RU2015113089A

RU2015113089A - Анализ протеома слюны на биомаркеры гингивита и периодонтита с использованием ft-icr-ms/ms

Info

Publication number: RU2015113089A
Application number: RU2015113089A
Authority: RU
Inventors: Иэн ЧАППЛ; Эндрю КРИЗ; Мелисса ГРАНТ
Original assignee: Конинклейке Филипс Н.В.
Priority date: 2012-09-10
Filing date: 2013-09-10
Publication date: 2016-10-27
Also published as: EP3396383A1; CA2884089A1; WO2014037924A2; WO2014037924A3; KR20150052311A; JP2015529333A; US20150219665A1; BR112015004881A2; JP6402106B2; EP2893353A2; CN104620110A; IL237600A0

Abstract

1. Способ диагностики статуса периодонтитного заболевания, включающий:предоставление образца зубодесневой жидкости (GCF) и образца слюны;генерацию первого белкового профиля посредством анализа протеома образца GCF;генерацию второго белкового профиля посредством анализа протеома образца слюны;определение области перекрывания между первым белковым профилем и вторым белковым профилем;выбор ряда белковых биомаркеров для идентификации конкретного состояния периодонтита; иопределение уровней экспрессии в выбранном ряду белковых биомаркеров, чтобы диагностировать статус периодонтитного заболевания;где выбор ряда белковых биомаркеров для проведения различия между состояниями периодонтита включает расчет изменения численности белков в пределах области перекрывания во время различных стадий периодонтита и выбор тех белков, которые недостаточно экспрессируются или сверхэкспрессируются во время единичного состояния периодонтита.2. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров выбирают для проведения различия между состоянием гингивита и состоянием периодонтита.3. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров выбирают для проведения различия между здоровым состоянием периодонта и болезненным состоянием.4. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров выбирают для проведения различия между легким состоянием периодонтита и тяжелым состоянием периодонтита.5. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из альфа и бета цепей гемоглобина, карбоангидразы 1 (Международный индекс белка или "IPI" #IPI00980674) и пластина-1.6. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере

Claims

1. Способ диагностики статуса периодонтитного заболевания, включающий:

предоставление образца зубодесневой жидкости (GCF) и образца слюны;

генерацию первого белкового профиля посредством анализа протеома образца GCF;

генерацию второго белкового профиля посредством анализа протеома образца слюны;

определение области перекрывания между первым белковым профилем и вторым белковым профилем;

выбор ряда белковых биомаркеров для идентификации конкретного состояния периодонтита; и

определение уровней экспрессии в выбранном ряду белковых биомаркеров, чтобы диагностировать статус периодонтитного заболевания;

где выбор ряда белковых биомаркеров для проведения различия между состояниями периодонтита включает расчет изменения численности белков в пределах области перекрывания во время различных стадий периодонтита и выбор тех белков, которые недостаточно экспрессируются или сверхэкспрессируются во время единичного состояния периодонтита.

2. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров выбирают для проведения различия между состоянием гингивита и состоянием периодонтита.

3. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров выбирают для проведения различия между здоровым состоянием периодонта и болезненным состоянием.

4. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров выбирают для проведения различия между легким состоянием периодонтита и тяжелым состоянием периодонтита.

5. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из альфа и бета цепей гемоглобина, карбоангидразы 1 (Международный индекс белка или "IPI" #IPI00980674) и пластина-1.

6. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из S100-P, трансальдолазы, S100-A8 (кальгранулина-A), миозина-9, гемоглобина альфа и гемоглобина бета.

7. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из альфа-1-кислого гликопротеина 1 и 2, матриксной металлопротеиназы-9, пептидил-пролил-цис-транс-изомеразы A и гаптоглобин-родственного белка (IPI00431645.1).

8. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из NADPH-оксидазы и альфа-N-ацетилгалактозаминидазы.

9. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает альфа-N-ацетилгалактозаминидазу.

10. Способ по п. 1, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из белка S100-A11 (IPI00013895.1), белка IPI00037070.3, каталазы (IPI00465436.4), производного белка 2, подобного транспортеру холина (IPI00903245.1), и изоформы N2-B титина (IPI00985334.2).

11. Способ по п. 5, где ряд белковых биомаркеров включает два или несколько биомаркеров.

12. Набор для диагностики статуса периодонтитного заболевания, содержащий ряд белковых биомаркеров, выбранных, чтобы провести различие между стадиями периодонтита; где ряд белковых биомаркеров для проведения различия между стадиями периодонтита выбирают посредством:

генерации первого белкового профиля посредством анализа протеома образца GCF;

генерации второго белкового профиля посредством анализа протеома образца слюны;

определения области перекрывания между первым белковым профилем и вторым белковым профилем;

расчета изменения численности белков в пределах области перекрывания во время различных стадий периодонтита; и

выбора тех белков, которые недостаточно экспрессируются или сверхэкспрессируются во время единичного состояния периодонтита.

13. Набор по п. 12, где ряд белковых биомаркеров включает по меньшей мере один белок, выбранный из группы, состоящей из альфа и бета цепей гемоглобина, карбоангидразы 1 (Международный индекс белка или "IPI" #IPI00980674) и пластина 1.

14. Набор по п. 12, где набор диагностирует гингивит или легкую форму периодонтита, и ряд белковых биомаркеров дополнительно включает по меньшей мере один белковый биомаркер, выбранный из белка 86, содержащего двухспиральный домен, гомолога В зимогенного гранульного белка 16, изоформы 2 активатора 1 NADPH-оксидазы, слюнного кислого обогащенного пролином фосфопротеина 1/2, предполагаемого белка гена, трансформирующего опухоль, изоформы 2 фактора обмена гуанинового нуклеотида для Rab-3A, AngRem52, альфа-N-ацетилгалактозаминидазы, белка 10 синдрома Барде-Бидля, кДНК FLJ57374, белка с 16 кДа, изоформы N2-B титина, неохарактеризованного белка TP_0451 OS=Treponema pallidum (штамм Nichols) GN=TP_0451 PE=4 SV=1-[Y451_TREPA], кДНК FLJ55140, глутаматдекарбоксилазы 2, белка, имеющего Международный индекс белка или “IPI” #IPI01021118.1, белка-фосфоносителя HPr OS=Streptococcus salivarius GN=ptsH PE=1 SV=2-[PTHP_STRSL] и слюнного обогащенного пролином белка 2.

15. Способ по п. 1, дополнительно включающий:

генерацию белкового профиля посредством анализа протеома из по меньшей мере одного образца жидкости полости рта; и

разбивку на кластеры белкового профиля, чтобы определить ряд белковых биомаркеров.