RU99107555A - Система для транспозиции in vitro, на основе использовании модифицированной tn5-транспозазы - Google Patents
Система для транспозиции in vitro, на основе использовании модифицированной tn5-транспозазыInfo
- Publication number
- RU99107555A RU99107555A RU99107555/13A RU99107555A RU99107555A RU 99107555 A RU99107555 A RU 99107555A RU 99107555/13 A RU99107555/13 A RU 99107555/13A RU 99107555 A RU99107555 A RU 99107555A RU 99107555 A RU99107555 A RU 99107555A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- transposase
- wild
- modified
- nucleotide
- sequence
- Prior art date
Links
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 title claims 4
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 claims 39
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 claims 39
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 21
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 21
- 108010012306 Tn5 transposase Proteins 0.000 claims 20
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 15
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims 14
- 230000002068 genetic Effects 0.000 claims 11
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 9
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 5
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims 4
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 claims 3
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 claims 3
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims 3
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 claims 3
- 230000017105 transposition Effects 0.000 claims 3
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 claims 2
- 125000001235 proline group Chemical group [H]N1[C@@](C(=O)[*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 claims 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims 1
- 229920000970 Repeated sequence (DNA) Polymers 0.000 claims 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 claims 1
Claims (47)
1. Система для транспозиции in vitro мобильной последовательности ДНК, включающая Tn5-транспозазу, модифицированную по сравнению с Tn5-транспозазой дикого типа, причем модифицированная транспозаза включает изменение относительно Tn5-транспозазы дикого типа, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза связывается с большей авидностью с последовательностями - повторами внешнего конца Tn5, чем Tn5-транспозаза дикого типа, и изменение относительно Tn5-транспозазы дикого типа, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза с меньшей вероятностью по сравнению с транспозазой дикого типа принимает неактивную многомерную форму, молекулу ДНК-донора, включающую мобильную последовательность ДНК, причем последовательность ДНК фланкирована на своих 5'- и 3'- концах последовательностями - повторами внешнего конца Tn5, и молекулу ДНК-мишени, в которую может переносится мобильный генетический элемент.
2. Система по п.1, где изменение, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза связывается с большей авидностью, отличается тем, что представляет собой мутацию, характеризующуюся заменой в положении 54 транспозазы дикого типа.
3. Система по п.2, где замена в положении 54 представляет собой лизин.
4. Система по п.1, где изменение, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза с меньшей вероятностью принимает неактивную многомерную форму, отличается тем, что представляет собой мутацию, характеризующуюся заменой в положении 372 транспозазы дикого типа.
5. Система по п.4, где замена в положении 372 представляет собой пролин.
6. Система по п.1, где модифицированная транспозаза дополнительно включает мутацию, характеризующуюся заменой в положении 56 транспозазы дикого типа.
7. Система по п.6, где замена в положении 56 представляет собой аланин.
8. Система по п.1, где молекула ДНК-донора фланкирована на своих 5'- и 3'- концах фланкирующей последовательностью ДНК, которая состоит из 18 или 19 пар оснований и включает нуклеотид А в положении 10, нуклеотид Т в положении 11 и нуклеотид А в положении 12.
9. Система по п. 8, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 4, выбранный из группы, включающей А или Т.
10. Система по п.8, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 15, выбранный из группы, включающей G или С.
11. Система по п.8, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 17, выбранный из группы, включающей А или Т.
12. Система по п.8, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 18, выбранный из группы, включающей G или С.
13. Система по п.8, где фланкирующая последовательность имеет последовательность 5'-CTGTCTCTTATACACATCT - 3'.
14. Система по п.8, где фланкирующая последовательность имеет последовательность 5'-CTGTCTCTTATACAGATCT - 3'.
15. Tn5-Транспозаза, модифицированная по сравнению с Tn5-тарнспозазой дикого типа, причем модифицированная транспозаза включает изменение относительно Tn5-транспозазы дикого типа, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза связывается с большей авидностью с последовательностями-повторами внешнего конца Tn5, чем Tn5-транспозаза дикого типа, и изменение относительно Tn5-транспозазы дикого типа, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза с меньшей вероятностью по сравнению с транспозазой дикого типа принимает неактивную многомерную форму.
16. Модифицированная Tn5-транспозаза по п.15, где изменение, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза связывается с большей авидностью, отличается тем, что представляет собой мутацию, характеризующуюся заменой в положении 54 транспозазы дикого типа.
17. Модифицированная Tn5-транспозаза по п.16, где замена в положении 54 представляет собой лизин.
18. Модифицированная Tn5-транспозаза по п.15, где изменение, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза с меньшей вероятностью по сравнению с транспозазой дикого типа принимает неактивную многомерную форму, отличается тем, что представляет собой мутацию, характеризующуюся заменой в положении 372 транспозазы дикого типа.
19. Модифицированная Tn5-транспозаза по п.18, где замена в положении 372 представляет собой пролин.
20. Модифицированная Tn5-транспозаза по п. 15, где модифицированная транспозаза дополнительно включает мутацию, характеризующуюся заменой в положении 56 транспозазы дикого типа.
21. Модифицированная Tn5-транспозаза по п.20, где замена в положении 56 представляет собой аланин.
22. Генетическая конструкция, включающая нуклеотидную последовательность, которая может кодировать Tn5-транспазазу, которая обладает большей авидностью в отношении повторов внешнего конца Tn5 и с меньшей вероятностью по сравнению с транспозазой дикого типа принимает неактивную многомерную форму.
23. Генетическая конструкция по п.22, включающая нуклеотидную последовательность, которая кодирует остаток лизина в положении 54 аминокислотной последовательности транспозазы.
24. Генетическая конструкция по п.22, включающая нуклеотидную последовательность, которая кодирует остаток пролина в положении 372 аминокислотной последовательности транспозазы.
25. Генетическая конструкция по п.22, включающая нуклеотидную последовательность, которая кодирует остаток лизина в положении 54 аминокислотной последовательности транспозазы и остаток пролина в положении 372 аминокислотной последовательности транспозазы.
26. Генетическая конструкция по п.22, включающая нуклеотидную последовательность, представленную в SEQ ID NO:1.
27. Генетическая конструкция, включающая мобильную последовательность ДНК, фланкированную на своих 5'- и 3'- концах фланкирующей последовательностью ДНК, которая состоит из 18 или 19 пар оснований и включает нуклеотид А в положении 10, нуклеотид Т в положении 11 и нуклеотид А в положении 12.
28. Генетическая конструкция по п.27, дополнительно включающая в положении 4 фланкирующей последовательности нуклеотид, выбранный из группы, включающей Т или А.
29. Генетическая конструкция по п.27, дополнительно включающая в положении 15 фланкирующей последовательности нуклеотид, выбранный из группы, включающей G или С.
30. Генетическая конструкция по п.27, дополнительно включающая в положении 17 фланкирующей последовательности нуклеотид, выбранный из группы, включающей Т или А.
31. Генетическая конструкция по п.27, дополнительно включающая в положении 18 фланкирующей последовательности нуклеотид, выбранный из группы, включающей G или С.
32. Конструкция по п.27, где фланкирующая последовательность имеет последовательность 5'-CTGTCTCTTATACACATCT-3'.
33. Конструкция по п.27, где фланкирующая последовательность имеет последовательность 5'-CTGTCTCTTATACAGATCT-3'.
34. Способ транспозиции in vitro, включающий следующие стадии: объединение молекулы ДНК-донора, которая включает мобильную представляющую интерес последовательность ДНК, причем представляющая интерес последовательность ДНК фланкирована на своих 5'- и 3'- концах последовательностями-повторами внешнего конца Tn5, с молекулой ДНК-мишени и с Tn5-транспозазой, модифицированной по сравнению с Tn5-транспозазой дикого типа, в пригодном реакционном буфере при температуре ниже физиологической температуры до тех пор, пока модифицированная транспозаза не свяжется с внешними концами последовательностей-повторов, и повышение температуры до физиологической температуры в течение периода времени, достаточного для того, чтобы фермент катализировал транспозицию in vitro, при этом модифицированная транспозаза включает изменение относительно Tn5-транспозазы дикого типа, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза связывается с большей авидностью с последовательностями-повторами внешнего конца Tn5, чем Tn5-транспозаза дикого типа, и изменение относительно Tn5-транспозазы дикого типа, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза с меньшей вероятностью по сравнению с транспозазой дикого типа принимает неактивную многомерную форму.
35. Способ по п.34, где изменение, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза связывается с большей авидностью, отличается тем, что представляет собой мутацию, характеризующуюся заменой в положении 54 транспозазы дикого типа.
36. Способ по п.35, где замена в положении 54 представляет собой лизин.
37. Способ по п.34, где изменение, которым обусловлено то, что модифицированная транспозаза с меньшей вероятностью по сравнению с транспозазой дикого типа принимает неактивную многомерную форму, отличается тем, что представляет собой мутацию, характеризующуюся заменой в положении 372 транспозазы дикого типа.
38. Способ по п.37, где замена в положении 372 представляет собой пролин.
39. Способ по п. 34, где модифицированная транспозаза дополнительно включает мутацию, характеризующуюся заменой в положении 56 транспозазы дикого типа.
40. Способ по п.39, где замена в положении 56 представляет собой аланин.
41. Способ по п.34, где представляющая интерес последовательность ДНК фланкирована на своих 5'- и 3'- концах фланкирующей последовательностью ДНК, которая состоит из 18 или 19 пар оснований и включает нуклеотид А в положении 10, нуклеотид Т в положении 11 и нуклеотид А в положении 12.
42. Способ по п.41, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 4, выбранный из группы, включающей А или Т.
43. Способ по п.41, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 15, выбранный из группы, включающей G или С.
44. Способ по п.41, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 17, выбранный из группы, включающей А или Т.
45. Способ по п.41, где фланкирующая последовательность дополнительно включает нуклеотид в положении 18, выбранный из группы G или С.
46. Способ по п.41, где фланкирующая последовательность имеет последовательность 5'-CTGTCTCTTATACACATCT-3'.
47. Способ по п.41, где фланкирующая последовательность имеет последовательность 5'-CTGTCTCTTATACAGATCT-3'.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/814,877 US5965443A (en) | 1996-09-09 | 1996-09-09 | System for in vitro transposition |
| US08/814,877 | 1996-09-09 | ||
| US08/850,880 | 1997-05-02 | ||
| US08/850,880 US5925545A (en) | 1996-09-09 | 1997-05-02 | System for in vitro transposition |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU99107555A true RU99107555A (ru) | 2001-04-27 |
| RU2218406C2 RU2218406C2 (ru) | 2003-12-10 |
Family
ID=27123892
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU99107555/13A RU2218406C2 (ru) | 1996-09-09 | 1997-09-09 | МОДИФИЦИРОВАННАЯ Tn5-ТРАНСПОЗАЗА, НАБОР ДЛЯ ТРАНСПОЗИЦИИ, СПОСОБ ТРАНСПОЗИЦИИ, ФРАГМЕНТ ДНК И ГЕНЕТИЧЕСКАЯ КОНСТРУКЦИЯ МОБИЛЬНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (3) | US5925545A (ru) |
| EP (1) | EP0927258B1 (ru) |
| JP (1) | JP4361971B2 (ru) |
| CN (1) | CN1163605C (ru) |
| AT (1) | ATE238422T1 (ru) |
| AU (1) | AU732130B2 (ru) |
| CA (1) | CA2265477C (ru) |
| DE (1) | DE69721282T2 (ru) |
| ES (1) | ES2195171T3 (ru) |
| PL (1) | PL193220B1 (ru) |
| RU (1) | RU2218406C2 (ru) |
| WO (1) | WO1998010077A1 (ru) |
Families Citing this family (108)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5925545A (en) * | 1996-09-09 | 1999-07-20 | Wisconsin Alumni Research Foundation | System for in vitro transposition |
| US6022716A (en) | 1998-04-10 | 2000-02-08 | Genset Sa | High throughput DNA sequencing vector |
| US6159736A (en) | 1998-09-23 | 2000-12-12 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Method for making insertional mutations using a Tn5 synaptic complex |
| US6299850B1 (en) | 1999-03-16 | 2001-10-09 | The United States Of America As Represented By The Department Of Energy | Carbon activation process for increased surface accessibility in electrochemical capacitors |
| JP2003502015A (ja) * | 1999-03-17 | 2003-01-21 | パラダイム ジェネティックス、 インコーポレイテッド | 生物中における遺伝子ノックアウトライブラリの迅速かつ大量産生のための方法類および素材類 |
| US6562624B2 (en) | 1999-03-17 | 2003-05-13 | Paradigm Genetics, Inc. | Methods and materials for the rapid and high volume production of a gene knock-out library in an organism |
| US6818441B1 (en) * | 1999-06-18 | 2004-11-16 | Aventis Pharmaceuticals Inc. | Vectors for improving cloning and expression in low copy number plasmids |
| US6406896B1 (en) * | 1999-08-02 | 2002-06-18 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Transposase enzyme and method for use |
| US7029842B2 (en) * | 2000-04-07 | 2006-04-18 | Novozymes A/S | Signal sequence trapping |
| US20020072097A1 (en) * | 2000-07-07 | 2002-06-13 | Delcardayre Stephen | Molecular breeding of transposable elements |
| WO2002046444A2 (en) * | 2000-12-05 | 2002-06-13 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Double transposition methods for manipulating nucleic acids |
| US7138267B1 (en) * | 2001-04-04 | 2006-11-21 | Epicentre Technologies Corporation | Methods and compositions for amplifying DNA clone copy number |
| US7262056B2 (en) * | 2001-11-08 | 2007-08-28 | Mirus Bio Corporation | Enhancing intermolecular integration of nucleic acids using integrator complexes |
| KR100459870B1 (ko) * | 2002-02-22 | 2004-12-04 | 한국과학기술원 | 트랜스포존과 Cre/loxP 부위 특이적 재조합 방법을 이용하는 염색체의 특정부위가 제거된 미생물 변이주 제조방법 |
| FI20020746A (fi) * | 2002-04-18 | 2003-10-19 | Finnzymes Oy | Menetelmä ja materiaalit polypeptidien deleetiojohdannaisten tuottamiseksi |
| US20040172667A1 (en) * | 2002-06-26 | 2004-09-02 | Cooper Richard K. | Administration of transposon-based vectors to reproductive organs |
| US7527966B2 (en) * | 2002-06-26 | 2009-05-05 | Transgenrx, Inc. | Gene regulation in transgenic animals using a transposon-based vector |
| US20040235011A1 (en) * | 2002-06-26 | 2004-11-25 | Cooper Richard K. | Production of multimeric proteins |
| US7316903B2 (en) * | 2003-03-28 | 2008-01-08 | United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Detection of nucleic acid sequence variations using phase Mu transposase |
| US7083980B2 (en) * | 2003-04-17 | 2006-08-01 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Tn5 transposase mutants and the use thereof |
| US8071364B2 (en) | 2003-12-24 | 2011-12-06 | Transgenrx, Inc. | Gene therapy using transposon-based vectors |
| US20050214838A1 (en) * | 2004-03-10 | 2005-09-29 | Waclaw Szybalski | Methods for mapping and sequencing nucleic acids |
| US7727744B2 (en) | 2004-03-30 | 2010-06-01 | Epicentre Technologies Corporation | Methods for obtaining directionally truncated polypeptides |
| US20060294606A1 (en) * | 2004-05-18 | 2006-12-28 | Istefo Moisyadi | Tn5 transposase-mediated transgenesis |
| US7608434B2 (en) * | 2004-08-04 | 2009-10-27 | Wisconsin Alumni Research Foundation | Mutated Tn5 transposase proteins and the use thereof |
| US8383345B2 (en) | 2008-09-12 | 2013-02-26 | University Of Washington | Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads |
| WO2010036979A2 (en) * | 2008-09-25 | 2010-04-01 | Transgenrx, Inc. | Novel vectors for production of interferon |
| US9150880B2 (en) * | 2008-09-25 | 2015-10-06 | Proteovec Holding, L.L.C. | Vectors for production of antibodies |
| US9157097B2 (en) * | 2008-09-25 | 2015-10-13 | Proteovec Holding, L.L.C. | Vectors for production of growth hormone |
| US9080211B2 (en) | 2008-10-24 | 2015-07-14 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
| EP3272879B1 (en) * | 2008-10-24 | 2019-08-07 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
| WO2010118360A1 (en) * | 2009-04-09 | 2010-10-14 | The Board Of Supervisors Of Louisiana State University And Agricultural And Mechanical College | Production of proteins using transposon-based vectors |
| US10787701B2 (en) | 2010-04-05 | 2020-09-29 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays |
| CN102834526B (zh) | 2010-04-05 | 2015-12-02 | 普罗格诺西斯生物科学公司 | 空间编码的生物学测定 |
| US20190300945A1 (en) | 2010-04-05 | 2019-10-03 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially Encoded Biological Assays |
| WO2011159942A1 (en) | 2010-06-18 | 2011-12-22 | Illumina, Inc. | Conformational probes and methods for sequencing nucleic acids |
| US9074251B2 (en) | 2011-02-10 | 2015-07-07 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| US8829171B2 (en) | 2011-02-10 | 2014-09-09 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
| WO2012103545A1 (en) | 2011-01-28 | 2012-08-02 | Illumina, Inc. | Oligonucleotide replacement for di-tagged and directional libraries |
| EP2670894B1 (en) | 2011-02-02 | 2017-11-29 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Massively parallel continguity mapping |
| GB201106254D0 (en) | 2011-04-13 | 2011-05-25 | Frisen Jonas | Method and product |
| US20150284768A1 (en) * | 2012-05-29 | 2015-10-08 | The Johns Hopkins University | Eukaryotic transposase mutants and transposon end compositions for modifying nucleic acids and methods for production and use in the generation of sequencing libraries |
| US9683230B2 (en) | 2013-01-09 | 2017-06-20 | Illumina Cambridge Limited | Sample preparation on a solid support |
| AU2013382098B2 (en) | 2013-03-13 | 2019-02-07 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
| EP3013983B1 (en) | 2013-06-25 | 2023-02-15 | Prognosys Biosciences, Inc. | Spatially encoded biological assays using a microfluidic device |
| JP6626830B2 (ja) | 2013-11-07 | 2019-12-25 | アジレント・テクノロジーズ・インクＡｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ． | Ｄｎａ操作のための複数のトランスポザーゼアダプター |
| CA2932283A1 (en) | 2013-12-20 | 2015-06-25 | Illumina, Inc. | Preserving genomic connectivity information in fragmented genomic dna samples |
| EP3105349B1 (en) | 2014-02-11 | 2020-07-15 | F. Hoffmann-La Roche AG | Targeted sequencing and uid filtering |
| EP3845640A3 (en) * | 2014-04-15 | 2021-09-01 | Illumina, Inc. | Modified tranposases for improved insertion sequence bias and increased dna input tolerence |
| CA2952058A1 (en) | 2014-06-13 | 2015-12-17 | Illumina Cambridge Limited | Methods and compositions for preparing sequencing libraries |
| US10577603B2 (en) | 2014-06-30 | 2020-03-03 | Illumina, Inc. | Methods and compositions using one-sided transposition |
| SG10201903408VA (en) | 2014-10-17 | 2019-05-30 | Illumina Cambridge Ltd | Contiguity preserving transposition |
| US10301672B2 (en) * | 2014-11-18 | 2019-05-28 | Japan Science And Technology Agency | Method of amplifying circular DNA |
| EP3259355B1 (en) | 2015-02-20 | 2020-11-25 | The Regents of the University of California | Methods related to dna sequencing |
| MX2017011679A (es) | 2015-03-11 | 2018-02-09 | Univ Texas | Polipeptidos de transposasa y sus usos. |
| SG11201707515SA (en) | 2015-04-10 | 2017-10-30 | Spatial Transcriptomics Ab | Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens |
| US10156025B2 (en) | 2015-05-04 | 2018-12-18 | University Of South Carolina | Monolithic heterogeneous single crystals with multiple regimes for solid state laser applications |
| EP3303621A1 (en) | 2015-05-28 | 2018-04-11 | Illumina Cambridge Limited | Surface-based tagmentation |
| US10640809B2 (en) | 2015-05-29 | 2020-05-05 | Epicentre Technologies Corporation | Methods of analyzing nucleic acids |
| US10894980B2 (en) | 2015-07-17 | 2021-01-19 | President And Fellows Of Harvard College | Methods of amplifying nucleic acid sequences mediated by transposase/transposon DNA complexes |
| JP6697070B2 (ja) | 2015-08-12 | 2020-05-20 | ツェーエーエムエム・フォルシュングスツェントルム・フュア・モレクラーレ・メディツィン・ゲーエムベーハー | 核酸の研究方法 |
| ES2855748T3 (es) | 2016-07-12 | 2021-09-24 | Hoffmann La Roche | Enriquecimiento de diana de extensión de cebador |
| CN109642219B (zh) | 2016-08-05 | 2021-02-26 | 生物辐射实验室股份有限公司 | 第二链引导 |
| WO2018118971A1 (en) | 2016-12-19 | 2018-06-28 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Droplet tagging contiguity preserved tagmented dna |
| CN106754811B (zh) * | 2016-12-21 | 2019-05-14 | 南京诺唯赞生物科技有限公司 | 一种突变型Tn5转座酶及其制备方法和应用 |
| CN108265101A (zh) * | 2016-12-30 | 2018-07-10 | 天津强微特生物科技有限公司 | 一种快速稳定的Tn5转座酶酶活测定方法 |
| US10920219B2 (en) | 2017-02-21 | 2021-02-16 | Illumina, Inc. | Tagmentation using immobilized transposomes with linkers |
| CA3077270A1 (en) | 2017-09-25 | 2019-03-28 | Fred Hutchinson Cancer Research Center | High efficiency targeted in situ genome-wide profiling |
| WO2019084055A1 (en) | 2017-10-23 | 2019-05-02 | Massachusetts Institute Of Technology | CLASSIFICATION OF GENETIC VARIATION FROM UNICELLULAR TRANSCRIPTOMS |
| EP3704247B1 (en) | 2017-11-02 | 2023-01-04 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Transposase-based genomic analysis |
| EP3841202B1 (en) | 2018-08-20 | 2023-10-04 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Nucleotide sequence generation by barcode bead-colocalization in partitions |
| US11519033B2 (en) | 2018-08-28 | 2022-12-06 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample |
| CN113767175A (zh) | 2018-08-28 | 2021-12-07 | 10X基因组学股份有限公司 | 增加空间阵列分辨率 |
| US20220195504A1 (en) | 2018-11-30 | 2022-06-23 | Illumina, Inc. | Analysis of multiple analytes using a single assay |
| US20220049294A1 (en) | 2018-12-10 | 2022-02-17 | 10X Genomics, Inc. | Imaging system hardware |
| SG11202102424QA (en) | 2018-12-17 | 2021-04-29 | Illumina Inc | Methods and means for preparing a library for sequencing |
| US11649485B2 (en) | 2019-01-06 | 2023-05-16 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
| US11926867B2 (en) | 2019-01-06 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Generating capture probes for spatial analysis |
| EP3976820A1 (en) | 2019-05-30 | 2022-04-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample |
| SG11202105834UA (en) | 2019-07-12 | 2021-07-29 | Illumina Cambridge Ltd | Nucleic acid library preparation using electrophoresis |
| CA3153236A1 (en) | 2019-09-06 | 2021-03-11 | Cemm-Forschungszentrum Fur Molekulare Medizin Gmbh | Method for sequencing rna oligonucleotides |
| WO2021092433A2 (en) | 2019-11-08 | 2021-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Enhancing specificity of analyte binding |
| WO2021133849A1 (en) | 2019-12-23 | 2021-07-01 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rna-templated ligation |
| US11732299B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial assays with perturbed cells |
| US11702693B2 (en) | 2020-01-21 | 2023-07-18 | 10X Genomics, Inc. | Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells |
| US11898205B2 (en) | 2020-02-03 | 2024-02-13 | 10X Genomics, Inc. | Increasing capture efficiency of spatial assays |
| US11732300B2 (en) | 2020-02-05 | 2023-08-22 | 10X Genomics, Inc. | Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample |
| US11891654B2 (en) | 2020-02-24 | 2024-02-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods of making gene expression libraries |
| EP4139485B1 (en) | 2020-04-22 | 2023-09-06 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using targeted rna depletion |
| EP4153775A1 (en) | 2020-05-22 | 2023-03-29 | 10X Genomics, Inc. | Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity |
| AU2021275906A1 (en) | 2020-05-22 | 2022-12-22 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis to detect sequence variants |
| WO2021242834A1 (en) | 2020-05-26 | 2021-12-02 | 10X Genomics, Inc. | Method for resetting an array |
| EP4162074B1 (en) | 2020-06-08 | 2024-04-24 | 10X Genomics, Inc. | Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof |
| EP4165207A1 (en) | 2020-06-10 | 2023-04-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for determining a location of an analyte in a biological sample |
| AU2021294334A1 (en) | 2020-06-25 | 2023-02-02 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis of DNA methylation |
| US11981960B1 (en) | 2020-07-06 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Spatial analysis utilizing degradable hydrogels |
| US11761038B1 (en) | 2020-07-06 | 2023-09-19 | 10X Genomics, Inc. | Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample |
| US11981958B1 (en) | 2020-08-20 | 2024-05-14 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using DNA capture |
| US11926822B1 (en) | 2020-09-23 | 2024-03-12 | 10X Genomics, Inc. | Three-dimensional spatial analysis |
| US11827935B1 (en) | 2020-11-19 | 2023-11-28 | 10X Genomics, Inc. | Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes |
| EP4121555A1 (en) | 2020-12-21 | 2023-01-25 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes |
| WO2022164615A1 (en) | 2021-01-29 | 2022-08-04 | 10X Genomics, Inc. | Method for transposase mediated spatial tagging and analyzing genomic dna in a biological sample |
| WO2023034489A1 (en) | 2021-09-01 | 2023-03-09 | 10X Genomics, Inc. | Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array |
| WO2023172514A1 (en) | 2022-03-07 | 2023-09-14 | Catamaran Bio, Inc. | Engineered immune cell therapeutics targeted to her2 and methods of use thereof |
| WO2023225519A1 (en) | 2022-05-17 | 2023-11-23 | 10X Genomics, Inc. | Modified transposons, compositions and uses thereof |
| WO2023225095A1 (en) | 2022-05-18 | 2023-11-23 | Illumina Cambridge Limited | Preparation of size-controlled nucleic acid fragments |
| CN114774411B (zh) * | 2022-06-16 | 2022-10-21 | 序康医疗科技（苏州）有限公司 | 大片段dna环化连接方法 |
| WO2024003332A1 (en) | 2022-06-30 | 2024-01-04 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Controlling for tagmentation sequencing library insert size using archaeal histone-like proteins |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5316946A (en) * | 1987-10-05 | 1994-05-31 | Washington University | DNA transposon TN5SUPF in plasmid pBRG1310 |
| US5925545A (en) * | 1996-09-09 | 1999-07-20 | Wisconsin Alumni Research Foundation | System for in vitro transposition |
-
1997
- 1997-05-02 US US08/850,880 patent/US5925545A/en not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 RU RU99107555/13A patent/RU2218406C2/ru active
- 1997-09-09 AT AT97940955T patent/ATE238422T1/de active
- 1997-09-09 CA CA002265477A patent/CA2265477C/en not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 AU AU42620/97A patent/AU732130B2/en not_active Expired
- 1997-09-09 DE DE69721282T patent/DE69721282T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 CN CNB971977518A patent/CN1163605C/zh not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 EP EP97940955A patent/EP0927258B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 PL PL332145A patent/PL193220B1/pl unknown
- 1997-09-09 JP JP51299798A patent/JP4361971B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 ES ES97940955T patent/ES2195171T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1997-09-09 WO PCT/US1997/015941 patent/WO1998010077A1/en active IP Right Grant
- 1997-10-06 US US08/944,916 patent/US5948622A/en not_active Expired - Lifetime
-
1999
- 1999-03-19 US US09/272,432 patent/US6437109B1/en not_active Expired - Lifetime
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU99107555A (ru) | Система для транспозиции in vitro, на основе использовании модифицированной tn5-транспозазы | |
| RU2218406C2 (ru) | МОДИФИЦИРОВАННАЯ Tn5-ТРАНСПОЗАЗА, НАБОР ДЛЯ ТРАНСПОЗИЦИИ, СПОСОБ ТРАНСПОЗИЦИИ, ФРАГМЕНТ ДНК И ГЕНЕТИЧЕСКАЯ КОНСТРУКЦИЯ МОБИЛЬНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК | |
| RU2002105508A (ru) | Мутантные ферменты Тn5-транспозазы и способ их применения | |
| Cascone et al. | Sequences and structures required for recombination between virus-associated RNAs | |
| Baker et al. | The overlapping RNA-binding domains of p33 and p92 replicase proteins are essential for tombusvirus replication | |
| US20200095625A1 (en) | Methods for analyzing t cell receptors and b cell receptors | |
| Biebricher et al. | Template-free RNA synthesis by Q β replicase | |
| CA2378871A1 (en) | Design of beta-sheet proteins with specific binding properties | |
| RU99114325A (ru) | Днк, кодирующая мутантную изопропилмалат синтазу, микроорганизм-продуцент l-лейцина и способ получения l-лейцина | |
| IL175142A0 (en) | High efficiency gene transfer and expresssion in mammalian cells by a multiple transfection procedure of mar sequences | |
| JP2001505403A (ja) | エステラーゼ | |
| CN108239633B (zh) | 一种催化活性得到提高的d-阿洛酮糖-3-差向异构酶的突变体及其应用 | |
| AU7891498A (en) | Flower organ-specific gene and its promoter sequence | |
| BR0006909A (pt) | Sequências de nucleotìdeos que codificam o gene de opca | |
| Doudna et al. | Ribozyme-catalyzed primer extension by trinucleotides: A model for the RNA-catalyzed replication of RNA | |
| BR0006915A (pt) | Sequências de nucleotìdios para o gene tal | |
| DK1136559T3 (da) | Nukleotidsekvenser, der koder for dapC-genet, og fremgangsmåde til fremstilling af L-lysin | |
| CN115703842A (zh) | 高效率高精度的胞嘧啶c到鸟嘌呤g转变的碱基编辑器 | |
| JP2001017172A (ja) | 二本鎖ｄｎａ断片の末端での連結 | |
| Mitra | DNA replication in viruses | |
| Stemmer | Methods for in vitro recombination | |
| JP2533700B2 (ja) | 配列特異的ｒｎａ加水分解酵素 | |
| RU2221866C2 (ru) | Очищенная днк-полимераза, рекомбинантная днк-полимераза, способы их получения, выделенная последовательность днк и набор для полимеразной цепной реакции | |
| KR100417805B1 (ko) | 박테리아 또는 진핵세포에 고온내성을 부여하는 식물유전자 ｇｃｙｃ１ | |
| Chio et al. | Binding assay employing a synthetic gene for D4 dopamine receptors |