JP6960684B2 - 環状dnaの複製または増幅方法 - Google Patents
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Description
(1)環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群;
(2)岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群;および
(3)2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群
を用いて複製または増幅する際に、ter-Tusによる複製終結機構、および/またはdif-XerCDなどの部位特異的組換え系によるDNAマルチマーの分離機構を利用することにより、副生成物であるDNAマルチマーの生成を抑制できることを見出した。また、oriCをトランスポゾンにより環状DNAに導入することにより、oriCを含まない環状DNAが非常に低濃度しか存在しない場合であっても、環状DNAの複製または増幅が可能であることを見出した。
(1)鋳型となる環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(2)工程(1)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含み、
ここで当該環状DNAは、DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含み、そして、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、DNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列、をさらに含み、
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、
前記方法。
(1)鋳型となる環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(2)工程(1)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含み、
ここで当該環状DNAは、DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含み、そして、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、XerCDが認識する塩基配列、をさらに含み、
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがXerCDが認識する塩基配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにXerCDタンパク質を含む、
前記方法。
(1)oriCトランスポゾンとトランスポゼースを緩衝液中に添加してoriCトランスポゾームを形成する、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;および
oriCトランスポゾームとoriCを含まない環状DNAを緩衝液中で反応させて転移反応を行う;
ことにより、oriCを含む環状DNAを調製する工程;
(2)(1)で得られたoriCを含む環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(3)工程(2)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含む、前記方法。
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、
上記[10]または[11]に記載の方法。
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがXerCDが認識する塩基配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにXerCDタンパク質を含む、
上記[10]または[11]に記載の方法。
ここで当該線状DNAがter配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、
上記[10]ないし[13]のいずれか1項に記載の方法。
ここで当該線状DNAがter配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがXerCDが認識する塩基配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにXerCDタンパク質を含む、
上記[10]ないし[13]のいずれか1項に記載の方法。
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群;
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群;
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群;
oriCトランスポゾン、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;および
トランスポゼース;
の組み合わせを含む、前記キット。
(1)環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群;
(2)岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群;および
(3)2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群
を用いて複製または増幅する際に、副生成物であるDNAマルチマーの生成を抑制することができる。また、oriCをトランスポゾンにより環状DNAに導入することにより、非常に低濃度の環状DNAの複製または増幅が可能である。これらのことから、本願の方法により、複製産物または増幅産物を効率よく得ることが可能である。
鋳型として用いる環状DNAは、二重鎖であることが好ましい。鋳型として用いる環状DNAは、DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含むものであれば、特に制限はされず、微生物の環状染色体等の天然の環状DNA、天然の環状DNAを酵素処理等によって切断したもの等に別のDNA断片を連結し、それを環状化した環状DNA、天然において直鎖状で存在するDNAを環状化処理した環状DNA、すべて人工的に合成した環状DNA等を例示することができる。DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(oriC)(以下、単に「複製開始配列」または「oriC」と記載することがある)としては、たとえば大腸菌、枯草菌等の細菌に存在する公知の複製開始配列を、NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)等の公的なデータベースから入手することができる。また、DnaA活性を有する酵素と結合可能なDNA断片をクローニングし、その塩基配列を解析することによって、複製開始配列を得ることもできる。
1.第一の酵素群
本明細書において第一の酵素群とは、環状DNAの複製を触媒する酵素群を意味する。
本明細書において第二の酵素群とは、岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する酵素群を意味する。
本明細書において第三の酵素群とは、2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する酵素群を意味する。
一態様において本願は、無細胞系における環状DNAの複製または増幅方法であって、以下の工程:
(1)鋳型となる環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(2)工程(1)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含み、
ここで当該環状DNAは、DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含み、そして、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、XerCDが認識する塩基配列、をさらに含み、
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがXerCDが認識する塩基配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにXerCDタンパク質を含む、前記方法(以下、本明細書において「方法(A)」と記載することがある)に関する。
XerCDとdifの組合せと同様に、Creとその認識配列loxPの組合せを用いてもDNAマルチマーの分離を導くことができることが知られている(Ip, S. C. Y., et al., EMBO J., 2003, 22:6399-6407)。本発明者らは、方法(A)におけるXerCDとdifの組合せの代わりに、DNAマルチマー分離酵素およびその認識配列の組合せを用いても、副生成物であるDNAマルチマーの生成を抑制できることを見出した。
(1)鋳型となる環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(2)工程(1)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含み、
ここで当該環状DNAは、DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含み、そして、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、DNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列、をさらに含み、
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、前記方法(以下、本明細書において「方法(A’)」と記載することがある)に関する。
一態様において本願は、無細胞系における環状DNAの複製または増幅方法であって、以下の工程:
(1)oriCトランスポゾンとトランスポゼースを緩衝液中に添加してoriCトランスポゾームを形成する、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;
oriCトランスポゾームとoriCを含まない環状DNAを緩衝液中で反応させて転移反応を行う;
ことにより、oriCを含む環状DNAを調製する工程;
(2)(1)で得られたoriCを含む環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(3)工程(2)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含む、前記方法(以下、本明細書において「方法(B)」と記載することがある)に関する。
一態様において本願は、oriC、ならびに、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列および/またはXerCDやCre等のDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を含む核酸に関する。好ましくは、前記核酸は線状DNAであり、さらに好ましくは前記核酸は二重鎖核酸である。前記核酸の長さは、環状DNAの調製に利用できるものであれば特に限定されない。好ましい態様において前記核酸の長さは、273bp〜2.0kb、273bp〜1.5kb、または273bp〜1.0kbの長さである。前記核酸の最短の長さは273bpであるが、これはoriCが245bpであり、そして1対のter配列またはDNAマルチマー分離酵素認識配列の中でも最短のものであるdif配列が28bpであることから、これらを直接連結した場合の長さである。
一態様において本願は、環状DNAの複製または増幅用キットであって、
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群;
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群;
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群;
oriC、ならびに、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列および/またはXerCDやCre等のDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を含む線状DNA;および
当該線状DNAがter配列を有する場合、ter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質、および/または、当該線状DNAがXerCDやCre等のDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、当該配列に対応するXerCDやCre等のDNAマルチマー分離酵素;
の組み合わせを含む、前記キット(以下、本明細書において「キット(A)」と記載することがある)に関する。キット(A)は、本願の方法(A)または(A’)を行うためのキットである。
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群;
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群;
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群;
oriCトランスポゾン、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;および
トランスポゼース;
の組み合わせを含む、前記キット(以下、本明細書において「キット(B)」と記載することがある)に関する。キット(B)は、本願の方法(B)を行うためのキットである。
<材料と方法>
鋳型となる環状DNAを次のように調製した。M13mp18プラスミドベクターにoriC断片を挿入し、8.0 kb環状DNAとした。この8.0 kb環状DNAにおけるoriCと対極となる領域に、2つの向かい合うter配列(下線)を含むDNA断片((5’−ACTTTAGTTACAACATACTTATT-N176-AATAAGTATGTTGTAACTAAAGT−3’(配列番号26))を挿入し、ter挿入8.0 kb環状DNAとした(図3(a))。ter挿入8.0 kb環状DNAを鋳型DNAとして用い、8.0 kb環状DNAはter配列を含まない対照DNAとして用いた。
複製産物の検出結果を図3に示す。
<材料と方法>
鋳型となるdif挿入12 kb環状DNAは、環状DNAのoriCと対極となる領域にdif配列(配列番号22)を含むよう、大腸菌細胞内組換え反応によって調製した(図4(a))。具体的には、λファージの組換えタンパク質群を発現している大腸菌を用い、細胞内組換え反応によって、oriCとカナマイシン耐性遺伝子を含むカセットと大腸菌染色体のdif上流側4.2kb領域および下流側6.0 kb領域とを含む、目的の長さの環状DNAを調製した。
複製産物の検出結果を図4(b)に示す。
実施例1および2においては、ter配列またはdif配列は環状DNAにおけるoriCと対極となる領域に位置するよう、鋳型DNAを調製した。実施例3においては、ter配列またはdif配列をoriCの近傍にまたは隣接した位置に配置した環状DNAについて、複製・増幅反応を行った。
15 kb環状DNA構築のため、大腸菌ゲノムを鋳型にoriCを含まない15kb DNA断片を増幅し、調製した。
ori-terカセット:5’−AGTATGTTGTAACTAAAGATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTTATacagatcgtgcgatctactgtggataactctgtcaggaagcttggatcaaccggtagttatccaaagaacaactgttgttcagtttttgagttgtgtataacccctcattctgatcccagcttatacggtccaggatcaccgatcattcacagttaatgatcctttccaggttgttgatcttaaaagccggatccttgttatccacagggcagtgcgatcctaataagagatcacaatagaacagatctctaaataaatagatcttctttttaatacccaggatccATTTAACATAATATACATTATGCGCACCTTTAGTTACAACATACT−3’(配列番号27)
ori-difカセット:5’−ATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAAGTATacagatcgtgcgatctactgtggataactctgtcaggaagcttggatcaaccggtagttatccaaagaacaactgttgttcagtttttgagttgtgtataacccctcattctgatcccagcttatacggtccaggatcaccgatcattcacagttaatgatcctttccaggttgttgatcttaaaagccggatccttgttatccacagggcagtgcgatcctaataagagatcacaatagaacagatctctaaataaatagatcttctttttaatacccaggatcc−3’(配列番号28)
(1)Tusタイトレーション
複製・増幅産物の検出結果を図6に示す。鋳型DNA量は0.5ng/μlであり、図6に示すとおりの量のTusを用い、反応は30℃で3時間行った。
複製・増幅産物の検出結果を図7に示す。図7に示すとおりの量の鋳型DNAおよびTusを用い、反応は30℃で17時間行った。
複製・増幅産物の検出結果を図8に示す。鋳型DNA量は0.5ng/μlであり、図8に示すとおりの量のXerCDを用い、反応は30℃で2時間行った。
本願の方法による環状DNAの複製ないし増幅のためには、鋳型となる環状DNAにoriCを導入する必要がある。実施例4では、oriCカセットをトランスポゾンを利用して導入することを検討した(図2)。
トランスポゼース(Tnp)として、高活性Tn5変異(E54K, L372P)タンパク質を用いた。このタンパク質は大腸菌発現株から硫安沈殿、アフィニティーカラムクロマトグラフィーを含む工程で精製し、調製した。
oriCトランスポゾン:5’−CTGTCTCTTATACACATCTgaagatccggcagaagaatggctgggatcgtgggttaatttactcaaataagtatacagatcgtgcgatctactgtggataactctgtcaggaagcttggatcaaccggtagttatccaaagaacaactgttgttcagtttttgagttgtgtataacccctcattctgatcccagcttatacggtccaggatcaccgatcattcacagttaatgatcctttccaggttgttgatcttaaaagccggatccttgttatccacagggcagtgcgatcctaataagagatcacaatagaacagatctctaaataaatagatcttctttttaatacccaggatcccaggtctttctcaagccgacAGATGTGTATAAGAGACAG−3’(配列番号29)
ターゲットDNAとして、15 kbの大腸菌遺伝子発現プラスミドを用いた場合の結果を図9に、高度好熱菌サーマス・サーモフィルスHB8株から抽出した9.3 kbプラスミド(pTT8プラスミド)を用いた場合の結果を図10に示す。
トランスポゼース(Tnp)及びoriCトランスポゾンは、実施例4と同じものを使用した。
oriC転移反応においてターゲットDNAとして高度好熱菌サーマス・サーモフィルスHB8株から抽出した9.3 kbのプラスミド(pTT8プラスミド)を50 fg用いたほかは、実施例5と同様にoriC転移反応および環状DNAの複製・増幅反応を行った。結果を図13に示す。
λDNAは、バクテリオファージ由来の直鎖状DNAである。これを環状化し、oriCトランスポゾン転移によりoriCを導入した環状DNAを調製して、本願の環状DNAの複製・増幅方法を行った。
アニーリング反応を以下のように行った。λDNA(48kb/東洋紡)160ng/μlを、バッファー(10 mM Tris-HCL (pH 7.5), 50 mM NaCl, 1 mM EDTA)中に加えて、5μlの溶液を得た。この溶液を、65℃で5分間保温した後、−0.5℃/30秒の降温速度で4℃まで冷却し、λDNAの両末端のCOS部位を連結し環状化した。
ギャップリペア反応の反応物1μlをターゲットDNAを含む溶液として用い、実施例5と同様にoriC転移反応及び環状DNAの複製・増幅反応を行った。ここで、環状DNAの複製・増幅反応に際しては、実施例3の表2に示した組成の反応液に、さらに60 nM RecG及び0.5U/μlのRecJf(NEB社)を加えたものを用いた。RecGは、RecGの大腸菌発現株から、硫安沈殿、アフィニティーカラムクロマトグラフィーを含む工程で生成し、調製した。結果を図16に示す。
oriC転移反応により環状DNAに導入されたoriCを除去できるかどうかを検討した。
実施例5のoriCトランスポゾンは、カナマイシン(Km)耐性遺伝子およびoriCを含む。一方、15 kbの大腸菌遺伝子発現プラスミドは、アンピシリン(Amp)耐性遺伝子を含んでいる。実施例5のoriC転移反応により得られたプラスミドのうち、15 kbの大腸菌遺伝子発現プラスミドのアンピシリン耐性遺伝子をコードする領域にoriCトランスポゾンが転移された環状DNA(p15k::Km-oriC、と表記する)を選抜・回収した。具体的には、実施例5のoriC転移反応により得られたプラスミドを大腸菌に形質転換し、Amp感受性、Km耐性となった形質転換体をスクリーニングすることにより、クローニングした。
oriC転移反応により転移されたoriCトランスポゾンに相当する領域はトランスポゼースにより脱落させる。また、oriC転移反応によりoriCトランスポゾンが転移される際にoriCトランスポゾンの両端に9bpの領域が重複して形成されるので、oriCトランスポゾンの除去にあたっては、連結後に、この9bpの領域が重複して存在しないように処理する必要がある。oriCトランスポゾンが抜き出されて生じた9bp領域を含むDNA末端について、直鎖状二重鎖DNA依存性1本鎖DNAエキソヌクレアーゼであるExo IIIを用いた末端部分の1本鎖化を行う。その後、9bp領域の重複部分を利用して1本鎖同士のアニーリングを行い環状化を導く。図18に模式図を示す。
上記(2)で得られた試料2μlと、ケミカルコンピテント細胞(大腸菌DH5α)50を、用いて大腸菌を形質転換した。アンピシリン 100μg/ml、カナマイシン 25μg/mlを含むプレートに形質転換細胞を播種し、37℃で一晩インキュベートした。
結果を図19および図20に示す。
ExoIII処理と並行して、oriCトランスポゾンの配列に含まれる制限酵素部位に対応する制限酵素による処理を並行して行うことを検討した。模式図を図21に示す。
実施例8と同じ環状DNAを用いた。
oriCトランスポゾン脱落反応は、10nM トランスポゼースを用いた他は、実施例8と同様に行った。
実施例8と同様に形質転換した。コロニー形成ユニットを算出した。
結果を表3に示す
<材料と方法>
pUC19(タカラバイオ社)を鋳型にプライマーSUE1156:5’−CTATGCGGCATCAGAGCAG−3’(配列番号38)及びSUE1361:5’−GTTAAGCCAGCCCCGACAC−3’(配列番号39)を用いたPCRにより、2.6 kbのpUC DNA断片を調製した。
OLDTカセット:5’−CGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACAGTATGTTGTAACTAAAGATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTTATACAGATCGTGCgatctactgtggataactctgtcaggaagcttggatcaaccggtagttatccaaagaacaactgttgttcagtttttgagttgtgtataacccctcattctgatcccagcttatacggtccaggatcaccgatcattcacagttaatgatcctttccaggttgttgatcttaaaagccggatccttgttatccacagggcagtgcgatcctaataagagatcacaatagaacagatctctaaataaatagatcttctttttaatacCCAGGATCCATTTAACATAATATACATTATGCGCACCTTTAGTTACAACATACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCAT−3’(配列番号40)
OriC300カセット:5’−CGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACAGTATGTTGTAACTAAAgatctactgtggataactctgtcaggaagcttggatcaaccggtagttatccaaagaacaactgttgttcagtttttgagttgtgtataacccctcattctgatcccagcttatacggtccaggatcaccgatcattcacagttaatgatcctttccaggttgttgatcttaaaagccggatccttgttatccacagggcagtgcgatcctaataagagatcacaatagaacagatctctaaataaatagatcttctttttaatacTTTAGTTACAACATACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCAT−3’(配列番号41)
複製・増幅産物の検出結果を図22に示す。
配列番号2:ter配列(コンセンサス)
配列番号3:ter配列(terA, B, D, E, またはH)
配列番号4:ter配列(terA, B, D, E, またはH)
配列番号5:ter配列(terC)
配列番号6:ter配列(terF)
配列番号7:ter配列(terG)
配列番号8:ter配列(terI)
配列番号9:ter配列(tarJ)
配列番号10:ter配列(バチルス、コンセンサス)
配列番号11:ter配列(枯草菌、コンセンサス)
配列番号12:ter配列(枯草菌、コンセンサス)
配列番号13:ter配列(terVII)
配列番号14:ter配列(terIX)
配列番号15:XerCDにより認識される配列(コンセンサス)
配列番号16:XerCDにより認識される配列(コンセンサス、dif及びcer)
配列番号17:XerCDにより認識される配列(コンセンサス、dif及びpsi)
配列番号18:XerCDにより認識される配列(コンセンサス、cer及びpsi)
配列番号19:dif配列
配列番号20:cer配列
配列番号21:psi配列
配列番号22:dif配列
配列番号23:cer配列
配列番号24:psi配列
配列番号25:Outside End(OE)配列
配列番号26:1対のter配列を含むDNA断片
配列番号27:ori-terカセット
配列番号28:ori-difカセット
配列番号29:oriCトランスポゾン
配列番号30:loxPコンセンサス
配列番号31:lox511配列
配列番号32:lox2272配列
配列番号33:loxFAS配列
配列番号34:lox RE配列
配列番号35:lox LE配列
配列番号36:FRT配列
配列番号37:rox配列
配列番号38:プライマーSUE1156
配列番号39:プライマーSUE1361
配列番号40:OLDTカセット
配列番号41:OriC300カセット
Claims (13)
- 無細胞系における環状DNAの複製方法であって、以下の工程:
(1)鋳型となる環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(2)工程(1)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含み、
ここで当該環状DNAは、DnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含み、そして、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、DNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列、をさらに含み、
ここで当該ter配列は、oriCの近傍または隣接した領域に存在する、
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(1)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDであり、そして、
ここで、前記ter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質が、Tusタンパク質またはRTPタンパク質である、
前記方法。 - 当該環状DNAは、複製反応開始時に10ng/μl以下の濃度で反応液中に存在する、請求項1に記載の方法。
- oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列が、一方のter配列としてoriCの5’側に配列番号1〜14に示される配列のいずれか1つを含む配列が挿入され、他方のter配列としてoriCの3’側に配列番号1〜14に示される配列の相補配列を含む配列が挿入されたものである、請求項1または2のいずれか1項に記載の方法。
- XerCDが認識する塩基配列が、配列番号15〜24に示される配列のいずれか1つを含む配列またはその相補配列である、請求項1に記載の方法。
- Creが認識する塩基配列が、配列番号30〜35に示される配列のいずれか1つを含む配列またはその相補配列である、請求項1に記載の方法。
- 核酸であって、273bp〜2.0kbの長さを有する線状DNAであり、oriC、ならびに、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列および/またはDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を含む、
ここで当該ter配列は、oriCの近傍または隣接した領域に存在する、
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDである、そして、
ここで、前記ter配列は、Tusタンパク質またはRTPタンパク質に結合されると複製が阻害される、
前記核酸。 - 無細胞系における環状DNAの複製方法であって、以下の工程:
(1)oriCトランスポゾンとトランスポゼースを緩衝液中に添加してoriCトランスポゾームを形成する、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;および
oriCトランスポゾームとoriCを含まない環状DNAを緩衝液中で反応させて転移反応を行う;
ことにより、oriCを含む環状DNAを調製する工程;
(2)(1)で得られたoriCを含む環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(3)工程(2)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含む、
ここでoriCを含む環状DNAがさらに、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対の
ter配列、および/または、DNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列、を含み、
ここで当該ter配列は、oriCの近傍または隣接した領域に存在する、
ここで当該環状DNAがter配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDであり、そして、
ここで、前記ter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質が、Tusタンパク質またはRTPタンパク質である、
前記方法。 - 無細胞系における環状DNAの複製方法であって、以下の工程:
(1)oriCトランスポゾンとトランスポゼースを緩衝液中に添加してoriCトランスポゾームを形成する、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;および
oriCトランスポゾームとoriCを含まない環状DNAを緩衝液中で反応させて転移反応を行う;
ことにより、oriCを含む環状DNAを調製する工程;
(2)(1)で得られたoriCを含む環状DNAと、以下:
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群、
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群、および
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群、
を含む反応液との反応混合物を形成する工程;および
(3)工程(2)において形成した反応混合物を反応させる工程;
を含む、
ここで工程(1)のoriCトランスポゾンがoriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、DNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列、をさらに含み、
ここで当該ter配列は、oriCの近傍または隣接した領域に存在する、
ここで当該線状DNAがter配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質を含み、そして当該環状DNAがDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を有する場合、前記工程(2)の反応液はさらにDNAマルチマー分離酵素を含む、
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDであり、そして、
ここで、前記ter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質が、Tusタンパク質またはRTPタンパク質である、
前記方法。 - OE配列が、配列番号25(5’−CTGTCTCTTATACACATCT−3’)で示される配列およびその相補配列を含み、工程(1)の線状DNAの5’末端に配列番号25で示される配列を含むOE配列が挿入されており、当該線状DNAの3’末端に配列番号25で示される配列の相補配列を含むOE配列が挿入されている、請求項7または8に記載の方法。
- さらに、(4)工程(3)の反応物において複製または増幅された環状DNAからoriCトランスポゾンを除去する工程を含む、請求項7ないし9のいずれか1項に記載の方法。
- 核酸であって、311bp〜2.0kbの長さを有する線状DNAであり、oriC、ならびに、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列および/またはDNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列を含み、そして両末端にOutside end (OE) 配列を含む、
ここで当該ter配列は、oriCの近傍または隣接した領域に存在する、
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDである、そして、
ここで、前記ter配列は、Tusタンパク質またはRTPタンパク質に結合されると複製が阻害される、
前記核酸。 - 請求項7−10のいずれか1項に記載の方法に使用するための、環状DNAの複製用キットであって、
環状DNAの複製を触媒する第一の酵素群;
岡崎フラグメント連結反応を触媒して、カテナンを形成する2つの姉妹環状DNAを合成する第二の酵素群;
2つの姉妹環状DNAの分離反応を触媒する第三の酵素群;
oriCトランスポゾン、ここでoriCトランスポゾンはDnaA活性を有する酵素と結合可能な複製開始配列(origin of chromosome(oriC))を含む線状DNAであってその両末端にOutside end (OE) 配列を含む線状DNAである;および
トランスポゼース;
の組み合わせを含む、
oriCトランスポゾンが、oriCに対してそれぞれ外向きに挿入された1対のter配列、および/または、DNAマルチマー分離酵素が認識する塩基配列、をさらに含む、
ここで当該ter配列は、oriCの近傍または隣接した領域に存在する、
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDであり、そして、
ここで、前記ter配列は、Tusタンパク質またはRTPタンパク質に結合されると複製が阻害される、
前記キット。 - ter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質;および/または、
DNAマルチマー分離酵素;
ここで、前記DNAマルチマー分離酵素はCreまたはXerCDであり、そして、
ここで、前記ter配列に結合して複製を阻害する活性を有するタンパク質が、Tusタンパク質またはRTPタンパク質である、
をさらに含む、請求項12に記載のキット。
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