RU2020104038A - Способ получения днк и набор для связывания фрагментов днк - Google Patents
Способ получения днк и набор для связывания фрагментов днк Download PDFInfo
- Publication number
- RU2020104038A RU2020104038A RU2020104038A RU2020104038A RU2020104038A RU 2020104038 A RU2020104038 A RU 2020104038A RU 2020104038 A RU2020104038 A RU 2020104038A RU 2020104038 A RU2020104038 A RU 2020104038A RU 2020104038 A RU2020104038 A RU 2020104038A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- dna
- obtaining
- paragraphs
- linear
- circular
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/102—Mutagenizing nucleic acids
- C12N15/1031—Mutagenizing nucleic acids mutagenesis by gene assembly, e.g. assembly by oligonucleotide extension PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/64—General methods for preparing the vector, for introducing it into the cell or for selecting the vector-containing host
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/66—General methods for inserting a gene into a vector to form a recombinant vector using cleavage and ligation; Use of non-functional linkers or adaptors, e.g. linkers containing the sequence for a restriction endonuclease
Claims (16)
1. Способ получения ДНК, где указанный способ включает получение реакционного раствора, содержащего фрагменты ДНК двух или более типов, и белок, обладающий рекомбиназной активностью семейства RecA, и получение линейной или кольцевой ДНК в реакционном растворе путем связывания фрагментов ДНК двух или более типов друг с другом в областях, имеющих гомологичные последовательности оснований, или в областях, имеющих комплементарные последовательности оснований.
2. Способ получения ДНК по п. 1, где экзонуклеазой является 3'→5'-экзонуклеаза.
3. Способ получения ДНК по п. 1, где реакционный раствор также содержит 3'→5'-экзонуклеазу, специфичную к линейной двухцепочечной ДНК.
4. Способ получения ДНК по п. 1, где реакционный раствор также содержит 3'→5'-экзонуклеазу, специфичную к линейной двухцепочечной ДНК, и 3'→5'-экзонуклеазу, специфичную к одноцепочечной ДНК.
5. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-4, где реакционный раствор содержит регенерирующий фермент для нуклеозид-трифосфатов или дезоксинуклеотид-трифосфатов и его субстрат.
6. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-5, где реакцию связывания фрагментов ДНК двух или более типов осуществляют при температуре в пределах 25-48°C.
7. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-6, где линейную или кольцевую ДНК получают путем связывания 7 или более фрагментов ДНК.
8. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-7, где реакционный раствор содержит одно или более веществ, выбранных из группы, состоящей из хлорида тетраметиламмония и диметилсульфоксида.
9. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-8, где белком, обладающим рекомбиназной активностью семейства RecA, является uvsX, и реакционный раствор также содержит uvsY.
10. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-9, где реакционный раствор в начале реакции связывания фрагментов ДНК двух или более типов содержит фрагменты ДНК двух или более типов в одной и той же молярной концентрации.
11. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-10, также включающий репарацию гэпов и ников в полученной линейной или кольцевой ДНК с использованием ферментов для репарации гэпов.
12. Способ получения ДНК по п. 11, также включающий термообработку полученной линейной или кольцевой ДНК при 50-70°C с последующим быстрым охлаждением до температуры 10°С или менее, а затем репарацию гэпов и ников с использованием ферментов для репарации гэпов.
13. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-10, где ДНК, полученная путем связывания, является линейной, а ПЦР проводят непосредственно с использованием линейной ДНК в качестве матрицы.
14. Способ получения ДНК по по любому из пп. 1-10, где ДНК, полученная путем связывания, является кольцевой ДНК, содержащей последовательность ориджина репликации, способную связываться с ферментом, обладающим активностью DnaA, и образовывать реакционную смесь, содержащую кольцевую ДНК, первую группу ферментов, которые катализируют репликацию кольцевой ДНК; вторую группе ферментов, которые катализирует реакцию связывания фрагментов Оказаки и синтезируют две сестринских кольцевых ДНК, состоящих из катенана; третью группу ферментов, которые катализируют разделение двух сестринских кольцевых ДНК, и dNTP.
15. Способ получения ДНК по любому из пп. 1-10, также включающий введение полученной линейной или кольцевой ДНК в микроорганизм и амплификацию двухцепочечной ДНК с репарацией гэпов и ников.
16. Набор для связывания фрагментов ДНК, содержащий белок, обладающий рекомбиназной активностью семейства RecA, где указанный набор используют для получения линейной или кольцевой ДНК посредством связывания фрагментов ДНК двух или более типов друг с другом в областях, имеющих гомологичные последовательности оснований, или в областях, имеющих комплементарные последовательности оснований.
Applications Claiming Priority (5)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2017132084 | 2017-07-05 | ||
| JP2017-132084 | 2017-07-05 | ||
| JP2017-231732 | 2017-12-01 | ||
| JP2017231732 | 2017-12-01 | ||
| PCT/JP2018/025528 WO2019009361A1 (ja) | 2017-07-05 | 2018-07-05 | Ｄｎａの産生方法及びｄｎａ断片連結用キット |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2020104038A true RU2020104038A (ru) | 2021-08-05 |
| RU2020104038A3 RU2020104038A3 (ru) | 2021-08-05 |
| RU2769465C2 RU2769465C2 (ru) | 2022-04-01 |
Family
ID=64950147
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2020104038A RU2769465C2 (ru) | 2017-07-05 | 2018-07-05 | Способ получения днк и набор для связывания фрагментов днк |
Country Status (13)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20200224207A1 (ru) |
| EP (1) | EP3650543B1 (ru) |
| JP (1) | JP6701450B2 (ru) |
| KR (1) | KR102278495B1 (ru) |
| CN (1) | CN111183222B (ru) |
| AU (2) | AU2018297861C9 (ru) |
| BR (1) | BR112019028221A2 (ru) |
| CA (1) | CA3068615C (ru) |
| ES (1) | ES2954507T3 (ru) |
| IL (1) | IL271750A (ru) |
| RU (1) | RU2769465C2 (ru) |
| SG (1) | SG11201913478XA (ru) |
| WO (1) | WO2019009361A1 (ru) |
Families Citing this family (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR102520700B1 (ko) | 2018-07-30 | 2023-04-10 | 오리시로 제노믹스 가부시키가이샤 | 무세포계에서 dna를 편집하는 방법 |
| WO2021162121A1 (ja) * | 2020-02-14 | 2021-08-19 | 公立大学法人横浜市立大学 | 核酸構築物、及び該核酸構築物を含むミスマッチ修復欠損がんの治療剤又は診断剤 |
| US20220025460A1 (en) * | 2020-07-21 | 2022-01-27 | The University Of Tokyo | Method and kit for determining neuromuscular disease in subject |
| US20220090157A1 (en) * | 2020-09-24 | 2022-03-24 | Seagate Technology Llc | Dna backbone editing for dna data storage |
| WO2023038145A1 (ja) * | 2021-09-13 | 2023-03-16 | オリシロジェノミクス株式会社 | 環状ｄｎａの製造方法 |
| CN115820666B (zh) * | 2022-09-30 | 2023-07-11 | 华南农业大学 | 一种菊叶薯蓣DcW5基因及其在耐干旱胁迫和耐盐胁迫中的应用 |
Family Cites Families (22)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5273881A (en) * | 1990-05-07 | 1993-12-28 | Daikin Industries, Ltd. | Diagnostic applications of double D-loop formation |
| US5556772A (en) * | 1993-12-08 | 1996-09-17 | Stratagene | Polymerase compositions and uses thereof |
| DE69923274T2 (de) * | 1998-10-12 | 2006-03-30 | Roche Diagnostics Gmbh | Deoxynukleotidtriphosphatkinase aus Insektenzellen zur Synthese von Nukleosidmonophosphaten |
| WO2000050586A2 (en) * | 1999-02-22 | 2000-08-31 | European Molecular Biology Laboratory | In vitro translation system |
| JP4465741B2 (ja) | 1999-07-02 | 2010-05-19 | アイシン精機株式会社 | 二本鎖ｄｎａ断片の末端での連結 |
| US20030228616A1 (en) * | 1999-10-29 | 2003-12-11 | Stratagene | DNA polymerase mutants with reverse transcriptase activity |
| US7575860B2 (en) | 2000-03-07 | 2009-08-18 | Evans David H | DNA joining method |
| WO2003022220A2 (en) * | 2001-09-07 | 2003-03-20 | The Regents Of The University Of California | Method of generating a transgenic livestock animal |
| JP4278412B2 (ja) | 2003-03-13 | 2009-06-17 | 株式会社アイシン・コスモス研究所 | 部分的なｄｎａ鎖の相同的組換えによる遺伝子除去方法および遺伝子取得方法 |
| ATE483802T1 (de) * | 2005-08-11 | 2010-10-15 | Synthetic Genomics Inc | Verfahren zur in vitro-rekombination |
| US20070292954A1 (en) * | 2006-04-21 | 2007-12-20 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Generation of recombinant DNA by sequence-and ligation-independent cloning |
| WO2008035205A2 (en) * | 2006-05-04 | 2008-03-27 | Asm Scientific, Inc. | Recombinase polymerase amplification |
| WO2009103027A2 (en) | 2008-02-15 | 2009-08-20 | Synthetic Genomics, Inc. | Methods for in vitro joining and combinatorial assembly of nucleic acid molecules |
| US9057097B2 (en) * | 2009-06-05 | 2015-06-16 | Alere San Diego Inc. | Recombinase polymerase amplification reagents and kits |
| US9315857B2 (en) * | 2009-12-15 | 2016-04-19 | Cellular Research, Inc. | Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags |
| CN105907846A (zh) * | 2011-04-07 | 2016-08-31 | 美艾利尔圣地亚哥有限公司 | 重组聚合酶扩增混合物的监测 |
| JP6387722B2 (ja) | 2014-07-24 | 2018-09-12 | アイシン精機株式会社 | 改変型の耐熱性ＲｅｃＡタンパク質、該タンパク質をコードする核酸分子、該タンパク質を用いた核酸の増幅方法、及び核酸増幅用キット |
| JP2016077180A (ja) | 2014-10-10 | 2016-05-16 | 国立研究開発法人理化学研究所 | ＲｅｃＡ組換え酵素および組換え活性をもつ蛋白質を用いた直鎖二重鎖ＤＮＡ多量体形成技術 |
| DK3222717T3 (da) * | 2014-11-18 | 2020-06-29 | Oriciro Genomics Inc | Fremgangsmåde til at amplificere cirkulært dna |
| JP6647054B2 (ja) | 2016-01-26 | 2020-02-14 | 株式会社東芝 | 画像形成装置 |
| RU2018138975A (ru) * | 2016-04-06 | 2020-05-12 | Гринлайт Байосайенсис, Инк. | Бесклеточная продукция рибонуклеиновой кислоты |
| JP7098608B2 (ja) * | 2017-05-01 | 2022-07-11 | 株式会社カネカ | Ａｔｐを利用した物質の製造方法 |
-
2018
- 2018-07-05 WO PCT/JP2018/025528 patent/WO2019009361A1/ja unknown
- 2018-07-05 KR KR1020207002744A patent/KR102278495B1/ko active IP Right Grant
- 2018-07-05 CN CN201880056652.3A patent/CN111183222B/zh active Active
- 2018-07-05 SG SG11201913478XA patent/SG11201913478XA/en unknown
- 2018-07-05 ES ES18828987T patent/ES2954507T3/es active Active
- 2018-07-05 US US16/626,751 patent/US20200224207A1/en active Pending
- 2018-07-05 EP EP18828987.0A patent/EP3650543B1/en active Active
- 2018-07-05 BR BR112019028221-1A patent/BR112019028221A2/pt unknown
- 2018-07-05 AU AU2018297861A patent/AU2018297861C9/en active Active
- 2018-07-05 JP JP2019527961A patent/JP6701450B2/ja active Active
- 2018-07-05 RU RU2020104038A patent/RU2769465C2/ru active
- 2018-07-05 CA CA3068615A patent/CA3068615C/en active Active
-
2019
- 2019-12-29 IL IL271750A patent/IL271750A/en unknown
-
2022
- 2022-06-29 AU AU2022204663A patent/AU2022204663A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2018297861C9 (en) | 2022-12-08 |
| AU2018297861C1 (en) | 2022-10-13 |
| CN111183222A (zh) | 2020-05-19 |
| JPWO2019009361A1 (ja) | 2020-05-21 |
| WO2019009361A1 (ja) | 2019-01-10 |
| EP3650543A4 (en) | 2021-03-31 |
| SG11201913478XA (en) | 2020-01-30 |
| US20200224207A1 (en) | 2020-07-16 |
| CN111183222B (zh) | 2023-12-12 |
| CA3068615A1 (en) | 2019-01-10 |
| JP6701450B2 (ja) | 2020-05-27 |
| EP3650543B1 (en) | 2023-06-07 |
| AU2022204663A1 (en) | 2022-07-21 |
| RU2020104038A3 (ru) | 2021-08-05 |
| CA3068615C (en) | 2023-09-05 |
| BR112019028221A2 (pt) | 2020-07-07 |
| EP3650543A1 (en) | 2020-05-13 |
| IL271750A (en) | 2020-02-27 |
| ES2954507T3 (es) | 2023-11-22 |
| AU2018297861A1 (en) | 2020-01-30 |
| RU2769465C2 (ru) | 2022-04-01 |
| AU2018297861B2 (en) | 2022-05-12 |
| KR102278495B1 (ko) | 2021-07-15 |
| KR20200026914A (ko) | 2020-03-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2020104038A (ru) | Способ получения днк и набор для связывания фрагментов днк | |
| JP6847496B2 (ja) | 単一プローブプライマー伸長による標的濃縮 | |
| JP6574178B2 (ja) | リガーゼ支援核酸環状化及び増幅 | |
| Romsos et al. | Rapid PCR of STR markers: Applications to human identification | |
| US9469874B2 (en) | Long-range barcode labeling-sequencing | |
| JP4773338B2 (ja) | Ｄｎａ重合プロセスにより生成される全ゲノムおよび全トランスクリプトームライブラリーの増幅および分析 | |
| AU2011253427B2 (en) | Isothermal amplification of nucleic acid using a mixture of randomized primers and specific primers | |
| AU2018280131A1 (en) | Single cell whole genome libraries for methylation sequencing | |
| AU2013203624B2 (en) | Isothermal amplification of nucleic acid using a mixture of randomized primers and specific primers | |
| US10443094B2 (en) | Solid phase isothermal amplification | |
| RU2018144299A (ru) | Способ амплификации кольцевой днк | |
| WO2013028643A1 (en) | Preparation of polynucleotides on a solid substrate for sequencing | |
| CA2939282A1 (en) | Isothermal amplification under low salt condition | |
| JP6674905B2 (ja) | Ｄｎａ増幅反応の最適化 | |
| JP2019500852A (ja) | リガーゼ支援核酸環状化および増幅 | |
| JP6786390B2 (ja) | コンタミネーションフリー試薬を使用したエンドヌクレアーゼ支援等温増幅 | |
| JP2016527896A5 (ru) | ||
| CA2892043C (en) | A method of removing amplicons of a non-target nucleic acid having one or more methylated cytosines from a sample | |
| EP2947156A1 (en) | Optimization of sequencing reactions | |
| Hill et al. | Modified paired end rapid library preparation protocol for 454 GS junior 8 kb library preparation using covaris g-tubes and BluePippin electrophoresis | |
| He et al. | Nickase-dependent isothermal DNA amplification | |
| US20210301333A1 (en) | Methods and kits for highly multiplex single primer extension | |
| JP6565147B2 (ja) | マルチプレックスｐｃｒ法 | |
| ATE459728T1 (de) | Verfahren zur amplifikation polymerer nukleinsäuren | |
| EP3074528A1 (en) | Generation of ligation-ready dna amplicons |