JP7104921B2 - Cd8+ t細胞の誘導のための組成物および方法 - Google Patents
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Description
本開示は、菌株の組成物およびこれらの組成物を投与することによるCD8+ T細胞の誘導および/または増殖のための方法に関する。本開示はまた、CD8+ T細胞の誘導および/または増殖によって処置され得る疾患の処置のための組成物および方法も提供する。CD8+ T細胞の誘導および/または増殖によって処置され得る疾患は、感染性疾患およびがんを包含する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes timonensis、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
1)Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
2)Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
3)Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
4)Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
5)Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
6)Paraprevotella xylaniphila、
7)Parabacteroides johnsonii、
8)Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
9)Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
10)Eubacterum limosum、および
11)Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
1)Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
2)Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
3)Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
4)Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
5)Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
6)Paraprevotella xylaniphila、
7)Parabacteroides johnsonii、
8)Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
9)Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
10)Eubacterum limosum、および
11)Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本質的にPhascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、を提供する。 を含む精製細菌混合物を含む組成物 Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2。
一側面において、本開示は、本質的にPhascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides spからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも95%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号1と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号1と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
配列番号1と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、および
配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号1と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号1と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、および
配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号1と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号54と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号54と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号54と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
配列番号54と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも95%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも95%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、または少なくとも26の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%相同の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも95%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記1以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも95%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも50%は、バクテロイデス目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、バクテロイデス目に属し、菌株の1以上は、クロストリジウム目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも25%は、バクテロイデス科に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、バクテロイデス属(the genus Bacteroides)に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、バクテロイデス目に属する菌株を包含しない。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、胞子菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、胞子の形態である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、非胞子形態体(a non-spore former)である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、偏性嫌気性菌株のみを含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、抗生物質耐性遺伝子を有さない。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗生物質耐性遺伝子は、菌株をバンコマイシン耐性にさせる。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、ヒト由来の細菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、1名を超えるヒトドナーに由来する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、CD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかおよび栄養分を含む食品を提供する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、1以上のワクチンをさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、養子細胞移入治療と組み合わせられる。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたT細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、1以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗炎症剤は、NSAIDである。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、CD8+ T細胞の増殖および/または集積の誘導をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、IFNγ産生の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の1以上の菌株の存在をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の1以上の菌株は、対象の腸において、以前は存在しなかった。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の1以上の菌株の生着をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の1以上の菌株は、対象の腸において、以前は生着していなかった。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の菌株数の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、生着した、投与された組成物の菌株数の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の菌株の細菌量の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、生着した、投与された組成物の菌株の細菌量の増大をもたらす。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、1以上のサイトカインを投与することをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、サイトカインは、IL-2、IL-15、またはIL-21である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、1以上の共刺激剤を投与することをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、共刺激剤は、CD-28、OX-40、4-1BB、またはCD40の抗体である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、養子細胞移入治療を施すことをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたT細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、感染性疾患を有する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、または真菌感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ウイルス感染症は、HIVである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染症は、肝炎ウイルスによる感染症である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物は、1以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、抗炎症剤は、NSAIDである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物は、1回用量以上の用量として投与されてもよい。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がん処置を受けているか、または受ける予定である。
一側面において、本開示は、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するものと期待されるかを決定するための方法を提供するが、ここで方法は、本明細書に提供される組成物のいずれかの1以上の細菌種が、対象の腸において存在するか決定することを包含し、ここで、細菌種の100%未満、90%未満、80%未満、70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満が存在するかまたは何も存在しない場合、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するとは期待されない。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん処置は、がん免疫治療処置である。
一側面において、本開示は、対象においてウイルス感染症のリスクを低減させるための方法を提供するが、ここで方法は、本明細書に提供される組成物のいずれかの1以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含し、ここで、細菌種の100%未満、90%未満、80%未満、70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与され、これによって、対象におけるウイルス感染症のリスクが低減される。
一側面において、本開示は、腸管においてCD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を誘導する組成物および方法を提供する。
一側面において、本開示は、以下のNCBIアクセッション番号:LN998073、KR822463、CP011531、NR_112945、NZ-ACWW00000000、AB331897、AB261128、NZ-CAEG00000000、AB470343、AB595134、HE974920、NR_112933、AB490801、NZ-ACWB00000000、AY608696、CR626927、AB247141、NR_112935、AB249652、NR_113076およびAF139525の配列と少なくとも95%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、1以上の菌株は、本明細書に提供される配列と少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の相同性をもつ16S rDNA配列を含む。
Phascolarctobacterium faecium;LN998073、
Fusobacterium ulcerans;KR822463、
Bacteroides dorei;CP011531、
Bacteroides uniformis;NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA;NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila;AB331897、
Parabacteroides johnsonii;AB261128、
Alistipes sp. JC136;NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii;AB470343、
Eubacterium limosum;AB595134、
Parabacteroides distasonis;HE974920、
Bacteroides cellulosilyticus;NR_112933、
Bacteroides clarus;AB490801、
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA;NZ-ACWB00000000、
Bacteroides salyersiae;AY608696、
Bacteroides fragilis;CR626927、
Bacteroides uniformis;AB247141、
Bacteroides eggerthii;NR_112935、
Clostridium sp. TM-40;AB249652、
Parabacteroides goldsteinii;NR_113076、および
Bacteroides sp. AR29;AF139525
からなる群から選択される種の1以上の菌株、または(b):
Phascolarctobacterium faecium;LN998073、
Fusobacterium ulcerans;KR822463、
Bacteroides dorei;CP011531、
Bacteroides uniformis;NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA;NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila;AB331897、
Parabacteroides johnsonii;AB261128、
Alistipes sp. JC136;NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii;AB470343、
Eubacterium limosum;AB595134、
Parabacteroides distasonis;HE974920、
Bacteroides cellulosilyticus;NR_112933、
Bacteroides clarus;AB490801、
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA;NZ-ACWB00000000、
Bacteroides salyersiae;AY608696、
Bacteroides fragilis;CR626927、
Bacteroides uniformis;AB247141、
Bacteroides eggerthii;NR_112935、
Clostridium sp. TM-40;AB249652、
Parabacteroides goldsteinii;NR_113076、および
Bacteroides sp. AR29;AF139525
からなる群から選択される種の16S rRNA配列と少なくとも97%の相同性を有する16S rRNA配列を含む1以上の菌株
を含む精製細菌混合物を含む。
Phascolarctobacterium faecium;LN998073、
Fusobacterium ulcerans;KR822463、
Bacteroides dorei;CP011531、
Bacteroides uniformis;NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA;NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila;AB331897、
Parabacteroides johnsonii;AB261128、
Alistipes sp. JC136;NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii;AB470343、
Eubacterium limosum;AB595134、および
Parabacteroides distasonis;HE974920
からなる群から選択される種の1以上の菌株;または(b):
Phascolarctobacterium faecium;LN998073、
Fusobacterium ulcerans;KR822463、
Bacteroides dorei;CP011531、
Bacteroides uniformis;NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA;NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila;AB331897、
Parabacteroides johnsonii;AB261128、
Alistipes sp. JC136;NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii;AB470343、
Eubacterium limosum;AB595134、および
Parabacteroides distasonis;HE974920
からなる群に属する種の16S rRNA配列を含む1以上の菌株
を含む精製細菌混合物を含む。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、免疫系を活性化させる。
一側面において、本開示は、免疫系を活性化させるための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物の1以上の投与を含む。
一側面において、本開示は、CD8+ IFNγ産生T細胞を活性化させるための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物の1以上の対象への投与を含む。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物の1以上を対象へ投与することを含む、腸においてCD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導するための方法を提供するが、ここで投与が、対象の腸において、CD8+ T細胞の増殖および/または集積の誘導をもたらす。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物の1以上を対象へ投与することを含む、がんまたはウイルス感染症を、その処置を補助するか、および/または予防するための方法を提供するが、ここで投与が、がんまたはウイルス感染症の予防、処置、処置の補助、および/または予防をもたらす。
一側面において、本開示は、本明細書に開示の組成物のいずれか1つの菌株に対する免疫応答を誘導するワクチン組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか1つの細菌種の構成物および/または代謝物に由来する抗原を含有するワクチン組成物を提供する。
一側面において、本開示は、免疫抑制組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかの細菌種に対する抗菌活性を保有する化学物質、または本明細書に提供される組成物のいずれかの細菌種から分泌される生理活性物質に結合する化学物質を含む、組成物を提供する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象においてCD8+およびIFNγ産生T細胞の抑制をもたらす。
一側面において、本開示は、対象においてCD8+およびIFNγ産生T細胞を抑制するための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物の1以上の対象への投与を含む。
一側面において、本開示は、対象のCD8+およびIFNγ産生T細胞の過剰活性化から生じる疾患における予防、処置または改善のための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物のいずれか1以上を対象へ投与することを含む。
一側面において、本開示は、本明細書に開示の菌株に由来する物質を提供する。一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか1つの細菌種に由来する生理活性物質を提供する。一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか1つの細菌種のいずれか1つの細菌特異抗原を提供する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物の細菌種のいずれか1つに含有される細菌特異的なヌクレオチド配列を提供する。
一側面において、本開示は、動物モデルおよび検査キット(test kits)を提供する。
一側面において、本開示は、非ヒト哺乳動物を含む動物モデルを提供するが、ここで非ヒト哺乳動物の腸管に、本明細書に提供される組成物のいずれか1つの、細菌種が接種されている。本明細書に提供される動物モデルのいくつかの態様において、非ヒト哺乳動物は、CD8+ IFNγ産生T細胞の不整から生じる疾患を有する。
一側面において、本開示は、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を評価するためのキットを提供するが、キットは、腸上皮細胞、末梢血単核細胞、および本明細書に提供される組成物のいずれか1つの、細菌種を含む。
一側面において、本開示は、ヒト腸管におけるCD8+ IFNγ産生T細胞の検出の方法を提供する。一側面において、本開示は、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を評価するためのキットを提供する。いくつかの態様において、キットが、腸上皮細胞、末梢血単核細胞、および本明細書に記載の組成物のいずれか1つの、細菌種を含む。
一側面において、本開示は、細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングするための方法を提供するが、ここで前記物質は、腸管においてCD8+ IFNγ産生T細胞の増殖または活性化を誘導するものであり、方法は、(i)ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を、腸上皮細胞および末梢血単核細胞を含む系における腸上皮細胞へ加えること;(ii)該系からCD8+ IFNγ産生T細胞の数または活性を検出することを含み、ここで、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化が検出された場合、生理活性物質は、CD8+ IFNγ産生T細胞を活性化し得る物質として同定される。
一側面において、本開示は、腸管においてCD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を誘導する物質をスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、(i)本明細書に提供される非ヒト動物をスクリーニングするための方法、(ii)非ヒト動物の腸管からCD8+ IFNγ産生T細胞の数または活性を検出することを含み、ここで、上のステップにおいて検出されたCD8+ IFNγ産生T細胞の数または活性が増大していた場合、被験物質は、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を誘導する物質として同定される。
一側面において、本開示は、免疫を刺激するための組成物を提供するが、組成物は、活性成分として、ヒト腸内細菌または本明細書に提供されるスクリーニング方法によって得られた細菌に由来する生理活性物質を含み、組成物は、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を誘導する。
一側面において、本開示は、CD8+ IFNγ産生T細胞によって引き起こされる疾患を誘導するかまたは悪化させる活性を有する物質をスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、(i)被験物質を、本明細書に提供される非ヒト動物によって摂取され得るようにすること、(ii)該非ヒト動物から、CD8+ IFNγ産生T細胞によって引き起こされる疾患関連損傷の程度を検出することを含み、ここで、上のステップにおいて検出された病変の程度が、化合物が加えられなかったとき、またはプラシーボが加えられたときと比較して増大していたとき、被験物質は、CD8+ IFNγ産生T細胞によって引き起こされる疾患を誘導する物質として同定される。
一側面において、本開示は、CD8+ IFNγ産生T細胞によって引き起こされる疾患を誘導するかまたは悪化させるための組成物を提供するが、ここで組成物は、活性成分として、本明細書に提供されるスクリーニング方法のいずれか1つによって得られた物質を含む。
一側面において、本開示は、処理されたヒト糞試料を含む組成物を提供するが、ここで処理されたヒト糞試料は、ヒト糞試料を有効量のアンピシリンに接触させることによって得られたものであり、およびここで処理されたヒト糞試料は、CD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導する。いくつかの態様において、本開示は、対象における疾患の処置の方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物のいずれか1つを、対象における疾患を処置するのに有効な量で、対象へ投与することを含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、疾患は、がんまたは感染症(例として、ウイルス感染症)である。
一側面において、本開示は、ヒト糞試料が、CD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導するかを決定するための方法を提供するが、方法は、無菌マウスにヒト糞試料を接種すること、およびヒト糞試料がCD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導するかを決定することを含む。一側面において、本開示は、ヒト糞ドナーを同定するための方法を提供するが、方法は、無菌マウスにヒト糞試料を接種すること、および糞試料がCD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導するかを決定することを含み、ここで糞試料がCD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導する場合、ヒト対象は、ヒト糞ドナーとして同定される。
一側面において、本開示は、対象において、リンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析するための方法を提供するが、ここでマーカーは、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することによって誘導され、ここでマーカーは、CD44、gp70 MC38ペプチド(KSPWFTTL;(配列番号53))に特異的なTCRβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なTCRβ、CD8、IFNγ、および/またはGzmBである。
一側面において、本開示は、細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、担腫瘍非ヒト動物に、ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を摂取できるようにすること、担腫瘍非ヒト動物から単離されたリンパ球からマーカーの発現を検出することを含み、ここでマーカーの発現レベルの増大が検出された場合、生理活性物質は、腫瘍のための免疫刺激剤として同定され;およびここでマーカーは、CD44、gp70 MC38ペプチド(KSPWFTTL;(配列番号53))に特異的なTCRβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なTCRβ、CD8、IFNγ、および/またはGzmBである。
いくつかの態様において、方法は、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なTCRβへ結合する特異抗体または腫瘍抗原由来リガンドに特異的なTCRβへ結合するMHCマルチマーを用いて、リンパ球における腫瘍抗原由来リガンドに特異的なTCRβの発現レベルを分析することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療における使用であり、ここで免疫チェックポイント阻害剤は、PD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、またはCTLA-4阻害剤である。いくつかの態様において、方法は、対象のT細胞におけるPD-1発現を査定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のがん細胞におけるPD-L1発現を査定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のT細胞におけるCTLA-4発現を査定することをさらに含む。
一側面において、本開示は、脾細胞におけるIFNγ産生の程度によって免疫活性化を評価するための方法を提供するが、方法は、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することを含む。
一側面において、本開示は、脾細胞におけるIFNγ産生の程度によって免疫活性化を評価するためのキットを提供するが、キットは、1以上のIFNγマーカー分子および本明細書に記載の1以上の細菌種を含む。
一側面において、本開示は、腫瘍のための免疫刺激剤を同定するための方法であって、ヒト腸内細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングすることを含む前記方法を提供するが、方法は、(i)担腫瘍非ヒト動物に、ヒト腸内細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質を摂取できるようにすること、および(ii)担腫瘍非ヒト動物から単離された脾細胞からIFNγを検出することを含み、ここでIFNγの誘導が検出された場合、ヒト腸内細菌または生理活性物質は、腫瘍のための免疫刺激剤として同定される。
いくつかの態様において、方法は、特異抗体またはMHCマルチマーを用いて、脾細胞における治療標的の腫瘍抗原の発現レベルを分析することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のためのものであり、ここで腫瘍阻害剤は、PD-1阻害剤、PD-L1阻害剤、またはCTLA-4阻害剤である。いくつかの態様において、方法は、対象のT細胞におけるPD-1発現を査定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のがん細胞におけるPD-L1発現をチェックすることをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のT細胞におけるCTLA-4発現を査定することをさらに含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、または少なくとも26の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Ruminococcaceae bacterium、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
本明細書に提供されるのは、CD8+ T細胞の誘導および/または増殖のための組成物および方法、および感染性疾患およびがんを包含する、CD8+ T細胞の誘導および/または増殖を通して処置され得る疾患および疾病の処置のための方法である。
一側面において、本開示は、固有の生物学的特性をもつ1以上の菌株を含む組成物を提供する。一側面において、本明細書に開示の菌株の組成物はまた、細菌組成物とも称され、CD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導し得る。一側面において、本明細書に開示の菌株の組成物は、CD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導し得る。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、または少なくとも26の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、または少なくとも26の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、および配列番号21と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、および配列番号21と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、または少なくとも26の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、または少なくとも26の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、または少なくとも21の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、または少なくとも15の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、または少なくとも4つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1~21からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を含む菌株を含み組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号1~21からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を含む菌株を活性成分として含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1~11からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を含む菌株を含み組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号1~11からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を含む菌株を活性成分として含む組成物を提供する。
本明細書に提供されるすべての組成物にとって、菌株が、いくつかの態様において、精製されていることは解されるべきである。よって、例えば本開示は、配列番号1~26からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を含む精製された菌株を提供する。加えて、例えば、本開示は、配列番号1~26からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を含む精製された菌株を含む組成物を提供する。本明細書に開示の菌株は本来、1以上のヒト個体の微生物叢から得られ精製されたものであっても、または土壌および非ヒト微生物叢を包含する、ヒト微生物叢以外の供給源から得られたものであってもよい。本明細書に提供されるとおり、いくつかの態様において、ヒト微生物叢、非ヒト微生物叢、土壌、またはいずれか代替源から単離された細菌は、本明細書に提供される組成物および方法における使用の先立ち精製されている。
一側面において、本開示は、2以上の精製された菌株を含む組成物を提供するが、ここで2以上の精製された菌株は、配列番号1~26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%配列同一性を有する16S rDNA配列を含む。上に論じられたとおり、いくつかの態様において、菌株は、組成物の活性成分である。よって、いくつかの態様において、本開示は、2以上の精製された菌株を活性成分として含む組成物を提供するが、2以上の精製された菌株は、配列番号1~26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%配列同一性を有する16S rDNA配列を含む。
一例として、本明細書に開示の配列番号1をもつ16S rDNA配列を含む菌株は、NCBIアクセッション# LN998073によって定義されるとおりの種Phascolarctobacterium faeciumの菌株と最も高い相同性を有する(16S rDNA配列 配列番号27を有する)。配列番号1をもつ菌株が、公開されている他の菌株とも相同性を有しつつも、最も高い相同性は、NCBIアクセッション# LN998073によって定義されるとおりの種Phascolarctobacterium faeciumの菌株がもつ。本明細書に開示の複数の菌株が、同じ種と最も高い相同性を有していてもよいと解されるべきである。
よって、一側面において、本開示が、配列番号1~26からなる群から選択される核酸配列をもつ16S rDNA配列を有する菌株と近い相同性をもつ細菌種を含む組成物および方法もまた提供することは解されるべきである。
一側面において、本開示は、1以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで1以上の菌株は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii,、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis;Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種である。
一側面において、本開示は、1以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで1以上の菌株は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種である。
一側面において、本開示は、1以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで1以上の菌株は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種である。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
1)Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
2)Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
3)Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
4)Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
5)Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
6)Paraprevotella xylaniphila、
7)Parabacteroides johnsonii、
8)Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
9)Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
10)Eubacterum limosum、および
11)Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
1)Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
2)Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
3)Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
4)Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
5)Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
6)Paraprevotella xylaniphila、
7)Parabacteroides johnsonii、
8)Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
9)Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
10)Eubacterum limosum、および
11)Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の1以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes timonensis、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、または少なくとも11の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の2以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、または少なくとも7つの菌株を含む。
組成物が、具体的な種の複数の株を包含していてもよいと解されるべきである。よって、説明のため、本明細書に開示の組成物の非限定例は、Bacteroides salyersiaeの1つの株およびBacteroides uniformisの2つの株を含む。
本開示は、種Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumとの相同性において近い菌株、および/または前記種の範囲に入る菌株を含む組成物を提供し、また網羅もする。
よって、一態様において、本開示の組成物は、配列番号27~52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する16S rDNA配列を含む1以上の菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、配列番号27~52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%の配列同一性を有する16S rDNA配列を含む2以上の菌株を包含する。
いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、2以上の菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または少なくとも20またはこれより多くの菌株(例として、精製された菌株)を含む。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、バクテロイデス目に属する菌株を包含しない。
いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、E. coliを包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、ビフィズス菌(Bifidobacterium)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、桿菌(Bacillus)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、腸球菌(Enterococcus)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、バルネシエラ(Barnesiella)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、B. fragilisを包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、B. thetaiotaomicronを包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、アッケルマンシア(Akkermansia)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、プロテオバクテリア(Proteobacteria)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、バークホルデリア(Burkholderia)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、クラスターIVに属するクロストリジウム(clostridium)種を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、フィーカリバクテリウム(Faecalibacterium)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、クラスターXIVaに属するクロストリジウム種を包含しない。いくつかの態様において、組成物は、モニリア(Monilia)種などの真菌を含まない。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、ヒト由来の細菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株のすべてが、ヒト由来の細菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、1名より多くのヒトドナーに由来する。
ここで提供される組成物において使用される菌株は一般に、健常な個体のマイクロバイオームから単離されたものである。いくつかの態様において、組成物は、単一の個体から生じる株を包含する。いくつかの態様において、組成物は、複数の個体から生じる株を包含する。いくつかの態様において、菌株は、複数の個体から得られ、個々に単離されて成長させられたものである。個々に成長させられた細菌組成物は続いて、組み合わされて本開示の組成物を提供してもよい。本明細書に提供される組成物の菌株の起源(the origin)が、健常な個体からのヒトマイクロバイオームに限定されないことは解されるべきである。いくつかの態様において、菌株は、腸内菌共生バランス失調(dysbiosis)にあるマイクロバイオームをもつヒトから生じる。いくつかの態様において、菌株は、非ヒト動物または環境(例として、土壌または地表水)から生じる。いくつかの態様において、本明細書に提供される菌株の組み合わせは、複数の供給源(例として、ヒトおよび非ヒト動物)から生じる。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の1以上は、抗生物質耐性遺伝子を有さない。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、菌株をバンコマイシン耐性にさせる抗生物質耐性遺伝子を有さない。
いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、胞子形成および非胞子形成の菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、胞子形成菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、胞子形成菌株のみを含む。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、非胞子形成菌株のみを含む。胞子形成細菌は、胞子形態(すなわち、胞子としての)であり得るか、または栄養形態(すなわち、栄養細胞としての)にあり得る。胞子形態において、細菌は一般に、熱、酸、放射線、酸素、化学薬品、および抗生物質などの環境条件に対してより耐性がある。対照的に、栄養状態または活発に成長している状態において、細菌は、胞子形態と比較して、かかる環境条件に対してより影響を受けやすい。一般に、細菌の胞子は、適切な条件下で、胞子形態から栄養状態/活発に成長している状態に生長することができる。実例として、胞子型の細菌は、これらが腸に導入されたとき、生長し得る。
がん
一側面において、本開示は、組成物および対象における疾患の処置のための方法を包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がんを有する。一側面において、本明細書に提供される組成物および方法に従って処置され得るがんは、癌、神経膠腫、中皮腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、腺癌、乳房がん、卵巣がん、子宮頸部がん、膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺がん、バーキットリンパ腫、頭頸部がん、結腸がん、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、食道のがん、胃がん、膵臓がん、肝胆道がん、胆嚢のがん、小腸のがん、直腸がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、陰茎がん、尿道がん、精巣がん、膣がん、子宮がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、膵内分泌がん、カルチノイドがん、骨がん、皮膚がん、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、AIDS関連の原発性滲出液リンパ腫、神経外胚葉性腫瘍、または横紋筋肉腫を包含するが、これらに限定されない。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がんは、前立腺がん、膀胱がん、非小細胞肺がん、尿路上皮癌、黒色腫、または腎細胞癌である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、放射線処置を受けている。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、PD-1阻害剤、PD-L-1阻害剤、またはCTLA-4阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、PD-1阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、CTLA-4阻害剤である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫治療剤(the cancer immunotherapy agent)は、CAR-T治療薬(a CAR-T therapeutic)である。CAR-T細胞は、患者から採取されたT細胞を包含するが、これらの表面上にキメラ抗原受容体(CAR)を産生するよう遺伝子改変されている。CARは、がん細胞上の特定の抗原を認識するよう改変されている。CAR-T細胞が患者中へ注入された後、がん細胞を認識し殺傷するが、これらの表面上には特定の抗原が発現されている。CD8+ T細胞の誘導は、CAR-T細胞に変換するための細胞を提供するのに有用である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、1以上の共刺激剤を投与することをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、共刺激剤は、CD-28、OX-40、4-1BB、またはCD40の抗体である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、1以上のワクチンを投与することをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、養子細胞移入治療を施すことをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたT細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物、およびPD-L-1阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物、およびCTLA-4阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびPD-L-1阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも97%相同の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびCTLA-4阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびPD-L-1阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびCTLA-4阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、および配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびPD-L-1阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、および配列番号64と少なくとも97%配列同一の16S rDNA配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびCTLA-4阻害剤を含む組成物を提供する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、1以上のワクチンをさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、養子細胞移入治療と組み合わせられる。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたT細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
一側面において、本開示は、組成物および対象における疾患の処置のための方法を包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、感染性疾患を有する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、または真菌感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ウイルス感染症は、HIVである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染症は、肝炎ウイルスによる感染症である。
いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、および真菌感染症などの感染性疾患を予防または処置する(前記感染性疾患の弊害を部分的または完全に低減する)ための医薬組成物として使用され得る。
本明細書に提供される方法に従って処置され得るウイルス感染症は、これらに限定されないが、ピコルナウイルス科(picornaviridae)、カリシウイルス科(caliciviridae)、トガウイルス科(togaviridae)、フラビウイルス科(flaviviridae)、コロナウイルス科(coronaviridae)、ラブドウイルス科(rhabdoviridae)、フィロウイルス科(filoviridae)、パラミクソウイルス科(paramyxoviridae)、オルトミクソウイルス科(orthomyxoviridae)、ブニヤウイルス科(bunyaviridae)、アレナウイルス科(arenaviridae)、レオウイルス科(reoviridae)、レトロウイルス科(retroviridae)、ヘパドナウイルス科(hepadnaviridae)、パルボウイルス科(parvoviridae)、パポバウイルス科(papovaviridae)アデノウイルス科(adenoviridae)、ヘルペスウイルス科(herpesviridae)、ポックスウイルス科(poxviridae)、ロタウイルス、パラインフルエンザウイルス、インフルエンザウイルスAおよびB、肝炎ウイルス、梅毒、HIV、狂犬病ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、および単純ヘルペスウイルスを包含する。
一側面において、本開示は、対象における疾患の処置のための組成物および方法を包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
本開示の組成物および方法は、自己免疫疾患およびアレルギー性疾患を予防または処置するために使用され得る。処置され得る自己免疫疾患は、これらに限定されないが、炎症性腸疾患、全身性エリテマトーデス、リウマチ性関節炎、多発性硬化症、または橋本病を包含する。処置され得るアレルギー性疾患は、これらに限定されないが、食物アレルギー、花粉症、または喘息を包含する。
一側面において、本開示は、対象における疾患の処置のための組成物および方法を提供する。一側面において、限定されることなく、本明細書に開示の組成物は、それらの投与がCD8+ T細胞の増殖および/または集積の誘導をもたらすので、疾患を処置することができる。いくつかの態様において、本開示は、CD8+ T細胞の増殖および/または集積の誘導による、処置され得る疾患のための、対象における疾患の処置のための組成物および方法を提供する。いくつかの態様において、CD8+ T細胞の増殖および/または集積の誘導により処置され得る疾患は、がん、感染性疾患、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患である。
本明細書に使用されるとき、医薬組成物などの組成物の「治療的に有効な量」は、対象、たとえば本明細書に記載の対象において、所望の応答または成果(限定されることなく、感染の予防、免疫応答または増強された免疫応答および/またはがん処置の促進を包含する)をもたらすいずれの量でもある。有効量という用語は、投与される細菌の数またはCFUで表現されてもよいことは、理解されるべきである。細菌は、一度投与されると、倍加することができることは、さらに理解されるべきである。よって、比較的少量の細菌の投与でさえも治療効果を有する場合がある。
本明細書に記載の方法のいずれも、対象におけるがんの処置のためであってもよい。本明細書に使用されるとき、がんを処置する方法は、がんに関連する少なくとも1の症状を軽減することもしくは緩和すること、またはがんの進行を緩徐にすることもしくは逆行させることを伴う。がんを処置する方法は、例えば、対象の腫瘍負荷を除去または低減し、がん細胞の数または複製を低減し、および/または転移を予防、遅延または阻害してもよい。
また、本明細書に提供されるのは、対象における感染性疾患の処置または予防のための方法である。本明細書に使用されるとき、感染性疾患を処置する方法は、感染に関連する少なくとも1の症状を軽減もしくは緩和すること、または感染の進行を緩徐にするもしくは逆行させることを伴う。感染性疾患を処置する方法は、例えば、感染性生物対象の腫瘍負荷を除去もしくは低減し、または感染の1以上の症状を阻害または減少してもよい。また本明細書に使用されるとき、用語「予防する」、「予防」および「予防すること」は、臨床症状または亜臨床症状、合併症、病態または感染の生化学的徴候の発現を低減するまたはその開始を遅延するための、または感染性生物(例として、細菌、ウイルス、真菌、または寄生生物)の拡散/伝播を低減または阻害するための、組成物の対象への投与を包含する。
本明細書に記載の組成物および方法は、追加の治療剤などの他の種類の治療と併せて利用されてもよい(すなわち、併用処置(combination treatment))。追加の併用治療(combination therapies)の例は、手術、放射線、遺伝子治療、および、化学治療薬、抗生物質、抗ウイルス薬、抗真菌薬、抗寄生生物薬、免疫調節剤、抗炎症剤などの追加の治療剤の投与を包含するが、これらに限定されない。一般に、併用治療は、本明細書に記載の組成物および方法と同時にまたは順次に(いずれの順序でも)適用され得る。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物のいずれも、例えば、実質的に同じ時間に投与される単回用量または複数回用量で、1以上の追加の治療剤と同時に投与される。
本開示の範囲内にあるのはまた、本明細書に記載の組成物のいずれかの1以上の菌株が、対象の腸において存在しているかを査定する方法もある。いくつかの態様において、閾値よりも少ない数の菌株が対象の腸において検出される場合、本明細書に記載の組成物のいずれも、対象の腸において菌株の数を増大させるために対象へ投与される。いくつかの態様において、方法は、腸において検出される菌株の数に基づいて疾患の処置のための候補として対象を同定することをさらに含む。
バイオマーカーのセットのレベルを測定することはまた、疾患の評価および処置に有用である可能性もある。
一般に、腸の細菌集団(例として、1以上の菌株の存在または不存在)は、糞試料などの対象から得られる試料を査定することにより決定されてもよい。
一側面において、本開示は、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するものと期待されるかを決定するための方法であって、方法が、本明細書に提供される組成物のいずれかの1以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含し、ここで、前記細菌種の100%未満、90%未満、80%未満、70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満が存在するかまたは何も存在しない場合、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するとは期待されない、前記方法を提供する。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん処置は、がん免疫治療処置である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、1以上の細菌種の存在を決定することは、対象の排泄物を配列決定することによってなされる。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される菌株および菌株の組み合わせを含む医薬組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、医薬組成物である。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、薬学的に許容し得る賦形剤を含む。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、直腸投与のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、腸への送達のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、結腸への送達のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、1以上菌株は凍結乾燥されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、カプセルの形態である。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、1以上の腸溶性ポリマーを含むpH感応組成物をさらに含む。
いくつかの態様において、菌株の組成物は、医薬組成物としての投与のために製剤化されてもよい。本明細書に使用される用語「医薬組成物」は、本明細書に記載のいずれか2以上の精製された菌株などの少なくとも1の活性成分、および、1以上の薬学的に許容し得る賦形剤を包含していてもよい1以上の不活性成分の混合物または組み合わせにより生ずる産物を意味する。
腸(例として、結腸)への送達を可能にする系の別の例は、胃の遠位部における細菌発酵のガスの生成により引き起こされる圧力変化を利用することにより、内容物が放出されるという様式において、圧力変化により組成物を結腸へ送達する系である。かかる系は、具体的に限定されないが、それらのより特定の例は、座薬ベース中に分散された内容物を有し、疎水性ポリマー(例えば、エチルセルロース)でコーティングされたカプセルである。
腸(例として、結腸)への組成物の送達を可能にする系のさらなる例は、例えば、炭水化物ヒドラーゼまたは炭水化物レダクターゼなどの腸管(例として、結腸)中に存在する酵素により取り除かれ得るコーティングを包含する組成物である。かかる系は、具体的に限定されないが、それらのより特定の例は、非デンプン多糖類、アミロース、キサンタンガムおよびアゾポリマーなどの食物構成要素を使用する系を包含する。
菌株を含む組成物は、当業者に周知の従来の方法により薬学的に許容し得る剤形に製剤化される。投薬計画は、最適な所望の応答(例として、予防的または治療的効果)を提供するために調整される。いくつかの態様において、組成物の剤形は、錠剤、丸薬、カプセル、粉末、顆粒、溶液、または座薬である。いくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために製剤化される。いくつかの態様において、医薬組成物は、組成物の細菌、またはそれらの部分が、対象の胃を通過した後も生育可能であるように製剤化される。いくつかの態様において、医薬組成物は、例として座薬などの直腸投与のために製剤化される。いくつかの態様において、医薬組成物は、適切なコーティング(例として、pH特異的コーティング、標的領域特異的な酵素により分解され得るコーティング、または標的領域において存在する受容体に結合し得るコーティング)を提供することにより、腸または腸の特定の領域(例として、結腸)への送達のために製剤化される。
本明細書に記載の菌株のいずれかを含有するために製剤化されていてもよい食品の例は、飲料、ドリンク、バー、スナック、乳製品、菓子製品、シリアル製品、調理済み製品、栄養補助製剤などの栄養処方、食物または飲料添加剤を包含するが、これらに限定されない。
いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前にまたは同時に、1以上の用量の抗生物質を投与されてもよい。抗生物質は、様々な理由のために投与されてもよい。実例として、抗生物質は、本明細書に提供される細菌組成物の投与の前に、結腸および/または腸から細菌種を取り除くために投与されてもよい。抗生物質はまた、がん処置の場合において、不要な感染を抑制するために投与されてもよい。いくつかの事例において、抗生物質は、感染性疾患のための処置方法として投与されてもよい。
いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前に、単回用量の抗生物質を投与されてもよい。いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前に、複数回用量の抗生物質を投与されてもよい。いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前に、少なくとも2、3、4、5またはそれより多い用量の抗生物質を投与される。いくつかの態様において、対象は、細菌組成物と実質的に同時に、1の用量の抗生物質を投与される。投与され得る抗生物質の例は、カナマイシン、ゲンタマイシン、コリスチン、メトロニダゾール、バンコマイシン、クリンダマイシン、フィダキソマイシン、およびセフォペラゾンを包含するが、これらに限定されない。
本明細書に記載されるのは、対象が本明細書に記載の組成物および/または本明細書に記載の免疫チェックポイント阻害剤のいずれかなどの処置を受けるべきかの決定における使用のための診断方法(例として、コンパニオン診断)である。かかる方法は、疾患の診断、疾患の進行のモニタリング、疾患のための処置の有効性の査定、および/または特定の処置に好適な患者の同定に使用され得る。
したがって、本明細書に記載の方法は、対象から得られた試料(例として、リンパ球を含有する生体試料)中のマーカーのレベルに基づく。いくつかの態様において、方法は、対象からの1以上の試料におけるマーカーの存在および/またはレベルを分析することを伴う。
いくつかの態様において、対象からの試料におけるマーカーのレベルは、同じ対象から得られた別の試料、例えば、異なる時間において対象から得られた試料におけるマーカーのレベルと比較される。いくつかの態様において、対象からの試料におけるマーカーのレベルは、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与前などのより早い時間において対象から得られた試料におけるマーカーのレベルと比較される。いくつかの態様において、対象からの試料におけるマーカーのレベルは、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与後などのより遅い時間において対象から得られた試料におけるマーカーのレベルと比較される。
いくつかの態様において、マーカーのレベルは、マーカー(例として、タンパク質または核酸レベル)の発現および/またはマーカーが発現される細胞種を分析することにより決定される。当該技術分野において知られている方法のいずれも、マーカーの発現および/またはマーカーが発現される細胞種を分析するために使用されてもよい。
いくつかの態様において、対象から得られた試料におけるIFNγ産生のレベルは、次いで、試料におけるIFNγ産生の量を示す値を決定するために、参照試料または対照試料と比較され得る。いくつかの態様において、IFNγ産生についての値は、試料におけるIFNγ産生のレベルと、試料における別の分子(例として、内部対照または内部標準)のレベルとを比較することにより得られる。IFNγ産生の値は、対象が疾患を有するまたはそのリスクを有するかを決定するための参照値と比較され得る。いくつかの態様において、IFNγ産生のレベルは、IFNγ産生について予め決定された閾値と比較され、それからの偏差は、対象が疾患を有することを示してもよい。いくつかの態様において、IFNγ産生のレベルまたは値が参照レベルまたは値よりも高い場合、本明細書に記載のとおり、対象は、疾患を有するまたはそのリスクを有するとして同定され得る。いくつかの態様において、IFNγ産生のレベルまたは値が、参照レベルまたは値よりも低い場合、本明細書に記載のとおり、対象は、疾患を有するまたはそのリスクを有するとして同定され得る。
いくつかの態様において、試料におけるIFNγ産生のレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与の前に得られた対象からの試料におけるIFNγ産生のレベルまたは値と比較して高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物を投与される。いくつかの態様において、試料におけるIFNγ産生のレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与の前に得られた対象からの試料におけるIFNγ産生のレベルまたは値と比較して高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与を伴う治療を継続する。いくつかの態様において、試料におけるIFNγ産生のレベルまたは値は、本明細書に記載のとおり、組成物の投与の前の試料におけるIFNγ産生のレベルまたは値と比較して、少なくとも10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%、または少なくとも200%向上する。
予め決定されたレベルは、様々な形態を取り得る。例えば、それは、中央値または平均値などのシングルカットオフ値であり得る。いくつかの態様において、かかる予め決定されたレベルは、1つの定義された群が標的疾患を有することが知られ、別の定義された群が標的疾患を有しないことが知られている、などの比較群に基づいて確立され得る。
代わりに、予め決定されたレベルは、範囲、例えば、対照集団における代謝物のレベルを代表する範囲であり得る。
本明細書に使用されるとき、「減少したレベル」は、マーカーまたはIFNγ産生のレベルが、参照値または本明細書に記載の組成物のいずれかの投与前の対象から得られた試料などの別の試料におけるレベルよりも低いことを意味する。マーカーまたはIFNγ産生の減少したレベルは、参照値または対象からの別の試料におけるレベルの、例えば、1%、5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、150%、200%、300%、400%、500%またはそれより低いマーカーまたはIFNγ産生のレベルを包含する。いくつかの態様において、被験試料におけるマーカーまたはIFNγ産生のレベルは、参照試料におけるマーカーまたはIFNγ産生のレベル、または対象からの別の試料におけるレベルよりも、少なくとも1.1、1.2、1.3、1.4、15、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、7、8、9、10、50、100、150、200、300、400、500、1000、10000倍またはそれよりも低い。
本明細書に記載のアッセイ方法およびキットはまた、マーカーまたはIFNγ産生のレベルとかかる疾患との相関性を考慮して、疾患、たとえば本明細書に記載の疾患のための処置の有効性の評価のためにも適用され得る。例えば、複数の生体試料は、処置が実施される対象から、処置の前および後のいずれか、またはその過程の間において採取され得る。マーカーまたはIFNγ産生のレベルは、処置が有効であるかについての指標であってもよい。
対象が処置に対して応答性でないと同定される場合、組成物および/または免疫チェックポイント阻害剤の高い用量および/または頻度の投薬量が、同定された対象へ投与される。いくつかの態様において、治療剤の投薬量または投薬量の頻度は、処置に対して応答性である、またはさらなる処置が必要ないとして同定された対象において、維持され、低下され、または停止される。代わりに、異なる処置は、最初の処置に対して応答性でないと見出された対象へ適用され得る。
他の態様において、マーカーまたはIFNγ産生の値は、疾患が、例えば、本明細書に記載の組成物を投与することにより処置可能である可能性があることを同定するのに依拠することができる。
本明細書に提供されるのは、所望の応答を生じさせる細菌またはそれらの生理活性物質を同定するための、細菌または細菌由来の生理活性物質をスクリーニングするための方法である。例えば、いくつかの態様において、スクリーニング方法は、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を誘導する細菌または細菌由来の生理活性物質を同定するために使用される。いくつかの態様において、スクリーニング方法は、CD8+ IFNγ産生T細胞の活性化を誘導する細菌または細菌由来の生理活性物質を同定するために使用される。いくつかの態様において、スクリーニング方法は、免疫刺激剤として細菌または細菌由来の生理活性物質を同定するために使用される。
また、本明細書に提供されるのは、活性化を誘導する物質、またはCD8+ IFNγ産生T細胞により引き起こされる疾患を誘導または悪化させる物質を同定するための、被験物質をスクリーニングするのための方法である。
一般に、スクリーニング方法は、in vitro(例として、細胞を使用して)またはin vivo(例として、非ヒト動物モデルを使用して)で実施されてもよい。いくつかの態様において、方法は、細胞(例として、腸上皮細胞、末梢血単核細胞)の集団を被験物質(例として、細菌またはそれらの生理活性物質)と接触させること、および応答を査定することを伴う。いくつかの態様において、応答は、所望の細胞集団(例として、CD8+ IFNγ T細胞)の数および/または活性である。
いくつかの態様において、本明細書に記載のスクリーニング方法のいずれかにおいて同定される細菌および/または細菌由来の生理活性物質は、例えば疾患の処置のために、対象へ投与されてもよい。
本開示はまた、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することを伴う、例えば、脾細胞におけるIFNγ産生の程度またはレベルに基づいて、免疫系活性化の評価における使用のためのキットも提供する。いくつかの態様において、試料は、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与の前、間、および/または後に、対象から得られてもよい。
いくつかの態様において、キットは、試料におけるIFNγ産生の量を検出および/または測定するための1以上の分子を含有する。いくつかの態様において、IFNγ産生の量を検出または測定する分子は、IFNγに特異的に結合する1以上の結合剤を含み得る。いくつかの態様において、結合剤は、IFNγに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、IFNγに結合し、レポーター分子をコードする遺伝子の発現を誘導する細胞上の受容体などのレポーター系の一部である。いくつかの態様において、キットはまた、対象から得られた試料(単数または複数)におけるIFNγの量と比較されてもよい標準または対照試料も含有する。
いくつかの態様において、キットは、本明細書に記載の細菌種のいずれか1つの量または存在を検出および/または測定するための1以上の分子またはそれらの構成要素を含有する。いくつかの態様において、菌株の量を検出または測定する分子は、菌株に特異的に結合する1以上の結合剤を含み得る。いくつかの態様において、結合剤は、細菌種を同定する1以上の細菌種の特色に特異的に結合する。いくつかの態様において、結合剤は、特定の16S rRNA配列などの本明細書に記載の細菌種の1以上の核酸配列に特異的に結合する核酸である。いくつかの態様において、キットはまた、対象から得られた試料(単数または複数)と比較されてもよい標準または対照試料を含有する。
いくつかの態様において、キットは、CD44、CD8、IFNγ、GzmB、または腫瘍抗原由来リガンドに特異的なTCRβなどのマーカーの発現レベルを分析またはモニタリングするための1以上の構成要素を包含する。いくつかの態様において、マーカーは、マーカーのレベル(量)、および/またはマーカーが存在する特定の細胞種を測定することにより、マーカーの存在を検出することにより分析される。いくつかの態様において、マーカーの量を検出または測定する分子は、マーカーに特異的に結合する1以上の結合剤を含む。いくつかの態様において、結合剤は、マーカーに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、マーカーに特異的に結合するMHCマルチマーである。
いくつかの態様において、キットは、試料から結合剤の標的(例として、IFNγ、細菌種)への結合を検出するための検出剤(例として、結合剤に結合する抗体)をさらに含む。検出剤は、標識とコンジュゲートされ得る。いくつかの態様において、検出剤は、結合剤の少なくとも1つへ特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、検出剤により同定され、直接的にまたは間接的に結合し得るタグを含む。
いくつかの態様において、キットは、細菌または細菌由来の物質をスクリーニングするためのもの、例えばCD8+ IFNγ産生T細胞の活性化するものであってもよい。いくつかの態様において、キットは、細胞株の細胞などの、細胞を包含する。いくつかの態様において、細胞は、腸上皮細胞、末梢血単核細胞である。
いくつかの態様において、キットまたはデバイスは、支持部材(a support member)をさらに包含する。いくつかの態様において、支持部材は、ニトロセルロース膜、ポリフッ化ビニリデン(PVDF)膜、またはアセチルセルロース膜などの膜である。いくつかの例において、イムノアッセイは、ウエスタンブロットアッセイフォーマットまたは側方流動アッセイフォーマットであってもよい。
キットまたは検出デバイスにおいて、1以上の結合剤が、膜、ビーズ、スライド、またはマルチウェルプレートであり得る支持部材上に固定化されていてもよい。イムノアッセイのための適切な支持部材の選択は、試料数および第2の剤とコンジュゲートされている標識から放出されるシグナルを検出する方法などの様々な因子に依存する。
キットはまた、本明細書に記載の1以上の緩衝剤、限定することなく、コーティング緩衝剤、ブロッキング緩衝剤、洗浄緩衝剤、および/または停止緩衝剤も含み得る。
ラベルまたは能書は、キットが、免疫系活性化のレベルの評価、処置の選択、および/または診断目的のために使用されることを示す。指示は、本明細書に記載の方法のいずれかを実践するために提供されてもよい。
キットは、任意に、対照および/または標準または参照試料などの解釈用の情報などの追加の構成要素を提供してもよい。通常、キットは、容器および容器上のまたはそれに関連するラベルまたは能書(単数または複数)を含む。いくつかの態様において、本開示は、上に記載のキットの内容を含む製造品(articles of manufacture)を提供する。
以下の表1は、本明細書に開示の実験の組成物において使用される配列識別番号(配列番号)を提供する。示された株に最も近い細菌種は、属種により表される。最も近い関連する属種として同定される各属種と関連する16S rDNA配列もまた提供される。パーセントアライメントは、示された株の配列と最も近い属種からの配列との間のパーセント同一性、およびアライメントの長さを表す。最も近い関連する種のGenBankアクセッション番号は、最後の欄において提供される。
配列番号1 株1 2G5_Phascolarctobacterium faecium_LN998073 GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTA
AGTTTGNNNTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGAT
GATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTAGGATTGAAGTTTTCGGATGGATTTCCTATATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAATCGCATGATTCAGTGTGAAAAGCCCTGGCAGTATAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAACAGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCATGGTAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCTTTTGAAACTGTCATGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTCACTGACACTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCNNNAGCGGTGGAGCATGTGGTTAATTCGAAGCACGCGAAG
NNNNNNNNNTGCAGTCGAACGAAGCGATTTGAATGAAGTTTTCGGATGGATTTCAANTTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGNNCCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTATGGGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGGAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTACGGCTGGAGTGCTGGAGAGGCAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTCGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCACANNGGTGGAGCATGTGGTTATTCGAGCACGCGAAANCTTACCAGTCTTGNNNCCCCTGANGNNNNGTATGTCGCTNCTNNGNNNNGGN
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGGTTTCAATGAAGTTTTCGGATGGATTTGAAATTGACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGTCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGTACTGCTTTGGAAACTGTTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCACTGAAAACACTTTAACCGGTGTCCCTCTTCGGAGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCGAGTAGAGTCGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAAAGGAGCGATCTGGAGCAAACCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGNAGCTGCCGAANNNNNNN
AGTTTGNNNNNGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTCAGATGAAGTTTTCGGATGGATTCTGAGATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTCAAGCTAGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAATAAGCACTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTTCCTTCGGGACAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCATTAAGATGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGACCCTGCGAAGGTGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCNNGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGNTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGNCCGAAGTCAGTGACCCAACCGAAAGGAGGGAGNTGCNGAAGNNGNNNNN
AGTTTGANNTTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACTCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCATCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGAAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCANTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGNNNNNNNNNNNNN
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGACCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCNTAAGGNNNNNCCNNNNNNA
配列番号28 16S RNA配列は、KR822463に対応する。
配列番号29 16S RNA配列は、CP011531に対応する。
配列番号30 16S RNA配列は、NR112945に対応する。
配列番号31 16S RNA配列は、KM098109に対応する。
配列番号32 16S RNA配列は、NR113078に対応する。
配列番号33 16S RNA配列は、NR041464に対応する。
配列番号34 16S RNA配列は、LT223566に対応する。
配列番号35 16S RNA配列は、NR112835に対応する。
配列番号36 16S RNA配列は、NR113248に対応する。
配列番号37 16S RNA配列は、NR041342に対応する。
配列番号38 16S RNA配列は、NR112933に対応する。
配列番号39 16S RNA配列は、NR112893に対応する。
配列番号40 16S RNA配列は、HE974918に対応する。
配列番号41 16S RNA配列は、NR043016に対応する。
配列番号42 16S RNA配列は、AB618791に対応する。
配列番号43 16S RNA配列は、AB215083に対応する。
配列番号44 16S RNA配列は、NR112935に対応する。
配列番号45 16S RNA配列は、AB249652に対応する。
配列番号46 16S RNA配列は、NR113076に対応する。
配列番号47 16S RNA配列は、NR112944に対応する。
配列番号48 16S RNA配列は、JX519760に対応する。
配列番号49 16S RNA配列は、AJ311620に対応する。
配列番号50 16S RNA配列は、EF564278に対応する。
配列番号51 16S RNA配列は、KT156811に対応する。
配列番号52 16S RNA配列は、HM008265に対応する。
配列番号54 H81A6_16S_リボソームRNA
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATGCAAGTCTACTTGATCCTTCGGGTGAAGGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAAGAACTTGCCTTACAGACTGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGGATATTATGATTGGGTCGCATGATCTGATTATGAAAGCTATATGCGCTGTGAGAGAGCTTTGCGTCCCATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACGATGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGTGTGCACGAAGAAGTTTTTCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAGTCAGTGACGGTACCAACAGAAGAAGCGACGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGCGGCTTAGTAAGTCTGATGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATTGCGTTGGAAACTGCTAAACTAGAGTACTGGAGAGGTAGGCGGAACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCCTACTGGACAGATACTGACGCTAAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGCGCCCAAGCTAACGCGATAAGTAATCCGCCTGGGGAGTACGTACGCAAGTATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAACCTTACCAGCGTTTGACATCCCAAGAAGTTAACAGAGATGTTTTCGTGCCTCTTCGGAGGAACTTGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTTTCGTATGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCTGCGATGAGCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGTAGTACAGAGAGCTGCAAACCTGCGAGGGTAAGCTAATCTCATAAAACTATTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAAATCAGCTATGTTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGTTGCACCTGAAGTAACAGGCCTAACCGTAAGGAGGGATGTTCCGAGGGTGTGATTAGCGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCGTACGGGAACGTGCGGATGGATCACCTCCTT
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCATGGTAAGTAGCAATACTTATTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGATTAATACTCCATAAAACAGGGGTTCCGCATGGGACTATTTGTTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGTGGGACGTGTTCCATTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCAGACCGACCTTGAAAGAGGTTTTCTAGCAATAGCTGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCTAAACCATGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAAGGATCGGCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
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本明細書においてそのように定義されない限り、本開示に関連して使用される科学的および技術的な用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有する。さらに、文脈からそのように要求されない限り、単数形の用語は複数形を包含し、複数形の用語は単数形を包含する。本開示の方法および技法は、一般に当該技術分野において周知である従来の方法に従って実施される。一般に、本明細書に記載の生化学、酵素学、分子生物学および細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞培養または組織培養、遺伝学ならびにタンパク質化学および核酸化学に関連して使用される命名法、ならびにそれらの技法は、当該技術分野においてよく知られており、一般的に使用される。本開示の方法および技法は、一般的に、当該技術分野において周知の従来の方法に従って、そしてそのように示されない限り、本明細書を通して引用および議論される種々の一般的なそしてより具体的な参考文献に記載されるとおりに実施される。
例1:CD8+ T細胞を誘導する細菌カクテルの同定
常在性微生物叢を保有する、特定の病原体がない(SPF)条件下で飼育されたC57BL/6マウスは、豊富なIFNγ+ CD8+ T細胞を有する一方で、無菌マウスの腸粘膜固有層中において著しく少ないIFNγ+ CD8+ T細胞が見出された(図1を参照)。これは、腸管微生物叢がIFNγ+ CD8+ T細胞の集積を誘導することを示している。IFNγ+ CD8+ T細胞のサブセットもまた、CD103のみならずグランザイムBも発現し(図2Aを参照)、このことはサブセットが組織常在性記憶T細胞であったことを示唆している。図3Aは、Charles River Laboratories Inc.およびJapan SLC Inc.から購入したSPF C57BL/6マウスにおいて、CLEA Japan Inc.から購入したSPF C57BL/6マウスおよびRIKENにおいて養育されたマウスと比較して、著しく小さい数のIFNγ+ CD8+ T細胞が見出されたことを示す。Charles River Laboratories Inc.からのSPF C57BL/6マウスを同じケージにおいてCLEAマウスと共収容した場合、Charles River Laboratories Inc.に由来するマウスにおいてIFNγ+ CD8+ T細胞の増大が観察された(図4Aおよび4B)。この発見は、腸においてIFNγ+ CD8+ T細胞を誘導および集積する特定の微生物種がマウス微生物叢に存在するという仮説を強く支持する。
図5Aおよび5Bに示されるとおり、結腸のIFNγ+ CD8+ T細胞は、ドナーBから採取された糞便試料を接種したマウスにおいて最も顕著に誘導された。ドナーBの糞便試料を接種したマウスのうち、我々は、IFNγ+ CD8+ T細胞の最も高い頻度を呈するマウスを選択した(以後「マウスB#5」と呼ぶ)。IFNγ+ CD8+ T細胞誘導を担う微生物を濃縮するために、盲腸内容物をマウスB#5から採取し、そして別の無菌マウスに接種した。次いで、マウスに、アンピシリン、メトロニダゾール、ストレプトマイシンまたはチロシンがありまたはなしの飲料水を経口投与した(1群あたり5匹のマウス)。代わりに、マウスB#5の盲腸内容物を3%クロロホルムで処置し、別の5匹の無菌マウス(「B#5+Chrolo」)に経口接種した。図6Aおよび6Bは、アンピシリン処置がマウスB#5微生物叢による結腸粘膜固有層IFNγ+ CD8+ T細胞の誘導を増強した一方で、他の抗生物質処置またはクロロホルム処置は、マウスB#5微生物叢によるIFNγ+ CD8+ T細胞の誘導能力を低減させたことを示す。
高頻度のIFNγ+ CD8+ T細胞を示したB#5+AMPマウスの盲腸内容物から単離された26株を図11に示す。26株の中で、11株(「11 mix」)はIFNγ+ CD8+ T細胞の頻度と正の相関があった。したがって、これらの11株をさらなる実験のために選択し、11株の混合物(「11-mix」)を無菌マウスに接種した(表2も参照)。11-mixでのコロナイゼーションは結腸IFNγ+ CD8+ T細胞の強い誘導をもたらした(図10A、10B、12A、および12B)一方で、他の10株(「10 mix」)は、11-mix(図12Aおよび12B)に誘導されるレベルと比較して、IFNγ+ CD8+ T細胞を弱く誘導した。17のTreg誘導菌株(例として、WO2013/080561;Atarashi et al., Nature (2013) 500 (7461): 232-236;Narushima et al. Gut Microbes (2014)5(3): 333-339を参照)の混合物を接種したマウスは、IFNγ+ CD8+ T細胞を集積しなかった(図12Aおよび12B)。
16S rRNA遺伝子配列を使用する系統発生学的比較は、11株混合物(「11 mix」とも称される)は、7株のバクテロイド目(「7株」)および4株の非バクテロイド目:2つのクロストリジウム目、1つのフソバクテリウム目および1つのセレノモナス目(「4株」)からなることを示した(図13および表4を参照)。
実験の繰り返しを図47に示すが、これは、11-mixが7-mixまたは4-mixのいずれかよりもより効果的であることを示す。図47に示される実験のデータは強い統計的支持を有する。
4 mix中の各株に対して最も高い相同性をもつ細菌種の同定は、以下の表4に提供される。
11 mixでのコロナイゼーションが抗がん免疫応答を増強し得るかを調査するために、皮下腫瘍モデルを使用した。SPFマウスを、-第7日から第2日まで、飲料水を介して抗生物質の混合物(1g/L アンピシリン、0.5g/L バンコマイシン、1g/L メトロニダゾール、および1g/L ネオマイシン)で処置した。MC38結腸がん細胞株(マウスあたり3×105細胞)を、第0日においてマウスの右横腹に皮下注射した。抗生物質処置を第2日に停止し、第3日に11-mixと混合してまたは混合せずにSPFマウスからの糞微生物叢でマウスを強制飼養した。11-mix処置群については、実験の終了まで、週あたり2~3回、11 mixでマウスを強制飼養した。抗PD-1抗体(Ab)処置群については、第3、5および9日に200μgの抗PD1モノクローナルAb(クローンJ43)をマウスに腹腔内に注射した。腫瘍サイズを、キャリパーを使用して測定し、腫瘍体積を、長さ×幅2×0.5として決定した。
11 mixでの経口接種は、腫瘍抗原刺激がない場合でさえも、IFNγ産生脾細胞の数の増大をもたらした(図19を参照)。これらの結果は、抗PD1 Abと組み合わせた、または組み合わせない、11 mixによる処置が、腫瘍細胞に応答するCD8 T細胞を全身的に活性化することを示す。
免疫チェックポイント阻害剤CTLA4と組み合わせた11-mixによるコロナイゼーションが抗がん免疫応答を増強し得るかを調査するために、皮下腫瘍モデルを使用した(図24)。マウスを抗生物質の混合物で5日間(-第21日から-16日まで)処置し、これに続き2日の期間、抗生物質をウォッシュアウトした。MC38結腸がん細胞株(マウスあたり3×105細胞)を-第14日にマウスの右横腹部に皮下注射した。動物を無作為に以下の処置群に分けた:
群1:抗生物質なし、処置なし(MC38腫瘍モデルの標準的な進行についての参照を提供する);
群2:抗生物質前処置、処置なし(抗生物質前治療によるMC38腫瘍モデルの進行に対する参照を提供する);
群3:11-mix単独治療(図25および26においてAAM1と称される);
群8:抗CTLA-4抗体(9H10)と11-mix(図25および26においてAAM1と称される)との組み合わせ;
群9:抗CTLA-4抗体(9H10)単独治療。
細菌カクテル処置をまた-第14日に開始し、隔週で4回投与した。CTLA-4免疫チェックポイント阻害剤を受けた群について、腫瘍体積がおよそ約100mm3(100~150mm3)に達した後に、処置を開始した。抗CTLA-4抗体を1、4、および第7日に投与した。実験の過程を通して体重および生存率についてマウスを査定した。腫瘍サイズと体積を測定した。
抗CTLA-4抗体単独を受けたマウスの群(群9)は、対照マウスと比較してわずかに低減した腫瘍成長を有した。11-mix(図25において「AAM1」と称される)と抗CTLA-4抗体との組み合わせ(群8)は、11-mixそれ自体と比較して、さらに、抗CTLA-4抗体それ自体と比較して、腫瘍成長を有意に低減させた。図25を参照。個々のマウスの腫瘍体積プロットを図27に示す。
抗CTLA-4抗体単独を受けたマウスの群は、対照マウスと比較してわずかに増大した生存率を有した。11-mix自体は生存率に影響を与えなかった。11 mix(図26において「AAM1」と称される)と抗CTLA-4抗体との組み合わせは、処置されたマウスの生存率を有意に増強した(群8)。図26を参照。
免疫チェックポイント阻害剤抗PD1と組み合わせた、4-mixまたは11-mixによるコロナイゼ-ションが、抗生物質前処置および事前の生着なしで抗がん免疫応答を増強できるか調査するために、MC38結腸がん細胞株(マウスあたり3×105細胞)を、-第14日にマウスの右横腹部に皮下注射した(図28を参照)。動物を無作為に以下の処置群に分けた:
群1:処置なし;
群3:11-mix単独治療(図28および29において「AAM1」と称される);
群4:4-mix単独治療(図28および29において「AAM2」と称される);
群5:抗PD-1抗体(RMP1-14)単独治療;
群6:抗PD-1抗体(RMP1-14)と11-mix(図28および29において「AAM1」と称される)との組み合わせ;
群7:抗PD-1抗体(RMP1-14)と4-mix(図28および29において「AAM2」と称される)との組み合わせ。
処置を第1日に開始した(腫瘍体積およそ100~150mm3)。細菌カクテル処置および抗PD-1抗体を隔週で2回投与した。実験の過程を通して体重および生存率についてマウスを査定した。腫瘍サイズと体積を測定した。
抗PD1抗体単独で、または4-mixもしくは11-mixのいずれかとの組み合わせによる処置は、無処置の場合と比較して腫瘍成長の低減をもたらした。図30は、例5の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す(対照、11-mix;αPD-1 Ab;11-mix+αPD-1 Ab)。腫瘍体積は11-mix+αPD-1 Ab処置群の複数の動物において増大しなかった(右下パネル)。図32は、例5の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す(対照、4-mix;αPD-1 Ab;4-mix+αPD-1 Ab)。腫瘍体積は4-mix+αPD-1 Ab処置群の複数の動物において増大しなかった(右下パネル)。
対照、11-mix;PD-1 Ab;および11-mix+PD-1 Ab群についての生存率データを図31に示す。11-mixとαPD-1 Abの組み合わせは、11-mixまたはαPD-1 Abそれ自体のいずれかと比較した場合に生存率の増大を示した。
対照、4-mix;αPD-1 Ab;4-mix+αPD-1 Ab、11-mix、および11-mix+αPD-1 Ab群におけるマウスの組み合わされた生存率データを図33に示す。4-mixとαPD-1との組み合わせ、および11-mixとαPD-1抗体との組み合わせの両方は、αPD-1 Abそれ自体と比較した場合に、増大した生存率を示した。
黒色腫生着マウスモデルを使用して、黒色腫の処置におけるPD-1抗体と組み合わせた11-mixの有効性を評価した。図34および35の時間軸に示されるとおり、マウスは、-第3日から第2日まで抗生物質(アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、およびネオマイシン:「AVMN」)を受けた。第0日に、7×105個のBraf Pten黒色腫細胞をマウスに生着した。マウスを以下の処置群に分類した:
- 特定の病原体がない(SPF)糞;
- SPF糞+抗PD1抗体;
- SPF糞+11-mix;および
- SPF糞+11-mix+抗PD1抗体。
第3、6、および9日に、Japan SLCから得られた、特定の病原体がない(SPF)マウスからのSLC SPF糞(SLC SPF糞)、抗PD1抗体(図34および図35の時間軸上の矢印)および/または11-mix(図34および図35の時間軸上の星印付き矢印)をマウスに投与した。11-mixを、示された群のマウスに強制飼養により、週あたり2または3回投与した。抗PD1抗体と11-mixとの組み合わせを受けたマウスは、他の群のマウスと比較して、腫瘍体積(図34)、腫瘍面積(図35)、および腫瘍重量(図36)が減少していた。
これらの結果は、抗PD1抗体と組み合わせた11-mixによる処置が、黒色腫においてCD8 T細胞を全身的に活性化することを示す。
実験パラメーターを、11-mix細菌カクテルによるCD8 T細胞の誘導について評価した。本研究で使用された動物は、無菌マウスと比較される、特定の病原体がないマウス(SPFマウス)であった。
図40に示されるとおり、マウスを以下の処置群:
- 11-mix複数回用量;
- AVMN+SPF糞;
- AVMN+SPF糞+11 mix単回用量;および
- AVMN+SPF糞+11 mix複数回用量
に分類した。
示された群のマウスは、-第5日から-1日まで、それらの飲料水において抗生物質(アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、およびネオマイシン:「AVMN」)を受けた。第0日に11-mixがあるまたはないSPF糞をマウスに接種した。11-mixの複数回用量を受けた群について、第3、7、10、14、17、21、24、および28日に、水において細菌カクテルも投与した。
11-mixを、BATF3転写因子を有するマウスおよびBATF3転写因子を有さないマウスに投与した。転写因子BATF3を有さないマウスは11-mixによるCD8 T細胞の誘導に対して感受性ではなかった。(図43Aおよび図43B)。CD103- CD11b樹状細胞はIFNγ産生CD8およびTh1細胞の刺激に要求されるようである。11-mixカクテルによるTh17細胞の誘導は、BAFT3のステータスとは独立している。(図43C)。図43および44は、例8の実験からの結果を示す。実験は、BATF3が、CD8- T細胞を誘導するのに11-mixが要求されることを示す。BATF3はTh17を誘導するのに要求されない。
IFNγg+ CD8+ T細胞は細胞内病原体の制御において重要な役割を果たすことが報告されているので、複数回投薬計画において11株混合物での経口補給がListeria monocytogenes感染に対する宿主保護免疫を促進することができるか評価した。SPFマウスを、飲料水を介して5日間、AVMN(アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン)で処置した。抗生物質を1日ウォッシュアウトした後、11-mixの複数回経口投与(4回)を実施した。複雑な微生物叢を再構成するために、SPFマウスからの糞微生物叢を11-mixの最初の投与と一緒に導入した。次いで、第0日に、Listeria monocytogenesでマウスを経口的に感染させた。糞Listeria CFUおよびマウスの重量を決定した。11-mixでの処置は、腸管内腔のListeria monocytogenesのコロナイゼーションを著しく減少させ(図45)、マウスの体重は維持された(図46)。よって、11株混合物の投与は、細胞内の感染性病原体に対する保護免疫を提供することができる。
11-mixを正常で健康なマウス(すなわち、他にストレスを受けていないマウス)に投与した。マウスの様々な臓器および区画をCD8陽性T細胞の存在について調査した。図48に示されるとおり、11-mixのCD8陽性T細胞誘導効果は腸/消化管(intestine/gut)(SI=小腸、CIEL=結腸上皮内リンパ球、LN=リンパ節)に限定される。
樹状細胞のあるサブクラスを介してCD8細胞を活性化させることができるので、11-mixの投与後に粘膜固有層CD11b- CD103+ 樹状細胞の数および活性化状態を調査した。図49に示されるとおり、11-mixの投与は、粘膜固有層CD11b- CD103+ 樹状細胞サブセットの割合を変化させなかった。
活性化の時間/動力学も調査した。GFマウスに、1、2、3、および4週間、11-mixをコロナイゼーションした。結腸LPおよびMLN樹状細胞(DC)/マクロファージサブセットの頻度は、11 mixでのコロナイゼーションによって影響を受けなかった。しかしながら、結腸LP DC(MLN DCではなく)上、具体的には、結腸LP CD103+ DCサブセット(すなわち、Batf3依存性DCサブセット)上でのMHCクラスIの発現は、11 mixによるコロナイゼーションによって有意に増強された。MHCクラスI発現の上方調節はコロナイゼーション後1週間で最も強く生じた。(図50~54を参照)。特定のメカニズムに限定されないが、CD8陽性T細胞の誘導は、抗原特異的な新たな分化よりもむしろ増殖に主に起因するようである。
Ki67染色は、結腸LPにおいてIFNγ+ CD8+ Tの増大を伴い、CD8陽性T細胞の拡大が1週間で生じることを明らかにした(図55を参照)。CD103染色は、コロナイゼーション後1週間で誘導されたIFNγ+ CD8+ TがほとんどCD103陰性であり、そしてCD103+ IFNγ+ CD8 T(組織常在性記憶表現型CD8+ T)が徐々に増大することを明らかにした(図56および57を参照)。
Claims (32)
- Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterium limosumのそれぞれの菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
- 精製細菌混合物が、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の1以上の菌株をさらに含む、請求項1に記載の組成物 。
- Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterum limosumの菌株からなる精製細菌混合物を含む、請求項1に記載の組成物。
- Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisそれぞれの菌株を含む、請求項2に記載の組成物。
- Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、およびParabacteroides distasonisの菌株からなる精製細菌混合物を含む、請求項4に記載の組成物。
- 配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11のそれぞれと少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む11菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
- 配列番号1、配列番号2、配列番号5、および配列番号10のそれぞれと少なくとも99%配列同一の16S rDNA配列を含む4菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
- 医薬組成物である、請求項1~7のいずれか一項に記載の組成物。
- 薬学的に許容し得る賦形剤を含む、請求項8に記載の組成物。
- 菌株の1以上が、凍結乾燥されている、請求項1~9のいずれか一項に記載の組成物。
- 免疫チェックポイント阻害剤をさらに含み、ここで、免疫チェックポイント阻害剤が、PD-1阻害剤、PD-L-1阻害剤、またはCTLA-4阻害剤である、請求項1~8のいずれか一項に記載の組成物。
- 対象においてがんを処置する方法における使用のための、請求項1~11のいずれか一項に記載の組成物であって、前記方法が、前記組成物をがんを処置するのに有効な量で対象へ投与することを含む、前記組成物。
- がんが、癌、神経膠腫、中皮腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、腺癌、乳房がん、卵巣がん、子宮頸部がん、膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺がん、バーキットリンパ腫、頭頸部がん、結腸がん、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、食道のがん、胃がん、膵臓がん、肝胆道がん、胆嚢のがん、小腸のがん、直腸がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、陰茎がん、尿道がん、精巣がん、膣がん、子宮がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、膵内分泌がん、カルチノイドがん、骨がん、皮膚がん、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、AIDS関連の原発性滲出液リンパ腫、神経外胚葉性腫瘍、または横紋筋肉腫である、請求項12に記載の組成物。
- がんが、黒色腫である、請求項13に記載の組成物。
- 方法が、1以上の抗がん剤を投与することをさらに含む、請求項12~14のいずれか一項に記載の組成物。
- 抗がん剤が、免疫チェックポイント阻害剤であり、ここで、免疫チェックポイント阻害剤が、PD-1阻害剤、PD-L-1阻害剤、またはCTLA-4阻害剤である、請求項15に記載の組成物。
- 方法が、組成物を投与する前に抗生物質を投与することをさらに含む、請求項12~16のいずれか一項に記載の組成物。
- 抗生物質が、バンコマイシンである、請求項17に記載の組成物。
- 抗がん剤をさらに含む、請求項8~16に記載の医薬組成物。
- 抗がん剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、請求項19に記載の医薬組成物。
- 免疫チェックポイント阻害剤が、PD-1阻害剤である、請求項20に記載の医薬組成物。
- 免疫チェックポイント阻害剤が、ニボルマブである、請求項20に記載の医薬組成物。
- 免疫チェックポイント阻害剤が、ペンブロリズマブである、請求項20に記載の医薬組成物。
- 免疫チェックポイント阻害剤が、CTLA-4阻害剤である、請求項20に記載の医薬組成物。
- 経口投与のために製剤化されている、請求項8~24のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 腸への送達のために製剤化されている、請求項8~25のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 結腸への送達のために製剤化されている、請求項8~26のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- カプセルの形態である、請求項8~27のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 1以上の腸溶性ポリマーを含むpH感応組成物をさらに含む、請求項8~28のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- CD8+ T細胞の増殖および/または集積を誘導する、請求項8~29のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 菌株が、凍結乾燥されている、請求項8~30のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 菌株が、粉末形態である、請求項8~31のいずれか一項に記載の医薬組成物。
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