RU2019123067A - Композиции и способы для индукции cd8+ t-клеток - Google Patents

Композиции и способы для индукции cd8+ t-клеток Download PDF

Info

Publication number
RU2019123067A
RU2019123067A RU2019123067A RU2019123067A RU2019123067A RU 2019123067 A RU2019123067 A RU 2019123067A RU 2019123067 A RU2019123067 A RU 2019123067A RU 2019123067 A RU2019123067 A RU 2019123067A RU 2019123067 A RU2019123067 A RU 2019123067A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
seq
composition
bacterial
subject
bacteroides
Prior art date
Application number
RU2019123067A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2761873C2 (ru
RU2019123067A3 (ru
Inventor
Кеня ХОНДА
Такеши ТАНОУЕ
Масахира ХАТТОРИ
Ютака КАВАКАМИ
Original Assignee
Кэйо Юниверсити
Дзе Юниверсити Оф Токио
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Кэйо Юниверсити, Дзе Юниверсити Оф Токио filed Critical Кэйо Юниверсити
Publication of RU2019123067A publication Critical patent/RU2019123067A/ru
Publication of RU2019123067A3 publication Critical patent/RU2019123067A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2761873C2 publication Critical patent/RU2761873C2/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/74—Bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23L—FOODS, FOODSTUFFS, OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES, NOT COVERED BY SUBCLASSES A21D OR A23B-A23J; THEIR PREPARATION OR TREATMENT, e.g. COOKING, MODIFICATION OF NUTRITIVE QUALITIES, PHYSICAL TREATMENT; PRESERVATION OF FOODS OR FOODSTUFFS, IN GENERAL
    • A23L33/00—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof
    • A23L33/10—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof using additives
    • A23L33/135—Bacteria or derivatives thereof, e.g. probiotics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7028—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages
    • A61K31/7034—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages attached to a carbocyclic compound, e.g. phloridzin
    • A61K31/7036—Compounds having saccharide radicals attached to non-saccharide compounds by glycosidic linkages attached to a carbocyclic compound, e.g. phloridzin having at least one amino group directly attached to the carbocyclic ring, e.g. streptomycin, gentamycin, amikacin, validamycin, fortimicins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
    • A61K35/74—Bacteria
    • A61K35/741—Probiotics
    • A61K35/742—Spore-forming bacteria, e.g. Bacillus coagulans, Bacillus subtilis, clostridium or Lactobacillus sporogenes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/19—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A61K38/20—Interleukins [IL]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/19—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A61K38/20—Interleukins [IL]
    • A61K38/2013—IL-2
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A61K38/17—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • A61K38/19—Cytokines; Lymphokines; Interferons
    • A61K38/20—Interleukins [IL]
    • A61K38/2086—IL-13 to IL-16
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A61K39/0208—Specific bacteria not otherwise provided for
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A61K39/0216—Bacteriodetes, e.g. Bacteroides, Ornithobacter, Porphyromonas
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A61K39/08—Clostridium, e.g. Clostridium tetani
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A61K39/114—Fusobacterium
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02—Bacterial antigens
    • A61K39/116—Polyvalent bacterial antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A61K39/21—Retroviridae, e.g. equine infectious anemia virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A61K39/29—Hepatitis virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/39—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the immunostimulating additives, e.g. chemical adjuvants
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/3955—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against proteinaceous materials, e.g. enzymes, hormones, lymphokines
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
    • A61K39/39533—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals
    • A61K39/39558—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum against materials from animals against tumor tissues, cells, antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0031—Rectum, anus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
    • A61K9/0053—Mouth and digestive tract, i.e. intraoral and peroral administration
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/14—Particulate form, e.g. powders, Processes for size reducing of pure drugs or the resulting products, Pure drug nanoparticles
    • A61K9/19—Particulate form, e.g. powders, Processes for size reducing of pure drugs or the resulting products, Pure drug nanoparticles lyophilised, i.e. freeze-dried, solutions or dispersions
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B63—SHIPS OR OTHER WATERBORNE VESSELS; RELATED EQUIPMENT
    • B63B—SHIPS OR OTHER WATERBORNE VESSELS; EQUIPMENT FOR SHIPPING 
    • B63B29/00—Accommodation for crew or passengers not otherwise provided for
    • B63B29/02—Cabins or other living spaces; Construction or arrangement thereof
    • B63B29/04—Furniture peculiar to vessels
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2818—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against CD28 or CD152
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C07K16/2827—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against B7 molecules, e.g. CD80, CD86
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56911—Bacteria
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23V—INDEXING SCHEME RELATING TO FOODS, FOODSTUFFS OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES AND LACTIC OR PROPIONIC ACID BACTERIA USED IN FOODSTUFFS OR FOOD PREPARATION
    • A23V2002/00—Food compositions, function of food ingredients or processes for food or foodstuffs
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
    • A23V—INDEXING SCHEME RELATING TO FOODS, FOODSTUFFS OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES AND LACTIC OR PROPIONIC ACID BACTERIA USED IN FOODSTUFFS OR FOOD PREPARATION
    • A23V2200/00—Function of food ingredients
    • A23V2200/30—Foods, ingredients or supplements having a functional effect on health
    • A23V2200/308—Foods, ingredients or supplements having a functional effect on health having an effect on cancer prevention
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K2035/11—Medicinal preparations comprising living procariotic cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K2035/11—Medicinal preparations comprising living procariotic cells
    • A61K2035/115—Probiotics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5154—Antigen presenting cells [APCs], e.g. dendritic cells or macrophages
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/515—Animal cells
    • A61K2039/5158—Antigen-pulsed cells, e.g. T-cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/52—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells
    • A61K2039/521—Bacterial cells; Fungal cells; Protozoal cells inactivated (killed)
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/54—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the route of administration
    • A61K2039/541—Mucosal route
    • A61K2039/542—Mucosal route oral/gastrointestinal
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/57—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2
    • A61K2039/572—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the type of response, e.g. Th1, Th2 cytotoxic response
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/58—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation
    • A61K2039/585—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation wherein the target is cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/70—Multivalent vaccine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/80—Vaccine for a specifically defined cancer
    • A61K2039/82—Colon
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2300/00—Mixtures or combinations of active ingredients, wherein at least one active ingredient is fully defined in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B63—SHIPS OR OTHER WATERBORNE VESSELS; RELATED EQUIPMENT
    • B63B—SHIPS OR OTHER WATERBORNE VESSELS; EQUIPMENT FOR SHIPPING 
    • B63B29/00—Accommodation for crew or passengers not otherwise provided for
    • B63B29/02—Cabins or other living spaces; Construction or arrangement thereof
    • B63B29/04—Furniture peculiar to vessels
    • B63B2029/043—Seats; Arrangements thereof on vessels
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Nutrition Science (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)

Claims (401)

1. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterium limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
2. Композиция по п. 1, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
3. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.
4. Композиция по п. 3, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
5. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Subdoligranulum sp., Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
6. Композиция по п. 5, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
7. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
8. Композиция по п. 7, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
9. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp.
10. Композиция по п. 9, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
11. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium ulcerans, Subdoligranulum sp., и Eubacterum limosum.
12. Композиция по п. 11, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
13. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides dorei, Bacteroides uniformis, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Alistipes sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis.
14. Композиция по п. 13, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
15. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26.
16. Композиция по п. 15, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
17. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21.
18. Композиция по п. 17, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
19. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11.
20. Композиция по п. 19, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
21. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, или SEQ ID NO:26.
22. Композиция по п. 21, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
23. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, или SEQ ID NO:21.
24. Композиция по п. 23, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
25. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, или SEQ ID NO:10.
26. Композиция по п. 25, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
27. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, или SEQ ID NO:11.
28. Композиция по п. 27, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
29. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52.
30. Композиция по п. 29, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
31. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, и SEQ ID NO:47.
32. Композиция по п. 31, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
33. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, или SEQ ID NO:37.
34. Композиция по п. 33, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
35. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, или SEQ ID NO:52.
36. Композиция по п. 35, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, или по меньшей мере 15 бактериальных штаммов.
37. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, или SEQ ID NO:47.
38. Композиция по п. 37, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
39. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, или SEQ ID NO:36.
40. Композиция по п. 39, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
41. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательности SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, или SEQ ID NO:37.
42. Композиция по п. 41, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
43. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные указанным последовательностям SEQ ID NO.
44. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где по меньшей мере 50% бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales.
45. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Bacteriodales, и один или более бактериальных штаммов принадлежит отряду Clostridiales.
46. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где по меньшей мере 25% бактериальных штаммов принадлежит семейству Bacteroidaceae.
47. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов принадлежит роду Bacteroides.
48. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция не включает бактериальные штаммы, которые принадлежат отряду Bacteriodales.
49. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов являются спорообразующими.
50. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов находятся в форме споры.
51. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция содержит только облигатно-анаэробные бактериальные штаммы.
52. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов не имеют ген устойчивости к антибиотику.
53. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ген устойчивости к антибиотику придает бактериальному штамму устойчивость к ванкомицину.
54. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где бактериальные штаммы представляют собой бактерии, встречающиеся у человека.
55. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где бактериальные штаммы происходят из одного или более человеческих доноров.
56. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция индуцирует пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ Т-клеток.
57. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция представляет собой фармацевтическую композицию.
58. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция содержит фармацевтически приемлемый эксципиент.
59. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для перорального применения.
60. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для ректального введения.
61. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник.
62. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в толстую кишку.
63. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов лиофилизирован.
64. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция находится в форме капсулы.
65. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где фармацевтическая композиция дополнительно содержит рН-чувствительную композицию, содержащую один или более кишечнорастворимых полимеров.
66. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одно или более противораковых средств.
67. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство.
68. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противораковое средство представляет собой противораковое иммунотерапевтическое средство.
69. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противораковое иммунотерапевтическое средство представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа.
70. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
71. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор.
72. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор.
73. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит один или более цитокинов.
74. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где цитокин представляет собой IL-2, IL-15, или IL-21.
75. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одно или более костимулирующих средств.
76. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где костимулирующее средство представляет собой CD-28, ОХ-40, 4-1ВВ, или CD40 антитело.
77. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одну или более вакцин.
78. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток.
79. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция комбинирована с терапией адоптивного переноса клеток.
80. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных Т-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
81. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где композиция дополнительно содержит одно или более противовоспалительных средств.
82. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где противовоспалительное средство представляет собой NSAID.
83. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта.
84. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта.
85. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к присутствию одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
86. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не присутствовали в кишечнике субъекта.
87. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к приживлению одного или более бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
88. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где один или более бактериальных штаммов введенной композиции ранее не были внедрены в кишечник субъекта.
89. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
90. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению числа бактериальных штаммов введенной композиции, внедренных в кишечник субъекта.
91. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению количества бактерий бактериальных штаммов введенной композиции в кишечнике субъекта.
92. Композиция по любому из предшествующих пунктов, где введение композиции субъекту приводит к увеличению количества бактерий бактериальных штаммов введенной композиции, внедренных в кишечник субъекта.
93. Пищевой продукт, содержащий композицию по любому из предшествующих пунктов и питательное вещество.
94. Вакцина, содержащая композицию по любому из пп. 1-92 и антиген.
95. Вакцина по п. 94, где антиген представляет собой ВИЧ антиген.
96. Вакцина по п. 94 или 95, где антиген представляет собой антиген гепатита.
97. Способ лечения заболевания у субъекта, причем способ включает введение композиции по любому из пп. 1-92 субъекту в эффективном количестве для лечения заболевания.
98. Способ по п. 97, где введение композиции субъекту приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта.
99. Способ по п. 97 или 98, где пролиферация и/или аккумуляция CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с пролиферацией и/или аккумуляцией CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта до введения композиции.
100. Способ по любому из пп. 97-99, где введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции.
101. Способ по любому из пп. 97-100, где введение композиции субъекту приводит к увеличению продукции IFNγ-гамма в кишечнике субъекта на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200%, по сравнению с продукцией IFNγ-гамма в кишечнике субъекта до введения композиции.
102. Способ по любому из пп. 97-101, где субъект страдает от рака.
103. Способ по любому из пп. 97-102, где раком является карцинома, глиома, мезотелиома, меланома, лимфома, лейкимия, аденокарцинома, рак молочной железы, рак яичников, рак шейки матки, глиобластома, множественная миелома, рак предстательной железы, Лимфома Беркита, рак головы и шеи, рак толстой кишки, рак ободочной кишки, немелкоклеточный рак легких, мелкоклеточный рак легких, рак пищевода, рак желудка, рак поджелудочной железы, гепатобилиарный рак, рак желчного пузыря, рак тонкого кишечника, рак прямой кишки, рак почек, рак мочевого пузыря, рак предстательной железы, рак полового члена, рак уретры, рак яичка, рак влагалища, рак матки, рак щитовидной железы, рак паращитовидной железы, рак надпочечников, панкреотический эндокринный рак, карциноидный рак, рак костей, рак кожи, ретинобластома, Лимфома Ходжкина, неходжкинская лимфома, Саркома Капоши, многоочаговая болезнь Кастлемана, AIDS-связанная первичная эффузионная лимфома, нейроэктодермальная опухоль, или рабдомиосаркома.
104. Способ по любому из пп. 97-103, где раком является рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, немелкоклеточный рак легких, уротелиальная карцинома, меланома, или почечно-клеточная карцинома.
105. Способ по любому из пп. 97-104, где субъект подвергается лучевой терапии.
106. Способ по любому из пп. 97-105, дополнительно включающий введение одного или более противораковых средств.
107. Способ по любому из пп. 97-106, где противораковое средство представляет собой химиотерапевтическое средство.
108. Способ по любому из пп. 97-107, где противораковое средство представляет собой средство противораковой иммунотерапии.
109. Способ по любому из пп. 97-108, где средство противораковой иммунотерапии представляет собой ингибитор контрольных точек иммунного ответа.
110. Способ по любому из пп. 97-109, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L-1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
111. Способ по любому из пп. 97-110, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор.
112. Способ по любому из пп. 97-111, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой CTLA-4 ингибитор.
113. Способ по любому из пп. 97-112, дополнительно включающий введение одного или более цитокинов.
114. Способ по любому из пп. 97-113, где цитокин представляет собой IL-2, IL-15, или IL-21.
115. Способ по любому из пп. 97-114, дополнительно включающий введение одного или более костимулирующих средств.
116. Способ по любому из пп. 97-115, где костимулирующее средство представляет собой CD-28, ОХ-40, 4-1ВВ, или CD40 антитело.
117. Способ по любому из пп. 97-116, дополнительно включающий введение одной или более вакцин.
118. Способ по любому из пп. 97-117, где вакцина представляет собой вакцину на основе дендритных клеток.
119. Способ по любому из пп. 97-118, дополнительно включающий введение терапии адоптивного переноса клеток.
120. Способ по любому из пп. 97-119, где терапия адоптивного переноса клеток представляет собой применение сконструированных Т-клеточных рецепторов или химерных антигенных рецепторов.
121. Способ по любому из пп. 97-120, где субъект страдает от инфекционного заболевания.
122. Способ по любому из пп. 97-121, где инфекционным заболеванием является бактериальная инфекция, вирусная инфекция, паразитическая инфекция, или грибковая инфекция.
123. Способ по любому из пп. 97-122, где инфекционным заболеванием является вирусная инфекция.
124. Способ по любому из пп. 97-123, где вирусная инфекция представляет собой ВИЧ.
125. Способ по любому из пп. 97-124, где субъект страдает от аутоиммунного заболевания или аллергического заболевания.
126. Способ по любому из пп. 97-125, где композиция дополнительно содержит одно или более противовоспалительных средств.
127. Способ по любому из пп. 97-126, где противовоспалительным средством является NSAID.
128. Способ по любому из пп. 97-127, где композицию в вводят в виде более чем одной дозы.
129. Способ, включающий
определение присутствует ли один или более бактериальных видов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта,
где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных видов присутствуют, композицию вводят субъекту.
130. Способ по п. 129, где лечением рака является иммунотерапевтическое лечение рака.
131. Способ по п. 129 или 130, где субъект подвергается или будет подвергаться лечению рака.
132. Набор для осуществления сопутствующего диагностического способа по п. 129, включающий определение присутствует ли один или более бактериальных штаммов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта.
133. Способ определения стоит ли ожидать у субъекта положительного ответа на лечение рака, причем способ включает
определение присутствует ли один или более бактериальных видов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта,
где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных штаммов присутствуют, субъект не должен положительно реагировать на лечение рака.
134. Способ уменьшения риска вирусной инфекции у субъекта, причем способ включает
определение присутствует ли один или более бактериальных видов композиций по любому из пп. 1-92 в кишечнике субъекта,
где если менее 100%, менее 90%, менее 80%, менее 70%, менее 60%, менее 50%, менее 40%, менее 30%, менее 20%, менее 10%, или ноль бактериальных видов присутствуют, композицию вводят субъекту,
таким образом, уменьшая риск вирусной инфекции у человека.
135. Способ по п. 133 или 134, где определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования фекалий субъекта.
136. Способ по любому из пп. 133-135, где определение присутствия одного или более бактериальных видов осуществляют посредством секвенирования 16S rДНК последовательностей фекалий субъекта.
137. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 95% гомологичные последовательностям со следующими номерами доступа NCBI: LN998073, KR822463, СР011531, NR_112945, NZ-ACWW00000000, АВ331897, АВ261128, NZ-CAEG00000000, АВ470343, АВ595134, НЕ974920, NR_112933, АВ490801, NZ-ACWB00000000, AY608696, CR626927, АВ247141, NR_112935, АВ249652, NR_113076 или AF139525.
138. Композиция по п. 137, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
139. Композиция по п. 137 или 138, где один или более бактериальных штаммов содержит 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 96%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 98%, или по меньшей мере 99% гомологичные последовательностям указанных номеров доступа.
140. Композиция, которая индуцирует или активирует CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки, причем композиция включает
один или более очищенных бактериальных штаммов, собранных из экскрементов человека, которые обладают устойчивостью к ампициллину; или
супернатант культуры согласно (i).
141. Композиция по п. 140, где композиция содержит очищенную бактериальную смесь, содержащую (а) один или более бактериальных штаммов, принадлежащих к виду, выбранному из группы, состоящей из
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134,
Parabacteroides distasonis; HE974920,
Bacteroides cellulosilyticus; NR_112933,
Bacteroides clarus; AB490801,
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA; NZ-ACWB00000000,
Bacteroides salyersiae; AY608696,
Bacteroides fragilis; CR626927,
Bacteroides uniformis; AB247141,
Bacteroides eggerthii; NR_112935,
Clostridium sp. TM-40; AB249652,
Parabacteroides goldsteinii; NR_113076, и
Bacteroides sp. AR29; AF139525; или
(b) один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rРНК последовательность на по меньшей мере 97% гомологичную 16S rРНК последовательности видов, выбранных из группы, состоящей из:
Phascolarctobacterium faecium; LN998073,
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134,
Parabacteroides distasonis; HE974920,
Bacteroides cellulosilyticus; NR_112933,
Bacteroides clarus; AB490801,
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA; NZ-ACWB00000000,
Bacteroides salyersiae; AY608696,
Bacteroides fragilis; CR626927,
Bacteroides uniformis; AB247141,
Bacteroides eggerthii; NR_112935,
Clostridium sp. TM-40; AB249652,
Parabacteroides goldsteinii; NR_113076, и
Bacteroides sp. AR29; AF139525.
142. Композиция по п. 140, где композиция содержит очищенную бактериальную смесь, содержащую (а) один или более бактериальных штаммов, принадлежащих виду, выбранному из группы, состоящей из:
Phascolarctobacterium faecium; LN998073
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134, и
Parabacteroides distasonis; HE974920; или
(b) один или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rРНК последовательность на по меньшей мере 97% гомологичную 16S rРНК последовательности вида, принадлежащего группе, состоящей из:
Phascolarctobacterium faecium; LN998073
Fusobacterium ulcerans; KR822463,
Bacteroides dorei; CP011531,
Bacteroides uniformis; NR_112945,
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA; NZ-ACWW00000000,
Paraprevotella xylaniphila; AB331897,
Parabacteroides johnsonii; AB261128,
Alistipes sp. JC136; NZ-CAEG00000000,
Parabacteroides gordonii; AB470343,
Eubacterium limosum; AB595134, и
Parabacteroides distasonis; HE974920.
143. Композиция по любому из пп. 140-142, где CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки экспрессируют CD103 или Гранзим В.
144. Композиция по любому из пп. 140-143, где композиция активирует иммунную систему.
145. Способ активации иммунной системы, причем способ включает введение субъекту композиций по любому из пп. 140-144.
146. Способ активации CD8+ IFNγ-гамма продуцирующих Т-клеток, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-144.
147. Способ индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-144, где введение приводит к индукции пролиферации и/или аккумуляции CD8+ Т-клеток в кишечнике субъекта.
148. Способ лечения, содействия в лечении, и/или профилактики рака или вирусной инфекции, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-143, где введение приводит к лечению, содействию в лечении, и/или профилактике рака или вирусной инфекции.
149. Вакцинная композиция, содержащая антиген, происходящий из составляющих и/или метаболитов бактериальных видов композиций по любому из пп. 140-144.
150. Способ индукции иммунного ответа у субъекта, причем способ включает введение субъекту вакцинной композиции по п. 149, где введение приводит к индукции иммунного ответа у субъекта.
151. Композиция, содержащая химическое вещество, которое обладает антибактериальной активностью в отношении любого из бактериальных видов композиции по любому из пп. 140-144, или химическое вещество, которое связывается с физиологически активным веществом, секретированным из любого из бактериальных видов композиции по любому из пп. 140-144.
152. Способ подавления CD8+ и IFNγ продуцирующих Т-клеток у субъекта, причем способ включает введение субъекту композиции по п. 151.
153. Способ профилактики, лечения или улучшения заболевания, происходящего в результате сверхактивации CD8+ и IFNγ-продуцирующих Т-клеток у субъекта, причем способ включает введение субъекту вакцинной композиции по п. 151.
154. Физиологически активное вещество, происходящее из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
155. Бактериальный специфический антиген любого из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
156. Антитело, которое специфически связывается с любым из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
157. Полинуклеотид для обнаружения специфической к бактериальному виду нуклеотидной последовательности любого из бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
158. Животная модель, содержащая нечеловеческое млекопитающее, где желудочнокишечный тракт нечеловеческого млекопитающего был инокулирован бактериальными видами по любому из пп. 140-144.
159. Животная модель по п. 158, где нечеловеческое млекопитающее имеет заболевание, происходящее в результате неправильной регуляции CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетки.
160. Набор для оценки активации CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток, причем набор содержит: клетки кишечного эпителия, мононуклеарные клетки периферической крови, и бактериальный вид по любому из пп. 140-144.
161. Способ скрининга физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, где вещество индуцирует активацию CD8+ IFNγ продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
i. позволению безмикробному животному, не относящемуся к человеку, поглотить физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, или бактерии,
ii. обнаружение количества или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте безмикробного животного, не относящегося к человеку,
где если активация CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток обнаружена, физиологически активное вещество идентифицируется как вещество, которое может активировать CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетокки.
162. Способ скрининга физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, где вещество индуцирует пролиферацию или активацию CD8+ IFNγ продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
добавление физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий к клеткам кишечного эпителия в системе, содержащей клетки кишечного эпителия и мононуклеарные клетки периферической крови,
обнаружения числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в указанной системе,
где если активация CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток обнаружена, физиологически активное вещество идентифицируется как вещество, которое может активировать CD8+ IFNγ-продуцирующие Т-клетокки.
163. Способ скрининга вещества, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
i. добавление физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, содержащихся в композиции по любому из пп. 140-144, в систему, содержащую клетки кишечного эпителия и мононуклеарные клетки периферической крови,
ii. добавление тестируемого вещества,
iii. обнаружение числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в указанной системе,
где если число или активность обнаруженных CD8+ IFNγ продуцирующих Т-клеток увеличивается, тестируемое вещество идентифицируется как вещество, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток.
164. Способ скрининга вещества, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте, причем способ включает
i. добавление тестируемого вещества к не относящемуся к человеку животному по п. 159,
ii. обнаружение числа или активности CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток в желудочно-кишечном тракте не относящегося к человеку животного,
где если число или активность CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток, как определяют на вышеописанной стадии, увеличивается, тестируемое вещество идентифицировано как вещество, которое индуцирует активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток.
165. Композиция для стимуляции иммунитета, причем композиция включает, в качестве активного ингредиента, кишечную бактерию человека или физиологически активное вещество, происходящее из бактерии, полученные посредством способа скрининга согласно любому из п.п. 161-164.
166. Композиция по п. 165, где композиция вызывает активацию CD8+ IFNγ-продуцирующих Т-клеток.
167. Вакцинная композиция, содержащая, в качестве активного ингредиента, одну или более кишечную бактерию человека, полученную способом скрининга по любому из пп. 161-164, или один или более антигенов, специфичных для указанной одной или более кишечных бактерий человека.
168. Способ скрининга вещества, имеющего активность индуцировать или осложнять заболевание, вызванное CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, причем способ включает
позволение поглощения тестируемого вещества не относящимся к человеку животным по п. 158,
обнаружение степени связанного с заболеванием повреждения, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, у указанного не относящегося к человеку животного,
где тестируемое вещество идентифицировано как вещество, которое индуцирует заболевание, вызванное CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, когда степень повреждения, как определяют на вышеописанной стадии, увеличивается по сравнению с отсутствием добавления соединения или добавлением плацебо.
169. Композиция для индукции или обострения заболевания, вызванного CD8+ IFNγ-продуцирующими Т-клетокками, где композиция содержит, в качестве активного ингредиента, вещество, полученное способом скрининга по п. 168.
170. Композиция, содержащая обработанный образец человеческих фекалий, где обработанный образец человеческих фекалий получают посредством контакта образца человеческих фекалий с эффективным количеством ампициллина, и где обработанный образец человеческих фекалий индуцирует пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток.
171. Способ лечения заболевания у субъекта, причем способ включает введение субъекту композиции по п. 170 в эффективном количестве для лечения заболевания у субъекта.
172. Способ по п. 171, где заболеванием является рак или инфекция.
173. Способ определения индуцирует ли образец человеческих фекалий пролиферацию и/или аккумулирование CD8+ Т-клеток, причем способ включает:
инокуляцию безмикробной мыши образцом фекалий субъекта человека, и
определение индуцирует ли образец человеческих фекалий пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток у безмикробной мыши.
174. Способ определения донора человеческих фекалий, причем способ включает:
инокуляцию безмикробной мыши образцом фекалий субъекта человека, и
определение индуцирует ли образец фекалий пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток, где если образец фекалий индуцирует пролиферацию и/или аккумуляцию CD8+ Т-клеток, человеческий объект идентифицируется как донор человеческих фекалий.
175. Способ анализа уровней экспрессии маркера в лимфоцитах у субъекта, причем способ включает
анализ уровней экспрессии маркера, где маркер индуцирован посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144, где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящий из опухолевых антигенов лиганд-специфический TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
176. Набор для анализа уровней экспрессии маркера в лимфоцитах у субъекта после индукции, где маркер индуцирован посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144, где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, опухолевый антиген, происходящий из лиганд- специфического TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
177. Способ скрининга физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, или бактерий, причем способ включает
позволение нечеловеческому животному, несущему опухоль, поглотить физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, или бактерии,
обнаружение экспрессии маркера в лимфоцитах, выделенных из несущего опухоль нечеловеческого животного,
где если увеличений уровней экспрессии маркера обнаружено, физиологически активное вещество идентифицируется как иммуностимулирующий агент для опухоли; и
где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, опухолевый антиген, происходящий из лиганд-специфического TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
178. Сопутствующий диагностический способ для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, причем способ включает
анализ уровней экспрессии маркера в лимфоцитах до и после индукции посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144 с совместным введением ингибитора контрольных точек иммунного ответа или без него,
где если уровни экспрессии маркера в лимфоцитах субъекта увеличены на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению с уровнями экспрессии в лимфоцитах субъекта до введения композиции, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 субъекту, терапию продолжают,
где если уровни экспрессии в лимфоцитах субъекта не увеличены по сравнению с уровнями экспрессии в лимфоцитах субъекта, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 прекращают или повторно анализируют после повторного введения композиции по любому из пп. 140-144 субъекту.
179. Способ по любому из пп. 175, 177, или 178, дополнительно включающий анализ уровней экспрессии происходящих из опухолевого антигена лиганд-специфических TCRβ, в лимфоцитах со специфическими антителами, которые связываются с происходящими из опухолевого антигена лиганд-специфическими TCRβ, или МНС мультимерами, которые связываются с происходящими из опухолевого антигена лиганд-специфическими TCRβ.
180. Способ по п. 179 для применения для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где ингибитор контрольных точек иммунного ответа представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
181. Способ по п. 179, дополнительно включающий оценку PD-1 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
182. Способ по п. 179, дополнительно включающий оценку PD-L1 экспрессии в раковых клетках у субъекта.
183. Способ по п. 179, дополнительно включающий оценку CTLA-4 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
184. Набор, содержащий сопутствующую диагностику по любому из пп. 177-183, где набор содержит одну или более молекул для контроля уровней экспрессии маркера в лимфоцитах, где маркер представляет собой CD44, gp70 МС38 пептид (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-специфический TCRβ, происходящий из опухолевого антигена лиганд-специфический TCRβ, CD8, IFNγ, и/или GzmB.
185. Способ оценки активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах, причем способ включает введение субъекту композиции по любому из пп. 140-144.
186. Набор для оценки активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах, причем набор содержит: одну или более молекул маркера IFNγ и один или более бактериальных видов по любому из пп. 140-144.
187. Способ идентификации иммунностимулирующего агента для опухоли путем скрининга кишечных бактерий человека или физиологически активного вещества, происходящего из кишечных бактерий человека, причем способ включает,
(i) позволение несущему опухоль нечеловеческому животному потреблять кишечные бактерии человека или физиологически активное вещество, происходящее из кишечных бактерий человека, и
(ii) обнаружение IFNγ в спленоцитах, выделенных из несущего опухоль нечеловеческого животного,
где если обнаруживают индукцию IFNγ, кишечные бактерии человека или физиологически активное вещество идентифицируется как иммуностимулирующий агент для опухоли.
188. Сопутствующий диагностический способ для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, причем способ включает
оценку активации иммунитета со степенью продукции IFNγ в спленоцитах до и после индукции посредством введения субъекту композиции по любому из пп. 140-144 с совместным введением ингибитора или без него,
где если степень продукции IFNγ в спленоцитах у субъекта увеличивается на по меньшей мере 10%, по меньшей мере 20%, по меньшей мере 30%, по меньшей мере 40%, по меньшей мере 50%, по меньшей мере 100%, или по меньшей мере 200% по сравнению со степенью продукции IFNγ в спленоцитах у субъекта до введения композиции, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 субъекту продолжают,
где если степень продукции IFNγ в спленоцитах субъекта не увеличена, совместное введение ингибитора и композиции по любому из пп. 140-144 прекращают или повторно анализируют после повторного введения композиции по любому из пп. 140-144 субъекту.
189. Способ по п. 188, дополнительно включающий анализ уровней экспрессии опухолевых антигенов мишени терапии в спленоцитах со специфическими антителами или МНС муьтимерами.
190. Способ по п. 188 для опухолевой терапии с ингибитором контрольных точек иммунного ответа, где опухолевый ингибитор представляет собой PD-1 ингибитор, PD-L1 ингибитор, или CTLA-4 ингибитор.
191. Способ по п. 188, дополнительно содержащий оценку PD-1 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
192. Способ по п. 188, дополнительно содержащий проверку PD-L1 экспрессии в раковых клетках у субъекта.
193. Способ по п. 188, дополнительно содержащий оценку CTLA-4 экспрессии в Т-клетках у субъекта.
194. Набор для осуществления сопутствующих диагностических способов по любому из пп. 185-193, причем набор содержит одну или более молекул маркера IFNγ.
195. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterium limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, Bacteroides sp., Lachnospiraceae bacterium HGA0140, Hungatella hathewayi, Clostridium lavalense, Ruminococcus sp., и Clostridium innocuum.
196. Композиция по п. 195, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 21, по меньшей мере 22, по меньшей мере 23, по меньшей мере 24, по меньшей мере 25, или по меньшей мере 26 бактериальных штаммов.
197. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, Parabacteroides distasonis, Bacteroides cellulosilyticus, Bacteroides clarus, Anaerostipes caccae, Bacteroides salyersiae, Bacteroides fragilis, Bacteroides uniformis, Bacteroides eggerthii, Clostridium sp., Parabacteroides goldsteinii, и Bacteroides sp..
198. Композиция по п. 197, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, по меньшей мере 11, по меньшей мере 12, по меньшей мере 13, по меньшей мере 14, по меньшей мере 15, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, или по меньшей мере 21 бактериальный штамм.
199. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Ruminococcaceae bacterium, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, Eubacterum limosum, и Parabacteroides distasonis.
200. Композиция по п. 199, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, по меньшей мере 10, или по меньшей мере 11 бактериальных штаммов.
201. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Phascolarctobacterium faecium, Fusobacterium sp., Ruminococcaceae bacterium, и Eubacterum limosum.
202. Композиция по п. 201, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, или по меньшей мере 4 бактериальных штамма.
203. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую один или более бактериальных штаммов видов, выбранных из группы, состоящей из Bacteroides dorei, bacterium IARFR67, Paraprevotella xylaniphila, Parabacteroides johnsonii, Bacteroides sp., Parabacteroides gordonii, и Parabacteroides distasonis.
204. Композиция по п. 203, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, или по меньшей мере 7 бактериальных штаммов.
205. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207;
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium;
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila,
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
206. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из:
1) Phascolarctobacterium faecium, или Phascolarctobacterium sp. CAG:207;
2) Fusobacterium ulcerans, или Fusobacterium varium;
3) Bacteroides dorei, или Bacteroides fluxus,
4) Bacteroides uniformis, или Bacteroides sp. D20,
5) Subdoligranulum sp., Ruthenibacterium lactatiformans, Ruminococcaceae bacterium cv2, или Gemminger formicilis,
6) Paraprevotella xylaniphila, 6
7) Parabacteroides johnsonii,
8) Alistipes sp., Alistipes timonensis, или Alistipes senegalesis,
9) Parabacteroides gordonii, или Parabacteroides sp. HGS0025,
10) Eubacterum limosum, и
11) Parabacteroides sp. CAG:2 или Parabacteroides distasonis.
207. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ I ID NO:9, SEQ ID NO:10, или SEQ ID NO:11.
208. Композиция по п. 207, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
209. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую два или более бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
210. Композиция по п. 209, где очищенная бактериальная смесь содержит по меньшей мере 2, по меньшей мере 3, по меньшей мере 4, по меньшей мере 5, по меньшей мере 6, по меньшей мере 7, по меньшей мере 8, по меньшей мере 9, или по меньшей мере 10 бактериальных штаммов.
211. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
212. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, содержащую:
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
213. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ Г ID NO:9, SEQ ID NO:10, и SEQ ID NO:11.
214. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из бактериальных штаммов, содержащих 16S rДНК последовательности, на по меньшей мере 97% идентичные последовательности SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, или SEQ ID NO:64.
215. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:1,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:2,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:3,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:4,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:5,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:6,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:7,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:8,
бактериальный штамм, содержащий 16S rДНК последовательность на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:9,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:10, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:11.
216. Композиция, содержащая очищенную бактериальную смесь, состоящую из
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:54,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:55,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:56,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:57,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:58,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:59,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:60,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:61,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:62,
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:63, и
бактериального штамма, содержащего 16S rДНК последовательность, на по меньшей мере 97% идентичную последовательности SEQ ID NO:64.
217. Композиция по любому из пп. 137-144 или 195-216, где композиция представляет собой фармацевтическую композицию.
218. Композиция по п. 217, где фармацевтическая композиция содержит фармацевтически приемлемый эксципиент.
219. Композиция по п. 218, где фармацевтическая композиция составлена для перорального применения.
220. Композиция по п. 218 или 219, где фармацевтическая композиция составлена для ректального введения.
221. Композиция по любому из пп. 218-220, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в кишечник.
222. Композиция по любому из пп. 218-221, где фармацевтическая композиция составлена для доставки в толстую кишку.
223. Композиция по любому из пп. 218-222, где один или более бактериальных штаммов лиофилизирован.
224. Композиция по любому из пп. 218-223, где фармацевтическая композиция находится в форме капсулы.
225. Композиция по любому из пп. 218-224, где фармацевтическая композиция дополнительно содержит рН-чувствительную композицию, содержащую один или более кишечнорастворимых полимеров.
226. Композиция по любому из пп. 217-225, где композиция дополнительно содержит одно или более противораковых средств.
RU2019123067A 2016-12-23 2017-12-22 Композиции и способы для индукции cd8+ t-клеток RU2761873C2 (ru)

Applications Claiming Priority (9)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662438793P 2016-12-23 2016-12-23
US62/438793 2016-12-23
US201762484607P 2017-04-12 2017-04-12
US62/484607 2017-04-12
US201762491062P 2017-04-27 2017-04-27
US62/491062 2017-04-27
US201762574446P 2017-10-19 2017-10-19
US62/574446 2017-10-19
PCT/JP2017/046232 WO2018117263A1 (en) 2016-12-23 2017-12-22 Compositions and methods for the induction of cd8+ t-cells

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019123067A true RU2019123067A (ru) 2021-01-25
RU2019123067A3 RU2019123067A3 (ru) 2021-03-05
RU2761873C2 RU2761873C2 (ru) 2021-12-13

Family

ID=62626620

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019123067A RU2761873C2 (ru) 2016-12-23 2017-12-22 Композиции и способы для индукции cd8+ t-клеток

Country Status (14)

Country Link
US (5) US11167018B2 (ru)
EP (1) EP3559209A4 (ru)
JP (2) JP7104921B2 (ru)
KR (1) KR102564766B1 (ru)
CN (1) CN110191946A (ru)
AU (2) AU2017381697B2 (ru)
BR (1) BR112019013125B1 (ru)
CA (2) CA3122548A1 (ru)
IL (3) IL296740B2 (ru)
MX (1) MX2019007648A (ru)
RU (1) RU2761873C2 (ru)
TW (1) TWI821168B (ru)
WO (1) WO2018117263A1 (ru)
ZA (1) ZA201903327B (ru)

Families Citing this family (23)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108676774B (zh) * 2011-12-01 2023-05-09 国立大学法人东京大学 诱导调节性t细胞的增殖或积累的人源细菌
MA41060B1 (fr) 2015-06-15 2019-11-29 4D Pharma Res Ltd Compositions comprenant des souches bactériennes
AU2017381697B2 (en) * 2016-12-23 2020-12-24 Keio University Compositions and methods for the induction of CD8+ T-cells
AU2019217041B2 (en) * 2018-02-09 2022-09-15 Keio University Compositions and methods for the induction of CD8+ T-cells
CN110496140B (zh) * 2018-05-18 2022-05-31 瑞微（深圳）生物科技有限公司 脆弱拟杆菌或阿克曼粘细菌在制备用于预防或治疗肿瘤的药物中的应用
US20220047647A1 (en) * 2018-09-10 2022-02-17 Riken Composition for inhibiting trypsin activity containing as active ingredient bacterium belonging to genus paraprevotella
CN114025794A (zh) * 2018-11-02 2022-02-08 4D制药研究有限公司 包含细菌菌株的组合物
JP2022513104A (ja) * 2018-11-21 2022-02-07 チャン ザッカーバーグ バイオハブ， インコーポレイテッド 高複雑性合成腸細菌群集
ES2763874B2 (es) * 2018-11-30 2020-10-13 Consejo Superior Investigacion Phascolarctobacterium faecium para su uso en la prevencion y tratamiento de la obesidad y sus comorbilidades
WO2020118232A1 (en) * 2018-12-07 2020-06-11 President And Fellows Of Harvard College Identification of gut bacteria that promote an anti-tumor response to immunotherapy
JP2022513208A (ja) 2018-12-12 2022-02-07 フォーディー ファーマ リサーチ リミテッド がんを治療するためのｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ細菌株を含む組成物
WO2021091981A1 (en) * 2019-11-04 2021-05-14 Vedanta Biosciences, Inc. Compositions and methods for enhancing immune checkpoint inhibitor therapy
WO2021102313A1 (en) * 2019-11-22 2021-05-27 Assembly Biosciences, Inc. Compositions comprising bacterial species and methods related thereto
WO2021102510A1 (en) * 2019-11-26 2021-06-03 South Australian Health And Medical Research Institute Limited Methods and products for reducing side effects associated with use of immune agonist antibodies
AU2020394211A1 (en) * 2019-11-27 2022-07-14 Seres Therapeutics, Inc. Designed bacterial compositions and uses thereof
WO2021141828A1 (en) * 2020-01-10 2021-07-15 Assembly Biosciences, Inc. Compositions comprising bacterial species and methods related thereto
CN115052609A (zh) * 2020-02-12 2022-09-13 苏黎世大学 一种治疗癌症的细菌组合物
WO2021221110A1 (ja) * 2020-04-29 2021-11-04 学校法人慶應義塾 Ｔｈ１細胞及び／又はＴｈ１７細胞の増殖又は活性化を誘導する小腸内細菌
GB202007452D0 (en) 2020-05-19 2020-07-01 Microbiotica Ltd Threrapeutic bacterial composition
WO2021237162A1 (en) * 2020-05-21 2021-11-25 Chan Zuckerberg Biohub, Inc. High-complexity synthetic gut bacterial communities
EP4320221A1 (en) 2021-04-05 2024-02-14 Vedanta Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating cancer
CN118325761A (zh) 2023-01-12 2024-07-12 Snj制药有限公司 抗感染性肠道菌株及其用途
CN116676207B (zh) * 2023-03-14 2024-06-04 中国海洋大学 一种萨利尔斯氏拟杆菌菌株及其在降解制备硫酸软骨素寡糖及透明质酸寡糖中的应用

Family Cites Families (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3249504A (en) 1962-03-13 1966-05-03 Becton Dickinson Co Multiple unit tissue culture preparation and method of preparing same
EP3184107A1 (en) 2002-06-19 2017-06-28 N.V. Nutricia Method and preparation for treating metabolic stress
PL2439273T3 (pl) * 2005-05-09 2019-08-30 Ono Pharmaceutical Co., Ltd. Ludzkie przeciwciała monoklonalne przeciwko białku programowanej śmierci komórki 1(pd-1) oraz metody leczenia nowotworów z wykorzystaniem przeciwciał anty-pd-1 samodzielnie lub w połączeniu z innymi immunoterapeutykami
TW200819540A (en) * 2006-07-11 2008-05-01 Genelux Corp Methods and compositions for detection of microorganisms and cells and treatment of diseases and disorders
SG175993A1 (en) 2009-05-11 2011-12-29 Berg Biosystems Llc Methods for treatment of metabolic disorders using epimetabolic shifters, multidimensional intracellular molecules, or environmental influencers
ES2595444T3 (es) * 2009-11-11 2016-12-30 Alimentary Health Limited Cepa de Bifidobacterium probiótica
JP2013512251A (ja) * 2009-11-24 2013-04-11 アンプリミューン、インコーポレーテッド Ｐｄ−ｌ１／ｐｄ−ｌ２の同時阻害
CN108676774B (zh) 2011-12-01 2023-05-09 国立大学法人东京大学 诱导调节性t细胞的增殖或积累的人源细菌
US8906668B2 (en) 2012-11-23 2014-12-09 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
BR112015018625A2 (pt) * 2013-02-04 2017-09-19 Seres Therapeutics Inc composições e métodos
IL292510A (en) 2013-11-05 2022-06-01 Cognate Bioservices Inc Combinations of checkpoint inhibitors and cancer drugs
BR112016011830A2 (pt) * 2013-11-25 2017-09-26 Seres Therapeutics Inc composições bacterianas sinergísticas e métodos para produção e uso das mesmas.
AU2015244700B2 (en) * 2014-04-10 2020-08-27 Riken Compositions and methods for induction of Th17 cells
US20190282632A1 (en) * 2014-10-23 2019-09-19 Institut Gustave Roussy Methods and products for modulating microbiota composition for improving the efficacy of a cancer treatment with an immune checkpoint blocker
EP3012270A1 (en) 2014-10-23 2016-04-27 Institut Gustave Roussy Products for modulating microbiota composition for improving the efficacy of a cancer treatment with an immune checkpoint blocker
MX2017015473A (es) 2015-06-01 2018-08-15 Univ Chicago Tratamiento contra el cancer por manipulacion de la microflora comensal.
AU2017381697B2 (en) * 2016-12-23 2020-12-24 Keio University Compositions and methods for the induction of CD8+ T-cells
AU2019217041B2 (en) 2018-02-09 2022-09-15 Keio University Compositions and methods for the induction of CD8+ T-cells

Also Published As

Publication number Publication date
IL296740B1 (en) 2023-05-01
IL296740B2 (en) 2023-09-01
MX2019007648A (es) 2020-02-07
US11633465B2 (en) 2023-04-25
CN110191946A (zh) 2019-08-30
JP7104921B2 (ja) 2022-07-22
IL296740A (en) 2022-11-01
US10576136B2 (en) 2020-03-03
US11167018B2 (en) 2021-11-09
EP3559209A1 (en) 2019-10-30
AU2021201076A1 (en) 2021-03-11
CA3122548A1 (en) 2018-06-28
CA3045098C (en) 2021-08-10
IL267566B (en) 2020-10-29
IL277593B (en) 2022-10-01
KR20190100266A (ko) 2019-08-28
IL277593A (en) 2020-11-30
ZA201903327B (en) 2024-05-30
WO2018117263A1 (en) 2018-06-28
TWI821168B (zh) 2023-11-11
US20200093871A1 (en) 2020-03-26
US20190381111A1 (en) 2019-12-19
BR112019013125B1 (pt) 2022-02-08
US10695412B2 (en) 2020-06-30
US20200254079A1 (en) 2020-08-13
AU2021201076B2 (en) 2023-03-02
US20240034440A1 (en) 2024-02-01
RU2761873C2 (ru) 2021-12-13
IL277593B2 (en) 2023-02-01
JP2022140439A (ja) 2022-09-26
EP3559209A4 (en) 2021-03-10
KR102564766B1 (ko) 2023-08-08
AU2017381697A1 (en) 2019-06-13
US20190343944A1 (en) 2019-11-14
AU2017381697B2 (en) 2020-12-24
BR112019013125A2 (pt) 2019-12-10
RU2019123067A3 (ru) 2021-03-05
JP2020503862A (ja) 2020-02-06
WO2018117263A9 (en) 2018-08-23
IL267566A (en) 2019-08-29
CA3045098A1 (en) 2018-06-28
TW201828963A (zh) 2018-08-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2019123067A (ru) Композиции и способы для индукции cd8+ t-клеток
US20230263843A1 (en) Microbiota composition, as a marker of responsiveness to anti-pd1/pd-l1/pd-l2 antibodies and use of microbial modulators for improving the efficacy of an anti-pd1/pd-l1/pd-l2 ab-based treatment
Contreras et al. Existence of CD8α-like dendritic cells with a conserved functional specialization and a common molecular signature in distant mammalian species
Hara et al. Prevention of virus-induced type 1 diabetes with antibiotic therapy
IL279571A (en) Selective modification of microbiota for immune regulation
Needham et al. Intra-tumoural regulatory T cells: a potential new target in cancer immunotherapy
CN106170557A (zh) 作为化疗应答标志物的微生物群组合物，以及微生物调节剂(益生元、益生菌或合生元)用于提高癌症治疗效力的用途
Novak et al. Effect of supplementation with an electrolyte containing a Bacillus-based direct-fed microbial on immune development in dairy calves
JP2021531737A (ja) ウイルス療法を増強するための細胞ベースの媒体
CN113286615A (zh) 用于治疗癌症的微生物和免疫调节剂的组合疗法
Villarreal-Ramos et al. Development of a BCG challenge model for the testing of vaccine candidates against tuberculosis in cattle
Kuczkowska et al. Inactivated Lactobacillus plantarum carrying a surface-displayed Ag85B-ESAT-6 fusion antigen as a booster vaccine against Mycobacterium tuberculosis infection
JP2021512638A (ja) Ｃｄ８＋ｔ細胞の誘導のための組成物および方法
Geskin et al. Therapeutic reduction of cell-mediated immunosuppression in mycosis fungoides and Sézary syndrome
Timbermont et al. Intra-species growth-inhibition by Clostridium perfringens is a possible virulence trait in necrotic enteritis in broilers
JP7040701B2 (ja) 抗がん腫瘍溶解性ウイルス併用療法および優良レスポンダー選択プラットフォーム
Jawale et al. Characterization of adaptive immune responses induced by a new genetically inactivated Salmonella Enteritidis vaccine
CN105861531A (zh) 一种嵌合抗原受体t细胞及其制备方法
CN115806893B (zh) 普通拟杆菌及其组合物在辅助癌症免疫治疗中的应用
CN111867619A (zh) 过继性细胞治疗的先天寻靶
Ye et al. Tr1 regulatory T cells induced by ConA pretreatment prevent mice from ConA-induced hepatitis
CN107864656A (zh) 重组分枝杆菌作为免疫治疗剂用于治疗癌症
CN114981413A (zh) 过继免疫治疗
Lijnzaad The microbiome modulating the body's response to cancer immunotherapy: potential for diagnostic and therapeutic practices
Manrique-Rincón et al. Development of a flow cytometry assay which allows to evaluate the efficiency of immunomodulatory vaccines to enhance T cell-mediated antitumor response