RU2018144299A - Способ амплификации кольцевой днк - Google Patents

Способ амплификации кольцевой днк Download PDF

Info

Publication number
RU2018144299A
RU2018144299A RU2018144299A RU2018144299A RU2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A RU 2018144299 A RU2018144299 A RU 2018144299A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dna
enzymes
enzyme
group
activity
Prior art date
Application number
RU2018144299A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018144299A3 (ru
RU2748736C2 (ru
Inventor
Масаюки СУ'ЕЦУГУ
Хироко ЦУДЗИМОТО
Такеси СИНОХАРА
Original Assignee
Орикиро Дженомикс, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Орикиро Дженомикс, Инк. filed Critical Орикиро Дженомикс, Инк.
Publication of RU2018144299A3 publication Critical patent/RU2018144299A3/ru
Publication of RU2018144299A publication Critical patent/RU2018144299A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2748736C2 publication Critical patent/RU2748736C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C12Q1/6855—Ligating adaptors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00—Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26—Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28—N-glycosides
    • C12P19/30—Nucleotides
    • C12P19/34—Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
    • C12Q2521/101—DNA polymerase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/10—Nucleotidyl transfering
    • C12Q2521/119—RNA polymerase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/319—Exonuclease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/30—Phosphoric diester hydrolysing, i.e. nuclease
    • C12Q2521/327—RNAse, e.g. RNAseH
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/50—Other enzymatic activities
    • C12Q2521/501—Ligase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/50—Other enzymatic activities
    • C12Q2521/513—Winding/unwinding enzyme, e.g. helicase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2521/00—Reaction characterised by the enzymatic activity
    • C12Q2521/50—Other enzymatic activities
    • C12Q2521/519—Topoisomerase
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2522/00—Reaction characterised by the use of non-enzymatic proteins
    • C12Q2522/10—Nucleic acid binding proteins
    • C12Q2522/101—Single or double stranded nucleic acid binding proteins
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
    • C12Q2525/30—Oligonucleotides characterised by their secondary structure
    • C12Q2525/307—Circular oligonucleotides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/101—Temperature
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
    • C12Q2527/125—Specific component of sample, medium or buffer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
    • C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
    • C12Q2563/159—Microreactors, e.g. emulsion PCR or sequencing, droplet PCR, microcapsules, i.e. non-liquid containers with a range of different permeability's for different reaction components
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y301/00—Hydrolases acting on ester bonds (3.1)
    • C12Y301/04—Phosphoric diester hydrolases (3.1.4)
    • C12Y301/04001—Phosphodiesterase I (3.1.4.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y306/00—Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6)
    • C12Y306/04—Hydrolases acting on acid anhydrides (3.6) acting on acid anhydrides; involved in cellular and subcellular movement (3.6.4)
    • C12Y306/04012—DNA helicase (3.6.4.12)

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Claims (99)

1. Способ амплификации кольцевой ДНК, включающий следующие стадии:
(1) образования реакционной смеси кольцевой ДНК в качестве матрицы с реакционным раствором, содержащим
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла,
где кольцевая ДНК включает последовательность ориджина репликации (ориджина хромосомы (oriC)), которая может связываться с ферментом, обладающим DnaA-активностью; и
(2) поддерживания температуры реакционной смеси, полученной в (1) в изотермических условиях.
2. Способ амплификации кольцевой ДНК, включающий следующие стадии:
(1) образования реакционной смеси кольцевой ДНК в качестве матрицы с реакционным раствором, содержащим
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла,
где кольцевая ДНК включает последовательность ориджина репликации (ориджина хромосомы (oriC)), которая может связываться с ферментом, обладающим DnaA-активностью; и
(2) инкубирования реакционной смеси, полученной в стадии (1) в термическом цикле с повторением инкубирования при 30°C или выше и инкубирования при 27°C или ниже.
3. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит неспецифический ингибитор адсорбции белка и/или неспецифический ингибитор адсорбции нуклеиновой кислоты.
4. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или геликазу RecG-типа.
5. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит соль аммония.
6. Способ по п. 1 или 2, где
первая группа ферментов содержит комбинацию фермента, обладающего DnaA-активностью; нуклеоидного белка одного или более типов; фермента или группы ферментов, обладающих ДНК-гиразной активностью; белка, связывающегося с одноцепочечной ДНК (SSB); фермента, обладающего геликазной активностью DnaB-типа; фермента, обладающего ДНК-геликазной загрузочной активностью; фермента, обладающего ДНК-примазной активностью; фермента, обладающего ДНК-захватывающей активностью; и фермента или группы ферментов, обладающих активностью ДНК-полимеразы III*;
вторая группа ферментов содержит комбинацию фермента, обладающего активностью ДНК-полимеразы I, и фермента, обладающего ДНК-лигазной активностью; и
третья группа ферментов содержит фермент, обладающий активностью топоизомеразы III, и/или фермент, обладающий активностью топоизомеразы IV.
7. Способ по п. 6, где вторая группа ферментов также включает фермент, обладающий активностью РНКазы Н.
8. Способ по п. 6, где третья группа ферментов также включает фермент, обладающий геликазной активностью RecQ-типа.
9. Способ по п. 6, где
в первой группе ферментов
один или более нуклеоидных белков представляют собой IHF или HU,
ферментом или группой ферментов, обладающих ДНК-гиразной активностью, является комплекс GyrA и GyrB,
ферментом, обладающим геликазной активностью DnaB-типа, является DnaB-геликаза,
ферментом, обладающим ДНК-геликазной загрузочной активностью, является загрузочный фермент DnaC-геликаза,
ферментом, обладающим ДНК-примазной активностью, является DnaG-примаза,
ферментом, обладающим ДНК-захватывающей активностью, является фермент, захватывающий DnaN,
ферментом или группой ферментов, обладающих активностью ДНК-полимеразы III*, являются фермент или группа ферментов, содержащих любые из DnaX, HolA, HolB, HolC, HolD, DnaE, DnaQ и HolE.
10. Способ по п. 1, где изотермическим условием в стадии (2) является постоянная температура в пределах от 25°C до 50°C.
11. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит геликазу RecG-типа и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
12. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
13. Способ по п. 1 или 2, где реакционный раствор также содержит ДНК-стабилизирующий фактор.
14. Способ по п. 1 или 2, где
стадия (1) включает
(1-1) предварительное инкубирование реакционного раствора, содержащего
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла; и
(1-2) образование реакционной смеси реакционного раствора с кольцевой ДНК в качестве матрицы.
15. Способ по п. 1 или 2, где стадию (2) осуществляют в эмульсии типа «вода в масле».
16. Способ по п. 1 или 2, где после проведения стадии (2), указанный способ также включает
(3) обработку после реакции, где
обработкой после реакции является:
(i) обработка путем разведения реакционной смеси пять или более раз реакционным раствором, который не содержит ферментов 1-3 групп, с последующим повторным нагреванием полученного соединения;
(ii) обработка экзонуклеазой, специфичной к линейной ДНК, и/или обработка экзонуклеазой, специфичной к одноцепочечной ДНК; и/или
(iii) обработка ферментом для репарации гэпов.
17. Композиция для амплификации кольцевой ДНК, включающая
первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
вторую группу ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфер;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источник иона магния; и
источник иона щелочного металла.
18. Композиция по п. 17, также содержащая неспецифический ингибитор адсорбции белка и/или неспецифический ингибитор адсорбции нуклеиновой кислоты.
19. Композиция по п. 17, также содержащая экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или геликазу RecG-типа.
20. Композиция по п. 17, также содержащая геликазу RecG-типа и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
21. Композиция по п. 17, также содержащая экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
22. Композиция по п. 17, также содержащая ДНК-стабилизирующий фактор.
23. Набор для амплификации кольцевой ДНК, включающий комбинацию
первой группы ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК;
второй группы ферментов, которые катализируют созревание фрагмента Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана;
третьей группы ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК;
буфера;
ATP;
GTP, CTP и UTP;
dNTP;
источника иона магния; и
источника иона щелочного металла.
24. Набор по п. 23, также включающий комбинацию с неспецифическим ингибитором адсорбции белка и/или неспецифическим ингибитором адсорбции нуклеиновой кислоты.
25. Набор по п. 23, также включающий комбинацию с экзонуклеазой, специфичной к линейной ДНК, и/или с геликазой RecG-типа.
26. Набор по п. 23, также включающий геликазу RecG-типа и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
27. Набор по п. 23, также включающий экзонуклеазу, специфичную к линейной ДНК, и/или экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
28. Набор по п. 23, также включающий ДНК-стабилизирующий фактор.
29. Набор по п. 23, также включающий фермент для репарации гэпов.
RU2018144299A 2016-05-17 2017-05-17 Способ амплификации кольцевой днк RU2748736C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2016-099157 2016-05-17
JP2016099157 2016-05-17
PCT/JP2017/018472 WO2017199991A1 (ja) 2016-05-17 2017-05-17 環状ｄｎａの増幅方法

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2018144299A3 RU2018144299A3 (ru) 2020-06-17
RU2018144299A true RU2018144299A (ru) 2020-06-17
RU2748736C2 RU2748736C2 (ru) 2021-05-31

Family

ID=60325215

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018144299A RU2748736C2 (ru) 2016-05-17 2017-05-17 Способ амплификации кольцевой днк

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20190276883A1 (ru)
EP (1) EP3460058B1 (ru)
JP (1) JP6764193B2 (ru)
KR (1) KR102378346B1 (ru)
CN (2) CN109415718B (ru)
AU (1) AU2017265723B2 (ru)
CA (1) CA3024546A1 (ru)
IL (1) IL263027A (ru)
RU (1) RU2748736C2 (ru)
SG (1) SG11201810209VA (ru)
WO (1) WO2017199991A1 (ru)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP6262877B2 (ja) 2014-11-18 2018-01-24 国立研究開発法人科学技術振興機構 環状ｄｎａの増幅方法
JP6960684B2 (ja) 2017-02-28 2021-11-05 オリシロジェノミクス株式会社 環状ｄｎａの複製または増幅方法
US20210277385A1 (en) * 2018-07-30 2021-09-09 OriCiro Genomics, Inc. Method for editing dna in cell-free system
US20220025460A1 (en) * 2020-07-21 2022-01-27 The University Of Tokyo Method and kit for determining neuromuscular disease in subject
CN114231524B (zh) * 2020-09-09 2023-12-26 深圳华大生命科学研究院 一种体外制备环状dna的方法
WO2023191034A1 (ja) * 2022-03-31 2023-10-05 モデルナ・エンザイマティクス株式会社 配列エラーの減少した二本鎖ｄｎａの製造方法
WO2024170684A1 (en) 2023-02-15 2024-08-22 Sanofi Screening codon-optimized nucleotide sequences

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP4214230B2 (ja) 2004-02-23 2009-01-28 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 環状ｄｎａへのランダム変異導入方法
US20080096258A1 (en) 2006-10-24 2008-04-24 Christian Korfhage Rolling circle amplification of circular genomes
US8921072B2 (en) 2008-09-02 2014-12-30 General Electric Compnay Methods to generate DNA mini-circles
JP6382189B2 (ja) * 2012-06-29 2018-08-29 ゼネラル・エレクトリック・カンパニイ Ｒｎａテンプレートから開始する等温ｄｎａ増幅用のキット
JP6262877B2 (ja) * 2014-11-18 2018-01-24 国立研究開発法人科学技術振興機構 環状ｄｎａの増幅方法

Also Published As

Publication number Publication date
AU2017265723A1 (en) 2018-12-20
SG11201810209VA (en) 2018-12-28
RU2018144299A3 (ru) 2020-06-17
JP6764193B2 (ja) 2020-09-30
WO2017199991A1 (ja) 2017-11-23
CN109415718B (zh) 2022-09-27
CN109415718A (zh) 2019-03-01
IL263027A (en) 2018-12-31
CN115537454A (zh) 2022-12-30
CA3024546A1 (en) 2017-11-23
KR20190017793A (ko) 2019-02-20
EP3460058B1 (en) 2024-03-06
RU2748736C2 (ru) 2021-05-31
US20190276883A1 (en) 2019-09-12
JPWO2017199991A1 (ja) 2019-03-22
AU2017265723B2 (en) 2023-04-13
EP3460058A1 (en) 2019-03-27
EP3460058A4 (en) 2020-01-15
KR102378346B1 (ko) 2022-03-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2018144299A (ru) Способ амплификации кольцевой днк
AU2022202739B2 (en) High-Throughput Single-Cell Sequencing With Reduced Amplification Bias
AU2013246080C1 (en) Compositions and methods for quantifying a nucleic acid sequence in a sample
Carøe et al. Tagsteady: A metabarcoding library preparation protocol to avoid false assignment of sequences to samples
Craw et al. Isothermal nucleic acid amplification technologies for point-of-care diagnostics: a critical review
JP6886962B2 (ja) Ｒｎａシークエンシングライブラリーを生成する方法
JP6574178B2 (ja) リガーゼ支援核酸環状化及び増幅
JP5200302B2 (ja) ヘリカーゼを使用するｒｎａターゲットの同定
US20150322472A1 (en) Reducing Template Independent Primer Extension and Threshold Time for Loop Mediated Isothermal Amplification
CN104726549B (zh) 一种基于切刻酶的双链核酸等温扩增检测新方法
JP2012514473A5 (ru)
MY143596A (en) In vitro recombination method
RU2020104038A (ru) Способ получения днк и набор для связывания фрагментов днк
JP2022543051A (ja) 単一細胞分析
US20170283869A1 (en) Preparation of adapter-ligated amplicons
US10260090B2 (en) Accelerated isothermal amplification of DNA
JP6029636B2 (ja) Ｒｎａの検出方法
EP3902922A1 (en) Method and kit for preparing complementary dna
WO2016135300A1 (en) Efficiency improving methods for gene library generation
US9212378B2 (en) Method of amplifying DNA from RNA in a sample
DE602008003757D1 (de) Auswahl und anreicherung von proteinen durch in-vitro-untergliederung
JP2022088455A (ja) 熱安定性ポリメラーゼ阻害剤組成物及び方法
Kimoto et al. PCR amplification and transcription for site‐specific labeling of large RNA molecules by a two‐unnatural‐base‐pair system
JP2022537069A (ja) 次世代配列決定ライブラリを調製するための核酸の標識化に有用なオリゴヌクレオチドが連結された三リン酸ヌクレオチド
CN106350493A (zh) 一种热启动Taq DNA聚合酶的制备方法