40 45
Val Val Gly Phe Thr Asn Pro Gin Met Thr Ala íle Met Thr Gin Tyr
50 55 60
Asn Gin Ser íle Ala Glu Ala Val Ser Val Pro Met Lys Ala Ala Asn
65 70 75 80
Gin Gin Tyr Asn Gin Leu Tyr Gin Gly Phe Asn Asp Gin Ser Met Ala
221
85 90 95
Val Gly Asn Asn íle Leu Asn íle Ser Lys Leu Thr Gly Glu Phe Asn
100 105 110
Ala Gin Gly Asn Thr Gin Ser Ala Gin íle Ser Ala Val Asn Ser Gin
115 120 125
íle Ala Ser íle Leu Ala Ser Asn Thr Thr Pro Lys Asn Pro Ser Ala
130 135 140
íle Glu Ala Tyr Ala Thr Asn Gin íle Ala Val Pro Ser Val Pro Thr
145 150 155 160
Thr Val Glu Met Met Ser Gly íle Leu Gly Asn íle Thr Ser Ala Ala
165 170 175
Pro Lys Tyr Ala Leu Ala Leu Gin Glu Gin Leu Arg Ser Gin Ala Ser
180 185 190
Asn Ser Ser Met Asn Asp Thr Ala Asp Ser Leu Asp Ser Cys Thr Ala
195 200 205
Leu Gly Ala Leu Val Gly Ser Ser Lys Val Phe Phe Ser Cys Met Gin
210 215 220
íle Ser Met Thr Pro Met Ser Val Ser Mec Pro Thr Val Met Pro Asn
225 230 235 240
Thr Ser Gly Cys His
245
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:142:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 367 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...367 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:142:
Met íle Lys Ser Val Glu íle Glu Asn Tyr Lys Asn Phe Glu His Leu
1 5 10 15
Lys Met Glu Asn Phe Lys Leu íle Asn Phe Phe Thr Gly Gin Asn Asp
20 25 30
Ala Gly Lys Thr Asn Leu Leu Glu Ala Leu Tyr Thr Asn Thr Gly Leu
35 40 45
Cys Asp Pro Thr Ala Asn Gin Val Ser Leu Pro Pro Glu His Ala Val
50 55 60
Asn íle Ser Glu Phe Arg Lys íle Lys Leu Asp Ala Asp Asn Leu Lys
65 70 75 80
Thr Phe Phe Tyr Gin Gly Asn Thr Ala Asn Pro íle Ser íle Arg Thr
85 90 95
Glu Phe Glu His Ala Thr íle Pro Leu Thr íle Gin Tyr Pro Thr Gin
100 105 110
Thr Ser Tyr Ser Lys Asp íle Asn Leu Asn Ser Asp Asp Ala His Met
115 120 125
Thr Asn Leu íle Asn Thr Thr íle Thr Lys Pro Gin Leu Gin Phe Ser
130 135 140
Tyr Asn Pro Ser Leu Ser Pro Met Thr Met Thr Tyr Glu Phe Glu Arg
145 150 155 160
Gin Asn Leu Gly Leu íle His Ser Asn Leu Asp Lys íle Ala Gin Thr
165 170 175
Tyr Lys Glu Asn Ala Met Phe íle Pro íle Glu Leu Ser íle Val Asn
180 185 190
222
Ser Leu Lys Ala Leu Glu Asn Leu Gin Leu Ala Ser Lys Glu Lys Glu
195 200 205
Leu íle Glu íle Leu Gin Cys Phe Asn Pro Asn íle Leu Asn Ala Asn
210 215 220
Thr íle Arg Lys Ser Val Tyr íle Gin íle Lys Asp Glu Asn Thr Pro
225 230 235 240
Leu Glu Glu Ser Pro Lys Arg Leu Leu Asn Leu Phe Gly Trp Gly Phe
245 250 255
íle Lys Phe Phe íle Met Val Ser íle Leu íle Asp Asn Arg Val Lys
260 265 270
Tyr Leu Phe íle Asp Glu íle Glu Ser Gly Leu His His Thr Lys Met
275 280 285
Gin Glu Phe Leu Lys Ala Leu Phe Lys Leu Ala Gin Lys Leu Gin íle
290 295 300
Gin íle Phe Ala Thr Thr His Asn Lys Glu Phe Leu Leu Asn Ala íle
305 310 315 320
Asn Thr íle Ser Asp Asn Glu Thr Gly Val Phe Lys Asp íle Ala Leu
325 330 335
Phe Glu Leu Glu Lys Glu Ser Ala Ser Gly Phe íle Arg His Ser Tyr
340 345 350
Ser Met Leu Glu Lys Ala Leu Tyr Arg Gly Met Glu Val Arg Gly
355 360 365 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:143:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 409 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ : rôzne ; znaky
(B) UMIESTNENIE 1 ...409
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č. :: L43:
Met Ser Leu íle Arg Val Asn Gly Glu Ala Phe Lys Leu Ser Leu Glu
1 5 10 15
Ser Leu Glu Glu Asp Pro Phe Glu Thr Lys Glu Thr Leu Glu Thr Leu
20 25 30
Glu Thr Leu íle Lys Gin Thr Ser Val Val Leu Leu Ala Ala Gly Glu
35 40 45
Ser Lys Arg Phe Ser Arg Ala íle Lys Lys Gin Trp Leu Arg Ser His
50 55 60
His Thr Pro Leu Trp Leu Ser Val Tyr Glu Ser Phe Lys Glu Ala Leu
65 70 75 80
Asp Phe Lys Glu Val íle Leu Val Val Ser Glu Leu Asp Tyr Val Tyr
85 90 95
íle Gin Arg His Tyr Pro Lys íle Lys Leu Val Lys Gly Gly Ala Ser
100 105 110
Arg Gin Glu Ser Val Arg Asn Ala Leu Lys Val íle Asp Ser Thr Tyr
115 120 125
Thr íle Thr Ser Asp Val Ala Arg Gly Leu Ala Asn Met Glu Ala Leu
130 135 140
Lys Ser Leu Phe Leu Thr Leu Gin Gin Thr Ser His Tyr Cys íle Ala
145 150 155 160
Pro Tyr Leu Pro Cys Tyr Asp Thr Ala íle Tyr Tyr Asn Glu Ala Leu
165 170 175
Asp Arg Glu Ala íle Lys Leu íle Gin Thr Pro Gin Leu Ser His Thr
223
180 185 190
Lys Thr Leu Gin Ser Ala Leu Asn Gin Gly Gly Phe Lys Asp Glu Ser
195 200 205
Ser Ala íle Leu Gin Ala Phe Pro Asn Ser Val Ser Tyr íle Glu Gly
210 215 220
Ser Lys Asp Leu His Lys Leu Thr Thr Ser Gly Asp Leu Lys Phe Phe
225 230 235 240
Thr Pro Phe Phe Asn Pro Ala Lys Asp Thr Phe íle Gly Met Gly Phe
245 250 255
Asp Thr His Ala Phe íle Lys Asp Lys Pro Met Val Leu Gly Gly Val
260 265 270
Val Leu Asp Cys Glu Phe Gly Leu Lys Ala His Ser Asp Gly Asp Ala
275 280 285
Leu Leu His Ala Val íle Asp Ala íle Leu Gly Ala íle Lys Gly Gly
290 295 300
Asp íle Gly Glu Trp Phe Pro Asp Asn Asp Pro Lys Tyr Lys Asn Ala
305 310 315 320
Ser Ser Lys Glu Leu Leu Lys íle Val Leu Asp Phe Ser Gin Ser íle
325 330 335
Gly Phe Glu Leu Leu Glu Met Gly Ala Thr íle Phe Ser Glu íle Pro
340 345 350
Lys íle Thr Pro Tyr Lys Pro Ala íle Leu Glu Asn Leu Ser Gin Leu
355 360 365
Leu Gly Leu Glu Lys Ser Gin íle Ser Leu Lys Ala Thr Thr Met Glu
370 375 380
Lys Met Gly Phe íle Gly Lys Gin Glu Gly Leu Leu Val Gin Ala His
385 390 395 400
Val Ser Met Arg Tyr Lys Gin Lys Leu
405 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:144:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 270 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(Vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne ; znaky
(B) UMIESTNENIE 1. ,..270
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. č.:: L44:
Met Lys Lys Phe Val Ala Leu Gly Leu Leu Ser Ala Val Leu Ser Ser
1 5 10 15
Ser Leu Leu Ala Glu Gly Asp Gly Val Tyr íle Gly Thr Asn Tyr Gin
20 25 30
Leu Gly Gin Ala Arg Leu Asn Ser Asn íle Tyr Asn Thr Gly Asp Cys
35 40 45
Thr Gly Ser Val Val Gly Cys Pro Pro Gly Leu Thr Ala Asn Lys His
50 55 60
Asn Pro Gly Gly Thr Asn íle Asn Trp His Ser Lys Tyr Ala Asn Gly
65 70 75 80
Ala Leu Asn Gly Phe Gly Leu Asn Val Gly Tyr Lys Lys Phe Phe Gin
85 90 95
Phe Lys Ser Leu Asp Met Thr Ser Lys Trp Phe Gly Phe Arg Val Tyr
100 105 110
Gly Leu Phe Asp Tyr Gly His Ala Asp Leu Gly Lys Gin Val Tyr Ala
115 120 125
224
Pro Asn Lys íle Gin Leu Asp Met Val Ser Trp Gly Val 140 Gly Ser Asp
130 135
Leu Leu Ala Asp íle íle Asp Lys Asp Asn Ala Ser Phe Gly íle Phe
145 150 155 160
Gly Gly Val Ala íle Gly Gly Asn Thr Trp Lys Ser Ser Ala Ala Asn
165 170 175
Tyr Trp Lys Glu Gin íle íle Glu Ala Lys Gly Pro Asp Val Cys Thr
180 185 190
Pro Thr Tyr Cys Asn Pro Asn Ala Pro Tyr Ser Thr Asn Thr Ser Thr
195 200 205
Val Ala Phe Gin Val Trp Leu Asn Phe Gly Val Arg Ala Asn íle Tyr
210 215 220
Lys His Asn Gly Val Glu Phe Gly Val Arg Val Pro Leu Leu íle Asn
225 230 235 240
Lys Phe Leu Ser Ala Gly Pro Asn Ala Thr Asn Leu Tyr Tyr His Leu
245 250 255
Lys Arg Asp Tyr Ser Leu Tyr Leu Gly Tyr Asn Tyr Thr Phe
260 265 270 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:145:
(1) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 438 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLÓGIA: lineárna
(ii) TYP MOLEKULY: proteín
(iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...438
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:145:
Met Ala Tyr Lys Pro Asn Lys Lys Lys Leu Lys Glu Leu Arg Glu Gin
1 5 10 15
Pro Asn Leu Phe Ser íle Leu Asp Lys Gly Asp Val Ala Thr Asn Asn
20 25 30
Pro Val Glu Glu Ser Asp Lys Ala Asn Lys íle Gin Glu Pro Leu Pro
35 40 45
Tyr Val Val Lys Thr Gin íle Asn Lys Ala Ser Met íle Ser Arg Asp
50 55 60
Pro íle Glu Trp Ala Lys Tyr Leu Ser Phe Glu Lys Arg Val Tyr Lys
65 70 75 80
Asp Asn Ser Lys Glu Asp Val Asn Phe Phe Ala Asn Gly Glu íle Lys
85 90 95
Glu Ser Ser Arg Val Tyr Glu Ala Asn Lys Glu Gly Phe Glu Arg Arg
100 105 110
íle Thr Lys Arg Tyr Asp Leu íle Asp Arg Asn Íle Asp Arg Asn Arg
115 120 125
Glu Phe Phe íle Lys Glu íle Glu íle Leu Thr His Thr Asn Ser Leu
130 135 140
Lys Glu Leu Lys Glu Gin Gly Leu Glu íle Gin Leu Thr His His Asn
145 150 155 160
Glu Thr His Lys Lys Ala Leu Glu Asn Gly Asn Glu íle Val Lys Glu
165 170 175
Tyr Asp His Leu Lys Asp íle Tyr Gin Glu Val Glu Arg Thr Lys Asp
180 185 190
Gly Gly Leu Val Arg Glu íle íle Pro Ser íle Ser Ser Ala Glu Tyr
195 200 205
Phe Lys Leu Tyr Asn Lys Leu Pro Phe Glu Ser íle Asn Asn Glu Asn
225
210 215 220
Thr Lys Leu Asn Thr Asn Asp Asn Glu Glu Val Lys Lys Leu Glu Phe
225 230 235 240
Glu Leu Ala Lys Glu Val His íle Leu íle Leu Glu Gin Gin Leu Leu
245 250 255
Ser Ala Thr Asn Tyr Tyr Ser Trp íle Asp Lys Asp Asp Asn Ala Asn
260 265 270
Phe Ala Trp Lys Met His Arg Leu íle Asn Glu Asn Lys Leu Lys Glu
275 280 285
Asn His Leu Ser Ala Asn Asn Ala Asn Lys íle Lys Gin Phe Phe Phe
290 295 300
Asn Asn Gly Ser íle Leu Gly Trp Thr Lys Glu Glu Gin Ser Ala íle
305 310 315 320
Gin Glu Asn Arg Asp Tyr Ser Leu Arg Ser Ala Leu Leu Ser Leu Glu
325 330 335
Glu íle Ala Gin 340 Ala Lys íle Glu Leu Gin Lys Tyr Tyr Glu Ser Val
345 350
Tyr Val Asn Gly Asp Gly Asn Lys Arg Glu íle Lys Pro Phe Lys Glu
355 360 365
íle Leu Arg Asp Thr Asn Asn Phe Glu Lys Ala Tyr Lys Glu Arg Tyr
370 375 380
Asp Lys Leu Val Ser Leu Ser Ala Ala íle íle Gin Ala Lys Glu Gly
385 390 395 400
Gly Asn Glu Arg Pro Asn Ser Ser Ala Asn Asn Asn Asn Pro íle Lys
405 410 415
Asn Thr íle Glu Thr Asn Thr Ser Asn Asn íle íle Gin Asn Asn Asp
420 425 430
Asn íle íle íle Gin íle
435
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:146:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 215 aminokyselín (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLÓGIA: lineárna (ii) TYP MOLEKULY: proteín (iii) HYPOTETICKÁ: ÁNO (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...215 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:146:
Met 1 Gin Ala Leu Lys 5 Ser Leu Leu Glu Val 10 íle Thr Lys Leu Gin 15 Asn
Leu Gly Gly Tyr 20 Leu Met His íle Ala 25 íle Phe íle íle Phe 30 íle Trp
íle Gly Gly 35 Leu Lys Phe Val Pro 40 Tyr Glu Ala Glu Gly 45 íle Ala Pro
Phe Val Ala 50 Asn Ser Pro Phe 55 Phe Ser Phe Met Tyr 60 Lys Phe Glu Lys
Pro 65 Ala Tyr Lys Gin His 70 Lys Met Ser Glu Ser 75 Gin Ser Met Gin Glu 80
Glu Met Gin Asp Asn 85 Pro Lys íle Val Glu 90 Asn Lys Glu Trp His 95 Lys
Glu Asn Arg Thr 100 Tyr Leu Val Ala Glu 105 Gly Leu Gly íle Thr 110 íle Met
íle Leu Gly 115 íle Leu Val Leu Leu 120 Gly Leu Trp Met Pro 125 Leu Met Gly
226
Val Val Gly Gly Leu Leu Val Ala Gly Met Thr íle Thr Thr Leu Ser
130 135 140
Phe Leu Phe Thr Thr Pro Glu Val Phe Val Asn Gin His Phe Pro Trp
145 150 155 160
Leu Ser Gly Ala Gly Arg Leu Val Val Lys Asp Leu Ala Leu Phe Ala
165 170 175
Gly Gly Leu Phe Val Ala Gly Phe Asp Ala Lys Arg Tyr Leu Glu Gly
180 185 190
Lys Gly Phe Cys Leu Met Asp Arg Ser Ser Val Gly íle Lys Thr Lys
195 200 205
Cys Ser Ser Gly Cys Cys Ser
210 215
(2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:147:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A] DĹŽKA: 20 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve {D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.-.147:
TATACCATGG TGGGCGCTAA 20 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:148:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:148:
ATGAATTCGA GTAAGGATTT TTG 23 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:149:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
227 (A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:149:
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:150:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:150:
TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC 23 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:151:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
228 (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:151:
ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:152:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: ONA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:152:
ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:153:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:153:
AATTCCATGG TGGGGGCTAT G 21 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:154:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická,
229
(iii) HYPOTETICKÁ: NIE
(iv, ANTI-SENSE: NIE
(Vi) PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter
(ix, ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:154
ATGAATTCTC GATAGCCAAA ATC
(2, INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.: i 155:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:155:
AATTCCATGG TGCATAACTT CCATT (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:156:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix, ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...25
(xi, POPIS i SEKVENCIE: SEKV. Č.:156:
AAGAATTCTC TAGCATCCAA ATGGA (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:157:
230 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...24 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:157:
ATTTCCATGG TCATGTCTCA TATT 24 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:158:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:158:
ATGAATTCCA TCTTTTATTC CAC 23 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:159:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 27 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
231 (ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...27 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:159:
AACCATGGTG ATTTTAAGCA TTGAAAG 27 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č..-160:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 28 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...28 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:160:
AAGAATTCCA CTCAAAATTT TTTAACAG 28 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č..-161:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:161:
GATCATCCAT ATGTTATCTT CTAAT 25 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:162:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová
232 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:162:
TGAATTCAAC CATTTTAACC CTG 23 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:163:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 27 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...27 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:163:
TATACCATGG TGAAATTTTT TCTTTTA 27 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:164:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK £
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1.. .25
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:164:
AGAATTCAAT TGCGTCTTGT AAAAG
233 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:165:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...24 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:165:
TATACCATGG TGATGGACAA ACTC 24 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:166:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:166:
ATGAATTCCC ACTTGGGGCG ATA 23 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:167:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
234 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:167:
TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT 25 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:168:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová
(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii) HYPOTETICKÁ: NIE
(iv) ANTI-SENSE: NIE
(Vi) PÔVODNÝ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter
(ix) ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: : (B) UMIESTNENIE rôzne znaky 1...23
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:168
TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC
(2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č. : 169:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:169:
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:170:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve
235 (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...24 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:170:
TAGAATTCGC CTCTAAAACT TTAG (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:171:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 22 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:171:
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:172:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...23 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:172:
236
TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC 23 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:173:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:173:
ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:174:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:174:
ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:175:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE
237
(vi) PÔVODNÝ ZDROJ: Helicobacter pylori
(A) ORGANIZMUS:
(ix) ZNAK: (A) MENO/KĽÚČ: (B) UMIESTNENIE rôzne znaky 1. . .23
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:175:
AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG 23 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:176:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:176:
ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT 25 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:177:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...24 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:177:
GATACCATGG AATTTATGAA AAAG 24 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:178:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 25 bázových párov
238 (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:178:
TGAATTCGAA AÄAGTGTAGT TATAC 25 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:179:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...19 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:179:
CCCTTCATTT TAGAAATCG 19 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:180:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...20
239 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:180:
ATTTCAACCA ATTCAATGCG 20 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:181:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:181:
GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT 20 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:182:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:182:
TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT 22 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:183:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE
240 (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:183: CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:184:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B) UMIESTNENIE 1...22
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:184:
ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:185:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:185:
ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:186:
241 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...19 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:186:
CTTTGGGTAA AAACGCATC 19 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:187:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 20 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...20 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:187:
CGATCTTTGA TCCTAATTCA 20 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:188:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
242 (A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...19 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:188:
ATCAAGTTGC CTATGCTGA 19 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:189:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:189:
TTGAACACTT TTGATTATGC GG 22 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:190:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 23 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B, UMIESTNENIE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:190:
GGATTATGCG ATTGTTTTAC ÄAG 23 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:191:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická,
243 (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix, ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:191:
GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C 21 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:192:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:192:
AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C 21 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:193:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...18 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:193:
CTTATGGGGG TATTGTCA 18
244 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:194:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:194:
AGCATGTGGG TATCCAGC 18 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:195:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...19 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č..-195:
AGGTTGTTGC CTAAAGACT 19 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:196:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
245 (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...18 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:196:
CTGCCTCCAC CTTTGATC 18 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:197:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 19 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...19 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:197:
ACCAATATCA ATTGGCACT 19 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:198:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:198:
ACTTGGAAAA GCTCTGCA 18 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:199:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 19 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová
246 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...19 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:199:
CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:200:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 18 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:200:
GTTGAAGTGT TGGTGCTA 18 (2, INFORMÁCIE O SEKV. Č.:201:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(Ά) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:201:
247
CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:202:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 22 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:202:
TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG 22 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:203:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:203:
GCCCATAATC AAAAAGCCCA T 21 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:204:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 24 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE
248 (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...24 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:204:
CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC 24 (2) INFORMÁCIE 0 SEKV. Č.:205:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 16 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická, (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv, ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...16 (xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:205:
GTAAAACGAC GGCCAG 16 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:206:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A) DĹŽKA: 17 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAK:
(A) MENO/KĽÚČ: rôzne znaky (B) UMIESTNENIE 1...17 (xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:206:
CAGGAAACAG CTATGAC 17 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:207:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 21 bázových párov (B) TYP: nukleová kyselina
249 (C, POČET VLÁKIEN: dve (D) TOPOLÓGIA: kruhová (ii, TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi, PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1. . .21
(xi) POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:207:
ATCTTACCTA TCACCTCAAA T 21 (2) INFORMÁCIE O SEKV. Č.:208:
(i, CHARAKTERISTIKA SEKVENCIE:
(A, DĹŽKA: 21 bázových párov (B, TYP: nukleová kyselina (C, POČET VLÁKIEN: dve (D, TOPOLÓGIA: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii, HYPOTETICKÁ: NIE (iv) ANTI-SENSE: NIE (vi) PÔVODNÝ ZDROJ:
(A, ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) ZNAK:
(A, MENO/KĽÚČ: rôzne znaky
(B, UMIESTNENIE 1...21
(xi, POPIS SEKVENCIE: SEKV. Č.:208:
AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A

Claims (65)

  1. PATENTOVÉ NÁROKY
    1. izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori polypeptid, ktorý je aspoň na približne 60% homologický s aminokyselinovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146.
  2. 2. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori polypeptid vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146.
  3. 3. Izolovaná nukleová kyselina, ktorá kóduje H. pylori polypeptid, obsahujúca nukleotidovú sekvenciu aspoň na približne 60% homologickú s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
  4. 4. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 1, obsahujúca nukleotidovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
  5. 5. Izolovaná molekula nukleovej kyseliny kódujúcej H. pylori polypeptid, obsahujúca nukleotidovú sekvenciu, ktorá za prísnych hybridizačných podmienok hybridizuje s molekulou nukleovej kyseliny obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
  6. 6. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu s dĺžkou najmenej 8 nukleotidov, ktorá hybridizuje za prísnych hybridizačných podmienok s nukleovou kyselinou, ktorej nukleotidová sekvencia je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
  7. 7. Izolovaná nukleová kyseliny obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 3, SEKV. Č.: 25, SEKV. Č.: 48, SEKV. Č.: 16, SEKV. Č.; 10, SEKV. Č.: 45, SEKV. Č.: 35, SEKV. Č.; 37, SEKV. 0.: 7,
    251
    SEKV. Č.: 39, SEKV. Č.: 55, SEKV. Č.: 18, SEKV. Č.: 19, SEKV. Č.: 28, SEKV. Č.: 30, SEKV. Č.: 52, SEKV. Č.: 54, SEKV. Č.: 56, SEKV. Č.: 58, SEKV. Č.: 1, SEKV. Č.: 42, SEKV. Č.: 14, SEKV. Č.: 43, SEKV. Č.: 11, SEKV. Č.: 71, SEKV. Č.: 17, SEKV. Č.: 57, SEKV. Č.: 5, SEKV. Č.: 6, SEKV. Č.: 8, a SEKV. Č.: 21, alebo jej komplement.
  8. 8. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 7, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vnútorný membránový polypeptid alebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. č.: 3, SEKV. Č.: 25, a SEKV. Č.: 48, alebo jej komplement.
  9. 9. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 7, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 16, SEKV. Č.: 10, SEKV. Č.: 45, SEKV. Č.: 35, SEKV. Č.: 37, SEKV. Č.: 7, SEKV. Č.: 39, SEKV. Č.: 55, SEKV. Č.: 18, SEKV. Č.: 19, SEKV. Č.: 28, SEKV. Č.: 30, SEKV. Č.: 52, SEKV. Č.: 54, SEKV. Č.: 56, SEKV. Č.: 58, SEKV. Č.: 1, SEKV. Č.: 42, SEKV. Č.: 14, SEKV. Č.: 43, SEKV. č.: 11, a SEKV. Č.: 71, alebo jej komplement.
  10. 10. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 9. kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má koncový fenylalanínový zvyškok a C-koncový tyrozínový klaster, alebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1, SEKV. Č.: 42, SEKV. Č.: 14, SEKV. Č.: 43, SEKV. Č.: 11 a SEKV. Č.:71, alebo jej komplement.
  11. 11. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 9. kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má koncový fenylalanínový zvyšok, alebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 16, SEKV. Č.: 45, SEKV. Č.: 35, SEKV. Č.: 37, SEKV. Č.: 7, SEKV. Č.: 39, SEKV. Č.: 55, SEKV. Č.: 18,
    252
    SEKV. Č.: 19, SEKV. Č.: 28, SEKV. Č.: 30, SEKV. Č.: 52, SEKV. Č.: 54, SEKV. Č.: 56, SEKV. č.: 58, alebo jej komplement.
  12. 12. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 76, SEKV. Č.: 98. SEKV. Č.: 121, SEKV. Č.: 89, SEKV. Č.: 83, SEKV. Č.: 118, SEKV. Č.: 108, SEKV. Č.: 110, SEKV. Č.: 80, SEKV. Č.: 112, SEKV. Č.: 128, SEKV. Č.: 91, SEKV. Č.: 92, SEKV. Č.: 101, SEKV. Č.: 103, SEKV. Č.: 125, SEKV. Č.: 127, SEKV. Č.: 129, SEKV. Č.: 131, SEKV. Č.: 74, SEKV. Č.: 115, SEKV. Č.: 87, SEKV. Č.: 116, SEKV. Č.: 84, SEKV. Č.: 144, SEKV. Č.: 90, SEKV. Č.: 130, SEKV. Č.: 78, SEKV. Č.: 79, SEKV. Č.: 81, a SEKV. Č.: 94.
  13. 13. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 12, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vnútorný membránový polypeptid alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 76, SEKV. Č.: 98, a SEKV. Č.: 121.
  14. 14. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 12, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 89, SEKV. Č.: 83, SEKV. Č.: 118, SEKV. Č.: 108, SEKV. Č.: 110, SEKV. Č.: 80, SEKV. Č.: 112, SEKV. Č.: 128, SEKV. Č.: 91, SEKV. Č.: 92, SEKV. Č.: 101, SEKV. Č.: 103, SEKV. Č.: 125, SEKV. Č.: 127, SEKV. Č.: 129, SEKV. Č.: 131, SEKV. Č.: 74, SEKV. Č.: 115, SEKV. Č.: 87, SEKV. Č.: 116, SEKV. Č.: 84, SEKV. Č.: 144, SEKV. Č.: 90, a SEKV. Č.: 130.
  15. 15. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 14, kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má koncové fenylalanínové zvyšky a C-koncový tyrozinový klaster, alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74, SEKV. Č.: 115, SEKV. Č.: 87, SEKV. Č.: 116, a SEKV. Č.: 84 a SEKV. Č.:144.
    253
  16. 16. Izolovaná nukleová kyselina podľa nároku 14, kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má koncové fenylalanínové zvyšky alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 89, SEKV. Č.: 118, SEKV. Č.: 108, SEKV. Č.: 110, SEKV. Č.: 80, SEKV. Č.; 112, SEKV. Č.· 128, SEKV. Č.: 91, SEKV. Č.: 92, SEKV. Č.: 101, SEKV. Č.: 103, SEKV. Č.: 125, SEKV. Č.: 127, SEKV. Č.: 129, a SEKV. Č.: 131.
  17. 17. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori sekrečný polypeptid alebo jeho fragment, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.; 72, SEKV. Č.: 32. SEKV. Č.; 51, SEKV. Č.: 2, SEKV. Č.: 4, SEKV. Č.: 9, SEKV. Č.: 13, SEKV. Č.: 22, SEKV. Č.: 29, SEKV. Č.: 31, SEKV. Č.: 33, SEKV. Č.: 34, SEKV. Č.: 36, SEKV. Č.: 38, SEKV. Č.: 40, SEKV. Č.; 41, SEKV. Č.; 44, SEKV. Č.; 46. SEKV. Č.; 49, SEKV. Č.; 53. SEKV. Č.: 59, SEKV. Č.: 61, SEKV. Č.: 62, SEKV. Č.: 63, SEKV. Č.: 65, SEKV. Č.: 66, SEKV. Č.: 67, a SEKV. Č.: 68, alebo jej komplement.
  18. 18. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H.
    pylori sekrečný polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 145, SEKV. Č.: 105, SEKV. Č.: 124, SEKV. Č.: 75, SEKV. Č.: 77, SEKV. Č.: 82, SEKV. Č.: 86. SEKV. Č.: 95, SEKV. Č.: 102,
    SEKV. Č.: 104, SEKV. Č.; 106, SEKV. Č.: 107, SEKV. Č.: 109, SEKV. Č.: 111,
    SEKV. Č.: 113, SEKV. Č.: 114, SEKV. Č.: 117, SEKV. Č.; 119, SEKV. Č.: 122,
    SEKV. Č.: 126, SEKV. Č.: 132, SEKV. Č.: 134, SEKV. Č.: 135, SEKV. Č.: 136,
    SEKV. Č.: 138, SEKV. Č.: 139, SEKV. Č.: 140, a SEKV. Č.: 141.
  19. 19. izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 12, SEKV. Č.: 15, SEKV. Č.: 20, SEKV. Č.: 23, SEKV. Č.: 24, SEKV. Č.: 26, SEKV. Č.: 27. SEKV. Č.: 47, SEKV. Č.: 50, SEKV. Č.: 60, SEKV. Č.: 64, SEKV. Č.: 69, SEKV. Č.: 70, a SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
    254
  20. 20. Izolovaná nukleová kyselina obsahujúca nukleotidovú sekvenciu kódujúcu H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment, ktorá je vybraná zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 85. SEKV. Č.: 88, SEKV. Č.: 93, SEKV. Č.: 96, SEKV. Č.: 97, SEKV. Č.: 99, SEKV. Č.: 100, SEKV. Č.: 120, SEKV. Č.: 123, SEKV. Č.: 133, SEKV. Č.: 137, SEKV. Č.: 142, SEKV. Č.: 143, a SEKV. Č.: 146.
  21. 21. Sonda obsahujúca nukleotidovú sekvenciu, ktorá pozostáva z najmenej 8 nukleotidov nukleotidovej sekvencie vybranej zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
  22. 22. Rekombinantný expresný vektor obsahujúci nukleovú kyselinu podfa ktoréhokoľvek z nárokov 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 12, 17, 18, 19 alebo 20, ktorá je operačne spojená s transkripčným regulačným elementom.
  23. 23. Bunka, vyznačujúca sa tým, že obsahuje rekombinantný expresný vektor podľa nároku 22.
  24. 24. Spôsob výroby H. pylori polypeptidu, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa kultiváciu buniek podľa nároku 23 v podmienkach, ktoré umožňujú expresiu polypeptidu.
  25. 25. Spôsob podľa nároku 24, vyznačujúci sa tým, že ďalej zahŕňa purifikáciu polypeptidu z bunky.
  26. 26. Spôsob detekovania prítomnosti Helicobacter nukleovej kyseliny vo vzorke, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa (a) uvedenie vzorky do kontaktu s nukleovou kyselinou podľa ktoréhokoľvek z nárokov 6 alebo 21 tak, aby sa mohol vytvoriť hybrid medzi sondou a Helicobacter nukleovou kyselinou vo vzorke; a (b) detekciu hybridu vytvoreného v kroku (a), pričom detekcia hybridu indikuje prítomnosť Helicobacter nukleovej kyseliny vo vzorke.
  27. 27. Izolovaný H. pylori polypeptid zahŕňajúci aminokyselinovú sekvenciu, ktorá je aspoň na približne 60% homologická H. pylori polypeptidom vybraným zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146.
  28. 28. Izolovaný H. pylori polypeptid, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou obsahujúcou nukleotidovú sekvenciu, ktorá je aspoň na približne 60%
    255 homologická s nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73.
  29. 29. Izolovaný H. pylori polypeptid podľa nároku 28, ktorý je kódovaný nukleotidovou sekvenciou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.:
  30. 30. Izolovaný H. pylori polypeptid, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou, ktorá hybrídizuje za prísnych hybridizačných podmienok s nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1 až SEKV. Č.: 73, alebo jej komplement.
  31. 31. Izolovaný H. pylori polypeptid obsahujúci aminokyselinovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146.
  32. 32. Izolovaný H. pylori bunkový alebo obalový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 76, SEKV. Č.: 98, SEKV. Č.: 121, SEKV. Č.: 89, SEKV. Č.: 83, SEKV. Č.: 118, SEKV. Č.: 108, SEKV. Č.: 110, SEKV. Č.: 80, SEKV. Č.: 112, SEKV. Č.: 128, SEKV. Č.: 91, SEKV. Č.: 92, SEKV. Č.: 101, SEKV. Č.: 103, SEKV. Č.: 125, SEKV. Č.: 127, SEKV. Č.: 129, SEKV. Č.: 131, SEKV. Č.: 74, SEKV. Č.: 115, SEKV. Č.: 87, SEKV. Č.: 116, SEKV. Č.: 84, SEKV. Č.: 144, SEKV. Č.: 90, SEKV. Č.: 130, SEKV. Č.: 78, SEKV. Č.: 79, SEKV. Č.: 81, a SEKV. Č.: 94.
  33. 33. Izolovaný polypeptid podľa nároku 32, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vnútorný membránový polypeptid alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 76, SEKV. Č.: 98, a SEKV. Č.: 121.
  34. 34. Izolovaný polypeptid podľa nároku 32, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 89, SEKV. Č.: 83, SEKV. Č.: 118, SEKV. Č.: 108, SEKV. Č.: 110, SEKV. Č.: 80, SEKV. Č.: 112, SEKV. Č.: 128, SEKV. Č.: 91, SEKV. Č.: 92, SEKV. Č.: 101, SEKV. Č.: 103, SEKV. Č.: 125, SEKV. Č.: 127, SEKV. Č.: 129, SEKV. Č.: 131, SEKV. Č.: 74,
    256
    SEKV. Č.: 115, SEKV. Č.: 87, SEKV. Č.: 116, SEKV. Č.: 84, SEKV. Č.: 144, SEKV. Č.: 90, a SEKV. Č.: 130.
  35. 35. Izolovaný polypeptid podľa nároku 34, kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenyfalanínový zvyšok a C-koncový tyrozínový klaster alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.; 74, SEKV. Č.: 115, SEKV. Č.; 87, SEKV. Č.: 116, SEKV. Č.: 84 a SEKV. Č.:144.
  36. 36. Izolovaný polypeptid podľa nároku 34, kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok alebo jeho fragment, vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.; 89, SEKV. Č.: 118, SEKV. Č.; 108, SEKV. Č.: 110, SEKV. Č.; 80, SEKV. Č.: 112, SEKV. Č.: 128, SEKV. Č.: 91, SEKV. Č.: 92, SEKV. Č.: 101, SEKV. Č.: 103, SEKV. Č.: 125, SEKV. Č.: 127, SEKV. Č.: 129, a SEKV. Č.: 131.
  37. 37. Izolovaný H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 3, SEKV. Č.: 25, SEKV. Č.: 48, SEKV. Č.: 16, SEKV. Č.: 10, SEKV. Č.: 45, SEKV. Č.: 35, SEKV. Č.: 37, SEKV. Č.: 7, SEKV. Č.: 39, SEKV. Č.; 55, SEKV.
    Č.: 18, SEKV. Č.: 19, SEKV. Č.: 28, SEKV. Č.: 30, SEKV. Č.: 52, SEKV. Č.: 54,
    SEKV. Č.: 56, SEKV. Č.: 58, SEKV. Č.: 1, SEKV. Č.: 42, SEKV. Č.: 14, SEKV.
    Č.: 43, SEKV. Č.: 11, SEKV. Č.: 71, SEKV. Č.: 17, SEKV. Č.: 57, SEKV. Č.: 5,
    SEKV. Č.: 6, SEKV. Č.: 8, a SEKV. Č.: 21.
  38. 38. Izolovaný polypeptid podľa nároku 37, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vnútorný membránový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 3, SEKV. Č.: 25, a SEKV. Č.: 48.
  39. 39. Izolovaný polypeptid podľa nároku 37, kde H. pylori bunkový obalový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 16, SEKV. Č.; 10, SEKV. Č.: 45, SEKV. Č.: 35,
    257
    SEKV. Č.: 37, SEKV. Č.: 7, SEKV. Č.: 39, SEKV. Č.: 55, SEKV. Č.: 18, SEKV. Č.: 19, SEKV. Č.: 28, SEKV. Č.: 30, SEKV. Č.: 52, SEKV. Č.: 54, SEKV. Č.: 56, SEKV. Č.: 58, SEKV. Č.: 1, SEKV. Č.: 42, SEKV. Č.: 14, SEKV. Č.: 43, SEKV. Č.: 11, a SEKV. Č.: 71.
  40. 40. Izolovaný polypeptid podľa nároku 39, kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok a C-koncový tyrozínový klaster, alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 1, SEKV. Č.: 42, SEKV. Č.: 14, SEKV. Č.: 43, SEKV. Č.: 11 a SEKV. Č.:71.
  41. 41. Izolovaný polypeptid podľa nároku 39, kde H. pylori vonkajší membránový polypeptid alebo jeho fragment je H. pylori polypeptid, ktorý má terminálny fenylalanínový zvyšok, alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 16, SEKV. Č.: 45, SEKV. Č.: 35, SEKV. Č.: 37, SEKV. Č.: 7, SEKV. Č.: 39, SEKV. Č.: 55, SEKV. Č.: 18, SEKV. Č.: 19, SEKV. Č.: 28, SEKV. Č.: 30, SEKV. Č.: 52, SEKV. Č.: 54, SEKV. Č.: 56, SEKV. Č.: 58.
  42. 42. Izolovaný H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 85, SEKV. Č.: 88, SEKV. Č.: 93, SEKV. Č.: 96, SEKV. Č.: 97, SEKV. Č.: 99, SEKV. Č.; 100, SEKV. Č.; 120, SEKV. Č.; 123, SEKV. Č.: 133, SEKV. Č.: 137, SEKV. Č.: 142, SEKV. Č.: 143, a SEKV. Č.: 146.
  43. 43. Izolovaný H. pylori bunkový polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 12, SEKV. Č.: 15, SEKV. Č.: 20, SEKV. Č.: 23, SEKV. Č.: 24, SEKV. Č.: 26, SEKV. Č.: 27, SEKV. Č.: 47, SEKV. Č.: 50, SEKV. Č.: 60, SEKV. Č.: 64, SEKV. Č.: 69, SEKV. Č.; 70, a SEKV. Č.: 73.
  44. 44. Izolovaný H. pylori sekrečný polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 145, SEKV. Č.: 105, SEKV. Č.: 124,
    258
    SEKV. Č.: 75, SEKV. Č.: 77, SEKV. Č.: 82, SEKV. Č.: 86, SEKV. Č.: 95, SEKV. Č.: 102, SEKV. Č.: 104, SEKV. Č.: 106, SEKV. Č.: 107, SEKV. Č.: 109, SEKV.
    Č.: 111, SEKV. Č.: 113, SEKV. Č.: 114, SEKV. Č.: 117, SEKV. Č.: 119, SEKV.
    Č.: 122, SEKV. Č.: 126, SEKV. Č.: 132, SEKV. Č.: 134, SEKV. Č.: 135, SEKV.
    Č.: 136, SEKV. Č.: 138, SEKV. Č.: 139, SEKV. Č.: 140, a SEKV. Č.: 141.
  45. 45. Izolovaný H. pylori sekrečný polypeptid alebo jeho fragment, ktorý je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 72, SEKV. Č.: 32, SEKV. Č.: 51, SEKV. Č.: 2, SEKV. Č.: 4, SEKV. Č.: 9, SEKV. Č.: 13, SEKV. Č.: 22, SEKV. Č.: 29, SEKV. Č.: 31. SEKV. Č.: 33, SEKV. Č.: 34, SEKV. Č.: 36, SEKV. Č.: 38, SEKV. Č.: 40, SEKV. Č.: 41, SEKV. Č.: 44, SEKV. Č.: 46, SEKV. Č.: 49, SEKV. Č.: 53, SEKV. Č.: 59, SEKV. Č.: 61, SEKV. Č.: 62, SEKV. Č.: 63, SEKV. Č.: 65. SEKV. Č.: 66, SEKV. Č.: 67, a SEKV. Č.: 68.
  46. 46. Fúzovaný proteín obsahujúci H. pylori polypeptid, ktorý obsahuje aminokyselinovú sekvenciu vybranú zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.; 74 až SEKV. Č.: 146, operatívne spojený s nie -H. pylori polypeptidom.
  47. 47. Vakcínový prípravok na profylaxiu alebo liečbu H. pylori infekcie, vyznačujúci sa tým, že obsahuje účinné množstvo aspoň jednej izolovanej nukleovej kyseliny podľa ktoréhokoľvek z nárokov 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7,12,17,18,19, alebo 20.
  48. 48. Vakcínový prípravok na profylaxiu alebo liečbu H. pylori infekcie, vyznačujúci sa tým, že obsahuje účinné množstvo aspoň jedného H. pylori polypeptidu alebo jeho fragmentu podľa ktoréhokoľvek z nárokov 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 37, 42, 43,44 alebo 45.
  49. 49. Vakcínový prípravok podľa nároku 47, vyznačujúci sa tým, že ďalej obsahuje farmaceutický prijateľný nosič.
  50. 50. Vakcínový prípravok podľa nároku 48, vyznačujúci sa tým, že ďalej obsahuje farmaceutický prijateľný nosič.
  51. 51. Vakcínový prípravok podľa nároku 49, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič obsahuje adjuvans.
    259
  52. 52. Vakcínový prípravok podľa nároku 50, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič obsahuje adjuvans.
  53. 53. Vakcínový prípravok podľa nároku 49, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič obsahuje dodávaci systém.
  54. 54. Vakcínový prípravok podľa nároku 50, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič obsahuje dodávaci systém.
  55. 55. Vakcínový prípravok podľa nároku 53, vyznačujúci sa tým, že dodávaci systém obsahuje živý vektor.
  56. 56. Vakcínový prípravok podľa nároku 54, vyznačujúci sa tým, že dodávaci systém obsahuje živý vektor.
  57. 57. Vakcínový prípravok podľa nároku 55, vyznačujúci sa tým, že živý vektor je baktéria alebo vírus.
  58. 58. Vakcínový prípravok podľa nároku 56, vyznačujúci sa tým, že živý vektor je baktéria alebo vírus.
  59. 59. Vakcínový prípravok podľa nároku 53, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič ďalej obsahuje adjuvans.
  60. 60. Vakcínový prípravok podľa nároku 54, vyznačujúci sa tým, že farmaceutický prijateľný nosič ďalej obsahuje adjuvans.
  61. 61. Spôsob liečby alebo zníženia rizika H. pylori infekcie subjektu, vyznačujúci sa tým, že sa subjektu podáva vakcínový prípravok podľa nároku 47, tak, že nastáva liečba alebo zníženie rizika H. pylori infekcie.
  62. 62. Spôsob liečby alebo zníženia rizika H. pylori infekcie subjektu, vyznačujúci sa tým, že sa subjektu podáva vakcínový prípravok podľa nároku 48, tak, že nastáva liečba alebo zníženie rizika H. pylori infekcie.
  63. 63. Spôsob výroby vakcínového prípravku, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa kombinovanie aspoň jedného izolovaného H. pylori polypeptidu alebo jeho
    260 fragmentu, vybraného zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146 s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvára vakcínový prípravok.
  64. 64. Spôsob výroby vakcínového prípravku, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa (a) poskytnutie aspoň jedného izolovaného H. pylori polypeptidu alebo jeho fragmentu vybraného zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146; a (b) kombinovanie aspoň jedného izolovaného H. pylori polypeptidu alebo jeho fragmentu s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvára vakcínový prípravok.
  65. 65. Spôsob výroby vakcínového prípravku, vyznačujúci sa tým, že zahŕňa (a) kultiváciu buniek v podmienkach, ktoré umožňujú expresiu H. pylori polypeptidu alebo jeho fragmentu, ktorý je vybraný zo skupiny pozostávajúcej zo SEKV. Č.: 74 až SEKV. Č.: 146; (b) izoláciu H. pylori polypeptidu z bunky; a (c) kombinovanie aspoň jedného izolovaného H. pylori polypeptidu alebo jeho fragmentu s farmaceutický prijateľným nosičom, čím sa vytvára vakcínový prostriedok.
SK346-99A 1996-10-28 1997-10-28 Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof SK34699A3 (en)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US73915096A 1996-10-28 1996-10-28
US75973996A 1996-12-06 1996-12-06
US89192897A 1997-07-14 1997-07-14
PCT/US1997/019575 WO1998018323A1 (en) 1996-10-28 1997-10-28 Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof

Publications (1)

Publication Number Publication Date
SK34699A3 true SK34699A3 (en) 2000-04-10

Family

ID=27419246

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
SK346-99A SK34699A3 (en) 1996-10-28 1997-10-28 Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof

Country Status (19)

Country Link
EP (1) EP0973394A4 (sk)
JP (1) JP2001504329A (sk)
KR (1) KR20000052831A (sk)
CN (1) CN1235513A (sk)
AR (1) AR009600A1 (sk)
AU (1) AU734052B2 (sk)
BR (1) BR9712587A (sk)
CA (1) CA2265523A1 (sk)
EE (1) EE9900176A (sk)
ID (1) ID22065A (sk)
IL (1) IL129397A0 (sk)
IS (1) IS5005A (sk)
NO (1) NO991995L (sk)
NZ (1) NZ334568A (sk)
PL (1) PL333169A1 (sk)
SA (1) SA98180918A (sk)
SK (1) SK34699A3 (sk)
TR (1) TR199900940T2 (sk)
WO (1) WO1998018323A1 (sk)

Families Citing this family (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6406703B1 (en) 1993-07-27 2002-06-18 Csl Limited Treatment of H. pylori associated gastroduodenal disease
KR100333113B1 (ko) * 1993-07-27 2002-11-27 시에스엘 리미티드 헬리코박터피롤리관련위십이지장질환의치료방법
DE19730425A1 (de) 1997-07-16 1999-01-21 Henkel Teroson Gmbh Heißhärtende wäschefeste Rohbau-Versiegelung
CA2336534A1 (en) * 1998-07-27 2000-02-10 Connaught Laboratories Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
SE9901548D0 (sv) * 1999-04-29 1999-04-29 Astra Ab Helicobacter pylori antigens
GB9914945D0 (en) * 1999-06-25 1999-08-25 Smithkline Beecham Biolog Novel compounds
AUPQ347199A0 (en) * 1999-10-15 1999-11-11 Csl Limited Novel polypeptide fragments
CN100482790C (zh) * 2000-03-08 2009-04-29 诺维信公司 具有改变的特性的变体
GB0010371D0 (en) * 2000-04-29 2000-06-14 Astrazeneca Ab Helicobacter pylori antigens
GB0010370D0 (en) * 2000-04-29 2000-06-14 Astrazeneca Ab Helicobacter pylori antigens
EP2695938B1 (en) 2011-03-17 2016-11-30 National UniversityCorporation Mie University Antibody production method
CN108495650A (zh) * 2015-12-14 2018-09-04 慕尼黑工业大学 幽门螺杆菌疫苗
CN115724922B (zh) * 2022-07-19 2023-08-22 四川大学华西医院 一种幽门螺杆菌疫苗重组蛋白抗原TonB及其制备方法与应用
CN115581201A (zh) * 2022-08-26 2023-01-10 云南省农业科学院花卉研究所 以茎段为外植体诱导的二倍体月季f1-61的植株再生方法

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
SE9300139L (sv) * 1993-01-19 1994-07-20 Medicarb Ab Framställning av ett nytt läkemedel

Also Published As

Publication number Publication date
PL333169A1 (en) 1999-11-22
TR199900940T2 (xx) 1999-09-21
ID22065A (id) 1999-08-26
IS5005A (is) 1999-03-18
NO991995D0 (no) 1999-04-27
KR20000052831A (ko) 2000-08-25
EP0973394A1 (en) 2000-01-26
SA98180918A (ar) 2005-12-03
NZ334568A (en) 2000-04-28
CA2265523A1 (en) 1998-05-07
WO1998018323A1 (en) 1998-05-07
NO991995L (no) 1999-06-28
IL129397A0 (en) 2000-02-17
AR009600A1 (es) 2000-04-26
CN1235513A (zh) 1999-11-17
AU5093398A (en) 1998-05-22
BR9712587A (pt) 1999-10-26
EP0973394A4 (en) 2005-03-30
JP2001504329A (ja) 2001-04-03
AU734052B2 (en) 2001-05-31
EE9900176A (et) 1999-12-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
ES2400280T3 (es) Antígenos de estreptococos
US7262024B2 (en) Streptococcus antigens
NZ553554A (en) Streptococcus antigens
AU2018201768A1 (en) Protein antigens that provide protection against pneumococcal colonization and/or disease
WO1996040893A1 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
IL190018A (en) Polypeptides that elicit an immune response against group B streptococcus and their encoding polynucleotides
US20040052799A1 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to Helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
AU734052B2 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof
US5807685A (en) OspE, OspF, and S1 polypeptides in Borrelia burgdorferi
JP2000125889A (ja) アクチノバチルス・プレウロニウモニアからのタンパク質
SK130598A3 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof
AU739641B2 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof
WO1999021959A2 (en) Helicobacter pylori vaccine formulations
WO1997019098A9 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
WO1997019098A1 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
CZ148399A3 (cs) Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin Helicobacter pylori a vakcinační prostředky
AU710880C (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
EP1950302B1 (en) Streptococcus antigens
CZ198899A3 (cs) Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin související s Helicobacter pylori a vakcínové kompozice z nich připravené
CA2223395A1 (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics
MXPA99004890A (en) Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori
AU2007207883A1 (en) Streptococcus antigens