CZ297698A3 - Sekvence nukleové kyseliny a aminokyselinové sekvence vztahující se k Helicobacter pylori a její vakcinační kompozice - Google Patents
Sekvence nukleové kyseliny a aminokyselinové sekvence vztahující se k Helicobacter pylori a její vakcinační kompozice Download PDFInfo
- Publication number
- CZ297698A3 CZ297698A3 CZ982976A CZ297698A CZ297698A3 CZ 297698 A3 CZ297698 A3 CZ 297698A3 CZ 982976 A CZ982976 A CZ 982976A CZ 297698 A CZ297698 A CZ 297698A CZ 297698 A3 CZ297698 A3 CZ 297698A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- seq
- pylori
- nucleic acid
- polypeptide
- fragment
- Prior art date
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 213
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 212
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 212
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 65
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 title claims description 54
- 238000002255 vaccination Methods 0.000 title claims description 44
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 456
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 402
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 366
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims abstract description 21
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 179
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 166
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 143
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 140
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 94
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 75
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 73
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 64
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 63
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 59
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 44
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 30
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims description 28
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 claims description 22
- 241000589989 Helicobacter Species 0.000 claims description 20
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 claims description 19
- 230000035897 transcription Effects 0.000 claims description 16
- 238000013518 transcription Methods 0.000 claims description 16
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 claims description 14
- 238000003259 recombinant expression Methods 0.000 claims description 14
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 13
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 claims description 13
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 12
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N phenylalanine group Chemical group N[C@@H](CC1=CC=CC=C1)C(=O)O COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 claims description 12
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims description 11
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 claims description 10
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 9
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 claims description 7
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 7
- 125000001493 tyrosinyl group Chemical group [H]OC1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims description 7
- 230000037356 lipid metabolism Effects 0.000 claims description 5
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 claims 10
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 abstract description 35
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 388
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 230
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 225
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 149
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 88
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 77
- 239000000047 product Substances 0.000 description 73
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 66
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 64
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 59
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 59
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 56
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 56
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 54
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 54
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 53
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 48
- 241001416181 Axis axis Species 0.000 description 43
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 39
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 39
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 39
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 38
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 37
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 37
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 36
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 36
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 35
- 108700016167 Glutamate racemases Proteins 0.000 description 33
- -1 polypeptides Chemical class 0.000 description 31
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 30
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 29
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 28
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 28
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 28
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 28
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 28
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 28
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 27
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 25
- YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N phenylmethanesulfonyl fluoride Chemical compound FS(=O)(=O)CC1=CC=CC=C1 YBYRMVIVWMBXKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 23
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 23
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 22
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 22
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 22
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 22
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 22
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 22
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 21
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 20
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 20
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 20
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 20
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 20
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 20
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 19
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 19
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 19
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 19
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 19
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 17
- WHUUTDBJXJRKMK-GSVOUGTGSA-N D-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 16
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 16
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 16
- 230000006870 function Effects 0.000 description 16
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 16
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 16
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 15
- 108020005038 Terminator Codon Proteins 0.000 description 15
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 15
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 15
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 14
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 14
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 14
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 101710116435 Outer membrane protein Proteins 0.000 description 13
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 13
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 13
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 13
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 13
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 13
- 101150077981 groEL gene Proteins 0.000 description 13
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 13
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 13
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 13
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 12
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 12
- 108010020062 Peptidylprolyl Isomerase Proteins 0.000 description 12
- 102000009658 Peptidylprolyl Isomerase Human genes 0.000 description 12
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 12
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 12
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 12
- 241000894007 species Species 0.000 description 12
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 12
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 12
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 11
- FFEARJCKVFRZRR-SCSAIBSYSA-N D-methionine Chemical compound CSCC[C@@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 11
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 11
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 10
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 10
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 10
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 10
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 10
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 10
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 10
- 230000008859 change Effects 0.000 description 10
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 10
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 10
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 10
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 10
- 101150010516 ppi gene Proteins 0.000 description 10
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 10
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 10
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 10
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 9
- 229930195714 L-glutamate Natural products 0.000 description 9
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 9
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 9
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 9
- 239000013613 expression plasmid Substances 0.000 description 9
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 9
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 9
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 9
- 101150105899 ppiB gene Proteins 0.000 description 9
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 9
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 9
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 9
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 9
- NKDFYOWSKOHCCO-YPVLXUMRSA-N 20-hydroxyecdysone Chemical compound C1[C@@H](O)[C@@H](O)C[C@]2(C)[C@@H](CC[C@@]3([C@@H]([C@@](C)(O)[C@H](O)CCC(C)(O)C)CC[C@]33O)C)C3=CC(=O)[C@@H]21 NKDFYOWSKOHCCO-YPVLXUMRSA-N 0.000 description 8
- 229930182847 D-glutamic acid Natural products 0.000 description 8
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 8
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 8
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 8
- BAWFJGJZGIEFAR-NNYOXOHSSA-O NAD(+) Chemical compound NC(=O)C1=CC=C[N+]([C@H]2[C@@H]([C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]3[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O3)N3C4=NC=NC(N)=C4N=C3)O)O2)O)=C1 BAWFJGJZGIEFAR-NNYOXOHSSA-O 0.000 description 8
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 8
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 8
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 8
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 8
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 8
- 229940009976 deoxycholate Drugs 0.000 description 8
- KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N deoxycholic acid Chemical compound C([C@H]1CC2)[C@H](O)CC[C@]1(C)[C@@H]1[C@@H]2[C@@H]2CC[C@H]([C@@H](CCC(O)=O)C)[C@@]2(C)[C@@H](O)C1 KXGVEGMKQFWNSR-LLQZFEROSA-N 0.000 description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 8
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 8
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 8
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 8
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 8
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 8
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 8
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- IEQAICDLOKRSRL-UHFFFAOYSA-N 2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-(2-dodecoxyethoxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanol Chemical compound CCCCCCCCCCCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCO IEQAICDLOKRSRL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 241000589562 Brucella Species 0.000 description 7
- 241001674326 Helicobacter pylori J99 Species 0.000 description 7
- 102100034349 Integrase Human genes 0.000 description 7
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 7
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 7
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 7
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 description 7
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 7
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 7
- 238000011161 development Methods 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 7
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 7
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 7
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 7
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 7
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 7
- 238000005382 thermal cycling Methods 0.000 description 7
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 6
- 102000009016 Cholera Toxin Human genes 0.000 description 6
- 108010049048 Cholera Toxin Proteins 0.000 description 6
- 101710091045 Envelope protein Proteins 0.000 description 6
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 6
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 6
- 239000006142 Luria-Bertani Agar Substances 0.000 description 6
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 6
- 101710188315 Protein X Proteins 0.000 description 6
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 6
- 239000012298 atmosphere Substances 0.000 description 6
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 6
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 6
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 6
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 6
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 6
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 6
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 6
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 6
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 6
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 6
- 229930027945 nicotinamide-adenine dinucleotide Natural products 0.000 description 6
- BOPGDPNILDQYTO-NNYOXOHSSA-N nicotinamide-adenine dinucleotide Chemical compound C1=CCC(C(=O)N)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O2)N2C3=NC=NC(N)=C3N=C2)O)O1 BOPGDPNILDQYTO-NNYOXOHSSA-N 0.000 description 6
- 210000002729 polyribosome Anatomy 0.000 description 6
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 6
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 6
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 6
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 6
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 6
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 5
- AGPKZVBTJJNPAG-RFZPGFLSSA-N D-Isoleucine Chemical compound CC[C@@H](C)[C@@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-RFZPGFLSSA-N 0.000 description 5
- ROHFNLRQFUQHCH-RXMQYKEDSA-N D-leucine Chemical compound CC(C)C[C@@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-RXMQYKEDSA-N 0.000 description 5
- 238000012270 DNA recombination Methods 0.000 description 5
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 5
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 5
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 5
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 5
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 5
- 102000016943 Muramidase Human genes 0.000 description 5
- 108010014251 Muramidase Proteins 0.000 description 5
- 108010062010 N-Acetylmuramoyl-L-alanine Amidase Proteins 0.000 description 5
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 5
- 108010001267 Protein Subunits Proteins 0.000 description 5
- 102000002067 Protein Subunits Human genes 0.000 description 5
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 108700019146 Transgenes Proteins 0.000 description 5
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 5
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 5
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 5
- DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N ethylene glycol bis(2-aminoethyl)tetraacetic acid Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCOCCOCCN(CC(O)=O)CC(O)=O DEFVIWRASFVYLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 5
- 229960002989 glutamic acid Drugs 0.000 description 5
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 5
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 5
- OOYGSFOGFJDDHP-KMCOLRRFSA-N kanamycin A sulfate Chemical compound OS(O)(=O)=O.O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N OOYGSFOGFJDDHP-KMCOLRRFSA-N 0.000 description 5
- 229960002064 kanamycin sulfate Drugs 0.000 description 5
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 5
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 5
- 235000010335 lysozyme Nutrition 0.000 description 5
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 5
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 5
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 5
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 5
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 5
- 125000006853 reporter group Chemical group 0.000 description 5
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 5
- 239000012137 tryptone Substances 0.000 description 5
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 5
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 5
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 5
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- DCXYFEDJOCDNAF-UWTATZPHSA-N D-Asparagine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UWTATZPHSA-N 0.000 description 4
- CKLJMWTZIZZHCS-UHFFFAOYSA-N D-OH-Asp Natural products OC(=O)C(N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- CKLJMWTZIZZHCS-UWTATZPHSA-N D-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-UWTATZPHSA-N 0.000 description 4
- AYFVYJQAPQTCCC-STHAYSLISA-N D-threonine Chemical compound C[C@H](O)[C@@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-STHAYSLISA-N 0.000 description 4
- KZSNJWFQEVHDMF-SCSAIBSYSA-N D-valine Chemical compound CC(C)[C@@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 4
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 4
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 4
- 241000724791 Filamentous phage Species 0.000 description 4
- 244000068988 Glycine max Species 0.000 description 4
- 235000010469 Glycine max Nutrition 0.000 description 4
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 4
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 4
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 4
- LFZGUGJDVUUGLK-REOHCLBHSA-N L-serine O-sulfate Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)COS(O)(=O)=O LFZGUGJDVUUGLK-REOHCLBHSA-N 0.000 description 4
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 4
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 4
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 4
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 4
- 230000006052 T cell proliferation Effects 0.000 description 4
- 108010046334 Urease Proteins 0.000 description 4
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 4
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 4
- 238000012867 alanine scanning Methods 0.000 description 4
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 4
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 4
- 239000006161 blood agar Substances 0.000 description 4
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 4
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 4
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 4
- 238000013461 design Methods 0.000 description 4
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 4
- 230000008029 eradication Effects 0.000 description 4
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 4
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 4
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 4
- JORABGDXCIBAFL-UHFFFAOYSA-M iodonitrotetrazolium chloride Chemical compound [Cl-].C1=CC([N+](=O)[O-])=CC=C1N1[N+](C=2C=CC(I)=CC=2)=NC(C=2C=CC=CC=2)=N1 JORABGDXCIBAFL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 4
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 4
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 4
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 4
- 230000037230 mobility Effects 0.000 description 4
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 description 4
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 4
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 4
- 235000019419 proteases Nutrition 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 4
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 4
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 4
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 4
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 4
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 4
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 102100038222 60 kDa heat shock protein, mitochondrial Human genes 0.000 description 3
- 108010039627 Aprotinin Proteins 0.000 description 3
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 3
- 102100035882 Catalase Human genes 0.000 description 3
- 108010053835 Catalase Proteins 0.000 description 3
- 108010058432 Chaperonin 60 Proteins 0.000 description 3
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 3
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 3
- 229930195713 D-glutamate Natural products 0.000 description 3
- ZDXPYRJPNDTMRX-GSVOUGTGSA-N D-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 3
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 3
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 3
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 3
- 102000000588 Interleukin-2 Human genes 0.000 description 3
- 108010002350 Interleukin-2 Proteins 0.000 description 3
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- 235000019687 Lamb Nutrition 0.000 description 3
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- GDBQQVLCIARPGH-UHFFFAOYSA-N Leupeptin Natural products CC(C)CC(NC(C)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(C=O)CCCN=C(N)N GDBQQVLCIARPGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N N-Lauroylsarcosine Chemical compound CCCCCCCCCCCC(=O)N(C)CC(O)=O BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 3
- 239000002033 PVDF binder Substances 0.000 description 3
- 101000697856 Rattus norvegicus Bile acid-CoA:amino acid N-acyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 3
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 3
- 101710162629 Trypsin inhibitor Proteins 0.000 description 3
- 229940122618 Trypsin inhibitor Drugs 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 3
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 3
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 3
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 3
- 229960004405 aprotinin Drugs 0.000 description 3
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 3
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 239000013599 cloning vector Substances 0.000 description 3
- 238000002742 combinatorial mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 3
- 239000000287 crude extract Substances 0.000 description 3
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N ethyl mercaptane Natural products CCS DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 3
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 3
- 238000012203 high throughput assay Methods 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 3
- ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N iniprol Chemical compound C([C@H]1C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@H]2CSSC[C@H]3C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@H](C(N[C@H](C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC=4C=CC(O)=CC=4)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](CC=4C=CC=CC=4)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC(=O)[C@H](CCCCN)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](CCCNC(N)=N)NC2=O)C(=O)N[C@@H](CCSC)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CSSC[C@H](NC(=O)[C@H](CC=2C=CC=CC=2)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H]2N(CCC2)C(=O)[C@@H](N)CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)NCC(=O)N2[C@@H](CCC2)C(=O)N3)C(=O)NCC(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CC=2C=CC=CC=2)C(=O)N[C@H](C(=O)N1)C(C)C)[C@@H](C)O)[C@@H](C)CC)=O)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 ZPNFWUPYTFPOJU-LPYSRVMUSA-N 0.000 description 3
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 3
- 235000005772 leucine Nutrition 0.000 description 3
- 108010052968 leupeptin Proteins 0.000 description 3
- GDBQQVLCIARPGH-ULQDDVLXSA-N leupeptin Chemical compound CC(C)C[C@H](NC(C)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C=O)CCCN=C(N)N GDBQQVLCIARPGH-ULQDDVLXSA-N 0.000 description 3
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 3
- 101150033242 lpxC gene Proteins 0.000 description 3
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 3
- 239000003094 microcapsule Substances 0.000 description 3
- YFCUZWYIPBUQBD-ZOWNYOTGSA-N n-[(3s)-7-amino-1-chloro-2-oxoheptan-3-yl]-4-methylbenzenesulfonamide;hydron;chloride Chemical compound Cl.CC1=CC=C(S(=O)(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)CCl)C=C1 YFCUZWYIPBUQBD-ZOWNYOTGSA-N 0.000 description 3
- 230000003472 neutralizing effect Effects 0.000 description 3
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 3
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 3
- 108010091212 pepstatin Proteins 0.000 description 3
- 229950000964 pepstatin Drugs 0.000 description 3
- FAXGPCHRFPCXOO-LXTPJMTPSA-N pepstatin A Chemical compound OC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)C[C@H](O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)CC(C)C FAXGPCHRFPCXOO-LXTPJMTPSA-N 0.000 description 3
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 3
- 229920002981 polyvinylidene fluoride Polymers 0.000 description 3
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 3
- 238000001742 protein purification Methods 0.000 description 3
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 3
- 238000002708 random mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 3
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 3
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 235000004400 serine Nutrition 0.000 description 3
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 description 3
- 235000008521 threonine Nutrition 0.000 description 3
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 3
- 230000001131 transforming effect Effects 0.000 description 3
- 239000003656 tris buffered saline Substances 0.000 description 3
- 239000002753 trypsin inhibitor Substances 0.000 description 3
- 238000003160 two-hybrid assay Methods 0.000 description 3
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 3
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 3
- SMWADGDVGCZIGK-AXDSSHIGSA-N (2s)-5-phenylpyrrolidine-2-carboxylic acid Chemical compound N1[C@H](C(=O)O)CCC1C1=CC=CC=C1 SMWADGDVGCZIGK-AXDSSHIGSA-N 0.000 description 2
- 102100024341 10 kDa heat shock protein, mitochondrial Human genes 0.000 description 2
- KPGXRSRHYNQIFN-UHFFFAOYSA-N 2-oxoglutaric acid Chemical compound OC(=O)CCC(=O)C(O)=O KPGXRSRHYNQIFN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LKDMKWNDBAVNQZ-WJNSRDFLSA-N 4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[(2s)-2-[[(2s)-1-(4-nitroanilino)-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC(=O)CCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)N[C@H](C(=O)NC=1C=CC(=CC=1)[N+]([O-])=O)CC1=CC=CC=C1 LKDMKWNDBAVNQZ-WJNSRDFLSA-N 0.000 description 2
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 2
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 2
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150029029 CAVIN4 gene Proteins 0.000 description 2
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 2
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 108010059013 Chaperonin 10 Proteins 0.000 description 2
- 101710094648 Coat protein Proteins 0.000 description 2
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 2
- XUJNEKJLAYXESH-UWTATZPHSA-N D-Cysteine Chemical compound SC[C@@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UWTATZPHSA-N 0.000 description 2
- AHLPHDHHMVZTML-SCSAIBSYSA-N D-Ornithine Chemical compound NCCC[C@@H](N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-SCSAIBSYSA-N D-Proline Chemical compound OC(=O)[C@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N D-Serine Chemical compound OC[C@@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UWTATZPHSA-N 0.000 description 2
- QNAYBMKLOCPYGJ-UWTATZPHSA-N D-alanine Chemical compound C[C@@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-UWTATZPHSA-N 0.000 description 2
- QNAYBMKLOCPYGJ-UHFFFAOYSA-N D-alpha-Ala Natural products CC([NH3+])C([O-])=O QNAYBMKLOCPYGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-SCSAIBSYSA-N D-arginine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-SCSAIBSYSA-N 0.000 description 2
- 125000002437 D-histidyl group Chemical group N[C@@H](C(=O)*)CC=1N=CNC1 0.000 description 2
- KDXKERNSBIXSRK-RXMQYKEDSA-N D-lysine Chemical compound NCCCC[C@@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-RXMQYKEDSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-MRVPVSSYSA-N D-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-MRVPVSSYSA-N 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 2
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 2
- 102000007260 Deoxyribonuclease I Human genes 0.000 description 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 description 2
- 241001198387 Escherichia coli BL21(DE3) Species 0.000 description 2
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 2
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 2
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 description 2
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 2
- 102100021181 Golgi phosphoprotein 3 Human genes 0.000 description 2
- WTDRDQBEARUVNC-LURJTMIESA-N L-DOPA Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C(O)=C1 WTDRDQBEARUVNC-LURJTMIESA-N 0.000 description 2
- WTDRDQBEARUVNC-UHFFFAOYSA-N L-Dopa Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C(O)=C1 WTDRDQBEARUVNC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-N L-arginine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCCN=C(N)N ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- YQAIUOWPSUOINN-IUCAKERBSA-N Lys-Val Chemical compound CC(C)[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CCCCN YQAIUOWPSUOINN-IUCAKERBSA-N 0.000 description 2
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 2
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 239000012901 Milli-Q water Substances 0.000 description 2
- 102000005431 Molecular Chaperones Human genes 0.000 description 2
- 108010006519 Molecular Chaperones Proteins 0.000 description 2
- 241000202946 Mycoplasma pulmonis Species 0.000 description 2
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 2
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 2
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 2
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 2
- 101710083689 Probable capsid protein Proteins 0.000 description 2
- 108090001066 Racemases and epimerases Proteins 0.000 description 2
- 102000004879 Racemases and epimerases Human genes 0.000 description 2
- 101800001440 Rimorphin Proteins 0.000 description 2
- 108091006503 SLC26A1 Proteins 0.000 description 2
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 230000024932 T cell mediated immunity Effects 0.000 description 2
- 239000006180 TBST buffer Substances 0.000 description 2
- 102000018679 Tacrolimus Binding Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010027179 Tacrolimus Binding Proteins Proteins 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 2
- 102000002932 Thiolase Human genes 0.000 description 2
- 108060008225 Thiolase Proteins 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 2
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 2
- 208000025865 Ulcer Diseases 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 2
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 2
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 2
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 2
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 2
- 230000007815 allergy Effects 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 2
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 2
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- UCMIRNVEIXFBKS-UHFFFAOYSA-N beta-alanine Chemical compound NCCC(O)=O UCMIRNVEIXFBKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 2
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 2
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 2
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 2
- 238000012219 cassette mutagenesis Methods 0.000 description 2
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 2
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 2
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 239000013522 chelant Substances 0.000 description 2
- 239000005081 chemiluminescent agent Substances 0.000 description 2
- 239000013611 chromosomal DNA Substances 0.000 description 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 2
- 238000007697 cis-trans-isomerization reaction Methods 0.000 description 2
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 2
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 2
- 108010048032 cyclophilin B Proteins 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 2
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 2
- 238000003255 drug test Methods 0.000 description 2
- 208000000718 duodenal ulcer Diseases 0.000 description 2
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 2
- 210000003495 flagella Anatomy 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 2
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 2
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 230000008348 humoral response Effects 0.000 description 2
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 2
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 description 2
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 2
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 description 2
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside Chemical compound CC(C)S[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](O)[C@H]1O BPHPUYQFMNQIOC-NXRLNHOXSA-N 0.000 description 2
- 101150066555 lacZ gene Proteins 0.000 description 2
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 2
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 2
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 2
- 239000000891 luminescent agent Substances 0.000 description 2
- HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L magnesium stearate Chemical compound [Mg+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O HQKMJHAJHXVSDF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 2
- 238000000520 microinjection Methods 0.000 description 2
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- BSOQXXWZTUDTEL-ZUYCGGNHSA-N muramyl dipeptide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H](O)[C@@H]1NC(C)=O BSOQXXWZTUDTEL-ZUYCGGNHSA-N 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- SBQLYHNEIUGQKH-UHFFFAOYSA-N omeprazole Chemical compound N1=C2[CH]C(OC)=CC=C2N=C1S(=O)CC1=NC=C(C)C(OC)=C1C SBQLYHNEIUGQKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960000381 omeprazole Drugs 0.000 description 2
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 2
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 2
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 2
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 2
- 238000013492 plasmid preparation Methods 0.000 description 2
- 238000007747 plating Methods 0.000 description 2
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 2
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 2
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 2
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 2
- 230000004850 protein–protein interaction Effects 0.000 description 2
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 2
- 230000004044 response Effects 0.000 description 2
- 238000007790 scraping Methods 0.000 description 2
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 2
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 2
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 2
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 2
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 2
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 2
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 description 2
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 description 2
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 2
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 2
- LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K tripotassium phosphate Chemical compound [K+].[K+].[K+].[O-]P([O-])([O-])=O LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 231100000397 ulcer Toxicity 0.000 description 2
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- 229940125575 vaccine candidate Drugs 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- UJKDYMOBUGTJLZ-OASOTCBPSA-N (2r)-2-aminopentanedioic acid;(2s)-2-aminopentanedioic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O.OC(=O)[C@H](N)CCC(O)=O UJKDYMOBUGTJLZ-OASOTCBPSA-N 0.000 description 1
- WDQLRUYAYXDIFW-RWKIJVEZSA-N (2r,3r,4s,5r,6r)-4-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3,5-dihydroxy-4-[(2r,3r,4s,5s,6r)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy-6-[[(2r,3r,4s,5s,6r)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxymethyl]oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,5-triol Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](O)[C@@H](CO[C@H]2[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)O1 WDQLRUYAYXDIFW-RWKIJVEZSA-N 0.000 description 1
- AGTSSZRZBSNTGQ-ITZCFHCWSA-N (2s,3r)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-6-amino-2-[[(2s)-2-[[(2s)-5-amino-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-[[2-[[2-[[(2s)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]acetyl]amino]acetyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]-5-(diaminomet Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CC=1C=CC=CC=1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(O)=O)NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CC=1C=CC(O)=CC=1)C1=CC=CC=C1 AGTSSZRZBSNTGQ-ITZCFHCWSA-N 0.000 description 1
- YHQZWWDVLJPRIF-JLHRHDQISA-N (4R)-4-[[(2S,3R)-2-[acetyl-[(3R,4R,5S,6R)-3-amino-4-[(1R)-1-carboxyethoxy]-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]amino]-3-hydroxybutanoyl]amino]-5-amino-5-oxopentanoic acid Chemical compound C(C)(=O)N([C@@H]([C@H](O)C)C(=O)N[C@H](CCC(=O)O)C(N)=O)C1[C@H](N)[C@@H](O[C@@H](C(=O)O)C)[C@H](O)[C@H](O1)CO YHQZWWDVLJPRIF-JLHRHDQISA-N 0.000 description 1
- QRXMUCSWCMTJGU-UHFFFAOYSA-L (5-bromo-4-chloro-1h-indol-3-yl) phosphate Chemical compound C1=C(Br)C(Cl)=C2C(OP([O-])(=O)[O-])=CNC2=C1 QRXMUCSWCMTJGU-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene Chemical compound CC(C)=CCCC(C)=CCCC(C)=CCCC=C(C)CCC=C(C)CCC=C(C)C YYGNTYWPHWGJRM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DYLIWHYUXAJDOJ-OWOJBTEDSA-N (e)-4-(6-aminopurin-9-yl)but-2-en-1-ol Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2C\C=C\CO DYLIWHYUXAJDOJ-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- LRANPJDWHYRCER-UHFFFAOYSA-N 1,2-diazepine Chemical compound N1C=CC=CC=N1 LRANPJDWHYRCER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RKDVKSZUMVYZHH-UHFFFAOYSA-N 1,4-dioxane-2,5-dione Chemical compound O=C1COC(=O)CO1 RKDVKSZUMVYZHH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 100676-05-9 Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OCC1C(O)C(O)C(O)C(OC2C(OC(O)C(O)C2O)CO)O1 OWEGMIWEEQEYGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SVUOLADPCWQTTE-UHFFFAOYSA-N 1h-1,2-benzodiazepine Chemical compound N1N=CC=CC2=CC=CC=C12 SVUOLADPCWQTTE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BKQZYCKTYRQNEX-UHFFFAOYSA-N 1h-imidazole;1-sulfanylethanol Chemical compound CC(O)S.C1=CNC=N1 BKQZYCKTYRQNEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 2,3-bis(butanoylsulfanyl)propyl butanoate Chemical compound CCCC(=O)OCC(SC(=O)CCC)CSC(=O)CCC NHBKXEKEPDILRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JTTIOYHBNXDJOD-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-triaminopyrimidine Chemical compound NC1=CC(N)=NC(N)=N1 JTTIOYHBNXDJOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4,6-dichloropyrimidine-5-carbaldehyde Chemical group NC1=NC(Cl)=C(C=O)C(Cl)=N1 GOJUJUVQIVIZAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCCN1CCOCC1 DVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010600 3H thymidine incorporation assay Methods 0.000 description 1
- QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 4-[(4-anilino-5-sulfonaphthalen-1-yl)diazenyl]-5-hydroxynaphthalene-2,7-disulfonic acid Chemical compound C=12C(O)=CC(S(O)(=O)=O)=CC2=CC(S(O)(=O)=O)=CC=1N=NC(C1=CC=CC(=C11)S(O)(=O)=O)=CC=C1NC1=CC=CC=C1 QFVHZQCOUORWEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 5,5-dimethyl-2,4-dioxo-1,3-oxazolidine-3-carboxamide Chemical compound CC1(C)OC(=O)N(C(N)=O)C1=O QCVGEOXPDFCNHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OPIFSICVWOWJMJ-AEOCFKNESA-N 5-bromo-4-chloro-3-indolyl beta-D-galactoside Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1=CNC2=CC=C(Br)C(Cl)=C12 OPIFSICVWOWJMJ-AEOCFKNESA-N 0.000 description 1
- 102000005416 ATP-Binding Cassette Transporters Human genes 0.000 description 1
- 108010006533 ATP-Binding Cassette Transporters Proteins 0.000 description 1
- 108010042708 Acetylmuramyl-Alanyl-Isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 235000001674 Agaricus brunnescens Nutrition 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 244000153158 Ammi visnaga Species 0.000 description 1
- 235000010585 Ammi visnaga Nutrition 0.000 description 1
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 1
- 241000269627 Amphiuma means Species 0.000 description 1
- 101100234243 Aquifex aeolicus (strain VF5) kdtA gene Proteins 0.000 description 1
- 238000011725 BALB/c mouse Methods 0.000 description 1
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 description 1
- 231100000699 Bacterial toxin Toxicity 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009010 Bradford assay Methods 0.000 description 1
- 125000001433 C-terminal amino-acid group Chemical group 0.000 description 1
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 241000589876 Campylobacter Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 102000003846 Carbonic anhydrases Human genes 0.000 description 1
- 108090000209 Carbonic anhydrases Proteins 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000005600 Cathepsins Human genes 0.000 description 1
- 108010084457 Cathepsins Proteins 0.000 description 1
- 108010039939 Cell Wall Skeleton Proteins 0.000 description 1
- 206010008631 Cholera Diseases 0.000 description 1
- 238000007445 Chromatographic isolation Methods 0.000 description 1
- 101100423897 Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) glnS gene Proteins 0.000 description 1
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- PJWWRFATQTVXHA-UHFFFAOYSA-N Cyclohexylaminopropanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCCNC1CCCCC1 PJWWRFATQTVXHA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010068682 Cyclophilins Proteins 0.000 description 1
- 102000001493 Cyclophilins Human genes 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- 125000000028 D-cysteine group Chemical group [H]N([H])[C@@]([H])(C(=O)[*])C(S[H])([H])[H] 0.000 description 1
- QIVBCDIJIAJPQS-SECBINFHSA-N D-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-SECBINFHSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-MRVPVSSYSA-N D-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-MRVPVSSYSA-N 0.000 description 1
- 125000003625 D-valyl group Chemical group N[C@@H](C(=O)*)C(C)C 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 description 1
- 102000052510 DNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 101710096438 DNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 108010008532 Deoxyribonuclease I Proteins 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- 108010016626 Dipeptides Proteins 0.000 description 1
- 101100108073 Drosophila melanogaster Actn gene Proteins 0.000 description 1
- 101100456896 Drosophila melanogaster metl gene Proteins 0.000 description 1
- 238000012286 ELISA Assay Methods 0.000 description 1
- 108010000912 Egg Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000002322 Egg Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 1
- 108010013369 Enteropeptidase Proteins 0.000 description 1
- 102100029727 Enteropeptidase Human genes 0.000 description 1
- 241000588722 Escherichia Species 0.000 description 1
- 101100012780 Escherichia coli (strain K12) fecA gene Proteins 0.000 description 1
- 101100322888 Escherichia coli (strain K12) metL gene Proteins 0.000 description 1
- 241001646716 Escherichia coli K-12 Species 0.000 description 1
- 241000617708 Escherichia coli M13 Species 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 108010074860 Factor Xa Proteins 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 108010000916 Fimbriae Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010040721 Flagellin Proteins 0.000 description 1
- 241000589599 Francisella tularensis subsp. novicida Species 0.000 description 1
- 102000002464 Galactosidases Human genes 0.000 description 1
- 108010093031 Galactosidases Proteins 0.000 description 1
- 208000007882 Gastritis Diseases 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- 108010070675 Glutathione transferase Proteins 0.000 description 1
- 102000005720 Glutathione transferase Human genes 0.000 description 1
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 description 1
- 108010093488 His-His-His-His-His-His Proteins 0.000 description 1
- 101000724418 Homo sapiens Neutral amino acid transporter B(0) Proteins 0.000 description 1
- 108010020056 Hydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 1
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 1
- 108020005350 Initiator Codon Proteins 0.000 description 1
- 102000004388 Interleukin-4 Human genes 0.000 description 1
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- 102000004195 Isomerases Human genes 0.000 description 1
- 108090000769 Isomerases Proteins 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 150000008575 L-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- JZKXXXDKRQWDET-QMMMGPOBSA-N L-m-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC(O)=C1 JZKXXXDKRQWDET-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- QEFRNWWLZKMPFJ-YGVKFDHGSA-N L-methionine S-oxide Chemical compound CS(=O)CC[C@H](N)C(O)=O QEFRNWWLZKMPFJ-YGVKFDHGSA-N 0.000 description 1
- 125000000174 L-prolyl group Chemical group [H]N1C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[C@@]1([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000000510 L-tryptophano group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C2N([H])C([H])=C(C([H])([H])[C@@]([H])(C(O[H])=O)N([H])[*])C2=C1[H] 0.000 description 1
- 241000186840 Lactobacillus fermentum Species 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N Lactose Natural products OC[C@H]1O[C@@H](O[C@H]2[C@H](O)[C@@H](O)C(O)O[C@@H]2CO)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-QKKXKWKRSA-N 0.000 description 1
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 1
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 1
- 101710105045 Lipoprotein E Proteins 0.000 description 1
- 108010048733 Lipozyme Proteins 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 229920004011 Macrolon® Polymers 0.000 description 1
- GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N Maltose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)OC(O)[C@H](O)[C@H]1O GUBGYTABKSRVRQ-PICCSMPSSA-N 0.000 description 1
- 101710175625 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein Proteins 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 238000000585 Mann–Whitney U test Methods 0.000 description 1
- RJQXTJLFIWVMTO-TYNCELHUSA-N Methicillin Chemical compound COC1=CC=CC(OC)=C1C(=O)N[C@@H]1C(=O)N2[C@@H](C(O)=O)C(C)(C)S[C@@H]21 RJQXTJLFIWVMTO-TYNCELHUSA-N 0.000 description 1
- 206010065764 Mucosal infection Diseases 0.000 description 1
- 102000003505 Myosin Human genes 0.000 description 1
- 108060008487 Myosin Proteins 0.000 description 1
- 108700015872 N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 108700020354 N-acetylmuramyl-threonyl-isoglutamine Proteins 0.000 description 1
- 102000006746 NADH Dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 108010086428 NADH Dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 241000588653 Neisseria Species 0.000 description 1
- 102100028267 Neutral amino acid transporter B(0) Human genes 0.000 description 1
- 108010079246 OMPA outer membrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 108010058846 Ovalbumin Proteins 0.000 description 1
- 108020002230 Pancreatic Ribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000005891 Pancreatic ribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 206010034133 Pathogen resistance Diseases 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 102000010562 Peptide Elongation Factor G Human genes 0.000 description 1
- 108010077742 Peptide Elongation Factor G Proteins 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010067902 Peptide Library Proteins 0.000 description 1
- 108010090127 Periplasmic Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108090000608 Phosphoric Monoester Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 108010065081 Phosphorylase b Proteins 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 101710193132 Pre-hexon-linking protein VIII Proteins 0.000 description 1
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710118538 Protease Proteins 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 101710130181 Protochlorophyllide reductase A, chloroplastic Proteins 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012614 Q-Sepharose Substances 0.000 description 1
- 101000702488 Rattus norvegicus High affinity cationic amino acid transporter 1 Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102400000235 Rimorphin Human genes 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 229920002305 Schizophyllan Polymers 0.000 description 1
- 108091058545 Secretory proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000040739 Secretory proteins Human genes 0.000 description 1
- 239000012506 Sephacryl® Substances 0.000 description 1
- 108010071390 Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102000007562 Serum Albumin Human genes 0.000 description 1
- 241000191940 Staphylococcus Species 0.000 description 1
- 241000191984 Staphylococcus haemolyticus Species 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 208000007107 Stomach Ulcer Diseases 0.000 description 1
- 101100443856 Streptococcus pyogenes serotype M18 (strain MGAS8232) polC gene Proteins 0.000 description 1
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 1
- 241000192560 Synechococcus sp. Species 0.000 description 1
- 108700005078 Synthetic Genes Proteins 0.000 description 1
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- 241000255588 Tephritidae Species 0.000 description 1
- BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N Tetramethylsqualene Natural products CC(=C)C(C)CCC(=C)C(C)CCC(C)=CCCC=C(C)CCC(C)C(=C)CCC(C)C(C)=C BHEOSNUKNHRBNM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 description 1
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 1
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- 210000001015 abdomen Anatomy 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 238000003314 affinity selection Methods 0.000 description 1
- 230000029936 alkylation Effects 0.000 description 1
- 238000005804 alkylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000013566 allergen Substances 0.000 description 1
- 208000030961 allergic reaction Diseases 0.000 description 1
- NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N almurtide Chemical compound OC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)CO[C@@H]([C@H](O)[C@H](O)CO)[C@@H](NC(C)=O)C=O NWMHDZMRVUOQGL-CZEIJOLGSA-N 0.000 description 1
- 108010013829 alpha subunit DNA polymerase III Proteins 0.000 description 1
- 108010027597 alpha-chymotrypsin Proteins 0.000 description 1
- WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K aluminium hydroxide Chemical compound [OH-].[OH-].[OH-].[Al+3] WNROFYMDJYEPJX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 1
- 238000004873 anchoring Methods 0.000 description 1
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 230000002788 anti-peptide Effects 0.000 description 1
- 229940124350 antibacterial drug Drugs 0.000 description 1
- 230000005875 antibody response Effects 0.000 description 1
- 238000011203 antimicrobial therapy Methods 0.000 description 1
- 239000012736 aqueous medium Substances 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-L aspartate group Chemical class N[C@@H](CC(=O)[O-])C(=O)[O-] CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-L 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- XYOVOXDWRFGKEX-UHFFFAOYSA-N azepine Chemical compound N1C=CC=CC=C1 XYOVOXDWRFGKEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 108010042854 bacteria histone-like protein HU Proteins 0.000 description 1
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 239000000688 bacterial toxin Substances 0.000 description 1
- 230000037429 base substitution Effects 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 229940049706 benzodiazepine Drugs 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N beta-D-glucose Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 229910052797 bismuth Inorganic materials 0.000 description 1
- JCXGWMGPZLAOME-UHFFFAOYSA-N bismuth atom Chemical compound [Bi] JCXGWMGPZLAOME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 239000012888 bovine serum Substances 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 230000002308 calcification Effects 0.000 description 1
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 1
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001506 calcium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000389 calcium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011010 calcium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 230000021523 carboxylation Effects 0.000 description 1
- 238000006473 carboxylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012754 cardiac puncture Methods 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 238000005277 cation exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000020411 cell activation Effects 0.000 description 1
- 230000005779 cell damage Effects 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 208000037887 cell injury Diseases 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 210000004520 cell wall skeleton Anatomy 0.000 description 1
- 230000008614 cellular interaction Effects 0.000 description 1
- 230000007248 cellular mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 1
- 230000007541 cellular toxicity Effects 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000003196 chaotropic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002144 chemical decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004182 chemical digestion Methods 0.000 description 1
- 150000005829 chemical entities Chemical class 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 210000004978 chinese hamster ovary cell Anatomy 0.000 description 1
- YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N chloroform;phenol Chemical compound ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 YTRQFSDWAXHJCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019219 chocolate Nutrition 0.000 description 1
- 208000023652 chronic gastritis Diseases 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 238000000975 co-precipitation Methods 0.000 description 1
- 230000005757 colony formation Effects 0.000 description 1
- 230000001332 colony forming effect Effects 0.000 description 1
- 238000004040 coloring Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 239000013256 coordination polymer Substances 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 1
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 1
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000151 cysteine group Chemical class N[C@@H](CS)C(=O)* 0.000 description 1
- 230000016396 cytokine production Effects 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002939 deleterious effect Effects 0.000 description 1
- 238000002716 delivery method Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 239000008121 dextrose Substances 0.000 description 1
- JTEMSQSJWPFJHM-UHFFFAOYSA-N diazanium;2-oxopentanedioate Chemical compound [NH4+].[NH4+].[O-]C(=O)CCC(=O)C([O-])=O JTEMSQSJWPFJHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 1
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 1
- 229940042399 direct acting antivirals protease inhibitors Drugs 0.000 description 1
- KAKKHKRHCKCAGH-UHFFFAOYSA-L disodium;(4-nitrophenyl) phosphate;hexahydrate Chemical compound O.O.O.O.O.O.[Na+].[Na+].[O-][N+](=O)C1=CC=C(OP([O-])([O-])=O)C=C1 KAKKHKRHCKCAGH-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 101150008507 dnaE gene Proteins 0.000 description 1
- 101150035285 dnaE1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150003155 dnaG gene Proteins 0.000 description 1
- PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N dodecahydrosqualene Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C PRAKJMSDJKAYCZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 238000009513 drug distribution Methods 0.000 description 1
- 230000000857 drug effect Effects 0.000 description 1
- 238000007878 drug screening assay Methods 0.000 description 1
- 239000003596 drug target Substances 0.000 description 1
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 1
- 201000006549 dyspepsia Diseases 0.000 description 1
- 235000014103 egg white Nutrition 0.000 description 1
- 210000000969 egg white Anatomy 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000000688 enterotoxigenic effect Effects 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 238000001400 expression cloning Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 235000013861 fat-free Nutrition 0.000 description 1
- 239000012894 fetal calf serum Substances 0.000 description 1
- 101150017109 fliA gene Proteins 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 1
- 125000001965 gamma-lactamyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004211 gastric acid Anatomy 0.000 description 1
- 201000006585 gastric adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000005917 gastric ulcer Diseases 0.000 description 1
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 description 1
- 238000003209 gene knockout Methods 0.000 description 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 1
- 238000012248 genetic selection Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 101150103988 gltX gene Proteins 0.000 description 1
- 239000003292 glue Substances 0.000 description 1
- 125000000291 glutamic acid group Chemical group N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)* 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- ZJYYHGLJYGJLLN-UHFFFAOYSA-N guanidinium thiocyanate Chemical compound SC#N.NC(N)=N ZJYYHGLJYGJLLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003862 health status Effects 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000000487 histidyl group Chemical group [H]N([H])C(C(=O)O*)C([H])([H])C1=C([H])N([H])C([H])=N1 0.000 description 1
- 230000028996 humoral immune response Effects 0.000 description 1
- 230000004727 humoral immunity Effects 0.000 description 1
- 230000002519 immonomodulatory effect Effects 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 230000005847 immunogenicity Effects 0.000 description 1
- 230000016784 immunoglobulin production Effects 0.000 description 1
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 1
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 1
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 238000012606 in vitro cell culture Methods 0.000 description 1
- 210000003000 inclusion body Anatomy 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 1
- 239000003999 initiator Substances 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 238000002743 insertional mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 229940028885 interleukin-4 Drugs 0.000 description 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000006317 isomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 150000002576 ketones Chemical class 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- UJKDYMOBUGTJLZ-RUCXOUQFSA-N ksc605q1h Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O.OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O UJKDYMOBUGTJLZ-RUCXOUQFSA-N 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 1
- 238000007169 ligase reaction Methods 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- FCCDDURTIIUXBY-UHFFFAOYSA-N lipoamide Chemical compound NC(=O)CCCCC1CCSS1 FCCDDURTIIUXBY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 1
- 101150103033 lpxB gene Proteins 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 229920002521 macromolecule Polymers 0.000 description 1
- ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L magnesium carbonate Chemical compound [Mg+2].[O-]C([O-])=O ZLNQQNXFFQJAID-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000001095 magnesium carbonate Substances 0.000 description 1
- 229910000021 magnesium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019359 magnesium stearate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 102000006240 membrane receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020004084 membrane receptors Proteins 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229960003085 meticillin Drugs 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N mifamurtide Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@@H](OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC)COP(O)(=O)OCCNC(=O)[C@H](C)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H](C)O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)OC(O)[C@@H]1NC(C)=O JMUHBNWAORSSBD-WKYWBUFDSA-N 0.000 description 1
- 229960005225 mifamurtide Drugs 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 108091005573 modified proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000035118 modified proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000000329 molecular dynamics simulation Methods 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- 230000004899 motility Effects 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 238000002663 nebulization Methods 0.000 description 1
- FSVCQIDHPKZJSO-UHFFFAOYSA-L nitro blue tetrazolium dichloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].COC1=CC(C=2C=C(OC)C(=CC=2)[N+]=2N(N=C(N=2)C=2C=CC=CC=2)C=2C=CC(=CC=2)[N+]([O-])=O)=CC=C1[N+]1=NC(C=2C=CC=CC=2)=NN1C1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 FSVCQIDHPKZJSO-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 101150016099 omcA gene Proteins 0.000 description 1
- 229940126578 oral vaccine Drugs 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 229940092253 ovalbumin Drugs 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 1
- 150000004633 phorbol derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 239000002644 phorbol ester Substances 0.000 description 1
- 230000001766 physiological effect Effects 0.000 description 1
- 230000004260 plant-type cell wall biogenesis Effects 0.000 description 1
- 229920000747 poly(lactic acid) Polymers 0.000 description 1
- 229920002704 polyhistidine Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 235000010482 polyoxyethylene sorbitan monooleate Nutrition 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 229920000053 polysorbate 80 Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 229910000160 potassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011009 potassium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000011533 pre-incubation Methods 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 238000011085 pressure filtration Methods 0.000 description 1
- 238000002810 primary assay Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000009465 prokaryotic expression Effects 0.000 description 1
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 230000009145 protein modification Effects 0.000 description 1
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 1
- 229940126409 proton pump inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 239000000612 proton pump inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000002685 pulmonary effect Effects 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 229940126583 recombinant protein vaccine Drugs 0.000 description 1
- 230000009711 regulatory function Effects 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 230000035806 respiratory chain Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000028706 ribosome biogenesis Effects 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 238000007363 ring formation reaction Methods 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N saccharin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)NS(=O)(=O)C2=C1 CVHZOJJKTDOEJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 235000017709 saponins Nutrition 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 230000009863 secondary prevention Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 210000002027 skeletal muscle Anatomy 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 230000003381 solubilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 229940031439 squalene Drugs 0.000 description 1
- TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N squalene Natural products CC(=CCCC(=CCCC(=CCCC=C(/C)CCC=C(/C)CC=C(C)C)C)C)C TUHBEKDERLKLEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 1
- 229940037649 staphylococcus haemolyticus Drugs 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 239000012536 storage buffer Substances 0.000 description 1
- 230000002483 superagonistic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 1
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 1
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 1
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 230000014621 translational initiation Effects 0.000 description 1
- 230000017105 transposition Effects 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
- QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H tricalcium bis(phosphate) Chemical compound [Ca+2].[Ca+2].[Ca+2].[O-]P([O-])([O-])=O.[O-]P([O-])([O-])=O QORWJWZARLRLPR-UHFFFAOYSA-H 0.000 description 1
- GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N triton Chemical class [3H+] GPRLSGONYQIRFK-MNYXATJNSA-N 0.000 description 1
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 1
- 230000001810 trypsinlike Effects 0.000 description 1
- 238000010396 two-hybrid screening Methods 0.000 description 1
- 108010087967 type I signal peptidase Proteins 0.000 description 1
- 210000003934 vacuole Anatomy 0.000 description 1
- 125000002987 valine group Chemical group [H]N([H])C([H])(C(*)=O)C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000013603 viral vector Substances 0.000 description 1
- 239000000304 virulence factor Substances 0.000 description 1
- 230000007923 virulence factor Effects 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
- 101150040194 waaA gene Proteins 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 238000009736 wetting Methods 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 description 1
- 229910052727 yttrium Inorganic materials 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/205—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Campylobacter (G)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Public Health (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Oncology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Description
Dosavadní stav techniky
Helicobacter pylori je gram-negativní, mikroaerofilní bakterie, esovitého tvaru, která se izolovala a vykultivovala z biopsie lidského žaludku (Warren, J.R. and B. Marshall, (1983) Lancet 1: 1273 - 1275; a Marshall et al., (1984),
Microbios Lett. 25: 83 - 88). Bakterie H. pylori je úzce spjata s chronickými záněty žaludku a s onemocněním duodenálními vředy (Rathbone et al., (1986) Gut 27: 635 641). Existují však důkazy, že H. pylori má důležitou roli v etiologii nevředové poruchy trávení, onemocnění žaludečními vředy a žaludečním adenokarcinomem (Blaser M. J., (1993)
Trends Microbiol. 1: 255 - 260). K přenosu bakterií dochází orální cestou a nebezpečí infekce roste s věkem (Taylor, D. N. and M. J. Blaser, (1991) Epidemiol. Rev 13: 42 - 50).
Bakterie H. pylori kolonizuje sliznici lidského žaludku, přičemž vzniká onemocnění, které obvykle přetrvává desítky let. Infekce způsobená bakterií H. pylori se vyskytuje na celém světě. Zatímco ve vyspělých zemích je četnost infekce u dospělé populaci přes 50 %, v rozvojových zemích dosahuje četnost infekce u dospělých, jejichž věk přesáhl 20 let, 90 % (Hopkins R. J. and J. G. Morris (1994) Am. J. Med. 97: 265 277) .
Faktory, které jsou nezbytné při kolonizaci prostředí žaludku a pro virulenci, nejsou plně známy. Příklady putativních faktorů virulence zahrnují: ureázu, což je enzym, který se může podílet na neutralizaci hodnoty pH žaludečních kyselin (Eaton et al., (1991) Infect. Immunol. 59: 2470 2475; Ferrero, R. L. and A. Lee (1991) Microb. Ecol. Hlth. Dis. 4: 121 - 134; Labigne et al., (1991) J. Bacteriol. 173:
·· ·· > · · • ··· • · ··<
1920 - 1931); bakteriální flagerální proteiny, které zodpovídají za pohyblivost mukózní vrstvou (Házeli et al., (1986) J. Inf. Dis. 153: 658 - 663; Leying et al., (1992) Mol. Microbiol. 6: 2863 - 2874; a Haas et al., (1993) Mol. Microbiol. 8: 753 - 760); Vac A, což je bakteriální toxin, který indukuje tvorbu vnitrobuněčných vakuol v epiteliálních buňkách (Schmitt, W. and R. Haas, (1994) Molecular Microbiol. 12(2): 307 - 319); a několik adhezinů specifických pro tkáň žaludku (Bořen et al., (1993) Science 262: 1892 - 1895; Evans et al·., (1993) J. Bacteriol. 175: 674 - 683; a Falk et al., (1993) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 90: 2035 - 203).
Pro zneškodnění infekcí in vitro, které způsobují bakterie H. pylori, existuje řada terapeutických činidel (Huesca et al., (1993) Zbl. Bakt. 280: 244 - 252; Hopkins, R. J. and J. G. Morris, (1994) Jim. J. Med. 97: 265 - 277). Některá z uvedených činidel nejsou suboptimálně účinná in vivo, protože dochází k rezistenci bakterií, mění se distribuce léků, léky pacientům nevyhovují nebo nejsou dostupné (Hopkins, R. J. and J. G. Morris, (1994) Am. J. Med. 97: 265 - 277). Část standardního postupu užívaného při léčbě infekce způsobené bakteriemi H. pylori tvoří léčba antibiotiky, které se kombinují s vizmutem (Malfertheiner, P. and J. E. Dominguez-Munoz (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B 37 - 48) . Kombinace inhibitorů protonových pump a jednoduchého antibiotika se ukázala být účinná při potlačení onemocnění duodenálními vředy (Malfertheiner, P. and J. E. Dominguez-Munoz, (1993) Clinical Therapeutics 15 Supp. B 37 48) . U metod, které využívají antibiotika, se může objevit problém s účinností u kmenů, které jsou rezistentní k těmto činidlům (Hopkins, R. J. and J. G. Morris, (1994) Am. J. Med. 97: 265 - 277) . Tato omezení ukazují, že je třeba vytvořit nové účinější metody pro zneškodnění in vivo infekcí, které jsou způsobeny bakteriemi H. pylori. Zvláště je nutné • · • ··· připravit nové vakciny, které mohou předejit vzniku infekce, která je způsobena těmito bakteriemi.
Podstata vynálezu
Tento vynález popisuje nové geny, např. geny kódující polypeptidy, jako jsou bakteriální povrchové proteiny, které pochází z oragnizmu Helicobacter pyroli (H. pyroli), a jiné příbuzné geny, jejich produkty a jejich použití. Nukleové kyseliny a peptidy podle vynálezu se používají při diagnostice a terapii bakterií H. pyroli a jiných specií Helicobacter. Mohou se také použít při detekci přítomnosti H. pyroli a jiných specií Helicobacter ve vzorku; dále při testování schopnosti sloučenin interferovat s životním cyklem
H. pyroli nebo inhibovat infekci způsobenou bakteriemi H. pyroli. Tento vynález popisuje složení nukelových kyselin, které odpovídají celým kódujícím sekvencím proteinů bakterií H. pyroli, jenž zahrnují povrchové a vylučované proteiny nebo jejich části, dále popisuje nukleové kyseliny schopné se vázat na mRNA z proteinů bakterií H. pyroli za účelem blokování translace proteinů a způsoby produkce proteinů bakterií H. pyroli nebo jejich částí za použití syntézy peptidů a metod rekombinace DNA. Tento vynález také popisuje protilátky a nukleové kyseliny, které se používají jako sondy pro detekci infekce způsobené bakteriemi H. pyroli. Navíc vynález popisuje vakcinační kompozice a způsoby ochrany proti infekci, kterou způsobují bakterie H. pyroli.
Vynález popisuje rekombinantní nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidu baktérie H. pylori se sekvencí SEQ ID NO: 496. Vynález dále zahrnuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid baktérie H. pylori se SEQ ID NO: 496, taková nukleová kyselina je obsažená v sekvenci SEQ ID NO: 5. Zde popsané polypeptidové sekvence baktérie H.
pylori jsou obsaženy na seznamu sekvencí a nukleových kyselin, které kódují polypeptidy bakterie H. pylori.
Vynález dále popisuje rekombinantí a v podstatě čistý přípravek polypeptidu bakterie H. pylori vybraného ze skupiny, která zahrnuje SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ ID NO: 586, SEQ ID NO: 588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ ID NO: 675, SEQ ID NO: 676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 942, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298. Vynález také popisuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid bakterie H. pylori vybraný ze skupiny zahrnující polypeptidy bakterie H.
pyl | ori se sekvencemi SEQ ID | NO: | 496, SEQ ID | NO: | 501, SEQ ID |
NO: | 514, SEQ ID NO: 547, SEQ | ID | NO: 550, SEQ | ID | NO: 553, SEQ |
ID | NO: 564, SEQ ID NO: 568, | SEQ | ID NO: 586, | SEQ | ID NO: 588, |
SEQ | ID NO: 598, SEQ ID NO: | 602, | SEQ ID NO: | 606, | , SEQ ID NO: |
614 | , SEQ ID NO: 621, SEQ ID | NO: | 632, SEQ ID | NO: | 636, SEQ ID |
NO: | 652, SEQ ID NO: 654, SEQ | ID | NO: 655, SEQ | ID | NO: 660, SEQ |
ID | NO: 664, SEQ ID NO: 670, | SEQ | ID NO: 675, | SEQ | ID NO: 676, |
SEQ | ID NO: 678, SEQ ID NO: | 679, | SEQ ID NO: | 683, | , SEQ ID NO: |
690 | , SEQ ID NO: 701, SEQ ID | NO: | 704, SEQ ID | NO: | 706, SEQ ID |
NO: | 707, SEQ ID NO: 708, SEQ | ID | NO: 709, SEQ | ID | NO: 711, SEQ |
ID | NO: 712, SEQ ID NO: 713, | SEQ | ID NO: 714, | SEQ | ID NO: 715, |
SEQ | ID NO: 716, SEQ ID NO: | 729, | SEQ ID NO: | 742, | , SEQ ID NO: |
745 | , SEQ ID NO: 746, SEQ ID | NO: | 754, SEQ ID | NO: | 758, SEQ ID |
NO: | 773, SEQ ID NO: 776, SEQ | ID | NO: 777, SEQ | ID | NO: 802, SEQ |
ID | NO: 809, SEQ ID NO: 810, | SEQ | ID NO: 816, | SEQ | ID NO: 817, |
SEQ | ID NO: 818, SEQ ID NO: | 820, | SEQ ID NO: | 821, | , SEQ ID NO: |
822 | , SEQ ID NO: 842, SEQ ID | NO: | 843, SEQ ID | NO: | 844, SEQ ID |
NO: | 855, SEQ ID NO: 865, SEQ | ID | NO: 880, SEQ | ID | NO: 890, SEQ |
ID | NO: 903, SEQ ID NO: 913, | SEQ | ID NO: 916, | SEQ | ID NO: 924, |
SEQ | ID NO: 928, SEQ ID NO: | 929, | SEQ ID NO: | 938, | , SEQ ID NO: |
939 | , SEQ ID NO: 940, SEQ ID | NO: | 942, SEQ ID | NO: | 943, SEQ ID |
NO: | 945, SEQ ID NO: 946, SEQ | ID | NO: 956, SEQ | ID | NO: 958, SEQ |
ID | NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, | SEQ ID NO: |
1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298, taková nukleová kyselina je obsažena v sekvencích SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO: 107, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 115, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO:
X
179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 995, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 999, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 1294 a SEQ ID NO: 1295.
Dále vynález popisuje rekombinantí a v podstě čistou přípravu polypeptidu bakterie H. pylori vybraného ze skupiny zahrnující polypeptidy H. pylori uvedené v sekvenčním protokolu. Vynález zahrnuje v podstě čistou nukleovou kyselinu kódující polypeptid bakterie H. pylori vybraný ze skupiny zahrnující polypeptidy H. pylori uvedený v sekvenčním protokolu. Rozumí se, že vynález zdůrazňuje každý polypeptid baktérie H. pylori a nukleové kyseliny kódující takový polypeptid, který je uveden v sekvenčním protokolu pod danným identifikačním číslem sekvence. Například reprezentativní polypeptid bakterie H. pylori je obsažen v sekvenci SEQ ID NO: 496. Proto tento vynález klade důraz na rekombinantí nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidu bakterie H. pylori se sekvencí SEQ ID NO: 496. Takový vynález také zahrnuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která kóduje polypeptid bakterie H. pylori se sekvencí SEQ ID NO: 496.
Vynález se také týká libovolného jednotlivého člena polypeptidů nebo nukleové kyseliny, která kóduje takový člen ze skupiny shora uvedených polypeptidů bakterie H. pylori nebo nukleových kyselin, stejně jako libovolné podskupiny z různých shora uvedených skupin. Podskupiny mohou dále přednostně obsahovat 1, 3, 5, 10, 15, 20, 30 nebo 40 členů z libovolné shora uvedené skupiny, stejně jako jejich libovolnou kombinaci.
Zvláště preferovaná je izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci, která kóduje buněčný obalový polypeptid bakterií H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO:1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
V jiném provedení vynálezu buněčný obalový protein bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny obsahující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID • ·
NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
V jiném provedení vynálezu buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny obsahující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ
ID NO: 331, | SEQ | ID NO: | 353, | SEQ ID NO: 364, | SEQ | ID NO: | 412, | |
SEQ ID NO: | 433, | SEQ | ID | NO: | 449, SEQ ID NO: | 452, | SEQ ID | NO: |
469, SEQ ID | NO: | 989, | SEQ | ID | NO: 1029 a SEQ ID | NO: | 1032. |
U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má na C-konci tyrozinový klášter nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294 a SEQ ID NO: 1295.
U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek a na C-konci má tyrozinový klášter kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027 a SEQ ID NO: 1031.
Zvláště preferovaná je izolovaná nukleová kyselina, která obsahuje nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid cytoplazmy bakterií H. pylori nebo jeho fragment. Taková nukleová kyselina se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 330 a SEQ ID NO: 995.
V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu kofaktoru a je kódován nukleovou kyselinou obsahující sekvenci SEQ ID NO: 455.
V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie ·«
H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu lipidů a je kódován nukleovou kyselinou obsahující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 351.
Zvláště preferovaná je izolovaná nukleovaná kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid nebo jeho fragment, který vylučuje bakterie H. pylori. Uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 451.
Zvláště preferovaná je izolovaná nukleovaná kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci kódující buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment. Uvedená nukleová kyselina je vybrána ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282 a SEQ ID NO: 984.
Zvláště preferovaným je čištěný nebo izolovaný buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž polypeptid je vybrán ze skupiny obsahující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297, SEQ ID NO: 1298, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 880 a SEQ ID NO: 909.
V jiném provedení vynálezu buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID
NO: | 940, SEQ ID NO: | 943, | SEQ ID NO: 960, | SEQ | ID NO: | 1043, SEQ |
ID NO: 1083, SEQ ID | NO: | 777, SEQ ID NO: | 817, | SEQ ID | NO: 865, | |
SEQ | ID NO: 890, SEQ | ID | NO: 913, SEQ ID | NO: | 945, SEQ ID NO: | |
956, | SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ | ID NO: | 1077, SEQ | |||
ID NO: 1297, SEQ ID | NO: | 1298, SEQ ID NO: | 810, | SEQ ID | NO: 816, | |
SEQ | ID NO: 916, SEQ | ID | NO: 928, SEQ ID | NO: | 929, SEQ ID NO: | |
938, | SEQ ID NO: 939, | SEQ ID NO: 958, SEQ | ID | NO: 1050, SEQ ID | ||
NO: | 1081, SEQ ID NO: | : 1085, SEQ ID NO: 1086, | SEQ ID | NO: 745, | ||
SEQ | ID NO: 843 a SEQ | ID | NO: 880. | |||
U jiného provedení | vynálezu polypeptid | vněj ší | membrány | |||
bakterií H. pylori nebo | jeho fragment je | polypeptid | bakterie |
H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083 a SEQ ID NO: 1086.
U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má na C-konci tyrozinový klášter vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.
U jiného provedení vynálezu polypeptid vnější membrány bakterií H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který má terminální fenylalaninový zbytek a na C-konci má tyrozinový klášter vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081 a SEQ ID NO: 1085.
• · • ··· ···· ·*
Zvláště preferovaný je čištěný nebo izolovaný polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment. Uvedený polypeptid je vybrán ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 821 a SEQ ID NO: 1049.
V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu kofaktoru a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 946.
V jiném provedení vynálezu polypeptid cytoplazmy bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který se podílí na metabolizmu lipidů a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 842.
Zcláště preferovaný je čištěný nebo izolovaný polypeptid vylučovaný bakterií H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 942.
Zvláště preferovaný je čištěný nebo izolovaný buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, kde polypeptid je vybrán ze skupiny zahrnující sekvence SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 808 a SEQ ID NO: 1038.
Vynález se týká libovolného jednotlivého polypeptidového zástupce bakterie H. pylori nebo nukleové kyseliny kódující takového zástupce ze shora uvedených skupin polypeptidů bakterie H. pylori.
Vynález popisuje nukleové kyseliny schopné vázat se na mRNA bakterie H. pylori. Taková nukleová kyselina je schopná působit jako antisense nukleová kyselina a kontroluje translaci mRNA bakterie H. pylori. Dále vynález popisuje nukleovou kyselinu, která je schopna se specificky vázat na nuklovou kyselinu bakterie H. pylori. Tyto nukleové kyseliny jsou zde nazývány jako komplementy a používají se jako sondy a jako záchytná činidla.
Vynález popisuje expresivní systém obsahující otevřený čtecí rámec odpovídající nukleové kyselině bakterie H. pylori. Nukleová kyselina dále obsahuje řídící sekvenci kompatibilní s určitým hostitelem. Expresivní systém se může použít pro přípravu polypeptidů, které odpovídají nukleové kyselině bakterie H. pylori.
Vynález popisuje buňku transformovanou expresivním systémem za účelem produkce polypeptidů bakterie H. pylori.
Vynález popisuje způsob přípravy protilátek proti polypeptidům bakterie H. pylori, které jsou schopné se specificky vázat na polypeptidy bakterie H. pylori. Taková protilátka se může použít jako činidlo při imunotestech za účelem vyhodnocení relativního zastoupení a distribuce antigenů, které jsou specifické pro bakterii H. pylori.
Vynález dále popisuje způsob přípravy vakcín pro imunizaci jednotlivců proti bakterii H. pylori. Způsob zahrnuje imunizaci subjektu polypeptidem bakterie H. pylori, např. povrchovým nebo vylučovaným polypeptidem nebo jeho aktivní částí a farmaceuticky přijatelným nosičem. Takové vakcíny mají terapeutické a profylaktické použití.
Vynález popisuje způsob přípravy vakcíny obsahující modifikovaný imunogenní polypeptid bakterie H. pylori, např. povrchový a vylučovaný polypeptid nebo jeho aktivní část a farmaceuticky přijatelný nosič.
Vynález dále zahrnuje způsob hodnocení schopnosti sloučenin, např. polypeptidů, např. fragmentu polypeptidů hostitelské buňky, vázat se na polypeptid bakterie H. pylori. Při tomto způsobu dochází ke kontaktu kandidáta sloučeniny s polypeptidem bakterie H. pylori a stanoví se, zda se sločenina váže nebo dochází k jiné interakci s polypeptidem bakterie H. pylori. Sloučeniny, které se váží na bakterii H. pylori, se mohou využívat jako aktivátory nebo inhobitory • ·
životního cyklu bakterií. Tento test se provádí in vitro nebo i n vivo.
Vynález dále popisuje způsob hodnocení schopnosti sloučeniny, npř. Polypeptidu, např, fragmentu polypeptidu hostitelské buňky, vázat se na nukleovou kyselinu bakterie H. pylori, např. DNA nebo RNA. Při tomto způsobu dochází ke kontaktu sloučeniny s nukleovou kyselinou bakterie H. pylori a ke stanovení, zda se sločenina váže nebo dochází k jiné interakci s polypeptidem bakterie H. pylori. Sloučeniny, které se váží na bakterii H. pylori, se mohou využívat jako aktivátory nebo inhobitory životního cyklu bakterií. Tento test se provádí in vitro nebo in vivo.
Vynález s výhodou popisuje polypeptidy bakterie H. pylori, s výhodou popisuje v podstatě čistý přípravek polypeptidu bakterie H. pylori nebo rekombinantí polypeptid bakterie H. pylori. V preferovaných provedeních vynálezu polypeptid má biologickou aktivitu; polypeptid má aminokyselinovou sekvenci nejméně z 60%, 70%, 80%, 90%, 95% nebo z 99% homologní s aminokyselinovou sekvencí, která je zahrnuté v sekvenčním protokolu; Polypeptid má aminokyselinovou sekvenci, která je v podstatě stejná jako aminokyslinová sekvence uvedená v sekvenčním protokolu; polypeptid má nejméně 5, 10, 20, 50, 100 nebo 150 aminokyselinových zbytků; polypeptid zahrnuje nejméně 5, s výhodou nejméně 10, upřednostňuje se 20, více se upřednostňuje nejméně 50, 100 nebo 150 sousedících aminokyselinových zbytků polypeptidu, který je obsažen v sekvenčním protokolu.
V preferovaných provedeních polypeptid bakterie H. pylori je kódován nukleovou kyselinou, která je uvedena v sekvenčním protokolu nebo nukleovou kyselinou, která vykazuje nejméně 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% nebo 99% homologii s nukleovou kyselinou uvedenou v sekvenčním protokolu.
·« ·· » · · • · ·« ···· ··
V preferovaném provedení vynálezu aminokyselinová sekvence polypeptidu bakterie H. pylori se liší v 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytcích od sekvence uvedené v sekvenčním protokolu. Rozdíly jsou však takové, že polypeptid bakterie H. pylori vykazuje biologickou aktivitu, např. polypeptid bakterie H. pylori si udržuje biologickou aktivitu přirozeně se vyskytujícího enzymu bakterie H. pylori.
U preferovaných provedení polypeptid zahrnuje všechny celou aminokyselinovou sekvenci nebo její fragment, která je uvedena v sekvenčním protokolu; tato sekvence je fúzovaná do čtecího rámce s dalšími aminokyselinovými zbytky, upřednostňují se zbytky kódované genomovou DNA5'až do genomové DNA, která kóduje sekvenci uvedenou v sekvenčním protokolu.
V dalších preferovaných provedeních vynálezu polypeptid bakterie H. pylori je rekombinantní fúzní protein, který se skládá z první části polypeptidu bakterie H. pylori a z druhé části polypeptidu, např. druhá část polypeptidu má aminokyselinovou sekvenci, která se nevztahuje k bakterii Jí. pylori. Druhou částí polypeptidu může být např. libovolná glutathion-S-transferasa, oblast vázající se na DNA nebo oblast aktivující polymerázu. V preferovaném provedení se fúzní protein může použít při dvouhybridním testu.
Polypeptidy podle vynálezu zahrnují ty polypeptidy, které vznikají jako výsledek alternativního sestřihu RNA a posttranslačních úprav.
Vynález popisuje imunogenní komponent, který zahrnuje polypeptid bakterie H. pylori alternativní alternativní transkripce, translace a který se používá v imunogenním přípravku; imunogenní komponent je schopný vyvolat imunní odezvu, která je specifická pro polypeptid bakterie H. pylori, např. humorální odezvu, protilátkovou odezvu nebu buněčnou odezvu. V preferovaných provedeních
• · *« ·· * · · · • · ·· vynálezu imunogenní komponenty obsahují nejméně jednu antigenní determinantu, která se nachází v polupeptidu uvedeném v sekvenčním protokolu.
Vynález dále popisuje v podstatě čistou nukleovou kyselinu, která má nukleotidovou sekvenci, jenž kóduje polypeptid bakterie H. pylori. V preferovaných provedeních má kódovaný polypeptid biologickou aktivitu; kódovaný polypeptid má aminokyselinovou sekvenci nejméně 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 98 nebo 99% homologii s aminokyselinovou sekvencí, která je uvedena v sekvenčním protokolu; kódovaný polypeptid má aminokyselinovou sekvenci v podstatě stejnou jako je aminokyselinová sekvence v sekvenčním protokolu; kódovaný polypeptid má délku nejméně 5, 10, 20, 50, 100 nebo 150 aminokyselin; kódovaný polypeptid obsahuje nejméně 5, s výhodou 10, upřednostňuje se 20, nejvíce se upřednostňuje 50, 100 nebo 150 sousedících aminokyselin, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu.
V preferovaných provedeních vynálezu preferovanou nukleovou kyselinou je ta, která je uvedena v sekvenčním protokolu. V preferovaném provedení se kódovaný polypeptid bakterie H. pylori liší (např. substitucí aminokyseliny, adicí nebo delecí nejméně jednoho aminokyselinového zbytku) od sekvence uvedené v sekvenčním protokole v aminokyselinové sekvenci 1, 2, 3, 5, 10 nebo více zbytky. Rozdíly jsou však takové, že kódovaný polypeptid bakterie H. pylori vykazuje biologickou aktivitu bakterie H. pylori , např. kódovaný nezym bakterie H. pylori si uchovává biologickou aktivitu přirozeně se vyskytující bakterie H. pylori.
V preferovaných provedeních kódovaný polypeptid zahrnuje celou aminokyselinovou sekvenci nebi její fragment, která je uvedena v sekvenčním protokolu; tato sekvence je fúzovaná do čtecího rámce s dalšími aminokyselinovými zbytky, upřednostňují se zbytky kódované genomovou DNA5'až do
genomové DNA, která kóduje sekvenci uvedenou v sekvenčním protokolu.
V preferovaných provedeních nukleová kyselina bakterie H. pylori bude zahrnovat transkripční regulační sekvenci , např. nejméně jeden transkripční promotor nebo transkripční zesilující sekvenci operabilně spojenou s genovou sekvencí bakterie H. pylori, např. za účelem vzniku genové sekvence bakterie H. pylori, která je vhodná pro expresi v rekombinantní hostitelské buňce.
V dalším preferovaném provedení nukleová kyselina, která kóduje polypeptid bakterie H. pylori podle vynálezu hybridizuje za velmi přísných podmínek se sondou, kterou je nukleová kyselina a která koresponduje s nejméně s 8 konsekutivními nukleotidy nukleové kyseliny, jenž je uvedena v sekvenčním protokolu; upřednostňuje se, aby odpovídala nejméně 12 konsekutivních nukleotidů nukleové kyselin obsažené v sekvenčním protokolu; s výhodou odpovídá 20 konsekutivních nukleotidů nukleové kyselin obsažené v sekvenčním protokolu; více se upřednostňuje, aby odpovídala nejméně 40 konsekutivních nukleotidů nukleové kyselin obsažené v sekvenčním protokolu.
V preferovaném provedení nukleová kyselina kóduje peptid, který se liší od sekvencí uvedených v sekvenčním protokolu nejméně jedním aminokyselinovým zbytkem.
V preferovaném provedení se nukleové kyselina liší od nukleotidové sekvence uvedené v sekvenčním protokole, která kóduje aminokyselinové sekvence uvedené v sekvenčním protokole, nejméně jedním nukleotidem.
V jiném provedení vynález zdůrazňuje vektor zahrnující nukleovou kyselinu, která kóduje zde popsaný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho variantu; hostitelskou buňku transfekovanou vektorem; a způsob produkce rekombinantího polypeptidu bakterie H. pylori nebo jeho variantu. Tneto způsob zahrnuje kultivaci buňky, např. v kultivačním buněčném médiu a izolaci bakterie H. pylori nebo varianty polypeptidu bakterie H. pylori např. z buňky nebo z buněčného kultivačního média.
Vynález dále popisuje čištěnou rekombinantní nukleovou kyselinu, která vykazuje nejméně 50%, 60%, 70%, 80% 90%, 95%, 98% nebo 99% homologii se sekvencí uvedenou v sekvenčním protokolu.
Vynález dále poskytuje sondu nebo primer, který zahrnuje v podstatě čistý oligonukleotid. Oligonukleotid zahrnuje oblast nukleotidové sekvence, která hybridizuje za přísných podmínek nejméně s 10 konsekventními nukleotidy sense nebo antisense molekuly uvedené v sekvenčním protokolu nebo s jejími přirozeně se vyskytujícími mutanty. V preferovaných provedeních vynálezu sonda nebo primer dále zahrnují k nim připojenou značící skupinu. Značenou skupinou může být např. radioizotop, fluorescenční sloučenina, enzym a/nebo ko-faktor enzymu. Upřednostňuje se, aby oligonukleotid obsahoval nejméně 10 a méně než 20, 30, 50, 100 nebo 150 nukleotidů.
Vynález dále popisuje nukleotidové kyseliny, např. RNA nebo DNA, kódující polypeptid podle vynálezu. Uvedené kyseliny zahrnují dvouřetězcové stejně jako kódující a antisense jednoduché řetězce.
Kmen bakterie H. pylori, jehož genomové sekvence se sekvenovaly, byl uložen v instituci American Type Culture Collection (ATCC) jako kmen HP-J99.
Do vynálezu spadají alelické varianty; přirozené mutanty; indukované mutanty; proteiny kódované DNA, které hybridizují za vysoce přísných nebo málo přísných podmínek s nukleovou kyselinou, která kóduje polypeptid, který je uveden v sekvenčním protokolu (definice vysoce přísných nebo málo přísných podmínek se uvádí v publikaci Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1989, 6.3.119
6.3.6); polypeptidy, které se specificky váží na antiséra vytvořená k polypeptidům bakterie H. pylori zvláště na séra vytvořená proti aktivnímu místu nebo vazebné doméně polypeptidů H. pylori. Vynález dále zahrnuje fragmenty s výhodou aktivní fragmenty. Tyto a jiné polypeptidy se také zde uvádějí jako polypeptidové analogy nebo jejich varianty bakterie H. pylori.
Putativní funkce, které se stanovily pro několik polypeptidů bakterie H. pylori jsou uvedeny v tabulce č. 1.
Vynález v podstatě také zahrnuje použití nárokovaných polypeptidů baktérie H. pylori v těchto identifikovaných funkcích.
Vynález zahrnuje polypeptidy bakterie H. pylori charakterizované podle tabulky č. 1, které zahrnují buněčné obalové proteiny bakterie H. pylori, vylučované proteiny bakterie H. pylori, cytoplazmatické proteiny bakterie H. pylori a buněčné proteiny bakterie H. pylori. Členové této skupiny se identifikovaly na základě sledování BLAST homologie a vyhledáváním sekrečního signálu nebo motivů transmembránového proteinu. Polypeptidy, které se svou podstatnou homologií vztahují k polypeptidům uvedených v tabulce č. 1 (reflektují na FASTA porovnání aminokyselinových sekvencí a uvádějí se v mnoha případech v níže zobrazených tabulkách č. 3 až 6), se klasifikují způsobem podle homologu, což je uvedeno v tabulce č. 1:
• ·
Tabulka č. 1
Název ORF | nt Seq ID# | ak SEQ ID # |
A.I^OMÍCNY OfcKU | ||
A.l vnější membrána | ||
A.1.2 terminální fe.‘ zbytek | ||
01ael2001 24218781 f2 18 | 255 | 746 |
02ge 11622 875260 β 36 | 263 | 754 |
02gp20706 23632775f3 32 | 266 | 757 |
07apl1015 23938312 f3 2 | 271 | 762 |
05eel0816 4103408 f2 l 1 “ | 277 | 768 |
06ap20306 23437632 f3 9 “ | 280 | 771 |
07ap20216 7227202 f3 10 | 285 | 776 |
14ap10815 20585777 c 1 13 | 292 | 783 |
hplp1401311726503 c2 20 | 294 | 785 |
hp5p1564121698387 c2 20 | 299 | 790 |
02gp20706 16803513 fl l | 311 | 802 |
02gp20706 20365905 G 8 | 312 | 803 |
02gp20814 3984818 fl l | 313 | 804 |
05ae30220 9882767£2 34 | 321 | 812 |
07epl 1916 5913592 β 18 | 327 | 818 |
09ze10333 22460750 f2 6 | 329 | 820 |
14apl0221 13689381 c3 4 | -331 | 882 |
06ce20610 1367157 fl 8.aa | 353 | 844 |
02gel0116 16803513 ť2 34 | 364 | 855 |
02gel0116 36367936 cl 92 | 366 | 857 |
05ce10910 25598277 f3 3 | 368 | 859 |
06cpll217 4881263 f2 9 | 375 | 866 |
06ep30223 34409437 0 94 | 384 | 875 |
06gp71906 970325 c3 l90 | 391 | 882 |
07ae10923 24426508 fl 1 | 392 | 883 |
09cp10224 l062966 c3 61 | 397 | 888 |
09cpl0224 1412715 c3 56 | 398 | 889 |
09cp61003 14562637 c2 93 | 402 | 893 |
09cp61003 24063587 cl 74 | 404 | 895 |
1lae80818 7952 cl 49 | 409 | 900 |
llap20714 4960432 c3 97 | 410 | 901 |
1 lap20714 7227202 f3 43.aa | 412 | 903 |
hp5pl5641 12195281 cl 24 | 427 | 918 |
hp6pl0903 4398263 β 6.aa | 433 | 924 |
hp6p 10903 4398263 β 6.aa | 434 | 925 |
02ae31010 30208317 fl 14 | 441 | 932 |
02cpl0615 26573462 cl 45 | 444 | 935 |
03ael0804 12609533 cl 26 | 445 | 936 |
04ep41903 4101593J2 10.aa | 449 | 940 |
05ep10815 26570332 c2 99 | 450 | 941 |
05epl0815 4719175 cl 83 | 452 | 943 |
06cp30603 679218 f2 34 | 453 | 944 |
llae80818 19632781 c3 57 | 466 | 957 |
llap20714 34023312J3 46 | 468 | 959 |
lleel 1408 4977193 cl 41.aa | 469 | 960 |
Ilaell922 12586675 f2 l | 983 | 1037 |
07eel1402 2458267 c3 108 | 985 | 1039 |
1 lap20714 7227202J3 40 | 989 | 1043 |
• ·
hp7el0192 25598277 c2 15 | 1008 | 1062 |
06βρ30223 34409437 β 64 | 1011 | 1065 |
09cpl0224 1062966 cl 44 | 1014 | 1068 |
01ce6l016 12931513 c2 106 | 1015 | 1069 |
05epl0815 4719175 cl 115 | 1029 | 1083 |
05ae30220 4977193 c3 198 | 1032 | 1086 |
A.1.3’bez terraináLního fe. zbytku | ||
02ael1612 22477267 f2 27 | 259 | 750 |
A.1.4 “motiv C-termiňálního tyrožinového klastru. | ||
07epl1916 5273452 c3 31 | 286 | 777 |
07cel1019 22051291 fl l | 326 | 817 |
06cpl 1217 19720300 D l 1 | 374 | 865 |
09cpl0224 429510 c2 46.aa | 399 | 890 |
hp4e53394 22864682 c2 86.aa | 422 | 913 |
06epl0615 961562 f2 41 | 454 | 945 |
09cp61003 492187 c2 80.aa | 465 | 956 |
14gpll423 26803801 G 7 | 998 | 1052 |
hp4e53394 19720300 c3 98 | 1009 | 1063 |
hp4e53394 l9720300 c3 98 | 1023 | 1077 |
01ce61016 492187 c3 120 | 1294 | 1297 |
06epl0615_961562_fl_15 | 1295 | 1298 |
A 1 5 termlnální fe. zbytek a C-terminální. Λ.1.3 tyrozinový klastr ------------- - 1 | ||
04ge10816 33726080 c2 29 | 319 | 810 |
06eel0709 21675012 fl 2 | 325 | 816 |
hp5p 15575 33445317 f2 20.aa | 425 | 916 |
01cp20708 36134808 f2 l 1 | 437 | 928 |
02ae31010 l2504512J3 28.aa | 438 | 929 |
04ep41903 26757937 O l 6 | 447 | 938 |
04ep41903 26757937 G 16 | 448 | 939 |
1lae80818 7290627 c2 51 | 467 | 958 |
13ael0610 35912 G 3 | 996 | 1050 |
01cp20708 13086002 G 27 | 1027 | 1081 |
14cpl 1908 24218954 c 1<58 | 1031 | 1085 |
A. 1.6 Viahomolgy | ||
Olael1010 40688 c2 38 | 254 | 745 |
02gp20814 24415958 O 9 | 269 | 760 |
09cpl1003 5945252 f2 4 | 328 | 819 |
06cp30603 23476568 c2 133.aa | 352 | 843 |
09cp61003 5945252 fl 5 | 406 | 897 |
14ee41924 23527267 c3 107 | 415 | 906 |
07eel1402 10759567 c2 86 | 1019 | 1073 |
A.1.7 jiné proteiny vnější membrány | ||
06epl0615 9842 f3 46 | 381 | 872 |
06gp 10409 3398427 f2 12 | 389 | 880 |
06epl0615 9842 fl 5 | 1010 | 1064 |
06gpl0409 3398427 f2 12 | 1012 | 1066 |
A.2 vnitřní membrána | ||
A.2.1 proteiny podílející se na syntéze vnější 1 membrány a buněčné stěny | ||
06ep30223 4698838£2 55 | 354 | 845 |
A.2.2 proteiny podílející se na konverzi energie |
• ·
06ce20610 4331338 fi 18 | 372 | 863 |
09cp10224 4484718 c 1 38 | 400 | 891 |
hp4e13394 5964452 c2 97 | 421 | 912 |
hp4el3394 15828963 c2 90 | 1022 | 1076 |
A.2.3 Proteiny podílející se na metabolizmu kofaktoru | ||
06gp71906 25478192 c1 131 | 463 | 954 |
A.2.4 proteiny podílející se na sekreci a adhezi | ||
06cp30603 23452 c3 80 | 281 | 772 |
09cpl0713 23452 c3 195 | 988 | 1042 |
A.2.5 Viahomolgy | ||
1lap20714_5271967_cl_60 | 411 | 902 |
A.2.6 proteiny podílející se na transportu | ||
11ae80818 1118879l c3 60 | 407 | 898 |
14cpl1908 25593768 c3 97 | 1017 | 1071 |
A.2.7 jiné proteiny vnitřní membrány | ||
13ael0712 14100018 f2 12 | 290 | 781 |
hp lp 13939 25397327 O 22 | 417 | 908 |
hp5pl5870 14350428 fl l | 430 | 921 |
06ge20501 14100018 cl 34 | 992 | 1046 |
05ae30220 14350428 f3 91 | 1025 | 1079 |
A.3 flagelární proteiny | ||
hp4e13394 3368767 c l 80 | 477 | 968 |
A.4 transportní proteiny | ||
14ce31519 15635927 f3 15 | 414 | 905 |
A.5 jiné buněčné obalové proteiny | ||
04cpl1202 24256567 c3 l 17 | 253 | 744 |
29ge30321 34157812J3 10 | 293 | 784 |
29ge30321 12913562 fl l | 334 | 825 |
hp6pl0233 12273302 fl l | 343 | 834 |
hp2el0911 24855312 cl 69 | 418 | 909 |
hp5p15575 2930031l c1 29 | 424 | 915 |
02ae31010 5085162 c 1 47 | 443 | 934 |
B. CYTOPLAZMATICKÉ PROTEINY | ||
B.l proteiny zahrnuté do konverze energie | ||
1lgel0308 5256 f2 l | 470 | 961 |
11gel0308 24609417 f2 1 | 1033 | 1087 |
Proteiny zahrnuté do metabolizmu a Lran&poiru | ||
06ep11917 24803153 c3 24 | 357 | 848 |
06epl1202_4884677_cl_17 | 457 | 948 |
n 3 proteiny zahrnuté do metabolizmu* | ||
06ep30223 23476067 cl l19 | 461 | 952 |
06ep30223 23476067 c 1 115 | 1030 | 1084 |
B.4 proteiny podílej ící se na metabolizmu kofaktoru « | ||
07apl1213 35156577 c1 24 | 345 | 836 |
06ep30223 23557202 c2 130 | 383 | 874 |
06ep30223 5109443 c 1 109 | 387 | 878 |
06epl1202 133293 cl 19 | 455 | 946 |
07ee50709 35156577 fi 80 | 1003 | 1057 |
B.5 Proteiny podílející se na metabolizmu lipidů | ||
hp6e 12267 14650278 β 29 | 351 | 842 |
14ee41924 23834800 f2 32 | 416 | 907 |
β.6 proteiny podílející se na translaci mRNA , a biogenezi ribozómu |
• · » · · • · • ···
14ee41924 16282067 cl 72 | 473 | 964 |
07eell402 19565702 c2 88 | 1034 | 1088 |
R7 proteiny podílející se na replikaci, transkripci, rekombinaci a opravách genomu | ||
05eel0816 4687651 cl 22 | 278 | 769 |
29ge3032l 135253 f2 6 | 335 | 826 |
07ap80601 976413 β 9 | 346 | 837 |
14ce21516 85786 fl 1 | 350 | 841 |
hp2el0911 3349 cl 63 | 419 | 910 |
06ep30223 16512 c3 160 | 460 | 951 |
14ce61516 13073577 Π 12 | 472 | 963 |
07ee50709 4818967 f2 43 | 1000 | 1054 |
05ae30220 976413 c3 204 | 1004 | 1058 |
07ee50709 48.18967 f2 43 | 1020 | 1074 |
hp7e10590,13073577 c3 107 | 1293 | 1296 |
B.8 cytoplazmatické proteiny | ||
04ge10816,22086531 ť2 10 | 318 | 809 |
05cp21223 4725443 O 14 | 322 | 813 |
06apl 1119,24426508,0,26 | 324 | 815 |
Í2gel0321 4821082 fi 14 | 330 | 821 |
hp3p10807,189075 f2 4 | 347 | 838 |
02ae31010 2117087 β 34 | 440 | 931 |
03ael0804 21698400 c2 32 | 446 | 937 |
06gp71906,25504187 β 112 | 464 | 955 |
hp7pl 0290,35156558,β 15 | 490 | 981 |
hp7pl0290 435l718 fl,6 . | 491 | 982 |
13ael0610 859692 c2 32 | 995 | 1049 |
06apl 1119,24426508,0,27 | 997 | 1051 |
hp3el1188 47327 G 9 | 1005 | 1059 |
07ee50709_2643 8968,0,36 | 1028 | 1082 |
C. VYLUČOVANÉ PROTEINY' | ||
C.l Proteiny podílející se na sekreci a adhezi | ||
12ap10324,4805318 f2 3 | 355 | 846 |
12apl0324 4805318 G 6 | 1006 | 1060 |
C.2 jiné sekretované proteiny | ||
0lgp11016,4103403 c2 l3 | 257 | 748 |
02ael 1612,1074212,0,1 | 258 | 749 |
02ael 1612,23598175,0,2 | 260 | 751 |
02ael1612 33203250 cl 51 | 261 | 752 |
02gp20706 1203402 c3 58 | 264 | 755 |
02gp20706 l5781452 c2 51 | 265 | 756 |
02gp20706 4892558 f3 19 | 268 | 759 |
04cpl 1202,24261588 f2 23 | 270 | 761 |
05ae30220 21619067 β 56 | 272 | 763 |
07apll213 35401528 cl 21 | 273 | 764 |
05ae30220 24882812 c3 l03 | 274 | 765 |
05ae30220 25953163 c3 98 | 275 | 766 |
05eel0816 14649077 0 18 | 276 | 767 |
06apl1119,16594193,0,9 | 279 | 770 |
06cp30603 4689068 c3 79 | 283 | 774 |
07aplllll 234693 c3J4 | 284 | 775 |
09cpl1003,19532625 c3 l7 | 287 | 778 |
• ·
09cp20502 24001388 c1 31 | 288 | 779 |
12gp31106 3024126 f2 25 | 289 | 780 |
13ae10712 29569208 c2 27 | 291 | 782 |
hp2p10272 23697200 f3 22 | 295 | 786 |
hp2pl0272 26829136 fl l | 296 | 787 |
hp5el521l 819455 c2 24 | 297 | 788 |
hp5p15212 34064750 f2 9 | 298 | 789 |
hpóe 10967 23476502 f2 6 | 300 | 791 |
hp6el0967 24882750 f2 7 | 301 | 792 |
hpóe12267 4876718 f2 23 | 302 | 793 |
hp6e20339 l190660 c2 46 | 303 | 794 |
hp6e20339 21492187 c1 40 | 304 | 795 |
hp6e20339 34024187 c1 37 | 305 | 796 |
04cpl1202 16603425 c2 72 | 314 | 805 |
04cp11202 19797128 fl 5 | 315 | 806 |
05eel0816 259703 f2 7 | 323 | 814 |
hp2p10272 22692325 f3 21 | 338 | 829 |
hp6e20339 24317062 c3 57 | 342 | 833 |
02gel1622 21695936 cl 54 | 348 | 839 |
12gel0321 24308513 D 20 | 349 | 840 |
14ee41924 2458267 c2 93 | 356 | 847 |
01celll04 36125337 cl 8 | 358 | 849 |
01 ce21104 33203250 c3 87 | 359 | 850 |
02ae31010 34616666 f2 27 | 360 | 851 |
02ae31010 35270000 D 33 | 361 | 852 |
02ae31010 36132785 f2 29 | 362 | 853 |
02gel0116 15781452 cl 87 | 363 | 854 |
03ae10804 23485968 c3 47 | 367 | 858 |
06ce20610 29298537 c2 32 | 370 | 861 |
06ce20610 3913967 c3 36 | 371 | 862 |
06cpllll8 212827 cl 17 | 373 | 864 |
06cp30603 21492187 f2 41 | 377 | 868 |
06cp30603 34024l87 fl 20 | 378 | 869 |
06cp30603 34024187 fl 20 | 379 | 870 |
06ep 10615 14649077 f3 52 | 380 | 871 |
06ep30223 5271902 c1 106 | 388 | 879 |
06gp7190624261588 c2 174 | 390 | 881 |
09cel0413 41401l fl 3 | 394 | 885 |
09cel0413 5865665 fl 4 | 395 | 886 |
09ce52017 29324062 c.l 21 | 396 | 887 |
09cp216Ó7 7224187 c2 12 | 401 | 892 |
09cp61003 19532625 c1 78 | 403 | 894 |
09cp61003 24335762 c3 l11 | 405 | 896 |
1 lae80818 783127 c3 63 | 408 | 899 |
hp4e13394 35957200 fl 21 | 420 | 911 |
hp5p15575 6140713J2 18 | 426 | 917 |
hp5pl564l 24304527 c3 35 | 428 | 919 |
hp5pl5641 25635452 c3 34 | 429 | 920 |
hp6p10606 l9546933 c3 31 | 432 | 923 |
02ae31010 16833312 f2 19 | 439 | 930 |
02ae31010 36132785 f2 29 | 442 | 933 |
05epl0815 4195292 cl 84 | 451 | 942 |
• ·
12apl0324 13178562J3 6 | 471 | 962 |
hp2e!091l 4882027 c2 87 | 474 | 965 |
hp5pl5212 6928132 c3 34 | 478 | 969 |
hp7pl0290 25548812J3 14 | 488 | 979 |
07ee50709 l 0213593 O 77 | 986 | 1040 |
06ep 10615 14649077 f2 30 | 987 | 1041 |
01ce61016 23609580 c3 139 | 990 | 1044 |
06gp71906 3024126 c1 128 | 991 | 1045 |
09cp10713 34024187 fl 31 | 993 | 1047 |
02apl1117 23495187 c3 81 | 1001 | 1055 |
09cp 10713 34024187 fl 31 | 1002 | 1056 |
hp1e80523 23485968 c2 49 | 1007 | 1061 |
09cel0413 5865665 fl 4 | 1013 | 1067 |
01ce61016 23609580 c3 13 9 | 1016 | 1070 |
14cpll908 783127 cl 72 | 1018 | 1072 |
hp4e13394 5088562 f3 54 | 1021 | 1075 |
hp8e10080 19546933 c2 88 | 1026 | 1080 |
07ee50709 960952 fÍ47 | 1035 | 1089 |
D. JINÉ BUNĚČNÉ PROTEINY | ||
Olgel1619 23711062 c3 14 | 256 | 747 |
02gp20706 23866562 c2 53 | 267 | 758 |
06cp30603 23476568 cl 44 | 282 | 773 |
01gel0203 35281542 c3 16 | 306 | 797 |
01gel0203 860166 f3 9 | 307 | 798 |
Olgel1619 13788141 c2 ll | 308 | 799 |
Olgel1619 24415880 c2 12 | 309 | 800 |
Olgel1619 24417813 cl 8 | 310 | 801 |
04cpl1202 23553177 cl 75 | 316 | 807 |
04cpl 1202 23553177 c3 J09 | 317 | 808 |
29ep10720 24220926 f2 8 | 332 | 823 |
29epl0720 24432762 c3 39 | 333 | 824 |
29ge30321 21673965 f2 7 | 336 | 827 |
29ge30321 24336712 fl 5 | 337 | 828 |
hp2p10272 24406280 c1 26 | 339 | 830 |
hp3pl0807 29343768 fl l | 340 | 831 |
hp3pl0807 29352212 f2 5 | 341 | 832 |
02ep20506 24611325 f2 6 | 344 | 835 |
06ael 1016 30579712 f2 21 | 369 | 860 |
06cpl1217 4897077 fl 6 | 376 | 867 |
06epl1202 26353438 cl 22 | 382 | 873 |
06ep30223 4876077 c3 149 | 386 | 877 |
hp5e15044 4554652 O 3 | 423 | 914 |
hpóp10590 23440913 c2 31 | 431 | 922 |
hp6pl0904 2214676 cl 14 | 435 | 926 |
hp6pl0904 23704412 f2 5 | 436 | 927 |
06epl 1202 792962 c2 26.aa | 458 | 949 |
06gp71906 l5115637 f2 59 | 462 | 953 |
hp3elll88 47327 f2 5 | 475 | 966 |
hp3el 1188 5082842 f3 12 | 476 | 967 |
hp5p1564l 30273312 c2 28 | 479 | 970 |
hp5pl5641 5211687 c2 29 | 480 | 971 |
hpóp10590 30521093 f2 14 | 481 | 972 |
• ·
hp6p10904 7089062 c1 16 | 482 | 973 |
hp6pl2129 16603417 O 14 | 483 | 974 |
hp6pl2244 3948467 cl 52 | 484 | 975 |
hp6p22217 23470967 fl 4 | 485 | 976 |
hp7e10192 4412568 f2 5 | 486 | 977 |
hp7pl0287 24611325 c2 24 | 487 | 978 |
hp7pl0290 25585941 f3 12 | 489 | 980 |
02gel0116 23866562 c3 146 | 984 | 1038 |
hp4p62853 5914693 c3 52 | 994 | 1048 |
07cel0312 4554652 O 2 | 1024 | 1078 |
hp6pl2244 3948467 c3 88 | 1036 | 1090 |
vysvětlivky: nt SEQ ID číslo nukleotidu a aa je SEQ ID číslo aminokyseliny.
Definice.
Čištěný přípravek nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidu znamená polypeptid, který je separován od jiných proteinů, lipidů a nukleových kyselin, s nimiž se společně přirozeně vyskytuje. Upřednostňuje se, aby se polypeptid také separoval od látek, jako jsou např. protilátky nebo gelová matrice, např. polyakrylamid, které se používají při jeho čištění. Upřednostňuje se, aby polypeptid tvořil nejméně 10, 20, 50, 70, 80 nebo 95% suché hmetnosti čištěného přípravku. Přípravek s výhodou obsahuje dostatek polypeptidu, aby bylo možné sekvenovat protein; nejméně 1, 10 nebo 100 μg polypeptidu; nejméně 1, 10 nebo 100 mg polypeptidu.
Čištěný přípravek buněk v případě rostlinných nebo zvířecích buněk znamená in vitro buňky a nikoli celou neporušenou rostlinu nebo zvíře. V případě kultivovaných buněk nebo mikrobiálních buněk zahrnuje nejméně 10% a s výhodou 50% buněk, které jsou předmětem zájmu.
V podstatě čistá nukleová kyselina, např. v podstatě čistá DNA je nukleová kyselina, která zahrnuje jednu nebo obě z následujících možností: bezprostředně nenavazuje na obě • · kódující sekvence, se kterými bezprostředně sousedí (to je jeden na 5'konci a jedne na 3'konci) v přirozeně se vyskytujícím genomu organizmu, ze kterého se nukleová kyselina získala; nebo která je v podstatě bez nukleové kyseliny, se kterou se objevuje v organizmu, z něhož se nukleová kyselina získala. Uvedený termín zahrnuje například rekombinantní DNA, která je začleněna do vektoru, např. do samostatně se replikujícího plazmidu nebo viru nebo do genomové DNA prokaryonta nebo eukaryonta nebo která existuje jako oddělená . molekula (např. cDNA nebo fragment genomové DNA, který vznikl pomocí PCR nebo aplikací restrikčních endonukleáz) nezávisle na jiných sekvencích DNA. V podstatě čistá DNA také zahrnuje rekombinantní DNA, která je částí hybridního genu, jenž kóduje další sekvenci DNA bakterie H. pyl ori.
Contig zde znamená nukleovou kyselinu, která tvoří navazující protažení genomové sekvence organizmu.
Otevřený čtecí rámec zde taká uvedený jako ORF je oblast nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Tato oblsat může reprezentovat část kódující sekvence nebo celou sekvenci.
Kóduj ící přepiduje do polypeptidu v sekvence je nukleová kyselina, která se mediátorové případě, že
RNA a/nebo se překládá do se řídí vhodnými refulačními sekvencemi. Hranice kódující sekvence jsou stanoveny kodonem počátku translace na 5'konci a stop kodonem translace na 3'konci. Kódující sekvence může zahrnovat, ale není omezena na mediátorovou RNA, syntetickou DNA a rekombinantními sekvencemi nukleové kyseliny.
Komplement nukleové kyseliny znamená antiparalelní nebo antisense sekvenci, která se podílí na párování baží podle Watson-Crick teorie s původní sekvencí.
Genový produkt je protein nebo strukturální RNA, která je specificky kódována genem.
Termín sonda znamená nukleovou kyselinu, peptid nebo jinou chemickou entitu, která se specificky váže na molekulu, která je ve středu zájmu. Sondy jsou často značeny nebo jsou schopny se spojovat se značícími látkami. Uvedená značka je chemická část, která je schopna detekce. Mezi typické značící látky patří barviva, radioizotopy, luminiscenční a chemoluminiscenční látky, fluorofory, enzymy, precipitační činidla, amplifikační sekvence a podobně. Podobně nukleová kyselina, peptid nebo jiná chemikálie, které se specificky váží na molekulu, která je středem zájmu, a imobilizují ji se zde nazává záchytným ligandem. Záchytné ligandy jsou v typickém případě spojeny s nosičem, jako je například nitrocelulóza, sklo, nylonová membrána, kuličky, částice a podobně. Specificta hybridizace závisí na podmínkách, jako je složení párů baží nukleotidů a teplota a koncentrace solí v reakci. Tyto podmínky může odborník snadno rozeznat za použití rutinních experimentů.
Homologie znamená podobnost sekvencí nebo shodnost sekvencí mezi dvěma polypeptidy nebo mezi dvěmi molekulami nukleové kyseliny. Jestliže pozice v obouch ze dvou srovnatelných sekvencí je obsazena stejnou baží nebo aminokyselinovou monomérní podjednotkou, např. jestliže pozice v každé ze dvou molekul DNA je obsazena adeninem, pak molekuly jsou v této pozici homologní. Procento homologie mezi dvěmi sekvencemi je funkce počtu homologních pozic nebo pozic, které se k sobě hodí, které zdili dvě sekvence, děleno počtem pozic, které se srovnávají, násobeno stem. Jestliže například 6 z 10 pozic ve dvouch sekvencích se k sobě hodí nebo jsou homologní, pak tyto dvě sekvence jsou ze 60% homologní. Například sekvence DNA ATTGCG a TATGGC mají 50% homologii. Obecně se srovnání provádí v případě, že dvě • ·
I » · · ·· · * • · ·· 1 sekvence jsou orientová ny tak, aby došlo k maximální homologii.
Nukleové kyseliny mohou spolu navzájem hybridizovat, jestliže se nejméně jeden řetězec nukleové kyseliny může vázat na jiný řetězec nukleové kyseliny za definovaných podmínek.
Přísnost podmínek hybridizace se definuje: (a) jako teplota, při které probíhá hybridizace a/nebo promývání; a (b) iontová síla a polarita hybridizadního a promývacího roztoku. Hybridizace požaduje, aby dvě nukleové kyseliny obsahovaly komplementární sekvence; v závislosti na přístnosti hybridizace se mohou tolerovat chybné párování. V typickém případě hybridizace dvouch sekvencí za velmi striktních podmínek (např. v roztoku 0,5x SSC, při teplotě 65 °C) požaduje, aby sekvence byly kompletně homologní. Středně striktní podmínky (např. 2XSSC při teplotě 65 °C) a málo přísné podmínky (např. 2X SSC při teplotě 55°C) vyžadují nižší celkovou komplementaritu mezi hybridizačními sekvencemi. (1XSSC je 0,15M NaCl, 0,015M citrát sodný).
Termíny peptidy, proteiny a polypetidy jsou zde zaměnitelné.
Termín povrchový protein znamená všechny povrchově přístupné proteiny, například proteiny vnitřní nebo vnější membrány, proteiny adherující k buněčné stěně a vylučované proteiny.
Polypeptid má biologickou aktivitu bakterie H. pylori v případě že vykazuje, jednu, dvě a s výhodou více následujících vlastností: (1) v případě, že je exprimován v případě infekce bakterií H. pylori, může podporovat nebo zprostředkovat zachycení bakterie H. pylori na buňku; (2) má enzymatickou aktivitu, která cahrakterizuje protein bakterie H. pylori; (3) nebo gen, který ho kóduje, může zachránit letální mutaci v genu bakterie H. pylori. Polypeptid má biologickou aktivitu, jestliže je antagonistou, agonistou nebo superagonistou polypeptidů, který má jednu shora uvedených vlastností.
Biologicky aktivní fragment nebo analog je ten, který má in vivo nebo in vitro aktivitu, která je chrakteristická pro polypeptidy bakterií H. pylori, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu, nebo pro jiné přirozeně se vyskytující polypeptidy bakterie H. pylori. Popisují se zde jedna nebo více biologických aktivit. Zvláště preferované jsou fragmenty, které existují in vivo, např. fragmenty, které vznikají při postranskripčních úpravách nebo ke kterým dochází při translaci alternativně sestřižených RNA. Mezi fragmenty se zahrnují ty, které se exprimovaly v přirozených nebo endogenních buňkách, stejně jako ty, které se připravují v expresivním systému, např. v buňkách CHO. Protože peptidy, jako jsou polypeptidy bakterie H. pylori, často vykazují rozmezí fyziologických vlastností a protože takové vlastnosti se mohou přisuzovat různým částím molekuly, použitelný fragment nebo analog je ten, který vykazuje biologickou aktivitu v libovolném biologickém testu, kde se zkoumá aktivita bakterie H. pylori. Je výhodné, když fragment nebo analog v libovolném in vivo nebo in vitro testu vykazuje 10%, přednostně 40%, s výhodou 90% a vyšší aktivitu bakterie H. pyl ori.
Analogy se mohou lišit od přirozeně se vyskytujících polypeptidů bakterie H. pylori aminokyselinovou sekvencí nebo rysem, který nezahrnuje sekvenci nebo oběma způsoby. Žádné modifikace nezahrnují změny fosforylaci, karboxylaci nebo analogy zahrnují polypeptidy bakterie H. pylori (nebo její biologicky aktivní fragment), jejichž sekvence se liší od sekvence divokého typu substitucí jedné nebo více konzervativních aminokyselin nebo substitucí, delecí nebo v acetylaci, metylaci, glykosylaci. Preferované ·· ·· • · · • »·· • · · • · · ·« ·· • · · • · • ·· · • ·
inzercí jedné nebo více nekonzervativních aminokyselin, které v podstatě nepoškozují biologickou aktivitu polypeptidu bakterie H. pylori. Konzervativní substituce v typickém případě zahrnuje substituci jedné aminokyseliny jinou aminokyselinou, která vykazuje podobné charakteristiky, např. substituce v následujících skupinách: valin, glycin; glycin, alanin; valin, izoleucin, leucin; kyselina aspartová, kyselina glutamová; asparagin, glutamin; serin, treonin; lysin, arginin; a fenylalanin, tyrozin. Jiné konzervativní substituce jsou uvedeny v tabulce č. 2 dále v textu.
Tabulka č. 2
Náhrady konzervativních aminokyselin
aminokyselina | kód | nahrazeno libovolnou z |
alanin | A | D-Ala, Gly, beta-Ala, L-Cys, D-Cys |
arginin | R | D-Arg, Lys, D-Lys, homo-Arg, Dhomo-Arg, Met, Ile, D-Met, D-Ile, Orn, D-Orn |
asparagin | N | D-Asn, Asp, D-Asp, Glu, D-Glu, Gin, D-Gln |
kys. aspartová | D | D-Asp, D-Asn, Asn, Glu, D-Glu, Gin, D-Gin |
cystein | C | D-Cys, S-Me-Cys, Met, D-Met, Thr, D-Thr |
glutamin | Q | D-Gln, Asn, D-Asn, Glu, D-Glu, Asp, D-Asp |
kys. glutamová | E | D-Glu, D-Asp, Asp, Asn, D-Asn, Gin, D-Gln |
glycin | G | Ala, D-Ala, Pro, D-Pro, β-Ala, Acp |
izoleucin | I | D-Ile, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met |
leucin | L | D-Leu, Val, D-Val, Leu, D-Leu, Met, D-Met |
lyzin | K | D-Lys, Arg, D-Arg, homo-Arg, Dhomo-Arg, Met, D-Met, Ile, D-Ile, Orn, D-Orn |
metionin | M | D-Met, S-Me-Cys, Ile, D-Ile, Leu, D-Leu, Val, D-Val |
fenylalanin | F | D-Phe, Tyr, D-Thr, L-Dopa, His, DHis, Trp, D-Trp, Trans-3,4 nebo 5fenylprolin, cis-3,4, nebo 5fenylprolin |
,· «· • · · • ··· ···· ·· ♦ · ·· » · · · » · ·· ··· · · • · · ·· ··
prolin | P | D-Pro, L-I-tioazolidin-4karboxylová kyselina, D-neboL-1oxazolidin-4karboxylová kyselina |
serin | S | D-Ser, Thr, D-Thr, allo-Thr, Met, D-Met, Met(0), D-Met(0), L-Cys, DCys |
treonin | T | D-Thr, Ser, D-Ser, Allo-Thr, Met, D-Met, Met(O), D-Met(0), Val, DVal |
tyrozin | Y | D-Tyr, Phe, D-Phe, L-Dopa, His, DHis |
valin | v | D-Val, Leu, D-Leu, Ile, D-Ile, Met, D-Met |
Jiné analogy podle vynálezu jsou ty s modifikací, která zvyšuje stabilitu peptidu; takové analogy mohou obsahovat například jednu nebo více nepeptidových vazeb (které nahrazují peptidové vazby) ve peptidové sekvenci. Také zahrnují analogy, které zahrnují zbytky jiné, než přirozeně se vyskytující L-aminokyseliny, např. D-aminokyseliny nebo ne přirozeně se vyskytující nebo syntetické aminokyseliny, např. β nebo γ aminokyseliny; a cyklické analogy.
Termín fragment znamená analog, který obyčejně má nejméně okolo 20 zbytků, s výhodou nejméně okolo 40 zbytků, upřednostňuje se okolo 60 zbytků. Fragmenty polypeptidů mohou vznikat způsoby, které odborník zná. Schopnost fragmentu vykazovat biologickou aktivitu polypeptidu bakterie H. pylori se může stanovit zde popsanými způsoby. Také se zahrnují polypeptidy bakterie H. pylori, které obsahují zbytky, jenž se nepodílí na biologické aktivitě peptidu nebo které vedou k alternativnímu sestřihu mRNA nebo k alternativní úpravě proteinu.
Termín imunologický komponent znamená část, jako je polypeptid bakterie H. pylori, analog nebo její fragment, který je schopný vyvolat v hostitelském zvířeti humorální a/nebo buněčnou imunní odezvu.
• · · ·
Termín antigenní komponent znamená část, jako je například polypeptid bakterie H. pylori, analog nebo její fragment, který je schopný se vázat na specifické protilátkys dostatečně vysokou afinitou, aby se vytvořil detekovatelný komplex antigen-protilátka.
Termín transgen znamená nukleovou kyselinu (kódující např. jeden nebo více polypeptidu), která je částečně nebo celá heterogenní, to znamená, že je pro transgenní zvíře nebo buňku, do které se vnesla, cizorodá nebo je homogenní s endogenním genem transgenního zvířete nebo buňky, do které se vnesla, ale která je připravena tak, aby byla schopna se začlenit nebo je začleněna do buněčného genomu takovým způsobem, aby změnila gen buňky, do kterého je začleněna (např. začlení se do oblasti, která se liší od oblasti v přirozeném genu, nebo inzerce nukleové kyseliny vede ke záhubě buňky). Transgen může zahrnovat transkripčních regulačních sekvencí a nukleovou kyselinu, jako jsou introny, nezbytné při optimální expresi vybrané nukleové kyseliny a které jsou operabilně spojeny s vybranou nukleovou kyselinou, a mohou dále obsahovat zesilovací sekvenci.
Termín transgenní buňka znamená buňku obsahující transgen.
Termín transgenní zvíře znamená libovolné zvíře, ve kterém jedna nebo více, s výhodou všechny buňky obsahují transgen. Transgen se může zavést do buňky přímo nebo nepřímo, což znamená, že se zavede do prekurzoru buňky způsobem záměrné genové manipulace, jako je mikroinjektáž nebo infekce rekombinantím virem. Tato molekula se může začlenit do chromozomu nebo se může replikovat mimo chromozom.
jednu nebo více libovolnou jinou které mohou být • ·
Termín protilátka je zamýšlena, aby zahrnovala fragment, který specificky reaguje s polypeptidy bakterie H. pylori.
Termín buněčně specifický promotor znamená DNA sekvenci, která slouží jako promotor, to znamená, že reguluje expresi vybrané sekvence DNA, která je operabilně spojena s promotorem a který ovlivňuje expresi vybrané sekvence DNA ve specifických buňkách tkáně. Termín také zahrnuje tak zvané děravé (leaky) promotory, které regulují expresi vybrané DNA primárně v jedné tkáni, ale stejně tak způsobují expresi v dalších tkáních.
Termín misexprese znamená nedivoký typ paternu genové exprese. To zahrnuje expresi, která není na úrovni expresi divokého typu, to znamená, že přesahuje nebo nedosahuje úrovně exprese divokého typu; patern exprese se liší od paternu exprese divokého typu v čase nebo v stádiu, ve kterém se gen exprimuje, například jde o zvýšenou nebo sníženou expresi (jestliže se srovnává s expresí divokého typu) v předem určeném časovém úseku nebo fázi vývoje; patern exprese, který se liší od paternu divokého typu sníženou expresí (jestliže se srovnává s expresí divokého typu) v předem určených typech buněk nebo v typu tkáně; patern exprese, který se liší od paternu divokého typu místem sestřihu, aminokyselinovou sekvencí, postranslační úpravou nebo biologickou aktivitou exprimovaného polypeptidu; patern exprese, který se liší od paternu divokého typu účinkem stimulu prostředí nebo extrabuněčným stimulem na expresi genu, např. patern zesílené nebo zeslabené exprese (srovnáno s divokým typem), je-li zeslaben nebo zesílen stimul.
Termín hostitelská buňka a jiné takové termíny, které popisují mikrooragnizmy nebo vyšší eukaryontní buněčné linie kultivované jako jednobuněčné entity, znamenají buňky, které se mohou stát nebo se používají jako recipienti ♦ ·
rekombinantního vektoru nebo jiné transferové DNA a zahrnují progeny původní buňky, která se transfekuje. Odborník ví, že v případě progenů jednoduché rodičovské buňky není nezbytné, aby jejich genomová nebo celková DNA byla zcela identická s původním parentem, což je způsobeno náhodnou nebo záměrnou mutací.
Termín řídící sekvence znamená nukleovou kyselinu, která má sekvenci, jenž rozeznává hostitelský organizmus, aby ovlivnil expresi kódovaných sekvencí, ke kterým je připojena. Podstata takových řídících sekvencí se liší v závislosti na hostitelském organizmu; u prokaryontů takové řídící sekvence obecně zahrnují promotor, ribozomální vazebné místo a terminátory; v eukaryontech obecně takové řídící sekvence zahrnují promotory, terminátory a v některých případech zesilovače. Termín řídící sekvence zahrnuje nejméně všechny komponenty, jejichž přítomnost je nezbytná pro expresi a může také zahrnovat další komponenty, jejichž přítomnost je výhodná, například vedoucí sekvence.
Termín operabilně spojen znamená spojení nebo ligace sekvencí, které fungují zamýšleným způsobem. Řídící sekvence je například operabilně spojena s kódující sekvencí ligací takovým způsobem, že exprese kódující sekvence se dosáhne za podmínek kompatibilních s řídící sekvencí a hostitelskou buňkou.
Metabolizmus látky znamená libovolný aspekt exprese, funkce, působení nebo regulace látky. Metabolizmus látky zahrnuje modifikace , např. kovalentní nebo nekovalentní modifikace látky. Metabolizmus látky zahrnuje modifikace, např. kovalentní nebo nekovalentní modifikace, které látka indukuje u jiných substancí. Metabolizmus látky také zahrnuje změny v distribuci látky. Metabolizmus látky také zahrnuje změny, které látka indukuje v distribuci jiných látek.
• ·
Termín vzorek znamená biologický vzorek, jako je například tělní tkáň nebo tekutina (zahrnujíc bez omezení plazmu, sérum, mozkomíšní mok, lymfu, slzy, sliny a tkáňové sekce) nebo z in vitro buněčných kultivačních konstituentů stejně jako vzorky prostředí.
V praktických příkladech vynálezu se používají, není-li uvedeno jinak, běžné chemické způsoby, způsoby molekulární biologie, mikrobiologie, rekombinace DNA a imunologie, které jsou dobře známy v oboru. Takové způsoby se popisují v Fritsch a Maniatis, Molecular
2nd ed.
(1989); DNA Cloning, 1985); Oligonucleotide publikacích např. Sambrook,
Cloning; Laboratory Manual Volumes I and II (D.N. Glover ed.
Synthesis (M. J. Gait ed, 1984); Nucleic Acid Hybridization (B.D. Hames & S.J. Higgins eds. 1984); Methods in Enzymology (Academie Press, lne.), zvláště Vol. 154 a 155 (Wu and Grossman, eds.) a PCR-A Practical Approach (McPherson, Quirk, and Taylor, eds.)
I. Izolace r.ukleových kyselin bakterie H. pylori a použití genomové sekvence bakterie H. pylori.
Vynález popisuje nukleotidové sekvence genomu bakterie H. pylori, které tudíž zahrnují sekvence knihovny genomové DNA bakterie H. pylori. Detailní popis, který následuje, poskytuje nukleotidové sekvence bakterie H. pylori a také uvádí způsob získání sekvencí a způsob identifikace ORF a sekvencí, které kódují proteiny. Také uvádí způsoby použití sekvencí bakterie H. pylori při diagnostice a pro terapeutické účely. Dále knihovna se může použít jako databáze při identifikaci a srovnání lékařsky důležitých sekvencí v tomto nebo v jiných kmenech bakterie H. pylori.
Za účelem stanovení genomové sekvence bakterie H. pylori se izolovala DNA z kmene bakterie H. pylori a mechanicky se nastřihala nebulizací na střední velikost 2 kb. Následovalo • · · · » · · • · · · • · « • · « » · · · · · • · · · > · · I » « · · • · · · I • · • · · · dělení podle velikosti gelovou elektroforézou a fragmenty mely tupé konce, ligovaly se do adaptérových oligonukleotidů a klonovaly se do každého z 20 různých pMX vektorů (Rice et al., abstrakt z Meeting of Genome Mapping and Sequencing, Cold Spring Harbor, NY, 5/11-5/15, 1994, str. 225) za účelem konstrukce série knihovny subklónů.
Sekvenování DNA se provedlo za použití sekvenčních postupů, jak v podstatě popisují publikace Church et al., 1988, Science 240: 185; U.S. Patens No. 4,942,124 a 5,149,625). DNA se extrahovala ze shromážděných kultur a provedlo se chemické nebo enzymatické sekvenování. Sekvenační reakce se rozdělila elektroforézou a produkty se přenesly na nylonové membrány, na které se kovalentně navázaly. Nakonec se membrány postupně hybridizovaly se sérií značených oligonukleotidů, které jsou komplementární s tag sekvencemi přítomnými v různých klónovacích vektorech. Tímto způsobem se může získat velký počet sekvencí ze sekvenčních reakcích s jednoduchým uspořádáním. Postupy klonování a sekvenování se detailněji popisují v dalších příkladech.
Pro čtení jednotlivých sekvencí se použil program FALCON™ (Church et al., 1994, Automated DNA Sequencing and Analysis, J.C. Venter, ed., Academie Press) a PHRAP (P. Green, Abstrakty DOE Human Genome Program Contractor-Grantee Workshop V, Jan. 1996, pl57). Získalo se výsledné sestavení contigů, každý reprezentuje navazující protažení DNA, nebo sekvence DNA. Délka průměrného contigu je přibližně 3 kb.
Za účelem contigů, aby se získaly souvislá sekvence, která reprezentuje celý genom bakterie H. pylori se použila řada přístupů. Syntetické oligonukleotidy se navrhly tak, aby byly komplementární se sekvencemi na konci každého contigu. Tyto oligonukleotidy mohou hybridizovat s knihovnami genomové DNA bakterie H. pylori například ve vektorech fága lambda, aby se identifikovaly klony, které obsahují sekvence
odpovídající spojovacím oblastem mezi jednotlivými contigy. Takové klony se pak používají pro izolaci templátové DNA a některé oligonukleotidy se používají jako primery v polymerázové řetězové reakci (PCR) pro amplifikaci spojených fragmentů, přičemž se pak určila jejich nukleotidová sekvence.
Testovala se přítomnost otevřeného čtecího rámce (ORF), který zahrnuje nejméně 180 nukleotidů, v sekvenci bakterie H. pylori. Předpovídala se existence ORF se 180 nukleotidy (jestliže se ORF čte od terminačního kodonu k terminačnímu kodonu). V případě, že se používá analýza ORF na základě čtení stop kodon až stop kodon, nemohou tyto ORF odpovídat ORF přirozeně se vyskytujícího polypeptidy bakterie H. pylori. Ubedené ORF mohou obsahovat iniciační kodony, které indikují iniciaci syntézy proteinu přirozeně se vyskytujícího polypeptidů bakterie H. pylori. Takové počáteční kodony v ORF, které se zde popisují, mohou být identifikovány odborníkem a výsledný ORF a kódovaný polypeptid bakterie H. pylori je předmětem vynálezu. Například v ORF se může identifikovat kodon, jako je AUG nebo GUG (kódující metionin nebo valin), jenž je součástí iniciačního signálu syntézy proteinu, a ORF se modifikoval, aby odpovídal přirozeně se vyskytujícímu polypeptidů bakterie H. pylori. Předpovídaná kódující oblast se definovala zhodnocením kódujícího potencionálu takových sekvencí za pomoci programu GENEMARK™ (Borodovsky and Mclninch, 1993, Comp. Chem. 17:123).
Jiné nukleové kyseliny bakterie H. pylori
Nukleové kyseliny podle vynálezu se mohou získat přímo z DNA shora zmiňovaného kmene bakterie H. pylori za použití polymerázové řetězové reakce (PCR). Detailní popis PCR je v publikaci PCR, A Practical Approuch (McPherson, Quirke, and Taylor, eds., IRL Press, Oxford, UK, 1991). PCR s vysokou linie mRNA.
nebo věrností se může používat pro zajištění věrné kopie DNA před expresí. Amplifikovaný produkt se může kontrolovat běžnými sekvenčními metodami. Klony nesoucí požadované sekvence podle vynálezu se mohou získat testováním knihoven pomocí PCR nebo hybridi žací na membráně kolonií nebo plaků knihovny se syntetickými oligonukleotidovými sondami (Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual 2nd edition, 1989, Cold Spring Harbor Press, NY).
Je také možné v souladu se zde popsanými protokoly získat nukleové kyseliny kódující polypeptidy bakterie H. pylori z knihovny cDNA. cDNA kódující polypeptid bakterie H. pylori se může získat izolací celkové mRNA z vhodné buněčné Dvouřetězcová cDNA se pak může připravit z celkové cDNA se následně může začlenit do vhodného plazmidu virového vektoru (např. bakteriofágu) , přičemž se používá jedna z řady známých metod. Geny kódující polypeptidy bakterie H. pylori se mohou také klonovat použitím metody polymerázové řetězové reakce v souladu s informacemi o nukleové sekvenci podle vynálezu. Nukleovými kyselinami podle vynálezu mohou být DNA nebo RNA. Preferované nukleové kyseliny jsou uvedeny v sekvenčním protokolu.
Nukleové kyseliny podle vynálezu se mohou také chemicky syntetizovat za použití standardních metod. Jsou známy řůzné metody chemické syntézy polydeoxynukleotidů, které zahrnují syntézu napevné fázi, která podobně jako syntéza peptidu je a probíhá na komerčně dostupných (Itakura et al., U.S. Patent No.
4,598,049; Caruthers et al., U.S. Patent No. 4,458,066; a Itakura U.S. Patent No. 4,401,796 a 4,373,071).
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s vynálezem jsou použitelné bez omezení jako sondy, primery, záchytné ligandy, antisense geny a pro vyvyjející se expresivní systémy vhodné pro syntézu proteinů a peptidů, plně automatizovaná syntetizátorech DNA
které odpovídají takovým sekvencím. Nukleové kyseliny, které se používají jako primery, sondy, záchytné ligandy a antisense činidla, normálně zahrnují celou nebo část (v zájmu specifity a schopnosti tvořit stabilní produkt hybridizace obsahují přibližně 20 nebo více nukleotidů) nukleové kyseliny uvedené v sekvenčním protokolu. Tyto použití se detailně popisují v dalších příkladech dále v textu.
Sondy
Nukleové kyseliny izolované nebo syntetizované v souladu s nukleotidovými sekvencemi, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu se mohou používat jako sonda pro specifickou detekci bakterie H. pylori. Podle sekvenčních informací uvedených zde v přihlášce se identifikovaly sekvence 20 nebo více nukleotidů, které poskytují požadovanou inkluzivitu a exkluzivitu s ohledem na bakterii H. pylori, a soutěží za danných hybridizačních podmínek s nepatřičnými nukleovými kyselinami. Je výhodné, aby sekvence zahrnovaly nejméně dvacet až třicet nukleotidů za účelem zajištění stability hybridizačního produktu, který vzniká mezi sondou a zamýšlenými cílovými molekulami.
Je obtížné syntetizovat sekvence větší než 1000 nukleotidů, ale mohou se připravit rekombinací DNA. Odborníci vědí, že nukleové kyseliny, které se použijí jako sonda, se za účelem detekce hybridizačního produktu značí.
Nukleové kyseliny, které se izolovaly a syntetizovaly v souladu se sekvencemi uvedenými v sekvenčním protokolu, se mohou použít jako sondy při detekci homologních oblastí (zvláště homologních genů) jiných specií H. pylori za použití zde popsaných přísných hybridizačních podmínek.
Záchytné ligandy « · • · « ·
Za účelem použití jako záchytný ligand nukleová kyselina, která se s ohledem na sondy vybrala shora popsaným způsobem, může být spojena s podporou. Způsob, kterým se nukleová kyselina spojuje s podporou je dobře znám. Nukleová kyselina má sekvenci s 20 nebo více nukleotidy, která je uvedena v sekvenčním protokolu, se používá při separaci nukleové kyseliny bakterie H. pylori od nukleové kyseliny každého jiného organizmu. Nukleová kyselina má v sekvenci uvedené v sekvenčním protokole dvacet nebo více nukleotidů a může se také využívat k separaci jiných specií Heliobacter a od jiných organizmů. Upřednostňuje se, aby sekvence obsahovala nejméně dvacet nukleotidů, aby byla zabezpečena stabilita hybridizačního produktu, který se tvoří mezi sondou a zamýšlenými cílovými molekulami. Sekvence, které jsou větší než 1000 nukleotidů, je obtížné syntetizivat, ale mohou vznikat způsobem rekombinace DNA.
Primery
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se zde popsanými sekvencemi se mohou používat jako primery při amplifikaci nukleové kyseliny bakterie H. pylori. Tyto nukleové kyseliny se mohou také používat jako primery při amplifikaci nukleových kyselin v dalších specií Heliobacter. S ohledem na způsob polymerázové řetězové reakce (PCR) nukleové kyseliny, které obsahují 10 až 15 nukleotidů nebo více nukleotidů a které jsou obsaženy v sekvenčním protokolu se mohou využít ve spojení s vhodnými enzymy a činidly za účelem vytvoření kopií nukleové kyseliny bakterie H. pylori. Upřednostňuje se, aby sekvence obsahovala dvacet nebo více nukleotidů, čímž se zajistí stabilita hybridizačního produktu, který se tvoří mezi primerem a zamýšlenými cílovými molekulami. Vazebné podmínky u primerů, které jsou větší než 100 nukleotidů, se řídí daleko obtížněji, aby se dosáhlo
specifičnost. PCR s vysokou věrností se může použít k zajištění věrohodnosti kopie PCR před expresí. Navíc amplifikované produkty se mohou kontrolovat běžnými sekvenačními metodami.
Kopie se mohou využít v diagnostických testech za účelem detekce specifických sekvencí, do kterých patří geny bakterie H. pylori a/nebo další specie Heliobacter. Uvedené kopie se také mohou začlenit do klónovacích a expresivních vektorů za vzniku polypeptidů, které odpovídají nukleové kyselině syntetizované PCR, která se zde popisuje detailněji.
Antisense
Nukleová kyselina nebo deriváty hybridizující s nukleovou kyselinou izolované nebo syntetizované podle zde popsaných sekvencí se využívají jako antisense činidla při prevenci exprese genů bakterie H. pylori. Tyto sekvence se také mohou použít jako antisense činidla při prevenci esprese genů jiných specií H. pylori.
V jednom provedení vynálezu nukleové kyseliny nebo deriváty odpovídající nukleovým kyselinám bakterie H. pylori se spojí s vhodným nosičem, jako je liposim nebo bakteriofág za účelem jejich zavedení do bakteriálních buněk. Nukleová kyselina, která má například 20 nebo více nukleotidů je schopna se vázat na nukleovou kyselinu bakterie nebo na mediátorovou RNA bakterie. Upřednostňuje se, aby antisense nukleová kyselina obsahovala 20 nebo více nukleotidů, aby mohlo být dosaženo nezbytné stabilety hybridizačního produktu nukleové kyseliny, která se přirozeně nevyskytuje, a bakteriální nukleové kyseliny a/nebo bakteriální mediátorové RNA. Nukleovou kyselinu, která má sekvence větší než 1 000 nukleotidů, je obtížné syntetizovat, ale může vznikat způsobem rekombinace DNA. Způsoby nanesení nukleové kyseliny na lipozomy jsou dobře známy v oboru a popisují se v U.S.
Patentu 4,241,046 podaném 23. Prosince 1980, autorem je Papahadjopoulos et al.
II. Exprese nukleových kyselin bakterie H. pylori.
Nukleová kyselina izolovaná nebo syntetizovaná v souladu se zde popsanými sekvencemi se může využít pro přípravu polypeptidů. Nukleové kyseliny uvedené v sekvenčním protokole nebo fragmenty uvedených nukleových kyselin, které kódují aktivní části polypeptidů bakterie H. pylori, se mohou klonovat do vhodných vektorů nebo se mohou použít při izolaci nukleové kyseliny. Izolovaná nukleová kyselina se kombinovala s vhodnými linkery DNA a klonovala se do vhodného vektoru.
Funkce specifického genu nebo operonu se dá zjistit expresí v bakteriálním kmenu za podmínek, kde aktivita genového produktu(ů) specifikovaná danným genem nebo operonem se může specifiky měřit. V jiném případě produkt genu se může za účelem použití jako antigen, průmyslové činidlo nebo při studiích struktury produkovat v expresivních kmenech ve velkém množství. Tato exprese se může uskutečnit v mutantním kmenu, který postrádá aktivitu genu, který se testuje nebo v kmenu, který neprodukuje stejný genový produkt (y). Tyto kmeny zahnrují, ale nejsou omezeny na jiné kmeny Heliobacter a jiné bakteriální kmeny, jako jsou E. coli, Norcardia, Corynebacterium a specie Streptomyces. V některých případech exprese hostitele bude využívat přirozený promotor bakterie H. pylori, zatímco v jiných případech je nutné řídit gen promotorovou sekvencí, která je odvozena od expresivního organizmu (např. beta-galaktosidázový promotor bakterie E. coli, který je vhodný při expresi v E. coli.)
Za účelem exprese genového produktu, kde se používá přirozený promotor bakterie H. pylori, se používají následující způsoby. Restrikční fragment obsahující zajímavý gen spolu s jeho spojeným přirozeným promotorovým elementem a
plazmid se elektroporací regulační sekvence (určené za použití dat o sekvenci DNA) se klonuje do vhodného rekombinantího plazmidu, který zahrnuje počátek replikace, který je funkční v hostitelském oragnizmu a vhodný selekční markér. Toho lze dosáhnout řadou postupů, které jsou dobře známy v oboru. Nejvýhodnější postup je pro účely klonování nastřihat plazmid a fragment stejným restrikčním enzymem za vzniku kompatibilních konců, které se mohou ligovat tak, že vytvoří spojení dvou kusů. Rekombinantí zavede do hostitelského organizmu např. a buňky obsahující rekombinantí plazmid se určují na základě selekčního markéru, který je nesen plazmidem. Exprese požadovaného genového produktu se detekuje použitím testu, který je specifický uvedený genový produkt.
V případě genu, který požaduje odlišný promotor, je základ genu (kódující sekvence) specificky vystřižena a klonuje se do vhodného expresivního plazmidu. K tomuto subklónování se může použít řada metod, ale nejjednodušeji se provede PCR amplifikací specifického fragmentu a ligací do expresivního plazmidu po té, co je produkt PCR tráven s restrikčními enzymy nebo exonukleázami za vzniku vhodných konců pro klonování.
Hostitel vhodný pro expresi genu může být libovolná prokaryontní nebo eukaryontní buňka. Například polypeptid bakterie H. pylori se může exprimovat v bakteriálních buňkách, jak jsou bakterie E. coli, v hmyzích buňkách (bakuloviry), v kvasinkách nebo v savčích buňkách, jako jsou buňky vaječníků čínských křečků (CHO). Jiné vhodné hostitelské buňky jsou dobře známy v oboru.
Exprese v eukaryontních buňkách, jako jsou savčí, kvasinkové nebo hmyzí buňky může vést k částečné nebo celkové glykosylaci a/nebo k tvorbě relevantních inter- nebo intrařetězcových disulfidových vazeb produktu rekombinantího peptidu. Příklady vektorů pro expresi v kvasinkách • · · · ·· • ·· ·· ·· • · · · • · ·· • · · · ·
S.cerivisae zahrnuje pYepSecI (Baldari, et al., (1987) Embo
J. 6: 229-234), pMFa (Kurjan and Herskowitz, (1982) Cell 30: 933-943), pJRY88 (Schultz et al., (1987) Gene 54: 113-123) a pYES2 (Invitrogen Corporation, San Diego, CA) . Bakulovirové vektory, které jsou vhodné pro expresi proteinů v kultivovaných hmyzích buňkách (buňky SF 9) zahrnují pAc série (Smith et al., (1983) Mol. Cell Biol. 3: 2156-2165) a pVL série (Lucklow, V.A. and Summers, M.D., (1989) Virology 170: 31-39. Obecně buňky COS (Gluzman, Y., (1981) Cell 23: 175182) se používají pro spojení s takovými vektory, jako je pCDM 8 (Aruffo, A. and Seed, B., (1987) Proč. Nati. Acad. Sci. USA 84: 8573-8577) pro krátkodobou ampilifikaci/expresi v savčích buňkách, zatímco buňky CHO (dhfr vaječníky čínských křečků) se používají s vektory, jako jsou pMT2PC (Kaufman et al., (1987), EMBO J. 6: 187-195), což zajišťuje stabilní amplifikaci/expresi v savčích buňkách. Vektor DNA se může zavést do savčích buněk pomocí běžných postupů, jako je ko-precipitace s fosforečnanem vápenatým nebo chloridem vápenatým, transfekce zprostředkovaná DEAE-dextranem nebo elektroporace. Vhodné způsoby transformace hostitelských buněk se mohou nalést v publikaci Sambrook et al., Molecular Clonning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory press (1989) a v jiných laboratorních manuálech.
Exprese v prokaryontech nejčastěji probíhá v bakteriích E. coli buď s fúzními nebo nefúzními indukovatelnými expresivními vektory. Fúzní vektory obvykle k exprimovanému cílovému genu přidají řadu aminokyselin NH2 konce. Tyto aminokyselin NH2 konce se často označují jako reportní skupina. Uvedené reportní skupiny mají dvě funkce: 1) zvyšují rozpustnost cílového rekombinantího proteinu; a 2) napomáhají čištění cílového rekombinantího proteinu tím, že působí jako ligand při afintiním čištění. Ve fúzních expresivních
vektorech je často místo proteolytického štěpení zavedeno do spojení reportní skupiny a cílového rekombinantího proteinu, aby umožnilo separaci cílového rekombinantího proteinu od reportní skupiny, což následuje po čištění fúzního proteinu. Takové enzymy a jejich příbuzné rozeznávané sekvence zahrnují faktor Xa, trombin a enterokináza. Typické fúzní expresivní vektory zahrnují pGEX (Amrad Corp., Melbourne, Australia) , pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) a pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ) , které fúzují glutation-Stransferázu, maltozu vázající se na protein E nebo s protein A s cílovým rekombinantím proteinem. Preferovanou reportní skupinou je póly (His), který se fúzuje s N nebo C koncem proteinu a který zachovává rekombinantní fúzní protein snadno izolovatelný chromatografií s chelátem kovu.
Indukovatelné nefúzní expresní vektory zahrnují pTrc (Ammann et al., (1988) Gene 69: 301-315) a pETlld (Studier et al., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academie Press, San Diego, California (1990) 60-89). Zatímco exprese cílového genu se opírá polymerázovou transkripci hostitelské RNA řízenou hybridním trp-lac fúzním promotorem v pTrc, exprese cílových genů začleněných do pETlld se opírá o transkripci řízenou fúzním promotorem T7 gnlO-lacO, která je zprostředkovaná ko-exprimovanou virovou RNA polymerázou (T7 gnl) . Virovou polymerázu poskytují hostitelské kmeny BL21(DE3) nebo HMS174(DE3), která pochází z rezidentského profága λ, který nese T7 gnl, přičemž transkripci řídí promotor UV 5.
Například hostitelské buňky transfekované nukleovou kyselinou vektoru, který řídí expresi nukleotidové sekvence kódující polypeptid bakterie H. pylori, se mohou kultivovat za vhodných podmínek, což umožňuje expresi polypeptidu. Polypeptid se může vylučovat a izolovat ze směsi buněk a z média, které polypeptid obsahuje. V jiném případě se
polypeptid udržuje v cytoplazmě a buňky se shromáždí, lyžují se a polypeptid se izoluje. Buněčná kultura zahrnuje hostitelské buňky, médium a jiné produkty. Vhodné médium pro kultivaci buněk je v oboru dobře známo. Polypeptidy podle vynálezu se mohou izolovat z média buněčné kultury, z hostitelských buněk nebo z obouch za použití postupů sloužících k čištění proteinů, jako je iontoměničová chromatografie, elektroforéza a imunoafinitní čištění s protilátkami, které jsou pro uvedené poypeptidy specifické. Takové postupy jsou dobře známy v oboru. Navíc v mnoha případech se mohou polypeptidy produkovat chemickým štěpením nativního proteinu (např. tryptické štěpení) a štěpený produkt se může izolovat standardním postupem.
Jestliže jsou proteiny vázané na membránu, mohou se izolovat z hostitelské buňky tak, že dochází ke kontaktu frakce, která obsahuje uvedený protein, s detergentem, jenž tvoří rozpustný komplex, přičemž protein spojený s membránou celý zakotven v membránové frakci, ale nejméně v množství, které umožňuje chromatografickou izolaci z membránové frakce. Několik různých kriterií je vhodných pro rozpuštění těchto komplexů. Jedno z těchto kritérií je schopnost detergentu ropzustit protein bakterie H. pylori, který je obsažen v membránové frakci, při minimální denaturaci proteinu spojeného s membránou, což umožňuje zachování aktivity a funkce proteinu asociovaného s membránou po rekonstituci proteinu. Jiná vlastnost, která se zohledňuje při výběru detergentu, je kritická koncentrace micelií (CMC) detergentu. Upřednostňuje se, aby volený detergent měl vysokou hodnotu CMC, což umožňuje jednoduché odstranění po rekonstituci. Další vlastnost, která se zohledňuje při výběru detrgentu je jeho hydrofobicita. V typickém případě proteiny spojené s mebránou jsou velmi hydrofóbní a proto detergenty, které jsou také nezůstává déle rozpouští se
hydrofóbní, např. je to série tritonů, se mohou použít při rozpouštění hydrofóbních proteinů. Jinou vlastností, která je důležitá v případě detergentu důležitá, je se schopnost detergentu odstranit protein bakterie H. pylori s minimální interakcí protein-protein, což umožňuje další čištění. Další důležitou vlastností detergentu je náboj detergentu. Jestliže se například uvažuje při postupech čištění s použitím iontoměničových pryskyřic, pak se upřednostňuje detergentbez náboje. Chromatografické metody, které se používají při konečném kroku čištění, jsou dobře známy v oboru a zahrnují hydrofóbní interakci, afinitu k lektinu, iontovou výměnu, afinitní barvení a imunoafinitu.
Jednou ze strategií maximalizovat expresi rekombinantního peptidu bakterie H. pylori v bakterii E. coli je exprese proteinu v hostitelské bakterii, která má narušenou kapacitu k proteolytickému štěpení rekombinantího proteinu (Gottesman, S., Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academie Press, San Diego, California (1990) 119-128). Jinou strategií je změna nukleotidové kyseliny kódující peptid bakterie H. pylori, aby mohl být začleněn do expresivního vektoru tak, že jednotlivé kodóny pro každou aminokyselinu budou ty, které se přednostně využívaly v silně exprimovaných proteinech v bakterii E. coli (Wada et al., (1992) Nuc. Acids Res. 20: 2111-2118) . Taková změna nukleových kyselin podle vynálezu se může provést standardními způsoby syntézy DNA.
Nukleové kyseliny podle vynálezu se mohou také chemicky syntetizovat za použití standardních metod. Jsou známy různé metody chemicky se syntetizujících se polydeoxynukleotidů, které zahrnují syntézu na pevné fázi, která podobně jako syntéza peptidu je zcela automatizovaná a probíhá na běžně dostupných syntetizérech DNA (např. Itakura et al., U.S. Patent No. 4,598,049; Caruthers et al. U.S. Patent No.
·
4,458,066; a Itakura et al., U.S. Patent No. 4,401,769 a 4,373, 071) .
III. Polypeptidy bakterie H. pylori.
Vynález popisuje izolované polypeptidy bakterie H. pylori kódované doloženými genovými sekvencemi bakterie H. pylori. Mezi zmíněné polypeptidy patří ty, které jsou uvedeny v sekvenčním protokolu. Polypeptidy podle vynálezu s výhodou obsahují nejméně 5 aminokyselinových zbytků. Za použití zde poskytnutých informací o DNA sekvenci, se mohou dedukovat za použití dobře známých metod aminokyselinové sekvence polypeptidu podle vynálezu. Rozumí se, že sekvence celé nukleové kyseliny kódující polypeptid bakterie H. pylori se může izolovat a identifikovat na základě ORF, který tvoří pouze fragment příbuzné sekvence kódující protein. Toho se může dosáhnout například použitím izolované nukleové kyseliny, která kóduje ORF nebo jeho fragment, přičemž slouží jako primer polymerázové řetězové reakce, kde templátem je genomové DNA bakterie H. pylori; pak následuje sekvenace amplifikovaného produktu.
Polypeptidy podle vynálezu se mohou izolovat z buněk bakterie H. pylori divokého typu nebo z mutantních buněk nebo z heterogenních organizmů nebo z buněk (které zahrnují, ale nejsou omezeny na buňky bakterií, kavsinek, hmyzu, rostlin a savců), do kterých se zavede nukleová kyselina bakterie H. pylori a kde se také exprimuje. Navíc polypeptidy mohou být částí rekombinantích fúzních proteinů.
Polypeptidy bakterie H. pylori podle vynálezu se mohou syntetizovat chemicky za použití běžně dostupných automaticovaných postupů, které se zde uvádějí.
Řada polypeptidů podle vynálezu mají příbuzenský vztah. Některé z těchto vztahů se popisují dále v taxtu v tabulkách č. 3 až 6. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 3 jsou od ► ·· • · • · ·· • · • 41 » · · • · terminačního kodónu do terminačního kodónu nukleotidové sekvence bakterie H. pylori. Odborník ví, že skutečné délky polypeptidu jsou obvykle kratší než délka mezi oběma terminačními kodóny, protože počáteční kodon iniciátoru nabité tRNA se obvykle objeví několik nukleotidů downstream od předcházejícího terminačního kodonu a v několika nukleotidech, které následují vazebné místo ribozómu (jde o Shineova-Dalgarnova sekvence). Protože většina vazebných míst ribozómú v bakterii H. pylori má řadu stejných obecných rysů s vazebným místem, které se vyskytuje v bakterii E. coli, odborník dokáže s dobrou spolehlivostí předpovědět z termonační-terminační nukleotidové sekvence otevřeného čtecího rámce skutečný startovací kodon. Polypeptidové sekvence SEQ ID NO: 492 až 743 podle vynálezu reprezentují vzdálenost mezi stop až stop kodony otevřených čtecích rámců SEQ ID NO: 1 až 252. Všechny jiné polypeptidové sekvence podle vynálezu reprezentují předpovězenoé délky proteinů od počátečního do terminačního kodonu nukleotidových sekvencí. Odborník může rozeznat počáteční místo v stop-stop otevřených čtecích rámců nukleotidových sekvencí, které jsou zde uvedeny. Navíc odborník může určit alternativní počáteční místa, kdy některé z nich se mohou in vivo využívat v buněčných mechanizmech. Řada těchto alternativních počátečních míst je dostatěčně malá tak, že odborník může ve známých rekombinatních expresivních testovat, které z nich poskytují proteinové protdukty. Vztah mezi polypeptidy, které jsou uvedeny v tabulce č. 3, se může popsat následovně. Za prvé, všechny polypeptidy uvedené v tabulce č. 3 mají nejméně z 90% shodnou délku a většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u z homologních párů polypeptidů. V systémech autentické snadno funkční některých případech některých kratší polypeptid obsahuje relevantní část
*« ·· • · · • · · · • · · • · · • ·· · ·· proteinu, který se může polde vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití. Za třetí, některé polypeptidy v druhém sloupci jsou homologní s kratšími polypeptidy, které jsou uvedeny v pátém sloupci.
Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 3 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidu podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.
«· ·· » · · • ··· • · «
1 02gp20706 23632775 f3 32 | | | 02gp20706 20365905 f2 8 | | o td (JO X td o d o Os td O tu Os th Ό O L/s ‘i3 00 | 1 02gp20706 16803513 fl l | | 1 02gp20706 l6803513 fl I | | 1 02gp20706 l6803513 fl l ] | | 02gp20706 15781452 c2 51 | | 1 02gp20706 1203402 c3 58 | | | 02gell622 875260J3 36 | | O td (jo o Os td td 1 td Os SO tzi SO tu Os O tzi | | 02gel0116 36367936 cl 19 j | O td n> X td O Ul O Os td Os tu td th l 3 Os | | 02ael1612 33203250 cl 51 | 1 02ae 11612 23598175 fl 2 | | 02ae11612 22477267 f2 27 | | 02ael 1612 1074212 f 11 | 1 Olgpl1016 4103403 c2 13 | 1 Olgel161924417813 c1 8 | 1 Olgel1619 24415880 c2 12 | 1 Olgel1619 23711062 c3 14 | | Olgel1619 13788141 c2 l1 | 1 01gel0203 860166 f3 9 | | 01gel0203 35281542 c3 16 | | 01gel0203 35281542 c3 16 | | 01ae12001 2421878l f2 18 | | 01 ae 12001 2421878 l f2 l 8 | Olael1010_40688_c2_38 |
-d tn *d | 00 o LU | 00 o tu | 00 o td | 802 | | 802 | | ' 756 | | I SSL | 1 754 | | Γ 839 I | 1 1 | 9C8 | | Γ 752 | Γ 751 | | 750 | | 749 | | 748 | f 801 | 008 | | Γ 747 | f 799 | | 798 | | 797 | 1 797 | 1 746 | f 746 | | 745 |
td tu O | Ό OO | | 861 | 488 | | OO OO | 488 | | 97 | | 162 | | 523 1 | 1 ειε | | i επ 1 | 1 256 | I 509 | | 332 | tu o -U | | 103 | | 145 | | 324 | ÍLl | | | 319 | | 105 | td tu Id | | 261 | 1 261 | | 148 | | 148 | | 261 |
OógelOl 15orf4 | Olepí 1710orfl8 | O o X d O O -n a | O o x d o o -i tX | Olepí 1710orf6 | Olepí 1710orfl6 | OógelOl 15orfl7 | O o CTO O d o 00 td o •n | 13eel0216orf7 | 13eel0216orf57 | O td (JO CD td O Os O —t <3 | o o o t/i tu O d | 05cpl 191 lorf35 | 02aell612orfl5 | o tu X CD td LA o —t a | O td 03 o Os td O 22 | I Olgpl1016orfl3 | I 1 Igel0309orf24 I | ΐΓ ct> o tu O to o Ui | I 1 Igel0309orfl2 1 | 1 Ilgel0309orf4 1 | 01gel0203orf6 1 | O (JO CD O td O tu O n 22 K | 01gel0203orf7 | 07gpll807orfl7 | 05gpl 1901 orfl 91 | 1 hp3el 1075orf3 | |
t/s Os tZi | I 653 | I 656 | Os L/S -U | 1 655 | Os t/1 td | 1 563 | 1 574 | | 586 | 1 743 | 1 521 | | 500 | I 549 | I 510 | tA td s© | th O s© | | 508 | | 684 I | 1 688 I | 579 | | 687 | | 658 | | 657 | | 659 I | 568 | | 553 | | 632 | |
| 230 | 00 tzs | I 130 | | 146 | 1 247 | I 64 | O d | 1 162 | I 523 | | 313 | I 173 | | 256 | I 206 | I 332 | 1 152 | εοι | | 1 εζι | | 1 fZX | | 1 ui 1 | 319 | | 105 | | 233 | | d | 154 I | s© th | tu d o | 261 1 |
O | tU | I 68 | | 342 | | 241 | | 424 | O | O | O | O | O | O | | 303 | O | t/s td | O | | 22 | O | o | O | O | O | 190 | | 107 | | 1 d | td td td | O |
| 100% | o o X® | I 95% | I 99% | 1 99% | I 98% | o o ox | 1 100% | %οοι 1 | 1 98% | %001 1 | o o X® | I 99% | %οοι | | s© -U x® θ' | %οοι 1 | %ooi | | %ooi | | | 100% ’ | I %ooi i | 100% I | I %ooi | 99% | | 91% | | 100% I | 95% 1 | 100% | |
230 | Ϊu | tu O | X tz« | td d | 63 | Ό d | I 162 | I 523 | I 313 | 1 173 | | 256 | I 205 | I 332 | I 148 | 1 103 | | 123 | 1 324 | d tu | 1 6I£ | 105 1 | 233 | | 69 | | 138 | | 143 1 | 149 | | 261 | |
Tabulka č. 3___________ název ORF afe Seq délka název ORF ak. Seq délka rozdíl v %ID přesah
ID# ID# délce ________ ·· «» » · · • ··· ·* ·· • · · · • · ··->
··· · · • · * «· ··
O | o | o | o | o | O | O | O | O | O | O | O | o | O | O | o | o | O | O | O | O | O | O | O | O | O | O | O | O | O | © |
o | o | Os | Os | LA | LA | LA | LA | LA | LA | LA | LA | LA | LA | -U | 4^ | 4x | 4x | 4^ | -u | 4x | 4x | 4^ | 4^ | 4^ | 4^ | tu | tu | tu | tu | tu |
DO | Dl | DO | DO | a | © | © | © | © | n | Dl | Dl | Dl | Dl | cro | oro | n | O | O | o | O | O | O | O | O | O | (R | (R | fR | fR | (R |
Ό | TJ | TJ | Ό | a | a | a | © | tj | © | <P | O | <D | © | O | “O | Ό | Ό | Ό | Ό | Ό | •u | T3 | •o | Ό | TJ | *n | TJ | TJ | TJ | |
tU | MM | MM | MM | MM | —* | MM | MM | MM | tU | LU | LU | LU | LU | MM | MM | MM | MM | MM | ►—· | MM | MM | mM | MM | tu | tu | tu | tu | tu | ||
O | MM | <—t | MM | o | © | O | O | O | O | O | O | O | O | o | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | o | o | o | © | © | |
LU | MM | MM | MM | 00 | oo | 00 | 00 | oo | bU | 14 | ÍU | bU | t4 | oo | 00 | K> | N> | tu | bU | bU | bU | bU | tu | tu | tu | oo | 00 | OO | 4 | 4 |
O | MM | mM | MM | MM | 1—« | ·— | M— | MM | tU | tU | bJ | tU | b4 | MM | o | O | o | o | o | o | o | o | o | o | © | © | ||||
Os | © | © | © | Os I | Os | Os I | Os | Os | LU | O | O | O | O | Os | Os | bJ | bJ | bJ | bJ | bJ | bJ | bJ | bU | tu | 4x | -U | 4^ | Os | Os | |
tU | 1 tU | 1 tu | 1 | 4^ | -U | 4^ | tu | MM | © | tU | tU | b4 | 1 LU | bJ | 1 b4 | bJ | bU | bU | 1 bU | bJ | 1 bU | fbU | l | MM | LU | LU | ftu | 4x | tu | |
LU | -U | 4^ | Os | Os | Os | MM | LA | 4x | 4 | OO | LA | 4x | MM | LU | b4 | 4^ | 4^ | 4^ | 4^ | LU | LU | LU | LU | © | OS | © | © | 4^ | 00 | LU |
4^ | 4> | 4» | LA | 00 | 00 | O | © | Os | tU | 00 | s© | 00 | Os | •4 | o | K) | bJ | bU | bJ | LA | LA | LA | LA | 4 | Os | 00 | 00 | 4x | © | OO |
LU | tU | bJ | © | 4 | 4 | LU | 4 | 4x | <A | tu | LA | 00 | MM | bJ | oo | Os | LA | LA | LA | LA | LA | LA | LA | © | o | 4^ | 4^ | tu | Os | |
4 | Os | Os | 4> | Os | Os | 4^ | O | © | 4^ | 4 | LU | tu | s© | Os | OS | Os | OS | Os | LU | LU | LU | LU | 4 | LU | 00 | OO | LA | LA | Os | |
Os | LA | LA | MM | LA | LA | O | LU | O | Os | MM | oo | o | O | LA | LA | LA | LA | LA | MM | MM | MM | MM | MM | -U | © | LA | LA | |||
LU | O | O | © | MM | MM | oo | 1 | 4 | LU | 4 | Os | MM | Os | OO | <4 | 00 | Os | Os | Os | 4 | 4 | 4 | 4 | bJ | tu | 00 | 00 | LA | 00 1 | Os |
tU | 00 | 00 | LU | 1 | 1 | □ 1 | 4 | 1 | 1 | LU | tu | •4 | O | MM | 00 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 00 | LA | 1 | 00 | tu | |||
1 □ | 1 □ | 1 □ | — | O | o |MM | Í3 | □ | a 1 | i3 1 | 1 o LU | 1 o LU | 1 □ | 1 o bJ I | 1 Í3 | □ | 1 o LU | O LU | 1 o LU | í O LU | 1 o LU | 1 o | 1 o | 1 | 1 o tu | 22 | 1 □ | □ 1 | © tu | ||
1 | tu | tU | —M | LU | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | — | MM | |||||||||||||||||||
o | tU | tu | © | tu | tU | — | ·-* | 4^ | 4^ | s© | MM | LA | b4 | MM | bJ | mm | MM | MM | 4 | 4 | LA | 4 | © | © | LA | |||||
Os | Os | 00 | OO | o | Os | © | O | LU | MM | MM | MM | O | O | LA | LA | tu | LU | |||||||||||||
LU | 4 | 4 | 4 | © | © | |||||||||||||||||||||||||
4 | 00 | 00 | 4 | 4 | 4 | 4 | 00 | 4 | 00 | 00 | 4 | 4 | •4 | 00 | 00 | 4 | 4 | 4 | 4 | 00 | 00 | 00 | 00 | 00 | OO | 00 | OO | 4 | 4 | 4 |
4 | M— | >—· | 4 | Os | Os | Os | —M | Os | MM | MM | Os | Os | Os | MM | o | Os | -U | 4^ | 4^ | o | o | O | o | O | o | o | O | Os | LA | LA |
LA | LA | O | © | © | 00 | 4x | 4 | LU | bJ | Os | LA | LU | O | s© | 4^ | 4^ | 00 | 00 | 4 | 4 | Os | LA | 4^ | 4x | O | © | 00 | |||
tU | OO | © | © | tU | Os © | 00 | •U | b4 | LU | bJ | s© Os | LA | LA | LA | LU | LU | LU | LU | tu | tu | tu | |||||||||
© | tu | tU | LA | LA | MM | LA | Os | MM | OO | s© | Os | O | LU | LU | LU | 4 | 4 | 4 | 4 | © | OO | MM | MM | 4 | MM | tu | ||||
o | O | LU | w | LA | 00 | LU | LU | OS | LU | S© | 00 | OS | Os | Os | bJ | bJ | bU | bJ | © | LA | LA | LA | Os | 00 | © | |||||
O | =r | mm | MM | O | O | O | o | O | nr | O | O | o | O | MM | o | O | O | O | O | O | O | O | O | O | MM· | MM | MM | © | o | |
4x | •n | mm | MM | 4x | 4x | 4x | 4> | 4x | TJ | LA | LA | LA | LA | LU | 4^ | 4X | 4x | 4x | Os | Os | Os | Os | 4* | 4^ | 4^ | 4». | 4^ | mm | Os | |
fR | u | fR | fR | O | O | O | o | O | tú | Dl | Dl | Dl | Dl | m | Dl | 00 | (R | rp | Dl | D) | Dl | Dl | CR | O | O | © | © | O | fR | |
TJ | o | a | O | © | Λ | a | o | Λ | © | <D | © | O | G> | O | O | O | O | O | o | Ό | Ό | “O | Ό | O | XJ | © | © | © | “O | © |
__ | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | tU | bJ | bJ | Í4 | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | MM | ||||
MM | tu | O | O | MM | MM | MM | MM | MM | © | O | O | O | O | o | MM | b4 | MM | MM | MM | O | O | O | O | MM | O | O | O | o | MM | © |
00 | o | LU | LU | Os | Os | Os | Os | Os | <A | tu | tU | tu | bJ | Os | t4 | O | 4 | 4 | 4 | bU | bU | bJ | K> | 4 | LU | LU | LU | 4 | ||
o | Os | O | O | mM | MM | MM | MM | MM | © | tu | tU | tu | b4 | MM | b4 | o | o | o | o | mm | MM | O | O | O | MM | MM | ||||
LU | LU | © | © | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | Os | o | O | O | O | O | O | MM | LU | LU | LU | © | © | © | © | LU | © | 00 | 00 | 00 | O | LA |
O | O | O | o | O | O | O | O | O | O | o | O | O | O | o | O | o | O | O | O | o | o | o | o | O | O | o | o | o | o | O |
“1 | “n | -i | Ί | 1 | 3 | —i | -i | »n | Ί | —I | >*n | -t | -i | •A | ||||||||||||||||
22 | 22 | □ | ΰ | Ϊ3 | 22 | —) | 2 | ·“·> LA | □ | 22 | T LA | 22 | 22 | ΓΑ LA | a | □ | 22 | 2 | 22 | 2 | 2 | 22 | -*> | |||||||
LU | 00 | Os | 4 | Os | O | 4 | LA | MM | OO | Os | 00 | LA | O | © | ||||||||||||||||
© | ||||||||||||||||||||||||||||||
LA | Os | Os | LA | LA | LA | LA | Os | LA | Os | Os | LA | LA | LA | Os | Os | 4^ | Os | Os | OS | Os | OS | Os | Os | Os | Os | Os | LA | LA | LA | LA |
4» | © | oo | 00 | LU | MM | LU | Os | LU | © | 4 | 4x | 4x | 4x | s© | Os | © | Os | Os | O | 4 | 4 | 4 | 4 | Os | © | © | © | © | © | Os |
© | LA | o | tU | © | -U | os | LA | bJ | 4^ | O | 4x | bJ | 4 | OS | LU | 4^ | LU | 4x | LA | tu | 4x | LU | 4». | tu | -U | |||||
24 | 00 OS | LU | 00 | 1 23 | Os 4 | mm | K | LA | MM | 1 69 I | 00 | | 48 | | 29 | LU | 1 20 | Γ 96 | bJ LA | Í3 | 1 20 | 00 | Γ 88 | 00 | 00 00 | LU | Os | LA | Os | 4 | tu | 00 |
LU | 4 | 00 | Os | LA | tu | tU | LU | OS | LU | U> | 00 | O | bu | O | Os | Os | bJ | LA | Os | 00 | ||||||||||
1 | 4 | bJ | b4 | bU | 4^ | LU | bU | bU | Os 4 | frt J | | 60 | 1_36 | ||||||||||||||||||
OO | 4x | 4 | o | LA | 4 4 | O | Os | O | O | O | o | O | LU Os | o | o | 98 | 4x | 36 | 86 | 00 4x | 98 | 00 4^ | 47 | O | © | |||||
99% | O O x® σ' | O O σ' | 1 %ooi | | O O X? σ'· | 1 100% | O O X® σ' | © LU x® ©X | © 4 x® σ' | I 100% i | 1 %ooi | | o o X? | o o X® θ'* | O O ox | I 98% | %οοι | | o o σ' | I 97% | 1 91% | | 99% | %86 | | | 96% | © 00 σ' | © Os σ' | O O σ' | © Os ''K σ' | %ooi | | © 4 σ' | © © σ' | %ooi | | | 96% |
ZZ | Os LA | !u | 00 | tU LU | 67 | MM | 4x | Os © | OO | I 48 | I 29 | bJ | I 20 | © Os | bU LU | © | 4 | 4 © | 4 | 4 | tu | LA | 4x | Os | 4 | tu | 00 | |||
OO | 00 | Os | LA | tU | 4x | LU | Os | LU | o | 00 | A | LA | © | © | 4 | 00 | LU | 4 | Os | 00 | 4^ |
Tabulka č. 3 pokračování
1 14ce21516 85786 f 1 1 | | | 14ce21516 85786 fl l | | 1 14apl0815 20585777 cl 13 | | 1 14apl0221 13689381 c3 4 | | | 14apl0221 13689381 c3 4 ] | LU P O o tu sO LA Os sO tU O 00 1 o tu tu *U | 1 13ae 10712 14100018 f2 l 2 j | b-> σο LU 5 OS 1 LU O tU tU Os 1 σ LA | 1 12ge10321 4821082 f3 14 j | tu :σο n> O LU tu 4^. 00 tu o 00 tu 1 □ | 1 12gel0321 24308513 f3 20 | | o Ό N n> O LU LU LU tu -U Os o «u LA O 1 F3 1 Os | o O O O tu o LA O tu 'm -U o o LU OO 00 1 o Γ LU | O O O Ό O O LU 1 LA O LA tu LA tu 1 Í3 1 4^ | 1 09cpl1003 19532625 c3 17 j | | 07epll916 5913592 f3 18 | 1 07epl1916 5273452 c3 31 | | 07cel1019 22051291 fl l | 1 07cel1019 22051291 fl l | 1 07ap80601 976413J3 9 | 1 07ap20216 7227202 f3 10 | 1 07apll213 35401528 cl 21 | j 07apl1213 35401528 cl 21 | | | 07apll213 35156577 cl 24 | | (07apl111l 234693 c3 14 | | 07apl1015 23938312 f3 2 j | | 07apl1015 23938312 f3 2 j | 1 06eel0709 21675012 fl 2 j | | 06cp30603 4689068 c3 79 ] | | 06cp30603 23476568 cl 44 | | | 06cp30603 23452 c3 80 | |
00 4^ | 00 4x | 'U 00 LU | | 822 | | 00 tu tU | | 782 I | 1 781 1 | 1 780 1 | 00 tu | 00 tu | 1 840 ] | 00 tu o | *U •u SO | oo o | 1 778 j | 1 818 | 1 777 | 1 817 | 00 | 00 LU >U | «u -u Os | 1 764 | 1 fr9í 1 | 1 836 1 | 1 £12 1 | «u Os tu | -u Os tu | 1 918 1 | 1 mi | | | 773 j | | 772 j |
700 | | 700 1 | Os •u 'U | | 366 | | LU Os OS | 264 1 | 1 201 1 | «u | «u tu | *u tu | | 729 I | Os | tu S0 | LU LA 'U | tu -u tu | tu LA LA | | 600 | 1 600 | tu -u 4^. | εες I | | 803 | | 803 i | 4* O | | 209 | 1 271 1 | [ 112 1 | tu 00 A | O o | 1 2frV | | *u os | |
O 4x £» TJ tU o o o -U o “1 □ | U o tu LA os o -i | 1 hp3el0349orf27 | | | 06epl0306orfl | | | 05gpl 1901 orfl9 ] | | 13ael0712orfl5 | | | 14cpl0705orf4 j | 1 13apl I517orfl5 | | hp4pl 1352orf5 | =r *o .u T3 LU LA tu O 3 | O Os σο σ sO tu o o ~t Σ2? | O LU σο o o LA O LA O -1 ra | 1 14gpll820orfl | 1 14gel0705orf3 | | 1 14gel0705orfl4 | | 1 Olepí 1710orf5 | 1 Olepí 1414orf2 | | 07cp21714orfi | 1 07cp21714orfl | | 07ap80601orf2 | 1 05ap21216orf4 | | hp2el0911orf24 | sr Ό tu O o SO O •n E3 LA | sr Ό tu O o SO o □ LA | 1 07apl 111 lorf!3 | | 07apll015orf4 ! | 1 07apll015orf2 | | 1 06eel0709orf2 | | 06cp30603orfl5 | | | 05cp20518orf39 ' | | | 06cp30603orfl6 | |
1 740 I | LA LU LU | 628 1 | Os *u Os | LA LA LU | LA 00 4^ | 1 392 I | LA oo LA | -u o | Os 00 LU | 1 im I | I 099 I | Cs O o | Os 'O LA | LA Ό SO | 1 634 | LA O | | 679 | 1 678 | | 633 | 1 547 | | 620 | 1 672 | | 718 | | 566 | Os tu 4x | 1 622 1 | 1 £29 1 | Γ 559 ] | 1 550 I | | 560 | |
284 | | LU os | 677 | | 1 99 I | 1 370 I | tU Os -U | 1 201 1 | 1 im 1 | os 00 | LA | t zk 1 | | 323 | | Os | tu S0 | 1 357 1 | 4x Os | ; 993 1 | 4x 00 | 1 193 | | 268 | 1 529 | 1 344 | 89V I | I 420 | | 209 | tu | 95 | 1 284 Π | O o | -U 4* tu | [ 159 | |
416 | | LU LU SO | O | 300 | | 1 4^ | o | o | o | 104 I | 57_1 | o | U o Os | O | O | o | tu Os | o | | 182 | | 407 | Os | uu | Γ 459 | | 345 | 1 SO | O | [ 60 | | 176 | o | o | O | *u |
95% | 98% I | o o sp θ'* | I 100% i | 1 96% | | o o ©s· | 99% | | o o sp o^· | 1 92% 1 | O o | | 99% 1 | sO -u s® ©s | I %οοι 1 | o o ©s | | 99% 1 | SO LU s® ©s | o o sp er* | %00l | | | 99% | | 100% | o o s® O'' | O o s® ©s· | %οοι 1 | | 99% | o o v® ox | | 99% | %ooi | | 1 100% | 1 100% | 1 100% | 1 97% |
271 | LU LA O | 677 | 66 | 360 | tU Os -U | 201 | s -u | 64 | LA | tu 4x tu | 312 | Os | tu o | LU LA «U | Ί | 4x -U | Ό O | tu Os LA | L 529 | | l 344 I | 4x LA 00 | 1 399 I | l 209 I | •u «•u | O 4^ | I 284 | | o o | 1™1 | 1 155 1 |
Tabulka č. 3 pokračování • ·
1 hp6pl0233 12273302 fl l | | hp6e20339 34024187 cl 37 | 1 hp6e20339 24317062 c3 57 | | hp6e20339 21492187 cl 40 | xr X3 Os <t> O to to O to O Os Os O 1 o bJ Os | | hp6el2267 4876718 f2 23 | zr X5 Os O bJ b4 Os -4 -b. Os tA O b4 -4 00 sO | | hp6el0967 24882750 f2 7 | | hp6e!0967 23476502 f2 6 | 1 hp5p!5641 21698387 c2 20 | XT XJ tA T3 tA b-> bS 1 to -U o Os 4 tA O 1 E3 | j hp5el521l 819455 c2 24 | | XT XJ to U O 00 O 4 1 K> sO to tA bJ M b4 tA | | hp3pl0807 29343768 fl l j | | hp3pl0807 189075 f2 4 | | | hp2pl0272 26829136 fl l | | | hp2pl0272 24406280 cl 26 | | | hp2pI0272 23697200 f3 22 | | XT XJ b4 “O o b4 4 bJ bJ Os SO bJ to bJ tA □ 1 b4 | | hplpl4013 l1726503 c2 20 | | | 29ge30321 34157812 f3 10 | | | 29ge30321 24336712 fl 5 | | | 29ge30321 24336712 fl 5 | | | 29ge30321 21673965 f2 7 | | bJ sO 00 CĎ tu o tu bJ c tu tA bJ tA tu Os | | 29ge30321 12913562 fl l | | | 29epl0720 24432762 c3 39 | | | 29epl0720 24220926 f2 8 | | | 29ep10720 24220926 f2 8 | |
1 834 | 961 I | 00 tu to | | 795 | 1 794 | 1 793 | 1 842 | | 792 | 4 sO | | 790 | 4 00 so | 1 788 I | | 832 I | oo to | 00 to oo | 4 00 4 | 00 to O | 4 00 Os | 00 bJ SO | 785 | | | V8Í | 00 bJ 00 | 828 | | 827 | | 826 | | 825 1 | 824 | | 00 b4 tu | 00 bJ tu |
1 143 | bJ bJ | | 382 | | 106 | | 69 | | 143 | | 277 | | 157 | | 165 | | 185 | 1 148 I | b4 Os SO | | 230 | | 1 187 1 | 1 312 ! | 1 ενε I | sO -U | j 329 | | 00 00 | -h. SO | 342 1 | .u bJ bJ | 422 1 | | 488 | | O | 4 SO | [ 227 | | 86 I | 00 Os |
| 07cpl0312orf5 | | 1 04gpll213orfll | | 04gpl 1213orf5 | 1 04gpll213orfl4 | | 04gpll2l3orf22 | | 12gel0305orf5 | 1 12ge20305orf26 | xr X3 b4 O O Os b4 tA O “Ί Os | ΧΓ XJ b4 O O Os b4 tA O —t a | XT Ό tA XJ tA Os O ř3 to | 1 02cel0213orfl9 | xr -o tA O tA b4 O —t E3 to | | hp3pl0807orf7 | | [ hp3pl0807orf4 | | hp3pl0807orf6 | | | hp2pl0272orfl | O SO P XJ b4 O 00 o bJ o —1 σ | 1 09ap20802orfl4 ] | 1 09ap20802orfl 3 j | hp 1 p 14013orf 17 | | Olcel 1618orf24 | | Olcel 1618orf27 | | Olcel 1618orfll | | | Olcel 1618orf9 | | |01cel 1618orf7 | | Olcel 1618orG2 | | 1 Igel0309orf39 | | 1 Igel0309orf28 | | XT n> bS o Os tu o -n |
1 ll9 I | tA tU 00 | 699 I | tA to sO | 1 540 | 1 582 | 3W. I | | 627 | Os b4 Os | | 644 | tA tA | 1 641 I | 1 698 ] | Os so 4 | 1 728 | | SZ9 | | Os 00 | 1 570 I | 1 680 ] | I 617 I | SO 00 | 1 649 I | 1 647 1 | 1 651 I | | 650 I | | 648 1 | I 989 I | 685 | | 699 | |
1 138 | | 1 122 | 1 382 | 1 136 | 1 69 1 | 1 146 | | 277 | | 157 | 1 165 | 1 185 | | 148 | | 269 | | 230 | 1 187 | 1 | to U to | 1 I94 1 | | 278 | | Os to | sO | 1 86 i | 1 εεζ i | 00 oo | | 409 I | O | 79 1 | 227 | | tu 4 | 86 | |
tA | o | o | 1 -3° 1 | o | 1 to | O | O | O | O | O | O | O | O | 1 to | O | O | tA | 1 25 1 | O | 1 256 1 | í i87 1 | 1 nz 1 | 4 Ό | o | o | O | tA | O |
95% | | 1 %ooi | 99% | | 99% | | [ 100% 1 | | 98% I | [ %86 | | | 100% 1 | sO SO | SO 00 ox | | 98% I | o o ©s | %οοι | | | 100% | | 99% i | I %ooi | | 5 o cr | O o vp θ'- | | 99% I | sO SO x® ©** | SO 4 s? | j 96% | | 1 93% | | 1 100% i | sO 4 x? oS | 1 100% j | | 100% | O O ©^ | 100% I |
105 | 122 | 382 | | 1 106 I | 1 69 | | 1 146 1 | 1 277 I | 1 152 I | Os tA | £81 | X 00 | 69S| | | 230 | | 1 187 1 | 1 ζιε 1 | to -U to | 1 194 1 | 1 276 1 | K so | SO | 1£8 1 | 1 SC3 | | 00 | 1 409 | | O | 1 79 1 | 1 227 1 | 00 | 86 1 |
Tabulka č. 3 pokračování • · • *
Vztah mezi polypeptidy podle vynálezu se popisuje dále v textu v tabulce č. 4. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 4 se měří od terminačního kodonu do terminačního kodonu v nukleotidové sekvenci bakterie H. pylori.
Vztah mezi polypeptody, který je zobrazen v tabulce č. 4 se popisuje následovně. Za prvé, délka polypeptidů uvedených v tabulce č. 4 je nejméně s 90% identická, většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u některých z homologních párů polypeptidů. V některých případech kratší polypeptid obsahuje relevantní část proteinu, který se může podle vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití. Za třetí, některé polypeptidy v druhém sloupci jsou homologní s kratšími polypeptidy, které jsou uvedeny v pátém sloupci.
Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 4 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidů podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.
• · • · *·
06cpll217 4897077jl 6 | 867 | 100 | hplpl3852orf4 | 613 | 100 | 100 | 100 | 0 |
06cp30603 21492187 f2 41 | 868 | 106 | 04gpll213orfl4 | 539 | 136 | 98 | 106 | -30 |
06cp30603 34024187 f 1 20 | 869 | 483 | 04gpl 1213orfl 1 | 538 | 122 | 100 | 122 | 361 |
06cp30603 34024187 Ω 20 | 869 | 483 | 04gpl 1213orf5 | 669 | 382 | 95 | 377 | 101 |
06cp30603 679218 f2 34 | 944 | 380 | hp3el0302orfl7 | 721 | 231 | 98 | 236 | 149 |
06ep 10615 14649077 O 52 | 871 | 300 | 04cel 1617orf4 | 534 | 152 | 96 | 145 | 148 |
06epl0615 961562 f2 41 | 945 | 636 | 29ep20112orf2 | 713 | 135 | 98 | 87 | 501 |
06epl0615 9842 B 46 | 872 | 159 | 05epll717orf2 | 552 | 192 | 99 | 159 | -33 |
06epl1202 l33293 c 1 19 | 946 | 167 | 06cp20302orD | 602 | 167 | 100 | 167 | 0 |
06epl1202 26353438 c122 | 873 | 286 | hp2el 1858orf6 | 623 | 155 | 100 | 154 | 131 |
06epl1202 26353438 cl 22 | 873 | 286 | 02ae21214orfl | 522 | 109 | 92 | 110 | 177 |
06epl 1202 792962 c2 26.aa | 949 | 151 | 06cp20302orf6 | 604 | 66 | 92 | 66 | 85 |
06epl1202 4884677 c1 17 | 948 | 171 | 06cp20302orf5 | 603 | 171 | 99 | 171 | 0 |
06epl1917 24803153 c3 24 | 848 | 409 | hp4el4535orfi | 536 | 253 | 98 | 239 | 156 |
06epl1917 24803153 c3 24 | 848 | 409 | hp4el4535orf7 | 730 | 60 | 97 | 60 | 349 |
06ep30223 16512 c3 160 | 951 | 231 | hp3el0128orfl | 720 | 231 | 100 | 231 | 0 |
06ep30223 23476067 cl l19 | 952 | 151 | 01ep30520orf8 | 511 | 94 | 93 | 95 | 57 |
06ep30223 23557202 c2130 | 874 | 329 | hp3e 11024orf49 | 630 | 329 | 100 | 329 | 0 |
06ep30223 34409437 f3 94 | 875 | 148 | hp3el 1024orf5 | 631 | 148 | 100 | 148 | 0 |
06ep30223 4698838 f2 55 | 845 | 663 | 14gp 12015orfl 3 | 662 | 344 | 100 | 334 | 319 |
06ep30223 4698838 f2 55 | 845 | 663 | 14gp 12015orfl 6 | 663 | 117 | 99 | 112 | 546 |
06ep30223 4876077 c3 149 | 877 | 113 | hp3el 1024orf34 | 629 | 113 | 100 | 113 | 0 |
06ep30223 5109443 c1109 | 878 | 342 | 05ee 1041 lorf5 | 551 | 293 | 95 | 287 | 49 |
06ep30223 5271902 c1 106 | 879 | 207 | hp2el0229orf4 | 619 | 80 | 95 | 38 | 127 |
06gp 10409 3 398427 f2 12 | 880 | 115 | 13ael0511orfi | 583 | 115 | 92 | 115 | 0 |
06gp7190615115637 f2 59 | 953 | 158 | hp4pll393orf2 | 733 | 158 | 100 | 158 | 0 |
06gp71906 24261588 c2 174 | 881 | 96 | 01ael2021orf5 | 492 | 96 | 100 | 96 | 0 |
06gp71906 25478192 c1 131 | 954 | 236 | hp3el1122orfi | 723 | 236 | 100 | 236 | 0 |
06gp71906 25504187 f3 112 | 955 | 443 | hp4pl 1393orfl | 732 | 169 | 91 | 155 | 274 |
06gp71906 970325 c3 190 | 882 | 158 | 02ap2I113orf2 | 512 | 113 | 92 | 98 | 45 |
07ae10923 24426508 fl l | 883 | 137 | llgel0309orC8 | 685 | 137 | 100 | 137 | 0 |
07ae10923 24426508 f 1 1 | 883 | 137 | Ilgel0309orf28 | 685 | 137 | 100 | 137 | 0 |
09cel0413_41401l_fl_3 | 885 | 169 | 02cel0216orf6 | 516 | 172 | 100 | 169 | -3 |
09cel0413 5865665 fl 4 | 886 | 353 | 02cel0216orf7 | 517 | 74 | 100 | 74 | 279 |
09ce52017 29324062 c1 21 | 887 | 141 | 01ep30520orí24 | 506 | 141 | 100 | 141 | 0 |
09cp10224 l062966 c3 61 | 888 | 367 | 05cel0420orfl | 548 | 194 | 100 | 194 | 173 |
09cp10224 1412715 c3 56 | 889 | 185 | 01cel0516orf20 | 495 | 185 | 100 | 185 | 0 |
09cp 10224 429510 c2 46.aa | 890 | 316 | 01 ce 10516orf21 | 496 | 108 | 98 | 108 | 208 |
09cp10224 4484718 c1 3 8 | 891 | 581 | 01cel0516orfl5 | 493 | 301 | 99 | 297 | 280 |
09cp21607J7224187 c2 12 | 892 | 72 | 07gp31516orf9 | 569 | 72 | 100 | 72 | 0 |
09cp61003 1456263 7 c2 93 | 893 | 106 | 03gp20123orfi | 527 | 80 | 98 | 83 | 26 |
09cp61003 19532625 c178 | 894 | 357 | 14gel0705orfl4 | 599 | 357 | 99 | 357 | 0 |
09cp61003 24063587 cl 74 | 895 | 201 | 1 leel0423orfl | 577 | 116 | 100 | 116 | 85 |
09cp61003 24335762 c3 l11 | 896 | 204 | 1 Ieel0423orf4 | 578 | 105 | 100 | 104 | 99 |
09cp61003 492187 c2 80.aa | 956 | 667 | 06gpl0108orf2 | 621 | 266 | 98 | 266 | 401 |
09cp61003 5945252 fl 5 | 897 | 219 | 14gel0705orfi | 695 | 219 | 100 | 219 | 0 |
1lae80818 l1188791 c3 60 | 898 | 221 | llapl 1902orf3 | 575 | 185 | 99 | 185 | 36 |
1lae80818 l963278l c3 57 | 957 | 100 | 06cpl 1722orfl 1 | 595 | 100 | 100 | 100 | 0 |
1lae80818 7290627 c2 51 | 958 | 152 | 06cpl 1722orf5 | 598 | 98 | 100 | 93 | 54 |
1 lae80818 783127 c3 63 | 899 | 182 | 03ap21820orf4 | 523 | 182 | 100 | 182 | 0 |
1lae80818 7952 cl 49 | 900 | 148 | 03ap21820orf8 | 524 | 148 | 100 | 148 | 0 |
1lap20714 34023312 β 46 | 959 | 285 | hp3el0057orfi | 719 | 285 | 100 | 285 | 0 |
• · • ·
Tabulka č. 4
Název ORF | aa Seq ID# | délka Název ORF ak | délka (ak) | % ident ity | přesa h (ak) | Změny délky | |||
(ak) | Seq ID# | ||||||||
Olcel 1104 36125337 cl 8 | 849 | 74 | ihple!0523orf3 | 612 | 63 | 100 | 63 | 11 | |
01ce21104 33203250 c3 87 | 850 | 509 | D5cpl 191 lorf35 | 549 | 206 | 100 | 204 | 303 | |
01 cp20708 36134808 f2 l 1 | 928 | 230 | 14eel0419orf5 | 704 | 229 | 100 | 229 | 1 | |
02ae31010 12504512 f3 28.aa | 929 | 490 | 31gel0801orf2 | 514 | 60 | 95 | 56 | 430 | |
02ae31010 16833312 f2 19 | 930 | 181 | 02cell022orf2 | 530 | 184 | 98 | 181 | -3 | |
02ae31010 2117087 f3 34 | 931 | 137 | 07cel0203orfl7 | 635 | 76 | 97 | 77 | 61 | |
02ae31010 30208317 fl 14 | 932 | 343 | ιρί p 13947orfl0 | 717 | 343 | 100 | 343 | 0 | |
02ae31010 34616666 f2 27 | 851 | 184 | Olcel 1618orfl | 503 | 124 | 99 | 125 | 60 | |
02ae31010 34616666 f2 27 | 851 | 184 | ipl p 13947orfl 1 | 616 | 81 | 94 | 77 | 103 | |
02ae31010 35270000 f3 33 | 852 | 231 | Olepí 1504orf5 | 505 | 156 | 99 | 156 | 75 | |
02ae31010 36132785 f2 29 | 853 | 438 | 01cell618orfi | 499 | 67 | 98 | 64 | 371 | |
02ae31010 36132785 f2 29 | 853 | 438 | Olcel 1618orfl3 | 504 | 378 | 97 | 387 | 60 | |
02ae31010 5085162 cl 47 | 934 | 416 | 07cel0203orfl 1 | 634 | 416 | 100 | 416 | 0 | |
02cp10615 26573462 c1 45 | 935 | 168 | hp3pl0304orf2 | 727 | 126 | 91 | 129 | 42 | |
02ge10116 15781452 c1 87 | 854 | 97 | pógelOl 15orfl7 | 563 | 97 | 100 | 97 | 0 | |
02gel0116 16803513 f2 34 | 855 | 488 | Olepí 1710orfl6 | 652 | 64 | 100 | 62 | 424 | |
02gel 0116 16803513 f2 34 | 855 | 488 | (Olepí 1710orf5 | 654 | 146 | 99 | 145 | 342 | |
02gel0116 36367936 c1 92 | 857 | 173 | 02ge20116orf25 | 521 | 173 | 100 | 173 | 0 | |
03ael0804 12609533 cl 26 | 936 | 257 | 06epl0306orfl0 | 610 | 257 | 100 | 257 | 0 | |
hp6pl0903 4398263 f3 6.aa | 924 | 370 | 05gpll901orfl9 | 553 | 370 | 100 | 370 | 0 | |
hp6pl0903 4398263 f3 6.aa | 924 | 370 | 05gpll901orfl9 | 553 | 370 | 100 | 370 | 0 | |
03ae10804 2I698400 c2 32 | 937 | 386 | 06epl0306orfl 1 | 611 | 386 | 100 | 386 | 0 | |
03ael0804 23485968 c3 47 | 858 | 88 | 06epl0306orf5 | 561 | 88 | 100 | 88 | 0 | |
04ep41903 2675793 7 f3 16 | 938 | 703 | 29apl0306orf3 | 711 | 325 | 97 | 319 | 378 | |
04ep41903 26757937 f3 l 6 | 938 | 703 | 29apll902orfl | 712 | 280 | 92 | 280 | 423 | |
04ep41903 4101593 f2 10.aa | 940 | 1240 | 14ee21118orfl | 706 | 365 | 96 | 358 | 875 | |
05cel0910 25598277 f3 3 | 859 | 258 | 07eel 1519orfl | 567 | 170 | 96 | 166 | 88 | |
05epl0815 26570332 c2 99 | 941 | 183 | 12gel0610orf2 | 702 | 97 | 98 | 97 | 86 | |
05ep10815 4195292 c1 84 | 942 | 441 | hplel0554orfl | 715 | 103 | 99 | 94 | 338 | |
05epl0815 4719175 cl 83 | 943 | 663 | 06eel0207orfl | 606 | 99 | 99 | 99 | 564 | |
06ael 1016 30579712 f2 21 | 860 | 239 | 03ce21717orfl | 526 | 193 | 99 | 193 | 46 | |
06ce20610 1367157 fl 8.aa | 844 | 248 | 29gel0111orf3 | 714 | 124 | 90 | 121 | 124 | |
06ce20610 29298537 c2 32 | 861 | 234 | 05gp2011 lorf4 | 555 | 234 | 100 | 234 | 0 | |
06ce20610 3913967 c3 36 | 862 | 283 | 05gp2011 lorf6 | 556 | 283 | 100 | 283 | 0 | |
06ce20610 4331338 f3 18 | 863 | 353 | 05gp2011 lorfl2 | 554 | 243 | 99 | 245 | 110 | |
06cpl1118 212827 cl 17 | 864 | 73 | 06cpl 1118orf7 | 558 | 73 | 100 | 73 | 0 | |
06cpl1217 19720300 f3 l 1 | 865 | 308 | hplpl3852orf6 | 614 | 646 | 96 | 278 | -338 | |
06cpl1217_4881263_f2_9 | 866 | 93 | hplpl3852orf7 | 615 | 93 | 100 | 93 | 0 |
• ·
1lap20714 4960432 c3 97 | 901 | 151 | 14eell217orf2 | 596 | 100 | 100 | 88 | 51 |
1lap20714 5271967 cl 60 | 902 | 260 | 14eel 1217orf3 | 597 | 231 | 100 | 227 | 29 |
1 lap20714 7227202 fi 43.aa | 903 | 798 | 05ap21216orf4 | 547 | 529 | 100 | 529 | 269 |
1 lap20714 7227202 O 43.aa | 903 | 798 | 05ap21216orf4 | 547 | 529 | 100 | 529 | 269 |
11 ee 11408 4977193 c 1 41 .aa | 960 | 497 | 14epl 1115orf3 | 708 | 91 | 100 | 91 | 406 |
1lgelO3O8 5256 f2 l | 961 | 71 | 1 lgel0308orfl | 693 | 71 | 100 | 71 | 0 |
12aplO324 13178562J3 6 | 962 | 269 | 12apl0324orf8 | 700 | 164 | 99 | 164 | 105 |
12apl0324 4805318 f2 3 | 846 | 326 | 12apl0324orf6 | 581 | 95 | 100 | 77 | 231 |
12apl0324 4805318 f2 3 | 846 | 326 | 12apl0324orf5 | 645 | 215 | 99 | 213 | 111 |
14ce31519 15635927 f3 15 | 905 | 293 | 02cel0809orf6 | 518 | 293 | 100 | 293 | 0 |
14ce61516 13073577 f2 12 | 963 | 784 | 14epll905orfl3 | 709 | 721 | 100 | 526 | 63 |
14ee41924 16282067 c 1 72 | 964 | 64 | 02ep30607orf32 | 546 | 104 | 97 | 63 | -40 |
14ee41924 23527267 c3 107 | 906 | 233 | 02ep30607orf27 | 520 | 138 | 98 | 97 | 95 |
14ee41924 23834800 f2 32 | 907 | 298 | 1 Icel0917orfl0 | 639 | 298 | 100 | 298 | 0 |
14ee41924 2458267 c2 93 | 847 | 1304 | 02ep30607orfl9 | 590 | 407 | 99 | 397 | 897 |
hplpl3939 25397327 fi 22 | 908 | 228 | 06cel0808orf2 | 557 | 151 | 100 | 145 | 77 |
hp2e10911 24855312 c 1 69 | 909 | 161 | 1 Icpl2006orfl3 | 576 | 105 | 95 | 112 | 56 |
hp2el0911 3349 cl 63 | 910 | 113 | Olcel 1618orf22 | 648 | 79 | 100 | 65 | 34 |
hp2e1091l 4882027 c2 87 | 965 | 583 | Olepí 1108orf6 | 507 | 101 | 99 | 99 | 482 |
hp3el1188 47327 f2 5 | 966 | 368 | hp3pl0807orf6 | 728 | 325 | 96 | 323 | 43 |
hp3el1188 5082842 f3 12 | 967 | 89 | 06eel 161 lorfl | 608 | 89 | 100 | 89 | 0 |
hp4e13394 3368767 c1 80 | 968 | 804 | 09apl 1406orf2 | 668 | 804 | 100 | 804 | 0 |
hp4el3394 35957200 fl 21 | 911 | 233 | 06epl 1108orfl7 | 562 | 165 | 100 | 147 | 68 |
hp4e13394 5964452 c2 97 | 912 | 79 | 02ap71220orf2 | 513 | 79 | 100 | 79 | 0 |
hp4e53394 22864682 c2 86.aa | 913 | 427 | hplpl3852orf6 | 614 | 646 | 100 | 422 | -219 |
hp5el5044 4554652J3 3 | 914 | 146 | 07cpl0312orf5 | 677 | 138 | 100 | 138 | 8 |
hp5pl5212 6928132 c3 34 | 969 | 270 | 1 lcel0908orfl | 682 | 165 | 93 | 169 | 105 |
hp5p15575 29300311 c1 29 | 915 | 152 | 14cel0720orf3 | 591 | 163 | 95 | 152 | -11 |
hp5p 15575 33445317 f2 20.aa | 916 | 294 | hp3pll086orfl | 636 | 217 | 92 | 202 | 77 |
hp5pl5575 6140713 f2 18 | 917 | 288 | 14cel0720orfl2 | 589 | 288 | 100 | 288 | 0 |
hp5pl5641 1219528l c 1 24 | 918 | 92 | hp5p 15612orf2 | 643 | 92 | 100 | 92 | 0 |
hp5pl5641 24304527 c3 35 | 919 | 139 | 29gel0307orf4 | 609 | 103 | 98 | 102 | 36 |
hp5p15641 25635452 c3 34 | 920 | 92 | 29gel0307orf3 | 607 | 92 | 100 | 92 | 0 |
hp5p15641 30273312 c2 28 | 970 | 301 | 05cel0613orfl | 572 | 79 | 91 | 70 | 222 |
hp5pl5641 30273312 c2 28 | 970 | 301 | 05cel0613orf2 | 573 | 61 | 100 | 54 | 240 |
hp5pl5641 5211687 c2 29 | 971 | 297 | 05apl0914orf3 | 571 | 60 | 98 | 60 | 237 |
hp5pl5870 14350428 fl l | 921 | 84 | 05ae20220orf56 | 543 | 101 | 99 | 79 | -17 |
hp6p1059023440913 c2 31 | 922 | 371 | 04ee70114orfl0 | 535 | 243 | 98 | 235 | 128 |
hp6p10590 30521093 f2 l 4 | 972 | 138 | 07cel 1206orfl | 637 | 107 | 97 | 107 | 31 |
hp6p10606 19546933 c3 31 | 923 | 283 | 13epl2003orf21 | 587 | 222 | 92 | 228 | 61 |
hp6p109042214676 c1 14 | 926 | 179 | hp4pl3446orf3 | 640 | 179 | 99 | 179 | 0 |
hp6p1090423704412 f2 5 | 927 | 384 | hp4pl3446orfl3 | 638 | 384 | 99 | 384 | 0 |
hp6p109047089062c1 16 | 973 | 364 | hp4pl3446orf5 | 736 | 364 | 100 | 364 | 0 |
hp6p12129 16603417 f3 14 | 974 | 358 | hp3el0302orf26 | 722 | 268 | 98 | 266 | 90 |
hp6p12244 3948467 c1 52 | 975 | 476 | ^ip4pl2005orf2 | 735 | 108 | 96 | 84 | 368 |
hp6p22217 23470967 fl 4 | 976 | 272 | 13eel2016orf7 | 703 | 272 | 100 | 272 | 0 |
hp7el0192 4412568 f2 5 | 977 | 291 | 02cel0114orf3 | 525 | 291 | 100 | 291 | 0 |
hp7pl0287 24611325 c2 24 | 978 | 256 | Olcel 1513orfl7 | 500 | 256 | 100 | 256 | 0 |
hp7p1029025548812 f3 l4 | 979 | 489 | ip3pl0156orf2 | 724 | 333 | 100 | 333 | 156 |
hp7pl0290 25585941 f3 12 | 980 | 374 | hp3pl0156orí3 | 725 | 91 | 91 | 87 | 283 |
hp7pl0290 35156558 f3 15 | 981 | 411 | llcpl2002orfi | 689 | 109 | 96 | 107 | 302 |
hp7pl0290 4351718 fl 6 | 982 | 324 | hp3pl0156orf7 | 726 | 302 | 95 | 299 | 22 |
« ·
Vztah mezi polypeptidy podle vynálezu se popisuje dále v textu v tabulce č. 5. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 5 se měří od terminačního kodonu do terminačního kodonu v nukleotidové sekvenci bakterie H. pylori.
Vztah mezi polypeptody, který je zobrazen v tabulce č. 5 se popisuje následovně. Za prvé, délka polypeptidů uvedených v tabulce č. 5 je nejméně s 90% identická, většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u některých z homologních párů polypeptidů. V některých případech kratší polypeptid obsahuje relevantní část proteinu, který se může podle vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití. Za třetí, některé polypeptidy v druhém sloupci jsou homologní s kratšími polypeptidy, které jsou uvedeny v pátém sloupci.
Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 5 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidu podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.
3“ | 3“ | 3* | 3* | 3“ | 3* | 3“ | ||
-o | TJ | TJ | TJ | TJ | tj | TJ | 4 | >—« |
Ό | Os | OS | Os | LA | LU | to | a | co |
TJ | O | T3 | TJ | <5 | O | « | (D | TJ |
— | >—· | —· | 4 | to | ||||
O | o | O | la | LA | ·—· | 0 | 0 | |
tO | s© | s© | 00 | O | —· | © | © | |
00 | O | O | Ό | 4 | 00 | — | to | |
-o | CU | LU | O | 4 | 00 | i“— | 4 | 4 |
*tO | 4 | '4 | 1 | 4 | 4 | LU | to | -U |
4 | co | LU | 4 | LA | -O | LU | 4 | to |
cjs | so | s© | LU | LA | LU | 4 | LA | to |
00 | 00 | la | 4 | to | © | 00 | -O | |
to | to | O | Os | Ό | to | to | ||
LU | Os | Os | 4 | LA | 1 | O | Os | O |
tO | co | LU | K> | to | E3 | •0 | to | |
LA | 00 | 1 Os LU | ||||||
□ | □ | C5 | LA | 0 to | □ | |||
tO 1 | l Os | 1 Os | l | s© | '4 | |||
to | b | tt | LU | LU | ||||
4 | 3 | P | 3 P | |||||
sO | s© | s© | so | © | © | © | 00 | © |
Ό | to | to | to | OS | 1—· | 4 | O | |
00 | 4 | 4 | 4 | OS | O | Ό | LU | |
to | LU | LU | 00 | LU | 1 1288 | Ό | ||
LA | os | Os | Mt | Os | © | |||
Os | Os | Os | 4 | 00 | O | to | ||
O | __ | O | 0 | 3* | 3“ | to | 0 | 0 |
to | 4 | »» | LA | TJ | TJ | © | Ό | -0 |
o | w | co | w | Os | LU | (to | p | co |
TJ | □ | (6 | σ> | TJ | “O | O | TJ | TJ |
to | —* | LU | LU | to | ||||
o | O | to | O | O | 0 | O | 1—» | 0 |
LA | to | 0 | to | to | 00 | LU | O | to |
O | to | 0 | to | LU | 0 | to | «—» | |
Os | 1”— | 0 | LU | «0 | LA | Os | ||
to | to | u— | 1 | í | 1 | 'to | -O | |
4 | LU | 4 | 4 | to | 00 | to | LU | to |
OS | OS | to | LU | to | © | S© | S© | to |
00 | LA | Ό | 0 | LU | •O | |||
SO | 00 | O | LU | Ό | LU | 00 | to | |
CU | LU | Ό | 4 | LU | LA | | LA | LU | 0 |
to | 00 | 00 | to | O | OS | to | ||
1 Í3 | Γ o LU | σ | OO 1 | to 1 n? | □ '4, | to 1 | N> 1 C5 | '□ 1 |
I | I | 1 | 1 | J | 1 | | | ||
Os | 4^ | © | to | 0 | ||||
00 | ||||||||
OO | 00 | Ό | 00 | 00 | 00 | 00 | •0 | •0 |
CU | to | 4 | LU | LU | to | Os | Ό | |
LA | to | OS | 4 | 00 | LA | to | Os | |
to | LU | «Ο | LU | to | LA | |||
4 | LU | 4 | 4 | LA | LU | |||
to | OO | © | 00 | LU | to | «Ο | LU | |
4 | 1 28 | 1 247 | 1 -668 | 1 -29 | LA Os | 1 40 | O LU | | 259 |
s© | SO | © | © | |||||
Os | Os | 00 | LA | |||||
o | O | 0 | O | 0 | ||||
o | 4 | Os | ^0 | LA | O | 0 | O | 0 |
LA | 4 | LA | 00 | |||||
to | LU | OO | LU | 1. 65 | | to | CA | ||
4 | LU | LA | to | |||||
to | OO | sO | LU | to | Ό | -4 |
O | O | O | O | 0 | O | 0 | O |
Os | Os | Os | Os | to | to | to | to |
0 | O | O | O | (ro | (TO | (TO | rro |
TJ | TJ | TJ | Ό | a | a | <T> | 0 |
LU | LU | LU | LU | >_· | ·—» | — | |
O | O | O | O | O | 0 | 0 | 0 |
Os | Os | Os | Os | 1—* | — | _> | — |
O | O | O | O | ►—Λ | — | ||
LU | LU | LU | LU | Os | Os | o | Os |
LU | LU | to | to | LU | L- | — | |
4 | 4 | LU | Os | Os | 0 | LA | |
O | 0 | 4 | 4^ | LU | 00 | 00 | -O |
to | to | Ό | s© | Os | 0 | 0 | 00 |
4 | 4 | Os | to | -J | LU | LU | |
LA | s© | LA | LA | 4 | |||
00 | 00 | Os | 00 | LU | >—» | 1—* | LA |
Ό | ~U | 00 | Ό | Os | LU | CU | to t |
— | O to | 1 | O | «3 | 'íO | O | |
to | to | '___ | 4x | s© | LU | LU | 1 00 |
O | O | LU | ·— | to | 4^ | 4x | •O |
LU | |||||||
P | |||||||
P | |||||||
00 | 00 | OO | 00 | 00 | 00 | 00 | 00 |
OS | Os | 4 | Os | LA | LA | LA | LA |
s© | © | LU | 00 | Ό | LA | LA | 4 |
4 | 4 | 4 | 89 1 | 4^ | 4. | s© | |
Ό | Ό | LU | Ό | Ό | *O | ||
s© | s© | Ό | s© | s© | |||
3* | 3* | O | 3“ | O | O | O | O |
TJ | TJ | Os | TJ | to | Ό | to | to |
OS | OS | O | OS | (TO | O | (TO | (TO |
O | O | TJ | G> | Π» | TJ | TJ | TJ |
to | to | LU | to | 1—- | to | to | |
0 | 0 | O | O | 0 | ·—» | 0 | 0 |
cu | LU | Os | cu | I—» | s© | Ό | -u |
LU | LU | O | LU | ·-— | O | 0 | |
© | s© | LU | S0 | Os | Os I | O | Os |
LU | to | 'to | to | CU | LA | 1 | 1 |
4 | 4 | LU | Os | s© | 0 | LA | |
O | LU | 4 | -U | LU | 1—* | 00 | ^4 |
to | Ό | LO | Os | LU | 0 | 00 | |
4 | Ό | Os | to | -O | LA | LU | — |
O | LA | s© | S© | LA | 4 | ||
00 | Os | Os | 00 | LU | to | LA | |
Ό | to | 00 | Ό | Os | CU | to | |
'0 | O | O | O | O | '-A | O | |
LU | - | ·“* | to | ||||
LU | 1 LA | 4 | 4*. | 1 | 00 | LA | |
«Ο | Ό | 4 | O | s© | — | ||
Ό | 00 | *O | Ό | Ό | 00 | 00 | Ό |
s© | LU | s© | LA | *·— | O | LA | |
Os | LU | LU | LA | LU | 00 | to | Os |
LU | -U | 00 s© | to | ||||
LA | LU | Os | 0 | 00 | |||
00 | Ό | Os | s© | s© | O | O | |
LU | to | ||||||
Os | 22 | O | to | 5 | ~o | Ό | |
s© | s© | ||||||
««q | |||||||
O | 0 | O | O | Os | 0 | O | |
O | 0 | O | ^4 | O | 0 | O | |
LA | O | ||||||
LU | 4^ | OO S© | 4 | 00 | |||
LA | LU | Os | to | Ό | |||
OO | *U | Os | s© | 00 | s© |
σ tr
CO
Π5 — CL QJ θ'
H W tb
O o F* =»=43 — CL CD O' a π O' o
Tabulka
O<
Cn os h“1
• ·· ·· «· ··
Vztah mezi polypeptidy podle vynálezu se popisuje dále v textu v tabulce č. 6. Všechny délky polypeptidů v tabulce č. 6 se měří od terminačního kodonu do terminačního kodonu v nukleotidové sekvenci bakterie H. pylori.
Vztah mezi polypeptody, který je zobrazen v tabulce č. 6 se popisuje následovně. Za prvé, délka polypeptidů uvedených v tabulce č. 6 je nejméně s 90% identická, většina z nich je více jak z 95% identická. Za druhé, délky terminační až terminační kodon se liší u některých z homologních párů polypeptidů. V některých případech kratší polypeptid obsahuje relevantní část proteinu, který se může podle vynálezu využít; v některých případech delší polypeptid vykazuje vylepšené použití.
Ve všech případech homologní vztahy popsané v tabulce č. 6 jsou vysoce podstatné. Typický genový produkt bakterie H. pylori například vykazuje aminokyselinovou sekvenci, která je z 92% až ze 100% identická mezi odlišnými kmeny bakterie H. pylori, které se získaly od pacientů. Nukleotidové sekvence kódující příbuzné polypeptidy podle vynálezu jsou si také velmi podobné. Například nukleotidové sondy odvozené z kódující sekvence polypeptidů podle vynálezu se mohou použít v PCR nebo při hybridizaci za účelem identifikace klonů, které nesou nukleotidovou sekvenci kódující homologní příbuzný polypeptid.
ο | o | O | O | o | zr | o | o | 3* | 3* | bU | O | O | O | © | O | 3* | t | © | © | © | © | © | © | © | © | |||
Cb | Os | Os | tA | tu | 4 | Ό | 4 | 4 | tj | Π | © | -U | 4 | Os | 4^ | TJ | tu | 4 | © | 4 | Os | tA | 4 | 4 | 4 | 1 | ||
<χ> | O | O | O | P | P | tu | P | p | Os | bU | Ϊ0 | w | O | co | 70 | 70 | 70 | Os | co | JO | O | G) | (TO | rt | ||||
Ό | TJ | TJ | CD | <U | TJ | Ό | *3 | Ό | G> | Ό | G> | Ό | Ό | G> | 0 | O | n> | 0 | TJ | TJ | *3 | Ό | “3 | *3 | 3 | |||
·— | OO | MM | 4 | tu | — | —» | 4 | ·—- | tu | —» | 4 | —· | * | MM | 4 | 4 | ||||||||||||
ο | o | _» | O | O | O | o | O | MM | © | o | O | O | — | O | O | O | © | O | ·— | © | © | © | -- | © | ||||
Ν) | Os | 4 | © | oo | tu | 00 | Os | 4 | tu | bJ | tu | bJ | O | >—> | 00 | 00 | 4 | tu | 4 | — | © | 4 | Os | 4 | O | 4 | ||
Κ) | MM | o | 4 | o | O | tu | 4 | bJ | bU | —» | _ | —t | — | © | tu | 0 | © | 1—· | © | tA I | © | |||||||
tu | tA | 4 | o | 4^ | 4^ | 4 | tu | © | bU | © | © | Os | Os | tu | © | 4 | Os | tu | Os | tu l | Os | tu | Os | |||||
1 | 1 © | 4 | 1 4 | . | 1 © | 1 tu | 4 | bJ | 1 | 4 | '4 | 1 tu | 4 | tu | tu | 1 tu | 4 | 4 | — | tu | 4 | 4 | 4 | |||||
-£* | 00 | © | tA | tu | oc | 00 | 4 | tA | 4^ | bJ | tu | tu | bJ | 4^ | tu | 4 | tA | 4^ | 4^ | © | © | 4 | tu | 4^ | tA | tu | tu | 4^ |
4^ | 4 | tA | 4^ | o | SfS | OS | mm | tu | Os | 1Λ | Os | O | 4x | 4 | O | 4 | O | ·—* | 4 | tA | 4 | 4^ | Os | 4^ | © | 00 | 4 | |
ο | 4 | bU | © | OO | tA | <~s | 4^ | tA | MM | © | bU | 00 | tA | 4 | 4 | OO | 00 | 4 | © | 4x | tu | 4 | tA | U | © | 4 | OS | |
SČ | o | OO | tA | tu | 4 | Os | 4 | 4 | tA | © | — | Os | Os | Os | 4^ | © | 4 | 4 | 4 | © | 00 | Os | 00 | |||||
£b | tu | 4 | © | tA 1 | tu | tA | O | tu | tu | tu | 4 | tA | O | tA | tA | © | 4 | Os | © | 1 | © | tA | tu | tA | 4 | |||
tu | o | 4 | Os | oc | | | 4 | Os | b-> | | | 00 | © | O | OO | tu | -U | 00 | Os | 4 | 4 | O | 4 | 4 | ·— | Os | 00 | |||
-J 1 □ | '4*. Os | o □ | 7 f3 | 00 o tu | ’ř3 | 53 4^ | O © | 7 cl | 2 c3 | U) □ | σ 'os | i~ o tu | l“ — | 00 1 □ | 0 c2 | 1“ F3 | 4 1 a tu | 4 1 0 | 00 1 σ | 1 P3 1 | tA O tu | 1 3 | tu 00 © | 4 l □ | 00 0 | 4 a | 4 O 4 | 1“ Γ5 |
1 | | | tu | I | i | 1 | | | 1 | 4 | 1 | ·—» | 4 | | | l | |||||||||||||||
© | tu | 4x | 4 | tA | bJ | 4^ | 1— | 4 | 4 | ·— | tu | tA | © | 4 | tA | 00 | ||||||||||||
4 | A | 4 | Os | © | © | Os | 4 | 4 | 4 | tu | ||||||||||||||||||
oo | 00 | 00 | oo | 00 | oc | 00 | OO | 00 | 00 | 00 | 00 | 00 | 00 | 00 | OO | 00 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
4 | 4 | Os | tA | tA | 4x | tu | tu | tu | tu | bJ | bJ | bJ | —— | — | © | © | © | OO | OO | 4 | 4 | 4 | Os | Os | Os | tA | £ | |
tA | 4 | tA | © | 00 | CS | 00 | 4 | Os | tu | © | OS | bJ | 4 | tA | O | © | 4 | Os | © | 00 | Os | 4 | 4 | 4s» | 4 | 00 | Os | |
tu | 4 | 00 | tu | tu | 4 | 4^ | tu | tu | Os | tu | 4 | 4 | 4 | tu | tA | 4 | 00 | 4 | ||||||||||
tA | o | tA | 4 | 4 | O | 00 | 00 | o | Os | O | 4 | Os | © | Os | 4 | © | 4^ | tA | tu | 4 | Os | © | 4 | 4 | ||||
οο | © | 00 | 00 | 00 | 4 | 4 | X*. | 4 | 00 | Os | O | © | 00 | 4 | 4 | 4 | tu | 4 | tu | tu | © | ©. | ||||||
ο | O | ZT | 3“ | 3* | __ | 3 | O | O | o | o | o | O | O | 3 | © | © | © | © | © | © | © | © | © | M-j | ||||
σ\ | Os | “O | TJ | O | 4 | Ό | tA | 4 | © | bU | 4 | Os | 4^ | Os | tu | uu | TJ | © | Os | Os | ►—· | © | OS | 4 | 4 | 4 | ||
ο | O | •4 | P | tu | P | O | o | Ď> | O | ΐύ | σο | &> | G? | fc> | 4i. | O | <70 | <70 | O | G> | O | Λ | a | ΓΡ | <70 | P | ||
Ό | *3 | Λ | Q | o | 3 | Π) | n> | O | T3 | Ό | © | T3 | o | O | (V | 0 | TJ | TJ | n> | Xi | Q | 3 | T3 | 0 | 0 | 0 | ||
tu | tA | 00 | tu | tA | tA | >—» | «—» | — | Os | »—» | 4 | 4 | Os | 4 | tA | *“· | ||||||||||||
ο | o | tu | o | o | o | MM | o | O | o | o | O | © | © | 4 | © | © | — | © | © | © | © | © | i | |||||
4 | OS | tu | tA | tu | MM | 4 | 4 | 4 | 4 | os | 4*. | *—· | Os | os | 00 | 4 | tA | © | O | 4 | 4 | Os | 4 | 4^ | ©i | |||
4 | © | © | 4 | 4 | 00 | bJ | O | MM | O | o | 4 | 1— | tA | 1—· | © | © | >—» | 1—· | © | © | MM | 4 | ||||||
tu | tA | 4^ | 4 | tu | -U | oo | o | © | tu | 4 | © | © | tu | © | O | | © | | tu | tu | Os | Os 1 | 4^ | tu | tA | © | 4 I | Os 1 | 4 | | |
1 tu | 1 © | 'bJ | '4 | '4 | 4^ | 1 © | 'tu | 'tu | 'bU | 4^> | 4 | 4 | tu | 00 | tA | 1 tu | 'tu | 4 | 4 | 4 | L- | — | 4 | 4 | ||||
•U | 00 | Os | tA | tu | 00 | 4 | 4 | tA | tu | 00 | N) | Os | 4*. | tA | tA | © | 4^ | 4^ | © | tu | 4 | tu | 4^ | © | 4^ | tu | 4 | |
-U | 4 | tA | 4x | o | 14 | Os | 1—· | O | ·—» | tA | 00 | 4x | © | © | © | 4 | Os | 4 | 4^ | Os | 4 | tA | 00 | tA | ||||
ο | 4 | | O | © | 00 | tA | 4 | 4^ | tA | 4 | © | 00 | 00 | © | 4 | 4 | Cs | 4^ | 4 | © | 4^ | © | 4 | tA | 4*. | MM | 00 | O | 00 |
© | © | OO | tA | tu | 4 | «—· | Os | •U | tA | © | Os | tu | Os | © | Os | 4^ | © | © | 4 | 4 | © | tu | 4 | O | Os | |||
4^ | —A | 00 | 4 | © | J | tu | tA | Os | Os | oo | tA | 4 | © | © | 4 | tA | © | 1 | © | tA | Os | tA | Os | |||||
tu | 4» | 4 | Os | 00 | ra | 4 | OO | OO | 4 | 4 | o | O | F3 | tu | 00 | 1—* | Os | OO | 4 | 0 | 4 | © | 4 | O | 4 | |||
-4 | 'tA | 14 | •4 | 00 | O | 4 | 4 | 4 | tA | 00 | O | 4 | 00 | © | tu | 4 | tu | 4 | tA | |||||||||
1 □ | 1 o tu I | O 4 | 1 O 4 1 | Í3 1 | © | tu 'bJ | 1 C3 | 1 -A | O tu | ř3 1. | 't3 | □ | '□ | tu | 4 tu | O tu | | '0 | O | O tu | a 1. | 1 © | Π | 0 | O tu t | 0 tu | b5 | ||
Os | O | 1 | 1 | 4^> | 1 | 1 | 4 | 1 | | | 1 | 4x | tA | tu | 1 | Mm. | 1 | ||||||||||||
OS | sn | 4x | 4^ | 00 | tu | oo | tu | 4 | 4 | 4 | tu | tu | 4 | © | 4 | © | ||||||||||||
4^ | oo | tA | © | O | © | 4 | —* | 4x | 00 | tu | © | 4 | 00 | -U | ||||||||||||||
© | 0 | |||||||||||||||||||||||||||
Ο | O | o | O | O | O | O | O | o | O | o | O | o | O | O | 0 | O | © | © | © | © | © | © | © | © | © | © | © | © |
OS | OS | Os | OS | OS | os | tA | tA | tA | tA | tA | tA | tA | tA | tA | tA | 4x | -U | 4^ | 4^ | 4^ | 4^ | 4^ | 4^. | -U | tu | tu | tu | |
tA | 4^ | tu | 4 | o | © | 00 | 4 | Os | tA | 4*> | tu | 4 | © | © | 00 | 4 | Os | tA | 4». | tu | 4 | © | © | 00 | 4 | |||
4 | tu | Os | 4^ | 4 | -U | tu | tu | tA | 4^ | bJ | 4^ | tu | 4 | A | 4x | 4 | 4^ | tA | 4X | tu | 4 | tA | 4 | 0 | 4 | |||
© | 4x | 00 | 4 | 4 | bJ | Os | oo | Os | 00 | tA | OO | 4 | tu | tA | © | 4 | 00 | tA | © | 4^ | © | 4 | © | |||||
tA | tA | Os | 4 | tu | o | 00 | 4^ | 4 | tu | tu | 4 | tA | 4 | 4 | © | 4 | tu | tu | tA | tu | OO | Os | © | 4x | £ | © | ||
tu | tA OS | Os tA | tu | tu | tu | 4 | 1 | 4 | tu | tu | Os | CA | ||||||||||||||||
4^ | 00 | 4 | Os | tu | © | mm | Os | o | 00 | © | Cb | © | Os | tA | tA | — | OS | 4^ | 00 | 4 | © | |||||||
4 | Os | OO | -ř» | t/s | O | Os | Os | 4 | O | tu | 4 | OO | 4^ | tA | © | tu | © | |||||||||||
4 | 4 | 00 | tu | tu | 4 | tu | 00 OS | tu | tA | tu | 4 | 4 | 4 | tu | tA | 4 | 4 | 4 | ||||||||||
-U | tA | 4 | t/s | 4 | 4 | O | 4 | 00 | Os | Os | 4 | Os | © | Os | 4 | © | 4^ | 4^ | tu | 4 | 4^ | 4 | 4 | © | ||||
4 | © | 00 | 4^ | 4 | 4 | -h. | O | 4 | 00 | tu | 00 | 00 | 4 | tu | 4 | tu | 4 | tA | Os | 4 | © | |||||||
1 97. | © © | © Os | O O | O O | O o | O O | O O | O o | © Os | © © | © P° | © Os | © © | O O | © © | © 00 | © © | © © | © © | © © | © © | © © | © | © Os | © © | © © | © © | © © |
4 oo | tu 4 | 4 Os | o o | o o | © o | © o | o o | © o | tA tA | 4^ 4 | oo 4^ | Os © | 00 4 | O O | © © | tA Os | Cs 4 | © | © © | © © | © 0 | © © | tu tA | 4 4> | © © | © © | © © | © © |
σ r
CO
Π) κΩ σ κ ο α ο
Η
0) tr c
!—
ÍU η<
Os σΊ ω
• · ·
O CA n> u o CA CA 1 O CA CA CA AJ 1 a 1 -U | | 09cp61003 492187 c2 80 | | -U o r& CA CA CA d O 4 d ca 4 4 l a5 L· AJ | 1 hp6pl2244 3948467 cl 52 | | | hp2el0911 4882027 c2 87 | | í 14ee41924 l6282067 cl 72 | | 1 1lgel0308 5256 f2 l | | | 1 leel 1408 4977193 cl 41.aa | | | 1 lae80818 7290627 c2 51 | | 1 06ep30223 23476067 cl l 19 | | | 05ep10815 47I9175 c1 83 | | 1 02ae31010 2117087 f3 34 | | 1 01 cp20708 36134808J2 11 | | | hp6pl0606 19546933 c3 31 | | ΞΓ T3 CA Ό Ca 00 4 O -U d CA O 4^ AJ 00 J | | hp5el5044 4554652 f3 3 | | 1 hp4e53394 22864682 c2 86.aa | | =r Ό 4* O d d O 4^ CA © CA 4*· 4* CA AJ o AJ © | 1 hp4el3394 35957200 fl 21 | | 3 *σ aj a o o d d 4^ © O CA d | | 14ee41924 23527267 c3 107 | | | 1 lae80818 783127 c3 63 j | 1 Iae80818 l118879I c3 60 | 09cp61003 19532625 cl 78 | | 09cp61003 I4562637 c2 93 | O © o *σ o AJ AJ 4^ 1^ o CA AJ © CA CA O d CA | | 09cel0413 5865665 fl 4 | o CA σο XJ o o so d d O 00 -u AJ 4 1 □ 1^ AJ |
945 | | 956 | | 963 | | 1 975 1 | 965 1 | 1 964 | | *© CA | 960 J | 1 958 | | l 952 | | 943 | | Ό d | | 928 | | | 923 | | 921 | 914 I | © d | v© fj | © | © O | 906 | 668 | | 898 | 00 o 4^ | 1 893 | 00 00 00 | | 886 | 880 |
O\ d CA | 667 | | 785 | | 4^ 4 CA | CA 00 d | 1 64 | | 4 | í 530 | | 1 152 I | CA | CA CA d | d 4 | | 230 1 | | 283 | | 00 -U | 1 146 1 | 1 427 I | 4 © | | 233 I | d | | 233 I | 1 182 1 | 1 221 | 1 357 | | 106 | d CA 4 | 4 4*· | 116 |
06epl0615 961562 fl 15 | | O n o CA 5 CA 'a k© AJ 00 4 1 o d L· aj o | hp7el0590 13073577 c3 107 | | hp6pl2244 3948467 c3 88 | | 07ee50709 960952 f2 47 | | 07eel140219565702 c2 88 | | [ hp7el0557 21698387 f 1 1 j | 05ae30220 4977193 c3 198 | | ΞΓ •o 4 G> O CA O o 1 AJ CA 4 AJ CA CA 4x O l~ CA 00 | O CA T3 d o AJ AJ d *AJ d 4^ 4 CA O CA 4 O CA | 1 05epl0815 4719175 cl l15 j | 1 07ee50709 26438968 f2 36 | [ 01cel0320 30273587 f3 38 í | | hp8el0080 19546933 c2 88 | | O CA Ď3 Π» d o AJ AJ O d Ca O 4^ AJ 00 □ © | 1 07cel0312 4554652 f3 2 J | ! hp4e53394 19720300 c3 98 | :r Ό 4* O d d © 4x CA oo AJ 00 © CA d O AJ 1 © o | | hp4el3394 5088562 f3 54 | 1 07ee50709 4818967 f2 43 | 1 07eeI1402 10759567 c2 86 1 | | 14cp11908 783127 c172 | 1 14cpl1908 25593768 c3 97 | 1 01ce61016 23609580 c3 139 | | 01ce610I6 129315I3 c2 I06 | 1 09cpl0224 1062966 cl 44 | O © O o o 4x d 1 CA 00 CA CA CA O\ CA A | | 06gpl0409 3398427 f2 12 |
1298 | | 1297 | | 1296 1 | | 0601 | 6801 | | 1088| | | 1087 | | 9801 | | 10851 | 5 oo | 1 1083 j | O 00 AJ | ( 1801 | O 00 o | 1 1079 | | 1078 | | | 1077 | | 1076 ; | 1 1075 | | 1074 | | 1073 | | 1072 | | 1071 | O 4 O | | 1069 | 8901 I | | 1067 | | 1066 |
CA d 4 | 668 1 | 897 | | CA O oo | 1213 | | 1 465 1 | | 239 I | 1 ics 1 | 1 556 | AJ O | 1 925 1 | 1 265 | 1 Sít | | 1 428 | 1 752 | 4 4*. | I 647 | 1 135 | | 225 | Γ 487 | | 292 | I 337 | [ 538 | | 343 | 1 376 | 1 485 | 1 353 | ] 292 |
— | - | AJ | d AJ | CA d O | 401 I | CA 00 | 1 204 j | CA s© | | 262 I | aj 00 | 1_45 I | 1 145 1 | | 668 | 1 8t | | | 220 | | 56 | 1 00 | W.C 1 | 59 | I 155 | d 4 | ( | | 270 | 00 | AJ 4 © | | 176 | |
636 | CA CA 4 | 4 00 ca | 1 SW | CA 00 CA | 63 | CA | CA AJ 00 | £ | CA O | 1 CS9 | | 1 >28 I | 1 230 1 | 1 280 I | 00 A | A <A | 4χ AJ AJ | 4 4 | 215 | O o | 232 | 1 491 | | AJ O -U | 342 | V6 1 | d 4 AJ | 4 •U | CA |
00Ό01 | | 00Ό01 | 00Ό0Ι | 1 00Ό0Ι | ©> 4 4 00 | 00Ό01 | 98.55 | 99.05 | 88.65 | I 98.67 | O p o o | 98.44 | 00Ό01 | | 99.29 | 98.81 | 1 ΟΟΌΟΙ | | | ΟΟΌΟΙ | | 1 00Ό01 | | ΟΟΌΟΙ | 95.41 | 00Ό01 | 98.20 | | 99.51 ) | 100.00 i | 93.62 | 94.09 | 100.00 | 1 ioo.oo I |
Tabulka č. 6 pokračování • · ·· ·· ·· • · · · • · · · ·· • · · ··· · • · · · ·· ·· ··
IV. Identifikace nukleových kyselin kódujících komponenty vakcíny a cíle pro činidla účinná proti bakterii H. pylori.
Popisovaná genomová sekvence bakterie H. pylori zahrnuje segmenty, které řídí syntézu ribonukleových kyselin, stejně jako počátek replikace, promotory, jiné typy regulačních sekvencí a vnitrogenních nukleových kyselin. Vynález popisuje identifikaci nukleových kyselin kódujících imunogenní komponenty vakcín a cílů činidel účinných proti bakterii H. pylori. Důležitým aspaktem identifikace je stanovení funkcí popsaných sekvencí, čehož se dá dosáhnout různými přístupy. Příklady těchzo metod se popisují dále v textu.
Homologie se známou sekvencí: Srovnání provedené za asistence počítače uvedených sekvencí bakterie H. pylori s dříve uvedenými sekvencemi, které se dříve publikovaly ve veřejně dostupných databázích, je užitečný nástroj při identifikaci funkční nukleové kyseliny bakterie H. pylori a polypeptidových sekvencí. Rozumí se, že sekvence kódující proteiny se mohou například srovnat jako celek a že dosahují na úrovni aminokyselin vysokého stupně homologie (například více jak 80 až 90%). Toto zjištění naznačuje, že dva proteiny také mají určitý stupeň funkční homologie, jako je například mezi enzymy, které se podílejí na metabolizmu, syntéze DNA nebo syntéze buněčné stěny, a proteiny, jenž se účastní transportu, buněčného dělení atd.. Navíc se určila řada strukturních rysů určitých tříd proteinů a ta koreluje se specifickými sekvencemi, jako jsou například vazebné oblasti nukleotidů, DNA, iontů kovů a jiné malé molekuly; místa pro kovalentní modifikace, jako je fosforylace, acylace a podobně; místa interakcí protein-protein, atd. Tyto sekvence mohou být docela krátké a tak mohou reprezentovat pouze frakce selé sekvence kódující protein. Určení takového rysu u sekvence bakterie H. pylori je proto užitečná při stanovení • · • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ··· · · • · · · · · ··· ·· ·· ·· funkce kódovaného proteinu a identifikaci potencionálně použitelných cílů pro antibakteriální léky.
Částečnou relevancí k vynálezu jsou strukturní rysy, které jsou běžné u sekrečních, transmembránových a povrchových proteinů, mezi něž patří sekreční signální peptidy a hydrofóbní transmembránové oblasti. Proteiny bakterie H. pylori, které se určily jako putativní signální sekvence a/nebo transmembránové oblasti, se mohou použít jako imunogenní komponenty vakcín.
Stanovení podstatných genů: Preferovanými cíly léčiv jsou nukleové kyseliny, které kódují proteiny podstatné při růstu nebo životaschopnosti bakterie H. pylori. U genů bakterie H. pylori se testuje biologická relevance k organizmu tím, že se zkouší účinek delece a/nebo porušení genů, to znamená tzv. genový knokout, za použití postupů, které jsou dobře známy v oboru. Tímto způsobem se mohou určit podstatné geny.
Kmenově specifické sekvence: Vzhledem k vývojovému vztahu mezi různými kmeny bakterie H. pylori se věří, že současně doložené sekvence bakterie H. pylori jsou použitelné při identifikaci a/nebo diskriminaci mezi dříve známými a novými kmeny bakterie H. pylori. Věří se, že jiné kmeny bakterie H. pylori vykazují nejméně 70% sekvenční homologie se sde doloženou sekvencí, at už to je či není správně , není to pro vynález důležité. Systematická a rutinní analýza sekvencí DNA odvozených od vzorků, které obsahují kmeny bakterie H. pylori a srovnání se současnou sekvencí umožňuje určení sekvencí, které se mohou použít k diskriminaci mezi kmeny, stejně jako těch, které jsou běžné pro kmey bakterie H. pylori. V jednom provedení vynálezu se popisují nukleotidové sekvence, mezi něž patří sondy a peptid a a polypeptidové sekvence, které diskriminují různé kmeny bakterie H. pylori. Kmenově specifické komponenty se mohou také určit funkčně na základě jejich schopnosti vyvolat tvrobu protilátek nebo reagovat s protilátkami, které selektivně rozeznávají jeden nebo více kmenů bakterie H. pylori.
V jiném provedení vynálezu se popisují nukleové kyseliny, které zahrnují sondy a peptid a polypeptidové sekvence, které se běžně vyskytují ve všech kmenech bakterie H. pylori, ale nebyly nalezeny v jiných bakteriálních speciích.
Stanovení kandidáta proteinových antigenů za účelem vývoje protilártek a vakcíny.
Výběr kandidáta proteinových antigenů při vývoji vakcíny se může odvodit od nukleových kyselin kódujících polypeptidy bakterie H. pylori. Za prvé; u ORF se analyzuje homologie s jinými známými exportovanými nebo membránovými proteiny a dále se analyzoval pomocí diskriminační analýzy popsané kleinem et al., (Klein, P., Kanehsia, M., and DeLisi, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815, 468-476) za účelem předpovězení exportovaných a membránových proteinů.
Testování homologie může proběhnout za použití algoritmu BLAST, který je obsažen v souboru Wisconsin Sequence Analysis Package (Genetícs Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive, Madison, WI 53711), za účelem porovnat každý předpovězený ORF aminokyselinové sekvence se všemi sekvencemi nalezenými v současné GenBank, SWISS-PROT a PIR databázích. BLAST zkoumá lokální uspořádání mezi ORF a sekvencemi databank a udává skóre pravděpodobnosti, které indikuje pravděpodobnost náležení této sekvence změnou v databázi. ORF vykazující signifikantní homologii (např. pravděpodobnosti vyšší než 1x10 (ee-6)) s membránovými nebo exportovanými proteiny reprezentují pravděpodobně proteinové antigeny vhodné pro vývoj vakcíny. Na základě sekvenční • · homologie s geny klonovanými do jiných organizmů se poskytují genům bakterie H. pylori určité funkce.
Diskriminační analýza (Klein, P., Kanehsia, M., and DeLisi, C. (1985) Biochimica et Biophysica Acta 815, 468-476) se může použít pro testování aminokyselinových sekvencí ORF. Tento algoritmus používá skutečnou informaci obsaženou v aminokyselinové sekvenci ORF a srovnává ji s informací odvozenou od vlastností známých membránových a exportovaných proteinů. Toto srovnání předpovídá, které proteiny budou exportovány, které jsou spojeny s membránou nebo které jsou obsaženy v cytoplazmě. Aminokyselinové sekvence ORF označené tímto algoritmem jako exportované nebo spojené s membránou jsou pravděpodobně proteinové antigeny vhodné pro vývoj vakcíny.
Proteiny vnější mebrány pravděpodobně reprezentují nej lepší antigeny, které vyvolávají ochrannou imunitní odezvu proti bakterii H. pylori. Algoritmy, které se mohou používat pro předpověď proteinů vnější mebrány, zahrnují přítomnost amfipatické oblasti beta-listu na jejich C-konci. Tato oblast, která se detekovala ve velkém množství proteinů vnější membrány u gram-negativních bakterií, je často charakterizována hydrofóbními zbytky (Phe nebo Tyr) přibližně v pozicích 1, 3, 5,7 a 9 od C-konce (to je např. zobrazeno na obr. č. 8, blok F). Je důležité, že tyto sekvence se nedetekovaly na C-konci periplazmických proteinů a tak umožňují preliminární odlišení tříd proteinů v závislosti na primárních sekvenčních datech. Tento jev dříve popisuje Struyne et al., (J. Mol. Biol. 218: 141-148, 1991).
Jak je zobrazeno na obr. č. 8 další aminokyselinové sekvenční motivy se nacházejí u řady proteinů vnější mebrány bakterie H. pylori. Uspořádání aminokyselinových sekvencí na obrázku č. 8 znázorňuje části sekvence 12 proteinů bakterie H. pylori (znázorněno jednopísmenným aminokyselinovým kódem), • ·
které jsou označené ID čísly aminokyselinové sekvence, a ukazují sekvence od N-konce k C-konci směrem zleva do prava. Nachází se šest rozdílných bloků (označených A až F) podobných aminokyselinových zbytků tak, že zahrnují odlišné hydrofóbní zbytky (Phe nebo Tyr; F nebo Y vzhledem jednopísmennému kódu pro aminokyselinové zbytky), které se často nacházejí v pozicích blízko C-konce proteinů vnější membrány. Přítomnost několika zdílených motivů jasně ukazuje na podobnost mezi členy této skupiny proteinů.
Navíc proteiny vnější mebrány izolované z bakterie H. pylori často sdílejí, jak ukazují aminokyselinové zbytky ohraničené rámečkem na obr. č. 9, motiv blízko dokončeného Nkonce (to je po procesu odstranění sekrečního signálu). Obr. č. 9 zobrazuje část N-konce devíti proteinů bakterie H. pylori (označených aminokyselinovými sekvenčními ID čísly a zobrazují sekvenci od N-konce do C-konce zleva do prava).
Odborníkovi je známo, že tyto zdílené sekvenční motivy jsou vysoce signifikantní a ustanovují podobnost mezi touto skupinou proteinů.
Ne příliš často je možné rozlišit mezi více možnými nukleotidy v danné pozici v sekvenci nukleové kyseliny. V těchto případech je dvouznačnost označena rozšířenou abecedou následovně:
Toto jsou oficiální jednopísmenné kódy bází | podle | IUPAC-IUB | ||
kód | popis báze | |||
G | guanin | |||
A | adenin | |||
T | tymin | |||
C | cytozin | |||
R | purin | (A | nebo | G) |
Y | pyrimidin | (C | nebo | T nebo U) |
M | amino | (A | nebo | C) |
K | keton | (G | nebo | T) |
s | silná interakce | (C | nebo | G) |
w | slabá interakce | (A | nebo | T) |
H | bez G | (A | nebo | C nebo T) |
• ·
···· ·· • ·«
B | bez A | (C nebo G nebo T) |
V | bez T (bez U) | (A nebo C nebo G) |
D | bez C | (A nebo G nebo T) |
N | libovolná | (A nebo C nebo G nebo T) |
Aminokyselinové translace podle vynálezu, kde se hodnotí dvojznačnost v nukleotidové sekvenci translací dvojznačného kodonu jsou značeny jako písmeno X.
V. Produkce fragmentů a analogů nukleových kyselin a polypeptidů bakterie H. pylori.
Na základě objevu genového produktu bakterie H. pylori, který je uveden v sekvenčním protokolu, může odborník pozměnit popsanou strukturu (genů bakterie H. pylori), např. produkcí fragmentů nebo analogů a může testovat aktivitu nově vzniklých struktur. Příklady postupů, které jsou dobře známy v oboru a které umožňují produkci a testování fragmentů a analogů, se popisují dále v textu. Tyto nebo analogové metody se mohou použít pro přípravu a testování schopnosti knihoven polypeptidů, např. knihoven náhodných peptidů nebo knihoven fragmentů nebo analogů buněčných proteinů vázat se na polypeptidy bakterie H. pylori. Takové testu jsou použitelné pro vývoj inhibitorů bakterie H. pylori.
Příprava fragmentů
Fragmenty proteinu se mohou produkovat několika způsoby, např. rekombinačně, proteolytickým štěpením nebo chemickou syntézou. Interní nebo terminální fragmenty polypeptidů se mohou generovat odstraněním jednoho nebo více nukleotidů z jednoho konce (v případě konečného fragmentu) nebo z obouch konců (v případě vnitřního fragmentu) nukleové kyseliny, která kóduje polypeptid. Exprese mutované DNA produkuje fragmenty polypeptidů. Štěpení endonukleázami, které ukusují konce (end-nibbling) , může dát vzniku DNA, které • · · · • · · ···· ·· ·
kódují skupinu fragmentů. DNA, které kódují fragmenty proteinu, mohou vznikat náhodným zdílením, restrikčním štěpením nebo kombinací shora uvedených metod.
Fragmenty se mohou také chemicky syntetizovat za použití metod, které jsou v oboru známy, jako je Merrifieldova chemie na pevné fázi f-Moc nebo t-Boc. Například peptidy podle vynálezu se mohou rozdělit na fragmenty požadované délky bez překryvu fragmentů nebo se mohou rozdělit na překrývající se fragmenty o požadované délce.
Změna nukleových kyselin a polypeptidů: náhodné metody.
Varianty aminokyselinových sekvencí proteinu se mohou připravit náhodnou mutagenezí DNA, která kóduje protein nebo určitou doménu nebo oblast proteinu. Použitelné metody zahrnují mutagenezi PCR a saturační mutagenezí. Knihovna náhodných variant aminokyselinové sekvence se může také připravit syntézou sady degenerovaných oligonukleotidových sekvencí. (Způsoby testování proteinů v knihovně variant jsou také zde uvedeny).
(A) PCR mutageneze
Při PCR mutagenezi se používá omezená věrnost Taq polymerázy pro zavedení mutagenezí do klonovaného fragementu DNA (Leung et al·., 1989, Technique 1: 11-15). Oblast DNA, která je mutována se amplifikuje za použití polymerázové řetězové reakce (PCR) za podmínek, které redukují věrnost syntézy DNA, pomocí Taq DNA polymerázy, např. lze použít poměr dGTP/dATP roven pěti a přidání Mn2+ do PCR reakce. Amplifikované fragmenty DNA se začlení do vhodných klónovacích vektorů za vzniku náhodné knihovny mutantů.
(B) Saturační mutageneze
Saturační mutageneze umožňuje rychlé zavedení velkého počtu substitucí jedné báze do klonovaných fragmentů DNA (Mayers et al., 1985, Science 229:242). Tato metoda zahrnuje • · tvoření mutací, např. chemickou cestou nebo ozářením jednořetězcové DNA in vitro a syntézu komplementárního řetězce DNA. Frekvence mutace se může upravit modulací intenzity aplikace a v podstatě se mohou získat všechny možné substituce baží. Protože tento způsob nezahrnuje genovou selekci mutantních fragmentů, získaly se obě neutrální substituce, stejně jako ty, které změnily funkci. Rozdělení bodových mutací je nakloněno směrem k elementům s konzervativní sekvencí.
(C) Degenerované oligonukleotidy
Z degenerovaných oligonukleotidových sekvencí se může také připravit knihovna homologů. Chemická syntéza degenerovaných sekvencí se může provést na automatizovaných syntetizérech a syntetické geny se pak ligují do vhodného expresivního vektoru. Syntéza degenerovaných oligonukleotidů je známa v oboru (Narang, SA (1983) Tetrahedron 39:3; Itakura et al., (1981) Recombinant DNA, Proč 3rd Cleveland Sympos. Macromolecules, ed. AG Walton, Amsterdam: Elsevier pp 273289; Itakura et al., (1984) Annu. Rev. Biochem. 53: 323;
Itakura et al (1984) Science 198: 1056; Ike et al., (1983)
Nucleic Acid Res. 11: 477. Takové metody se používají při řízeném vývoji proteinů (Scott et el.,(1990) Science 249: 386-390; Roberts et al. (1992) PNAS 89: 2429-2433; Devlin et al., (1990) Science 249: 404-406; Cwirla et al. (1990) PNAS
87: 6378-6382; U.S. Patent Nos. 5,223,409; 5,198,346 a
5, 096,815) .
Změna nukleových kyselin a polypeptidů: Způsoby vhodné pro řízenou mutagenezi.
Žádný způsob náhodné nebo řízené mutageneze se nemůže poskytnout specifické sekvence nebo mutace specifických oblastí. Tyto metody se mohou použít pro přípravu variant, které zahrnují např. delece, inzerce nebo substituce zbytků známé aminokyselinové sekvence proteinu. Místa mutace se ·· • « • ··· • · · ·· · • · « ♦ v · ·· • « « « · • · · mohou modifikovat jednotlivě nebo v sériích, například (1) nejdříve se substituje konzervativní aminokyselynami a pak s více radikální volbou, která závisí na výsledku, kterého chceme dosáhnout, (2) se deletuje cílený zbytek nebo (3) vedle lokalizovaného místa se zavedou zbytky stejné nebo odlišné třídy, nebo se poiužívá kombinace bodů 1 až3.
(A) Alanin skenovací mutageneze.
Alanin skenovací mutageneze je použitelná metoda při identifikaci jistých zbytků nebo oblastí požadovaného proteinu, které jsou preferovanými oblastmi nebo doménami mutageneze (Cunnigham and Wells, Science 244: 1081-1085,
1989). Při skenování alaninu se idantifikuje zbytek nebo skupina cílových zbytků (např. nabyté zbytky, jako jsou Arg, Asp, His, Lys a Glu) a nahradí se neutrální nebo negativně nabitou aminokyselinou (nejvýhodnější je alanin nebo prolyalanin). Nahrazení aminokyseliny může ovlibnit interakci aminokyselin s okolním vodným prostředím uvnitř nebo vně buňky. Tyto domény ukazující funkční citlivost na substituce se pak vylepšují zavedením dalších nebo jiných variant do míst substituce. Tak zatímco místo zavedení variace aminokyselinové sekvence je předem určeno, podstatu mutace není třeba předvídat. Pro optimalizaci provedení mutace v danném místě může se provést alanin skenovací nebo náhodná mutageneze cílového kodonu nebo oblasti a u exprimovaných požadovaných proteinových podjednotkových variant se testuje optimální kombinace požadované aktivity.
(B) Oligonukleotidy zprostředkovaná mutageneze.
Oligonukleotidy zprostředkovaná mutageneze je metoda použitelná pro přípravu substituce, delece a inzerce variant DNA (např. Adelman et al., DNA 2: 183, 1983). Požadovaná DNA se pozměnila hybridizací oligonukleotidu, který kóduje mutaci templátové DNA, kde templát je jednořetězcová forma plazmidu nebo bakteriofágu, která obsahuje nezměněnou nebo nativní ·« *· * · · • ··· • · · • · · ···« ·»
«· • · · • ·· ··* · · • · « ·· ·* sekvenmci DNA požadovaného proteinu. Po hybridizaci se používá pro syntézu celého druhého komplementárního řetězce templátu DNA polymeráza, kde se pak inkorporuje oligonukleotidový primer, a bude kódovat vybranou změnu DNA požadovaného proteinu. Obecně se používají oligonukleotidy, které obsahují nejméně 25 nukleotidů. Optimální oligonukleotid má 12 až 15 nukleotidů, které jsou zcela komplementární s templátem na každé straně nukleotidu(ů), jenž kódují mutaci. Tato skutečnost zaručuje, že oligonukleotid bude správně hybridizovat s molekulou templátu jednořetězcové DNA. Oligonukleotidy se snadno syntetizují za použití metody dobře známé v oboru, kterou popisuje Crea et al., (Proč. Nati. Acad. Sci. USA, 75:5765 (1978)).
(C) Kazetová mutageneze
Jiná metoda přípravy variant, kterou je kazetová mutageneze, je založena na způsobu, který popisuje Wells et al., Gene, 34: 315 (1985). Počátečním materiálem je plazmid (nebo jiný vektor), který zahrnuje proteinovou podjednotkovou DNA, která se má mutovat. V proteinové podjednotkové DNA se identifikovaly kodón(y), které budou mutovat. Na každé straně určeného místa(míst) mutace musí existovat jediné místo, které rozeznává reastrikční endonukleáza. Jesltiže taková restrikční místa neexistují mohou se vytvořit za použití shora popsané mutageneze zprostředkované oligonukleotidy tím, že se zavedou do vhodných lokací požadované proteinové podjednotkové DNA. Po té, co se restrikční místa zavedly do plazmidu, plazmid se v těchto místech štěpil za účelem lineralizace. Za použití standardních postupů se syntetizoval dvouřetězcový oligonukleotid kódující sekvenci DNA mezi restrikčními místy, který obsahuje požadovanou mutaci(e). Odděleně se syntetizovaly dva řetězce a pak se spolu hybridizovaly za použití standardních metod. Tento dvouřetězcový oligonukleotid se zde označuje jako kazeta.
*· ·· • · · • ··· • · · · « · · «··< ·· ·· ·· • · · · • · ·· ··· · · ·· ··
Tato kazeta je označena tak, že má 3'a 5'konce, které jsou srovnatelné s konci linearizovaného plazmidu tak, že se může do plazmidu přímo ligovat. Tento plazmid nyní obsahuje mutovanou požadovanou proteinovou podjednotkovou sekvenci DNA.
(D) Kombinatorická mutageneze
Kombinatorická mutageneze se může také použít pro přípravu mutantů (Ladner et al., WO 88/06630). Při této metodě se uspořádají aminokyselinové sekvence pro skupinu homologů nebo pro jiné příbuzné proteiny. Upřednostňuje se, aby se pdopořila nej vyšší možná homologie. Za účelem vytvořit degenerovanou sadu kombinatorních sekvencí se mohou vybrat všechny aminokyseliny, které se objeví na danné pozici uspořádané sekvence. Kombinatorní mutagenezí na úrovni nukleových kyselin se připraví zpestřená knihovna variant a je kódovaná zpstřenou genovou knihovnou. Například směs syntetických oligonukleotidů se může enzymaticky ligovat do genových sekvencí tak, že degenerovaná sada potencionálních sekvencí je exprimovatelná jako jednotlivé peptidy nebo v jiném případě jako sada větších fúzních proteinů, která obsahuje sadu degenerovaných sekvencí.
Jiné modifikace nukleových kyselin a polypeptidů bakterie H. pylori.
Za účelem zvýšení rozpustnosti, zvýšení stability (např. doba uskaldnění ex vivo a rezistence k proteolytickému štěpení in vivo) je možné modifikovat strukturu polypeptidů bakterie H. pylori. Může se produkovat modifikovaný protein nebo peptid bakterie H. pylori, kde je změněna aminokyselinová sekvence substitucí aminokyseliny, delecí nebo adicí, jak se zde popisuje.
Peptid bakteri H. pylori se může také modifikovat substitucí cysteinových zbytků. S výhodou se používají alaninové, serinové, treoninové, leucinové zbytky nebo zbytek • · kyseliny glutamové, aby se minimalizovala dimerizace prostřednictvím disulfidových vazeb. Navíc aminokyselinové postranní řetězce fragmentů proteinu podle vynálezu se mohou modifikovat. Jinou modifikací je cyklizace peptidu.
Za účelem zvýšení stability a/nebo reaktivity polypeptidu bakterie H. pylori se může provést jeho modifikace inkorporací jednoho nebo více polymorfizmů do aminokyselinové sekvence proteinu, který vzniká z libovolné přirozené alalické varianty. Navíc D-aminokyseliny, nepřirozené aminokyseliny nebo neaminokyselinové analogy se mohou substituovat nebo adovat za účelem produkce modifikovaného proteinu, což je předmětem vynálezu. Dále polypetid bakterie H. pylori se může modifikovat za použití polyetylenglykolu (PEG) podle způsobu, který popisuje A. Sehon a spolupracovníci (Wie et al., uvedeno dříve v textu) za účelem produkce proteinu konjugovaného s PEG. Navíc PEG se může přidat během chemické syntézy proteiny. Jiné modifikace proteinů bakterie H. pylori zahrnují redukci/alkylaci (Tarr, Methods of Protein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); acylace (Tarr, Methods of Protein Microcharacterization, J. E. Silver ed., Humana Press, Clifton NJ 155-194 (1986)); chemické párování s vhodným nosičem (Mishell and Shiigi, eds, SELECTED Methods in Cellular Immunology, WH Freeman, San Francisco, CA (1980), U.S. Patent 4,939,239; nebo jemná aplikace formalínu (Marsh, (1971) Int. Arch. of Allergy and Appl. Immunol., 41: 199215) .
Za účelem provedení čištění a potencionální zvýšení rozpustnosti protřenu nebo peptidu bakterie H. pylori je možné přidat k peptidové kostře aminokyselinovou fúzní část. Za účelem čištění afinitní chromatografií s imobilizovaným kovovým iontem s k proteinu může přidat například hexahistidin (Hochuli, E. et al., (1988) Bio/Technology, 6:
• · • 9 · ·
1321-1325). Navíc za účelem provedení izolace peptidů, které nenesou irelevantní sekvence se mezi sekvence fúzní části a peptidů můžou začlenit specifická místa štěpení endoproteázy.
Aby došlo k vhodnému antigennímu zpracování epitopů v polypeptidu bakterie H. pylori může se mezi oblasti začlenit místa citlivá na kánonickou proteázu, každé obsahuje nejméně jeden epitop prostřednictvím metod rekombinace nebo syntézy. Například nabité páry aminokyselin, jako jsou KK nebo RR, se mohou začlenit mezi oblasti do proteinů nebo fragmentů během jejich rekombinantí konstrukce. Výsledný peptid si zůstává citlivý ke štěpení katepsinem a/nebo jinými enzymy podobnými trypsinu, které budou tvořit části proteinu, jenž obsahují jeden nebo více epitopů. Navíc takové nabité aminokyselinové zbytky mohou vést ke zvýšení rozpustnosti peptidů.
Primární metody testování polypeptidů a analogů.
Pro testování vzniklých mutantních genových produktů se používá řada metod. Způsoby skenování velkých genových knihoven často zahrnují klonování genové knihovny do replikovatelných expresivních vektorů, transformaci vhodných buněk s výslednou knihovnou vektorů a expresi genů za podmínek, ve kterých detekce požadované aktivity, např. v tomto případě vázání na polypeptid bakterie H. pylori nebo na interakční protein, umožňuje relativně jednoduše izolovat vektor kódující gen, jehož produkt se detekoval. Každá z takových níže popsaných metod slouží jako analýza velkého množství sekvencí, které vznikly například způsobem náhodné mutageneze.
(A) Dvouhybridní systémy.
Dvouhybridní testy, jako je shora popsaný systém (stejně jako jiné zde popsané testovací metody) se mohou použít při identifikaci polypeptidů, např. fragmentů nebo analogů přirozeně se vyskytujícího polypeptidu bakterie H. pylori, • · ·· ·· ·· např. buněčné proteiny nebo náhodně generované proteiny, které se váží na protein bakterie H. pylori. (Doména bakterie H. pylori se používá jako proteinová návnada a knihovna variant se exprimuje jako rybí fúzní proteiny.) Analogickýn způsobem se dvouhybridní test (s jinými zde popsanými testovacími metodami) může použít pro nalezení polypeptidů, které vážou polypeptid bakterie H. pylori.
(B) Zobrazení knihoven.
V jednom z přístupů ke skreeningovým testům se kandidát peptidů objeví na povrchu buňky nebo virové partikule a měří se schopnost určitých buněk nebo virových partikulí vázat se na vhodný receptorový protein prostřednictvím povrchového produktu. Tento test se nazývá panoramatická test. Genová knihovna se například klonuje do genu povrchového membránového proteinu bakteriální buňky a vzniká fúzní protein detekovaný panoramatickým testem (Ladner et al., WO 88/06630; Fuchs et al., (1991) Bio/Technology 9: 1370-1371; a Goward et al., (1992) TIBS 18:136-140. Podobným způsobem se může použít detekovatelně značený ligand za účelem zjistit potencionálně funkční peptidové homology. Fluorescenčně značené ligandy, např. receptory, se mohou používat k detekci homologu, který si zachovává aktivitu vázání na ligand. Použití fluorescentně značených ligandů umožňuje vizualizaci buněk, kterou je možné prohlédnout a oddělitza použití fluorescenčního mikroskopu nebo v případě, že to umožňuje morfologie buňky, mohou se separovat na fluorescenčně aktivovaném buněčném třídiči.
Genová knihovna se může exprimovat jako fúzní protein na povrchu virové částice. Například ve vláknitém fágovém systému se mohou na povrchu infikovaného fága exprimovat cizorodé peptidové sekvence, což tvoří dvě podstatné výhody. Za prvé; vzhledem k tomu, že se tyto fági mohou aplikovat na afinitní matrice při koncentraci přes 1013 fágů na mililitr, • · může se testovat velké množství fága v jeden okamžik. Za druhé; vzhledem k tomu, že každý infekční fág vyjevuje genový produkt na svém povrchu, pak v případě, že určitý fág je získán z afinitní matrice v nízkém výtěžku, fág se může amplifikovat dalším cyklem infekce. Skupina skoro identických vláknitých fágů bakterie E. coli M13, fd., a fl se nejčastěji používají při zobrazení fágových knihoven. Buď fágový obalový protein glll nebo gVIIIse může použít pro přípravu fúzních proteinů bez poškození balení virových partikulí. Cizorodé epitopy se mohou exprimovat na N-konci proteinu plil a fág nesoucí takové epitopy se může získat z velkého množství fágů, kterým tento epitop chybí (Lander et al. PCT přihláška WO 90/02909; Garrard et al., PCT přihláška WO 92/09690; Marks et al. (1992) J. Biol. Chem. 267: 16007-16010; Griffiths et al., (1993) EMBO J 12: 725-734; Clackson et al., (1991) Nátuře 352: 624-628; a Barbas et al. (1992) PNAS 89: 44574461) .
Maltózový receptor bakterie E. coli (protein vnější membrány, LamB) se používá jako fúzní partner (Cherbit et al., (1986) EMBO 5, 3029-3037). Oligonukleotidy se začlenily do plamidů, které kódují gen LamB, aby vznikly peptidy fúzované s jednou z extracelulárních smyček proteinu. Tyto peptidy jsou schopné vázat se na ligandy, např. na protilátky, a mohou vyvolat v případě, že je buňka podána zvířatům, vyvolat imunitní odezvu. Jiné buněčné povrchové proteiny, např. OmpA (Schorr et al., (1991) Vaccines 91, pp. 387-392), PhoE (Agterberg et al., (1990) Gene 88, 37-45) a
PAL (Fuchs et al., (1991) Bio/Tech 9, 1369-1372), stejně jako velké povrchové bakteriální struktury slouží jako nástroje exprese peptidu. Peptidy se mohou fúzovat s pilinem, což je protein, který polymerizuje za vzniku potrubí pilusu, které je vhodné pro interbakteriální změnu genetické informace (Thiry et al. (1989) Appl. Environ, Microbiol. 5, 984-993).
• · • · · · ·
Vzhledem ke své úloze v interakci s jinými buňkami pilus poskytuje použitelnou podporu pro prezentaci peptidů vzhledem k okolnímu prostředí. Jinou velkou povrchovou strukturou, která je vhodná pro znázornění peptidu je bakteriální motorický orgán, kterým je flagellum. Fúze peptidů s podjednotkou proteinu flagellinu nabízí hustou řadu kopií peptidů na hostitelských buňkách (Kuwajima et al., (1988) Bio/Tech. 6, 1080-1083). Povrchové proteiny jiných bakteriálních specií také mohou sloužit jako fúzní partnery peptidů. Takovými příklady proteinů jsou protein A bakterie Staphylococcus a proteáza vnější membrány IgA bakterie Neisseria (Hansson et al., (1992) J. Bacteriol. 174, 42394245 a Klasser et al., (1190) EMBO J. 9, 1991- 1999).
V systémech vláknitých fágů a v systému LamB, které se popisují shora v textu, dochází k fyzickému spojení peptidu a jeho kódující DNA na základě snečištění DNA partikulemi (buňky nebo fág), které ensou na vsém povrchu peptid. Zachycující se peptid zachycuje sebou částici nebo DNA. Alternativní schéma používá protein Láci vázající DNA za vzniku vazby mezi peptidem a DNA (Culí et al., (1992) PNAS USA 89: 1865-1869). Tento systém používá plazmid obsahující gen Láci, který nese na svém 3'-konci místo pro kůňování oligonukleotidu. Při indukci kontrolované arabinózou vzniká fúzní protein s peptidem Láci. Tato fúze se uchovává přirozenou schopnost Láci vázat se na krátkou sekvenci DNA, která je známá jako operátor LacO (LacO). Pomocí instalace dvou kopií LacO na expresním plazmidu se Lacl-peptidová fúze pevně váže na plazmid, který ho kóduje. Protože plazmidy v každé buňce obsahují pouze jedinou oligonukleotidovou sekvenci a každá buňka exprimuje pouze jedinou peptidovou sekvenci, peptid se stává specificky a stabilně spojen se sekvencí DNA, která řídí jeho syntézu. Buňky knihovny se slabě lyžují a komplexy peptid-DNA se vystaví vlivu matrice « · • · imobilizovaných receptorů, přičemž se získají komplexy, které obsahují aktivní peptidy. Asociovaná plazmidová DNA se pak znovu zavede do buněk, amplifikuje se a sekvenuje se za účelem stanovení shodnosti peptidových ligandů. Za účelem ukázat praktickou využitelnost metody se připravila velká náhodná knihovna dodekapeptidů a vybrala se na základě monoklonálních protilátek, které vznikly proti opioidovému peptidu dynorfinu B. Získala se skupina peptidů. Všechny peptidy jsou příbuzné uzanční sekvenci odpovídající části dynorfinu B, která obsahuje šest zbytků (Culí et al., (1992) Proč. Nati. Acad. Sci U.S.A 89-1869).
Toto schéma také někdy ukazuje, že peptidy nesené na plazmidech se liší od metod exprese pomocí fágů ve dvouch důležitých rysech. Za prvé; peptidy jsou zachycené na C-konci fúzního proteinu, což vede k expresi členů knihovny jako peptidů s volným karboxylovým koncem. Oba obalové proteiny vláknitých fágů plil a pVIII jsou ukotveny ve fágu prostřednictvím jejich C-konce a hostitelské cizorodé peptidy jsou umístěny do ven vyčnívající oblasti N-konce. V některém uspořádání na fágu vyjevené peptidy jsou přítomny právě na Nkonci fúzního proteinu (Cwirla, et al., (1990) Proč. Nati. Acad. Sci. U.S.A. 87, 6378-6382). Druhým rozdílem je řada biologických dispozic, které ovlivňují populaci peptidů aktuálně přítomných v knihovnách. Fúzní molekuly Láci zůstávají v cytoplazmě hostitelských buněk. Fágové obalové fúze jsou krátce během translace vystaveny cytoplazmě, ale pak jsou rychle vylučovány skrz vnitřní membránu periplazmatické oblasti, přičemž zůstávají zakotveny v membráně svými hydrofóbními oblastmi C-konce. Peptidy svými N-konci vyčnívají do periplazmy, zatímco čekají, aby byly zahrnuty do fágových partikulí. Peptidy v Láci a fágových knihovnách se mohu podtatně lišit na základě působení různých proteolytických aktivit. Aby mohlo dojít k začlenění do fágu • · • · • · · ··· · · · ···· ·· ··· ·· ·· ·· fágové obalové proteiny vyžadují transport skrz vnitřní membránu a zpacování signální peptidázou. Jisté peptidy se uplatňují při delečním působení na tyto postupy a jsou přítomny v knihovnách (Gallop et al., (1994) J. Med. Chem. 37 (9): 1233-1251). Tyto určité dispozice neovlivňují systém vyjevení Láci.
Počet malých peptidů, které jsou dostupné v rekombinantích náhodných knihovnách je enormní. Rutině se připravují knihovny, které obsahují 107 až 109 nezávislých klonů. Připravily se knihovny tak velké, že obsahují 1011 rekombinantů, ale tato velikost je prakticky limitující pro knihovnu klonů. Toto omezení velikosti knihovny se objevuje při kroku transformace DNA, která obsahuje náhodné segmenty, do bakteriálních buněk hostitele. Za účelem zrušit toto omezení se vyvynul in vitro systém založený na vyjevení nascentních peptidů v polyzómových komplexech. Tento způsob vyjádření knihovny má potenciál produkovat knihovny o 3 až 6 řádů větší než jsou současně dostupné fágové/fágemidové knihovny. Dále konstrukce knihoven, exprese peptidů a testování se provádí v zcela bezbuněčném formátu.
Při jedné aplikaci této metody (Gallop et al. (1994) J.
Med. Chem. 37 (9): 1233-1251) se konstruovala knihovna molekulové DNA kódující 1012 decapeptidy. Uvedená knihovna se exprimovala v in vitro systému bakterie E. coli S30, který spojuje transkripci a translaci. Podmínky se zvolily tak, aby se pozdržely ribozymi na mRNA, což způsobuje, že se akumuluje podstatná část RNA v polyzómech a vznikají komplexy, které obsahují nascentní peptidy, které jsou stále spojeny s jejich kódující RNA. Polyzómy jsou dostatečně mohutné, aby se mohly čisti na základě afinity na imobilizovaných receptorech velmi stejným způsobem jako se testují běžnější rekombinantí knihovny sloužící k vyjevení peptidů. RNA se získá z vazebných komplexů přeměnou na cDNA a amplifikuje se PCR, přičemž vzniká templát pro další syntézu a testování. Polyzómová vyjevovací metoda se může spojit s fágovým systémem. Pak následuje několik kol testování, cDNA z polyzómů se klonovala do fágemidového vektoru. Tento vektor slouží jako peptidový expresivní vektor, přičemžvyjadřuje peptidy fúzované s obalovými proteiny a dále slouží jako DNA sekvenačni vektor v případě identifikace peptidů. Při exzpresi peptidů získaných z polyzómů ve fágách se může buď pokračovat v afinitní slekci nebo se u peptidů testuje vazebná aktivita pomocí ELISA testu fágů nebo na jednotlivých klonech nebo se testuje vazebná specificta v testu kompletační fágové ELISv (Barret, et al., (1992) anal. Biochem 204, 357-364). Při identifikaci sekvencí aktivních peptidů se produkovala fagemiaovým hostitelem jedna sekvence DNA.
Sekundární tetsování polypeptidů a analogů.
Shora popisovaný test z vysokou propustností může být následován sekundárním skreeningem za účelem identifikace dalších biologických aktivit, které například umožní odborníkovi odlišit agonistu od antagonisty. Typ sekundárního testování závisí na požadované aktivitě, kterou je nutné testovat. Například se může vyvinout test, ve kterém se může použít schopnost inhibovat interakci mezi proteinem a jeho ligandem pro identifikaci antagonisty ze skupiny peptidových fragmentů izolovaných pomocí primárního testování, jak se popisuje shora v textu.
Způsoby tvoření fragmentů a analogů a testování jejich aktivity jsou dobře známy v oboru. Po té co je znám základ sekvence je pouze rutinou získání analogů a fragmentů.
Peptidové napodobeniny polypeptidů bakterie H. pylori.
Vynález také umožňuje redukci domén polypeptidů bakterie H. pylori, které váží protein, za účelem vzniku napodobenin, např. peptidových nebo nepeptidových činidel. Peptidové napodobeniny jsou schopné porušit navázání polypeptidů na jejich ligand, např. v případě polypeptidů bakterie H. pylori, který se váže na přirozeně se vyskytující ligand. Mohou se určit kritické zbytky polypeptidů bakterie H. pylori, které se podílejí na molekulovém rozpoznání polypeptidů a používají se při tvoření peptidonapodobenin odvozených od bakterie H. pylori, které zvratné nebo nezvratně inhibují vazbu peptidu bakterie H. pylori s interakčním polypeptidem (přihláška evropského patentu EP412,762A a Ep-B31,080A).
Skenování mutageneze se může použít pro mapování aminokyselinových zbytků určitého polypeptidů bakterie H. pylori, které se podílí na navázání na interakční polypeptid, mohou se vytvořit peptidomimetické látky (např. diazepin nebo izocholinové deriváty), které napodobují vázání těchto zbytků na interakční polypeptid a tím interferují s funkcí polypeptidů bakterie H. pylori. Například nehydrolyzovatelné peptidové analogy takových zbytků mohou vznikat za použití benzodiazepinu (např. Freindinger et al., in Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), azepin (např. Huffman et al., in Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), substituovaný gamalaktámový kruh (Garvey et al in Peptides: Chemistry and Biology, G.R. Marshall ed., ESCOM Publisher: Leiden, Netherlands, 1988), ketonmetylenové pseudopeptidy (Ewenson et al. (1986) J. Med. Chem. 29: 295; a Ewenson et al., in Peptides: Structure and Function (Proceedings of the 9th American Peptide Symposium) Pierce Chemical Co. Rockland, IL, 1985), beta-smyčka dipeptidových jader (Nagai et al. (1985) • ·
Tetrahedron Lett 26: 647; a Sáto et al., (1986) J. Chem. Soc. Perkin. Trans. 1: 1231) a betaaminoalkoholy (Gordon et al., (1985) Biochem. Biophys. Res. Commun. 126: 419; a Dann et al., (1986) Biochem. Biophys. Res. Commun. 134: 71).
VI. Formulace vakciny pro nukleové kyseliny a polypeptidů bakterie H. pylori.
Tento vynález také popisuje vakcínové kompozice, které slouží k ochraně proti infekci bakterií H. pylori nebo při léčbě infekce bakterií H. pylori, což je gram-negativní spirálová mikroaerofilní bakterie. V jednom provedení vakcínové kompozice obsahují jeden nebo více imunogenních komponentů, jako je povrchový protein z bakterie H. pylori nebo jeho část a farmaceuticky přijatelný nosič. Příklady nukleových kyselin podle vynálezu jsou ty uvedené v sekvenčním protokolu, které kódují povrchové proteiny bakterie H. pylori. Libovolná nukleová kyselina kódující imunogenní protein bakterie H. pylori nebo jeho část, který je exprimovatelný v buňce, se může použít podle vynálezu. Vakciny mají terapeutické a profylaktické využití.
Vynález popisuje kompozici sloužící k ochraně proti infekci bakterií H. pylori, která obsahuje nejméně jeden imunogenní fragment proteinu bakterie H. pylori a farmaceuticky přijatelný nosič. Preferované fragmenty zahrnují peptidy, které obsahují nejméně 10 aminokyselinových zbytků, upřednostňuje se přibližně 10 až 20 aminokyselinových zbytků a s výhodou se používá přibližně 12 až 16 aminokyselinových zbytků.
Imunogenní komponenty podle vynálezu se mohou získat například testováním polypeptidů, které se rekombinantě produkují z odpovídajícího fragmentu nukleové kyseliny, která kóduje protein bakterie H. pylori v plné délce. Navíc fragmenty se mohou chemicky syntetizovat za použití metod » ·· ·· ·· • · · · · ·· · • · · · · · · ·· ·· ···· · • · · · · · ··· ·· ·· · · dobře známých v oboru, jako Merrifieldova chemie na pevné fázi F-Moc nebo t-Boc.
V jednom provedení vynálezu se identifikují imunogenní komponenty schopností peptidu stimulovat T buňky. Peptidy, které stimulují T buňky, což se například určí proliferací T buněk nebo sekrecí cytokinu, jak se zde popisuje, obsahují nejméně jeden epitop T buňky. Věří se, že epitopy T buněk se podílí na iniciaci a perpetuaci imunitní odezvy na proteinový alergen, který je odpovědný za klinické symptomy alergie. Uvádí se, že tyto epitopy T buněk spouští časné kroky na úrovni T helprů při navázání na vhodnou HLA molekulu na povrchu antigenů přítomného v buňce, přičemž stimuluje subpopulaci T buněk s relevantním receptorem pro epitop. Tyto skutečnosti vedou k proliferací T buněk, k sekreci lymfokinu, k lokálním zánětlivým reakcím, doplnění dalších imunitních buněk na místo interakce antigen/T buňka a k aktivaci kaskády B buněk vedoucí k produkci protilátek. Epitop T buňky je základní element nebo nejmenší jednotka rozeznávaná receptorem T buňky, kde epitop obsahuje aminokyseliny podstatné pro rozpoznání receptoru (např. přibližně 6 nebo 7 aminokyselinových zbytků) Aminokyselinové sekvence, které napodobují sekvence epitopů T buňky jsou obsahem vynálezu.
V jiném provedení vynálezu imunogenní komponenty podle vynálezu se identifikovaly pomocí genové vakcinace. Základní protokol je založen na idee, že expresivní knihovny obsahují celý nebo části genomu patogenu, např. genom bakterie H. pylori, může poskytnout ochranu, když se používá pro genetickou imunizaci hostitele. Tato imunizace expresivní knihovnou (ELI) je analogem pro expresivní klonování a zahrnuje redukci genomové expresivní knihovny patogenu, např. bakterie H. pylori, do plazmidů, které může působit jako genová vakcína. Plazmidy se také mohou navrhnout, aby kódovaly genetické adjuvans, které může dramaticky stimulovat • · · • « • « • · ··· · • · ·· 1 sekvenováním se může Uskutečnitelnost tohoto humorální odezvu. Tyto genetické adjuvans se mohou začlenit do vzdálených míst a působí stejně dobře uvnitř i vně buňky.
To je nový přístup k produkci vakcíny, která má mnoho výhod živých/atenuovaných patogenů, ale neriskuje se infekce. Expresivní knihovna patogenové DNA se používá pro imunizaci hostitele, přičemž se projevují účinky antigenů živé vakcíny bez jakéhokoli nebezpečí. Náhodné fragmenty z genomu bakterie H. pylori nebo z kosmidu nebo z plazmidových klonů stejně jako produkty PCR z genů identifikovaných genomovým použít k imunizaci hostitele, přístupu se ukázala za použití
Mycoplasma pulmonis (Barry et al., Nátuře 377: 632-635,
1995), kde dokonce částečná expresivní knihovna Mycoplasma pulmonis, což je přirozený patogen u hlodavců, pokytuje ochranu proti napadení patogenem.
ELI je metoda, která umožňuje produkci neinfekční multiparitní vakcíny, dokonce když se pouze málo ví o biologii patogenů, protože ELI používá imunitní systém k testování kandidátů genů. Po té, co se tyto geny izolovaly, mohou se použít jako genetické vakcíny nebo pro vývoj rekombinantních proteinových vakcín. Tak ELI umožňuje produkci vakcín systematickým, vysoce mechanizovaným způsobem.
Testování imunogenních komponentů se může uskutečnit za použití jedné nebo více z několika různých způsobů. In vitro stimulační aktivita T buněk peptidu se testuje kontaktem peptidu, který je znám nebo, o kterém se předpokládá, že je imunogenní s antigenem přítomných buněk, kterým jsou vhodné MHC molekuly v kultuře T buněk. Přítomnost imunogenního peptidu bakterie H. pylori ve spojení s vhodnými molekulami MHC s T buňkami spolu s nezbytnou kostimulací umožňuje transmisr signálu k T buňce, což indukuje produkci zvýšeného množství cytokinů, zvláště interleukinu-2 a interleukinu-4.
• · · · roztok, fyziologický dextrózou, glycerolem,
Přítomnost intereleukinu-2 nebo jiných známých cytokinů se testovat v zísakném supernatantu kultury. V případě interleukinu-2 se může použít libovolný test z několika běžně dostupných, jako je např. test popsaný v Proč. Nati. Acad. Sci USA, 86: 1333 (1989) . Může se také použít test pro produkci ínterferonu, který je dostupný u firmy Genzyme Corporation (Cambridge, MA).
V jiném případě běžný test pro proliferaci T buněk měří inkorporací tritiovaného tymidinu. Proliferace T buněk se měří in vitro stanovením množství tymidinu značeného 3H inkorporovaného do replikující se DNA kultivovaných buněk. Proto se může kvantifikovat rychlost syntézy DNA a naopak rychlost dělení buněk.
Vakcinační kompozice podle vynálezu obsahující imunogenní komponenty (např. polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment nebo nukleová kyselina kódující polypeptid H. pylori nebo jeho fragment) s výhodou zahrnují farmaceuticky přijatelný nosič. Termín farmaceuticky přijatelný nosič znamená nosič, který nepůsobí alergickou reakci nebo nemá na pacienty jiný nežádoucí účinek, na které se aplikuje. Vhodné farmaceuticky přijatelné nosiče zahrnují např. jednu nebo více látek ze skupiny, která zahrnuje vodu, fyziologický roztok pufrovaný fosforečnanem, etanolem a podobně, stejně jako kombinace těchto látek. Farmaceuticky přijatelné nosiče mohou dále obsahovat minoritní množství auxiliárních látek , jako jsou zvlhčovači a emulgační činidla, konzervační činidla nebo pufry, které prodlužují možnou dobu skladování nebo účinnost protilátek. U vakcín podle vynálezu, které obsahují polypeptidy bakterie H. pylori je tento polypeptid aplikován spolu s vhodným adjuvans.
Je zřejmé, že terapeuticky účinné množství DNA nebo proteinu podle vynálezu závisí na rozvrhu podávání, jdnotkové ··· • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · ·· ·· · · · ··· ··· ··· ··»· ·· ··· ·· ·· ·· dávce aplikovaných protilátek, zda protin nebo DNA se aplikuje v kombinaci s jinými terapeutickými činidly, imunitní status a zdravotní stav pacienta a terapeutická aktivita určitého proteinu nebo DNA.
Vakcinační kompozice se běžně podávají parenterálně, např. injekcí buď podkožně nebo do svalu. Metody intramuskulární imunizace popisuje Wolff et al., (1990) Science 247: 14651468 a Sedegah et al. (1994) Immunology 91: 9866-9870. Jiné módy aplikace zahrnují orální a pulmorální formulace, čípky a transdemickou aplikaci. Při indukci ochrany proti infekci bakteriemi H. pylori se preferuje orální imunizace před parentálními metodami (Czinn et al., (1993) Vaccine 11: 637642). Orální formulace zahrnují normálně používané ekcipienty, jako jsou např. manitol v čistotě, který vyhovuje farmaceutickému použití, laktóza, škrob, sterát hořčíku, sacharin sodíku, celulózu, uhličiten hořečnatý a podobně.
Vakcinační kompozice podle vynálezu může zahrnovat adjuvans, které obsahuje, ale není omezenona hydroxid hlinitý; N-acetyl-muramyl-L-treonyl-D-izoglutamin (thr-MDP); N-acetyl-nor-muramyl-L-alanyl-D-izoglutamin (GGP 11637, norMDP); N-acetylmuramyl-L-alanyl-D-izoglutaminyl-L-alanin-2(1'-2'-dipalmitoyl-sn-glycero-3-hydroxyfosforyloxy)-etylamin (GGP 19835A, MTP-PE); RIBI, které obsahuje tři komponenty z bakterií; monofosforyllipid A; trehalosedimycoloát; skeleton buněčné stěny (MPL+TDM+CWS) v 2% emulzi squalen/Tween 80; a toxin cholery. Dalšími látkami, které se mohou používat jsou netoxické deriváty toxinu cholery zahrnující podjednotku B a/nebo konjugáty nebo geneticky manipulované fúze polypeptidu bakterie H. pylori s toxinem cholery nebo jeho podjednotkou B, procholeragenoid, polysacharidy hub, které zahrnují schizofylan, muramyldipeptid, deriváty muramyldipeptidu, forbolestery, labilní toxin bakterie E. coli, bakteriální • · ·· · • ·
lyzáty, které neobsahují bakterii H. pylori, blokové polyméry nebo saponiny.
Jiné vhodné metody zavádění zahrnují biodegradibilní mikrokapsule nebo imunostimulující komplexy (ISCOM) nebo lipozomy, geneticky manipulované atenuované živé vektory nebo bakterie a rekombinantí (chimérické) partikule podobné virovým partikulím. Množství použitého adjuvans závisí na typu použitého adjuvans. Je-li např. mukozální adjuvans cholera, je vhodné ho používat v množství 5 μg až 50 μρ, např. v rozmezí 10 μg až 35 μς. Jestliže se používá ve formě mikrokapsulí, použité množství závisí na množství obsažené v mikrokapsuli, aby se dosáhlo požadované dávky. Stanovení tohoto množství je pro odborníka rutinou.
Nosičové systémy vhodné pro použití u lidí mohou zahrnovat kapsule, z kterých se aktivní látka uvolňuje až ve střevech, jenž tak chrání antigen před kyselím prostředím v žaludku a a které zahrnují polypeptid bakterie H. pylori v nerozpustné formě jako fúzní proteiny. Vhodné nosiče pro vakcíny podle vynálezu jsou střevní obalené kapsule a polylaktidglykolidové mikrosféry. Vhodnými rozpouštědly jsou 0,2 N NaHCO3 a/nebo fyziologický roztok.
Vakcíny podle vynálezu se mohou aplikovat dospělým a dětem jako primární profylaktické činidlo, jako sekundární prevence po té, co se u infikovaného jedince úspěšně vyhubila bakterie H. pylori. Může se použít jako terapeutické činidlo, které má za úkol indukovat imunitní odezvu u náchylného hostitele, aby se předešlo infekci bakterií H. pylori. Vakcíny podle vynálezu se aplikují v množství, které určí odborník. U dospělých je vhodná dávka v rozmezí 10 μρ až 10 g, upřednostňuje se 10 μρ až 100 mg, například 50 pg až 50 mg. Vhodná dávka pro dospělé se také může pohybovat v rozmezí 5 μρ až 500 mg. Podobné rozmezí dávky se může také aplikovat na dětech. Odborník rozezná, že optimální dávka může být více či méně závislá na tělesné váze pacienta, onemocnění, způsobu aplikace a jiných faktorech. Odborníci také vědí, že vhodná dávka se může získat na základě výsledků dosažených s orálními vakcínami, např. vakcína, jejíž základ tvoří lyzát bakterie E. coli (6 mg denně, celkové množství 540 mg) a enterotoxigenní čištěný antigen bakterie E. coli (4 dávky po 1 mg) (Schulman et al., J. Urol. 150: 917-921 (1993); Boedecker et al., American Gastroenterological Assoc. 999: A222 (1993)). Počet dávek závisí na onemocnění, formulaci a účinnosti vyplývající z klinických testů. Během léčby se může při primárním imunizačním rozvrhu trvajícím jeden měsíc podat 3 až 8 dávek (Boedeker, American Gastroenterological Assoc. 888: A-222 (1993)).
Je zřejmé, že některé vakcinační kompozice podle vynálezu jsou použitelné pouze při prevenci infekce bakterie H. pylori a některé jsou použitelné při léčbě infekce bakteriemi H. pylori a některé jsou použitelné jak pro prevenci tak pro léčbu infekce bakterií H. pylori. V preferovaném provedení vynálezu vakcinační kompozice poskytuje ochranu proti infekci bakterií H. pylori tím, že stimuluje humorální a/nebo buňkou zprostředkovanou imunitu proti bakterii H. pylori. Rozumí se, zlepšení libovolného symptomu, které provázají infekci bakterií H. pylori je požadovaný cíl, který zahrnuje stanovení dávky medikamentu užívaného při léčbě onemocnění způsobeném bakterií H. pylori.
VII. Protilátky, které reagují s polypeptidy bakterie H. pylori.
Vynález také popisuje protilátky, které specificky reagují s polypeptidem bakterie H. pylori. Antiproteinová/antipeptidová antiséra nebo monoklonální protilátky se mohou připravit podle standardních protokolů • · (např. Antibodies: A Laboratory Manual ed. Harlow and Lané (Cold Spring Harbor Press: 1988)). Savci, jako je křeček nebo králík, se mohou imunizovat imunogenní formou peptidu. Metody, které propůjčují imunogenicitu protinu nebo peptidu zahrnují konjugaci nosičů nebo jiné metody, které jsou dobře známy v oboru. Imunogenní část polypeptidů bakterie H. pylori se může aplikovat v přítomnosti adjuvans. Progres imunizace se může monitorovat detekcí titru protilátek v plazmě nebo v séru. Standardní ELISA nebo jiné imunotesty se mohou použít spolu s imunogenem, který slouží jako antigen, aby se odhadla hladina protilátek.
V preferovaném provedení vymálezu jsou protilátky imunospecifické pro antigenní determinanty polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu, např. antigenní determinanty polypeptidů uvedené v sekvenčním protokolu nebo příbuzný lidský nebo nelidský savčí homolg (např. 90% homologní, více se prferuje nejméně 95% homologie). V dalším preferovaném provedení vynálezu protilátky proti bakterii H. pylori nedávají podstatnou křížovou reakci (to znamená, že reagují specificky) s proteinem, který je například méně než z 80 % homologní se sekvencí, která je uvedena v sekvenčním protokole. Termín nedávají podstatnou křížovou reakci znamená, že protilátky mají vazebnou afinitu pro nehomologní protein, která tvoří méně než 10%, preferuje méně než 5 %, více se preferuje méně než 1 % vazebné afinity proteinu obsaženého v sekvenčním protokole. V nejvíce preferovaném provedení vynálezu neexistuje křížová reaktivita mezi bakteriálními a savčími antigeny.
Termín protilátka zde zahrnuje její fragmenty, které také specificky reagují s polypeptidy bakterie H. pylori. Protilátky se mohou rozdělit na fragmentyza použití běžných metod a u nich se pak může testovat jejich použitelnost stejným způsobem, jak se popisuje shora v textu pro celé ·· «I • ·· • · · • · ·· ·· ·· ·· • · · · · · • · · · · · • · » «··· · • · · · · • «· ·· >· protilátky. Fragmenty F(ab')2 se mohou tvořit tak, že se na protilátku aplikuje pepsin. Výsledný fragment F(ab')2 se může ošetřit tak, že se redukují disulfidové můstky a vznikají fargmenty Fab'. Protilátka proti vynálezu dále zahrnuje bispecifické a chimérické molekuly, které mají anti-H. pylori část.
Monoklonální a polyklonální protilátky (Ab) určené proti polypeptidům bakterie H. pylori nebo variantám polypeptidů bakterie H. pylori a fragmenty protilátek, jako je Fab'a F(ab')2ř se mohou použít k zablokování působení polypeptidů bakterie H. pylori a umožňují studium úlohy určitého polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu v odchylných nebo nežádoucích intracelulárních signalizacích, stejně jako normálních buněčných funkcích bakterie H. pylori. Protilátky proti polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu se aplikují mikroinjekcí.
Protilátky, které se specificky vážou na epitopy bakterie H. pylori se mohou také použít při imunochemickém barvení vzorků za účelem hodnocení množství a paternu exprese antigenů bakterie H. pylori. Protilátky proti polypeptidů bakterie H. pylori se mohou použít pro diagnostiku při imunoprecopitaci a imunoblotování, za účelem detekce a hodnocení množství bakterie H. pylori v tkáních nebo v tělních tekutinách, jako část postupu klinického testu. Schopnost monitorovat u jedinců množství polypeptidů bakterie H. pylori může umožnit stanovení účinnosti daného režimu léčby u jedinců postižených uvedeným onemocněním. Množství polypeptidů bakterie H. pylori se může měřit v buňkách, které se nacházejí v tělních tekutinách, jako jsou například vzorky moče, nebo se mohou měřit v tkáních, která se získá biopsií žaludku. Diagnostické testy za použití protilátek proti bakterii H. pylori mohou například zahrnovat imunotesty vedoucí k diagnostice infekcí bakterie H. pylori. Vynález se ·· ·· • · · • ··♦ • · · · • · · ···· ·* • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ··· · · • · · · ♦ · «*· «· *· ·· také může použít jako metoda detekce protilátek obsažených ve vzorcích jednotlivců infikovaných touto bakterií za použití specifických antigenů bakterie H. pylori.
Jiné použití protilátek proti polypeptidů bakterie H. pylori je při imunologickém testování knihoven cDNA v expresivních vektorech, jako jsou Xgtll, Xgtl8-23, λΖΑΡ a ÁORF8. Mediátorové knihovny tohoto typu mají kódující sekvence začleněné ve správném čtecím rámci a jsou orientovány tak, aby se mohly produkovat fúzní proteiny. Např. Ágtll produkuje fúzní proteiny, jejichž N-konec obsahuje β-galaktozidázové aminokyselinové sekvence a jejich C-konec obsahuje cizorodý polypeptid. Antigenní epitopy polypeptidů bakterie H. pylori se pak mohou detekovat protilátkami. Takovou metodou je reakce protilátek proti polypeptidů bakterie H. pylori s antigeny na nitrocelulózových filtrech liftovaných z infikovaných ploten. Fág dokázaný tímto testem se pak může izolovat z infikovaných ploten. Přítomnost genových homologů bakterie H. pylori se může detekovat a klonovat z jiných specií a mohou se také detekovat a klonovat změněné izoformy (mezi něž patří také sestřižené varianty).
VIII. Sady obsahující nukleové kyseliny, polypeptidy nebo protilátky podle vynálezu.
Nukleová kyselina, polypeptidy a protilátky podle vynálezu se mohou kombinovat s jinými činidly a vznikají kity. Kyty pro diagnostické účely obvykle obsahují ve zkumavkách nukleovou kyselinu, polypeptidy nebo protilátky nebo jiné vhodné látky. Kyty obvykle obsahují další činidla, která jsou vhodná pro hybridizační reakce, polymerázové řetězcové reakce (PCR) nebo pro rekonstituci lyofilizovaných komponentů, jako jsou vodná média, sole a podobně. Sady mohou • · • · • · také obsahovat činidla pro zpracování vzorků, jako jsou detergenty, chaotropní sole a podobně. Kyty dále mohou zahrnovat předměty vhodné pro imobilizaci, jako jsou partikule, podpory, buňky, tyčinky a podobně. Dále mohouz ahrnovat věci na značení, jako jsou barviva, vyvijecí činidla, radioizotopy, fluorescenční činidla, luminiscenční nebo chemoluminiscenční činidla, enzymy a podobně. Na základě zde uvedených informací o aminokyselinových sekvencích a sekvencí nukleových kyselin se může snadno sestavit kit, který slouží pro určitý účel. Kyty dále mohou zahrnovat instrukce pro použití.
IX. Testování léčeiv za použití polypeptidů bakterie H. pylori.
Aby se byly dostupné izolované a rekombinantí polypeptidy bakterie H. pylori, vynález popisuje test, který se může použít při testování léčiv, které jsou buď agonisty nebo antagonisty normální buněčné funkce, v tomto případě se jedná o polypeptidy bakterie H. pylori nebo jejich úlohu ve vnitrobuněnčé signalizaci. Takové inhibitory nebo potenciátory se mohou použít jako nová terapeutická činidla pro boj s infekcí bakterií H. pylori u lidí. Řada testů je dostačujících a odborník je bude využívat v souladu s vynálezem.
Pro testovací programy léčiv, které testují knihovný látek a přirozených extraktů, se používají testy s vysokou průchodností, aby se maximalizoval počet látek testovaných v danném časovém úseku. Často se jako primární testy preferují ty, které probíhají v systémech bez účasti buněk, které např. probíhají s čištěnými nebo semi-čištěnými proteiny. Tyto testy se připravují, aby umožnily rychlý vývoj a relativně snadnou detekci změn v molekulových cílech, které jsou zprostředkované testovanou látkou. Účinky buněčné toxicity • · nebo jeho pylori má a/nebo biodostupnost testovací látky se může v in vitro systémech obecně ignorovat. Test místo aby se primárně zaměřil na účinek léku na molekulový cíl, může ukázat změnu ve vazebné afinitě vzhledem k jiným proteinům nebo změnu enzymatických vlastností molekulového cíle. Podle příkladného testu podle vynálezu se látka dostává do kontaktu s izolovaným a čištěným polypeptidem bakterie H. pylori.
Skreeningové testy se mohou konstruovat in vitro s čištěným polypeptidem bakterie H. pylori fragmentem. Takový polypeptid bakterie H.
enzymatickou aktivitu, která produkuje detekovatelný reakční produkt. Účinnost látky se může odhadnout vytvořením křivky závislosti odezvy na dávce z dat, které se získaly za použití různých koncentrací testované látky. Může také proběhnout kontrolní test, aby se získaly základní srovnávací hodnoty. Vhodné produkty zahrnují ty, které vykazují odlišné absorpční, fluorescenční nebo chemo-luminiscenční vlastnosti, například proto, že detekce může být snadno automatizovaná. Za účelem identifikovat ty činidla, která inhibují a zesilují aktivitu polypeptidu bakterie H. pylori se může testovat řada syntetických a přirozeně se vyskytujících látek. Některé z těchto aktivních látek mohou přímo nebo chemickými změnami vyvolat permeabilitu membrány nebo rozpustnost, také inhibují nebo zesilují stejnou aktivitu (např. enzymatickou aktivitu) v celých živých buňkách bakterie H. pylori.
Jiná provedení vynálezu.
Řada nukleových kyselin a korespondujícícj polypeptidů podle vynálezu bylo dříve uvedeno v přihláškách U.S.S.N. 08/761,318, podáno 6. 12.1996 (GTN-009CP2), U.S.S.N.
08/736,905 podáno 25. 10. 1996 (GTN-010CP) a U.S.S.N. 08/738, 859, podáno 28. 10. 1996 (GTN-009CP) , které tvoří • · • · • · pokračování U.S.S.N. 08/625,811, podáno 29. 3. 1996 (GTN009), U.S.S.N. 08/758,731 podáno 2. 4. 1996 (GTN-010).
Přehled obrázků na výkrese
Na obrázku č. 1 je sloupcový graf znázorňující titr protilátek v séru myší, které se imunizovaly specifickými antigeny bakterií H. pyroli.
Na obrázku č. 2 je sloupcový graf znázorňující titr protilátek ve sliznici myší, které se imunizovaly specifickými antigeny bakterií H. pyroli.
Na obrázku č. 3 je sloupcový graf znázorňující terapeutickou imunizaci myší, které se infikovaly specifickými antigeny rozpuštěnými v pufru HEPES.
Na obrázku č. 4 je sloupcový graf znázorňující terapeutickou imunizaci myší, které se infikovaly specifickými antigeny rozpuštěnými v pufru, jenž obsahuje DOC.
Na obrázku č. 5 je graf znázorňující aktivitu rekombinantí PPIázy.
Na obrázku č. 6 je graf znázorňující aktivitu PPIázy v extraktu bakterií H. pylori.
Na obrázku č. 7 je graf znázorňující pokles aktivity glutamátové racemázy s L-serin-O-sulfátu.
Obrázek č. 8 znázorňuje uspořádání aminokyselinové sekvence v části sekvence 12-ti proteinů bakterií H. pylori (znázorněné jednopísmenným kódem pro aminokyseliny a označené ID čísly aminokyselinové sekvence; znázorňuje zleva do prava sekvenci od N-konec do C-konce).
Obrázek č. 9 znázorňuje část N-konce devíti proteinů bakterií H. pylori (znázorněné jednopísmenným kódem pro aminokyseliny a označené ID čísly aminokyselinové sekvence; znázorňuje zleva do prava sekvenci od N-konec do C-konce).
• · · · ·· ·· · ·· • · · · · · · • · · · · · * • · · · · · ·
Příklady provedení vynálezu
Příklad č. 1: Klonování a sekvenování DNA bakterie H. pylori.
Chromozomální DNA bakterie H. pylori se izolovala podle základního protokolu s určitými minorními změnami uvedeného v publikaci Schleif R. F. and Wensink P.C., Practical Methods in Molecular Biology, p. 98, Springer-Verlag, NY., 1981). Vytvořil se pelet buněk, resuspendoval se v TE (10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 7,6) a přidal se lyzační pufr GES (5,1 M guanidin thiokyanaát, 0,1 M EDTA, pH 8,0, 0,5 % N-laurylsarkosin) . Suspenze se ochladila a přidal se acetát amonný (NH4Ac) v množství, aby konečná koncebtrace byla 2,0 M. DNA se extrahovala nejdříve chloroformem, pak s fenol-chloroformem a znovu se extrahovala chloroformem. DNA se precipitovala izopropanolem, dvakrát se promyla s 70% EtOH, sušila se a resuspendovala se v TE.
Izolovaná celá genomová DNA bakterie H. pylori se fragmentovala (Bodenteich et al., Automated DNA Sequencing and Analysis J.C. Venter et al. ed., Academie Press, 1994) na střední velikost 2 000 bp. Pak se DNA koncentrovala a separovala na standardním 1 % agarózovém gelu. Některé frakce, které odpovídají přibližné velikosti 900 až 1 300 bp, 1 300 až 1 700 bp, 1 700 až 2 200 bp, 2 200 až 2 700 bp, s vyřízly zgelu a čistily se kitem GneClean (BiolOl, lne.).
Čištěné fragmenty DNA se upravily tak, aby měly tupé konce za použití T4 DNA polymerázy. DNA se pak ligovala do jediného linkrového adaptéru BstXI, který je přítomen v 100 až 1 000 násobném přebytku. Tyto linkery jsou komplementární s vektory pMPX štěpenými enzymem BstXI, zatímco přesahy nejsou mezi seboukomplementární, Z toho důvodu nebudou linkery konkatemerizovat ani se nebudou štěpené vektory jednoduše mezi sebou ligovat. Inzerty s linkery se oddělily od linkerů, které se nezačlenily na 1 % agarózovém gelu a izolovaly se za použirí sady GeneClean. Inzerty s linkery se pak ligovaly ke každému z 20 vektorů pMPX, aby se zkonstruovala série knihoven subklónů. Vektory obsahují mimo rámec v klónovacím místě gen LacZ. Toto klónovací místo se začleňuje do rámce, když se klonuje adapterový dimér, což indikuje jeho modrá barva.
Všechny následující kroky probíhají podle multiplexních sekvenčních protokolů pro DNA popsaných v publikaci Church G. M. and Kieffer-Higgins S., Science 240: 185-188, 1988. Zde se zdůrazňují pouze hlavní modifikace. Každý z 20 vektorů se pak transformoval do kompetentních buněk DH5a (Gibco/BRL), transformační protokol pro DH5a). Knihovny se určily tak, že se nanesly na plotny s antibiotiky, které obsahují ampicilín, meticilín a IPTG/Xgal. Plotny se inkubovaly přes noc při teplotě 37°C. Transformanty se pak použily pro další nanesení klonů na plotny a všechny se shromáždily. Izolovaly se klony a přenesly se do 40 ml kultivačního růstového média. Kultura se kultivovala přes noc při teplotě 37°C. DNA se izolovala za použití sady Qiagen Midi-prep a kolon Tip-100 (Qiagen, lne.). Tímto se zjedné shromážděné dávky získalo 100 pg DNA. Připravilo se 15 ploten s 96 buňkami s DNA, aby se získalo 5 až 10 násobný nadbytek sekvence s průměrnou délkou 250 až 300 bází.
Tyto izolované vzorky DNA se pak sekvenovaly za použití vícenásobné sekvenace DNA, která je založena na chemických degradujících metodách (Church G. M. and Kieffer-Higgins S., Science 240: 185-188, 1988) nebo podle Sequithrem (Epicenter Technologies) dideoxysekvenčního protokolu. Sekvenačni reakce se elktroforetizovaly a přenesly se na nylonovou membránu přímým transferem elektroforézy ze 40 cm gelu (Richterich P. and Church G. M., Methods in Enzymology 218: 187-222, 1993) nebo elektroblotem (Church, uvedeno shora v textu). Na gelu se analyzovalo 24 vzorků. Chemickým sekvenováním se vytvořilo • · ·· I
100
5 membrán a 8 se vytvořilo dideoxysekvenováním. DNA se kovalentně vázala na membrány expozicí na UV světle a hybridizovala se značenými oligonukleotidy, které jsou komplemetnární se sekvencemi tag, jež nesou vektory (Church, uvedeno shora v textu). Membrány se promyly, aby se odstranily nespecificky navázané sondy a exponoval se film Xpaprsky, aby došlo k vizualizaci jednotlivých žebříčků sekvence. Po autoradiografii se hybridizovaná sonda odstranila inkubací při teplotě 65°C a hybridizace se opakovala s jinou sekvencí tag. Memrána vytvořená chemickým sekvenováním se hybridizovala 38 krát a dideoxysekvenační membrány se hybridizovaly 10 krát. Z každého gelu se tak připravilo velké množství exponovaných filmů, přičemž každý obsahoval nové sekvenační informace. Každý zpracovaný blot se na začátku hybridizoval se sondou, která odhalila vnitřní standardní sekvenci, která se přidala do každé sbírky.
Filmy se digitálně zpracovaly za použití laserem skenovaným denzitometru (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) . Digitalizované filmy se zpracovaly na počítači (VaxStation 4000's) za použití programu REPLICA™ (Church et al., Automated DNA Sequencing and Analysis (J.C. Venter,ed.), Academie Press, 1994). Zpracování digitalizovaného filmu zahrnuje napřímení čar, nastavení kontrastu, aby se zesílily kontrasty a zlepšení rozlišitelnosti pomocí iterativní Gaussova rozdělení. Sekvence se pak automaticky zavedly do programu REPLICA™ a před tím, než se uložily do databáze se zobrazily za účelem interaktivního korigování. Korektury sekvencí se provedly rychlým vizuálním skenováním filmu. Pak následovalo kliknutí myší na určité proužky zobrazeného filmu za účelem modifikace názvu báze. V případě typických sekvencí získaných chemickým sekvenováním zpracpvaných na programu odvozeným od programu REPLICA™ je 2 až 5%, přičemž většina chyb se vyskytuje blízko konce čtení sekvencí. Řada chyb • · • »
101 sekvencí se může určit a opravit, protože stejné části sekvencí genomové DNA se čtou několikrát a tak vzniká adekvátní sekvenční redundance pro editování. Každá sekvence automaticky je očíslována, přičemž číslo koresponduje s informacemi o mikrotitrační plotně a sondě a číslo značící dráhu (odpovídající sloupcům mikrotitračních ploten). Toto číslo slouží pro permanentí identifikaci sekvence tak, že je také vždy možné identifikovat původ libovolné určité sekvence, aniž je nutné se vracet do specializované databaze.
Rutinní cestou se sekvence bakterie H. pylori sestavila za použití programu FALCON (Church, Church et al., Automated DNA Seguencing and Analysis (J.C. Venter,ed.), Academie Press, 1994). Tento program po vylepšení je rychlý a je vhodný pro většinu sekvencí. Sestavené contigy se zobrazily za použití modifikované verze GelAssemble, kterou vyvinula firma Genetics Computer Group (GCG) (Devereux et al., Nucleic Acid Res. 12: 387-95, 1984). Tento program spolupracuje s programem REPLICA™. Což umožňuje, aby se více sekvenčních gelů mohlo okamžitě vyvolat z databáze REPLICA™ a zobrazit se, což umožňuje rychlé skenování contigů a korekturu drah na gelu v případě, že se objeví jisté odlišnosti mezi různými čtení sekvencí v sestavě.
Příklad 2: Identifikace, klonování a exprese nukleových kyselin bakterie H. pylori.
Exprese a čištění polypeptidů bakterie H. pylori podle vynálezu se může provést v podstatě stejným způdobem, jak se popisuje dále v textu.
Za účelem provedení klonování, exprese a čištění membránových a vylučovaných proteinů bakterie H. pylori se vybral genový expresivní systém pET(Novagen) , který se používá pro klonování a expresi rekombinantích proteinů v bakterii E. coli. DNA sekvence, která kóduje peptid tag, His• · • ·
102
Tag, fúzuje s 3'-koncem sekvencí DNA, které jsou středem zájmu, aby se provedlo čištění produktu rekombinantích proteinů. 3'-konec se vybral pro fúzi, aby se zabránilo změně libovolné signální sekvence na 5'-konci. Výjimkou je ppiB, což je gen, jehož klonováním se získá kontrola při studiích exprese. Sekvence genu ppiB bakterie H. pylori obsahuje sekvenci DNA kódující gen His-Tag fúzovaný s 5'-koncem genu v plné délce, protože proteinový produkt tohoto genu neobsahuje signální sekvenci a exprimuje se jako cytosolový protein.
Amplifikace PCR a klonování nukleových kyselin, které obsahují ORF kódující membránové a vylučované polypeptidy bakterie H. pylori.
Nukleové kyseliny, které se vybraly (např. nukleové kyseliny uvedené v sekvenčním protokolu) za účelem klonování z kmene J99 bakterie H. pylori, se připravily pro amplifikační klonování pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) . Syntetické oligonukleotidové primery, které jsou specifické pro 5'- a 3'- konec otevřených čtecích rámců (ORF) se získaly od firmy GibcoBRL Life Technologies (Gaithersburg MD, USA). Všechny dříve zmiňované primery (specifické pro 5'konec sekvence) se navrhly tak, že zahrnují klónovací místo Ncol na nejvzdálenějším místě 5'-konce. Tyto primery se navrhly tak, že umožňují iniciaci translace proteinu v metioninovém zbytku, po němž následuje valinový zbytek a kódující sekvence zbytku nativní DNA sekvence bakterie H. pylori. Všechny reverzní primery (specifické k 3'-konci libovolného ORF bakterie H. pylori) zahrnují místo EcoRI na nejvzdálenějším místě 5'-konce, což umožňuje klonování každé sekvence bakterie H. pylori do čtecího rámce pET-28b. Vektor pET-28b poskytuje sekvenci kódující dalších 20 aminokyselin C-konce, které zahrnují šest histidinových zbytků (na nejvzdálenějším konci C-konce), a obsahují His-Tag. Výjimkou, • ·
103 jak se dříve poznamenalo, je vektorová konstrukce pro gen ppiB. Syntetický oligonukleotidový primer specifický pro 5'konec genu ppiB kóduje místo BamHI na jeho nejvzdálenějším místě 5'-konce a primer pro 3'-konec genu ppiB kóduje místo Xhol na jeho nejvzdálenějším místě 5'-konce
Genomová DNA, která se připravila z kmene J99 bakterie H. pylori se používá při PCR amplif ikačních reakcích jako zdroj templátové DNA (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Za účelem amplifikace sekvence DNA, která obsahuje ORF bakterie H. pylori, se genomová DNA (50 nanogramů) přidalo do reakční zkumavky, která obsahuje 2mM MgCl2, 1 mikromolární syntetické oligonukleotidové primery (froward a reverzní primery) lemující určitý ORF bakterie H. pylori, 0,2 mM každého z deoxynukleotidtrifosforečnanu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 2,5 jednotky teplotněstabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přičemž konečný objem byl 100 mikrolitrů.
Po ukončení termických cyklických reakcí každý vzorekamplifikované DNA se promyje a čistí za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA). Všechny amplifikované vzorky DNA endonukleázou, např. Ncol a EcoRI
Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994). Vzorky DNA se podrobily elaktroforéze na 1,0% agarózovém gelu NuSeive (FMC BioProducts, Rockland, ME USA). DNA se vizualizuje tak, že se vystaví působení etidiumbromidu a dlouhovlnému UV záření. DNA, která je zahrnuta ve vyříznutých proužcích izolovaných z agarózového gelu, se čistí podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA).
se štěpí restrikční (New England Biolabs, • · ·· · ·
104
Klonování nukleových kyselin bakterie H. pylori do expresivního vektoru.
Za účelem klonování se připravil vektor pET-28b a to tak, že se štěpí endonukleázami např. Ncol a EcoRI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne. F. Ausubel et al., eds., 1994). V případě klonování genu ppiB se používá vektor pET-28a, který kóduje His-Tag, jenž se fúzuje s 5'-koncem začleněného genu. Pro klonování se používá restrikční místo, které se nachází v genu ppiB a připravilo se štěpením restrikčními endinukleázami BamHI a Xhol.
Pak následuje klonování DNA inzertů (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994) do štěpeného expresivního vektoru pET-28b. Výjimkou je amplifikovaný inzert genu ppiB, který se klonuje do expresivního vektoru pET-28a. Produkty ligační reakce se pak používají pro transformaci kmene B121 bakterie E. coli (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994), jak se popisuje dále v textu.
Transformace kompetentních bakterií s rekombinantími plazmidy.
Kompetentní bakterie, což je kmen B121 E. coli nebo kmen BL21 (DE3) E. coli, se transformovaly rekombinantními expresivními plazmidy pET, které nesou klonované sekvence bakterie H. pylori, podle standardních metod (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994). 1 μΐ ligační reakce se smíchá s 50 mikrolitry elektrokompetentních buněk a aplikují se na ně pulzy vysokého napětí. Po té se vzorky inkubují v SOC mediu o objemu 0,45 mililitrů (0,5 trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM K kvasinkový extrakt, 2,0% 10 mM MgC12, 10 mM Mgso4 a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu • · ·
105 jedné hodiny. Vzorky se pak nanesou na plotny s LB agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinsulfátu, a kultivují se přes noc. Transformované kolonie BL21 se izolují a analyzují se inzerované klony.
Identifikace rekombinantích expresivních vektorů pomocí nukleové kyseliny bakterie H. pylori.
Jednotlivé klony BL21 transformované rekombinantními pEt-28b-H.pylori ORF se analyzují amplifikací PCR klonovaných inzertů za použití forward a reverzních primerů, které jsou stejné jako ty, co se použily v původních PCR amplifikačních klónovacích reakcích. Primery jsou specifické pro každou sekvenci bakterie H. pylori. Úpěšnou amplifikací se ověřilo začlenění sekvencí H. pylori do expresivního vektoru (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994).
Izolace a příprava nukleových kyselin z transformantů.
Izolovaly se jednotlivé klony rekombinantích vektorů pET-28b, které nesou správně klonované ORF bakterie H. pylori, a inkubovaly se přes noc v 5 ml LB půdy s 25 mikrogramy/ml kanamycinsulfátu. Následující den se izolovala plazmidová DNA a čistila se za použití protokolu pro izolaci plazmidů QiagenQiagen lne., Chastworth, Ca, USA).
Exprese rekombinantích sekvencí bakterie H. pylori v bakterii E. coli.
Vektor pET se může pomnožit v libovolném kmeni bakterií E. coli K-12, např. HMS174, HB101, Jml09, DH5 atd, za účelem klonování nebo přípravy plazmidu. Mezi hostitele, které jsou vhodné pro expresi, patří kmeny bakterie E.coli, jenž obsahují chromozomální kopii genu kódujícího T7 RNA polymerázu. Tyto hostitelé jsou lyzogen bakteriofága DE3,
106
derivát bakteriofágy lambda, které nesou gen láci, promotor lacUVS a gen kódující T7 RNA polymerázu. T7 RNA polymeráze se indukuje přidáním izopropyl-B-D-tiogalaktozidu (IPTG). T7 RNA polymeráza přepisuje libovolný cílový plazmid, jako je pEt28b, který nese požadovaný gen. Zde používané geny jsou: BL21(DE3) (Studier, F. W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J., and Dudendorff, J. W. (1990) Meth. Enzymol. 185, 60-89).
Za účelem exprese sekvencí bakterie H. pylori se použilo 50 nanogramů plazmidové DNA, která se izolovala způsobem popsaný, shora v textu, pro transformaci kompetentních bakterií BL21(DE3), jak se popisuje shora v textu (Novagen jako součást kitu expresivního systému pET). Gen lacZ (betagalaktozidáza) se exprimuje v pET-Systémech, které se popisují pro konstrukce rekombinantů bakterie H. pylori. Transformované buňky se kultivují v médiu SOC po dobu 1 hodiny a kultura se pak nanese na plotny s LB agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinsulfátu. Následující den se shromáždí bakteriální kolonie a nechají se růst v LB médiu, které obsahuje kanamycinsulfát (25 mikrogramů/ml) až do fdasažení optické hustoty 0,5 až 1,0 OD při vlnové délce 600 nm. V tomto bodě se kultury přidá 1 milimolární IPTG a probíhá další kultivace po dobu tří hodin, přičemž dochází k indukci exprese genu rekombinantních konstrukcí DNA bakterie H. pylori.
Po indukci genové exprese pomocí IPTG se vytvoří centrifugací na centrifuze Sorvall RC-3B při 3 500 x g po dobu 15 minut a teplotě 4°C pelet bakterií. Pelet se resuspenduje v 50 ml chladného 10 mM Tris-HCl, pH8,0, 0, 1M NaCl a 0,1 mM EDTA (STE pufru). Buňky se pak centrifugují při 2 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4°C. Vlhký pelet se zváží a zmrazí se při teplotě -80 °C. Takto se uchovává do té doby, než se použitje pro čištění proteinu.
··
107
Příklad 3: Čištění rekombinantních proteinů z bakterie E. coli.
Analytické metody.
Koncentrace izolovanýc proteinů se určila spektrofotometricky za použití absorbčních koeficientů, které se vypočítají obsahu aminokyselin (Perkins, S. J. 1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180). Koncentrace proteinů se měří způsobem podle Bradford, M.M. (1976) Tínal. Biochem. 72, 248254, a Lowry, O.H., Rosebrough, N., Farr, A.L. & Randall, R. J. (1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265-275, za použití standardu, kterým je sérový albumin.
SDS polyakrylamidové gely (s 12 % nebo 4,0 až 25 % akrylamidovým gardientem) se získaly od firmy BioRad (Hercules, CA, USA) a barvily se Coomasieovou modří. Markéry molekulové hmotnosti zahrnují myozin svalů skeletu (200 000), galaktozidázu bakterie E. coli (116 000), svalovou fosforylázu B z králíka (97 400), bovinní sérový albumin (66 200), ovalbumin (45 000), bovinní uhličitá anhydráza (31 000, inhibitor sojového trypsinu (21 500), vaječný bílý lysozym (14 400) a bovinní aprotinin (6 500).
1. Čištění rozpustných proteinů.
Všechny kroky se provádějí při teplotě 4 °C. Rozmražené buňky se resuspendovaly v lyzačním pufru (20 mM Tris, pH7,9, g/ml PMSF) pepstatinu,
0,5 M NaCl, 5mM imidazol merkaptoetanol, 200 fenylmetylsulfonylfluorid leupeptinu, aprotinu, tosylamido]-7-amino-2-heptanon (TLCK) , tosylamido]-4-fenyl-2-butanon (TPCK) a trypsinu ) několikrát procházejí %
mM z
10% glycerolem, lysozymu, 1 a 10 μς/ιηΐ každého
L-l-chloro-3-[4L-l-chloro-3-[4inhibitor sojového přes maloobjemový
0,1
108 mikrofluidizér (Model M-110S, Microfluidocs International Corporation, Newton, MA) . Výsledný homogenát se připravil 0,1 % Brij 35 a centrifugoval se při 100 000 x G po dobu 1 hodiny za vzniku čistého supernatantu (to je surový extrakt).
Následuje filtrace přes Supor filtr o velikosti pórů 0,8 μιτι (Gelman Sciences, FRG) , pak se surový extrakt nanesl přímo na Ni2+-nitrolotriacetát-agaróza (NTA) o objemu lože 5 mililitrů (Hochuli, E., Dbeli, H. and Schacheer, A. (1987) J. Chromatography 411, 177-184), která je předem uvedena do rovnováhy lyzačním pufrem, který obsahuje 10 % glycerol, 0,1 % Brij 35 a 1 mM PMSF. Kolona se promývá 250 ml ( 50-ti násobek objemu lože) lyzačniho pufru, který obsahuje 10 % glycerol, 0,05 % brij 35, 1 mM PMSF a buď 20, 100, 200 nebo 500 mM imidazol. U jednotlivých frakcí se sleduje absorbance při OD28o nm a pík frakce se analyzuje testem SDS-PAGE.
2. Čištění nerozpustných proteinů z inkluzí.
Následující kroku probíhají při teplotě 4 °C. Buněčné pelety se resuspendovaly v lyzačním pufru s 10 % glycerolem, 200 μρ/ιηΐ lysozymu, 5 mM EDTA, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanolem. Suspenze prošla zařízením, které porušuje buňky. Výsledný homogenát se připravil ve 0,2 % deoxycholátu, míchal se 10 minut, pak se centrifugoval při 20 000 x g po dobu 30 min. Pelety se promyly lyzačním pufrem, který obsahuje 10 % glycerol, 10 mM EDTA, 1% Triton X-100, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanol, pak se promyjí několikrát lyzačním pufrem, který obsahuje 1 M močovina, 1 mM PMSF a 0,1 % merkaptoetanol. Výsledný bílý pelet je primárně tvořen inkluzemi a neobsahuje neporušené buňky a membránový materiál.
Dialýza a koncentrace proteinových vzorků.
109 » ·· • · «
• ·
Močovina se pomalu odstraňuje z proteinových vzorků dialýzou proti fyziologickému roztoku pufrovaným Tris (TBS; 10 mM Tris pH 8,0, 150 mM NaCl) , který obsahuje 0,5 % deoxycholátu (DOC), a koncentrace močoviny se následovně snižuje 6M, 4M, 3M, 2M, 1M, 0,5M a nakonev TBS bez močoviny. Každý dialyzační krok se provádí po minimální dobu 4 hodiny při teplotě místnosti.
Po dialýze se vzorky koncentrují tlakovou filtrací za použití přístroje Amicon, kde jsou míchány. Koncentrace proteinů se měří za použití metod Perkinson (1986 Eur. J. Biochem. 157, 169-180), Bradford ((1976) Anal. Biochem. 72,
248-254) a Lowry ((1951) J. Biol. Chem. 193, str. 265-275).
Příklad 4: Stanovení antigenicity antigenů lokalizovaných ve vnější membráně bakterie H. pylori.
Čištění vnějších membrán z bakterií H. pylori může probíhat podle následujícího protokolu uvedeného dále v textu.
Kmeny J99 (ATCC# 55679) a Ah244 bakterie H. pylori se kultivují na čokoládovém krevním agaru, který obsahuje 5% (objem/objem) koňské krve při teplotě 37 °C v atmosféře obsahující 10 % CO2 po dobu 48 hodin. Bakterie se shromáždily do suspenze v 20 mM Tris pH7,5. BuŇky se centrifugovaly při 12 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C a 3 krát se promyly 20 mM Tris pH 7,5. Buňky se resuspendovaly v 20 mM Tris pH 7,5 a otevřely se sonifikací na ledu (8 rázů po dobu 30 vteřin při 60 watech s 60 vteřinovou přestávkou mezi jednotlivými rázy. K buněčné suspenzi se přidala Dnáza (0,1 mg) a RNáza (0,5 mg) a směs se inkubovala po dobu 30 minut při teplotě místnosti. Buněčná suspenze se centrifugovala při 12 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Supernatant se vrátil a centrifugoval se ještě jednou. Všechny membrány se odstraní ze supernatantu centrifugaci při 40 000 x g po dobu
110 minut a při teplotě 4 °C. Pelet se dvakrát promyje 20 mM Tris, pH 7,5. Obsah proteinu se testuje Bradfordovým proteinovým testem s bovinnim sérovým albuminem (BSA), který se používá jako standard. Koncentrace suspenze se pak upraví
tak, aby | obsahovala 1 | mg | proteinu | na mílii |
Membrány | se rozpustí | Po | přidání | N-lauryl- |
suspenze | v poměru 6 | mg | N-lauryl- | sarkosinu |
proteinu. Suspenze se inkubovaly po dobu 30 minut při teplotě místnosti v přítomnosti N-lauryl-sarkosinu. Vnější membrány se centrifugovaly při 40 000 x g po dobu 30 min při teplotě 4 °C. Pelet se 3 x promyl s Milli Q vodou, rozdělil se na alikvoty a uskladnil se při teplotě -20 °C až do doby dalšího použití.
Identifikace antigenů vnějších membrán bakterie H. pylori.
Antigeny vnějších membrán se mohou identifikovat podle protokolu, který je uveden dále v textu. Proteiny se separovaly na polyakrylových gelech s dodecylsulfátem sodným (SDS-PAGE) podle metody, kterou popisuje Laemmli, U.K. (1970) Nátuře (London) Volume 277, 680-685. Vzorky se připravily suspenzací ve standardním pufru a zahřátím při teplotě 100 °C po dobu 10 minut. Do jednotlivých buněk (0,75 mm) minigelu 8 x 10 cm se naneslo 1 až 5 mg proteinů. Separované proteiny se pak přenesly na membrány PVDF, jak se popisuje dále v textu.
Elektroblotování separovaných proteinů na membrány PVDF se provádí na BioRad Mini-Trans blotovacím elektorforetickém zařízení. Používá se PVDF membrána Immobilon-PSQ. Elektroblotování se provádí po dobu 60 minut při 50 V za použití transferového pufru CAPS (lOmM 3-[cyklohexylamino]-lpropansulfonová kyselina, 10% metanol). Membrána se obarví 0,2 % Ponceau S a odbarví se vodou Milli Q.
«» ·· • · · • ··· » · » • · · • ·· · ·*
111
Antigeny se pak identifikují za použití western omunoblotování. Při elektroblotování se nespecifické vazebné místa blokují 5 % netučným sušeným mlékem v 10 mM Tris-HCl0,9% NaCl, pH7,5. Membrána se inkubuje s normálním myšším sérem ve vhodném ředění, které je obsaženo v 10 mM Tris-HCl0,9% NaCl-Ο,5%Tween 20-0,5% BSA, pH7,5 po dobu 2 hodin a při teplotě 37°C a 3 krát se promyje 10 mM tris-HCl-0, 9% NaCl0,5% Tween 20, pH7,5 (TTBS). Alaklická fosfatáza konjugovaná s anti-myšším Ig z kozi se pak přidala do 10 mM Tris-HCl0,9%NaCl-0,5%Tween 20-0,5% BSA, pH7,5 a inkubovala se po dobu 1 hodiny při teplotě místnosti.Po této inkubaci se mebrána promyla 3 krát TTBS. Pruhy, které reagovaly, se vizualizovaly za použití vhodného substrátu pro alkalickou fosfatázu 5bromo-4-chloro-3-indolylfosforečnanu (Βίο-Rad) a nitrotetrazoliuové modři (Bio-Rad), jenž se používá jako barevné vyvijecí činidlo.
Při mikrosekvenování aminokyselin se proteiny, které se určí jako imunoreaktivní štěpí z čerstvých omobilizovaných membrán a sekvenace probíhá na mikrisekvenačním zařízení Worcestrovy nadace. Membrány, z kterých se vyřízly proteinové pruhy, se pak podrobí estrnově imunoblotu, jak se popisuje shora v textu, aby se protvrdilo, že se vyřízly správné pruhy.
Příklad 5: Analýza proteinů bakterie H. pylori jako vakcinačních kandidátů
Za účelem zkoumání imunomodulačního účinku proteinů bakterie H. pylori se použil model myš/bakterie H. pylori. Tento model v mnoha ohledech napodobuje lidskou infekci způsobenou bakterií H. pylori. Středem pozornosti je účinek orální imunizace zvířat infikovaných bakterií H. pylori za účelem testování terapeutické orální imunoterapie.
• ··
112 ·· *· » · · • ··· ···· *♦ ·· ·· • · · · · • · · »· • · ··· · · • · · · ·· ··
Zvířata
Myšší samice SPF BALB/c se získaly z instituce Bomholt Breeding Center (Dánsko). Udržovaly se v normálních makrolonových klecích s volnou dodávkou vody a krmení. Při dodávce byla zvířata 4 až týdnů stará.
Infekce
Po minimální aklimatizaci jednoho týdne se zvířata infikovala kmenem typu 2 bakterie H. pylori (VacA negativní) (kmen 244, původně izolovaný u pacinta se vředy). Už dříve se dokázalo, že tento kmen dokázže dobře kolonizovat myšší žaludek. Bakterie se kultivovaly přes noc na Bruccelově půdě doplněné 10% fetálním telecím sérem při teplotě 37 °C v mikroaerofilní atmosféře (10 % CO2, 5% O2) . Zvířata dostala orální dávku omeprazolu (400 gmol/kg) a 3 až 5 hodin po této orální inokulaci půdy bakterií H. pylori (přibližně 108 cfu/zvíře; cfu je počet jednotek, které tvoří kolonie). Pozitivní infekce se prokazovala u některých zvířat 2 až 3 týdny po inokulaci.
Antigeny
Rekombinantí antigeny bakterie H. pylori se vybraly na základě jejich asociace s externě exponovanou buněčnou mebránou bakterie H. pylori. Tyto antigeny se vybraly z následujících skupin: (1) proteiny vnější membrány; (2) periplastické/vylučované proteiny; (3) proteiny na vnějším povrchu; a (4) proteiny vnitřní membrány. Všechny rekombinantí proteiny se konstruovaly pro účely čištění s hexa-His-tag a kontrolní protein, který nepochází z bakterie Helicobacter pylori, (β-galaktozidáza z bakterie E. coli; LacZ) se konstruovaly stejným způsobem.
113 ·· ·· • · · • ··· • · · · • · · ···· ·· • *· ·· · · • · · • · · · • · · ··· ·· ·* ·· • · · · • · ·· ··· · · «· · ·· »·
Všechny antigeny se použily v rozpuštěné formě, to zanmená rozpuštěné v pufru HEPES nebo v jiném pufru, který obsahuje 0,5% deoxycholát (DOC).
Antigeny jsou uvedeny v tabulce č. 8 dále v textu.
Tabulka č. 8 proteiny bakterie Heliobacter pylori
Proteiny vnější membrány protein 1 protein 2 protein 3 protein 4 protein 5
Periplastické/sekretované proteiny protein 6
Jiné buněčné obalové proteiny protein 7 protein 8
Proteiny spojené s flagely protein 9
Kontrolní proteiny β-galaktozidáza (LacZ)
Imunizace.
zvířat v každé skupině se imunizovalo čtyři krát během 34 dnů (v den 1, 15, 25 a 35) . Podávaly se čištěné antigeny v roztoku nebo v suspenzi v dávce 100 pg na myš. Zvířata také dostala při každé imunizaci toxin cholery 10 pg • · • · · • ·
114 na myš (CT) . 4 až 5 hodin před imunizací se orálně zvířatům aplikoval omeprazol (400 pmol/kg) , což sloužilo jako způsob ochrany antigenů proti rozkladu kyselinou. Infikovaná kontrolní zvířata obdržela pufr HEPES a CT nebo pufr DOC a CT. Zvířata se usmrtila 2 až 4 týdny po konečné imunizaci. Obecný průběh imunizace se uvádí v tabulce č. 9 dále v etxtu.
Tabulka č. 9
Studie průběhu terapeutické imunizace.
Myši se infikovaly kmenem Ah244 bakterií H. pylori 30-tý den.
Látka | myšší kmen n=10 | dávka/myš | data pro dávkování |
1. kontrola, PBS | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
2. toxin cholery | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
3. protein 1, 100 pg/ml + CT 10pg | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
4. protein 5, 100 pg/ml + CT 10pg | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
5. protein 10, 100 pg/ml + CT 10pg | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
6. protein 9, 100 pg/ml + CT 10μρ | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
7. protein 2, 100 pg/ml + CT ΙΟμρ | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
8. protein 6, 100 μρ/ml + CT 10pg | balb/c | 0, 3 ml | 0, 14, 24, 34 |
9. protein 4, 100 pg/ml + CT ΙΟμς | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
10. protein 7, 100 pg/ml + CT | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
• · • · • · • · · • · · ► · · · • · ·
115
10μρ | |||
11. protein 8, 100 μρ/πιΐ + CT 10μg | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
12. protein 3, 100 μρ/ml + CT 10μg | balb/c | 0,3 ml | 0, 14, 24, 34 |
Analýza infekce.
Mukozální infekce: Myši se usmrtily C02 a cervikální dislokací. Otevřelo se jim břicho a vyňal se žaludek. Žaludek se po rozříznutí podle většího zakřivení promyl fyziologickým roztokem. Mukóza z oblasti antrumu a korpusu o velikosti 25 mm2 se seškrábla chirurgickým skalpelem. Tento výškrab se resuspendoval v Brukellově půdě a nanesl se na krevní Skirovovy selektivní plotny. Plotny se inkubovaly za mikroaerofilních podmínek po dobu 3 až 5 dnů a spočítal se počet kolonií. Identita bakterií H. pylori se určila na základě testu s ureázou a katalázou a přímým mikroskopickým pozorováním nebo Gramovým barvením.
Ureázový test se provedl v podstatě následujícím způsobem. Činidlo, kterým je koncentrát močové agarové báze, se získal od firmy DIFCO Laboratories, Detroit, MI (Catalog # 0284-61-3). Koncentrát močové agarové báze se naředil v poměru 1:10 vodou, lml ředěného koncentrátu se smísil s 100 až 200 μΐ aktivně rostoucích buněk bakterie H. pylori. Změna barvy fichsinu indikuje, že jsou pozitivní na ureázu.
Katalázový test se uskutečnil podle následujícího postupu. Činidlo N,N,Ν',N'-tetrametyl-p-fenylendiamin se získalo od firmy Sigma , St. Louis, MO (katalogové číslo T3134) . Připravil se roztok činidla (1% hm/o roztok ve vodě) . Buňky bakterie H. pylori se nanesly na Whatmanův filtrační papír a přelily se 1% roztokem. Změna barvy na tmavě modrou indikuje jsou pozitivní na katalázu.
• · • · • ·
116 • · · · • · · · • · · · · • · · • * · ·
Sérové protilátky: Ze všech myši se získala punkcí srdce krev, ze které se připravilo sérum. Sérové protilátky se identifikovaly běžnou metodou ELISA, kde se nanesly specifické entigeny bakterie Heliobacter pylori.
Mukozílní protilátky : U 50 % myší se provedlo jemné seškrábnutí definované části korpusu a 4 cm duodenumu za účelem detekce přítomností protilátek ve sliznici. Titry protilátek se určily běžným způsobem ELISA, jako se používá pro detekci sérových protilátek.
Statistická analýza: Wilcoxon-Mann-Whitneyův tets se použil při stanovení podstatných účinků antigenů na kolonizaci bakterií Heliobacter pylori. Za signifikantní se považuje hodnota P menší než 0,05. Vzhledem k tomu, že antrum je hlavní místo kolonizace bakterií Heliobacter, důraz se kladl na změny při antrální kolonizaci.
Výsledky.
Protilátky v séru: Všechny testované antigeny, které se podávaly dohromady s CT daly vznik měřitelnému specifickému titru protilátek v séru. Nejvyšší odezva se projevila u protinů 3, 4, 9, 1 a 7. (obr. 1).
Protilátky ve ve sliznici: Ve stěru sliznice se pokořovaly specifické protilátky proti všem tetsovaným antigenům. Nejsilnější odezva se pozorovala v případě proteinu 6 pak následuje protein 1, 3 a 9 (obr. č. 2).
Účinky terapeutické imunizace: Všechny kontrolní zvířata myši BALB/c) byla dobře kolonizována bakterií H. pylori (kmen AH244) v obou částích žaludku, jak v antrumu tak v korpusu. Antigeny tetsovaných tří proteinů (protein 4, 7 a 1) daly způsobyly podstatnou redukci a/nebo eradikaci infekce bakterií H. pylori. V případě proteinů 8, 9 a 3 byl po imunizaci stupeň kolonizace antrumu nižší ve srovnání s kontrolou. Účinek proteinů 5, 2 a 6 se nelišil od kontroly.
• · • ·
117
Kontrolní protein lacZ, toje protein, který nepochází z bakterie H. pylori, neměl žádný eradikační účinek a ve skutečnosti při jeho aplikaci byla kolonizace baktrií Helicobacter vyšší ve srovnání skontrolouHEPES + CT. Všechna data pro proteiny rozpuštěné v HEPES a DOC jsou znázorněny na obr. č. 3 a 4. Data jsou vyjádřena jako geometrická průměrná hodnota. N=8 až 10 Wilcoxon-Mann-Whitneyův test *=pmenší jak 0,05; x/10= počet myší, které vykazují eradikaci bakterií H. pylori z celkového počtu testovaných myší.
Presentovaná data indikují, že všechny bakterie H. pylori spojené s proteiny, které jsou zahrnuty do studie, vedou ke stimulaci imunitní odezvy měřitelné pomocí specifického séra a mukózních protilátek, jestliže se používají jako orální imunogeny ve spojení s orálním adjuvans CT. Většina proteinů u uvedeného zvířecího modelu způsobuje redukci a v některých případech celkové odstranění kolonizace baktreií Jí. pylori. Je nutné poznamenat, že redukce nebo zničení kolonizace se provedlo heterologní ochranou spíše než homologní ochranou (polypeptidy jsou založeny na sekvenci kmene J99 bakterie H. pylori a použily se v terapeutických imunizačních studiích proti odlišnému (AH244) očkovacímu kmeni), což indikuje, že vakcinační potenciál proti širokému rozmezí kmenů bakterie H. pylori.
Největší kolonizace antrumu se pozorovala u zvířat, na které se aplikoval protein LacZ, který nepochází s bakterií Helicobacter, což ukazuje, že účinek pozorovaný s antigeny bakterií Helicobacter pylori byl specifický.
Uvedená data silně podporují použití uvedených proteinů bakterie H. pylori ve farmaceutických formulacích, které se aplikují lidem za účelem léčby a/nebo prevence infakcí bakterie H. pylori.
118
Příklad 6: Analýza sekvenční proměnlivosti genů kmenů bakterie Helicobacter pylori.
Čtyři geny z několika kmenů bakterie H. pylori se klonovaly a sekvenovaly, aby se srovnaly DNA a dedukované aminokyselinové skevence. Tato informace se používala při stanovení sekvenčních změn mezi kmenem bakterie H. pylori J99 a jinými kmeny H. pylori, které se izolovaly z lidských pacientů.
Příprava chromozomální DNA.
Kultury kmenů bakterie H. pylori (jak se uvádí v tabulce č. 12) se kultivovaly v BLBB (1% trypton, 1 % peptamin, 0,1 % glukóza, 0,2 % kvasinkový extrakt, 0,5 % chlorid sodný, 5 % fatální bovinní sérum) až do dosažení hodnoty OD600 0, 2 . Buňky se centrifugovaly na Sorvall RC-3B při 3 500 x g, při teplotě 4 °C a po dobu 15 minut. Pelet se resuspendoval v 10 mM TrisHC1, 0,1 mM EDTA (TE) o objemu 0,95 ml. Do suspenze se přidal lysozym v množství, aby jeho konečná koncentrace byla 1 mg/ml, SDS až do dosažení koncentrace 1 % a RNáza A + TI do koncentrace 0,5 mg/ml a 5 jednotek/ml. Směs se inkubovala po dobu jedné hodiny při teplotě 37 °C. Proteináza K se pak přidala v množství, aby konečná koncentrace byla 0,4 mg/ml a vzorek se inkuboval při teplotě 55 °C více jak jednu hodinu. Ke vzorku se přidala NaCl v koncentraci 0, 65 M, pomalu se promíchal a přidalo se 0,15 ml 10 % CTAB v 0,7 M NaCl (konečná koncentrace je 1 % CTAB/70 mM NaCl), pak následovala inkubace po dobu 20 minut při teplotě 65 °C. V tento okamžik se vzorky extrahovaly směsí chloroformu : izoamylalkoholu, fenolem a opět směsí chloroformu : izoamylalkoholu. DNA se precipitovala buď etanolem (1,5 x objem) nebo izopropanolem (0,6 x objem) při teplotě -70 °C po dobu 10 minut, promyla se 70 % EtOH a resuspendovala se v TE.
Amplifikace PCR a klonování • · ·
119 ·· ·· ··
Z dvanácti kmenů bakterie Helicobacter pylori se připravila genomová DNA, která se použila jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikačni reakce (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994).Za účelem amplifikace sekvence DNA, která obsahuje ORF bakterie Jí. pylori, se do reakčni zkumavky vneslo 10 nanogramů genomová DNA, která obsahuje 2 mM MgCl2, 1 mikrogram syntetických oligonukleotidových primerů (forward a reverse primery, tabulka č. 10) , které lemují definovaný ORF bakterie H. pylori, 0,2 mM každého deoxynukleotidového trifosforečnanu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 0,5 jednotek tepelně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Rtoche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přičemž se zpracovávají vždy dva duplikáty a konečný objem je 20 mikrolitrů.
Tabulka č. 10
Oligonukleotidové primery používané při PCR amplifikaci sekvencí DNA bakterií H. pylori.
Proteiny vnější membrány | forward primer 5'až 3' | reverzní primer 5'až 3 ' |
protein 11 (pro kmeny AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18 a Ah244) | 5'- TTAACCATGGTGAAAAGCG ATA-3' (SEQ ID NO: 1091) | 5'- TAGAATTCGCCTCTAAAAC TTTAG-3' (SEQ ID NO: 1092) |
Protein 11 (pro kmeny AH5, 5155, 7958, 7VH24 a J99) | 5'- TTAACCATGGTGAAAAGCG ATA-3' (SEQ ID NO: 1093) | 5'- TAGAATTCGCATAACGATC AATC-3' (SEQ ID NO. 1094) |
protein 12 | 5'- ATATCCATGGTGAGTTTGA TGA-3' (SEQ ID NO: 1095) | 5'- ATGAATTCAATTTTT T ATT TTGCCA-3' (SEQ ID NO: 1096) |
protein 13 | 5'- AATTCCATGGCTATCCAAA TCCG-3' (SEQ ID NO: 1097) | 5'- ATGAATTCGCCAAAATCGT AGTATT-3' (SEQ ID NO: 1098) |
PROTEIN 14 | 5'- GAT ACC AT G GAAT T T AT GA AAAAG-3' (SEQ ID NO: 1099) | 5'- TGAATTCGAAAAAGTGTAG TTATAC-3' (SEQ ID NO: 1100) |
• ·
120 • · · · • · · • · · · • · « • · « • · · · · ·
Za účelem získání amplifikačních produktů DNA pro každý ORF za použití termického cykléru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 se amplifikační reakce provedla za podmínek:
Sekvence proteinu 12 a 14;
denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 30 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 6 min.
Sekvence proteinu 11 pro kmeny AH5, 5155, 7958, AH24 a J99; denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 min, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 30 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 6 min.
Sekvence proteinu 11 a proteinu 13 pro kmeny AH4, AH15, AH61, 5294, 5640, AH18 a Hp244;
denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 min, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 30 °C po dobu 20 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 minut cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 2 min.
reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 8 min.
Po ukončení termických cyklických reakcí se každý pár vzorků sloučil a použil se přímo pro klonování do PCR klónovacího vektoru, jak se popisuje dále v textu.
• ·
121
Klonování DNA sekvencí bakterie H. pylori do klónovacího vektoru pCR TA.
Všechny amplifikované inzerty se klonovaly do vektoru pCR2.1 způsobem, který se popisuje v původním TA klónovacím kitu (Invitrogen, San Diego, CA). Produkty ligační reakce se pak použily pro transformaci TOPIOF' (INVaF'v případě sekvence 350 bakterie H. pylori} kmene bakterie E.coli, jak se popisuje dále v textu.
Transformace kompetentních bakterií rekombinantními plazmidy.
Kompetentní bakterie kmen TOPIOF' bakterie E.coli nebo kmen INVaF' bakterie E.coli se transformovaly rekombinantními expresivními plazmidy pCR, které nesou klonované sekvence bakterie H. pylori podle standardních metod ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Do každé zkumavky s 50 mikrolitry kompetentních buněk se přidaly 2 mikrolitry 0,5 mikromolárního BME. Následně se smíchaly 2 mikrolitry ligační reakce s kompetentními buňkami a inkubovaly se na ledu po dobu 30 minut. Buňky a ligační směs se pak podrobily tepelnému šoku při teplotě 42 °C po dobu 30 vteřin a následně se umístily na led po dobu dalších 2 minut, pak se vzorky inkubovaly v médiu SOC o objemu 0,45 mililitrů (0,5 % kvasinkový extrakt, 2,0 % trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KCl, 10 mM MgCl2, 10 mM Mg SO4 a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu jedné hodiny. Vzorky se pak nanesly na plotny s LB agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinsulfátu nebo 100 mikrogramů/ml ampicilínu a nechaly se růst přes noc. Transformované kolonie TOPIOF' nebo INVaF' se izolovaly a analyzovaly se jejich klonované inzerty, jak se popisuje dále v textu.
122
Identifikace rekombinantních PCr plazmidů, které nesou sekvence bakterie H. pylori.
Jednotlivé klony TOPIOF' nebo INVaF' transformované rekombinantním pCR-Η. pylori ORF se analyzovaly PCR amplifikaci klonovaných inzertů za použití stejných forward a reverzních primerů, které jsou specifické pro každou sekvenci bakterie H. pylori, které se používaly při původních PCR amplifikačních klónovacích reakcích. Úspěšná amplifikace se ověřila integrace sekvencí bakterie H. pylori do klónovacího vektoru (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994).
Izolovaly se jednotlivé klony rekombinantních vektorů pCR, které nesou správně klonované ORF bakterie H. pylori, podrobily se sekvenační analýze. Sekvenační analýza se provedla na sekvenátoru ABI za použití standardního protokolu (Perkin Elmer) za použití pro vektor specifických primerů (které se nachází v PCRII nebo pCR2.1, Invitrogen, San Diego, CA) a sekvenčních primerů specifických pro ORF uvedený v tabulce č. 11 dále v textu.
Tabulka č. 11
Oligonukleotidové primery používané při sekvenování DNA sekvencí bakterie H. pylori.
Proteiny vněj ší membrány | forward primery 5'až 3' | reverzní primery 5'až 3' |
protein 11 | 5'-CCCTTCATTTTAGAAATCG3' (SEQ ID NO: 1101) 5'- ATTTCAACCAATTCAATGCG-3' (SEQ ID NO: 1102) 5'- GCCCCTTTTGATTTGAAGCT-3' (SEQ ID NO: 1103) 5'- TCGCTCCAAGATACCAAGAAGT- | 5'-CTTTGGGTAAAAACGCATC3' (SEQ ID NO: 1108) 5'- CGATCTTTGATCCTAATTCA-3' (SEQ ID NO: 1109) 5'-ATCAAGTTGCCTATGCTGA3' (SEQ ID NO: 1110) |
123
3' (SEQ ID NO: 1104) 5'- CTTGAATTAGGGGCAAAGATCG3'(SEQ ID NO: 1105) 5'- ATGCGTTTTTACCCAAAGAAGT3' (SEQ ID NO: 1106) 5'- ATAACGCCACTTCCTTATTGGT3' (SEQ ID NO: 1107) | ||
protein 12 | 5'- TTGAACACTTTTGATTATGCGG3' (SEQ ID NO: 1111) 5'- GGATTATGCGATTGTTTTACAAG -3' (SEQ ID NO: 1112) | 5'- gtctttagcaaaaatggcgtc3' (SEQ ID NO: 1113) 5'- AAT GAGC G TAAGAGAGCC T T C 3' (SEQ id NO: 1114) |
protein 13 | 5'-CTTATGGGGGTATTGTCA3' (SEQ ID NO: 1115) 5'-AGCATGTGGGTATCCAGC3' (SEQ ID NO: 1116) | 5'-AGGTTGTTGCCTAAAGACT3' (SEQ ID NO: 1117) 5'-CTGCCTCCACCTTTGATC3' (SEQ ID NO: 1118) |
protein 14 | 5'-ACCAATATCAATTGGCACT3' (SEQ ID NO: 1119) 5'-ACTTGGAAAAGCTCTGCA3' (SEQ ID NO: 1120) | 5'-CTTGCTTGTCATATCTAGC3' (SEQ ID NO: 1121) 5'-GTTGAAGTGTTGGTGCTA3' (SEQ ID NO: 1122) |
5'- CAAGCAAGTGGTTTGGTTTTAG3' (SEQ ID NO: 1123) 5'- T G G AAAGAGC AAAT C AT T GAAG3'(SEQ ID NO: 1124) | 5'- GCCCATAATCAAAAAGCCCAT3' (SEQ ID NO: 1125) 5'- CTAAAACCAAACCACTTGCTTGT C-3' (SEQ ID NO: 1126) | |
primery vektoru | 5'-GTAAAACGACGGCCAG-3' (SEQ ID NO: 1127) | 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3' (SEQ ID NO: 1128) |
Výsledky
Za účelem stanovení četnost chyb PCR v těchto experimentech se sekvenovalo 5 jednotlivých klonů proteinu 11 připravených z 5 separovaných reakčních směsí PCR z kmene J99 bakterie H. pylori. Tyto klony se sekvenovaly po celé délce 897 nukleotidů kumulativního celku 4485 bází sekvence DNA. Sekvence DNA pěti klonů se srovnávaly s DNA sekvencí proteinu 11, který se získal dříve odlišnou metodou, to je náhodným klonováním a sekvenováním. Četnost chyb PCR v těchto zde popsaných experimentech byla stanovana na hodnotu 2 změny • ·
124 bází z 4485 bází, což se rovná odhadnuté četnosti chyb menší než nebo rovno 0,04%.
DNA sekvenční analýza se uskutečnila pro čtyři různé otevřené čtecí rámce, které se identifikovaly jako geny a amplifikovaly se pomocí PCR z 12 různých kmenů bakterie Helicobacter pylori. Dedukované aminokyselinové sekvence tří ze čtyř otevřených čtecích rámců se pak vybraly pro účely studie, která má ukázat statisticky podstatnou BLAST homologii, aby se definovaly proteiny přítomné v jiných bakteriálních speciích. Tyto ORF zahrnují: protein 11, což je homolog val A & B genů, které kódují ABC transportér do F. novicida; protein 12, což je homolog lipoproteinu e(P4) přítomného ve vnější membráně bakterie H. influenzae; protein 13, což je homolog fecA receptoru vnější membrány při transportu dicitrátu železitého v bakterii E.coli. Protein 14 se identifikoval jako neznámý otevřený čtecí rámec, protože vykazuje nízkou homologii se sekvencemi, které jsou uveřejněné v databázích.
Za účelem odhadu rozsahu konzervativnosti nebo proměnlivosti v ORF v různých kmenech bakterie H. pylori, se porovnaly změny v sekvenci DNA a dedukované proteinové sekvenci s DNA a dedukovanými proteinovými sekvencemi, které se nacházejí v kmeni J99 bakterie H. pylori (tabulka č. 12 dále v textu). Výsledky se uvádějí jako procento identity kmene J99 bakterie H. pylori sekvenovaného náhodným klonováním. Za účelem kontroly libovolných variací v sekvenci kmene J99 každý ze čtyř otevřených čtecích rámců se klonoval a sekvenoval proti bakteriálnímu kmeni J99 a pak se sekvenační informace srovnaly se sekvenčními informacemi, které se sebraly z inzertů klonovaných náhodným sekvenováním kmene J99. Data naznačují, že existuje variace DNA sekvence , která má rozsah odpovídající hodnotě 0,12 % změn (protein 14, kmen J99) až přibližně 7 % změn (protein 11, kmen AH5) .
• ·
• · · · 1 • · 4 ·· ··
125
Dedukované proteinové sekvence vykazují buď žádné variace (protein 14, kmeny Ahl8 a AH24) nebo až 7,66 % změn aminokyselin ( protein 11, kmen AH5).
Tabulka č. 12
Vícenásobná analýza sekvence DNA vakcinačních kandidátů kmene bakterie H. pylori.
J99 protein # | 11 | 11 | 12 | 12 | 13 | 13 | 14 | 14 |
délka sekvenované oblasti | 248 | 746 nt. | 232 a. k. | 696 nt. | 182 a.k. | 548 nt. | 273 a. k. | 819 nt. |
testované kmeny | ||||||||
Ak | Nuk | Ak | Nuk | Ak | Nuk | Ak | Nuk | |
ident ita | identi ta | identi ta | identi ta | identi ta | identi ta | identi ta | identi ta | |
J99 | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % | 100 % |
AH2 4 4 | 95,16 % | 95,04 % | n. d. | n. d. | 99, 09 % | 96, 71 % | 98,90 % | 96, 45 % |
AH4 | 95,97 % | 95,98 % | 97, 84 % | 95,83 % | n. d. | n. d. | 97,80 % | 95,73 % |
AH5 | 92,34 % | 93, 03 % | 98,28 % | 96, 12 % | 98,91 % | 96,90 % | 98,53 % | 95,73 % |
AH15 | 95,16 % | 94,91 % | 97,41 % | 95,98 % | 99,82 % | 97,99 % | 99,63 % | 96,09 % |
AH61 | n.d. | n.d. | 97,84 % | 95,98 % | 99,27 % | 97, 44 % | n. d. | n. d. |
5155 | n. d. | n. d. | n. d. | n. d. | 99, 45 % | 97, 08 % | 98,53 % | 95,60 % |
5294 | 94,35 % | 94,37 % | 98,28 % | 95,40 % | 99, 64 % | 97,26 % | 97,07 % | 95,48 % |
7958 | 94,35 | 94,10 % | 97, 84 % | 95,40 % | n. d. | n. d. | 99, 63 % | 96, 46 % |
5640 | 95,16 % | 94,37 % | 97, 41 % | 95,69 % | 99, 09 % | 97, 63 % | 98,53 % | 95,48 % |
AH18 | n. d. | n. d. | 98,71 % | 95,69 % | 99, 64 % | 97,44% | 100,00 % | 95,97 % |
AH2 4 | 94,75 % | 95,04 % | 97,84 % | 95,40 % | 99,27 % | 96,71 % | 100,00 % | 96, 46 % |
n.d. znamená nebylo provedeno
Příklad 7: Experimentální knock-out protokol pro stanovení genů bakterií H. pylori, které jsou podstatné jako potencionální terapeutické cíle.
Terapeutické cíle vybrané z genů, jejichž proteinové produkty se podílejí na podstatných buněčných dějích, jako je syntéza obalu, syntéza DNA, transkripce, translace, regulace a kolonizace/virulence.
• · • ·
126
Protokol delece částí genů/ORF bakterie H. pyloria inzerčních mutagenezí kazety kódující rezistenci na kanmycin se ve srovnání s publikovanmými metodami změnil (LabigneRoussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, pp. 1704-1708; Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269, pp. 1056610573; Reyrat et al., 1995, Proč. Nati. Acad. Sci. 92, pp
8768-8772) .
Identifikace a klonování genových sekvencí bakterie H. pyl ori .
Z genomové sekvence bakterie H. pylori se určily sekvence genů nebo ORF (otevřené čtecí rámce) vybrané jako knock-out cíle a použily se pro navržení primerů pro specifickou amplifikaci genů/ORF. Všechny syntetické oligonukleotidové primery (tabulka 13) se navrhly za použití programu OLIGO (National Biosciences, lne., Plymouth, MN 55447, USA) a získaly se od firmy Gibco/BRL Life Technologies (Gaithesburg, MD, USA) . Zvolily specifické primery (F1 a Rl), které lemují většinu nebo všechny ORF, což záleží na jeho velikosti. Jestliže ORF je menší než 800 až 1 000 párů baží, pak vybrané lemující primery leží vně otevřeného čtecího rámce.
·· • ·· ·· ·· ·· • · · · · · • · · · · · • · · ···· · • · · · · • ·♦ ·· ··
μ <
O
H
H
O < 5 <
< o < μ f- o o o o o μ <
< o o o o U u o < o o <
EE oo co
O O μ o < < < o
Ě<
sč o < o a O μ < o < <
>1 μ ή o c e <l>
•H i—f P Ή Oj O
co v
< _ <Ě o <
<Ě fcí
O <
o H O H H <
O O o μ O O O H
O υ f μ a < ~ u CZ < ω o £, o
o o
μ o
μ o o μ μ < o
Ο
Ό ó
z o o μ <
<
<
< o < o
U < Cl o < υ μ ú η υ ω - oo
127
Tabulka č. 13
Oligonukleotidové sekvence pro knock-out geny/ORF <
O o <
<
< <
< < o μ Η P o o o < u uS3
O
H <
<
<
<
Č £ o o a o o o ř— O O <
o μ < o < o μ <
Ě
8S® tz o9 p θ' i řTl
Ή >. C O >0 d) o) e
O oj
CN u H < O 88 Ě<
υ o μ o
VH
O nJ > > μ O 0) α e <
H
O u
< < u o '0 I—I rM
Pd rd O fa
O <D <—I >N W O >
0) 2 U c Vití <D C CP
O
O <
o o
o
Η υ u cz < ω < 5S co co μ§ u2 o X o cz o ω o S3
CO co <
<
O < o PU <-/ o ί<ó o
H Q o O μ o co o _ < a < z 5 < < < Q <
co
C-l co < <
< - o ó o z υ μ í o o S o pczč O ω H U ČO
S§ μ * o a < cz < ω μ 53 o
'cl
CL μ CX < o W H μ 53μ μ
<
<
o
Η ϋ
O o o μ O < O O < < O < o <
to tn o °
O Cl < O gg
Os co μ ° μ ίο o o μ o o <1 u o a o μ σ <
co
Tabulka č. 13 pokračování ·· ·· » · · • · ·· ·· ·· » · · « » · ·· ··· · «
co co 52 <
ΐπ co o
Bg co o P o l· u O < < ω < P 52
< o <
P co < H co u o co o
z
Q σ
ω oo
CO <
<
co <
Η <
CO < CO O < co < co < o
’Τ
TI
TI ó
z
Q <y ω
(Z)
O co < < co H < O H' < < < H _ CO
<
CO co co
H
CO co co co co < co p
<
co
H co < P co < co co co co co co co co
co co
H
CO CO co < CO co p <
< <
< r co P co co <
u o
P< o < co co co < co co < co o
z
Q o
ω czi co <
<
CO ,
P co < < co co
H co < co <
co o < ω o 52 co co
m
TI
TI co <
<
co o p ω < &
co co <
<
Βΐ < < H H
CO CO “ CO CO O CO co < H
o :
< 1 CO i < σ co pp <O < co co co < CO co co <
co <
<
co
P < co co co co P co <
< co H co co co ω
ϋVO oo co co co H co co <o co CO H co co po H 2 < Q 0:7 co θ' co ω < 52 'ίο
TI ó
z
Q σ
ω (Λ
<
<
P co co co co < co co H co co o P ω o 52 co o§ ge
p. ω 5 52
co co
<
co
P co < H υ <
< H co co CO H co co < (r· co <
O\ o
TI ó
z
Q σ
ω
CZ3 τι co S
CO P co H <z>
co <
co
H co co
CO o < co
Ί· oo o
z
Q cx co (Z) m
oo o
z
Q σ
[O
H
CO co
H <
<
< Q co P σ\
Ό rΣ
H co co <
H < co co CO H CO
ti TI TI ó z < co Q σ ω (Z) < ΤΗ co 2 p<_ S H č
TI
TI ó
z s
<y ω
izi
H <
H co co co co co z
<
<
<
P o u“ P co 52
H o CO <N rn r\] (N
O z
Ό <N
ΓΊ
L< O j? CO H Q
OhcO CO co P ω ÓOHČ
H Z CO Q < < O co ω < &
co co co co
H £
P < S
H CO <-> H & H CO ω - co 52
T~ o
TI ó
Z
H <
CO o
Z <N
H CO
H CO H
Η θ' co ω
CD <
CO
P <
co co co co co co < co co co < < < H <
«ΖΊ
ΓΊ
CN
Ó
Z
Q
O ω
Οΰ οο
ΓΊ < 00 ·· ·· * · · • ··· • · · · • · · • ·· · ·· •· ·· ·· • · · · · · • · · · · · • ·· ·· · · · • · · · · • ·· ·· ··
Tabulka č. 13 pokračování
130
Genomová DNA připravená z kmene HpJ99 bakterie Helicobacter pylori (ATCC55679) se použila jako zdroj templátové DNA při amplifikaci ORF pomocí PCR (polymerázovou řetězovou reakcí) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Příprava genomové DNA z bakterií H. pylori se popisuje v příkladu 1. PCR amplifikace probíhá tak, že do reakční zkumavky, která obsahuje 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl2. 2 mikromolární oligonukleotidové primery (forward=Fl a reverzní-Rl), 0,2 mM každého deoxynukleotidtrifosforečnanu (dATP, dGTP, dCTP, dTTP) a 1,25 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA) se přidalo 10 nanogramů genomové DNA kmene HpJ99, přičemž konečný objem je 40 mikrolitrů. PCR se provedla na tepelném cykleru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600. Podmínky teplotních cyklů, které se používají, aby se dosáhlo amplifikace produktů DNA pro každý knock-out cíl, jsou uvedeny v tabulce č. 14.
Tabulka č. 14
Podmínky PCR
MurC denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 48 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhlo při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
Sig 54 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
• ·
131 lpxC denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
KO24, KO26, KO27 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50,5 °C po dobu 20 vteřin a 72 °C po dobu 2 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
KO29, protein o molekulové hmotnosti 26 000 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 50,5 °C po dobu 20 vteřin a 72 °C po dobu 2 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
DnaE, glycyl denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
Gltx denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
KO2 8 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, • #·
132 cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51 °C po dobu 15 vteřin a “2 °C po dobu 2 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
KO3 0 denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 51,5 °C po dobu 15 vteřin a ^2 °C po dobu 1 min 45 vt..
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
MurI, MurG denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
DnaB, KdtA, IpxB denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a “2 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
Tsf, FlgE, FiiM, Sig28, MurB denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
PpiB denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 52 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 2,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
133
·· · ·
MurD, MurE, AlgA, MetL, FusA, SerS, Rnh denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
konečné nastavení proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
Po ukončení termických cyklických reakcí se každý vzorek amplifikované DNA vizualizoval na 2 % TAE agarózovém gelu obarveném v etidiumbromidu (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994) za účelem zjištění, zda v reakci vznikl produkt očekácvané velikosti. Amplifikovaná DNA se pak promyla a čistila se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA.
Produkty PCR se klonovaly do vektoru pT7Blue T (katalogové číslo 69820-1, Novagen, Inc., Madison, WI, USA) za použití klónovací strategie TA (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). Ligace produktu PCR do vektoru proběhla smícháním 6-ti násobného přebytku produktu PCR , 10 ng vektoru pT7Blue-T (Novagen), 1 mikrolitru pufru T4 DNA ligázy (New England Biolabs, Bevrly, MA, USA) a 200 jednotek T4 DNA ligázy (New England Biolabs), přičemž konečný objem byl 10 mikrolitrů. Ligace probíhala po dobu 16 hodin při teplotě 16 °C.
Ligační produkty se elektroporeticky zavedly (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994) kompetentních buněk bakterie E.coli XL-1 Blue nebo DH5-a (Clontech Lab., Inc. Palo Alto, Ca, USA) . 1 mikrolitr ligační reakce se smísil s 40 mikrolitry elektrokompeptntních buněk a aplikovaly se pulzy vysokého napětí (25 mukrofaradů, 2,5 kV, 200 ohmů), po • · · • · · • ·· · ·· •· ·· ·· • · · · · · • · · · ·· • · · «··· · • · · · · ·* ·· ··
134 kterých se vzorky inkubovaly v médiu SOC o objemu 0,45 ml (0,5 % kvasinkový extrakt, 2% trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KC1, 10 mM MgCl2ř 10 mM MgSO4 a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu jedné hodiny. Vzorky se pak nanesly na plotny s LB agarem (10 g/1 baktotryptonu, 5 g/1 bakto kvasinkového extraktu, 10 g/1 chloridu sodného) , které dále obsahují 100 mikrogramů/ml ampicilinu, 0,3 % X-gal a 100 mikrogramů/ml IPTG. Tyto plotny se inkubovaly přes noc při teplotě 37 °C. Vybraly se bílé kolonie rezistentní na ampicilin, kultivovaly se v 5 ml kapalné půdy LB, která obsahuje 100 mikrogramů/ml ampicilinu. Plazmidová DNA se izolovala za použití protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).
Za účelem ověření, že se klonovaly správné inzerty bakterie H. pylori, se tato plazmidová DNA pT7Blue použila jako templát pro PCR amplifikaci klonovaných inzertů, za použití stejných forward a reverzních primerů (F1 a Rl), jako se používaly při iniciaci amplifikace sekvence kmene J99 bakterie H. pylori. Po vizualizaci PCR produktu a primerů na 2 % TAE etidiumbromidem obarveném agarózovém gelu se rozpoznaly správné velikosti produktu, což potvrdilo, že se klonovaly správné inzerty. Pro každý knock-out cíl se získaly dva až šest takových ověřených klonů, zmrazily se a uchovávaly se při teplotě -70 °C. Za účelem minimalizace chyby PCR se plazmidová PCR těchto ověřených klonů smíchala a použila se pro násleující klonování.
Sekvence genů/ORF se opět použily při navrhování druhého páru primerů (F2 a R2) , které lemují oblast DNA bakterie H. pylori, aby bala buď v ORF porušena nebo deletována (až 250 párů baží), primer se orientovalysměrem od sebe. Smíchaná kruhová plazmidová DNA, která se před tím izolovala z klonů, se použila jako templáty pro PCR. Protože orientace amplifikace tohot páru delečních primerů byla směrem od sebe,
135 ·· ·· • · · • · ·· • · · • · · «··· ·· • ·· ·· ·* ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ···· · • · · * · · ··· ·* ·· ·· část ORF mezi primery nebyla zahrnuté do výsledného produktu PCR. Produkt PCR je kus lineární DNA, která na každém konci obsahuje DNA bakterie H. pylori, a mezi nimi leží kostra DNA vektoru pT Blue, což vede k deleci části ORF. Za účelem potvrzení, že se amplifikoval pouze jedne produkt správné velikosti, se produkt PCR vizualizoval na 1% TAE etidiumbromidem obarveném agarózovém gelu.
Kazeta kódující rezistenci na kanamycín (Labigne-Roussel et al., 1988, J. Bacteriology 170, pp. 1704-1708) se ligoval do tohoto produktu PCR pomocí způsobu TA klonování, který se použil už dříve (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Kazeta kódující rezistenci na kanamycín, které obsahuje gen rezistence na kanamycín pocházející z Campylobakter se získala tak, že se rekombinantí plazmid pCTB8:kan (Cover et al., 1994, J. Biological Chemistry 269, pp. 10566-10573) štěpil restrikční endonukleázou EcoR I. Na 1% TAE gelu se izoloval správný fragment o velikosti 1,4 kb a čistil se za použití extrakčního kitu QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . U fragmentu se upravily konce Klenow fragmentem tak, že se do 20 mikrolitrové reakce smíchaly 4 pg fragmentu DNA, 1 mikrolitr dATP, dGTP, dCTP, dTTP v koncentraci 0,5 mM, 2 mikrolitry Klenow pufru (New England Biolabs) a 5 jednotek Klenow DNA polymerázy I velkého (Klenow) fragmentu (New England Biolabs). Vše se inkubovalo při teplotě 30 °C po dobu 15 minut a enzym se deaktivoval zahřátím při teplotě 75 °C po dobu 10 minut. Kanamycinová kazeta s tupými konci se pak čistila z použití Qiaquick kolony (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) za účelem odstranit nukleotidy. Převis ÓTÓ se připravil tak, že do 100 mikrolitrové reakce se smíchalo 5 mikrogramů kanamycinové kazety s tupými konci, 10 mM Tris pH 8,3, 50 mM KC1, 2 mM MgCl2, 5 jednotek DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne. Branchburg, NJ, USA), 20 mikrolitrů 5 ·· ·· • · · • ··· • · · · • · · ···« ·· ·· ·· ·· • · · · • · ·· ··· * · •* · ·· ··
136 mM dTTP, vše se inkubovalo při teplotě 37 °C po dobu 2 hodiny. Kazeta Kan-T se čistila za použití kolony QIAquick (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Produkt PCR s delečními primery (F2 a R2) se ligoval do Kan-T kazety tak, že do 10 mikrolitrové reakce se smíchalo 10 až 25 ng PCR produktu, vzniklého za použití delečních primerů, 50 až 75 ng DNA kazety Kan-T, 1 mikrolitr 10 T4 DNA ligázové reakční směsi, 0,85 mikrolitrů T4 DNA ligázy (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) a vše se inkubovalo po dobu 16 hodin při teplotě 16 °C.
Ligační produkty se transformovaly elektroporací do buněk bakterie E.coli XL-1 Blue nebo DH5-oc, jak se popisuje shora v textu. Po přenosu bunšk do média SOC se buňky nanesly na plotny s LB agarem, které obsahují 100 mikrogramů/ml ampicilinu a kultivovaly se přes noc při teplotě 37 °C. K těmto plotnám se vytvořily duplikáty, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinu a také se nechaly kultivovat přes noc. Výsledné kolonie obsahovaly jak gen kódující rezistenci na ampicilin přítomný ve vektoru pT7Blue tak i nově zavedený gen kódující rezistenci na kanamycin. Kolonie se přenesly do LB média, které obsahuje 25 mikrogramů/ml kanamycinu a izolovala se plazmidová DNA za použití protokolu Qiagen miniprep (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).
Na těchto plazmidech se provedla řada testů pomocí amplifikace PCR za účelem ověření, že se do genu/ORF bakterie H. pylori zavedl kanamycin a aby se zjistila relativní orientace začlenění genu kódujícího rezistenci na kanamycin vzhledem k genu/ORF bakterie H. pylori. Za účelem ověření, že kanamycinová ikazeta se začlenila do sekvence bakterie H. pylori se plamidové DNA použily jako templáty při PCR amplifikací se sadou primerů (F1 a Rl) , které se původně použily při klonování genu/ORF bakterie H. pylori. Správný produkt PCR měl velikost deletovaného genu/ORF plus 1,4 kb, • · • ·
137 což odpovídá velikosti kanamycinové kazety. Aby se zabránilo opačným účinkům kazety kódující rezistenci na kanamycin na expresi genů bakterie H. pylori určila se orientace genu kódujícího rezistenci na kanamycin s ohledem na knock-out gen/ORF. Eventuálně se při transformaci buněk bakterie H. pylori použily obě orientace (uvedeno dále v textu). Aby se určila orientace inzerce genu, který kóduje rezistenci na kanamycin, navrhly se primery od konců genu pro rezistenci na kanamycin (Kan-1 5'-ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3'(SEQ ID NO:
1285) a Kan-2 5' -AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3' (SEQ ID NO:
1286) ). Relativní orientace kanamycinové kazety vzhledem k sekvenci bakterie H. pylori se určila použitím každého z klónovacích primerů (F1 a Rl) ve spojení s každým z primerů Kan (což tvoří čtyři kombinace primerů). Pozitivní klony se klasifikovaly jako buď s orientací označenou písmenem A (stejný směr transkripce existuje jak pro gen bakterie H.
pylori, tak pro gen kódující rezistenci na kanamycin) nebo je označena písmenem B (což znamená, že směr transkripce genu bakterie H. pylori je opačný ke směru transkripce genu pro rezistenci na kanamycin). Klony, které mají stejnou orientaci (A nebo B) se skombinovaly za účelem provedení dalších experimentů a nezávisle se transformovaly do buněk bakterie H. pylori.
Transformace plazmidové DNA do buněk bakterie H. pylori.
Pro transformaci se použily dva kmeny bakterie H. pylori: klinický izolát ATCC 55679, ze kterého pochází sekvenční databáze bakterie H. pylori a kmen AH244, což je izolát, který se pasážoval a má schopnost kolonizovat žaludek myší. Buňky určené pro transformaci se kultivovaly při teplotě 37 °C, v atmosféře 10 % CO2, 100 % vlhkosti, buď na plotnách s krevním agarem nebo v v kapalné Brucellově půdě. Buňky se kultivovaly až do dosažení exponenciální fáze a pak • ·
138 se buňky smyčkou, se sledovaly pod mikroskopem, aby se stanovilo, které buňky jsou zdravé (aktivně se pohybující buňky) a nejsou kontaminované. V případě růstu na plotnách shromáždily seškrabáním z plotny sterilní suspendovaly se v 1 ml Brucellově půdy, centrifugovaly se (1 minutu, při nejvyšší rychlosti ependorfovy mikrocentrifugy) a resuspendovaly se v 200 mikrolitrech Brucellovy půdy. Po kultivaci v kapalné Brucellově půdě se buňky centrifugovaly (15 minut při 3 000 ot./min. v centrifuze Beckman TJ6) a buněčný pelet se resuspendoval v Brucellově půdě o objemu 200 mikrolitrů. Odebral se alikvot buněk, aby se stanovila optická hustota při vlnové délce 600 nm pro výpočet koncentrace buněk. Alikvot (1 až 5 OD600 jednotek/25 mikrolitrů) resuspendovaných buněk se nanesl na předehřáté plotny s krevním garem (krev pochází z ovce) a plotny se dále inkubovaly při teplotě 37 °C, v atmosféře 6 % CO2 a při 100 % vlhkosti po dobu 4 hodin. Po popsané inkubaci se na buňky naneslo 10 mikrolitrů plazmidové DNA (v koncentraci 100 mikrogramů na mikrolitr) . Paralelně se se nanesla i pozitivní (plazmidové DNA s genem ribonukleázy H přerušeným genem pro rezistenci na kanamycin) a negativní (bez plazmidové DNA) kontrola. Plotny se daly dále kultivovaly při teplotě 37 °C, v atmosféře 6 % CO2 a po dobu dalších 4 hodin. Buňky se pak rozetřely na uvedené plotny stěrkou namočenou v brucellově půdě a kultivovaly se po dobu 20 hodin při teplotě 37 °C v atmosféře 6 % CO2. Pak se buňky přenesly na plotny s krevním agarem (krev pochází z ovcí), které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinu a nechaly se růst po dobu 3 až 5 dnů při teplotě 37 °C v atmosféře 6 % CO2 při 100 % vlhkosti. Když se objevily kolonie, izolovaly se a znovu se kultivovaly na čerstvých plotnách s krevním agarem, které obsahují 25 mikrogramů/ml kanamycinu.
• · · · • · · • · · · • · I • · « • · · · · ·
139
Provedly se tři sady PCR reakce (tři testy) za účelem ověření, že kolonie transformantů vznikly na základě homologní rekombinace ve správné pozici na chromozómu. Templát pro PCR (DNA z kolonií) se získal rychlým povařením. Alikvot kolonie (kolonie se vypíchla párátkem) se přenesla do 100 mikrolitrů 1% Tritonu X-100, 20 mM Tris, pH8,5 a povařil se po dobu 6 min. Přidal se stejný objem směsi fenolu : chloroformu (1 : 1) a směs se promýchala na vortexu. Směs se centrifugovala na mikrocentrifuze po dobu 6 min a supernatant se použil jako templátová DNA pro reakci PCR s kombinacemi následujících primerů, aby se ověřila homologní rekombinace správné polohy na chromozomu.
TEST 1: PCR s primery F1 a R1 (klónovací primery, které se původně použily při amplifikaci gen/ORF). Pozitivní výsledek homologní rekombinace ve správné pozici na chromozómu by měl ukázat jediný produkt PCR, jehož očekávaná velikost odpovídá velikosti deletovaného genu/ORF zvětšeného o velikost přidané kanamycinové kazety, což je 1,4 kilobází. Produkt PCR, který právě odpovídá velikosti genu/ORF, se prověřil, že gen nebyl knockoutován a že transformant není výsledek homologní rekombinace ve správném místě na chromozomu.
TEST 2: PCR s primerem F3 (primer navržený podle sekvencí upstream genu/ORF ) a buď s primerem Kan-1 nebo Kan2 (primery navržené podle konců genu pro rezistenci na kanamycin) v závislosti na skutečnosti, zda používaná plazmidová DNA má orientaci A nebo B. Pozitivní výsledek homologní rekombinace ve správné pozici na chromozómu sekvencí genu/ORF upstream od genu kanamycinové rezistence by měl vykazovat jediný produkt PCR, jehož očekávaná velikost odpovídá vzdálenosti od pozice F3 do místa začlenění genu rezistence na kanamycin. Ani produkt PCR ani produkt(y) PCR o • · • · » · · « k · · · • · · · « • · 4 • · · ·
140 nesprávné velikosti nepotvrdily, že plazmid se nezačlenil do správného místa ani že gen byl knockoutován.
TEST 3: PCR s primerem R3 (primer navržený podle sekvencí, které se nachází downstream genu/ORF) a buď~s primerem Kan-1 nebo Kan-2 v závislosti, zda se použila plazmidová DNA v orientaci A nebo B. Pozitivní výsledek homologní rekombinace se správnou polohou downstream od genu kanamycinové rezistence vykazuje jediný produkt PCR, jehož očekávaná velikost odpovídá vzdálenosti mezi místem začlenění genu pro rezistenci na kanamycin a downstream lokalizace primeru R3. Ani produkt PCR ani produkt(y) PCR o nesprávné velikosti nepotvrdily, že plazmid se nezačlenil do správného místa ani že gen byl knockoutován.
Geny, které nejsou podstatné pro přežití in vitronormálně vedou ke vzniku mnoha transformantů, jak bylo možno pozorovat u pozitivní kontroly genu ribonukleázy H. Libovolné transformanty, které vykazují pozitivní výsledky u všech třech shora popsaných testů vedou k závěru, že gen nebyl podstatný pro přežití in vitro.
Geny, které jsou podstatné pro přežití in vitro normálně vykazují velmi málo transformantů. Testovaly se všechny transformanty. Negativní výsledek libovolného ze tří shora popsaných testů pro každý transformant povede k závěru, gen nebyl poškozen a že gen byl podstatný pro přežití in vitro.
Ve skutečnosti ze dvou nezávislých transformantů nevznikla žádná kolonie, zatímco pozitivní kontrola s porušenou plazmidovou DNA ribonukleázy H produkuje transformanty. U plazmidová DNA se dále analyzovala pomocí PCR přítomnost DNA z populace transformantů před tím, než se nanesly na plotny za účelem vytvoření kolonií, aby se potvrdilo, že DNA může vstoupit do buněk a může dojít k homologní rekombinaci na správném místě. Plazmidová DNA se inkubovala podle dříve popsaného protokolu pro transformaci.
141
Neprodleně po inkubaci s plazmidovou DNA se z buněk bakterie H. pylori extrahovala DNA a použila se jako templáty při shora popsaných tetsech TEST 2 a TEST 3. Pozitivní výsledky v testech 2 a 3 potvrzují, že plazmidová DNA může vstoupit do buněk a způsobit homologní rekombinaci ve správní pozici na chromozómu. Jestliže TEST 2 a TEST 3 jsou pozitivní, pak se nezískaly vhodné transformanty, což ukazuje, že gen je podstatný a buňky, kde došlo k poškození tohoto genu, nejsou schopny tvořit kolonie.
Zjistilo se, že geny používané při těchto experimetech jsou podstatné, nepodstatné nebo se stále zkoumají, jak je uvedeno v tabulce č. 15.
Tabulka č. 15
Souhrn knokoutováných genů/ORF | |||
gen | číslo uložení | podílí se na | status |
rnh | P23329 | transkripce | nepodstatný |
ppiB | P29820 | translace | nepodstatný |
tsf | P34828 | translace | podstatný |
MurD | P14900 | buněčný obal | podstatný |
MurE | P22188 | buněčný obal | podstatný |
AlgA | P07874 | virulence/kol onizace | nepodstatný |
metL | P19358 | biosyntéza aminokyselin- rodina aspartátů | nepodstatný |
fusA | X16278 | translace | podstatný |
FlgE | U09549 | virulence/kol onizace | nepodstatný- poškozená pohyblivost |
FliM | M37691 | virulence/kol onizace | nepodstatný- poškozená pohyblivost |
MurC | U32794 | buněčný obal | podstatný |
dnaE | M10040 | replikace DNA | podstatný |
serS | X05017 | translace | podstatný |
giy | P00960 | translace | podstatný |
gltX | L14580 | translace | podstatný |
sig28(fliA) | M37691 | regulační | nepodstatný- |
142
funkce | poškozená pohyblivost | ||
sig54 | regulační funkce | nepodstatný- poškozená pohyblivost | |
MurI | U12405 | buněčný obal | podstatný |
dnaB | D26185 | replikace DNA | zkoumá se |
MurG | D10602 | buněčný obal | zkoumá se |
lpxC/envA | U32794 | buněčný obal | zkoumá se |
kdtA | M86305 | buněčný obal | zkoumá se |
lpxB | U09549 | buněčný obal | zkoumá se |
KO24 | podobný tioláze | zkoumá se | |
KO2 6 | podobný tioláze | zkoumá se | |
KO27 | podobný NADH dehydrogenáze respiračního řetězce | zkoumá se |
Příklad 8: Klonování, čištění a charakterizace genu kódujícího cis-trans peptidylpropylizomerázu bakterie H. pyl ori.
Zjistilo se, že genom bakterie H. pylori obsahuje otevřený čtecí rámec (ORF) tvořený 170 aminokyselinami je homologní s ppi genem bakterie Synechococcus sp. (kmen PCC 7942) (NCBI číslo uložení P29820). Za účelem zhodnocená, zda tento ORF kóduje protin, který vykazuje aktivitu Ppiázy, se gen izoloval PCR amplifikačním klůónováním, exprimoval se v nadměrném množství v bakterii E.coli a protein se čistil až se dosáhlo homogenity. Aby se mohlo proběhnout čištění musel se na N-konec uvedeného ORF přidat polyhistidin tag. Vyvinul se jednoduchý test za použití PPIázy, aby se zhodnotila funkce balení proteinu, aby se mohl použít pro další tesetování léčiv v primárních testech s vysokou propustností.
Současně se třída PPIázy rozdělují do tří nepříbuzných rodin: cyklofilinů, vázající-FK506 (FKBP) a parvuliny. Ačkoli se mutanty PPIázy vyskytuji u kvasinek a ovocných mušek, pokusy o izolaci přerušených mutantů v bakterii Escherichia
143 coli nebyly úspěšné (Shieh, B.H., et al. (1989) Nátuře 338: 67-70). To naznačuje, že uvedená aktivita je podstatná pro životaschopnost bakterie.
Klonováni, exprese a čištění proteinu.
Aby se mohlo uskutečnit klonování, exprese a čištění genu ppi z bakterie H. pylori, použil se pro klonování a expresi rekombinantího ppi v bakterii E.coli silný expresivní systém, jako je systém pET. Při této studii sekvence ppi bakterie H. pylori obsahuje sekvenci DNA kódující gen His-Tag fúzovaný s 5'koncem genu v plné délce, protože proteinový produkt tohoto genu neobsahuje signální sekvenci a exprimuje se jako cytosolový protein.
Syntetický oligonukleotidový primer (5'TTATGGATCCAAACCAATTAAAACT-3' (SEQ ID NO: 1287)), který je specifický pro 5'konec genu ppi, kóduje místo BamHI na jeho nejvzdálenějším místě 5'-konce a primer (5'TATCTCGAGTTATAGAGAAGGGC-3' (SEQ ID NO: 1288)), který je specifický pro 3'konec genu ppi kóduje místo Xhol v jeho nej vzdálenějším místě 5'-konce. Genomová DNA připravená z kmene J99 bakterie Helicobacter pylori se použila jako zdroj templátové DNA pro PCR amplifikaci (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Za účelem amplifikace sekvence DNA, která obsahuje gen ppi bakterie H. pylori, se genomová DNA (50 nanogramů) přidala do reakční zkumavky, která obsahuje 2 mM MgCl2, 1 mikromolární syntetické oligonukleotidové primery (forward a reverzní primery), které jsou komplementární a lemují definovaný ORF bakterie H. pylori, 0,2 mM každého deoxynukleotidtrifosforečnanu; dATP, dGTP, dCTP, dTTP a 2,5 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přičemž konečný objem je 100 mikrolitrů. Za účelem získání
144 amplifikovaných produktů se použily následující podmínky amplifikace pro každý ORF za použití termálních cyklerů Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600:
Podmínky amplifikace genu ppiB bakterie H. pylori: denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 32 °C po dobu 15 vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 56 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 1,5 min.
reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 6 min.
Po ukončení termálních cyklických reakcí se amplifikovaná DNA promyla a čistila se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Vzorek amplifikované DNA se štěpil restrikčními endonukleázami BamHI a Xhol (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Inc., F. Ausubel et al., eds., 1994). DNA se zpracovala na elektroforéze na 1,0 % NuSeive agarózovém gelu (FMC BioProducts, Rockland, ME USA) . DNA se vizualizovala obarvením etidiumbromidem a působením dlouhých vln UV záření. DNA, která se nachází v pruzích vyříznutých z agarózového gelu, se čistila za podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA).
Klonování, transformace, exprese a čištění genu PPI se provádí v podstatě, jak se popisuje v příkladech II a III shora v textu.
Test aktivity PPIázy.
Testování PPIázy se v podstatě popisuje v publikaci Fisher, G. et al., (1984) Biomed. Biochim. Acta 43: 11011111). Test měří cis-trans izomerizaci Ala-Pro vazby v • · ·
145 ··
testovaném peptidu N-sucinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-p-nitroanilid (Sigma # S-7388, lot #84H5805) . Test je spojen s achymotripsinem, kde se objevuje schopnost proteázy štěpit testovaný peptid pouze v případě, že vazba Ala-Pro je v poloze trans. Konverze testovaného peptidu na trans izomér se sleduje pomocí spektrofotometru Beckman Model DU-650 při vlnové délce 390 nm. Data se odečítala každou vteřinu s průměrným skenovacím časem 0,5 vteřiny. Testy proběhly v 35 mM Hepes, pH8,0, přičemž konečný objem je 400 mikrolitrů, s 10 mikromolárním α-chymotripsinem (typ 1 až 5 pocházejícího z bovinního pankreasu, Sigma # C-7762, lot 23H7020) a s 10 nM PPIázou. Aby došlo k iniciaci reakce, přidalo se k reakční směsi o objemu 390 μΐ 10 μΐ substrátu (2 mM N-sucinyl-AlaAla-Pro-Phe-p-nitroanilid v DMSO) při teplotě místnosti.
Test PPiázy v surovém bakteriálním extraktu.
ml kultury bakterie Helicobacter pylori (kmen J99) b Brucellově půdě se shromázždilo po dosažení střední logaritmické fáze růstu (OD600 nm ~1) a resuspendovala se v lyzačním pufru s následujícími inhibitory proteáz: 1 mM PMSF a 10 μg/ml každé látky ze skupina, která zahrnuje aprotinin, leupeptin, pepstatin, TLCK, TPCK a inhibitor sojového trypsinu. Suspenze se třikrát zmrazila a rozmrazila (15 minut při teplotě -70 °C, pak 30 minut při teplotě místnosti) , pak následuje sonifikace (tři dvacetivteřinové pulzy). Lyzát se centrifugoval (při 12 000 x g po dobu 30 minut) a v supernatantu se testovala aktivita PPiázy.
Výsledky.
Gen PPI z bakterie H. pylori se exprimoval v bakterii E. coli za použití expresivního vektoru pET-28b od Novagenu (katalogové číslo # 69868-1). Exprimovaný rekombinantí • · • ·
146 protein se izoloval z rozpustné frakce bakteriálních buněk, které se poškodily kavitací v mikrofluidní cele pro poškozování buněk. Rekombinantí gen PPI exprimoval 100 mg proteinu. Rekombinantí protein se může čistit do dosažení jeho homogenity Ni2+ chelátovou chromatografií a gelovou filtrací. Rekombinantí protein migruje na sodium dodecylsulfárových polyakrylamidových gelech jako jediný pruh, jehož molekulová hmotnost je 21 000. Molekulová hmotnost dedukovaná z genové sekvence je 20 975.
Aktivita PPiázy se testovala za použití chromogenního tripeptidového substrátu N-sucinyl-Ala-Ala-Pro-Phe-pnitroanilidu. S izolovaným enzymem se měřila počáteční rychlost 4,9 pmolů/min/mg proteinu (obr. č. 5). To odpovídá hodnotě kcat 1,6 vt'1, která je podobná hodnotě získané pro PPIázu bakterie E.coli (Liu, J and Walsh, C.T. (1990) Proč. Nati. Acad. Sci USA 87: 4028-4032) a hodnotě získané z prasečích ledvin (Fisher, G. (1989) Nátuře 337: 476_478).
Rekombiantní protein má vysokou katalytickou účinnost 2,06 x 109 M'1s'1, kdy test se měří při teplotě 25 °C. Tyto hodnoty jsou jednou až dvojnásobně vyšší než hodnoty pozorované jiné charakterizované PPIázy. Při těchto studiích ppiázový tesu proběhl při teplotě 10 °C, což mohlo přizpět k rozdílu. Katalitická účinnost je velmi blízká hodnotám 1 x 108 až 1 x 109 M-1s_1 horního difuzinálního limitu pro kineticky perfektní enzymy (Albery, W.J. and Knowles, J.R. (1976) Biochemistry 15: 5631-5640) a nejméně jedno měření naznačuje, že PPIáza bakterie H. pylori je vysoce účinný katalyzátor cis-trans izomerizace vazby Ala-Pro v oligopeptidovém substrátu.
Přítomnost aktivity PPiázy se zjistila také v extraktu bakterie H. pylori. Aktivita PPiázy se detekovala stejným testem jako v případě rekombinantního proteinu a je nezávislá a koncentraci přidaného extraktu (obr. č. 6).
• · • · • · · ··· ·· ···· ·« ··· ·· ··
147
Tyto výsledky ikazují, že PPIázová aktivita se měří buď v extraktech bakterie H. pylori nebo v rekombianntím proteinu bakterie E.coli. Vysoká katalytická účinnost také ukazuje, že enzymy bakterie H. pylori, jako je PPIáza, se mohou exprimovat ve velkém množství a s vysokou aktivitou v bakterii E.coli. Takový vyskoký výtěžek proteinu se může použít pro navržení různých primárních testů skenování léčiv s vysokou propustností.
Příklad 9: Klonování, čištění a charakterizace genu kódujícího glutamátovou racemázu bakterie H. pylori.
Zjistilo se, že genom bakterie Helicobacter pylori obsahující otevřený čtecí rámec (ORF), který tvoří 255 aminokyselin, je homologní s genem glutamátové racemázy (dga) bakterie Staphylococcus haemolyticus (NCBI číslo uložení U12405) a s genem murl bakterie E.coli, který kóduje v tomto oragnizmu aktivitu glutamátové racemázy. Za účelem zhodnocení, zda tento ORF bakterie H. pylori kóduje protein s aktivitou glutamátové racemázy, uvedený gen se izoloval PCR amplifikačním klonováním, v nadbytku se exprimoval v bakterii E.coli a protin se čistil až do dosažení homogenity. Připravil se jednoduchý test aktivity glutamátové racemázy, která způsobuje izomerizaci D-glutamové kyseliny na Lglutamovou kyselinu. Tento test umožňuje čištění proteinu a může se použít při skenování léčiv.
Při studii poškození genu se zjistilo, že ORF bakterie H. pylori je podstatný pro životaschopnost buněk bakterie H. pylori v laboratorní kultuře (příklad 7, uvedený shora v textu). Proto se očekává, že inhibice enzymatické aktivity bude pro organizmus letální. Takové inhibitory se pak mohou využít při antimikrobiální terapii lidských infekčních onemocnění.
• ·
148
Klónování genu murl bakterie H. pylori, který kóduje glutamátovou racemázu.
PCR amplifikačním klonováním se izolovala DNA sekvence obsahující 765 párů baží, která kóduje gen murl bakterie H. pylori. Při amplifikaci genu murl bakterie H. pylori se použily syntetický oligonukleotidový primer (5'AAATAGTCATATGAAAATAGGCGTTTTTG-3' (SEQ ID NO: 1289)), který kóduje restrikční místo Ndel a 5'konec genu murl, a primer (5'-AGAATTCTATTACAATTTGAGCCATTCT-3' (SEQ ID NO: 1290)), který kóduje restrikční místo EcorI a 3'konec genu murl, a jako templátová DNA se použila genomová DNA připravená z kmene J99 bakterie H. pylori. PCR amplifikační reakce proběhly podle protokolu uvedeném v publikaci Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994. Za účelem amplifikace sekvence DNA obsahující gen murl, se do každé ze dvou reakčních zkumavek, které obsahují 1,0 mikromol každého syntetického oligonukleotidového primeru, 2,0 mM MgClž každého deoxynukleotidtrifosforečnanu (dATP, dGTP, dCTP a DTTP) a 1,25 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Amplitaq, Roche Molecular Systems, lne., Branchburg, NJ, USA), přidala genomová DNA (25 nanogramů), přičemž konečný objem je 50 mikrolitrů. Za účelem získání amplifikačních produktů DNA genu murl za použití termického cykléru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 se amplifikační reakce provedla za podmínek:
Podmínky amplifikace genu murl bakterie H. pylori; denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 30 °C po dobu 30 vteřin a 72 °C po dobu 15 vteřin cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 53 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 15 vteřin reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 20 min.
• · • ·
• · · · · * • ··· · · • · · · · · a « · · · • ·· · · · · · ·
149
Po ukončení termických cyklických reakcí se amplifikovaná DNA promyje a čistí se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Vzorek amplifikované DNA se štěpí restrikčními endonukleázami Ndel a EcoRI (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994). Vzorky DNA z každé ze dvouch reakčních směsí se spojily a podrobily se elektroforéze na 1,0% agarózovém gelu SeaPlaque (FMC BioProducts, Rockland, ME USA). DNA se vizualizuje tak, že se gel obarví etidiumbromidem a vystaví se dlouhovlnému UV záření. Amplif ikovaná DNA kódující gen murl bakterie H. pylori se izolovala z vyříznutých proužků agarózového gelu a čistila se podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA) .
Klonování sekvencí DNA bakterie H. pylori do prokaryontního expresivního vektoru pET-23.
Pro účely klonování nebo přípravyplazmidu se vektor pET23b pomnožil v libovolném kmenu bakterie E.coli K-12, např.HMS174, HB101, JM109, DH5ct atd. . Hostitelé vhodné pro expresi zahrnují kmeny bakterie E.coli, které obsahují na chromozomu kopii genu T7 RNA polymerázy. Těmito hostiteli jsou lyzogeny bakteriofágu DE3, deriváty bakteriofága lambda, které nesou gen láci, promotor lacUV5 a gen T7 RNA polymerázy. T7 RNA polymeráza se indukuje přidáním izopropylB-D-tiogalaktozisu (IPTG) a T7 DNA polymeráza dokáže přepsat libovolný cílový plazmid, jako je pET-28b, který nese gen, o nějž je zájem. Mezi kmeny, které se používaly podle vynálezu patří: BL21(DE3) (Studier, F.W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J., and Dubendorff, J.W. (1990) Methods in Enzymology 185, 6089) .
150
Vektor pET-32b (Novagen, lne., Madison, WI, USA) se připravil pro klonování štěpením restrikčními enzymy Ndel a EcorI (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Po štěpení se amplifikovaný fragment DNA izolovaný z agarózového gelu, který nese gen murl, se klonoval ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994) do štěpeného expresivního vektoru pET-23b. Produkty ligační reakce se pak použily pro transformaci kmene BL21(DE3) bakterie E.coli.
Transformace kompetentích bakterií rekombinantími plazmidy.
Kompetentí bakterie E.coli kmen BL21 nebo E.coli kmen BL21(DE3) se transformovaly rekombinantím expresivním plazmidem pET23-murT, který nese klonovanou sekvenci bakterie H. pylori podle standardních metod (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994) . 1 μΐ ligační reakce se smíchá s 50 mikrolitry elektrokompetentních buněk a aplikují se na ně pulzy vysokého napětí. Po té se vzorky inkubují v SOC mediu o objemu 0,45 mililitrů (0,5 % kvasinkový extrakt, 2,0% trypton, 10 mM NaCl, 2,5 mM KC1, 10 mM MgC12, 10 mM Mgso4 a 20 mM glukóza) při teplotě 37 °C za stálého míchání po dobu jedné hodiny. Vzorky se pak nanesou na plotny s LB agarem, které obsahují 100 mikrogramů/ml ampicilinu a kultivují se přes noc. Transformované kolonie BL21 se izolují a analyzují se inzerované klony, jak se popisuje dále v textu.
Identifikace rekombinantích expresivních plazmidů pET, které nesou sekvence bakterie H. pylori.
Jednotlivé klony BL21 transformované rekombinantím pET23-murI se analyzovaly amplifikací PCR klonovaného inzertu za
151 použití stejných forward a reverzních primerů, které jsou specifické pro každou sekvenci bakterie H. pylori, jako se používaly při původní PCR amplifikačních klónovacích reakcích. Úspěšná amplifikace potvrzuje integraci sekvencí bakterie H. pylori do expresivního vektoru ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994).
Izolace a příprava plazmidové DNA z transformantů BL21.
Kolonie nesoucí vektory pET-23-murJ se vypíchly a inkubovaly se v 5 ml LB půdy se 100 mikrogramy/ml ampicilinu přes noc. Následující den se izolovala a čistila plazmidová DNA za použití protokolu Qiagen pro čištění plazmidů (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA).
Klonování a exprese operonu groE bakterie E.coli.
Ukázalo se, že kooperace genu murl bakterie E. coli s geny operonu groE bakterie E.coli redukuje tvorbu nerozpustných inkluzních tělísek, které obsahují glutamátovou racemázu (Ashiuchi, M., Youshimura, T., Kitamura, T., Kawata, Y., Nagai, J., Gorlatov, S., Esaki, N. and Soda, K., 1995, J. Biochem. 117, 495-498). Operon groE kóduje dva proteiny GroE (97 aminokyselin) a GroEL (548 aminokyselin), které jsou molekulovými chaperony. Molekulární chaperony se podílí na balení nových polypeptidových řetězců (F. Ulrich Hartl, 1996, Nátuře London 381, pp. 571-580).
PCR amplifikačním klonováním se izolovala sekvence DNA o velikosti 2 210 bp, která kóduje operon groE bakterie E.coli (NCBI číslo uložení X07850). Při amplifikaci operonu groE bakterie E.coli se použil syntetický oligonukleotidový primer (5'GCGAATTCGATCAGAATTTTTTITCT-3' (SEQ ID NO: 1291)), který kóduje restrikční místo EcoRI a 5'konec operonu groE obsahující endogenní promotorovou oblast operonu groE, a
152 ·· ·· • · · · • · ·· primer (5'-ATAAGTACTTGTGAATCTTATACTAG-3' (SEQ ID NO: 1292)), a 3'konec genu groEL, jako templátová DNA se kmene MG1655 bakterie který kóduje restrikčni místo Seal který je obsažen v operonu groE, a použila genomová DNA připravená z
E.coli. PCR amplifikační reakce proběhly podle protokolu uvedeném v publikaci Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994. Za účelem amplifikace sekvence DNA obsahující operonu groE bakterie E. coli, se do každé ze dvou reakčních zkumavek, které obsahují 0,5 mikromolů každého syntetického oligonukleotidového primerů, 1,5 mM MgCl2 každého deoxynukleotidtrifosforečnanu (dATP, dGTP, dCTP a dTTP) a 2,6 jednotek teplotně stabilní DNA polymerázy (Expanded High Fidelity PCR System, Boehringer Mannheim, Indianapolis, Indiana), přidala genomová DNA (12,5 nanogramů), přičemž konečný objem je 50 mikrolitrů. Za účelem získání amplifikačních produktů DNA operonu groE za použití termického cykléru Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 se amplifikační reakce provedla za podmínek:
Podmínky amplifikace a klonování operonu groE bakterie
E. coli;
denaturace při teplotě 94 °C po dobu 2 minuty, cykly při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, dále 30 °C po dobu 30 vteřin a 72 °C po dobu 2 minuty cyklů při teplotě 94 °C po dobu 15 vteřin, 55 °C po dobu vteřin a 72 °C po dobu 2 minut reakce proběhly při teplotě 72 °C po dobu 8 min.
Po ukončení termických cyklických reakcí se amplifikovaná DNA promyje a čistí se za použití PCR čistícího kitu Qiaquick Spin (Qiagen, Gaithersburg, MD, USA) . Vzorek amplifikované DNA se štěpí restrikčními endonukleázami Seal a
153 ·· ·· · ·· ·· • · · ···· · · · • ··· · · · · · • · ·· · · · · ··· · ··· ··· ·· ···· · · · · · · · · ·
EcoRI (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne, F. Ausubel et al., eds., 1994) . Vzorky DNA z každé ze dvouch reakčních směsí se spojily a podrobily se elektroforéze na 1,0% agarózovém gelu SeaPlaque (FMC BioProducts, Rockland, ME USA). DNA se vizualizuje tak, že se gel obarví etidiumbromidem a vystaví se dlouhovlnému UV záření. Amplifikovaná DNA kódující gen murl bakterie H. pylori se izolovala z vyříznutých proužků agarózového gelu a čistila se podle protokolu Bio 101 GeneClean Kit (Bio 101 Vista, CA, USA) .
Fragment DNA EcoRI až Seal, který obsahuje operon groE bakterie E. coli se klonoval do odpovídajících míst expresivního vektoru pACYC184 (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) za vzniku pACYC18 4-gro£'. Kmen BL21 (DE3) bakterie E: coli se transformoval rekombinantím plazmidem pACYC184-groF. Izoloval se transformant rezistentní na tetracyklin, který v nadměrné míře exprimuje proteiny o Mr okolo 14 000 (GroES) a Mr okolo 60 000 (GroEL).
Transformace kmene BL21(DE3) bakterie E. coli nese plazmid pACYC-groF bakterie E. coli.
Kompetentní bakterie odvozené z klonu kmene BL21(DE3), které nesou plazmid pACYC-gro£ se transformovaly 50 nanogramy DNA plazmidu pET23-murJ, který se izoluje jak se popisuje shora v textu ((Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, lne., F. Ausubel et al., eds., 1994). Izoloval se klon BL21(DE3) , který nese oba expresivní plazmidy pACYC-groF a pET23-murJ, a použil se při expresi rekombinantní glutamátové racemázy, jak se popisuje dále v textu.
Exprese rekombinantího genu murl bakterie H. pylori.
• ·
154
Bakteriální klon BL21(DE3), který nese oba expresivní plazmidy pACYC-groF a pET23-murJ se kultivoval v LB půdě doplněné 1,0 mM D,L-glutamovou kyselinou a 100 gg/ml ampicilinu a 10 μg/ml tetracyklinu při teplotě 30 °C až do dosažení hodnoty optické hustoty při vlnové délce 600nm 0,5 až 1,0 jednotek O.D., v tomto bodě se do kultury přidal isopropyl-beta-D-tiogalaktosid (IPTG) tak, aby konečná koncentrace byla 1,0 mM. Buňky se kultivovaly přes noc, aby se indukovala exprese rekombinantních konstrukcí DNA bakterie H. pylori.
Po indukci exprese genu IPTG se bakterie centrifugovaly na centrifuze Sorvall RC-3B při 3 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Pelety se resuspendovaly v 50 ml chladného 10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 0,1 M NaCl a 0,1 mM EDTA (pufr STE). Buňky se centrifugovaly při 2 000 x g po dobu 20 minut při teplotě 4 °C. Pelety se vážily (průměrná vlhká váha je 6g/l) a dále zpracovávaly za vzniku čistého rekombinantního proteinu, který se popisuje dále v textu.
Čištění rozpustné glutamátové racemázy.
Všechny kroky proběhly při teplotě 4 °C. Buňky se suspendovaly ve 4 objemech lyzačního pufru (50 mM fosforečnan draselný, pH 7,0, 100 mM NaCl, 2mM EDTA, 2 mM EGTA, 10 % glycerol, 10 mM D, L-glutamová kyselina, 0,1 % βmerkaptoetanol, 200 gg/ml lysozymu, 1 mM PMSF a 10 μg/ml každé látky ze skupiny, která obsahuje leupeptin, aprotinin, pepstatin, L-l-chloro-3-[4-tosylamido]-7-amino-2-heptanon (TLCK) , L-l-chloro-3-[4-tosylamido]-4-fenyl-2-butanon (TPCK) a inhibitor sojového trypsinu. Buňky se dále otevřely třinásobným průchodem přes mikrofluidizér s malým objemem (Model M-110S, Microfluidics International Corporation, Newton, MA) . Výsledný homogenát se naředil jedním objemem
155
pufru A (lOmM Tris-HCl pH7,0, 0,1 mM EGTA, 10 % glycerol, 1 mM DL-glutamová kyselina, 1 mM PMSF, 0,1 % betamerkaptoetanol) , za vzniku 0,1 % Brij-35 a centrifugoval se (při 100 000 x g, po dobu 1 hod) až vyčeřil supernatant (surový extrakt).
Po filtraci přes filtr s póry o velikosti 0,80 pmse extrakt nanesl přímo na Q-Sepharózovou kolonu o objemu 20 ml, které se před tím uvedla do rovnováhy pufrem A, který obsahuje 100 mM NaCl a 0,02 % Brij-35. Kolona se promyla 100 ml (což odpovídá 5 objemům lože) pufru A , který obsahuje 100 mM NaCl a 0,02 % Brij-35, pak se extrakt vymyl 100 ml lineárního gradientu zvyšující se koncentrace NaCl (od 100 do 500 mM) v pufru A. Pruh s molekulovou hmotností Mr = 28 000, který odpovídá glutamátové racemáze, což je produkt rekombinantího genu murl bakterie H. pylori, který se eluuje při koncentračním gradientu přibližně 200 až 280 mM NaCl. U jednotlivých frakcích na koloně se pak charakterizovala aktivita glutamázové racemázy (dále v textu se tento test popisuje) a proteinový profil frakcí se analyzoval na 12 % akrylamidových SDS-PAGE gelech.
Frakce obsahující glutamátovou racemázu se skombinovaly ze 70 % se saturovaly pevným (NH4)2SO4, míchaly se po dobu 20 minut a pak se centrifugovaly při 27 000 x g po dobu 20 minut. Výsledný pelet se resuspendoval v lyzačním pufru, přičemž konečný objem byl 8 ml a nanesl se přímo na kolonu gelové filtrace o objemu 350 ml (2,2 x 92 cm), kde se používá médium Sephacryl S-100HR ekvilibrované pufrem B (10 mM Hepes pH 7,5, 150 mM NaCl, 0, 1 mM EGTA, 10 % glycerol, 1 mM D, Lglutamová kyselina, 0,1 mM PMSF, 0,1% beta-merkaptoetanol) a procházela kolonou rychlostí 30 ml/hod. Frakce, kde se zjistilo, že vykazují aktivitu glutamátové racemázy se spojily a přidalo se 0,5 objemu pufru C (10 mM Tris pH 7,5, 0,1 mM EGTA, 10 % glycerol, 1 mM D, L- glutamová kyselina, 0,1
156 ·· · · • · «· *· mM PMSF, 0,1 % B-merkaptoetanol)(který má redukovat koncentraci NaCl na 100 mM) a nanesl se na kolonu vysokotlaké kapalinové chromatografie MonoQ 10/10, která je ekvilibrována pufrem C, který obsahuje 100 mM NaCl. Kolona se promyla uvedeným pufrem o objemu, který se rovná 5-ti násobku objemu podloží, a eluovala se 40 ml lineárního gradientu NaCl (od 100 do 500) . Eluovaná glutamátová racemáza tvoří ostrý pík při koncentraci NaCl 310 mM. Frakce vykazující aktivitu glutamátové racemázy se spojily, zakoncentrovaly se dialýzou proti pufru, který je vhodný pro uchovávání (50 % glycerol, 10 mM 3-(N-morfolino-propansulfonová kyselina (MOPS) pH7,0, 150 mM NaCl, 0, 1 mM EGTA, 0,02 % Brij-35, 1 mM ditiotreitol (DTT)), a uchovávají se při teplotě -20 °C.
Testování aktivity glutamátracemázy.
Konverze D-glutamátu na L-glutamát (test párování dvou enzymů).
Aktivita glutamátracemázy, což je interkonverze enentiomérů glutamové kyseliny, se měřila za použití Dglutamové kyseliny jako substrátu. Metoda podle Gallo and Knowles (Gallo, K.A. and Knowles, J.R., 1993, Biochimistry 32, 3981-3990), která se používá k měření aktivity glutamátracemázy u bakterií Lactobacillus fermenti se adaptovala pro měření aktivity glutamátracemázy produktu genu murl bakterie H. pylori, který se izoloval jako rekombinantí protein z bakterií E. coli. V tomto testu je měření aktivity glutamátracemázy spojeno se změnou OD ve viditelném rozmezí v sérii párových reakcí s aktivitami Lglutamáthydrogenázy (redukce NAD na NADH) a diaforázy (redukce barviva p-jodonitrotetrazoliová violeť, INT). Počáteční rychlosti se určily následným zvýšením absorbance při vlnové délce 500 nm v reakci o objemu 200 μΐ, která
157 obsahuje 50 mM Tris-HCl, pH7,8, 4 % (o/o) glycerolu, 10 mM
NAD, 2 mM INT, 60 jednotek/ml L-glutamátdehydrogenázy, 5 jednotek/ml diaforázy a různé koncentrace jiného substrátu (od 0,063 mM do 250 mM D-glutamové kyseliny.nebo čištěný enzym (od 1 pg do 50 pg) . Po předinkubaci všech reakčních činidel mimo buď substrátu nebo (D-glutamové kyseliny) nebo enzymu (produkt genu murl} po dobu 5 minut se iniciovaly reakce přidáním chybějících ingredience (to je enzymu nebo substrát, když je to nutné) a zvýšení optické hustoty při vlnové délce 500 nm se měřilo na přístroji Microplate Spectrophotometer System (Molecular Devices, Spectra MAX 250). Měření následovalo po 20 minutách a počáteční rychlosti se odvodily z výpočtu maximální strmosti zvýšení absorbance. Pérovací reakce se může z obecnit náseldovně:
1) D-glutamát -> L-glutamát glutamátracemáza
2) L-glutamát + H2O+ NAD+ -> 2-oxoglutarát + NH3 + NADH
L-glutamátdehydrogenáza
3) NADH + INT —> NAD+ + foramazan (zbarvení) diaforáza
Konverze D-glutamátu na L-glutamát (spřažený test jednoho enzymu).
V tomto testu konverze D-glutamové kyseliny na Lglutamovou kyselinu je spojená s konverzí L-glutamové kyseliny a NAD+ pomocí L-glutamatdehydrogenázy na 2oxoglutarát amonia. Produkce NADH se měří jako zvýšení absorbance při vlnové délce 340 nm (redukce NAD+ na NADH) při teplotě 37 °C. Standardní testovací směs (opravená od Choi, S-Y., Esaki, N., Yoshimura, T., and Soda, K., 1991, Protein
Expression and Purification 2, 90-93) obsahuje 10 mM Tris«· ·* » 4 · • · ·· • * · • ·· ·* ··
>··· ·· • ··
158
HC1, pH7,5, 5 mM NAD+, 5 jednotek/ml L-glutamátdehydrogenázy, různé koncentrace substrátu D-glutamové kyseliny (0,063 mM až 250 mM) a čištěný rekombinantní enzym bakterie H. pylori glutamátracemázu (1 pg až 50 pg) . Všechny ingredience testu se inkubovaly po dobu 37 °C po dobu 5 minut a reakce se započala přidáním buď substrátu D-glutamové kyseliny nebo rekombinantní glutamátracemázy. Změna absorbance při vlnové délce 340 nm se měřila na přístroji Spectra MAX 250. Počáteční rychlosti se odvodily z počátečních směrnic. Spřažené reakce se mohou sumarizovat do:
1) D-glutamát glutamátracemáza
2) L-glutamát + H2O+ NAD+ -> 2-oxoglutarát + NH3 + NADH
L-glutamátdehydrogenáza
Výsledky
1) Exprese genu murl bakterie H. pylori v buňkách E. coli
Za účelem testování biochemických vlastností glutamátracemáza bakterie H. pylori se exprimovala v nadměrné míře v bakterii E. coli a čistila se. Za přítomnosti GroES a GroEL v bakterii E.coli se glutamátracemáza exprimovala jako rozpustný protein. Z intenzity proteinového pruhu po SDSPAGEse odhadlo, že z litru kultury se produkovalo 20 mg rozpustného proteinu Murl. V kontrolní dráze na gelu, kde se nachází extrakty z buněk transformovaných vektorem pET, kterým chybí inzert murl, se neobjevil žádný pruh, jenž svou molekulovou hmotností odpovídá molekulové váze proteinu murl. Přidání 1 mM DL-glutamové kyseliny během kultivace exprimujicích buněk zvýšilo zjevnou expresi přibližně na pěti-násobek.
159 ·· ·« • · · • ··· ♦ · · · • · · ·»«« ·· ·· ·· ·· • · · · · • · · · ·· • ·* · · · · 4 • β · · « ·· ·· ··
2) Čištění rekombinantního proteinu murl bakterie H. pylori.
Murl se čistil chromatografií s výměnou kationtů a gelovou filtrací. Při analýze na SDS-PAGE čištěný protein migroval jako jedno specie polypeptidu se zjevnou molekulovou hmotností 29 000, což ve shodě s pžedpovězenou hmotností 28 858.
3) Kinetické vlastnosti rekombinantího enzymu murl bakterie H. pylori. Kinetická konstanta případě rekombinantí glutamátracemázy se odhadla testování její aktivity při různých koncentracích proteinu a D-glutamové kyseliny, jak se popisuje shora v textu. Čištěná rekombinantí glutamátracemáza bakterie H. pylori vykazuje Vmax přibližně 300 nmolů/min/mg proteinu (kcat=8,6 min’1) a K^, přibližně 100 μΜ D-glutamátu. Ačkoli hodnota Vmax je nižší než hodnota pozorovaná pro vysoce čištěnou glutamázovou racemázu z některých jiných bakteriálních druhů, Km v případě D-glutamové kyseliny je vyšší než je hodnota pozorovaná v případě enzymu izolovaného z většiny jiných specií, což vede ke katalytické účinnosti (kcat/Km), která je typická pro čištěný přípravek z bakterií E. coli a P. Pentococcus.
4) Charakterizace proteinu Murl: Inhibice L-serinu-0sulfátu, o kterém je známo, že inhibuje murl z bakterie E. coli. Enzym se inkuboval v přítomnosti 20 mM L-serin-Osulfátu a v různých časových úsecích se odebíraly alikvóty pro stanovení reziduální aktivity. Počáteční rychlost čištěného rekombinantího proteinu murl bakterie H. pylori se určila pomocí sdružovacího testu jednoho enzymu a následující inkubací s inhibitorem L-serin-O-sulfát (LSOS) o koncentraci 20 mM, přičemž na osu x se vynáší čas. Inkubace kontroly se provedla stejným způsobem, ale bez přítomnosti LSOS. Jak je
160 ·· ·· • · · • ··· • · · · • · · ···· ·· • ·· ·· ·· ·· · · · · · · • · · · · ·· • · · · ··· · · • · · · · · ··· ·· ·· ·· zobrazeno na obrázku č. 7, glutamátracemáza bakterie H. pylori se může snadno deaktivovat inhibitorem.
Aplikace aktivity glutamátracemázy při primárních skríningových testech s vysokou průchodností.
Shora popsané testy měření glutamátracemázové aktivity v bakterii H. pylori se provedly na plotnách s 96 buňkami, ve kterých probíhá více reakcí najednou. Měření aktivity ve více buňkách umožňuje rychlou analýzu schopnosti inhibovat glutamátracemázovou aktivitu u řady sloučenin. Látky, které inhibují glutamátracemázovou aktivituse mohou aplikovat jako nová antibiotika a jsou vhodná pro léčbu a eradikaci bakteriálních infekcí u lidí (např. bakteriemi H. pylori. Pro kalibraci testů s nízkým záchytem se může používat řada známých inhibitorů glutamátracemázy, což umožňuje identifikaci novýc látek, které mají vlastnosti vhodné pro terapii lidí in vivo.
TV fy
SEKVENČNÍ PROTOKOL (1) OBECNÍ INFORMACE:
(i) PŘIHLAŠOVATEL:
(A) JMÉNO: Astra Aktiebolag (B) ULICE:
(C) MĚSTO: Sodertalje (D) ZEMĚ:
(E) STÁT: ŠVÉDSKO (F) PSČ: S-151 85 (ii) NÁZEV VYNÁLEZU: NUKLEOVÁ KYSELINA A SEKVENCE AMINEKYSELIN TÝKAJÍCÍ SE HELICOBACTER PYLORI A JEJICH VAKCINEVÉ KOMPOZICE (iii) POČET SEKVENCÍ: 394 (iv) KORESPONDENČNÍ ADRESA:
(A) JMÉNO: LAHIVE & COCKFIELD (B) ULICE: 28 State Street (C) MĚSTO: Boston (D) STÁT: Massachusetts (E) ZEMĚ: USA (F) PSČ: 02109-1875 (v) STROJNĚ ČITELNÁ FORMA:
(A) | TYP MEDIA | : CD/ROM ISO9660 |
(B) | COMPUTER: | |
(C) | OPERAČNÍ | SYSTEM: |
(D) | SOFTWARE: |
(vi) STROJNĚ ČITELNÁ FORMA:
(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: PCT/US97/05223 (B) DATUM PODÁNÍ: 27.03.1997 (vii) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:
(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/625,811 (B) DATUM PODÁNÍ: 29.03.1996 (viii) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:
(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/758,731 (B) DATUM PODÁNÍ: 02.04.1996 (ix) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:
(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/736,905 (B) DATUM PODÁNÍ: 25.10.1996 (x) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:
(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/738,859 (B) DATUM PODÁNÍ: 28.10.1996 (xi) ÚDAJE O PRIORITNÍ PŘIHLÁŠCE:
(A) ČÍSLO PŘIHLÁŠKY: US 08/761,318 (B) FILING DÁTE: 06.12.1996 (xii) INFORMACI O ZÁSTUPCI:
162
(A) JMÉNO: Mandragouras, Amy E.
(B) REG. Č. : 36,207 (C) REFERENCE/ČÍSLO SPISU: GTN-009C2PC (xiii) TELEKOMUNIKAČNÍ INFORMACE:
(A) TELEFON: (617)227-7400 (B) TELEFAX: (617)227-5941
2) INFORMACE | PRO SEQ ID | NO: 5: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 324 | párů bázi |
(B) | TYP: nukleová kyselina | |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) | TOPOLOGIE: | kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...324 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:5:
TATCAAATCT TAAACCAAAG AAAAACCATG AAAAAAGTCC TCTTACTAAC TCTCTCTCTC TCTCTCTCGT TTTGGCTCCA CGCTGAAAGG AACGGATTTT ATTTAGGTTT AAATTTTGCA GAAGGAAGCT ATATTCAAGG ACAAGGTAGC ATCGGCGAAA AAGCTTCAGC AGAAAACGCC TTAAATCAAG CGATCAATAA CGCACAAAAT TCATTATTCC CTAACACACA AGCCATAAGA GATGTGCAAA ACGCCTTAAA TGCAGTGAAA GATTCAAACA AAATCGCTAA CCGATTCGCA GGAAATGGTG GATCGGGCGG TATT (2)
INFORMACE PRO SEQ
ID NO:10:
120
180
240
300
324 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 765 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová genomová DNA (ii) DRUH MOLEKULY:
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS:
Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...765 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:10:
• ·
1-63
ATGAAAAAGA TTTTTTTAGG TATGGCATTA GCCTTTAGTG TGTCCATGGC GGCGCGTTTT TAGGAGGGGG GTTTCAATAT TCTAATTTAG AAAACCAAAA ACCCCAAGCG CTAACAATAA CACCCCGATA AACACTTCAA TGTTTGGCAA GCTCCAGCCC AAGAAACGCC AAGCGTGATC AACACCAATA ATTACGGGCA GTAGATGCGA TGGCAGGGTA TAAGTGGTTC TTTGGCAAAA CCAAACGCTT ACTTATGGAT ACTACAGCTA TAACCATGCG AATTTGAGCT TTGTAGGCAG ATCATGGATG GCGCATCTCA AGTGAATAAC TTCACTTATG GCGTGGGCTT TATAACTTCT ATGAAAGCAA AGAGGGCTAT AACACAGCAG GGTTGTTCGT TTAGGAGGGG ATTCGTTTAT CGTTCAAGGA GAGAGCTACT TGAAATCTCA TGCAACAACA CCGCCGGCTG TTCAGCGAGC ATGAACACGA GCTACTTCCA GAATTTGGTT TTAGGAGCAA TTTCTCTAAA CACAGCGGGA TTGAAGTGGG CCTTTATTTA CCAACCAATT CTATAAAGAA AGGGGCGTAG ATGGATCGGT TATAAAAGGA ATTTCTCTAT CTATTTTAAC TACATGATCA ACCTC (2)
INFORMACE PRO SEQ
ID NO:23:
AGAAAAAAGC
CACCACCCGC
CAATCAAGCG
AATGTATGGG
TGGCTTTAGG
TAAGCTTGGA
TGATGCGCTC
GGGCTTTGGA
GATGCAAATT
AATGCCTGTG
CTTTAAATTG
AGATGTGTTC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
765 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 180 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...180 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:23:
TTTGATTTGG GCGTGCGCAC CAACTTTGCA AAAACCAATT TCAATAAGCA CAAGGGATAG AATTTGGGGT GAAAATCCCT GTTATCGCTC ATAAATATTT GGCTCAAGCG CGAGCTATAT GAGGAATTTT AGCTTCATAT GTGGGCTATT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:56:
CAGATTAGAC
TGCAACCCAA
CAGTCGGTTT
120
180 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1587 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1587 • · • · ·
• ·· ·· ···· · • · · · · · ··· · · ·· ·· (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:56:
ATGAGAAAGG TTATCATAAT GAATGGTTAT TTGAGGGTAA AAACCCCGTA TTTTTTAGCG TCGGTCGTTT TGACTTTTTG GACTTTTAAT TCTTTTATGA GCGCGAAAGA TAAGCACCAT TTTTTAAAAA AAGTTACAAC CACCGAGCAA AAATTCAGTT CTAGTGCCCC AATTTCATGG CAAAGCGAAG AGGTGCGTAA TTCCACAAGC TCTCGCACGG TGATTTCCAA CAAAGAACTC AAAAAAACGG GGAATTTGAA TATTGAAAAC GCCTTGCAAA ATGTACCAGG GATTCAAATC AGAGACGCTA CAGGCACGGG CGTGCTGCCT AAAATTTCGG TGCGCGGTTT TGGTGGGGGC GGTAACGGGC ATAGCAACAC CAACATGATT TTAGTCAATG GTATCCCCAT TTATGGCGCG CCGTATTCCA ATATTGAACT GGCGATTTTC CCTGTAACTT TCCAGTCAGT GGATAGGATT GATGTGATTA AGGGGGGAAC GAGCGTCCAA TACGGCCCTA ACACTTTTGG AGGCGTGGTG AATGTCATCA CTAAAGAAAT CCCCAAAGAG TGGGAAAATC AAGCGGCTGA AAGGATCACT TTTTGGGGGC GCTCCTCTAA TGGGAATTTT GTCGATCCCA AAGAAAAAGG CAAGCCCTTA GCCCAAACTT TAGGAAACCA AATGCTGTTT AACACTTATG GGCGAACGGC TGGGATGTTG GGTAAATATA TAGGCATTAG CGCTCAAGGC AATTGGATTA ATGGGCAAGG TTTCAGGCAA AATAGCCCTA CAAAGGTGCA AAACTACTTG TTGGATGCGA TTTATAAGAT CAATGCGACC AATACTTTTA AAGCTTATTA CCAGTATTAT CAATACAACT CTTACCATCC AGGCACTTTG AGCGCGCAAG ATTACGCCTA TAACCGCTTC ATCAATGAGC GCCCTGACAA TCAAGATGGA GGGCGAGCCA AGCGCTTTGG GATCGTGTAT CAAAACTACT TTGGCGATCC GGATAGGAAA GTGGGGGGCG ATTTTAAATT CACTTATTTC ACGCATGACA TGAGTAGGGA TTTTGGGTTT TCCAACCAAT ACCAAAGCGT GTATATGAGC GGTCAAAATA AGATTTTACC CTTTAAAGGC AAGGGAGAAA TCAGCGCAAA AAACCCTAAT TGCGGTCTGT ATTCTTATAG CGACACGAAT AGCCCTTGCT GGCAATTTTT TGACAATATC CGCCGATCCG TGGTGAATGC CTTTGAGCCA AAACTCAATC TTATCGTCAA TACTGGTAAA GTCAAACAAA CTTTTAACAT GGGAATGCGC TTTTTAACTG AAGATTTATA CCGCCGATCC ACCACCAGGA AAAACCCTAG CATGCCTAAT AATGGGAGTG GGTTTGATGC AGGAACTTCA CTCAATAATT TCAACAATTA TACCGCTGTG TATGCCAGCG ATGAAATCAA TTTCAATAAC GGCATGCTAA CGATCACGCC GGGCTTGAGA TACACTTTTT TAAATTACGA AAAAAAAGAC GCTCCTCCCT TTAAGGTGGG TCAAACCCCA AAAACCACGA AAGAGCGTTA TAACCAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:59:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1326 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1326 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:59:
GGAAAAATTA AAGGTGTGAT GATGAAATTT TTTCTTTTAA AGAAATTCAG CGAATTTTTA AACACTCAAA CGCATTTTAA CCTCAAACGC TTGAACGCGT CTAGTTTTTT ATTAGAGACT TTTTCTAAAG AAAAACACGC CTTTGTTGTG GATTTGAGCG CGCCTTATAT TGGTTTGTCC AAAAAACCCC CAGAGAGCGT TTTAAAAAAC ACTTTAGCGT TAGATTTTTG TTTGAATAAA TTCACCAAAA ACGCCAAAAT TTTACAAGCA AACGTCATTG ATAACGATCG GATTTTAGAA ATCAAGGGCG CTAAAGATTT AGCTTATAAG AGTGAAACTT TTATTTTGCG TTTAGAAATG ATCCCTAAAA AAGCCAATCT CATGATTTTA GATCAAGAAA AATGCGTGAT AGAGGCTTTT CGTTTTAATG ACAGGGTGGC TAAAAACGAT ATTTTAGGGG CATTGCCTCC TAATATTTAC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1587
120
180
240
300
360
420
480 • · • ·
16š
GAGCATCAAG AAGAGGATTT GGATTTTAAG GGATTGTTGG ACATTTTAGA AAAAGATTTT 540 TTATCCTATC AGCACAAAGA ATTGGAACAC AAAAAAAATC AAATCATCAA GCGATTAAAC 600 GCCCAAAAAG AACGCTTGAA AGAAAAATTA GAAAAACTAG AAGATCCTAA AACTTTACAG 660 CTGGAAGCGA AAGAATTGCA AACTCAAGCC TCATTGTTGC TCACTTACCA GCATTTAATC 720 AACAGGCGTG AAAATCGCGT GATTTTAAAG GATTTTGAAG ATAAAGAATG CATGATTGAA 780 ATTGATAAGA GCATGCCCTT AAACGCTTTT ATCAATAAAA AATTCACTCT CAGCAAGAAA 840 AAGAAACAAA AATCGCAATT CTTGTATTTA GAAGAAGAGA ATCTGAAAGA AAAAATCGCT 900 TTTAAGGAAA ATCAAATCAA CTATGTTAGA GACGCTGCAG AAGAAAGCGT TTTAGAAATG 960 TTTATGCCGG TAAAAAACTC TAAAATCAAA CGCCCGATGA ACGGGTATGA AGTGCTGTAT 1020 TATAAGGATT TTAAAATCGG TTTAGGGAAA AACCAAAAAG AGAATATCAA GCTTTTACAA 1080 GACGCAAGAG CGAATGATTT GTGGATGCAT GTGAGAGATA TTCCTGGATC GCATTTGATC 114 0 GTTTTTTGCC AAAAGAATAC GCCTAAAGAT GAGGTCATTA TGGAATTAGC CAAAATGTTG 1200 ATTAAAATGC AAAAAGATGC GTTTAATGGT TACGAGATTG ACTACACGCA ACGAAAATTT 1260 GTCAAAATCA TCAAAGGAGC TCATGTCATT TACTCAAAAT ACCGAACTAT TAGTCTAAAG 1320 GACACT 1326 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:62:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1110 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1110 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:62:
CAGGATCAAC CCATGCAATT TCAAAAAACC TTACTTTCTT TATCTTTATT ATTTTTATCT 60 TATTGTATCG CTGAAGAAAA TGGGGCGTAT GCGAGCGTGG GTTTTGAATA TTCCATCAGT 120 CATGCCGTTG AACACAATAA CCCTTTTTTG AATCAAGAAC GCATCCAAAC GATTTCTAAC 180 GCTCAAAACA AAATCTATAA ACTCAATCAA GTCAAAAATG AAATCACAAA CATGCCCAAC 240 ACCTTTAACT ACATCAACAA CGCTTTAAAA AACAATGCTA AATTAACCCC TACTGAAAAG 300 CAAGCCGAAA CCTACTACCT GCAATCTACC CTTCAAAACA TTGAAAAAAT AGTCATGCTT 360 AGCGGGGGCG TTGCGTCTAA CCCTAAATTA GCCCAAGCGT TAGAAAAAAT GCAAGAACCC 420 ATTACTAACC CTTTAGAATT GGTAGAAAAC TTAAAAAATT TAGAATTACA ATTCAGCCAA 480 TCTCAAAACA GCATGCTTTC TTCTTTGTCT TCTCAGATCG CTCAAATTTC AAATTCTTTG 540 AACGCGCTTG ATCCCAGCTC TTATTCTAAA AACGTTTCAA GCATGTATGG GGTAGGTTTG 600 AGCGTAGGGT ATAAGCATTT CTTTACCAAG AAAAAAAATC AAGGGTTTCG TTATTACTTA 660 TTCTATGACT ATGGTTACAC TAATTTTGGT TTTGTGGGTA ATGGCTTTGA TGGTTTAGGC 720 AAAATGAATA ACCACCTCTA TGGGCTTGGC ATAGATTATC TTTTCAATTT CATTGATAAT 780 GCGCAAAAAC ATTCGAGCGT GGGGTTTTAT GTAGGCTTTG CTTTAGCGGG GAGTTCGTGG 840 GTAGGGAGTG GTTTAGGCAT GTGGGTGAGT CAAATGGATT TCATCAACAA CTATTTGACG 900 GATTATCGGG CTAAAATGCA CACGAGTTTT TTCCAAATCC CTTTGAATTT TGGGGTTCGT 960 GTGAATGTGG ATAGGCACAA TGGTTTTGAA ATGGGCTTAA AGATCCCTTT AGCGGTCAAT 1020 TCCTTTTATG AAACGCATGG CAAGGGGTTA AACGCTTCCC TCTTTTTCAA ACGCCTTGTC 1080 ATGTTTAACG TGAGTTATGT TTATAGTTTT 1110 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:73:
166 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 252 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...252 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:73:
AAAACAATCA ATAAATTAAG GATTATAATG AAACCAACGA ACGAACCTAA AAAACCTTTT 60 TTTCAAAGTC CCATTGTTCT TGCGGTTCTT GGAGGGATTT TACTCATTTT TTTCCTACGC 120 TCTTTCAATT CTGATGGCAG TTTTTCGGAC AATTTCTTAG CTTCTAGCAC TAAAAATGTG 180 AGCTACCATG AAATCAAACA ACTCATCAGC AATAATGAAG TGGAAAATGT AAGTATCGGT 240 CAAACTTTAA TC 2 52 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:77:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 585 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...585 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:77:
TTAGGATCAC CCATGCAATT TCAAAAAACC TTATCTTCCT TATCTTTATT TTTATCTTTA 60 TCTTTATTCT TATCTTTTAG TATCGCTGAA GAAAATGGGG CGTATGCGAG CGTGGGTTTT 120 GAATATTCCA TTAGTCATGC CGTTGAGCAC AATAATCCCT TTTTAAATCA AGAACGCATC 180 CAAACGATTT CTAACGCTCA AAACCAAATC TATAAACTCA ATCAAATTGA AAATGAAATC 240 ACAAACATGC AAAACACCTT TAACTACACC AACAACGCTT TGAAAAACAA TGCTAAATTA 300 ACCCCCACTG AAATGCAAGC CGAACAATAC TACCTCCAAT CCACCCTTCA AAACATTGAA 360 AAAATAGTCA TGCTTAGCGG TGGCGTTGCG TCTAACCCTA AACTAGTCCA AGCGTTAGAA 420 AAAATGCAAG AACCCATTAC TAACCCTTTA GAATTGGTAG AAAACTTAAA AAATTTAGAA 480 TTACAATTCA GCCAATCTCA AAACAGCATG CTTTCTTCTT TGTCTTCTCA GATCGCTCAA 540 ATTTCAAATT CTTTGAACGC GCTTGATCCC AGCTCTTATT CTAAA 585 • · • · ··· ···· ··· ···· ·· · · · • · · · ·· ·· · · · · ··· ··· ··
167 .............
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:95:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1569 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1569 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:95:
TATATTCCAT TCAATTTATT TCAAGGACAA ACAAACATGA AAAAACTTCT TTATACCATG CTCGCGCTTC TTTTAATCGG CCTTTTAACG GCCTATCTTA TCCTTTTTAC AGAATGGGGG AATAAGATCA TCGCTTCGTA TATAGAGAAA AAAATCAATC CGAACGAGCG TTATTTGAGC GTTAAAACCT TTAAATTGAG ATTCAACTCT TTGGATTTCA AAGCTCAAGC CAACGATGAT TCCACGCTCA TTCTTAAGGG GGATTTCTCG CTTTTAACGC AAAGCGTAAA TTTGGATTAC CACATAGACA TTAAAAATTT ACGCTCTTTT AAGGATTTGA TACCCTACCC CTTAAGAGGG GCTATTGTTA CTTCTGGGAA TATCAAAGGG CATAGAAAAG CCCTTGTAGT TCAAGGCGTC TCCAATGTCG CTCAATCCCA CACTGCCTAC AACGCCCTTT TAGATGATTT CAAGCTTTCT CACTTAAGTT TGAACGCAAA AGACGCCAAT TTAGAAGATT TGCTTTATTT AATCAACCGC CCCGCTTATG CGAACGCAAA AGTGTCCTTA CAAGCGGATT TTAACTCTCT AAAGCCCTTA GAAGGGCATT TGATCCTAAC AGCTAATAAC GCTTTAATCA ATAACGCCCT AATCAATCAA ATCTTTCATT TAAACCTTAA AGACACGCTC GTTTTCAACC TCTCGCACTC AAGCGATTTT AAAGGAAACA AAGCCATCAG CGATACCACC CTAACTAGCC CTTTAGTTAA TTTCACAGCC CTAAAAAGCG AATATTCTTT CCCTGCTTTA AAACTCAACG CCCCCTACAC TTTAGAAATA CCCCATCTAG CCAAACTCCA AAACATTACC AACCACCCCT TAAAAGGGAG CTTGACTTTA AAAGGCGATA TAGAGCAAAG CCCTAAACTC TTAAAAGTCA GTGGCCATTC AAATTTACTA GACGGCGCGC TAGACTTCAC GCTTTTAAAT AAAGATTTGA AAGCCCGTTT TTCCAATATT TCCACTTCAA AAGCCTTAGA TTTATTCCAT TACCCTAAAT TTTTCCAATC CATTGCAGAC GCTAACTTGG ATTATGACCT TATCTCTAAG CAAGGCGTGT TGAAAGCCAA TCTCAAGAAC GCAAGATTCC TCAAAAATGC ATTCAGCGAT TTCCTCTATT CCATTTCTCG TTTTGATATT ACTAAAGAAA TTTATCACGA TGCCAATCTA GTAAGCCAAA TCAACCAGCA ACGCCTGCTC TCTGATTTGA GTTTAAAAAG CCCCAAAACC CAATTGAAAA TCCATAACGG CTTGTTGGAT TTAAACACCA AGCAAATGGA CATACTCATG GATGCGGAAA TCTTAAAATT CATCTTTAAA ATGAAACTTC AAGGCAGCAT GCACCAGCCA AAATTTTCCC TCATTTTAAA CGAAAAAGCC ATTCAGCAAA ACCTGCAACA AGGCTTGAAA GAAATCCTTA AAAACGACAC CCTTAAAAAA GGTTTAGATC ATTTGCTTAA AGATGATAAA CTCAAAGAAA AGCTTGAAAA AGGGCTTAAG GGGCTTTTT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1569 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:97:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 897 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·
168
(ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...897 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:97:
TTAGTTATAA TATCGCTACT AACAACACTC AAGCTAAAAT CCATTAAGGA AATCAGTATT 60 AAAAAATTTA TTCTATCTTC TCTTGTTTTC GCATGTATCA ATACCGGCGT TGAAGCTTTA 120 GAAAATGACG GCTCTAAACC AAACGATTTG GCTTCTCCAA AAGAAACCCC AAAAGAGGCT 180 CAAAAAAATG AAGCTCAAAA CGAAACCTCT CAATCCAATC AAACGCCTAA AGAAATGAAA 240 GTCAAGTCCA TTTCTTATGT CGGGCTTTCT TACATGTCTG ACATGCTCGC TAATGAAATT 300 GCAAAGATTC GCGTGGGCGA TATGGTGGAT TCTAAAAAAA TAGACACCGC TGTTTTAGCT 360 TTGTTCAACC AAGGGTATTT TAAAGACGTT TATGCCACTT TTGAAAACGG CATTTTAGAG 420 TTTCATTTTG ATGAAAAAGC CAGGATTGCC GGGGTAGAAA TCAAGGGTTA TGGGACTGAA 480 AAGGAAAAAG ACGGCTTAAA ATCCCAAATG GGGATCAAAA AGGGCGACAC CTTTGATGAG 540 CAAAAATTAG AGCATGCTAA AACGGCTTTA AAAACGGCTT TAGAGGGGCA GGGCTATTAT 600 GGGAGCGTGG TGGAGGTGCG CACAGAAAAG GTCAGTGAGG GAGCGTTATT GATCGTGTTT 660 GATGTGAATA GGGGGGACAG TATTTATATC AAACAATCCA TTTATGAGGG AAGCGATAAA 72 0 TTAAAACGCC GTGTGATTGA ATCTTTGAGC GCGAACAAGC AGCGCGATTT CATGGGCTGG 780 ATGTGGGGCT TGAATGACGG GAAATTGCGC TTAGATCAAT TAGAATACGA TTCTTTGCGT 840 ATCCAAGATG TGTATATGCG TAGGGGTTAC TTAGACGCTC ATATTTCTTC GCCTTTT 897 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:107:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 294 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...294 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:107:
CAGCGTCTAT ACCTAGGAAA ATTAAACGCT AAAGTGAATC ACACGATTTT CCAATTTTTA 60 GTGAATGTGG GCATTAGAAC CAATATTTTT GAACACCATG GCATTGAGTT TGGTATCAAA 120 ATCCCCACGC TCCCTAATTA CTTTTTCAAA GGTTCTACTA CTATAAGAGC GAAAAAACAA 180 GGCCCACTAG AGAATGGGAA CCCGACTACT ATCACCGGAG CAGAAACCAA TTTCAGCTTA 240 ACCCAAACCT TACGCCGTCA GTATTCTATG TATTTGCGTT ATGTTTATAC TTTT 294
169
INFORMACE PRO SEQ ID NO:111: | ||
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 501 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: i | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacte |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .501 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:11 |
GGCCGAGCTT TTATGATGCG AGAGATCCTT ACTAACCGCT TTTTCCCAAG CCTTTTTAAA 60 AAAAGGCTTG ATTTTTCTAA CAGAGTGGTT TTAGGGCTGG GATCTAATCT TAAAAACCCT 120 TTAAAAATAT TAAAAAGTTG TTTTTTATAT TTTAAAAATC ATAGTAAAAT CGGGAAAATT 180 TTTTCTTCAC CCATTTATAT CAATCCGCCT TTTGGTTACA CTAATCAACC TAACTTTTAT 240 AACGCTACGA TTATCCTTAA AACATCTTTA GGTTTGCGCC ATTTTTTTGC TCTAGTGTTT 300 TATATAGAAA GGCGTTTTGG GCGTGCAAGG AAGCGCGATT TTAAAGATGC TCCAAGAACT 360 TTAGATATTG ATATTATCGC TTTCAATCAA GTCATTTTGA GGCAGAATGA TTTGACTTTA 420 CCTCACCCTA AATGGAGTGA AAGAGACTCG GTGTTAGTGC CTTTAACTTT ACAACAAATC 480 CTTTTTAAAA GAGAAGAGTG G 501 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:115:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 297 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...297 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:115:
TACCAATACA TCCAACAAGG CGGGGGCTTT GGGGTGAATG TCGGGCGCAC GCTGGGTAAT 60 AGAACCCATG TGAGCTTAGG GTATAACCTG AATGTTACCA AACTCCTTGG TTTCAGCAGC 120 CCCTTATACA ACCGCTACTA TTCCTCTGTT AATGAAGTGG CCTCTCCAAG GCAATGTTCC 180 ACACCCGCAT CGGTGATTAT CAACCGCTTA TCAGGCGGTA GAACTCCATT GGTTCCTGAA 240 AGCTGTTCTA GTCCTGGAGC GATCACCATC TTCACCAGAA ATAAAAGGTA TTTGGGA 297 • w · · • · · • · · · • · ·
• · ·
170 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:123:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1938 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1938 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:123:
TCGAATTACA ACAACCTAAA CACTCTTGTA TCGCTGTCCT CCGATCCGAG TGCTGTCAAC 60
GACGCAAGGG ATAATCTAGG CTCAAGCGCT AGGAATTTGC TAGATGTCAA AGCCAATTCC 120
CCCGCCTATC AAGCGGTGCT TTTAGCATTG AACGCTGCAG TGGGCTTGTG GCAAGTTACA 180
AGCTATGCCT TTACCGCTTG TGGTCCTGGT AGCAATGAGA ACGCGAATGG AGGTATCCAA 240
ACCTTTAATA ATGTGCCAGG ACAAAACACG ACGACCATCA CTTGTAATTC GTATTATGAG 300
CCAGGACATG GCGGGCCAAT ATCCACTGAA AATTATGCGA TCATCAACAA GGCTTATCAA 360
ATCATTCAAA AGGCTTTGAC AGCCAATGGA GAAGGGATCC CAGTTTTAAG CAACACCACT 420
ACAAAACTTG ATTTCACTAT CAATGGAGAC AAAAGAACGG GTGGCGAACC AAATAAAAAA 480
TTAGTATACC CATGGAGTCA TGGGAAAGCT ATTTCAACCT CGTGGAATGC AACCATAACA 540
GTACCAACAA CAGAAAATAT CAATACAACC AATAGCGCTC AAGAGCTTTT AAAACAAGCG 600
AGCATCATTA TCACTACCCT GAATAGTGCA TGCCCAAACT TCCAAAATGG TGGTAGCGGT 660
TATTGGGCAG GGATAAGTGG CAATGGGACA ATGTGTGGGA TGTTTAAGAA TGAAATCAGC 720
GCTATCCAAG GCATGATCGC TAACGCGCAA GAAGCTGTCG CGCAAGCCAA AATCGTTAGT 780
GAAAACACGC AAAATCAAAA CAGCCTAGAC GCTGGAAAAC CATTCAACCC CTACACAGAC 840
GCTAGTTTTG CTGAAAGCAT GCTCAAAAAC GCGCAAGCCC AAGCGGAGAT TTTAAACCAA 900
GCCGAACAAG TGGTGAAAAA CTTTGAAAAA ATCCCTACAG CCTTTGTAAA TGACTCTTTA 960
GGGGTGTGTT ATGAAGTGCA AGGAGGTGAG CGTCGTGGCA CCAATCCGGG TCAGACGACT 1020
TCTAACACTT GGGGGGCAGG CTGTGCGTAT GTAGGACAAA CGATAACAAA TCTTAAAAAC 1080
AGCATCGCCC ATTTTGGCAC TCAAGAGCAG CAGATACAGC AAGCCGAAAA CATCGCTGAC 1140
ACTCTGGTGA ATTTCAAATC TAGATACAGC GAATTGGGCA ACACTTATAA CAGCATCACC 12 00
ACTGCGCTCT CTAATATCCC TAACGCGCAA AGCTTGCAAA ATGCGGTGAG TAAAAAGAAT 1260
AACCCCTATA GCCCGCAAGG CATAGACACC AATTACTACC TCAATCAAAA CTCTTACAAC 132 0
CAAATCCAAA CCATCAACCA AGAACTCGGG CGTAACCCCT TTAGGAAAGT GGGGATTGTT 1380
AGTTCTCAAA CCAATAATGG CGCGATGAAT GGGATCGGTA TTCAGGTGGG TTACAAACAA 144 0
TTCTTTGGCC AAAAAAGAAA ATGGGGCGCT AGGTATTACG GCTTTTTTGA TTACAACCAT 1500
GCGTTCATTA AATCCAGCTT CTTCAACTCG GCTTCTGACG TGTGGACTTA TGGCTTTGGA 1560
GCGGACGCTC TTTATAATTT CATCAACGAT AAAGCCACCA ATTTCTTAGG CAAAAACAAC 1620
AAGCTTTCTG TGGGGCTTTT TGGGGGTATT GCATTAGCCG GGACTTCATG GCTTAATTCT 1680
GAGTATGTGA ATTTAGCCAC CATGAATAAC GTCTATAACG CTAAAATGAA CGTGGCGAAT 1740
TTCCAATTCT TATTCAACAT GGGAGTGAGG ATGAATTTAG CCAGGCCTAA GAAAAAAGAC 1800
AGCGATCATG CGGCTCAGCA TGGGATTGAG TTAGGGCTTA AAATCCCCAC CATCAACACG 1860
AACTACTATT CCTTTATGGG GGCTGAACTC AAATACCGAA GGCTCTATAG CGTGTATTTG 1920 AATTACGTGT TCGCTTAC 1938 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:130:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 798 párů bází
474 «·«« ·· * ·· ·· » · • · · • · » • · · ··· ·« ·· • » «·
(ii) | (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) TOPOLOGIE: DRUH MOLEKULY: | kružnicová genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .798 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:130 |
TTGTTGGCGC GCACCATACT TGATTTTAGA GGCAGCCTTA GTAATTTAAA CAACACTTAT AACAGCATCA CCACGACCGC TTCAAACACG CCTAATTCCC CATTCCTTAA AAATTTGATA AGCCAATCCA CTAACCCTAA TAACCCCGGG GGCTTACAGG CCGTTTATCA AGTCAACCAA AGCGCTTATT CGCAATTATT AAGCGCCACG CAAGAATTAG GGCATAACCC TTTCAGACGC GTTGGATTAA TCAGCTCTCA AACCAACAAT GGTGCCATGA ATGGGATCGG TGTGCAAGTG GGCTACAAAC AATTTTTTGG TGAAAAGAGA AGGTGGGGGT TAAGGTATTA CGGCTTTTTT GACTATAACC ATGCTTATAT CAAATCTAGC TTTTTCAATT CGGCTTCTGA TGTGTTCACT TATGGGGTAG GGACAGATGT CCTCTATAAC TTTATCAATG ATAAAACCAC CAAAAACAGC AAGATTTCTT TTGGGGTGTT TGGGGGGATT GCGTTAGCTG GCACTTCATG GCTGAATTCC CAGTATGTGA ATTTAGCGAC CTTCAATAAT TTCTATAGCG CTAAAATGAA TGTGGCGAAT TTCCAATTCT TGTTCAATTT AGGCTTGAGA ATGAACCTCG CTAAGAATAA GAAAAAAGAC AGCGATCATG CGGCTCAGCA TGGCGTGGAA TTGGGCGTGA AAATCCCTAC CATTAACACC AATTATTATT cttttctagg cactaagcta gaatacagaa gactctatag cgtgtatctc AATTATGTGT TTGCGTAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:141:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 783 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...783 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:141:
GAATTGATTT TAAAGAAAAA GAAAGAAAGG AATTTAATGA AAAAAGGTAG TTTAGCAATC GTTTTAGGAT CGTTACTAGC AAGTGGGACG TTTTATACGG CTCTAGCTGA TGGAATGCCT ATGAAGCAAC AGCACAATAA CATGGGTGAG TCTGTGGAGT TGCATTTCCA CTATCCTATT AAAGGCAAAC AAGAGCCTAA AAATAACCAT TTAGTTGTCT TAATCGATCC TAAGATAGAG GCTAATAAAG TTATCCCTGA AAATTATCAA AAAGAATTTG AGAAGTCTTT GTTCCTCCAA
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
798
120
180
240
300 • ·
• ·
CTGAGTAATT TTTTAGAGAG AAAGGGCTAT AGCGTTTCGC AATTTAAAGA TGTTAGCGAA 360 ATCCCTCAAG ACATCAAAGA AAAAGCGTTG CTCGTTTTAC GCATGGATGG GAATGTGGCT 420 ATCTTGGAAG ATATTGTAGA AGAGAGCGAT GCGCTCAGTG AAGAAAAAGT GATAGACATG 480 TCTTCAGGGT ATTTGAATCT GAATTTTGTT GAGCCAAAAA GTGAAGACAT TATCCATAGT 540 TTTGGTATTG ATGTTTCAAA GATTAAGGCT GTGATTGAAA GGGTGGAATT GCGGCGTACC 600 AATTCTGGAG GTTTTGTCCC CAAAACTTTT GTGCATAGGA TCAAGGAAAC CGACCATGAC 660 AGAGCCATTA AAAAGATCAT GAATCAAGCC TATCACAAAG TGATGGCGCA TATCACCAAA 720 GAATTAAGCA AAAAACACAT GGAACGTTAT GAAAAAGTTT CTAGTGAAAT GAAAAAG CGA 780 AAG 783 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:145:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 651 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...651 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:145:
AGGAGATGTT GTAGGAGGGA AGACACGAAG AGATATGTGA TAGAAGTGGT TATATCTTTA 60 AGCACAATGA CAAGTTTATT GTCAGCAGAG ACCCCTAAGC AAGAAAAGGC TATTAAGACT 120 AGCCCTACCA AAAAAGGTGA AAGAAATGCT GCTTTTATAG GGATTGATTA CCAGTTGGGT 180 ATGCTCAGCA CTACCGCTCA AAATTGTTCC CATGGGAATT GCAATGGTAA TCAAAGTGGG 240 GCTTACGGCT CTAATACGCC TAACATGCCT ACAGCGTCAA ACCCAACAGG AGGCCTTACT 300 CATGGCGCTC TAGGGACTCG TGGGTATAAA GGCTTAAGCA ACCAACAATA CGCTATCAAT 360 GGTTTTGGGT TTGTTGTAGG GTATAAGCAT TTTTTTAAGA AAGCCCCACA ATTTGGAATG 420 CGTTATTACG GATTCTTTGA TTTTGCAAGC TCTTATTATA AGTACTACAC TTATAATGAT 480 TATGGCATGA GAGACGCTCG CAAGGGTTCT CAAAGTTTCA TGTTTGGCTA TGGGGCTGGC 540 ACAGATGTGT TGTTTAACCC AGCTATTTTC AATCGTGAGA AACTTGCATT TGGGGTTTTT 600 CTTGGGCGTT GCGATTGGTG GCACCTCTTG GGGTCCAACA AACTATTATT T 651 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:161:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 192 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
• · • ·
173 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...192 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:161:
CCAAATGAAG CGAGCGCGGC TGTTAATGTG GGCTATAAGA TCAGTAAGAG TTTGACAGCG 60 AGCGTGAAAT TAGAATATTT GGGCGTGATG ACGCATTCAG GCTTTACGGT AGGGAGTTAC 120 AGACCCACGC CCGGCTCTAA AGCACTTTAT TCAGACAGGA GCCATCTAAT GACAACCCTT 180 AGCGCCAAAG TC 192 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:163:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 438 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...438 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:163:
GTGCAAGCGT TTGATTATAA AATTGAAGTT TTGGCAGAGT CCTTTTCTAA AGTTGGCTTT 60 AATAAAAAAA AGATTGACAT AGCTAGGGGG ATTTATCCTA CAGAGACTTT TGTAACCGCT 120 GTGGGTCAGG GCAATATTTA TGCGGATTTT TTATCCAAAA GCCTTAAAGA TCAAGGGCAT 180 GTTTTAGAGG GAAAAGTCGG CGGCACAATC GGTGGGATTG CTTATGACAG CACGAAATTC 240 AATCAAGGCG GATCGGTTAT TTATAATTAT ATCGGTTATT GGGATGGCTA TTTAGGGGGT 300 AAAAGGGCCT TGCTTGATGG CACGAGTATC CATGAGTGCG CGCTTGGCTC TGATGGCAAG 360 GTGATTGATT CTATAGCGTG CGGGAACGCT AGAGCCAATA AAATCCGCCG TAATTACTTG 420 ATGAATACCC CCTTCTCA 438 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:164:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 741 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • ·
174 (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...741 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:164:
TTCCGCTATA AGGATATATT TGCGGCTAAA GGGGGGCGTT ATCAATCCAA TGCTCCTTAT 60 ATGAGCTCTT ATACGCAAGG CTTTGAAATC AGCGCTAAAA TCAAGGATAA AAATGAGGGG 120 AGCCATAAAT TATGGTGGTT TAGCTCATGG GGTAGGGCGT TCGCTTATGG GGAGTGGATT 180 TATGATTTTT ACTCTCCAAG AACCGTGATT AAAAACGGGC GCACTCTAAA TTATGGTATC 240 CATTTAGTGG ATTACACTTA CGAAAGGAAA GGGGTTAGCG TCAGCCCCTT TTTCCAGTTT 300 TCGCCCGGGA CTTATTATAG CCCTGGGGTG GCTGTAGGCT ATGATAGTAA CCCTAATTTT 360 AATGGCGTGG GCTTTAGATC CGAAACGAAG GCTTATATTT TGCTCCCTGT CCATGCCCCC 420 CTTAAAAGGG ATACTTATCG TTACGCTGTG AAAGCTGGCA CCGCTGGGCA AAGCCTGCTC 480 ATTAGGCAAC GATTTGATTA CAATGAATTT AACTTTGGGG GAGCGTTTTA TAAAGTATGG 54 0 AAAAACGCAA ACGCTTACAT AGGCACGACA GGAAACCCTC TAGGCATTGA TTTTTGGACC 600 AATAGCGTTT ATGATATAGG GCAAGCCTTA AGCCATGTGG TAACCGCTGA TGCCGTCTCT 660 GGTTGGGTTT TTGGTGGAGG CGTGCATAAA AAATGGCTGT GGGGGACTTT GTGGCGTTGG 720 ACTAGCGGCG CTTTAGCCAA A 741 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:169:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 969 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...969 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:169:
TGGCTTCAAT CAAGGTGTTT TAGGGATAGC GCCTTTTGCC TTAGTTCCGA AAAATTGTTC 60 GGTAAAAATT TGAATAAAGT GGTCATTTTG GCATTAAGAG ACATTATCCA TGAATATGGG 120 CATACTTTAG GCTATACCCA TAACGGGAAC ATGACTTATC AAAGGGTGCG TTTATGCCAA 180 GAAGGAAACG GGCCAGAGGC ACGCTGTGAG GGCGGGCATG AAGTGGAGAA AAACGGCAAA 240 GAAGAGCTAG AATTCAGTAA TGGGCATGAA GTGCGAGACC ATGATGGTTA CACCTATGAT 300 GTTTGCTCTC GTTTTGGCGG CAAAAATCAG CCCGCTTTCC CTAGCAATTA CCCCAATTCC 360 ATCTATACCA ATTGCGCTCA AGTCCCCGCT GGGCTTATAG GGGTTACTAC CGCTGTTTGG 420 CAACAGCTCA TCAATCAAAA CGCCCTGCCC ATTAATTTCG CTAACCTAAA TAGCCAAACC 480 AGCCATTTAA ACGCCGGGTT GAATGCGCAA AATTTTGCAA CCTCTATGGT CAGCGCGATC 540 GCGCAAAATT TTTCCACCAC TTCCACTACC ACTTACCGCT CTTCAAGTAA GAATTTTAGA 600 AGCCCTATTT TAGGGGTTAA TGTTAAAATA GGCTACCAAC ATTATTTCAA TGACTACATC 660 GGGTTAGCCT ATTACGGCAT TATCCAATAC AACTACGCTC AAGCTAACGA TGAAAAAATC 720 CAGCAATTAA GCTATGGTGG GGGAATGGAT GTGCTGTTTG ATTTCATCAC CACTTACACC 780 AATAAAAAGC AAGACCATCC AACTAAAAAG GTTTTTGCTT CCTCTTTTGG GGTGTTTGGG 840 GGGTTAAGGG GCTTATACAA TAGCTACTAT GTCTTCAATC AAGTCAAAGG AAGCGGTAAT 900 TTAGATATAG TAACCGGGTT TAATTACCGC TACAAGCATT CTAAATATTC CATAGCGTTA 960 GCGTTCCTT 969
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:173:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 624 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...624 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:173:
CCCAGAGACC ACACTTATAG CTTAGAAGAC AGCACGCCTC ATGGCTCTTT GTTAGGGAGG 60 AATGGCGTTA CTTTAAATAT CCGCCAGGTT TTTTGGTGGG ATAATTTCAA CTGGTCCATT 120 GGCTTTTATA ACACCTTTGG CAATTCAGAC GCTTTTTTAG GCTCTCACAC CATGCCAAGG 18 0 GGGAATAACA CTTCCTATAT CAGTAATGAA ATCTCAGTAA CGACTAGGCA TGCCGGAATG 24 0 ATCGGCTATG ATTTTTGGGA TAATACGGCT TATGATGGGC TGGCTGATGC GATCACTAAC 300 GCGAACACTT TCACTTTTTA CACTTCGGTT GGAGGGATCC ATAAGCGTTT TGCATGGCAT 360 GTTTTTGGGC GCGTCTCTCA TGCGAATAAA AATGCGTTAG GGCAAGTGGG GAGGGCTAAT 420 GAATATTCCT TGCAATTCAA TGCGAGCTAT GCGTCCACTG AATCGGTTCT CCTTAACTTT 480 AGGATCACTT ATTATGGGGC TAGGATCAAT AAAGGGTATC AAGCAGGGTA TTTTGGAGCG 540 CCCAAATTCA ATAACCCGGA TGGCGATTTT AGCGCTAATT ACCAAGACAG AAGTTACATG 60 0 ATGACCAACC TCACGCTGAA GTTT 62 4 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:179:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 315 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...315 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:179:
ACCAAAAAGT TAAACAATAC TCTATTCAAT AAAGGATTAA TTATTTTTAA AATGTTTAAA 60 • · • ·
176
• · · · ·
AAAATCATTT TTTTGTGCGT TTTTTTGATA GGGGGATTTG TCATTCCACC CCTTGAAGCC 120 ATGCCTATTT TGCGCAATAA AACCCCCAAA AAAAATTACC AAGAAGCCCA TGAAAAGCTC 180 TATAGAAGCA TCATTAACCG CCAAAAGCTC ACGCGTAAAA AAAGCGGGTG GTATTTTTTA 240 GGGGGGGTTG GCGCTGTAGA AGCCATTAAG GACTATCAAG GCAAGGAAAT GAAAGATTGG 300
ATGCCACGCT CAATT
315 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:184:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 852 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (ví) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...852 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:184:'
AATTTCAATC AAAGGGCTTT TTTGAAACGA GCGTTATGGT TAATTTTAGG GCTTTTTTAC 60
GCGCTTAATG CAGAGAGCTT TAAAGATGTT TTGACTAAAG GGGATTACAC TTTTTTTAAT 120
AAAAAGGTGG TTTCGCCTAT CAAACGCTAT GCGGATAGAT CGGCGTTTTA TCTGGGGCTT 180
GGGTATCAAT TAGGGAGCAT TCAGCACAAC TCTAGCAACT TGAATTTATC CCAACGATTT 240
AATAAGAGTC AGATTATTTT CAGCGATAGT CTAAGCCCTG TTTTTAAAAA TTCGTATGTG 300
TCTAATGGTC TTGGCGTTCA AGTGGGCTAT AAGTGGGTGG GTAAGCATGA AGAGACGAAA 360
TGGTTTGGCT TCAGGTGGGG GCTGTTTTAT GATTTGAGCG CTTCTCTTTA TGGCTCTCAA 420
GAATCGCAGT CTATCATCAT TTCCACTTAC GGCACTTATA TGGATTTATT GCTTAACGCT 480
TATAATGGGG ATAAGTTTTT TGCCGGGTTC AATCTGGGGA TCGCTTTTGC TGGAGTGTAT 540
GACAGATTGA GCGATGCGTT ATTGTATCAA ACTCTTCTTC AAAACACTTT TGGCGGGAAA 600
GTGAATTTAA ACGGCTTCCA GTTTTTGGTG GATTTAGGGG TTCGTTTAGG GAATGAACAC 660
AACCAATTTG GCTTTGGGAT TAAAATCCCT ACTTATTATT TTAACCATTA TTATTCCATG 720
AATAACATTA GCAATAATAG TGAAAATGTC TTAAAAGTTT TACGATTTTT AGAATACGGG 780
ATCAACAGCT TGTTGTATCA AGTTGATTTC AGGCGCAATT ACTCGGTTTA TTTCAACTAC 840
ACTTATAGTT TT 852 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:185:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 198 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • · ·
177 (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...198 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:185:
AAAATGCACA CGAGTTTTTT CCAAATCCCT TTGAATTTTG GGGTTCGTGT GAATGTGGAT AGGCACAATG GCTTTGAAAT GGGCTTAAAG ATCCCTTTAG CGGTCAATTC CTTTTATGAA ACGCATGGCA AGGGGTTAAA CGCTTCCCTC TTTTTCAAAC GCCTTGTCAT GTTTAACGTG AGTTATGTTT ATAGTTTT
120
180
198 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:187:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 579 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...579 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:187:
CGCTACCACC
CATGTGGCAA
CATTTAGAAA
GGTAGCGGAA
CTATCTAGCA
AACCAAAACC
ATCAATCAAA
AATTATTATT
GCTGAAAACC
CATGTGAATG
ACTTCTCCGG
GTCATAGCCT
ATGGGGGCGT
CGACCACCAC
GCGAATACCA
AAGGAGGCGG
CTTTCACAAA
CAGGCGGTTC
TTTTGCAACA
GTGGTGGTGG
CCTATCAAGC
TTGGCATCAG
TCGATCGTTT
CACTTGTAAT
GGTTCTCAAT
GATGCCTGCC
AAACCCTACC
ATCAATCCCA
AGCCGCTACT
GGTCATGGGG
TGTGGCTTTA
CTGTGGCCCT
GACAACACGC
GGAGCCAGTA
ACCGCTTATC
TTGAATAGCT
ACAGAATACA
ATCCAGCTAA
ATCATCAATG
GTTTGGCGG
GCGCTCAATG
GGCCCAATCT
CAAACTACAG
ATGTAGGGCC
AAACTATCCA
CCAAAAATAT
CTTACCCCGA
AGATTAGTAG
TCCTTACCAC
CGGCTGTGGG
TGGCCCAGAA
CTACAACACC
CAATGGTATC
AACCGCTTTA
GGTAGTCAAT
TGGGAATGGC
CGTCAATGAC
CCAAAACCCG
120
180
240
300
360
420
480
540
579 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:188:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1254 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
• ·
178 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1254 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:188:
ATGGTGGTGG TGGGGTCATG GGGGTTTGGC GGTAAGACCG GGAATGTGAT GGATATTTTT 60 GGCGATAGTT TTAACGCTAT TAACGAAATG ATCAAAAACG CTCAAGCCGT TTTAGAAAAA 120 ACCCAACAGC TTAACGCTAA TGAAAACACC CAAATCACGC AACCAGACAA TTTCAACCCC 180 TACACTTCTA AAGACACGCA GTTCGCTCAA GAAATGCTCA ATAGAGCTAA CGCTCAAGCA 24 0 GAGATTTTGA GCTTAGCCCA ACAAGTAGCG GACAATTTCC ACAGCATTCA AGGGCCTATC 300 CAACAAGATC TAGAAGAATG CACCGCAGGA TCAGCCGGTG TGATTAACGA CAACACTTAT 360 GGTTCAGGTT GCGCGTTTGT GAAAGAGACT CTCAATTCCT TAGAGCAACA CACCGCTTAT 420 TATGGCAACC AGGTCAATCA GGATAGGGCT TTGTCTCAAA CCATTTTGAA TTTTAAAGAA 480 GCCCTTAGCA CTTTAGGGAA CGACTCAAAA GCGATCAATA GCGGTATCTC TAACTTGCCT 540 AACGCTAAGT CCCTTCAAAA CATGACGCAT GCCACTCAAA ACCCTAATTC CCCAGAAGGT 600 TTGCTCACTT ATTCTTTGGA TACCAGCAAA TACAACCAGC TCCAAACTGT TGCGCAAGAA 660 TTAGGCAAAA ACCCCTTTAG GCGCATCGGC GTGATTAACT ATCAAAACAA TAACGGGGCG 720 ATGAACGGCA TCGGCGTGCA AGCGGGCTAT AAGCAATTCT TTGGCAAAAA AAGGAATTGG 780 GGGTTAAGGT ATTATGGTTT CTTTGATTAT AACCATGCTT ATATCAAATC TAATTTTTTT 840 AACTCGGCTT CTGATGTGTG GACTTATGGG GTGGGTATGG ACGCGCTTTA TAACTTCATC 900 AACGATAAAA ACACCAACTT TTTAGGCAAA AATAACAAGC TTTCTGTGGG GCTTTTTGGT 960 GGCTTTGCGT TAGCCGGGAC TTCGTGGCTT AATTCCCAAC AAGTGAATTT GACCATGATG 1020 AATGGCATTT ATAACGCTAA TGTCAGCGCT TCTAACTTCC AATTTTTGTT TGATTTAGGC 1080 TTGAGAATGA ACCTCGCTAG GCCCAAGAAA AAAGACAGCG ATCATGCCGC TCAGCATGGC 1140 ATGGAATTGG GCGTGAAAAT CCCCACCATT AACACGGATT ATTATTCTTT CATGGGGGCT 1200 GAACTCAAAT ACAGAAGGCT CTATAGCGTG TATCTCAATT ATGTGTTTGC TTAC 1254 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:192:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 345 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...345 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:192:
ACGGGAGCAA TCATGTTATC TTCTAATGAT TTGTTTATGG TCGTTTTAGG GGCGATTTTA 60 TTGGTGTTGG TGTGCTTGGT GGGGTATTTG TATCTTAAAG AAAAAGAGTT TTACCATAAA 120 ATGAGGCGTT TAGAAAAAAC TTTAGATGAA TCCTATCAAG AAAATTATCT CTATTCTAAG 180 CGTTTGAGAG AATTAGAGGG GCGTTTGGAA GGCCTTTCTT TAGAAAAAAG CGCTAAAGAG 240 GACAGCTCAT TAAAAACGAC TCTTTCGCAC CTTTATAACC AGTTGCAAGA AATCCAAAAA 300 TCCATGGATA AAGAGCGCGA TTACTTAGAA GAAAAAATCA TTACT 345 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:199:
179 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 399 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...399 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:199:
GCTTTAGAGA AGAATGGGAC TGCTACTGCT AATAGCACTA GTAGCACTAG CGGTGCGACT 60 GGTTCAGATG GTCAAACTTA CTCTCAACAA GCTATTCAAT ACCTTCAAGG CCAACAAAAT 120 ATCTTAAATA ACGCAGCGAA CTTGCTCAAG CAAGATGAAT TGCTCCTAGA AGCTTTCAAC 180 TCTGCCGTAG CTGCTAACAT TGGGAATAAG GAATTCAATT CAGCCGCTTT TACAGGTTTG 240 GTGCAAGGCA TTATTGATCA ATCTCAATTG GTTTATAACG AGCTCACTAA AAACACCATT 300 AGCGGGAGCG CGGTTAATAA CGCTGGGATA AACTCCAACC AAGCTAACGC GTGCAAGGGC 360 GTGCTAGTTA GCTCCCTAAC GCTCTTTACA ACGTGCAAG 399 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:210:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 204 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...204 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:210:
AGAGCGCGAT TACTTAGAAG AAAAAATCAT TACTTAGAAA ACAAATTTAA AGACATGGGG 60 CATTATGCCG CTAGCGATGA AGTCAACGAA AAACAGGTTT TGAAAATGTA TCAAGAAGGC 120 TATAGCGTGG ATTCTATTTC TAAAGAATTT AAAGTGAGTA AGGGCGAGGT GGAATTTATA 180 TTGAACATGG CAGGGTTAAA ATGG 204 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:213:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
• ·
(A) DÉLKA: 687 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...687 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:213:
GTGAAAGGCG AGAAAAACGC TTGGTATCTG GGGATTAGCT ATCAAGTCGG TCAGGCTTCA 60 CAAAGTGTTA AAAACCCCCC CAAAAGTAGT GAATTTAACT ATCCTAAGTT CCCTGTGGGT 120 AAAACCGACT ATCTGGCCGT TATGCAAGGC TTAGGGCTTA CTGTGGGTTA TAAGCAGTTT 180 TTCGGGGAGA AAAGATGGTT TGGTGCGCGC TATTACGGCT TTATGGATTA TGGGCATGCC 240 GTGTTTGGAG CGAACGCTTT GACATCAGAT AATGGTGGGG TGTGCAAACT CAATGAGCCA 300 TGCGCGACCA AAGTAGGGAC TATGGGCAAT CTGTCTGACA TGTTCACTTA TGGTGTGGGT 360 ATTGACACTT TATACAATGT CATTAATAAG GAAGACGCGA GTTTTGGTTT CTTTTTTGGG 420 GCTCAAATCG CGGGTAACTC TTGGGGTAAT ACGACAGGGG CCTTTTTGGA AACTAAAAGC 480 CCTTATAAGC ACACCTCCTA TAGCCTTGAT CCGGCGATTT TCCAGTTCCT TTTTAATTTA 540 GGGATTCGCA CCCATATTGG TCAGCATCAA GAATTTGACT TTGGCGTGAA GATTCCTACT 600 ATCAATGTTT ATTATTTTAA CCATGGGAAC TTGAGCTTCA CTTACCGCCG TCAATACAGC 660 CTTTATGTAG GGTATCGTTA CAATTTC 687 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:215:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1095 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1095 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:215:
CGCTTTAAAC ACTTTAGGGG TGGGGGTTTT CCCCACCACA ACCTCAACGC ATGTGGTGCT 60 AAACCCACCG GACAAGTCGT ATTCTATCCA ACTAATTCCC TTTTAGGCTC TACTTCTTCA 120 AACAGCAATA ACCAACAACA ATACAACAAC ACCCTTTTAA TGAACACCTT ACAAGGGGAA 180 TTAAGCACTA ACAATCAAAA TAACCCCAAT GGTTGCGCCA ATCAAATCCA GTGTTTAGAG 240 CAATTCATCC AAAATTTAAC CCCTTTAGCC GCAACCCCCA CTTCAACTAA CCAGGCCAAC 300 • ·
181
CAGCAAGTCC AAGCCATCGC TCAAAAACTT CAAAGCGTTG CTATCAACGC TTTAGACAAC 360 AATGCGATCA ACAACACCAC CTATAATTTA AACAACTTGC ACAACGCTTT GAATTTCCAA 420 GCCTATCAAA GCACGATAGA ACAATACAAT AACGCTTTAA AGCAAATTTC GTGGATTAGT 480 TTTAGCGAGC CTAAAAACTT GCTCAAAAAC ACTTCCAATA ACTACCAAAT CGGCACGGTT 540 ACCAACGATC AAGGGCAAAA TATCAGCGCC TATGATTGCA CAAGCGCTAC CGGAAGCCTT 600 TCTAGCGATG CTTCTAGTGG GATTTCATGC TCAGCCACAA GCTCCACAAG CAACACAAAT 660 AGTTTTGACA ATTCTTTAGT CGCTACCTCC AAAGTCCAAA CCATCAACGG CAAAGAGCAG 720 ATCGGCGTGA ATTCTTTTAA TCTTGTCTCT CAAGTGTGGA GCGTTTATAA CTCTTTAAAA 780 ACTTCAGAAG AAAATTTGCA AAAAAACGCC AAAATATTAT GCAACAATGG ATCGCAATCT 840 GGGACAAGCC CATGCAATAG CTCTTCAGGG GGTTTGAGCA TCAGCGGGAA CGCCCAATTG 900 CAAAATATTT TAAGCCCTAC TAATGGGACT ACCACTAATA CTCAAGCTAA AAGCAACGCT 960 TCCAAACTAA AAGCGATGGT AATGGTGAAT AATGAAGAAG AAGCCAAAAC GACCAATTTC 102 0 AATCAAAGCA GTGGGCCAAC CACACAATCT TCTAACAGCA CGGTGATGGG AGCTTTAAAC 1080 ACCGTATTGC AAAAT 1095 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:216:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 405 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...405 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO.-216:
AACCCATTCT TCACAATCAC AGCCAAACTC CTTTCCAACA CCCAAAGCGC GTTTGATCAG 60 GGCATCGCTC TAAGCTCTAA TATCATTAGT GCAGTCAATA GCCTAAACCC TAGCAACAAC 120 TCCCAAGAAG TCAAAGCCCA GCTCCAAAAC ACCGCGCAAT CCATGACAGA ATTGTTGCAA 180 CAAATTGAAC ACAGCATCAC TAAAACCACT AGCACCACTT ACGCACAATC CTTACTCTCC 24 0 AATCTGACCG ATGCGGTGAA TGCATCTAGC AATAATACCA CTTATGTGAG CGCTCTTGTT 300 AACGCTTTAA ACACTTTAGG GGTGGGGGTT TTCCCCACCA CAACCTCAAC GCATGTGGTG 360 CTAAACCCAC CGGACAAGTC GTATTCTATC CAACTAATTC CCTTT 405
INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:217: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 273 | párů bází |
(B) | TYP: nukleová kyselina | |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) | TOPOLOGIE: | kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: < | genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·
(ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...273 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:217:
GGAAGAGGAA TGAAATTAAA AAAACGAAAA GTTGCGGCTA CATTGCTAAA GCGTTTGACC 60 TTGCCACTAT TGTTCACTAC GGGTTCATTA GGGGCGGTTA CTTATGAAGT GCATGGGGAT 120 TTTATCAACT TCTCCAAAGT GGGTTTTAAC CGTTCGCCTA TTAACCCTGT TAAAGGTATC 180 TATCCTACAG AAACTTTTGT TAACCTTACG GGTAAGCTAG AGGGGTCTGT GCATTTAGGT 240 AGGGGATGGA CCGTGAATGT AGGCGGTGTT TTG 273 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:218:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2163 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2163 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:218:
ATGGAGCAGC CAGTCATTAA AGAAGGGACT TTAGCTTTAA TTGATACCTT TGCGTATTTG 60 TTTAGAAGCT ATTACATGAG CGCTAAAAAT AAGCCTTTAA CCAACGATAA GGGCTTTCCT 120 ACAGGGCTTT TAACGGGGCT TGTGGGCATG GTTAAAAAAT TTTATAAAGA CAGAAAAAAC 180 ATGCCTTTTA TCGTGTTCGC CCTAGAAAGC CAGACTAAAA CTAAAAGAGC TGAAAAACTG 240 GGCGAATACA AACAAAATCG TAAAGACGCC CCTAAAGAGA TGCTTTTACA AATCCCTATC 300 GCCTTAGAAT GGTTGCAAAA AATGGGTTTT ACTTGCGTGG AGGTGGGAGG GTTTGAAGCC 360 GATGATGTGA TCGCAAGTTT AGCCACGCTA AGCCCTTATA AAACCCGCAT TTATTCTAAA 420 GATAAGGATT TTAACCAGCT TTTGAGCGAT AAAATCGCGC TTTTTGATGG CAAAACGGAG 480 TTTTTGGCGA AAGATTGCGT GGAAAAATAC GGGATTTTGC CGAGTCAATT CACGGATTAT 540 CAGGGCATTG TGGGGGATAG CAGCGATAAT TACAAGGGGG TTAAAGGCAT TGGGAGCAAG 600 AACGCTAAGG AATTGTTGCA GCGATTAGGG AGCTTGGAAA AAATCTATGA AAATTTAGAC 660 TTGGCGAAAA ATTTACTCAG CCCTAAAATG TATCAAGCCT TGATACAAGA CAAAGGAAGC 720 GCCTTTTTAA GCAAAGAATT AGCCACTTTA GAAAGAGGAT GCATTAAAGA ATTTGATTTT 780 TTAAGTTGCG CTTTTCCGAG CGAAAACCCC TTGTTGAAAA TCAAAGATGA ATTGAAAGAA 840 TATGGTTTCA TTTCTACCTT AAGGGATTTA GAAAATTCCC CTTTCATTGT AGAAAACGTG 900 CCCATATTAA ACAGCACGCC TATATTAGAC AATACCCCCG CCTTAGACAA CGCCCCTAAA 960 AAATCGCGCA TGATTGTTTT AGAAAGCGCT GAGCCTTTGA GCATGTTTTT AGAAAAATTA 1020 GAAAACCCTA ACGCTAGGGT TTTTATGCGT TTGGTTTTGG ATAAAGACAA AAAAATTCTA 108 0 GCCCTAGCGT TTTTATTACA AGATCAAGGC TATTTTTTAC CTTTAGAAGA GGCGTTGTTT 1140 TCGCCCTTTT CTTTGGAATT TTTACAAAAC GCTTTTTCTC AAATGTTACA GCATGCGTGT 1200 ATCATTGGGC ATGATTTAAA GCCTTTATTA AGCTTTTTAA AAGCCAAATA TCAGGTGCCT 1260 TTGGAAAATA TCCGCATCCA AGACACTCAG ATTTTAGCGT TTTTAAAGAA TCCGGAAAAA 1320 GTGGGGTTTG ATGAGGTTTT AAAGGAATAT TTAAAAGAAG ATTTAATCCC GCATGAAAAG 1380 ATCAAAGATT TTAAGACAAA AAGTAAGGCG GAAAAATCAG AACTTTTAAG CATGGAATTA 1440 AACGCCTTAA AGCGTTTGTG CGAATACTTT GAAAAAGGGG GGCTAGAAGA GGATTTGCTC 1500 ACTTTAGCTA GAGACATTGA AACGCCGTTT GTGAAAGTTT TAATGGGCAT GGAATTTCAA 1560 * ·
GGCTTTAAGA TTGATGCCGC CTTGGAAAAT ATCGTCATCG CAGGTGTTAC AAACAAACCC 1620 AATGGTGCTG GCGCTATCAC ATCCACTGGT CATGTAACCG ACTATGCGGT GTTTAACAAC 1680 ATCAAGGCGA TGCTACCTAT CTTGCAACAA GCGCTTACGC TTTCTCAAAG TAACCACACC 1740 CTATCCACTC AGTTGCAAGC TCGAGCTATG GGATCTCAAA CAAATCGTGA ATTCGCTAAA 1800 GACATCTACG CTTTAGCTCA AAACCAAAAG CAAATCCTTT CTAACGCTTC AAGTATCTTC 1860 AATCTCTTTA ATTCCATTCC TAAAGACCAA CTTAAGTATT TGGAGAACGC TTACTTGAAA 1920 GTGCCACATT TGGGTAAAAC CCCTACTAAC CCTTACAGAC AGAATGTGAA TTTGAATAAA 1980 GAAATTAATG CGGTTCAAGA CAATGTAGCT AATTATGGTA ATCGTTTGGA TTCGGCTTTA 2040 AGCGTGGCTA AAGATGTTTA TAACCTAAAA TCCAATCAAA CAGAGATCGT AACCACTTAT 2100 AACGATGCTA AGAATTTGGG CCCAGGGGTT TCTAAACTTC CCTGTCGTTG TTTGGAGAAG 2160 ATT 2163 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:220:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 975 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...975 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:220:
AAAGAAAAGG ATAACCCCTT GCAAAACTTT GTTTTTAATA AAAAATGGCT CATCTATTCT 60 AGCCTACTCC CCTTATTTTT TCTTAACCCT TTAATGGCAG AAGACGATGG GTTTTTTATG 120 GGGGTGAGTT ATCAAACTTC TTTGGCCGTT CAAAGGGTGG ATAACTCAGG GCTTAACGCC 180 AGTCAAGACG CATCCACTTA TATCCGCCAA AACGCTATCG CTCTAGAATC TGCGGCGGTG 240 CCTTTAGCCT ATTATTTAGA AGCGATGGGC CAACAAACGA GAGTCTTAAT GCAAATGCTC 300 TGCCCTGATC CTTCTAAAAG ATGTTTGCTC TATGCAGGGG GCTATCAAAA CGGACAAAAT 360 AATAACGGCG ATACAGGCAA CAACCCCCCA AGAGGCAATG TCAATGCCAC CTTTGATATG 420 CAATCTCTAG TCAATAATTT AAACAAGCTC ACCCAACTCA TCGGCGAAAC TTTAATCCGT 480 AACCCTGAAA ATCTTCCTAA CTCCAAAGTC TTTAACGTCA AATTTGGCAA TCAAAGCACT 540 GTTATTGCAT TGCCTGAGGG TCTAGCCAAT ACCATGGACG CTTTAAACAA TGACATCACC 600 AACGCTTTAA CCACGCTCTG GTATAACCAA ACCTTAACGA ATAAATCTTT TAGCACCCCT 660 AGTAACACTT CTGTGAATTT TAGCCCCCAA GTCTTGCAAC ACCTTTTACA AGACGGCTTA 720 GCCACAGCAA ATAATAATCA AACCATTTGC AGCACTCAAA ACCAATGCAC CGCCACTAAT 780 GAAGCTAAAT CTATCGCTCA AAACGCCCAA AACATCTTCC AGGCTTTAAT GCAAGCAGGG 840 ATTTTAGGGG GCTTAGCCAA TGAAAAGCAA TTTGGCTTCA CTTACAACAA AGCCCCCAAT 900 GGCGGCGATT CCCAACAAGG CTATTCAAAG CTTTGCGGCC CGGGTATTAC ACCAAAACGA 960 CAACACCACG CAAGC 975 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:221:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 840 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·
184 (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...840 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:221:
TATAACCAGA TGCAAGACGT GATCAATTAC GGGGAAAGCT TGCTTAGTAA CACCGTAGCG 60
TATGGGGATT TCATCACCAA TTGGGTCGCC CCCTATTTGG ATTTAAACAA TAAAGGTTTG 120
AATTTCTTGC CTAATTATGG GGGGCAATTG AATGGCGCTA ATAATCAAAC CCCACAATTA 180
ACCCCACAAC AAGCCCAACA AGAACAAAAA GTGATCATGA ACCAATTAGA GCAAGCCACA 24 0
AACGCCCCCA CCCCCGCGCA AATAAACAGG ATTTTAGCCA ACCCCTATTC CCCCACGGCA 300
AAAACTTTAA TGGCTTATGG GCTCTATCGC TCTAAAGCAG TGATTGGCGG AGTGATTGAT 360
GAAATGCAAA CTAAAGTGAA TCAAGTCTAT CAAATGGGCT TTGCTAGGAA TTTTTTGGAG 420
CATACACTCT ACATTCTAAT AACACTGAAC GGCTTTGGCG TGAAAATGGG CTATAAGCAA 480
TTTTTCGGCA AAAAGCGCAT GTTTGGGCTT AGGTATTATG GTTTTTATGA TTTTGGTTAC 540
GCTCAATTTG GCACAGAATC TTCTTTAGTG AAAGCCACCC TCTCTAGCTA TGGAGCGGGC 600
ACAGACTTTC TTTATAATGT TTTTACCCGA AAAAGAGGGA CTGAAGCGAT AGATATAGGT 660
TTTTTTGCCG GTATCCAACT TGCAGGGCAA ACCTGGAAAA CGAATTTTTT AGATCAAGTG 720
GATGGCAACC ATCTTAAACC TAAGGACACT TCTTTCCAAT TCCTTTTTGA TTTGGGCATA 780
ATGGACCAAA TTTTTCCAAA ATCGCTCATC TCAAAAAAGA ATCTCGTTTT TCTCAAGGGA 840
INFORMACE | PRO SEQ ID NO:222: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 405 párů bází |
(B) | TYP: nukleová kyselina |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý |
(D) | TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...405 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:222:
CAACCACACA AACAAAGAAA CATCGCCCAT CTACAACACG CGCAAGCTGT TATCACTTCA 60
GTATTGGCTT TTTGGAGTCT TTATGCAGGG AACGCTCTCA GTTTTCATGT GACCGGTTTG 120
AATGATGGAT CTAATTCTCC TTTAGGAAGA ATCCATAGAG ATGGGAACTG CACAGGATTA 18 0
CAACAATGTT TTATGAGCAA AGAAACTTAT GATAAAATGA AGACACTTGC CGAAAACCTC 240
CAAAAAGCTC AAGGCAATCT CTGTGCCTTA TCAGAATGCT CTAGCAATCA AGATAGCGGA 300
TTTCCTGTTT TGGATAGTGC AGGAAAACAA GTAACTATAA CAATAACAAC GCAAACTAAT 360
GGAGCTAATA AAAGTGAAAC TACTACTACT ACTACTACTA CTAAT 405 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:223:
185
• · • ·· t ··
« · ·· ·· • · • ··
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 372 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...372 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:223:
GGACTATCAA GGCAAGGAAA TGAAAGATTG GATGCCACGC TCAATTTAAA AACCGGCGTG 60
CAAAGTTTTT TTAAAAAATA CATCGGGATT AGGGGGGTTT TTGCATGGGA TCTTGGGTCA 120
GGAAAAGTGA ATTATCAAAG CTATAAAGAT CCTACCAACT CTTTTTTTAC CATGCTTGCG 180
GTGGGTTTGG ATGTGATCAT GGAATTTCCT CTAGGGAGTT ATAAGCATTA TTTAGGGGCG 240
TTTGGGGGAG CTAGGGGGGC TTTAGTTGTT TATACAGACA AGCAAAATTT CAAGTTTTTT 300
AAACATTCTG TGGTTTCAGG GGGATTAGCG ATTAGTGGAG GTTGGTTGAT ATTGTTGCGG 360
ACACCGCACT TC 372 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:224:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 309 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...309 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:224:
CCGGTTGGGC TCTACCCCCT TGAATCCCCT TTAATTTATG AAGAAAACCA TTTGTTACCC 60
ATGGGGTTTA TCCATTTAGC CTTTAGAGGG GGTGGGAGCT TGAGCGATAA AAACCAGTTG 120
GGTTTGGCGA AATTGTTCGC GCAAGTTTTA AACGAAGGCA CTAAAGAGCT TGGCGCGGTG 180
GGGTTTGCGC AACTTTTAGA GCAAAAAGCG ATCAGTTTGA ATGTGGATAC CAGCGCAGAA 240
GATTTGCAAA TCACTTTAGA ATTTTTAAAA GAATACGAAG ATGAAGCCAT AATGCGCTTA 300
AAAGAGCTT 309 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:225:
• ·
186
• · · · • · ·· ·« ··
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 258 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...258 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:225:
TATAGCGTGT ATATCCGCTC CAACTTTTCT AAAGTGGCGC ATTTTGCGAG CGGGTATTTG 60
CAAACCAAGC TCAGCACTCA AGCTAAAAGC GTTGCCTTAG CCAAAAAAAC AACTAAAGAA 120
TTTATAGAAA AAGGCATGAC GCAACAAGAA TTAGACGACG CTAAAAAGTT TTTACTAGGC 180
TCTGAGCCTT TAAGGAATGA AACGATCTCA AGCCGCTTGA ACACCACTTA CAATTATTTT 240
ATTTGGGTTT GCCTTTAG 258 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:238:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 396 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...396 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO.-238:
GAGACGCTCG CAAGGGTTCT CAAAGTTTCA TGTTTGGCTA TGGGGCTGGC ACAGATGTGT 60
TGTTTAACCC AGCTATTTTC AATCGTGAGA AACTTGCATT TGGGGTTTTT CTTGGGCGTT 120
GCGATTGGTG GCACCTCTTG GGGTCCAACA AACTATTATT TTAAGGACTT AGCTGAAGAG 18 0
TATAGAGGGA GTTTCCACCC ATCAAATTTC CAGGTCTTAG TTAATGGCGG GATCCGCTTA 240
GGCACTAAAC ACCAAGGTTT TGAAATTGGC TTGAAAATCC AAACCATTCG CAATAATTAC 300
TATACCGCTA GCGCGGATAA TGTGCCTGAA GGGACTACTT ATAGATTCAC TTTCCACCGC 360
CCTTACGCCT TTTATTGGCG TTACATTGTA AGCTTT 396 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:251:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 831 párů bází • ·
187 (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...831 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:251:
GTCATGAAAA CTTCTAACAC AAAAACCCCT AAACCCGTTT TAATCGCCGG GCCATGCGTC 60
ATTGAGAGTT TAGAAAATCT AAGAAGTATC GCTATTAAAT TACAACCCCT AGCCAACAAC 120
GAGCGGTTGG ATTTTTATTT TAAAGCGAAT TTTGATAATG CTAACCGCAC GAGTTTGGAA 180
AGTTACAAAG AACCTGGTTT AGAAAAAGGC TTAGAAATGT TACAAACTAT CAAAGATGAA 240
TTTGGTTATA AAATTTTAAC CGATGTGCAT GAGAGCTATC AAGCAAGCGT GGCAGCCAAG 300
GTAGCGGATA TTTTACAAAT CCCGGCGTTT TTGTGCCGCC AAACGGATCT GATTGTAGAA 360
GTGAGCCAAA CTAACGCCAT TGTCAATATC AAAAAAGGGC AATTCATGAA CCCAAAAGAC 420
ATGCAATATT CCGTTCTAAA AGCCCTTAAA ACAAGGGATA GTAGCATTCA AAGCCCCACT 480
TATGAAACAG CGTTAAAAAA TGGCGTGTGG CTGTGTGAAA GGGGGAGCAG CTTTGGGTAT 540
GGGAATTTAG TGGTGGATAT GCGCTCTTTA AAAATCATGC GAGAATTTGC CCCTGTGATT 600
TTTGACGCTA CCCATAGCGT GCAAATGCCA GGGGGAGCGA ACGGGAAAAG TTCAGGAGAC 660
AGCTCTTTTC CCCCTATTTT ACCCAGAGCG GCGGCGGCGG TGGGGATTGA TGGGCTGTTC 720
GCTGAAACGC ATATTGATCC TAAAAACGCC CTAAGCGATG GAGCAAACAT GCTAAAACCT 780
GACGAGCTAG AACACTTAGT AACCAACATG TTAAAAATCC AAAATTTATT T 831 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:254:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 750 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...750 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:254:
ATGAAAAAAG GTAGTTTAGC AATCGTTTTA GGATCGTTAC TAGCAAGTGG GACGTTTTAT 60
ACGGCTCTAG CTGATGGAAT GCCTATGAAG CAACAGCACA ATAACATGGG TGAGTCTGTG 120
GAGTTGCATT TCCACTATCC TATTAAAGGC AAACAAGAGC CTAAAAATAA CCATTTAGTT 180
GTCTTAATCG ATCCTAAGAT AGAGGCTAAT AAAGTTATCC CTGAAAATTA TCAAAAAGAA 240 • · • · • ·
188
TTTGAGAAGT CTTTGTTCCT CCAACTGAGT AATTTTTTAG AGAGAAAGGG CTATAGCGTT 300
TCGCAATTTA AAGATGTTAG CGAAATCCCT CAAGACATCA AAGAAAAAGC GTTGCTCGTT 360
TTACGCATGG ATGGGAATGT GGCTATCTTG GAAGATATTG TAGAAGAGAG CGATGCGCTC 420
AGTGAAGAAA AAGTGATAGA CATGTCTTCA GGGTATTTGA ATCTGAATTT TGTTGAGCCA 480
AAAAGTGAAG ACATTATCCA TAGTTTTGGT ATTGATGTTT CAAAGATTAA GGCTGTGATT 540
GAAAGGGTGG AATTGCGGCG TACCAATTCT GGAGGTTTTG TCCCCAAAAC TTTTGTGCAT 600
AGGATCAAGG AAACCGACCA TGACAGAGCC ATTAAAAAGA TCATGAATCA AGCCTATCAC 660
AAAGTGATGG CGCATATCAC CAAAGAATTA AGCAAAAAAC ACATGGAACG TTATGAAAAA 720
GTTTCTAGTG AAATGAAAAA GCGAAAGTAG 750 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:255:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 357 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...357 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:255:
ATGCAAAACA CCTTTAACTA CACCAACAAC GCTTTGAAAA ACAATGCTAA ATTAACCCCC 60
ACTGAAATGC AAGCCGAACA ATACTACCTC CAATCCACCC TTCAAAACAT TGAAAAAATA 120
GTCATGCTTA GCGGTGGCGT TGCGTCTAAC CCTAAACTAG TCCAAGCGTT AGAAAAAATG 180
CAAGAACCCA TTACTAACCC TTTAGAATTG GTAGAAAACT TAAAAAATTT AGAATTACAA 240
TTCAGCCAAT CTCAAAACAG CATGCTTTCT TCTTTGTCTT CTCAGATCGC TCAAATTTCA 300
AATTCTTTGA ACGCGCTTGA TCCCAGCTCT TATTCTAAAA ACGTTTCAAG CATGTAT 357
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:263:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1536 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1. . . 1536 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:263:
• · • ·
189
• · · · • · • « · ·
ATGAAAAAAC TTCTTTATAC CATGCTCGCG CTTCTTTTAA TCGGCCTTTT AACGGCCTAT
CTTATCCTTT TTACAGAATG GGGGAATAAG ATCATCGCTT CGTATATAGA GAAAAAAATC 120
AATCCGAACG AGCGTTATTT GAGCGTTAAA ACCTTTAAAT TGAGATTCAA CTCTTTGGAT 180
TTCAAAGCTC AAGCCAACGA TGATTCCACG CTCATTCTTA AGGGGGATTT CTCGCTTTTA 240
ACGCAAAGCG TAAATTTGGA TTACCACATA GACATTAAAA ATTTACGCTC TTTTAAGGAT 300
TTGATACCCT ACCCCTTAAG AGGGGCTATT GTTACTTCTG GGAATATCAA AGGGCATAGA 360
AAAGCCCTTG TAGTTCAAGG CGTCTCCAAT GTCGCTCAAT CCCACACTGC CTACAACGCC 420
CTTTTAGATG ATTTCAAGCT TTCTCACTTA AGTTTGAACG CAAAAGACGC CAATTTAGAA 480
GATTTGCTTT ATTTAATCAA CCGCCCCGCT TATGCGAACG CAAAAGTGTC CTTACAAGCG 540
GATTTTAACT CTCTAAAGCC cttagaaggg CATTTGATCC TAACAGCTAA TAACGCTTTA 600
ATCAATAACG CCCTAATCAA TCAAATCTTT CATTTAAACC TTAAAGACAC GCTCGTTTTC 660
AACCTCTCGC ACTCAAGCGA TTTTAAAGGA AACAAAGCCA TCAGCGATAC CACCCTAACT 720
AGCCCTTTAG TTAATTTCAC AGCCCTAAAA AGCGAATATT CTTTCCCTGC TTTAAAACTC 780
AACGCCCCCT ACACTTTAGA AATACCCCAT CTAGCCAAAC TCCAAAACAT TACCAACCAC 840
CCCTTAAAAG GGAGCTTGAC TTTAAAAGGC GATATAGAGC AAAGCCCTAA ACTCTTAAAA 900
GTCAGTGGCC ATTCAAATTT ACTAGACGGC GCGCTAGACT TCACGCTTTT AAATAAAGAT 960
TTGAAAGCCC GTTTTTCCAA TATTTCCACT TCAAAAGCCT TAGATTTATT CCATTACCCT 1020
AAATTTTTCC AATCCATTGC AGACGCTAAC TTGGATTATG ACCTTATCTC TAAGCAAGGC 1080
GTGTTGAAAG CCAATCTCAA GAACGCAAGA TTCCTCAAAA ATGCATTCAG CGATTTCCTC 1140
TATTCCATTT CTCGTTTTGA TATTACTAAA GAAATTTATC ACGATGCCAA TCTAGTAAGC 12 00
CAAATCAACC AGCAACGCCT GCTCTCTGAT TTGAGTTTAA AAAGCCCCAA AACCCAATTG 12 60
AAAATCCATA ACGGCTTGTT GGATTTAAAC ACCAAGCAAA TGGACATACT CATGGATGCG 1320
GAAATCTTAA AATTCATCTT TAAAATGAAA CTTCAAGGCA GCATGCACCA GCCAAAATTT 138 0
TCCCTCATTT TAAACGAAAA AGCCATTCAG CAAAACCTGC AACAAGGCTT GAAAGAAATC 144 0
CTTAAAAACG ACACCCTTAA AAAAGGTTTA GATCATTTGC TTAAAGATGA TAAACTCAAA 1500
GAAAAGCTTG AAAAAGGGCT TAAGGGGCTT TTTTAA 1536 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:267:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 336 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...336 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:267:
ATGAAACCAA CGAACGAACC TAAAAAACCT TTTTTTCAAA GTCCCATTGT TCTTGCGGTT 60
CTTGGAGGGA TTTTACTCAT TTTTTTCCTA CGCTCTTTCA ATTCTGATGG CAGTTTTTCG 120
GACAATTTCT TAGCTTCTAG CACTAAAAAT GTGAGCTACC ATGAAATCAT ACAGCTCATC 180
AGCAATCATG AAGTGGGAAA TGTGAGTATC GGTCAAACTT TGATCAAAGC CAGCCATAAA 240
GAGGGCAATA ATCGTGTGAT TTATATCGCT AAACGAGTGC TGATCTACCT TAGTGCCTTT 300
GTTAGACGAG AAAAAAATCA ATTATTCTGG TTTTGA 336 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:282:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
• · • ·
49Θ (A) DÉLKA: 1311 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1311 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:282:
ATGATGAAAT TTTTTCTTTT AAAGAAATTC AGCGAATTTT TAAACACTCA AACCTCAAAC GCTTGAACGC GTCTAGTTTT TTATTAGAGA CTTTTTCTAA GCCTTTGTTG TGGATTTGAG CGCGCCTTAT ATTGGTTTGT CCAAAAAACC GTTTTAAAAA ACACTTTAGC GTTAGATTTT TGTTTGAATA AATTCACCAA ATTTTACAAG CAAACGTCAT tgataacgat cggattttag aaatcaaggg TTAGCTTATA AGAGTGAAAC TTTTATTTTG CGTTTAGAAA TGATCCCTAA CTCATGATTT TAGATCAAGA AAAATGCGTG ATAGAGGCTT TTCGTTTTAA GCTAAAAACG ATATTTTAGG GGCATTGCCT CCTAATATTT ACGAGCATCA TTGGATTTTA AGGGATTGTT GGACATTTTA GAAAAAGATT TTTTATCCTA GAATTGGAAC ACAAAAAAAA TCAAATCATC AAGCGATTAA ACGCCCAAAA AAAGAAAAAT TAGAAAAACT AGAAGATCCT AAAACTTTAC AGCTGGAAGC CAAACTCAAG CCTCATTGTT GCTCACTTAC CAGCATTTAA TCAACAGGCG GTGATTTTAA AGGATTTTGA AGATAAAGAA TGCATGATTG AAATTGATAA TTAAACGCTT TTATCAATAA AAAATTCACT CTCAGCAAGA AAAAGAAACA TTCTTGTATT TAGAAGAAGA GAATCTGAAA GAAAAAATCG CTTTTAAGGA AACTATGTTA GAGACGCTGC AGAAGAAAGC GTTTTAGAAA TGTTTATGCC TCTAAAATCA AACGCCCGAT GAACGGGTAT GAAGTGCTGT ATTATAAGGA GGTTTAGGGA AAAACCAAAA AGAGAATATC AAGCTTTTAC AAGACGCAAG TTGTGGATGC ATGTGAGAGA TATTCCTGGA TCGCATTTGA TCGTTTTTTG ACGCCTAAAG ATGAGGTCAT TATGGAATTA GCCAAAATGT TGATTAAAAT GCGTTTAATG GTTACGAGAT TGACTACACG CAACGAAAAT TTGTCAAAAT GCTCATGTCA TTTACTCAAA ATACCGAACT ATTAGTCTAA AGGACACTTA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:285:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1599 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky
AACGCATTTT
AGAAAAACAC
CCCAGAGAGC
AAACGCCAAA
CGCTAAAGAT
AAAAGCCAAT
TGACAGGGTG
AGAAGAGGAT
TCAGCACAAA
AGAACGCTTG
GAAAGAATTG
TGAAAATCGC
GAGCATGCCC
AAAATCGCAA
AAATCAAATC
GGTAAAAAAC
TTTTAAAATC
AGCGAATGAT
CCAAAAGAAT
GCAAAAAGAT
CATCAAAGGA
A
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1311 • · • ·
194 • · · · « · · · • · · • · · · · · • · · · · · • · · * · · c ·· · · · · <· • · · · · • · · · · · (B) POZICE 1...1599 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:285:
ATGAGAAAGG TTATCATAAT GAATGGTTAT TTGAGGGTAA AAACCCCGTA TTTTTTAGCG 60 TCGGTCGTTT TGACTTTTTG GACTTTTAAT TCTTTTATGA GCGCGAAAGA TAAGCACCAT 120 TTTTTAAAAA AAGTTACAAC CACCGAGCAA AAATTCAGTT CTAGTGCCCC AATTTCATGG 180 CAAAGCGAAG AGGTGCGTAA TTCCACAAGC TCTCGCACGG TGATTTCCAA CAAAGAACTC 240 AAAAAAACGG GGAATTTGAA TATTGAAAAC GCCTTGCAAA ATGTGCCAGG GATTCAAATC 300 AGAGACGCTA CAGGCACGGG CGTGCTGCCT AAAATTTCGG TGCGCGGTTT TGGTGGGGGC 360 GGTAACGGGC ATAGCAACAC CAACATGATT TTAGTCAATG GTATCCCCAT TTATGGCGCG 420 CCGTATTCCA ATATTGAACT GGCGATTTTC CCTGTAACTT TCCAGTCAGT GGATAGGATT 480 GATGTGATTA AGGGGGGAAC GAGCGTCCAA TACGGCCCTA ACACTTTTGG AGGCGTGGTG 540 AATGTCATCA CTAAAGAAAT CCCCAAAGAG TGGGAAAATC AAGCGGCTGA AAGGATCACT 600 TTTTGGGGGC GCTCCTCTAA TGGGAATTTT GTCGATCCCA AAGAAAAAGG CAAGCCCTTA 660 GCCCAAACTT TAGGAAACCA AATGCTGTTT AACACTTATG GGCGAACGGC TGGGATGTTG 720 GGTAAATATA TAGGCATTAG CGCTCAAGGC AATTGGATTA ATGGGCAAGG TTTCAGGCAA 780 AATAGCCCTA CAAAGGTGCA AAACTACTTG TTGGATGCGA TTTATAAGAT CAATGCGACC 840 AATACTTTTA AAGCTTATTA CCAGTATTAT CAATACAACT CTTACCATCC AGGCACTTTG 900 AGCGCGCAAG ATTACGCCTA TAACCGCTTC ATCAATGAGC GCCCTGACAA TCAAGATGGA 960 GGGCGAGCCA AGCGCTTTGG GATCGTGTAT CAAAACTACT TTGGCGATCC GGATAGGAAA 1020 GTGGGGGGCG ATTTTAAATT CACTTATTTC ACGCATGACA TGAGTAGGGA TTTTGGGTTT 1080 TCCAACCAAT ACCAAAGCGT GTATATGAGC GGTCAAAATA AGATTTTACC CTTTAAAGGC 1140 AAGGGAGAAA TCAGCGCAAA AAACCCTAAT TGCGGTCTGT ATTCTTATAG CGACACGAAT 1200 AGCCCTTGCT GGCAATTTTT TGACAATATC CGCCGATCCG TGGTGAATGC CTTTGAGCCA 1260 AAACTCAATC TTATCGTCAA TACTGGTAAA GTCAAACAAA CTTTTAACAT GGGAATGCGC 1320 TTTTTAACTG AAGATTTATA CCGCCGATCC ACCACCAGGA AAAACCCTAG CATGCCTAAT 1380 AATGGGAGTG GGTTTGATGC AGGAACTTCA CTCAATAATT TCAACAATTA TACCGCTGTG 1440 TATGCCAGCG ATGAAATCAA TTTCAATAAC GGCATGCTAA CGATCACGCC GGGCTTGAGA 1500 TACACTTTTT TAAATTACGA AAAAAAAGAC GCTCCTCCCT TTAAGGTGGG TCAAACCCCA 1560 AAAACCACGA AAGAGCGTTA TAACCAATGG AATCCGGCA 1599
INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:286: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 768 | párů bází |
(B) | TYP: nukleová kyselina | |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) | TOPOLOGIE: | kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...768 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:286:
ATGAAAAAGA TTTTTTTAGG TATGGCATTA GCCTTTAGTG TGTCCATGGC AGAAAAAAGC 60
GGCGCGTTTT TAGGAGGGGG GTTTCAATAT TCTAATTTAG AAAACCAAAA CACCACCCGC 120
ACCCCAAGCG CTAACAATAA CACCCCGATA AACACTTCAA TGTTTGGCAA CAATCAAGCG 18 0
GCTCCAGCCC AAGAAACGCC AAGCGTGATC AACACCAATA ATTACGGGCA AATGTATGGG 240
GTAGATGCGA TGGCAGGGTA TAAGTGGTTC TTTGGCAAAA CCAAACGCTT TGGCTTTAGG 300
ACTTATGGAT ACTACAGCTA TAACCATGCG AATTTGAGCT TTGTAGGCAG TAAGCTTGGA 360
ATCATGGATG GCGCATCTCA AGTGAATAAC TTCACTTATG GCGTGGGCTT TGATGCGCTC 420 oo
TATAACTTCT ATGAAAGCAA AGAGGGCTAT AACACAGCAG GGTTGTTCGT GGGCTTTGGA 480
TTAGGAGGGG ATTCGTTTAT CGTTCAAGGA GAGAGCTACT TGAAATCTCA GATGCAAATT 540
TGCAACAACA CCGCCGGCTG TTCAGCGAGC ATGAACACGA GCTACTTCCA AATGCCTGTG 600
GAATTTGGTT TTAGGAGCAA TTTCTCTAAA CACAGCGGGA TTGAAGTGGG CTTTAAATTG 660
CCTTTATTTA CCAACCAATT CTATAAAGAA AGGGGCGTAG ATGGATCGGT AGATGTGTTC 720
TATAAAAGGA ATTTCTCTAT CTATTTTAAC TACATGATCA ACCTCTAA 768 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:311:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1461 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1461 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:311:
TTGGCTATTA AAAGGGAAAA AATGAAAAAT AGCGCGCCTT TAAAGAATAA AGTTTTTTGT 60 GGGTTATACG TTTTAAGTTT AAGCGCTTCT GTGCAAGCGT TTGATTATAA AATTGAAGTT 120 TTGGCAGAGT CCTTTTCTAA AGTTGGCTTT AATAAAAAAA AGATTGACAT AGCTAGGGGG 180 ATTTATCCTA CAGAGACTTT TGTAACCGCT GTGGGTCAGG GCAATATTTA TGCGGATTTT 240 TTATCCAAAA GCCTTAAAGA TCAAGGGCAT GTTTTAGAGG GAAAAGTCGG CGGCACAATC 300 GGTGGGATTG CTTATGACAG CACGAAATTC AATCAAGGCG GATCGGTTAT TTATAATTAT 360 ATCGGTTATT GGGATGGCTA TTTAGGGGGT AAAAGGGCCT TGCTTGATGG CACGAGTATC 420 CATGAGTGCG CGCTTGGCTC TGATGGCAAG GTGATTGATT CTATAGCGTG CGGGAACGCT 480 AGAGCCAATA AAATCCGCCG TAATTACTTG ATGAATAACG CTTTTTTAGA ATACCGCTAT 540 AAGGATATAT TTGCGGCTAA AGGGGGGCGT TATCAATCCA ATGCTCCTTA TATGAGCTCT 600 TATACGCAAG GCTTTGAAAT CAGCGCTAAA ATCAAGGATA AAAATGAGGG GAGCCATAAA 660 TTATGGTGGT TTAGCTCATG GGGTAGGGCG TTCGCTTATG GGGAGTGGAT TTATGATTTT 720 TACTCTCCAA GAACCGTGAT TAAAAACGGG CGCACTCTAA ATTATGGTAT CCATTTAGTG 780 GATTACACTT ACGAAAGGAA AGGGGTTAGC GTCAGCCCCT TTTTCCAGTT TTCGCCCGGG 840 ACTTATTATA GCCCTGGGGT GGCTGTAGGC TATGATAGTA ACCCTAATTT TAATGGCGTG 900 GGCTTTAGAT CCGAAACGAA GGCTTATATT TTGCTCCCTG TCCATGCCCC CCTTAAAAGG 960 GATACTTATC GTTACGCTGT GAAAGCTGGC ACCGCTGGGC AAAGCCTGCT CATTAGGCAA 1020 CGATTTGATT ACAATGAATT TAACTTTGGG GGAGCGTTTT ATAAAGTATG GAAAAACGCA 1080 AACGCTTACA TAGGCACGAC AGGAAACCCT CTAGGCATTG ATTTTTGGAC CAATAGCGTT 1140 TATGATATAG GGCAAGCCTT AAGCCATGTG GTAACCGCTG ATGCCGTCTC TGGTTGGGTT 1200 TTTGGTGGAG GCGTGCATAA AAAATGGCTG TGGGGGACTT TGTGGCGTTG GACTAGCGGC 1260 GCTTTAGCCA ATGAAGCGAG CGCGGCTGTT AATGTGGGCT ATAAGATCAG TAAGAGTTTG 1320 ACAGCGAGCG TGAAATTAGA ATATTTGGGC GTGATGACGC ATTCAGGCTT TACGGTAGGG 1380 AGTTACAGAC CCACGCCCGG CTCTAAAGCA CTTTATTCAG ACAGGAGCCA TCTAATGACA 1440 ACCCTTAGCG CCAAATTCTA A 1461 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:318:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 579 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý • ·
193 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...579 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:318:
TTGTTAGGGA GGAATGGCGT TACTTTAAAT ATCCGCCAGG TTTTTTGGTG GGATAATTTC 60
AACTGGTCCA TTGGCTTTTA TAACACCTTT GGCAATTCAG ACGCTTTTTT AGGCTCTCAC 120
ACCATGCCAA GGGGGAATAA CACTTCCTAT ATCAGTAATG AAATCTCAGT AACGACTAGG 180
CATGCCGGAA TGATCGGCTA TGATTTTTGG GATAATACGG CTTATGATGG GCTGGCTGAT 240
GCGATCACTA ACGCGAACAC TTTCACTTTT TACACTTCGG TTGGAGGGAT CCATAAGCGT 300
TTTGCATGGC ATGTTTTTGG GCGCGTCTCT CATGCGAATA AAAATGCGTT AGGGCAAGTG 360
GGGAGGGCTA ATGAATATTC CTTGCAATTC AATGCGAGCT ATGCGTTCAC TGAATCGGTT 420
CTCCTTAACT TTAGGATCAC TTATTATGGG GCTAGGATCA ATAAAGGGTA TCAAGCAGGG 480
TATTTTGGAG CGCCCAAATT CAATAACCCG GATGGCGATT TTAGCGCTAA TTACCAAGAC 540
AGAAGTTACA TGATGACCAA CCTCACGCTG AAGTTTTGA 579 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:319:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1065 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1065 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:319:
ATGCAACAAC AGCTCACCTA CTTGAATGCG GGGAATGTGT TTTTTAATGC GATGAATAAG 60
GCTTTAGAGA AGAATGGGAC TGCTACTGCT AATAGCACTA GTAGCACTAG CGGTGCGACT 120
GGTTCAGATG GTCAAACTTA CTCTCAACAA GCTATTCAAT ACCTTCAAGG CCAACAAAAT 180
ATCTTAAATA ACGCAGCGAA CTTGCTCAAG CAAGATGAAT TGCTCCTAGA AGCTTTCAAC 240
TCTGCCGTAG CTGCTAACAT TGGGAATAAG GAATTCAATT CAGCCGCTTT TACAGGTTTG 300
GTGCAAGGCA TTATTGATCA ATCTCAATTG GTTTATAACG AGCTCACTAA AAACACCATT 360
AGCGGGAGCG CGGTTAATAA CGCTGGGATA AACTCCAACC AAGCTAACGC TGTGCAAGGG 420
CGTGCTAGTC AGCTCCCTAA CGCTCTTTAT AACGTGCAAG TAACTTTGGA TAAAATCAAC 480
GCGCTCAACA ATCAGGTGAG AAGCATGCCT TACTTGCCCC AATTCAGAGC CGGGAACAGC 540
CGTGCAACGA ATATTTTAAA CGGGTTTTAC ACTAAAGTGG GCTATAAGCA ATTCTTCGGG 600
AAGAAAAGGA ATATCGGTTT GCGCTATTAT GGTTTCTTTT CTTATAACGG AGCGAGCGTG 660 • ·
♦ · · · • · · · • · · · «
GGCTTTAGAT CCACTCAAAA TAATGTAGGG TTATACACTT ATGGGGTGGG GACTGATGTG 720 TTGTATAACA TCTTTAGCCG CTCCTATCAA AACCGCTCTG TGGATATGGG CTTTTTTAGC 780 GGTATCCAAT TAGCCGGTGA GACCTTCCAA TCCACGCTCA GAGATGACCC CAATGTGAAA 840 TTGCATGGGA AAATCAATAA CACGCACTTC CAGTTCCTCT TTGACTTCGG TATGAGAATG 900 AACTTCGGTA AGTTGGACGG GAAATCCAAC CGCCACAACC AGCACACGGT GGAATTTGGC 960 GTAGTAGTGC CTACGATTTA TAACACTTAT TACAAATCAG CAGGGACTAC CGTGAAGTAT 1020 TTCCGTCCTT ATAGCGTTTA TTGGTCTTAT GGGTATTCAT TCTAA 1065 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:325:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 834 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...834 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:325:
TTGAAACGAG CGTTATGGTT AATTTTAGGG CTTTTTTACG CGCTTAATGC AGAGAGCTTT 60 AAAGATGTTT TGACTAAAGG GGATTACACT TTTTTTAATA AAAAGGTGGT TTCGCCTATC 120 AAACGCTATG CGGATAGATC GGCGTTTTAT CTGGGGCTTG GGTATCAATT AGGGAGCATT 180 CAGCACAACT CTAGCAACTT GAATTTATCC CAACGATTTA ATAAGAGTCA GATTATTTTC 240 AGCGATAGTC TAAGCCCTGT TTTTAAAAAT TCGTATGTGT CTAATGGTCT TGGCGTTCAA 300 GTGGGCTATA AGTGGGTGGG TAAGCATGAA GAGACGAAAT GGTTTGGCTT CAGGTGGGGG 360 CTGTTTTATG ATTTGAGCGC TTCTCTTTAT GGCTCTCAAG AATCGCAGTC TATCATCATT 420 TCCACTTACG GCACTTATAT GGATTTATTG CTTAACGCTT ATAATGGGGA TAAGTTTTTT 480 GCCGGGTTCA ATCTGGGGAT CGCTTTTGCT GGAGTGTATG ACAGATTGAG CGATGCGTTA 540 TTGTATCAAA CTCTTCTTCA AAACACTTTT GGCGGGAAAG TGAATTTAAA CGGCTTCCAG 600 TTTTTGGTGG ATTTAGGGGT TCGTTTAGGG AATGAACACA ACCAATTTGG CTTTGGGATT 660 AAAATCCCTA CTTATTATTT TAACCATTAT TATTCCATGA ATAACATTAG CAATAATAGT 720 GAAAATGTCT TAAAAGTTTT ACGATTTTTA GAATACGGGA TCAACAGCTT GTTGTATCAA 780 GTTGATTTCA GGCGCAATTA CTCGGTTTAT TTCAACTACA CTTATAGTTT TTAA 8 34 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:326:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1482 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
« · • · · · · · · • · · · · · · • · · · · · · • · · * · · · · • · · · · ·
495 ...... .....
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1482 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:326:
ATGCCTGCCT TGAATAGCTC CAAAAATATG GTAGTCAATA TCAATCAAAC TTTCACAAAA 60
AACCCTACCA CAGAATACAC TTACCCCGAT GGGAATGGCA ATTATTATTC AGGCGGTTCA 12 0
TCAATCCCAA TCCAGCTAAA GATTAGTAGC GTCAATGACG CTGAAAACCT TTTGCAACAA 18 0
GCCGCTACTA TCATCAATGT CCTTACCACC CAAAACCCGC ATGTGAATGG TGGCGGTGGG 240
GCATGGGGGT TTGGCGGTAA GACCGGGAAT GTGATGGATA TTTTTGGCGA TAGTTTTAAC 300
GCTATTAACG AAATGATCAA AAACGCTCAA GCCGTTTTAG AAAAAACCCA ACAGCTTAAC 360
GCTAATGAAA ACACCCAAAT CACGCAACCA GACAATTTCA ACCCCTACAC TTCTAAAGAC 420
ACGCAGTTCG CTCAAGAAAT GCTCAATAGA GCTAACGCTC AAGCAGAGAT TTTGAGCTTA 480
GCCCAACAAG TAGCGGACAA TTTCCACAGC ATTCAAGGGC CTATCCAACA AGATCTAGAA 540
GAATGCACCG CAGGATCAGC TGGTGTGATT AACGACAACA CTTATGGTTC AGGTTGCGCG 600
TTTGTGAAAG AGACTCTCAA TTCCTTAGAG CAACACACCG CTTATTATGG CAACCAGGTC 660
AATCAGGATA GGGCTTTGTC TCAAACCATT TTGAATTTTA AAGAAGCCCT TAGCACTTTA 720
GGGAACGACT CAAAAGCGAT CAATAGCGGT ATCTCTAACT TGCCTAACGC TAAGTCCCTT 780
CAAAACATGA CGCATGCCAC TCAAAACCCT AATTCCCCAG AAGGTTTGCT CACTTATTCT 840
TTGGATACCA GCAAATACAA CCAGCTCCAA ACTGTTGCGC AAGAATTAGG CAAAAACCCC 900
TTTAGGCGCA TCGGCGTGAT TAACTATCAA AACAATAACG GGGCGATGAA CGGCATCGGC 960
GTGCAAGCGG GCTATAAGCA ATTCTTTGGC AAAAAAAGGA ATTGGGGGTT AAGGTATTAT 1020
GGTTTCTTTG ATTATAACCA TGCTTATATC AAATCTAATT TTTTTAACTC GGCTTCTGAT 1080
GTGTGGACTT ATGGGGTGGG TATGGACGCG CTTTATAACT TCATCAACGA TAAAAACACC 1140
AACTTTTTAG GCAAAAATAA CAAGCTTTCT GTGGGGCTTT TTGGTGGCTT TGCGTTAGCC 1200
GGGACTTCGT GGCTTAATTC CCAACAAGTG AATTTGACCA TGATGAATGG CATTTATAAC 1260
GCTAATGTCA GCGCTTCTAA CTTCCAATTT TTGTTTGATT TAGGCTTGAG AATGAACCTC 1320
GCTAGGCCCA AGAAAAAAGA CAGCGATCAT GCCGCTCAGC ATGGCATGGA ATTGGGCGTG 13 8 0
AAAATCCCCA CCATTAACAC GGATTATTAT TCTTTCATGG GGGCTGAACT CAAATACAGA 1440
AGGCTCTATA GCGTGTATCT CAATTATGTG TTTGCTTACT AG 1482 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:327:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 810 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...810 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:327:
GTGCTAAACA CCACCCAAAA AAGCCTATTG GTTTTCATGG GGGTTTTTTT CCTTATCTTT 60
GGCGTGGATC AAGCGATTAA ACACGCTATT TTAGAGGGGT TTCACTATGA AAGTTTGGTT 120
ATAGATATTG TTTTAGTGTT CAATAAAGGC GTGGCGTTTT CCTTACTCAG TTTTTTAGAG 180
GGGGGTTTGA AATACTTGCA AATCCTTTTA ATTTTAGGGC TTTTTATCTT TTTAATGCGC 240
CAAAAGGAGC TTTTTAAAAG CCATGCGATA GAGTTTGGCA TGGTGTTTGG CGCTGGGGTT 300 • · ·
19é
TCTAATGTTT
GCTATTAGAA
TTATACGTTT
GCAGAGTCCT
TATCCTACAG
TCCAAAAGCC
GGGATTGCTT
GGTTATTGGG
ACTGCGCGCT
TAAATCGGTT
GGGAAAAAAT
TAAGTTTAAG
TTTCTAAAGT
AGACTTTTGT
TTAAAGATCA
ATGACAGCAC
ATGGCTATTT
TGGCTCTGAT
AGTATCATTG
GAAAAATAGC
CGCTTCTGTG
TGGCTTTAAT
AACCGCTGTG
AGGGCATGTT
GAAATTCAAT
AGGGGGTACA
GGCAAGGTGA
GGGCAATTGT
GCGCCTTTAA
CAAGCGTTTG
AAAAAAAAGA
GGTCAGGGCA
TTAGAGGGAA
CAAGGCGGAT
AAGGCCTGCT
ATATTCTTTA
AGAATAAAGT
ATTATAAAAT
TTGACATAGC
ATATTTATGC
AAGTCGGCGG
CGGTTATATA
TGATGGCACA
TGATGTATTG
TTTTTGTGGG
TGAAGTTTTG
TAGGGGGATT
GGATTTTTTA
CACAATCGGT
TAATTATATC
AGTATCCATG
360
420
480
540
600
660
720
780
810 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO: 329:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 648 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZTROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...648 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:329:
atgttaaaac
GAAGCCTTTC
CTATTACAAG
CCCAAACCCA
CAAAGCACCA
ACCTTTTACT
GCTGGCTATG
AACATTGAGC
ACTATCCCTA
AACGCCGATG
AGAATCTGTT
TCGCCAGTAA
AAAAACACC.A
GCACACAAAC
AACCAAAACC
TTTTAAAGAA
CTCAAAACCC
GTAATAACAG
TGAGTTACAC
AACAATCTCA
GCTCCAACAA
TAACAAGCTC
AACGATTTGT
AAAAGACGGC
CCAAGAACAA
CATTACCCCT
TGCGACTGAG
TGTGTATGTA
CTTGATTATG
GGACGATCAA
AATCATTCTG
CTCCAAACCA
AGCAAGGTTA
TTGTCCCTAA
TTTTTCATAG
ACCATAGCCA
CAAAGCACCT
TTGTTTGCAG
ACCGCTTATA
ATACAAAACT
GGCAATGTGG
CCCGCAAGCT
ACACCACACG
CAACCAATCT
TCAGCTCATT
AAGCCGGCTT
CCACTCAAGA
ATGGGAAATA
AGGATAATAT
ACCAAGAAAG
TCTTGCCTTA
TCAGTTTGGG
TGTTTAACGA
ATTTTCTGAT
TCAAATGA
CACGGCTGTA
TGAAACCGGG
AAAACCCAAA
CTACATCTCC
CACCAACTTA
CGCTGAAGAA
TAACTTGAAC
CGTGATAGAG
CCCACAGCTT
GCCAGCACGC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
648 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:330:
(i) CHARAKTERΓŠTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKU·.: 507 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·
197 ·· · · • · • · í (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/'KLÍČ: různé znaky (B) POZICE’ 1. . . 507 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:330:
ATGTTATCTT CTAATGATTT GTTTATGGTC GTTTTAGGGG CGATTTTATT TGCTTGGTGG GGTATTTGTA TCTTAAAGAA AAAGAGTTTT ACCATAAAAT GAAAAAACTT TAGATGAATC CTATCAAGAA AATTATCTCT ATTCTAAGCG TTAGAGGGGC GTTTGGAAGG CCTTTCTTTA GAAAAAAGCG CTAAAGAGGA AAAACGACTC TTTCGCACCT TTATAACCAG TTGCAAGAAA TCCAAAAATC GAGCGCGATT ACTTAGAAGA AAAAATCATT ACTTTAGAAA ACAAATTTAA CATTATGCCG CTAGCGATGA AGTCAACGAA AAACAGGTTT TGAAAATGTA TATAGCGTGG ATTCTATTTC TAAAGAATTT AAAGTGAGTA AGGGCGAGGT TTGAACATGG CAGGGTTAAA ATGGTAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:331:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA : 1017 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová genomová DNA | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANISMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV'KLÍČ (B) POZIC! 1.. | : různé znaky . 1017 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:331: |
GTGGGTTTTG AATATTCGAT CAGTCATGCC GTTGAACACA ATAACCCTTT GAACGCATCC AAGCGATTTC TAACGCTCGA GGCGAAGTCT GTGGACTCGA AATGAAATCA CAGACATGCC CAACACCTTT AACTACATCA ACAACGCTTT GCTAAATTAA CCCCTACTGA AAAGCAAGCC GAAACCTACT ACCTGCAATC AACATTGAAA AAATAGTCAT GCTTAGCGGG GGCGTTGCGT CTAACCCTAA GCGTTAGAAA AAATGCAAVC ACCCATTACT AACCCTTTAG AATTGGTAGA AATTTAGAAT TACAATTCAG CCAATCTCAA AACAGCATGC TTTCTTCTTT ATCGCTCAAA TTTCAAATTC TTTGAACGCG CTTGATCCCA GCTCTTATTC TCAAGCATGT ATGGGGTAGG TTTGAGCGTA GGGTATAAGC ATTTCTTTAC AATCAAGGGT TTCGTTATTA CTTATTCTAT GACTATGGTT ACACTAATTT GGTAATGGCT TTGATGCVVCT AGGCAAAATG AATAACCACC TCTATGGGCT TATCTTTTCA ATTTCATTAA TAATGCGCAA AAACATTCGA GCGTGGGGTT TTTGCTTTAG CGGGGAGTA! GTGGGTAGGG AGTGGTTTAG GCATGTGGGT GATTTCATCA ACAACTATAT GACGGATTAT CGGGCTAAAA TGCACACGAG ATCCCTTTGA ATTTTGGGGT TCGTGTGAAT GTGGATAGGC ACAATGGTTT TTAAAGATCC CTTTAGCGGT CAATTCCTTT TATGAAACGC ATGGCAAGGG TCCCTCTTTT TCAAACGCCT TGTCATGTTT AACGTGAGTT ATGTTTATAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:351:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 831 párů bází
GGTGTTGGTG
GAGGCGTTTA
TTTGAGAGAA
CAGCTCATTA
CATGGATAAA
AGACATGGGG
TCAAGAAGGC
GGAATTTATA
120
180
240
300
360
420
480
507
TTTGGATCAA
TCGAGTCAAA
AAAAAACAAT
TACCCTTCAA
ATTAGCCCAA
AAACTTAAAA
GTCTTCTCAG
TAAAAACGTT
CAAGAAAAAA
TGGTTTTGTG
TGGCATAGAT
TTATGTAGGC
GAGTCAAATG
TTTTTTCCAA
TGAAATGGGC
GTTAAACGCT
TTTTTAG
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1017 • · ···
198 (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...831 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:351:
ATGAAAACTT CTAACACAAA AACCCCTAAA CCCGTTTTAA TCGCCGGGCC ATGCGTCATT 60 GAGAGTTTAG AAAATCTAAG AAGTATCGCT ATTAAATTAC AACCCCTAGC CAACAACGAG 120 CGGTTGGATT TTTATTTTAA AGCGAGTTTT GATAAGGCTA ACCGCACGAG TTTGGAGAGT 180 TACAGAGGAC CTGGTTTAGA AAAAGGCTTA GAAATGTTAC AAACTATCAA AGATGAATTT 24 0 GGTTATAAAA TTTTAACCGA TGTGCATGAG AGCTATCAAG CAAGCGTGGC AGCCAAGGTA 300 GCGGATATTT TACAAATC.CC GGCGTTTTTG TGCCGCCAAA CGGATCTGAT TGTAGAAGTG 360 AGCCAAACTA ACGCCATTGT CAATATCAAA AAAGGGCAAT TCATGAACCC AAAAGACATG 420 CAATATTCCG TTCTAAAAGC CCTTAAAACA AGGGATAGTA GCATTCAAAG CCCCACTTAT 480 GAAACAGCGT TAAAAAATGG CGTGTGGCTG TGTGAAAGGG GGAGCAGCTT TGGGTATGGG 540 AATTTAGTGG TGGATATGCG CTCTTTAAAA ATCATGCGAG AATTTGCCCC TGTGATTTTT 600 GACGCTACCC ATAGCGTGCA AATGCCAGGG GGAGCGAACG GGAAAAGTTC AGGAGACAGC 660 TCTTTTCCCC CTATTTTACC CAGAGCGGCG GCGGCGGTGG GGATTGATGG GCTGTTCGCT 720 GAAACGCATA TTGATCCTAA AAACGCCCTA AGCGATGGAG CAAACATGCT AAAACCTGAC 780 GAGCTAGAAC ACTTAGTAAC CGACATGTTA AAAATCCAAA ATTTATTTTA A 831 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:352:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1311 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1311 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:352:
ATGATGAAAT TTTTTCTTTT AAAGAAATTC AGCGAATTTT TAAACACTCA AACGCATTTT 60
AACCTCAAAC GCTTGAACGC GTCTAGTTTT TTATTAGAGA CTTTTTCTAA AGAAAAACAC 120
GCCTTTGTTG TGGATTTGAG CGCGCCTTAT ATTGGTTTGT CCAAAAAACC CCCAGAGAGC 180
GTTTTAAAAA ACACTTTAGC GTTAGATTTT TGTTTGAATA ÁATTCACCÁA AAACGCCAAA 240
ATTTTACAAG CAAACGTCAI TGATAACGAT CGGATTTTAG AAATCAAGGG CGCTAAAGAT 300 • ·
199 • ··
TTAGCTTATA AGAGTGAAAC TTTTATTTTG CGTTTAGAAA TGATCCCTAA CTCATGATTT TAGATCAAGA AAAATGCGTG ATAGAGGCTT TTCGTTTTAA GCTAAAAACG ATATTTTAGG GGCATTGCCT CCTAATATTT ACGAGCATCA TTGGATTTTA AGGGATTGTT GGACATTTTA GAAAAAGATT TTTTATCCTA GAATTGGAAC ACAAAAAAAA TCAAATCATC AAGCGAŤTAA ACGCCCAAAA AAAGAAAAAT TAGAAAAACT AGAAGATCCT AAAACTTTAC AGCTGGAAGC CAAACTCAAG CCTCATTGTT GCTCACTTAC CAGCATTTAA TCAACAGGCG GTGATTTTAA AGGATTTTGA AGATAAAGAA TGCATGATTG AAATTGATAA TTAAACGCTT TTATCAATAY AAAATTCACT CTCAGCAAGA AAAAGAAACA TTCTTGTATT TAGAAGAAGA GAATCTGAAA GAAAAAATCG CTTTTAAGGA AACTATGTTA GAGACGCTGC AGAAGAAAGC GTTTTAGAAA TGTTTATGCC TCTAAAATCA AACGCCCGAT GAACGGGTAT GAAGTGCTGT ATTATAAGGA GGTTTAGGGA AAAACCAAAA AGAGAATATC AAGCTTTTAC AAGACGCAAG TTGTGGATGC ATGTGAGAGA TATTCCTGGA TCGCATTTGA TCGTTTTTTG ACGCCTAAAG ATGAGGTC.AT TATGGAATTA GCCAAAATGT TGATTAAAAT GCGTTTAATG GTTACGAGLV TGACTACACG CAACGAAAAT TTGTCAAAAT GCTCATGTCA TTTACTCAAA ATACCGAACT ATTAGTCTAA AGGACACTTA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:353:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 696 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE, 1 . . . 696 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:353:
AAAAGCCAAT
TGACAGGGTG
AGAAGAGGAT
TCAGCACAAA
AGAACGCTTG
GAAAGAATTG
TGAAAATCGC
GAGCATGCCC
AAAATCGCAA
AAATCAAATC
GGTAAAAAAC
TTTTAAAATC
AGCGAATGAT
CCAAAAGAAT
GCAAAAAGAT
CATCAAAGGA
A
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1311
ATGTTTAAAA
CTTGAAGCCA
GAAAAGCTCT
TATTTTTTAG
AAAGATTGGA
ATCGGGATTA
TATAAAGATC
GAATTTCCTC
TTAGTTGTTT
GGATTAGCGA
GGGTTTAAGA
CCCCTATTTT
AAATCATTTI
TGCCTATTiI1
ATAGAAGCAT
GGGGGGTTGG
TCGCCACGCT
GGGGGGTTTT
CTACCAACTC
TAGGGAGTTA
ATACAGACAA
TTAGTGGAGG
TCTTGCCCAC
ATGCGGCATA
TTTGTGCGTT
GCGCAATAAA
CATTAACCGC
CGCTGTAGAA
CAATTTAAAA
TGCATGGGAT
TTTTTTTACC
TAAGCATTAT
GCAAAATTTC
GGTCATGCTC
CGCCAGATTG
CAGCTATAAA
TTTTTGATAG
ACCCCCAAAA
CAAAAGCTCA
GCCATTAAGG
ACCGGCGTGC
CTTGGGTCAG
ATGCTTGCGG
TTAGGGGCGT
AAGTTTTTTA
ACGCTTTTTT
CTTTCTAGCT
TTTTAA
GGGGATTTGT
AAAATTACCA
CGCGTAAAAA
ACTATCAAGG aaagtttttt
GAAAAGTGAA
TGGGTTTGGA
TTGGGGGAGC
AACATTCTGT
TAAGGCACCG
CTAGTCGCTT
CATTCCACCC
AGAAGCCCAT
AAGCGGGTGG
CAAGGAAATG
TAAAAAATAC
TTATCAAAGC
TGTGATCATG
TAGGGGGGCT
GGTTTCAGGG
CATTGAATTA
TGAAACTTCG
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
696 (2) INFORMACE PRO SF,
ID NO:364:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1440 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • · • ···
20Θ (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE i ... 1440 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:364:
ATGAAAAATA GCGCGCCTI'1' AAAGAATAAA GTTTTTTGTG GGTTATACGT TTTAAGTTTA 60
AGCGCTTCTG TGCAAGCGTT TGATTATAAA ATTGAAGTTT TGGCAGAGTC CTTTTCTAAA 120
GTTGGCTTTA ΑΤΑΑΑΑΑΑΑΆ GATTGACATA GCTAGGGGGA TTTATCCTAC AGAGACTTTT 180
GTAACCGCTG TGGGTCAGGG CAATATTTAT GCGGATTTTT TATCCAAAAG CCTTAAAGAT 240
CAAGGGCATG TTTTAGAGGG AAAAGTCGGC GGCACAATCG GTGGGATTGC TTATGACAGC 300
ACGAAATTCA ATCAAGGCGG ATCGGTTATT TATAATTATA TCGGTTATTG GGATGGCTAT 360
TTAGGGGGTA AAAGGGCCTT GCTTGATGGC ACGAGTATCC ATGAGTGCGC GCTTGGCTCT 420
GATGGCAAGG TGATTGATTG TATAGCGTGC GGGAACGCTA GAGCCAATAA AATCCGCCGT 480
AATTACTTGA TGAATAACGO TTTTTTAGAA TACCGCTATA AGGATATATT TGCGGCTAAA 540
GGGGGGCGTT ATCAATCCAK TGCTCCTTAT ATGAGCTCTT ATACGCAAGG CTTTGAAATC 600
AGCGCTAAAA TCAAGGATAA AAATGAGGGG AGCCATAAAT TATGGTGGTT TAGCTCATGG 660
GGTAGGGCGT TCGCTTATGG GGAGTGGATT TATGATTTTT ACTCTCCAAG AACCGTGATT 720
AAAAACGGGC GCACTCTAAA TTATGGTATC CATTTAGTGG ATTACACTTA CGAAAGGAAA 780
GGGGTTAGCG TCAGCCCC.TT TTTCCAGTTT TCGCCCGGGA CTTATTATAG CCCTGGGGTG 84 0
GCTGTAGGCT ATGATAGTAA CCCTAATTTT AATGGCGTGG GCTTTAGATC CGAAACGAAG 900
GCTTATATTT TGCTCCCTGT CCATGCCCCC CTTAAAAGGG ATACTTATCG TTACGCTGTG 960
AAAGCTGGCA CCGCTGGGCA AAGCCTGCTC ATTAGGCAAC GATTTGATTA CAATGAATTT 1020
AACTTTGGGG GAGCGTTTTA TAAAGTATGG AAAAACGCAA ACGCTTACAT AGGCACGACA 1080
GGAAACCCTC TAGGCATTGA TTTTTGGACC AATAGCGTTT ATGATATAGG GCAAGCCTTA 1140
AGCCATGTGG TAACCGCTGA TGCCGTCTCT GGTTGGGTTT TTGGTGGAGG CGTGCATAAA 1200
AAATGGCTGT GGGGGACTTC1 GTGGCGTTGG ACTAGCGGCG CTTTAGCCAA TGAAGCGAGC 1260
GCGGCTGTTA ATGTGGGCTA TAAGATCAGT AAGAGTTTGA CAGCGAGCGT GAAATTAGAA 1320
TATTTGGGCG TGATGACGCA TTCAGGCTTT ACGGTAGGGA GTTACAGACC CACGCCCGGC 1380
TCTAAAGCAC TTTATTCAGA CAGGAGCCAT CTAATGACAA CCCTTAGCGC CAAATTCTAA 1440
INFORMACE | PRO SEC ID | NO:374: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 828 | párů bázi |
(B) | TYP: nukleová kyselina | |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) | TOPOLOGIE: | kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKUZY: | genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...828
• · • ·
201 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:374:
TTGCTAGATG TCAAAGCCAA TTCCCCCGCC TATCAAGCGG TGCTTTTAGC GCAGTGGGCT TGTGGCAACI TACAAGCTAT GCCTTTACCG CTTGTGGTCC GAGAACGCGA ATGGAGGTAC CCAAACCTTT AATAATGTGC CAGGACAAAA ATCACTTGTA ATTCGTATTA TGAGCCAGGA CATGGCGGGC CAATATCCAC GCGATCATCA ACAAGGCTTA TCAAATCATT CAAAAGGCTT TGACAGCCAA ATCCCAGTTT TAAGCAACAC CACTACAAAA CTTGATTTCA CTATCAATGG ACGGGTGGCG AACCAAATAA AAAATTAGTA TACCCATGGA GTCATGGGAA ACCTCGTGGA ATGCAACCAT AACAGTACCA ACAACAGAAA ATATCAATAC GCTCAAGAGC TTTTAAAACC. AGCGAGCATC ATTATCACTA CCCTGAATAG AACTTCCAAA ATGGTGGTAC OGGTTATTGG GCAGGGATAA GTGGCAATGG GGGATGTTTA AGAATGAAAT CAGCGCTATC CAAGGCATGA TCGCTAACGC GTCGCGCAAG CCAAAATCGT TAGTGAAAAC ACGCAAAATC AAAACAGCCT AACCATTCAA CCCCTACACA GACGCTAGTT TTGCTGAAAG CATGCTCAAA CCAAGCGGAG ATTTTAAACG AAGCCGAACA AGTGGTGAAA AACTTTGA (2) INFORMACE PRO SEC, ID NO: 38 9:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 330 párů bází (B) TYP: nASeová kyselina (C) DRUH ŤTTĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ,: NE (iv) POZITIVNÍ: :!E (vi) PŮVODNÍ ZLITU:
(A) ORGANISMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...330 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:389:'
ATGCTTAGAA ATCAATTTCc TATCGTGTTT GTCTCTTGTA TTGTCGCTAG GCTCAAGAAA ATACCCACAG TTTGGGTAAG GTAACCACTA AGGGTGAAAG TACAACAATA AAATGTATAI TGACAGGAAA GAGCTCCAAC AACGCCAAAG CGTGATATTT TTAGGACTAG GGCGGATGTG AATGTGGCCA GTGGGGGCTT AAAATCTATG TTAGGGGGAT TGAGAGCCGT CTCTTAAGGG TAACGATAGA CAAAATGGTA ACATTTTCCA CCATGACGCT
ATTGAACGCT
TGGTAGCAAT
CACGACGACC
TGAAAATTAT
TGGAGAAGGG
AGACAAAAGA
ACCTATTTCA
AACCAATAGC
TGCATGCCCA
GACAATGTGT
GCAAGAAGCT
AGACGCTGAA
AACGCGAAGC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
828
CAGTTTGCAA
GACTTTTGAA
CAACCAAATC
AATGGCGCAA
TGGCGTCGCT
120
180
240
300
330
INFORMACE | PRO SEC ID NO:399: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 924 párů bází |
(B) | TYP: nukleová kyselina |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý |
(D) | TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE
• ·
202 ·· «·
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...924 (xi) POPIS SEKVEKCE: SEQ ID NO:399:
ATGAAAAAAG TCCTCTTAC'T AACTOTCTCT CTCTCTCTCT CGTTTTGGCT CCACGCTGAA 60
AGGAACGGAT TTTATTTAGO TTT/AATTTT GCAGAAGGAA GCTATATTCA AGGACAAGGT 12 0
AGCATCGGCG AAAAAGCTTO AGCAGAAAAC GCCTTAAATC AAGCGATCAA TAACGCAAAA 180
AATTCATTAT TCCCTAACAC AAAAGCCATA AGAGATGTGC AAAACGCCTT AAATGCAGTG 240
AAAGATTCAA ACAAAATCGC TAACCGATTC GCAGGAAATG GTGGATCGGG CGGTATTTTC 300
AATGAACTCA GCTTGGGGTA TAAATATTTT TTGGGTAAAA AAAGGATTAT AGGGTTTAGG 360
CACTCTCTTT TTTTCGGTTA CCAACTTGGT GGCGTTGGTT CTGTTCCTGG CAGCGGTTTA 420
ATAGCTTTTT TACCCTATGG TTTCAATACG GATTTGCTCA TTAATTGGAC TAACGATAAG 480
CGAGCGTCTC AAGAATAC1V TGAAAGAAGG GTAAAAGGGC TCTCTATATT TTACAAAGAT 54 0
ATGACCGGCA GAACGCTAGA CGCTGATACA TTAAAAAGAG CATCAAGGCA CATAATCAGA 600
AAATCTTCAG GGCTTGTGAT TGGCATGGAA CTAGGGGCTA GCACTTGGTT TGCAAGTAAC 660
AATCTCACCC CTTTTAATCo. AGTCAAGAGT CGCACGATTT TTCAGTTACA AGGGAAATTT 720
GGCGTTCGTT TTAGTAGTGA TGAATACGAT ATTGATCGCT ATGGCGATGA AAACTATCTT 780
GGGGGTTCTA GTGTTGAAT'1’ AGGGGTTAAA GTGCCAGCGT TTAAAGTCAA TTATTATAGC 84 0
GATGATTACG GGGATAAAT2 GGATTATAAA AGAGTGGTGA GCGTTTATCT TAACTATACG 900
TATAACTTTA AAAACAAAC. 3 TTAA 924 (2) INFORMACE PRO SEC ID 110:412:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKO.: 2297 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: HE (iv) POZITIVNÍ: UE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICE i...2397 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:412:
ATGAGAAAGG TTATCATAAT GAATGGTTAT TTGAGGGTAA AAACCCCGTA TTTTTTAGCG 60
TCGGTCGTTT TGACTTTTTG GACTTTTAAT TCTTTTATGA GCGCGAAAGA TAAGCACCAT 120
TTTTTAAAAA AAGTTACAAC CACCGAGCAA AAATTCAGTT CTAGTGCCCC AATTTCATGG 180
CAAAGCGAAG AGGTGCGTAA TTCC.ACAAGC TCTCGCACGG TGATTTCCAA CAAAGAACTC 24 0
AAAAAAACGG GGAATTTGAA TATTGAAAAC GCCTTGCAAA ATGTGCCAGG GATTCAAATC 300
AGAGACGCTA CAGGCACGGG CGTGCTGCCT AAAATTTCGG TGCGCGGTTT TGGTGGGGGC 360
GGTAACGGGC ATAGCAACAO CAACATGATT TTAGTCAO.TG GTATCCCCAT TTATGGCGCG 420
CCGTATTCCA ATATTGAACZ GGCGATTTTC CCTGTAACTT TCCAGTCAGT GGATAGGATT 480
GATGTGATTA AGGGGGGAAG GAGCGTCCAA TACGGCCCTA ACACTTTTGG AGGCGTGGTG 540
AATGTCATCA CTAAAGAAAT CCCCAAAGAG TGGGAAAATC AAGCGGCTGA AAGGATCACT 600
TTTTGGGGGC GCTCCTCTAA TGGGAATTTT GTCGATCCCA AAGAAAAAGG CAAGCCCTTA 660
203 »
··«
• · · * • · · ·
GCCCAAACTT TAGGAAACCA AATGCTGTTT AACACTTATG GGCGAACGGC TGGGATGTTG 720 GGTAAATATA TAGGCATTAG CGCTCGAGGC AATTGGATTA ATGGGCAAGG TTTCAGGCAA 780 AATAGCCCTA CAAAGGTGC.A AAACTACTTG TTGGATGCGA TTTATAAGAT CAATGCGACC 84 0 AATACTTTTA AAGCTTATTA O C.AGTATTAT CAATACAACT CTTACCATCC AGGCACTTTG 900 AGCGCGCAAG ATTACGCCTA TAACCGCTTC ATCAATGAGC GCCCTGACAA TCAAGATGGA 960 GGGCGAGCCA AGCGCTTTGG GATCGTGTAT CAAAACTACT TTGGCGATCC GGATAGGAAA 1020 GTGGGGGGCG ATTTTAAATT CACTTATTTC ACGCATGACA TGAGTAGGGA TTTTGGGTTT 1080 TCCAACCAAT ACCAAAGCGT GTATATGAGC GGTCAAAATA AGATTTTACC CTTTAAAGGC 1140 AAGGGAGAAA TCAGCGCAAA AAACGCTAAT TGCGGTCTGT ATTCTTATAG CGACACGAAT 1200 AGCCCTTGCT GGCAATTTTT TGACAATATC CGCCGATCCG TGGTGAATGC CTTTGAGCCA 1260 AAACTCAATC TTATCGTCAA TACTGGTAAA GTCAAACAAA CTTTTAACAT GGGAATGCGC 1320 TTTTTAACTG AAGATTTATA CCGCCGATCC ACCACCAGGA AAAACCCTAG CATGCCTAAT 1380 AATGGGAGTG GGTTTGATGG AGGAAGTTCA CTCAATAATT TCAACAATTA TACCGCTGTG 1440 TATGCCAGCG ATGAAATCAA TTTCAATAAC GGCATGCTAA CGATCACGCC GGGCTTGAGA 1500 TACACTTTTT TAAATTACGA AAAAAAAGAC GCTCCTCCCT TTAAGGTGGG TCAAACCCCA 1560 AAAACCACGA AAGAGCGTTA TAACCAATGG AATCCGGCAG TCAATGTCGG CTATAAACCC 1620 ATTAAAGAAT TATTGTTTTA TTTCAATTAC CAAAGAAGCT ACATTCCGCC CCAATTCAGC 1680 AATATCGGTA ATTTTGTAGG GACAAGCACG GATTATTTTC AAATCTTTAA TGTCATGGAA 1740 GGCGGCTCAA GATATTATTT 7AACCATCAA GTGAGTTTTA ACGCGAACTA TTTTGTGATT 1800 TTTGCGAATC ATTATTTTAG CGGGCGCTAT GGGGACAACA GAGAGCCGGT CAATGCGAGA 1860 TCGCAAGGCG TGGAGCTGGA ACTCTACTAC ACGCCTATTA GGGGGCTTAA TTTCCATGCG 1920 GCTTACACTT TTATAGACGG TAATATCACA AGCCACACGA TGGTTACTAA CCCTGCTAAT 1980 CCTAAAGGGC CTAAAAAAGA TATTTTTGGC AAAAAGCTCC CTTTTGTCAG CCCGCACCAA 2040 TTCATTTTAG ACGCGAGTTA CACTTACGCT AAAACCACGA TTGGGTTAAG CTCTTTCTTT 2100 TATAGCCGCG CTTATAGCGA TGTGTTAAAC ACCGTGCCTT TTACAGAATA CGCGCCCACG 2160 ATTAAAAATG GGGCTATCGG TACCAAAACA GCGGGCATGA CGCCGTACTA TTGGGTGTGG 2220 AATTTGCAAA TTTCTACCAC TTTGTGGGAA CGCAAAAATC AAAGCGTGAA TGCGAGCTTG 2280 CAAATCAATA ACATTTTTAA CATGAAATAT TGGTTTAGCG GGATAGGCAC TAGCCCTAAC 2340 GGGAAAGAAG CTGCGCCTGG CAGGAGCATC ACAGCGTATG TGAGTTATAA TTTTTAA 2397 (2) INFORMACE PRO SE
ID NO:422:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1251 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1.,.12'U (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:422:
ATGTGTGGGA TGTTTAAGAA GAAGCTGTCG CGCAAGCCAA GCTGGAAAAC CATTCAACCC GCGCAAGCCC AAGCGGAGAT ATCCCTACAG CCTTTGTAAk CGTCGTGGCA CCAATCCGGG GTAGGACAAA CGATAACAAA CAGATACAGC AAGC.CGAAAA
TGAAATCAGC GCTATCCAAG AATCGTTAGT GAAAACACGC CTACAGAGAC GCTAGTTTTG TTTAAACCAA GCCGAACAAG TGACTGTTTA GGGGTGTGTT TCAGACGACT TCTAACACTT TCTTAAAAAC AGCATCGCCC GATCGCTGAC ACTCTGGTGA
GCATGATCGC TAACGCGCAA AAAATCAAAA CAGCCTAGAC CTGAAAGCAT GCTCAAAAAC TGGTGAAAAA CTTTGAAAAA ATGAAGTGCA AGGAGGTGAG GGGGGGCAGG CTGTGCGTAT ATTTTGGCAC TCAAGAGCAG ATTTCAAATC TAGATACAGC
120
180
240
300
360
420
480 ·· »·
204 ·· • « » · • · »· • · · · · • · · *· ·»
GAATTGGGCA ACACTTATAA CAGCATCACC ACTGCGCTCT CTAATATCCC TAACGCGCAA 540
AGCTTGCAAA ATGCGGTGAG TAAAAAGAAT AACCCCTATA GCCCGCAAGG CATAGACACC 600
AATTACTACC TCAATCAAAA CTCTTACAAC GAAATGCAAA CCATCAACCA AGAACTCGGG 660
CGTAACCCCT TTAGGAAAGT GGGGATTGTT AGTTCTCAAA CCAATAATGG CGCGATGAAT 720
GGGATCGGTA TTCAGGTGGG TTACAGACAA TTCTTTGGCC AAAAAAGAAA ATGGGGCGCT 780
AGGTATTACG GCTTTTTTGA TTACATCCAT GCGTTCATTA AATCCAGCTT CTTCAACTCG 840
GCTTCTGACG TGTGGACTTA TGGCTTTGGA GCGGACGCTC TTTATAATTT CATCAACGAT 900
AAAGCCACCA ATTTCTTAGG CAAAATCAAC AAGCTTTCTG TGGGGCTTTT TGGGGGTATT 960
GCATTAGCCG GGACTTCATG GCTTATTTCT GAGTATGTGA ATTTAGCCAC CATGAATAAC 1020
GTCTATAACG CTAAAATGAA CGTGGGGAAT TTCCAATTCT TATTCAACAT GGGAGTGAGG 1080
ATGAATTTAG CCAGGCCTAA GAAAAAAGAC AGCGATCATG CGGCTCAGCA TGGGATTGAG 1140
TTAGGGCTTA AAATCCCCUC CATCA.-YCACG AACTACTACT CCTTTATGGG GGCTGAACTC 1200
AAATACCGAA GGCTCTAT' G oGTGTATTTG AATTACGTGT TCGCTTACTA A 1251 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:425:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 861 páru bází (B) TYP: r.ukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: UE (iv) POZITIVNÍ: KE (Vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/'KLIČ: různé znaky (B) POZICE. 1...861 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:425:
ATGAAGAAAT CTGTTATAGT AGGTGCTATC TCTCTAGCAA TGACAAGCTT ATTGTCAGCA 60
GAGACCCCTA AGCAAGAAAk GGCTATTAAG ACTAGCCCTA CCAAAAAAGG TGAAAGAAAT 120
GCTGCTTTTA TAGGGATTGA TTACCAGTTG GGTATGCTCA GCACTACCGC TCAAAATTGT 180
TCCCATGGGA ATTGCAATGG TAATCAAAGT GGGGCTTACG GCTCTAATAC GCCTAACATG 240
CCTACAGCGT CAAACCCAAC AGGAGGCCTT ACTCATGGCG CTCTAGGGAC TCGTGGGTAT 300
AAAGGCTTAA GCAACCAACA ATACGCTATC AATGGTTTTG GGTTTGTTGT AGGGTATAAG 360
CATTTTTTTA AGAAAGCCCG ACAATTTGGA ATGCGTTATT ACGGATTCTT TGATTTTGCA 420
AGCTCTTATT ATAAGTACTA CACTTATAAT GATTATGGCA TGAGAGACGC TCGCAAGGGT 480
TCTCAAAGTT TCATGTTTUU CTATGUGGCT GGCACAGATG TGTTGTTTAA CCCAGCTATT 540
TTCAATCGTG AGAACTTGCA TTTGGGGTTT TTCTTGGGCG TTGCGATTGG TGGCACCTCT 600
TGGGGTCCAA CAAACTATTA TTTTAAGGAC TTAGCTGAAG AGTATAGAGG GAGTTTCCAC 660
CCATCAAATT TCCAGGTCTI AGTTAATGGC GGGATCCGCT TAGGCACTAA ACACCAAGGT 720
TTTGAAATTG GCTTGAAAAT CCAAACCATT CGCAATAATT ACTATACCGC TAGCGCGGAT 780
AATGTGCCTG AAGGGACTAC TTATAGATTC ACTTTCCACC GCCCTTACGC CTTTTATTGG 840
CGTTACATTG TAAGCTTT7A A 8 61 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:433:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1101 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA ·· ·· • · · · • · ·· ·«· · · * · · ·· 0»
20§ ·· ·· • · » • ··· • · · · • · · ·*·· «· k ·· ·· · · • · · • · · · • · · ··» ·· (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMU:/: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICE 1...1101 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:433:
ATGCAATTTC AAAAAACCTI1 ACTTTCTTTA TCTTTATTAT TTTTATCTTA TTGTATCGCT 60 GAAGAAAATG GGGCGTATGC GAGCGTGGGT TTTGAATATT CCATCAGTCA TGCCGTTGAA 120 CACAATAACC CTTTTTTGÁA TGAAGAACGC ATCCAAACGA TTTCTAACGC TCAAAACAAA 180 ATCTATAAAC TCAATCAAGT OAAAAATGAA ATCACAAACA TGCCCAACAC CTTTAACTAC 240 ATCAACAACG CTTTAAAAcÁ CAATGCTAAA TTAACCCCTA CTGAAAAGCA AGCCGAAACC 300 TACTACCTGC AATCTACCCT TCAAAACATT GAAAAAATAG TCATGCTTAG CGGGGGCGTT 360 GCGTCTAACC CTAAATTAGC CCAAGCGTTA GAAAAAATGC AAGAACCCAT TACTAACCCT 420 TTAGAATTGG TAGAAAACTT AAAAAATTTA GAATTACAAT TCAGCCAATC TCAAAACAGC 480 ATGCTTTCTT CTTTGTCTTC TCAGATCGCT CAAATTTCAA ATTCTTTGAA CGCGCTTGAT 540 CCCAGCTCTT ATTCTAAAAA CGTTTCAAGC ATGTATGGGG TAGGTTTGAG CGTAGGGTAT 600 AAGCATTTCT TTACCAAGAA ÁAAAAATCAA GGGTTTCGTT ATTACTTATT CTATGACTAT 660 GGTTACACTA ATTTTGGTTT TGTGGGTAAT GGCTTTGATG GTTTAGGCAA AATGAATAAC 720 CACCTCTATG GGCTTGGCAC AGATTATCTT TTCAATTTCA TTGATAATGC GCAAAAACAT 780 TCGAGCGTGG GGTTTTATGT AGGCTTTGCT TTAGCGGGGA GTTCGTGGGT AGGGAGTGGT 840 TTAGGCATGT GGGTGAGTCA AÁTGGATTTC ATCAACAACT ATTTGACGGA TTATCGGGCT 900 AAAATGCACA CGAGTTTTTT CCAAATCCCT TTGAATTTTG GGGTTCGTGT GAATGTGGAT 960 AGGCACAATG GCTTTGAAAT GGGCTTAAAG ATCCCTTTAG CGGTCAATTC CTTTTATGAA 1020 ACGCATGGCA AAGGGTTÁAÁ CGCTTCCCTC TTTTTCAAAC GCCTTGTCAT GTTTAACGTG 1080 AGTTATGTTT ATAGTTTTRÁ c 1101 (2)
INFORMACE PRO SEQ IR NO:437:
(i) CHARAKTERISTIKÁ SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 691 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) (iv) (vi)
HYPOTETICKÁ: E
POZITIVNÍ: NE
PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix)
ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC (B) POZICE, 1..
různé znaky
690 (xi)
POPIS SEKVENCE
SEQ ID NO:437:
GTGAAAGGCG
CAAAGCGTTA
AAAACCGACT
TTCGGGGAGA
GTGTTTGGAG
AGAAAAACQC
AAAACCCCOC
ATCTGGCCOR
AAAGATGGTT
CGAACGCTTT
TTGGTATCTG
RNAÁAGCAGT
TÁTGCAAGGC
TGGTGCGCGC
GACATCAGAT
GGGATTAGCT
GAATTTAACT
TTAGGGCTTA
TATTACGGCT
AATGGTGGGG
ATCAAGTCGG
ATCCTAAGTT
CTGTGGGTTA
TTATGGATTA
TGTGCAAACT
TCAGGCTTCA
CCCTGTGGGT
TAAGCAGTTT
TGGGCATGCC
CAATGAGCCA
120
180
240
300 • ·
206 | ·· ·· • · · • · ·· • · · · • · · ···· ·· | .. . . · · · · | ||||
i . · · * , , II ··· • · · * ... ·· ·· | • · • · • · • · | |||||
TGCGCGACCA | AAGTAGGGAA | 4ATGGGCAAT | CTGTCTGACA | TGTTCACTTA | TGGTGTGGGT | 360 |
ATTGACACTT | TATACAATGT | (ATTAATAAG | GAAGACGCGA | GTTTTGGTTT | CTTTTTTGGG | 420 |
GCTCAAATCG | CGGGTAACTA | TTGGGGTAAT | ACGACAGGGG | CCTTTTTGGA | AACTAAAAGC | 480 |
CCTTATAAGC | ACACCTCCTA | TAGCCTTGAT | CCGGCGATTT | TCCAGTTCCT | TTTTAATTTA | 540 |
GGGATTCGCA | CCCATATTUA | TAAGCATCAA | GAATTTGACT | TTGGCGTGAA | GATTCCTACT | 600 |
ATCAATGTTT | ATTATTTTAA | ACATGGGAAC | TTGAGCTTCA | CTTACCGCCG | TCAATACAGC | 660 |
CTTTATGTAG GGTATCGTI K ZAATTTCTGA 690 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:438:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1440 párů bází (B) TYP: rukleová kyselina (C) DRUH FETÉZCE: dvojitý (D) TOPOLÍ:!!: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: Ní | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMU: | - : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KL D (B) pozicí: i.. | ': různé znaky . . 1440 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | : SEQ ID NO:438: |
TTGAAAAACC ACTCCTTTAA AAAAACGATC GCTCTTTCCT TGCTGGCGAG CATGTCTTTG 60
TGTAACGCTG AAGAAGATGG AGCGTTTTTT GTCATTGATT ACCAAACGAG TTTGGCCAGA 120
CAGGAATTGA AAAATC.CA:-G CTTCACTCAA GCGCAAGAAT TAAAGCAACT CATTAGAGAT 180
GGGGCTGTGA GGTTGCAAA-.C TTCTGCCATT CCCTTATCCT ACTACTTGGA TATTTTAGGG 24 0
AATAAAACAA AAACTCTTTT GAGTGAAAGC CTAAAAAACA ATCCGCAACA ACCAAACGGG 300
CAACCCAACC AAGCTTTAGT CAATTTAGAG CAATCTCTAG GGATTTTAGG AAAACTACTA 360
GATCTATCCC AACAATACGC TTCAGAAGGT GTCATTAAGC CTTTGGTGGT GGATGTAGGG 420
AAAGAACAAA TCGGTATCAG GGATAGCATG CTCTTGGTGG CTCAAAACAT CGTTTTAGCT 480
TTAGGGCAAG TGGATTTGAG CGAAATCCAA CAAAACAATG GTAACCAACA GCTATACGAA 54 0
AACATCATGA AAGTCATGGT TTAGGCACA GGCGGGACTA ATGGAGCGTA TAATGGCGTG 600
AGTGTGGGCG ATATCGCCAC AGGCATGCAA AATTTTCCTT CGCAAACGGG CTTGATTGGG 660
GCTAATTCTA CGGTGAGCGA GKTCAACGCT TTGATTAAGA GCGGGATTTC TTTAGATCGT 720
GAAACTTTGG GGTTAGGGAG TTTTATTGAA AAAAATATCT GCAGCGGTGC ATCGTCTTGT 780
TTTAGTGGGA ATCAGCTTAT CAATAAGAAA GGGCTAGACA GAACCATAAA CATCATTAAT 840
GCGGTATTAG GTCAGTTTGK AISTTCGGCT AGTTCTCTTT ATAAGATTTC TTATATCCCT 900
AACCTCTTTT CGCTCAAAAA r K ACCAGTCA GCGAGCATGA ACGGCTTTGG GGCTAAAATG 960
GGTTATAAAC AATTTTTCAA : , ATAAGAAA AATATCGGCT TAAGGTATTA TGGGTTTTTG 1020
GATTATGGCT ATGCGAATTT TGGCGATACG AATTTAAAAG TGGGAGCGAA TCTTGTTACT 1080
TATGGGGTAG GAACGGATTT TTTATACAAT GTGTATGAAC GCTCTAGAAG GAGAGAAAGG 1140
ACTACAATCG GTCTTTTCTT TGGCGCTCAA ATTGCAGGGC AAACTTGGAG CACTAATGTA 1200
ACGAACTTAT TGAGCGGGGA AAGGCCTGAT GTCAAGTCCA GTTCGTTCCA ATTCTTATTT 1260
GATTTGGGCG TGCGC.ACC? A (TTGCAAAA ACCAATTTCA ATAAGCACAG ATTAGACCAA 1320
GGGATAGAAT TTGGGGTGL AATCCCTGTT ATCGCTCATA AATATTTTGC AACCCAAGGC 1380
TCAAGCGCGA GCTATATGA4 MAATTTTAGC TTCTATGTGG GCTATTCAGT CGGTTTTTAA 1440 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:447:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA.: 2' '4 páru bází (B) TYP: uikDová kyselina (C) DRUH RETE2CE: dvojitý • ·
(D) TOPOLOGIEA kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKO: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2094 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:447:
TTGCAAAACT TTGTTTTTAA TAAAAAATGG CTCATCTATT CTAGCCTACT CCCCTTATTT 60
TTTCTTAACC CTTTAATGGC AGAAGACGAT GGGTTTTTTA TGGGGGTGAG TTATCAAACT 120
TCTTTGGCCG TTCAAAGGGT GGATAACTCA GGGCTTAACG CCAGTCAAGA CGCATCCACT 180
TATATCCGCC AAAACGCTAT CGCTCTAGAA TCTGCGGCGG TGCCTTTAGC CTATTATTTA 240
GAAGCGATGG GCCAACAAAC GAGAGTCTTA ATGCAAATGC TCTGCCCTGA TCCTTCTAAA 300
AGATGTTTGC TCTATGCAGG GGGCTATCAA AACGGACAAA ATAATAACGG CGATACAGGC 360
AACAACCCCC CAAGAGGCAA TGTCAATGCC ACCTTTGATA TGCAATCTCT AGTCAATAAT 420
TTAAACAAGC TCACCCAACT CATCGGCGAG ACTTTAATCC GTAACCCTGA AAATCTTCCT 480
AACTCCAAAG TCTTTAACGT CAAATTTGGC AATCAAAGCA CTGTTATTGC ATTGCCTGAG 540
GGTCTAGCCA ATACCATGGA CGCTTTAAAC AATGACATCA CCAACGCTTT AACCACGCTC 600
TGGTATAACC AAACCTTAAC GAATAAATCT TTTAGCACCC CTAGTAACAC TTCTGTGAAT 660
TTTAGCCCCC AAGTCTTGCA ACACCTTTTA CAAGACGGCT TAGCCACAGC AAATAATAAT 720
CAAACCATTT GCAGCACTCA YAACCAATGC ACCGCCACTA ATGAAGCTAA ATCTATCGCT 780
CAAAACGCCC AAAACATCTT CCAGGCTTTA ATGCAAGCAG GGATTTTAGG GGGCTTAGCC 840
AATGAAAAGC AATTTGGCTT CACTTACAAC AAAGCCCCCA ATGGCAGCGA TTCCCAACAA 900
GGCTATCAAA GCTTTAGCGG CCCGGGTTAT TACACCAAAA ACGACAACAC CACGCAAGCG 960
CCCTTAAAAG CATTACCCGC TGGAGCGACA ATTGGATCAG GCAATGGCCA ATACACCTAC 1020
CACCCCAGCT CGGCAGTCTA TTATTTAGCC GATAGCATCA TCGCTAATGG CATCACCGCT 1080
TCTATGATTT TTTCAGGCAT GCAAAATTTC GCCAATAAAG CCGCTAAACT GATAGGCACT 1140
TCAAGCTATA ACCAGATGCA AGATGTGATC AATTACGGGG AAAGCTTGCT TAGTAACACC 1200
GTAGCGTATG GGGATTTCAT CACCAATTGG GTCGCCCCCT ATTTGGATTT AAACAATAAA 1260
GGTTTGAATT TCTTGCCTAA TTATGGGGGG CAATTGAATG GCGCTAATAA TCAAACCCCA 1320
CAATTAACCC CACAACAAGC CCAACAAGAA CAAAAAGTGA TCATGAACCA ATTAGAGCAA 1380
GCCACAAACG CCCCCAC.CCC CGCGCAAATA AACAGGATTT TAGCCAACCC CTATTCCCCC 1440
ACGGCAAAAA CTTTAATGGC TTATGGGCTC TATCGCTCTA AAGCAGTGAT TGGCGGAGTG 1500
ATTGATGAAA TGCAAACTAY AGTGAATCAA GTCTATCAAA TGGGCTTTGC TAGGAATTTT 1560
TTGGAGCATA ACTCTAATVC TAATAACATG AACGGCTTTG GCGTGAAAAT GGGCTATAAG 1620
CAATTTTTCG GCAAAAAGCG CATGTTTGGG CTTAGGTATT ATGGTTTTTA TGATTTTGGT 1680
TACGCTCAAT TTGGCACAGA ATCTTCTTTA GTGAAAGCCA CCCTCTCTAG CTATGGAGCG 1740
GGCACAGACT TTCTTTATAA TGTTTTTACC CGAAAAAGAG GGACTGAAGC GATAGATATA 1800
GGTTTTTTTG CCGGTATC’ TTGCAGGG CAAACCTGGA AAACGAATTT TTTAGATCAA 1860
GTGGATGGCA ACCATCTI - i TAAGGAC ACTTCTTTCC AATTCCTTTT TGATTTGGGC 1920
ATAAGGACCA ATTTTT ACTCAT CAAAAAAGAT CTCGTTTTTC TCAAGGGATA 1980
GAATTTGGCC TTAAAATACC GGTGCTTTAT CACACCTACT ACCAATCAGA AGGCGTTACA 2040
GCGAAGTATA GAAGAGCCTT TAGTTTTTAT GTGGGCTACA ACATAGGCTT TTGA 20 94 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:448:
(i) CHARAKTERISTIKY SEKVENCE:
(A) DÉLKA,: 2014 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICF’ 1. . .2094 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:448:
TTGCAAAACT TTGTTTTTAU TAAAAAATGG CTCATCTATT CTAGCCTACT CCCCTTATTT 60
TTTCTTAACC CTTTAATGGC AGAAGACGAT GGGTTTTTTA TGGGGGTGAG TTATCAAACT 120
TCTTTGGCCG TTCAAAGGGT GGATAACTCA GGGCTTAACG CCAGTCAAGA CGCATCCACT 180
TATATCCGCC AAAACGCTAT CGCTCTAGAA TCTGCGGCGG TGCCTTTAGC CTATTATTTA 240
GAAGCGATGG GCCAACAAAC GAGAGTCTTA ATGCAAATGC TCTGCCCTGA TCCTTCTAAA 300
AGATGTTTGC TCTATGCAGG GGGCTATCAA AACGGACAAA ATAATAACGG CGATACAGGC 360
AACAACCCCC CAAGAGGCAA TGTCAATGCC ACCTTTGATA TGCAATCTCT AGTCAATAAT 420
TTAAACAAGC TCACCCAACT CATCGGCGAG ACTTTAATCC GTAACCCTGA AAATCTTCCT 480
AACTCCAAAG TCTTTAACGT CAAATTTGGC AATCAAAGCA CTGTTATTGC ATTGCCTGAG 540
GGTCTAGCCA ATACC.ATGCR CGCTTTAAAC AATGACATCA CCAACGCTTT AACCACGCTC 600
TGGTATAACC AAACCTTAAC GAATAAATCT TTTAGCACCC CTAGTAACAC TTCTGTGAAT 660
TTTAGCCCCC AAGTCTTGCA ACACCTTTTA CAAGACGGCT TAGCCACAGC AAATAATAAT 720
CAAACCATTT GCAGCACTCA AAACCAATGC ACCGCCACTA ATGAAGCTAA ATCTATCGCT 780
CAAAACGCCC AAAACATC.TT CCAGGCTTTA ATGCAAGCAG GGATTTTAGG GGGCTTAGCC 840
AATGAAAAGC AATTTGGCTT CACTTACAAC AAAGCCCCCA ATGGCAGCGA TTCCCAACAA 900
GGCTATCAAA GCTTTAGCGG CCCGGGTTAT TACACCAAAA ACGACAACAC CACGCAAGCG 960
CCCTTAAAAG CATTACCOCZ TGGAGCGACA ATTGGATCAG GCAATGGCCA ATACACCTAC 1020
CACCCCAGCT CGGCAGTCTA TTATTTAGCC GATAGCATCA TCGCTAATGG CATCACCGCT 1080
TCTATGATTT TTTCAGGCAA GCAAAATTTC GCCAATAAAG CCGCTAAACT GATAGGCACT 1140
TCAAGCTATA ACCAGATGCA AGATGTGATC AATTACGGGG AAAGCTTGCT TAGTAACACC 1200
GTAGCGTATG GGGATTTCAT CACCAATTGG GTCGCCCCCT ATTTGGATTT AAACAATAAA 1260
GGTTTGAATT TCTTGCCTAA TTATGGGGGG CAATTGAATG GCGCTAATAA TCAAACCCCA 1320
CAATTAACCC CACAACAAGC COAACAAGAA CAAAAAGTGA TCATGAACCA ATTAGAGCAA 1380
GCCACAAACG CCCCCACCCC CGCGCAAATA AACAGGATTT TAGCCAACCC CTATTCCCCC 1440
ACGGCAAAAA CTTTAATGGC TTATGGGCTC TATCGCTCTA AAGCAGTGAT TGGCGGAGTG 1500
ATTGATGAAA TGCAAACTAA AGTGAATCAA GTCTATCAAA TGGGCTTTGC TAGGAATTTT 1560
TTGGAGCATA ACTCTAATTC TAATAACATG AACGGCTTTG GCGTGAAAAT GGGCTATAAG 1620
CAATTTTTCG GCAAAAAGCG CATGTTTGGG CTTAGGTATT ATGGTTTTTA TGATTTTGGT 1680
TACGCTCAAT TTGGCACAGA ATCTTCTTTA GTGAAAGCCA CCCTCTCTAG CTATGGAGCG 1740
GGCACAGACT TTCTTTATAA TGTTTTTACC CGAAAAAGAG GGACTGAAGC GATAGATATA 1800
GGTTTTTTTG CCGGTATCCA ACTTGCAGGG CAAACCTGGA AAACGAATTT TTTAGATCAA 1860
GTGGATGGCA ACCATCTTAA ACCTAAGGAC ACTTCTTTCC AATTCCTTTT TGATTTGGGC 1920
ATAAGGACCA ATTTTTCC.AA AATCGCTCAT CAAAAAAGAT CTCGTTTTTC TCAAGGGATA 1980
GAATTTGGCC TTAAAATACC GGTGCTTTAT CACACCTACT ACCAATCAGA AGGCGTTACA 2040
GCGAAGTATA GAAGAGCCTT TAGTTTTTAT GTGGGCTACA ACATAGGCTT TTGA 2094 (2) INFORMACE PRO SCO 10 NO:449:
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
(A) (B) (C) (D) | DÉLKA: TYP: u DRUH Ř TOPODO | 3714 párů bázi nkleová kyselina ETĚZOE: dvojitý GIE: kružnicová |
(ii) | DRUH | MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE
209 ·· ·· • · · • · · · • · · · • · ·· <
(iv) (Vi)
POZITIVNÍ: NE
PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANTZMKS: Helicobacter pylori (ix) (xi)
ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...3714
POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:449:
ATGATAAAAA AAGCTAAAAA GACAATGGCT GGTATATGTC AACAAACAAC TTTTAGAAAA ATTGCAGGGC CTACTACCGG GGCTATGGCG TGAGTAACAC CAAATTGGCA AAAGAAAAGA ATCATAGGGC TTAAAGGAAG AAACTCCTTT CCAACACCCA ATTAGTGCAG TCAATAGCCT CAAAACACCG CGCAATCCAA ACCACTAGCA CCACTTACGC TCTAGCAATA ATACCACTTA GGGGTTTTCC CCACCACAC ' TTCTATCCAA CTAATTCCCT TACAACAACA CCCTTTTAAT AACCCCAATG GTTGCGCCAA CCTTTAGCCG CAACCCCCAC CAAAAACTTC AAAGCGTTGC TATAATTTAA ACAACTTGCA CAATACAATA ACGCTTTAJA CTCAAAAACA CTTCCAAT-A ATCAGCGCCT ATGATT ATTTCATGCT CAGCCA GCTACCTCCA AAGTCCCTTGTCTCTC AAGTGT AAAAACGCCA ΑΑΆΤΑΤΓ-Ί TCTTCAGGGG GTTTGA AATGGGACTA CCACTA ATGGTGAATA ATGAAGAA ACACAATCTT CTAACA AATTTCCAAC AAAGCA GCGAACGCAC TTTATA AACAATAACC AAGATT ATTAACCAGC AAGTGC CAAACAAGCG GATCAG GGCAACTGGT GCTACC GCTTTAGGGT ATCAAACACA ACCTACAATG TCCAACAAAT AACCTTAAGA GCGTTAATGG ATCAACACAG CCTACCAA.AT AGTAGCAATA GTAG CAAT AG AGCACCAACG GGAGCAATGG AACGCCACCA CCGCAACCAC CAAAAAATAG CCAATATTAT AAACAATTCT TTGAAGCGTT GGTAGTAGCG GTAGTAGCTC CCCACAAACG GAGTGAGC A ACCGCCGGGT TTATCC AA AA CAAGCCATTA CGAGCGCTAT AATGCGATTT TGACCTTGCT T C GCAAAC CT TAC G G CAG C O
ATTTATACCA CTCTTTTTAA TGTAGGCTAT CAAATCGGTG TCAAAATATC ATCAATAGCA CCTAATCACT TTAAGCTCTC CGTGGGTAAC CAATTAGAAG CTTTTATTCT AGCCGTCAAA CTCTGATCCC TTAAAAGCCC AAGCGCGTTT GATCAGGGCA AAACCCTAGC AACAACTCCC GACAGAATTG TTGCAACAAA ACAATCCTTA CTCTCCAATC TGTGAGCGCT CTTGTTAACG GTCAACGCAT GTGGTGCTAA ' TTAGGCTCT ACTTCTTCAA AAACACCTTA CAAGGGGAAT TCAAATCCAG TGTTTAGAGC TTCAACTAAC CAGGCCAACC TATCAACGCT TTAGACAACA CAACGCTTTG AATTTCCAAG GCIAAATTTCG TGGATTAGTT - ™ OCAAATC GGCACGGTTA
IGCTACC GGAAGCCTTT i ( CACAAAT AACACAAATA TCAACGGC AAAGAGCAGA GTTTATAAC TCTTTAAAAA -CAATGGA TCGCAATCTG
IGGGAAC GCCCAATTGC \GCTAAA AGCAACGCTT
CAAAACG ACCAATTTCA
IATGGGA GCTTTAAACA
IGCTTTT CAAAACCAAG rAACCCT AATGGGAATC ICAATTA AGGGCGAATT IATGAAC GCTTTAATTA IACGAAC AACGCATGCG
-ITCCGAT TCTAAGGCTT AGCGACAACT CAAAATGGGA CACGCTCACT AGCGGTGGTT GGGCAGTAAT GGGGGAAGCA GCTCACAGAC GCTAGCGATG TA.GCAATAGT GGCAATAATA GACGAGTGGG AGCAATTGTT CACGACCGAC AGCAATTTAC CGCCAGCTCT GGGAACAATA AAAAAGTAAT AGCAGCAGTC TACTTGCTCC GGTGGGCTTA TACGAATAAT TTAATTAATC TTATGATAGT AATGTATCTA TTCTCAAGGG TTTCAAGCCT CCAAGAAATC ACTTCTAACA OOTAGGGGAT AAAACCTTCT
TTGGCTCCCT
GCACGCAGCA
TCACCCAAAG
AAAGCGTTAT
GCATTTCTAA
TCTCTAGCAT
ATTCTTCACA
TCGCTCTAAG
AAGAAGTCAA
TTGAACACAG
TGACCGATGC
CTTTAAACAC
ACCCACCGGG
ACAGCAATAA
TAAGCACTAA
AATTCATCCA
AGCAAGTCCA
ATGCGATCAA
CCTATCAAAG
TTAGCGAGCC
CCAACGATCA
CTAGCGATGC
GTTTTGACAA
TCGGCGTGAA
CTTCAGAAGA
GGACAAGCCC
AAAATATTTT
CCAAACTAAA
ATCAAAGCAG
CCGTATTGCA
AAAATAATAT
AATCGCAAAA
TTTACCAGCT
ATCAAAGCCA
CGAGCGGAAT
ATTACAGCGG
GCAGTGGTGG
TGCTCAATCA
GTGGGAATGG
GGAAATTAGG
ACGGCTATAC
ATGAACCCAA
AAAAAGTCTA
AAGGCGTTGA
TTAGTAATTT
TCAACCTTTT
TGCTCACTGA
CTAGTCTTAC
TGCAAAACGA
CCACCACCAT
TTATGGTGCA
CTTAGCTGAA
ATTCATCAAT
CGCGATCAAT
TGACGCTTTA
TATCCTGAAT
TTCCCAGCAA
AATCACAGCC
CTCTAATATC
AGCCCAGCTC
CATCACTAAA
GGTGAATGCA
TTTAGGGGTG
ACAAGTCGTA
CCAACAACAA
CAATCAAAAT
AAATTTAACC
AGCCATCGCT
CAACACCACC
CACGATAGAA
TAAAAACTTG
AGGGCAAAAT
TTCTAGTGGG
TTCTTTAGTC
TTCTTTTAAT
AAATTTGCAA
ATGCAATAGC
AAGCCCTACT
AGCGATGGTA
TGGGCCAACC
AAATGTCAGC
CCAAGCTTGG
TTTAACCACT
CATCAATACC
ACAAACCCAG
GGGGAGTAGT
GTTGCAAAGC
GAGCAATATC
AATTATCACA
CACTAGTCAA
GACTTATAAT
GCCATGCAAT
CAAACAACAA
TAATGACGCC
AAACGGCTTA
ATGTGGTAAT
AGGGGCAATC
ATTCATTAAA
AAGCGCTTTT
TATTAGCCCT
TCAGTCATTC
ACAAAAGCTC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2400
2460
2520
2580
2640
2700
2760
2820
2880
2940
3000
3060 • ·
21Θ • · • · · · • · ·· ··· · · • · · ·· ··
ATTGATGCGA TGATTAACGC GAGAAATCAG GTTCAAAACG CGCAAAATCA AGCCAATAAC 3120 TACGGCTCTC AACCCGTTTT 7AGCCAGTAT GCGGCCGGTA AAAGCACCCA ACACGGCATG 3180 AGCAATGGCT TAGGGGTTGG GATAGGCTAT AAATACTTCT TTGGTAAGGC TAGGAAATTA 3240 GGCCTTAGGC ATTATTTTTT OTTTGATTAC GGCTTTAGTG AAATAGGCCT AGCCAATCAA 3300 AGCGTGAAAG CGAATATCTT TA3TTATGGG GTAGGCACGG ATTTTTTATG GAATCTATTC 3360 AGGAGGACTT ACAACACTAA AGCGTTGAAT TTTGGGCTAT TTGCCGGGGT CCAACTGGGC 3420 GGTGCAACTT GGCTTAGTTG CTTAAGGCAA CAAATCATTG ACAACTGGGG GAACGCTAAT 3480 GACATCCATT CAACGAATTT TCAAGTGGCG CTGAATTTTG GGGTGCGCAC CAATTTCGCG 3540 GAGTTTAAGC GTTTTGCTAA GAAATTCCAC AATCAAGGGG TCATCAGCCA AAAGAGCGTG 3600 GAATTTGGGA TCAAGGTGCG I ‘.TCATCAAT CAAGCGTATT TGAATAGTGC TGGGGCTGAT 3660 GTGAGCTACA GGAGGCTTTA '' CTTTCTAT ATCAATTACA TCATGGGGTT TTAA 3714 (2) INFORMACE PRO SEO A NO:451:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1308 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGII',: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NA (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ (B) pozic./; i..
: Helicobacter pylori : různé znaky Al 3 0 8 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:451:
ATGAAAAAAA | TTTTAATCAC | TTTAATCACT | TTATTATTAG | GAGTTTTTAT | GGGGTTACAA | 60 |
GCGAGTGCTT | TGACACACCA | AGAAATCAAT | CAAGCTAAAG | TCCCTGTGAT | TTATGAAGAA | 120 |
AACCATTTGT | TACCCATGUG | 1'TTTATCCAT | TTAGCCTTTA | GAGGGGGTGG | GAGCTTGAGC | 180 |
GATAAAAACC | AGTTGGGr“ n | AGAAATTG | TTCGCGCAAG | TTTTAAACGA | AGGCACTAAA | 240 |
GAGCTTGGCG | CGGTGGGGI?T | I -CGCAACTT | TTAGAGCAAA | AAGCGATCAG | TTTGAATGTG | 300 |
GATACCAGCG | CAGAAGAT/'Τ | GAAAATCACT | TTAGAATTTT | TAAAAGAATA | CGAAGATGAA | 360 |
GCCATAATGC | GCTTAAAAGA | GCTTTTAAAA | TCCCCTAATT | TCACGCAAAA | CGCTTTAGAA | 420 |
AAAGTCAAAA | CCAGAATGTT | ACCCAACTT | TTACAAAAAG | AAAGCGACTT | TGATTATTTG | 480 |
GCTAAACTGA | CTTTAAAACA | AAAGCTTTTT | GCTAACACCC | CTTTAGCTAA | TGCGGCCTTA | 540 |
GGCACTAAAG | AGAGTCTTAA | AAAAATCAAG | CTAGACGATT | TGAAACAGCA | ATTTGCTAAG | 600 |
GTTTTTGAAC | TCAATAAA TI | catggtggtg | CTTGGGGGCG | ATTTGAAAGT | CAATCAAACG | 660 |
CTCAATCGTT | TAAATAACGC | CCTCAATTTC | TTGCCGCAAG | GTAAAGCCTA | TGAAGAGCCT | 720 |
TATTTTGAAG | CGAGCGAT.AA | AAAAAGTGAA | AAAGTCCTCT | ATAAAGACAC | TGAGCAGGCT | 780 |
TTCGTGTATT | TTGGCGTGAC | CCTTAAAATC | AAGGATCTAA | AACAGGATTT | AGCGAAATCT | 840 |
AAAGTCATGA | TGTTT | T VGGGGGGG | TTTGGCTCTC | GTTTGATGGA | AAAAATCAGG | 900 |
GTTCAAGAGG | GCTTGGCTAA | 3UCGTGTAT | ATCCGCTCCA | ACTTTTCTAA | AGTGGCGCAT | 960 |
TTTGCGAGCG | GGTATTTG A | i ‘.CAAGCTC | AGCACTCAAG | CTAAAAGCGT | TGCCTTAGTT | 1020 |
AAAAAAATAA | TTAAAGIV.EE,' | TATAGAAAAA | GGCATGACGC | AACAAGAATT | AGACGACGCT | 1080 |
AAAAAGTTTT | TACTAGGCTC | TGAGCCTTTA | AGGAATGAAA | CGATCTCAAG | CCGCTTGAAC | 1140 |
ACCACTTACA | ATTATTTTTA | TTTGGGTTTG | CCTTTAGATT | TCAACCAAAC | GCTACTCAAT | 1200 |
CAAATCCAAA | AAATGAGTTT | GAAAGAGATC | AATGATTTCA | TTAAAGAGCA | TACCGAAATC | 1260 |
AACGACTTGA | CCTTTGCTAT | TGTGAGCAAT | AAAAAGAAGG | ACAAATAA | 1308 | |
(2) INFORMACE PRO SEJ | 1- NO:452: |
(i) CHARAKTERISTIK// SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1SA5 párů bází
314 • · • I ·· ·
(B) | TYP: nuk.. |
(C) | DRUH ŘETE |
(D) | TOPOLOGIE' |
DRUH | MOLEKULY: |
: ova ÍCE:
kyselina dvoj ity kružnicová genomová DNA (ii)
iii) | HYPOTETICKÁ; U |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMU |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLE (B) POZICE 1. |
(Xi) | POPIS SEKVENCF |
: různé znaky . 1845
SEQ ID NO:452:
Helicobacter pylori
TTGGCTTCTC
TCTCAATCCA
TCTTACATGT
GATTCTAAAA
GTTTATGCCA
GCCGGGGTAG
ATGGGGATCA
TTAAAAACGG
AAGGTCAGTG
ATCAAACAAT
AGCGCGAACA
CGCTTAGATC
TACTTAGACG
AAGCTCCATT
ATTGACAACC
GATGTCTTTA
GATAAGGGCT
CTTGTGAAAG
ATTTCAGGGA
AAAGATAAAT
TTTTTCTCTA
GTGAGCGTAG
GGAGGGCTCA
ATGAGCTTGT
GGGGCGGGGC
TGGTATAGCT
CAAGGCGGGG
TTAGGGTATA
TACTATTCCT
ATTATCAACC
GGAGCGATCA
CAAAAGAAZA
ATCAAACGCC
CTGACATGCT
AAATAGACAC
CTTTTGAAAA
AAATCAAGGG
AAAAGGGCGA
CTTTAGAGGG
AGGGAGCGTT
CCATTTATGA
AGCAGCGCGA
AATTAGAATA
CTCATATTTC
ATAAGOTCAG
CGGTAGTCCG
ATATTGAGCA
ATGCGTTTC/'
TCATT'/AT! cg
ACCA/u
ACAAC/
AAGTCZ
AAGAGGGG
TGCTTAATGG
ATGCTAACAT
GTATGTTTGC
CTACGATCAX
GCTTTGGGfiT
ACTTGAATX
CTGTTAATGA
GCTTATCAGG
CCATCTTCAC
C XAAAAGAG T. .AAGAAATG CGCTAATGAA /'XTGTTTTA CGGCATTTTA TTATGGGACT CGCCTTTGAT
ZKGGGCTAT ACTGATCGTG G' TGAAGCGAT TTTCATGGGC GGATTCTTTG TTCGCCTTTT í '/AGGGGATC CCTAAAAACC T 'TAAGAGCG í-STGGTGAAG T.ITTGAAGTG GCGATAGG Z .AACTGAGA TAAAGAAAAA CACCGGGCAG G/AGCGTGAGC TGCCACAGGG C/zGGAATTTG TCTTTATGCG /-/A-TGTCGGG / AAAAACTC AGTGGCCTCT CGGTAGAACT ZV/AAATAAA
GCTCAAAAAA
AAAGTCAAGT
ATTGCAAAGA
GCTTTGTTCA
GAGTTTCATT
GAAAAGGAAA
GAGCAAAAAT
TATGGGAGCG
TTTGATGTGA
AAATTAAAAC
TGGATGTGGG
CGTATCCAAG
TTGAAAACGG
CAATACAGGA
TTAGAAAAAG
GATGCGCAAA
CCAGACTTGG
GGCGATATGG
ATCATTAGGA
AATTCCGAAA
AGGGTCAATA
TTGCAATTCG
GAAAGGAATC
GGGGGTAGAT
AGCTTGACTA
GATTACAGGA
CGCATGCTGG
CTTGGTTTCA
CCAAGGCAAT
CCATTGGTTC
AGGTATTTGG
ATGAAGCTCA
CCATTTCTTA
TTCGCGTGGG
ACCAAGGGTA
TTGATGAAAA
AAGACGGCTT
TAGAGCATGC
TGGTGGAGGT
ATAGGGGGGA
GCCGTGTGAT
GCTTGAATGA
ATGTGTATAT
ATTTTTCCAC
TTTCAGATAT
CGCTTAAAGT
TTTTAAAAAC
ATAAAGACGA
TGCATATCAA
GGGAATTGTT
ATTCTTTGAG
GCTCATTGAT
GGTTGGGCTA
TTTTTGGCAC
CTTATCCGGG
ATCCAAGGAT
TAAGCTACCA
GTAATAGAAC
GCAGCCCCTT
GTTCCACACC
CTGAAAGCTG
GATAG
AAACGAAACC
TGTCGGGCTT
CGATATGGTG
TTTTAAAGAC
AGCCAGGATT
AAAATCCCAA
TAAAACGGCT
GCGCACAGAA
CAGTATTTAT
TGAATCTTTG
CGGGAAATTG
GCGTAGGGGT
CCATGACGCT
TTTAATAGAG
TAAAAGGAAA
CGAAATCGCC
AAAAAACGGG
TGATGTCATC
ACTAGGGCCT
GCGTTTAGGG
GGATTTGTTA
TGGCTCTTAT
AGGGCAAAGC
CATGCCAAAA
TTTTGACAGC
ATACATCCAA
CCATGTGAGC
ATACAACCGC
CGCATCGGTG
TTCTAGTCCT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1845
INFORMACE | PRv SEQ A | NO:454: |
(i) CHARAKTERISTIK. (A) DÉLKA: 1« (B) TYP: ::ukl (C) PRUH ŘETĚZ (D) TCXZLOMIZ: | SEKVENCE: 6 páru bází uvá kyselina VE: dvojitý kružnicová | |
(ii) DRUH | MA E1VAY: | jenomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: Ní | y |
212 • ·
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLI (B) POZICE 1.. | : různé .18 66 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:4 5 4: |
TTGCATGCTG
CAAATGGTCA
CAATCTTTAG
GCTGTCAACA
GAAACATCGC
AGTCTTTATG
TCTCCTTTAG
AGCAAAGAAA
AATCTCTGTG
ACTACAGCTC
ATGGTGTGGA
ATCACATCCA
CCTATCTTGC
CAAGCTCGAG
GCTCAAAACC
ATTCCTAAAG
AAAACCCCTA
CAAGACAATG
GTTTATAACC
TTGAGCGAAG
TCGCCTAAAG
AACCAAGCTT
CAAAACAATA
GGCGAAAGCA
ATCAAATCCA
TTGTTAGTGA
CTTTTTGGTG
ACAGCGTTCA
AATCTCGGCT
CAACATGGCG
CTAGGCACTA
TATTAA
AAGACAACGG
AAAACACCGA
CCCAACTGA:
ATGCTTTAAG
CCATCTACAA
CAGGGAAf A
GAAGAACTTATG
CCTTAT
TTCAAA
ΑΑΑΑΊΑ
CTGGTCAACAAGCGCT
CTATGGGATG
AAAAGK :AAi ~
ACCAACTTAA
CTAACCCTT.a
TAGCTAATTA
TAAAATCCAA
AGATTTCTAA
ATT( T:(A
TA A' i
ACGGG CJGI :
AAAGATGGGG
GCTTTTTTAA
ATTTTATCAA <
GTATCCAAC?
ATAACCCTTA
TGG\GGGCG.GG
TTGAACTGGG
AGCTYI AATA
-AATTGAAA
TTCGTTAAAA
CGATTTAAAA
C.--CCGCGCAA
KSTCAGTTTT
AAGAGATGGG
A.TGAAGACA
AGCTCTAGC
GAACAGCTC
ATCGCAGGT
GKCCGACTAT GACGCTTTCT G AAACAAAT ' TTTCTAAC A :ATTTGGAG GAGACAGAAT TGGTAATCGT TCAAACAGAG ACTTCCCTAT GGGCCAATAC AGGCAATAAC ά,Α AGGGCTT GTTAAGGTAT ICTTCTTCT JATAGCATC JCAGGGACT f AGCGCGAAA ’ GAGCTACA CATTAAAATC GAAGGCTT
AGCGCGGGCT
AACTTGAACG
AAAAGCATTC
AGCTTTGCGA
GCTGTTATCA
CATGTGACCG
AACTGCACAG
CTTGCCGAAA
AATCAATCAA
ATGGACTTAA
GTTACAAACA
GCGGTGTTTA
CAAAGTAACC
CGTGAATTCG
GCTTCAAGTA
AACGCTTACT
GTGAATTTGA
TTGGATTCGG
ATCGTAACCA
AACCAAGTCA
CAAATCAACC
CCCTTTAAAA
GGCGTGCAAG
TATGGTTTCT
GATATATGGA
ACAAGAAAGA
ACATGGCTTA
GTCAATGCTT
GCTAAGAAAA
CCTACCATTA
TATAGCGTGT
ATCAAATCGG
ACAAATACGA
AAACGGCGAA
GTAACAACCA
CTTCAGTATT
GTTTGAATGA
GATTACAACA
ACCTCCAAAA
ATGGAGGCAA
TCGAACAGAC
AACCCAATGG
ACAACATCAA
ACACCCTATC
CTAAAGACAT
TCTTCAATCT
TGAAAGTGCC
ATAAAGAAAT
CTTTAAGCGT
CTTATAACGA
ATGTAACAAA
CAGAGCAGCA
AAGTGGGCAT
TGGGTTATAA
TTGATTACAA
CTTATGGCGG
ACAACAAGCT
ATTCTCAATA
CCAATTTCCA
AAGACAGCGA
ACACCAATTA
ATCTCAATTA
CGAAGCGGTG
GCAGTTAAGC
CAACATTCAG
CACAAACAAA
GGCTTTTTGG
TGGATCTAAT
ATGTTTTATG
AGCTCAAGGC
AACTTCCATG
CAAGGTTTCT
TGCTGGCGCT
GGCGATGCTA
CACTCAGTTG
CTACGCTTTA
CTTTAATTCC
ACATTTGGGT
TAATGCGGTT
GGCTAAAGAT
TGCTAAGAAT
CATCGTTATG
ATCCAATCTT
GATCAGCTCT
ACAATTCTTT
CCACGGCTAT
TGGGAGCGAT
TTCTGTGGGT
CATGAATTTA
ATTTTTGTTC
ACGTTCCGCG
TTATTCTTTT
TGTGTTTGCT
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1866 (2) INFORMACE PR (i) (ii)
CHARAKJGSRi GRIL
(A) | DÉLKA | : 4-i |
(B) | TYL : | nukl |
(C) | DRUH ŘETĚ | |
(D) | TOPOLOGIE | |
DRUH | MOLEK | U LY : |
SEKVENCE: oáru bází ová kyselina CE: dvojitý kružnicová uenomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·
213
(ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLP' (B) POZICE 1..
(xi) POPIS SEKVENCE:
ATGATGCGAG TTTTCTAACA AAAAGTTGTT ATTTATATCA ATCCTTAAAA CGTTTTGGGC ATTATCGCTT TGGAGTGAAA GAAGAGTGGT
AGATC.CTTAC GAGTGGTTTT TTTTAZ ΆΤΤΤ ATCCGCPTTT CATCTTTAGG GTGCAAGGAA TCAATCAAGT GAGACTCGGT GA různé znaky . 4 92
NO:455:
TTCCCAAGCC TCTAATCTTA AGTAAAATCG AATCAACCTA TTTTTTGCTC AAAGATGCTC CAGAATGATT TTAACTTTAC
SEQ ID
TAACCGCTTT Az PGCTGGGA . uAAATCAT T -CTTACACT
Ί......IGCGCCAT
G ‘GCGATTTT CATTTTGAGG GTTAGTGCCT
TTTTTAAAAA AAGGCTTGAT AAAACCCTTT ΑΑΑΑΑΤΑΤΤΑ GGAAAATTTT TTCTTCACCC ACTTTTATAA CGCTACGATT TAGTGTTTTA TATAGAAAGG CAAGAACTTT AGATATTGAT TGACTTTACC TCACCCTAAA AACAAATCCT TTTTAAAAGA
120
180
240
300
360
420
480
492 (2) INFORMACE PRO· SEQ IZ NO: 465:
CHARAKTERISTIK | Z SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 20 | A párů bázi |
(B) | TYL: cukl | íivá kyselina |
(C) | DRUH RET1S | ΖΟΞ: dvojitý |
(D) | TOPOLOGIE | : kružnicová |
DRUH | MOLEKULY: | oenomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: N<
(iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMU!: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) | NÁZEV, | ''KLI Z: | : různé | znaky |
(B) | pozic: | : i. . | . 0004 | |
(xi) POPIS | SEKVENCE: | SEQ ID | NO:465 |
AAAAAACCCT TTTACTCTCT CTCTCTCGCT TCATCGCTTT TAAACGCTGA AGACAACGGC TTTTTTATCA GCGCGGGCTA rIZAAATCGGT GAAGCCGCTC AAATGGTGAA AAACACCGGC GAATTGAAAA AACTTTCACA CACITATGAG AATTTGAGCA accttttaac caattttaac AACCTCAATC AGGCGGTAcC V1AGCGAGC AGCCCTTCAG AAATCAATGC TGCGATCGAT AATTTAAAAG CAAACACGCA AGGGCTAATT GGCGAAAAAA CCAATTCCCC GGCGTATCAA GCGGTGTATT TGGCGOTCAA ZZZ4GCGGTA GGGCTGTGGA ATGTCATCGC CTATAATGTC CAATGCGGTC CTGGTAACAG nc/ACAACAA AGCGTAACCT TTGAGGGCCA ACCAGGACAT AATTCAAGTT CCATTAATr:’G CAZITTAACC GGTTATAACA ACGGGGTTAG CGGCCCTTTA TCCATTGAGA ATTTTAAAZA G ZAAATCAG GCTTATCAAA CTATCCAACA AGCTTTAAAA CAAGATAGCG GATTTCOTGT TTGGATAGT GCAGGAAAAC AAGTAACTAT AACAATAACA ACGCAAACTA. ATGGAGCTAA TAAAAGTGAA ACTACTACTA CTACTACTAC TACTAATGAC GCTCAAACCC TTTTGCAAGA AGCCAGTAAA ATGATAAGCG TCCTCACTAC AAACTGCCCA TGGGTCAATC ACAATCAAGG AAAAAACGGG GGCGCGCCGT GGGGTTTAGA TACGGCAGGG AATGTGTGTC AGGTTTTTGC C.ACGGAATTT AGCGCCGTTA CTAGCATGAT CAAAAACGCC CAAGAAATCG TAACGCAAGC TOAAAGCCTT AACCAGCAAA ACAATCAAAA CGCGCCGCAA GATTTCAATC CTTACZZCCcc GCTGATAGG GCTTTCGCTC AAAACATGCT CAATCACGCG CAAGCGCAAG CCAAGAIACT PZAGCTAGCC GATCAAATGA AAAAAGACCT TAACACTATC CCAAGCCAAT TTATCACAAA TTACTTGGCA GCTTGCCACA ATGGGGGTGG GACATTACCT GATGCGGGGG TTACTAACAA CACTTGGGGG GCCGGTTGCG CGTATGTGGA AGAGACGATA ACGGCTTTAA ACAACAGCCT TGCGCATTTT GGCACTCAAG CTGAGCAAAT CAAGCAATCT GAGTTGTTGG CGCGCACCAT ACTTGATTTT AGAGGCAGCC TTAGTAATTT AAACAACACT TATAACAGCA TCACCZZ.CCAC CAOTTCAAAC ACGCCTAATT CCCCATTCCT TAAAAATTTG
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320 • ·
214
ATAAGCCAAT CCACTAACCC TAATAACCCC GGGGGCTTAC AGGCCGTTTA TCAAGTCAAC 1380 CAAAGCGCTT ATTCGCAATT ATTAAGCGCC ACGCAAGAAT TAGGGCATAA CCCTTTCAGA 1440 CGCGTTGGAT TAATCAGCTC 7’ 'AAACCAAC AATGGTGCCA TGAATGGGAT CGGTGTGCAA 1500 GTGGGCTACA AACAATTA7T i GGTGAAAAG AGAAGGTGGG GGTTAAGGTA TTACGGCTTT 1560 TTTGACTATA ACCATGCTrnA 7ATCAAATCT AGCTTTTTCA ATTCGGCTTC TGATGTGTTC 1620 ACTTATGGGG TAGGGACAGA 7 STCCTCTAT AACTTTATCA ATGATAAAAC CACCAAAAAC 1680 AGCAAGATTT CTTTTGGGGT GTTTGGGGGG ATTGCGTTAG CTGGCACTTC ATGGCTGAAT 1740 TCCCAGTATG TGAATTTAGC GACCTTCAAT AATTTCTATA GCGCTAAAAT GAATGTGGCG 1800 AATTTCCAAT TCTTGTTCAA TTTAGGCTTG AGAATGAACC TCGCTAAGAA TAAGAAAAAA 18 60 GCGAGCGATC ATGCGGCTíA G 'ATGGCGTG GAATTAGGCG TGAAGATCCC CACGATCAAC 1920 ACGAATTACT ATTCTTTGCT ZVCACTCAA CTCCAATACC GAAGATTGTA TAGCGTGTAT 1980 TTGAATTATG TGTTCGCTTA CAGA 2 004
INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:467: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DEDKA: 4I ; | páru bází |
(B) | TYP: nuk!·.·. | >va kyselina |
(C) | DRUH ŘETÉZí | .Έ: dvojitý |
(D) | TOPOLOGIE : | kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: c | fenomová DNA |
(iii) HYP0TET7 CE7\.: i (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(Ai | ORGANIZMUS | : Helicobacter | |
(ix) | ZNAK (A) (B) | Ϊ : NÁSEV/KLI POZICE 1.. | : různé znaky .4 05 |
(Xi) | POPI | S SEKVENCE: | SEQ ID NO:467 |
ATGTTTATGG CGTCÍAATACG ' | •CTGACG VTTGTAAT WAATCAC PACCATGGC VTACTACT VCGGAGCA VVCGTTAT | CACATGACTA ACGCTGATGG GTGGGGATTA ACCCTAACAG | TACGATCACA CGTCTATACC GAATGTGGGC CCCCACGCTC CCCACTAGAG CCAAACCTTA | 60 120 180 240 300 360 405 | ||
TGCGGAGACA ACAGGAAAAT ATTAGAACCA CCTAATTACT AATGGGAACC CGCCGTCAGT | CGACGí KVncc TAAACGCTAA ATATTTTTGA TTTTCAAAGG CGACTACTAT ATTCTATGTA | A·. AC rp Π· cv | ||||
ACGATTTTCC ATTGAGTTTG ATAAGAGCGA GAAACCAATT GTTTATACTT | AATTTTTAGT GTA.TCAAAAT AAAAACAAGG TCAGCTTAAC TTTAA | |||||
(2) INFORMACE PRO SEQ | 16 | ’ NO:469: |
(i) | CHARAKT E RIS TIKA (A) DÉLKA: 1497 (B) TYP: iiuklvi (Cj DRUH RETKA' (D; TOPOLOVÍ A | SEKVENCE: párů bází vá kyselina Ξ: dvojitý vužnicová | |
(ii) | DRUH | MíPWY ' | vovvá DNA |
(iii) | HYPP | KE' .'ZLA | |
(iv) | póza: | I VKV NE | |
(vi) | PŮVA |
• ·
21§ (A) NÁZEV/KLIČ: různé znaky (B) POZICE 1...1497 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:469:
ATGAAATTAA
TTGTTCACTA
TTCTCCAAAG
GAAACTTTTG
ACCGTGAATG
TGGGCAAAGG
TTGAGCCTTT
GACCCTAGGG
TATCCGGCTA
CTTACCTATG
GAGCAAATGG
AAGAACATGA
TTGTTCCCTA
CCTACAAAGA
CCCGGTGCTA
AAAACGACTT
GCACCCGCTC
CAAGGTCCTG
GTGGTTGGTG
AACCCTGTGG
GCGGGGATTG
AAGCATGGTA
GAATATGGTA
AAACTCGTGT
GGGCCAAACG
AAAAACGAAA
CGGGTTCATT
TGGGTTTTAA
TTAACCTTAC
TAGGCGGTGT
ATTTTACCCC
GTATGAATGC
GTATTGGCTA
ACGCCVKCTT
ACAGCGACAG
ATTGGATTTA
AATTCTTGCT
TCTATCGTGA
ATCTAATGAT
AAATAGAATA
TCTATGTGTT
GTTATAACAC
GTGGTGCGAC
GTGCTTACCT
CTCTTGATGG
ACAACATTAC
AGTTCAGTTG
TTGGTATGTA
GGTTAGAGTT
GTCAGCCGCT
AGTTGCGGCT AGGGGCGGTT CCGTTCGCCT GGGTAAGCTA TTTGGGCGGA
CAAGCTAT CTAAAATG TGTATATG CCGGGCAT
TGTCCATATG CCAATTGTTC CTTTAGCTCT AAAGCCTTGG CCACCCTTAT CGATACCAAT GAATGACTAT T'71 GGGATCCG CGTCTATTTG CAACATCGGT TATCGAACAA CGATGCTGAT GAGCGTTTAT T KAGACTAT C CAAATCCGT CAACTTGAAT
ACATTGCTAA
ACTTATGAAG
ATTAACCCTG
GAGGGGTCTG
CAAGTTTATG
TGGGATAAAA
TGGCAACAGC
GGTGAGTGGA
TCAAGGCGCT
GTAATGGGGC
CAAGGTTTTT
TGGGGTCGTG
GGTATTCATA
GTGTATCTCA
CCTGAGTTTA
CGTTGGAATA
TTCTTGGATA
CACCACCACA
AACCCTAACA
TGGGTCGGTG
GCGTTCACTG
CAGCGCTTCA
CAGTTCAGCA
GCGGGTTACA
AATGGTTTGT
AGCGTTTGAC
TGCATGGGGA
TTAAAGGTAT
TGCATTTAGG
ATAACACTAG
CTTCTTGCGG
AAGGGCCAGG
ACGGCTTGTT
ATGAAGTTTA
GCTTTGATGT
ATGGGACTTT
GTATCGCTGA
AGGCGGGTAT
TCCCAATGGT
GCGGTAGAGG
ACGCTGAATA
ATGGTAAGTG
TAGACATTAA
TGAACTTAGG
GCATCTACAG
AGTATGTTAA
CTACCGCACC
AGCATGTTAA
ACCCTGGAAC
TTGAATCTTC
CTTGCCACTA
TTTTATCAAC
CTATCCTACA
TAGGGGATGG
GTATGATAGG
CACTGATTCT
TGGTATCATT
CCCTAATTAC
TAAAGCGAAT
TACCGAGCAG
CAAGCTTACT
TGGTCAATGG
TATTTATCGC
AGGTACATTG
TATAAGGAAT
CGGCCGTTAC
GCGTGGCTTG
CAACTACTTT
TACTTGGGGT
CTTAGGCTTT
AGGTGGAGGT
AAGGGCTTTG
AGCGGGTCTC
CGGTTTCCTT
GGCGTTC
120
180
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1497 (2) INFORMACE PRO SEQ I7 NO:496:
CHARAKTERISTIK (A) DÉLKA: 10 (B) TYP: amin (D) TOPOLOGIE
SEKVENCE:
aminokyselin ) kyselina lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMU.· (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLI (B) POZICE 1..
: Helicobacter pylori různé znaky 108
(xi) | POPIS | SEKV | ENCE : | : SEQ | > ID | NO: | 496: | ||||||||
Tyr | Gin | Ile | Leu | Asn | Gin | Arg | Lys | Thr | Met | Lys | Lys | Val | Leu | Leu | Leu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Thr | Leu | Ser | Leu | Srr | Leu | S er | Phe | Trp | Leu | His | Ala | Glu | Arg | Asn | Gly |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Phe | Tyr | Leu | Gly | Leu | Asn | Phe | Ala | Glu | Gly | Ser | Tyr | Ile | Gin | Gly | Gin |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Gly | Ser | Ile | Gly | Glu | Lys | Ala | Ser | Ala | Glu | Asn | Ala | Leu | Asn | Gin | Ala |
50 | 5 5 | 60 | |||||||||||||
Ile | Asn | Asn | Ala | Gin | Asn | Ser | Leu | Phe | Pro | Asn | Thr | Gin | Ala | Ile | Arg |
65 | 70 | 75 | 80 |
216 ····
Asp Val Gin Asn Ala Lev asn Ala Val Lys Asp Ser Asn Lys Xle Ala 8 5 90 95
Asn Arg Phe Ala Gly Asn Gly Gly Ser Gly Gly Ile 100 105 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:501:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) | DÉLKA: 255 | aminokyselin |
(B) | TYP: amino | kyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
DRUH | MOLEKULY: | protein |
(iii) HYPOTETICKÁ: -ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLlC: různé znaky (B) POZICE 1...255 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:501:
Met 1 | Lys | Lys | Ile | Phe 5 | Leu | Gly Met | Ala | Leu 10 | Ala | Phe | Ser | Val | Ser 15 | Met | |
Ala | Glu | Lys | Ser | G1V | Ala | P'ne | Leu | Gly | Gly | Gly | Phe | Gin | Tyr | Ser | Asn |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Leu | Glu | Asn | Gin | Asn | Thr | Thr | Arg | Thr | Pro | Ser | Ala | Asn | Asn | Asn | Thr |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Pro | Ile | Asn | Thr | Ser | Met | Phe | Gly | Asn | Asn | Gin | Ala | Ala | Pro | Ala | Gin |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Glu | Thr | Pro | Ser | Va Ί | 11 ν- | Asn | Thr | Asn | Asn | Tyr | Gly | Gin | Met | Tyr | Gly |
65 | ΤΟ | 75 | 80 | ||||||||||||
Val | Asp | Ala | Met | Ala | Gly | Tyr | Lys | Trp | Phe | Phe | Gly | Lys | Thr | Lys | Arg |
O C, | 90 | 95 | |||||||||||||
Phe | Gly | Phe | Arg | Thr | Tyr | Gly | Tyr | Tyr | Ser | Tyr | Asn | His | Ala | Asn | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ser | Phe | Val | Gly | S a r | Lys | 2eu | Gly | Ile | Met | Asp | Gly | Ala | Ser | Gin | Val |
115 | 12 0 | 125 | |||||||||||||
Asn | Asn | Phe | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Phe | Asp | Ala | Leu | Tyr | Asn | Phe | Tyr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Glu | Ser | Lys | Glu | Gly | Tyr | Asn | Thr | Ala | Gly | Leu | Phe | Val | Gly | Phe | Gly |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Gly | Gly | Asp | Ser | Phe | Ile | Val | Gin | Gly | Glu | Ser | Tyr | Leu | Lys | Ser |
J 6 5 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Met | Gin | Ile | C' v s | Asr | Asn | Thr | Ala | Gly | Cys | Ser | Ala | Ser | Met | Asn |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Thr | Ser | Tyr | Phe | Gin | Met | Pro | Val | Glu | Phe | Gly | Phe | Arg | Ser | Asn | Phe |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ser | Lys | His | Ser | Gly | Ile | Glu | Val | Gly | Phe | Lys | Leu | Pro | Leu | Phe | Thr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Asn | Gin | Phe | Tyr | Lys | Glu | Arg | Gly | Val | Asp | Gly | Ser | Val | Asp | Val | Phe |
225 | 2 3 5 | 235 | 240 | ||||||||||||
Tyr | Lys | Arg | Asn | Pivě | Ser | 11 e | Tyr | Phe | Asn | Tyr | Met | Ile | Asn | Leu | |
245 | 250 | 255 |
(2) INFORMACE PRO SEQ 15 NO:514:
(i) CHARAKTERISTIK5 SEKVENCE:
217
(A) | DÉLKA: 60 | aminokyselin |
(B) | TYP: amin: | Usyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | 1ineárni |
DRUH | MOLEKULY: | protein |
(iii) HYPOTETICKÁ: AUO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMÍU: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(xi) | (A) NÁZEV/KLÍ i (B) POZICE 1. popis sekvence; | 1: různé znaky | |||||||||
. . 60 : SEQ ID | NO: | 514 : | |||||||||
Phe | Asp | Leu Gly Val Arg | Thr Asn | Phe | Ala | Lys | Thr | Asn | Phe | Asn | Lys |
1 | T, | 10 | 15 | ||||||||
His | Arg | Leu Asp Gin Gly | Ile Glu | Phe | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Val | Ile |
20 | 25 | 30 | |||||||||
Ala | His | Lys Tyr Phe Ala | Thr Gin | Gly | Ser | Ser | Ala | Ser | Tyr | Met | Arg |
35 | 40 | 45 | |||||||||
Asn | Phe | Ser Phe Ile Cys | Gly Leu | Phe | Ser | Arg | Phe | ||||
50 | 5 5 | 60 |
(2) | INFORMACE PRO | SEQ IP NO:547: |
(i) CHARAKTE | PISTI PO SEKVENCE: | |
(A) DÉL | KA: 52 aminokyselin | |
(B) TYP | : aminokyselina | |
(D) TOPOLOGIE: lineární | ||
(ii) DRUH MOLEKULY: protein | ||
(iii) HYPOTETI | CKÁ: AUO | |
(vi) PŮVODNÍ | ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZ | EV/KL] ': různé znaky | |
(B) po z | IOE 1...529 | |
(xi) POPIS SE | KVENCE: SEQ ID NO:547: | |
Met | Arg Lys Val ; | le Ile Met Asn Gly Tyr Leu Arg Val Lys Thr Pro |
1 | 10 15 | |
Tyr | Phe Leu Ala 1 | er Val Val Leu Thr Phe Trp Thr Phe Asn Ser Phe |
20 | 25 30 | |
Met | Ser Ala Lys A | ;-:p Lys His His Phe Leu Lys Lys Val Thr Thr Thr |
35 | 40 45 | |
Glu | Gin Lys Phe S | er Ser Ser Ala Pro Ile Ser Trp Gin Ser Glu Glu |
50 | 5 5 60 | |
Val | Arg Asn Ser T | hr Ser Ser Arg Thr Val Ile Ser Asn Lys Glu Leu |
65 | 70 75 80 | |
Lys | Lys Thr Gly A | ::n Lei: Asn Ile Glu Asn Ala Leu Gin Asn Val Pro |
i í | 90 95 | |
Gly | Ile Gin Ile A | rg Asp Ala Thr Gly Thr Gly Val Leu Pro Lys Ile |
100 | 105 110 | |
Ser | Val Arg Gly P | lie Gly Gly Gly Gly Asn Gly His Ser Asn Thr Asn |
·» ·* • · · · • ♦ ·· »« · · · • · ·
318
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Met | Ile 130 | Leu | Val | As n | Gly | Ile 13 5 | Pro | Ile | Tyr | Gly | Ala 140 | Pro | Tyr | Ser | Asn |
Ile 145 | Glu | Leu | Ala | T .1 e | Phe 150 | P r o | Val | Thr | Phe | Gin 155 | Ser | Val | Asp | Arg | Ile 160 |
Asp | Val | Ile | Lys | Gly 165 | Gly | Thr | Ser | Val | Gin 170 | Tyr | Gly | Pro | Asn | Thr 175 | Phe |
Gly | Gly | Val | Val 180 | Asn | Val | Ile | Thr | Lys 185 | Glu | Ile | Pro | Lys | Glu 190 | Trp | Glu |
Asn | Gin | Ala 195 | Ala | Glu | Ara | Ile | Thr 200 | Phe | Trp | Gly | Arg | Ser 205 | Ser | Asn | Gly |
Asn | Phe 210 | Val | Asp | 1 r o | Lys | Glu 215 | Lys | Gly | Lys | Pro | Leu 220 | Ala | Gin | Thr | Leu |
Gly 225 | Asn | Gin | Met | Leu | Phe 2 3 0 | Asn | Thr | Tyr | Gly | Arg 235 | Thr | Ala | Gly | Met | Leu 240 |
Gly | Lys | Tyr | Ile | Ile | Ger | Ala | Gin | Gly 250 | Asn | Trp | Ile | Asn | Gly 255 | Gin | |
Gly | Phe | Arg | Gin 260 | As n | Sei | P r o | Thr | Lys 265 | Val | Gin | Asn | Tyr | Leu 270 | Leu | Asp |
Ala | Ile | Tyr 275 | Lys | Ile | Asn | Ala | Thr 280 | Asn | Thr | Phe | Lys | Ala 285 | Tyr | Tyr | Gin |
Tyr | Tyr 290 | Gin | Tyr | As n | Ser | Tyr 2 95 | His | Pro | Gly | Thr | Leu 300 | Ser | Ala | Gin | Asp |
Tyr 305 | Ala | Tyr | Asn | Ar q | Phe 310 | 11 e | Asn | Glu | Arg | Pro 315 | Asp | Asn | Gin | Asp | Gly 320 |
Gly | Arg | Ala | Lys | Arg 12 5 | Phe | Gly | Ile | Val | Tyr 330 | Gin | Asn | Tyr | Phe | Gly 335 | Asp |
Pro | Asp | Arg | Lys 340 | Val | Gly | Gly | Asp | Phe 345 | Lys | Phe | Thr | Tyr | Phe 350 | Thr | His |
Asp | Met | Ser 355 | Arg | L.p | Phe | Gly | Phe 360 | Ser | Asn | Gin | Tyr | Gin 365 | Ser | Val | Tyr |
Met | Ser 370 | Gly | Gin | Asn | Lys | Ile 37 5 | Leu | Pro | Phe | Lys | Gly 380 | Lys | Gly | Glu | Ile |
Ser 385 | Ala | Lys | Asn | Pro | Asn 3 9 6' | Cys | Gly | Leu | Tyr | Ser 395 | Tyr | Ser | Asp | Thr | Asn 400 |
Ser | Pro | Cys | Trp | lín | Phe | Phe | Asp | Asn | Ile 410 | Arg | Arg | Ser | Val | Val 415 | Asn |
Ala | Phe | Glu | Pro 420 | Lvs | Leu | As n | Leu | Ile 425 | Val | Asn | Thr | Gly | Lys 430 | Val | Lys |
Gin | Thr | Phe 435 | Asn | Met | Gly | Met | Arg 440 | Phe | Leu | Thr | Glu | Asp 445 | Leu | Tyr | Arg |
Arg | Ser 450 | Thr | Thr | Arg | Lys | Asn 4 5 5 | Pro | Ser | Met | Pro | Asn 460 | Asn | Gly | Ser | Gly |
Phe 465 | Asp | Ala | Gly | Obr | Ser 4 7C· | Leu | Asn | Asn | Phe | Asn 475 | Asn | Tyr | Thr | Ala | Val 480 |
Tyr | Ala | Ser | Asp | Glu 4 05 | Ile | Asn | Phe | Asn | Asn 490 | Gly | Met | Leu | Thr | Ile 495 | Thr |
Pro | Gly | Leu | Arg 500 | Tyr | Thr | Phe | Leu | Asn 505 | Tyr | Glu | Lys | Lys | Asp 510 | Ala | Pro |
Pro Gin | Phe | Lys 515 | Val | í ;ly | Glu. | Thr | Pro 52 0 | Lys | Thr | Thr | Lys | Glu 525 | Arg | Tyr | Asn |
(2) INFORMACE PRO SEQ 10' NO: 550:
(i) CHARAKTERISTIKO SEKVENCE:
(A) DÉOIIR: 440 aminokyselin (B) TYR: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein
219 ·♦ • · · • ··« • * * • · · »··· ·· ♦ ·» ·· · · • · · • · · • · · »·· <·
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMU:·: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé (B) POZICE 1...442 znaky (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID
Gly | Lys | Ile | Lys | Cly | Val | Met | Met |
1 Ser | Glu | Phe | Leu | Asn | Thr | Gin | Thr |
Ala | Ser | Ser | 20 Phe | LecU | Leu | Glu | Thr |
Val | Val | 35 Asp | Leu | $ v.· r | Ala | Pro | 40 Tyr |
Glu | 50 Ser | Val | Leu | L y s | As n | 5 5 Thr | Leu |
65 Phe | Thr | Lys | Asn | AI a | 70 Lys | Tle | Leu |
Arg | Ile | Leu | Glu | 11 e | Lys | Gly | Ala |
Thr | Phe | Ile | 100 Leu | Arg | Leu | Glu | Met |
Ile | Leu | 115 Asp | Gin | Glu | Lys | Cys | 120 Val |
Arg | 130 Val | Ala | Lys | A, ii | Asp | 135 Ile | Leu |
145 Glu | His | Gin | Glu | Glu | 150 Asp | Leu | Asp |
Glu | Lys | Asp | Phe | 115 Leu | Ser | Tyr | Gin |
Asn | Gin | Ile | 180 Ile | L^s | Ary | Leu | Asn |
Lys | Leu | 195 Glu | Lys | L· | Glu | Asp | 200 Pro |
Glu | 210 Leu | Gin | Thr | Gin | Ala | 215 Ser | Leu |
225 Asn | Arg | Arg | Glu | Aa n | 230 Arg | val | Ile |
Cys | Met | Ile | Glu | 1J e | Asp | Lys | Ser |
Lys | Lys | Phe | 260 Thr | Leu | Ser | Lys | Lys |
Tyr | Leu | 275 Glu | Glu | G1 u | Asn | Leu | 280 Lys |
Gin | 290 Ile | Asn | Tyr | v, /1 | Arg | 2 9 5 Asp | Ala |
305 Phe | Met | Pro | Val | L v s o v c | 3I0 Asn | Ser | Lys |
Glu | Val | Leu | Tyr | - >O Tyr | Lys | Asp | Phe |
Lys | Glu | Asn | 340 Ile | L \7 a | Leu | Leu | Gin |
Met | His | 355 Val | Arg | Asp | Iie | P r o | 360 Gly |
Lys | 370 Asn | Thr | Pro | Lys | Asp | 375 Glu | Val |
385 | 3 9 0 |
NO:550:
Lys | Phe 10 | Phe | Leu | Leu | Lys | Lys 15 | Phe |
His 2 5 | Phe | Asn | Leu | Lys | Arg 30 | Leu | Asn |
Phe | Ser | Lys | Glu | Lys 45 | His | Ala | Phe |
Ile | Gly | Leu | Ser 60 | Lys | Lys | Pro | Pro |
Ala | Leu | Asp 75 | Phe | Cys | Leu | Asn | Lys 80 |
Gin | Ala 90 | Asn | Val | Ile | Asp | Asn 95 | Asp |
Lys 105 | Asp | Leu | Ala | Tyr | Lys 110 | Ser | Glu |
Ile | Pro | Lys | Lys | Ala 125 | Asn | Leu | Met |
Ile | Glu | Ala | Phe 140 | Arg | Phe | Asn | Asp |
Gly | Ala | Leu 155 | Pro | Pro | Asn | Ile | Tyr 160 |
Phe | Lys 170 | Gly | Leu | Leu | Asp | Ile 175 | Leu |
His 185 | Lys | Glu | Leu | Glu | His 190 | Lys | Lys |
Ala | Gin | Lys | Glu | Arg 205 | Leu | Lys | Glu |
Lys | Thr | Leu | Gin 220 | Leu | Glu | Ala | Lys |
Leu | Leu | Thr 235 | Tyr | Gin | His | Leu | Ile 240 |
Leu | Lys 250 | Asp | Phe | Glu | Asp | Lys 255 | Glu |
Met 2 65 | Pro | Leu | Asn | Ala | Phe 270 | Ile | Asn |
Lys | Lys | Gin | Lys | Ser 285 | Gin | Phe | Leu |
Glu | Lys | Ile | Ala 300 | Phe | Lys | Glu | Asn |
Al a | Glu | Glu 315 | Ser | Val | Leu | Glu | Met 320 |
Ile | Lys 330 | Arg | Pro | Met | Asn | Gly 335 | Tyr |
Lys 345 | Ile | Gly | Leu | Gly | Lys 350 | Asn | Gin |
As; p | Ala | Arg | Ala | Asn 365 | Asp | Leu | Trp |
Ser | His | Leu | Ile 380 | Val | Phe | Cys | Gin |
Ile | Met | Glu 395 | Leu | Ala | Lys | Met | Leu 400 |
• ·
Ile | Lys | Met | Gin | Lys | Asp | Ala Phe | Asn | Gly | Tyr | Glu | Ile | Asp | Tyr | Thr |
4 05 | 410 | 415 | ||||||||||||
Gin | Arg | Lys | Phe | Val | Lys | Ile Ile | Lys | Gly | Ala | His | Val | Ile | Tyr | Ser |
420 | 425 | 430 | ||||||||||||
Lys | Tyr | Arg | Thr | Ile | Ser | Leu Lys | Asp | Thr | ||||||
435 | 440 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:553:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 370 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: AIDO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1...370 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:553:
Gin 1 | Asp | Gin | Pro | Met c. | Gin | Phe | Gin | Lys | Thr 10 | Leu | Leu | Ser | Leu | Ser 15 | Leu |
Leu | Phe | Leu | Ser | Tyr | Cys | Ile | Ala | Glu | Glu | Asn | Gly | Ala | Tyr | Ala | Ser |
20 | 2 5 | 30 | |||||||||||||
Val | Gly | Phe | Glu | Tyr | Ser | Ile | Ser | His | Ala | Val | Glu | His | Asn | Asn | Pro |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Phe | Leu | Asn | Gin | Glu | Arg | Ile | Gin | Thr | Ile | Ser | Asn | Ala | Gin | Asn | Lys |
50 | 5 5 | 60 | |||||||||||||
Ile | Tyr | Lys | Leu | As n | Gin | Val | Lys | Asn | Glu | Ile | Thr | Asn | Met | Pro | Asn |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Thr | Phe | Asn | Tyr | Ile | Asn | Asn | Ala | Leu | Lys | Asn | Asn | Ala | Lys | Leu | Thr |
O o u | 90 | 95 | |||||||||||||
Pro | Thr | Glu | Lys | Gin | Ala | Glu | Thr | Tyr | Tyr | Leu | Gin | Ser | Thr | Leu | Gin |
100 | 10 5 | 110 | |||||||||||||
Asn | Ile | Glu | Lys | Ile | Val | Met | Leu | 3 e r | Gly | Gly | Val | Ala | Ser | Asn | Pro |
115 | 12 0 | 125 | |||||||||||||
Lys | Leu | Ala | Gin | Ar a | Leu | Glu | Lys | Met | Gin | Glu | Pro | Ile | Thr | Asn | Pro |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Leu | Glu | Leu | Val | Glu | Asn | Leu | Lys | Asn | Leu | Glu | Leu | Gin | Phe | Ser | Gin |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ser | Gin | Asn | Ser | Met | Leu | 3 e r | Ser | Leu | Ser | Ser | Gin | Ile | Ala | Gin | Ile |
t 5 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ser | Asn | Ser | Leu | Ar; n | Al a | Leu | Asp | P e o | Ser | Ser | Tyr | Ser | Lys | Asn | Val |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ser | Ser | Met | Tyr | Gly | Val | Gly | Leu | Ser | Val | Gly | Tyr | Lys | His | Phe | Phe |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Thr | Lys | Lys | Lys | Asn | Gin | Gly | Phe | Arg | Tyr | Tyr | Leu | Phe | Tyr | Asp | Tyr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Gly | Tyr | Thr | Asn | Fhe | Gly | Phe | Val | Gly | Asn | Gly | Phe | Asp | Gly | Leu | Gly |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Lys | Met | Asn | Asn | His | Leu | Tyr | Gly | Leu | Gly | Ile | Asp | Tyr | Leu | Phe | Asn |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Phe | Ile | Asp | Asn | Ala | Gin | Lys | His | Ser | Ser | Val | Gly | Phe | Tyr | Val | Gly |
260 | 2 55 | 270 |
• « • · • ·
22-1
Phe | Ala | Leu 275 | Ala | Gly | Ser | Ser | Trp 280 | Val | Gly | Ser | Gly | Leu 285 | Gly | Met | Trp |
Val | Ser | Gin | Met | Asp | Phe | Lle | Asn | Asn | Tyr | Leu | Thr | Asp | Tyr | Arg | Ala |
290 | 2 95 | 300 | |||||||||||||
Lys | Met | His | Thr | S t-· t | Phe | Phe | Gin | Ile | Pro | Leu | Asn | Phe | Gly | Val | Arg |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Val | Asn | Val | Asp | Atg | His | Asn | Gly | Phe | Glu | Met | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Leu | Ala | Val | Asn | Ser | Phe | Tyr | Glu | Thr | His | Gly | Lys | Gly | Leu | Asn | Ala |
340 | 34 5 | 350 | |||||||||||||
Ser | Leu | Phe | Phe | Lys | Arg | Ljeu | Val | Met | Phe | Asn | Val | Ser | Tyr | Val | Tyr |
355 360 365
Ser Phe 370 (2) INFORMACE PRO SEQ II NO: 5 64:
(i) CHARAKTERE ŠTIKO SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 84 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...84 znaky (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID
Lys 1 | Thr | Ile | Asn | ΓΊ | Leu Lrg | Ile |
Lys | Lys | Pro | Phe | Phe | Gin Ser | Pro |
20 | ||||||
Ile | Leu | Leu | Ile | Phe | Phe Leu | Arg |
35 | 40 | |||||
Ser | Asp | Asn | Phe | Leu | Al a :3 e r | Ser |
50 | 5 5 | |||||
Ile | Lys | Gin | Leu | Lle | Ser Asn | Asn |
65 | 70 | |||||
Gin | Thr | Leu | Ile |
NO:564:
Ile | Met 10 | Lys | Pro | Thr | Asn | Glu 15 | Pro |
Ile 2 5 | Val | Leu | Ala | Val | Leu 30 | Gly | Gly |
Ser | Phe | Asn | Ser | Asp 45 | Gly | Ser | Phe |
Thr | Lys | Asn | Val 60 | Ser | Tyr | His | Glu |
Glu | Val | Glu 75 | Asn | Val | Ser | Ile | Gly 80 |
INFORMACE | PRO S | EQ ID : | Ϊ0:568: |
(i) CHARAKTE' | rsTiKA | SEKVENCE: | |
(A) | DELL | N: 195 | aminokyselin |
(B) | TYP : | amine | Kyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH | MOLE | NULY: : | irotein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • · • «
222 (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1...195 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:568:
Leu 1 | Gly | Ser | Pro | Met 5 | Gin | Phe | Gin | Lys | Thr 10 | Leu | Ser | Ser | Leu | Ser 15 | Leu |
Phe | Leu | Ser | Leu | Ser | Leu | Phe | Leu | Ser | Phe | Ser | Ile | Ala | Glu | Glu | Asn |
20 | 2 5 | 30 | |||||||||||||
Gly | Ala | Tyr | Ala | Ser | Val | Gly | Phe | Glu | Tyr | Ser | Ile | Ser | His | Ala | Val |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Glu | His | Asn | Asn | Pro | Phe | Leu | Asn | Gin | Glu | Arg | Ile | Gin | Thr | Ile | Ser |
50 | 5 5 | 60 | |||||||||||||
Asn | Ala | Gin | Asn | Gin | Ile | Tyr | Lys | Leu | Asn | Gin | Ile | Glu | Asn | Glu | Ile |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Thr | Asn | Met | Gin | Asn | Thr | Phe | Asn | Tyr | Thr | Asn | Asn | Ala | Leu | Lys | Asn |
8 5 | 90 | 95 | |||||||||||||
Asn | Ala | Lys | Leu | Thr | Pro | Thr | Glu | Met | Gin | Ala | Glu | Gin | Tyr | Tyr | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gin | Ser | Thr | Leu | Gin | Asn | Ile | Glu | Lys | Ile | Val | Met | Leu | Ser | Gly | Gly |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Val | Ala | Ser | Asn | P r o | Lys | Leu | Val | Gin | Ala | Leu | Glu | Lys | Met | Gin | Glu |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Pro | Ile | Thr | Asn | Pro | Leu | Glu | Leu | Val | Glu | Asn | Leu | Lys | Asn | Leu | Glu |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Gin | Phe | Ser | Gin | Ser | Gin | Asn | Ser | Met | Leu | Ser | Ser | Leu | Ser | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Ile | Ala | Gin | 11 e | Ser | Asn | Ser | Leu | Asn | Ala | Leu | Asp | Pro | Ser | Ser |
180 | 1 O c. i o 3 | 190 |
Tyr Ser Lys 195 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:586:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) | DÉLKA: 522 | aminokyselin |
(B) | TYP: amine | kyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
ii) DRUH | MOLEKULY: | orotein |
(iii) HYPOTETICKÁ: AříJ (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZJ CE 1. . .523 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:586:
Tyr 1 | Ile | Pro | Phe | Asn 5 | Leu | Phe | Gin | Gly | Gin 10 | Thr | Asn | Met | Lys | Lys 15 | Leu |
Leu | Tyr | Thr | Met 20 | Leu | Ala | Leu | Leu | Leu 2 5 | Ile | Gly | Leu | Leu | Thr 30 | Ala | Tyr |
Leu | Ile | Leu 35 | Phe | Thr | Glu | Trp | Gly 40 | Asn | Lys | Ile | Ile | Ala 45 | Ser | Tyr | Ile |
Glu | Lys 50 | Lys | Ile | Asn | Pro | Asn 5 5 | Glu | Arg | Tyr | Leu | Ser 60 | Val | Lys | Thr | Phe |
Lys | Leu | Arg | Phe | Asn | Ser | Leu | Asp | Phe | Lys | Ala | Gin | Ala | Asn | Asp | Asp |
223 | • • · · · | • · • · | • * | • • ·· | ||||||||||
65 | 70 | 75 | 80 | |||||||||||
Ser | Thr | Leu | Ile | Leu | Lys Gly | Asp | Phe | Ser | Leu | Leu | Thr | Gin | Ser | Val |
O R | 90 | 95 | ||||||||||||
Asn | Leu | Asp | Tyr | H .i s | Ile asp | Ile | Lys | Asn | Leu | Arg | Ser | Phe | Lys | Asp |
100 | 105 | 110 | ||||||||||||
Leu | Ile | Pro | Tyr | Pro | Leu Arg | Gly | Ala | Ile | Val | Thr | Ser | Gly | Asn | Ile |
115 | 120 | 125 | ||||||||||||
Lys | Gly | His | Arg | Lys | Ala Leu | Val | Val | Gin | Gly | Val | Ser | Asn | Val | Ala |
130 | r 3 5 | 140 | ||||||||||||
Gin | Ser | His | Thr | AI a | Tyr asn | Ala | Leu | Leu | Asp | Asp | Phe | Lys | Leu | Ser |
145 | 15 0 | 155 | 160 | |||||||||||
His | Leu | Ser | Leu | Asn | Ala Lys | Asp | Ala | Asn | Leu | Glu | Asp | Leu | Leu | Tyr |
165 | 170 | 175 | ||||||||||||
Leu | Ile | Asn | Arg | P r o | Ala Tyr | Ala | Asn | Ala | Lys | Val | Ser | Leu | Gin | Ala |
180 | 185 | 190 | ||||||||||||
Asp | Phe | Asn | Ser | Leu | Lys Pro | Leu | Glu | Gly | His | Leu | Ile | Leu | Thr | Ala |
195 | 200 | 205 | ||||||||||||
Asn | Asn | Ala | Leu | 11 e | As n As n | Ala | Leu | Ile | Asn | Gin | Ile | Phe | His | Leu |
210 | 215 | 220 | ||||||||||||
Asn | Leu | Lys | Asp | Thr | Leu Val | Phe | Asn | Leu | Ser | His | Ser | Ser | Asp | Phe |
225 | 230 | 235 | 240 | |||||||||||
Lys | Gly | Asn | Lys | Al a | Ile Ser | Asp | Thr | Thr | Leu | Thr | Ser | Pro | Leu | Val |
24 5 | 250 | 255 | ||||||||||||
Asn | Phe | Thr | Ala | Lsu | Lys Ser | Glu | Tyr | Ser | Phe | Pro | Ala | Leu | Lys | Leu |
260 | 2 65 | 270 | ||||||||||||
Asn | Ala | Pro | Tyr | Thr | Leu Glu | Ile | Pro | His | Leu | Ala | Lys | Leu | Gin | Asn |
275 | 280 | 285 | ||||||||||||
Ile | Thr | Asn | His | P r o | Leu lys | Gly | Ser | Leu | Thr | Leu | Lys | Gly | Asp | Ile |
290 | 2 95 | 300 | ||||||||||||
Glu | Gin | Ser | Pro | Lys | Leu leu | Lys | Val | Ser | Gly | His | Ser | Asn | Leu | Leu |
305 | 310 | 315 | 320 | |||||||||||
Asp | Gly | Ala | Leu | Asp | Phe Thr | Leu | Leu | Asn | Lys | Asp | Leu | Lys | Ala | Arg |
32 5 | 330 | 335 | ||||||||||||
Phe | Ser | Asn | Ile | Ser | Thr Ser | Lys | Ala | Leu | Asp | Leu | Phe | His | Tyr | Pro |
340 | 34 5 | 350 | ||||||||||||
Lys | Phe | Phe | Gin | C; V- | Ile ala | Asp | Al a | Asn | Leu | Asp | Tyr | Asp | Leu | Ile |
355 | 360 | 365 | ||||||||||||
Ser | Lys | Gin | Gly | Val | Leu Lys | Ala | Asn | Leu | Lys | Asn | Ala | Arg | Phe | Leu |
370 | 175 | 380 | ||||||||||||
Lys | Asn | Ala | Phe | Ser | Asp Phe | Leu | Tyr | Ser | Ile | Ser | Arg | Phe | Asp | Ile |
385 | 390 | 395 | 400 | |||||||||||
Thr | Lys | Glu | Ile | Tyr | His asp | Ala | As n | Leu | Val | Ser | Gin | Ile | Asn | Gin |
11 5 | 410 | 415 | ||||||||||||
Gin | Arg | Leu | Leu | S e r | Asp Iru | Ser | Leu | Lys | Ser | Pro | Lys | Thr | Gin | Leu |
420 | 425 | 430 | ||||||||||||
Lys | Ile | His | Asn | Gly | Leu Leu | Asp | Leu | Asn | Thr | Lys | Gin | Met | Asp | Ile |
435 | 440 | 445 | ||||||||||||
Leu | Met | Asp | Ala | Glu | Tle lj e u | Lys | Phe | Ile | Phe | Lys | Met | Lys | Leu | Gin |
450 | 155 | 460 | ||||||||||||
Gly | Ser | Met | His | Gin | Pro Lys | Phe | S e r | Leu | Ile | Leu | Asn | Glu | Lys | Ala |
465 | 470 | 475 | 480 | |||||||||||
Ile | Gin | Gin | Asn | Leu | Gin Gin | Gly | Leu | Lys | Glu | Ile | Leu | Lys | Asn | Asp |
4 85 | 490 | 495 | ||||||||||||
Thr | Leu | Lys | Lys | Gly | Leu .asp | His | Leu | Leu | Lys | Asp | Asp | Lys | Leu | Lys |
500 | 5 0 5 | 510 | ||||||||||||
Glu | Lys | Leu | Glu | Lys | Gly Leu | Lys | Gly | Leu | Phe | |||||
515 | 520 |
(2) INFORMACE PRO SEQ IP NO:588:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
• · • ·
224 (A) DÉLKA: 299 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: orotein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...299 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID znaky
Leu | Val | Ile | Ile | S e r | Leu | Leu | Thr |
1 | 5 | ||||||
Glu | Ile | Ser | Ile | L v s | Lys | Phe | Ile |
20 | |||||||
Ile | Asn | Thr | Gly | Va 1 | Glu | Ala | Leu |
35 | 40 | ||||||
Asp | Leu | Ala | Ser | P ' o | Lys | Glu | Thr |
50 | o 5 | ||||||
Ala | Gin | Asn | Glu | Thr | Ser | Gin | Ser |
65 | 70 | ||||||
Val | Lys | Ser | Ile | Ser O T | Tyr | 'Ta 1 | Gly |
Ala | Asn | Glu | Ile | Al.a | Lys | : le | Arg |
100 | |||||||
Lys | Ile | Asp | Thr | Ala | Val | Leu | Ala |
115 | 120 | ||||||
Asp | Val | Tyr | Ala | Thr | Phe | Glu | Asn |
130 | 1 35 | ||||||
Glu | Lys | Ala | Ar g | I le | Ala | 51 y | Val |
145 | 15 0 | ||||||
Lys | Glu | Lys | Asp | Gly | Leu | urys | Ser |
165 | |||||||
Thr | Phe | Asp | Glu | Gin | Lys | Leu | Glu |
180 | |||||||
Ala | Leu | Glu | Gly | Gin | Gly | Tyr | Tyr |
195 | 200 | ||||||
Glu | Lys | Val | Ser | G.mi | Gly | 11a | Leu |
210 | ’ ’ 3 | ||||||
Gly | Asp | Ser | Ile | Tyr | Ile | Lys | Gin |
225 | 230 | ||||||
Leu | Lys | Arg | Ar oj | Val | Ile | Glu | Ser |
2 4 5 | |||||||
Phe | Met | Gly | Trp | Met | Trp | 01 y | Leu |
2 60 | |||||||
Gin | Leu | Glu | Tyr | Asp | Ser | Leu | Arg |
275 | 280 | ||||||
Gly | Tyr | Leu | Asp | Ala | His | Ile | Ser |
290 | 2 95 |
NO:588:
Thr | Leu 10 | Lys | Leu | Lys | Ser | Ile 15 | Lys |
Leu 25 | Ser | Ser | Leu | Val | Phe 30 | Ala | Cys |
Glu | Asn | Asp | Gly | Ser 45 | Lys | Pro | Asn |
P r o | Lys | Glu | Ala 60 | Gin | Lys | Asn | Glu |
Asn | Gin | Thr 75 | Pro | Lys | Glu | Met | Lys 80 |
Leu | Ser 90 | Tyr | Met | Ser | Asp | Met 95 | Leu |
Val 105 | Gly | Asp | Met | Val | Asp 110 | Ser | Lys |
Leu | Phe | Asn | Gin | Gly 125 | Tyr | Phe | Lys |
Gly | Ile | Leu | Glu 140 | Phe | His | Phe | Asp |
Glu | Ile | Lys 155 | Gly | Tyr | Gly | Thr | Glu 160 |
Gin | Met 170 | Gly | Ile | Lys | Lys | Gly 175 | Asp |
His 185 | Ala | Lys | Thr | Ala | Leu 190 | Lys | Thr |
Gly | Ser | Val | Val | Glu 205 | Val | Arg | Thr |
Leu | Ile | Val | Phe 220 | Asp | Val | Asn | Arg |
3 e r | Ile | Tyr 235 | Glu | Gly | Ser | Asp | Lys 240 |
Leu | Ser 250 | Ala | Asn | Lys | Gin | Arg 255 | Asp |
As n 2 6 5 | Asp | Gly | Lys | Leu | Arg 270 | Leu | Asp |
Ile Ser | Gin Pro | Asp Phe | Val | Tyr 285 | Met | Arg | Arg |
(2) INFORMACE PRO SEQ II: NO: 598:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 98 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina
22S « ·
(D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: arotein (iii) HYPOTETILKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1. . A8 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:598:
Gin | Arg | Leu | Tyr | Leu | Gly Lys | Leu | Asn | Ala | Lys | Val | Asn | His | Thr | Ile |
1 | S | 10 | 15 | |||||||||||
Phe | Gin | Phe | Leu | Ail | Asn i'ai | Gly | 11 e | Arg | Thr | Asn | Ile | Phe | Glu | His |
20 | 2 5 | 30 | ||||||||||||
His | Gly | Ile | Glu | Phe | Gly hle | Lys | Ile | Pro | Thr | Leu | Pro | Asn | Tyr | Phe |
35 | 40 | 45 | ||||||||||||
Phe | Lys | Gly | Ser | Ti; r | Thr Ile | Arg | Ala | Lys | Lys | Gin | Gly | Pro | Leu | Glu |
50 | A A | 60 | ||||||||||||
Asn | Gly | Asn | Pro | Thr | Thr Ale | Thr | Gly | Ala | Glu | Thr | Asn | Phe | Ser | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | |||||||||||
Thr | Gin | Thr | Leu | Arg | Arg Gin | Tyr | Ser | Met | Tyr | Leu | Arg | Tyr | Val | Tyr |
o ς | 90 | 95 | ||||||||||||
Thr | Phe |
INFORMACE | PRO SEQ IP | NO:602 : |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 167 | aminokyselin |
(B) | TYP: aminei | zyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
(ii) DRUH | MOLEKULY: ; | eotein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) | ORGANIZMUS | : Helicobacter | |
(ix) | ZNAKY | ||
(A) | NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) | POZICE 1.. | . 167 | |
(xi) | POPIS | SEKVENCE: | SEQ ID NO:602 |
Gly | Arg | Ala | Phe | Met | Met | Ar g | Glu | Ile | Leu | Thr | Asn | Arg | Phe | Phe | Pro |
1 | F | 10 | 15 | ||||||||||||
Ser | Leu | Phe | Lys | L V S | Arg | Leu | Asp | Phe | Ser | Asn | Arg | Val | Val | Leu | Gly |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Leu | Gly | Ser | Asn | Leu | Lys | Asn | Pro | Leu | Lys | Ile | Leu | Lys | Ser | Cys | Phe |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Leu | Tyr | Phe | Lys | As n | His | Ser | Lys | Ile | Gly | Lys | Ile | Phe | Ser | Ser | Pro |
50 | :ί 5 | 60 | |||||||||||||
Ile | Tyr | Ile | Asn | Pro | Pro | ?he | Gly | Tyr | Thr | Asn | Gin | Pro | Asn | Phe | Tyr |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Asn | Ala | Thr | Ile | ilá | Leu | Lys | Thr | S e r | Leu | Gly | Leu | Arg | His | Phe | Phe |
H 5 | 90 | 95 |
• · · ·
22é
Ala | Leu | Val | Phe 100 | T> | /r | Ile | Glu Arg | Arg 105 | Phe | Gly Arg | Ala | Arg 110 | Lys | Arg |
Asp | Phe | Lys | Asp | A' | 8 | Pro | Arg Thr | Leu | Asp | Ile Asp | Ile | Ile | Ala | Phe |
115 | 120 | 125 | ||||||||||||
Asn | Gin | Val | Ile | L- | 11 | Arg | K n Asn | Asp | Leu | Thr Leu | Pro | His | Pro | Lys |
130 | L 55 | 140 | ||||||||||||
Trp | Ser | Glu | Are; | A; | p | Ser | Val Leu | Val | Pro | Leu Thr | Leu | Gin | Gin | Ile |
145 | 150 | 155 | 160 | |||||||||||
Leu | Phe | Lys | Arg | G ' | u | Glu | Crp |
J. 6 5 (2) INFORMACE PRO SEQ IP MO:606:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 99 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODN í ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...99 (xi) POPIS SEKVENCE ^EQ ID NO:606:
Tyr | Gin | Tyr | Ile | CK n | Gin | šly | Gly | PVy | Phe | Gly | Val | Asn | Val | Gly | Arg |
1 | r.. | 10 | 15 | ||||||||||||
Thr | Leu | Gly | Asn | Arg | Thr | His | Val | S e r | Leu | Gly | Tyr | Asn | Leu | Asn | Val |
20 | PS | 30 | |||||||||||||
Thr | Lys | Leu | Leu | Gly | Phe | Ser | Ser | Pro | Leu | Tyr | Asn | Arg | Tyr | Tyr | Ser |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Ser | Val | Asn | Glu | Val | Ala | 3 e r | Pro | Arg | Gin | Cys | Ser | Thr | Pro | Ala | Ser |
50 | 3 5 | 60 | |||||||||||||
Val | Ile | Ile | Asn | Arg | Leu | .Ser | Gly | Gly | Arg | Thr | Pro | Leu | Val | Pro | Glu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ser | Cys | Ser | Ser | P r o | Gly | Ala | Ile | Thr | Ile | Phe | Thr | Arg | Asn | Lys | Arg |
Ο Γ | 90 | 95 | |||||||||||||
Tyr | Leu | Gly |
INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:614 : |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 646 | aminokyselin |
(B) | TYP: amine | zyselina |
(D) | TOIPLOGIE: | Iineárni |
(ii) DRUH | MOLEKULY: : | orotein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky • ·
227 (B) POZICE l...íj4 6 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID
Ser 1 | Asn | Tyr | Asn | A s n | Leu | Asn | Thr |
Ser | Ala | Val | Asn 20 | V. -p | Ala | rrg | Asp |
Leu | Leu | Asp 35 | Val | L v s | Ala | Asn | Ser 40 |
Ala | Leu 50 | Asn | Ala | ř\ . a | Val | w | Leu |
Thr 65 | Ala | Cys | Gly | 2' ' o | Gly 7 0 | .Ar r | Asn |
Thr | Phe | Asn | Asn | Μ 1 | Pro | Gly | Gin |
Ser | Tyr | Tyr | Glu Ί íií) | P 2 O | Gly | G l· s | Gly |
Ala | Ile | Ile 115 | Asii | 1. ;S | Ala | 2 i- r | Gin 120 |
Asn | Gly 130 | Glu | Gly | 12 e | Pro | Val i 35 | Leu |
Phe 145 | Thr | Ile | As n | Gly | Asp 150 | Lys | Arg |
Leu | Val | Tyr | Pro | Trp rq | Ser | Gis | Gly |
Ala | Thr | Ile | Thr 18 0 | λ vi | Pro | Ί; i r | Thr |
Ala | Gin | Glu 195 | Leu | L - u | Lys | Sin | Ala 200 |
Ser | Ala 210 | Cys | Pro | A i'i n | Phe | Sin 2 i r | Asn |
Ile 225 | Ser | Gly | As n | v' y | Thr 230 | 2Pvt | Cys |
Ala | Ile | Gin | Gly | M t ' · iq | Ile | Al a | Asn |
Lys | Ile | Val | Ser 2 0 U As n | - -A G.iu | Asn | 2 lir | Gin |
Lys | Pro | Phe 275 | r ' O | Tyr | G i r | Asp 280 | |
Lys | Asn 290 | Ala | Gin | A,r a | Gin | Al a 2 9 5 | Glu |
Val 305 | Lys | Asn | Phe | Vlu | Lys 310 | 11 e | Pro |
Gly | Val | Cys | Tyr | Τ.Ί u | Val | 'Sin | Gly |
Gly | Gin | Thr | Thr 34 0 | .. -j A-r | Asn | Vir | Trp |
Gin | Thr | Ile 355 | Thr | A r n | Leu | '.rys | Asn 360 |
Glu | Gin 370 | Gin | Ile | r.·! π | Gin | Al a | Glu |
Phe 385 | Lys | Ser | Arcj | T \’r | Ser 390 | 4 2. u | Leu |
Thr | Ala | Leu | Ser | Av-n | Ile | Ίο | Asn |
Ser | Lys | Lys | As n 42 o | ': O ? . n | Pro | 2Άγ | Ser |
Tyr | Leu | Asn 435 | Gin | 2 ’Ί | S e r | Syr | Asn 440 |
Leu | Gly 450 | Arg | Asn | Pro | Phe | Arg 455 | Lys |
NO:614 :
Leu | Val 10 | Ser | Leu | Ser | Ser | Asp 15 | Pro |
As n 2 5 | Leu | Gly | Ser | Ser | Ala 30 | Arg | Asn |
P r o | Ala | Tyr | Gin | Ala 45 | Val | Leu | Leu |
Trp | Gin | Val | Thr 60 | Ser | Tyr | Ala | Phe |
Glu | Asn | Ala 75 | Asn | Gly | Gly | Ile | Gin 80 |
Asn | Thr 90 | Thr | Thr | Ile | Thr | Cys 95 | Asn |
Gly .05 | Pro | Ile | Ser | Thr | Glu 110 | Asn | Tyr |
Ile | Ile | Gin | Lys | Ala 125 | Leu | Thr | Ala |
3 e r | Asn | Thr | Thr 140 | Thr | Lys | Leu | Asp |
Thr | Gly | Gly 155 | Glu | Pro | Asn | Lys | Lys 160 |
Lys | Ala 170 | Ile | Ser | Thr | Ser | Trp 175 | Asn |
Glu i 85 | Asn | Ile | Asn | Thr | Thr 190 | Asn | Ser |
Ger | Ile | Ile | Ile | Thr 205 | Thr | Leu | Asn |
Gly | Gly | Ser | Gly 220 | Tyr | Trp | Ala | Gly |
Gly | Met | Phe 235 | Lys | Asn | Glu | Ile | Ser 240 |
Al a | Gin 250 | Glu | Ala | Val | Ala | Gin 255 | Ala |
Asn 165 | Gin | Asn | Ser | Leu | Asp 270 | Ala | Gly |
Sil a | S e r | Phe | Ala | Glu 285 | Ser | Met | Leu |
2 le | Leu | Asn | Gin 300 | Ala | Glu | Gin | Val |
Thr | Ala | Phe 315 | Val | Asn | Asp | Ser | Leu 320 |
Aly | Glu 330 | Arg | Arg | Gly | Thr | Asn 335 | Pro |
Čily 6 4 5 | Ala | Gly | Cys | Ala | Tyr 350 | Val | Gly |
G e r | Ile | Ala | His | Phe 365 | Gly | Thr | Gin |
Asn | Ile | Ala | Asp 380 | Thr | Leu | Val | Asn |
Gly | As n | Thr 395 | Tyr | Asn | Ser | Ile | Thr 400 |
Ala | Gin 410 | Ser | Leu | Gin | Asn | Ala 415 | Val |
P r o | Gin | Gly | Ile | Asp | Thr 430 | Asn | Tyr |
c 1 n | Ile | Gin | Thr | Ile 445 | Asn | Gin | Glu |
Val | Gly | Ile | Val 460 | Ser | Ser | Gin | Thr |
·· ·. ·»
Asn | Asn | Gly | Ala | I^zt | Asn | Ly Ile | Cly | Ile | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Phe | Phe | Gly | Gin | Lvs | Arcj | Zys | Trp | Gly | Ala | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe |
d 5 | 4 90 | 495 | |||||||||||||
Asp | Tyr | Asn | His | v λ a | Phe | .. 1 e | Lys | S e r | Ser | Phe | Phe | Asn | Ser | Ala | Ser |
5 0 0 | i· 0 5 | 510 | |||||||||||||
Asp | Val | Trp | Thr | 2 './r | Gly | ‘he | Gly | Ala | Asp | Ala | Leu | Tyr | Asn | Phe | Ile |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Asn | Asp | Lys | Ala | Thr | Asn | Phe | Leu | Gly | Lys | Asn | Asn | Lys | Leu | Ser | Val |
530 | 5 35 | 540 | |||||||||||||
Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Ala | Gly | Thr | Ser | Trp | Leu | Asn | Ser |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Glu | Tyr | Val | As n | L-u | Ala | Air | Met | A s n | Asn | Val | Tyr | Asn | Ala | Lys | Met |
! * S | 57 0 | 575 | |||||||||||||
Asn | Val | Ala | Asn | P he | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn | Met | Gly | Val | Arg | Met | Asn |
58 0 | 585 | 590 | |||||||||||||
Leu | Ala | Arg | Pro | Lys | Lys | hys | Asp | Ser | Asp | His | Ala | Ala | Gin | His | Gly |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Ile | Glu | Leu | Gly | ’ -u | Lys | Lle | Pro | Thr | Ile | Asn | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser |
610 | '15 | 620 | |||||||||||||
Phe | Met | Gly | Ala | u | Leu | jVS | Tyr | Arg | Arg | Leu | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu |
625 | 6.3 0 | 635 | 640 | ||||||||||||
Asn | Tyr | Val | Phe | A La | Tyr |
¢. 4 5 (2) INFORMACE PRh SEQ H NO:621:
CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 266 | aminokyselin |
(B) | TYP: amine' | cyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
DRUH | MCI.··',KULY: | ; rotein |
(iii) HYPOTETICKÁ: Al·! ) (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORCYNIZMUZ: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE 1...266
(xi; | i popis : | > 2: | VENCE: SE | Q ID | NO : | 621 : | |||||||||
Leu | Leu | Ala | Arcj | rp | r | Ile mu | Asp | ?1 re | Arg | Gly | Ser | Leu | Ser | Asn | Leu |
1 | IA | 10 | 15 | ||||||||||||
Asn | Asn | Thr | Tyr | As | n | Ser Ile | Thr | Thr | Thr | Ala | Ser | Asn | Thr | Pro | Asn |
20 | 2 5 | 30 | |||||||||||||
Ser | Pro | Phe | Leu | Ly | rs | Asn Leu | Ile | Ser | Gin | Ser | Thr | Asn | Pro | Asn | Asn |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Pro | Gly | Gly | Leu | Cl | n | Ala Tri | Tyr | Gin | Val | Asn | Gin | Ser | Ala | Tyr | Ser |
50 | 4 V | 60 | |||||||||||||
Gin | Leu | Leu | Ser | Al | a | Thr Gin | Glu | Leu | Gly | His | Asn | Pro | Phe | Arg | Arg |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Val | Gly | Leu | Ile | S š. | r | Ser Gin | Thr | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn | Gly | Ile |
H '9 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Val | Gin | Val | C l· | y | Tyr Lys | Gin | I1 h e | Phe | Gly | Glu | Lys | Arg | Arg | Trp |
10 0 | i 0 5 | 110 | |||||||||||||
Gly | Leu | Arg | Tyr | T V | T | Gly Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Ala | Tyr | Ile | Lys |
115 | 120 | 125 |
• · • ·
229 | • « • · · · | • • · | • · • · · · · | ||||||||||||
Ser | Ser | Phe | Phe | R · n | Ser | y , | Ser | Asp | Val | Phe | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly |
130 | .. -S | 140 | |||||||||||||
Thr | Asp | Val | Leu | Tur | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Thr | Thr | Lys | Asn | Ser |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Lys | Ile | Ser | Phe | G1y | Val | E'he | Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Ala | Gly | Thr | Ser |
i 6 5 | 170 | 175 | |||||||||||||
Trp | Leu | Asn | Ser | <-' n | Tyr | Vi.. | Asn | Leu | Ala | Thr | Phe | Asn | Asn | Phe | Tyr |
1 8 0 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ser | Ala | Lys | Met | A.s n | Val | Ala | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn | Leu | Gly |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Leu | Arg | Met | Asn | IzU | Ala | V/S | Asn | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser | Asp | His | Ala |
210 | 21A | 220 | |||||||||||||
Ala | Gin | His | Gly | VI | Glu | V ? υ | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile | Asn | Thr |
225 | Z 0 | 235 | 240 | ||||||||||||
Asn | Tyr | Tyr | Ser | Pne | Leu | hly | Thr | Lys | Leu | Glu | Tyr | Arg | Arg | Leu | Tyr |
2 4 5 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ser | Val | Tyr | Leu | Asm | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | ||||||
2 60 | 265 |
(2) | INFORMACE PRC SEQ II | NO:632 : |
(i) CHARAKTFPISTI KA | SEKVENCE: | |
(A) DÉLKA: 261 | aminokys elin | |
(B) TIK: amine | tyselina | |
(D) TOFVLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MO1EKULY: | arotein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: AN | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORKV.NIZMUS | • Helicobacter pylori | |
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍC | : různé znaky | |
(B! POZICE 1.. | .2 61 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:632: | |
Glu | Leu Ile Leu ILvs | Zys Lys Vru Arg Asn Leu Met Lys Lys Gly |
1 | ty | 10 15 |
Ser | Leu Ala Ile Val Leu | Kly Ser leu Leu Ala Ser Gly Thr Phe Tyr |
2 0 | 25 30 | |
Thr | Ala Leu Ala Asp Gly | let Pro Met Lys Gin Gin His Asn Asn Met |
35 | 40 45 | |
Gly | Glu Ser Val (Vu Leu | ii.·-; Phe His Tyr Pro Ile Lys Gly Lys Gin |
50 | V 60 | |
Glu | Pro Lys Asn Asn His | mu Val Val Leu Ile Asp Pro Lys Ile Glu |
65 | 7 0 | 75 80 |
Ala | Asn Lys Val Ile Pro | Olu Asn Tyr Gin Lys Glu Phe Glu Lys Ser |
h 5 | 9 0 95 | |
Leu | Phe Leu Gin lvu Ser | lan Phe leu Glu Arg Lys Gly Tyr Ser Val |
i 0 ů | .V) 5 110 | |
Ser | Gin Phe Lys Asp Val | Ser Glu Ile Pro Gin Asp Ile Lys Glu Lys |
115 | 120 125 | |
Ala | Leu Leu Val Leu Arg F | let Asp Gly Asn Val Ala Ile Leu Glu Asp |
130 | 1.35 14 0 | |
Ile | Val Glu Glu Sar Asp | ala Leu Ser Glu Glu Lys Val Ile Asp Met |
145 | i 5 0 | 155 160 |
Ser | Ser Gly Tyr R m Asn | Sci Asn Pne Val Glu Pro Lys Ser Glu Asp |
165 | 170 175 |
• ·
230 | • • · · · | • · • · | • · | • • · · | |
Ile Ile His Ser i. he Gly | le Asp Val Ser Lys Ile | Lys | Ala | Val | Ile |
i tí 0 | i 0 5 | 190 | |||
Glu Arg Val Glu Leu Arg | 2rg Thr Asn Ser Gly Gly | Phe | Val | Pro | Lys |
195 | 200 | 205 | |||
Thr Phe Val His Arg Ile | I.ys Glu Thr Asp His Asp | Arg | Ala | Ile | Lys |
210 | 215 220 | ||||
Lys Ile Met Asn Gin Ala | 2yr His Lys Val Met Ala | His | Ile | Thr | Lys |
225 2U | 235 | 240 | |||
Glu Leu Ser Lys Lys His | let Glu Arg Tyr Glu Lys | Val | Ser | Ser | Glu |
215 | 250 | 255 | |||
Met Lys Lys Arg Lys | |||||
2 60 | |||||
(2) INFORMACE PRO SEC II’ | H0:636: | ||||
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | ||||
(A) DÉLKA: 217 | aminokyselin | ||||
(B) TYP: aminu | syselina | ||||
(D) TOPOLOGIE: | lineární | ||||
(ii) DRUH MCI SKULY: | r; o t e i n | ||||
(iii) HYPOTETT KÁ: ATI | ) | ||||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | |||||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | ||||
(ix) ZNAKY: | |||||
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé maky | ||||
(B) POZ i CE I. . | . 217 | ||||
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID 110:636: | ||||
Arg Arg Cys Cvs A'g Arg | v.u Asp Thr Lys Arg Tyr | Val | Ile | Glu | Val |
1 | 10 | 15 | |||
Val Ile Ser Leu S -r Thr | let Thr Ser Leu Leu Ser | Ala | Glu | Thr | Pro |
2 0 | 2 5 | 30 | |||
Lys Gin Glu Lys Ala Ile | lys Thr Ser Pro Thr Lys | Lys | Gly | Glu | Arg |
35 | 40 | 45 | |||
Asn Ala Ala Phe jle Glv | le Asp Tyr Gin Leu Gly | Met | Leu | Ser | Thr |
50 | 5 60 | ||||
Thr Ala Gin Asn Cys Ser | íis Gly Asn Cys Asn Gly | Asn | Gin | Ser | Gly |
65 7 0 | 75 | 80 | |||
Ala Tyr Gly Ser Asn Thr | ’ro Asn Met Pro Thr Ala | Ser | Asn | Pro | Thr |
c C | 90 | 95 | |||
Gly Gly Leu Thr His Gly | Yla Leu Gly Thr Arg Gly | Tyr | Lys | Gly | Leu |
1 0 0 | 105 | 110 | |||
Ser Asn Gin Gin T τ Ala | le Asn my pi-ie Gly phe | Val | Val | Gly | Tyr |
115 | 120 | 125 | |||
Lys His Phe Phe hus Lys | Tla Pro Gin Phe Gly Met | Arg | Tyr | Tyr | Gly |
130 | 1.35 140 | ||||
Phe Phe Asp Phe 7Aa Ser | ler Tyr Tyr Lys Tyr Tyr | Thr | Tyr | Asn | Asp |
145 150 | 155 | 160 | |||
Tyr Gly Met Arg Asp Ala | \rg Lys Gly Ser Gin Ser | Phe | Met | Phe | Gly |
J 55 | 170 | 175 | |||
Tyr Gly Ala Gly Thr Asp | 'al Leu Phe Asn Pro Ala | Ile | Phe | Asn | Arg |
1 ft 0 | A5 | 190 | |||
Glu Lys Leu Ala Ise Gly | ’al Phe Leu Gly Arg Cys | Asp | Trp | Trp | His |
195 | 200 | 205 | |||
Leu Leu Gly Ser Asn Lys | .,eu Leu Phe | ||||
210 | L - 1 |
• · » · · » · « ··· ·
23-1 (2) INFORMACE PRC SEQ IR HO:652:
(i) CHARAKTERISTIKA. SEKVENCE:
(A) DÉLKA: '54 aminokyselin (B) TYP: amine Kyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: sretein (iii) HYPOTETjTKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍC: různé znaky (B) POZICE i...64
(xi) | POPIS SE | KVENCE: | SEQ ID | NO: | 652 : | |
Pro | Asn | Glu Ala 2 | a · r A.,, a | V.Tm Val | Asn | Val Gly Tyr Lys Ile |
1 | 10 | |||||
Ser | Leu | Thr Ala S | er Val | jys Leu | Glu | Tyr Leu Gly Val Met |
20 | 2 5 | 30 | ||||
Ser | Gly | Phe Tůr ··' | al Gly | Ser Tyr | Arg | Pro Thr Pro Gly Ser |
35 | 40 | 45 | ||||
Leu | Tyr | Ser Asp A | rg Ser | ais Leu | ••Tet | Thr Thr Leu Ser Ala |
50 | • '0 | 60 |
Ser Lys 15
Thr His
Lys Ala
Lys Val (2) INFORMACE PRO SEQ IL NO:654:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉI HA: 146 aminokyselin (B) TYL : amino :yselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: Al·· :
(vi) PŮVODNÍ ODRO
(A) ORGANIZMUS | : Helic | ||
(ix) | ZNAKY: | ||
(A) HAL EV/KLÍČ | různé | ||
(B: LOELCE ... | . . 4 6 | ||
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | |
Val | Gin | Ala Phe Asp Tyr | 2ys Ile |
1 | r | ||
Lys | Val | Gly Plit.· L.m Lys a Q | 4ys Lys |
Pro | Thr | Glu Thr i he Val ' | Lir Ala |
35 | 40 | ||
Asp | Phe | Leu Ser Lvs Ser ; | Leu Lys |
50 | a 5 | ||
Lys | Val | Gly Gly Var He < | 21 y Gly |
65 | z a | ||
Asn | Gin | Gly Gly Gy Val | Y.e Tyr |
::bacter pylori znaky
NO:654:
Glu | Val 10 | Leu | Ala | Glu | Ser | Phe 15 | Ser |
Ile 2 5 | Asp | Ile | Ala | Arg | Gly 30 | Ile | Tyr |
Val | Gly | Gin | Gly | Asn 45 | Ile | Tyr | Ala |
Asp | Gin | Gly | His 60 | Val | Leu | Glu | Gly |
Ile | Ala | Tyr 75 | Asp | Ser | Thr | Lys | Phe 80 |
Asn | Tyr | Ile | Gly | Tyr | Trp | Asp | Gly |
·· • · « • · · • ·· · ·· • · ·· · · •··· · · · • · · · · · ·
232 | • ·»·· | • · • · | • • · | • • · · | ||||||||||
p Á. | 9 0 | 95 | ||||||||||||
Tyr | Leu | Gly | Gly Eg/s | Arg | Ala | Leu | Leu | Asp | Gly | Thr | Ser | Ile | His | Glu |
1 0 0 | 1 0 5 | 110 | ||||||||||||
Cys | Ala | Leu | Gly ÍVr | Asp | ' ;iy | Lys | Val | Ile | Asp | Ser | Ile | Ala | Cys | Gly |
115 | 120 | 125 | ||||||||||||
Asn | Ala | Arg | Ala Asn | L v s | lle | Arg | Ar g | Asn | Tyr | Leu | Met | Asn | Thr | Pro |
130 | :.35 | 140 |
Phe Ser
145 (2) INFORMACE PRO SEQ IR 110:655:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 247 aminokyselin
(B) 'I | YE: amin o | v/selina | ||||||||||
(D) 7' | Cl OLO | VYE : | lineám i | |||||||||
(ii) | DRUH MOLEKULY: . | uotein | ||||||||||
(iii) | HYPOTETICKÁ | .: ANI | ) | |||||||||
(vi) | PŮVODE! | í ODROU: | ||||||||||
(A) O | Rf ANI | Z MUL | : Heliconacter | pylori | ||||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||||
(A) NÁZEV/ | KLIČ: | : různé zna | ky | |||||||||
(B) E’ | OL ECE | 1 . . | .247 | |||||||||
(xi) | POPIL | SEKVE | ELK: | LEQ ID CEO: | 655 : | |||||||
Phe | Arg | Tyr Lys | A sup | I i e | Tie Ala Ala | Lys | Gly | Gly | Arg | Tyr | Gin | Ser |
1 | Γ. | 10 | 15 | |||||||||
Asn | Ala | Pro Tyr | Met | .5 “ r : | er Tyr Kar | Gin | Gly | Phe | Glu | Ile | Ser | Ala |
2 0 | 2 5 | 30 | ||||||||||
Lys | Ile | Lys Asp | 1 ys | Asn ' | !lu Gly Ser | His | Lys | Leu | Trp | Trp | Phe | Ser |
35 | 40 | 45 | ||||||||||
Ser | Trp | Gly Arsj | 1.a | t A e | la Tyr Gly | Glu | Trp | Ile | Tyr | Asp | Phe | Tyr |
50 | v | 60 | ||||||||||
Ser | Pro | Arg Thr | Val | Ile : | jys Asn Gly | Arg | Thr | Leu | Asn | Tyr | Gly | Ile |
65 | a i~ | 75 | 80 | |||||||||
His | Leu | Val Asp | Tyr | Thr | V/r Glu Arg | Lys | Gly | Val | Ser | Val | Ser | Pro |
9 0 | 95 | |||||||||||
Phe | Phe | Gin Phr- | : r | ' Ů | Ely Thr 7’yr | Tvr | Ser | Pro | Gly | Val | Ala | Val |
1 0 :j | -00 5 | 110 | ||||||||||
Gly | Tyr | Asp Ser | T.n | P r o i' | isn Phe Asn | Gly | Val | Gly | Phe | Arg | Ser | Glu |
115 | 120 | 125 | ||||||||||
Thr | Lys | Ala Tyr | T I e | Leu : | jeu Pro Val | His | Ala | Pro | Leu | Lys | Arg | Asp |
130 | . 3 5 | 140 | ||||||||||
Thr | Tyr | Arg Tyr | .· η a | Val ’ | .vs Ala Gly | Thr | Ala | Gly | Gin | Ser | Leu | Leu |
145 | c o | 155 | 160 | |||||||||
Ile | Arg | Gin Arg | HHe . | Asp | 'yr Asn Glu | Phe | Asn | Phe | Gly | Gly | Ala | Phe |
o ·Τ5 | 170 | 175 | ||||||||||
Tyr | Lys | Val Trp | I ys | Asn | >.la Asn Ala | Tvr | Ile | Gly | Thr | Thr | Gly | Asn |
E c: (i | L 8 5 | 190 | ||||||||||
Pro | Leu | Gly lir | T Hp | Phe | rp Thr Asn | S e r | Val | Tyr | Asp | Ile | Gly | Gin |
195 | 200 | 205 | ||||||||||
Ala | Leu | Ser His; | val | c/al | 4ir Ala Asp | Ala | Val | Ser | Gly | Trp | Val | Phe |
210 | N5 | 220 | ||||||||||
Gly | Gly | Gly Vai | His | Lys | ,ys Trp Leu | Trp | Gly | Thr | Leu | Trp | Arg | Trp |
225 | 2 30 | 235 | 240 | |||||||||
Thr | Ser | Gly Ala | ieu . : -' 5 | A i a | ,ys |
233 (2) INFORMACE ΪΑ SEQ II 150:660:
(i) (ii) | CHARAKT E ί 31S TIKA | SEKVENCE: aminokyselin '.yselina lineární :otein | |
(A) (B) (D) DRUH | DÉLKA: 323 TYL: aminO TOPOLOGIE: MOLEKULY: | ||
(iii) | HYPOT | ETICKÁ: AIR | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) | ORí-' ΑΝΙ ZMUS : | Helicobacter | |
(ix) | ZNAKY | ||
(A) | NAIEV/KLÍČ: | různé znaky | |
(B) | POZ 5CE I . . . | 323 | |
(xi) | POPIS | SEKVENCE: | SEQ ID HO:660 |
Trp 1 Glu | Leu Lys | Gin Sen | G | g -ΐ-Υ | i_j v s | he aSll | Arg Leu | Osp Asn 2 5 | Ser Lys | Ala Val | Phe Val | Cys Ile | Leu Leu 30 | Ser 15 Ala | Ser Leu | |
Leu | Phe 2 0 | |||||||||||||||
Arg | Asp | Ile 35 | Ile | I·7 | L S | Glu | Tyr | Gly 40 | His | Thr | Leu | Gly | Tyr 45 | Thr | His | Asn |
Gly | Asn 50 | Met | Thr | vr | Gin | Org | Val | Arg | Leu | Cys | Gin 60 | Glu | Gly | Asn | Gly | |
Pro 65 | Glu | Ala | Are; | YS | G1 u 7 0 | ’ '1γ | Gly | :: 1 S | G 1 u | Val 75 | Glu | Lys | Asn | Gly | Lys 80 | |
Glu | Glu | Leu | Glu | ι- | he 1 | Ser | \sn | Gly | His | Glu 9 0 | Val | Arg | Asp | His | Asp 95 | Gly |
Tyr | Thr | Tyr | Asp 1 0 n | Τ. | ,\1 | Cys | θ r | Arg | Phe ί 0 5 | Gly | Gly | Lys | Asn | Gin 110 | Pro | Ala |
Phe | Pro | Ser 115 | As:: | / r | P : o | .Sil | Ser 120 | 11 e | Tyr | Thr | Asn | Cys 125 | Ala | Gin | Val | |
Pro | Ala 130 | Gly | Leu | he | Gly | ’ .< h | Thr | Thr | Ala | Val | Trp 140 | Gin | Gin | Leu | Ile | |
Asn 145 | Gin | Asn | AI a | L | YU | Pro | ,L Y | Asn | Phe | Ala | Asn 155 | Leu | Asn | Ser | Gin | Thr 160 |
Ser | His | Leu | Asn | λ a | r: : a | Y | Asn | 7 1 a | Gin 17 0 | Asn | Phe | Ala | Thr | Ser 175 | Met | |
Val | Ser | Ala | Ile 18 0 | j.a | Gin | hsn | Phe | S e r 185 | Thr | Thr | Ser | Thr | Thr 190 | Thr | Tyr | |
Arg | Ser | Ser 195 | Ser | ys | A.sn | >’he | Arg 200 | S e r | Pro | Ile | Leu | Gly 205 | Val | Asn | Val | |
Lys | Ile 210 | Gly | Ty r | n | His | '7 V | Phe | Asn | Asp | Tyr | Ile 220 | Gly | Leu | Ala | Tyr | |
Tyr 225 | Gly | Ile | I I a | n | 1 yr 2 30 | .Sli | Tyr | Al a | Gin | Ala 235 | Asn | Asp | Glu | Lys | Ile 240 | |
Gin | Gin | Leu | Ser | yr 4 5 | Gly | αν | Gly | Met | Asp 250 | Val | Leu | Phe | Asp | Phe 255 | Ile | |
Thr | Thr | Tyr | Thr | ? n | n | Lys | j í s | Gin | Asp .2 6 5 | His | Pro | Thr | Lys | Lys 270 | Val | Phe |
Ala | Ser | Ser 275 | Pln: | -Y | Ve 1 | li.: | Gly 280 | rly | Leu | Arg | Gly | Leu 285 | Tyr | Asn | Ser | |
Tyr | Tyr 290 | Val | Pka | ř- | Gin | 'Vil .95 | Lys | Gly | S e r | Gly | Asn 300 | Leu | Asp | Ile | Val | |
Thr 305 | Gly | Phe | As 1 ! | Y.r | Org | Yr | Lys | His | S e r | Lys 315 | Tyr | Ser | Ile | Ala | Leu 320 |
334 » ·· • · • · ·· ·· ··
Ala Phe Leu
(2) INFORMACE | PPI SEQ 71 | UK ):664: |
(i) CHARA | KTUUIŠTIKA | SEKVENCE: |
(A) | DÉIHA: 2 Os | aminokyz elin |
(B) | TY: : amrncl | i/selina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
(ii) DRUH | MCI ZKULO: | : r ctein |
(iii) HYPOTETICKÁ: AT;
(vi) PŮVODNÍ ,'DROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍ0: různé znaky (B) POZICE 1.....2 08 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:664:
Pro 1 | Arg | Asp | Hrs | h:r | Tyr | . e r | Leu | Glu | Asp | Ser | Thr | Pro | His | Gly 15 | Ser |
Leu | Leu | Gly | Ar q A | 7... n | Gly | hůl | Thr | Leu 25 | As n | Ile | Arg | Gin | Val 30 | Phe | Trp |
Trp | Asp | Asn 35 | Pln- | /Λ . v! | Trp | ier | Ile 40 | Gly | Phe | Tyr | Asn | Thr 45 | Phe | Gly | Asn |
Ser | Asp 50 | Ala | Pk-- | ’:· LI | GQ ) - τ | i a | His | Thr | Met | Pro | Arg 60 | Gly | Asn | Asn | Thr |
Ser 65 | Tyr | Ile | Se r | ;i | Glu | 1 e | Ser | Val | Thr | Thr 75 | Arg | His | Ala | Gly | Met 80 |
Ile | Gly | Tyr | Asp | Phe | Trp | .esp | Asn | Thr | AMa 9 0 | Tyr | Asp | Gly | Leu | Ala 95 | Asp |
Ala | Ile | Thr | Asn IIV | 11 a | As n | :lhr | Phe | Thr 105 | Phe | Tyr | Thr | Ser | Val 110 | Gly | Gly |
Ile | His | Lys 115 | Arg | ; ' e | Ala | r ρ | His 120 | Val | Phe | Gly | Arg | Val 125 | Ser | His | Ala |
Asn | Lys 130 | Asn | Ar a | hnu | Gly | Gin ? IQ | Val | Gly | Arg | Ala | Asn 140 | Glu | Tyr | Ser | Leu |
Gin 145 | Phe | Asn | AI. a | 5 a r | Tyr .1. Z 0 | ala | Ser | Thr | Glu | Ser 155 | Val | Leu | Leu | Asn | Phe 160 |
Arg | Ile | Thr | Ty: | 'i ’ 7 r .. 15 | 1 ’ ' y | ,ia | Arg | Ile | asn I z o | Lys | Gly | Tyr | Gin | Ala 175 | Gly |
Tyr | Phe | Gly | AI. a 1 1 ; | h 1 o | í V S | i ’ h e | Asn | Asn 155 | Pro | Asp | Gly | Asp | Phe 190 | Ser | Ala |
Asn | Tyr | Gin 195 | Asp | Ser | /yr | Met 2 00 | Met | Thr | Asn | Leu | Thr 205 | Leu | Lys | Phe |
(2) INFORMACE PRO SEI 10 170:670:
(i) | CHARAKTI | Z.I ŠTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉI | ZA: .0 5 | aminokyselir | |
(B) ΙΎΪ | : amine | :ycelina | |
(D) TOK | O LOG.i E: | i ) neárrh | |
(ii) | DRUH MOI, | ZKULY: : | rotein |
(iii) HYPOTETICKÁ: AN
A
• · • · · · • · · · • ··· · · • · · ·· «·
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | ||||
(A) ORG | ANIZMUS | i Helicobacter | pylori | ||
(ix) | ZNAKY: | ||||
(A; UÁP | IV/LIll! | různé maky | |||
(B) COP | CE . . . | .o5 | |||
(xi) | POPIS SK | Í7VENCE: | SEQ ID NO:671: | ||
Thr | Lys | Lys Lei 7’ | on Asn | Air Leu Phe Asn | Lys Gly Leu Ile Ile Phe |
1 | L | 15 | |||
Lys | Met | Phe Lys 1 | .‘3 . . | le Phe Leu Cys | Val Phe Leu Ile Gly Gly |
15 | 30 | ||||
Phe | Val | Ile Pro P | iO Letí | Glu Ala Met Pro | Ile Leu Arg Asn Lys Thr |
35 | 40 | 45 | |||
Pro | Lys | Lys Aru I | yr Gin | Au Ala His Glu | Lys Leu Tyr Arg Ser Ile |
50 | ' 5 | 60 | |||
Ile | Asn | Arg R n I | ••'S 1η·η | lir Arg Lys L/s | Ser Gly Trp Tyr Phe Leu |
65 | 75 80 | ||||
Gly | Gly | Val Gr y 7, | .a Val | Glu Ala Zle Lys | Asp Tyr Gin Gly Lys Glu |
S | Γ7 | 91 | 95 | ||
Met | Lys | Asp Trp M | at Pra | arg Ser Ile | |
7 : i | J 05 |
(2) | INFORMACE | rh SEQ A | N C): 6 7 5 : | |||||||
(i) | CHAIA | rhTPAI STÍ Pia | SEKVENCE: | |||||||
(A; | DÉLKA: 254 | aminokyselin | ||||||||
(B | YYI : anri no | ivselina | ||||||||
(D | R 'LOG i P' : | lineární. | ||||||||
(ii) | DRUH | MOLEKULY: | rotein | |||||||
(iii) | HYPCI | N7TALKÁ: AR | ||||||||
(vi) | PUVC | AI i DRU A | ||||||||
(A | loR ' 7AIIZ''C R | Helicccacter | pylori | |||||||
(ix) | ZNAK’ | |||||||||
(Ai | HÁZEV/KrÁč | různé maky | ||||||||
(B I | PORCE ... | 2 H 4 | ||||||||
(xi) | POP 7, | ' SPRVENCR: | SEQ ID HO:675; | |||||||
Asn | Phe | Asn | i. Z, q A„ | Le Leu Cys Arg | Ala | Leu | Trp | Leu | Ile | Leu |
1 | 1 Lj | 15 | ||||||||
Gly | Leu | Phe | η: /1 i a Ln; c | an Ala Glu Ser | Phe | Lys | Asp | Val | Leu | Thr |
R. ' | 2 5 | 30 | ||||||||
Lys | Gly | Asp 1' | a Thr Phe | ’he Asn Lys Lys | Val | Val | Ser | Pro | Ile | Lys |
35 | 4 0 | 45 | ||||||||
Arg | Tyr | Ala A; | ar 7org cm' | A.oi Phe Tyr E-u | Gly | Leu | Gly | Tyr | Gin | Leu |
50 | 5 | 60 | ||||||||
Gly | Ser | Ile GI | .n Los Asn | ar Ser «sn Leu | Asn | Leu | Ser | Gin | Arg | Phe |
65 | 75 | 80 | ||||||||
Asn | Lys | Ser G1 | a A.e I : e | bn? Ser Asp Ser | Leu | Ser | Pro | Val | Phe | Lys |
c.. . | 95 | |||||||||
Asn | Ser | Tyr ’ C | To Leu 11 y Vol | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Trp | |
i | P05 | 110 | ||||||||
Val | Gly | Lys Hhi | n Glu G'.n | 'hr Lys Trp Phe | Gly | Phe | Arg | Trp | Gly | Leu |
115 | 120 | 125 | ||||||||
Phe | Tyr | Asp lir | a i I? r Ala , | er Leu Tyr Gly | Ser | Gin | Glu | Ser | Gin | Ser |
·· · · • · · · « · · · ·· · · · é
130 | 3 5 | 140 | |||||||||||
Ile | Ile | Ile 5- r 1 | Est Tyr | Cly | Thr | Tyr | Met | Asp | Leu | Leu | Leu | Asn | Ala |
145 | 12 h | 155 | 160 | ||||||||||
Tyr | Asn | Gly Asp i | es Pise | he | Ala | Gly | L J i e | Asn | Leu | Gly | Ile | Ala | Phe |
A 5 | .1 '' 0 | 175 | |||||||||||
Ala | Gly | Val T”r A | sp A-'s | ' au | Ser | Asp | Al a | Leu | Leu | Tyr | Gin | Thr | Leu |
l,ú | j. 8 5 | 190 | |||||||||||
Leu | Gin | Asn Thr I | * .i. e G i y | Aly | Lys | Val | Asn | Leu | Asn | Gly | Phe | Gin | Phe |
195 | 200 | 205 | |||||||||||
Leu | Val | Asd Leu G | hy Val i | Arg | Leu | Gly | As n | Glu | His | Asn | Gin | Phe | Gly |
210 | 215 | 220 | |||||||||||
Phe | Gly | Ile has 1 | i e E’ r es | h l* | Tyr | Tyr | FLe | Asn | His | Tyr | Tyr | Ser | Met |
225 | 2 i | 235 | 240 | ||||||||||
Asn | Asn | Ile .A r 1. | sn Ais!: , | er | Glu | Asn | Val | Leu | Lys | Val | Leu | Arg | Phe |
: 5 | 2 5 0 | 255 | |||||||||||
Leu | Glu | Tyr Gly I | Le Asn | Ar | Leu | Leu | Tyr | Gin | Val | Asp | Phe | Arg | Arg |
2 0 | 265 | 270 | |||||||||||
Asn | Tyr | Ser Vel re | vr PLe· | Asn | Tyr | Thr | Tvr | Ser | Phe | ||||
275 | 280 | ||||||||||||
(2) | INFORMACE PRí | SEC 1T; | NO | : 676: | |||||||||
(i) | CHAELLKT! | ErSTLPA | '7 U | KVENCE: | |||||||||
(Ai DEL. | LA: | smi | nokys | elin | |||||||||
(B, TYL | : arr.j.i; | 7 S | elina | ||||||||||
( D T 0 i | 'LOG~A: | il | neárnj | ||||||||||
(ii) | DRUH MOi | EKULY: s | srotein | ||||||||||
(iii) | HYPCTETL | LKÁ: ALT | |||||||||||
(vi) | PU VOLU í | ZDROA: | |||||||||||
(A; OFC | NI Z' AL | H | elicc | i a ct | .er pylori | ||||||||
(ix) | ZNAKY: | ||||||||||||
(A: NAZ | EV/KLÍČ | : r | uzné | maky | |||||||||
(B, POZ | 1CE L . . | ||||||||||||
(xi) | POPiU 1U | A VEN A: | Q ID | NO : 6 | |||||||||
Lys | Met | His Thr i | ar Pi'>e s | lie | Gin | Ile | P r o | Leu | Asn | Phe | Gly | Val | Arg |
1 | 1 | 10 | 15 | ||||||||||
Val | Asn | Val Zup Z | :sg Hles | asi; | Gly | Phe | Glu | Met | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro |
2 v | 30 | ||||||||||||
Leu | Ala | Val i | r j r | Glu | 7 'ar | H s s | Gly | Lys | Gly | Leu | Asn | Ala | |
35 | 40 | 45 | |||||||||||
Ser | Leu | Phe lije L | ys Are; | eu | Val | Xet | P li e | Asn | Val | Ser | Tyr | Val | Tyr |
50 | 5 | 60 | |||||||||||
Ser | Phe | ||||||||||||
65 |
(2) INFORMACE | P Pí | SEC i | EL NO:678: |
(i) CHALU | ΈΚΤΕ' | LISTEi | LA SEKVENCE: |
(Ai | DÉL | <A: si | '3 aminokyselil |
(Bi | TYÍ | : am.L: | :o i: ys elina |
(Di | T I ' | 'LOGE' | h: I; neárrií |
(ii) DRUH | MOLL | LEHLE i': | : Lutein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ΆΝ ·
·<
237 ·· * · « • · »· » · • · ··*« ·· • · • · • · · • · •
·· ·· • · · · • · · · ··· * * • » · ·· ··
(vi) | PŮVODNÍ (Ai ORC. | ZDROJ: ANIZMUS | Helicobacter pylori | |||||||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||||||
(Au NÁZ' | /Klíš | uzné | maky | |||||||||||
(B KOZ | ZfZE | n·' | 3 | |||||||||||
(Xi) | POPIS sr | ZZVENCE: | SE | Q ID | NO: | 67 H : | ||||||||
Arg | Tyr | His His í | e | 8 - r | -iv | Leu | S e r | S e r | Cys | Gly | Phe | Ser | Ala | Gin |
1 | i 5 | 15 | ||||||||||||
Cys | Gly | Cys Ά. y ; | U.S | Ser | N.ls | S >' r | Leu | Trp | His | Gin | Leu | Trp | ||
c. L . -V | 30 | |||||||||||||
Pro | Trp | Pro Asn Z | • :U | Giy | < r o | Glu | His | L e U | Glu | Asn | Gly | Gly | Val | Arg |
35 | 40 | 45 | ||||||||||||
Ser | Phe | Asp Asn Z | hr | P r o | •hs n | Tyr | Ser | Tyr | Asn | Thr | Gly | Ser | Gly | Thr |
50 | s | 60 | ||||||||||||
Thr | Thr | Thr Thr ' | v s | As n | h l· y | Ala | Ser | As n | Val | Gly | Pro | Asn | Gly | Ile |
65 | ~ | 75 | 80 | |||||||||||
Leu | Ser | Ser . r | .u | T' '3 | In | Val | Leu | As n | Thr | Ala | Tyr | Gin | Thr | Ile |
9 (.i | 95 | |||||||||||||
Gin | Thr | Ala Leu Τ- | u: n | Gin | -.sn | Gin | Gly | Gly | Gly | Met | Pro | Ala | Leu | Asn |
Ι 0 0 | 105 | 110 | ||||||||||||
Ser | Ser | Lys Asn Z | nit | Val | a l· | Asn | Ile | A:; n | Gin | Thr | Phe | Thr | Lys | Asn |
115 | 120 | 125 | ||||||||||||
Pro | Thr | Thr GZu s | ;r | Thr | r | Pro | Asp | Gly | Asn | Gly | Asn | Tyr | Tyr | Ser |
130 | s s | 140 | ||||||||||||
Gly | Gly | Ser Her Z | ,'_e | P .s o | 1 e | Gin | Leu | Lys | Ile | Ser | Ser | Val | Asn | Asp |
145 | IP 0 | 155 | 160 | |||||||||||
Ala | Glu | Asn Zieu Z | u | G ai | In | Ala | Ala | Thr | Ile | Ile | Asn | Val | Leu | Thr |
Z c. | Z 0 | 175 | ||||||||||||
Thr | Gin | As n IZ r o ' | s | rsa | Gly | Oly | c : y | Gly | Val | Met | Gly | Val | Trp | |
. 7 0 | .85 | 190 | ||||||||||||
Arg |
(2) | INFORMACE PRC | ' SEQ ID | NO:679: | |||||||
(i) | CHAPAKTr | o iST: os | SEKVENCE: | |||||||
(A' DEZ | ZA: Z .:: | aminokyselin | ||||||||
(b; tyí | : anunc | .yselina | ||||||||
(D ) TO: | 'OLOGIE: | lineární | ||||||||
(ii) | DRUH MOZ | zí?:kuizz: : | rotein | |||||||
(iii) | HYP 'TET Z | ?KÁ: AH | ||||||||
(vi) | PŮVODNÍ | z: DROU: | ||||||||
(A; ORC- | ANIZMUS: | Helicobacter | pylori | |||||||
(ix) | ZNAZ-ZY : | |||||||||
(AZ' Z1AZ | -V/KOlh | ::uzné :.nak'·,' | ||||||||
(E PC Z | CE . . | O Ί _ U | ||||||||
(xi) | popi:? sk | KVENOE: | SEQ ID NO:67‘O | |||||||
Met | Val | Val Val 0 | I y Ser 'Z | . rp Gly Phe Gly | Gly | Lys | Thr | Gly | Asn | Val |
1 | r: | J π | 15 | |||||||
Met | Asp | Ile Z Os e ' | Z.y Asn | O;· Phe Asn Ala | Ile | Asn | Glu | Met | Ile | Lys |
z: 5 | 30 | |||||||||
Asn | Ala | Gin Ala o | ;il Leu | •lu Lys Thr Gin | Gin | Leu | Asn | Ala | Asn | Glu |
·« • · *··· ·· • ·· • · • · ·· ·· ··· • · • · • · • · ·· ·« ·» • · » · • · ·· • ···· · • · · ·· ··
35 | 40 | 45 | ||||||||||||
Asn | Thr 50 | Gin Ile | T/i.r | Gin | ro : 5 | Asp | i \ ss n | Lbe | Asn | Pro 60 | Tyr | Thr | Ser | Lys |
Asp 65 | Thr | Gin Phe | /. .1.. a | Gin 7 !? | Glu | Met | Leu | Asn | Arg 75 | Ala | Asn | Ala | Gin | Ala 80 |
Glu | Ile | Leu Ser | ' ii! | Ala | -ln | Gin | Val | Al a | Asp | Asn | Phe | His | Ser 95 | Ile |
Gin | Gly | Pro Ile 1 0 0 | . V.n | G ’ n | 3 p | Leu | Glu .i. 0 5 | Glu | Cys | Thr | Al a | Gly 110 | Ser | Ala |
Gly | Val | Ile As n 115 | 1 up | Au: | Gr | Tyr 120 | Gly | S e r | Gly | Cys | Ala 125 | Phe | Val | Lys |
Glu | Thr 130 | Leu Asn | 5 ?r | Leu | •au 3 5 | Gin | His | Thr | Ala | Tyr 140 | Tyr | Gly | Asn | Gin |
Val 145 | Asn | Gin Asp | ' g | A .. a | nu | Ser | Gin | Thr | Ile 155 | Leu | Asn | Phe | Lys | Glu 160 |
Ala | Leu | Ser Thr | 1 : U _ί 35 | Gly | : . 3 n | Asp | 0 e r | Lys 17 0 | Ala | Ile | Asn | Ser | Gly 175 | Ile |
Ser | Asn | Leu Iro ' s 0 | 1 ; n | Al a | ,yu | Ser | Leu 1 8 5 | Gin | Asn | Met | Thr | His 190 | Ala | Thr |
Gin | Asn | Pro Asn 195 | - Ί | • 3 ; 1 | Gly 200 | Leu | IvU | Thr | Tyr | Ser 205 | Leu | Asp | Thr | |
Ser | Lys 210 | Tyr Asn | 3' 'i n | Leu | ’hl GI 5 | Thr | Val | Al. a | Gin | Glu 220 | Leu | Gly | Lys | Asn |
Pro 225 | Phe | Arg Arg | 5 le | Gly z v ví | ’ Gul | Ile | As n | T vr | Gin 235 | Asn | Asn | Asn | Gly | Ala 240 |
Met | Asn | Gly Ile | Oly ' 1 FL | Val | Ίη | Ala | Gly | Tyr 2 -0 | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly 255 | Lys |
Lys | Arg | Asn Trp 160 | c 7 y | lem | . a: a | Tyr | I'yr 2 65 | G._y | Phe | Phe | Asp | Tyr 270 | Asn | His |
Ala | Tyr | Ile Lys 27 5 | I ;r | Asy | ' h e | Phe 280 | Asn | Ser | Ala | Ser | Asp 285 | Val | Trp | Thr |
Tyr | Gly 290 | Val Gly | 1 vt | Asp | i. a •' 5 | Leu | Tyr | As; n | Phe | Ile 300 | Asn | Asp | Lys | Asn |
Thr 305 | Asn | Phe .Leu | L A | .· .3 n | Asn | lys | ie-U | 3 e r 315 | Val | Gly | Leu | Phe | Gly 320 | |
Gly | Phe | Ala Leu | ? ·. a 55 | GI. y | aur | Ser | Trp | Leu 3 3 0 | Asn | Ser | Gin | Gin | Val 335 | Asn |
Leu | Thr | Met let ; 4 0 | / ; n | G.. | i- | Tyr | Asn - 4 5 | Al a | Asn | Val | Ser | Ala 350 | Ser | Asn |
Phe | Gin | Phe i:eu 355 | i , i. a | Λ . v ZA. e1 | vU | Gly 3 60 | I eu | Ivig | Met | Asn | Leu 365 | Ala | Arg | Pro |
Lys | Lys 370 | Lys Asp | .3-r | A.v p | Gis a 5 | Ala | A1 a | Gin | His | Gly 380 | Met | Glu | Leu | Gly |
Val 385 | Lys | Ile Pro | 33ur | 11 e | .xSn | Thr | Asp | Tyr | Tyr 395 | Ser | Phe | Met | Gly | Ala 400 |
Glu | Leu | Lys Tyr | Arg .1 : 5 | Aaa | ' ,eu | Tyr | S e r | Val 4 1 0 | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val 415 | Phe |
Ala Tyr
INFORMACE | PPI | SEP .tiv | MG:683: |
(i) CHAP | akt : | IST 71Λ | SEKVENCI.', |
(A) | DÉL | A: zra | auiinokys |
(B; | TYt | : aminn | lyselina |
(Di | TO1 | MLOGIE: | 1Ineární |
(ii) DRUI | mg ; | IKULY: | ; rutein |
(iii) HYPG | TET . | ÍKÁ: lva |
I · ·
239
(vi) | puvo (A' | DNÍ OP, | 0 PJROP’ : PNIZVKP | Heliccbact·* i' | pylori | |||||
(ix) | ZNAK | Y: | ||||||||
(A; | MÁZ | EV/KLÍČ | různé znakv | |||||||
(B | ΌΡ | CE i . . | L Í5 | |||||||
(xi) | POP | VENCA : | PPQ ID EO;6r-: | |||||||
Thr | Gly | Ala C | le L | Pst Leu | Ser Ser Asn Asp Leu Phe | Met | Val | Val | Leu | |
1 | r | 1 0 | 15 | |||||||
Gly | Ala | Ile n | e u 1 | U Val | Oeu Val Cys Leu Val Gly | Tyr | Leu | Tyr | Leu | |
O | 2 5 | 30 | ||||||||
Lys | Glu | Lys - | P u · | Pe Tyr | His Lys Met Are | j Arg Leu | Glu | Lys | Thr | Leu |
35 | 40 | 45 | ||||||||
Asp | Glu | Ser | . n G L u | . .so Tyr I.eu P yr Ser Lys | Arg | Leu | Arg | Glu | ||
50 | 60 | |||||||||
Leu | Glu | G1 y A | •A C | ,'U GPu | Ply Leu Ser Leu Glu Lys | Ser | Ala | Lys | Glu | |
65 | a i | 75 | 80 | |||||||
Asp | Ser | Ser K | „U C | ps Tra' | ' hr Leu Ser Ki: | s Leu Tyr | Asn | Gin | Leu | Gin |
Cj | 95 | |||||||||
Glu | Ile | Gin | ,-r PK c | .sp Lys Piu Are | e Asp Tyr | Leu | Glu | Glu | Lys | |
i 0 | CoJ5 | 110 | ||||||||
Ile | Ile | Thr | ||||||||
115 | ||||||||||
(2) | INFORMACI | PPP | SEQ '' | NO:690: | ||||||
(i) | CHAK | AKT Li | RISTIKA | SEKVENCE: | ||||||
(A) | DÉL | PA: 13P | aminokys elin | |||||||
(B | ΤΥΪ | : amino | Pyselina | |||||||
(D; | TOI | OLOGPE: | lineární | |||||||
(ii) | DRUH | MCiP | PKUIo: | rotein | ||||||
(iii) | HYPO | HETC | PPÁ: AP | |||||||
(vi) | PUVO | PNI | ZDROJ: | |||||||
(Ai | OR- | ΚΠΖΜΚΡ | HelicoLracter | pylori | ||||||
(ix) | ZNAK | |||||||||
(A! | NAP | PV/KPÍC | : různé znakv | |||||||
(Bi | POP | i CE C . . | .13 3 | |||||||
(xi) | POP..... | VEL C: | SEQ PD NO:690: | |||||||
Ala | Leu | Glu P | py -· | o Co/ | Po: Ala 'Ar zK, | i Asn Ser | Thr | Ser | Ser | Thr |
1 | C 0 | 15 | ||||||||
Ser | Gly | Ala CC | nr V | C.y Ser . | .sp Gly Kn Thr Tyr Ser | Gin | Gin | Ala | Ile | |
P | PS | 30 | ||||||||
Gin | Tyr | Leu V | ir | Py GCti | sin Asn Cle Leu Asn Asn | Ala | Ala | Asn | Leu | |
35 | 40 | 45 | ||||||||
Leu | Lys | Gin A | sp r- | CU Pe.U | eo Leu Au Ale | i Phe Asn | Ser | Ala | Val | Ala |
50 | 60 | |||||||||
Ala | Asn | Ile P | uV | en Lor | ha Phe Asn CA | : Ala Ala | Phe | Thr | Gly | Leu |
65 | 1 /. | 75 | 80 | |||||||
Val | Gin | Gly K | e | e Aap ; | Kn Ser Gin Leu Val Tyr | Asn | Glu | Leu | Thr | |
r-. | 9 0 | 95 | ||||||||
Lys | Asn | Thr T | Se S | r GPy . | οι- Ala Val Asn Asn Ala | Gly | Ile | Asn | Ser |
a V
V'5 110
Gly Val Vv-u Val Ser Ser Leu Thr Leu
Asn Gin Ala Ani
24(-) • · · · · ·· ·· ·· ···· « • · · · · « ··· ·· ·· ··
115 | 12 0 | ||||
Phe Thr Thr (Es I | |||||
130 | |||||
(2) | INFORMACI | Z PR- | SEQ IQ | MO:7 01 : | |
(i) | cha: | ZAKTI | TSTZD | SEKVENCE | |
(A | de: | Z A: ~ | ai Znokys e | ||
(B; | ty: | : amun | vselina | ||
(D i | to: | SLOGIE: | Z znearnz | ||
(ii) | dru: | : mo: | ZKUTI ': | s -tein | |
(iii) | HYP: | ΆΕΤ | UA: AT | ||
(vi) | PUVC | ZDNI | Q.DRO.J: |
(A; | ORGANIZMUS | Helicobacter pylori | |||||||||
(ix) | 1 ZNAK | ||||||||||
(AI | ná; | EV/KZJG | zúzné znaky | ||||||||
(B | po: | :: se | |||||||||
(xil | i pop: | s sz | KVENCE : | S EQ ID N 3: 7 0 i : | |||||||
Arg | Ala | Arg Zj | e u I | u Arg | .rg Lys Asn His | Tyr | Leu | Glu | Asn | Lys | Phe |
1 | i 'Z | 15 | |||||||||
Lys | Asp | Met G | 0 , . | ’ Tyr | Z i Ala Vr Asp | Glu | Val | Asn | Glu | Lys | Gin |
30 | |||||||||||
Val | Leu | Lys k! | ,rt Z | a OK. n | i i Gly Z.yr za-r | Val | Asp | Ser | Ile | Ser | Lys |
35 | 40 | 45 | |||||||||
Glu | Phe | Lys '' | al | r 1 / s | Iv Glu Val (Zlu | Phe | Ile | Leu | Asn | Met | Ala |
50 | 60 | ||||||||||
Gly | Leu | Lys T | -P | ||||||||
65 |
(2) | INFORMACE PRí | SEQ Is | NO:704: | |||||||
(i) | CHARAKT I | KISTIKA | SEKVENCE: | |||||||
(Ai. DÉZ | A: 121- | aminokysslin | ||||||||
(B TY' | ' ύιΓϊιί: | • velm, | ||||||||
(D το: | aog: iv | . Jivdi: | ||||||||
(ii) | DRUH MOT | EKULY: i | i o t e i n | |||||||
(iii) | HYPUTET | 'KA: AU | ||||||||
(vi) | PUVsvyy | |||||||||
(A OP- | M 1 ' 'El τ v | Uelicobactsj | pylori | |||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||
(A NA, | SV/KKIZK | zuzné znaky | ||||||||
(B PCZ | SE Z . . | S Z9 | ||||||||
(xi) | POPAZ Za | ZEEU Ta | SEQ ID IS): 7sZ ; | |||||||
Val | Lys | Gly Glu I | vs Asn , | ,1a Trp Tyr Leu | Gly | Ile | Ser | Tyr | Gin | Val |
1 | Γ | 10 | 15 | |||||||
Gly | Gin | Ala S e r ( | L n 5 (- r 7 | a 1 Lys Asn Pro | Pro | Lys | Ser | Ser | Glu | Phe |
íl | 2 5 | 30 | ||||||||
Asn | Tyr | Pro Z, y s T | i- Z-O ' | a I Gly lys TI i r | Asp | Tyr | Leu | Ala | Val | Met |
• · • · • · • ·
34-1 • · · · • · 4 ·· ··
Gin | Gly | 35 Leu | u y ’ | ' ' L i | Tur | a 1 | 4 0 Gu y | r'''/ r | Gin | Phe | 45 Phe | Gly | Glu | Lys | |
Arg | 50 Trp | Phe | Gly 1 | la | Arg | ' 1/ >* | Tyr | Gly | i1Η e | Met | 60 Asp | Tyr | Gly | His | Ala |
65 Val | Phe | Gly | Al a I | u:n | Ala | Leu | Thr | S e r | Asp | 75 Asn | Gly | Gly | Val | Cys | 80 Lys |
Leu | Asn | Glu | P r o t | •'S | A_l a | Air | Lys | Val | I ( : Cly | Thr | Met | Gly | Asn | 95 Leu | Ser |
Asp | Met | Phe | I 0 0 ihr ' | . . r | C- i- v | . 1 . | G1 y | 1 0 5 Tle | As p | Thr | Leu | Tyr | 110 Asn | Val | Ile |
Asn | Lys | 115 Glu | Asp 1 | r | ' He | 120 Gly | The | HHe | Phe | Gly | 125 Ala | Gin | Ile | Ala | |
Gly | 130 Asn | Ser | Trp : | 'V | Asn | Hr | Thr | Aly | a; a | Phe | 140 Leu | Glu | Thr | Lys | Ser |
145 Pro | Tyr | Lys | lis | y- | i A C .? - l· | Ser | A AU | Ar p | 155 Pro | Ala | Ile | Phe | Gin | 160 Phe | |
Leu | Phe | Asn | Leu ' | y | I .. e | .rq | Thr | His | A A) | Gly | Gin | His | Gin | 175 Glu | Phe |
Asp | Phe | Gly | 180 Hul ' | ' 7 s | Ile | v- | Thr | A A 5 A1 e | As n | Val | Tyr | Tyr | 190 Phe | Asn | His |
Gly | Asn | 195 Leu | 1 e r ’ | ur | 2 0 0 Arg | A rg | a; 1 ii | Tyr | Ser | 205 Leu | Tyr | Val | Gly | ||
Tyr 225 | 210 Arg | Tyr | As n : | - | 220 |
(2) | INFORMACE PP2 | SEQ 12 | NO:7 0 6: | |||||||||
(i) | CHAL | akt: | MSrL LKA | ..PLKVENOL' : | ||||||||
(A | DÉl | 2A: 16 A | aminoky: elin | |||||||||
(B | TYL | : au i_n a | auelina | |||||||||
(I) | TOP | OLOGIE: | Lineám i | |||||||||
(ii) | DRU1 | : MO: | SKULY: | r atein | ||||||||
(iii) | HYP' | '-'ET L | LA: A': | |||||||||
(vi) | PUVí | 5 DNÍ | LDRG1: | |||||||||
(A' | OP.o | LNI Z MUL' | : Heliccbacteu | pylori | ||||||||
(ix) | ZNAL | |||||||||||
ÍA ) | NÁL | ΐν/!1'.Α2' | ,uzné snaks | |||||||||
(B' | POP | í OE .. . . | . ΐ e 5 | |||||||||
(xi) | POPL | S S 1 | 2VENCE: | SEQ ID NO:706 | ||||||||
Arg | Phe | Lys 1 | lis P | he Arg | Mv Gly Gly I-’h | • e | Pro | His | His | Asn | Leu | Asn |
1 | 15 | |||||||||||
Ala | Cys | Gly - | -1 a ’ | /s H; o : | Iv Gly Gin A; | ii | Val | Phe | Tyr | Pro | Thr | Asn |
c. | ' r.; | 30 | ||||||||||
Ser | Leu | Leu 1 | U : | u Tir . | Ser Ser Asn Se | u | Asn | Asn | Gin | Gin | Gin | Tyr |
35 | 4 0 | 45 | ||||||||||
Asn | Asn | Thr Ϊ | ,eu j | u Met . | Isn Thr Leu Gin | Gly | Glu | Leu | Ser | Thr | Asn | |
50 | 5 | 60 | ||||||||||
Asn | Gin | As n p | \n : | .O Asu | i'/ Cys a.ta v | a | Gin | Ile | Gin | Cys | Leu | Glu |
65 | 7 5 | 80 | ||||||||||
Gin | Phe | Ile r | PLn / | sn Leu ' | lli v Pro 1“U A\1 | a | Ala | Thr | Pro | Thr | Ser | Thr |
r | 95 | |||||||||||
Asn | Gin | Ala ?' | ,sn < | : n Clu ’ | Mi Gin Ala 11 | Al | Ala | Gin | Lys | Leu | Gin | Ser |
0 0 | 0 5 | 110 | ||||||||||
Val | Ala | Ile 1 | sn . | , a H · u | Asn z'sn 11 | a | Ile | Asn | Asn | Thr | Thr | Tyr |
• · • ·
242 • · · · · • · · ·· ··
115 | 10:0 | 125 | ||||||||||
Asn | Leu | Asn | Asn | eu His | Osn Ala | heu Aon | Phe | Gin | Ala | Tyr | Gin | Ser |
130 | 140 | |||||||||||
Thr | Ile | Glu | z '„n 7 | C .0.. | : i Al a | 7-m Ca aa | Gin | Ile | Ser | Trp | Ile | Ser |
145 | 0. 0 0 | 155 | 160 | |||||||||
Phe | Ser | Glu | Pro 7 | /s Asn | eu Leu | avs .h. n | Thr | Ser | Asn | Asn | Tyr | Gin |
.i ' 0 | 175 | |||||||||||
Ile | Gly | Thr | -al ' | Ir Asn | sn Gin | Aly Cli li | Asn | Ile | Ser | Ala | Tyr | Asp |
_L 3 0 | . . 5 | 190 | ||||||||||
Cys | Thr | Ser | ··. .L cl C | - GI y | ; Leu | . r 3-a | Asp | Ar a | Ser | Ser | Gly | Ile |
195 | 2 o 0 | 205 | ||||||||||
Ser | Cys | Ser | Ala | ar Ser | . ea Thr | Ser Asn | Thr | Asn | Ser | Phe | Asp | Asn |
210 | 15 | 220 | ||||||||||
Ser | Leu | Val | .Ala. r. | ar Ser | lys Val· | '•ln Thr | Ile | Asn | Gly | Lys | Glu | Gin |
225 | 2 30 | 235 | 240 | |||||||||
Ile | Gly | Val | Asn | r Phe | on Leu | Asi .ocr | Gin | Val | Trp | Ser | Val | Tyr |
11 0 | 255 | |||||||||||
Asn | Ser | Leu | :,ys ' | .a: 3-r | O i Glu | m uf a | Gin | Lys | Asn | Ala | Lys | Ile |
160 | 0 05 | 270 | ||||||||||
Leu | Cys | Asn | 7 s n - | -y Ser | Ln Ser ' | AO y Tur | Ser | Pro | Cys | Asn | Ser | Ser |
275 | 280 | 285 | ||||||||||
Ser | Gly | Gly | lnu : | R- T 0 | er Gly . | Osn A!a | Gin | Leu | Gin | Asn | Ile | Leu |
290 | 300 | |||||||||||
Ser | Pro | Thr | nn ' | y, i i | m Thr | 'sin Tle | Gin | Ala | Lys | Ser | Asn | Ala |
305 | 3 a U | 315 | 320 | |||||||||
Ser | Lys | Leu | lys ; | !a Mat ' | 'al Met ’ | Gal Asn | Asn | Glu | Glu | Glu | Ala | Lys |
.5 | 00 '0.0 | 335 | ||||||||||
Thr | Thr | Asn | lbe / | n Gin | c Ser | A. y hro | Thr | Thr | Gin | Ser | Ser | Asn |
AJ 0 | AS | 350 | ||||||||||
Ser | Thr | Val | ‘-et · | y A.;, o | ; Asn ' | 0' 1: r ’ . 0. | Leu | Gin | Asn | |||
355 | 3 60 | 3 65 | ||||||||||
(2) | INFORMACE PRC | SEC 10· | NO:707: | |||||||||
(i) | CHARAKTÍ | I ŠTIKA | SEKVENCI | IR . | ||||||||
(A | ' DÉc | OA: 0.3 - | mninoky; | elll | ||||||||
(B | T Y | : airrn : | o nehnu | |||||||||
(D | TO; | LOG1E: | Oineari; | |||||||||
(ii) | DRN' | H MOi ' | OKULY: ; | r;) t e i n | ||||||||
(iii) | HYP< | OTET! | OKÁ: AN | |||||||||
(vi) | PUV | ODNI | O':RQ ' : | |||||||||
(A | 0 OP.·' . | OJIZMUO | : neline! | uctsr pylori | ||||||||
(ix) | Z NA ; | NY: | ||||||||||
(A | : NA.’ | C/KLIC | různé ; | maky | ||||||||
( B | PC | CE ; . . | 0i5 | |||||||||
(xi) | POP' | 10 00 | 0/ENGE : | OEQ ID 0 | A): 70; : |
Asn | Pro | Phe | Phe n | 7: r Ile | 'Ohr Ala | lys | heu | Leu | Ser | Asn | Thr | Gin | Ser |
1 | 10 | 15 | |||||||||||
Ala | Phe | Asp | Gin ‘O | y I e | I l.-i Leu | .3 e r | Ser | Asn | Ile | Ile | Ser | Ala | Val |
0 0 | a | 30 | |||||||||||
Asn | Ser | Leu | Asn | ' 3c r | s i Asn | . ' r | G 0 n | Glu | Val | Lys | Ala | Gin | Leu |
35 | 4 0 | 45 | |||||||||||
Gin | Asn | Thr | Ala u | i a · r | 'A z Thr | CU | Icu | Leu | Gin | Gin | Ile | Glu | His |
50 | . 0) | 60 | |||||||||||
Ser | Ile | Thr | Lys '0. | er Thr | oer Thr | Thr | Tyr | Ala | Gin | Ser | Leu | Leu | Ser |
65 | 7 n | 0' 5 | 80 |
• · • · • · • ·
24a | • • • · · · | • · • · • · | • · • · | ||||||||
Asn | Leu | Thr Asp 7 | a V a 1 . | sn Ala | Ser St-r | Asn | Asn | Thr | Thr | Tyr | Val |
i | 0 | (2j í. | 95 | ||||||||
Ser | Ala | Leu Val 7 | s n AL a | i Asn | TLr Li u | Gly | Val | Gly | Val | Phe | Pro |
100 | 3 0 5 | 110 | |||||||||
Thr | Thr | Thr Ser 3 | ii' HSs | i . Val | L:U /s Sl | Pro | Pro | Asp | Lys | Ser | Tyr |
115 | 120 | 125 | |||||||||
Ser | Ile | Gin Leu | Se Pro | ;: a | |||||||
130 | |||||||||||
(2) | INFORMACE PRe | sec i: | 2 ):7 0 8 : | ||||||||
(i) | CHAPAKIS | ISHKA. | ' SKVĚN(3 | ||||||||
(A'i DÉL | ••'A: :H | ernokys | in | ||||||||
(B) ty: | : arič.nA | ' ;e'i ,iih | |||||||||
(d: to; | VOrRE : | :_neárp | |||||||||
(ii) | DRDY MC | UTJ 7 : ; | itsiii | ||||||||
(iii) | HYLOTET | H3Á: A3S | |||||||||
(Vi) | PŮVODNÍ | DROU: | |||||||||
(a: OP3 | LNI Z MU.' | ilelíco | ssb | pylori | |||||||
(ix) | zna:ly : | ||||||||||
(A; NÁS | 'V/ELIT | ; uzné | nakv | ||||||||
(B, POD | CE . . . | ||||||||||
(Xi) | POPIS SE | 33VENCE: | 2EQ id | 30 : 7 '3 - : | |||||||
Gly | Arg | Gly Vet ’ | ’3 RR1 : | ' í Lys | 3rg Iss | Val | Ala | Ala | Thr | Leu | Leu |
1 | 15 | ||||||||||
Lys | Arg | Leu Υ7Ή r | 11 ί : ,i | .i Leu | se Hr | Thr | Gly | Ser | Leu | Gly | Ala |
2 0 | 23 | 30 | |||||||||
Val | Thr | Tyr Olu ~ | 1 ř: ' s | :./ Asp | •he he | Asn | Phe | Ser | Lys | Val | Gly |
35 | 4 0 | 45 | |||||||||
Phe | Asn | Arg 3er | r : 3 a : | : , E J r o | 3a 1 Lrs | Gly | He | Tyr | Pro | Thr | Glu |
50 | 6 0 | ||||||||||
Thr | Phe | Val Asn | ;.i Ί A r | 7 Lys | vu L Lis | Gly | Ser | Val | His | Leu | Gly |
65 | 7 5 | 80 | |||||||||
Arg | Gly | Trp Thr 3 | li Asn | sl Gly | 31 y Vi-il | Leu |
(2) INFORMACE PP3 | SEC I/: | ’: O : 7 0 9 : | ||
(i) | CHARAKT3 | IS ur | ' 2KVENC | |
(A; DER (B( ty: (LU TO! | A: 72. : arsen n Ř0G2E: | sninokys. yselinř: 3 rneárn, | elin | |
(ii) | DRUH MG | 2KULY: | : ;tein | |
(iii) | hypotet: | 'KÁ: AL | ||
(vi) | původní (Au OF | TRSU: Ni: 3263 | Hel 1 co 3.) | actes pylori |
(ix) | ZNAKY: (AL NA, | sV/:3 3.R2 | lak’.’ |
(Βί ΡΟζ 3 CE ... . . . 721
SEKVENCE: SEQ ID NO:709:
(xi) POPIS • ·
244
Met 1 Phe Leu Gly Val 65 | Glu Ala Thr Met 50 Phe | Gin Tyr Asn 35 Val Ala | P r o LeU 2 0 Asp Lys I Leu ' | 1 7 S . a | 1M-, - | - 4' / u Lil | Glu Tyr P; o 4 < L y s Thr | Gly A R/r A Asp A Lys A | . r /7 r | Leu h e r Leu Lys Lys 7 5 | Ala Ala Leu Asn 60 Arg | Leu Lys Thr 45 Met Ala | Ile Asn 30 Gly Pro Glu | Asp 15 Lys Leu Phe Lys | Thr Pro Val Ile Leu 80 |
Gly | Glu | Tyr | Lys ' | : : a | P .< n | - í | Lys | Asp | a | Pro | Lys | Glu | Met | Leu | Leu |
95 | |||||||||||||||
Gin | Ile | Pro | Ile , | a | i -a, | .. 1 | Trp | Leu - | a | Lys | Met | Gly | Phe | Thr | Cys |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Val | Glu | Val | Gly | o y | Pie | ' a | Ala | Asp A. | P | Val | Ile | Ala | Ser | Leu | Ala |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Thr | Leu | Ser | Pro ' | r | 7 ' ' e | ar | Ar g | Ile A | T | h e r | Lys | Asp | Lys | Asp | Phe |
130 | 14 0 | ||||||||||||||
Asn | Gin | Leu | Leu . | 11 e | .· . a | a | Lhe | Asp | Gly | Lys | Thr | Glu | |||
145 | _ '4 | r55 | 160 | ||||||||||||
Phe | Leu | Ala | Lys 7 | Ό | ť V A | i .7 | Glu | Lys R | /r | Gly | Ile | Leu | Pro | Ser | Gin |
, · ‘0 | 0 | 175 | |||||||||||||
Phe | Thr | Asp | Tyr ' | : n | r. v | Val | Gly A. | p | h e r | Ser | Asp | Asn | Tyr | Lys | |
1 8 0 | . 8 5 | 190 | |||||||||||||
Gly | Val | Lys | Gly ' | Lus | Asn 1. | Lys | Glu | Leu | Leu | Gin | Arg | ||||
195 | 2 a 0 | 205 | |||||||||||||
Leu | Gly | Ser | Leu ' | a | Lys | .. a a | Tyr | Glu u-.: | aa | Leu | Asp | Leu | Ala | Lys | Asn |
210 | _ 7? | 220 | |||||||||||||
Leu | Leu | Ser | Pro | Mat. | r:'yr | Gin | Ala Ι- | a | Ile | Gin | Asp | Lys | Gly | Ser | |
225 | ? Γ- | 235 | 240 | ||||||||||||
Ala | Phe | Leu | Ser | - u | Ala | Ο H r ! | a | Glu | Arg | Gly | Cys | Ile | Lys | ||
i | 255 | ||||||||||||||
Glu | Phe | Asp | Phe | Ι' | ,'. 1 | Al a | Aae u | . a | h e r | Glu | Asn | Pro | Leu | Leu | |
260 | 165 | 270 | |||||||||||||
Lys | Ile | Lys | Asp ' | . 'a | 7 , U | ' :VS | Glu | Tyr A | i 7 | Phe | Ile | Ser | Thr | Leu | Arg |
275 | 20 0 | 285 | |||||||||||||
Asp | Leu | Glu | Asn . | r | P o | i a | Ile | Aal A | : a | Asn | Val | Pro | Ile | Leu | Asn |
290 | ' A | 3.0 0 | |||||||||||||
Ser | Thr | Pro | Ile | 71 | P . r | aa | Tur | Ir O . | a | Leu | Asp | Asn | Ala | Pro | Lys |
305 | 315 | 320 | |||||||||||||
Lys | Ser | Arg | Me t | e | 7 ’a_^ | ?1 1 | Glu | her A | . a | Glu | Pro | Leu | Ser | Met | Phe |
5 | 7 0 | 335 | |||||||||||||
Leu | Glu | Lys | Leu | ' Μ | A 317 | / 77 | Au-; n | TA a I-: | 7Í | Val | Phe | Met | Arg | Leu | Val |
3 4 0 | S 15 | 350 | |||||||||||||
Leu | Asp | Lys | As p | : 7'S | Se U | 2. L a | a | Ala | Phe | Leu | Leu | Gin | Asp | ||
355 | 3 u 0 | 365 | |||||||||||||
Gin | Gly | Tyr | Phe ' | - u | P 17 0 | : -’ι a | Glu | Glu A | a | Leu | Phe | Ser | Pro | Phe | Ser |
370 | 5 | 380 | |||||||||||||
Leu | Glu | Phe | Leu < | AL:;n .· | L a | Phe | her G' | : TI | Met | Leu | Gin | His | Ala | Cys | |
385 | \ u 0 | 3 95 | 400 | ||||||||||||
Ile | Ile | Gly | His S | P | 7 a a | P i o | Leu O-· | a | S e r | Phe | Leu | Lys | Ala | Lys | |
i | 415 | ||||||||||||||
Tyr | Gin | Val | P r o ' | 1. e | Arg A | Gin | Asp | Thr | Gin | Ile | Leu | ||||
42 0 | ' 2 5 | 430 | |||||||||||||
Ala | Phe | Leu | Lys 7 | .. n | I re | : - .7 u | Lys | Aal Ga | . y | Phe | Asp | Glu | Val | Leu | Lys |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Glu | Tyr | Leu | Lys ; | υ | Á. '77. | : 7 71 | Ile | Pro A; | a | Glu | Lys | Ile | Lys | Asp | Phe |
450 | 7 | 4 60 | |||||||||||||
Lys | Thr | Lys | 3 e r | 7 . Ai ' | ..i | 7 ' ' | h -r R | : 1 | i ,eu | Leu | S e r | Met | Glu | Leu | |
465 | ; 0 | 4 75 | 480 | ||||||||||||
Asn | Ala | Leu | Lys , | 3 | G.i u | Tyr A | Glu | Lys | Gly | Gly | Leu | Glu |
i 495 • · • · • · · • · · · • · · • · · · · · · · ·
Glu | Asp | Leu | Leu 5 00 | r u | ar An.:g | Αίφ 1 5 05 | e GlU | Thr | Pro | Phe 510 | Val | Lys |
Val | Leu | Met 515 | Gly ! | 11 C u | :a Gin 510 | Gly D! | :e Lys | Ile | Asp 525 | Ala | Ala | Leu |
Glu | Asn 530 | Ile | Val ' | v Vui 1 | Vir A | n Lys | Pro 54 0 | Asn | Gly | Ala | Gly | |
Ala 545 | Ile | Thr | S e r | l | As AT | lir v | o Tyr 555 | Ala | Val | Phe | Asn | Asn 560 |
Ile | Lys | Ala | Met | 5 | .. e Leu | An V | n Ala | Leu | Thr | Leu | Ser 575 | Gin |
Ser | Asn | His | Thr 5 8 0 | u F r | . ‘ G1 n | Leu G r , , 5 | n Ala | Arg | Ala | Met 590 | Gly | Ser |
Gin | Thr | Asn 595 | Arg | LI | í Lys 680 | Tep : | e Tyr | Ala | Leu 605 | Ala | Gin | Asn |
Gin | Lys 610 | Gin | Ile | U i Ar | . ‘n Ala . o | S e r S, | r Ile | Phe 620 | Asn | Leu | Phe | Asn |
Ser 625 | Ile | Pro | Lys . | . ' Ό 1 !'! | li Lys | Tyr V | 8i Glu 63 5 | Asn | Ala | Tyr | Leu | Lys 640 |
Val | Pro | His | Leu ' | (V V/L | r Pro | Tor A, | n tro | Tyr | Arg | Gin | Asn 655 | Val |
Asn | Leu | Asn | Lys : 660 | η Ala | Val 6_ 6 65 | 81 Asp | Asn | Val | Ala 670 | Asn | Tyr | |
Gly | Asn | Arg 675 | Leu | Ό > : ' r. | i. a Leu 68 0 | Vir V | . 1 Al a | Lys | Asp 685 | Val | Tyr | Asn |
Leu | Lys 690 | Ser | As n ' | ui ' ?. | .u Ale | Vul V | a- Thr | Tyr 100 | Asn | Asp | Ala | Lys |
Asn | Leu | Gly | Pro | Y 9 | a Lys | 8 8.1 i 1 | a Gys | Arg | Cys | Leu | Glu | Lys |
705 C 715 720
Ile (2) INFORMACE PR SE:,
(i) | CHARAKTI | ISr7KA IA: 6 2 o : an -.no ::L0C 2 F : | SEKVENCE aifiinokys nelina rneai rr i | |
(a: (B) (P) | DEJ τγ- το | |||
ii) | DRUH | MC | V : | : t el Li |
(iii) HYPOTÉK EÁ:
(vi) PŮVODNÍ 22R:
(A! OPI | III2 u' a | Hel ret | • t GCtn- | : pelori | |
(ix) | 1 ZNAKY: | ||||
(A) na: | IV/i- 62 a | : různé | :: n a k y | ||
;b: pg! | SE | . a! 5 | |||
(xi: | 1 POPIS v | ΥΈ: | : EQ I D | 28:7. | |
Lys Glu | Lys Asp | u Gin | vLl'1 i' | : · lAil Phe Asn Lys Lys Trp | |
1 | 15 | ||||
Leu Ile | Tyr Ser : | -r v n : | u Pro | Leu L | 6e Phe Leu Asn Pro Leu Met |
20 | L5 | 30 | |||
Ala Glu | Asp Asp a | .y íbe : | e Met | ;-y v, | 1 Ser Tyr Gin Thr Ser Leu |
35 | 4 0 | 45 | |||
Ala Val | Gin Arg | : l·. : I | n Ser | L'.y L | u Asn Ala Ser Gin Asp Ala |
50 | 6 0 | ||||
Ser Thr | Tyr Ile . | g O ni , | an Ala | Ile A. | ’a Leu Glu Ser Ala Ala Val |
65 | 75 80 |
• · • · ·· • · · • · · · • · · . · · · 24^ ···· ·· • «
Pro Met | Leu Ala Tyr | r u 's Pro | íi A±a ...Ό Pro | . 1- S e r I.. 105 | y Gin ys Arg | Gin Cys | Thr Arg Val | Leu Ala | |||
Leu | Leu 110 | 95 Tyr | |||||||||
Gin | Met Leu : i 00 | ||||||||||
Gly | Gly | Tyr Gin . | ; t : ' v < | . n Asn | Asn /i | n G1 y | Asp | Thr | Gly | Asn | Asn |
115 | / 0 o | 125 | |||||||||
Pro | Pro | Arg Gly ' | V r: ' 1 | n Ala | Tnr i | i : Asp | Met | Gin | Ser | Leu | Val |
130 | < 5 | 140 | |||||||||
Asn | Asn | Leu Asn | ' s I -u | . r Gin | heu í. | g Gly | Glu | Thr | Leu | Ile | Arg |
145 | 155 | 160 | |||||||||
Asn | Pro | Glu Asn | u Ko , | .' n e r | Lvs V | . 1 Phe | Asn | Val | Lys | Phe | Gly |
- | i | ! | 175 | ||||||||
Asn | Gin | Ser Thr | u A< oj | h:o !· | .1 Gly | Leu | Ala | Asn | Thr | Met | |
180 | / <5 | 190 | |||||||||
Asp | Ala | Leu Asn . | n / rr- ; | e Thr | /on A | a Leu | Thr | Thr | Leu | Trp | Tyr |
195 | 2 0 0 | 205 | |||||||||
Asn | Gin | Thr Leu ! | , r I 3 u | s Ser | ;ine 5 | r Thr | Pro | Ser | Asn | Thr | Ser |
210 | 1 | 220 | |||||||||
Val | Asn | Phe Ser | i Leu | E/.n ;; | . s Leu | Leu | Gin | Asp | Gly | Leu | |
225 | 235 | 240 | |||||||||
Ala | Thr | Ala Asn . | 0 Thr | he C | /3 Ser | Thr | Gin | Asn | Gin | Cys | |
5 | 0 | 255 | |||||||||
Thr | Ala | Thr Asn ' | su 13 a | rs Ser | r 1 e A | .a Gin | Asn | Ala | Gin | Asn | Ile |
260 | 0 05 | 270 | |||||||||
Phe | Gin | Ala Leu ? | <1 'Cr ; | a Gly | 0 1 e ;, | u G1 y | Gly | Leu | Ala | Asn | Glu |
275 | 1 0 | 285 | |||||||||
Lys | Gin | Phe Gly | =- 'Vi | 1 .-\s n | 0\'s 0··. | a ;VO | Asn | Gly | Gly | Asp | Ser |
290 | 300 | ||||||||||
Gin | Gin | Gly Tyr 3 | -r Tys ' | u Cys | Gly h | 0 Gly | Ile | Thr | Pro | Lys | Arg |
305 | ; L 0 | 315 | 320 | ||||||||
Gin | His | His Ala , | - r | ||||||||
(2) | INFORMACE PR^ | SE;, ’: | G 1A2 : | ||||||||
(i) | charakt: | isv:kg | EKVENC | ||||||||
(A’ de: | GV: V 'i | arin 0 ky- | iGílie | ||||||||
V TV | : aseuu | sel r na | |||||||||
(Di TC | GO' ' 5: | Lna- ari: | |||||||||
(ii) | DRUH MC | KUI ': i | otc.-rn | ||||||||
iii) | HYPOTET' | T<Á: ani | |||||||||
(vi) | PŮVODNÍ | ' DRC .': | |||||||||
(A) OP | Ne r ca: | :> -ictv- | pylori | ||||||||
(ix) | ZNAKY: | ||||||||||
(A i NA | ’V/K ICO | hus né | e naky | ||||||||
( B i PO | GE . . . | ‘80 | |||||||||
(Xi) | popis :v | VEK Vy | EQ ID | JO: 7 j : |
Tyr 1 | Asn | Gin | Met u I | / : L | 1 j. a | 201 L | c.'’ Gly | Glu | S e r | Leu | Leu 15 | Ser |
Asn | Thr | Val | Ala ' 'G f 2 0 | Vy P | Phe / | . e | i '. r As n | Trp | Val | Ala 30 | Pro | Tyr |
Leu | Asp | Leu 35 | Asn . '3 'j | - y | Leu / -·c· | Lan r | Ve Leu | Pro | Asn 45 | Tyr | Gly | Gly |
Gin | Leu 50 | Asn | Gly . a .' | n .1 | Vn C | ír | 00 Gin | Leu 6 0 | Thr | Pro | Gin | Gin |
Ala | Gin | Gin | Glu 1V a ] | vs v-V | Ile 1' | Pit 0 | on! Gin | Leu | Glu | Gin | Ala | Thr |
247 • ·
Asn Ala | Pro Thr | a A , a . a L .i. e | Zam ví | |||
Ser | Pro | Thr Ala | ,s ri . t: | a | Me t | .ala T |
10 0 | i 3 U | |||||
Ala | Val | Ile Gly 115 | Asp i. 0 | 7· η H | ||
Val | Tyr | Gin Met | 1 | n; g | ?·,.·ιι 2 | |
130 | 7 | |||||
Ile | Leu | Ile Thr | u A/a | 7 | Phe | /2_y V |
145 | L. 2 'v | |||||
Phe | Phe | Gly Lys | /3 A A! | Phe | -Vy 2. | |
Asp | Phe | Gly Tyr . | a mu | 6...y | Za '2 | |
18 0 | . -:5 | |||||
Thr | Leu | Ser Ser | v í;F.y | 7 La | Gly | Tar A |
195 | 2 0 0 | |||||
Thr | Arg | Lys Arg | v Ta r | ' : U | Ala | ., 1 6 Al |
210 | 5 | |||||
Ile | Gin | Leu Ala | r 1 r | v | T': p | a-/S T |
225 | ||||||
Asp | Gly | Asn His F | ' ' 1 ; ' a | i o | 3 | A/p '2 |
Asp | Leu | Gly Ile h | S I A | .. a | 2... e | A i e T |
2 68 | - | |||||
Lys | Asn | Leu '/al 275 | A. v | |||
(2) | INFORMACE PR | SE! IR | 70: | 7 7 3: | ||
(i) | CHARAKT F' | PST KA | , 77 K | YENC | 1 V · | |
(A) RE. | mi | aaka. | -aalia | |||
(Bi TY | ' ar u : | e | n;- | |||
(Di TC | F.jO- 'a | 2Π | i - ; r i | |||
(ii) | DRUH MO | KUFR i: : | ot | - ; n | ||
(iii) | HYPOTET | KÁ: Al | ||||
(vi) | PUVODI11 | AR : | ||||
(A) OR | RRIF A | iíe | .2 2 | a a ct | ||
(ix) | ZNAKY: | |||||
(A! NAF | A/K AF R | ru | a é | /aaka | ||
ÍEO PCF | KFFR . . | - S | ||||
(Xi) | POPIS :: | IAFF F : | iC | : D | A 7 | |
Gin | Pro | His Lys - | fu Ara I | au ; | 2: ie | Ala IT |
1 | i | |||||
Val | Ile | Thr Ser | -1 Kr; í | a | 2 ’h e | Tap 3; |
20 | ||||||
Leu | Ser | Phe His 35 | ! I ; r | '7 | '. t- u | Aan A. |
Gly | Arg | Ile His . | g r a ' | an | 1 7/s Ti | |
50 | ||||||
Met | Ser | Lys Glu ' | L T'.'/ .·' | ' D 2 | . J'/ s | 2 a ρ p ’ |
65 | ||||||
Gin | Lys | Ala Gin | y / a; | a | s | 7 2 ?l i : |
Gin | Asp | Ser Gly | u | lap a: | ||
100 | 2)5 |
'5 | 80 | |||||
RÍ | Ile | Leu | Ala | Asn | Pro 95 | Tyr |
r | Gly | Leu | Tyr | Arg 110 | Ser | Lys |
'Fin | Thr | Lys 125 | Val | Asn | Gin | |
Ai | I ,eu | Glu 140 | His | Thr | Leu | Tyr |
1 | Lys 155 | Met | Gly | Tyr | Lys | Gin 160 |
a a | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe 175 | Tyr |
/1 | Fier | Ser | Leu | Val 190 | Lys | Ala |
P | Phe | Leu | Tyr 205 | Asn | Val | Phe |
P | i 1 e | Gly 220 | Phe | Phe | Ala | Gly |
Asn 2 3 5 | Phe | Leu | Asp | Gin | Val 240 | |
Ι- Ο | Fier | Phe | Gin | Phe | Leu 255 | Phe |
a | Lys | Ser | Leu | Ile 270 | Ser | Lys |
pylori
Leu | Gin | His | Ala | Gin 15 | Ala |
Leu | Tyr | Ala | Gly 30 | Asn | Ala |
Cly | Ser | Asn 45 | Ser | Pro | Leu |
Cíly | Leu 60 | Gin | Gin | Cys | Phe |
Thr 7 5 | Leu | Ala | Glu | Asn | Leu 80 |
7 e r | Glu | Cys | Ser | Ser 95 | Asn |
A i a | Gly | Lys | Gin 110 | Val | Thr |
24 S | • • · · · | • · • · | • · | |||||||||
Ile | Thr | Ile Thr | a n | a . sn | L ys | Ser | Glu | Thr | Thr | |||
115 | 1 0 | 125 | ||||||||||
Thr | Thr | Thr Thr | r c | |||||||||
130 | y | |||||||||||
(2) | INFORMACE PR< | SEí IV- | ,· ο · | U4 : | ||||||||
(i) | CHA.RAKT | : tu : i. | 1Κ | UU | ||||||||
(Ai DE | A: ΊΊ | ,!ii | rOu | r .1 : | ||||||||
(B! TY | . a:Ί Ά' | e | . n< | |||||||||
(D) TO | LO2UE : | i.n· | a. r; | |||||||||
(ii) | DRUH Mí; | UUi : | í. n | |||||||||
(iii) | HYPOTET | Ί_Ά; Ί; | ||||||||||
(Vi) | PŮVODNÍ | •,DRCU: | ||||||||||
(A) OP. | INIZUUS | uíe | .ICC | bacta | - pylori | |||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||||
(A) NA | aru: | CO | :: ía | ua )u | ||||||||
ÍB. PC | Έ | 2 4 | ||||||||||
(xi) | POPIS S | 'VEL 0 5' : | IQ | ID | UO:7 i | |||||||
Gly | Leu | Ser Arg | n Ol v . | a | : 3. u | Arg 1 | u Asp | Ala | Thr | Leu | Asn | Leu |
1 | 15 | |||||||||||
Lys | Thr | Gly Val | I , | s I yr | Ile | Gly | Ile | Arg | Gly | |||
20 | 30 | |||||||||||
Val | Phe | Ala Trp | p Leu | V | 'ar | Uy Ir | -s val | Asn | Tyr | Gin | Ser | Tyr |
35 | : i | 45 | ||||||||||
Lys | Asp | Pro Thr | a Ί-r | : r a | Ar Ί | U Leu | Ala | Val | Gly | Leu | Asp | |
50 | £5 | |||||||||||
Val | Ile | Met lilu | ; Ur | UL v | .-:-:.1/ | a bys | H u_ s | Tyr | Leu | Giy | Ala | |
65 | - 5 | 80 | ||||||||||
Phe | Gly | Gly Ala . | g O m ; | a | .au | ΑΪ A | ii Tyr | Tnr | Asp | Lys | Gin | Asn |
95 | ||||||||||||
Phe | Lys | Phe Phe | rs Lis . | r | 'al | Yal 2 = | u Gly | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser |
100 | 2 t)5 | 110 | ||||||||||
Gly | Gly | Trp Leu 115 | ·' | rg 2 0 | 3'hr | o H i s | Phe | |||||
(2) | INFORMACE PR | SEC 1' | I 5 : | |||||||||
(i) | charakt: | USCKt | LIT | ΈΝί | g . | |||||||
(A) DE | 2A: UU | mi’ | ukr | rrlri; | ||||||||
(B) TY' | a?··, a - | ; a | ur | |||||||||
(D; TC | l,C U: | : n | aru | |||||||||
(ii) | DRUH MO | KUI I: . | u | r n | ||||||||
(iii) | HYPOTET | C: UU | ||||||||||
(Vi) | PŮVODNÍ | Í'R; U | ||||||||||
íAi OP | * ! r A ' | i a | i v | rast· | p yior | |||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||||
(A) NAP | uv/F ri·: | rú; | ;né | mak'.- | ||||||||
(B) PC | CE L | 53 | ||||||||||
(xi) | POPIS i | ν'Εί :Ί | iQ' | ID | 'U: 7 |
• ·
?4 u | • · · · | • · | «·· | |||||||||
Pro | Val | Gly Leu | ! | ( ti | ';) ieu | I Le | Tyr | Glu | Glu | Asn | ||
1 | 15 | |||||||||||
His | Leu | Leu Pro | t c ; ,· | ě | 1. e | í .3 S ; | .η A_La | Plie | Arg | Gly | Gly | Gly |
20 | 30 | |||||||||||
Ser | Leu | Ser As p i | s Am | ; n | :SU 1 | iLy 7- | ' u Al a | Lys | Leu | Phe | Ala | Gin |
35 | t 0 | 45 | ||||||||||
Val | Leu | Asn Glu | v ϊ ί- | 3 | ]U ’ | Gí-U ' ' | y Ala | Val | Gly | Phe | Ala | Gin |
50 | 61) | |||||||||||
Leu | Leu | Glu Gin | ? | r: | M,n | m Val | Asp | Thr | Ser | Ala | Glu | |
65 | 75 | 80 | ||||||||||
Asp | Leu | Gin Ile | ο 1 - i | 1 | ne . | GÍU i’ | •s Glu | Tyr | Glu | Asp | Glu | Ala |
) | 95 | |||||||||||
Ile | Met | Are, Leu | S f ; i | |||||||||
100 | ||||||||||||
(2) | INFORMACE PF | Ά, | Ol: | |||||||||
(i) | CHARAKT | LG O« | :k | 'ENl. | ||||||||
CG) DPI | n | kyn | ||||||||||
EG TG | ar o ; | ů e | l n <- | |||||||||
’ I·; ; 'T1,;'· | i.n | η r? | ||||||||||
(ii) | DRUH MC | ot. | in | |||||||||
(iii) | HYPOTET | ’KÁ: A’!· | ||||||||||
(vi) | PUVODNI | GORf G | ||||||||||
í A) OP | GIZ O/ | ie | :c(ó | 1. | pylori | |||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||||
;a) nai | V/RA' | jí u: | llé ' | í ’ i a k y | ||||||||
(B) PC | GE | |||||||||||
(xi) | POPIS G | 1Έ' | -Q | 7D í | 'j:7L | |||||||
Tyr | Ser | Val Tyr | - MU | .3 11 | . e i | r Lys | Val | Ala | His | Phe | Ala | |
1 | 15 | |||||||||||
Ser | Gly | Tyr Leu | n Tím | eu : | 1 r T: | r Gin | Ala | Lys | Ser | Val | Ala | |
2 0 | r- | 30 | ||||||||||
Leu | Ala | Lys Lys | ' On | •lu | 3 e 1 i | e Glu | Lys | Gly | Met | Thr | Gin | |
35 | 45 | |||||||||||
Gin | Glu | Leu Asp | r ; . o | 'J s | a e i | u Leu | G i y 6 0 | Ser | Glu | Pro | Leu | |
50 | ||||||||||||
Arg | Asn | Glu Thr | e :yu- . | r .·’ | ,.rg 7 | nu A.- | n Thr | T h r | Tyr | Asn | Tyr | Phe |
65 | 75 | 80 | ||||||||||
Ile | Trp | Val Cys ) | U |
(2) INFORMACE PR | 5 El A | 0 : A 9 : | ||
(i) | CHARAKT | AST1K | . ίΆΑΈΓΑ'Γ | |
1A; FA'! | ni: o k\ v | eli | ||
'EG Tv | a; | iě Lín | ||
KG A | T ' ; | iii .-irn | ||
(ii) | DRUH MC | GIN li: | ' o t: ' i n | |
(iii) | HYPOTET | KÁ: AG | ||
(vi) | PUVODN í | GGG G | ||
A) GI | HP G ' . | ie . íc gg | mSt |
• · • · · · ·· · · · · · · • · · · · · · ·· · · ···· · • · · · · · ··· ·· · ♦ ··
(ix) (xi) | ZNAKY: | ||||
i A) NA 6.7 i· ; | a. EQ | ID | |||
(B) PC: POPIS 6 | GE . HELE : | ||||
Glu | Thr | Lev: Ala | v 7 ’ | i | S |
1 | |||||
Ala | Gin | Met Cys | :. n | ||
20 | |||||
His | Leu | Gly Phe 35 | : e L-u : | k | 3a 1 : 0 |
Pro | Thr | Asn Tyr | '7l EEe | . sp | |
50 | |||||
Phe | His | P r o .3 e v | n ! .a | Οΐΐ | |
65 | |||||
Gly | Thr | Lys His | - c · \ | - | -lu |
Arg | Asn | Asn Tyr | t G a | a | er |
100 | |||||
Thr | Tyr | Ara Phe 115 | :: g 0 | ||
Ile | Val | Ser Phe | |||
130 | |||||
(2) | INFORMACE PR | A Eg A' | '42: | ||
(1) | CHARAKT | g | NG | AiNG | |
-A; PA: | : d | : k ' | |||
(B) TY | : arr c; . | i č | i na | ||
ÍD) TCO | LOG.E: | tn - | arn | ||
(ii) | DRUH MO | : KUI : | . Jti | i. n | |
(iii) | HYVOTET | \A : k | |||
(vi) | PŮVODNÍ | A-LRC. ' : | |||
ÍA) OŘ- | 'Nik: ΊΑ | •le . | ICC' | ||
(ix) | ZNAKY: | ||||
:a) na | ·/ V Γ ' | . Ή | ce | ||
: B) ÍA | kE |
. a k
- Ίι::
meter pylori vraku • C 6'
: i | ‘'r | Cys | Leu | Ala | Met | Gly 15 | Leu |
: a | : e | A e r | lle | Val | Arg 30 | Asn | Leu |
ke.- a | I _ ě | Gly | GLy | Thr 45 | Ser | Trp | Gly |
Leu | k--._a | Glu | Glu 6 0 GLy | Tyr | Arg | Gly | Ser |
k - u | c, i | Asn 75 | Gly | Ile | Arg | Leu 80 | |
_____e | Cl ' 0 | Leu | Lys | Ile | Gin | Thr 95 | Ile |
G5 | Asp | Asn | Val | Pro | Glu 110 | Gly | Thr |
’ i o | .’ Γ | Ala | f Ge | Tyr 125 | Trp | Arg | Tyr |
(Xi) | POPIS 0 | GEL '1: | 60 :.d | 27:73. | ||||||||
Val | Met | Lys Thr | i \ | ; '3 | 7 e v 7 | :. O | Lys | L r o | Val | Leu | Ile | Ala |
1 | 15 | |||||||||||
Gly | Pro | Cys Val | kw U | 1 : U A: | Ui | Leu | Arg | Ser | Ile | Ala | Ile | |
20 | 30 | |||||||||||
Lys | Leu | Gin Pro | a A a ; | c G.cn | W..U A. | ) | Leu | Asp | Phe | Tyr | Phe | Lys |
35 | ·· 0 | 45 | ||||||||||
Ala | Asn | Phe Asp | .ei A ' - :: | vi -lig | Thr V | -jr | Leu | G i u | Ser | Tyr | Lys | Glu |
50 | 6 0 | |||||||||||
Pro | Gly | Leu Glu | a G y ; | e klu | YW. '7' | -u | Gin | Thr | Ile | Lys | Asp | Glu |
65 | 75 | 80 | ||||||||||
Phe | Gly | Tyr Lys | v 1. | e: kup | 7 li L | .3 | Glu | L e r | Tyr | Gin | Ala | Ser |
i | 95 | |||||||||||
Val | Ala | Ala Lys | e I e | i eu 37 | ni | Ile | P r o | Ala | Phe | Leu | Cys | |
ioo | Je 15 | 110 | ||||||||||
Arg | Gin | Thr Asp | i; Ί | G. -klu | 'V 6 | •r | Gin | Thr | Asn | Ala | Ile | Val |
lir; | 125 |
• ·
251 | • · · · | • · | • · | ||||||||||||
As η | Ile | Lys | Lys | Gly | Gin | Phe | Met | Asn | Pro | Lys | Asp | Met | Gin | Tyr | Ser |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Val | Leu | Lys | Ala | Leu | Lys | Thr | Arg | Asp | Ser | Ser | Ile | Gin | Ser | Pro | Thr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Tyr | Glu | Thr | Ala | Leu | Lys | Asn | Gly | Val | Trp | Leu | Cys | Glu | Arg | Gly | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ser | Phe | Gly | Tyr | Gly | Asn | Leu | Val | Val | Asp | Met | Arg | Ser | Leu | Lys | Ile |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Met | Arg | Glu | Phe | Ala | Pro | Val | Ile | Phe | Asp | Ala | Thr | His | Ser | Val | Gin |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Met | Pro | Gly | Gly | Ala | Asn | Gly | Lys | Ser | Ser | Gly | Asp | Ser | Ser | Phe | Pro |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Pro | Ile | Leu | Pro | Arg | Ala | Ala | Ala | Ala | Val | Gly | Ile | Asp | Gly | Leu | Phe |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Ala | Glu | Thr | His | Ile | Asp | Pro | Lys | Asn | Ala | Leu | Ser | Asp | Gly | Ala | Asn |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Met | Leu | Lys | Pro | Asp | Glu | Leu | Glu | His | Leu | Val | Thr | Asn | Met | Leu | Lys |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ile | Gin | Asn | Leu | Phe | |||||||||||
275 |
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:745 | |||||||||
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |||||||||
(A) DÉLKA: 249 aminokyselin | ||||||||||
(B) TYP: aminokyselina | ||||||||||
(D) TOPOLOGIE: lineární | ||||||||||
(ii) | DRUH MOLEKULY: protein | |||||||||
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |||||||||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |||||||||
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||||||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé | znaky | |||||||||
(B) POZICE 1...249 | ||||||||||
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO: | 745: | |||||||
Met | Lys | Lys Gly Ser Leu Ala Ile | Val | Leu | Gly | Ser | Leu | Leu | Ala | Ser |
1 | 5 | 10 | 15 | |||||||
Gly | Thr | Phe Tyr Thr Ala Leu Ala | Asp | Gly | Met | Pro | Met | Lys | Gin | Gin |
20 | 25 | 30 | ||||||||
His | Asn | Asn Met Gly Glu Ser Val | Glu | Leu | His | Phe | His | Tyr | Pro | Ile |
35 40 | 45 | |||||||||
Lys | Gly | Lys Gin Glu Pro Lys Asn | Asn | His | Leu | Val | Val | Leu | Ile | Asp |
50 | 55 | 60 | ||||||||
Pro | Lys | Ile Glu Ala Asn Lys Val | Ile | Pro | Glu | Asn | Tyr | Gin | Lys | Glu |
65 | 70 | 75 | 80 | |||||||
Phe | Glu | Lys Ser Leu Phe Leu Gin | Leu | Ser | Asn | Phe | Leu | Glu | Arg | Lys |
85 | 90 | 95 | ||||||||
Gly | Tyr | Ser Val Ser Gin Phe Lys | Asp | Val | Ser | Glu | Ile | Pro | Gin | Asp |
100 | 105 | 110 | ||||||||
Ile | Lys | Glu Lys Ala Leu Leu Val | Leu | Arg | Met | Asp | Gly | Asn | Val | Ala |
115 120 | 125 | |||||||||
Ile | Leu | Glu Asp Ile Val Glu Glu | Ser | Asp | Ala | Leu | Ser | Glu | Glu | Lys |
130 | 135 | 140 | ||||||||
Val | Ile | Asp Met Ser Ser Gly Tyr | Leu | Asn | Leu | Asn | Phe | Val | Glu | Pro |
145 | 150 | 155 | 160 |
252
Lys | Ser | Glu | Asp | Ile 165 | Ile | His | Ser | Phe | Gly 170 | Ile | Asp | Val | Ser | Lys 175 | Ile |
Lys | Ala | Val | Ile | Glu | Arg | Val | Glu | Leu | Arg | Arg | Thr | Asn | Ser | Gly | Gly |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Phe | Val | Pro | Lys | Thr | Phe | Val | His | Arg | Ile | Lys | Glu | Thr | Asp | His | Asp |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Arg | Ala | Ile | Lys | Lys | Ile | Met | Asn | Gin | Ala | Tyr | His | Lys | Val | Met | Ala |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
His | Ile | Thr | Lys | Glu | Leu | Ser | Lys | Lys | His | Met | Glu | Arg | Tyr | Glu | Lys |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Val | Ser | Ser | Glu | Met | Lys | Lys | Arg | Lys | |||||||
245 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:746:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 119 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...119 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:746:
Met 1 | Gin | Asn | Thr | Phe 5 | Asn | Tyr | Thr | Asn | Asn 10 | Ala | Leu | Lys | Asn | Asn 15 | Ala |
Lys | Leu | Thr | Pro | Thr | Glu | Met | Gin | Ala | Glu | Gin | Tyr | Tyr | Leu | Gin | Ser |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Thr | Leu | Gin | Asn | Ile | Glu | Lys | Ile | Val | Met | Leu | Ser | Gly | Gly | Val | Ala |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Ser | Asn | Pro | Lys | Leu | Val | Gin | Ala | Leu | Glu | Lys | Met | Gin | Glu | Pro | Ile |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Thr | Asn | Pro | Leu | Glu | Leu | Val | Glu | Asn | Leu | Lys | Asn | Leu | Glu | Leu | Gin |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Phe | Ser | Gin | Ser | Gin | Asn | Ser | Met | Leu | Ser | Ser | Leu | Ser | Ser | Gin | Ile |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ala | Gin | Ile | Ser | Asn | Ser | Leu | Asn | Ala | Leu | Asp | Pro | Ser | Ser | Tyr | Ser |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Lys | Asn | Val | Ser | Ser | Met | Tyr | |||||||||
115 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:754:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 511 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO
253 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...511 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:754:
Met 1 | Lys | Lys | Leu | Leu 5 | Tyr | Thr | Met | Leu | Ala 10 | Leu | Leu | Leu | Ile | Gly 15 | Leu |
Leu | Thr | Ala | Tyr | Leu | Ile | Leu | Phe | Thr | Glu | Trp | GLy | Asn | Lys | Ile | Ile |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Ala | Ser | Tyr | Ile | Glu | Lys | Lys | Ile | Asn | Pro | Asn | Glu | Arg | Tyr | Leu | Ser |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Val | Lys | Thr | Phe | Lys | Leu | Arg | Phe | Asn | Ser | Leu | Asp | Phe | Lys | Ala | Gin |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Ala | Asn | Asp | Asp | Ser | Thr | Leu | Ile | Leu | Lys | Gly | Asp | Phe | Ser | Leu | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Thr | Gin | Ser | Val | Asn | Leu | Asp | Tyr | His | Ile | Asp | Ile | Lys | Asn | Leu | Arg |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ser | Phe | Lys | Asp | Leu | Ile | Pro | Tyr | Pro | Leu | Arg | Gly | Ala | Ile | Val | Thr |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ser | Gly | Asn | Ile | Lys | Gly | His | Arg | Lys | Ala | Leu | Val | Val | Gin | Gly | Val |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ser | Asn | Val | Ala | Gin | Ser | His | Thr | Ala | Tyr | Asn | Ala | Leu | Leu | Asp | Asp |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Phe | Lys | Leu | Ser | His | Leu | Ser | Leu | Asn | Ala | Lys | Asp | Ala | Asn | Leu | Glu |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asp | Leu | Leu | Tyr | Leu | Ile | Asn | Arg | Pro | Ala | Tyr | Ala | Asn | Ala | Lys | Val |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ser | Leu | Gin | Ala | Asp | Phe | Asn | Ser | Leu | Lys | Pro | Leu | Glu | Gly | His | Leu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ile | Leu | Thr | Ala | Asn | Asn | Ala | Leu | Ile | Asn | Asn | Ala | Leu | Ile | Asn | Gin |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ile | Phe | His | Leu | Asn | Leu | Lys | Asp | Thr | Leu | Val | Phe | Asn | Leu | Ser | His |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ser | Ser | Asp | Phe | Lys | Gly | Asn | Lys | Ala | Ile | Ser | Asp | Thr | Thr | Leu | Thr |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Ser | Pro | Leu | Val | Asn | Phe | Thr | Ala | Leu | Lys | Ser | Glu | Tyr | Ser | Phe | Pro |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ala | Leu | Lys | Leu | Asn | Ala | Pro | Tyr | Thr | Leu | Glu | Ile | Pro | His | Leu | Ala |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Lys | Leu | Gin | Asn | Ile | Thr | Asn | His | Pro | Leu | Lys | Gly | Ser | Leu | Thr | Leu |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Lys | Gly | Asp | Ile | Glu | Gin | Ser | Pro | Lys | Leu | Leu | Lys | Val | Ser | Gly | His |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Ser | Asn | Leu | Leu | Asp | Gly | Ala | Leu | Asp | Phe | Thr | Leu | Leu | Asn | Lys | Asp |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Leu | Lys | Ala | Arg | Phe | Ser | Asn | Ile | Ser | Thr | Ser | Lys | Ala | Leu | Asp | Leu |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Phe | His | Tyr | Pro | Lys | Phe | Phe | Gin | Ser | Ile | Ala | Asp | Ala | Asn | Leu | Asp |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Tyr | Asp | Leu | Ile | Ser | Lys | Gin | Gly | Val | Leu | Lys | Ala | Asn | Leu | Lys | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Ala | Arg | Phe | Leu | Lys | Asn | Ala | Phe | Ser | Asp | Phe | Leu | Tyr | Ser | Ile | Ser |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Arg | Phe | Asp | Ile | Thr | Lys | Glu | Ile | Tyr | His | Asp | Ala | Asn | Leu | Val | Ser |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Gin | Ile | Asn | Gin | Gin | Arg | Leu | Leu | Ser | Asp | Leu | Ser | Leu | Lys | Ser | Pro |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Lys | Thr | Gin | Leu | Lys | Ile | His | Asn | Gly | Leu | Leu | Asp | Leu | Asn | Thr | Lys |
354 • 4 ·· • · · « ··· • · « • · · »··· ·· • «· ·· · · • · · • · · · • · * ·*· ·* ·· ·«
9 · • ·· ··· · * • · · ·· **
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Gin | Met | Asp | Ile | Leu | Met | Asp | Ala | Glu | Ile | Leu | Lys | Phe | Ile | Phe | Lys |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Met | Lys | Leu | Gin | Gly | Ser | Met | His | Gin | Pro | Lys | Phe | Ser | Leu | Ile | Leu |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Asn | Glu | Lys | Ala | Ile | Gin | Gin | Asn | Leu | Gin | Gin | Gly | Leu | Lys | Glu | Ile |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Leu | Lys | Asn | Asp | Thr | Leu | Lys | Lys | Gly | Leu | Asp | His | Leu | Leu | Lys | Asp |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Asp | Lys | Leu | Lys | Glu | Lys | Leu | Glu | Lys | Gly | Leu | Lys | Gly | Leu | Phe | |
500 | 505 | 510 |
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:758: |
(i) CHARAKTERISTIKA | . SEKVENCE: | |
(A) DÉLKA: 111 | aminokyselin | |
(B) TYP: aminokyselina | ||
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | . 111 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:758: | |
Met | Lys Pro Thr Asn Glu | Pro Lys Lys Pro Phe Phe Gin Ser Pro Ile |
1 | 5 | 10 15 |
Val | Leu Ala Val Leu Gly | Gly Ile Leu Leu Ile Phe Phe Leu Arg Ser |
20 | 25 30 | |
Phe | Asn Ser Asp Gly Ser | Phe Ser Asp Asn Phe Leu Ala Ser Ser Thr |
35 | 40 45 | |
Lys | Asn Val Ser Tyr His | Glu Ile Ile Gin Leu Ile Ser Asn His Glu |
50 | 55 60 | |
Val | Gly Asn Val Ser Ile | Gly Gin Thr Leu Ile Lys Ala Ser His Lys |
65 | 70 | 75 80 |
Glu | Gly Asn Asn Arg Val | Ile Tyr Ile Ala Lys Arg Val Leu Ile Tyr |
85 | 90 95 | |
Leu | Ser Ala Phe Val Arg | Arg Glu Lys Asn Gin Leu Phe Trp Phe |
100 | 105 110 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:773:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 436 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
25§ (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...436 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:773:
Met | Met | Lys | Phe | Phe | Leu | Leu | Lys | Lys | Phe | Ser | Glu | Phe | Leu | Asn | Thr |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Gin | Thr | His | Phe | Asn | Leu | Lys | Arg | Leu | Asn | Ala | Ser | Ser | Phe | Leu | Leu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Glu | Thr | Phe | Ser | Lys | Glu | Lys | His | Ala | Phe | Val | Val | Asp | Leu | Ser | Ala |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Pro | Tyr | Ile | Gly | Leu | Ser | Lys | Lys | Pro | Pro | Glu | Ser | Val | Leu | Lys | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Thr | Leu | Ala | Leu | Asp | Phe | Cys | Leu | Asn | Lys | Phe | Thr | Lys | Asn | Ala | Lys |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ile | Leu | Gin | Ala | Asn | Val | Ile | Asp | Asn | Asp | Arg | Ile | Leu | Glu | Ile | Lys |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Ala | Lys | Asp | Leu | Ala | Tyr | Lys | Ser | Glu | Thr | Phe | Ile | Leu | Arg | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Glu | Met | Ile | Pro | Lys | Lys | Ala | Asn | Leu | Met | Ile | Leu | Asp | Gin | Glu | Lys |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Cys | Val | Ile | Glu | Ala | Phe | Arg | Phe | Asn | Asp | Arg | Val | Ala | Lys | Asn | Asp |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Leu | Gly | Ala | Leu | Pro | Pro | Asn | Ile | Tyr | Glu | His | Gin | Glu | Glu | Asp |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Asp | Phe | Lys | Gly | Leu | Leu | Asp | Ile | Leu | Glu | Lys | Asp | Phe | Leu | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Tyr | Gin | His | Lys | Glu | Leu | Glu | His | Lys | Lys | Asn | Gin | Ile | Ile | Lys | Arg |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Leu | Asn | Ala | Gin | Lys | Glu | Arg | Leu | Lys | Glu | Lys | Leu | Glu | Lys | Leu | Glu |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Asp | Pro | Lys | Thr | Leu | Gin | Leu | Glu | Ala | Lys | Glu | Leu | Gin | Thr | Gin | Ala |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ser | Leu | Leu | Leu | Thr | Tyr | Gin | His | Leu | Ile | Asn | Arg | Arg | Glu | Asn | Arg |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Val | Ile | Leu | Lys | Asp | Phe | Glu | Asp | Lys | Glu | Cys | Met | Ile | Glu | Ile | Asp |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Lys | Ser | Met | Pro | Leu | Asn | Ala | Phe | Ile | Asn | Lys | Lys | Phe | Thr | Leu | Ser |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Lys | Lys | Lys | Lys | Gin | Lys | Ser | Gin | Phe | Leu | Tyr | Leu | Glu | Glu | Glu | Asn |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Leu | Lys | Glu | Lys | Ile | Ala | Phe | Lys | Glu | Asn | Gin | Ile | Asn | Tyr | Val | Arg |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Asp | Ala | Ala | Glu | Glu | Ser | Val | Leu | Glu | Met | Phe | Met | Pro | Val | Lys | Asn |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ser | Lys | Ile | Lys | Arg | Pro | Met | Asn | Gly | Tyr | Glu | Val | Leu | Tyr | Tyr | Lys |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Asp | Phe | Lys | Ile | Gly | Leu | Gly | Lys | Asn | Gin | Lys | Glu | Asn | Ile | Lys | Leu |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Leu | Gin | Asp | Ala | Arg | Ala | Asn | Asp | Leu | Trp | Met | His | Val | Arg | Asp | Ile |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Pro | Gly | Ser | His | Leu | Ile | Val | Phe | Cys | Gin | Lys | Asn | Thr | Pro | Lys | Asp |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Glu | Val | Ile | Met | Glu | Leu | Ala | Lys | Met | Leu | Ile | Lys | Met | Gin | Lys | Asp |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ala | Phe | Asn | Gly | Tyr | Glu | Ile | Asp | Tyr | Thr | Gin | Arg | Lys | Phe | Val | Lys |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Ile | Ile | Lys | Gly | Ala | His | Val | Ile | Tyr | Ser | Lys | Tyr | Arg | Thr | Ile | Ser |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Leu | Lys | Asp | Thr |
• ·
256
435 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:776:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 533 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...533 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:776:
Met | Arg | Lys | Val | Ile | Ile | Met | Asn | Gly | Tyr | Leu | Arg | Val | Lys | Thr | Pro |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Tyr | Phe | Leu | Ala | Ser | Val | Val | Leu | Thr | Phe | Trp | Thr | Phe | Asn | Ser | Phe |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Met | Ser | Ala | Lys | Asp | Lys | His | His | Phe | Leu | Lys | Lys | Val | Thr | Thr | Thr |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Glu | Gin | Lys | Phe | Ser | Ser | Ser | Ala | Pro | Ile | Ser | Trp | Gin | Ser | Glu | Glu |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Val | Arg | Asn | Ser | Thr | Ser | Ser | Arg | Thr | Val | Ile | Ser | Asn | Lys | Glu | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Lys | Lys | Thr | Gly | Asn | Leu | Asn | Ile | Glu | Asn | Ala | Leu | Gin | Asn | Val | Pro |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Ile | Gin | Ile | Arg | Asp | Ala | Thr | Gly | Thr | Gly | Val | Leu | Pro | Lys | Ile |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ser | Val | Arg | Gly | Phe | Gly | Gly | Gly | Gly | Asn | Gly | His | Ser | Asn | Thr | Asn |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Met | Ile | Leu | Val | Asn | Gly | Ile | Pro | Ile | Tyr | Gly | Ala | Pro | Tyr | Ser | Asn |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Glu | Leu | Ala | Ile | Phe | Pro | Val | Thr | Phe | Gin | Ser | Val | Asp | Arg | Ile |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asp | Val | Ile | Lys | Gly | Gly | Thr | Ser | Val | Gin | Tyr | Gly | Pro | Asn | Thr | Phe |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gly | Gly | Val | Val | Asn | Val | Ile | Thr | Lys | Glu | Ile | Pro | Lys | Glu | Trp | Glu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Asn | Gin | Ala | Ala | Glu | Arg | Ile | Thr | Phe | Trp | Gly | Arg | Ser | Ser | Asn | Gly |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Asn | Phe | Val | Asp | Pro | Lys | Glu | Lys | Gly | Lys | Pro | Leu | Ala | Gin | Thr | Leu |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Gly | Asn | Gin | Met | Leu | Phe | Asn | Thr | Tyr | Gly | Arg | Thr | Ala | Gly | Met | Leu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Lys | Tyr | Ile | Gly | Ile | Ser | Ala | Gin | Gly | Asn | Trp | Ile | Asn | Gly | Gin |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Gly | Phe | Arg | Gin | Asn | Ser | Pro | Thr | Lys | Val | Gin | Asn | Tyr | Leu | Leu | Asp |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Ile | Tyr | Lys | Ile | Asn | Ala | Thr | Asn | Thr | Phe | Lys | Ala | Tyr | Tyr | Gin |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Tyr | Tyr | Gin | Tyr | Asn | Ser | Tyr | His | Pro | Gly | Thr | Leu | Ser | Ala | Gin | Asp |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Tyr | Ala | Tyr | Asn | Arg | Phe | Ile | Asn | Glu | Arg | Pro | Asp | Asn | Gin | Asp | Gly |
305 | 310 | 315 | 320 |
• ·
257 ··· · · · · ···· ···· · · · · · ·· • · ·· · · ·· ···· · ··· ··· ··· ···· ·· ··· ·· ·· ··
Gly Arg Ala | Lys | Arg 325 | Phe | Gly | Ile | Val | Tyr 330 | Gin | Asn | Tyr | Phe | Gly 335 | Asp |
Pro Asp Arg | Lys | Val | Gly | Gly | Asp | Phe | Lys | Phe | Thr | Tyr | Phe | Thr | His |
340 | 345 | 350 | |||||||||||
Asp Met Ser | Arg | Asp | Phe | Gly | Phe | Ser | Asn | Gin | Tyr | Gin | Ser | Val | Tyr |
355 | 360 | 365 | |||||||||||
Met Ser Gly | Gin | Asn | Lys | Ile | Leu | Pro | Phe | Lys | Gly | Lys | Gly | Glu | Ile |
370 | 375 | 380 | |||||||||||
Ser Ala Lys | Asn | Pro | Asn | Cys | Gly | Leu | Tyr | Ser | Tyr | Ser | Asp | Thr | Asn |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||
Ser Pro Cys | Trp | Gin | Phe | Phe | Asp | Asn | Ile | Arg | Arg | Ser | Val | Val | Asn |
405 | 410 | 415 | |||||||||||
Ala Phe Glu | Pro | Lys | Leu | Asn | Leu | Ile | Val | Asn | Thr | Gly | Lys | Val | Lys |
420 | 425 | 430 | |||||||||||
Gin Thr Phe | Asn | Met | Gly | Met | Arg | Phe | Leu | Thr | Glu | Asp | Leu | Tyr | Arg |
435 | 440 | 445 | |||||||||||
Arg Ser Thr | Thr | Arg | Lys | Asn | Pro | Ser | Met | Pro | Asn | Asn | Gly | Ser | Gly |
450 | 455 | 460 | |||||||||||
Phe Asp Ala | Gly | Thr | Ser | Leu | Asn | Asn | Phe | Asn | Asn | Tyr | Thr | Ala | Val |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||
Tyr Ala Ser | Asp | Glu | Ile | Asn | Phe | Asn | Asn | Gly | Met | Leu | Thr | Ile | Thr |
485 | 490 | 495 | |||||||||||
Pro Gly Leu | Arg | Tyr | Thr | Phe | Leu | Asn | Tyr | Glu | Lys | Lys | Asp | Ala | Pro |
500 | 505 | 510 | |||||||||||
Pro Phe Lys | Val | Gly | Gin | Thr | Pro | Lys | Thr | Thr | Lys | Glu | Arg | Tyr | Asn |
515 | 520 | 525 | |||||||||||
Gin Trp Asn | Pro | Ala | |||||||||||
530 | |||||||||||||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO | : 777 |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 255 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina
(E | i) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | ||
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | |||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | |||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | ||
(ix) ZNAKY: | |||
(A) NÁZEV/KLÍČ | různé znaky | ||
(E | ;) POZICE 1. . | .255 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:777: | ||
Met | Lys Lys | Ile Phe Leu | Gly Met Ala Leu Ala Phe Ser Val Ser Met |
1 | 5 | 10 15 | |
Ala | Glu Lys | Ser Gly Ala | Phe Leu Gly Gly Gly Phe Gin Tyr Ser Asn |
20 | 25 30 | ||
Leu | Glu Asn | Gin Asn Thr | Thr Arg Thr Pro Ser Ala Asn Asn Asn Thr |
35 | 40 45 | ||
Pro | Ile Asn | Thr Ser Met | Phe Gly Asn Asn Gin Ala Ala Pro Ala Gin |
50 | 55 60 | ||
Glu | Thr Pro | Ser Val Ile | Asn Thr Asn Asn Tyr Gly Gin Met Tyr Gly |
65 | 70 | 75 80 | |
Val | Asp Ala | Met Ala Gly | Tyr Lys Trp Phe Phe Gly Lys Thr Lys Arg |
85 | 90 95 | ||
Phe | Gly Phe | Arg Thr Tyr | Gly Tyr Tyr Ser Tyr Asn His Ala Asn Leu |
• ·
258
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ser | Phe | Val | Gly | Ser | Lys | Leu | Gly | Ile | Met | Asp | Gly | Ala | Ser | Gin | Val |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asn | Asn | Phe | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Phe | Asp | Ala | Leu | Tyr | Asn | Phe | Tyr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Glu | Ser | Lys | Glu | Gly | Tyr | Asn | Thr | Ala | Gly | Leu | Phe | Val | Gly | Phe | Gly |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Gly | Gly | Asp | Ser | Phe | Ile | Val | Gin | Gly | Glu | Ser | Tyr | Leu | Lys | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Met | Gin | Ile | Cys | Asn | Asn | Thr | Ala | Gly | Cys | Ser | Ala | Ser | Met | Asn |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Thr | Ser | Tyr | Phe | Gin | Met | Pro | Val | Glu | Phe | Gly | Phe | Arg | Ser | Asn | Phe |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ser | Lys | His | Ser | Gly | Ile | Glu | Val | Gly | Phe | Lys | Leu | Pro | Leu | Phe | Thr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Asn | Gin | Phe | Tyr | Lys | Glu | Arg | Gly | Val | Asp | Gly | Ser | Val | Asp | Val | Phe |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Tyr | Lys | Arg | Asn | Phe | Ser | Ile | Tyr | Phe | Asn | Tyr | Met | Ile | Asn | Leu | |
245 | 250 | 255 |
(2) | INFORMACE PRO SEQ IP | ' NO:802: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | ||
(A) DÉLKA: 486 | aminokyselin | |
(B) TYP: aminokyselina | ||
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍČ | i: různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .486 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:802: | |
Leu | Ala Ile Lys Arg Glu | Lys Met Lys Asn Ser Ala Pro Leu Lys Asn |
1 | 5 | 10 15 |
Lys | Val Phe Cys Gly Leu | Tyr Val Leu Ser Leu Ser Ala Ser Val Gin |
20 | 25 30 | |
Ala | Phe Asp Tyr Lys Ile | Glu Val Leu Ala Glu Ser Phe Ser Lys Val |
35 | 40 45 | |
Gly | Phe Asn Lys Lys Lys | Ile Asp Ile Ala Arg Gly Ile Tyr Pro Thr |
50 | 55 60 | |
Glu | Thr Phe Val Thr Ala | Val Gly Gin Gly Asn Ile Tyr Ala Asp Phe |
65 | 70 | 75 80 |
Leu | Ser Lys Ser Leu Lys | Asp Gin Gly His Val Leu Glu Gly Lys Val |
85 | 90 95 | |
Gly | Gly Thr Ile Gly Gly | Ile Ala Tyr Asp Ser Thr Lys Phe Asn Gin |
100 | 105 110 | |
Gly | Gly Ser Val Ile Tyr | Asn Tyr Ile Gly Tyr Trp Asp Gly Tyr Leu |
115 | 120 125 | |
Gly | Gly Lys Arg Ala Leu | Leu Asp Gly Thr Ser Ile His Glu Cys Ala |
130 | 135 140 | |
Leu | Gly Ser Asp Gly Lys | Val Ile Asp Ser Ile Ala Cys Gly Asn Ala |
145 | 150 | 155 160 |
Arg | Ala Asn Lys Ile Arg | Arg Asn Tyr Leu Met Asn Asn Ala Phe Leu |
• ·
259
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Glu | Tyr | Arg | Tyr | Lys | Asp | Ile | Phe | Ala | Ala | Lys | Gly | Gly | Arg | Tyr | Gin |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ser | Asn | Ala | Pro | Tyr | Met | Ser | Ser | Tyr | Thr | Gin | Gly | Phe | Glu | Ile | Ser |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ala | Lys | Ile | Lys | Asp | Lys | Asn | Glu | Gly | Ser | His | Lys | Leu | Trp | Trp | Phe |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ser | Ser | Trp | Gly | Arg | Ala | Phe | Ala | Tyr | Gly | Glu | Trp | Ile | Tyr | Asp | Phe |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Tyr | Ser | Pro | Arg | Thr | Val | Ile | Lys | Asn | Gly | Arg | Thr | Leu | Asn | Tyr | Gly |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ile | His | Leu | Val | Asp | Tyr | Thr | Tyr | Glu | Arg | Lys | Gly | Val | Ser | Val | Ser |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Pro | Phe | Phe | Gin | Phe | Ser | Pro | Gly | Thr | Tyr | Tyr | Ser | Pro | Gly | Val | Ala |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Val | Gly | Tyr | Asp | Ser | Asn | Pro | Asn | Phe | Asn | Gly | Val | Gly | Phe | Arg | Ser |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Glu | Thr | Lys | Ala | Tyr | Ile | Leu | Leu | Pro | Val | His | Ala | Pro | Leu | Lys | Arg |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Asp | Thr | Tyr | Arg | Tyr | Ala | Val | Lys | Ala | Gly | Thr | Ala | Gly | Gin | Ser | Leu |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Leu | Ile | Arg | Gin | Arg | Phe | Asp | Tyr | Asn | Glu | Phe | Asn | Phe | Gly | Gly | Ala |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Phe | Tyr | Lys | Val | Trp | Lys | Asn | Ala | Asn | Ala | Tyr | Ile | Gly | Thr | Thr | Gly |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Asn | Pro | Leu | Gly | Ile | Asp | Phe | Trp | Thr | Asn | Ser | Val | Tyr | Asp | Ile | Gly |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Gin | Ala | Leu | Ser | His | Val | Val | Thr | Ala | Asp | Ala | Val | Ser | Gly | Trp | Val |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Phe | Gly | Gly | Gly | Val | His | Lys | Lys | Trp | Leu | Trp | Gly | Thr | Leu | Trp | Arg |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Trp | Thr | Ser | Gly | Ala | Leu | Ala | Asn | Glu | Ala | Ser | Ala | Ala | Val | Asn | Val |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Gly | Tyr | Lys | Ile | Ser | Lys | Ser | Leu | Thr | Ala | Ser | Val | Lys | Leu | Glu | Tyr |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Leu | Gly | Val | Met | Thr | His | Ser | Gly | Phe | Thr | Val | Gly | Ser | Tyr | Arg | Pro |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Thr | Pro | Gly | Ser | Lys | Ala | Leu | Tyr | Ser | Asp | Arg | Ser | His | Leu | Met | Thr |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Thr | Leu | Ser | Ala | Lys | Phe | ||||||||||
485 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:809:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 192 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...192 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:809:
• ·
360 | • · · · | • · | • · · | |
Leu Leu Gly | Arg Asn Gly Val Thr Leu Asn Ile | Arg Gin Val | Phe | Trp |
1 | 5 10 | 15 | ||
Trp Asp Asn | Phe Asn Trp Ser Ile Gly Phe Tyr | Asn Thr Phe | Gly | Asn |
20 25 | 30 | |||
Ser Asp Ala | Phe Leu Gly Ser His Thr Met Pro | Arg Gly Asn | Asn | Thr |
35 | 40 | 45 | ||
Ser Tyr Ile | Ser Asn Glu Ile Ser Val Thr Thr | Arg His Ala | Gly | Met |
50 | 55 | 60 | ||
Ile Gly Tyr | Asp Phe Trp Asp Asn Thr Ala Tyr | Asp Gly Leu | Ala | Asp |
65 | 70 75 | 80 | ||
Ala Ile Thr | Asn Ala Asn Thr Phe Thr Phe Tyr | Thr Ser Val | Gly | Gly |
85 90 | 95 | |||
Ile His Lys | Arg Phe Ala Trp His Val Phe Gly | Arg Val Ser | His | Ala |
100 105 | 110 | |||
Asn Lys Asn | Ala Leu Gly Gin Val Gly Arg Ala | Asn Glu Tyr | Ser | Leu |
115 | 120 | 125 | ||
Gin Phe Asn | Ala Ser Tyr Ala Phe Thr Glu Ser | Val Leu Leu | Asn | Phe |
130 | 135 | 140 | ||
Arg Ile Thr | Tyr Tyr Gly Ala Arg Ile Asn Lys | Gly Tyr Gin | Ala | Gly |
145 | 150 155 | 160 | ||
Tyr Phe Gly | Ala Pro Lys Phe Asn Asn Pro Asp | Gly Asp Phe | Ser | Ala |
165 170 | 175 | |||
Asn Tyr Gin | Asp Arg Ser Tyr Met Met Thr Asn | Leu Thr Leu | Lys | Phe |
180 185 | 190 | |||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:810: | ||||
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | ||||
(A) DÉLKA: 354 aminokyselin | ||||
(B) TYP: aminokyselina | ||||
(D) TOPOLOGIE: lineární | ||||
(ii) DRUH MOLEKULY: protein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
(ix) (xi) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé | znaky | ||||
(B) POZICE 1.. POPIS SEKVENCE: | . . 354 | NO: : | 810: | |||
SEC | > ID | |||||
Met | Gin | Gin Gin Leu Thr | Tyr | Leu | Asn | Ala Gly Asn Val Phe Phe Asn |
1 | 5 | 10 15 | ||||
Ala | Met | Asn Lys Ala Leu | Glu | Lys | Asn | Gly Thr Ala Thr Ala Asn Ser |
20 | 25 | 30 | ||||
Thr | Ser | Ser Thr Ser Gly | Ala | Thr | Gly | Ser Asp Gly Gin Thr Tyr Ser |
35 | 40 | 45 | ||||
Gin | Gin | Ala Ile Gin Tyr | Leu | Gin | Gly | Gin Gin Asn Ile Leu Asn Asn |
50 | 55 | 60 | ||||
Ala | Ala | Asn Leu Leu Lys | Gin | Asp | Glu | Leu Leu Leu Glu Ala Phe Asn |
65 | 70 | 75 80 | ||||
Ser | Ala | Val Ala Ala Asn | Ile | Gly | Asn | Lys Glu Phe Asn Ser Ala Ala |
85 | 90 95 | |||||
Phe | Thr | Gly Leu Val Gin | Gly | Ile | Ile | Asp Gin Ser Gin Leu Val Tyr |
100 | 105 | 110 | ||||
Asn | Glu | Leu Thr Lys Asn | Thr | Ile | Ser | Gly Ser Ala Val Asn Asn Ala |
115 | 120 | 125 | ||||
Gly | Ile | Asn Ser Asn Gin | Ala | Asn | Ala | Val Gin Gly Arg Ala Ser Gin |
• ·
26-1
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Leu | Pro | Asn | Ala | Leu | Tyr | Asn | Val | Gin | Val | Thr | Leu | Asp | Lys | Ile | Asn |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ala | Leu | Asn | Asn | Gin | Val | Arg | Ser | Met | Pro | Tyr | Leu | Pro | Gin | Phe | Arg |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ala | Gly | Asn | Ser | Arg | Ala | Thr | Asn | Ile | Leu | Asn | Gly | Phe | Tyr | Thr | Lys |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Lys | Lys | Arg | Asn | Ile | Gly | Leu | Arg |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Ser | Tyr | Asn | Gly | Ala | Ser | Val | Gly | Phe | Arg | Ser |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Thr | Gin | Asn | Asn | Val | Gly | Leu | Tyr | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Thr | Asp | Val |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Leu | Tyr | Asn | Ile | Phe | Ser | Arg | Ser | Tyr | Gin | Asn | Arg | Ser | Val | Asp | Met |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Gly | Phe | Phe | Ser | Gly | Ile | Gin | Leu | Ala | Gly | Glu | Thr | Phe | Gin | Ser | Thr |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Leu | Arg | Asp | Asp | Pro | Asn | Val | Lys | Leu | His | Gly | Lys | Ile | Asn | Asn | Thr |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
His | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asp | Phe | Gly | Met | Arg | Met | Asn | Phe | Gly | Lys |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Leu | Asp | Gly | Lys | Ser | Asn | Arg | His | Asn | Gin | His | Thr | Val | Glu | Phe | Gly |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Val | Val | Val | Pro | Thr | Ile | Tyr | Asn | Thr | Tyr | Tyr | Lys | Ser | Ala | Gly | Thr |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Thr | Val | Lys | Tyr | Phe | Arg | Pro | Tyr | Ser | Val | Tyr | Trp | Ser | Tyr | Gly | Tyr |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ser | Phe |
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:816: | |||||||||
(1) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |||||||||
(A) DÉLKA: 277 aminokyselin | ||||||||||
(B) TYP: aminokyselina | ||||||||||
(D) TOPOLOGIE: lineární | ||||||||||
(ii) | DRUH MOLEKULY: protein | |||||||||
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |||||||||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |||||||||
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||||||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé | znaky | |||||||||
(B) POZICE 1...277 | ||||||||||
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO: | 816: | |||||||
Leu | Lys | Arg Ala Leu Trp Leu Ile | Leu | Gly | Leu | Phe | Tyr | Ala | Leu | Asn |
1 | 5 | 10 | 15 | |||||||
Ala | Glu | Ser Phe Lys Asp Val Leu | Thr | Lys | Gly | Asp | Tyr | Thr | Phe | Phe |
20 | 25 | 30 | ||||||||
Asn | Lys | Lys Val Val Ser Pro Ile | Lys | Arg | Tyr | Ala | Asp | Arg | Ser | Ala |
35 40 | 45 | |||||||||
Phe | Tyr | Leu Gly Leu Gly Tyr Gin | Leu | Gly | Ser | Ile | Gin | His | Asn | Ser |
50 | 55 | 60 | ||||||||
Ser | Asn | Leu Asn Leu Ser Gin Arg | Phe | Asn | Lys | Ser | Gin | Ile | Ile | Phe |
65 | 70 | 75 | 80 | |||||||
Ser | Asp | Ser Leu Ser Pro Val Phe | Lys | Asn | Ser | Tyr | Val | Ser | Asn | Gly |
• · · ·
262
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Leu | Gly | Val | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Trp | Val | Gly | Lys | His | Glu | Glu | Thr |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Lys | Trp | Phe | Gly | Phe | Arg | Trp | Gly | Leu | Phe | Tyr | Asp | Leu | Ser | Ala | Ser |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Leu | Tyr | Gly | Ser | Gin | Glu | Ser | Gin | Ser | Ile | Ile | Ile | Ser | Thr | Tyr | Gly |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Thr | Tyr | Met | Asp | Leu | Leu | Leu | Asn | Ala | Tyr | Asn | Gly | Asp | Lys | Phe | Phe |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ala | Gly | Phe | Asn | Leu | Gly | Ile | Ala | Phe | Ala | Gly | Val | Tyr | Asp | Arg | Leu |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ser | Asp | Ala | Leu | Leu | Tyr | Gin | Thr | Leu | Leu | Gin | Asn | Thr | Phe | Gly | Gly |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Lys | Val | Asn | Leu | Asn | Gly | Phe | Gin | Phe | Leu | Val | Asp | Leu | Gly | Val | Arg |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Leu | Gly | Asn | Glu | His | Asn | Gin | Phe | Gly | Phe | Gly | Ile | Lys | Ile | Pro | Thr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Tyr | Tyr | Phe | Asn | His | Tyr | Tyr | Ser | Met | Asn | Asn | Ile | Ser | Asn | Asn | Ser |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Glu | Asn | Val | Leu | Lys | Val | Leu | Arg | Phe | Leu | Glu | Tyr | Gly | Ile | Asn | Ser |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Leu | Leu | Tyr | Gin | Val | Asp | Phe | Arg | Arg | Asn | Tyr | Ser | Val | Tyr | Phe | Asn |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Tyr | Thr | Tyr | Ser | Phe | |||||||||||
275 | |||||||||||||||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO: | : 817: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 493 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky | ||
(B) POZICE 1.. | .493 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:817 : | |
Met | Pro Ala Leu Asn Ser | Ser Lys Asn Met Val Val Asn Ile Asn Gin |
1 | 5 | 10 15 |
Thr | Phe Thr Lys Asn Pro | Thr Thr Glu Tyr Thr Tyr Pro Asp Gly Asn |
20 | 25 30 | |
Gly | Asn Tyr Tyr Ser Gly | Gly Ser Ser Ile Pro Ile Gin Leu Lys Ile |
35 | 40 45 | |
Ser | Ser Val Asn Asp Ala | Glu Asn Leu Leu Gin Gin Ala Ala Thr Ile |
50 | 55 60 | |
Ile | Asn Val Leu Thr Thr | Gin Asn Pro His Val Asn Gly Gly Gly Gly |
65 | 70 | 75 80 |
Ala | Trp Gly Phe Gly Gly | Lys Thr Gly Asn Val Met Asp Ile Phe Gly |
85 | 90 95 | |
Asp | Ser Phe Asn Ala Ile | Asn Glu Met Ile Lys Asn Ala Gin Ala Val |
100 | 105 110 | |
Leu | Glu Lys Thr Gin Gin | Leu Asn Ala Asn Glu Asn Thr Gin Ile Thr |
115 | 120 125 |
• · ·· · «· ·· ·· ··· · · · · · · · · • · · · ·· · · · · · • · · k · · · · ···· · • a · ··· ···
263 ...............
Gin | Pro 130 | Asp | Asn | Phe | Asn | Pro 135 | Tyr | Thr | Ser | Lys | Asp 140 | Thr | Gin | Phe | Ala |
Gin | Glu | Met | Leu | Asn | Arg | Ala | Asn | Ala | Gin | Ala | Glu | Ile | Leu | Ser | Leu |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ala | Gin | Gin | Val | Ala | Asp | Asn | Phe | His | Ser | Ile | Gin | Gly | Pro | Ile | Gin |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Asp | Leu | Glu | Glu | Cys | Thr | Ala | Gly | Ser | Ala | Gly | Val | Ile | Asn | Asp |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Asn | Thr | Tyr | Gly | Ser | Gly | Cys | Ala | Phe | Val | Lys | Glu | Thr | Leu | Asn | Ser |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Leu | Glu | Gin | His | Thr | Ala | Tyr | Tyr | Gly | Asn | Gin | Val | Asn | Gin | Asp | Arg |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ala | Leu | Ser | Gin | Thr | Ile | Leu | Asn | Phe | Lys | Glu | Ala | Leu | Ser | Thr | Leu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Asn | Asp | Ser | Lys | Ala | Ile | Asn | Ser | Gly | Ile | Ser | Asn | Leu | Pro | Asn |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ala | Lys | Ser | Leu | Gin | Asn | Met | Thr | His | Ala | Thr | Gin | Asn | Pro | Asn | Ser |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Pro | Glu | Gly | Leu | Leu | Thr | Tyr | Ser | Leu | Asp | Thr | Ser | Lys | Tyr | Asn | Gin |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Leu | Gin | Thr | Val | Ala | Gin | Glu | Leu | Gly | Lys | Asn | Pro | Phe | Arg | Arg | Ile |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Gly | Val | Ile | Asn | Tyr | Gin | Asn | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn | Gly | Ile | Gly |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Val | Gin | Ala | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Lys | Lys | Arg | Asn | Trp | Gly |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Ala | Tyr | Ile | Lys | Ser |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Asn | Phe | Phe | Asn | Ser | Ala | Ser | Asp | Val | Trp | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Met |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Asp | Ala | Leu | Tyr | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Asn | Thr | Asn | Phe | Leu | Gly |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Lys | Asn | Asn | Lys | Leu | Ser | Val | Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Phe | Ala | Leu | Ala |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Gly | Thr | Ser | Trp | Leu | Asn | Ser | Gin | Gin | Val | Asn | Leu | Thr | Met | Met | Asn |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Gly | Ile | Tyr | Asn | Ala | Asn | Val | Ser | Ala | Ser | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Asp | Leu | Gly | Leu | Arg | Met | Asn | Leu | Ala | Arg | Pro | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Asp | His | Ala | Ala | Gin | His | Gly | Met | Glu | Leu | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Thr |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Ile | Asn | Thr | Asp | Tyr | Tyr | Ser | Phe | Met | Gly | Ala | Glu | Leu | Lys | Tyr | Arg |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Arg | Leu | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | |||
485 | 490 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:818:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 269 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
• ·
264 • · · • · · · • · « ·· · • · · • · · · (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...269 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:818:
Val 1 | Leu | Asn | Thr | Thr 5 | Gin | Lys | Ser | Leu | Leu 10 | Val | Phe | Met | Gly | Val 15 | Phe |
Phe | Leu | Ile | Phe | Gly | Val | Asp | Gin | Ala | Ile | Lys | His | Ala | Ile | Leu | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Gly | Phe | His | Tyr | Glu | Ser | Leu | Val | Ile | Asp | Ile | Val | Leu | Val | Phe | Asn |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Lys | Gly | Val | Ala | Phe | Ser | Leu | Leu | Ser | Phe | Leu | Glu | Gly | Gly | Leu | Lys |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Tyr | Leu | Gin | Ile | Leu | Leu | Ile | Leu | Gly | Leu | Phe | Ile | Phe | Leu | Met | Arg |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Gin | Lys | Glu | Leu | Phe | Lys | Ser | His | Ala | Ile | Glu | Phe | Gly | Met | Val | Phe |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Ala | Gly | Val | Ser | Asn | Val | Leu | Asn | Arg | Leu | Val | Ser | Leu | Gly | Gin |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Leu | Tyr | Ile | Leu | Tyr | Asp | Val | Leu | Ala | Ile | Arg | Arg | Glu | Lys | Met | Lys |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asn | Ser | Ala | Pro | Leu | Lys | Asn | Lys | Val | Phe | Cys | Gly | Leu | Tyr | Val | Leu |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ser | Leu | Ser | Ala | Ser | Val | Gin | Ala | Phe | Asp | Tyr | Lys | Ile | Glu | Val | Leu |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ala | Glu | Ser | Phe | Ser | Lys | Val | Gly | Phe | Asn | Lys | Lys | Lys | Ile | Asp | Ile |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ala | Arg | Gly | Ile | Tyr | Pro | Thr | Glu | Thr | Phe | Val | Thr | Ala | Val | Gly | Gin |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Asn | Ile | Tyr | Ala | Asp | Phe | Leu | Ser | Lys | Ser | Leu | Lys | Asp | Gin | Gly |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
His | Val | Leu | Glu | Gly | Lys | Val | Gly | Gly | Thr | Ile | Gly | Gly | Ile | Ala | Tyr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Asp | Ser | Thr | Lys | Phe | Asn | Gin | Gly | Gly | Ser | Val | Ile | Tyr | Asn | Tyr | Ile |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Tyr | Trp | Asp | Gly | Tyr | Leu | Gly | Gly | Thr | Lys | Ala | Cys | Leu | Met | Ala |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Gin | Val | Ser | Met | Thr | Ala | Arg | Leu | Ala | Leu | Met | Ala | Arg |
260 265 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:820:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 215 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
(ii) | DRUH MOLEKULY: | protein |
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .215 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:820: |
Met Leu | Lys Leu Ala Ser | Lys Thr Ile Cys Leu Ser Leu Ile Ser Ser |
• ·
265
1 | 5 | 10 | 15 |
Phe | Thr Ala Val Glu Ala Phe Gin | Lys His Gin | Lys Asp Gly Phe Phe |
20 | 25 | 30 | |
Ile | Glu Ala Gly Phe Glu Thr Gly | Leu Leu Gin | Gly Thr Gin Thr Gin |
35 40 | 45 | ||
Glu | Gin Thr Ile Ala Thr Thr Gin | Glu Lys Pro | Lys Pro Lys Pro Lys |
50 55 | 60 | ||
Pro | Lys Pro Ile Thr Pro Gin Ser | Thr Tyr Gly | Lys Tyr Tyr Ile Ser |
65 | 70 | 75 | 80 |
Gin | Ser Thr Ile Leu Lys Asn Ala | Thr Glu Leu | Phe Ala Glu Asp Asn |
85 | 90 | 95 | |
Ile | Thr Asn Leu Thr Phe Tyr Ser | Gin Asn Pro | Val Tyr Val Thr Ala |
100 | 105 | 110 | |
Tyr | Asn Gin Glu Ser Ala Glu Glu | Ala Gly Tyr | Gly Asn Asn Ser Leu |
115 120 | 125 | ||
Ile | Met Ile Gin Asn Phe Leu Pro | Tyr Asn Leu | Asn Asn Ile Glu Leu |
130 135 | 140 | ||
Ser | Tyr Thr Asp Asp Gin Gly Asn | Val Val Ser | Leu Gly Val Ile Glu |
145 | 150 | 155 | 160 |
Thr | Ile Pro Lys Gin Ser Gin Ile | Ile Leu Pro | Ala Ser Leu Phe Asn |
165 | 170 | 175 | |
Asp | Pro Gin Leu Asn Ala Asp Gly | Ser Asn Asn | Ser Lys Pro Thr Pro |
180 | 185 | 190 | |
His | Asp Phe Leu Met Pro Ala Arg | Arg Ile Cys | Leu Thr Ser Ser Ala |
195 200 | 205 | ||
Arg | Leu Gin Pro Ile Phe Lys | ||
210 215 | |||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:821: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 168 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLOGIE: | : lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky | ||
(B) POZICE 1.. | . 168 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:821: | |
Met | Leu Ser Ser Asn Asp | Leu Phe Met Val Val Leu Gly Ala Ile Leu |
1 | 5 | 10 15 |
Leu | Val Leu Val Cys Leu | Val Gly Tyr Leu Tyr Leu Lys Glu Lys Glu |
20 | 25 30 | |
Phe | Tyr His Lys Met Arg | Arg Leu Glu Lys Thr Leu Asp Glu Ser Tyr |
35 | 40 45 | |
Gin | Glu Asn Tyr Leu Tyr | Ser Lys Arg Leu Arg Glu Leu Glu Gly Arg |
50 | 55 60 | |
Leu | Glu Gly Leu Ser Leu | Glu Lys Ser Ala Lys Glu Asp Ser Ser Leu |
65 | 70 | 75 80 |
Lys | Thr Thr Leu Ser His | Leu Tyr Asn Gin Leu Gin Glu Ile Gin Lys |
85 | 90 95 | |
Ser | Met Asp Lys Glu Arg | Asp Tyr Leu Glu Glu Lys Ile Ile Thr Leu |
100 | 105 110 |
26é
Glu | Asn | Lys 115 | Phe | Lys | Asp | Met | Gly His 120 | Tyr | Ala | Ala | Ser 125 | Asp | Glu | Val | |
Asn | Glu | Lys | Gin | Val | Leu | Lys | Met | Tyr | Gin | Glu | Gly | Tyr | Ser | Val | Asp |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ser | Ile | Ser | Lys | Glu | Phe | Lys | Val | Ser | Lys | Gly | Glu | Val | Glu | Phe | Ile |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Asn | Met | Ala | Gly | Leu | Lys | Trp | ||||||||
165 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:822:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 338 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...338 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:822:
Val 1 | Gly | Phe | Glu | Tyr 5 | Ser | Ile | Ser | His | Ala 10 | Val | Glu | His | Asn | Asn 15 | Pro |
Phe | Leu | Asp | Gin 20 | Glu | Arg | Ile | Gin | Ala 25 | Ile | Ser | Asn | Ala | Arg 30 | Gly | Glu |
Val | Cys | Gly 35 | Leu | Asp | Arg | Val | Lys 40 | Asn | Glu | Ile | Thr | Asp 45 | Met | Pro | Asn |
Thr | Phe 50 | Asn | Tyr | Ile | Asn | Asn 55 | Ala | Leu | Lys | Asn | Asn 60 | Ala | Lys | Leu | Thr |
Pro 65 | Thr | Glu | Lys | Gin | Ala 70 | Glu | Thr | Tyr | Tyr | Leu 75 | Gin | Ser | Thr | Leu | Gin 80 |
Asn | Ile | Glu | Lys | Ile 85 | Val | Met | Leu | Ser | Gly 90 | Gly | Val | Ala | Ser | Asn 95 | Pro |
Lys | Leu | Ala | Gin 100 | Ala | Leu | Glu | Lys | Met 105 | Gin | Glu | Pro | Ile | Thr 110 | Asn | Pro |
Leu | Glu | Leu 115 | Val | Glu | Asn | Leu | Lys 120 | Asn | Leu | Glu | Leu | Gin 125 | Phe | Ser | Gin |
Ser | Gin 130 | Asn | Ser | Met | Leu | Ser 135 | Ser | Leu | Ser | Ser | Gin 140 | Ile | Ala | Gin | Ile |
Ser 145 | Asn | Ser | Leu | Asn | Ala 150 | Leu | Asp | Pro | Ser | Ser 155 | Tyr | Ser | Lys | Asn | Val 160 |
Ser | Ser | Met | Tyr | Gly 165 | Val | Gly | Leu | Ser | Val 170 | Gly | Tyr | Lys | His | Phe 175 | Phe |
Thr | Lys | Lys | Lys 180 | Asn | Gin | Gly | Phe | Arg 185 | Tyr | Tyr | Leu | Phe | Tyr 190 | Asp | Tyr |
Gly | Tyr | Thr 195 | Asn | Phe | Gly | Phe | Val 200 | Gly | Asn | Gly | Phe | Asp 205 | Gly | Leu | Gly |
Lys | Met 210 | Asn | Asn | His | Leu | Tyr 215 | Gly | Leu | Gly | Ile | Asp 220 | Tyr | Leu | Phe | Asn |
Phe 225 | Ile | Asp | Asn | Ala | Gin 230 | Lys | His | Ser | Ser | Val 235 | Gly | Phe | Tyr | Val | Gly 240 |
Phe | Ala | Leu | Ala | Gly 245 | Ser | Ser | Trp | Val | Gly 250 | Ser | Gly | Leu | Gly | Met 255 | Trp |
Val | Ser | Gin | Met | Asp | Phe | Ile | Asn | Asn | Tyr | Leu | Thr | Asp | Tyr | Arg | Ala |
• · ·· · · · · · ·· • · · ···· ···· • ··· ·· · · ··· «· · · · · ·· ··· · · ··· ··· ··· «··· ·· «·· ·· ·· ··
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Lys | Met | His | Thr | Ser | Phe | Phe | Gin | Ile | Pro | Leu | Asn | Phe | Gly | Val | Arg |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Val | Asn | Val | Asp | Arg | His | Asn | Gly | Phe | Glu | Met | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Leu | Ala | Val | Asn | Ser | Phe | Tyr | Glu | Thr | His | Gly | Lys | Gly | Leu | Asn | Ala |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ser | Leu | Phe | Phe | Lys | Arg | Leu | Val | Met | Phe | Asn | Val | Ser | Tyr | Val | Tyr |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Ser | Phe |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:842:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 276 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...276 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:842:
Met | Lys | Thr | Ser | Asn | Thr | Lys | Thr | Pro | Lys | Pro | Val | Leu | Ile | Ala | Gly |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Pro | Cys | Val | Ile | Glu | Ser | Leu | Glu | Asn | Leu | Arg | Ser | Ile | Ala | Ile | Lys |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Leu | Gin | Pro | Leu | Ala | Asn | Asn | Glu | Arg | Leu | Asp | Phe | Tyr | Phe | Lys | Ala |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Ser | Phe | Asp | Lys | Ala | Asn | Arg | Thr | Ser | Leu | Glu | Ser | Tyr | Arg | Gly | Pro |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Gly | Leu | Glu | Lys | Gly | Leu | Glu | Met | Leu | Gin | Thr | Ile | Lys | Asp | Glu | Phe |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Gly | Tyr | Lys | Ile | Leu | Thr | Asp | Val | His | Glu | Ser | Tyr | Gin | Ala | Ser | Val |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ala | Ala | Lys | Val | Ala | Asp | Ile | Leu | Gin | Ile | Pro | Ala | Phe | Leu | Cys | Arg |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gin | Thr | Asp | Leu | Ile | Val | Glu | Val | Ser | Gin | Thr | Asn | Ala | Ile | Val | Asn |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ile | Lys | Lys | Gly | Gin | Phe | Met | Asn | Pro | Lys | Asp | Met | Gin | Tyr | Ser | Val |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Leu | Lys | Ala | Leu | Lys | Thr | Arg | Asp | Ser | Ser | Ile | Gin | Ser | Pro | Thr | Tyr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Glu | Thr | Ala | Leu | Lys | Asn | Gly | Val | Trp | Leu | Cys | Glu | Arg | Gly | Ser | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Phe | Gly | Tyr | Gly | Asn | Leu | Val | Val | Asp | Met | Arg | Ser | Leu | Lys | Ile | Met |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Arg | Glu | Phe | Ala | Pro | Val | Ile | Phe | Asp | Ala | Thr | His | Ser | Val | Gin | Met |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Pro | Gly | Gly | Ala | Asn | Gly | Lys | Ser | Ser | Gly | Asp | Ser | Ser | Phe | Pro | Pro |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ile | Leu | Pro | Arg | Ala | Ala | Ala | Ala | Val | Gly | Ile | Asp | Gly | Leu | Phe | Ala |
268
225 Glu | Thr | His | Ile | Asp | 230 Pro | Lys | Asn | Ala | Leu | 235 Ser | Asp | Gly | Ala | Asn | 240 Met |
Leu | Lys | Pro | Asp | 245 Glu | Leu | Glu | His | Leu | 250 Val | Thr | Asp | Met | Leu | 255 Lys | Ile |
Gin | Asn | Leu | 260 Phe | 265 | 270 |
275 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:843:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 436 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...436 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:843:
Met | Met | Lys | Phe | Phe | Leu | Leu | Lys | Lys | Phe | Ser | Glu | Phe | Leu | Asn | Thr |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Gin | Thr | His | Phe | Asn | Leu | Lys | Arg | Leu | Asn | Ala | Ser | Ser | Phe | Leu | Leu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Glu | Thr | Phe | Ser | Lys | Glu | Lys | His | Ala | Phe | Val | Val | Asp | Leu | Ser | Ala |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Pro | Tyr | Ile | Gly | Leu | Ser | Lys | Lys | Pro | Pro | Glu | Ser | Val | Leu | Lys | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Thr | Leu | Ala | Leu | Asp | Phe | Cys | Leu | Asn | Lys | Phe | Thr | Lys | Asn | Ala | Lys |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ile | Leu | Gin | Ala | Asn | Val | Ile | Asp | Asn | Asp | Arg | Ile | Leu | Glu | Ile | Lys |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Ala | Lys | Asp | Leu | Ala | Tyr | Lys | Ser | Glu | Thr | Phe | Ile | Leu | Arg | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Glu | Met | Ile | Pro | Lys | Lys | Ala | Asn | Leu | Met | Ile | Leu | Asp | Gin | Glu | Lys |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Cys | Val | Ile | Glu | Ala | Phe | Arg | Phe | Asn | Asp | Arg | Val | Ala | Lys | Asn | Asp |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Leu | Gly | Ala | Leu | Pro | Pro | Asn | Ile | Tyr | Glu | His | Gin | Glu | Glu | Asp |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Asp | Phe | Lys | Gly | Leu | Leu | Asp | Ile | Leu | Glu | Lys | Asp | Phe | Leu | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Tyr | Gin | His | Lys | Glu | Leu | Glu | His | Lys | Lys | Asn | Gin | Ile | Ile | Lys | Arg |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Leu | Asn | Ala | Gin | Lys | Glu | Arg | Leu | Lys | Glu | Lys | Leu | Glu | Lys | Leu | Glu |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Asp | Pro | Lys | Thr | Leu | Gin | Leu | Glu | Ala | Lys | Glu | Leu | Gin | Thr | Gin | Ala |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ser | Leu | Leu | Leu | Thr | Tyr | Gin | His | Leu | Ile | Asn | Arg | Arg | Glu | Asn | Arg |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Val | Ile | Leu | Lys | Asp | Phe | Glu | Asp | Lys | Glu | Cys | Met | Ile | Glu | Ile | Asp |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Lys | Ser | Met | Pro | Leu | Asn | Ala | Phe | Ile | Asn | Lys | Lys | Phe | Thr | Leu | Ser |
260 | 265 | 270 |
• · • · ··
269
Lys | Lys | Lys 275 | Lys | Gin | Lys | Ser | Gin 280 | Phe | Leu | Tyr | Leu | Glu 285 | Glu | Glu | Asn |
Leu | Lys | Glu | Lys | Ile | Ala | Phe | Lys | Glu | Asn | Gin | Ile | Asn | Tyr | Val | Arg |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Asp | Ala | Ala | Glu | Glu | Ser | Val | Leu | Glu | Met | Phe | Met | Pro | Val | Lys | Asn |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ser | Lys | Ile | Lys | Arg | Pro | Met | Asn | Gly | Tyr | Glu | Val | Leu | Tyr | Tyr | Lys |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Asp | Phe | Lys | Ile | Gly | Leu | Gly | Lys | Asn | Gin | Lys | Glu | Asn | Ile | Lys | Leu |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Leu | Gin | Asp | Ala | Arg | Ala | Asn | Asp | Leu | Trp | Met | His | Val | Arg | Asp | Ile |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Pro | Gly | Ser | His | Leu | Ile | Val | Phe | Cys | Gin | Lys | Asn | Thr | Pro | Lys | Asp |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Glu | Val | Ile | Met | Glu | Leu | Ala | Lys | Met | Leu | Ile | Lys | Met | Gin | Lys | Asp |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ala | Phe | Asn | Gly | Tyr | Glu | Ile | Asp | Tyr | Thr | Gin | Arg | Lys | Phe | Val | Lys |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Ile | Ile | Lys | Gly | Ala | His | Val | Ile | Tyr | Ser | Lys | Tyr | Arg | Thr | Ile | Ser |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Leu | Lys | Asp | Thr | ||||||||||||
435 | |||||||||||||||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO: | : 844 : |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 231 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | protein |
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky | ||
(B) POZICE 1.. | .231 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:844 : |
Met Phe | Lys Lys Ile Ile | Phe Leu Cys Val Phe Leu Ile Gly Gly Phe |
1 | 5 | 10 15 |
Val Ile | Pro Pro Leu Glu | Ala Met Pro Ile Leu Arg Asn Lys Thr Pro |
20 | 25 30 | |
Lys Lys | Asn Tyr Gin Glu | Ala His Glu Lys Leu Tyr Arg Ser Ile Ile |
35 | 40 45 | |
Asn Arg | Gin Lys Leu Thr | Arg Lys Lys Ser Gly Trp Tyr Phe Leu Gly |
50 | 55 60 | |
Gly Val | Gly Ala Val Glu | Ala Ile Lys Asp Tyr Gin Gly Lys Glu Met |
65 | 70 | 75 80 |
Lys Asp | Trp Ile Ala Thr | Leu Asn Leu Lys Thr Gly Val Gin Ser Phe |
85 | 90 95 | |
Phe Lys | Lys Tyr Ile Gly | Ile Arg Gly Val Phe Ala Trp Asp Leu Gly |
100 | 105 110 | |
Ser Gly | Lys Val Asn Tyr | Gin Ser Tyr Lys Asp Pro Thr Asn Ser Phe |
115 | 120 125 | |
Phe Thr | Met Leu Ala Val | Gly Leu Asp Val Ile Met Glu Phe Pro Leu |
130 | 135 140 | |
Gly Ser | Tyr Lys His Tyr | Leu Gly Ala Phe Gly Gly Ala Arg Gly Ala |
• · ···· ·· · · · · •· · · · · ·· ···· · ··· · · · ··· ···· ·· «·· ·· ·· ··
27Θ
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Val | Val | Tyr | Thr | Asp | Lys | Gin | Asn | Phe | Lys | Phe | Phe | Lys | His | Ser |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Val | Val | Ser | Gly | Gly | Leu | Ala | Ile | Ser | Gly | Gly | Val | Met | Leu | Thr | Leu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Phe | Leu | Arg | His | Arg | Ile | Glu | Leu | Gly | Phe | Lys | Ile | Leu | Pro | Thr | Ala |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Arg | Leu | Leu | Ser | Ser | Ser | Ser | Arg | Phe | Glu | Thr | Ser | Pro | Leu | Phe | Tyr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ala | Ala | Tyr | Ser | Tyr | Lys | Phe | |||||||||
225 | 230 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:855:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 479 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...479 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:855:
Met | Lys | Asn | Ser | Ala | Pro | Leu | Lys | Asn | Lys | Val | Phe | Cys | Gly | Leu | Tyr |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Val | Leu | Ser | Leu | Ser | Ala | Ser | Val | Gin | Ala | Phe | Asp | Tyr | Lys | Ile | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Val | Leu | Ala | Glu | Ser | Phe | Ser | Lys | Val | Gly | Phe | Asn | Lys | Lys | Lys | Ile |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Asp | Ile | Ala | Arg | Gly | Ile | Tyr | Pro | Thr | Glu | Thr | Phe | Val | Thr | Ala | Val |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Gly | Gin | Gly | Asn | Ile | Tyr | Ala | Asp | Phe | Leu | Ser | Lys | Ser | Leu | Lys | Asp |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Gin | Gly | His | Val | Leu | Glu | Gly | Lys | Val | Gly | Gly | Thr | Ile | Gly | Gly | Ile |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ala | Tyr | Asp | Ser | Thr | Lys | Phe | Asn | Gin | Gly | Gly | Ser | Val | Ile | Tyr | Asn |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Tyr | Ile | Gly | Tyr | Trp | Asp | Gly | Tyr | Leu | Gly | Gly | Lys | Arg | Ala | Leu | Leu |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asp | Gly | Thr | Ser | Ile | His | Glu | Cys | Ala | Leu | Gly | Ser | Asp | Gly | Lys | Val |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Asp | Ser | Ile | Ala | Cys | Gly | Asn | Ala | Arg | Ala | Asn | Lys | Ile | Arg | Arg |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asn | Tyr | Leu | Met | Asn | Asn | Ala | Phe | Leu | Glu | Tyr | Arg | Tyr | Lys | Asp | Ile |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Phe | Ala | Ala | Lys | Gly | Gly | Arg | Tyr | Gin | Ser | Asn | Ala | Pro | Tyr | Met | Ser |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ser | Tyr | Thr | Gin | Gly | Phe | Glu | Ile | Ser | Ala | Lys | Ile | Lys | Asp | Lys | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Glu | Gly | Ser | His | Lys | Leu | Trp | Trp | Phe | Ser | Ser | Trp | Gly | Arg | Ala | Phe |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ala | Tyr | Gly | Glu | Trp | Ile | Tyr | Asp | Phe | Tyr | Ser | Pro | Arg | Thr | Val | Ile |
• · · · · ·· · · · · t ♦ · «* · * · · · · ···· ·· · · · ·· • · · · · · · · ···· · • · · ··· · · · ···· ·· ··· ·· ·· ··
274
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Lys | Asn | Gly | Arg | Thr | Leu | Asn | Tyr | Gly | Ile | His | Leu | Val | Asp | Tyr | Thr |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Tyr | Glu | Arg | Lys | Gly | Val | Ser | Val | Ser | Pro | Phe | Phe | Gin | Phe | Ser | Pro |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Gly | Thr | Tyr | Tyr | Ser | Pro | Gly | Val | Ala | Val | Gly | Tyr | Asp | Ser | Asn | Pro |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Asn | Phe | Asn | Gly | Val | Gly | Phe | Arg | Ser | Glu | Thr | Lys | Ala | Tyr | Ile | Leu |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Leu | Pro | Val | His | Ala | Pro | Leu | Lys | Arg | Asp | Thr | Tyr | Arg | Tyr | Ala | Val |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Lys | Ala | Gly | Thr | Ala | Gly | Gin | Ser | Leu | Leu | Ile | Arg | Gin | Arg | Phe | Asp |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Glu | Phe | Asn | Phe | Gly | Gly | Ala | Phe | Tyr | Lys | Val | Trp | Lys | Asn |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ala | Asn | Ala | Tyr | Ile | Gly | Thr | Thr | Gly | Asn | Pro | Leu | Gly | Ile | Asp | Phe |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Trp | Thr | Asn | Ser | Val | Tyr | Asp | Ile | Gly | Gin | Ala | Leu | Ser | His | Val | Val |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Thr | Ala | Asp | Ala | Val | Ser | Gly | Trp | Val | Phe | Gly | Gly | Gly | Val | His | Lys |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Lys | Trp | Leu | Trp | Gly | Thr | Leu | Trp | Arg | Trp | Thr | Ser | Gly | Ala | Leu | Ala |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Asn | Glu | Ala | Ser | Ala | Ala | Val | Asn | Val | Gly | Tyr | Lys | Ile | Ser | Lys | Ser |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Leu | Thr | Ala | Ser | Val | Lys | Leu | Glu | Tyr | Leu | Gly | Val | Met | Thr | His | Ser |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Gly | Phe | Thr | Val | Gly | Ser | Tyr | Arg | Pro | Thr | Pro | Gly | Ser | Lys | Ala | Leu |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Asp | Arg | Ser | His | Leu | Met | Thr | Thr | Leu | Ser | Ala | Lys | Phe | |
465 | 470 | 475 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:865:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 275 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...275 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:865:
Leu | Leu | Asp | Val | Lys | Ala | Asn | Ser | Pro | Ala | Tyr | Gin | Ala | Val | Leu | Leu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Ala | Leu | Asn | Ala | Ala | Val | Gly | Leu | Trp | Gin | Val | Thr | Ser | Tyr | Ala | Phe |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Thr | Ala | Cys | Gly | Pro | Gly | Ser | Asn | Glu | Asn | Ala | Asn | Gly | Gly | Ile | Gin |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Thr | Phe | Asn | Asn | Val | Pro | Gly | Gin | Asn | Thr | Thr | Thr | Ile | Thr | Cys | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Ser | Tyr | Tyr | Glu | Pro | Gly | His | Gly | Gly | Pro | Ile | Ser | Thr | Glu | Asn | Tyr |
• · • · · · · · » ···· • ··· ··· ···· ·· · · · · ·· · · · · · ··· · · · ··· ···· ·· ··· ·· ·· ·· 272
65 Ala | Ile | Ile | Asn | Lys | 70 Ala | Tyr | Gin | Ile | Ile | 75 Gin | Lys | Ala | Leu | Thr | 80 Ala |
Asn | Gly | Glu | Gly | 85 Ile | Pro | Val | Leu | Ser | 90 Asn | Thr | Thr | Thr | Lys | 95 Leu | Asp |
Phe | Thr | Ile | 100 Asn | Gly | Asp | Lys | Arg | 105 Thr | Gly | Gly | Glu | Pro | 110 Asn | Lys | Lys |
Leu | Val | 115 Tyr | Pro | Trp | Ser | His | 120 Gly | Lys | Pro | Ile | Ser | 125 Thr | Ser | Trp | Asn |
Ala | 130 Thr | Ile | Thr | Val | Pro | 135 Thr | Thr | Glu | Asn | Ile | 140 Asn | Thr | Thr | Asn | Ser |
145 Ala | Gin | Glu | Leu | Leu | 150 Lys | Gin | Ala | Ser | Ile | 155 Ile | Ile | Thr | Thr | Leu | 160 Asn |
Ser | Ala | Cys | Pro | 165 Asn | Phe | Gin | Asn | Gly | 170 Gly | Ser | Gly | Tyr | Trp | 175 Ala | Gly |
Ile | Ser | Gly | 180 Asn | Gly | Thr | Met | Cys | 185 Gly | Met | Phe | Lys | Asn | 190 Glu | Ile | Ser |
Ala | Ile | 195 Gin | Gly | Met | Ile | Ala | 200 Asn | Ala | Gin | Glu | Ala | 205 Val | Ala | Gin | Ala |
Lys | 210 Ile | Val | Ser | Glu | Asn | 215 Thr | Gin | Asn | Gin | Asn | 220 Ser | Leu | Asp | Ala | Glu |
225 Asn | His | Ser | Thr | Pro | 230 Thr | Gin | Thr | Leu | Val | 235 Leu | Leu | Lys | Ala | Cys | 240 Ser |
Lys | Thr | Arg | Ser | 245 Pro | Ser | Gly | Asp | Phe | 250 Lys | Pro | Ser | Arg | Thr | 255 Ser | Gly |
Glu | Lys | Leu 275 | 260 | 265 | 270 |
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:880: | |||||||||
(1) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |||||||||
(A) DÉLKA: 110 aminokyselin | ||||||||||
(B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární | ||||||||||
(11) | DRUH MOLEKULY: protein | |||||||||
(lil) | HYPOTETICKÁ: ANO | |||||||||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |||||||||
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||||||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé | znaky | |||||||||
(B) POZICE 1...110 | ||||||||||
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO: | 880: | |||||||
Met | Leu | Arg Asn Gin Phe Arg Ile | Val | Phe | Val | Ser | Cys | Ile | Val | Ala |
1 | 5 | 10 | 15 | |||||||
Ser | Ser | Leu Gin Ala Gin Glu Asn | Thr | His | Thr | Leu | Gly | Lys | Val | Thr |
20 | 25 | 30 | ||||||||
Thr | Lys | Gly Glu Arg Thr Phe Glu | Tyr | Asn | Asn | Lys | Met | Tyr | Ile | Asp |
35 4 0 | 45 | |||||||||
Arg | Lys | Glu Leu Gin Gin Arg Gin | Ser | Asn | Gin | Ile | Arg | Asp | Ile | Phe |
50 | 55 | 60 | ||||||||
Arg | Thr | Arg Ala Asp Val Asn Val | Ala | Ser | Gly | Gly | Leu | Met | Ala | Gin |
65 | 70 | 75 | 80 | |||||||
Lys | Ile | Tyr Val Arg Gly Ile Glu | Ser | Arg | Leu | Leu | Arg | Val | Thr | Ile |
85 | 90 | 95 | ||||||||
Asp | Gly | Val Ala Gin Asn Gly Asn | Ile | Phe | His | His | Asp | Ala |
• ·
373
100 105 110
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:890:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) | DÉLKA: 307 | aminokyselin |
(B) | TYP: amino | kyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
(ii) DRUH | MOLEKULY: | protein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...307
(xi) | i POPIS ; | SEKVENCE: | : SEQ ID | NO:: | 890: | ||||||||||
Met | Lys | Lys | Val | Leu | Leu | Leu | Thr | Leu | Ser | Leu | Ser | Leu | Ser | Phe | Trp |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Leu | His | Ala | Glu | Arg | Asn | Gly | Phe | Tyr | Leu | Gly | Leu | Asn | Phe | Ala | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Gly | Ser | Tyr | Ile | Gin | Gly | Gin | Gly | Ser | Ile | Gly | Glu | Lys | Ala | Ser | Ala |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Glu | Asn | Ala | Leu | Asn | Gin | Ala | Ile | Asn | Asn | Ala | Lys | Asn | Ser | Leu | Phe |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Pro | Asn | Thr | Lys | Ala | Ile | Arg | Asp | Val | Gin | Asn | Ala | Leu | Asn | Ala | Val |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Lys | Asp | Ser | Asn | Lys | Ile | Ala | Asn | Arg | Phe | Ala | Gly | Asn | Gly | Gly | Ser |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Gly | Ile | Phe | Asn | Glu | Leu | Ser | Leu | Gly | Tyr | Lys | Tyr | Phe | Leu | Gly |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Lys | Lys | Arg | Ile | Ile | Gly | Phe | Arg | His | Ser | Leu | Phe | Phe | Gly | Tyr | Gin |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Leu | Gly | Gly | Val | Gly | Ser | Val | Pro | Gly | Ser | Gly | Leu | Ile | Ala | Phe | Leu |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Pro | Tyr | Gly | Phe | Asn | Thr | Asp | Leu | Leu | Ile | Asn | Trp | Thr | Asn | Asp | Lys |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Arg | Ala | Ser | Gin | Glu | Tyr | Val | Glu | Arg | Arg | Val | Lys | Gly | Leu | Ser | Ile |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Phe | Tyr | Lys | Asp | Met | Thr | Gly | Arg | Thr | Leu | Asp | Ala | Asp | Thr | Leu | Lys |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Arg | Ala | Ser | Arg | His | Ile | Ile | Arg | Lys | Ser | Ser | Gly | Leu | Val | Ile | Gly |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Met | Glu | Leu | Gly | Ala | Ser | Thr | Trp | Phe | Ala | Ser | Asn | Asn | Leu | Thr | Pro |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Phe | Asn | Gin | Val | Lys | Ser | Arg | Thr | Ile | Phe | Gin | Leu | Gin | Gly | Lys | Phe |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Val | Arg | Phe | Ser | Ser | Asp | Glu | Tyr | Asp | Ile | Asp | Arg | Tyr | Gly | Asp |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Glu | Asn | Tyr | Leu | Gly | Gly | Ser | Ser | Val | Glu | Leu | Gly | Val | Lys | Val | Pro |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Phe | Lys | Val | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Asp | Asp | Tyr | Gly | Asp | Lys | Leu | Asp |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Tyr | Lys | Arg | Val | Val | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Thr | Tyr | Asn | Phe | Lys |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Asn | Lys | His | |||||||||||||
305 |
• · • I*
274
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:903:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 798 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...798 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:903:
Met | Arg | Lys | Val | Ile | Ile | Met | Asn | Gly Tyr | Leu | Arg | Val | Lys | Thr | Pro | |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Tyr | Phe | Leu | Ala | Ser | Val | Val | Leu | Thr | Phe | Trp | Thr | Phe | Asn | Ser | Phe |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Met | Ser | Ala | Lys | Asp | Lys | His | His | Phe | Leu | Lys | Lys | Val | Thr | Thr | Thr |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Glu | Gin | Lys | Phe | Ser | Ser | Ser | Ala | Pro | Ile | Ser | Trp | Gin | Ser | Glu | Glu |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Val | Arg | Asn | Ser | Thr | Ser | Ser | Arg | Thr | Val | Ile | Ser | Asn | Lys | Glu | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Lys | Lys | Thr | Gly | Asn | Leu | Asn | Ile | Glu | Asn | Ala | Leu | Gin | Asn | Val | Pro |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Ile | Gin | Ile | Arg | Asp | Ala | Thr | Gly | Thr | Gly | Val | Leu | Pro | Lys | Ile |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ser | Val | Arg | Gly | Phe | Gly | Gly | Gly | Gly | Asn | Gly | His | Ser | Asn | Thr | Asn |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Met | Ile | Leu | Val | Asn | Gly | Ile | Pro | Ile | Tyr | Gly | Ala | Pro | Tyr | Ser | Asn |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Glu | Leu | Ala | Ile | Phe | Pro | Val | Thr | Phe | Gin | Ser | Val | Asp | Arg | Ile |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asp | Val | Ile | Lys | Gly | Gly | Thr | Ser | Val | Gin | Tyr | Gly | Pro | Asn | Thr | Phe |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gly | Gly | Val | Val | Asn | Val | Ile | Thr | Lys | Glu | Ile | Pro | Lys | Glu | Trp | Glu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Asn | Gin | Ala | Ala | Glu | Arg | Ile | Thr | Phe | Trp | Gly | Arg | Ser | Ser | Asn | Gly |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Asn | Phe | Val | Asp | Pro | Lys | Glu | Lys | Gly | Lys | Pro | Leu | Ala | Gin | Thr | Leu |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Gly | Asn | Gin | Met | Leu | Phe | Asn | Thr | Tyr | Gly | Arg | Thr | Ala | Gly | Met | Leu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Lys | Tyr | Ile | Gly | Ile | Ser | Ala | Gin | Gly | Asn | Trp | Ile | Asn | Gly | Gin |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Gly | Phe | Arg | Gin | Asn | Ser | Pro | Thr | Lys | Val | Gin | Asn | Tyr | Leu | Leu | Asp |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Ile | Tyr | Lys | Ile | Asn | Ala | Thr | Asn | Thr | Phe | Lys | Ala | Tyr | Tyr | Gin |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Tyr | Tyr | Gin | Tyr | Asn | Ser | Tyr | His | Pro | Gly | Thr | Leu | Ser | Ala | Gin | Asp |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Tyr | Ala | Tyr | Asn | Arg | Phe | Ile | Asn | Glu | Arg | Pro | Asp | Asn | Gin | Asp | Gly |
·· ·
27§ ·· · · • · ·· ··
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Gly | Arg | Ala | Lys | Arg | Phe | Gly | Ile | Val | Tyr | Gin | Asn | Tyr | Phe | Gly | Asp |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Pro | Asp | Arg | Lys | Val | Gly | Gly | Asp | Phe | Lys | Phe | Thr | Tyr | Phe | Thr | His |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Asp | Met | Ser | Arg | Asp | Phe | Gly | Phe | Ser | Asn | Gin | Tyr | Gin | Ser | Val | Tyr |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Met | Ser | Gly | Gin | Asn | Lys | Ile | Leu | Pro | Phe | Lys | Gly | Lys | Gly | Glu | Ile |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Ser | Ala | Lys | Asn | Pro | Asn | Cys | Gly | Leu | Tyr | Ser | Tyr | Ser | Asp | Thr | Asn |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ser | Pro | Cys | Trp | Gin | Phe | Phe | Asp | Asn | Ile | Arg | Arg | Ser | Val | Val | Asn |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Ala | Phe | Glu | Pro | Lys | Leu | Asn | Leu | Ile | Val | Asn | Thr | Gly | Lys | Val | Lys |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Gin | Thr | Phe | Asn | Met | Gly | Met | Arg | Phe | Leu | Thr | Glu | Asp | Leu | Tyr | Arg |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Arg | Ser | Thr | Thr | Arg | Lys | Asn | Pro | Ser | Met | Pro | Asn | Asn | Gly | Ser | Gly |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Phe | Asp | Ala | Gly | Thr | Ser | Leu | Asn | Asn | Phe | Asn | Asn | Tyr | Thr | Ala | Val |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Tyr | Ala | Ser | Asp | Glu | Ile | Asn | Phe | Asn | Asn | Gly | Met | Leu | Thr | Ile | Thr |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Pro | Gly | Leu | Arg | Tyr | Thr | Phe | Leu | Asn | Tyr | Glu | Lys | Lys | Asp | Ala | Pro |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Pro | Phe | Lys | Val | Gly | Gin | Thr | Pro | Lys | Thr | Thr | Lys | Glu | Arg | Tyr | Asn |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Gin | Trp | Asn | Pro | Ala | Val | Asn | Val | Gly | Tyr | Lys | Pro | Ile | Lys | Glu | Leu |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Leu | Phe | Tyr | Phe | Asn | Tyr | Gin | Arg | Ser | Tyr | Ile | Pro | Pro | Gin | Phe | Ser |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Asn | Ile | Gly | Asn | Phe | Val | Gly | Thr | Ser | Thr | Asp | Tyr | Phe | Gin | Ile | Phe |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Asn | Val | Met | Glu | Gly | Gly | Ser | Arg | Tyr | Tyr | Phe | Asn | His | Gin | Val | Ser |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Phe | Asn | Ala | Asn | Tyr | Phe | Val | Ile | Phe | Ala | Asn | His | Tyr | Phe | Thr | Gly |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Arg | Tyr | Gly | Asp | Asn | Arg | Glu | Pro | Val | Asn | Ala | Arg | Ser | Gin | Gly | Val |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Glu | Leu | Glu | Leu | Tyr | Tyr | Thr | Pro | Ile | Arg | Gly | Leu | Asn | Phe | His | Ala |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Ala | Tyr | Thr | Phe | Ile | Asp | Ala | Asn | Ile | Thr | Ser | His | Thr | Met | Val | Thr |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Asn | Pro | Ala | Asn | Pro | Lys | Gly | Pro | Lys | Lys | Asp | Ile | Phe | Gly | Lys | Lys |
660 | 665 | 670 | |||||||||||||
Leu | Pro | Phe | Val | Ser | Pro | His | Gin | Phe | Ile | Leu | Asp | Ala | Ser | Tyr | Thr |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Tyr | Ala | Lys | Thr | Thr | Ile | Gly | Leu | Ser | Ser | Phe | Phe | Tyr | Ser | Arg | Ala |
690 | 695 | 700 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Asp | Val | Leu | Asn | Thr | Val | Pro | Phe | Thr | Glu | Tyr | Ala | Pro | Thr |
705 | 710 | 715 | 720 | ||||||||||||
Ile | Lys | Asn | Gly | Ala | Ile | Val | Thr | Lys | Thr | Ala | Gly | Met | Thr | Pro | Tyr |
725 | 730 | 735 | |||||||||||||
Tyr | Trp | Val | Trp | Asn | Leu | Gin | Ile | Ser | Thr | Thr | Leu | Trp | Glu | Arg | Lys |
740 | 745 | 750 | |||||||||||||
Asn | Gin | Ser | Val | Asn | Ala | Ser | Leu | Gin | Ile | Asn | Asn | Ile | Phe | Asn | Met |
755 | 760 | 765 | |||||||||||||
Lys | Tyr | Trp | Phe | Ser | Gly | Ile | Gly | Thr | Ser | Pro | Asn | Gly | Lys | Glu | Ala |
770 | 775 | 780 | |||||||||||||
Ala | Pro | Pro | Arg | Ser | Ile | Thr | Ala | Tyr | Val | Ser | Tyr | Asn | Phe | ||
785 | 790 | 795 |
ίί$>
»· ·* * * · • · ·« ···· ·· • »· ·· ·· • · · · · ·« · • · · · · ·· • · «« ···« · • · · X · · ··· ·· XX ·· (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:913:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 416 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...416 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:913:
Met 1 | Cys | Gly | Met | Phe 5 | Lys | Asn | Glu | Ile | Ser 10 | Ala | Ile | Gin | Gly | Met 15 | Ile |
Ala | Asn | Ala | Gin 20 | Glu | Ala | Val | Ala | Gin 25 | Ala | Lys | Ile | Val | Ser 30 | Glu | Asn |
Thr | Gin | Asn 35 | Gin | Asn | Ser | Leu | Asp 40 | Ala | Gly | Lys | Pro | Phe 45 | Asn | Pro | Tyr |
Thr | Asp 50 | Ala | Ser | Phe | Ala | Glu 55 | Ser | Met | Leu | Lys | Asn 60 | Ala | Gin | Ala | Gin |
Ala 65 | Glu | Ile | Leu | Asn | Gin 70 | Ala | Glu | Gin | Val | Val 75 | Lys | Asn | Phe | Glu | Lys 80 |
Ile | Pro | Thr | Ala | Phe 85 | Val | Asn | Asp | Ser | Leu 90 | Gly | Val | Cys | Tyr | Glu 95 | Val |
Gin | Gly | Gly | Glu 100 | Arg | Arg | Gly | Thr | Asn 105 | Pro | Gly | Gin | Thr | Thr 110 | Ser | Asn |
Thr | Trp | Gly 115 | Ala | Gly | Cys | Ala | Tyr 120 | Val | Gly | Gin | Thr | Ile 125 | Thr | Asn | Leu |
Lys | Asn 130 | Ser | Ile | Ala | His | Phe 135 | Gly | Thr | Gin | Glu | Gin 140 | Gin | Ile | Gin | Gin |
Ala 145 | Glu | Asn | Ile | Ala | Asp 150 | Thr | Leu | Val | Asn | Phe 155 | Lys | Ser | Arg | Tyr | Ser 160 |
Glu | Leu | Gly | Asn | Thr 165 | Tyr | Asn | Ser | Ile | Thr 170 | Thr | Ala | Leu | Ser | Asn 175 | Ile |
Pro | Asn | Ala | Gin 180 | Ser | Leu | Gin | Asn | Ala 185 | Val | Ser | Lys | Lys | Asn 190 | Asn | Pro |
Tyr | Ser | Pro 195 | Gin | Gly | Ile | Asp | Thr 200 | Asn | Tyr | Tyr | Leu | Asn 205 | Gin | Asn | Ser |
Tyr | Asn 210 | Gin | Ile | Gin | Thr | Ile 215 | Asn | Gin | Glu | Leu | Gly 220 | Arg | Asn | Pro | Phe |
Arg 225 | Lys | Val | Gly | Ile | Val 230 | Ser | Ser | Gin | Thr | Asn 235 | Asn | Gly | Ala | Met | Asn 240 |
Gly | Ile | Gly | Ile | Gin 245 | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin 250 | Phe | Phe | Gly | Gin | Lys 255 | Arg |
Lys | Trp | Gly | Ala 260 | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe 265 | Phe | Asp | Tyr | Asn | His 270 | Ala | Phe |
Ile | Lys | Ser 275 | Ser | Phe | Phe | Asn | Ser 280 | Ala | Ser | Asp | Val | Trp 285 | Thr | Tyr | Gly |
Phe | Gly 290 | Ala | Asp | Ala | Leu | Tyr 295 | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp 300 | Lys | Ala | Thr | Asn |
Phe 305 | Leu | Gly | Lys | Asn | Asn 310 | Lys | Leu | Ser | Val | Gly 315 | Leu | Phe | Gly | Gly | Ile 320 |
Ala | Leu | Ala | Gly | Thr | Ser | Trp | Leu | Asn | Ser | Glu | Tyr | Val | Asn | Leu | Ala |
277 ·· ·· t · · • ··· ·· ·· • · · · • · ·· « ···· · • · · ·· ··
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Thr | Met | Asn | Asn 340 | Val | Tyr | Asn | Ala | Lys 345 | Met | Asn | Val | Ala | Asn 350 | Phe | Gin |
Phe | Leu | Phe 355 | Asn | Met | Gly | Val | Arg 360 | Met | Asn | Leu | Ala | Arg 365 | Pro | Lys | Lys |
Lys | Asp 370 | Ser | Asp | His | Ala | Ala 375 | Gin | His | Gly | Ile | Glu 380 | Leu | Gly | Leu | Lys |
Ile 385 | Pro | Thr | Ile | Asn | Thr 390 | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Phe 395 | Met | Gly | Ala | Glu | Leu 400 |
Lys | Tyr | Arg | Arg | Leu 405 | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu 410 | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala 415 | Tyr |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:916:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 286 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...286 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:916:
Met | Lys | Lys | Ser | Val | Ile | Val | Gly | Ala | Ile | Ser | Leu | Ala | Met | Thr | Ser |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Leu | Leu | Ser | Ala | Glu | Thr | Pro | Lys | Gin | Glu | Lys | Ala | Ile | Lys | Thr | Ser |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Pro | Thr | Lys | Lys | Gly | Glu | Arg | Asn | Ala | Ala | Phe | Ile | Gly | Ile | Asp | Tyr |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Gin | Leu | Gly | Met | Leu | Ser | Thr | Thr | Ala | Gin | Asn | Cys | Ser | His | Gly | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Cys | Asn | Gly | Asn | Gin | Ser | Gly | Ala | Tyr | Gly | Ser | Asn | Thr | Pro | Asn | Met |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Pro | Thr | Ala | Ser | Asn | Pro | Thr | Gly | Gly | Leu | Thr | His | Gly | Ala | Leu | Gly |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Thr | Arg | Gly | Tyr | Lys | Gly | Leu | Ser | Asn | Gin | Gin | Tyr | Ala | Ile | Asn | Gly |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Phe | Gly | Phe | Val | Val | Gly | Tyr | Lys | His | Phe | Phe | Lys | Lys | Ala | Pro | Gin |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Phe | Gly | Met | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Phe | Ala | Ser | Ser | Tyr | Tyr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Lys | Tyr | Tyr | Thr | Tyr | Asn | Asp | Tyr | Gly | Met | Arg | Asp | Ala | Arg | Lys | Gly |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ser | Gin | Ser | Phe | Met | Phe | Gly | Tyr | Gly | Ala | Gly | Thr | Asp | Val | Leu | Phe |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Asn | Pro | Ala | Ile | Phe | Asn | Arg | Glu | Asn | Leu | His | Leu | Gly | Phe | Phe | Leu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Val | Ala | Ile | Gly | Gly | Thr | Ser | Trp | Gly | Pro | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Phe |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Lys | Asp | Leu | Ala | Glu | Glu | Tyr | Arg | Gly | Ser | Phe | His | Pro | Ser | Asn | Phe |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Gin | Val | Leu | Val | Asn | Gly | Gly | Ile | Arg | Leu | Gly | Thr | Lys | His | Gin | Gly |
225 | 230 | 235 | 240 |
• ·
378
Phe | Glu | Ile | Gly | Leu 245 | Lys | Ile | Gin | Thr | Ile 250 | Arg | Asn | Asn | Tyr | Tyr 255 | Thr |
Ala | Ser | Ala | Asp | Asn | Val | Pro | Glu | Gly | Thr | Thr | Tyr | Arg | Phe | Thr | Phe |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
His | Arg | Pro | Tyr | Ala | Phe | Tyr | Trp | Arg | Tyr | Ile | Val | Ser | Phe | ||
275 | 280 | 285 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:924:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 366 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...366 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:924:
Met 1 | Gin | Phe | Gin | Lys 5 | Thr | Leu | Leu | Ser | Leu 10 | Ser | Leu | Leu | Phe | Leu 15 | Ser |
Tyr | Cys | Ile | Ala | Glu | Glu | Asn | Gly | Ala | Tyr | Ala | Ser | Val | Gly | Phe | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Ile | Ser | His | Ala | Val | Glu | His | Asn | Asn | Pro | Phe | Leu | Asn | Gin |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Glu | Arg | Ile | Gin | Thr | Ile | Ser | Asn | Ala | Gin | Asn | Lys | Ile | Tyr | Lys | Leu |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Asn | Gin | Val | Lys | Asn | Glu | Ile | Thr | Asn | Met | Pro | Asn | Thr | Phe | Asn | Tyr |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ile | Asn | Asn | Ala | Leu | Lys | Asn | Asn | Ala | Lys | Leu | Thr | Pro | Thr | Glu | Lys |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gin | Ala | Glu | Thr | Tyr | Tyr | Leu | Gin | Ser | Thr | Leu | Gin | Asn | Ile | Glu | Lys |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ile | Val | Met | Leu | Ser | Gly | Gly | Val | Ala | Ser | Asn | Pro | Lys | Leu | Ala | Gin |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ala | Leu | Glu | Lys | Met | Gin | Glu | Pro | Ile | Thr | Asn | Pro | Leu | Glu | Leu | Val |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Glu | Asn | Leu | Lys | Asn | Leu | Glu | Leu | Gin | Phe | Ser | Gin | Ser | Gin | Asn | Ser |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Met | Leu | Ser | Ser | Leu | Ser | Ser | Gin | Ile | Ala | Gin | Ile | Ser | Asn | Ser | Leu |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Asn | Ala | Leu | Asp | Pro | Ser | Ser | Tyr | Ser | Lys | Asn | Val | Ser | Ser | Met | Tyr |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Val | Gly | Leu | Ser | Val | Gly | Tyr | Lys | His | Phe | Phe | Thr | Lys | Lys | Lys |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Asn | Gin | Gly | Phe | Arg | Tyr | Tyr | Leu | Phe | Tyr | Asp | Tyr | Gly | Tyr | Thr | Asn |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Phe | Gly | Phe | Val | Gly | Asn | Gly | Phe | Asp | Gly | Leu | Gly | Lys | Met | Asn | Asn |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
His | Leu | Tyr | Gly | Leu | Gly | Ile | Asp | Tyr | Leu | Phe | Asn | Phe | Ile | Asp | Asn |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ala | Gin | Lys | His | Ser | Ser | Val | Gly | Phe | Tyr | Val | Gly | Phe | Ala | Leu | Ala |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Gly | Ser | Ser | Trp | Val | Gly | Ser | Gly | Leu | Gly | Met | Trp | Val | Ser | Gin | Met |
• ·
279
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Asp | Phe | Ile | Asn | Asn | Tyr | Leu | Thr | Asp | Tyr | Arg | Ala | Lys | Met | His | Thr |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Ser | Phe | Phe | Gin | Ile | Pro | Leu | Asn | Phe | Gly | Val | Arg | Val | Asn | Val | Asp |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Arg | His | Asn | Gly | Phe | Glu | Met | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro | Leu | Ala | Val | Asn |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Ser | Phe | Tyr | Glu | Thr | His | Gly | Lys | Gly | Leu | Asn | Ala | Ser | Leu | Phe | Phe |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Lys | Arg | Leu | Val | Met | Phe | Asn | Val | Ser | Tyr | Val | Tyr | Ser | Phe | ||
355 | 360 | 365 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:928:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 229 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...229 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:928:
Val | Lys | Gly | Glu | Lys | Asn | Ala | Trp | Tyr | Leu | Gly | Ile | Ser | Tyr | Gin | Val |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Gly | Gin | Ala | Ser | Gin | Ser | Val | Lys | Asn | Pro | Pro | Lys | Ser | Ser | Glu | Phe |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Asn | Tyr | Pro | Lys | Phe | Pro | Val | Gly | Lys | Thr | Asp | Tyr | Leu | Ala | Val | Met |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Gin | Gly | Leu | Gly | Leu | Thr | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Glu | Lys |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Arg | Trp | Phe | Gly | Ala | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Met | Asp | Tyr | Gly | His | Ala |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Val | Phe | Gly | Ala | Asn | Ala | Leu | Thr | Ser | Asp | Asn | Gly | Gly | Val | Cys | Lys |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Leu | Asn | Glu | Pro | Cys | Ala | Thr | Lys | Val | Gly | Thr | Met | Gly | Asn | Leu | Ser |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Asp | Met | Phe | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Ile | Asp | Thr | Leu | Tyr | Asn | Val | Ile |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asn | Lys | Glu | Asp | Ala | Ser | Phe | Gly | Phe | Phe | Phe | Gly | Ala | Gin | Ile | Ala |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Gly | Asn | Ser | Trp | Gly | Asn | Thr | Thr | Gly | Ala | Phe | Leu | Glu | Thr | Lys | Ser |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Pro | Tyr | Lys | His | Thr | Ser | Tyr | Ser | Leu | Asp | Pro | Ala | Ile | Phe | Gin | Phe |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Leu | Phe | Asn | Leu | Gly | Ile | Arg | Thr | His | Ile | Gly | Gin | His | Gin | Glu | Phe |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Asp | Phe | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile | Asn | Val | Tyr | Tyr | Phe | Asn | His |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Gly | Asn | Leu | Ser | Phe | Thr | Tyr | Arg | Arg | Gin | Tyr | Ser | Leu | Tyr | Val | Gly |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Tyr | Arg | Tyr | Asn | Phe |
• ·
280
225 | |||
(2) | INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:929: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | ||
(A) | DÉLKA: 479 | aminokyselin | |
(B) | TYP: aminokyselina | ||
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
(ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...479 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:929:
Leu 1 | Lys | Asn | His | Ser 5 | Phe | Lys | Lys | Thr | Ile 10 | Ala | Leu | Ser | Leu | Leu 15 | Ala |
Ser | Met | Ser | Leu | Cys | Asn | Ala | Glu | Glu | Asp | Gly | Ala | Phe | Phe | Val | Ile |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Asp | Tyr | Gin | Thr | Ser | Leu | Ala | Arg | Gin | Glu | Leu | Lys | Asn | Pro | Gly | Phe |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Thr | Gin | Ala | Gin | Glu | Leu | Lys | Gin | Leu | Ile | Arg | Asp | Gly | Ala | Val | Arg |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Leu | Gin | Thr | Ser | Ala | Ile | Pro | Leu | Ser | Tyr | Tyr | Leu | Asp | Ile | Leu | Gly |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Asn | Lys | Thr | Lys | Thr | Leu | Leu | Ser | Glu | Ser | Leu | Lys | Asn | Asn | Pro | Gin |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gin | Pro | Asn | Gly | Gin | Pro | Asn | Gin | Ala | Leu | Val | Asn | Leu | Glu | Gin | Ser |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Leu | Gly | Ile | Leu | Gly | Lys | Leu | Leu | Asp | Leu | Ser | Gin | Gin | Tyr | Ala | Ser |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Glu | Gly | Val | Ile | Lys | Pro | Leu | Val | Val | Asp | Val | Gly | Lys | Glu | Gin | Ile |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Gly | Ile | Thr | Asp | Ser | Met | Leu | Leu | Val | Ala | Gin | Asn | Ile | Val | Leu | Ala |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Gly | Gin | Val | Asp | Leu | Ser | Lys | Ile | Gin | Gin | Asn | Asn | Gly | Asn | Gin |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Leu | Tyr | Glu | Asn | Ile | Met | Lys | Val | Met | Leu | Leu | Gly | Thr | Gly | Gly |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Thr | Asn | Gly | Ala | Tyr | Asn | Gly | Val | Ser | Val | Gly | Asp | Ile | Ala | Thr | Gly |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Met | Gin | Asn | Phe | Pro | Ser | Gin | Thr | Gly | Leu | Ile | Gly | Ala | Asn | Ser | Thr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Val | Ser | Glu | Leu | Asn | Ala | Leu | Ile | Lys | Ser | Gly | Ile | Ser | Leu | Asp | Arg |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Glu | Thr | Leu | Gly | Leu | Gly | Ser | Phe | Ile | Glu | Lys | Asn | Ile | Cys | Ser | Gly |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ala | Ser | Ser | Cys | Phe | Ser | Gly | Asn | Gin | Leu | Ile | Tyr | Lys | Lys | Gly | Leu |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Asp | Arg | Thr | Ile | Asn | Ile | Ile | Asn | Ala | Val | Leu | Gly | Gin | Phe | Glu | Ser |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Ser | Ala | Ser | Ser | Leu | Tyr | Lys | Ile | Ser | Tyr | Ile | Pro | Asn | Leu | Phe | Ser |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Leu | Lys | Asp | Tyr | Gin | Ser | Ala | Ser | Met | Asn | Gly | Phe | Gly | Ala | Lys | Met |
305 | 310 | 315 | 320 |
• ·
284 | • · · · | • · | • · · | • · | |||||||||||
Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Thr | His | Lys | Lys | Asn | Ile | Gly | Leu | Arg | Tyr |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Tyr | Gly | Phe | Leu | Asp | Tyr | Gly | Tyr | Ala | Asn | Phe | Gly | Asp | Thr | Asn | Leu |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Lys | Val | Gly | Ala | Asn | Leu | Val | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Thr | Asp | Phe | Leu |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Val | Tyr | Glu | Arg | Ser | Arg | Arg | Arg | Glu | Arg | Thr | Thr | Ile | Gly |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Leu | Phe | Phe | Gly | Ala | Gin | Ile | Ala | Gly | Gin | Thr | Trp | Ser | Thr | Asn | Val |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Thr | Asn | Leu | Leu | Ser | Gly | Gin | Arg | Pro | Asp | Val | Lys | Ser | Ser | Ser | Phe |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Gin | Phe | Leu | Phe | Asp | Leu | Gly | Val | Arg | Thr | Asn | Phe | Ala | Lys | Thr | Asn |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Phe | Asn | Lys | His | Arg | Leu | Asp | Gin | Gly | Ile | Glu | Phe | Gly | Val | Lys | Ile |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Pro | Val | Ile | Ala | His | Lys | Tyr | Phe | Ala | Thr | Gin | Gly | Ser | Ser | Ala | Ser |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Tyr | Met | Arg | Asn | Phe | Ser | Phe | Tyr | Val | Gly | Tyr | Ser | Val | Gly | Phe | |
465 | 470 | 475 |
(2) | INFORMACE PRO SEQ IE | i NO:938: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | ||
(A) DÉLKA: 697 | aminokyselin | |
(B) TYP: aminokyselina | ||
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍČ | ů různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | . 697 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:938: | |
Leu | Gin Asn Phe Val Phe | Asn Lys Lys Trp Leu Ile Tyr Ser Ser Leu |
1 | 5 | 10 15 |
Leu | Pro Leu Phe Phe Leu | Asn Pro Leu Met Ala Glu Asp Asp Gly Phe |
20 | 25 30 | |
Phe | Met Gly Val Ser Tyr | Gin Thr Ser Leu Ala Val Gin Arg Val Asp |
35 | 40 45 | |
Asn | Ser Gly Leu Asn Ala | Ser Gin Asp Ala Ser Thr Tyr Ile Arg Gin |
50 | 55 60 | |
Asn | Ala Ile Ala Leu Glu | Ser Ala Ala Val Pro Leu Ala Tyr Tyr Leu |
65 | 70 | 75 80 |
Glu | Ala Met Gly Gin Gin | Thr Arg Val Leu Met Gin Met Leu Cys Pro |
85 | 90 95 | |
Asp | Pro Ser Lys Arg Cys | Leu Leu Tyr Ala Gly Gly Tyr Gin Asn Gly |
100 | 105 110 | |
Gin | Asn Asn Asn Gly Asp | Thr Gly Asn Asn Pro Pro Arg Gly Asn Val |
115 | 120 125 | |
Asn | Ala Thr Phe Asp Met | Gin Ser Leu Val Asn Asn Leu Asn Lys Leu |
130 | 135 140 | |
Thr | Gin Leu Ile Gly Glu | Thr Leu Ile Arg Asn Pro Glu Asn Leu Pro |
145 | 150 | 155 160 |
• ·
282 | « · · · | • · | • · · | • · | |||||||||||
Asn | Ser | Lys | Val | Phe | Asn | Val | Lys | Phe | Gly | Asn | Gin | Ser | Thr | Val | Ile |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ala | Leu | Pro | Glu | Gly | Leu | Ala | Asn | Thr | Met | Asp | Ala | Leu | Asn | Asn | Asp |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ile | Thr | Asn | Ala | Leu | Thr | Thr | Leu | Trp | Tyr | Asn | Gin | Thr | Leu | Thr | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Lys | Ser | Phe | Ser | Thr | Pro | Ser | Asn | Thr | Ser | Val | Asn | Phe | Ser | Pro | Gin |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Val | Leu | Gin | His | Leu | Leu | Gin | Asp | Gly | Leu | Ala | Thr | Ala | Asn | Asn | Asn |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gin | Thr | Ile | Cys | Ser | Thr | Gin | Asn | Gin | Cys | Thr | Ala | Thr | Asn | Glu | Ala |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Lys | Ser | Ile | Ala | Gin | Asn | Ala | Gin | Asn | Ile | Phe | Gin | Ala | Leu | Met | Gin |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Gly | Ile | Leu | Gly | Gly | Leu | Ala | Asn | Glu | Lys | Gin | Phe | Gly | Phe | Thr |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Lys | Ala | Pro | Asn | Gly | Ser | Asp | Ser | Gin | Gin | Gly | Tyr | Gin | Ser |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Phe | Ser | Gly | Pro | Gly | Tyr | Tyr | Thr | Lys | Asn | Asp | Asn | Thr | Thr | Gin | Ala |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Pro | Leu | Lys | Ala | Leu | Pro | Ala | Gly | Ala | Thr | Ile | Gly | Ser | Gly | Asn | Gly |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Gin | Tyr | Thr | Tyr | His | Pro | Ser | Ser | Ala | Val | Tyr | Tyr | Leu | Ala | Asp | Ser |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ile | Ile | Ala | Asn | Gly | Ile | Thr | Ala | Ser | Met | Ile | Phe | Ser | Gly | Met | Gin |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Asn | Phe | Ala | Asn | Lys | Ala | Ala | Lys | Leu | Ile | Gly | Thr | Ser | Ser | Tyr | Asn |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Gin | Met | Gin | Asp | Val | Ile | Asn | Tyr | Gly | Glu | Ser | Leu | Leu | Ser | Asn | Thr |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Val | Ala | Tyr | Gly | Asp | Phe | Ile | Thr | Asn | Trp | Val | Ala | Pro | Tyr | Leu | Asp |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Leu | Asn | Asn | Lys | Gly | Leu | Asn | Phe | Leu | Pro | Asn | Tyr | Gly | Gly | Gin | Leu |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Asn | Gly | Ala | Asn | Asn | Gin | Thr | Pro | Gin | Leu | Thr | Pro | Gin | Gin | Ala | Gin |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Gin | Glu | Gin | Lys | Val | Ile | Met | Asn | Gin | Leu | Glu | Gin | Ala | Thr | Asn | Ala |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Pro | Thr | Pro | Ala | Gin | Ile | Asn | Arg | Ile | Leu | Ala | Asn | Pro | Tyr | Ser | Pro |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Thr | Ala | Lys | Thr | Leu | Met | Ala | Tyr | Gly | Leu | Tyr | Arg | Ser | Lys | Ala | Val |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ile | Gly | Gly | Val | Ile | Asp | Glu | Met | Gin | Thr | Lys | Val | Asn | Gin | Val | Tyr |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Gin | Met | Gly | Phe | Ala | Arg | Asn | Phe | Leu | Glu | His | Asn | Ser | Asn | Ser | Asn |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Asn | Met | Asn | Gly | Phe | Gly | Val | Lys | Met | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Lys | Lys | Arg | Met | Phe | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Tyr | Asp | Phe | Gly |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Tyr | Ala | Gin | Phe | Gly | Thr | Glu | Ser | Ser | Leu | Val | Lys | Ala | Thr | Leu | Ser |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Ser | Tyr | Gly | Ala | Gly | Thr | Asp | Phe | Leu | Tyr | Asn | Val | Phe | Thr | Arg | Lys |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Arg | Gly | Thr | Glu | Ala | Ile | Asp | Ile | Gly | Phe | Phe | Ala | Gly | Ile | Gin | Leu |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Ala | Gly | Gin | Thr | Trp | Lys | Thr | Asn | Phe | Leu | Asp | Gin | Val | Asp | Gly | Asn |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
His | Leu | Lys | Pro | Lys | Asp | Thr | Ser | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asp | Leu | Gly |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Ile | Arg | Thr | Asn | Phe | Ser | Lys | Ile | Ala | His | Gin | Lys | Arg | Ser | Arg | Phe |
645 | 650 | 655 |
• ·
• · · · • · · · • · · · · · • · ·
Ser | Gin | Gly | Ile 660 | Glu | Phe | Gly | Leu | Lys 665 | Ile | Pro | Val | Leu | Tyr 670 | His | Thr |
Tyr | Tyr | Gin | Ser | Glu | Gly | Val | Thr | Ala | Lys | Tyr | Arg | Arg | Ala | Phe | Ser |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Phe | Tyr | Val | Gly | Tyr | Asn | Ile | Gly | Phe |
690 695 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:939:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 697 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...697 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:939:
Leu 1 | Gin | Asn | Phe | Val 5 | Phe | Asn | Lys | Lys | Trp 10 | Leu | Ile | Tyr | Ser | Ser 15 | Leu |
Leu | Pro | Leu | Phe | Phe | Leu | Asn | Pro | Leu | Met | Ala | Glu | Asp | Asp | Gly | Phe |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Phe | Met | Gly | Val | Ser | Tyr | Gin | Thr | Ser | Leu | Ala | Val | Gin | Arg | Val | Asp |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Asn | Ser | Gly | Leu | Asn | Ala | Ser | Gin | Asp | Ala | Ser | Thr | Tyr | Ile | Arg | Gin |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Asn | Al a | Ile | Ala | Leu | Glu | Ser | Ala | Ala | Val | Pro | Leu | Ala | Tyr | Tyr | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Glu | Ala | Met | Gly | Gin | Gin | Thr | Arg | Val | Leu | Met | Gin | Met | Leu | Cys | Pro |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Asp | Pro | Ser | Lys | Arg | Cys | Leu | Leu | Tyr | Ala | Gly | Gly | Tyr | Gin | Asn | Gly |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gin | Asn | Asn | Asn | Gly | Asp | Thr | Gly | Asn | Asn | Pro | Pro | Arg | Gly | Asn | Val |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asn | Ala | Thr | Phe | Asp | Met | Gin | Ser | Leu | Val | Asn | Asn | Leu | Asn | Lys | Leu |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Thr | Gin | Leu | Ile | Gly | Glu | Thr | Leu | Ile | Arg | Asn | Pro | Glu | Asn | Leu | Pro |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asn | Ser | Lys | Val | Phe | Asn | Val | Lys | Phe | Gly | Asn | Gin | Ser | Thr | Val | Ile |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ala | Leu | Pro | Glu | Gly | Leu | Ala | Asn | Thr | Met | Asp | Ala | Leu | Asn | Asn | Asp |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ile | Thr | Asn | Ala | Leu | Thr | Thr | Leu | Trp | Tyr | Asn | Gin | Thr | Leu | Thr | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Lys | Ser | Phe | Ser | Thr | Pro | Ser | Asn | Thr | Ser | Val | Asn | Phe | Ser | Pro | Gin |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Val | Leu | Gin | His | Leu | Leu | Gin | Asp | Gly | Leu | Ala | Thr | Ala | Asn | Asn | Asn |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gin | Thr | Ile | Cys | Ser | Thr | Gin | Asn | Gin | Cys | Thr | Ala | Thr | Asn | Glu | Ala |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Lys | Ser | Ile | Ala | Gin | Asn | Ala | Gin | Asn | Ile | Phe | Gin | Ala | Leu | Met | Gin |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Gly | Ile | Leu | Gly | Gly | Leu | Ala | Asn | Glu | Lys | Gin | Phe | Gly | Phe | Thr |
·· • ·· ·* ·· • · · · · · · · • · · · · · · • · ·· ···· · • · · · · · ··· ·· ·· ··
284
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Lys | Ala | Pro | Asn | Gly | Ser | Asp | Ser | Gin | Gin | Gly | Tyr | Gin | Ser |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Phe | Ser | Gly | Pro | Gly | Tyr | Tyr | Thr | Lys | Asn | Asp | Asn | Thr | Thr | Gin | Ala |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Pro | Leu | Lys | Ala | Leu | Pro | Ala | Gly | Ala | Thr | Ile | Gly | Ser | Gly | Asn | Gly |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Gin | Tyr | Thr | Tyr | His | Pro | Ser | Ser | Ala | Val | Tyr | Tyr | Leu | Ala | Asp | Ser |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ile | Ile | Ala | Asn | Gly | Ile | Thr | Ala | Ser | Met | Ile | Phe | Ser | Gly | Met | Gin |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Asn | Phe | Ala | Asn | Lys | Ala | Ala | Lys | Leu | Ile | Gly | Thr | Ser | Ser | Tyr | Asn |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Gin | Met | Gin | Asp | Val | Ile | Asn | Tyr | Gly | Glu | Ser | Leu | Leu | Ser | Asn | Thr |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Val | Ala | Tyr | Gly | Asp | Phe | Ile | Thr | Asn | Trp | Val | Ala | Pro | Tyr | Leu | Asp |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Leu | Asn | Asn | Lys | Gly | Leu | Asn | Phe | Leu | Pro | Asn | Tyr | Gly | Gly | Gin | Leu |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Asn | Gly | Ala | Asn | Asn | Gin | Thr | Pro | Gin | Leu | Thr | Pro | Gin | Gin | Ala | Gin |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Gin | Glu | Gin | Lys | Val | Ile | Met | Asn | Gin | Leu | Glu | Gin | Ala | Thr | Asn | Ala |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Pro | Thr | Pro | Ala | Gin | Ile | Asn | Arg | Ile | Leu | Ala | Asn | Pro | Tyr | Ser | Pro |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Thr | Ala | Lys | Thr | Leu | Met | Ala | Tyr | Gly | Leu | Tyr | Arg | Ser | Lys | Ala | Val |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ile | Gly | Gly | Val | Ile | Asp | Glu | Met | Gin | Thr | Lys | Val | Asn | Gin | Val | Tyr |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Gin | Met | Gly | Phe | Ala | Arg | Asn | Phe | Leu | Glu | His | Asn | Ser | Asn | Ser | Asn |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Asn | Met | Asn | Gly | Phe | Gly | Val | Lys | Met | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Lys | Lys | Arg | Met | Phe | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Tyr | Asp | Phe | Gly |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Tyr | Ala | Gin | Phe | Gly | Thr | Glu | Ser | Ser | Leu | Val | Lys | Ala | Thr | Leu | Ser |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Ser | Tyr | Gly | Ala | Gly | Thr | Asp | Phe | Leu | Tyr | Asn | Val | Phe | Thr | Arg | Lys |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Arg | Gly | Thr | Glu | Ala | Ile | Asp | Ile | Gly | Phe | Phe | Ala | Gly | Ile | Gin | Leu |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Ala | Gly | Gin | Thr | Trp | Lys | Thr | Asn | Phe | Leu | Asp | Gin | Val | Asp | Gly | Asn |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
His | Leu | Lys | Pro | Lys | Asp | Thr | Ser | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asp | Leu | Gly |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Ile | Arg | Thr | Asn | Phe | Ser | Lys | Ile | Ala | His | Gin | Lys | Arg | Ser | Arg | Phe |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Ser | Gin | Gly | Ile | Glu | Phe | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro | Val | Leu | Tyr | His | Thr |
660 | 665 | 670 | |||||||||||||
Tyr | Tyr | Gin | Ser | Glu | Gly | Val | Thr | Ala | Lys | Tyr | Arg | Arg | Ala | Phe | Ser |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Phe | Tyr | Val | Gly | Tyr | Asn | Ile | Gly | Phe | |||||||
690 | 695 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:940:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1237 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein » <
• ·
28S
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1237 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:940:
Met | Ile | Lys | Lys | Ala | Lys | Lys | Phe | Ile | Pro | Leu | Phe | Leu | Ile | Gly | Ser |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Leu | Leu | Ala | Glu | Asp | Asn | Gly | Trp | Tyr | Met | Ser | Val | Gly | Tyr | Gin | Ile |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Gly | Gly | Thr | Gin | Gin | Phe | Ile | Asn | Asn | Lys | Gin | Leu | Leu | Glu | Asn | Gin |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Asn | Ile | Ile | Asn | Ser | Ile | Thr | Gin | Ser | Ala | Ile | Asn | Ile | Ala | Gly | Pro |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Thr | Thr | Gly | Leu | Ile | Thr | Leu | Ser | Ser | Gin | Ser | Val | Ile | Asp | Ala | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Gly | Tyr | Gly | Val | Ser | Asn | Thr | Val | Gly | Asn | Gin | Leu | Glu | Gly | Ile | Ser |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Asn | Ile | Leu | Asn | Gin | Ile | Gly | Lys | Arg | Lys | Asp | Phe | Tyr | Ser | Ser | Arg |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gin | Ile | Ser | Ser | Ile | Ser | Gin | Gin | Ile | Ile | Gly | Leu | Lys | Gly | Ser | Ser |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asp | Pro | Leu | Lys | Ala | His | Ser | Ser | Gin | Ile | Thr | Ala | Lys | Leu | Leu | Ser |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Asn | Thr | Gin | Ser | Ala | Phe | Asp | Gin | Gly | Ile | Ala | Leu | Ser | Ser | Asn | Ile |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ile | Ser | Ala | Val | Asn | Ser | Leu | Asn | Pro | Ser | Asn | Asn | Ser | Gin | Glu | Val |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Lys | Ala | Gin | Leu | Gin | Asn | Thr | Ala | Gin | Ser | Met | Thr | Glu | Leu | Leu | Gin |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gin | Ile | Glu | His | Ser | Ile | Thr | Lys | Thr | Thr | Ser | Thr | Thr | Tyr | Ala | Gin |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ser | Leu | Leu | Ser | Asn | Leu | Thr | Asp | Ala | Val | Asn | Ala | Ser | Ser | Asn | Asn |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Thr | Thr | Tyr | Val | Ser | Ala | Leu | Val | Asn | Ala | Leu | Asn | Thr | Leu | Gly | Val |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Val | Phe | Pro | Thr | Thr | Thr | Ser | Thr | His | Val | Val | Leu | Asn | Pro | Pro |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Gly | Gin | Val | Val | Phe | Tyr | Pro | Thr | Asn | Ser | Leu | Leu | Gly | Ser | Thr | Ser |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ser | Asn | Ser | Asn | Asn | Gin | Gin | Gin | Tyr | Asn | Asn | Thr | Leu | Leu | Met | Asn |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Thr | Leu | Gin | Gly | Glu | Leu | Ser | Thr | Asn | Asn | Gin | Asn | Asn | Pro | Asn | Gly |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Cys | Ala | Asn | Gin | Ile | Gin | Cys | Leu | Glu | Gin | Phe | Ile | Gin | Asn | Leu | Thr |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Pro | Leu | Ala | Ala | Thr | Pro | Thr | Ser | Thr | Asn | Gin | Ala | Asn | Gin | Gin | Val |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Gin | Ala | Ile | Ala | Gin | Lys | Leu | Gin | Ser | Val | Ala | Ile | Asn | Ala | Leu | Asp |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Asn | Asn | Ala | Ile | Asn | Asn | Thr | Thr | Tyr | Asn | Leu | Asn | Asn | Leu | His | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Ala | Leu | Asn | Phe | Gin | Ala | Tyr | Gin | Ser | Thr | Ile | Glu | Gin | Tyr | Asn | Asn |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Ala | Leu | Lys | Gin | Ile | Ser | Trp | Ile | Ser | Phe | Ser | Glu | Pro | Lys | Asn | Leu |
385 | 390 | 395 | 400 |
• ·
286
Leu | Lys | Asn | Thr | Ser Asn Asn 405 | Tyr | Gin | Ile 410 | Gly | Thr | Val | Thr | Asn 415 | Asp | ||
Gin | Gly | Gin | Asn | Ile | Ser | Ala | Tyr | Asp | Cys | Thr | Ser | Ala | Thr | Gly | Ser |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Leu | Ser | Ser | Asp | Ala | Ser | Ser | Gly | Ile | Ser | Cys | Ser | Ala | Thr | Ser | Ser |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Thr | Asn | Asn | Thr | Asn | Ser | Phe | Asp | Asn | Ser | Leu | Val | Ala | Thr | Ser | Lys |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Val | Gin | Thr | Ile | Asn | Gly | Lys | Glu | Gin | Ile | Gly | Val | Asn | Ser | Phe | Asn |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Leu | Val | Ser | Gin | Val | Trp | Ser | Val | Tyr | Asn | Ser | Leu | Lys | Thr | Ser | Glu |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Glu | Asn | Leu | Gin | Lys | Asn | Ala | Lys | Ile | Leu | Cys | Asn | Asn | Gly | Ser | Gin |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Ser | Gly | Thr | Ser | Pro | Cys | Asn | Ser | Ser | Ser | Gly | Gly | Leu | Ser | Ile | Ser |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Gly | Asn | Ala | Gin | Leu | Gin | Asn | Ile | Leu | Ser | Pro | Thr | Asn | Gly | Thr | Thr |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Thr | Asn | Thr | Gin | Ala | Lys | Ser | Asn | Ala | Ser | Lys | Leu | Lys | Ala | Met | Val |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Met | Val | Asn | Asn | Glu | Glu | Glu | Ala | Lys | Thr | Thr | Asn | Phe | Asn | Gin | Ser |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Ser | Gly | Pro | Thr | Thr | Gin | Ser | Ser | Asn | Ser | Thr | Val | Met | Gly | Ala | Leu |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Asn | Thr | Val | Leu | Gin | Asn | Val | Ser | Asn | Phe | Gin | Gin | Ser | Ile | Gin | Ser |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Ala | Phe | Gin | Asn | Gin | Glu | Asn | Asn | Ile | Gin | Ala | Trp | Ala | Asn | Ala | Leu |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Thr | Ser | Asn | Pro | Asn | Gly | Asn | Gin | Ser | Gin | Asn | Leu | Thr | Thr |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Asn | Asn | Asn | Gin | Asp | Leu | Arg | Ile | Gin | Leu | Arg | Ala | Asn | Phe | Tyr | Gin |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Leu | Ile | Asn | Thr | Ile | Asn | Gin | Gin | Val | Pro | Thr | Asp | Met | Asn | Ala | Leu |
660 | 665 | 670 | |||||||||||||
Ile | Asn | Gin | Ser | Gin | Gin | Thr | Gin | Gin | Thr | Ser | Gly | Ser | Ala | Ser | Thr |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Thr | Asn | Asn | Ala | Cys | Ala | Ser | Gly | Met | Gly | Ser | Ser | Gly | Asn | Trp | Cys |
690 | 695 | 700 | |||||||||||||
Tyr | Gin | Gin | Trp | Ser | Asp | Ser | Lys | Ala | Tyr | Tyr | Ser | Gly | Leu | Gin | Ser |
705 | 710 | 715 | 720 | ||||||||||||
Ala | Leu | Gly | Tyr | Gin | Thr | Gin | Ala | Thr | Thr | Gin | Asn | Gly | Ser | Ser | Gly |
725 | 730 | 735 | |||||||||||||
Gly | Ser | Asn | Ile | Thr | Tyr | Asn | Val | Gin | Gin | Ile | Thr | Leu | Thr | Ser | Gly |
740 | 745 | 750 | |||||||||||||
Gly | Leu | Leu | Asn | Gin | Ile | Ile | Thr | Asn | Leu | Lys | Ser | Val | Asn | Gly | Gly |
755 | 760 | 765 | |||||||||||||
Ser | Asn | Gly | Gly | Ser | Ser | Gly | Asn | Gly | Thr | Ser | Gin | Ile | Asn | Thr | Ala |
770 | 775 | 780 | |||||||||||||
Tyr | Gin | Met | Leu | Thr | Asp | Ala | Ser | Asp | Gly | Lys | Leu | Gly | Thr | Tyr | Asn |
785 | 790 | 795 | 800 | ||||||||||||
Ser | Ser | Asn | Ser | Ser | Asn | Ser | Ser | Asn | Ser | Gly | Asn | Asn | Asn | Gly | Tyr |
805 | 810 | 815 | |||||||||||||
Thr | Pro | Cys | Asn | Ser | Thr | Asn | Gly | Ser | Asn | Gly | Thr | Ser | Gly | Ser | Asn |
820 | 825 | 830 | |||||||||||||
Cys | Tyr | Glu | Pro | Asn | Lys | Gin | Gin | Asn | Ala | Thr | Thr | Ala | Thr | Thr | Thr |
835 | 840 | 845 | |||||||||||||
Thr | Asp | Ser | Asn | Leu | Gin | Lys | Val | Tyr | Asn | Asp | Ala | Gin | Lys | Ile | Ala |
850 | 855 | 860 | |||||||||||||
Asn | Ile | Ile | Ala | Ser | Ser | Gly | Asn | Asn | Lys | Gly | Val | Glu | Asn | Gly | Leu |
865 | 870 | 875 | 880 | ||||||||||||
Lys | Gin | Phe | Phe | Glu | Ala | Leu | Lys | Ser | Asn | Ser | Ser | Ser | Leu | Ser | Asn |
885 | 890 | 895 |
• ·
287 | • · · · · · | • · · | • · | |
Leu Cys Gly | Asn Gly Ser Ser Gly Ser Ser 900 905 | Ser Thr Cys Ser 910 | Gly | Gly |
Leu Ile Asn 915 | Leu Leu Gly Ala Ile Pro Thr 920 | Asn Gly Val Ser 925 | Asp | Thr |
Asn Asn Leu 930 | Ile Asn Leu Leu Thr Glu Phe 935 | Ile Lys Thr Ala 940 | Gly | Phe |
Ile Gin Asn 945 | Asn Asp Ser Asn Val Ser Thr 950 | Ser Leu Thr Ser 955 | Ala | Phe 960 |
Gin Ala Ile | Thr Ser Ala Ile Ser Gin Gly 965 970 | Phe Gin Ala Leu | Gin 975 | Asn |
Asp Ile Ser | Pro Asn Ala Ile Leu Thr Leu 980 985 | Leu Gin Glu Ile 990 | Thr | Ser |
Asn Thr Thr 995 | Thr Ile Gin Ser Phe Ser Gin 1000 | Thr Leu Arg Gin 1005 | Leu | Leu |
Gly Asp Lys 1010 | Thr Phe Phe Met Val Gin Gin 1015 | Lys Leu Ile Asp 1020 | Ala | Met |
Ile Asn Ala 1025 | Arg Asn Gin Val Gin Asn Ala 1030 | Gin Asn Gin Ala 1035 | Asn | Asn 1040 |
Tyr Gly Ser | Gin Pro Val Leu Ser Gin Tyr 1045 105C | Ala Ala Gly Lys | Ser 1053 | Thr |
Gin His Gly | Met Ser Asn Gly Leu Gly Val 1060 1065 | Gly Ile Gly Tyr 107C | Lys | Tyr |
Phe Phe Gly 1073 | Lys Ala Arg Lys Leu Gly Leu 1080 | Arg His Tyr Phe 1085 | Phe | Phe |
Asp Tyr Gly 1090 | Phe Ser Glu Ile Gly Leu Ala 1095 | Asn Gin Ser Val 1100 | Lys | Ala |
Asn Ile Phe 1105 | Ala Tyr Gly Val Gly Thr Asp 1110 | Phe Leu Trp Asn 1115 | Leu | Phe 1120 |
Arg Arg Thr | Tyr Asn Thr Lys Ala Leu Asn 1125 113C | Phe Gly Leu Phe | Ala 1135 | Gly |
Val Gin Leu | Gly Gly Ala Thr Trp Leu Ser 1140 1145 | Ser Leu Arg Gin 115C | Gin | Ile |
Ile Asp Asn 1155 | Trp Gly Asn Ala Asn Asp Ile 1160 | His Ser Thr Asn 1165 | Phe | Gin |
Val Ala Leu 1170 | Asn Phe Gly Val Arg Thr Asn 1175 | Phe Ala Glu Phe 1180 | Lys | Arg |
Phe Ala Lys 1185 | Lys Phe His Asn Gin Gly Val 1190 | Ile Ser Gin Lys 1195 | Ser | Val 1200 |
Glu Phe Gly | Ile Lys Val Pro Leu Ile Asn 1205 121C | Gin Ala Tyr Leu | Asn 1213 | Ser |
Ala Gly Ala Tyr Ile Met 1235 | Asp Val Ser Tyr Arg Arg Leu 1220 1225 Gly Phe | Tyr Thr Phe Tyr 123C | Ile | Asn |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:942:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 435 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...435 • ·
288 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:942:
Met | Lys | Lys | Ile | Leu | Ile | Thr | Leu | Ile | Thr | Leu | Leu | Leu | Gly | Val | Phe |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Met | Gly | Leu | Gin | Ala | Ser | Ala | Leu | Thr | His | Gin | Glu | Ile | Asn | Gin | Ala |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Lys | Val | Pro | Val | Ile | Tyr | Glu | Glu | Asn | His | Leu | Leu | Pro | Met | Gly | Phe |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Ile | His | Leu | Ala | Phe | Arg | Gly | Gly | Gly | Ser | Leu | Ser | Asp | Lys | Asn | Gin |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Leu | Gly | Leu | Ala | Lys | Leu | Phe | Ala | Gin | Val | Leu | Asn | Glu | Gly | Thr | Lys |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Glu | Leu | Gly | Ala | Val | Gly | Phe | Ala | Gin | Leu | Leu | Glu | Gin | Lys | Ala | Ile |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ser | Leu | Asn | Val | Asp | Thr | Ser | Ala | Glu | Asp | Leu | Gin | Ile | Thr | Leu | Glu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Phe | Leu | Lys | Glu | Tyr | Glu | Asp | Glu | Ala | Ile | Met | Arg | Leu | Lys | Glu | Leu |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Leu | Lys | Ser | Pro | Asn | Phe | Thr | Gin | Asn | Ala | Leu | Glu | Lys | Val | Lys | Thr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Arg | Met | Leu | Ala | Gin | Leu | Leu | Gin | Lys | Glu | Ser | Asp | Phe | Asp | Tyr | Leu |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ala | Lys | Leu | Thr | Leu | Lys | Gin | Glu | Leu | Phe | Ala | Asn | Thr | Pro | Leu | Ala |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Asn | Ala | Ala | Leu | Gly | Thr | Lys | Glu | Ser | Leu | Gin | Lys | Ile | Lys | Leu | Asp |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Asp | Leu | Lys | Gin | Gin | Phe | Ala | Lys | Val | Phe | Glu | Leu | Asn | Lys | Leu | Val |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Val | Val | Leu | Gly | Gly | Asp | Leu | Lys | Val | Asn | Gin | Thr | Leu | Asn | Arg | Leu |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Asn | Asn | Ala | Leu | Asn | Phe | Leu | Pro | Gin | Gly | Lys | Ala | Tyr | Glu | Glu | Pro |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Tyr | Phe | Glu | Ala | Ser | Asp | Lys | Lys | Ser | Glu | Lys | Val | Leu | Tyr | Lys | Asp |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Thr | Glu | Gin | Ala | Phe | Val | Tyr | Phe | Gly | Val | Pro | Phe | Lys | Ile | Lys | Asp |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Leu | Lys | Gin | Asp | Leu | Ala | Lys | Ser | Lys | Val | Met | Met | Phe | Val | Leu | Gly |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Gly | Gly | Phe | Gly | Ser | Arg | Leu | Met | Glu | Lys | Ile | Arg | Val | Gin | Glu | Gly |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Leu | Ala | Tyr | Ser | Val | Tyr | Ile | Arg | Ser | Asn | Phe | Ser | Lys | Val | Ala | His |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Phe | Ala | Ser | Gly | Tyr | Leu | Gin | Thr | Lys | Leu | Ser | Thr | Gin | Ala | Lys | Ser |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Val | Ala | Leu | Val | Lys | Lys | Ile | Ile | Lys | Glu | Phe | Ile | Glu | Lys | Gly | Met |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Thr | Gin | Gin | Glu | Leu | Asp | Asp | Ala | Lys | Lys | Phe | Leu | Leu | Gly | Ser | Glu |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Pro | Leu | Arg | Asn | Glu | Thr | Ile | Ser | Ser | Arg | Leu | Asn | Thr | Thr | Tyr | Asn |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Tyr | Phe | Tyr | Leu | Gly | Leu | Pro | Leu | Asp | Phe | Asn | Gin | Thr | Leu | Leu | Asn |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Gin | Ile | Gin | Lys | Met | Ser | Leu | Lys | Glu | Ile | Asn | Asp | Phe | Ile | Lys | Glu |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
His | Thr | Glu | Ile | Asn | Asp | Leu | Thr | Phe | Ala | Ile | Val | Ser | Asn | Lys | Lys |
420 | 425 | 430 |
Lys Asp Lys 435 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:943 ·· ·
289 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 614 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...614 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:943:
Leu 1 | Ala | Ser | Pro | Lys 5 | Glu | Thr | Pro | Lys | Glu 10 | Ala | Gin | Lys | Asn | Glu 15 | Ala |
Gin | Asn | Glu | Thr 20 | Ser | Gin | Ser | Asn | Gin 25 | Thr | Pro | Lys | Glu | Met 30 | Lys | Val |
Lys | Ser | Ile 35 | Ser | Tyr | Val | Gly | Leu 40 | Ser | Tyr | Met | Ser | Asp 45 | Met | Leu | Ala |
Asn | Glu 50 | Ile | Ala | Lys | Ile | Arg 55 | Val | Gly | Asp | Met | Val 60 | Asp | Ser | Lys | Lys |
Ile 65 | Asp | Thr | Ala | Val | Leu 70 | Ala | Leu | Phe | Asn | Gin 75 | Gly | Tyr | Phe | Lys | Asp 80 |
Val | Tyr | Ala | Thr | Phe 85 | Glu | Asn | Gly | Ile | Leu 90 | Glu | Phe | His | Phe | Asp 95 | Glu |
Lys | Ala | Arg | Ile 100 | Ala | Gly | Val | Glu | Ile 105 | Lys | Gly | Tyr | Gly | Thr 110 | Glu | Lys |
Glu | Lys | Asp 115 | Gly | Leu | Lys | Ser | Gin 120 | Met | Gly | Ile | Lys | Lys 125 | Gly | Asp | Thr |
Phe | Asp 130 | Glu | Gin | Lys | Leu | Glu 135 | His | Ala | Lys | Thr | Ala 140 | Leu | Lys | Thr | Ala |
Leu 145 | Glu | Gly | Gin | Gly | Tyr 150 | Tyr | Gly | Ser | Val | Val 155 | Glu | Val | Arg | Thr | Glu 160 |
Lys | Val | Ser | Glu | Gly 165 | Ala | Leu | Leu | Ile | Val 170 | Phe | Asp | Val | Asn | Arg 175 | Gly |
Asp | Ser | Ile | Tyr 180 | Ile | Lys | Gin | Ser | Ile 185 | Tyr | Glu | Gly | Ser | Asp 190 | Lys | Leu |
Lys | Arg | Arg 195 | Val | Ile | Glu | Ser | Leu 200 | Ser | Ala | Asn | Lys | Gin 205 | Arg | Asp | Phe |
Met | Gly 210 | Trp | Met | Trp | Gly | Leu 215 | Asn | Asp | Gly | Lys | Leu 220 | Arg | Leu | Asp | Gin |
Leu 225 | Glu | Tyr | Asp | Ser | Leu 230 | Arg | Ile | Gin | Asp | Val 235 | Tyr | Met | Arg | Arg | Gly 240 |
Tyr | Leu | Asp | Ala | His 245 | Ile | Ser | Ser | Pro | Phe 250 | Leu | Lys | Thr | Asp | Phe 255 | Ser |
Thr | His | Asp | Ala 260 | Lys | Leu | His | Tyr | Lys 265 | Val | Lys | Glu | Gly | Ile 270 | Gin | Tyr |
Arg | Ile | Ser 275 | Asp | Ile | Leu | Ile | Glu 280 | Ile | Asp | Asn | Pro | Val 285 | Val | Pro | Leu |
Lys | Thr 290 | Leu | Glu | Lys | Ala | Leu 295 | Lys | Val | Lys | Arg | Lys 300 | Asp | Val | Phe | Asn |
Ile 305 | Glu | His | Leu | Arg | Ala 310 | Asp | Ala | Gin | Ile | Leu 315 | Lys | Thr | Glu | Ile | Al a 320 |
Asp | Lys | Gly | Tyr | Ala 325 | Phe | Ala | Val | Val | Lys 330 | Pro | Asp | Leu | Asp | Lys 335 | Asp |
Glu | Lys | Asn | Gly 340 | Leu | Val | Lys | Val | Ile 345 | Tyr | Arg | Ile | Glu | Val 350 | Gly | Asp |
··
29Θ ·· ·· • · · • ··· • * · · • · · ···· ·· « ·· ·· * · • · · • · · • · · • ·· ·» • · • · »··
Met | Val | His 355 | Ile Asn Asp | Val | Ile 360 | Ile | Ser | Gly | Asn | Gin 365 | Arg | Thr | Ser | ||
Asp | Arg | Ile | Ile | Arg | Arg | Glu | Leu | Leu | Leu | Gly | Pro | Lys | Asp | Lys | Tyr |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Asn | Leu | Thr | Lys | Leu | Arg | Asn | Ser | Glu | Asn | Ser | Leu | Arg | Arg | Leu | Gly |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Phe | Phe | Ser | Lys | Val | Lys | Ile | Glu | Glu | Lys | Arg | Val | Asn | Ser | Ser | Leu |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Met | Asp | Leu | Leu | Val | Ser | Val | Glu | Glu | Gly | Arg | Thr | Gly | Gin | Leu | Gin |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Phe | Gly | Leu | Gly | Tyr | Gly | Ser | Tyr | Gly | Gly | Leu | Met | Leu | Asn | Gly | Ser |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Val | Ser | Glu | Arg | Asn | Leu | Phe | Gly | Thr | Gly | Gin | Ser | Met | Ser | Leu | Tyr |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Ala | Asn | Ile | Ala | Thr | Gly | Gly | Gly | Arg | Ser | Tyr | Pro | Gly | Met | Pro | Lys |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Gly | Ala | Gly | Arg | Met | Phe | Ala | Gly | Asn | Leu | Ser | Leu | Thr | Asn | Pro | Arg |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ile | Phe | Asp | Ser | Trp | Tyr | Ser | Ser | Thr | Ile | Asn | Leu | Tyr | Ala | Asp | Tyr |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Arg | Ile | Ser | Tyr | Gin | Tyr | Ile | Gin | Gin | Gly | Gly | Gly | Phe | Gly | Val | Asn |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Val | Gly | Arg | Met | Leu | Gly | Asn | Arg | Thr | His | Val | Ser | Leu | Gly | Tyr | Asn |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Leu | Asn | Val | Thr | Lys | Leu | Leu | Gly | Phe | Ser | Ser | Pro | Leu | Tyr | Asn | Arg |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Tyr | Tyr | Ser | Ser | Val | Asn | Glu | Val | Ala | Ser | Pro | Arg | Gin | Cys | Ser | Thr |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Pro | Ala | Ser | Val | Ile | Ile | Asn | Arg | Leu | Ser | Gly | Gly | Arg | Thr | Pro | Leu |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Val | Pro | Glu | Ser | Cys | Ser | Ser | Pro | Gly | Ala | Ile | Thr | Ile | Phe | Thr | Arg |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Asn | Lys | Arg | Tyr | Leu | Gly | ||||||||||
610 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:945:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 621 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...621 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:945:
Leu | His | Ala | Glu | Asp | Asn | Gly | Phe | Phe | Val | Ser | Ala | Gly | Tyr | Gin | Ile |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Gly | Glu | Ala | Val | Gin | Met | Val | Lys | Asn | Thr | Gly | Glu | Leu | Lys | Asn | Leu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Asn | Asp | Lys | Tyr | Glu | Gin | Leu | Ser | Gin | Ser | Leu | Ala | Gin | Leu | Ala | Ser |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Leu | Lys | Lys | Ser | Ile | Gin | Thr | Ala | Asn | Asn | Ile | Gin | Ala | Val | Asn | Asn |
Tv • ·
29Í··· | • · • · | • · * · · | • · | • · | |||||||||||
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Ala | Leu | Ser | Asp | Leu | Lys | Ser | Phe | Ala | Ser | Asn | Asn | His | Thr | Asn | Lys |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Glu | Thr | Ser | Pro | Ile | Tyr | Asn | Thr | Ala | Gin | Ala | Val | Ile | Thr | Ser | Val |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Leu | Ala | Phe | Trp | Ser | Leu | Tyr | Ala | Gly | Asn | Ala | Leu | Ser | Phe | His | Val |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Thr | Gly | Leu | Asn | Asp | Gly | Ser | Asn | Ser | Pro | Leu | Gly | Arg | Ile | His | Arg |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Asp | Gly | Asn | Cys | Thr | Gly | Leu | Gin | Gin | Cys | Phe | Met | Ser | Lys | Glu | Thr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Tyr | Asp | Lys | Met | Lys | Thr | Leu | Ala | Glu | Asn | Leu | Gin | Lys | Ala | Gin | Gly |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asn | Leu | Cys | Ala | Leu | Ser | Glu | Cys | Ser | Ser | Asn | Gin | Ser | Asn | Gly | Gly |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Lys | Thr | Ser | Met | Thr | Thr | Ala | Leu | Gin | Thr | Ala | Gin | Gin | Leu | Met | Asp |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Leu | Ile | Glu | Gin | Thr | Lys | Val | Ser | Met | Val | Trp | Lys | Asn | Ile | Val | Ile |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ala | Gly | Val | Thr | Asn | Lys | Pro | Asn | Gly | Ala | Gly | Ala | Ile | Thr | Ser | Thr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Gly | His | Val | Thr | Asp | Tyr | Ala | Val | Phe | Asn | Asn | Ile | Lys | Ala | Met | Leu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Pro | Ile | Leu | Gin | Gin | Ala | Leu | Thr | Leu | Ser | Gin | Ser | Asn | His | Thr | Leu |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ser | Thr | Gin | Leu | Gin | Ala | Arg | Ala | Met | Gly | Ser | Gin | Thr | Asn | Arg | Glu |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Phe | Ala | Lys | Asp | Ile | Tyr | Ala | Leu | Ala | Gin | Asn | Gin | Lys | Gin | Ile | Leu |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Ser | Asn | Ala | Ser | Ser | Ile | Phe | Asn | Leu | Phe | Asn | Ser | Ile | Pro | Lys | Asp |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Gin | Leu | Lys | Tyr | Leu | Glu | Asn | Ala | Tyr | Leu | Lys | Val | Pro | His | Leu | Gly |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Lys | Thr | Pro | Thr | Asn | Pro | Tyr | Arg | Gin | Asn | Val | Asn | Leu | Asn | Lys | Glu |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Ile | Asn | Ala | Val | Gin | Asp | Asn | Val | Ala | Asn | Tyr | Gly | Asn | Arg | Leu | Asp |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ser | Ala | Leu | Ser | Val | Ala | Lys | Asp | Val | Tyr | Asn | Leu | Lys | Ser | Asn | Gin |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Thr | Glu | Ile | Val | Thr | Thr | Tyr | Asn | Asp | Ala | Lys | Asn | Leu | Ser | Glu | Glu |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Ile | Ser | Lys | Leu | Pro | Tyr | Asn | Gin | Val | Asn | Val | Thr | Asn | Ile | Val | Met |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ser | Pro | Lys | Asp | Ser | Thr | Ala | Gly | Gin | Tyr | Gin | Ile | Asn | Pro | Glu | Gin |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Gin | Ser | Asn | Leu | Asn | Gin | Ala | Leu | Ala | Ala | Met | Ser | Asn | Asn | Pro | Phe |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Lys | Lys | Val | Gly | Met | Ile | Ser | Ser | Gin | Asn | Asn | Asn | Gly | Ala | Leu | Asn |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Gly | Leu | Gly | Val | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Glu | Ser | Lys |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Arg | Trp | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Gly | Tyr |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Ile | Lys | Ser | Ser | Phe | Phe | Asn | Ser | Ser | Ser | Asp | Ile | Trp | Thr | Tyr | Gly |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Gly | Gly | Ser | Asp | Leu | Leu | Val | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Ser | Ile | Thr | Arg |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Lys | Asn | Asn | Lys | Leu | Ser | Val | Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Ile | Gin | Leu | Ala |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Gly | Thr | Thr | Trp | Leu | Asn | Ser | Gin | Tyr | Met | Asn | Leu | Thr | Ala | Phe | Asn |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Asn | Pro | Tyr | Ser | Ala | Lys | Val | Asn | Ala | Ser | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe |
• · • · • · ·
292.....
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Asn | Leu | Gly | Leu | Arg | Thr | Asn | Leu | Ala | Thr | Ala | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Glu | Arg | Ser | Ala | Gin | His | Gly | Val | Glu | Leu | Gly | Ile | Lys | Ile | Pro | Thr |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Ile | Asn | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Phe | Leu | Gly | Thr | Lys | Leu | Glu | Tyr | Arg |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Arg | Leu | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | |||
610 | 615 | 620 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:946:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 163 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...163 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:946:
Met Met Arg | Glu | Ile | Leu | Thr | Asn | Arg | Phe | Phe | Pro | Ser | Leu | Phe | Lys | ||
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Lys | Arg | Leu | Asp | Phe | Ser | Asn | Arg | Val | Val | Leu | Gly | Leu | Gly | Ser | Asn |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Leu | Lys | Asn | Pro | Leu | Lys | Ile | Leu | Lys | Ser | Cys | Phe | Leu | Tyr | Phe | Lys |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Asn | His | Ser | Lys | Ile | Gly | Lys | Ile | Phe | Ser | Ser | Pro | Ile | Tyr | Ile | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Pro | Pro | Phe | Gly | Tyr | Thr | Asn | Gin | Pro | Asn | Phe | Tyr | Asn | Ala | Thr | Ile |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ile | Leu | Lys | Thr | Ser | Leu | Gly | Leu | Arg | His | Phe | Phe | Ala | Leu | Val | Phe |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Tyr | Ile | Glu | Arg | Arg | Phe | Gly | Arg | Ala | Arg | Lys | Arg | Asp | Phe | Lys | Asp |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ala | Pro | Arg | Thr | Leu | Asp | Ile | Asp | Ile | Ile | Ala | Phe | Asn | Gin | Val | Ile |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Leu | Arg | Gin | Asn | Asp | Leu | Thr | Leu | Pro | His | Pro | Lys | Trp | Ser | Glu | Arg |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Asp | Ser | Val | Leu | Val | Pro | Leu | Thr | Leu | Gin | Gin | Ile | Leu | Phe | Lys | Arg |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Glu | Glu | Trp |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:956:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 667 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein • · • ·
29?.....
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...667 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:956:
Lys 1 | Lys | Pro | Phe | Tyr 5 | Ser | Leu | Ser | Leu | Ala 10 | Ser | Ser | Leu | Leu | Asn 15 | Al a |
Glu | Asp | Asn | Gly | Phe | Phe | Ile | Ser | Ala | Gly | Tyr | Gin | Ile | Gly | Glu | Ala |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Ala | Gin | Met | Val | Lys | Asn | Thr | Gly | Glu | Leu | Lys | Lys | Leu | Ser | Asp | Thr |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Tyr | Glu | Asn | Leu | Ser | Asn | Leu | Leu | Thr | Asn | Phe | Asn | Asn | Leu | Asn | Gin |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Ala | Val | Thr | Asn | Ala | Ser | Ser | Pro | Ser | Glu | Ile | Asn | Ala | Ala | Ile | Asp |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Asn | Leu | Lys | Ala | Asn | Thr | Gin | Gly | Leu | Ile | Gly | Glu | Lys | Thr | Asn | Ser |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Pro | Ala | Tyr | Gin | Ala | Val | Tyr | Leu | Ala | Leu | Asn | Ala | Ala | Val | Gly | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Trp | Asn | Val | Ile | Ala | Tyr | Asn | Val | Gin | Cys | Gly | Pro | Gly | Asn | Ser | Gly |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Gin | Gin | Ser | Val | Thr | Phe | Glu | Gly | Gin | Pro | Gly | His | Asn | Ser | Ser | Ser |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Asn | Cys | Asn | Leu | Thr | Gly | Tyr | Asn | Asn | Gly | Val | Ser | Gly | Pro | Leu |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Ser | Ile | Glu | Asn | Phe | Lys | Lys | Leu | Asn | Gin | Ala | Tyr | Gin | Thr | Ile | Gin |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Ala | Leu | Lys | Gin | Asp | Ser | Gly | Phe | Pro | Val | Leu | Asp | Ser | Ala | Gly |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Lys | Gin | Val | Thr | Ile | Thr | Ile | Thr | Thr | Gin | Thr | Asn | Gly | Ala | Asn | Lys |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ser | Glu | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Asn | Asp | Ala | Gin | Thr | Leu |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Leu | Gin | Glu | Ala | Ser | Lys | Met | Ile | Ser | Val | Leu | Thr | Thr | Asn | Cys | Pro |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Trp | Val | Asn | His | Asn | Gin | Gly | Gin | Asn | Gly | Gly | Ala | Pro | Trp | Gly | Leu |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Asp | Thr | Ala | Gly | Asn | Val | Cys | Gin | Val | Phe | Ala | Thr | Glu | Phe | Ser | Ala |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Val | Thr | Ser | Met | Ile | Lys | Asn | Ala | Gin | Glu | Ile | Val | Thr | Gin | Ala | Gin |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Ser | Leu | Asn | Gin | Gin | Asn | Asn | Gin | Asn | Ala | Pro | Gin | Asp | Phe | Asn | Pro |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Tyr | Thr | Ser | Ala | Asp | Arg | Ala | Phe | Ala | Gin | Asn | Met | Leu | Asn | His | Ala |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Gin | Ala | Gin | Ala | Lys | Ile | Leu | Glu | Leu | Ala | Asp | Gin | Met | Lys | Lys | Asp |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Leu | Asn | Thr | Ile | Pro | Ser | Gin | Phe | Ile | Thr | Asn | Tyr | Leu | Ala | Ala | Cys |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
His | Asn | Gly | Gly | Gly | Thr | Leu | Pro | Asp | Ala | Gly | Val | Thr | Asn | Asn | Thr |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Trp | Gly | Ala | Gly | Cys | Ala | Tyr | Val | Glu | Glu | Thr | Ile | Thr | Ala | Leu | Asn |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Asn | Ser | Leu | Ala | His | Phe | Gly | Thr | Gin | Ala | Glu | Gin | Ile | Lys | Gin | Ser |
385 | 390 | 395 | 400 |
294··· ’·*’
Glu | Leu | Leu | Ala | Arg 405 | Thr | Ile | Leu | Asp | Phe 410 | Arg | Gly | Ser | Leu | Ser 415 | Asn |
Leu | Asn | Asn | Thr | Tyr | Asn | Ser | Ile | Thr | Thr | Thr | Ala | Ser | Asn | Thr | Pro |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Asn | Ser | Pro | Phe | Leu | Lys | Asn | Leu | Ile | Ser | Gin | Ser | Thr | Asn | Pro | Asn |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Asn | Pro | Gly | Gly | Leu | Gin | Ala | Val | Tyr | Gin | Val | Asn | Gin | Ser | Ala | Tyr |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Ser | Gin | Leu | Leu | Ser | Ala | Thr | Gin | Glu | Leu | Gly | His | Asn | Pro | Phe | Arg |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Arg | Val | Gly | Leu | Ile | Ser | Ser | Gin | Thr | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn | Gly |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ile | Gly | Val | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Glu | Lys | Arg | Arg |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Trp | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Ala | Tyr | Ile |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Lys | Ser | Ser | Phe | Phe | Asn | Ser | Ala | Ser | Asp | Val | Phe | Thr | Tyr | Gly | Val |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Gly | Thr | Asp | Val | Leu | Tyr | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Thr | Thr | Lys | Asn |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Ser | Lys | Ile | Ser | Phe | Gly | Val | Phe | Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Ala | Gly | Thr |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Ser | Trp | Leu | Asn | Ser | Gin | Tyr | Val | Asn | Leu | Ala | Thr | Phe | Asn | Asn | Phe |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Ala | Lys | Met | Asn | Val | Ala | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn | Leu |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Gly | Leu | Arg | Met | Asn | Leu | Ala | Lys | Asn | Lys | Lys | Lys | Ala | Ser | Asp | His |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Ala | Ala | Gin | His | Gly | Val | Glu | Leu | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile | Asn |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Leu | Leu | Gly | Thr | Gin | Leu | Gin | Tyr | Arg | Arg | Leu |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | |||||
660 | 665 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:958:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 134 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...134 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:958:
Met 1 | Phe | Met | Ala | Ser 5 | Ile | Arg | Thr | Leu | Thr 10 | His | Met | Thr | Asn | Ala 15 | Asp |
Gly | Thr | Ile | Thr 20 | Cys | Gly | Asp | Thr | Thr 25 | Pro | Ala | Ser | Cys | Asn 30 | Val | Gly |
Ile | Asn | Pro 35 | Asn | Ser | Val | Tyr | Thr 40 | Thr | Gly | Lys | Leu | Asn 45 | Ala | Lys | Val |
Asn | His | Thr | Ile | Phe | Gin | Phe | Leu | Val | Asn | Val | Gly | Ile | Arg | Thr | Asn |
• ·
29^··· ’··’
55 60
Ile | Phe | Glu | His | His | Gly | Ile | Glu | Phe | Gly | Ile | Lys | Ile | Pro | Thr | Leu |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Pro | Asn | Tyr | Phe | Phe | Lys | Gly | Ser | Thr | Thr | Ile | Arg | Ala | Lys | Lys | Gin |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Pro | Leu | Glu | Asn | Gly | Asn | Pro | Thr | Thr | Ile | Thr | Gly | Ala | Glu | Thr |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Asn | Phe | Ser | Leu | Thr | Gin | Thr | Leu | Arg | Arg | Gin | Tyr | Ser | Met | Tyr | Leu |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Arg | Tyr | Val | Tyr | Thr | Phe | ||||||||||
130 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:960:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 499 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...499 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:960:
Met | Lys | Leu | Lys | Lys | Arg | Lys | Val | Ala | Ala | Thr | Leu | Leu | Lys | Arg | Leu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Thr | Leu | Pro | Leu | Leu | Phe | Thr | Thr | Gly | Ser | Leu | Gly | Ala | Val | Thr | Tyr |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Glu | Val | His | Gly | Asp | Phe | Ile | Asn | Phe | Ser | Lys | Val | Gly | Phe | Asn | Arg |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Ser | Pro | Ile | Asn | Pro | Val | Lys | Gly | Ile | Tyr | Pro | Thr | Glu | Thr | Phe | Val |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Asn | Leu | Thr | Gly | Lys | Leu | Glu | Gly | Ser | Val | His | Leu | Gly | Arg | Gly | Trp |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Thr | Val | Asn | Val | Gly | Gly | Val | Leu | Gly | Gly | Gin | Val | Tyr | Asp | Asn | Thr |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Arg | Tyr | Asp | Arg | Trp | Ala | Lys | Asp | Phe | Thr | Pro | Pro | Ser | Tyr | Trp | Asp |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Lys | Thr | Ser | Cys | Gly | Thr | Asp | Ser | Leu | Ser | Leu | Cys | Met | Asn | Ala | Thr |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Lys | Met | Trp | Gin | Gin | Gin | Gly | Pro | Gly | Gly | Ile | Ile | Asp | Pro | Arg | Gly |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Gly | Tyr | Met | Tyr | Met | Gly | Glu | Trp | Asn | Gly | Leu | Phe | Pro | Asn | Tyr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Tyr | Pro | Ala | Asn | Ala | Tyr | Leu | Pro | Gly | His | Ser | Arg | Arg | Tyr | Glu | Val |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Tyr | Lys | Ala | Asn | Leu | Thr | Tyr | Asp | Ser | Asp | Arg | Val | His | Met | Val | Met |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Arg | Phe | Asp | Val | Thr | Glu | Gin | Glu | Gin | Met | Asp | Trp | Ile | Tyr | Gin |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Leu | Phe | Gin | Gly | Phe | Tyr | Gly | Thr | Phe | Lys | Leu | Thr | Lys | Asn | Met | Lys |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Phe | Leu | Leu | Phe | Ser | Ser | Trp | Gly | Arg | Gly | Ile | Ala | Asp | Gly | Gin | Trp |
225 | 230 | 235 | 240 |
Leu | Phe | Pro | Ile | Tyr 245 | Arg | Glu | Lys | Pro | Trp 250 | Gly | Ile | His | Lys | Ala 255 | Gly |
Ile | Ile | Tyr | Arg | Pro | Thr | Lys | Asn | Leu | Met | Ile | His | Pro | Tyr | Val | Tyr |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Leu | Ile | Pro | Met | Val | Gly | Thr | Leu | Pro | Gly | Ala | Lys | Ile | Glu | Tyr | Asp |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Thr | Asn | Pro | Glu | Phe | Ser | Gly | Arg | Gly | Ile | Arg | Asn | Lys | Thr | Thr | Phe |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Tyr | Val | Leu | Tyr | Asp | Tyr | Arg | Trp | Asn | Asn | Ala | Glu | Tyr | Gly | Arg | Tyr |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ala | Pro | Ala | Arg | Tyr | Asn | Thr | Trp | Asp | Pro | Phe | Leu | Asp | Asn | Gly | Lys |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Trp | Arg | Gly | Leu | Gin | Gly | Pro | Gly | Gly | Al a | Thr | Leu | Tyr | Leu | His | His |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
His | Ile | Asp | Ile | Asn | Asn | Tyr | Phe | Val | Val | Gly | Gly | Ala | Tyr | Leu | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Ile | Gly | Asn | Pro | Asn | Met | Asn | Leu | Gly | Thr | Trp | Gly | Asn | Pro | Val | Ala |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Leu | Asp | Gly | Ile | Glu | Gin | Trp | Val | Gly | Gly | Ile | Tyr | Ser | Leu | Gly | Phe |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ala | Gly | Ile | Asp | Asn | Ile | Thr | Asp | Ala | Asp | Ala | Phe | Thr | Glu | Tyr | Val |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Lys | Gly | Gly | Gly | Lys | His | Gly | Lys | Phe | Ser | Trp | Ser | Val | Tyr | Gin | Arg |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Phe | Thr | Thr | Ala | Pro | Arg | Ala | Leu | Glu | Tyr | Gly | Ile | Gly | Met | Tyr | Leu |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Asp | Tyr | Gin | Phe | Ser | Lys | His | Val | Lys | Ala | Gly | Leu | Lys | Leu | Val | Trp |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Leu | Glu | Phe | Gin | Ile | Arg | Ala | Gly | Tyr | Asn | Pro | Gly | Thr | Gly | Phe | Leu |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Gly | Pro | Asn | Gly | Gin | Pro | Leu | Asn | Leu | Asn | Asn | Gly | Leu | Phe | Glu | Ser |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ser | Ala | Phe |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:984:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1899 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1899 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:984:
ATGAAACCAA CGAACGAACC TAAAAAACCT TTTTTTCAAA GTCCCATTGT TCTTGCGGTT CTTGGAGGGA TTTTACTCAT TTTTTTCCTA CGCTCTTTCA ATTCTGATGG CAGTTTTTCG GACAATTTCT TAGCTTCTAG CACTAAAAAT GTGAGCTACC ATGAAATCAA ACAGCTCATC
120
180
AGCAATAATG AAGTGGAAAA TGTGAGTATC GGTCAAACTT TGATCAAAGC GAGGGCAATA ATCGTGTGAT TTATATCGCT AAACGAGTGC CTGATCTAAC TTGTTAGACG AGAAAAAAAT CAATTATTCT GGTTTTAGCG AATCTAACTT ATGTTAGGGT GGCTCATGCC TATTTTAGTG ATTTTAGGGC TATGGATGTT CGCATGCAAA AAAATATGGG TGGGGGTATT TTTGGCATGG GGAGCGCGAA AACGCTGAAA AACCCAATGT GCGTTTTAAT GACATGGCGG GCAATGAAGA GAAGTAGTAG AAATCGTGGA TTTCTTAAAA TACCCCGAAC GATACGCCAA AAAATCCCTA AAGGTGTGCT GTTAGTAGGG CCTCCAGGAA CCGGTAAAAC AAGGCGGTGG CTGGCGAAGC GCATGTGCCG TTTTTCTCTA TGGGAGGGAG GAAATGTTTG TGGGCTTAGG GGCAAGCAGG GTTAGGGATT TGTTTGAAAC CAAGCCCCTA GCATCATTTT TATTGATGAA ATTGATGCCA TAGGCAAGAG GGAGGCATGA TAAGTGGGAA TGATGAGAGA GAGCAAACCC TAAACCAGCT ATGGATGGTT TTGGGAGCGA AAACGCACCT GTCATTGTTT TAGCCGCAAC GAAATCTTGG ATCCGGCTTT AATGCGTCCA GGGCGCTTTG ACAGGCAGGT AAGCCTGATT TTAATGGCAG GGTGGAAATC TTAAAAGTGC ATATTAAAGG GCTAATGATG TGAATTTGCA AGAAGTCGCC AAACTCACCG CAGGGCTTGC TTGGCGAATA TCATCAATGA AGCCGCGCTT TTAGCGGGAC GAAACAACCA AAACAACAGC ATTTAAAAGA AGCGGTTGAA AGAGGGATTG CTGGGCTAGA AGGCGTATCA GTCCTAAAGA AAAGAAAATC GTCGCCTACC ATGAAAGCGG ATTTCTGAAA TGACTAAAGG GAGCACTAGG GTGAATAAAG TCTCTATCAT ATGGCGGCTT TAGGCTACAC CCTTAACACG CCTGAAGAAA ACAAATACTT CACGAACTCA TCGCTGAAAT TGATGTGCTT TTAGGCGGGA GGGCGGCTGA TTAGAAGAAA TTTCTACCGG TGCGAGCAAC GATTTAGAAA GAGCGACTGA GGCATGGTGA GTTACTACGG CATGAGCAGT GTCAGCGGGC TTATGGTGTT CGGAACGCCT TTTTAGGAGG CGGTTATGGG AGCAGTAGGG AATTTAGCGA GAAGAAATGG ATCTTTTCAT TAAAAACCTA CTAGAAGAGC GCTATCAGCA ACCTTAAGCG ACTATAGAGA GGCGATTGAA ATCATGGTCA AAGAATTGTT GTCATTACAG GCGAAAGGGT GCGTGAAATC ATCAGCGAAT ACGAAGCCGC GAAAGCCGTT TGATCCCTTT AGAAGAGCAA GCGAGTTAA
CAGCCATAAA
CTTAGTGCCT
TTTTACCGAC
TATGGCAAAC
AAAACTCATT
AGCCAAAGAA
TTTAGGGGCT
CCTTTTAGCA
CAGTTTCATT
CGCTAAAAAA
CAGAGCGGCT
CTTAGCCGAA
GAACCGCCCT
TTTAGTGGAT
CGTGAAACTC
AGGGGCGGAT
AAAAGAAGTC
AAAGAAAAGC
GCATGCCGTG
TCCAAGGGGC
GATGCAAAAA
AGAAGTCTTT
TATTATTAAA
AGAAAAGCAA
AAAAACCGCA
TGTCAAACAA
TGACAAAGAA
CAACAATTTA
240
300
360
420
480
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1899 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:989:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2382 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2382 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:989:
ATAATGAATG GTTATTTGAG GGTAAAAACC CCGTATTTTT TAGCGTCGGT TTTTGGACTT TTAATTCTTT TATGAGCGCG AAAGATAAGC ACCATTTTTT ACAACCACCG AGCAAAAATT CAGTTCTAGT GCCCCAATTT CATGGCAAAG CGTAATTCCA CAAGCTCTCG CACGGTGATT TCCAACAAAG AACTCAAAAA TTGAATATTG AAAACGCCTT GCAAAATGTG CCAGGGATTC AAATCAGAGA ACGGGCGTGC TGCCTAAAAT TTCGGTGCGC GGTTTTGGTG GGGGCGGTAA AACACCAACA TGATTTTAGT CAATGGTATC CCCATTTATG GCGCGCCGTA GAACTGGCGA TTTTCCCTGT AACTTTCCAG TCAGTGGATA GGATTGATGT
CGTTTTGACT
AAAAAAAGTT
CGAAGAGGTG
AACGGGGAAT
CGCTACAGGC
CGGGCATAGC
TTCCAATATT
GATTAAGGGG
120
180
240
300
360
420
480 • ·
298····
GGAACGAGCG TCCAATACGG CCCTAACACT TTTGGAGGCG TGGTGAATGT CATCACTAAA GAAATCCCCA AAGAGTGGGA AAATCAAGCG GCTGAAAGGA TCACTTTTTG GGGGCGCTCC TCTAATGGGA ATTTTGTCGA TCCCAAAGAA AAAGGCAAGC CCTTAGCCCA AACTTTAGGA AACCAAATGC TGTTTAACAC TTATGGGCGA ACGGCTGGGA TGTTGGGTAA ATATATAGGC ATTAGCGCTC AAGGCAATTG GATTAATGGG CAAGGTTTCA GGCAAAATAG CCCTACAAAG GTGCAAAACT ACTTGTTGGA TGCGATTTAT AAGATCAATG CGACCAATAC TTTTAAAGCT TATTACCAGT ATTATCAATA CAACTCTTAC CATCCAGGCA CTTTGAGCGC GCAAGATTAC GCCTATAACC GCTTCATCAA TGAGCGCCCT GACAATCAAG ATGGAGGGCG AGCCAAGCGC TTTGGGATCG TGTATCAAAA CTACTTTGGC GATCCGGATA GGAAAGTGGG GGGCGATTTT AAATTCACTT ATTTCACGCA TGACATGAGT AGGGATTTTG GGTTTTCCAA CCAATACCAA AGCGTGTATA TGAGCGGTCA AAATAAGATT TTACCCTTTA AAGGCAAGGG AGAAATCAGC GCAAAAAACC CTAATTGCGG TCTGTATTCT TATAGCGACA CGAATAGCCC TTGCTGGCAA TTTTTTGACA ATATCCGCCG ATCCGTGGTG AATGCCTTTG AGCCAAAACT CAATCTTATC GTCAATACTG GTAAAGTCAA ACAAACTTTT AACATGGGAA TGCGCTTTTT AACTGAAGAT TTATACCGCC GATCCACCAC CAGGAAAAAC CCTAGCATGC CTAATAATGG GAGTGGGTTT GATGCAGGAA CTTCACTCAA TAATTTCAAC AATTATACCG CTGTGTATGC CAGCGATGAA ATCAATTTCA ATAACGGCAT GCTAACGATC ACGCCGGGCT TGAGATACAC ΤΤΤΤΤΤΑΑΑΤ TACGAAAAAA AAGACGCTCC TCCCTTTAAG GTGGGTCAAA CCCCAAAAAC CACGAAAGAG CGTTATAACC AATGGAATCC GGCAGTCAAT GTCGGCTATA AACCCATTAA AGAATTATTG TTTTATTTCA ATTACCAAAG AAGCTACATT CCGCCCCAAT TCAGCAATAT CGGTAATTTT GTAGGCACAA GCACGGATTA TTTTCAAATC TTTAATGTCA TGGAAGGCGG CTCAAGATAT TATTTTAACC ATCAAGTGAG TTTTAACGCG AACTATTTTG TGATTTTTGC GAATCATTAT TTTACCGGGC GCTATGGGGA CAACAGAGAG CCGGTCAATG CGAGATCGCA AGGCGTGGAG CTGGAACTCT ACTACACGCC TATTAGGGGG CTTAATTTCC ATGCGGCTTA CACTTTTATA GACGCTAATA TCACAAGCCA CACGATGGTT ACTAACCCTG CTAATCCTAA AGGGCCTAAA AAAGATATTT TTGGCAAAAA GCTCCCTTTT GTCAGCCCGC ACCAATTCAT TTTAGACGCG AGTTACACTT ACGCTAAAAC CACGATTGGG TTAAGCTCTT TCTTTTATAG CCGCGCTTAT AGCGATGTGT TAAACACCGT GCCTTTTACA GAATACGCGC CCACGATTAA AAATGGGGCT ATCGTTACCA AAACAGCGGG CATGACGCCG TACTATTGGG TGTGGAATTT GCAAATTTCT ACCACTTTGT GGGAACGCAA AAATCAAAGC GTGAATGCGA GCTTGCAAAT CAATAACATT TTTAACATGA AATATTGGTT TAGCGGGATA GGCACTAGCC CTAACGGGAA AGAAGCTGCG CCTCCCAGGA GCATCACAGC GTATGTGAGT TATAATTTTT AA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:995:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1197 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1197 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:995:
TTGGGGGCTA TCATGGATAC TTTTTTAACA AGTATCTTGG TCCTGCTTAT GCGGGGACTT CTCAATCAGC GAGCTATCAT GCAAGGCCTT ATGTGGTGGA TACCGCTTTT TTACGATACG ATTACCAAAG ATGTTTTTGG GTTTAAGGCG GGGCGCTATG AAGCGAATAT TGATTTCATG AGCGGTTCGA ATCAAGGGTG GGAAGTGTAT TATCAGCCCT ATAAGACTGA GACGCAAAGG TTAAGGTTTT GGTGGTGGAG TTCTTTTGGG AGAGGTTTGG CGTTTAACTC TTGGATTTAT GAGTTTTTTG CGACCGTGCC TTATTTGAAA AAGGGAGGCA ACCCTAGTAA CAGCAACGAT
540
600
660
720
780
840
900
960
1020
1080
1140
1200
1260
1320
1380
1440
1500
1560
1620
1680
1740
1800
1860
1920
1980
2040
2100
2160
2220
2280
2340
2382
120
180
240
300
360
TTCATCAATT ATGGCTGGCA TGGGATCACC ACGACTTATT CTTATAAAGG TTTAGACGCT 420 CAATTTTTTT ATTATTTTGC ACCTAAAACT TATAACGCTC CCGGTTTTAA GCTAGTCTAT 480 GACACGAATA GGAATTTTGA AAACGTAGGC TTTCGCTCTC AAAGCATGAT CATGACGACC 540 TTCCCTTTAT ATTATAGGGG GTGGTATAAC CCAGAGACAA ACACTTATAG CTTAGAAGAC 60 0 AGCACGCCTC ATGGCTCTTT GTTAGGGAGG AATGGCGTTA CTTTAAATAT CCGCCAGGTT 660 TTTTGGTGGG ATAATTTCAA CTGGTCCATT GGCTTTTATA ACACCTTTGG CAATTCAGAC 720 GCTTTTTTAG GCTCTCACAC CATGCCAAGG GGGAATAACA CTTCCTATAT CAGTAATGAA 780 ATCTCAGTAA CGACTAGGCA TGCCGGAATG ATCGGCTATG ATTTTTGGGA TAATACGGCT 840 TATGATGGGC TGGCTGATGC GATCACTAAC GCGAACACTT TCACTTTTTA CACTTCGGTT 900 GGAGGGATCC ATAAGCGTTT TGCATGGCAT GTTTTTGGGC GCGTCTCTCA TGCGAATAAA 960 AATGCGTTAG GGCAAGTGGG GAGGGCTAAT GAATATTCCT TGCAATTCAA TGCGAGCTAT 1020 GCGTTCACTG AATCGGTTCT CCTTAACTTT AGGATCACTT ATTATGGGGC TAGGATCAAT 1080 AAAGGGTATC AAGCAGGGTA TTTTGGAGCG CCCAAATTCA ATAACCCGGA TGGCGATTTT 1140 AGCGCTAATT ACCAAGACAG AAGTTACATG ATGACCAACC TCACGCTGAA GTTTTGA 1197 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:996:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1335 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1335 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:996:
TTGAGTAACG CTTTCTCCCA ATACCTTTAT TCGCTTTTAG GGGCGTATCC CACGAAACTC 60 AATGGTAACG ACGTGTCTGC GAACGCTCTT TTAAGTGGTG CGGTAGGCAG TGGGACTTGC 120 GCGGCTGCAG GGACGGCTGG TGGCACAACT CTTAACACTC AAAGCGCTTG CACCGCTGCG 180 GGCTATTACT GGCTCCCTAG CTTGACTGAT AGGATTTTAA GCACGATCGG CAGCCAGACT 240 AACTACGGCA CGAACACCAA TTTCCCCAAC ATGCAACAAC AGCTCACCTA CTTGAATGCG 300 GGGAATGTGT TTTTTAATGC GATGAATAAG GCTTTAGAGA AGAATGGGAC TGCTACTGCT 360 AATAGCACTA GTAGCACTAG CGGTGCGACT GGTTCAGATG GTCAAACTTA CTCTCAACAA 420 GCTATTCAAT ACCTTCAAGG CCAACAAAAT ATCTTAAATA ACGCAGCGAA CTTGCTCAAG 480 CAAGATGAAT TGCTCCTAGA AGCTTTCAAC TCTGCCGTAG CTGCTAACAT TGGGAATAAG 540 GAATTCAATT CAGCCGCTTT TACAGGTTTG GTGCAAGGCA TTATTGATCA ATCTCAATTG 600 GTTTATAACG AGCTCACTAA AAACACCATT AGCGGGAGCG CGGTTAATAA CGCTGGGATA 660 AACTCCAACC AAGCTAACGC TGTGCAAGGG CGTGCTAGTC AGCTCCCTAA CGCTCTTTAT 720 AACGTGCAAG TAACTTTGGA TAAAATCAAC GCGCTCAACA ATCAGGTGAG AAGCATGCCT 780 TACTTGCCCC AATTCAGAGC CGGGAACAGC CGTGCAACGA ATATTTTAAA CGGGTTTTAC 840 ACTAAAGTGG GCTATAAGCA ATTCTTCGGG AAGAAAAGGA ATATCGGTTT GCGCTATTAT 900 GGTTTCTTTT CTTATAACGG AGCGAGCGTG GGCTTTAGAT CCACTCAAAA TAATGTAGGG 960 TTATACACTT ATGGGGTGGG GACTGATGTG TTGTATAACA TCTTTAGCCG CTCCTATCAA 1020 AACCGCTCTG TGGATATGGG CTTTTTTAGC GGTATCCAAT TAGCCGGTGA GACCTTCCAA 1080 TCCACGCTCA GAGATGACCC CAATGTGAAA TTGCATGGGA AAATCAATAA CACGCACTTC 1140 CAGTTCCTCT TTGACTTCGG TATGAGAATG AACTTCGGTA AGTTGGACGG GAAATCCAAC 1200 CGCCACAACC AGCACACGGT GGAATTTGGC GTAGTAGTGC CTACGATTTA TAACACTTAT 1260 TACAAATCAG CAGGGACTAC CGTGAAGTAT TTCCGTCCTT ATAGCGTTTA TTGGTCTTAT 1320 GGGTATTCAT TCTAA 1335
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:998:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2091 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2091 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:998:
ATGAAAATCA AAAAATCCCT CTTTGCTCTC TCTTTCTCTC TCATGGCTTC ATTATCAAGG 60
GCTGAAGATG ACGGATTTTA CATGAGTGTG GGCTATCAAA TCGGTGAAGC GGTCCAAAAA 120
GTGAAAAACA CTGGAGCATT ACAAAATCTT GCAGACAGAT ACGATAACTT GAGCAACCTT 180
TTAAACCAAT ACAATTACTT AAATTCCTTA GTCAATCTAG CCAGCACGCC TAGCGCGATT 240
ACCGGTGCGA TTGACAATCT AAGCTCAAGC GCGATCAATC TCACTAGCGC TACCACCACT 300
TCTCCGGCCT ATCAAGCTGT GGCTTTAGCG CTCAATGCGG CTGTGGGCAT GTGGCAAGTC 360
ATAGCCTTTG GCATCAGCTG TGGCCCTGGC CCCAATCTTG GCCCAGAACA TTTAGAAAAT 420
GGGGGCGTTC GATCGTTTGA CAACACGCCA AACTACAGCT ACAACACCGG TAGCGGAACG 480
ACCACCACCA CTTGTAATGG AGCCAGTAAT GTAGGGCCCA ATGGTATCCT ATCTAGCAGC 540
GAATACCAGG TTCTCAATAC CGCTTATCAA ACTATCCAAA CCGCTTTAAA CCAAAACCAA 600
GGAGGCGGGA TGCCTGCCTT GAATAGCTCC AAAAATATGG TAGTCAATAT CAATCAAACT 660
TTCACAAAAA ACCCTACCAC AGAATACACT TACCCCGATG GGAATGGCAA TTATTATTCA 720
GGCGGTTCAT CAATCCCAAT CCAGCTAAAG ATTAGTAGCG TCAATGACGC TGAAAACCTT 780
TTGCAACAAG CCGCTACTAT CATCAATGTC CTTACCACCC AAAACCCGCA TGTGAATGGT 840
GGCGGTGGGG CATGGGGGTT TGGCGGTAAG ACCGGGAATG TGATGGATAT TTTTGGCGAT 900
AGTTTTAACG CTATTAACGA AATGATCAAA AACGCTCAAG CCGTTTTAGA AAAAACCCAA 960
CAGCTTAACG CTAATGAAAA CACCCAAATC ACGCAACCAG ACAATTTCAA CCCCTACACT 1020
TCTAAAGACA CGCAGTTCGC TCAAGAAATG CTCAATAGAG CTAACGCTCA AGCAGAGATT 1080
TTGAGCTTAG CCCAACAAGT AGCGGACAAT TTCCACAGCA TTCAAGGGCC TATCCAACAA 1140
GATCTAGAAG AATGCACCGC AGGATCAGCT GGTGTGATTA ACGACAACAC TTATGGTTCA 1200
GGTTGCGCGT TTGTGAAAGA GACTCTCAAT TCCTTAGAGC AACACACCGC TTATTATGGC 1260
AACCAGGTCA ATCAGGATAG GGCTTTGTCT CAAACCATTT TGAATTTTAA AGAAGCCCTT 1320
AGCACTTTAG GGAACGACTC AAAAGCGATC AATAGCGGTA TCTCTAACTT GCCTAACGCT 1380
AAGTCCCTTC AAAACATGAC GCATGCCACT CAAAACCCTA ATTCCCCAGA AGGTTTGCTC 1440
ACTTATTCTT TGGATACCAG CAAATACAAC CAGCTCCAAA CTGTTGCGCA AGAATTAGGC 1500
AAAAACCCCT TTAGGCGCAT CGGCGTGATT AACTATCAAA ACAATAACGG GGCGATGAAC 1560
GGCATCGGCG TGCAAGCGGG CTATAAGCAA TTCTTTGGCA AAAAAAGGAA TTGGGGGTTA 1620
AGGTATTATG GTTTCTTTGA TTATAACCAT GCTTATATCA AATCTAATTT TTTTAACTCG 1680
GCTTCTGATG TGTGGACTTA TGGGGTGGGT ATGGACGCGC TTTATAACTT CATCAACGAT 1740
AAAAACACCA ACTTTTTAGG CAAAAATAAC AAGCTTTCTG TGGGGCTTTT TGGTGGCTTT 1800
GCGTTAGCCG GGACTTCGTG GCTTAATTCC CAACAAGTGA ATTTGACCAT GATGAATGGC 1860
ATTTATAACG CTAATGTCAG CGCTTCTAAC TTCCAATTTT TGTTTGATTT AGGCTTGAGA 1920
ATGAACCTCG CTAGGCCCAA GAAAAAAGAC AGCGATCATG CCGCTCAGCA TGGCATGGAA 1980
TTGGGCGTGA AAATCCCCAC CATTAACACG GATTATTATT CTTTCATGGG GGCTGAACTC 2040
AAATACAGAA GGCTCTATAG CGTGTATCTC AATTATGTGT TTGCTTACTA G 2091 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:999:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
• · ·«
304 • · · · • · ·· <
(A) DÉLKA: 1116 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1116 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:999:
ATGCAATTTC AAAAAACCTT ATCTTCCTTA TCTTTATTTT TATCTTTATC TTTATTCTTA 60
TCTTTTAGTA TCGCTGAAGA AAATGGGGCG TATGCGAGCG TGGGTTTTGA ATATTCCATC 120
AGTCATGCCG TTGAACACAA TAACCCTTTT TTGAATCAAG AACGCATCCA AACGATTTCT 180
AACGCTCAAA ACAAAATCTA TAAACTCAAT CAAGTCAAAA ATGAAATCAC AAACATGCCC 240
AACACCTTTA ACTACATCAA CAACGCTTTA AAAAACAATG CTAAATTAAC CCCTACTGAA 300
AAGCAAGCCG AAACCTACTA CCTGCAATCT ACCCTTCAAA ACATTGAAAA AATAGTCATG 360
CTTAGCGGGG GCGTTGCGTC TAACCCTAAA TTAGCCCAAG CGTTAGAAAA AATGCAAGAA 420
CCCATTACTA ACCCTTTAGA ATTGGTAGAA AACTTAAAAA ATTTAGAATT ACAATTCAGC 480
CAATCTCAAA ACAGCATGCT TTCTTCTTTG TCTTCTCAGA TCGCTCAAAT TTCAAATTCT 540
TTGAACGCGC TTGATCCCAG CTCTTATTCT AAAAACGTTT CAAGCATGTA TGGGGTAGGT 600
TTGAGCGTAG GGTATAAGCA TTTCTTTACC AAGAAAAAAA ATCAAGGGTT TCGTTATTAC 660
TTATTCTATG ACTATGGTTA CACTAATTTT GGTTTTGTGG GTAATGGCTT TGATGGTTTA 720
GGCAAAATGA ATAACCACCT CTATGGGCTT GGCATAGATT ATCTTTTCAA TTTCATTGAT 780
AATGCGCAAA AACATTCGAG CGTGGGGTTT TATGTAGGCT TTGCTTTAGC GGGGAGTTCG 840
TGGGTAGGGA GTGGTTTAGG CATGTGGGTG AGTCAAATGG ATTTCATCAA CAACTATTTG 900
ACGGATTATC GGGCTAAAAT GCACACGAGT TTTTTCCAAA TCCCTTTGAA TTTTGGGGTT 960
CGTGTGAATG TGGATAGGCA CAATGGCTTT GAAATGGGCT TAAAGATCCC TTTAGCGGTC 1020
AATTCCTTTT ATGAAACGCA TGGCAAAGGG TTAAACGCTT CCCTCTTTTT CAAACGCCTT 1080
GTCATGTTTA ACGTGAGTTA TGTTTATAGT TTTTAG 1116 (2)
INFORMACE PRO SEQ
ID NO:1009:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2007 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1. . .2007 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1009:
• · ···
302 • ·· ·· • ·
ATGGTGAAAA ACACCAAAGG CATTCAACAG CTTTCAGAGA ATTATGAAAA GTTGAACAAT 60
CTTTTAAATA ATTACAACAC CCTAAACACT CTTGTAAAGC TGTCCTCCGA TCCGAGTGCT 120
GTCAACGACG CAAGGGATAA TCTAGGCTCA AGCACTAGGA ATTTGCTAGA TGTCAAAGCC 180
AATTCCCCCG CCTATCAAGC GGTGCTTTTA GCATTGAACG CTGCAGTGGG CTTGTGGCAA 240
GTTACAAGCT ATGCCTTTAC CGCTTGTGGT CCTGGTAGCA ATGAGAACGC GAATGGAGGT 300
ATCCAAACCT TTAATAATGT GCCAGGACAA AACACGACGA CCATCACTTG TAATTCGTAT 360
TATGAGCCAG GACATGGCGG GCCAATATCC ACTAAAAATT ATGCGATCAT CAACAAGGCT 420
TATCAAATCA TTCAAAAGGC TTTGACAGCC AATGGAGAAG GGATCCCAGT TTTAAGCAAC 480
ACCACTACAA AACTTGATTT CACTATCAAT GGAGACAAAA GAACGGGTGG CGAACCAAAT 540
AAAAAATTAG TATACCCATG GAGTCATGGG AAAGCTATTT CAACCTCGTG GAATGCAACC 600
ATAACAGCAC CAACAACAGA AAATATCAAT ACAACCAATA GCGCTCAAGA GCTTTTAAAA 660
CAAGCGAGCA TCATTATCAC TACCCTGAAT AGTGCATGCC CAAACTTCCA AAATGGTGGT 720
AGCGGTTATT GGGCAGGGAT AAGTGGCAAT GGGACAATGT GTGGGATGTT TAAGAATGAA 780
ATCAGCGCTA TCCAAGGCAT GATCGCTAAC GCGCAAGAAG CTGTCGCGCA AGCCAAAATC 840
GTTAGTGAAA ACACGCAAAA TCAAAACAGC CTAGACGCTG GAAAACCATT CAACCCCTAC 900
ACAGACGCTA GTTTTGCTGA AAGCATGCTC AAAAACGCGC AAGCCCAAGC GGAGATTTTA 960
AACCAAGCCG AACAAGTGGT GAAAAACTTT GAAAAAATCC CTACAGCCTT TGTAAATGAC 1020
TCTTTAGGGG TGTGTTATGA AGTGCAAGGA GGTGAGCGTC GTGGCACCAA TCCGGGTCAG 1080
ACGACTTCTA ACACTTGGGG GGCAGGCTGT GCGTATGTAG GACAAACGAT AACAAATCTT 1140
AAAAACAGCA TCGCCCATTT TGGCACTCAA GAGCAGCAGA TACAGCAAGC CGAAAACATC 1200
GCTGACACTC TGGTGAATTT CAAATCTAGA TACAGCGAAT TGGGCAACAC TTATAACAGC 1260
ATCACCACTG CGCTCTCTAA TATCCCTAAC GCGCAAAGCT TGCAAAATGC GGTGAGTAAA 1320
AAGAATAACC CCTATAGCCC GCAAGGCATA GACACCAATT ACTACCTCAA TCAAAACTCT 1380
TACAACCAAA TCCAAACCAT CAACCAAGAA CTCGGGCGTA ACCCCTTTAG GAAAGTGGGG 1440
ATTGTTAGTT CTCAAACCAA TAATGGCGCG ATGAATGGGA TCGGTATTCA GGTGGGTTAC 1500
AAACAATTCT TTGGCCAAAA AAGAAAATGG GGCGCTAGGT ATTACGGCTT TTTTGATTAC 1560
AACCATGCGT TCATTAAATC CAGCTTCTTC AACTCGGCTT CTGACGTGTG GACTTATGGC 1620
TTTGGAGCGG ACGCTCTTTA TAATTTCATC AACGATAAAG CCACCAATTT CTTAGGCAAA 1680
AACAACAAGC TTTCTGTGGG GCTTTTTGGG GGTATTGCAT TAGCCGGGAC TTCATGGCTT 1740
AATTCTGAGT ATGTGAATTT AGCCACCATG AATAACGTCT ATAACGCTAA AATGAACGTG 1800
GCGAATTTCC AATTCTTATT CAACATGGGA GTGAGGATGA ATTTAGCCAG GCCTAAGAAA 1860
AAAGACAGCG ATCATGCGGC TCAGCATGGG ATTGAGTTAG GGCTTAAAAT CCCCACCATC 1920
AACACGAACT ACTACTCCTT TATGGGGGCT GAACTCAAAT ACCGAAGGCT CTATAGCGTG 1980 TATTTGAATT ACGTGTTCGC TTACTAA 2007 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1023:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1908 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1908 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1023:
CTGTCCTCCG ATCCGAGTGC TGTCAACGAC GCAAGGGATA ATCTAGGCTC AAGCACTAGG 60
AATTTGCTAG ATGTCAAAGC CAATTCCCCC GCCTATCAAG CGGTGCTTTT AGCATTGAAC 120
GCTGCAGTGG GCTTGTGGCA AGTTACAAGC TATGCCTTTA CCGCTTGTGG TCCTGGTAGC 180 ·· • · · ·· « ··· • * ·
303· • ·
« • · «» »· • · · » • · ·· ···♦ · • · · ·· ·»
AATGAGAACG CGAATGGAGG TATCCAAACC TTTAATAATG TGCCAGGACA AAACACGACG 240
ACCATCACTT GTAATTCGTA TTATGAGCCA GGACATGGCG GGCCAATATC CACTAAAAAT 300
TATGCGATCA TCAACAAGGC TTATCAAATC ATTCAAAAGG CTTTGACAGC CAATGGAGAA 360
GGGATCCCAG TTTTAAGCAA CACCACTACA AAACTTGATT TCACTATCAA TGGAGACAAA 420
AGAACGGGTG GCGAACCAAA TAAAAAATTA GTATACCCAT GGAGTCATGG GAAAGCTATT 480
TCAACCTCGT GGAATGCAAC CATAACAGCA CCAACAACAG AAAATATCAA TACAACCAAT 540
AGCGCTCAAG AGCTTTTAAA ACAAGCGAGC ATCATTATCA CTACCCTGAA TAGTGCATGC 600
CCAAACTTCC AAAATGGTGG TAGCGGTTAT TGGGCAGGGA TAAGTGGCAA TGGGACAATG 660
TGTGGGATGT TTAAGAATGA AATCAGCGCT ATCCAAGGCA TGATCGCTAA CGCGCAAGAA 720
GCTGTCGCGC AAGCCAAAAT CGTTAGTGAA AACACGCAAA ATCAAAACAG CCTAGACGCT 7 80
GGAAAACCAT TCAACCCCTA CACAGACGCT AGTTTTGCTG AAAGCATGCT CAAAAACGCG 840
CAAGCCCAAG CGGAGATTTT AAACCAAGCC GAACAAGTGG TGAAAAACTT TGAAAAAATC 900
CCTACAGCCT TTGTAAATGA CTCTTTAGGG GTGTGTTATG AAGTGCAAGG AGGTGAGCGT 960
CGTGGCACCA ATCCGGGTCA GACGACTTCT AACACTTGGG GGGCAGGCTG TGCGTATGTA 1020
GGACAAACGA TAACAAATCT TAAAAACAGC ATCGCCCATT TTGGCACTCA AGAGCAGCAG 1080
ATACAGCAAG CCGAAAACAT CGCTGACACT CTGGTGAATT TCAAATCTAG ATACAGCGAA 1140
TTGGGCAACA CTTATAACAG CATCACCACT GCGCTCTCTA ATATCCCTAA CGCGCAAAGC 1200
TTGCAAAATG CGGTGAGTAA AAAGAATAAC CCCTATAGCC CGCAAGGCAT AGACACCAAT 1260
TACTACCTCA ATCAAAACTC TTACAACCAA ATCCAAACCA TCAACCAAGA ACTCGGGCGT 1320
AACCCCTTTA GGAAAGTGGG GATTGTTAGT TCTCAAACCA ATAATGGCGC GATGAATGGG 1380
ATCGGTATTC AGGTGGGTTA CAAACAATTC TTTGGCCAAA AAAGAAAATG GGGCGCTAGG 1440
TATTACGGCT TTTTTGATTA CAACCATGCG TTCATTAAAT CCAGCTTCTT CAACTCGGCT 1500
TCTGACGTGT GGACTTATGG CTTTGGAGCG GACGCTCTTT ATAATTTCAT CAACGATAAA 1560
GCCACCAATT TCTTAGGCAA AAACAACAAG CTTTCTGTGG GGCTTTTTGG GGGTATTGCA 1620
TTAGCCGGGA CTTCATGGCT TAATTCTGAG TATGTGAATT TAGCCACCAT GAATAACGTC 1680
TATAACGCTA AAATGAACGT GGCGAATTTC CAATTCTTAT TCAACATGGG AGTGAGGATG 1740
AATTTAGCCA GGCCTAAGAA AAAAGACAGC GATCATGCGG CTCAGCATGG GATTGAGTTA 1800
GGGCTTAAAA TCCCCACCAT CAACACGAAC TACTACTCCT TTATGGGGGC TGAACTCAAA 1860
TACCGAAGGC TCTATAGCGT GTATTTGAAT TACGTGTTCG CTTACTAA 1908 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1027:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 813 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...813 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1027:
ATGAAAAAGT TTGTAGTGTT TAAAACGCTC TGTTTATCGG TAGTGTTAGG TAATAGTCTT 60
GTGGCAGCAG AAGGTAGCAC AGAAGTGCAA AAGCAATTGG AAAAGCCAAA AGATTATAAA 120
GCAGTGAAAG GCGAGAAAAA CGCTTGGTAT CTGGGGATTA GCTATCAAGT CGGTCAGGCT 180
TCACAAAGCG TTAAAAACCC CCCCAAAAGC AGTGAATTTA ACTATCCTAA GTTCCCTGTG 240
GGTAAAACCG ACTATCTGGC CGTTATGCAA GGCTTAGGGC TTACTGTGGG TTATAAGCAG 300
TTTTTCGGGG AGAAAAGATG GTTTGGTGCG CGCTATTACG GCTTTATGGA TTATGGGCAT 360
GCCGTGTTTG GAGCGAACGC TTTGACATCA GATAATGGTG GGGTGTGCAA ACTCAATGAG 420
CCATGCGCGA CCAAAGTAGG GACTATGGGC AATCTGTCTG ACATGTTCAC TTATGGTGTG 480
GGTATTGACA CTTTATACAA TGTCATTAAT AAGGAAGACG CGAGTTTTGG TTTCTTTTTT 540 • ·
504
GGGGCTCAAA TCGCGGGTAA CTCTTGGGGT AATACGACAG GGGCCTTTTT GGAAACTAAA 600 AGCCCTTATA AGCACACCTC CTATAGCCTT GATCCGGCGA TTTTCCAGTT CCTTTTTAAT 660 TTAGGGATTC GCACCCATAT TGGTCAGCAT CAAGAATTTG ACTTTGGCGT GAAGATTCCT 720 ACTATCAATG TTTATTATTT TAACCATGGG AACTTGAGCT TCACTTACCG CCGTCAATAC 780 AGCCTTTATG TAGGGTATCG TTACAATTTC TGA 813 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1029:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2778 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2778 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1029:
TTAGTTATAA TATCGCTACT AACAACACTC AAGCTAAAAT CCATTAAGGA AATCAGTATT 60 AAAAAATTTA TTCTATCTTC TCTTGTTTTC GCATGTATCA ATACCGGCGT TGAAGCTTTA 120 GAAAATGACG GCTCTAAACC AAACGATTTG GCTTCTCCAA AAGAAACCCC AAAAGAGGCT 180 CAAAAAAATG AAGCTCAAAA CGAAACCTCT CAATCCAATC AAACGCCTAA AGAAATGAAA 240 GTCAAGTCCA TTTCTTATGT CGGGCTTTCT TACATGTCTG ACATGCTCGC TAATGAAATT 300 GCAAAGATTC GCGTGGGCGA TATGGTGGAT TCTAAAAAAA TAGACACCGC TGTTTTAGCT 360 TTGTTCAACC AAGGGTATTT TAAAGACGTT TATGCCACTT TTGAAAACGG CATTTTAGAG 420 TTTCATTTTG ATGAAAAAGC CAGGATTGCC GGGGTAGAAA TCAAGGGTTA TGGGACTGAA 480 AAGGAAAAAG ACGGCTTAAA ATCCCAAATG GGGATCAAAA AGGGCGACAC CTTTGATGAG 540 CAAAAATTAG AGCATGCTAA AACGGCTTTA AAAACGGCTT TAGAGGGGCA GGGCTATTAT 600 GGGAGCGTGG TGGAGGTGCG CACAGAAAAG GTCAGTGAGG GAGCGTTATT GATCGTGTTT 660 GATGTGAATA GGGGGGACAG TATTTATATC AAACAATCCA TTTATGAGGG AAGCGATAAA 720 TTAAAACGCC GTGTGATTGA ATCTTTGAGC GCGAACAAGC AGCGCGATTT CATGGGCTGG 780 ATGTGGGGCT TGAATGACGG GAAATTGCGC TTAGATCAAT TAGAATACGA TTCTTTGCGT 840 ATCCAAGATG TGTATATGCG TAGGGGTTAC TTAGACGCTC ATATTTCTTC GCCTTTTTTG 900 AAAACGGATT TTTCCACCCA TGACGCTAAG CTCCATTATA AGGTCAAAGA GGGGATCCAA 960 TACAGGATTT CAGATATTTT AATAGAGATT GACAACCCGG TAGTCCCCTT AAAAACCTTA 1020 GAAAAAGCGC TTAAAGTTAA AAGGAAAGAT GTCTTTAATA TTGAGCATTT AAGAGCGGAT 1080 GCGCAAATTT TAAAAACCGA AATCGCCGAT AAGGGCTATG CGTTTGCGGT GGTGAAGCCA 1140 GACTTGGATA AAGACGAAAA AAACGGGCTT GTGAAAGTCA TTTATCGTAT TGAAGTGGGC 1200 GATATGGTGC ATATCAATGA TGTCATCATT TCAGGGAACC AGCGCACGAG CGATAGGATC 1260 ATTAGGAGGG AATTGTTACT AGGGCCTAAA GATAAATACA ACTTGACCAA ACTGAGAAAT 1320 TCCGAAAATT CTTTGAGGCG TTTAGGGTTT TTCTCTAAAG TCAAGATTGA AGAAAAAAGG 1380 GTCAATAGCT CATTGATGGA TTTGTTAGTG AGCGTAGAAG AGGGGCGCAC CGGGCAGTTG 1440 CAATTCGGGT TGGGCTATGG CTCTTATGGA GGGCTCATGC TTAATGGGAG CGTGAGCGAA 1500 AGGAATCTTT TTGGCACAGG GCAAAGCATG AGCTTGTATG CTAACATTGC CACAGGGGGG 1560 GGTAGATCTT ATCCGGGCAT GCCAAAAGGG GCGGGGCGTA TGTTTGCCGG GAATTTGAGC 1620 TTGACTAATC CAAGGATTTT TGACAGCTGG TATAGCTCTA CGATCAATCT TTATGCGGAT 1680 TACAGGATAA GCTACCAATA CATCCAACAA GGCGGGGGCT TTGGGGTGAA TGTCGGGCGC 1740 ATGCTGGGTA ATAGAACCCA TGTGAGCTTA GGGTATAACT TGAATGTTAC CAAACTCCTT 1800 GGTTTCAGCA GCCCCTTATA CAACCGCTAC TATTCCTCTG TTAATGAAGT GGCCTCTCCA 1860 AGGCAATGTT CCACACCCGC ATCGGTGATT ATCAACCGCT TATCAGGCGG TAGAACTCCA 1920 TTGGTTCCTG AAAGCTGTTC TAGTCCTGGA GCGATCACCA CTTCACCAGA AATAAAAGGT 1980
ATTTGGGATA GGGATTACCA CACGCCTATC ACCAGTTCTT TCACCCTTGA TGTGAGCTAT 2040 GACAACACCG ATGATTATTA TTTCCCTAGA AATGGGGTTA TCTTTAGTTC CTATGCGACA 2100 ATGTCTGGTT TGCCAAGCTC TGGCACGCTC AATTCTTGGA ACGGGTTAGG CGGGAATGTC 2160 CGTAACACCA AAGTTTATGG TAAÁTTCGCC GCTTACCACC ATTTGCAAAA ATATTTATTG 2220 ATAGATTTGA TCGCTCGTTT TAAAACGCAA GGGGGCTATA TCTTTAGGTA TAACACCGAT 2280 GATTACTTGC CCTTAAACTC CACTTTCTAC ATGGGGGGCG TAACCACGGT GAGAGGCTTT 2340 AGGAACGGCT CAATCACACC TAAAGATGAG TTTGGCTTGT GGCTTGGAGG CGATGGGATT 2400 TTTACCGCTT CTACTGAATT GAGCTATGGG GTGTTAAAAG CGGCTAAAAT GCGTTTAGCG 2460 TGGTTTTTTG ACTTTGGTTT CTTAACCTTT AAAACCCCAA CTAGGGGGAG TTTCTTCTAT 2520 AACGCTCCCA CCACGACGGC GAATTTTAAA GATTATGGCG TTGTAGGGGC TGGGTTTGAA 2580 AGGGCGACTT GGAGGGCTTC TACAGGCTTA CAGATTGAAT GGATTTCGCC CATGGGGCCT 2640 TTGGTGTTGA TTTTCCCTAT AGCGTTTTTC AACCAATGGG GCGATGGCAA TGGCAAAAAA 2700 TGTAAAGGGC TGTGCTTTAA CCCTAACATG AACGATTACA CGCAACATTT TGAATTTTCT 2760 ATGGGAACAA GGTTTTAA 2778 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1031:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1023 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1023 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1031:
TTGAGTTCGT TATGGCTGAC AAACCCCTTA AATGCCCATG AAAAGAATGG CGCGTTTGTG 60
GGGATTAGCT TGGAAGTGGG TAGGGTCGAT CAAAAGACCA ACGCTTATAG AAACGGCGAG 120
TTGTTTCAAG TGCCTTTTGG CGATGTTTCG GCTAATGATG ATGGCAAAGT CCCTGATGGG 180
CAGACCGGTG GCTGTCAGCC AGCTTCAGGG ACTCCAGGAA CGCCAGGCTA TACTAAAGCT 240
AATTGCGTGG TCAATTGGAC TTCTCGCACC ATGCTTAGCA CCAATAAGGA CATTCCTGGC 300
CGTAACCAGC CGATGTATGG GCTAGGCGTG ATGACAGGGT ATAAGCATTT TGTGGGTAAA 360
AAAAGGTGGT TTGGGCTGCG TTATTATGGC TTTTTTGATT ACGGGCATAC CAATTTCTCT 420
AACTCTAGGG CCGCTAACGC CATATCGCCC TTTTATTTGA GCGATCAAAA AGCGGACATG 480
TATACTTATG GTTTTGGCAC AGACATGCTT TTTAACGTTA TAGACAAGCC TAAAGCCACG 540
GCCGGGTTTT TTGTGGGCGT GAATTTTGCG GGTAACACTT GGACTAATAA TCGTGTGGGG 600
TATTTTAAGG ACGGGTATGT TTATGGCGTC AATACGGACG CTGACGCTTA CATGACTAAC 660
GCTGATGGCA CGATCACATG CGGAGACACG ACGCCGGCGA GTTGTAATGT GGGGATTAAC 720
CCTAACAGCG TCTATACCAC AGGAAAATTA AACGCTAAAG TGAATCACAC GATTTTCCAA 780
TTTTTAGTGA ATGTGGGCAT TAGAACCAAT ATTTTTGAAC ACCATGGCAT TGAGTTTGGT 840
ATCAAAATCC CCACGCTCCC TAATTACTTT TTCAAAGGTT CTACTACTAT AAGAGCGAAA 900
AAACAAGGCC CACTAGAGAA TGGGAACCCG ACTACTATCA CCGGAGCAGA AACCAATTTC 960
AGCTTAACCC AAACCTTACG CCGTCAGTAT TCTATGTATT TGCGTTATGT TTATACTTTT 1020
TAA 1023 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1032:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 1587 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina
306
(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...1587 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1032:
ATGAAATTAA AAAAACGAAA AGTTGCGGCT ACATTGCTAA AGCGTTTGAC CTTGCCACTA 60 TTGTTCACTA CGGGTTCATT AGGGGCGGTT ACTTATGAAG TGCATGGGGA TTTTATCAAC 120 TTCTCCAAAG TGGGTTTTAA CCGTTCGCCT ATTAACCCTG TTAAAGGTAT CTATCCTACA 180 GAAACTTTTG TTAACCTTAC GGGTAAGCTA GAGGGGTCTG TGCATTTAGG TAGGGGATGG 240 ACCGTGAATG TAGGCGGTGT TTTGGGCGGA CAAGTTTATG ATAACACTAG GTATGATAGG 300 TGGGCAAAGG ATTTTACCCC CCCAAGCTAT TGGGATAAAA. CTTCTTGCGG CACTGATTCT 360 TTGAGCCTTT GTATGAATGC GACTAAAATG TGGCAACAGC AAGGGCCAGG TGGTATCATT 420 GACCCTAGGG GTATTGGCTA TATGTATATG GGTGAGTGGA ACGGCTTGTT CCCTAATTAC 480 TATCCGGCTA ACGCCTACTT GCCCGGGCAT TCAAGGCGCT ATGAAGTTTA TAAAGCGAAT 540 CTTACCTATG ACAGCGACAG AGTCCATATG GTAATGGGGC GCTTTGATGT TACCGAGCAG 600 GAGCAAATGG ATTGGATTTA CCAATTGTTC CAAGGTTTTT ATGGGACTTT CAAGCTTACT 660 AAGAACATGA AATTCTTGCT CTTTAGCTCT TGGGGTCGTG GTATCGCTGA TGGTCAATGG 720 TTGTTCCCTA TCTATCGTGA AAAGCCTTGG GGTATTCATA AGGCGGGTAT TATTTATCGC 780 CCTACAAAGA ATCTAATGAT CCACCCTTAT GTGTATCTCA TCCCAATGGT AGGTACATTG 840 CCCGGTGCTA AAATAGAATA CGATACCAAT CCTGAGTTTA GCGGTAGAGG TATAAGGAAT 900 AAAACGACTT TCTATGTGTT GTATGACTAT CGTTGGAATA ACGCTGAATA CGGCCGTTAC 960 GCACCCGCTC GTTATAACAC TTGGGATCCG TTCTTGGATA ATGGTAAGTG GCGTGGCTTG 1020 CAAGGTCCTG GTGGTGCGAC GCTCTATTTG CACCACCACA TAGACATTAA CAACTACTTT 1080 GTGGTTGGTG GTGCTTACCT CAACATCGGT AACCCTAACA TGAACTTAGG TACTTGGGGT 1140 AACCCTGTGG CTCTTGATGG TATCGAACAA TGGGTCGGTG GCATCTACAG CTTAGGCTTT 1200 GCGGGGATTG ACAACATTAC CGATGCTGAT GCGTTCACTG AGTATGTTAA AGGTGGAGGT 1260 AAGCATGGTA AGTTCAGTTG GAGCGTTTAT CAGCGCTTCA CTACCGCACC AAGGGCTTTG 1320 GAATATGGTA TTGGTATGTA TCTAGACTAT CAGTTCAGCA AGCATGTTAA AGCGGGTCTC 1380 AAACTCGTGT GGTTAGAGTT CCAAATCCGT GCGGGTTACA ACCCTGGAAC CGGTTTCCTT 1440 GGGCCAAACG GTCAGCCGCT CAACTTGAAT AATGGTTTGT TTGAATCTTC GGCGTTCGCG 1500 CAAGGCCCTC AAAACATGGG TGGTATCGCA AAAAGCATTA CTCAAGACAG AAGCCATTTG 1560 ATGACACACA TCAGTTATAG TTTCTAA 1587 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1038:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 632 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
• ·
207 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...632 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1038:
Met | Lys | Pro | Thr | Asn | Glu | Pro | Lys | Lys | Pro | Phe | Phe | Gin | Ser | Pro | Ile |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Val | Leu | Ala | Val | Leu | Gly | Gly | Ile | Leu | Leu | Ile | Phe | Phe | Leu | Arg | Ser |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Phe | Asn | Ser | Asp | Gly | Ser | Phe | Ser | Asp | Asn | Phe | Leu | Ala | Ser | Ser | Thr |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Lys | Asn | Val | Ser | Tyr | His | Glu | Ile | Lys | Gin | Leu | Ile | Ser | Asn | Asn | Glu |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Val | Glu | Asn | Val | Ser | Ile | Gly | Gin | Thr | Leu | Ile | Lys | Ala | Ser | His | Lys |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Glu | Gly | Asn | Asn | Arg | Val | Ile | Tyr | Ile | Ala | Lys | Arg | Val | Pro | Asp | Leu |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Thr | Leu | Val | Pro | Leu | Leu | Asp | Glu | Lys | Lys | Ile | Asn | Tyr | Ser | Gly | Phe |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Ser | Glu | Ser | Asn | Phe | Phe | Thr | Asp | Met | Leu | Gly | Trp | Leu | Met | Pro | Ile |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Leu | Val | Ile | Leu | Gly | Leu | Trp | Met | Phe | Met | Ala | Asn | Arg | Met | Gin | Lys |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Asn | Met | Gly | Gly | Gly | Ile | Phe | Gly | Met | Gly | Ser | Ala | Lys | Lys | Leu | Ile |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asn | Ala | Glu | Lys | Pro | Asn | Val | Arg | Phe | Asn | Asp | Met | Ala | Gly | Asn | Glu |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Glu | Ala | Lys | Glu | Glu | Val | Val | Glu | Ile | Val | Asp | Phe | Leu | Lys | Tyr | Pro |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Glu | Arg | Tyr | Ala | Asn | Leu | Gly | Ala | Lys | Ile | Pro | Lys | Gly | Val | Leu | Leu |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Val | Gly | Pro | Pro | Gly | Thr | Gly | Lys | Thr | Leu | Leu | Ala | Lys | Ala | Val | Ala |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Gly | Glu | Ala | His | Val | Pro | Phe | Phe | Ser | Met | Gly | Gly | Ser | Ser | Phe | Ile |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Glu | Met | Phe | Val | Gly | Leu | Gly | Ala | Ser | Arg | Val | Arg | Asp | Leu | Phe | Glu |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Thr | Ala | Lys | Lys | Gin | Ala | Pro | Ser | Ile | Ile | Phe | Ile | Asp | Glu | Ile | Asp |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Ile | Gly | Lys | Ser | Arg | Ala | Ala | Gly | Gly | Met | Ile | Ser | Gly | Asn | Asp |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Glu | Arg | Glu | Gin | Thr | Leu | Asn | Gin | Leu | Leu | Ala | Glu | Met | Asp | Gly | Phe |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Gly | Ser | Glu | Asn | Ala | Pro | Val | Ile | Val | Leu | Ala | Ala | Thr | Asn | Arg | Pro |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Glu | Ile | Leu | Asp | Pro | Ala | Leu | Met | Arg | Pro | Gly | Arg | Phe | Asp | Arg | Gin |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Val | Leu | Val | Asp | Lys | Pro | Asp | Phe | Asn | Gly | Arg | Val | Glu | Ile | Leu | Lys |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Val | His | Ile | Lys | Gly | Val | Lys | Leu | Ala | Asn | Asp | Val | Asn | Leu | Gin | Glu |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Val | Ala | Lys | Leu | Thr | Ala | Gly | Leu | Ala | Gly | Ala | Asp | Leu | Ala | Asn | Ile |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Ile | Asn | Glu | Ala | Ala | Leu | Leu | Ala | Gly | Arg | Asn | Asn | Gin | Lys | Glu | Val |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Lys | Gin | Gin | His | Leu | Lys | Glu | Ala | Val | Glu | Arg | Gly | Ile | Ala | Gly | Leu |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Glu | Lys | Lys | Ser | Arg | Arg | Ile | Ser | Pro | Lys | Glu | Lys | Lys | Ile | Val | Ala |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Tyr | His | Glu | Ser | Gly | His | Ala | Val | Ile | Ser | Glu | Met | Thr | Lys | Gly | Ser |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Thr | Arg | Val | Asn | Lys | Val | Ser | Ile | Ile | Pro | Arg | Gly | Met | Ala | Ala | Leu |
• ·
308 | • • · · | • · • · · | • · • · · | • • · | • • · | ||||||||||
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Gly | Tyr | Thr | Leu | Asn | Thr | Pro | Glu | Glu | Asn | Lys | Tyr | Leu | Met | Gin | Lys |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
His | Glu | Leu | Ile | Ala | Glu | Ile | Asp | Val | Leu | Leu | Gly | Gly | Arg | Ala | Ala |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Glu | Glu | Val | Phe | Leu | Glu | Glu | Ile | Ser | Thr | Gly | Ala | Ser | Asn | Asp | Leu |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Glu | Arg | Ala | Thr | Asp | Ile | Ile | Lys | Gly | Met | Val | Ser | Tyr | Tyr | Gly | Met |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Ser | Ser | Val | Ser | Gly | Leu | Met | Val | Leu | Glu | Lys | Gin | Arg | Asn | Ala | Phe |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Leu | Gly | Gly | Gly | Tyr | Gly | Ser | Ser | Arg | Glu | Phe | Ser | Glu | Lys | Thr | Ala |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Glu | Glu | Met | Asp | Leu | Phe | Ile | Lys | Asn | Leu | Leu | Glu | Glu | Arg | Tyr | Gin |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
His | Val | Lys | Gin | Thr | Leu | Ser | Asp | Tyr | Arg | Glu | Ala | Ile | Glu | Ile | Met |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Val | Lys | Glu | Leu | Phe | Asp | Lys | Glu | Val | Ile | Thr | Gly | Glu | Arg | Val | Arg |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Glu | Ile | Ile | Ser | Glu | Tyr | Glu | Ala | Ala | Asn | Asn | Leu | Glu | Ser | Arg | Leu |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Ile | Pro | Leu | Glu | Glu | Gin | Ala | Ser | ||||||||
625 | 630 |
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:1043: | |||||||||
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |||||||||
(A) DÉLKA: 793 aminokyselin | ||||||||||
(B) TYP: aminokyselina | ||||||||||
(D) TOPOLOGIE: lineární | ||||||||||
(ii) | DRUH MOLEKULY: protein | |||||||||
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |||||||||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |||||||||
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | ||||||||||
(ix) | ZNAKY: | |||||||||
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé | znaky | |||||||||
(B) POZICE 1...793 | ||||||||||
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO: | 1043 | |||||||
Ile | Met | Asn Gly Tyr Leu Arg Val | Lys | Thr | Pro | Tyr | Phe | Leu | Ala | Ser |
1 | 5 | 10 | 15 | |||||||
Val | Val | Leu Thr Phe Trp Thr Phe | Asn | Ser | Phe | Met | Ser | Ala | Lys | Asp |
20 | 25 | 30 | ||||||||
Lys | His | His Phe Leu Lys Lys Val | Thr | Thr | Thr | Glu | Gin | Lys | Phe | Ser |
35 40 | 45 | |||||||||
Ser | Ser | Ala Pro Ile Ser Trp Gin | Ser | Glu | Glu | Val | Arg | Asn | Ser | Thr |
50 | 55 | 60 | ||||||||
Ser | Ser | Arg Thr Val Ile Ser Asn | Lys | Glu | Leu | Lys | Lys | Thr | Gly | Asn |
65 | 70 | 75 | 80 | |||||||
Leu | Asn | Ile Glu Asn Ala Leu Gin | Asn | Val | Pro | Gly | Ile | Gin | Ile | Arg |
85 | 90 | 95 | ||||||||
Asp | Ala | Thr Gly Thr Gly Val Leu | Pro | Lys | Ile | Ser | Val | Arg | Gly | Phe |
100 | 105 | 110 | ||||||||
Gly | Gly | Gly Gly Asn Gly His Ser | Asn | Thr | Asn | Met | Ile | Leu | Val | Asn |
115 120 | 125 | |||||||||
Gly | Ile | Pro Ile Tyr Gly Ala Pro | Tyr | Ser | Asn | Ile | Glu | Leu | Al a | Ile |
• · · · • · · · • · · · • · · ·
309 ····*··’
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Phe | Pro | Val | Thr | Phe | Gin | Ser | Val | Asp | Arg | Ile | Asp | Val | Ile | Lys | Gly |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Gly | Thr | Ser | Val | Gin | Tyr | Gly | Pro | Asn | Thr | Phe | Gly | Gly | Val | Val | Asn |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Val | Ile | Thr | Lys | Glu | Ile | Pro | Lys | Glu | Trp | Glu | Asn | Gin | Ala | Ala | Glu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Arg | Ile | Thr | Phe | Trp | Gly | Arg | Ser | Ser | Asn | Gly | Asn | Phe | Val | Asp | Pro |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Lys | Glu | Lys | Gly | Lys | Pro | Leu | Ala | Gin | Thr | Leu | Gly | Asn | Gin | Met | Leu |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Phe | Asn | Thr | Tyr | Gly | Arg | Thr | Ala | Gly | Met | Leu | Gly | Lys | Tyr | Ile | Gly |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Ile | Ser | Ala | Gin | Gly | Asn | Trp | Ile | Asn | Gly | Gin | Gly | Phe | Arg | Gin | Asn |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ser | Pro | Thr | Lys | Val | Gin | Asn | Tyr | Leu | Leu | Asp | Ala | Ile | Tyr | Lys | Ile |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Asn | Ala | Thr | Asn | Thr | Phe | Lys | Ala | Tyr | Tyr | Gin | Tyr | Tyr | Gin | Tyr | Asn |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Ser | Tyr | His | Pro | Gly | Thr | Leu | Ser | Ala | Gin | Asp | Tyr | Ala | Tyr | Asn | Arg |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Phe | Ile | Asn | Glu | Arg | Pro | Asp | Asn | Gin | Asp | Gly | Gly | Arg | Ala | Lys | Arg |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Phe | Gly | Ile | Val | Tyr | Gin | Asn | Tyr | Phe | Gly | Asp | Pro | Asp | Arg | Lys | Val |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Gly | Gly | Asp | Phe | Lys | Phe | Thr | Tyr | Phe | Thr | His | Asp | Met | Ser | Arg | Asp |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Phe | Gly | Phe | Ser | Asn | Gin | Tyr | Gin | Ser | Val | Tyr | Met | Ser | Gly | Gin | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Lys | Ile | Leu | Pro | Phe | Lys | Gly | Lys | Gly | Glu | Ile | Ser | Ala | Lys | Asn | Pro |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Asn | Cys | Gly | Leu | Tyr | Ser | Tyr | Ser | Asp | Thr | Asn | Ser | Pro | Cys | Trp | Gin |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Phe | Phe | Asp | Asn | Ile | Arg | Arg | Ser | Val | Val | Asn | Ala | Phe | Glu | Pro | Lys |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Leu | Asn | Leu | Ile | Val | Asn | Thr | Gly | Lys | Val | Lys | Gin | Thr | Phe | Asn | Met |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Gly | Met | Arg | Phe | Leu | Thr | Glu | Asp | Leu | Tyr | Arg | Arg | Ser | Thr | Thr | Arg |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Lys | Asn | Pro | Ser | Met | Pro | Asn | Asn | Gly | Ser | Gly | Phe | Asp | Ala | Gly | Thr |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Ser | Leu | Asn | Asn | Phe | Asn | Asn | Tyr | Thr | Ala | Val | Tyr | Ala | Ser | Asp | Glu |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Ile | Asn | Phe | Asn | Asn | Gly | Met | Leu | Thr | Ile | Thr | Pro | Gly | Leu | Arg | Tyr |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Thr | Phe | Leu | Asn | Tyr | Glu | Lys | Lys | Asp | Ala | Pro | Pro | Phe | Lys | Val | Gly |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Gin | Thr | Pro | Lys | Thr | Thr | Lys | Glu | Arg | Tyr | Asn | Gin | Trp | Asn | Pro | Ala |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Val | Asn | Val | Gly | Tyr | Lys | Pro | Ile | Lys | Glu | Leu | Leu | Phe | Tyr | Phe | Asn |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Tyr | Gin | Arg | Ser | Tyr | Ile | Pro | Pro | Gin | Phe | Ser | Asn | Ile | Gly | Asn | Phe |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Val | Gly | Thr | Ser | Thr | Asp | Tyr | Phe | Gin | Ile | Phe | Asn | Val | Met | Glu | Gly |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Gly | Ser | Arg | Tyr | Tyr | Phe | Asn | His | Gin | Val | Ser | Phe | Asn | Ala | Asn | Tyr |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Phe | Val | Ile | Phe | Ala | Asn | His | Tyr | Phe | Thr | Gly | Arg | Tyr | Gly | Asp | Asn |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Arg | Glu | Pro | Val | Asn | Ala | Arg | Ser | Gin | Gly | Val | Glu | Leu | Glu | Leu | Tyr |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Tyr | Thr | Pro | Ile | Arg | Gly | Leu | Asn | Phe | His | Ala | Ala | Tyr | Thr | Phe | Ile |
• ·
21Θ
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Asp | Ala | Asn | Ile | Thr | Ser | His | Thr | Met | Val | Thr | Asn | Pro | Ala | Asn | Pro |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Lys | Gly | Pro | Lys | Lys | Asp | Ile | Phe | Gly | Lys | Lys | Leu | Pro | Phe | Val | Ser |
660 | 665 | 670 | |||||||||||||
Pro | His | Gin | Phe | Ile | Leu | Asp | Ala | Ser | Tyr | Thr | Tyr | Ala | Lys | Thr | Thr |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Ile | Gly | Leu | Ser | Ser | Phe | Phe | Tyr | Ser | Arg | Ala | Tyr | Ser | Asp | Val | Leu |
690 | 695 | 700 | |||||||||||||
Asn | Thr | Val | Pro | Phe | Thr | Glu | Tyr | Ala | Pro | Thr | Ile | Lys | Asn | Gly | Ala |
705 | 710 | 715 | 720 | ||||||||||||
Ile | Val | Thr | Lys | Thr | Ala | Gly | Met | Thr | Pro | Tyr | Tyr | Trp | Val | Trp | Asn |
725 | 730 | 735 | |||||||||||||
Leu | Gin | Ile | Ser | Thr | Thr | Leu | Trp | Glu | Arg | Lys | Asn | Gin | Ser | Val | Asn |
740 | 745 | 750 | |||||||||||||
Ala | Ser | Leu | Gin | Ile | Asn | Asn | Ile | Phe | Asn | Met | Lys | Tyr | Trp | Phe | Ser |
755 | 760 | 765 | |||||||||||||
Gly | Ile | Gly | Thr | Ser | Pro | Asn | Gly | Lys | Glu | Ala | Ala | Pro | Pro | Arg | Ser |
770 | 775 | 780 | |||||||||||||
Ile | Thr | Ala | Tyr | Val | Ser | Tyr | Asn | Phe | |||||||
785 | 790 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1049:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 398 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...398 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1049:
Leu | Gly | Ala | Ile | Met | Asp | Thr | Phe | Leu | Thr | Ser | Ile | Leu | Val | Leu | Leu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Met | Arg | Gly | Leu | Leu | Asn | Gin | Arg | Ala | Ile | Met | Gin | Gly | Leu | Met | Trp |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Trp | Ile | Pro | Leu | Phe | Tyr | Asp | Thr | Ile | Thr | Lys | Asp | Val | Phe | Gly | Phe |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Lys | Ala | Gly | Arg | Tyr | Glu | Ala | Asn | Ile | Asp | Phe | Met | Ser | Gly | Ser | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Gin | Gly | Trp | Glu | Val | Tyr | Tyr | Gin | Pro | Tyr | Lys | Thr | Glu | Thr | Gin | Arg |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Leu | Arg | Phe | Trp | Trp | Trp | Ser | Ser | Phe | Gly | Arg | Gly | Leu | Ala | Phe | Asn |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ser | Trp | Ile | Tyr | Glu | Phe | Phe | Ala | Thr | Val | Pro | Tyr | Leu | Lys | Lys | Gly |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gly | Asn | Pro | Ser | Asn | Ser | Asn | Asp | Phe | Ile | Asn | Tyr | Gly | Trp | His | Gly |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ile | Thr | Thr | Thr | Tyr | Ser | Tyr | Lys | Gly | Leu | Asp | Ala | Gin | Phe | Phe | Tyr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Tyr | Phe | Ala | Pro | Lys | Thr | Tyr | Asn | Ala | Pro | Gly | Phe | Lys | Leu | Val | Tyr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Asp | Thr | Asn | Arg | Asn | Phe | Glu | Asn | Val | Gly | Phe | Arg | Ser | Gin | Ser | Met |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ile | Met | Thr | Thr | Phe | Pro | Leu | Tyr | Tyr | Arg | Gly | Trp | Tyr | Asn | Pro | Glu |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Thr | Asn | Thr | Tyr | Ser | Leu | Glu | Asp | Ser | Thr | Pro | His | Gly | Ser | Leu | Leu |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Gly | Arg | Asn | Gly | Val | Thr | Leu | Asn | Ile | Arg | Gin | Val | Phe | Trp | Trp | Asp |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Asn | Phe | Asn | Trp | Ser | Ile | Gly | Phe | Tyr | Asn | Thr | Phe | Gly | Asn | Ser | Asp |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Ala | Phe | Leu | Gly | Ser | His | Thr | Met | Pro | Arg | Gly | Asn | Asn | Thr | Ser | Tyr |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ile | Ser | Asn | Glu | Ile | Ser | Val | Thr | Thr | Arg | His | Ala | Gly | Met | Ile | Gly |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Tyr | Asp | Phe | Trp | Asp | Asn | Thr | Ala | Tyr | Asp | Gly | Leu | Ala | Asp | Ala | Ile |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Thr | Asn | Ala | Asn | Thr | Phe | Thr | Phe | Tyr | Thr | Ser | Val | Gly | Gly | Ile | His |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Lys | Arg | Phe | Ala | Trp | His | Val | Phe | Gly | Arg | Val | Ser | His | Ala | Asn | Lys |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Asn | Ala | Leu | Gly | Gin | Val | Gly | Arg | Ala | Asn | Glu | Tyr | Ser | Leu | Gin | Phe |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Asn | Ala | Ser | Tyr | Ala | Phe | Thr | Glu | Ser | Val | Leu | Leu | Asn | Phe | Arg | Ile |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Thr | Tyr | Tyr | Gly | Ala | Arg | Ile | Asn | Lys | Gly | Tyr | Gin | Ala | Gly | Tyr | Phe |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Gly | Ala | Pro | Lys | Phe | Asn | Asn | Pro | Asp | Gly | Asp | Phe | Ser | Ala | Asn | Tyr |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Gin | Asp | Arg | Ser | Tyr | Met | Met | Thr | Asn | Leu | Thr | Leu | Lys | Phe | ||
385 | 390 | 395 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1050:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 444 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...444 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1050:
Leu | Ser Asn Ala | Phe | Ser | Gin | Tyr | Leu | Tyr | Ser | Leu | Leu | Gly | Ala | Tyr | ||
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Pro | Thr | Lys | Leu | Asn | Gly | Asn | Asp | Val | Ser | Ala | Asn | Ala | Leu | Leu | Ser |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Gly | Ala | Val | Gly | Ser | Gly | Thr | Cys | Ala | Ala | Ala | Gly | Thr | Ala | Gly | Gly |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Thr | Thr | Leu | Asn | Thr | Gin | Ser | Ala | Cys | Thr | Ala | Ala | Gly | Tyr | Tyr | Trp |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Leu | Pro | Ser | Leu | Thr | Asp | Arg | Ile | Leu | Ser | Thr | Ile | Gly | Ser | Gin | Thr |
65 | 70 | 75 | 80 |
• ·
312
Asn | Tyr | Gly | Thr | Asn 85 | Thr | Asn | Phe | Pro | Asn 90 | Met | Gin | Gin | Gin | Leu 95 | Thr |
Tyr | Leu | Asn | Ala | Gly | Asn | Val | Phe | Phe | Asn | Ala | Met | Asn | Lys | Ala | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Glu | Lys | Asn | Gly | Thr | Ala | Thr | Ala | Asn | Ser | Thr | Ser | Ser | Thr | Ser | Gly |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ala | Thr | Gly | Ser | Asp | Gly | Gin | Thr | Tyr | Ser | Gin | Gin | Ala | Ile | Gin | Tyr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Leu | Gin | Gly | Gin | Gin | Asn | Ile | Leu | Asn | Asn | Ala | Ala | Asn | Leu | Leu | Lys |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Gin | Asp | Glu | Leu | Leu | Leu | Glu | Ala | Phe | Asn | Ser | Ala | Val | Ala | Ala | Asn |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ile | Gly | Asn | Lys | Glu | Phe | Asn | Ser | Ala | Ala | Phe | Thr | Gly | Leu | Val | Gin |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Ile | Ile | Asp | Gin | Ser | Gin | Leu | Val | Tyr | Asn | Glu | Leu | Thr | Lys | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Thr | Ile | Ser | Gly | Ser | Ala | Val | Asn | Asn | Ala | Gly | Ile | Asn | Ser | Asn | Gin |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ala | Asn | Ala | Val | Gin | Gly | Arg | Ala | Ser | Gin | Leu | Pro | Asn | Ala | Leu | Tyr |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Asn | Val | Gin | Val | Thr | Leu | Asp | Lys | Ile | Asn | Ala | Leu | Asn | Asn | Gin | Val |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Arg | Ser | Met | Pro | Tyr | Leu | Pro | Gin | Phe | Arg | Ala | Gly | Asn | Ser | Arg | Ala |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Thr | Asn | Ile | Leu | Asn | Gly | Phe | Tyr | Thr | Lys | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Phe | Gly | Lys | Lys | Arg | Asn | Ile | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Ser |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Gly | Ala | Ser | Val | Gly | Phe | Arg | Ser | Thr | Gin | Asn | Asn | Val | Gly |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Leu | Tyr | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Thr | Asp | Val | Leu | Tyr | Asn | Ile | Phe | Ser |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Arg | Ser | Tyr | Gin | Asn | Arg | Ser | Val | Asp | Met | Gly | Phe | Phe | Ser | Gly | Ile |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Gin | Leu | Ala | Gly | Glu | Thr | Phe | Gin | Ser | Thr | Leu | Arg | Asp | Asp | Pro | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Val | Lys | Leu | His | Gly | Lys | Ile | Asn | Asn | Thr | His | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Asp | Phe | Gly | Met | Arg | Met | Asn | Phe | Gly | Lys | Leu | Asp | Gly | Lys | Ser | Asn |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Arg | His | Asn | Gin | His | Thr | Val | Glu | Phe | Gly | Val | Val | Val | Pro | Thr | Ile |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Thr | Tyr | Tyr | Lys | Ser | Ala | Gly | Thr | Thr | Val | Lys | Tyr | Phe | Arg |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Pro | Tyr | Ser | Val | Tyr | Trp | Ser | Tyr | Gly | Tyr | Ser | Phe | ||||
435 | 440 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1052:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 696 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...696 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1052:
Met 1 | Lys | Ile | Lys | Lys 5 | Ser | Leu | Phe | Ala | Leu 10 | Ser | Phe | Ser | Leu | Met 15 | Ala |
Ser | Leu | Ser | Arg 20 | Ala | Glu | Asp | Asp | Gly 25 | Phe | Tyr | Met | Ser | Val 30 | Gly | Tyr |
Gin | Ile | Gly 35 | Glu | Ala | Val | Gin | Lys 40 | Val | Lys | Asn | Thr | Gly 45 | Ala | Leu | Gin |
Asn | Leu 50 | Ala | Asp | Arg | Tyr | Asp 55 | Asn | Leu | Ser | Asn | Leu 60 | Leu | Asn | Gin | Tyr |
Asn 65 | Tyr | Leu | Asn | Ser | Leu 70 | Val | Asn | Leu | Ala | Ser 75 | Thr | Pro | Ser | Ala | Ile 80 |
Thr | Gly | Ala | Ile | Asp 85 | Asn | Leu | Ser | Ser | Ser 90 | Ala | Ile | Asn | Leu | Thr 95 | Ser |
Ala | Thr | Thr | Thr 100 | Ser | Pro | Ala | Tyr | Gin 105 | Ala | Val | Ala | Leu | Ala 110 | Leu | Asn |
Ala | Ala | Val 115 | Gly | Met | Trp | Gin | Val 120 | Ile | Ala | Phe | Gly | Ile 125 | Ser | Cys | Gly |
Pro | Gly 130 | Pro | Asn | Leu | Gly | Pro 135 | Glu | His | Leu | Glu | Asn 140 | Gly | Gly | Val | Arg |
Ser 145 | Phe | Asp | Asn | Thr | Pro 150 | Asn | Tyr | Ser | Tyr | Asn 155 | Thr | Gly | Ser | Gly | Thr 160 |
Thr | Thr | Thr | Thr | Cys 165 | Asn | Gly | Ala | Ser | Asn 170 | Val | Gly | Pro | Asn | Gly 175 | Ile |
Leu | Ser | Ser | Ser 180 | Glu | Tyr | Gin | Val | Leu 185 | Asn | Thr | Ala | Tyr | Gin 190 | Thr | Ile |
Gin | Thr | Ala 195 | Leu | Asn | Gin | Asn | Gin 200 | Gly | Gly | Gly | Met | Pro 205 | Ala | Leu | Asn |
Ser | Ser 210 | Lys | Asn | Met | Val | Val 215 | Asn | Ile | Asn | Gin | Thr 220 | Phe | Thr | Lys | Asn |
Pro 225 | Thr | Thr | Glu | Tyr | Thr 230 | Tyr | Pro | Asp | Gly | Asn 235 | Gly | Asn | Tyr | Tyr | Ser 240 |
Gly | Gly | Ser | Ser | Ile 245 | Pro | Ile | Gin | Leu | Lys 250 | Ile | Ser | Ser | Val | Asn 255 | Asp |
Ala | Glu | Asn | Leu 260 | Leu | Gin | Gin | Ala | Ala 265 | Thr | Ile | Ile | Asn | Val 270 | Leu | Thr |
Thr | Gin | Asn 275 | Pro | His | Val | Asn | Gly 280 | Gly | Gly | Gly | Ala | Trp 285 | Gly | Phe | Gly |
Gly | Lys 290 | Thr | Gly | Asn | Val | Met 295 | Asp | Ile | Phe | Gly | Asp 300 | Ser | Phe | Asn | Ala |
Ile 305 | Asn | Glu | Met | Ile | Lys 310 | Asn | Ala | Gin | Ala | Val 315 | Leu | Glu | Lys | Thr | Gin 320 |
Gin | Leu | Asn | Ala | Asn 325 | Glu | Asn | Thr | Gin | Ile 330 | Thr | Gin | Pro | Asp | Asn 335 | Phe |
Asn | Pro | Tyr | Thr 340 | Ser | Lys | Asp | Thr | Gin 345 | Phe | Ala | Gin | Glu | Met 350 | Leu | Asn |
Arg | Ala | Asn 355 | Ala | Gin | Ala | Glu | Ile 360 | Leu | Ser | Leu | Ala | Gin 365 | Gin | Val | Ala |
Asp | Asn 370 | Phe | His | Ser | Ile | Gin 375 | Gly | Pro | Ile | Gin | Gin 380 | Asp | Leu | Glu | Glu |
Cys 385 | Thr | Ala | Gly | Ser | Ala 390 | Gly | Val | Ile | Asn | Asp 395 | Asn | Thr | Tyr | Gly | Ser 400 |
Gly | Cys | Ala | Phe | Val | Lys | Glu | Thr | Leu | Asn | Ser | Leu | Glu | Gin | His | Thr |
• ·
214
Ala | Ile 450 | Asn | Ser | Gly | Ile | Ser 455 | Asn | Leu | Pro | Asn | Ala 460 | Lys | Ser | Leu | Gin |
Asn | Met | Thr | His | Ala | Thr | Gin | Asn | Pro | Asn | Ser | Pro | Glu | Gly | Leu | Leu |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Thr | Tyr | Ser | Leu | Asp | Thr | Ser | Lys | Tyr | Asn | Gin | Leu | Gin | Thr | Val | Ala |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Gin | Glu | Leu | Gly | Lys | Asn | Pro | Phe | Arg | Arg | Ile | Gly | Val | Ile | Asn | Tyr |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Gin | Asn | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn | Gly | Ile | Gly | Val | Gin | Ala | Gly | Tyr |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Lys | Lys | Arg | Asn | Trp | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Ala | Tyr | Ile | Lys | Ser | Asn | Phe | Phe | Asn | Ser |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Ala | Ser | Asp | Val | Trp | Thr | Tyr | Gly | Val | Gly | Met | Asp | Ala | Leu | Tyr | Asn |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Asn | Thr | Asn | Phe | Leu | Gly | Lys | Asn | Asn | Lys | Leu |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Ser | Val | Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Phe | Ala | Leu | Ala | Gly | Thr | Ser | Trp | Leu |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Asn | Ser | Gin | Gin | Val | Asn | Leu | Thr | Met | Met | Asn | Gly | Ile | Tyr | Asn | Ala |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Asn | Val | Ser | Ala | Ser | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asp | Leu | Gly | Leu | Arg |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Met | Asn | Leu | Ala | Arg | Pro | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser | Asp | His | Ala | Ala | Gin |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
His | Gly | Met | Glu | Leu | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile | Asn | Thr | Asp | Tyr |
660 | 665 | 670 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Phe | Met | Gly | Ala | Glu | Leu | Lys | Tyr | Arg | Arg | Leu | Tyr | Ser | Val |
675 | 680 | 685 | |||||||||||||
Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | ||||||||
690 | 695 | ||||||||||||||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO: | : 1053: | |||||||||||||
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | ||||||||||||||
(A) DÉLKA: | : 371 | . aminokyselin |
(B) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | protein |
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | 7 Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | . 371 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1053: |
Met Gin | Phe Gin Lys Thr | Leu Ser Ser Leu Ser Leu Phe Leu Ser Leu |
1 | 5 | 10 15 |
Ser Leu | Phe Leu Ser Phe | Ser Ile Ala Glu Glu Asn Gly Ala Tyr Ala |
20 | 25 30 | |
Ser Val | Gly Phe Glu Tyr | Ser Ile Ser His Ala Val Glu His Asn Asn |
35 | 40 45 | |
Pro Phe | Leu Asn Gin Glu | Arg Ile Gin Thr Ile Ser Asn Ala Gin Asn |
50 | 55 60 | |
Lys Ile | Tyr Lys Leu Asn | Gin Val Lys Asn Glu Ile Thr Asn Met Pro |
• ··
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Asn | Thr | Phe | Asn | Tyr | Ile | Asn | Asn | Ala | Leu | Lys | Asn | Asn | Ala | Lys | Leu |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Thr | Pro | Thr | Glu | Lys | Gin | Ala | Glu | Thr | Tyr | Tyr | Leu | Gin | Ser | Thr | Leu |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Gin | Asn | Ile | Glu | Lys | Ile | Val | Met | Leu | Ser | Gly | Gly | Val | Ala | Ser | Asn |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Pro | Lys | Leu | Ala | Gin | Ala | Leu | Glu | Lys | Met | Gin | Glu | Pro | Ile | Thr | Asn |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Pro | Leu | Glu | Leu | Val | Glu | Asn | Leu | Lys | Asn | Leu | Glu | Leu | Gin | Phe | Ser |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Gin | Ser | Gin | Asn | Ser | Met | Leu | Ser | Ser | Leu | Ser | Ser | Gin | Ile | Ala | Gin |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Ile | Ser | Asn | Ser | Leu | Asn | Ala | Leu | Asp | Pro | Ser | Ser | Tyr | Ser | Lys | Asn |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Val | Ser | Ser | Met | Tyr | Gly | Val | Gly | Leu | Ser | Val | Gly | Tyr | Lys | His | Phe |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Phe | Thr | Lys | Lys | Lys | Asn | Gin | Gly | Phe | Arg | Tyr | Tyr | Leu | Phe | Tyr | Asp |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Tyr | Gly | Tyr | Thr | Asn | Phe | Gly | Phe | Val | Gly | Asn | Gly | Phe | Asp | Gly | Leu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | Lys | Met | Asn | Asn | His | Leu | Tyr | Gly | Leu | Gly | Ile | Asp | Tyr | Leu | Phe |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Asn | Phe | Ile | Asp | Asn | Ala | Gin | Lys | His | Ser | Ser | Val | Gly | Phe | Tyr | Val |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Gly | Phe | Ala | Leu | Ala | Gly | Ser | Ser | Trp | Val | Gly | Ser | Gly | Leu | Gly | Met |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Trp | Val | Ser | Gin | Met | Asp | Phe | Ile | Asn | Asn | Tyr | Leu | Thr | Asp | Tyr | Arg |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Ala | Lys | Met | His | Thr | Ser | Phe | Phe | Gin | Ile | Pro | Leu | Asn | Phe | Gly | Val |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Arg | Val | Asn | Val | Asp | Arg | His | Asn | Gly | Phe | Glu | Met | Gly | Leu | Lys | Ile |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Pro | Leu | Ala | Val | Asn | Ser | Phe | Tyr | Glu | Thr | His | Gly | Lys | Gly | Leu | Asn |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ala | Ser | Leu | Phe | Phe | Lys | Arg | Leu | Val | Met | Phe | Asn | Val | Ser | Tyr | Val |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Phe | |||||||||||||
370 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1063:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 668 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
(ii) | DRUH MOLEKULY: protein | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: ANO | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...668 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1063: |
Met Val Lys Asn Thr Lys Gly Ile Gin Gin Leu Ser Glu Asn Tyr Glu 15 10 15 ·· ·· ·· • · · · · • · · · ·«
31é • · • · · ···· ··
Lys | Leu | Asn | Asn 20 | Leu | Leu Asn Asn | Tyr 25 | Asn | Thr | Leu | Asn | Thr 30 | Leu | Val | ||
Lys | Leu | Ser | Ser | Asp | Pro | Ser | Ala | Val | Asn | Asp | Ala | Arg | Asp | Asn | Leu |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Gly | Ser | Ser | Thr | Arg | Asn | Leu | Leu | Asp | Val | Lys | Ala | Asn | Ser | Pro | Ala |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Tyr | Gin | Ala | Val | Leu | Leu | Ala | Leu | Asn | Ala | Ala | Val | Gly | Leu | Trp | Gin |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Val | Thr | Ser | Tyr | Ala | Phe | Thr | Ala | Cys | Gly | Pro | Gly | Ser | Asn | Glu | Asn |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ala | Asn | Gly | Gly | Ile | Gin | Thr | Phe | Asn | Asn | Val | Pro | Gly | Gin | Asn | Thr |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Thr | Thr | Ile | Thr | Cys | Asn | Ser | Tyr | Tyr | Glu | Pro | Gly | His | Gly | Gly | Pro |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Ile | Ser | Thr | Lys | Asn | Tyr | Ala | Ile | Ile | Asn | Lys | Ala | Tyr | Gin | Ile | Ile |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Gin | Lys | Ala | Leu | Thr | Ala | Asn | Gly | Glu | Gly | Ile | Pro | Val | Leu | Ser | Asn |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Thr | Thr | Thr | Lys | Leu | Asp | Phe | Thr | Ile | Asn | Gly | Asp | Lys | Arg | Thr | Gly |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gly | Glu | Pro | Asn | Lys | Lys | Leu | Val | Tyr | Pro | Trp | Ser | His | Gly | Lys | Ala |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ile | Ser | Thr | Ser | Trp | Asn | Ala | Thr | Ile | Thr | Ala | Pro | Thr | Thr | Glu | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ile | Asn | Thr | Thr | Asn | Ser | Ala | Gin | Glu | Leu | Leu | Lys | Gin | Ala | Ser | Ile |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ile | Ile | Thr | Thr | Leu | Asn | Ser | Ala | Cys | Pro | Asn | Phe | Gin | Asn | Gly | Gly |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Ser | Gly | Tyr | Trp | Ala | Gly | Ile | Ser | Gly | Asn | Gly | Thr | Met | Cys | Gly | Met |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Phe | Lys | Asn | Glu | Ile | Ser | Ala | Ile | Gin | Gly | Met | Ile | Ala | Asn | Ala | Gin |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Glu | Ala | Val | Ala | Gin | Ala | Lys | Ile | Val | Ser | Glu | Asn | Thr | Gin | Asn | Gin |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Asn | Ser | Leu | Asp | Ala | Gly | Lys | Pro | Phe | Asn | Pro | Tyr | Thr | Asp | Ala | Ser |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Phe | Ala | Glu | Ser | Met | Leu | Lys | Asn | Ala | Gin | Ala | Gin | Ala | Glu | Ile | Leu |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Asn | Gin | Ala | Glu | Gin | Val | Val | Lys | Asn | Phe | Glu | Lys | Ile | Pro | Thr | Ala |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Phe | Val | Asn | Asp | Ser | Leu | Gly | Val | Cys | Tyr | Glu | Val | Gin | Gly | Gly | Glu |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Arg | Arg | Gly | Thr | Asn | Pro | Gly | Gin | Thr | Thr | Ser | Asn | Thr | Trp | Gly | Ala |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Gly | Cys | Ala | Tyr | Val | Gly | Gin | Thr | Ile | Thr | Asn | Leu | Lys | Asn | Ser | Ile |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Ala | His | Phe | Gly | Thr | Gin | Glu | Gin | Gin | Ile | Gin | Gin | Ala | Glu | Asn | Ile |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ala | Asp | Thr | Leu | Val | Asn | Phe | Lys | Ser | Arg | Tyr | Ser | Glu | Leu | Gly | Asn |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Thr | Tyr | Asn | Ser | Ile | Thr | Thr | Ala | Leu | Ser | Asn | Ile | Pro | Asn | Ala | Gin |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Ser | Leu | Gin | Asn | Ala | Val | Ser | Lys | Lys | Asn | Asn | Pro | Tyr | Ser | Pro | Gin |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Gly | Ile | Asp | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Leu | Asn | Gin | Asn | Ser | Tyr | Asn | Gin | Ile |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Gin | Thr | Ile | Asn | Gin | Glu | Leu | Gly | Arg | Asn | Pro | Phe | Arg | Lys | Val | Gly |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Ile | Val | Ser | Ser | Gin | Thr | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn | Gly | Ile | Gly | Ile |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Gin | Lys | Arg | Lys | Trp | Gly | Ala |
500 | 505 | 510 |
·· • · • · ··
217
Arg | Tyr | Tyr 515 | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr 520 | Asn | His | Ala | Phe | Ile 525 | Lys | Ser | Ser |
Phe | Phe | Asn | Ser | Ala | Ser | Asp | Val | Trp | Thr | Tyr | Gly | Phe | Gly | Ala | Asp |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Ala | Leu | Tyr | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Ala | Thr | Asn | Phe | Leu | Gly | Lys |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Asn | Asn | Lys | Leu | Ser | Val | Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Ala | Gly |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Thr | Ser | Trp | Leu | Asn | Ser | Glu | Tyr | Val | Asn | Leu | Ala | Thr | Met | Asn | Asn |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Val | Tyr | Asn | Ala | Lys | Met | Asn | Val | Ala | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Met | Gly | Val | Arg | Met | Asn | Leu | Ala | Arg | Pro | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser | Asp |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
His | Ala | Ala | Gin | His | Gly | Ile | Glu | Leu | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Asn | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Phe | Met | Gly | Ala | Glu | Leu | Lys | Tyr | Arg | Arg |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Leu | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | ||||
660 | 665 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1077:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 635 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NAZEV/KLIC: různé (B) POZICE 1...635 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID znaky
Leu 1 | Ser | Ser | Asp | Pro 5 | Ser | Ala | Val |
Ser | Ser | Thr | Arg 20 | Asn | Leu | Leu | Asp |
Gin | Ala | Val 35 | Leu | Leu | Ala | Leu | Asn 40 |
Thr | Ser 50 | Tyr | Ala | Phe | Thr | Ala 55 | Cys |
Asn 65 | Gly | Gly | Ile | Gin | Thr 70 | Phe | Asn |
Thr | Ile | Thr | Cys | Asn 85 | Ser | Tyr | Tyr |
Ser | Thr | Lys | Asn 100 | Tyr | Ala | Ile | Ile |
Lys | Ala | Leu 115 | Thr | Ala | Asn | Gly | Glu 120 |
Thr | Thr 130 | Lys | Leu | Asp | Phe | Thr 135 | Ile |
Glu 145 | Pro | Asn | Lys | Lys | Leu 150 | Val | Tyr |
NO:1077 :
Asn | Asp 10 | Ala | Arg | Asp | Asn | Leu 15 | Gly |
Val 25 | Lys | Ala | Asn | Ser | Pro 30 | Ala | Tyr |
Ala | Ala | Val | Gly | Leu 45 | Trp | Gin | Val |
Gly | Pro | Gly | Ser 60 | Asn | Glu | Asn | Ala |
Asn | Val | Pro 75 | Gly | Gin | Asn | Thr | Thr 80 |
Glu | Pro 90 | Gly | His | Gly | Gly | Pro 95 | Ile |
Asn 105 | Lys | Ala | Tyr | Gin | Ile 110 | Ile | Gin |
Gly | Ile | Pro | Val | Leu 125 | Ser | Asn | Thr |
Asn | Gly | Asp | Lys 140 | Arg | Thr | Gly | Gly |
Pro | Trp | Ser 155 | His | Gly | Lys | Ala | Ile 160 |
• ·
318
Ser | Thr | Ser | Trp | Asn 165 | Ala | Thr | Ile | Thr | Ala 170 | Pro | Thr | Thr | Glu | Asn 175 | Ile |
Asn | Thr | Thr | Asn | Ser | Ala | Gin | Glu | Leu | Leu | Lys | Gin | Ala | Ser | Ile | Ile |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Ile | Thr | Thr | Leu | Asn | Ser | Ala | Cys | Pro | Asn | Phe | Gin | Asn | Gly | Gly | Ser |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Gly | Tyr | Trp | Ala | Gly | Ile | Ser | Gly | Asn | Gly | Thr | Met | Cys | Gly | Met | Phe |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Lys | Asn | Glu | Ile | Ser | Ala | Ile | Gin | Gly | Met | Ile | Ala | Asn | Ala | Gin | Glu |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Ala | Val | Ala | Gin | Ala | Lys | Ile | Val | Ser | Glu | Asn | Thr | Gin | Asn | Gin | Asn |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Ser | Leu | Asp | Ala | Gly | Lys | Pro | Phe | Asn | Pro | Tyr | Thr | Asp | Ala | Ser | Phe |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Glu | Ser | Met | Leu | Lys | Asn | Ala | Gin | Ala | Gin | Ala | Glu | Ile | Leu | Asn |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Gin | Ala | Glu | Gin | Val | Val | Lys | Asn | Phe | Glu | Lys | Ile | Pro | Thr | Ala | Phe |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Val | Asn | Asp | Ser | Leu | Gly | Val | Cys | Tyr | Glu | Val | Gin | Gly | Gly | Glu | Arg |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Arg | Gly | Thr | Asn | Pro | Gly | Gin | Thr | Thr | Ser | Asn | Thr | Trp | Gly | Al a | Gly |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Cys | Ala | Tyr | Val | Gly | Gin | Thr | Ile | Thr | Asn | Leu | Lys | Asn | Ser | Ile | Ala |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
His | Phe | Gly | Thr | Gin | Glu | Gin | Gin | Ile | Gin | Gin | Ala | Glu | Asn | Ile | Ala |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Asp | Thr | Leu | Val | Asn | Phe | Lys | Ser | Arg | Tyr | Ser | Glu | Leu | Gly | Asn | Thr |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Tyr | Asn | Ser | Ile | Thr | Thr | Ala | Leu | Ser | Asn | Ile | Pro | Asn | Ala | Gin | Ser |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Leu | Gin | Asn | Ala | Val | Ser | Lys | Lys | Asn | Asn | Pro | Tyr | Ser | Pro | Gin | Gly |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Ile | Asp | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Leu | Asn | Gin | Asn | Ser | Tyr | Asn | Gin | Ile | Gin |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Thr | Ile | Asn | Gin | Glu | Leu | Gly | Arg | Asn | Pro | Phe | Arg | Lys | Val | Gly | Ile |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Val | Ser | Ser | Gin | Thr | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn | Gly | Ile | Gly | Ile | Gin |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Gin | Lys | Arg | Lys | Trp | Gly | Ala | Arg |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Ala | Phe | Ile | Lys | Ser | Ser | Phe |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Phe | Asn | Ser | Ala | Ser | Asp | Val | Trp | Thr | Tyr | Gly | Phe | Gly | Ala | Asp | Ala |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Leu | Tyr | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Ala | Thr | Asn | Phe | Leu | Gly | Lys | Asn |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Asn | Lys | Leu | Ser | Val | Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Ala | Gly | Thr |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Ser | Trp | Leu | Asn | Ser | Glu | Tyr | Val | Asn | Leu | Ala | Thr | Met | Asn | Asn | Val |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Tyr | Asn | Ala | Lys | Met | Asn | Val | Ala | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn | Met |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Gly | Val | Arg | Met | Asn | Leu | Ala | Arg | Pro | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser | Asp | His |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Ala | Ala | Gin | His | Gly | Ile | Glu | Leu | Gly | Leu | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile | Asn |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Phe | Met | Gly | Ala | Glu | Leu | Lys | Tyr | Arg | Arg | Leu |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | |||||
625 | 630 | 635 |
• · · ·· ·· I · ·
319 • · « · · < • · · · · · t · ·· · · <
• · · · I ·· ·· ··
INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:1081: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 270 | aminokyselin |
(B) | TYP: aminokyselina | |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
(ii) DRUH | MOLEKULY: ; | protein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...270 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1081:
Met | Lys | Lys | Phe | Val | Val | Phe | Lys | Thr | Leu | Cys | Leu | Ser | Val | Val | Leu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Gly | Asn | Ser | Leu | Val | Ala | Ala | Glu | Gly | Ser | Thr | Glu | Val | Gin | Lys | Gin |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Leu | Glu | Lys | Pro | Lys | Asp | Tyr | Lys | Ala | Val | Lys | Gly | Glu | Lys | Asn | Ala |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Trp | Tyr | Leu | Gly | Ile | Ser | Tyr | Gin | Val | Gly | Gin | Ala | Ser | Gin | Ser | Val |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Lys | Asn | Pro | Pro | Lys | Ser | Ser | Glu | Phe | Asn | Tyr | Pro | Lys | Phe | Pro | Val |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Gly | Lys | Thr | Asp | Tyr | Leu | Ala | Val | Met | Gin | Gly | Leu | Gly | Leu | Thr | Val |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Glu | Lys | Arg | Trp | Phe | Gly | Ala | Arg | Tyr |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Tyr | Gly | Phe | Met | Asp | Tyr | Gly | His | Ala | Val | Phe | Gly | Ala | Asn | Ala | Leu |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Thr | Ser | Asp | Asn | Gly | Gly | Val | Cys | Lys | Leu | Asn | Glu | Pro | Cys | Ala | Thr |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Lys | Val | Gly | Thr | Met | Gly | Asn | Leu | Ser | Asp | Met | Phe | Thr | Tyr | Gly | Val |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Gly | Ile | Asp | Thr | Leu | Tyr | Asn | Val | Ile | Asn | Lys | Glu | Asp | Ala | Ser | Phe |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gly | Phe | Phe | Phe | Gly | Ala | Gin | Ile | Ala | Gly | Asn | Ser | Trp | Gly | Asn | Thr |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Thr | Gly | Ala | Phe | Leu | Glu | Thr | Lys | Ser | Pro | Tyr | Lys | His | Thr | Ser | Tyr |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Ser | Leu | Asp | Pro | Ala | Ile | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn | Leu | Gly | Ile | Arg |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Thr | His | Ile | Gly | Gin | His | Gin | Glu | Phe | Asp | Phe | Gly | Val | Lys | Ile | Pro |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Thr | Ile | Asn | Val | Tyr | Tyr | Phe | Asn | His | Gly | Asn | Leu | Ser | Phe | Thr | Tyr |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Arg | Arg | Gin | Tyr | Ser | Leu | Tyr | Val | Gly | Tyr | Arg | Tyr | Asn | Phe | ||
260 | 265 | 270 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1083:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 925 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární
32Q (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...925 znaky (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID
Leu | Val | Ile | Ile | Ser | Leu | Leu | Thr |
1 | 5 | ||||||
Glu | Ile | Ser | Ile 20 | Lys | Lys | Phe | Ile |
Ile | Asn | Thr 35 | Gly | Val | Glu | Ala | Leu 40 |
Asp | Leu 50 | Ala | Ser | Pro | Lys | Glu 55 | Thr |
Ala 65 | Gin | Asn | Glu | Thr | Ser 70 | Gin | Ser |
Val | Lys | Ser | Ile | Ser 85 | Tyr | Val | Gly |
Ala | Asn | Glu | Ile 100 | Ala | Lys | Ile | Arg |
Lys | Ile | Asp 115 | Thr | Ala | Val | Leu | Ala 120 |
Asp | Val 130 | Tyr | Ala | Thr | Phe | Glu 135 | Asn |
Glu 145 | Lys | Ala | Arg | Ile | Ala 150 | Gly | Val |
Lys | Glu | Lys | Asp | Gly 165 | Leu | Lys | Ser |
Thr | Phe | Asp | Glu 180 | Gin | Lys | Leu | Glu |
Ala | Leu | Glu 195 | Gly | Gin | Gly | Tyr | Tyr 200 |
Glu | Lys 210 | Val | Ser | Glu | Gly | Ala 215 | Leu |
Gly 225 | Asp | Ser | Ile | Tyr | Ile 230 | Lys | Gin |
Leu | Lys | Arg | Arg | Val 245 | Ile | Glu | Ser |
Phe | Met | Gly | Trp 260 | Met | Trp | Gly | Leu |
Gin | Leu | Glu 275 | Tyr | Asp | Ser | Leu | Arg 280 |
Gly | Tyr 290 | Leu | Asp | Ala | His | Ile 295 | Ser |
Ser 305 | Thr | His | Asp | Ala | Lys 310 | Leu | His |
Tyr | Arg | Ile | Ser | Asp 325 | Ile | Leu | Ile |
Leu | Lys | Thr | Leu 340 | Glu | Lys | Ala | Leu |
Asn | Ile | Glu 355 | His | Leu | Arg | Ala | Asp 360 |
Ala | Asp 370 | Lys | Gly | Tyr | Ala | Phe 375 | Ala |
NO:1083:
Thr | Leu 10 | Lys | Leu | Lys | Ser | Ile 15 | Lys |
Leu 25 | Ser | Ser | Leu | Val | Phe 30 | Ala | Cys |
Glu | Asn | Asp | Gly | Ser 45 | Lys | Pro | Asn |
Pro | Lys | Glu | Ala 60 | Gin | Lys | Asn | Glu |
Asn | Gin | Thr 75 | Pro | Lys | Glu | Met | Lys 80 |
Leu | Ser 90 | Tyr | Met | Ser | Asp | Met 95 | Leu |
Val 105 | Gly | Asp | Met | Val | Asp 110 | Ser | Lys |
Leu | Phe | Asn | Gin | Gly 125 | Tyr | Phe | Lys |
Gly | Ile | Leu | Glu 140 | Phe | His | Phe | Asp |
Glu | Ile | Lys 155 | Gly | Tyr | Gly | Thr | Glu 160 |
Gin | Met 170 | Gly | Ile | Lys | Lys | Gly 175 | Asp |
His 185 | Ala | Lys | Thr | Ala | Leu 190 | Lys | Thr |
Gly | Ser | Val | Val | Glu 205 | Val | Arg | Thr |
Leu | Ile | Val | Phe 220 | Asp | Val | Asn | Arg |
Ser | Ile | Tyr 235 | Glu | Gly | Ser | Asp | Lys 24 0 |
Leu | Ser 250 | Ala | Asn | Lys | Gin | Arg 255 | Asp |
Asn 265 | Asp | Gly | Lys | Leu | Arg 270 | Leu | Asp |
Ile | Gin | Asp | Val | Tyr 285 | Met | Arg | Arg |
Ser | Pro | Phe | Leu 300 | Lys | Thr | Asp | Phe |
Tyr | Lys | Val 315 | Lys | Glu | Gly | Ile | Gin 320 |
Glu | Ile 330 | Asp | Asn | Pro | Val | Val 335 | Pro |
Lys 345 | Val | Lys | Arg | Lys | Asp 350 | Val | Phe |
Ala | Gin | Ile | Leu | Lys 365 | Thr | Glu | Ile |
Val | Val | Lys | Pro 380 | Asp | Leu | Asp | Lys |
32-1 ·· ♦· • · · • ··· • · · · • · · ··*· ·· »· · ·· ·· ·· • · · * • · ·* ··· · <
• · ·
Α· ··
Asp | Glu | Lys | Asn | Gly | Leu | Val | Lys | Val | Ile | Tyr | Arg | Ile | Glu | Val | Gly |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Asp | Met | Val | His | Ile 405 | Asn | Asp | Val | Ile | Ile 410 | Ser | Gly | Asn | Gin | Arg 415 | Thr |
Ser | Asp | Arg | Ile 420 | Ile | Arg | Arg | Glu | Leu 425 | Leu | Leu | Gly | Pro | Lys 430 | Asp | Lys |
Tyr | Asn | Leu 435 | Thr | Lys | Leu | Arg | Asn 440 | Ser | Glu | Asn | Ser | Leu 445 | Arg | Arg | Leu |
Gly | Phe 450 | Phe | Ser | Lys | Val | Lys 455 | Ile | Glu | Glu | Lys | Arg 460 | Val | Asn | Ser | Ser |
Leu 4 65 | Met | Asp | Leu | Leu | Val 470 | Ser | Val | Glu | Glu | Gly 475 | Arg | Thr | Gly | Gin | Leu 480 |
Gin | Phe | Gly | Leu | Gly 485 | Tyr | Gly | Ser | Tyr | Gly 490 | Gly | Leu | Met | Leu | Asn 495 | Gly |
Ser | Val | Ser | Glu 500 | Arg | Asn | Leu | Phe | Gly 505 | Thr | Gly | Gin | Ser | Met 510 | Ser | Leu |
Tyr | Ala | Asn 515 | Ile | Ala | Thr | Gly | Gly 520 | Gly | Arg | Ser | Tyr | Pro 525 | Gly | Met | Pro |
Lys | Gly 530 | Ala | Gly | Arg | Met | Phe 535 | Ala | Gly | Asn | Leu | Ser 540 | Leu | Thr | Asn | Pro |
Arg 545 | Ile | Phe | Asp | Ser | Trp 550 | Tyr | Ser | Ser | Thr | Ile 555 | Asn | Leu | Tyr | Al a | Asp 560 |
Tyr | Arg | Ile | Ser | Tyr 565 | Gin | Tyr | Ile | Gin | Gin 570 | Gly | Gly | Gly | Phe | Gly 575 | Val |
Asn | Val | Gly | Arg 580 | Met | Leu | Gly | Asn | Arg 585 | Thr | His | Val | Ser | Leu 590 | Gly | Tyr |
Asn | Leu | Asn 595 | Val | Thr | Lys | Leu | Leu 600 | Gly | Phe | Ser | Ser | Pro 605 | Leu | Tyr | Asn |
Arg | Tyr 610 | Tyr | Ser | Ser | Val | Asn 615 | Glu | Val | Ala | Ser | Pro 620 | Arg | Gin | Cys | Ser |
Thr 625 | Pro | Ala | Ser | Val | Ile 630 | Ile | Asn | Arg | Leu | Ser 635 | Gly | Gly | Arg | Thr | Pro 640 |
Leu | Val | Pro | Glu | Ser 645 | Cys | Ser | Ser | Pro | Gly 650 | Ala | Ile | Thr | Thr | Ser 655 | Pro |
Glu | Ile | Lys | Gly 660 | Ile | Trp | Asp | Arg | Asp 665 | Tyr | His | Thr | Pro | Ile 670 | Thr | Ser |
Ser | Phe | Thr 675 | Leu | Asp | Val | Ser | Tyr 680 | Asp | Asn | Thr | Asp | Asp 685 | Tyr | Tyr | Phe |
Pro | Arg 690 | Asn | Gly | Val | Ile | Phe 695 | Ser | Ser | Tyr | Ala | Thr 700 | Met | Ser | Gly | Leu |
Pro 705 | Ser | Ser | Gly | Thr | Leu 710 | Asn | Ser | Trp | Asn | Gly 715 | Leu | Gly | Gly | Asn | Val 720 |
Arg | Asn | Thr | Lys | Val 725 | Tyr | Gly | Lys | Phe | Ala 730 | Ala | Tyr | His | His | Leu 735 | Gin |
Lys | Tyr | Leu | Leu 740 | Ile | Asp | Leu | Ile | Ala 745 | Arg | Phe | Lys | Thr | Gin 750 | Gly | Gly |
Tyr | Ile | Phe 755 | Arg | Tyr | Asn | Thr | Asp 760 | Asp | Tyr | Leu | Pro | Leu 765 | Asn | Ser | Thr |
Phe | Tyr 770 | Met | Gly | Gly | Val | Thr 775 | Thr | Val | Arg | Gly | Phe 780 | Arg | Asn | Gly | Ser |
Ile 785 | Thr | Pro | Lys | Asp | Glu 790 | Phe | Gly | Leu | Trp | Leu 795 | Gly | Gly | Asp | Gly | Ile 800 |
Phe | Thr | Ala | Ser | Thr 805 | Glu | Leu | Ser | Tyr | Gly 810 | Val | Leu | Lys | Ala | Ala 815 | Lys |
Met | Arg | Leu | Ala 820 | Trp | Phe | Phe | Asp | Phe 825 | Gly | Phe | Leu | Thr | Phe 830 | Lys | Thr |
Pro | Thr | Arg 835 | Gly | Ser | Phe | Phe | Tyr 840 | Asn | Ala | Pro | Thr | Thr 845 | Thr | Ala | Asn |
Phe | Lys 850 | Asp | Tyr | Gly | Val | Val 855 | Gly | Ala | Gly | Phe | Glu 860 | Arg | Ala | Thr | Trp |
Arg 865 | Ala | Ser | Thr | Gly | Leu 870 | Gin | Ile | Glu | Trp | Ile 875 | Ser | Pro | Met | Gly | Pro 880 |
• · · ·
222
Leu | Val | Leu | Ile | Phe 885 | Pro | Ile | Ala | Phe | Phe 890 | Asn | Gin | Trp | Gly | Asp 895 | Gly |
Asn | Gly | Lys | Lys | Cys | Lys | Gly | Leu | Cys | Phe | Asn | Pro | Asn | Met | Asn | Asp |
900 | 905 | 910 | |||||||||||||
Tyr | Thr | Gin | His | Phe | Glu | Phe | Ser | Met | Gly | Thr | Arg | Phe | |||
915 | 920 | 925 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1085:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 340 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...340 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1085:
Leu 1 | Ser | Ser | Leu | Trp 5 | Leu | Thr | Asn | Pro | Leu 10 | Asn | Ala | His | Glu | Lys 15 | Asn |
Gly | Ala | Phe | Val 20 | Gly | Ile | Ser | Leu | Glu 25 | Val | Gly | Arg | Val | Asp 30 | Gin | Lys |
Thr | Asn | Ala 35 | Tyr | Arg | Asn | Gly | Glu 40 | Leu | Phe | Gin | Val | Pro 45 | Phe | Gly | Asp |
Val | Ser 50 | Ala | Asn | Asp | Asp | Gly 55 | Lys | Val | Pro | Asp | Gly 60 | Gin | Thr | Gly | Gly |
Cys 65 | Gin | Pro | Ala | Ser | Gly 70 | Thr | Pro | Gly | Thr | Pro 75 | Gly | Tyr | Thr | Lys | Ala 80 |
Asn | Cys | Val | Val | Asn 85 | Trp | Thr | Ser | Arg | Thr 90 | Met | Leu | Ser | Thr | Asn 95 | Lys |
Asp | Ile | Pro | Gly 100 | Arg | Asn | Gin | Pro | Met 105 | Tyr | Gly | Leu | Gly | Val 110 | Met | Thr |
Gly | Tyr | Lys 115 | His | Phe | Val | Gly | Lys 120 | Lys | Arg | Trp | Phe | Gly 125 | Leu | Arg | Tyr |
Tyr | Gly 130 | Phe | Phe | Asp | Tyr | Gly 135 | His | Thr | Asn | Phe | Ser 140 | Asn | Ser | Arg | Ala |
Ala 145 | Asn | Ala | Ile | Ser | Pro 150 | Phe | Tyr | Leu | Ser | Asp 155 | Gin | Lys | Ala | Asp | Met 160 |
Tyr | Thr | Tyr | Gly | Phe 165 | Gly | Thr | Asp | Met | Leu 170 | Phe | Asn | Val | Ile | Asp 175 | Lys |
Pro | Lys | Ala | Thr 180 | Ala | Gly | Phe | Phe | Val 185 | Gly | Val | Asn | Phe | Ala 190 | Gly | Asn |
Thr | Trp | Thr 195 | Asn | Asn | Arg | Val | Gly 200 | Tyr | Phe | Lys | Asp | Gly 205 | Tyr | Val | Tyr |
Gly | Val 210 | Asn | Thr | Asp | Ala | Asp 215 | Ala | Tyr | Met | Thr | Asn 220 | Ala | Asp | Gly | Thr |
Ile 225 | Thr | Cys | Gly | Asp | Thr 230 | Thr | Pro | Ala | Ser | Cys 235 | Asn | Val | Gly | Ile | Asn 240 |
Pro | Asn | Ser | Val | Tyr 245 | Thr | Thr | Gly | Lys | Leu 250 | Asn | Ala | Lys | Val | Asn 255 | His |
Thr | Ile | Phe | Gin 260 | Phe | Leu | Val | Asn | Val 265 | Gly | Ile | Arg | Thr | Asn 270 | Ile | Phe |
Glu | His | His | Gly | Ile | Glu | Phe | Gly | Ile | Lys | Ile | Pro | Thr | Leu | Pro | Asn |
• · • ·
323
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Tyr | Phe | Phe | Lys | Gly | Ser | Thr | Thr | Ile | Arg | Ala | Lys | Lys | Gin | Gly | Pro |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Leu | Glu | Asn | Gly | Asn | Pro | Thr | Thr | Ile | Thr | Gly | Ala | Glu | Thr | Asn | Phe |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ser | Leu | Thr | Gin | Thr | Leu | Arg | Arg | Gin | Tyr | Ser | Met | Tyr | Leu | Arg | Tyr |
325 | 330 | 335 |
Val Tyr Thr Phe 340
INFORMACE | PRO SEQ ID | NO:1086: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 528 | aminokyselin |
(B) | TYP: amino | kyselina |
(D) | TOPOLOGIE: | lineární |
(ii) DRUH | MOLEKULY: | protein |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...528 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1086:
Met | Lys | Leu | Lys | Lys | Arg | Lys | Val | Ala | Ala | Thr | Leu | Leu | Lys | Arg | Leu |
1 | 5 | 10 | 15 | ||||||||||||
Thr | Leu | Pro | Leu | Leu | Phe | Thr | Thr | Gly | Ser | Leu | Gly | Ala | Val | Thr | Tyr |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Glu | Val | His | Gly | Asp | Phe | Ile | Asn | Phe | Ser | Lys | Val | Gly | Phe | Asn | Arg |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Ser | Pro | Ile | Asn | Pro | Val | Lys | Gly | Ile | Tyr | Pro | Thr | Glu | Thr | Phe | Val |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Asn | Leu | Thr | Gly | Lys | Leu | Glu | Gly | Ser | Val | His | Leu | Gly | Arg | Gly | Trp |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Thr | Val | Asn | Val | Gly | Gly | Val | Leu | Gly | Gly | Gin | Val | Tyr | Asp | Asn | Thr |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Arg | Tyr | Asp | Arg | Trp | Ala | Lys | Asp | Phe | Thr | Pro | Pro | Ser | Tyr | Trp | Asp |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Lys | Thr | Ser | Cys | Gly | Thr | Asp | Ser | Leu | Ser | Leu | Cys | Met | Asn | Ala | Thr |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Lys | Met | Trp | Gin | Gin | Gin | Gly | Pro | Gly | Gly | Ile | Ile | Asp | Pro | Arg | Gly |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ile | Gly | Tyr | Met | Tyr | Met | Gly | Glu | Trp | Asn | Gly | Leu | Phe | Pro | Asn | Tyr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Tyr | Pro | Ala | Asn | Ala | Tyr | Leu | Pro | Gly | His | Ser | Arg | Arg | Tyr | Glu | Val |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Tyr | Lys | Ala | Asn | Leu | Thr | Tyr | Asp | Ser | Asp | Arg | Val | His | Met | Val | Met |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Arg | Phe | Asp | Val | Thr | Glu | Gin | Glu | Gin | Met | Asp | Trp | Ile | Tyr | Gin |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Leu | Phe | Gin | Gly | Phe | Tyr | Gly | Thr | Phe | Lys | Leu | Thr | Lys | Asn | Met | Lys |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Phe | Leu | Leu | Phe | Ser | Ser | Trp | Gly | Arg | Gly | Ile | Ala | Asp | Gly | Gin | Trp |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Leu | Phe | Pro | Ile | Tyr | Arg | Glu | Lys | Pro | Trp | Gly | Ile | His | Lys | Ala | Gly |
245 | 250 | 255 |
J24 • · · ·
Ile | Ile | Tyr | Arg 260 | Pro | Thr | Lys | Asn | Leu 265 | Met | Ile | His | Pro | Tyr 270 | Val | Tyr |
Leu | Ile | Pro | Met | Val | Gly | Thr | Leu | Pro | Gly | Ala | Lys | Ile | Glu | Tyr | Asp |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Thr | Asn | Pro | Glu | Phe | Ser | Gly | Arg | Gly | Ile | Arg | Asn | Lys | Thr | Thr | Phe |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Tyr | Val | Leu | Tyr | Asp | Tyr | Arg | Trp | Asn | Asn | Ala | Glu | Tyr | Gly | Arg | Tyr |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ala | Pro | Ala | Arg | Tyr | Asn | Thr | Trp | Asp | Pro | Phe | Leu | Asp | Asn | Gly | Lys |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Trp | Arg | Gly | Leu | Gin | Gly | Pro | Gly | Gly | Ala | Thr | Leu | Tyr | Leu | His | His |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
His | Ile | Asp | Ile | Asn | Asn | Tyr | Phe | Val | Val | Gly | Gly | Ala | Tyr | Leu | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Ile | Gly | Asn | Pro | Asn | Met | Asn | Leu | Gly | Thr | Trp | Gly | Asn | Pro | Val | Ala |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Leu | Asp | Gly | Ile | Glu | Gin | Trp | Val | Gly | Gly | Ile | Tyr | Ser | Leu | Gly | Phe |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ala | Gly | Ile | Asp | Asn | Ile | Thr | Asp | Ala | Asp | Ala | Phe | Thr | Glu | Tyr | Val |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Lys | Gly | Gly | Gly | Lys | His | Gly | Lys | Phe | Ser | Trp | Ser | Val | Tyr | Gin | Arg |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Phe | Thr | Thr | Ala | Pro | Arg | Ala | Leu | Glu | Tyr | Gly | Ile | Gly | Met | Tyr | Leu |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Asp | Tyr | Gin | Phe | Ser | Lys | His | Val | Lys | Ala | Gly | Leu | Lys | Leu | Val | Trp |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Leu | Glu | Phe | Gin | Ile | Arg | Ala | Gly | Tyr | Asn | Pro | Gly | Thr | Gly | Phe | Leu |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Gly | Pro | Asn | Gly | Gin | Pro | Leu | Asn | Leu | Asn | Asn | Gly | Leu | Phe | Glu | Ser |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ser | Ala | Phe | Ala | Gin | Gly | Pro | Gin | Asn | Met | Gly | Gly | Ile | Ala | Lys | Ser |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Ile | Thr | Gin | Asp | Arg | Ser | His | Leu | Met | Thr | His | Ile | Ser | Tyr | Ser | Phe |
515 | 520 | 525 |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1091:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1091:
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1092:
• · • · · · • · • · 4
22š (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1092:
TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1093:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: . | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .22 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1093: |
TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1094: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE
32é (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1094:
TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1095:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová | DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé .22 | znaky |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1095: |
ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1096: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...25 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1096: |
ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1097:
327
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý .
(D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1097:
AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1098:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...25 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1098:
ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1099:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 24 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE • ·
328
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | pylori | ||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter | |||
(ix) | ZNAKY: | |||
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |||
(B) POZICE 1.. | .24 | |||
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1099 | ||
GATACCATGG AATTTATGAA AAAG | ||||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1100: | ||
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | ||
(A) DÉLKA: 25 ; | párů bází | |||
(B) TYP: nukleová kyselina | ||||
(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||||
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |||
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA | ||
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter | pylori | ||
(ix) | ZNAKY: | |||
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |||
(B) POZICE 1.. | .25 | |||
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1100 | ||
TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAC | ||||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1101: | ||
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: | ||
(A) DÉLKA: 19 ] | párů bází | |||
(B) TYP: nukleová kyselina | ||||
(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||||
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |||
(ii) | DRUH MOLEKULY: < | genomová DNA | ||
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter | pylori | ||
(ix) | ZNAKY: | |||
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |||
(B) POZICE 1.. | . 19 | |||
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1101 |
CCCTTCATTT TAGAAATCG • ·
329 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1102:
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .20 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1102: |
ATTTCAACCA ATTCAATGCG 20
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1103: | |
(1) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | ||
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA | |
(lil) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1103: | |
GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT | |||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1104: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE θ
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: | Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: (B) POZICE 1... | různé znaky ,22 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1104: |
TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1105: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .22 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1105: |
CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG 22
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1106: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1106: |
ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT ·· ·· • · · · • · · ·
• · ··
234 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1107:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1107: |
ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT 22
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1108: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...19 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1108: |
CTTTGGGTAA AAACGCATC 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1109:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE ·
232
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1109: |
CGATCTTTGA TCCTAATTCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1110:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky . 19 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1110: |
ATCAAGTTGC CTATGCTGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1111:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1111:
• 4 ·· • · · • · ··
333
TTGAACACTT TTGATTATGC GG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1112:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1112:
GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1113:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1113: |
GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C
(2) INFORMACE | PRO SEQ ID NO:1114: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | |
(A) | DÉLKA: 21 párů bází |
(B) | TYP: nukleová kyselina |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý |
(D) | TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) DRUH | MOLEKULY: genomová DNA |
a ar • · ·· • ·
334
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1114: |
AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1115:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky . 18 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1115: |
CTTATGGGGG TATTGTCA 18
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1116: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...18 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1116: |
·· ·· • · · • ··· • · * • · · ·· ·· §
*
Λ
• · · · • · ·· • ·
AGCATGTGGG TATCCAGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1117:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 19 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...19 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1117:
AGGTTGTTGC CTAAAGACT 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1118:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1118:
CTGCCTCCAC CTTTGATC 18 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1119:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 19 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA é
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...19 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1119: |
ACCAATATCA ATTGGCACT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1120:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky |
(B) POZICE 1...18 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1120:
ACTTGGAAAA GCTCTGCA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1121:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 19 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...19 • · • · (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1121:
CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1122:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 18 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky . 18 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1122: |
GTTGAAGTGT TGGTGCTA 18 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1123:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(11) | DRUH MOLEKULY: i | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1123: |
CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1124: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • · • · · · · • · ·
338
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová | DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé .22 | znaky |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1124: |
TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1125: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1125: |
GCCCATAATC AAAAAGCCCA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1126:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 24 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...24 • · • · · · · · . · · ···· · • · · · · • · · · ·· (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1126:
CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC 24 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1127:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 16 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: , | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky |
(B) POZICE 1...16 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1127:
GTAAAACGAC GGCCAG 16 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1128:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 17 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...17 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1128:
CAGGAAACAG CTATGAC 17 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1129:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·
340
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1129: |
TTGCCCCATC GTATTGATAG A 21
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:1130: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(11) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1130: | |
AGAGCGTATT TCACCCGAAA G | ||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:1131: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: |
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky • · • · · • · · (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1131:
TCTTGCATCT TAATCCACTC C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1132:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(li) | DRUH MOLEKULY: < | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1132: |
CGGGTCAAAA CGACCACTTA A | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1133: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1133:
AATCCGTTTC GCTAATTTAG T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1134:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý • · • · • · • · • ·
342 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1134:
AACACTTCAA TTTCCTCTAT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1135:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: . | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1135: |
TGGTATAAGG ATTTGAATGG A | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1136: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
• · · ’ • · ·· ·· · · • · • · ·
343 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1136: | |
TTGACTAAAC ACATGCGAGA A | |||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1137: | |
(i) | CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | ||
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1137: | |
ATAGAGAGCG TTGTGTTTAG C | |||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1138: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | ||
(ii) | DRUH MOLEKULY: i | genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1138: | |
CCTTTATTGG TTTTGATCGT G | |||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1139: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina • ·
144
(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. . | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:113 |
ATGTCCGTTG TCTGTATGGA A |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1140:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(11) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1140: |
TAGGGTGTCT AGGGATTTGA T
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1141: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter |
• ·
345 (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1141:
GCGTTTGGCT TCTTCGTTGT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1142:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1142 : |
GAAATGGAAA ATAGCGGTCA A |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1143:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1143:
GCAAATCCCC AGCCACTTCC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1144:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází • · • · ·
54é (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1144:
GTGGCTAAAA ATGAGGGCTT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1145:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .22 | |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1145: |
GTTAGGAAAT TAGAAATCAT TG | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1146: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 ; | párů bázi | |
(B) TYP: nukleová kyselina | ||
(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
··
347 (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1146:
GCTAAAACTT CATCGCTCAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1147:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(li) | DRUH MOLEKULY: , | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1147: |
GTTGGGCAGA AAATAAGGTG A | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1148: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1148:
CAAACAAACC TGACAAGAAA C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1149:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
348
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||
(ii) | (D) TOPOLOGIE: DRUH MOLEKULY: | kružnicová genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .20 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1149: |
CATTGATGCC TAAAACTTCG 20
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1150: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1150: |
CGTGGTGGTT TTCCCGTTAG 20
2) INFORMACE | PRO SEQ ID NO:1151: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH | MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
• ·
349 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1151:
GGGGCATTGT GTTTGTTTTT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1152:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky . 20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1152: |
TGGTCTATCA TGCGAATTAT 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1153: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1153: |
GCCCTGATCC ATTCCCCCCT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1154:
·<·» · ·
35Θ (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (íx) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1154:
CGCGCTAGAG GCTTGTAAAA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1155:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) (iv) (vi) (ix) (xi)
HYPOTETICKÁ: NE
POZITIVNÍ: NE
PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori
ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1155:
GCCCTGATCC ATTCCCCCCT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1156:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE
55-1 ·· ·· β · · • ··· » » · • · · »·»« ·· • ·· ·· · · • · · • · · » • · · • · · * * • v ·· • · · · • · ·· • · · · * • * · * · r (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1156:
CTGTTTTTAG CGTCCCTGTA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1157:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1157: |
GGCGTTATTA AGCGACATCG 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1158: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1158: |
TTTCACCGGC AATTTTAGGC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1159:
·· ·· ·« • · · • ··· • · • * ···· ·· • ·· ·· · · • · · • · · • » · f ·· • · · * • · ·· • ··· « · • » · ·· ·*
352 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1159: |
GCGTTTTGAT TCTGTCTGTT A |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1160:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | ||
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová | DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé .21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1160: |
GTAAAAACAC CGCTAACGCA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1161:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE » ·· • · • · ··
353 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1161:
GCGTGTTTTC TAAGGGTTCA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1162:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1162:
GGAATTTTAA CGCTCTTTTT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1163:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1163:
AAATCTCTGT GGGCTTAGTG 20
354 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1164:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A! DÉLKA: 20 párů bází (Ej TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B’i POZICE 1. . | : různé znaky .20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1164: |
AATCAAAAAC AKGAGCGTGG |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1165:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A. DÉLKA: 21 párů bází (B: TYP: nukleová kyselina (C; DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D: TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A, NÁZEV/KLÍČ: různé znaky |
(B POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1165:
GCCCCAGCCC CATAATACAA A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1166:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A, DÉLKA: 21 párů bází (B TYP: nukleová kyselina (C DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1166: |
GGAGGGCGCA ATTAAACATC G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1167:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1167: |
TCACGCTTTC TAAATCATCA 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1168: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) . DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1168: |
CGCTAATCAC ATCCTTTCTT
356 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1169:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1169: |
TGCCCAAAAA TCCACTAACG
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1170: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(11) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1170: |
AACGGGTTTG ACACTGATGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1171:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE • ·
357
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1171: |
GAATGCGGTG GTTTTAGAGA G (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1172:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová | DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. . | : různé .21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1172 : |
GCGTTTTTAA GACTGAATAC A |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1173:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1173:
• · • ·
358
GGGCGATGTG ATTGGCGATT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1174:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1174: |
GGATAGCCTG CCAAAACGCC | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1175: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA (A) DÉLKA: 20 ; | SEKVENCE: párů bází |
(3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1175:
AAGTTTATGC GGGCGAGATT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1176:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA
359
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1176: |
GGAGCAATCA GCCATTTTTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1177:
(i) CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 páru bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: , | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (3) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1177: |
CTAGCGATTC AAGGCGATGG | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1178: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 ·· ·* » · · * • · · · • · · ♦ • · · ► · · · · · · (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1178:
360
CGGCCTCCTT CAAACACATT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1179:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. . | : různé znaky .20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1179: |
AGCGGGCAGT TTAGGACCAC 2 0
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1180: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1180: |
GCATTGATCG CATTTTTAGC C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1181:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA • · • ·
264
lil) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1181: |
ACGGGTTAGC AGGGCAGAAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1182:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1182: |
CAAAAGAGGC GGGTTCATGC
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1183: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
• ·
162 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1183:
TTTAGAAGTC GTTGATGAGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1184:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1184:
CATACACGCT CACTTCATCG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1185:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1185:
AGTGTGGTCG CCTGTGGTGG AG 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1186:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
363
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1186: |
CCCCTAATAG TCTGTCAATC AT
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1187: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1187: |
CAAAAGATTG AAGCAGAAGA GT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1188:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22
364 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1188:
AATGGTTTTC CTATACCCTT GA 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1189:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1189: |
GAGAGCAAAT CCTTATCCAG 2 0
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1190: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1190: |
CATACACGCT CACTTCATCG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1191:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·
36S (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
Ά) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1191:
AGTGTGGTCG CCTGTGGTGG AG
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1192: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(11) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(lil) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: ÍA) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1192: |
CCCCTAATAG TCTGTCAATC AT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1193:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
ÍA) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky • ·
366 (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1193:
CAAAAGATTG AAGCAGAAGA GT 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1194:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .22 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1194: |
AATGGTTTTC CTATACCCTT GA 22
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1195: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO: 1195: |
TTGAAACCCC AAAAGTTTTA C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1196:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (E) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý • ·· *· ·· ··
367 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1196:
TCAACTGATA GGTAATATCC C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1197:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1197: |
GCTAGGATTT ATGCCAATTT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1198:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
368 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1198:
TACGAGACAA AATAGGGATT T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1199:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1199: |
ATAGGCATGC AGAATTTTTC C 21
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1200: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 17 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii ) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky •B) POZICE 1...17 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1200: |
CCATTACATT TCGCCTC 17 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1201:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
Ά) DÉLKA: 21 párů bází B) TYP: nukleová kyselina • ·
369
(C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .21 | |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1201 |
CGATAGATAT TGTAGAAGTC A (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1202:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1202: |
GGGCTTGTAT TCATTTTGTA A |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1203:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori ·· ·· • · • · ··· » ·· • · • · ·· • »· · ·«
37Θ (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1203:
GTTTTAAAAA CGCCATAGCC A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1204:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1204: |
TTCTAAAAGG TGGTAATCTT C 21
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1205: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1205: |
TAAGTCAAGC CATAAAACCA AA 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1206:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází ·· ·· « · » • ··· • · · · • · · *··» ··
• · • · · ·· ·· ··· · ·
574 (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1206:
TTTTGGGGTA AAAAGGCTGA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1207:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1207:
ATCTTTTTGC CCTTGCTCAT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1208:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • ·
372
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé | znaky | |
(B) POZICE 1... | .21 | ||
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1208 |
AGACAGCACC AGTTTGATAA A
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1209: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1209: |
CAGCCACACT TCAATGTCTA T
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1210: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1210: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
GTAAGGCGTT AGAAAAATAC C (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1211:
• ·
373 (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1211:
GCCCCATTAA AATCCTTTTC T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1212:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 17 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...17 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1212:
AAAGGATACA AGGGGGA (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1213:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1213:
CTCGCTCCAT TTTATCTTTT A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1214:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1214: |
TTTTTTAGGG AGGATTGAGA T 21
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :1215: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1215: |
TGTTTGGAAA TGCTGGTGAT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1216:
€ · ··· · • · • · «
37S (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: kružnicová | ||
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1216: |
CTTTTGGGGG AGTTTGACAA G
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1217: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1217: |
TTTGATAAAC GCCCACTTTT T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1218:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) | DÉLKA: 21 párů bází | |
(B) | TYP: nukleová kyselina | |
(C) | DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) | TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH | MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) POZITIVNÍ: NE • · • ·
• · · · • · · · • · · · · (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1218:
TTTCAAAACG CTCACCTTTT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1219:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1219:
TCTATTCTTT TGATGCTCTC T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1220:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1220:
ATAATGAGTT TGATCGTTAC G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1221:
« · • · · · ·
377 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová genomová DNA | |
(11) | DRUH MOLEKULY: | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1221: |
ACAATAATAG GCTTTGTCTT C 21
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1222: | |
(1) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(11) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(lil) | HYPOTETICKÁ: NE |
(Iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1222: |
AATTAGCCCT TAAAATAGAT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1223:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE
378 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1223:
AACAACCGCT AAAATCAAAC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1224:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1224:
CTTCAGCGAT ACTAAAAGAT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1225:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1225:
TAGGGGCGAT TGAAAACAGC 2 0 • ·
279 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1226:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1226: |
GCTGGATAAG GATTTGCTCT 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1227: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1227: |
TTTTTGGGGG TATGCTAAAA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1228:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE • · ·· · · • · •« «
180
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1228: |
GGCTGGTAAA TACTGGATAG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1229:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1229:
AGGCTATTCA AGGTGGCTAA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1230:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | ||
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1230: |
ATTCTCATCA ACGACTTCTA AA • · • · · • · · · ·· · ·
384 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1231:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1231: |
GCAGTTGGCG GTATTTGGTG 20
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:1232: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1232: | |
GAGAGCGAAG TTTATGAGAA | ||
(2) | INFORMACE PRO SEQ ID NO:1233: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
• ·
382 ··· · • · »· <
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1233: |
TGATTGTTGG GTAGCTCTCA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1234:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1234: |
AAAATCGGTC TGATGCTCTT A 21
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :1235: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1235: |
• ·
383
CTTTTCCTTT CGCTTGAAGA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1236:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1236:
AAAACAAACG CATCAAAAAT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1237:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová |
(ii) DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) POZITIVNÍ: NE | |
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky |
(B) POZICE 1. . | .21 |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1237: |
TTTCAAGGCG AGGAGGCAGA T | |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1238: |
(i) CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA
384
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (3) POZICE 1...21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1238: |
GCACAAAGAC CCCACCACGA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1239:
(i) CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: ÍA) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky |
(3) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1239:
CGCCCGAATG GATGAGTAGG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1240:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1240:
• · • · • · ♦ • · · • ·· · ··
385
TGCAACAAAA ATACGCCCTT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1241:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1241: |
TTTTTAAGGG CGTATTTTTG T 21
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1242: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(li) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO :1242: |
TGGGTTTTAA GGAATGTGAT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1243:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA ·· ·
386
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...20 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1243: |
CGCGCTCAAA ATCCCTAAAT (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1244:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .20 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1244: |
GGCCCATTCT TTCGGATATT | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1245: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 20 j | párů bází |
(B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20
387 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1245:
GCCCCATTCC TGTTTTTAGC 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1246:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1246: |
CGCTTTAACG CTCCTTTCAC 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1247: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1247: |
AGCGTTTTTG TAAGGGGGTA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1248:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová • ·
I · ·· · · • · ·· « · · · » * · • · ··
388 (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1248:
TCCCTATCAT AGCGTTAGTG C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1249:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1249: |
CTTAGGGGTT TTTAGCATGA A 21
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1250: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 páru bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
» ·
• · »· ·· • ·
• · ·· · · · · ·· • * · · • · *·
389 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1250:
GCACAATTCC CACACGCTGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1251:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1251:
CCAAAGCTAA AGCGGTGTTT T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1252:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1252:
GCTCATGGAT ATAAAGGGGT ATT 23 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1253:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová ·· ·« • · · · • · ·· ··· · · • · · ·· ·· *
·· ·· • · · • ··· · · · • · · ···« ·· • ·· ·· · · • · · • · · · • · · ·«· »·
39Θ
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1253: |
CTTAGCCCCT TTAGTGTTTA 2 O (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1254:
(i) CHARAKTERIŠTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: | |
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: | |
(A) NÁZEV/KLÍČ | : různé znaky | |
(B) POZICE 1.. | .20 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1254: |
CGCAAAAGGG TAGGGGATAA | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1255: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 ; | párů bázi |
(B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky * · • · • · a · *
394 (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1255:
TTTTATTTTT AGAAACGAAT C 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1256:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1256: |
CAAACTTATC GCCCTCTCTA 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1257: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1257: |
AAAGATAACG CTAGGATTTC TAC 23 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1258:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
• · ·· · · ·· ···· · ··· · · · · · · ···· ·· ··· ·· ·· ··
392 (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1258:
TAATTCTACA GAGTGGTTAA TGG 23 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1259:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1259: |
GCGGTCATGG AATTTTTAGA 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1260:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 22 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
• ·
395 (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1260:
ATTCAAAGAA AGCTGGCTGT CT 22 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1261:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1261: |
GCTTGTGGGG GTTGTTTTAT 20
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1262: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1262: |
GAACCCCCTA AAATGACAAT 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :12 63:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina
294 (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1263:
ACCATGCTCA TTAACGCTAG G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1264:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: kružnicová | ||
(il) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter | pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 | |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1264 | |
GTAAGTTTGA GCGGCTAATT C | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1265: | ||
(1) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová | |
(li) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter | pylori |
• ·
39š (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1265:
AAAAAGAAAG AAGAACTCGT G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1266:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1266: |
AAAGATACTC CCCTGTGATT A 21
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1267: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 20 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...20 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1267: |
CAAAGAAACG CAAAATACAG 20 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1268:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 20 párů bází • ·
396
ÍB) TYP: nukleová kyselina ÍC) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
ÍA) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...20 (xi) PCPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1268:
GCATGGTATT CAGCGTTTTC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1269:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (3) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1269: |
GCAGCGGCAC AGCGACTTTA G | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1270: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA (A) DÉLKA: 21 , | SEKVENCE: párů bází |
(3) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (O) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori • · • ·
397
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: (B) POZICE 1... | ; různé .21 | znaky |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1270 |
CGCCCCCAAA AAGTCGCAGT A
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1271: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 22 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...22 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1271: |
AAAGGTTTGA AACAAGAAAT CT
2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1272: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1272: |
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
CACTTGAGCG TTAGCAACAA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO :1273:
« ·
398 (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1273:
GGGGTGTTTG AAATTGATAG A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1274:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1274: |
CGCTAGGAGA AAGGAAGGAA A 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1275:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
• » ♦ »
199 (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1275:
CAAGGGCGTT TTTTGGGGTA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1276:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1276: |
GGGATTGTTA CAGGAAAAGA T |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1277:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. . | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1277: |
GGAATACAAT AACGCATAAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1278:
400 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...21 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1278: |
GCCTTTTTAG ACAACCCTAC T
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1279: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1279: |
CCCCTAAACT CAAATCTCAA T (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1280:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE
I
404 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1280:
GCTAGAAATG CCATGAGAAA G 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1281:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: < | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1281: |
GCGATTATGG GGTATTTATT G | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1282: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1282: |
TTATTGTGGA GTTGCTTGTC A |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1283:
• ·
402 (i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA | |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1283 |
TATGCGGCTC ATCCTATTAA A | ||
(2) INFORMACE PRO SEQ ID | NO:1284: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA | SEKVENCE: |
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1. . | : různé znaky .21 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1284: |
CCCTAAATCC AAATCAAGCA G |
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1285:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE • ·
403 (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...21 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1285:
ATCTTACCTA TCACCTCAAA T 21 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1286:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 21 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová
(li) | DRUH MOLEKULY: | genomová | DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | ||
(iv) | POZITIVNÍ: NE | ||
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé .21 | znaky |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID | NO:1286: |
AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A 21
(2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1287: | |
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 25 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová |
(ii) | DRUH MOLEKULY: genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE |
(iv) | POZITIVNÍ: NE |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...25 |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1287: |
TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT • · · ···· ···· ···· ·· · · · · · • · · · ·· · · · · · · · • · · ··· ··· ···· ·· ··· ·· ·· ··
404 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1288:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 23 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...23 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1288:
TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1289:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 29 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...29 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1289:
AAATAGTCAT ATGAAAATAG GCGTTTTTG (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1290:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 28 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE • ·
405
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(Vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori | |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ: různé (B) POZICE 1...28 | znaky |
(xi) | POPIS SEKVENCE: SEQ ID | NO:1290: |
AGAATTCTAT TACAATTTGA GCCATTCT 28 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1291:
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: (A) DÉLKA: 26 párů bázi (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý | |
(D) TOPOLOGIE: | kružnicová | |
(ii) | DRUH MOLEKULY: | genomová DNA |
(iii) | HYPOTETICKÁ: NE | |
(iv) | POZITIVNÍ: NE | |
(vi) | PŮVODNÍ ZDROJ: (A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori |
(ix) | ZNAKY: (A) NÁZEV/KLÍČ (B) POZICE 1.. | : různé znaky .26 |
(Xi) | POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1291: |
GCGAATTCGA TCAGAATTTT TTTTCT 26 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1292:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 26 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...26 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1292:
ATAAGTACTT GTGAATCTTA TACTAG • · ·
406 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1294:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 2007 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...2007 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1294:
ATGAAAAAAC CCTTTTACTC TCTCTCTCTC GCTTCATCGC TTTTAAACGC TGAAGACAAC 60
GGCTTTTTTA TCAGCGCGGG CTATCAAATC GGTGAAGCCG CTCAAATGGT GAAAAACACC 120
GGCGAATTGA AAAAACTTTC AGACACTTAT GAGAATTTGA GCAACCTTTT AACCAATTTT 180
AACAACCTCA ATCAGGCGGT AACGAACGCG AGCAGCCCTT CAGAAATCAA TGCTGCGATC 240
GATAATTTAA AAGCAAACAC GCAAGGGCTA ATTGGCGAAA AAACCAATTC CCCGGCGTAT 300
CAAGCGGTGT ATTTGGCGCT CAATGCGGCG GTAGGGCTGT GGAATGTCAT CGCCTATAAT 360
GTCCAATGCG GTCCTGGTAA CAGTGGACAA CAAAGCGTAA CCTTTGAGGG CCAACCAGGA 420
CATAATTCAA GTTCCATTAA TTGCAATTTA ACCGGTTATA ACAACGGGGT TAGCGGCCCT 480
TTATCCATTG AGAATTTTAA AAAGCTTAAT CAGGCTTATC AAACTATCCA ACAAGCTTTA 54 0
7AACAAGATA GCGGATTTCC TGTTTTGGAT AGTGCAGGAA AACAAGTAAC TATAACAATA 600
ACAACGCAAA CTAATGGAGC TAATAAAAGT GAAACTACTA CTACTACTAC TACTACTAAT 660
GACGCTCAAA CCCTTTTGCA AGAAGCCAGT AAAATGATAA GCGTCCTCAC TACAAACTGC 720
CCATGGGTCA ATCACAATCA AGGACAAAAC GGGGGCGCGC CGTGGGGTTT AGATACGGCA 780
GGGAATGTGT GTCAGGTTTT TGCCACGGAA TTTAGCGCCG TTACTAGCAT GATCAAAAAC 840
GCCCAAGAAA TCGTAACGCA AGCTCAAAGC CTTAACCAGC AAAACAATCA AAACGCGCCG 900
CAAGATTTCA ATCCTTACAC CTCTGCTGAT AGGGCTTTCG CTCAAAACAT GCTCAATCAC 960
GCGCAAGCGC AAGCCAAGAT ACTTGAGCTA GCCGATCAAA TGAAAAAAGA CCTTAACACT 1020
ATCCCAAGCC AATTTATCAC AAATTACTTG GCAGCTTGCC ACAATGGGGG TGGGACATTA 1080
CCTGATGCGG GGGTTACTAA CAACACTTGG GGGGCCGGTT GCGCGTATGT GGAAGAGACG 1140
ATAACGGCTT TAAACAACAG CCTTGCGCAT TTTGGCACTC AAGCTGAGCA AATCAAGCAA 1200
TCTGAGTTGT TGGCGCGCAC CATACTTGAT TTTAGAGGCA GCCTTAGTAA TTTAAACAAC 1260
ACTTATAACA GCATCACCAC GACCGCTTCA AACACGCCTA ATTCCCCATT CCTTAAAAAT 1320
TTGATAAGCC AATCCACTAA CCCTAATAAC CCCGGGGGCT TACAGGCCGT TTATCAAGTC 1380
AACCAAAGCG CTTATTCGCA ATTATTAAGC GCCACGCAAG AATTAGGGCA TAACCCTTTC 1440
AGACGCGTTG GATTAATCAG CTCTCAAACC AACAATGGTG CCATGAATGG GATCGGTGTG 1500
CAAGTGGGCT ACAAACAATT TTTTGGTGAA AAGAGAAGGT GGGGGTTAAG GTATTACGGC 1560
TTTTTTGACT ATAACCATGC TTATATCAAA TCTAGCTTTT TCAATTCGGC TTCTGATGTG 1620
TTCACTTATG GGGTAGGGAC AGATGTCCTC TATAACTTTA TCAATGATAA AACCACCAAA 1680
AACAGCAAGA TTTCTTTTGG GGTGTTTGGG GGGATTGCGT TAGCTGGCAC TTCATGGCTG 1740
AATTCCCAGT ATGTGAATTT AGCGACCTTC AATAATTTCT ATAGCGCTAA AATGAATGTG 1800
GCGAATTTCC AATTCTTGTT CAATTTAGGC TTGAGAATGA ACCTCGCTAA GAATAAGAAA 1860
AAAGCGAGCG ATCATGCGGC TCAGCATGGC GTGGAATTAG GCGTGAAGAT CCCCACGATC 1920
AACACGAATT ACTATTCTTT GCTAGGCACT CAACTCCAAT ACCGAAGATT GTATAGCGTG 1980
TATTTGAATT ATGTGTTCGC TTACTAA 2007 (2)
INFORMACE PRO SEQ
ID NO:1295:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
407 (A) DÉLKA: 1914 párů bází (B) TYP: nukleová kyselina (C) DRUH ŘETĚZCE: dvojitý (D) TOPOLOGIE: kružnicová (ii) DRUH MOLEKULY: genomová DNA (iii) HYPOTETICKÁ: NE (iv) POZITIVNÍ: NE (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (3) POZICE 1...1914 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1295:
ATGAAAAGAC AATTCTACTC TCTCTCTCTC TCTCTCGCTT CATCGCTCTT GCATGCTGAA 60
GACAACGGCT TTTTTGTGAG CGCGGGCTAT CAAATCGGCG AAGCGGTGCA AATGGTCAAA 120
AACACCGGCG AATTGAAAAA CTTGAACGAC AAATACGAGC AGTTAAGCCA ATCTTTAGCC 180
CAACTGGCTT CGTTAAAAAA AAGCATTCAA ACGGCGAACA ACATTCAGGC TGTCAACAAT 24 0
GCTTTAAGCG ATTTAAAAAG CTTTGCGAGT AACAACCACA CAAACAAAGA AACATCGCCC 300
ATCTACAACA CCGCGCAAGC TGTTATCACT TCAGTATTGG CTTTTTGGAG TCTTTATGCA 360
GGGAACGCTC TCAGTTTTCA TGTGACCGGT TTGAATGATG GATCTAATTC TCCTTTAGGA 420
AGAATCCATA GAGATGGGAA CTGCACAGGA TTACAACAAT GTTTTATGAG CAAAGAAACT 480
TATGATAAAA TGAAGACACT TGCCGAAAAC CTCCAAAAAG CTCAAGGCAA TCTCTGTGCC 540
TTATCAGAAT GCTCTAGCAA TCAATCAAAT GGAGGCAAAA CTTCCATGAC TACAGCTCTT 600
CAAACCGCGC AYCAGCTCAT GGACTTAATC GAACAGACCA AGGTTTCTAT GGTGTGGAAA 660
AATATCGTCA TCGCAGGTGT TACAAACAAA CCCAATGGTG CTGGCGCTAT CACATCCACT 720
GGTCATGTAA CCGACTATGC GGTGTTTAAC AACATCAAGG CGATGCTACC TATCTTGCAA 780
CAAGCGCTTA CGCTTTCTCA AAGTAACCAC ACCCTATCCA CTCAGTTGCA AGCTCGAGCT 840
ATGGGATCTC AAACAAATCG TGAATTCGCT AAAGACATCT ACGCTTTAGC TCAAAACCAA 900
AAGCAAATCC TTTCTAACGC TTCAAGTATC TTCAATCTCT TTAATTCCAT TCCTAAAGAC 960
CAACTTAAGT ATTTGGAGAA CGCTTACTTG AAAGTGCCAC ATTTGGGTAA AACCCCTACT 1020
AACCCTTACA GACAGAATGT GAATTTGAAT AAAGAAATTA ATGCGGTTCA AGACAATGTA 1080
GCTAATTATG GTAATCGTTT GGATTCGGCT TTAAGCGTGG CTAAAGATGT TTATAACCTA 1140
AAATCCAATC AYACAGAGAT CGTAACCACT TATAACGATG CTAAGAATTT GAGCGAAGAG 1200
ATTTCTAAAC TTCCCTATAA CCAAGTCAAT GTAACAAACA TCGTTATGTC GCCTAAAGAT 1260
TCTACAGCGG GCCAATACCA AATCAACCCA GAGCAGCAAT CCAATCTTAA CCAAGCTTTA 1320
GCGGCGATGA GCAATAACCC CTTTAAAAAA GTGGGCATGA TCAGCTCTCA AAACAATAAC 1380
GGCGCTTTGA ACGGGCTTGG CGTGCAAGTG GGTTATAAAC AATTCTTTGG CGAAAGCAAA 1440
AGATGGGGGT TAAGGTATTA TGGTTTCTTT GATTACAACC ACGGCTATAT CAAATCCAGC 1500
TTTTTTAATT CTTCTTCTGA TATATGGACT TATGGCGGTG GGAGCGATTT GTTAGTGAAT 1560
TTTATCAACG ATAGCATCAC AAGAAAGAAC AACAAGCTTT CTGTGGGTCT TTTTGGTGGT 1620
ATCCAACTAG CAGGGACTAC ATGGCTTAAT TCTCAATACA TGAATTTAAC AGCGTTCAAT 1680
AACCCTTACA GCGCGAAAGT CAATGCTTCC AATTTCCAAT TTTTGTTCAA TCTCGGCTTG 1740
AGGACGAATC TCGCTACAGC TAAGAAAAAA GACAGCGAAC GTTCCGCGCA ACATGGCGTT 1800
GAACTGGGCA TTAAAATCCC TACCATTAAC ACCAATTATT ATTCTTTTCT AGGCACTAAG 1860
CTAGAATACC GAAGGCTTTA TAGCGTGTAT CTCAATTATG TGTTTGCTTA TTAA 1914 (2) INFORMACE PRO SEQ ID NO:1297:
(i) CHARAKTERISTIKA SEKVENCE:
(A) DÉLKA: 668 aminokyselin (B) TYP: aminokyselina (D) TOPOLOGIE: lineární (ii) DRUH MOLEKULY: protein • · • ·
408 (iii) HYPOTETICKÁ: ANO (vi) PŮVODNÍ ZDROJ:
(A) ORGANIZMUS: Helicobacter pylori (ix) ZNAKY:
(A) NÁZEV/KLÍČ: různé znaky (B) POZICE 1...668 (xi) POPIS SEKVENCE: SEQ ID NO:1297:
Met 1 | Lys | Lys | Pro | Phe 5 | Tyr | Ser | Leu | Ser | Leu 10 | Ala | Ser | Ser | Leu | Leu 15 | Asn |
Ala | Glu | Asp | Asn | Gly | Phe | Phe | Ile | Ser | Ala | Gly | Tyr | Gin | Ile | Gly | Glu |
20 | 25 | 30 | |||||||||||||
Ala | Ala | Gin | Met | Val | Lys | Asn | Thr | Gly | Glu | Leu | Lys | Lys | Leu | Ser | Asp |
35 | 40 | 45 | |||||||||||||
Thr | Tyr | Glu | Asn | Leu | Ser | Asn | Leu | Leu | Thr | Asn | Phe | Asn | Asn | Leu | Asn |
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Gin | Ala | Val | Thr | Asn | Ala | Ser | Ser | Pro | Ser | Glu | Ile | Asn | Ala | Ala | Ile |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Asp | Asn | Leu | Lys | Ala | Asn | Thr | Gin | Gly | Leu | Ile | Gly | Glu | Lys | Thr | Asn |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Ser | Pro | Ala | Tyr | Gin | Ala | Val | Tyr | Leu | Ala | Leu | Asn | Ala | Ala | Val | Gly |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Leu | Trp | Asn | Val | Ile | Ala | Tyr | Asn | Val | Gin | Cys | Gly | Pro | Gly | Asn | Ser |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Gly | Gin | Gin | Ser | Val | Thr | Phe | Glu | Gly | Gin | Pro | Gly | His | Asn | Ser | Ser |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Ser | Ile | Asn | Cys | Asn | Leu | Thr | Gly | Tyr | Asn | Asn | Gly | Val | Ser | Gly | Pro |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Leu | Ser | Ile | Glu | Asn | Phe | Lys | Lys | Leu | Asn | Gin | Ala | Tyr | Gin | Thr | Ile |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Gin | Gin | Ala | Leu | Lys | Gin | Asp | Ser | Gly | Phe | Pro | Val | Leu | Asp | Ser | Ala |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Gly | Lys | Gin | Val | Thr | Ile | Thr | Ile | Thr | Thr | Gin | Thr | Asn | Gly | Ala | Asn |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Lys | Ser | Glu | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Thr | Asn | Asp | Ala | Gin | Thr |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Leu | Leu | Gin | Glu | Ala | Ser | Lys | Met | Ile | Ser | Val | Leu | Thr | Thr | Asn | Cys |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Pro | Trp | Val | Asn | His | Asn | Gin | Gly | Gin | Asn | Gly | Gly | Ala | Pro | Trp | Gly |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Leu | Asp | Thr | Ala | Gly | Asn | Val | Cys | Gin | Val | Phe | Ala | Thr | Glu | Phe | Ser |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ala | Val | Thr | Ser | Met | Ile | Lys | Asn | Ala | Gin | Glu | Ile | Val | Thr | Gin | Ala |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Gin | Ser | Leu | Asn | Gin | Gin | Asn | Asn | Gin | Asn | Ala | Pro | Gin | Asp | Phe | Asn |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Pro | Tyr | Thr | Ser | Ala | Asp | Arg | Ala | Phe | Ala | Gin | Asn | Met | Leu | Asn | His |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Ala | Gin | Ala | Gin | Ala | Lys | Ile | Leu | Glu | Leu | Ala | Asp | Gin | Met | Lys | Lys |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Asp | Leu | Asn | Thr | Ile | Pro | Ser | Gin | Phe | Ile | Thr | Asn | Tyr | Leu | Ala | Ala |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Cys | His | Asn | Gly | Gly | Gly | Thr | Leu | Pro | Asp | Ala | Gly | Val | Thr | Asn | Asn |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Thr | Trp | Gly | Ala | Gly | Cys | Ala | Tyr | Val | Glu | Glu | Thr | Ile | Thr | Ala | Leu |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Asn | Asn | Ser | Leu | Ala | His | Phe | Gly | Thr | Gin | Ala | Glu | Gin | Ile | Lys | Gin |
385 | 390 | 395 | 400 |
• ·
409
Ser | Glu | Leu | Leu | Ala 405 | Arg | Thr | Ile | Leu | Asp 410 | Phe | Arg | Gly | Ser | Leu 415 | Ser |
Asn | Leu | Asr. | Asn | Thr | Tyr | Asn | Ser | Ile | Thr | Thr | Thr | Ala | Ser | Asn | Thr |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Pro | Asn | Ser | Pro | Phe | Leu | Lys | Asn | Leu | Ile | Ser | Gin | Ser | Thr | Asn | Pro |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Asn | Asn | Prc | Gly | Gly | Leu | Gin | Ala | Val | Tyr | Gin | Val | Asn | Gin | Ser | Ala |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Tyr | Ser | Gin | Leu | Leu | Ser | Ala | Thr | Gin | Glu | Leu | Gly | His | Asn | Pro | Phe |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Arg | Arg | Val | Gly | Leu | Ile | Ser | Ser | Gin | Thr | Asn | Asn | Gly | Ala | Met | Asn |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Gly | Ile | Gly | Val | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Glu | Lys | Arg |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Arg | Trp | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Ala | Tyr |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Ile | Lys | Ser | Ser | Phe | Phe | Asn | Ser | Ala | Ser | Asp | Val | Phe | Thr | Tyr | Gly |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Val | Gly | Thr | Asp | Val | Leu | Tyr | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Lys | Thr | Thr | Lys |
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Asn | Ser | Lys | Ile | Ser | Phe | Gly | Val | Phe | Gly | Gly | Ile | Ala | Leu | Ala | Gly |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Thr | Ser | Trp | Leu | Asn | Ser | Gin | Tyr | Val | Asn | Leu | Ala | Thr | Phe | Asn | Asn |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Phe | Tyr | Ser | Ala | Lys | Met | Asn | Val | Ala | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe | Asn |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Leu | Gly | Leu | Arg | Met | Asn | Leu | Ala | Lys | Asn | Lys | Lys | Lys | Ala | Ser | Asp |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
His | Ala | Ala | Gin | His | Gly | Val | Glu | Leu | Gly | Val | Lys | Ile | Pro | Thr | Ile |
625 | 630 | 635 | 640 | ||||||||||||
Asn | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Leu | Leu | Gly | Thr | Gin | Leu | Gin | Tyr | Arg | Arg |
645 | 650 | 655 | |||||||||||||
Leu | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | ||||
660 | 665 | ||||||||||||||
(2) | INFORMAC | :E PRO SEQ ID NO: | :1298: | ||||||||||||
(i) | CHARAKTERISTIKA SEKVENCE: | ||||||||||||||
(A) DÉLKA: | : 637 | ' aminokyselin |
(3) TYP: aminokyselina
(D) TOPOLOGIE: | lineární | |
(ii) DRUH MOLEKULY: | protein | |
(iii) HYPOTETICKÁ: ANO | ||
(vi) PŮVODNÍ ZDROJ: | ||
(A) ORGANIZMUS | : Helicobacter pylori | |
(ix) ZNAKY: | ||
(A) NÁZEV/KLÍČ | d různé znaky | |
(5) POZICE 1.. | . 637 | |
(xi) POPIS SEKVENCE: | SEQ ID NO:1298: | |
Met | Lys Arg Gin Phe Tyr | Ser Leu Ser Leu Ser Leu Ala Ser Ser Leu |
1 | 5 | 10 15 |
Leu | His Ala Glu Asp Asn | Gly Phe Phe Val Ser Ala Gly Tyr Gin Ile |
20 | 25 30 | |
Gly | Glu Ala Val Gin Met | Val Lys Asn Thr Gly Glu Leu Lys Asn Leu |
35 | 40 45 | |
Asn | Asp Lys Tyr Glu Gin | Leu Ser Gin Ser Leu Ala Gin Leu Ala Ser |
*· ·· • · · * « « « » · · • · · • ·* · ·► ·· ·· • « · · « · ·· • · · · • · · ·· Μ
41Θ
50 | 55 | 60 | |||||||||||||
Leu | Lys | Lys | Ser | Ile | Gin | Thr | Ala | Asn | Asn | Ile | Gin | Ala | Val | Asn | Asn |
65 | 70 | 75 | 80 | ||||||||||||
Ala | Leu | Ser | Asp | Leu | Lys | Ser | Phe | Ala | Ser | Asn | Asn | His | Thr | Asn | Lys |
85 | 90 | 95 | |||||||||||||
Glu | Thr | Ser | Pro | Ile | Tyr | Asn | Thr | Ala | Gin | Ala | Val | Ile | Thr | Ser | Val |
100 | 105 | 110 | |||||||||||||
Leu | Ala | Phe | Trp | Ser | Leu | Tyr | Ala | Gly | Asn | Ala | Leu | Ser | Phe | His | Val |
115 | 120 | 125 | |||||||||||||
Thr | Gly | Leu | Asn | Asp | Gly | Ser | Asn | Ser | Pro | Leu | Gly | Arg | Ile | His | Arg |
130 | 135 | 140 | |||||||||||||
Asp | Gly | Asn | Cys | Thr | Gly | Leu | Gin | Gin | Cys | Phe | Met | Ser | Lys | Glu | Thr |
145 | 150 | 155 | 160 | ||||||||||||
Tyr | Asp | Lys | Met | Lys | Thr | Leu | Ala | Glu | Asn | Leu | Gin | Lys | Ala | Gin | Gly |
165 | 170 | 175 | |||||||||||||
Asn | Leu | Cys | Ala | Leu | Ser | Glu | Cys | Ser | Ser | Asn | Gin | Ser | Asn | Gly | Gly |
180 | 185 | 190 | |||||||||||||
Lys | Thr | Ser | Met | Thr | Thr | Ala | Leu | Gin | Thr | Ala | Gin | Gin | Leu | Met | Asp |
195 | 200 | 205 | |||||||||||||
Leu | Ile | Glu | Gin | Thr | Lys | Val | Ser | Met | Val | Trp | Lys | Asn | Ile | Val | Ile |
210 | 215 | 220 | |||||||||||||
Ala | Gly | Val | Thr | Asn | Lys | Pro | Asn | Gly | Ala | Gly | Ala | Ile | Thr | Ser | Thr |
225 | 230 | 235 | 240 | ||||||||||||
Gly | His | Val | Thr | Asp | Tyr | Ala | Val | Phe | Asn | Asn | Ile | Lys | Ala | Met | Leu |
245 | 250 | 255 | |||||||||||||
Pro | Ile | Leu | Gin | Gin | Ala | Leu | Thr | Leu | Ser | Gin | Ser | Asn | His | Thr | Leu |
260 | 265 | 270 | |||||||||||||
Ser | Thr | Gin | Leu | Gin | Ala | Arg | Ala | Met | Gly | Ser | Gin | Thr | Asn | Arg | Glu |
275 | 280 | 285 | |||||||||||||
Phe | Ala | Lys | Asp | Ile | Tyr | Ala | Leu | Ala | Gin | Asn | Gin | Lys | Gin | Ile | Leu |
290 | 295 | 300 | |||||||||||||
Ser | Asn | Ala | Ser | Ser | Ile | Phe | Asn | Leu | Phe | Asn | Ser | Ile | Pro | Lys | Asp |
305 | 310 | 315 | 320 | ||||||||||||
Gin | Leu | Lys | Tyr | Leu | Glu | Asn | Ala | Tyr | Leu | Lys | Val | Pro | His | Leu | Gly |
325 | 330 | 335 | |||||||||||||
Lys | Thr | Pro | Thr | Asn | Pro | Tyr | Arg | Gin | Asn | Val | Asn | Leu | Asn | Lys | Glu |
340 | 345 | 350 | |||||||||||||
Ile | Asn | Ala | Val | Gin | Asp | Asn | Val | Ala | Asn | Tyr | Gly | Asn | Arg | Leu | Asp |
355 | 360 | 365 | |||||||||||||
Ser | Ala | Leu | Ser | Val | Ala | Lys | Asp | Val | Tyr | Asn | Leu | Lys | Ser | Asn | Gin |
370 | 375 | 380 | |||||||||||||
Thr | Glu | Ile | Val | Thr | Thr | Tyr | Asn | Asp | Ala | Lys | Asn | Leu | Ser | Glu | Glu |
385 | 390 | 395 | 400 | ||||||||||||
Ile | Ser | Lys | Leu | Pro | Tyr | Asn | Gin | Val | Asn | Val | Thr | Asn | Ile | Val | Met |
405 | 410 | 415 | |||||||||||||
Ser | Pro | Lys | Asp | Ser | Thr | Ala | Gly | Gin | Tyr | Gin | Ile | Asn | Pro | Glu | Gin |
420 | 425 | 430 | |||||||||||||
Gin | Ser | Asn | Leu | Asn | Gin | Ala | Leu | Ala | Ala | Met | Ser | Asn | Asn | Pro | Phe |
435 | 440 | 445 | |||||||||||||
Lys | Lys | Val | Gly | Met | Ile | Ser | Ser | Gin | Asn | Asn | Asn | Gly | Ala | Leu | Asn |
450 | 455 | 460 | |||||||||||||
Gly | Leu | Gly | Val | Gin | Val | Gly | Tyr | Lys | Gin | Phe | Phe | Gly | Glu | Ser | Lys |
465 | 470 | 475 | 480 | ||||||||||||
Arg | Trp | Gly | Leu | Arg | Tyr | Tyr | Gly | Phe | Phe | Asp | Tyr | Asn | His | Gly | Tyr |
485 | 490 | 495 | |||||||||||||
Ile | Lys | Ser | Ser | Phe | Phe | Asn | Ser | Ser | Ser | Asp | Ile | Trp | Thr | Tyr | Gly |
500 | 505 | 510 | |||||||||||||
Gly | Gly | Ser | Asp | Leu | Leu | Val | Asn | Phe | Ile | Asn | Asp | Ser | Ile | Thr | Arg |
515 | 520 | 525 | |||||||||||||
Lys | Asn | Asn | Lys | Leu | Ser | Val | Gly | Leu | Phe | Gly | Gly | Ile | Gin | Leu | Ala |
530 | 535 | 540 | |||||||||||||
Gly | Thr | Thr | Trp | Leu | Asn | Ser | Gin | Tyr | Met | Asn | Leu | Thr | Ala | Phe | Asn |
414 ·· • · ' ··<
···· ··
·· ·· • · · · • · ·· • ··· · · • · · ·· »·
545 | 550 | 555 | 560 | ||||||||||||
Asn | Pro | Tyr | Ser | Ala | Lys | Val | Asn | Ala | Ser | Asn | Phe | Gin | Phe | Leu | Phe |
565 | 570 | 575 | |||||||||||||
Asn | Leu | Gly | Leu | Arg | Thr | Asn | Leu | Ala | Thr | Ala | Lys | Lys | Lys | Asp | Ser |
580 | 585 | 590 | |||||||||||||
Glu | Arg | Ser | Ala | Gin | His | Gly | Val | Glu | Leu | Gly | Ile | Lys | Ile | Pro | Thr |
595 | 600 | 605 | |||||||||||||
Ile | Asn | Thr | Asn | Tyr | Tyr | Ser | Phe | Leu | Gly | Thr | Lys | Leu | Glu | Tyr | Arg |
610 | 615 | 620 | |||||||||||||
Arg | Leu | Tyr | Ser | Val | Tyr | Leu | Asn | Tyr | Val | Phe | Ala | Tyr | |||
625 | 630 | 635 |
WL
Claims (103)
- PATENTOVÉ NÁROKY1. Izolovaná nukleová kyselina, která obsahuje nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid H. pylori vybraný ze skupiny, jenž zahrnuje SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ ID NO: 586, SEQ ID NO:588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO:' 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ ID NO: 675, SEQ ID NO:676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO:817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO:924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO: 942, SEQ ID NO: 943, SEQ
ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO; : 1077, SEQ ID NO : 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298. - 2. Rekombinantí expresivní vektor, vyznačuj ící se tím, že obsahuje nukleovou kyselinu podle nároku 1, která je operabilně spojena s elementem, který reguluje transkripci.
- 3. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 2.
- 4. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, v y značující setím,že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 3 za podmínek, které dovolují expresi polypeptidů.
- 5. Sonda, vyznačující se tím, že obsahuje nejméně 8 nukleotidů nukleotidové sekvence vybrané ze skupiny, která zahrnuje SEQ ID NO: 5, SEQ ID ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID ID NO: 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID ID NO: 107, SEQ ID NO: 111, SEQ ID NO: 115, SEQ SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: NO: 173, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353,
NO: 10, SEQ NO: 62, SEQ NO: 97, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 169 , SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 220 , SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 311 , SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: • ·364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ IDNO: 412, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 433, SEQID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448,SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO:454, SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 467, SEQ IDNO: 469, SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 995, SEQID NO: 996, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 999, SEQ ID NO: 1009,SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, ID NO: 1031, ID NO: 1032, ID NO: 1294, ID NO: 1295 nebo její komplement. - 6. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci, která má délku nejméně 8 nukleotidů, kde sekvence je schopna hybridizovat s nukleovou kyselinou, jenž má nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID
NO: 5, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO : 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO : 107, SEQ ID NC >: 111, SEQ ID NO: 115 , SEQ ID NO : 123, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO:• · • ·425, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ IDNO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQID NO: 452, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 465,SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO:989, SEQ ID NO: 995, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 998, SEQ IDNO: 999, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, ID NO: 1031, ID NO: 1032, ID NO: 1294, ID NO: 1295 nebo její komplement. - 7. Vakcinační kompozice vhodná pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství izolované nukleové kyseliny zahrnující nukleotidovou sekvenci kódující polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedená nukleová kyselina obsahuje nukleotidovou sekvenci vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 10,
SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO : 73, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 95, SEQ ID NO: 97, SEQ ID NO : 107, SEQ ID NO : 111, SEQ ID NO : 115, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141, SEQ ID NO: 145, SEQ ID NO: 161, SEQ ID NO: 163, SEQ ID NO: 164, SEQ ID NO: 169, SEQ ID NO: 173, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 188, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 199, SEQ ID NO: 210, SEQ ID NO: 213, SEQ ID NO: 215, SEQ ID NO: 216, SEQ ID NO: 217, SEQ ID NO: 218, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 221, SEQ ID NO: 222, SEQ ID NO: 223, SEQ ID NO: 224, SEQ ID NO: 225, SEQ ID NO: 238, SEQ ID NO: 251, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 318, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 330, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 352, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 389, SEQ ID NO: 399, SEQ • · » · · · ·· • * · · » · w <» · · · • · · · 1 • · ·· ··ID NO: 412 , SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 451, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 455 ., SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 469 , SEQ ID NO: 984, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 995, SEQ ID NO: 9 9 6, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 999, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1029, ID NO: 1031, ID NO: : 1032, ID NO: 1294 a ID NO: 1295 1 . - 8. Vakcinační kompozici podle nároku 7, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 9. Vakcinační kompozici podle nároku 8, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 10. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 7 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 11. Způsob podle nároku 10, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 12. Způsob podle nároku 10, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 13. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ícíse tím, že zahrnuje (a) kontakt vzorku se sondou podle nároku 5 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a • · • · · (b) detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), přičemž detekce hybridu indikuje ve vzorku přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter.
- 14. Rekombinantí nebo v podstatě čistý přípravek polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím, že zahrnuje SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ IDNO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQID NO: 586, SEQ ID NO: 588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ IDNO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQID NO: 675, SEQ ID NO: 676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO:843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO:942, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ
ID NO: : 1043, SEQ ID NO: 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: : 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298. ·· · · • · · • · ·» - 15. Vakcinační kompozice vhodná pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství čištěného polypeptidu bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedený polypeptid bakterie H. pylori se vybral ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 496, SEQ ID NO: 501, SEQ ID NO: 514, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 550, SEQ ID NO: 553, SEQ ID NO: 564, SEQ ID NO: 568, SEQ ID NO: 586, SEQ ID NO: 588, SEQ ID NO: 598, SEQ ID NO: 602, SEQ ID NO: 606, SEQ ID NO: 614, SEQ ID NO: 621, SEQ ID NO: 632, SEQ ID NO: 636, SEQ ID NO: 652, SEQ ID NO: 654, SEQ ID NO: 655, SEQ ID NO: 660, SEQ ID NO: 664, SEQ ID NO: 670, SEQ ID NO: 675, SEQ ID NO: 676, SEQ ID NO: 678, SEQ ID NO: 679, SEQ ID NO: 683, SEQ ID NO: 690, SEQ ID NO: 701, SEQ ID NO: 704, SEQ ID NO: 706, SEQ ID NO: 707, SEQ ID NO: 708, SEQ ID NO: 709, SEQ ID NO: 711, SEQ ID NO: 712, SEQ ID NO: 713, SEQ ID NO: 714, SEQ ID NO: 715, SEQ ID NO: 716, SEQ ID NO: 729, SEQ ID NO: 742, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 821, SEQ ID NO: 822, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 880, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ
ID NO: 940, SEQ ID NO: 942, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 946, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1038, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO : 1049, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1053, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298. - 16. Vakcinační kompozice podle nároku 15, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 17. Vakcinační kompozice podle nároku 16, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 18. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 15 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 19. Způsob podle nároku 18, kde ošetření je profylaktické ošetření.
- 20. Způsob podle nároku 18, kde ošetření je terapeutické ošetření.
- 21. Izolovaná nukleová kyselina zahrnuje nukleotidovou sekvenci kódující obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, přičemž uvedená nukleové kyselina se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO:469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
- 22. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 21, kde uvedený buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment, který je kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ ID NO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQ ID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449, SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO: 1029, SEQ ID NO: 1032, SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO:465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294, SEQ ID NO: 1295, SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO: 325,SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO:447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027, SEQ ID NO: 1031, SEQ ID NO: 254, SEQ ID NO: 352 a SEQ ID NO: 389.
- 23. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 22, kde uvedený polypeptid vnější buněčné membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má terminální fenylalaninový zbytek, nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 255, SEQ ID NO: 263, SEQ ID NO: 285, SEQ ID NO: 311, SEQ IDNO: 327, SEQ ID NO: 329, SEQ ID NO: 331, SEQ ID NO: 353, SEQID NO: 364, SEQ ID NO: 412, SEQ ID NO: 433, SEQ ID NO: 449,SEQ ID NO: 452, SEQ ID NO: 469, SEQ ID NO: 989, SEQ ID NO:1029 a SEQ ID NO: 1032.
- 24. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 22, kde uvedený polypeptid vnější buněčné membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má C-terminální tyrozinový klastr, nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 286, SEQ ID NO: 326, SEQ ID NO: 374, SEQ ID NO: 399, SEQ ID NO: 422, SEQ ID NO: 454, SEQ ID NO: 465, SEQ ID NO: 998, SEQ ID NO: 1009, SEQ ID NO: 1023, SEQ ID NO: 1294 a SEQ ID NO: 1295.
- 25. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 22, kde uvedený polypeptid vnější buněčné membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který má terminální fenylalaninový zbytek a C-terminální tyrozinový klastr, nebo jeho fragment kódovaný nukleovou kyselinou vybranou ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 319, SEQ ID NO:325, SEQ ID NO: 425, SEQ ID NO: 437, SEQ ID NO: 438, SEQ ID NO: 447, SEQ ID NO: 448, SEQ ID NO: 467, SEQ ID NO: 996, SEQ ID NO: 1027 a SEQ ID NO: 1031.
- 26. Rekombinantí expresivní vektor, vyznačující se tím, že obsahuje nukleovou kyselinu podle nároku 21 operabilně spojenou s elementem, který reguluje transkripci.
- 27. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 26.
- 28. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, v y značuj ícísetím, že který zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 27 za podmínek, které umožňují expresi polypeptidů.• · • ·
- 29. Izolovaná nukleová kyselina obsahující nukleotidovou sekvenci, která kóduje polypeptid vylučovaný bakterií H. pylori nebo jeho fragment, zahrnuje nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 451.
- 30. Rekombinantí expresivní vektor,v yznačuj ící se tím, že zahrnuje nukleovou kyselinu podle nároku 29 operabilně spojenou s elementem, který reguluje transkripci.
- 31. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 30.
- 32. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím, že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 31 za podmínek, jenž umožňují expresi polypeptidů.
- 33. Izolovaná nukleová kyselina, která obsahuje nukleotidovou sekvenci kódující cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 455, SEQ ID NO: 351, SEQ ID NO: 318,SEQ ID NO: 330 a SEQ ID NO: 995.
- 34. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 33, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se podílí na metabolizmu kofaktoru, nebo jeho fragment a je kódován nukleovou kyselinou zahrnující nukleotidovou sekvenci SEQ ID NO: 455.
- 35. Čištěná nukleová kyselina podle nároku 33, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se • · podílí na metabolizmu lipidů, nebo jeho fragment a je kódovaný nukleovou kyselinou obsahující nukleotídovou sekvenci SEQ ID NO; 351.
- 36. Rekombinantí expresivní vektor, vyznačuj Ιοί se tím, že obsahuje nukleovou kyselinu podle nároku 33 operabilně spojenou s elementem, který reguluje transkripci.
- 37. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombinantí expresivní vektor podle nároku 36.
- 38. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím, že zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 37 za podmínek, jenž umožňují expresi polypeptidů.
- 39. Izolovaná nukleová kyselina, která zahrnuje nukleotídovou sekvenci kódující buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment, se vybrala ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 282 a SEQ ID NO: 984.
- 40. Rekombinantní expresivní vektor, vyznačuj í cí se tím, že nukleová kyselina podle nároku 39 je operabilně spojena s elementem, který reguluje transkripci.
- 41. Buňka, vyznačující se tím, že obsahuje rekombianntí expresivní vektor podle nároku 40.
- 42. Způsob produkce polypeptidů bakterie H. pylori, vyznačující se tím zahrnuje kultivaci buňky podle nároku 41 za podmínek, jenž umožňují expresi polypeptidů.» i « ·· · ·
- 43. Vakcinační kompozice určená pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 21.
- 44. Vakcinační kompozice podle nároku 43, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 45. Vakcinační kompozice podle nároku 44, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 46. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 43 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 47. Způsob podle nároku 46, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 48. Způsob podle nároku 46, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 49. Vakcinační kompozice vhodná k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 29.
- 50. Vakcinační kompozici podle nároku 49, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.• · · ♦ · · 4 ··
- 51. Vakcinační kompozici podle nároku 50, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 52. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 49 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 53. Způsob podle nároku 52, kde ošetření je profylaktické ošetření.
- 54. Způsob podle nároku 52, kde ošetření je terapeutické ošetření.
- 55. Vakcinační kompozice vhodná k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 33.
- 56. Vakcinační kompozici podle nároku 55, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 57. Vakcinační kompozici podle nároku 56, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 58. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 55 jedinci tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 59. Způsob podle nároku 58, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 60. Způsob podle nároku 58, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 61. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství nukleové kyseliny podle nároku 39.
- 62. Vakcinační kompozice podle nároku 61, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 63. Vakcinační kompozice podle nároku 62, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 64. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 61 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 65. Způsob podle nároku 64, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 66. Způsob podle nároku 64, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 67. Čištěný buněčný obalový polypeptid bakterie H.pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802,SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO:855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ IDNO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083, • ·
SEQ ID NO o 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID ' NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297, SEQ ID NO : 1298, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO : 1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO : 745, SEQ ID NO: 843, SEQ ID NO: 880 a SEQ ID NO: 909. 68. Čištěný polypeptid podle nároku 67 , kde uvedený buněčný obalový polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment vybraný ze skupiny, která zahrnuje SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ID NO: 940, SEQ ID NO:943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083, SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297, SEQ ID NO: 1298, SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916, SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081, SEQ ID NO:1085, SEQ ID NO: 1086, SEQ ID NO: 745, SEQ ID NO: 843 s SEQ ID NO: 880. - 69. Čištěný polypeptid podle nároku 68, kde uvedený polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori s terminálním fenylalaninovým zbytkem nebo jeho fragment a je vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 746, SEQ ID NO: 754, SEQ ID NO: 776, SEQ ID NO: 802, SEQ ID NO: 818, SEQ ID NO: 820, SEQ ID NO: 844, SEQ ID NO: 855, SEQ ID NO: 903, SEQ ID NO: 924, SEQ ··· ·ID NO: 940, SEQ ID NO: 943, SEQ ID NO: 960, SEQ ID NO: 1043, SEQ ID NO: 1083 a SEQ ID NO: 1086.
- 70. Čištěný polypeptid podle nároku 68, kde uvedený polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori s C-terminálním tyrozinovým klastrem nebo jeho fragment a je vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 777, SEQ ID NO: 817, SEQ ID NO: 865, SEQ ID NO: 890, SEQ ID NO: 913, SEQ ID NO: 945, SEQ ID NO: 956, SEQ ID NO: 1052, SEQ ID NO: 1063, SEQ ID NO: 1077, SEQ ID NO: 1297 a SEQ ID NO: 1298.
- 71. Čištěný polypeptid podle nároku 68, kde uvedený polypeptid vnější membrány bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori s terminálním fenylalaninovým zbytkem a s C-terminálním tyrozinovým klastrem nebo jeho fragment a je vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 810, SEQ ID NO: 816, SEQ ID NO: 916,SEQ ID NO: 928, SEQ ID NO: 929, SEQ ID NO: 938, SEQ ID NO: 939, SEQ ID NO: 958, SEQ ID NO: 1050, SEQ ID NO: 1081 a SEQ ID NO: 1085.
- 72. Čištěný buněčný polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragmenc vybraný ze skupiny zahrnující SEQ ID NO: 758, SEQ ID NO: 773, SEQ ID NO: 808 a SEQ ID NO: 1038.
- 73. Čištěný polypeptid vylučovaný bakterií H. pylori nebo jeho fragment obsahující aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 942.
- 74. Čištěný cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je vybrán ze skupiny obsahující SEQID NO: 946, SEQ ID NO: 842, SEQ ID NO: 809, SEQ ID NO: 821 a SEQ ID NO: 1049.
- 75. Čištěný polypeptid podle nároku 74, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se podílí na metabolizmu kofaktoru, nebo jeho fragment a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 946.
- 76. Čištěný polypeptid podle nároku 74, kde uvedený cytoplazmatický polypeptid bakterie H. pylori nebo jeho fragment je polypeptid bakterie H. pylori, který se podílí na metabolizmu lipidů, nebo jeho fragment a obsahuje aminokyselinovou sekvenci SEQ ID NO: 842.
- 77. Vakcinační kompozice určená pro prevenci nebo léčbu infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 67.
- 78. Vakcinační kompozice podle nároku 77, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 79. Vakcinační kompozice podle nároku 78, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 80. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 77 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.• «a a a a a·a a a a a a aa aa ··
- 81. Způsob podle nároku 80, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 82. Způsob podle nároku 80, kde ošetření je terapeutickými ošetřením.
- 83. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 72.
- 84. Vakcinační kompozice podle nároku 83, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 85. Vakcinační kompozice podle nároku 84, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 86. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 83 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 87. Způsob podle nároku 86, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 88. Způsob podle nároku 86, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 89. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 73.·« ·· * ·· ·· ·· • · « ♦ · · · · · · · • *·· · · · · · ·· • · ·· · · · · · · · · · • · · «·* · · · ·«·· ·· ··· ·· ·· ··
- 90. Vakcinační kompozice podle nároku 89, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 91. Vakcinační kompozice podle nároku 90, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.
- 92. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 89 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 93. Způsob podle nároku 92, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 94. Způsob podle nároku 92, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 95. Vakcinační kompozice určená k prevenci nebo léčbě infekce bakterií H. pylori, vyznačuj ící se tím, že obsahuje účinné množství polypeptidů bakterie H. pylori podle nároku 74.
- 96. Vakcinační kompozice podle nároku 95, vyznačující se tím, že dále obsahuje farmaceuticky přijatelný nosič.
- 97. Vakcinační kompozice podle nároku 96, vyznačující se tím, že farmaceuticky přijatelný nosič je adjuvans.·· ·· · ·· • · · ·· 4 · • ··« · · · • · · · · · · • · · · · · • *· · »· ··· ··
- 98. Způsob léčby infekce jedince bakterií H. pylori, který zahrnuje aplikaci vakcinační kompozice podle nároku 95 na jedince tak, že dojde k léčbě infekce bakterií H. pylori.
- 99. Způsob podle nároku 98, kde ošetření je profylaktickým ošetřením.
- 100. Způsob podle nároku 98, kde ošetření je terapeutickým ošetřením.
- 101. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ící se t i m že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 21 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.
- 102. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ící se tím, že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 29 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.·· • · ·· • · • · ·· ·· ·« • · · • ··· • · · • · · ···· ··
- 103. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ícíse tím, že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 33 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.
- 104. Způsob detekce přítomnosti nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku, vyznačuj ícíse tím, že dochází (a) ke kontaktu vzorku s nukleovou kyselinou podle nároku 39 za podmínek, při kterých se může tvořit hybrid mezi sondou a nukleovou kyselinou bakterie Helicobacter obsaženou ve vzorku; a (b) k detekci hybridu, který vznikl při kroku (a), a detekce hybridu indikuje přítomnost nukleové kyseliny bakterie Helicobacter ve vzorku.
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US62581196A | 1996-03-29 | 1996-03-29 | |
US75873196A | 1996-04-02 | 1996-04-02 | |
US73690596A | 1996-10-25 | 1996-10-25 | |
US73885996A | 1996-10-28 | 1996-10-28 | |
US76131896A | 1996-12-06 | 1996-12-06 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CZ297698A3 true CZ297698A3 (cs) | 1999-02-17 |
Family
ID=27542009
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CZ982976A CZ297698A3 (cs) | 1996-03-29 | 1997-03-27 | Sekvence nukleové kyseliny a aminokyselinové sekvence vztahující se k Helicobacter pylori a její vakcinační kompozice |
Country Status (18)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP0901530A1 (cs) |
JP (1) | JP2000501621A (cs) |
CN (1) | CN1220703A (cs) |
AU (1) | AU726892B2 (cs) |
BR (1) | BR9708456A (cs) |
CA (1) | CA2248985A1 (cs) |
CZ (1) | CZ297698A3 (cs) |
EE (1) | EE9800334A (cs) |
HU (1) | HUP0100267A3 (cs) |
ID (1) | ID18542A (cs) |
IL (1) | IL125808A0 (cs) |
IS (1) | IS4831A (cs) |
NO (1) | NO984517L (cs) |
NZ (1) | NZ332565A (cs) |
PL (1) | PL329045A1 (cs) |
SK (1) | SK130598A3 (cs) |
TR (1) | TR199801939T2 (cs) |
WO (1) | WO1997037044A1 (cs) |
Families Citing this family (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1996033220A1 (en) * | 1995-04-21 | 1996-10-24 | Csl Limited | Protective helicobacter antigens |
CA2271774A1 (en) * | 1996-11-14 | 1998-05-22 | Merieux Oravax | Helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules |
SE9702240D0 (sv) * | 1997-06-12 | 1997-06-12 | Astra Ab | Vaccine compositions III |
AU761780B2 (en) | 1998-05-01 | 2003-06-12 | Glaxosmithkline Biologicals Sa | Neisseria meningitidis antigens and compositions |
AU4718999A (en) * | 1998-06-26 | 2000-01-17 | American Cyanamid Company | Novel antigens of (helicobacter pylori) |
DE19847628C2 (de) * | 1998-10-15 | 2000-10-19 | Chiron Behring Gmbh & Co | Helicobacter pylori-Impfstoff |
GB9825184D0 (en) * | 1998-11-17 | 1999-01-13 | Cortecs Uk Ltd | Antigen |
CA2371596A1 (en) * | 1999-04-30 | 2000-11-09 | Hybrigenics S.A. | Collection of prokaryotic dna for two hybrid systems helicobacter pylori protein-protein interactions and application thereof |
SE0001988D0 (sv) * | 2000-05-29 | 2000-05-29 | A & Science Invest Ab | Novel polypeptides and use thereof |
DE10194938D2 (de) * | 2000-11-15 | 2003-12-04 | Ludwig Deml | Das Helicobacter cystein rich Protein A(HcpA) und seine Anwendungen |
US7033790B2 (en) | 2001-04-03 | 2006-04-25 | Curagen Corporation | Proteins and nucleic acids encoding same |
TW200303919A (en) * | 2001-12-05 | 2003-09-16 | Hiroyuki Ohno | Cytotoxic protein and the use |
BR112018012033A2 (pt) * | 2015-12-14 | 2018-12-04 | Max Planck Gesellschaft | composição imunogênica e método para detectar infecção por h. pylori em um sujeito |
CN106868024B (zh) * | 2017-04-01 | 2020-03-17 | 山东新创生物科技有限公司 | 一种戈氏梭菌特异性pcr检测引物及方法 |
-
1997
- 1997-03-27 NZ NZ332565A patent/NZ332565A/xx unknown
- 1997-03-27 HU HU0100267A patent/HUP0100267A3/hu unknown
- 1997-03-27 TR TR1998/01939T patent/TR199801939T2/xx unknown
- 1997-03-27 AU AU25984/97A patent/AU726892B2/en not_active Ceased
- 1997-03-27 WO PCT/US1997/005223 patent/WO1997037044A1/en not_active Application Discontinuation
- 1997-03-27 BR BR9708456A patent/BR9708456A/pt not_active IP Right Cessation
- 1997-03-27 ID IDP971050A patent/ID18542A/id unknown
- 1997-03-27 EE EE9800334A patent/EE9800334A/xx unknown
- 1997-03-27 CZ CZ982976A patent/CZ297698A3/cs unknown
- 1997-03-27 SK SK1305-98A patent/SK130598A3/sk unknown
- 1997-03-27 PL PL97329045A patent/PL329045A1/xx unknown
- 1997-03-27 CN CN97195113A patent/CN1220703A/zh active Pending
- 1997-03-27 JP JP9529649A patent/JP2000501621A/ja active Pending
- 1997-03-27 CA CA002248985A patent/CA2248985A1/en not_active Abandoned
- 1997-03-27 IL IL12580897A patent/IL125808A0/xx unknown
- 1997-03-27 EP EP97917731A patent/EP0901530A1/en not_active Withdrawn
-
1998
- 1998-08-21 IS IS4831A patent/IS4831A/is unknown
- 1998-09-28 NO NO984517A patent/NO984517L/no unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
NO984517L (no) | 1998-11-25 |
JP2000501621A (ja) | 2000-02-15 |
NZ332565A (en) | 2000-03-27 |
WO1997037044A1 (en) | 1997-10-09 |
IL125808A0 (en) | 1999-04-11 |
AU2598497A (en) | 1997-10-22 |
HUP0100267A2 (hu) | 2001-06-28 |
SK130598A3 (en) | 1999-06-11 |
EE9800334A (et) | 1999-04-15 |
AU726892B2 (en) | 2000-11-23 |
BR9708456A (pt) | 1999-08-03 |
TR199801939T2 (xx) | 1999-02-22 |
IS4831A (is) | 1998-08-21 |
HUP0100267A3 (en) | 2002-09-30 |
CN1220703A (zh) | 1999-06-23 |
EP0901530A1 (en) | 1999-03-17 |
ID18542A (id) | 1998-04-16 |
CA2248985A1 (en) | 1997-10-09 |
NO984517D0 (no) | 1998-09-28 |
PL329045A1 (en) | 1999-03-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4271952B2 (ja) | ワクチンおよび診断に有用なHelicobacterpyloriタンパク質 | |
JP2006055168A (ja) | ワクチンおよび診断に有用なHelicobacterpyloriタンパク質 | |
WO1996040893A1 (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics | |
JP2002542827A (ja) | クラミジア抗原および対応するdna断片ならびにその使用 | |
CZ297698A3 (cs) | Sekvence nukleové kyseliny a aminokyselinové sekvence vztahující se k Helicobacter pylori a její vakcinační kompozice | |
US6277381B1 (en) | Compounds and methods for the diagnosis and treatment of Ehrlichia infection | |
JP2001527393A (ja) | ヘリコバクターゲノム中の新規ヘリコバクターポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの同定 | |
AU734052B2 (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof | |
WO1997037044A9 (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof | |
AU739641B2 (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori and vaccine compositions thereof | |
AU750792B2 (en) | 76 kDa, 32 kDa, and 50 kDa helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules | |
AU735391B2 (en) | Helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules | |
WO1997019098A9 (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics | |
US6296855B1 (en) | 17-KDA Brucella abortus antigen, recombinant polypeptides, nucleic acids coding for the same and use thereof in diagnostic and prophylactic methods and kits | |
US20030124141A1 (en) | Helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules | |
US20030023066A1 (en) | Helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules | |
US20020044949A1 (en) | 76 kda helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules | |
US6673356B1 (en) | Compounds and methods for the diagnosis and treatment of ehrlichia infection | |
US7101989B1 (en) | DsrA protein and polynucleotides encoding the same | |
US20020026035A1 (en) | Helicobacter ghpo 1360 and ghpo 750 polypeptides and corresponding polynucleotide molecules | |
JP2001503637A (ja) | ヘリコバクターポリペプチドおよび対応するポリヌクレオチド分子 | |
AU710880C (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics | |
CA2223395A1 (en) | Nucleic acid and amino acid sequences relating to helicobacter pylori for diagnostics and therapeutics | |
CZ198899A3 (cs) | Sekvence nukleových kyselin a aminokyselin související s Helicobacter pylori a vakcínové kompozice z nich připravené | |
WO2001004138A1 (en) | Dsra protein and polynucleotides encoding the same |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PD00 | Pending as of 2000-06-30 in czech republic |