RU2016145054A - Способы биологического получения соединений с очень длинной углеродной цепью - Google Patents

Способы биологического получения соединений с очень длинной углеродной цепью Download PDF

Info

Publication number
RU2016145054A
RU2016145054A RU2016145054A RU2016145054A RU2016145054A RU 2016145054 A RU2016145054 A RU 2016145054A RU 2016145054 A RU2016145054 A RU 2016145054A RU 2016145054 A RU2016145054 A RU 2016145054A RU 2016145054 A RU2016145054 A RU 2016145054A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
long chain
fatty
paragraphs
methanotroph
acyl
Prior art date
Application number
RU2016145054A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2016145054A3 (ru
Inventor
Лоррейн Джоан ДЖИВЕР
Джошуа СИЛЬВЕРМЕН
Джон Х. ГРЕЙТ
Original Assignee
Калиста, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Калиста, Инк. filed Critical Калиста, Инк.
Publication of RU2016145054A publication Critical patent/RU2016145054A/ru
Publication of RU2016145054A3 publication Critical patent/RU2016145054A3/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P11/00—Preparation of sulfur-containing organic compounds
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52—Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00—Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/64—Fats; Fatty oils; Ester-type waxes; Higher fatty acids, i.e. having at least seven carbon atoms in an unbroken chain bound to a carboxyl group; Oxidised oils or fats
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
    • C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y101/00—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
    • C12Y101/01—Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
    • C12Y101/01035—3-Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (1.1.1.35)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y103/00—Oxidoreductases acting on the CH-CH group of donors (1.3)
    • C12Y103/01—Oxidoreductases acting on the CH-CH group of donors (1.3) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.3.1)
    • C12Y103/01038—Trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) (1.3.1.38)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y203/00—Acyltransferases (2.3)
    • C12Y203/01—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
    • C12Y203/01199—Very-long-chain 3-oxoacyl-CoA synthase (2.3.1.199)
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02E—REDUCTION OF GREENHOUSE GAS [GHG] EMISSIONS, RELATED TO ENERGY GENERATION, TRANSMISSION OR DISTRIBUTION
    • Y02E50/00—Technologies for the production of fuel of non-fossil origin
    • Y02E50/30—Fuel from waste, e.g. synthetic alcohol or diesel

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Oil, Petroleum & Natural Gas (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)

Claims (97)

1. Способ получения соединения с очень длинной углеродной цепью, включающий:
(a) культивирование неприродного C1 метаболизирующего нефотосинтезирующего микроорганизма с сырьевым субстратом С1, причем C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм содержит одну или более рекомбинантных молекул нуклеиновых кислот, кодирующих следующие ферменты:
(i) β-кетоацил-КоА-синтазу (ККС);
(ii) β-кетоацил-КоА-редуктазу (ККР);
(iii) β-гидроксиацил-КоА-дегидратазу (ГКД); и
(iv) еноил-КоА-редуктазу (ЕКР);
при этом C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм преобразует субстрат C1 в соединение с очень длинной углеродной цепью; и
(b) выделение соединения с очень длинной углеродной цепью.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой жирный ацил-КоА с очень длинной цепью.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм дополнительно содержит молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует жирный спирт образующую ацил-КоА-редуктазу (ЖАР), способную образовывать жирный спирт с очень длинной цепью, причем соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой первичный жирный спирт с очень длинной цепью.
4. Способ по п. 1, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм дополнительно содержит молекулы нуклеиновых кислот, которые кодируют жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью и альдегид редуктазу, способную образовывать жирный спирт с очень длинной цепью, причем соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой жирный первичный спирт с очень длинной цепью.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм дополнительно содержит молекулу(-ы) нуклеиновой кислоты, кодирующую жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью, причем соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой жирный альдегид с очень длинной цепью.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что С1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм содежит молекулу (-ы) нуклеиновой кислоты, кодирующую жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью, и альдегид декарбонилазу, способную образовывать алкан с очень длинной цепью, причем соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой алкан с очень длинной цепью.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм содержит молекулу (-ы) нуклеиновой кислоты, кодирующую жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью, альдегид декарбонилазу, способную образовывать алкан с очень длинной цепью, алкангидроксилазу, способную образовывать вторичный спирт с очень длинной цепью и алкогольдегидрогеназу, способную образовывать кетон с очень длинной цепью, причем соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой кетон с очень длинной цепью.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм содержит молекулы нуклеиновых кислот, кодирующие жирный спирт образующую ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный спирт с очень длинной цепью и эфир-синтазу, способную образовывать воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью, причем соединение с очень длинной углеродной цепью представляет собой воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью.
9. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что ККС представляет собой CER6, Elo1, Fen1/Elo2, Sur4/Elo3, KCS1 или FDH.
10. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что ККР представляет собой Ybr159w, AYR1, GL8A, GL8B или At1g67730.
11. Способ согласно любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что ГКД представляет собой PHS1, PAS2 или PAS2-1.
12. Способ по любому из пп. 1-8, отличающийся тем, что ЕКР представляет собой CER10 или TSC13.
13. Способ по п. 3, отличающийся тем, что жирный спирт образующая ацил-КоА-редуктаза представляет собой FAR, CER4 или Maqu_2220.
14. Способ по п. 5 или 6, отличающийся тем, что жирный ацил-КоА-редуктаза представляет собой ACR1 или CER3.
15. Способ по п. 4, отличающийся тем, что альдегид редуктаза представляет собой алкогольдегидрогеназу, причем алкогольдегидрогеназа представляет собой YqhD.
16. Способ по п. 8, отличающийся тем, что эфирсинтаза представляет собой WSD1.
17. Способ по п. 6, отличающийся тем, что альдегид декарбоксилаза представляет собой CER1 или CER22.
18. Способ по п. 7, отличающийся тем, что алкангидроксилаза представляет собой МАН1.
19. Способ по п. 7, отличающийся тем, что алкогольдегидрогеназа представляет собой МАН1.
20. Способ по любому из пп. 1-19, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм выбран из группы, состоящей из Methylomonas, Methylobacter, Methylococcus, Methylosinus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methanomonas, Methylophilus, Methylobacillus, Methylobacterium, Hyphomicrobium, Xanthobacter, Bacillus, Paracoccus, Nocardia, Arthrobacter, Rhodopseudomonas и Pseudomonas.
21. Способ по любому из пп. 1-19, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм представляет собой бактерию.
22. Способ по любому из пп. 1-19, отличающийся тем, что C1 метаболизирующая бактерия представляет собой метанотроф или метилотроф.
23. Способ по п. 22, отличающийся тем, что C1 метаболизирующая бактерия представляет собой метанотроф.
24. Способ по п. 23, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylomonas, Methylobacter, Methylococcus, Methylosinus, Methylocystis, Methylomicrobium, Methanomonas или любую их комбинацию.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylomonas sp. 16а (АТСС РТА 2402), Methylosinus trichosporium (NRRL В-11,196), Methylosinus sporium (NRRL В-11,197), Methylocystis parvus (NRRL B-11,198), Methylomonas methanica (NRRL B-11,199), Methylomonas albus (NRRL B-11,200), Methylobacter capsulatus (NRRL B-11,201), Methylobacterium organophilum (ATCC 27,886), Methylomonas sp. AJ-3670 (FERM P-2400), Methylocella silvestris, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum или любую их комбинацию.
26. Способ по п. 23, отличающийся тем, что метанотроф представляет собой Methylosinus trichosporium OB3b, Methylococcus capsulatus Bath, Methylomonas sp. 16a, Methylomicrobium alcaliphilum или их быстрорастущий вариант.
27. Способ по любому из пп. 22-26, отличающийся тем, что культура дополнительно содержит гетерологичную бактерию.
28. Способ по п. 22, отличающийся тем, что C1 метаболизирующая бактерия представляет собой метилотроф.
29. Способ по п. 28, отличающийся тем, что метилотроф представляет собой Methylobacterium extorquens, Methylobacterium radiotolerans, Methylobacterium populi, Methylobacterium chloromethanicum, Methylobacterium nodularis или любую их комбинацию.
30. Способ по любому из пп. 21-29, отличающийся тем, что C1 метаболизирующие бактерии представляют собой бактерии метаболизирующие природный газ, природный газ нетипичного происхождения или синтез-газ.
31. Способ по п. 30, отличающийся тем, что синтез-газ метаболизирующие бактерии представляют собой Clostridium, Moorella, Pyrococcus, Eubacterium, Desulfobacterium, Carboxydothermus, Acetogenium, Acetobacterium, Acetoanaerobium, Butyribaceterium, Peptostreptococcus или любую их комбинацию.
32. Способ по п. 30, отличающийся тем, что синтез-газ метаболизирующие бактерии представляют собой Clostridium autoethanogenum, Clostridium ljungdahli, Clostridium ragsdalei, Clostridium carboxydivorans, Butyribacterium methylotrophicum, Clostridium woodii, Clostridium neopropanologen или любую их комбинацию.
33. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм представляет собой облигатный C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм.
34. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую тиоэстеразу.
35. Способ по п. 34, отличающийся тем, что тиоэстераза представляет собой сигнальный пептид без tesA, UcFatB или ВТЕ.
36. Способ по п. 34 или 35, отличающийся тем, что эндогенная тиоэстеразная активность снижена, минимизирована или устранена по сравнению с неизмененной эндогенной тиоэстеразной активностью.
37. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ацил-КоА синтетазу.
38. Способ по п. 37, отличающийся тем, что ацил-КоА синтетаза представляет собой FadD, yng1 или FAA2.
39. Способ по п. 37 или 38, отличающийся тем, что эндогенная ацил-КоА синтетазная активность снижена, минимизирована или устранена по сравнению с неизмененной эндогенной ацил-КоА синтетзной активностью.
40. Способ по любому из пп. 1-39, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм продуцирует соединение с очень длинной углеродной цепью, включая одно или более соединений с С25-С30, С31-С40, С41-С60, С61-С80, C81-C100, C101-С120, С121-С140, С141-С160, С161-С180 или С181-С200 цепью.
41. Способ по любому из пп. 1-39, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм продуцирует соединение с очень длинной углеродной цепью, включая соединение с С25-С50 цепью.
42. Способ по любому из пп. 1-41, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм продуцирует жирный спирт, включающий С25-С50 жирный спирт и С25-С50 жирные спирты составляют по меньшей мере 70% общего количества жирного спирта.
43. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм способен преобразовывать природный газ, природный газ нетипичного происхождения или синтез-газ в ацил-КоА с очень длинной цепью, жирный альдегид с очень длинной цепью, жирный спирт с очень длинной цепью, воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью, алкан с очень длинной цепью, кетон с очень длинной цепью или любую их комбинацию.
44. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что количество полученного ацил-КоА с очень длинной цепью, жирного альдегида с очень длинной цепью, жирного спирта с очень длинной цепью, воска, образованного жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью, алкана с очень длинной цепью, кетона с очень длинной цепью или любой их комбинации составляет от около 1 мг/л до около 500 г/л.
45. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что C1 субстрат представляет собой метан, метанол, формальдегид, муравьиную кислоту или ее соль, монооксид углерода, диоксид углерода, метиламин, метилтиол или метилгалоген.
46. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что C1 субстрат представляет собой метан, природный газ, природный газ нетипичного происхождения или синтез-газ.
47. Способ по любому из пп. 1-19, отличающийся тем, что C1 метаболизирующий нефотосинтезирующий микроорганизм представляет собой метанотрофную бактерию, C1 субстрат представляет собой метан, а бактерии культивируются в аэробных условиях.
48. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий культивирование C1 метаболизирующего нефотосинтезирующего микроорганизма в контролируемом инкубаторе.
49. Способ по п. 48, отличающийся тем, что C1 субстрат представляет собой метан, метанол, формальдегид, муравьиную кислоту или ее соль, монооксид углерода, диоксид углерода, природный газ, природный газ нетипичного происхождения, синтез-газ, метиламин, метилтиол или метилгалоген.
50. Способ по п. 48, отличающийся тем, что контролируемый инкубатор представляет собой ферментер или биореактор.
51. Неприродный метанотроф, содержащий одну или более рекомбинантных молекул нуклеиновой кислоты, кодирующих следующие ферменты:
(i) β-кетоацил-КоА-синтазу (ККС);
(ii) β-кетоацил-КоА-редуктазу (ККР);
(iii) β-гидроксиацил-КоА-дегидратазу (ГКД); и
(iv) еноил-КоА-редуктазу (ЕКР);
причем метанотроф способен преобразовывать субстрат C1 в соединение с очень длинной углеродной цепью, выбранное из жирного ацил-КоА с очень длинной цепью, жирного альдегида с очень длинной цепью, жирного первичного спирта с очень длинной цепью, воска, образованного жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью, алкана с очень длинной цепью, жирного вторичного спирта с очень длинной цепью, кетона с очень длинной цепью или любой их комбинации.
52. Неприродный метанотроф по п. 51, отличающийся тем, что ККС представляет собой CER6, Elo1, Fen1/Elo2, Sur4/Elo3, KCS1 или FDH.
53. Неприродный метанотроф по п. 51 или 52, отличающийся тем, что содержит рекомбинантные молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие по меньшей мере два разных фермента ККС.
54. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-53, отличающийся тем, что ККР представляет собой Ybr159w, AYR1, GL8A, GL8B или At1g67730.
55. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-54, отличающийся тем, что ГКД представляет собой PHS1, PAS2 или PAS2-1.
56. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-55, отличающийся тем, что ЕКР представляет собой CER10 или TSC13.
57. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-56, дополнительно содержащий рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую жирный спирт образующую ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный спирт с очень длинной цепью.
58. Неприродный метанотроф по п. 57, отличающийся тем, что жирный спирт образующая ацил-КоА-редуктаза представляет собой FAR, CER4 или Maqu_2220.
59. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-56, дополнительно содержащий рекомбинантные молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью и альдегид редуктазу, способную образовывать жирный спирт с очень длинной цепью.
60. Неприродный метанотроф по п. 59, отличающийся тем, что жирный ацил-КоА-редуктаза представляет собой ACR1 или CER3.
61. Неприродный метанотроф по п. 59 или 60, отличающийся тем, что альдегид-редуктаза представляет собой YqhD.
62. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-56, дополнительно содержащий рекомбинантные молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие жирный спирт образующую ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный спирт с очень длинной цепью и эфирсинтазу, способную образовывать воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью.
63. Неприродный метанотроф по п. 62, отличающийся тем, что жирный спирт образующая ацил-КоА-редуктаза представляет собой FAR, CER4 или Maqu_2220.
64. Неприродный метанотроф по п. 62 или 63, отличающийся тем, что эфирсинтаза представляет собой WSD1.
65. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-56, дополнительно содержащий рекомбинантные молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью, и альдегид декарбонилазу, способную образовывать алкан с очень длинной цепью.
66. Неприродный метанотроф по п. 65, отличающийся тем, что жирный ацил-КоА-редуктаза представляет собой ACR1 или CER3.
67. Неприродный метанотроф по п. 65 или 66, отличающийся тем, что альдегид декарбоксилаза представляет собой CER1 или CER22.
68. Неприродный метанотроф по любому из пп. 52-57, дополнительно содержащий молекулы нуклеиновой кислоты, кодирующие жирный ацил-КоА-редуктазу, способную образовывать жирный альдегид с очень длинной цепью, альдегид декарбонилазу, способную образовывать алкан с очень длинной цепью, алкангидроксилазу, способную образовывать жирный вторичный спирт с очень длинной цепью, и алкогольдегидрогеназу, способную образовывать кетон с очень длинной цепью.
69. Неприродный метанотроф по п. 68, отличающийся тем, что жирный ацил-КоА-редуктаза представляет собой ACR1 или CER3.
70. Неприродный метанотроф по п. 68 или 69, отличающийся тем, что альдегид декарбоксилаза представляет собой CER1 или CER22.
71. Неприродный метанотроф по любому из пп. 68-70, отличающийся тем, что алкан гидроксилаза и алкогольдегидрогеназа представляет собой МАН1.
72. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-71, дополнительно содержащий рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую тиоэстеразу.
73. Неприродный метанотроф по п. 72, отличающийся тем, что тиоэстераза представляет собой лидерную последовательность без tesA, UcFatB или ВТЕ.
74. Неприродный метанотроф по п. 72 или 73, отличающийся тем, что эндогенная тиоэстеразная активность снижена, минимизирована или устранена по сравнению с неизмененной эндогенной тиоэстеразной активностью.
75. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-74, дополнительно содержащий рекомбинантную молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую ацил-КоА синтетазу.
76. Неприродный метанотроф по п. 75, отличающийся тем, что ацил-КоА синтетаза представляет собой FadD, yng1 или FAA2.
77. Неприродный метанотроф по п. 75 или 76, отличающийся тем, что эндогенная ацил-КоА синтетазная активность снижена, минимизирована или устранена по сравнению с неизмененной эндогенной ацил-КоА синтетзной активностью.
78. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-77, отличающийся тем, что метанотроф продуцирует соединение с очень длинной углеродной цепью, включая одно или более соединений с С25-С30, С31-С40, С41-С60, С61-С80, C81-C100, С101-С120, С121-С140, C141-С160, С161-С180 или С181-С200 цепью.
79. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-77, отличающийся тем, что метанотроф продуцирует соединение с очень длинной углеродной цепью, включая соединение с С25-С50 цепью.
80. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-77, отличающийся тем, что метанотроф продуцирует воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом, включающий С25-С50 воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом, и С25-С50 воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом составляет по меньшей мере 70% общего количества воска, образованного жирной кислотой и жирным спиртом.
81. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-80, отличающийся тем, что количество жирного ацил-КоА с очень длинной цепью, жирного альдегида с очень длинной цепью, жирного первичного спирта с очень длинной цепью, воска, образованного жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью, алкана с очень длинной цепью, жирного вторичного спирта с очень длинной цепью, кетона с очень длинной цепью или любой их комбинации составляет от около 1 мг/л до около 500 г/л.
82. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-81, отличающийся тем, что C1 субстрат представляет собой метан, метанол, формальдегид, муравьиную кислоту или ее соль, монооксид углерода, диоксид углерода, метиламин, метилтиол или метилгалоген.
83. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-81, отличающийся тем, что C1 субстрат представляет собой метан, природный газ или природный газ нетипичного происхождения.
84. Неприродный метанотроф по п. 82, отличающийся тем, что метанотроф способен преобразовывать природный газ, природный газ нетипичного происхождения или синтез-газ, содержащий метан, в С25-С50 жирный альдегид с очень длинной цепью, жирный первичный спирт с очень длинной цепью, воск, образованный жирной кислотой и жирным спиртом с очень длинной цепью, алкан с очень длинной цепью, жирный вторичный спирт с очень длинной цепью или кетон с очень длинной цепью.
85. Неприродный метанотроф по любому из пп. 51-84, отличающийся тем, что метанотрофный организм-хозяин представляет собой Methylococcus capsulatus штамм Bath, Methylomonas 16а (АТСС РТА 2402), Methylosinus trichosporium OB3b (NRRL fill, 196), Methylosinus sporium (NRRL B-11,197), Methylocystis parvus (NRRL B-11,198), Methylomonas methanica (NRRL B-11,199), Methylomonas albus (NRRL B-11,200), Methylobacter capsulatus (NRRL B-11,201), Methylobacterium organophilum (ATCC 27,886), Methylomonas sp AJ-3670 (FERM P-2400), Methylocella silvestris, Methylocella palustris (ATCC 700799), Methylocella tundrae, Methylocystis daltona штамм SB2, Methylocystis bryophila, Methylocapsa aurea KYG, Methylacidiphilum infernorum, Methylibium petroleiphilum, Methylomicrobium alcaliphilum или любую их комбинацию.
RU2016145054A 2014-05-15 2015-05-14 Способы биологического получения соединений с очень длинной углеродной цепью RU2016145054A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201461994042P 2014-05-15 2014-05-15
US61/994,042 2014-05-15
PCT/US2015/030836 WO2015175809A1 (en) 2014-05-15 2015-05-14 Methods for biological production of very long carbon chain compounds

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2016145054A true RU2016145054A (ru) 2018-06-20
RU2016145054A3 RU2016145054A3 (ru) 2019-01-21

Family

ID=53277076

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016145054A RU2016145054A (ru) 2014-05-15 2015-05-14 Способы биологического получения соединений с очень длинной углеродной цепью

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20170211102A1 (ru)
EP (1) EP3143150A1 (ru)
JP (1) JP2017515480A (ru)
KR (1) KR20170008255A (ru)
CN (1) CN106574280A (ru)
AU (1) AU2015259096B2 (ru)
BR (1) BR112016026562A2 (ru)
CA (1) CA2946846A1 (ru)
RU (1) RU2016145054A (ru)
WO (1) WO2015175809A1 (ru)
ZA (1) ZA201607838B (ru)

Families Citing this family (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP6689729B2 (ja) * 2016-10-25 2020-04-28 積水化学工業株式会社 有機組成物、有機組成物の製造方法および燃料
JP6934303B2 (ja) * 2017-02-08 2021-09-15 花王株式会社 脂肪族アルコールの生産方法
JP7039005B2 (ja) * 2017-12-28 2022-03-22 国立大学法人東海国立大学機構 植物由来のアルカン合成酵素遺伝子を導入した細胞を用いるアルカンの製造方法
WO2020005495A1 (en) * 2018-06-28 2020-01-02 Cargill, Incorporated Methods and cells for producing fatty acids and fatty acid chain products
CN111334445B (zh) * 2018-12-19 2021-08-03 中国科学院微生物研究所 长链二元酸生产菌株及其制备方法和应用
CN110055273B (zh) * 2019-04-17 2022-05-17 中国农业科学院棉花研究所 GhMAH1蛋白及其编码基因在调控棉花纤维长度中的应用
CN111057570B (zh) * 2019-11-26 2022-05-27 大连立和盈海科技有限公司 一种用于制备生物燃料的系统及方法
JP7004763B2 (ja) * 2020-04-07 2022-01-21 積水化学工業株式会社 廃棄物由来エタノール溶液の製造方法、合成物の製造方法および燃料の製造方法
AU2021364827A1 (en) 2020-10-22 2022-04-28 Visgenx, Inc. Elovl2 constructs for human gene therapy
CN112359027B (zh) * 2021-01-13 2021-04-13 凯莱英生命科学技术(天津)有限公司 细胞色素p450酶突变体及其应用
CN113151130A (zh) * 2021-03-15 2021-07-23 西安交通大学 一种基因工程菌及其在生物转化甲烷制备异丁醇中的应用

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE3720834A1 (de) 1987-06-24 1989-01-05 Hoechst Ag Promotoren zur expression von fremd-dna in methylotrophen bakterien, deren gewinnung und deren verwendung
GB9518220D0 (en) 1995-09-06 1995-11-08 Medical Res Council Checkpoint gene
US6689601B2 (en) 2000-09-01 2004-02-10 E. I. Du Pont De Nemours And Company High growth methanotropic bacterial strain
US6818424B2 (en) 2000-09-01 2004-11-16 E. I. Du Pont De Nemours And Company Production of cyclic terpenoids
US20110111413A1 (en) 2001-02-02 2011-05-12 Padgett Hal S Method of optimizing codon usage through dna shuffling
ATE448315T1 (de) 2002-03-01 2009-11-15 Monsanto Technology Llc Wachsestersynthase-dna-sequenz, protein und verwendungen davon
US7026464B2 (en) 2002-10-21 2006-04-11 E. I. Du Pont De Nemours And Company Natural promoters for gene expression in C1 metabolizing bacteria
US20060057726A1 (en) 2003-12-03 2006-03-16 Sharpe Pamela L Method for the positive selection of chromosomal mutations in C1 metabolizing bacteria via homologous recombination
US7670824B2 (en) 2005-07-26 2010-03-02 National Research Council Of Canada Multicopy-integration of heterologous genes and expression in Methylobacterium
CA2619989C (en) 2005-08-23 2014-06-17 National Research Council Of Canada Regulation of heterologous recombinant protein expression in methylotrophic and methanotrophic bacteria
US8110670B2 (en) 2006-05-19 2012-02-07 Ls9, Inc. Enhanced production of fatty acid derivatives
CN101490241A (zh) * 2006-05-19 2009-07-22 Ls9公司 脂肪酸及其衍生物的制备
US20080292918A1 (en) 2007-05-25 2008-11-27 Caine Finnerty Electrochemical system having multiple independent circuits
US20120071558A1 (en) * 2008-01-28 2012-03-22 Anderson Robert E Compositions of very long chain polyunsaturated fatty acids and methods of use
US8062953B2 (en) * 2008-07-30 2011-11-22 Freescale Semiconductor, Inc. Semiconductor devices with extended active regions
CN102459569B (zh) * 2009-04-10 2018-02-23 Reg生命科学有限责任公司 脂肪酸衍生物的产生
US8597923B2 (en) 2009-05-06 2013-12-03 SyntheZyme, LLC Oxidation of compounds using genetically modified Candida
EP2327776A1 (en) * 2009-11-30 2011-06-01 Institut National De La Recherche Agronomique Method for the production of Very Long Chain Fatty Acids (VLCFA) by fermentation with a recombinant Yarrowia sp
EP2630235B1 (en) * 2010-10-21 2017-04-05 BASF Plant Science Company GmbH Novel fatty acid desaturases, elongases, elongation components and uses therof
KR20150001830A (ko) * 2012-04-18 2015-01-06 솔라짐, 인코포레이티드 맞춤 오일
KR20150036502A (ko) * 2012-07-13 2015-04-07 칼리스타, 인코포레이티드 바이오리파이너리 시스템, 이의 방법 및 조성물
DK2917358T3 (da) * 2012-11-09 2019-09-30 Calysta Inc Sammensætninger og fremgangsmåder til biologisk fremstilling af fedtsyrederivater

Also Published As

Publication number Publication date
ZA201607838B (en) 2019-04-24
BR112016026562A2 (pt) 2017-08-15
EP3143150A1 (en) 2017-03-22
RU2016145054A3 (ru) 2019-01-21
CN106574280A (zh) 2017-04-19
WO2015175809A1 (en) 2015-11-19
KR20170008255A (ko) 2017-01-23
AU2015259096A1 (en) 2016-11-10
JP2017515480A (ja) 2017-06-15
AU2015259096B2 (en) 2018-09-13
US20170211102A1 (en) 2017-07-27
CA2946846A1 (en) 2015-11-19

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2016145054A (ru) Способы биологического получения соединений с очень длинной углеродной цепью
RU2015109898A (ru) Композиции и способы биологического получения производных жирных кислот
CA3051235C (en) Genetically engineered bacterium comprising energy-generating fermentation pathway
JP2015534831A5 (ru)
JP6771283B2 (ja) バイオリファイナリーシステム、その方法および組成物
CN101423850B (zh) 以新的代谢途径方式由可再生的原材料通过发酵获得丙酮
Hanko et al. Engineering β-oxidation in Yarrowia lipolytica for methyl ketone production
JP6294827B2 (ja) 操作された微生物および微生物油生成のための方法
US10370686B2 (en) Yeast cell modified to overproduce fatty acid and fatty acid-derived compounds
CN103958692B (zh) 包含4-羟基苯甲酰基-coa硫酯酶的遗传改造的微生物以及使用其的方法
RU2016133400A (ru) Композиции и способы для добычи трудноизвлекаемых газа и нефти
Ghogare et al. Metabolic engineering of oleaginous yeast Yarrowia lipolytica for overproduction of fatty acids
Plassmeier et al. Metabolic engineering Corynebacterium glutamicum to produce triacylglycerols
CA2969842A1 (en) Genetically modified phenylpyruvate decarboxylase, processes to prepare, and uses thereof
Fakankun et al. Impact of culture conditions on neutral lipid production by oleaginous yeast
US10774349B2 (en) Alpha omega bifunctional fatty acids
WO2016176347A1 (en) Synthesis of omega-1 functionalized products and derivatives thereof
Elhussiny et al. Biocatalysis of triglycerides transesterification using fungal biomass: a biorefinery approach
Kawahara et al. Biosynthesis of fatty acid derivatives by cyanobacteria: from basics to biofuel production
Andeden et al. Expression profile of genes associated with the accumulation of triacylglycerol (TAG) in Auxenochlorella protothecoides KP7 under alkaline pH and nitrogen starvation conditions
Gunarathne et al. Genetically Engineered Diatoms For The Enhanced Production of Green Fuels
Hussain et al. Sustainable Production of Medium-Chain Fatty Acids (MCFAs)
Tigunova et al. Acetone-butyl fermentation peculiarities of the butanol strains-producer
Zhang et al. High-Level Production of Recombinant Lipase by Fed-Batch Fermentation in Escherichia coli and Its Application in Biodiesel Synthesis from Waste Cooking Oils
VALLE-RODRIGUEZ Microbial Synthetic Biology, Systems Metabolic Engineering and Enzyme Engineering for Advanced Microbial Biodiesel Production with Saccharomyces cerevisiae

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20191204