KR20190100266A - Cd8+ t-세포들의 유도를 위한 조성물 및 방법 - Google Patents

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KR20190100266A
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켄야 혼다
타케시 타노우에
마사히라 핫토리
유타카 카와카미
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각고호우징 게이오기주크
고쿠리츠다이가쿠호우진 도쿄다이가쿠
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Abstract

본원에서 제공 되는 것은 CD8+ T-세포들의 유도 및/또는 증식을 위한 조성물들 및 방법들이다. 본원은 또한 CD8+T-세포들을 유도하고 및/또는 증식 시켜서 치료될 수 있는 질병들의 치료 방법들을 제공한다.

Description

CD8+ T-세포들의 유도를 위한 조성물 및 방법
본 공개는 CD8+ T-세포들의 유도 및/또는 증식을 위한 조성물들 및 방법들과 관련 된다. 본 공개는 또한 CD8+T-세포들을 유도하고 및/또는 증식 시켜서 치료 될 수 있는 질병들의 치료의 방법을 제공한다.
사람을 포함한 동물들은, 구강, 식도, 위, 소장, 결장, 맹장(caecum), 질(vagina), 피부, 비강, 귀, 및 폐를 포함하는 해부학적인 위치에 여러 다양한 미생물(microbe) ((집합적으로 미생물총 (microbiota)을 의미한다))을 가지고 있다. 인간의 미생물총은 다른 것 들 중에서도 면역 체계의 전개, 탄수화물, 단백질, 및 합성유기화합물(제노바이오틱스, xenobiotics) 들의 대사, 상피의 형성 및 재생, 지방저장, 홀몬 생산, 비타민 생산, 및 병원균 감염으로부터 보호를 포함하는 여러 가지 아주 중요한 공정에 책임을 지고 있다. (예를 들어, LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2):160-168; Hooper et al. Science (2012) 336(6086):1268-1273; Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7):1066-1074 참조).　 항생제 사용, 과도한 위생, 다이어트, 유전적 배경 또는 이들의 조합과 같은 여러 가지 요인들에 의해 기인되는 인간 미생물총의 수정은 다른 것들 중 에서도 감염성 질병들((예를 들어, C. 디휘실 (C. difficile) 감염)), 염증, 자가면역 알러지 질병 ((예를 들어, 궤양성 장염(ulcerative colitis), 크론씨 병(Crohn's disease), 제 1형 당뇨병, 음식물 알러지, 천식 (asthma), 류마치성 관절염(rheumatoid arthritis)), 및 대사성 질병들 (예를 들어, 제 2 형 당뇨병, 대사성 징후군, 비만, 영양실조), 및 암을 포함하는 다수의 원하지 않는 효과들과 연관 되어 왔다. 한 예로, 미생물 총의 수정은 무해한 음식물 항원들 또는 공생하는 박테리아 항원들에 대항하는 인내력을 잃게 유도 할 수 있으며, 이어서 과도한 염증 반응, 대사 부조절을 유도하고, 및 장 내강 (lumen)과 전신 순환 (systemic circulation) 사이의 장벽 역할을 하는 장 조직의 능력과 타협하여 장 조직의 상해를 유도할 수 있다.
면역 반응을 조작 하는 것은 암 치료 및 백신 접종에 아주 중요하다. 면역 계를 타겟으로 하는 암 치료들은 생존율의 개선을 이루게 하였다. 그러나, 많은 퍼센트의 환지들이 면역치료들에 반응을 하지 않는다. 마찬가지로, 많은 인구 아집단 (예를 들어, 노인층)에서 백신에 대한 강한 면역 반응을 시작하지 못한다.
그러한 수정이 인간 병리를 촉진하는 역할이 있음에도 불구하고, 건강에 대한 해로운 효과가 있는 미생물총 수정에 맞대응 하는 전략들은 제한적이다. 미생물총을 수정하는 것으로 알려진 중재 (간섭)에는 항생제들, 프리바이오틱스(prebiotics), 프로바이오틱스(probiotics), 및 대변이식 (fecal transplant) 들이 포함되며, 이들 각각은 한계 및 잠재적인 부작용 효과가 있다. 인간 건강에 대한 미생물총 수정의 치명적인 효과에 대응하는 추가적인 접근 전략들이 분명히 필요하다. 더 나아가, 암 및 백신에 더 강한 면역반응 증가시키는 전략도 또한 필요하다.
본 발명가들은 일본 정부기관의 의학 연구 및 개발의 창조적인 발전 연구 및 개발 지원 프로젝트 인큐베이션 타입 (the Innovative Advanced Research and Development Support Project Incubation Type of Japan Agency for Medical Research and Development)(AMED)에 2016년에 참여했으며, 이의 연구 및 개발 주제의 제목은 “ 장내 박테리아 균주 칵테일을 사용한 신약 창조” ((“New Drugs Using Intestinal Bacterial Strain Cocktail”(AMED-LEAP 연구 프로그램)) 이었으며, 및 이 AMED-LEAP 연구 프로그램의 결과로 본 발명을 얻었다.
본 공개는 박테리아 균주의 조성물 및 이들 조성물들을 투여하여 CD8+ T-세포를 유도 및/또는 증식하는 방법들에 관한 것이다. 이 공개는 또한 CD8+ T-세포를 유도 및/또는 증식시켜 치료 될 수 있는 질병들의 치료를 위한 조성물 및 방법들을 제공 한다. CD8+ T-세포를 유도 및/또는 증식시켜 치료 될 수 있는 질병들에는 감염성 질병들 및 암들이 포함된다.
여기서 공개 된 대로, 인터페론 감마를 생산하는 CD8+ T-세포(또한 여기서는 IFNγT 세포, CD8+ IFNγT 세포, CD8+ T 세포 또는 CD8 양성 T-세포라고도 언급된다) 유도를 통해 면역 시스템을 활성화 시키는 인간-유래 박테리아 균주들의 조성물들이 최초로 제공된다. 조절 T-세포의 증식 또는 축적을 유도하기 위한 미생물-근거한 조성물 (WO2011/152566), 및 Th17 세포를 유도하기 위한 조성물(WO2015/156419)이 일전에 보고 되었으나, IFNγ+CD8+ T 세포를 유도하는 미생물 종에 관한 보고는 이 공개가 처음이다. IFNγ+CD8+ T 세포는 면역체계에서, 특히 감염 감시(예를 들어, 바이러스 감염들) 및 암 세포 전개에 중요한 역할을 한다. 여기서 제공되는 조성물들은 그러므로, 예를 들어, 감염성 질병 및 면역치료에 사용될 수 있다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태들에서는, 정제 박테리아의 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteoides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물들의 어떤 실시 양태들에서는, 정제된 박테리아 혼합물들은 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 적어도 21개, 적어도 22개, 적어도 23개, 적어도 24개, 적어도 25개, 또는 적어도 26개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii) 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 한개 또는 그 이상의 박테리아 균주 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물들은 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 또는 적어도 21개의 박테리아 균주들을 포함한다
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii) 및 박테로이데스 속 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물들은, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 또는 적어도 21개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물들은, 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 필수적으로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp.HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 종 CAG:2 , (Parabacteroides sp. CAG:2) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서,정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아를 포함하는 조성물을 제공한다:　
1) 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 또는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207),
2) 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 또는 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium),
3) 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 또는 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus),
4) 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 또는 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20),
5) 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 또는 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis),
6) 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila),
7) 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii),
8) 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 또는 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
9) 파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii), 또는 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025),
10) 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum), 및
11) 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2), 또는 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis).
한 양태에서, 본 공개는, 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
1) 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 또는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207),
2) 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 또는 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium),
3) 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 또는 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus),
4) 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 또는 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20),
5) 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 또는 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis),
6) 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila),
7) 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii),
8) 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 또는 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
9) 파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii), 또는 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025),
10) 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum), 및
11) 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2), 또는 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis).　
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans, 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물들은, 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서는, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans, 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans, 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 필수적으로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2),로 구성된 그룹으로부터 선택된 박테리아 균주 종 하나 또는 그 이상을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2) 를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2)로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서는, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2)로 필수적으로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 후소박테리움 베리움 (Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 제밍거 포르미실리스(Gemminger formicilis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp.), 알리스티페스 세네갈레시스(Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 종 CAG:2(Parabacteroides sp. CAG:2) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스(Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스(Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 종 CAG:2(Parabacteroides sp. CAG:2) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 및 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 및 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개 의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열동정 번호들 (SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 95%의 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열동정 번호들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 95%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열동정 번호들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 97% 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identical)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열동정 번호들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성 (homology) 을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 95%의 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 SEQ ID NOs과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열동정 번호들 (SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성 (homology) 을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 95%의 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 SEQ ID NOs과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 97%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 97%의 서열 동일성(sequence identity)를 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열동정 번호들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성 (homology) 을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11와 적어도 95%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열동정 번로들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 SEQ ID NOs과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11와 적어도 95%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열동정 번호들(SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성을 (sequence identity) 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64 와 적어도 95%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열동정 번호들 (SEQ ID NOs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성 (sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 97%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 97%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조
성물을 제공한다:
SEQ ID NO:1 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:2 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:3 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:4 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:5 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:6 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:7 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:8 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:9 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:10 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 97%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조
성물을 제공한다:
SEQ ID NO:1 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:2 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:3 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:4 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:5 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:6 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:7 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:8 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:9 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:10 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11 와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
SEQ ID NO:1 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:2 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:3 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:4 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:5 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:6 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:7 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:8 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:9 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:10 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
SEQ ID NO:1 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:2 와 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:3 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:4 와 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:5 와 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:6 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:7 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:8 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:9 와 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:10 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:11 과 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물로 구성된 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물로 구성된 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
SEQ ID NO:1 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:2 와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:3 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:4 와 적어도 97 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:5 와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:6 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:7 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:8 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:9 와 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:10 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
한 양태에서, 본 공개는 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
SEQ ID NO:1 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:2 와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:3 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:4 와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:5 와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:6 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:7 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:8 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:9 와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:10 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:11 과 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 가지는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 가지는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 가지는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 99% 서열 동일성(identity)을 가지는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
SEQ ID NO:54 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:55 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:56 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:57 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:58 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:59 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:60 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:61 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:62 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:63 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:64 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다:
SEQ ID NO:54 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:55 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:56 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:57 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:58 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:59 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:60 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:61 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:62 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:63 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:64 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다:
SEQ ID NO:54 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:55 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:56 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:57 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:58 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:59 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:60 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:61 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:62 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:63 과 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:64 와 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다:
SEQ ID NO:54 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:55 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:56 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:57 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:58 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:59 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:60 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주
SEQ ID NO:61 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:62 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
SEQ ID NO:63 과 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
SEQ ID NO:64 와 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26 과 적어도 95% 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%, 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26 과 적어도 95% 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%, 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%, 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다., 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11 과 적어도 95% 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11 과 적어도 95% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11 과 적어도 95% 상동성( homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11 과 적어도 95% 서열 동일성 (sequence idenrity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 동일성 (sequence idenrity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 상동성( homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 및 SEQ ID NO:47 와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 95% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리라 균주들은 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함 한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 및 SEQ ID NO:47 와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 95% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주들은 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함 한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 및 SEQ ID NO:47 와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 상동성 (homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개. 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 , 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개. 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47,와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개, 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 or SEQ ID NO:36와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 or SEQ ID NO:36와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 or SEQ ID NO:36와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 or SEQ ID NO:36와 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 or SEQ ID NO:36와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31 or SEQ ID NO:36와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 95% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주는 서열식별번호들 (SEQID NOs) 과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주의 적어도 50%는 박테리오달레스(Bacteriodales) 오더(order)에 속한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 균주들은 박테리오달레스(Bacteriodales) 오더(order) 에 속하며 및 하나 또는 그 이상의 균주들은 클로스트리디알레스(Clostridiales) 오더(order)에 속한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 적어도 25%의 박테리아 균주들은 박테로이다세아에(Bacteroidaceae.) 과(family) 에 속한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 균주들은 박테로이데스 (Bacteroides) 속(genus)에 속한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 박테리오달레스(Bacteriodales) 오더(order) 에 속하는 균주들은 포함 하지 않는다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 균주들은 포자-형성자(spore-former) 이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 균주들은 포자 (spore) 형태이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 균주들은 비포자-형성자(non-spore-former) 이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 단지 완전혐기성(obligate anaerobic) 박테리아 균주들 만이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 균주들은 항생제 저항성 유전자를 가지지 않는다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 항생제 저항성 유전자는 박테리아 균주를 벤코마이신(vancomycin)에 저항성이 있게 한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주들은 인간-유래 박테리아이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주들은 사람 이상의 공여자로부터 유래 것이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도한다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 약학적 조성물이다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 약학저으로 허용 될 만한 첨가제를 포함한다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 경구 투여로 제조 된다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 직장 투여로 제조된다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 소장으로 전달 되는 제제로 제조 된다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 결장으로 전달 되는 제제로 제조 된다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 동결 건조 된다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 캡ㅂ슐의 형태이다. 여기서 제공되는 약학적 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 약학적 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 장내 폴리머(enteric poymer)를 포함하는 pH 민감한 조성물을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공된 어느 조성물들 및 영양제를 포함하는 음식물 제품을 제공한다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항암제들을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 항암제는 화학요법제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 항암제는 암 면역치료제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 암 면역치료제는 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제는 PD-1 억제제, PD-L-1 억제제 또는 CTLA-4 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제는 PD-1 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제는 CTLA-4 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 사이토카인 (cytokines)을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 사이토카인(cytokines)은 IL-2, IL-15, 또는 IL-21 이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 상호자극제(costimulatory agents)를 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는 상호자극제(costimulatory agents)는 CD-28, OX-40, 4-1BB, 또는 CD40 항체이다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 백신을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 백신은 수지상 세포 (dendritic cell) 백신이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy)와 조합 된다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy)는 조작된 T-세포 수용체들(engineered T-cell receptor) 또는 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptors)를 사용한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공 된 어느 조성물 및 항원을 포함하는 백신을 제 공 한다. 여기서 제공된 백신의 어떤 실시 양태에서, 항원은 HIV 항원이다. 여기서 제공된 백신의 어떤 실시 양태에서, 항원은 간염 항원이다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항-염증제(anti-inflammatory)를 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 항-염증제(anti-inflammatory)는 NSAID이다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도 하는 결과를 가져온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산을 증가 시키는 결과를 가져온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 그 대상의 장내에서 존재시키게 하는 결과를 가져 온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 그 대상의 장내에 이전에 존재 했던 균주는 아니다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 그 대상의 장내에 접종 되도록 하는 결과를 가져 온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 그 대상의 장내에 이전에 접종된 것은 아니다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 수를 증가시키는 결과를 가져 온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 접종된 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 수를 증가시키는 결과를 가져 온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 양을 증가시키는 결과를 가져 온다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 접종된 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 양을 증가시키는 결과를 가져 온다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공된 어느 조성물들을 질병을 치료하기 위한 효과적인 양으로 대상에게 투여하는 것을 포함하여 대상의 질병을 치료하는 방법을 제공한다. 여기서 제공 된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 이 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도 하는 결과를 가져온다. 여기서 제공 된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 그 대상의 장내에 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적은 이 조성물을 투여하기 전의 그 대상의 장내에 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적과 비교 하였을 때 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200%로 증가 된다. 여기서 제공 된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 이 조성물의 투여는 이 조성물을 투여하기 전의 그 대상의 장내에 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산과 비교 하였을 때 그 대상의 장내에 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산을 증가 시키는 결과를 가져온다. 여기서 제공 된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 이 조성물의 투여는 이 조성물을 투여하기 전의 그 대상의 장내에 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산과 비교 하였을 때 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200%로 증가 된다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 그 대상은 암을 지니고 있다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 암은 상피성암(carcinoma), 신경교종(glioma), 중피종(mesothelioma), 흑색종(melanoma), 림프종(lymphoma), 백혈병(leukemia), 선암종(adenocarcinoma), 유방암(breast cancer), 난소암(ovarian cancer), 자궁경부 암(cervical cancer), 교모세포종(glioblastoma), 다발성 골수종(multiple myeloma), 전립선 암 (prostate cancer), 버켓 림프종( Burkitt's lymphoma), 머리 및 목 암(head and neck cancer), 결장 암(colon cancer), 결장 암(colorectal cancer), 비-소세포성 폐암 (non-small cell lung cancer), 소세포 페암 (small cell lung cancer), 식도 암(cancer of the esophagus), 위암 (stomach cancer), 췌장 암(pancreatic cancer), 간담도 암 (hepatobiliary cancer), 담낭 암(cancer of the gallbladder), 소장 암(cancer of the small intestine), 직장 암(rectal cancer), 신장 암(kidney cancer), 방광 암(bladder cancer), 전립선 암 (prostate cancer), 음경 암(penile cancer), 뇨도 암(urethral cancer), 고환 암(testicular cancer), 질 암(vaginal cancer), 자궁 암(uterine cancer), 갑상선 암(thyroid cancer), 부갑상선 암(parathyroid cancer), 부신 암 (adrenal cancer), 췌장 내분비 암(pancreatic endocrine cancer), 유암종(carcinoid cancer), 골 암(bone cancer), 피부 암(skin cancer), 망막모세포종(retinoblastomas), 호츠킨스 임프종(Hodgkin's lymphoma), 비-호츠킨스 임프종(non-Hodgkin's lymphoma), 카포시육종(Kaposi's sarcoma), 다중심적 캐슬맨 병 (multicentric Castleman's disease), AIDS-연관 원발성 삼출액 림프종(AIDS-associated primary effusion lymphoma), 신경외배엽성 종양 (neuroectodermal tumors), 또는 횡문근육종(rhabdomyosarcoma) 이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 암은 전립선암, 방광암, 비-소세포성 폐암, 요로상피세포암종 (Urothelial carcinoma), 흑색종, 또는 신장세포 암종 (renal cell carcinoma)이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 그 대상은 방사성 치료를 받고 있다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 방법은 더나아가 항암제들 하나 또는 그 이상을 투여 하는 것을 포함한다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 항암제는 암 면역치료제이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 암 면역치료제는 면역 체크포인트 억제제(immune check point inhibitor)이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제, PD-L-1 억제제 또는 CTLA-4 억제제이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제는 PD-1 억제제이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제는 CTLA-4 억제제이다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 이 방법은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 사이토카인(cytokine) 투여를 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 사이토카인(cytokine)은 IL-2, IL-15, 또는 IL-21 이다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 이 방법은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 상호자극제(costimulatory agents) 투여를 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 상호자극제(costimulatory agents)는 CD-28, OX-40, 4-1BB, 또는 CD40 항체이다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 이 방법은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 백신 투여를 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 백신은 수지상 세포(dendritic cell) 백신이다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 이 방법은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy) 투여를 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy)는 조작된 T-세포 수용체들(engineered T-cell receptor) 또는 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptors)의 사용이다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 그 대상은 감염성 질병을 지니고 있다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 감염성 질병은 박테리아 감염, 바이러스 감염, 기생충 감염, 또는 곰팡이 감염이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 감염성 질병은 바이러스 감염이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 바이러스 감염은 HIV이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 바이러스 감염은 간염 바이러스 이다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 그 대상은 자가면역 질병 또는 알러지 질병을 지니고 있다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 이 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항-염증제들을 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 항-염증제는 NSAID 이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 이 조성물은 번 또는 그 이상의 용량으로 투여 될 수 있다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공 되는 어느 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종들이 대상의 장내에 존재 하는지를 결정하는 것을 포함하는 방법을 제공하며, 상기 만약 100% 미만, 90% 미만, 80% 미만, 70% 미만, 60% 미만, 50% 미만, 40% 미만 30% 미만, 20% 미만, 10 미만의 박테리아가 존재하거나, 또는 박테리아가 없을 때는, 이 조성물이 그 대상에게 투여 된다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 그 대상은 암 치료중이거나 또는 치료에 들어갈 것이다.
한 양태에서, 본 공개는 대상이 암 치료에 양성적으로 반응 할 것으로 기대되는지를 결정하는 방법을 제공하며, 상기 이 방법에는 여기서 제공 되는 어느 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종들이 대상의 장내에 존재 하는지를 결정하는 것을 포함 하며, 상기 만약 100% 미만, 90% 미만, 80% 미만, 70% 미만, 60% 미만, 50% 미만, 40% 미만, 30% 미만, 20% 미만, 10 미만의 박테리아가 존재하거나, 또는 박테리아가 없을 때는, 그 대상은 암 치료에 양성적으로 반응하지 않을 것으로 기대한다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 암 치료는 암 면역 치료이다.
한 양태에서, 본 공개는 대상에서 바이러스 감염의 위험성을 감소 시키는 방법을 제공 하며, 상기 그 방법에는 여기서 제공 되는 어느 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종들이 대상의 장내에 존재 하는지를 결정하는 것을 포함 하며, 상기 만약 100% 미만, 90% 미만, 80% 미만, 70% 미만, 60% 미만, 50% 미만, 40% 미만, 30% 미만, 20% 미만, 10 미만의 박테리아가 존재하거나, 또는 박테리아가 없을 때는, 그 대상에게 이 조성물을 투여하며, 이로써 그 대상에서 바이러스 감염 위험성을 감소 시킨다.
여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 종들이 대상의 장내에 존재 하는지를 결정하는 것은 그 대상의 대변의 서열 분석으로 한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 종들이 대상의 장내에 존재 하는지를 결정하는 것은 그 대상의 대변의 16S rDNA 서열 분석으로 한다.
한 양태에서, 본 공개는 장관 내에서 CD8+ IFNγ-감마(CD8+ IFNγ-gamma)를 생산하는 T-세포들의 활성화를 유도하는 조성물들 및 방법들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기의 NCBI 접근 번호를 가진 것의 서열과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 하나의 조성물을 제공한다: LN998073, KR822463, CP011531, NR_112945, NZ-ACWW00000000, AB331897, AB261128, NZ-CAEG00000000, AB470343, AB595134, HE974920, NR_112933, AB490801, NZ-ACWB00000000, AY608696, CR626927, AB247141, NR_112935, AB249652, NR_113076 및 AF139525.　 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 여기서 제공된 서열들과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 CD8+ IFNγ-감마(CD8+ IFNγ-gamma)를 생산하는 T-세포들을 유도하거나 또는 활성화 시키는 하나의 조성물을 제공 하며, 그 조성물은 (i) 인간의 대변 속에 있는 엠피실린(ampicillin)에 저항성을 가진 박테리아 균주들 하나또는 그 이상, 또는 (ii) (i)의 배양 상등액을 포함하는 조성물이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 그 조성물은 (a) 하기로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 혼합물이거나:
파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
알리스티페스 종 JC 136(Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134,
파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920,
박테로이데스 셀루로실리티커스 (Bacteroides cellulosilyticus); NR_112933,
박테로이데스 클라루스 (Bacteroides clarus); AB490801,
안에어로스티프스 종3_2_56FAA (Anaerostipes sp. 3_2_56FAA); NZ-ACWB00000000,
박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae); AY608696,
박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis); CR626927,
박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); AB247141,
박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii); NR_112935,
클로스트리디움 (Clostridium sp. TM-40); AB249652,
파라박테로이데스 골드스타이니 (Parabacteroides goldsteinii); NR_113076, 및
박테로이데스 종 AR29 (Bacteroides sp. AR29); AF139525, 또는 (b) 하기로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 16S rDNA 서열과 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함한다:
파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
알리스티페스 종 JC 136 (Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134,
파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920,
박테로이데스 셀루로실리티커스 (Bacteroides cellulosilyticus); NR_112933,
박테로이데스 클라루스 (Bacteroides clarus); AB490801,
안에어로스티프스 종3_2_56FAA (Anaerostipes sp. 3_2_56FAA); NZ-ACWB00000000,
박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae); AY608696,
박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis); CR626927,
박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformi)s; AB247141,
박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii); NR_112935,
클로스트리디움 Clostridium sp. TM-40; AB249652,
파라박테로이데스 골드스타이니 (Parabacteroides goldsteinii); NR_113076, 및
박테로이데스 종 AR29 (Bacteroides sp. AR29); AF139525.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 조성물은 (a) 하기로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 종:
파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
알리스티페스 종 JC 136 (Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134, 및
파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920; 또는 (b) 하기로 구성된 그룹에 속하는 종들의 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함 한다;
파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
알리스티페스 종 JC 136 (Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134, 및
파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, CD8+ IFNγ-생산 T-세포들은 CD103 또는 그랜자임 B(Granzyme)를 발현 한다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 조성물은 면역 시스템을 활성화 시킨다.
한 양태에서, 본 공개는 면역 시스템을 활성화 시키는 방법을 제공하며, 그 방법은 여기서 제공되는 하나 또는 그 이상의 조성물들의 투여를 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 CD8+ IFNγ-생산 T-세포들을 활성화 시키는 방법을 제공하며, 그 방법은 대상에게 여기서 제공되는 하나 또는 그 이상의 조성물들의 투여를 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 장내에서 CD8+T세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 시키는 방법을 제공하며, 그 방법은 대상에게 여기서 제공되는 어느 하나 또는 그 이상의 조성물들의 투여를 포함하며, 상기 그 투여는 그 대상의 장내에서 CD8+T세포들의 증식 및/또는 축적을 유도하는 결과를 가져온다.
한 양태에서, 본 공개는 암 또는 바이러스 감염을 치료, 및/또는 예방하는 것을 도와주는 방법을 제공하며, 그 방법은 대상에게 여기서 제공되는 어느 하나 또는 그 이상의 조성물들의 투여를 포함하며, 상기 투여는 암 또는 바이러스 감염을
예방, 치료, 치료를 도와 주고, 및/또는 예방한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 공개되는 어느 하나의 조성물들의 박테리아 균주에 대항하는 면역 반응을 유도하는 백신 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 공개되는 어느 하나의 조성물들의 박테리아 종의 구성성분들 및/또는 대사물들로부터 유래된 항원을 함유하는 백신 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 대상에서 면역 반응을 유도시키는 방법을 제공하며, 그 방법은 그 대상에게 여기서 제공 되는 어느 백신의 투여를 포함하며, 상기 이 투여는 그 대상의 면역 반응을 유도시키는 결과를 가져온다.
한 양태에서, 본 공개는 면역 억제 조성물을 제공 한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공되는 어느 하나의 조성물들의 박테리아 종에 대한 항박테리아 활성을 소유한 화학 물질, 또는 여기서 제공되는 어느 하나의 조성물들의 박테리아 종들로부터 분비되는 생리적으로 활성이 있는 물질에 결합하는 화학 물질을 포함하는 조성물을 제공한다.
여기서 제공 되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 조성물을 투여하는 것은 그 대상에서 CD8+및 IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성을 억제시키는 결과를 가져온다.
한 양태에서, 본 공개는 그 대상에서 CD8+및 IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성을 억제시키는 방법을 제공하며, 그 방법은 그 대상에게 여기서 제공 되는 하나 또는 그 이상의 조성물들을 투여 하는 것을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 그 대상의 CD8+및 IFNγ-생산 하는 T-세포들의 과도한-활성에 의해 기인되는 질병의 예방, 치료 또는 개선하는 방법을 제공하며 그 방법은 그 대상에게 여기서 제공 되는 하나 또는 그 이상의 조성물들을 투여하는 것을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 공개되는 박테리아 균주들로부터 유래한 물질들을 제공한다. 양태에서, 본 공개는 여기서 제공 되는 어느 한 조성물들의 박테리아 균주들로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 제공한다. 양태에서, 본 공개는 여기서 제공 되는 어느 한 조성물들의 어느 한박테리아 종의 박테리아 특이 항원을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공 되는 어느 한 조성물들의 어느 한박테리아 종에 특이적으로 결합하는 항체를 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공 되는 조성물들의 어느 한박테리아 종에 함유되어 있는 박테리아-특이 핵산 서열을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 동물 모델 및 테스트 키트를 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 비-인간 포유류를 포함하는 동물 모델을 제공 하며, 상기 비-인간 포유류의 장관(intestinal tract)은 여기서 제공 되는 어느 한 조성물들의 박테리아 종으로 접종 시켰다. 여기서 제공 되는 동물 모델의 어떤 실시양태에서는, 그 비-인간 포유류는 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 불규칙성에 기인한 질병을 지녔다.
한 양태에서, 본 공개는 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 평가 하는 키트를 제공 하며, 그 키트는 하기를 포함한다: 장 상피 세포, 말초 혈액 단핵 세포, 및 여기서 제공 되는 어느 한 조성물들의 박테리아 종.
한 양태에서, 본 공개는 인간의 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 검출하는 방법들을 제공 한다. 양태에서, 본 공개는 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 평가 하기 위한 키트들을 제공한다. 어떤 실시 양태에서는, 이 키트들은 장 상피 세포, 말초 혈액 단핵 세포, 및 여기서 제공 되는 어느 한 조성물들의 박테리아 종을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝 하는 방법을 제공하며, 상기 그 물질은 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도하며, (i) 비-인간 무균 동물에게 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질 또는 박테리아를 먹게 하고, (ii) 비-인간 무균 동물의 장관 내에 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며, 상기 만약 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성이 검출 되면, 그 생리적으로 활성이 있는 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 활성화 시킬 수 있는 물질로서 동정 된다.
한 실시 양태에서, 본 공개는 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝 하는 방법을 제공하며, 상기 그 물질은 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 증식 또는 활성화를 유도하며, (i) 장 상피세포 및 말단 혈액 단핵세포를 포함하는 시스템에서 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 장 상피 세포에 첨가하고; (ii) 상기 언급 된 시스템에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며, 상기 만약 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성이 검출 되면, 그 생리적으로 활성이 있는 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 활성화 시킬 수 있는 물질로서 동정 된다.
한 양태에서, 본 공개는 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도하는 물질을 스크리닝 하는 방법을 제공하며, (i) 박테리아 또는 여기서 제공된 조성물에 함유 되어 있는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 장 상피 세포와 말초 혈액 단핵세포를 함유하는 시스템에 첨가하고, (ii) 테스트 물질을 첨가 하고, (iii) 상기 언급 된 시스템에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며, 만약 이 시스템에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도가 증가 하면, 그 테스트 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 활성화 시킬 수 있는 물질로서 동정 된다.
한 양태에서, 본 공개는 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도하는 물질을 스크리닝 하는 방법을 제공하며, (i) 여기서 제공 되는 비-인간 동물을 스크리닝 하는 방법, (ii) 비-인간 동물의 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며, 상기 만약 위의 단계에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도가 증가 되면, 그 테스트 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도 하는 물질로서 동정 된다.
한 양태에서, 본 공개는 면역을 자극하는 조성물을 제공하며, 그 조성물은, 활성 성분으로서, 인간 장 박테리움 또는 여기서 제공 되는 스크리닝 방법들로 얻은 박테리움으로부터 유래 된 생리적으로 활성이 있는 물질을 포함하는 조성물을 포함 한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 그 조성물은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도 한다.
한 양태에서, 본 공개는, 활성 성분으로서, 여기서 제공하는 어느 스크리닝 방법들로얻어진 인간 장내 박테리아, 또는 언급된 박테리아에 특이적인 항원을 포함 하는 백신 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 기인한 질병을 유도하거나 악화 시키는 활성을 가진 물질을 스크리닝하는 방법을 제공하며, 그 방법에는 (i) 테스트 샘플을 여기서 제공 되는 비-인간 동물에게 먹게 하고, (ii) 언급된 비-인간 동물에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 기인하여 일어난 질병-관련 손상을 검출 하는 것을 포함하며, 상기 위 단계에서 검출된 상해 범위가, 화합물이 첨가 되지 않았을 때와 또는 위약 (프라시보, placebo)에서와 비교 하였을 때, 증가되면 그 테스트 물질은 CD8+IFNγ-생산하는 T-세포들에 의해 기인되는 질병을 유도하는 물질로서 동정된다.
한 양태에서, 본 공개는 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 기인한 질병을 유도하거나 악화 시키는 조성물을 제공하며, 상기 이 조성물은, 활성성분으로서, 여기서 제공 되는 스크리닝 방법들 중의 어느 한방법으로 얻은 물질을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 처리된 인간 대변 샘플을 포함하는 조성물을 제공 하며, 상기 이 처리된 인간 대변 샘플은 인간 대변 샘플에 엠피실린(ampicillin)을 접촉시켜 얻으며, 및 상기 이 처리된 인간 대변 샘플은 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도한다. 실시 양태에서, 본 공개는 대상에서 질병을 치료하는 방법을 제공하며, 그 방법은 대상에게 여기서 제공 되는 조성물의 어느 하나를 그 대상에서 질병을 치료할 만한 효과적인 양으로 투여하는 것을 포함한다. 여기서 제공 되는 이 방법들의 어떤 실시 양태에서, 질병은 암 또는 감염(예를 들어, 바이러스성 감염) 질병이다.
한 양태에서, 본 공개는 무균 생쥐에게 인간 대변 샘플을 접종 시키고, 및 그 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 것을 포함하는 방법을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 방법을 제공하며, 그 방법은 무균 생쥐에게 인간 대변 샘플을 접종 시키고, 및/또는 그 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 것을 포함 한다. 양태에서, 본 공개는 인간 대변 공여자를 동정하는 방법을 제공하며, 그 방법은 무균 생쥐에게 인간 대변 샘플을 접종 시키고, 및/또는 그 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 상기 만약 그 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하면, 그 인간 대상은 인간 대변 공여자로 동정 한다.
한 양태에서, 본 공개는 대상의 림프세포(lymphocyte)에서 마커의 발현 수준을 분석하는 방법을 제공하며, 그 방법은 마커의 발현 수준의 분석을 포함하며, 상기 그 마커는 그 대상에게 여기서 서술되는 어느 조성물들의 투여에 의해 유도 되고, 상기 그 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβ (tumor antigen derived ligand-specific TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 이다.
한 양태에서, 본 공개는 유도된 후에 대상의 림프세포(lymphocyte)에서 마커의 발현 수준을 분석하는 하는 키트들을 제공하며, 상기 그 마커는 그 대상에게 여기서 서술되는 어느 조성물들의 투여에 의해 유도 되고, 상기 그 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβ (tumor antigen derived ligand-specific TCRβ), CD8, IFNγ및/또는 GzmB 이다.
한 양태에서, 본 공개는 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝 하는 방법들을 제공하며, 그 방법은 종양을 지닌 비-인간 동물에게 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질 또는 박테리아를 먹게 하고, 종양을 지닌 비-인간 동물로부터 분리한 림프세포에서 마커의 발현을 검출 하고, 상기 만약 그 마커의 발현 수준이 증가 되는 것이 검출되면, 그 생리적으로 활성이 있는 물질은 종양의 면역촉진제로 동정하며; 및 상기 그 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβ (tumor antigen derived ligand-specific TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 이다.
한 양태에서, 본 공개는 면역 체크포인트 억제제(immune checkpoint inhibitor)로 종양 치료를 위한 동반 진단 (campanion diagnostic) 방법을 제공하며, 그 방법은 그 대상에게 면역 체크포인트 억제제와 함께 또는 단독으로 동시-투여로 여기서 제공된 어느 조성물의 투여로 유도 되기 전 후에 림프세포에서 마커의 발현 수준의 분석을 포함하며, 상기 그 대상에게 조성물을 투여 전, 억제제와 여기서 제공된 어느 조성물과 동시 투여 전에 그 대상의 림프세포에서의 발현과 비교 하여 만약 그 대상의 림프세포에서 그 마커의 발현 수준이 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200% 증가 되면, 그 치료는 계속되고, 상기 만약 그 대상의 림프세포에서의 발현 수준과 비교하여 그 대상의 림프세포에서의 발현 수준이 증가 되지 않으면, 그 대상에게 면역 체크포인트 억제제와 함께 동시-투여로 여기서 서술된 어느 조성물의 투여는 중단 되거나, 또는 그 대상에게 여기서 서술된 어느 조성물의 투여를 반복한 후에 다시 분석 된다.
어떤 실시 양태들에서, 이 방법들은 더 나아가 종양 항원 유래 된 리간드-특이 TCRβ 에 결합하는 특이 항체들 또는 종양 항원 유래 된 리간-특이 TCRβ 에 결합하는 MHC 다중체 (multimer)로 림프세포에서 종양 항원 유래 된 리간드-특이 TCRβ의 발현 수준을 분석하는 것을 포함 한다. 어떤 실시 양태들에서, 이 방법들은 면역 체크포인트 억제제와 함께 종양치료에 사용 되며, 상기 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제, PD-L1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제 이다.　 어떤 실시 양태들에서, 이 방법들은 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 PD-1의 발현을 평가 하는 것을 포함 한다. 어떤 실시 양태들에서, 이 방법들은 더 나아가 그 대상의 암 세포에서 PD-1의 발현을 평가 하는 것을 포함 한다. 어떤 실시 양태들에서, 이 방법들은 더 나아가 그 대상의 T- 세포에서 CTLA-4의 발현을 평가 하는 것을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 동반 진단 방법들을 수행을 위한 키트를 제공하며, 상기 이 키트는 림프세포에서 마커의 발현 수준을 모니터링 하는 하나 또는 그 이상의 분자들을 포함 하며, 상기 이 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 이다.
한 양태에서, 본 공개는 지라세포(splenocyte)에서 IFNγ생산의 정도로 면역 활성화를 평가 하는 방법들을 제공하며, 그 방법은 여기서 서술된 어느 조성물들을 대상에게 투여하는 것을 포함하는 것을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 지라세포(splenocyte)에서 IFNγ생산의 정도로 면역 활성화를 평가 하는 키트를 제공하며, 하나 또는 그 이상의 IFNγ마커 분자 및 여기서 서술된 어느 조성물들의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 종양에 대한 면역자극제를 동정하는 방법들을 제공하며, 그 방법은 인간 장내 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질 스크리닝을 포함 하며, 그 방법은 (i) 종양-함유 하는 비-인간 동물에게 인간 장내 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 먹도록 하고, 및 (ii) 종양-함유 하는 비-인간 동물로부터 분리한 지라세포(splenocyte)에서 IFNγ를 검출하는 것이 포함 되고, 상기 만약 IFNγ유도가 검출 되면, 그 인간 장내 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질은 종양에 대한 면역자극제로서 동정 된다.
한 양태에서, 본 공개는 면역 체크포인트 억제제로 종양 치료를 위한 동반 진단 (campanion diagnostic) 방법을 제공하며, 그 방법은 그 대상에게 여기서 서술된 어느 조성물과 함께 또는 단독으로 억제제와 동시-투여로 투여하여 유도 전 후의 지라세포에서 IFNγ 생산의 정도로 면역 활성화를 평가하는 것을 포함하며,
상기 조성물을 투여 전의 그 대상의 지라세포에서의 IFNγ 생산 정도과 비교 하여 만약 그 대상의 지라세포에서 IFNγ 생산이 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200% 증가 되면, 억제제와 여기서 서술된 어느 조성물의 동시 투여는 계속되고, 상기 만약 그 대상의 지라세포에서의 IFNγ 생산이 증가 되지 않으면, 그 대상에게 억제제와 여기서 서술된 어느 조성물의 동시-투여는 중단 되거나, 또는 그 대상에게 여기서 서술된 어느 조성물의 투여를 반복한 후에 다시 분석 된다.
어떤 실시 양태들에서, 이 방법은 더 나아가 지라세포에서 치료 타겟의 종양 항원의 발현 수준을 특이 항체들 또는 MHC 다중체(multimer)로 분석하는 것을 포함한다. 어떤 실시양태에서는, 그 방법은 면역 체크포인트 억제제로 종양 치료를 위한 것이며, 상기 종양 억제제는 PD-1 억제제, PD-L1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제이다. 어떤 실시양태에서는, 그 방법은 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 PD-1의 발현을 평가 하는 것을 포함한다. 어떤 실시양태에서는, 그 방법은 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 CTLA-4의 발현을 평가 하는 것을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 서술되는 동반진단 방법을 수행하기 위한 키트를 제공 하며, 하나 또는 그 이상의 IFNγ마커 분자를 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종(Fusobacterium sp.), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코커서스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘럼(Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공 한다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종(Fusobacterium sp.), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii) 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공 한다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종(Fusobacterium sp.), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공 한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜악토박테리움 화이시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종 (Fusobacterium sp.), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 및 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum)로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공 한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주를 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공 한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
본 발명의 각 제한들은 본 발명의 여러 다양한 실시 양태를 포함 할수 있다. 그러므로, 어느 한요소 또는 요소들의 조합이 관련되는 본 발명의 각 제한들은 본 발명의 각 양태에 포함될 수 있다는 것이 기대 된다. 본 발명은 상세한 구성 및 하기의 서술에서 또는 도면에서 제시된 정해진 구성 성분들의 정렬에의 적용에는 제한적이지 않다. 본 발명은 다른 실시 양태도 가능하며 및 여러 빙법으로 실행 되거나 또는 수행 될 수 있다.
수반되는 도면들은 눈금에 맞추어 그리려는 의도는 아니다. 그림(도표)들은 제시적인 것일 뿐이며 및 공개를 가능하게 하기 위하여 요구되는 것은 아니다. 분명히 하기 위한 목적으로, 매 성분마다. 각 도면에서 라벨 되는 것은 아니다. 도면에서는:
[도표 1A-B]
도표 1A 및 1B는 SPF 및 무균 (germ-free)(GM) 생쥐의 소장(SI) 및 결장 점막 고유층 (mucosa lamina propria) 으로부터 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시킨 림프세포로 실험한 데이터를 보여 준다. CD3, TCRβCD8 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 1A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 1B) CD3, TCRβ 및 CD8+세포들 내에서 IFNγ양성 세포들의 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. ** P <0.01 (스튜던트 티-테스트)(Student's t-test).
[도표 2A-B]
도표 2A 및 2B는 SPF 및 무균 (germ-free) 생쥐의 소장(SI) 점막 고유층 (mucosa lamina propria) 으로부터 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시킨 림프세포로 실험한 데이터를 보여 준다. CD3, TCRβ, CD8, CD103, IFNγ 및 GzmB은 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 2A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD8 T-세포에 의한 및 IFNγ 및 CD103 (위의 줄 upper row) 또는 GzmB ((아래 줄(lower row))의 발현. (도표 2B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 각 IFNγ양성 세포들 분획의 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. ** P <0.05 (스튜던트 티-테스트)(Student's t-test).
[도표 3A-B]
도표 3A 및 3B는 다른 연구실 실험 동물 시설로부터 전달 받은 SPF 생쥐의 소장(SI) 및 결장(colon)의 점막 고유층으로부터 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시킨 림프세포로 실험한 데이터를 보여준다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ 는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 3A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 3B) ) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 각 IFNγ양성 세포들 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P <0.05, ** P <0.01 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 4A-B]
도표 4A 및 4B는 찰스 리버 연구실 (Charles River Laboratories)로부터 온 SPF 생쥐를 일본으로부터 온 CLEA 와 2 내지 6주 동안 함께 사육한 후, 장(SI) 및 결장(colon)의 점막고유층 으로부터 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시킨 림프세포로 실험한 데이터를 보여준다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ 는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 4A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 4B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 IFNγ양성 세포들 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P <0.05, ** P <0.01 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 5A-B]
도표 5A 및 5B는 건강한 자원자들로 (A~F)부터 얻은 대변을 각각 멸균 비닐 분리기에서 무균 생쥐에 경구로 투여한 실험 데이터를 보여준다. 4 주 후에, 결장의 점막고유층으로부터 림프세포를 분리하고 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시킨 실험한 데이터를 보여준다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ 는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 5A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 5B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 IFNγ양성 세포들 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. ** P <0.01 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 6A-B]
도표 6A 및 6B는 B#5 생쥐의 맹장 내용물로 실험한 데이터를 보여 주며, 이는 무균 생쥐에 경구로 투여 되었다. 하루 후에, 이들의 마시는 물은 실험 끝날 때까지 엠피실린(ampicillin)(AMP), 메트로니다졸(metronidazole)(MNZ), 스트랩도마이신(streptomycin)(STM) 또는 타이로신(tylosin)(Tylo.)으로 바꾸었다. B#5 생쥐의 맹장 내용물을 3% 클로로포름으로 처리하고 무균 생쥐에게 투여 되었다. 4 주 후에, 결장의 점막고유층으로부터 림프세포를 분리하고 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ 는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 6A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 6B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 IFNγ양성 세포들 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P <0.05 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 7A-B]
도표 7A 및 7B는 도표 6A 및 6B에서 제조된 생쥐의 맹장 미생물총 (cecal microbiota)의 16S rDNA 유전자 서열 데이터를 보여 준다. (도표 7A) 조작분류단위 (operational taxonomic unit)(OTU)의 비율 그림. 오른쪽 끝에, B#5-AMP-2 생쥐에서 분리된 균주들에 해당하는 OTU가 초록색으로 보여준다. (도표 7B) 분리된 균주들의 동정 및 상동성 박테리아 이름(가장 가까은 서열) 및 유사성 (similarity) (S-ab 스코아)을 보여준다.
[도표 8A-B]
도표 8A 및 8B는 무균 생쥐에 경구로 투여한 21 분리된 균주의 혼합물에 대한 데이터를 보여준다. 4주 후에, 결장의 고유층으로부터 림프세포를 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 8A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 8B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 IFNγ양성 세포들 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. ** P <0.05 (스튜던트 티-테스트)(Student's t-test).
[도표 9A-B]
도표 9A 및 9B는 무균 생쥐에 경구로 투여한 21 분리된 균주의 혼합물에 대한 데이터를 보여준다. 4주 후에, 결장의 고유층으로부터 림프세포를 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, CD103, IFNγ 및 GzmB 는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 9A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD8 T-세포에 의한 및 IFNγ 및 CD103 (위의 줄 upper row) 또는 GzmB ((아래 줄(lower row))의 발현. (도표 9B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 각 IFNγ양성 세포들 분획의 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P <0.05, ** P <0.01 (스튜던트 티-테스트)(Student's t-test).
[도표 10A-B]
도표 10A 및 10B는 무균 생쥐에 경구로 투여한 21 균주들 또는 11 균주들 (11 균주 혼합물은 균주 #1-11에 해당한다; 표 1 참조)의 혼합물에 대한 데이터를 보여준다. 4주 후에, 결장의 고유층으로부터 림프세포를 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 10A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 10B) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포에서 IFNγ양성 세포들 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. *** P <0.001, **** P <0.0001 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 11]
도표 11은 GF 생쥐에 접종시킨 10-혼합 및 11-혼합 박테리아 균주의 조성물들을 보여준다. (도표 12A 및 12B 참조).
[도표 12A-B]
도표 12A 및 12B는 무균 생쥐에 경구로 투여된 11 균주 또는 10 균주의 혼합물(도표 11 참조), 또는 Treg-유도제라고 알려진 17 균주의 혼합물로부터 얻은 데이터를 보여 준다. 4주 후에, 결장의 고유층으로부터 림프세포를 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 12A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 12B) CD3+TCRβ+ 세포에서 CD8+ IFNγ+세포의 페센트(왼쪽), CD8T 세포에서 IFNγ세포들(중간), 및 CD8+ IFNγ+세포의 수(오른쪽)의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. ** P <0.01, *** P <0.001, **** P <0.0001 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 13]
도표 13 은 11 메가 v5.0 팩케지(MEGA v5.0 package) 및 이웃-연결 방법(neighbor-joining method)을 사용하여 균주들의(도표 11 참조) 16S rDNA 유전자 서열들, 이들의 가장 가까운 서열 및 몇 타입 균주들로부터 구성된 계통발생 트리 (phylogenetic tree) 를 보여준다. GF 생쥐에 7 혼합 또는 4 혼합으로서 접종 된 균주들도 또한 보여준다. (접종 실험의 결과들은 도표들 14A 및 14B에 보여 준다).
[도표 14A-B]
도표 14A 및 14B는 무균 생쥐에 경구로 투여된 도표 13에 목록화 되어 있는, 11 균주, 7 또는 4 균주의 혼합물들의 데이터를 보여준다. 4주 후에, 결장의 고유층으로부터 림프세포를 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 14A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 14B) ) CD3+TCRβ+ 세포에서 CD8+ IFNγ+세포의 페센트(왼쪽), CD8T 세포에서 IFNγ세포들(중간), 및 CD8+ IFNγ+세포의 수(오른쪽)의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 15]
도표 15는 6-주된 SPF C57BL/6 생쥐로 실험한 데이터이며, 이는 일본 SLC로부터 구매 하였으며 이들의 식용수에 항생제((1 g/L 엠피실린(Ampicillin), 0.5 g/L 반코마이신(Vancomycin), 1g/L 메트로니다졸(Metronidazole) 및 1 g/L 네오마이신(Neomycin); “AVMN”)를 처리 했다. 그후, 생쥐는 3x105 MC38
종양세포를 0일에 오른쪽 옆구리에 피하로 주사하였다. 종양이 나타나고 및 손에 만질만 할 때, 항생제 처치는 중단된다(2 일째). 200 μg의 항-PD1 항체(클론J43)를 생쥐 복강에 3, 5, 및 9 일째에 주사로 주었다(“+anti-PD1Ab”). 생쥐는 위관 영양으로 11 혼합을 3, 5, 및 9 일째를 포함하여 일주일에 두 번 또는 세 번 주었다(“+11 mix”). 종양 크기는 캘리퍼(caliper)를사용하여 측정하고 및 종양 부피는 길이x 넓이2 x 0.5 로 측정 했다. ** P <0.01, *** P <0.001, **** P <0.0001 (투-웨이 아노바)(two-way ANOVA).
[도표 16A-B]
도표 16A 및 16B는 종양 세포로부터 분리된 림프세포들에 대한 데이터를 보여준다. 23 일 째 또는 27 일 째에, 림프세포들은 분리 되었고 및 PMA / 아이오노마이신 (ionomycin)으로 4 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 16A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포들에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현. (도표 16B) CD3+TCRβ+ 세포에서 CD8+ IFNγ+세포의 페센트(왼쪽), CD8T 세포에서 IFNγ세포들(중간), 및 CD8+ IFNγ+세포의 수(오른쪽)의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 17A-B]
도표 17A 및 17B는 종양 세포들로부터 분리된 림프세포들에 대한 데이터를 보여준다. 23 일 째 또는 27 일 째에, 림프세포들은 분리 되었고 및 PMA / 아이오노마이신 (ionomycin)으로 4 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ, CD44, GzmB 및 IFNγ는 항체들 및 펩티드-H2Kb 테트라머로 염색 시켰으며, 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 되었다. (도표 17A) 대표적인 생쥐의 게이트된 (gated) CD3, TCRβ 및 CD8+ 세포들에 의한 gp70-특이 TCRβ, CD44, GzmB 및 IFNγ의 발현. (도표 17B) CD8T 세포에서 각 IFNγ양성 세포 분획의 퍼센트의 요약된 데이터. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. ** P <0.01, *** P <0.001, **** P <0.0001 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 18]
도표 18은 종양 세포들로부터 분리된 림프세포들에 대한 데이터를 보여준다. IFNγ+CD4 T 세포에 대한 효과를 도표 18 에서 보여준다.
[도표 19]
도표 18은 종양 세포들로부터 분리된 림프세포들에 대한 데이터를 보여준다. 23 일째 또는 27 일째에 전체 지라세포가 분리 되었으며 및 웰 당 106 세포로 플레이트 하고(plate) 및 0.5μg/mL gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL (SEQ ID NO: 53))로 37oC 에서 36 시간 동안 자극 시켰다. 스폿(spots)은 생쥐 IFNγ ELISPOT Ready-SET Go!R kit (eBioscience)를 사용하여 전개 되었으며, 및 스폿 수는 면역 스폿 시리즈 4 분석기(Immunospot Series 4 Analyzer)를 사용하여측정 되었으며 및 면역스폿 소프트웨어(ImmunoSpot software) (Cellular Technology)를 사용하여 분석 되었다. 각 플럿은 각 갱쥐를 나타낸다. “나이브(Na
Figure pct00001
ive)”는 항생제로 처치되지 않은, MC38세포로 주사되지 않은, 및 11 혼합 및 항-PD1 항체로 처치되지 않은 생쥐이다. * P <0.05, ** P <0.01, *** P <0.001 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 20]
도표 20은 11 선된 균주를 포함한 26 분리된 균주에 대한 데이터를 보여 준다.
[도표 21]
도표 21은 11 혼합 박테리아 균주들에 의한 GzmB+ IFNγCD8 T 세포의 유도 데이터를 보여 준다.
[도표 22]
도표 22는 느린 종양 성장은 IFNγCD8 T 세포의 종양으로의 침투의 증가를 수반 함을 보여준다.
[도표 23]
도표 23는 αPD1 Ab 및 11 혼합 박테리아 균주들의 조합은 GzmB+ IFNγCD8 세포독성 T 세포(cytotoxic T-cell)의 종양으로의 침투를 북돋움을 보여준다.
[도표 24]
도표 24는 11-혼합 및/또는 항-CTLA-4 항체로 치료 하는 것과 관련된 실시 예시 4 에 서술된 실험 계획 도식을 보여준다.
[도표 25]
도표 25는 αCTLA-4 Ab 및 11-혼합 박테리아 균주들의 조합을 받은 생쥐의 몸 무게를 보여준다(왼쪽 판넬). αCTLA-4 Ab 및 11-혼합 박테리아 균주들의 조합을 받은 생쥐는 도표 24(실시 예시 4)에 보여준 실험에서 종양 성장이 상당히 감소 되었다(오른쪽 판넬).
[도표 26]
도표 26는 αCTLA-4 Ab 및 11-혼합 박테리아 균주들의 조합은 도표 24(실시 예시 4)에 보여준 실험에서 생쥐의 생존에 의미 있는 효과를 보였다.
[도표 27]
도표 27은 실시 예시 4에서 서술된 실험들에서 처치된 각 생쥐의 종양 부피 플럿을 보여 준다. (대조군, 11-혼합; αCTLA-4 Ab; 11-혼합+ αCTLA-4 Ab).
[도표 28]
도표 28은 11-혼합 또는4-혼합 및/또는 항-PD1 항체로 치료 하는 것과 관련된 실시 예시 5 에 서술된 실험 계획 도식을 보여준다.
[도표 29]
도표 29는 αPD1 Ab 및 4-혼합 박테리아 균주들의 조합 또는 PD1 Ab 및 11-혼합 박테리아 균주들의 조합을 받은 생쥐, 및 여러가지 대조 그룹들의 몸 무게 (왼쪽 판넬) 및 종양 부피(오른쪽 판넬)를 보여준다.
[도표 30]
도표 30는 실시 예시 5의 실험들에서 처치된 각 생쥐의 종양 부피 플럿들을 보여준다. (11-혼합; αPD-1 Ab; 11-혼합 + αPD-1 Ab). 11-혼합 + αPD-1 Ab로 처치된 그룹에서는(아래 오른쪽 판넬) 여러 동물에서 종양 부피가 증가 되지 않았다.
[도표 31]
도표 31는 실시 예시 5의 실험들에서 처치된 생쥐의 생존 플럿들을 보여준다. (11-혼합; αPD-1 Ab; 11-혼합 + αPD-1 Ab).
[도표 32]
도표 32는 실시 예시 5의 실험들에서 처치된 각 생쥐의 종양 부피 플럿들을 보여준다. (4-혼합; αPD-1 Ab; 4-혼합 + αPD-1 Ab). 4-혼합 + αPD-1 Ab로 처치된 그룹에서는(아래 오른쪽 판넬) 여러 동물에서 종양 부피가 증가 되지 않았다
[도표 33]
도표 33는 실시 예시 5의 실험들에서 처치된 생쥐의 플럿을 보여준다. 강조 된 것은 αPD-1 Ab, 11-혼합+αPD-1 Ab, 및 4-혼합 +αPD-1 Ab 으로의 처치 이다.
[도표 34]
도표 34 는 Braf Pten 흑색종 모델(Braf Pten melanoma model)의 실험 데이터들을 보여 준다. (실시 예시 6). 간단히, 생쥐는 항생제들 (“AVMN”)을 -3 일 째부터 2 일 째까지 투여 받았으며 및 0 일 째 날에 7x105 Braf Pten 세포들을 이식 받았다. 3, 6, 및 9 일 째에 제시된 그룹들의 생쥐는 11-혼합과 함께 또는 단독으로(시간대 위에 별표를 가진 화살표) 항-PD1 항체(시간대 위에 화살표) 및 일본 SLC로부터 얻은 특이한-병균 없는(specific-germ-free)(SPF) 생쥐로부터 얻은 SLC SPF 분변 (SLC SPF 분변)를 투여 받았다. 11-혼합을 받은 것으로 표시된 그룹의 생쥐는 11-혼합을 일주일에 2 또는 3 번 투여 받았다. 플럿은 각 시점에서 생쥐 그룹의 평균 종양 부피를 보여 준다. **** P <0.0001, *** P <0.001 (투-웨이 아노바)(two-way ANOVA).
[도표 35]
도표 35는 Braf Pten 흑색종 모델(Braf Pten melanoma model)의 실험 데이터들을 보여 준다. (실시 예시 6). 간단히, 생쥐는 항생제들 (“AVMN”)을 -3 일 째부터 2 일 째까지 투여 받았으며 및 0 일 째 날에 7x105 Braf Pten 세포들을 이식 받았다. 3, 6, 및 9 일 째에 제시된 그룹들의 생쥐는 11-혼합과 함께 또는 단독으로(시간대 위에 별표를 가진 화살표) 항-PD1 항체(시간대 위에 화살표) 및 일본 SLC로부터 얻은 특이한-병균 없는(specific-germ-free)(SPF) 생쥐로부터 얻은 SLC SPF 분변 (SLC SPF 분변)를 투여 받았다. 11-혼합을 받은 것으로 표시된 그룹의 생쥐는 11-혼합을 일주일에 2 또는 3 번 투여 받았다. 플럿은 각 시점에서 생쥐 그룹의 평균 종양 면적을 보여 준다. **** P <0.0001, *** P <0.001 (투-웨이 아노바)(two-way ANOVA).
[도표 36]
도표 36는 표시된 그룹의 생쥐로부터 22 일 및 24 일 째 날에 얻은 종양의 무게 데이터를 보여 준다. * P<0.05 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 37A-C]
도표 37A-37C는 종양 세포들로부터 분리된 림프세포에 대한 데이터를 보여준다. 22 일 및 24 일 째 날에, 림프세포들이 종양으로부터 분리 되었다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시켰다. 도표 37A는 종양으로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD8α+세포 집단에서, CD8+IFNγ+세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 37B는 종양으로부터 분리된 CD8+IFNγ+세포의 수를 보여준다. 도표 37C는 그램 의(gram) 종양 당 CD8+IFNγ+세포의 수를 보여준다. ** P<0.01, * P<0.05 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 38]
도표 38은 종양으로부터 분리된 CD8T 세포 집단에서 IFNγ+세포의 퍼센트를 보여준다. *** P<0.001, ** P<0.01, * P<0.05 (원-웨이 아노바) (one-way ANOVA).　
[도표 39A-D]
도표 39A-39D는 종양 세포로부터 분리된 림프세포에 대한 데이터를 보여준다. 22 일 및 24 일 째 날에, 림프세포들이 종양으로부터 분리 되었다. CD3, TCRβ, CD8, IFNγ, GzmB, IL-17, 및 CD4는 항체들로 염색 시켰다. 도표 39A는 종양으로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD8α+세포 집단에서, IFNγ+ GzmB+세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 39B는 종양으로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD4+세포 집단에서 Th1 세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 39C는 종양으로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD4+세포 집단에서 Th17 세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 39D는 종양으로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD4+세포 집단에서 Treg 세포의 퍼센트를 보여준다.
[도표 40]
도표 40은 실시예시 7에서 서술된 실험 계획의 도식을 보여 준다. (용법연구).
[도표 41A-C]
도표 41A-41C는 도표 40 (실시예시 7)에서 보여준 실험에서 생쥐로부터 분리된 림프세포에 대한 데이터를 보여준다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시켰다. 도표 41A는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD8α+세포 집단에서, CD8+IFNγ+세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 41B는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD8+IFNγ+세포의 수를 보여준다. 도표 41C는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD8T세포 집단에서, IFNγ+세포의 퍼센트를 보여준다.
[도표 42A-C]
도표 42A-42C는 도표 40 (실시예시 7)에서 보여준 실험에서 생쥐로부터 분리된 림프세포에 대한 데이터를 보여준다. CD3, TCRβ, CD8, IFNγ, CD103, IL-17, 및 CD4는 항체들로 염색 시켰다. 도표 42A는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD8α+세포 집단에서, IFNγ+CD103+세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 42B는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD4+세포 집단에서 Th17 세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 42C는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD4+세포 집단에서 Th1 세포의 퍼센트를 보여준다.
[도표 43A-C]
도표 43A-43C 및 44는 실시예시 8 실험들로부터의 결과들을 보여 준다. 이 실험들은 11-혼합이 CD8-T 세포를 유도하기 위해는 BATF3가 요구 된다는 것을 보여준다. 도표 43A는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD8α+(CD8T 세포) 세포 집단에서 IFNγ+세포의 퍼센트를 보여준다. 도표 43B는 CD8T+ IFNγ+세포의 수를 보여준다. 도표 43C는 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+CD4+세포 집단에서 Th17 세포의 퍼센트를 보여준다. **** P<0.0001, *** P<0.001, ** P<0.01, * P<0.05 (원-웨이 아노바)(one-way ANOVA).
[도표 44A-B]
도표44는 플루오 사이토메트리(flow cytometry)에서 증명된 대로, 11-혼합이 CD8-T 세포를 유도하기 위해는 BATF3가 요구 된다는 것을 보여 주며(도표 44A), 및 표시된 생쥐로부터 분리된 CD3+ TCRβ+ CD8α+(CD8T 세포) 세포 집단에서 IFNγ+세포의 퍼센트를 보여준다(도표 44B).
[도표 45]
도표 45-46은 실시예시 9의 실험들로부터의 결과를 보여준다. 실험들은 11-혼합(11-mix)이 리스테리아 감염(Listeria infection)을 치료하는데 효과적인 것을 보여 준다. 도표 45는 분변에서 리스테리아 CFU의 양이 감소하는 것으로 증명 된대로, 분변 +11-혼합은 감염 된 생쥐로부터 리스테리아를 제거하는데 효과적이란 것을 보여준다.
[도표 46]
도표 46는 분변 및 11-혼합으로 처치한 리스테리아 감염된 생쥐의 몸 무게가 분변 단독으로만 치료한 것 보다. 더 높음을 보여 준다.
[도표 47A-B]
도표 47A 및 47B는 실시예시 2와 연관된 데이터를 보여준다. 도표 13에서 목록화 되어 있는 11 균주들의 혼합물, 7 또는 4 균주들의 혼합물을 경구로 무균 생쥐에 투여 하였다. 4 주 후에, 결장의 고유층으로부터 림프세포를 분리하고 및 PMA /아이오노마이신(ionomycin)으로 3.5 시간 동안 자극시켰다. CD3, TCRβ, CD8, 및 IFNγ는 항체들로 염색 시키고 및 플루오 사이토메트리 (flow cytometry)로 분석 했다. (도표 47A). CD8T 세포에서 IFNγ+세포의 퍼센트로 표시된 대로, 대표적인 생쥐에서 게이트된 (gated) CD3 및 TCRβ 양성 세포에 의한 CD8 및 IFNγ의 발현을 도표 47B에서 보여준다. 각 플럿은 각 생쥐를 나타낸다. * P<0.05 , ** P<0.01, *** P<0.001, (원-웨이 아노바) (one-way ANOVA).　
[도표 48]
도표 48은 실시예시 10과 관련 있으며 및 생쥐에서 달리 도전 되지 않는 11-혼합의 CD8 유도 효과는 장/소화관 부분에 국한된다. ((SI=짧은 창자(srot intestine), CIEL=결장 상피 림프세포(colonic intraepithelial lymphocytes), LN=림프 절(lymph node)).
[도표 49]
도표 49 는 결장 LP에서 DC 서브셋트(subdets)의 빈도가 11-혼합으로의 콜러니화 (colonization)에 의해 다만 약간 변경됨을 보여 준다.
[도표 50]
도표들 50-52는 MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 및 그 활성화는 활성화 첫 번째 주 내에 가장 강함을 보여 준다. MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없다. 각 개별 측정들은 도표 50 및 51에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 52 에 묘사되어 있다.
[도표 51]
도표들 50-52는 MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 및 그 활성화는 활성화 첫 번째 주 내에 가장 강함을 보여 준다. MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없다. 각 개별 측정들은 도표 50 및 51에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 52 에 묘사되어 있다.
[도표 52]
도표들 50-52는 MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 및 그 활성화는 활성화 첫 번째 주 내에 가장 강함을 보여 준다. MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없다. 각 개별 측정들은 도표 50 및 51에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 52 에 묘사되어 있다.
[도표 53]
도표 53 및 54는 MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 반면에 MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없음을 보여 준다. 각 개별 측정들은 도표 53에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 54에 CD3+ TCRbeta+CD8alpha+의 퍼센트로 표현되어 묘사되어 있다.
[도표 54]
도표 53 및 54는 MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 반면에 MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없음을 보여 준다. 각 개별 측정들은 도표 53에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 54에 CD3+ TCRbeta+CD8alpha+의 퍼센트로 표현되어 묘사되어 있다.
[도표 55]
도표 55 는 Ki67 상태로 증명 하듯이, MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 반면에 MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없음을 보여 준다
[도표 56]
도표 56 및 57는 CD103+ 상태로 증명 하듯이, MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 반면에 MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없음을 보여 준다. 각 개별 측정들은 도표 56에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 574에 CD3+ TCRbeta+CD8alpha+ IFNγ의 퍼센트로 표현되어 묘사되어 있다.
[도표 57]
도표 56 및 57는 CD103+ 상태로 증명 하듯이, MHC CLP 급의 세포들이 11-혼합의 투여에 의해 활성화 되며, 반면에 MHC MLN 급 세포들의 활성화는 없음을 보여 준다. 각 개별 측정들은 도표 56에 보여주며, 반면에 축적된 데이터는 도표 574에 CD3+ TCRbeta+CD8alpha+ IFNγ의 퍼센트로 표현되어 묘사되어 있다.
여기서 제공 되는 것은 CD8+T 세포들의 유도 및/또는 증식을 위한 조성물들 및 방법들이며, 및 CD8+T 세포들의 유도 및/또는 증식을 통해 감염성 질병 및 암을 포함하는 질병들 및 컨디션을 치료하는 방법들이다.
한 양태에서, 본 공개는 고유의 생물학적 성질들을 갖는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공 한다. 양태에서 여기서 공개되는 박테리아 균주들의 조성물들은, 또한 박테리아 조성물이라고도 언급 되며, CD8+T 세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 할 수 있다. 양태에서 여기서 공개되는 박테리아 균주들의 조성물들은, CD8+T 세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 할 수 있다.
한 양태에서, 여기서 공개되는 조성물들의 박테리아는 이들의 16S rRNA(또는 16S rDNA) 핵산 서열로 동정 될 수 있다. 일반적으로, 박테리아는 이들의 16S rRNA 핵산 서열에 근거하여 특별한 종 및/또는 속에 속하는 것으로 분류 된다. 미생물총 으로부터 유래한 박테리아와 같은, 박테리아는 또한 다른 가깝게 관련되는 균주 또는 종으로 계통발생 클러스터로(clusters) 분류 될 수도 있다. ((예를들어, Rajilic-Stojanovic, M., and de Vos, W.M. (2014). The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev 38, 996-1047 참조). 16S rRNA(또는 16S rDNA) 핵산 서열에 근거하여 특별한 박테리아 종의 정체를 정하는 방법들은 당 업종에서는 잘 알려져 있다 (예를 들어 Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working, G. (2012). Evaluation of 16S rDNA-based community profiling for human microbiome research. PLoS One 7, e39315 참조).
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서. 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 및 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 및 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 및 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 및 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 상동성(homology을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개 의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개 의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개 의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 되는 조성물의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개 의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 en ro 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7 SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6개, 또는 적어도 7개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7 SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6개, 또는 적어도 7개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는서열식별번호 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7 SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6개, 또는 적어도 7개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7 SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6개, 또는 적어도 7개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37, 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개, 의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개, 의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, 또는 SEQ ID NO:36 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, 또는 SEQ ID NO:36 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, 또는 SEQ ID NO:36 과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, 또는 SEQ ID NO:36 과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 97% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다. 양태에서, 본 공개는 활성 성분으로서 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공 된 모든 조성물들을 위해, 어떤 실시 양태들 에서, 그 박테리아 균주 또는 그 박테리아 균주들은 조성물의 활성 성분이라는 것을 인식해야 한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-21로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다. 양태에서, 본 공개는 활성 성분으로서 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-21로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-11로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다. 양태에서, 본 공개는 활성 성분으로서 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-11로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 54-56으로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다. 양태에서, 본 공개는 활성 성분으로서 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 54-56으로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을포함하는 박테리아 균주를 포함하는 조성물들을 제공한다.
여기서 제공 된 모든 조성물들을 위해, 어떤 실시 양태들에서, 그 박테리아 균주들은 정제된다는 것을 인식해야 한다. 그러므로, 예로, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주들을 제공한다. 추가로, 예를 들어, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공 한다. 여기서 원천적으로 공개 되는 박테리아 균주들은 한명 또는 그 이상의 인간 개인들의 미생물총으로부터 얻었고 정제 되었거나, 또는 흙 및 비-인간 미생물을 포함한, 인간 미생물총 이외의 소스로부터 얻었다. 여기서 제공된 대로, 어떤 실시 양태들에서, 인간 미생물총, 비-인간 미생물총, 흙, 또는 어느 다른 소스로부터 분리 된 박테리아는 조성물들에 사용되기 전에 정제 되며 방법들이 여기 제공된다.
한 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열을 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다. 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다. 이미 논의 된대로, 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들은 정제된다. 그러므로, 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열들과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다. 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열들과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다. 이미 논의 된대로, 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들은 정제된다. 그러므로, 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열들과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 97% 상동성(homology)를 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다. 이미 위에서 논의 된대로, 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들은 조성물의 활성 성분이다. 그러므로, 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 활성 성분으로서 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열들과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 활성 성분으로서 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열들과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다. 이미 위에서 논의 된대로, 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들은 조성물의 활성 성분이다. 그러므로, 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 활성 성분으로서 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열들과 적어도 97% 서열 동일성 (sequence identity) 가진 16S rDNA 서열을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 포함 하는 박테리아 균주들과 상동성이 있거나 또는 매우 높은 퍼센트의 상동성을 가진 박테리아 균주들 및 박테리아 균주들의 조합을 제공한다. 이미 논의된 대로, 어떤 실시 양태에서는, 박테리아 균주들은 정제 된다. 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 16S rDNA 서열을 가진 여기서 제공되는 박테리아 균주들은 여러가지 데이터 베이스에서 서술된 박테리어 균주들의 16S rDNA 서열과 높은 퍼센트의 상동성 (예를 들어 90% 이상) 또는 서열 동일성을 가진다 (예를 들어, National Center for Biotechnology Information, NCBI 참조). 표 1은 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26에 포함된 16S rDNA 서열들을 공공데이터 베이스에서 얻기 가능한 박테리아 종의 16S rDNA 서열들과 비교 할 때 상동성이 가장 가까운 종을 제공한다.
한 예시로, 여기서 공개된 서열식별번호 SEQ ID:1의 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주는 NCBI 접근 번호 (NCBI Accession) #LN998073 (16S rDNA 서열 SEQ ID NO:27 가진)에 의해 정의 된대로 파스콜락토박테리우 화이에시움(Phascolarctobacterium faecium) 종의 박테리아 균주와 가장 높은 상동성을 가진다. 서열식별번호 SEQ ID:1의 박테리아 균주는 다른 발행된 박테리아 균주들과 상동성이 역시 있는 반면에, NCBI 접근 번호 (NCBI Accession) #LN998073 (16S rDNA 서열 SEQ ID NO:27 가진)에 의해 정의 된대로 파스콜락토박테리우 화이에시움(Phascolarctobacterium faecium) 종의 박테리아 균주와 가장 높은 상동성을 가진다. 여기서 공개된 여러 박테리아 균주들은 같은 종과 가장 높은 상동성을 가질수 있다는 것을 인식 해야 한다.
서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 가진 여기서 공개된 박테리아 균주들은, 그들의 전체 유전체 서열 또는 그들 전체 유전체 서열의 부분집합에 근거하여 다른 균주들과 또한 상동성이 있다는 것이 더 나아가 인식 되어야 한다.
그러므로, 양태에서, 본 공개는 서열식별번호들(SEQ ID NOs) 1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주들과 가까운 상동성을 가진 박테리아 종을 포함하는 조성물 및 방법들을 또한 제공한다는것을 인식 되어야 한다.
한 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종이다
한 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종이다.
한 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 종이다.
한 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종이다.
한 양태에서, 본 공개는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공하며, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종이다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. . 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 종 CAG:2 , (Parabacteroides sp. CAG:2) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기를 포함하는 정제된 박테리아를 포함하는 조성물을 제공한다:　
1) 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 또는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207),
2) 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 또는 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium),
3) 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 또는 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus),
4) 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 또는 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20),
5) 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 또는 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis),
6) 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila),
7) 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii),
8) 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 또는 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
9) 파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii), 또는 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025),
10) 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum), 및
11) 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2), 또는 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis).　
한 양태에서, 본 공개는, 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다:
1) 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 또는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207),
2) 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 또는 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium),
3) 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 또는 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus),
4) 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 또는 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20),
5) 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 또는 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis),
6) 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila),
7) 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii),
8) 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 또는 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
9) 파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii), 또는 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025),
10) 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum), 및
11) 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2), 또는 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis).　
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans, 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)를 포함 하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans, 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp.HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 , (Parabacteroides sp. CAG:2)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp.HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 종 CAG:2(Parabacteroides sp. CAG:2)를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조정물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp.HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2)으로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조정물들을 제공한다
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp.HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 종 CAG:2 , (Parabacteroides sp. CAG:2) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans, 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207 (Phascolarctobacterium sp. CAG:207), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20) 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis), 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2)로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11개의 박테리아 균주들을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 및 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 한정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함 한다.
한 양태에서, 본 공개는 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다. 여기서 제공 된 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개 의 박테리아 균주들을 포함 한다.
조성물들은 어떤 특별한 종의 다수 균주들을 포함 할 수 있다는 것이 인식 되어야 한다. 그러므로, 실례로, 여기서 공개되는 조성물들의 제한적이지 않은 실시예시는
박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae)의 균주 및 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis)의 두 균주를 포함한다.
본 공개는 또한 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum) 과 상동성이 가깝거나 및/또는 이들의 종내에 있는 박테리아 균주를 포함하는 조성물을 포함한다.
그러므로,한 실시 양태에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성(homology)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주 하나 또는 그 이상을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성(homology)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주 두 개 또는 그 이상을 포함한다.
그러므로, 실시 양태에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주 하나 또는 그 이상을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주 두 개 또는 그 이상을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성(homology)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주 두 개 또는 그 이상을 포함한다. 어던 실시 양태들에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주 두 개 또는 그 이상을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개의 조성물들은 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선텍된 종의 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시 양태에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성(homology)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주 두 개 또는 그 이상을 포함한다. 어떤 실시 양태에서, 본 공개의 조성물들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 정제된 박테리아 균주 두 개 또는 그 이상을 포함한다.
어떤 실시 양태에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 포함하는 다섯 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태에서, 본 공개는 적어도 10 개의 정제된 박테리아 균주들의 조성물을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 각 각 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26의 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 포함한다. 어떤 실시 양태에서, 본 공개는 10 개의 정제된 박테리아 균주들로 구성된 조성물을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 각 각 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26의 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 포함한다. 어떤 실시 양태에서, 본 공개는 본질적으로 (essentially) 11 개 박테리아 균주들로 구성된 조성물을 제공하며, 상기. 박테리아 균주들은 각 각 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26의 핵산 서열의 16S rDNA 서열을 포함한다. 여기서 사용된 대로, 본질적으로 구성 됨은 (essentially consisting of)은 추가의 박테리아 균주들이 포함되지 않은 조성물을 의미한다.
어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 다섯 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 적어도 10 개의 정제된 박테리아 균주들을 가진 조성물들을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26 의 핵산 서열과 각 각 적저도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 10 개의 정제된 박테리아 균주들로 구성된 조성물들을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26 의 핵산 서열과 각 각 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 10 개의 정제된 박테리아 균주들로 본질적으로 구성된 조성물들을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26 의 핵산 서열과 각 각 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다.
어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 다섯 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아 균주들를 가진 조성물들을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 적어도 10 개의 정제된 박테리아 균주들을 가진 조성물들을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26 의 핵산 서열과 각 각 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 10 개의 정제된 박테리아 균주들로 구성된 조성물들을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26 의 핵산 서열과 각 각 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 10 개의 정제된 박테리아 균주들로 본질적으로 구성된 조성물들을 제공하며, 상기 박테리아 균주들은 서열 동정번호 SEQ ID NOs:1-26 의 핵산 서열과 각 각 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 하기의 박테리아 종과 연관된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물은 제공한다: 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum) (표 1 참조). 여기서 공개된 다수의 박테리아 균주들의 조성물은 같은 연관된 박테리아 종을 가질 수 있다는 것이 인식 되어야 한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아를 가진 조성물을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 본 공개는 서열 동정번호 SEQ ID NOs:27-52로 구성된 그룹으로부터 선택된 핵산 서열과 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 정제된 박테리아를 가진 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 서술된 박테리아 균주들 또는 종의 어느 한서열의 핵산 서열과 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주를 제공한다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주는 여기서 서술된 어느 균주들 또는 박테리아 종의 특정한 부분에 대해 또는 전체 서열에 대해 상대적으로 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 적어도 99.6%, 적어도 99.7%, 적어도 99.8%, 적어도 99,9% 또는 100% 까지의 상동성을 가진다. 이 분야 통상 전문가는 “상동성(homology)”또는 “퍼센트 상동성(present homology)”이란 용어는, 두 개 또는 그 이상의 핵산 서열 또는 아미노산 서열의 내용에서, 이들의 두 개 또는 그 이상의 서열 또는 일부분(들)에서 유사함을 측정하는 것을 의미 한다는 것을 인식할 것이다. 상동성은 적어도 약 50 뉴클레오타이드(nucleotide) 길이의 서열 부분을 걸쳐 존재하거나, 또는 좀더 선호적으로는 100에서 500 또는 1000 또는 그 이상의 뉴클레오타이드의 길이에 걸쳐 존재 할 수 있다. 어떤 실시 양태들에서, 상동성은 16S rRNA 또는 16S rDNA 서열 또는 이들의 일부분의 길이에 걸쳐 존재 한다.
추가로, 또는 다른 한편으로, 두 개 또는 그 이상의 서열들은 두 서열들 사이의 동일성 (identity)에대해 평가 할 수도 있다. 두 개 또는 그 이상의 핵산 또는 아미노산 서열들의 내용에서 “동일한(identical)”또는 퍼센트 “동일성(identity)” 이란 용어들은 두 개 또는 그 이상의 서열들 또는 부속서열들이 같은 것을 의미한다. 하기의 서열 비교 알고리즘 중의 하나를 사용하여 측정하거나 또는 수동 정렬 및 눈으로 검색하여, 비교 범위에 걸쳐, 또는 지정된 부위에 걸쳐 최대 해당 부위의 비교 및 정렬(align)했을 때, 만약, 두 서열들이 특정한 부위 또는 전체 서열에 걸쳐서 특정한 퍼센트 (에를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% or 99.9% 동일한)의 같은 아미노산 잔기 또는 핵산을 가지면 두 서열들은 “상당히 동일(substalntially identical)”하다. 선택적으로, 동일성은 적어도 길이가 약 50 뉴클레오타이드인 부위에 걸쳐서, 또는 좀 더 선호적으로는 길이가 100 에서 500 또는 1000 또는 더 많은 뉴클레오타이드인 부위에 걸쳐서 존재한다. 어떤 실시 양태들에서는, 동일성은 16S rRNA 또는 16S rDNA 서열의 길이에 걸쳐 존재한다.
추가로, 또는 다른 한편으로, 두 개 또는 그 이상의 서열들은 두 서열들 사이의 정렬 (alignment)대해 평가 할 수도 있다. 두 개 또는 그 이상의 핵산 또는 아미노산 서열들의 내용에서 “정렬(alignment)”또는 퍼센트 “정렬(alignment)”이란 용어들은, 두 개 또는 그 이상의 서열들 또는 부속서열들이 같은 것을 의미한다. 하기의 서열 비교 알고리즘 중의 하나를 사용하여 측정하거나 또는 수동 정렬 및 눈으로 검색하여, 비교 범위에 걸쳐, 또는 지정된 부위에 걸쳐 최대 해당 부위의 비교 및 정렬(aligned) 했을 때, 만약, 두 서열들이 특정한 부위 또는 전체 서열에 걸쳐서 특정한 퍼센트 (에를 들어, 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8% or 99.9% 동일한)의 같은 아미노산 잔기 또는 핵산을 가지면, 두 서열들은 “상당히 정렬(substalntially aligned)” 되었다. 선택적으로, 정렬은 적어도 길이가 약 50 뉴클레오타이드인 부위에 걸쳐서, 또는 좀 더 선호적으로는 길이가 100 에서 500 또는 1000 또는 더 많은 뉴클레오타이드인 부위에 걸쳐서 존재한다. 어떤 실시 양태들에서는, 동일성은 16S rRNA 또는 16S rDNA 서열의 길이에 걸쳐 존재한다.
서열 비교를 위해, 전형적으로 서열은, 테스트 서열이 비교될, 참조 서열 (reference sequence)로 작용한다. 비교를 위한 서열의 정렬 방법들은 이 분야에서 잘 알려져 있다. 예를 들어, 스미스 및 워터만의 국소 상동성 알고리즘 (local homology algorithm of Smith and Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482c), 니들만 및 분쉬의 상동성 정렬 (the homology alignment algorithm of Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443, 1970), 피어슨 및 리프만의 유사성 탐색 방법 (the search for similarity method of Pearson and Lipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444, 1988), 이들 알고리즘들의 컴프터화 실행
(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group. Madison. WI 에 있는 GAP, BESTFIT, FASTA, 및 TFASTA), 또는 수동 정렬 및 눈으로 검열((Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003) 참조)) 을 참조. 퍼센트 서열 동일성 및 서열 유사성을 결정하는데 적절한 알고리즘의 두 가지 실시 예시들은 BLAST 및 BLAST 2.0 이며, 이들은 각각 알트 슐 등(Altschul et al., Nuc. Acids Res. 25:3389-3402, 1977); 및 (Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990) 에 서술되어 있다.
한 양태에서, 본 공개는 다수의 정제된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물들을 제공한다.한 양태에서, 여기서 공개된 박테리아 균주들과 가장 가까운 알려진 연관된 박테리아 종을 동정하기 위해 조성물들의 16S rDNA 서열들을 박테리아 유전체 데이터 베이스에 있는 알려진 박테리아 종/균주들의 16S rDNA 서열과 비교 하였다 (예를 들어, 표 1 및 표 3 참조).
여기서 공개된 조성물의 다수의 박테리아 균주들은 같은 가장 가깝게 연관 박테리아 종을 가질수 있다는 것을 인식해야 한다,한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호(SEQ ID NOs):1-26가 제공하는 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 또는 종을 포함하는 조성물을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 서술된 어느 균주들과 가장 가깝게 연관된 어느 종의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 종은, 서열식별번호 (SEQ ID NOs):27-52가 제공하는 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주들에 해당 한다.한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 (SEQ ID NOs):1-21이 제공하는 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 또는 종을 포함하는 조성물을 제공한다. 어떤 실시 양태에서, 여기서 서술된 어느 균주들과 가장 가깝게 연관된 어느 종의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 종은, 서열식별번호 (SEQ ID NOs):27-47이 제공하는 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주들에 해당 한다.한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 (SEQ ID NOs):1-11이 제공하는 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 또는 종을 포함하는 조성물을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 서술된 어느 균주들과 가장 가깝게 연관된 어느 종의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 종은, 서열식별번호 (SEQ ID NOs):27-37이 제공하는 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주들에 해당 한다.한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 (SEQ ID NOs):12-26이 제공하는 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 또는 종을 포함하는 조성물을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 서술된 어느 균주들과 가장 가깝게 연관된 어느 종의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 종은, 서열식별번호 (SEQ ID NOs):38-52이 제공하는 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주들에 해당 한다.한 양태에서, 본 공개는 서열식별번호 (SEQ ID NOs):12-21이 제공하는 서열 중 어느 하나의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 또는 종을 포함하는 조성물을 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 서술된 어느 균주들과 가장 가깝게 연관된 어느 종의 핵산 서열과 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 가진 종은, 서열식별번호 (SEQ ID NOs):38-47이 제공하는 16S rDNA 서열을 가진 박테리아 균주들에 해당 한다.
어떤 실시 양태에서, 여기서 공개되는 조성물들은 여기서 서술된 박테리아 균주들 (예를 들어, 정제된 박테리아 균주들) 중 적어도 하나를 제공한다. 어떤 실시 양태들에서, 적어도 하나의 박테리아 균주를 포함하는 조성물들은, 서열식별번호(SEQ ID NOs):1-26의 어느 하나로부터 선택된 16S rDNA 서열을 가진 적어도 하나의 박테리아 균주를 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 적어도 하나의 박테리아 균주를 포함하는 조성물들은, 서열식별번호(SEQ ID NOs):1-26의 어느 하나로부터 선택된 16S rDNA 서열과 97% 상동성이 있는 하나의 박테리아 균주를 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 적어도 하나의 박테리아 균주를 포함하는 조성물들은, 서열식별번호(SEQ ID NOs):1-26의 어느 하나로부터 선택된 16S rDNA 서열과 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 하나의 박테리아 균주를 포함한다.
어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 조성물들은, 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 조성물들은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 6 개 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 그 이상의 박테리아 균주들 (예를 들어, 정제된 박테리아 균주들)을 포함한다.
여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들의 적어도 50%는 박테리오달리스(Bacteriodales) 오더 (order)에 속한다. 여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들의 적어도 50%는 박테리오드(Bacteroides) 또는 파라박테리오드(Parabacteroides) 속(genus)에 속한다. 여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 하나 또는 그 이상의 균주들은 박테리오드(Bacteroides)
속에 속하고 및 하나 또는 그 이상의 균주들은 파라박테리오드(Parabacteroides) 속(genus)에 속한다. 여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들의 적어도 25%는 박테리오이다세아에 (Bacteroidaceae) 과(family)에 속한다. 여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 하나 또는 그 이상의 균주들은 박테로이데스 (Bacteroides) 속 (genus)에 속한다. 여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 하나 또는 그 이상의 균주들은 파라박테로이데스 (Parabacteroides) 속(genus)에 속한다.
여기서 제공된 조성물의 어떤 실시 양태들에서, 조성물들은 박테리어오달리스 (Bacteriodales) 오더(order)에 속하는 박테리아 균주들은 포함하지 않는다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 박테리오달리스(Bacteriodales) 오더 (order)에 속하고 및 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 클로스트리디알리스 (Clostridiales) 오더 (order)에 속한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들의 적어도 50%는 박테리오달리스(Bacteriodales) 오더 (order)에 속하고 및 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 클로스트리디알리스 (Clostridiales) 계 (order)에 속한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들의 적어도 75%는 박테리오달리스(Bacteriodales) 오더 (order)에 속하고 및 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 클로스트리디알리스 (Clostridiales) 계 (order)에 속한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시 양태들에서, 박테리아 균주들의 적어도 90%는 박테리오달리스(Bacteriodales) 오더 (order)에 속하고 및 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 클로스트리디알리스 (Clostridiales) 오더 (order)에 속한다.
어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 결장균 (E. coli)을 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 비피도박테리움 (Bifidobacterium)을 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 바실러스 (Bacillus)를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 바실러스 (Bacillus)를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 엔테로콕커스 (Enterococcus)를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 바네시엘라 (Barnesiella)를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 B. 후라질리스(B. fragilis) 를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 B. 테타이오타오마아크론 (B. thetaiotaomicron)을 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 악커만시아 (Akkermansia)를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 프로박테리아 (Proteobacteria)를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 벅홀데리아 (Burkholderia) 를 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 클러스터 IV (Cluster IV)에 속하는 클로스트디움 종 (clostridium species)은 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 화에칼리박테리움 (Faecalibacterium)을 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 클러스터 XIVa (Cluster XIVa)에 속하는 클로스트디움 종 (clostridium species)은 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 제공된 조성물들은 모닐라 종 (Monilla species)과 같은 곰팡이를 포함하지 않는다.
한 양태에서, 본 공개는CD8 T 세포를 유도 할 수 있는 인간 대변 샘플의 정제된 분획을 제공한다,
여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 인간-유래 박테리아 이다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 모든 박테리아 균주들은 인간-유래 박테리아 이다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 박테리아 균주들은한 명 이상의 인간 공여자로부터 유래 한다.
여기서 제공된 조성물들에 사용된 박테리아 균주들은 일반적으로 건강한 개인들의 미생물총 (microbiome)으로부터 분리 된다. 어떤 실시 양태들에서는, 조성물들은 단일 개인으로부터 유래한 균주들을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서는, 조성물들은 다수의 개인들로부터 유래한 균주들을 포함한다. 어떤 실시 양태들에서는, 박테리아 균주들은 다수의 개인들로부터 얻고, 분리하고 및 각 각 개별적으로 성장시켰다. 각 개별적으로 성장시켜진 박테리아 조성물들은 본 공개의 조성물들을 제공하기 위하여 그뒤로 합쳐 질수 있다. 여기서 제공된 조성물들의 박테리아 균주들의 기원은 건강한 개인으로부터 온 인간 미생물총에 국한 하는 것은 아니라는 것을 인식 해야 한다. 어떤 실시 양태들에서는, 박테리아 균주들은 장내 세균 불균형에 있는 사람의 미생물총으로부터 유래 한다. 어떤 실시 양태들에서는, 박테리아 균주들은 비-인간 동물 또는 환경 (예를 들어, 흙 또는 표면 물)으로부터 유래 한다. 어떤 실시 양태들에서는, 여기서 제공된 박테리아 균주들의 조합들은 다수의 소스로부터(예를 들어, 인간 및 비-인간 동물) 유래한다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 하나 또는 그 이상의 혐기성 박테리아 (anaerobic bacteria)를 포함한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 단지 혐기성 박테리아 만을 포함한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 하나 또는 그 이상의 조건적 혐기성 박테리아 (facultative anaerobic bacteria)를 포함한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 단지 조건적 혐기성 박테리아만을 포함한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 하나 또는 그 이상의 완전 혐기성 박테리아 (obligate anaerobic bacteria)를 포함한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 단지 완전 혐기성 박테리아만을 포함한다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 항생제 저항 유전자를 갖지 않는다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 박테리아 균주들은 박테리아 균주가 반코마이신(vancomycin)에 저항성을 나타내도록 하는 항생제 저항 유전자를 갖지 않는다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 양태들에서, 조성물은 하나 또는 그 이상의 항생제 에 저항성인 박테리아 균주들을 포함하지 않는다. 여기서 제공된 박테리아 조성물들을 투여 후에 몸으로부터 제거하는 기전이 바람직 할 수 있다는 것을 인식 해야 한다. 그러한 기전은 항생제 처치로 박테리아 조성물들을 제거 하는 것이다. 그러므로, 어떤 실시 양태에서, 조성물들은 하나 또는 그 이상의 항생제에 저항성인 박테리아 균주들을 포함하지 않는다. 어떤 실시 양태에서, 조성물들은 페니실린(penicillin), 벤질페니실린(benzylpenicillin), 엠피실린(ampicillin), 설박탐(sulbactam), 아목시실린(amoxicillin), 클라벌라나테(clavulanate), 타조박탐(tazobactam), 피페라실린(piperacillin), 세프메타졸(cefmetazole), 반코마이신(vancomycin), 이미페넴(imipenem), 메로페넴(meropenem), 메트로니다졸(metronidazole) 및 클린다마이신(clindamycin)으로 구성된 항생제 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 항생제들에 저항성인 박테리아 균주들을 포함하지 않는다. 어떤 실시양태들에서는, 조성물들은 반코마이신에 저항성인 박테리아 균주들은 포함하지 않는다.
어떤 실시양태들에서, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도 4 가지 항생제들에 민감한 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도 3 가지 항생제들에 민감한 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도 2 가지 항생제들에 민감한 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도한 가지 항생제에 민감한 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도 4 가지 항생제들에 민감한 박테리아 균주들 만을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도 3 가지 항생제들에 민감한 박테리아 균주들 만을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도 2 가지 항생제들에 민감한 박테리아 균주들 만을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 조성물들은 인간에게는 효과가 있는 적어도한 가지 항생제에 민감한 박테리아 균주들 만을 포함한다. (여기서 사용된 대로 “인간에게 효과 있는 항생제 (antibiotic that is efficacious in a human)”는 인간에게서 박테리아 감염을 성공적으로 치료하는데 사용된 항생제이다).
여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 포자-형성자 (spore-former) 이다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 포자 형태에 있다. 여기서 서술된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 비포자-형성자 (non-spore former) 이다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 조성물들은 포자-형성하는 및 비-포자 형성하는 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 조성물들은 포자-형성하는 박테리아 균주들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 조성물들은 단지 포자-형성하는 박테리아 균주들 만을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 조성물들은 단지 비-포자 형성하는 박테리아 균주들 만을 포함한다. 이 포자-형성하는 박테리아는 포자 형태 ((즉, 포자 (spore)로서)) 또는 생장 형태 ((즉, 생장세포(vegetative cell)로서))로 있을 수 있다. 포자 형태에서, 박테리아는 일반적으로 열, 산성, 방사선, 산소, 화학약품들, 및 항생제와 같은 환경 조건들에 좀 더 저항적이다. 이와 반대로, 생장하는 상태 또는 활발하게 성장하는 상태에서는, 박테리아는 포자 형태에 비교하여 그러한 환경 조건들에 좀더 민감하다. 일반적으로, 박테리아 포자들은 적절한 컨디션들 하에서, 포자 형태애서 생장/ 활발하게 성장하는 상태로 발아 할 수 있다. 예를 들어, 포자 형태에 있는 박테리아는 이들이 장내에 유입 되었을 때는 발아 할 수 있다.
어떤 실시양태들에서, 조성물에 있는 박테리아 균주들 중 적어도 하나 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상)는 포자 형성자 (spore former) 이다. 어떤 실시양태들에서, 조성물에 있는 박테리아 균주들중 적어도 하나 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상)는 포자 형태 이다. 어떤 실시양태들에서, 조성물에 있는 박테리아 균주들 중 적어도 하나 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상)는 비-포자 형성자 (non-spore former) 이다. 어떤 실시양태들에서, 조성물에 있는 박테리아 균주들 중 적어도 하나 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상)는 생장형태 (vegetative form)에 있다 (위에서 논의 된대로, 포자 형성하는 박테리아는 생장형태로 또한 있을 수 있다). 어떤 실시양태들에서, 조성물에 있는 박테리아 균주들 중 적어도 하나 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상)는 포자 형태에 있고 및 조성물에 있는 박테리아 균주들 중 적어도 하나 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상)는 생장형태 (vegetative form)에 있다. 어떤 실시양태에서는, 포자를 형성 할수 있다고 생각되는 박테리아 균주 (즉, 포자-형성자) 적어도 하나는 그러나 조성물에는 생장 형태로 존재한다. 어떤 실시양태에서는, 포자를 형성 할수 있다고 생각되는 박테리아 균주 (즉, 포자-형성자) 적어도 하나는 조성물에 포자 형태 및 생장 형태 둘 다로 존재한다.
여기서 제공된 조성물들의 박테리아 균주들은 살아 있으며 및 이들이 타겟 부위 (예를 들어, 장)에 도달 했을 때 살아 있을 것이라고 본다. 박테리아 포자들은 이런 의미에서 살아 있다고 간주 된다. 어떤 실시양태에서, 포자들로서 투여되는 박테리아는 그 타겟 부위(예를 들어, 장)에서 발아 될 수 있다. 더 나아가 모든 박테리아가 다 살아 있는 것은 아니고 및 조성물들은 살아 있지 않은 퍼센트(예를 들어, 무게로)를 포함 할 수 있다는 것이 인식 되어야 한다. 추가로, 어떤 실시양태들에서, 조성물들은 투여 될 때 또는 타겟 부위(예를 들어, 장)에 도달 했을 때 살아 있지 않은 박테리아 균주들을 포함한다. 살아 있지 않은 박테리아는 조성물에 있는 다른 박테리아 균주들에게 어떤 영양분들 및 대사물들을 제공함으로 그래도 유용할 것이다.
여기서 제공된 조성물 어느 것에서, 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주들은 정제 된다. 여기서 제공된 조성물 어느 것에서, 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주들은 분리 된다. 여기서 서술된 박테리아 균주들 어느 것도, 예를 들어, 배양 또는 미생물총 샘플 (예를 들어, 대변)과 같은 소스로부터 분리되고 및/또는 정제된다. 여기서 제공되는 조성물들에서 사용된 박테리아 균주들은 일반적으로 건강한 개인의 미생물총으로 분리된다. 그러나, 박테리아 균주들은 건강하지 않다고 간주되는 개인으로부터도 또한 분리 될 수 있다. 어떤 실시 양태들에서는, 조성물들은 다수의 개인들로부터 기원한 균주들을 포함한다. 여기서 사용한대로, “분리된(isolated)”이란 용어는 다른 박테리움 또는 박테리아 균주들과 같은 하나 또는 그 이상 바람직하지 않은 성분으로부터, 하나 또는 그 이상의 성장 배지 성분으로부터, 및/또는 대변 샘플과 같은 하나 또는 그 이상의 샘플 성분으로부터 분리된 박테리아를 의미한다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아는 그 소스(source)의 다른 성분들이 검출되지 않도록 소스로부터 상당히 분리된다. 여기서 또한 사용된 대로, “정제된(purified)”이란 용어는 오염물질들과 같은 하나 또는 그 이상의 성분들로부터 분리된 그런 것을 포함하는 박테리아 균주 또는 성분을 의미한다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주는 상당히 오염물질들이 없다. 어떤 실시양태들에서, 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 생산된 및/또는 배양액에 존재하는 하나 또는 그 이상의 다른 박테리아 균주들 또는 그 박테리아 균주를 함유하고 있는 샘플로부터 독립적으로 정제될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주는 샘플로부터 분리 또는 정제 되고 및 그 후 박테리아 복제를 위한 적절한 조건들 아래에서, 예를들어 혐기성 배양 조건들 하에서, 배양된다. 박테리아 복제를 위한 적절한 조건들 아래에서 자란 박테리아는 후속으로 이것이 자란 배양액으로부터 분리/정제 된다.
한 양태에서, 본 공개는 고유의 생물학적 성질들을 가진 박테리아 균주들 또는 박테리아 균주들의 혼합물들을 제공한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시양태에서, 조성물은 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도할 수 있다. 어떤 실시양태에서, 여기서 제공되는 조성물들의 박테리아 균주들은, 박테리아 균주들 사이의 시너지효과 때문에, CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도할 수 있다. 그러므로, 특정한 기전에 국한 되지 않고, 어떤 실시양태들에서는, 여기서 제공된 조성물들의 박테리아 균주들의 조합은 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 자극시키는데 시너지적으로 작용한다, 왜냐하면 균주들의 조합은 특히 대사물질 및/또는 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 자극시키는 세포 신호를 생성시키는데 아주-적합하기 때문이다. 박테리아 조성물들은, 한예로 장관 내의(예를 들어, 결장 또는 맹장) 영양분들의 사용을 통해, 및/또는 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 자극하는 대사물질 및/또는 세포 신호들을 가져오게 하는 대사물질들의 상호 작용들을 통해, 그렇게 할수 있다. 추가로, 특정한 기전에 국한 되지 않고, 어떤 실시양태들에서는, 여기서 제공된 조성물들의 박테리아 균주들의 조합은 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 자극시키는데 시너지적으로 작용한다, 왜냐하면, 박테리아 균주들의 조합은 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 결과적으로 가져오게 할 장관 내(예를 들어, 결장 또는 맹장) 에서의 특정한 니치 (niches)의 이식이 우월하기 때문이다 (예를 들어, 호의적인 미세환경을 제공 함으로서). 어떤 실시양태들에서는, 여기서 제공된 조성물들의 박테리아 균주들의 조합은 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 자극시키는데 시너지적으로 작용한다, 왜냐하면, 박테리아 균주들의 조합은 특히 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도를 자극시키는 대사물질들 및/또는 세포 신호들을 발생시키는데 아주-적합하며, 및 이 조합은 특정한 니치 (niches)에 이식 시키는데 아주 적합하며, 이는 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도하기 위해 대사믈질 및/또는 세포 신호들을 타겟에 위치 시키는 결과를 가져오게 하기 때문이다.
질병의 치료
암
한 양태에서, 본 공개는 대상에서 질병을 치료하기 위한 조성물들 및 방법들을 포함한다. 여기서 제공한 방법들의 어떤 실시양태에서는, 그 대상은 암을 가지고 있다.한 양태에서, 여기서 제공된 조성물들 및 방법들에 따라 치료 될 수 있는 암들에는, 제한없이, 상피성암(carcinoma), 신경교종(glioma), 중피종(mesothelioma), 흑색종(melanoma), 림프종(lymphoma), 백혈병(leukemia), 선암종(adenocarcinoma), 유방암(breast cancer), 난소암(ovarian cancer), 자궁경부 암(cervical cancer), 교모세포종(glioblastoma), 다발성 골수종(multiple myeloma), 전립선 암 (prostate cancer), 버켓 림프종( Burkitt's lymphoma), 머리 및 목 암(head and neck cancer), 결장 암(colon cancer), 결장 암(colorectal cancer), 비-소세포성 폐암 (non-small cell lung cancer), 소세포 페암 (small cell lung cancer), 식도 암(cancer of the esophagus), 위암 (stomach cancer), 췌장 암(pancreatic cancer), 간담도 암 (hepatobiliary cancer), 담낭 암(cancer of the gallbladder), 소장 암(cancer of the small intestine), 직장 암(rectal cancer), 신장 암(kidney cancer), 방광 암(bladder cancer), 전립선 암 (prostate cancer), 음경 암(penile cancer), 뇨도 암(urethral cancer), 고환 암(testicular cancer), 질 암(vaginal cancer), 자궁 암(uterine cancer), 갑상선 암(thyroid cancer), 부갑상선 암(parathyroid cancer), 부신 암 (adrenal cancer), 췌장 내분비 암(pancreatic endocrine cancer), 유암종(carcinoid cancer), 골 암(bone cancer), 피부 암(skin cancer), 망막모세포종(retinoblastomas), 호츠킨스 임프종(Hodgkin's lymphoma), 비-호츠킨스 임프종(non-Hodgkin's lymphoma), 카포시육종(Kaposi's sarcoma), 다중심적 캐슬맨 병 (multicentric Castleman's disease), AIDS-연관 원발성 삼출액 림프종(AIDS-associated primary effusion lymphoma), 신경외배엽성 종양 (neuroectodermal tumors), 또는 횡문근육종(rhabdomyosarcoma)이 포함된다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 암은 전립선암, 방광암, 비-소세포성 폐암, 요로상피세포암종 (Urothelial carcinoma), 흑색종, 또는 신장세포 암종 (renal cell carcinoma)이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 그 대상은 방사성 치료를 받고 있다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 방법은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항암제들의 투여를 포함한다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 항암제는 화학요법제이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 항암제는 암 면역치료제이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 암 면역치료제는 면역 체크포인트 억제제이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제는 PD-1 억제제, PD-L-1 억제제 또는 CTLA-4 억제제이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 CTLA-4 억제제이다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 암 면역치료제는 암세포들에 대한 한대상의 면역 시스템의 반응을 증가시키도록 작용하는 암 백신이다. 예를 들어, 암 백신들은 암 항원(들)을 지닌 세포들에 대하여 면역 반응을 유도하거나 또는 자극하도록 작용하는 암 항원(들)을 포함한다. 유도되거나 또는 자극 되는 면역반응은 항체(체액, humoral) 면역 반응 및/또는 T-세포(세포-중개하는, cell-mediated)면역 반응이다. CD8+ T-세포들은 CD8+ T-세포들에 의해 인식되는 항원을 지닌 타겟 세포를 죽일 수 있는 세포독성 T-세포 (cytotoxic T-cell)로 분화될 수 있다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 암 면역치료제는 CAR-T 치료제이다. CAR-T 세포들에는 이들 표면에 키메릭 항원 수용체 (chimeric antigen receptors) (CARs)를 생산하도록 유전학적으로 가공된 (genetically engineered) 환자로부터 얻는 T 세포들을 포함한다. CAR들은 암세포에 특이적인 항원을 인식하도록 가공된다. CAR-T 세포들이 환자에 주입된 후에, 이들은 특이적인 항원을 표면에 발현하는 암세포들을 인식하고 죽인다. CD8+ T-세포들의 유도는 세포를 CAR-T 세포들로 전환시키도록 하는데 유용하다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 방법에는 더 나아가 하나 또는 그 이상의 사이토카인 (cytokines) 투여를 포함한다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서 사이토카인(cytokines)은 IL-2, IL-15, 또는 IL-21 이다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 방법에는 더 나아가 하나 또는 그 이상의 상호자극제(costimulatory agents)를 투여한다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서 상호자극제(costimulatory agents)는 CD-28, OX-40, 4-1BB, 또는 CD40 항체이다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 방법은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 백신 투여를 포함한다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 백신은 수지상 세포 (dendritic cell) 백신이다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 방법은 더 나아가 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy) 투여를 포함한다. 여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 양자 세포 전달 치료는 조작된 T-세포 수용체들(engineered T-cell receptor) 또는 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptors)를 사용하는것이다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 조성물들은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항암제를 포함한다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 항암제는 화학요법제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 항암제는 암 면역치료제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 암 면역치료제는 면역 체크포인트(immune checkpoint) 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제, PD-L-1 억제제 또는 CTLA-4 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제, PD-L-1 억제제, CTLA-4 억제제, IDO1 억제제, LAG3 억제제 또는 TIM3 억제제이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제이다. 어떤 실시양태들에서, PD-1 억제제는 니볼루맵(nivolumab) 이다. 어떤 실시양태들에서, PD-1 억제제는 팸브로리쯔맵 (pembrolizumab)이다. 어떤 실시양태들에서, PD-1 억제제는피디루찌맵(pidiluzimab) 이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 PD-L-1 억제제이다. 어떤 실시양태들에서, PD-L-1 억제제는 아테졸리쭈맵(atezolizumab) 이다. 어떤 실시양태들에서, PD-L-1 억제제는 아벨루맵 (avelumab)이다. 어떤 실시양태들에서, PD-L-1 억제제는 더발루맵 (durvalumab) 이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 면역 체크포인트 억제제는 CTLA-4 억제제이다. 어떤 실시 양태에서, CTLA-4 억제제는 항-CTLA-4 항체이다. 항-CTLA-4 항체들의 실시예시들에는, 이것에만 국한하지 않으나, 이피리무맵(ipilimumab), 트래멜리무맵(tremelimumab) (CP-675,206), 9H10, 4F10, 및 9D9 이 포함 된다.　 어떤 실시 양태에서, CTLA-4 억제제는 이피리무맵(ipilimumab). 어떤 실시 양태에서, CTLA-4 억제제는 트래멜리무맵(tremelimumab) 이다. 다수의 항암제들 (예를 들어, 면역 체크포인트 억제제들)이 여기서 공개되는 조성물들 및 방법들에 포함될 수 있다는 것이 더 나아가 인식 되어야 한다.한 예로, 제한적이지 않은한 실시예시에서, 여기서 공개되는 조성물들 및 방법들은 PD-1 억제제 및 CTLA-4 억제제 둘 다 포함한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis) 및 PD-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis) 및 PD-L-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함한느 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 파스콜락토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis) 및 CTLA-4 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 97% 상동성 (homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 PD-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 97% 상동성 (homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 PD-L-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 97% 상동성 (homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 CTLA-4 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 PD-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 PD-L-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 16S rDNA 서열 포함하는 박테리아 균주들 및 CTLA-4 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 및 SEQ ID NO:64 와 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 PD-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 및 SEQ ID NO:64 와 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 PD-L-1 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
한 양태에서, 본 공개는 적어도 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 및 SEQ ID NO:64 와 97% 서열 동일성 (sequence identity)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들 및 CTLA-4 억제제를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물들을 제공한다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 사이토카인 (cytokines)을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 사이토카인(cytokines)은 IL-2, IL-15, 또는 IL-21 이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 상호자극제(costimulatory agents)를 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 상호자극제(costimulatory agents)는 CD-28, OX-40, 4-1BB, 또는 CD40 항체이다.
여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 백신을 포함한다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 백신은 수지상 세포 (dendritic cell) 백신이다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy)와 조합 된다. 여기서 제공되는 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 양자 세포 전달 치료(adoptive cell transfer theraphy)는 조작된 T-세포 수용체들(engineered T-cell receptor) 또는 키메라 항원 수용체(chimeric antigen receptors)를 사용한다.
한 양태에서, 본 공개는 대상에서 질병들을 치료하는 조성물들 및 방법들을 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 그 대상은 감염성 질병을 지니고 있다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서, 감염성 질병은 박테리아 감염, 바이러스 감염, 기생충 감염, 또는 곰팡이 감염이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 감염성 질병은 바이러스 감염이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 바이러스 감염은 HIV이다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시 양태에서는, 바이러스 감염은 간염 바이러스 이다.
어떤 실시양태들에서, 여기서 제공되는 조성물들은 박테리아 감염, 바이러스 감염, 기생충 감염, 또는 곰팡이 감염과 같은 감염성 질병을 예방 또는 치료하는 (부작용을 부분적으로 또는 완전히 감소시키는) 약학적 조성물로 사용될 수 있다.
여기서 제공되는 방법들에 따라 치료 될 수 있는 박테리아 감염들은, 이것에만 국한하지는 않으나, P. 아에루기노사(P. aeruginosa), 결장균 (E. coli), C. 테타니(C. tetani), N. 고노르호에아에 (N. gonorrhoeae), C. 보투리눔(C. botulinum), 크랩시엘라 종 (Klebsiella sp.), 세라티아 종(Serratia sp.), 슈도모나스 종 (Pseudomanas sp.), P. 세파시아(P. cepacia), 액시네토박터 종(Acinetobacter sp.), S. 에피더미스(S. epidermis), E. 화에칼리스(E. faecalis), S. 뉴모니아스 (S. pneumonias), S. 아우레우스(S. aureus); S. 뮤탄스(S. mutans), 하에모필루스 종(Haemophilus sp.), 네이세리아 종(Neisseria Sp.), N. 메닌기티데스(N. meningitides), 박테로이데스 종(Bacteroides sp.), 시트로박터 종(Citrobacter sp.), 브란하멜라 종(Branhamella sp.), 살모넬라 종 (Salmonella sp.), 시겔라 종(Shigella sp.), S. 파이로젠스(S. pyogenes), 프로테우스 종(Proteus sp.), 클로스트리움 종(Clostridium sp.), 에리시펠로트릭스 종(Erysipelothrix sp.), 리스테리아 종(Listeria sp.), 파스투렐라 멀토시다(Pasteurella multocida), 스트레토바실루스 종(Streptobacillus sp.), 스피리룸 종(Spirillum sp.), 후소스피로체타 종(Fusospirocheta sp.), 트레포네마 팔리둠(Treponema pallidum), 보렐리아 종(Borrelia sp.), 액티노마이세테스(Actinomycetes), 마이코플라즈마 종(Mycoplasma sp.), 크라미디아 종(Chlamydia sp.), 리켓치아 종(Rickettsia sp.), 스피로카에타(Spirochaeta), 보렐리아 버그도르훼리(Borellia burgdorferi), 레지오넬라 종(Legionella sp.), 마이코박테리아 종(Mycobacteria sp), 우레아플라즈마 종(Ureaplasma sp), 스트렙토마이세스 종(Streptomyces sp.), 트리코모라스 종(Trichomoras sp.), P. 미라빌리스(P. mirabilis); 비브리오 콜레라(vibrio cholera), 장관독생산성 결장균(enterotoxigenic Escherichia coli), 클로스트리디움 디피실(Clostridium difficile), 살모넬라 타이피(Salmonella typhi), C. 디프테리아(C. diphtheria), 마이코박테리움 레프라에(Mycobacterium leprae), 마이코박테리움 레프로마토시(Mycobacterium lepromatosi)를 포함한다. 여기서 제공되는 방법들에 따라 치료 될 수 있는 약물 저항성 박테리아에 의해 야기되는 박테리아 감염들은, 이것에만 국한하지는 않으나, 클로스트리디움 퍼후린젠스(Clostridium perfringens); 클로스트리디움 보투리눔(Clostridium botulinum); 클로스트리디움 트리뷰트리컴(Clostridium tributrycum); 클로스트리디움 스포로지네스스(Clostridium sporogenes);결장균(Escherichia coli); 다중약제 저항성 슈도모나스 아우리기노사 (Multidrug Resistant Pseudomonas aeruginosa)와 같은, 슈도모나스 아우리기노사(Pseudomonas aeruginosa),; 반코마이신 저항성 엔테로?키(Vancomycin Resistant Enterococci) (VRE); 카바페냄 저항성 엔테로박테리아세아에(Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae)(CRE); 네이세리아 고노레아에(Neisseria gonorrheae); 에시네토박터(Acinetobacter), 다중약제 저항성 에시네토박터(Acinetobacter); 캄필러박터(Campylobacter); 다중약제 저항성 캄필러박터(Campylobacter); 캔디다(Candida), 훌루코나졸-저항성 캔디다(Fluconazole-Resistant Candida), 확장 스펙트럼 베타-락타메이즈 생산하는 엔테로박테리아세아에 (Extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing Enterobacteriaceae); 살모넬라(Salmonella), 살모넬라 타이피뮤리움(Salmonella Typhimurium), 약물 저항성 비-타이포이드 살포넬라 spp.(Drug resistant non-typhoid Salmonella spp.); 약물 저항성 살모넬라 타이피 (Drug resistant Salmonella Typhi); 약물 저항성 시겔라(Drug resistant Shigella); 메티실린 저항성 S. 아우레우스(Methicillin Resistant S. aureus) 또는 반코마이신 저항성 S. 아우레우스 (vancomycin resistant S. aureus)와 같은 스타필로콕크스 아우레우스(Staphylococcus aureus); 약물 저항성 스트랩토?커스 뉴모니아네(Drug resistant Streptococcus pneumoniae); 약물 저항성 튜버클로시스(Drug resistant Tuberculosis); 에리스로마이신 저항성 그룹 A 스트랩토?커스(Erythromycin Resistant Group A Streptococcus); 클린다마이신 저항성 그룹 B 스트랩토콕커스(Clindamycin resistant Group B Streptococcus), 및 이들의 어느 조합들을 포함된다.
여기서 제공되는 방법들에 따라 치료 될 수 있는 바이러스 감염들은, 이것에만 국한하지는 않으나, 피코나비리다에(picornaviridae), 칼리시비리다에(caliciviridae), 토가비리다에(togaviridae), 풀라비비리다에(flaviviridae), 코로나비리다에(coronaviridae), 랩도비리다에(rhabdoviridae), 필로비리다에(filoviridae), 파라믹소비리다에(paramyxoviridae), 오르토믹소비리다에(orthomyxoviridae), 번야비리다에(bunyaviridae), 아레나비리다에(arenaviridae), 레오비리다에(reoviridae), 레트로비리다에(retroviridae), 헤파드나비리다에(hepadnaviridae), 파보비리다에(parvoviridae), 파포바비리다에(papovaviridae), 아데노비리다에(adenoviridae), 허피스비리다에(herpesviridae), 폭스비리다에(poxviridae), 로타바이러스(rotavirus), 파라인플루엔자 바이러스(parainfluenza virus), 파라인플루엔자 바이러스 A 및 B (influenza virus A and B), 간염 바이러스(hepatitis virus), 시필리스(syphilis), HIV, 래비스 바이러스(rabies virus), 엡스타인-바 바이러스(Epstein-Barr virus), 및 허피스 심플랙스 바이러스(herpes simplex virus) 이 포함 된다.
여기서 제공되는 방법들에 따라 치료 될 수 있는 바이러스 감염들은, 이것에만 국한하지는 않으나 플라스모디움 활시파룸(Plasmodium falciparum)P. 비박스(P. vivax), P. 오발레(P. ovale), P. 말라리아(P. malaria), 톡소플라즈마 곤디(Toxoplasma gondii), 레스마니아 멕시키나(Leishmania Mexicana), L. 트로피카(L. tropica), L. 메이저(L. major), L. 아에티오피카 (L. aethiopica), L. 도노바니(L. donovani), 트리파노조미 크루찌(Trypanosoma cruzi), T. 부루세이(T. brucei), 쉬스토조마 만소니(Schistosoma mansoni), S. 헤마토비움(S. haematobium), S. 자포니쿰(S. japonium), 트리시넬라 스피랄리스(Trichinella spiralis), 우체레리아 반크로프티(Wuchereria bancrofti), 부루기아 말라이리(Brugia malayli), 엔타모에바 히스토리티카(Entamoeba histolytica), 엔테로비우스 베르미큘로아러스(Enterobius vermiculoarus), 타에니아 솔리움(Taenia solium), T. 사기나타(T. saginata), 트리코모나스 바지나티스(Trichomonas vaginitis), T. 호미니스(T. hominis), T. 테낙스(T. tenax); 기아르디아 램브리아(Giardia lamblia), 크립토스포리디움 파르붐(Cryptosporidium parvum), 뉴모사이티스 카리니(Pneumocytis carinii), 바베시아 보비스(Babesia bovis), B. 디버젠스(B. divergens), B. 마이크로티(B. microti), 이소스포아 벨리(Isospore belli), L. 호미니스(L hominis), 디엔트아모에바 지라길레스(Dientamoeba jragiles), 온초세르카 볼부러스(Onchocerca volvulus), 아스카리스 룸브리코이데스(Ascaris lumbricoides), 네카토아 마메리카니스(Necator americanis), 안실로스토마 듀오데날리스 (Ancylostoma duodenale), 스트롱기로이데스 스테르코랄리스(Strongyloides stercoralis), 카필라리아 필리피넨시스(Capillaria philippinensis), 앤지오스트롱기러스 캔토낸시스(Angiostrongylus cantonensis), 히메노레피스 나나(Hymenolepis nana), 디필로보트리움 락툼(Diphyllobothrium latum), 에치노콕커스 그라뉼러스(Echinococcus granulosus), E. 멀티로큘라리스(E. multilocularis), 파라고니머스 웨스터마니 (Paragonimus westermani), P. 칼리엔시스(P. caliensis), 클로노르치스 시넨시스(Chlonorchis sinensis), 오피스토르치스 휄리네아스 (Opisthorchis felineas), G. 비베리니 (G. Viverini), 화스시오라 헤파티카(Fasciola hepatica), 사르콥테스 스카비에이(Sarcoptes scabiei), 페디큘러스 휴마너스(Pediculus humanus), 프티리우스 퍼비스(Phthirius pubis), 및 더마토비아 호미니스(Dermatobia hominis)가 포함 된다.
여기서 제공되는 방법들에 따라 치료 될 수 있는 곰팡이 감염들은, 이것에만 국한하지는 않으나 크립토?커스 네오포르만스(Cryptococcus neoformans), 블라스토마이세스 더마타이티디스(Blastomyces dermatitidis), 아이엘로마이세스 더마타이티디스 (Aiellomyces dermatitidis), 히스토플스프리아 캡슐라툼(Histoplasfria capsulatum), 콕시디오이데스 이미티스(Coccidioides immitis), C. 알비칸스 (C. albicans), C. 트로피칼리스(C. tropicalis), C.파라프실로시스(C. parapsilosis), C. 구일리에르몬디 (C. guilliermondii) 및 C.쿠르세이(C. krusei)를 포함하는 캔디다 종(Candida species), A. 후미가터스(A. fumigatus)를 포함하는 아스페르길루스 종(Aspergillus species), 아프라버스(Aflavus), A. 니거(A. niger), 리조프스 종(Rhizopusspecies), 리조무코아 종(Rhizomucor species), 커닝햄멜라 종(Cunninghammella species), A. 삭세나에아(A. saksenaea), A. 무코아(A. mucor) 및 A. 앱시디아(A. absidia)를 포함하는 아포피소마이세스 종(Apophysomyces species), 스포로트릭스 쉔크키(Sporothrix schenckii), 파라콕키디오이데스 브라실리엔시스(Paracoccidioides brasiliensis), 슈달레쉐리아 보이디(Pseudallescheria boydii), 토루롭시스 그랩라타(Torulopsis glabrata); 및 더마토피레스 종(Dermatophyres species) 이 포함된다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공된 어느 조성물들과 항원을 포함하는 백신을 제공한다. 여기서 제공되는 백신들의 어떤 실시양태들에서, 항원은 HIV 항원이다. 여기서 제공되는 백신들의 어떤 실시양태들에서, 항원은 간염(hepatits) 항원이다. 어떤 실시양태에서, 박테리아 조성물들은 항원 재료와 함께 조합되어 아주벤트(adjuvent)로서 투여 된다. 항원 재료는 하나 또는 그 이상의 부분의 단백질 코트 (protein coat), 단백질 코아(protein core), 또는, 병원균의 기능성 단백질들이나 펩티드들, 또는 병원균 전체 (살아있는, 죽인, 불활성화시킨, 또는 약화시킨)를 포함하거나, 또는 하나 또는 복수의 암 에피톱들 또는 암 항원들을 포함할 수 있다. 항원성 재료는 동시-투여 되거나, 박테리아 조성물 전 또는 후에 투여 될 수 있다. 박테리아 조성물은 또한 인플루엔자 백신들(influenza vaccines), ((예를 들어, 메트이뮨으로부터의 훌루미스트 (FluMist) from Medlmmune) 또는 인도의 세룸 연구소로부터의 나소박 (NASOVAC from Serum Institute of India)), 로타바이러스 백신 (rotavirus vaccines) ((예를 들어, 머크사의 로타텍크. (RotaTeq from Merck) 또는 그락소스미스클라인으로부터의 로타릭스(Rotarix from GlaxoSmithKline)), 타이포이드 백신(typhoid vaccines) ((예를 들어, 크루셀로부터의 비보티프, Ty21A (Vivotif from Crucell, Ty21A)), 콜레라 백신 (cholera vaccines) ((예를 들어, 크루셀로부터의 오로콜 (Orochol from Crucell), 샨타바이오텍으로부터 샨콜 (Shanchol from Shantha Biotechnics)), 여행자의 설사 백신 (traveller's diarrhea vaccines) ((예를 들어, 크루셀로부터의 듀코랄 Dukoral from Crucell)) 과 같은 기존의 점막 백신과 함께 투여 될 수도 있고, 및 살아있는 약화된 인풀루엔자 A 바이러스 H3 균주(live attenuated Influenza A virus HI strain, live attenuated Influenza A virus H3 strain), 인풀루엔자 B 바이러스 (Influenza B virus), 살아있는 약화된 H1N1 인풀루엔자 A 바이러스 (스와인 풀루) ((live attenuated H1N1 influenza virus (swine flu)), 살아있는 약화된 로타 바이러스 (live attenuated rotavirus), 단수- 및 다수-가 폴리오 바이러스(mono- and multi-valent poliovirus), 살아있는 약화된 살모네라 타이피 (live attenuated Salmonella Typhi), 콜레라톡신 서브유닛 A가 없는 살아 있는 재조합 비브리오 콜레라에 (live recombinant Vibrio cholerae lacking cholera toxin subunit A), 콜레라톡신 서브유닛 B 가 있거나 또는 없는 전체를 죽인 비브리오 콜레라에 01 고전 및 엘 토아 바이오타입 (whole killed Vibrio cholerae 01 classical and El Tor biotypes with or without cholera toxin subunit B), 암 항원들 (cancer antigens), 암 에피톱들(cancer epitopes), 및 이들의 조합으로 함께 투여 될 수 있다.
자가면역 질병 및 알러지 질병
한 양태에서, 본 공개는 대상에서 질병을 치료하는 조성물들 및 방법들을 포함한다. 여기서 제공되는 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 자가면역 질병 또는 알러지 질병을 지닌다.
현 공개의 조성물들 및 방법들은 자가면역 질병 및 알러지 질병의 예방 또는 치료를 위해 사용 될 수 있다. 치료 될 수 있는 자가면역 질병은, 이것에만 국한되지 않으나, 염증성 장 질병(inflammatory bowel disease), 전신 홍반성 루프스 (systemic lupus erythematosus), 류마타스성 관절염(rheumatoid arthritis), 다발성 경화증(multiple sclerosis), 또는 하시모토씨 질병 (Hashimoto's disease)이 포함 된다. 치료 될 수 있는 알러지 질병들에는, 이것에만 국한 되지 않으나, 음식 알러지(food allergy), 폴리노시스(pollenosis), 또는 천식(asthma)이 포함된다.
여기서 제공 되는 방법들 및 조성물들에 따라 치료 될 수 있는 추가의 자가면역 질병 및 알러지 질병 실시예들에는, 제한 없이, 기관 이식에서 거부 (rejection in organ transplantations), 염증성 장 질병 (inflammatory bowel disease) (IBD), 궤양성 장염(ulcerative colitis), 크론씨병(Crohn's disease), 스프루(sprue), 자가면역 관절염(autoimmune arthritis), 류마치스성 관절염(rheumatoid arthritis), 제일형 당뇨병(Type I diabetes), 다발성 경화증(multiple sclerosis), 골수 이식후 이식 대비 숙주 질병 (graft vs. host disease following bone marrow transplantation), 골관절염(osteoarthritis), 소아 만성 관절염(juvenile chronic arthritis), 라임 관절염(Lyme arthritis), 건선성 관절염(psoriatic arthritis), 반응성 관절염(reactive arthritis), 척추 관절병(spondy loarthropathy), 전신성 홍반성 루프스(systemic lupus erythematosus), 인슐린의존성 당뇨병(insulin dependent diabetes mellitus), 갑상선염(thyroiditis), 천식(asthma), 건선(psoriasis), 피부경화증 피부염(dermatitis scleroderma), 아토피성 피부염 (atopic dermatitis), 이식 대비 숙주 질병(graft versus host disease), 기관 이식과 연관된 급성 및 만성 면역질병 (acute or chronic immune disease associated with organ transplantation), 유육종증(sarcoidosis), 아테롬성동맥경화증(atherosclerosis), 파종성 혈관내응고(disseminated intravascular coagulation), 카와사키의 질병(Kawasaki's disease), 그래베의 질병(Grave's disease), 신장 증후군(nephrotic syndrome), 만성 피로 증후군9(chronic fatigue syndrome), 베게너육아종증 (Wegener's granulomatosis), 헤노치-쇼엔레진 퍼프레아(Henoch-Schoenlejn purpurea), 신장의 미세 맥관염(microscopic vasculitis of the kidneys), 만성 활성 간염(chronic active hepatitis), 포도막염(uveitis), 패혈성 쇼크(septic shock), 독소 충격 증후군(toxic shock syndrome), 패혈 증후군(sepsis syndrome), 악액질(cachexia), 후천성 면역 결핍증(acquired immunodeficiency syndrome), 급성 횡단성 척수염(acute transverse myelitis), 헌팅턴 무도병(Huntington's chorea), 파킨슨 병 (Parkinson's disease), 알츠하이머 병(Alzheimer's disease), 뇌졸증(stroke), 원발성 담즘 간경변(primary biliary cirrhosis0, 용혈성 빈혈(hemolytic anemia), 다선성 결핍 타입 l 증상 및 다선성 결핍 타입 II 증상 (polyglandular deficiency type I syndrome and polyglandular deficiency type II syndrome), 스미디트 증상(Schmidt's syndrome), 성인 (급성)호흡기 장애 증후군((adult (acute) respiratory distress syndrome)), 탈모 (alopecia), alopecia areata(원형 탈모증), 혈청반응 음성 관절증(seronegative arthopathy), 관절증(arthropathy), 레이터 질병(Reiter's disease), 건선성 관절증(psoriatic arthropathy), 클라미디아, 예르시니아, 및 살모넬라 연관 관절증(chlamydia, yersinia and salmonella associated arthropathy), 스폰디로아호페시(spondyloarhopathy), 죽상병/동맥경화증(atheromatous disease/arteriosclerosis), 알러지성 결장염(allergic colitis), 아토피성 알러지(atopic allergy), 땅콩 알러지(peanut allergy), 나무 견과 알러지(tree nut allergy), 달걀 알러지(egg allergy), 우유 알러지(milk allergy), 콩 알러지(soy allergy), 밀 알러지 (wheat allergy), 해산물 알러지 (seafood allergy, 조개 알러지(shellfish allergy), 또는 참깨 씨 알러지 (sesame seed allergy) 와 같은 음식물 알러지(food allergies), 자가면역 수포성 질병 (autoimmune bullous disease), 심상성천포창(pemphigus vulgaris), 낙엽성 천포창(pemphigus foliaceu)s, 유천포창(pemphigoid), 선상 IgA 질병(1inear IgA disease), 자가면역 용혈성 빈혈 (autoimmune haemolytic anaemia), 쿰보스 양성 (Coombs positive haemolytic anaemia), 후천성 악성 빈혈(acquired pernicious anaemia), 소아 후천성 악성 빈혈 (juvenile pernicious anaemia), 근육류마티즘 뇌염/근유통성 뇌염 로얄 프리병(myalgic encephalitis/Royal Free Disease), 만성 피부점막 캔디다증(chronic mucocutaneous candidiasis), 거대세포성 동맥염(giant cell arteritis), 원발 경화성 간염(primary sclerosing hepatitis), 원인 불명의 자가면역 간염(cryptogenic autoimmune hepatitis), 후천성 면역결핍 질병 증상(Acquired Immunodeficiency Disease Syndrome), 후천성 면역결핍 관련 질병(Acquired Immunodeficiency Related Diseases), C형 간염 C( Hepatitis C), 공통 가변 면역부전(common varied immunodeficiency)(공통가변성 저감마글로불린혈증)(common variable hypogammaglobulinaemia), 확장성 심근병증 (dilated cardiomyopathy), 섬유성 폐질환(fibrotic lung disease), 원인불명의 섬유성 폐포염(cryptogenic fibrosing alveolitis), 염증후 간질성 폐질환(postinflammatory interstitial 1ung disease), 간질성 폐렴(interstitial pneumonitis), 결합조직질환과 연관된 간질성 폐질환 (connective tissue disease associated interstitial lung disease), 혼합 결합조직 질환과 연관된 간질성 폐질환 (mixed connective tissue disease associated lung disease), 전신성 경화증과 연관된 간질성 폐질환 (systemic sclerosis associated interstitial 1ung disease), 류마치스성 관절염과 연관된 간질성 폐질환 (rheumatoid arthritis associated interstitial lung disease), 전신성 홍반성 루프스와 연관된 폐질환 (systemic lupus erythematosus associated 1ung disease), 피부근염/다발성 근염과 연관된 폐질환(dermatomyositis/polymyositis associated lung disease), 조그랜 질환과 연관된 폐질환(Sjogren's disease associated 1ung disease), 강직성 경추염과 연관된 폐질환(ankylosing spondylitis associated lung disease), 맥관염 확장성 폐질환(vasculitic diffuse lung disease), 혈청증 연관된 폐질환(haemosiderosis associated lung disease), 약물-유도성 간질성 폐질환(drug-induced interstitial lung disease), 방사선성 섬유화(radiation fibrosis), 폐색성 모세기관지염(bronchiolitis obliterans), 만성 호산구성 폐렴(chronic eosinophilic pneumonia), 침윤성 림프구 폐질환(lymphocytic infiltrative 1ung disease), 염증후 긴질성 폐질환(postinfectious interstitial lung disease), 통풍 관절염(gouty arthritis), 자가면역 간염(autoimmune hepatitis), 제 1 형 자가면역 간염 (type-l autoimmune hepatitis) ((고전적 자가면역 또는 루포이드)(classical autoimmune or lupoid hepatitis)), 제 2 형 자가면역 간염 (type-2 autoimmune hepatitis)((항-LKM 항체 간염)(anti-LKM antibody hepatitis)), 자가면역 매개 저혈당증(autoimmune mediated hypoglycemia), B형 인슐린 저항성 흑색가시세포증 (type B insulin resistance with acanthosis nigricans), 부갑상선 기능저하증(hypoparathyroidism), 기관이식과 관련된 급성 면역 질환 (acute immune disease associated with organ transplantation), 기관이식과 관련된 만성 면역 질환 (chronic immune disease associated with organ transplantation), 변형성관절증(osteoarthrosis), 원발성 경화성 담관염(primary sclerosing cholangitis), 특발성 백혈구감소증(idiopathic leucopenia), 자가면역 호중성백혈구감소증 (autoimmune neutropenia), 신장 질환 NOS(renal disease NOS), 사구체 신염(glomerulonephritides), 신장의 미세 맥관염(microscopic vasculitis of the kidneys), 신장의 미세 맥관염(microscopic vasulitis of the kidneys), 원반성 루푸스(discoid lupus), 홍반성(erythematosus), 특발성 또는 NOS 남성 불임(male infertility idiopathic or NOS), 정자 자가면역성(sperm autoimmunity), 다발성 경화증(multiple sclerosis) ((모든 부속타입 (all subtypes)), 인슐린 의존성 당뇨병(insulin dependent diabetes mellitus), 교감성 안염(sympathetic ophthalmia), 결합조직 질환 2차성 폐동맥고혈압 (pulmonary hypertension secondary to connective tissue disease), 굿파스쳐 증상(Goodpasture's syndrome), 결절다발동맥염의 폐증후, (pulmonary manifestation of polyarteritis nodosa), 급성 류마치스성 열(acute rheumatoid fever), 류마티스성 척추염(rheumatoid spondylitis), 스틸병(Still's disease), 전신성 경화증(systemic sclerosis), 타카야수 질환/동맥염(Takayasu's disease/arteritis), 자가면역 혈소판감소증(autoimmune thrombocytopenia), 특발성 혈소판감소증(idiopathic thrombocytopenia), 자가면역 갑상선 질환(autoimmune thyroid disease), 갑상성 항진증(hyperthyroidism), 갑상선종 자가면역 갑상선샘저하증(goitrous autoimmune hypothyroidism)((하시모토 질환 (Hashimoto's disease)), 위축성 자가면역 갑상선샘저하증 (atrophic autoimmune hypothyroidism), 원발성 점액수종(primary myxedema), 수정체성의 포도막염(phacogenic uveitis), 원발성 맥관염(primary vasculitis), 백반(vitiligo), 알러지성 비염(allergic rhinitis)((꽃가루 알러지) (pollen allergies)), 과민증(anaphylaxis), 애완동물 알러지(pet allergies), 라텍스 알러지(latex allergies), 약물 알러지(drug allergies), 알러지성 리노컨정티비티스(allergic rhinoconjuctivitis), 호산성 식도염(eosinophilic esophagitis), 과다호산구증후군(hypereosinophilic syndrome), 호산성 위장염(eosinophilic gastroenteritis), 피부홍반루프스(cutaneous lupus erythematosus), 호산성 식도염(eosinophilic esophagitis), 과다호산구증후군 (hypereosinophilic syndrome), 호산성 위장염 (eosinophilic gastroenteritis), 및 설사 (diarrhea)와 같은 것이 포함된다.
여기서 제공되는 방법들 및 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항-염증제를 포함한다. 여기서 제공되는 방법들 및 조성물들의 어떤 실시 양태에서는, 항-염증제는 비-스테로이드성 항-염증성 약물(non-steroidal anti-inflammatory drug)(NSAID)이다. 모법적인 NSAIDs에는, 이것에만 국한되는 것은 아니나, 아스피린, 이부프로펜 (ibuprofen), 나프록센(naproxen), 셀레콕시브(celecoxib), 로페콕시브(rofecoxib), 디클로페낙(diclofenac), 디프러니살(diflunisal), 에토도락(etodolac), 페노프로펜(fenoprofen), 플러비프로펜(flurbiprofen), 케토프로펜(ketoprofen), 케토로락(ketorolac), 메페나믹 에시드(mefenamic acid), 멜록시캠(meloxicam), 나부메톤(nabumetone), 옥사프로진(oxaprozin), 피록시캠(piroxicam), 설린닥(sulindac), 톨메틴(tolmetin) 및 이들의 조합들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, NSAID는 면역 선택적인 항-염증성 유도체 ((immune selective anti-inflammatory derivative ((ImSAID)) 이다.
질병의치료
한 양태에서, 본 공개는 한 대상에서 질병 치료를 위한 조성물들 및 방법들을 제공한다. 한 한 양태에서, 및 제한없이, 여기서 공개된 조성물들은 이들의 투여가 CD+8 T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도하는 결과를 가져오므로 질병을 치료할 수 있다. 어떤 실시양태에서는, 본 공개는 CD+8 T-세포의 증식 및/또는 축적 유도에 의하여 치료 될 수 있는 질병들을 한 대상에서 치료하기 위한 질병 치료 조성물 및 방법을 제공한다. 어떤 실시양태에서는, CD+8 T-세포의 증식 및/또는 축적 유도에 의하여 치료 될 수 있는 질병들은 암, 감염성 질환, 자기면역 질환 또는 알러지 질환이다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공되는 어느 조성물들을 질병을 치료하기에 효과적인 양으로 대상에게 투여하는 것을 포함하는 대상에서 질병을 치료 하는 방법을 제공 한다. 여기서 제공 되는 방법들의 어떤 실시양태는, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 CD+8 T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도하는 결과를 가져온다. 여기서 제공 되는 방법들의 어떤 실시양태는, 그 대상의 장내에 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적은 이 조성물을 투여하기 전의 그 대상의 장내에 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적과 비교 하였을 때 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200%로 증가 된다. 여기서 제공 된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 이 조성물의 투여는 이 조성물을 투여하기 전의 그 대상의 장내에 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산과 비교 하였을 때 그 대상의 장내에 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산을 증가 시키는 결과를 가져온다. 여기서 제공 된 방법들의 어떤 실시 양태에서, 대상에게 이 조성물의 투여는 이 조성물을 투여하기 전의 그 대상의 장내에 IFNγ-감마(IFNγ-gamma) 생산과 비교 하였을 때 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200%로 증가 된다.
여기서 서술된 어느 조성물들은 질병 (예를 들어, 암 또는 감염성 질병)을 치료하거나 예방하기 위한 치료적으로 효과적인 양 또는 치료적으로 효과적인 용량으로 대상에게 투여 될 수 있다. “치료하는(treat)” 또는 “처치(treatment)”라는 용어는 질병(예를 들어, 암 또는 감염성 질병)과 연관되는 증상들 하나 또는 그 이상을 감소 시키거나 또는 완화시키는 것을 의미한다. “예방하는(prvent)” 또는 “예방(prevention)”이라는 용어는 예방적 투여를 포함하며 및 질병(예를 들어, 암 또는 감염성 질병)의 발생 또는 일어날 가능성을 감소시킬수 있음을 의미한다. 예로, 어떤 실시양태들에서, 여기서 제공된 조성물의 투여는 CD+8 T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도하는 건강한 미생물총을 가져오게 하며 그러므로서 대상을 암 및/또는 감염성 질병으로부터 보호하는 결과를 가져오게 한다.
여기서 사용된 대로, 약학적 조성물과 같은, 조성물의“치료적으로 효과적인 양 (therapeutically effective amount)”은, 여기서 서술된 것과 같이, 대상에서 바람직한 반응 또는 결과가 나오도록 하는 그러한 어느 양이며, 제한적이지는 않으나, 감염 예방, 면역 반응, 또는 증강된 면역 반응 및/또는 암 치료의 증강을 포함한다. 효과적인 양이란 용어는 투여 될 박테리아의 수 또는 CFUs 로서 표현 될 수 있다는 것이 인식 되어야 한다. 더나아가 박테리아는 일단 투여되면 증식 될수 있다는 것이 인식되어야 한다. 그러므로, 상대적으로 소량의 박테리아의 투여 일지라도 치료적 효과를 가질수 있다.
어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 어느 조성물들의 치료적으로 효과적인 양은, 질병 치료, 예를들어 그 대상의 생존을 증강 시키고, 감염 억제 및/또는 암 치료, 하기에 충분한 양이다.
여기서 서술된 어느 방법들은 대상에서 암의 치료를 위한 것일 수 있다. 여기서 사용 된대로, 암을 치료하는 방법들은 암과 연관된 적어도 하나의 증상을 완하 또는 경감시키거나, 또는 암의 진행을 늦추거나 역전 시키는 것이 관련 된다. 암을 치료하는 방법은, 예를 들어, 대상의 암의 부담을 제거하거나 또는 감소시키고, 암 세포의 수 또는 복제를 감소시키고, 및/또는 전이를 예방, 지연 또는 억제 하는 것일 수 있다.
또한 대상에서 감염성 질병을 치료 또는 예방하는 방법들이 여기서 제공 된다. 여기서 사용된 대로, 감염병을 치료하는 방법들은 감염병과 연관된 적어도 하나의 증상을 완하 또는 경감시키거나, 또는 감염병의 진행을 늦추거나 역전 시키는 것이 관련 된다. 감염병을 치료하는 방법은, 예를 들어, 대상에서 감염성 개체 (예를 들어, 박테리아, 바이러스, 곰팡이, 기생충)의 부담을 제거하거나 또는 감소시키고, 또는 하나 또는 그 이상의 감염의 증상을 억제 또는 감소 시키는 것 일수 있다. 여기서 사용 된대로, “예방하는(prevent)”, “예방(preventon)”, 및 '예방적인(preventing)” 이란 용어는 감염의 임상적 또는 준임상적 증상들, 합병증, 병리 또는 생화학적 표시의 징후의 시작을 감소 시키거나 또는 지연 시키거나, 또는 감염성 개체(예를 들어, 박테리아, 바이러스, 곰팡이, 기생충)의 확산/전염을 감소 시키거나 또는 지연 시키기 위하여, 조성물을 한대상에게 투여 하는 것을 포함한다.
본 공개의 양태들은 여기서 서술된 어느 조성물들의 치료적으로 효과적인 양을 투여하여 대상의 질병이나 또는 컨디션을 치료하기 위한 방법들과 관련 된다. 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 인간, 비-인간 영장류, 설치류, 토끼, 양, 돼지, 개, 고양이, 말, 또는 소와 같은 포유류 개체이다. 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 인간 대상 이다.
여기서 서술된 조성물들 및 방법들은 추가의 치료제들과 같은 다른 타입의 치료와 함께(즉, 복합치료) 사용될 수 있다. 추가적인 복합치료의 실시예시들에는, 제한없이, 수술, 방사선치료, 유전자 치료 및 화학료법제들, 항생제들, 항바이러스제들, 항곰파이제들, 항-기생충제들, 면역조절제들, 항-염증제들과 같은 추가의 치료제들 투여가 포함된다. 일반적으로, 복합치료들은 여기서 서술된 조성물들 및 방법들과 동시에 또는 순차적으로 (어느순서든) 투여 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 어느 조성물들은, 예를들어, 거의 동시에 투여 되는 단일 용량으로 또는 다수 용량으로, 하나 또는 그 이상의 추가의 치료제들과 동시에 투여 된다.
어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 조성물들은 대상에게 하나 또는 그 이상의 치료제들과 동시에 투여 된다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 조성물들은 대상에게 투여되고 이어서 하나 또는 그 이상의 추가의 치료제들이 투여 된다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 서술된 어느 조성물들은 하나 또는 그 이상의 추가의 치료제가 투여 되기 전 적어도 약 1 일, 2 일, 3 일, 4 일, 5 일, 6 일, 1 주, 2 주, 3 주, 4 주, 5 주, 6 주, 7 주, 8 주, 9 주, 10 주, 11 주, 12 주, 3 달, 4 달, 5 달, 6 달 또는 그 이상에 투여 된다. 대안으로, 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 치료제가 대상에게 투여되고 이어서 여기서 서술된 어느 조성물이 투여된다. 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 치료제는 여기서 서술된 어느 조성물들이 투여 되기 전 적어도 약 약 1 일, 2 일, 3 일, 4 일, 5 일, 6 일, 1 주, 2 주, 3 주, 4 주, 5 주, 6 주, 7 주, 8 주, 9 주, 10 주, 11 주, 12 주, 3 달, 4 달, 5 달, 6 달 또는 그 이상에 투여 된다.
추가적인 방법들
본 공개의 범위 내에서 여기서 서술된 어느 조성물들의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 대상의 장내에 존재 하는지 여부를 평가하는 방법들이 또한 있다. 어떤 실시양태들에서, 만약 대상의 장내에 한계점 숫자보다 적은 박테리아 균주들이 검출되면, 그 대상의 장내에 박테리아 숫자를 증가 시키키 위하여 여기서 서술된 어느 조성물들이 그 대상에게 투여된다. 어떤 실시양태들에서, 그 방법은 더 나아가 장내에서 검출된 박테리아 숫자에 근거하여 질병을 치료하는 후보자로 그 대상을 동정하는 것이 포함된다.
바아오마커 셋트의 수준을 측정하는 것도 또한 질병의 평가 및 치료에 유용하다.
일반적으로, 장내 박테리아의 집단 (예를 들어, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주의 존재 유무)은 대변 샘플과 같은 대상으로부터 얻은 샘플을 평가 하여 결정할 수 있다.
여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 CD8+ T-세포의 증식 및/또는 축적의 유도 결과를 가져온다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 IFNγ-감마 (IFNγ-gamma) 생산 증가의 결과를 가져온다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 투여 된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 존재의 결과를 가져온다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 투여 된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 그 대상의 장내에 이전에 존재 하지는 않았었다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에 투여 된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 접종의 결과를 가져온다, 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 투여 된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 그 대상의 장내에 이전에 접종 되지는 않았었다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 투여 된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 수의 증가의 결과를 가져온다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 투여 된 조성물의 박테리아 균주들의 접종된 수의 증가의 결과를 가져온다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 투여 된 조성물의 총 박테리아 균주들의 풍부함(abundance)의 증가의 결과를 가져온다. 여기서 제공된 조성물들의 어떤 실시양태들에서, 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에서 투여 된 조성물의 접종된 총 박테리아 균주들의 풍부함(abundance)의 증가의 결과를 가져온다.
한 양태에서, 본 공개는 여기서 제공된 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 대상의 장내에 존재하는지 여부를 결정하는 것을 포함하는 방법을 제공하며, 상기 만약 적어도 100% 이하, 적어도 90% 이하, 적어도 80% 이하, 적어도 70% 이하, 적어도 60% 이하, 적어도 50% 이하, 적어도 40% 이하, 적어도 30% 이하, 적어도 20% 이하, 적어도 10% 이하의 박테리아 종이 존재하거나 또는 없으면, 이 조성물은 그 대상에게 투여 된다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 암 치료를 받고 있거나, 또는 받을 것이다.
한 양태에서, 본 공개는 대상이 암 치료에 양성적으로 반응할 것으로 기대되는지 여부를 결정하는 방법을 제공하며, 상기 그 방법은 만약 여기서 제공 된 조성물의 어느 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 그 대상의 장내에 적어도 100% 이하, 적어도 90% 이하, 적어도 80% 이하, 적어도 70% 이하, 적어도 60% 이하, 적어도 50% 이하, 적어도 40% 이하, 적어도 30% 이하, 적어도 20% 이하, 적어도 10% 이하로 존재하거나 또는 없으면, 그 대상이 암치료에 양성적으로 반응할 것으로 기대하지 않는다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 암 치료는 암 면역 치료이다.
한 양태에서, 본 공개는 대상에서 바이러스 감염의 위험을 감소 시키는 방법을 제공하며, 상기 그 방법은 여기서 제공 된 조성물의 어느 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 그 대상의 장내에 존재 하는지 여부를 결정하는 것이 포함되며, 상기 박테리아 균주가 적어도 100% 이하, 적어도 90% 이하, 적어도 80% 이하, 적어도 70% 이하, 적어도 60% 이하, 적어도 50% 이하, 적어도 40% 이하, 적어도 30% 이하, 적어도 20% 이하, 적어도 10% 이하로 존재하거나 또는 없으면, 이 조성물이 그 대상에게 투여되며, 이로서 그 대상에서 바이러스 감염의 위험성이 줄어든다.
여기서 제공된 방법들의 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 종의 존재의 결정은 그 대상의 대변의 서열분석으로 행해진다.
약학적 조성물들
한 양태에서, 본 공개는 박테리아 균주들 및 여기서 제공되는 박테리아 균주들의 조합을 포함하는 약학적 조성물들을 제공한다.
여기서 제공 된 조성물의 어떤 실시양태들에서, 그 조성물은 약학적 조성물이다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 그 약학적 조성물은 약학적으로 허용 될 만한 첨가제를 포함한다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 그 약학적 조성물은 경구 투여로 제형화 된다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 그 약학적 조성물은 직장 투여 (rectal administration)되도록 제형화 된다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 그 약학적 조성물은 장(intestine)으로 전달 되도록 제형화 된다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 그 약학적 조성물은 결장(colon)으로 전달 되도록 제형화 된다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 동결건조 된다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 약학적 조성물은 캡슐의 형태이다. 여기서 제공 된 약학적 조성물의 어떤 실시양태들에서, 약학적 조성물은 더나아가 하나 또는 그 이상의 장내 폴리머들(enteric polymers)을 포함하는 pH 민감한 조성물을 포함한다.
약학적 조성물 및 조성물을 포함하는 음식물 생산품을 포함하여, 여기서 서술된 어느 조성물은, 예를 들어 용액 또는 현탁액과 같은 수용액 형태, 반-고체형태에 묻혀 있거나, 분말 형태 또는 냉동건조 형태의 어느 형태로 든 박테리아 균주들을 포함 할 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 조성물 또는 조성물의 박테리아 균주들은 동결건조 된다. 어떤 실시양태들에서, 조성물에 있는 박테리아 균주들의 부분집합이 동결건조 된다. 조성물들의, 특히 박테리아를 포함하는 조성물들의, 동결건조 방법들은 이 분야에서 잘 알려져 있다. 예를 들어, 그 전문이 참고문헌으로 여기 병합 되어있는 US 3,261,761; US 4,205, 132; PCT Publications WO 2014/029578 및 WO 2012/098358를 참조 하시오. 박테리아는 혼합으로서 동결건조 될 수 있으며, 및/또는 박테리아는 별도로 동결건조 되어 투여 전에 혼합될 수도 있다. 박테리아 균주는 다른 박테리아 균주와 혼합 되기 전에 약학적 첨가제와 혼합될 수 있으며 또는 다수의 동결건조 된 박테리아가 동결건조 된 형태로 있는 동안에 혼합 될 수 있으며 및 이 박테리아 혼합물은, 일단 혼합되면 이어서 후속으로 약학적 첨가제와 혼합될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주는 동결건조 된 케이크이다. 어떤 실시양태들에서, 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주를 포함하는 조성물들은 동결건조 된 케이크이다.
조성물의 박테리아 균주들은 이 분야에서 알려진 발효 기술을 사용하여 제조 될수 있다. 어떤 실시양태들에서, 활성 성분들은, 혐기성 박테리아 종의 빠른 성장을 지지할 수 있는, 혐기성 발효기들을 사용하여 제조 될수 있다. 혐기성 발효기들은, 예를들어, 교반되는 탱크 반응기들 또는 버릴수 있는 파장 생물반응기들 (disposable wave bioreactors) 일 수 있다. BL 배지 및 EG 배지와 같은 배양 배지, 또는 동물성분이 없는 이들 배지와 비슷한 형태가 박테리아 종들의 성장을 지지하기 위해 사용될 수 있다. 박테리아 산물은, 원심분리 및 여과와 같은, 전통적인 기술로 발효 배양액으로부터 정제되고 농축 될 수 있으며, 이 분야의 통상적인 기술로 선택적으로 건조 되고 및 동결건조 될수 있다.
어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주들의 조성물은 약학적 조성물로서 투여 되도록 제형화 될 수 있다. “약학적 조성물(pharmaceutical composition)”이란 용어는 여기서 사용한 대로, 여기서 서술 된 정제된 박테리아 균주들 어느 두 개 또는 그 이상과 같은, 적어도 활성 성분과 하나 또는 그 이상의 약학적으로 허용될 만한 첨가제를 포함 할 수 있는, 하나 또는 그 이상의 불활성 성분들을 섞거나 또는 혼합한 결과로 얻어지는 생산물을 의미한다.
“허용될 만한(acceptable)” 첨가제 란 용어는 활성 성분과 호환이 되어야만 하고 이것이 투여 되는 대상에게 해가 되는 것이 아닌 첨가제를 의미한다. 어떤 실시양태들에서는, 약학적으로 허용될 만한 첨가제는 조성물의 의도되는 투여 경로에 근거하여 선택 되며, 예를 들어 경구 또는 비강으로 투여 되는 조성물은 직장으로 투여되는 조성물과는 다른 약학적으로 허용될 만한 첨가제를 포함 할 수 있다. 첨가제들의 예시들에는 멸균수, 생리식염수, 용매, 기본 재료(base material), 유화제, 현탁제, 계면활성제, 안정제, 착향료, 방향제, 첨가제, 매개제(vehicle), 방부제, 결합제, 희석제, 탄력성 조절제(tonicity adjusting agent), 평활화제 (smoothing agent), 증량제(bulking agent), 붕해제 (disintegrating agent), 버퍼제, 코팅제, 윤활제, 착색제, 감미제, 농조화제(thicking agent) 및 용해제가 포함된다.
약학적 조성물은 잘 알려지고 및 당업계에서 일상적으로 실행 되는 방법에 따라 제조 될 수 있다 (예를 들어, The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20th ed. 2000 참조). 여기서 서술된 약학적 조성물은 더 나아가 동결건조 된 제형 또는 수용액 형태로 어느 케리어 (carrier)나 또는 안정제를 포함 할 수 있다. 허용될 만한 첨가제, 케리어 (carrier)나 또는 안정제는, 예를들어, 버퍼, 항산화제, 방부제, 폴리머, 킬레이팅제 (chelating reagents), 및/또는 계면활성제들을 포함 할 수 있다. 약학적 조성물은 바람직하게는 GMP 조건 하에서 제조 된다. 약학적 조성물은 예를 들어, 캡슐, 타블렛, 환, 봉지(sachet), 액체, 분말, 과립, 미세과립, 필름-코트된 제제(film-coated preparation), 알갱이(pellet0, 트로치 (troches), 설하제제(sublingual preparation), 씹을수 있는 제제(chewable), 구강제제 (buccal preparation), 페이스트(paste), 시럽, 현탁액, 엘릭서(elixir), 유화액(emulsion), 도포제(liniment), 연고, 플라스터(plaster), 습포제(cataplasm), 피부경유 흡수 시스템 (transdermal absorption system), 로숀, 에아로졸 (aerosol) 좌약(suppository) 및 이외 비슷한 형태로 경구로, 비강으로 또는 비경구적으로 사용될 수 있다.
어떤 실시양태들에서, 박테리아는 장들(예를 들어, 작은창자, 및/또는 결장)에 전달되도록 제형화 된다. 어떤 실시양태들에서, 위내의 거친환경을 통과하여 박테리아의 생존력이 증가되도록 하는 박테리아는 장용성 제피로 제형화 된다. 장용성 제피는 위(stomach)에서 위액(gastric juice)의 작용에 저항하는 것으로 거기에 병합된 박테리아는 위를 통과하여 장으로 갈 것이다. 장용성 제피는 장액(intestinal fluids)과 접촉 되었을 때 바로 용해 될 수 있어, 코팅에 동봉되어 있는 박테리아는 장관내에서 방출될 것이다. 장용성 제피는, 상업적으로 구할 수 있는 EUDRAGIT (Evonik Industries)와 같은, 당업계에서 잘 알려진 폴리머 및 코폴리머들로 구성 될 수 있다. ((예를 들어, Zhang, AAPS PharmSciTech, 2016, 17 (1), 56-67) 참조))
박테리아는 직장을 통한 또한 장으로(예를 들어, 결장) 전달을 위한 제형화가 될 수 있다. 그러므로, 어떤 실시양태들에서, 박테리아 조성물들은 좌약으로, 장내시경검사로, 내시경검사로, s상결장검사, 관장으로 전달되도록 제형화 될 수 있다. 약학적 제제 또는 제형 및 특히 경구 투여를 위한 약학적 제제는, 장 (예를들어, 결장) 으로의 본 공개의 조성물이 효과적으로 전달 될 수 있는 추가의 성분을 포함할 수 있다. 조성물들을 장으로(예를 들어, 결장) 전달 되게 하는 여러 다양한 약학적 제제들이 사용될 수 있다. 이들의 예시들에는 pH 민감한 조성물들, 더 구체적으로는, 완충화된 봉지 제제들 또는 장용성 폴리머들이 위를 통과한 후 pH가 알카리로 되었을 때 이들의 내용물이 방출되는 장용성 폴리머들을 포함 한다. 약학적 제제들의 제형화에 pH 민감한 조성물이 사용될 때, 그 pH 민감한 조성물은 바람직하게는 조성물 분해의 한계점 pH가 약 6.8 및 약 7.5 사이인 폴리머이다. 그러한 숫자적인 값의 범위는 위의 먼 부분 (distal portonof stomach)에의 알카리 쪽으로의 pH 이동의 범위이며, 그러므로 결장으로의 전달에 사용되는데 적합한 범위 이다. 장의 각 부분 ((예를 들어, 십이지장(duodenum), 공장(jejunum), 회장(ileum), 맹장(cecum), 결장(colon) 및 직장(rectum))은 다른 생화학적 및 화학적 환경을 가진 것을 더 나아가 인식 해야 한다. 한 예로, 장의 각 부분들은 다른 pH를 가지고 있어, 특별한 pH 민감성을 가진 조성물들에 의해 타겟으로의 전달이 되도록 한다. 그러므로, 여기서 제공된 조성물들은 적절한 pH 민감성을 가진 제형으로 제공함으로서 장으로 또는 장의 특정한 부위 (예를 들어, 십이지장, 공장, 회장, 맹장, 결장 및 직장)로 전달 되도록 제형화 될 수도 있다 ((예를들어, Villena et al., Int J Pharm 2015, 467 (1-2):314-9 참조)).
조성물들의 장 (에를 들어, 결장)으로의 전달을 위한 유용한 약학적 제제의 다른 실시양태는 내용물 (예를 들어, 박테리아 균주들)의 방출을, 작은장자의 체류시간에 해당하는, 약 3 내지 5 시간을 지연시켜 결장으로의 전달을 확실하게 하는 한 가지인 것이다. 지연 방출을 위한 약학적 제제의 다른 실시양태에서는, 하이드로겔(hydrogel)이 껍데기로 사용된다. 하이드로겔은 수화되고 및 위장관 액체와 접촉 되었을 때 팽창되며, 그 내용물들이 효과적으로 방출되는(결장에서 대부분 방출된다) 결과를 가져온다. 지연 방출 용법 단위들에는 투여될 약물 또는 활성 성분들을 코팅 하거나 또는 선택적으로 코팅하는 한 재료를 가진 약물-포함하는 조성물들을 포함한다. 그러한 선택적 코팅 재료의 실시예시들에는 생체 내에서(in vivo) 분해 될 수 있는 폴리머들, 천천히 가수분해 될 만한 폴리머들, 천천히 수용성인 폴리머들, 및/또 효소 분해가능한 폴리머들이 포함된다. 효율적으로 방출 지연하는 다양한 코팅 재료들이 얻기 가능하며 및, 예를 들어, 하이드록시프로필 셀루로오즈 (hydroxypropyl cellulose)와 같은 셀루로오즈-근거한 폴리머들, 메타아크릴릭 에시드(methacrylic acid) 폴리머들 및 코폴리머들과 같은 아크릴릭 에시드(acrylic acid) 폴리머들 및 코폴리머들, 및 폴리비닐피롤리돈 (polyvinylpyrrolidone) 과 같은 비닐폴리머들 및 코폴리머들이 포함 된다.
장 (예를들어, 결장)으로의 전달을 하게 하는 약학적 조성물들의 추가적인 예시들에는 결장 점막 멤부레인(colonic mucosal membrane)에 특이적으로 부착하는 생체결합성부착 조성물들(bioadhesive compositions) (한 예로, US Patent No. 6.368.586의 명세서에 서술된 폴리머) 및 단백질분해효소(프로테아제, protease)의 활성 때문에 생물약학적 제제가 위장관 내에서 분해되는 것을 특히 보호하는 단백질 억제제가 병합된 조성물들이 포함 된다.
장 (예를들어, 결장)으로 전달 되게 하는 시스템의 다른 예시는 위(stomach)의 먼 부분에서 박테리아 발효에서 가스 생산에 의해 변경된 압력을 사용하여 내용물이 방출되는 그런 방법의 압력 변경으로 결장에 조성물을 전달시키는 시스템이다 그러한 시스템은 특별히 제한적이지는 않으며, 및 이의 좀 더 구체적인 예시는 내용물들이 좌약 베이스에 분산되고 및 소수성(hydrophobic) 폴리머((예를 들어, 에틸 셀루로오즈 (ethyl cellulose))로 코팅된 캡슐이다.
장 (예를들어, 결장)으로 조성물을 전달 하게 하는 시스템의 더 나아간한 예시는, 예를 들어, 탄수화물 가수분해효소 (carbohydrate hydrolase) 또는 탄수화물 환원효소(carbohydrate reductase)와 같은 장관(예를들어, 결장)에 존재하는 효소에 의해 제거될 수 있는 코팅을 포함하는 조성물이다. 그러한 시스템은, 특별히 제한되지는 않으며, 및 이의 좀 더 구체적인 예시들에는 비-전분 다당류 (non-starch polysaccharides), 아밀로즈(amylose), 잔틴 검(xanthan gum), 및 아조폴리머(azopolymers) 와 같은 식품성분들을 사용하는 시스템들을 포함한다.
여기서 제공된 조성물들은 또한 구멍 (예를 들어 코의 튜브)을 통한, 또는 수술을 통한 전달로 장과 같은 특정한 타겟 부위로 전달 될 수 있다. 추가로 특정한 부위(예를 들어, 맹장 또는 결장)로 전달되기 위해 제형화 된 여기서 제공된 조성물들은, 튜브로 (예를 들어, 작은창자로 직접) 투여 될 수 있다. 튜브와 같은 기계적인 전달 방법들과 pH 특이 코팅과 같은 화학적 전달 방법들과의 조합은 여기서 제공된 조성물들을 바람직한 타겟 부위(예를 들어, 맹장 또는 결장)에 전달 되도록 한다.
박테리아 균주들을 포함하는 조성물들은 당업계의 전문가들에게 알려진 전통적인 방법들로 약학적으로 허용될 만한 용법 형태로 제형화 된다. 용량 요법들은 최적의 바람직한 반응(예를 들어, 예방적인 또는 치료적인 효과)을 제공하기 위하여 조정 된다. 어떤 실시양태들에서, 조성물의 용법 형태는 타블렛, 환. 캡슐, 분말, 과립, 용액, 또는 좌약 이다. 어떤 실시양태들에서, 약학적 조성물들은 경구 투여를 위해 제형화 된다. 어떤 실시양태들에서, 약학적 조성물들은 조성물의 박테리아, 또는 이의 한 부분이, 그 대상의 위를 통과한 후 살아 남을 수 있도록 제형화 된다. 어떤 실시양태들에서, 약학적 조성물들은 예를 들어 좌약과 같은, 직장(rectal) 투여를 위해 제형화 된다. 어떤 실시양태들에서, 약학적 조성물은 장 또는 장의 특정한 부위 (예를들어, 결장)로 전달되도록 하기 위해 적절한 코팅 (예를 들어, pH 특이 코팅, 그 타겟부위 특이 효소에의 분해 될 수 있는 코팅, 또는 타겟부위에 존재하는 수용체에 결합할수 있는 코팅)을 제공하여 제형화 된다.
약학적 조성물 중 활성 성분의 투여량은 독성이 있거나 대상에 부작용을 야기하지 않으면서, 특정 대상, 조성물 및 투여 방식에 대해 원하는 약학적 반응을 달성하는데 효과적인 활성 성분의 양을 얻기 위해 다양할 수 있다. 선택된 투여 수준은 사용된 특정 조성물의 활성, 투여 경로, 투여 시간, 치료 기간, 상기 특정 조성물과 조합하여 사용되는 다른 약물, 화합물 및/또는 물질, 나이, 성별, 체중, 상태, 치료받는 대상의 전반적인 건강과 이전의 병력, 및 유사 요인을 포함하는 다양한 요인에 따라 다르다.
의사, 수의사 또는 훈련된 의사는 약학적 조성물의 바람직한 효과가 달성 되는데 요구 되는 용량보다 낮은 수준의 용량으로 시작 할수 있으며 바람직한 효과 (예를 들어, 병원성 감염의 치료, 병원성 감염의 박테리아 부담 감소, 독성 산물의 감소 또는 억제)가 달성 될때가지 용량을 서서히 증가 시킬 수 있다. 일반적으로, 여기서 서술된 대로 사람 그룹들을 예방적으로 치료하기 위한, 여기서 공개된 조성물들의 효과적인 용량은, 투여 경로, 그대상의 신체적 상태, 그 대상이 사람인지 또는 동물인지 여부, 투여된 다른 약품들, 및 바람직한 치료 효과를 포함하는 많은 다른 요소들에 따라 다르다. 용법은 안정성 및 효능을 최적화 하기 위하여 적정 (titrate)될 필요가 있다. 어떤 실시양태들에서, 용량 방식은 여기서 서술된 어느 조성물들의 용량을 경구 투여하는 것을 수반한다. 어떤 실시양태들에서, 용량 방식은 여기서 서술된 어느 조성물들의 다수의 용량을 경구 투여하는 것을 수반한다. 어떤 실시양태들에서, 조성물은 그 대상에게 경구로, 한 번, 두 번, 3 번, 4 번, 5 번, 6 번, 7 번, 8번, 9 번, 또는 적어도 10번 투여 한다.
여기서 공개된 약학적 조성물들 포함하여, 조성물들은 일련의 활성 성분들 (예를 들어, 살아있는 박테리아, 포자 형태에 있는 박테리아)을 가진 조성물들은 포함한다. 조성물에서 박테리아의 양은 무게로, 박테리아 수로, 및/또는 CFU(콜로니 형성 단위, colony forming unit) 로 표현 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약t 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013 또는 그 이상의 각 박테라아를 조성물에 함유한다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013 또는 그 이상의 총 박테라아를. 함유한다. 더 나아가 조성물들의 박테리아는 다른 양으로 존재할 수 있다는 것을 인식해야 한다. 그러므로, 예를 들어, 제한적이지 않은 예시로서, 조성물은 103의 박테리아 A, 104의 박테리아 B, 및 106의 박테리아 C를 포함할 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013 또는 그 이상의 CFU의 각 박테라아를 그 조성물에 함유한다. 어떤 실시양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 약 10, 약 102, 약 103, 약 104, 약 105, 약 106, 약 107, 약 108, 약 109, 약 1010, 약 1011, 약 1012, 약 1013 또는 그 이상의 CFU의 모든 박테리아를 조합한 총 박테리아를 그 조성물에 함유한다. 위에서 논의 된대로, 조성물의 박테리아는 다른 양으로 존재 할 수 있다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은, 용법 양 당 약 10-7, 약 10-6, 약 10-5, 약 10-4, 약 10-3, 약 10-2, 약 10-1, 또는 그 이상의 그램의 각 박테리아를 조성물에 함유한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은, 용법 양 당 약 10-7, 약 10-6, 약 10-5, 약 10-4, 약 10-3, 약 10-2, 약 10-1, 또는 그 이상의 그램의 모든 박테리아를 조합한 총 박테리아를 그 조성물에 함유한다. 어떤 실시 양태들에서, 용법의 양(dosage mount)은 한 번 투여 방법 (예를 들어, 타블렛, 환 또는 캡슐)이다. 어떤 실시 양태들에서, 용법의 양(dosage mount)은 특정한 기간(예를들어, 하루 또는 일주일)에 투여 되는 양이다.
어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당, 10 과 1013 사이, 102 와 1013 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1013 사이, 108 와 1013 사이, 109 와 1013 사이, 1010 과 1013 사이, 1011 과 1013 사이 1012 와 1013 사이, 10 과 1012 사이, 102 와 1012 사이, 103 과 1012 사이, 104 와 1012 사이, 105 와 1012 사이, 106 과 1012 사이, 107 과 1012 사이, 108 와 1012 사이, 109 와 1012 사이, 1010 과 1012 사이, 1011 과 1012 사이, 10 과 1011 사이, 102 와 1011 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1011 사이, 108 와 1011 사이, 109 와 1011 사이, 1010 과 1011 사이, 10 과 1010 사이, 102 와 1010 사이, 103 과 1010 사이, 104 와 1010 사이, 105 와 1010 사이, 106 과 1010 사이, 107 과 1010 사이, 108 와 1010 사이, 109 와 1010 사이, 10 과 109 사이, 102 와 109 사이, 103 과 109 사이, 104 와 109 사이, 105 와 109 사이, 106 과 109 사이, 107 과 109 사이, 108 와 109 사이, 10 과 108 사이, 102 와 108 사이, 103 과 108 사이, 104 와 108 사이, 105 와 108 사이, 106 과 108 사이, 107 과 108 사이, 10 과 107 사이, 102 와 107 사이, 103 과 107 사이, 104 와 107 사이, 105 와 107 사이, 106 과 107 사이, 10 과 106 사이, 102 와 106 사이, 103 과 106 사이, 104 와 106 사이, 105 와 106 사이, 10 과 105 사이, 102 와 105 사이, 103 과 105 사이, 104 와 105 사이, 10 과 104 사이, 102 와 104 사이, 103 과 104 사이, 10 과 103 사이, 102 와 103 사이, 또는10 과 102 사이의 각 박테리아의 조성물을 함유한다.
어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 10 과 1013 사이, 102 와 1013 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1013 사이, 108 와 1013 사이, 109 와 1013 사이, 1010 과 1013 사이, 1011 과 1013 사이 1012 와 1013 사이, 10 과 1012 사이, 102 와 1012 사이, 103 과 1012 사이, 104 와 1012 사이, 105 와 1012 사이, 106 과 1012 사이, 107 과 1012 사이, 108 와 1012 사이, 109 와 1012 사이, 1010 과 1012 사이, 1011 과 1012 사이, 10 과 1011 사이, 102 와 1011 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1011 사이, 108 와 1011 사이, 109 와 1011 사이, 1010 과 1011 사이, 10 과 1010 사이, 102 와 1010 사이, 103 과 1010 사이, 104 와 1010 사이, 105 와 1010 사이, 106 과 1010 사이, 107 과 1010 사이, 108 와 1010 사이, 109 와 1010 사이, 10 과 109 사이, 102 와 109 사이, 103 과 109 사이, 104 와 109 사이, 105 와 109 사이, 106 과 109 사이, 107 과 109 사이, 108 와 109 사이, 10 과 108 사이, 102 와 108 사이, 103 과 108 사이, 104 와 108 사이, 105 와 108 사이, 106 과 108 사이, 107 과 108 사이, 10 과 107 사이, 102 와 107 사이, 103 과 107 사이, 104 와 107 사이, 105 와 107 사이, 106 과 107 사이, 10 과 106 사이, 102 와 106 사이, 103 과 106 사이, 104 와 106 사이, 105 와 106 사이, 10 과 105 사이, 102 와 105 사이, 103 과 105 사이, 104 와 105 사이, 10 과 104 사이, 102 와 104 사이, 103 과 104 사이, 10 과 103 사이, 102 와 103 사이, 또는10 과 102 사이의 총 박테리아를 함유한다.
어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당, 10 과 1013 사이, 102 와 1013 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1013 사이, 108 와 1013 사이, 109 와 1013 사이, 1010 과 1013 사이, 1011 과 1013 사이 1012 와 1013 사이, 10 과 1012 사이, 102 와 1012 사이, 103 과 1012 사이, 104 와 1012 사이, 105 와 1012 사이, 106 과 1012 사이, 107 과 1012 사이, 108 와 1012 사이, 109 와 1012 사이, 1010 과 1012 사이, 1011 과 1012 사이, 10 과 1011 사이, 102 와 1011 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1011 사이, 108 와 1011 사이, 109 와 1011 사이, 1010 과 1011 사이, 10 과 1010 사이, 102 와 1010 사이, 103 과 1010 사이, 104 와 1010 사이, 105 와 1010 사이, 106 과 1010 사이, 107 과 1010 사이, 108 와 1010 사이, 109 와 1010 사이, 10 과 109 사이, 102 와 109 사이, 103 과 109 사이, 104 와 109 사이, 105 와 109 사이, 106 과 109 사이, 107 과 109 사이, 108 와 109 사이, 10 과 108 사이, 102 와 108 사이, 103 과 108 사이, 104 와 108 사이, 105 와 108 사이, 106 과 108 사이, 107 과 108 사이, 10 과 107 사이, 102 와 107 사이, 103 과 107 사이, 104 와 107 사이, 105 와 107 사이, 106 과 107 사이, 10 과 106 사이, 102 와 106 사이, 103 과 106 사이, 104 와 106 사이, 105 와 106 사이, 10 과 105 사이, 102 와 105 사이, 103 과 105 사이, 104 와 105 사이, 10 과 104 사이, 102 와 104 사이, 103 과 104 사이, 10 과 103 사이, 102 와 103 사이, 또는10 과 102 사이의 CFU의 각 박테리아를 그 조성물에 함유한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 10 과 1013 사이, 102 와 1013 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1013 사이, 108 와 1013 사이, 109 와 1013 사이, 1010 과 1013 사이, 1011 과 1013 사이 1012 와 1013 사이, 10 과 1012 사이, 102 와 1012 사이, 103 과 1012 사이, 104 와 1012 사이, 105 와 1012 사이, 106 과 1012 사이, 107 과 1012 사이, 108 와 1012 사이, 109 와 1012 사이, 1010 과 1012 사이, 1011 과 1012 사이, 10 과 1011 사이, 102 와 1011 사이, 103 과 1013 사이, 104 와 1013 사이, 105 와 1013 사이, 106 과 1013 사이, 107 과 1011 사이, 108 와 1011 사이, 109 와 1011 사이, 1010 과 1011 사이, 10 과 1010 사이, 102 와 1010 사이, 103 과 1010 사이, 104 와 1010 사이, 105 와 1010 사이, 106 과 1010 사이, 107 과 1010 사이, 108 와 1010 사이, 109 와 1010 사이, 10 과 109 사이, 102 와 109 사이, 103 과 109 사이, 104 와 109 사이, 105 와 109 사이, 106 과 109 사이, 107 과 109 사이, 108 와 109 사이, 10 과 108 사이, 102 와 108 사이, 103 과 108 사이, 104 와 108 사이, 105 와 108 사이, 106 과 108 사이, 107 과 108 사이, 10 과 107 사이, 102 와 107 사이, 103 과 107 사이, 104 와 107 사이, 105 와 107 사이, 106 과 107 사이, 10 과 106 사이, 102 와 106 사이, 103 과 106 사이, 104 와 106 사이, 105 와 106 사이, 10 과 105 사이, 102 와 105 사이, 103 과 105 사이, 104 와 105 사이, 10 과 104 사이, 102 와 104 사이, 103 과 104 사이, 10 과 103 사이, 102 와 103 사이, 또는 10 과 102 사이의 총 CFU를 함유한다.
어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 10-7 과 10-1 사이, 10-6 과 10-1 사이, 10-5 와 10-1 사이, 10-4 와 10-1 사이, 10-3 과 10-1 사이, 10-2 와 10-1 사이, 10-7 과 10-2 사이, 10-6 과 10-2 사이, 10-5 와 10-2 사이, 10-4 와 10-2 사이, 10-3 과 10-2 사이, 10-7 과 10-3 사이, 10-6 과 10-3 사이, 10-5 와 10-3 사이, 10-4 와 10-3 사이, 10-7 과 10-4 사이, 10-6 과 10-4 사이, 10-5 와 10-4 사이, 10-7 과 10-5 사이 10-6 과 10-5 사이 또는 10-7 과 10-6 사이 그램의 각 박테리아를 조성물에 함유한다. 어떤 실시 양태들에서, 여기서 공개된 약학적 조성물들은 용법 양 당 10-7 과 10-1 사이, 10-6 과 10-1 사이, 10-5 와 10-1 사이, 10-4 와 10-1 사이, 10-3 과 10-1 사이, 10-2 와 10-1 사이, 10-7 과 10-2 사이, 10-6 과 10-2 사이, 10-5 와 10-2 사이, 10-4 와 10-2 사이, 10-3 과 10-2 사이, 10-7 과 10-3 사이, 10-6 과 10-3 사이, 10-5 와 10-3 사이, 10-4 와 10-3 사이, 10-7 과 10-4 사이, 10-6 과 10-4 사이, 10-5 와 10-4 사이, 10-7 과 10-5 사이 10-6 과 10-5 사이 또는 10-7 과 10-6 사이 그램의 조합된 모든 박테리아를 함유한다.
한 양태에서. 본 공개는 여기서 제공된 어느 조성물들 및 영양소를 포함하는 식품 생산품을 제공한다. 또한 본 공개의 범위로 식품 생산품들은 여기서 서술된 어느 박테리아 균주들 및 영양소를 포함한다. 식품 생산품은, 일반적으로, 인간 또는 동물의 소비를 위한 것이다. 여기서 서술된 어느 박테리아 균주들도 식품 생산품으로서 제형화 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주들은 포자 형태로 식품 생산품으로서 제형화 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 박테리아 균주들은 생장 형태(vegetative form)에서 식품 생산품으로서 제형화 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 식품 생산품은 생장 박테리아 및 포자 박테리아 두 형태를 모두 포함한다. 여기서 공개된 조성물은, 건강 식품 또는 음료수, 영아의 식품 또는 음료수, 임신여성, 운동선수들, 노인들 또는 다른 특별한 그룹을 위한 식품 또는 음료수, 기능성 식품, 음료수, 특화된 건강 용도를 위한 식품 또는 음료수, 음식 보조제, 환자를 위한 식품 또는 음료수, 또는 동물 사료와 같은 식품 또는 음료수에 사용 될수 있다. 식품 또는 음료수들의 제한적이지 않은 예시들에는, 쥬스, 청량 음료(refreshing beverages), 티 음료(tea beverages), 드링크 제제(drink preparations), 젤리 음료(jelly beverages), 및 기능성 음료(functional beverages); 맥주와 같은 알코올성 음료 (alcoholic beverages); 쌀 음식 생산품, 국수 (noodles), 빵 (breads), 및 파스타(pastas)와 같은 탄수화물-함유 식품(carbohydrate-containing foods); 생선 햄 (fish hams), 소시지(sausages), 생선의 페이스트 생산품과 같은 페이스트(paste) 생산품; 커리와 같은 레트로 파우치 생산품(retort pouch products such as curries), 두꺼운 전분 소스로 옷을 입힌 식품 (food dressed with a thick starchy sauces), 스프(soups); 우유, 우유 음료, 아이스 크림, 치즈 및 요그루트와 같은 낙농 제품 (dairy products); 발효된 대두콩 페이스트, 요그르트, 발효된 음료수 및 피클과 같은 발효 생산품 (fermented products ); 콩 생산품 (bean products); 비스킷, 쿠키, 및 이와 비슷한 것을 포함하는 서양 제과 생산품과 같은 여러가지 제과 생산품, 찐 콩-쨈빵(stemed bean-jam bun), 부드러운 아드주끼-콩 젤리(soft adzuki-bean jellies), 및 이와 비슷한 것을 포함하는 일본식 제과 생산품들, 캔디, 츄잉껌(chewing gums), 구미(gummies), 젤리, 크림 카라멜, 및 얼린 디져트(frozen disseert)를 포함하는 차거운 디져트(cold dessert); 즉석 스프 및 즉석 대두-스프 와 같은 즉석 식품(instant food); 전자레인지로 조리할 수 있는 식품 (microwavable foods); 및 이와 비슷한 것들과 같은 여러 다양한 음료수가 포함 된다. 더 나아가, 예시들에는 또한 분말, 과립, 타블렛, 캡슐, 액체, 페이스트 및 젤리의 형태로 제조된 건강 식품 및 음료수도 포함 된다.
여기서 서술된 박테리아 균주들을 함유하는 식품 생산품들은 여기서 제공된 약학 조성물들과 같이 당업계에서 알려진 방법들을 사용하여 생산될 수 있다 (예를 들어, 무게로, 양으로 또는 CFU로). 식품 생산품에서 적절한 박테리아 양의 선택은, 예를 들어, 식품 생산품의 제공 크기 (serving size), 식품 생산품의 소비 빈도, 식품 생산품에 함유되는 특정한 박테리아 균주들, 식품 생산품에 있는 물의 양, 및/또는 식품 생산품에서 박테리아의 생존을 위한 추가의 컨디션들을 포함하는 여러 다양한 요소들에 의존 될수 있다.
여기서 서술된 어느 박테리아 균주들을 함유하도록 제형화 될 수 있는 식품 생산품들의 예시들에는, 제한 없이, 음료수, 드링크, 바, 스낵, 낙농 생산품, 제과 생산품, 시리얼 생산품(cereal product), 바로 먹을 수 있는 생산품(read-to-eaat product), 영양적으로 보조적인 제제형과 같은 영양 제제, 식품 또는 음료수 첨가제가 포함 된다.
어떤 실시양태들에서, 그 대상은 박테리아 조성물이 투여 되기 전에 항생제 용량을 받지 않았다. 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 여기서 제공 된 조성물이 투여 되기 적어도 1 일, 적어도 2 일, 적어도 3 일, 적어도 5 일, 적어도 10 일, 적어도 15 일, 적어도 20 일, 적어도 25 일, 적어도 30 일, 적어도 60 일, 적어도 90 일, 적어도 120 일, 적어도 180 일 또는 적어도 360일 전에 항생제를투여 받지 않는다.
어떤 실시양태들에서, 그 대상은 박테리아 조성물 투여 전 또는 동시에 하나 또는 그 이상 용량의 항생제를 투여 받는다. 항생제는 여러가지 이유로 투여 될 수 있다. 예로, 항생제는 여기서 제공 된 박테리아 조성물들을 투여 하기 전에 결장 및/또는 장으로부터 박테리아 종을 제거 하기 위해 투여 될 수 있다. 항생제는 또한 암 치료의 경우 원하지 않는 감염을 억제 시키기 위해 투여 될 수 있다. 어떤 경우에는, 항생제들은 감염성 질병을 치료하는 방법으로서 투여 될 수 있다.
어떤 실시양태들에서, 그 대상은 박테리아 조성물 이전에 일회 용법의 항생제를 투여 받는다. 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 박테리아 조성물 이전에 다수 용법의 항생제를 투여 받는다. 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 박테리아 조성물 이전에 적어도 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상의 용량의 항생제를 투여 받는다. 어떤 실시양태들에서, 그 대상은 박테리아 조성물과 거의 동시에 용량의 항생제를 투여 받는다. 투여 될 수 있는 항생제들의 예시들에는, 제한 없이, 카나마이신 (kanamycin), 겐타마이신 (gentamicin), 콜리스틴(colistin), 메트로니다졸(metronidazole), 반코마이신(vancomycin), 클린다마이신신(clindamycin), 휘닥소마이신(fidaxomicin), 및 세훠페라존포(cefoperazone)이 포함 된다.
진단제 및 예후 방법 (Diagnostics and prognostic methods)
여기서 서술되는 것은 대상이 여기서 서술된 조성물 및/또는 여기서 서술된 어느 면역 체크체크포인트 억제제들과 같은 치료를 받아야 해야 하는지 아닌지를 결정 하는데 사용을 위한 진단 방법들 (예를 들어, 동반 진단) 이다. 이러한 방법들은 질병 진단, 질병 진행 모니터링, 질병 치료의 효율 평가, 및/또는 특별한 치료에 적합한 환자들 동정 하는데 사용될 수 있다.
따라서, 여기서 서술된 방법들은 대상으로부터 얻은 샘플(예를 들어, 림프세포를 함유하는 생물학적 샘플)에서 마커의 수준에 근거 한다. 어떤 실시양태들에서, 그 방법들은 대상으로부터의 하나 또는 그 이상의 샘플에서 마커의 존재 및/또는 수준의 분석이 관여 된다.
어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 양을 표시하는 값을 측정하기 위하여 대상으로부터 얻은 샘플에서의 마커의 수준은 그후 참조 샘플 또는 대조군 샘플과 비교 된다. 어떤 실시양태들에서, 마커의 값은 샘플에서의 마커의 수준을 그 샘플에 있는 다른 마커 ((예를들어, 내부 대조군(internal control) 또는 내부 표준(internal standard))의 수준과 비교하여 얻는다. 그 마커의 값은 그 대상이 그 질환을 갖고 있거나 또는 그 질병의 위험성이 있는지를 결정하기 위하여 참조 값과 비교 될수 있다. 어떤 실시양태들에서, 마커의 수준은 그 마커에 대하여 미리 결정된 한계값과 비교되며, 이로부터 벗어나면 그 대상은 질환을 가진것으로 제시 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 만약 그 마커의 수준 또는 값이 참조 수준 또는 값보다 더 높으면, 그 대상은 여기서 서술된 대로 질환을 가졌거나 또는 질병의 위험성이 있는 것으로 동정 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 만약 그 마커의 수준 또는 값이 참조 수준 또는 값보다 더 낮으면, 그 대상은 여기서 서술된 대로 질환을 가졌거나 또는 질병의 위험성이 있는 것으로 동정 될 수 있다
어떤 실시양태들에서, 대상으로부터의 샘플에서 그 마커의 수준은 같은 대상으로부터 얻은 다른 샘플, 예를 들어, 그 대상으로부터 다른 시간에 얻은 샘플, 에 있는 그 마커의 수준과 비교 된다. 어떤 실시양태들에서, 대상으로부터의 샘플에서 그 마커의 수준은, 여기서 서술된 어느 조성물의 투여 전과 같은, 좀 더 이른 시간에 그 대상으로부터 얻은 샘플에 있는 그 마커의 수준과 비교 된다. 어떤 실시양태들에서, 대상으로부터의 샘플에서 그 마커의 수준은, 여기서 서술된 어느 조성물의 투여 후와 같은, 좀 더 늦은 시간에 그 대상으로부터 얻은 샘플에 있는 그 마커의 수준과 비교 된다.
어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값에 비교하여 더 높으면, 그 대상에게 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물이 투여 된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값에 비교하여 더 높으면, 그 대상은 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물이 투여가 관여되는 치료요법이 계속 된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값은 여기서 서술된 조성물의 투여전의 샘플에서의 마커 값의 수준과 비교하여 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, 또는 적어도 200% 증가 된다.
어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값에 비교하여 증가 하지 않으면(예를 들어, 동등하거나 또는 더 낮으면), 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물의 투여가 중단 된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값에 비교하여 증가 하지 않으면(예를 들어, 동등하거나 또는 더 낮으면), 여기서 서술된 조성물의 투여 후 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물의 투여는 다시 분석된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 마커의 수준 또는 값은 여기서 서술된 조성물의 투여전의 샘플에서의 마커 값의 수준과 비교하여 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, 또는 적어도 200% 감소 된다.
어떤 실시양태들에서, 마커의 수준은 마커의 발현 (예를 들어, 단백질 또는 핵산 수준) 및/또는 마커가 발현되는 세포 타입을 분석하여 결정된다. 마커의 발현 및/또는 마커가 발현되는 세포 타입의 분석 하기 위하여 당업계에서 알려진 어느 방법도 사용될 수 있다.
또한 대상으로부터 얻은 샘플 ((예를 들어, 지라세포(splenocyte))을 포함하는 생물학적 샘플))에서의 IFNγ 생산 수준 또는 정도에 근거 방법들도 여기에서 제공 된다. 어떤 실시양태들에서, 그 방법들은 대상으로부터의 샘플 하나 또는 그 이상에서 IFNγ 생산의 존재 및/또는 수준을 분석 하는 것이 관여 된다.
어떤 실시양태들에서, 대상으로부터 얻은 샘플에서의 IFNγ 생산 수준은 샘플에서 IFNγ 생산의 양을 제시하는 값을 결정하기 위하여 참조 샘플 또는 대조군 샘플과 그후 비교 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, IFNγ 생산 값은 샘플에서의 IFNγ 생산 수준을 그 샘플에 있는 다른 분자 ((예를들어, 내부 대조군 또는 내부 표준)의 수준과 비교하여 얻는다. IFNγ 생산 값은 그 대상이 그 질환을 갖고 있거나 또는 그 질병의 위험성이 있는지를 결정하기 위하여 참조 값과 비교 될수 있다. 어떤 실시양태들에서, IFNγ 생산 수준은 IFNγ 생산에 대하여 미리 결정된 한계값과 비교되며, 이로부터 벗어나면 그 대상은 질환을 가진것으로 제시 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 만약 IFNγ 생산 수준 또는 값이 참조 수준 또는 값보다 더 높으면, 그 대상은 여기서 서술된 대로 질환을 가졌거나 또는 질병의 위험성이 있는 것으로 동정 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서, 만약 IFNγ 생산 수준 또는 값이 참조 수준 또는 값보다 더 낮으면, 그 대상은 여기서 서술된 대로 질환을 가졌거나 또는 질병의 위험성이 있는 것으로 동정 될 수 있다.
어떤 실시양태들에서, 대상으로부터의 샘플에서 IFNγ 생산 수준은 같은 대상으로부터 얻은 다른 샘플, 예를 들어, 그 대상으로부터 다른 시간에 얻은 샘플, 에 있는 IFNγ 생산 수준과 비교 된다. 어떤 실시양태들에서, 대상으로부터의 샘플에서 IFNγ 생산 수준은, 여기서 서술된 어느 조성물의 투여 전과 같은, 좀 더 이른 시간에 그 대상으로부터 얻은 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준과 비교 된다. 어떤 실시양태들에서, 대상으로부터의 샘플에서 IFNγ 생산 수준은, 여기서 서술된 어느 조성물의 투여 후와 같은, 좀 더 늦은 시간에 그 대상으로부터 얻은 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준과 비교 된다.
어떤 실시양태들에서, 만약 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값에 비교하여 더 높으면, 그 대상에게 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물이 투여 된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값에 비교하여 더 높으면, 그 대상은 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물이 투여가 관여되는 치료요법이 계속 된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값은 여기서 서술된 조성물의 투여 전의 샘플에서의 IFNγ 생산 값의 수준과 비교하여 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, 또는 적어도 200% 증가 된다.
어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값에 비교하여 증가 하지 않으면(예를 들어, 동등하거나 또는 더 낮으면), 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물의 투여가 중단 된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값이 여기서 서술된 조성물의 투여 전에 대상으부터 얻은 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값에 비교하여 증가 하지 않으면(예를 들어, 동등하거나 또는 더 낮으면), 여기서 서술된 조성물의 투여 후 면역 체크포인트 억제제 및 여기서 서술된 조성물의 투여는 다시 분석된다. 어떤 실시양태들에서, 샘플에 있는 IFNγ 생산 수준 또는 값은 여기서 서술된 조성물의 투여 전의 샘플에서의 IFNγ 생산 값의 수준과 비교하여 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, 또는 적어도 200% 감소 된다.
어떤 실시양태들에서, IFNγ 생산 수준은 IFNγ의 발현 (예를 들어, 단백질 또는 핵산 수준) 및/또는 IFNγ 이 생산 되는 세포 타입을 분석하여 결정된다. IFNγ의 발현 및/또는 IFNγ가 생산되는 세포 타입의 동정 하기 위하여 당업계에서 알려진 어느 방법도 사용될 수 있다.
대조군 수준은 미리결정된 수준 또는 한계점이 될 수 있다. 그러한 미리 결정된 수준은 타겟 질병을 갖지 않거나 또는 질병에 대한 위험성이 없는 대상 인구 집단에서 마커 또는 IFNγ 생산 수준을 대표 할 수 있다. 이는 또한 타겟 질병을 갖고 있는 대상 인구 집단에서 마커 또는 IFNγ 생산 수준을 대표 할 수 있다.
미리결정된 수준은 여러가지 형태를 취할 수 있다. 예를들어, 이는 중앙값(median)또는 평균값(mean)과 같은 단일 절단(cut-off) 값이 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서 그러한 미리결정된 수준은, 그룹은 타겟 질병을 가진것으로 알려진 반면 다른 그룹은 타겟 질병을 갖지 않은 것으로 알려진 것과 같은 비교 그룹들에 근거하여 설정 될 수 있다. 다른 한편으로는, 미리결정된 수준은, 예를 들어, 대조군 집단에서 대사물의 수준을 나타내는 범위와 같은, 범위가 될 수 있다.
여기서 사용된 대로, “올라간 수준(an elevated)” 또는 “증가된 수준(an increase level)”은 마커 또는 IFNγ 생산 수준이 참조 값 보다 또는, 여기서 서술된 어느 조성물의 투여 전에 그 대상으로부터 얻은 샘플과 같은, 다른 샘플에서의 수준보다 더 높다는 것을 의미한다. 마커 또는 IFNγ 생산의 올라간 수준은 마커 또는 IFNγ 생산의 수준이 참조 값 또는 그 대상의 다른 샘플에서의 수준보다 예를 들어, 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 또는 그 이상 위에 있는 것을 포함한다. 어떤 실시양태들에서, 테스트 샘플에서 마커 또는 IFNγ 생산 수준은 참조 값 보다 또는, 그 대상으로부터 얻은 다른 샘플과, 적어도 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 15, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 150, 200, 300, 400, 500, 1000, 10000-배 또는 그 이상 높다.
여기서 사용된 대로, “감소된 수준(a dereased level)”은 마커 또는 IFNγ 생산 수준이 참조 값 보다 또는, 여기서 서술된 어느 조성물의 투여 전에 그 대상으로부터 얻은 샘플과 같은, 다른 샘플에서의 수준보다 더 낮다는 것을 의미한다. 마커 또는 IFNγ 생산의 감소 수준은 마커 또는 IFNγ 생산의 수준이 참조 값 또는 그 대상의 다른 샘플에서의 수준보다, 예를 들어, 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 150%, 200%, 300%, 400%, 500% 또는 그 이상이 아래에 있는 것을 포함한다, 어떤 실시양태들에서, 테스트 샘플에서 마커 또는 IFNγ 생산 수준은 참조 값 보다 또는, 그 대상으로부터 얻은 다른 샘플과, 적어도 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 15, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 7, 8, 9, 10, 50, 100, 150, 200, 300, 400, 500, 1000, 10000-배 또는 그 이상 낮다.
여기서 서술된 방법들에서 동정된 대상은, 여기서 서술된 대로, 면역 체크포트 억제제와 어느 조성물의 조합으로 치료하는 것과 같은, 적절한 치료의 대상일 수 있다.
여기서 서술된 에세이 방법들과 키트들은 또한, 여기서 서술된 그런것과 같이, 마커 또는 IFNγ 생산의 수준과 그런 질병 사이에 상관 관계가 있다고 간주하고, 질병의 치료 효율을 평가하는데 적용될 수 있다. 예를들어, 치료가 치료 전 및 후에 수행 되거나 또는 치료가 되는 도중인 대상으로부터 다수의 생물학적 샘플이 모아질 수 있다. 마커 또는 IFNγ 생산의 수준은 치료가 효과적인지 아닌지에 대한 지시제가 될 수 있다.
만약 그 대상 치료에 반응하지 않는다고 동정되면, 그 조성물 및/또는 면역 체크포트 억제제의 더 높은 용량 및/또는 용법의 횟수가 동정된 그 대상에게 투여 된다. 어떤 실시양태들에서, 치료에 반응적인 것으로 동정되거나 또는 더 이상의 치료가 필요 없다고 동정된 대상에서는, 치료제의 용법 또는 용법의 횟수는 유지되거나, 낮추어지거나, 또는 중단 된다. 다른 한편으로는, 첫 번째 치료에 반응적이지 않다고 발견된 그 대상에게는 다른 치료가 적용될 수 있다.
다른 실시예시들에서, 마커 또는 IFNγ 생산의 값들은, 예를 들어 여기서 서술된 조성물들의 투여로, 질병의 치료 가능한가를 동정하는데 신뢰할 수 있다.
스크리닝 방법들(Screening methods)
여기서 바람직한 반응을 생산하는 박테리아 또는 바람직한 반응을 생산하는 이들의 생리적으로 활성이 있는 물질을 동정하기 위하여 박테리아 또는 박테리아로부터 유도된 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝하는 방법들을 제공한다. 예를들어, 어떤 실시예시들에서는, 박테리아 또는 CD8+ IFNγ-생산하는 T 세포의 활성을 유도하는 박테리아로부터 유래된 생리적으로 활성이 있는 물질을 동정하기 위하여 스크리닝 방법들이 사용된다. 어떤 실시예시들에서는, 박테리아 또는 CD8+ IFNγ-생산하는 T 세포의 활성을 유도하는 박테리아로부터 유래된 생리적으로 활성이 있는 물질을 동정하기 위하여 스크리닝 방법들이 사용된다. 어떤 실시예시들에서는, 면역자극제로서의 박테리아 또는 박테리아로부터 유래된 생리적으로 활성이 있는 물질을 동정하기 위하여 스크리닝 방법들이 사용된다.
또한 활성을 유도하거나 CD8+ IFNγ-생산하는 T 세포에 의해 원인이 된 질병을 유도 또는 악화시키는 물질을 동정하기 위하여 테스트 물질을 스크리닝 하는 방법들이 여기서 제공 된다.
일반적으로, 스크리닝 방법들은 실험관 내에서(예를 들어, 세포들을 사용하여) 또는 생체 내에서 (비-인간 동물 모델) 수행 될 수 있다. 어떤 실시예시들에서, 그 방법들은 한 집단의 세포(예를 들어, 장 상피 세로, 말초 혈액 단핵세포)들을 테스트 물질과 (예를 들어, 박테리아 또는 이들의 생리적으로 활성이 있는 물질) 접촉시키고 그 반응을 평가하는 것이 관련 된다. 어떤 실시예시들에서, 그 반응은 바람직한 세포 집단(예를 들어, CD8+ IFNγ T 세포)의 수 및/또는활성 이다.
일부 실시 양태에서, 상기 방법은 시험 물질 (예 : 박테리아 또는 그의 생리 활성 물질)로 비-인간 동물 모델을 접종하고 반응을 평가하는 것을 포함한다. 일부 실시 양태에서, 비-인간 동물 모델은 시험 물질을 섭취한다. 일부 실시 양태에서, 반응은 원하는 세포군 (예 : CD8 + IFNγT 세포)의 수 및/또는 활성이다. 일부 실시 양태에서, 반응은 질병 또는 증상의 개선, 또는 질병 또는 증상의 유도/악화이다.
일부 구체 예에서, 본원에 기재된 임의의 스크리닝 방법에서 동정 된 박테리아로부터 유래 된 박테리아 및/또는 생리 활성 물질은 예를 들어 질병의 치료를 위해 대상에게 투여될 수 있다.
키트들 (Kits)
본 공개는, 예를 들어 여기서 서술된 어느 조성물들을 대상에 투여시켜, 지라세포에서의 IFNγ 생산 정도 또는 수준에 근거한 면역 시스템 활성화 평가에 사용을 위한 키트를 또한 제공한다. 어떤 실시양태들에서는, 여기서 서술된 어느 조성물들 투여 전, 투여 하는 동안, 및/또는 투여 후에 그 대상으로부터 샘플을 얻을 수 있다.
어떤 실시양태들에서는, 그 키트는 샘플에 있는 IFNγ 생산 양을 검출 및/또는 측정하는 하나 또는 그 이상의 분자들을 함유 한다. 어떤 실시양태들에서는, IFNγ 생산 양을 검출 및/또는 측정하는 분자는 IFNγ에 특이적으로 결합하는 하나 또는 그 이상의 결합제들을 포함할 수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 결합제는 IFNγ에 특이적으로 결합하는 항체이다. 어떤 실시양태들에서는, 결합제는 IFNγ에 결합하고 리포터 분자가 암호화 하는 유전자의 발현을 유도하는 세포의 수용체와 같은 리포터 시스템의 일부이다. 어떤 실시양태들에서는, 키트는 그 대상으로부터 얻은 샘플(들)에 있는 IFNγ의 양이 비교 될 수 있는 표준 또는 대조군 샘플을 또한 함유 한다.
어떤 실시양태들에서는, 키트는 여기서 서술된 어느 동반 진단 방법들 (companion diagnostic metods) 을 수행하기 위한 것일 수도 있다.
어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 여기서 서술된 어느 박테리아 종 하나, 또는 이들의 성분의 양 또는 존재를 검출 및/또는 측정하기 위한 하나 또는 그 이상의 분자들을 함유 한다. 어떤 실시양태들에서는, 박테리아 균주를 검출 또는 양을 측정하는 이 분자는 그 박테리아 균주에 특이적으로 결합하는 하나 또는 그 이상의 결합제를 포함할 수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 그 결합제는 그 박테리아 종을 동정 하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 종의 특징에 특이적으로 결합한다. 어떤 실시양태들에서는, 그 결합제는 16S rRNA 서열과 같은, 여기서 서술 된 하나 또는 그 이상의 박테리아 종의 핵산 서열에 특이적으로 결합하는 핵산이다. 어떤 실시양태들에서는, 그 키트는 그 대상으로부터 얻은 샘플(들)이 비교 될 수 있는 표준 또는 대조군 샘플을 또한 함유 한다.
본 공개는 여기서 서술된 어느 조성물들을 투여 전, 투여 동안, 및/또는 투여 후에, 마커 (예를들어, CD44, CD8, IFNγ, GzmB, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ, 또는 항원-유래한 리간드 특이 TCRβ)의 발현을 분석하는 것이 관여 하는, 치료 방법들을, 예를 들어, 종양 치료을, 결정하는데 사용되는 키트를 또한 제공 한다. 여기서 면역 체크포인트 억제제 (예를 들어, PD-1 억제제)로 종양 치료를 위한 동반 진단제를 포함하는 키트를 또한 제공 한다.
어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 CD44, CD8, IFNγ, GzmB, 또는 종양 항원-유래한 리간드 특이 TCRβ (tumor antigen-derived ligand-specific TCRβ)와 같은, 마커의 발현 수준을 분석 하거나 또는 모니터링 하기 위한 하나 또는 그 이상의 성분들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 마커는 마커의 수준(양), 및/또는 그 마커가 존재하는 특이적인 세포의 타입을 측정하여, 마커의 존재를 검출하여 분석 된다. 어떤 실시양태들에서는, 마커의 양을 검출 또는 측정하는 분자는 그 마커에 특이적으로 결합 하는 하나 또는 그 이상의 결합제들을 포함 할 수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 결합제는 그 마커에 특이적으로 결합하는 항체이다. 어떤 실시양태들에서는, 결합제는 그 마커에 특이적으로 결합하는 MHC 다중체 (multimer)이다.
어떤 실시양태들에서는, 이 마커는 이 마커를 암호화 하는 핵산의 수준(양)을 측정하거나, 및/또는 마커를 암호화하는 핵산이 발현 되는 특이 세포 타입을 측정하여, 이 마커를 암호화 하는 핵산의 존재를 검출하여 분석 된다. 어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 대상으로부터 얻은 샘플로부터 핵산(예를 들어, RNA)을 분리하는 하나 또는 그 이상의 시약을 포함한다.
어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 더 나아가 샘플에서 타켓 (예를 들어, IFNγ, 박테리아 종)에 제제가 결합하는 것을 검출하기 위한 검출제 (예를 들어, 결합제에 결합하는 항체)를 포함한다. 검출제는 라벨과 결합(conjugate) 될수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 검출제는 결합제들 중에 적어도 하나에 특이적으로 결합하는 항체이다. 어떤 실시양태들에서는, 결합제는 동정될 수 있고, 직접적으로 또는 간접적으로, 검출제와 결합할 수 있는 태그(tag)를 포함한다.
어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 더 나아가 그 대상에게 투여 될 하나 또는 그 이상의 치료제 및/또는 조성물들을 포함할 수 있다. 예를 들어, 어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 하나 또는 그 이상의 면역 체크포인트 억제제 (예를들어, PD-1 억제제, PD-L1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제) 를 포함할 수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 하나 또는 그 이상의 여기서 서술된 박테리아 균주들을 포함하는 조성물을 포함할 수 있다.
어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 물질, 예를 들어, CD8+ IFNγ-생산하는 T 세포 활성화 하는 물질, 스크리닝을 위한 것 일 수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 세포주의 세포와 같은 세포들을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 그 세포들은 장 상피 세포, 말초 혈액 단핵세포이다. 어떤 실시양태들에서는, 이 키트 또는 장치는 더 나아가 지지 멤버 support member)를 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 지지 멤버는 니트로셀루로오즈 멤브레인(nitrocellulose membrane), 폴리비닐리덴 (PVDF) 풀루오라이드 멤브레인 ((polyvinylidene fluoride (PVDF) membrane)), 또는 셀루로오즈 아세테이트 멤브레인(cellulose acetate membrane)과 같은 멤브레인이다. 어떤 샘플에서는, 면역에세이는 웨스턴 블럿 에세이 형태(Western blot assay format) 또는 라테랄 풀로 에세이 형태(lateral flow assay format) 일 수 있다.　
어떤 실시양태들에서는, 지지멤버는 ELISA 플레이트(ELISA plate)와 같은 다수-웰 플레이트 (multi-well plate)이다. 어떤 실시양태들에서는, 여기서 서술된 면역에세이는 고속 대량 플렛홈 (high through platform)에서 수행 될 수 있다. 어떤 실시양태들에서는, 다수-웰 플레이트, 예를들어, 24-, 48-, 96-, 384-, 또는 더 큰 웰 플레이트, 가 고속 대량 검출 에세이를 위해 사용될 수 있다.
키트 또는 검출 장치에서, 하나 또는 그 이상의 결합제들은 지지 멤버에 고정화 될 수 있으며, 이는 멤브레인, 비드, 또는 다수-웰 플레이트(multi-well plate) 가 될 수 있다. 면역에세이를 위한 적절한 지지 멤버의 선택은, 샘플의 수 및 두 번째 제제와 결합된 라벨로부터 방출 되는 시그날을 검출하는 방법과 같은 여러가지 요소 의존 할것이다.
키트는 여기서 서술된 대로 코팅버퍼, 브럭킹 버퍼 (blocking buffer), 세척 버퍼, 및/또는 정지 버퍼에만 국한하지 않고 하나 또는 그 이상의 버퍼들을 또한 포함할 수 있다.
어떤 실시양태들에서는, 이 키트는 여기서 서술된 어느 방법들에 따른 사용 지침서를 포함할 수 있다. 키트 사용에 관련한 지침서들은 일반적으로 각 성분의 양 및 여기서 서술된 에세이 방법들을 수행하는 적절한 컨디션에 관한 정보를 포함 한다. 키트 내의 구성성분들은 단위 용량으로, 대용량 패키지(bulk package)(예를들어, 다수-용량 패키지)로, 또는 서브-유닛 용량(sub-unit dose)으로 있을 수 있다. 본 공개의 키트에 제공되는 지침서들은 전형적으로 라벨 또는 패키지 삽입물 (예를 들어, 키트에 포함된 종이 쉬트)에 쓰여진 지침서들이지만, 기계로-읽기 가능한(machine-readable) 지침서들((예를 들어, 자석(magnetic) 또는 광학적 저장 디스크(optical storage disk)에서 수행 되는 지침서))도 또한 수용할 만하다.
라벨 또는 패키지 삽입물은 이 키트가 면역시스템 활성화 수준의 평가, 치료선택, 및/또는 진단 목적에 사용되는 것을 제시 한다. 지침서들은 여기서 서술된 어느 방법을 실행하기 위해 제공 될 수 있다.
본 공개의 키트들은 적절한 패키지로 있다. 적절한 패키지에는, 이것에만 국한하지 않으나, 바이알(vial), 병(bottle), 단지(jar), 유연한 패키지(flexible packaging) ((예를들어, 봉인된 마일라 (Mylar) 또는 플라스틱 가방), 및 그와 비슷한 것을 포함한다.
키트는 선택적으로 대조군 및/또는 표준 또는 참조 샘플과 같은, 해석적 정보와 같은 추가의 성분을 제공할 수 있다. 저안적으로는, 키트는 용기 및 용기와 연관된 라벨 또는 패키지 삽입물(들)을 포함한다. 어떤 실시양태들에서는, 본 공개는 상기 서술된 키트의 내용물을 포함하는 제조 글을 제공한다.
아래의 표 1 은 여기서 공개된 실험들의 조성물에 사용된 서열식별번호 (SEQ ID Nos) 를 제공한다. 제시된 균주에 가장 가까운 박테리아 종은 속-종(genus-species) 으로 표시된다.
가장 가깝게 관련된 속 종으로 동정된 각 속 종과 연관된 16S rDNA 서열 또한 제공된다. 퍼센트 정렬(percent alignment)은 제시된 균주의 서열과 가장 가까운 속 종으로부터의 서열 사이의 퍼센트 동일성 및 정렬의 길이를 나타낸다. 가장 가깝게 관련된 종의 진뱅크 접근번호 (GenBank Accession Number)가 마지막 컬럼에 제공된다.
[표 1] 가장 높은 상동성을 갖는 균주 및 종
Figure pct00002
여기서 서술된 박테리아 균주에 대한, 16S rDNA의 핵산 서열, 또는 이의 일부분이 아래에 제공 된다.
SEQ ID NO:1 strain 1 2G5_Phascolarctobacterium faecium_LN998073 GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTA
SEQ ID NO:2 strain 2 1A6_ Fusobacterium ulcerans_KR822463 GATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATGCAAGTCTACTTGATCCTTCGGGTGAAGGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAAGAACTTGCCTTACAGACTGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGGATATTATGATTGGGTCGCATGATCTGATTATGAAAGCTATATGCGCTGTGAGAGAGCTTTGCGTCCCATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACGATGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGTGTGCACGAAGAAGTTTTTCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAGTCAGTGACGGTACCAACAGAAGAAGCGACGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGCGGCTTAGTAAGTCTGATGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATTGCGTTGGAAACTGCTAAACTAGAGTACTGGAGAGGTAGGCGGAACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCCTACTGGACAGATACTGACGCTAAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGCGCCCAAGCTAACGCGATAAGTAATCCGCCTGGGGAGTACGTACGCAAGTATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAACCTTACCAGCGTTTGACATCCCAAGAAGTTAACAGAGATGTTTTCGTGCCTCTTCGGAGGAACTTGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTTTCGTATGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCTGCGATGAGCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGTAGTACAGAGAGCTGCAAACCTGCGAGGGTAAGCTAATCTCATAAAACTATTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAAATCAGCTATGTTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGTTGCACCTGAAGTAACAGGCCTAACCGTAA
SEQ ID NO:3 strain 3 1B11_Bacteroides dorei_CP011531
AGTTTGNNNTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGAT
SEQ ID NO:4 strain 4 2G1_Bacteroides uniformis_NR_112945 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTAGAACTATTAAAGAATTTCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACCAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTGATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAG
SEQ ID NO:5 strain 5
2B1_ Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA_NZ-ACWW00000000 GACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAGTTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGACCACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAAGGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGTACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTGAGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATTAGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTACGCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTATTAACAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAGCAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAACCGC
SEQ ID NO:6 strain 6 2A6_Paraprevotella xylaniphila_AB331897 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATCCAACCTGCCCTTTACCCGGGGATAGCCTTCTGAAAAGGAAGTTTAATACCCGATGAATTCGTTTAGTCGCATGGCTNGATGAATAAAGATTAATTGGTAAAGGATGGGGATGCGTCCCATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGGAGGACGACGGCCCTACGGGTTGTAAACTCCTTTTATAAGGGGATAAAGTTGGCCATGTATGGCCATTTGCAGGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGCTGTCAAGTCAGCGGTCAAATGGCGCGGCTCAACCGCGTTCCGCCGTTGAAACTGGCAGCCTTGAGTATGCACAGGGTACATGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAGGAACTCCGATCGCGCAGGCATTGTACCGGGGCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAGGTGCGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCGCACAGTAAACGATGAATGCCCGCTGTCGGCGACATAGTGTCGGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATCGCAGGTGCATGGGCCGGAGACGGCCCTTTCCTTCGGGACTCCTGCGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCCCCTCCCCAGTTGCCACCGGGTAATGCCGGGCACTTTGGGGACACTGCCACCGCAAGGTGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTGCCCGGTGACGGTTGGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTGCCTGAAGTCCGTNNCCGCGA
SEQ ID NO:7 strain 7 2F11_Parabacteroides johnsonii_AB261128 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTAAGTAGCAATACTTATTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGATTAATACTCCATAAAACAGGGGTTCCGCATGGGACTATTTGTTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGTGGGACGTGTTCCATTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCAGACCGACCTTGAAAGAGGTTTTCTAGCAATAGCTGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCTAAACCATGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAA
SEQ ID NO:8 strain 8 1E7_Alistipes sp. JC136_NZ-CAEG00000000 GATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGATTGAAGCTTGCTTCAGTTGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTATGCAACCTACCCATAACAGGGGGATAACACTGAGAAATCGGTACTAATATCCCATAACATCAAGAGGGGCATCCCTTTTGGTTGAAAACTCCGGTGGTTATGGATGGGCATGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGGGGGACTGAGAGGTTAACCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGCAAGTCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGCTCTATGAGTTGTAAACTGCTTTTGTACGAGGGTAAACCCGGATACGTGTATCCGGCTGAAAGTATCGTACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATTCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTTAGAGGTGAAATACCGGTGCTTAACACCGGAACTGCCTCTAATACTGTTGAGCTAGAGAGTAGTTGCGGTAGGCGGAATGTATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATCATACAGAACACCGATTGCNGAAGGCAGCTTACCAAACTATATCTGACGTTNGAGGCACGAAAGCGTGGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATAACTCGCTGTCGGCGATACACAGTCGGTGGCTAAGCGAAAGCGATAAGTTATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAAAGTTACTGACGATTCTGGAAACAGGATTTCCCTTCGGGGCAGGAAACTAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCCTACCGTTAGTTGCCATCAGGTCAAGCTGGGCACTCTGGCGGGACTGCCGGTGTAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGTAGGTACAGAGGGCAGCTACCCAGTGATGGGATGCGAATCTCGAAAGCCTATCTCAGTTCGGATTGGAGGCTGAAACCCGCCTCCATGAAGTTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGAAGCTGGGGGTGCCTGAAGTTCGTGAC
SEQ ID NO:9 strain 9 1H9_Parabacteroides gordonii_AB470343 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCAGGAAGTAGCAATACTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTCCCGCATGGGAATATTTGTTAAAGATTTATTGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTCGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGCAGGACGTGTCCTGTTTTGTATGTACCCTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGCTTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGAGGGCTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAAGTTGACCGGAGTGGAAACACTCTTTCTAGCAATAGCAATTTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCGAGCTGAGGACTCTAAAGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTNACCGCAAG
SEQ ID NO:10 strain 10 1C1_Eubacterium limosum_AB595134 GACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGTTTTGATGGATCCTTCGGGTGACATTAGAACTGGAAAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATGGAAAGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAGTAAAGCCTTATATTATGGTTTTGTCGCATGGCAAGATCATGAAAACTCCGGTGCCATAGGATGGACCCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAACCGGTCTGAGAGGGCGAACGGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAATACCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTATTGGGGAAGAAGAATGACGGTACCCAATGAGGAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGACAAGCGTTGTCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTCTATTAAGTCTGATGTGAAAGGTACCGGCTCAACCGGTGAAGTGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTATTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAAATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAAACTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACGAGCCTAGAGATAGGAAGTTTCCTTCGGGAACAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGTAGACAATACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCTGAACAGAGGGCCGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAATCCCTTAAAACAGATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGCCTGTGAGAGAACCGTAAGGACTCAGCAGT
SEQ ID NO:11 strain 11 2G9_Parabacteroides distasonis_HE974920 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACAGGTAGCAATACCGGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTGCCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATGAAGCAGGGGCCCCGCATGGGGATATTTGCTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGATGAAGGTTCTATGGATCGTAAACCTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCGGGACGTGTCCCGTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTCTGTGGCTCAACCATAGAATTGCCGTTGAAACTGGGGGGCTTGAGTATGTTTGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCCAAGCCATTACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATCACTAGCTGTTTGCGATACACTGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTGATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATTCGGACCGAGGTGGAAACACCTTTTCTAGCAATAGCCGTTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGCCACTAGTTACTAACAGGTAAAGCTGAGGACTCTGGTGGGACTGCCAGCGTAAGCTGCGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCGTGGACAAAGGGAAGCCACCTGGCGACAGGGAGCGAATCCCCAAACCACGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACCCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCNGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCGA
SEQ ID NO:12 strain 12 2B7_Bacteroides cellulosilyticus_NR_112933 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGACCTAGCAATAGGTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTACCGGTTATTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCGGATAGTATAACGAGAAGGCATCTTTTTGTTATTAAAGAATTTCGATAACCGATGGGGATGCGTTCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTGAGCCACGTGTGGCTTTTTGTATGTACCATACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACTATTAAGTCAGCTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTCGTCTTGAGTGCAGTAGAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATCTGAATAATTTGGAAACAGATTAGCCGTAAGGCAGATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACAGCGATGTGATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAAC
SEQ ID NO:13 strain 13 2C1_Bacteroides clarus_AB490801 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGGTTGAAGCTTGCTTCAACCGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCGGATGGCATAGTTTTCCCGCATGGAATAACTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTTGGCCACGTGTGGTTTTTTGCATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGGTATTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTATCCTTGAGTGCAGCAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGAGTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACAATGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGACTGAGCTGGAAACAGTTCTTTCTTCGGACAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACCATCAGGTCATGCTGGGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCAAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAA
SEQ ID NO:14 strain 14 1B4_Anaerostipes sp. 3_2_56FAA_NZ-ACWB00000000
GATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTAGGATTGAAGTTTTCGGATGGATTTCCTATATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAATCGCATGATTCAGTGTGAAAAGCCCTGGCAGTATAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAACAGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCATGGTAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCTTTTGAAACTGTCATGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTCACTGACACTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCNNNAGCGGTGGAGCATGTGGTTAATTCGAAGCACGCGAAG
SEQ ID NO:15 strain 15 2A3_Bacteroides salyersiae_AY608696 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGGTGTAGCAATACACCGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATAACATGACCTCCTGGTTTTGTTATTAAAGAATTTCGGTAGAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACCGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTCTGCCACGTGTGGCATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACATGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGAAACTGCGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATATGCCGGAAACGGCATAGCCGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTGGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCCGCTACACAGCGATGTGATGCCAATCCCTAAAGCCCCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAAC
SEQ ID NO:16 strain 16 2A12_Bacteroides fragilis_CR626927 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATAGCATAATGATTCCGCATGGTTTCATTATTAAAGGATTCCGGTAAAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCTAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTTATATAAGAATAAAGTGCAGTATGTATACTGTTTTGTATGTATTATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACTGGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGTCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGTGGAATGATGTGGAAACATGTCAGTGAGCAATCACCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTTATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTAACGGGTGACCGTATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAA
SEQ ID NO:17 strain 17 1A2_Bacteroides uniformis_AB247141 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATATCTGAAAGGCATCTTTCAGCTATTAAAGAATTTCGGTCATTGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTTAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGATGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATGTTCTGGAAACAGATCAGCCGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTTATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGT
SEQ ID NO:18 strain 18 2B11_Bacteroides eggerthii_NR_112935 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGATTGAAGCTTGCTTCAATCGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATAGCATAGTATTTCCGCATGGTTTCACTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCNTTAGATAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGGAGTATGCATACTCCTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGTGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGCGCCTTGAGTGCAGCATAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACACAGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGCGGAATGTAGTGGAAACATTACAGCCTTCGGGCCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACTATCAGGTCATGCTGAGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAGGAGC
SEQ ID NO:19 strain 19 2D2_Clostridium sp. TM-40_AB249652 GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGGACGCAATGCTTCGGCATTGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATAAGCAACCTGCCCCTGTGAGGGGGATAACTGCTGGAAACGGCAGCTAAGACCGCATATGCATACATGACGCATGTCGAGTATGTTAAATATCCCACGGGATAGCACAGGGATGGGCTTATGACGCATTAGCTAGCTGGTGAGGTAGAGGCTCACCAGGGCGACGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGGACGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGCGAAAGCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTCATTCGTGATGTAAACTTCTGTTATAAAGGAAGAACGGCGCCTGTAGGGAATGACAGGCGAGTGACGGTACTTTATGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCAGTGCAGGTCTGCGGTGAAAGCCCGAAGCTAAACTTCGGTAAGCCGTGGAAACCGCACAGCTAGAGAGCATCAGAGGATCGCGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCGGTCTGGGGTGCAGCTGACGCTCAGTCCCGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGGGTCAGACCTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATGGAGATAAAGGCTCTGGAGACAGAGAGATAGGTATATCTCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTTGCCAGTTGCCAGCATTAGGTTGGGGACTCTGGCGAGACTGCCTCTGCAAGGAGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGATCAGAGGGAGGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCGAAACCCAGAAACCCGTTCACAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCCAACCGCAA
SEQ ID NO:20 strain 20 2E8_Parabacteroides goldsteinii_NR_113076 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACGATGTAGCAATACATTGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGAATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTTCCACATGGAAATATTTGTTAAAGAATTATCGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCCACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTGAGGAACGTGTTCCTTTTTGTATGTACCATATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTTAATTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGTTGACTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGCTGTTTGCGATACACAGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATATTGACAGCTCTGGAAACAGAGTCTCTAGTAATAGCAATTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCGTGTGAGCGGATGCAAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTAACCGC
SEQ ID NO:21 strain 21 1H8_Bacteroides sp. AR29_AF139525 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATTTCAGTTTGCTTGCAAACTGGAGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATAATNAGACCGCATGGTCTTGTTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAACCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCAGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTTTTCCACGTGTGGAATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACAGTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGCTGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATTTGAATATATTGGAAACAGTATAGCCGTAAGGCAAATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGA
SEQ ID NO:22 strain 22 >3F2-PREMIX.fasta
NNNNNNNNNTGCAGTCGAACGAAGCGATTTGAATGAAGTTTTCGGATGGATTTCAANTTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGNNCCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTATGGGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGGAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTACGGCTGGAGTGCTGGAGAGGCAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTCGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCACANNGGTGGAGCATGTGGTTATTCGAGCACGCGAAANCTTACCAGTCTTGNNNCCCCTGANGNNNNGTATGTCGCTNCTNNGNNNNGGN
SEQ ID NO:23 strain 23 >1G1_3-PREMIX.fasta
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGGTTTCAATGAAGTTTTCGGATGGATTTGAAATTGACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGTCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGTACTGCTTTGGAAACTGTTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCACTGAAAACACTTTAACCGGTGTCCCTCTTCGGAGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCGAGTAGAGTCGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAAAGGAGCGATCTGGAGCAAACCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGNAGCTGCCGAANNNNNNN
SEQ ID NO:24 strain 24 >1E6_27Fmod-PREMIX_Length_957
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관심있는 추가 서열들이 아래에 제공 된다:
SEQ ID NO:54 H81A6_16S_ribosomal_RNA
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SEQ ID NO:55 H82F11_16S_ribosomal_RNA
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SEQ ID NO:56 H82A6_16S_ribosomal_RNA
AATAAAGATTAATTGGTAAAGGATGGGGATGCGTCCCATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGGAGGACGACGGCCCTACGGGTTGTAAACTCCTTTTATAAGGGGATAAAGTTGGCCATGTATGGCCATTTGCAGGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGCAGTCAAGTCAGCGGTCAAATGGCGCGGCTCAACCGCGTTCCGCCGTTGAAACTGGCAGCCTTGAGTATGCACAGGGTACATGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAGGAACTCCGATCGCGCAGGCATTGTACCGGGGCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAGGTGCGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCGCACAGTAAACGATGAATGCCCGCTGTCGGCGACATAGTGTCGGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATCGCAGGTGCATGGGCCGGAGACGGCCCTTTCCTTCGGGACTCCTGCGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCCCCTCCCCAGTTGCCACCGGGTAATGCCGGGCACTTTGGGGACACTGCCACCGCAAGGTGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTGCCCGGTGACGGTTGGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTGCCTGAAGTCCGTGACCGCGAGGGTCGGCCTAGGGTAAAACCGGTGATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
SEQ ID NO:57 H82G9_16S_ribosomal_RNA
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SEQ ID NO:58 H81E7_16S_ribosomal_RNA
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SEQ ID NO:59 H81C1_16S_ribosomal_RNA
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGTTTTGATGGATCCTTCGGGTGATATCAGAACTGGAAAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATGGAAAGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAGTAAAGCCTTATATTATGGTTTTGTCGCATGGCAAGATCATGAAAACTCCGGTGCCATAGGATGGACCCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAACCGGTCTGAGAGGGCGAACGGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAATACCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTATTGGGGAAGAAGAATGACGGTACCCAATGAGGAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGACAAGCGTTGTCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTCTATTAAGTCTGATGTGAAAGGTACCGGCTCAACCGGTGAAGTGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTATTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAAATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAAACTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACGAGCCTAGAGATAGGAAGTTTCCTTCGGGAACAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGTAGACAATACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCTGAACAGAGGGCCGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAATCCCTTAAAACAGATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGCCTGTGAGAGAACCGTAAGGACTCAGCAGTCGAAGGTGGGGCTAGTAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:60 H81B11_16S_ribosomal_RNA
ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGATCGCCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
SEQ ID NO:61 H81H9_16S_ribosomal_RNA
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SEQ ID NO:62 H82B1_16S_ribosomal_RNA
AATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAGTTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGACCACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAAGGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGTACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTGAGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATTAGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTACGCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTATTAACAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAGCAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGCCGCCGAAGGTAAAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:63 H82G1_16S_ribosomal_RNA
ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTGGAACTATTAAAGAATTTCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTGATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAGCGCCCTAGGGTAAAACTGGTGATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
SEQ ID NO:64 H82G5_16S_ribosomal_RNA
ATTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTATTAGGAGCCAGCCGTCTAAGGTGGGGCCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
본 발명은 상세한 구조 및 아래의 서술에서 제시 되거나 또는 그림으로 보여준 성분들의 정렬의 구체성에 대한 이의 응용에 있어서 제한적이지는 않다. 본 발명은 다른 실시양태도 가능하며 및 실용화 되고 또는 여러 가지 방법으로 수행 될 수 있다. 또한, 여기서 사용된 어법 및 전문 용어는 서술의 목적을 위한 것이며 제한하는 것으로 여겨서는 않된다. “포함하는(including)”, “포함하는(comprising)”, 또는 “가지는(having)”, “함유하는 (containing)”, “관련되는 (involving)”, 및 이들의 변형들의 사용은 이들 이후에 목록화 되어 있는 아이템(item)들 및 이들과 상응하는 것은 물론 추가 아이템을 포함하는것을 의미 한다.
달리 여기서 정의 되지 않는 한, 본 공개와 관련되어 사용된 과학적이고 기술적인 용어들은 당업계 통상 전문가들에게 공통으로 이해되는 의미들을 가질 것이다. 더 나아가, 달리 내용적으로 요구 되지 않는 한, 단수 용어는 복수를 포함하며 및 복수 용어는 단수를 포함 할 것이다. 본 공개의 방법들 및 기술들은 일반적으로 당업계에 잘 알려진 전통적인 방법들에 따라 수행 된다. 관련 되어 사용된 명명법, 및 여기서 서술된 생화학, 효소학, 분자생물학, 미생물학, 바이러스학, 세포 및 조직 배양, 유전학 및 단백질 및 핵산 화학 기술은 당 업계에서 잘 알려지고 및 보통 사용되는 것들이다. 본 공개의 방법들 및 기술들은 달리 제시 되지 않는한 일반적으로 당업계에서 잘 알려진 전통적인 방법들에 따라 수행 되며 여러 다양한 일반적인 및 여기서 인용 된 좀 더 구체적인 참고문헌에서 서술된 대로 및 현 명세서를 통해 논의 된 대로 수행 된다.
본 발명은 다음의 실시예시들로 더 나아가 보여 주며, 더 나아가 이는 제한 하는 것으로 여겨서는 안된다. 본 출원을 통해 인용 된 모든 참고 문헌의(문헌, 발행된 특허, 발행된 특허 출원 및 동시계류중인 특허 출원) 전체 내용들은 명확히 여기에 참고 문헌으로서 병합되어 있으며, 특히 여기서 참고된 것은 교육을 위하여 이다. 그러나, 어느 참고 문헌의 인용은 그 문헌이 이전기술 이라는 것을 인정하려는 의도는 아니다.
[실시예시]
실시예시 1:CD8+ T-세포 유도 박테리아 칵테일 동정
상주하는 미생물총을 가지고 있는 특별한-병원균-없는 (specific-pathogen free)(SPF) 조건에서 유지된 C57BL/6 생쥐는 풍부한 IFNγ+CD8+ T-세포를 가지고 있는 반면에, 무균 (germ free) 생쥐의 장 고유판(intestinal lamina propria)에는 현저하게 적은 IFNγ+CD8+ T-세포가 발견되었다 (도표 1 참조). 이는 장내 미생물총은 IFNγ+CD8+ T-세포의 축적을 유도함을 제시한다. IFNγ+CD8+ T-세포의 서브셋트 (부분집합, subset)도 또한 CD103 는 물론 GranzymeB도 발현하며(도표 2A 참조), 이는 서부셋트가 조직-상주 기억 T 세포(tissue-rsident memory T cell)임을 암시 한다. 도표 3A는 CLEA 일본 회사(CLEA Japan Inc.)에서 구입한 쥐 및 리켄(RIKEN) 에서 번식시킨 생쥐에 비교하여, 찰스 리버 연구실 회사(Charles River Laboratories Inc.) 및 일본 SLC 회사(Japan SLC Inc.) 에서 구입한 SPF C57BL/6 생쥐에서는 현저하게 적은 수의 IFNγ+CD8+ T-세포가 발견 되었음을 보여준다. 찰스 리버 연구실 회사(Charles River Laboratories Inc.)로부터 온 SPF C57BL/6 생쥐를 CLEA 생쥐와 같은 사육장에서 함께 길렀을 때(co-housed), 찰스 리버 연구실 회사 에서 배달된 생쥐에서 IFNγ+CD8+ T-세포가 증가함이 관찰 되었다 (또표 4A 및 4B). 이 발견은 생쥐의 미생물총에는 장에서 IFNγ+CD8+ T-세포를 유도하고 및 축적하는 특별한 미생물 종이 있다는 가설을 강하게 지지한다.
다음으로, 인간의 장관내 미생물총에 IFNγ+CD8+ T-세포를 유도하는 미생물을 함유하는지 여부가 조사 되었다. 6 명의 건강한 자원자 (A~F)로부터 대변 샘플들이 수집 되었다. 샘플들은 멸균된 분리기(sterile isolator)에 유지시킨 무균 C57BL/6 생쥐에(그룹 당 5 또는 6 생쥐) 개별적으로 경구로 투여 하였다. 경구 접종 4 주에, 생쥐는 희생 시켰고, 및 작은 창자와 결장을 모으고 FACS로 IFNγ+CD8+ T-세포를 조사 하였다.
도표 5A 및 5 B에서 보여준 대로, 공여자 B로부터 수집된 대변 샘플로 접종시킨 생쥐에서 결장의 IFNγ+CD8+ T-세포가 가장 현저하게 유도 되었다. 공여자 B 샘플로 접종된 생쥐들 중에서, 가장 높은 IFNγ+CD8+ T-세포 빈도를 보이는 생쥐를(이후로 'B#5 생쥐”로 부른다) 선택하였다. IFNγ+CD8+ T-세포 유도에 관련 되는 미생물을 농축 시키기 위해, B#5 생쥐로부터 맹장 내용물을 수집하여 다른 무균 생쥐에 접종 시켰다. 그후 이 생쥐들에게 경구로 먹는 물을 엠피실린 (Ampicillin), 메트로니다졸(Metronidazole), 스트렙토마이신(Streptomycin) 또는 티로신(Tylosin)과 함께, 또는 없이 투여 하였다 (그룹당 5 마리 생쥐). 다른 한편으로는, B#5 생쥐의 맹장 내용물을 3% 클로로포름으로 처치하여 다른 5 마리 무균 생쥐에 경구로 접종 시켰다 (‘B#5+Chrolo’). 도표 6A 및 6B 는 엠피실린 (Ampicillin) 처치는 B#5 생쥐 미생물총에 의한 결장 고유층 IFNγ+CD8+ T-세포의 유도를 증강시키는 것을 보여 주며, 반면에 다른 항생제들 처치 또는 클로로포름 처치는 B#5 생쥐 미생물총에 의한 결장 고유층 IFNγ+CD8+ T-세포의 유도 능력을 감소 시키는 것을 보여준다.
도표 7A 및 7B는 B#5 생쥐 미생물총으로 접총시키고 및 항생제 또는 클로로포름으로 처치 하거나 또는 하지 않은 생쥐의 장내 내용물의 운영적 분류 유닛트(operational taxonomic unit) (OTU) 분석을 보여 준다. 가장 높은 빈도의 IFNγ+CD8+ T-세포를 보이는 두 마리의 B#5+AMP 생쥐 (B#5+AMP-2 생쥐 및 B#5+AMP-3 생쥐) 들의 맹장 내용물을 수집하고 및 혐기성 챔버 (anaerobic chamber) 에서 배양 시켰다. 304 콜로니를 선택하였으며 16S rRNA 유전자 서열분석으로 26균주가 분리 된 것으로 보였다. 26 균주들로부터 B#5+Chrolo생쥐 의 미생물총에 포함되었던 5 균주(그러므로 IFNγ+CD8+ T-세포 유도에 불필요하다고 예측되는) 는 제외하고, 21 균주들이 선택 되었다. 21 균주들의 혼합물을 무균 생쥐에 경구로 접종 시켰으며 강한 IFNγ+CD8+ T-세포 유도가 관찰 되었다 (도표 8A 및 8B). 21 균주들에 의해 유도된 IFNγ+CD8+ T-세포는 CD103 를 또한 발현 하였으며 IFNγ+CD8+ T-세포 일부는 그랜자임 B(Granzyme B)도 발현 하였다(도표 9A및 9B). IFNγ+CD8+ T-세포와 가장 높은 상관 관계를 가진 11 균주들은 GF 생쥐에 또한 접종 시켰다. 11 균주 혼합물((11 믹스(11 mix))은 21 균주들 혼합물((21 믹스 (21 mix))과 비교 했을 때도 경구로 강한 IFNγ+CD8+ T-세포 유도를 보였다 (도표 10A및 10B). 11 믹스에 있는 각 11 균주들과 가장 높은 상동성을 가진 박테리아 종의 동정은 아래 표 2에 제공 된다.
[표 2]
Figure pct00003
실시예시 1A: 11 균주 혼합물(조성물 A)의 더 나아간 성질규명.
표 2의 16S 서열의 재서열분석 및 전체 유전체 서열분석으로 더 성질규명 된 표 2의 균주들. Ej 나아간 성질규명의 결과들을 표 3에서 발견된다,
[표 3]
Figure pct00004
실시예시 2: CD8+ T-세포 유도 하는 박테리아 칵테일의 더 나아간 성질 규명
B#5+AMP 생쥐의 맹장 내용물로부터 분리된 높은 빈도의 IFNγ+CD8+ T-세포를 보이는 26 균주들이 도표 11에 보여준다. 26 균주들 중에서, 11 균주들(“11 믹스”)은 IFNγ+CD8+ T-세포 빈도와 양성적인 관계가 있었다. 그러므로, 이들 11 균주들은 더 나아간 실험을 위해 선택 되었으며, 및 11 균주들의 혼합물(“11-믹스”)은 무균 생쥐(germ-free mice)에 접종시켰다 (표 2 참조). 11-믹스(“11-mix”)로의 콜로니화는 강한 결장 IFNγ+CD8+ T-세포 유도의 결과를 가져왔으며(도표 10A, 10B, 12A 및 12B), 반면에 다른 10 균주들(“10-믹스(10-mix))은 11-믹스에 의해 유도된 수준에 비교하여 IFNγ+CD8+ T-세포를 약하게 유도 시켰다(도표 12A 및 12B). 17 Treg-유도하는 박테리아 균주들(예를 들어, WO2013/080561; Atarashi et al., Nature (2013) 500 (7461): 232-236; Narushima et al. Gut Microbes (2014)5(3): 333-339) 참조)의 혼합물로 접종시킨 생쥐는 IFNγ+CD8+ T-세포를 축적 하지 않았다(도표 12A 및 12B).
16S rRNA 유전자 서열들을 사용한 계통발생학적 비교는 11 균주 혼합물 (또한 “그 11 믹스”라고도 불리는)은 박테리오달레스(Bacteroidales) 에 속하는 7 균주들 (“7 균주들”) 및 비-박테리오달레스 4 균주들: 2 클로스트리디알레스(Clostridiales), 1 후소박테리알레스(Fusobacteriales) 및 1 셀레노모나달레스 (Selenomonadales) (“4 균주들”)로 구성됨을 보여 주었다 (도표 13 및 표 4 참조).
비-박테리오달레스 4 균주들 혼합물(“4-믹스 (4-mix)”)로의 접종은, 11 믹스로 콜로니화된 생쥐에서 관찰된 결장 IFNγ+CD8+ T-세포 수준에 비교할 만한, 강한 결장 IFNγ+CD8+ T-세포의 축적의 결과를 가져 왔다. 반대로, 박테리오달레스 7 균주들 혼합물(“7-믹스(7-mix)”)로의 콜로니화는 IFNγ+CD8+ T 세포를 약하게 유도 시켰다 (도표 14 A 및 14B).
도표 47에 반복된 실험을 보여주며, 이는 11-믹스가 7-믹스 또는 4-믹스보다 좀 더 효과 적인 것을 보여준다. 표 47에 보여준 실험 데이터는 통계학적으로 강한 지지를 가진다.
4 믹스에 있는 각 균주들과 가장 높은 상동성을 가진 박테리아 종의 동정은 아래 표 4에서 제공 된다.
[표 4]
Figure pct00005
실시예시 3: CD8+ T-세포 유도하는 박테리아 칵테일의 항-암성 성질
11 믹스로의 콜로니화가 항암 면역 반응을 증강 시킬 수 있는지 조사 하기 위하여, 피하 종양 모델이 사용 되었다. SPF 생쥐가 항생제 혼합물((1 g/L 엠피실린(ampicillin), 0.5 g/L 반코마이신(vancomycin), 1g/L 메트로니다졸(metronidazole), 및 1 g/L 네오마이신 (neomycin))로 먹는 물을 통해 -7일에서부터 2 일까지 처치 되었다. MC38 결장 암 세포 주(생쥐 당 3x105 세포)를 생쥐의 오른쪽 옆구리에 0일에 피하주사로 넣었다. 항생제 처치는 2 일 째에 멈추고, 및 3 일째에 11 믹스와 섞은 또는 섞지 않은 SPF 생쥐로부터 얻은 대변 미생물총을 위장영양법으로 생쥐에 투여되었다. 11 믹스 처치된 그룹들을 위하여, 실험 끝날 때까지 11 믹스를 일주일에 2번 또는 3 번 위장영양법으로 생쥐에 투여 되었다. 항-PD1 항체 (Ab) 처치 그룹들을 위하여, 3, 5, 및 9 일 째에 200μg 항-PD1 모노클로날 항체 (클론 J43)를 복강으로 생쥐에 주사 하였다. 종양 크기는 칼리퍼(caliper)를 사용하여 측정하고 및 종양 부피는 길이 x 넓이 2 x 0.5 로 결정 하였다.
11 믹스 단독으로의 처치(즉, 항-PD1 Ab 없이)는 MC38 종양 성장을 상당히 억제 시켰다 (도표 15 참조). 11 믹스와 항-PD1 Ab의 혼합은 종양 세포의 성장에 가장 강한 억제 효과를 보여 주었다 (도표 15 참조). 11 믹스와 항-PD1 Ab의 혼합의 처치는 MC38 종양 덩어리에서 IFNγ+CD8+ T 세포의 축적을 높이는 결과를 가져왔다(도표 16A 및16B 참조). 종양에서 IFNγ+CD8+ T 세포의 서브셋트는 MC38의 면역우세 에피톱(immunodominant epitope)인 gp70p15E604-611 (KSPWFTTL; SEQ ID NO: 53)에 특이적인 T-세포 수용체를 발현 하였다 (도표 17 A). 더 나아가, IFNγ+CD8+ T 세포의 서브셋트는 CD44 및 그랜자임 B (Granzyme B)를 발현 하였으며, 이는 종양에 축적된 IFNγ+CD8+ T 세포는 종양-특이(tumor-specific) 및 메모리-타입 세포독성(memory-type cytotoxic) CD8+ T 세포를 포함 함을 암시한다 (도표 17A 및 17B). IFNγ+CD4 T 세포에 대한 효과가 도표 18에 보여 준다.
11 믹스로의 경구 접종은 종양 항원 자극 없이도 IFNγ-생산하는 지라세포의 수를 증가 시키는 결과를 가져온다 (도표 19 참조)
이들의 결과들은 항-PD1 Ab와 함께 또는 단독으로 11 믹스로 처치하는 것은 종양 세포에 반응하는 CD8 T 세포를 조직적으로 활성화 함을 보여준다.
실시예시 4: CTLA-4 면역 체크포인트 억제제 (CTLA-4 immune checkpoint inhibitor) 와 조합하여 CD8+ T-세포 유도하는 박테리아 칵테일의 항-암 성질
면역 체크포인트 억제제 CTLA-4 과 함께 조합하여 11 믹스로 콜로니화시키는 것이 항암 면역 반응을 증강 시킬 수 있는지 조사 하기 위하여, 피하 종양 모델이 사용 되었다 (도표 24). 생쥐는 항생제 혼합물로 5 일 동안 처리 되었고 (-21일부터 -16일 까지), 이어서 2 일 기간 동안 항생제를 씻어버렸다. MC38 결장 암 세포 주(생쥐 당 3x105 세포)를 생쥐의 오른쪽 옆구리에 -14 일에 피하주사로 넣었다. 동물들은 다음의 처치 그룹들로 무작위로 나뉘어졌다:
그룹 1: 무항생제, 무-처치 (MC38 종양 모델의 표준 진행을 위한 참조를 제공한다);
그룹 2: 항생제 사전-처치, 무-처치(항생제로 사전-처치를 한 MC38 종양 모델의 진행을 위한 참조를 제공한다);
그룹 3: 11 믹스 단독치료 (도표 25 및 26에 있는 AAM1 으로서 참조);
그룹 8: 항-CTLA-4 항체(9H10) 및 11 믹스 조합 ((도표 25 및 26에 있는 AAM1 으로서 참조);
그룹 9: 항-CTLA-4 항체(9H10) 단독치료.
박테리아 칵테일 처치는 또한 -14일 째에 시작 되었으며 2 주 간격으로 4 번 투여 되었다. CTLA-4 면역 체크포인트 억제제를 받는 그룹들을 위하여, 처치는 일단 종양 부피가 대략 100mm3(100-150mm3)에 도달 했을 때 시작 되었다. 항-CTLA-4 항체는 1 일, 4 일 및 7 일 째 투여 되었다. 생쥐는 실험 기간 동안에의 무게 및 생존으로 평가 되었다. 종양 크기와 부피는 측정 되었다.
종양 측정 (Tumor Measurements)
항-CTLA-4 항체 단독치료 (그룹 9)를 받은 그룹은 대조군 생쥐보다 약간 감소된 종양 성장을 가졌다. 11-믹스(도표 25에 “AAM1” 로서 언급)와 항-CTLA-4 항체의 조합(그룹 8)은 11-믹스 그 자체와 비교하여 및 항-CTLA-4 항체 그 자체와 비교하여 상당히 감소된 종양 성장을 보였다. 도표 25 참조. 각 개별 생쥐의 종양 부피 플럿이 도표 27에 보여 준다.
생존 (Survival)
항-CTLA-4 항체 만을 받은 생쥐 그룹은 대조군 생쥐에 비교하여 약간 증가된 생존을 가졌다. 11 믹스 혼자는 생존에 아무런 영향을 주지 않았다. 11 믹스(도표 26에 “AAM1” 로서 언급) 및 항-CTLA-4 항체의 조합은 처치된 생쥐(그룹 8)의 생존을 상당히 향상시켰다. 도 26 참조.
실시예시 5: 항-PD1 항체와 조합으로 CD8+ T-세포 유도하는 박테리아 칵테일의 항암 성질들
면역 체크포인트 억제제 항-PD1과 함께 조합하여 4 믹스 또는 11 믹스로 콜로니화시키는 것이 항생제 사전처치 및 사전 이식 없이 항암 면역 반응을 증강 시킬 수 있는지 조사 하기 위하여, MC38 결장 암 세포 주(생쥐 당 3x105 세포)를 생쥐의 오른쪽 옆구리에 -14 일에 피하주사로 넣었다 (도표 28 참조). 동물들은 다음의 처치 그룹들로 무작위로 나뉘어졌다:
그룹 1 : 무 처치
그룹 3: 11 믹스 단독치료 (도표 28 및 29에 있는 ”AAM1” 으로서 참조);
그룹 4: 4 믹스 단독치료 (도표 28 및 29에 있는 ”AAM2” 으로서 참조);
그룹 5: 항-PD1 항체 (RMP1-14) 단독치료
그룹 6: 항-PD1 항체 (RMP1-14) 및 11 믹스 (도표 28 및 29에 있는 ”AAM1” 으로서 참조) 조합; 및
그룹 7: 항-PD1 항체 (RMP1-14) 및 4 믹스 (도표 28 및 29에 있는 ”AAM2” 로서 참조) 조합.
처치는 1 일에 시작 되었다(종양 부피가 약 100-150 mm3). 박테리아 칵테일 처치 및 항-PD1 항체는 2 주 간격으로 2 번 투여 되었다. 생쥐는 실험 기간 동안에의 무게 및 생존으로 평가 되었다. 종양 크기와 부피는 측정 되었다.
종양 측정(tumor measure)
항-PD1 항체 단독 또는 4-믹스 이나 11 믹스와의 조합으로 처치는 처치 하지 않은 것에 비교하여 종양 성장의 감소 결과를 가져 왔다. 도표 30은 실시예시 5 실험에서 처치된 (대조군, 11-믹스; αPD-1 Ab; αPD-1 Ab; 11-mix + αPD-1 Ab).) 각 개별 생쥐의 종양 부피 플럿을 보여 준다. 11-mix + αPD-1 Ab로 처치된 그룹(아래 오른쪽 판넬)에 있는 다수의 동물들에서 종양 부피는 증가 하지 않았다. 도표 32는 실시예시 5 실험에서 처치된 (대조군, 4-믹스; αPD-1 Ab; αPD-1 Ab; 4-mix + αPD-1 Ab).) 각 개별 생쥐의 종양 부피 플럿을 보여 준다. 4-mix + αPD-1 Ab 로 처치된 그룹 (아래 오른쪽 판넬)에 있는 다수의 동물들에서 종양 부피는 증가 하지 않았다.
생존 (Survival)
대조군, 11-믹스; PD-1 Ab; 및 11-믹스 + PD-1 Ab 그룹의 생존 데이터가 도표 31에 보여 준다. 11 믹스 또는 αPD-1 Ab 그 자체와 비교 했을 때, 11-믹스 + αPD-1 A 의 조합이 증가 된 생존을 보였다.
대조군, 4-믹스; αPD-1 Ab; 4-믹스+ αPD-1 Ab, 11-믹스 및 11-믹스 + αPD-1 Ab 그룹에서 생쥐의 조합된 생존 데이터가 도표 33에서 보여 준다. αPD-1 Ab 그자체와 비교하여 αPD-1 Ab 4-믹스 와 αPD-1 Ab 의 조합 및 11-믹스 + αPD-1 Ab 조합 둘 다 증가된 생존력을 보여주 었다.
실시예시 6: 멜라노마 모델(melanoma model)에서 항-PD1 항체와 조합된 CD8+T-세포 유도 하는 박테리아 칵테일의 항-암 성질
항-PD1 항체와 조합으로 11-믹스의 멜라노마 치료에 대한 효율을 평가 하기 위하여 멜라노마가 접종된 생쥐 모델이 사용되었다. 도표 34 및 35에 타임라인(timeline)에서 보여준 대로, 생쥐는 항생제를((엠피실린(Ampicillin), 반코마이신(Vancomycin), 메트로니다졸(Metronidazole) 및 네오마이신(Neomycin): “AVMN”)) -3일에서부터 2 일째까지 받았다. 0 일에, 생쥐는 7x105 브라프 프텐 멜라노마 세포(7x105 Braf Pten melanoma cells) 로 접종시켰다. 생쥐는 다음의 처치 그룹들로 그룹 지어졌다:
-특별한 병원균 없는 대변 (Specific Pathogen Free (SPF) feces);
- SPF 대변 + 항-PD1 항체;
- SPF 대변 + 11-믹스; 및
- SPF 대변 + 11-믹스 + 항-PD1 항체;
3, 6, 및 9 일째 날에, 생쥐는 일본 SLC로부터 얻은 특별한 병원균 없는 (specific Pathogen Free (SPF)) 생쥐 로부터의 SLC SPF 대변, 항-PD1 항체 (도표 34 및 35 타임라인에 화살표), 및/또는 11-믹스 (도표 34 및 35 타임라인에 별표를 가진 화살표)를 투여 받았다. 11-믹스는 표시된 그룹의 생쥐에 일주일에 2 또는 3 번 위장관영양법(gavage)으로 투여되었다. 항-PD1 항체 및 11-믹스를 조합하여 받은 생쥐는 다른 그룹들의 생쥐보다 감소 된 종양 부피(도표 34), 종양 면적(도표 35), 및 종양 무게(도표 36)를 가졌다.
22 일 및 24 일 째에 생쥐로부터 얻은 종양에서 림프세포가 분리 되었으며 및 CD3, TCRβ, CD8, CD4, IFNγ, 그랜자임(Granzyme), 및 IL-17를 포함하는 세포마커들에 대한 항체들을 사용하여 림프세포가 염색 되었다. 11-믹스 및 항-PD1 항체 조합으로의 처치는 멜라노마 종양에서 IFNγ+CD8+ T 세포의 증가된 축적의 결과를 가져 왔다. 도표들. 37A-37C 및 38. 이 실험에서, 생쥐 그룹들 사이에서 IFNγ+ GzmB+ 세포, Th1 세포, Th17 세포, 또는 Treg 세포의 세포의 수에서는 의미 있는 차이는 없었다. 도표들 39A-39D.
이들 결과들은 항-PD1 항체와 함께 조합으로 11-믹스로의 처치는 멜라노마에서CD8 T 세포를 체계적으로 활성화 함을 보여준다.
실시예시 7: 특별한-병원균-없는(Specific-Pathogen Free) (SPF) 생쥐에서 CD8 T-세포의 유도
11-믹스 박테리아 칵테일에 의한 CD8 T-세포의 유도에 대한 실험적 파라메터들이 평가 되었다. 이 연구에서 사용된 동물들은 무균 생쥐(germ-free)에 비교하여 특별한-병원균-없는(Specific-Pathogen Free) (SPF) 생쥐이다.
도표 40에서 보여 준 대로, 생쥐는 다음의 처치 그룹들로 그룹 지어졌다:
-11 믹스 다수-용량
- AVMN + SPF 대변;
- AVMN + SPF 대변 + 11 믹스, 단일 용량; 및
- AVMN + SPF 대변 + 11 믹스, 다수 용량.
제시된 그룹의 생쥐는 항생제를((엠피실린(Ampicillin), 반코마이신(Vancomycin), 메트로니다졸(Metronidazole) 및 네오마이신(Neomycin): “AVMN”)) 이들의 먹는 물로 -5일에서부터 -1 일째까지 받았다. 생쥐는 11-믹스와 함께 또는 11-믹스 없이 SPF 대변을 0일에 접종 받았다. 다수 용량의 11 믹스를 받는 생쥐를 위해, 박테리아 칵테일은 물로 3, 7, 10, 14, 17, 21, 24, 및 28 일 째에 또한 투여 되었다.
22 및 24 일째에 생쥐로부터 림프세포가 분리 되었으며 및 CD3, TCRβ, CD8, CD4, IFNγ, 그랜자임(Granzyme), 및 IL-17를 포함하는 세포마커들에 대한 항체들을 사용하여 림프세포가 염색 되었다. 항생제 사전 처리 및 다수 용량의 11-믹스를 받은 생쥐는 IFNγ+CD8+ T 세포의 수준이 증강 되었음을 보여준다. 도표들 41A-41C. 항생제 사전 처리 및 다수 용량의 11-믹스를 받은 생쥐는 또한 세포의 CD8T 세포 집단에서 증강된 수준의 CD103+ IFNγ+ 세포 (도표42 A) 및 약간 증가 된 수준의 Th17 세포를 가졌다(도표42 B). 생쥐 그룹들 사이에 Th1 세포의 수의 의미있는 차이는 없었다(도표42 C). 이 데아터들은 11-믹스는 복잡한 배경: 특이적-병원균이-없는 생쥐 (무균 생쥐와 비교하여) 에서 CD8+ T 세포를 유도 할 수 있음을 보여 준다.
실시예시 8: 전사인자 BATF3의 역할 (The role of transcription factor BATF3)
11-믹스를 BATF3 전사인자를 가진 생쥐 및 BATF3 전사인자를 갖지 않은 생쥐에 투여 하였다. BATF3 전사인자를 갖지 않은 생쥐는 11-믹스에 의한 CD8 T 세포 유도에 민감하지 않다 (도표들 43A 및 43B). IFNγ-감마 생산하는 CD8 및 Th1 세포 자극에는 CD103-CD11b 수지상 세포 (dendritic cells) 가 요구 되는 것 같다. 11-믹스 칵테일에 의한 Th17 세포의 유도는 BATF3 상황과는 독립적이다(도표 43C). 도표들 43 및 44는 실시예시 8의 실험들로부터의 결과들은 보여 준다. 실험들은 11-믹스가 CD8-T 세포를 유도하기 위하여 BATF3 가 요구 됨을 보여준다. BATF3는 Th17 유도에는 요구 되지 않는다.
실시예시 9: 리스테리아 감염된 생쥐의 치료 (Treatment of Listeria infected mice)
IFNγg+CD8+ T 세포는 세포내 병원균들을 조절 하는데 결정적인 역할을 한다고 보고 되었으므로, 11균주 혼합물 다수 용량 식이요법으로 경구 투여가 리스테리아 모노사이토젠 (Listeria monocytogenes) 감염에 대항하여 숙주의 예방적 면역을 증강 시키는가 평가 되었다. SPF 생쥐를 AVMN ((엠피실린반코마이신, 메트로니다졸 및 네오마이신)으로 5 일 동안 먹는 물을 통해 처치 하였다. 하루 동안 항생제를 씻어 버린 후, 다수의 11-믹스 경구 투여 (4 번)가 수행 되었다. 복잡한 미생물총을 재구성하기 위하여, SPF 생쥐로부터의 대변 미생물총을 첫 번째 11-믹스 투여와 함께 주입 되었다. 생쥐는 그 후 경구로 0 일에 리스테리아 모노사이토제네스 (Listeria monocytogenes)로 감염시켰다. 대변 리스테리아 CFU 및 생쥐의 몸 무게가 측정되었다. 11-믹스의 처치는 소화관 루멘 (gut lumen) 에 리스테리아 모노사이토제네스 (Listeria monocytogenes) 의 콜로니화를 상당히 감소시켰고 (도표 45) 및 생쥐의 몸무게는 유지 되었다 (도표 46). 그러므로, 11 균주-혼합물의 투여는 세포내, 감염성 병원균에 대항하여 예방적 면역성을 제공 할 수 있다.
실시예시 10: 11-믹스에 의해 유도된 CD8-T 세포의 위치측정 (Localization of the CD8 T-cells induced by the 11-mix)
11-믹스를 정상인 건강한 생쥐(즉, 달리 스트레스받지 않은 생쥐) 에게 투여 되었다. 생쥐의 여러 기관들 및 부분들에 대해 CD8 양성 T-세포의 존재가 조사 되었다. 도표 48에서 보여준대로, 11-믹스의 CD8 양성 T-세포 유도효과는 장/소화관 (intestine/gut)(SI=작은 창자, CIEL =결장 상피내 림프세포 (colonic intraepithelial lymphocytes), LN = 림프노드(lymph nodes) 에 국한된다.
실시예시11: 수지상세포 고유층 서브셋트의 선택적이고 일시적 활성화 (Selective and temporal activation of subsets of lamina propria dendritic cells)
CD8 세포는 수지상 세포의 어떤 서브클라스를 통해 활성화 될수 있으므로, CD11b- CD103+ 수지상 세포 고유층의 수와 활성화 상태가 11-믹스의 투여 후 조사 되었다. 도표 49 에서 보여준 대로, 11-믹스의 투여는 CD11b- CD103+ 수지상 세포 고유층 (lamina propria) 의 서부셋트의 비율을 변경 시키지는 않았다.
일시성/활성화 키네틱 도 또한 조사되었다. GF 생쥐를 11-믹스로 1, 2, 3, 및 4 주에 콜로니화 시켰다. 결장 LP 및 MLN 수지상 세포(DCs)/마크로파지 서브셋트(macrophage subsets)의 빈도는 11 믹스의 콜로니화에 의해 영향을 받지 않았다. 그러나, MHC 클라스 I 의 결장 LP DCs(MLN DCs 가 아닌)에서의 발현, 특히 결장 LP CD103+ DC 서브셋트 (즉, Batf3-의존성 DC 서브셋트)에서, 은 11-믹스로의 콜로니화로 상당히 증강 되었다. MHC 클라스 I 발현의 상승 조절은 콜로니화 한지 1 주 일에 가장 강하게 증강 되었다. (도표들 50-54 참조), 특별한 기전에 제한 두지 않고, CD8 양성 T 세포의 유도는 항원-특이 신생 분화라기 보다는, 대부분 증식에 때문이다.
Ki67 염색은 CD8 양성 T 세포의 확장은 1 주에 일어 났으며, 결장 LP 에 IFNγg+ CD8+ T 의 증가를 수반 함을 보여 주었다 (도표 55 참조). CD103 염색은 콜로니화 후 1 주에 유도된 IFNγg+ CD8+ T는 대부분 CD103 음성 이었고, 및 CD103+ IFNγg+ CD8 T (조직 거주 메모리 표현형 CD8+T) 는 점차로 증가 함을 나타냈다 (도표들 56 및 57 참조).
<110> Keio University The University of Tokyo <120> COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE INDUCTION OF CD8+ T-CELLS <130> P0745.70011WO00 <150> US 62/574,446 <151> 2017-10-19 <150> US 62/491,062 <151> 2017-04-27 <150> US 62/484,607 <151> 2017-04-12 <150> US 62/438,793 <151> 2016-12-23 <160> 64 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1440 <212> DNA <213> Phascolarctobacterium faecium <400> 1 gacgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggagaatttt atttcggtag 60 aattcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc gtaggcaacc taccctttag acggggacaa 120 cattccgaaa ggagtgctaa taccggatgt gatcatcttg ccgcatggca ggatgaagaa 180 agatggcctc tacaagtaag ctatcgctaa aggatgggcc tgcgtctgat tagctagttg 240 gtagtgtaac ggactaccaa ggcgatgatc agtagccggt ctgagaggat gaacggccac 300 attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa 360 tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg tgagtgatga aggatttcgg tctgtaaagc 420 tctgttgttt atgacgaacg tgcagtgtgt gaacaatgca ttgcaatgac ggtagtaaac 480 gaggaagcca cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa 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Parabacteroides johnsonii <400> 7 gatgaacgct agcgacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcatgg taagtagcaa 60 tacttattga tggcgaccgg cgcacgggtg agtaacgcgt atgcaactta cctatcagag 120 ggggatagcc cggcgaaagt cggattaata ctccataaaa caggggttcc gcatgggact 180 atttgttaaa gattcatcgc tgatagatag gcatgcgttc cattaggcag ttggcggggt 240 aacggcccac caaaccgacg atggataggg gttctgagag gaaggtcccc cacattggta 300 ctgagacacg gaccaaactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatggccga 360 gaggctgaac cagccaagtc gcgtgaagga tgaaggatct atggtttgta aacttctttt 420 ataggggaat aaagtgtggg acgtgttcca ttttgtatgt accctatgaa taagcatcgg 480 ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac ggaggatgcg agcgttatcc ggatttattg 540 ggtttaaagg gtgcgtaggt ggtaatttaa gtcagcggtg aaagtttgtg gctcaaccat 600 aaaattgccg ttgaaactgg gttacttgag tgtgtttgag gtaggcggaa tgcgtggtgt 660 agcggtgaaa tgcatagata tcacgcagaa ctccaattgc gaaggcagct tactaaacca 720 taactgacac tgaagcacga aagcgtgggt atcaaacagg attagatacc ctggtagtcc 780 acgcagtaaa cgatgattac taggagtttg cgatacacag taagctctac 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cttcaaccgc cggcgaccgg cgcacgggtg agtaacacgt atccaacctg ccgataactc 120 cgggatagcc tttcgaaaga aagattaata ccggatggca tagttttccc gcatggaata 180 actattaaag aatttcggtt atcgatgggg atgcgttcca ttaggcagtt ggcggggtaa 240 cggcccacca aaccgacgat ggataggggt tctgagagga aggtccccca cattggaact 300 gagacacggt ccaaactcct acgggaggca gcagtgagga atattggtca atggacgaga 360 gtctgaacca gccaagtagc gtgaaggatg actgccctat gggttgtaaa cttcttttat 420 acgggaataa agttggccac gtgtggtttt ttgcatgtac cgtatgaata aggatcggct 480 aactccgtgc cagcagccgc ggtaatacgg aggatccgag cgttatccgg atttattggg 540 tttaaaggga gcgtaggcgg ggtattaagt cagttgtgaa agtttgcggc tcaaccgtaa 600 aattgcagtt gatactggta tccttgagtg cagcagaggt gggcggaatt cgtggtgtag 660 cggtgaaatg cttagatatc acgaagaact ccgattgcga aggcagctca ctggagtgta 720 actgacgctg atgctcgaaa gtgtgggtat caaacaggat tagataccct ggtagtccac 780 acagtaaacg atgaatactc gctgttggcg atacaatgtc agcggccaag cgaaagcatt 840 aagtattcca cctggggagt acgccggcaa cggtgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900 cgcacaagcg 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cgcatgattc agtgtgaaaa gccctggcag tataggatgg tcccgcgtct gattagctgg 240 ttggtgaggt aacggctcac caaggcgacg atcagtagcc ggcttgagag agtgaacggc 300 cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca 360 caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtattt cggtatgtaa 420 agctctatca gcagggaaga aaacagacgg tacctgacta agaagccccg gctaactacg 480 tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc cggaattact gggtgtaaag 540 ggtgcgtagg tggcatggta agtcagaagt gaaagcccgg ggcttaaccc cgggactgct 600 tttgaaactg tcatgctgga gtgcaggaga ggtaagcgga attcctagtg tagcggtgaa 660 atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc ttactggact gtcactgaca 720 ctgatgcacg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780 acgatgaata ctaggtgtcg gggccgtaga ggcttcggtg ccgcagcaaa cgcagtaagt 840 attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa gganttgacg gggaccgcnn 900 nagcggtgga gcatgtggtt aattcgaagc acgcgaag 938 <210> 15 <211> 1406 <212> DNA <213> Bacteroides salyersiae <400> 15 gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcatcaggg tgtagcaata 60 caccgctggc gaccggcgca cgggtgagta acacgtatcc aacctgccct ttactcgggg 120 atagcctttc gaaagaaaga ttaatacccg atggtataac atgacctcct ggttttgtta 180 ttaaagaatt tcggtagagg atggggatgc gttccattag gcagttggcg gggtaacggc 240 ccaccaaacc ttcgatggat aggggttctg agaggaaggt cccccacatt ggaactgaga 300 cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct 360 gaaccagcca agtagcgtga aggatgaccg ccctatgggt tgtaaacttc ttttatatgg 420 gaataaagtc tgccacgtgt ggcattttgt atgtaccata tgaataagga tcggctaact 480 ccgtgccagc agccgcggta atacggagga tccgagcgtt atccggattt attgggttta 540 aagggagcgt aggtggacat gtaagtcagt tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt 600 gcagttgaaa ctgcgtgtct tgagtacagt agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt 660 gaaatgctta gatatcacga agaactccga ttgcgaaggc agctcactgg actgcaactg 720 acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa caggattaga taccctggta gtccacacag 780 taaacgatga atactcgctg tttgcgatat acagtaagcg gccaagcgaa agcattaagt 840 attccacctg gggagtacgc cggcaacggt gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 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tgaggaaggt ggggatgacg tcaaatcagc acggccctta catccggggc gacacacgtg 1200 ttacaatggt ggggacaaag ggcagctacc gtgtgagcgg atgcaaatct ccaaacccca 1260 tctcagttcg gatcgaagtc tgcaacccga cttcgtgaag ctggattcgc tagtaatcgc 1320 gcatcagcca tggcgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcaagcca 1380 tgggagttgg gggtacctaa agtccgtaac cgc 1413 <210> 21 <211> 1145 <212> DNA <213> Bacteroides sp. <220> <221> misc_feature <222> (167) <223> n is a, c, g, or t <400> 21 gatgaacgct agctacaggc ttaacacatg caagtcgagg ggcagcattt cagtttgctt 60 gcaaactgga gatggcgacc ggcgcacggg tgagtaacac gtatccaacc tgccgataac 120 tcggggatag cctttcgaaa gaaagattaa tacccgatgg tataatnaga ccgcatggtc 180 ttgttattaa agaatttcgg ttatcgatgg ggatgcgttc cattaggcag ttggtgaggt 240 aacggctcac caaaccttcg atggataggg gttctgagag gaaggtcccc cacattggaa 300 ctgagacacg gtccaaactc ctacgggagg cagcagtgag gaatattggt caatgggcgc 360 aggcctgaac cagccaagta gcgtgaagga tgactgccct atgggttgta aacttctttt 420 atatgggaat aaagttttcc acgtgtggaa ttttgtatgt accatatgaa 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tatcagcagg gaagataatg acggtacctg actaagaagc 480 cccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggcaagcgt tatccggatt 540 tactgggtgt aaagggagcg tagacggcat ggcaagtctg aagtgaaaac ccagggctca 600 accctgggac tgctttggaa actgtcaagc tagagtgcag gagaggtaag tggaattcct 660 agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttactg 720 gactgtaact gacgttgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt 780 agtccacgcc gtaaacgatg agtgctaggt gttggggggc aaagcccttc ggtgccgtcg 840 caaacgcaat aagcactcca cctggggagt acgttcgcaa gaatgaaact caaaggaatt 900 gacggggacc cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct 960 taccaagtct tgacatcctc ttgaccggcg tgtaacggcg cctttccttc gggacaagag 1020 agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca 1080 acgagcgcaa cccttatcct tagtagccag cattaagatg ggcactctag ggagactgcc 1140 agggacaacc tggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgatttggg 1200 ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaagcgac cctgcgaagg tgagcaaatc 1260 tcaaaaataa cgtcccagtt cggactgtag tctgcaaccc gactacacga agcnngaatc 1320 gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgntc ccgggtcttg tacacaccgc 1380 ccgtcacacc atgggagtca gcaacgnccg aagtcagtga cccaaccgaa aggagggagn 1440 tgcngaagnn gnnnnn 1456 <210> 25 <211> 1455 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic polynucleotide <220> <221> misc_feature <222> (8)..(9) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (1419) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (1443)..(1455) <223> n is a, c, g, or t <400> 25 agtttgannt tggctcagga tgaacgctgg cggcgtgcct aacacatgca agtcgagcga 60 agcgctgttt tcagaatctt cggaggaaga ggacagtgac tgagcggcgg acgggtgagt 120 aacgcgtggg caacctgcct catacagggg gataacagtt agaaatgact gctaataccg 180 cataagcgca caggaccgca tggtgtagtg tgaaaaactc cggtggtatg agatggaccc 240 gcgtctgatt aggtagttgg tggggtaaag gcctaccaag ccgacgatca gtagccgacc 300 tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360 agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt gaaggaagaa 420 gtatttcggt atgtaaactt ctatcagcag ggaagaagat gacggtacct gagtaagaag 480 caccggctaa atacgtgcca gcagccgcgg taatacgtat ggtgcaagcg ttatccggat 540 ttactgggtg taaagggagc gtagacggat aggcaagtct ggagtgaaaa cccagggctc 600 aactctggga ctgctttgga aactgcagat ctggagtgcc ggagaggtaa gcggaattcc 660 tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 720 ggacggtgac tgacgttgag gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg 780 tagtccacgc cgtaaacgat gactactagg tgtcggtgtg caaagcacat cggtgccgca 840 gcaaacgcaa taagtagtcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900 tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960 ttacctggtc ttgacatccg gatgacgggc gagtaatgtc gccgtccctt cggggcatcc 1020 gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080 aacgagcgca acccttatct tcagtagcca gcatataagg tgggcactct ggagagactg 1140 ccagggagaa cctggaggaa ggtggggatg acgtcaaatc atcatgcccc ttatggccag 1200 ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca aagggaagcg agagggtgac ctgaagcgaa 1260 tcccaaaaat aacgtctcag ttcggattgt agtctgcaac tcgactacat gaagctggaa 1320 tcgctagtaa tcgcggatca gcatgccgcg gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc 1380 gcccgtcaca ccatgggagt cagtaacgcc cgaagccant gacccaacct tagaggaggg 1440 agnnnnnnnn nnnnn 1455 <210> 26 <211> 1458 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic polynucleotide <220> <221> misc_feature <222> (1439) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (1445)..(1449) <223> n is a, c, g, or t <220> <221> misc_feature <222> (1452)..(1457) <223> n is a, c, g, or t <400> 26 agtttgatta tggctcagga tgaacgctgg cggcatgcct aatacatgca agtcgaacga 60 agtttcgagg aagcttgctt ccaaagagac ttagtggcga acgggtgagt aacacgtagg 120 taacctgccc atgtgtccgg gataactgct ggaaacggta gctaaaaccg gataggtata 180 cagagcgcat gctcagtata ttaaagcgcc catcaaggcg tgaacatgga tggacctgcg 240 gcgcattagc tagttggtga ggtaacggcc caccaaggcg atgatgcgta gccggcctga 300 gagggtaaac ggccacattg ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 agggaatttt cgtcaatggg ggaaaccctg aacgagcaat gccgcgtgag tgaagaaggt 420 cttcggatcg taaagctctg ttgtaagtga agaacggctc atagaggaaa tgctatggga 480 gtgacggtag cttaccagaa agccacggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt 540 aggtggcaag cgttatccgg aatcattggg cgtaaagggt gcgtaggtgg cgtactaagt 600 ctgtagtaaa aggcaatggc tcaaccattg taagctatgg aaactggtat gctggagtgc 660 agaagagggc gatggaattc catgtgtagc ggtaaaatgc gtagatatat ggaggaacac 720 cagtggcgaa ggcggtcgcc tggtctgtaa ctgacactga ggcacgaaag cgtggggagc 780 aaataggatt agatacccta gtagtccacg ccgtaaacga tgagaactaa gtgttggagg 840 aattcagtgc tgcagttaac gcaataagtt ctccgcctgg ggagtatgca cgcaagtgtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggtgga gtatgtggtt taattcgaag 960 caacgcgaag aaccttacca ggccttgaca tggaaacaaa taccctagag atagggggat 1020 aattatggat cacacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt 1080 taagtcccgc aacgagcgca acccttgtcg catgttacca gcatcaagtt ggggactcat 1140 gcgagactgc cggtgacaaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct 1200 tatggcctgg gctacacacg tactacaatg gcgaccacaa agagcagcga cacagtgatg 1260 tgaagcgaat ctcataaagg tcgtctcagt tcggattgaa gtctgcaact cgacttcatg 1320 aagtcggaat cgctagtaat cgcagatcag catgctgcgg tgaatacgtt ctcgggcctt 1380 gtacacaccg cccgtcaaac catgggagtc agtaataccc gaagccggtg gcataaccnt 1440 aaggnnnnnc cnnnnnna 1458 <210> 27 <211> 1217 <212> RNA <213> Phascolarctobacterium faecium <400> 27 agaggaccgg ccaggacgaa cgcggcggcg gccaacacag caagcgaacg gagaaacgga 60 gaacagggcg aacggggaga acgcgaggca accgcccaga cggggacaac accgaaagga 120 ggcaaaccgg aggacacggc cgcaggcagg agaagaaaga ggcccacaag aagcacgcaa 180 aggagggccg cgcgaagcag ggaggaacgg acaccaaggc gagacagagc cggcgagagg 240 agaacggcca cagggacgag acacggccca aacccacggg aggcagcagg gggaacccgc 300 aaggacgaaa gcgacggagc aacgccgcgg aggagaagga cggcgaaagc cggagacgaa 360 cggcagggga acaagcagca agacggagaa acgaggaagc cacggcaaca cggccagcag 420 ccgcggaaac gaggggcgag cggccggaaa gggcgaaaga gcagaggcgg caaaagcgag 480 cggaaaagcg gggccaaccc cgaggcgcgg aaacgaggcg aggcaggaga ggaaagggga 540 acccaggagc gggaaagcga gaagggagga acaccagggc gaaggcgccc ggacggcgac 600 gcgagagcga aagccaggga gcgaacggga agaaccccgg agccggccga aacgagggac 660 agggaggagg acgacccccg gccggagaac gcaaaagacc ccgccgggga gacggccgca 720 agggaaacca aaggaagacg ggggcccgca caagcgggga gagggaacga cgcaacgcga 780 agaaccacca aggcgacaga gaacgccaga gaagagcccc cggggacaag aaaacagggg 840 gcaggcgcgc agccggcgga gaggggaagc ccgcaacgag cgcaacccca ccagaccagc 900 aagaaagggg gaccagggag acgccaggga caaccggagg aaggcgggga gacgcaagca 960 cagccccagc gggcacacac gacacaaggc ggaaacagag ggaagcgaag ccgcgaggca 1020 gagcaaaccc cagaaacccg accagcggac gcaggcgcaa cccgccgcgg aagcggaacg 1080 cagaacgcag gcagcaacgc gggaaacgcc cgggccgaca caccgcccgc acaccacgaa 1140 agggaacacc cgaagccggg aggaaccaag gagccagccg caaggggggc cgagaggggg 1200 aagcgaacaa ggagccg 1217 <210> 28 <211> 1104 <212> RNA <213> Fusobacterium ulcerans <400> 28 gccaggagaa cgcgacagaa gcaacacagc aagcacgacc cggggaaggg gcggacgggg 60 agaacgcgaa agaacgccac agacgggaca acaggaaacg aagcaaaccg gaaagagggc 120 gcagacgaag aaagcaagcg cggagagagc gcgcccaaga ggggaggaac ggccaccaag 180 acgagaggga gccggccgag aggggaacgg ccacaagggg acgagacacg gcccacccac 240 gggaggcagc agggggaaag gacaaggacc aaaagcgacc agcaacgggc acgagaagcg 300 gaagaaaggc caggggaaga agcaggacgg accaacagaa gaagcgacgg caaaacggcc 360 agcagccgcg gaaacgagcg caagcgaccg gaagggcgaa agcgcgcagg cggcagaagc 420 gaggaaaagc ggggccaacc ccgagcggga aacgcaaaca gagacggaga ggaggcggaa 480 cacaaggaga gggaaacgag aagaggaagc cgaggggaag ccagccacgg acagaacgac 540 gcaaagcgcg aaagcgggga gcaaacagga agaacccgga gccacgccga aacgagaaca 600 ggggggggcg aacccagcgc ccaagcaacg cgaaagaacc gccggggaga cgacgcaaga 660 gaaaccaaag gaagacgggg acccgcacaa gcggggagca gggaacgacg caacgcgagg 720 aaccaccagc ggacacccaa gaagaacaga gagcggcccc ggaggaacgg gacagggggc 780 aggcgcgcag ccggcggaga ggggaagccc gcaacgagcg caacccccga gaccacaaag 840 ggggaccagc gagacgccgc gagagcagga ggaagggggg agacgcaagc acagccccaa 900 cgcgggcaca cacggcacaa gggagacaga gagcgcaaac cgcgagggaa gcaaccaaaa 960 acacagcgga gaccgcaacc gagacagaag 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cagggaagag ggaaacagca ggagcaacac 780 cgcggaaggg cgcagggcgc agccggccgg agggcggcaa ggccaaacga gcgcaaccca 840 cagacaacag gagcgaggac cagagagacg ccgcgaagag gaggaagggg ggagacgcaa 900 acagcacggc ccacgccggg gcacacacgg acaagggggg acagaaggca gcagcgggga 960 ccgagcaacc caaaagcccc cagcggacga agcgcaaccc gaccggaagc ggacgcagaa 1020 cgcgcacagc cacggcgcgg gaaacgcccg ggccgacaca ccgcccgcaa gccagggagc 1080 cgggggaccg aagacgaacc gcaaggacgc cagggaaaac gggacggggc aagcgaacaa 1140 ggaacc 1146 <210> 43 <211> 1150 <212> RNA <213> Bacteroides uniformis <400> 43 agaggaccgg ccaggagaac gcagcacagg caacacagca agcgaggggc acaggaagaa 60 agcgccgcgg cgaccggcgc acggggagaa cacgaccaac cgccgagacc ggggaagccc 120 gaaagaaaga aaacccgagg aacgaaaggc accagcaaaa gaacggcaga ggggagcgcc 180 aagggggcgg ggaacggccc accaagccac gaggaagggg cgagaggaag gcccccacag 240 gaacgagaca cggccaaacc cacgggaggc agcaggagga aaggcaagga cgagagcgaa 300 ccagccaaga gcggaaggag acgcccaggg gaaaccaacg ggaaaaagag gcacgggccg 360 agaccgagaa aaggacggca acccggccag 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caacacagca agcgaggggc agcagagaag 60 cgccaacgag gcgaccggcg cacggggaga acacgaccaa ccgccgaaac cggggaagcc 120 cgaaagaaag aaaacccgaa gaagccgcag gcacaaaaga acggacgagg ggagcgccaa 180 gaagggcggg gaacggccca ccaagcaacg aggaaggggc gagaggaagg cccccacagg 240 aacgagacac ggccaaaccc acgggaggca gcaggaggaa aggcaaggac gagagcgaac 300 cagccaagag cggaaggaga cgcccagggg aaaccaacgg gaaaaaggga gagcaacccg 360 agaccgagaa aaggacggca acccggccag cagccgcgga aacggaggac cgagcgaccg 420 gaagggaaag ggagcgaggc ggggcaagca gggaaaggcg gccaaccgaa aagcaggaac 480 gggcgccgag gcagcaagga ggcggaacgg ggagcgggaa agcagaacac gaagaacccg 540 agcgaaggca gcacggacga acgacgcgag ccgaaagggg gacaaacagg aagaacccgg 600 agccacacag aaacgagaaa ccgcgggcga acacagcagc ggccaagcga aagcaaagac 660 caccggggag acgccggcaa cgggaaacca aaggaagacg ggggcccgca caagcggagg 720 aacagggaac gagaacgcga ggaaccaccc gggcaaagca gcggaagagg gaaacaacag 780 cccgggccgc ggaagggcgc agggcgcagc cggccggagg gcggcaaggc caaacgagcg 840 caacccacaa gacacaggca gcgaggacca ggagacgccg cgaagaggag 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cgcaacccga ccggaagcgg 1020 acgcagaacg cgcacagcca ggcgcgggaa acgcccgggc cgacacaccg cccgcaagcc 1080 agggaggggg gaccaaagcc gaaccgcaag gacggccagg gaaaaccgag acggggcaag 1140 cgaacaagga acc 1153 <210> 47 <211> 1125 <212> RNA <213> Bacteroides thetaiotaomicron <400> 47 caggagaacg cagcacaggc aacacagcaa gcgaggggca gcacaggcgc aaacggagag 60 gcgaccggcg cacggggaga acacgaccaa ccgccgaaac cggggaagcc cgaaagaaag 120 aaaacccgag gaaacagacc gcaggcgaaa agaacggacg aggggagcgc caaggcaggg 180 gaggaacggc caccaaaccc gaggaagggg cgagaggaag gcccccacag gaacgagaca 240 cggccaaacc cacgggaggc agcaggagga aaggcaaggg cgcaggccga accagccaag 300 agcggaagga gacgcccagg ggaaaccaag ggaaaaagcc acggggaaga gaccaagaaa 360 aggacggcaa cccggccagc agccgcggaa acggaggacc gagcgaccgg aagggaaagg 420 gagcgagggg acagaagcag ggaaaggcgg ccaaccgaaa agcaggaacg gcgcgagaca 480 gagagggggc ggaacgggga gcgggaaagc agaacacgaa gaacccgagc gaaggcagcc 540 acggacgcaa cgacacgagc cgaaaggggg acaaacagga agaacccgga gccacacaga 600 aacgagaaac cgcggcgaaa cagaagcggc caagcgaaag caaagaccac cggggagacg 660 ccggcaacgg gaaaccaaag gaagacgggg gcccgcacaa gcggaggaac agggaacgag 720 aacgcgagga accacccggg caaagcagaa aaggaaacag aagccgaagg caaaggaagg 780 gcgcagggcg cagccggccg gagggcggca aggccaaacg agcgcaaccc acagacaaca 840 ggcagcgagg accagagaga cgccgcgaag aggaggaagg ggggagacgc aaacagcacg 900 gcccacgccg gggcacacac ggacaagggg ggacagaagg cagcaccggg acaggagcaa 960 cccaaaagcc cccagcggac gaagcgcaac ccgaccggaa gcggacgcag aacgcgcaca 1020 gccaggcgcg ggaaacgccc gggccgacac accgcccgca agccagaaag ccgggggacc 1080 gaagacgaac cgcaaggagc gccagggaaa acggaagggg caagc 1125 <210> 48 <211> 420 <212> RNA <213> Lachnospiraceae bacterium <400> 48 gacgagcggc ggacggggag aacgcgggga accgcccaac agggggaaac agggaaacgg 60 cgcaaaccgc aaagcgcaca gaccgcagga ccgggaaaaa cccggggaga gaggacccgc 120 gcgaagcagg gggggaacgg ccaccaaggc gacgacagag ccgaccgaga ggggaccggc 180 cacagggacg agacacggcc caaacccacg ggaggcagca gggggaaagc acaaggggga 240 aacccgagca gcgacgccgc ggagcgagaa gacggagaaa gccacagcag ggaagaaaag 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gggccaaccc 480 gggacgcgga aacgcagacg gaggccggag aggaagcgga accaggagcg ggaaagcgag 540 aaaggaggaa caccagggcg aaggcggcac ggacgggacg acggaggccg aaagcggggg 600 agcaaacagg aagaacccgg agccacgccg aaacgagaca cagggcgggg caaagcacac 660 gggccgcagc aaacgcaaaa gagccaccgg ggagacgcgc aagaagaaac caaaggaaga 720 cggggacccg cacaagcggg gagcagggaa cgaagcaacg cgaagaacca ccggcgacac 780 cggagacggg cgagaagcgc cgccccgggg caccgagaca gggggcaggg cgcagccggc 840 ggagagggga agcccgcaac gagcgcaacc caccagagcc agcaaaaggg ggcaccggag 900 agacgccagg gagaaccgga ggaagggggg agacgcaaac acagccccag gccagggcac 960 acacggcaca aggcgaaaca aagggaagcg agaggggacc ggagcgaacc caaaaaaacg 1020 ccagcggaga gcgcaaccga cacagaagcg gaacgcagaa cgcggacagc agccgcggga 1080 aacgcccggg cgacacaccg cccgcacacc agggagcaga acgcccgaag ccaggaccca 1140 accagaggag ggagcgcgaa ggcgggacgg aaacggggga agcgaacaag gagccgacgg 1200 aagg 1204 <210> 52 <211> 1170 <212> RNA <213> Clostridium innocuum <400> 52 gaccggccag gagaacgcgg cggcagccaa acagcaagcg aacgaagcga ggaagcgccc 60 aaagagacag ggcgaacggg gagaacacga ggaaccgccc aggccgggaa acgcggaaac 120 ggagcaaaac cggaaggaac agagcgcagc cagaaaaagc gcccacaagg cggaacagga 180 ggaccgcggc gcaagcaggg gaggaacggc ccaccaaggc gagagcgagc cggccgagag 240 ggaaacggcc acagggacga gacacggccc aaacccacgg gaggcagcag agggaacgca 300 agggggaaac ccgaacgagc aagccgcgga ggaagaaggc cggacgaaag ccggaaggaa 360 gaacggccaa gaggaaagca gggaggacgg agcaccagaa agccacggca acacggccag 420 cagccgcgga aacgaggggc aagcgaccgg aacagggcga aaggggcgag gggcgacaag 480 cgagaaaagg caaggccaac cagaagcagg aaacggagcg gaggcagaag agggcgagga 540 accaggagcg gaaaagcgag aaaggaggaa caccagggcg aaggcggcgc cggcgaacga 600 cacgaggcac gaaagcgggg gagcaaaagg aagaacccag agccacgccg aaacgagaga 660 acaaggggag gaacaggcgc agaacgcaaa agcccgccgg ggagagcacg caagggaaac 720 caaaggaaga cgggggcccg cacaagcggg gagagggaac gaagcaacgc gaagaaccac 780 caggccgaca ggaaacaaaa cccagagaag ggggaaaagg acacacaggg ggcagggcgc 840 agccggcgga gaggggaagc ccgcaacgag cgcaacccgc gcagaccagc acaaggggga 900 ccagcgagac 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agcgaagcgg 900 aggaaggggg gagacgcaaa cagcacggcc cacaccgggg cgacacacgg acaagggggg 960 acaaagggca gcaccggcga caggagcaac ccaaacccca ccagcggacg aagcgcaacc 1020 cgaccggaag cggacgcaga acgcgcacag ccaggcgcgg gaaacgcccg ggccgacaca 1080 ccgcccgcaa gccagggagg ggggaccaaa gccgaaccgc aaggacggcc agggaaaacc 1140 gagacggggc aagcgaacaa ggagccgacc ggaagggcgg cggaacaccc c 1191 <210> 62 <211> 1224 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic polynucleotide <400> 62 aagaagagga ccggccagga cgaacgcggc ggcgcgccaa cacagcaagc gaacggagcg 60 ccgaagcgga ggaagagagc agcagggcga acggggagaa cacggagcaa ccgcccaggg 120 gggacaacag gaaacgaagc aaaccgcaaa gaccacaggc gcaggcacag gggcaaagga 180 accgcgaaag agggccgcgc cgaagcagag ggaggaacgg cccaccaggc gacgacggag 240 ccggacgaga gggaacggcc acagggacga gacacggccc agacccacgg gaggcagcag 300 ggggaaagca caagggggaa acccgagcag cgacgccgcg ggaggaagaa ggccggagaa 360 acccgcccag gggacgaaag acggacccgg gaggaagcac cggcaacacg gccagcagcc 420 gcggaaaacg aggggcaagc ggccggaaac ggggaaaggg agcgcaggcg gaggcaaggg 480 gaggaaacag ggccaaccca aaagccaaaa cgcagcgagg ggagaggagg cggaacccgg 540 gagcggggaa gcgagaacgg gaggaacacc agggcgaagg cggccacggg cacaacgacg 600 cgaggccgaa agcagggagc aaacaggaag aacccggagc cagccgaaac gagaacaggg 660 gggaggagac cccccggccg cagaacacaa aagaaccacc ggggagacga ccgcaaggga 720 aaccaaagga agacgggggc ccgcacaagc agggagaggg aacgaagcaa cgcgaagaac 780 caccaggcga cacggagcaa ccaagagaag ggaagcccgg gacaccagac agggggcagg 840 gcgcagccgg cggagagggg aagcccgcaa cgagcgcaac ccacgagaca cgcaagagga 900 ccagcgagac gccggacaaa acggaggaag gggggagacg caaacacagc ccagaccggg 960 cacacacgac acaaggcaaa cagagagaag cgaaccgcga ggggagcaaa cccacaaaaa 1020 agccagcgga cgcaggcgca acccgccgcg gaagccggaa gcagaacgcg gacagcagcc 1080 gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc gcacaccaga gagccggggg gacccgaagc 1140 ggagcaaccg caaggaggac gccgccgaag gaaaacggga gggggaagcg aacaaggagc 1200 cgacggaagg gcggcggaca cccc 1224 <210> 63 <211> 1186 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic polynucleotide <400> 63 agaagaggac cggccaggag aacgcagcac aggcaacaca gcaagcgagg ggcagcagaa 60 cagcgcaagg aggcgaccgg cgcacgggga gaacacgacc aaccgccgag accggggaag 120 cccgaaagaa agaaaacccg aggcaagccc gcaggggaac aaaagaacgg cacgagggga 180 gcgccaaggg ggcggggaac ggcccaccaa gcccgaggaa ggggcgagag gaaggccccc 240 acaggaacga gacacggcca aacccacggg aggcagcagg aggaaaggca aggacgagag 300 cgaaccagcc aagagcggaa ggagacgccc aggggaaacc aacgggaaaa aggaggcacg 360 ggccgagacc gagaaaagga cggcaacccg gccagcagcc gcggaaacgg aggaccgagc 420 gaccggaagg gaaagggagc gaggcggacg caagcaggga aaggcggcca accgaaaagc 480 aggaacgggg cgagacagag aggcaggcgg aacggggagc gggaaagcag aacacgaaga 540 acccgagcga aggcagccgc ggacgaacga cgcgagccga aagggggaca aacaggaaga 600 acccggagcc acacagaaac gagaaaccgc ggcgaaacag aagcggccaa gcgaaagcga 660 agaccaccgg ggagacgccg gcaacgggaa accaaaggaa gacgggggcc cgcacaagcg 720 gaggaacagg gaacgagaac gcgaggaacc acccgggcga agcaacgaag agggagacag 780 cagccgcaag gcagggaagg gcgcagggcg cagccggccg gagggcggca aggccaaacg 840 agcgcaaccc acgaagacca cagggagcgg ggaccgcgag acgccgcgaa gaggaggaag 900 gggggagacg caaacagcac ggcccacgcc ggggcacaca cggacaaggg gggacagaag 960 gcagcacacg gcgacggagc aacccgaaag cccccagcgg aggagcgcaa cccgacccag 1020 aagcggacgc agaacgcgca cagccacggc gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc 1080 gcaagccaga aagccggggg accgaaggcg aaccgcaagg agcgcccagg gaaaacggga 1140 ggggcaagcg aacaaggagc cgaccggaag ggcggcggaa cacccc 1186 <210> 64 <211> 1241 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic polynucleotide <400> 64 aggagaggac cggccaggac gaacgcggcg gcggccaaca cagcaagcga acggagaaac 60 ggagaacagg gcgaacgggg agaacgcgag gcaaccaccc agacggggac aacaccgaaa 120 ggaggcaaac cggaggacac gccgcaggca ggagaagaaa gaggcccaca agaagcacgc 180 aaaggagggc cgcgcgaagc agggaggaac ggacaccaag gcgagacaga gccggcgaga 240 ggagaacggc cacagggacg agacacggcc caaacccacg ggaggcagca gggggaaccc 300 gcaaggacga aagcgacgga gcaacgccgc ggaggagaag gacggcgaaa gccggagacg 360 aacggcaggg gaacaagcag caagacggag aaacgaggaa gccacggcaa cacggccagc 420 agccgcggaa acgaggggcg agcggccgga aagggcgaaa gagcagaggc ggcaaaagcg 480 agcggaaaag cggggccaac cccgaggcgc ggaaacgagg cgaggcagga gaggaaaggg 540 gaacccagga gcgggaaagc gagaagggag gaacaccagg gcgaaggcgc ccggacggcg 600 acgcgagagc gaaagccagg gagcgaacgg gaagaacccc ggagccggcc gaaacgaggg 660 acagggagga ggacgacccc cggccggaga acgcaaaaga ccccgccggg gagacggccg 720 caagggaaac caaaggaaga cgggggcccg cacaagcggg gagagggaac gacgcaacgc 780 gaagaaccac caaggcgaca gagaacgcca gagaagagac cccggggaca agaaaacagg 840 gggcaggcgc gcagccggcg gagaggggaa gcccgcaacg agcgcaaccc caccagacca 900 gcaagaaagg gggaccaggg agacgccagg gacaaccgga ggaaggcggg gagacgcaag 960 cacagcccca gcgggcacac acgacacaag gcggaaacag agggaagcga agccgcgagg 1020 cagagcaaac cccagaaacc cgaccagcgg acgcaggcgc aacccgccgc ggaagcggaa 1080 cgcagaacgc aggcagcaac gcgggaaacg cccgggccga cacaccgccc gcacaccacg 1140 aaagggaaca cccgaagccg ggaggaacca aggagccagc cgcaaggggg gccgagaggg 1200 ggaagcgaac aaggagccga cggaagggcg gcggacaccc c 1241

Claims (226)

  1. 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니( Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.

  2. 제1항에 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  3. 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  4. 제 3항 에 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물
  5. 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스((Bacteroides uniformis), 서브도리그라뉴룸 종(Subdoligranulum sp.), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  6. 제 5항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  7. 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코코스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘룸 (Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  8. 제 7항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함 하는 특징을 가진, 조성물.
  9. 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티페스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스테이니(Parabacteroides goldsteinii), 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  10. 제9항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함 하는 특징을 가진, 조성물.
  11. 파스콜락토박테리움 화에시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans), 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 및 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  12. 제 11항에 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함 하는 특징을 가진, 조성물.
  13. 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테로이데스 유니포르미스(Bacteroides uniformis), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 알리스티페스 종(Alistipes sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis)로 구성된 그룹으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 종들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물
  14. 제13항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함 하는 특징을 가진, 조성물.
  15. 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
    .
  16. 제 15항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  17. 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21와 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  18. 제 17항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  19. 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  20. 제 19항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  21. 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:22, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:24, SEQ ID NO:25, 또는 SEQ ID NO:26과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는, 조성물.
  22. 제 21항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  23. 서열식별번호 SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:17, SEQ ID NO:18, SEQ ID NO:19, SEQ ID NO:20, 또는 SEQ ID NO:21 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는, 조성물.
    .
  24. 제 23항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개 의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  25. 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:5, 또는 SEQ ID NO:10, 과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아의 혼합물을 포함하는, 조성물.
    .
  26. 제 25항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  27. 서열식별번호 SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, 또는 SEQ ID NO:11과 적어도 95%의 상동성(homology)이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  28. 제 27항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  29. 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  30. 제 29항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  31. 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, SEQ ID NO:37, SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 및 SEQ ID NO:47 와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  32. 제 31항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  33. 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:36, 또는 SEQ ID NO:37 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  34. 제 33항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10개, 또는 적어도 11 개 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  35. 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, SEQ ID NO:47, SEQ ID NO:48, SEQ ID NO:49, SEQ ID NO:50, SEQ ID NO:51, 또는 SEQ ID NO:52와 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  36. 제 35항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 또는 적어도 15 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
    .
  37. 서열식별번호 SEQ ID NO:38, SEQ ID NO:39, SEQ ID NO:40, SEQ ID NO:41, SEQ ID NO:42, SEQ ID NO:43, SEQ ID NO:44, SEQ ID NO:45, SEQ ID NO:46, 또는 SEQ ID NO:47과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  38. 제 37항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  39. 서열식별번호 SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:28, SEQ ID NO:31, 또는 SEQ ID NO:36과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  40. 제 39항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  41. 서열식별번호 SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:34, SEQ ID NO:35, 또는 SEQ ID NO:37과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  42. 제 41항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  43. 제 1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주가 서열동정 번호들(SEQ IDs)과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 서열 상동성을 가지는 16S rDNA서열을 포함하는, 조성물.
  44. 제 1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 적어도 50% 의 박테리아 균주들은 박테리오달레스 오더 (Bacteriodales order)에 속하는 특징을 가진, 조성물.
  45. 제 1항 내지 제44항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 박테리오달레스 오더 (Bacteriodales order)에 속하고 및 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 클로스트리디알레스 오더 (Clostridiales order)에 속하는 특징을 가진, 조성물.
  46. 제 1항 내지 제45항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 적어도 25%의 박테리아 균주들은 박테리오다세아애 과 (Bacteroidaceae family)에 속하는 특징을 가진, 조성물.
  47. 제 1항 내지 제46항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 박테로이데스 속 (Bacteroides genus)에 속하는 특징을 가진, 조성물.
  48. 제 1항 내지 제47항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 박테리오달레스 오더 (Bacteriodales oder)에 속하는 박테리아 균주들을 포함하지 않는 특징을 가진, 조성물.
  49. 제 1항 내지 제48항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 포자-형성자(spore-former)인, 조성물.
  50. 제 1항 내지 제49항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 포자상태 (in spore form) 에 있는, 조성물.
  51. 제 1항 내지 제50항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 완전 혐기성 박테리아 균주들만을 포함하는 특징을 가진, 조성물.
  52. 제 1항 내지 제51항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 항생제 저항성 유전자를 갖지 않는 특징을 가진, 조성물.
  53. 제 1항 내지 제52항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 항생제 저항성 유전자는 박테리아 균주를 반코마이신(vancomycin)에 저항하도록 하는 특징이 있는, 조성물.
  54. 제 1항 내지 제53항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 박테리아 균주는 인간-유래인 박테리아 인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  55. 제 1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 박테리아 균주는 한 사람 이상의 공여자로부터 유래한 박테리아 균주인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  56. 제 1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 CD+ T세포의 증식 및/또는 축적을 유도 하는 것을 특징으로 하는, 조성물
  57. 제 1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 약학적 조성물인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  58. 제 1항 내지 제57항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 약학적으로 허용 가능한 첨가물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  59. 제 1항 내지 제 58항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 경구 투여를 위하여 제형화 된것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  60. 제 1항 내지 제 59항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 직장 (rectal) 투여를 위하여 제형화 된것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  61. 제 1항 내지 제 60항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 장(intestine)으로 전달 되도록 제형화 된것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  62. 제 1항 내지 제 61항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 결장(colon)으로 전달되도록 제형화 된것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  63. 제 1항 내지 제 62항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 동결 건조된 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  64. 제 1항 내지 제 63항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 캡슐 형태인 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  65. 제 1항 내지 제 64항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 장용성 폴리머 (enteric polymer)를 포함하는는 pH 민감한 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  66. 제 1항 내지 제 65항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 음식물 생산품 및 영양제.
  67. 제 1항 내지 제 66항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항암제를 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  68. 제 1항 내지 제 67항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 항암제는 화학요법제인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  69. 제 1항 내지 제 68항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 항암제는 암 면역요법제인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  70. 제 1항 내지 제 69항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 암 면역요법제는 면역 체크포인트 억제제 (immune checkpoint inhibitor)인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  71. 제 1항 내지 제 70항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제, PD-L-1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제 인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  72. 제 1항 내지 제 71항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제 인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  73. 제 1항 내지 제 72항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제는 CTLA-4 억제제 인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  74. 제 1항 내지 제 73항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 사이토카인 (cytokine)을 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  75. 제 1항 내지 제 74항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-15, IL-21 인것을 특징으로 하는, 조성물.
  76. 제 1항 내지 제 75항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 동시자극제 (costimulatory agent)를 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  77. 제 1항 내지 제 76항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 동시자극제는 CD-28, OX-40, 4-1BB, 또는 CD40 항체를 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  78. 제 1항 내지 제 77항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 하나 또는 그 이상의 백신(vaccine)을 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  79. 제 1항 내지 제 78항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 백신은 수지상세포 (dendritic cell) 백신인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  80. 제 1항 내지 제 79항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 입양세포전송요법 (adoptive cell transfer theraphy)과 조합 되는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  81. 제 1항 내지 제 80항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 입양세포 전송요법 (adoptive cell transfer theraphy)은 조작된 T-세포 수용체들 (engineered T-cell receptor) 또는 키메릭 항원 수용체들을(chemeric antigen receptor) 사용을 특징으로 하는, 조성물.
  82. 제 1항 내지 제 81항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는 백신 및 항원.
  83. 제 1항 내지 제 82항 중 어느 한 항의 백신에 있어서, 상기 항원은 HIV 항원인 것을 특징으로 하는, 백신
  84. 제 1항 내지 제 83항 중 어느 한 항의 백신에 있어서, 상기 항원은 간염(hepatitis) 항원인 것을 특징으로 하는, 백신.
  85. 제 1항 내지 제 84항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항염증제 (anti-inflamatory agent)을 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  86. 제 1항 내지 제 85항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 항염증제는 NSAID인 것을 특징으로 하는, 조성물.
  87. 제 1항 내지 제 86항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장(intestine)에서 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도하는 결과를 가져오는 특징을 가진, 조성물.
  88. 제 1항 내지 제 87항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장에서 IFNγ-감마의 생산을 증가시키는 결과를 가져오는 특징을 가진, 조성물.
  89. 제 1항 내지 제 88항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장에서 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들이 존재하게 하는 결과를 가져오는 특징을 가진, 조성물.
  90. 제 1항 내지 제 89항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 그 대상의 장내에 사전에 존재하지 않았던 균주인 특징을 가진, 조성물.
  91. 제 1항 내지 제 90항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장에서 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들의 접종의 결과를 가져오는 특징을 가진, 조성물.
  92. 제 1항 내지 제 91항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 투여된 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 그 대상의 장내에 사전에 접종되지 않 았던 특징을 가진, 조성물.
  93. 제 1항 내지 제 92항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장에서 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 수의 증가를 가져오게 하는 특징을 가진, 조성물.
  94. 제 1항 내지 제 93항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장에서 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 접종된 수의 증가를 가져오게 하는 특징을 가진, 조성물.
  95. 제 1항 내지 제 94항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장에서 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 박테리아 양의 증가를 가져오게 하는 특징을 가진, 조성물.
  96. 제 1항 내지 제 92항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장(intestine)에 접종된 투여된 조성물의 박테리아 균주들의 박테리아 양의 증가를 가져오게 하는 특징을 가진, 조성물.
  97. 대상에서 질병을 치료하는 방법으로, 그 방법은 제 1항 내지 제 96항 중 어느 한 항의 조성물을 그 질병을 치료 하기 위한 효과적인 양으로 대상에게 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  98. 제 97항의 방법에 있어서, 상기 대상에게 조성물의 투여는 그 대상의 장내에CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적을 유도하는 결과를 가져오게 하는, 방법.
  99. 제97항 내지 제98항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 그 대상의 장내에서 CD8+T-세포의 증식 및/또는 축적은 조성물을 투여 하기 전 그 대상의 장내에 있는 CD8+T-세포에 비교 하였을 때, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200%가 증가 하는 특징을 가진, 방법.
  100. 제 97항 내지 제 99항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 조성물을 투여 하기 전 그 대상의 장내에 있는 IFNγ-감마의 생산과 비교 하였을 때, 조성물의 투여가 그 대상의 장에서 IFNγ-감마의 생산이 증가되는 결과를 가져오게 하는 특징인, 방법.
  101. 제 97항 내지 제 100항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 조성물을 투여 하기 전 그 대상의 장내에 있는 IFNγ-감마의 생산과 비교 하였을 때, 조성물의 투여가 그 대상의 장에서 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200%의 IFNγ-감마의 생산이 증가 되도록 하는 결과를 가져오게 하는 특징인, 방법.
  102. 제 97항 내지 제 101항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 그 대상은 암을 가진 것을 특징으로 하는, 방법.
  103. 제 97항 내지 제 102항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 암은 상피성암(carcinoma), 신경교종(glioma), 중피종(mesothelioma), 흑색종(melanoma), 림프종(lymphoma), 백혈병(leukemia), 선암종(adenocarcinoma), 유방암(breast cancer), 난소암(ovarian cancer), 자궁경부 암(cervical cancer), 교모세포종(glioblastoma), 다발성 골수종(multiple myeloma), 전립선 암 (prostate cancer), 버켓 림프종( Burkitt's lymphoma), 머리 및 목 암(head and neck cancer), 결장 암(colon cancer), 결장 암(colorectal cancer), 비-소세포성 폐암 (non-small cell lung cancer), 소세포 페암 (small cell lung cancer), 식도 암(cancer of the esophagus), 위암 (stomach cancer), 췌장 암(pancreatic cancer), 간담도 암 (hepatobiliary cancer), 담낭 암(cancer of the gallbladder), 소장 암(cancer of the small intestine), 직장 암(rectal cancer), 신장 암(kidney cancer), 방광 암(bladder cancer), 전립선 암 (prostate cancer), 음경 암(penile cancer), 뇨도 암(urethral cancer), 고환 암(testicular cancer), 질 암(vaginal cancer), 자궁 암(uterine cancer), 갑상선 암(thyroid cancer), 부갑상선 암(parathyroid cancer), 부신 암 (adrenal cancer), 췌장 내분비 암(pancreatic endocrine cancer), 유암종(carcinoid cancer), 골 암(bone cancer), 피부 암(skin cancer), 망막모세포종(retinoblastomas), 호츠킨스 임프종(Hodgkin's lymphoma), 비-호츠킨스 임프종(non-Hodgkin's lymphoma), 카포시육종(Kaposi's sarcoma), 다중심적 캐슬맨 병 (multicentric Castleman's disease), AIDS-연관 원발성 삼출액 림프종(AIDS-associated primary effusion lymphoma), 신경외배엽성 종양 (neuroectodermal tumors), 또는 횡문근육종(rhabdomyosarcoma)인, 방법.
  104. 제 97항 내지 제 103항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 암은 전립선암, 방광암, 비-소세포성 폐암, 요로상피세포암종 (Urothelial carcinoma), 흑색종, 또는 신장세포 암종 (renal cell carcinoma) 인, 방법.
  105. 제 97항 내지 제 104항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 그 환자는 방사성 치료요법을 받고 있는 환자인 것을 특징으로 하는, 방법.
  106. 제 97항 내지 제 105항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 더 나아가, 하나 또는 그 이상의 항암제를 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  107. 제 97항 내지 제 106항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 항암제는 화학요법제제인, 방법.
  108. 제 97항 내지 제 107항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 항암제는 암 면역치료제인, 방법.
  109. 제 97항 내지 제 108항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 암 면역치료제는, 면역 체크포인트 억제제 (immune checkpoint inhibitor)인, 방법.
  110. 제 97항 내지 제 109항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제는, PD-1 억제제, PD-L-1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제 인, 방법.
  111. 제 97항 내지 제 110항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제는, PD-1 억제제 인, 방법.
  112. 제 97항 내지 제 111항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제는, CTLA-4 억제제 인 것을 특징으로 하는, 방법.
  113. 제 97항 내지 제 112항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 하나 또는 그 이상의 사이토카인(cytokine) 투여하는 것을 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  114. 제 97항 내지 제 113항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 사이토카인은 IL-2, IL-15, IL-21 인 것을 특징으로 하는, 방법.
  115. 제 97항 내지 제 114항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 하나 또는 그 이상의 상호자극제 (costimulatory)를 투여하는 것을 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  116. 제 97항 내지 제 115항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 상호자극제 (costimulatory)는, CD-28, OX-40, 4-1BB, 또는 CD40 항체 인, 방법.
  117. 제 97항 내지 제 116항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 하나 또는 그 이상의 백신(vaccine)을 투여하는 것을 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  118. 제 97항 내지 제 117항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 백신은 수지상세포 (dendritic cell) 백신인 것을 특징으로 하는, 방법.
  119. 제 97항 내지 제 118항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 입양세포 전송 요법 (adoptive cell transfer theraphy)을 투여하는 것을 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  120. 제 97항 내지 제 119항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 입양세포 전송요법 (adoptive cell transfer theraphy)은 조작된 T-세포 수용체들 (engineered T-cell receptor) 또는 키메릭 항원 수용체들(chemeric antigen receptor)의 사용인 것을 특징으로 하는, 방법.
  121. 제 97항 내지 제 120항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 그 대상은 감염성 질병을 가진 것을 특징으로 하는, 방법.
  122. 제 97항 내지 제 121항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 감염성 질병은 박테리아 감염, 바이러스 감염, 기생충 감염, 또는 곰팡이 감염인 것을 특징으로 하는, 방법.
  123. 제 97항 내지 제 122항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 감염성 질병은 바이러스 감염 인 것을 특징으로 하는, 방법.
  124. 제 97항 내지 제 123항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 바이러스 감염은 HIV 인 것을 특징으로 하는, 방법.
  125. 그 대상은 자가면역 질병 또는 알러지 질병을 가진 것을 특징으로 하는, 방법.
  126. 제 97항 내지 제 125항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 조성물은 하나 또는 그 이상의 항염증제를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  127. 제 97항 내지 제 126항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 항염증제는 NSAID인 것을 특징으로 하는, 방법.
  128. 제 97항 내지 제 127항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 조성물은 일회 복용 이상으로 투여 되는 것을 특징으로 하는, 방법,
  129. 방법으로, 그 방법은 제 1항 내지 제 128항 중 어느 한 항의 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 대상의 장(intestine)에 존재 하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며,
    여기서 만약 적어도 100% 이하, 적어도 90% 이하, 적어도 80% 이하, 적어도 70% 이하, 적어도 60% 이하, 적어도 50% 이하, 적어도 40% 이하, 적어도 30% 이하, 적어도 20% 이하, 적어도 10% 이하로 박테리아가 존재하거나 또는 박테리아가 존재하지 않으면, 그 대상에게 조성물을 투여 하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  130. 제 129 항의 동반 진단 방법 (companion diagnostic method) 수행을 위한 키트로서, 제 1항 내지 제 129항 중 어느 한 항의 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 대상의 장에 존재 하는지 아닌지를 결정하는 것을 포함하는, 키트(kit).
  131. 제 130 항의 방법에 있어서, 상기 암 치료는 암 면역치료인 것을 특징으로 하는, 방법.
  132. 제 97항 내지 제 131항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 그 대상은 암치료를 받고 있거나 또는 받을 것이 특징인, 방법.
  133. 대상이 암 치료에 양성적으로 반응할 것으로 기대 되는지 아닌지를 결정하는 방법으로, 그 방법은 제 1항 내지 제 132항 중 어느 한 항의 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 대상의 장(intestine)에 존재 하는지 여부를 결정하는 것을 포함하며,
    상기 만약 적어도 100% 이하, 적어도 90% 이하, 적어도 80% 이하, 적어도 70% 이하, 적어도 60% 이하, 적어도 50% 이하, 적어도 40% 이하, 적어도 30% 이하, 적어도 20% 이하, 적어도 10% 이하의 박테리아가 존재하거나 또는 박테리아가 존재하지 않으면, 그 대상은 암 치료에 양성적으로 반응할 것으로 기대 하지 않는 것을 특징으로 하는, 방법.
  134. 대상에서 바이러스 감염의 위험을 감소 시키는 방법으로서, 그 방법은 제 1항 내지 제 133항 중 어느 한 항의 조성물의 하나 또는 그 이상의 박테리아 종이 그 대상의 장내에 존재 하는지 여부를 결정하는 것이 포함되며,
    상기 만약 박테리아 종이 적어도 100% 이하, 적어도 90% 이하, 적어도 80% 이하, 적어도 70% 이하, 적어도 60% 이하, 적어도 50% 이하, 적어도 40% 이하, 적어도 30% 이하, 적어도 20% 이하, 적어도 10% 이하로 존재하거나 또는 없으면, 조성물이 그 대상에게 투여 되며, 이로서 그 대상에서 바이러스 감염의 위험성을 감소 시키는 것을 특징으로 하는, 방법.
  135. 제 97항 내지 제 134항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 종의 존재의 결정은 그 대상의 대변의 서열분석으로 행하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  136. 제 97항 내지 제 135항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 종의 존재의 결정은 그 대상의 대변의 16S rDNA 서열을 서열분석으로 행하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  137. 조성물로서, 하기의 NCBI 접근 번호를 가진 것의 서열과 적어도 95% 상동성(homology)을 갖는 16S rRNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물:LN998073, KR822463, CP011531, NR_112945, NZ-ACWW00000000, AB331897, AB261128, NZ-CAEG00000000, AB470343, AB595134, HE974920, NR_112933, AB490801, NZ-ACWB00000000, AY608696, CR626927, AB247141, NR_112935, AB249652, NR_113076 또는 AF139525.　
  138. 제 137항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함하는 특징을 가지는, 조성물.
  139. 제 137항 또는 제 138의 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 접근번호들의 서열들과 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 상동성이 있는 16S rDNA 서열을 포함하는, 조성물.
  140. CD8+ IFNγ-생산하는 T-세포들을 유도하거나 또는 생산하는 조성물로서,
    그 조성물은 인간의 대변으로부터 수집한 엠피실린(ampicillin)에 저항성을 가진 정제된 박테리아 균주들을 하나 또는 그 이상 포함하거나: 또는 (i)의 배양 상등액을 포함하는, 조성물
  141. 제 140항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 (a) 하기로 구성된 그룹으로부터 선택된 종에 속하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 특징을 가진, 조성물:
    파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
    후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
    박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
    박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
    서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
    파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
    파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
    알리스티페스 종 JC 136(Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
    파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
    유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134,
    파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920,
    박테로이데스 셀루로실리티커스 (Bacteroides cellulosilyticus); NR_112933,
    박테로이데스 클라루스 (Bacteroides clarus); AB490801,
    안에어로스티프스 종3_2_56FAA (Anaerostipes sp. 3_2_56FAA); NZ-ACWB00000000,
    박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae); AY608696,
    박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis); CR626927,
    박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); AB247141,
    박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii); NR_112935,
    클로스트리디움 (Clostridium sp. TM-40); AB249652,
    파라박테로이데스 골드스타이니 (Parabacteroides goldsteinii); NR_113076, 및
    박테로이데스 종 AR29 (Bacteroides sp. AR29); AF139525, 또는 (b) 하기로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 16S rDNA 서열과 97% 상동성을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는, 조성물:
    파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
    후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
    박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
    박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
    서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
    파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
    파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
    알리스티페스 종 JC 136 (Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
    파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
    유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134,
    파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920,
    박테로이데스 셀루로실리티커스 (Bacteroides cellulosilyticus); NR_112933,
    박테로이데스 클라루스 (Bacteroides clarus); AB490801,
    안에어로스티프스 종3_2_56FAA (Anaerostipes sp. 3_2_56FAA); NZ-ACWB00000000,
    박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae); AY608696,
    박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis); CR626927,
    박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformi)s; AB247141,
    박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii); NR_112935,
    클로스트리디움 Clostridium sp. TM-40; AB249652,
    파라박테로이데스 골드스타이니 (Parabacteroides goldsteinii); NR_113076, 및
    박테로이데스 종 AR29 (Bacteroides sp. AR29); AF139525.
  142. 제 140항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 (a) 하기로 구성된 그룹으로부터 선택된 종에 속하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 특징을 가진, 조성물:
    파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
    후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
    박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
    박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
    서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
    파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
    파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
    알리스티페스 종 JC 136 (Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
    파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
    유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134, 및
    파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920; 또는 (b) 하기로 구성된 그룹에 속하는 종들의 16S rDNA 서열과 97% 상동성을 가진 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함 하는, 조성물:
    파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium); LN998073,
    후소박테리움 얼서란즈 (Fusobacterium ulcerans); KR822463,
    박테로이데스 도레이 (Bacteroides dorei); CP011531,
    박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis); NR_112945,
    서브도리그라뉴룸 종4_3_54A2FAA (Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA); NZ-ACWW00000000,
    파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila); AB331897,
    파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii); AB261128,
    알리스티페스 종 JC 136 (Alistipes sp. JC136); NZ-CAEG00000000,
    파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii); AB470343,
    유박테리움 리모섬 (Eubacterium limosum); AB595134, 및
    파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis); HE974920.
  143. 제 140항 내지 제 142항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 CD8+ IFNγ-생산 T-세포들은 CD103 또는 그랜자임 B(Granzyme)를 발현 하는 특징이 있는, 조성물.
  144. 제 140항 내지 제 143항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 면역시스템을 활성화 시키는 특징이 있는, 조성물.
  145. 면역시스템을 활성화 하는 방법으로서, 그 방법은 대상에게 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물을 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  146. CD8+ IFNγ-생산 T-세포들을 활성화 시키는 방법으로서, 그 방법은 대상에게 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물을 투여하는 것을 포함하는, 방법.
  147. 장 (intestine)에서 CD8+T세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 시키는 방법으로서, , 그 방법은 대상에게 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물을 투여하는 것을 포함하는 방법이며, 상기 그 투여는 그 대상의 장내에서 CD8+T세포들의 증식 및/또는 축적을 유도하는 결과를 가져오게 하는, 방법.
  148. 암 또는 바이러스 감염을 치료하는, 치료를 돕는, 및/또는 예방하는 방법으로서, 그 방법은 대상에게 제 140항 내지 제 143항 중 어느 한 항의 조성물의 투여를 포함하며, 상기 투여는 암 또는 바이러스 감염을 치료, 치료를 도와 주고, 및/또는 예방 하는 결과를 가져 오게 하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  149. 백신 조성물로서, 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물의 박테리아 종의 구성성분들 및/또는 대사물들로부터 유래된 항원을 함유하는 백신 조성물.
  150. 한 대상에서 면역반응을 유도 하는 방법으로서, 그 방법은 그 대상에게 제 149 항의 백신 조성물을 투여 하는 것을 포함하는 방법으로서, 상기 투여는 그 대상에서 면역 반응의 유도 결과를 가져오게 하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  151. 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물의 박테리아 종 어느 것에 대한 항박테리아 활성을 소유한 화학 물질, 또는 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물의 박테리아 종으로부터 분비되는 생리적으로 활성이 있는 물질에 결합하는 화학 물질을 포함하는 것을 특징으로 하는, 조성물.
  152. 대상에서 CD8+및 IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성을 억제시키는 방법으로서, 그 방법은 그 대상에게 제 151항의 조성물을 투여 하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  153. 대상의 CD8+및 IFNγ-생산 하는 T-세포들의 과도한-활성에 의해 기인되는 질병의 예방, 치료 또는 개선하는 방법으로서, 그 방법은 그 대상에게 제 151항의 조성물을 투여 하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  154. 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 박테리아 종으로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질.
  155. 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 박테리아 종의 어느 박테리아 특이 항원.
  156. 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 박테리아 종의 어느 하나에 특이적으로 결합하는 항체.
  157. 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 박테리아 종의 어느 하나의 박테리아-특이 핵산 서열의 검출을 위한 폴리뉴클레오타이드.
  158. 비-인간 포유류를 포함하는 동물 모델로서, 상기 비-인간 포유류의 장관(intestinal tract)은 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 박테리아 종으로 접종 된 것을 특징으로 하는, 동물 모델.
  159. 제 158항의 동물 모델로서, 상기 비-인간 포유류는 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 불규칙성에 기인한 질병을 가진 것을 특징으로 하는, 동물 모델.
  160. CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 평가하는 키트로서, 그 키트는 하기를 포함하는 키트: 장 상피 세포, 말초 혈액 단핵세포, 및 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 박테리아 종.
  161. 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝 하는 방법으로서, 상기 그 물질은 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산하는 T-세포들의 활성화를 유도하며, 그 방법은
    비-인간 무균 동물에게 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질 먹게 하고,
    ii. 비-인간 무균 동물의 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산하는 T-세포들의 수, 또는 활성도 검출하는 것을 포함하며,
    상기 만약 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성이 검출 되면, 그 생리적으로 활성이 있는 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 활성화 시킬 수 있는 물질로서 동정 되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  162. 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝 하는 방법으로서, 상기 그 물질은 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 증식 또는 활성화를 유도하며, 그 방법은 장 상피세포 및 말단 혈액 단핵세포를 포함하는 시스템에서 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 장 상피 세포에 첨가하고,
    언급 된 시스템에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며,
    상기 만약 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성이 검출 되면, 그 생리적으로 활성이 있는 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 활성화 시킬 수 있는 물질로서 동정 되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  163. 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도하는 물질을 스크리닝 하는 방법으로서, 그 방법은
    i. 박테리아 또는 제 140항 내지 제 144항 중 어느 한 항의 조성물에 함유된 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 장 상피 세포와 말초 혈액 단핵세포를 함유하는 시스템에 첨가하고,
    ii. 테스트 물질을 첨가 하고,
    iii. 언급 된 시스템에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며,
    상기 만약 이 시스템에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도가 증가 하면, 그 테스트 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들을 활성화 유도하는 물질로서 동정 되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  164. 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도하는 물질을 스크리닝 하는 방법으로서, 그 방법은
    (i) 제 159항의 비-인간 동물에 테스트 물질을 첨가하고,
    (ii) 그 비-인간 동물의 장관 내에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도를 검출하는 것을 포함하며,
    상기 만약 위의 단계에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 수 또는 활성도가 증가 되면, 그 테스트 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도 하는 물질로서 동정 되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  165. 면역을 자극하는 조성물로서, 그 조성물은, 활성 성분으로서, 인간 장 박테리움 또는 제 161항 내지 제 164항 중 어느 한 항에 따른 스크리닝 방법으로 얻은 박테리움으로부터 유래 된 생리적으로 활성이 있는 물질을 포함하는, 조성물.
  166. 제 165항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들의 활성화를 유도하는 특징이 있는, 조성물.
  167. 백신 조성물로서, 활성 성분으로서, 제 161항 내지 제 164항 중 어느 한 항의 스크리닝 방법으로 얻어진 하나 또는 그 이상의 인간 장내 박테리아, 또는 언급된 하나 또는 그 이상의 인간 장내 박테리아에 특이적인 항원을 포함 하는, 백신 조성물.
  168. CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 기인한 질병을 유도하거나 악화 시키는 활성을 가진 물질을 스크리닝하는 방법으로서, 그 방법에는
    테스트 샘플을 제 158항의 비-인간 동물에게 먹게 하고,
    언급 된 비-인간 동물에서 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 기인하여 일어난 질병-관련 손상을 검출 하는 것을 포함하며,
    상기 위 단계에서 검출된 상해 범위가 화합물이 첨가 되지 않았을 때와 또는 위약 (프라시보, placebo)에서와 비교 하였을 때 증가되면 그 테스트 물질은 CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 의해 기인되는 질병을 유도하는 물질로서 동정 되는 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  169. CD8+IFNγ-생산 하는 T-세포들에 기인한 질병을 유도하거나 악화 시키는 조성물로서, 상기 이 조성물은, 활성 성분으로서, 제 168항의 스크리닝 방법으로 얻은 물질을 포함 하는 특징을 가진, 조성물.
  170. 처리된 인간 대변 샘플(processed human fecal sample)을 포함하는 조성물로서, 상기 이 처리된 인간 대변 샘플은 인간 대변 샘플에 효과적인 양의 엠피실린(ampicillin)을 접촉시켜 얻으며, 및 상기 이 처리된 인간 대변 샘플은 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도하는, 조성물.
  171. 대상에서 질병을 치료하는 방법으로서, 그 방법은 제 170항의 조성물을 그 대상에서 질병을 치료하기 위한 효과적인 양으로 그 대상에게 투여하는 것을 포함하는 특징을 가진, 방법.
  172. 제 171항의 방법에 있어서. 상기 질병은 암 또는 감염인 것을 특징으로 하는, 방법.
  173. 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 방법으로서, 그 방법은;
    무균 생쥐에게 인간 대변 샘플을 접종 시키고, 및
    그 인간 대변 샘플이 무균 생쥐에서 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 방법을 포함하는, 방법.
  174. 인간 대변 공여자를 동정하는 방법으로서, 그 방법은:
    무균 생쥐에게 인간 대변 샘플을 접종 시키고, 및
    그 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하는지 여부를 결정하는 것을 포함하고, 상기 만약 그 인간 대변 샘플이 CD8+ T-세포들의 증식 및/또는 축적을 유도 하면, 그 인간 대상은 인간 대변 공여자로 동정 하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  175. 대상의 림프세포(lymphocyte)에서 마커의 발현 수준을 분석하는 방법으로서, 그 방법은
    그 마커의 발현 수준의 분석을 포함하며, 상기 제 140항 내지 제 144항 중의 어느 한 항의 조성물을 그 대상에게 투여하여 그 마커가 유도 되고, 상기 그 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβ (tumor antigen derived ligand-specific TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 인것을 특징으로 하는, 방법.
  176. 유도 후에 대상의 림프세포(lymphocyte)에서 마커의 발현 수준을 분석하는 하는 키트(kit)로서, 상기 그 마커는 제 140항 내지 제 144항 중의 어느 한 항의 조성물을 그 대상에게 투여하여 그 마커가 유도 되고, 상기 그 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβ (tumor antigen derived ligand-specific TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 인 것을 특징으로 하는, 키트.
  177. 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝 하는 방법으로서, 그 방법은
    종양을 지닌 비-인간 동물에게 인간 장내 박테리아 또는 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질 먹게 하고,
    종양을 지닌 비-인간 동물로부터 분리한 림프세포에서 마커의 발현을 검출 하고, 상기 만약 그 마커의 발현 수준이 증가 되는 것이 검출되면, 그 생리적으로 활성이 있는 물질은 종양의 면역촉진제로 동정하며; 및
    상기 그 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβ (tumor antigen derived ligand-specific TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 인 것을 특징으로 하는, 스크리닝 방법.
  178. 면역 체크포인트 억제제(immune checkpoint inhibitor)로 종양 치료를 위한 동반 진단 (campanion diagnostic) 방법으로서, 그 방법은
    제 140항 내지 제 144항 중의 어느 한 항의 조성물을 그 대상에게 면역 체크포인트 억제제와 함께 또는 단독으로 동시-투여로 투여에 의한 유도 되기 전과 후에 마커의 림프세포에서 발현 수준의 분석을 포함하며,
    상기 그 대상에게 조성물을 투여 전, 억제제와 제 140항 내지 제 144항 중의 어느 한 항의 조성물을 동시-투여하기 전에 그 대상의 림프세포에서의 발현과 비교 하여, 만약 그 대상의 림프세포에서 그 마커의 발현 수준이 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200% 증가 되면, 그 치료는 계속되고,
    상기 만약 그 대상의 림프세포에서의 발현 수준과 비교하여 그 대상의 림프세포에서의 발현 수준이 증가 되지 않으면, 그 대상에게 면역 체크포인트 억제제와 함께 제 140항 내지 제 144항 중의 어느 한 항의 조성물을 동시-투여로 투여는 중단 되거나, 또는 그 대상에게 제 140항 내지 제 144항 중의 어느 한 항의 조성물의 투여를 반복한 후에 다시 분석 되는 것을 특징으로 하는, 동반 진단 방법.
  179. 제 175항, 제 177항, 또는 제 178항 중 어느 한 항의 방법에 있어서, 더 나아가 종양 항원 유래 된 리간드-특이 TCRβ 에 결합하는 특이 항체들 또는 종양 항원 유래 된 리간-특이 TCRβ 에 결합하는 MHC 다중체 (multimer)로 림프세포에서 종양 항원 유래 된 리간드-특이 TCRβ의 발현 수준을 분석하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  180. 면역 체크포인트 억제제로 종양 치료에 사용하는 제 179항의 방법에 있어서,
    ,상기 면역 체크포인트 억제제는 PD-1 억제제, PD-L1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제 인 것을 특징으로 하는, 방법.　
  181. 제 179 항의 방법에 있어서, 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 PD-1의 발현을 평가 하는 것을 포함 하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  182. 제 179 항의 방법에 있어서, 더 나아가 그 대상의 암 세포에서 PD-1의 발현을 평가 하는 것을 포함 하는, 방법.
  183. 제 179 항의 방법에 있어서, 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 CTLA-4의 발현을 평가 하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  184. 제 177항 내지 제 183 항 중의 어느 한 항의 동반 진단 (companion diagnostic)을 포함 하는 키트 (kit)로서, 상기 이 키트는 림프세포에서 마커의 발현 수준을 모니터링 하는 하나 또는 그 이상의 분자들을 포함 하며, 상기 이 마커는 CD44, gp70 MC38 펩티드 (KSPWFTTL; (SEQ ID NO: 53))-특이 TCRβ종양 항원 유래한 리간드-특이 TCRβCD8, IFNγ및/또는 GzmB 인 것을 특징으로 하는, 키트.
  185. 지라세포(splenocyte)에서 IFNγ생산의 정도로 면역 활성화를 평가 하는 방법으로서, 그 방법은 제 140항 내지 제144항 중 어느 한 항의 조성물을 대상에게 투여하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  186. 지라세포(splenocyte)에서 IFNγ생산의 정도로 면역 활성화를 평가 하는 키트로서
    그 키트는, 하나 또는 그 이상의 IFNγ마커 분자 및 제 140항 내지 제144항 중 어느 한 항의 박테리아 종을 포함하는 것을 특징으로 하는, 키트.
  187. 인간 장내 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 스크리닝하여 종양에 대한 면역자극제를 동정하는 방법으로서, 그 방법은,
    (i) 종양-함유 하는 비-인간 동물에게 인간 장내 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질을 먹도록 하고, 및
    (ii) 종양-함유 하는 비-인간 동물로부터 분리한 지라세포(splenocyte)에서 IFNγ를 검출하고
    상기 만약 IFNγ유도가 검출 되면, 그 인간 장내 박테리아 또는 인간 장내 박테리아로부터 유래한 생리적으로 활성이 있는 물질은 종양에 대한 면역자극제로서 동정 되는 특징을 가진, 방법.
  188. 면역 책크포인트 억제제로 종양 치료를 위한 동반 진단 (campanion diagnostic) 방법으로서, 그 방법은
    제 140항 내지 제144항 중 어느 한 항의 조성물을 그 대상에게 억제제와 함께 또는 단독으로 동시-투여로 투여하여 유도 전 후의 지라세포에서 IFNγ 생산의 정도로 면역 활성화를 평가하는 것을 포함하며,
    상기 조성물을 투여 전의 그 대상의 지라세포에서의 IFNγ 생산 정도과 비교 하여 만약 그 대상의 지라세포에서 IFNγ 생산이 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 100%, 또는 적어도 200% 증가 되면, 억제제와 여기서 서술된 어느 조성물의 동시 투여는 계속되고, 상기 만약 그 대상의 지라세포에서의 IFNγ 생산이 증가 되지 않으면, 그 대상에게 억제제와 제 140항 내지 제144항 중 어느 한 항의 조성물의 동시-투여는 중단 되거나, 또는 그 대상에게 제 140항 내지 제144항 중 어느 한 항의 조성물의 투여를 반복한 후에 다시 분석 되는 것을 특징으로 하는, 동반 진단 방법.
  189. 제 188항의 방법에 있어서, 그 방법은 더 나아가 지라세포에서 치료 타겟의 종양 항원의 발현 수준을 특이 항체들 또는 MHC 다중체(multimer)로 분석하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  190. 제 188항의 방법에 있어서, 면역 책크포인트 억제제로 종양 치료를 위한 것이며, 상기 종양 억제제는 PD-1 억제제, PD-L1 억제제, 또는 CTLA-4 억제제인 것을 특 징으로 하는, 방법.
  191. 제 188항의 방법에 있어서, 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 PD-1의 발현을 평가 하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  192. 제 188항의 방법에 있어서, 더 나아가 그 대상의 암세포에서 PD-1의 발현을 체크 하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  193. 제 188항의 방법에 있어서, 더 나아가 그 대상의 T-세포에서 CTLA-4의 발현을 평가 하는 것을 포함하는 것을 특징으로 하는, 방법.
  194. 제 185항 내지 제 193항 중 어느 한 항의 동반진단 방법들을 수행하기 위한 키트로서, 이 키트는 하나 또는 그 이상의 IFNγ마커 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는, 키트.
  195. 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종(Fusobacterium sp.), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp.), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 라크노스피라세아에 박테리움 HGA0140(Lachnospiraceae bacterium HGA0140), 헝가텔라 하테와이(Hungatella hathewayi), 클로스트리디움 라바렌스(Clostridium lavalense), 루미노코커서스 종(Ruminococcus sp.), 및 클로스트리디움 이노큘럼(Clostridium innocuum)으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물.
  196. 제 195항의 조성물에 있어서, 상기, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 적어도 21 개, 적어도 22 개, 적어도 23 개, 적어도 24 개, 적어도 25 개, 또는 적어도 26 개 박테리아 균주들을 포함하는, 조성물.
  197. 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종(Fusobacterium sp.), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis), 박테로이데스 셀루로실리티커스(Bacteroides cellulosilyticus), 박테로이데스 클라루스(Bacteroides clarus), 안에어로스티프스 칵카에(Anaerostipes caccae), 박테로이데스 살려시아애 (Bacteroides salyersiae), 박테로이데스 후라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 박테로이데스 에거티 (Bacteroides eggerthii), 클로스트리디움 종(Clostridium sp), 파라박테로이데스 골드스타이니(Parabacteroides goldsteinii) 및 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.) 으로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  198. 제 197항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 적어도 11 개, 적어도 12 개, 적어도 13 개, 적어도 14 개, 적어도 15 개, 적어도 16 개, 적어도 17 개, 적어도 18 개, 적어도 19 개, 적어도 20 개, 또는 적어도 21 개의 박테리아 균주들을 포함하는, 조성물.
  199. 파스콜악토박테리움 화이시움(Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종(Fusobacterium sp.), 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 유박테리움 리모섬(Eubacterum limosum), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물.
  200. 제 199항의 조성물에 있어서, 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 적어도 10 개, 또는 적어도 11 개의 박테리아 균주들을 포함 하는, 조성물.
  201. 파스콜악토박테리움 화이시움 (Phascolarctobacterium faecium), 후소박테리움 종 (Fusobacterium sp.), 루미노콕카세아에 박테리움(Ruminococcaceae bacterium), 및 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum)로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  202. 제 201항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 박테리아 균주를 포함 하는, 조성물.
  203. 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 박테리움 IARFR67 (bacterium IARFR67), 파라프레보텔라 질라니필라(Paraprevotella xylaniphila), 파라박테로이데스 존소니(Parabacteroides johnsonii), 박테로이데스 종 (Bacteroides sp.), 파라박테로이데스 고르도니(Parabacteroides gordonii), 및 파라박테로이데스 디스타소니스(Parabacteroides distasonis) 로 구성된 그룹으로부터 선택된 종의 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물.
  204. 제 203항의 조성물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 또는 적어도 7 개의 박테리아 균주들을 포함 하는, 조성물.
  205. 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함 하는 조성물:
    1) 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 또는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207),
    2) 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 또는 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium),
    3) 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 또는 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus),
    4) 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 또는 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20),
    5) 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 또는 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis),
    6) 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila),
    7) 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii),
    8) 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 또는 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
    9) 파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii), 또는 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025),
    10) 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum), 및
    11) 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2), 또는 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis).　
  206. 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물:
    1) 파스콜락토박테리움 화에시움 (Phascolarctobacterium faecium), 또는 파스콜락토박테리움 종 CAG:207(Phascolarctobacterium sp. CAG:207),
    2) 후소박테리움 얼서란즈(Fusobacterium ulcerans), 또는 후소박테리움 베리움(Fusobacterium varium),
    3) 박테로이데스 도레이(Bacteroides dorei), 또는 박테로이데스 후럭서스(Bacteroides fluxus),
    4) 박테로이데스 유니포르미스 (Bacteroides uniformis), 또는 박테로이데스 종 D20(Bacteroides sp. D20),
    5) 서브도리그라뉴룸 종 (Subdoligranulum sp.), 루테니박테리움 락타티포르맨즈(Ruthenibacterium lactatiformans), 루미노콕카세아에 박테리움 cv2(Ruminococcaceae bacterium cv2), 또는 제밍거 포르미실리스 (Gemminger formicilis),
    6) 파라프레보텔라 질라니필라 (Paraprevotella xylaniphila),
    7) 파라박테로이데스 존소니 (Parabacteroides johnsonii),
    8) 알리스티페스 종 (Alistipes sp), 알리스티페스 티모넨시스(Alistipes timonensis), 또는 알리스티페스 세네갈레시스 (Alistipes senegalesis),
    9) 파라박테로이데스 고르도니 (Parabacteroides gordonii), 또는 파라박테로이데스 종 HGS0025 (Parabacteroides sp. HGS0025),
    10) 유박테리움 리모섬 (Eubacterum limosum), 및
    11) 파라박테로이데스 종 CAG:2 (Parabacteroides sp. CAG:2), 또는 파라박테로이데스 디스타소니스 (Parabacteroides distasonis).　
  207. 서열식별번호 SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 또는 SEQ ID NO:11와 적어도 97%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  208. 제 207항의 조성물에 있어서, 상기 이 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개, 박테리아 균주들을 포함하는, 조성물.
  209. 서열식별번호 SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64 와 적어도 97%의 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 두 개 또는 그 이상의 박테리아 균주들을 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  210. 제 209항의 조합물에 있어서, 상기 정제된 박테리아 혼합물은 적어도 2 개, 적어도 3 개, 적어도 4 개, 적어도 5 개, 적어도 6 개, 적어도 7 개, 적어도 8 개, 적어도 9 개, 또는 적어도 10개의 박테리아 균주들을 포함 하는, 조성물.
  211. 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물:
    SEQ ID NO:1 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:2 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:3 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:4 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:5 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:6 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:7 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:8 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:9 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:10 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
    SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
  212. 하기를 포함하는 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물:

    SEQ ID NO:54와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:55 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:56 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:57 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:58 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:59 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:60 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:61 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:62 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:63 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
    SEQ ID NO:64 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
  213. SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:10, 및 SEQ ID NO:11와 적어도 97% 서열 동일성(sequence identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물로 포함하는, 조성물.
  214. SEQ ID NO:54, SEQ ID NO:55, SEQ ID NO:56, SEQ ID NO:57, SEQ ID NO:58, SEQ ID NO:59, SEQ ID NO:60, SEQ ID NO:61, SEQ ID NO:62, SEQ ID NO:63, 또는 SEQ ID NO:64와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 가지는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주들로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는, 조성물.
  215. 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물:
    SEQ ID NO:1 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:2 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:3 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:4 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:5 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:6 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:7 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:8 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:9 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:10 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
    SEQ ID NO:11 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
  216. 하기로 구성된 정제된 박테리아 혼합물을 포함하는 조성물:
    SEQ ID NO:54와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:55 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:56 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:57 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:58 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:59 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:60 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:61 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:62 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주,
    SEQ ID NO:63 과 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주, 및
    SEQ ID NO:64 와 적어도 97% 서열 동일성(identity)을 갖는 16S rDNA 서열을 포함하는 박테리아 균주.
  217. 제 137항 내지 제 144항 또는 제 195항 내지 제 216항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 약학적 조성물인 특징을 가진, 조성물.
  218. 제 217항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 약학적으로 허용 가능한 첨가제를 포함하는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  219. 제 218항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 경구 투여를 위하여 제형화 되는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  220. 제 218항 또는 제 219항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 직장(rectal) 투여를 위하여 제형화 되는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  221. 제 218항 내지 제 220항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 장 (intestine)으로 전달 되도록 제형화 되는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물,
  222. 제 218항 내지 제 221항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 결장 (colon) 으로 전달 되도록 제형화 되는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물,
  223. 제 218항 내지 제 222항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 하나 또는 그 이상의 박테리아 균주들은 동경건조 되는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물,
  224. 제 218항 내지 제 223항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 캡슐의 형태인 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물,
  225. 제 218항 내지 제 223항 중 어느 한 항의 약학적 조성물에 있어서, 상기 약학적 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 장용성 폴리머 (enteric polymer)를 포함하는 pH 민감한 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 약학적 조성물.
  226. 제 217항 내지 제 225항 중 어느 한 항의 조성물에 있어서, 상기 조성물은 더 나아가 하나 또는 그 이상의 항암제를 포함 것을 특징으로 하는, 조성물.
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Families Citing this family (25)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3978598B1 (en) * 2011-12-01 2024-08-28 The University of Tokyo Human-derived bacteria that induce proliferation or accumulation of regulatory t cells
MA41060B1 (fr) 2015-06-15 2019-11-29 4D Pharma Res Ltd Compositions comprenant des souches bactériennes
EP3559209A4 (en) * 2016-12-23 2021-03-10 Keio University COMPOSITION AND METHOD OF INDUCTION OF CD8 + CELLS
CN111107859B (zh) 2017-06-14 2022-04-29 4D制药研究有限公司 包含细菌菌株的组合物
EP3749751A4 (en) * 2018-02-09 2022-02-23 Keio University COMPOSITIONS AND METHODS FOR INDUCING CD8+ T LYMPHOCYTES
CN110496140B (zh) * 2018-05-18 2022-05-31 瑞微（深圳）生物科技有限公司 脆弱拟杆菌或阿克曼粘细菌在制备用于预防或治疗肿瘤的药物中的应用
WO2020054728A1 (ja) * 2018-09-10 2020-03-19 国立研究開発法人理化学研究所 Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ属に属する細菌を有効成分として含有する、トリプシン活性を抑制するための組成物
US20210355431A1 (en) * 2018-10-15 2021-11-18 Pharmabiome Ag Method of manufacturing a consortium of bacterial strains
MA54074A (fr) * 2018-11-02 2022-02-09 4D Pharma Res Ltd Compositions comprenant des souches bactériennes
CA3120569A1 (en) * 2018-11-21 2020-05-28 Chan Zuckerberg Biohub, Inc. High-complexity synthetic gut bacterial communities
ES2763874B2 (es) * 2018-11-30 2020-10-13 Consejo Superior Investigacion Phascolarctobacterium faecium para su uso en la prevencion y tratamiento de la obesidad y sus comorbilidades
US20220023359A1 (en) * 2018-12-07 2022-01-27 President and Fellows of Flarvard College Identification of gut bacteria that promote an anti-tumor response to immunotherapy
EP3876964A1 (en) 2018-12-12 2021-09-15 4D Pharma Research Limited Compositions comprising parabacteroides bacterial strains for treating cancer
EP4054609A1 (en) * 2019-11-04 2022-09-14 Vedanta Biosciences, Inc. Compositions and methods for enhancing immune checkpoint inhibitor therapy
US20220409675A1 (en) * 2019-11-22 2022-12-29 Xbiome Inc. Compositions comprising bacterial species and methods related thereto
US20230002502A1 (en) * 2019-11-26 2023-01-05 South Australian Health And Medical Research Institute Limited Methods and products for reducing side effects associated with use of immune agonist antibodies
AU2020394211A1 (en) * 2019-11-27 2022-07-14 Seres Therapeutics, Inc. Designed bacterial compositions and uses thereof
WO2021141828A1 (en) * 2020-01-10 2021-07-15 Assembly Biosciences, Inc. Compositions comprising bacterial species and methods related thereto
JP2023513569A (ja) * 2020-02-12 2023-03-31 ウニヴェルズィテート チューリッヒ がんの治療用の細菌組成物
WO2021221110A1 (ja) * 2020-04-29 2021-11-04 学校法人慶應義塾 Ｔｈ１細胞及び／又はＴｈ１７細胞の増殖又は活性化を誘導する小腸内細菌
GB202007452D0 (en) 2020-05-19 2020-07-01 Microbiotica Ltd Threrapeutic bacterial composition
WO2021237162A1 (en) * 2020-05-21 2021-11-25 Chan Zuckerberg Biohub, Inc. High-complexity synthetic gut bacterial communities
EP4320221A1 (en) 2021-04-05 2024-02-14 Vedanta Biosciences, Inc. Compositions and methods for treating cancer
KR20240114298A (ko) 2023-01-12 2024-07-23 에스엔제이 파마 인크 감염 저항성 장내 균주 및 그 용도
CN116676207B (zh) * 2023-03-14 2024-06-04 中国海洋大学 一种萨利尔斯氏拟杆菌菌株及其在降解制备硫酸软骨素寡糖及透明质酸寡糖中的应用

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013080561A1 (en) * 2011-12-01 2013-06-06 University Of Tokyo Human-derived bacteria that induce proliferation or accumulation of regulatory t cells
WO2015077794A1 (en) * 2013-11-25 2015-05-28 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
WO2015156419A1 (en) * 2014-04-10 2015-10-15 Riken Compositions and methods for induction of th17 cells
WO2016196605A1 (en) * 2015-06-01 2016-12-08 The University Of Chicago Treatment of cancer by manipulation of commensal microflora

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3249504A (en) 1962-03-13 1966-05-03 Becton Dickinson Co Multiple unit tissue culture preparation and method of preparing same
WO2004000042A2 (en) 2002-06-19 2003-12-31 N.V. Nutricia Method and composition for treating or preventing catabolism or stimulating anabolism in a mammal undergoing metabolic stress
CN117534755A (zh) * 2005-05-09 2024-02-09 小野药品工业株式会社 程序性死亡-1(pd-1)的人单克隆抗体及使用抗pd-1抗体来治疗癌症的方法
TW200819540A (en) * 2006-07-11 2008-05-01 Genelux Corp Methods and compositions for detection of microorganisms and cells and treatment of diseases and disorders
WO2010132479A2 (en) 2009-05-11 2010-11-18 Cytotech Labs, Llc Methods for the diagnosis of metabolic disorders using epimetabolic shifters, multidimensional intracellular molecules, or environmental influencers
CA2779418C (en) 2009-11-11 2018-03-20 Alimentary Health Limited Probiotic bifidobacterium strain
US20130017199A1 (en) * 2009-11-24 2013-01-17 AMPLIMMUNE ,Inc. a corporation Simultaneous inhibition of pd-l1/pd-l2
US8906668B2 (en) 2012-11-23 2014-12-09 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
BR112015018625A2 (pt) * 2013-02-04 2017-09-19 Seres Therapeutics Inc composições e métodos
BR112016010224A2 (pt) 2013-11-05 2018-05-02 Cognate Bioservices, Inc. combinações de inibidores do ponto de verificação e produtos terapêuticos para tratar o câncer.
IL251844B2 (en) 2014-10-23 2024-04-01 Roussy Inst Gustave Methods and products for modulation of microbiota composition to improve the effectiveness of cancer treatment with immune checkpoint blockade
EP3012270A1 (en) 2014-10-23 2016-04-27 Institut Gustave Roussy Products for modulating microbiota composition for improving the efficacy of a cancer treatment with an immune checkpoint blocker
EP3559209A4 (en) 2016-12-23 2021-03-10 Keio University COMPOSITION AND METHOD OF INDUCTION OF CD8 + CELLS
EP3749751A4 (en) 2018-02-09 2022-02-23 Keio University COMPOSITIONS AND METHODS FOR INDUCING CD8+ T LYMPHOCYTES

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013080561A1 (en) * 2011-12-01 2013-06-06 University Of Tokyo Human-derived bacteria that induce proliferation or accumulation of regulatory t cells
WO2015077794A1 (en) * 2013-11-25 2015-05-28 Seres Health, Inc. Synergistic bacterial compositions and methods of production and use thereof
WO2015156419A1 (en) * 2014-04-10 2015-10-15 Riken Compositions and methods for induction of th17 cells
WO2016196605A1 (en) * 2015-06-01 2016-12-08 The University Of Chicago Treatment of cancer by manipulation of commensal microflora

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Neurogastroenterol Motil.,28(8):1233-1240(2016.3.29.) *

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IL277593B (en) 2022-10-01
IL267566A (en) 2019-08-29
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CA3045098A1 (en) 2018-06-28
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