CN111867619A - 过继性细胞治疗的先天寻靶 - Google Patents

Abstract

提供了将过继性细胞治疗标靶至特定疾病部位的治疗方式，包括使用PRR配体的特定细胞库。实际上，先天性免疫系统信号被激发，以便促进过继免疫细胞归巢至疾病部位，例如至实体瘤部位。

Description

过继性细胞治疗的先天寻靶

技术领域

公开了医学领域的若干项创新，包括癌症的治疗，涉及抗原寻靶细胞疗法结合使用含有先天免疫原(如微生物成分)的组织特异性制剂。

背景技术

在脊椎动物中，免疫调节的一个重要方面涉及先天性免疫系统和适应性免疫系统的协同活动。这种协同活动涉及免疫细胞内的代谢、酶和分子遗传学变化，精心设计了细胞、细胞因子和趋化因子通讯通路的复杂系统，介导这些互补系统不同组分的协同活性(参见Iwasaki&Madzhitov，2015，自然免疫学16：343-353；WO0209748；WO03051305；Turner等人，2014，BBA-分子细胞研究1843：11 2563-2582)。该协同活性的一个方面是识别先天性免疫系统模式识别受体(PRR)的配体可用作疫苗佐剂以改善适应性免疫应答的基础(参见Maisonneuve等人，2014，PNAS 111(34)，12294-9；WO2007035368)，PRR配体的特定库可一起配制为位点特异性免疫调节剂，在靶组织中激发治疗性免疫应答(见WO2017185180)。

免疫记忆涉及B细胞和T细胞受体对特异性抗原的识别，是适应性免疫系统的一个长期公认的核心特征，也是疫苗效能的基础(参见自然免疫学，聚焦免疫记忆：2011年6月，第12卷第6期，第461-575页)。先天免疫记忆是一种最近被认识的、尚未被充分了解的免疫系统特征(参见Netea等人，2015，自然免疫学16，675-679；和Bordon，2014，自然免疫学综述，14，713)。

已经描述了过继转移细胞治疗(ACT)，涉及广泛免疫细胞的过继转移，包括γδT细胞、工程T细胞(如嵌合抗原受体(CAR)和T细胞受体(TCR)修饰的T细胞、TCR-Tg细胞)、淋巴因子激活的杀伤(LAK)细胞、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、自然杀伤(NK)细胞(包括CAR NK细胞和NK T细胞)、细胞因子诱导的杀伤(CIK)细胞(如NK细胞、树突细胞(DC)和T细胞)；TRUCKs(携带有效负载的CAR T细胞)和同种异体CAR T细胞。

CAR T细胞疗法是ACT治疗的一种形式，已被美国食品药品监督管理局批准用于治疗儿童和青少年急性淋巴细胞白血病(ALL)和成人晚期淋巴瘤。CAR是模块化膜受体，具有确定的胞外单链可变片段(scFv)，来源于作为CAR靶标结合域的抗体；连接胞外scFv与胞内信号域的铰链/连接区；以及细胞内信号域，包括单个CD3ζ链(第一代CAR)、CD3ζ链结合共刺激CD28、4-1BB或OX-40(第二代CAR)之一的细胞内信号域，或CD3ζ链与来自两个共刺激分子(第三代CAR)的串联细胞内信号域结合。在第二代和第三代CAR中额外包含共刺激信号结构域可增强CAR T细胞在体内的持久性，并导致抗肿瘤活性增加(Brentjens，R.J.等人，临床癌症研究，2007年9月15日，13(18Pt 1)：5426-35；Milone，M.C.等人，分子治疗，2009年8月，17(8)：1453-64.；Kowolik，C.M.等人，癌症研究，2006年11月15日；66(22)：10995-1004；WO2016073629；Savoldo，B.等人，临床研究杂志，2011年5月，121(5)：1822-6)。CAR促进T细胞对肿瘤细胞的特异性，并以不依赖于HLA/MHC-的方式与靶肿瘤抗原结合，从而激活CAR T细胞的抗肿瘤效应或功能。

寻靶CD19的CAR T细胞已证实在治疗多种血液癌症中的临床有效性，包括：B细胞非霍奇金淋巴瘤、急性淋巴细胞白血病和慢性淋巴细胞白血病(CLL)。针对CD116的CAR T细胞疗法也被开发用于治疗单核细胞性白血病(Liu，J.等人，)血液和肿瘤学杂志，2017；10(1)：35；Wang，X.等人，血液，2016；127(24)：2980-90；Schubert，M.L.等人，人基因治疗，2016年10月；27(10)：758-771；Maude，S.L.等人，新英格兰医学杂志，2014；371(16)：1504-17；Cai等人，血液和肿瘤学杂志，2016；9(1)：131；Porter，D.L.等人，新英格兰医学杂志，2011；365：725-733；Grupp，S.A.等人，新英格兰医学杂志，2013；368：1509-1518；Brentjens，R.J.等人，血液，2011；118：4817-4828；US20160009813；Kochenderfer，J.N.等人，血液，2012；119：2709-2720；Nakazawa，Y.等人，血液和肿瘤学杂志，2016；9(1)：27；参见：US20160008398A1；US20150342993A1；US20150140019A1；US20150376296A1；US20140271635A1；US20160009813A1；WO2016073629A1；WO2017049166A1；US20170224798A1；WO2009091826A3；US20170137783A1；WO2017040324A1；US20170183407A1；WO2017040945A1；US9701758；WO2017075147A1；US20170283775A1；US20170334968A1；US20170158749A1；和WO2016126608A1)。

与血液恶性肿瘤不同，实体瘤具有异质性，包括癌细胞和间质细胞。肿瘤相关基质由多种细胞类型组成，包括：成纤维细胞；血管内皮细胞；免疫细胞，如淋巴细胞、粒细胞和巨噬细胞。总之，这些基质组分可形成物理屏障和免疫抑制环境，阻碍CAR T细胞进入肿瘤细胞，抑制CAR T细胞的持续和增殖，并减弱CAR T细胞的细胞毒性活性。与在血液癌症中获得的成功相反，使用CAR T细胞治疗实体瘤的临床结果前景不佳(见Newick等人，2016，溶瘤分子疗法，2016；3：16006)。研究CAR T细胞疗法治疗肉瘤、胶质母细胞瘤、卵巢癌、胰腺癌、间皮瘤、结肠癌和肾细胞癌的有效性的研究一致报告为中度有效性(参见：Ahmed，N.等人，临床肿瘤学杂志，2015，33(15)：1688–1696；O’Rourke，D.等人，科学转化医学。2017；19(9)：399；Kershaw，M.H.等人，临床癌症研究，2006；12(20)：6106–6115；Beatty，G.L.等人，癌症免疫研究，2014；2：112–120；Beatty，G.L.，临床肿瘤学杂志，2015；33(15)：3007；Maus，M.V.等人，癌症免疫研究2013；1：26-31；Beatty，G.L.等人，癌症免疫研究2014；2：112–120；Morgan，R.A.，分子治疗2010；18(4)：843–851；Katz，S.C.等人，临床癌症研究，2015；21(14)：3149–3159；Lamers，C.H.等人，分子治疗2013；21(4)：904–912；Lamers，C.H.等人，临床肿瘤学杂志，2006，24(13)：e20–e22；Xu等人，2017，人类疫苗和免疫疗法，第13卷，第7期，pp 1548-155；Liu等人，2017，血液和肿瘤学杂志，2017年1月31日，10(1)：35；)。与血源性恶性肿瘤不同，据报道CAR T细胞疗法治疗实体瘤相关的困难包括有限的CAR T细胞持续和扩增、肿瘤的免疫抑制环境和CAR T细胞从外周血管至肿瘤部位的无效归巢。

鉴于上述挑战，已经描述了多种替代的过继性细胞疗法。参见实例：US20130287748A1；US9394368；US20140370045A1；US20150140019A1；US9365641；US9272002；US20140050708A1；US20150038684A1；US20150024482A1；WO2015090230A1；WO2015157399A1；WO2015142675A2；WO2016044605A8；US20140286973A1；US20150225480A1；WO2017015427A1；WO2013126712A1；WO2014055771A1；WO2013123061A1；US9598489；WO2014011988A3；US20170002072A1；US20140301993A1；US20170260268A1；WO2013063419A2；WO2017049166A1；WO2015142675A3；WO2016044605A1；US20140099340A1；WO2014130657A1；US20170137783A1；WO2017070649A1；US20160326265A1；WO2012099973A3；WO2014055442A2；WO2017040324A1；US20170174771A1；WO2014055442A9；US20120148552A1；WO2017070395A1；WO2017027291A1；US20170136063A1；WO2014011987A1；WO2016149665A1；WO2015142675A8；WO2014055442A3；US20170335281A1；US9447194；US20170107285A1；US20170240630A1；WO2012079000A1；US20170232070A1；US20140322275A1；WO2013126729A1；WO2014011988A2；US9402865；WO2013063419A3；US20160311917A1；WO2017015427A8；WO2013126726A1；WO2016126608A1；WO2012099973A2；WO2010025177A1；US20160008398A1；US20150342993A1；US20150307623A1；US20140314795A1；US20160045551A1；US20160122766A1；US20150376296A1；WO2016055551A1；US20170067022A1；WO2017049166A1；WO2017059557A1；US20170313759A1；US20170145095A1；US20170137783A1；WO2017178562A1；WO2016174652A1；US20170183407A1；US20160361360A1；WO2017027291A1；WO2017108805A1；WO2015142675A8；US20160228547A1；US20170335281A1；WO2016154628A1；US20170107285A1；WO2015188141A8；WO2017041143A1；WO2017149515A1；WO2017075537A1；US20170166652A1；和US20170158749A1。

发明内容

提供了将过继性细胞治疗寻靶至特定疾病部位的治疗方式，包括使用PRR配体的特定细胞库。实际上，先天性免疫系统信号被激发，以便促进过继免疫细胞归巢至疾病部位，例如至实体瘤部位。

公开的治疗方式涉及有效量的免疫原性组合物用来治疗哺乳动物受试者中的癌症或其他疾病的用途，例如，癌症在靶组织中形成肿瘤。免疫原性组合物与有效量的活化过继免疫细胞联合使用，例如，具有癌症或疾病细胞分别表达的癌症或疾病抗原受体的细胞，例如在肿瘤中表达的细胞。例如，免疫原性组合物可能包括哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的人工细胞库，其概括了哺乳动物微生物病原体(例如靶组织中致病性病原体)的PRR激动剂特征的至少一部分。哺乳动物PRR配体库可在治疗药物载体中一起配制，以在哺乳动物受试者给药后进行组合呈现。该组合物可能包括作为多种哺乳动物PRR配体的哺乳动物微生物病原体的组分，例如至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15种不同的哺乳动物PRR。可调整和给予免疫原性组合物，以使过继免疫细胞定位到靶组织中的肿瘤，例如通过调节靶组织中的先天性免疫应答。

这里所叙述的治疗用途反映在相应的治疗方法上，反之亦然。

本发明的实施方式可能包括以下一个或多个特征。PRR配体为PRR激动剂的用途。免疫原性组合物调节靶组织中先天性免疫应答的用途。使用哺乳动物模式识别受体库是人工细胞库，PRR激动剂特征部分是不同于哺乳动物微生物病原体天然PRR配体特征的独特部分。用于过继免疫细胞重组，和/或其中癌症抗原为一种或多种：NKG2D配体、CD3、CD19、CD22、CD123、B细胞成熟抗原(BCMA)、WT1、L1CAM(CD171)、ROR1、Lewis Y(LeY)、IL-13Rα2、GD2、间皮素(MSLN)、PSA、CAIX、叶酸受体α、HER2、EGFR、EGFRvIII、VEGF2、ErbB、ErbB2、CEA、PSMA、MUC1、MUC16、FXYD3、癌胚抗原(CEA)、CEACAM5、碳酸酐酶IX或成纤维细胞活化蛋白α(FAP)。用于从组中选择过继免疫细胞，包括γδT细胞、工程T细胞(如嵌合抗原受体(CAR)和T细胞受体(TCR)修饰的T细胞、TCR-Tg细胞；NKG2D-CAR T细胞)、淋巴因子激活的杀伤(LAK)细胞、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、自然杀伤(NK)细胞(如CAR NK细胞和NK T细胞)、细胞因子诱导的杀伤(CIK)细胞(如NK细胞、树突细胞(DC)和T细胞)；TRUCK(携带CAR T细胞的负载)和同种异体CAR T细胞。癌症抗原受体为重组体时的用途。在癌症抗原受体为嵌合抗原受体、改良T细胞受体或改良nk细胞受体的情况下使用。受试动物为小鼠、猫、犬、马、啮齿动物或人类时的使用。在治疗药物载体包括微生物细胞、重组微生物细胞、重组微生物细胞的细胞部分、微生物细胞的细胞部分、细菌外膜部分、细菌内膜部分、微生物细胞组分梯度离心所得的颗粒、微生物染色体dna、微粒或脂质体的情况下使用，每种包括哺乳动物微生物病原体的组分，其提供PRR激动剂，共同构成PRR激动剂的细胞库。用于下述情况：重组微生物包括编码至少一种PRR激动剂组分的重组基因。用于下述情况：在治疗药物载体中包括完整的灭活或减毒微生物细胞或重组微生物细胞。在获得性免疫细胞为CXCR3应答免疫细胞的情况下使用。用于下述情况：SSI上调靶组织(如肿瘤的癌细胞)癌症或其他疾病抗原表达。癌症或其他疾病抗原为NKG2D配体或其他“危险相关分子模式”(DAMP；见Tang等人，免疫综述，2012年9月；249(1)：158-175)。用于下述情况：SSI可上调肿瘤中趋化性细胞因子的表达，而过继免疫细胞包括趋化性细胞因子的细胞因子受体。用于下述情况：在过继免疫细胞包括肿瘤表达的多种不同趋化性细胞因子受体。用于下述情况：过继免疫细胞包括肿瘤表达的趋化性细胞因子的细胞因子受体。用于下述情况：细胞因子受体为重组体。用于下述情况：细胞因子受体为CCR2B。

附图说明

图1为柱状散点图，显示平均值和标准偏差以及代表各受试动物中表面基质酶数量的所有数据点，根据给药方式分组为列，最后三列反映了抗-CXCR3给药的动物。数据表明，微生物PRR配体制剂(QBKPN)的位点特异性免疫治疗可增强过继转移的肿瘤抗原特异性CD8+T细胞(Pmel)的抗肿瘤疗效，该活性被抗CXCR3抑制。

图2为条形图，显示数据点的平均值和标准偏差，这些数据点代表肺浸润TCR-tg T细胞数量，根据给药方式分组为列，最后四列反映了抗CXCR3给药的动物。数据表明，微生物PRR配体制剂(QBKPN)的位点特异性免疫治疗可通过活化的肿瘤抗原特异性(TCR-tg)CD8+T细胞增强荷瘤肺的化学吸引和浸润，该活性被抗CXCR3抑制。

图3为代表CXCL9浓度的数据点平均值和标准偏差的条形图，根据治疗分组至不同列中。数据表明，与对照(载体)和非特异性针对肺部的微生物PRR配体制剂(QBECO)相比，组织特异性微生物PRR配体制剂(QBKPN)的肺部位点特异性免疫治疗可增强肿瘤生长晚期(此时肿瘤对趋化因子产生其他抑制)荷瘤肺中CXCL9趋化因子的生成。

图4为代表CXCL10浓度的数据点平均值和标准偏差的条形图，根据治疗分组至不同列中。数据表明，与对照(载体)和非特异性针对肺部的微生物PRR配体制剂(QBECO)相比，组织特异性微生物PRR配体制剂(QBKPN)的肺部位点特异性免疫治疗可增强肿瘤生长晚期(此时肿瘤对趋化因子产生其他抑制)荷瘤肺中CXCL10趋化因子的产生。

图5为条形图，显示了CXCL9的体外浓度(pg/mL)，根据治疗分为多列。数据表明，由于暴露于微生物PRR配体制剂(QBKPN SSI，低、中和高剂量)，原位黑素瘤诱导CXCL9趋化因子生成。

图6是说明CXCL10体外浓度(pg/mL)的条形图，根据治疗分组为列。数据表明，由于暴露于微生物PRR配体制剂(QBKPN SSI，低、中和高剂量)，原位黑素瘤诱导CXCL10趋化因子生成。

图7是柱状散点图，显示了QBECO与NKG2D-CAR T细胞联用在鼠类模型中的腹膜内卵巢癌疗效。

图8为柱状散点图，显示了在小鼠模型中使用QBECO结合NKG2D-CAR T细胞趋化因子诱导的IP空间CXCL9。

图9是时间表，显示了使用QBECO SSI和作为CAR-Ts的人结肠癌治疗的小鼠模型(C57BL/6-NSG免疫抑制小鼠)的治疗方案：人scFv-CD28-4-1BB-CD3ζ(第3代)间皮素特异性CAR。

图10为柱状散点图，显示人结肠癌治疗鼠类模型中，与NSG宿主中的T细胞单独给药相比，SSI+CAR T细胞降低了肿瘤负荷。

图11是柱状散点图，显示无论是否过继转移，SSI诱导IP部门小鼠CXCL9趋化因子生成适度增加。

图12是柱状散点图，显示无论是否过继转移，SSI诱导IP部门小鼠CXCL10趋化因子生成适度增加。

图13为柱状散点图，显示SSI诱导IP室内人CXCL9趋化因子生成大幅增加，与过继转移无关。

图14为柱状散点图，显示SSI诱导IP室内人CXCL10趋化因子生成大幅增加，与过继转移无关。

具体实施方式

在下面的详细描述中，列出了具体实施例的各种实例，以及可能用于在本发明的实践中实施各种修改和变更的实验程序。为清楚起见，本文使用的各种技术术语均符合下文定义中所反映的公认含义。

“免疫原”是指能够通过生物体免疫系统引发免疫应答的分子或组成分子的组分。“抗原”是指能够结合免疫应答产物的分子。

“致病性”物质是指在自然界中能够引起宿主感染的物质，例如微生物，例如细菌或病毒，从这个意义上讲，在本发明的背景下，“致病性”是指“天然致病性”。虽然在人工条件下，多种微生物都可能引起感染，例如将微生物人工接种到组织中，但是自然引起感染的微生物范围必然有限，并且通过医疗实践得到很好的证实。

“感染”是病原体(例如，微生物，如细菌)入侵身体或身体一部分的状态或条件，其在有利条件下繁殖并产生有害作用(Taber的医学百科词典，第14版，C.L.Thomas，Ed.，F.A.Davis Company，美国宾夕法尼亚州)。感染在临床上并不总是明显的，可能仅导致局部细胞损伤。如果身体的防御机制有效，则感染可能仍为亚临床型和暂时性。感染可能局部扩散，在临床上表现为急性、亚急性或慢性临床感染或疾病状态。当病原体进入淋巴或血管时，局部感染也可能变为全身性感染。感染通常伴有炎症，但炎症可能不伴感染。

“炎症”是组织对损伤的特征性反应(以肿胀、发红、发热和疼痛为特征)，包括活组织受到损伤时发生的连续变化。感染和炎症是不同的疾病，尽管可能由另一种疾病引起(Taber的医学百科词典，如上文)。因此，炎症可能在无感染的情况下发生，感染也可能在无炎症的情况下发生(尽管炎症通常由致病菌或病毒引起)。炎症的特征是以下症状：发红(红晕)、发热(灼热)、肿胀(肿瘤)、疼痛(痛苦)。这些症状的组合可能会明显引起皮肤局部可见炎症，尤其是给药部位发红。

可以按照发明的替代方面对不同的受试者进行治疗或分析或取样。在本文中，“受试者”是一种动物，例如脊椎动物或哺乳动物。因此，受试者可能是患者，例如人类，患有适合治疗的疾病或病症，例如癌症、增殖性细胞疾病或感染性疾病(例如持续性病毒感染或机会性真菌感染，尤其是免疫功能不全的患者)。受试动物也可能是实验动物，例如，免疫失调的动物模型。在某些实施例中，术语“受试者”和“患者”可以互换使用，并且可能包括人类、非人类哺乳动物、非人类灵长类动物、大鼠、小鼠、猫或犬。健康受试者可能是未患有某种疾病(如癌症或免疫功能紊乱)的人，或疑似患有该疾病的人，或未患有慢性疾病或病症的人。“健康受试者”也可能是无免疫缺陷的受试者。免疫受损是指免疫系统功能异常或不完整的任何疾病。免疫受损可能是由于疾病、某些药物或出生时存在的状况所致。免疫功能不全的受试者更常见于婴儿、老年人以及接受广泛药物或放射治疗的个体。

从受试者身上采集的“样本”可能包括任何相关的生物材料，例如从患者身上采集的细胞、组织或体液样本。例如，样品可能方便地包括皮肤、脸颊、血液、粪便、毛发或尿液样品。例如，用于诊断和预后方法的样本核酸可以从选定的受试动物细胞类型或组织中获得。例如，受试者的体液(例如血液)可以通过已知技术获得。或者，可以对干燥样本(例如头发或皮肤)进行核酸检测。

术语“多态性”是指生物序列内的位置，例如基因组序列，其在群体内有所不同。多态性由不同的“等位基因”组成。术语“基因型”是指基因组中的特定等位基因，例如在细胞、组织样本或个体中。多态性的位置可以通过其位置来识别，例如在基因组内或在序列内，例如反映基因组位点的蛋白。例如，这可以以在指定位置发现的不同氨基酸或碱的表征形式提供。对于二倍体基因组，基因型通常由至少两个等位基因组成，可能是相同的(纯合)或不同的(杂合)。个体多态性在技术领域通常被指定为独特的标识符(如“参考SNP”、“refSNP”或“rs#”)，例如在NCBI网站上提供的核苷酸序列变异的单核苷酸多态性数据库(dbSNP)中。

多态性、等位基因或基因型的表征可以通过任何非常广泛的方法进行。例如，这些方法可能涉及核酸的杂交、标记、克隆、测序和/或扩增，例如基因组DNA，例如使用PCR、LCR、xMAP、入侵者试验、质谱、焦磷酸测序、选择性寡核苷酸杂交、选择性扩增、选择性引物延伸或探针。在这种情况下，术语“探针”包括自然产生或重组的单链或双链核酸或化学合成的核酸。例如，探针可以是长度适于与含有多态性区域的核酸进行选择性杂交的多核苷酸。标记探针也可与多晶型的扩增结合使用。DNA微阵列技术，有时被称为DNA芯片或基因芯片，例如可用于基因组表征，例如表征点突变、单核苷酸多态性(SNP)和/或短串联重复序列(STR)。例如，能够与等位基因变体特异性杂交的若干探针可以通过各种工艺(包括光刻)连接到固相载体上。其他方法包括激光捕获显微切割(LCM)、比较基因组杂交(CGH)和染色质免疫沉淀(ChiP)。等位基因特异性杂交例如可以使用与多态位点重叠并且在多态区域周围具有约5个或10个或20个或25个或30个核苷酸的探针。或者，在某些情况下，可以通过限制性内切酶分析来表征受试者DNA中存在的特异性等位基因。类似地，使用可能被描述为“错配剪切”试验的技术，可使用剪切试剂(如核酸酶、羟胺或四氧化锇)的保护作用检测RNA/RNA DNA/DNA或RNA/DNA异源双链中的错配碱基。电泳迁移率的改变可用于表征等位基因变体，例如检测单链构象多态性。

本文描述的许多方法都可以使用试剂盒来进行，例如至少含有一个探针或引物核酸，或由本文描述的一种或多种组合物和试剂盒的使用说明书组成。例如，试剂盒可以包括至少一个探针或引物，其能够与多态区域或与多态区域相邻区域特异性杂交，因此寡核苷酸对多态区域具有“特异性”。试剂盒还可能包括进行特定测定所需的至少一种试剂。试剂盒还可以包括阳性对照、阴性对照、测序标记物或抗体，例如用于确定受试者的基因型或生物标记物图谱。

“免疫应答”包括但不限于哺乳动物中的以下一种或多种应答：诱导细胞免疫调节剂(如细胞因子和趋化因子)、诱导或活化抗体、中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞(包括本文所述的M1样巨噬细胞和M2样巨噬细胞)、B细胞或T细胞(包括辅助性T细胞、自然杀伤细胞、细胞毒性T细胞、γδT细胞)，例如给予该组合物后由一种或多种免疫原诱导或活化的免疫原性组合物。因此，对组合物的免疫应答通常包括宿主动物中对组合物的细胞和/或抗体介导应答。在一些实施例中，免疫应答是这样的，它也将导致减缓或停止免疫失调或以免疫失调为特征的疾病的进展。因此，免疫应答可能包括细胞免疫应答和/或体液免疫应答中的一种或两种，并且可能是适应性应答或先天性免疫应答。

“免疫失调”是一种不适当调节的免疫应答，如不适当的约束或不适当的稳健免疫应答。例如，免疫失调可能存在于肿瘤疾病背景下，如癌症。

“部位特异性免疫治疗”(SSI)是一种在解剖部位或部位(如器官或组织)对治疗性或预防性改变免疫状态或免疫系统生理学方面有效的免疫调节治疗。例如，在某些情况下，SSI可用于改善免疫失调，或治疗以免疫失调为特征的疾病。

“癌症”或“肿瘤”是指没有生理功能的任何有害细胞生长。一般情况下，癌细胞已从正常的细胞分裂控制中释放出来，即其生长不受细胞环境中普通生化和物理影响的调节。因此，“癌症”是以异常不受控制的细胞生长为特征的疾病的总称。在大多数情况下，癌细胞增殖形成恶性克隆细胞。肿块或细胞团块，“瘤”或“肿瘤”，通常能够入侵和破坏周围正常组织。此处所用的“恶性肿瘤”是指在异常生长的生物体中具有有害作用的任何细胞类型或组织的异常生长。术语“恶性肿瘤”或“癌症”包括在技术上为良性但具有恶变风险的细胞生长。癌细胞可能通过淋巴系统或血流从其原来的部位扩散到身体的其他部位，该过程被称为“转移”。许多癌症治疗无效，并被证明是致命的。癌症或肿瘤的实例包括但不限于本文所述或本领域技术人员已知的各种器官和组织中的转化和永生化细胞、肿瘤、癌症。

大多数癌症属于三大组织学分类：癌症(carcinoma)，是主要的癌症，是覆盖器官、腺体或其他身体结构外表面或内表面(例如皮肤、子宫、肺、乳腺、前列腺、胃、肠)的上皮细胞或细胞的癌症，并且倾向于转移；癌症(carcinoma)，源自结缔组织或支持组织(例如骨、软骨、肌腱、韧带、脂肪、肌肉)；和血液肿瘤(hematologic tumour)，源自骨髓和淋巴组织。癌瘤可能为腺癌(通常在能够分泌的器官或腺体中发生，如乳腺、肺、结肠、前列腺或膀胱)或鳞状细胞癌(起源于鳞状上皮，通常在身体的大部分区域发生)。肉瘤可能是骨肉瘤或成骨肉瘤(骨)、软骨肉瘤(软骨)、平滑肌肉瘤(平滑肌)、横纹肌肉瘤(骨骼肌)、间皮肉瘤或间皮瘤(体腔的膜性内衬)、纤维肉瘤(纤维组织)、血管肉瘤或血管内皮细胞瘤(血管)、脂肪肉瘤(脂肪组织)、胶质细胞瘤或星形细胞瘤(脑内发现的神经源性结缔组织)、粘液肉瘤(原始胚胎结缔组织)或间叶或混合中胚层肿瘤(混合结缔组织类型)。血液肿瘤可能是源自骨髓浆细胞的骨髓瘤；可能是“液态癌症”和骨髓癌症的白血病，可能是骨髓性或粒细胞白血病(髓系和粒细胞白细胞)、淋巴性、淋巴细胞性或成淋巴细胞性白血病(淋巴和淋巴细胞血细胞)或真性红细胞增多症或红细胞增多症(各种血细胞产物，但以红细胞为主)；或淋巴瘤，可能是实体瘤，在淋巴系统的腺体或淋巴结中发生，可能是霍奇金或非霍奇金淋巴瘤。此外，混合型癌症，如腺鳞癌、混合型中胚层肿瘤、癌肉瘤或畸胎瘤也存在。

基于原发位点命名的癌症可能与组织学分类相关。例如，肺癌一般为小细胞肺癌或非小细胞肺癌，可能为鳞状细胞癌、腺癌或大细胞癌；皮肤癌一般为基底细胞癌、鳞状细胞癌或黑色素瘤。淋巴瘤可发生于与头部、颈部和胸部相关的淋巴结，以及腹部淋巴结或腋窝或腹股沟淋巴结。癌症的类型和阶段的识别和分类可以通过使用国家癌症研究所的监测、流行病学和最终结果(SEER)计划提供的实例信息进行，该计划是美国癌症发病率和生存率信息的权威来源，并得到全世界的认可。SEER项目目前从14个基于人群的癌症登记研究和3个涵盖约26％美国人群的补充登记研究中收集并公布癌症发病率和存活率数据。该计划常规收集有关患者人口统计学、原发肿瘤部位、形态学、诊断时分期、首个疗程和生命状态随访的数据，并且是美国基于人群信息的唯一综合来源，包括诊断时癌症分期和每个阶段内的生存率。SEER数据库中收录了300多万例原位和浸润性癌症病例的信息，在SEER覆盖地区内每年新增病例约17万例。SEER项目的发生率和生存期数据可用于获得特定癌症部位和分期的标准生存期。例如，为确保最佳对照组，可从数据库中选择具体标准，包括诊断日期和确切分期(例如，此处以肺癌为例，选择年份与回顾性综述的时间范围相匹配，选择3B期和4期肺癌；而此处以结肠癌为例，也选择年份与回顾性综述的时间范围相匹配，选择4期结肠癌)。

癌症也可根据其起源器官命名，即“原发位点”，例如乳腺癌、脑癌、肺癌、肝癌、皮肤癌、前列腺癌、睾丸癌、膀胱癌、结肠癌和直肠癌、宫颈癌、子宫癌等。即使癌症转移至不同于原发位点的身体其他部位，该命名仍持续存在。通过本发明，治疗直接针对癌症部位，而不是癌症类型，例如，症状性或病因学上位于肺部的任何类型的癌症将基于肺部的该定位进行治疗。

“癌症抗原”是癌细胞上表达的抗原。例如，已确定许多抗原在人肿瘤上具有限制性表达，或在人肿瘤中过度表达。例如，许多此类癌症抗原已经作为CAR T细胞靶标进行了临床试验，包括：间皮素、人表皮生长因子受体2(HER2)、碳酸酐酶IX(CAIX)、表皮生长因子受体(EGFRvIII)、CD171、叶酸受体α(FR-α)、GD2、粘蛋白1(MUC1)、成纤维细胞活化蛋白(FAP)、癌胚抗原(CEA)和血管内皮生长因子受体2(VEGF-R2)。参见实例：Lanitis，E.等人，分子治疗，2012，20：633-643；Carpenito，C.等人，美国科学院院报，2009，106：3360-3365；Morgan等人，分子治疗，2010，18：843–851；Ahmed，N.等人，癌症研究，2012，72；Lamers，C.H.等人，临床肿瘤学杂志，2006，24：e20-e22；Lamers，C.H.等人，临床肿瘤学杂志，2006，24：e20-e22；Lamers，C.G.等人，分子治疗，2013，21：904–912；Johnson，L.A.等人，科学转化医学，2015，7(275)：275ra222；O’Rourke，D.等人，科学转化医学，2017，19(9)：399；Park，J.R.等人，分子治疗，2007；15：825-833；Kershaw，M.H.等人，临床癌症研究，2006，12：6106–6115；Pule，M.A.等人，自然医学，2008，14(11)：1264–1270；Maher J.，和Wilkie，S.癌症研究2009 69(11)：4559–4562；Kakarla，S.等人，分子治疗，2013，21(8)：1611-20；Schuberth，P.C.等人，转化医学杂志2013，11：187；Song，D.G.等人，癌症研究，2011，71：4617-4627；Emtage，P.C.等人，临床癌症研究，2008，14：8112-8122；Shibaguchi，H.等人，抗癌研究，2006，26：4067-4072；Niederman，T.M.等人，美国科学院院报，2002，99：7009-7014；Chinnasamy，D.等人，临床研究杂志，2010；120：3953-3968)。

本发明的方面涉及PRR配体的使用。例如，PRR配体可以从商业途径获得，例如在广泛可用的减毒或灭活重组细菌制剂中，其可能是TLR2、TLR4和TLR5的配体。病原体相关分子模式(PAMP)的组合物可包括通过PRR识别的PAMPs，包括：参与炎症小体形成的Toll样受体(TLRs)、NOD样受体(NLRs)、RIG-I样受体(RLRs)、包括Dectin-1的C型凝集素受体(CLRs)、胞质双链DNA传感器(CDS)和NLRs。

Toll样受体2(TLR2)参与识别各种代表广泛菌种的微生物分子，包括革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌以及支原体和酵母菌。TLR2识别细胞壁组分，如来自革兰氏阳性菌的肽聚糖、脂磷壁酸和脂蛋白、来自分枝杆菌的脂阿拉伯甘露聚糖和来自酵母细胞壁的酵母聚糖。Toll样受体3(TLR3)识别双链RNA(双链RNA)。细菌脂多糖(LPS)被Toll样受体4(TLR4)识别，其与至少三种不同的细胞外蛋白相互作用：LPS结合蛋白(LBP)、CD14和髓样分化蛋白2(MD-2)，诱导导致NF-κB活化和促炎细胞因子生成的信号级联反应。LPS通常由通过碳水化合物脂质部分锚定在细菌外膜上的多糖区域组成：脂质A，其在很大程度上负责LPS的免疫刺激活性。脂质A的特别活性形式含有6个脂肪酰基，例如可能在致病菌(大肠埃希菌或沙门氏菌属)中发现。Toll样受体5(TLR5)识别革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的鞭毛蛋白。Toll样受体7(TLR7)和TLR8识别单链RNA和小分子合成分子如咪唑喹啉类和核苷类似物。Toll样受体9(TLR9)能够识别微生物中普遍存在的特异性非甲基化的CpG基序，但不能识别脊椎动物基因组DNA。

NLR是至少22个细胞质先天性免疫传感器家族，包括参与肽聚糖(PGN)识别的细胞内模式识别受体NOD1(CARD4)和NOD2(CARD15)。这些受体可检测PGN内的特定基序。NOD1可感知含二氨基戊二酸(DAP)的胞壁肽(尤其是d-Glu-meso-DAP二肽“iE-DAP”二肽)，其主要存在于革兰氏阴性菌以及某些革兰氏阳性菌的PGN中。NOD2可识别在几乎所有细菌PGN中发现的胞壁酰二肽(MDP)结构。

RIG-I样受体(RLRs)，特别是RIG-I和MDA-5，可检测病毒RNA种类。

CLR配体包括Dectin-1和Mincle(巨噬细胞诱导C型凝集素)激动剂。Dectin-1是β-葡聚糖的特异性受体，β-葡聚糖是真菌细胞壁中发现的葡萄糖聚合物。Mincle是一种多任务危险信号受体，可识别多种配体，如受损细胞、真菌组分、酵母菌组分和分枝杆菌组分。

胞质DNA传感器(CDS)结合病原体细胞内DNA，存在多个CDS，其可能显示特定DNA识别的背景偏好。

环二核苷酸(CDN)和氧杂蒽酮衍生物，例如DMXAA，与STING(INterferon基因的刺激物)结合并活化。

炎症小体是一种涉及成熟IL-1β生成的多蛋白复合物，具体通过将pro–IL-1β和pro–IL-18裂解为活性和可分泌形式。炎症小体可分为NLRP1、NLRP3、NLRC4和AIM2亚型，这些亚型可被多种微生物分子、危险信号和晶体物质激活。

表1：PRR受体及其配体

表2：胞质核酸感应PRR及其配体(Broz&Monack，2013，自然免疫学综述13，551-565)。

因此，本发明的各个方面涉及使用源自选定微生物病原体的PRR激动剂。例如，肽聚糖(PGN)可从选定靶组织或器官中具有致病性的细菌或细菌菌株中获得，用作NOD1/NOD2激动剂。类似地，细胞壁组分也可从选定靶组织或器官中具有致病性的细菌或细菌菌株中获取，用作TLR2激动剂。类似地，DNA，包括双链DNA，特别是重复双链DNA，可以从微生物病原体中获得，例如在选定的靶组织或器官中具有致病性的细菌或细菌菌株，以用作DAI、LRRFIP1、RIG1、TLR9、AIM2或细胞质DNA传感器(CDS)激动剂。β-葡聚糖肽可从真菌或酵母菌中获得，其在选定靶组织或器官中具有致病性，可用作Dectin-1激动剂。环二核苷酸可从选定靶组织或器官中具有致病性的微生物病原体中获得，用作STING激动剂。

本发明涉及具有不同PRR激动剂特征的组合物，这即表示在治疗药物载体中一起收集的PRR激动剂的种类，因此所选择的PRR激动剂的收集是不同的。在这种情况下，“治疗药物载体”是一种聚集并保留PRR激动剂的制剂，例如在药学上可接受的颗粒或囊泡中，如重组微生物。例如，PRR激动剂特征可能不同于参比PRR激动剂特征，例如不同于靶组织中不致病的微生物上存在的PRR激动剂集合。PRR信号也可能不同，因为它不同于微生物哺乳动物病原体的天然PRR激动剂信号，例如通过改变病原体野生型PRR激动剂信号的基因重组表达方式进行改变。为了确定PRR激动剂特征的独特性，可以直接测量PRR激动剂的水平或种类，或者可以通过测定PRR激动剂/受体结合后细胞中信号通路的激活或抑制等方式进行测量。

本发明的各种基因和核酸序列可以是重组序列。术语“重组体”是指已重组的物质，因此当涉及核酸结构时，该术语指由连接在一起的核酸序列或通过分子生物学技术产生的核酸序列组成的分子。核酸“结构”相应地是重组核酸，一般通过聚合互操作的组分测序仪来制备。在提到蛋白质或多肽时，术语“重组体”是指使用通过分子生物学技术创建的重组核酸结构表达的蛋白质或多肽分子。当涉及遗传组合物或生物体或细胞时，术语“重组体”是指在亲本基因组中未发生的新等位基因组合。重组核酸结构可包括核苷酸序列，其被连接或被操纵以连接至在本质上不被连接的核酸序列，或其在本质上不同位置被连接的核酸序列。将核酸结构称为“重组体”，因此表明核酸分子已使用基因工程进行了操作，即通过人类干预(因此其为人源性)。例如，重组核酸结构可以通过转化引入宿主细胞中。这种重组核酸结构可能包括来源于相同宿主细胞种类或不同宿主细胞种类的序列，这些序列已被分离并重新引入宿主细胞种类。重组核酸结构序列可能整合到宿主细胞基因组中，这可能是宿主细胞最初转化的结果，也可能是后续重组和/或修复事件的结果。

本发明的重组结构可以包括各种功能性分子或基因组组分，例如需要在转化植物中介导基因表达或抑制。在此背景下，“DNA调控序列”、“控制元素”和“调控元素”是指转录和翻译控制序列，例如调控基因表达的启动子、增强子、多聚腺苷酸化信号、终止子和蛋白降解信号，以及表观遗传调控信号，例如涉及组蛋白甲基化或乙酰化(例如组蛋白甲基转移酶或乙酰转移酶)，导致转录景观的构象变化和基因表达差异。在本公开中，“启动子”是指当启动子与基因可操作性连接时，足以直接转录基因的序列。因此，启动子是含有DNA序列的基因部分，提供RNA聚合酶的结合并启动转录。启动子序列通常(但并非普遍)位于基因的5′非编码区。当启动子与基因的功能相连时，启动子与基因“可操作连接”，以便允许启动子介导的基因表达。因此，术语“可操作链接”表示DNA片段的排列使其按预期用途一致发挥作用，例如启动启动子中的转录，使其通过基因的编码片段进入基因的终止子部分。当合适的分子(如转录激活蛋白)结合到启动子上时，在某些情况下可能发生基因表达。表达是基因编码序列的信息通过转录转换成mRNA，随后通过翻译转换成多肽(蛋白质)的过程，因此蛋白质被称为表达。由于在本文中使用该术语，如果基因或核酸能够在特定宿主细胞的适当条件下表达，则其为“可表达”。

本文中使用的“分离的”核酸或多核苷酸是指从其原始环境中移除的组分(例如，如果其天然存在，则为其自然环境)。一个分离的核酸或多肽可能含有低于约50％、低于约75％、低于约90％、低于约99.9％或低于与其最初相关的细胞或生物组分的50％-99.9％之间的任何整数值。例如，使用PCR扩增的多核苷酸使其可以与其他细胞组分充分区分(例如在凝胶上)，从而“分离”。本发明的多核苷酸可以是“实质纯的”，即具有与使用纯化技术获得的高度分离。

在生物分子的背景下，“内源性”是指在给定生物体或细胞中天然存在和/或由给定生物体或细胞产生的核酸等分子。“内源性”分子也可称为“天然”分子。相反，在生物分子的情况下，“外源性”是指在自然界的特定生物体或细胞中正常或天然不存在和/或不会由特定生物体或细胞产生的分子(如核酸)。

本文用于描述核酸或氨基酸序列，术语“异源性”是指人工引入特定宿主细胞(例如通过转化)的分子或分子部分(例如DNA序列)。例如，异源DNA序列可以通过转化引入宿主细胞中。这种异源分子可能包括来自宿主细胞的序列。由于宿主细胞的原始转化或后续重组事件，异源DNA序列可能整合到宿主细胞基因组中。

本公开的各个方面包括与其他序列同源的核酸或氨基酸序列。由于在本文中使用该术语，如果氨基酸或核酸序列实质上相同，并且序列的功能活性保守，则氨基酸或核酸序列与另一个序列“同源”(在本文中使用，序列保守性或同一性并不能推断进化相关性)。如果核酸序列编码的氨基酸序列基本相同，则核酸序列也可能具有同源性，即使核酸序列本身并不基本相同，例如遗传密码的简并导致的结果。

关于生物序列，“实质同源性”或“实质同一性”是指同源性大于70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％、甚至高达100％。根据上下文指示，同源性可指核酸或氨基酸序列。在替代实施例中，序列同一性可以为至少75％、至少90％或至少95％。用于同一性比较的序列的最佳比对可以使用多种算法进行，例如Smith和Waterman(1981)的局部同源算法，高级应用数学2：482，Needleman和Wunsch的同源比对算法(1970)，分子生物学杂志，48：443，Pearson和Lipman(1988)相似法检索，美国科学院院报，85：2444以及这些算法的计算机化实施(如GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA(威斯康星州遗传学软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA，Genetics Computer Group，美国威斯康星州麦迪逊市)。也可使用Altschul等人，描述的BLAST算法确定序列同一性，(1990)，分子生物学杂志，215：403-10(使用发布的默认设置)。可通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)在其网站上提供进行BLAST分析的软件。BLAST算法涉及首先识别高评分序列对(HSPs)，方法是在查询序列中识别长度为W的短词，其与数据库序列中相同长度的词对齐时，匹配或满足一些正值阈值分数T。T是指相邻词的分数阈值。初始邻域单词hits作为启动搜索的种子，以找到更长的热休克蛋白(HSPs)。单词hits沿每个序列向两个方向扩展，直到累积比对分数可以增加为止。当满足以下参数时，在每个方向上的单词hits扩展停止：累积比对分数从其最大实现值中的数量X下降；由于一个或多个负评分残留比对的累积，累积分数变为零或更低；或达到任何一个序列的末端。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。BLAST程序可使用默认的字长(W)11、BLOSUM62评分矩阵(Henikoff和Henikoff(1992)，美国科学院院报89：10915-10919)比对(B)为50，预期(E)为10，M＝5，N＝4，以及两条链的比较。使用BLAST算法测量两个序列之间的统计学相似性的一个指标是最小的概率总和(P(N))，这表明了两个核苷酸或氨基酸序列之间偶然发生匹配的概率。在替代实施例中，如果检测序列比较中的最小和概率小于约1、小于约0.1、小于约0.01或小于约0.001，则认为核苷酸或氨基酸序列实质相同。

两个氨基酸序列实质上相同的另一个指示是，一个肽与另一个肽也具有特异性免疫反应性的抗体具有特异性免疫反应性。如果抗体优先结合肽，并且与样品中存在的其他蛋白的结合量不大，则抗体对肽具有特异性免疫反应性，因此在免疫测定中可检测到抗体对肽的优先结合，并可与其他肽的非特异性结合区分。肽类抗体的特异性免疫反应性可以使用多种免疫测定格式进行评估，例如用于选择与蛋白质特异性免疫反应性的单克隆抗体的固相ELISA免疫测定法(参见Harlow和Lane(1988)抗体：实验室手册，冷泉港出版社，纽约)。

两种核酸序列基本相同的另一种指示是两种序列在适度严格或严格的条件下彼此杂交。在适度严格的条件下与过滤结合序列杂交，例如，可以在0.5M NaHPO₄、7％十二烷基硫酸钠(SDS)、1mM EDTA中于65℃进行，并在0.2×SSC/0.1％SDS中于42℃进行洗涤(参见Ausubel等人，(eds)，1989，最新分子生物学实验方法汇编，第1卷，Green PublishingAssociates，Inc.和John Wiley&Sons，Inc.，纽约，p.2.10.3)。或者，在严格的条件下与滤膜结合序列杂交，例如，可以在0.5M NaHPO₄、7％SDS、1mM EDTA中于65℃进行，并在0.1×SSC/1％SDS中于68℃进行洗涤(参见Ausubel等人，(eds)，1989，上文)。根据相关序列，可按照已知方法修改杂交条件(见Tijssen，1993，生物化学和分子生物学实验室技术-核酸探针杂交，第I部分，第2章“杂交原理概述和核酸探针检测策略，爱思唯尔，纽约)。通常，选择的严格条件约为5℃，低于特定序列在规定离子强度和pH值下的热熔点。术语“在严格(低，中间)条件下杂交的多核苷酸”旨在包括单链和双链多核苷酸，尽管只有一条链将与另一多核苷酸的互补链杂交。规定溶液中的洗涤可以进行几分钟至几天的时间范围，本领域的技术人员将容易选择适当的洗涤时间，以区分结合序列中不同水平的同源性。

在本领域众所周知，可以对多肽的结构进行一些修饰和改变，而不会实质性改变该肽的生物学功能，以获得具有生物学等效性的多肽。在本文中，术语“保守氨基酸置换”是指在肽的给定位置将一个氨基酸置换为另一个氨基酸，在该位置可以进行置换而不发生任何明显的功能损失或获得，以获得生物等效的多肽。在进行此类变更时，可根据侧链取代基的相对相似性，例如其大小、电荷、疏水性、亲水性等，进行类似氨基酸残基的替换，并且可通过常规检测来测定此类替换对肽类功能的影响。相反地，在本文中，术语“非保守氨基酸置换”是指在肽的给定位置将一个氨基酸置换为另一个氨基酸，其中置换导致肽的功能明显丧失或获得，以获得生物学上不等效的多肽。

在一些实施例中，当一个氨基酸残基被具有相似亲水性值的另一个氨基酸残基取代时(例如，在±2.0的值内)，可以进行保守的氨基酸置换，其中以下亲水性值被指定为氨基酸残基(如美国专利号4，554，101中详述)：精氨酸(+3.0)；赖氨酸(+3.0)；天冬氨酸(+3.0)；谷氨酸(+3.0)；丝氨酸(+0.3)；天冬酰胺(+0.2)；谷氨酰胺(+0.2)；甘氨酸(0)；脯氨酸(-0.5)；苏氨酸(-0.4)；丙氨酸(-0.5)；组氨酸(-0.5)；半胱氨酸(-1.0)；甲硫氨酸(-1.3)；缬氨酸(-1.5)；亮氨酸(-1.8)；异亮氨酸(-1.8)；酪氨酸(-2.3)；苯丙氨酸(-2.5)；和色氨酸Trp(-3.4)。如果残基的亲水性值存在显著差异，则可能发生非保守氨基酸置换，例如差异超过2.0。

在替代的实施例中，可以进行保守的氨基酸置换，其中一个氨基酸残基被具有相似亲水性指数的另一个氨基酸取代(例如，在±2.0的值内)。在该实施例中，可根据各氨基酸残基的疏水性和电荷特性为其指定一个亲水性指数，如下所示：异亮氨酸(+4.5)；缬氨酸(+4.2)；亮氨酸(+3.8)；苯丙氨酸(+2.8)；半胱氨酸(+2.5)；甲硫氨酸(+1.9)；丙氨酸(+1.8)；甘氨酸(-0.4)；苏氨酸(-0.7)；丝氨酸(-0.8)；色氨酸(-0.9)；酪氨酸(-1.3)；脯氨酸(-1.6)；组氨酸(-3.2)；谷氨酸(-3.5)；谷氨酰胺(-3.5)；天冬氨酸(-3.5)；天冬酰胺(-3.5)；赖氨酸(-3.9)和精氨酸(-4.5)。如果残基的亲水性指数存在显著差异，则可能发生非保守氨基酸置换，例如差异超过2.0。

在替代实施例中，可以进行保守的氨基酸置换，其中一个氨基酸残基被同类中的另一个氨基酸取代，其中氨基酸被分为非极性、酸性、碱性和中性类别，如下所示：非极性：丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、脯氨酸、蛋氨酸；酸性：天冬氨酸、谷氨酸；碱性：络氨酸、精氨酸、组氨酸；中性：甘氨酸、丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、天冬酰氨、谷氨酰胺、酪氨酸。如果残基不属于同一类，则可能发生非保守氨基酸替换，例如碱性氨基酸替换为中性或非极性氨基酸。

用于本发明其他方面的PRR配体可来自微生物。特别是，作为PRR配体来源的微生物可能具有致病性，是研究关注的靶组织。微生物作为病原体的特征是微妙的，因为大多数动物在一定程度上被微生物定殖，如细菌，其与宿主动物存在共栖或共生关系。因此，在健康动物中发现了许多正常情况下无害的细菌，并且通常局限于特定器官和组织的表面。通常，这些微生物群落作为可称为微生物组的成员，有助于身体的正常功能。一般无害的微生物，如大肠埃希菌，可引起健康受试者感染，结果从轻度感染到死亡。微生物是否具有致病性(即引起感染)取决于以下因素：侵入和进入特定宿主细胞、组织或器官的途径；微生物的内在毒力；潜在感染部位存在的微生物数量；或宿主动物的健康状况。因此，正常情况下无害的微生物在具备感染有利条件的情况下也可能成为病原体，即使是毒力最强的微生物，通常也需要特定的环境才能引起感染。因此，当正常菌群中的微生物种类超出其在内源性菌群中的正常生态作用时，它们可能是病原体。例如，内源性菌种可在解剖邻近区域的生态位外引起感染，例如通过连续传播。当这种情况发生时，这些通常无害的内源性细菌具有致病性。

已知特定微生物种属可引起其他健康受试者特定细胞、组织或器官的感染。下面列出了通常引起身体特定器官和组织感染的细菌和病毒实例；这些实例并不限制以下意义：根据领域中的知识，例如下列出版物，熟练的人员能够识别和确定引起其他健康生物体中不同器官和组织感染或通常引起感染的传染性或致病性细菌(并识别每种细菌的相对感染频率)：临床微生物学手册，第8版，Patrick Murray，Ed.，2003，美国华盛顿特区ASM出版社美国微生物学会；Mandell，Douglas，和Bennett的传染病原则与实践，第5版，G.，L.Mandell，J.E.Bennett，R.Dolin，Eds.，2000，丘吉尔利文斯通，美国宾夕法尼亚州费城，所有这些内容均通过引用纳入本文中。

皮肤感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、A、B、C或G组β溶血性链球菌、白喉棒状杆菌、溃疡棒状杆菌或铜绿假单胞菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、水痘-带状疱疹病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、牛痘、单纯疱疹或细小病毒B19。

软组织(例如脂肪和肌肉)感染通常由以下细菌种类引起：化脓链球菌、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭菌或其他梭菌属；或病毒性病原体：流感或柯萨奇病毒。

乳腺感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌或化脓链球菌。

头颈部淋巴结感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌或化脓性链球菌；或病毒性病原体：艾巴氏(Epstein-Barr)、巨细胞病毒、腺病毒、麻疹、风疹、单纯疱疹、柯萨奇病毒或水痘-带状疱疹。

臂/腋窝淋巴结感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌或化脓链球菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、艾巴氏、巨细胞病毒、腺病毒或水痘-带状疱疹。

纵隔淋巴结的感染通常由以下细菌种类引起：草绿色链球菌、消化球菌属、消化链球菌属、拟杆菌属、梭杆菌属或结核分枝杆菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、艾巴氏、巨细胞病毒、水痘-带状疱疹病毒或腺病毒。

肺门淋巴结感染通常由以下细菌种类引起：肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎克雷伯菌、流感嗜血杆菌、肺炎衣原体、百日咳杆菌或结核分枝杆菌；或病毒性病原体：流感、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯萨奇病毒。

腹内淋巴结感染通常由以下细菌种类引起：小肠结肠炎耶尔森菌、假结核耶尔森菌、沙门氏菌属、化脓链球菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌或结核分枝杆菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、艾巴氏、巨细胞病毒、水痘-带状疱疹病毒、腺病毒、流感或柯萨奇病毒。

腿部/腹股沟区域淋巴结感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌或化脓链球菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、艾巴氏、巨细胞病毒或单纯疱疹。

血液感染(即败血症)通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌属、大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、变形杆菌属、铜绿假单胞菌、脆弱类杆菌、肺炎链球菌或B组链球菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、水痘-带状疱疹、埃可病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、病毒、单纯疱疹或巨细胞病毒。

骨感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、其他链球菌属、大肠埃希菌、假单胞菌属、肠杆菌属、变形杆菌属或沙雷氏菌属；或病毒性病原体：细小病毒B19、风疹或乙型肝炎。

关节感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、其他链球菌属、大肠埃希菌、假单胞菌属、肠杆菌属、变形杆菌属、沙雷氏菌属、淋病奈瑟菌、沙门氏菌属、结核分枝杆菌、流感嗜血杆菌；或病毒性病原体：细小病毒B19、风疹、乙型肝炎；或真菌病原体：多育赛多孢子菌。

脑膜感染通常由以下细菌种类引起：流感嗜血杆菌、脑膜炎双球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌或李斯特菌；或病毒性病原体：埃可病毒、柯萨奇病毒、其他肠道病毒或流行性腮腺炎。

脑部感染通常由以下细菌种类引起：链球菌属(包括咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌)、金黄色葡萄球菌、拟杆菌属、普氏菌属、变形杆菌属、大肠埃希菌、克雷伯菌属、假单胞菌属、肠杆菌属或伯氏疏螺旋体；或病毒性病原体：柯萨奇病毒、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、其他肠道病毒、流行性腮腺炎病毒、单纯疱疹、水痘-带状疱疹病毒、黄病毒或布尼亚病毒。

脊髓感染通常由以下细菌种类引起：流感嗜血杆菌、脑膜炎双球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、单核细胞增生性李斯特菌或伯氏疏螺旋体；或病毒性病原体：柯萨奇病毒、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、其他肠道病毒、腮腺炎病毒、单纯疱疹、水痘-带状疱疹病毒、黄病毒或布尼亚病毒。

眼部/眼眶感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌、米勒链球菌、大肠埃希菌、蜡样芽孢杆菌、沙眼衣原体、流感嗜血杆菌、假单胞菌属、克雷伯菌属或梅毒螺旋体；或病毒性病原体：腺病毒、单纯疱疹、水痘-带状疱疹或巨细胞病毒。

唾液腺感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、草绿色链球菌(如唾液链球菌、血链球菌、变形链球菌)、消化链球菌属或拟杆菌属或其他口腔厌氧菌；或病毒性病原体：流行性腮腺炎、流感、肠道病毒或狂犬病。

口腔感染通常由以下细菌种类引起：产黑色素普氏菌、厌氧链球菌、草绿色链球菌、放线菌属、消化链球菌属或拟杆菌属或其他口腔厌氧菌；或病毒性病原体：单纯疱疹、柯萨奇病毒或艾巴氏。

扁桃体感染通常由以下细菌种类引起：化脓性链球菌，或C组或G组B-溶血性链球菌；或病毒性病原体：鼻病毒、流感、冠状病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒或单纯疱疹。

鼻窦感染通常由以下细菌种类引起：肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、α-链球菌、厌氧菌(如普氏菌属)或金黄色葡萄球菌；或病毒性病原体：鼻病毒、流感、腺病毒或副流感病毒。

鼻咽部感染通常由以下细菌种类引起：化脓性链球菌，或C组或G组B-溶血性链球菌；或病毒性病原体：鼻病毒、流感、冠状病毒、腺病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒或单纯疱疹。

甲状腺感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌或肺炎链球菌；或病毒性病原体：流行性腮腺炎或流感。

喉部感染通常由以下细菌种类引起：肺炎支原体、肺炎衣原体或化脓链球菌；或病毒性病原体：鼻病毒、流感、副流感病毒、腺病毒、冠状病毒或人偏肺病毒。

气管感染通常由以下细菌种类引起：肺炎支原体；或病毒性病原体：副流感病毒、流感、呼吸道合胞病毒或腺病毒。

支气管感染通常由以下细菌种类引起：肺炎支原体、肺炎衣原体、百日咳杆菌、肺炎链球菌或流感嗜血杆菌；或病毒性病原体：流感、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯萨奇病毒。

肺部感染通常由以下细菌种类引起：肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎克雷伯菌或流感嗜血杆菌；或病毒性病原体：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒或副流感病毒。

胸膜感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、脆弱类杆菌、普氏菌属、具核梭杆菌、消化链球菌属或结核分枝杆菌；或病毒性病原体：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒或副流感病毒。

纵隔的感染通常由以下细菌种类引起：草绿色链球菌、消化球菌属、消化链球菌属、拟杆菌属、梭杆菌属或结核分枝杆菌；或病毒性病原体：麻疹、风疹、艾巴氏或巨细胞病毒。

心脏感染通常由以下细菌种类引起：链球菌属(包括温和链球菌、牛链球菌、血链球菌、变形链球菌、咽峡炎链球菌)、肠球菌属、葡萄球菌属、白喉棒状杆菌、产气荚膜梭菌、脑膜炎双球菌或沙门氏菌属；或病毒性病原体：肠道病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、腺病毒、流行性腮腺炎病毒、风疹或流感。

食道感染通常由以下细菌种类引起：放线菌属、鸟分枝杆菌、结核分枝杆菌或链球菌属；或病毒性病原体：巨细胞病毒、单纯疱疹或水痘-带状疱疹。

胃部感染通常由以下细菌种类引起：化脓链球菌或幽门螺杆菌；或病毒性病原体：巨细胞病毒、单纯疱疹、艾巴氏、轮状病毒、诺如病毒或腺病毒。

小肠感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、艰难梭菌、脆弱类杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌或福氏志贺菌；或病毒性病原体：腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒。

结肠/直肠感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、艰难梭菌、脆弱类杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌或福氏志贺菌；或病毒性病原体：腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒。

肛门感染通常由以下细菌种类引起：化脓链球菌、拟杆菌属、梭杆菌属、厌氧链球菌、梭菌属、大肠埃希菌、肠杆菌属、铜绿假单胞菌或梅毒螺旋体；或病毒性病原体：单纯疱疹。

会阴部感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠球菌属、拟杆菌属、梭杆菌属、梭菌属、铜绿假单胞菌、厌氧链球菌、梭菌属或肠杆菌属；或病毒性病原体：单纯疱疹。

肝脏感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、克雷伯菌属、链球菌(咽峡炎组)、肠球菌属。其他草绿色链球菌或拟杆菌属；或病毒性病原体：甲型肝炎、艾巴氏、单纯疱疹、流行性腮腺炎、风疹、麻疹、水痘-带状疱疹病毒、柯萨奇病毒或腺病毒。

胆囊感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、肠球菌、拟杆菌属、梭杆菌属、梭菌属、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌或福氏志贺菌。

胆道感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、肠球菌、拟杆菌属、梭杆菌属、梭菌属、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌或福氏志贺菌；或病毒性病原体：甲型肝炎、艾巴氏、单纯疱疹、流行性腮腺炎、风疹、麻疹、水痘-带状疱疹、柯萨奇病毒或腺病毒。

胰腺感染通常由下列细菌引起：大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠球菌属、假单胞菌属、葡萄球菌属、支原体属、伤寒杆菌、钩端螺旋体属或军团菌属；或病毒性病原体：流行性腮腺炎、柯萨奇病毒、乙型肝炎、巨细胞病毒、单纯疱疹2型或水痘-带状疱疹。

脾脏感染通常由以下细菌种类引起：链球菌属、葡萄球菌属、沙门氏菌属、假单胞菌属、大肠埃希菌或肠球菌属；或病毒性病原体：艾巴氏、巨细胞病毒、腺病毒、麻疹、风疹、柯萨奇病毒或水痘-带状疱疹病毒。

肾上腺感染通常由以下细菌种类引起：链球菌属、葡萄球菌属、沙门氏菌属、假单胞菌属、大肠埃希菌或肠球菌属；或病毒性病原体：水痘-带状疱疹。

肾脏感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、奇异变形杆菌、普通变形杆菌、普罗威登斯菌属、摩根菌属、粪肠球菌或铜绿假单胞菌；或病毒性病原体：BK病毒或流行性腮腺炎。

输尿管感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、奇异变形杆菌、普通变形杆菌、普罗威登斯菌属、摩根菌属或肠球菌属。

膀胱感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、奇异变形杆菌、普通变形杆菌、普罗威登斯菌属、摩根菌属、粪肠球菌或耶氏棒状杆菌；或病毒性病原体：腺病毒或巨细胞病毒。

腹膜感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌、大肠埃希菌、克雷伯菌属、变形杆菌属、肠球菌、脆弱类杆菌、产黑色素普氏菌、消化球菌属、消化链球菌属、梭杆菌属或梭菌属。

腹膜后区域感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌或金黄色葡萄球菌。

前列腺感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、克雷伯菌属、肠杆菌属、奇异变形杆菌、肠球菌属、假单胞菌属、棒状杆菌属或淋病奈瑟菌；或病毒性病原体：单纯疱疹。

睾丸感染通常由以下细菌种类引起：大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、葡萄球菌属、链球菌属或肠炎沙门氏菌；或病毒性病原体：流行性腮腺炎、柯萨奇病毒或淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒。

阴茎感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、淋病奈瑟菌或梅毒螺旋体；或病毒性病原体：单纯疱疹。

卵巢/附件感染通常由以下细菌种类引起：淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、阴道加德纳菌、普雷沃菌属、拟杆菌属、消化球菌属、链球菌属或大肠埃希菌。

子宫感染通常由以下细菌种类引起：淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、阴道加德纳菌、普雷沃菌属、拟杆菌属、消化球菌属、链球菌属或大肠埃希菌。

子宫颈感染通常由以下细菌种类引起：淋病奈瑟菌、沙眼衣原体或梅毒螺旋体；或病毒性病原体：单纯疱疹。

阴道感染通常由以下细菌种类引起：阴道加德纳菌、普氏菌属、拟杆菌属、消化球菌属、大肠埃希菌、淋病奈瑟菌、沙眼衣原体或梅毒螺旋体；或病毒性病原体：单纯疱疹。

外阴感染通常由以下细菌种类引起：金黄色葡萄球菌、化脓链球菌或梅毒螺旋体；或病毒性病原体：单纯疱疹。

细菌种类在操作上被分类为相似菌株的集合(通常指具有可识别的生理学但通常无形态学差异的假定共同祖先群体，并且可以使用针对细菌表面抗原的血清学技术进行鉴别)。因此，每种细菌种类(例如肺炎链球菌)具有许多菌株(或血清型)，其引起感染的能力可能不同，或其引起特定器官/部位感染的能力也不同。例如，尽管肺炎链球菌至少有90个血清型，但血清型1、3、4、7、8和12是引起人类肺炎球菌疾病的最常见原因。

大肠埃希菌的某些菌株，简称肠外致病性大肠埃希菌(ExPEC)，更易引起尿路感染或其他肠外感染如新生儿脑膜炎，而其他菌株，包括产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)、肠致病性大肠埃希菌(EPEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)、产志贺毒素大肠埃希菌(STEC)、肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)和弥漫性黏附大肠埃希菌(DAEC)更易引起胃肠道感染/腹泻。即使在ExPEC菌株的子类中，特定毒力因子(例如，1型菌毛的产生)使某些菌株更有能力引起膀胱感染，而其他毒力因子(例如，P菌毛的产生)使其他菌株更有能力引起肾脏感染。根据本发明，更可能引起膀胱感染的ExPEC菌株可选作膀胱癌中寻靶免疫失调的制剂，而更可能引起肾脏感染的ExPEC菌株可选作肾癌中寻靶免疫失调的制剂。同样地，可选择一种或多种ETEC、EPEC、EHEC、STEC、EAEC、EIEC或DAEC大肠埃希菌菌株(即引起结肠感染的菌株)作为治疗结肠免疫失调的制剂。

同样，特定病毒也可能有众多亚型。例如，流感病毒有三种类型，甲型流感、乙型流感和丙型流感，它们在流行病学、宿主范围和临床特征上有所不同。例如，甲型流感更可能与病毒性肺部感染相关，而乙型流感更可能与肌炎(即肌肉感染)相关。此外，这三种类型的流感病毒均有许多亚型，其流行病学、宿主范围和临床特征也可能不同。根据本发明，可以选择最常与肺部感染相关的甲型流感亚型以寻靶肺中的免疫失调，而可以选择最常与肌炎相关的乙型流感毒株以治疗肌肉/软组织中的免疫失调。

存在与一些病理组织状态相关的特定菌群，例如特定肿瘤的菌群。例如，梭杆菌和普罗威登斯菌与结直肠癌有关。

本发明的组合物包括在特定组织或器官中具有致病性的病原微生物种类(细菌、病毒或真菌)的免疫原，其中免疫原以哺乳动物PRR激动剂人工细胞库的形式提供，其概括了靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的不同部分。在选定的实施例中，PRR激动剂特征部分在意义上是截然不同的，即它既不同于靶组织中不致病的微生物的参比PRR激动剂特征；又不同于哺乳动物微生物病原体的天然PRR激动剂特征。哺乳动物PRR激动剂的独特人工细胞库在治疗药物载体中一起配制，用于结合哺乳动物宿主靶组织中固有免疫细胞的递呈。

本发明的组合物可以在脂质体、佐剂或任何药学上可接受的载体存在的情况下，以适用于哺乳动物(例如，人)给药的形式单独提供或与其他化合物(例如，核酸分子、小分子、肽或肽类似物)组合提供(“治疗介质”)。本文使用的“药学上可接受的载体”或“辅料”包括任何和所有载体、分散介质、涂层、抗菌剂和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂，以及具有生理相容性的类似物质。载体可适用于任何适当的给药形式，包括皮下、皮内、静脉、胃肠外、腹膜内、肌内、舌下、吸入、肿瘤内或经口给药。药学上可接受的载体包括无菌水溶液或分散体以及用于临时制备无菌注射溶液或分散体的无菌粉末。此类培养基和药物用于药物活性物质在本领域是众所周知的。除任何常规培养基或试剂与活性化合物不相容外(即本发明的特定细菌、细菌抗原或其组合物)，预期将其用于本发明的药物组合物中。还可以在组合物中加入辅助活性化合物。

本发明涉及纳米颗粒(NP)制剂的使用。例如，病毒样颗粒(VLP)本质上是具有完整蛋白外壳的空病毒颗粒，在某些实施例中为包膜。一般而言，VLP缺乏遗传物质。例如，VLP的生产可以通过在哺乳动物、禽类、昆虫、植物、酵母或细菌细胞中表达病毒蛋白。或者，可以生产全合成VLP。替代的纳米颗粒制剂乳剂、海藻酸盐脂质体、壳聚糖和聚乳酸-乙醇酸(PLGA)纳米粒。可能适用于诱导免疫应答的NP/TLR配体制剂的实例是TLR2(Pam(3)Cys)、TLR9(Poly I：C)、TLR4(3-O-脱酰基-40-单磷酰脂质A(MPL))、TLR7(9-苄基-8-羟基腺嘌呤)、TLR7/8(瑞喹莫德，R848)和TLR9(CpG DNA)。

除选定的共同制剂外，可使用多种佐剂增强预期免疫应答(参见Levast等人，2014，疫苗，2，297-322)。

根据本发明使用PRR配体进行治疗可与更多传统和现有疗法结合。例如，对于癌症，这些可能包括化疗、放疗、手术等，或使用刺激免疫系统、减轻炎症或其他方面使受试者获益的治疗，如营养素、维生素和补充剂。例如，维生素A、维生素D、维生素E、维生素C、复合维生素B、硒、锌、辅酶Q10、β胡萝卜素、鱼油、姜黄素、绿茶、菠萝蛋白酶、白藜芦醇、亚麻籽粉、大蒜、番茄红素、奶蓟、褪黑激素、其他抗氧化剂、西咪替丁、吲哚美辛或COX-2抑制剂(例如，CelebrexTM[塞来昔布]或Vioxx^TM[罗非昔布])也可给予受试者。

可采用常规制药实践提供适当的制剂或组合物，以给予受试者化合物。也可采用其他给药途径，如肠胃外、静脉注射、皮内、皮下、肌内、颅内、眶内、眼内、脑室内、囊内、椎管内、鞘内、脑池内、腹腔内、鼻腔、吸入、气雾剂、局部、瘤内、舌下或经口给药。治疗性制剂可能为液体溶液或混悬液形式；经口给药时，制剂可能为片剂或胶囊形式；鼻内制剂可能为粉末、滴鼻剂或气雾剂形式；舌下制剂可能为滴剂、气雾剂或片剂形式。

关于在制剂制备领域众所周知的方法，可参考例如“雷明顿药物科学”(第20版)，ed.A.Gennaro，2000，麦克出版公司，宾夕法尼亚州伊斯顿。例如，胃肠外给药制剂可能含有辅料、无菌水或盐水、聚烯烃二醇(如聚乙二醇)、植物来源油或氢化萘。生物相容的、可生物降解的丙交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可用于控制化合物的释放。其他可能有用的胃肠外给药系统包括乙烯-醋酸乙烯酯共聚物颗粒、渗透泵、植入式输注系统和脂质体。吸入用制剂可能含有辅料，例如乳糖，或可能含有聚氧乙烯-9-月桂醚、甘氨胆酸盐和脱氧胆酸盐的水溶液，或可能为滴鼻剂或凝胶形式给药的油性溶液。对于治疗或预防组合物，致病菌种类以有效量给予个体，以阻止或减缓癌症的进展或转移，或增加受试动物的存活率(相对于，例如，从SEER数据库获得的预后)，具体视疾病而定。

药物组合物或制剂可能以多种方式包装，具体取决于给药方法。例如，制品或包装物品可能包括以适当形式将药物制剂存放在其中的容器。例如，合适的容器可能包括瓶(塑料和玻璃)、小袋、安瓿、塑料袋、金属筒和小瓶等材料。该容器可能具有一个无菌进入端口，例如，该容器可能是静脉溶液袋或具有可被皮下注射针头刺穿的瓶塞的小瓶。包装或容器还可包括防篡改或多次使用机制，该机制适用于控制对包装或容器内容物的访问，例如与包装中所含小瓶匹配的多剂量小瓶适配器。容器或包装可包括标签，例如描述容器内容物的标签，例如识别其中药物成分和/或指定给药方式或途径的药物标签。标签也可包括适当的警告，例如规定容器或包装的贮存条件，或列出禁忌症或某种治疗方式的不良反应。因此，制品可以“套件”的形式，包括药物组合物或适于使用药物组合物的附件。套件可能包括标签或包装说明书，其中，术语“包装说明书”用于指治疗产品商业包装中通常包含的说明，其中包含有关该治疗产品的适应症、用法、用量、给药、禁忌症和/或警告信息。套件还可包括与药物成分使用相关的附件，包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针头和注射器。套件还可适用于递送药物组合物的选定剂型，例如包括多个单位剂量。此类套件可包括辅助记忆装置或机制，以物理或书面方式指示使用剂量的治疗方案的预期时间。

“伴随诊断”可能与药物治疗或组合物相关。伴随诊断是指通过提供诊断或预后信息，促进相关治疗的检测方法，通常以诊断测试的形式，以确定治疗对特定患者的适用性。例如，床旁伴随诊断可能涉及提供诊断组合物和/或制品以及提供药物制剂，例如作为套件的一部分。或者，可单独提供伴随诊断，作为监测受试者治疗或预测预期治疗疗效的测定方法。例如，伴随诊断可以采取医疗器械的形式，例如成像工具，或者该器械进行的过程，例如进行体外试验，其提供的信息与相应药物或生物制品的安全有效使用相关。伴随诊断可以与本文中披露的治疗一起使用，以便提供关于治疗效果或不良副作用或风险证据的诊断或预后信息。使用说明书中可以规定伴随诊断与特定治疗一起使用，例如在诊断器械的标签和/或相应治疗产品的标签上做此规定。例如，伴随诊断检测的类型可能包括：筛查和检测，以筛查遗传模式的检测形式，例如遗传SSI反应标志物；预后和治疗学，例如有助于预测疾病未来病程或表明患者对治疗的反应的生化SSI反应标志物的检测；监测，例如评价处方治疗的有效性和适当剂量；或复发，涉及分析患者疾病复发风险的检测。

根据本发明组合物的“有效量”包括治疗有效量或预防有效量。“治疗有效量”是指在一定的时间内，通过使用一定的剂量，达到预期治疗效果(如减少或消除免疫失调)所需的有效量。一种组合物的有效治疗量可能因多种因素而异，例如疾病状态、年龄、性别和个体体重，以及化合物引起个体预期反应的能力。可调整给药方案以获得最佳治疗效果。治疗有效量也可能是组分的任何毒性或有害作用超过治疗有益作用的量。“预防有效量”是指在一定的时间内，通过使用一定的剂量，达到预期预防结果(如改善免疫失调)所需的有效量。通常，在癌症前或癌症早期对受试者使用预防剂量，使得预防有效剂量可能低于治疗有效剂量。

对于任何特定受试者，可根据个体需要和给药或监督药物组合物给药人员的专业判断，逐步调整给药的时间和剂量(例如，时间可以是每天、每隔一天、每周、每月)。例如，在皮下或皮内给药情况下，可每隔一天给予组合物。可皮下注射约0.05mL的初始剂量，随后每隔一天增加0.01-0.02mL，直至注射部位达到充分的皮肤反应(例如，注射部位1-2英寸直径的可见发红延迟反应)。一旦达到足够的免疫反应，该给药剂量继续作为维持剂量。可不时调整维持剂量，以在注射部位获得所需的可见皮肤反应(炎症)。给药时间可以是一个给药持续时间，例如至少1周、2周、2个月、6个月、1、2、3、4或5年或更长。

例如，经口给药的剂量范围为每天4次，每天或每周1次。给药时间可以是一个给药持续时间，例如至少1周、2周、2个月、6个月、1、2、3、4或5年或更长。在一些实施例中，本发明可包括同时或依次通过舌下或吸入给药的组合物，或同时或依次给予一种或多种上皮组织(即通过皮内或皮下注射给予的皮肤；通过吸入给予的肺上皮；通过经口摄入给予的胃肠粘膜；通过舌下给药给予的口腔粘膜)的组合物。因此，在一些实施例中，给予本发明的组合物以在上皮组织中引起免疫应答。在一些实施例中，一种或多种上皮给药途径可与一种或多种其他给药途径联合使用，如瘤内、肌内或静脉内给药。

对于免疫原性制剂，可以单独或者与其他化合物(例如与免疫佐剂)联合提供本发明组合物的免疫原性有效量。例如，该组合物可能包括与载体分子连接的化合物，例如牛血清白蛋白或钥孔虫戚血蓝蛋白，以增强免疫原性。免疫原性组合物是包括可引起预期免疫应答的物质的组合物。免疫原性组合物可选择、激活或扩增，但不限于：免疫系统的记忆B、T细胞、中性粒细胞、单核细胞或巨噬细胞。

含有用于注射给药的灭活重组细菌的抗原组合物可以按如下方式制备。细菌可在适当的培养基中生长，并用生理盐溶液清洗。然后离心细菌，重悬于盐水溶液中，加热灭活。混悬液可通过直接显微镜计数进行标准化，按要求的量混合，并储存在适当的容器中，可以按批准的方式进行安全性、有效期和无菌检查。除致病性细菌种类和/或其抗原外，适用于人类接种的灭活细菌疫苗可包括0.4％苯酚防腐剂和/或0.9％氯化钠。细菌疫苗还可能包括痕量脑心浸液(牛肉)、蛋白胨、酵母提取物、琼脂、羊血、葡萄糖、磷酸钠和/或其他培养基成分。

在选定的实施例中，药物可以在给药部位以1小时至1个月的给药间隔连续给药，给药持续时间至少为1周。药物可选择皮内或皮下给药。药物可以选择以一定剂量给药，以便每个剂量均能有效引起给药部位的可见局部炎症免疫反应。或者，可在1-48小时内给药，使给药部位出现可见局部炎症。然而，尽管启动了免疫应答，但在所有情况下可能并不总是存在可见的局部炎症免疫应答。还有其他方法可以监测免疫应答的增加。例如，可将发生免疫反应的受试者免疫细胞图谱(和表征中的相对变化)与未发生免疫反应的受试者免疫细胞图谱进行比较。

另一方面，提供了监测治疗方案在因特定器官或组织中的免疫功能障碍而接受治疗的个体中的有效性的方法。该方法包括测量个体接受治疗方案一段时间后从特定器官或组织获得的治疗后免疫样本中的免疫应答特征。

在一些实施例中，源自GIT特定区域内源性菌群成员细菌的PRR激动剂可用于配制本发明的免疫原性组合物。表3中的行列出了许多细菌种类，以及每种种类可能形成内源性菌群一部分的生物学区域。例如，萎缩菌属是口腔内源性菌群的典型成员。

表3：人类细菌正常菌群(内源性细菌人类病原体)

内源性微生物菌群，如细菌，可通过连续扩散或菌血症传播进入组织发病。在有利条件下，内源性生物体可以成为病原体，在局部入侵并通过邻近组织和器官的连续扩散而扩散。皮肤、口腔和结肠的内源性细菌菌群是已知也适合菌血症传播的种属。因此，属于特定内源性菌群域的细菌可能引起这些细菌可能传播的组织或器官感染。因此，本发明的一个方面涉及使用源自内源性微生物病原体的PRR激动剂来治疗免疫失调，其症状局限于GIT的一个区域，在该区域中内源性细菌可能扩散引起感染。表2中的列列出了内源性菌群的结构域。表4的各行列出了可能存在症状性或病因学位置的免疫失调的GIT区域。因此，本发明的一个方面涉及使用源自内源性微生物病原体的PRR激动剂来配制免疫原性组合物，用于治疗病原体可能扩散至GIT区域内引起感染的症状性或病因学上的免疫失调。相应地，在替代实施例中，在表2第一列所列区域中出现症状的免疫失调可以使用免疫原性组合物进行处理，该组合物包括哺乳动物PRR激动剂的人工细胞库，其概括了哺乳动物微生物病原体PRR激动剂特征的不同部分，该微生物病原体是表2第一行中列出的一个或多个内源性菌群结构域的内源性菌群的成员，并在适当行中用X或复选标记标注。

表4：内源性菌群的组织/器官致病性

根据表1和表2中的组合信息，表2第1列中列出的GIT特定区域中的免疫失调表现可以用抗原组合物处理，该抗原组合物包括哺乳动物PRR激动剂的人工细胞库，其概括了微生物哺乳动物病原体(表1中相应细菌种类之一)的PRR激动剂特征的不同部分，因此表2中的列标题实际上被表1中的细菌种类取代。

在一些实施例中，PRR激动剂可能来源于外源性细菌病原体。例如，来源于表5所列微生物的PRR激动剂可用于PRR激动剂的人工细胞库，用于治疗表5所列相关微生物引起的GIT区域症状性免疫失调。在一些实施例中，来源于内源性和外源性微生物的PRR激动剂可以联合使用。

表5：外源性细菌人类病原体及其在GIT中的感染部位

在一些实施例中，本发明中使用的PRR激动剂可能来自病毒性病原体。表6提供了病毒性病原体的实例性列表以及各病毒种属被报告为病原体的组织和器官部位。因此，本发明的一个方面涉及使用来自命名病毒的PRR激动剂的免疫原性组合物来治疗在表6中与病毒名称相邻的GIT区域中识别出的症状性免疫失调。

表6：人类病毒性病原体及其感染部位

在一些实施例中，来源于PRR激动剂的病原体用于本发明的免疫原性组合物，其可能是GIT区域急性感染的常见原因之一，其中待治疗的免疫失调具有症状。表7识别了此类细菌性和病毒性病原体，以及其通常引起感染的GIT区域。因此，在选定的实施例中，在表7第一列中确定的GIT区域中出现症状的免疫失调可以使用免疫原性组合物进行处理，该免疫原性组合物包括哺乳动物PRR激动剂的人工细胞库，其概括了表7第二列中列出的病原微生物的PRR激动剂特征的不同部分。

表7：GIT选定区域急性感染(细菌和病毒)的常见原因

人类是各种胃肠道寄生虫的宿主，包括各种原生动物和蠕虫，就本发明而言，构成了GIT的病原体(Schafer，T.W.，Skopic，A.小肠寄生虫。肠胃病学最新报告，2006；8：312-20；Jernigan，J.，Guerrant，R.L.，Pearson，R.D.小肠寄生虫感染，消化道，1994；35：289-93；Sleisenger和Fordtran的胃肠道和肝脏疾病。第8版，2006年；Garcia，L.S.诊断性医学寄生虫学，第5版，2007年)。因此本发明的组合物可能包括各种原生动物的PRR激动剂，包括例如：蓝氏贾第鞭毛虫、微小隐孢子虫、人隐孢子虫、贝氏等孢球虫、肉孢子虫种、球虫样小体(环孢虫种)、贝氏肠孢子虫、溶组织内阿米巴、迪斯帕内阿米巴、结肠内阿米巴、哈氏内阿米巴、微小内蜒阿米巴、嗜碘阿米巴、脆弱双核阿米巴、人芽囊原虫、卡耶他环孢子虫、小孢子虫、克氏锥虫、梅氏唇鞭毛虫、人五毛滴虫、结肠小袋纤毛虫。同样，本发明的组合物可能包括各种蠕虫的抗原组分，例如包括：绦虫(条虫)、牛带绦虫、猪带绦虫、裂头绦虫种、微小膜壳绦虫、缩小膜壳绦虫、犬复孔绦虫、线虫(圆蠕虫)、蛔虫、粪类圆线虫、美洲钩虫、十二指肠钩虫、犬钩虫、鞭虫、菲律宾毛细线虫、毛圆线虫种、旋毛虫种、美洲钩虫、异尖线虫及相关种、管圆线虫属、蛲虫、吸虫(吸虫类)、布氏姜片虫、异形吸虫属、棘口吸虫属种、中华枝睾吸虫、后睾吸虫属种、片形属种、后殖吸虫属、曼森氏裂体吸虫、日本血吸虫、湄公血吸虫、刚果裂体吸虫、棘口吸虫属种和并殖吸虫属种。

根据上述内容，在各个方面，本发明可能涉及使用哺乳动物PRR激动剂的人工细胞库制剂治疗免疫失调，该制剂概括了微生物病原体PRR激动剂特征的不同部分，微生物病原体是：发酵氨基酸球菌；不动杆菌属；放线棒菌属；放线菌属；气单胞菌属；叉状棍状厌氧菌；氢化厌氧球菌；解乳厌氧球菌；普氏厌氧球菌；阿托波菌属；芽孢杆菌属；粪拟杆菌；狄氏拟杆菌；埃氏拟杆菌；脆弱类杆菌；屎拟杆菌；卵形拟杆菌；内脏拟杆菌；多形拟杆菌；普通拟杆菌；青春双歧杆菌；双歧杆菌；短双歧杆菌；链状双歧杆菌；齿双歧杆菌；长双歧杆菌；沃氏嗜胆菌；洋葱伯克霍尔德菌；溶纤维丁酸弧菌；简明弯曲菌；屈曲弯曲杆菌；纤细弯曲菌；空肠弯曲菌；直肠弯曲菌；昭和弯曲菌；黄褐二氧化碳嗜纤维菌；西地西菌属；弗氏柠檬酸杆菌；克氏柠檬酸杆菌；梭菌属；惰性脱硫单胞菌；粪肠球菌；啮蚀艾肯菌；产气肠杆菌；阴沟肠杆菌；日沟维肠杆菌；阪崎肠杆菌；泰勒肠杆菌；肠球菌属；大肠埃希菌；费格森埃希氏菌；赫氏埃希菌；伤口埃希菌；真细菌属；大芬戈尔德菌；微生子梭杆菌；死亡梭杆菌；舟形梭杆菌；坏死梭杆菌；具核梭杆菌；拉氏梭杆菌；变形梭杆菌；阴道加德纳氏菌；麻疹孪生球菌；格鲁比卡氏菌属；蜂房哈夫尼菌；螺杆菌属；克雷伯菌属；嗜酸乳杆菌；发酵乳杆菌；罗伊氏乳杆菌；唾液乳杆菌；非脱羧勒克氏菌；勒米诺氏菌属；埃氏巨球形菌；多酸光岗菌；克氏动弯杆菌；羞怯动弯杆菌；威斯康星米勒菌；摩氏摩根菌；成团泛菌；片球菌属；不解糖嗜胨菌；厌氧消化链球菌；产生消化链球菌；不解糖卟啉单胞菌；奇异变形杆菌；彭氏变形杆菌；普通变形杆菌；雷氏普罗威登斯菌；斯氏普罗威登斯菌；铜绿假单胞菌；肠道口滴虫；产生瘤胃球菌；液化沙雷氏菌；粘质沙雷氏菌；气味沙雷氏菌；无乳链球菌；咽峡炎链球菌；牛链球菌；星座链球菌；中间链球菌；C+G群链球菌；溶糊精琥珀酸弧菌；萨特氏菌属；极尖组织菌；韦荣球菌属；气杆菌属；炭疽杆菌；蜡样芽胞杆菌；其他芽孢杆菌属；回归热疏螺旋体；布鲁氏菌属；结肠弯曲菌；胎儿弯曲杆菌；空肠弯曲菌；唾液弯曲菌；双酶梭菌；肉毒杆菌；艰难梭菌；吲哚梭菌；mangenolii梭菌；产气荚膜梭菌；索氏梭菌；产芽孢梭状芽孢杆菌；近端梭菌；迟缓爱德华氏菌；土拉弗朗西斯菌；单核细胞增生性李斯特菌；牛分枝杆菌；结核分枝杆菌；片球菌属；类志贺邻单胞菌；立克次体属；沙门氏菌属；鲍氏志贺菌；痢疾志贺菌；福氏志贺菌；索氏志贺菌；其他螺菌属；兽疫链球菌；惠普尔养障体；霍乱弧菌；河流孤菌；弗氏弧菌；霍利斯弧菌；副溶血弧菌；小肠结肠炎耶尔森菌；假结核耶尔森菌；单纯疱疹病毒(1和2)；巨细胞病毒；腺病毒；正呼肠孤病毒；轮状病毒；甲病毒；冠状病毒；环曲病毒；人偏肺病毒；水疱性口炎病毒；马丘波病毒；胡宁病毒；脊髓灰质炎病毒；柯萨奇病毒；埃可病毒；甲型肝炎病毒；诺如病毒和其他杯状病毒；星状病毒；小核糖核酸病毒；或戊型肝炎病毒

在其他方面，本发明可能涉及使用哺乳动物PRR激动剂人工细胞库的制剂治疗免疫失调，该制剂概括了微生物哺乳动物病原体(常见的小肠和大肠病原体)的PRR激动剂特征的不同部分，例如：大肠埃希菌、艰难梭菌、脆弱类杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌、福氏志贺菌；腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒和巨细胞病毒。

在所选实施例中，本发明涉及用于评估患者先前暴露于生物体的诊断步骤。例如，诊断步骤可能包括采集暴露于选定病原体的病史，和/或评价患者对选定病原体的免疫应答。例如，可以进行血清学试验，以检测患者血清中所选病原体的抗体。与发明的这方面相关，可以根据患者既往一次或多次暴露于病原体的诊断指征(例如，通过患者血清中存在该病原体抗原决定簇的抗体)，在选定患者的免疫原性组合物中选择使用选定病原体的抗原决定簇。

在进一步选定的实施例中，本发明涉及用于评估患者对具有选定免疫原性组合物的治疗的免疫应答的诊断步骤。例如，诊断步骤可能包括评价患者对该免疫原性组合物的免疫学决定簇的免疫应答，例如使用血清学试验检测对这些免疫原性决定簇的抗体。关于本发明的这个方面，如果评价表明对该组合物的免疫原性决定簇有活性免疫应答，则可以继续使用具有选定免疫原性组合物的治疗，并且可以停止治疗，并且可以开始使用具有不同免疫原性组合物的替代治疗，如果评价表明对免疫原性组合物的免疫原性决定簇没有足够的活性免疫应答。

在一些实施例中，微生物病原体的生物体预暴露可用于增强随后的SSI效力。例如，在某些实施例中，肺炎克雷伯菌的预暴露可诱导组织特异性免疫记忆，例如先天性免疫记忆，促进肿瘤细胞溶解，尤其是与细胞毒性过继免疫细胞疗法联合使用。

例如，SSI和过继性细胞治疗可与增强癌症抗原应答的其他组分联合使用。例如，癌症抗原可能与SSI混合。过继免疫细胞疗法的靶点可能是与SSI混合的抗原。

微生物组分可配制为SSI，含有源自微生物组分的PRR配体，例如：细菌外膜(例如来自革兰氏阴性菌属)；细菌内膜；梯度离心的沉淀物(例如来自蔗糖梯度)；染色体DNA；荚膜糖蛋白组分；或肽聚糖组分，例如肽聚糖残体。在另一个实施例中，工程或重组生物体可用于SSI，其中涉及与特定细胞组分相关通路的基因已被修饰，尤其是涉及确定上述组分的组合物的基因。

例如，对于细胞组分制剂，可生长细菌并进行热灭活。例如，可将细胞组分重悬于无菌盐水+0.4％苯酚中。例如，可以使用2步蔗糖密度梯度收集内膜，如酶学方法，第125：309-328卷，1986中所述。培养250ml细胞后得到的细菌团块可重悬于20％蔗糖、10mM Tris-HCI pH 8.0和50μg/mL DNase 1中。细胞可在23℃下孵育10min。然后将细胞置于冰上，在15000psi下通过French压力池裂解两次；通过在4℃下以5000xg离心10min可除去未破碎细胞。上清液可分层至2步蔗糖梯度(60％和70％)上，并在4℃下以23000rpm转速在SW28旋转桶转子中离心18h。可在20％和60％蔗糖之间的接口处收集内膜。可用无菌蒸馏水将蔗糖稀释至20％以下，并将膜在超速离心机中于4℃和41000rpm条件下离心1小时。可用无菌水冲洗内膜一次，然后重悬于无菌盐水+0.4％苯酚中。也可从60％和70％蔗糖梯度步骤之间的连接处收集外膜粗品。

可使用Qiagen血液和组织midi试剂盒制备染色体DNA，例如肺炎克雷伯菌。可以从每种菌株收获15或40ml肉汤培养物中的细胞。随后可按照生产商的总DNA纯化方案进行。

SSI可能与其他治疗成分共同配制或联合给药。一类额外的治疗组分包括用于激活或募集先天性免疫细胞的分子或组合物，这些组分包括：

·例如，GMCSF协同招募并促进中性粒细胞生成，并增强SSI诱导的先天性免疫应答。

·例如，维生素D可有效分化和活化单核细胞，并在调节先天性免疫功能中发挥作用。在替代实施例中，与SSI联合使用的维生素D可以是维生素D3、D2或骨化三醇(1,25-二羟胆钙化醇)中的一种或多种。

在一些实施例中，维生素D3和/或D2可以在SSI和维生素D给药部位提供局部有效骨化三醇量的有效剂量局部给药。例如，维生素D前体(D3和/或D2)一旦在给药部位被局部单核细胞和/或巨噬细胞(表达CYP27B1)转化为骨化三醇活性形式，即可使用局部有效剂量给药。在替代实施例中，骨化三醇可以在SSI给药部位使用局部有效的剂量给药，例如，其可能是低于其他全身作用所需剂量的剂量。

共同制剂或联合给药的其他类别的治疗组分包括缓解免疫抑制的分子或组分：

·NOHA(N(omega)-羟基-去甲-L-精氨酸)，一种精氨酸酶抑制剂-精氨酸酶可降解免疫活化所需的精氨酸。例如，NOHA可通过生成游离精氨酸有效缓解免疫抑制。

·α1抗胰蛋白酶-例如，可有效缓解中性粒细胞分泌蛋白酶介导的免疫抑制。

用于共同制剂或联合给药的另一类治疗组分包括在强制降解条件下可预防氧化损伤并改善免疫功能的分子或组分：

·谷胱甘肽和其他抗氧化剂。

共同制剂或联合给药的其他类别的治疗组分包括先天细胞毒性淋巴细胞的共刺激分子(例如，用于抗癌治疗)：

·磷酸-抗原(类异戊二烯分子，如异戊烯焦磷酸)-被人外周血Vγ9Vδ2

T细胞识别，其在抗癌反应中发挥核心作用，例如在活化和分化单核细胞方面有效，其与NK细胞协同作用寻靶实体瘤和液态瘤。在实例性实施例中，发现与唑来膦酸盐共同制剂或联合给药的SSI可增加人外周血Vγ9Vδ2T细胞的活化标志物，例如CD25和CD69。

·I型NKT细胞识别的糖脂分子(如合成的α-半乳糖神经酰胺)。

例如，SSI可以用于全身分布。使用菁染料(Cy5.5)标记的完整灭活KPN细胞和光学体内背侧和腹侧全身成像在鼠类模型中皮下给药的KPN SSI显示了全身分布，在新注射部位观察到最高浓度，令人惊讶的是，在之前的注射部位观察到最高浓度。这提供了SSI优先输送/保留在局部给药制剂全身扩散后的炎症部位的说明。与心脏和脾脏相比，24小时后器官中的SSI分布显示KPN SSI优先蓄积在肺中。

在选定的实施例中，SSI可以直接用于癌组织给药，例如在癌症的手术切除部位。例如，SSI可局部应用于皮肤黑色素瘤或皮肤黑色素瘤手术切除部位。

临床数据显示了SSI在肿瘤疾病中下调PD1和PDL1表达的有效性。因此，可以使用PD1和PDL1作为SSI疗效的标志物。此外，SSI可以在靶器官或组织中有效配制和给药，以介导一种或多种颗粒酶或穿孔素表达增加，例如颗粒酶a、颗粒酶B和穿孔素。

多种PRR受体可用作替代SSI的靶标。

表8：由选定SSI(包括QBKPN、QBECO和QBSAU(金黄色葡萄球菌SSI))刺激的PRR列表。当PRR是“可选的”时，这表明某些实施例可能设计为包括特定PRR的激动剂。

表9：PRR激动剂可用于选择的分离SSI，尤其是DNA组分

表10：PRR激动剂可用于选择的分级SSI，尤其是外膜组分

相应地，在选定的实施例中，使用源自靶组织微生物病原体的微生物PRR激动剂，提供针对选定PRR子集的SSI治疗。例如，提供的免疫原性组合物包括至少选定数量的不同PRR的微生物激动剂，以用于靶组织中的先天反应，其中PRR激动剂是来自靶组织中选择性致病的单一微生物种属的微生物组分。由激动剂寻靶的不同PRR的数量可以是5-25的数字，或者至少是整数范围内的数字，例如至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25等。例如，可从表8、9和/或10中设定的PRR中选择不同的PRR。

尽管本文公开了发明的各种实施例，但是根据本领域技术人员的共同常识，可以在本发明范围内进行许多改编和修改。这种修改包括将已知的等效物替换为发明的任何方面，以便以实质上相同的方式获得相同的结果。数值范围包括定义范围的数值。本文使用“包含”一词作为一个开放式术语，实质等同于“包括但不限于”一词，“包含”一词具有相应的含义。在本文中，单数形式的“a”、“an”和“the”包括复数所指，除非上下文另有明确规定。因此，例如，提到“一个事物”包括一个以上的此类事物。本文引用的参考文献并不表示承认这些参考文献是本发明的现有技术。本说明书中引用的任何优先文件和所有出版物，包括但不限于专利和专利申请，以及此类文件和出版物中引用的所有文件，均在此以引用的方式并入本文中，如同每个单独的出版物均被明确且单独地指示以引用的方式并入本文中以及如同本文中的全部陈述。本发明大体包括本文所述的所有实施例和变更，以及参考实例和图纸。在某些实施例中，本发明排除了涉及药物或手术治疗的步骤。

通用代码和缩略语

实例

实例1：SSI增强过继转移肿瘤抗原特异性(TCR-tg)T细胞的抗肿瘤有效性

该实例说明了微生物PRR配体制剂的位点特异性免疫治疗(QBKPN SSI)可增强过继转移的肿瘤抗原特异性CD8⁺T细胞(Pmel)的抗肿瘤疗效。

为了获得图1所示的数据，B6小鼠从第-10天至第+18天接受SSI或载体(30mL SC)，每隔一天给药一次。第0天，通过IV注射用3×10⁵B16-F10(B16)黑素瘤细胞激发小鼠。第+2和+6天，一些小鼠接受1mg抗-CXCR3(克隆CXCR3-173)mAb的IP输注，以阻断CXCR3介导的趋化性/外渗。第+3天，一些小鼠静脉输注1×10⁶的体外活化CD8+Pmel(TCR-tg)细胞。这些活化的T细胞获自免疫学特性良好的小鼠品系(JAX品系005023-B6遗传背景)，其携带黑色素细胞/黑素瘤相关抗原gp100/pmel 17特异性重组T细胞受体(见Overwijk，W.等人，1998，实验医学杂志188：277-86)。在第+18天，处死小鼠并进行肿瘤计数(肺上的总表面转移瘤)。与图1所示结果相关的P值如下表所示。

实例2：SSI增强转移肿瘤的浸润荷瘤肺中的抗原特异性(TCR-tg)T细胞

该实例说明了微生物PRR配体制剂的位点特异性免疫治疗(QBKPN SSI)通过活化肿瘤抗原特异性(TCR-tg)CD8⁺T细胞增强了荷瘤肺的化学吸引和浸润。

为了获得图2所示的数据，B6小鼠从第-10天至第+4天接受SSI或载体(30mL SC)，每隔一天给药一次。第0天，通过IV注射用3×10⁵B16-F10(B16)黑素瘤细胞激发小鼠。第+2天，一些小鼠接受1mg抗-CXCR3(克隆CXCR3-173)mAb的IP输注，以阻断CXCR3介导的趋化性/外渗。第+3天，一些小鼠静脉输注1×10⁶的体外活化CD8+Pmel(TCR-tg)细胞。第+4天，处死小鼠，通过流式细胞术(基于Thy-错配标记)计数存活的浸润TCR-tg T细胞。与图2所示结果相关的P值如下表所示。

实例3：SSI增强荷瘤肺中T细胞趋化因子的生成

该实例说明在肿瘤生长晚期(此时趋化因子受到肿瘤的其他抑制)，采用组织特异性微生物PRR配体制剂的位点特异性免疫治疗可增强荷瘤肺中趋化因子的生成。这表明趋化因子生成特征与SSI处理动物中增强的TCR-tg CD8⁺T细胞浸润有关。

为了获得图3和图4所示的数据，B6小鼠从第-10天至第+18天接受SSI(QBKPN或QBECO)或载体(30mL SC)，每隔一天给药一次。第0天，通过IV注射用3×10⁵B16-F10(B16)黑素瘤细胞激发小鼠。第+18天，处死小鼠，通过特异性ELISA分析肺和血清中的趋化因子(未显示)。如图所示，与载体和QBECO(由非肺部病原体的微生物大肠埃希菌配制的SSI)相比，QBKPN增强了荷瘤肺部中趋化因子的生成。

实例4：SSI增强干扰素诱导的黑色素瘤细胞中T细胞趋化因子的产生

该实例说明了暴露于微生物PRR配体制剂导致的原位黑素瘤诱导趋化因子生成。

为了得到图5和图6所示的结果，B16黑色素瘤细胞在重组IFN-g、SSI(QBKPN)和/或LPS存在下培养。培养24h后，通过特异性ELISA评估上清液的CXCL9或CXCL10。如图所示，SSI直接作用于癌细胞，诱导趋化因子。尤其是，QBKPN不能单独诱导趋化因子，但是QBKPN能显著增强IFN-g-活化细胞中CXCL9的产生(达到生物学最大值，定义为IFN-g+LPS诱导的水平)。CXCL10的结果反映了饱和测定系统，数据表明QBKPN以与CXCL9相似的方式诱导CXCL10生成。

实例5：SSI增强CAR T细胞治疗

该实例说明了微生物PRR配体制剂的位点特异性免疫治疗(QBECO SSI)可增强卵巢癌鼠类模型中NKG2D特异性CAR T细胞的化学吸引和有效性。

NKG2D CAR T细胞的生成

通过病毒转导C57Bl/6小鼠脾细胞生成NKG2D特异性CAR T细胞，采集该细胞并使用来自Sigma Con A(1μg/mL)刺激，然后使用chNKG2D(表达与CD3zeta细胞质部分融合的全长NKG2D蛋白；嵌合NKG2D)进行逆转录病毒转导，如Spear等人，2013所述，因此CAR T细胞表达NKG2D受体元件。使用细胞毒性试验确认了CAR T细胞对NKG2D表达靶点的活性，将CAR T细胞和未转染细胞(即WT T细胞)与NKG2D阳性或阴性靶点分隔开。

小鼠

C57Bl/6小鼠(8-10周龄，n＝5/给药组)来自Jackson Laboratories(缅因州巴尔港)，并饲养在盖塞尔医学院(新罕布什尔黎巴嫩)的微隔离器中。小鼠来自携带大肠埃希菌的JAX通用菌落。

SSI治疗

每隔一天在轮换部位注射30μl QBECO，用QBECO SSI治疗小鼠。SSI的开始日称为第0天。

肿瘤

C57Bl/6衍生的卵巢癌细胞系ID84，转染以表达GFP细胞(ID8-GFP；Spear等人，2013)，用于诱导转移性卵巢癌(第+14天，腹腔给予2×10⁶ID8-GFP细胞)。

CAR-T治疗

在第+28天通过腹腔转移WT(未转染)或NKG2D表达CAR-T细胞(5×10⁶/小鼠)。在整个研究期间持续进行SSI治疗。

治疗组

以下组为评估下述项的组(n＝5/组)：

A组：无T细胞

B组：无T细胞+QBECO

C组：WT T细胞

D组：WT T细胞+QBECO

E组：CAR-T细胞

F组：CAR-T细胞+QBECO

在第+42天，使用1mL冷PBS进行腹膜冲洗，然后处死小鼠。通过特异性ELISA(R&DSystems)测定腹腔冲洗液中的CXCL9，并根据重组蛋白标准曲线进行校准。尸检后，评估腹膜壁上可见实体瘤的数量。

结果

NKG2D-CAR T细胞和QBECO SSI联合治疗在腹腔内卵巢癌(ID8)小鼠模型中有效。与QBECO单药和CAR T细胞疗效相比，CAR T细胞和QBECO联合治疗可显著增强抗癌疗效。图7是说明该结果的列散点图，显示了QBECO与NKG2D-CAR T细胞联用在小鼠模型中治疗腹膜内卵巢癌的疗效。

有效性与荷瘤隔室中趋化因子(CXCL9)生成增加相关。图8是说明这种影响的柱状散点图，显示了小鼠模型中使用QBECO结合NKG2D-CAR T细胞在IP空间对CXCL9的趋化因子诱导作用。

实例6：腹膜内人结肠癌模型

该实例说明了QBECO(大肠埃希菌)SSI治疗结肠癌的情况。宿主动物为饲养在微隔离器中的C57BL/6-NSG免疫抑制小鼠。治疗包括每隔一天皮下注射QBECO SSI。移植瘤为IP隔室中的人间皮素+SKOVA-3结肠癌(Sigma-Aldrich)。CAR-T细胞是人scFv-CD28-4-1BB-CD3ζ(第3代)间皮素特异性CAR(ProMab；模拟转导T细胞作为阴性对照)。治疗时间表如图9所示。

结果表明，在NSG宿主中，与单独的T细胞相比，SSI+CAR T细胞降低了肿瘤负荷，如图10所示。如图所示，单用SSI不能降低该模型的肿瘤负荷，可能是因为NSG宿主缺乏功能性NK细胞，而后者是该模型中独立SSI抗癌疗效所需。CAR-T细胞适度降低了肿瘤负荷。相比之下，SSI结合CAR-T进一步降低了肿瘤的负荷，这一结果与联合SSI疗法致肿瘤内CAR-T细胞浸润增加相符合。SSI+CAR T细胞治疗后的肿瘤数量显著低于SSI+Mock CAR T细胞。

与抗肿瘤有效性一致，该实例进一步说明了SSI在NSG宿主的IP隔室中诱导人趋化因子，如图11、12、13和14所示。使用种属特异性ELISA，评估鼠和人趋化因子。如图所示，无论是否进行过继转移，SSI均诱导IP部门小鼠趋化因子生成适度增加。这与QBECO SSI寻靶的小鼠免疫或腹腔内基质细胞产生鼠趋化因子的机制一致。此外，无论是否进行过继转移，SSI均诱导IP隔室中人趋化因子生成大幅增加。这表明IP空间中的人肿瘤细胞可产生这些趋化因子，这与证明SSI可驱动人肿瘤细胞产生趋化因子的其他体外结果一致。

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Claims (38)

1.有效量的免疫原性组合物用来治疗哺乳动物受试者中的癌症的用途，其中：

所述癌症在靶组织中形成肿瘤；

所述组合物用于与有效量的活化过继免疫细胞结合使用，所述活化过继免疫细胞具有所述肿瘤的癌细胞所表达的癌抗原的受体；

所述组合物包含哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的细胞库，其概括了所述靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的至少一部分，其中，哺乳动物PRR配体的细胞库在治疗药物载体中一起配制，以用于在给予所述哺乳动物受试者后进行组合呈现，并且所述组合物包含哺乳动物微生物病原体的组分，其为至少5种不同的哺乳动物PRR的配体；并且，

所述免疫原性组合物用于调节所述靶组织中的免疫应答，使所述过继免疫细胞定位到所述靶组织中的肿瘤部位。

2.有效量的活化过继免疫细胞用来治疗哺乳动物受试者中的癌症的用途，其中：

所述癌症在靶组织中形成肿瘤，并且所述过继免疫细胞包含所述肿瘤的癌细胞所表达的癌抗原的受体；

所述过继免疫细胞与有效量的免疫原性组合物联合使用；

所述组合物包含哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的细胞库，其概括了所述靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的至少一部分，其中，哺乳动物PRR配体的细胞库在治疗药物载体中一起配制，以用于在给予所述哺乳动物受试者后进行组合呈现，并且所述组合物包含哺乳动物微生物病原体的组分，其为至少5种不同的哺乳动物PRR的配体；并且，

所述免疫原性组合物用于调节所述靶组织中的免疫应答，使所述过继免疫细胞定位到所述靶组织中的肿瘤部位。

3.一种用于治疗哺乳动物受试者中的癌症的方法，其中所述癌症在靶组织中形成肿瘤，所述方法包括：

以结合方式向受试者给予有效量的免疫原性组合物以及有效量的活化过继免疫细胞，所述活化过继免疫细胞具有所述肿瘤的癌细胞所表达的癌抗原的受体；

其中，所述组合物包含哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的人工细胞库，其概括了所述靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的至少一部分，其中，哺乳动物PRR配体的细胞库在治疗药物载体中一起配制，以用于在给予所述哺乳动物受试者后进行组合呈现，所述组合物包含哺乳动物微生物病原体的组分，其为至少5种不同的哺乳动物PRR的配体；并且，

给予所述免疫原性组合物和所述过继免疫细胞，使得所述免疫原性组合物引起所述过继免疫细胞定位到所述靶组织中的所述肿瘤上。

4.有效量的免疫原性组合物用来寻靶对哺乳动物受试者中的靶组织的免疫应答的用途，其中：

所述组合物用于与有效量的活化过继免疫细胞结合使用，所述活化过继免疫细胞具有所述靶组织的细胞所表达的抗原的受体；

所述组合物包含哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的细胞库，其概括了所述靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的至少一部分，其中，哺乳动物PRR配体的细胞库在治疗药物载体中一起配制，以用于在给予所述哺乳动物受试者后进行组合呈现，并且所述组合物包含哺乳动物微生物病原体的组分，其为至少5种不同的哺乳动物PRR的配体；并且，

所述免疫原性组合物用于调节所述靶组织中的免疫应答，使得所述过继免疫细胞定位在所述靶组织上。

5.有效量的活化过继免疫细胞与免疫原性组合物相组合以寻靶对哺乳动物受试者中的靶组织的免疫应答从而治疗疾病的用途，其中：

所述过继免疫细胞包括由所述靶组织的细胞所表达的抗原的受体；

所述过继免疫细胞与有效量的免疫原性组合物组合使用；

所述免疫原性组合物包含哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的细胞库，其概括了所述靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的至少一部分，其中，哺乳动物PRR配体的细胞库在治疗药物载体中一起配制，以用于在给予所述哺乳动物受试者后进行组合呈现，并且所述组合物包含哺乳动物微生物病原体的组分，其为至少5种不同的哺乳动物PRR的配体；并且，

所述免疫原性组合物用于调节所述靶组织中的免疫应答，使得所述过继免疫细胞定位在所述靶组织上。

6.一种用于治疗靶组织中存在疾病的哺乳动物受试者的方法，包括：

以组合方式向受试者给予有效量的免疫原性组合物以及有效量的活化过继免疫细胞，所述活化过继免疫细胞具有所述靶组织的细胞所表达的抗原的受体；

其中，所述组合物包含哺乳动物模式识别受体(PRR)配体的人工细胞库，其概括了所述靶组织中致病性的哺乳动物微生物病原体的PRR激动剂特征的至少一部分，其中，哺乳动物PRR配体的细胞库在治疗药物载体中一起配制，以用于在给予所述哺乳动物受试者后进行组合呈现，所述组合物包含哺乳动物微生物病原体的组分，其为至少5种不同的哺乳动物PRR的配体；并且，

给予所述免疫原性组合物和所述过继免疫细胞，使得所述免疫原性组合物引起所述过继免疫细胞定位至所述靶组织。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的用途或方法，其中所述PRR配体为PRR激动剂。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的用途或方法，其中所述免疫原性组合物调节所述靶组织中的先天性免疫应答。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的用途或方法，其中哺乳动物模式识别受体是人工细胞库，所述PRR激动剂特征部分是不同于哺乳动物微生物病原体的任何天然PRR配体特征的独特部分。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的用途或方法，其中所述过继免疫细胞是重组的，和/或其中所述抗原是以下中的一种或多种：NKG2D配体、DAMP、CD3、CD19、CD22、CD123、B细胞成熟抗原(BCMA)、WT1、L1CAM(CD171)、ROR1、Lewis Y(LeY)、IL-13Rα2、GD2、间皮素(MSLN)、PSA、CAIX、叶酸受体α、HER2、EGFR、EGFRvIII、VEGF2、ErbB、ErbB2、CEA、PSMA、MUC1、MUC16、FXYD3、癌胚抗原(CEA)、CEACAM5、碳酸酐酶IX或成纤维细胞活化蛋白α(FAP)、前列腺干细胞抗原(PSCA)。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的用途或方法，其中所述过继免疫细胞选自由以下所组成的组：γδT细胞、工程T细胞(如嵌合抗原受体(CAR)和T细胞受体(TCR)修饰的T细胞、TCR-Tg细胞；NKG2D-CAR T细胞)、淋巴因子激活的杀伤(LAK)细胞、肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、自然杀伤(NK)细胞(如CAR NK细胞和NK T细胞)、细胞因子诱导的杀伤(CIK)细胞(如NK细胞、树突细胞(DC)和T细胞)、TRUCK(携带有效负载的CAR T细胞)和同种异体CAR T细胞。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的用途或方法，其中所述抗原的所述受体为重组体。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的用途或方法，其中所述抗原的所述受体是嵌合抗原受体、修饰的T细胞受体或修饰的NK细胞受体。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的用途或方法，其中所述受试者为小鼠、猫、犬、马、啮齿动物或人。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体包括：微生物细胞、重组微生物细胞、所述重组微生物细胞的细胞部分、所述微生物细胞的细胞部分、细菌外膜部分、细菌内膜部分、微生物细胞组分梯度离心所得的颗粒、微生物染色体DNA、微粒或脂质体，每一种均包含提供所述PRR激动剂的所述哺乳动物微生物病原体的组分，所述PRR激动剂共同组成PRR激动剂的细胞库。

16.根据权利要求15所述的用途或方法，其中所述重组微生物包括重组基因，其编码所述PRR激动剂中的至少一种的组分。

17.根据权利要求15或16所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体包括完整的灭活或减毒的微生物细胞或重组微生物细胞。

18.根据权利要求1至17中任一项所述的用途或方法，其中所述过继免疫细胞是CXCR3应答免疫细胞。

19.根据权利要求1至18中任一项所述的用途或方法，其中SSI上调所述肿瘤或靶组织的癌细胞的抗原表达。

20.根据权利要求1至19中任一项所述的用途或方法，其中所述过继免疫细胞表达NKG2D受体，并且所述抗原是NKG2D配体。

21.根据权利要求1至20中任一项所述的用途或方法，其中SSI上调所述肿瘤或靶组织的趋化性细胞因子的表达，并且所述过继免疫细胞包括所述趋化性细胞因子的细胞因子受体。

22.根据权利要求1至21中任一项所述的用途或方法，其中所述过继免疫细胞包括所述肿瘤所表达的趋化性细胞因子的细胞因子受体。

23.根据权利要求21或22所述的用途或方法，其中所述细胞因子受体为重组体。

24.根据权利要求21、22或23所述的用途或方法，其中所述细胞因子受体为CCR2b。

25.根据权利要求21至24中任一项所述的用途或方法，其中所述过继免疫细胞包括所述肿瘤所表达的不同的趋化性细胞因子的多个受体。

26.根据权利要求1至25中任一项所述的用途或方法，其中所述PRR和相应的PRR配体选自由以下组成的组：

27.根据权利要求1至26中任一项所述的用途或方法，其中所述靶组织和相应的哺乳动物微生物病原体选自由以下组成的组：

28.根据权利要求1至27中任一项所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体还包括以下一种或多种：GMCSF、维生素D、NOHA、α1抗胰蛋白酶、谷胱甘肽、类异戊二烯或α-半乳糖神经酰胺。

29.根据权利要求1至28中任一项所述的用途或方法，其中所述组合物用于以有效地调节生物标记物的量使用，所述生物标记物选自由以下组成的组：PD1、PDL1、IP-10、MIG、RANTES、中性粒细胞、Ly6 C单核细胞和NKG2D。

30.根据权利要求29所述的用途或方法，其中所述组合物用于以有效地下调所述靶组织中存在的细胞中的PD1和/或PDL1表达的量使用。

31.根据权利要求1至30中任一项所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体还包含附加的癌抗原。

32.根据权利要求1至31中任一项所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体用于在不是所述靶组织的给药部位处给药。

33.根据权利要求32所述的用途或方法，其中所述给药部位为皮肤或皮下组织。

34.根据权利要求1至33中任一项所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体被配制用于在给药后全身分布所述PRR激动剂。

35.根据权利要求1至34中任一项所述的用途或方法，其中所述治疗药物载体在给药持续时间期间以多个剂量给药，并且所述给药持续时间至少为两周。

36.根据权利要求35所述的用途或方法，其中所述剂量每天或每隔一天进行皮下给药。

37.根据权利要求5或6所述的用途或方法，其中所述疾病是感染性疾病、持续性病毒感染或机会性真菌感染。

38.根据权利要求37所述的用途或方法，其中所述受试者为免疫受损的患者。

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