CZ198899A3

CZ198899A3 - Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin související s Helicobacter pylori a vakcínové kompozice z nich připravené

Info

Publication number: CZ198899A3
Application number: CZ19991988A
Authority: CZ
Inventors: Douglas Smith; Richard A. Alm; Peter C. Doig; Zita Kabok; Lillian Marie Castriotta
Original assignee: Astra Aktiebolag
Priority date: 1997-12-05
Filing date: 1997-12-05
Publication date: 2000-03-15

Abstract

Rekombinantní nebo v zásadě čisté přípravky polypeptidů Hpylori anukleové kyseliny, které kódují uvedené polypeptidy HLpylori. Polypeptidy H.pylori jsou použitelné pro diagnostiku a přípravu vakcínových přípravků. Na obrázkuje znázorněn vztah aminokyselinových sekvencí pěti polypeptidů Hpylori.

Description

Oblast techniky

Vynález se týká sekvencí nukleových kyselin a aminokyselin souvisejících s Helicobacter pylori a vakcínových kompozic z nich připravených.

Dosavadní stav techniky

Helicobacter pylori je gram-negativní, mikroaerofilní bakterie ve tvaru písmene S, která byla objevena a kultivována z lidského gastrického bioptického vzorku. (Warren, J.R. a B. Marshall, (1983) Lancet 1: 1273-1275; a Marshall a kol., (1984) Mikrobios. Lett. 25: 83-88). H.

pylori byla dávána do silné souvislosti s chronickou gastritidou a vředovou chorobou dvanáctníku. (Rathbone a kol., (1986) Gut 27: 635-641). Kromě toho se shromažďují důkazy pro etiologickou roli H. pylori při nevředové dyspepsii, vředové chorobě žaludku a adenokarcinomu žaludku. (Blaser M. J., (1993) Trends Mikrobiol. 1: 255260) . Přenos bakterií nastává orální cestou a riziko infekce se zvyšuje s věkem. (Taylor, D.N. a M. J. Blaser, (1991) Epidemiol. Rev. 13: 42-50). H. pylori kolonizuje lidskou žaludeční sliznici a vytváří infekci, která obvykle přetrvává po desetiletí. Infekce H. pylori je celosvětově rozšířena. Vyvinuté země mají rozsah infekce přes 50% dospělé populace, zatímco v rozvojových zemích dosahuje rozsah infekce 90% dospělých osob ve věku nad 20 let.

• · (Hopkins R. J. a J. G. Morris (1994) Am. J. Med. 97: 265277) .

Bakteriální faktory, nutné pro kolonizaci gastrické oblasti a virulenci tohoto patogenu jsou jen málo známy. Příklady předpokládaných virulenčních faktorů zahrnují následující: ureáza, enzym, který může hrát roli v neutralizaci pH žaludečních kyselin (Eaton a kol., (1991) Infect. Imunol. 59: 2470-2475: Ferrero, R.L. a A. Lee (1991) Mikrob. Ecol. Hlth. Dis: 4: 121-134; Labigne a kol., (1991) J. Bakteriol. 173 : 1920-1931); bakteriální bičíkové proteiny, způsobující pohyblivost v slizniční vrstvě. (Házeli a kol., (1986) J. Inf. Dis. 153: 658-663; Leying a kol., (1992) Mol. Mikrobiol. 6: 2863-2874; a Haas a kol., (1993) Mol. Mikrobiol. 8: 753-760); Vac A, bakteriální toxin, který indukuje vytváření mezibuněčných vakuol v buňkách epitelu (Schmitt, W. a R. Haas, (1994) Molecular Mikrobiol. 12(2): 307-319); a některé adhesiny, specifické pro žaludeční tkáň. (Bořen a kol., (1993) Science 262: 1892- 1895; Evans a kol., (1993), J. Bakteriol. 175: 674-683; a Falk a kol., (1993) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 90: 2035-203).

Pro potírání infekcí Infekce H. pylori in vitro jsou v současné době k dispozici četná terapeutická činidla. (Huesca a kol., (1993) Zbl. Bakt. 280: 244-252; Hopkins, R. J. a J. G. Morris, supra). Mnoho z těchto způsobů léčení ale není optimálně účinných in vivo v důsledku bakteriální resistence, změněné distribuce léku, nespolupráce pacienta nebo špatné dostupnosti léku. (Hopkins, R. J. a J. G. Morris, supra). Léčba antibiotiky kombinovanými s vismutem představují část standardního režimu, který je používán při ···· 9, ·· ·· ·· • · · · · ···· • · · · · · · • · · · · ······ léčbě infekce H. pylori. (Malfertheiner, P. a J. E. Dominguez-Munoz (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B: 37-48) . V nedávné době bylo prokázáno, že kombinace inhibitorů protonových pump a jediného antibiotika zlepšuje dvanáctníkovou vředovou chorobu. (Malfertheiner, P. a J. E. Dominguez-Munoz supra). Způsoby používající antibiotická činidla však mohou narážet na problém bakteriálních kmenů, které jsou resistentní vůči těmto činidlům. (Hopkins, R. J. a J. G. Morris, supra). Tato omezení demonstrují, že je potřeba nových účinnějších způsobů pro potírání infekcí H. pylori in vivo. Konkrétně je vysoce žádoucí vývoj nových vakcin pro předcházení infekcí, způsobovaných touto bakterií.

Podstata vynálezu

Vynález se týká nových genů, například genů kódujících polypeptidy jako jsou bakteriální povrchové proteiny organismu Helicobacter pylori (H. pylori') a dalších vztahujících se genů, způsobů jejich výroby a jejich použití. Nukleové kyseliny a peptidy podle předloženého vynálezu jsou použitelné pro diagnostiku a léčení H. pylori a dalších druhů Helicobacter. Mohou také být používány pro detekci přítomnosti H. pylori a dalších druhů Helicobacter ve vzorku a pro třídění sloučenin vzhledem k jejich schopnosti interferovat s životním cyklem H. pylori nebo inhibovat infekci H. pylori. Konkrétněji se předložený vynález týká složení nukleových kyselin, odpovídajících celým kódujícím sekvencím proteinů H. pylori, v to počítaje povrchové nebo vylučované proteiny nebo jejich části,

• · · · · • ·· · ··· nukleových kyselin schopných vazby s mRNA proteinů H. pylori pro blokování translace proteinů a způsobů výroby proteinů H. pylori nebo jejich částí použitím syntézy peptidu a rekombinantních DNA technik. Předložený vynález se také týká protilátek a nukleových kyselin použitelných jako sond pro detekci infekce H. pylori. Kromě toho se předložený vynález týká vakcinových kompozic a způsobů pro ochranu proti infekci H. pylori nebo léčbu infekce H. pylori.

Detailní popis přiložených obrázků

Obrázek 1 znázorňuje průběh sekvence aminokyselin pěti proteinů H. pylori (znázorněných v jednopísměnovém kódu aminokyselin a označených jejich identifikačními čísly sekvencí aminokyselin; jsou znázorněny ve směru od N-konce ke C-konci, zleva doprava).

Obrázek 2 znázorňuje N-terminální část tří proteinů H. pylori (znázorněných v jednopísměnovém kódu aminokyselin a označených jejich identifikačními čísly sekvencí aminokyselin; jsou znázorněny ve směru od N-konce ke Ckonci, zleva doprava).

Detailní popis vynálezu

Jedním z předmětů vynálezu jsou rekombinantní nebo v zásadě čisté přípravky polypeptidu H. pylori, který má SEQ ID NO: 98. Vynález se týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má SEQ ID NO: 98, taková nukleová kyselina je obsažena v SEQ ID NO: 1.

• 9

· · ·

9 9 ·

999 999 ·

9· 9 9

Sekvence polypeptidů H. pylori podle předloženého vynálezu, které jsou zde popsány, jsou zahrnuty v Seznamu sekvencí a nukleové kyseliny kódující polypeptidy H. pylori podle předloženého vynálezu jsou zahrnuty v Seznam sekvencí.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 99, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 2.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 100, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 3.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 101, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 4.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 102, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 5.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 103, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 6.

····

* · 9 999999

9 9 9

9999999 99 99

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 104, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 7.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 105, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 8.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 106, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 9.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 107, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 10.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 108, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 11.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 109, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 12.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má ·· ·· • · 9 9 9 9 • 9 9 9 9

9 999 999

9 9

9999 99 99

sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 110, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 13.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 111, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 14.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 112, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 15.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 113, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 16.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 114, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 17.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 115, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 18.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 116, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 19.

·· ····

9··

9 99

9 9 • · • · • ····

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 117, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 20.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 118, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 21.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 119, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 22.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 120, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 23.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 121, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 24.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 122. jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 25.

« ·*·· ·· · φ · • · · • · · '··· ·· • ·· ·· ·· ·· · « · · · ♦ • · · « · · • · · «·· ··· • · · · ··· ··«· ·· ··

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 123, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 26.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 124. jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 27.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 125, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 28.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 126. jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 29.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 127, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 30,

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 128, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 31.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má • · • · ·

• * • · · ·

sekvenci kyselina

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové sekvenci kyselina aminokyselin SEQ ID NO: 129. jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 32.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 130, jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 33.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 131, jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 34.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 132, jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 35.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 133, jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 36.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 134, jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 37.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 135, jako je nukleové zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 38.

• · 9 ·

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové sekvenci kyselina dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 136, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 39.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 13 7, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 40.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 13 8, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 41.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 139, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 42.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 140, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO:43.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 141, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 44.

• ·

- 12 4

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové týká v zásadě čisté dalším předmětu se vynález kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 142, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 45.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 143, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 46.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 144, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 47.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 145, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 48.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 146, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 49.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 147, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 50.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má

- 13 sekvenci aminokyselin SEQ ID NO kyselina zahrnující nukleotidovou

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 149, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 52.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 150, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 53.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 151, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 54.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 152, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 55.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 153, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 56.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 154, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 57.

148, jako je nukleová sekvenci SEQ ID NO: 51.

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové sekvenci kyselina dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 155, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 58.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 156, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 59.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 157, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 60.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 158, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 61.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 159, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 62.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 160,. jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 63.

- 15 Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové dalším předmětu se vynález kyseliny kódující polypeptid aminokyselin SEQ ID NO: 161, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvencí SEQ ID NO: 64.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 162, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 65.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 163, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 66.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 164, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 67.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 165, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 68.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 166, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 69.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má týká v zásadě čisté H. pylori, který má • · sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 167, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 70.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 168, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 71.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 169, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 72.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 170, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 73.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 171, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 74.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 172, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 75.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 173, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 76.

• · « · «♦ · • · · · · • « ··· ··· • · ·

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové sekvenci kyselina dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 174, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 77.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 175, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 78.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 176, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 79.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 177, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 80.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 178, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 81.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 179, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 52.

Ve svém nukleové sekvenci kyselina

Ve svém nukleové dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 180, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 83.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 181, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 84.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 182, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 85.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 183, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 86.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 184, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 87.

dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má aminokyselin SEQ ID NO: 185, jako je nukleová zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 8 .

- 19 9 · 9 9 9

9 ·· ► 9 9 · » · * · · « · « ·

9 9 9 sekvenci aminokyselin SEQ ID NO kyselina zahrnující nukleotidovou

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 187, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 90.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 188, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 91.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 18 9, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 92.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 190, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 93.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 191, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 94.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 192, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 95.

: 186, jako je nukleová sekvenci SEQ ID NO: 89.

• «

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 193, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 96.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká v zásadě čisté nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 194, jako je nukleová kyselina zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 97.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolované nukleové kyseliny, která má nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori, která je alespoň na 60% homologická se sekvencí aminokyselin, zvolené ze souboru zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194.

Ve výhodném provedení isolovaná nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolované nukleové kyseliny, která má nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98 - SEQ ID NO: 194.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolované nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid H. pylori, který má nukleotidovou sekvenci alespoň na 60% homologickou s nukleotidovou sekvencí zvolenou ze souboru, zahrnujícího

SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká molekuly isolované nukleové kyseliny kódující polypeptid H. pylori, která má nukleotidovou sekvenci, která hybridizuje za stringentních (strohých) hybridizačních podmínek s molekulou nukleové kyseliny, která má nukleotidovou sekvenci, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolované nukleové kyseliny, která má nukleotidovou sekvenci o délce alespoň 8 nukleotidů, přičemž sekvence hybridizuje za stringentních hybridizačních podmínek s nukleovou kyselinou, která má nukleotidovou sekvenci zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, nukleová kyselina zvolená ze

souboru, zahrnujícího SEQ ID	NO:	63,	SEQ	ID NO:	7,	SEQ	ID
NO: 8, SEQ ID NO: 9. SEQ ID NO:	13,	SEQ	ID NO:	14,	SEQ	ID
NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID	NO:	27,	SEQ	ID NO:	28,	SEQ	ID
NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID	NO:	61,	SEQ	ID NO:	79,	SEQ	ID
NO: 80, SEQ ID NO: 84, SEQ ID	NO:	85,	SEQ	ID NO:	91,	SEQ	ID
NO: 94, SEQ ID NO: 5, SEQ ID	NO:	11,	SEQ	ID NO:	26,	SEQ	ID
NO: 36, SEQ ID NO: 42, SEQ ID	NO:	52,	SEQ	ID NO:	22,	SEQ	ID
NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID	NO:	65,	SEQ	ID NO:	66,	SEQ	ID
NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID	NO:	17,	SEQ	ID NO:	18,	SEQ	ID
NO: 19, SEQ ID NO: 43, SEQ ID	NO:	44,	SEQ	ID NO:	38,	SEQ	ID
NO: 39, SEQ ID NO: 1, SEQ ID	NO:	2,	SEQ	ID NO:	6,	SEQ	ID
NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO	: 60	, SEQ ID NO	: 69	a SEQ

ID NO: 83 nebo její komplement.

• · · fl ♦

V jednom provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou, která má nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 63 nebo jejím komplementem.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 38 a SEQ ID NO: 39 nebo její komplement.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43 a SEQ ID NO: 44 nebo její komplement.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ

ID NO:	7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9,	SEQ	ID NO:	13,	SEQ	ID
NO: 14,	SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24,	SEQ	ID NO:	27,	SEQ	ID
NO: 28,	SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51,	SEQ	ID NO:	61,	SEQ	ID
NO: 79,	SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 84,	SEQ	ID NO:	85,	SEQ	ID

- 23 » 9 9 <

> · · «

99· 991

I

NO:	91,	SEQ	ID	NO: 94, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 11,	SEQ	ID
NO:	26,	SEQ	ID	NO: 36, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 52,	SEQ	ID
NO:	22,	SEQ	ID	NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 65	a	SEQ
ID	NO:	66 nebo	její komplement.

V jiném provedení předloženého vynálezu polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru,

ID NO:

ID NO: ID NO:

ID NO:

11, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 52, SEQ ID NO

) I	:d no	: 8, SEQ	ID	NO:	9,	SEQ
ID	NO:	14, SEQ	ID	NO:	23,	SEQ
ID	NO:	27, SEQ	ID	NO:	28.	SEQ
ID	NO:	50, SEQ	ID	NO:	51,	SEQ
ID	NO:	79, SEQ	ID	NO:	80,	SEQ
Q	ID NO: 91 a	SEQ ID	NO:	94

nebo její komplement.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum a Ckoncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1 1, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42 a SEQ ID NO: 52 nebo její komplement.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, zvolená ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO:

··

4 · 4 · · » · 4

4 444 444 · · «4 4 « 4 · «

-24-.

176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 166 a SEQ ID NO: 1 80.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 160.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. vnitřní membrány H.

pylori nebo jeho fragment polypeptid pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135 a SEQ ID NO: 136.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116. SEQ ID NO: 140 a SEQ ID NO: 141.

V jiném buněčného provedení obalu H.

předloženého vynálezu je pylori nebo jeho fragment polypeptid polypeptid • 999

··

9 9 9

9 9 · • 999 999

9 vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162 a SEQ ID NO: 163.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188 a SEQ ID NO: 191.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum a Ckoncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139 a SEQ ID NO: 149.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, kde nukleová kyselina je zvolená

4 4 4 4

4 444 444

4 ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 92 a SEQ ID NO: 93 nebo její komplement.

V jednom provedení předloženého vynálezu polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se mRNA translace, kde nukleová kyselina je zvolena ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57 a SEQ ID NO: 58 nebo její komplement.

V jiném provedení předloženého vynálezu polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav, kde nukleová kyselina je zvolena ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87 nebo její komplement.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 189 a SEQ ID NO: 190.

V jednom provedení předloženého vynálezu je polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se mRNA translace, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154 a SEQ ID NO: 155.

• · · · ·· ·

• · · · · • · · · · • 9 99· ··♦ · ·

999 ·· ··

V jiném provedení předloženého vynálezu polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 183 a SEQ ID NO: 184.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, nukleová kyselina je zvolená ze

souboru

, za

hrn

uj íc

:ího SEQ

ID

NO:

3,

SEQ

ID

NO:

4, SEQ

ID

NO:

10,

SEQ

ID

NO:

12, SEQ

ID

NO:

20,

SEQ

ID

NO:

25, SEQ

ID

NO:

31,

SEQ

ID

NO:

32, SEQ

ID

NO:

45,

SEQ

ID

NO:

46, SEQ

ID

NO:

53

SEQ

ID

NO:

64, SEQ

ID

NO:

67,

SEQ

ID

NO:

70, SEQ

ID

NO:

77,

SEQ

ID

NO:

78, SEQ

ID

NO:

81,

SEQ

ID

NO:

82, SEQ

ID

NO: 90, SEQ ID NO: 95 a SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 150 SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 192 a SEQ ID NO: 194.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, nukleová kyselina je zvolená ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 40, SEQ ID • ·· » • · ·· ·· » · · · » · · 9 ··· 999

9 • · ··

NO:

41, SEQ

ID

NO:

47, SEQ

ID

NO:

54,

SEQ

ID

NO:

55,

SEQ

ID

NO:

56 SEQ

ID

NO:

59, SEQ

ID

NO:

62,

SEQ

ID

NO:

68,

SEQ

ID

NO:

71, SEQ

ID

NO:

72, SEQ

ID

NO:

73,

SEQ

ID

NO:

74,

SEQ

ID

NO: 75, SEQ ID NO: 76 a SEQ ID NO: 96 nebo její komplement.

Obzvláště výhodná je isolovaná nukleová kyselina, která má nukleotidovou sekvenci kódující buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173 a SEQ ID NO: 193.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká sondy, která má nukleotidovou sekvenci sestávající z alespoň 8 nukleotidů nukleotidové sekvence zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolovaného polypeptidu H. pylori, který má sekvenci aminokyselin alespoň na 60% homologická s polypeptidem H. pylori, zvoleným ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolovaného polypeptidu H. pylori, který je kódován nukleovou kyselinou, která má nukleotidovou sekvenci alespoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvencí, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97.

·«·· ··· • · ··

V jednom provedení předloženého vynálezu je isolovaný polypeptid H. pylori kódován nukleotidovou sekvencí, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 .

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolovaného polypeptidu H. pylori, který je kódován nukleovou kyselinou, která hybridizuje za stringentních hybridizačních podmínek s nukleovou kyselinou, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká isolovaného polypeptidu H. pylori, který má sekvenci aminokyselin zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 97-SEQ ID NO: 194 .

Obzvláště výhodný je isolovaný polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je zvolen ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 145. SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO:

···· ·· ··

9 9 9

99· ·*·

- 30 99 99

131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 166 a SEQ ID NO: 180.

V jednom provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment, který má sekvenci aminokyselin SEQ ID NO: 160.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135 a SEQ ID NO: 136.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: I 15, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135 a SEQ ID NO: 136.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO.: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188,

SEQ ID NO: 191,	SEQ	ID NO: 102,	SEQ	ID NO: 108, SEQ	ID NO:
123, SEQ ID NO:	133,	SEQ ID NO:	139,	SEQ ID NO: 149,	SEQ ID
NO: 119, SEQ ID	NO:	126, SEQ ID	NO:	127, SEQ ID NO:	162 a
SEQ ID NO: 163.

Obzvláště výhodný je isolovaný polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je kódován nukleovou kyselinou, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ

ID	NO: 63,	SEQ	ID	NO: 7, SEQ ID NO: 8,	SEQ	ID NO:	9, SEQ	ID
NO:	13, SEQ	ID	NO:	14, SEQ	ID	NO: 23,	SEQ	ID	NO:	14. SEQ	ID
NO:	27, SEQ	ID	NO:	28, SEQ	ID	NO: 50,	SEQ	ID	NO:	51, SEQ	ID
NO:	61, SEQ	ID	NO:	79, SEQ	ID	NO: 80,	SEQ	ID	NO:	84, SEQ	ID
NO:	85, SEQ	ID	NO:	91, SEQ	ID	NO: 94,	SEQ	ID	NO:	5, SEQ	ID
NO:	11, SEQ	ID	NO:	26, SEQ	ID	NO: 36,	SEQ	ID	NO:	42, SEQ	ID

• · · ·

NO:

52,

SEQ

ID

NO:

22, SEQ

ID

NO:

29,

SEQ

ID

NO:

30,

SEQ

ID

NO:

65,

SEQ

ID

NO:

66, SEQ

ID

NO:

48,

SEQ

ID

NO:

49,

SEQ

ID

NO:

17,

SEQ

ID

NO:

18, SEQ

ID

NO:

19,

SEQ

ID

NO:

43,

SEQ

ID

NO:

44,

SEQ

ID

NO:

38, SEQ

ID

NO:

39,

SEQ

IE

> NO:

1,

SEQ

ID

NO:

2,

SEQ

ID

NO:

6, SEQ I

D K

[0:

34,

SEQ :

ID

NO:

35,

SEQ

ID

NO:

60

a SEQ ID NO

: 69, SEQ

ID

' NO

: 83

V jednom provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou, která má nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 63.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43. SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 38 a SEQ ID NO: 39.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43 a SEQ ID NO: 44.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment polypeptid

4

4 4 4 4 4 4 • a * • 4444 ·* *<

vnější membrány H.

pylori nebo jeho fragment, kódovaný

nukleovou kyselinou zvolenou	ze	souboru,	zahrnuj ícího	SEQ
ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ IE	NO	: 9, SEQ	ID NO: 13, SEQ	ID
NO: 14, SEQ ID NO: 23, SEQ ID	NO:	24, SEQ	ID NO: 27, SEQ	ID
NO: 28, SEQ ID NO: 50, SEQ ID	NO:	51, SEQ	ID NO: 61, SEQ	ID
NO: 79, SEQ ID NO: 801 SEQ ID	NO:	84, SEQ	ID NO: 85, SEQ	ID
NO: 91, SEQ ID NO: 94, SEQ ID	NO:	5, SEQ	ID NO: 11, SEQ	ID
NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID	NO:	42, SEQ	ID NO: 52, SEQ	ID
NO: 22, SEQ ID NO: 29, SEQ ID	NO	: 30, SEQ ID NO: 65 a	SEQ

ID NO: 66.

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru,

zahrnujícího SEQ	ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ	ID NO:	9,	SEQ
ID NO: 11, SEQ ID	NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ	ID NO:	23,	SEQ
ID NO: 24, SEQ ID	NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ	ID NO:	28,	SEQ
ID NO: 36, SEQ ID	NO: 42, SEQ ID NO: 50, SEQ	ID NO:	51,	SEQ
ID NO: 52, SEQ ID	NO: 61, SEQ ID NO 79, SEQ	ID NO:	80,	SEQ
ID NO: 84, SEQ ID	NO: 85, SEQ ID NO: 91 a SEQ	ID NO:	94

V jiném provedení předloženého vynálezu je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum a Ckoncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42 a SEQ ID NO: 52.

Obzvláště výhodný je isolovaný polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je zvolen ze • 9 9 · · · φ ϋ 9 99···· • 9 · ·

9999999 ·« ·· souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155. SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 189 a SEQ ID NO: 190.

V jiném provedení je polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se mRNA translace, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154 a SEQ ID NO: 155.

V jiném provedení je polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav, zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 153 a SEQ ID NO: 184.

Obzvláště výhodný je isolovaný polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, . kde polypeptid je kódován nukleovou kyselinou, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 92 a SEQ ID NO: 93.

V jednom provedení je polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se mRNA translace, kde polypeptid je kódován nukleovou kyselinou, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57 a SEQ ID NO: 58.

V jiném provedení je polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav, kde polypeptid je kódován nukleovou kyselinou, ·»· · zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 86 a SEQ ID NO: 87.

Obzvláště výhodný je isolovaný buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je zvolen ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO:

118, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 137, SEQ ID

NO: 138, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 156. SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO:

165, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID

NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173 a SEQ ID NO: 193.

Obzvláště výhodný je isolovaný buněčný polypeptid H. pylori

nebe	jeho fragment,	kde	polypeptid je kódován	nukleovou
kyselinou, zvolenou ze	ϊ souboru, zahrnujícího SEQ	ID NO: 15,
SEQ	ID NO: 16, SEQ ID	NO:	21. SEQ ID NO: 33, SEQ	ID NO: 37,
SEQ	ID NO: 40, SEQ ID	NO:	41, SEQ ID NO: 47, SEQ	ID NO: 54,
SEQ	ID NO: 55, SEQ ID	NO:	56 SEQ ID NO: 59, SEQ	ID NO: 62,
SEQ	ID NO: 68, SEQ ID	NO:	71, SEQ ID NO: 72, SEQ	ID NO: 73,
SEQ	ID NO: 74, SEQ IC	) NO:	: 75, SEQ ID NO: 76 a	SEQ ID NO:
96.
Obzvláště výhodný je	isolovaný vylučovaný polypeptid H.
pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je	zvolen ze
souboru, zahrnujícího	SEQ	ID NO: 100, SEQ ID NO	: 101, SEQ

ID NO: 107, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 150 SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 192 a SEQ ID NO: 194 .

• · · · • · 9 9 9 9

9 9 •

9 • 9

9 9 9 · 9

Obzvláště výhodný je isolovaný vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je kódován nukleovou kyselinou, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ

ID	NO:	3,	SEQ	ID	NO:	4, SEQ ID NO: 10,	SEQ	ID	NO	12,	SEQ
ID	NO:	20,	SEQ	ID	NO:	25, SEQ ID NO: 31,	SEQ	ID	NO	: 32,	SEQ
ID	NO:	45,	SEQ	ID	NO:	46, SEQ ID NO: 53	SEQ	ID	NO	: 64,	SEQ
ID	NO:	67,	SEQ	ID	NO:	70, SEQ ID NO: 77,	SEQ	ID	NO	: 78,	SEQ
ID	NO:	81,	SEQ	ID	NO:	82, SEQ ID NO: 9	0, S	EQ	ID	NO:	95 a
SEQ	ID	NO:	97 .

Ve svém dalším předmětu se vynález týká chimerního polypeptidů H. pylori, zahrnujícího alespoň dva polypeptidy H. pylori nebo jejich fragmenty, kde polypeptidy jsou kódovány sekvencemi nukleových kyselin, zvolenými ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO:97.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká chimerního polypeptidů H. pylori, zahrnujícího alespoň dva polypeptidy H. pylori nebo jejich fragmenty, kde polypeptidy jsou zvoleny ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO:98-SEQ ID NO:194.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká fúzovaného proteinu, zahrnujícího polypeptid H. pylori, který obsahuje sekvenci aminokyselin, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194 operativně vázaný na polypeptid, který nepochází od H. pylori.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká vakcinového přípravku pro profylaxi nebo terapii infekce H. pylori, obsahujícího účinné množství alespoň jedné isolované nukleové kyseliny podle předloženého vynálezu.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká vakcinového přípravku pro profylaxi nebo terapii infekce H. pylori, obsahující účinné množství alespoň jednoho polypeptidů H. pylori podle předloženého vynálezu.

Vakcinový přípravek podle předloženého vynálezu dále výhodně zahrnuje farmaceuticky přijatelný nosič.

V jednom provedení předloženého vynálezu farmaceuticky přijatelný nosič obsahuje adjuvans. V jiném provedení předloženého vynálezu farmaceuticky přijatelný nosič obsahuje podávači systém, například živý vektor, například bakterii nebo virus. V jiném provedení předloženého vynálezu farmaceuticky přijatelný nosič obsahuje jak adjuvans, tak i podávači systém.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsobu léčení nebo snížení rizika infekce H. pylori u subjektu. Způsob zahrnuje podávání vakcinového přípravku podle předloženého vynálezu subjektu tak, že dochází k léčbě nebo snížení rizika infekce H. pylori.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsobu výroby vakcinového přípravku podle předloženého vynálezu. Způsob zahrnuje kombinaci alespoň jednoho isolovaného polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu, zvoleného ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194 s farmaceuticky přijatelným nosičem pro vytvoření vakcinového přípravku.

• · φ · • · · «

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsob výroby vakcinového přípravku podle předloženého vynálezu. Způsob zahrnuje kultivaci buňky za podmínek, které umožňují expresi polypeptidu H. pylori nebo jeho fragmentu, zvoleného ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194; izolaci polypeptidu H. pylori z buňky; a kombinaci alespoň jednoho isolovaného polypeptidu H. pylori nebo jeho fragmentu s farmaceuticky přijatelným nosičem pro vytvoření vakcinového přípravku.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká libovolného individuálního členu výše uvedených skupin polypeptidů H. pylori nebo nukleové kyseliny kódující takový člen výše uvedených skupin polypeptidů H. pylori.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká nukleové kyseliny schopné vazby mRNA organismu H. pylori. Taková nukleová kyselina je schopná působit jako netemplátová nukleová kyselina pro řízení translace mRNA organismu H. pylori. Další předmět vynálezu se týká nukleové kyseliny, která je schopný vazby specificky k nukleové kyselině H. pylori. Tyto nukleové kyseliny se v tomto textu také označují jako komplementy a jsou použitelné jako sondy a jako záchytné reagenty.

Ve svém systému, nukleové zahrnuj e dalším předmětu se vynález týkán expresivního zahrnujícího otevřený čtecí rámec odpovídající kyselině H. pylori. Nukleová kyselina dále řídící sekvenci slučitelnou s zamýšleným • fl · · • fl flfl flfl fl flflflfl • flflflfl •fl · « · ····«· flflfl · · ···♦··· flfl · · hostitelem. Expresivní systém je použitelný pro přípravu polypeptidů, odpovídajících nukleové kyselině H. pylori.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká buňky, transformované expresivním systémem pro produkci polypeptidů H. pylori.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsobů vytváření protilátek proti polypeptidům H. pylori, které jsou schopné vazby specificky k polypeptidům H. pylori. Takové protilátky jsou použitelné jako reagenty pro imunologické testy pro určení množství a distribuce antigenů specifických na H. pylori.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsobu vytváření vakcín pro imunizaci individua proti H. pylori. Vakcinační způsob zahrnuje: imunizaci subjektu alespoň jedním polypeptidem H. pylori podle předloženého vynálezu, například povrchovým nebo vylučovaným polypeptidem nebo jeho aktivní částí a farmaceuticky přijatelný nosič. Takové vakcíny mají terapeutické a/nebo profylaktické použití.

Ve svém dalším předmětu vynález přináší způsob vytváření vakcíny, zahrnující modifikovaný ímunogenní polypeptid H. pylori, například povrchový nebo vylučovaný polypeptid nebo jeho aktivní část a farmakologicky přijatelný nosič.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsobu zhodnocení, zda sloučenina, například polypeptid, například fragment polypeptidů hostitelské buňky, má schopnost vázat polypeptid H. pylori. Způsob zahrnuje: kontakt kandidující • ·

- 40 * sloučeniny s polypeptidem H. pylori a určení, zda sloučenina váže nebo jiným způsobem interaguje s polypeptidem H. pylori. Sloučeniny, které váží H. pylori jsou kandidáti na aktivátory nebo inhibitory bakteriálního životního cyklu. Takové testy mohou být prováděny in vitro nebo in vivo.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká způsobu zhodnocení, zda sloučenina, například polypeptid, například fragment polypeptidu hostitelské buňky, má schopnost vázat nukleovou kyselinu H. pylori, například DNA nebo RNA. Způsob zahrnuje: kontakt kandidující sloučeniny s nukleovou kyselinou H. pylori a určení, zda sloučenina váže nebo jiným způsobem interaguje s polypeptidem H. pylori. Sloučeniny, které váží H. pylori jsou kandidáti na aktivátory nebo inhibitory bakteriálního životního cyklu. Takové testy mohou být prováděny in vitro nebo in vivo.

Vynález se týká polypeptidu H. pylori, výhodně v zásadě čistého přípravku polypeptidu H. pylori, nebo rekombinantního polypeptidu H. pylori. Ve výhodných provedeních: polypeptid je biologicky aktivní; polypeptid má aminokyselinovou sekvenci, která je alespoň na 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98%, nebo 99% identická nebo homologická sekvenci aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, výhodně je alespoň 65% sekvence identické se sekvencí aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí a nejvýhodněji je alespoň 92% až přibližně 99% sekvence identické se sekvencí aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí; polypeptid má sekvenci aminokyselin v

99

9 9 9 9 9

9 9 9 9 » · 999 999

9 9

99999 99 99

zásadě stejnou jako je sekvence aminokyselin podle předloženého vynálezu obsažená v Seznamu sekvencí; polypeptid má délku alespoň 5, 10, 20, 50, 100 nebo 150 aminokyselinových zbytků; polypeptid obsahuje alespoň 5, výhodně alespoň 10, výhodněji alespoň 20, výhodněji alespoň 50, 100, nebo 150 po sobě jdoucích aminokyselinových zbytků podle předloženého vynálezu, obsažených v Seznamu sekvencí. V ještě dalším výhodném provedení je v předloženém vynálezu zahrnuta také aminokyselinová sekvence, která se liší ve své sekvenční identitě o přibližně 7% až 8% od aminokyselinové sekvence H. pylori podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí.

Ve výhodných provedeních: polypeptid H. pylori je kódován nukleovou kyselinou podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí nebo nukleovou kyselinou, která je alespoň na 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98%, nebo 99% homologická s nukleovou kyselinou podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení se uvažovaný polypeptid H. pylori se liší v sekvenci aminokyselin v 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytcích od sekvence podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí. Rozdíly jsou však takové, že polypeptid H. pylori vykazuje biologickou aktivitu H. pylori, například si polypeptid H. pylori uchovává biologickou aktivitu ke které dochází u polypeptidu H. pylori.

Ve výhodných provedeních polypeptid obsahuje celou sekvenci nebo fragment sekvence aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí; fúzovanou ve čtecím rámci k dodatečným aminokyselinovým zbytkům, výhodně ke • 9 · ·

zbytkům, kódovaným genomickou DNA 5' nebo 3' ke genomické DNA, která kóduje sekvenci podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí.

V ještě dalších výhodných provedeních je polypeptid H. pylori rekombinantní fúzovaný protein, který má jako první část polypeptid H. pylori a jako druhou část polypeptid, například jako druhou část polypeptid, který má sekvenci aminokyselin nevztahující se k H. pylori. Druhá část polypeptidu může být například jakákoli glutathion-Stransferáza, DNA vazebná oblast nebo polymerázová aktivační oblast. Ve výhodném provedení fúzovaný protein může být použit ve dvouhybridovém testu.

Polypeptidy podle předloženého vynálezu zahrnují polypeptidy, které vzniknou jako výsledek alternativních transkripčních událostí, alternativních RNA sestřihových událostí a alternativních translačních a postranslačních událostí.

komponent, pylori v je přitom

Předložený vynález se také týká imunogenních které obsahují alespoň jeden polypeptid H. imunogenním přípravku; imunogenní komponenta schopná vyvolat imunologickou odezvu specifickou pro polypeptid H. pylori, například humorální odezvu, protilátkovou odezvu, nebo buněčnou odezvu. Ve výhodných provedeních imunogenní složky zahrnují alespoň jeden antigenní determinant z polypeptidu podle předloženého vynálezu, obsažený v Seznamu sekvencí.

• ···· * ·· • · · · · · · • » · ·

Ve svém dalším předmětu vynález přináší v zásadě čistou nukleovou kyselinu, která má nukleotidovou sekvenci, která kóduje polypeptid H. pylori.

Ve výhodných provedeních: kódovaný polypeptid má biologickou aktivitu; kódovaný polypeptid má sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98%, nebo 99% homologická se sekvencí aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí; kódovaný polypeptid má sekvenci aminokyselin v zásadě stejnou jako je sekvence aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsažená v Seznamu sekvencí; kódovaný polypeptid má délku alespoň 5, 10, 20, 50, 100, nebo 150 aminokyselin; kódovaný polypeptid zahrnuje alespoň 5, výhodně alespoň 10, výhodněji alespoň 20, výhodněji alespoň 50, 100, nebo 150 po sobě jdoucích aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsažených v Seznamu sekvencí.

Ve výhodných provedeních: nukleová kyselina podle předloženého vynálezu je nukleová kyselina, obsažená v Seznamu sekvencí; nukleová kyselina je alespoň na 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98%, nebo 99% homologická s nukleovou kyselinou sekvence podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení se kódovaný polypeptid H. pylori liší (například aminokyselinovou substitucí, adicí nebo delecí alespoň jednoho aminokyselinového zbytku) ve své sekvenci aminokyselin v 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytcích od sekvence podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí. Rozdíly jsou však takové, že: kódovaný polypeptid vykazuje biologickou aktivitu H. pylori, například kódovaný ···· ·· · ··· enzym H. pylori si uchovává biologickou aktivitu přírodně se vyskytujícího enzymu H. pylori.

Ve výhodných provedeních kódovaný polypeptid obsahuje celou sekvenci aminokyselin podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí nebo její fragment; je fúzován ve čtecím rámci k dodatečným aminokyselinovým zbytkům, výhodně ke zbytkům kódovaným genomickou DNA 5' nebo 3' ke genomické DNA, která kóduje sekvenci podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí.

Ve výhodných provedeních uvažovaná nukleová kyselina H. pylori zahrnuje transkripční regulační sekvence, například alespoň jeden transkripční promotorovou nebo transkripční zesilovačovou sekvenci, operativně vázanou ke genové sekvenci H. pylori, například aby učinila genovou sekvenci H. pylori vhodnou pro expresi v rekombinantní hostitelské buňce.

V ještě dalším výhodném provedení nukleová kyselina, která kóduje polypeptid H. pylori podle předloženého vynálezu, hybridizuje za stringentních podmínek se sondou, tvořenou nukleovou kyselinou, odpovídající alespoň 8 po sobě jdoucích nukleotidů podle předloženého vynálezu podle Seznamu sekvencí; výhodněji s alespoň 12 po sobě jdoucími

nukleotidy	podle	předloženého	vynálezu	podle	Seznamu
sekvencí;	výhodněji s alespoň	20	PO	sobě	j doucími
nukleotidy	podle	předloženého	vynálezu	podle	Seznamu
sekvencí;	výhodněji s alespoň	40	PO	sobě	j doucími
nukleotidy	podle	předloženého	vynálezu	podle	Seznamu

sekvencí.

• · · ·

Ve výhodném provedení nukleová kyselina kóduje peptid, který se liší v alespoň jednom aminokyselinovém zbytku od sekvencí podle předloženého vynálezu, obsažených v Seznamu sekvencí.

Ve výhodném provedení se nukleová kyselina liší v alespoň jednom nukleotidu od nukleotidové sekvence podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, která kóduje aminokyseliny podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí.

Ve svém dalším předmětu vynález zahrnuje: vektor obsahující nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid H. pylori nebo variantu polypeptidů H. pylori, jak bylo popsáno výše; hostitelskou buňku transfektovanou vektorem; a způsob výroby rekombinantního polypeptidů H. pylori nebo varianty polypeptidů H. pylori; zahrnuje kultivaci buňky, například v buněčném kultivačním médiu a izolaci polypeptidů H. pylori nebo varianty polypeptidů H. pylori, například z buňky nebo z buněčného kultivačního média.

Ve svém dalším předmětu se vynález týká purifikované rekombinantní nukleové kyseliny, která je alespoň na 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98%, nebo 99% homologická se sekvencí podle předloženého vynálezu, obsaženou v Seznamu sekvencí.

Předložený vynález se také týká sondy nebo primeru, které zahrnují v zásadě purifikovaný oligonukleotid. Oligonukleotid obsahuje oblast nukleotidové sekvence, která hybridizuje za stringentních podmínek s alespoň 8 po sobě • · » « jdoucími nukleotidy templátové nebo netemplátové podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu nebo s jejich přirozeně se vyskytujícím mutantem. Ve výhodném provedení sonda nebo primer dále obsahuje označenou skupinu, která je k nim obsažená. Označená skupina může být například radioisotop, fluorescenční sloučenina, enzym a/nebo enzymový kofaktor. Výhodně je délka oligonukleotidu alespoň 8 a méně než 10, 20, 30, 50, 100, nebo 150 nukleotidů.

Předložený vynález se také týká isolovaného polypeptidu H. pylori, který je kódován nukleovou kyselinou, která hybridizuje za stringentních hybridizačních podmínek s nukleovou kyselinou, obsaženou v Seznamu sekvencí.

Předložený vynález se také týká nukleové kyseliny, například RNA nebo DNA, kódující polypeptid podle předloženého vynálezu. Tato nukleová kyselina může být dvojvláknová nukleová kyselina stejně tak jako templátové a netemplátové jednoduché vlákno.

kmen H. pylori, ze kterého byly genomické sekvence sekvenovány, byl uložen v American Type Culture Collection (ATCC # 55679; uložila Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) jako kmen HP-J99.

Ve vynálezu jsou zahrnuty: allelické variace; přirození mutanti; indukovaní mutanti; proteiny kódované DNA, která hybridizuje za vysoce nebo málo stringentních (strohých) podmínek s nukleovou kyselinou, která kóduje polypeptid podle předloženého vynálezu, obsažený v Seznamu sekvencí (pro definice vysoce nebo nízko stringentních podmínek viz sekvence sekvencí ·· • · · · · · • · · · · • · 999999 ··· ·

999 9999 99 99

Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1989, 6.3.1 - 6.3.6 a 6.4.1-6.4.10, které jsou zde zahrnuty jako reference) ; a polypeptidy specificky vázané antisérem k polypeptidům H. pylori, obzvláště antiséry k aktivním místům nebo vazebným oblastem polypeptidu H. pylori. Vynález se také týká fragmentů, výhodně biologicky aktivních fragmentů. Tyto a další polypeptidy jsou v dalším textu také označovány za analogy nebo varianty polypeptidu H. pylori.

Očekávané funkce byly určeny pro několik polypeptidů H. pylori podle předloženého vynálezu, jak je znázorněno v Tabulce 1.

V souladu s tím použití nárokovaných polypeptidů H. pylori na základě těchto identifikovaných funkcí, stejně tak další funkce zde popsané také spadají do rozsahu předloženého vynálezu.

Kromě toho se předložený vynález také týká polypeptidů H. pylori popsaných jak je znázorněno v Tabulce 1 uvedené níže, v to počítaje: proteiny buněčného obalu H. pylori, vylučované proteiny H. pylori, cytoplasmické proteiny H. pylori a buněčné proteiny H. pylori. Členové těchto skupin byly identifikovány homologickým vyhledáváním BLAST a vyhledáváním sekrečních signálů nebo transmembránových proteinových motivů. Polypeptidy vztažené významnou homologií k polypeptidům Tabulky 1 jsou také považovány za utříděné způsobem homologů podle Tabulky 1.

TABULKA 1

999 9 ·· • · · 9 • * · ·

9 ···

9 ··

	ntSeqlD[PCT]	aaSeqlD[PCT]
A. BUNĚČNÝ OBAL
A.1 Související s bičíkem
hp 1 p13939 24322162J3J 7	63	160
A.2 Vnější membrána
A.2.1 Terminál phe residue
02ge10116 23462 f2 43	7	104
02ge10116 804550 f2 44	8	105
02ge41622 14875000 c2 65	9	. 106
01cp20708 214843 c2 49	13	110
01cp20708 4960952 c1 43	14	111
06ae11016 4729625 c3 68	23	120
06ep10615 49068 c2 87	24	121
06gp71906 35158328 f3 85	27	124
06gp71906 3941642 f2 70	28	125
13ae10610 156411 c3 33	50	147
13ae10610 6522827 c3 37	51	148
hp4e53394 11798952 c2 101	61	158
05ge20501 4298568 c3 53	79	176
11ae12004 3367666 c2 41	80	177
hp7e10433 5345837 c3 13	84	181
14ce61516 2460Γ 81' >f2 9	85	182
11ap20714 2077 c3 103	91	188
02cp10615 21908138 f 1 4	94	191
A.2.2 Bez koncového Phe residua
07gp11909 26460892 f2 6	5	102
A.2.3 Phe a Tyr shluk na C-konci
02ge41622 34176513 c1 50	11	108

·♦·· ·· * • · • · ·

9 9

9 99

99

9 9

9 *

• · • re ·<·· ·· > · · «

9 9 9

999 999 • ·

06gp71906 20486556 f2 65	26	123
hp7e10520 14728137 f1 1	36	133
02ae31010 417818 f3 29	42	139
13ae10610 26855313 f3 15	52	149
A.2.4 S homologií
hp5p15212 13729635 c3 35	22	119
07ee11402 1046877 c3 100	29	126
14ee41924 1046877 c3 104	30	127
hp1p13939 21641016 f1 1	65	162
hp4p62853 4766691 f3 23	66	163
A.3 Vnitřní membrána
A.3.1 Proteiny zúčastňující se transportu
06cp30603 664083 c1 94	48	145
09cp1071 :.36359687 c1 119	49	146
04ep41903 16667055 c1 37	17	114
04ep41903 19689182 c1 43	18	115
14ce31519 24650009 c1 17	19	116
09ce10413 26734687 f3 23	43	140
hp6p10904 6726062 f3 13	44	141
A.3.2 Další proteiny vnitřní membrány
02ae31010 16679640 f2 21	38	135
07ee50709 16679640 f3 60	39	136
A.4 Další proteiny buněčného obalu
01 ce6-1016 1056562 c3 123	1	98
09cp61003 16619192 c2 83	2	99
02ge10116 15632000 c2 114	6	103
04ae61517 12345837 f2 4	34	131
04ae61517 21744091 f3 5	35	132
hp4e13394 26750068 c3 113	60	157
hp5p15575 1053590 c1 35	69	166
hp7e10433 5345837 c2 8	83	180
B. PROTEINY CYTOPLASMY
B.1 Proteiny zúčastnící se mRNA translace
hp3e10946 32609412 f3 4	57	154
hp3e10946 34175837 f3 3	58	155
B.2 Proteiny zúčastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav
14ce61516 12600937 f2 11	86	183
14cp11908 25402267 c3 104	87	184
B.3 Další proteiny cytoplasmy
05ce10910 23712780 c1 4	88	185
hp7e10192 23712780 f2 5	89	186
11ap20714 34663910 f3 29	92	189
hp8e10065 4962812 f2 18	93	190
C. VYLUČOVANÉ PROTEINY
01ce61016 23593955 c3 140	3	100

···· fl fl flflfl fl • ·

09cp61003 23593955 Cl 79	4	\| 101
02ge41622 20730462 f1 19 ’	10	107
01cp20708 10628177 c2 50	12	109
05ae30220 24415693 c3 175	20	117
06gp10409 4015687 f2 11	25	122
hp2e10911 1O213593 C1 73	31	128
hp2e10911 355570Q5 c2 88	32	129
09ze10333 1457137 f3 11	45	142
06cp30603 10744075 c3 136	46	143
12ae10622 30273255 f1 13	53	150
05ce10208 4707035 c2 17	64	161
06ep30223 176437 c2 134	67	164
hp5p15575 26016387 f2 16	70	167
hp6p12244 4881375 c3 97	77	174
06ce20610 34647187 c2 33	78	175
hp7e10433 36339535 f3 3	81	178
hp7e1 0433 36339535 f3 3	82	179
hp7e10420 24391078 f 1 3	90	187
02ce71018 35720091 c3 4	95	192
hp6s10363 30517031 f3 3	97	194
D. DALŠÍ BUNĚČNÉ PROTEINY
01ae11010 26437877 c2 52	15	112
hp4p33322 5891077 c2 45	16	113
hp3p21118 54628 c3 3	21	118
02ae31010 1064125 f1 11	33	130
hp2e10911 15680337 c3 105	37	134
hp2e10911 24804577 c3 104	40	137
hp2e10911 32234750 c1 68	41	138
06cp30603 26070252 c3 140	47	144
03ae10804 235286 f3 19	54	151
09ge11604 4804692 c1 8	55	152
hp2p10610 21987687 c2 5	56	153
h p4e13394 26182793 J2 45	59	156
hp4e53394 2082126 c2 102	62	159
06ep30223 25402187 c1 112	68	165
h p6e10491 12712706 f3 12	71	168
hp6p12129 12542880 c3 29	72	169
hp6p12129 17067265 c3 29	73	170
hp6p12129 214055 f1 2	74	171
hp6p12129 214055J3 17	75	172
hp6p12244 33492712 c3 88	76	173
hp1 e13054 22360653 J2 4	96	193

V tabulce „nt reprezentuje identifikační číslo nukleotidové sekvence a „aa reprezentuje identifikační číslo sekvence aminokyselin

Definice

Výrazy purifikovaný polypeptid a isolovaný polypeptid a v zásadě čistý přípravek polypeptidu jsou používány vzájemně zaměnitelným způsobem a jsou používány tak, že znamenají polypeptid, který byl podstatně a výhodně úplně oddělen od dalších proteinů, lipidů a nukleových kyselin, se kterými se přirozeně vyskytuje. Výhodně je polypeptid také oddělen od všech látek, například protilátek nebo gelových matric, například polyakrylamidu, které byly použity při jeho čištění. Výhodně polypeptid představuje alespoň 10, 20, 50 70, 80 nebo 95% suché hmotnosti čistého přípravku. Výhodně, přípravek obsahuje: dostatečné množství polypeptidu pro sekvenaci proteinu; alespoň 1, 10, nebo 100 pg polypeptidu; alespoň 1, 10, nebo 100 mg polypeptidu. Výrazy purifikovaný polypeptid a isolovaný polypeptid a v zásadě čistý přípravek polypeptidu, tak jak jsou zde používány, se vztahují jak k polypeptidu získanému z přírodního materiálu, tak i polypeptidu vyrobeného rekombinantními DNA technikami, které jsou zde popsány.

Například isolovaný nebo purifikovaný protein nebo jeho biologicky aktivní část je v zásadě prostý buněčného materiálu nebo dalších kontaminujících proteinů z buněčného nebo tkáňového zdroje, ze kterého byl protein H. pylori odvozen nebo v zásadě prostý chemických prekurzorů nebo dalších chemických látek, pokud byl syntetizován chemicky. Výraz v zásadě prostý buněčného materiálu zahrnuje přípravky proteinů H. pylori, ve kterých je protein separován od buněčných komponent buněk, za kterých byl isolován nebo rekombinantně vytvořen. V jednom provedení • · • · · · • · · · · · · • ·

předloženého vynálezu výraz v zásadě prostý buněčného materiálu zahrnuje přípravky protein H. pylori, které mají méně než přibližně 30% (vzhledem k suché hmotnosti) látek, které nejsou proteinem H. pylori (také označované jako kontaminující protein), výhodněji méně než přibližně 20% látek, které nejsou proteinem H. pylori, ještě výhodněji méně něž přibližně 10% látek, které nejsou proteinem H. pylori a nejvýhodněji méně než přibližně 5% látek, které nejsou proteinem H. pylori. Pokud protein H. pylori nebo jeho biologicky aktivní část je rekombinantně vytvořen, je také výhodně v zásadě prostý kultivačního média, to jest kultivační médium představuje méně než přibližně 20%, výhodněji méně než přibližně 10% a nej výhodně ji méně než přibližně 5% objemu proteinového přípravku.

Výraz v zásadě prostý chemických prekursorů nebo dalších chemických látek zahrnuje přípravky proteinu H. pylori, ve kterém je protein oddělen od chemických prekursorů nebo dalších chemických látek, které jsou použity při syntéze proteinu. V jednom provedení předloženého vynálezu výraz v zásadě prostý chemických prekursorů nebo dalších chemických látek zahrnuje přípravky proteinu H. pylori, které obsahují méně než přibližně 30% (vzhledem k suché hmotnosti) chemických prekursorů nebo chemických látek, které nejsou látkami H. pylori, výhodněji méně než přibližně 20% chemických prekursorů nebo chemických látek, které nejsou látkami H. pylori, ještě výhodněji méně než přibližně 10% chemických prekursorů nebo chemických látek, které nejsou látkami H. pylori a nejvýhodněji méně než přibližně 5% chemických prekursorů nebo chemických látek, které nejsou látkami H. pylori.

Purifikovaný buněčný přípravek znamená v případě rostlinných nebo zvířecích buněk in vitro buněčný přípravek a nikoliv celou neporušenou rostlinu nebo zvíře. V případě kultivovaných buněk nebo mikrobiálních buněk sestává z přípravku obsahujícího alespoň 10% a výhodněji 50% uvedených buněk.

Purifikovaná nebo isolovaná nebo v zásadě čistá nukleová kyselina, například v zásadě čista DNA, (výrazy které jsou zde užívány zaměnitelným způsobem) je a nukleová kyselina, která má jeden nebo více následujících znaků: nesouvisí přímo s oběma kódujícími sekvencemi, se kterými je přímo související (tj. , se sekvencemi na 5' a 3' koncích) v přírodně se vyskytujícím genomu organismu, ze kterého je nukleová kyselina odvozena; nebo je v zásadě prostá nukleové kyseliny, se kterou se nachází v organismu, ze kterého je nukleová kyselina odvozena. Výraz zahrnuje například rekombinantní DNA, která je zahrnuta do vektoru, například do autonomně replikujícího plasmidu nebo viru nebo do genomické DNA prokaryota nebo eukaryota nebo která existuje jako samostatná molekula (například cDNA nebo fragment genomické DNA produkovaný použitím PCR nebo působením restrikční endonukleázy) nezávislá na dalších DNA sekvencích. V zásadě čistá DNA také zahrnuje rekombinantní DNA, která je část hybridního genu kódujícího další sekvence H. pylori DNA.

Úsek (contig), tak jak je zde používán, je výraz označující nukleovou kyselinu, představující souvislou část genomické sekvence organismu.

• · · · • · · · ** · ··· • ·

9 99

Otevřený čtecí rámec, také označovaný zkratkou otevřený čtecí rámec (open reading frame) je oblast nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Tato oblast může představovat část kódující sekvence nebo celou sekvenci a může být určena úsekem od stop kodonu ke stop kodonu nebo od start kodonu ke stop kodonu.

Tak jak je zde používán, výraz kódující sekvence představuje nukleovou kyselinu, která je transkribována na mRNA a/nebo řídí translaci na polypeptid, pokud je pod kontrolou odpovídajících regulačních sekvencí. Hranice kódující sekvence jsou určeny translačním start kodonem na 5' konci translačním stop kodonem na 3' konci. Kódující sekvence může být sekvence mRNA, syntetické DNA a rekombinantní nukleové kyseliny, ale není těmito příklady omezena.

Výraz komplement nukleové kyseliny, tak jak je zde používán, se vztahuje k antiparalelní nebo netemplátové sekvenci, která se nachází ve Watson-Crickově párování bází s původní sekvencí.

Genový produkt je protein nebo strukturální RNA, které jsou specificky kódovány genem.

Tak jak je zde používán, výraz sonda se vztahuje k nukleové kyselině, peptidu nebo další chemické entitě, která se specificky váže k molekule, která je uvažována. Sondy jsou často spojeny s označením nebo jej mohou nést. Označení je chemická entita, schopná detekce. Typická označení zahrnují barviva, radioisotopy, luminescenční a ··

4 4 4

444 444 · 4

44

4 44 4 chemiluminescenční látky, fluorofory, enzymy, precipitační činidla, amplifikační sekvence a podobně. Podobně nukleová kyselina, peptid nebo další chemická entita, která se specificky váže k uvažované molekule a imobilizuje takovou molekulu je označována jako zachycující ligand (capture ligand). Zachycující ligandy jsou typicky asociovány nebo schopné asociace s nosičem jako je nitrocelulóza, sklo, nylonové membrány, kuličky, částice a podobně. Specificita hybridizace je závislá na podmínkách jako je složení párů bází nukleotidů a teplota a koncentrace solí v reakční směsi. Tyto podmínky jsou snadno zjistitelné odborníkovi v oboru na základě rutinních experimentů.

„Homologický se vztahuje k podobnosti sekvencí nebo k identitě sekvencí dvou molekul polypeptidů nebo dvou molekul nukleových kyselin. Pokud je poloha v obou ze srovnávaných sekvencí obsazena stejnými bázemi nebo aminokyselinovými monomerními podjednotkami, například jestliže poloha v obou DNA molekulách je obsazena adeninem, potom jsou molekuly v této poloze homologické. Procento homologie mezi dvěma sekvencemi je funkce počtu shodností nebo homologických poloh, které sdílejí obě sekvence, dělená počtem poloh a násobená 100. Například jestliže 6 z 10 poloh v obou sekvencích je shodných nebo homologických, potom tyto dvě sekvence jsou na 60% homologické. Jako příklad jsou DNA sekvence ATTGCC a TATGGC homologické na 50%. Obecně se porovnání provádí tak, že jsou obě sekvence k sobě přiloženy tak, aby dávaly maximální homologii.

Nukleové kyseliny jsou hybridizovatelné mezi sebou, pokud alespoň jedno vlákno nukleové kyseliny může přilnout k • · · · druhé nukleové kyselině za definovaných stringentních podmínek. Stringence hybridizace je určena:

(a) teplotou, při které je hybridizace a/nebo promývání prováděno; a (b) ionická síla a polarita hybridizačních a promývacích roztoků.

Hybridizace vyžaduje, aby obě nukleové kyseliny obsahovaly komplementární sekvence; v závislosti na stringenci hybridizace však mohou být tolerovány nesouhlasné páry. Hybridizace dvou sekvencí za vysoce stringentních podmínek (jako například v roztoku 0,5X SSC při teplotě 65 °C) vyžaduje, aby sekvence byly v zásadě plně homologické. Za středně stringentních podmínek (jako například 2X SSC při teplotě 65 °C) a málo stringentních podmínek (jako například 2X SSC při teplotě 55 °C), dostačuje odpovídajícím způsobem snížená celková komplementarita mezi hybridizujícími sekvencemi. (IX SSC je 0,15 M NaCl, 0,015 M Na citrátu). Výhodným neomezujícím příkladem stringentních hybridizačních podmínek je hybridizace při 6X chloridu sodného/citrátu sodného (SSC) při teplotě přibližně 45 °C, následovaná jedním nebo více promýváními v 0,2 X SSC, 0,1% SDS při teplotě 50-65 °C.

Výrazy peptidy, proteiny, a polypeptidy jsou zde používány vzájemně zaměnitelným způsobem. Jak je zde používán, výraz povrchový protein se vztahuje ke všem proteinům dosažitelným na povrchu, například k proteinům vnitřní a vnější membrány, proteinům buněčné stěny a vylučovaným proteinům.

Polypeptid má biologickou aktivitu H. pylori, jestliže má jednu, dvě neb výhodně více následujících vlastností:

φ φφφφ φ φ • φ

φ φφφφ φφ φφ • ·

(1) pokud je exprimován v průběhu infekce H. pylori, může iniciovat nebo mediovat přilnutí H. pylori k buňce;

(2) má enzymatickou aktivitu, strukturální nebo regulační funkční vlastnosti proteinu H. pylori;

(3) gen, který jej kóduje může překlenout letální mutaci v genu H. pylori;

(4) nebo je imunogenní v subjektu.

Polypeptid má biologickou aktivitu, pokud je antagonistou, agonistou nebo superagonístou polypeptidu, který má jednu z výše uvedených vlastností.

Biologicky aktivní fragment nebo analog je takový, který má in vivo nebo in vitro aktivitu, která je charakteristická pro polypeptídy H. pylori podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu posloupností nebo pro další přírodně se vyskytující polypeptídy H. pylori, například jeden nebo více biologických účinků zde popsaných. Obzvláště výhodné jsou fragmenty, které existují in vivo, například fragment, které vznikají při post-transkripčním zpracování nebo které vznikají translací alternativně sestřižených RNA. Fragmenty zahrnují ty, které jsou exprimovány v přirozených nebo endogenních buňkách stejně tak jako ty, které vznikají v expresivních systémech, například v CHO buňkách. Jelikož peptidy jako jsou polypeptidy H. pylori často vykazují širokou škálu fyziologických vlastností a protože takové vlastnosti mohou být přičítány různým částem molekuly, použitelné H. pylori fragmenty nebo H. pylori analogy jsou ty, které vykazují biologickou aktivitu v libovolném biologickém testu na H. pylori aktivitu. Nejvýhodněji fragment nebo analog má 10%, výhodně 40%, výhodněji 60%, .i.*..·

999 999

9 • 9 99

70%, 80% nebo 90% nebo více aktivity H. pylori, v libovolném testu in vivo nebo in vitro.

Analogy se mohou odlišovat od přírodně se vyskytujících polypeptidu H. pylori v sekvenci aminokyselin nebo způsobem, který nezahrnuje sekvenci nebo v obojím. Nesekvenční modifikace zahrnují změny v acetylaci, methylaci, fosforylaci, karboxylaci a glykosylaci. Výhodné analogy zahrnují polypeptidy H. pylori (nebo jejich biologicky aktivní fragmenty) , jejichž sekvence se liší od sekvencí divokých typů jednou nebo více konzervativními aminokyselinovými substitucemi nebo jednou nebo více nekonzervativními aminokyselinovými substitucemi, delecemi nebo insercemi, které podstatně nesnižují biologickou aktivitu polypeptidu H. pylori. Konservativní substituce typicky zahrnují substituci jedné aminokyseliny za jinou s podobnými vlastnostmi, například substituce uvnitř následujících skupin: valin, glycin; glycin, alanin; valin, isoleucin, leucin; asparagová kyselina, glutamová kyselina; asparagin, glutamin; serin, threonin; lysin, arginin; a fenylalanin, tyrosin. Další konservativní substituce mohou být provedeny na základě dále uvedené Tabulky.

4*4 • 4

444 4 4 44 4

4 4 4 4 4 4

4 4 · 444444 • 4 4 4 4

4 «444444 β 4 4 »

TABULKA 2

KONSERVATIVNÍ AMINOKYSELINOVÉ NÁHRADY

Za aminokyselinu	Kód	Možné náhrady
Alanin	A	D-Ala, Gly, beta-Ala, L-Cys, D-Cys
Arginin	R	D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, Ile, D- Met, D-Ile, Orn, D-Orn
Asparagin	N	D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Giu, Gin, D-Gln
Asparagová kyselina	D	D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gin, D-Gln
Cystein	C	D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr
Glutamin	Q	D-Gln, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp
Glutamová kyselina	E	D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gin, D-Gln
Glycin	G	Ala, D-Ala, Pro, D-Pro, β-Ala, Acp
Isoleucin	I	D-Ile, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Leucin	L	D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met
Lysin	K	D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, D-homo-Arg, Met, D- Met, Ile, D-Ile, Orn, D-Om
Methionin	M	D-Met, S-Me-Cys, Ile, D-Ile, Leu, D-Leu, Val, D-Val
Fenylaianin	F	D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, D-His, Trp, D-Trp, Trans-3,4, nebo 5-fenylprolin, cis-3,4, nebo 5- fenylprolin
Prolin	P	D-Pro, L-I-thioazolidin-4-karboxylová kyselina, D-nebo L-l-oxazolidin-4-karboxylová kyselina
Serin	S	D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met, Met(0), D- Met(O), L-Cys, D-Cys
Threonin	T	D-Thr, Ser, D-Ser, allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D- Met(O), Val, D-Val
Tyrosin	Y	D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa. His, D-His
Valin	v	D-Val, Leu, D-Leu, Ile, D-Ile, Met, D-Met

Další analogy v rámci vynálezu jsou analogy, které zahrnují modifikace, které zvyšují stabilitu peptidů; takové analogy • · · 9 • 9 • 9 9 9 * 9 99 9 • Λ 9 · 9 ·

9 9 * 999999 «·9 99

99999 * · >9 mohou například obsahovat jednu nebo více nepeptidových vazeb (které nahrazují peptidové vazby) uvnitř peptidové sekvence. Zahrnuty jsou také: analogy, které obsahují zbytky jiné než přirozeně se vyskytující L-aminokyseliny, například D-aminokyseliny nebo syntetické aminokyseliny nebo aminokyseliny, které se nevyskytují přirozeně, například β nebo γ aminokyseliny; a cyklické analogy.

Tak jak je zde používán, výraz fragment, tak jak je aplikován na analog H. pylori, je tvořen obvykle alespoň přibližně 20 zbytky, typičtěji alespoň přibližně 40 zbytky, výhodně alespoň přibližně 60 zbytky. Fragmenty polypeptidů H. pylori mohou být vytvářeny způsoby, které jsou známy odborníkům. Schopnost uvažovaného fragmentu vykazovat biologickou aktivitu polypeptidů H. pylori může být zhodnocena způsoby známými odborníkům, které budou popsány dále. Jsou také zahrnuty polypeptidy H. pylori, obsahující zbytky, které nejsou nutné pro biologickou aktivitu peptidu nebo které vznikají z alternativního mRNA sestřihu nebo alternativních dějů při zpracování proteinů.

Výraz imunogenní komponenta, tak jak jsou zde používán, je entita jako je polypeptid H. pylori, jeho analog nebo fragment, která je schopna vyvolat humorální a/nebo buněčnou imunologickou odezvu, pokud je podána hostitelskému živočichu samotná nebo v kombinaci s adjuvans.

Výraz antigenní komponenta, tak jak je zde používán, je entita jako je polypeptid H. pylori, jeho analog nebo fragment, která je schopná vazby na specifickou protilátku s dostatečně vysokou afinitou pro vytvoření detekovatelného komplexu antigen-protilátka.

Tak jak je zde používán, výraz transgen znamená nukleovou kyselinu (kódující například jeden nebo více polypeptidů), která je částečně nebo úplně heterologická, to znamená cizí, transgennímu živočichu nebo buňce, do které je vložen nebo je homologická endogennímu genu transgennímu živočichu nebo buňce, do které je vložen, ale který je určen pro vložení nebo je vložen do buněčného genomu takovým způsobem, aby byl pozměněn genom buňky, do které je vložen (například je vložen v místě, které se liší od jeho polohy v přirozeném genu nebo jeho vložení vede ke „knockoutu) . Transgen může obsahovat jednu nebo více transkripčních regulačních sekvencí a libovolnou další nukleovou kyselinu jako jsou introny, která může být nutná pro optimální expresi zvolené nukleové kyseliny, všechny operativně vázané ke zvolené nukleová kyselina a může zahrnovat sekvenci zesilovače (enhancer).

Tak jak je zde používán, výraz transgenní buňka se vztahuje k buňce obsahující transgen.

Tak jak je zde používán, výraz transgenní živočich je libovolný živočich, jehož jedna nebo více a výhodně všechny buňky živočicha obsahují transgen. Transgen může být vložen do buňky, přímo nebo nepřímo, vložením do prekursoru buňky záměrnou genetickou manipulací jako je způsob transformace kompetentních buněk nebo mikroinjekcí nebo infekcí rekombinantním virem. Tato molekula může být integrována do chromosomu nebo může být extrachromosomálně se replikující

DNA.

• · · · • * · · · · · · • <9 9 9 β 9 «9 999 _ο 9 9 9 9 9 9 9 — θΖ “* 9·9 99 «·· 9999 99

Výraz protilátka, tak jak je zde používán, je zamýšlen tak, aby zahrnoval jejich fragmenty, které jsou specificky reaktivní s polypeptidy H. pylori.

Tak jak je zde používán, výraz buněčně specifický promotor znamená DNA sekvenci, která slouží jako promotor, to znamená, že reguluje expresi zvolené DNA sekvence operativně vázané k promotoru a která způsobuje expresi zvolené DNA sekvence ve specifických buňkách tkáně. Výraz také pokrývá tak zvané leaky promotory, které regulují expresi zvolených DNA primárně v jedné tkáně, ale způsobuje expresi také v dalších tkáních.

Výraz chybná exprese, tak jak je zde používán, se vztahuje k vzoru exprese genu, která není divokého typu. Výraz zahrnuje: expresi na úrovni, která není divokého typu, to jest zvýšená nebo snížená exprese; vzor exprese, který se liší od divokého typu vzhledem k době nebo etapě, ve které je gen exprimován, například zvýšená nebo snížená exprese (ve srovnání s divokým typem) v předem zvolených periodách nebo etapách vývoje; vzor exprese, která se odlišuje od divokého typu jako snížená exprese (ve srovnání s divokým typem) u předem zvoleného typu buňky nebo typu tkáně; vzor exprese, který se liší od divokého typu velikostí sestřihu, sekvencí aminokyselin, post-translační modifikací nebo biologickou aktivitou exprimovaného polypeptidů; vzor exprese, který se liší od divokého typu účinkem stimulů okolního prostředí nebo extrabuněčnými stimuly na expresi genu, například zvýšená nebo snížená exprese (ve srovnání s divokým typem) v přítomnosti zvýšení nebo snížení intenzity stimulu.

c- * ·· · • ♦ » ·

I 9 • · Φ φ φφ

Tak jak jsou zde používány, výrazy hostitelské buňky a další podobné výrazy mikroorganismy nebo vyšší eukaryotní buněčné linie, kultivovaní buněčné entity stejných buněk, se vztahují k buňkám, které se mohou stát nebo jsou používány jako příjemci rekombinantních vektorů nebo dalších přenosů DNA a obsahují progeny originální buňky, které byly transfektovány. Odborníkovi v oboru je zřejmé, že progeny jednotlivé rodičovské buňky nemusí být nutně plně identické genomické nebo celkové DNA výbavě původní buňky v důsledku náhody nebo záměrné mutace.

Tak jak je zde používán, výraz řídící sekvence se vztahuje k nukleové kyselině, která má základní sekvenci, která je rozpoznávána hostitelským organismem pro způsobení exprese kódované sekvencemi, ke kterým je ligován. Povaha takových řídících sekvencí se liší v závislosti na hostitelském organismu; u prokaryotů takové řídící sekvence obecně zahrnují promotor, ribosomální vazebné místo, terminátory a v některých případech operátory; u eukaryotů takové řídící sekvence obecně zahrnují promotory, terminátory a v některých případech zesilovače (enhancer). Výraz řídící sekvence chápán tak, že zahrnuje přinejmenším všechny komponenty, jejichž přítomnost je nutná pro expresi a může také zahrnovat dodatečné komponenty, jejichž přítomnost je výhodná, například úvodní (leader) sekvence.

Tak jak je zde používán, výraz operativně vázán se vztahuje k sekvencím spojeným nebo ligovaným tak aby fungovaly zamýšleným způsobem. Například řídící sekvence je operativně vázána ke kódující sekvenci ligací takovým způsobem, že exprese kódující sekvence je dosažena za • · · ·

• · · * · φ • e · · · · • · · · · • · .«·· ·*· • * · • · · · · · · · podmínek slučitelných s řídící sekvencí a hostitelskou buňkou.

Metabolismus látky je výraz, používaný tak, že znamená libovolný aspekt exprese, funkce, působení nebo regulace látky. Metabolismus látky zahrnuje modifikace, například kovalentní nebo nekovalentní modifikace látky. Metabolismus látky zahrnuje modifikace, například kovalentní nebo nekovalentní modifikace, která látka indukuje v dalších látkách. Metabolismus látky také zahrnuje změny, která látka indukuje v distribuci látky. Metabolismus látky také zahrnuje změny, která látka indukuje v distribuci dalších látek.

Výraz vzorek, tak jak je zde používán, se vztahuje k biologickému vzorku jako je například tkáň nebo tekutina isolovaná z individua (jako neomezující příklad je možno uvést plasmu, sérum, cerebrospinální a lymfatickou tekutinu, slzy, sliny a řezy tkáně) nebo z konstituent in vítro buněčných kultur, stejně tak jako vzorky prostředí.

Způsoby podle předloženého vynálezu používají, pokud není uvedeno jinak, obvyklé techniky chemie, molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinantní DNA praxe a imunologie, které jsou známy ze stavu techniky. Takové postupy jsou plně vysvětleny v literatuře. Viz například Sambrook, Fritsch a Maniatis, Molecular Cloning Laboratory Manual 2nd ed. (1989); DNA Cloning, Svazky I a II (D.N Glover ed. 1985); Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait ed, 1984); Nucleic Acid Hybrídization (B.D. Hames & S.J. Higgins editoři 1984); řada Methods in Enzymology (Academie Press, lne.), obzvláště Sv. 154 a Sv. 155 (Wu a Grossman, • · · · • 4 4 4 4 4 44 · • 4 4 4 4 4 4 · 4 4 4 444444

4 4 4 4 4

44 444 4444 44 44 editoři) a PCR-A Practical Approach (McPherson, Quirke a Taylor, editoři, 1991).

I. Izolace nukleové kyseliny organismu H. pylori a její použití

Genomická sekvence H. pylori

Předložený vynález se týká nukleotidových sekvencí genomu organismu H. pylori, které tedy zahrnují sekvenční knihovnu genomické DNA organismu H. pylori. Detailní popis, který následuje, přináší nukleotidové sekvence H. pylori a také popisuje, jak byly sekvence získány a jak byly identifikovány otevřené čtecí rámce a posloupnosti kódující proteiny. Jsou také popsány způsoby použití objevených sekvencí H. pylori, v to počítaje diagnostické a terapeutické aplikace. Uvedená knihovna může být dále používána jako databáze pro identifikaci a srovnáváni lékařsky důležitých sekvencí tohoto a dalších kmenů H. pylori.

Pro určení genomické sekvence H. pylori byla DNA izolována z kmene H. pylori (ATCC # 55679; uložila Genome

Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) a mechanicky střižen rozprašováním na střední velikost 2 kb. Po provedení velikostní frakcionace gelovou elektroforézou byly konce fragmentů zarovnány, ligovány k adapterovým oligonukleotidům a klonovány každý do 20 různých PMPX vektorů (Rice a kol., abstrakta Meeting of Genome Mapping and Sequenation, Cold Spring Harbor, NY,

- 66 5/11-5/15, 1994, str. 225) pro konstrukci řady subklonových knihoven s vynuceným (shotgun) klonováním.

DNA sekvenace byla dosažena použitím multiplexních sekvenačních procedur v zásadě tak, jak byly popsány v patenty č. z kultur a Sekvenační

Church a kol., 1988, Science 240:185; U.S.

4,942,124 a 5,149,625). DNA byla extrahována vystavena chemické nebo enzymatické sekvenaci reakční směsi byly rozděleny elektroforézou a produkty byly přeneseny a kovalentně vázány na nylonové membrány. Konečně membrány byly postupně hybridizovány s řadou označených oligonukleotidů komplementárních k označovacím (tag) sekvencím přítomným v různých vynucených (shotgun) klonovacích vektorech. Tímto způsobem může být získáno velké množství sekvencí z jediného souboru sekvenačních reakcí. Klonovací a sekvenační procedury jsou detailněji popsány v příkladové části.

Jednotlivá čtení sekvencí prováděné tímto způsobem byla zpracována programy FALCON™ (Church a kol., 1994, Automated DNA Sequenation and Analysis, J.C. Venter, ed. , Academie Press) a PHRAP (P. Green, Abstracts of DOE Human Genome Program Contractor-Grantee Workshop V, Jan. 1996, str.157). Střední délka úseků byla přibližně 3-4 kb.

Bylo použito množství přístupů pro setřídění úseků, aby byly získány sekvence představující celý genom H. pylori. Syntetické oligonukleotidy byly navrženy tak, aby komplementární k sekvencím na koncích každého úseku. Tyto oligonukleotidy mohou být hybridovány s knihovnami H. pylori genomické DNA, například v lambda fágových vektorech nebo plasmidových vektorech pro identifikaci klonů, které • · · * • · · • 9 9 • · « 9 9 9 * ·

Μ »» obsahují sekvence odpovídající spojovacím oblastem mezi jednotlivými úseky. Takové klony jsou potom použity pro izolaci templátové DNA a tytéž oligonukleotidy jsou použity jako primery v polymerázové řetězové reakci (PCR) pro amplifikaci spojovacích fragmentů, jejichž nukleotidová sekvence je potom určena.

nukleotidů. založených jasné, že otevřeným

Sekvence H. pylori byly analyzovány na přítomnost otevřených čtecích rámců (ORF) obsahujících alespoň 180 Jako výsledek analýzy otevřených čtecích rámců na čtení „stop-to-stop kodonů by mělo být tyto otevřené čtecí rámce nemusí odpovídat čtecím rámcům přirozeně se vyskytujícího polypeptidu H. pylori. Tyto otevřené čtecí rámce mohou obsahovat start kodony, které indikují počátek syntézy proteinu přirozeně se vyskytujícího polypeptidu H. pylori. Takové start kodony uvnitř otevřených čtecích rámců, zde uvedené, mohou být identifikovány odborníkem v oboru a výsledný otevřený čtecí rámec a kódovaný polypeptid H. pylori je v rozsahu předloženého vynálezu. Například uvnitř otevřených čtecích rámců může být identifikován kodon, jako je AUG nebo GUG (kódující methionin nebo valine), který je část iniciačního signálu pro syntézu proteinu, a otevřený čtecí rámec může být modifikován, aby odpovídal přirozeně se vyskytujícímu polypeptidu H. pylori. Předpovězené kódující oblasti byly definovány na základě zhodnocení kódujícího potenciálu takových sekvencí programem

GENEMARK 11:123)

TM (Borodovsky a Mclninch, 1993, Comp. Chem.

Další nukleové kyseliny H. pylori • ·

9 · ·

9 9 « 9 9 9 • 9 • 9·9 9 9

Nukleové kyseliny podle předloženého vynálezu mohou být získány přímo z DNA výše uvedeného kmene H. pylori použitím polymerázové řetězové reakce (PCR). Viz PCR, A Practical Approach (McPherson, Quirke a Taylor, editoři, IRL Press, Oxford, UK, 1991) pro detaily o PCR. Vysoce věrná („high fidelity) PCR může být použita pro získání věrných kopií DNA před expresí. Kromě toho autenticita amplifikovaných produktů mohou být kontrolovány konvenčními sekvenačními methodami. Klony, nesoucí požadované sekvence, popsané v předloženém vynálezu, mohou být také nalezeny prohledáváním knihoven pomocí PCR nebo hybridizací syntetických oligonukleotidových sond pro filtrování výtahů kolonií z knihovny nebo plaků, jak je známo ze stavu techniky (viz například Sambrook a kol., Molecular Cloning, A Laboratory Manual 2.vydání, 1989, Cold Spring Harbor Press, NY].

Je také možné získat nukleové kyseliny kódující polypeptidy H. pylori z cDNA knihovny způsobem podle protokolů, které budou popsány. cDNA kódující polypeptid H. pylori může být získána izolací úplné mRNA z vhodného kmene. cDNA se dvěma vlákny potom mohou být připraveny z úplné mRNA. Následně cDNA mohou být vloženy do vhodného plasmidového nebo virálního (například bakteriofágového) vektoru použitím libovolné z množství známých technik. Geny kódující polypeptidy H. pylori mohou být také klonovány použitím uznávaných polymerázových řetězových reakčních technik v závislosti na informaci o nukleotidové sekvenci podle předloženého vynálezu. Nukleové kyseliny podle předloženého vynálezu mohou být DNA nebo RNA. Výhodné nukleové kyseliny ···· podle předloženého vynálezu jsou obsaženy v Seznamu sekvencí.

Nukleové kyseliny podle předloženého vynálezu mohou také být chemicky syntetizován použitím standardních technik. Jsou známy různé způsoby chemické syntézy polydeoxynukleotidů, mezi nimi syntéza v pevné fází, která podobně jako syntéza peptidů byla nakonec automatizována v komerčně dostupných DNA syntetizátorech (viz například Itakura a kol. U.S. patent č. 4,598,049; Caruthers a kol. U.S. patent č. 4,458,066; a Itakura U.S. patent čs. 4,401,796 a 4,373,071, zahrnuté zde jako reference ).

Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované podle provedení předloženého vynálezu jsou použitelném uvedeno jako neomezující příklad, jako sondy, primery, zachycující ligandy, netemplátové geny a pro vývojové expresivní systémy pro syntézu proteinů a peptidů, odpovídajících takovým sekvencím. Ve formě sond, primerů, zachycujících ligandů a netemplátových činidel tvoří nukleové kyseliny normálně všechny nebo část (přibližně dvacet nebo více nukleotidů pro specificitu stejně tak jako pro schopnost vytvářet stabilní hybridizační produkty) nukleových kyselin podle předloženého vynálezu, obsažených v Seznamu sekvencí. Tato použití jsou detailněji popsána níže.

Sondy

Nukleová kyselina, izolovaná nebo syntetizovaná podle sekvence podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, může být použita jako sonda pro specifickou detekci H. pylori. S informací o sekvence, uvedenou v této • ·· · • · · · · • · · 9 9 9 9 9

9 9 9 9 9 • * 9 999999 •9 9 9

9999999 99 99 přihlášce vynálezu byly identifikovány sekvence dvaceti nebo více nukleotidů, které poskytují požadovanou inkluzivitu a exklusivitu vzhledem k H. pylori a dalším nukleovým kyselinám, které se mohou vyskytnout za hybridizačních podmínek. Výhodněji sekvence zahrnuje alespoň dvacet až třicet nukleotidů pro dodání stability hybridizačnímu produktu, vytvořenému mezi sondou a zamýšlenými cílovými molekulami.

Sekvence delší než 1000 nukleotidů je obtížné syntetizovat, ale mohou být vytvořeny rekombinantními DNA technikami. Odborníkovi v oboru je zřejmé, že nukleové kyseliny pro použití jako sondy mohou být vytvořeny jako označené pro usnadnění detekce hybridizačního produktu.

Nukleová kyselina izolovaná a syntetizovaná podle sekvence podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, může být použita jako sonda pro detekci homologických oblastí (obzvláště homologických genů) dalších druhů Helicobacter použitím vhodně stringentních hybridizačních podmínek, jak bude popsáno.

Zachycující ligand

Pro použití jako zachycující ligand může být nukleová kyselina, zvolená způsobem popsaným výše pro sondy, snadno spojena s nosičem. Způsob, kterým může být nukleová kyselina spojena s nosičem, je dobře znám. Nukleová kyselina, která má dvacet nebo více nukleotidů v sekvenci podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, může být použita pro oddělení nukleových kyselin H. pylori od sebe navzájem nebo od nukleové kyselina jiných • 99

- 71 organismů. Nukleová kyselina, která má dvacet nebo více nukleotidů v sekvenci podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, může nukleových kyselin dalších navzájem nebo od nukleové být použita pro oddělení druhů Helicobacter od sebe kyselina jiných organismů.

Výhodně sekvence zahrnuje alespoň dvacet nukleotidů pro dodání stability hybridizačnímu produktu, vytvořenému mezi sondou a zamýšlenými cílovými molekulami.

Sekvence delší než 1000 nukleotidů je obtížné syntetizovat, ale mohou být vytvořeny rekombinantními DNA technikami.

Primery

Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se sekvencemi popsanými v této přihlášce může být použita jako primer pro amplifikaci nukleových kyselin H. pylori. Tyto nukleové kyseliny mohou také být použity jako primery pro amplifikaci nukleových kyselin dalších druhů Helicobacter. Pro použití v polymerázových řetězových reakčních (PCR) technikách jsou sekvence nukleových kyselin s alespoň 10-15 nukleotidy podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí, použitelné spolu se vhodnými enzymy a reagenty pro vytváření kopií nukleové kyseliny H. pylori. Výhodněji sekvence obsahují dvacet nebo více nukleotidů pro dodání stability hybridizačnímu produktu, vytvořenému mezi primerem a zamýšlenými cílovými molekulami. Vazebné podmínky primerů větších než 100 nukleotidů je obtížnější řídit pro dosažení specificity. PCR s vysokou věrností („high fidelity PCR) může být použita pro dosažení věrných ♦ ··· ·· ·· ·· • · · · · · · · · « · 9 9 9 9 9

9 9 9 999999

9 9 9 9 9

9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 kopií DNA před expresí. Kromě toho mohou být amplifikované produkty kontrolovány konvenčními sekvenačními metodami.

Kopie mohou být použity pro diagnostické testy pro detekci specifických sekvencí, zahrnujících geny H. pylori a/nebo dalších druhů Helicobacter. Kopie mohou také být vloženy do klonovacích a expresivních vektorů pro vytváření polypeptidů, odpovídajících nukleové kyselině, syntetizované pomocí PCR, jak je v této přihlášce detailněji popsáno.

Netemplátové (antisense) sekvence

Nukleová kyselina nebo hybridizační deriváty nukleové kyseliny, izolované nebo syntetizované podle sekvencí, popsaných v této přihlášce, jsou použitelné jako netemplátová činidla pro zabránění exprese genů H. pylori. Tyto sekvence je také možno použít jako netemplátová činidla pro zabránění exprese genů dalších druhů Helicobacter .

V jednom provedení předloženého vynálezu nukleová kyselina nebo deriváty, odpovídající nukleové kyselině H. pylori jsou vloženy do vhodného nosiče, jako je liposom nebo bakteriofág pro vložení do bakteriálních buněk. Například nukleová kyselina, která má dvacet nebo více nukleotidů, je schopná vazby k bakteriální nukleové kyselině nebo bakteriální mRNA. Výhodně netemplátová nukleová kyselina sestává z 20 nebo více nukleotidů pro zajištění nutné stability hybridizačního produktu nukleová kyselina, která se nevyskytuje přirozeně a bakteriální nukleové kyseliny a/nebo bakteriální mRNA. Nukleová kyselina, jejíž sekvence • · • · 99 9

99 · 9 9

9 9 9 • 9 9 9 9 9

9

9 99 je delší než 1000 nukleotidů, je obtížně syntetizovatelná, ale může být vytvořena rekombinantními DNA technikami. Způsoby vkládání netemplátových nukleových kyselin do liposomů jsou známy ze stavu techniky, jako příklad je možno uvést U.S. patent č. 4,241,046, vydaný 23. prosince 1980, autoři Papahadjopoulos a kol.

II. Exprese nukleových kyselin H. pylori

Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná podle sekvencí, popsaných v této přihlášce, může být použita pro vytváření polypeptidů. Nukleová kyselina podle předloženého vynálezu, která se nachází v Seznamu sekvencí nebo a nebo fragmenty nukleové kyseliny, kódující aktivní části polypeptidů H. pylori, může být klonována ve vhodných vektorech nebo použita pro izolaci nukleové kyseliny. Isolovaná nukleová kyselina je zkombinována se vhodnými DNA linkery a klonována do vhodných vektorů.

Funkce specifického genu nebo operonu může být zjištěna expresí v bakteriálním kmenu za podmínek, kdy aktivita genového produktu nebo produktů, specifikovaných uvažovaným genem nebo operonem může být specificky měřena. Alternativně může být genový produkt vytvářen ve velkých množstvích v exprimujícím kmenu pro použití jako antigen, průmyslový reagent, pro strukturální studie a podobně. Tato exprese může být dosažena v mutovaném kmenu, který postrádá aktivitu genu, který má být testován nebo v kmenu, který neprodukuje tentýž genový produkt nebo produkty. To zahrnuje, aniž by tím bylo omezeno, další kmeny Helicobacter, nebo další bakteriální kmeny jako jsou druhy E. coli, Norcardia, Corynebakterium, Campylobacter a

φφφ φφφφ φφ φφ * · ♦ · • · φ φ • ·φφ φφφ • φ ·· φφ

Strepromyces. V některých případech exprimující hostitel používá přirozené promotory Helicobacter, zatímco jindy je nutné vést gen promotorovou sekvencí exprimujícího organismu (například E. coli beta-galaktosidázový promotor pro expresi v E. coli) .

Pro expresi genového produktu použitím přirozeného promotoru H. pylori může být použita procedura jako následující postup, uvažovaný gen spolu promotorovým prvkem obsahuj ící přirozeným sekvencemi je klonován

Restrikční fragment s jeho asociovaným a regulačními (identifikovanými použitím dat o DNA sekvenci) do vhodného rekombinantního plasmidu, obsahujícího počátek replikace, který funguje v hostitelském organismu a vhodný selekční markér. Toho může být výhodně dosaženo mnoha procedurami, známými odborníkům v oboru. Je to nej výhodněji provedeno přetnutím plasmidu a fragmentu, který má být klonován týmž restrikčním enzymem pro vytvoření slučitelných konců, které mohou být ligovány pro spojení dvou částí dohromady. Rekombinantní plasmid se vloží do hostitelského organismu například elektroporací a buňky obsahující rekombinantní plasmid se identifikují selekcí na markér na plasmidu. Exprese požadovaného genového produktu je detekována použitím testu, specifického pro daný genový produkt.

V případě genu, který vyžaduje odlišný promotor se tělo genu (kódující sekvence) specificky vyřízne a klonuje do vhodného expresivního plasmidu. Toto subklonování může být prováděno řadou způsobů, ale nej snadněji se provádí PCR amplifikací specifického fragmentu a ligací do expresivního plasmidu po zpracování PCR produktu restrikčním enzymem • · 9 · nebo exonukleázou pro vytvoření vhodných konců pro klonování.

Vhodná hostitelská buňka pro expresi genu může být libovolná prokaryotní nebo eukaryotní buňka. Například může být polypeptid H. pylori exprimován v bakteriálních buňkách jako je E. coli, buňkách hmyzu (baculovirus), kvasinek nebo v savčích buňkách jako jsou vaječníkové buňky čínského křečka (CHO). Další vhodné hostitelské buňky jsou dobře známy odborníkům v oboru.

Exprese v eukaryotních buňkách jako jsou savčí, kvasinkové nebo hmyzí buňky může vést k částečné nebo úplné glycosylaci a/nebo vytváření relevantních mezi- nebo vnitro-řetězcových disulfidových vazeb v rekombinantním peptidovém produktu. Příklady vektorů pro expresi v kvasinkách S. cerívisae zahrnují pYepSecl (Baldari. a kol., (1987) Embo J. 6:229-234), pMFa (Kuljan a Herskowitz, (1982) Cell 30:933-943), pJRY88 (Schultz a kol., (1987) Gene 54:113-123) a pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, CA) . Baculovirus vektory, dostupné pro expresi proteinů v kultivovaných hmyzích buňkách (SF 9 buňky) zahrnují řadu pAc (Smith a kol., (1983) Mol. Cell. Biol. 3:2156-2165) a řadu pVL (Lucklow, V.A. a Summers, M.D., (1989) Virology 170:31-39). Obecně jsou používány COS buňky (Gluzman, Y., (1981) Cell 23 : 175-182)spolu s takovými vektory jako pCDM 8 (Aruffo, A. a Seed, B., (1987) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 84:8513-8577) pro přechodnou amplifikaci/expresi v savčích buňkách, zatímco CHO (dhfrChinese Hamster Ovary) buňky se používají s vektory jako je pMT2PC (Kaufman a kol. (1987), EMBO J. 6:181-195) pro • 4 • 4444 4 44 ·· · ·· 4 4 • · 4 4 • 4 4 4 ·

4 4 4 4 ··· ·♦ 4444444

- 76 stabilní amplifikaci/expresi v savčích buňkách. Vektor DNA může být vložen do savčích buněk konvenčními technikami jako koprecipitace pomocí fosforečnanu vápenatého nebo chloridu vápenatého, DEAE-dextran-mediovanou transfekcí nebo elektroporací. Vhodné způsoby transformace hostitelských buněk mohou být nalezeny v monografii Sambrook a kol. (Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)) a dalších laboratorních učebnicích.

Exprese v prokaryotech je nejčastěji prováděna v E. coli buď fúzí indukovatelnými nebo fúzí neindukovatelnými expresivními vektory. Fúzované vektory obvykle přidávají množství NH₂-koncových aminokyselin k cílovému genu exprese. Tyto NH₂-koncové aminokyseliny jsou často označovány jako reportérové skupiny. Takové reportérové skupiny obvykle slouží dvěma účelům

1) zvýšení rozpustnosti cílového rekombinantního proteinu; a

2) usnadnění čištění cílového rekombinantního proteinu tím, že působí jako ligand pro afinitní purifikaci. Ve fúzovaných expresivních vektorech se často vkládají místa proteolytického štěpení v místech spojení reportérové skupiny a cílového rekombinantního proteinu pro usnadnění separace cílového rekombinantního proteinu od reportérové skupiny po purifikaci fúzovaného proteinu. Takové enzymy a jejich rozpoznávací sekvence zahrnují Faktor Xa, thrombin a enterokinázu. Typické fúzované expresivní vektory zahrnují pGEX (Amrad Corp., Melbourne, Australia), pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA) a pRIT5 (Pharmacia, Pišcataway, NJ) , které fúzují glutathion S-transferázu, vazebný protein maltózy E respektive protein A k cílovému rekombinantnímu ··· ··· • · «· ·

- 77 proteinu. Výhodná reporterová skupina je poly(His), která může být fúzována na amino nebo karboxy konec proteinu a která dělá rekombinantní fúzovaný protein snadno purifikovatelný kovovou chelátovou chromatografií.

Indukovatelné nefúzované expresivní vektory zahrnují pTrc (Amarul a kol., (1988) Gene 69:301-315) a pETlld (Studier a kol., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185. Academie Press, San Diego, California (1990) 60-89). Zatímco exprese cílového genu je závislá na transkripci hostitelské RNA polymerázy z hybridního trp-lac fúzovaného promotoru v pTrc, exprese cílových genů vložených do pETlld je závislá na transkripci z T7 gnlO-lacO fúzovaného promotor mediované koexprimovanou virální RNA polymerázou (T7 gnl) . Tato virální polymeráza je dodávaná hostitelskými kmeny BL21(DE3) nebo HMS174(DE3) z residentního λ profágu, ve kterém se nachází T7 gnl pod transkripčním řízením lacUV 5 promotorem.

Například může být hostitelská buňka, transfektovaná vektorem nukleové kyseliny, řídícím expresi nukleotidové sekvence kódující polypeptid H. pylori, kultivována za vhodných podmínek pro umožnění exprese polypeptidu. Polypeptid může být vylučován a izolován ze směsi buněk a média, obsahujícího peptid. Alternativně může být polypeptid zadržován v cytoplasmě a buňky mohou být shromážděny, lýzovány a protein izolován. Buněčná kultura obsahuje hostitelské buňky, médium a další vedlejší produkty. Vhodná média pro kultivaci buněk jsou známy odborníkům v oboru. Polypeptidy podle předloženého vynálezu mohou být izolovány z buněčného kultivačního média, • 6 ·· · »· ··· ·· ··· ·· • · ··· hostitelských buněk nebo z obojího použitím technik známých v oboru pro čištění proteinů, které zahrnují iontoměničovou chromatografií, gelovou filtrační chromatografií, ultrafiltraci, elektroforézu a imunoafinitní čištění pomocí protilátek specifických pro takové polypeptidy. Kromě toho mohou být v mnoha situacích polypeptidy produkovány chemickým štěpením původního proteinu (například tryptickým natrávením) a produkty štěpení potom mohou být čištěny standardními technikami.

V případě proteinů vázaných k membráně mohou tyto být izolovány z hostitelské buňky kontaktem na membránu asociované proteinové frakce s detergentem, vytvářejícím rozpustný komplex, ve kterém membránově asociovaný protein již není zcela vnořen do membránové frakce a je solubilizován alespoň do takového rozsahu, který dovoluje, aby byl chromatograficky izolován z membránové frakce. Několik různých kritérií je používáno pro volbu detergentu, vhodného pro solubilizaci těchto komplexů. Například jednou vlastností, která je uvažována, je schopnost detergentu solubilizovat protein H. pylori v membránové frakci s minimální denaturací membránově asociovaného proteinu, aby byl možný návrat aktivity nebo funkčnosti membránově asociovaného proteinu po rekonstituci proteinu. Další uvažovaná vlastnost při volbě detergentu je kritická micelová koncentrace (CMC) detergentu tak, že vhodný detergent má výhodně vysoké hodnoty CMC, dovolující snadné odstranění po rekonstituci. Třetí vlastnost, uvažovaná při volbě detergentu je hydrofobnost detergentu. Typicky jsou membránově asociované proteiny velmi hydrofobní a proto detergenty, které jsou také hydrofobní, například tritonové řada, by mohly být užitečné pro solubilizaci hydrofobních • 9*9

9 9 9 9

9 9 9 9 9

9999999 99 99 proteinů. Další důležitá vlastnost, kterou by měl mít detergent je schopnost detergentů odstranit protein H. pylori s minimální interakcí protein-protein, která usnadňuje další čištění. Pátá vlastnost detergentů, která by měla být uvažována, je náboj detergentů. Například jestliže je požadováno použití iontoměničové pryskyřice v purifikačním procesu, potom výhodně detergent má být nenabitý detergent. Chromatografické techniky, které mohou být použity v konečném purifikačním kroku jsou známy v oboru a zahrnují hydrofobní interakci, lektinovou afinitu, iontovou výměnu, afinitu k barvivu a imunoafinitu.

Jednou strategií pro maximalizaci exprese rekombinantního H. pylori peptidu v E. coli je exprese proteinu v hostitelské bakterii s narušenou schopností proteolyticky štěpit rekombinantní protein (Gottesman, S., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185. Academie Press, San Diego, California (1990) 119-128). Další strategie je změna nukleové kyseliny kódující peptid H. pylori, která má být vložena do expresivního vektoru, tak aby jednotlivé kodony každé aminokyseliny byly ty, které jsou výhodně používány ve vysoce exprimovaných proteinech E. coli (Wada a kol., (1992) Nuc. Acids Res. 20:2111-2118). Taková změna nukleových kyselin podle předloženého vynálezu může být prováděna standardními technikami DNA syntézy.

Nukleové kyseliny podle předloženého vynálezu mohou být chemický syntetizovány použitím standardních technik. Jsou známy různé způsoby chemické syntézy polydeoxynukleotidů, v to počítaje syntézu v pevné fázi která, podobně jako syntéza peptidu byla plně automatizována v komerčně dostupných DNA syntetizérech (viz například Itakura a kol.

• · €·

U.S. patent č. 4,598,049; Caruthers a kol. U.S. patent č. 4,458,066; a Itakura U.S. patent č. 4,401,796 a 4,3 73,071, zahrnuté zde jako reference).

III. Polypeptidy H. pylori

Předložený vynález zahrnuje isolované polypeptidy H. pylori, kódované objevenými genomickými sekvencemi H. pylori, v to počítaje polypeptidy podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí. Polypeptidy podle předloženého vynálezu mají délku výhodně alespoň 5 aminokyselinových zbytků. Použitím informace o DNA sekvenci, která je zde uvedena mohou být aminokyselinové sekvence polypeptidů podle předloženého vynálezu odvozeny použitím způsobů dobře známých z oboru. Je zřejmé, že sekvence celé nukleové kyseliny, kódující polypeptid H. pylori může být izolována a identifikována na základě otevřeného čtecího rámce, která kóduje pouze fragment příbuzné protein kódující oblasti. Toho může být dosaženo například použitím isolovaných nukleových kyselin, kódujících otevřený čtecí rámec nebo jejich fragmentů, pro započetí polymerázové řetězové reakce s genomickou DNA H. pylori jako templátem; následováno sekvenací amplifikovaného produktu.

Polypeptidy podle předloženého vynálezu mohou být izolovány z divokého typu nebo z mutantů buněk H. pylori nebo z heterologických organismů nebo buněk (v to počítaje neomezujícím způsobem bakteriální, kvasinkové, hmyzí, rostlinné a savčí buňky) do kterých byla nukleová kyselina » 9 9 ·

H. pylori vložena a exprimována. Kromě toho polypeptidy mohou být částí rekombinantních fúzovaných proteinů.

Polypeptidy H. pylori podle předloženého vynálezu mohou být chemicky syntetizovány použitím komerčních automatických procedur, jako byly procedury uvedené výše..

Polypeptidy H. pylori podle předloženého vynálezu mohou také obsahovat chimerní proteiny a zkrácené proteiny, jak je popsáno dále.

Chimerní proteiny Helicobacter pylori

H. pylori chimerní polypeptidy zahrnují jeden nebo více polypeptidů H. pylori fúzovaných dohromady. Tyto kombinované sekvence mohou být vytvořeny kombinací dvou nebo více genů nebo dvou nebo více polypeptidových kódujících sekvencí nebo alespoň jedním genem a alespoň jednou polypeptid kódující sekvencí za sebou a následnou expresí kódovaných proteinů konvenčním molekulárně biologickými technikami. Kombinované nukleotidové sekvence mohou být složeny z kombinace buď nukleotidových sekvencí H. pylori s plnou délkou nebo z fragmentů takových sekvencí, například fragmentů které obsahují imunologicky relevantní části kódovaných proteinů H. pylori. Tyto chimerní proteiny H. pylori potom mají kombinovaný nebo potenciál pro každý individuální pylori a mohou být používány ve synergický vakcinový protein sekvence H.

vakcinových přípravcích podle předloženého vynálezu.

Exprese zkrácených genů exprese a produkce proteinů

4 4 4

444 444 • ·

4 » 4

Proteiny H. pylori kódované danou nukleotidovou sekvencí mohou také být použity v biologicky aktivní zkrácené formě. Takové zkrácení může být dosaženo například eliminací buď 5' a/nebo 3' oblastí kódující nukleotidové sekvence. Tyto zkrácení mohou ovlivnit rekombinantní expresi kódovaného proteinu a/nebo následné čištění proteinu. Například zkrácení nukleotidové sekvence kódující předpovídanou exportní sekvenci specifického proteinu může změnit expresi proteinu. Alternativně C-koncové zkrácení polypeptidu H. pylori eliminací 3' konce kódující oblasti nukleové kyseliny může zlepšit expresi proteinu a následnou purifikaci a použití, jak je načrtnuto v Příkladu VIII podaném dále. Delece oblastí nukleové kyseliny, kódujících vnitřní oblasti proteinu H. pylori mohou také vést ke zlepšení exprese proteinu, purifikace a/nebo účinnosti jako potenciální vakciny.

IV. Identifikace nukleové kyseliny kódující složky vakcin a cíle pro činidla účinná proti H. pylori

Popisované genomické sekvence H. pylori zahrnují segmenty, které řídí syntézu ribonukleových kyselin a polypeptidů, stejně tak jako počátky replikace, promotory, další typy regulačních sekvencí a intergenní nukleové kyseliny. Vynález zahrnuje nukleové kyseliny kódující imunogenní komponenty vakcin a cíle pro činidla účinná proti H. pylori. Identifikace uvedených imunogenních komponent zahrnuje určení funkce popisovaných sekvencí, čehož může být dosaženo použitím řady přístupů. Neomezující příklady těchto přístupů jsou popsány stručně dále.

9 9 9 ► 9 9 9 » 9 9 9

Homologie se známými sekvencemi:

Počítačově podporované porovnání objevených sekvencí H. pylori s dříve popsanými sekvencemi, popsanými ve veřejně přístupných databázích je použitelné pro identifikaci funkčních nukleových kyselin H. pylori a polypeptidových sekvencí. Je zřejmé, že posloupnosti, kódující proteiny, například mohou být porovnávány jako celek a že vysoký stupeň sekvenční homologie mezi dvěma proteiny (jako je například více než 80-90%) na úrovni aminokyselin naznačuje, že dva proteiny také mají jistý stupeň funkční homologie jako je například mezi enzymy účastnícími se metabolismu, DNA syntézy, nebo syntézy buněčné stěny a proteiny účastnící se na transportu, dělení buňky a pod. Kromě toho bylo identifikováno mnoho strukturálních rysů konkrétních tříd proteinů a byly korelovány se specifickými společnými sekvencemi jako jsou například vazebné oblasti nukleotidy, DNA, ionty kovů a další malé molekuly; místa pro kovalentní modifikace jako je fosforylace, acylace a podobně; místa interakce protein:protein a podobně. Tyto společné sekvence mohou být zcela krátké a tak mohou představovat pouze část celé posloupnosti kódující proteiny. Identifikace takových rysů u H. pylori sekvencí je proto užitečná pro stanovení funkce kódovaného proteinu a identifikaci použitelných cílů antibakteriálních látek.

Obzvláště relevantní předmětu předloženého vynálezu jsou strukturální rysy, které jsou společné sekrečním, transmembránovým a povrchovým proteinům, v to počítaje sekreční signální peptidy a hydrofobní transmembránové proteiny H. pylori identifikované jako obsahující předpokládané signální sekvence a/nebo transmembránové • 4 oblasti, které jsou použitelné jako imunogenní komponenty vakcín.

Identifikace podstatných genů:

Nukleové kyseliny, které kódují proteiny podstatné pro růst nebo životaschopnost H. pylori jsou výhodné jako cíle léčiv. H. pylori geny mohou být testovány na jejich biologickou relevanci pro organismus zkoumáním účinku delece a/nebo přerušení genu, to jest použitím metody, zvané knockout genu, použitím technik známých odborníkům v oboru. Tímto způsobem mohou být identifikovány podstatné geny.

Kmenově specifické sekvence:

Vzhledem k evolučnímu vztahu mezi různými kmeny H. pylori se předpokládá, že v současné době popsané sekvence H. pylori jsou použitelné pro identifikaci a/nebo diskriminaci mezi dříve známými a novými kmeny H. pylori. Předpokládá se, že další kmeny H. pylori budou vykazovat alespoň 70% sekvenční homologie s nyní presentovanými sekvencemi. Systematické a rutinní analýzy DNA sekvencí odvozených ze vzorků obsahujících kmeny H. pylori a porovnání se současnými sekvencemi dovoluje identifikaci sekvencí, které mohou být použity pro diskriminaci mezi kmeny stejně tak jako určení sekvencí, které jsou společné pro všechny kmeny H. pylori. V jednom provedení předloženého vynálezu vynález přináší nukleové kyseliny, v to počítaje sondy a peptidové a polypeptidové sekvence, které rozlišují mezi různými kmeny H. pylori. Kmenově specifické komponenty mohu také být identifikovány funkčně na základě jejich schopnosti • · · · ·· · · · « vyvolat reakci nebo reagovat s protilátkami, které selektivně rozpoznávají jeden nebo více kmenů H. pylori.

V jiném provedení předloženého vynálezu vynález přináší nukleové kyseliny, v to počítaje sondy a peptidové a polypeptidové sekvence, které jsou společné všem kmenům H. pylori, ale které se nenachází u dalších bakteriálních druhů.

Specifický příklad: Určení potenciálního proteinového antigenu pro vývoj protilátek a vakcín

Volba potenciálních proteinových antigenů vývoj vakcín může být odvozen od nukleové kyseliny kódující polypeptidy H. pylori. Nejprve mohou být analyzovány otevřené čtecí rámce na homologii s ostatními známými exportovanými nebo membránovými proteiny a analyzovány použitím diskriminční analýzy, kterou popsali Klein, a kol. (Klein, P., Kanehsia, M. a DeLisi, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815, 468-476) pro předvídání exportovaných a membránových proteinů.

Průzkum homologie může být prováděn použitím algoritmu BLAST, který je obsažen v Wisconsin Sequence Analysis Package (Genetics Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, WI 53711) pro porovnání každého předpovídaného otevřeného čtecího rámce aminokyselinové sekvence se všemi sekvencemi nalezenými v současných databázích GenBank, SWISS-PROT a PIR. BLAST hledá lokální přiřazení mezi otevřenými čtecími rámci a databázovými sekvencemi a oznamuje hodnotu pravděpodobnosti nalezení takové sekvence náhodou v databázi. Otevřené čtecí rámce s > 9 · · •99 999 významnou homologií (například pravděpodobnosti nižší než 1 xlO'⁶ než homologie pouze na základě náhody) k membránovým nebo exportovaným proteinům představuje proteinové antigeny pro vývoj vakcín. Možné funkce mohou být přiřazeny genům H. pylori na základě sekvenční homologie ke genům, klonovaným v jiných organismech.

Diskriminční analýza (Klein, používána pro zkoumání aminokyselinových vnitřní informaci a kol. supra) může být otevřeného čtecí rámce Tento algoritmus používá v otevřeném čtecím rámci porovnává ji s informací sekvencí. obsaženou aminokyselinové sekvence a odvozenou z vlastností známých membránových a exportovaných proteinů. Toto porovnáváni předvídá, které proteiny budou exportovány, membránové asociované nebo cytoplasmické. Otevřený čtecí rámec aminokyselinových sekvencí, identifikovaných jako exportované nebo membránově asociované na základě tohoto algoritmu jsou pravděpodobné proteinové antigeny pro vývoj vakcín.

Povrchové proteiny vystavené na vnější membráně jsou pravděpodobné representanty nej lepších antigenů pro vytvoření ochranné imunitní odezvy proti H. pylori. Mezi algoritmy, které mohou být používány pro pomoc při předvídání těchto proteinů vnější membrány jsou ty, které určují přítomnost amfipatických beta-listů oblastí na jejich C-konci. Tyto oblasti, které byly zjištěny u velkého množství proteinů vnější membrány Gram negativních bakterií jsou často charakterizovány hydrofobními zbytky (Phe nebo Tyr) přibližně v polohách 1, 3, 5, 7 a 9 od C-konce (například viz obr. 1, blok F) . Je důležité, že tyto sekvence nebyly zjištěny na C-koncích periplasmických • · · · ·· · ··· • · ·· ·· • · ·

- 87 .-ί.·..* proteinů, což dovoluje prvotní rozdělení těchto dvou tříd proteinů na základě primárních sekvenčních datech. Tento fenomén byl již dříve popsán v práci Struyve a kol. (J. Mol. Biol. 218:141-148, 1991).

Na obr. 1 je také znázorněn dodatečný aminokyselinový sekvenční motiv, který byl nalezen u mnoha proteinů H. pylori z vnější membrány. Uspořádání aminokyselinové sekvence na obr. 1 znázorňuje části sekvence pěti proteinů H. pylori (znázorněných v jednopísměnovém kódu aminokyselin) , označených jejich identifikačním číslem aminokyselinové sekvence a znázorněné od N-konce ke Ckonci, zleva vpravo. Bylo nalezeno šest odlišných bloků (označených A až F) podobných aminokyselinových zbytků, v to počítaje výrazné hydrofobní zbytky (Phe nebo Tyr; F nebo Y v jednopísměnovém kódu aminokyselinových zbytků), které se často nacházejí poblíž C-konce proteinů vnější membrány. Přítomnost několika sdílených motivů jasně zakládá podobnost mezi členy této skupiny proteinů.

Kromě toho proteiny vnější membrány izolované z H. pylori často sdílejí motiv poblíž maturovaného N-konce (to znamená po zpracování k odstranění sekrečních signálů), jak je ilustrováno na blocích aminokyselinových zbytků na obr. 2. Obr 2 znázorňuje N- koncové části tří proteinů H. pylori (označených jejich identifikačním číslem aminokyselinové sekvence a znázorněné od N-konce ke C-konci, zleva vpravo).

Odborník v oboru ví, že sdílené sekvenční motivy jsou velmi významné a ustanovují podobnost mezi členy této skupiny proteinů.

• 9 • · • · · · · • · · · 9 • 9 999 999

Často není možné rozlišit mezi několika možnými nukleotidy v dané poloze sekvence nukleové kyseliny. V těchto případech jsou nejasnosti označovány rozšířeným abecedním kódem který následuje:

Následující zkratky jsou oficiální IUPAC-IUB jednopísměnové kódy

Kód Popis báze

G Guanin

A Adenin

T Thymin

C Cytosin

R Purin (A nebo G)

Y Pyrimidin (C nebo T nebo U)

M Amino (A nebo C)

K Keton (G nebo D

S Silná interakce (C nebo G)

W Slabá interakce (A nebo D

H	Ne G	(A nebo C nebo T)
B	Ne A	(C nebo G nebo T)
V	Ne T	(ne U) (A nebo C nebo G)
D	Ne C	(A nebo G nebo T)
N	Libovolný (A nebo C nebo G nebo T)

Překlady aminokyselin podle předloženého vynálezy berou v úvahu tyto neúplnosti sekvencí nukleových kyselin překládáním neúplně popsaného kodonu písmenem K. Ve všech případech jsou přípustné aminokyselinové zbytky v dané poloze zřejmé z prozkoumání sekvence nukleové kyseliny založené na standardním genetickém kódu.

• ·· · ··

• ·· • · · · · · · · • · · · · · • · · ·#· ··· • · · · ··· ···· ·· ··

V. Produkce fragmentů a analogů nukleových kyselin a polypeptidů Helicobacter pylori

Na základě objevu genových produktů H. pylori podle předloženého vynálezu, podaných v Seznamu sekvencí, může odborník v oboru pozměnit objevenou strukturu (genů H. pylori ) , například vytvořením fragmentů nebo analogů a testem nově vytvořených struktur na jejich aktivitu. Příklady technik známých odborníkům v odpovídajícím oboru, které dovolují vytváření a testování fragmentů a analogů jsou popsány dále. Tyto nebo analogické způsoby mohou být použity pro vytváření a prohledávání knihoven polypeptidů, například knihoven náhodných peptidů nebo knihovny fragmentů nebo analogů buněčných proteinů na jejich schopnost vázat polypeptidy H. pylori. Takové vyhledávání je použitelné pro identifikaci inhibitorů H. pylori.

Vytváření fragmentů

Fragmenty proteinů mohou být vytvářeny několika způsoby, například rekombinantně, proteolytickým natrávením nebo chemickou syntézou. Vnitřní nebo koncové fragmenty polypeptidů mohou být vytvářeny odstraněním jednoho nebo více nukleotidů z jednoho konce (pro koncový fragment) nebo obou konců (pro vnitřní fragment) nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Exprese mutagenizované DNA vytváří polypeptidové fragmenty. Natrávení s konce štěpícími (endnibbling) endonukleázami tedy může vytvářet DNA, které kódují škálu fragmentů. DNA, které kódují fragmenty proteinu mohou také být vytvářeny náhodným sestřihem, φφφφ

ΦΦ ·· φφ φ φφφφ φφφφ φ φ ΦΦΦΦΦ φφ φ φ φ φφφφφφ φφφ φ φ φφ φφφ φφφφ φφ φφ restrikčním natrávením nebo kombinací výše uvedených způsobů.

Fragmenty mohou také být chemicky syntetizovány použitím technik známých v oboru, jako je konvenční Merrifieldova syntéza v pevné fázi použitím skupin f-Moc nebo t-Boc. Například mohou být peptidy podle předloženého vynálezu libovolně děleny na fragmenty požadované délky bez překrývání fragmentů nebo děleny na překrývající se fragmenty požadované délky.

Změny nukleových kyselin a polypeptidů: Náhodné způsoby

Varianty aminokyselinové sekvence proteinu mohou být připraveny náhodnou mutagenezí DNA, která kóduje protein nebo konkrétní oblast nebo část proteinu. Použitelné způsoby zahrnují PCR mutagenezí a saturační mutagenezi. Knihovna náhodných variant aminokyselinových sekvencí může být také vytvořena syntézou souboru degenerovaných oligonukleotidových sekvencí. (Methody vyhledávání proteinů v knihovně variant jsou popsány na jiném místě).

(A) PCR mutageneze

Při PCR mutagenezi je použita snížená Taq polymerázová věrnost pro zavedení náhodných mutací do klonovaného fragmentu DNA (Leung a kol., 1989, Technique 1: 11- 15). DNA oblast, která má být mutagenizována je amplifikována použitím polymerázové řetězové reakce (PCR) za podmínek, které snižují věrnost DNA syntézy Taq DNA polymerázou, například by použitím a dGTP/dATP poměru rovnému pěti a přidáním Mn²⁺ do PCR reakce. Soubor amplifikovaných DNA

r • 9 9 9

99

9 • ·

9999

9 ·

999 999

9

99 fragmentů se vloží do vhodných klonovacích vektorů pro vytvoření knihovny náhodných mutantů.

(B) Saturační mutageneze

Saturační mutageneze dovoluje rychlé vložení velkého množství jednobázových substitucí do klonovaných DNA fragmentů (Mayers a kol., 1985, Science 229:242). Tato technika zahrnuje vytváření mutací, například chemickým zpracováním nebo ozářením jednovláknové DNA in vitro a syntézu komplementárního DNA vlákna. Mutační frekvence může být modulována modulováním síly zpracování a v zásadě mohou být vytvořeny všechny možné substituce bází. Protože tato procedura nezahrnuje genetickou selekci fragmentů mutantu, jsou získány obě neutrální substituce i ty, které mění funkci. Distribuce bodů mutace není odchýlena ke konzervovaným sekvenčním prvkům.

(C) Degenerované oligonukleotidy

Knihovna homologů také může být generována ze souboru degenerovaných oligonukleotidových sekvencí. Chemická syntéza degenerovaných sekvencí může být prováděna v automatickém DNA syntetizátoru a syntetické geny jsou potom ligovány do vhodného expresivního vektoru. Syntéza degenerovaných oligonukleotidů je známa z oboru (viz například, Narang, SA (1983) Tetrahedron 39:3; Itakura a kol. (1981) Recombinant DNA, Proč 3rd Cleveland Sympos. Macromolecules, ed. AG Walton, Amsterdam: Elsevier pp273289; Itakura a kol. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53:323; Itakura a kol. (1984) Science 198:1056; Ike a kol. (1983) • ·

k · 4 4 » 4 4 >

444 444

- 92 4

Nucleic Acid Res. 11:477. Takové techniky byly použity pro přímý vývoj dalších proteinů (viz například Scott a kol. (1990) Science 249:386-390; Roberts a kol. (1992) PNAS 89:2429- 2433; Devlin a kol. (1990) Science 249: 404-406;

Cwirla a kol. (1990) PNAS 87: 6378- 6382; a U.S. patenty č. 5,223,409, 5,198,346 a 5,096,815).

Změny nukleových kyselin a polypeptidů: Způsoby řízené mutageneze

Nenáhodný nebo řízené mutagenní techniky mohou být používány pro vytvoření specifických sekvencí nebo mutací ve specifických oblastech. Tyto techniky mohou být použity pro vytvoření variant, které zahrnují například delece, inserce nebo substituce zbytků známých aminokyselinových sekvencí proteinu. Místa pro mutace mohou být modifikována individuálně nebo v posloupnostech, například (1) substitucí nejprve s konservovanými aminokyselinami a potom radikálnějšími volbami v závislosti na dosažených výsledcích, (2) vynechání cílového zbytku, nebo (3) vložení zbytku stejné nebo odlišné třídy přilehlé k lokalizovanému místu nebo kombinace možností 1-3.

(A) Alaninová skanovací mutageneze

Alanin skanovací mutageneze je užitečný způsob identifikace jistých zbytků nebo oblastí požadovaného proteinu, které jsou preferovanými místy nebo oblastmi pro mutagenezi, Cunningham a Wells (Science 244:1081-1085, 1989). V alaninovém skanování je identifikován zbytek nebo skupina cílových zbytků (například nabité zbytky jako jsou Arg,

Asp, His, Lys a Glu) a jsou nahrazeny neutrálními nebo negativně nabitými aminokyselinami (nejvýhodněji alanin nebo polyalanin). Náhrada aminokyseliny může ovlivnit interakci aminokyselin s okolním vodným prostředím v buňce nebo mimo ni. Ty oblasti, které vykazují funkční sensitivitu na substituce jsou potom zjemněny vložením dalších nebo jiných variant v místech substituce. Proto zatímco variace vložení sekvence aminokyselin je předem určena, samotná povaha mutace nemusí být dopředu určena. Například pro optimalizaci chování mutace v daném místě může být prováděna alaninová skanovací mutageneze nebo náhodná mutageneze v cílovém kodonu nebo oblasti a exprimované varianty požadované proteinové podjednotky jsou probírány s cílem nalézt optimální kombinaci požadované aktivity.

(B) Oligonukleotidově mediovaná mutageneze

Oligonukleotidově mediovaná mutageneze je užitečný způsob přípravy variant DNA substitucí, delecí a insercí, viz například Adelman a kol., (DNA 2:183, 1983). Stručně řečeno je požadovaná DNA pozměněna hybridizací oligonukleotidu kódujícího mutaci k DNA templátu, kde templát je jednovláknová forma plasmidu nebo bakteriofágu obsahující nezměněnou nebo přírodní DNA sekvenci požadovaného proteinu. Po hybridizace je použita DNA polymeráza pro syntézu celého druhého komplementárního vlákna templátu, které tak zahrne oligonukleotidový primer a bude kódovat pozměněnou DNA požadovaného proteinu. Obecně se používají oligonukleotidy délky alespoň 25 nukleotidů. Optimální oligonukleotidy mají 12 to 15 nukleotidů, které jsou plně komplementární k templátu na jedné straně nukleotidu nebo nukleotidů, kódujících mutaci.

To zajišťuje ze • · · · ·· · ··· • · · ·· oligonukleotid bude správně hybridizovat k jednovláknové DNA templátové molekule. Oligonukleotidy se snadno syntetizují použitím technik, známých v oboru, jak je popsáno například v práci Crea a kol. {Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 75: 5765[1978]).

(C) Kazetová mutageneze

Další způsob přípravy variant, kazetová mutageneze, je založena na technice popsané v práci Wells a kol. (Gene, 34:315[1985]) . Výchozí materiál je plasmid (nebo jiný vektor) který obsahuje DNA proteinové podjednotky, která má být mutována.

Kodon nebo kodony DNA proteinové podjednotky, která má být mutována, jsou identifikovány. Musí existovat jednoznačné restrikční endonukleázové místo na každé straně identifikovaného mutačního místa nebo míst. Jestliže taková restrikční místa neexistují, mohou být vytvořena použitím výše popsaného způsobu oligonukleotidově mediované mutageneze, kterými se vloží do vhodných míst požadované DNA proteinové podjednotky. Po vytvoření restrikčních míst v plasmidu se plasmid přeruší v těchto místech a tím se linearizuje. Oligonukleotid se dvěma vlákny, kódující sekvenci DNA mezi restrikčními místy, ale obsahující požadovanou mutaci nebo mutace je syntetizován použitím standardních procedur. Dvě vlákna jsou syntetizována odděleně a potom spolu hybridizována použitím standardních technik. Tento dvojvláknový oligonukleotid je označován jako kazeta. Tato kazeta je navržena tak, aby měla 3' a 5' konce, které jsou slučitelné s konci linearizovaného plasmidu, tak aby mohla být přímo ligována k plasmidu.

• ·

- 95 Takový plasmid pak obsahuje mutovanou požadovanou DNA sekvenci proteinové podjednotky.

(D) Kombinatorická mutageneze

Kombinatorická mutageneze může také být použita pro vytvoření mutantů (Ladner a kol., WO 88/06630). Při tomto způsobu se aminokyselinové sekvence skupiny homologů nebo jinak souvisejících proteinů položí vedle sebe, výhodně pro dosažení co největší možné homologie. Všechny aminokyseliny, které se objeví v dané poloze souběžných sekvencí jsou zvoleny pro degenerovaný soubor kombinatorických sekvencí. Knihovna variant je vytvořena kombinatorickou mutagenezí na úrovni nukleových kyselin a kódována knihovnou měněných genů. Například směsi syntetických oligonukleotidů mohou být enzymaticky ligovány do genových sekvencí tak, že degenerovaný soubor potenciálních sekvencí je exprimovatelný jako jednotlivé peptidy nebo, alternativně, jako soubor větších fúzovaných proteinů, obsahující soubor degenerovaných sekvencí.

Další modifikace nukleových kyselin a polypeptidu

Helicobacter pylori

Je možné modifikovat strukturu polypeptidu H. pylori pro takové účely, jako je zvýšená rozpustnost, zlepšená stabilita (například skladovatelnost ex vivo a odolnost k proteolytické degradaci in vivo). Modifikovaný protein nebo peptid H. pylori může být produkován substitucí, delecí nebo adicí zde uvedenými způsoby.

Peptid H. pylori může být také modifikován substitucí cysteinových zbytků výhodně alaninem, serinem, threoninem, leucinem nebo glutamovou kyselinou pro minimalizaci • · · · • * • · • ··»· ···· • · · · · · · • · · · · ······ • · · · · · • ·· ······< · · · · dimerizace disulfidovými můstky. Kromě toho mohou být aminokyselinové postranní řetězce fragmentů proteinu podle předloženého vynálezu chemicky modifikovány. Další modifikací je cyklizace peptidu.

Pro zvýšení stability a/nebo reaktivity může být polypeptid H. pylori modifikován pro zahrnutí jednoho nebo více polymorfismů do aminokyselinové sekvence proteinu, vznikajícího libovolnou přirozenou alelíckou variací. Kromě toho mohou být substituovány nebo přidány D-aminokyseliny, jiné než přirozené aminokyseliny nebo neaminokyselinové analogy pro vytvoření modifikovaných proteinů, které jsou také v rozsahu předloženého vynálezu. Dále může být polypeptid H. pylori modifikován použitím polyethylenglykol (PEG) způsobem, který popsal A. Sehon a spolupracovníci (Wie a kol., supra) pro vytvoření proteinu konjugovaného s PEG. Kromě toho může být přidán PEG během chemické syntézy proteinu. Další modifikace proteinů H. pylori zahrnují redukci/alkylaci (Tarr, Methods of Protein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); acylaci (Tarr, supra); chemickou kopulaci k vhodnému nosiči (Mishell a Shiigi, eds, Selected Methods in Cellular Imunology, WH Freeman, San Francisco, CA (1980), U.S. patent 4,939,239; nebo mírné zpracování formalinem (Marsh, (1971) Int. Arch. of Allergy a Appl. Imunol., 41: 199 - 215).

Pro usnadnění purifikace a potenciální vzrůst rozpustnosti proteinu nebo peptidu H. pylori je možno přidat do peptidové kostry aminokyselinovou fúzovací skupinu.

Například může být k proteinu přidán hexa-histidin pro • · • · · · • 9 999 999

9 9

9999 99 99 purifikaci afinní chromatografií s imobilizovaným iontem kovu (Hochuli, E. a kol., (1988) Bio/Technology, 6: 1321 1325) . Kromě toho je možno pro usnadnění izolace peptidu prostých irelevantních sekvencí vložit specifická endoproteázová štěpná místa mezi sekvence fúzovací skupiny a peptid.

Pro potenciální pomoc správnému antigenovému zpracování epitopů polypeptidu H. pylori mohou být mezi oblastmi vytvořeny kanonická proteázově sensitivní místa, každé obsahující alespoň jeden epitop, rekombinantními nebo syntetickými způsoby. Například mohou být mezi oblasti uvnitř proteinu nebo fragmentu během jejich rekombinantní konstrukce vloženy nabité aminokyselinové páry, jako jsou KK nebo RR. Výsledný peptid se může stát senzitivním na štěpení kathepsinem a/nebo jinými trypsinu podobnými enzymy, které mohou vytvořit části proteinu obsahující jeden nebo více epitopů. Navíc takové nabité aminokyselinové zbytky mohou vést ke zvýšení rozpustnosti peptidu.

Primární způsoby třídění polypeptidu a analogů

V oboru jsou známy různé způsoby třídění a vyhledávání vytvořených produktů s mutovanými geny. Technik prohledávání velkých genových knihoven často zahrnují klonování genových knihoven do replikovatelných expresivních vektorů, transformaci vhodných buněk výslednými knihovnami vektorů a expresi genů za podmínek, při kterých detekce požadované aktivity, například v tomto případě vazby na polypeptid H. pylori nebo interagující protein, usnadňuje relativně snadnou izolaci vektoru kódujícího gen, jehož produkt byl detekován. Každá z • · · ·

technik popsaných dále je vhodná pro analýzu s velkým výkonem pro prohledávání velkých množství vytvořených sekvencí, například v případě technik náhodné mutageneze.

(A) Dvouhybridové systémy

Dvouhybridové testy jako je systém popsaný výše (stejně tak jako další způsoby vyhledávání, které budou uvedeny), může být použit pro identifikaci polypeptidů, například fragmentů nebo analogů přirozeně se vyskytujících polypeptidů H. pylori, například buněčných proteinů nebo náhodně vytvořených polypeptidů, které se váží k proteinu H. pylori. (Oblast H. pylori je použita jako návnadový (bait) protein a knihovna variant je exprimována jako hledající fúzované proteiny.) Analogickým způsobem může být dvouhybridový test (stejně tak jako další způsoby vyhledávání, které budou uvedeny), použit pro nalezení polypeptidů, které váží polypeptid H. pylori.

(B) Display knihovny

Jeden přístup k provádění vyhledávacích a třídicích testů spočívá v tom, že zvažované peptidy vyloženy na povrchu buněk nebo virálních částic a schopnost konkrétních buněk nebo virálních částic vázat se k vhodným receptorovým proteinům prostřednictvím vystaveného produktu je detekována v „panning testn. Například genová knihovna může být klonována na gen pro povrchový membránový protein bakteriální buňky a výsledný fúzovaný protein detekován pomocí panningu (Ladner a kol., WO 88/06630; Fuchs a kol. (1991) Bio/Technology 9:1310-1311; a Goward a kol. (1992) TIBS 18:136-140). Podobným způsobem může být detekovatelně označený ligand použit pro hodnocení potenciální funkčnosti peptidového homologu. Fluorescenčně označené ligandy, • 44 ·

44 ·· • 4 4 4 4 4 4 4 4 • 4 · · · · · • 4 4 4 4 444444

4 4 4 4

444 4444 44 44 například receptory, mohou být použity pro detekci homologů, které si uchovávají ligandovou vazebnou aktivitu. Použití fluorescenčně označených ligandů, dovoluje aby buňky byly vizuálně sledovány a separovány pod fluorescenčním mikroskopem nebo, pokud to morfologie buňky dovolí, aby byly separovány fluorescenčně aktivovaným třídičem buněk.

Genová knihovna může být exprimována jako fúzovaný protein na povrchu virální částice. Například ve filamentózním fágovém systému mohou být cizí peptidové sekvence exprimovány na povrchu infikovaného fága, čímž se získají dvě významné výhody. Předně, jelikož tento fág může být aplikován do afinitních matric v koncentracích značně nad 10¹³ fágů na mililitr, velké množství fágů může být tříděno současně. Za druhé, jelikož každý infikovaný fág má genový produkt vystaven na svém povrchu, jestliže konkrétní fág je získán z afinitní matrice s malým výtěžkem, fág může být amplifikován v dalším kole infekce. Skupina takřka identických E. coli filamentózních fágů M13, fd a fl jsou nej častěji používány ve fágových display knihovnách. Oba z fágových plášťových proteinů glll nebo gVIII mohou být použity pro vytvoření fúzovaných proteinů bez porušení obalu virální částice. Cizí epitopy mohou být exprimovány na NH2~konci plil a fágy nesoucí takové epitopy mohou být získány z velkého přebytku fágů, které nemají tento epitop (Ladner a kol. PCT publikace WO 90/02909; Garrard a kol., PCT publikace WO 92/09690; Marks a kol·. (1992) J. Biol. Chem. 261:16001-16010; Griffiths a kol. (1993) EMBO J. 12:125-134; Clackson a kol. (1991) Nátuře 352:624-628; a Barbas a kol. (1992) PNAS 89:4451-4461).

·· ·· • · · · • · · · • ·· · ··· • · • · · ·

100 ····

Běžný přístup používá maltózový receptor E. coli (protein vnější membrány, LamB) jako peptidový fúzovací partner (Charbit a kol. (1986) EMBO 5, 3029-3031). Oligonukleotidy byly vloženy do plasmidů kódujících gen LamB pro produkci peptidů fúzovaných do extrabuněčné smyčky proteinu. Tyto peptidy jsou použitelné pro vazbu k ligandům, například k protilátkám a mohou vyvolat imunitní odezvu, pokud buňky jsou podávány zvířatům. Další buněčné povrchové proteiny, například OmpA (Schorr a kol. (1991) Vaccines 91, str. 387392), PhoE (Agterberg, a kol. (1990) Gene 88, 37-45) a PAL (Fuchs a kol. (1991) Bio/Tech 9, 1369-1372) stejně tak jako velké bakteriální povrchové struktury sloužily jako vehikula pro vystavení peptidů. Peptidy mohou být fúzovány na pilin, protein který polymerizuje a vytváří pilus vedení pro interbakteriální výměnu genetické informace (Thiry a kol. (1989) Appl. Environ. Microbiol. 55, 984993) . Vzhledem ke své roli při interakci s dalšími buňkami poskytuje pilus užitečný nosič pro presentaci peptidů extrabuněčnému prostředí. Další velká povrchová struktura, používaná pro vystavení (display) peptidů je bakteriální pohybový orgán, bičík (flagelium). Fúze peptidů k podjednotkovému proteinu flagelinu nabízí husté pole mnoha kopií peptidů na hostitelských buňkách (Kuwajima a kol. (1988) Bio/Tech. 6, 1080-1083). Povrchové proteiny dalších bakteriálních druhů také sloužily jako partneři pro peptidovou fúzi. Příklady zahrnují Staphylococcus protein A a IgA proteázu vnější membrány Neisseria (Hansson a kol. (1992) J. Bakteriol. 174, 4239-4245 a Klauser a kol. (1990) EMBO J. , 9, 1991- 1 999) .

·· ·· • · · 4 4 · • · 4 · · • 4 444444

4 4

4444 44 44

- 101

Ve filamentózních fágových systémech a LamB systému popsaném výše, fyzická vazba mezi peptidem a jeho kódující DNA nastává zahrnutím DNA do částice (buňka nebo fág) , která nese peptid na svém povrchu. Zachycení peptidu znamená zachycení částice a DNA, která se nachází uvnitř. Alternativní schéma používá DNA-vazebný protein Láci pro vytvoření vazby mezi peptidem a DNA (Culí a kol. (1992) PNAS USA 59:1865-1869). Tento systém používá plasmid obsahující Láci gen s oligonukleotidovým klonovacím místem na jeho 3'-konci. Za indukce řízené arabinózou je produkován fúzovaný protein Lacl-peptid. Tato fúze uchovává přirozenou schopnost Lad vázat se ke krátkým DNA sekvencím známým jako LacO operátor (LacO) . Po umístění dvou kopií LacO na plasmid exprese fúzovaný pár Lacl-peptid těsně váže na plasmid která jej kóduje. Protože plasmidy v každé buňce obsahují pouze jedinou oligonukleotidovou sekvenci a každá buňka exprimuje pouze jedinou peptidovou sekvenci, peptidy se stávají specifickými a stabilně asociovanými s DNA sekvencí, která řídila jejich syntézu. Buňky knihovny se mírně lyžují a komplexy peptid-DNA se vystaví matrici imobilizovaných receptorů pro získání komplexů obsahujících aktivní peptidy. Asociovaný plasmid DNA je potom znovu vložen do buněk pro amplifikaci a DNA sekvenaci pro určení identity peptidových ligandů. Jako demonstrace praktické použitelnosti tohoto způsobu byla vytvořeny velká náhodná knihovna dodekapeptidů a roztříděna na monoklonální protilátkách působících proti opioidovému peptidu dynorfinu B. Byla získána velká skupina peptidů, které byly všechny podobné ve společné sekvenci odpovídající šestizbytkové části dynorfinu B. (Culí a kol. (1992) Proč. Nati. Acad. Sci. USA. 89-1869)

- 102

99 9 •

• 9 • 9 ·· ·· ··

9 9 9 · 99 9 • 9 9 9 9 9

99 999 999

9 <9 ··· 9· 9 9 99 99

Toto schéma, někdy označované jako peptidy-na-plasmidech, se liší od způsobů fágového vystavení (display) ve dvou důležitých aspektech. Za prvé jsou peptidy vázány ke Ckonci fúzovaného proteinu, což vede k vystavení členů knihovny jako peptidů, které mají volné karboxy konce. Oba plášťové proteiny filamentózních fágů, plil a pVIII, jsou k fágu ukotveny prostřednictvím jejich C-konců a hostující peptidy jsou umístěny na vně vyčnívající N-koncové domény. V některých provedeních jsou na fágu vystavené peptidy presentovány přímo v aminovém konci fúzovaného proteinu. (Cwirla, a kol. (1990) Proč. Nati. Acad Sci. USA. 81, 63786382) : Druhý rozdíl spočívá v souboru biologických odchylek, ovlivňujících populace peptidů, které jsou skutečně přítomny v knihovnách. Láci fúzované molekuly jsou omezeny na cytoplasmu hostitelských buněk. Fúzované páry na plášti fága jsou vystaveny rychle cytoplasmě během translace, ale jsou rychle vylučovány přes vnitřní membránu v periplasmickém oddílu a zůstávají ukotveny v membráně jejich C-koncovými hydrofobními doménami, zatímco N-konce, obsahující peptidy, vyčnívají do periplasmy, zatímco očekávají zahrnutí do fágových částic. Peptidy v Láci a fágových knihovnách se mohou významně lišit jako výsledek jejich vystavení různým proteolytickým aktivitám. Proteiny pláště fága vyžadují transport přes vnitřní membránu a zpracování signálními peptidázami jako předehru k zahrnutí do fágu. Jisté peptidy mají škodlivý efekt na tyto procesy a jsou reprezentovány v knihovnách v malé míře (Gallop a kol. (1994) J. Med. Chem. 3 7(9): 1233-1251). Tato konkrétní nerovnoměrnost se nevyskytuje v Lad display systémech.

• # · · · • · · · ♦

- 103

Počet malých peptidů, které jsou dostupné v rekombinantních náhodných knihovnách je obrovský. Běžně jsou připravovány knihovny 10⁷-10⁹ nezávislých klonů. Byly již vytvořeny knihovny obsahující až 10^u rekombinantních peptidů, ale tato velikost se již blíží praktickým omezením velikosti klonových knihoven. Toto omezení velikosti knihovny vzniká v kroku transformace DNA obsahující randomizované segmenty do hostitelských bakteriálních buněk. Pro překonání těchto omezení byly v současné době vyvinuty in vitro systémy založení na vystavení vznikajících peptidů v polysomálních komplexech. Tento způsob vystavení knihovny má potenciál vytvoření knihoven o 3-6 řádů větších než v současnosti dostupné knihovny fágů/fagemidů nebo plasmidů. Kromě toho konstrukce knihoven, exprese peptidů a vyhledávání jsou prováděny plně v bezbuněčném tvaru.

V jedné aplikaci tohoto způsobu (Gallop a kol. (1994) J. Med. Chem. 37(9):1233-1251), byla zkonstruována molekulární DNA knihovna, kódující 10¹² dekapeptidů a knihovna pak byla exprimována v E. coli S30 in vitro kopulovaném transkripčním/translačním systému. Podmínky byly zvoleny tak, aby ribosomy se zastavily na mRNA, což způsobilo akumulaci podstatné části RNA v polysomech a vytvořilo komplexy, obsahující vznikající peptidy stále vázané k jejich kódující RNA. Polysomy jsou dostatečně robustní, aby byly afinitně purifikovány na imobilizovaných receptorech velmi podobně jako když probíhá vyhledávání v obvyklejších display knihovnách rekombinantních peptidů. RNA z vázaných komplexů je shromážděna, přeměněna na cDNA a amplifikována pomocí PCR pro produkci templátu pro další kolo syntézy a třídění. Polysomální display způsob může být spojen s

- 104 a · 9 · · · · · 9 9 9 9 · 9 • 9 9 9*9

9 9 999 999

9 9 9 • 999999 99 99 fágovým display systémem. Po několika kolech prohledávání se cDNA z obohaceného souboru polysomů klonuje do fagemidového vektoru. Tento vektor slouží současně jako peptidový expresivní vektor, vystavující peptidy fúzované k proteinům pláště a jako DNA sekvenační vektor pro identifikaci peptidů. Pomocí exprese polysomověderivovaných peptidů na fágu je možné buď pokračovat afinitní selekční proceduru v tomto tvaru nebo testovat peptidy na individuálních klonech pro vazebnou aktivitu ve fágovém testu ELISA nebo na vazebnou specificitu v kompletačním fágovém testu ELISA (Barret, a kol. (1992) Anal. Biochem. 204,351-364). Pro identifikaci sekvencí aktivních peptidů se sekvenuje DNA vytvářená fagemidovým hostitelem.

Sekundární třídění polypeptidů a analogů

Vysoce výkonné testy popsané výše mohou být následovány sekundárním tříděním s cílem identifikovat další biologické aktivity, které například dovolí odborníkovi v oboru odlišit agonisty od antagonistů. Typ sekundárního třídění, který bude použit, závisí na požadované aktivitě, kterou je třeba testovat. Například může být použit test ve kterém je zkoumána schopnost inhibice interakce mezi uvažovaným proteinem a jeho případným ligandem pro identifikaci antagonistů ze souboru peptidových fragmentů, izolovaných jedním ze způsobů primárního třídění, které byly popsány výše.

Způsoby vytváření fragmentů a analogů a jejich testování na aktivitu jsou proto v oboru známy. Jakmile je základní uvažovaná sekvence identifikována, je záležitostí rutinního

- 105 -, » · · · » 4 4 · • · · · · 4 • 4

4 4 4 postupu, známého odborníkovi v oboru, získat analogy a fragmenty.

Peptidová mimetika polypeptidů H. pylori

Vynález se také týká redukce proteinových vazebných oblastí popisovaných polypeptidů H. pylori pro vytvoření mimetik, například peptidových nebo nepeptidových činidel. Peptidová mimetika jsou schopna přerušit vazba polypeptidů k jeho protiligandu, například v případě polypeptidů H. pylori vazbu k přirozeně se vyskytujícímu ligandu. Kritické zbytky uvažovaného polypeptidů H. pylori, které se účastní molekulárního rozpoznání polypeptidů, mohou být určeny a použity pro vytvoření mimetik peptidů odvozených od H. pylori, které kompetitivně nebo nekompetitivnš inhibují vazbu polypeptidů H. pylori a interagujícího polypeptidů (viz například Evropská patentová přihláška EP-412,762A a EP-B31,080A).

Například může být použita skanovací mutageneze pro mapování aminokyselinových zbytků konkrétního polypeptidů

H. pylori, polypeptid sloučeniny deriváty), který se a mohou (například zúčastní vazby na interagující

-být vytvořeny peptidomimetické diazepinové nebo isochinolinové které napodobují zbytky ve vazbě k interagujícímu polypeptidů a které proto mohou inhibovat vazbu polypeptidů H. pylori k interagujícímu polypeptidů a tím interferovat s funkcí polypeptidů H. pylori. Například nehydrolyzovatelné peptidové analogy takových zbytků mohou být vytvořeny použitím benzodiazepinu (například viz Freidinger a kol. v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988),

- 106 999 999 azepinu (například viz Huffman a kol. v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), substituovaných gama laktamových kruhů (Garvey a kol. v Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1985), ketomethylenových pseudopeptidů (Ewenson a kol. (1986) J. Med Chem 29:295; a Ewenson a kol. v Peptides: Structure and Function (Proceedings of the 9th American Peptide Symposium) Pierce Chemical Co. Rockland, IL, 1985), βotočka dipeptidových jader (Nagai a kol. (1985) Tetrahedron Lett 26:641; a Sáto a kol. (1986) J. Chem. Soc. Perkin. Trans. 1: 1231) a β-aminoalkoholů (Gordon a kol. (1985)

Biochem. Biophys. Res. Commun. 126:419; a Dann a kol. (1986) Biochem. Biophys. Res. Commun. 134:11).

VI. Vakcinové přípravky pro nukleové kyseliny a polypeptidy H. pylori

Předložený vynález se také týká vakcinových kompozic nebo přípravků (jsou zde používány vzájemně zaměnitelným způsobem) pro ochrany proti infekce H. pylori nebo pro léčbu infekce H. pylori. Tak jak je zde používán, výraz léčba infekce H. pylori se vztahuje k terapeutickému ošetření existující nebo vzniklé infekce H. pylori. Výrazy ochrana proti infekci H. pylori nebo profylaktické ošetření se vztahují k použití vakcinový přípravek proti H. pylori pro snížení rizika infekce H. pylori nebo prevenci infekce H. pylori u subjektu, který je ohrožen infekcí H. pylori. V jednom provedení předloženého vynálezu vakcinové kompozice obsahují jednu nebo více imunogenních komponent jako je povrchový protein H. pylori nebo jeho část a farmaceuticky přijatelný nosič. Například v jednom • · ··· ··· • · ·

I · · · ·« ··

- 107 provedení předloženého vynálezu vakcinové přípravky podle předloženého vynálezu obsahují alespoň jeden polypeptid H. pylori nebo jeho fragment nebo jejich kombinace, které pocházejí od stejných nebo různých antigenů H. pylori. Nukleové kyseliny a polypeptidy H. pylori pro použití ve vakcinových přípravcích podle předloženého vynálezu obsahují nukleové kyseliny a polypeptidy uvedené v Seznamu sekvencí, výhodně nukleové kyseliny H. pylori, které kódují povrchové proteiny a povrchové proteiny nebo jejich fragmenty. Například výhodná nukleová kyselina a polypeptid H. pylori pro použití ve vakcinové kompozici podle předloženého vynálezu jsou zvoleny ze souboru nukleových kyselin, které kódují proteiny buněčného obalu a proteiny buněčného obalu H. pylori, které jsou uvedeny v Tabulce 1. Jakákoli nukleová kyselina kódující imunogenní protein H. pylori a polypetid H. pylori nebo jeho část však mohou být použity podle předloženého vynálezu. Tyto vakciny mají terapeutické a/nebo profylaktické použití.

Jeden předmět předloženého vynálezu se týká vakcinové kompozice pro ochranu proti infekci H. pylori, která obsahuje alespoň jeden imunogenní fragment proteinu H. pylori a farmaceuticky přijatelný nosič. Výhodné fragmenty zahrnují peptidy o délce alespoň přibližně 10 aminokyselinových zbytků, výhodně o délce přibližně 10-20 aminokyselinových zbytků a výhodněji o délce přibližně 1216 aminokyselinových zbytků.

Imunogenní komponenty podle předloženého vynálezu mohou být získány například tříděním polypeptidů rekombinantně získaných z odpovídajících fragmentů nukleové kyseliny, ··

- 108 -

kódující protein H. pylori s plnou délkou. Kromě toho mohou být fragmenty chemicky syntetizovány použitím technik známých v oboru, jako je konvenční Merrifieldova f-Moc nebo t-Boc syntéza v pevné fázi.

V jednom provedení předloženého vynálezu jsou imunogenní komponenty identifikovány schopností peptidů stimulovat T buňky. Peptidy které stimulují T buňky, určené například T buněčnou proliferací nebo cytokinovou sekrecí jsou zde definovány tak, že obsahují alespoň jeden epitop T buňky. Epitopy T buněk jsou považovány za faktor, účastnící se iniciace a udržování imunitní odezvy na proteinové alergeny, které jsou zodpovědné za klinické symptomy alergie. Předpokládá se, že tyto epitopy T buněk spouští počáteční události na úrovni pomocných T buněk vazbou k odpovídající HLA molekule na povrchu buňky presentující antigen, čímž stimulují subpopulace T buněk s relevantními T buněčnými receptory pro epitop. Tyto události vedou k proliferací T buněk, lymphokinové sekreci, lokálním zánětlivým reakcím, přivolání dalších imunitních buněk do místa interakce antigen/T buňka a aktivaci kaskády B buněk, která vede k vytváření protilátek. Epitop T buňky je základní prvek nebo nejmenší jednotka, rozpoznávaná receptorem T buňky, přičemž epitop obsahuje aminokyseliny, které jsou podstatné pro receptorové rozpoznávání (například přibližně 6 nebo 7 aminokyselinových zbytků). Aminokyselinové sekvence, které napodobují sekvence epitopů T buněk spadají do rozsahu předmětu předloženého vynálezu.

V jiném provedení předloženého vynálezu jsou imunogenní komponenty podle předloženého vynálezu identifikovány pomocí genomické vakcinace. Základní protokol je založen na • · · · • ·

- 109 myšlence, že exprese knihoven, sestávajících z celých genomů patogenu nebo jejich částí, například genomu H. pylori, mohou přinést ochranu, pokud jsou používány pro genetickou imunizaci hostitele. Tato imunizace knihovnou exprese (ELI - expression library immunization) je analogické klonování expresí a zahrnuje redukci genomické expresivní knihovny patogenu, například H. pylori, do plasmidů, které se mohou chovat jako genetické vakciny. Plasmidy mohou také být navrženy tak, aby kódovaly genetické adjuvans, které mohou dramaticky stimulovat humorální odezvu. Tyto genetické adjuvans mohou být vloženy do vzdálených míst a působit současně extrabuněčnš i intrabuněčně.

Toto je nový přístup k vytváření vakcín, který má mnoho výhod živých/oslabených patogenů, ale je bez rizika infekce. Knihovna exprese patogenové DNA je použita pro imunizaci hostitele, čímž je dosaženo vytvoření účinků presentace antigenu v živé vakcině, ale bez rizika. Například podle předloženého vynálezu mohou být náhodné fragmenty z genomu H. pylori nebo z kosmidových nebo plasmidových klonů, stejně tak jako PCR produkty z genů identifikovaných genomickou sekvenací, použity pro imunizaci hostitele. Proveditelnost tohoto přístupu byla demonstrována na Mycoplasma pulmonis (Barry a kol., Nátuře 377:632-635, 1995), kde dokonce částečná exprese knihoven

Mycoplasma pulmonis, přirozeného patogen hlodavců, přinesla ochranu proti působení patogenu.

ELI je technika, která umožňuje produkci neinfekčních vícečásticových vakcin, dokonce i když je o biologii patogenu známo velmi málo, neboť ELI používá imunitní • ·

- 110 systém pro vyhledávání kandidátských genů. Jakmile jsou izolovány, mohou být tyto geny používány jako genetické vakciny nebo pro vývoj rekombinantních proteinových vakcin. Proto ELI dovoluje vytvářet vakciny systematickým a vysoce mechanizovaným způsobem.

Třídění imunogenních komponent může být prováděno použitím jednoho nebo více z několika různých testů. Například in vitro se stimulační aktivita peptidů T buňky testuje kontaktem peptidů, které jsou známy nebo podezřívány z toho, že jsou imunogenní na buňku, presentující antigen, který presentuje vhodné MHC molekuly v kultuře T buněk. Presentace imunogenních peptidů H. pylori spolu s vhodnými MHC molekulami T buňkám spolu s nutnou kostimulací má účinek přenosu signálu T buňkám, který indukuje produkci zvýšených úrovní cytokinů, obzvláště interleukinu-2 a interleukinu-4. Supernatant kultury může být odebrán a testován na interleukin-2 nebo další známé cytokiny. Například může být použit libovolný z několika konvenčních testů na interleukin-2, jako je test popsaný v Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 86: 1333 (1989), jehož odpovídající části jsou zahrnuty jako reference. Souprava po test vytváření interferonu je také dodávaná společností Genzyme Corporation (Cambridge, MA).

Alternativní běžný test proliferace T buněk spočívá v měření zabudování tritiovaného thymidinu. Proliferace T buněk může být měřena in vitro určením množství thymidinu označeného ³H, který je zabudován do replikující DNA kultivovaných buněk. Proto může být určována rychlost DNA syntézy a tím i rychlost dělení buněk.

• ·

- 111

9 99 99 • 9 9 9 9 · ·· · • 9 9 9 9 9 9

9 9 9 999999

9 9 9 9

9999999 99 99

Vakcinové kompozice nebo přípravky podle předloženého vynálezu obsahující jednu nebo více imunogenních komponent (například polypeptid H. pylori nebo jeho fragment nebo nukleovou kyselinu kódující polypeptid H. pylori nebo její fragment) výhodně zahrnují farmaceuticky přijatelný nosič. Výraz farmaceuticky přijatelný nosič je chápán tak, že zahrnuje všechna rozpouštědla, disperzní média, povlaky, antibakteriální a antifungální činidla, isotonická a absorpci zpomalující činidla a podobně, slučitelná s farmaceutickým podáváním. Vhodné farmaceuticky přijatelné nosiče zahrnují například jednu nebo více z následujících látek: voda, fyziologický roztok, fosforečnanově pufrovaný fyziologický roztok, dextróza, glycerol, ethanol a podobně stejně tak jako jejich kombinace. Farmaceuticky přijatelné nosiče mohou dále zahrnovat malá množství pomocných látek jako jsou smáčedla a emulzifikační činidla, konzervační činidla nebo pufry, které zlepšují skladovatelnost nebo účinnost nukleové kyseliny H. pylori nebo polypeptidů. V případě vakcinových přípravků podle předloženého vynálezu obsahujících polypeptidy H. pylori, polypeptid je výhodně současně podáván s vhodným adjuvans a/nebo podávacím systémem, který bude popsán dále.

Odborníkovi v oboru je zřejmé, že terapeuticky účinné množství DNA nebo proteinu podle předloženého vynálezu závisí mezi jiným na rozvrhu podávání, jednotkové dávce nukleové kyseliny H. pylori nebo polypeptidů, které jsou podávány, na tom, zda protein nebo nukleová kyselina jsou podávány v kombinaci s dalšími terapeutickými činidly, na imunitním stavu a zdravotním stavu pacienta a na ····

- 112 ·· ·· ·· • φφφφ φφφφ • · · · · · · ·· · · · ······ • φ φ φ · • ·Φ····· ·· ·· terapeutické účinnosti konkrétního proteinu nebo nukleové kyseliny.

Vakcinové přípravky jsou obvykle podávány parenterálně, například injekcí, buď subkutánně nebo intramuskulárně. Způsoby intramuskulární imunizace jsou popsány v práci Wolff a kol. (1990) Science 247: 1465-1468 a Sedegah a kol. (1994) Imunology 91: 9866-9870. Další způsoby podávání zahrnují orální a pulmonární přípravky, čípky a transdermální aplikaci. Orální imunizaci je dávána přednost před parenterálními způsoby pro indukci ochrany proti infekce H. pylori. Czinn a kol. (1993) Vaccine 11: 637-642. Orální přípravky zahrnují normálně používané excipienty jako například manitol, laktózu, škrob, stearan hořečnatý, sodný sacharin, celulózu, uhličitan hořečnatý a podobně.

V jednom provedení předloženého vynálezu vakcinový přípravek zahrnuje adjuvans jako farmaceuticky přijatelný nosič. Příklady vhodných adjuvans pro použití vakcinových přípravků podle předloženého vynálezu zahrnují, aniž by tím byly omezeny: hydroxid hlinitý; N-acetyl-muramyl-Lthreonyl-D-isoglutamin (thr-MDP); N-acetyl-nor-muramyl-Lalanyl-D-isoglutamin (CGP 11637, označovaný jako nor-MDP); N-acetylmuramyl-L-alanyl-D-isoglutaminyl-L-alanin-2-(1'-2'dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfosforyloxy)-ethylamin (CGP 19835A, označovaný jako MTP-PE); RIBI, který obsahuje tři komponenty z bakterie; monofosforyl lipid A; trehalóza dimycoloát; skeleton buněčné stěny (MPL+TDM+CWS) v emulzi 2% squalen/Tween 80; a cholerový toxin. Další adjuvans, které mohou být použity, jsou netoxické deriváty cholerového toxinu, v to počítaje jeho B podjednotku a/nebo konjugáty nebo fúze polypeptidu H. pylori a cholerovým

999 9

113 ·· • · · • · ·

9 ··· • 9

9 9 9 toxinem nebo jeho B podjednotkou, vytvořené metodami genetického inženýrství, procholeragenoid, fungální polysacharidy, včetně schizofylanu, muramyl dipeptid, deriváty muramyl dipeptidu, estery forbolu, labilní toxin E. coli, bakteriální lyzáty, které nejsou H. pylori, blokové polymery nebo saponiny.

V jiném provedení předloženého vynálezu vakcinový přípravek zahrnuje jako farmaceuticky přijatelný nosič podávači systém. Vhodné podávači systémy pro použití vakcinových přípravků podle předloženého vynálezu zahrnují biodegradovatelné mikrokapsule nebo imunostimulující komplexy (ISCOM), kocheláty nebo liposomy, oslabené živé vektory, vytvořené metodami genetického inženýrství, jako jsou viry nebo bakterie a rekombinantní (chimerní) částice podobné virům, například bluetongue. V jiném provedení předloženého vynálezu vakcinový přípravek zahrnuje jak podávači systém, tak i adjuvans.

Podávači systémy u člověka mohou zahrnovat kapsle pro enterické uvolňování, které chrání antigen před kyselým prostředím žaludku a obsahují polypeptid H. pylori v nerozpustné formě jako fúzované proteiny. Vhodné nosiče pro vakciny podle předloženého vynálezu jsou enterické potahované kapsle a polylaktid-glykolidové mikrokuličky. Vhodná ředidla jsou 0,2 N NaHCCb a/nebo fyziologický roztok.

Vakciny podle předloženého vynálezu mohou být podávány jako primární profylaktické činidlo dospělým nebo dětem, jako sekundární prevence, po úspěšném vymýcení H. pylori v infektovaném hostiteli nebo jako terapeutické činidlo s

- 114

9999 • 99 ·· ·· · · 9 9 · 9 • · · 9 · 9

9 9 999999

999 9999

99 cílem indukovat imunitní odezvu v náchylném hostiteli pro prevenci infekce H. pylori. Vakciny podle předloženého vynálezu se podávají v množstvích, které odborník snadno určí. Pro dospělého je vhodné dávkování v rozmezí od 10 μς do 10 g, výhodně od 10 μ g do 100 mg, například od 50 μρ do 50 mg. Vhodné dávkování pro dospělé je také v rozmezí od μρ do 500 mg. Podobné dávkové rozmezí platí i pro děti.

Množství použitého adjuvans závisí na jeho typu. Například pokud mukosálním adjuvans je cholerový toxin, je vhodné používat jej v množství od 5 μς do 50 μρ, například od 10 μς do 35 μρ. Při použití ve formě mikrokapslí použité množství závisí na množství použitém v matrici mikrokapsle pro dosažení požadované dávky. Určení tohoto množství je možné provést na základě běžných znalostí odborníka v oboru.

Odborníkovi v oboru je zřejmé, že optimální dávka může být více či méně závislá na pacientově tělesné hmotnosti, onemocnění, způsobu podávání a dalších faktorech. Odborníkům v oboru je také zřejmé, že vhodná úroveň dávkování může být stanovena na základě výsledků se známými orálními vakcinami jako jsou například vakcina založená na lyzátu E. coli (dávka 6 mg denně až do celkové hmotnosti 540 mg) a s enterotoxigenickým purifikovaným antigenem E. coli (4 dávky 1 mg) (Schulman a kol., J. Urol. 150:917-921 (1993)); Boedecker a kol., American Gastroenterological Assoc. 999:A-222 (1993)). Počet dávek závisí na nemoci, přípravku a údajích o účinnosti získaných z klinických pokusů. Aniž by bylo zamýšleno jakkoli omezit předmět vynálezu, lze uvést, že léčivo může být podáváno ve 3 až 8

4444

- 115

44 44

4 4 4 4 4 • 4 4 4 4 · 444 444

4 44

444 4444

44 dávkách pro primární imunizační rozvrh v průběhu 1 měsíce (Boedeker, American Gastroenterological Assoc. 888:A-222 (1993)).

Ve výhodném provedení může být vakcinová kompozice podle předloženého vynálezu založena na usmrcených úplných přípravcích E. coli s imunogenním fragmentem proteinu H. pylori podle předloženého vynálezu, který je exprimován na jejím povrchu nebo může být založena na lyzátu E. coli, ve kterém usmrcená E. coli slouží jako nosič nebo adjuvans.

Odborníkům v oboru je zřejmé, že některé vakcínové kompozice podle předloženého vynálezu jsou použitelné jenom pro prevenci infekce H. pylori, některé jsou použitelné jenom pro léčbu infekce H. pylori a některé jsou použitelné jak pro prevenci, tak i pro léčbu infekce H. pylori. Ve výhodném provedení vakcinová kompozice podle předloženého vynálezu poskytuje ochranu proti infekci H. pylori stimulací humorální a/nebo buněčně-mediované imunity proti H. pylori. Je zřejmé, že zlepšení kteréhokoli ze symptomů infekce H. pylori je žádoucí klinický cíl, který zahrnuje snížení dávkování léků, použitých pro léčbu nemoci, způsobené H. pylori nebo pro zvýšení produkce protilátek v sérum nebo mukóze pacientů.

VII. Protilátky, které reagují s polypeptidy H. pylori Předložený vynález se také týká protilátek specificky reaktivních s polypeptidy H. pylori. Anti-proteinová/antipeptidová antiséra nebo monoklonální protilátky mohou být vytvořeny pomocí standardních protokolů (Viz například Antibodies: A Laboratory Manual ed. Harlow a Lané (Cold

- 116 » · • · · _* · · β 9 9 9 9

9 9

9 9 9 9 9

9 9 9 9 β ··9 9 9 9 ♦ ·

9999 99 9 9

Spring Harbor Press: 1988)). Savec jako je myš, křeček nebo králík mohou být imunizovány imunogenni formou peptidů. Techniky dodání imunogenicity proteinu nebo peptidů zahrnují konjugaci s nosiči nebo další způsoby, známé ze stavu techniky. Imunogenni část uvažovaného polypeptidu H. pylori může být podávána v přítomnosti adjuvans. Postup imunizace může být monitorován detekcí protilátkových titrů v plasmě nebo séru. Standardní ELISA nebo jiné imunologické testy mohou být použity s imunogenem jako antigenem pro určení hladiny protilátek.

Ve výhodném provedení nárokované protilátky jsou imunospecifické pro antigenní determinanty polypeptidů H. pylori podle předloženého vynálezu, například pro antigenní determinanty polypeptidu podle předloženého vynálezu, obsaženého v Seznamu sekvencí nebo pro blízce příbuzný lidský homolog nebo savčí homolog, který není lidský (například 90% homologie, výhodněji alespoň 95% homologie). V ještě dalších výhodných provedeních předloženého vynálezu, protilátky proti H. pylori nevykazují podstatnou křížovou reakci (tj. reagují specificky) s proteinem, který je například méně než 80% procent homologický sekvenci podle předloženého vynálezu, obsažené v Seznamu sekvencí. Výraz nevykazuje podstatnou křížovou reakci znamená, že protilátka má vazebnou afinitu pro nehomologický protein, která je méně než 10 procent, výhodněji méně než 5 procent a ještě výhodněji méně než 1 procento vazebné afinity pro protein podle předloženého vynálezu, obsažený v Seznamu sekvencí. V nej výhodnějším provedení nedochází ke křížové reaktivitě mezi bakteriálními a savčími antigeny.

117 • φ φ φ · · • Λ φ · · Φ Φ 9 Φ Φ Φ • » ΦΦΦ Φ Φ · • · Φ

Výraz protilátka, tak jak je zde používán, je chápán tak, že zahrnuje jejich fragmenty, které také specificky reagují s polypeptidy H. pylori. Protilátky mohou být fragmentovány použitím obvyklých technik a fragmentů mohou být tříděny vzhledem k použitelnosti stejným způsobem, jak bylo popsáno výše pro úplné protilátky. Například F(ab')₂ fragmenty mohou být vytvořeny zpracováním protilátky pepsinem. Výsledný F(ab')₂ fragment může být dále zpracován pro snížení počtu disulfidových můstků pro produkci Fab' fragmentů. Protilátka podle předloženého vynálezu je dále chápána tak, že zahrnuje bispecifické a chimerní molekuly, které mají část, která není H. pylori.

Jak monoklonální, tak i polyklonální protilátky (Ab) proti polypeptidům H. pylori nebo variantám polypeptidů H. pylori a protilátkové fragmenty jako jsou Fab a F(ab')₂ mohou být použity pro blokování působení polypeptidu H. pylori a dovolují studium role konkrétního polypeptidu H. pylori podle předloženého vynálezu v aberujících nebo nežádoucích vnitrobuněčných signálech stejně tak jako studium normální buněčné funkce H. pylori mikroinjekcí protilátek proti polypeptidům H. pylori podle předloženého vynálezu.

Protilátky které specificky váží epitopy H. pylori mohou také být použity pro imunohístochemické označování vzorků tkáně s cílem zhodnotit rozmanitost a vzor exprese antigenů H. pylori. Protilátky proti polypeptidům H. pylori mohou být použity diagnosticky v imuno-precipitaci a imunopřenosu pro detekci a zhodnocení hladiny H. pylori v tkáni nebo tělesné tekutině jako součást klinické testovací procedury. Podobně schopnost monitorovat hladinu

- 118

9>

···* polypeptidů H. pylori u individua může dovolit určení účinnosti určitého způsobu léčení individua, postiženého takovou poruchou. Hladina polypeptidů H. pylori může být určována v buňkách nalezených v tělesných tekutinách jako jsou vzorky moči nebo může být měřena v tkáni jako je tkáň získaná gastrickou biopsií. Diagnostické testy použitím protilátek proti H. pylori mohou například zahrnovat imunologické testy určené jako pomoc pro časnou diagnózu infekcí H. pylori. Předložený vynález také může být použit jako způsob detekce protilátek, obsažených ve vzorcích z individuí, infikovaných touto bakterií použitím specifických antigenů H. pylori.

Další aplikace protilátek proti polypeptidům H. pylori podle předloženého vynálezu je imunologické třídění cDNA knihoven, konstruovaných v expresivních vektorech jako jsou Xgtll, Xgt18-23, λΖΑΡ a XORF8. Mediátorové knihovny tohoto typu, které mají kódující sekvence vložené do správného čtecí rámce a orientace, mohou produkovat produkovat sestávaj i fúzované fúzované z βproteiny. Například Ágtll bude proteiny, jejichž aminové konce galaktosidázových aminokyselinových sekvencí a jejichž karboxy konce sestávají z cizích polypeptidů. Antigenní epitopy nárokovaného polypeptidů H. pylori mohou potom být detekovány protilátkami, například reakcí nitrocelulózových filtrů sejmutých z infikovaných misek s protilátkami proti polypeptidům H. pylori. Fág, zaznamenaný tímto testem, může potom být izolován z infikované misky. Proto přítomnost homologů genu H. pylori může být detekována a klonována z dalších druhů a mohou být detekovány a klonovány alternativní ísoformy (v to počítaje sestřihové varianty).

4» · • · · » • « · · • 99 9 999 • «

- 119 VIII. Soupravy obsahující nukleové kyseliny, polypeptidy nebo protilátky podle předloženého vynálezu

Nukleová kyselina, polypeptidy a protilátky podle předloženého vynálezu mohou být kombinovány s dalšími reagenty a předměty do souprav. Soupravy pro diagnostické účely typicky zahrnují nukleovou kyselinu, polypeptidy nebo protilátky ve skleničkách nebo jiných vhodných nádobkách. Soupravy typicky obsahují další reagenty pro provádění hybridizačních reakcí, polymerázových řetězových reakcí (PCR) nebo pro rekonstituci lyofilizovaných komponent jako jsou vodná média, soli, pufry a podobně. Soupravy mohou také zahrnovat reagenty zpracování vzorku jako jsou detergenty, chaotropní soli a podobně. Soupravy mohou také zahrnovat imobilizační prostředky jako jsou částice, nosiče, jamky, tyčinky a podobně. Soupravy mohou také obsahovat označovací prostředky jako jsou barviva, vývojky, radioisotopy, fluorescenční činidla, luminescenční nebo chemiluminescenční činidla, enzymy, interkalační činidla a podobně. S informací o sekvencích nukleových kyselin a sekvencích aminokyselin, které jsou zde uvedeny, může odborník snadno připravit soupravy, které slouží danému konkrétnímu účelu. Soupravy dále mohou zahrnovat instrukce k použití.

IX. Třídění léčiv použitím polypeptidů H. pylori

Tím, že popsal získání purifikovaných a rekombinantních polypeptidů H. pylori, předložený vynález přinesl možnost testů, které mohou být použity pro třídění léčiv, která jsou buď agonisty nebo antagonisty normálních buněčných funkcí, v tomto případě nárokovaných polypeptidů H. pylori nebo pro určení jejich role ve vnitrobuněčných signálech.

· 9 9 « 9

- 120

Takové inhibitory nebo potenciátory mohou být použitelné jako nová terapeutická činidla pro potírání infekcí H. pylori u člověka. Je možno použít řadu tvarů testů a na základě předloženého vynálezu mohou být zvládnuty odborníkem v oboru.

V mnoha programech třídění léčiv, které testují knihovny sloučenin a přirozených extraktů jsou žádoucí vysokovýkonné testy, aby se maximalizoval počet probraných sloučenin za dané časové období. Testy, které jsou prováděny v prostředí bez buněk, jaké mohou být prováděny s purifikovanými nebo semi-purifikovanými proteiny, jsou často preferovány jako primární třídění protože mohou být prováděny tak, že dovolují rychlý postup a relativně snadnou detekci změny molekulárního cíle, který je mediován testovanou sloučeninou. Navíc účinky buněčné toxicity a/nebo biologické dostupnosti testované sloučeniny mohou být obecně ignorovány ve in vitro systémech a namísto toho se test zaměřuje primárné na účinek léčiva na molekulární cíl, jak může být manifestováno změnou vazebné afinity s dalšími proteiny nebo změnou v enzymatických vlastnostech molekulárního cíle. Proto je v příkladovém třídicím testu podle předloženého vynálezu uvažovaná sloučenina kontaktována s izolovaným a purifikovaným polypeptidem H. pylori.

Třídicí testy mohou být konstruovány in vitro s purifikovanými polypeptidy H. pylori nebo jejich fragmenty jako jsou polypeptidy H. pylori, které mají enzymatickou aktivitu takovou, že aktivita polypeptidu produkuje detekovatelný reakční produkt. Účinnost sloučeniny může být

- 121

9 9 9 • 9 9 «

9 · 9

9·9 999

9

9 9 9 určena vytvořením křivek dávkové odezvy z dat získaných použitím různých koncentrací testované sloučeniny. Navíc může také být proveden kontrolní test pro získání základní úrovně pro srovnávání. Vhodné produkty zahrnují produkty s odlišujícími se absorpčními, fluorescenčními nebo chemiluminescenčními vlastnostmi, například protože detekce může být snadno automatizována. Řada syntetických nebo přirozeně se vyskytujících sloučenin může být testována v testech pro identifikaci těch sloučenin, které inhibují nebo potenciují aktivitu polypeptidů H. pylori. Některé z těchto aktivních sloučenin mohou přímo nebo po chemické změně s cílem zlepšit membránovou propustnost nebo rozpustnost také inhibovat nebo potenciovat tutéž aktivitu (například enzymatickou aktivitu) v úplných živých buňkách H. pylori.

Předložený vynález je dále ilustrován následujícími příklady, které nemají být chápány jako omezení předmětu vynálezu. Obsah všech referencí a publikovaných patentových přihlášek, citovaných v předložené přihlášce vynálezu je zde zahrnut jako reference.

Příklady provedení vynálezu

I. Klonování a sekvenace DNA bakterie H. pylori

Chromosomální DNA H. pylori byla izolována postupem podle základního DNA protokolu, popsaného v Schleif R.F. a Wensink P.C., Practical Methods in Molecular Biology, str. 98, Springer-Verlag, NY., 1981, s malými modifikacemi. Stručně zopakováno, buňky byly peletovány, resuspendovány in TE (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 7,6) a byl přidán GES

- 122 • * · * * * * · · · · * · · · · ♦ · · • 9 9 • · · · «· 9 9 lýzový pufr (5,1 M guanidium thiokyanát, 0,1 M EDTA, pH 8,0, 0,5% N-laurylsarkosin) . Suspenze byla ochlazena a octan amonný (NH₄Ac) byl přidán na konečnou koncentraci 2,0 M. DNA byla extrahována nejprve chloroformem, potom fenolem a chloroformem a reextrahována chloroformem. DNA byla precipitována isopropanolem, promývána dvakrát 70% EtOH, sušena a resuspendována v TE.

Po izolaci byla úplná genomická DNA H. pylori atomizována (Bodenteich a kol., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter, ed.), Academie Press, 1994) na střední velikost 2000 párů bází. Poté byla DNA koncentrována a separována na standardním 1% agarózovém gelu. Několik frakcí, odpovídajících přibližným velikostem 900-1300 párů bází, 1300-1700 párů bází, 1700-2200 párů bází, 2200-2700 párů bází, byly vyříznuty z gelu a čištěny postupem genClean (BiolOl, lne.).

Konce purifikovaných DNA fragmentů byly potom zarovnány použitím T4 DNA polymerázy. Upravená DNA byl potom ligována na BstXI-linkerové adaptery za 100-1000 násobného molárního přebytku. Tyto linkery jsou komplementární k BstXI-řezu pMPX vektorům, zatímco přesah není samokomplementární. Proto linkery nevytvářejí konkatemer ani natrávené vektory se samy snadno neligují k sobě. Inserty s linkery byly odděleny od nezabudovaných linkerů na 1% agarózovém gelu a čištěny použitím GeneClean. Inserty s linkery byly potom ligovány na každý z 20 pMPX vektorů pro konstrukci série vynucených (shotgun) subklonových knihoven. Vektory obsahují mimorámcový gen lacZ v klonovacím místě, které se dostane do rámce v případě, že adapterový dimer je

- 123 ♦ · · • » · ♦ * · * • * »«*···* « a · · • · 9 • « · • · · « · · • · « » · * klonován, což umožňuje, aby byly vyloučeny jejich modrou barvou.

Všechny následné kroky byly založeny na multiplexních DNA sekvenačních protokolech popsaných v Church G.M. a KiefferHiggins S., Science 240:185-188, 1988. Jsou zdůrazněny pouze větší modifikace protokolu. Stručně zopakováno, bylo 20 vektorů potom transformováno do DH5a kompetentních buněk (Gibco/BRL, DH5oc transformační protokol) . Knihovny byly zhodnoceny umístěním do antibiotických destiček obsahujících ampicilin, methicilin a IPTG/Xgal. Destičky byly inkubovány přes noc při teplotě 37 °C. Úspěšné transformanty byly potom použity pro vytvoření klonů a rozdělení do multiplexních souborů. Klony byly vyjmuty a umístěny do 40 ml růstového kultivačního média. Kultury byly ponechány růst přes noc při teplotě 37 °C. DNA byla purifikována použitím soupravy Qiagen Midi-prep a kolon Tip-100 (Qiagen, lne.). Tímto způsobem bylo získáno 100 μρ DNA na soubor. Patnáct 96-jamkových destiček s DNA bylo připraveno pro získání 5-10 násobné sekvenční redundance předpokládajíce střední čtecí délku 250-300 bází.

Tyto purifikované DNA vzorky byly potom sekvenovány použitím multiplexní DNA sekvenace založené na chemických degradačních methodách (Church G.M. a Kieffer-Higgins S., Science 240:185-188, 1988) nebo pomocí Sequithrem (Epicenter Technologies) dideoxy sekvenačních protokolů. Sekvenační reakční směsi byly elektroforézovány a přeneseny na nylonové membrány přímou transferovou elektroforézou z 40 cm gelů (Richterich P. a Church G.M., Methods in Enzymology 218:157-222, 1993) nebo pomocí elektropřenosu

- 124 (electroblotting) (Church, supra). 24 vzorky bylo zpracováno na jednom gelu. 45 úspěšných membrán bylo vytvořeno chemickou sekvenací a 8 byly vytvořeny dideoxy sekvenací. DNA byla kovalentně vázána k membránám vystavením ultrafialovému světlu a hybridizována označenými oligonukleotidy komplementárními k označovacím sekvencím na vektorech (Church, supra). Membrány byly promývány k vypláchnutí nespecificky vázaných sond a položeny na rtg film pro vizualizaci jednotlivých sekvenčních žebříčků. Po autoradiografii byla hybridizovaná sonda odstraněna inkubací při teplotě 65 °C a hybridizační cyklus byl opakován s další označovací sekvencí dokud membrána nebyla vyzkoušena 38 krát pro chemické sekvenační membrány a 10 krát pro dideoxy sekvenační membrány. Každý gel dal velké množství filmů, každý obsahující novou sekvenační informaci. Jakmile byl zpracován nový přenos, byl nejprve sondován na vnitřní standardní sekvenci, přidanou do souboru.

TM

REPLICA Analysis

Digitální obrazy filmů byly vytvořeny použitím laserové skanovací densitometrie (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA). Digitizované obrazy byly zpracovány na pracovních stanicích (řada Vax Station 4000) použitím programu (Church a kol., Automated DNA Sequencing and (J.C. Venter, ed.), Academie Press, 1994).

Obrazové zpracování zahrnovalo napřimování linií, úpravu kontrastu pro vyhlazení rozdílů intensity a zlepšení rozlišení iterativní gaussovskou dekonvolucí. Sekvence byly potom automaticky vyhledány v REPLICA™ a znázorněny pro interaktivní kontrolu před uložením do databáze projektu. Kontrola byla prováděna rychlým vizuálním přehlídnutím obrazu na filmu, po kterém následovalo kliknutí myší na • · · pruhy na znázorněném obraze pro modifikaci základních volání. Mnoho sekvenačních chyb může být detekováno a opraveno, neboť vícenásobné čtení sekvence pokrývající tutéž část genomické DNA poskytuje dostatečnou sekvenční redundanci pro editaci. Každá sekvence automaticky získala identifikační číslo (odpovídající mikrotitrační destičce, informaci o sondě a číslu řady). Toto číslo slouží jako stálý identifikátor sekvence takže je vždy možné identifikovat originál konkrétní sekvence bez nutnosti vstupu do specializované databáze.

Rutinní asembláž sekvencí H. pylori byla provedena použitím programu FALCON (Church, Church a kol., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter, ed.), Academie Press, 1994). Tento program se ukázal jako rychlý a spolehlivý pro většinu sekvencí. Sestavené úseky byly znázorněny použitím modifikované verze GelAssemble, kterou vyvinula Genetics Computer Group (GCG) (Devereux a kol., Nucleic Acid Res. 12:387-95, 1984), která spolupracuje s REPLICA™. To poskytlo integrovaný editor, který dovoluje, aby vícenásobné gelové obrazy sekvencí byly současně volány z databáze REPLICA™ a znázorňovány, což umožní rychlé čtení úseků a kontrolu gelových stop, pokud dojde k diskrepancím mezi různými čteními sekvencí v souboru.

II. Identifikace, klonování a exprese rekombinantních DNA sekvencí H. pylori

Pro usnadnění klonování, exprese a purifikace membránových a vylučovaných proteinů H. pylori byl zvolen účinný genový expresivní systém, pET System (Novagen), pro klonování a expresi rekombinantních proteinů v E. coli. Byla také fúzována DNA sekvence, kódující označení peptidu, His-tag, • 4 · ·

- 126 « 44 ·· *·

4 · · · · *

4 4 · 4 * • 4 4 ······ * · · »444444 44 · · do 3' konce uvažovaných DNA sekvencí, aby se usnadnilo čištění rekombinantních proteinových produktů. 3' konec byl zvolen pro fúzi, aby se vyloučila změna kterékoli 5' koncové signální sekvence. Výjimkou byl ppiB, gen klonovaný pro použití jako řídící ve studiích exprese. V této studii sekvence pro H. pylori ppiB obsahuje DNA sekvenci, kódující His-Tag fúzovaný na konec 5' genu plné délky, neboť proteinový produkt tohoto genu neobsahuje signální sekvenci a je exprimován jako cytosolický protein.

PCR amplifikace a klonování DNA sekvencí obsahujících otevřené čtecí rámce pro membránové a vylučované proteiny kmene J99 bakterie Helicobacter pylori.

Sekvence zvolené (ze seznamu sekvencí DNA podle předloženého vynálezu) pro klonování z J99 kmene H. pylori byly připraveny pro amplifikační klonování polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Syntetické oligonukleotidové primery (Tabulka 3) specifické pro 5' a 3' konce otevřených čtecích rámců (ORF) byly navrženy a zakoupeny (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA). Všechny přímé primery (specifické pro 5' konce sekvence) byly navrženy tak, aby zahrnovaly Ncol klonovací místa na samém konci 5', s výjimkou pro HpSeq. 4821082, kde byl použit Ndel. Tyto primery byly navrženy tak, aby dovolily iniciaci proteinové translace v methioninovém zbytku následovaném valinovým zbytkem a kódující sekvencí pro zbývající část přírodní DNA sekvence H. pylori. Výjimkou je sekvence H. pylori 4821052, kde iniciátor methionin je okamžitě následován zbývající částí přírodní DNA sekvence H. pylori. Všechny reverzní primery (specifické pro konec 3' kteréhokoli otevřeného čtecího rámce H. pylori) zahrnují místo FcoRI na

127 samém konci 5' pro umožnění klonování každé sekvence H. pylori ve čtecím rámci pET-28b. Vektor pET-28b poskytuje sekvenci kódující dodatečných 20 karboxy-koncových aminokyselin (pouze 19 aminokyselin v HpSeq. 26350318 a HpSeq.14640637), v to počítaje histidinové zbytky (na samém C konci), zahrnující His-tag. Jako výjimka z uvedeného je, jak již bylo uvedeno výše, vektorová konstrukce pro gen ppiB. Syntetický oligonukleotidový primer specifický pro 5' konec genu ppiB kóduje místo BamHI na svém úplném konci 5' a primer pro konec 3' genu ppiB kóduje místo Xhol na svém úplném konci 5'.

TABULKA 3

Oligonukleotidové primery použité pro PCR amplifikaci DNA sekvencí H. pylori

Proteiny vnější membrány	Přímé primery od 5' do 3'	Reverzní primery od 5' do 3'
Protein 16225006	5’-TATACCATGGTGGG CGCTAA-3' (SEQ ID NO:195)	5’-ATGAATTCGAGTA AGGATTTTTG-3' (SEQ ID NO: 196)
Protein 26054702	5’-TTAACCATGGTGA AAAGCGATA-3' (SEQ ID NO:197)	5’-TAGAATTCGCATA ACGATCAATC-3' (SEQ ID NO: 198)
Protein 7116626	5'-ATATCCATGGTGA GTTTGATGA-3’ (SEQ ID NO: 199)	5’-ATGAATTCAATTT TTTATTTTGČCA-3’ (SEQ ID NO:200)

- 128 • · · · · • · · « fl • · ·

-flfl fl • flfl flfl • · ► · · · » flfl · flflfl flflfl

Protein 29479681	5’-AATTCCATGGTGG GGGCTATG-3' (SEQ ID NO:201)	5’-ATGAATTCTCGAT AGCCAAAATC-3' (SEQ ID NO:202)
Protein 14640637	5-AATTCCATGGTG CATAACTTCCATT-3' (SEQ IDNO:203)	5'-AAGAATTCTCTA GCATCCAAATGGA-3' (SEQ ID NO:204)
Periplasmové/ vylučované proteiny
Protein 30100332	5’-ATTTCCATGGTCATG TCTCATATT-3'(SEQ ID NO:205)	5’-ATGAATTCCATC TTTTATTCCAC-3' (SEQ ID NO:206)
Protein 4721061	5'-AACCATGGTGATTT TAAGCATTGAAAG-3’ (SEQ ID NO:207)	5'-AAGAATTCCAC TCAAAATTTTTTAAC AG-3’ (SEQ ID NO:208)
Další povrchové proteiny
Protein 4821082	5-GATCATCCATATGTT ATCTTCTAAT-3'(SEQ IDNO-.209)	5'-TGAATTCAACCA TTTTAACCCTG-3' (SEQ ID NO:210)
Protein 978477	5’-TATACCATGGTGAA ATTTTTTCTTTTA-3' (SEQ ID NO:211)	5’-AGAATTCAATT GCGTCTTGTAAAAG3' (SEQ ID NO:212)
Proteiny vnitřní membrány
Protein 26380318	5'-TATACCATGGTGAT GGACAAACTC-3' (SEQ IDNO:213)	5'-ATGAATTCCCACTT GGGGCGATA-3' (SEQ ID NO:214)
Proteiny cytoplasmy
ppi	5’-TTATGGATCCAAAC CAATTAAAACT-3' (SEQ IDNO:215)	5’-TATCTCGAGTTATA GAGAAGGGC-3' (SEQ IDNO:216)

Genomická DNA připravené z J99 kmene H. pylori (ATCC #55679; uložila Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) byl použit jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikační reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., ed., 1994). Pro amplifikaci DNA sekvence obsahující • ·

- 129 otevřený čtecí rámec H. pylori byla genomická DNA (50 nanogramů) vložena do reakční nádobky, obsahující 2 mM MgCl₂, 1 mikromolární množství syntetických oligonukleotidových primerů (přímé a reverzní primery) komplementárních k definovanému otevřenému čtecímu rámci H. pylori a nacházejícím se u jeho konce, 0,2 mM každého z deoxynukleotidových trifosfátů; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a

2,5 jednotky tepelně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA) v konečném objemu 100 mikrolitrů. Následující teplotní cyklizační podmínky byly používány pro získání amplifikovaných DNA produkty pro každý otevřený čtecí rámec použitím teplotního cyklovače Perkin Elmer Cetus/ GeneAmp PCR System 9600:

Protein 26054702, Protein 7116626, Protein 29479681, Protein 30100332 a Protein 4821082;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut,

2	cykly při	teplotě	94 °C	po	dobu 15	sekund,	30	°C po	dobu
15	sekund a	72 °C po	dobu	1,5	minut
23	cyklů při	teplotě	94 °C	po	dobu 15	sekund,	55	°C po	dobu
15	sekund a	72 °C po	dobu	1,5	minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 16225006;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut, cyklů při teplotě 95 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byla zakončena při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

• · • ·

- 130 • · · · · · · 9 9 9 9 9 999 999

9 9 9 9

999 9999 99 99

Protein 4721061;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 36 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 60 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 26380318;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut,

2	cykly při	teplotě	94 °C	po	dobu 15	sekund,	38	°C po	dobu
15	sekund a	72 °C po	dobu	1,5	minut
23	cyklů při	teplotě	94 °C	po	dobu 15	sekund,	62	°C po	dobu
15	sekund a	72 °C po	dobu	1,5	minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 14640637;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 33 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

Podmínky pro amplifikaci H. pylori ppiB;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 32 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 56 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut • · « ·

- 131 • « · • · · ··· Φ··

Po dokončení teplotních cyklizačních reakcí byl každý vzorek amplifikované DNA promýván a čištěn použitím Qiaquick Spin PCR purifikační soupravy (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Všechny amplifikované DNA vzorky byly vystaveny natrávení restrikčními endonukleázami, Ncol a AcoRI (New England BioLabs, Beverly, MA, USA), nebo v případě HpSeq. 4521052 (SEQ ID NO: 1309) pomocí Ndel a FcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., ed., 1994). DNA vzorky byly potom podrobeny elektroforéze na 1,0 % NuSeive (FMC BioProdukts, Rockland, ME USA) agarózových gelech. DNA byla visualizována vystavením ethidiumbromidu a dlouhovlnnému UV záření. DNA obsažená ve vzorcích získaných z agarózového gelu byla purifikována použitím protokolu soupravy Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA).

Klonování DNA sekvencí H. pylori do prokaryotického expresivního vektoru pET-28b.

Vektor pET-28b byl připraven pro klonování natrávením pomocí Ncol a FcoRI. nebo v případě proteinu H. pylori 4821082 pomocí Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol·., editoři, 1994). V případě klonování ppiB byl použit vektor pET-28a vektor, který kóduje His-tag, který může být fúzován do konce 5' vloženého genu a klonovací místo bylo připraveno pro klonování ppiB genem natrávením pomocí restrikčních endonukleáz BamHI a Xhol.

Po ukončení natrávení byly DNA inserty klonovány (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F.

• 9 9 9

- 132 Ausubel a kol., editoři, 1994) do předtím natráveného expresivního vektoru pET-28b, s výjimkou amplifikovaného insertu pro ppiB, který byl klonován do expresivního vektoru pET-28a. Produkty ligační reakce byly potom použity pro transformaci BL21 kmene E. coli (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994) jak je popsáno dále.

Transformace kompetentní bakterie rekombinantními plasmidy Kompetentní bakterie, E coli kmen BL21 nebo E. coli kmen rekombinantním pET editoři, reakční

1994). směsi

BL21(DE3), byly transformovány expresivními plasmidy, které nesly klonované sekvence H. pylori použitím standardních metod (Current Protocols in Molecular, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., Stručně zopakováno, 1 mikrolitr ligační byl smíchán s 50 mikrolitry elektrokompetentních buněk a vystaven vysokonapěťovým pulzům, po nichž byly vzorky inkubován v 0,45 mililitrech SOC média (0,5% kvasinkový extrakt, 2,0 % tryptonu, 10 mM NaCI, 2,5 mM KC1, 10 mM MgCl₂, 10 mM MgSO₄ a 20 mM glukózy) při teplotě 37 °C s protřepáváním po dobu 1 hodiny. Vzorky byly potom rozetřeny na LB agarové destičky, obsahující 25 mikrogram/ml kanamycin sulfátu a ponechány růst přes noc. Transformované kolonie BL21 byly potom sebrány a analyzovány pro zhodnocení klonovaných insertů způsobem, který bude popsán dále.

Jednotlivé otevřenými analyzovány

Identifikace rekombinantních pET expresivních plasmidů sekvencí H. pylori

BL21 klony transformované rekombinantními čtecími rámci pET-28b - H. pylori byly pomocí PCR amplifikace klonovaných insertů ·· ·

• · · · · • · · • · · • · · · • · použitím stejných přímých a reverzních primerů, specifických pro každou sekvenci H. pylori, které byly použity v původních PCR amplifikačních klonovacích reakcích. Úspěšná amplifikace verifikovala integraci sekvencí H. pylori v expresivním vektoru (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994).

Izolace a příprava plasmidové DNA z BL21 transformantů Jednotlivé klony rekombinantních vektorů pET-28b nesoucích řádně klonované Otevřené čtecí rámce H. pylori byly sebrány a inkubovány přes noc v 5 ml LB média plus 25 mikrogram/ml kanamycin sulfátu. Následující den byl plasmid DNA izolován a čištěn použitím plasmidového purifikačního protokolu Qiagen (Qiagen lne., Chatsworth, CA, USA).

Exprese rekombinantních sekvencí H. pylori v E. coli pET vektor může být propagován v libovolném kmeni E. coli K-12, například v HMS174, HB101, JM109, DH5 a podobně s cílem klonování nebo přípravy plasmidů. Hostitelé pro expresi zahrnují kmeny E. coli, obsahující chromosomální kopii genu pro T7 RNA polymerázu. Tito hostitelé jsou lysogeny bakteriofága DE3, lambda derivátu, který nese gen láci, lacUV5 promotor a gen pro T7 RNA polymerázu. T7 RNA polymeráza je indukována přidáním isopropyl-B-Dthiogalaktosidu (IPTG) a T7 RNA polymeráza transkribuje libovolný cílový plasmid jako je pET-28b, nesoucí T7 promotor a uvažovaný gen. Použité kmeny zahrnují BL21(DE3) (Studier, F.W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J. a Dubendorff, J.W. (1990) Meth. Enzymol. 185, 60-89).

• 9 · ·

Pro expresi rekombinantních sekvencí H. pylori bylo použito 50 nanogramů plasmidové DNA izolované způsobem popsaným výše pro transformaci kompetentní bakterie BL21(DE3) způsobem popsaným výše (byla dodána společností Novagen jako část soupravy pro systém exprese pET). Gen lacZ (betagalaktosidáza) byl exprimován v pET-systému jak bylo popsáno pro rekombinantní konstrukce H. pylori.

Transformované buňky byly kultivován v SOC médiu po dobu 1 hodiny a kultury byly potom naneseny na LB destičky obsahující 25 mikrogramů/ml kanamycin sulfátu. Následující den byly bakteriální kolonie sloučeny a pěstovány v LB médiu, obsahujícím kanamycin sulfát (25 mikrogramů/ml) na optickou hustotu při 600 nm o velikosti od 0,5 do 1,0 jednotek optické hustoty a v tento okamžik byl přidán 1 milimolární IPTG do kultury po 3 hodiny pro indukci genové exprese rekombinantních DNA konstrukcí H. pylori.

Po indukci genové exprese pomocí IPTG byly bakterie peletovány centrifugací v centrifuze Sorvall RC-3B při 3500 x g po dobu 15 minut při teplotě 4 °C. Pelety byly resuspendovány v 50 mililitrech studeného 10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 0,1 M NaCl a 0,1 mM EDTA (STE pufr). Buňky byly potom centrifugovány při 2000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Vlhké pelety byly zváženy a zmrazený při teplotě -80 °C pro použití při purifikaci proteinů.

III. Purifikace rekombinantních proteinů z E. coli

Analytické způsoby

Koncentrace čištěných proteinových přípravků byly určovány spektrofotometricky použitím absorbčních koeficientů vypočtených z obsahu aminokyselin (Perkins, S.J. 1986 Eur.

··

- 135 » · · · ·· · ·· ·

J. Biochem. 157, 169-180). Proteinové koncentrace byly také měřeny způsobem podle Bradforda, M.M. (1976) Anal. Biochem. 72, 248-254 a Lowry, O.H., Rosebrough, N., Farr, A.L. & Randall, R.J. (1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265-275, použitím hovězího sérového albuminu jako standardu.

SDS-polyakrylamidové gely (12% nebo 4,0 až 25 % akrylamidové gradientní gely) byly zakoupeny od společnosti BioRad (Hercules, CA, USA) a byly označeny Coomassie modří. Molekulární hmotnostní značky zahrnovaly myosin králičích skeletálních svalů (200 kDa), E. coli (- galaktosidáza (116 kDa), fosforylázu B králičích svalů (97,4 kDa), hovězí sérový albumin (66,2 kDa), ovalbumin (45 kDa), hovězí uhličitou anhydrázu (31 kDa), trypsinový inhibitor ze sóji (21,5 kDa), bílkový lysozym (14,4 kDa) a hovězí aprotinin (6,5 kDa).

1. Purifikace rozpustných proteinů

Všechny kroky byly prováděny při teplotě 4 °C. Zmrazené buňky byly rozmraženy, resuspendovány v 5 objemech lýzového pufru (20 mM Tris, pH 7,9, 0,5 M NaCl, 5 mM imidazolu s 10% glycerolu, 0,1 % 2-merkaptoethanolu, 200 gg/ml lysozymu, 1 mM fenylmethylsulfonyl fluoridu (PMSF) leupeptinu, aprotininu, pepstatinu, tosylamido]-7-amino-2-heptanonu (TLCK), tosylamido]-4-fenyl-2-butanonu (TPCK) inhibitoru ze sóji a rozdrceny několika průchody přes mikrofluidizér o malém objemu (Model M-1105, Míkrofluidics International Corporation, Newton, MA). Výsledný homogenát byl vytvořen pomocí 0,1 % Brij 35 a centrifugován při a po 10 ug/ml L-l-chloro-3-[4L-l-chlor-3-[4a trypsinového

- 136 ♦ ··· ·· • · ·· • · · * • · · · » ··· »♦· • « «· * ·

100,000 x g po dobu 1 hodiny a tím se supernatant (surový extrakt).

získal čirý

Sciences, na Ni²⁺mililitrů (1987) J. v lýzovém s objemem 5 Schacheer, A.

Po filtraci přes filtr 0,8 μιη Supor (Gelman Německo) byl surový extrakt přenesen přímo nitrilotriacetát-agarózu (NTA) (Hochuli, E., Dbeli, H. a

Chromatography 411, 177-184) předem vyvážené pufru, obsahujícím 10 % glycerolu, 0,1 % Brij 35 a 1 mM PMSF. Kolona byla promývána 250 ml (50 objemů kolony) lýzového pufru, obsahujícího 10 % glycerolu, 0,1 % Brij 35 a byla vymývána postupnými kroky s použitím lýzového pufru, obsahujícího 10 % glycerolu, 0,05 % Brij 35, 1 mM PMSF a po sobě 20, 100, 200 a 500 mM imidazolu. Frakce byly monitorovány pomocí absorbce při OD280 a špičkové frakce byly analyzovány pomocí SDS-PAGE. Frakce obsahující rekombinantní protein se vymývaly při 100 mM imidazolu.

Rekombinantní protein 14640637 a proteiny, betagalaktosidáza (lacZ) a peptidyl-prolyl cis-trans isomeráza (ppiB)

Frakce obsahující rekombinantní proteiny z Ni²⁺-NTAagarózové kolony byly shromážděny a potom koncentrovány na přibližně 5 ml centrifugovou filtrací (Centriprep-10, Amicon, MA) a přeneseny přímo do 150-ml kolony (1,6 x 91 cm) Sephacryl S-100 HR gelového filtračního média, ekvilibrovaném v pufru A (10 mM Hepes, pH 7,5, 150 mM NaCI, 0,1 mM EGTA) a promývány pufrem A rychlostí 18 ml/h. Frakce obsahující rekombinantní protein byly identifikovány absorbcí při 280 nm a analyzovány pomocí SDS-PAGE. Frakce byly shromážděny a koncentrovány centrifugální filtrací.

• ·

Rekombinantní protein 7116626

Frakce obsahující rekombinantní protein z Ni²⁺-NTAagarózové kolony byly shromážděny a dialyzovány přes noc proti 1 litru dialyzačního pufru (10 mM MOPS, pH 6,5, 50 mM NaCI, 0,1 mM EGTA, 0,02% Brij 35 a 1 mM PMSF) . Ráno byl odstraněn jemný bílý precipitát pomocí centrifugace a vzniklý supernatant byl přenesen do 8 ml (8 x 75 mm) MonoS vysokovýkonné kapalinové chromatografické kolony (Pharmacia Biotechnology, lne., Piscataway, NJ, USA) ekvilibrované v pufru B (10 mM MOPS, pH 6,5, 0,1 mM EGTA) obsahujícím 50 mM NaCI. Kolona byla promývána 10 objemy pufru B obsahujícího 50 mM NaCI a vyvíjena 50 ml lineárního gradientu vzrůstajícího obsahu NaCI (50 až 500 mM) . Rekombinantní protein 7116626 se vymýval jako ostrý pík při 300 mM NaCI.

2. Purifikace nerozpustných proteinů z inkluzí (inclusion body)

Následující kroky byly prováděny při teplotě 4 °C. Buněčné pelety byly resuspendovány v lýzovém pufru s 10% glycerolu, 200 gg/ml lysozymu, 5 mM EDTA, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoethanolu. Po průchodu přes buněčný drtič byl výsledný homogenát byl vytvořen pomocí 0,2 % deoxycholátu, míchán 10 minut, potom centrifugován při 20,000 x g po dobu 30 minut. Pelety byly promývány lýzovým pufrem obsahujícím 10 % glycerolu, 10 mM EDTA, 1% Tritonu X-100, 1 mM PMSF a 0,1% -merkaptoethanolu, následovalo několik promývání lýzovým pufrem obsahujícím 1 M močovinu, 1 mM PMSF a 0,1 % 2- merkaptoethanolu. Výsledný bílý pelet byl složen primárně z inkluzí bez obsahu neporušených buněk a membránových materiálů.

·· ·· » · * • · · ·· · ··· • ·

- 138

Rekombinantní proteiny 26054702, 4721061

16225006,

30100332,

Následující kroky byly prováděny při teplotě okolí. Purifikované inkluze byly rozpuštěny v 20 ml 8,0 M močoviny v lýzovém pufru s 1 mM PMSF a 0,1 % 2-merkaptoethanolu a inkubovány při teplotě okolí po dobu 1 hodiny. Materiály, které se nerozpustily, byly odstraněny centrifugací. Čirý supernatant byl filtrován, potom dán do Ni²⁺-NTA agarózové kolony předem ekvilibrované v 8,0 M močoviny v lýzovém pufrem. Kolona byla promývána 250 ml (50 objemů) lýzového pufru, obsahujícího 8 M močovinu, 1,0 mM PMSF a 0,1 % 2merkaptoethanolu a vyvíjena postupnými kroky lýzového pufru obsahujícího 8M močovinu, 1 mM PMSF, 0,1 % 2merkaptoethanolu a postupně 20, 100, 200 a 500 mM imidazolu. Frakce byly monitorovány absorbci při OD₂8o nm a píkové frakce byly analyzovány pomocí SDS- PAGE. Frakce obsahující rekombinantní protein se vymývaly při 100 mM imidazolu.

Rekombinantní proteiny 29479681, 26380318

Pelet obsahující inkluze byl solubilizován v pufru B, obsahujícím 8 M močoviny, 1 mM PMSF a 0,1 % 2merkaptoethanolu a inkubován po dobu 1 hodiny při teplotě okolí. Nerozpustné materiály byly odstraněny centrifugací při 20,000 x g po dobu 30 minut a čirý supernatant byl přenesen do 15 ml ( 1,6 x 7,5 cm ) SP-Sepharose kolony předem ekvilibrované v pufru Β, 6 M močovina, 1 mM PMSF, 0,1 % 2-merkaptoethanol. Po promývání kolony 10 objemy byla kolona byl vyvíjena lineárním gradientem od 0 do 500 mM NaCI.

• · • ·

- 139.

Dialýza a koncentrace proteinových vzorků

Močovina byla pomalu odstraněna z proteinových vzorků dialýzou proti Tris-pufrovanému solnému roztoku (TBS; 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCI) obsahujícímu 0,5 % deoxycholátu (DOC) s postupnou redukcí koncentrace močovina takto: 6M, 4M, 3M, 2M, 1 M, 0,5 M a nakonec TBS bez jakéhokoli obsahu močoviny. Každý dialyzační krok byl prováděn minimálně 4 hodiny při teplotě okolí.

Po dialýze byly vzorky koncentrovány tlakovou filtrací použitím Amicon míchaných buněk. Proteinové koncentrace byly měřeny použitím způsobů podle Perkinse (1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180), Bradforda ((1976) Anal. Biochem. 72, 248-254) a Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265275) .

Rekombinantní proteiny purifikované výše popsanými způsoby jsou přehledně uvedeny v Tabulce 4:

• · · · • · • · · ·

- 140.

TABULKA 4

J99 Identifikát or sekvence	Homolog identifikován ý pomocí Blast	Genový symbol homologů	Bakteriální buněčná frakce použitá pro purifikaci rekombinant- ních proteinů	Způsob čištění	Relativní molekulov á hmotnost na SDS- PAGE gelu	Konečná koncentrace purifikovan ého proteinu	Složení pufru

Proteiny vnější membrány

16225006	P28635	YEAC	Inkluze	His-Tag	18 kDa	5 mg/ml	B

26054702	P15929	flgH	Inkluze	His-Tag	37 kDa	1,18 mg/ml	B
							jako suchý pelet

7116626	P26093	e (P4)	Rozpustná frakce	His-Tag	29 kDa	0,8 mg/ml	A
						1,85 mg/ml	C

29479681	P13036	feoA	Inkluze	SP-Sepharose	23 kDa	2,36 mg/ml	B
						0,5 mg/ml	B
							jako suchý pelet

14640637	P16665	TPF1	Rozpustná frakce	His-Tag	17 kDa	2,4 mg/ml	A
				gelová filtrace S 100 HR

Periplasmatický/vylučovanýpProtein

2010032	P23847	dppA	Inkluze	His-Tag	11 kDa	2,88 mg/ml	B

4721061	P36175	GCP	Inkluze	His-Tag	38 kDa	2,8 mg/ml	B

Další povrchové proteiny

4821082	P08089	M protein	Inkluze	His-Tag	20 kDa	1,16 mg/ml	B

978477	L28919	FBP54	Inkluze	SP- Sepharose	44 kDa	2,56 mg/ml	B
						0,3 mg/ml	B

Proteiny vnitřní membrány

26380318	P15933	fliG	Inkluze	SP-	11 kDa	22 mg/ml	B

• · · ·

- 141 ·· · ···

			bodies	Sepharose

Kontrolní proteiny s His-Tag

	PQ0722	lacZ	Rozpustná frakce	His-Tag	116 kDa	10 mg/ml	A
				gelová filtrace S200 HR

		ppiB	Rozpustná frakce	His-Tag	21 kDa	4,4 mg/ml	A
				gelová filtrace S100 HR
Složení pufru:
A-10 mM Hepes pH 7,5, 150 mM NaCl, 0,1 mM EGTA
B= 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCl, 0,5 % DOC
C= 10 mM MOPS pH 6,5, 300 mM NaCl, 0,1 EGTA
1_L_1_1

IV. Analýza proteinů H. pylori jako potenciálních vakcín Pro analýzu proteinů H. pylori pro použití ve vakcinových přípravcích podle předloženého vynálezu bylo exprímováno několik proteinů H. pylori, charakterizovaných imunologicky a testovaných v studiích účinnosti na zvířatech jak bude naznačeno dále. Konkrétně byly imunomodulační účinky proteinů H. pylori zkoumány v modelu myš/íř. pylori, který napodobuje lidskou infekci H. pylori u člověka. V těchto studiích byl určen účinek orální imunizace zvolenými polypeptidy H. pylori u myši infikované H. pylori.

Identifikace, klonování a exprese rekombinantních sekvencí Helicobacter pylori.

Pro usnadnění klonování, exprese a purifikace membránových a/nebo vylučovaných proteinů H. pylori byl zvolen pET genový expresivní systém (Novagen) pro klonování a expresi rekombinantních proteinů v Escherichia coli. Dále byla u proteinů, které mají signální sekvenci na svém aminokoncovém konci, fúzována DNA sekvence, kódující peptidové • · · · » · · ·

9 ·

999 999 • · · ·

- 142 označení (His-tag) ke konci 5' uvažovaných DNA sekvencí H. pylori pro usnadnění purifikace rekombinantních proteinových produktů. PCR amplifikace a klonování DNA sekvencí obsahujících otevřené čtecí rámce pro membránové a vylučované proteiny J99 kmene Helicobacter pylori.

Sekvence zvolené (ze seznamu DNA sekvencí podle předloženého vynálezu) pro klonování z kmene H. pylori J99 byly připraveny pro amplifikační klonování polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Všechny zvolené sekvence kódovaly proteiny vnější membrány H. pylori, přitom sekvence vac9 (SEQ ID NO: 125), vaclO (SEQ ID NO:147), vac22 (SEQ ID NO: 121) a vac41 (SEQ ID NO: 176) všechny sdílely koncový fenylalaninový zbytek. Podobně sekvence vac32 (SEQ ID NO:108), vac36 (SEQ ID NO:149) a vac37 (SEQ ID NO:139) všechny sdílely koncový fenylalaninový zbytek a tyrosinový shluk na C-konci. Syntetické oligonukleotidové primery pro každý otevřený čtecí rámec, který byl uvažován, (Tabulka 5) specifický pro předpovězený maturovaný 5' konec otevřeného čtecího rámce a spodek (3') předpovězeného translačního terminačního kodonu byly navrženy a zakoupeny (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA). Všechny přímé primery (specifické pro 5' konec oblasti uvažovaného otevřeného čtecího rámce) byly navrženy tak, aby zahrnovaly restrikční místo BamHI následované restrikčním místem Ncfel. Tyto primery byly navrženy aby dovolovaly iniciaci proteinové translace v kódu methioninového zbytku v restrikčním místě Ndel sekvence (v případě vytváření rekombinantního proteinu, který neobsahuje His-tag) nebo fúzi v rámci DNA sekvence kódující His-tag (v případě vytváření rekombinantního proteinu, který obsahuje Histag) , a následovány kódující sekvencí zbývající části • · · ·

- 143 » · · · · · • · · · · • · ··· ··· • · · • ··· · · ·· nativní H. pylori DNA. Všechny reverzní oligonukleotidové primery (specifické pro spodek (3') předpovězeného translačního terminačního kodonu otevřeného čtecího rámce) byly navrženy tak, aby zahrnovaly EcoRI restrikční místo na konci 5'. Tato kombinace primerů dovoluje, aby každý uvažovaný otevřený čtecí rámec byl klonován v pET28b (v případě vytváření rekombinantního proteinu, který obsahuje His-tag) nebo pET30a (v případě vytváření rekombinantního proteinu, který neobsahuje His-tag nebo nativního rekombinantního proteinu). Vektor pET28b přináší sekvence kódující dalších 20 aminokoncových aminokyselin (plus methionin v restrikčním místě Ndel) v to počítaje sekvenci šesti histidinových zbytků, které dávají His-tag.

Genomická DNA připravená z kmene H. pylori J99 (ATCC 55679) byla použita jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikační reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Pro amplifikaci DNA sekvence obsahující specifický otevřený čtecí rámec H. pylori byla genomická DNA (50 nanogramů) byl vložena do reakční zkumavky obsahující 200 nanogramů přímých a reverzních syntetických oligonukleotidových primerů specifických pro uvažovaný otevřený čtecí rámec a 45 mikrolitrů zakoupené PCR SuperMix (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA) v celkovém objemu 50 mikrolitrů. PCR SuperMix je dodáván v 1,1X koncentracích a obsahuje 22mM Tris-HCl pH 8,4), 55mM KC1, 1,65 mM MgCl₂, 220 mikromolárních množství od každého z dATP, dCTP, dGTP a dTTP, 22 jednotek rekombinantní Taq polymerázy/ml a stabilizátory. Následující teplotní cyklizační podmínky byly použity pro získání amplifikovaných DNA produktů pro

každý otevřený čtecí rámec použitím teplotního cyklovače Perkin Elmer Cetus/Gene Amp PCR System.

- 14^ ···· • ·· ·· ·· ·· • · · · · · • · · · · • · ··· ··· • · · ··*» ·· ··

Tabulka 5: Oligonukleotidové primery

Gen	Přímý primer	Reverzní primer
vac9 (nt SEQ ID NO:28) (aa SEQ ID NO: 125)	CGCGGATCCATATGGCTGAAA AAACCAC (SEQ ID NO: 257)	CCGGAATTCATCAGTATTCAA TGGG.AATAAAGCC (SEQ ID NO: 258)
vac 10 (nt SEQ ID N0:50) (aa SEQ ID NO: 147)	CGCGGATCCATATGAAAGAAG AAGAAAAAGAAGAAAAAAAG ACAGAAAGG (SEQ ID NO: 259)	CCGGAATTCGCTTAAAAGAAA ATAGTCCCCCAAACGC (SEQ ID NO: 260)
vac22 (nt SEQ ID NO:24) (aa SEQ ID NO: 121)	CGCCGGATCCATATGAAAGAG GTCATTCCACCCCTTCAACCCC (SEQ ID NO: 261)	CCGGAATTCATATAAATATCA TATAGGCAGAAAAAC (SEQ ID NO: 262)
vac32 (nt SEQ ID NO:11) (aa SEQ ID NO: 108)	CGCGGATCCATATGGAGGCAG AGCTTGATGAAAAATC (SEQ ID NO: 263)	CCGGAATTCGATTGATTTTGTC AAATCTAAAATCCC (SEQ ID NO: 264)
vac36 (hop B) (nt SEQ ID NO:52) (aa SEQ ID NO: 149)	TATTATACATATGGAAGAAGA TGGG (SEQ ID NO: 265)	TAATCTCGAGTTTAGAAGGCG TA (SEQ ID NO: 266)
vac37 (i-hop) (nt SEQ ID NO:42) (aa SEQ ID NO: 139)	TTATATTCATATGGAAGACGAT GGC (SEQ ID NO: 267)	AATTCTCGAGCCTCTTTATAA GCC (SEQ ID NO: 268)
vac41 (nt SEQ ID NO:79) (aa SEQ ID NO: 176)	CGCGGATCCATATGGTAGAAG CCTTTCAAAAACACCAAAAAG ACGG (SEQ ID NO: 269)	CCGGAATTCGGAGCCAATAGG GAGCTAAAGCC (SEQ ID NO: 270)

99

9 9 9

999 999

9

99 • ••9

- 146

9 • 9

9 • · ·

999“ 99

Sekvence pro Vac32, Vac9 a Vac22

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 30 sekund cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 8 minut

Sekvence pro VaclO a Vac41

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 30 sekund cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 2,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 8 minut

Sekvence pro Vac36 a Vac37

Denaturace při cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 30 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut

Po ukončení teplotních cyklizačních reakcí byl každý vzorek amplifikované DNA podroben elektroforéze na 1,0% agarózových gelech. DNA byla vizualizována vystavením ethidium bromidu a dlouhovlnnému UV záření a nařezána na gelové řezy. DNA byla purifikována použitím soupravy Wizard PCR Preps Kit (Promega Corp., Madison, WI, USA) a potom podrobena natrávení. pomocí BamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Natrávený PCR amplikon byl potom znovu elektroforézován a čištěn jako bylo uvedeno výše.

• β

147:^e• ·*

Biology, editoři,

Ligace DNA sekvencí H. pylori do klonovacích vektorů Vektor pOK12 (J. Vieira a J. Messing, Gene 100:189-194, 1991) byl připraven pro klonování pro natrávení pomocí BamHI a BcoRI v případě Vac9, 10, 22, 31 a 32, zatímco vektor pSU21 (B. Bartolome a kol., Gene 102:75-78, 1991) byl připraven pro klonování pro natrávení pomocí BamHI a BcoRI v případě Vac 41 (Current Protocols in Molecular John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., 1994). Vektory byly podrobeny elektroforéze na

1,0% agarózových gelech a čištěny použitím soupravy Wizard PCR Preps Kit (Promega Corp., Madison, WI, USA). Po ukončení ligace purifikovaných natrávených vektorů a purifikovaných natrávených amplifikovaných otevřených čtecích rámců H. pylori byly produkty ligační reakce transformovány do kompetentních buněk B. coli JM109 použitím standardního způsobu (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Individuální bakteriální kolonie byly prohledávány s cílem najít ty, které obsahují správné rekombinantní plasmidy inkubací v LB médiu přes noc (plus 25ug/ml kanamycin sulfátu pro plasmidy založené na pOK12 nebo 25ug/ml chloramfenikolu pro plasmidy založené na pSU21) následovanou přípravou plasmidové DNA použitím soupravy Magie Minipreps (Promega Corp., Madison, WI, USA) a potom analýzou pomocí restrikčního natrávení (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994).

Klonování DNA sekvencí H. pylori expresivních vektorů pET285b a pET30a do prokaryotních • · • ·

Oba expresivní vektory pET28b a pET30a byly připraveny pro klonování natrávením pomocí Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). DNA sekvence H. pylori byly odstraněny z plasmidových koster pOK12 (Vac9, 10, 23, 31 a 32) nebo pSU21 (Vac41) natrávením pomocí Ndel a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol, editoři, 1994). pET28b, pET30a a DNA sekvence H. pylori byly všechny elektroforézovány na 1% agarózovém gelu a purifikovány použitím soupravy Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison, WI, USA). Po provedení ligace purifikovaných natrávených expresivních vektorů a purifikovaných natrávených DNA sekvencí H. pylori byly produkty ligační reakce transformovány do E. coli JM109 kompetentních buněk (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Individuální bakteriální kolonie byly prohledávány s cílem najít ty, které obsahující správné rekombinantní plasmidy přípravou plasmidové DNA způsobem popsaným výše následovaným analýzou pomocí restrikčního natrávení profilů a DNA sekvenací (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol, editoři, 1994). Tyto rekombinantní plasmidy byly potom použity pro transformaci specifických expresivních kmenů E. coli.

Transformace kompetentních bakterií rekombinantními expresivními plasmidy

Kompetentní bakteriální kmeny (BL21(DE3), BL21(DE3)pLyS, HMS174(DE3) a HMS174(DE3)pLysS byly připraveny a transformovány rekombinantními pET28b expresivními plasmidy nesoucími klonovací sekvence H. pylori použitím • ·

149*:

» · · · » · · · ·* · ··· standardních způsobů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994) . Tyto kmeny expresivních hostitelů obsahovaly chromosomální kopii genu pro T7 RNA polymerázu. Tito hostitelé byli lysogeny bakteriofágu DE3, lambda derivátu, které nesl láci gen, lacUV5 promotor a gen pro T7 RNA polymerázu. Exprese T7 RNA polymerázy byla indukována přidáním isopropyl-p-D thiogalaktosidu (IPTG) a T7 RNA polymeráza se potom transkribovala v libovolném cílovém plasmidu jako je pET28b, který nese T7 promotorovou sekvenci a uvažovaný gen.

Exprese rekombinantních sekvencí H. pylori v E. coli Transformanty byly sebrány z LB agarových destiček obsahujících 25ug/ml kanamycin sulfátu (zajišťuje udržování rekombinantních plasmidů založených na pET28b) a použity pro naočkování LB média obsahujícího 25ug/ml kanamycin sulfátu a byly pěstovány na optickou hustotu při 600 nm o velikosti od 0,5 do 1,0 OD jednotek v tento okamžik byl do kultury přidáván 1 mM IPTG po dobu jedné až tří hodin pro indukci genové exprese rekombinantních DNA konstrukcí H. pylori. Po indukci genu exprese pomocí IPTG byly bakterie peletovány centrifugací a resuspendovány v SDS-PAGE solubilizačním pufru a vystaveny SDS-PAGE (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, Tne., F.

Ausubel a kol., editoři, 1994) označením modří Coomassie westernovým

Proteiny byly visualizovány Briliant nebo detekovány imunopřenosem použitím specifických monoklonálních protilátek proti His označení (Clontech, Palo Alto, CA, USA) použitím standardních způsobů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F.

····

Ausubel a kol., editoři, 1994). Hostitelský kmen, který poskytoval největší úroveň produkce rekombinantního proteinu byl potom zvolen pro použití v indukci velkého rozsahu s cílem získat purifikovaný rekombinantní protein. Všechny následující proteiny ze seznamu byly exprimovány rekombinantně a je uveden kmen, který dával nejvyšší úroveň exprese.: BL21(DE3) (vac31, vac26, vac37); BL21(DE3) pLysS (vac 9, 32); HMS174(DE3) (vaclO,ll). Purifikace rekombinantních proteinů a vytváření specifických antisér Kultury velkého rozsahu byly naočkovány a pěstovány výše uvedeným způsobem a indukovány lmM 1PTG po dobu 3 hodin. Po indukci byly bakterie peletovány centrifugaci na centrifuze Sorvall při 3500 x g po dobu 15 min při teplotě 4 °C.

Všechny exprimované rekombinantní proteiny byly přítomny v nerozpustných frakcích inkluzí. Inkluze byly čištěny postupem podle standardních protokolů (Antibodies, Cold Spring Harbor Laboratory Press, E. Harlow a D. Lané, editoři, 1988). Rekombinantní protein produkovaný v případě vac32 byl rozpuštěn v 8M močovině a částečně purifikován niklovou chromatografií (označovanou REF). Denaturované rekombinantní proteiny byly purifikovány elektroforézou na SDS-PAGE gelech a po visualizaci modří Coomassie Brilliant byl protein vyříznut z gelu a gelové řezy byly homogenizovány. Tento materiál byl použit pro vyvolání specifických polyklonálních protilátek u myší nebo králíků postupem podle standardních protokolů (Antibodies, Cold Spring Harbor Laboratory Press, E. Harlow a D. Lané, editoři, 1988).

Imunologická charakterizace rekombinantních proteinů Ve všech případech, kdy byl proveden pokus o vyvolání tvorby protilátek, bylo dosaženo vysokého titru antiséra, • · · · · φ · ·

což potvrzovalo imunogenicitu rekombinantních proteinů. Kromě toho byla specifická antiséra použita pro analýzu, zda protein kódovaný klonovaným genem byl exprimován v H. pylori. Westernová imunopřenosová analýza použitím standardních protokolů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994) potvrdila, že kmen H. pylori J99 exprimoval proteiny očekávané molekulární hmotnosti, které reagovaly s antiséry vaclO, vac32, vac31, vac36. Specifické antisérum byl také použito pro určení úrovně antigenní konzervace mezi velkým množstvím izolátů H. pylori, které byly získány z rozdílných geografických míst z celého světa a ze všech typů klinických manifestací, v to počítaje gastritidu, dvanáctníkový vřed, žaludeční vřed a rakovinu žaludku. Bylo zjištěno, že každý kmen produkoval protein, který reagoval specificky s každým antisérem.

Kromě toho buňky H. pylori kmenů J99, 17874, AH244 a 551 byly frakcionovány do různých buněčných kompartmentů (Doig a Trust 1994 Infect. Imun. 62:4526-4533: 0'Toole a kol. 1995 J. Bakteriol. 177:6049-6057). Specifické antisérum bylo použito pro sondování těchto frakcí westernovým imunopřenosem pro identifikaci, ve které frakci protein byl lokalizován. Ve všech případech byl imunoreaktivní protein přítomen ve vnější membráně, jak bylo předpovězeno na základě posloupností hledání znaků a motivů způsobem zde popsaným.

Důkaz účinnosti proteinů jako vakcín

Purifikace vakciny vac36 pro studie účinnosti • 9

- ·Σΐ52·

Všechny následující kroky byly prováděny při teplotě 4 °C. Buněčné pelety byly resuspendovány v 5 objemech lýzového pufru (50mM fosforečnan sodný pH 8,0, 0,5 M NaCI, 5 mM imidazolu) s 10 mM EDTA, 1 mM fenylmethylsulfonyl fluoridu (PMSF) a 0,1 % β-merkaptoethanolu na jeden gram buněk a rozdrceny několika průchody přes mikrofluidizér o malém objemu (Model M-1105, Mikrofluidics International Corporation, Newton, MA) . Výsledný homogenát byl upraven 0,25 % deoxycholátu sodného (DOC), míchán po 20 minut, potom centrifugován (10,000 g x 30 min). Pelety byly promýván dvakrát lýzovým pufrem, obsahující, lOmM EDTA, 1 % Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1% β-merkaptoethanolu, potom lýzovým pufrem obsahujícím 1M močovinu, lmM PMSF a 0,1 % βmerkaptoethanolu. Výsledný bílý pelet se skládal primárně z inkluzí, byl prostý neporušených buněk a membránových materiálů.

Inkluze byly rozpuštěny v 20 ml 6M guanidinu-HCl v lýzovém pufru s 1 mM PMSF a 0,1% β-merkaptoethanolu a inkubovány na ledu po 1 hodinu. Materiály které se nerozpustily byly odstraněny centrifugací (100,000 g x 30 min.) Čirý supernatant byl filtrován přes 0,8 μπι Supor filtr (Gelman Sciences, Německo) potom přenesen přímo do 10 ml Ni²⁺-NTA agarózové kolony (Hochuli a kol. 1987) předem ekvilibrované v 6M guanidinu-HCl v lýzovém pufru obsahujícím 1 mM PMSF a 0,1% β-merkaptoethanolu. Kolona byla promývána 20ml (2 objemy) lýzového pufru obsahujícího 6M guanidinu-HCl, 1 mM PMSF a 0,1 % β-merkaptoethanolu, potom byl guanidin-HCl pomalu odstraněn 100 ml lineárního gradientu (od 6M do 0 M guanidinu-HCl) lýzového pufru obsahujícího 0,5% Brij 35, 1 • · · ·

mM PMSF, 0,1% β-merkaptoethanol. Dále byla kolona vyvíjena 25 ml lineárního gradientu vzrůstajícího množství imidazolu (5 až 500 mM) v lýzovém pufru, obsahujícím 0,5% Brij 35, 1 mM PMSF a 0,1% β-merkaptoethanolu. Rekombinantní proteiny se vymývaly jako pík okolo 100 mM imidazolu.

Frakce obsahující rekombinantní proteiny byly sloučeny a potom koncentrovány na přibližně 8 ml centrifugální filtrací (Centriprep-10, Amicon, MA) a přeneseny přímo do 350ml kolony (2,2 x 91 cm) gelového filtračního média Sephacryl S-100 HR ekvilibrované v pufru A (50mM fosforečnan sodný, pH 8,0, 500 mM NaCI, 0,1 mM EGTA, 1 mM PMSF, 0,1% β-merkaptoethanolu, 0,5% Brij 35) a vymývané pufrem A rychlostí 30 ml/h. Frakce obsahující rekombinantní proteiny byly identifikovány absorbcí při 280 nm a analyzovány SDS-PAGE. Frakce byly sloučeny, koncentrovány na 1,5 až 2 mg/ml a dialýzovány přes noc proti 10 mM fosforečnanu draselného pH 7,5, 150 mM NaCI, 0,1 mM EGTA a 0,5% Brij 35. Koncentrace protein v dialyzátu byla měřena a potom byly vytvořeny alikvoty před zmrazením při teplotě 20 °C.

Myší model infekce Helicobacter pylori

Myší model infekce H. pylori byl vytvořen infikováním myši C57BL/6 infekcí H. pylori Sydney kmen 551 a byl používán pro stanovení účinnosti rekombinantní vakcíny H. pylori vac36. Tento kmen H. pylori je adaptován na myš, je cagA+ vacA+, vykazuje hladiny kolonizace u myši C57BL/6 ekvivalentní úrovním, pozorovaným u člověka, vytváří přilnavý útvar, kolonizuje po alespoň 8 měsíců a vyvolává chronicko-aktivní gastritidu a mukosální atrofii (Lee a • · • ···· · *· « · · · · · · • · · · • · · · ·

- .Χ5Γ4.· kol., Gastroenterology, 112:1386-1397, 1997). Studie dávkové odezvy prokázaly 100% infekci u inbrední myší C57BL/6 a Balb/C za 8 týdnů po jediném očkování 10⁶organismy.

Zhodnocení gastrické infekce H. pylori

Přítomnost H. pylori organismů v gastrické tkáni byla určena kulturou gastrické tkáně a kvantitativním ureázovým testem. U posledního způsobu byl podélný segment antra, reprezentující přibližně jednu čtvrtinu celkové antrální oblasti umístěn do 1 ml močovinového kapalného média. Po uplynutí 4 hodin byl stanoven rozsah změny barvy způsobené hydrolýzou močovinou a zvýšení pH pomocí spektrof otometrického měření A₅₅₀ (Fox a kol., Imunol. 58:400-406, 1996). Test senzitivity je přibližně 10³ H. pylori organismů. Pozitivní (H. pylori-infektovaná) gastrické tkáň byla definována jako takový vzorek, který se odchyloval o 2 standardní odchylky nad střední hodnotu A550 odvozenou z měření neinfikovaných kontrolních myší stejného věku.

Stanovení lokální imunitní odezvy na imunizaci gastrické tkáně

Podélné sekce gastrických tkání od jícnu ke dvanáctníkovému spojení byly vloženy do OCT sloučeniny, zmrazený v kapalném dusíku a kryosekce imunooznačené monoklonálními protilátkami, rozpoznávajícími CD4⁺ nebo CD8⁺ buňky nebo antisérem proti myším IgA pro identifikaci plasmových buněk obsahujících IgA (IgACC) (Pappo a kol., Infect. Imun. 63:1246-1252, 1995). Stupeň lokální gastrické imunitní odezvy byl vyjádřen kvantitativně jako počet CD4⁺, CD8⁺nebo IgACC buněk na mm² zkoumané gastrické oblasti.

φ φφφφ φ φ φ

φφ φφ » φ φ φ » φ φ φ φφφ φφφ

Ochranný účinek purifikovaného rekombinantního H. pylori vac36 antigenu

Schopnost purifikovaného rekombinantního vac36 antigenu, odvozeného od H. pylori, interferovat s vytvořením se infekce H. pylori byl zkoumán u myši. Skupiny (n=10) 6-8 týdnů starých myší C57BL/6 byly imunizovány orálně čtyřikrát v týdenních intervalech následujícím způsobem:

1) 100 gg rekombinantního vac36 antigenu a 10 μg cholerového toxinu (CT) jako adjuvans,

2) 1 mg H. pylori lyzátového antigenu a 10 μg CT a

3) 0,2 M hydrogenuhličitanového pufru a 10 ug CT adjuvans.

Dva týdny později byly myši vystaveny infekci ve třech po sobě jdoucích dnech orálním podáním organismů 10⁸ H. pylori. Experiment byl ukončen 2 týdny po vystavení infekci a byla stanovena úroveň infekce H. pylori počítáním bakteriálních kolonií a kvantitativním ureázovým testem. Orální imunizace antigenem vac36 interferovala s vznikem infekce H. pylori po infikaci živými organismy H. pylori. Myši imunizované purifikovaným rekombinantním vac36 antigenem vykazovaly významně nižší úroveň kolonizace H. pylori, jak bylo stanoveno testem gastrické ureázové aktivity a bakteriálními počítacími testy (Tabulka 6). Orální imunizace vac36 antigenem také vedla k vytvoření lokální ochranné gastrické imunitní odezvy. Ve srovnání s neimunizovanými myšmi, infikovanými H. pylori bylo z gastrických tkání vac36 imunizovaných myší získáno větší množství CD4 ⁺ buněk a IgACC (Tabulka 7).

Tabulka 6

- í56 :I · · · ··· ···

Rekombinantní vac36 antigen chrání myši od nákazy H. pylori

Vakcína	Ureázová aktivita	p^D	H. pylori zátěž^c	P°
vac36	0,199±0,0 80	0,0022	55,800±12 , 599	0,0125
H. pylori lyzát	0,057+0,0 07	0,0002	2,360+955	0,0002
pufr	1,655±0,4 20		131,000±l 8,39

a Ureázová aktivita je vyjádřena jako střední hodnota A₅₅₀+ standardní odchylka pro duplikované antrální vzorky u skupin n=10 myší.

b Wilcoxon Rank Sum Test porovnávaný s myšmi imunizovanými samotným CT adjuvans c Hladina H. pylori v gastrické tkáni byla stanovena počítáním bakterii a uvedena jako střední počet vytvořených kolonií ± standardní odchylka.

• ···· * ·· ·· • · · ···· · · · • · · · · · ·

- 15.7 : .····:

··· «· ··· ···· ·· ·· ·»·

Tabulka 7 vac36-imunizované myši vytváří lokální gastrickou imunitní odezvu po infikování H. pylori

Vakcí na	CD4 ⁺	CD8 ⁺	IgACC
vac36	cardi a^a	corpu s	antru m	cardi a	corpu s	antru m	cardi a	corpu s	antru m
vac36	33±9^a	54±8*	31+8	3±2	0	1±1	24±12	7 9±16	67±13
H. pylor i lyzát	31±13	36±19	24±8	4±2	2±1	2±1	31±9	73±13 ★	79±15
puf r	12+2	27±8	18±4	1±1	0	0	4±2	30±13	46±14

a Střední počet buněk/mm² gastrické oblasti±střední odchylka * p<0,05 na základě testu Wilcoxon Rank Sum Test ve srovnání s neimunizovanými myšmi infikovanými H. pylori

V. Analýza sekvenčních variací genů v kmenech Helicobacter pylori

Čtyři geny byly klonovány a sekvencovány z několika kmenů H. pylori pro porovnání DNA a odvození aminokyselinových sekvencí. Tato informace byla použita pro určení sekvenční variací mezi kmenem H. pylori J99 a dalšími kmeny H. pylori izolovanými od lidských pacientů.

····

* ·· ·· ·« ··· · · * · · • · · · · · • · · ··· ··· • · · · ··· ···· ·· ··

Příprava chromosomálních DNA.

Kultury kmenů H. pylori (jak uvedené v Tabulce 10) byly pěstovány v BLBB (1 % tryptolu, 1% peptaminu, 0,1% glukózy, 0,2 % kvasinkového extraktu, 0,5% chloridu sodného, 5% fetálního hovězího séra) na hodnotu OD₆₀o rovnou 0,2. Buňky byly centrifugovány v Sorvall RC-3B při 3500 x g při teplotě 4 °C po dobu 15 minut a pelet byl resuspendován v 0,95 ml 10 mM Tris-HCl, 0,1 mM EDTA (TE) . Byl přidán lysozym na konečnou koncentraci lmg/ml spolu s SDS do 1% a RNAza A + TI do 0,5mg/ml a 5 jednotek/ml a inkubace se prováděla při teplotě 37 °C po dobu jedné hodiny. Potom byla přidána proteináza K na konečnou koncentraci 0,4mg/ml a vzorek byl inkubován při teplotě 55 °C po dobu více než jedné hodiny. Do vzorku byl přidán NaCI na koncentraci 0,65 M, opatrně byl míchán a bylo přidáno 0,15 ml 10% CTAB v 0,7M NaCI (konečná koncentrace 1% CTAB/70mM NaCI), následováno inkubací při teplotě 65 °C po dobu 20 minut. V tomto okamžiku byly vzorky extrahovány směsí chloroform:isoamylalkohol, extrahovány fenolem a extrahovány znovu směsí chloroform:isoamylalkohol. DNA byla precipitována buď EtOH (1,5 x objem) nebo isopropanolem (0,6 x objem) při teplotě -70 °C po dobu 10 minut, promývána v 70% EtOH a resuspendována v TE.

PCR amplifikace a klonování.

Genomická DNA připravená z dvanácti kmenů Helicobacter pylori byla používána jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikační reakce Biology, John Wiley (Current Protocols in Molecular a Sons, lne., F. Ausubel a kol·., editoři, 1994). Pro amplifikaci DNA sekvence obsahující otevřený čtecí rámec H. pylori byla genomická DNA (10 nanogramů) vložena do reakční nádobky obsahující 2 mM • ·

159

MgCl₂, 1 mikromolární syntetické oligonukleotidové primery (přímé a reverzní primery, viz Tabulka 8) komplementární k definovanému otevřenému čtecímu rámci H. pylori a nacházející se u jeho konce, 0,2 mM každého z následujících deoxynukleotidových trifosfátů: dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 0,5 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA) s konečným objemem 20 mikrolitrů duplikovaných reakcích.

Tabulka 8

Oligonukleotidové primery použité pro PCR amplifikaci DNA sekvencí H. pylori.

Proteiny vnější membrány	Přímý primer od 5' do 3'	Reverzní primer od 5' do 3'
Protein 26054702 (pro kmeny AH4, AH15, AH61,5294, 5640, AH18 a AH244)	5’-TTAACCATGGTGAAAA GCGATA-3’ (SEQ ID NO:217)	5'-TAGAATTCGCCTCTAA AACTTTAG-3’ (SEQ ID NO:218)
Protein 26054702 (pro kmeny AH5, 5155, 7958, AH24 a J99)	5’-TTAACCATGGTGAAAA GCGATA-3' (SEQ ID NO:219)	5-TAGAATTCGCATAA CGATCAATC-3' (SEQ ID NO:220)
Protein 7116626	5-ATATCCATGGTGAGTT TGATGA-3' (SEQ ID NO:221)	5’-ATGAATTCAATTTT TTATTTTGCCA-3' (SEQ ID NO:222)
Protein 29479681	5’-AATŤCCATGGCTATC CAAATCCG-3' (SEQ ID NO:223)	5'-ATGAATTCGCCAAAA TCGTAGTATT-3' (SEQ ID NO:224)
Protein 346	5'-GATACCATGGAATTT ATGAAAAAG-3' (SEQ ID NO:225)	5'-TGAATTCGAAAAAGTG TAGTTATAC-3' (SEQ ID NO:226)

Následující teplotní cyklizační podmínky byly použity pro získání amplifikovaných DNA produktů pro každý otevřený čtecí rámec použitím teplotního cyklovače Perkin Elmer Cetus/ GeneAmp PCR System 9600:

• ·

Protein 7116626 a protein 346;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 30 °C po dobu sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 15 sekund a 72 °C po dobu 1,5 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 26054702 pro kmeny AH5, 5155, 7958, AH24 a J99; Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut,

2	cykly při	teplotě	94 °C	PO	dobu 15	sekund,	30	°C po	dobu
15	sekund a	72 °C po	dobu	1,5	minut
25	cyklů při	teplotě	94 °C	po	dobu 15	sekund,	55	°C po	dobu
15	sekund a	72 °C po	dobu	1,5	minut

Reakce byl zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 6 minut.

Protein 26054702 a protein 294796813 pro kmeny AH4, AH15, AH61, 5294, 5640,

AH18 a Hp244 ;

Denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minut, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 30 °C po dobu 20 sekund a 72 °C po dobu 2 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 sekund, 55 °C po dobu 20 sekund a 72 °C po dobu 2 minut

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 8 minut.

Po ukončení teplotních cyklizačních reakcí byl každý pár vzorků kombinován a použit přímo pro klonování do PCR klonovacího vektoru způsobem popsaným dále.

• · ·· · ·· * · • t> · ·

- 161 -:. : · : ·* ··« ·· ··· ····

Klonování DNA sekvence H. pylori do PCR TA klonovacího vektor.

Každý z amplifikovaných insertů byl klonován do PCR 2.1 vektoru způsobem popsaným v klonovací soupravě Originál TA (Invitrogen, San Diego, CA). Produkty ligační reakce byly potom používány pro transformaci kmene E. coli TOPIOF' (INVaF' v případě sekvence H. pylori 350) způsobem popsaným dále.

Transformace kompetentních bakterií rekombinantními plasmidy

Kompetentní bakterie, E coli kmen TOPIOF' nebo E. coli kmen INVaF' byly transformovány rekombinantními PCR expresivními plasmidy nesoucími klonovací sekvence H. pylori postupem podle standardních protokolů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Stručně zopakováno byly 2 mikrolitry 0,5 mikromolárního BME přidány do každé nádoby s 50 mikrolitry kompetentních buněk. Následně byly 2 mikrolitry ligační reakční směsi smíchány s kompetentními buňkami a inkubovány na ledu 30 minut. Buňky a ligační směs byly potom podrobeny tepelnému šoku při teplotě 42 °C po dobu 30 sekund a byly následně umístěny na led po další 2 minuty po kterých byly vzorky inkubovány v 0,45 mililitrech SOC média (0,5% kvasinkový extrakt, 2,0 % tryptonu, 10 mM NaCl,

2,5 mM KC1, 10 mM MgCl₂, 10 mM MgSO₄ a 20 mM glukózy) při teplotě 37 °C s protřepáváním po dobu 1 hodiny. Vzorky byly potom natřeny na LB agarové destičky, obsahující 25 mikrogram/ml kanamycin sulfátu nebo 100 mikrogram/ml ampicilinu pro růst přes noc. Transformované kolonie TOPIOF' nebo INVaF' byly potom vyjmuty a analyzovány pro určení klonovaných insertů způsobem popsaným dále.

- 162 • ·· · «· w· • · · · * 9 • · · · · • · ·· · ··· • · · ···· · · · *

Identifikace rekombinantních PCR plasmidů nesoucích sekvence H. pylori

Jednotlivé TOPIOF' nebo INVaF' klony transformované rekombinantními otevřenými čtecími rámci pCR-H. pylori byly analyzovány PCR amplifikaci klonovaných insertů použitím stejných přímých a reverzních primerů, specifických pro každou sekvenci H. pylori, která byla použita v původní PCR amplifikační klonovací reakci. Úspěšná amplifikace verifikovala integraci sekvencí H. pylori do klonovacích vektorů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994).

Jednotlivé klony rekombinantních PCR vektorů nesoucích správně klonované otevřené čtecí rámce H. pylori byly odebrány pro sekvenační analýzu. Sekvenační analýza byla prováděna na přístrojích ABI Sekvencer použitím standardních protokolů (Perkin Elmer) použitím vektorově specifických primerů (viz PCRII nebo pCR2.1, Invitrogen, San Diego, CA) a sekvenačních primerů specifických pro otevřený čtecí rámec jak jsou uvedeny v Tabulce 9 .

· · ·

- 163

Tabulka 9

Oligonukleotidově primery používané pro sekvenaci DNA sekvencí H. pylori

Proteiny vnější membrány	Přímé primery od 5'do 3'	Reverzní primery od 5^r do 3'
Protein 26054702	5’CCCTTCATTTTAGAAATC G-3' (SEQ ID NO-.227) 5'ATTTCAACCAATTCAAT GCG-3' (SEQ ID NO:228) 5’GCCCCTTTTGATTTGAA GCT-3’ (SEQ ID NO:229) 5TCGCTCCAAGATACCAA GAAGT-3' (SEQ ID NO:230) 5’CTTGAATTAGGGGCAAA GATCG-3' (SEQ ID NO:231) 5'ATGCGTTTTTACCCAAA GAAGT-3' (SEQ ID NO:232) 5’ATAACGCCACTTCCTTA TTGGT-3' (SEQ ID NO:233)	5'CTTTGGGTAAAAACGCATC -3' (SEQ ID NO:234) 5’CGATCTTTGATCCTAATTC A-3' (SEQ IDNO:235) 5'ATCAAGTTGCCTATGCTGA -3’ (SEQ IDNO:236)

Protein 7116626	5'TTGAACACTTTTGATTAT GCGG-3' (SEQ ID NO:237) 5’GGATTATGCGATTGTTTT ACAAG-3’ (SEQ IDNO:238)	5'GTCTTTAGCAAAAATGGCG TC-3’ (SEQ ID NO:239) 5'AATGAGCGTAAGAGAGCC TTC-3' (SEQ ID NO:240)
Protein 29479681	5’CTTATGGGGGTATTGTC A-3' (SEQ ID NO:241) 5'AGCATGTGGGTATCCAG C-3' (SEQ ID NO:242)	5'AGGTTGTTGCCTAAAGACT -3'(SEQ IDNO-.243) 5’-CTGCCTCCACCTTTGATC3’ (SEQ ID NO:244)
Protein 346	5'ACCAATATCAATTGGCA CT-3’ (SEQ ID NO:245) 5'ACTTGGAAAAGCTCTGC A-3' (SEQ ID NO:246)	5'CTTGCTTGTCATATCTAGC3' (SEQ ID NO:247) 5’-GTTGAAGTGTTGGTGCTA3' (SEQ ID NO:248)
	5'CAAGCAAGTGGTTTGGT TTTAG-3' (SEQ ID NO:249) 5’TGGAAAGAGCAAATCAT TGAAG-3' (SEQ ID NO:250)	5'GCCCATAATCAAAAAGCC CAT-3' (SEQ ID NO:251) 5’CTAAAACCAAACCACTTGC TTGTC-3’ (SEQ ID NO:252)

Vektorové 1 nrimerv	5-GTAAAACGACGGCCAG3' (SEQ ID NO:253)	5'-CAGGAAACAGCTATGAC3’ (SEQ ID NO:254) i

- 164 Výsledky

Pro určení počtu PCR chyb v těchto experimentech bylo sekvencováno pět individuálních klonů proteinu 26054702, připraveného z pěti separátních PCR reakčních směsí kmene H. pylori J99, s celkovou délkou 897 nukleotidů pro kumulativně celkově 4485 bází DNA sekvence. DNA sekvence pro těchto pět klonů byla porovnána se DNA sekvencí získanou dříve jiným způsobem, t.j. náhodným vynuceným (shotgun) klonováním a sekvenací. PCR chybový poměr pro zde popsané experimenty byl určen jako 2 změny bází ze 4485 bází, což je ekvivalentní odhadnutému chybovému poměru nejvýše 0,04%.

Analýza DNA sekvencí byla prováděna pro čtyři různé otevřené čtecí rámce identifikované jako geny a amplifikované PCR methodami z tuctu různých kmenů bakterie Helicobacter pylori. Odvozené aminokyselinové sekvence tří ze čtyř otevřených čtecích rámců, které byly zvoleny pro tuto studii vykázaly statisticky významnou BLAST homologii s definovanými proteiny, přítomnými u jiných bakteriálních druhů. Tyto otevřené čtecí rámce zahrnovaly: Protein 26054702, homologicky val A & B genům kódujícím ABC transportér v F. novicida; Protein 7116626, homologický lipoproteinu e (P4), který se nachází ve vnější membráně H. influenzae; Protein 29479681, homologický fecA, receptor vnější membrány pro transport dicitrátu železitého u E. coli. Protein 346 byl identifikován jako neznámý otevřený čtecí rámec, neboť vykázal nízkou homologii se sekvencemi ve veřejných databázích.

9 9 9

- 165 Pro stanovení rozsahu konzervace i čtecích rámců pro různé kmeny H. sekvence a odvozené proteinové sekvence porovnávány s DNA a odvozenými proteinovými sekvencemi nalezenými u kmene J99 H. pylori (viz Tabulka 10 dále). Výsledky jsou presentovány jako procento identity s kmenem J99 sekvence H. pylori sekvenované náhodným vynuceným (shotgun) klonováním. Pro kontrolu jakýchkoli variací v J99 sekvenci byl každý ze čtyř otevřených čtecích rámců klonován a sekvencován znovu z bakteriálního kmene J99 a tato sekvenční informace byla porovnána se sekvenční informací, která byla získána z insertů klonovaných náhodnou vynucenou (shotgun) sekvenací kmene J99. Data dokázala, že existuje variace DNA sekvencí v rozmezí od tak malé hodnoty, jako je rozdíl 0,12 % (Protein 346, kmen J99) do přibližně 7% změny (Protein 26054702, kmen AH5). Odvozené proteinové sekvence buď nevykázaly žádnou variaci (Protein 346, kmeny AH18 a AH24) nebo až do 7,66% aminokyselinových změn (Protein 26054702, kmen AH5).

bo variance otevřených pylori byly změny DNA

- 166 • · · ··· ··· • · ·· ·«

Tabulka 10

DNA sekvenční analýza kandidátů vakcín H. pylori na více kmenech

J99 Protein č:	26054702	26054702	7116626	7116626	29479681	29479681	346	346
Délka sekve-
nované oblasti:	248 a.a.	746 nt.	232 a.a.	96 nt.	182 a.a.	548 nt.	273 a.a.	819 nt.
Testovaný kmen	Aminokys.	Nucl.	Aminokys.	Nucl.	Aminokys.	Nucl.	Aminokys.	Nucl.
	identita	identita	identita	identita	identita	identita	identita	identita
J99	100,00%	100,00%	100,00%	100,00%	100,00%	100,00%	99,63%	99, 88%
AH244	95,16%	95,04%	n.d.	n.d.	99,09%	96,71%	98,90%	96,45%
A4	95,97%	95,98%	97,84%	95,83%	n.d.	n.d.	97,80%	95,73%
AH5	92,34%	93,03%	98,28%	96,12%	98,91%	96,90%	98,53%	95,73%
AH15	95,16%	94,91%	97,41%	95,98%	99,82%	97,99%	99,63%	96, 9%
AH61	n.d.	n.d.	97,84%	95,98%	99,27%	97,44%	n.d.	n.d.
5155	n.d.	n.d.	n.d.	n.d.	99,45%	97,08%	98,53%	95,60%
5294	94,35%	94,37%	98,28%	95,40%	99,64%	97,26%	97,07%	95,48%
7958	94,35%	94,10%	97,84%	95,40%	n.d.	n.d.	99,63%	96,46%
5640	95,16%	94,37%	97,41%	95,69%	99,09%	97,63%	98,53%	95,48%
AH18	n.d.	n.d.	98,71%	95,69%	99, 64%	97,44%	100,00%	95,97%
AH24	94,75%	95,04%	97,84%	95,40%	99,27%	96,71%	100,00%	96,46%

a.a. = aminokyselin nt = nukleotidů n.d.= neprováděno.

VI

Experimentální „knock-out protokol pro určení podstatných genů H. pylori jako potenciálních terapeutických cílů

Terapeutické cíle byly zvoleny mezi geny, jejichž proteinové produkty se zdají hrát klíčovou roli v podstatných buněčných drahách jako je syntéza buněčného obalu, syntéza DNA, transkripce, translace, regulace a kolonizace/virulence.

167

444 444

444 ·4

4 44

Protokol pro vynechání části genů/otevřených čtecích rámců H. pylori a inserční mutageneze kanamycin-resistantní kazety pro identifikaci genů, které jsou podstatné pro buňku je modifikací dříve publikovaných způsobů (LabigneRoussel a kol., 1988, J. Bakteriology 170, str. 1704-1708; Cover a kol.,1994, J. Biological Chemistry 269, str. 1056610573; Reyrat a kol., 1995, Proč. Nati. Acad. Sel. 92, str. 5768-8772). Výsledkem je genový knock-out.

Identifikace a klonování genových sekvencí H. pylori Sekvence genů nebo otevřených čtecích rámců (ORF) zvolených jako cíl pro „knock-out byly identifikovány z genomické sekvence H. pylori a použity pro návrh primerů pro specifickou amplifikaci genů/otevřených čtecích rámců. Všechny syntetické oligonukleotidové primery byly navrženy s pomocí programu OLIGO (National Biosciences, lne., Plymouth, MN 55447, USA) a byly zakoupeny od Gibco/BRL Life Technologies (Gaithersburg, MD, USA) . Jestliže otevřený čtecí rámec je menší než 800 až 1000 párů bází, koncové primery byly zvoleny mimo otevřený čtecí rámec.

Genomická DNA připravená z Helicobacter pylori kmen HpJ99 (ATCC 55679: uložila Genome Therapeutics Corporation, 100 Beaver Street, Waltham, MA 02154) byla použita jako zdroj pro templátovou DNA pro amplifikaci otevřených čtecích rámců pomocí PCR (polymerázová řetězová reakce) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Pro přípravu genomické DNA z H. pylori, viz Příklad I. PCR amplifikace byla prováděna vložením 10 nanogramů genomické HpJ99 DNA do reakční nádobky, obsahující 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KCl, 2 mM

- 168 ····

MgCl₂, 2 mikromolárních syntetických oligonukleotidových primerů (přímý=Fl a reverzní=Rl), 0,2 mM každého z deoxynukleotidových trifosfátů (dATP,dGTP, dCTP, dTTP) a 1,25 jednotek tepelně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA) v konečném objemu 40 mikrolitrů. PCR byla prováděna teplotním cyklovačem Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR Systém 9600.

Po ukončení teplotních cyklizačních reakcí byl každý vzorek amplifikované DNA visualizován na 2% TAE agarózovém gelu označeném ethidium bromidem {Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994) pro určení zda z reakce vznikl jediný produkt očekávané velikosti. Amplifikovaná DNA byla potom promývána a purifikována použitím Qiaquick Spin PCR purifikační soupravy (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

PCR produkty byly klonovány do vektoru pT7Blue T-Vektor (katalog #69820-1, Novagen, lne., Madison, WI, USA) použitím TA klonovací strategie {Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Ligace PCR produktu do vektoru je dosahována smícháním šestinásobného molárního přebytku PCR produktu, 10 ng pT7Blue-T vektoru (Novagen), 1 mikrolitrů pufru T4 DNA Ligase Pufr (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) a 200 jednotek ligázy T4 DNA Ligase (New England Biolabs)na konečný reakční objem 10 mikrolitrů. Ligace byla ponechána probíhat po 16 hodin při teplotě 16 °C.

Ligační produkty byly elektroporovány {Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994) do elektroporačně kompetentních buněk • ·· ·· • · · · · • · · · · • · ·· · · · ·

- 169 • ·

XL-1 Blue nebo DH5a E. coli (Clontech Lab., Inc. Palo Alto, CA, USA). Stručně zopakováno byl 1 mikrolitr ligační reakční směsi smíchán s 40 mikrolitry elektrokompetentních buněk a směs byla vystavena vysokonapěťovému pulsu (25 mikrofaradů, 2,5 kV, 200 ohmů) po kterém byly vzorky inkubovány v 0,45 ml SOC médiu (0,5% kvasinkového extraktu, 2% tryptonu, 10 mM NaCI, 2,5 mM KC1, 10 mM MgCl₂, 10 mM MgSO₄ a 20 mM glukózy) při teplotě 3 7 °C s protřepáváním po dobu 1 hodiny. Vzorky byly potom naneseny na LB desky (10 g/1 baktotryptonu, 5 g/1 bakto kvasinkového extraktu, 10 g/1 chloridu sodného) obsahující 100 mikrogram/ml ampicilinu, 0,3% X-gal a 100 mikrogramů/ml IPTG. Tyto destičky byly inkubovány přes noc při teplotě 37 °C. Na ampicilin rezistentní kolonie bílé barvy byly vytříděny, pěstovány v 5 ml kapalných LB obsahujících 100 mikrogramů/ml ampicilinu a plasmidová DNA byla izolována použitím protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Pro ověření, že byla klonovány správné DNA inserty H. pylori, tyto pT7Blue plasmidové DNA byly použity jako templáty pro PCR amplifikaci klonovaných insertů použitím stejných přímých a reverzních primerů, které byly použity při původní amplifikaci J99 sekvence H. pylori. Rozpoznání primerů a PCR produktů správné velikosti visualizovaných na 2% TAE s použitím agarózového gelu označeného ethidium bromidem potvrdilo, že byly klonovány správné inserty. Dva až šest takových verifikovaných klonů vzniklo z každého „knock-out cíle a byly zmrazený při teplotě -70 °C pro uchování. Pro minimalizaci chyb, vzniklých při PCR byly

170 plasmidové DNA těchto verifikovaných klonů uchovány a používány v následujících klonovacích krocích.

Sekvence genů/otevřených čtecích rámců byly znovu použity pro návrh druhého páru primerů, které koncové oblast DNA H. pylori určenou buď k přerušení nebo vynechání (až po 250 párů bází) uvnitř otevřených čtecích rámců, ale orientovaných opačným směrem od sebe. Soubor kruhových plasmidových DNA z dříve izolovaných klonů byly použity jako templáty pro toto kolo PCR. Jelikož orientace amplifikace tohoto páru vynechávacích primerů je opačným směrem od sebe, části otevřených čtecích rámců mezi primery není zahrnuta do vzniklého PCR produktu. PCR produkt je lineární část DNA s H. pylori DNA na každém konci a kostrou tvořenou pT7Blue vektorem mezi nimi, což v zásadě vede k vynechání části otevřeného čtecího rámce. PCR produkt byl visualizován na 1% TAE ethidium bromidem označeném agarózovém gelu pro potvrzení, že pouze jediný produkt správné velikosti byl amplifikován.

Kazeta rezistentní na kanamycin (Labigne-Roussel a kol.,

1988 J. Bakteriology tohoto PCR produktů použitého již dříve Biology, John Wiley a

170, 1704-1708) byla ligována do použitím TA klonovacího způsobu (Current Protocols in Molecular

Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Kanamycinová kazeta, obsahující gen Campylobacter, resistentní na kanamycin, byla získána provedením EcoRI natrávení rekombinantního plasmidu pCTB8:kan (Cover a kol.,1994, J. Biological Chemistry 269, str. 10566-10573). Správný fragment (1,4 kb) byl izolován na 1% TAE gelu a byl izolován použitím gelové extrakční • · 9 ·

- 171

99 » 9 9 « » 9 9 4

999 994

4

9 99 enzymu zahřátím na kanamycinová kazeta minut. Tato byla potom soupravy QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Fragment byl opraven na svém konci použitím Klenowova doplňovacího protokolu, který zahrnuje smíchání 4ug DNA fragmentu, 1 mikrolitru dATP,dGTP, dCTP, dTTP v 0,5 mM, 2 mikrolitrech Klenowova pufru (New England Biolabs) a 5 jednotek polymerázy Klenow DNA Polymerase I Large (Klenow) Fragment (New England Biolabs) v 20 mikrolitrovém reakčním objemu, inkubací při teplotě 30 °C po dobu 15 minut a inaktivací 75 °C po dobu 10 se zarovnanými konci purifikována přes kolonu Qiaquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) pro eliminaci nukleotidů. Potom byl vytvořen T přesah smícháním 5 mikrogramů kanamycinové kazety se zarovnanými konci, 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl₂, 5 jednotek DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), 20 mikrolitrů 5 mM dTTP v 100 mikrolitrech reakčního objemu a inkubací reakční směsi po 2 hodiny při teplotě 37 °C. Kan-T kazeta byla purifikována použitím kolony QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . PCR produkt vynechávacích primerů (F2 a R2) byl ligován do Kan-T kazeta smícháním 10 až 25 ng PCR produktu s vynechávacími primery, 50 - 75 ng DNA Kan-T kazety, 1 mikrolitru reakční směsi ΙΟχ T4 DNA Ligase, 0,5 mikrolitru ligázy T4 DNA Ligase (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) v 10 mikrolitrech reakčního objemu a inkubací po 16 hodin při teplotě 16 °C.

Ligační produkty byly transformovány do buněk XL-1 Blue nebo DH5-a E. coli elektroporací způsobem, který byl popsán výše. Po získání pomocí SOC byly buňky naneseny na LB destičky obsahující 100 mikrogram/ml ampicilinu a pěstovány přes noc při teplotě 37 °C. Tyto destičky potom byly ··♦·

- 172 replikovány na destičky obsahující 25 mikrogram/ml kanamycinu a ponechány růst přes noc. Vzniklé kolonie měly jednak gen resistence na ampicilin, který je přítomen ve vektoru pT7Blue vektor a kromě toho nově vložený den resistence vůči kanamycinu. Kolonie byly přeneseny na LB obsahující 25 mikrogramů/ml kanamycinu a plasmidová DNA byla izolována kultivovaných buněk použitím protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).

Bylo provedeno několik testů pomocí PCR amplifikace s těmito plasmidy pro ověření, zda kanamycinový gen byl vložen genu/otevřeného čtecího rámce H. pylori a pro určení orientace vložení genu resistence na kanamycin vzhledem k genu/otevřenému čtecímu rámci H. pylori. Pro ověření, že kanamycinová kazeta je vložen do sekvence H. pylori byly plasmidové DNA použity jako templáty pro PCR amplifikací se souborem primerů, které byly původně použity pro klonování genů/otevřených čtecích rámců H. pylori. Správný PCR produkt má velikost vynechaného genu/otevřeného čtecího rámce ale s velikostí zvětšenou o přidání 1,4 kilobází kanamycinové kazety. Pro vyloučení potenciálního polárního efektu kazety resistence na kanamycin na expresi genu H. pylori byla určena orientace genu resistence na kanamycin vzhledem k „vykopnutému genu/otevřenému čtecímu rámci a obě orientace jsou nakonec použity pro transformace H. pylori (viz dále). Pro určení orientace vložení genu resistence na kanamycin byly navrženy primery z konců genu resistence na kanamycin (Kan-1 5'-ATCTTACCTATCACCTCAAAT3' (SEQ ID NO:255)) a Kan-2 5'-AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3' (SEQ ID NO:256)). Použitím každého z klonovacích primerů spolu s každým Kan primerů (4 kombinace primerů) byla

99

9 9 9

999 999

9

99

9999

- 173 určena orientace kanamycinové kazety vzhledem k sekvenci H. pylori. Positivní klony byly klasifikovány buď jako orientace A (stejný směr transkripce jak pro gen H. pylori, tak i pro gen resistence na kanamycin) nebo orientace B (směr transkripce je pro gen H. pylori opačný než pro gen resistence na kanamycin). Klony sdílející stejnou orientaci (A nebo B) byly shromážděny pro následné experimenty a byly nezávisle transformovány do H. pylori.

Transformace plasmidové DNA do buněk H. pylori

Dva kmeny H. pylori byly použity pro transformaci: ATCC 55679, klinický izolát, který obsahuje DNA, ze kterého byla získána databáze sekvencí H. pylori a AH244, izolát, který byl vložen dovnitř a má schopnost kolonizovat myší žaludek. Buňky pro transformaci byly pěstovány při teplotě 37 °C, 10% CO₂, 100% vlhkost buď na agarových destičkách SheepBlood nebo v kapalině Brucella Broth. Buňky byly pěstovány do exponenciální fáze a prozkoumávány mikroskopicky pro zjištění, zda buňky jsou zdravé (aktivně se pohybující buňky) a nejsou kontaminované. Jestliže byly pěstovány na destičkách, buňky byly sebrány seškrábnutím buněk z destičky sterilní smyčkou, suspendovány v 1 ml média Brucella Broth, odstředěny (1 minuta, nejvyšší rychlost eppendorfovy mikrofúgy) a resuspendovány v 200 mikrolitrech kapalném prostředí Brucella Broth. Jestliže byly pěstovány v kapalině Brucella Broth, buňky byly centrifugovány (15 minut při 3000 otáčkách/minutu v centrifuze Beckman TJ6) a buněčný pelet byl resuspendován v 200 mikrolitrech Brucella Broth. Alikvot buněk byl odebrán pro určení optické hustoty při 600 nm pro vypočtení koncentrace buněk. Alikvot (1 až 5 ·· 19

11 · • 11 · • ··♦ ··· • ·

91 « ····

- 174 OD₆₀o jednotek/25 mikrolitrů) resuspendovaných buněk byl přenesen na předehřáté agarové destičky Sheep-Bloud a destičky byly dále inkubovány při teplotě 37 °C, 6% C0₂,

100% vlhkost po dobu 4 hodin. Po této inkubaci bylo 10 mikrolitrů plasmidové DNA (100 mikrogramů na jeden mikrolitr) naneseno na tyto buňky. Pozitivní kontrola (plasmidová DNA s ribonukleázovým H genem přerušeným genem resistence na kanamycin) a negativní kontrola (žádná plasmidová DNA) byly prováděny současně. Desky byly znovu zahřátý na 37 °C, 6% CO₂ pro další 4 hodiny inkubace. Buňky potom byly rozetřeny na destičky použitím tampónu navlhčeného v Brucella Broth a pěstovány 20 hodin při teplotě 37 °C, 6% CO₂. Buňky potom byly přineseny na agarovou destičku Sheep-Blood obsahující 25 mikrogramů/ml kanamycinu a ponechány růst po 3 až 5 dní při teplotě 37 °C, 6% CO₂, 100% vlhkost. Když se objevily kolonie, byly odebrány a přeneseny na agarovou destičku Sheep-Blood obsahující 25 mikrogramů/ml kanamycinu.

Byly provedeny tři soubory PCR testů pro ověření, že kolonie transformantů vznikly homologickou rekombinací ve správném chromosomálním místě. Templát pro PCR (DNA z kolonie) byl získán následujícícm rychlým varným způsobem přípravy DNA. Alikvot kolonie byl vložen (přepíchnutím párátkem) do 100 mikrolitrů 1% Triton X-100, 20 mM Tris, pH

8,5 a udržován ve varu po dobu 6 minut. Byl přidán stejný objem směsi fenol : chloroform (1:1), který byl vířivě míchán. Směs byla mikrofugována po dobu 5 minut a supernatant byl použit jako DNA templát pro PCR s kombinacemi následujících primerů pro ověření homologické rekombinace ve správné chromosomální poloze.

• * • 99

TEST 1. PCR s klonovacími primery původně použitými pro amplifikaci genu/otevřeného čtecího rámce. Pozitivní výsledek homologické rekombinace ve správném chromosomálním místě by měl ukázat jediný PCR produkt, jehož velikost by měla být rovna velikosti vynechaného genu/otevřeného čtecího rámce ale zvětšena o přidání 1,4 kilobází kanamycinové kazety. PCR produkt, který má pouze velikost genu/otevřeného čtecího rámce je důkazem, že nenastal „knock out genu a že transformant není výsledkem homologické rekombinace ve správném chromosomálním místě.

TEST 2. PCR s primerem F3 (primer navržený z horních částí sekvencí genu/otevřeného čtecího rámce a nepřítomný v plasmidu) a buď primerem Kan-1 nebo primerem Kan-2 (primery převzaté z konců genu resistence na kanamycin) v závislosti na tom, zda použitá plasmidová DNA byla orientace A nebo B. Homologická rekombinace ve správném chromosomálním místě vede k jedinému PCR produktu očekávané velikosti (to znamená od místa, kde se nachází F3 k místu vložení genu resistence na kanamycin). Žádný PCR produkt nebo PCR produkt nebo produkty nesprávné velikosti by dokázaly, že plasmid se ne integroval na správném místě a že nenastal „knock out genu.

TEST 3. PCR s R3 (primer navržený z dolních částí sekvencí genu/otevřeného čtecího rámce a nepřítomný v plasmidu) a buď primerem Kan-1 nebo primerem Kan-2 (primery převzaté z konců genu resistence na kanamycin) v závislosti na tom, zda použitá plasmidová DNA byla orientace A nebo B. Homologická rekombinace ve správném chromosomálním místě vede k jedinému PCR produktu očekávané velikosti (to · · • « φ « φ · φφ φ «·» φ · « · φ ·

- 17.5. \ znamená od místa vložení genu resistence na kanamycin do místa, kde se nachází R3) . I v tomto případě žádný PCR produkt nebo PCR produkt nebo produkty nesprávné velikosti by dokázaly, že plasmid se ne integroval na správném místě a že nenastal „knock out genu.

Transformanty vykazující pozitivní výsledky pro všechny tři výše uvedené testy ukazují, že gen není podstatný pro přežití in vítro.

Negativní výsledek v libovolném z výše uvedených tří testů pro každý transformant indikuje, že gen nebyl přerušen a že gen je podstatný pro přežití in vítro.

V případě, že ze dvou nezávislých transformací nevznikly žádné kolonie, zatímco pozitivní kontrola s přerušenou H ribonukleázovou plasmidovou DNA produkuje transformanty, plasmidová DNA byla dále analyzována pomocí PCR na DNA z populací transformantů před naočkováním pro vytváření kolonií. Tím se ověří, zda plasmidy mohou vstoupit do buněk a podstoupit homologickou rekombinaci ve správném místě. Stručně zopakováno, plasmidová DNA byla inkubována postupem podle transformačního protokolu popsaného výše. DNA byla extrahována z buněk H. pylori okamžitě po inkubaci s plasmidovými DNA a DNA byla použita jako templát pro výše uvedené testy TEST 2 a TEST 3. Pozitivní výsledky v testech TEST 2 a TEST 3 jsou ověřením, že plasmidová DNA může vstoupit do buněk a podstoupit homologickou rekombinaci ve správném chromosomálním místě. Jestliže TEST 2 a TEST 3 jsou pozitivní, potom selhání pokusu získat životaschopné transformanty indikuje, že gen je podstatný a buňky trpící přerušením v tomto genu nejsou schopny vytváření kolonií.

• · · • · · ·· · · · · • · • · » · • · «

- 17 A. j • · · ** <1 *

VII. Vysokovýkonné testování léčiv

Klonování, exprese a proteinová purifikace

Klonování, transformace, exprese a purifikace cílového genu H. pylori a jeho proteinového produktu, například enzymu H. pylori pro použití při vysokovýkonném testování léčiv se provádí v zásadě stejným způsobem jako v příkladech II a III uvedených výše. Vývoj a použití testů pro konkrétní genový produkt H. pylori, peptidyl-propyl cis-trans isomerázu, je popsán dále jako specifický příklad.

Enzymatický test

Tento test je v zásadě shodný s testem, který popsal Fisher (Fischer, G., a kol. (1984) Biomed. Biochim. Acta 43:11011111) . Test měří cis-trans isomerizaci Ala-Pro vazby v testovaném peptidu N-sukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-pnitroanilidu (Sigma # S-7388, oddíl # 84H5805). Test je spojen s α-chymotrypsinem, přičemž schopnost proteázy štěpit testovaný peptid nastává pouze pokud Ala-Pro vazba je v konfiguraci trans. Konverze testovaného peptidu na trans isomer v testu je sledována při 390 nm pomocí spektrofotometru Beckman Model DU-650. Data se shromažďují každou sekundu se středním skanováním času 0,5 sekund. Testy byly prováděny v 35 mM Hepes, pH 8,0, v konečném objemu 400 ul, s 10 μΜ α-chymotrypsinu (typ 1-5 z hovězího pankreasu, Sigma # C-7762, oddíl 23H7020) a 10 nM PPIázy. Pro iniciaci reakce bylo přidáno 10 μΐ substrátu (2 mM Nsukcinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilidu v DMSO) na 390 μΐ reakční směsi při teplotě okolí.

Enzymatický test v surovém bakteriálním extraktu.

- 17J.S-Í »· ·* > · · · » « · ·

0· · ··· ♦ · ml kultury Helicobacter pylori (kmen J99) v Brucella Broth bylo odebráno ve středně logaritmické fázi (ODsoonm přibližně 1) a resuspendováno v lýzovém pufru s následujícími proteázovými inhibitory: 1 mM PMSF a 10- gg/ml každé z následujících látek: aprotinin, leupeptin, pepstatin, TLCK, TPCK a trypsinový inhibitor ze sojových bobů. Suspenze byla vystavena 3 cyklům zmrazení-rozmražení (15 minut při teplotě -70 °C a potom 30 minut při teplotě okolí) po kterých následovala sonikace (tři dvacetivteřinové dávky). Lysát byl centrifugován (12,000 g x 30 minut) a supernatant byl testován na enzymatickou aktivitu výše uvedeným způsobem.

Mnoho H. pylori enzymů může být exprimováno s vysokou úrovní exprimace a v aktivní formě v E. coli. Takové vysoké výtěžky purifikovaných proteinů umožňují návrh různých vysokovýkonných testů pro zkoumání léčiv.

VIII. Exprese zkráceného genu a produkce proteinu

Pro usnadnění klonování, exprese a purifikace membránových proteinů H. pylori byl zvolen pET genový expresivní systém (Novagen) pro klonování a expresi rekombinantních proteinů v Escherichia coli. U proteinů které mají signální sekvenci na svém aminovém konci byla dále DNA sekvence, kódující peptidové označení (His-tag), fúzována ke konci 5' uvažované DNA sekvence H. pylori pro usnadnění purifikace rekombinantních proteinových produktů. V některých případech byla DNA sekvence klonována v rámci s glutathionS-transferázovým proteinem pro produkci GST-fúzovaného « 9 • 9

9 · 9 •

• · · · » · proteinu. Vektory použité v tomto případě byly řady pGEX od společnosti Pharmacia LKB (Uppsala, Švédsko).

PCR amplifikace a klonování DNA sekvencí obsahujících otevřené čtecí rámce pro membránové a vylučované proteiny kmene J99 Helicobacter pylori.

Zvolené sekvence (ze seznamu DNA sekvencí podle předloženého vynálezu) pro klonování z kmene H. pylori J99 byly připraveny pro amplifikační klonování polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Syntetické oligonukleotidové primery pro uvažovaný otevřený čtecí rámec (Tabulka 11) specifické pro předpovězené maturované konce 5' otevřeného čtecího rámce a buď spodní části (3¹) předpovězených translačních terminačních kodonů nebo specifické body uvnitř kódující oblasti byly navrženy a zakoupeny (GibcoBRL Life Technologie, Gaithersburg, MD, USA). Všechny přímé primery (specifické pro 5' konec oblasti uvažovaného otevřeného čtecího rámce) byly navrženy tak, aby zahrnovaly buď BamHI nebo Ndel restrikční místo. Tyto primery v Ndel restrikčním místě sekvence byly navrženy tak, aby dovolovaly iniciaci proteinové translace a methioninovém zbytku (kódován v Ndel restrikčním místě sekvence, v případě produkce rekombinantních proteinů, které nemají His-tag) nebo fúzování do rámce s DNA sekvencí kódující His-tag (pro produkci rekombinantních proteinů, které mají His-tag), následované kódující sekvencí zbytku nativní DNA H. pylori. Primer s restrikčním místem BamHI byl vytvořen pro fúzování s specifickou sekvencí H. pylori v rámci s Ckoncem glutathion-S-transferázového genu v pGEX vektorech (Pharmacia LKB, Uppsala, Švédsko) . Všechny reverzní oligonukleotidové primery byly navrženy tak, aby zahrnovaly BcoRI restrikční místo na konci 5'. Bylo zvoleno několik « 4 9 9

4« 9 • 9 9 9

999 4 4 4 ·

· 9 9

- 1833 . -2

9 ·

• 444 reverzních oligonukleotidových primerů, které způsobí zkrácení polypeptidů pro odstranění některých částí C-konce a v těchto případech bylo restrikční místo EcoRI na konci 5' následováno translačním terminačním kodonem. Tato kombinace primerů umožní, aby uvažovaný otevřený čtecí rámec (nebo části uvažovaného otevřeného čtecího rámce) byl klonován do vektoru pET28b (pro produkci rekombinantních proteinů, které mají His-tag), pET30a (pro produkci rekombinantních proteinů, které nemají His-tag nebo nativních rekombinantních proteinů) nebo řady pGEX-4T nebo pGEX-5X (pro produkci GST fúzovaného proteiny). Vektor pET28b přináší sekvenci kódující dalších 20 aminokyselin aminového konce (plus methionin v restrikčním místě Ndel) v to počítaje posloupnost šesti histidinových zbytků, která vytváří His-tag, zatímco pGEX vektory fúzují s proteinem H. pylori na glutathion-S-transferázový protein velikosti 26,000 Da.

Genomická DNA připravená z kmene H. pylori J99 (ATCC 55679) byl použita jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikační reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Pro amplifikaci DNA sekvence obsahující specifický otevřený čtecí rámec H. pylori byla genomická DNA (50 nanogramů) vložena do reakční zkumavky, obsahující po 200 nanogramech přímých a reverzních syntetických oligonukleotidových primerů, specifických pro uvažovaný otevřený čtecí rámec 45 mikrolitrů zakoupené PCR SuperMix (GibcoBRL Life Technologies, Gaithersburg, MD, USA) v celkovém objemu 50 mikrolitrů. PCR SuperMix je dodávána v l,lx koncentraci a obsahuje 22mM Tris-HCl (pH 8,4), 55mM KCl, 1,65 mM MgCl₂, 220 mikromolárních množství každého z dATP, dCTP, dGTP a • · · · · dTTP, 22 jednotek rekombinantní Taq polymerázy/ml a stabilizátory. Následující teplotní cyklizační podmínky byly použity pro získání amplifikovaných DNA produktů pro každý otevřený čtecí rámec použitím teplotního cyklovače

Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System.

φ φ φ φ · φ φ · · φ φ · φ φφφφ φ φ φφφ φφφ φ φ · φφφφφ φφ φφ

Tabulka 11: Oligonukleotidové primery

Gen a umístění	Sekvence
Vac38 - SamHI postsignální sekvence	CGGGATCCGAAGGTGATGGTGTTTATA TAGG (SEQ ID NO: 271)
Vac38 - Ndel postsignální sekvence	CGCATATGGAAGGTGATGGTGTTTATA TAGGG (SEQ ID NO: 272)
Vac38 - EcoRI/stop kodon (odstraňuje koncovou třetinu proteinu)	C- GCGAATTCTCACTCTTTCCAATAGTTTG CTGCAGAGC (SEQ ID NO: 273)
Vac38 - EcoRI/stop kodon (odstraňuje koncových 11 aminokyselin)	C- CCGGAATTCTTAATCCCGTTTCAAATG GTAATAAAGG (SEQ ID NO: 274)
Vac38 - EcoRI spodní část nativního stop kodonu	GCGAATTCCCTTTTATTTAAAAAGTGT AGTTATACC (SEQ ID NO: 275)

Sekvence pro Vac38 (plná délka nebo zkrácený)

Reakce byly zakončeny při teplotě 72 °C po dobu 8 minut

Po ukončení teplotních cyklizačních reakcí byl každý vzorek amplifikované DNA vystaven elektroforéze na 1,0% agarózových gelech. DNA byla visualizována vystavením ethidium bromidu a dlouhovlnnému UV záření a nařezáním na • · • · *

9 9

- 1ΈΓ2 gelové řezy. DNA byla purifikována použitím soupravy Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison WI. USA) a potom vystavena natrávení pomocí BamHI a BcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Natrávený PCR amplikon byl potom znovu elektroforézován a purifikován výše uvedeným způsobem.

Ligace DNA sekvence H. pylori do klonovacích vektorů pOK12 vektor (J. Vieira a J. Messing, Gene 100:159-194, 1991) byl připraven pro klonování natrávením pomocí BamHI a EcoRI nebo Ndel a BcoRI v případě Vac41 (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol. editoři, 1994). Vektory byly podrobeny elektroforéze 1,0% agarózových gelech a purifikovány použitím soupravy Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison WI. USA). Po ligaci purifikovaného a natráveného vektoru a purifikovaného natráveného amplifikovaného otevřeného H. pylori byly produkty ligační reakce do E. coli JM10 9 kompetentních buněk způsobů (Current Protocols in čtecího rámce transformovány použitím standardních

Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). V individuálních bakteriálních koloniích byly vyhledávány ty, které obsahují správné rekombinantní plasmidy, inkubací v LB médiu přes noc (plus 25ug/ml kanamycin sulfátu) s následnou přípravou plasmidové DNA použitím systému Magie Minipreps (Promega Corp., Madison WI, USA) a potom analyzovány restrikčním natrávením (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994).

• ·· · • φ · ·

- 1Ε?3· *-*

F. Ausubel a pylori byly

Klonování DNA sekvence H. pylori do prokaryotických expresivních vektorů pET28b, pET30a a pGEX4T-3 Jak expresivní vektory pET28b, tak i expresivní vektory pET30a byly připraveny pro klonování natrávením pomocí Ndel a EcoRI a vektor pGEX4T-3 byl připraven pro klonování natrávením pomocí BamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, Inc., kol., editoři, 1994). DNA sekvence H.

odstraněny z koster plasmidů pOK12 natrávením pomocí Ndel a EcoRI nebo EamHI a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, Inc., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). pET28b, pET30a, pGEX4T-3 a DNA sekvence H. pylori byly všechny elektroforézovány na 1% agarózovém gelu a purifikovány použitím soupravy Wizard PCR Preps (Promega Corp., Madison WI, USA). Po provedení ligace purifikovaných a natrávených expresivní vektorů a purifikovaných natrávených DNA sekvencí H. pylori byly produkty ligační reakce transformovány do kompetentních buněk E. coli JM109 (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, Inc., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Z jednotlivých bakteriálních kolonií byly vyhledávány ty, které obsahují správné rekombinantní plasmidy, přípravou plasmidové DNA výše uvedeným způsobem s následnou analýzou profilů restrikčních natrávení a DNA sekvenací (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, Inc., F. Ausubel a kol., editoři. 1994). Tyto rekombinantní plasmidy byly potom použity pro transformaci specifických expresních kmenů E. coli.

Transformace kompetentních bakterií rekombinantními expresivnímu plasmidy • · · *

		« « 9 · · * » 9 9 9 9	• » · 9 • 9 9 «
		• « · · * — 115*^ · ··· ·«·»	• 9 * » 9 9
Kompetentní	bakteriální	kmeny BL21(DE3),	BL21(DE3)pLysS,
HMS174(DE3)	a HMS174	(DE3)pLysS byly	připraveny a

transformovány rekombinantními expresivními plasmidy pET28b, nesoucími klonovací sekvence H. pylori postupem podle standardních způsobů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne. . F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Tyto expresivní hostitelské kmeny obsahují chromosomální kopii genu T7 RNA polymerázy. Tito hostitelé jsou lysogeny bakteriofága DE3, lambda derivátu, který nese gen láci, lacUV5 promotor a gen pro T7 RNA polymerázu. Exprese T7 RNA polymerázy je indukována přidáním isopropylβ-D-thiogalaktosidu (IPTG) a T7 RNA polymeráza potom transkribuje libovolný cílový plasmid jako je pET28b, který nese T7 promotorovou sekvenci a uvažovaný gen.

Kompetentní bakteriální kmeny JM109 a DH5cc byly připraveny a transformovány rekombinantními expresivními plasmidy pGEX4T-3, nesoucími klonované sekvence H. pylori, použitím standardních způsobů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994).

Exprese rekombinantních sekvencí H. pylori v E. coli Transformanty byly odebrány z LB agarových destiček, obsahujících 25 ug/ml kanamycin sulfátu (zajišťuje udržování rekombinantních plasmidů založených na pET28b) nebo 100 ug/ml ampicilinu (zajišťuje udržování rekombinantních plasmidů založených na pGEX4T-3) a použity k naočkování LB média obsahujícího 25 ug/ml kanamycin sulfátu nebo 100 ug/ml ampicilinu a pěstovány na optickou hustotu při 600 nm o hodnotě 0,5 to 1,0 OD jednotek a v « * ·

- 18.3.

tento okamžik byl přidáván do kultury lmM IPTG po jednu až tři hodiny pro indukci genové exprese rekombinantních DNA konstrukcí H. pylori. Po indukci genové exprese pomocí IPTG byly bakterie peletovány centrifugaci a resuspendovány v SDS- PAGE solubilizačním pufru a podrobeny SDS-PAGE {Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Proteiny byly visualizovány označením modří Coomassie Brilliant nebo detekovány westernovým imunopřenosem použitím specifických anti-His tag monoklonálních protilátek (Clontech, Palo Alto, CA, USA) nebo anti-GST tag protilátek (Pharmacia LKB) použitím standardních způsobů {Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley a Sons, lne., F. Ausubel a kol., editoři, 1994). Hostitelský kmen, který dával nej vyšší úroveň produkce rekombinantních proteinů byl potom zvolen pro použití v indukci o velkém rozsahu pro purifikaci rekombinantního proteinu. Použité kmeny byly HMS174(DE3) (konstrukty založené na pET28b) a DH5a (konstrukty založené na pGEX4T-3).

Ukázalo se, že odebrání C-koncových oblastí u obou systémů zlepšilo úroveň exprese, ačkoliv tento vzrůst byl daleko významnej si produkované v případě GST-fúzovaných systémů. Všechny rekombinantní proteiny měly předpokládanou molekulovou hmotnost založenou na DNA sekvence plus, v nutném případě, velikost fúzovaného označení. Zkrácená část proteinu H. pylori obsahuje některé extrémně hydrofobní úseky a jejich odstranění může být příčinou zvýšené exprese.

Ekvivalenty • 4 · · • · • 4 · 4 4 4 ··

44 4 4 4 444444

4 4 4 4 4 # g ^4 4444444 4* 44

Odborníkovi v oboru je zřejmé, že použitím pouze rutinních pokusů lze připravit mnoho ekvivalentů ke specifickým provedením a způsobům, které zde byly popsány a nebo je takováto provedení a způsoby schopen vytvořit. Takové ekvivalenty spadají do rozsahu následujících patentových nároků.

Zastupuj e:

Dr. Pavel Zelený • ·

- 187Í • ·· «· • · · · · • · · »· · . * . .·« ··« • · · . ······· ·. . ·

SEZNAM SEKVENCÍ

OBECNÉ INFORMACE
(i) PŘIHLAŠOVATEL:
(A)	JMÉNO:	: Astra Aktiebolag
(B)	ULICE:	: S-151 85
(C)	MĚSTO:	: Sodertalje
(D)	STÁT:
(E)	ZEMĚ:	Švédsko
(F)	POŠTOVNÍ KÓD:

(ii) NÁZEV VYNÁLEZU:

Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin související s Helicobacter pylori a vakcinové kompozice z nich připravené (iii! POČET SEKVENCÍ: 275 (iv) POČÍTAČOVÁ FORMA:

(A) TYP MÉDIA: CD/ROM IS09660 (B) POČÍTAČ:

(C) OPERAČNÍ SYSTÉM:

(D) SOFTWARE:

(v) DATA SOUČASNÉ PŘIHLÁŠKY:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY:

(B) DATUM PODÁNÍ:

(vi) DATA PŘEDCHOZÍ PŘIHLÁŠKY:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/759,625 (B) DATUM PODÁNÍ: 05,12.1996 (vli) DATA PŘEDCHOZÍ PŘIHLÁŠKY:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/823,745 (B) DATUM PODÁNÍ: 25.03.1997 (viii) DATA PŘEDCHOZÍ PŘIHLÁŠKY:

(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/891,928 (B) DATUM PODÁNÍ :14.06.1997

KORESPONDENČNÍ ADRESA:
(A)	ADRESA:	LAHIVE S COCKFIELD
(B)	ULICE:	28 State Street
(C)	MĚSTO:	Boston
(D)	STÁT: Massachusetts
(E)	ZEMĚ: USA
(F)	ZIP: 02109-1875

(x) INFORMACE O PATENTOVÉM ZÁSTUPCI:

(A) JMÉNO: Mandragouras, Amy. E (B) REGISTRAČNÍ ČÍSLO: 36,207 REFERENČNÍ ČÍSLO: GTN-011CP2PC (xí) TELEKOMUNIKAČNÍ INFORMACE:

·« • · · ♦ · · ·♦· ♦·♦ .···«·♦

- 188 (A) TELEFON: {517)227-7400 (B) TELEFAX: (617)227-5941 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A, DÉLKA : 687 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...687 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1:

ATGAGATTTA

GAATATGAAG

TTGTTCATTT

GGCGAATTGT

GAATCCCTTT

TTAATCATTT

GAAACCACCA

AAAGAAGAAT

ACAGAGCGTT

GAAAGAGTAA

AGGATTTATA

CAAAGGATAA

AGGGTTCAAG

AGTTTAAAGA

CTTGCGTGGA

ATGTGATCCG

CTACCATTGC

GCGGGCATAG

AAGCTAAAAC

TAAAAAACCA

TGAATGCGCG

TAAATAACGA

ATTATAATTT

GTCATGAAAA

AGTGGAAGCG

GCTTTATGAG

TTCACGAGTC

CAACATGGGC

GAGCGTTGAA

CGATTGTGGG

CCCTTACATT

CCCGCAATTC

CTTGCAACTC

ATTAAAAATT

TGAAAGCCAT

CTTCTAA

TTTTTAGGAG

AGCTTAAAAA

GTGCCTAATT

AATGTGATCC

TACGCTATCG

GCTTGCGGGA

GCAAACTGGA

AGCAACCATT

AACAACCTCT

TTTGGTTGGC

TTTTTTGAGC

CGTTAGAATT

CCAAGCAAAA

TAATCACAGG

CCCCTAAAAC

CGCATGTGGG

GCATTCATTT

TACAATTTTT

TCGCCAAGCG

TAAGCTATGA

ACTATATCAT

CGATTGAAGA

TCAAGAGAAT

GCCCCACACT

CACCCAACCG

AAGCTATAAA

CGTTCAAAAC

AATCCATGAT

AGAGCCTATT

TTCATGGCTT

TTTCATTCAA

AGAAACAGGC

AACCATTAAA

120 180 240 300 360 420 480 54 0 500 660 687 (2) INFORMACE PRO SEQ ID N0:2:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 666 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE < XV) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

• *

·· ·· . · · · • « · · • ·· · ··» * ·

- 189 (A) ORGANISMUS: Helicobaccer pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...665 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:2:

GTGGAAGCGT TTTTAGGAGC GTTAGAATTT CAAGAGAATG AATATGAAGA GTTTAAAGAG CTTTATGAGA GCTTAAAAAC CAAGCAAAAG CCCCACACTT TGTTCATTTC TTGCGTGGAT TCACGAGTCG TGCCTAATTT AATCACAGGC ACCCAACCGG GCGAATTGTA TGTGATCCGC AACATGGGCA ATGTGATCCC CCCTAAAACA AGCTATAAAG AATCCCTTTC TACCATTGCG AGCGTTGAAT ACGCTATCGC GCATGTGGGC GTTCAAAAC? TAATCATTTG CGGGCATAGC GATTGTGGGG CTTGCGGGAG CATTCATTTA ATCCATGATG AAACCACCAA AGCTAAAACC CCTTACATTG CAAACTGGAT ACAATTTTTA GAGCCTATTA AAGAAGAATT AAAAAACCAC CCGCAATTCA GCAACCATTT CGCCAAGCGT TCATGGCTTA CAGAGCGTTT GAATGCGCGC TTGCAACTCA ACAACCTCTT AAGCTATGAT TTCATTCAAG AAAGAGTAAT AAATAACGAA ΤΤΑΑΑΑΑΊΤΓ TTGGTTGGCA CTATATCATA GAAACAGGCA GGATTTATAA TTATAATTTT GAAAGCCATT TTTTTGAGCC GATTGAAGAA ACCATTAAAC AAAGGATAAG TCATGAAAAC TTCTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:3:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1008 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1008^- (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:3:

ATGTTAGTTA CTCGTTTTAA AAAAGCCTTC ATTTCTTATT CTTTAGGCGT GCTTGTTGTT ΓΓΑΤΤΑΤΤΑΤ TGAATGTGTG CAACGCTTCA GCACAAGAAG TCAAAGTCAA GGATTATTTT GGGGAGCAAA CCATAAAGCT TCCTGTTTCC AAAATAGCCT ATATAGGGAG TTATGTAGAA GTGCCTGCCA TGCTTAATGT TTGGGATAGG GTTGTAGGCG TTTCTGATTA TGCCTTTAAG GATGACATTG TCAAAGCCAC TCTCAAAGGC GAGGATCTTA AACGAGTCAA ACACATGAGC ACCGATCATA CAGCCGCGTT GAATGTGGAA TTATTAAAAA AGCTTAGCCC TGATCTTGTG GTAACCTTTG TGGGTAACCC TAAAGCGGTA GAGCATGCGA AAAAATTTGG GATTTCATTC CTTTCTTTCC AAGAGACAAC GATTGCAGAG GCCATGCAAG CTATGCAAGC TCAAGCCACG GTCTTAGAAA TTGACGCTTC CAAAAAATTC GCCAAAATGC AAGAAACTTT GGACTTTATT GCTGAGCGTT TGAAGGGCGT TAAAAAGAAA AAGGGGGTGG AGCTTTTCCA TAAAGCCAAT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

666

120

180

240

300

360

420

480

540

600 ·· 44

I 4 4 · » 4 4 4 •4« 444

4

4 4 4 • 444 ··

- 190 AAAATCAGCG GCCATCAAGC CATTAGCTCA GACATTTTAG AAAAAGGGGG TATAGATAAT TTTGGCTTGA AATACGTTAA GTTTGGACGC GCTGACATTA GTGTGGAAAA AATCGTTAAA GAAAACCCTG AAATCATTTT CATTTGGTGG GTAAGCCCAC TCACTCCTGA AGACGTGTTG AACAACCCTA AATTTTCCAC TATCAAAGCC ATTAAAAATA AGCAAGTCTA TAAGCTCCCC ACGATGGATA TTGGCGGTCC TAGAGCCCCA CTCATTAGTC TTTTTATCGC TTTAAAAGCC CACCCTGAAG CCTTTAAAGG CGTGGATATT AATGCGATAG TCAAAGATTA TTATAAAGTG GTCTTTGATT TGAATGATGC GGAAATTGAG CCATTCTTAT GGCACTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:4:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 825 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C> POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

660

720

780

840

900

950

1008

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii) HYPOTETICKÁ:	NE NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...825 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:4:

ATGTTAGTTA CTCGTTTTAA AAAAGCCTTC ATTTCTTATT CTTTAGGCGT GCTTGTTGTT TCATTATTAT TGAATGTGTG CAACGCTTCA GCACAAGAAG TCAAAGTCAA GGATTATTTT GGGGAGCAAA CCATAAAGCT TCCTGTTTCC AAAATAGCCT ATATAGGGAG TTATGTAGAA GTGCCTGCCA TGCTTAATGT TTGGGATAGG GTTGTAGGCG TTTCTGATTA TGCCTTTAAG GATGACATTG TCAAAGCCAC TCTCAAAGGC GAGGATCTTA AACGAGTCAA ACACATGAGC ACCGATCATA CAGCCGCGTT GAATGTGGAA TTATTAAAAA AGCTTAGCCC TGATCTTGTG GTAACCTTTG TGGGTAACCC TAAAGCGGTA GAGCATGCGA AAAAATTTGG GATTTCATTC CTTTCTTTCC AAGAGACAAC GATTGCAGAG GCCATGCAAG CTATGCAAGC TCAAGCCACG GTCTTAGAAA TTGACGCTTC CAAAAAATTC GCCAAAATGC AAGAAACTTT GGACTTTATT GCTGATCGTT TGAAGGGCGT TAAAAAGAAA AAGGGGGTGG AGCTTTTCCA TAAAGCCAAT AAAATCAGCG GCCATCAAGC CATTAACTCA GACATTTTAC AACAAGGGGG TATTGATAAT TTTGGCTTGA AATACGTCAA GTTTGGACGC GCTGACATTA GTGTGGAAAA AATCGTTAAA GAAAACCCTG AAATCATTTT CATTAGGTGG GTAACCCCAC TCACTCCTGA TTACGTGTTG AACAACCCAA AATTTTCTAC TATCAATGCC ATTAAAAACA TATAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:S:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1287 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

P2S .- 191 -

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANISMUS:	Helicobacter
(ix)	ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1287 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:5:

ATGAAGAAAA AATTTCTGTC ATTAACCTTA GGTTCGCTTT TAGTTTCCGC GAAGACAACG GCTTTTTTGT GAGCGCCGGC TATCAAATCG GTGAATCCGC AAAAACACCA AAGGCATTCA AGATCTTTCA GACAGCTATG AAAGATTGAA ACGAATTATA GCGTCCTAAA CGCTCTCATC AGGCAGTCCG CCGACCCCAA AACGCAAGGG GCAATTTGAA CGCGAGCGCG AAGAATTTGA TCAATGATAA CCGGCGTATC AAGCCGTGCT TTTAGCCTTG AATGCGGCAG CGGGGTTGTG AGCTATGCGA TCAGCCCTTG TGGTCCCGGT AAAGACACAA GCAAAAATGG ACTTTCCACA ACACGCCTTC AAATCAATGG GGAGGCACTA CCATTACTTG GGTTATGAAC CAGGACCATA CAGCATTTTA TCCACTGAAA ATTACGCGAA GCTTATCAAA TCATCCAAAA GGCTTTTGGG AGCAGCGGAA AAGATATTCC GACACCAACA CAGAACTCAA ATTCACAATC AATAAAAATA ATGGAAACAC AATAATGGAG AAGAAATTGT TACAAAAAAT AACGCTCAAG TTCTTTTAGA ACCATTATAA CTACCCTTAA TAGCGCATGC CCATGGATCA ACAATGGTGG GCGAGTAGTG GTAGTTTATG GGAAGGAATA TATTTGAAAG GCGATGGGAG ATTTTTAAAA ATGAAATCAG CGCGATTCAA GACATGATCA AAAACGCTGC GAGCAATCCA AGATCGTTGC TGCAAACGCG CAAAACCAGC GCAACCTAGA ACATTCAACC CCTATAAAGA CGCCAACTTC GCCCAAAGCA TGTTCGCTAA CAAGCGGAGA TTTTAAACCG CGCCCAAGCA GTGGTGAAAG ACTTTGAAAG GAGTTCGTAA AAGACTCTTT AGGGGTGTGC CATGAAGTGC AAAACGGCCA ACGCCATCCG GCACGGTAAC TGATAACACT TGGGGAGCCG GTTGCGCGTA ACCGTAACGA ATCTAAAAGA CAGCATCGCT CATTTTGGCG ACCAAGCCGA AACGCGCGCA ACCTCGCTAC ACTTTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:6:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 537 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE

TTTAAGCGCT

TCAAATGGTG

CAACCTTTTA

CGCCATCAAT

AAAGAATTCC

GCAAGTCATG

GGGCGTTCAA

TGGCACTACT

AATCAATAAA

TGCCTTAAGC

GAATACGAAT

ACAGGCTAGC

TGCAGGTGGT

CGCTTGCGGG

AATAGCCGTA

CACCGGGAAG

CGCCAAAGCG

AATCCCTGCA

TCTCCGTGGC

TGTGGGAGAG

GCGAATCCAT

120 ISO 240 300 360 420 480 S4 0 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1287 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE • ··«· · ·· *· ·· • · · ··♦···!!

- 192 (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...537 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:S:

ATGAACCCCT TATTGCAAGA TTATGCGCGC ATCCTTTTAG AATGGAATCA AACGCACAAC 60 TTGAGCGGCG CGAGAAATTT AAGCGAATTA GAACCCCAGA TCACAGACGC TCTAAAGCCC 12 0 TTAGAATTTG TCAAAGATTT TAAAAGCTGC TTGGATATTG GGAGCGGGGC GGGACTTCCT 18 0 GCTATCCCTT TAGCCCTTGA AAAACCTGAA GCGCAATTCA TTCTTTTAGA GCCAAGGGTA 24 0 AAAAGAGCGG CTTTTTTAAA CTACCTTAAA AGCGTTTTGC CTTTAAACAA CATTGAAATC 300 ATTAAAAAGC GTTTAGAAGA TTATCAAAAT CTTTTACAAG TGGATTTAAT CACTTCTAGA 360 GCGGTCGCTA GCTCTTCTTT TTTGATAGAA AAAAGCCAAC GCTTCCTAAA AGATAAGGGG 420 TATTTTTTAT TCTATAAAGG CGAGCAGTTA AAGAATGAAA TCGCTTATAA AACCACTGAA 48 0 TGCTTTATGC ATCAAAAGCG CGTTTATTTT TACAAATCAA AGGAAAGTTT ATGTTAA 537 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 7:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 723 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (DJ TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...723 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 7:

TTGGGTCTTA AAAAACGAGC TATTTTATGG TCTTTAATGG GATTTTGTGC AGGATTGAGC 60 GCGCTTGATT ATGACACCCT AGACCCAAAA TATTACAAAT ATATCAAGTA TTATAAGGCT 12 0 TATGAAGATA AAGAAGTTGA AGAATTGATC AGAGACTTGA AAAGGGCGAA CGCTAAAAGC 18 0 GGGCTTATTT TAGGGATCAA TACCGGTTTT TTTTATAACC ATGAAATCAT GGTCAAAACC 24 0 AATAGCTCCA GTATCACC3G GAATATTTTA AATTATTTGT TCGCCTATGG CTTGCGTTTT 3 00 GGCTATCAAA CTTTC..G .CC GTCGTTTTTT GCGCGCTTGG TTAAGCCCAA TATCATTGGC 3 6 0 AGGCGCATCT ATATTCAATA TTATGGAGGA GCTCCTAAGA AAGCGGGCTT TGGGAGCGTG 420 GGGTTTCAAT CGGTCATGTT GAATGGGGAT TTTTTATTAG ACTTTCCTTT GCCCTTTGTG 480 GGGAAATACC TTTATATGGG GGGGTATATG GGTTTAGGCT TGGGGGTTGT GGCGCATGGG 540 GTGAATTATA CGGCGGAATG GGGGATGTCT TTTAACGCAG GATTGGCTCT AACGGTATTA 600 GAAAAAAACC GCATTGAATT TGAATTTAAA ATTTTGAATA ATTTCCCTTT TTTGCAATCT 660 AATTCTTCAA AAGAGACTTG GTGGGGAGCT ATAGCAAGCA TTGGGTATCA ATATGTGTTC 720 TAA 723 • ·· ·

- 193 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 8:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 942 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...942 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:8:

TTGAAACTCA AATACTGGTT AGTTTATCTG GCGTTCATTA TAGGACTTCA AGCGACAGAT TATGACAATT TAGAAGAAGA AAACCAACAA TTAGACGAAA AAATAAACAA TTTAAAGCGA CAGCTCACCG AAAAAGGGGT TTCACCCAAA GAGATGGATA AGGATAAGTT TGAAGAAGAA TATTTAGAGC GAACTTACCC AAAGATTTCT TCAAAGAAAA GAAAAAAATT GCTCAAATCT TTTTCCATAG CCGATGATAA GAGTGGGGTG TTTTTAGGGG GCGGGTATGC TTATGGGGAA CTTAACTTGT CTTATCAAGG GGAGATGTTA GACAGGTATG GCGCAAATGC CCCTAGCGCG TTTAAAAACA ATATCAATAT TAACGCTCCT GTTTCTATGA TTAGCGTTAA ATTTGGGTAT CAAAAATACT TCGTGCCTTA TTTTGGGACA CGATTTTATG GGGATTTGTT GCTTGGGGGA GGGGCGTTAA AAGAGAACGC GCTCAAGCAG CCTGTAGGCT CGTTTTTTTA TGTTTTAGGG GCTATGAATA CCGATTTATT GTTTGACATG CCTTTAGATT TTAAGACTAA AAAGCATTTT TTAGGCGTTT ATGCGGGTTT TGGGATAGGG CTTATGCTTT ATCAAGACAA GCCTAATCAA AACGGGAGGA ATTTGATAGT AGGGGGTTAT TCAAGCCCTA ATTTTTTATG GAAATCTTTG ATTGAAGTGG ATTACACTTT TAATGTGGGC GTGAGTTTAA CGCTTTATAG GAAACACCGC TTAGAGATTG GCACAAAATT ACCGATTAGC TATTTGAGGA TGGGAGTAGA AGAGGGAGCG ATTTATCACA ATAAAGAAAA TGATGAACGA TTGTTGATTT CGGCTAACAA CCAGTTCAAA CGATCCAGTT TTTTATTAGT GAATTATGCG TTCATTTTTT GA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:9:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1182 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

942 ·· ·4 > · · · » · · · ··· ··· • · ·· ·· ····

- 194 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1182 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:9:

ATGAOTTCAG

GCTTTTGATA

ATCGCTAAAG

GAAGAAGATA

GAAGTAAAAG

ACCAAGCGTT

TATTCTAAAA

TTCTTAAACA

CCGTATGAAG aaaatattag

TGTCGTTCAA

CTTTCTGAAG

GCCCTAAGAG

TGGACATATC

TTTATGAGCG

CATTACTACC

CAGATTGCCC

ATTCCCCAAA

TTTATTAGTA

CAACTCAAGC

CTTCAAGCCA

AGAATTATCT

CCAATAAAAA

AAACAAAACT

ATATTGAACC

TTTCTAAAAT

TGGTGTGGAG

TTAAAGAAGA

GCTTTTTTTA

AAATCATACG

AGATCGCGCC

AGCATTTAAA

AACCTATCGT

CTTTTGGTTT attggtctta

ATGGCATTGC

ATGACGCTCT

ACGCAAGGCG

AAACCCTTAA

TCTTAAAAAA

TTCTTTTAAA

CATTCCTGCG

AATCCGTTAC

TAACCAAATC

TTTTTTAGAC

GGTGTTAGTG

CGATGTGGAT

TGATGAGAAT

TTGCAACTTA

CGCACAAAAA

ATTAAAAATA

GGGCGTGGCC

TATACAATAT

GAAAGCGGAT

TTTGATCACA

CGCTTATCAT

TAAGACATTT

AAGACTATTC

ATTTCTAAAA

GAACCAGAGC

GAACAAGATT

GGCGCATGCA

ACCTTACACG

ACAGAGCCTT

ACTATCCCTA

AAGTATTTTC

GTTATCTTTT

TATTTTTATG

ACTTACCAGC

ATAGATAAAG

GAGTATTGTA

AATGCAATTT

GACTCTCATC

TTATGGCTGA

GGGGGTGGGG

TACTACTTTC

TTAAAACATT

AAATACTGCA

CTCCATGCAT

CAAAACTTTT

TTCATATTCC

TTTATTCCTT

CTTTAGTGGT

TTAAAGAATT

ACCCTTTTGA

TAGCGGATTT

GTAATGAATT

GGGTTTATGA

GAAAAAATCA

AACCGCAATT

TTTTCCCACA

ATCATAACAC

CTTATTTTCA

ACGCTTTGGC

GGATAGGTGG

CTTTATGGAA

ATTTTTTGCA

TTTCAATACC

TGGTGAAAAA

AA

TATCGCTTTC

GCTAGAAAGC

AGGCTTGAAT

TGCTGTTTTA

TGAGGATTTC

ATTCCCCAAA

TAGCGCTGAT

CAAAATATAC

ATTTTGTAAA

GACAGAATTT

CTATTATAGC

CATTAAACAA

AATCAAGCCT

TAAAACCCCA

AGAAAAATGG

AGCAGAAGAA

CATTCATGAG

GCTTAAGAGC

AATCCTAATC

12 0 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1182 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 10:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1308 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1308 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:10:

TTGATTTTCT TAAAAAAATC TCTTTGCGCG TTGTTAATTT

CATACCACCC » ···

·* ·· • · « · • · · · « ··* ··« • « ·· «<

- 195 TTAATGAAAG CGGCTAGTTT TGTCTATGAC TTGAAGTTTA TGAGCTTTAA TTTCAATCTG GCTTCCCCTC CAAATAACCC CTATTGGAAT AGCCTAACCA AAATGCAAGG TCGTCTCATG CCTCAAATTG GCGTCCAATT AGACAAAAGA CAGGCCTTGA TGTTTGGGGC GTGGTTCATT CAAAATTTGC ACACGCATTA TAGCTATTTC CCTTATTCGT GGGGGGTTAC CATGTATTAC CAATACATAG GGAAAAATTT GAGATTOTT TTAGGCATTG TGCCACGAAG CTATCAAATA GGGCATTACC CTTTAAGCGC TTTTAAAAAA CTTTTCTGGT TTATAGACCC TACTTTTAGG GGAGGAGCGT TCCAATTCAA ACCGGCTTAT GATCCCAATC GTTGGTGGAA TGGGTGGTTT GAGGGCGTTG TGGATTGGTA TGGGGGGCGT AATTGGAACA ACCAGCCCAA AAAGAAAAAT TACGATTTTG ATCAATTCTT GTATTTTGTT TCTTCAGAAT TTCAGTTTCT TAAAGGGTAT TTAGGTTTGG GGGGACAGCT TGTCATTTTT CATAACGCCA ACTCTCATAG TATGGGGGAT AACTACCCTT ATGGCGGGAA TTCCTACTTA AAACCAGGCG ATGCAACCCC ACAATGGCCT AATGGCTACC CTTATTTCAG CCAAAAAGAT AACCCACAAG GCGGAGAAAT AGGGAAATAC TCTAACCCTA CCATTTTAGA CAGGGTTTAT TACCATGCTT ATTTAAAAGC AGATTTTAAA AATCTCATGC CTTATATGGA GAATATTTTC ATGACCTTTG GCACGCAGTC GTCTCAAACC CATTATTGCG TGCGTTATGC TAGCGAGTGT AAAAACGCCC GATTTTATAA CAGCTTTGGG GGGGAATTTT ACGCTCAAGC GCAATACAAA GGCTTTGGGA TCTTTAACAG ATACTATTTT TCCAACAAAC CCCAAATGCA TTTTTATGCC ACTTATGGCC AATCCCTTTA TACCGGATTG CCATGGTATA GAGCCCCTAA TTTTGACATG ATAGGGCTTT ATTATCTTTA TAAAAACAAA TGGTTAAGCG TGCGAGCGGA TGCGTTTTTT AGCTTTGTGG GTGGGGGCGA TGGGTACCAT TTGTATGGCA AGGGGGGTAA GTGGTTTGTG ATGTATCAGC AATTTTTAAC CCTAACCATA GACACAAGAG AGTTGATTGA TTTTGTCAAA TCTAAAATCC CTAAATAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 11:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 563 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍC: misc_feature (B) POLOHA 1...553 (xi) POPIS SEKVENCE:SEQ ID NO:11:

ATGAATAAAA CAACAATTAA AATATTAATG GJC ťTGGCGT TATTATCATC GCTTCAAGCC GCAGAGGCAG AGCTTGATGA AAAATCAAAA AAACCTAAAT TTGCGGATAG GAATACGTTT TATTTAGGGG TTGGGTATCA GCTTAGCGCG ATCAACACGT CTTTTAGCAC CAGTTCTATA GATAAATCGT ATTTCATGAC CGGCAATGGT TTTGGCGTGG TGTTGGGGGG GAAATTTGTG GCTAAAACGC AAGCTGTAGA GCATGTGGGT TTTCGTTACG GGTTGTTTTA TGATCAGACC TTTTCTTCTC ACAAATCCTA TATTTCTACC TATGGTTTAG AATTTAGCGG TTTGTGGGAC GCTTTCAATT CGCCAAAGAT GTTTTTGGGG TTGGAGTTTG GCTTAGGCAT CGCTGGGGCG ACTTACATGC CAGGAGGGGC CATGCATGGG ATTATCGCTC AATATTTAGG CAAAGAAAAT TCGCTTTTCC AATTGCTTGT GAAAGTGGGT TTTCGTTTTG GCTTTTTCCA CAATGAAATC

0 180 240 300 350 420 480 S40 600 660 720 780 840 900 960

1020

1080

1140

1200

1250

1308

120

180

240

300

360

420

480

540 « · · · · · • 9*99 · ··9 999

9 9

- 196 ACCTTTGGGT TGAAATTCCC TGTCATTCCT AACAAAAAAA CGGAAATCGT TGATGGCTTG 6 00 AGCGCGACCA CTTTATGGCA ACGCTTGCCG GTAGCCTATT TCAATTATAT CTATAATTTT 660 TAG 663 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 12:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 351 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...351 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 12:

TTGAATCTCC ATTTTATGAA AGGATTTGTT ATGAGTGGAT TAAGAACATT TAGTTGTGTA 60 GTGGTTTTAT GCGGTGCAAT GGTTAATGTA GCTGTAGCTG GTCCTAAAAT AGAGGCAAGG 120 GGTGAATTAG GCAAATTTGT AGGGGGAGCT GTTGGAAATT TTGTTGGTGA TAAAATGGGC 180 GGATTTGTTG GTGGTGCAAT AGGAGGATAT ATTGGGTCTG AAGTAGGCGA TAGGGTAGAA 240 GATTATATCC GTGGCGTTGA TAGAGAGCCA CAAAACAAAG AACCACAAAC CCCAAGAGAA 3 00 CCTATCCGTG ATTTTTATGA TTACGGCTAT AGTTTTGGGC ATGCTTGGTG A 3 51 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 13:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1311 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová iii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (i v) NETEMPLÁTOVÁ: NE (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1311 • 9

- 197 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:13:

ATGTCAAGGG ATTTTAAATT TGATTCTAAC TATTTAAATG TCAATACCAA TCCTAAATTA GGCCCCGTTT ATACCAATCA AAATTATCCA GGATTTTTTA TCTTTGATCA TTTAAGGCGT TATGTGATGA ACGCTTOA GCCTAATTTG AACTTAGTTG TCAATACCAA TAAAGTTAAG CAAACTTTTA ATGTGGGCAT GCGTTTTATG ACAATGGATA TGTTCATTAG ATCCGATCAA AGCACATGCG AAAAAACAGA TATTATCAAT GGGGTGTGCC ACATGCCTCC TTATGTCCTT TCTAAAACGC CTAACAATAA TCAAGAAATG TTTAATAACT ATACAGCGGT ATGGTTGAGC GATAAAATAG AGTTTTTTGA TTCTAAATTG GTGATAACTC CAGGGCTTAG ATACACTTTT TTGAACTATA ACAACAAAGA GCCAGAAAAG CATGATTTTT CCGTATGGAC CAGTAAAAAA CAGCGTCAAA ACGAATGGAG TCCTGCCCTT AATATTGGCT ATAAACCTAT GGAAAATTGG ATATGGTATG CGAACTACCG CCGCAGTTTT ATCCCCCCAC AACACACAAT GGTAGGCATT ACTAGGACTA ATTACAACCA AATTTTTAAT GAAATTGAAG TGGGGCAGCG CTATAGTTAT AAAAATCTAT TGAGTTTTAA CACCAATTAT TTTGTGATTT TTGCCAAGCG TTACTATGCG GGAGGCTATA GCCCACAGCC TGTGGATGCC AGAAGTCAAG GGGTGGAATT GGAATTGTAT TACGCGCCGA TTAGGGGTTT GCAATTCCAT GTGGCTTACA CTTATATTGA TGCGCGCATC ACTTCTAACG CTGATGATAT TGCTTATTAT TTTACAGGCA TTGTCAATAA ACCCTTTGAC ATTAAAGGGA AGCGCTTGCC CTATGTGAGT CCTAACCAAT TCATATTTGA CATGATGTAT ACTTACAAGC ACACGACTTT TGGTATCAGC AGCTATTTTT ATAGCCGCGC TTATAGTTCC ATGCTCAATC AAGCCAAAGA TCAAACCGTA TGCCTGCCCT TAAACCCAGA ATACACAGGG GGGTTAAAGT ATGGTTGTAA TTCAGTGGGG TTATTGCCCT TGTATTTTGT GTTGAATGTC CAAGTAAGCT CAATCTTATG GCAAAGCGGT AGGCATAAAA TCACAGGGAG TTTGCAAATC AATAACCTTT TTAACATGAA GTATTATTTT AGGGGGATTG GCACAAGCCC TACAGGGAGA GAACCCGCGC CAGGGAGATC CATTACAGCG TATTTGAATT ATGAGTTTTA A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 14:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 2304 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii)	TYP MOLEKULY:	DNA (genotnická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...2304 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:14:

ATGAAAAGAA TTTTAGTTTC TTTGGCTGTT TTGAGTCATA GCGCGCATGC TGTCAAAACT CATAATTTGG AAAGGGTGGA AGCTTCAGGG GTGGCTAACG ATAAAGAAGC GCCTTTAAGC TGGAGGAGCA AGGAAGTTAG AAATTATATG GGTTCTCGCA CGGTGATTTC TAACAAGCAA CTCACTAAAA GCGCCAATCA AAGCATTGAA GAAGCTTTGC AAAATGTGCC AGGCGTGCAT ATTAGAAACT CTACCGGTAT TGGAGCTGTG CCTAGCATTT CCATTAGGGG GTTTGGTGCT

12 0 180 240 300 360 420 480 540 500 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200

1260

1311

120

180

240

300

• · 9 · · · • · · · 9 ·

9 9 9 9

9 999 999 • · ·

9 · 9 9· 9·

- 198 GGAGGCCCAG GGCATTCTAA TACGGGAATG ATTCTAGTCA ATGGGATTCC TATTTATGTC GCGCCCTATG TTGAAATTGG CACGGTTATT TTTCCTGTAA CCTTTCAGTC TGTGGATAGA atcagcgtaa ctaagggtgg ggagagcgtg cgttatggcc ctaacgottt tggcggtgtg ATCAACATCA TCACCAAAGG CATTCCTACC AATTGGGAAA GTCAGGTGAG CGAGAGGACC ACTTTTTGGG GCAAGTCTGA AAACGGGGGC TTTTTCAATC AAAATTCTAA AAACATTGAT AAAAGCTTAG TTAATAACAT GCTTTTTAAC ACCTATTTAA GAACGGGGGG TATGATGAAT AAGCATTTTG GAATCCAAGC TCAAGTCAAT TGGCTCAAAG GGCAAGGGTT TAGATACAAC AGCCCTACGG ATATTCAAAA TTACATGTTA GATTCATTGT ATCAAATCAA TGATAGCAAT AAAATCACCG CTTTTTTTCA ATATTATAGT TATTTCTTGA CAGACCCTGG ATCTTTAGGC ATAGCCGCTT ACAATCAAAA TCGTTTTCAA AACAACCGCC CCAATAACGA TAAAAGCGGG AGAGCGAAGC GATGGGGAGC TGTGTATCAA AACTTTTTTG GGGACACGGA TAGGGTAGGG ggggatttca CTTTTAGCTA CTATGGGCAT GACATGTCAA gggattttaa atttgattct AACTATTTAA ATGTCAATAC CAATCCTAAA TTAGGCCCCG TTTATACCAA TCAAAATTAT CCAGGATTTT TTATCTTTGA TCATTTAAGG CGTTATGTGA TGAACGCTTT TGAGCCTAAT TTGAACTTAG TTGTCAATAC CAATAAAGTT AAGCAAACTT TTAATGTGGG CATGCGTTTT ATGACAATGG ATATGTTCAT TAGATCCGAT CAAAGCACAT GCGAAAAAAC AGATATTATC AATGGGGTGT GCCACATGCC TCCTTATGTC CTTTCTAAAA CGCCTAACAA TAATCAAGAA ATGTTTAATA ACTATACAGC GGTATGGTTG AGCGATAAAA TAGAGTTTTT TGATTCTAAA TTGGTGATAA CTCCAGGGCT TAGATACACT TTTTTGAACT ATAACAACAA AGAGCCAGAA AAGCATGATT TTTCCGTATG GACCAGTAAA AAACAGCGTC AAAACGAATG GAGTCCTGCC CTTAATATTG GCTATAAACC TATGGAAAAT TGGATATGGT ATGCGAACTA CCGCCGCAGT TTTATCCCCC CACAACACAC AATGGTAGGC ATTACTAGGA CTAATTACAA CCAAATTTTT AATGAAATTG AAGTGGGGCA GCGCTATAGT TATAAAAATC TATTGAGTTT TAACACCAAT TATTTTGTGA TTTTTGCCAA GCGTTACTAT GCGGGAGGCT ATAGCCCACA GCCTGTGGAT GCCAGAAGTC AAGGGGTGGA ATTGGAATTG TATTACGCGC CGATTAGGGG TTTGCAATTC CATGTGGCTT ACACTTATAT TGATGCGCGC ATCACTTCTA ACGCTGATGA TATTGCTTAT TATTTTACAG GCATTGTCAA TAAACCCTTT GACATTAAAG GGAAGCGCTT GCCCTATGTG AGTCCTAACC AATTCATATT TGACATGATG TATACTTACA AGCACACGAC TTTTGGTATC AGCAGCTATT TTTATAGCCG CGCTTATAGT TCCATGCTCA ATCAAGCCAA AGATCAAACC GTATGCCTGC CCTTAAACCC AGAATACACA GGGGGGTTAA AGTATGGTTG TAATTCAGTG GGGTTATTGC CCTTGTATTT TGTGTTGAAT GTCCAAGTAA GCTCAATCTT ATGGCAAAGC GGTAGGCATA AAATCACAGG GAGTTTGCAA ATCAATAACC TTTTTAACAT GAAGTATTAT TTTAGGGGGA TTGGCACAAG CCCTACAGGG AGAGAACCCG CGCCAGGGAG ATCCATTACA GCGTATTTGA ATTATGAGTT TTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 15:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 34 8 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (Cl POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020 1080 1140 1200 1260 1320 13 8 0 1440 1500 1560 1620 16 8 0 174 0 1800 1860 1920 1980 2040 2100 2160 2220 2280 2304

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: mise feature • · · « • * · ’ ·· · ·*ι

- 199 (B) LOCATION 1...348 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID: 15

TTGCACCCTC TATGCGCACA CGGCCAATGT GGAAGCGAAG CGATTGCGTG TTTAGAAGCC ATTAGCGTGG GGATTGTGCC TGTTATCGCT AATAGCCCTT TAAGCGCGAC CAGGCAATTC GCGCTAGATG AACGATCGTT ATTTGAGCCT AATAACGCTA AAGATTTGAG CGCTAAAATA GACTGGTGGT TAGAAAACAA ACTTGAAAGA GAAAGAATGC AAAACGAATA CGCTAAAAGC GCTTTAAACT ACACTTTAGA AAATTCAGTC ATTCAAATTG AAAAAGTTTA TGAAGAAGCG ATCAAAGATT TTAAAAACAA CCCCAACCTC TTTAAAACCT TATCGTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:16:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1170 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá CD) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1170 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:16:

ATGGTTATTG TTTTAGTCGT GGATAGCTTT AAAGACACCA GTAATGGCAC TTCTATGACA GCGTTTCGTT TTTTTGAAGC GCTGAAAAAA AGAGGGCATG CGATGAGAGT GGTCGCCCCT CATGTGGATA ATTTAGGGAG TGAAGAAGAG GGGTATTACA ACCTTAAAGA GCGCTATATC CCCCTAGTTA CAGAAATTTC ACACAAGCAA CACATTCTTT TTGCCAAACC GGATGAAAAA ATTCTACGAA AGGCTTTTAA GGGAGCGGAT ATGATCCATA CTTACTTGCC TTTTTTGCTA GAAAAAACAG CCGTAAAAAT CGCGCGAGAA ATGCGAGTGC CTTATATTGG CTCTTTCCAT TTACAGCCAG AGCATATTTC TTATAACATG AAATTGGGGC AATTTTCTTG GCTAAATACC ATGCTTTTTT CATGGTTTAA ATCTTCGCAT TACCGCTATA TCCACCATAT CCATTGCCCA TCAAAATTCA TTGTAGAAGA ATTGGAAAAA TACAACTATG GAGGAAAAAA ATACGCTATC TCTAACGGCT TTGATCCCAT GTTTAAGTTT GAGCACCCGC AAAAAAGCCT TTTTGACACC ACGCCCTTTA AAATCGCTAT GGTAGGGCGC TATTCTAATG AAAAAAATCA AAGCGTTCTC ATTAAAGCGG TTGCTTTAAG CCGAxA-AAA CAAGACATTG TATTATTACT CAAAGGCAAG GGGCCTGATG AGAAAAAAAT CAAACTTCTA GCCCAAAAAC TAGGCGTAAA AACGGAGTTT GGGTTTGTCA ATTCCCATGA ATTGTTAGAG ATTTTAAAAA CTTGCACQCT CTATGCGCAC ACGGCCAATG TGGAAAGCGA AGCGATTGCG TGTTTAGAAG CCATTAGCGT GGGGATTGTG CCTGTTATCG CTAATAGCCC TTTAAGCGCG ACCAGGCAAT TCGCGCTAGA TGAACGATCG TTATTTGAGC CTAATAACGC TAAAGATTTG AGCGCTAAAA TAGACTGGTG GTTAGAAAAC AAACTTGAAA GAGAAAGAAT GCAAAACGAA TACGCTAAAA GCGCTTTAAA CTACACTTTA GAAAATTCAG TCATTCAAAT TGAAAAAGTT TATGAAGAAG CGATCAAAGA TTTTAAAAAC AACCCCAACC TCTTTAAAAC CTTATCGTAA

120

180

240

300

348

120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 114 0 1170

- 200 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 17:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 939 páru bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...939 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 17:

TTGGCTTCTT ACGGGTTTTT TTTAGGAGCG TTGTTTATTT TAGCGAGCGG GATCGTGTGC 60

TTACAGACTG CCGGTAATCC CTTTGTAACC TTGCTTTCTA AAGGTAAAGA AGCCAGAAAC 120

TTGGTTTTAG TCCAGGCGTT CAATTCGCTT GGCACGACTT TAGGGCCTAT TTTTGGGAGC 180

TTGTTGATTT TTAGCGCGAC CAAAACGAGC GATAATTTAA GCCTGATAGA CAAGTTAGCG 240

GACGCTAAAA GCGTTCAAAT GCCTTATTTG GGTTTAGCGG TGTTTTCGCT TCTTTTAGCG 300

CTTGTGATGT ATCTTTTAAA ATTGCCTGAT GTGGAAAAAG AAATGCCCAA AGAAACGACG 360

CAAAAAAGCC TGTTTTCGCA CAAACACTTT GTTTTTGGGG CTTTAGGGAT CTTTTTCTAT 420

GTGGGGGGAG AAGTGGCGAT TGGATCATTC TTGGTGCTAA GCTTTGAAAA GCTTTTGAAT 480

TTAGACGCTC AATCAAGCGC GCATTACTTG GTGTATTATT GGGGCGGCGC GATGGTAGGG 540

CGTTTCTTAG GCAGCGCTTT GATGAATAAA ATCGCTCCTA ATAAATACCT GGCTTTCAAC 600

GCCTTAAGCT CTATCATTCT TATCGCTTTG GCTATTCTTA TTGGAGGCAA GATCGCTTTA 660

TTCGCTCTGA CTTTTGTGGG CTTTTTCAAC TCTATCATGT TCCCTACAAT CTTTTCTTTG 720

GCTACGCTCA ATTTAGGGCA TCTCACTTCT AAGGCTTCTG GAGTGATTAG CATGGCGATT 780

GTGGGAGGGG CGTTAATCCC CCCCATTCAA GGCGTGGTTA CAGACATGCT CACAGCAACC 840

GAATCGAATC TGCTCTACGC TTATAGCGTG CCGTTGTTGT GCTATTTTTA TATCCTCTTC 900

TTTGCACTTA AGGGGTATAA ACAAGAAGAA AACTCCTAA 93 9 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 18:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1224 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genotnická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE

- 201 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1224 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 18:

ATGCAAAAAA

GGTTTTATCA

ACCTATTTTG

GGAGTCTTTG

GTGATCACAG

TTTTTTTTAG

AATCCCTTTG

GCGTTCAATT

GCGACCAAAA

CAAATGCCTT

TTAAAATTGC

TCGCACAAAC

GCGATTGGAT

AGCGCGCATT

GCTTTGATGA

ATTCTTATCG

GTGGGCTTTT

GGGCATCTCA

ATCCCCCCCA

TACGCTTATA

TATAAACAAG

CTTCTAACAC

CGGTTTTAAA

AAGCTTCGCT

GGAACGTGAT

CGAGCGGGTG

GAGCGTTGTT

TAACCTTGCT

CGCTTGGCAC

CGAGCGATAA

ATTTGGGTTT

CTGATGTGGA actttgtttt

CATTCTTGGT acttggtgta

ATAAAATCGC

CTTTGGCTAT

TCAACTCTAT

CTTCTAAGGC

TTCAAGGCGT

GCGTGCCGTT

AAGAAAACTC

TTTAGCGCTG

CGACATTTTG

CATTCAATTT

CAGTAAAATC

CGCGTTGTTT

TATTTTAGCG

TTCTAAAGGT

GACTTTAGGG

TTTAAGCCTG

AGCGGTGTTT

AAAAGAAATG

TGGGGCTTTA

GCTAAGCTTT

TTATTGGGGC

TCCTAATAAA

TCTTATTGGA

CATGTTCCCT

TTCTGGAGTG

GGTTACAGAC

GTTGTGCTAT

CTAA

GGGAGTTTGA

ATCCCGCATT

TCCTTTTTTG

GGCTACCCTT

TATCCGGCGG

AGCGGGATCG

AAAGAAGCCA

CCTATTTTTG

ATAGACAAGT

TCGCTTCTTT

CCCAAAGAAA gggatctttt

GAAAAGCTTT

GGCGCGATGG

TACCTGGCTT

GGCAAGATCG

ACAATCTTTT

ATTAGCATGG

ATGCTCACAG

TTTTATATCC

CGGCGCTATT

TAAAGCCCAT

GGGCGTATTT

TTGGCGTGGT

CGCATTTTGG

TGTGCTTACA

GAAACTTGGT

GGAGCTTGTT

TAGCGGACGC

TAGCGCTTGT

CGACGCAAAA

TCTATGTGGG

TGAATTTAGA

TAGGGCGTTT

TCAACGCCTT

CTTTATTCGC

CTTTGGCTAC

CGATTGTGGG

CAACCGAATC

TCTTCTTTGC

CTTTCTAATG

TTTTGACTTG

CATCATGGGG

GCTTGGTTTT

CTCTTACGGG

GACTGCCGGT

TTTAGTCCAG

GATTTTTAGC

TAAAAGCGTT

GATGTATCTT

AAGCCTGTTT

GGGAGAAGTG

CGCTCAATCA

CTTAGGCAGC

AAGCTCTATC tctgactttt

GCTCAATTTA aggggcgtta

GAATCTGCTC

ACTTAAGGGG

120

180

240

300

380

420

480

540

800

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1224 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:19:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 378 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...378 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 19:

- 202 ···♦ • 9 ·* ·· · · ♦ · • 9 · · · • · ·99 999

ATGAATAAAA TCGCTCCTAA TAAATACCTG GCTTTCGGCG CCTTAAGCTC TATCATTCTT 60 ATCGCTTTGG CTATTCTTAT TGGAGGCAAG ATCGCTTTAT TCGCTCTGAC TTTTGTGGGC 7.20 TTTTTCAACT CTATCATGTT CCCTACAATC TTTTCTTTGG CTACGCTCAA TTTAGGCATC 18 0 TCACTTCTAA TGGCTTCTGG AGTGATTAGC ATGGCGATTG TGGGAGGGGC GTTAATCCCC 240 CCCATTCAAG GCGTGGTTAC AGACATGCTC ACAGCAACCG AATCGAATCT GCTCTACGCT 300 TATAGCGTGC CGTTGTTGTG CTATTTTTAT ATCCTCTTCT TTGCACTTAA' GGGGTATAAA 360 CAAGAAGAAA AOTCCTAA _3?8 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:20:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 993 párů bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojicá (D, TOPOLOGIE: kruhová (ii) (iii) (iv) (Vi) (ix)

TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

HYPOTETICKÁ: NE

NETEMPLÁTOVÁ: NE

PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori

ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...993

POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:20:

TATTACCGGC TTTGTTAATG GGGTTTGTGG GATTGAATGC TAGTGATCGT 60

TCATGCGCCT TTATCAAAAA CAAGGCTTGG AAGTGGTGGG TCAAAAATTG 120

TAGCGGATAA GTCTTTTTGG GCAGAAGAGC TTCAAAACAA GGACACGGAT 180

ATCAAAACAA GCAGTTTTTA TTTGTGGCGG ATAAATCCAA GCCCAGTTTG 240

AAATAGAAAA TAACATGCTT AAAAAAATCA ACAGCTCTAA AGCCCTTGTA 300

AGGGCGATAA AACTTTAGAG GGCGATTTGG CCACGCCTAT TGGAGTGTAT 360

AGAAATTAGA GCGTTTGGAT CAATATTATG GCGTTTTGGC TTTTGTAACG 420

ATTTGTATGA CACTTTGAAA AAACGCACCG GGCATGGCAT TTGGGTGCAT 480

TAAATGGCGA TAGGAATGAA TTGAACACTA AGGGTTGCAT TGCGATTGAA 540

TAAGCTCTTA TGACAAAGTG TTAAAAGGCG AAAAAGCGTT CCTTATCACT 600

AGTTTTCCCC TAGCACTAAA GAAGAATTGA GCATGATTTT AAGCTCCCTT 660

AAGAAGCTTG GGCTAGGGGC GATTTTGAAC GCTACATGCG TTTTTATAAC 720

CTCGCTATGA CGGCATGAGT TTTAACGCTT TTAAAGAGTA TAAAAAAAGG 780

AAAATGAAAA AAAGAATATC GCTTTTTCCT C.ATCAATGT GATCCCTTAC 840

AAAACAAACG CTTGTTTTAT GTGGTATTTG ACCAAGATTA CAAAGCCTAC 900

AGCTCTCTTA TAGCTCCAAT TCTCAAAAAG AACTCTATGT AGAGATTGAA 960

CGTCTATTAT AATGGAAAAA TAA 993 (xi)

TTGAAAAAAA

TTGTTAGAAA

GATTCTTATT

TTTGGCTATT

GAGTTTTATG

GGCTCTAAAA

CGTATCACGC

AATTACCCTA

GGAATGCCTT

AACCCTATTC

TATGAAGACA

TTCCAATGGA

CCCAATTTCA

GTGTTTGCAA

CCCAACTCTC

CAGCAAAACA

AACAATCAAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:21:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 510 párů bází

- 203 ·· · ·· · (B) TYP: nukleová kyselina (CJ POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...510 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:21:

TTGTTTGAGA AATGGATTGG TCTGACCTTA CTCCTTAGTT CCTTAGGCTA TCCATGCCAA AAGGTAAGTA TTAGTTTCAA GCAATACGAA AATCTTATCC ATATCCATCA AAAAGGTTGC AACAATGAAG TGGTGTGCAG AACGCTCATC TCTATCGCTI TACTAGAAAG CTCTCTAGGG TTGAACAACA AGCGAGAAAA ATCCCTTAAA GACACTTCTT ACTCCATGTT CCATATCACC TTAAACACCG CTAAAAAGTT CTACCCTACC TATTCTAAAA CGCTCCTCAA AACCAAATTG TTAAATGATG TGGGTTTTGC GATCCAATTA GCCAAACAAA TTTTAAAAGA AAATTTTGAT TATTACCACC AAAAACACCC CAACAAAAGC GTGTATCAAT TAGTACAAAT GGCCATAGGC GCTTACAATG GGGGAATGAA ACACAACCCT AATGGCGCTT ACATGAAGAA GTTTCGTTGC ATTTATTČTC AAGTGCGATA CAACGAATAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:22:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 648 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C> POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

510

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...648 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:22:

ATGAAAAAAC CCTACAGAAA GATTTCTGAT TATGCGATCG TGGGTGGTTT GAGCGCGTTA 60 GTGATGGTAA GCATTGTGGG GTGTAAGAGC AATGCCGATG ACAAACCAAA AGAGCAAAGC 120 • Φ ·

- 204 TCTTTAAGTC AAAGCGTTCA AAAAGGCGCG TTTGTGATTT TAGAAGAGCA AAAGGATAAA 180 TCTTACAAGG TTGTTGAAGA ATACCCCAGC TCAAGAACCC ACATTGTAGT GCGCGATTTG 240 CAAGGCAATG AACGCGTGTT GAGCAATGAk GAGATTCAAA AGCTCATCAA AGAAGAAGAA 300 GCCAAAATTG ATAACGGCAC GAGCAAGCTT GTCCAGCCTA ATAATGGAGG GAGTAATGAA 3S0 GGATCAGGCT TTGGCTTGGG AAGCGCGATT TTAGGGAGCG CGGCGGGGGC GATTTTAGGG 420 AGTTATATTG GCAATAAGCT TTTTAATAAC CCTAATTATC AGCAAAACGC CCAACGGACC 480 TACAAATCCC CACAAGCTTA CCAACGCTCT CAAAATTCTT TTTCTAAAAG CGCACCCAGC 540 GCTTCAAGCA TGGGCACAGC GAGTAAGGGA CAGAGCGGGT TTTTTGGCTC TAGTAGGCCT 600 ACTAGTTCGC CTGCAATAAG CTCTGGGACA AGGGGCTTTA ACGCATAA 648 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:23:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 762 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...762 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:23:

TTGAAAACTC TATTTAGTGT TTATCTCTTT TTGTCGTTGA ATCCACTCTT TTTAGAAGCT 60 AAAGAAATCA CTTGGTCTCA ATTCTTGGAA AATTTTAAAA ACAAGAATGA AGACGACAAA 120 CCTAAACCCC TAACCATTGA CAAAAACAAT GAAAAACAGC AAATCCTAGA CAAAAACCAG 180 CAAATCTTAA AAAGGGCTTT AGAAAAAAGC CTTAAATTTT TCTTTATTTT TGGATACAAC 240 TATTCGCAAG CCGCTTATTC AACCACTAAT CAAAACTTGA CTCTTACGGC GAATAGCATA 300 GGGTTTAACA CCGCTACAGG CTTGGAGCAT TTTTTAAGAA ACCACCCTAA AGTCGGTTTT 360 AGAATCTTTA GCGTCTATAA CTATTTCCAT TCCGTTTCGC TCTCCCAGCC TCAAATCCTA 420 ATGGTGCAAA ATTACGGAGG CGCGTTAGAT TTTTCTTGGA TTTTTGTGGA TAAAAAAACC 480 TATCGCTTTA GGAGTTATTT AGGAATCGCT TTAGAGCAAG GGGTGTTGTT AGTGGATACG 540 ATTAAAACCG GCTCTTTCAC AACCATCATC CCAAGAACCA AGAAAACCTT TTTTCAAGCC 600 CCTTTGCGTT TTGGTTTTAT CGTGGATTTT ATCGGCTATT TGTCTTTGCA ATTAGGGATT 660 GAAATGCCCT TAGTGAGGAA TGTTTTTTAC ACCTACAATA ACCATCAAGA AAGATTCAAA 720 CCACGATTTA ACGCTAA1C TTCTTTAATC GTTTCGTTTT AG 762 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:24:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1011 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

- 205 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1011 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:24:

TTGTTTTTCA ΑΑΤΤΤΑΤΤΓΤ ATTCCCACCC CTTCAACCCC GAAAATGATG GTTATATCAA ggcttttcta CTAAAGAGTT TTAGGGTTTT TCAATAAAAG ATGTATACCC CCTCACTTGC GGGGGGTATT TGAGGGTGAA TTCACGATTT CTTTAGGCAC ATTCATAAAT GGGGTCATGA TTTATCTTTG AACTGCACTA TTTTCTATGG AGTTGATGCC CAACTCGGCT CGCTCTTTAG GTCAA.TACCG CTTTTGATGG GCAGGGGCTT TTGGGCGCTT ACTAGGGGCA TTGCCAATTT ATGTGGCGTA GCCTCAGGGT CAGCCTAAGC ACCATCAGAT

ATGTTTATCA TTAGGAATAT ATTAACGCCC TCTAAACGCT TCCTTACATT GATGAGTATT TGATTTTTCT AAAAATAAAG CCCTAGGGTT ACTCGTTTTG AAACAGAAAA CTGGTGCATT TTTGAACGTG TATAACCGCC GACAGGGCAA GATTCTTTGG TCCCCAATTT TATGGCTGGA CCAATTGCTT AAAAAAGTCC TGGGTTTAAT GTGGAACTGG GGCTGGGTAT AACTTGGACG GGGCATGCCT TATAGCGATA CCAACCCCTT AACATCTTCA GGAATACTTT GTTTATGCCA GGCTTTTACA ATCACTGATA CGGCACCTTA GAATTGAATT

TTGCATGGGC AAAAGAGGTC ATTCTATCAA TTTGATGACT ACACGGCAGG CAATCAAATA CGATGAAATG GTCTTCGTAT GCATTTCTCT CGCCCAAGAC TGCATGACAA CCACCCTTAT ATCAAACTTT CATGGAGTTA CCGCTCAAAC GCAGCGTCTC ACACGCAGCT CAAAAACGAA CCCTTTTAAA GACTCGTTTT GTAATGCGAG GGATTATTTC CTGATTATGG GGTCAATAAG AGTTTTCCAT CTATTTTTTT TTCAAGGCAA TAGCCCTGAA GTGAAATAGG AGCGGCTATG TTAGTAAAAC CTTTCAGTCC TCGCCTTTTG A €0

120

ISO

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1011 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:25:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 327 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...327 • · 9 999·· • 99 9 99999999

9 9 9 9 · 9 •99 99 999 9999 99 99

- 206 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:25:

ATGAAACCAA TCTTTAGCCT CTTTTTCCTC CTTATTGTTT TAAAAGCGCA CCCCATAAAC 60 CCCTTATTAG AGCCGTTATA TTTCCCCAGT TACACGCAAT TTTTAGATTT AGAACCTCAT 120 TTTGTCATTA AAAAAAAGCG CGCTTACAGG CCTTTTCAAT GGGGGAACAC TATTATTATC 180 AAACGCCATG ATTTAGAAGA GCGCCAGAGC AACCAACCAA GCGATATTTT CCGCCAGAAC 240 GCTGAAATCA ATGTGTCTTC TCAAACTTTT TTAAGAGGAA TCAGCAGCGC TTCTTCACGC 300 ATAGTGATCG ATTCGGTCGC TCAGTAA 327 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:26:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 588 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix> ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...588 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:26:

ATGAGCAATA ACCCCTTTAA AAAAGTGGGC ATGATCAGCT CTCAAAACAA TAACGGCGCT 60 TTGAACGGGC TTGGCGTGCA AGTGGGTTAT AAACAATTCT TTGGCGAAAG CAAAAGATGG 120 GGGTTAAGGT ATTATGGTTT CTTTGATTAC AACCACGGCT ATATCAAATC CAGCTTTTTT 180 AATTCTTCTT CTGATATATG GACTTATGGC GGTGGGAGCG ATTTGTTAGT GAATTTTATC 24 0 AACGATAGCA TCACAAGAAA GAACAACAAG CTTTCTGTGG GTCTTTTTGG TGGTATCCAA 300 CTAGCAGGGA CTACATGGCT TAATTCTCAA TACATGAATT TAACAGCGTT CAATAACCCT 360 TACAGCGCGA AAGTCAATGC TTCCAATTTC CAATTTTTGT TCAATCTCGG CTTGAGGACG 420 AATCTCGCTA CAGCTAAGAA AAAAGACAGC GAACGTTCCG CGCAACATGG CGTTGAACTG 480 GGCATTAAAA TCCCTACCAT TAACACCAAT TATTATTCTT TTCTAGGCAC TAAGCTAGAA 540 TACAGAAGGC TTTATAGCGT GTATCTCAAT TATGTGTTTG CTTATTAA 588 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:27:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 684 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) ·· ·· ·· • « · · . .

• · · · · • · ······ • · · ···· ·· ··

- 207 (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS:

(ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ:

(B) POLOHA 1..

Helicobacter pylori mi s c_f eature .684 ^_ (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:27:

GTGCGTTTTG GTAAAATTGA TTATTTGAAC ATGCTCCCTT TTGATGTGTT TATCAAATCC 60

TACCCCACCC CTTGTTATTT CAAACAATTC TTACGGCTTA AAAAAACCTA CCCCTCCAAA 120

CTCAATGAGA GTTTTTTATT CAGGCGCATT GATGCGGGGT TTATTTCTTC TATCGCTGGC 180

TATCCATTCG CTCTTTGTTC TTATTCTCTA GGCATTGTCG CTTATAAGGA AGTTTTAAGC 240

GTGTTGGTTG TAAATAGAGA AAACGCTTTT GACAAAGAAA GCGCTTCTTC AAACGCCCTC 300

TCTAAAGTGT TAGGGTTAAA AGGCGAGGTC TTAATCGGCA ATAAAGCGCT GCAATTTTAT 360

TATTCCAACC CTAAAAAAGA TTTTATAGAT TTAGCCGCTC TGTGGTATGA AAAAAAACGC 420

TTGCCGTTTG TTTTTGGGCG TCTGTGCTAT TATCAAAACA AGGATTTTTA CAAACGCTTG 480

TCTTTAGCCT TCAAACATCA AAAAACAAAA ATCCCTCACT ACATCCTTAA AGAAGCCGCT 540

TTGAAAACCA ACTTGAAACG CCAAGATATT CTAAACTACT TGCAAAAAAT TTACTACACT 600

TTAGGCAAAA AGGAACAATC AGGCCTTAAA GCGTTCTATC GTGAATTGTT GTTCAAACGC 660 ATCCAAAAAC CCAAGCGGTT TTAG 684 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:28:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 918 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...918 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:28:

ATGGGTAGAA TTGAATCAAA AAAGCGTTTG AAAGCACTCA TTTTTTTAGC GAGTTJGGGG 60

GTGTTGTGGG GCAATGCGGC TGAAAAAACG CCTTTTTTTA AAACTAAAAA CCACATTTAT 120 TTGGGTTTTA GGCTAGGCAC AGGGGCTACT ACGCGCACAA GCATGTGGCA ACAAGCCTAT 180 AAAGACAACC CCACTTGCCC TAGCAGCGTG TGTTATGGCG AGAAATTAGA AGCCCATTAT 240 AAGGGGGGTA AAAACTTATC TTATACCGGG CAAATAGGCG ATGAAATAGC TTTTGATAAA 300 ·«·· • * 9 · 9 • · 9·9 999 • ·

99 99

- 208 TACCATATTT TAGGCTTAAG GGTGTGGGGG GATGTAGAAT ACGCTAAGGC TCAATTAGGT 360 CAAAAAGTGG GGGGTAACAC CCTTTTATCC CAAGCGAATT ATAACCCAAG CGCGATTAAA 420 ACCTACGATC CTACTTCAAA CGCTCAAGGC TCTTTAGTTT TGCAAAAAAC CCCAAGCCCC 480 CAAGATTTCC TTTTCAATAA CGGGCATTTC ATGGCGTTTG GTTTGAACGT GAACATGTTT 540 GTCAATCTCC CTATAGACAC CCTTTTAAAA CTCGCTTTAA AAACGGAAAA AATGCTGTTT 600 TTTAAAATAG GCGTGTTTGG TGGGGGTGGG GTGGAATACG CAATCTTGTG GAGTCCTCAA 660 TATAAAAATC AAAATACCCA TCAAGACGAT AAATTTTTTG CCGCAGGTGG GGGGTTTTTT 720

GTGAATTTTG GAGGCTCTTT GTATATAGGC AAGCGCAACC GCTTCAATGT GGGGCTAAAA 780 ATCCCTTATT ATAGCTTGAG CGCGCAAAGT TGGAAAAATT TTGGCTCTAG CAATGTGTGG 840 CAGCAACAAA CGATCCGACA AAACTTCAGC GTTTTTAGGA ATAAAGAAGT TTTTGTCAGC 900 TACGCGTTCT TGTTTTAG 918 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:29:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 777 párů bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: ntisc_feature (B) POLOHA 1...777 ” (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:29:

ATGTTTTTAA GATCATACCC AAAGCTTAGA TACGCTTTAT GTTTACCCCT ACTCACTGAG 60 ACTTGCTATA GCGAGGAGCG CACTTTAAAT AAGGTTACCA CCCAAGCTAA AAGGATTTTC 120 ACTTACAATA ATGAGTTTAA GGTTACTTCT AAAGAATTGG ATCAACGCCA AAGCAATGAA 180 GTCAAAGACC TGTTTAGGAC TAACCCTGAT GTGAATGTGG GCGGAGGGAG CGTGATGGGG 240 CAGAAAATCT ACGTGAGAGG CATTGAAGAC AGGCTTTTAA GGGTTACGGT GGATGGGGCT 300 GCGCAAAATG GCAACATCTA CCACCACCAA GGCAACACCG TGATTGACCC TGGCATGCTC 360 AAAAGCGTGG AAGTTACTAA AGGCGCGGCG AATGCGAGCG CGGGGCCAGG AGCGATCGCG 420 GGAGTGATTA AAATGGAGAC TAAAGGAGCG GCTGATTTTA TCCCTAGGGG GAAAAATTAT 480 GCAGCGAGTG GGGCGGTQAG TTTTTATACC AATTTTGGGG ACAGAGAGAC TTTTAGATCG 540 GCCTATCAAA GCnCGCATTT TGATATTATC GCTTACTACA CGCACCAAAA TATTTTCTAT 600 TATAGGAGCG JfJCCACAGT GATGAAAAAC CTTTTCAAAC CCACACAAGC CGATAAAGAG 660 CCAGGAACTC CCAGCGAGCA AAACAACGCT TTGATTAAAA TGAATGGCTA TTTGAGCGAC 720 AGAGACACGC TCACTTTCAG CTGGAACATG ACACGAGATA ACGCCACACG' CCTTTAA 777 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:30:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : S79 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina • β»· · • · · • · • · · • · « ··· ·· ·· »·· ·· • · • · ···· «· *« • « · « • · · · ··· · · · • · ·· ·»

- 209 (ii) (iii) (iv) (vi) (ix) (xi) (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

HYPOTETICKÁ: NE

NETEMPLÁTOVÁ: NE

PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori

ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...579

POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:30:

ATGTTTTTAA GATCATACCC AAAGCTTAGA TACGCTTTAT GTTTACCCCT ACTCACTGAG ACTTGCTATA GCGAGGAGCG CACTTTAAAT AAGGTTACCA CCCAAGCTAK AAGGATTTTC ACTTACAATA ATGAGTTTAA GGTTACTTCT AAAGAATTGG ATCAACGCCA AAGCAATGAA GTCAAAGACC TGTTTAGGAC TAACCCTGAT GTGAATGTGG GCGGAGGGAG CGTGATGGGG CAGAAAATCT ACGTGAGAGG CATTGAAGAC AGGCTTTTAA GGGTTACGGT GGATGGGGCT GCGCAAAATG GCAACATTTA CCACCACCAA GGCAACACCG TGATTGACCC TGGCATGCTC AAAAGCGTGG AAGTTACTAA AGGCGCGGCG AATGCGAGCG CGGGGCCAGG AGCGATCGCG GGAGTGATTA AAATGGAGAC TAAAGGAGCG GCTGATTTTA TCCCTAGGGG GAAAAATTAT GCAGCGAGTG GGGCGGTGAG TTTTTATACC AATTTTGGGG ACAGAGAGAC TTTTAGATCG GCCTÁTCAAA GCGCGCATTT TGATATTATC GCTTACTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:31:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 381 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

540

579

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...381 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:31:

GTGCCCTTGA GTTTGGGAGG CAACCTCTTA AACCCTAACA ACAGTAGCGT GCTGAATTTA AAAAACAGCC AGCTTGTTTT TAGCGATCAA GGGAGCTTGA ATATCGCTAA CATTGATTTA

120 • (V ·· · ··· e · • · · *

180

240

300

360

381

- 210 CTAAGCGATC TGAATGGTAA TAAAAATCCT GTGTATAACA TCATTCAAGC GGACATGAAT GGTAATTGGT ATGAGCGTAT CAACTTCTTT GGCATGCGCA TTAATGATGG GATTTATGAC GCTAAAAACC AAACTTATAG TTTCACTAAC CCTCTCAATA ACGCCGTAAA ATTCACCGAG AGCTTTTTCA TACACCGCCT GTGCGGTTCG CTCTCTCAAA TACAAAAAAA AAAAAACACA ATAGTCTCAC CTCGGCTCTG A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:32:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA :1698 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE

(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1698 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:32:

gtgtattctt

TATTACAACC

AATCTAACCT

AGCGCGTTAC

ATGGCGCTCA

AGTTTGAGCA

GATTGGAAAA

AATAACGGCA

GTGGTTTTTG

AAATTTAGAG

ATTGACACGA

GCATGGGGGA

AACCAAGCGA

GGCATCAÁTA

CAATCCATTA

AGCGTGATTG

GGGCAGAATA

TTGATCAGAC

GGCATTGATT

AGTAAAAAGG

GTCATAAGCG

GCCGCTTTGG

GAAAGCTTGC

GGATTAGGGT

GGGATTTTCG

ATAGCGATGA

CCAACCAATC

CTGAATCTTC

ACGTCTATAA

AACTCTACCC

ATTTAAAAGG

ACATTAACGA

CTTTGATTAT

GGGGCTTGGG

GCACTTATTT

CTTTTAACGC

CTGGGGGGAG

ATATCGTAAG

AGGTTTTCAA

ACAAAGCCGG

GGGGGTATTT

ATTTTGATAA

AAAAATTAGG

TGCAAAACCC

GGTTGTTCAA

TGATGCTGCA

GCAAGCAAAT

TGCAAAACCA

CTATTTATGA

CTCCCTATGG

CGCACAAGGC

CTATCAAGCC

TGTCATTTCG

CAAGGGCTAT

TGAAATCAAA

CGATGCGCTA

GTTGATTGAT

AGGAGCGACT

CTATCAAAAG

GGGGCAGCTT

TAAAGAAATT

TGCGAGCGTA

CTCGCAAACC

TCAAGCCGGG

GGGATTAGGG

AACGCCTGAG

CCTCATGAAC

CTTTTGGACC

TGAAAAGCTT

TCAGATCACC

AGATATTGTC

GATTGGCGAA

GCAGATTAAA

ACAAGGTTTG

CTTGAGTCAA

GTGTTTTATC

AGCGGCAGCA

CAAACCTATA

AATTTCAGTA

AAGATATTAG

AACCAGCTTA

AACGCAAACA

AAAATAGGGC

CCTTGCGATT

TTGGAGTCCA

TATCTTACCG

ACTTTTAACA

GATGGGATTT

CTCGCTAATA

AATTTGATAG

CAAAAAAATC

GATAGCGGTT

GGGCTAGTGG

ATAGGCAGCA

GGCTTTATTT

AAGCCGAGCG

TTTTTAGGCC

AGCGTTTTAG

GGGGATTTGA

GTGTGGCAAA

TCACGAGCAG

ATAACACCAC

ACGCGCAAGG

ATATCAAAGC

GGAATGATTT

CCAAGCTCAT

ATTCGGTCGT

AAACAGACAC

ACACTGATAT

ACTCCGCTGA

GCACTTTAGG

GCCAAACTTC

TTAGCATGCT

TTTTGGGCGA

TAAATACGCT

AAACCČTAAG

TGAACACGwZ

GGGGATTAGC

TGTCCATCAA

CCGCTAAČSA

ACGCTTTAAA

AAGACACGCT

ACAAAGTCTT

TCCCTAATCT

AAGGGGATTT

CGTGAAAGGC

GAAAAATAAC

CAACCCTATC

GTTAGGGCAA

TTCGCTTTCA

CACGCCTAGC

GCAAAATTTC

CAATAGTGCG

TGTGTGCCAA

TTTGGGCTAT

GAGČGGGAAC

GCTCATTCTC

GGGTCAAGAG

AGTGGCAATG

AGGGAGTGAT

CCAGCTTTTG

GATTAAGGAT

CGGACTGGGG

TGATTTATTG

TATAGGGCAA

AAACGATGTA

CAATTCTTTA

AGCGGCTAAA

TGGTAAAAAG

TAGTTTCAAC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1658

- 211 GCGCAAGGCA ATGTTTTTGT GCAAAATTCC ACTTTCTCTA ACGCTAATGG AGGCACGCTC AGTTTTAACG CAGGAAATTC GCTCATTTTT GCCGGAAACA ACCACATCGC TTTCACTAAC CATTCTGGAA CGCTCAATTT GTTGTCTAAT CAAGTTTCTA ACATTAACGT CACCATGCTT AACGCAGCAA CGGCCTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:33:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 519 párů bázi (B, TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii) HYPOTETICKÁ: (iv) NETEMPLÁTOVÁ:	NE NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...519 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:33:

GTGTTTGGAT TGAGTTTGGC GGATATGATT TTAGAGCGTT TTAAAGATTT TATGAGAGAA TACCCTGAGC CTTACAAGTT TTTACAGGTT TTTTACGCGC AAGAAAAAGA ACGCTTCTTA AATCATAAAA TGAACGATTA TATCAAGCAA AATAAGAGCA AGGAAGAGGC TAGTATTTTG GCCAGACAAG GCTTTGTCAG CGTAATTGGA AGAGCGTTAG AAAAAATCAT AGAACTTTTA TTAAAAGATT TTTGTATTAA AAACAATGTA AAAATGACGA ACGATAAAAC CTTAAGGGCT AAGCGCATTA ATGGCGAATT AGATAAGGTC AAACGGGCTT TATTGGTGCA TTTTGGAGGA TATAGCGTTT TACCCGATAT TATTCTTTAT CAAACCAACA AAGATAATAT CAAAATCCTA GCGATTTTAT CGGTAAAAAA TTCGTTTAGA GAGCGTTTCA CAAAAGACGC CTTATTGGAA ATTAAAACTT TTGCAATCGC CTGTAACTTC TCACATTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:34:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 996 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

519

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori

- 212 ····

#. fl · · · · * «•fl fl · 9 9 9 fl 9 flflfl· (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...996 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:34:

ATGAAAAGAT TTGTTTTATT CTTGTTATTC ATATGTGTTT GCGTTTGCGT TCAAGCTTAC GCTGAGCAAG ATTACTTTTT TAGGGATTTT AAATCTATAG ATTTGCCCCA AAAACTCCAC CTTGATAAAA AGCTCTCCCA AACAATACAG CCATGCGCGC AACTTAACGC ATCAAAACAC TACACTGCTA CTGGGGTTAG AGAGCCTGAT GCCTGCACCA AGAGTTTTAA AAAATCCGCT ATGGTTTCCT ATGATTTAGC GCTAGGCTAT TTAGTGAGCC AAAACAAACC ATACGGCTTA AAAGCTATAG AGATTTTAAA CGCTTGGGCT AATGAGCTTC AAAGCGTGGA TACTTATCAA AGCGAGGACA ATATCAATTT TTACATGCCT TATATGAACA TGGCTTATTG GTTTGTCAAA AAAGAATTTC CTAGCCCAGA ATATGAAGAT TTCATTAGGC GGATGCGTCA GTATTCTCAA TCAGCTCTTA ACACTAACCA TGGGGCGTGG GGGATTCTCT TTGATGTGAG CTCTGCACTA GCGCTAGATG ATCATGCCCT TTTGCAAAGT AGCGCTAATC GGTGGCAGGA GTGGGTGTTT AAAGCCATAG ATGAGAACGG GGTTATTGCT AGCGCGATCA CTAGGAGCGA TACGAGCGAT TATCATGGCG GCCCTACAAA GGGCATTAAG GGGATAGCTT ATACCAATTT TGCGCTTCTT GCGATAACTA TATCAGGCGA ATTGCTTTTT GAGAACGGGT ATGATTTGTG GGGTAGTGGA GCCGGGCAAA GGCTCTCTGT GGCGTATAAC AAAGCCGCAA CATGGATTCT AAACCCTGAA ACTTTCCCCT ATTTTCAGCC TAACCTCATT GGGGTGCATA ACAACGCCTA TTTCATTATT TTAGCCAAAC ATTATTCTAG CCCTAGCGCG GATGAGCTTT TAGAGCAAGG CGATTTGCAT GAAGATGGCT TCAGGCTGAA ACTCCGATCG CCATGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:35:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 384 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN:dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...384 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:35:

ATGCGTCAGT ATTCTCAATC AGCTCTTAAC ACTAACCATG GGGCGTGGGG GATTCTCTTT GATGTGAGCT CTGCACTAGC GCTAGATGAT CATGCCCTTT TGCAAAGTAG CGCTAATCGG TGGCAGGAGT GGGTGTTTAA AGCCATAGAT GAGAACGGGG TTATTGCTAG CGCGATCACT AGGAGCGATA CGAGCGATTA TCATGGCGGC CCTACAAAGG GCATTAAGGG GATAGCTTAT ACCAATTTTG CGCTTCTTGC GATAACTATA TCAGGCGAAT TGCTTTTTGA GAACGGGTAT GATTTGTGGG GTAGTGGAGC CGGGCAAAGG CTCTCTGTGG CGTATAACAA AGCCGCAACA

120

ISO

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

996

120

180

240

300

360 ·

• · · • · • ·« • · ·

213

TGGATTCTAA ACCCTGAAAC TTTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:36:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 738 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D, TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...738 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:36:

TTGAGAACCT TGTTAAAAAT GTTGGTTGGT GTGAGCTTAC TAACACACGC TTTAATGGCT 60

ACAGAAGAAA GCGCTGCCCC TTCTTGGACA AAAAATTTGT ATATGGGATT CAATTACCAA 120

ACAGGTTCTA TCAATTTAAT GACTAATATT CATGAAGTTA GAGAAGTTAC TAGCTATCAA 180

ACCGGTTACA CCAATGTAAT GACTAGCATT AATAGCGTTA AAAAACTCAC TAACATGGGT 240

TCTAATGGGA TTGGCTTAGT CATGGGCTAT AACCACTTTT TCCATCCGGA TAAAGTCTTG 300

GGTTTGCGCT ATTTTGCTTT TTTAGATTGG CAAGGCTATG GCATGAGATA CCCTAAAGGC 360

TATTATGGGG GCAATAACAT GATCACTTAT GGCGTGGGCG TGGATGCGAT ATGGAATTTC 420

TTCCAAGGGA GTTTTTATCA AGATGATATT GGCGTGGATA TTGGCGTTTT TGGGGGGATT 480

GCGATTGCTG GGAATAGCTG GTATATTGGC AATAAAGGGC AGGAATTATT AGGCATCACC 540

AATAGTAGTG CGGTTGATAA CACCTCTTTT CAATTCCTCT TTAACTTTGG TTTCAAAGCT 600

TTATTTGTAG ATGAACATGA ATTTGAAATT GGGTTTAAAT TCCCCACTCT TAACAACAAA 660

TACTACACCA CCGACGCGCT CAAGGTTCAA ATGCGTAGGG TCTTTGCCTT TTATGTGGGG 720

TATAATTACC ACTTCTAA 738 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:37:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 873 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

- 214 9 9 · Λ · * « · · ·

9 99 9 999 * ♦ « · 9 9 9 9 9 * (A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 873 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:37:

ATGTTTGAAG AAATTACCCT AGCGCATAAG AAAATCGTTT TATCGGATGT GAGTTTTACC ATTCAAGTGG CTGTGATTAG GGATTGTTTG CCCTTTTATT TCTATCCTAT CGGTAAGAGG TTAGAAAAAA ATTTAAGATT CCACTCCCTG AATTTTGTAG GGGTGTTTGA TTTCACTTAC ATTGAAGAAC TAATCGCGCT CAAAGGGAAA CAGTTTTTAA CCAATCATGC GAATTTTGTT GAAGTTTTAG AAGCCTCTAA AGCGTGGTTT ATCAACGAAA ATAAGGGCAT TCAAAGCGTT GGGGGGCTTA TTAGGGTTAA TGGGGAAATA GAAGAGAGCG CGCTCATCCA CATTGAAAAA ATCATCAACC AACAATTGCT TTTGAATGAA GAAGATCTAG GATTAGAGGG CTTAAGAAGG ATAGACAAAT ACGAAGCGGT TGCTAGAAAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:38:

GACTTGTTTT CAAGGTTTTT ACAAACTCAA AATTGCTTTT TATGGCAGCA CGCAAGGCTC GTGATTCAAA CCACTTATGA AAACCAAAAA CCGCATGAAT GCGTGAAAGA GCTTTTGGAA ACTTTAGAGC AAAAAGACGA TTTGAAAGAC AACCGAGACA GGAGCGATTA TGTTTATTCT AAATACCATA AGAAAAAAAA CCACTTAAAC TATGAAAAAA TTTCTCCTCA AAACAGAAAG TTAGAAAGCC AGACCGATGA TATAGGGTTA TTAGAAAATT ATGAAAGCTT GGATTTAAAG GTCTCGTTTA GTTTTGGGGA AGTTTTAAAC GCCCGCACAG ATATTGCAGG CGCGTATCAA TTTAGCCATT TAACTTACGC TAACAGAGAA TCTAAAATGA GCTATAACCC GGTGTTTTTG TAA

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

873 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 333 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...333 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:38:

ATGATGTTCA

CATTTCATTA

AAAAAACTCT

GGGGGCTATG

CAAGCGAATG

GGGCGTTTTT

TTGTAGCGGT

TCGCTAGGAT

GGTTTTTCAA

TGAAATTAAA

ATAGCTACGC

TAATTTTCTT

TTTGATGCTG

TTGTGGGGTG

GCTTTTTGGC

GGGCATGGAT

CAAAAAAGCC

TTTGCGGTTT

GCGTTTTTGA

AAAGTGGAAG

ACGCAATTCG

AAAGAAGAAA

CTTTCCAAAA

TAG

TCTTTGTCCA

TGTTTAGCÁT

CTCTGTCTTT

ATGAAGAAAA

GCTATGGATA

TGAGTTAGGG

TGGTTTTGGT

GATCCCGCTT

TAAAATTAAT

TTGTTTGGTG

120

180

240

300

333 *· · ·

I · · * * · • · * · ♦

4 · · « • · ··· · · · » · · >· » ·♦ « ·

- 215 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:39:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1056 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) -JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1056 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:39:

ATGATGTTCA

CATTTCATTA

AAAAAACTCT

GGGGGCTATG

CAAGCGAATG

GGGGCGTTTT

GAAAAAGTCT

TTAAAGGGGG

AGAGAGATAG

ATTTTAGAAA

AATGAAATCA

GTCTCTTATT

GTTTTGATTG

AGTGGGGTAA

TTGTTTGGGG

TTAGATGGGG

ACGCCCATAC

TTAGGGCTTT

TTGTAGCGGT

TCGCTAGGAT

GGTTTTTCAA

TGAAATTAAA

ATAGCTACGC

TTAATTTTCT

TACTGCCCGT

ATAGAATCCT

TGGCGCGTTC

AACGACTGAC

TCAAGTATAA

CCGTGTTTCA

TGGATTCTTT

TAGGCATTGT

CGTTTTTATC

CGCAAATGCT

AAAATGCGTT

TTAATGACAT

TTTGATGCTG

TTGTGGGGTG

GCTTTTTGGC

GGGCATGGAT

GCAAAAAAGC

TTTTGCGGTT

CATTGGCGGT

TTCTATCAAC

TCAAGGCGAG

CCCCAAAATC

AATAATAGGC

AGCGTTTGAA

AAGGCGTTTG

GGGGGCGTTA

TATCAATCTA

AGGGGTCGTT

GTGGCTAGTG

TACTCGTTTG

GCGTTTTTGA

AAAGTGGAAG

ACGCAATTCG

AAAGAAGAAA

CCTTTCCAAA

TTAGTGTATT

TTAGAAAAAA

CATCAAAAAA

TTAATTTTAG

GTGGCGGTGA

ATTAAACCGG

AAGGCTTTGA

ATTATGGGGA

AGCCATGCCA

GGGATTTTAA

TTTAAAAATA

GGGGTGGGGT

CTATAA

TCTTTGTCCA	TGAGTTAGGG	60
TGTTTAGCAT	TGGTTTTGGT	120
CTCTGTCTTT	GATCCCGCTT	ISO
ATGAAGAAAA	TAAAATTAAT	240
AGCTATGGAT	ATTGTTTGGT	300
TTTTTCTGGC	ATTGAGCGGG	360
ACGCGCTAGA	AGCCGGGCTG	420
TAGCGAGTTT	TAGAGAGATT	480
AAATAGAGCG	AAACAATCAG	540
TAAGCGAGTC	TAATGATCCT	600
ACATGCAAAA	AATGGGCGTT	660
GTCGGTTTAA	AGAGGGCGTT	720
GCGCTTCAGT ATAGCGTGAG	TAAAGAATTG	780
CATGCTTTTG	840
ATTTATTACC	CATTCCAGCC	900
TTTTTCATAT	CGCTTTGCCA	960
TTTTGGTTTT	TGTCATGTTT	1020 1056

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:40:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 303 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE *

- 216 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...303 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:40:

ATGCAAAAGA ATTTGGATAG TCTTTTAGAA AATTTAAGGG CTGAAATTGA TGCGTTGGAT 60 AATGAATTGA GCGATCTTTT AGACAAACGC TTAGGAATCG CTTTAAAAAT CGCTCTCATC 120 AAACAAGAAA GCCCCCAAGA AAACCCCATT TATTGCCCTA AAAGAGAGCA AGAGATTTTA 180 AAACGACTCA GCCAAAGGGG TTTCAAGCAT TTGAATGGAG AAATCCTTGC AAGTTTTTAT 240 GCAGAGGTTT TTAAGATTTC TAGAAATTTT CAAGAAAACG CCCTAAAAGA GTTAAAAAAA 300 TAA 303 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:41:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 525 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii) HYPOTETICKÁ:	NE
(i v) NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...525 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:41:

GTGAAAATGC GTTTTTTTAG TGGTTTTGGG TTTGTTAATG AAAGCGTTTT GTTTGAAGAG 60 TGGCTTTTAA AAGGGGCTTA TGATGTGTCA GGCTTTTCTA TGGGGGCGAT TAAGGCGATA 120 GAATACGCCT ATAATGAAGT CTTGCAACAA CGGCGCATCC ATTCCTTATT GTTGTTTTCG 180 CCTTGCATGC TAGCGCATAA GAGTTTGGCG TTCAAACGCT TGCAACTTTT CTTGTTTCAA 24 0 AAAGATCCGC AAAGCTACAT GGATAACTTT TATAAGGAAG TGGGATTGGA CGCTCAATTG 300 GAGCGTTTTA AAAAAGAGGG TTCTTTAGAA GAATTGGAAT TTTTATTGGA TTACAAGTAT 360 AGTGATTCTA TAATTAGATT TTTATTGGAA AAGGGCGTGA AGATTGAAGŤ GTTTATCGGT 420 TTAAAAGATA GAATCACTGA CATTCAAGCC CTTTTAGAAT TTTTTATGCC CTTAGTTCAA 480 GTGTGGCAGT TTAAGGATTG TAACCATTTG TTGCAAAAAT CTTAA 525 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:42:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

♦ 9 * ·

• « 9

J

9 *

<9 9 9

99*9

9 9 9 • 9 ·

9 ·

999 999

9 • · 9 #

- 217 (A) DÉLKA : 1416 párů bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D, TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1416 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:42:

ATGAAAAATA CCAATACAAA AGAGATAAAG AATACAAGGA TGAAAAAAGG TTATAGTCAA TACCACACGC TCAAAAAAGG GCTTTTAAAA ACCGCTCTGC TTTTTAGCCT TCCTTTAAGC GTGGCGTTAG CTGAAGACGA TGGCTTTTAT ATGGGAGTGG GCTATCAAAT CGGCGGCGCG CAACAAAACA TCAACAACAA AGGCAGCACC CTAAGGAATA ATGTCATTGA TGATTTCCGC CAAGTGGGCG TGGGTATGGC AGGGGGTAAT GGGCTTTTAG CTTTAGCGAC AAACACGACC ATGGACGCTC TTTTAGGGAT AGGCAACCAA ATTGTCAATA CTAATACAAC TGTTGGCAAC AACAACGCAG AGTTAACCCA GTTTAAAAAA ATACTCCCCC AAATTGAACA ACGCTTTGAG ACGAATAAAA ACGCTTATAG CGTTCAAGCC TTGCAAGTGT ATTTGAGTAA TGTGCTTTAT AACTTGGTTA ATAATAGTAA TAATGGTAGC AATAATGGAG TCGTTCCTGA ATATGTAGGG ATTATAAAAG TTCTCTATGG TTCTCAAAAT GAATTCAGTC TCTTAGCCAC GGAGAGTGTG GCGCTTTTAA ACGCGCTCAC GAGAGTGAAT CTGGATAGTA ATTCGGTGTT TTTAAAAGGG CTATTAGCCC AAATGCAGCT TTTTAATGAC ACTTCTTCAG CAAAGCTAGG TCAGATCGCA GAAAACTTGA AGAACGGTGG TGCAGGGGCC ATGCTTCAAA AGGATGTGAA AACCATCTCG GA7CGAATCG CTACTTACCA AGAGAATCTA AAACAGCTAG GAGGGATGTT AAAGAATTAC GATGAGCCAT ACCTACCCCA ATTTGGGCCA GGCACAAGCT CTCAGCATGG GGTTATTAAT GGCTTTGGCA TTCAAGTGGG CTATAAGCAA TTTTTTGGGA. GCAAGAAGAA TATAGGCTTA CGATATTACG CTTTCTTTGA TTATGGCTTT ACGCAATTGG GCAGTCTTAA CAGTGCTGTT AAAGCGAACA TCTTTACTTA TGGTGCTGGC ACGGACTTTT TATGGAATAT CTTTAGAAGG GTTTTTAGCG ATCAGTCCTT GAATGTGGGG GTGTTTGGGG GCATTCAAAT AGCGGGTAAC ACTTGGGATA GCTCTTTAAG AGGTCAAATT GAAAACTCGT TTAAAGAATA CCCCACTCCC ACGAATTTCC AATTTTTGTT TAATTTGGGC TTAAGGGCTC ATTTTGCCAG CACCATGCAC CGCCGGTTTT TGAGCGCGTC TCAAAGCATT CAGCATGGTA TGGAATTTGG CGTGAAAATC CCAGCTATCA ATCAAAGGTA TTTGAAAGCG AATGGGGCTG ATGTGGATTA CAGGCGTTTG TATGCGTTCT ATATCAATTA CACGATAGGT TTTTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:43:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 390 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1416 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

- 218 (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc^feature (B) POLOHA 1...390 ~ (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:43:

ATGAAAAGCA TCAGAAGAGG CGATGGGCTG AATGTTGTCC CTTTCATTGA TATTATGCTC 60 GTCTTACTAG CGATTGTGTT GAGTATTTCT ACTTTTATCG CGCAAGGTAA GATTAAAGTC 120 AGTCTCCCTA ACGCTAAAÁA TGCGGAAAAA TCCCAGCCAA ACGATCAAAA AGTGGTGGTC 180 ATCTCTGTGG ATGAGCATGA CAATATTTTC GTAGATGACA AACCGACGAA TTTAGAAGCT 240 TTGAGCGCTG TAGTCAAGCA AACAGACCCT AAAACCCTTA TAGATTTAAA AAGCGACAAG 300 AGCTCTCGTT TTGAAACTTT TATCAGCATT ATGGATATTT TAAAAGAGCA TAATCATGAA 360 AATTTCTCCA TCTCCACGCA AGCTCAGTAA 3₉₀ (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:44:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 225 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...225 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:44:

ATGCTCGTCT TACTAGCGAT TGTGTTGAGT ATTTuf .CTT TTATCGCGCA AGGTAAGATT 60 AAAGTCAGTC TCCCTAACGC TAAAÁATGCG GAAAAATCCC GACCAAACGA TCAAAAAGTG 120 GTGGTCATCT CTGTGGATGA GCATGACAAT ATTTTCGTAG ATGACAAACC GACGAATTTA 180 GAAGCTTTGA GCGCTGTAGT CAAGCAAACA GACCCTAAAA CCCTT 225 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:45:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 672 párů bází • · · · • «· ·· «· • · * » * · » « • · · ····« • A ft 9 9 · ··9 999 • « · · · ♦ · «·· ·· ··· ···» Λ· ♦ *

- 219 (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genotnická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANISMUS: Helicobacter
(ix)	ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...672 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:45:

ATGTTTTCAC TTTCTTATGT TTCCAAGAAA TTTTTAAGCG TGTTGCTATT GATTTCGCTG TTTTTAAGCG CTTGCAAATC CAACAATAAA GACAAATTGG ATGAAAATCT TTTAAGCTCC GGCACTCAAA GCTCCAAAGA ATTAAACGAC AAGCGAGACA ATATAGAČAA AAAGAGCTAC GCTGGTTTAG AAGATGTTTT TTTAGACAAC AAGTCCATTA GCCCTAATGA TAAATACATG CTTTTAGTTT TTGGCCGTAA TGGTTGCTCC TATTGTGAAA GGCTTAAAAA AGATCTCAAA AATGTCAAAG AATTGCGCAA CTATATTAAA GAGCATTTTA GTGCTTACTA TGTCAATATC AGCTATTCTA AAGAGCATAA TTTTAAAGTC GGCGATAAGG ATAAAAATGA TGAAAAAGAA ATCAAAATGT CCACAGAAGA ATTAGCGCAA ATTTATGCCG TCCAATCCAC CCCTACGATT GTTTTATCCG ATAAAACCGG CAAAACCATC TATGAATTGC CGGGCTATAT GCCTTCTGTG CAATTTTTAG CCGTGTTAGA ATTTATCGGC GATGGGAAGT ATCAAGACAC GAAAAACGAT GAGGATCTCA CTAAAAAATT AAAGGCTTAC ATCAAGTATA AAACCAACCT TTCTAAGAGC AAGTCCAGCT AG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:46:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 351 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genotnická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...351

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

672 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:46:

• · « · ♦ · · « • « · «

220

TTGATGAAAT CTAAAATCAC TCATTTTATC GTTATCTCTT TTGTTTTAAG CGTGTTGAGC 60

GCCTGCAAAG ATGAGCCTAA AAAATCGTCC CAATCGCACC AAAACAAGAC TAAAACCACT 120

CAAAACAATC AAATCAATCA ACCTAATAAG GATATAAAAA AGATTGAGCA TGAAGAAGAA 180

GATGAAAAAG TCACCAAAGA AGTGAATGAT CTGATCAATA ACGAAAATAA AATTGATGAA 240

ATCAATAATG AAGAAAACGC TGATCCTTCG CAAAAAAGAA CGAACAATGT TTTGCAACGA 300

GCCACTAACC ACCAAGACAA TCTCAGTTCC CCACTCAACA GGAAGTATTA A 351 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:47:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A} DÉLKA : 240 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS:

Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...240 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:47:

ATGTTTGAAA AAATACGCAA GATTTTAGCG GATATTGAAG ATTCGCAAAA TGAAATTGAA 60

ATGCTTTTAA AATTAGCGAA TTTGAGTTTG GGGGATTTTA TTGAGATTAA AAGAGGGAGC 120

ATGGACATGC CAAAGGGCGT GAATGAAGCG TTTTTTACGC AATTAAGCGA AGAAGTGGAG 180

CGCCTAAAGG AGCTTATCAA CGCTTTGAAT AAAATCAAAA AAGGGTTATT GGTGTTTTAA 24 0 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:48:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 156 párů hází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

• · • · · · «· · · · · • · 9 ♦ * · · · ♦ · · · • · · · · · · ··· ·· ·«· ···· ·· ··

- 221 (A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...156 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:48:

ATGTCTATGT TCATTTCTAA TCTGGCTTTC ACGAGCGAAC ATAAGGACGC TATGGAAGTG GCAAAAATTG CGATTTTACT CGGATCTTTG ATTTCTGGGA TCATAGGGGC TTTATATTTA TTCGCACTAG ATAAAAGAGC GGCTTTAAAG AAATAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:49:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1350 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc__f eature <B) POLOHA 1...1350 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:49:

ATGGGTTTGA AAATAAAAAT TTTAAGGTTG TCTATGAATC TCAAAAAAAC AGAAAACGCG CTCAGTTTGA CGCTTAAAAA CTTCATTAAA AGCGAGTCTT TTGGAGGGAT TTTCCTCTTT TTGAACGCCG TTTTAGCGAT GGTGGTGGCT AATTCGTTTT TAAAAGAAAG TTATTTTGCG CTATGGCACA CCCCTTTTGG GTTTCAAGTA GGGGATTTTT TTATCGGCTT TAGTTTGCAC AACTGGATTG ATGATGTCTT AATGGCGTTA TTCTTTTTAA TGATAGGCTT AGAGATCAAG CGAGAATTGT TGTTTGGGGA ATTATCCAGT TTTAAAAAAG CTTCTTTCCC TGTGATCGCA GCCATAGGGG GCATGATAGC TCCAGGATTG ATTTATTTTT TTCTTAACGC CAACACGCCC TCTCAGCATG GTTTTGGGAT CCCTATGGCA ACGGATATTG CGTTCGCTTT AGGCGTGATC ATGCTTTTAG GCAAGAGGGT GCCAACCGCC TTAAAGGTTT TTTTAATCAC TCTAGCGGTG GCTGATGACT TAGGGGCTAT TGTGGTGATC GCGCTCTTTT ATACCACGAA TTTAAAATTC GCATGGCTTT TAGGGGCTTT AGGGGTGGTT CTTGTTTTAG CCATATTGAA CCGCCTGAAT ATCCGATCGC TCATCCCTTA CTTGCTTTTA GGGGTGTTGC TTTGGTTTTG CGTGCATCAA AGCGGTATCC ATGCGACGAT CGCTGCGGTG GTTCTAGCTT TTATGATACC GGTGAAAATC CCTÁAAGÁTT CTAAAAATGT AGAGCTTTTG GAATTAGGCA AACGATACGC zJ.AGACGAGT TCAGGAGTGC TTTTAACCAA AGAGCAGCAA GAAATCTTGC ATTCTATTGA AGAAAAAGCG AGTGCTTTAC AAAGCCCCTT AGAAAGATTG GAGCATTTTC TAGCCCCCAT CAGCGGGTAT TTCATCATGC CCTTATTCGC GTTTGCAAAC GCTGGGGTGA GCGTTGATTC TAGCATCAAT TTAGAAGTGG ATAAGGTGCT TTTAGGGGTT ATTTTAGGGC TTTGTTTGGG CAAGCCTTTA GGGATTTTCT TAATCACTTT CATAAGCGAA AAGCTTAAAA TCACTGCGCG CCCTAAAGGC ATCGGCTGGT GGCATATTTT AGGGGCTGGG CTTTTAGCAG GGATTGGCTT TACCATGTCT ATGTTCATTT CTAATCTGGC TTTCACGAGC GAACATAAGG ACGCTATGGA AGTGGCAAAA ATTGCGATTT TACTCGGATC TTTGATTTCT GGGATCATAG GGGCTTTATA TTTATTCGCA

120

156

120 180 240 3 00 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 1260 1320 • v • 4 « * • 4 4 4 4 «

4 4 4 4 • · 4«· 444

4 4 • 444 44 Μ

- 222 CTAGATAAAA GAGCGGCTTT AAAGAAATAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:50:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 2448 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN·· dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...2448 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:50:

1350

ATGAATGACA AGCGTTTTAG ACGTTTGAAT TAGAGGCTAA GATAAAGAAA AGAACGCCCA TTTAATTACA ACAACCAGAC CAAATCAGCG ACATGTTTAG GCGCAAAAAA TTTACGTGCG GTGGCGCAAA TGGGCGCAAG CTCAAAAGCG TGGTGGTTAC ATTGGCGCGA TCAAAATGGA TACGCCATAA GTGGGGCTGC GGCGCTTATC GTAACCATCA TATTATCGTG ATGGGGATAA GTTACAGCAA GCCCTAGCGA GAAAGGGATA CCTTAACGCT AGAGCGAATT TTACCGGCAC AACGAGAAAA ACCCTAGCGA AGCGTCAATT TAGTGCATAA GGCGATCCTA AATTAAAAAT CTTTTCAGAC CTAGCGATAT CAAGGCGAAG AAAATCAATG TGCTCCATCA CTTTTAAAAG ATCATCAATT CTGGGTTTAA CTTTTGGAAT ACGGGTTGAA AGCGAATTAG TCAAGCCCGG GATCCTAACA TGAACGGGCG TATGCGCAAG CGAATTACAC GACGTTTATA CTTTAGTGGA AGCGCGGCTT TAAACGTCTC GTAACTAGAG GCCCTATGCC

AAAATATTGT AGTTTTTCTA AGAAGAAGAA AAAGAAGAAA ACACACTTTG GGTAAAGTTA AACCATTTCA AGTAAAGAAT AAGAAACCCC AATATCAATG CGGTATTGAA GACAGATTGG CTATGGGCAT CAAGGCAATA CAAGGGGGCG GCTCAAGCGA GACTAGGAGC GCGAGCGATT CACTTTTTTA ACCAACTTTG TTTTGATGCG CTTTTGTATT CGCGATGAAA AATCTTTTTG ACAAAACAAT GTGATGGCTA CAGTTATAAC ATGACTAGAG TTTTTTACCC TATTCTTGTG TTGTTTGTTT GAAAATGACG CGTGAGCTTG AATTATGAAA CAATGGCTAC ACGAGCATTA AGCGACTACC ATTCCTTTCA CGTGGCGCAA GGGGGCATTT CCTTGGAGmG GGTTCTGTTG TGCGAACGTG ATCCACACCA TTACCAGAAT TTAACCACTT CGATGCCCCT GATGCGTGCT CTGCCAACGG AATGGCGCTA CTTGCACCCT ATGGTAACTT TAAAGACTGG CAATTGCACG GCCTTTAGAA AATTTGAATT TGGAGGTTTG GTGTGGATGC

TTTTTTTGTC CTTATTAGGA AAAAGACAGA AAGGAACAAA CCACTCAAGC GGCTAAAATC TAGAAAGAAG GCAAGCCAAC TGGGCGGTGG TGCGGTGATA CTAGGGTTAC GGTGGATGGC CAATCATTGA CCCTGGAATG GCGCGGGGCC TATGGCTTTA TTATCCCTAA AGGCAAAGAC GGGATAGGGA AACCATTATG ACACGCACCA AAATATTTTT ACCCTAAAGC GGATAATAAA AGATCAATGG TTATTTGAGC ATAACGCCAA TCGCCCTTTA GTGATTTCAA CGCTTTCCCT CCAGTTTGTT TAAAACTTAT GGGAAGGGGG GAGTCGCTTT GGAATGTCCA AATTGATCCG CCCCAAACCC GCAGCTCTCT ATGACGCTCT TAAACAAACT TCGCTAATAA AAATTTATTC TAGACCACAA GAATGACAAT TTGATAAAGC GATCCCTGAT TAAGAGTTAC AGGACCTGAT CGGCGAATGT GGTTGGGGTG TAGGGGCAGG GACTCGTTAT TAACTCAKGG GTTTAGCCCT TCAGGCTTTC TTACGCGTAT GTCAAGACAA TTTGCGCTAT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740 • · · « · ·* 9 9 « ·

- 223 AACCGCAATT TAAAGCCAGA CAGTATTTTG ATTTCAGAGC TTTTCTTCAA CGCTTTTTGT TATGAAGTTT CAGGGACGGC TCATGGCCTT CTTTAAAAGG GGCAATGTGT TTATTTTAAC TGGCTTTCAC GCTTTGTTAC CCTACGGATA TTGACAGAAG CATAAACCCG GCTATGGGGT CTCAAAGGGT TGAGCCTGAA CAAGCAAGCC CGGTGATGAG GCAGAGCCTG GCTTTAACGC

AATTGGGCAA AATGCGGAAT CGCCGGTTTT GTCCAATTGA CACCAACTTG CCCGCACAAG TAAATACAAG GGTTTTTCTT GCGTTTGATC GCTGACGTGT GGCAAGCTAT ACAATCCCAC TAATTTGAGT TATTGCTCTT GCCTAGTAAT TGCCCTAAAA GAGCAGTTTC TTTATCACTT CGCGGTGTTT AATAATGTTT CCCTGATGAk CCCAATCAAG TAGGTTTGAA ATTTCTTATA

TTAACACCGA ATACAGCAGT TTTCTAATTA CATCAATCAA ATATTATTTA TGTGCCTGGC TAGGCTTGAG CGTGGCGCGA ATGAATTGGC GGCTACGACA GCACCGGCCT TAGCATCACT ATAGCCCTTA TCGTAACGGC CGCCCGGGAT TTTTCATGTG ACAAGCCTAC TTATAAGAAA TTAACCaACA ATATATTGAT ACAAATACGC AAGGGGCATG AGTTTTAA

1800

1860

1920

1980

2040

2100

2160

2220

2280

2340

2400

2448 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:51:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 2445 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...2445” (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:51:

ATGACAAGCG TTTGAATTAG AAAGAAAAGA AATTACAACA ATCAGCGACA CAAAAAATTT GCGCAAATGG AAAAGCGTGG GGCGCGATCA GCCATi-Af TG GCTTATCGTA TATCGTGATG ACAGCAAGCC AGGGATACCT GCGAATTTTA GAGAAAAACC GTCAATTTAG GATCCTAAAT

TTTTAGAAAA

AGGCTAAAGA

ACGCCCAACA

ACCAGACAAC

TGTTTAGAAG

ACGTGCGCGG

GCGCAAGCTA

TGGTTACCAA

AAATGGAGAC

GGGCTGCCAC

ACCATCATTT

GGGATAACGC

CTAGCGAACA

TAACGCTCAG

CCGGCACTTT

CTAGCGATTG

TGCATAACGT

TAAAAATCAA

ATATTGTAGT

AGAAGAAAAA

CACTTTGGGT

CATTTCAAGT

AAACCCCAAT

TATTGAAGAC

TGGGCATCAA

GGGGGCGGCT

TAGGAGCGCG

TTTTTTAACC

TGATGCGCTT

GATGAAAAAT

AAACAATGTG

TTATAACATG

TTTACCCTAT

TTTGTTTGAA

GAGCTTGAAT

TGGCTACACG

TTTTCTATTT

GAAGAAAAAA

AAAGTTACCA

AAAGAATTAG

ATCAATGTGG

AGATTGGCTA

GGCAATACAA

CAAGCGAGCG

AGCGATTTTA

AACTTTGGGG

TTGTATTACA

CTTTTTGACC

ATGGCTAAGA

ACTAGAGATA

TCTTGTGGTG

AATGACGCCA

TATGAAAGGG

AGCATTAGGA

TTTTGTCCTT

AGACAGAAAG

CTCAAGCGGC

AAAGAAGGCA

GCGGTGGTGC

GGGTTACGGT

TCATTGACCC

CGGGGCCTAT

TCCCTAAAGG

ATAGGGAAAC

CGCACCAAAA

CTAAAGCG$A

TCAATGGTTA

ACGCCAATCG

ATTTCAACGC

GTTTGTTTAA

AAGGGGGGAG

ATGTCCKAAT

ATTAGGAACG

GAACAAAGAT

TAAAATCTTT

AGCCAACCAA

GGTGATAGCG

GGATGGCGTG

TGGAATGCTC

GGCTTTAATT

CAAAGACTAC

CATTATGGGC

TATTTTTTAT

TAATAAAGTT

TTTGAGCGAA

CCCT7TAAGA

TTTCCCŤAAC

AACTTATAGC

TCGCTTTGGC

TGATCCGCTT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

- 224 «· ·· ··

9 9 9 9 · • · « · · « · »· · ·»· • · • ·· ·· · · 9 9

TTCAGACCTA GCGATATAGC GACTACCATT CCTTTCACCC CAAACCCGCA GCTCTCTCAA GGCGAAGAAA ATCAATGCGT GGCGCAAGGG GGCATTTATG ACGCTCTTAA ACAAACTTGC TCCATCACTT TTAAAAGCCT TGGAGGGGGT TCTGTTGTCG CTAATAAAAA TTTATTCATC ATCAATTCTG GGTTTAATGC GAACGTGATC CACACCATAG ACCACAAGAA TGACAATCTT TTGGAATACG GGTTGAATTA CCAGAATTTA ACCACTTTTG ATAAAGCGAT CCCTGATAGC GAATTAGTCA AGCCCGGCGA TGCCCCTGAT GCGTGCTTAA GAGTTACAGG ACCTGATGAT CCTAACATGA ACGGGCGCTG CCAACGGAAT GGCGCTACGG CGAATGTGGT TGGGGTGTAT GCGCAAGCGA ATTACACCTT GCACCCTATG GTAACTTTAG GGGCAGGGAC TCGTTATGAC GTTTATACTT tagtggataa agactggcaa ttgcacgtaa ctcaagggtt TAGCCCTAGC GCGGCTTTAA ACGTCTCGCC TTTAGAAAAT TTGAATTTCA GGCTTTCTTA CGCGTATGTA ACTAGAGGCC CTATGCCTGG AGGTTTGGTG TGGATGCGTC AAGACAATTT GCGCTATAAC CGCAATTTAA AGCCAGAAAT TGGGCAAAAT GCGGAATTTA ACACCGAATA CAGCAGTCAG TATTTTGATT TCAGAGCCGC CGGTTTTGTC CAATTGATTT CTAATTACAT CAATCAATTT TCTTCAACGC TTTTTGTCAC CAACTTGCCC GCACAAGATA TTATTTATGT GCCTGGCTAT GAAGTTTCAG GGACGGCTAA ATACAAGGGT TTTTCTTTAG GCTTGAGCGT GGCGCGATCA TGGCCTTCTT TAAAAGGGCG TTTGATCGCT GACGTGTATG AATTGGCGGC TACGACAGGC AATGTGTTTA TTTTAACGGC AAGCTATACA ATCCCACGCA CCGGCCTTAG CATCACTTGG CTTTCACGCT TTOTTACTAA TTTGAGTTAT TGCTCTTATA GCCCTTATCG TAACGGCCCT ACGGATATTG ACAGAAGGCC TAGTAATTGC CCTAAAACGC CCGGGATTTT TCATGTGCAT AAACCCGGCT ATGGGGTGAG CAGTTTCTTT ATCACTTACA AGCCTACTTA TAAGAAACTC AAAGGGTTGA GCCTGAACGC GGTGTTTAAT AATGTTTTTA ACCAACAATA TATTGATCAA GCAAGCCCGG TGATGAGCCC TGATGAACCC AATCAAGACA AATACGCAAG GGGCATGGCA GAGCCTGGCT TTAACGCTAG GTTTGAAATT TCTTATAAGT TTTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:52:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1584 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740

1800

1860

1920

1980

2040

2100

2160

2220

2280

2340

2400

2445

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1584 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:52:

ATGAAACAAA ATTTAAAGCC ATTCAAAATG ATTAAGGAAA ATTTAATGAC ACAATCTCAA AAAGTAAGAT TCTTAGCCCC TTTGAGCCTA GCGTTAAGCT TGAGCTŤCAA TCCAGTGGGC GCTGAAGAAG ATGGGGGCTT TATGACCTTT GGGTATGAAT TAGGTCAGGT GGTCCAGCAA GTGAAAAACC CGGGTAAAAT CAAAGCCGAA GAATTAGCGG GCCTGTTAAA CTCTACCACG ACAAACAACA CCAATATCAA TATTGCAGGC ACAGGAGGGA ATGTCGCCGG GACTTTGGGC AACCTTTTTA TGAACCAATT GGGCAATTTG ATTGATTTGT ATCCTACTTT GAAAACTAAT AATCTTCACC AATGCGGTAG CACTAATAGC GGTAATGGCG CTACTGCTGC CGCTGCTACT

120

180

240

300

360

420 • · « · 9 • 9 9

9

9 9 • 9 ·

9 9 9 9

9 9 ·

• 9

9

9 9 9 9 9 9

99

9 9 ·

9 9 9 • 9 9 9 9 9

9

9 9 ·

- 225 AACAATAGCC CTTGTTTCCA AGGTAACCTG GCTCTTTATA ACGAAATGGT TGACTCTATC AAAACTTTGA GTCAAAACAT CAGCAAGAAC ATCTTTCAAG GCGACAACAA CACCACGAGC GCTAATCTCT CCAACCAGCT CAGTGAGTTG AACACCGCTA GCGTTTATTT GACTTACATG aactcgttct taaacgccaa CAACCAAGCG GGTGGGATTT ttcaaaacaa CACCAATCAA GCTTACGAGA ATGGTGTTAC CGCTCAACAA ATCGCTTATG TCCTAAAGCA AGCTTCAATC ACTATGGGGC CAAGCGGTGA TAGTGGGGCT GCGGGAGCGT TTTTAGACGC CGCTTTAGCC CAACATGTTT TCAACTCGGC TAACGCTGGG AACGATTTGA GCGCTAAGGA ATTCACTAGC TTGGTGCAAA ACATCGTCAA TAATTCTCAA AACGCTTTAA CGCTAGCCAA CAACGCTAAC ATCAGCAATT CAACAGGCTA TCAAGTGAGC TATGGTGGGA ATATTGATCA AGCGCGCTCT ACCCAACTGT TAAACAACAC CACAAACACT TTGGCTAAAG TTACCGCTCT AAACAACGAG CTTAAAGCTA ACCCATGGCT TGGGAATTTC GCTGCTGGTA ACAGCTCTCA AGTGAATGCG TTTAACGGGT TTATCACTAA AATCGGTTAT AAGCAATTCT TCGGGGAAAA CAAGAATGTG ggcttacgct actacgggtt cttcagctat aacggcgcgg gcgtgggtaa tggccccact TACAATCAAG TCAATCTGCT CACTTATGGG GTGGGGACTG ATGTGCTTTA CAATGTGTTT AGCCGCTCTT TTGGCAGTAG GAGTCTTAAT GCGGGCTTCT TTGGGGGGAT CCAACTCGCA GGGGACACTT ACATCAGCAC GCTAAGAAAC AGCCCTCAGC TTGCGAGCAG ACCTACAGCG ACAAAATTCC AATTCTTGTT TGATGTGGGC TTACGCATGA ACTTTGGTAT CTTGAAAAAA GACCTAAAAA GCCATAACCA GCATTCTATA GAAATCGGTG TGCAAATCCC TACGATTTAC AACACTTACT ATAAAGCTGG TGGCGCTGAA GTGAAATACT TCCGCCCTTA TAGCGTGTAT TGGGTCTATG GCTACGCCTT CTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:53:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1380 párů bázi (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020 1080 1140 1200 1260 1320 1380 144 0 1500 1560 1584

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1380^- (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:53:

GTGGTGTTAT TAACAATGAC AAAACGACTT TTTAAAGGGT TGTTAGCGAT TTCTCTTGCG GTGAGTTTGC ATGGTGGTGA AGTTAAGGAA AAAAAGCCGG TCAr.G',CGGT CAAAGAAGAT CCGCAAGAAT TAGCGGCTAA AAGGGTGGAA GCGTTCAGTC GTTTCTCTAA TGTGGTTACA GAAATTGAAA AAAAGTATGT GGATAAGÁTC AGTATTTCTG AGATCATGAC TAAAGCGATT GAAGGCTTAC TCTCTAATTT GGACGCGCAT TCAGCGTATT TGAATGAAAA GAAGTTTAAG GAATTTCAGG CCCAAACCGA GGGCGAATTT GGGGGGCTTG GGATCACGGT GGGCATGCGC GATGGCGTTT TGACCGTTAT TGCACCTTTA GAGGGCACTC CAGCTTACAA GGCTGGGGTT AAATCAGGCG ATAGCATTTT AAAAATCAAT AACGAAAGCA CGCTGAGCAT GAGCATTGAT GATGCGGTTA ATCTCATGCG CGGCAAGCCA AAAACCTCTA TTCAGATCAC TGTTGTTAGG AAAAATGAGC CAAAACCCTT GGTATTTAAT ATCGTTAGGG ATATTATCAA GATCCCCTCT

120

ISO

240

300

360

420

480

540

600 • 999

9 » 9 9 · · 9 9 · • 99 9 9 · 99999· · 9 9-9 9 9

999 99 999 9999 99 9*

- 226 GTCTATGTGA AAAAGATTAA AGACACACCT TATTTGTACG TGAGAGTCAA TTCTTTTGAT AAAAATGTTA CCAAATCGGT TTTAGACGGC TTGAAGGCTA ACCCTAACAT TAAGGGCGTT GTGTTGGATT TGAGGGGGAA TCCTGGAGGG CTATTAAACC AGGCGGTAGG CTTGTCTAAC CTTTTCATTA AAGAGGGGGT TTTAGTCTCT CAAAGAGGCA AAAATAAGGA GGAAAACTTA GAATACAAGG CTAATGGCAG AGCCCCTTAT ACCAATTTAC CTGTTGTGGT GTTAGTCAAT GGCGGTTCAG CGAGCGCGAG CGAGATCGTC GCAGGGGCAC TGCAAGATCA CAAGCGAGCC ATCATTATCG GTGAAAAAAC CTTTGGTAAG GGAAGCGTGC AAGTGTTGCT CCCTGTCAAT AAASACGAAG CCATTAAAAT CACGACCGCG CGCTATTATT TGCCGAGCGG GCGCACCATT CAAGCTAAGG GGATCACGCC TGATATTGTG ATTTATCCGG GTAAAGTGCC AGAAAATGAA AATAAATTCA GTTTGAAAGA AGCGGATTTA AAACACCATT TAGAGCAAGA GCTTAAAAAA CTTGATGATA AAACCCCTAT TTCCAAAGAG GCGGATAAAG ACAAGAAAAG CGAAGAGGAA AAAGAGGTTA CTCCTAAAAT GATCAATGAT GATATTCAGC TAAAAACCGC TATTGACAGC TTGAAAACCT GGTCTATCGT AGATGAGAAA ATGGATGAAA AAGTGCCTAA GAAGAAATAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:54:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 315 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...315 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:54:

TTGCTTTTGC ACCCCTTGCA TGCTCATGCA CAAGTGCTTG GCTTCACAAA CCACGATCAC GCCCCTTGGC TCTATGATTT CATCAAAAGT TTCTGCAATT TGAGTGGTCA GCCTTTCTTG GATTTGCAGG CGTTTGCTAT AAATTTCAAT GAGTTTAGCG ATCGCGCTAA TGCCTACAAT CTTTTCCTTA GGGATATATC CCACGCTAAT ATTCCCAAAA AAAGGGAGCA AATGGTGCTC GCAAGTGGAG TAAAATTCAA TGTTTTGAGC CACTATCATT TCATCGCAAA CGCCTTGAAA ATACGCGCTT TTTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:55:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 498 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

315 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) • 44 44 ·· >· 4 4 4 4·· • 4 4 4 ··

4 · 444444 • 4 4 4 4 4 4

444 44 ··* 444· ·· 4·

- 227 (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...498 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:55:

ATGATTGAAC TAATCTTACA CAATAAGTCC ATACAAATTG ATGAAACATT GCTGAATGTA AAAGAGCATT TAGAAAAGTT TTATTCAAAC AAAGAACAAG AGACAATCGC AAAAACCTTA GAGAGCCAAA CAGAGCTTAC TTGCAGTTAT TTATTGGATA AAGATTTTTC ATTGCTAGAA AAGCATTTAG AAAATAGCTT AGGGCATTTT ACTTTTGAGA.GTGAGTTTGC CCTACTAAAA GACAAAGAGC CTTTGAATTT AGCTCAAATC AAACAAATCG GTGTTTTAAA GGTTATTACC TATGAAATGA CACAAGCCTT AAAAAATCAA ATCATTGATT TAACGCAAAT TGTCAATGAA GAAAATTTAG AGTTTGATGA AGAACTTGTT ATTTATCACT ΤΑΑΑΤΤΤΤΑΆ GCTCAATCAA AATACTTACA AAGTGTTAGC GAAATTTTGC GTATTAAAAA AGAAAGGAAC ATTGCATGAA AAATTTAAGG CATTTTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:56:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 642 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

498

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...642 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:S6:

ATGGATACCG AAACACAAGA AAAGTTTTTA GCGTATTTGT TTGAAAAAGC TTTACAAAAA AATCTACAAG CTTATTGGAT AACAACAACT GAAACTAAGA ATGAATTAAC AAGAGAAGAG TTTTCAAATT TAATAAGAAA AACAATGATT GAACTAATCT TACACAA^AA GTCCATACAA ATTGATGAAA CATTGCTGAA TGTAAAAGAG CATTTAGAAA AGTTTTATTC AAACAAAGAA CAAGAGACAA TCGCAAAAAC CTTAGAGAGC CAAACAGAGC TTACTTGCAG TTATTTÁTTG GATAAAGATT TTTCATTGCT AGAAAAGCAT TTAGAAAATA GCTTAGGGCA TTTTACTTTT GAGAGTGAGT TTGCCCTACT AAAAGACAAA GAGCCTTTGA ATTTAGCTCA AATCAAACAA ATCGGTGTTT TAAAGGTTAT TACCTATGAA ATGACACAAG CCTTAAAAAA TCAAATCATT

120

180

240

300

360

420

480 ·4·4

0

600

642 • · 4 4· ··· 444· 44 «4

- 228 CATTTAACGC AAATTGTCAA TGAAGAAAAT TTAGAGTTTG ATGAAGAACT TGTTATTTAT CACTTAAATT TTAAGCTCAA TCAAAATACT TACAAAGTGT TAGCGAAATT TTGCGTATTA AAAAAGAAAG GAACATTGCA TGAAAAATTT AAGGCATTTT AG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:57:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 7€2 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...762 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:57:

ATGGCGATCT CTATTAAAAG CCCAAAAGAA ATCAAAGCCC TAAGAAAAGC CGGGGAATTA ACCGCTCAAG CGTTAGCCCT TTTAGAGCGA GAAGTAAGGC CTGGGGTTTC ACTTTTAGAG CTGGATAAAA TGGCTGAAGA TTTTATCAAA TCCTCGCATG CTAGGCCTGC TTTTAAGGGG CTCTATGGTT TCCCTAACTC TGTGTGCATG TCCTTAAATG AGGTGGTTAT TCATGGTATT CCTACGGATT ATGTTTTACA AGAAGGGGAT ATTATAGGCT TGGATTTGGG GGTGGAGGTG GATGGCTATT ATGGCGATTC AGCCCTCACG CTTCCCATAG GCGCGATAAG CCCGCAAGAT GAAAAATTGC TCGCTTGCTC TAAAGAGAGC TTGATGCATG CCATTAGCTC AATTAGAGTG GGCATGCATT TTAAAGAGTT GAGTCAGATT TTAGAGGGCG CTATTACAGA AAGGGGCTTT GTGCCTTTGA AGGGATTTTG CGGGCATGGC ATTGGTAAAA AGCCCCATGA AGAGCCAGAA ATCCCCAACT ACCTAGAAAA AGGCGTCAAA GCTAATAGCG GCCCTAAAAT CAAAGAGGGC ATGGTGTTTT GTTTAGAGCC TATGGTGTGT CAAAAACAAG GCGAGCCTAA AATACTAGCG GATAAGTGGA GCGTGGTTTC AGTGGATGGA CTTAACACAA GCCACCATGA GCATACTATC GCCATAGTTG GCAATAAAGC AGTGATTCTT ACGGAGCGTT AA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:58:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 744 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

762 {iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE φ φ φ · φ φ φ φ φφφ φφφ φ φ φ φ φφ φ

φ φ

φ φ φ φφ φφ · φ φ φ • φ φ φ φφφ φφφφ φφ

- 22 9 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...744 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:58:

AAGCCCAAAA

CTTTTAGAGC

GATTTTATCA

TCTGTGTGCA

CAAGAAGGGG

TCAGCCCTCA

TCTAAAGAGA

TTGAGTCAGA

TGCGGGCATG

AAAGGCGTCA

CCTATGGTGT

TCAGTGGATG

GCAGTGATTC

GAAATCAAAG

GAGAAGTAAG

AATCCTCGCA

TGTCCTTAAA

ATATTATAGG

CGCTTCCCAT

GCTTGATGCA

TTTTAGAGGG

GCATTGGTAA

AAGCTAATAG

GTCAAAAACA

GACTTAACAC

TTACGGAGCG

CCCTAAGAAA

GCCTGGGGTT

TGCTAGGCCT

TGAGGTGGTT

CTTGGATTTG

AGGCGCGATA

TGCCATTAGC

CGCTATTACA

AAAGCCCCAT

CGGCCCTAAA

AGGCGAGCCT

AAGCCACCAT

TTAA

AGCCGGGAAT

TCACTTTTAG

GCTTTTAAGG

ATTCATGGTA

GGGGTGGAGG

AGCCCGCAAG

TCAATTAGAG

GAAAGGGGCT

GAAGAGCCAG

ATCAAAGAGG

AAAATACTAG

GAGCATACTA

TAACCGCTCA

AGCTGGATAA

GGCTCTATGG

TTCCTACGGA

TGGATGGCTA

ATGAAAAATT

TGGGCATGCA

TTGTGCCTTT

AAATCCCCAA

GCATGGTGTT

CGGATAAGTG

TCGCCATAGT

AGCGTTAGCC

AATGGCTGAA

TTTCCCTAAC

TTATGTTTTA

TTATGGCGAT

GCTCGCTTGC

TTTTAAAGAG

GAAGGGATTT

CTACCTAGAA

TTGTTTAGAG

GAGCGTGGTT

TGGCAATAAA

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

744 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:59:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1023 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1023 (XX) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:59:

ATGTATCGTA

TATGGGGAGT

GGCAATAACC

ATTGCGACCC

CTGGATTTTG

TTAGAGCGGC

ACAAAATACA

AAGATTTGGA TAATTACTTA AAACAGCGCC TCCCTAAAGC TTGATTTTTT CATCCATTAT TATATTCAAA CGATTAGCGC CTGACACAGA AACTTCGCTT TTTTATGCGA GCGATTATGA TTTTAGAGCA GGATTCTTTA TTTGGAGGGA GCAGTTTAGT CATTGCATAA GAAATTTAAG GAAAATGATA TCAATCCTTT CTAGCCATAA TAGGCTTATC ATAGGGCTTT ATAATGCTAA AATACACTAG CGAAATTATC GTTAAATTTT TCCAAAAAAG

GGTGTTTTTG

GCTTTTTAAA

AAAAAGCCAG

TATTTTÁAAA

TTTAAAAGCT

AAGCGACACC

CCCCTTGAAA

120

180

240

300

360

420 ·♦··

9

9 ··

9«

999 99 • 9 9 9 9 9

9 9 9 9

9 999 999

9 9

9999 99 99

- 230 GATGAAGCCA TTTGCGTGCG CTTTTTTACC CCTAAAGCGT GGGAGAGTTT GAAATTCTTG CAAGAAAGGG CTAATTTTTT GCATTTAGAC ATCAGCGGCC ATCTTTTAAA CGCTCTTTTT GAAATTAATA ACGAAGATTT AA3CGTTTCG TTTAACGATT TAGACAAGCT AGCGGTTTTA AACGCGCCCA TCACTTTAGA AGACATTCAA GAATTAAGCT CCAATGCGGG GGATATGGAT TTGCAAAAGC TCATTTTAGG GCTTTTTTTG AAAAAAAGCG TCCTTGATAT TTATGATTAT TTGTTAAAAG AGGGCAAAAA GGATGCGGAT ATTTTAAGGG GGTTAGAGCG CTATTTTTAC CAGCTTTTTT TATTTTTCGC CCACATTAAA ACGACCGGTT TAATGGACGC TAAAGAGGTC TTAGGCTACG ctcctcctaa agagattgta gaaaattacg ctaaaaacgc cctgcgtttg AAAGAAGCCG GCTATAAGAG GGTTTTTGAA ATTTTTAGGT TATGGCACCT TCAAAGCATG CAAGGGCAAA AGGAATTGGG CTTTTTGTAT TTGACCCCCA TTCAAAAAAT CATTAACCCT TGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:60:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 603 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1023

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...603 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:60:

GTGTTTATGA CAAGCGCTCT GTTAGGCTTA CAAATTGTTT TAGCGGTATT GATTGTGGTG GTGGTTTTGT tgcaaaaaag ttctagcatc GGCTTAGGGG cttatagcgg aagcaacgat TCTTTATTTG GCGCTAAAGG GCCCGCAAGC TTTATGGCGA AATTGACCAT GTTTTTAGGT TTATTGTTTG TCATCAACAC CATCQCTTTG GGCTATTTTT ACAACAAAGA ATACGGCAAG AGCGTTTTAG ATGAAACTAA AACCAATAAA GAGCTTTCGC CCTTAGTCCC TGCCACCGGC ACGCTCAACC CTACGCTTAA TCCCACATTA AACCCAACGC TCAACCCTTT AGAGCAAGCC CCCACTAATC CTTTAATGCC TACACAAACG CCTAAAGAGC TTCCTAAAGA GCCAGCCAAA ACGCCTTTTG TTGAAAGCCC CAAACAGAAT GAAAAGAATG AAAAGAATGA TGCCAAAGAA AATGGTATAA AGGGTGTTGA AAAAAACAAA GAGAACGCCA AAACGCCCCC AACCACCCAC CAAAAGCCTA AAACGCPTGC GACAACCAAC GCCCATACCA ACCAAAAAAA GGATGAAAAA TAA

120

180

240

300

360

420

480

540

600

603 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:61:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 480 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová • 9

- 231 • · 9 9 9 9 • 9 9 9 9 • · 9 · 9

9 999 999

9 9

9 9 9 · 99 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...480 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:61:

ATGCGTTCTC CAAATTTAGA AAAAGAAGAA ACTGAAATCA TAGAAACGCT TCTTGTGCGT 60 GAAAAAATGC GTTTATGCCC CTTGTATTGG CGCATCTTAG CGTTTTTAAT CGATAGTTTA 120 TTGGTGGCGT TTTTATTGAG CGATCTTTTA AGGGCATGCG CTTTTTTACA TTCTTTATAT 180 TGGCTGACTA ACCCCATTTA TTACAGCGCG TTTGTTGTGA TGGGTTTTAT CATCTTGTAT 240 GGCGTTTATG AAATCTTTTT TGTGTGTTTG TGCAAGATGA GTTTGGCTAA ACTGGTTTTT 300 AGGATTAAGA TCATTGATAT TTATTTAGCG GATTGCCCCA GTAGGGCTAT TTTATTGAAG 360 CGTTTAGGGT TAAAAATCGT GGTTTTTCTA TGCCCCTTTT TATGGTTTGT GGTGTTTAAA 420 AACCCCTATC ATAGGGCATG GCATGAAGAA AAAAGCAAAA GTCTTTTGGT GTTGTTTTAA 480 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:62:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 705 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...705 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO-.62:

TTGAATACGG

GACGCTTTAA

ATCATGCTCG

GGGGCGACTT

GAAATCGCTT

TTTGACATCG

ACTTTAGCCA TATCACCGAT ATTGAGGGCA TGCGTTTTGT’ TAATGAAGAA ACAAATTGAT TAATGAAATC CACACGCGCC ACATTGATTT AAAAGATTCC CTTTGAGTTT TAACGCCTTG TATTTAGCTA ACGCTTTAGC GCAAAAATTT ATGATATACT TTTTTTAGAA CCTATCTTAG CCCCTTTAAA CTCAAAGTGT TAGTGAGTGA AAGCATGGAT ATAGTGATGA ATGAAAGTTT AATCAATTCC CTTTAGACTA TGTTTATGGG GAAGCCAAGC GGGCTTATGA AGAAGACATT

120

180

240

300

360

- 232 ·· ·· ·· • · · · · · • · · · · • · »·» · · · • · · ··*· ·· ··

CTGTCTCACA TCTATCAGTA TCGCAAAGGC AATGCGATCA AAAGCCTAAA AGATAAAAAT 420 ATTTTTATCG TAGATAGGGG GATTGAGACC GGGTTTAGAG CAGGGTTAGG CGTGCAAACT 480 TGTTTGAAAA AAGAATGCCA AGACATTTAT ATTTTAACCC CCATTCTCGC GCAAAATGTC 540 GCTCAAGGCT TAGAAAGCTT GTGCGATGGG GTGATTAGCG TGTATCGCCC TGAATGTTTT 600 GTCTCTGTGG AACACCATTA TAAAGAACTC AAGCGATTAA GCAATGAAGA AATTGAAAAA 660 TACTTGGGCG CTAACAACGC GCCCAATCTC AAAAAGGAAC ATTAA 705 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :63:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 864 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

{A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...864 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:63:

TTGAAACAAA GCGAAATGGC CATGGAATTT AATGATCCTA GGATGCGTTT TTTTATTGGC 60 GATGTCAGGG ATTTAGAACG CTTGAATTAC GCTTTAGAGG GCGTGGATAT TTGTATCCAT 120 GCGGCCGCGC TCAAGCATGT GCCTATCGCT GAATACAACC CCCTAGAATG CATTAAAACT 180 AACATCATGG GAGCGAGCAA TGTGATTAAC GCATGCTTAA AAÁATGAAAT CAGCCAGGTT 240 ATTGCCCTAA GCACCGATAA AGCCGCTAAC CCCATTAACC TCTACGGCGC AACCAAATTG 300 TGCAGCGACA AGCTCTTTGT GAGCGCGAAC AACTTTAAAG GCCCTTCTCA AACGCAATTT 360 GGCGTGGTGC GTTATGGTAA TGTGGTGGGG AGTCGTGGGA GCGTGGTGCC GTTTTTTAAA 420 AAATTAGTCC ÁAAACAAAGC GAGTGAAATC CCCATTACCG ATATTCGCAT GACACGATTT 48 0 TGGATCACCT TAGATGAGGG GGTTTCTTTT GTGCTTAAAA GCTTGAAAAG AATGCATGGG 540 GGGGAAATTT TTGTGCCTAA AATCCCCAGC ATGAAAATGA TTGATCTCGC CAAAGCCCTA 600 GCCCCCAATA TCCCTACTAA AATCATAGGG ATTCGCCCGG GCGAAAAACT CCATGAAGTG 66 0 ATGATCCCTA AAGATGAAAG CCATTTAGCC CTAGAATTTG AAGACTTTTT TATTATTCAG 720 CCCACTATAA GCTTCCAAAC GCCTAAAGAT TACACGCTCA CCAAACTCCA TGAAAAAGGC 780 CAAAAAGTCG CCCCTGATTT TGAATACAGC AGCCATACTA ATAACCAATG GCTAGAGCCT 840 GATGATTTGT TAAAATTATT ATGA 864 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:64:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 606 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová φφ φφφφ • φφ φ φφφφ φφφφ • φ φφφφ φφ φ · · φφφφφφ φφφ φ φ • ΦΦΦΦΦΦ φφ ·Φ

- 233 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...606 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:64:

ATGCGTTTGC ACACTGCCTT TTTTGGTATT AATTCGTTGC TTGTCGCCAC TCTTTTGATA AGCGGTTGCA GTCTCTTTAA AAAGCGTAAC ACTAACGCTC AGCTAATCCC CCCTTCAGCT AACGGGTTGC AAGCCCCCAT TTATCCCCCA ACCAATTTCA CCCCCAGAAA GAGCATTCAG CCTCTCCCAA GCCCTCGCCT TGAGAATAAC GATCAGCCCA TCATTAGCTC TAATCCCACT AACGCTATCC CTAACACCCC CATTCTCACG CCCAATAATG TCATTGAGTT GAATGCGGTG GGCATGGGTG TGGCTCCAGA ATCCACCATT TCGCCCTCTC AAGCTCTAGC TTTAGCTAAG CGAGCGGCTA TTGTTGATGG CTACCGCCAG TTGGGTGAAA AAATGTATGG CATCAGAGTG AACGCTCAAG ACACCGTCAA AGACATGGTT TTACAAAATT CCGTGATTAA AACGAGAGTG AATGCCCTCA TTCGTAACGC TGAAATCACT GAGACTATCT ATAAAGACGG CTTGTGCCAG GTAAGCATGG AGCTTAAATT AGACGGCAGG ATTTGGTATC GTATTTTGAG CGGATCGAGA GGATAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:65:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1068 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1068 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:65:

ATGAGTTATA CTATTAATAA ACGCTTTTCT GTGGGTGTGG GTTTAAGGGG GCTTŤATGCG ACCGGGAGCT TTAATAACAC CGTTTATGTG CCTTTAGAGG GCGCTTCAGT TTTGAGCGCG GAGCAAATCT TAAACTTACC CAACAATGTT TTTGCCGATC AAGTGCCAAG TAACATGATG ACTTTATTAG GCAATATTGG CTACCAACCA GCGCTTAATT GCCAAAAAGC CGGTGGGGAC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

606

120

180

240 ···· • 9 ·· 99 99

9 9 9 9 9 • · · · · • · 99 9 999

9 9

9999 99 99

- 234 ATGAGTGATC AGAGCTGTCA AGAGTTTTAC AACGGCTTGA AAAAAATCAT GGTTTAATCA AAGCGAGCGC GAATCTTTAT GGCACGACTC AAGTCGTGCA GGACAAGGCG TATCGGGGGG GTATAGAGTG GGTTCGAGTT TGCGTGTGTT ATGTTTTCTG TGGTGTATAA TTCTTCAGTT ACCTTTAACA TGAAAGGCGG ATCACAGAGC TTGGCCCTTC TTTAGGGAGC GTTTTGACTA AAGGCAGCTT GTTTCACTCC CCCAAACTTT AAGCTTAGCC TACGCCCACC AATTTTTTAA agggttgaag gggtgtttga gcgcactttt tggagtcaag ggaataaatt CCTGATTTTG CGAACGCCAC TTACAAGGGC TTGAGCGGGA CGGTGGCTTC GAAACGCTTA AAAAAATGGT AGGCCTAGCG AATTTTAAAA GCGTGATGAA GGCTGGAGGG ACACCAACAC CTTTAGATTA GGGGTAACTT ACATGGGTAA TTAATGGGCG CTATTGATTA TGATCAAGCC CCAAGCCCCC AAGACGCGAT GACTCTAATG GCTATACCGT GGCTTTTGGG ACTAAATACA ATTTTAGGGG GGCGTAGCGG GGAGTTTCAC TTTTAAGAGC AACCGCTCCA GTTTGTATCA ATTGGGCAAT TGAGAATCTT TAGCGCCTCT TTAGGCTATC GCTGGTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:66:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1764 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1764 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:66:

ATGAAAAACT TTTCCCCACT CTATTGTCTT AAAAAGCTCA AAAAACGCCA CTGAGTCTGC CCTTGCTTTC TTATGCGAAT GGCTTTAAAA TCCAAGAGCA GGCACGGCTT TAGGCTCGGC GTATGTCGCT GGGGCTAGGG GTGCTGACGC AACCCGGCTA ACATGGGCTT TACTAACGAT TGGGGCGAAA ACAGAAGCGA ACCACCACCG TGATCAATAT CCCGGCCTTT AGCTTTAAAG TCCCTACGAC TTATATTCGG TAACAAGTTT AGAAATTGAT AAAAGCCAAC AAAATATTTT AACACTATAG GGTTAGGCAA TATCCTTAAA GCGCTTGGCA ATACGGCCGC TTA-C.CAAG CTATCAATCG TGTTCAAGGG CTTATGAACT TAACCAATCA ACCCTCGCTT CAAAACCTGA CACTCAAATC GTGAATGGCT GGACAGGCAC GTTTTACCTA aattctttta taaaacgcgc acgcataacg gcttcacttt TTTACCGCTC CTAGTGGGTT GGGTATGAAA TGGAATGGTA AGGGGGGGGA GACGTGTTTA tcatgatggt agagcttgcc cctagcatga gttatactat TTTTCTGTGG GTGTGGGTTT AÁGGGGGCTT TATGCGACCG GGAGCTTTAA TATGTGCCTT TAGAGGGCGC TTCAGTTTTG AGCGCGGAGC AAATCTTAAA AATGTTTTTG CCGATCAAGT GCCAAGTAAC ATGATGACTT TATTAGGCAA CAACCAGCGC TTAATTGCCA AAAAGCCGGT GGGGACATGA GTGATCAGAG gggttatagc

AAAATCTAAC

TGATCATGGC

TTTGGTGGCT

GAATATCAAT

AGATCGCCTA

TTTAGTCACC

CTTGGACTCT

CATGGGGGCT

AAGCTTGCGT

AGGCATTCJG

CTTTGATTTG

ATCCCCAACT

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1068

TTTAATCGCT

AAGCTTGAAT

TTCTTTTTAC

ATTTGAAATG

CAATCAAGGC

AGGCATCATC

TACCAATGGC

AAAAGTCGTA

GACTAATTTT

TGGGGGGAGT

ATTTTTGCAT

TAATAAACGC

TAACACCGTT

CTTACCCAAC

TATTGGCTAC

CTGTCAAGAG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960 ·« ·· • ·· · • · · · • fl·· ··· • · • fl flfl • flflflfl • fl · • · • · · • flfl • flfl · · f flfl • flflfl • · • fl • · • fl · flflflfl

- 235 TTTTACAACG GCTTGAAAAA AATCATGGGT TATAGCGGTT TAATCAAAGC GAGCGCGAAT CTTTATGGCA CGACTCAAGT CGTGCAAAAA TCTAACGGAC AAGGCGTATC GGGGGGGTAT AGAGTGGGTT C3AGTTTGCG TGTGTTTGAT CATGGCATGT TTTCTGTGGT GTATAATTCT TCAGTTACCT TTAACATGAA AGGCGGTTTG GTGGCTATCA CAGAGCTTGG CCCTTCTTTA GGGAGCGTTT TGACTAAAGG CAGCTTGAAT ATCAATGTTT CACTCCCCCA AACTTTAAGC TTAGCCTACG CCCACCAATT TTTTAAAGAT CGCCTAAGGG TTGAAGGGGT GTTTGAGCGC ACTTTTTGGA GTCAAGGGAA TAAATTTTTA GTCACCCCTG ATTTTGCGAA CGCCACTTAC AAGGGCTTGA GCGGGACGGT GGCTTCCTTG GACTCTGAAA CGCTTAAAAA AATGGTAGGC CTAGCGAATT TTAAAAGCGT GATGAACATG GGGGCTGGCT GGAGGGACAC CAACACCTTT AGATTAGGGG TAACTTACAT GGGTAAAAGC TTGCGTTTAA TGGGCGCTAT TGATTATGAT CAAGCCCCAA GCCCCCAAGA CGCGATAGGC ATTCCGGACT CTAATGGCTA TACCGTGGCT TTTGGGACTA AATACAATTT TAGGGGCTTT GATTTGGGCG TAGCGGGGAG TTTCACTTTT AAGAGCAACC GCTCCAGTTT GTATCAATCC CCAACTATTG GGCAATTGAG AATCTTTAGC GCCTCTTTAG GCTATCGCTG GTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:67:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 618 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1S00

1560

1620

1880

1740

1764

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...618 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:67:

TTGATTTTTA GATTTTTCTT AATCTTAAGC CTTTTAAAAG GGGTTTTACT GGCCAAAAAG GATTGGAATT TTTTCAAACC TTTAGAGCCT ACTAAAAAAT ATTTTGGCTC TTTTAAAATC GGCTATCTTT ACCAACATGC AGAAACGACT AAAAGATTCC CCATCCGCCC TAAAAACCGC CČGCCTATTT TAATGGATAA AATTTACCAT GACGCTTCTT TGGGTTTTGA CGCAGGGTAT GTTTTGAAAA AGAAAGCTTT ATTGGGGGGG TATTTGGATG CAGGAATGGG CGATTCGTAT TTCATGAGCG CTGGGCTAGT CGCTGGGGTG AGGCTTTTTA AGGGGTGGGT TATCCCTAAA ATCGCCTTAG GCTATCAGCT TCAAATTTTA GGGGCTAAGA TTGATAAGTA TCAATTCAAT ATCCAATCAG CGGTGGGGAG TGTGGGCTTG TTTTTCAATG CGGCTAAAAA TTTTGGCTTG AGTATAGAAG CAAGGGGCGG TATCCCTTTT TATTTCATTC AGAGCAGGTT TTCTAAGGCT TTCGGCACGC CACGATTGAA TATCTATTCT GTTGGTATCA CATTCACTTT TTATGACTTT ACGAGATTTT TAGGGTAA

120

180

240

300

360

420 uf

540

600

618 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:68:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 762 párů bází

- 236 (B) TYP: nukleová kyselina <C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) -JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...762 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:68:

TTGTGGCATG CTGCCTTTAG CGTTGGCGAG TGGGGATGGA ACGGCGATGA AATCCCCTAT AGGGATTGCG ATGAGTGGGG GCTTGATGAT TTCTATGGTG TTAAGCCTAC TGATTGTGCC GGTGTTTTAT CGTTTGCTCG CTCCCATAGA CGACAAAATC AAGCGGTTTT ATCAAAACCA AAAAGCTTTA GAATGAAAAA AATTGCTTTC ATTTTGGCTT TATGGGTGGG CTTGTTAGGG GCGTTTGAGC CTAAAAAAAG TCATATTTAT TTTGGGGCTA TGGTGGGTTT AGCCCCTGTT AAAATAACCC CAAAACCGGC TAGTGATTCT TCTTATACGG CTTTTTTATG GGGGGCTAAA GGGGGGTATC AATTCGCTTT TTTTAAAGCT CTAGCGTTAA GGGGTGAATT TTCCTACCTT ATGGCGATCA AACCCACCGC ACTGCACACG ATTAACACTT CTTTATTGAG TTTAAATATG GATGTGTTGA GCGATTTTTA CACTTATAAA AAATACAGCT TTGGGGTGTA TGGGGGGCTT GGGATAGGGT ATTTTTATCA AAGCAACCAT TTAGGCATGA AAAATAGTTC GTTTATGGGT TATAACGGCT TGTTTAATGT GGGGCTTGGC AGCACGATCG ATCGCCACCA CCGCGTAGAG CTTGGGGCTA AGATCCCTTT TTCAAAGACT AGAAATTCTT TTAAAAATTC TTATTTTTTA GAGAGCGTTT TTATCCATGC GGCTTATAGT TATATGTTTT AA

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

762 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:69:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1239 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii) HYPOTETICKÁ:	NE
{iv) NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍC: misc_feature (B) POLOHA 1...1239

- 237 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:63:

ATGGAATCAG TAAAAACAGT AAAAACAAAT AAAGTTGGCA AAAACACAGA GACAGCTAAC ACAGAGGCAA GTAAAGAGAC TCATTTTAAA CAAGCGAGTG CCATTACAAA TACGCTCCGA TCAATTGGTG GGATTTTTAC AAAAATTGCA AAGAAAGTTA GAGAACTTGT GAAAAAACAT CCCAAGAAAA GCAGTGTGGC ATTAGTAGTA TTGACCCATA TTGCGTGCAA GAGGGCAAAA GAATTGGACG ATAAAGTCCA AGATAAATCC AAACAAGCTG AAAAAGAAAA TCAAATCAAT TGGTGGAAAT ATTCAGGATT AACAATAGCG GCAAGTTTAT TATTAGCCGC TTGTAGCACT GGTGATATTG ATAAACAAAT AGAACTAGAA CAAGAAAAAA AGGAAGCAAA TAAGAGTGGG ATAAAGTTAG AACAAGAAAG ACAGAAAACA GAACAAGAAA GACAGAAGAC AAATAAGAGT GAGATAGAGT TAGAACAAGA AAGACAAAAA ACAAACAAGA GTGGGATAGA ACTCGCTAAT AGTCAAATAA AAGCAGAACA AGAAAGACAA AAGACAGAAC AAGAAAAACA AAAAGCAAAT AAGAGTGAGA TAGAGTTAGA ACAGCAAAAA CAAAAGACAA TTAATACACA AAGAGATTTG ATTAAAGAAC AGAAAGATTT CATTAAAGAA ACAGAACAAA ATTGCCAAGA AAAACATGGC CAATTGTTTA TTAAAAAAGC AAGAATTAAG ACCGGTATTA CTACTGGTAT TGCCATAGAA ATAGAAGCTG AATGCAAAAC CCCTAAACCT GCAAAAACCA ATCAAACCCC TATCCAGCCA AAACACCTCC CAAACTCTAA ACAACCCCGC TCTCAAAGAG GATCAAAAGC GCAAGAGCTT ATCGCTTATT TGCAAAAAGA GCTAGAATCT CTGCCCTATT CGCAAAAAGC TATCGCTAAA CAAGTGGATT TTTATAAACC AAGTTCTATC GCTTATTTAG AACTAGACCC TAGAGATTTT AAGGTTACAG AAGAATGGCA AAAAGAAAAT TTAAAAATAC GCTCTAAAGC TCAAGCTAAA ATGCTTGAAA TGAGAAACCC ACAAGCCCAC CTTCCAACCT CTCAAAGCCT TTTGTTCGTT CAAAAAATAT TTGCTGATAT TAATAAAGAA ATAGAAGCAG TTGCTAATAC TGAAAAGAAA ACAGAAAAAG CGGGTTATGG TTATAGTAAA AGGATGTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:70:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 450 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120 180 240 300 360 420 480 540 600 660 720 780 840 900 960 1020 1080 1140 1200 123 9

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...450 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:70:

TTGAATTGGG AGCATTTGAT GAAAAAATTA GCGTTTTCTT TATTATTTAC AGGGACTTTT TTGGGGCTTT TTTTGAATGC GAGTGATTTT AAGAGCATGG ATAACAAGCÁ’ACIATTAGAG CAAGCAGGGA AAGTCGCTCC TAGCGAAGTT CCAGAGTTTC GCACAGAAGT CAATAAACGA TTAGAAGCGA TGAAAGAAGA AGAGCGTCAA AAATATAAAG CGGATTTTAA GAAAGCGATG GATAAGAATT TGGCTTCTTT AAGCCAAGAA GATCGCAACA AGCGTAÁAAA AGAAATCCTT GAAGTCATTG CTAACAAAAA GAAAACAATG ACCATGAAAG AGTATCGTGA AGAGGGGTTG GATTTGCATG ATTGCGCATG CGAAGGCCCT TTTCATGATC ATGAAAAAAA GGGGCAAAAA

120

180

240

300

360

420 tt · · ·

- 238 GGGAAAAAAC CAAGCCATCA TAAGCATTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:71:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 615 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

450

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...615 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:71:

ATGCAAGCAG

TTACAAAACG

CAATTCAAAC

TTGTATAACC

TATGCTTTGA

GACCACGCTT

CAATCCGTAA

TTTAAGGGGG

AACCTCAAAT

GAAGCCACTA

CAAAAATTCT

TGATTTTAGC

CTCCCTTTTT

CCAGCGTTGT

CTATACGCGT

ATAGGGGTTG

TAGCGAACAC

GCGATTATGG

AGCAAATCTC

ACCCCTTAAA

ATCATTGTTT

CATGA

GAATGGGGAG

AATCGCATGC

TATAGGCGAT

GAGCGAACAA

TGATGATTTT

TTTTTTATTG

CCTTTTTAGG

GCTTTTTAGC

AGACTTGCGT

TAGCCTTAGC

TTTCCTAAAT

GATGGGGCTG

TTGGATAGCA

GACAGCAACG

ATTTTTTTAG

TTGGAGTATT

GTGTTAGAAA

TTGGATCTTA

CTAAAAACGC

TCTGAACCTA

CTAAAAAATG

TTATATCATT

TTGATTCGCA

ATTTGTCCAA

GGTTGAATGG

TTAAATTTTG

CCCCTTTTAC

AAGCCCGATT

TCTTTTCCGG

AATCGGTGGT

CTTAGACATT

GCATGCGCTT

TTTGAAAGCC

CAAGCGAGAA

CAAAAAAATC

TTTGCCCAGT

CACTTCTAAA

CTCGCTCAAT

GCTAGTGTAT

120

180

240

300

360

420

480

540

600

615 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:72:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 843 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori

- 239 • · · · · • · · · · • · ··· ··· (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...843 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:72:

GTGTTTGACT CATTGGGCGG ATTTTTGGGG TATAAAACTT TTAAGCCGAT AGTGGATAAG GTTAAAAATA TAAACGCTTG GATAAAAAAT TACGATAATA AAAAAGCTCA AGAGATTATG GGTTTTATAG AAAATCCTAC GCCTGATTTC CAAAATAATA AGTTTTTGTG TGTTTTAAAC CGACAAGGAA CAAGGCACAA CAATTATCTT GGTTTAACCT CTACAAACCT TCTAATCGGC GCGATCTATT TCTCCATCCG CCATTGCATC AAAGCCACAT GGCAAAACGA TAGGGATCAA TTCTACGCCC CTTATGATGA CGCTTTCCAA GACGACAGCG AGTTTAAAAA CAATTGTTTG GCGTTCATGC TTTTTCACAC CCAAAACCGC ATCACTGCCA CTCAAGGGAC TAACCATTTT ATCCCCTTTA GCGAAGATGA AGTTGATTCT AAAGAAAGGT ATTTGAGCCA TGCTTTATTA GACTTTTTAA AAGGCGAAAT CAAAGAACCT AAAAAGAGCG ATAGCCTCTT TTTAAACGCC AAAAAAGAAA ACAAGCCCCT AAAATTCAGC TCGAGCGCTT CAAAGGTGTT TGACGCTGGC AGAGAGATTT ATCGCTATTA CCACACACAA GATTTCATCC ACACCCCCTA TAACGCTAAC GCAAGCCTTT ATGACATCAA AGAATTTTTT CAAGGCCGTA ACAAGCAAGG CAGATTAAAC TCACCCACCA AAGCCAAAGA TGAATATTAC AAACAGCTTT ACGCTAACTT GCAATACGCC CTAAAAGATC TCGCCAAAGA AATACAGCCT AAAGTCTATG AATACGGATT TTTAAGGGAG TAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:73:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 930 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

843

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...930 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:73:

TGTGACAGGG CAATTCCCCA AAACCAACCA ACGCGTTCAA AAAACTTTTA AGCCGATAGT GATAATAAAA AAGCTCAAGA AATAATAAGT TTTTGTGTGT TTAACCTCTA CAAACCTTCT GCCACATGGC AAAACGATAG GACAGCGAGT TTAAAAACAA ACTGCCACTC AAGGGACTAA

TTGGCTTTTT AGTCTGGGAT TTTAGAAGTG TTTGACTCAT GGATAAGGTT AAAAATATAA GATTATGGGT TTTATAGAAA TTTAAACCGA CAAGGAACAA AATCGGCGCG ATCTATTTCT GGATCAATTC TACGCCCCTT TTGTTTGGCG TTCATGCTTT CCATTTTATC CCCTTTAGCG

ACCGCTACCC CCCCCC-Γ.Α TGGGCGGATT TTTGGGGTAT ACGCTTGGAT AAAAAATTAC ATCCTACGCC TGATTTCCAA GGCACAACAA TTATCTTGGT CCATCCGCCA TTGCÁTCAAA ATGATGACGC TTTCCAAGAC TTCACACCCA AAACCGCATC AAGATGAAGT TGATTCTAAA

120

180

240

300

360

420

480

540 φ···

·· • · »·· • · ···

- 240 GAAAGGTATT TGAGCCATGC TTTATTAGAC TTTTTAAAAG GCGAAATCAA AGAACCTAAA 600 AAGAGCGATA GCCTCTTTTT AAACGCCAAA AAAGAAAACA AGCCCCTAAA ATTCAGCTCG 660 AGCGCTTCAA AGGTGTTTGA CGCTGGCAGA GAGATTTATC GCTATTACCA CACACAAGAT 720 TTCATCCACA CCCCCTATAA CGCTAACGCA AGCCTTTATG ACATCAAAGA ATTTTTTCAA 780 GGCCGTAACA AGCAAGGCAG ATTAAACTCA CCCACCAAAG CCAAAGATGA ATATTACAAA 840 CAGCTTTACG CTAACTTGCA ATACGCCCTA AAAGATCTCG CCAAAGAAAT ACAGCCTAAA 900 GTCTATGAAT ACGGATTTTT AAGGGAGTAG ₉₃₀ (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:74:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 564 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...564 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :74:

TTGGAAACTT ATATCATTGA TGCAGATAAT ATAGATGGGG ATTTATTTTT CTATAATCTT 60 ACTAGAAACA GCAATGATTT TTCCATGTTG CCCGTTTTTG AACTCGATCG CATTGCCCAA 120 AAAATTAGAA ATATTCTTAA AAAACATGGC AGTAGAAAAG ACATTATTTT AAAACACAAT 180 GAAATTAAAG AAGCCTTTTT TAGCCCGTTC AAACCGCAGC TAAAAACCGT TCAAGTGTTC 240 CTCTCGCACT CGCATGCGGA TAAAAATAAG GCTTTAGGGG TTAAGGACTA TTTGGAAAGC 300 AAAACAAAAC GCAAAGTGTT TATCGATTCG CTTTTTTGGG ATTATAAAGA CGATGTTTTA 360 AACAAATTGG CAAAACACGA TGATATAAGC AAGATTGAAG ACGCTTTCAC GCTCATTCTC 420 AGAAAATCTT TACAAGATAT GATTGAAAAA TGCCCTTATT TTGTGTTTTT ACAAAGCAAG 480 AACAGCGTTT CTAATCAAGG GCTATCACGC ATCACTTATT CCGCATGGAT TTATGAAGAA 540 TTAAAAATCG CTTCATTCTA TTAG 564 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 75:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 597 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE ···· ·· ·· ·· • · · · · • · · ····· • · · · · · ··· ··· ··· · · · - ··· ·· ·«· ···· ·· ··

- 241 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...597 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:75:

TTGGAAACTT ATATCATTGA TGCAGATAAT ATAGATGGGG ATTTATTTTT ACTAGAAACA GCAATGATTT TTCCATGTTG CCCGTTTTTG AACTCGATCG AAAATTAGAA ATATTCTTAA AAAACATGGC AGTAGAAAAG ACATTATTTT GAAATTAAAG AAGCCTTTTT TAGCCCGTTC AAACCGCAGC TAAAAACCGT CTCTCGCACT CGCATGCGGA TAAAAATAAG GCTTTAGGGG TTAAGGACTA AAAACAAAAC GCAAAGTGTT TATCGATTCG CTTTTTTGGG ATTATAAAGA AACAAATTGG CAAAACACGA TGATATAAGC AAGATTGAAG ACGCTTTCAC AGAAAATCTT TACAAGATAT GATTGAAAAA TGCCCTTATT TTGTGTTTTT AACAGCGTTT CTAATCAAGG GCTATCACGC ATCACTTATT CCGCATGGAT TTAAAAATCG CTTCATTTCT ATTAGCGCTA TTAACGAGAG TCGCCCAATT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:76:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 570 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE {iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...570 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:76:

ATGATGACTA AwÍ .kCGCTTA TGCGTTTGTC GTGATTGAAA AAAGTATTAT TGCGCCAAAG ACAAGGGGCT AATCCCTATC ACTGAAGGCT TTGTGCCGTT TTTTTGAGAA GTTTTAAAGA GCGTTGCAAT CTGGATTTTT TAGAAAATTT TTTTTGTATG ACTACCAATT TCCAAGCGAG GTTTTTTCAT TGTGTAAGGA TCCATTTGGG ACAGAAAGCT TGTGGTAGTG CTAGTGGAGG CTTTGGAGGG TTGAATTTGT CTCTTAAGAT AGAAGATAGG CATTCTAATA GCTTGGGTAA AAATTGCTCA CCAACGCTGA TTTGGGGAGC AACCACAAAC CAATCGTAAT AAAACATACC ACCAAAGCCA GCAAGAAAAA TACAAAAGAG AAAGAGGCGA GTTCGCCCCA CAACACCCCC TAGCTATGGG GGTGGGAGCA TTAGAATCAG

CTATAATCTT

CATTGCCCAA

AAAACACAAT

TCAAGTGTTC

TTTGGAAAGC

CGATGTTTTA

GCTCATTCTC

ACAAAGCAAG

TTATGAAGAA

CCAATGA

120

ISO

240

300

360

420

480

540

597

GGTGTTTAAA

AAAAGAGGGC

AGACCTTTTG

TTTGAAAAAT

TTTTAAGGGT

TGGCGTTCAA

AGACAGCATG

AACGCTAGAG

CGGCGATAAA

120

180

240

300

360

420

480

540 ' ··

- 242 44 4 • · • ··

4 « * ·

4 4 «· • 4 444 444

4444

AAGCCTGATT CCAATGAAGA AAATTTTTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:77:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1773 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá CD) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1773 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:77:

570

ATGAAAGCGA TAAAAATACT AGGGCGTTGT TTGATTTAAA GATTTTGGGG GTTATAAAAG AATGCGGCTA ATGGCGATGC TCTGGTATCT TGGGGAATTT AAGAATTTGA AATATTGCCT GGTATTTATA TCCCCTTAGG GCTGATTTGA GCGTGGTAGG AGCCCTTATT ACAGGAGCAA TATGGCATGT ATGGAATGGG GACTTTTATG ATGGCATGTA GACTACTTGA TGTTAGAAAA GACGCTTCCA TCAACCAACT AAATCTTCGC AACCAGCGAA ATTCAAACCA ACCGCTTGAA GACAATTCGC TCTTCCACAC CAAGCTAAAG AGCTTAACCA AGTCCTAATA AGATTGATTC AACAACCTCA ACCAACTAGA CAAGCCCAAG TGGATAAAGC GTAGGGAATT ATTTAGACGG GATGCGATCA ATAACCCTAT AACACCCATG CAAATGACAG GCCACCAACG ATGATCACAA GCAAACGACA CCCCCACTGA AACACCGACA CCGGCAATAC AGCAACATGA ACAACGGCAA AACGACATGG GCGATGACAT AACGATGACA TGGGCGATAT

TCTTATAATG ACACTCAGTT AGATTCGCAA TTAAAAGGGG CAACACCACA GAGTGGGGAG GAAAAAATTC AGCGCGTTAG TAGAGCGCAT GCACATTTGA TAAAATCATC GCTAGGGATT CATTTCTTTA AAAGATCAAA GGCGTATCTT AAAAAGCAAC CAACTATTAC AACTCCTACT CATGTATGGA ATGTATGGCA TGGGTTCTAC CCTAACATGT TTACATGTAT GCACTCGATC TGATACGCCT ACTGATGATG TCTCATGAGC TTTTATCGTG TAGCGCCTTA GTCAATTTAG TAAAGCCATG CCCACTAAAA TTTGGTGGGG CAAATCAAAG AGTGGTCAAT AAAGCTATGG CAATGACTTA AAAGATCAAA CTTAGACAGC GTGCAACAAT GAGTTTGAAA ATTGATGGCG GCAACAACCT GCGCAACAAA CAAAGATCAA GGGGGTAACG CGATGATCAC ATGGACACTA TGATAAAGAT GCTAGCGGCA GGACACTGGC AACACCGACA CGATGATACG GGTAACACTA GAATAACGCG AACGACATGA GGGGGACATG AACGATGACA

TAAACGCTAT CAGCGTGAAT AATTAACGCC AAAAATAGTG CTACGGCTTT AAACTATATC TGGAAAAAAT GCGTTTTAAC GGCAAGCCCT AAAATTGCAA CTTTTTATAG TTACCGCACC AAACGGCTCA. AAAAATGCTC AGGAGAATGA AAAGGCTCAA ATAGCCCTTA TTATGGCATG TGGGCATGTA TGATTTTTAT TTTTCATGAT GCAAGTTCAA AAGAAGAGAT TTTAGACCAT ACAGAGACGA TAAAGACGAT ATCCCAAATT CAGCAAAGAC ACAACAGCCA CATGCTCAAA GCGTGGATGC GATCACTTCT AGATGAAGCA AGACGGGGCG AGGTTAGGGA CAAATTAGAC AAGGGCTTTC AAGCGAGCAG TAAGCCATAG CAGCGATGTG ATGACAGAGA CGATTTGAAT CGCCTATTAA CAACATGGAC CGCTCATAAA CCCTAACAAC ACACCAČTGA CACTAGCAAC ACAATACCGG CGATATGAAT CCGGTAACAC TGATGATATG ACGACGACAT GGGTAATAGC ACGACGACAT GGGTAACAGC TGGGTGGCGA TATGGGAGAC

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1620

1680

1740 «

• «

- 243 ATGGGGGATA TGGGTGGCGA TATGGGGAAT TGA 1773 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:78:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 588 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...588 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:78:

TTGAATTTAC GATTGGCTGG AGCAAGCGTT TTAACGGCTT GTGTCTTTTC GGGGTGTTTT 60 TTTTTAAAAA TGTTTGACAA AAAACTTTCT AGCAACGATT GGCATATCCA AAAAGTAGAA 120 ATGAACCATC AAGTGTATGA CATTGAAACC ATGCTCGCTG ATAGCGCTTT TAGAGAGCAT 180 GAAGAAGAGC AAGACTCCTC TTTAAATACC GCTTTGCCTG AAGATAAAAC AGCGATTGAA 240 GCCAAAGAGC AAGAGCAAAA AGAAAAAAGG AAACACTGGT ATGAGCTTTT TAAAAAGAAG 300 CCAAAGCCCA AAAGCTCTAT GGGAGAGTTT GTGTTTGATC AAAAAGAAAA TCGTATTTAT 360 GGGAAAGGCT ATTGCAACCG GTATTTTGCT AGCTACACAT GGCAGGGCGA TAGGCACATC 420 GCAATTGAAG ATAGCGGGAT TTCAAGAAAA GTGTGTAGAG ATGAGCATTT GATGGCGTTT 480 GAATTGGAAT TTATGGAGAA TTTTAAGGGT AATTTTGCGG TAACTAAGGG CAAGGACACG 540 CTCATTTTAG ACAACCAAAA AATGAAAATT TATTTGAAAA CGCCATGA 588 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:79:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 2235 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE

- 244 ·· ·· *· • · · 9 · • · e · · · • · · ······ • · · · ··«··« · · ·· (A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...2235 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:79:

ATGTTAAAAC TCGCCAGTAA AACGATTTGT TTGTCCCTAA TCAGCTCATT CACGGCTGTA 60 GAAGCCTTTC AAAAACACCA AAAAGACGGC TTTTTCATAG AAGCCGGCTT TGAAACCGGG 120 CTATTACAAG GCACACAAAC CCAAGAACAA ACCATAGCCA CCACTCAAGA AAAACCCAAA 180 CCCAAACCCA AACCAAAACC CATTACCCCT CAAAGCACCT ATGGGAAATA CTACATCTCC 240 CAAAGCACCA TTTTAAAGAA TGCGACTGAG TTGTTTGCAG AGGATAATAT CACCAACTTA 300 ACCTTTTACT CTCAAAACCC TGTGTATGTA ACCGCTTATA ACCAAGAAAG CGCTGAAGAA 360 GCTGGCTATG GTAATAACAG CTTGATTATG ATACAAAACT TCTTGCCTTA TAACTTGAAC 420 AACATTGAGC TGAGTTACAC GGACGATCAA GGCAATGTGG TCAGTTTGGG CGTGATAGAG 480 ACTATCCCTA AACAATCTCA AATCATTCTG CCCGCAAGCT TGTTTAACGA CCCACAGCTT 540 AACGCCGATG GCTTCCAACA ACTCCAAACC AACACCACAC GATTTTCTGA TGCCAGCACG 600 CAGAATCTGT TTAACAAGCT CAGCAAGGTT ACAACCAATC TTCAAATGAC TTATATCAAT 660 TACAACCAAT TTTCTAGCGG TAACGGCAGT GGCTCTAAAC CCCCATGCCC CCCATACGAA 720 AACCAAGCAA ATTGTGTGGC TAAAGTGCCG CCTTTCACCT CTCAAGACGC TAAAAATTTG 780 ACCAATTTAA TGCTGAACAT GATGGCGGTG TTTGATTCTA AATCTTGGGA AGACGCCGTC 84 0 TTAAACGCTC CTTTCCAATT CAGCGACAAC AACCTGTCAG CGCCATGTTA TTCTGATTAC 900 CTTACATGCG TGAATCCTTA CAACGATGGG CTTGTTGATC CTAAATTGAT CGCCAAAAAT 960 AAAGGAGATG AATACAATAT AGAAAACGGG CAAACAGGCT CAGTGATATT AACGCCGCAA 1020 GATGTTATCT ATAGCTATAG AGTCGCTAAT AATATTTATG TGAATCTCTT GCCCACAAGA 1080 GGAGGGGATT TAGGGTTAGG GTCTCAATAT GGTGGCCCGA ATGGCCCAGG CGATGATGGC 1140 ACCAATTTTG GCGCTTTAGG GATATTGTCC CCTTTCTTAG ACCCTGAAAT ATTGTTTGGC 1200 AAAGAATTGA ATAAAGTCGC CATCATGCAA TTAAGAGACA TCATCCATGA ATACGGCCAT 1260 ACTTTAGGCT ATACGCATAA CGGGAACATG ACTTATCAAA GAGTGCGCAT GTGCGAAGAA 1320 AACAATGGGC CAGAAGAGCG CTGTCAGGGC GGAAGGATAG AGCAAGTGGA TGGGAAAGAA 1380 GTGCAAGTGT TTGACAACGG GCATGAAGTG CGAGACACCG ATGGCTCTAC ČTATGATGTG 1440 TGTTCTCGTT TTAAAGATAA GCCCTATACA GCGGGCAGCT ATCCTAATTC CATCTATACC 1500 GATTGCTCTC AAGTCCCCGC TGGGCTTATA GGCGTTACCA GCGCTGTTTG GCAACAACTC 1560 ATTGATCAAA ACGCCCTACC GGTGGATTTT ACTAATTTGA GCAGCCAAAC CAACTATTTG 1620 AACGCCAGCT TGAACACGCA AGACTTTGCG ACCACCATGC TTAGCGCGAT CAGTCAAAGC 1680 CTTTCATCTT CTAAATCTAG CGCCACTACT TATCGCACTT CAAAAACCTC ACGGCCCTTT 1740 GGAGCCCCCC TATTAGGCGT TAATCTTAAA ATGGGCTATC AAAAATATTT TAATGATTAT 1800 CTAGGGTTGT CTTCTTATGG CATTATCAAA TACAACTACG CTCAAGCCAA CAACGAAAAA 1860 ATCCAGCAAT TAAGCTATGG CGTGGGAATG GATGTGCTGT TTGATTTCAT CACCAATTAC 1920 ACTAACGAAA AGAACCCCAA AAGCAATCTA ACCAAGAAAG TTTTCACTTC CTCTCTTGGG 1980 GTGTTTGGGG GGTTAAGGGG CTTATACAAC AGCTATTATT TGTTGAACCA ATACAAAGGG 2040 AGCGGTAATT TAAATGTGAC CGGTGGGTTG AATTACCGCT ACAAGCATTC CAAATATTCT 2100 ATAGGCATTA GCGTTCCTTT GGTCCAGTTG AAATCTAGGA TCGTTTCTAG CGATGGTGCT 2160 TATACCAATT CTATCACCCT CAATGAAGGG GGCAGTCATT TTAAAGTGTT TTTTAATTAC 2220 GGGTGGATTT TCTAA 2235 (2) INFORMACE PRO SEQ IDNO:8C:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1590 párů bá2Í (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

- 245 (iii) HYPOTETICKÁ: NE (i v) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS·· Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...1590 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:80:

ATGACTTATA TCAATTACAA CCAATTTTCT AGCGGTAACG GCAGTGGCTC TAAACCCCCA TGCCCCCCAT ACGAAAACCA AGCAAATTGT GTGGCTAAAG TGCCGCCTTT CACCTCTCAA GAČGCTAAAA ATTTGACCAA TTTAATGCTG AACATGATGG CGGTGTTTGA TTCTAAATCT T^GGAAGACG CCGTCTTAAA CGCTCCTTTC CAATTCAGCG ACAACAACCT GTCAGCGCCA t6ttattctg attaccttac atgcgtgaat ccttacaacg ATGGGCTTGT TGATCCTAAA TŤGATCGCCA AAAATAAAGG AGATGAATAC AATATAGAAA ACGGGCAAAC AGGCTCAGTG ATATTAACGC CGCAAGATGT TATCTATAGC TATAGAGTCG CTAATAATAT TTATGTGAAT CTCTTGCCCA CAAGAGGAGG GGATTTAGGG TTAGGGTCTC AATATGGTGG CCCGAATGGC CCAGGCGATG ATGGCACCAA TTTTGGCGCT TTAGGGATAT TGTCCCCTTT CTTAGACCCT GAAATATTGT TTGGCAAAGA ATTGAATAAA GTCGCCATCA TGCAATTAAG AGACATCATC CATGAATACG GCCATACTTT AGGCTATACG CATAACGGGA ACATGACTTA TCAAAGAGTG CGCATGTGCG AAGAAAACAA TGGGCCAGAA GAGCGCTGTC AGGGCGGAAG GATAGAGCAA GTGGATGGGA AAGAAGTGCA AGTGTTTGAC AACGGGCATG AAGTGCGAGA CACCGATGGC TCTACCTATG ATGTGTGTTC TCGTTTTAAA GATAAGCCCT ATACAGCGGG CAGCTATCCT AATTCCATCT ATACCGATTG CTCTCAAGTC CCCGCTGGGC TTATAGGCGT TACCAGCGCT GTTTGGCAAC AACTCATTGA TCAAAACGCC CTACCGGTGG ATTTTACTAA TTTGAGCAGC CAAACCAACT ATTTGAACGC CAGCTTGAAC ACGCAAGACT TTGCGACCAC CATGCTTAGC GCGATCAGTC AAAGCCTTTC ATCTTCTAAA TCTAGCGCCA CTACTTATCG CACTTCAAAA ACCTCACGGC CCTTTGGAGC CCCCCTATTA GGCGTTAATC TTAAAATGGG CTATCAAAAA TATTTTAATG ATTATCTAGG GTTGTCTTCT TATGGCATTA TCAAATACAA CTACGCTCAA GCCAACAACG AAAAAATCCA GCAATTAAGC TATGGCGTGG GAATGGATGT GCTGTTTGAT TTCATCACCA ATTACACTAA CGAAAAGAAC CCCAAAAGCA ATCTAACCAA GAAAGTTTTC ACTTCCTCTC TTGGGGTGTT TGGGGGGTTA AGGGGCTTAT ACAACAGCTA TTATTTGTTG AACCAATACA AAGGGAGCGG TAATTTAAAT GTGACCGGTG GGTTGAATTA CCGCTACAAG CATTCCAAAT ATTCTATAGG CATTAGCGTT CCTTTGGTCC AGTTGAAATC TAGGATCGTT TCTAGCGATG GTGCTTATAC CAATTCTATC ACCCTCAATG AAGGGGGCAG TCATTTTAAA GTGTTTTTTA ATTACGGGTG GATTTTCTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:81:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 564 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

840

900

960

1020

1080

1140

1200

1260

1320

1380

1440

1500

1560

1590 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE • 999

» · · · _Λ · · 9 · • * · · · • · ··· ··· • · · *·· ·» ··

- 246 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...564 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:81:

TTGGGTTGCG TATCAATGAC TCTAGGTATT GATGAAGCGG GGAGGGGGTG TTTQGCCGGT TCGCTTTTTG TGGCGGGGGT GGTGTGTAAT GAAAAAATAG CCTTAGAATT TCTAAAAATG GGTCTTAAGG ATAGCAAGAA GCTCAGCCCC AAAAAGCGCT TTTTCTTAGA AGATAAAATC AAAACGCATG GTGAGGTGGG GTTTTTCGTG GTTAAAAAAA GCGCGAATGA AATTGATCAT TTGGQCTTAG GGGCGTGTTT GAAACTCGCT ATTGAAGAAA TTGTAGAAAA TGGTTGCTCT TTAGCCAATG AAATAAAAAT AGATGGCAAC ACGGCGTTTG GCTTGAACAA ACGCTACCCC AACATACAAA CCATCATCAA GGGCGATGAA ACAATCGCTC AAATCGCTAT GGCGTCTGTT TTGGCGAAAG CTTCTAAGGA TAGGGAAATG TTAGAACTGC ACGCTTTGTT TAAGGAATAC GGCTGGGATA AGAATTGCGG GTATGGGACT AAACAACATA TAGAAGCGAT CAATAAGCTA GGGGCTACGC TTTCATCGGC ATAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:82:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:	•

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...615 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:82:

ATGACTCTAG GTATTGATGA AGCGGGGAGG GGGTGTTTGG CCGGTTCGCT TTTTGTGGCG GGGGTGGTGT GTAATGAAÁA AÁTAGCCTTA GAATTTCTAA AAATGGGTCT TAAGGATAGC AAGAAGCTCA GCCCCAAAAA GCGCTTTTTC TTAGAAGATA AAATCAAAAC GCATGGTGAG GTGGGGTTTT TCGTGGTTAA AAAAAGCGCG AATGAAATTG ATCATTTGGG CTTAGGGGCG TGTTTGAAAC TCGCTATTGA AGAAATTGTA GAAAATGGTT GCTCTTTAGC CAATGAAATA AAAATAGATG GCAACACGGC GTTTGGCTTG AACAAACGCT ACCCCAACAT ACAAACCATC ATCAAGGGCG ATGAAACAAT CGCTCAAATC GCTATGGCGT CTGTTTTGGC GAAAGCTTCT AAGGATAGGG AAATGTTAGA ACTGCACGCT TTGTTTAAGG AATACGGCTG GGATAAGAAT TGCGGGTATG GGACTAAACA ACATATAGAA GCGATCAATA AGCTAGGGGC TACGCCTTTT CATCGGCATA GCTTCACGCT TAAAAACCGC ATCTTAAATC CCAAACTCTT AGAGGTGGAA

120

180

240

300

360

420

480

540

564

12 v 180 240 300 360 420 480 540 600 • 4 • · · 4··· 4 4 4 4

4 4 44444 • 44 4 4 4 444444

4 4 4 4 4 4

444 44 4444444 44 44

- 247 CAACGCCTTG TTTAA 615 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:83:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 579 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: krubová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...579 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:83:

ATGAATGCAT TGAAAAAATT AAGTTTTTGC GCCTTGTTAT CCCTAGGCCT CTTCGCTCAA 60 ACAGTGCATG CTCAGCATTT AAAGGACACG ATTAACTATC CTGATTGGCT TAAAATCAAT 120 CTTTTTGATA AAAAGAACCC GCCCAATCAA TATGTCGGAT CGGCTTCAAT TTCTGGTAAA ISO AGGAACGATT TTTATTCCAA TTACATCCCC TATGATGACA AATTGCCCCC TGAAAAGAAC 240 GCTGAAGAAA TCGCTCTTTT AAGGGCCAGA ATGAACGCTT ACAGCACTTT AGAAAGCGCT 300 TTACTCACTA AAATGTGCAA TCGCATTGTT AAAGCGCTTC AAGTTAAAAA TAATGTTATC 360 AGCCATTTAT TCGGGTTTGT TGATTTTTTA ACGTCTAAAT CCATTTTGGC TAAAAGGTTC 420 GTGGATACCA CCAACCATCG TGTGTATGTC ATGGTGCAAT TCCCTTTCAT TCAGCCTGAA 480 GACTTAATCG CTTACTTTAA AGCCAAACGC ATCGACCTTT CTTTAGCGAG CGCTACCAAT 54 0 CTCAGCGCCA TTTTAAACAA GGCGTTGTTC CACCTCTAA 579 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:84:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 261 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

- 248 60

120

180

240

261 (A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...261 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:84:

ATGAATGCAT TGAAAAAATT AAGTTTTTGC GCCTTGTTAT CCCTAGGCCT CTTCGCTCAA ACAGTGCATG CTCAGCATTT AAAGGACACG ATTAACTATC CTGATTGGCT TAAAATCAAT CTTTTTGATA AAAAGAACCC GCCCAATCAA TATGTCGGAT CGGCTTCAAT TTCTGGTAAA AGGAACGATT TTTATTCCAA TTACATCCCC TATGATGACA AATTGCCCCC TGAAAGAACG CTGAAGAAAT CGCTCTTTTA A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:85:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 228 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...228 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:85:

TTGAAAATTT TAACCCTTTT TTTGATAGGT TTAAACGCAT TGTTCGCCCT AGATTTGAAC GCGCTTAAAA CAGAAATCAA AGAAACCTAT CTCAAAGAAT ACAAAGACTT AAAATTGGAA ATTGAAACAA TTAATTTAGA AATCCCAGAG CGTTTTTCTC ACGCTTCCAT TTTAAGCTAT GAATTGAACG CTTCTAACAA GCTTAAAAAA GATGGGTCGT GTTTTTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:86:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 636 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

120

180

228 « ···* « ·· ·· 9 9

9 · ···« ···· • φ Φ 9 9 9 9 9

99 9 99999999

9 9 9 9 9 9

999 99 999 9999 99 99

- 249 (A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...636 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 86:

ATGTTTTCAA TAATTCTGGG GGGGGGGGGG GGTAATACCC CATGCGGCTT GACATGGCAA CACTTCAAAT TAGGGGATTT GTTTGAAATT GAAAAAACCT TAAGCTTTAA TAAAGACGCT TTAACGCAAG GACAAGATTA CGATTATATT ACAAGAACTT CGCAAAATCA AGGCGTTTTG CAAACTACAG GATTTGTCAA TGCAGAAAAT TTAAACCCAC CATTTACTTG GAGTTTAGGG CTTTTGCAAA TGGATTTTTT CTATCGTAAA AAGTCATGGT ATGCGGGACA ATTCATGCGA AAAATCACAC CAAAAACTGA AATTAAAAAT AAAATTAATT CACGCATAGC CCACTATTTC ACAACGCTTT TAAACGCCTT AAAACGCCCT TTATTGAGTG TATTAGTTAG GGATATTGAT AAAACTTTTA GGGAGCAAAA AATCCAACTA CCCCTAAAAC CCACCGCTAA AACTCAAAGC CTTGATGGTA TTGATTTTGA TTTCATGCAC ACCCTAATCA ACGCCCTGAT GAAGCAAACC ATTCAAGGCG TGGTTCAATA CTGCGACGCT AAAATACAGG CTACAAAAGA AGTTATCAGC CAAGAAACGC CTATTCAAAA AGACTCGTTA TTTTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:87:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA :1221 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc__feature (B) POLOHA 1...122l~ (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:87:

GTGATTGGCC CCCTTAGCAG CCAACTCAAC GCTATTAAGT GGGGCGAGTT CAAATTAGGG GATTTGTTTG AAGCGAGTAA CGGCGATTTT GACATTCAAA AACGCCACAT CAATCATAAG GGCGAATTTG TCATCACCGC AGGGCTTAGC AATAATGGCG TTTTAGGGCA AAGCGATATA AAAGCAAAAG TTTTTGAAAG CCATACCATT ACTATTGACA TGTTTGGTTG CGCGTTTTAT CGCAGTTTTG CTTATAAAAT GGTAACACAT GCTAGGGTAT TTTCTCTCAA, ACCTAAATTT GAAATCAACC ATAAAATCGG CTTGTTTTTA TCCACGCTAT TTTTTGGTÍA CCATAAAAAA TTCGGCTATG AAAACATGTG TTCATGGGCA AAAATTAAAA ACGATAAAGT CATTCTACCC CTAAAACCCA CCGCTAACAC TCAAACCCTT GAGGGTATTG ATTTTGATTT CATGGAAAAA TTCATAGCCG AACTTGAGCA GTGTCGGCTC GCCGAACTTC AGGCTTATTT AAAAGCTACA GGGCTAGAAA ACACCACCCT TTCTAACGAT GAAGAAAATG CCCTTAATGT TTTCAATAAT TCTGGGGGGG GGGGGGGTAA TACCCCATGC GGCTTGACAT GGCAACACTT CAAATTAGGG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

636

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

- 250 GATTTGTTTG AAATTGAAAA aaccttaagc TTTAATAAAG ACGCTTTAAC GCAAGGACAA 720 GATTACGATT ATATTACAAG AACTTCGCAA AATCAAGGCG TTTTGCAAAC TACAGGATTT 780 GTCAATGCAG AAAATTTAAA CCCACCATTT ACTTGGAGTT TAGGGCTTTT GCAAATGGAT 840 TTTTTCTATC GTAAAAAGTC ATGGTATGCG GGACAATTCA TGCGAAAAAT CACACCAAAA 900 ACTGAAATTA AAAATAAAAT TAATTCACGC ATAGCCCACT ATTTCACAAC GCTTTTAAAC 960 GCCTTAAAAC GCCCTTTATT GAGTGTATTA GTTAGGGATA TTGATAAAAC TTTTAGGGAG 1020 CAAAAAATCC AACTACCCCT AAAACCCACC GCTAAAACTC AAAGCCTTGA TGGTATTGAT 1080 TTTGATTTCA TGCACACCCT AATCAACGCC CTGATGAAGC AAACCATTCA AQGCGTGGTT 1140 CAATACTGCG ACGCTAAAAT ACAGGCTACA AAAGAAGTTA TCAGCCAAGA AACGCCTATT 1200 CAAAAAGACT CGTTATTTTG A 1221 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:88:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 828 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍC: misc__feature (B) POLOHA 1...828 ”* (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:88:

ATGAGTAAGA GTTTATACCA AACTTTAAAC GTGAGCGAAA ACGCCAGCCA AGATGAAATC 6C AAAAAATCCT ACCGCCGTTT AGCCAGGCAA TACCACCCGG ATTTGAATAA AACCAAAGAA 12 c

GCCGAAGAGA AATTCAAAGA AATCAACGCC GCTTATGAAA TTTTGAGCGA TGAAGAAAAA 18 C

CGCCGCCAAT ACGATCAATT TGGCGACAAC ATGTTTGGCG GGCAGAATTT CAGCGATTTT 24GCCAGAAGCC GTGGTCCTAG TGAAGATTTA GATGATATTT TAAGCTCTAT TTTTGGGAAA 30' GGAGGCTTTT CGCAAAGATT TTCTCAAAAT TCGCAAGGCT TTTCTGGCTT TAATTTTTCC 36 AATTTCGCCC CTGAAAATTT AGATGTAACC GCTATTTTAA ATGTCTCTGT TTTAGACACC 42

CTTTTAGGCA ATAAAAAACA AGTGAGCGTC AATAATGAGA CTTTTAGCCT TAAAATCCCT 48

ATCGGCGTGG AAGAGGGCGA AAAGATTAGG GTTCGCAACA AAGGGAAAAT GGGGCGAACG 54 GGTAGGGGCG ATTTGCTCTT ACAGATCCAT ATTGAAGAAG ATGAAATGTA TAGGCGCGAA 6C AAAGACGATA TTATCCAAAT CTTTGATTTA CCCTTAAAAA CGGCTCTTTT TGGAGGGAAA 6 c ATTGAAATCG CTACTTGGCA TAAAACCTTA ACCCTAACCA TTCCCCCTAA CACCAAALJC 72 ATGCAAAAAT TCCGCATCAA AGACAAAGGG ATCAAAACCA GAAAAACTTC GCATGTGGGG 7£ GATTGTATTG CAAGCTCGTT TGATCTGCTA AAATTGAAAC GCTTCTAA B.' (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:89:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 837 párů bází (B) TYP: nukleová kvselina • 99 ·

I · · ·

I 9 9 9

999 999

- 251 (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

{A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...837 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :89:

ATGAGTAAGA GTTTATACCA AACTTTAAAC GTGAGCGAAA ACGCCAGCCA AGATGAAATC AAAAAATCCT ACCGCCGTTT AGCCAGGCAA TACCACCCGG ATTTGAATAA AACCAAAGAA GCCGAAGAGA AATTCAAAGA AATCAACGCC GCTTATGAAA TTTTGAGCGA TGAAGAAAAA CGCCGCCAAT ACGATCAATT TGGCGACAAC ATGTTTGGCG GGCAGAATTT CAGCGATTTT GCCAGAAGCC GTGGTCCTAG TGAAGATTTA GATGATATTT TAAGCTCTAT TTTTGGGAAA GGAGGCTTTT CGCAAAGATT TTCTCAAAAT TCGCAAGGCT TTTCTGGCTT TAATTTTTCC AATTTCGCCC CTGAAAATTT AGATGTAACC GCTATTTTAA ATGTCTCTGT TTTAGACACC CTTTTAGGCA ATAAAAAACA AGTGAGCGTC AATAATGAGA CTTTTAGCCT TAAAATCCCT ATCGGCGTGG AAGAGGGCGA AAAGATTAGG GTTCGCAACA AAGGGAAAAT GGGGCGAACG GGTAGGGGCG ATTTGCTCTT ACAGATCCAT ATTGAAGAAG ATGAAATGTA TAGGCGCGAA AAAGACGATA TTATCCAAAT CTTTGATTTA CCCTTAAAAA CGGCTCTTTT TGGAGGGAAA ATTGAAATCG CTACTTGGCA TAAAACCTTA ACCCTAACCA TTCCCCCTAA CACCAAAGCC ATGCAAAAAT TCCGCATCAA AGACAAAGGG ATCAAAAGCA GAAAAACTTC GCATGTGGGG GATTGTATTG CAAGCTCGTT TGATCTGCCT AAAATTGAAA CGCTTCTAAT GAGTTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:90:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 699 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

720

780

837

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...699

- 252 • · · ·· 9 9

9 9 · · · · · « · · · · · ® · * 999 999

9 9 9

999 9999 9 9 9 9 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:90:

GTGGTTCAAA AATTTAATTT TTATAAGACA TTCCTTTTTA TCACAATGGC GGTGATTGTG AAAAAAGATG AATACAACAA ACCGGCGATC CTTTTTGCTA ATTTAGAAAC AGCGGACAAT AATTCCCCCC TTGTCCCAGA AGCTATGCTA GAGTATGTTT TAGCGTCTTT TTACTTTGAT AATGTGGATT ATTTGACCTT TTTGAAACTG TCTAAAGACC AGGAATTTAT CTCTAATTCT TACCCTAACA GCCGTTACCG CCCCTATGTA CAAAATGAGC TCAATCGCGC GATCGCGAAT GTGAAACGCT ATTTAGAAAG GATAGATGAG TCGCACATGC CTTGGTATGT GTTAATTTTT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:91:

GGTGGCATGC GTTTAAAACA TTTTAAGACA ATAGGCACTG GTTGTGCGAA TAAAAACAAA TTTTGGTATC AAGGGATTTT GAGAGAAATT TACTATTCTT CCTTACAGAG CGAACACATC GCTTTAGGGC AAGCGCACAT GAAAAAGAAA GAATACATCA AGCGCTTTGG GACGAAGGAC CAATCGCATT ATTACGCTTT CAAAAACCAT ATTGTGAGTT TAGGCGAATT TATAGAAAAA GAATACATGC AAATCAAATT CATTTTAGGG GTCTATAAAA AACGCCACAA GCCCGAGGGC ACTTTAGAAA AAGAGACTAA ACCCAAACCA GATTGGTAG

120

180

240

300

360

420

480

540

600

660

699 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 345 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS:

Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...345 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:91:

ATGCGTTTTT TGAATAACAA GGGTTTTTAA AAACGCTGGG GAAATTGATA TTATCGCTTT GAAAATTTTG ATCCCATTTA ATCCGCTGTT ATTTGTCTCA GTGAAAAATG GTAAATTTGA

ACATAGAGAA AAGGGCTTAA TTTTGAAATG ATÁGAGÁGGÁ GAAAAAAGGG GTTTTGCATT TGCGATCACG CCGAGCAAAT AAAAGATCCC AATAGCGATT GCTTTTAGAA AATATCACTT

AGGCTGAAGA AGAAGCTTGC ACTTTTTTTC ACAATTTGGT TCATTGAAGT CAAAAGCGGG TAAAAAAGAT GÁTTAAAACG TTTGCATTGA CGCTCTTATT TTTAG

120

180

240

300

345 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:92:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 3OS párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová fii) TVP ΜΩΤ.ΕΚΓΤΓ.ν· DWa lfTPnnmi <~lrá 5

φ φ φ φ • φ φ φ φφφ φφφ φ φ φφ φφ

- 253 • ΦΦ φφφφ (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...306 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :.92:

ATGGGCAGCA TTGGGGCTAT GACTAAAGGG AGCTCTGATA GGTATTTTCA GCGAGTGAAA AATTAGTCCC AGAAGGCATT GAGGGGCGTG TGCCTTATCG TCGGATATGA TTTTCCAATT AGTAGGGGGC GTGCGTTCTT CTATGGGGTA AAGAATATTT TGGAATTGTA TCAAAACGCT GAATTTGTAG AAATCACTAG AAAAAAAGCC ATGTGCATGG CGTGGATATT ACTAAAGAAG CCCCTAATAT TTTTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:93:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 1446 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc__f eature (B) POLOHA 1...1446* (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:93:

ATGAGAATTT TACAAAGGGC TTTGACTTTT GAAGACGTGT TGATGGTGCC AGCGTTTTAC CTAAAGATGT GAGCTTAAAG TCTCGCCTAA CCAAAAACAT ATCCCTTTTA TTAGTGCGGC TATGGATACG GTTACAGAGC ATAAAACCGC GCGCGCCTTG GGGGTATTGG CATCGTGCAT AAAAACATGG ATATTCAAAC GAAATCACTA AAGTTAAAAA AAGCGAGAGC GGGGTGATTA ATGATCCTAT GCGCACAGGA CGCTAGCGGA CGCTAAAGTC ATAACGGATA ATTATAAGÁT CCTGTGGTAG ATGATAAGGG GTTGTTGATT GGGATTTTAA CCAACAGAGA GAAACCGATT TGAGTAAAAA AGTGGGCGAT GTGATGACTA AAATGCCTTT CATGTGGGCA TTAGCTTAGA TGAAGCGAGC GATTTGATGC ACAAGCATAA TTGCCCATTG TGGATAAAGA TAATGTTTTA AAAGGCTTGA TCACGATCAA

AGAGGGCGTG

TGGTAAGGTT

TCAGGGGGCG

CGCGGGGTTA

TATGGGTGAA

120

180

240

300

306

TAGAAAATCC

TGGTTTGAAT

TATCGCTATG

GCAAGTCAAA

TTTTATCCAT

TTCAGGCGTG

CGTGCGTTTT

AGTTACCGCT

GATTGAAAAA

AGACATTCAA

120

180

240

300

360

420

480

540

600 • 9

- 254 • 9 ·9 ·· * · 9 9 9 9 • · 9 9 · • 9 99 9 9 9 9 • 9 9

9 9 9 9 99 99 aaacgcattg aataccctga ggccaataaa gatgattttg ggaggttgag AGTGGGGGCG 660 gctattggag tggggcagtt ggatagggct gaaatgttag TTAAAGCGGG GGTGGATGCG 720 TTGGTGTTAG ACAGCGCGCA TGGGCATTCA GCCAATATTT TACACACTTT AGAAGAGATT 780 AAAAAAAGCT TGGTAGTGGA TGTGATTGTG GGGAATGTGG TTACTAAAGA AGCCACAAGC 840 GATTTGATTA GCGCGGGAGC GGACGCTGTT AAAGTGGGTA TTGGGCCAGG AAGCATTTGC 900 ACCACTAGGA TTGTGGCCGG GGTGGGAATG CCCCAAGTGA GCGCAATTGA TAATTGCGTG 960 GAAGTGGCGT CTAAATTTGA TATTCCTGTG ATTGCCGATG GAGGGATCCG CTATTCAGGC 1020 GATGTGGCTA AGGCTCTAGC TTTAGGAGCA TCAAGCGTGA TGATAGGCTC TTTACTCGCT 1080 GGCACAGAAG AATCTCCAGG GGATTTTATG ATTTACCAAG GGAGGCAATA TAAAAGCTAT 1140 AGGGGCATGG GCAGCATTGG GGCTATGACT AAAGGGAGCT CTGATAGGTA TTTTCAAGAG 1200 GGCGTGGCGA GTGAAAAATT AGTCCCAGAA GGCATTGAGG GGCGTGTGCC TTATCGTGGT 1260 AAGGTTTCGG ATATGATTTT CCAATTAGTA GGGGGCGTGC GTTCTTCTAT GGGGTATCAG 1320 GGGGCGAAGA ATATTTTGGA ATTGTATCAA AACGCTGAAT TTGTAGAAAT CACTAGCGCG 1380 GGGTTAAAAG AAAGCCATGT GCATGGCGTG GATATTACTA AAGAAGCCCC TAATTATTAT 1440 GGGTGA 1446 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:94:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 615 páru bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...615 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:94:

ATGCAAGGGT TTCTTTTACA AACACAAAGC ATAAGAGATG AAGATTTGAT CGTGCACGTT 60 TTAACCAAAA ACCAGCTCAA AACCCTCTAT CGTTTCTATG GCAAACGCCA CAGCGTGCTG 120 AATGTGGGTC GTAAAATTGA TTTTGAAGAA GAAAACGATG ATAAÁTTTTT ACCCAAGTTA 180 AGGAATATTT TGCATTTAGG CTATATTTGG GAAAGAGAAA TGGAGCGCTT GTTTTTTTGG 240 CAACGCTTTT GCGCTCTTTT GTTCAAGCAT TTAGAGGGCG TGCATTCTTT AGATAGCATC 300 TATTTTGACA CTTTAGATGA TGGGGCTAGC AAACTCTCCA AACAGCACCC CTTAAGAGTG 360 ATTTTAGAAA TGTATGCAGT CCTTTTGAAT TTTGAAGGGC GCTTGCAAAG _T .CAATTCT 420 TGTTTTTTAT GCGATGCAAA ATTAGAGCGT TCTGTCGCTT TAGCGCAAGG GTTTATTTTA 480 GCGCACCCCT CTTGCTTGAA AGCTAAAAGC TTGGATTTAG AAAAAATCCA- AGCTTTTTTC 540 CGCACTCAAA GCACGATTGA TCTAGAAACA GAAGAAGTGG AAGAATTATG GCGCACGCTG 600 AATTTAGGGT TTTGA 615 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:95:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

- 255 • ·· · (A) DÉLKA : 249 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...249 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:95:

ATGGGCGTCG GACGGGTCGG CAATATGGCA CTGTTGGCGT GTGCAGGTCC GATGGGCATC SO GGCGCTATTG CTATCGCCAT TAACGGCGGC AGACAACGGT CGCGGATGTT GGTGGTCGAT 120 ATAGACGACA AACGTCTGGA GCAGGTACAG AAGATGCTGC CGGGGAATTG GCGGCCAGTA 180 ACGGCATTGA GCTGGTGTCT GTGCATACCA AAGCGAGGAG CGATCCGTGC CAGATGCTGC 240 GAGCGCTGA 249 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:96:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 204 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...204 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:96:

TTGTCCGGTA CAGCCGTGAG TTGCCGGTGC ACATGCCGCA TACAGTTGGT ATTGGTGCGC 60 ACCAGCATCC CGGTTGTTAT CGGGTGCTCA TGCCCATTCC TTTCCAGTAT TGGGTTCACA 120 ACGGGAACCC ACCAATCACC CGTTAAACGC TGCGGGGTTA ACGCCGGAAA AACACCGTCA 180 AAAAAACATT TGCATTTAAA CTAA 204 ····

·· ·· ·· • · · · · · • · · · · • · ··· ··· • ♦ · • ···· ·· ··

- 256 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:97:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 345 párů bá2Í (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . .345 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:97:

GTGTGGCTGG CGGCGCTGGG CTTCCTGATC ACCGCGGTGG GGCTGCCGGT GATCACCGTG ATCGCCCTGG CCAAGGTCGG CGGTTCGTCG ACGCCCTCAG CCATCCGATC GGCAGGTATG CCGGCGGCCT GCTGGCGGCG GTCTGCTACC TGGCGGTCGG CCCGCTGTTC GCCATTCCGC GCACCGCCAC GGTGTCCTTC GAAGGTCAGC GTGGTGCCGC TGCTCGGCGA AGAAGCGGCA CGGCGCTGTT CGTCTACAGC CTGGCGTACT TCCTCCTCGC CCTGGCCATC TCCCTCTACC CCGGTCGCCT GCTGGACACC GTCGGACGCT TCCTCGCCCC GCTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 98:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 228 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (íii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...228 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:98:

120

180

240

300

345

Met

Arg

Phe

Lys

Gly Ser Arg Val

Glu

Ala

Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

Glu

1

5

10

15

Phe

Gin

Glu

Asn

Glu Tyr Glu Glu

Phe

Lys

Glu

Leu

Tyr

Glu

Ser

Leu

20

25

30

• · 9 9 • ·

• · • 9 • • • 9 99 9

9 9 9 • • • 9 • • ·

• • · • • • ··«

• 9 9 9 9 9 9 99 9 9

9« 9 <1 9 1 • 99« « 9 9

9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 99

- 257

Lys

Thr

Lys

Gin

Lys

Pro

His

Thr

Leu

Phe

Zle

Ser

Cys

Val

Asp

Ser

35

40

45

Arg

Val

val

Pro

Asn

Leu

Ile

Thr

Gly

Thr

Gin

Pro

Gly

Glu

Leu

Tyr

50

55

60

Val

Ile

Arg

Asn

Met

Gly

Asn

val

Ile

Pro

Lys

Thr

Ser

Tyr

Lys

65

70

75

80

Glu

Ser

Leu

Ser

Thr

Ile

Ala

Ser

Val

Glu

Tyr

Ala

Ile

Ala

His

Val

85

90

95

Gly

Val

Gin

Asn

Leu

Ile

Cys

Gly

His

Ser

Asp

Cys

Gly

Ala

Cys

100

105

110

Gly

Ser

Ile

His

Leu

Ile

His

Asp

Glu

Thr

Lys

Ala

Lys

Thr

Pro

115

120

125

Tyr

Ile

Ala

Asn

Trp

Ile

Gin

Phe

Leu

Glu

Pro

Ile

Lys

Glu

Leu

130

135

14 0

Lys

Asn

His

Pro

Gin

Phe

Ser

Asn

His

Phe

Ala

Lys

Arg

Ser

Trp

Leu

145

150

155

160

Thr

Glu

Arg

Leu

Asn

Ala

Arg

Leu

Gin

Leu

Asn

Leu

Ser

Tyr

165

170

175

Asp

Phe

Ile

Gin

Glu

Arg

Val

Ile

Asn

Glu

Leu

Lys

Ile

Phe

Gly

180

185

190

Trp

His

Tyr

Ile

Glu

Thr

Gly

Arg

Ile

Tyr

Asn

Tyr

Asn

Phe

Glu

195

200

205

Ser

His

Phe

Glu

Pro

Ile

Glu

GlU

Thr

Ile

Lys

Gin

Arg

Ile

Ser

210

215

220

His

Glu

Asn

Phe

225

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:99:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 221 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: mi sc_feature (B) POLOHA 1...221 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:99:

Val 1

Glu

Ala

Phe

Leu 5

Gly

Ala

Leu

Glu

Phe 10

Gin

Glu

Asn

Glu,

Tyr 15

Glu

Phe

Lys

Glu 20

Leu

Tyr

Glu

Ser

Leu 25

Lys

Thr

Lys

Gin

Lys 30

Pro

His

Thr

Leu

Phe 35

Ile

Ser

Cys

Val

Asp 40

Ser

Arg

Val

Pro 45

Asn

Leu

Ile

Thr

Gly

Thr

Gin

Pro

Gly

Glu

Leu

Tyr

Val

Ile

Arg

Asn

Met

Gly

Asn

te ····

4« · « > 4 4 4 t 4 4 « ··· *4* ηΛ

- 258 -

Val

50 Xle

Pro

Lys

Thr

55 Ser

Tyr

Lys

Glu

Ser

60 Leu

Ser

Thr

Ile

Ala

65 Ser

Val

Glu

Tyr

Ala

70 Ile

Ala

His

Val

Gly

75 Val

Gin

Asn

Leu

Ile

80 Ile

Cys

Gly

His

Ser

85 Asp

Cys

Gly

Ala

Cys

90 Gly

Ser

Ile

His

Leu

95 Zle

His

Asp

Glu

Thr

100 Thr

Lys

Ala

Lys

Thr

105 Pro

Tyr

Ile

Ala

Asn

110 Trp

Ile

Gin

Phe

Leu

115 Glu

Pro

Ile

Lys

Glu

120 Glu

Leu

Lys

Asn

His

125 Pro

Gin

Phe

Ser

Asn

130 His

Phe

Ala

Lys

Arg

135 Ser

Trp

Leu

Thr

Glu

140 Arg

Leu

Asn

Ala

Arg

145 Leu

Gin

Leu

Asn

150 Leu

Leu

Ser

Tyr

Asp

155 Phe

Ile

Gin

Glu

Arg

160 Val

Ile

Asn

Glu

165 Leu

Lys

Ile

Phe

Gly

170 Trp

His

Tyr

Ile

175 Glu

Thr

Gly

Arg

Ile

180 Tyr

Asn

Tyr

Asn

Phe

185, Glu

Ser

His

Phe

190 Glu

Pro

Ile

Glu

Glu 210

195 Thr

Ile

Lys

Gin

Arg 215

200 Ile

Ser

His

Glu

Asn 220

205 Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 100:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 335 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...335 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 100:

Met

Leu

Val

Thr

Arg

Phe

Lys

Ala

Phe

Ile

Ser

Tyr

Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Val

Leu

Val

Ser

Leu

Asn

Val

Cys

Asn

Ala

Ser

Ala

Gin

20

25

30

Glu

Val

Lys

Val

Lys

Asp

Tyr

Phe

Gly

Glu

Gin

Thr

Ile

Lys

Leu

Pro

35

40

45

Val

Ser

Lys

Ile

Ala

Tyr

Ile

Gly

Ser

Tyr

Val

Glu

Val

Pro

Ala

Met

55 60

Leu Asn Val Trp Asp Arg Val Val Gly Val Ser Asp Tyr Ala Phe Lys

70 75 80

Asp Asp Ile Val Lys Ala Thr Leu Lys Gly Glu Asp Leu Lys Arg Val fl B on

QC • · • · 9 9 9 9 9 •9 9 · · ······

- 259 -

Lys

His

Met

Ser 100

Thr

Asp

His

Thr

Ala 105

Ala

Leu

Asn

Val

Glu 110

Leu

Lys

Leu 115

Ser

Pro

Asp

Leu

Val 120

Val

Thr

Phe

Val

Gly 125

Asn

Pro

Lys

Ala

Val 130

Glu

His

Ala

Lys

Lys 135

Phe

Gly

Ile

Ser

Phe 140

Leu

Ser

Phe

Gin

Glu 145

Thr

Ile

Ala

Glu 150

Ala

Met

Gin

Ala

Met 155

Gin

Ala

Gin

Ala

Thr 160

Val

Leu

Glu

Ile

Asp 165

Ala

Ser

Lys

Phe 170

Ala

Lys

Met

Gin

Glu 175

Thr

Leu

Asp

Phe

Ile 180

Ala

Glu

Arg

Leu

Lys 185

Gly

Val

Lys

Lys 190

Lys

Gly

Val

Glu

Leu 195

Phe

His

Lys

Ala

Asn 200

Lys

Ile

Ser

Gly

His 205

Gin

Ala

Ile

Ser

Ser 210

Asp

Ile

Leu

Glu

Lys 215

Gly Gly

Ile

Asp

Asn 220

Phe

Gly

Leu

Lys

Tyr 225

Val

Lys

Phe

Gly Arg 230

Ala

Asp

Ile

Ser

Val 235

Glu

Lys

Ile

Val

Lys 240

Glu

Asn

Pro

Glu

Ile 245

Ile

Phe

Ile

Trp

Trp 250

Val

Ser

Pro

Leu

Thr 255

Pro

Glu

Asp

Val

Leu 260

Asn

Pro

Lys

Phe 265

Ser

Thr

Ile

Lys

Ala 270

Ile

Lys

Asn

Lys

Gin 275

Val

Tyr

Lys

Leu

Pro 280

Thr

Met

Asp

Ile

Gly Gly 285

Pro

Arg

Ala

Pro 290

Leu

Ile

Ser

Leu

Phe 295

Ile

Ala

Leu

Lys

Ala 300

His

Pro

Glu

Ala

Phe 305

Lys

Gly

Val

Asp

Ile 310

Asn

Ala

Ile

Val

Lys 315

Asp

Tyr

Lys

Val 320

Val

Phe

Asp

Leu

Asn 325

Asp

Ala

Glu

Ile

Glu 330

Pro

Phe

Leu

Trp

His 335

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 101:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 274 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...274 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 101:

Met Leu Val Thr Arg Phe Lys Lys Ala Phe Ile Ser Tyr Ser Leu Gly

5 10 15

Val Leu Val Val Ser Leu Leu Leu Asn Val Cys Asn Ala Ser Ala Gin • · · · · · ·· · • · · · · · ♦ •e · * · ······ • · · · · • ······· ·· *·

- 260 -

Glu

Val

Lys

20 Val

Lys

Asp

Tyr

Phe

25 Gly

Glu

Gin

Thr

Ile

30 Lys

Leu

Pro

Val

Ser

35 Lys

Ile

Ala

Tyr

Ile

40 Gly

Ser

Tyr

Val

Glu

45 Val

Pro

Ala

Met

Leu

50 Asn

Val

Trp

Asp

Arg

55 Val

Val

Gly

Val

Ser

60 Asp

Tyr

Ala

Phe

Lys

65 Asp

Asp

Ile

Val

Lys

70 Ala

Thr

Leu

Lys

Gly

75 Glu

Asp

Leu

Lys

Arg

80 Val

Lys

His

Met

Ser

85 Thr

Asp

His

Thr

Ala

90 Ala

Leu

Asn

Val

Glu

95 Leu

Leu

Lys

Leu

100 Ser

Pro

Asp

Leu

Val

105 Val

Thr

Phe

Val

Gly

110 Asn

Pro

Lys

Ala

Val

115 Glu

His

Ala

Lys

120 Phe

Gly

Ile

Ser

Phe

125 Leu

Ser

Phe

Gin

Glu

130 Tbr

Thr

Ile

Ala

Glu

135 Ala

Met

Gin

Ala

Met

140 Gin

Ala

Gin

Ala

Thr

145 Val

Leu

Glu

Ile

Asp

150 Ala

Ser

Lys

Phe

155 Ala

Lys

Met

Gin

Glu

160 Thr

Leu

Asp

Phe

Ile

165 Ala

Asp

Arg

Leu

Lys

170 Gly

Val

Lys

175 Lys

Gly

Val

Glu

Leu

ISO Phe

His

Lys

Ala

Asn

185 Lys

Ile

Ser

Gly

His

190 Gin

Ala

Ile

Asn

Ser

195 Asp

Ile

Leu

Gin

200 Gly Gly

Ile

Asp

Asn

205 Phe

Gly

Leu

Lys

Tyr

210 Val

Lys

Phe

Gly

Arg

215 Ala

Asp

Ile

Ser

Val

220 Glu

Lys

Ile

Val

Lys

225 Glu

Asn

Pro

Glu

Ile

230 Ile

Phe

Ile

Arg

Trp

235 Val

Thr

Pro

Leu

Thr

240 Pro

Asp

Tyr

Val

Leu

245 Asn

Asn

Pro

Lys

Phe

250 Ser

Thr

Ile

Asn

Ala

255 Ile

Lys

Asn

Ile

260

265

270

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 102:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 428 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 428 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:102:

9

4

• ♦ · ♦

4 4 4

4·4 444

4

- 261 -

Met 1

Lys

Phe 5

Leu

Ser

Leu

Thr

Leu 10

Gly

Ser

Leu

Val 15

Ser

Ala

Leu

Ser

Ala 20

Glu

Asp

Asn Gly

Phe 25

Phe

Val

Ser

Ala

Gly 30

Tyr

Gin

Ile

Gly

Glu 35

Ser

Ala

Gin

Met

Val 40

Lys

Asn

Thr

Lys

Gly 45

Ile

Gin

Asp

Leu

Ser 50

Asp

Ser

Tyr

Glu

Arg 55

Leu

Asn

Leu

Leu 60

Thr

Asn

Tyr

Ser

Val 65

Leu

Asn

Ala

Leu

Ile 70

Arg

Gin

Ser

Ala

Asp 75

Pro

Asn

Ala

Ile

Asn 80

Asn

Ala

Arg

Gly

Asn 85

Leu

Asn

Ala

Ser

Ala 90

Lys

Asn

Leu

Ile

Asn 95

Asp

Lys

Asn

Ser 100

Pro

Ala

Tyr

Gin

Ala 105

Val

Leu

Ala

Leu 110

Asn

Ala

Gly 115

Leu

Trp

Gin

Val

Met 120

Ser

Tyr

Ala

Ile

Ser 125

Pro

Cys

Gly

Pro

Gly 130

Lys

Asp

Thr

Ser

Lys 135

Asn

Gly Gly

Val

Gin 140

Thr

Phe

His

Asn

Thr 145

Pro

Ser

Asn

Gin

Trp 150

Gly

Thr

Ile 155

Thr

Cys

Gly

Thr

Thr 160

Gly

Tyr

Glu

Pro

Gly 165

Pro

Tyr

Ser

Ile

Leu 170

Ser

Thr

Glu

Asn

Tyr 175

Ala

Lys

Ile

Asn

Lys 180

Ala

Tyr

Gin

Ile

Ile 185

Gin

Lys

Ala

Phe

Gly 190

Ser

Gly

Lys

Asp

Ile

Pro

Ala

Leu

Ser

Asp

Thr

Asn

Thr

Glu

Leu

Lys

Phe

195 200 205

Thr Ile Asn Lys Asn Asn Gly Asn Thr Asn Thr Asn Asn Asn Gly Glu

210 215 220

Glu Ile Val Thr Lys Asn Asn Ala Gin Val Leu Leu Glu Gin Ala Ser

225 230 235 240

Thr Ile Ile Thr Thr Leu Asn Ser Ala Cys Pro Trp Ile Asn Asn Gly

245 250 255

Gly Ala Gly Gly Ala Ser Ser Gly Ser Leu Trp Glu Gly Ile Tyr Leu

260 265 270

Lys Gly Asp Gly Ser Ala Cys Gly Ile Phe Lys Asn Glu Ile Ser Ala

275 280 285

Ile Gin Asp Met Ile Lys Asn Ala Ala Ile Ala Val Glu Gin Ser Lys

290 295 300

Ile Val Ala Ala Asn Ala Gin Asn Gin Arg Asn Leu Asp Thr Gly Lys

305 310 315 320

Thr Phe Asn Pro Tyr Lys Asp Ala Asn Phe Ala Gin Ser Met Phe Ala

325 330 335

Asn Ala Lys Ala Gin Ala Glu Ile Leu Asn Arg Ala Gin Ala Val Val

340 345 350

Lys Asp Phe Glu Arg Ile Pro Ala Glu Phe Val Lys Asp Ser Leu Gly 355 360 365

Val

Cys 370

His Glu

Val Gin

Asn Gly His Leu Arg Gly

Thr Pro Ser .1

Gly

375

380

Thr

Val

Thr

Asp

Asn

Thr

Trp

Gly

Ala

Gly

Cys

Ala

Tyr Val

Gly

Glu

385

390

395

400

Thr

Val

Thr

Asn

Leu

Lys

Asp

Ser

Ile

Ala

His

Phe

Gly Asp

Gin

Ala

405

410

415

Glu

Arg

Ile

His

Asn

Ala

Arg

Asn

Leu

Ala

Thr

Leu

420 425 • · · · · · · • · · · · ······ • · · · · • ······· · · · ·

- 262 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 103:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA :178 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature

CB) POLOHA 1...178

(xi) POPIS

SEKVENCE: SEQ ID

NO:

103:

Met 1

Asn

Pro

Leu

Lea 5

Gin

Asp

Tyr

Ala

Arg 10

Ile

Leu

Glu

Trp 15

Asn

Gin

Thr

His

Asn 20

Leu

Ser

Gly

Ala

Arg 25

Asn

Leu

Ser

Glu

Leu 30

Glu

Pro

Gin

Ile

Thr 35

Asp

Ala

Leu

Lys

Pro 40

Leu

Glu

Phe

Val

Lys 45

Asp

Phe

Lys

Ser

Cys 50

Leu

Asp

Ile

Gly

Ser 55

Gly

Ala

Gly

Leu

Pro 60

Ala

Ile

Pro

Leu

Ala 65

Leu

Glu

Lys

Pro

Glu 70

Ala

Gin

Phe

Ile

Leu 75

Leu

Glu

Pro

Arg

Val 80

Lys

Arg

Ala

Phe 85

Leu

Asn

Tyr

Leu

Lys 90

Ser

Val

Leu

Pro

Leu 95

Asn

Ile

Glu

Ile 100

Ile

Lys

Arg

Leu 105

Glu

Asp

Tyr

Gin

Asn 110

Leu

Gin

Val

Asp 115

Leu

Ile

Thr

Ser

Arg 120

Ala

Val

Ala

Ser

Ser 125

Ser

Phe

Leu

Ile

Glu 130

Lys

Ser

Gin

Arg

Phe 135

Leu

Lys

Asp

Lys

Gly 140

Tyr

Phe

Leu

Phe

Tyr 145

Lys

Gly

Glu

Gin

Leu ISO

Lys

Asn

Glu

Ile

Ala 155

Tyr

Lys

Thr

Glu 160

Cys Leu

Phe Cys

Met

His

Gin 165

Lys

Arg

Val

Tyr

Phe 170

Tyr

Lys

Ser

Lys

Glu 175

Ser

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 104:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 240 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: orotein

- 263 ·· · · · · • ·· (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...240 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 104:

Leu 1

Gly

Leu

Lys

Lys 5

Arg

Ala

Ile

Leu

Trp 10

Ser

Leu

Met

Gly

Phe 15

Cys

Ala

Gly

Leu

Ser 20

Ala

Leu

Asp

Tyr

Asp 25

Thr

Leu

Asp

Pro

Lys 30

Tyr

Lys

Tyr

Ile 35

Lys

Tyr

Lys

Ala 40

Tyr

Glu

Asp

Lys

Glu 45

Val

Glu

Leu

Ile 50

Arg

Asp

Leu

Lys

Arg 55

Ala

Asn

Ala

Lys

Sér 60

Gly

Leu

Ile

Leu

Gly 65

Ile

Asn

Thr

Gly

Phe 70

Phe

Tyr

Asn

His

Glu 75

Ile

Met

Val

Lys

Thr 80

Ásn

Ser

Ile 85

Thr

Gly

Asn

Ile

Leu 90

Asn

Tyr

Leu

Phe

Ala 95

Tyr

Gly

Leu

Arg

Phe 100

Gly

Tyr

Gin

Thr

Phe 105

Arg

Pro

Ser

Phe

Phe 110

Ala

Arg

Leu

Val

Lys 115

Pro

Asn

Ile

Gly 120

Arg

Ile

Tyr

Ile 125

Gin

Tyr

Gly

Gly 130

Ala

Pro

Lys

Ala 135

Gly

Phe

Gly Ser

Val 140

Gly

Phe

Gin

Ser

Val 145

Met

Leu

Asn

Gly Asp 150

Phe

Leu

Asp

Phe 155

Pro

Leu

Pro

Phe

Val 160

Gly

Lys

Tyr

Leu

Tyr 165

Met

Gly Gly

Tyr

Met 170

Gly

Leu

Gly

Leu

Gly 175

Val

Ala

His

Gly ISO

Val

Asn

Tyr

Thr

Ala 185

Glu

Trp

Gly

Met

Ser 190

Phe

Asn

Ala

Gly

Leu 195

Ala

Leu

Thr

Val

Leu 200

Glu

Lys

Asn

Arg

Ile 205

Glu

Phe

Glu

Phe

Lys 210

Ile

Leu

Asn

Phe 215

Pro

Phe

Leu

Gin

Ser 220

Asn

Ser

Lys

Glu 225

Thr

Trp

Gly

Ala 230

Ile

Ala

Ser

Ile

Gly 235

Tyr

Gin

Tyr

Val

Phe 240

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 105:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 313 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO • · · ····· • · · · · · ··· ··· 9 9 9 99 · ·

999 99 999 9999 99 99

- 264 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...313 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 105:

Leu 1

Lys

Leu

Lys

Tyr 5

Trp

Leu

Val

Tyr

Leu 10

Ala

Phe

Ile

Gly 15

Leu

Gin

Ala

Thr

Asp 20

Tyr

Asp

Asn

Leu

Glu 25

Glu

Asn

Gin

Gin 30

Leu

Asp

Glu

Lys

Ile 35

Asn

Leu

Lys

Arg 40

Gin

Leu

Thr

Glu

Lys 45

Gly

Val

Ser

Pro

Lys 50

Glu

Met

Asp

Lys

Asp 55

Lys

Phe

Glu

Glu 60

Tyr

Leu

Glu

Arg

Tbr 65

Tyr

Pro

Lys

Ile

Ser 70

Ser

Lys

Arg

Lys 75

Lys

Leu

Lys

Ser 80

Pbe

Ser

Ile

Ala

Asp 85

Asp

Lys

Ser

Gly

Val 90

Phe

Leu

Gly Gly

Gly 95

Tyr

Ala

Tyr

Gly

Glu 100

Leu

Asn

Leu

Ser

Tyr 105

Gin

Gly

Glu

Met

Leu 110

Asp

Arg

Tyr

Gly

Ala 115

Asn

Ala

Pro

Ser

Ala 120

Phe

Lys

Asn

Ile 125

Asn

Ile

Asn

Ala

Pro 130

Val

Ser

Met

Ile

Ser 135

Val

Lys

Phe

Gly

Tyr 140

Gin

Lys

Tyr

Phe

Val 145

Pro

Tyr

Phe

Gly

Thr 150

Arg

Phe

Tyr

Gly

Asp 155

Leu

Gly

Gly 160

Gly

Ala

Leu

Lys

Glu 165

Asn

Ala

Leu

Lys

Gin 170

Pro

Val

Gly

Ser

Phe 175

Phe

Tyr

Val

Leu

Gly 180

Ala

Met

Asn

Thr

Asp 185

Leu

Phe

Asp

Met 190

Pro

Leu

Asp

Phe

Lys 195

Thr

Lys

His

Phe 200

Leu

Gly

Val

Tyr

Ala 205

Gly

Phe

Gly

Ile

Gly 210

Leu

Met

Leu

Tyr

Gin 215

Asp

Lys

Pro

Asn

Gin 220

Asn

Gly

Arg

Asn

Leu 225

Ile

Val

Gly Gly

Tyr 230

Ser

Pro

Asn

Phe 235

Leu

Trp

Lys

Ser

Leu 240

Ile

Glu

Val

Asp

Tyr 245

Thr

Phe

Asn

Val

Gly 250

Val

Ser

Leu

Thr

Leu 255

Tyr

Arg

Lys

His

Arg 260

Leu

Glu

Ile

Gly

Thr 265

Lys

Leu

Pro

Ile

Ser 270

Tyr

Leu

Arg

Met

Gly 275

Val

Glu

Gly

Ala 280

Ile

Tyr

His

Asn

Lys 285

Glu

Asn

Asp

Glu Leu

Arg 290 Leu

Leu Val

Leu Asn

Ile Tyr

Ser Ala

Ala 295 Phe

Asn Ile

Asn Phe

Gin

Phe

Lys 300

Arg

Ser

Phe

305 31Π (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 106:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) TYÉT.Tfa · 3 43 ami nnlívspl 4 n ···· ·« > « «

♦ ·· ·· • · · ► · · · ·♦· • · ·· ··

- 265 (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...393 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 106:

Met

Thr

Ser

Ala

Ser

His

Ser

Phe

Lys

Glu

Gin

Asp

Phe

His

Ile

1

5

10

15

Pro

Ile

Ala

Phe

Ala

Phe

Asp

Lys

Asn

Tyr

Leu

Ile

Pro

Ala

Gly

Ala

20

25

30

Cys

Ile

Tyr

Ser

Leu

Glu

Ser

Ile

Ala

Lys

Ala

Asn

Lys

Ile

35

40

45

Arg

Tyr

Thr

Leu

His

Ala

Leu

Val

Gly

Leu

Asn

Glu

Asp

Lys

50

55

60

Thr

Lys

Leu

Asn

Gin

Ile

Thr

Glu

Pro

Phe

Lys

Glu

Phe

Ala

Val

Leu

65

70

75

80

Glu

Val

Lys

Asp

Ile

Glu

Pro

Phe

Leu

Asp

Thr

Ile

Pro

Asn

Pro

Phe

85

90

95

Asp

Glu

Asp

Phe

Thr

Lys

Arg

Phe

Ser

Lys

Met

Val

Leu

Val

Lys

Tyr

100

105

110

Phe

Leu

Ala

Asp

Leu

Phe

Pro

Lys

Tyr

Ser

Lys

Met

Val

Trp

Ser

Asp

115

120

125

Val

Asp

Val

Ile

Phe

Cys

Asn

Glu

Phe

Ser

Ala

Asp

Phe

Leu

Asn

Ile

130

135

140

Lys

Glu

Asp

Glu

Asn

Tyr

Phe

Tyr

Gly

Val

Tyr

Asp

Lys

Ile

Tyr

145

150

155

160

Pro

Tyr

Glu

Gly

Phe

Tyr

Cys

Asn

Leu

Thr

Tyr

Gin

Arg

Lys

Asn

165

170

175

Gin

Phe

Cys

Lys

Ile

Leu

Glu

Ile

Arg

Ala

Gin

Lys

Ile

Asp

180

185

190

Lys

Glu

Pro

Gin

Leu

Thr

Glu

Phe

Cys

Arg

Ser

Lys

Ile

Ala

Pro

Leu

195

200

205

Lys

Ile

Glu

Tyr

Cys

Ile

Phe

Pro

His

Tyr

Ser

Leu

Ser

Glu

210

215

220

His

Leu

Lys

Gly

Val

Ala

Asn

Ala

Ile

Tyr

His

Asn

Thr

Ile

Lys

Gin

225

230

235

240

Ala

Leu

Arg

Glu

Pro

Ile

Val

Ile

Gin

Tyr

Asp

Ser

His

Pro

Tyr

Phe

245

250

255

Gin

Ile

Lys

Pro

Trp

Thr

Tyr

Pro

Phe

Gly

Leu

Lys

Ala

Asp

Leu

Trp

260

265

270

Leu

Asn

Ala

Leu

Ala

Lys

Thr

Pro

Phe

Met

Ser

Asp

Trp

Ser

Tyr

Leu

275

280

285

Ile

Thr

Gly

Ile

Gly

Glu

Lys

Trp

His

Tyr

His

···· •Φ φφ φφ • · 9 · · Φ · Φ Φ Φ · • · Φ · · φ Φ Φ

	• · · · ·	Φ Φ Φ · Φ · ·	• ·	• ·
			- 266
Oly	Ile	Ala Ala Tyr His Tyr Tyr	Phe	Pro	Leu	Trp	Lys	Ala	Glu	Glu
305		310			315					320
Gin	Ile	Ala His Asp Ala Leu Lys	Thr	Phe	Leu	Lys	His	Tyr	Phe	Leu
		325		330					335
His	Ile	His Glu Ile Pro Gin Asn	Ala	Arg Arg	Arg	Leu	Phe	Lys	Tyr
		340	345					350
Cys	Ile	Ser Ile Pro Leu Lys Ser	Phe	Ile	Ser	Lys	Thr	Leu	Lys	Phe
		355 360					365
Leu	Lys	Leu His Ala Leu Val Lys	Lys	Ile	Leu	Ile	Gin	Leu	Lys	Leu
	370	375				380
Leu	Lys	Lys Asn Gin Ser Gin Asn	Phe
385		390
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO: 107:
	(í:	VLASTNOSTI SEKVENCE:
		(A) DÉLKA : 435 aminokyselin
		(B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
	(ii	TYP MOLEKULY: protein
	(iii) HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori
	(ix) ZNAKY:
		(A) JMÉNO/KLÍČ: mise feature
		(B) POLOHA 1...435
	(xi	POPIS SEKVENCE: SEQ ID	NO:107:
Leu	Ile	Phe Leu Lys Lys Ser Leu	Cys	Ala	Leu	Leu	Ile	Ser	Gly	Phe
1		5		10					15
Phe	Ile	Pro Pro Leu Met Lys Ala	Ala	Ser	Phe	Val	Tyr	Asp	Leu	Lys
		20	25					30
Phe	Met	Ser Phe Asn Phe Asn Leu	Ala	Ser	Pro	Pro	Asn	Asn	Pro	Tyr
		35 40					45
Trp	Asn	Ser Leu Thr Lys Met Gin	Gly	Arg	Leu	Met	Pro	Gin	Ile	Gly
	50	55				60
Val	Gin	Leu Asp Lys Arg Gin Ala	Leu	Met	Phe	Gly	Ala	Trp	Phe	Ile
65		70			75					80
Gin	Asn	Leu His Thr His Tyr Ser	Tyr	Phe	Pro	Tyr	Ser	Trp	Gly	Val
		85		90					95
Thr	Met	Tyr Tyr Gin Tyr Ile Gly	L/f	Asn	Leu	Arg	Phe	Phe	Leu	Gly
		100	105					ii o
Ile	Val	Pro Arg Ser Tyr Gin Ile	Gly	His	Tyr	Pro	Leu	ser	Ala	Phe
		115 120					125
Lys	Lys	Leu Phe Trp Phe Ile Asp	Pro	Thr	Phe	Arg	Gly	Gly	Ala	Phe
	130	135				140
Gin	Phe	Lys Pro Ala Tyr Asp Pro	Asn	Arg	Trp	Trp	Asn	Gly	Trp	Phe
145		150			155					160
Glu	Gly	Val Val Asp Trp Tyr Gly	Gly	Arg	Asn	Trp	Asn	Asn	Gin	Pro

- 267 -

165

170

175

Lys

Asn 180

. Tyr

Asp

Phe

Asp

Gin 185

Phe

Leu

Tyr

Phe

Val 190

Ser

Glu

Phe

Gin 195

Phe

Leu

Lys

Gly

Tyr 200

Leu

Gly

Leu

Gly

Gly 205

Gin

Leu

val

lle

Phe 210

His

Asn

Ala

Asn

Ser 215

His

Ser

Met

Gly

Asp 220

Asn

Tyr

Pro

Tyr

Gly 225

Gly

Asn

Ser

Tyr

Leu 230

Lys

Pro

Gly Asp

Ala 235

Thr

Pro

Gin

Trp

Pro 240

Asn

Gly

Tyr

Pro

Tyr 245

Phe

Ser

Gin

Lys

Asp 250

Asn

Pro

Gin

Gly

Gly 255

Glu

lle

Gly

Lys

Tyr 260

Ser

Asn

Pro

Thr

lle 265

Leu

Asp

Arg

Val

Tyr 270

Tyr

His

Ala

Tyr

Leu 275

Lys

Ala

Asp

Phe

Lys 280

Asn

Leu

Met

Pro

Tyr 285

Met

Asp

Asn

lle

Phe 290

Met

Thr

Phe

Gly

Thr 295

Gin

Ser

Gin

Thr 300

His

Tyr

Cys

Val

Arg 305

Tyr

Ala

Ser

Glu

Cys 310

Lys

Asn

Ala

Arg

Phe 315

Tyr

Asn

Ser

Phe

Gly 320

Gly

Glu

Phe

Tyr

Ala 325

Gin

Ala

Gin

Tyr

Lys 330

Gly

Phe

Gly

lle

Phe 335

Asn

Arg

Tyr

Phe 340

Ser

Asn

Lys

Pro

Gin 345

Met

His

Phe

ryr

Ala 350

Thr

Tyr

Gly

Gin

Ser 355

Leu

Tyr

Thr

Gly

Leu 360

Pro

Trp

Tyr

Arg

Ala 365

Pro

Asn

Phe

Asp

Met 370

lle

Gly

Leu

Tyr

Tyr 375

Leu

Tyr

Lys

Asn

Lys 380

Trp

Leu

Ser

Val

Arg 385

Ala

Asp

Ala

Phe

Phe 390

Ser

Phe

Val

Gly Gly 395

Gly Asp

Gly

Tyr

His 400

Leu

Tyr

Gly

Lys

Gly Gly 405

Lys

Trp

Phe

Val 410

Met

Tyr

Gin

Phe 415

Leu

Thr

Leu

Thr

lle 420

Asp Thr

Arg

Glu

Leu 425

lle

Asp

Phe

Val

Lys 430

Ser

Lys

lle Pro Lys 435 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 108:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 220 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...220 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ XD NO: 108:

ΦΦ·· • · φ φφφφ φφφφ φ φ φ φφφφφ • φφφ φ φ φφφ φφφ φφφ φ φ φ φ φφφ φφ φφφ φφφφ φφ φφ

- 268 (xi) SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO:108:

Met

Asn

Lys

Thr

Ile

Lys

Ile

Leu

Met

Gly

Met

Ala

Leu

Ser

1

5

10

15

Ser

Leu

Gin

Ala

Glu

Ala

Glu

Leu

Asp

Glu

Lys

Ser

Lys

Pro

20

25

30

Lys

Phe

Ala

Asp

Arg

Asn

Thr

Phe

Tyr

Leu

Gly

Val

Gly

Tyr

Gin

Leu

35

40

45

Ser

Ala

Ile

Asn

Thr

Ser

Phe

Ser

Thr

Ser

Ile

Asp

Lys

Ser

Tyr

50

55

60

Phe

Met

Thr

Gly

Asn

Gly

Phe

Gly

Val

Leu

Gly

Lys

Phe

Val

65

70

75

80

Ala

Lys

Thr

Gin

Ala

Val

Glu

His

Val

Gly

Phe

Arg

Tyr

Gly

Leu

Phe

85

90

95

Tyr

Asp

Gin

Thr

Phe

Ser

His

Lys

Ser

Tyr

Ile

Ser

Thr

Tyr

Gly

100

105

110

Leu

Glu

Phe

Ser

Gly

Leu

Trp

Asp

Ala

Phe

Asn

Ser

Pro

Lys

Met

Phe

115

120

125

Leu

Gly

Leu

Glu

Phe

Gly

Leu

Gly

Ile

Ala

Gly

Ala

Thr

Tyr

Met

Pro

130

135

140

Gly

Ala

Met

His

Gly

Ile

Ala

Gin

Tyr

Leu

Gly

Lys

Glu

Asn

145

150

155

160

Ser

Leu

Phe

Gin

Leu

Val

Lys

Val

Gly

Phe

Arg

Phe

Gly

Phe

165

170

175

His

Asn

Glu

Ile

Thr

Phe

Gly

Leu

Lys

Phe

Pro

Val

Ile

Pro

Asn

Lys

180

185

190

Lys

Thr,

Glu

Ile

Val

Asp

Gly

Leu

Ser

Ala

Thr

Leu

Trp

Gin

Arg

195

200

205

Leu

Pro

Val

Ala

Tyr

Phe

Asn

Tyr

Ile

Tyr

Asn

Phe

210

215

220

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 109:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 116 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...116 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:109:

Leu Asn Leu His Phe Met Lys Gly Phe Val Met Ser Gly Leu Arg Thr

5 10 15

Phe Ser Cys Val Val Val Leu Cys Gly Ala Met Val Asn Val Ala Val

- 269 • 99 9 » 9 9 · · • · 9 9 ·

9 9 9 9 » 9 999 999

9 »9 99 99

25 30

Ala Gly Pro Lys Ile Glu Ala Arg Gly Glu Leu Gly Lys Phe Val Gly

40 45

Gly Ala Val Gly Asn Phe Val Gly Asp Lys Met Gly Gly Phe Val Gly

55 60

Gly Ala Ile Gly Gly Tyr Ile Gly Ser Glu Val Gly Asp Arg Val Glu

70 75 80

Asp Tyr Ile Arg Gly Val Asp Arg Glu Pro Gin Asn Lys Glu Pro Gin

90 95

Thr Pro Arg Glu Pro Ile Arg Asp Phe Tyr Asp Tyr Gly Tyr Ser Phe

100 105 110

Gly His Ala Trp

115 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 110:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 436 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...436 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 110:

Met 1

Ser

Arg

Asp

Phe 5

Lys

Phe

Asp

Ser

Asn 10

Tyr

Leu

Asn

Val

Asn 15

Thr

Asn

Pro

Lys

Leu 20

Gly

Pro

Val

Tyr

Thr 25

Ásn

Gin

Asn

Tyr

Pro 30

Gly

Phe

Ile

Phe 35

Asp

His

Leu

Arg

Arg 40

Tyr

Val

Met

Asn

Ala 45

Phe

Glu

Pro

Asn

Leu 50

Asn

Leu

Val

Asn 55

Thr

Asn

Lys

Val

Lys 60

Gin

Thr

Phe

Asn

Val 65

Gly

Met

Arg

Phe

Met 70

Thr

Met

Asp

Met

Phe 75

Ile

Arg

Ser

Asp

Gin 80

Ser

Thr

Cys

Glu

Lys 85

Thr

Asp

Ile

Asn 90

Gly

Val

Cys

Fis

Met 95

Pro

Tyr

Val

Leu 100

Ser

Lys

Thr

Pro

Asn 105

Asn

Gin

Glu

Met 110

Phe

Asn

Tyr

Thr 115

Ala

Val

Trp

Leu

Ser 120

Asp

Lys

Ile

Glu

Phe 12S

Phe

Asp

Ser

Lys

Leu 130

Val

Ile

Thr

Pro

Gly 135

Leu

Arg

Tyr

Thr

Phe 140

Leu

Asn

Tyr

Asn

Asn 145

Lys

Glu

Pro

Glu

Lys 150

His

Asp

Phe

Ser

Val 155

Trp

Thr

Ser

Lys

Lys 160

···· • · • · • ·· » · · · ·· · ···

- 270 -

Gin

Arg

Gin

Asn

Glu 165

Trp

Ser

Pro

Ala

Leu 170

Asn

Ile

Gly

Tyr

Lys 175

Pro

Met

Glu

Asn

Trp 180

Ile

Trp

Tyr

Ala

Asn 185

Tyr

Arg

Ser

Phe 190

Ile

Pro

Gin

His 195

Thr

Met

Val

Gly

Ile 200

Thr

Arg

Thr

Asn

Tyr 205

Asn

Gin

Ile

Phe

Asn 210

Glu

Ile

Glu

Val

Gly 215

Gin

Arg

Tyr

Ser

Tyr 220

Lys

Asn

Leu

Ser 225

Phe

Asn

Thr

Asn

Tyr 230

Phe

Val

Ile

Phe

Ala 235

Lys

Arg

Tyr

Ala 240

Gly

Tyr

Ser

Pro 245

Gin

Pro

Val

Asp

Ala 250

Arg

Ser

Gin

Gly

Val 255

Glu

Leu

Glu

Leu

Tyr 260

Tyr

Ala

Pro

Ile

Arg 265

Gly

Leu

Gin

Phe

His 270

Val

Ala

Tyr

Thr

Tyr 275

Ile

Asp

Ala

Arg

Ile 280

Thr

Ser

Asn

Ala

Asp 285

Asp

Ile

Ala

Tyr

Tyr 290

Phe

Thr

Gly

Ile

Val 295

Asn

Lys

Pro

Phe

Asp 300

Ile

Lys

Gly

Lys

Arg 305

Leu

Pro

Tyr

Val

Ser 310

Pro

Asn

Gin

Phe

Ile 315

Phe

Asp

Met

Tyr 320

Thr

Tyr

Lys

His

Thr 325

Thr

Phe

Gly

Ile

Ser 330

Ser

Tyr

Phe

Tyr

Ser 335

Arg

Ala

Tyr

Ser

Ser 340

Met

Leu

Asn

Gin

Ala 345

Lys

Asp

Gin

Thr

Val 350

Cys

Leu

Pro

Leu

Asn 355

Pro

Glu

Tyr

Thr

Gly 360

Gly

Leu

Lys

Tyr

Gly 365

Cys

Asn

Ser

val

Gly 370

Leu

Pro

Leu

Tyr 375

Phe

Val

Leu

Asn

Val 380

Gin

Val

Ser

Ile 385

Leu

Trp

Gin

Ser

Gly 390

Arg

His

Lys

Ile

Thr 395

Gly

Ser

Leu

Gin

Ile 400

Asn

Leu

Phe

Asn 405

Met

Lys

Tyr

Phe 410

Arg

Gly

Ile

Gly

Thr 415

Ser

Pro Asn

Thr Tyr

Gly Glu

Arg 420 Phe

Glu

Pro

Ala

Pro

Gly 425

Arg

Ser

Ile

Thr

Ala 430

Tyr

Leu

435 (2 ) INFORMACE PRO SEQ ID NO : 111:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 767 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...767 φ«« φ φ φφφφ φ φ φ ΦΦΦΦΦ φ φφφ · * φφφ φφφ φφφ φ φ · · φφφ φφ φφφ φφφφ φφ φφ

- 271 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:119:

Met Lys Arg Ile Leu Val Ser Leu Ala Val Leu Ser His Ser Ala His 15 10 is

Ala Val Lys Thr His Asn Leu Glu Arg Val Glu Ala Ser Gly Val Ala

25 30

Asn Asp Lys Glu Ala Pro Leu Ser Trp Arg Ser Lys Glu Val Arg Asn

40 45

Tyr Met Gly Ser Arg Thr Val Ile Ser Asn Lys Gin Leu Thr Lys Ser

55 60

Ala Asn Gin Ser Ile Glu Glu Ala Leu Gin Asn Val Pro Gly Val His

70 75 80

Ile Arg Asn Ser Thr Gly Ile Gly Ala Val Pro Ser Ile Ser Ile Arg

Gly	Phe	Gly	Ala	85 Gly Gly	Pro	Gly
Val	Asn	Gly	100 Ile	Pro	Ile	Tyr	Val
Val	Ile	115 Phe	Pro	Val	Thr	Phe	120 Gin
Lys	130 Gly	Gly	Glu	Ser	Val	135 Azg	Tyr
145 Ile	Asn	Ile	Ile	Thr	150 Lys	Gly	Ile
Ser	Glu	Arg	Thr	165 Thr	Phe	Trp	Gly
Asn	Gin	Asn	180 Ser	Lys	Asn	Ile	Asp
Phe	Asn	195 Thr	Tyr	Leu	Arg	Thr	200 Gly
Ile	210 Gin	Ala	Gin	Val	Asn	215 Trp	Leu
225 Ser	Pro	Thr	Asp	Ile	230 Gin	Asn	Tyr
Asn	Asp	Ser	Asn	245 Lys	Ile	Thr	Ala
Leu	Thr	Asp	260 Pro	Gly	Ser	Leu	Gly
Phe	Gin	275 Asn	Asn	Arg	Pro	Asn	280 Asn
Trp	290 Gly	Ala	Val	Tyr	Gin	295 Asn	Phe
305 Gly	Asp	Phe	Thr	Phe	310 Ser	Tyr	Tyr
L,£	Phe	Asp	Ser	325 Asn	Tyr	Leu	Asn
Pro	Val	Tyr	340 Thr	Asn	Gin	Asn	Tyr
Leu	Arg	355 Arg	Tyr	Val	Met	Asn	360 Ala
Val	370 Asn	Thr	Asn	Lys	Val	375 Lys	Gin
385 Met	Thr	Met	Asp	Met	390 Phe	Ile	Arg

His	90 Ser	Asn	Thr	Gly	Met	95 Ile	Leu
105 Ala	Pro	Tyr	Val	Glu	110 Ile	Gly	Thr
Ser	Val	Asp	Arg	125 Ile	Ser	Val	Thr
Gly	Pro	Asn	140 Ala	Phe	Gly	Gly	Val
Pro	Thr	155 Asn	Trp	Glu	Ser	Gin	160 Val
Lys	170 Ser	Glu	Asn	Gly Gly	175 Phe	Phe
185 Lys	Ser	Leu	Val	Asn	190 Asn	Met	Leu
Gly	Met	Met	Asn	205 Lys	His	Phe	Gly
Lys	Gly	Gin	220 Gly	Phe	Arg	Tyr	Asn
Met	Leu	235 Asp	Ser	Leu	Tyr	Gin	240 Ile
Phe	250 Phe	Gin	Tyr	Tyr	Ser	255 Tyr	Phe
265 Ile	Ala	Ala	Tyr	Asn	270 Gin	Asn	Arg
Asp	Lys	Ser	Gly	285 Arg	Ala	Lys	Arg
Phe	Gly	Asp	300 Thr	Asp	Arg	Val	Gly
Gly	His	315 Asp	Met	Ser	Arg	Asp	320 Phe
Val	330 Asn	Thr	Asn	Pro	Lys	335 Leu	Gly
345 Pro	Gly	Phe	Phe	Ile	350 Phe	Asp	His
Phe	Glu	Pro	Asn	365 Leu	Asn	Leu	Val
Thr	Phe	Asn	380 Val	Gly	Met	Arg	Phe
Ser	Asp	395 Gin	Ser	Thr	Cys	Glu	400 Lys

- 272 -

405

410

415

Thr

Asp

Ile

Ile 420

Asn

Gly

Val

Cys

His 425

Met

Pro

Tyr

Val 430

Leu

Ser

Lys

Thr

Pro 435

Asn

Gin

Glu 440

Met

Phe

Asn

Tyr 445

Thr

Ala

Val

Trp

Leu 450

Ser

Asp

Lys

Ile

Glu 455

Phe

Asp

Ser

Lys 460

Leu

Val

Ile

Thr

Pro 465

Gly

Leu

Arg

Tyr

Thr 470

Phe

Leu

Asn

Tyr

Asn 475

Asn

Lys

Glu

Pro

Glu 480

Lys

His

Asp

Phe

Ser 485

Val

Trp

Thr

Ser

Lys 490

Lys

Gin

Arg

Gin

Asn 495

Glu

Trp

Ser

Pro

Ala 500

Leu

Asn

Ile

Gly Tyr 505

Lys

Pro

Met

Glu

Asn 510

Trp

Ile

Trp

Tyr

Ala 515

Asn

Tyr

Arg

Ser 520

Phe

Ile

Pro

Gin 525

His

Thr

Met

Val

Gly 530

Ile

Thr

Arg

Thr

Asn 535

Tyr

Asn

Gin

Ile

Phe 54 0

Asn

Glu

Ile

Glu

Val 545

Gly

Gin

Arg

Tyr

Ser 550

Tyr

Lys

Asn

Leu

Leu 555

Ser

Phe

Asn

Thr

Asn 560

Tyr

Phe

Val

Ile

Phe 565

Ala

Lys

Arg

Tyr

Tyr 570

Ala

Gly

Tyr

Ser 575

Pro

Gin

Pro

Val

Asp 580

Ala

Arg

Ser

Gin

Gly 585

Val

Glu

Leu

Glu

Leu 590

Tyr

Ala

Pro

Ile 595

Arg

Gly

Leu

Gin

Phe 600

His

Val

Ala

Tyr

Thr 605

Tyr

Ile

Asp

Ala

Arg 610

Ile

Thr

Ser

Asn

Ala 615

Asp

Ile

Ala

Tyr 620

Tyr

Phe

Thr

Gly

Ile 625

Val

Asn

Lys

Pro

Phe 630

Asp

Ile

Lys

Gly

Lys 635

Arg

Leu

Pro

Tyr

Val 640

Ser

Pro

Asn

Gin

Phe 645

Ile

Phe

Asp

Met

Met 650

Tyr

Thr

Tyr

Lys

His 655

Thr

Phe

Gly

Ile 660

Ser

Tyr

Phe

Tyr 665

Ser

Arg

Ala

Tyr

Ser 670

Ser

Met

Leu

Asn

Gin 675

Ala

Lys

Asp

Gin

Thr 680

Val

Cys

Leu

Pro

Leu 685

Asn

Pro

Glu

Tyr

Thr 690

Gly

Leu

Lys

Tyr 695

Gly

Cys

Asn

Ser

Val 700

Gly

Leu

Pro

Leu 705

Tyr

Phe

Val

Leu

Asn 710

Val

Gin

Val

Ser

Ser 715

Ile

Leu

Trp

Gin

Ser 720

Gly

Arg

His

Lys

Ile 725

Thr

Gly

Ser

Leu

Gin 730

Ile

Asn

Leu

Phe 73 5

Asn

Met

Lys

Tyr

Tyr 740

Phe

Arg

Gly

Ile

Gly 745

Thr

Ser

Pro

Thr

Gly 750

Arg

Glu

Pro

Ala

Pro 755

Gly Arg

Ser

Ile

Thr 760

Ala

Tyr

Leu

Asn

Tyr 765

Glu

Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 112:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 115 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein « 9 · ····· • * · · ·«······ • · · · · · · ··· ·· ··· ···· ·· ·*

- 273 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...115 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:112:

Leu

His

Pro

Leu

Cys

Ala

His

Gly

Gin

Cys

Gly

Ser

Glu

Ala

Ile

Ala

1

5

10

15

Cys

Leu

Glu

Ala

Ile

Ser

Val

Gly

Ile

Val

Pro

Val

Ile

Ala

Asn

Ser

20

25

30

Pro

Leu

Ser

Ala

Thr

Arg

Gin

Phe

Ala

Leu

Asp

Glu

Arg

Ser

Leu

Phe

35

40

45

Glu

Pro

Asn

Ala

Lys

Asp

Leu

Ser

Ala

Lys

Ile

Asp

Trp

Leu

50

55

60

Glu

Asn

Lys

Leu

Glu

Arg

Glu

Arg

Met

Gin

Asn

Glu

Tyr

Ala

Lys

Ser

€5

70

75

80

Ala

Leu

Asn

Tyr

Thr

Leu

Glu

Asn

Ser

Val

Ile

Gin

Ile

Glu

Lys

Val

85

90

95

Tyr

Glu

Ala

Ile

Lys

Asp

Phe

Lys

Asn

Pro

Asn

Leu

Phe

Lys

100

105

110

Thr

Leu

Ser

115

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 113:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 389 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: mi sc_feature (B) POLOHA 1...389 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 113:

Met 1

Val

Ile

Val

Leu 5

Val

Asp

Ser

Phe 10

Lys

Asp

Thr

Ser

Asn 15

Gly

Thr

Ser

Met

Thr 20

Ala

Phe

Arg

Phe

Phe 25

Glu

Ala

Leu

Lys

Lys 30

Arg

Gly

His

Ala

Met

Arg

Val

Ala

Pro

His

Val

Asp

Asn

Leu

Gly

Ser

Glu

• · • ·

- 274 -

GlU

Glu

35 Gly

Tyr

Asn

Leu

40 Lys

Glu

Arg

Tyr

Ile

45 Pro

Leu

Val

Thr

Glu

50 Ile

Ser

His

Lys

Gin

55 His

Ile

Leu

Phe

Ala

60 Lys

Pro

Asp

Glu

Lys

65 Ile

Leu

Arg

Lys

Ala

70 Phe

Lys

Gly

Ala

Asp

75 Met

Ile

His

Thr

Tyr

80 Leu

Pro

Phe

Leu

85 Glu

Lys

Thr

Ala

Val

90 Lys

Ile

Ala

Arg

Glu

95 Met

Arg

Val

Pro

Tyr

100 Ile

Gly

Ser

Phe

His

105 Leu

Gin

Pro

Glu

His

110 Ile

Ser

Tyr

Asn

Met

115 Lys

Leu

Gly

Gin

Phe

120 Ser

Trp

Leu

Asn

Thr

125 Met

Leu

Phe

Ser

Trp

130 Phe

Lys

Ser

His

135 Tyr

Arg

Tyr

Ile

His

140 His

Ile

His

Cys

Pro

145 Ser

Lys

Phe

Ile

Val

150 Glu

Glu

Leu

Glu

Lys

155 Tyr

Asn

Tyr

Gly

160 Lys

Lys

Tyr

Ala

Ile

165 Ser

Asn

Gly

Phe

Asp

170 Pro

Met

Phe

Lys

Phe

175 Glu

His

Pro

Gin

Lys

180 Ser

Leu

Phe

Asp

Thr

185 Thr

Pro

Phe

Lys

Ile

190 Ala

Met

Val

Gly

Arg

195 Tyr

Ser

Asn

Glu

Lys

200 Asn

Gin

Ser

Val

Leu

205 Ile

Lys

Ala

Val

Ala

210 Leu

Ser

Arg

Tyr

Lys

215 Gin

Asp

Ile

Val

Leu

220 Leu

Leu

Lys

Gly

Lys

225 Gly

Pro

Asp

Glu

Lys

230 Lys

Ile

Lys

Leu

235 Ala

Gin

Lys

Leu

Gly

240 Val

Lys

Thr

Glu

Phe

245 Gly

Phe

Val

Asn

Ser

250 His

Glu

Leu

Glu

255 Ile

Leu

Lys

Thr

Cys

260 Thr

Leu

Tyr

Ala

HiS

265 Thr

Ala

Asn

Val

Glu

270 Ser

Glu

Ala

Ile

Ala

275 Cys

Leu

Glu

Ala

Ile

280 Ser

Val

Gly

Ile

Val

285 Pro

Val

Ile

Ala

Asn

290 Ser

Pro

Leu

Ser

Ala

295 Thr

Arg

Gin

Phe

Ala

300 Leu

Asp

Glu

Arg

Ser

305 Leu

Phe

Glu

Pro

Asn

310 Asn

Ala

Lys

Asp

Leu

315 Ser

Ala

Lys

Ile

Asp

320 Trp

Trp

Leu

Glu

Asn

325 Lys

Leu

Glu

Arg

Glu

330 Arg

Met

Gin

Asn

Glu

335 Tyr

Ala

Lys

Ser

Ala

340 Leu

Asn

Tyr

Thr

Leu

345 Glu

Asn

Ser

Val

Ile

350 Gin

Ile

Glu

Lys

Val

355 Tyr

Glu

Ala

Ile

360 Lys

Asp

Phe

Lys

Asn

365 Asn

Pro

Asn

Leu

Phe

370 Lys

Thr

Leu

Ser

375

380

385 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:114:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 312 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein

- 275 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...312 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 114:

Leu

Ala

Ser

Tyr

Gly

Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

Phe

Ile

Leu

Ala

Ser

1

5

10

15

Gly

Zle

Val

Cys

Leu

Gin

Thr

Ala

Gly

Asn

Pro

Phe

Val

Thr

Leu

20

25

30

Ser

Lys

Gly

Lys

Glu

Ala

Arg

Asn

Leu

Val

Leu

Val

Gin

Ala

Phe

Asn

35

40

45

Ser

Leu

Gly

Thr

Leu

Gly

Pro

Zle

Phe

Gly

Ser

Leu

Ile

Phe

50

55

60

Ser

Ala

Thr

Lys

Thr

Ser

Asp

Asn

Leu

Ser

Leu

Ile

Asp

Lys

Leu

Ala

65

70

75

80

Asp

Ala

Lys

Ser

Val

Gin

Met

Pro

Tyr

Leu

Gly

Leu

Ala

Val

Phe

Ser

85

90

95

Leu

Ala

Leu

Val

Met

Tyr

Leu

Lys

Leu

Pro

Asp

Val

Glu

100

105

110

Lys

Glu

Met

Pro

Lys

Glu

Thr

Gin

Lys

Ser

Leu

Phe

Ser

His

Lys

115

120

125

His

Phe

Val

Phe

Gly

Ala

Leu

Gly

Ile

Phe

Tyr

Val

Gly Gly

Glu

130

135

140

Val

Ala

Zle

Gly

Ser

Phe

Leu

Val

Leu

Ser

Phe

Glu

Lys

Leu

Asn

145

150

155

160

Leu

Asp

Ala

Gin

Ser

Ala

His

Tyr

Leu

Val

Tyr

Trp

Gly Gly

165

170

175

Ala

Met

Val

Gly

Arg

Phe

Leu

Gly

Ser

Ala

Leu

Met

Asn

Lys

Ile

Ala

ISO

185

190

Pro

Asn

Lys

Tyr

Leu

Ala

Phe

Asn

Ala

Leu

Ser

Zle

Leu

Ile

195

200

205

Ala

Leu

Ala

Zle

Leu

Zle

Gly

Gly Lys

Zle

Ala

Leu

Phe

Ala

Leu

Thr

210

215

220

Phe

Val

Gly

Phe

Asn

Ser

Zle

Met

Phe

Pro

Thr

Zle

Phe

Ser

Leu

225

230

235

240

Ala

Thr

Leu

Asn

Leu

Gly

His

Leu

Thr

Ser

Lys

Ala

Ser

Gly

val

Zle

245

250

255

Ser

Met

Ala

Zle

Val

Gly Gly

Ala

Leu

Zle

Pro

Ile

Gin

Gly

Val

260

265

270

Val

Thr

Asp

Met

Leu

Thr

Ala

Thr

Glu

Ser

Asn

Leu

Tyr

Ala

Tyr

275

280

285

Ala

Ser

Val

Pro

Leu

cys

Tyr

Phe

Tyr

Zle

Leu

Phe

Leu

Lys

290

295

300

Gly

Tyr

Lys

Gin

Glu

Asn

Ser

305 310 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 115:

• · » · · · » · · · ·· · ·* ·

- 276 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 407 aminokyselin

CB) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...407 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 115:

pylori

Met

Gin

Lys

Thr

Ser

Asn

Thr

Leu

Ala

Leu

Gly

Ser

Leu

Thr

Ala

Leu

1

5

10

15

Phe

Leu

Met

Gly

Phe

Ile

Thr

Val

Leu

Asn

Asp

Ile

Leu

Ile

Pro

20

25

30

His

Leu

Lys

Pro

Ile

Phe

Asp

Leu

Thr

Tyr

Phe

Glu

Ala

Ser

Leu

Ile

35

40

45

Gin

Phe

Cys

Phe

Gly

Ala

Tyr

Phe

Ile

Met

Gly

Val

Phe

Gly

50

55

60

Asn

Val

Ile

Ser

Lys

Ile

Gly

Tyr

Pro

Phe

Gly

Val

Leu

Gly

Phe

65

70

75

80

Val

Ile

Thr

Ala

Ser

Gly

Cys

Ala

Leu

Phe

Tyr

Pro

Ala

His

Phe

85

90

95

Gly

Ser

Tyr

Gly

Phe

Leu

Gly

Ala

Leu

Phe

Ile

Leu

Ala

Ser

Gly

100

105

110

Ile

Val

Cys

Leu

Gin

Thr

Ala

Gly

Asn

Pro

Phe

Val

Thr

Leu

Ser

115

120

125

Lys

Gly

Lys

Glu

Ala

Arg

Asn

Leu

Val

Leu

Val

Gin

Ala

Phe

Asn

Ser

130

135

140

Leu

Gly

Thr

Leu

Gly

Pro

Ile

Phe

Gly

Ser

Leu

Ile

Phe

Ser

145

150

155

160

Ala

Thr

Lys

Thr

Ser

Asp

Asn

Leu

Ser

Leu

Ile

Asp

Lys

Leu

Ala

Asp

165

170

175

Ala

Lys

Ser

Val

Gin

Met

Pro

Tyr

Leu

Gly

Leu

Ala

Val

Phe

Ser

Leu

180

185

190

Leu

Ala

Leu

Val

Met

Tyr

Leu

Lys

Leu

Pro

Asp

Val

Glu

Lys

195

200

205

Glu

Met

Pro

Lys

Glu

Thr

Gin

Lys

Ser

Leu

Phe

Ser

His

Lys

-li J

210

215

220

Phe

Val

Phe

Gly

Ala

Leu

Gly

Ile

Phe

Tyr

Val

Gly’ Gly

Glu

Val

225

230

235

240

Ala

Ile

Gly

Ser

Phe

Leu

Val

Leu

Ser

Phe

Glu

Lys

Leu

Asn

Leu

245

250

255

Asp

Ala

Gin

Ser

Ala

His

Tyr

Leu

Val

Tyr

Trp

Gly

Ala

260

265

270

M^t·

val

m v

Ar-er

Phe

Τ^υ

R1v

Ser

Al a

T

Met

Asn

Lvs

Ile

Ala

Pro

• ♦ ·· · ···

- 277 -

Asn

Lys

275 Tyr

Leu

Ala

Phe

Asn

280 Ala

Leu

Ser

Ile

285 Ile

Leu

Ile

Ala

Leu

290 Ala

Ile

Leu

Ile

295 Gly Gly

Lys

Ile

Ala

Leu

300 Phe

Ala

Leu

Thr

Phe

305 Val

Gly

Phe

Asn

310 Ser

Ile

Met

Phe

Pro

315 Thr

Ile

Phe

Ser

Leu

320 Ala

Thr

Leu

Asn

Leu

325 Gly

Bis

Leu

Thr

Ser

330 Lys

Ala

Ser

Gly

Val

335 Ile

Ser

Met

Ala

Ile

340 Val

Gly

Ala

Leu

345 Ile

Pro

Ile

Gin

350 Gly

Val

val

Thr

Asp

355 Met

Leu

Thr

Ala

Thr

360 Glu

Ser

Asn

Leu

365 Tyr

Ala

Tyr

Ser

Val

370 Pro

Leu

Cys

Tyr

375 Phe

Tyr

Ile

Leu

Phe

380 Phe

Ala

Leu

Lys

Gly

385 Tyr

Lys

Gin

Glu

390 Asn

Ser

395

400

405 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 116:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 125 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...125 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 116:

Met

Asn

Lys

Ile

Ala

Pro

Asn

Lys

Tyr

Leu

Ala

Phe

Gly

Ala

Leu

Ser

1

5

10

15

Ser

Ile

Leu

Ile

Ala

Leu

Ala

Ile

Leu

Ile

Gly

Lys

Ile

Ala

20

25

30

Leu

Phe

Ala.

Leu

Thr

Phe

Val

Gly

Phe

Asn

Ser

Ile

Met

Phe

Pro

35

40

45

Thr

Ile

Phe

Ser

Leu

Ala

Thr

Leu

Asn

Leu

Gly

Ile

Ser

Leu

Met

50

55

60

Ala

Ser

Gly

Val

Ile

Ser

Met

Ala

Ile

Val

Gly

Ala

Leu

Ile

Pro

65

70

75

80

Pro

Ile

Gin

Gly

Val

Thr

Asp

Met

Leu

Thr

Ala

Thr

Glu

Ser

Asn

85

90

95

Leu

Tyr

Ala

Tyr

Ser

Val

Pro

Leu

Cys

Tyr

Phe

Tyr

Ile

Leu

100

105

110

Phe

Ala

Leu

Lys

Gly

Tyr

Lys

Gin

Glu

Asn

Ser

115

120

125

• ·· · • ·

- 278 ·· ·· • · · · • · · * • ·· · ··· • · (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 117:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 330 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: mise feature (B) POLOHA 1...330 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

Leu 1	Lys	Lys	Ile	Leu 5	Pro	Ala	Leu
Ala	Ser	Asp	Arg 20	Leu	Leu	Glu	Ile
Leu	Glu	Val 35	Val	Gly	Gin	Lys	Leu 40
Phe	Trp 50	Ala	Glu	Glu	Leu	Gin 55	Asn
Gin 65	Asn	Lys	Gin	Phe	Leu 70	Phe	Val
Glu	Phe	Tyr	Glu	Ile 85	Glu	Asn	Asn
Lys	Ala	Leu	Val 100	Gly	Ser	Lys	Lys
Leu	Ala	Thr 115	Pro	ile	Gly	Val	Tyr 120
Leu	Asp 130	Gin	Tyr	Tyr	Gly	Val 135	Leu
Leu 145	Tyr	Asp	Thr	Leu	Lys 150	Lys	Arg
Gly	Met	Pro	Leu	Asn 165	Gly Asp	Arg
Ile	Ala	Ile	Glu 1Π0	Asn	Pro	Ile	Leu
Gly	Glu	Lyt. 195	; ia	Phe	Leu	Ile	Thr 200
Thr	Lys 210	Glu	Glu	Leu	Ser	Met 215	Ile
Glu 225	Ala	Trp	Ala	Arg	Gly 230	Asp	Phe
Pro	Asn	Phe	Thr	Arg 245	Tyr	Asp	Gly
Tyr	Lys	Lys	Arg	Val	Phe	Ala	Lys

NO : 117:

Leu	Met 10	Gly	Phe	Val	Gly	Leu 15	Asn
Met 25	Arg	Leu	Tyr	Gin	Lys 30	Gin	Gly
Asp	Ser	Tyr	Leu	Ala 45	Asp	Lys	Ser
Lys	Asp	Thr	Asp 60	Phe	Gly	Tyr	Tyr
Ala	Asp	Lys 75	Ser	Lys	Pro	Ser	Leu 80
Met	Leu 90	Lys	Lys	Ile	Asn	Ser 95	Ser
Gly 105	Asp	Lys	Thr	Leu	Glu 110	Gly	Asp
Arg	Ile	Thr	Gin	Lys 125	Leu	Glu	Arg
Ala	Phe	Val	Thr 140	Asn	Tyr	Pro	Asn
Thr	Gly	His 155	Gly	Ile	Trp	Val	His 160
Asn	Glu 170	Leu	Asn	Thr	Lys	Gly 175	Cys
Ser 185	Ser	Tyr	Asp	Lys	Val 190	Leu	Lys
Tyr	Glu	Asp	Lys	Phe 205	Ser	Pro	Ser
Leu	Ser	Ser	Leu 220	Phe	Gin	Trp	Lys
Glu	Arg	Tyr 235	Met	Arg	Phe	Tyr	Asn 240
Met	Ser 250	Phe	Asn	Ala	Phe	Lys 255	Glu
Asn	Glu	Lys	Lys	Asn	Ile	Ala	Phe

·♦··

- 279 -

260

265

270

Ser

Ile

Asn

Val

Ile

Pro

Tyr

Pro

Asn

Ser

Gin

Asn

Lys

Arg

Leu

275

280

285

Phe

Tyr

Val

Phe

Asp

Gin

Asp

Tyr

Lys

Ala

Tyr

Gin

Asn

Lys

290

295

300

Leu

Ser

Tyr

Ser

Asn

Ser

Gin

Lys

Glu

Leu

Tyr

Val

Glu

Ile

Glu

305

310

31S

320

Asn

Gin

Ala

Ser

Ile

Met

Glu

Lys

325

330

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 118:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 169 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...169

(xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

NO :118:

Leu

Phe

Glu

Lys

Trp

Ile

Gly

Leu

Thr

Leu

Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Tyr

Pro

Cys

Gin

Lys

Val

Ser

Ile

Ser

Phe

Lys

Gin

Tyr

Glu

Asn

Leu

20

25

30

Ile

His

Ile

His

Gin

Lys

Gly

Cys

Asn

Glu

Val

Cys

Arg

Thr

35

40

45

Leu

Ile

Ser

Ile

Ala

Leu

Glu

Ser

Leu

Gly

Leu

Asn

Lys

50

55

60

Arg

Glu

Lys

Ser

Leu

Lys

Asp

Thr

Ser

Tyr

Ser

Met

Phe

His

Ile

Thr

65

70

75

80

Leu

Asn

Thr

Ala

Lys

Phe

Tyr

Pro

Thr

Tyr

Ser

Lys

Thr

Leu

85

90

95

Lys

Thr

Lys

Leu

Asn

Asp

Val

Gly

Phe

Ala

Ile

Gin

Leu

Ala

Lys

100

105

110

Gin

Ile

Leu

Lys

Glu

Asn

Phe

Asp

Tyr

His

Gin

Lys

His

Pro

Asn

115

120

125

Lys

Ser

Val

Tyr

Gin

Leu

Val

Gin

Met

Ala

Ile

Gly

Ala

Tyr

Asn

Gly

130

135

140

.1

Gly

Met

Lys

His

Asn

Pro

Asn

Gly

Ala

Tyr

Met

Lys

Phe

Arg

Cys

145

150

155

160

Ile

Tyr

Ser

Gin

Val

Arg

Tyr

Asn

Glu

ιβς

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO : 119 • * · ·

99

- 280 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 215 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...215 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 119:

Met

Lys

Pro

Tyr

Arg

Lys

Ile

Ser

Asp

Tyr

Ala

Ile

Val

Gly

1

5

10

15

Leu

Ser

Ala

Leu

Val

Met

Val

Ser

ile

Val

Gly

Cys

Lys

Ser

Asn

20

25

30

Asp

Lys

Pro

Lys

Glu

Gin

Ser

Leu

Ser

Gin

Ser

val

Gin

35

40

45

Gly

Ala

Phe

Val

Ile

Leu

Glu

Gin

Lys

Asp

Lys

Ser

Tyr

Lys

50

55

60

Val

Glu

Tyr

Pro

Ser

Arg

Thr

His

Ile

Val

Arg

Asp

65

70

75

Gin

Gly

Asn

Glu

Arg

val

Leu

Ser

Asn

Glu

Ile

Gin

Lys

Leu

85

90

95

Lys

Glu

Ala

Lys

Ile

Asp

Asn

Gly

Thr

Ser

Lys

Leu

Val

100

105

110

Pro

Asn

Gly

Ser

Asn

Glu

Gly

Ser

Gly

Phe

Gly

Leu

Gly

115

120

125

Ala

Ile

Leu

Gly

Ser

Ala

Gly

Ala

Ile

Leu

Gly

Ser

Tyr

Ile

130

135

140

Asn

Lys

Leu

Phe

Asn

Pro

Asn

Tyr

Gin

Asn

Ala

Gin

Arg

145

150

155

Tyr

Lys

Ser

Pro

Gin

Ala

Tyr

Gin

Arg

Ser

Gin

Asn

Ser

Phe

Ser

165

170

175

Ser

Ala

Pro

Ser

Ala

Ser

Met

Gly

Thr

Ala

Ser

Lys

Gly

Gin

180

185

190

Gly

Phe

Gly

Ser

Arg

Pro

Thr

Ser

Pro

Ala

Ile

Ser

195

200

205

Gly

Thr

Arg

Gly

Phe

Asn

Ala

210

215

(2)

INFORMACE PRO SEQ :

ID NO:120:

160 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 253 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina / VS \ WAnAT TTR. Ί J —. — — J • ·

- 281 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...253 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO::120:

Leu

Lys

Thr

Leu

Phe

Ser

Val

Tyr

Leu

Phe

Leu

Ser

Leu

Asn

Pro

Leu

1

5

10

15

Phe

Leu

Glu

Ala

Lys

Glu

Ile

Thr

Trp

Ser

Gin

Phe

Leu

Glu

Asn

Phe

20

25

30

Lys

Asn

Lys

Asn

Glu

Asp

Lys

Pro

Lys

Pro

Leu

Thr

Ile

Asp

Lys

35

40

45

Asn

Glu

Lys

Gin

Ile

Leu

Asp

Lys

Asn

Gin

Ile

Leu

Lys

50

55

60

Arg

Ala

Leu

Glu

Lys

Ser

Leu

Lys

Phe

Ile

Phe

Gly

Tyr

Asn

65

70

75

80

Tyr

Ser

Gin

Ala

Tyr

Ser

Thr

Asn

Gin

Asn

Leu

Thr

Leu

Thr

85

90

95

Ala

Asn

Ser

Ile

Gly

Phe

Asn

Thr

Ala

Thr

Gly

Leu

Glu

His

Phe

Leu

100

105

110

Arg

Asn

His

Pro

Lys

Val

Gly

Phe

Arg

Ile

Phe

Ser

Val

Tyr

Asn

Tyr

115

120

125

Phe

His

Ser

Val

Ser

Leu

Ser

Gin

Pro

Gin

Ile

Leu

Met

Val

Gin

Asn

130

135

140

Tyr

Gly

Ala

Leu

Asp

Phe

Ser

Trp

Ile

Phe

Val

Asp

Lys

Thr

145

150

155

160

Tyr

Arg

Phe

Arg

Ser

Tyr

Leu

Gly

Ile

Ala

Leu

Glu

Gin

Gly

Val

Leu

165

170

175

Leu

Val

Asp

Thr

Ile

Lys

Thr

Gly

Ser

Phe

Thr

Ile

Pro

Arg

180

185

190

Thr

Lys

Thr

Phe

Gin

Ala

Pro

Leu

Arg

Phe

Gly

Phe

Ile

Val

195

200

205

Asp

Phe

Ile

Gly

Tyr

Leu

Ser

Leu

Gin

Leu

Gly

Ile

Glu

Met

Pro

Leu

210

215

220

Val

Arg

Asn

Val

Phe

Tyr

Thr

Tyr

Asn

His

Gla

Glu

Arg

Phe

Lys

225

230

235

240

Pro

Arg

Phe

Asn

Ala

Asn

Leu

Ser

Leu

Ile

Val

Ser

Phe

245

250

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 121:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 336 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární ·· »· »· • · · · · · • * ♦ · · • · ··· · · · • · · ···· »· ··

- 282 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...336 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 121:

Leu 1

Phe

Lys

Phe 5

Ile

Leu

Cys

Leu

Ser 10

Leu

Gly

Ile

Phe

Ala 15

Trp

Ala

Lys

Glu

Val 20

Ile

Pro

Thr

Pro

Ser 25

Thr

Pro

Leu

Thr

Pro 30

Ser

Lys

Arg

Tyr

Ser 35

Ile

Asn

Leu

Met

Thr 40

Glu

Asn

Asp

Gly

Tyr 45

Ile

Asn

Pro

Tyr

Ile 50

Asp

Glu

Tyr

Thr 55

Ala

Gly

Asn

Gin

Ile 60

Gly

Phe

Ser

Thr

Lys 65

Glu

Phe

Asp

Phe

Ser 70

Lys

Asn

Lys

Ala

Met 75

Lys

Trp

Ser

Tyr 80

Leu

Gly

Phe

Asn 85

Lys

Ser

Pro

Arg

Val 90

Thr

Arg

Phe

Gly

Ile 95

Ser

Leu

Ala

Gin

Asp 100

Met

Tyr

Thr

Pro

Ser 105

Leu

Ala

Asn

Arg

Lys 110

Leu

Val

His

Leu

His 115

Asp

Asn

His

Pro

Tyr 120

Gly

Tyr

Leu

Arg 125

Val

Asn

Leu

Asn

Val 130

Tyr

Asn

Arg

His

Gin 135

Thr

Phe

Met

Glu

Leu 140

Phe

Thr

Ile

Ser

Leu 145

Gly

Thr

Gly

Gin 150

Asp

Ser

Leu

Ala

Ala 155

Gin

Thr

Gin

Arg

Leu 160

Ile

His

Lys

Trp

Gly 165

His

Asp

Pro

Gin

Phe 170

Tyr

Gly

Trp

Asn

Thr 175

Gin

Leu

Lys

Asn

Glu 180

Phe

Ile

Phe

Glu

Leu 185

His

Tyr

Gin

Leu

Leu 190

Lys

Val

Pro

Leu 195

Leu

Lys

Thr

Arg

Phe 200

Phe

Ser

Met

Glu

Leu 205

Met

Pro

Gly

Phe

Asn 210

Val

Glu

Leu

Gly

Asn 215

Ala

Arg

Asp

Tyr

Phe 220

Gin

Leu

Gly

Ser

Leu 225

Phe

Arg

Ala

Gly

Tyr 230

Asn

Leu

Asp

Ala

Asp 235

Tyr

Gly

Val

Asn

Lys 240

Val

Asn

Thr

Ala

Phe 245

Asp

Gly

Met

Pro 250

Tyr

Ser

Asp

Lys

Phe 255

Ser

Ile

•ri r

Phe

Phe 260

Ala

Gly

Ala

Phe

Gly Arg 265

Phe

Gin

Pro

Leu 270

Asn

Ile

Phe

Ile

Gin 275

Gly

Asn

Ser

Pro

Glu 280

Thr

Arg

Gly

Ile

Ala 285

Asn

Leu

Glu

Tyr

Phe 290

Val

Tyr

Ala

Ser

Glu 295

Ile

Gly

Ala

Met 300

Met

Trp

Arg

Ser

Leu 305

Arg

Val

Ala

Phe

Thr 310

Ile

Thr

Asp

Zle

Ser 315

Lys

Thr

Phe

Gin

Ser 320

Gin

Pro

Lys

His

Gin

Ile

Gly

Thr

Leu

Glu

Leu

Asn

Phe

Ala

Phe

·· ** • · « · > ♦ ♦ · ··· «·· ···· ·· ··

- 283 325 330 335 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 122:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA: 108aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO

108 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...108 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 122:

Met 1

Lys

Pro

Ile Phe Ser 5

Leu

Phe

Phe Leu Leu Ile Val Leu Lys Ala

10

15

His

Pro

Ile

Asn

Pro

Leu

Glu

Pro

Leu

Tyr

Phe

Pro

Ser

Tyr

Thr

20

25

30

Gin

Phe

Leu

Asp

Leu

Glu

Pro

His

Phe

Val

Ile

Lys

Arg

Ala

35

40

45

Tyr

Arg

Pro

Phe,

Gin

Trp

Gly

Asn

Thr

Ile

Lys

Arg

His

Asp

50

55

60

Leu

Glu

Arg

Gin

Ser

Asn

Gin

Pro

Ser

Asp

Ile

Phe

Arg

Gin

Asn

65

70

75

80

Ala

Glu

Ile

Asn

Val

Ser

Gin

Thr

Phe

Leu

Arg

Gly

Ile

Ser

85

90

95

Ala

Ser

Arg

Ile

Val

Ile

Asp

Ser

Val

Ala

Gin

100

105

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 123:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA :195 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...195 • » » · · » · · • •9 <

- 284 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 123:

• ·· · ·

Met 1

Ser

Asn

Pro 5

Phe

Lys

Val

Gly 10

Met

Ile

Ser

Gin 15

Asn

Gly

Ala 20

Leu

Asn

Gly

Leu

Gly 25

Val

Gin

Val

Gly

Tyr 30

Lys

Gin

Phe

Gly 35

Glu

Ser

Lys

Arg

Trp 40

Gly

Leu

Arg

Tyr

Tyr 45

Gly

Phe

Asp

Tyr 50

Asn

His

Gly

Tyr

Ile 55

Lys

Ser

Phe

Phe 60

Asn

Ser

Asp 65

Zle

Trp

Thr

Tyr

Gly Gly Gly 70

Ser

Asp

Leu 75

Leu

Val

Asn

Phe

Ile 80

Asn

Asp

Ser

Ile

Thr 85

Arg

Lys

Asn

Lys 90

Leu

Ser

Val

Gly

Leu 95

Phe

Gly

Ile

Gin 100

Leu

Ala

Gly

Thr

Thr 105

Trp

Leu

Asn

Ser

Gin 110

Tyr

Met

Asn

Leu

Thr 115

Ala

Phe

Asn

Pro 120

Tyr

Ser

Ala

Lys

Val 125

Asn

Ala

Ser

Asn

Phe 130

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn 135

Leu

Gly

Leu

Arg

Thr 140

Asn

Leu

Ala

Thr

Ala 145

Lys

Asp

Ser 150

Glu

Arg

Ser

Ala

Gin 155

His

Gly

Val

Glu

Leu 160

Gly

Ile

Lys

Ile

Pro 165

Thr

Ile

Asn

Thr

Asn 170

Tyr

Ser

Phe

Leu 175

Gly

Thr Phe

Lys Ala

Leu Tyr 195

Glu 180

Tyr

Arg

Leu

Tyr 185

Ser

Val

Tyr

Leu

Asn 190

Tyr

Val

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 124:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 227 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...227 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 124:

Val

Arg

Phe

Gly Lys Ile

Asp

Tyr

Leu

Asn

Met

Leu

Pro

Phe

Asp

Val

1

5

10

15

Phe

Ile

Lys

Ser Tyr Pro

Thr

Pro

Cys

Tyr

Phe

Lys

Gin

Phe

Leu

Arg

20

25

30

	• 4 • · • • • • · ·	»· · · • • « < b · • · 285	e • · • • • • · ·	• · • 4 • • • • · · ·	• · • ♦ • ·· • ·	• · « · • · • ·· e • ·	» • • »
Leu	Lys	Lys Thr Tyr Pro	Ser Lys	Leu	Asn	Glu	Ser	Phe	Leu	Phe	Arg
		35	40					45
Arg	Xle	Asp Ala Gly Phe	lle Ser	Ser	lle	Ala	Gly	Tyr	Pro	Phe	Ala
	50		55				60
Leu	Cys	Ser Tyr Ser Leu	Gly lle	Val	Ala	Tyr	Lys	Glu	Val	Leu	Ser
65		70				75					80
Val	Leu	Val Val Asn Arg	Glu Asn	Ala	Phe	Asp	Lys	Glu	Ser	Ala	Ser
		85			90					95
Ser	Asn	Ala Leu Ser Lys	Val Leu	Gly	Leu	Lys	Gly	Glu	Val	Leu	lle
		100		105					110
Gly	Asn	Lys Ala Leu Gin	Phe Tyr	Tyr	Ser	Asn	Pro	Lys	Lys	Asp	Phe
		115	120					125
lle	Asp	Leu Ala Ala Leu	Trp Tyr	Glu	Lys	Lys	Arg	Leu	Pro	Phe	Val
	130		135				140
Phe	Gly Arg Leu Cys Tyr	Tyr Gin	Asn	Lys	Asp	Phe	Tyr	Lys	Arg	Leu
145		150				155					160
Ser	Leu	Ala Phe Lys His	Gin Lys	Thr	Lys	lle	Pro	His	Tyr	lle	Leu
		165			170					175
Lys	Glu	Ala Ala Leu Lys	Thr Asn	Leu	Lys	Arg	Gin	Asp	lle	Leu	Asn
		180		185					190
Tyr	Leu	Gin Lys lle Tyr	Tyr Thr	Leu	Gly	Lys	Lys	Glu	Gin	Ser	Gly
		195	200					205
Leu	Lys	Ala Phe Tyr Arg	Glu Leu	Leu	Phe	Lys	Arg	lle	Gin	Lys	Pro
	210		215				220
Lys	Arg	Phe
225
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO: 125:
	(i)	VLASTNOSTI SEKVENCE:
		(A) DÉLKA : 305 aminokyselin
		(B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
	(ii)	TYP MOLEKULY: protein
	(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
	(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
		(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori
	(ix)	ZNAKY:
		(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature
		(B) POLOHA 1.	. .305
	(xi)	POPIS SEKVENCE	SEQ ID	NO :125:
Met	Gly	Arg lle Glu Ser	Lys Lys	Arg	Leu	Lys	Ala	Leu	IU	Phe	Leu
1		5			10					15
Ala	Ser	Leu Gly Val Leu	Trp Gly	Asn	Ala	Ala	Glu	Lys	Thr	Pro	Phe
		20		25					30
Phe	Lys	Thr Lys Asn His	lle Tyr	Leu	Gly	Phe	Arg	Leu	Gly	Thr	Gly
	35	40					45
Ala	Thr	Thr Arg Thr Ser	Met Trp	Gin	Gin	Ala	Tyr	Lys	Asp	Asn	Pro

• · • · 9 9 9 9 9 e β · · · ··· ··· • · 9 9 9

- 286 -

50

55

60

Thr

Cys

Pro

Ser

Val

Cys

Tyr

Gly

Glu

Lys

Leu

Glu

Ala

His

Tyr

65

70

75

B0

Lys

Gly

Lys

Asn

Leu

Ser

Tyr

Thr

Gly

Gin

Ile

Gly

Asp

Glu

Ile

85

90

95

Ala

Phe

Asp

Lys

Tyr

His

Ile

Leu

Gly

Leu

Arg

Val

Trp

Gly

Asp

Val

100

105

110

Glu

Tyr

Ala

Lys

Ala

Gin

Leu

Gly

Gin

Lys

Val

Gly

Asn

Thr

Leu

115

120

125

Leu

Ser

Gin

Ala

Asn

Tyr

Asn

Pro

Ser

Ala

Ile

Lys

Thr

Tyr

Asp

Pro

130

135

140

Thr

Ser

Asn

Ala

Gin

Gly

Ser

Leu

Val

Leu

Gin

Lys

Thr

Pro

Ser

Pro

145

150

155

160

Gin

Asp

Phe

Leu

Phe

Asn

Gly

His

Phe

Met

Ala

Phe

Gly

Leu

Asn

165

170

175

Val

Asn

Met

Phe

Val

Asn

Leu

Pro

Ile

Asp

Thr

Leu

Lys

Leu

Ala

180

185

190

Leu

Lys

Thr

Glu

Lys

Met

Leu

Phe

Lys

Ile

Gly

Val

Phe

Gly

195

200

205

Gly

Val

Glu

Tyr

Ala

Ile

Leu

Trp

Ser

Pro

Gin

Tyr

Lys

Asn

Gin

210

215

220

Asn

Thr

His

Gin

Asp

Lys

Phe

Ala

Gly

Gly Gly

Phe

225

230

235

240

Val

Asn

Phe

Gly

Ser

Leu

Tyr

Ile

Gly

Lys

Arg

Asn

Arg

Phe

Asn

245

250

255

Val

Gly

Leu

Lys

Ile

Pro

Tyr

Ser

Leu

Ser

Ala

Gin

Ser

Trp

Lys

260

265

270

Asn

Phe

Gly

Ser

Asn

Val

Trp

Gin

Thr

Ile

Arg

Gin

Asn

275

280

285

Phe

Ser

Val

Phe

Arg

Asn

Lys

Glu

Val

Phe

Val

Ser

Tyr

Ala

Phe

Leu

290

295

300

Phe

305

(2)

INFORMACE PRO ·

SEQ

ID NO:126:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 258 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...258 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 126:

» 9 9 · » 9 9 ·

9 <99 • 9

99

9999 ·

- 287 -

Met 1

Phe

Leu

Arg

Ser 5

Tyr

Pro

Lys

Leu

Arg 10

Tyr

Ala

Leu

Cys

Leu 15

Pro

Leu

Thr

Glu 20

Thr

Cys

Tyr

Ser

Glu 25

Glu

Arg

Thr

Leu

Asn 30

Lys

Val

Thr

Gin 35

Ala

Lys

Arg

Ile

Phe 40

Thr

Tyr

Asn

Glu 45

Phe

Lys

Val

Thr

Ser 50

Lys

Glu

Leu

Asp

Gin 55

Arg

Gin

Ser

Asn

Glu 60

Val

Lys

Asp

Leu

Phe 65

Arg

Thr

Asn

Pro

Asp 70

Val

Asn

Val

Gly

Gly 75

Gly

Ser

Val

Met

Gly 80

Gin

Lys

Ile

Tyr

Val 85

Arg

Gly

Ile

Glu

Asp 90

Arg

Leu

Arg

Val 95

Thr

Val

Asp

Gly

Ala 100

Ala

Gin

Asn

Gly

Asn 105

Ile

Tyr

His

Gin 110

Gly

Asn

Thr

val

Ile 115

Asp

Pro

Gly

Met

Leu 120

Lys

Ser

Val

Glu

Val 125

Thr

Lys

Gly

Ala

Ala 130

Asn

Ala

Ser

Ala

Gly 135

Pro

Gly

Ala

Ile

Ala 140

Gly

Val

Ile

Lys

Met 145

Glu

Thr

Lys

Gly

Ala 150

Ala

Asp

Phe

Ile

Pro 155

Arg

Gly

Lys

Asn

Tyr 160

Ala

Ser

Gly

Ala 165 '

Val

Ser

Phe

Tyr

Thr 170

Asn

Phe

Gly

Asp

Arg 175

Glu

Thr

Phe

Arg

Ser 180

Ala

Tyr

Gin

Ser

Ala 185

His

Phe

Asp

Ile

Ile 190

Ala

Tyr

Thr

His 195

Gin

Asn

Ile

Phe

Tyr 200

Tyr

Arg

Ser

Gly

Ala 205

Thr

Val

Met

Lys

Asn 210

Leu

Phe

Lys

Pro

Thr 215

Gin

Ala

Asp

Lys

Glu 220

Pro

Gly

Thr

Pro

Ser 225

Glu

Gin

Asn

Ala 230

Leu

Ile

Lys

Met

Asn 235

Gly

Tyr

Leu

Ser

Asp 240

Arg Arg

Asp Leu

Thr

Leu

Thr 245

Phe

Ser

Trp

Asn

Met 250

Thr

Arg

Asp

Asn

Ala 255

Thr

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 127:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 192 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...192 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 127:

- 288 -

Met	Phe	Leu	Arg Ser Tyr Pro Lys	Leu Arg Tyr Ala	Leu	Cys	Leu	Pro
1			5	10			15
Leu	Leu	Thr	Glu Thr Cys Tyr Ser 20	Glu Glu Arg Thr 25	Leu	Asn 30	Lys	Val
Thr	Thr	Gin 35	Ala Lys Arg Ile Phe 40	Thr Tyr Asn Asn	Glu 45	Phe	Lys	Val
Thr	Ser 50	Lys	Glu Leu Asp Gin Arg 55	Gin Ser Asn Glu 60	Val	Lys	Asp	Leu
Phe 65	Arg	Thr	Asn Pro Asp Val Asn 70	Val Gly Gly Gly 75	Ser	Val	Met	Gly 80
Gin	Lys	Ile	Tyr Val Arg Gly Ile 85	Glu Asp Arg Leu 90	Leu	Arg	Val 95	Thr
Val	Asp	Gly	Ala Ala Gin Asn Gly 100	Asn Ile Tyr His 105	His	Gin 110	Gly	Asn
Thr	Val	Ile 115	Asp Pro Gly Met Leu 120	Lys Ser Val Glu	Val 125	Thr	Lys	Gly
Ala	Ala 130	Asn	Ala Ser Ala Gly Pro 135	Gly Ala Ile Ala 140	Gly	Val	ile	Lys
Met 145	Glu	Thr	Lys Gly Ala Ala Asp 150	Phe Ile Pro Arg 155	Gly	Lys	Asn	Tyr 160
Ala	Ala	Ser	Gly Ala Val Ser Phe 165	Tyr Thr Asn Phe 170	Gly	Asp	Arg 175	Glu
Thr	Phe	Arg	Ser Ala Tyr Gin Ser 180	Ala His Phe Asp 185	Ile	Ile 190	Ala	Tyr

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 128:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 126 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...126 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 128:

Val

Pro

Leu

Ser

Leu

Gly

Asn

Leu

Asn

Pro

Asn

Ser

1

5

10

15

Val

Leu

Asn

Leu

Lys

Asn

Ser

Gin

Leu

Val

Phe

Ser

Asp

Gin

Gly

Ser

20

25

30

Leu

Asn

Ile

Ala

Asn

Ile

Asp

Leu

Ser

Asp

Leu

Asn

Gly

Asn

Lys

35

40

45

Asn

Arg

Val

Tyr

Asn

Ile

Gin

Ala

Asp

Met

Asn

Gly

Asn

Trp

Tyr

50

55

60

Tyr Asp

Ala Val

Leu Ser

- 289 -

Glu

Arg

Zle

Asn

Phe

Gly

Met

Arg

Zle

Asn

Asp

Gly

Zle

65

70

75

Ala

Lys

Asn

Gin

Thr

Tyr

Ser

Phe

Thr

Asn

Pro

Leu

Asn

85

90

Lys

Phe

Thr

Glu

Ser

Phe

Zle

His

Arg

Leu

Cys

Gly

Ser

100

105

110

Gin

Zle

Gin

Lys

Asn

Thr

Zle

Val

Ser

Pro

Arg

Leu

115

120

125

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 129:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 565 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...565 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:129:

Val

Tyr

Ser

Tyr

Ser

Asp

Ala

Gin

Gly

Val

Phe

Tyr

Leu

Thr

Ser

1 Ser

Val

Lys

Gly

5 Tyr

Tyr

Asn

Pro

Asn

10 Gin

Ser

Tyr

Gin

Ala

15 Ser

Gly

Ser

Asn

20 Thr

Thr

Lys

Asn

25 Asn

Leu

Thr

Ser

Glu

30 Ser

Ser

Val

Ile

Ser

35 Gin

Thr

Tyr

Asn

Ala

40 Gin

Gly

Asn

Pro

Zle

45 Ser

Ala

Leu

His

Val

50 Tyr

Asn

Lys

Gly

Tyr

55 Asn

Phe

Ser

Asn

Zle

60 Lys

Ala

Leu

Gly

Gin

65 Met

Ala

Leu

Lys

Leu

70 Tyr

Pro

Glu

Zle

Lys

75 Lys

Zle

Leu

Gly

Asn

80 Asp

Phe

Ser

Leu

Ser

85 Ser

Leu

Ser

Asn

Leu

90 Lys

Gly

Asp

Ala

Leu

95 Asn

Gin

Leu

Thr

Lys

100 Leu

Zle

Thr

Pro

Ser

105 Asp

Trp

Lys

Asn

Zle

110 Asn

Glu

Leu

Ile

Asp

115 Asn

Ala

Asn

Sel

320 Val

Val

Gin

Asn

Phe

125 Asn

Asn

Gly

Thr

Leu

130 Zle

Zle

Gly

Ala

Thr

135 Lys

Zle

Gly

Gin

Thr

140 Asp

Thr

Asn

Ser

Ala

145 Val

Val

Phe

Gly

150 Leu

Gly

Tyr

Gin

Lys

155 Pro

Cys

Asp

. 1 Tyr

Thr

160 Asp

Zle

Val

Cys

Gin

165 Lys

Phe

Arg

Gly

Thr

170 Tyr

Leu

Gly

Gin

Leu

175 Leu

Glu

Ser

Asn

Ser

180 Ala

Asp

Leu

Gly

Tyr

185 Zle

Asp

Thr

Phe

190 Asn

Ala

Lys

φ φ • φ φ φ φ φ φφ« φ « • φ · · · · ♦

- 290 -

195

200

205

Glu

Ile

Tyr

Leu

Thr

Gly

Thr

Leu

Gly

Ser

Gly

Asn

Ala

Trp

Gly

Thr

210

215

220

Gly Gly

Ser

Ala

Ser

Val

Thr

Phe

Asn

Ser

Gin

Thr

Ser

Leu

Ile

Leu

225

230

235

240

Asn

Gin

Ala

Asn

Ile

Val

Ser

Gin

Thr

Asp

Gly

Ile

Phe

Ser

Met

245

250

255

Leu

Gly

Gin

Glu

Gly

Ile

Asn

Lys

Val

Phe

Asn

Gin

Ala

Gly

Leu

Ala

260

265

270

Asn

Ile

Leu

Gly

Glu

Val

Ala

Met

Gin

Ser

Ile

Asn

Lys

Ala

Gly

275

280

285

Leu

Gly

Asn

Leu

Ile

Val

Asn

Thr

Leu

Gly

Ser

Asp

Ser

Val

Ile

Gly

290

295

300

Gly Tyr

Leu

Thr

Pro

Glu

Gin

Lys

Asn

Gin

Thr

Leu

Ser

Gin

Leu

305

310

315

320

Gly

Gin

Asn

Phe

Asp

Asn

Leu

Met

Asn

Asp

Ser

Gly

Leu

Asn

Thr

325

330

335

Ala

Ile

Lys

Asp

Leu

Ile

Arg

Gin

Lys

Leu

Gly

Phe

Trp

Thr

Gly

Leu

340

345

350

Val

Gly

Leu

Ala

Gly

Leu

Gly Gly

Ile

Asp

Leu

Gin

Asn

Pro

Glu

355

360

365

Lys

Leu

Ile

Gly

Ser

Met

Ser

Ile

Asn

Asp

Leu

Ser

Lys

Gly

370

375

380

Leu

Phe

Asn

Gin

Ile

Thr

Gly

Phe

Ile

Ser

Ala

Asn

Asp

Ile

Gly

Gin

385

390

395

400

Val

Ile

Ser

Val

Met

Leu

Gin

Asp

Ile

Val

Lys

Pro

Ser

Asp

Ala

Leu

405

410

415

Lys

Asn

Asp

Val

Ala

Leu

Gly

Lys

Gin

Met

Ile

Gly

Glu

Phe

Leu

420

425

430

Gly

Gin

Asp

Thr

Leu

Asn

Ser

Leu

Glu

Ser

Leu

Gin

Asn

Gin

435

440

445

•

Ile

Lys

Ser

Val

Leu

Asp

Lys

Val

Leu

Ala

Lys

Gly

Leu

Gly

Ser

450

455

460

Ile

Tyr

Glu

Gin

Gly

Leu

Gly

Asp

Leu

Ile

Pro

Asn

Leu

Gly

Lys

485

470

475

480

Gly

Ile

Phe

Ala

Pro

Tyr

Gly

Leu

Ser

Gin

val

Trp

Gin

Lys

Gly

Asp

485

490

495

Phe

Ser

Phe

Asn

Ala

Gin

Gly

Asn

Val

Phe

Val

Gin

Asn

Ser

Thr

Phe

500

505

510

Ser

Asn

Ala

Asn

Gly

Thr

Leu

Ser

Phe

Asn

Ala

Gly

Asn

Ser

Leu

515

520

525

Ile

Phe

Ala

Gly

Asn

His

Ile

Ala

Phe

Thr

Asn

His

Ser

Gly

Thr

530

535

540

Leu

Asn

Leu

Ser

Asn

Gin

Val

Ser

Asn

Ile

Asn

Val

Thr

Met

Leu

545

550

555

560

3

Ala

Thr

Ala

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :130:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 172 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární

- 291 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...172 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 13 0:

Val

Phe

Gly

Leu

Ser

Leu

Ala

Asp

Met

Ile

Leu

Glu

Arg

Phe

Lys

Asp

1

5

10

15

Phe

Met

Arg

Glu

Tyr

Pro

Glu

Pro

Tyr

Lys

Phe

Leu

Gin

Val

Phe

Tyr

20

25

30

Ala

Gin

Glu

Lys

Glu

Arg

Phe

Leu

Asn

His

Lys

Met

Asn

Asp

Tyr

Ile

35

40

45

Lys

Gin

Asn

Lys

Ser

Lys

Glu

Ala

Ser

Ile

Leu

Ala

Arg

Gin

Gly

50

55

60

Phe

Val

Ser

Val

Ile

Gly

Arg

Ala

Leu

Glu

Lys

Ile

Glu

Leu

65

70

75

80

Leu

Lys

Asp

Phe

Cys

Ile

Lys

Asn

Val

Lys

Met

Thr

Asn

Asp

Lys

85

90

95

Thr.

Leu,

Arg

Ala

Lys

Arg

Ile

Asn

Gly

Glu

Leu

Asp

Lys

Val

Lys

Arg

100

105

110

Ala

Leu

Val

His

Phe

Gly Gly Tyr

Ser

Val

Leu

Pro

Asp

Ile

115

120

125

Leu

Tyr

Gin

Thr

Asn

Lys

Asp

Asn

Ile

Lys

Ile

Leu

Ala

Ile

Leu

Ser

130

13 S

140

Val

Lys

Asn

Ser

Phe

Arg

Glu

Arg

Phe

Thr

Lys

Asp

Ala

Leu

Glu

145

150

155

160

Ile

Lys

Thr

Phe

Ala

Ile

Ala

Cys

Asn

Phe

Ser

His

165

170

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 131:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

	(A) DÉLKA : 331 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
(ii)	TYP MOLEKULY: protein
(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...331

9 • 9 9 9 9 ·

9 9 99· 999

9 · · ··· ···· 99 99 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:131:

• 99 9

- 292 -

Met

Lys

Arg

Phe

Val

Leu

Phe

Leu

Phe

Ile

Cys

Val

Cys

Val

Cys

1

5

10

15

val

Gin

Ala

Tyr

Ala

Glu

Gin

Asp

Tyr

Phe

Arg

Asp

Phe

Lys

Ser

20

25

30

Zle

Asp

Leu

Pro

Gin

Lys

Leu

His

Leu

Asp

Lys

Leu

Ser

Gin

Thr

35

40

45

Ile

Gin

Pro

Cys

Ala

Gin

Leu

Asn

Ala

Ser

Lys

His

Tyr

Thr

Ala

Thr

50

55

60

Gly

Val

Arg

Glu

Pro

Asp

Ala

Cys

Thr

Lys

Ser

Phe

Lys

Ser

Ala

65

70

75

80

Met

Val

Ser

Tyr

Asp

Leu

Ala

Leu

Gly

Tyr

Leu

Val

Ser

Gin

Asn

Lys

85

90

95

Pro

Tyr

Gly

Leu

Lys

Ala

Ile

Glu

Ile

Leu

Asn

Ala

Trp

Ala

Asn

Glu

100

105

110

Leu

Gin

Ser

Val

Asp

Thr

Tyr

Gin

Ser

Glu

Asp

Asn

Ile

Asn

Phe

Tyr

115

120

125

Met

Pro

Tyr

Met

Asn

Met

Ala

Tyr

Trp

Phe

Val

Lys

Glu

Phe

Pro

130

135

140

Ser

Pro

Glu

Tyr

Glu

Asp

Phe

Ile

Arg

Met

Arg

Gin

Tyr

Ser

Gin

145

150

155

160

Ser

Ala

Leu

Asn

Thr

Asn

His

Gly

Ala

Trp

Gly

Ile

Leu

Phe

Asp

Val

165

170

175

Ser

Ala

Leu

Ala

Leu

Asp

His

Ala

Leu

Gin

Ser

Ala

180

185

190

Asn

Arg

Trp

Gin

Glu

Trp

Val

Phe

Lys

Ala

Ile

Asp

Glu

Asn

Gly

Val

195

200

205

Ile

Ala

Ser

Ala

Tle

Thr

Arg

Ser

Asp

Thr

Ser

Asp

Tyr

His

Gly

210

215

220

Pro

Thr

Lys

Gly

Ile

Lys

Gly

Ile

Ala

Tyr

Thr

Asn

Phe

Ala

Leu

225

230

235

240

Ala

Ile

Thr

Ile

Ser

Gly

Glu

Leu

Phe

Glu

Asn

Gly

Tyr

Asp

Leu

245

250

255

Trp

Gly

Ser

Gly

Ala

Gly

Gin

Arg

Leu

Ser

val

Ala

Tyr

Asn

Lys

Ala

260

265

270

Ala

Thr

Trp

Ile

Leu

Asn

Pro

Glu

Thr

Phe

Pro

Tyr

Phe

Gin

Pro

Asn

275

280

285

Leu

Ile

Gly

Val

His

Asn

Ala

Tyr

Phe

Ile

Leu

Ala

Lys

His

290

295

300

Tyr

Ser

Pro

Ser

Ala

Asp

Glu

Leu

Glu

Gin

Gly Asp

Leu

His

305

310

315

320

Glu

Asp

Gly

Phe

Arg

Leu

Lys

Leu

Arg

Ser

Pro

325 330 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 132:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 128 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein φφφφ • · · Φ · · · 4 • · Φ · · · φ Φ Φ φφφΦΦΦ

Φ Φ · · • ΦΦ ΦΦΦΦ Φ· ··

- 293 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍC: misc_feature (B) POLOHA 1...128 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:132:

Met 1

Arg

Gin

Tyr

Ser 5

Gin

Ser

Ala

Leu

Asn 10

Thr

Asn

His

Gly

Ala 15

Trp

Gly

Ile

Leu

Phe 20

Asp

Val

Ser

Ala 25

Leu

Ala

Leu

Asp

Asp 30

His

Ala

Leu

Gin 35

Ser

Ala

Asn

Arg 40

Trp

Gin

Glu

Trp

Val 45

Phe

Lys

Ala

Ile

Asp 50

Glu

Asn

Gly

Val

Ile 55

Ala

Ser

Ala

Ile

Thr 60

Arg

Ser

Asp

Thr

Ser 65

Asp

Tyr

His

Gly

Gly 70

Pro

Thr

Lys

Gly

Ile 75

Lys

Gly

Ile

Ala

Tyr 80

Thr

Asn

Phe

Ala

Leu 85

Leu

Ala

Ile

Thr

Ile 90

Ser

Gly

Glu

Leu

Leu 95

Phe

Glu

Asn

Gly

Tyr 100

Asp

Leu

Trp

Gly

Ser 105

Gly

Ala

Gly

Gin

Arg 110

Leu

Ser

Val

Ala

Tyr 115

Asn

Lys

Ala

Thr 120

Trp

Ile

Leu

Asn

Pro 125

Glu

Thr

Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 133:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 245 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...245 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:133:

Leu 1

Arg

Thr

Leu

Leu 5

Lys

Met

Leu

Val

Gly 10

Val

Ser

Leu

Thr 15

His

Ala

Leu

Met

Ala 20

Thr

Glu

Ser

Ala 25

Ala

Pro

Ser

Trp

Thr 30

Lys

Asn

Leu

Tyr

Met

Gly

Phe

Asn

Tyr

Gin

Thr

Gly

Ser

Ile

Asn

Leu

Met

Thr

• 9 99 • 9 9 9

9 9 ·

999 999

9

9 9 9

40 45

Asn Xle His Glu Val Arg Glu Val Thr Ser Tyr Gin Thr Gly Tyr Thr

55 60

Asn Val Met Thr Ser Ile Asn Ser Val Lys Lys Leu Thr Asn Met Gly

70 75 80

- 294 -

Ser	Asn Gly Ile	Gly 85	Leu Val Met Gly Tyr Asn His Phe Phe His Pro
90	95
Asp	Lys Val Leu	Gly	Leu Arg Tyr Phe Ala	Phe Leu Asp Trp Gin Gly
	100		105	110
Tyr	Gly Met Arg	Tyr	Pro Lys Gly Tyr Tyr	Gly Gly Asn Asn Met Ile
	115		120	125
Thr	Tyr Gly Val	Gly	Val Asp Ala Ile Trp	Asn Phe Phe Gin Gly Ser
	130		135	140
Phe	Tyr Gin Asp	Asp	Ile Gly Val Asp Ile	Gly Val Phe Gly Gly Ile
145			150	155 160
Ala	Ile Ala Gly	Asn	Ser Trp Tyr Ile Gly	Asn Lys Gly Gin Glu Leu
		165	170	175
Leu	Gly Ile Thr	Asn	Ser Ser Ala Val Asp	Asn Thr Ser Phe Gin Phe
	180		185	190
Leu	Phe Asn Phe	Gly	Phe Lys Ala Leu Phe	Val Asp Glu His Glu Phe
	195		200	205
Glu	Ile Gly Phe	Lys	Phe Pro Thr Leu Asn	Asn Lys Tyr Tyr Thr Thr
	210		215	220
Asp	Ala Leu Lys	Val	Gin Met Arg Arg Val	Phe Ala Phe Tyr Val Gly
225			230	235 240
Tyr	Asn Tyr His	Phe
		245
(2) :	INFORMACE PRO SEQ ID NQ:134:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 290 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina ÍD) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...290 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 134:

Met

Phe

Glu

Ile

Thr

Leu

Ala

His

Lys

Asp

Leu

Phe

Ser

Arg

Phe

1

5

10

15

Leu

Gin

Thr

Gin

Lys

Ile

Val

Leu

Ser

Asp

Val

Ser

Phe

Thr

Asn

Cys

20

25

30

Phe

Leu

Trp

Gin

His

Ala

Arg

Leu

Ile

Gin

Val

Ala

Val

Ile

Arg

Asp

35

40

45

·· *· • · · · • · · · ··· *** • · • · ·· ····

- 295 -

Cys

Leu 50

Val

Ile

Gin

Thr

Thr 55

Tyr

Glu

Asn

Gin

Lys 60

Pro

Phe

Tyr

Phe

Tyr 65

Pro

Ile

Gly

Lys

Arg 70

Pro

His

Glu

Cys

Val 75

Lys

Glu

Leu

Glu 80

Leu

Glu

Lys

Asn

Leu 85

Arg

Phe

His

Ser

Leu 90

Thr

Leu

Glu

Gin

Lys 95

Asp

Leu

Lys

Asp 100

Asn

Phe

Val

Gly

Val 105

Phe

Asp

Phe

Thr

Tyr 110

Asn

Arg

Asp

Arg

Ser 115

Asp

Tyr

Val

Tyr

Ser 120

Ile

Glu

Leu

Ile 125

Ala

Leu

Lys

Gly

Lys 130

Lys

Tyr

His

Lys

Lys 135

Lys

Asn

His

Leu

Asn 140

Gin

Phe

Leu

Thr

Asn 145

His

Ala

Asn

Phe

Val 150

Tyr

Glu

Lys

Ile

Ser 155

Pro

Gin

Asn

Arg

Lys 160

Glu

Val

Leu

Glu

Ala 165

Ser

Lys

Ala

Trp

Phe 170

Leu

Glu

Ser

Gin

Thr 175

Asp

Ile

Gly

Leu 180

Ile

Asn

Glu

Asn

Lys 185

Gly

Ile

Gin

Ser

Val 190

Leu

Glu

Asn

Tyr

Glu 195

Ser

Leu

Asp

Leu

Lys 200

Gly

Leu

Ile

Arg 205

Val

Asn

Gly

Glu

Ile 210

Val

Ser

Phe

Ser

Phe 215

Gly

Glu

Val

Leu

Asn 220

Glu

Ser

Ala

Leu 225

Ile

His

Ile

Glu

Lys 230

Ala

Arg

Thr

Asp

Ile 235

Ala

Gly

Ala

Tyr

Gin 240

Ile

Asn

Gin

Gin 245

Leu

Asn

Glu 250

Phe

Ser

His

Leu

Thr 255

Tyr

Ala

Asn

Arg

Glu

Asp

Leu

Gly

Leu

Glu

Gly

Leu

Arg

Ser

Lys

260 265 270

Met Ser Tyr Asn Pro Val Phe Leu Ile Asp Lys Tyr Glu Ala Val Ala
275	280	28S
Arg	Asn 290
(2)	INFORMACE PRO	SEQ ID NO:135:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 110 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...110 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 135:

Met Met Phe Ile Val Ala Val Leu Met Leu Ala Phe Leu Ile Phe Val

10 is • ·· · ·· ·· ·· • ·· · · · ·· · • · · · · · • * · · · ··· ··· • · · · · ··· ···· ·· ··

- 296 -

His Glu Leu Gly His	Phe Ile Ile Ala Arg Ile Cys Gly Val Lys	Val
	20	25	30
Glu	Val Phe Ser Ile	Gly Phe Gly Lys	Lys Leu Trp Phe Phe Lys	Leu
	35	40	45
Phe	Gly Thr Gin Phe	Ala Leu Ser Leu	Ile Pro Leu Gly Gly Tyr	Val
	50	55	60
Lys	Leu Lys Gly Met	Asp Lys Glu Glu	Asn Glu Glu Asn Lys Ile	Asn
65		70	75	80
Gin	Ala Asn Asp Ser	Tyr Ala Lys Lys	Ala Leu Ser Lys Ser Tyr	Gly
	85		90 95
Tyr	Cys Leu Val Gly Arg Phe Leu Ile	Phe Phe Leu Arg Phe
	100	105	110
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO: 136:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 351 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...351 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:136:

Met 1

Met

Phe

Ile

Val 5

Ala

Val

Leu

Met

Leu 10

Ala

Phe

Leu

Ile

Phe 15

Val

His

Glu

Leu

Gly 20

His

Phe

Ile

Ala 25

Arg

Ile

Cys

Gly

Val 30

Lys

Val

Glu

Val

Phe 35

Ser

Ile

Gly

Phe

Gly 40

Lys

Leu

Trp

Phe 45

Phe

Lys

Leu

Phe

Gly 50

Thr

Gin

Phe

Ala

Leu 55

Ser

Leu

Ile

Pro

Leu 60

Gly

Tyr

Val

Lys 65

Leu

Lys

Gly

Met

Asp 70

Lys

Glu

Asn

Glu 75

Glu

Asn

Lys

Ile

Asn 80

Gin

Ala

Asn

Asp

Ser 85

Tyr

Ala

Gin

Lys

Ser 9

Pro

Phe

Gin

Lys

Leu 95

Trp

Ile

Leu

Phe

Gly 100

Gly

Ala

Phe

Asn 105

Phe

Leu

Phe

Ala

Val 1-10

Leu

Val

Tyr

Phe

Phe 115

Leu

Ala

Leu

Ser

Gly 120

Glu

Lys

Val

Leu

Leu 125

Pro

Val

Ile

Gly

Gly 130

Leu

Glu

Lys

Asn

Ala 135

Leu

Glu

Ala

Gly

Leu 140

Leu

Lys

Gly

Asp

Arg 145

ile

Leu

Ser

Ile

Asn 150

His

Gin

Lys

Ile

Ala 1SS

Ser

Phe

Arg

Glu

Ile 160

»·« ·

- 297 -

Arg

Glu

Ile

Val

Ala 165

Arg

Ser

Gin

Gly

Glu 170

Leu

Ile

Leu

Glu

Ile 175

Glu

Arg

Asn

Gin 180

Ile

Leu

Glu

Lys

Arg 185

Leu

Thr

Pro

Lys

Ile 190

Val

Ala

Val

Ile

Ser 195

Glu

Ser

Asn

Asp

Pro 200

Asn

Glu

Ile

Lys 205

Tyr

Lys

Ile

Gly 210

Ile

Lys

Pro

Asp

Met 215

Gin

Lys

Met

Gly

Val 220

Val

Ser

Tyr

Ser

Val 225

Phe

Gin

Ala

Phe

Glu 230

Lys

Ala

Leu

Ser

Arg 235

Phe

Lys

Glu

Gly

Val 240

Val

Leu

Ile

Val

Asp 245

Ser

Leu

Arg

Leu 250

Ile

Met

Gly

Ser

Ala 255

Ser

Val

Lys

Glu

Leu 260

Ser

Gly

Val

Ile

Gly 265

Ile

Val

Gly

Ala

Leu 270

Ser

His

Ala

Asn

Ser 275

Val

Ser

Met

Leu

Leu 280

Leu

Phe

Gly

Ala

Phe 285

Leu

Ser

Ile

Asn

Leu 290

Gly

Ile

Leu

Asn

Leu 295

Leu

Pro

Ile

Pro

Ala 300

Leu

Asp

Gly

Ala

Gin 305

Met

Leu

Gly

Val

Val 310

Phe

Lys

Asn

Ile

Phe 315

His

Ile

Ala

Leu

Pro 320

Thr

Pro

Ile

Gin

Asn 325

Ala

Leu

Trp

Leu

Val 330

Gly

Val

Gly

Phe

Leu 335

Val

Phe

Val

Met

Phe 340

Leu

Gly

Leu

Phe

Asn 345

Asp

Ile

Thr

Arg

Leu 350

Leu

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:137:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 100 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...100 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 137:

Met

Gin

Lys.

Jjsn

Leu

Asp

Ser

Leu

Glu

Asn

Leu

Arg

Ala

Glu

Ile

1

5

10

15

Asp

Ala

Leu

Asp

Asn

Glu

Leu

Ser

Asp

Leu

Asp

Lys

Arg

Leu

Gly

20

25

30 '

¹

Ile

Ala

Leu

Lys

Ile

Ala

Leu

Ile

Lys

Gin

Glu

Ser

Pro

Gin

Glu

Asn

35

40

45

Pro

Ile

Tyr

Cys

Pro

Lys

Arg

Glu

Gin

Glu

Ile

Leu

Lys

Arg

Leu

Ser

50

55

60

Gin

Arg

Gly

Phe

Lys

His

Leu

Asn

Gly

Glu

Ile

Leu

Ala

Ser

Phe

Tyr

««* 9 • 9 99 99

9 9 9 9

9 9 9 · . . „ 9 9 999 99«

9 9 9 9 · ·

999 99 999 9999 99 99

- 298 65 70 75 bo

Ala Glu Val Phe Lys Ile Ser Arg Asa Phe Gla Glu Asn Ala Leu Lys

90 95

Glu Leu Lys Lys 100 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 138:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 174 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...174 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 138:

Val

Lys

Met

Arg

Phe

Ser

Gly

Phe

Gly

Phe

Val

Asn

Glu

Ser

Val

1

5

10

15

Leu

Phe

Glu

Trp

Leu

Lys

Gly

Ala

Tyr

Asp

Val

Ser

Gly

Phe

20

25

30

Ser

Met

Gly

Ala

Ile

Lys

Ala

Ile

Glu

Tyr

Ala

Tyr

Asn

Glu

Val

Leu

35

40

45

Gin

Arg

Ile

His

Ser

Leu

Phe

Ser

Pro

Cys

Met

Leu

50

55

60

Ala

His

Lys

Ser

Leu

Ala

Phe

Lys

Arg

Leu

Gin

Leu

Phe

Leu

Phe

Gin

65

70

75

80

Lys

Asp

Pro

Gin

Ser

Tyr

Met

Asp

Asn

Phe

Tyr

Lys

Glu

Val

Gly

Leu

85

90

95

Asp

Ala

Gin

Leu

Glu

Arg

Phe

Lys

Glu

Gly

Ser

Leu

Glu

Leu

100

105

110

Glu

Phe

Leu

Asp

Tyr

Lys

Tyr

Ser

Asp

Ser

Ile

Arg

Phe

Leu

115

120

125

Leu

Glu

Lys

Gly

Val

Lys

Ile

Glu

Val

Phe

Ile

Gly

Leu

Lys

Asp

Arg

130

135

140

Ile

Thr

Asp

Ile

Gin

Ala

Leu

Glu

Phe

Met

Pro

Leu

Val

Gin

145

150

155

160

Val

Trp

Gin

Phe

Lys

Asp

Cys

Asn

His

Leu

Gin

Lys

Ser

165

170

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 139:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 4 71 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina

- 299 (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...471 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 139:

Met 1	Lys	Asn	Thr	Asn 5	Thr	Lys	Glu
Gly	Tyr	Ser	Gin 20	Tyr	His	Thr	Leu
Leu	Leu	Phe 35	Ser	Leu	Pro	Leu	Ser 40
Phe	Tyr 50	Met	Gly	Val	Gly	Tyr 55	Gin
Asn 65	Asn	Lys	Gly	Ser	Thr 70	Leu	Arg
Gin	Val	Gly	Val	Gly 85	Met	Ala	Gly
Thr	Asn	Thr	Thr 100	Met	Asp	Ala	Leu
Asn	Thr	Asn 115	Thr	Thr	Val	Gly	Asn 120
Lys	Lys 130	Ile	Leu	Pro	Gin	Ile 135	Glu
Ala 145	Tyr	Ser	Val	Gin	Ala 150	Leu	Gin
Asn	Leu	Val	Asn	Asn 165	Ser	Asn	Asn
Glu	Tyr	Val	Gly ISO	Ile	Ile	Lys	Val
Ser	Leu	Leu 195	Ala	Thr	Glu	Ser	Val 200
Val	Asn 210	Leu	Asp	Ser	Asn	Ser 215	Val
Met 225	Gin	Leu	Phe	Asn	Asp 230	Thr	Ser
Glu	Asn	Leu	Lys	Asn 245	Gly Gly	Ala
Lys	Thr	Ile	Ser 260	Asp	Arg	Ile	Ala
Leu	Gly	Gly 275	Met	Leu	Lys	Asn	Tyr 280
Gly	Pro 290	Gly	Thr	Ser	Ser	Gin 295	His
Gin	Val	Gly	Tyr	Lys	Gin	Phe	Phe

Ile	Lys 10	Asn	Thr	Arg	Met	Lys 15	Lys
Lys 25	Lys	Gly	Leu	Leu	Lys 30	Thr	Ala
Val	Ala	Leu	Ala	Glu 4S	Asp	Asp	Gly
Ile	Gly	Gly	Ala 60	Gin	Gin	Asn	Ile
Asn	Asn	Val 75	Ile	Asp	Asp	Phe	Arg 80
Gly	Asn 90	Gly	Leu	Leu	Ala	Leu 95	Ala
Leu 105	Gly	Ile	Gly	Asn	Gin 110	Ile	Val
Asn	Asn	Ala	Glu	Leu 125	Thr	Gin	Phe
Gin	Arg	Phe	Glu 140	Thr	Asn	Lys	Asn
Val	Tyr	Leu 155	Ser	Asn	Val	Leu	Tyr 160
Gly	Ser 170	Asn	Asn	Gly	Val	Val 17S	Pro
Leu 185	Tyr	Gly	Ser	Gin	Asn 190	Glu	Phe
Ala	Leu	Leu	Asn	Ala 205	Leu	Thr	Arg
Phe	Leu	Lys	Gly 220	Leu	Leu	Ala	Gin
Ser	Ala	Lys 235	Leu	Gly	Gin	Ile	Ala 240
Gly	Ala 250	Met	Leu	Gin	-yj	Asp 255	Val
Thr 265	Tyr	Gin	Glu	Asn	Leu 270	Lys	Gin
Asp	Glu	Pro	Tyr	Leu 285	Pro	Gin	Phe
Gly	Val	Ile	Asn 300	Gly	Phe	Gly	Ile
Gly	Ser	Lys	Lys	Asn	Ile	Gly	Leu

• · · ·

305 310 315 320 • ♦ · · · · · · · R * · · · · · • * · · · ······

- 300 -

Arg

Tyr Tyr Ala

Phe 325

Phe Asp Tyr Gly Phe Thr Gin Leu Gly Ser

Leu

330

335

Asn

Ser

Ala

val

Lys

Ala

Asn

Ile

Phe

Thr

Tyr

Gly

Ala

Gly

Thr

Asp

340

345

350

Phe

Leu

Trp

Asn

Xle

Phe

Arg Arg

Val

Phe

Ser

Asp

Gin

Ser

Leu

Asn

355

360

365

Val

Gly

Val

Phe

Gly Gly

Ile

Gin

Ile

Ala

Gly

Asn

Thr

Trp

Asp

Ser

370

375

380

Ser

Leu

Arg

Gly

Gin

Ile

Glu

Asn

Ser

Phe

Lys

Glu

Tyr

Pro

Thr

Pro

385

390

395

400

Thr

Asn

Phe

Gin

Phe

Leu

Phe

Asn

Leu

Gly

Leu

Arg

Ala

His

Phe

Ala

405

410

415

Ser

Thr

Met

His

Arg

Phe

Leu

Ser

Ala

Ser

Gin

Ser

Ile

Gin

His

420

425

430

Gly

Met

Glu

Phe

Gly

Val

Lys

Xle

Pro

Ala

Ile

Asn

Gin

Arg

Tyr

Leu

435

440

445

Lys

Ala

Asn

Gly

Ala

Asp

Val

Asp

Tyr

Arg

Leu

Tyr

Ala

Phe

Tyr

450

455

460

Ile

Asn

Tyr

Thr

Ile

Gly

Phe

465 470 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 140:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 129 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...129 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 140:

Met

Lys

Ser

Ile

Arg

Gly Asp

Gly

Leu

Asn

Val

Val Pro

Phe

Ile

1

5

10

15

ASp

Ile

Met

Leu

Val

Leu

Al i

Ile

Val

Leu

Ser

Ile Ser

Thr

Phe

20

25

30

Ile

Ala

Gin

Gly

Lys

Ile

Lys

Val

Ser

Leu

Pro

Asn

Ala Lys

Asn

Ala

35

40

45 . -

Glu

Lys

Ser

Gin

Pro

Asn

Asp

Gin

Lys

Val

Ile¹Ser

Val

Asp

50

55

60

Glu

His

Asp

Asn

Ile

Phe

Val

Asp

Lys

Pro

Thr

Asn Leu

Glu

Ala

65

70

75

80

Leu

Ser

Ala

Val

Lys

Gin

Thr

Asp

Pro

Lys

Thr

Leu Ile

Asp

Leu

85

90

95

• · 9

9 9 9

999 999

9

9 9 9

- 301 Lys Ser Asp Lys Ser Ser Arg Phe Glu Thr Phe Ile Ser Ile Met Asp 100 105 110

Ile Leu Lys Glu His Asn His Glu Asn Phe Ser Ile Ser Thr cín Ala US 120 125

Gin (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:141:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 75 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...75 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 141:

Met

Leu

Val

Leu

Ala

Ile

Val

Leu

Ser

Ile

Ser

Thr

Phe

Ile

Ala

1

5

10

15

Gin

Gly

Lys

Ile

Lys

Val

Ser

Leu

Pro

Asn

Ala

Lys

Asn

Ala

Glu

Lys

20

25

30

Ser

Arg

Pro

Asn

Asp

Gin

Lys

Val

Ile

Ser

Val

Asp

Glu

His

35

40

45

Asp

Asn

Ile

Phe

Val

Asp

Lys

Pro

Thr

Asn

Leu

Glu

Ala

Leu

Ser

50

55

60

Ala

Val

Lys

Gin

Thr

Asp

Pro

Lys

Thr

Leu

65

70

75

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 142:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 223 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: mise feature • · · · ► · · · · • · · · • * ·· · • · ·

- 302 (B) POLOHA 1. . .223

(xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 142:

Met 1

Phe

Ser

Leu

Ser 5

Tyr

Val

Ser

Lys

Lys 10

Phe

Leu

Ser

Val

Leu 15

Leu

Ile

Ser

Leu 20

Phe

Leu

Ser

Ala

Cys 25

Lys

Ser

Asn

Lys 30

Asp

Lys

Leu

Asp

Glu 35

Asn

Leu

Ser

Ser 40

Gly

Thr

Gin

Ser

Ser 45

Lys

Glu

Leu

Asn

Asp 50

Lys

Arg

Asp

Asn

Ile 55

Asp

Lys

Ser

Tyr 60

Ala

Gly

Leu

Glu

Asp 65

Val

Phe

Leu

Asp

Asn 70

Lys

Ser

Ile

Ser

Pro 75

Asn

Asp

Lys

Tyr

Met 80

Leu

Val

Phe

Gly 85

Arg

Asn

Gly

Cys

Ser 90

Tyr

Cys

Glu

Arg

Leu 95

Lys

Asp

Leu

Lys 100

Asn

Val

Lys

Glu

Leu 105

Arg

Asn

Tyr

Ile

Lys 110

Glu

His

Phe

Ser

Ala 115

Tyr

Val

Asn

Ile 120

Ser

Tyr

Ser

Lys

Glu 125

His

Asn

Phe

Lys

Val 130

Gly

Asp

Lys

Asp

Lys 135

Asn

Asp

Glu

Lys

Glu 140

Ile

Lys

Met

Ser

Thr 145

Glu

Leu

Ala

Gin 150

Ile

Tyr

Ala

val

Gin 155

Ser

Thr

Pro

Thr

Ile 160

Val

Leu

Ser

Asp

Lys 165

Thr

Gly

Lys

Thr

Ile 170

Tyr

Glu

Leu

Pro

Gly 175

Tyr

Met

Pro

Ser

Val 180

Gin

Phe

Leu

Ala

Val 185

Leu

Glu

Phe

Ile

Gly 190

Asp

Gly

Lys

Tyr

Gin 195

Asp

Thr

Lys

Asn

Asp 200

Glu

Asp

Leu

Thr

Lys 205

Lys

Leu

Lys

Ala

Tyr 210

Ile

Lys

Tyr

Lys

Thr 215

Asn

Leu

Ser

Lys

Ser 220

Lys

Ser

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 143:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...116 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:143:

Leu Met Lvs Ser Lvs Ile Thr His Phe Ile Val Ile Ser Phe Val Leu

• · · · · • · 4 4 4 • 4 4 • 4 4 • 4 4 4 4	• 4 4 4 4 4 4 444 « 4 44 4 4 4 4 4 4 4 4 * 4 444 444 4 4 4 4 4444444 44 44
- 303 -

1	5	10	15
Ser	Val Leu Ser Ala	Cys Lys Asp Glu Pro Lys Lys	Ser Ser Gin Ser
	20	25	30
His	Gin Asn Asn Thr	Lys Thr Thr Gin Asn Asn Gin	Ile Asn Gin Pro
	35	40	45
Asn	Lys Asp Ile Lys	Lys Ile Glu His Glu Glu Glu	Asp Glu Lys Val
	50	55 60
Thr	Lys Glu Val Asn	Asp Leu Ile Asn Asn Glu Asn	Lys Ile Asp Glu
65		70 75	80
Ile	Asn Asn Glu Glu	Asn Ala Asp Pro ser Gin Lys	Arg Thr Asn Asn
	85	90	95
Val	Leu Gin Arg Ala	Thr Asn His Gin Asp Asn Leu	Ser Ser Pro Leu
	100	105	110
Asn	Arg Lys Tyr
	115
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO: 144:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 79 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...79 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 144:

Met

Phe

Glu

Lys

Ile

Arg

Lys

Ile

Leu

Ala

Asp

Ile

Glu

Asp

Ser

Gin

1

5

10

15

Asn

Glu

Ile

Glu

Met

Leu

Lys

Leu

Ala

Asn

Leu

Ser

Leu

Gly

Asp

20

25

30

Phe

Ile

Glu

Ile

Lys

Arg

Gly

Ser

Met

Asp

Met

Pro

Lys

Gly

Val

Asn

35

40

45

Glu

Ala

Phe

Thr

Gin

Leu

Ser

Glu

Val

Glu

Arg

Leu

Lys

Glu

50

55

60

Leu

Ile

Asn

Ala

Leu

Asn

Lys

Ile

Lys

Gly

Lev

Leu

Val

Phe

70 75 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 145:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 51 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární > » · · ··· «··

- 304 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...51

	(xi)	POPIS	SEKVENCE	: SEQ ID	NO:145:
Met	Ser	Met Phe	lle Ser	Asn Leu	Ala Phe	Thr	Ser	Glu	His	Lys	Asp
1			5		10					15
Ala	Met	Glu Val	Ala Lys	lle Ala	Xle Leu	Leu	Gly	Ser	Leu	lle	Ser
		20			25				30
Gly	lle	lle Gly	Ala Leu	Tyr Leu	Phe Ala	Leu	Asp	Lys	Arg	Ala	Ala
		35		40				45
Leu	Lys	Lys
	50
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO: 146

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 449 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...449 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 146:

Met

Gly

Leu

Lys

lle

Lys

lle

Leu

Arg

Leu

Ser

Met

Asn

Leu

Lys

1

5

10

15

Thr

Glu

Asn

Ala

Leu

Ser

Leu

Thr

Leu

Lys

Asn

Phe

lle

Lys

Ser

Glu

20

25

30

Ser

Phe

Gly

lle

Phe

Leu

Phe

Leu

Asn

Ala

Val

Leu

Ala

Met

Val

35

40

45

Val

Ala

Asn

Ser

Phe

Leu

Lys

Glu

Ser

Tyr

Phe

Ala

Leu

.Trp

His

Thr

50

55

60

Pro

Phe

Gly

Phe

Gin

Val

Gly

Asp

Phe

lle

Gly

Phe

Ser

Leu

His

65

70

75

80

Asn

Trp

lle

Asp

Val

Leu

Met

Ala

Leu

Phe

Leu

Met

lle

Gly

85

90

95

• · · • ·

• · « • · · · ·	• e •·e ····	• · • · · ·
- 305 -

Leu

Glu

. Ile

Lys 100

Arg

Glu

, Leu

. Leu

. Phe 105

Gly

Glu

Leu

Ser

Ser 110

Phe

Lys

Ala

Ser lis

Phe

Pro

Val

Ile

Ala 120

Ala

Ile

Gly Gly

Met 125

Ile

Ala

Pro

Gly

Leu 130

Ile

Tyr

Phe

Leu 135

Asn

Ala

Asn

Thr

Pro 140

Ser

Gin

His

Gly

Phe 145

Gly

Ile

Pro

Met

Ala 150

Thr

Asp

Ile

Ala

Phe 155

Ala

Leu

Gly

Val

Ile 160

Met

Leu

Gly

Lys 165

Arg

Val

Pro

Thr

Ala 170

Leu

Lys

Val

Phe

Leu 175

Ile

Thr

Leu

Ala

Val 180

Ala

Asp

Leu

Gly 185

Ala

Ile

Val

Ile 190

Ala

Leu

Phe

Tyr

Thr 195

Thr

Asn

Leu

Lys

Phe 200

Ala

Trp

Leu

Gly 205

Ala

Leu

Gly

Val

Val 210

Leu

val

Leu

Ala

Ile 215

Leu

Asn

Arg

Leu

Asn 220

Ile

Arg

Ser

Leu

Ile 225

Pro

Tyr

Leu

Leu 230

Gly

val

Leu

Trp 235

Phe

Cys

Val

His

Gin 240

Ser

Gly

Ile

His

Ala 245

Thr

Ile

Ala

Val 250

Val

Leu

Ala

Phe

Met 255

Ile

Pro

Val

Lys

Ile 260

Pro

Lys

Asp

Ser

Lys 265

Asn

Val

Glu

Leu

Leu 270

Glu

Leu

Gly

Lys

Arg 275

Tyr

Ala

Glu

Thr

Ser 280

Ser

Gly

Val

Leu

Leu 285

Thr

Lys

Glu

Gin

Gin 290

Glu

Ile

Leu

His

Ser 295

Ile

Glu

Lys

Ala 300

Ser

Ala

Leu

Gin

Ser 305

Pro

Leu

Glu

Arg

Leu 310

Glu

His

Phe

Leu

Ala 315

Pro

Ile

Ser

Gly

Tyr 320

Phe

Zle

Met

Pro

Leu 325

Phe

Ala

Phe

Ala

Asn 330

Ala

Gly

Val

Ser

Val 335

Asp

Ser

Ile

Asn 340

Leu

Glu

Val

Asp

Lys 345

Val

Leu

Gly

Val 350

Ile

Leu

Gly

Leu

Cys 355

Leu

Gly

Lys

Pro

Leu 360

Gly

Ile

Phe

Leu

.Ile 365

Thr

Phe

Ile

Ser

Glu 370

Lys

Leu

Lys

Ile

Thr 375

Ala

Arg

Pro

Lys

Gly 380

Ile

Gly

Trp

His 385

Ile

Leu

Gly

Ala

Gly 390

Leu

Ala

Gly

Ile 395

Gly

Phe

Thr

Met

Ser 400

Met

Phe

Ile

Ser

Asn 405

Leu

Ala

Phe

Thr

Ser 410

Glu

His

Lys

Asp

Ala 415

Met

Glu

Val

Ala

Lys 420

Ile

Ala

Ile

Leu

Leu 425

Gly

Ser

Leu

Ile

Ser 430

Gly

Ile

Gly

Ala

Leu

Tyr

Leu

Phe

Ala

Leu

Asp

Lys

Arg

Ala

Leu

Lys

435 440 445

Lys (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 147:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 815 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární

- 306 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...815 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:147:

Met 1

Asn

Asp

Lys

Arg 5

Phe

Arg

Lys

Tyr

Cys 10

Ser

Phe

Ser

Ile

Phe 15

Leu

Ser

Leu

Gly 20

Thr

Phe

Glu

Leu

Glu 25

Ala

Lys

Glu

Glu 30

Lys

Glu

Lys

Lys 35

Thr

Glu

Arg

Asn

Lys 40

Asp

Lys

Glu

Lys

Asn 45

Ala

Gin

His

Thr

Leu 50

Gly

Lys

Val

Thr

Thr 55

Gin

Ala

Lys

Ile 60

Phe

Asn

Tyr

Asn

Asn 65

Gin

Thr

Ile

Ser 70

Ser

Lys

Glu

Leu

Glu 75

Arg

Gin

Ala

Asn 80

Gin

Ile

Ser

Asp

Met 85

Phe

Arg

Asn

Pro 90

Asn

Ile

Asn

Val

Gly 95

Gly

Ala

Val

Ile 100

Ala

Gin

Lys

Ile

Tyr 105

Val

Arg

Gly

Ile

Glu 110

Asp

Arg

Leu

Ala

Arg 115

val

Thr

Val

Asp

Gly 120

Val

Ala

Gin

Met

Gly 125

Ala

Ser

Tyr

Gly

His 130

Gin

Gly

Asn

Thr

Ile 135

Ile

Asp

Pro

Gly

Met 140

Leu

Lys

Ser

Val

Val 145

Val

Thr

Lys

Gly

Ala 150

Ala

Gin

Ala

Ser

Ala 155

Gly

Pro

Met

Ala

Leu 160

Ile

Gly

Ala

Ile

Lys 165

Met

Glu

Thr

Arg

Ser 170

Ala

Ser

Asp

Phe

Ile 175

Pro

Lys

Gly

Lys

Asp 180

Tyr

Ala

Ile

Ser

Gly 185

Ala

Thr

Phe

Leu 190

Thr

Asn

Phe

Gly

Asp 195

Arg

Glu

Thr

Ile

Met 200

Gly

Ala

Tyr

Arg

Asn 205

His

Phe

Asp

Ala 210

Leu

Tyr

Thr 215

His

Gin

Asn

Ile

Phe 220

Tyr

Arg

Asp

Gly 225

Asp

Asn

Ala

Met

Lys 230

Asn

Leu

Phe

Asp

Pro 235

Lys

Ala

Asp

Asn

Lys 240

Val

Thr

Ala

Ser

Pro 245

Ser

Glu

Gin

Asn

Asn 250

Val

Met

Ala

Lys

Ile 255

Asn

Gly

Tyr

Leu

Ser 260

Glu

Arg

Asp

Thr

Leu 265

Thr

Leu

Ser

Tyr

Asn 270

Met

Arg

Asp

Asn 275

Ala

Asn

Arg

Pro

Leu 280

Arg

Ala

Asn

Phe

Thr. 285

Gly

Thr

Phe

Leu

Pro 290

Tyr -

Ser

Cys

Gly

Asp 295

Phe

Asn

Ala

Phe

Pro 300

Asn

Glu

Lys

Asn

Pro 305

Ser

Asp

Cys

Leu

Phe 310

Glu

Asn

Asp

Ala

Ser 315

Leu

Phe

Lys

Thr

Tyr 320

Ser

Val

Asn

Leu

Val

His

Asn

Val

Ser

Leu

Asn

Tvr

Glu

Arcr

Glu

Glv

	« •	e · < < • 4 • · • · ·«	• • » • · •	• « • · · • • • 4 • · · · 4	• • • • · • ·	• 4 4 «4 • 4 4 4 9 4 • 4 4	4 · 4 4 4 4 9 4 4 4
	- 307	-
325		330					335
Gly Ser Arg Phe Gly Asp Pro Lys	Leu	Lys	Ile	Asn	Gly	Tyr	Thr Ser
340	345					350
Ile Arg Asn Val Gin Ile Asp Pro	Leu	Phe	Arg	Pro	Ser	Asp	Ile Ala
355 360					365
Thr Thr Ile Pro Phe Thr Pro Asn	Pro	Gin	Leu	Ser	Gin	Gly	Glu Glu
370 375				380
Asn Gin Cys Val Ala Gin Gly Gly	Ile	Tyr	Asp	Ala	Leu	Lys	Gin Thr
385 390			395				400
Cys Ser Ile Thr Phe Lys Ser Leu	Gly Gly Gly	Ser	Val	Val	Ala Asn
405		410					415
Lys Asn Leu Phe Ile Ile Asn Ser	Gly	Phe	Asn	Ala	Asn	Val	Ile His
420	425					430
Thr Ile Asp His Lys Asn Asp Asn	Leu	Leu	Glu	Tyr	Gly	Leu	Asn Tyr
435 440					445
Gin Asn Leu Thr Thr Phe Asp Lys	Ala	Ile	Pro	Asp	Ser	Glu	Leu Val
450 455				460
Lys Pro Gly Asp Ala Pro Asp Ala	Cys	Leu	Arg	Val	Thr	Gly	Pro Asp
465 470			475				480
Asp Pro Asn Met Asn Gly Arg Cys	Gin	Arg	Asn	Gly	Ala	Thr	Ala Asn
485		490					495
Val Val Gly Val Tyr Ala Gin Ala	Asn	Tyr	Thr	Leu	His	Pro	Met Val
500	505					510
Thr Leu Gly Ala Gly Thr Arg Tyr Asp	Val	Tyr	Thr	Leu	Val	Asp Lys
515 520					525
Asp Trp Gin Leu His Val Thr Gin Gly	Phe	Ser	Pro	Ser	Ala	Ala Leu
530 535				540
Asn Val Ser Pro Leu Glu Asn Leu	Asn	Phe	Arg	Leu	Ser	Tyr	Ala Tyr
545 550			555				560
Val Thr Arg Gly Pro Met Pro Gly Gly	Leu	Val	Trp	Met	Arg	Gin Asp
565		570					575
Asn Leu Arg Tyr Asn Arg Asn Leu	Lys	Pro	Glu	Ile	Gly	Gin	Asn Ala
580	585					590
Glu Phe Asn Thr Glu Tyr Ser Ser	Gin	Tyr	Phe	Asp	Phe	Arg	Ala Ala
595 600					605
Gly Phe Val Gin Leu Ile Ser Asn	Tyr	Ile	Asn	Gin	Phe	Ser	Ser Thr
610 615				620
Leu Phe Val Thr Asn Leu Pro Ala	Gin	Asp	Ile	Ile	Tyr	Val	Pro Gly
625 630			635				640
Tyr Glu Val Ser Gly Thr Ala Lys	Tyr	Lys	Gly	Phe	Ser	Leu	Gly Leu
645		650					655
Ser Val Ala Arg Ser Trp Pro Ser	Leu	Lys	Gly Arg	Leu	Ile	Ala Asp
660	665					670
Val Tyr Glu Leu Ala Ala Thr Thr	Gly	Asn	Val	Phe	Ile	Leu	Thr Ala
675 680					685
Ser Tyr Thr Ile Pro Arg Thr Gly	Leu	—	Ile	Thr	Trp	Leu	Ser Arg
690 695				700
Phe Val Thr Asn Leu Ser Tyr Cys	Ser	Tyr	Ser	Pro	Tyr	Arg	Asn Gly
705 710			715				720
Pro Thr Asp Ile Asp Arg Arg Pro	Ser	Asn	Cys	Pro	Lys	Thr	Pro Gly
725		730					735
Ile Phe His Val His Lys Pro Gly	Tyr	Gly	Val	Ser	Ser	Phe	Phe Ile
740	745					750
Thr Tyr Lys Pro Thr Tyr Lys Lys	Leu	Lys	Gly	Leu	Ser	Leu	Asn Ala

• «««9 9 99 99 99

9 9999 999«

9 9 99999

99 9 9 9 999999

9 9 9 9 9 9

- 308 -

755

760

765

Val

Phe

Asn

Val

Phe

Asn

Gin

Tyr

Ile

Asp

Gin

Ala

Ser

Pro

770

775

780

Val

Met

Ser

Pro

Asp

Glu

Pro

Asn

Gin

Asp

Lys

Tyr

Ala

Arg

Gly

Met

785

790

795

800

Ala

Glu

Pro

Gly

Phe

Asn

Ala

Arg

Phe

Glu

Zle

Ser

Tyr

Lys

Phe

805

810

815

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 148:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 814 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...814 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:148:

Met 1

Thr

Ser

Val

Leu 5

Glu

Lys

Tyr

Cys

Ser 10

Phe

Ser

Ile

Phe

Leu 15

Ser

Leu

Gly

Thr 20

Phe

Glu

Leu

Glu

Ala 25

Lys

Glu

Lys 30

Glu

Lys

Thr 35

Glu

Arg

Asn

Lys

Asp 40

Lys

Glu

Lys

Asn

Ala 45

Gin

His

Thr

Leu

Gly 50

Lys

Val

Thr

Gin 55

Ala

Lys

Ile

Phe 60

Asn

Tyr

Asn

Gin 65

Thr

Ile

Ser

Ser 70

Lys

Glu

Leu

Glu

Arg 75

Arg

Gin

Ala

Asn

Gin 80

Ile

Ser

Asp

Met

Phe 85

Arg

Asn

Pro

Asn 90

Ile

Asn

Val

Gly

Gly 95

Gly

Ala

Val

Ile

Ala 100

Gin

Lys

Ile

Tyr

Val 105

Arg

Gly

Ile

Glu

Asp 110

Arg

Leu

Ala

Arg

Val 115

Thr

Val

Asp

Gly

Val 120

Ala

Gin

Met

Gly

Ala 125

Ser

Tyr

Gly

His

Gin 130

Gly

Asn

Thr

Ile

Ile 135

Asp

Pro

Gly

Met

Leu 140

Lys

Ser

Val

Val 145

Thr

Lys

Gly

Ala

Ala 150

Gin

Ala

Ser

Ala

Gly 155

Pro

Met

Ala

Leu

Ile 160

Gly

Ala

Ile

Lys

Met 165

Glu

Thr.

Arg

Sér

Ala 170

Ser

Asp

Phe

Ile

Pro 175

Lys

Gly

Lys

Asp

Tyr 180

Ala

Ile

Ser

Gly

Ala 185

Ala

Thr

Phe

Leu

Thr 190

Asn

Phe

Gly

Asp

Arg 195

Glu

Thr

Ile

Met

Gly 200

Ala

Tyr

Arg

Asn

His 205

His

Phe

Asp

• ·· · ·· ·· ·· ·· · · · · · · · · · • · · ····· • · · · · · ··· ··· • · · · · · · ··· ·· ··· ···· ·· ·♦

- 309 -

Ala Leu Leu Tyr Tyr Thr 210	His Gin Asn Ile Phe 215	Tyr Tyr 220	Arg	Asp Gly
Asp Asn Ala Met Lys Asn	Leu Phe Asp Pro Lys	Ala Asp	Asn	Lys Val
22S 230	235			240
Thr Ala Ser Pro Ser Glu	Gin Asn Asn Val Met	Ala Lys	Ile	Asn Gly
245	250			255
Tyr Leu Ser Glu Arg Asp	Thr Leu Thr Leu Ser	Tyr Asn	Met	Thr Arg
260	265		270
Asp Asn Ala Asn Arg Pro	Leu Arg Ala Asn Phe	Thr Gly	Thr	Phe Leu
275	280	285
Pro Tyr Ser Cys Gly Asp	Phe Asn Ala Phe Pro	Asn Glu	Lys	Asn Pro
290	295	300
Ser Asp Cys Leu Phe Glu	Asn Asp Ala Ser Leu	Phe Lys	Thr	Tyr Ser
305 310	315			320
Val Asn Leu Val His Asn	Val Ser Leu Asn Tyr	Glu Arg	Glu	Gly Gly
325	330			335
Ser Arg Phe Gly Asp Pro	Lys Leu Lys Ile Asn	Gly Tyr	Thr	Ser Ile
340	345		350
Arg Asn Val Gin Ile Asp	Pro Leu Phe Arg Pro	Ser Asp	Ile	Ala Thr
355	360	365
Thr Ile Pro Phe Thr Pro	Asn Pro Gin Leu Ser	Gin Gly	Glu	Glu Asn
370	375	380
Gin Cys Val Ala Gin Gly Gly Ile Tyr Asp Ala	Leu Lys	Gin	Thr Cys
385 390	395			400
Ser Ile Thr Phe Lys Ser	Leu Gly Gly Gly Ser	Val Val	Ala	Asn Lys
405	410			415
Asn Leu Phe Ile Ile Asn	Ser Gly Phe Asn Ala	Asn Val	Ile	His Thr
' 420	425		430
Ile Asp His Lys Asn Asp	Asn Leu Leu Glu Tyr	Gly Leu	Asn	Tyr Gin
435	440	445
Asn Leu Thr Thr Phe Asp	Lys Ala Ile Pro Asp	Ser Glu	Leu	Val Lys
450	455	460
Pro Gly Asp Ala Pro Asp	Ala Cys Leu Arg Val	Thr Gly	Pro	Asp Asp
465 470	475			480
Pro Asn Met Asn Gly Arg	Cys Gin Arg Asn Gly	Ala Thr	Ala	Asn Val
485	490			495
Val Gly Val Tyr Ala Gin	Ala Asn Tyr Thr Leu	His Pro	Met	Val Thr
500	505		510
Leu Gly Ala Gly Thr Arg	Tyr Asp Val Tyr Thr	Leu Val	Asp	Lys Asp
515	520	525
Trp Gin Leu His Val Thr	Gin Gly Phe Ser Pro	Ser Ala	Ala	Leu Asn
530	535	540
Val Ser Pro Leu Glu Asn	Leu Asn Phe Arg Leu	Ser Tyr	Ala	Tyr val
545 550	555			560
Thr Arg Gly Pro Met Pro	Gly Gly Leu Val Trp	Met Arg	Gin	Asp Asn
565	570			575
Leu Arg Tyr Asn Arg Asn	Leu Lys Pro Glu Zle	Gly Gin	Asn	Ala Glu
580	585		590
Phe Asn Thr Glu Tyr Ser	Ser Gin Tyr Phe Asp	Phe Arg	Ala	Ala Gly
595	600	605
Phe Val Gin Leu Ile Ser	Asn Tyr Ile Asn Gin	Phe Ser	Ser	Thr Leu
610	615	620
Phe Val Thr Asn Leu Pro	Ala Gin Asp Ile Ile	Tyr Val	Pro	Gly Tyr
625 630	635			640

9 · · · · • · * · · • 9 9 9 9 • 9 9·· 99«

9 · 9 9 · ·

999 99 999 9999 99 99

- 310 -

Glu

Val

Ser

Gly Thr Ala Lys Tyr Lys Gly Phe Ser Leu Gly Leu

Ser

645

650

655

Val

Ala

Arg

Ser

Trp

Pro

Ser

Leu

Lys

Gly Arg

Leu

Ile

Ala

Asp

Val

660

665

670

Tyr

Glu

Leu

Ala

Thr

Gly

Asn

Val

Phe

Ile

Leu

Thr

Ala

Ser

675

680

685

Tyr

Thr

Ile

Pro

Arg

Thr

Gly

Leu

Ser

Ile

Thr

Trp

Leu

Ser

Arg

Phe

690

695

700

Val

Thr

Asn

Leu

Ser

Tyr

Cys

Ser

Tyr

Ser

Pro

Tyr

Arg

Asn

Gly

Pro

705

710

715

720

Thr

Asp

Ile

Asp

Arg

Pro

Ser

Asn

Cys

Pro

Lys

Thr

Pro

Gly

Ile

725

730

735

Phe

His

Val

His

Lys

Pro

Gly

Tyr

Gly

Val

Ser

Phe

Ile

Thr

740

745

750

Tyr

Lys

Pro

Thr

Tyr

Lys

Leu

Lys

Gly

Leu

Ser

Leu

Asn

Ala

Val

755

760

765

Phe

Asn

Val

Phe

Asn

Gin

Tyr

Ile

Asp

Gin

Ala

Ser

Pro

val

770

775

780

Met

Ser

Pro

Asp

Glu

Pro

Asn

Gin

Asp

Lys

Tyr

Ala

Arg

Gly

Met

Ala

785

790

795

800

Glu

Pro

Gly

Phe

Asn

Ala

Arg

Phe

Glu

Ile

Ser

Tyr

Lys

Phe

805

810

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 149:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 527 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...527 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:149:

Met

Lys

Gin

Asn

Leu

Lys

Pro

Phe

Lys

Met

Ile

Lys

Glu

Asn

Leu

Met

1

5

10

15

Thr

Gin

Ser

Gin

Lys

Val

Arg

Phe

Leu

Ala

Pro

Leu

Ser

L-n

Ala

Leu

20

25

30

Ser

Leu

Ser

Phe

Asn

Pro

Val

Gly

Ala

Glu

Asp

Gly

Giy

Phe

Met

35

40

45

Thr

Phe

Gly

Tyr

Glu

Leu

Gly

Gin

Val

Gin

Val

Lys

Asn

Pro

50

55

60

Gly

Lys

Ile

Lys

Ala

Glu

Leu

Ala

Gly

Leu

Asn

Ser

Thr

65

70

75

80

Thr

Asn

Thr

Asn

Ile

Asn

Ile

Ala

Gly

Thr

Gly

Asn

Val

Ala

» · φ · > φ φ φ •φ· φφφ

- 311 -

Gly

Thr

Leu

Gly

Asn

Leu

Phe

Met

Asn

Gin

Leu

Gly

Asn

Leu

Ile

Asp

100

105

110

Leu

Tyr

Pro

Thr

Leu

Lys

Thr

Asn

Leu

His

Gin

Cys

Gly

Ser

Thr

115

120

125

Asn

Ser

Gly

Asn

Gly

Ala

Thr

Ala

Thr

Asn

Ser

Pro

130

135

140

Cys

Phe

Gin

Gly

Asn

Leu

Ala

Leu

Tyr

Asn

Glu

Met

Val

Asp

Ser

Ile

145

150

155

160

Lys

Thr

Leu

Ser

Gin

Asn

Ile

Ser

Lys

Asn

ile

Phe

Gin

Gly Asp

Asn

165

170

175

Asn

Thr

Ser

Ala

Asn

Leu

Ser

Asn

Gin

Leu

Ser

Glu

Leu

Asn

Thr

180

185

190

Ala

Ser

Val

Tyr

Leu

Thr

Tyr

Met

Asn

Ser

Phe

Leu

Asn

Ala

Asn

195

200

205

Gin

Ala

Gly

Ile

Phe

Gin

Asn

Thr

Asn

Gin

Ala

Tyr

Glu

Asn

210

215

220

Gly

Val

Thr

Ala

Gin

Ile

Ala

Tyr

Val

Leu

Lys

Gin

Ala

Ser

Ile

225

230

235

240

Thr

Met

Gly

Pro

Ser

Gly

Asp

Ser

Gly

Ala

Gly

Ala

Phe

Leu

AS?

245

250

255

Ala

Leu

Ala

Gin

His

Val

Phe

Asn

Ser

Ala

Asn

Ala

Gly

Asn

Asp

260

265

270

Leu

Ser

Ala

Lys

Glu

Phe

Thr

Ser

Leu

val

Gin

Asn

Ile

Val

Asn

275

280

285

Ser

Gin

Asn

Ala

Leu

Thr

Leu

Ala

Asn

Ala

Asn

Ile

Ser

Asn

Ser

290

295

300

Thr

Gly

Tyr

Gin

Val

Ser

Tyr

Gly

Asn

Ile

Asp

Gin

Ala

Arg

Ser

305

310

315

320

Thr

Gin

Leu

Asn

Thr

Asn

Thr

Leu

Ala

Lys

val

Thr

Ala

325

330

335

Leu

Asn

Glu

Leu

Lys

Ala

Asn

Pro

Trp

Leu

Gly

Asn

Phe

Ala

340

345

350

Gly

Asn

Ser

Gin

Val

Asn

Ala

Phe

Asn

Gly

Phe

Ile

Thr

Lys

Ile

355

360

365

Gly

Tyr

Lys

Gin

Phe

Gly

Glu

Asn

Lys

Asn

Val

Gly

Leu

Arg

Tyr

370

375

380

Tyr

Gly

Phe

Ser

Tyr

Asn

Gly

Ala

Gly

Val

Gly

Asn

Gly

Pro

Thr

385

390

395

400

Tyr

Asn

Gin

Val

Asn

Leu

Thr

Tyr

Gly

Val

Gly

Thr

Asp

val

Leu

405

410

415

Tyr

Asn

Val

Phe

Ser

Arg

Ser

Phe

Gly

Ser

Arg

Ser

Leu

Asn

Ala

Gly

420

425

430

Phe

Gly

Ile

Gin

Leu

Ala

Gly Asp

Thr

Tyr

Ile

Ser

Thr

Leu

435

440

445

Arg

Asn

Ser

Pro

Gin

Leu

Ala

Arg

Pro

Thr

Ala

Thr

Lys

Phe

Gin

450

455

460

Phe

Leu

Phe

Asp

Val

Gly

Leu

Arg

Met

Asn

Phe

Gly

Ile

Leu

Lys

465

470

475

480

Asp

Leu

Lys

Ser

His

Asn

Gin

His

Ser

Ile

Glu

Ile

Gly

Val

Gin

Ile

485

490

495

Pro

Thr

Ile

Tyr

Asn

Thr

Tyr

Lys

Ala

Gly

Ala

Glu

Val

Lys

500

505

510

Tyr

Phe

Arg

Pro

Tyr

Ser

Val

Tyr

Trp

Val

Tyr

Gly

Tyr

Ala

Phe

·· • · ····

1 11 · · · · · · • · · · · 1 · 1 1 11 1 1 1 911 911

111 11 9·

911 11 911 1111 11 11

- 312 515 520 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 150:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 459 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...459 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 150:

Val 1

Val

Leu

Thr 5

Met

Thr

Lys

Arg

Leu 10

Phe

Lys

Gly

Leu

Leu 15

Ala

Ile

Ser

Leu

Ala 20

Val

Ser

Leu

His

Gly 25

Gly

Glu

Val

Lys

Glu 30

Lys

Pro

Val s

Lys 35

Pro

Val

Lys

Glu

Asp 40

Pro

Gin

Glu

Leu

Ala 45

Ala

Lys

Arg

Val

Glu 50

Ala

Phé

Ser

Arg

Phe 55

Ser

Asn

Val

Thr 60

Glu

Ile

Glu

Lys

Lys 65

Tyr

Val

Asp

Lys

Ile 70

Ser

Ile

Ser

Glu

Ile 75

Met

Thr

Lys

Ala

Ile 80

Glu

Gly

Leu

Ser 85

Asn

Leu

Asp

Ala

His 90

Ser

Ala

Tyr

Leu

Asn 95

Glu

Lys

Phe

Lys 100

Glu

Phe

Gin

Ala

Gin 105

Thr

Glu

Gly

Glu

Phe 110

Gly

Leu

Gly

Ile 115

Thr

Val

Gly

Met

Arg 120

Asp

Gly

Val

Leu

Thr 125

Val

Ile

Ala

Pro

Leu 130

Glu

Gly

Thr

Pro

Ala 135

Tyr

Lys

Ala

Gly

Val 140

Lys

Ser

Gly

Asp

Ser 145

Ile

Leu

Lys

Ile

Asn 150

Asn

Glu

Ser

Thr

Leu 155

Ser

Met

Ser

Ile

Asp 160

Asp

Ala

Val

Asn

Leu 165

Met

Arg

Gly

Lys

Pro 170

Lys

Thr

Ser

Ile

Gin 175

Ile

Thr

Va?

Val

Arg 180

Lys

Asn

Glu

Pro

Lys 185

Pro

Leu

Val

Phe

Asn 190

Ile

Val

Arg

Asp

Ile 195

Ile

Lys

Ile

Pro

Ser 200

val

Tyr

Val

Lys

Lys 205

Ile

Lys

Asp

Thr

Pro 210

Tyr

Leu

Tyr

Val

Arg 215

val

Asn

Ser

Phe

Asp 220

Lys

Ašn

Val

Thr

Lys 225

Ser

Val

Leu

Asp

Gly 230

Leu

Lys

Ala

Asn

Pro 235

Asn

Ile

Lys

Gly

Val 240

Val

Leu

Asp

Leu

Arg 245

Gly

Asn

Pro

Gly

Gly 250

Leu

Asn

Gin

Ala 255

Val

• 999 • · • · • *· ·· ·· «9 9 9··

9 9 9 9

9 999 999 • 9 9

9999 99 «9

- 313 -

Gly Leu ser Asn Leu Phe Ile Lys Glu Gly Val Leu Val	Ser Gin Arg 270
	260	265
Gly Lys	Asn Lys Glu Glu Asn	Leu Glu Tyr Lys Ala Asn	Gly Arg Ala
	275	280 285
Pro Tyr	Thr Asn Leu Pro Val	Val Val Leu Val Asn Gly	Gly Ser Ala
290	295	300
Ser Ala	Ser Glu Ile Val Ala	Gly Ala Leu Gin Asp His	Lys Arg Ala
305	310	315	320
Ile Ile	Ile Gly Glu Lys Thr	Phe Gly Lys Gly Ser Val	Gin Val Leu
	325	330	335
Leu Pro	Val Asn Lys Asp Glu	Ala Ile Lys Ile Thr Thr	Ala Arg Tyr
	340	345	350
Tyr Leu	Pro Ser Gly Arg Thr	Ile Gin Ala Lys Gly Ile	Thr Pro Asp
	355	360 365
Ile Val	Ile Tyr Pro Gly Lys	Val Pro Glu Asn Glu Asn	Lys Phe Ser
370	375	380
Leu Lys	Glu Ala Asp Leu Lys	His His Leu Glu Gin Glu	Leu Lys Lys
385	390	395	400
Leu Asp	Asp Lys Thr Pro Ile	Ser Lys Glu Ala Asp Lys	Asp Lys Lys
	405	410	415
Ser Glu	Glu Glu Lys Glu Val	Thr Pro Lys Met Ile Asn	Asp Asp Ile
	420	425	430
Gin Leu	Lys Thr Ala Ile Asp	Ser Leu Lys Thr Trp Ser	Ile Val Asp
	435	440 445
Glu Lys	Met Asp Glu Lys Val	Pro Lys Lys Lys
450	455
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1S1:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 104 aminokyselin (Β) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...104

(xi

) POPIS

SEKVENCE

: SEQ ID

NO :

151:

Leu

His

Pro

Leu

His

Ala

His

Ala

Gin

Val

Leu

Gly

Phe

Thr

1

5

10

15

Asn

His

Asp

His

Ala

Pro

Trp

Leu

Tyr

Asp

Phe

Ile

Lys

Ser

Phe

Cys

20

25

30

Asn

Leu

Ser

Gly

Gin

Pro

Phe

Leu

Asp

Leu

Gin

Ala

Phe

Ala

Ile

Asn

35

40

45

Phe

Asn

Glu

Phe

Ser

Asp

Arg

Ala

Asn

Ala

Tyr

Asn

Leu

Phe

Leu

Arg

Val Leu

Ile Ala

- 314 -

	50					55				60
Asp	Ile	Ser	His	Ala	Asn	Ile	Pro Lys	Lys	Arg	Glu Gin	Met
65					70				75
Ala	Ser	Gly	Val	Lys	Phe	Asn	Val Leu	Ser	His	Tyr His	Phe
				85				90
Asn	Ala	Leu	Lys	Ile	Arg	Ala	Phe

100 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 152:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 165 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...165 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO 1152:

Met

Ile

Glu

Leu

Ile

Leu

His

Asn

Lys

Ser

Ile

Gin

Ile

Asp

Glu

Thr

1

5

10

15

Leu

Asn

Val

Lys

Glu

His

Leu

Glu

Lys

Phe

Tyr

Ser

Asn

Lys

Glu

20

25

30

Gin

Glu

Thr

Ile

Ala

Lys

Thr

Leu

Glu

Ser

Gin

Thr

Glu

Leu

Thr

Cys

35

40

45

Ser

Tyr

Leu

Asp

Lys

Asp

Phe

Ser

Leu

Glu

Lys

His

Leu

Glu

50

55

60

Asn

Ser

Leu

Gly

His

Phe

Thr

Phe

Glu

Ser

Glu

Phe

Ala

Leu

Lys

65

70

75

80

Asp

Lys

Glu

Pro

Leu

Asn

Leu

Ala

Gin

Ile

Lys

Gin

Ile

Gly

Val

Leu

85

90

95

Lys

Val

Ile

Thr

Tyr

Glu

Met

Thr

Gin

Ala

Leu

Lys

Asn

Gin

Ile

100

105

110

His

Leu

Thr

Gin

Ile

Val

Asn

Glu

Asn

Leu

Glu

Phe

Asp

Glu

115

120

125

Leu

Val

Ile

Tyr

His

Leu

Asn

Phe

Lys

Leu

Asn

Gin

Asn

Thr

Tyr

Lys

130

135

1.0

Val

Leu

Ala

Lys

Phe

Cys

Val

Leu

Lys

Gly

Thr

Leu

His

Glu

145

150

155

160

Lys

Phe

Lys

Ala

Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 153:

165 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

• ·

- 315 (A) DÉLKA : 213 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 213 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 153;

Met

Asp

Thr

Glu

Thr

Gin

Glu

Lys

Phe

Leu

Ala

Tyr

Leu

Phe

Glu

Lys

1

5

10

15

Ala

Leu

Gin

Lys

Asn

Leu

Gin

Ala

Tyr

Trp

Ile

Thr

Glu

Thr

20

25

30

Lys

Asn

Glu

Leu

Thr

Arg

Glu

Phe

Ser

Asn

Leu

Ile

Arg

Lys

Thr

35

40

45

Met

Ile

Glu

Leu

Ile

Leu

His

Asn

Lys

Ser

Ile

Gin

Ile

Asp

Glu

Thr

50

55

60

Leu

Asn

Val

Lys

Glu

His

Leu

Glu

Lys

Phe

Tyr

Ser

Asn

Lys

Glu

65

70

75

80

Gin

Glu

Thr

Ile

Ala

Lys

Thr

Leu

Glu

Ser

Gla

Thr

Glu

Leu

Thr

Cys

85

90

95

Ser

Tyr

Leu

Asp

Lys

Asp

Phe

Ser

Leu

Glu

Lys

His

Leu

Glu

100

105

110

Asn

Ser

Leu

Gly

His

Phe

Thr

Phe

Glu

Ser

Glu

Phe

Ala

Leu

Lys

115

120

125

Asp

Lys

Glu

Pro

Leu

Asn

Leu

Ala

Gin

Ile

Lys

Gin

Ile

Gly

Val

Leu

130

135

140

Lys

Val

Ile

Thr

Tyr

Glu

Met

Thr

Gin

Ala

Leu

Lys

Asn

Gin

Ile

145

150

155

160

His

Leu

Thr

Gin

Ile

Val

Asn

Glu

Asn

Leu

Glu

Phe

Asp

Glu

165

170

175

Leu

Val

Ile

Tyr

His

Leu

Asn

Phe

Lys

Leu

Asn

Gin

Asn

Thr

Tyr

Lys

180

185

190

Val

Leu

Ala

Lys

Phe

Cys

Val

Leu

Lys

Gly

Thr

Leu

His

Glu

195

200

205

Lys

Phe

Lys

Ala

Phe

210

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 154:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 253 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein

- 316 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...253 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:154:

Met

Ala

lle

Ser

lle

Lys

Ser

Pro

Lys

Glu

lle

Lys

Ala

Leu

Arg

Lys

1

5

10

15

Ala

Gly

Glu

Leu

Thr

Ala

Gin

Ala

Leu

Ala

Leu

Glu

Arg

Glu

Val

20

25

30

Arg

Pro

Gly

Val

Ser

Leu

Glu

Leu

Asp

Lys

Met

Ala

Glu

Asp

Phe

35

40

45

lle

Lys

Ser

His

Ala

Arg

Pro

Ala

Phe

Lys

Gly

Leu

Tyr

Gly

Phe

50

55

60

Pro

Asn

Ser

Val

Cys

Met

Ser

Leu

Asn

Glu

Val

lle

His

Gly

lle

65

70

75

80

Pro

Thr

Asp

Tyr

Val

Leu

Gin

Glu

Gly

Asp

lle

Gly

Leu

Asp

Leu

85

90

95

Gly

Val

Glu

Val

Asp

Gly

Tyr

Gly

Asp

Ser

Ala

Leu

Thr

Leu

Pro

100

105

110

lle

Gly

Ala

lle

Ser

Pro

Gin

Asp

Glu

Lys

Leu

Ala

Cys

Ser

Lys

115

120

125

Glu

Ser

Leu

Met

His

Ala

lle

Ser

lle

Arg

Val

Gly

Met

His

Phe

130

135

140

Lys

Glu

Leu

Ser

Gin

lle

Leu

Glu

Gly

Ala

lle

Thr

Glu

Arg

Gly

Phe

145

150

155

160

Val

Pro

Leu

Lys

Gly

Phe

Cys

Gly

His

Gly

lle

Gly

Lys

Pro

His

165

170

175

Glu

Pro

Glu

lle

Pro

Asn

Tyr

Leu

Glu

Lys

Gly

Val

Lys

Ala

Asn

180

185

190

Ser

Gly

Pro

Lys

lle

Lys

Glu

Gly

Met

Val

Phe

Cys

Leu

Glu

Pro

Met

195

200

205

Val

Cys

Gin

Lys

Gin

Gly

Glu

Pro

Lys

lle

Leu

Ala

Asp

Lys

Trp

Ser

210

215

220

Val

Ser

Val

Asp

Gly

Leu

Asn

Thr

Ser

His

Glu

His

Thr

lle

225

230

235

240

Ala

lle

Val

Gly

Asn

Lys

Ala

Val

lle

Leu

Thr

Glu

Arg

245

250

(2). INFORMACE PRO SEQ ID NO: 155:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 247 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein

• « • ····

- 317 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...247 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:155:

Lys 1

Pro

Lys

Arg

Asn 5

Gin

Ser

Pro

Lys

Lys 10

Ser

Arg

Glu

Leu

Thr 15

Ala

Gin

Ala

Leu

Ala 20

Leu

Glu

Arg

Glu 25

Val

Arg

Pro

Gly

Val 30

Ser

Leu

Glu

Leu 35

Asp

Lys

Met

Ala

Glu 40

Asp

Phe

Ile

Lys

Ser 45

Ser

His

Ala

Arg

Pro 50

Ala

Phe

Lys

Gly

Leu 55

Tyr

Gly

Phe

Pro

Asn 60

Ser

Val

Cys

Met

Ser 65

Leu

Asn

Glu

Val

Val 70

Ile

His

Gly

Ile

Pro 75

Thr

Asp

Tyr

Val

Leu 80

Gin

Glu

Gly

Asp

Ile 85

Ile

Gly

Leu

Asp

Leu 90

Gly

Val

Glu

Val

Asp 95

Gly

Tyr

Gly

Asp 100

Ser

Ala

Leu

Thr

Leu 105

Pro

Ile

Gly

Ala

Ile 110

Ser

Pro

Gin

Asp

Glu 115

Lys

Leu

Ala

Cys 120

Ser

Lys

Glu

Ser

Leu 125

Met

His

Ala

Ile

Ser 130

Ser

Ile

Arg

Val

Gly 135

Met

His

Phe

Lys

Glu 140

Leu

Ser

Gin

Ile

Leu 145

Glu

Gly

Ala

Ile

Thr 150

Glu

Arg

Gly

Phe

Val 155

Pro

Leu

Lys

Gly

Phe 160

Cys

Gly

His

Gly

Ile 165

Gly

Lys

Pro

His 170

Glu

Pro

Glu

Ile 175

Pro

Asn

Tyr

Leu

Glu 180

Lys

Gly

Val

Lys

Ala 185

Asn

Ser

Gly

Pro

Lys 190

Ile

Lys

Glu

Gly

Met 195

Val

Phe

Cys

Leu

Glu 200

Pro

Met

Val

Cys

Gin 205

Lys

Gin

Gly

Glu

Pro 210

Lys

Ile

Leu

Ala

Asp 215

Lys

Trp

Ser

Val

Val 220

Ser

Val

Asp

Gly

Leu 225

Asn

Thr

Ser

His

His 230

Glu

His

Thr

Ile

Ala 235

Ile

Val

Gly

Asn

Lys 240

Ala Val Ile Leu Thr Glu Arg 245 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 156:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 340 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO

- 318 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...340 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 156:

Met 1

Tyr

Arg

Lys

Asp 5

Leu

Asp

Asn

Tyr

Leu 10

Lys

Gin

Arg

Leu

Pro 15

Lys

Ala

Val

Phe

Leu 20

Tyr

Gly

Glu

Phe

Asp 25

Phe

Ile

His

Tyr 30

Tyr

Ile

Gin

Thr

Ile 35

Ser

Ala

Leu

Phe

Lys 40

Gly

Asn

Pro

Asp 45

Thr

Glu

Thr

Ser

Leu 50

Phe

Tyr

Ala

Ser

Asp 55

Tyr

Glu

Lys

Ser

Gin 60

Ile

Ala

Thr

Leu

Leu 65

Glu

Gin

Asp

Ser

Leu 70

Phe

Gly

ser

Ser 75

Leu

Val

Ile

Leu

Lys 80

Leu

Asp

Phe

Ala

Leu 85

His

Lys

Phe

Lys 90

Glu

Asn

Asp

Ile

Asn 95

Pro

Phe

Leu

Lys

Ala 100

Leu

Glu

Arg

Pro

Ser 105

His

Asn

Arg

Leu

Ile ¹¹⁰

Ile

Gly

Leu

Tyr

Asn 115

Ala

Lys

Ser

Asp

Thr 120

Thr

Lys

Tyr

Lys

Tyr 125

Thr

Ser

Glu

Ile

Ile, 130

Val

Lys

Phe

Gin 135

Lys

Ser

Pro

Leu

Lys 140

Asp

Glu

Ala

Ile

Cys 145

Val

Arg

Phe

Thr 150

Pro

Lys

Ala

Trp

Glu 155

Ser

Leu

Lys

Phe

Leu 160

Gin

Glu

Arg

Ala

Asn 165

Phe

Leu

His

Leu

Asp 170

Ile

Ser

Gly

His

Leu 175

Leu

Asn

Ala

Leu

Phe 180

Glu

Ile

Asn

Glu 185

Asp

Leu

Ser

Val

Ser 190

Phe

Asn

Asp

Leu

Asp 195

Lys

Leu

Ala

Val

Leu 200

Asn

Ala

Pro

Ile

Thr 205

Leu

Glu

Asp

Ile

Gin 210

Glu

Leu

Ser

Asn 215

Ala

Gly

Asp

Met

Asp 220

Leu

Gin

Lys

Leu

Ile 225

Leu

Gly

Leu

Phe

Leu 230

Lys

Ser

Val

Leu 235

Asp

Ile

Tyr

Asp

Tyr 240

Leu

Lys

Glu

Gly 245

Lys

Asp

Ala

Asp 250

Ile

Leu

Arg

Gly

Leu 255

Glu

Arg

Tyr

Phe

Tyr 260

Gin

Leu

Phe

Leu

Phe 265

Phe

Ala

His

Ile

Lys 270

Thr

Gly

Leu

Met 275

Asp

Ala

Lys

Glu

Val 280

Leu

Gly

yr

Ala

Pro 285

Pro

Lys

Glu

Ile

Val 290

Glu

Asn

Tyr

Ala

Lys 295

Asn

Ala

Leu

Arg

Leu 300

Lys

Glu

Ala

Gly

Tyr 305

Lys

Arg

Val

Phe

Glu 310

Ile

Phe

Arg

Leu

Trp 315

His

Leu

Gin

Ser

Met 320

Gin

Gly

Gin

Lys

Glu 325

Leu

Gly

Phe

Leu

Tyr 330

Leu

Thr

Pro

Ile

Gin 335

Lys

Ile Ile Asn Pro 340

« ·

- 319 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 157:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 200 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...200

(xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID

NO:157:

Val

Phe

Meh

Thr

Ser

Ala

Leu

Gly

Leu

Gin

Ile

Val

Leu

Ala

Val

1

5

10

15

Leu

Ile

Val

Leu

Gin

Lys

Ser

Ile

Gly

Leu

20

25

30

Gly

Ala

Tyr

Ser

Gly

Ser

Asn

Asp

Ser

Leu

Phe

Gly

Ala

Lys

Gly

Pro

35

40

45

Ala

Ser

Phe

Met

Ala

Lys

Leu

Thr

Met

Phe

Leu

Gly

Leu

Phe

Val

50

55

60

Ile

Asn

Thr

Ile

Ala

Leu

Gly

Tyr

Phe

Tyr

Asn

Lys

Glu

Tyr

Gly

Lys

65

70

75

80

Ser

Val

Leu

Asp

Glu

Thr

Lys

Thr

Asn

Lys

Glu

Leu

Ser

Pro

Leu

Val

85

90

95

Pro

Ala

Thr

Gly

Thr

Leu

Asn

Pro

Thr

Leu

Asn

Pro

Thr

Leu

Asn

Pro

100

105

110

Thr

Leu

Asn

Pro

Leu

Glu

Gin

Ala

Pro

Thr

Asn

Pro

Leu

Met

Pro

Thr

115

120

125

Gin

Thr

Pro

Lys

Glu

Leu

Pro

Lys

Glu

Pro

Ala

Lys

Thr

Pro

Phe

Val

130

135

140

Glu

Ser

Pro

Lys

Gin

Asn

Glu

Lys

Asn

Glu

Lys

Asn

Asp

Ala

Lys

Glu

145

150

155

160

Asn

Gly

Ile

Lys

Gly

Val

Glu

Lys

Asn

Lys

Glu

Asn

Ala

Lys

Thr

Pro

165

170

175

Pro

Thr

His

Gin

Lys

Pro

Lys

Thr

His

Ala

Thr

Asn

Ala

His

180

185

190

Thr

Asn

Gin

Lys

Asp

Glu

Lys

195

200

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:158:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 159 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární φ ·Φ ·· ·· ··· · · ♦ · · • φ φφφφ , · · φφφ φφφ φ φ · · ••«••ΦΦ φφ φφ • ·· φ

- 320 (ϋ) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...159 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:158:

Met 1

Arg

Ser

Pro

Asn 5

Leu

Glu

Lys

Glu

Glu 10

Thr

Glu

Ile

Glu 15

Thr

Leu

Val

Arg 20

Glu

Lys

Met

Arg

Leu 25

cys

Pro

Leu

Tyr

Trp 30

Arg

Ile

Leu

Ala

Phe 35

Leu

Ile

Asp

Ser

Leu 40

Leu

Val

Ala

Phe

Leu 45

Leu

Ser

Asp

Leu

Leu 50

Arg

Ala

Cys

Ala

Phe 55

Leu

His

Ser

Leu

Tyr 60

Trp

Leu

Thr

Asn

Pro €5

Ile

Tyr

Ser

Ala 70

Phe

Val

Met

Gly 75

Phe

Ile

Leu

Tyr 80

Gly

Val

Tyr

Glu

Ile 85

Phe

Val

Cys

Leu 90

Cys

Lys

Met

Ser

Leu 95

Ala

Lys

Leu

Val

Phe 100

Arg

Ile

Lys

Ile

Ile 105

Asp

Ile

Tyr

Leu

Ala 110

Asp

Cys

Pro

Ser

Arg 115

Ala

Ile

Leu

Lys 120

Arg 1.

Leu

Gly

Leu

Lys 125

Ile

Val

Phe

Leu 130

Cys

Pro

Phe

Leu

Trp 135

Phe

vál

Val

Phe

Lys 140

Asn

Pro

Tyr

His

Arg 145

Ala

Trp

His

Glu

Glu 150

Lys

Ser

Lys

Ser

Leu 155

Leu

Val

Leu

Phe

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 159:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 234 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...234 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO::159:

·· · ··♦

- 321 -

Leu

Asn

Thr

Asp

Phe

Ser

His

Ile

Thr

Asp

Ile

Glu

Gly

Met

Arg

Phe

1

5

10

15

Val

Asn

Glu

Asp

Ala

Leu

Asn

Lys

Leu

Ile

Asn

Glu

Ile

His

Thr

20

25

30

Arg

His

Ile

Asp

Leu

Lys

Asp

Ser

Ile

Met

Leu

Ala

Leu

Ser

Phe

Asn

35

40

45

Ala

Leu

Tyr

Leu

Ala

Asn

Ala

Leu

Ala

Gin

Lys

Phe

Gly

Ala

Thr

Tyr

50

55

60

Asp

Ile

Leu

Phe

Leu

Glu

Pro

Ile

Leu

Ala

Pro

Leu

Asn

Ser

Lys

Cys

65

70

75

80

Glu

Ile

Ala

Leu

Val

Ser

Glu

Ser

Met

Asp

Ile

Val

Met

Asn

Glu

Ser

85

90

95

Leu

Ile

Asn

Ser

Phe

Asp

Ile

Ala

Leu

Asp

Tyr

Val

Tyr

Gly

Glu

Ala

100

105

110

Lys

Arg

Ala

Tyr

Glu

Asp

Ile

Leu

Ser

His

Ile

Tyr

Gin

Tyr

Arg

115

120

125

Lys

Gly

Asn

Ala

Ile

Lys

Ser

Leu

Lys

Asp

Lys

Asn

Ile

Phe

Ile

Val

130

135

140

Asp

Arg

Gly

Ile

Glu

Thr

Gly

Phe

Arg

Ala

Gly

Leu

Gly

Val

Gin

Thr

145

150

155

160

Cys

Leu

Lys

Glu

Cys

Gin

Asp

Ile

Tyr

Ile

Leu

Thr

Pro

Ile

Leu

165

170

175

Ala

Gin

Asn

Val

Ala

Gin

Gly

Leu

Glu

Ser

Leu

Cys

Asp

Gly

Val

Ile

180

185

190

Ser

Val

Tyr

Arg

Pro

Glu

Cys

Phe

Val

Ser

Val

Glu

His

Tyr

Lys

195

200

205

Glu

Leu

Lys

Arg

Leu

Ser

Asn

Glu

Ile

Glu

Lys

Tyr

Leu

Gly

Ala

210

215

220

Asn

Ala

Pro

Asn

Leu

Lys

Glu

His

225 230 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 160:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 287 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...287 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 160:

Leu Lys Gin Ser Glu Met Ala Met Glu Phe Asn Asp Pro Arg Met Arg 15 10 15 • 9

- 322 -

Phe

Ile

Gly 20

Asp

Val

Arg

Asp

Leu 25

Glu

Arg

Leu

Asn

Tyr 30

Ala

Leu

Glu

Gly

Val 35

Asp

Ile

Cys

Ile

His 40

Ala

Leu

Lys 45

His

Val

Pro

Ile

Ala 50

Glu

Tyr

Asn

Pro

Leu 55

Glu

Cys

Ile

Lys

Thr 60

Asn

Ile

Met

Gly

Ala 65

Ser

Asn

Val

Ile

Asn 70

Ála

Cys

Leu

Lys

Asn 75

Glu

Ile

Ser

Gin

Val 80

Ile

Ala

Leu

Ser

Thr 85

Asp

Lys

Ala

Asn 90

Pro

Ile

Asn

Leu

Tyr 95

Gly

Ala

Thr

Lys

Leu 100

Cys

Ser

Asp

Lys

Leu 105

Phe

Val

Ser

Ala

Asn 110

Asn

Phe

Lys

Gly

Pro 115

Ser

Gin

Thr

Gin

Phe 120

Gly

Val

Arg

Tyr 125

Gly

Asn

Val

Gly 130

Ser

Arg

Gly

Ser

Val 135

Val

Pro

Phe

Lys 140

Lys

Leu

Val

Gin

Asn 145

Lys

Ala

Ser

Glu

Ile 150

Pro

Ile

Thr

Asp

Ile 155

Arg

Met

Thr

Arg

Phe 160

Trp

Ile

Thr

Leu

Asp 165

Glu

Gly

Val

Ser

Phe 170

Val

Leu

Lys

Ser

Leu 175

Lys

Arg

Met

His

Gly 180

Gly

Glu

Ile

Phe

Val 185

Pro

Lys

ile

Pro

Ser 190

Met

Lys

Met

Ile

Asp 195

Leu

Ala

Lys

Ala

Leu 200

Ala

Pro

Asn

Ile

Pro 205

Thr

Lys

Ile

Gly 210

Ile

Arg

Pro

Gly

Glu 215

Lys

Leu

His

Glu

Val 220

Met

Ile

Pro

Lys

Asp 225

Glu

Ser

His

Leu

Ala 230

Leu

Glu

Phe

Glu

Asp 235

Phe

Ile

Gin 240

Pro

Thr

Ile

Ser

Phe 245

Gin

Thr

Pro

Lys

Asp 250

Tyr

Thr

Leu

Thr

Lys 255

Leu

His

Glu

Lys

Gly 260

Gin

Lys

Val

Ala

Pro 265

Asp

Phe

Glu

Tyr

Ser 270

Ser

His

Thr

Asn

Asn 275

Gin

Trp

Leu

Glu

Pro 280

Asp

Leu

Lys 285

Leu

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 161:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 201 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...201 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:161:

• · · · ·	• 99	·«	• r
• · ·	99 9	•	9 9	•
• · • 9 9 • 99	9 • · • ·	•	9 9 9 999 9	• • ·
99 9 99	• · · · · ·	•	9 9	• ·

- 323 -

Met

Arg

Leu

His

Thr

Ala

Phe

Gly

Ile

Asn

Ser

Leu

Val

Ala

1

5

10

15

Thr

Leu

Ile

Ser

Gly

Cys

Ser

Leu

Phe

Lys

Arg

Asn

Thr

Asn

20

25

30

Ala

Gin

Leu

Ile

Pro

Ser

Ala

Asn

Gly

Leu

Gin

Ala

Pro

Ile

Tyr

35

40

45

Pro

Thr

Asn

Phe

Thr

Pro

Arg

Lys

Ser

Ile

Gin

Pro

Leu

Pro

Ser

50

55

60

Pro

Arg

Leu

Glu

Asn

Asp

Gin

Pro

Ile

Ser

Asn

Pro

Thr

65

70

75

80

Asn

Ala

Ile

Pro

Asn

Thr

Pro

Ile

Leu

Thr

Pro

Asn

Val

Ile

Glu

85

90

95

Leu

Asn

Ala

Val

Gly

Met

Gly

Val

Ala

Pro

Glu

Ser

Thr

Ile

Ser

Pro

100

105

110

Ser

Gin

Ala

Leu

Ala

Leu

Ala

Lys

Arg

Ala

Ile

Val

Asp

Gly

Tyr

115

120

125

Arg

Gin

Leu

Gly

Glu

Lys

Met

Tyr Gly

Ile

Arg

Val

Asn

Ala

Gin

Asp

130

135

140

Thr

Val

Lys

Asp

Met

Val

Leu

Gin

Asn

Ser

Val

Ile

Lys

Thr

Arg

Val

145

150

155

160

Asn

Ala

Leu

Ile

Arg

Asn

Ala

Glu

Ile

Thr

Glu

Thr

Ile

Tyr

Lys

Asp

165

170

175

Gly

Leu

Cys

Gin

Val

Ser

Met

Glu

Leu

Lys

Leu

Asp

Gly

Arg

Ile

Trp

180

185

190

Tyr

Arg

Ile

Leu

Ser

Gly

Ser

Arg

Gly

195

200

(2)

INFORMATION

FOR

SEQ

ID NO:162:

(i) SEQUENCE CHARACTERISTICS:

(A) LENGTH: 355 amino acids (B) TYPE: amino acid

(D) TOPOLOGY: linear (ii) MOLECULE TYPE: protein
	(iii)	HYPOTHETICAL: YES
	(vi)	ORIGINÁL SOURCE:
		(A) ORGANISM: Helicobacter pylori
	(ix)	FEATURE:
		(A) NAME/KEY: misc_feature (B) LOCATION 1...355
	(xi)	SEQUENCE DESCRIPTION: SEQ ID NO: 162:
Met	Ser	Tyr Thr Ile Asn Lys Arg Phe Ser Val	Gly	Val	11 Gly	Leu	Arg
1		5 10				15
Gly	Leu	Tyr Ala Thr Gly Ser Phe Asn Asn Thr	Val	Tyr	Val	Pro	Leu
		20 25			30
Glu	Gly	Ala Ser Val Leu Ser Ala Glu Gin Ile	Leu	Asn	Leu	Pro	Asn
		35 40		45

····

• · · · · • φ φ · · • · ··· ·ΦΦ • · ·· Φ· φφ

- 324 -

Asn

Val 50

Phe

Ala

Asp

Gin

Val 55

Pro

Ser

Asn

Met

Met 60

Thr

Leu

Gly

Asn 65

. Ile

Gly

Tyr

Gin

Pro 70

Ala

Leu

Asn

Cys

Gin 75

Lys

Ala

Gly

Asp 80

Met

Ser

Asp

Gin

Ser 85

Cys

Gin

Glu

Phe

Tyr 90

Asn

Gly

Leu

Lys

Lys 95

Ile

Met

Gly

Tyr

Ser 100

Gly

Leu

Ile

Lys

Ala 105

Ser

Ala

Asn

Leu

Tyr 110

Gly

Thr

Gin

Val 115

Val

Gin

Lys

Ser

Asn 120

Gly

Gin

Gly

Val

Ser 125

Gly

Tyr

Arg

Val 130

Gly

Ser

Leu

Arg 135

Val

Phe

Asp

His

Gly 140

Met

Phe

Ser

Val

Val 145

Tyr

Asn

Ser

Val 150

Thr

Phe

Asn

Met

Lys 155

Gly Gly

Leu

Val

Ala 160

Ile

Thr

Glu

Leu

Gly 165

Pro

Ser

Leu

Gly

Ser 170

Val

Leu

Thr

Lys

Gly 175

Ser

Leu

Asn

Ile

Asn 180

Val

Ser

Leu

Pro

Gin 185

Thr

Leu

Ser

Leu

Ala 190

Tyr

Ala

His

Gin

Phe 195

Phe

Lys

Asp

Arg

Leu 200

Arg

Val

Glu

Gly

Val 205

Phe

Glu

Arg

Thr

Phe 210

Trp

Ser

Gin

Gly

Asn 215

Lys

Phe

Leu

Val

Thr 220

Pro

Asp

Phe

Ala

Asn 225

Ala

Thr

Tyr

Lys

Gly 230

Leu

Ser

Gly

Thr

Val 235

Ala

Ser

Leu

Asp

Ser 240

Glu

Thr

Leu

Lys

Lys 245

Met

Val

Gly

Leu

Ala 250

Asn

Phe

Lys

Ser

Val 255

Met

Asn

Met

Gly

Ala 260

Gly Trp

Arg

Asp

Thr 265

Asn

Thr

Phe

Arg

Leu 270

Gly

Val

Thr

Tyr

Met 275

Gly

Lys

Ser

Leu

Arg 280

Leu

Met

Gly

Ala

Ile 285

Asp

Tyr

Asp

Gin

Ala 290

Pro

Ser

Pro

Gin

Asp 295

Ala

Ile

Gly

Ile

Pro 300

Asp

Ser

Asn

Gly

Tyr 305

Thr

val

Ala

Phe

Gly 310

Thr

Lys

Tyr

Asn

Phe 315

Arg

Gly

Phe

Asp

Leu 320

Gly

Val

Ala

Gly

Ser 325

Phe

Thr

Phe

Lys

Ser 330

Asn

Arg

Ser

Leu 335

Tyr

Gin

Ser

Pro

Thr 340

Ile

Gly

Gin

Leu

Arg 345

Ile

Phe

Ser

Ala

Ser 350

Leu

Gly

Tyr Arg Trp 355 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 163:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 587 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori ·· ·· ·· • · · · · · • ·· ·

- 325 (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...587 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:163:

Met

Lys

Asn

Phe

Ser

Pro

Leu

Tyr

Cys

Leu

Lys

Leu

Lys

Arg

1 His

Leu

Ile

Ala

5 Leu

Ser

Leu

Pro

Leu

10 Leu

Ser

Tyr

Ala

Asn

15 Gly

Phe

Lys

Ile

Gin

20 Glu

Gin

Ser

Leu

Asn

25 Gly

Thr

Ala

Leu

Gly

30 Ser

Ala

Tyr

Val

Ala

35 Gly

Ala

Arg

Gly

Ala

40 Asp

Ala

Ser

Phe

Tyr

45 Asn

Pro

Ala

Asn

Met

50 Gly

Phe

Thr

Asn

Asp

55 Trp

Gly

Glu

Asn

Arg

60 Ser

Glu

Phe

Glu

Met

65 Thr

Thr

Val

Ile

70 Asn

Ile

Pro

Ala

Phe

75 Ser

Phe

Lys

Val

Pro

80 Thr

Thr

Asn

Gin

Gly

85 Leu

'Tyr

Ser

Val

Thr

90 Ser

Leu

Glu

Zle

Asp

95 Lys

Ser

Gin

Asn

100 Ile

Leu

Gly

Ile

105 Asn

Thr

Ile

Gly

Leu

110 Gly

Asn

Ile

Leu

Lys

115 Ala

Leu

Gly

Asn

Thr

120 Ala

Ala

Thr

Asn

Gly

125 Leu

Ser

Gin

Ala

Ile

130 Asn

Arg

Val

Gin

Gly

135 Leu

Met

Asn

Leu

Thr

140 Asn

Gin

Lys

Val

145 Thr

Leu

Ala

Ser

Lys

150 Pro

Asp

Thr

Gin

Ile

155 Val

Asn

Gly

Trp

Thr

160 Gly

Thr

Asn

Phe

165 Val

Leu

Pro

Lys

Phe

170 Phe

Tyr

Lys

Thr

Arg

175 Thr

His

Asn

Gly

Phe

180 Thr

Phe

Gly

Ser

185 Phe

Thr

Ala

Pro

Ser

1-90 Gly

Leu

Gly

Met

Lys

195 Trp

Asn

Gly

Lys

Gly

200 Gly

Glu

Phe

Leu

His

205 Asp

Val

Phe

Ile

Met

210 Met

Val

Glu

Leu

Ala

215 Pro

Ser

Met

Ser

Tyr

220 Thr

Ile

Asn

Lys

Arg

225 Phe

Ser

Val

Gly

Val

230 Gly

Leu

Arg

Gly

Leu

235 Tyr

Ala

Thr

Gly

Ser

240 Phe

Asn

Thr

Val

245 Tyr

Val

Pro

Leu

Glu

250 Gly

Ala

Ser

Val

Leu

255 Ser

Ala

Glu

Gin

Ile

260 Leu

Asn

Leu

Pro

Asn

265 Asn

Val

Phe

Ala

Asp

270 Gin

Val

Pro

Ser

Asn

275 Met

Met

Thr

Leu

280 Gly

Asn

Ile

Gly

Tyr

285 Gin

Pro

Ala

Leu

Asn

290 Cys

Gin

Lys

Ala

Gly

295 Gly

Asp

Met

Ser

Asp

300 Gin

Ser

Cys

Gin

Glu

305 Phe

Tyr

Asn

Gly

Leu

310 Lys

Lys

Ile

Met

Gly

315 Tyr

Ser

Gly

Leu

Ile

320 Lys

Ala

Ser

Ala

Asn

325 Leu

Tyr

Gly

Thr

330 Gin

Val

Gin

Lys

335 Ser

Asn

Gly

Gin

Gly

340 Val

Ser

Gly

Tyr

345 Arg

Val

Gly

Ser

350 Leu

Arg

Val

Phe

Asp

355 His

Gly

Met

Phe

Ser

360 Val

Val

Tyr

Asn

Ser

365 Ser

Val

Thr

Phe

···· • · · · · • · ··· ··· • ·

- 326 -

Asn

370 Met

Lys

Gly Gly

Leu

375 Val

Ala

Ile

Thr

Glu

380 Leu

Gly

Pro

Ser

Leu

385 Gly

Ser

Val

Leu

Thr

390 Lys

Gly

Ser

Leu

Asn

395 Ile

Asn

Val

Ser

Leu

400 Pro

Gin

Thr

Leu

Ser

405 Leu

Ala

Tyr

Ala

His

410 Gin

Phe

Lys

Asp

415 Arg

Leu

Arg

Val

Glu

420 Gly

Val

Phe

Glu

Arg

425 Thr

Phe

Trp

Ser

Gin

430 Gly

Asn

Lys

Phe

Leu

435 Val

Thr

Pro

Asp

Phe

440 Ala

Asn

Ala

Thr

Tyr

445 Lys

Gly

Leu

Ser

Gly

450 Thr

Val

Ala

Ser

Leu

455 Asp

Ser

Glu

Thr

Leu

460 Lys

Lys

Met

Val

Gly

465 Leu

Ala

Asn

Phe

Lys

470 Ser

Val

Met

Asn

Met

475 Gly

Ala

Gly

Trp

Arg

480 Asp

Thr

Asn

Thr

Phe

485 Arg

Leu

Gly

Val

Thr

490 Tyr

Met

Gly

Lys

Ser

495 Leu

Arg

Leu

Met

Gly

500 Ala

Ile

Asp

Tyr

Asp

505 Gin

Ala

Pro

Ser

Pro

510 Gin

Asp

Ala

Ile

Gly

515 Ile

Pro

Asp

Ser

Asn

520 Gly

Tyr

Thr

Val

Ala

525 Phe

Gly

Thr

Lys

Tyr

530 Asn

Phe

Arg

Gly

Phe

535 Asp

Leu

Gly

Val

Ala

540 Gly

Ser

Phe

Thr

Phe

545 Lys

Ser

Asn

Arg

Ser

550 Ser

Leu

Tyr

Gin

Ser

555 Pro

Thr

Ile

Gly

Gin

560 Leu

Arg

Ile

Phe

Ser 580

565 Ala

Ser

Leu

Gly

Tyr 585

570 Arg

Trp

575

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:164:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 205 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...205 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:164:

Leu 1

Ile

Phe

Arg

Phe 5

Phe

Leu

Ile

Leu

Ser 10

Leu

Lys

Glý

Val 15

Leu

Ala

Lys

Lys 20

Asp

Trp

Asn

Phe

Phe 25

Lys

Pro

Leu

Glu

Pro 30

Thr

Lys

Tyr

Phe 35

Gly

Ser

Phe

Lys

Ile 40

Gly

Tyr

Leu

Tyr

Gin 45

His

Ala

Glu

·· • ·· ·· • · 9 · · · • · · ·

9 · t·* ft *« ·

- 327 -

Thr

Thr 50

Lys

Arg

Phe

Pro

Ile Arg 55

Pro

Lys Asn

Arg Pro Pro Ile Leu 60

Met

Asp

Lys

Ile

Tyr

His

Asp

Ala

Ser

Leu

Gly

Phe

Asp

Ala

Gly

Tyr

65

70

75

80

Val

Leu

Lys

Ala

Leu

Gly Gly

Tyr

Leu

Asp

.Ala

Gly

Met

85

90

95

Gly

Asp

Ser

Tyr

Phe

Met

Ser

Ala

Gly

Leu

Val

Ala

Gly

Val

Arg

Leu

100

105

110

Phe

Lys

Gly

Trp

Val

Ile

Pro

Lys

Zle

Ala

Leu

Gly

Tyr

Gin

Leu

Gin

115

120

125

Ile

Leu

Gly

Ala

Lys

Ile

Asp

Lys

Tyr

Gin

Phe

Asn

Ile

Gin

Ser

Ala

130

135

140

Val

Gly

Ser

Val

Gly

Leu

Phe

Asn

Ala

Lys

Asn

Phe

Gly

Leu

145

150

155

160

Ser

Ile

Glu

Ala

Arg

Gly

Ile

Pro

Phe

Tyr

Phe

Ile

Gin

Ser

Arg

165

170

175

Phe

Ser

Lys

Ala

Phe

Gly

Thr

Pro

Arg

Leu

Asn

Ile

Tyr

Ser

Val

Gly

180

165

190

Ile

Thr

Phe

Thr

Phe

Tyr

Asp

Phe

Thr

Arg

Phe

Leu

Gly

195

200

205

(2)

INFORMACE PRO SEQ ID NO

'•.165

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 253 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...253 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1S5:

Leu

Trp

His Ala

Ala

Phe

Ser Val Gly Glu Trp Gly

Trp Asn Gly

Asp

1

5

10

15

Glu

Ile

Pro

Tyr

Arg

Asp

Cys

Asp

Glu

Trp

Gly

Leu

Asp

Asp Phe

Tyr

20

25

30

Gly

Val

Lys

Pro

Thr

As^

-ys

Ala

Gly

Val

Leu

Ser

Phe

Ala Arg

Ser

35

40

45

His

Arg

Gin

Asn

Gin

Ala

Val

Leu

Ser

Lys

Pro

Lys

Ser., Phe

Arg

50

55

60

Met

Lys

Ile

Ala

Phe

Ile

Leu

Ala

Leu

Trp

Val

Gly

Leu Leu

Gly

65

70

75

80

Ala

Phe

Glu

Pro

Lys

Ser

His

Ile

Tyr

Phe

Gly

Ala

Met Val

Gly

85

90

95

Leu

Ala

Pro

Val

Lys

Ile

Thr

Pro

Lys

Pro

Ala

Ser

Asp

Ser Ser

Tyr

• · • 9 · 9 • 9 9 9 9 · · · » • 9 9 9 9 9 9

9 9 9 9 999999

- 328 -

	100	105	110
Thr	Ala Phe Leu	Trp Gly Ala Lys Gly Gly Tyr Gin Phe Ala Phe Phe
	115	120	125
Lys	Ala Leu Ala	Leu Arg Gly Glu Phe Ser	Tyr Leu Met Ala Ile Lys
	130	135	140
Pro	Thr Ala Leu	His Thr Ile Asn Thr Ser	Leu Leu Ser Leu Asn Met
145		150	155 160
Asp	Val Leu Ser	Asp Phe Tyr Thr Tyr Lys	Lys Tyr Ser Phe Gly Val
		165 170	175
Tyr	Gly Gly Leu	Gly Ile Gly Tyr Phe Tyr	Gin Ser Asn His Leu Gly
	180	185	190
Met	Lys Asn Ser	Ser Phe Met Gly Tyr Asn	Gly Leu Phe Asn Val Gly
	195	200	205
Leu	Gly Ser Thr	Ile Asp Arg His His Arg	Val Glu Leu Gly Ala Lys
	210	215	220
Ile	Pro Phe Ser	Lys Thr Arg Asn Ser Phe	Lys Asn Ser Tyr Phe Leu
225		230	235 240
Glu	Ser Val Phe	Ile His Ala Ala Tyr Ser	Tyr Met Phe
		245 250
(2)	INFORMACE PRO SEQ ID NO: 166:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 412 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...412 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:166:

Met 1

Glu

Ser

Val

Lys 5

Thr

Val

Lys

Thr

Asn 10

Lys

Val

Gly

Lys

Asn 15

Thr

Glu

Thr

Ala

Asn 20

Thr

Glu

Ala

Ser

Lys 25

Glu

Thr

His

Phe

Lys 30

Gin

Ala

Her

Ala

Ile 35

Thr

Asn

Thr

Leu

Arg 40

Ser

Ile

Gly

Ile 45

Phe

Thr

Lys

Ile

Ala 50

Lys

Val

Arg

Glu 55

Leu

Val

Lys

His 60

Pro

Lys

Ser

Ser 65

Val

Ala

Leu

Val

Val 70

Leu

Thr

His

Ile

Ala 75

Cys

Lys

Arg

Ala

Lys 80

Glu

Leu

Asp

Lys 85

Val

Gin

Asp

Lys

Ser 90

Lys

Gin

Ala

Glu

Lys 95

Glu

Asn

Gin

Ile

Asn 100

Txp

Trp

Lys

Tyr

Ser 105

Gly

Leu

Thr

Ile

Ala 110

Ala

Ser

• · • · · • · · » & ·· · • » • · · · · *

- 329 -

Leu Leu

Leu 115

Ala Ala Cys Ser Thr Gly Asp Ile 120

Asp

Lys Gin 125

Ile

Glu

Leu

Glu

Gin

Glu

Lys

Glu

Ala

Asn

Lys

Ser

Gly

Ile

Lys

Leu

Glu

130

135

140

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

Glu

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

Asn

Lys

Ser

145

150

155

160

Glu

Ile

Glu

Leu

Glu

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

Asn

Lys

Ser

Gly

Ile

165

170

175

Glu

Leu

Ala

Asn

Ser

Gin

Ile

Lys

Ala

Glu

Gin

Glu

Arg

Gin

Lys

Thr

180

185

190

Glu

Gin

Glu

Lys

Gin

Lys

Ala

Asn

Lys

Ser

Glu

Ile

Glu

Leu

Glu

Gin

195

200

205

Gin

Lys

Gin

Lys

Thr

Ile

Asn

Thr

Gin

Arg

Asp

Leu

Ile

Lys

Glu

Gin

210

215

220

Lys

Asp

Phe

Ile

Lys

Glu

Thr

Glu

Gin

Asn

Cys

Gin

Glu

Lys

His

Gly

225

230

235

240

Gin

Leu

Phe

Ile

Lys

Ala

Arg

Ile

Lys

Thr

Gly

Ile

Thr

Gly

245

250

255

Ile

Ala

Ile

Glu

Ile

Glu

Ala

Glu

Cys

Lys

Thr

Pro

Lys

Pro

Ala

Lys

260

265

270

Thr

Asn

Gin

Thr

Pro

Ile

Gin

Pro

Lys

His

Leu

Pro

Asn

Ser

Lys

Gin

275

280

285

Pro

Arg

Ser

Gin

Arg

Gly

Ser

Lys

Ala

Gin

Glu

Leu

Ile

Ala

Tyr

Leu

290

295

300

Gin

Lys

Glu

Leu

Glu

Ser

Leu

Pro

Tyr

Ser

Gin

Lys

Ala

Ile

Ala

Lys

305

310

315

320

Gin

Val.

Asp

Phe

Tyr

Lys

Pro

Ser

Ile

Ala

Tyr

Leu

Glu

Leu

Asp

325

330

335

Pro

Arg

Asp

Phe

Lys

Val

Thr

Glu

Trp

Gin

Lys

Glu

Asn

Leu

Lys

340

345

350

Ile

Arg

Ser

Lys

Ala

Gin

Ala

Lys

Met

Leu

Glu

Met

Arg

Asn

Pro

Gin

355

360

365

Ala

His

Leu

Pro

Thr

Ser

Gin

Ser

Leu

Phe

Val

Gin

Lys

Ile

Phe

370

3 75

380

Ala

Asp

Ile

Asn

Lys

Glu

Ile

Glu

Ala

Val

Ala

Asn

Thr

Glu

Lys

385

390

395

400

Thr

Glu

Lys

Ala

Gly

Tyr

Gly

Tyr

Ser

Lys

Arg

Met

405

410

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 167:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 149 aminokyselin (Β) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

·· 9» 9· • φ 9 · 9 9 9 · ·

Ο 9 9*999 ·« 9 9 ·> ······

9 * 9 · • 9999999 · 9 «9

- 330 (A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...149 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:167:

Leu

Asn

Trp

Glu

His

Leu

Met

Lys

Leu

Ala

Phe

Ser

Leu

Phe

1

5

10

15

Thr

Gly

Thr

Phe

Leu

Gly

Leu

Phe

Leu

Asn

Ala

Ser

Asp

Phe

Lys

Ser

20

25

30

Met

Asp

Asn

Lys

Gin

Leu

Glu

Gin

Ala

Gly

Lys

Val

Ala

Pro

Ser

35

40

45

Glu

Val

Pro

Glu

Phe

Arg

Thr

Glu

Val

Asn

Lys

Arg

Leu

Glu

Ala

Met

50

55

60

Lys

Glu

Arg

Gin

Lys

Tyr

Lys

Ala

Asp

Phe

Lys

Ala

Met

65

70

75

80

Asp

Lys

Asn

Leu

Ala

Ser

Leu

Ser

Gin

Glu

Asp

Arg

Asn

Lys

Arg

Lys

85

90

95

Lys

Glu

Ile

Leu

Glu

Val

Ile

Ala

Asn

Lys

Thr

Met

Thr

Met

100

105

110

Lys

Glu

Tyr

Arg

Glu

Gly

Leu

Asp

Leu

His

Asp

Cys

Ala

Cys

Glu

115

120

125

Gly

Pro

Phe

His

Asp

His

Glu

Lys

Gly

Gin

Lys

Gly

Lys

Pro

130

135

140

Ser

His

Lys

His

145 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 168:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 204 aminokyselin (Β) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...204 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:168:

Met

Gin

Ala

Val

Ile

Leu

Ala

Asn

Gly

Glu

Phe

Pro

Lys

Ser

Lys

1

5

10

15

Cys

Leu

Asp

Ile

Leu

Gin

Asn

Ala

Pro

Phe

Leu

Ile

Ala

Cys

Asp

Gly

20

25

30

Ala

Val

Ile

Ser

Leu

His

Ala

Leu

Gin

Phe

Lys

Pro

Ser

Val

Ile

35

40

45

Gly

Asp

Leu

Asp

Ser

Ile

Asp

Ser

HiS

Leu

Lys

Ala

Leu

Tyr

Asn

Pro

50

55

60

· 9 e

- 331 -

Ile

Arg

Val

Ser

Glu

Gin

Asp

Ser

Asn

Asp

Leu

Ser

Lys

Ala

Phe

65

70

75

80

Tyr

Ala

Leu

Asn

Arg

Gly

Cys

Asp

Phe

Ile

Phe

Leu

Gly

Leu

Asn

85

90

95

Gly

Lys

Arg

Glu

Asp

His

Ala

Leu

Ala

Asn

Thr

Phe

Leu

Glu

100

105

110

Tyr

Phe

Lys

Phe

Cys

Lys

Ile

Gin

Ser

Val

Ser

Asp

Tyr

Gly

Leu

115

120

125

Phe

Arg

Val

Leu

Glu

Thr

Pro

Phe

Thr

Leu

Pro

Ser

Phe

Lys

Gly

Glu

130

135

140

Gin

Ile

Ser

Leu

Phe

Ser

Leu

Asp

Leu

Lys

Ala

Arg

Phe

Thr

Ser

Lys

145

150

155

160

Asn

Leu

Lys

Tyr

Pro

Leu

Lys

Asp

Leu

Arg

Leu

Lys

Thr

Leu

Phe

Ser

165

170

175

Gly

Ser

Leu

Asn

Glu

Ala

Thr

Asn

His

Cys

Phe

Ser

Leu

Ser

Glu

180

185

190

Pro

Lys

Ser

Val

Leu

Val

Tyr

Gin

Lys

Phe

Ser

195

200

(2)

INFORMACE PRO SEQ ID NO

*:169

1 ·

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 280 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...280 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:169:

Val 1

Phe

Asp

Ser

Leu 5

Gly

Phe

Leu

Gly Tyr 10

Lys

Thr

Phe

Lys 15

Pro

Ile

Val

Asp

Lys 20

Val

Lys

Asn

Ile

Asn 25

Ala

Trp

Ile

Lys

Asn 30

Tyr

Asp

Asn

Lys

Lys 35

Ala

Gin

Glu

Ile

Met 40

Gly

Phe

Ile

Glu

Asn 45

Pro

Thr

Pro

Asp

Phe 50

Gin

ASx.

:sn

Lys

Phe 55

Leu

Cys

Val

Leu

Asn 60

Arg

Gin

Gly

Thr

Arg 65

His

Asn

Tyr

Leu 70

Gly

Leu

Thr

Ser

Thr 75

Asn

Leu

Ile

Gly 80

Ala

Ile

Tyr

Phe

Ser 85

Ile

Arg

His

Cys

Ile 90

Lys

Ala

Thr

Trp

Gin 95

Asn

Asp

Arg

Asp

Gin 100

Phe

Tyr

Ala

Pro

Tyr 105

Asp

Ala

Phe

Gin 110

Asp

Ser

Glu

Phe

Lys

Asn

Cys

Leu

Ala

Phe

Met

Leu

Phe

His

Thr

Gin

• · · · · · «4 4 4 4 · 4 4 4 4 ·

4 4 44444

4 4 · 44444444 e 4 4 4 4 4

444 44 444 4444 44 44

- 332 -

Asn

Arg

115 lle

Thr

Ala

Thr

Gin

120 Gly

Thr

Asn

His

Phe

125 lle

Pro

Phe

Ser

Glu

130 Asp

Glu

Val

Asp

Ser

135 Lys

Glu

Arg

Tyr

Leu

140 Ser

His

Ala

Leu

145 Asp

Phe

Leu

Lys

Gly

150 Glu

lle

Lys

Glu

Pro

155 Lys

Lys

Ser

Asp

Ser

160 Leu

Phe

Leu

Asn

Ala

165 Lys

Lys

Glu

Asn

Lys

170 Pro

Leu

Lys

Phe

Ser

175 Ser

Ser

Ala

Ser

Lys

180 val

Phe

Asp

Ala

Gly

185 Arg

Glu

lle

Tyr

Arg

190 Tyr

Tyr

His

Thr

Gin

195 Asp

Phe

lle

His

Thr

200 Pro

Tyr

Asn

Ala

Asn

205 Ala

Ser

Leu

Tyr

Asp

210 lle

Lys

Glu

Phe

215 Gin

Gly Arg

Asn

Lys

220 Gin

Gly

Arg

Leu

Asn

225 Ser

Pro

Thr

Lys

Ala

230 Lys

Asp

Glu Tyr

Tyr

235 Lys

Gin

Leu

Tyr

Ala

240 Asn

Leu

Gin

Tyr

Ala

245 Leu

Lys

Asp

Leu

Ala

250 Lys

Glu

lle

Gin

Pro

255 Lys

Val

Tyr

Glu

Tyr 275

260 Gly

Phe

Leu

Arg

Glu 280

265

270

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 170:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 309 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...309 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 170:

Cys

Asp

Arg

Ala

lle

Pro

His

Trp

Leu

Phe

Ser

Leu

Gly

Tyr

Arg

Tyr

1

5

10

15

Pro

Leu

Lys

Pro

Thr

Asn

Ala

Phe

Asn

Leu

Glu

Val

Phe

Asp

20

25

30

Ser

Leu

Gly

Phe

Leu

Gly

Tyr

Lys

Thr

Phe

Lys

Pro

lle

Val

Asp

35

40

45

Lys

Val

Lys

Asn

lle

Asn

Ala

Trp

lle

Lys

Asn

Tyr

Asp

Asn

Lys

50

55

60

Ala

Gin

Glu

lle

Met

Gly

Phe

lle

Glu

Asn

Pro

Thr

Pro

Asp

Phe

Gin

65

70

75

80

Asn

Lys

Phe

Leu

Cys

Val

Leu

Asn

Arg

Gin

Gly

Thr

Arg

His

Asn

85

90

95

• · ··· ···

- 333 -

Asn

Tyr

Leu

Gly 100

Leu

Thr

Ser

Thr

Asn 105

Leu

Ile

Gly

Ala 110

Ile

Tyr

Phe

Ser

Ile 115

Arg

His

Cys

Ile

Lys 120

Ala

Thr

Trp

Gin

Asn 125

Asp

Arg

Asp

Gin

Phe 130

Tyr

Ala

Pro

Tyr

Asp 135

Asp

Ala

Phe

Gin

Asp 140

Asp

Ser

Glu

Phe

Lys 145

Asn

Cys

Leu

Ala 150

Phe

Met

Leu

Phe

His 155

Thr

Gin

Asn

Arg

Ile 160

Thr

Ala

Thr

Gin

Gly 165

Thr

Asn

His

Phe

Ile 170

Pro

Phe

Ser

Glu

Asp 175

Glu

Val

Asp

Ser

Lys 180

Glu

Arg

Tyr

Leu

Ser 185

His

Ala

Leu

Asp 190

Phe

Leu

Lys

Gly

Glu 195

ile

Lys

Glu

Pro

Lys 200

Lys

Ser

Asp

Ser

Leu 205

Phe

Leu

Asn

Ala

Lys 210

Lys

Glu

Asn

Lys

Pro 215

Leu

Lys

Phe

Ser

Ser 220

Ser

Ala

Ser

Lys

Val 225

Phe

Asp

Ala

Gly

Arg 230

Glu

Ile

Tyr

Arg

Tyr 235

Tyr

His

Thr

Gin

Asp 240

Phe

Ile

His

Thr

Pro 245

Tyr

Asn

Ala

Asn

Ala 250

Ser

Leu

Tyr

Asp

Ile 255

Lys

Glu

Phe

Gin 260

Gly

Arg

Asn

Lys

Gin 265

Gly Arg

Leu

Asn

Ser 270

Pro

Thr

Lys

Ala

Lys 275

Asp

Glu

Tyr

Lys 280

Gin

Leu

Tyr

Ala

Asn 285

Leu

Gin

Tyr

Ala

Leu

Lys

Asp

Leu

Ala

Lys

Glu

Ile

Gin

Pro

Lys

Val

Tyr

Glu

Tyr

290 295 300

Gly Phe Leu Arg Glu 305 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 171:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 187 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...187 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:171:

Leu

Glu

Thr

Tyr

Ile

Asp

Ala

Asp

Asn

Ile

Asp

Gly Asp

Leu

Phe

1

5

10

15

Phe

Tyr

Asn

Leu

Thr

Arg

Asn

Ser

Ásn

Asp

Phe

Ser

Met Leu

Pro

Val

20

25

30

Phe

Glu

Leu

Asp

Arg

Ile

Ala

Gin

Lys

Ile

Arg

Asn

Ile Leu

Lys

φ · · · φφ

	φφφ φφφ φ φ	φ φ φφφ φφφφ	φ φ ·
- 334 -

35

40

45

His

Gly

Ser

Arg

Lys

Asp

Ile

Leu

Lys

His

Asn

Glu

Ile

Lys

Glu

50

55

60

Ala

Phe

Ser

Pro

Phe

Lys

Pro

Gin

Leu

Lys

Thr

Val

Gin

Val

Phe

65

70

75

80

Leu

Ser

His

Ser

His

Ala

Asp

Lys

Asn

Lys

Ala

Leu

Gly

Val

Lys

Asp

85

90

95

Tyr

Leu

Glu

Ser

Lys

Thr

Lys

Arg

Lys

Val

Phe

Ile

Asp

Ser

Leu

Phe

100

105

110

Trp

Asp

Tyr

Lys

Asp

Val

Leu

Asn

Lys

Leu

Ala

Lys

His

Asp

115

120

125

Ile

Ser

Lys

Ile

Glu

Asp

Ala

Phe

Thr

Leu

Ile

Leu

Arg

Lys

Ser

Leu

130

135

140

Gin

Asp

Met

Ile

Glu

Lys.

Cys

Pro

Tyr

Phe

Val

Phe

Leu

Gin

Ser

Lys

145

150

155

160

Asn

Ser

Val

Ser

Asn

Gin

Gly

Leu

Ser

Arg

Ile

Thr

Tyr

Ser

Ala

Trp

165

170

175

Ile

Tyr

Glu

Leu

Lys

Ile

Ala

Ser

Phe

Tyr

180 185 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :172:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 198 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...198 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 172:

Leu

Glu

Thr

Tyr

Ile

Asp

Ala

Asp

Asn

Ile

Asp

Gly Asp

Leu

Phe

1

5

10

15

Phe

Tyr

Asn

Leu

Thr

Arg

Asn

Ser

Asn

Asp

Phe

Ser

Met

Leu

Pro

Val

20

25

30

Phe

Glu

Leu

Asp

Arg

Ile

Ala

Gin

Lyn

Ile

Arg

Asn

Ile

Leu

Lys

35

40

45

His

Gly

Ser

Arg

Lys

Asp

Ile

Leu

Lys

His

Asn

Glu

Ile

Lys

Glu

50

55

60

Ala

Phe

Ser

Pro

Phe

Lys

Pro

Gin

Leu

Lys

Thr

Val

Gin

Val

Phe

65

70

75

80

Leu

Ser

His

Ser

His

Ala

Asp

Lys

Asn

Lys

Ala

Leu

Gly

Val

Lys

Asp

85

90

95

Tyr

Leu

Glu

Ser

Lys

Thr

Lys

Arg

Lys

Val

Phe

Ile

Asp

Ser

Leu

Phe

100 105 110 • 4 ·· 4 »444 4 44 4

4 4 44444 • 4 4 4 4 4 444 444

4 4 4 4 4 4

- 335 -

Trp

Asp Tyr 115

Lys

Asp

Val

Leu Asn Lys Leu Ala Lys His

Asp

120

125

Ile

Ser

Lys

Ile

Glu

Asp

Ala

Phe

Thr

Leu

Ile

Leu

Arg

Lys

Ser

Leu

130

135

140

Gin

Asp

Met

Ile

Glu

Lys

Cys

Pro

Tyr

Phe

Val

Phe

Leu

Gin

Ser

Lys

145

150

155

160

Asn

Ser

Val

Ser

Asn

Gin

Gly

Leu

Ser

Arg

Ile

Thr

Tyr

Ser

Ala

Trp

165

170

175

Ile

Tyr

Glu

Leu

Lys

Ile

Ala

ser

Phe

Leu

Ala

Leu

Thr

180

185

190

Arg

Val

Ala

Gin

Phe

Gin

195

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 173:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 189 aminokyselin <B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori {ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...189 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 173:

Met 1

Met

Thr

Lys

Asn 5

Ala

Tyr

Ala

Phe

Val 10

Val

Ile

Glu

Lys

Ser 15

Ile

Met

Val

Phe

Lys 20

Cys

Ala

Lys

Asp

Lys 25

Gly

Leu

Ile

Pro

Ile 30

Thr

Glu

Gly

Phe

Val 35

Pro

Leu

Lys

Glu

Gly 40

Phe

Leu

Arg

Ser

Phe 45

Lys

Glu

Arg

Cys

Asn 50

Leu

Asp

Phe

Leu

Glu 55

Asn

Leu

Asp

Leu

Leu 60

Phe

Leu

Tyr

Asp

Tyr 65

Gin

Phe

Pro

Ser

Glu 70

Val

Phe

Ser

Leu

Cys 75

Lys

Asp

Leu

Lys

Asn 80

Ser

Ile

Trp

Asp

Arg 85

Lys

Leu

Val

Val 90

Leu

Val

Glu

Ala

Leu 95

Glu

Gly

Pht

I/s

Gly 100

Leu

Asn

Leu

Ser

Leu 105

Lys

Ile

Glu

Asp

Arg 110

His

Ser

Asn

Ser

Leu 115

Gly

Asn

Gly

Val

Gin 120

Lys

Leu

Thr

Asn 125

Ala., Asp

Leu

Gly

Ser 130

Asn

His

Lys

Pro

Ile 135

Val

Ile

Asp

Ser

Met 140

Lys

Thr

Tyr

His

Gin 145

Ser

Gin

Glu

Lys ISO

Tyr

Lys

Arg

Glu

Arg 155

Gly

Glu

Thr

Leu

Glu 160

Val

Arg

Pro

Thr

Pro

Ser

Tyr

Gly

Gly Gly

Ser

Ile

Arg

ile

• · ··· · · · · * • · · · · · • · · ······ • · · · · · · ··· ·· ······· ·· e·

- 336 165 170 175

Ser Gly Asp Lys Lys Pro Asp Ser Asn Glu Glu Asn Phe

180 18Ξ (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:174:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 590 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...590 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:174:

Met 1

Lys

Ala

Ile

Lys 5

Ile

Leu

Ile

Met 10

Thr

Leu

Ser

Leu

Asn 15

Ala

Ile

Ser

Val

Asn 20

Arg

Ala

Leu

Phe

Asp 25

Leu

Lys

Asp

Ser

Gin 30

Leu

Lys

Gly

Glu

Leu 35

Thr

Pro

Lys

Ile

Val 40

Asp

Phe

Gly

Tyr 45

Lys

Ser

Asn

Thr

Thr 50

Glu

Trp

Gly

Ala

Thr 55

Ala

Leu

Asn

Tyr

Ile 60

Asn

Ala

Asn

Gly 65

Asp

Ala

Lys

Phe 70

Ser

Ala

Leu

Val

Glu 75

Lys

Met

Arg

Phe

Asn 80

Ser

Gly

Ile

Leu

Gly 85

Asn

Phe

Arg

Ala

His 90

Ala

His

Leu

Arg

Gin 95

Ala

Leu

Lys

Leu

Gin 100

Lys

Asn

Leu

Lys

Tyr 105

Cys

Leu

Lys

Ile

Ile 110

Ala

Arg

Asp

Ser

Phe 115

Tyr

Ser

Tyr

Arg

Thr 120

Gly

Ile

Tyr

Ile

Pro 125

Leu

Gly

Ile

Ser

Leu 130

Lys

Asp

Gin

Lys

Thr 135

Ala

Gin

Lys

Met

Leu 140

Ala

Asp

Leu

Ser

Val 145

Val

Gly

Ala

Tyr

Leu 150

Lys

Gin

Glu 155

Asn

Glu

Lys

Ala

Gin 160

Ser

Pro

Tyr

Arg 165

Ser

Asn

Tyr

Tyr 170

Asn

Ser

Tyr

Ser 175

Pro

Tyr

Gly

Met 180

Tyr

Gly

Met

Tyr

Gly 185

Met

Gly

Met

Tyr

Gly T90

Met

Tyr

Gly

Met

Gly 195

Met

Tyr

Asp

Phe

Tyr 200

Asp

Phe

Tyr

Asp

Gly 205

Met

Tyr

Gly

Phe

Tyr 210

Pro

Asn

Met

Phe

Phe 215

Met

Gin

Val

Gin 220

Asp

Tyr

Leu

Met

Leu 225

Glu

Asn

Tyr

Met

Tyr 230

Ala

Leu

Asp

Gin

Glu 235

Glu

Ile

Leu

Asp

His 240

φ φ · φ φ · φ φ φ φ φ φφφφ φ φ φφφ φφφ φ φ φ φφφφφ φφ φφ

- 337 -

Asp

i Ala

. Ser

Ile

; Asn Gin 245

. Leu

. Asp

i Thr

Pro 250

Thr

Asp

Arg 255

Asp

Lys

Asp

Asp 260

Lys

Ser

' Ser

Gin

Pro 265

Ala

Asn

Leu

Met

Ser 270

Phe

Tyr

Arg

Asp

Pro 275

Lys

Phe

Ser

Lys

Asp 280

Ile

Gin

Thr

Asn

Arg 285

Leu

Asn

Ser

Ala

Leu 290

Val

Asn

Leu

Asp

Asn 295

Ser

His

Met

Leu

Lys 300

Asp

Asn

Ser

Leu

Phe 305

His

Thr

Lys

Ala

Met 310

Pro

Thr

Lys

Ser

Val 315

Asp

Ala

Ile

Thr

Ser 320

Gin

Ala

Lys

Glu

Leu 325

Asn

His

Leu

Val

Gly 330

Gin

Ile

Lys

Glu

Met 335

Lys

Gin

Asp

Gly

Ala 340

Ser

Pro

Asn

Lys

Ile 345

Asp

Ser

Val

Asn 350

Lys

Ala

Met

Glu

Val 355

Arg

Asp

Lys

Leu

Asp 360

Asn

Leu

Asn

Gin 365

Leu

Asp

Asn

Asp

Leu 370

Lys

Asp

Gin

Lys

Gly 375

Leu

Ser

Glu

Gin 380

Gin

Ala

Gin

Val

Asp 385

Lys

Ala

Leu

Asp

Ser 390

Val

Gin

Leu

Ser 395

His

Ser

Asp

Val 400

Val

Gly

Asn

Tyr

Leu 405

Asp

Gly

Ser

Leu

Lys 410

Ile

Asp

Gly

Asp

Asp 415

Arg

Asp

Leu

Asn 420

Asp

Ala

Ile

Asn

Asn 425

Pro

Met

Gin

Pro 430

Ala

Gin

Thr

Pro 435

Ile

Asn

Met

Asp 440

Asn

Thr

His

Ala

Asn 445

Asp

Ser

Lys

Asp

Gin 450

Gly

Asn

Ala

Leu 455

Ile

Asn

Pro

Asn

Asn 460

Ala

Thr

Asn

Asp

Asp 465

His

Asn

Asp

His 470

Met

Asp

Thr

Asn

Thr 475

Thr

Asp

Thr

Ser

Asn 480

Ala

Asn

Asp

Thr

Pro 485

Thr

Asp

Lys

Asp 490

Ala

Ser

Gly

Asn

Asn 495

Thr

Gly

Asp

Met

Asn 500

Asn

Thr

Asp

Thr

Gly 505

Asn

Thr

Asp

Thr

Gly 510

Asn

Thr

Asp

Thr

Gly 515

Asn

Thr

Asp

Met 520

Ser

Asn

Met

Asn

Asn 525

Gly

Asn

Asp

Thr 530

Gly

Asn

Thr

Asn

Asp 535

Asp

Met

Gly

Asn

Ser 540

Asn

Asp

Met

Gly

Asp 545

Asp

Met

Asn

Ala 550

Asn

Asp

Met

Asn

Asp 55S

Asp

Met

Gly

Asn

Ser 560

Asn Asp

Asp Met

Asp Gly

Met Asp 580

Gly 565 Met

ASp Gly

Met Asp

Gly Met

Asp Met 570 Gly Gly 585

Asn Asp

Asp Met

Asp Gly

Met Asn 590

Gly 575

Gly

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:175:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 195 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein ·«·· « · · « ··· · · · * ·

- 338 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...195 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 175:

Leu 1

Asn

Leu

Arg

Leu 5

Ala

Gly

Ala

Ser

Val 10

Leu

Thr

Ala

Cys

Val 15

Phe

Ser

Gly

Cys

Phe 20

Phe

Leu

Lys

Met

Phe 25

Asp

Lys

Leu

Ser 30

Ser

Asn

Asp

Trp

His 35

Ile

Gin

Lys

Val

Glu 40

Met

Asn

His

Gin

Val 45

Tyr

Asp

Ile

Glu

Thr 50

Met

Leu

Ala

Asp

Ser 55

Ala

Phe

Arg

Glu

His 60

Glu

Gin

Asp 65

Ser

Leu

Asn

Thr 70

Ala

Leu

Pro

Glu

Asp 75

Lys

Thr

Ala

Ile

Glu 80

Ala

Lys

Glu

Gin

Glu 85

Gin

Lys

Glu

Lys

Arg 90

Lys

His

Trp

Tyr

Glu 95

Leu

Phe

Lys

Lys 100

Pro

Lys

Pro

Lys

Ser 105

Ser

Met

Gly

Glu

Phe 110

Val

Phe

Asp

Gin

Lys 115

Glu

Asn

Arg

Ile

Tyr 120

Gly

Lys

Gly

Tyr

Cys 125

Asn

Arg

Tyr

Phe

Ala 130

Ser

Tyr

Thr

Trp

Gin 135

Gly Asp

Arg

His

Ile 140

Ala

Ile

Glu

Asp

Ser 145

Gly

Ile

Ser

Arg

Lys 150

Val

Cys

Arg

Asp

Glu 155

His

Leu

Met

Ala

Phe 160

Glu

Leu

Glu

Phe

Met 165

Glu

Asn

Phe

Lys

Gly 170

Asn

Phe

Ala

Val

Thr 175

Lys

Gly Lys

Lys Thr

Asp Pro 195

Thr 180

Leu

Ile

Leu

Asp

Asn 185

Gin

Lys

Met

Lys

Ile 190

Tyr

Leu

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 176:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 744 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D, TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: mise feature ·· · · (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 176:

• · · flfl·· ···· • · · flfl··· • · * · ········ • flfl flfl · · ··· ·· ··«···· ·· ··

- 339 (B) POLOHA 1. . . 744

Met	Leu Lys	Leu Ala Ser Lys	Thr Ile Cys Leu	Ser Leu Ile Ser	Ser
1		5	10	15
Phe	Thr Ala	Val Glu Ala Phe	Gin Lys His Gin	Lys Asp Gly Phe	Phe
		20	25	30
Ile	Glu Ala	Gly Phe Glu Thr	Gly Leu Leu Gin	Gly Thr Gin Thr	Gin
	35		40	45
Glu	Gin Thr	Ile Ala Thr Thr	Gin Glu Lys Pro	Lys Pro Lys Pro	Lys
	50	55		60
Pro	Lys Pro	Ile Thr Pro Gin	Ser Thr Tyr Gly	Lys Tyr Tyr Ile	Ser
65		70	75		80
Gin	Ser Thr	Ile Leu Lys Asn	Ala Thr Glu Leu	Phe Ala Glu Asp	Asn
		85	90	95
Zle	Thr Asn	Leu Thr Phe Tyr	Ser Gin Asn Pro	Val Tyr Val Thr	Ala
		100	105	110
Tyr	Asn Gin	Glu Ser Ala Glu	Glu Ala Gly Tyr	Gly Asn Asn Ser	Leu
	115		120	125
Ile	Met Zle	Gin Asn Phe Leu	Pro Tyr Asn Leu	Asn Asn Zle Glu	Leu
	130	135		140
Ser	Tyr Thr	Asp Asp Gin Gly	Asn Val Val Ser	Leu Gly Val Ile	Glu
145		150	155		160
Thr	Ile Pro	Lys Gin Ser Gin	Ile Ile Leu Pro	Ala Ser Leu Phe	Asn
		165	170	175
Asp	Pro Gin	Leu Asn Ala Asp	Gly Phe Gin Gin	Leu Gin Thr Asn	Thr
		180	185	190
Thr	Arg Phe	Ser Asp Ala Ser	Thr Gin Asn Leu	Phe Asn Lys Leu	Ser
	195		200	205
Lys	Val Thr	Thr Asn Leu Gin	Met Thr Tyr Ile	Asn Tyr Asn Gin	Phe
	210	215		220	•
Ser	Ser Gly	Asn Gly Ser Gly	Ser Lys Pro Pro	Cys Pro Pro Tyr	Glu
225		230	235		240
Asn	Gin Ala	Asn Cys Val Ala	Lys Val Pro Pro	Phe Thr Ser Gin	Asp
		245	250	255
Ala	Lys Asn	Leu Thr Asn Leu	Met Leu Asn Met	Met Ala Val Phe	Asp
		260	265	270
Ser	Lys Ser	Trp Glu Asp Ala	Val Leu Asn Ala	Pro Phe Gin Phe	Ser
	275		280	285
Asp	Asn Asn	Leu Ser Ala Pro	Cys Tyr Ser Asp	Tyr Leu Thr Cys	Val
	290	295		300
Asn	Pro Tyr	Asn Asp Gly Leu	Val Asp Pro Lys	Leu Ile Ala Lys	Asn
305		310	315		320
L-'S	Gly Asp	Glu Tyr Asn Ile	Glu Asn Gly Gin	Thr Gly Ser Val	Ile
		325	330	335
Leu	Thr Pro	Gin Asp Val Ile	Tyr Ser Tyr Arg	Val Ala Asn Asn	Ile
		340	345	350
Tyr	Val Asn	Leu Leu Pro Thr	Arg Gly Gly Asp	Leu Gly Leu Gly	Ser
	355		360	365
Gin	Tyr Gly	Gly Pro Asn Gly	Pro Gly Asp Asp	Gly Thr Asn Phe	Gly
	370	375		380
Ala	Leu Gly	Ile Leu Ser Pro	Phe Leu Asp Pro	Glu Ile Leu Phe	Gly
385		390	395		400

····

- 340 -

Lys	Glu	Leu	Asn	Lys 405	Val	Ala Ile	Met Gin Leu Arg Asp Ile Ile	His
410	415
Glu	Tyr	Gly	His 420	Thr	Leu	Gly Tyr	Thr His 425	Asn Gly Asn Met Thr 430	Tyr
Gin	Arg	Val 435	Arg	Met	Cys	Glu Glu 440	Asn Asn	Gly Pro Glu Glu Arg 445	Cys
Gin	Gly 450	Gly Arg	Ile	Glu	Gin Val 455	Asp Gly	Lys Glu Val Gin Val 460	Phe
Asp 465	Asn	Gly	His	Glu	Val 470	Arg Asp	Thr Asp	Gly Ser Thr Tyr Asp 475	Val 480
Cys	Ser	Arg	Phe	Lys 485	Asp	Lys Pro	Tyr Thr 490	Ala Gly Ser Tyr Pro 495	Asn
Ser	Ile	Tyr	Thr 500	Asp	Cys	Ser Gin	Val Pro 505	Ala Gly Leu Ile Gly 510	Val
Thr	Ser	Ala 515	Val	Trp	Gin	Gin Leu 520	Ile Asp	Gin Asn Ala Leu Pro 525	Val
Asp	Phe 530	Thr	Asn	Leu	Ser	Ser Gin 535	Thr Asn	Tyr Leu Asn Ala Ser 540	Leu
Asn 545	Thr	Gin	Asp	Phe	Ala 550	Thr Thr	Met Leu	Ser Ala Ile Ser Gin 555	Ser 560
Leu	Ser	Ser	Ser	Lys 565	Ser	Ser Ala	Thr Thr 570	Tyr Arg Thr Ser Lys 575	Thr
Ser	Arg	Pro	Phe 580	Gly	Ala	Pro Leu	Leu Gly 585	Val Asn Leu Lys Met 590	Gly
Tyr	Gin	Lys 595	Tyr	Phe	Asn	Asp Tyr 600	Leu Gly	Leu Ser Ser Tyr Gly 605	Ile
Ile	Lys 610	Tyr	Asn	Tyr	Ala	Gin Ala 615	Asn Asn	Glu Lys Ile Gin Gin 620	Leu
Ser 625	Tyr	Gly	Val	Gly	Met 630	Asp Val	Leu Phe	Asp Phe Ile Thr Asn 635	Tyr 640
Thr	Asn	Glu	Lys	Asn 645	Pro	Lys Ser	Asn Leu 650	Thr Lys Lys Val Phe 655	Thr
Ser	Ser	Leu	Gly 660	Val	Phe	Gly Gly	Leu Arg 665	Gly Leu Tyr Asn Ser 670	Tyr
Tyr	Leu	Leu 675	Asn	Gin	Tyr	Lys Gly 680	Ser Gly	Asn Leu Asn Val Thr 685	Gly
Gly	Leu 690	Asn	Tyr	Arg	Tyr	Lys His 695	Ser Lys	Tyr Ser Ile Gly Ile 700	Ser
Val 705	Pro	Leu	Val	Gin	Leu 710	Lys Ser	Arg Ile	Val Ser Ser Asp Gly 715	Ala 720
Tyr Phe	Thr Phe	Asn Asn	Ser Tyr	Ile 725 Gly	Thr Trp	Leu Asn Ile Phe	Glu Gly 730	Gly Ser His Phe Lys 735	Val

740 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 177:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 529 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein • · · · ·· 99 99

9 9 9 9

9 999 999

9 9

999 9 9 99

- 341 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...529 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:177:

Met 1

Thr

Tyr

Ile

Asn 5

Tyr

Asn

Gin

Phe

Ser 10

Ser

Gly

Asn

Gly

Ser 15

Gly

Ser

Lys

Pro

Pro 20

Cys

Pro

Tyr

Glu 25

Asn

Gin

Ala

Asn

Cys 30

Val

Ala

Lys

Val

Pro 35

Pro

Phe

Thr

Ser

Gin 40

Asp

Ala

Lys

Asn

Leu 45

Thr

Asn

Leu

Met

Leu 50

Asn

Met

Ala

Val 55

Phe

Asp

Ser

Lys

Ser 60

Trp

Glu

Asp

Ala

Val 65

Leu

Asn

Ala

Pro

Phe 70

Gin

Phe

Ser

Asp

Asn 75

Asn

Leu

Ser

Ala

Pro 80

Cys

Tyr

Ser

Asp

Tyr 85

Leu

Thr

Cys

Val

Asn 90

Pro

Tyr

Asn

Asp

Gly 95

Leu

Val

Asp

Pro

Lys 100

Leu

Ile

Ala

Lys

Asn 105

Lys

Gly

Asp

Glu

Tyr 110

Asn

Ile

Glu

Asn

Gly 115

Gin

Thr

Gly

Ser

Val 120

Ile

Leu

Thr

Pro

Gin 125

Asp

Val

Ile

Tyr

Ser 130

Tyr

Arg

Val

Ala

Asn 135

Asn

Ile

Tyr

Val

Asn 140

Leu

Pro

Thr

Arg 145

Gly

Asp

Leu

Gly 150

Leu

Gly

Ser

Gin

Tyr 155

Gly

Pro

Asn

Gly 160

Pro

Gly

Asp

Gly 165

Thr

Asn

Phe

Gly

Ala 170

Leu

Gly

Ile

Leu

Ser 175

Pro

Phe

Leu

Asp

Pro 180

Glu

Ile

Leu

Phe

Gly 185

Lys

Glu

Leu

Asn

Lys 190

Val

Ala

Ile

Met

Gin 195

Leu

Arg

Asp

Ile

Ile 200

His

Glu

Tyr

Gly

His 205

Thr

Leu

Gly

Tyr

Thr 210

His

Asn

Gly

Asn

Met 215

Thr

Tyr

Gin

Arg

Val 220

Arg

Met

Cys

Glu

Glu 225

Asn

Gly

Pro

Glu 230

Glu

Arg

Cys

Gin

Gly 235

Gly

Arg

Ile

Glu

Gin 240

Val

Asp

Gly

Lys

Glu 245

Val

Gin

Val

Phe

Asp 250

Asn

Gly

His

Glu

Val 255

Arg

Asp

Thr

Asp

Gly 260

Ser

Thr

Tyr

Asp

Val 265

Cys

Ser

Arg

Phe

Lys 270

Asp

Lys

Pro

Tyr

Thr 275

Ala

Gly

Ser

Tyr

Pro 280

Asn

Ser

lir

Tyr

Thr 285

Asp

Cys

Ser

Gin

Val 290

Pro

Ala

Gly

Leu

Ile 295

Gly

Val

Thr

Ser

Ala 300

val

Trp

Gin

Leu 305

Ile

Asp

Gin

Asn

Ala 310

Leu

Pro

Val

Asp

Phe 315

Thr

Asn

Leu

Ser

Ser 320

Gin

Thr

Asn

Tyr

Leu 325

Asn

Ala

Ser

Leu

Asn 330

Thr

Gin

Asp

Phe

Ala 335

Thr

Met

Leu

Ser

Ala

Ile

Ser

Gin

Ser

Leu

Ser

Lys

Ser

··· · • φ · »φ φφφ

- 342 -

340

345

350

Ala

Thr

Thr 355

Tyr

Arg

Thr

Ser

Lys 360

Thr

Ser

Arg

Pro

Phe 365

Gly

Ala

Pro

Leu

Leu 370

Gly

Val

Asn

Leu

Lys 375

Met

Gly

Tyr

Gin

Lys 380

Tyr

Phe

Asn

Asp

Tyr 385

Leu

Gly

Leu

Ser

Ser 390

Tyr

Gly

Ile

Lys 395

Tyr

Asn

Tyr

Ala

Gin 400

Ala

Asn

Glu

Lys 405

Ile

Gin

Leu

Ser 410

Tyr

Gly

Val

Gly

Met 415

Asp

Val

Leu

Phe

Asp 420

Phe

Ile

Thr

Asn

Tyr 425

Thr

Asn

Glu

Lys

Asn 430

Pro

Lys

Ser

Asn

Leu 435

Thr

Lys

Val

Phe 440

Thr

Ser

Leu

Gly 445

Val

Phe

Gly

Leu 450

Arg

Gly

Leu

Tyr

Asn 455

Ser

Tyr

Leu

Leu 460

Asn

Gin

Tyr

Lys

Gly 455

Ser

Gly

Asn

Leu

Asn 470

Val

Thr

Gly Gly

Leu 475

Asn

Tyr

Arg

Tyr

Lys 480

His

Ser

Lys

Tyr

Ser 485

Ile

Gly

Ile

Ser

Val 490

Pro

Leu

Val

Gin

Leu 495

Lys

Ser

Arg

Ile

Val 500

Ser

Asp

Gly

Ala 505

Tyr

Thr

Asn

Ser

Ile 510

Thr

Leu

Asn

Glu

Gly 515

Gly

Ser

His

Phe

Lys 520

Val

Phe

Asn

Tyr 525

Gly

Trp

Ile

Phe (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :178:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍC: misc_feature (B) POLOHA 1...187 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:178:

Leu

Gly

Cys

Val

Ser

Met

Thr

Leu

Gly

Ile

Asp

Glu

Ala

Gly ,Arg

Gly

1

5

10

' ,15

Cys

Leu

Ala

Gly

Ser

Leu

Phe

Val

Ala

Gly

Val

cys

Asn Glu

Lys

20

25

30

Ile

Ala

Leu

Glu

Phe

Leu

Lys

Met

Gly

Leu

Lys

Asp

Ser

Lys Lys

Leu

35

40

45

Ser

Pro

Lys

Arg

Phe

Leu

Glu

Asp

Lys

Ile

Lys

Thr His

Gly

50

55

60

··· · ·« «·* • '♦ * · • · ♦ · • ·· · · · · • · ·· »·

- 343 -

Glu Val	Gly	Phe	Phe Val Val Lys	Lys Ser Ala Asn Glu Ile Asp His
65			70	75 80
Leu Gly	Leu	Gly	Ala Cys Leu Lys	Leu Ala Ile Glu Glu Ile Val Glu
			85	90 95
Asn Gly	Cys	Ser	Leu Ala Asn Glu	Ile Lys Ile Asp Gly Asn Thr Ala
		100		10S 110
Phe Gly	Leu	Asn	Lys Arg Tyr Pro	Asn Ile Gin Thr Ile Ile Lys Gly
	115		120	125
Asp Glu	Thr	Ile	Ala Gin Ile Ala	Met Ala Ser Val Leu Ala Lys Ala
130			135	140
Ser Lys	Asp	Arg	Glu Met Leu Glu	Leu His Ala Leu Phe Lys Glu Tyr
145			150	155 160
Gly Trp	Asp	Lys	Asn Cys Gly Tyr	Gly Thr Lys Gin His Ile Glu Ala
			165	170 175
Ile Asn	Lys	Leu	Gly Ala Thr Leu	Ser Ser Ala
		180		185
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 179:
(i)	VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 204 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...204 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 179:

Met

Thr

Leu

Gly

Ile

Asp

Glu

Ala

Gly Arg

Gly

Cys

Leu

Ala

Gly

Ser

1 Leu

Phe

Val

Ala

5 Gly

Val

Cys

Asn

10 Glu

Lys

Ile

Ala

Leu

15 Glu

Phe

Leu

Lys

Met

20 Gly

Leu

Lys

Asp

Ser

25 Lys

Lys

Leu

Ser

Pro

30 Lys

Lys

Arg

Phe

35 Leu

Glu

Asp

Lys

Ile

40 Lys

Thr

His

Gly

Glu

45 Val

Gly

Phe

Val

50 Val

Lys

Ser

Ala

55 Asn

Glu

Ile

Asp

His

60 Leu

Gly

Leu

Gly

Ala

65 Cys

Leu

Lys

Leu

Ala

70 Ile

Glu

Ile

Val

75 Glu

Asn

Gly

Cys

Ser

80 Leu

Ala

Asn

Glu

Ile

85 Lys

Ile

Asp

Gly

Asn

90 Thr

Ala

Phe

Gly

Leu

95 Asn

Lys

Arg

Tyr

Pro

100 Asn

Ile

Gin

Thr

Ile

105 Ile

Lys

Gly Asp

Glu

110 Thr

Ile

Ala

Gin

Ile

115 Ala

Met

Ala

Ser

Val

120 Leu

Ala

Lys

Ala

Ser

125 Lys

Asp

Arg

Glu

- 344 130 135 140

Met Leu Glu Leu His Ala Leu Phe Lys Glu Tyr Gly Trp Asp Lys Αρπ

145 150 155 160

Cys Gly Tyr Gly Thr Lys Gin His Ile Glu Ala Ile Asn Lys Leu Gly

155 170 175

Ala Thr Pro Phe His Arg His Ser Phe Thr Leu Lys Asn Arg Ile Leu

1B0 185 190

Asn Pro Lys Leu Leu Glu Val Glu Gin Arg Leu Val

195 200 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 180:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...192 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 180:

Met 1

Asn

Ala

Leu

Lys 5

Lys

Leu

Ser

Phe

Cys 10

Ala

Leu

Ser

Leu 15

Gly

Leu

Phe

Ala

Gin 20

Thr

Val

His

Ala

Gin 25

His

Leu

Lys

Asp

Thr 30

Ile

Asn

Tyr

Pro

Asp 35

Trp

Leu

Lys

Ile

Asn 40

Leu

Phe

Asp

Lys

Lys 45

Asn

Pro

Asn

Gin 50

Tyr

Val

Gly

Ser

Ala 55

Ser

Ile

Ser

Gly

Lys 60

Arg

Asn

Asp

Phe

Tyr 65

Ser

Asn

Tyr

Ile

Pro 70

Tyr

Asp

Lys

Leu 75

Pro

Glu

Lys

Asn 80

Ala

Glu

Ile

Ala 85

Leu

Arg

Ala

Arg 90

Met

Asn'

Ala

Tyr

Ser 95

Thr

Leu

Glu

Ser

Ala 100

Leu

Thr

Lys

Met 105

Cys

Asn

Arg

Ile

Val 110

Lys

Ala

Leu

Gin

Val 115

Lys

Asn

Val

Ile 120

Ser

His

Leu

Phe

Gly 125

Phe

Val

Asp

Phe

Leu 130

Thr

Ser

Lys

Ser

Ile 135

Leu

Ala

Lys

Arg

Phe 140

Val

Asp

Thr

Asn 145

His

Arg

Val

Tyr

Val 150

Met

Val

Gin

Phe

Pro 155

Phe

Ile

Gin

Pro

Glu 160

Asp

Leu

Ile

Ala

Tyr 165

Phe

Lys

Ala

Lys

Arg 170

Ile

Asp

Leu

Ser

Leu 175

Ala

Ser

Ala

Thr

Asn 180

Leu

Ser

Ala

Ile

Leu 185

Asn

Lys

Ala

Leu

Phe 190

His

Leu

• · « · • · (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 181:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

··· ···

- 345 -

	(A) DÉLKA : 86 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
(ii)	TYP MOLEKULY: protein
(iii)	HYPOTETICKÁ: ANO
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANISMUS: Helicobacter
(ix)	ZNAKY: (A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...86

(xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:181:

Met Asn Ala

Leu Lys Lys Leu Ser Phe

Cys

Ala Leu Leu Ser

Leu

Gly

1

5

10

15

Leu

Phe

Ala

Gin

Thr

Val

His

Ala

Gin

His

Leu

Lys

Asp

Thr

Ile

Asn

20

25

30

Tyr

Pro

Asp

Trp

Leu

Lys

Ile

Asn

Leu

Phe

Asp

Lys

Asn

Pro

35

40

45

Asn

Gin

Tyr

Val

Gly

Ser

Ala

Ser

Ile

Ser

Gly

Lys

Arg

Asn

Asp

Phe

50

55

60

Tyr

Ser

Asn

Tyr

Ile

Pro

Tyr

Asp

Lys

Leu

Pro

Glu

Arg

Thr

65

70

75

80

Leu

Lys

Ser

Leu

Phe

85

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 182:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...75 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 182:

• · · · « · · · · · ··· ·· ··· ···· ·· ··

- 346 -

Leu

Lys

lle

Leu

Thr

Leu

Phe

Leu

lle

Gly

Leu

Asn

Ala

Leu

Phe

Ala

1

5

10

15

Leu

Asp

Leu

Asn

Ala

Leu

Lys

Thr

Glu

lle

Lys

Glu

Thr

Tyr

Leu

Lys

20

25

30

Glu

Tyr

Lys

Asp

Leu

Lys

Leu

Glu

lle

Glu

Thr

lle

Asn

Leu

Glu

lle

35

40

45

Pro

Glu

Arg

Phe

Ser

His

Ala

Ser

Zle

Leu

Ser

Tyr

Glu

Leu

Asn

Ala

50

55

60

Ser

Asn

Lys

Leu

Lys

Asp

Gly

Ser

Cys

Phe

65

70

75

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 183:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 211 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...211 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:183:

Met 1

Phe

Ser

lle

lle 5

Leu

Gly

Gly Gly 10

Asn

Thr

Pro

Cys 15

Gly

Leu

Thr

Trp

Gin 20

His

Phe

Lys

Leu

Gly 25

Asp

Leu

Phe

Glu

lle 30

Glu

Lys

Thr

Leu

Ser 35

Phe

Asn

Lys

Asp

Ala 40

Leu

Thr

Gin

Gly

Gin 45

Asp

Tyr

Asp

Tyr

lle 50

Thr

Arg

Thr

Ser

Gin 55

Asn

Gin

Gly

Val

Leu 60

Gin

Thr

Gly

Phe 65

Val

Asn

Ala

Glu

Asn 70

Leu

Asn

Pro

Phe 75

Thr

Trp

Ser

Leu

Gly 80

Leu

Gin

Met

Asp 85

Phe

Tyr

Arg

Lys 90

Lys

Ser

Trp

Tyr

Ala 95

Gly

Gin

Phe

Met

Arg 100

Lys

lle

Thr

Pro

Lys 105

Thr

Glu

lle

Lys

Ásn 110

Lys

lle

Asn

Ser

.jr; 115

lle

Ala

His

Tyr

Phe 120

Thr

Leu

Asn 125

Ala

Leu

Lys

Arg

Pro 130

Leu

Ser

Val

Leu 135

Val

Arg

Asp

lle

Asp 140

Lys.

-Thr

Phe

Arg

Glu 145

Gin

Lys

lle

Gin

Leu 150

Pro

Leu

Lys

Pro

Thr 155

Ala

Lys

Thr

Gin

Ser 160

Leu

Asp

Gly

lle

Asp 165

Phe

Asp

Phe

Met

His 170

Thr

Leu

lle

Asn

Ala 175

Leu

Met

Lys

Gin

Thr

lle

Gin

Gly

Val

Gin

Tyr

Cys

Asp

Ala

Lys

lle

• · · · · · • · 9 · · » • · · · · • · 99 9 999

9 9

9999 99 99 • · · ·

- 347 180 185 190

Gin Ala Thr Lys Glu Val Ile Ser Gin Glu Thr Pro Ile Gin Lys Asp

195 200 205

Ser Leu Phe

210 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO-.184:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 406 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...406 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 184:

Val	Ile	Gly	Pro Leu Ser Ser Gin Leu Asn	Ala	Ile Lys Trp	Gly	Glu
1			5 10			15
Phe	Lys	Leu	Gly Asp Leu Phe Glu Ala Ser 20 25	Asn	Gly Asp Phe 30	Asp	Ile
Gin	Lys	Arg 35	His Ile Asn His Lys Gly Glu 40	Phe	Val Ile Thr 45	Ala	Gly
Leu	Ser 50	Asn	Asn Gly Val Leu Gly Gin Ser 55	Asp	Ile Lys Ala 60	Lys	Val
Phe 65	Glu	Ser	His Thr Ile Thr Ile Asp Met 70	Phe 75	Gly Cys Ala	Phe	Tyr 80
Arg	Ser	Phe	Ala Tyr Lys Met Val Thr His 85 90	Ala	Arg Val Phe	Ser 95	Leu
Lys	Pro	Lys	Phe Glu Ile Asn His Lys Ile 100 105	Gly	Leu Phe Leu 110	Ser	Thr
Leu	Phe	Phe 115	Gly Tyr His Lys Lys Phe Gly 120	Tyr	Glu Asn Met 125	Cys	Ser
Trp	Ala 130	Lys	Ile Lys Asn Asp Lys Val Ile 135	Leu	Pro Leu Lys 140	Pro	Thr
Ala 145	Asn	Thr	Gin Thr Leu Glu Gly Ile Asp 150	Phe 155	Asp Phe Met	Glu	Lys 160
Phe	Ile	Ala	Glu Leu Glu Gin Cys Arg Leu 165 170	Ala	Glu Leu Gin	Ala 175	Tyr
Leu	Lys	Ala	Thr Gly Leu Glu Asn Thr Thr 180 185	Leu	Ser Asn Asp 190	Glu	Glu
Asn	Ala	Leu 195	Asn Val Phe Asn Asn Ser Gly 200	Gly Gly Gly Gly 205	Asn	Thr
Pro	cys 210	Gly	Leu Thr Trp Gin His Phe Lys 215	Leu	Gly Asp Leu 220	Phe	Glu

• · • 9 9 9 9 ·* · • 9

9

9 9

9 0 9

9 9 •99 999

- 348 Ile Glu Lys Thr Leu Ser Phe Asn Lys Asp Ala Leu Thr Gin Gly cín

225 230 235 240

Asp Tyr Asp Tyr Ile Thr Arg Thr Ser Gin Asn Gin Gly Val Leu Gin

245 250 255

Thr Thr Gly Phe Val Asn Ala Glu Asn Leu Asn Pro Pro Phe Thr Trp

260 265 270

Ser Leu Gly Leu Leu Gin Met Asp Phe Phe Tyr Arg Lys Lys Ser Trp

275 280 285

Tyr Ala Gly Gin Phe Met Arg Lys Ile Thr Pro Lys Thr Glu Ile Lys

290 295 300

Asn Lys Ile Asn Ser Arg Ile Ala His Tyr Phe Thr Thr Leu Leu Asn

305 310 315 320

Ala Leu Lys Arg Pro Leu Leu Ser Val Leu Val Arg Asp Ile Asp Lys

325 330 335

Thr

Phe Arg Glu Gin Lys Ile Gin Leu Pro Leu Lys Pro Thr Ala

Lys

340

345

350

Thr

Gin

Ser

Leu

Asp

Gly

Ile

Asp

Phe

Asp

Phe

Met

His

Thr

Leu

Ile

355

360

365

Asn

Ala

Leu

Met

Lys

Gin

Thr

Ile

Gin

Gly

Val

Gin

Tyr

Cys

Asp

370

375

380

Ala

Lys

Ile

Gin

Ala

Thr

Lys

Glu

Val

Ile

Ser

Gin

Glu

Thr

Pro

Ile

385

390

395

400

Gin

Lys

Asp

Ser

Leu

Phe

405 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 185:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 275 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...275 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 185:

Met 1

Ser

Lys

Ser

Leu 5

Tyr

Gin

Thr

Leu

Asn 10

Val

Ser

G.j

Asn

Ala 15

Ser

Gin

Asp

Glu

Ile 20

Lys

Ser

Tyr

Arg 25

Arg

Leu

Ala

Arg

Glh 30

Tyr

His

Pro

Asp

Leu 35

Asn

Lys

Thr

Lys

Glu 40

Ala

Glu

Lys

Phe 45

Lys

Glu

Ile

Asn

Ala 50

Ala

Tyr

Glu

Ile

Leu 55

Ser

Asp

Glu

Lys 60

Arg

Gin

Tyr

Asp

Gin

Phe

Gly

Asp

Asn

Met

Phe

Gly

Gin

Asn

Phe

Ser

Asp

Phe

nap ωχη vne Gly Asp Asn Met Phe Gly Gly Gin Asn Phe Ser Asn Phe • · · · • ·· ·»·· • * · ·

- 349 -

65 Ala

Arg

Ser

Arg

Gly

70 Pro

Ser

Glu

Asp

Leu

75 Asp

Asp

Ile

Leu

Ser

80 Ser

Ile

Phe

Gly

Lys

85 Gly

Gly

Phe

Ser

Gin

90 Arg

Phe

Ser

Gin

Asn

95 Ser

Gin

Gly

Phe

Ser

100 Gly

Phe

Asn

Phe

Ser

105 Asn

Phe

Ala

Pro

Glu

110 Asn

Leu

Asp

Val

Thr

115 Ala

Ile

Leu

Asn

Val

120 Ser

Val

Leu

Asp

Thr

125 Leu

Leu

Gly

Asn

Lys

130 Lys

Gin

Val

Ser

Val

135 Asn

Asn

Glu

Thr

Phe

140 Ser

Leu

Lys

Ile

Pro

145 Ile

Gly

Val

Glu

150 Gly

Glu

Lys

Ile

Arg

155 Val

Arg

Asn

Lys

Gly

160 Lys

Met

Gly

Arg

Thr

165 Gly

Arg

Gly

Asp

Leu

170 Leu

Leu

Gin

Ile

His

175 Ile

Glu

Asp

Glu

180 Met

Tyr

Arg

Glu

185 Lys

Asp

Ile

190 Gin

Ile

Phe

Asp

Leu

195 Pro

Leu

Lys

Thr

Ala

200 Leu

Phe

Gly

Lys

205 Ile

Glu

Ile

Ala

Thr

210 Trp

His

Lys

Thr

Leu

215 Thr

Leu

Thr

Ile

Pro

220 Pro

Asn

Thr

Lys

Ala

225 Met

Gin

Lys

Phe

Arg

230 Ile

Lys

Asp

Lys

Gly

235 Ile

Lys

Ser

Arg

Lys

240 Thr

Ser

His

val

Gly

245 Asp

Cys

Ile

Ala

Ser

250 Ser

Phe

Asp

Leu

255 Lys

Leu

Lys

Arg

Phe 275

260

265

270

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 186:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 278 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...278 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 186:

Met

Ser

Lys

Ser

Leu

Tyr

Gin

Thr Leu

Asn

Val

Ser

Glu

Asn

Ala

Ser

1

5

10

15

Gin

Asp

Glu

Ile

Lys

Ser

Tyr Arg

Arg

Leu

Ala

Arg

Gin

Tyr

His

20

25

30

Pro

Asp

Leu

Asn

Lys

Thr

Lys

Glu Ala

Glu

Lys

Phe

Lys

Glu

Ile

35

40

45

• · • · · ·

• · · · ··9 999 • *

- 350 -

Asn Ala Ala	Tyr Glu Ile Leu Ser Asp Glu Glu Lys	Arg Arg	Gin	Tyr
	50	55	60
Asp €5	Gin Phe	Gly Asp Asn Met Phe 70	Gly Gly Gin Asn 75	Phe Ser	Asp	Phe 80
Ala	Arg Ser	Arg Gly Pro Ser Glu 85	Asp Leu Asp Asp 90	Ile Leu	Ser 95	Ser
Ile	Phe Gly	Lys Gly Gly Phe Ser 100	Gin Arg Phe Ser 105	Gin Asn 110	Ser	Gin
Gly	Phe Ser 115	Gly Phe Asn Phe Ser 120	Asn Phe Ala Pro	Glu Asn 125	Leu	Asp
Val	Thr Ala 130	Ile Leu Asn Val Ser 135	Val Leu Asp Thr 140	Leu Leu	Gly	Asn
Lys 145	Lys Gin	Val Ser Val Asn Asn 150	Glu Thr Phe Ser 155	Leu Lys	Ile	Pro 160
Zle	Gly Val	Glu Glu Gly Glu Lys 165	Ile Arg Val Arg 170	Asn Lys	Gly 175	Lys
Met	Gly Arg	Thr Gly Arg Gly Asp 180	Leu Leu Leu Gin 185	Ile His 190	Ile	Glu
Glu	Asp Glu 195	Met Tyr Arg Arg Glu 200	Lys Asp Asp Ile	Ile Gin 205	Ile	Phe
Asp	Leu Pro 210	Leu Lys Thr Ala Leu 215	Phe Gly Gly Lys 220	Ile Glu	Ile	Ala
Thr 225	Trp His	Lys Thr Leu Thr Leu 230	Thr Ile Pro Pro 235	Asn Thr	Lys	Ala 240
Met	Gin Lys	Phe Arg Ile Lys Asp 245	Lys Gly Ile Lys 250	Ser Arg	Lys 255	Thr
Ser Glu	His Val Thr Leu 275	Gly Asp Cys Ile Ala 260 Leu Met Ser	Ser Ser Phe Asp 265	Leu Pro 270	Lys	Ile

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:187:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 232 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...232 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:187:

Val Val Gin Lys Phe Asn Phe Tyr Lys Thr Gly Gly Met Arg Leu Lys 15 10 15

His Phe Lys Thr Phe Leu Phe Ile Thr Met Ala Val Ile Val Ile Gly «999 9 99 ·· ·· • 9 9 ·· 9 · 999 · « « 9 99999 « 99 9 9 9 999999

9 9 9 9 9 9 «99 99 999 9999 99 ··

- 351 -

Thr

Gly

Cys

20 Ala

Asn

Lys

25 Lys

Lys

Asp

Glu

Tyr

30 Asn

Lys

Pro

Ala

Ile

35 Phe

Trp

Tyr

Gin

Gly

40 Ile

Leu

Arg

Glu

Ile

45 Leu

Phe

Ala

Asn

Leu

50 Glu

Thr

Ala

Asp

Asn

55 Tyr

Tyr

Ser

Leu

60 Gin

Ser

Glu

His

Ile

65 Asn

Ser

Pro

Leu

Val

70 Pro

Glu

Ala

Met

Leu

75 Ala

Leu

Gly

Gin

Ala

80 His

Met

Lys

85 Glu

Tyr

Val

Leu

Ala

90 Ser

Phe

Tyr

Phe

Asp

95 Glu

Tyr

Ile

Lys

Arg

100 Phe

Gly

Thr

Lys

Asp

105 Asn

Val

Asp

Tyr

Leu

110 Thr

Phe

Leu

Lys

Leu

115 Gin

Ser

His

Tyr

120 Ala

Phe

Ly3

Asn

His

125 Ser

Lys

Asp

Gin

Glu

130 Phe

Ile

Ser

Asn

Ser

135 Ile

Val

Ser

Leu

Gly

140 Glu

Phe

Ile

Glu

Lys

145 Tyr

Pro

Asn

Ser

Arg

150 Tyr

Arg

Pro

Tyr

Val

155 Glu

Tyr

Met

Gin

Ile

160 Lys

Phe

Ile

Leu

Gly

165 Gin

Asn

Glu

Leu

Asn

170 Arg

Ala

Ile

Ala

Asn

175 Val

Tyr

Lys

Arg

180 His

Lys

Pro

Glu

Gly

185 Val

Lys

Arg

Tyr

Leu

190 Glu

Arg

Ile

Asp

Glu

195 Thr

Leu

Glu

Lys

Glu

200 Thr

Lys

Pro

Lys

Pro

205 Ser

His

Met

Pro

Trp 225

210 Tyr

Val

Leu

Ile

Phe 230

215 Asp

Trp

220

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 188:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 114 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...114 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 188:

Met 1

Arg

Phe

Leu

Asn 5

Asn

Lys

.His

Arg

Glu 10

Lys

Gly

Leu

Lys

Ala 15

Glu

Ala

Cys 20

Gly

Phe

Leu

Lys

Thr 25

Leu

Gly

Phe

Glu

Met 30

Ile

Glu

Arg

Asn

Phe 35

Phe

Ser

Gin

Phe

Gly 40

Glu

Ile

Asp

Ile

Ile 45

Ala

Leu

Lys

- 352 -

Lys	Gly 50	Val	Leu	His	Phe	Ile 55
Pro 65	Ile	Tyr	Ala	Ile	Thr 70	Pro
Ile	Arg	Cys	Tyr	Leu 85	Ser	Gin
Asp Thr	Ala Phe	Leu	Ile 100	Val	Lys	Asn

Glu

Ser

Lys

Gly

Val	Lys	Ser	Gly 60	Glu	Asn	Phe
Lys	Leu	Lys 75	Lys	Met	Ile	Lys
Asp	Pro 90	Asn	Ser	Asp	Phe	Cys 95
Lys 105	Phe	Glu	Leu	Leu	Glu 110	Asn

Asp

Thr

Ile

Ile (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:189:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 101 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...101 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 189:

Met Gly Ser Ile

Gly Ala Met Thr Lys Gly Ser Ser

Asp Arg Tyr

Phe

1

5

10

15

Gin

Glu

Gly

Val

Ala

Ser

Glu

Lys

Leu

Val

Pro

Glu

Gly

Ile

Glu

Gly

20

25

30

Arg

Val

Pro

Tyr

Arg

Gly

Lys

Val

Ser

Asp

Met

Ile

Phe

Gin

Leu

Val

35

40

45

Gly

Val

Arg

Ser

Met

Gly

Tyr

Gin

Gly

Ala

Lys

Asn

Ile

Leu

50

55

60

Glu

Leu

Tyr

Gin

Asn

Ala

Glu

Phe

Val

Glu

Ile

Thr

Ser

Ala

Gly

Leu

65

70

75

80

Lys

Ser

Bis

Val

His

Gly

Val

Asp

Ile

Thr

Lys

Glu

Ala

Pro

Asn

85

90

95

Ile

Met

Gly

Glu

Phe

100

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 190:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 481 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein • 4

444 444

4 » 4 4

- 353 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...481 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 190:

Met 1

Arg

Ile

Leu

Gin 5

Arg

Ala

Leu

Thr

Phe 10

Glu

Asp

Val

Leu

Met 15

Val

Pro

Arg

Lys

Ser 20

Ser

Val

Leu

Pro

Lys 25

Asp

Val

Ser

Leu

Lys 30

Ser

Arg

Leu

Thr

Lys 35

Asn

Ile

Gly

Leu

Asn 40

Ile

Pro

Phe

Ile

Ser 45

Ala

Met

Asp

Thr 50

Val

Thr

Glu

His

Lys 55

Thr

Ala

Ile

Ala

Met 60

Ala

Arg

Leu

Gly

Gly 65

Ile

Gly

Ile

Val

His 70

Lys

Asn

Met

Asp

Ile 75

Gin

Thr

Gin

Val

Lys 80

Glu

Ile

Thr

Lys

Val 85

Lys

Ser

Glu

Ser 90

Gly

Val

Ile

Asn

Asp 95

Pro

Ile

Phe

Ile

HiS 100

Ala

His

Arg

Thr

Leu 105

Ala

Asp

Ala

Lys

Val 110

Ile

Thr

Asp

Asn

Tyr 115

Lys

Ile

Ser

Gly

Val 120

Pro

Val

Asp

Asp 125

Lys

Gly

Leu

Ile 130

Gly

Ile

Leu

Thr

Asn 135

Arg

Asp

Val

Arg

Phe 140

Glu

Thr

Asp

Leu

Ser 145

Lys

Val

Gly

Asp 150

Val

Met

Thr

Lys

Met 155

Pro

Leu

val

Thr

Ala 160

His

Val

Gly

Ile

Ser 165

Leu

Asp

Glu

Ala

Ser 170

Asp

Leu

Met

His

Lys 175

His

Lys

Ile

Glu

Lys 180

Leu

Pro

Ile

Val

Asp 185

Lys

Asp

Asn

Val

Leu 190

Lys

Gly

Leu

Ile

Thr 195

Ile

Lys

Asp

Ile

Gin 200

Lys

Arg

Ile

Glu

Tyr 205

Pro

Glu

Ala

Asn

Lys 210

Asp

Phe

Gly Arg 215

Leu

Arg

Val

Gly

Ala 220

Ala

Ile

Gly

Val

Gly 225

Gin

Leu

Asp

Arg

Ala 230

Glu

Met

Leu

Val

Lys 235

Ala

Gly

Val

Asp

Ala 240

Leu

Val

Leu

Asp

Ser 245

Ala

His

Gly

His

Ser 250

Ala

Asn

Ile

Leu

His 255

Thr

Leu

Glu

Ile 260

Lys

Ser

Leu

val 265

Val

Asp

Val

Ile

Val 270

Gly

Asn

Val

Thr 275

Lys

Glu

Ala

Thr

Ser 280

Asp

Leu

Ile

Ser

Ala 285

Gly ,1

Ala

Asp

Ala

Val 290

Lys

Val

Gly

Ile

Gly 295

Pro

Gly

Ser

Ile

Cys 300

Thr

Arg

Ile

Val 305

Ala

Gly

Val

Gly

Met 310

Pro

Gin

Val

Ser

Ala 315

Ile

Asp

Asn

Cys

Val 320

Glu

Val

Ala

Ser

Lys

Phe

Asp

Ile

Pro

Val

Ile

Ala

Asp

Gly

Ile

325 330 335 • ·· · • · • flflflfl • · · · > · · * I · fl · • flfl flflfl

- 354 -

Arg	Tyr Ser	Gly Asp Val 340	Ala Lys Ala Leu Ala Leu Gly Ala Ser	Ser
345	350
Val	Met Ile	Gly Ser Leu	Leu Ala Gly	Thr Glu Glu Ser Pro Gly	Asp
	355		360	365
Phe	Met Ile	Tyr Gin Gly Arg Gin Tyr	Lys Ser Tyr Arg Gly Met	Gly
	370		375	380
Ser	Ile Gly	Ala Met Thr	Lys Gly Ser	Ser Asp Arg Tyr Phe Gin	Glu
385		390		395	400
Gly	Val Ala	Ser Glu Lys	Leu Val Pro	Glu Gly Ile Glu Gly Arg	Val
		405		410 415
Pro	Tyr Arg	Gly Lys Val	Ser Asp Met	Ile Phe Gin Leu Val Gly	Gly
		420	425	430
Val	Arg Ser	Ser Met Gly	Tyr Gin Gly	Ala Lys Asn Ile Leu Glu	Leu
	435		440	445
Tyr	Gin Asn	Ala Glu Phe	Val Glu Ile	Thr Ser Ala Gly Leu Lys	Glu
	450		455	460
Ser	His Val	His Gly Val	Asp Ile Thr	Lys Glu Ala Pro Asn Tyr	Tyr
465		470		475	480
Gly

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 191:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 204 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYF MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...204 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:191:

Met 1

Gin

Gly

Phe

Leu 5

Leu

Gin

Thr

Gin

Ser 10

Ile

Arg

Asp

Glu

Asp 15

Leu

Ile

Val

His

Val 20

Leu

Thr

Lys

Asn

Gin 25

Leu

Lys

Thr

Leu

Tyr 30

Arg

Phe

Tyr

Gly

Lys 35

Arg

His

Ser

Val

Leu 40

Asn

Val

Gly

Arg

Lys 45

Ile

Asp

Phe

Glu

Glu 50

Glu

Asn

Asp

Lys 55

Phe

Leu

Pro

Lys

Leu 60

Arg,

Asn

Ile

Leu

His 65

Leu

Gly

Tyr

Ile

Trp 70

Glu

Arg

Glu

Met

Glu 75

Arg

Leu

Phe

Trp 80

Gin

Arg

Phe

Cys

Ala 85

Leu

Phe

Lys

His 90

Leu

Glu

Gly

Val

His 95

Ser

Leu

Asp

Ser

Ile

Tyr

Phe

Asp

Thr

Leu

Asp

Gly

Ala

Ser

Lys

Leu

····· · ·· · · · ·

Φ· · ·· · · ♦ · · · • · · ····· • 9 9 9 9 9 999 999

9 9 9 9 9 9

999 99 999 9999 99 99

- 355 -

Ser

Lys

Gin

100 His

Pro

Leu

Arg

Val

105 Ile

Leu

Glu

Met

Tyr

110 Ala

Val

Leu

Asn

115 Phe

Glu

Gly

Arg

Leu

120 Gin

Ser

Tyr

Asn

Ser

125 Cys

Phe

Leu

Cys

Asp

130 Ala

Lys

Leu

Glu

Arg

135 Ser

Val

Ala

Leu

Ala

140 Gin

Gly

Phe

Ile

Leu

143 Ala

His

Pro

Ser

Cys

150 Leu

Lys

Ala

Lys

Ser

155 Leu

Asp

Leu

Glu

Lys

160 Ile

Gin

Ala

Phe

165 Arg

Thr

Gin

Ser

Thr

170 Ile

Asp

Leu

Glu

Thr

175 Glu

Glu

Val

Glu

Glu 195

180 Leu

Trp

Arg

Thr

Leu 200

185 Asn

Leu

Gly

Phe

190

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:192:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 82 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...82 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 192:

Met	Gly	Val	Gly Arg Val	Gly	Asn Met Ala Leu Leu	Ala Cys Ala	Gly
1			5		10	15
Pro	Met	Gly	Ile Gly Ala	Ile	Ala Ile Ala Ile Asn	Gly Gly Arg	Gin
			20		25	30
Arg	Ser	Arg	Met Leu Val	Val	Asp Ile Asp Asp Lys	Arg Leu Glu	Gin
		35			40	45
Val	Gin	Lys	Met Leu Pro	Gly	Asn Trp Arg Pro Val	Thr Ala Leu	Ser
	50			55	60
Trp	Cys	Leu	Cys Ile Pro	Lys	Arg Gly Ala Ile Arg	Ala Arg Cys	Cys
65			70		75		80
Glu	Arg

(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 193:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 67 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární ·· ·· • » · *

9 9 9

999 9·9

9 ·· 99

- 356 (ii) TYP MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...67 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 193:

Leu Ser Gly Thr Ala Val Ser Cys Arg Cys Thr Cys Arg Ile Gin Leu

S 10 15

Val Leu Val Arg Thr Ser Ile Pro Val Val Ile Gly Cys Ser Cys Pro

25 30

Phe Leu Ser Ser Ile Gly Phe Thr Thr Gly Thr His Gin Ser Pro Val

40 45

Lys Arg Cys Gly Val Asn Ala Gly Lys Thr Pro Ser Lys Lys His Leu

55 60

His Leu Asn 65 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 194:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...114

(xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 194:

Val

Trp Leu

Ala

Leu

Gly

Phe

Leu

Ile

Thr

Ala

Val

Gly

Leu

Pro

1

5

.0

15

Val

Ile Thr

Val

Ile

Ala

Leu

Ala

Lys

Val

Gly

Ser

S$r

Thr

Pro

20

25

30

Ser

Ala Ile

Arg

Ser

Ala

Gly

Met

Pro

Ala

Cys

Trp

Arg

Ser

35 '

40

45

Ala

Thr Trp

Arg

Ser

Ala

Arg

Cys

Sér

Pro

Phe

Arg

Ala

Pro

Arg

50

55

60

Cys

Pro Ser

Lys

Val

Ser

Val

Pro

Leu

Gly

Glu

Ala

65

70

75

80

• ·« ·

- 357 -

Arg Arg Cys Ser	Ser Thr Ala Trp Arg Thr
85	90
Ser	Pro	Ser	Thr	Pro	Val	Ala Cys	Trp	Thr
			100				105
Pro	Arg

Ser Ser Ser Pro Trp Pro 95

Pro Ser Asp Ala Ser Ser 110 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 195:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylord (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:195:

TATACCATGG TGGGCGCTAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 196:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:196:

Φ· ·· *· • · · · 9 · • · · · · * · ·· · ··· • · · • · · · · 9· 99

- 358 ATGAATTCGA GTAAGGATTT TTG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:197:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 197:

TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 198:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 198:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 199:

··· · • ·· ·· ·· • · · · · · « · • · · · · · • · · ······ « · · · ······« ·· · ·

- 359 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:199:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:200:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:200:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:201:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (Č)' POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová ·· • ···· · · · · • · ♦ · · · · • · · « · ·····» • · · · · • · «·»·«·!> · · · ·

- 360 -

(ii)	TYP MOLEKULY:	DNA	(genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANISMUS:	Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:201:

AATTCCATGG TGGGGGCTAT G (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:202:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID N0:202:

ATGAATTCTC GATAGCCAAA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:203:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

4» ·4>

♦ • · 4 • 4

4 • 4

• · • 4 4 44 4»

361 (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:203:

AATTCCATGG TGCATAACTT CCATT 25 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:204:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:204:

AAGAATTCTC TAGCATCCAA ATGGA 25 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:205:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 24 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE • ·

• · · ► · · » ·· · ···

- 362 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...24 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:205:

ATTTCCATGG TCATGTCTCA TATT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:206:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:206:

ATGAATTCCA TCTTTTATTC CAC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:207:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 27 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori • ·

- 363 (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...27 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:207:

AACCATGGTG ATTTTAAGCA TTGAAAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:208:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 28 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 28 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:208: AAGAATTCCA CTCAAAATTT TTTAACAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:209:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID N0:209:

- 364 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:209:

GATCATCCAT ATGTTATCTT CTAAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:210:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:210:

TGAATTCAAC CATTTTAACC CTG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:211:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 27 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:211:

TATACCATGG TGAAATTTTT TCTTTTA • · ♦ ·

9 9

9

9 ·

99 9

- 365 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :212:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 25 páru bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:212:

AGAATTCAAT TGCGTCTTGT AAAAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:213:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 24 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 24 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:213:

TATACCATGG TGATGGACAA ACTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:214:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 23 párů bází » · • · · · » • · · · » • Λ' · · · « · · • · • · · · · ·

- 366 (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:214:

ATGAATTCCC ACTTGGGGCG ATA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:215:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID N0:215:

TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT 25 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:216:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová • · · · • ·

• · · · « · · « · · • ·

9 9 9

- 367 -

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:216:

TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:217:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
iii)	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANISMUS: Helicobacter
(ix)	ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:217:

TTAACCÁTGG TGAAAAGCGA TÁ (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:218:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 24 párů hází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE «· · · · · » ♦ · · · »

9 99 9 999 • 9 9

9999 9 9 9 9

- 368 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...687 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:218:

TAGAATTCGC CTCTAAAACT TTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:219:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:219: TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:220:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori • · ♦ · • · (f · · · · • · · · · · · ♦ · · · • » · · » · * · • ·· · ·····*·· • · · · · · · ··· ·· ··· ···· ·» ··

- 369 (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:220:

TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:221:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(ii)	TYP MOLEKULY:	DNA (genomická)
(iii).	HYPOTETICKÁ:	NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(Vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori
(ix)	ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:221:

ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:222:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ:	NÉ
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ:	NE
(vi)	PŮVODNÍ ZDROJ:
	(A) ORGANISMUS: Helicobacter
(ix)	ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 25

- 370 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:222:

ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:223:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1.. . 23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:223:

AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:224:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:224:

ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT • 4

4 4 4 4 4

4 · 4 4

4 444 444

4 4

4444 9 9 4 4

- 371 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:225:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 24 párů bází (B, TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...24 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:225:

GATACCATGG AATTTATGAA AAAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:226:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:226:

TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAČ (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:227:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

φφ φφ » φ φ φ » · φ · φφφ ·φ φ

372 (A) DÉLKA : 19 párů bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:227:

CCCTTCATTT TAGAAATCG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:228:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:228:

ATTTCAACCA ATTCAATGCG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:229:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová • 99 9

- 373 -

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:229:

GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:230:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:230:

TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:231:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE

99 ·· • 9 9 9 9 9

9 9 9 9

9 999 999

9 9

9999 99 99

- 374 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:231:

CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:232:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO::232:

ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:233:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

	(A) DÉLKA : 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová
(ii)	TYP MOLEKULY: DNA (genomická)
(iii)	HYPOTETICKÁ: NE
(iv)	NETEMPLÁTOVÁ: NE

(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

• · ·· · » · 99 9

- 375 (A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1:

ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:234:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍC: misc_feature (B) POLOHA 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :234:

CTTTGGGTAA AAACGCATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:235:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylor:

(ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍC: mise feature « · · · · · · • · · · · · · · • · · · · · • · · ······ • · 9 9

999 9999 9 9 9 9

- 376 (B) POLOHA 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:235:

CGATCTTTGA TCCTAATTCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:236:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 19 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:236:

ATCAAGTTGC CTATGCTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:237:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:237:

·· · • ·· ·

- 377 TTGAACACTT TTGATTATGC GG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:238:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) (iii) (iv) (vi) (ix) (xi)

TYP MOLEKULY: DNA (genomická)

HYPOTETICKÁ: NE

NETEMPLÁTOVÁ: NE

PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori

ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 23

POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:238:

GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:239:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:239:

GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:240:

• ···« ··«· • Φ φφ » φ ♦ · > φ φ · φφφ φφφ • · • Φ »φ

- 378 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:240:

AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:241:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID N0:241:

CTTATGGGGG TATTGTCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:242:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá *99 9

9»

9» 9 9' » · 9 ·

I 9 9 9

999 99

9

9 9 9

- 379 (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :242:

AGCATGTGGG TATCCAGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:243 :

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:243:

AGGTTGTTGC CTAAAGACT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:244:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 18 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) • · · · • · ·« 99 • · · 9 · ···· • · · 9 · ·

9 9 9 9 999999

9 9 9 9

9999999 9 9 9 9

- 380 -

(iii) HYPOTETICKÁ:	NE
(iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1. . . 18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:244:

CTGCCTCCAC CTTTGATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:245:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 19 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:245:

ACCAATATCA ATTGGCACT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:246:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D, TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE • » • · ·

- 381 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:246:

ACTTGGAAAA GCTCTGCA 18 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:247:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :247:

CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:248:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

• · · ·

- 382 (A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:248:

GTTGAAGTGT TGGTGCTA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:249:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:249:

CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:250:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D, TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS:

Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:250:

• 9 ·

- 383 TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:251:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 21 párů bází (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:2S1:

GCCCATAATC AAAAAGCCCA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:252:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...24 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:252:

CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:253:

» · · · » · · » ·· · ···

• « • · · * e · · · • · · « ·· · ··· • · • · · ·

- 384 (i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 16 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1... 16 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:253:

GTAAAACGAC GGCCAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:254:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 17 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...17 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:254:

CAGGAAACAG CTATGAC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:255:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina • · • · · · · · ♦ ···· • « · » β · · · • fl· fl ········ • flfl · · · · ··· ·* ··· ···· ·« ··

- 385 (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:255:

ATCTTACCTA TCACCTCAAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:256:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 21 párů hází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:256:

AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:257:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 50 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) • ·

- 386 -

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA I...50 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:257:

CGCGGATCCA TATGGCTGAA AAAACGCCTT TTTTTAAAAC TAAAAACCAC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:258:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 34 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...34 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:258:

CCGGAATTCA TCAGTATTCA ATGGGAATAA AGCC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:259:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 5 0 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE

99 • 9 9 · 9 • 9 9 9 9

999 999

9

387 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...50 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:259:

CGCGGATCCA TATGAAAGAA GAAGAAAAAG AAGAAAAAAA GACAGAAAGG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :260:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 3 7 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...37 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:260:

CCGGAATTCG CTTAAAAGAA AATAGTCCCC CAAACGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:261:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 43 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori ···· • · · * · · ·· · · a

- 388 (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...43 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:261:

CGCGGATCCA TATGAAAGAG GTCATTCCCA CCCCTTCAAC CCC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:262:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 36 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...36 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:262:

CCGGAATTCA TATAAATATC ATATAGGCAG AAAAAC (2) INFORMACE PRO SEQ ID N0:263:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 37 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...37

• · 9 · · 9 • · 9 · 9

9 999 999

9 9

9999 9 9 99

- 389 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:263:

CGCGGATCCA TATGGAGGCA GAGCTTGATG AAAAATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:264:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 36 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...36 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:264:

CCGGAATTCG ATTGATTTTG TCAAATCTAA AATCCC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:265:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 25 párů hází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:265:

TATTATACAT ATGGAAGAAG ATGGG

4 4

4

4 4 • 4 4

4

4 44

- 390 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:266:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 23 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:266:

TAATCTCGAG TTTAGAAGGC GTA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:267:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 25 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D, TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:267:

TTATATTCAT ATGGAAGACG ATGGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :268:.

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 24 párů bázi ··· ···

- 391 (Β) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...24 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :268:

AATTCTCGAG CCTCTTTATA AGCC 24 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:269:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 46 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...46 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:269:

CGCGGATCCA TATGGTAGAA GCCTTTCAAA AACACCAAAA AGACGG 4 6 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:270:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 32 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová • ·

• · · ·· · · ··

- 392 (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...32 (Xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID N0:270:

CCGGAATTCG GAGCCAATAG GGAGCTAAAG CC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:271:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 31 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...31 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:271:

CGGGATCCGA AGGTGATGGT GTTTATATAG G (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:272:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 32 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová (ii) TYP MOLEKULY: DNA (genomická) (iii) HYPOTETICKÁ: NE ·· ·· ·· • · · · · · « · · ···»* • ·· · · · ······ • · · · · · · ··· ·· ··«···· ·· ·· • ·· ·

- 393 (iv) NETEMPLÁTOVÁ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...32 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:272:

CGCATATGGA AGGTGATGGT GTTTATATAG GG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:273:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) DÉLKA : 37 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) POČET VLÁKEN: dvojitá (D) TOPOLOGIE: kruhová

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1...37 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:273:

GCGAATTCTC ACTCTTTCCA ATAGTTTGCT GCAGAGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:274:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori • · « ·<·»

999 9 «

• 9

9 9

9 99 ·· » Φ « f » 9 9 ·

Φ» · «Φ #

Φ Φ

ΦΦ ΦΦ

- 394 (ix) ZNAKY:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1.. . 37 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:274:

CCGGAATTCT TAATCCCGTT TCAAATGGTA ATAAAGG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:275:

(i) VLASTNOSTI SEKVENCE:

(A) JMÉNO/KLÍČ: misc_feature (B) POLOHA 1.. . 36 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID N0:275:

GCGAATTCCC TTTTATTTAA AAAGTGTAGT TATACC

Claims

PATENTOVÉ NÁROKY

JUDr. Pavel Zelený advokát

Hálkova 2,120 00 Praha 2

395

1. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori, který je alespoň na přibližně 60 % homologický sekvenci aminokyselin, zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 102, 108, 111, 121, 123, 125, 133, 139, 148, 149, 176 a 177.
2. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 1, obsahující nukleotidovou sekvenci zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 5, 11, 14, 26, 28, 36, 42, 51, 52 a 79 nebo její komplement.
3. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori, který je alespoň na přibližně 60 % homologický sekvenci aminokyselin, zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194
4. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori zvolený ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194.
5. Isolovaná nukleová kyselina, která kóduje polypeptid H. pylori, obsahující nukleotidovou sekvenci alespoň na přibližně 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1- SEQ ID NO: 97 nebo jejímu komplementu.
6. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 3, obsahující nukleotidovou sekvenci zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1.-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement

396 • · · · ·
7. Isolovaná nukleová kyselina molekula kódující polypeptid H. pylori, obsahující nukleotidovou sekvenci, která hybridizuje za stringentních hybridizačních podmínek s molekulou nukleové kyseliny, obsahující nukleotidovou sekvenci zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.
8. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci o délce alespoň 8 nukleotidů, která hybridizuje za stringentních hybridizačních podmínek s nukleovou kyselinou která má nukleotidovou sekvenci zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo její komplement.

9. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedená nukleotidová sekvence je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené

ze sou boru , za hrn uj íc ího SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO 34 , SE Q ID NO : 35 , SEQ I 3 N 0: e 0, SEQ I D N O: 69 a SEQ ID NO: 83 nebo ίθ: ímu komplem snt u.

397

10. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 9, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvencí alespoň na 60 % homologickou sekvenci SEQ ID NO: 63 nebo jejímu komplementu.
11. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 9, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment a je kódovaný nukleotidovou sekvencí alespoň na 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 38 a SEQ ID NO: 39 nebo jejímu komplementu.
12. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 11, kde uvedený polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, kódovaný nukleotidovou sekvencí alespoň na 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43 a SEQ ID NO: 44 nebo jejímu komplementu.
13. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 9, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleotidovou sekvencí alespoň na 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru,

398 • ·· · • · • · ··

zahrnujícího SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ

ID NO: 65 a SEQ ID NO: 66 nebo jejímu komplementu.
14. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 13, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum, nebo jeho fragment, kódovaný nukleotidovou sekvencí alespoň na 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ

ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 91 a SEQ ID NO: 94 nebo jej ímu komplementu.
15. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 14, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum a C-koncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment, kódovaný nukleotidovou sekvencí alespoň na 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42 a SEQ ID NO: 52 nebo jejímu komplementu.

9999

9 9

9 999 9<

399
16. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 166 a SEQ ID NO: 180.
17. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 16, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60% homologická se sekvencí SEQ ID NO: 160.
18. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 16, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60% homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ . ··· «··

400

ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135 a SEQ ID NO: 136.
19. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 18, kde uvedený polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140 a SEQ ID NO: 141.
20. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 16, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162 a SEQ ID NO: 163.
21. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 20, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum, nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická

9···

9 9 9 » 9 9 » 9 9

99 9

401 sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188 a SEQ ID NO: 191.
22. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 21, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum a C-koncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139 a SEQ ID NO: 149.
23. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedená nukleotidová sekvence je alespoň na 60% homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ ID NO: 92 a SEQ ID NO: 93 nebo jejímu komplementu.
24. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 23, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na mRNA translaci, kde uvedená nukleotidová sekvence je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené • · • ·· · • · · · • ··· ···

402 ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57 a SEQ ID NO: 58 nebo jejímu komplementu.
25. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 23, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav, přičemž uvedená nukleotidové sekvence je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 86 a SEQ ID NO: 87 nebo jejímu komplementu.
26. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahujíce sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 189 a, SEQ ID NO: 190.
27. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 26, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se mRNA translace, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154 a SEQ ID NO: 155.
28. Isolovaná nukleová kyselina podle nároku 26, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % ·· • ·· ·

403 • ···· • · · · • ··· ··· • · ·· ·· homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 183 a SEQ ID NO: 184.
29. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedená nukleotidové sekvence je alespoň na

60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NC : 3 , SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 90, SEQ ID NO: 95 a SEQ ID NO: 97 nebo jej ímu komplementu. 30 Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou

sekvenci kódující vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 192 a SEQ ID NO: 194.
31. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedená nukleotidové sekvence je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, • ·· ·· «·.

.· · · · ϊ ϊ ί • « · · · · • , « ·*· ♦·* • · · · ··«·«·· ·» ··

404

SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76 a SEQ ID NO: 96 nebo jejímu komplementu.
32. Isolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173 a SEQ ID NO: 193.
33. Isolovaná nukleová kyselina podle kteréhokoli z předcházejících nároků, kde nukleotidové sekvence obsažená nukleovou kyselinou je alespoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98%, nebo 99 % homologická zvolené homologická nukleotidové sekvenci nebo je identická se zvolenou nukleotidovou sekvencí.
34. Sonda obsahující nukleotidovou sekvenci sestávající z alespoň 8 nukleotidů nukleotidové sekvence zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo jejího komplementu.
35. Rekombinantní expresivní vektor obsahující nukleovou kyselinu podle kteréhokoli z nároků 1 až 33, kde nukleová kyselina obsahuje transkripční regulační element operativně • ·

405 vázaný k nukleotidové sekvenci obsažené v nukleové kyselině.
36. Buňka obsahující rekombinantní expresivní vektor podle nároku 35.
37. Způsob přípravy polypeptidu H. pylori vyznačující se tím, že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 36 za podmínek, které dovolují expresi polypeptidu.
38. Způsob podle nároku 37, vyznačující se tím, že dále zahrnuje purifikaci polypeptidu z buňky.
39. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny Helicobacter ve vzorku, vyznačující se tím, že zahrnuje:

(a) kontakt vzorku s nukleovou kyselinou podle kteréhokoli z nároků 1 až 34 tak že se může vytvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou Helicobacter ve vzorku; a (b) detekci hybridu vytvořeného v kroku (a), přičemž detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny Helicobacter ve vzorku.
40. Isolovaný polypeptid aminokyselin alespoň na sekvenci polypeptidu H. zahrnujícího SEQ ID NO: 102 139, 148, 149, 176 a 177.

H. pylori obsahující sekvenci přibližně 60 % homologickou pylori, zvolené ze souboru, , 108, 111, 121, 123, 125, 133,
41. Isolovaný polypeptid H. pylori, který je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci alespoň na přibližně 60 % homologickou nukleotidové • · » ·

406 «ι

4 4

4444 sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 5, 11, 14, 26, 28, 36, 42, 51·, 52 a 79.
42. Isolovaný polypeptid H. pylori aminokyselin alespoň na přibližně sekvenci polypeptidů H. pylori, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO:

obsahující sekvenci 60 % homologickou zvolené ze souboru, 194 .
43. Isolovaný polypeptid H. pylori, který je kódován nukleovou kyselinou, obsahující nukleotidovou sekvenci alespoň na přibližně 60 % homologickou nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97.
44. Isolovaný polypeptid H. pylori podle nároku 43, kde uvedený polypeptid je kódován nukleotidovou sekvencí zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1- SEQ ID NO: 97.
45. Isolovaný polypeptid H. pylori, který je kódován nukleovou kyselinou, která hybridizuje za stringentních hybridizačních podmínek s nukleovou kyselinou, zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 1-SEQ ID NO: 97 nebo s jejím komplementem.
46. Isolovaný polypeptid H. pylori obsahující sekvenci aminokyselin zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 97-SEQ ID NO: 194.
47. Isolovaný polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60% homologické ···· • · · « 9 9 9 9 9 « · * 9 9 9 9 ·ς· · 9 * ······ • · · · · 9 • · · 999 9999 9· 9 9

407 aminokyselinové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136, SEQ ID NO: 98, SEQ ID NO: 99, SEQ ID NO: 103, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: 132, SEQ ID NO: 157, SEQ ID NO: 166 a SEQ ID NO: 180.
48. Izolovaný polypeptid podle nároku 47, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori související s bičíkem nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci SEQ ID NO: 160.
49. Izolovaný polypeptid podle nároku 48, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment a obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60% homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 135, SEQ ID NO: 136,
50. Izolovaný polypeptid podle nároku 48, kde uvedený polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment je • · · 9 9 9 9

9 9 9 · · · · * • · · · · ♦ · » f · * · ·····»

9 · · · ·

9 9999999 »9 ··

408 polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 146, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 140 a SEQ ID NO: 141,
51. Izolovaný polypeptid podle nároku 48, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID NO: 158, SEQ ID NO: 176, SEQ ID NO: 177, SEQ ID NO: 181, SEQ ID NO: 182, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 191, SEQ ID NO: 102, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 162 a SEQ ID NO: 163.
52. Izolovaný polypeptid podle nároku 51, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum, nebo jeho fragment, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 104, SEQ ID NO: 105, SEQ ID NO: 106, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 110, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 148, SEQ ID

409 ··· · φ φφ >»» ·» • φ··· φφφφ • φ φφφφφ φ · φ φ φ φφφ φφφ « φ φ « φ φ φφ φφφφφφφ φφ φφ

ΝΟ: 149, SEQ ID ΝΟ: 158, SEQ ID ΝΟ: 176, SEQ ID ΝΟ: 177, SEQ ID ΝΟ: 181, SEQ ID ΝΟ: 182, SEQ ID ΝΟ: 188 a SEQ ID NO: 191.
53. Izolovaný polypeptid podle nároku 52, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncový fenylalaninový zbytek a C-koncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň 60% homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 133, SEQ ID NO: 139 a SEQ ID NO: 149.

54. Isolovaný polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60% homologická s nukleotidovou sekvencí zvolenou ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO:

7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: s, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO:

69, a SEQ ID NO: 83.

kde uvedený fragment je nebo jeho obsahuj ící na 60 %

410 • » · · » « · · » · · ·

9 · · · · · • · • · 9 *

55. Izolovaný polypeptid podle nároku 54, polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho polypeptid H. pylori související- s bičíkem fragment, kódovaný nukleovou kyselinou nukleotidovou sekvenci, která je alespoň homologická sekvencí SEQ ID NO: 63.
56. Izolovaný polypeptid podle nároku 54, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39.
57. Izolovaný polypeptid podle nároku 56, kde uvedený polypeptid vnitřní membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, podílející se na transportu, kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 43 a SEQ ID NO: 44.
58. Izolovaný polypeptid podle nároku 54, kde uvedený polypeptid buněčného obalu H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové fl

411 • · fl fl • ·

sekvenci, zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 79, SEQ ID NO: 80, SEQ ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 91, SEQ ID NO: 94, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 65 a SEQ ID NO:

66.
59. Izolovaný polypeptid podle nároku 58, kde uvedený polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na
60 %

homologická nukleotidové zahrnujícího SEQ ID NO: 7, ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, ID NO: 24, SEQ ID NO: 26, ID NO: 36, SEQ ID NO: 42, ID NO: 52, SEQ ID NO: 61, ID NO: 84, SEQ ID NO: 85, sekvenci SEQ ID NO SEQ ID NO: SEQ ID NO: SEQ ID NO: SEQ ID NO: SEQ ID NO: zvolené : 8, SEQ 14, SEQ 27, SEQ 50, SEQ 79, SEQ 91 a SEQ ze ID NO ID NO: ID NO: ID NO: ID NO: ID NO souboru, : 9, SEQ 23, SEQ 28, SEQ 51, SEQ 80, SEQ : 94. 60. Izolovaný polypeptid podle nároku 59, kde uvedený

polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori, který má koncové fenylalaninové residuum a C-koncový tyrosinový shluk, nebo jeho fragment, kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 42 a SEQ ID NO: 52.

• c ·· «Φ φ φ ' φ φ φ ♦ φ φ φ φ · φ · φφφ φφφ φ φ φ φφφφφ »φ φφ

412
61. Isolovaný polypeptid cytoplasmy Η. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154, SEQ ID NO: 155, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 186, SEQ ID NO: 189 a SEQ ID NO: 190.
62. Izolovaný polypeptid podle nároku 61, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se mRNA translace, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 154 a SEQ ID NO: 155.

polypeptid replikace
63. Izolovaný polypeptid podle nároku 61, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se genomu, transkripce, rekombinace a oprav, obsahující sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 183 a SEQ ID NO: 184.
64. Isolovaný polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené

ze souboru, zahrnuj ícího SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88, SEQ ID NO: 89, SEQ

ID NO: 92 a SEQ ID NO: 93.

• · · · · · • ♦ 9 * « · • · · · ·

9 9 99· 99 9

9 9 9

9 99 99 9 9 9 9 • 9 · ··

413
65. Izolovaný polypeptid podle nároku 64, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, který se účastní mRNA translace, kde uvedený polypeptid je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 57 a SEQ ID NO: 58.
66. Izolovaný polypeptid podle nároku 64, kde uvedený polypeptid cytoplasmy H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, účastnící se replikace genomu, transkripce, rekombinace a oprav, přičemž uvedený polypeptid je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 86 a SEQ ID NO: 87.
67. Isolovaný buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 113, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 134, SEQ ID NO: 137, SEQ ID NO: 138, SEQ ID NO: 144, SEQ ID NO: 151, SEQ ID NO: 152, SEQ ID NO: 153, SEQ ID NO: 156, SEQ ID NO: 159, SEQ ID NO: 165, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 170, SEQ ID NO: 171, SEQ ID NO: 172, SEQ ID NO: 173 a SEQ ID NO: 193.
68. Isolovaný buněčný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin kódované nukleovou kyselinou, zvolenou ze

9 99 9

414 • 9 9 9

9 9 9 9

999 999

souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76 a SEQ ID NO : 96 _e
69. Isolovaný vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 100, SEQ ID NO: 101, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 109, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 142, SEQ ID NO: 143, SEQ ID NO: 150, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 167, SEQ ID NO: 174, SEQ ID NO: 175, SEQ ID NO: 178, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 192 a SEQ ID NO: 194.
70. Izolovaný vylučovaný polypeptid H. pylori nebo jeho fragment, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin kódované nukleovou kyselinou, zvolenou ze

souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 25, SEQ NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ NO: 53, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 70, SEQ NO: 77, SEQ ID NO: 78, SEQ ID NO: 81, SEQ ID NO: 82, SEQ NO: 90, SEQ ID NO: 95 a SEQ ID NO : 97

ID

ID

ID

ID

ID
71. Izolovaný polypeptid podle kteréhokoli z nároků 40 až 70, kde uvedená aminokyselinová sekvence obsažená izolovaným polypeptidem je alespoň na 70%, 80%, 90%, 95%,

4 4 4 4 4 4 4

44« 4 4 44 4

4 4 4 4 4 4

4 4 4 444444 • 4 4 4

44444·4 ·4 44 • 44 4

415

98% nebo 99% homologická zvolené aminokyselinové sekvenci nebo identická se zvolenou aminokyselinovou sekvencí.
72. Fúzovaný protein zahrnující polypeptid H. pylori, který obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 98-SEQ ID NO: 194, operativně vázaný na polypeptid, který nepochází od H. pylori.
73. Vakcinový přípravek pro profylaxi nebo terapii infekce H. pylori, obsahující účinné množství alespoň jedné isolované nukleové kyseliny podle kteréhokoli z nároků 1 až 33.
74. Vakcinový přípravek pro profylaxi nebo terapii infekce H. pylori, obsahující účinné množství alespoň jedné isolované nukleové kyseliny kódující polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická nukleotidové sekvenci zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 42 a SEQ ID NO: 79.
75. Vakcinový přípravek podle nároku 74, kde uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci SEQ ID NO: 52.
76. Vakcinový přípravek podle nároku 74 nebo 75, kde nukleotidová sekvence obsažená nukleovou kyselinou je alespoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologická

416 • ·· ·· ·· • · e · · ♦ · · • · · 4 9 · • · · ······ • · · · ··· ♦··· ·· ·· zvolené homologická nukleotidové sekvenci nebo je identická se zvolenou nukleotidovou sekvencí.
77. Vakcinový přípravek podle kteréhokoli z nároků 73 až 76, obsahující oslabené živé viry nebo bakterie, vytvořené metodami genového inženýrství nebo rekombinantní částice virového typu.
78. Vakcinový přípravek pro profylaxi nebo terapii infekce H. pylori, obsahující účinné množství alespoň jednoho polypeptidu H. pylori nebo jeho fragmentu podle kteréhokoli z nároků 40 až 70.
79. Vakcinový přípravek pro profylaxi nebo terapii infekce H. pylori, obsahující účinné množství alespoň jednoho polypeptid vnější membrány H. pylori nebo jeho fragmentu, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin zvolené ze souboru, zahrnujícího SEQ ID NO: 125, SEQ ID NO: 147, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 108, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 139 a SEQ ID NO: 176.
80. Vakcinový přípravek podle nároku 79, kde uvedený polypeptid obsahuje sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci SEQ ID NO: 149.
81. Vakcinový přípravek podle nároku 79 nebo 80, kde uvedená aminokyselinová sekvence obsažená izolovaným polypeptidem je alespoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologická zvolené aminokyselinové sekvenci nebo je identická se zvolenou aminokyselinovou sekvencí.

• 9· · ·· ·· *· ·· · · · · · 9 9 9 9

9 9 9 9 9 9 9 9
82. Vakcinový přípravek podle kteréhokoli z nároků 79 až

81, obsahující látku, zvolenou ze souboru, zahrnujícího cholerový toxin, netoxický derivát cholerového toxinu, procholeragenoid, fungální polysacharid, muramylový dipeptid, derivát muramylového dipeptidu, forbol ester, labilní toxin E. coli, bakteriální lyzát, který nepochází od H. pylori, blokový polymer, saponin, biodegradovatelné mikrokapsle, ISCOM, kochleáty, liposomy, oslabené živé viry nebo bakterie, vytvořené metodami genového inženýrství nebo rekombinantní částice virového typu.
83. Vakcinový přípravek podle kteréhokoli z nároků 73 až

82, dále obsahující farmaceuticky přijatelný nosič.
84. Vakcinový přípravek podle nároku 83, kde farmaceuticky přijatelný nosič zahrnuje adjuvans.
85. Vakcinový přípravek podle nároku 83 nebo 84, kde farmaceuticky přijatelný nosič zahrnuje podávači systém.
86. Vakcinový přípravek podle nároku 85, kde podávači systém zahrnuje živý vektor.
87. Vakcinový přípravek podle nároku 86, kde živý vektor je bakterie nebo virus.
88. Způsob léčení nebo snížení rizika infekce H. pylori u subjektu, vyznačující se tím, že zahrnuje podávání vakcinového přípravku podle kteréhokoli z nároků 73 až 87 subjektu tak, že dochází k léčení nebo snížení rizika infekce H. pylori.

418
89. Způsob výroby vakcinového přípravku vyznačující se tím, že zahrnuje: kombinaci alespoň jednoho isolovaného polypeptidů H. pylori podle nároku 42 s farmaceuticky přijatelným nosičem pro vytvoření vakcinového přípravku.
90. Způsob výroby vakcinového přípravku vyznačující se tím, že zahrnuje:

(a) kultivaci buněk za podmínek, které umožňují expresi polypeptidů H. pylori podle nároku 42;

(b) izolaci uvedeného polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu z uvedené buňky; a (c) kombinaci alespoň jednoho uvedeného isolovaného polypeptidů H. pylori nebo jeho fragmentu s farmaceuticky přijatelným nosičem pro vytvoření vakcinového přípravku.
91. Chimerní polypeptid H. pylori zahrnující aminokyselinové sekvence alespoň dvou polypeptidů H. pylori nebo jejich fragmentů, kde každý z uvedených polypeptidů je kódován nukleotidovou sekvencí definovanou v nároku 5.
92. Chimerní polypeptid H. pylori, zahrnující alespoň dva polypeptidy H. pylori nebo jejich fragmenty, kde každý z polypeptidů je polypeptid podle nároku 42.
93. Použití isolované nukleové kyselina podle kteréhokoli z nároků 1 až 33 pro výrobu vakcinové kompozice pro léčení infekce H. pylori u subjektu.

• ·

419
94. Použití purifikovaného polypeptidu podle kteréhokoli z nároků 40 až 71 pro výrobu vakcinové kompozice pro léčení infekce H. pylori u subjektu.
95. Použití podle nároku 93 nebo 94, kde léčení je profylaktické ošetření.
96. Použití podle nároku 93 nebo 94, kde léčení je terapeutické ošetření.
97. Test látky zahrnující krok uvedení testované sloučeniny do kontaktu s purifikovaným polypeptidem, obsahujícím sekvenci aminokyselin, která je alespoň na 60 % homologická sekvenci aminokyselin, která se nachází v seznamu sekvencí.
98. Test podle nároku 97, zahrnující určení, zda testovaná sloučenina se váže k uvedené aminokyselinové sekvenci purifikovaného polypeptidu.
99. Test podle nároku 97 až 98, zahrnující určení, zda testovaná sloučenina mění vazebnou afinitu uvedené aminokyselinové sekvence purifikovaného polypeptidu k jeho ligandu.
100. Test podle nároku 99, ve kterém je určena schopnost testované sloučeniny inhibovat vazebnou schopnost uvedené aminokyselinové sekvence k ligandu.
101. Test podle nároku 97 až 98, ve kterém polypeptid má enzymatickou aktivitu a test zahrnuje určení, zda testovaná sloučenina mění enzymatickou aktivitu.

• ···· 4 44 44 44 ·· · 4 4 4 4 4444

4 4 9 9999· .4 44 4 44 444 444

4 4 4 4 4 4 4 • 44 44 444 4444 44 44
102. Test podle nároku 101, ve kterém enzymatická aktivita produkuje detekovatelný reakční produkt s danými absorpčními, fluorescenčními nebo chemiluminescenčními vlastnostmi.
103. Test podle kteréhokoli z nároků 97 až 102, kde test je nebuněčný test.
104. Test podle kteréhokoli z nároků 97 až 103, kde aminokyselinová sekvence obsažená purifikovaným polypeptidem je alespoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologická sekvenci aminokyselin, která se nachází v seznamu sekvencí nebo je identická se sekvencí aminokyselin, která se nachází v seznamu sekvencí.
105. Test látky zahrnující krok uvedení testované sloučeniny do kontaktu s isolovanou nukleovou kyselinou, obsahující nukleotidovou sekvenci, která je alespoň na 60 % homologická s nukleotidovou sekvenci, která se nachází v seznamu sekvencí.
106. Test podle nároku 105, zahrnující určení, zda sloučenina se váže s uvedenou nukleotidovou sekvencí nukleové kyseliny nebo vzájemně reaguje s uvedenou nukleotidovou sekvencí nukleové kyseliny.
107. Test podle nároku 105, kde test je in vitro test.
108. Test podle kteréhokoli z nároků 105 až 107, kde nukleotidové sekvence obsažená nukleovou kyselinou je alespoň na 70%, 80%, 90%, 95%, 95% nebo 99% homologická

421

44 44 44

4 4444 4444

4 4 4 4 4 ·· •4 4 4 4 444444 • 4 4 4 4

44 44444*4 44 ·· nukleotidové sekvenci, která se nachází v seznamu sekvencí nebo je identická s nukleotidovou sekvencí, která se nachází v seznamu sekvencí.